##fileformat=VCFv4.1
##FILTER=<ID=GOF,Description="Variant fails goodness-of-fit test.">
##FILTER=<ID=HapScore,Description="Too many haplotypes are supported by the data in this region.">
##FILTER=<ID=MQ,Description="Root-mean-square mapping quality across calling region is low.">
##FILTER=<ID=Q20,Description="Variant quality is below 20.">
##FILTER=<ID=QD,Description="Variants fail quality/depth filter.">
##FILTER=<ID=QualDepth,Description="Variant quality/Read depth ratio is low.">
##FILTER=<ID=REFCALL,Description="This line represents a homozygous reference call">
##FILTER=<ID=SC,Description="Variants fail sequence-context filter. Surrounding sequence is low-complexity">
##FILTER=<ID=alleleBias,Description="Variant frequency is lower than expected for het">
##FILTER=<ID=badReads,Description="Variant supported only by reads with low quality bases close to variant position, and not present on both strands.">
##FILTER=<ID=hp10,Description="Flanking sequence contains homopolymer of length 10 or greater">
##FILTER=<ID=strandBias,Description="Variant fails strand-bias filter">
##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allelic frequency for the alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read depth">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##GATKCommandLine.CombineVariants=<ID=CombineVariants,Version=3.4-0-g7e26428,Date="Wed Dec 01 18:48:09 EST 2021",Epoch=1638402489430,CommandLineOptions="analysis_type=CombineVariants input_file=[] showFullBamList=false read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] disable_read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=10000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 refactor_NDN_cigar_string=false fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false sample_rename_mapping_file=null unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false no_cmdline_in_header=false sites_only=false never_trim_vcf_format_field=false bcf=false bam_compression=null simplifyBAM=false disable_bam_indexing=false generate_md5=false num_threads=2 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false variant_index_type=DYNAMIC_SEEK variant_index_parameter=-1 logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false variant=[(RodBindingCollection [(RodBinding name=HC source=/lscratch/27756425//HC.vcf)]), (RodBindingCollection [(RodBinding name=Platypus source=/lscratch/27756425//PL.vcf)])] out=/gpfs/gsfs6/users/MoCha/processedDATA/719797/20170910/719797~321-R~J3-PDC~WES/calls/719797~321-R~J3-PDC~WES.merged.vcf genotypemergeoption=PRIORITIZE filteredrecordsmergetype=KEEP_IF_ANY_UNFILTERED multipleallelesmergetype=BY_TYPE rod_priority_list=HC,Platypus printComplexMerges=false filteredAreUncalled=false minimalVCF=false excludeNonVariants=false setKey=set assumeIdenticalSamples=false minimumN=1 suppressCommandLineHeader=false mergeInfoWithMaxAC=false filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=ALERT,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is adjacent to other variants, but case was too complex for joinAdjacentSNPs to handle. Please review.">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=BRF,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of reads around this variant that failed filters">
##INFO=<ID=BaseQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt Vs. Ref base qualities">
##INFO=<ID=ClippingRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref number of hard clipped bases">
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Combined depth across samples">
##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Stop position of the interval">
##INFO=<ID=ExcessHet,Number=1,Type=Float,Description="Phred-scaled p-value for exact test of excess heterozygosity">
##INFO=<ID=FR,Number=.,Type=Float,Description="Estimated population frequency of variant">
##INFO=<ID=FS,Number=.,Type=Float,Description="Fisher's exact test for strand bias (Phred scale)">
##INFO=<ID=HP,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length around variant locus">
##INFO=<ID=HapScore,Number=.,Type=Integer,Description="Haplotype score measuring the number of haplotypes the variant is segregating into in a window">
##INFO=<ID=InbreedingCoeff,Number=1,Type=Float,Description="Inbreeding coefficient as estimated from the genotype likelihoods per-sample when compared against the Hardy-Weinberg expectation">
##INFO=<ID=JOINED,Number=0,Type=Flag,Description="Variant is the result of joining adjacent SNPs/MNPs. Please use caution when interpreting sample-specific values.">
##INFO=<ID=MGOF,Number=.,Type=Integer,Description="Worst goodness-of-fit value reported across all samples">
##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MMLQ,Number=1,Type=Float,Description="Median minimum base quality for bases around variant">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
##INFO=<ID=NF,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of forward reads containing this variant">
##INFO=<ID=NR,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of reverse reads containing this variant">
##INFO=<ID=PP,Number=.,Type=Float,Description="Posterior probability (phred scaled) that this variant segregates">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant-quality/read-depth for this variant">
##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=.,Type=Float,Description="Mann-Whitney Rank sum test for difference between in positions of variants in reads from ref and alt">
##INFO=<ID=SC,Number=1,Type=String,Description="Genomic sequence 10 bases either side of variant position">
##INFO=<ID=SOR,Number=1,Type=Float,Description="Symmetric Odds Ratio of 2x2 contingency table to detect strand bias">
##INFO=<ID=START,Number=.,Type=Integer,Description="Start position of reference call block">
##INFO=<ID=SbPval,Number=.,Type=Float,Description="Binomial P-value for strand bias test">
##INFO=<ID=Size,Number=.,Type=Integer,Description="Size of reference call block">
##INFO=<ID=Source,Number=.,Type=String,Description="Was this variant suggested by Playtypus, Assembler, or from a VCF?">
##INFO=<ID=TC,Number=1,Type=Integer,Description="Total coverage at this locus">
##INFO=<ID=TCF,Number=1,Type=Integer,Description="Total forward strand coverage at this locus">
##INFO=<ID=TCR,Number=1,Type=Integer,Description="Total reverse strand coverage at this locus">
##INFO=<ID=TR,Number=.,Type=Integer,Description="Total number of reads containing this variant">
##INFO=<ID=WE,Number=1,Type=Integer,Description="End position of calling window">
##INFO=<ID=WS,Number=1,Type=Integer,Description="Starting position of calling window">
##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
##SentieonCommandLine.Haplotyper=<ID=Haplotyper,Version="sentieon-genomics-201711",Date="2021-12-01T23:40:46Z",CommandLine="/data/MoCha/patidarr/sentieon/sentieon-genomics-201711/libexec/driver --temp_dir /lscratch/27756238// -t 26 -r /data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta -i 719797/20170910/719797~321-R~J3-PDC~WES/719797~321-R~J3-PDC~WES.bwa.final.bam --interval /data/MoCha/patidarr/ref/design/Sureselect.v5.refseq.ensembl.noUTR.notfound.targetbp.hg19.bed --algo Haplotyper -d /data/MoCha/patidarr/ref/dbsnp_138.hg19.vcf --min_base_qual 20 --min_map_qual 30 /lscratch/27756238//719797~321-R~J3-PDC~WES.HC_DNASeq.raw.vcf">
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##fileDate=2021-12-01
##joinAdjacentSNPs_command=/data/MoCha/patidarr/ngs_pipeline/scripts/joinAdjacentSNPs.py -v 719797/20170910/719797~321-R~J3-PDC~WES/calls/719797~321-R~J3-PDC~WES.HC_DNASeq.raw.vcf -o /lscratch/27756425//HC.vcf.tmp 1 719797/20170910/719797~321-R~J3-PDC~WES/719797~321-R~J3-PDC~WES.bwa.final.bam /data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.2bit
##platypusOptions={'assemblyRegionSize': 1500, 'trimReadFlank': 0, 'assembleBadReads': 1, 'bamFiles': ['719797/20170910/719797~321-R~J3-PDC~WES/719797~321-R~J3-PDC~WES.bam'], 'minVarDist': 9, 'trimSoftClipped': 1, 'minReads': 2, 'qualBinSize': 1, 'refFile': '/data/MoCha/patidarr/ref/ucsc.hg19.fasta', 'maxHaplotypes': 50, 'filterVarsByCoverage': 1, 'maxSize': 1500, 'originalMaxHaplotypes': 50, 'skipDifficultWindows': 0, 'parseNCBI': 0, 'skipRegionsFile': None, 'noCycles': 0, 'trimAdapter': 1, 'minPosterior': 5, 'assembleAll': 1, 'trimOverlapping': 1, 'filterDuplicates': 1, 'abThreshold': 0.001, 'minFlank': 10, 'bufferSize': 1000000, 'fileCaching': 0, 'useEMLikelihoods': 0, 'coverageSamplingLevel': 30, 'calculateFlankScore': 0, 'logFileName': 'log/platypus.719797.20170910.719797~321-R~J3-PDC~WES', 'nCPU': 32, 'filterReadsWithUnmappedMates': 1, 'qdThreshold': 10, 'maxVariants': 8, 'scThreshold': 0.95, 'filterReadsWithDistantMates': 1, 'maxReads': 100000000.0, 'badReadsWindow': 11, 'genIndels': 1, 'largeWindows': 0, 'minMapQual': 20, 'maxVarDist': 15, 'maxGOF': 30, 'rlen': 150, 'minGoodQualBases': 20, 'refCallBlockSize': 1000, 'countOnlyExactIndelMatches': 0, 'longHaps': 0, 'HLATyping': 0, 'filterReadPairsWithSmallInserts': 1, 'minBaseQual': 20, 'getVariantsFromBAMs': 1, 'genSNPs': 1, 'assemble': 0, 'assemblerKmerSize': 15, 'minVarFreq': 0.05, 'alignScoreFile': '', 'verbosity': 2, 'sourceFile': None, 'compressReads': 0, 'rmsmqThreshold': 40, 'filteredReadsFrac': 0.7, 'outputRefCalls': 0, 'badReadsThreshold': 15, 'hapScoreThreshold': 4, 'regions': ['/data/MoCha/patidarr/ref/design/Sureselect.v5.refseq.ensembl.noUTR.notfound.targetbp.hg19.bed'], 'sbThreshold': 0.001, 'output': '719797/20170910/719797~321-R~J3-PDC~WES/calls/719797~321-R~J3-PDC~WES.Platypus.raw.vcf', 'assembleBrokenPairs': 0, 'mergeClusteredVariants': 1, 'maxGenotypes': 1275, 'nInd': 1}
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chr1	69511	rs75062661	A	G	6989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=89;PP=2965;SC=TATGGCTGTCACATGGGGAAT;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=111;TCR=89;TR=199;WE=69519;WS=69501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
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chr1	762589	rs71507461	G	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.69;QD=40.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr1	762601	rs71507463	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.35;QD=39.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	762632	rs61768173	T	A	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=5;PP=114;SC=AGAACTAGGGTGGAAGGGCCG;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=762640;WS=762622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	792263	rs1044922	A	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.45;QD=24.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	792480	rs2905036	C	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=33;PP=982;SC=TTGTGTTCAACATATTTCATT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=792488;WS=792470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	866319	rs9988021	G	A	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=14;PP=464;SC=GTGGCCCAGCGGGGCACTGAC;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=866327;WS=866309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	866511	.	C	CCCCT	1193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=20;PP=1270;SC=GGCCGTGACTCCCCTCCCTCC;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=20;WE=866519;WS=866501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	871334	rs4072383	G	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=31;PP=859;SC=GAGGACGGTGGCGTCTCCACT;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=871342;WS=871324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	876499	rs4372192	A	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=8;PP=299;SC=AGCCGGGGGGATCACTGCTGT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=876507;WS=876489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	877715	rs6605066	C	G	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=2;PP=71;SC=CGAGACGGACCGGGTAGGGGA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=877723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	877831	rs6672356	T	C	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=3;PP=75;SC=GATGTTCGCCTGGCAGCAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=877839;WS=877821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	879676	rs6605067	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=471;SC=TCAAAGGAAAGGAACAAATTT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=879695;WS=879666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	879687	rs2839	T	C	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.48;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	880238	rs3748592	A	G	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=34;PP=2028;SC=AGCCAGCCTTAGAGGTTACTC;SOR=1.202;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=98;WE=880246;WS=880228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	881627	rs2272757	G	A	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=22;PP=935;SC=TACAAGGTCAGGGGTGTCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=51;WE=881635;WS=881617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	883625	rs4970378	A	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=17;PP=682;SC=GAAGAGCAGGAGAGAGGGCCG;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=883633;WS=883615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	884091	.	C	G	1455	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=59.87;NF=11;NR=27;PP=1455;QD=39.2045055933;SC=CACCTGGCTGCACCCTGGTCA;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=124;TCF=45;TCR=79;TR=38;WE=884109;WS=884081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:86,38:0.31:124
chr1	884091	.	C	CACCCTGGTCCCCCTGGTCCCTTTGGCCCTGCACCTGGCTGG	6770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.08;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,192:0.99:193
chr1	884101	.	A	C	2635	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=59.85;NF=18;NR=42;PP=2635;QD=20;SC=CACCCTGGTCACCCTGGTCCT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=31;TCR=73;TR=60;WE=884109;WS=884081;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:44,60:0.58:104
chr1	886788	rs10465242	G	A	6411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=113;PP=2965;SC=TGGGGCTGCAGGTACCTTACC;SOR=1.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=49;TCR=114;TR=161;WE=886796;WS=886778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	886817	rs10465241	C	T	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=85;PP=2206;SC=AGCTTTATTTCAACACGGTGG;SOR=2.476;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=19;TCR=86;TR=104;WE=886825;WS=886807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	887560	rs3748595	A	C	5467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.093;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=54;PP=2006;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CCAGGCTGACAAGTCAGGCTG;SOR=0.299;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=103;WE=887568;WS=887550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr1	887801	rs3828047	A	G	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=21;PP=1762;SC=CCTTCTTGCGAGTGGTCATGG;SOR=1.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=887809;WS=887791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	888639	rs3748596	T	C	18648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=113;PP=2965;SC=GCAGAGACTCTTCCCCAGTGC;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=116;TCR=113;TR=229;WE=888647;WS=888629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr1	888659	rs3748597	T	C	18439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=121;PP=2965;SC=CTCCATACGATCACCATTCTC;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=114;TCR=121;TR=235;WE=888667;WS=888649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr1	889158	rs13303056	GA	CC	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=3;PP=760;SC=ACTGGGCCACGAACCTTGAGC;SOR=3.086;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=889167;WS=889148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	889638	rs13303206	G	C	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=47;PP=1340;SC=AGGGGCTTAGGAGGACCCTCT;SOR=2.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=60;WE=889646;WS=889628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	892745	rs13303227	G	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=24;PP=690;SC=CTTCACAAGGGTTACCAACTA;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=892753;WS=892735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	894573	rs13303010	G	A	6862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=108;PP=2965;SC=AGGCCAAATCGGCCCTCGGAC;SOR=1.210;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=53;TCR=108;TR=161;WE=894581;WS=894563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	897325	rs4970441	G	C	12143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=142;PP=2965;SC=TTGCCGATGCGCACTCCTGCA;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=137;TCR=143;TR=278;WE=897333;WS=897315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr1	897564	rs13303229	T	C	12417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=109;NR=160;PP=2965;SC=CCGAGACCTTTCTGGATCTGG;SOR=0.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=110;TCR=162;TR=269;WE=897572;WS=897554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr1	898323	rs6605071	T	C	6207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=47;PP=2359;SC=CGTTTCCCTCTTGCCCTGTGC;SOR=0.856;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=64;TCR=47;TR=110;WE=898331;WS=898313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	899928	rs6677386	G	C	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	899937	rs143296006	GG	TC	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.56;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	899942	rs71509448	G	A	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.84;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	900285	rs4970435	CA	TG	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=8;PP=712;SC=TTTTGTGGTGCAGCCCCTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=37;WE=900294;WS=900275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	909768	rs2340593	A	G	5705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=65;PP=2282;SC=CTGCCTCCTGAGGTGAGTGCC;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=123;WE=909776;WS=909758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	911595	rs7417106	A	G	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=23;PP=913;SC=CCCTTGCCCCACCTGCCGGCG;SOR=0.811;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=56;WE=911603;WS=911585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	912049	rs9803103	T	C	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=55;PP=1601;SC=CACTCAGAGATGGCCCCGCAC;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=88;WE=912057;WS=912039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	912103	rs9803017	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=24;PP=713;SC=CACCAACCCCGGGAACCGCCT;SOR=4.332;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=25;WE=912111;WS=912093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	912125	rs200215758	CG	C	501.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=727;SC=CCACTCCCCCCGCCAACCCCG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=912135;WS=912115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	912127	.	C	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.52;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=361;SC=ACTCCCCCCGCCAACCCCGGG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=912135;WS=912115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	914192	rs2340595	G	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;NF=6;NR=4;PP=199;SC=GCGGCCCCCTGCTTGGCCAAG;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=10;WE=914200;WS=914182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	914333	rs13302979	C	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=6;PP=406;SC=CCCGCCCCCTCGGAGGCCGAC;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=914341;WS=914323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	914852	rs13303368	G	C	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=30;PP=2059;SC=GCTGAGGCCTGTCCTGAGCCT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=90;WE=914860;WS=914842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	914876	rs13302983	T	C	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=44;PP=2062;SC=TTATTGGGGCTGGGCCCAGCC;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=115;WE=914884;WS=914866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	914940	rs13303033	T	C	7282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=84;PP=2663;SC=CCAGTGCGGGTGCCCCAGAGC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=83;TCR=84;TR=166;WE=914948;WS=914930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	915227	rs13303355	A	G	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=32;PP=1422;SC=TCCGTGTCCAATTGTGGCTTG;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=915235;WS=915217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	916549	rs6660139	A	G	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=45;PP=2073;SC=GGCTCCATCCATGCCCTGAAA;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=118;WE=916557;WS=916539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	935222	rs2298214	C	A	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=30;PP=795;SC=CGGTCGCCCCCCTCACGCCCG;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=935230;WS=935212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	948846	rs3841266	T	TA	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	948870	rs4615788	C	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.80;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	948921	rs15842	T	C	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=18;PP=593;SC=TACAGGAGCTTGTGCCGTGGC;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=948929;WS=948911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	949654	rs8997	A	G	6746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=87;PP=2965;SC=CCTACGAGGTACGGCTGACGC;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=78;TCR=87;TR=165;WE=949662;WS=949644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	949925	rs2799070	C	T	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=26;PP=885;SC=GAGAAATGGCCGCCTCTGTGT;SOR=1.010;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=44;WE=949933;WS=949915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	970549	rs70949545	TGG	T,TG	525.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.03;ReadPosRankSum=0.852;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,12,11:0.48,0.44:25
chr1	976481	.	CGGAGCGGGGCG	C	727	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=57.28;NF=2;NR=0;PP=727;QD=370.0;SC=GCCTGGGGGGCGGAGCGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=976499;WS=976471;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr1	976514	rs79290478	C	A	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=19.03;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	977330	rs2799066	T	C	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=17;PP=1023;SC=CACCCCTGCGTCCTAGACCAG;SOR=1.319;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=52;WE=977338;WS=977320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	977570	rs2710876	G	A	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=29;PP=888;SC=GAGGCCAGGCGGGGTGGGCTG;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=977578;WS=977560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	978603	rs35881187	CCT	C	2670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-8.246;NF=21;NR=31;PP=2482;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CCACTGAGCCCCTGTGTCCTT;SOR=1.125;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=52;WE=978612;WS=978593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,103:0.98:105
chr1	981087	rs3128098	A	G	7052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=89;PP=2965;SC=TGCGGACATCACGTTCCTCCC;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=68;TCR=89;TR=157;WE=981095;WS=981077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	981931	rs2465128	A	G	11482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=1.559;SC=CGCCCTCATCACGACCTCGGA;SOR=1.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=83;TCR=171;TR=252;WE=981939;WS=981921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,451:1.00:452
chr1	982941	rs3128102	T	C	8580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.516;SC=CCTTGCCTACTCCCTGCCACA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=107;TCR=100;TR=205;WE=982949;WS=982930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,330:0.99:332
chr1	982994	rs10267	T	C	9068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=109;PP=2965;SC=AGAAGGATTTTCGGAGTGTCC;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=95;TCR=110;TR=202;WE=983002;WS=982984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr1	984147	rs199866572	CAAAAAAAAAAA	C	214.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=35.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	984171	rs140904842	CAG	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=56;SC=AAAAAAAAAGCAGGGGGCGGT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=984180;WS=984137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	984302	rs9442391	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	985266	rs2275813	C	T	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	985446	rs2275812	G	T	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.27;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	985449	rs2799067	G	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.27;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	986443	rs2710887	C	T	9963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=94;NR=84;PP=2965;SC=GCCTCTCATCCGCTCACCGTC;SOR=0.758;Source=Platypus;TCF=94;TR=178;WE=986451;WS=986433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr1	987200	rs9803031	C	T	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=42;PP=1884;SC=CGAGAGGTAACGTGCCATCCT;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=94;WE=987208;WS=987190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	988932	rs2710871	G	C	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=41;PP=1381;SC=CCTCCCGCCCGTCTCTCTGAT;SOR=0.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=80;WE=988940;WS=988922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	990280	rs4275402	C	T	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=10;PP=375;SC=GCTTGCGGGACGTGGTGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=990288;WS=990270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	990517	rs2710872	C	T	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=44;SC=GACCTAGTGCCGAGGGATGGA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=990525;WS=990507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	1007203	rs4633229	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.93;SOR=5.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	1007432	rs4333796	G	A	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	1018144	rs9442395	T	C	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=17;PP=961;SC=GCGGAGGGACTCAGAGCCGAG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=1018152;WS=1018134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	1019175	rs2298215	C	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	1019180	rs9442396	T	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	1021415	rs3737728	A	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=712;SC=ACCGCTGAGCAGACGGGCAGG;SOR=2.613;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=1021423;WS=1021405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	1026707	rs4074137	C	A	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=15;PP=792;SC=CCCCTCTGACCCCAGCAGTGG;SOR=1.204;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=1026715;WS=1026697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	1026801	rs4562563	T	A	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=34;PP=1234;SC=CCCACCGCCCTCCACAGAGGC;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=76;WE=1026809;WS=1026791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	1103471	.	C	T	330	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=24;MQ=53.73;NF=4;NR=5;PP=330;QD=40.5301347275;SC=GGCGGAGGGCCGAGCGGGGCC;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=9;WE=1103479;WS=1103461;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	1115789	rs146653370	G	A	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=40;PP=1496;SC=GCCCAGCCCGGCCTCCGCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=83;WE=1115797;WS=1115779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	1115994	rs13376597	G	A	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=43;PP=2375;SC=AGCGGGAGCCGGCACCAGAGG;SOR=1.131;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=114;WE=1116002;WS=1115984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	1116311	rs12096125	A	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=438;SC=CTGCCCCTGCACCCGCCCCAC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=1116319;WS=1116301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	1117398	rs12097586	A	G	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=751;SC=GGCTCAGGCCACGCTCTCCGC;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=1117406;WS=1117375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	1133077	rs2274789	A	G	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=12;PP=472;SC=GTCCCCGGCCACCCGGCCCCG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=1133085;WS=1133067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	1133273	rs12031928	T	C	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=12;PP=350;SC=GCCCCAGCCGTGCTGCCTGCC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=22;WE=1133281;WS=1133263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	1133315	rs142789284	AAC	A	850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=495;SC=CTTTGCTACAAACACAGTCTC;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=1133324;WS=1133305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	1138913	rs3819001	T	C	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=197;SC=TTATTGAAGGTCCCCTGCAGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=1138921;WS=1138903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	1139202	rs2298213	T	C	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=33;PP=1415;SC=CTGCGGTCGGTGGCCCCGGAG;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=1139210;WS=1139192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	1147422	rs17568	C	T	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	1158631	rs6603781	A	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=34;PP=1452;SC=CACTTTCCTCATCCACTTTGA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=84;WE=1158639;WS=1158621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	1196863	rs6659787	T	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=25;PP=739;SC=GTTGGGGGAGTAGCTCATCTC;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=1196871;WS=1196853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	1229680	rs2477781	G	T	6197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.413;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.746;SC=GGGACCGAACGTGGTCCCCAC;SOR=0.530;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=184;TCF=100;TCR=84;TR=177;WE=1229688;WS=1229670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr1	1233120	.	T	C	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=180;SC=CACGTGTGTGTGTGCACAGGC;SOR=3.056;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=1233128;WS=1233110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	1239339	rs11260584	T	G	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=16;PP=1589;SC=GACCAGGACCTGGAGCACCAC;SOR=2.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=63;TCR=16;TR=79;WE=1239347;WS=1239329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	1242707	rs2274262	A	G	10060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=137;PP=2965;SC=CACGTTTCCAAGCACCCTACC;SOR=0.986;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=101;TCR=138;TR=238;WE=1242715;WS=1242697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr1	1243896	rs61766198	C	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=122;SC=TGGCGCGGTGCCACCGCGCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=1243904;WS=1243893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	1243929	rs190454859	G	T	60.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	1243934	rs12022139	A	G	60.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	1245368	rs11590283	G	A	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=58;PP=1649;SC=ACAGCTGGAGGGGATTCGCCC;SOR=2.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=76;WE=1245376;WS=1245358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	1246004	rs2296474	A	G	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=8;PP=605;SC=ACAGGTACGTATTTTTCCAGG;SOR=1.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=33;WE=1246012;WS=1245994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	1247494	rs12103	T	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	1247578	.	T	TGGGGGG	21	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5049;HP=11;HapScore=4;MGOF=78;MMLQ=27;MQ=59.24;NF=3;NR=0;PP=21;QD=11.0;SC=CCCAAGGGAGTGGGGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=1247586;WS=1247568;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,3:0.50:6
chr1	1248561	.	C	T	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=55;PP=1591;SC=ACCTCAAGGCCTTGCCCGGGA;SOR=2.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=72;WE=1248569;WS=1248551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	1249187	rs12142199	G	A	7301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=89;PP=2965;SC=TCCTCTGCACGAAAGTCTTGC;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=160;WE=1249195;WS=1249177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	1254136	rs4970432	G	A	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=27;PP=1950;SC=ACCTAATATAGTTTCAAGAAA;SOR=1.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=97;WE=1254144;WS=1254126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	1254436	rs1886773	A	G	10522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	1254443	rs1886772	G	A	10938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.90;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	1254841	rs10907179	C	G	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=30;PP=944;SC=TGTAGATGGGCCCGTCGTAGC;SOR=1.091;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=49;WE=1254849;WS=1254831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	1260168	rs61766199	C	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.71;ReadPosRankSum=1.439;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr1	1262591	rs2296472	C	T	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=44;PP=2087;SC=CAGGCCTGGGCGAGGACTCGA;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=118;WE=1262599;WS=1262581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	1262966	rs307349	C	T	7028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=72;PP=2760;SC=TCGTGCGCCGCGCCGTCACCG;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=150;WE=1262974;WS=1262956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	1263144	rs307350	G	A	4207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=69;PP=2250;SC=CCTGCCCTAGGGGCGGGAAGC;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=106;WE=1263152;WS=1263134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	1268847	rs307378	T	G	12579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=1.447;SC=GCCCACAGGGTACAAGACGAA;SOR=0.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=136;TCR=136;TR=272;WE=1268855;WS=1268837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,479:1.00:480
chr1	1269554	rs307377	T	C	5270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=51;PP=2259;SC=CCAGCCGGGCTGCTACAACCG;SOR=0.982;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=130;WE=1269562;WS=1269544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	1273116	rs307371	A	G	4787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	1273278	rs307370	A	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=25.72;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	1275264	.	A	ACAGCCGCATGTCCCCCAGCAGCCCCCACAGACCCACCCG	2087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=33.14;SOR=4.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	1275291	.	G	A	1037	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=22;MQ=58.74;NF=7;NR=57;PP=1037;QD=16.746425196;SC=AGCAGCCCCCGCAGACCCACC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=78;TCF=11;TCR=67;TR=64;WE=1275299;WS=1275281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,64:0.82:78
chr1	1275329	.	TA	CG	783	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=24;MQ=59.12;NF=1;NR=17;PP=783;QD=46.4704374923;SC=CAGCAGCCCCTACAGACCCAC;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=18;WE=1275338;WS=1275319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,18:0.42:43
chr1	1276973	rs145370195	G	GACAC	21318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=110;PP=2975;SC=ACCTCATGCAGACACATGCAC;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=183;TCF=64;TCR=119;TR=166;WE=1276981;WS=1276963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr1	1277533	rs307362	T	C	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=44;PP=1177;SC=TGGCCACATTTGGGCTGTGCA;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=1277541;WS=1277523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	1278237	rs307361	T	C	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=42;PP=1051;SC=GCCCACACAATGTCACTCTGT;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=1278245;WS=1278227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	1284490	rs150789461	G	A	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=632;SC=GCCCGGCCCGGGGCTCGGACG;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=1284498;WS=1284480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	1288471	rs3766183	C	T	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=492;SC=GGGGAGCTCTCGGTGGCAGGC;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=1288479;WS=1288465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	1288583	rs3845295	C	G	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=39;PP=1450;SC=TCCCAGCCCCCGACGAGCAGA;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=82;WE=1288591;WS=1288573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	1288823	rs2296471	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=450;SC=AGCCCCTGGGAGAGGGGTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=1288831;WS=1288813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	1289367	rs140777846	CTG	C	10688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=74;PP=2957;SC=CAGCCCGGGACTGGGAGCCGC;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=25;TCR=74;TR=97;WE=1289376;WS=1289357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	1289446	rs150058708	C	T	7964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=26.82;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	1289911	rs4970365	G	A	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=26;PP=754;SC=GCGGGGTCGGGGCGGCGTCAG;SOR=2.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=1289919;WS=1289901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	1291159	rs201260508	GA	G	327.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=221;SC=GTCGGTGGGGGAAGGGGTGGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=1291167;WS=1291149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	1293764	rs34841888	G	C	5761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=95;NR=59;PP=2588;SC=TCAGATGGGCGGTTTTGTCCG;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=96;TCR=59;TR=154;WE=1293772;WS=1293754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	1296691	rs2765025	C	G	5082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=91;PP=2792;SC=CGTTTGCTGACCACCTCCTGG;SOR=1.305;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=47;TCR=91;TR=138;WE=1296699;WS=1296681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	1310074	rs2765035	C	G	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=29;PP=1158;SC=CGCCCCCGCGCGGCTTCCTAC;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=1310082;WS=1310064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	1323078	rs12729599	A	G	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=23;PP=974;SC=ACAAGAAACCACCTCAGGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=1323086;WS=1323068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	1323143	rs35654872	CCT	C	2224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=13;PP=1440;SC=CTGGGTGCGCCCTGAGGCACA;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=32;WE=1323152;WS=1323133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	1323945	rs111530797	GTC	G	420.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9776;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=260;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTGAGTGTGTGTCTCTCTCTC;SOR=1.765;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=5;WE=1323954;WS=1323935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr1	1362848	rs12116538	A	T	39.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.53;MQRankSum=1.150;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr1	1387667	rs1781144	C	G	13120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=142;PP=2965;SC=CTGTGTCAAGCCCTCACCCTC;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=280;TCF=137;TCR=143;TR=278;WE=1387675;WS=1387657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr1	1417649	rs140940347	T	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.64;QD=25.80;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	1418531	rs819973	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	1458073	rs3118507	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=10;PP=480;SC=TCCTGCTCTAAGAGGGAGGGA;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=1458081;WS=1458063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	1460793	rs57929223	CT	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	1551927	rs7418389	T	C	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=26;PP=1497;SC=GTCCCAAAGTTTCCAGGCATC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=1551935;WS=1551917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	1558792	rs12755088	T	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=267;SC=CGGCCCACCATGGACCCCTCT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=1558800;WS=1558782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	1564712	rs61774907	G	T	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=17;PP=499;SC=GGACGGCGGGGATGGGGTCCG;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=1564720;WS=1564702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	1566068	rs28730454	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=522;SC=GGGGGCGAGGAGGGGGGGCCC;SOR=3.160;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=23;WE=1566076;WS=1566058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	1571640	rs377058079	G	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.95;QD=28.98;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	1574019	rs9442412	A	G	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.452;NF=17;NR=29;PP=755;ReadPosRankSum=-0.059;SC=GGCTGCGTCCACAGGCACGGC;SOR=0.483;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=46;WE=1574027;WS=1574009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr1	1575616	rs80012316	T	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=6;PP=892;SC=GACAGTGGCCTGGGGCGAGGG;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=1575624;WS=1575606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	1575836	rs72468213	C	G	2128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=14.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.25;MQRankSum=-4.393;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,131:0.37:352
chr1	1580738	rs149767621	T	A	2611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.54;MQRankSum=-8.794;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.086;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,138:0.59:234
chr1	1581558	rs117719933	C	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.50;QD=30.65;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	1581586	rs61774914	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.02;QD=30.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	1581713	rs76922129	A	C,G	2692.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54,24;NR=28,0;PP=1462,384;SC=GTACTTTTTAAAACACTAAGA;SOR=1.562;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=106;TCF=78;TCR=28;TR=82,24;WE=1581721;WS=1581703;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:98
chr1	1581759	rs61774915	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.608;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.416;NF=46;NR=17;PP=777;ReadPosRankSum=-5.247;SC=AGGGATCACCGTATGCCTCAT;SOR=1.356;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=205;TCF=126;TCR=79;TR=63;WE=1581767;WS=1581749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,69:0.24:290
chr1	1581926	rs61774917	G	T	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.767;NF=15;NR=38;PP=785;ReadPosRankSum=-0.676;SC=AGGAGAGATAGTTACAGGATA;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=36;TCR=92;TR=53;WE=1581934;WS=1581916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,49:0.35:139
chr1	1582106	rs79942991	T	C	6431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=79;PP=2965;SC=CAGGGAATGTTGTTCGTTCCC;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=118;TCR=79;TR=197;WE=1582114;WS=1582096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	1582202	rs61774918	C	T	3691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.006;NF=70;NR=67;PP=2029;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TGCCTTCTGGCCTCCATTGTT;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=152;TCR=143;TR=137;WE=1582210;WS=1582192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,182:0.48:379
chr1	1582455	rs146214448	G	A	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.89;QD=31.10;SOR=3.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	1582540	rs144614793	GATA	G	3612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQRankSum=4.183;QD=36.49;ReadPosRankSum=0.446;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,88:0.89:99
chr1	1582794	rs4648754	C	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=350;SC=GTTCCTTCCCCCATGCCTATT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=1582802;WS=1582786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	1582841	rs61774920	A	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.43;MQRankSum=-0.079;QD=20.65;ReadPosRankSum=-1.367;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	1582844	rs61774921	G	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.02;MQRankSum=0.494;QD=20.65;ReadPosRankSum=-1.363;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	1582880	rs61774922	G	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.68;MQRankSum=-0.627;QD=10.20;ReadPosRankSum=1.376;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr1	1582961	rs61774949	G	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.844;NF=30;NR=21;PP=560;ReadPosRankSum=0.925;SC=TGAACGTTCAGGCGTCATTCG;SOR=0.792;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=51;WE=1582969;WS=1582951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,78:0.49:159
chr1	1583003	rs72468214	C	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.877;NF=20;NR=33;PP=687;ReadPosRankSum=1.098;SC=TCTGCCAGGTCCTTTCACGCA;SOR=0.753;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=53;WE=1583011;WS=1582993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,75:0.42:178
chr1	1583088	.	A	G	162	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=49.08;NF=0;NR=10;PP=162;QD=19.6771212547;SC=GTCTTTGGCGAGATCACAGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=10;WE=1583096;WS=1583078;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr1	1583276	.	TC	T	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.588;NF=6;NR=0;PP=152;ReadPosRankSum=-2.068;SC=CCTCCGTGCTTCCCAAGTGCA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=6;WE=1583284;WS=1583266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	1583495	rs61774952	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=11.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQRankSum=-8.463;QD=1.75;ReadPosRankSum=-2.129;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,18:0.16:111
chr1	1585597	rs7531938	A	G	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=28;PP=1111;SC=CCATTATACCATAATTTCTGG;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=69;WE=1585605;WS=1585587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	1585642	rs3936009	G	T	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=42;PP=1605;SC=CCTGATGACGGATACGAGCTA;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=90;WE=1585650;WS=1585632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	1586752	rs11486023	T	C	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=17;PP=1197;SC=GTTGTCACAGTGACCCTAGGA;SOR=1.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=1586760;WS=1586742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	1588670	rs61774958	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.371;NF=16;NR=2;PP=224;ReadPosRankSum=-0.843;SC=ATATTTGAATGTTTTTGTTAA;SOR=1.211;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=18;WE=1588678;WS=1588660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr1	1588717	rs61774959	G	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.21;MQRankSum=-1.241;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,26:0.22:116
chr1	1588737	rs61776760	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQRankSum=-0.808;QD=5.58;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,28:0.20:140
chr1	1588743	rs61776761	A	T	749.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQRankSum=-0.230;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.945;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,28:0.18:158
chr1	1588744	rs79724854	AGCG	A	737.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.43;MQRankSum=-0.349;QD=4.64;ReadPosRankSum=2.146;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,27:0.17:159
chr1	1599812	rs12729295	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=41.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.00;MQRankSum=-5.868;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=5.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr1	1599888	rs2072923	A	G	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=3.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.10;MQRankSum=5.255;QD=10.89;ReadPosRankSum=-1.130;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,71:0.55:129
chr1	1602787	rs4639697	G	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=330;SC=AAACTTACCTGCCGGGGATAC;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=1602795;WS=1602777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	1608229	rs143080014	C	T	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.91;QD=22.89;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	1635004	rs874516	T	C	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=31;PP=1584;SC=AGGTCATCTTTTTGACTACTG;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=80;WE=1635012;WS=1634994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	1635619	rs2076329	T	C	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=15;PP=693;SC=TGGGTGGGCCTGGGCGGGTCA;SOR=1.412;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=1635627;WS=1635609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	1635749	rs55880629	C	A	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=25;PP=984;SC=GTTTCACCCCCCGCAGCAGCT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=1635757;WS=1635739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	1636044	rs1059822	G	A	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=56;PP=1980;SC=CGTGCTCCACGTAGTTCATCA;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=104;WE=1636052;WS=1636034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	1636274	rs2179381	C	T	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=17;PP=1036;SC=GCACCCGGCCCCAGGACAGCA;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=1636282;WS=1636264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	1639046	rs138369165	C	G	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	1639062	rs149613000	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=27.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	1639801	rs74378830	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.65;QD=22.66;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	1644908	rs2179383	C	T	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=26;PP=922;SC=AAATTACATACGTTTAGCATA;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=1644916;WS=1644898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	1645050	rs77869096	C	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.38;QD=26.99;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	1645838	rs33938712	CA	C	855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=33.00;QD=35.66;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	1646074	rs201159473	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.46;MQRankSum=-2.120;QD=32.06;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	1646077	rs76473385	G	T	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.46;MQRankSum=-2.120;QD=32.06;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	1646113	rs199941510	G	C	221.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.46;MQRankSum=-2.120;QD=17.01;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	1646231	rs200994957	T	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	1646236	rs202149796	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	1647722	rs114460890	G	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr1	1647725	rs368680882	GT	AG	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.623;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=-1.337;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
chr1	1647729	.	CA	TG	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=7.093;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.53;ReadPosRankSum=-1.479;SOR=0.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr1	1647745	rs72634830	G	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=11.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,37:0.31:119
chr1	1647753	rs74045984	C	T	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=6.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,46:0.32:144
chr1	1647778	rs72901773	C	G	2300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.847;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=760;ReadPosRankSum=-2.063;SC=TGACCCAGCCCACTCACCTTT;SOR=0.434;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=107;TCR=59;TR=55;WE=1647786;WS=1647768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,83:0.37:225
chr1	1647814	rs72901775	T	C	3544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=-3.648;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,184:0.45:407
chr1	1647871	rs72909014	T	C	4060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,225:0.42:538
chr1	1647893	rs144636354	C	CTTTCTT	6162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=44;PP=2761;ReadPosRankSum=3.146;SC=TTCGTGCTCTCTTTCTTTCAC;SOR=0.792;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=152;TCF=21;TCR=131;TR=49;WE=1647901;WS=1647883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,166:0.40:412
chr1	1647968	rs146207119	C	CAT	2090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=4.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.311;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.968;NF=2;NR=34;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AAAAATTTCACGAGGCCGGGC;SOR=1.180;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=95;TCF=7;TCR=88;TR=36;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,58:0.37:158
chr1	1647971	rs77394327	G	A	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.000;NF=8;NR=27;PP=2554;ReadPosRankSum=-0.340;SC=AATTTCACGAGGCCGGGCACG;SOR=1.346;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=112;TCF=33;TCR=79;TR=35;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,54:0.36:149
chr1	1647983	rs74429813	T	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-3.035;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,43:0.36:120
chr1	1647990	rs76519969	C	T	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-3.394;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,37:0.35:105
chr1	1648002	rs77107184	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.831;NF=6;NR=19;PP=1606;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CCTGTAATCCCAGCACTTTGG;SOR=0.849;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=25;WE=1648010;WS=1647958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr1	1648018	rs79409185	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-4.317;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.162;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr1	1648027	rs61776857	T	C	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=41;PP=648;SC=CCGAGGCGGGTGGATCACCTG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=50;WE=1648035;WS=1648008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	1650657	.	C	G	235	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=12;NR=2;PP=235;QD=19.2693723248;SC=CTTTCAGCTACAGTTTGCTTT;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=14;WE=1650665;WS=1650655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr1	1650787	rs1137003	T	C	4303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=1.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.56;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,109:0.50:220
chr1	1650797	rs1059830	A	G	4830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.96;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,123:0.51:242
chr1	1650801	rs1137004	T	C	4848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.55;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,126:0.51:248
chr1	1650807	rs1137005	T	C	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,122:0.47:258
chr1	1650832	rs72909030	A	G	2666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=2.818;SC=TCTGTGATGAACTTTTTCTTT;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=199;TCF=101;TCR=98;TR=92;WE=1650853;WS=1650822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,136:0.47:290
chr1	1650845	rs1059831	G	A	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=2;HapScore=4;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TTTTCTTTCCGAGACATTTGC;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=101;TCR=96;TR=100;WE=1650853;WS=1650822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,148:0.51:292
chr1	1650920	rs36191908	G	A	3685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.042;SC=ACAGCACTGCGTCATGCTTGA;SOR=0.995;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=179;TCF=79;TCR=100;TR=83;WE=1650928;WS=1650910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,112:0.42:264
chr1	1650938	.	CGG	C	3329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=4.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.41;ReadPosRankSum=1.223;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,92:0.40:231
chr1	1650942	.	A	AAG	3108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=5.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=1.976;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,85:0.39:218
chr1	1650960	rs72634834	G	A	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.57;ReadPosRankSum=1.481;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,63:0.39:162
chr1	1650967	rs75384210	T	C	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,62:0.39:158
chr1	1650996	rs74223875	T	C	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr1	1651003	rs76941027	G	A	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=-2.298;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr1	1653004	rs36039898	T	C	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=35;PP=2219;SC=CTGTGTACAGTTGGGTCTTGC;SOR=1.334;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=109;WE=1653012;WS=1652994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	1653028	rs16825265	C	T	5381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=51;PP=2634;SC=TCTGTACATCCGCTCACCTGT;SOR=1.133;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=90;TCR=54;TR=141;WE=1653036;WS=1653018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	1654013	.	C	G	277	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=27;MQ=40.09;NF=10;NR=1;PP=277;QD=28.3428375043;SC=TATTAGAATACATTTTGGGCT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=1654021;WS=1654003;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	1654038	rs61777494	G	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=7;PP=532;SC=TGCGACATTTGGAAGTACAAA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=1654046;WS=1654028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	1654058	rs61777495	C	T	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.91;QD=44.46;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	1654064	rs200615789	A	T	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.89;QD=45.81;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	1654065	rs35174499	AGCG	A	2511.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=1356;SC=TCACCGAAGAAGCGTTGTTCT;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=27;WE=1654075;WS=1654048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	1657021	rs9439499	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.32;QD=25.87;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	1663851	rs2294486	G	C	4496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.42;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	1663861	rs2294487	G	A	4380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.81;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	1664019	rs2294488	T	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=211;SC=GCTGCGTGCGTGGTGCACAGC;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=1664027;WS=1664009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	1666175	rs61777509	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=9.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.94;MQRankSum=2.458;QD=15.94;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr1	1666251	rs77655487	G	A	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=11.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.30;MQRankSum=-2.736;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr1	1666338	rs2072924	G	A	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.09;QD=25.23;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	1669646	rs201497363	ACT	A	999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=808;SC=TGTGGGCACCACTCTGAGTGG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=1669655;WS=1669636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	1669748	rs115554296	A	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=25;PP=1318;SC=GGTGGGGCCCAGGGGGCCTCA;SOR=1.337;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=1669756;WS=1669738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	1669964	rs369037660	G	A	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.31;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	1670570	rs150051592	T	C	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.02;QD=24.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	1684347	rs150880809	C	CCCT	5772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=3.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.268;NF=13;NR=46;PP=2779;ReadPosRankSum=-0.114;SC=CTTGACCTAGCCCTCCTCCTC;SOR=0.467;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=18;TCR=59;TR=59;WE=1684357;WS=1684337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,141:0.95:149
chr1	1684472	rs7407	C	T	4619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=60;PP=1755;SC=TGGAGGGGAGCGGGTAGCATG;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=93;WE=1684480;WS=1684462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	1685213	rs2072928	C	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=588;SC=GCGGACGGTGCAGTGCACGTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=1685221;WS=1685203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	1685921	rs139385870	TCCCTGGGACCGAAGTCGCCCCA	T	3912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=17;PP=2925;SC=AAGGTCCTCATCCCTGGGACC;SOR=1.802;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=43;WE=1685950;WS=1685911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	1688192	rs2281173	A	G	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	1688469	rs4648623	C	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=494;SC=CCCAGACACCCGGCAGATCCC;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=1688477;WS=1688459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	1690126	rs79655042	A	AAC	1800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.84;QD=41.88;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	1690793	rs2235538	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=615;SC=GGTACTGCACGGAGAGGGCAG;SOR=3.334;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=1690801;WS=1690783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	1696659	rs5021859	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=3;PP=303;SC=CATCCCTCCCAGTTGTACCTG;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=1696667;WS=1696649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	1823922	rs6688000	A	G	10574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=117;PP=2965;SC=ACCTGTCCGCATCATTTCTGG;SOR=0.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=224;TCF=107;TCR=117;TR=222;WE=1823930;WS=1823912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr1	1846582	rs2748987	A	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=401;SC=CCTGTACAAGATGGTCAAGCG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=1846590;WS=1846572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	1846765	rs2247560	G	A	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=35;PP=1274;SC=TGACAGCATGGGACCAGGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=70;WE=1846773;WS=1846755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	1847856	rs2748986	G	T	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=48;PP=2000;SC=CTCCTGGTCAGGCCGGTGCGG;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=67;TCR=48;TR=115;WE=1847864;WS=1847846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	1848109	rs2803296	G	C	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=45;PP=2112;SC=TGGGTCAGGTGTCAGTGCCTA;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=94;WE=1848117;WS=1848099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	1849529	rs28640257	A	G	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=19;PP=1043;SC=AGGAGGAGCCATGGAGTCCAG;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=1849537;WS=1849519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	1850428	rs2295363	A	G	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=22;PP=808;SC=CGACCTCGCCACCCGTGCCTC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=1850436;WS=1850418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	1850627	.	CAGCGGCAGG	C	298.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.567;NF=2;NR=5;PP=1913;ReadPosRankSum=2.314;SC=CCACCTGCGGCAGCGGCAGGA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=1850643;WS=1850617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr1	1853615	rs113294876	T	TCTGA	674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=252;SC=CCTATTGGAATCTGGCAGAGG;SOR=2.147;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=1853623;WS=1853605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	1854109	rs2803348	A	G	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=28;PP=1003;SC=AGGGCTCAATAGAGAAACCCT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=1854117;WS=1854099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	1854321	rs2250833	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=10;PP=343;SC=CCCGGCTGTCAGGACAAGCCC;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=1854329;WS=1854311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	1855450	rs28423370	A	G	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=412;SC=ATAGAGCTCTACACCCTGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=1855458;WS=1855440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	1858309	rs941530	T	C	7959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=82;PP=2965;SC=GACCACACCCTGTTCTGGCCA;SOR=0.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=108;TCR=82;TR=189;WE=1858317;WS=1858299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr1	1859296	rs2748984	T	C	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=35;PP=1000;SC=GCAGTTGGGATTGAATGTGGG;SOR=3.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=39;WE=1859304;WS=1859286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	1860087	rs2748983	C	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=4;PP=606;SC=CAGCTCGACACGTGCATTGCT;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=1860095;WS=1860077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	1861582	rs2803295	C	T	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=38;PP=1948;SC=GACGTGGGCCCCATGGGAGAG;SOR=1.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=101;WE=1861590;WS=1861572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	1870210	rs2803323	G	A	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=4;PP=425;SC=GGTCAGGGGCGGGGATGTGGT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=1870218;WS=1870200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	1871979	rs2748982	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=521;SC=GAGACGCATCGCGCCGCCCTC;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=1871987;WS=1871969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	1873453	rs2748981	G	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=4;PP=341;SC=CGGCCTTGGCGTCCTGGCACC;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=1873461;WS=1873443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	1873514	rs2803326	A	G	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	1873525	rs2803327	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=16;PP=491;SC=TAGCCTGTCTTGGGCAGGAGC;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=1873533;WS=1873504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	1873697	rs2748980	G	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	1873699	rs2748979	G	C	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	1875858	rs2803336	CA	GG	6931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=33;PP=1885;SC=CAGACCGGCACATCGATGGCC;SOR=0.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=88;WE=1875867;WS=1875848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	1878628	rs2803341	C	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=299;SC=TGGAGCCATCCGTGTGGCCCC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=1878636;WS=1878618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	1886483	.	C	A	138	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5001;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=5;NR=2;PP=138;QD=24.6816017925;SC=ACCGGAAGTGCGGCTCACACC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=1886491;WS=1886473;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,7:0.70:10
chr1	1886501	.	C	A	190	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5005;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=8;NR=2;PP=190;QD=22.4771212547;SC=ACCGGAAGTGCGGCTCACACC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=1886509;WS=1886491;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,10:0.77:13
chr1	1886517	.	T	TGAG	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	1886519	.	C	A	399	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=15;NR=4;PP=399;QD=22.8300638183;SC=ACCGGAAGTGCGGCTCACACA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=1886527;WS=1886509;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	1886519	.	C	CTCACACCGGAAGTGAGGCTCACACCGGAAGTGA	826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=75.16;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	1887019	rs28548017	A	G	7534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=88;PP=2965;SC=TCGAAGGCCTAGGAAAATTCT;SOR=0.738;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=185;TCF=97;TCR=88;TR=183;WE=1887027;WS=1887009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	1920434	.	T	TA	898.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,57:0.79:72
chr1	1922303	rs13303195	C	T	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=16;PP=687;SC=CTGAAACTTCCGTTACTGTGA;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=1922311;WS=1922293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	1956362	rs2376805	G	A	8069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=63;PP=2965;SC=CTGTCTGACCGGTGGCTTTGC;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=96;TCR=63;TR=159;WE=1956370;WS=1956352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	1957037	rs2229110	T	C	13483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=1.639;SC=AGACCCTGGGTCTGGACAGCC;SOR=0.403;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=127;TCR=163;TR=288;WE=1957045;WS=1957027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,508:1.00:509
chr1	1960926	rs28581504	T	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=7;PP=504;SC=GTCACAGGCATCAAGGCTGGG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=1960934;WS=1960916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	1986736	rs35052584	GA	G	158.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5570;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=166;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TTGTGTGTGGGAGGGGGGAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=1986744;WS=1986725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr1	1987993	rs12184	T	C	4109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=45;PP=1306;SC=AGTGCAGGGATGAAGGCCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=89;WE=1988001;WS=1987983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	1988044	rs3820005	G	C	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.11;NF=29;NR=38;PP=1031;SC=GGGCAGCTCTGGGGGGCTGTT;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=67;WE=1988052;WS=1988034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	1991162	rs1878747	G	A	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=40;PP=1095;SC=AGGAGCAGCCGTGGTGACCGC;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=1991181;WS=1991152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	1991173	rs2247923	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=34;PP=938;SC=TGGTGACCGCAGGTGGGGTTT;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=1991181;WS=1991152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	2005740	rs2459986	T	C	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	2106840	rs12135175	T	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=36;PP=1114;SC=ACCCCAATATTCACCCAACCC;SOR=7.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=36;WE=2106848;WS=2106830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	2106896	rs12135178	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=319;SC=AACCCCAAATTCATCCAACCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=2106904;WS=2106886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	2124345	rs142041547	T	TTTG	3719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.266;NF=7;NR=22;PP=910;ReadPosRankSum=0.319;SC=GGCCTTTTCTTTTGTTGTTGT;SOR=0.761;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=29;WE=2124353;WS=2124335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr1	2126139	rs6662296	C	G	129.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	2161097	.	G	T	5032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	2161287	.	TG	AT	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=502;SC=CCGTGCCCCATGTCTCCAGTC;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=22;WE=2161296;WS=2161277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	2286947	rs1039100	A	G	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=23;PP=693;SC=TGGGGCTTCTAGCCACCAGCT;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=2286955;WS=2286937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	2328714	rs2645081	A	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=611;SC=CCTGGGCGTGATGTTTGTGGG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=2328722;WS=2328704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	2337032	rs1129171	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=325;SC=GCTGAGAAAGCGCAGCCAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=2337040;WS=2337022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	2340200	rs2494598	T	C	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=32;PP=1117;SC=CGGCATGCAGTGTCACCAGCA;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=2340208;WS=2340190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	2409892	rs12727342	A	G	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=15;PP=630;SC=CTCCGCTGACAGCCGTGTCTC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=2409900;WS=2409882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	2411451	rs10797428	A	G	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=32;PP=1228;SC=ATGCAGACCCAGGGACCGGCC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=64;WE=2411459;WS=2411441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	2418935	rs10910082	C	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=9;PP=426;SC=TTCTGTGTCCCTCACTGAGCA;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=2418943;WS=2418933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	2420590	rs10752744	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=4;PP=499;SC=GAGGTGGGGCTTACCCATCCT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=2420598;WS=2420580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	2420913	rs6668720	A	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=26;PP=681;SC=CATGCCATCCATGGGCATATC;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=2420921;WS=2420903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	2422614	rs2477699	G	A	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=12;PP=690;SC=CAACAGGCCGGCCTCTGGCTC;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=2422622;WS=2422604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	2426766	rs3001347	A	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=8;PP=553;SC=TCGAGAGGGCACCGAGGAGGC;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=2426774;WS=2426756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	2428874	rs2477706	T	C	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=1;PP=705;SC=CGTGTGGTGGTGGGTGGGCGG;SOR=5.464;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=38;WE=2428882;WS=2428864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	2430617	rs2296442	C	T	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	2433900	rs12736998	C	T	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	2433908	.	C	T	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.19;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	2442866	rs200357576	C	G	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=54;PP=1742;SC=CCCGGTGCTCCAGGTCAGGGG;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=95;WE=2442874;WS=2442856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	2444414	rs7535528	G	A	10582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=91;PP=2965;SC=CCAGCCCAGCGCGTCCAGGGA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=103;TCR=92;TR=194;WE=2444422;WS=2444404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr1	2452569	rs2985862	T	C	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=15;PP=836;SC=CGATGAGGTCTTTGAACTTGT;SOR=1.226;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=47;WE=2452577;WS=2452559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	2518186	rs10752746	A	G	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	2522392	rs2296443	G	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=340;SC=TCCGAGCAGCGGGTGGGCGTG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=2522400;WS=2522382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	2527678	rs2260976	A	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=40;PP=1176;SC=TGGGCCTCTCAGGTGAGGTGT;SOR=3.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=2527686;WS=2527668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	2528133	rs2843401	T	C	8303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=100;PP=2646;SC=CAGCGCCTGGTGGGGCCACCC;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=71;TCR=100;TR=171;WE=2528141;WS=2528123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	2530341	rs34705971	A	AG	541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=313;SC=ATAAGAGAGAAGTGCAGGTAA;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=2530349;WS=2530331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	2560735	rs4648657	A	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=22;PP=922;SC=GAGAGCGGGCACGGGGACAGG;SOR=1.032;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=54;WE=2560743;WS=2560725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	2560882	rs4648658	G	A	4616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=1233;ReadPosRankSum=0.995;SC=CTGCACGGCCGGCGCTCTCCA;SOR=0.710;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=66;WE=2560890;WS=2560872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr1	2560903	rs4648659	T	G	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=1140;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CCATCCCCACTGGGCCTTCGG;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=65;WE=2560911;WS=2560893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr1	2573199	rs4648662	A	G	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=50;PP=2011;SC=AACTCCTGCAACTCGGCCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=100;WE=2573207;WS=2573189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	2700117	rs4648502	C	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=696;SC=TCCCCCACCCCTGCTTGCCCA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=2700125;WS=2700107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	2938989	rs3795263	G	A	5197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=69;PP=2638;SC=GCTGCCCGACGGGAACATCAT;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=62;TCR=69;TR=131;WE=2938997;WS=2938979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	2983963	rs2297828	G	A	5470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=59;PP=2311;SC=GGCTCGGGCGGCGAGCTGGCT;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=77;TCR=59;TR=136;WE=2983971;WS=2983953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	3301721	rs2282198	C	T	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=14;PP=1421;SC=AGCAGATCTCCGAAGACCTGG;SOR=1.882;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=62;WE=3301729;WS=3301711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	3310928	rs145881072	C	CCG	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=207;SC=TCCAGGAGGGCCGCCCAGCCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=3310936;WS=3310918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	3311212	rs2493253	C	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=13;PP=318;SC=ACCTGCCCCACGGGCATCAGC;SOR=0.929;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=3311220;WS=3311202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	3311261	rs6702992	C	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=219;SC=TCCACTTGCGCCTGCTACAAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=3311269;WS=3311251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	3312914	rs871822	T	G	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=2039;ReadPosRankSum=1.253;SC=AGTTCCATAGTGGACCCTCTT;SOR=0.363;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=102;WE=3312922;WS=3312904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr1	3328358	rs870124	T	C	20709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NR=217;PP=2965;SC=ACCTCCCACATCGCTGCTCAA;SOR=0.796;Source=Platypus;TCR=219;WE=3328366;WS=3328348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,791:1.00:791
chr1	3383593	rs3893316	G	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=424;SC=CCCAGCCTGGGGCAGTCCCCT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=3383601;WS=3383590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	3383665	rs7550948	G	A	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=26;PP=1410;SC=CTCAGCTGGCGGGTTGCAGGG;SOR=1.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=3383673;WS=3383655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	3383898	rs6424078	A	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=36;PP=1084;SC=GCCAGCTCCCAGAGGTAGCGC;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=3383906;WS=3383888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	3385256	rs1891143	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=498;SC=AAGGCGGGTTACACAGAGAGG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=3385264;WS=3385246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	3385330	rs2493249	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=16;PP=604;SC=ACCTGAGCCCTGTGGGGTGGC;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=3385338;WS=3385320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	3389727	rs2185639	C	T	9725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=97;PP=2965;SC=CGCTGAGAAGCACTTCCACCC;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=102;TCR=97;TR=199;WE=3389735;WS=3389717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr1	3390238	rs2493323	T	A	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=43;PP=1360;SC=GATGGCTTTATTAACCAGGAT;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=3390246;WS=3390228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	3394456	rs4638054	T	C	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=14;PP=814;SC=CACTGATCTCTGCCTCCCGGT;SOR=1.262;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=46;WE=3394464;WS=3394446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	3394640	rs4422946	A	G	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=40;PP=1216;SC=TGGACACTGGACCGCTGGCCC;SOR=1.081;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=3394648;WS=3394630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	3394674	rs4534324	T	C	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=33;PP=753;SC=TACAGGGAGTTGGCCCTGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=3394682;WS=3394664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	3395039	rs10797395	G	A	9198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=99;PP=2965;SC=ACATCCAGGTGGAGAAGATAG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=198;TCF=99;TCR=99;TR=196;WE=3395047;WS=3395029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr1	3395229	rs4553117	T	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=26;PP=574;SC=ATTAGCTCCATGGGGACCGGG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=3395237;WS=3395219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	3395973	rs70938094	ACC	A	4411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.31;NF=20;NR=26;PP=1060;SC=CACCCCCACCACCCCCATCTC;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=46;WE=3395986;WS=3395961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	3396609	rs881978	C	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=397;SC=CGAGGGCTTCCTCAAAGGGAG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=3396617;WS=3396599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	3397188	rs2487677	T	C	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=38;PP=1067;SC=ACAGCCTGTCTCCAATCAGCA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=51;WE=3397196;WS=3397178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	3418565	rs2821030	T	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=42;PP=922;SC=GGGCTCCTGGTGAGTGTGCCC;SOR=1.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=54;WE=3418573;WS=3418555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	3421658	rs2821009	A	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=129;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=9;PP=603;SC=GGGCTTAGGCAAAGGGGGCCG;SOR=1.654;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=3421666;WS=3421648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	3428160	rs2820999	T	G	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=43;PP=2230;SC=CGCGGGGACATGTGCACAGGG;SOR=1.114;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=110;WE=3428168;WS=3428150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	3428424	rs4648391	G	T	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	3428428	rs4648514	C	T	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.98;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	3428608	rs11585362	G	A	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=23;PP=1123;SC=CTCATAGCCCGCGTGACACAC;SOR=1.046;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=65;WE=3428616;WS=3428598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	3440647	rs2794322	T	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=516;SC=TAGGGATGGCTGAAGCCAGGA;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=3440655;WS=3440637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	3440943	rs12049449	A	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=295;SC=TGAGCCCCTCACCCACATCTG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=3440951;WS=3440933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	3496328	rs2821051	T	C	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	3496479	rs2794340	T	C	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	3518944	rs7521546	T	C	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=9;PP=556;SC=GACGGGGTCCTGGCCTCAGCT;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=3518952;WS=3518934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	3527944	rs10797402	C	G	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=25;PP=942;SC=CCCGCGCCCGCTCCGCGGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=3527952;WS=3527934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	3528082	rs10797403	T	C	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=30;PP=1173;SC=TGCCCCGGACTCAGAGCCTGG;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=3528090;WS=3528072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	3545175	rs147637374	GTTCTGGGAGCTCCTCCCCC	G	759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=2928;SC=TAGCCGCTGCGTTCTGGGAGC;SOR=2.833;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=12;WE=3545201;WS=3545165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	3548136	rs2760321	T	C	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=39;PP=1447;SC=CCCACTGAAATGCGCGCACTG;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=3548144;WS=3548126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	3563512	rs34514629	GC	G	722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=16;PP=687;SC=CTTAAAACCAGCAGAGACCCG;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=3563520;WS=3563502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	3566625	rs145464993	AGCAGGCTG	A	2127.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=25;PP=2969;SC=CTGGGCGCGCAGCAGGCTGCA;SOR=1.755;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=3566640;WS=3566615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	3566706	rs2251098	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=125;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=873;SC=AGCGCCGCCGGCTTCCGCGCG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=3566714;WS=3566696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	3598899	rs5031052	C	T	5446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=58;PP=2088;SC=TCCTGCAGAGCGAGCTGCCCT;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=119;WE=3598907;WS=3598889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	3638674	rs1801174	C	T	17776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=206;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.266;SC=CCCCAGGCACCGCCATCCGGG;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=377;TCF=170;TCR=207;TR=373;WE=3638682;WS=3638664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,695:1.00:697
chr1	3640085	rs6424091	C	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=28.08;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	3640134	rs35939665	TCTGC	T	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=913;SC=AGTTGGCTGATCTGCCTGCCT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=3640145;WS=3640124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	3644349	rs2181486	A	G	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=35;PP=964;SC=GCGGCCGGCCAGGGGAACTGG;SOR=1.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=3644357;WS=3644339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	3644374	rs2146657	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=24;PP=649;SC=GTGTGGGAGGAGAAGGGGACA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=3644382;WS=3644364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	3645835	rs2254530	C	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.14;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	3645844	rs2096224	G	A	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.77;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	3646137	rs11589885	C	T	5717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=73;PP=2874;SC=GCAGCAGGGTCCAGAGCAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=145;WE=3646145;WS=3646127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr1	3646192	rs1885867	G	A	8353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=78;PP=2563;SC=AGCACTTGGGGCTGCCCTGGG;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=137;WE=3646200;WS=3646182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	3646214	rs1885866	T	C	7960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=68;PP=1982;SC=CCCTGGGTCATGGCCCTTGCT;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=54;TR=122;WE=3646222;WS=3646204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	3646291	rs1885865	G	A	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=55;PP=1759;SC=GGTGGCCAGAGTGACCATGAC;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=92;WE=3646299;WS=3646281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	3647962	rs1745813	T	C	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=14;PP=745;SC=CTCTCAGAGATGGGGGCTCGC;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=3647970;WS=3647952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	3659657	rs2298222	G	A	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	3662845	rs3737589	A	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=139;SC=GAGTTACCCTACAGACCAGTA;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=3662853;WS=3662835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	3669201	rs10797410	A	G	14537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.53;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr1	3669205	rs10910021	C	G	14309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	3672156	rs4648555	C	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=38;PP=964;SC=AGGGCCTCTGCCTGCACCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=3672164;WS=3672146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	3673496	rs4648405	T	G	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=114;SC=CCCACCCCTCTCTCTGCGTCC;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=3673504;WS=3673486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	3677933	rs1181883	T	C	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	3679139	rs1181879	T	C	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.81;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	3679146	rs4648556	G	A	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.66;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	3679307	rs4648557	T	C	107.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=37;SC=AGGCACGCAGTGGGGGACCCG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=3679315;WS=3679297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	3679775	rs10910024	C	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	3701491	rs2996426	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=210;SC=CCCAGGAGGCAGAGGCTGCAG;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=3701499;WS=3701481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	3703337	rs2368537	G	C	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=214;SC=CGGACACGCTGGCCTCAGGAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=3703345;WS=3703330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	3732103	rs4648409	T	C	5402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=68;PP=1956;SC=GCACAGGACCTGCATTAGGAG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=126;WE=3732111;WS=3732093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	3732172	rs4233019	C	T	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=43;PP=1107;SC=CCAGCAACAACGTCCCAGGCC;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=3732180;WS=3732162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	3732639	rs6702916	T	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=209;SC=CACAGCCAGTTTGCAGGTGGA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=3732647;WS=3732629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	3732707	rs6702935	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=347;SC=AACCAGAACATGAAGACAGGC;SOR=2.303;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=3732715;WS=3732697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	3732782	rs6703035	T	C	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=14;PP=682;SC=CGGGGATGCTTTTTTGAATAA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=3732790;WS=3732772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	3742560	rs2275835	G	A	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=33;PP=928;SC=CTCTCATCTGGAACTGCCTCA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=3742568;WS=3742550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	3743109	rs2275834	A	G	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=12;PP=1695;SC=AAAAGGTAGCATGTTTTCCAT;SOR=3.228;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=65;TCR=12;TR=77;WE=3743117;WS=3743099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	3743319	rs6663840	G	A	7563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=108;PP=2965;SC=CTAAGACACAGAAACAGTGAG;SOR=0.983;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=184;TCF=72;TCR=112;TR=179;WE=3743327;WS=3743308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	3743391	rs6688969	C	T	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=64;PP=1769;SC=GTTTTCATCACGAAAGCACAT;SOR=1.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=85;WE=3743399;WS=3743381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	3743433	rs5772126	T	TG	1847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=39;PP=1688;SC=TTCTACTGGCTGGCAAGGTGG;SOR=2.259;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=39;WE=3743441;WS=3743423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	3745787	rs2275832	T	C	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=31;PP=1540;SC=CAAAATACATTTCAGCTAAAA;SOR=0.978;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=83;WE=3745795;WS=3745777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	3745924	rs2275831	G	A	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=39;PP=1118;SC=TTCTGTAGCCGCTTTTCTCCG;SOR=1.252;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=61;WE=3745932;WS=3745914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	3800242	rs3205087	A	G	8125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=96;PP=2965;SC=ACTGTGACCCAAGCAGAATCT;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=90;TCR=96;TR=185;WE=3800250;WS=3800232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr1	3806643	rs4520357	T	A	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=67;PP=2132;SC=AGGTCCTTAGTGGAGAAGAAA;SOR=1.280;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=100;WE=3806651;WS=3806633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	3807593	rs4274008	G	C	4235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=61;PP=2046;SC=GGACGTTCGCGTGTCTGTGGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=101;WE=3807601;WS=3807583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	3809423	rs11807227	G	A	6237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=66;PP=2485;SC=GGATCTTGGCGTTCTCCACGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=140;WE=3809431;WS=3809413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	3816854	rs61770363	G	A	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	3816893	rs71634382	C	T	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.75;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	4772053	rs1061968	T	C	6565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=84;PP=2386;SC=TGCCCGCCTGTGAGGCCCTGG;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=72;TCR=84;TR=156;WE=4772075;WS=4772043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	4772717	rs242056	G	A	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=91;PP=2734;SC=CAGCAACAACGGGGAAGTCAC;SOR=1.321;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=43;TCR=92;TR=134;WE=4772725;WS=4772707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	4829835	rs2072901	A	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=388;SC=GGGGGGATGCACCTCCACCTT;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=4829843;WS=4829825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	4834420	rs12747519	C	T	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	5935162	rs1287637	A	T	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=26;PP=711;SC=CTGCTGCGCCAGCAGACAAGA;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=45;WE=5935170;WS=5935152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	5935222	rs963030	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=16;PP=438;SC=CAAGGGGCTATTGCTGGCTGC;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=5935230;WS=5935212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	5937168	rs3747992	G	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=12;PP=1110;SC=CGCTCGTCCCGCGCCGGCCCA;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=5937176;WS=5937158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	5937391	rs3747989	C	T	6272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=86;PP=2592;SC=GTCAGGTAGACGTGCAGTGTC;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=154;WE=5937399;WS=5937381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	5937413	rs3747988	A	C	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=76;PP=1938;SC=GCCTTCCAGGAGCAGACACCA;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=126;WE=5937421;WS=5937403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	5939544	rs11121915	T	G	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=60.05;NF=75;NR=53;PP=2294;SC=CAACATAGGGTACTTCAACTT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=75;TCR=54;TR=128;WE=5939552;WS=5939534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	5948677	rs2282281	G	A	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=37;PP=1348;SC=TCTCCTTTAGGGAACAGCCAA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=5948685;WS=5948667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	5964991	rs3737234	T	C	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=32;PP=697;SC=GAGGCTGCCGTGGTCACCAAT;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=5964999;WS=5964981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	6027167	rs875574	C	A	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=108;SC=TCCCTCAGGGCTGGTGTGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=6027175;WS=6027157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	6027252	rs875573	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=10;PP=495;SC=TTAGCTAAGCAGATAGCAGTT;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=6027260;WS=6027242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	6029086	rs34702999	CA	C	201.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.744;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.078;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr1	6038583	rs4908639	G	C	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=713;ReadPosRankSum=1.251;SC=ATATCAGCACGCTGGTTTCCT;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=34;WE=6038591;WS=6038573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr1	6100458	rs12566866	GA	AG	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=20;PP=2381;SC=GGGGCTCCCCGATGCCCTGAA;SOR=1.206;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=61;WE=6100467;WS=6100448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	6145365	rs2294936	A	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=294;SC=GAACTATCCCAGGGTCAGCCT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=6145373;WS=6145355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	6150637	rs12081978	C	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=487;SC=GCTGGGCACCCGGGTGAGCCG;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=6150645;WS=6150627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	6154417	rs2294932	C	T	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=24;PP=1182;SC=GGCCCTGAGCCCTGGCTGCCC;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=6154425;WS=6154407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	6155332	rs1555144	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=419;SC=CCCGGCAGCCTCCCGCCTGCT;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=6155340;WS=6155322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	6156874	rs142654151	C	T	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=17;PP=459;SC=CCCAGCTGGCCGTAGGTAACA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=6156882;WS=6156864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	6157434	rs2311802	C	T	6329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.73;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,244:0.99:246
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chr1	6162054	rs6696489	T	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=30;PP=985;SC=CTGGCGCGCCTTGCACCCAGC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=6162062;WS=6162044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	6170353	rs2281303	C	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=20;PP=1053;SC=CCCAGGTACACGGGGAGGGGT;SOR=1.281;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=6170361;WS=6170343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	6170424	rs78789357	CG	C	5093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.170;NF=23;NR=46;PP=2807;ReadPosRankSum=1.408;SC=CTCCCTGCCCCGTGCAGCCCT;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=69;WE=6170432;WS=6170413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr1	6172875	rs4908515	G	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=6;PP=397;SC=CCAAGGGGACGGCGCCTGGGA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=6172883;WS=6172865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	6173649	rs2785580	A	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=226;SC=TGGAACTTGGAGCTGTGTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=6173657;WS=6173639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	6184092	rs2843493	A	G	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	6184192	rs2273041	A	G	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	6184286	rs2273040	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=468;SC=GGTAGCTGCTACCTCCGCCCA;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=6184294;WS=6184276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	6186961	rs2746060	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=20;PP=509;SC=TGATCACCCCAGCCCTAGCTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=6186969;WS=6186951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	6190215	rs9434662	C	T	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=891;ReadPosRankSum=-0.569;SC=TGCCTGAGGCCCGGGATGAGA;SOR=0.563;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=46;WE=6190223;WS=6190205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr1	6191632	rs2235790	C	T	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=23;PP=1586;SC=AAGAACCAGGCCTGGGAGAAG;SOR=1.417;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=77;WE=6191640;WS=6191622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	6194347	rs3765452	T	G	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=34;PP=976;SC=GGTGGGGCATTGGTGGGCTCC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=6194355;WS=6194337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	6195493	rs2250504	G	A	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=33;PP=879;SC=TAACAGCCAGGAGCAGAGGAC;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=6195501;WS=6195483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	6196493	rs7526887	A	G	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=73;SC=AGCAGGTCTCACAGCCAGGAT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=6196501;WS=6196483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	6196517	rs7513548	G	A	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=104;SC=CTATTGATCCGTCTTCACTGG;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=6196525;WS=6196507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	6196869	rs2250358	A	G	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=27;PP=1182;SC=TGGCCTGGTCAATGGTGATGA;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=6196877;WS=6196859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	6196943	rs2746066	A	G	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.50;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	6196951	rs2785582	T	A	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	6204266	rs9435102	A	G	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=53;PP=1578;SC=GCCACAGCACAGGTTTGATGA;SOR=1.219;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=82;WE=6204274;WS=6204256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	6209265	rs41279496	G	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=351;SC=GGGGAGCCAGGCGTGGCCCCG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=6209273;WS=6209255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	6209363	rs12565328	T	C	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=19;PP=1578;SC=GGTCCAGGCATACGAGATGGT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=75;WE=6209371;WS=6209353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	6210970	rs12564469	G	A	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=22;PP=1246;SC=TGCTTCCCACGGGGAGGTTCC;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=6210978;WS=6210960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	6211183	rs9434711	G	A	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=33;PP=1251;SC=TGGCGCTGTCGAAGTCCGACT;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=6211191;WS=6211173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	6215047	rs12034457	AT	GC	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=264;SC=CCTCTGCCACATGTGCGATCT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=15;WE=6215056;WS=6215037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	6219363	rs3827727	G	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=5;PP=283;SC=GGGGGATGTCGCTCTGTCCCC;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=6219371;WS=6219353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	6239937	rs70981314	C	CG	4184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=17;PP=2040;SC=GCCCGCGCTCCGCCCTGGGCC;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=47;WE=6239945;WS=6239927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	6257856	rs2294713	G	A	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	6272137	rs709208	A	G	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.216;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQRankSum=0.000;ReadPosRankSum=1.582;SC=GATCTGCCGGAGGGGGGAGAT;SOR=0.520;Source=Platypus;TC=142;TR=137;WE=6272145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,192:0.95:202
chr1	6278414	rs709209	A	G	6662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=64;PP=2695;SC=AGCAGGAACAACGCGGCCTCA;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=128;WE=6278422;WS=6278404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	6279370	rs846111	G	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=12;PP=369;SC=GCTCCGAACGGCCTCTCAGAA;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=6279378;WS=6279360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	6453520	rs76483502	C	CG	314.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.97;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	6500626	.	C	CG	104	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=104;QD=43.0;SC=GTACAGGGGGCGGGCCTACAG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=6500634;WS=6500616;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr1	6501152	rs55884073	C	T	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	6524688	rs3170675	T	C	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.062;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1653;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TGCTGACACATTGGCTGACCT;SOR=0.280;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=85;WE=6524696;WS=6524678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr1	6530965	rs111312565	C	CG	1514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=30;PP=1793;SC=GGAGTGGGGGCGGGCTCAGGG;SOR=2.059;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=45;WE=6530973;WS=6530955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	6579607	rs1556035	C	T	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=29;PP=808;SC=CTGCCTGGACCTCCAGCCACA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=6579615;WS=6579597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	6585804	rs13513	C	T	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=2;PP=507;SC=AACACTGTTGCTAATAAGGGC;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=6585812;WS=6585794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	6586070	rs7548042	C	T	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=56;PP=1667;SC=CACGCTGAAACGGAAACACAG;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=93;WE=6586078;WS=6586060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	6591937	rs932112	T	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=317;SC=GAGCGAGGAGTTATGTAGTGG;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=6591945;WS=6591927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	6601773	rs3761927	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=85;SC=GACCATGAGTTTGGTAGGCGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=6601781;WS=6601772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	6609559	rs11122091	C	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=3;PP=596;SC=AAGACAACATCCTACATAGTC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=6609567;WS=6609549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	6609851	rs10864622	A	G	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	6609896	rs11579888	G	A	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=39;PP=1095;SC=TCAGGGGGCCGTACTACATAC;SOR=2.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=6609904;WS=6609886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	6610366	rs2063805	T	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=479;SC=GCTGGGATTATAGGCGTGAGC;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=6610374;WS=6610364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	6610382	rs2063806	C	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=8;PP=467;SC=TGAGCCACCGCGCCTGGCCCT;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=6610390;WS=6610372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	6614391	rs6693391	A	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=227;SC=TCCACGCCGGACGCCTGGGCT;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=6614399;WS=6614381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	6614415	rs6693400	A	G	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=253;SC=AGTAACCGCCACCGTAGGCGC;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=6614423;WS=6614405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	6614535	rs4908923	G	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	6614653	rs4908924	C	G	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	6615690	rs925745	A	G	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.42;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	6615695	rs925744	C	T	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.66;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	6635231	rs10864628	A	G	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=65;PP=2965;SC=GGCAGACAAGAAGGCCCCTAG;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=93;TCR=65;TR=158;WE=6635239;WS=6635221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	6635306	rs34160967	G	A	10134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=106;PP=2965;SC=AGCTTTCATGGCACACACGAT;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=111;TCR=106;TR=217;WE=6635314;WS=6635296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr1	6636461	rs17492553	C	T	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=34;PP=1544;SC=CTTCATGATACGCGTTTCTTT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=84;WE=6636469;WS=6636451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	6694513	rs1043703	GA	TT	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=655;SC=GCTGGGGAGGGAGGCCTGACT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=6694522;WS=6694503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	6704635	rs200458	A	G	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=47;PP=1722;SC=TGAGAGAAACACCCTGTGGAA;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=102;WE=6704643;WS=6704625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	6705874	rs200454	G	C	4937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=50;PP=2429;SC=GAAGTGGCTGGTTTTAGTGTC;SOR=0.929;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=122;WE=6705882;WS=6705864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	6866978	rs660880	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=3;PP=596;SC=GTGAACATTGGTTATTGTTAT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=25;WE=6866986;WS=6866968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	6931643	rs55944233	T	TA	172.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=74;SC=ATGGTTAAATTAAAAAAAAAT;SOR=2.093;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=6931651;WS=6931633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	7289606	rs6659573	T	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	7289612	rs6659575	T	G	229.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.97;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	7289619	rs6577423	G	A	229.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	7289777	rs4243824	G	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=14;PP=432;SC=CACAGAGGGCGGGGGTTGGGC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=7289785;WS=7289767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	7737799	rs3011926	A	G	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=70;PP=2219;SC=GGACGGTAAGAACAGTGCTTG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=116;WE=7737807;WS=7737789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	7796641	rs2071985	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=554;SC=AGCCTCGCACATCCTCGCTCA;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=7796649;WS=7796631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	7807913	rs80092658	A	G	4743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=26.06;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	7807966	.	G	GT	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=2.813;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr1	7809728	rs60799863	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr1	7833485	rs11576572	G	A	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	7845695	rs228729	T	C	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=22;PP=674;SC=CCAGGACTCATACAAGCAGCC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=7845703;WS=7845685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	7861153	rs34433622	C	CT	374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=4;PP=194;SC=TTAAATGGGTCTTTGTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=7861161;WS=7861143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	7861304	rs707465	T	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=7;PP=129;SC=TAAATATAAATGTGAAGAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=7861312;WS=7861294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	7869915	rs228668	G	C	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=13;PP=735;SC=CATTTGAACAGCCAGCAATTC;SOR=1.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=7869923;WS=7869905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	7870048	rs228669	T	C	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=32;PP=898;SC=GTGAGGCCAGTGGGCACCGTG;SOR=0.955;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=54;WE=7870056;WS=7870038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	7870144	rs228670	A	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=22;PP=617;SC=CTCGGTTCTGAATGTGGTGAC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=7870152;WS=7870134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	7880469	rs228691	A	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=477;SC=TGGGTCTTTTATGTAAATTTC;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=7880477;WS=7880459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	7880683	rs10462020	T	G	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.121;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=1412;ReadPosRankSum=-0.615;SC=ATTGTCCATGTCCCACCCCCA;SOR=0.331;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=64;WE=7880691;WS=7880673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr1	7886598	rs142921497	G	C	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=27;PP=1193;SC=CAGCCCCTTTGACCTCGGAAG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=58;WE=7886606;WS=7886588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	7887493	rs228696	T	C	13413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=156;NR=176;PP=2965;SC=CTGCATGGGCTGCCCTTGTCC;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=335;TCF=156;TCR=179;TR=332;WE=7887501;WS=7887483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr1	7889804	rs228701	C	G	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=20;PP=1372;SC=GTAACTGAAACTACAGAAAGC;SOR=1.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=7889812;WS=7889794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	7889972	.	GAGAATCCATCCCATCCTACTGCCAGCGCTCTGTCCACAGGATCGCCTCCCATGA	G	1751.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.39;MQRankSum=0.000;QD=32.44;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr1	7890117	rs2640909	T	C	19500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=753;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=177;NR=177;PP=2965;SC=ACACTGTCCATGGGATTGCCT;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=356;TCF=178;TCR=178;TR=354;WE=7890125;WS=7890107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,751:1.00:751
chr1	7890264	rs1773135	A	G	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=129;PP=2965;SC=CCAATGCCAGACATTCACTAT;SOR=1.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=48;TCR=131;TR=177;WE=7890272;WS=7890254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr1	7897133	rs10462021	A	G	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=30;PP=988;SC=CAGTTTTCTCATGGGCAAAAG;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=7897141;WS=7897123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	7902559	.	C	CA	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.4999;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=57.21;NF=3;NR=0;PP=25;QD=11.3333333333;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=3;WE=7902567;WS=7902557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,3:0.33:9
chr1	7906476	rs172932	G	T	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=27;PP=1201;SC=TAGGGTAAACGCTCTGAGACC;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=7906484;WS=7906466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	7906859	rs141522407	T	TAAGA	10115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=58;PP=2965;SC=TTTCCCGGTGTAAGAAACTGT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=11;TCR=69;TR=67;WE=7906867;WS=7906849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	7913184	rs34962249	CA	C	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr1	7998963	rs226476	T	G	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=1309;ReadPosRankSum=-0.805;SC=AAGTTTACAATAAAATAAGAT;SOR=0.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=62;WE=7998971;WS=7998953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr1	8384268	rs6702047	T	C	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=13;PP=797;SC=TTTCGGGGGATGGTGTTTGAC;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=8384276;WS=8384258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	8390495	rs1058619	A	G	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=45;PP=2084;SC=CCCCGTCCCCACCCGTCCTGC;SOR=0.747;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=109;WE=8390503;WS=8390485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	8397803	rs7520373	C	T	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=20;PP=1237;SC=AACCAGTAGACGCATGTTGGT;SOR=1.286;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=8397811;WS=8397793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	8418644	rs11121172	C	A	7373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	8418650	rs1058766	T	C	7449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.57;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	8421092	rs2784735	C	T	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.30;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	8421186	rs201922249	G	A	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=17;PP=491;SC=GTGGGGAACAGGCGCTGTGGG;SOR=0.883;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=29;WE=8421194;WS=8421176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	8421203	rs13596	T	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.68;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	8422676	rs2252865	T	C	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=21;PP=751;SC=TGATCACGAATACCAGCAAAC;SOR=0.852;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=47;WE=8422684;WS=8422666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	8424984	rs34269918	GA	G	73.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=144;SC=GGGGAGGGGGGAACACCTGTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=2;WE=8424992;WS=8424974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	8526142	rs4908760	G	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=482;SC=GGACACAATCGATCCAAGGCA;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=8526150;WS=8526132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	8557320	rs7518608	C	G	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=142;SC=GAGCCAGGGTCCCGATTACAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=8557328;WS=8557310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr1	8601191	.	TAC	T	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=53;QD=21.0;SC=AAGCATAAACTACACACACAC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=3;WE=8601200;WS=8601181;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr1	8926752	rs2781065	T	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=231;SC=GAGACAGGGTTTCACTATACT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=8926760;WS=8926742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	8928125	rs2071412	G	T	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=45;PP=1344;SC=TTCTACGAGGGAGAGGGGAGA;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=8928133;WS=8928115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	8930369	rs2781060	T	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=248;SC=ATGTCATGCATGGATTGTTCT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=8930377;WS=8930359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	8930385	rs2765511	G	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=355;SC=GTTCTCGTGCGTGACAGGGAA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=8930393;WS=8930375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	8935149	rs2038904	A	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=38;PP=1027;SC=GAAAGCAGTGAGAATTCTCCT;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=45;WE=8935157;WS=8935139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	9009444	rs2274328	A	C	7030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	9009451	rs2274329	G	C	6984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	9009470	rs2274330	G	C	5648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=48;PP=1245;SC=CCCAGGCAGGGGAGTTCCCCA;SOR=1.057;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=9009478;WS=9009460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	9009547	rs2274331	C	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=392;SC=GGGCAGCCTGCAGGGGAAGGC;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=9009555;WS=9009537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	9011586	rs3765968	T	G	4917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=57;PP=1910;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CCTGGACAGCTGGTGGGAAGC;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=111;WE=9011594;WS=9011576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr1	9011627	rs3765967	G	A	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=53;PP=1785;SC=TATGGGCAACGCTTGCTGAGT;SOR=0.905;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=92;WE=9011635;WS=9011617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	9011722	rs3765966	G	T	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=33;PP=1019;SC=AGCGGCTCCCGCCTCCCAATT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=9011730;WS=9011712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	9017091	rs2274332	C	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=524;SC=ATTGGCTTGCCCTGGGCTCAG;SOR=4.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=9017099;WS=9017081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	9034421	rs3765964	G	A	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=59;PP=2420;SC=GGCCACGGGGGGCATCGTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=114;WE=9034429;WS=9034411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	9034598	rs3765963	A	G	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=44;PP=1732;SC=CGATGCGGGTATGGTGTCTGG;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=9034606;WS=9034588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	9034815	rs35753212	C	CAGA	3239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=1088;SC=CTGACCTAGCCAGAAGTGCCT;SOR=1.032;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=22;WE=9034823;WS=9034805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	9063602	rs4908804	G	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=31;PP=795;SC=GAGAAAGACAGGAGGGGGCAG;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=9063610;WS=9063592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	9063646	rs4908805	T	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=444;SC=GCTGAGCACGTTGGCTCATGC;SOR=1.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=9063654;WS=9063636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	9073801	rs7537425	C	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=648;SC=GTTGGGGACCCTGGGACAGGA;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=9073809;WS=9073791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	9074861	rs12402973	C	T	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=29;PP=971;SC=GCGCTCGGCCCGGGCCTCCGC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=9074869;WS=9074851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	9074932	rs1556757	G	A	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=11;PP=454;SC=TCAGAGCTGCGGAAAGCAGAA;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=9074940;WS=9074922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	9075369	rs12410702	G	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=327;SC=CACTGTGCTCGGAAGGTCACG;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=9075377;WS=9075359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	9084924	rs2027222	T	C	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=18;PP=997;SC=GGCAAGATGGTGCCTCCTACA;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=9084932;WS=9084914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	9098742	rs11121306	G	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=15;PP=715;SC=CAGGACACACGGTCCCCAGAT;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=9098750;WS=9098732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	9165868	rs1705303	A	G	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=138;SC=GGTGGAGCCCAGATCCTTCTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=9165876;WS=9165858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	9323491	rs113556335	G	A	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=11;PP=709;SC=CAGAGGAGCCGGCAAGGAGAG;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=9323499;WS=9323481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	9633387	.	GT	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.136;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr1	9658465	rs9430181	T	G	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=35;PP=1985;SC=AGGCAGCTCATCCACCCCTGC;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=100;WE=9658473;WS=9658455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	9658707	rs9430182	G	A	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=29;PP=858;SC=TCCACAGGGCGGGGGTGGGGG;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=9658715;WS=9658697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	9661061	rs9430184	A	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=7;PP=897;SC=AGGATGTGTGAGAACATGGGT;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=9661069;WS=9661051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	9667522	rs78599105	G	A	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=5;PP=1067;SC=CCCCCACCTTGCACTGTGGGA;SOR=3.139;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=9667530;WS=9667512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	9668027	rs12411122	G	A	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=171;SC=AGGAATAGGTGGCTCATGCCT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=9668035;WS=9668017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	9670483	rs4244632	T	A	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=35;PP=2026;SC=AATAGAAGAATGCCCCCAGAA;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=103;WE=9670491;WS=9670473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	9670834	rs4926472	C	T	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=55;PP=1604;SC=CCCCGGAAGCCGCCCCTGCAG;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=80;WE=9670842;WS=9670824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	9671257	rs70979767	CT	C	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.750;QD=8.85;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,52:0.71:73
chr1	9770690	.	CAG	C	435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=397;ReadPosRankSum=0.298;SC=CCTTGGTGCTCAGAGAGAGAG;SOR=0.553;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=15;WE=9770703;WS=9770680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr1	9780987	rs181919452	T	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=25;PP=700;SC=GAGGCGCACCTGGGGGCGGAG;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=9780995;WS=9780977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	9792105	rs377673198	G	GA	270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.83;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	9803844	rs141608189	G	A	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=111;SC=TCGAACCCCTGGGCTCAAGCA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=9803852;WS=9803834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	9816620	rs6680090	T	C	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	10027540	rs2890358	G	A	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=20;PP=564;SC=AAAGCAAAGCGAGAAATAAAT;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=10027548;WS=10027530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	10041298	.	AT	A	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr1	10132493	rs34652791	C	CT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=1.159;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	10335315	rs6685773	G	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=193;SC=AAATTACCTTGTTGCGTGAGT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=10335323;WS=10335305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	10342629	rs3748576	G	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=19;PP=451;SC=GGTATTCTATGTAGCTCCACA;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=10342637;WS=10342619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	10397080	rs71643087	A	G	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=12;PP=881;SC=AACTGGGGAAAAATACGTTTT;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=10397088;WS=10397070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	10408837	rs35253111	A	AT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr1	10468005	rs144558011	C	CA	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.59;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr1	10479055	rs5772408	G	GT	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.634;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr1	10502307	rs33919161	AT	A	333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.7402;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.471;NF=7;NR=5;PP=173;ReadPosRankSum=0.457;SC=ATAAATACAGATTTTTTTTTT;SOR=0.622;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=12;WE=10502315;WS=10502297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr1	10511330	rs3838398	AT	A	168.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=-1.448;SC=CTTTTAGATCATTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=10511338;WS=10511320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	10511589	rs666103	T	C	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=29;PP=762;SC=CCCAGCAATCTGCGCGCCGGG;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=10511597;WS=10511579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	10529194	rs2781233	T	C	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=10;PP=647;SC=ATGGATGCTGTACTGCATAGG;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=10529202;WS=10529184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	10555257	rs622623	C	T	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	10596388	rs2480779	A	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=205;SC=AGCACGGCCTACAGGGGGACT;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=10596396;WS=10596378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	11079077	rs2273348	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=377;SC=CCCTTAGTGCATGCTGAATAT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=11079085;WS=11079067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	11080723	rs143130606	T	TG	1906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.094;NF=1;NR=34;PP=881;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CCCAGCACTTTGGAGGCCGAG;SOR=0.557;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=35;WE=11080731;WS=11080710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr1	11086097	rs3215616	A	AT	2388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=1252;SC=CTTATTTCTAATGCCACTTTT;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=28;WE=11086105;WS=11086087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	11087524	rs1782455	G	A	4098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=67;PP=2235;SC=TGTCCAGGGCGGATGCATCAT;SOR=0.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=123;WE=11087532;WS=11087514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	11087835	rs1782454	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=20;PP=607;SC=GGTGGGTGACTACCTATACAG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=11087843;WS=11087825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	11090916	rs12711521	C	A	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=30;PP=875;SC=CTGGGTAGATCATCAGGAGGG;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=11090924;WS=11090906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	11094665	rs11121684	G	A	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	11095039	rs6695096	C	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	11104845	rs9430347	T	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=190;SC=CAGAGACACGTGGCAGCAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=11104853;WS=11104835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	11105106	rs2273345	C	T	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=12;PP=610;SC=GCTGCCCACGCCCCAGAGCAC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=11105114;WS=11105096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	11105122	rs2273344	C	T	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=13;PP=612;SC=AGCACTGGCCCGTCCCACAGT;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=11105130;WS=11105112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	11115177	.	C	CT	109.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.891;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	11119899	rs7545802	T	C	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=21;PP=545;SC=CCACCTGCAGTGACAGGGCCT;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=32;WE=11119907;WS=11119889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	11126569	rs2791659	C	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=482;SC=TCACCATAACCCCCGGAGCAC;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=11126577;WS=11126559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	11126941	rs6701726	C	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=20;PP=639;SC=GAGAACTCGGCGGCCCACCAG;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=11126949;WS=11126931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	11128001	rs2791657	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=298;SC=CCCACGGACCACACCACGCAG;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=11128009;WS=11127991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	11128329	rs2791656	A	G	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=143;SC=GAACAGGAGCACCCCAAAGCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=11128337;WS=11128319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	11128654	rs2791655	G	A	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	11129848	rs2791653	A	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=277;SC=AGGGAACTCCACCGGCCTCAG;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=11129856;WS=11129838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	11132217	rs1130683	G	A	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=22;PP=815;SC=CCAGCTTCCAGCGGTTGCTGA;SOR=0.733;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=46;WE=11132225;WS=11132207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	11134157	rs2748876	T	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=24;PP=1226;SC=TGCTGGTGCCTTGTCAGCGTC;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=11134165;WS=11134147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	11137778	rs2259886	C	T	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=7;PP=183;SC=CAGTCTCCAGCGCTGACTGTA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=11137786;WS=11137768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	11140621	rs58972264	AC	A	261.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	11140623	rs374511075	ACAC	A	261.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	11141187	rs2258621	C	G	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=48;PP=2092;SC=GCAGCTGCACCGGCTGCCCGT;SOR=0.913;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=119;WE=11141195;WS=11141177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	11151779	rs1148482	A	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=217;SC=GCAGTGGCGCAATCTTGCCTC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=11151787;WS=11151769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	11187893	rs1770344	T	C	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=29;PP=915;SC=GAGAGAAGCATCAAGAATCAG;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=11187901;WS=11187883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	11205058	rs1057079	C	T	6293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	11288758	rs1064261	G	A	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	11292666	rs10864495	T	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=315;SC=GCACGGTGGCTCATGCCTGTA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=11292674;WS=11292656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	11294474	rs718206	T	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=349;SC=AGCAACAGACTTTTCTGCAAC;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=11294482;WS=11294464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	11298790	rs2024627	T	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=199;SC=TTCAACTAGATATTGATCAAT;SOR=1.179;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=11298798;WS=11298780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	11298823	rs35144517	C	CT	52.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.180;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	11301714	rs1135172	A	G	7771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=83;PP=2927;SC=AGACTGTGGCATCCACCTGCA;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=160;WE=11301722;WS=11301704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr1	11317320	rs2092642	C	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=14;PP=429;SC=CGGCCAGGCACGGTGGCTCAA;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=11317328;WS=11317310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	11318763	rs2076657	C	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=572;SC=TAGTTCAAACCAAAGAAGACA;SOR=2.517;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=11318771;WS=11318753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	11319587	rs4845988	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=183;SC=CTTGTCAGGCAGGGGATTCTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=11319595;WS=11319577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	11561593	rs2817580	G	A	5618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=54;PP=2336;SC=CTCACTCGGTGGCCCAGGCCC;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=120;WE=11561601;WS=11561583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	11575375	rs2594318	T	A	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=27;PP=1747;SC=GTGGGGTTTGTGTCCCATGAG;SOR=1.413;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=84;WE=11575383;WS=11575365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	11579470	rs2072994	G	A	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=60;PP=2329;SC=CGTGTTTGCCGCTCCCGAGCA;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=129;WE=11579478;WS=11579460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	11593793	rs113116961	T	TGCACACACGCAC	2906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.712;NF=9;NR=23;PP=1007;ReadPosRankSum=-1.735;SC=CAGACACGCATGCACACACAC;SOR=0.948;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=32;WE=11593802;WS=11593783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr1	11708736	rs1055547	T	C	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=44;PP=1843;ReadPosRankSum=-0.938;SC=TGGGGGAGAGTGGAGGCAGGG;SOR=0.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=105;WE=11708744;WS=11708726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,212:0.99:214
chr1	11709051	rs56192923	A	AG	1451.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.48;SOR=3.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	11709052	.	CC	GC	732	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,1.0000;HP=3;HapScore=3;MGOF=17;MMLQ=30;MQ=59.67;NF=3,10;NR=13,21;PP=396,732;QD=26.5625;SC=GCCCAGCCCACCCCAGCCCAG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=16,31;WE=11709060;WS=11709042;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,31:0.84:37
chr1	11709052	.	CC	CCCAGC,CCCCCGC	1451.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.43;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=3,10;NR=13,21;PP=396,732;SC=GCCCAGCCCACCCCAGCCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=16,31;WE=11709060;WS=11709042;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:38
chr1	11714368	rs2272983	T	G	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	11735652	rs2233025	G	A	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=41;PP=1714;SC=GCCCCTGCCCGCCTGGAACTG;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=96;WE=11735660;WS=11735642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	11735877	rs2233022	A	G	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=61;PP=1920;SC=TTGCTGGCTCAGCAGCACCCC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=11735885;WS=11735867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	11737051	rs2294638	G	C	6901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	11740358	rs7417320	A	G	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	11766424	rs11121804	C	T	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;SC=TGCCCGGAACCTCCCTGAGAA;SOR=1.058;Source=Platypus;TC=65;TR=65;WE=11766432;WS=11766414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	11772229	rs60437934	A	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=275;SC=ACACGCTTCCATGTTTCCACT;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=11772237;WS=11772219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	11772303	rs1883574	A	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=16;PP=830;SC=CATGCTGTAGAGTGGTGGTAT;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=11772311;WS=11772293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	11779499	rs4846028	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=347;SC=TTTAAGCTCATTGGGGCTGCC;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=11779507;WS=11779494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	11779762	rs12117076	C	T	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=44;PP=1280;SC=AGCGGCCCCGCGGGACTGGGG;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=11779770;WS=11779752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	11782781	rs7533583	G	C	3720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	11782886	rs6540990	C	T	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.05;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr1	11796168	rs146190997	CGGGCG	C	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=414;SC=GTGGCCGCAACGGGCGGGGCG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=11796180;WS=11796158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	11804497	rs192115881	G	A	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=34;PP=2908;SC=GCTCCTTCCCGAGGCCCTCAG;SOR=2.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=102;TCR=35;TR=136;WE=11804505;WS=11804487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	11807426	rs12752700	C	T	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=22;PP=1128;SC=GGCCCTGAGACGCCGGAGCAG;SOR=1.037;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=58;WE=11807434;WS=11807416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	11808706	rs11121819	T	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=33;PP=886;SC=CACCGCTCCCTTCTCTCCCTT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=11808714;WS=11808696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	11824242	rs4845876	A	C	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=11;PP=515;SC=GAGAGGAGCCACTGAGAGACC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=11824250;WS=11824232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	11824303	rs4845877	T	C	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=15;PP=1000;SC=CAAGAGCAGCTAGGAGTACTG;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=11824311;WS=11824293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	11824346	rs4845878	G	A	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=26;PP=1618;SC=AGAATGGGGTGGGGTTGAATG;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=77;WE=11824354;WS=11824336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	11824556	rs4845879	A	G	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=36;PP=990;SC=CTGGATGGGCAGTTACAGGAG;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=11824564;WS=11824546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	11824575	rs10864536	T	C	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.57;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	11824578	rs11121825	C	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	11825851	rs10218813	G	C	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=29;PP=1360;SC=GAGGCCTGGAGAGCTTCGCCT;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=11825859;WS=11825841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	11826630	rs6668699	C	T	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=16;PP=1202;SC=CCAGGAACCCCCCGGTGCTGT;SOR=1.480;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=48;WE=11826638;WS=11826620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	11827180	rs6540995	A	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=2.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	11827304	rs6540996	A	G	3707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	11827355	rs6540997	A	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=3.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	11828238	rs4845880	G	A	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	11828319	rs4845881	G	A	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=20;PP=839;SC=CTGCTGGTCCGGAGCTTCCGA;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=11828327;WS=11828309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	11831544	.	G	A	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=12;PP=617;SC=CCTTCCTCCCGGGTCATCAGC;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=11831552;WS=11831534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	11831615	rs6667720	C	T	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=17;PP=672;SC=GATTGCTCAGCGGCTTCTGTC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=11831623;WS=11831605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	11831756	rs6680385	A	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=349;SC=CCTGAGCTCCACACTGGGCAG;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=11831764;WS=11831746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	11832100	rs11121827	T	A	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=12;PP=591;SC=TCCCATCTGCTTACTCTCTCT;SOR=1.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=11832108;WS=11832090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	11832311	rs10779764	G	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=26;PP=775;SC=GAGCTTGGCTGTGCAGGTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=11832319;WS=11832301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	11836441	rs6699669	TG	CA	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=21;PP=1798;SC=AAGAGGGGCCTGAGGCAGCAG;SOR=1.040;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=51;WE=11836450;WS=11836431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	11836628	rs6699881	T	C	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=28;PP=841;SC=GGATGCCTGCTGGACACTGGC;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=11836636;WS=11836618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	11836682	rs7538516	C	T	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	11838848	rs6697244	G	T	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	11839966	rs4846043	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=217;SC=GGCCTGTGGCGTCAGCGGCTG;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=11839974;WS=11839956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	11839998	rs4846044	T	C	330.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5460;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=68;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GCTGGTGGAGTGGTGGGCCCA;SOR=0.481;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=11840006;WS=11839988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr1	11842144	rs10864542	C	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=7;PP=361;SC=GTGGCCTCCTCTGTTCCCACC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=11842152;WS=11842134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	11844330	rs10864543	C	T	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	11844520	rs41275466	C	T	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=23;PP=750;SC=CCATGAGGCCCAGCAGCAGGC;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=11844528;WS=11844510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	11845113	rs11587953	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=311;SC=GGCTGGGCCCGGAAGGCCCCC;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=11845121;WS=11845103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	11845169	rs11586659	T	G	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=17;PP=819;SC=TCCTGGCCTTTATGGCCCTGG;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=11845177;WS=11845159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	11847334	rs35134728	G	GGAA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=464;SC=GGGAATGGGTGGAAGAGGCCG;SOR=4.047;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=10;WE=11847342;WS=11847324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	11847759	rs3737966	C	T	97.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=71;SC=TCTCTTTGGGCGGCAGGCAGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=11847767;WS=11847749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	11848879	rs2077360	A	G	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=36;PP=1164;SC=TGCCACAGCCACGCACCGTGG;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=11848887;WS=11848869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	11849447	rs868014	A	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=29;PP=920;SC=GGAAGCCGCCAGAGCACCGCG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=54;WE=11849455;WS=11849437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	11854457	rs4846051	G	A	6588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=62;PP=2493;SC=GGTAAAGAACGAAGACTTCAA;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=133;WE=11854465;WS=11854447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	11854755	rs1994798	G	A	7001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	11867044	rs3737964	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.28;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	11884555	rs198400	A	G	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=51;PP=1692;SC=CTCTTCGTGGAGAAGGAAGGC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=89;WE=11884563;WS=11884545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	11900035	rs198410	G	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=13;PP=1089;SC=TTGGCCTCCAGTGTGTGAGCC;SOR=2.265;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=50;WE=11900043;WS=11900025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	11971345	rs4845889	T	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	11982544	rs2639453	T	C	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=22;PP=955;SC=AAAACACTTGTGCGCGCTCTC;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=11982552;WS=11982534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	11983206	rs3795408	A	G	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=46;PP=1694;SC=GCAGCCCCCCAAAGCTGAGCA;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=90;WE=11983214;WS=11983196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	12004479	rs5772479	T	TACACACAC,TACACACACAC,TACACAC	902.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3,3;NR=2,2;PP=139,37;ReadPosRankSum=-0.193;SC=CATGCACGCGTACACACACAC;SOR=1.508;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5,5;WE=12004487;WS=12004469;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.44,0.50:18
chr1	12009955	rs7529452	C	T	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=42;PP=1186;SC=TCATTCTCTTCGCAGACAGGT;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=75;WE=12009963;WS=12009945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	12024235	rs1130529	C	T	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=74;PP=2393;SC=CCCTCAGGAACGTCATTGCCC;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=136;WE=12024243;WS=12024225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr1	12027204	rs2273293	C	T	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=490;SC=CCATCAGTGCCGCTCACTGTC;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=12027212;WS=12027194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	12033113	rs3737961	A	G	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.67;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	12033120	rs3820190	G	C	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.26;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	12056440	rs2236056	C	T	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=133;SC=CGTTGTGACACGGCTGACCTC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=12056448;WS=12056430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	12058711	rs41278624	G	A	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=5;PP=855;SC=TTTCTCTCCCGTCCCTGGCTT;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=12058719;WS=12058701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	12062205	rs2236057	A	G	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=42;PP=1234;SC=CTGCCGAGACAAGGGTGCTCC;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=12062213;WS=12062195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	12071680	rs1042842	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=12;PP=349;SC=CCTAAGTGCCATGTGGGCTCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=12071688;WS=12071670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	12082538	rs77391339	C	A	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=53;PP=1632;SC=ATGGGAGGAGCTTCCTTGGGC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=12082546;WS=12082528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	12082926	rs2295283	A	G	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=51;PP=1680;SC=TGCAGTTCCTAAGAGGAGCTG;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=85;WE=12082934;WS=12082916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	12091210	rs946461	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=4;PP=472;SC=AGGCCCTGCCTTGGTGGGGGC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=12091218;WS=12091200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	12144434	rs1201113	G	A	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=28;PP=1655;SC=ACAAAGCTCCGTCTCAGGCCT;SOR=1.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=86;WE=12144442;WS=12144424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	12157076	rs11121856	A	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	12164437	rs2230622	C	T	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=16;PP=1357;SC=GTCCCTTAGACGACCTCGTGG;SOR=1.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=68;WE=12164445;WS=12164427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	12175729	rs1763642	C	T	7370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=67;PP=2556;SC=CACCAACTCCCGTGCCCGCTG;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=138;WE=12175737;WS=12175719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr1	12175818	rs598661	A	G	4557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=61;PP=1774;SC=CCTCGACCACAGGGTGGAGTC;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=12175826;WS=12175808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	12183174	rs4846096	A	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=378;SC=GTGTGAGCCAATGTGCCTGGC;SOR=2.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=12183182;WS=12183164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	12198635	rs6419481	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=10;PP=348;SC=TTCACCCCAATTGAAGTTTCT;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=12198643;WS=12198625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	12250888	rs5746014	T	C	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=24;PP=1499;SC=TCTGAGGAATTGGAACTCCAC;SOR=1.499;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=81;WE=12250896;WS=12250878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	12252333	rs112033722	CTG	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=-0.044;SC=GTACAGGCATCTGTGTGTGTG;SOR=0.986;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=4;WE=12252342;WS=12252323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	12368705	.	GT	G	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-0.520;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.533;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr1	12401868	rs28551666	A	C	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=39;PP=2135;SC=GCCGGCAGCCATTTGTCCCCT;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=107;WE=12401876;WS=12401858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	12418700	rs10864552	T	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	12567232	rs7554257	A	G	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=29;PP=1425;SC=CTCAGCAGGAACTCATTTAGG;SOR=0.827;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=12567240;WS=12567222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	12568793	rs141160774	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=357;SC=TTGTGAGTGCGAGTGAAGCAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=12568801;WS=12568785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	12820870	rs1132185	T	C	4312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=67;PP=2285;SC=CCTGCATCCTTTCCCACACTT;SOR=1.100;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=108;WE=12820878;WS=12820860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	12835868	rs1812242	T	C	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=49;PP=1366;SC=AAGAATGGGATGCTGGATGAA;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=77;WE=12835876;WS=12835858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	12837634	rs848578	T	A	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=34;PP=1272;SC=AGCCCAAGATTATTGTGTTCA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=12837642;WS=12837624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	12837840	rs848577	G	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=10;PP=215;SC=CAATGTGAACGGGAAAGGAAA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=12837848;WS=12837830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	12854414	rs1063769	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=10.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.64;MQRankSum=-9.660;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.798;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,30:0.20:151
chr1	12854530	rs1063776	C	G	9350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=101;PP=2965;SC=TAATGAACTCCAAGGACGGTT;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=100;TCR=102;TR=201;WE=12854538;WS=12854520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr1	12888601	rs113914674	G	GC	1375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.559;NF=1;NR=30;PP=1277;ReadPosRankSum=-0.190;SC=AGCAGGCTCCGCCCGCAAGCT;SOR=0.957;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=12888609;WS=12888591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,56:0.95:59
chr1	12907282	rs139731855	G	C	2735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=7.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.30;MQRankSum=-9.878;QD=15.11;ReadPosRankSum=1.955;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,73:0.40:181
chr1	12907284	rs149796618	TG	CC	2754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=7.726;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.27;MQRankSum=-10.018;QD=14.97;ReadPosRankSum=2.005;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,74:0.40:184
chr1	12907316	rs112607517	T	C	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=11.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-13.071;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.421;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,85:0.36:238
chr1	12907350	rs2359486	CA	TG	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=24.206;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-15.091;QD=7.38;ReadPosRankSum=2.735;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,70:0.24:295
chr1	12907370	rs2076063	A	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=24.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQRankSum=-14.240;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=1.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,59:0.18:320
chr1	12907379	rs74055698	T	C	9351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=100;PP=2962;SC=AACATCATCATCCAGTGGGTC;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=119;TCR=102;TR=219;WE=12907393;WS=12907360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	12907380	rs141207681	C	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=32.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQRankSum=-12.577;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=2.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,45:0.14:316
chr1	12907385	rs150590256	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=25.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQRankSum=-11.934;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=1.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,42:0.13:332
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chr1	12908234	rs12568448	C	T	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.42;MQRankSum=0.310;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.410;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,60:0.41:145
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chr1	12908243	rs1736808	A	G	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=16.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.79;MQRankSum=-2.410;QD=17.11;ReadPosRankSum=2.304;SOR=2.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr1	12918963	rs9661554	G	T	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=13;PP=573;SC=AGCTGCCCAGGGTGCTCTATC;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=12918971;WS=12918953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	12919064	rs3204790	T	G	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.39;NF=26;NR=25;PP=907;SC=CTCCCTCTGGTATCGCTGATG;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=12919072;WS=12919054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	12919079	rs9659529	C	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=28;PP=882;SC=CTGATGAAGACGCTTCATCTG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=12919087;WS=12919069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	12919173	rs9308464	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=13;PP=284;SC=CAGGAGGGCTAGTAGATAGGG;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=12919181;WS=12919163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	12919928	rs72472698	A	G	10380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.50;QD=44.36;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	12919934	rs3204805	A	G	10566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.27;QD=43.13;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	12919963	rs72472699	T	G	8565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=98;NR=80;PP=2965;SC=GAAGACTCTTTGCAAACTCGT;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=178;WE=12919971;WS=12919953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	12920067	rs17038709	C	G	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=71;PP=2290;SC=TGGAACACCTCCAGTTGCTTA;SOR=1.133;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=112;TCF=39;TCR=73;TR=110;WE=12920075;WS=12920057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	12921110	rs12139546	A	G	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.58;QD=25.28;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	12921127	rs12139549	A	G	6194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=43.02;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	12921132	rs12139550	A	G	6112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=43.35;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	13182899	rs28537666	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=7.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQRankSum=0.777;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr1	13183439	rs28713604	T	C	8752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.04;QD=26.52;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr1	13183511	rs72864546	T	C	5995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-6.507;NF=52;NR=74;PP=1995;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GTACATCCCATCATAATAATC;SOR=0.797;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=216;TCF=101;TCR=115;TR=126;WE=13183519;WS=13183501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,173:0.54:321
chr1	13183528	rs76937665	A	C	5135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=14.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.52;MQRankSum=-7.518;QD=17.59;ReadPosRankSum=-1.503;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,130:0.45:292
chr1	13183530	rs200046163	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=3.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQRankSum=-5.217;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,56:0.19:290
chr1	13183532	rs77505369	CC	TT	4897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=14.803;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQRankSum=-7.412;QD=16.89;ReadPosRankSum=-3.044;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,129:0.44:290
chr1	13183567	rs78160026	C	T	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=43.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.06;MQRankSum=-11.164;QD=5.65;ReadPosRankSum=-2.191;SOR=2.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,55:0.22:251
chr1	13183573	rs76669210	G	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=57.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQRankSum=-11.888;QD=2.02;ReadPosRankSum=-2.601;SOR=3.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,41:0.17:236
chr1	13183966	rs80025711	G	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=16.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.93;MQRankSum=-0.124;QD=8.99;ReadPosRankSum=2.087;SOR=0.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr1	13183973	rs3929664	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=18.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.72;MQRankSum=-1.749;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.089;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr1	13695974	rs142734546	T	C	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.07;QD=21.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	13802325	rs3013105	T	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=7;PP=669;SC=CAGTCATCCTTGTCCTCGTCT;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=13802333;WS=13802315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	13802437	rs3013106	G	A	3406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	13802617	rs79959055	T	C	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=29;PP=791;SC=CAGCTCAAGGTTGCCTAAAAG;SOR=1.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=13802625;WS=13802607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	13910417	rs355025	C	T	7283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=74;PP=2965;SC=CTCCGGCCCCCCCACCGTCGC;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=197;TCF=123;TCR=74;TR=196;WE=13910425;WS=13910407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	13933855	rs35870640	A	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=52;PP=1464;SC=ATCACATGCAAGGCTATGATG;SOR=1.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=70;WE=13933863;WS=13933845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	13936822	rs404658	G	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=6;PP=468;SC=TAAGGCAGGGGATATATTTTA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=13936830;WS=13936812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	13937089	rs2487643	G	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.40;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	13940864	rs2486188	C	G	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	14057425	rs35643856	G	GA	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.096;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr1	14105136	rs376676285	A	T	5710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.40;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,230:0.98:234
chr1	14143003	rs1046331	A	G	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=70;PP=2425;SC=TCAAAGCTCCAGCTGCAGCCC;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=71;TCR=71;TR=141;WE=14143011;WS=14142993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	14149505	rs2697970	C	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=416;SC=TCACTGTGAACATTCATCAAG;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=14149513;WS=14149495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	14149601	rs2697969	C	T	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=20;PP=1186;SC=CCACCATGGTCGGCACTGAAT;SOR=1.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=14149609;WS=14149591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	14149622	rs2697968	T	C	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=25;PP=1125;SC=GTGTGCTTACTGTTATTATTT;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=14149630;WS=14149612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	14220186	rs1358577	A	G	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=35;PP=1535;SC=GCGACATCCAATTCTGCCACA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=87;WE=14220194;WS=14220176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	15386628	rs2073091	T	C	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=43;PP=2866;SC=GCGAGGACGTTCTCTCCATCC;SOR=1.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=96;TCR=43;TR=138;WE=15386636;WS=15386618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	15390145	rs2076565	A	G	16146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=114;PP=2965;SC=TGGCCACTTGAACCCTCCCTC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=103;TCR=114;TR=216;WE=15390153;WS=15390135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr1	15390178	rs2076564	C	T	14551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr1	15390211	rs2076563	G	A	8645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.03;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	15427934	rs10927676	C	T	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=9;PP=995;SC=CCTCCCCCAACCCCATTGCTT;SOR=1.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=15427942;WS=15427924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	15428358	rs477953	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=285;SC=GTCCACCCACTACCCGTCTAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=15428366;WS=15428348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	15439083	rs140963536	A	AAGGTCTTTTTTTTCTTCTCCCAGCGGC	1335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.136;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=2900;ReadPosRankSum=0.272;SC=AGACCCGGGAAAGGTCTTTTT;SOR=2.030;SbPval=0.03;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=17;WE=15439091;WS=15439073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr1	15440831	rs74757967	T	C	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=50;SC=GTATTATTACTAATAGGAGGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=15440839;WS=15440821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	15441029	rs34135602	T	C	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=27;PP=1015;SC=ATGATGACTATGGCTCTCTTC;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=62;WE=15441037;WS=15441019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	15497727	rs6429722	T	C	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=24;PP=991;SC=GCCTGGAAGATCGCTGTTTGA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=15497735;WS=15497717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	15497832	rs41307794	T	C	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	15497844	rs10429935	T	A	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=22;PP=584;SC=TAGGAATTAGTTCTTATGCAT;SOR=1.036;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=34;WE=15497852;WS=15497822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	15541537	rs3753314	C	T	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=10;PP=714;SC=GCCTTGTATACATTTATTTTC;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=37;WE=15541545;WS=15541527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	15546077	rs3753313	G	A	7539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr1	15573689	rs1780596	A	G	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=117;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=1;PP=53;SC=GCCCTCATCTATTAGGCTGGA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=15573697;WS=15573679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	15573711	rs1752018	C	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	15573758	rs1780597	G	A	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	15573769	rs1752017	G	A	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	15573775	rs1780598	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	15573950	rs1780599	A	C	138.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=3;PP=34;SC=GGGGCGGCCCAGCGAGGACTA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=15573958;WS=15573940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	15574076	rs1752016	C	T	31.29	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=10.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	15578195	rs1622686	T	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=270;SC=TTCATTCATTTTAAGTATGAT;SOR=3.767;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=15578203;WS=15578185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	15634986	rs185884634	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=6;PP=628;SC=ACTAAAAAGCTTGGTTTCCCC;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=15634994;WS=15634976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	15654737	.	CT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=1.573;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
chr1	15656200	.	T	TA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.358;NF=0;NR=8;PP=71;ReadPosRankSum=-0.141;SC=AATTTTCCATTAAAAAAAAAA;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=8;WE=15656208;WS=15656190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr1	15714809	rs4661625	G	C	158.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.17;QD=31.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	15723843	rs2294490	G	A	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=27;PP=1344;SC=GAGAGATGCTGAGGAAAGAGA;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=68;WE=15723851;WS=15723833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	15724033	rs2253372	A	G	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	15754484	rs2473356	T	C	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=11;PP=715;SC=CGCCCTTGCTTTGCAGCAGCC;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=15754492;WS=15754474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	15769139	rs3765373	G	A	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=36;PP=978;SC=AGACGGAGCCGCAGAGCCTGT;SOR=1.236;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=15769147;WS=15769129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	15769876	rs35149641	G	GC	2017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=16;PP=1496;SC=TGGGGCCAGGGCCTCCTGCCC;SOR=1.421;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=36;WE=15769884;WS=15769866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	15783096	rs5772641	GA	G	3726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=3.319;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;MQRankSum=-0.384;QD=19.51;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,184:0.96:191
chr1	15783117	rs5772642	C	CA	9023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=70;PP=2967;SC=TATTTGGACACAGCTCTTTTT;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=36;TCR=72;TR=106;WE=15783125;WS=15783086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	15788269	rs3737696	A	C	4227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	15792426	rs2901964	C	G	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=99;SC=AAACCTAAGACGGGTCCATCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=15792434;WS=15792423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	15792800	rs60125415	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=187;SC=GCTCACACCTGTAATCCCAGC;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=15792808;WS=15792790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	15793913	rs1042010	G	A	9599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=107;NR=98;PP=2965;SC=ACTGTCAGGCGTCTGACGGCC;SOR=0.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=108;TCR=98;TR=205;WE=15793921;WS=15793903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr1	15812432	rs6429745	A	G	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=23;PP=971;SC=AAGCAGGGCCAGTTGCTGGTT;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=15812440;WS=15812422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	15812665	rs2861484	G	T	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=527;SC=ACCCGGAAATGGTACCAGATA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=15812673;WS=15812655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	15813751	rs2011159	C	T	6218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=50;PP=2892;SC=CCTCCCACTTCAACTCCCTAT;SOR=1.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=99;TCR=50;TR=149;WE=15813759;WS=15813741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	15813969	rs3737704	A	C	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=24;NR=56;PP=1798;SC=CAAGGCACTGACCTGCTCACC;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=80;WE=15813977;WS=15813959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	15820307	rs2234723	A	AC	1383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=9;PP=1126;SC=TGCCCTGCTCACCCCAAATCC;SOR=2.147;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=28;WE=15820315;WS=15820297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	15820576	rs2020900	T	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=528;SC=CCATGCACGCTGGCTCGGGCG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=15820584;WS=15820566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	15820607	rs2020895	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=341;SC=CTTGACTCATACATACATCCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=15820626;WS=15820597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	15820618	rs2020898	A	G	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=198;SC=CATACATCCAACAGGAGCAGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=15820626;WS=15820597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	15822043	rs4646091	T	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=330;SC=ACATTAACAGTGTGAAAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=20;WE=15822051;WS=15822033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	15832383	rs1800614	G	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=9;PP=794;SC=TTTCCACAAAGCCAAGGGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=41;WE=15832391;WS=15832373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	15832543	rs1052576	T	C	6729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=72;PP=2130;SC=GTGGTCCTGCTGCGCCAGCTC;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=140;WE=15832551;WS=15832533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	15834297	rs2020903	G	A	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	15834360	rs2020902	A	G	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=21;PP=808;SC=AATTTCATGGAGACTCACCAA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=15834368;WS=15834350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	15834491	rs4646032	G	A	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=31;PP=1083;SC=CCCCAAGAACGGAGCAGCGAG;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=15834499;WS=15834481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	15844615	rs1132312	A	G	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=11;PP=522;SC=CGACATCACCAAATCCTCCAG;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=15844623;WS=15844605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	15844926	rs1820205	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=17;PP=490;SC=TAATTATCCACGTACTTTTAT;SOR=1.121;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=27;WE=15844934;WS=15844916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	15845022	rs112189619	C	CTGAG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=341;SC=TGCAGGTGCACTGTGTGCCAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=15845030;WS=15845012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	15850483	rs4645985	G	A	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=2;PP=160;SC=CCACAGGGAAGGCTAGGCTCC;SOR=2.303;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=10;WE=15850491;WS=15850473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	15850553	rs4645984	C	CGGGGGCG	750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=6;PP=800;SC=GACAGGGGGCCGGGGGCGCAC;SOR=2.833;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=13;WE=15850561;WS=15850543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	15850603	rs4645983	G	A	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;QD=43.85;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	15850613	rs1052571	G	A	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.66;QD=43.11;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	15850792	rs142513755	GC	G	550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=672;SC=CCCAGGGCCTGCCCCCGCGTC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=15850800;WS=15850782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	15860803	rs11583306	C	T	8808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TACGAGGTATCGTGTCCAGCT;SOR=0.307;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=98;TCR=101;TR=198;WE=15860811;WS=15860793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,345:1.00:346
chr1	15890355	.	A	AAAG	283.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.89;QD=31.53;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	15892415	rs2236215	A	C	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=48;PP=1688;SC=TGGTTTTAGGAGGGAAATGAT;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=108;WE=15892423;WS=15892405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	15901121	rs61213091	C	T	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=7;PP=638;SC=GAGCTGCCCACCTTGGCCTCC;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=15901129;WS=15901111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	15904318	rs11544523	C	T	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=39;PP=1179;SC=GAGGAACCAGCGACTTCATCC;SOR=0.881;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=67;WE=15904326;WS=15904308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	15905501	rs41270261	G	A	6288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=84;PP=2814;SC=GGGCCTTGTCGGTCGTGTCCG;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=131;WE=15905509;WS=15905491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	15906696	.	C	CTT	336	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.516;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr1	15909547	rs6429756	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=147;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=6;PP=414;SC=TAAAATAAATGAATTACAATG;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=15909555;WS=15909537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	15909624	rs111921608	TGAGTACAG	T	1313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=11;PP=2957;SC=CTCAAGCCCCTGAGTACAGGA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=15909639;WS=15909614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	15909744	rs11580170	C	T	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=25.59;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	15909850	rs6429757	C	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=19;PP=586;SC=TTGACTGTCCCAAGCATCACT;SOR=0.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=15909858;WS=15909840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	15909895	rs6429758	A	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=14;PP=351;SC=CCGAATCTGCAGAAGGAAGAA;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=15909903;WS=15909885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	15911031	rs10927808	T	G	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=14;PP=1113;SC=AGGGTCCAGGTAAATCAACCA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=15911039;WS=15911022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	15911131	rs59475085	G	A	7841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	15911493	rs6687474	A	G	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=96;SC=TCACCGACCAAACCGCCCGCG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=15911501;WS=15911483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	15944384	rs75354298	G	A	5279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=70;PP=2240;SC=TTTGCTACTGGTGAAGAATTG;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=115;WE=15944392;WS=15944374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	15956769	rs72647120	G	T	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=35;PP=1711;SC=TCCTTCAAGTGCTTGTTTTTG;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=90;WE=15956777;WS=15956759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	15959886	rs3795762	C	G	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	15959977	rs3795763	C	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=21;PP=941;SC=AGGACCGAGCCCGGAGAGAGC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=15959985;WS=15959967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	15965025	.	CTT	C	137.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=1.834;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	15986547	rs3766163	T	C	5626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=78;PP=2921;SC=TTCAGCTGAATTCCAGCTAAA;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=66;TCR=78;TR=144;WE=15986555;WS=15986537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	16011005	.	G	GGGC	2089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.464;QD=40.19;ReadPosRankSum=1.738;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr1	16011192	.	G	GGCGACCCTGCTGCCGCAGGGACTC	1233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=45.69;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	16042724	rs66610224	TC	T	869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.6582;FS=0.981;HP=8;HapScore=3;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=305;ReadPosRankSum=1.924;SC=TGTTTTTTTTTCTTTCAGTTG;SOR=0.938;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=30;WE=16042733;WS=16042712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,57:0.73:78
chr1	16042766	rs12091750	T	C	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=31;PP=1150;SC=GAGGATGAGATCCCTGCCATC;SOR=1.003;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=54;WE=16042774;WS=16042756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	16043157	rs2280115	G	A	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=16;PP=1030;SC=AGCTTCCCAGGGTGGCCCCAT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=16043165;WS=16043147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	16044401	rs16851970	G	A	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=19;PP=1377;SC=GTGCCTGGCTGTACCTGGCCC;SOR=1.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=70;WE=16044409;WS=16044391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	16044929	rs35757484	A	G	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=12;PP=641;SC=TCCAAGGTGGAGGACATCACG;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=16044937;WS=16044919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	16044945	rs12091644	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=12;PP=612;SC=TCACGTGTCAGATTTCAACAC;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=16044953;WS=16044935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	16047726	rs12734937	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	16048005	rs12091326	A	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=6;PP=193;SC=TAATAAAGCCAAGTTTGGTGT;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=16048013;WS=16047995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	16048038	rs12092485	T	C	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=132;SC=AATTCTGCAGTGGGAAAACTC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=16048046;WS=16048028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	16053493	rs41393951	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=7;PP=409;SC=CACTCTCCCCGTCGTTACTGT;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=16053501;WS=16053483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	16055039	rs12724755	C	T	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=1;PP=189;SC=GAGCACTCCACGCCATTCTCC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=16055047;WS=16055029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	16055732	rs6429772	C	T	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=37;PP=995;SC=AGTTCGCAGCCGCCCATAGGT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=16055740;WS=16055722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	16056364	rs3817269	G	A	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=39;PP=1276;SC=GCATCCTGACGGATGCCACCA;SOR=1.165;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=61;WE=16056372;WS=16056354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	16058698	rs77293491	CA	C	2148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=36;PP=1771;SC=TCAGAGGCATCACCCCCATCC;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=16058706;WS=16058688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	16064411	rs937592	T	C	5811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=55;PP=2338;ReadPosRankSum=-1.091;SC=CCGTGTCCTCTCTGCTCCCAT;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=122;WE=16064419;WS=16064401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,224:0.99:226
chr1	16065276	.	AACAC	A,AAC	613.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=32.30;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,10:0.47,0.53:19
chr1	16069644	rs11584945	C	T	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=37;PP=1042;SC=TCGTGGTGCTCGAGTTCTCCC;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=16069652;WS=16069634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	16095316	rs2271545	C	T	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=167;SC=TACCTAAATTCTATTTAAAAT;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=16095324;WS=16095306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	16096934	rs10927851	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=13;PP=778;SC=AAGACCGTGTCCCCCCGAGAG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=16096942;WS=16096924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	16097237	rs10803398	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=482;SC=GAAGGCGATTGGTTTCCTAGG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=16097245;WS=16097227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	16342237	rs1739840	A	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=28;PP=819;SC=TGTTCATGACAGTGCCGTCAG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=16342245;WS=16342227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	16344360	rs732286	A	G	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	16344402	rs945416	G	A	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	16344494	rs1572381	G	A	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=19;PP=871;SC=AGGCGGGCGAGGGCTGGACAG;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=16344502;WS=16344484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	16344625	rs945417	C	G	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=25;PP=761;SC=ATTTAGGCCTCTCCATGGCCC;SOR=1.117;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=16344633;WS=16344615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	16344664	rs872222	G	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=19;PP=553;SC=TCTCCCGTGCGCCGGCCCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=16344672;WS=16344654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	16344730	rs945418	T	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=245;SC=CATTCCAGGCTGATCACAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=16344738;WS=16344720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	16345619	rs945422	T	C	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=17;PP=1241;SC=TCAGCAAAGCTGGGACTGACC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=65;WE=16345627;WS=16345609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	16346009	rs3841842	G	GC	2436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=48;PP=1889;SC=TTTTGTCTGAGCCCCCTACAA;SOR=1.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=50;WE=16346017;WS=16345999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	16351275	rs10927887	A	G	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=20;PP=1311;SC=GTGGCTGTACAGGGAGATTGG;SOR=1.946;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=69;WE=16351283;WS=16351265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	16352937	rs1010069	G	A	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=27;PP=1602;SC=TGGGGGTTGGGGAGATGGAGG;SOR=1.322;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=82;WE=16352945;WS=16352927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	16353400	rs9442216	T	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	16356501	rs1805152	G	A	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	16356583	rs3737218	C	T	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=569;SC=GAGTGGGTCACGGCCCTGCTG;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=32;WE=16356591;WS=16356573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	16358148	rs2015509	T	C	5661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=54;PP=2133;SC=ATCCCCTTGCTGGCCTGGGTC;SOR=0.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=135;WE=16358156;WS=16358138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	16358685	rs6669935	C	G	7709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=83;PP=2955;SC=CCCTCTCCCTCTCTACTTGCC;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=81;TCR=84;TR=163;WE=16358693;WS=16358675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr1	16358932	rs10803407	T	C	11880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=106;PP=2965;SC=TCTTCCCCACTCCCAGCAGTG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=126;TCR=106;TR=231;WE=16358940;WS=16358922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr1	16359051	rs10927892	CA	AG	11741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.858;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=100;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.512;SC=GTGACACACGCAGCCCCCGGG;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=68;TCR=102;TR=166;WE=16359060;WS=16359041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,264:1.00:265
chr1	16359106	rs10803408	C	T	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=60;PP=1673;ReadPosRankSum=0.217;SC=GCCTCCCGTCCCAACCCCGCC;SOR=2.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=77;WE=16359114;WS=16359096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr1	16359123	rs9442217	A	G	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=48;PP=1316;SC=CGCCCCGCCCATCTTATCCTG;SOR=4.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=52;WE=16359131;WS=16359113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	16361875	rs11807054	A	G	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.75;QD=26.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	16361916	rs11811753	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=3;PP=183;SC=GTGAGGGGCCGCTGGGAAGGC;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=16361924;WS=16361906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	16361989	rs12757385	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQRankSum=-4.906;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.461;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr1	16362005	rs200046018	GCCCT	G	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.440;NF=0;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=3.330;SC=CCAGCTCCTCGCCCTCCCTCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=4;WE=16362016;WS=16361995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr1	16362561	rs55731534	C	G	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=13;PP=1268;SC=CCTGCTCCTGCCACTGCCGGG;SOR=2.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=16362569;WS=16362551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	16362621	rs2009044	G	A	6478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=62;PP=2917;SC=GAAGAAACTCGGGCTGAGAAA;SOR=0.969;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=92;TCR=64;TR=154;WE=16362629;WS=16362611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	16362661	rs3978493	A	C	10172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.96;MQRankSum=-0.294;QD=25.18;ReadPosRankSum=2.217;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,403:1.00:404
chr1	16363237	rs143626665	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.062;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.237;NF=7;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=1.923;SC=CACGCGGCCTCGGGCCATGGC;SOR=1.239;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=8;WE=16363245;WS=16363227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr1	16370899	rs945394	G	A	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=312;SC=TTCATGGGTGGGGAGAGCACT;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=16370907;WS=16370889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	16371067	rs2015352	G	T	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=42;PP=2098;SC=CCCTGTCCCCGCATCCGCCGA;SOR=0.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=105;WE=16371075;WS=16371057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	16371932	rs6604909	A	C	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=14;PP=894;SC=ACCCCAGAGTATACCACCAAG;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=16371940;WS=16371922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	16372003	rs6604910	G	C	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=34;PP=1421;SC=GGATGGGACTGTCTGTGCCTC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=79;WE=16372011;WS=16371993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	16372283	rs6604911	T	G	464.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=-2.585;QD=18.58;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr1	16373124	rs5257	A	G	4812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=44;PP=1952;SC=CTTTCTCTTCAGGCTTCTCTC;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=113;WE=16373132;WS=16373114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	16373199	rs35820664	CCTT	C	9077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=77;PP=2948;SC=CTGGCCAAAACCTTCTCAGAT;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=7;TCR=77;TR=84;WE=16373221;WS=16373189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	16373282	rs2095540	A	G	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=43;PP=1215;SC=TGGCTTGCCCAAAGGGACACA;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=16373290;WS=16373272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	16374533	rs2014562	G	C	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=48;PP=1995;SC=TCTTCCTCGGGAAAGTGGTAT;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=100;WE=16374541;WS=16374523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	16374622	rs2863440	C	G	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=48;PP=1629;SC=ACGAAAGCTGCGTCAGAGGGG;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=79;WE=16374630;WS=16374612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	16374656	rs2902490	A	G	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=44;PP=1568;SC=CCTGCCTTCCAGGAACTCAGT;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=31;TR=74;WE=16374664;WS=16374646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	16374994	rs1889788	C	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=19;PP=621;SC=ACTCGGATCCCCCAGAACAAG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=35;WE=16375002;WS=16374984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	16375063	rs1889789	CA	GC	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.99;MQRankSum=-0.377;QD=23.00;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr1	16375210	rs9633514	G	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=5;PP=193;SC=CCCCGCCTTGGGCACAGCCAC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=16375218;WS=16375200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	16376191	rs7367494	C	T	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=7;PP=1173;SC=TTTTTTGTGGCGCTGGGGTGA;SOR=2.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=50;WE=16376199;WS=16376181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	16376230	rs59006537	A	AT	5102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=17;PP=2454;SC=TGAGAGTCCAAAAGGCATTCC;SOR=1.971;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=59;WE=16376246;WS=16376220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	16376232	rs59924562	A	T	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.43;QD=44.84;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	16376238	rs34589727	TC	T	3774.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=22;PP=1571;SC=CAAAAGGCATTCCCCCCAAGG;SOR=1.710;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=49;WE=16376246;WS=16376220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	16376278	rs7365182	G	A	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=61;PP=2464;SC=TACTGGGGTCGGGCTCTGGGC;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=137;WE=16376286;WS=16376268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	16376319	rs7368151	T	C	6535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=74;PP=2469;SC=GGGGTCTCTGTGGCATCCTGG;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=68;TCR=74;TR=142;WE=16376327;WS=16376309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	16376458	rs7368166	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=1272;SC=AGCTCCCCCCTCACCGTACTC;SOR=1.478;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=57;WE=16376466;WS=16376447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	16379008	rs2050522	C	T	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=33;PP=858;SC=TAGCTGACCTCGGACATGGGG;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=16379016;WS=16378998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	16380196	rs5253	T	C	6589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=103;PP=2700;SC=GCCAAGGACATGCCACTGGAG;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=66;TCR=103;TR=169;WE=16380204;WS=16380186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	16380243	rs2275166	A	G	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.27;QD=41.65;SOR=1.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	16380252	rs2275167	C	T	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.50;QD=45.75;SOR=1.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	16381718	rs1414498	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	16381722	rs12691552	C	T	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.55;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	16381792	rs12047858	T	A	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=17;PP=853;SC=AAGTTTCCTGTCCTTTATAAT;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=16381800;WS=16381782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	16381816	rs12029508	C	T	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=23;PP=1091;SC=TGACAATAGTCACAATAGCCC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=16381824;WS=16381806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	16382086	rs2297727	C	T	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=47;PP=1994;SC=GAGAGGGGCCCGCTGATATCC;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=100;WE=16382094;WS=16382076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	16382730	rs12030469	C	T	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=0;PP=839;SC=CCTGCGGCCCCGCCCAGACCC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=30;WE=16382738;WS=16382726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	16382791	rs12023153	G	C	4204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=44;PP=2591;SC=TTGCAGGCCTGGGTCTCTTGT;SOR=1.504;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=92;TCR=45;TR=136;WE=16382799;WS=16382781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	16382827	rs77508204	CTCT	C	13258.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=76;PP=2971;SC=GGCCCCGCCCCTCTTCCTGGC;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=123;WE=16382842;WS=16382817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	16382831	rs61769890	T	A	13423.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.97;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr1	16382834	rs61769891	T	A	13549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.14;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr1	16382877	rs7517792	A	G	13384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=163;NR=140;PP=2965;SC=TGGGCTGGGCACCTTCTACCC;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=163;TCR=141;TR=303;WE=16382885;WS=16382867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr1	16383329	rs138507185	T	TC	1851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.82;MQRankSum=2.100;QD=42.08;ReadPosRankSum=1.241;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr1	16383336	rs12746138	G	C	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.69;MQRankSum=1.458;QD=39.80;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr1	16383448	rs10803415	A	C	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=25;PP=773;SC=ACCCCAGCTGACCTGGTACTG;SOR=1.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=16383456;WS=16383438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	16383574	rs1057841	A	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.52;MQRankSum=-3.065;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr1	16383581	rs1057844	G	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.28;MQRankSum=3.017;QD=26.78;ReadPosRankSum=2.217;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr1	16383605	rs1057845	A	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.447;NF=27;NR=8;PP=651;ReadPosRankSum=2.581;SC=CCTGCCTTGAAAGACAAAAAT;SOR=0.551;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=35;WE=16383613;WS=16383595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr1	16383668	rs6660218	T	G	6228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=46;PP=2510;SC=TATCTGCCAGTTGCTCAGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=81;TCR=46;TR=127;WE=16383690;WS=16383658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	16383682	rs1057854	G	C	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.106;NF=35;NR=22;PP=759;ReadPosRankSum=0.694;SC=TCAGTGACTGGCCATCACATT;SOR=0.749;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=57;WE=16383690;WS=16383658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,98:0.46:211
chr1	16383742	rs1057857	C	G	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.972;NF=39;NR=55;PP=1489;ReadPosRankSum=1.908;SC=GGCACAGATGCCTTCTGGGGT;SOR=0.793;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=94;WE=16383750;WS=16383732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,153:0.55:278
chr1	16384868	rs12756288	G	A	86.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=1.383;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	16384986	rs28496958	G	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.079;NF=2;NR=2;PP=268;ReadPosRankSum=0.725;SC=CCATGGAGGGGAGGGAGCCCG;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=16385007;WS=16384976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	16384998	rs1807285	GG	CA	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=5;HapScore=4;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.361;NF=2;NR=2;PP=260;ReadPosRankSum=0.624;SC=GGGAGCCCGGGGGGTGGGTCC;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=16385007;WS=16384976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	16385175	rs17853748	G	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.39;QD=33.55;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	16385175	.	GCTGGGAAGG	ACTGGGAAGA,ACTGGGAAGG	103	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=21;MQ=41.83;NF=5,9;NR=6,11;PP=95,103;QD=13.4970795329;SC=GTGAGGGGCCGCTGGGAAGGC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=11,20;WE=16385192;WS=16385165;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.55:20
chr1	16385184	rs75273615	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.39;MQRankSum=1.641;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	16385248	rs74054903	C	T	258.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.20;MQRankSum=0.465;QD=25.88;ReadPosRankSum=2.638;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	16385250	rs74054904	A	G	258.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.04;MQRankSum=1.534;QD=32.35;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr1	16385323	rs77017249	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	16385330	rs3978476	G	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	16385797	rs3978478	C	G	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=4.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.884;NF=44;NR=18;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TGTGCTCACTCTCTCCTTCCT;SOR=1.477;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=62;WE=16385805;WS=16385787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,72:0.71:102
chr1	16385980	rs3884058	G	A	4176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=79;PP=2502;SC=TGGACCCTCTGGGCTGTACCT;SOR=2.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=39;TCR=80;TR=117;WE=16385988;WS=16385970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	16386008	rs2863452	T	C	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=60;PP=1831;SC=GGACGATGCCTTGGGGGCTGT;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=86;WE=16386016;WS=16385998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	16386247	rs2095543	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.67;QD=20.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	16386305	rs372070031	G	GC	213.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQRankSum=2.362;QD=19.43;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr1	16386416	rs9442230	G	A	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=13;PP=426;SC=AGTAATGCTCGTCCTCAGCTG;SOR=0.984;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=30;WE=16386424;WS=16386406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	16386447	rs11576236	G	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.25;QD=24.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	16386495	rs71510977	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=13;PP=349;SC=CACGCGGCCTCGGGCCATGGC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=16386503;WS=16386485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	16388556	rs2863455	C	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.30;QD=48.70;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	16388565	rs7524413	C	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.79;QD=37.84;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	16388646	rs2863456	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=6;PP=209;SC=CGGGGCGGGATCTGGAGTCGG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=16388654;WS=16388636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	16388709	rs28570004	G	T	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=6;PP=283;SC=GGCAGGAGGAGTGAGCAGGGT;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=13;WE=16388717;WS=16388699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	16388766	rs3978469	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=5;SC=CACCCATCCCCGTCTCCCAGC;SOR=1.473;Source=Platypus;TCF=10;TR=14;WE=16388774;WS=16388756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	16388875	rs34673312	GCCC	G	191.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.50;MQRankSum=-0.000;QD=21.32;ReadPosRankSum=1.593;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr1	16528218	rs6676143	G	T	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=21;PP=693;SC=AGGATGGGAGGGGAGGAGAGC;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=39;WE=16528226;WS=16528208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	16528469	rs58225172	GCCTACCCTAGGGAC	GTACCCTAGGGAC,G	1584.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=17;PP=2935;SC=TAGGACCCAGGCCTACCCTAG;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=16528492;WS=16528459;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:36
chr1	16528472	rs200243292	TACCCTAGGGACC	T	1583.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	16528484	.	C	T	536	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=17;PP=536;QD=28.5385606274;SC=CCCTAGGGACCCATGTCTGCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=20;WE=16528492;WS=16528459;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr1	16528843	rs1693540	A	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=205;SC=CGGGGTGCCCATCATGGGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=16528851;WS=16528833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	16533022	rs221052	C	T	9420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=90;NR=145;PP=2965;SC=CAAGCCTTTCCTGTCCTCGAT;SOR=1.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=93;TCR=145;TR=235;WE=16533030;WS=16533012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr1	16543175	rs221024	A	C	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=439;SC=GCTTACCCTGAGCCAAACCCT;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=16543183;WS=16543165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	16558838	rs6700888	C	A	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=48;PP=1416;SC=TGCACAGCCCCCCATCAGACC;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=16558846;WS=16558828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	16562968	rs6603850	C	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=0;PP=369;SC=GGTCCCAGAGCTAGGGCTTTC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=16562976;WS=16562958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	16621183	rs1007150	C	T	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=8;PP=477;SC=CCCAGTAACCCATCCTTGAGA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=16621191;WS=16621173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	16641899	rs2273311	C	T	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=45;PP=1488;SC=CTTCACTGTCCGAGGAGCTGG;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=80;WE=16641907;WS=16641889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	16730582	rs17419150	C	G	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=43;PP=1270;SC=CGGAGCAGGTCCATGCCTTGC;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=16730590;WS=16730572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	16731646	rs3106498	TG	CC	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.30;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	16731653	rs526489	C	T	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.01;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	16731661	rs526513	T	C	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.68;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	16736132	rs4661746	T	C	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	16736546	rs10907226	C	T	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=51;PP=1419;SC=CTCCTGGGGACAGGGGAGGGG;SOR=1.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=16736554;WS=16736536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	16778265	rs279782	G	T	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=11;PP=826;SC=GGCCCTCCTTGTGGGGTTTTC;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=16778273;WS=16778255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	16802890	rs696095	G	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=5;PP=211;SC=GGTGCACAGCGTACCTGGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=16802898;WS=16802880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	16803267	rs156846	T	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=323;SC=AGGTCTGTGGTCTGTGACAAA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=16803275;WS=16803257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	16862296	rs1759227	G	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=3.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.21;MQRankSum=-5.141;QD=2.12;ReadPosRankSum=1.089;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,34:0.17:198
chr1	16862454	rs71248115	T	G	28674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1391;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.20;MQRankSum=-20.151;QD=20.61;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:646,745:0.54:1391
chr1	16862461	rs145386412	T	A	28940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1399;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.17;MQRankSum=-20.785;QD=20.69;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:638,761:0.54:1399
chr1	16862502	rs141629643	A	G	17193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-14.377;NF=276;NR=301;PP=2962;ReadPosRankSum=2.469;SC=ATCAATTCGTAATTTCCCATC;SOR=0.594;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=1008;TCF=468;TCR=540;TR=577;WE=16862524;WS=16862492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:584,799:0.58:1383
chr1	16862708	rs1762987	T	G	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=6.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.29;MQRankSum=-6.336;QD=25.43;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,57:0.65:88
chr1	16862712	rs61769538	G	T	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.31;MQRankSum=-6.317;QD=26.64;ReadPosRankSum=-1.473;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,55:0.65:84
chr1	16862714	rs61769539	T	G	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.35;MQRankSum=-6.271;QD=28.87;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,50:0.66:76
chr1	16862732	.	A	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.55;MQRankSum=-4.571;QD=7.85;ReadPosRankSum=-1.717;SOR=2.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
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chr1	16863313	rs76539488	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=3.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=-3.292;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.378;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:448,68:0.13:516
chr1	16863314	rs74927161	A	G	4956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FS=5.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=-14.030;QD=9.46;ReadPosRankSum=-3.161;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:369,155:0.30:524
chr1	16863328	rs61769543	T	G	3622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-12.355;NF=96;NR=47;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.740;SC=AAGAAAGGCGTCGAGTCCTGT;SOR=0.900;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=308;TCF=176;TCR=132;TR=143;WE=16863336;WS=16863294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:402,213:0.35:615
chr1	16863352	rs61769544	C	T	4900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FS=3.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.23;MQRankSum=-13.038;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,276:0.44:629
chr1	16863382	rs1759237	A	T	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQRankSum=-18.857;QD=3.00;ReadPosRankSum=5.460;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:374,122:0.25:496
chr1	16863398	rs61769545	A	C	4808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-12.719;NF=94;NR=92;PP=2185;ReadPosRankSum=5.072;SC=GGGAGGTTTCAGGATCTAAAG;SOR=0.490;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=309;TCF=145;TCR=164;TR=186;WE=16863406;WS=16863388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,239:0.56:427
chr1	16946434	rs367060	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.652;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr1	16946438	rs28392876	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.733;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr1	16948474	rs2781579	C	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.886;NF=14;NR=11;PP=341;ReadPosRankSum=-2.112;SC=AGTCCTCCTCCTGGGCTGCCC;SOR=0.461;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=25;WE=16948482;WS=16948464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr1	16969381	rs9727604	C	T	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.673;NF=29;NR=35;PP=970;ReadPosRankSum=-1.829;SC=AAGGGCCACACGATGAGTGCA;SOR=0.641;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=64;WE=16969389;WS=16969371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,97:0.56:173
chr1	16972068	rs1360575	A	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.589;NF=13;NR=7;PP=271;ReadPosRankSum=1.191;SC=GACAGGTTTCACAACTTCCCG;SOR=0.386;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=20;WE=16972076;WS=16972058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr1	16972221	rs374666319	G	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.83;MQRankSum=-0.807;NF=11;NR=19;PP=383;ReadPosRankSum=-1.495;SC=GAGGGGCTTGGCCCCATTCTC;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=30;WE=16972229;WS=16972211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr1	16972940	rs1970921	G	A	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.835;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.127;NF=39;NR=29;PP=903;ReadPosRankSum=-1.390;SC=GGTGGTGCCCGGGCCTTGGCA;SOR=0.894;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=159;TCF=83;TCR=76;TR=68;WE=16972948;WS=16972930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,87:0.39:225
chr1	16973057	rs57585017	G	A	2545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.399;NF=39;NR=46;PP=1318;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GGGGAGCCTGGGCCGTGGCGT;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=83;TCR=94;TR=85;WE=16973065;WS=16973047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,125:0.47:268
chr1	16973152	rs1970920	A	G	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.763;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.748;NF=24;NR=35;PP=941;ReadPosRankSum=1.953;SC=CTCAACACTCACCCCACACGA;SOR=0.814;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=129;TCF=59;TCR=70;TR=59;WE=16973160;WS=16973142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,88:0.41:214
chr1	16973184	rs55828106	G	A	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=2.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-1.238;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,78:0.45:175
chr1	16973841	rs200002486	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.58;MQRankSum=-1.220;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.513;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr1	16973919	rs141898836	A	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.285;NF=8;NR=15;PP=232;ReadPosRankSum=-1.471;SC=GATAAGCCAGAGTCCCAGGGT;SOR=0.635;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=23;WE=16973927;WS=16973909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,66:0.40:165
chr1	16974021	rs142740321	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.266;NF=3;NR=8;PP=105;ReadPosRankSum=2.789;SC=AGCGGCCATGGTGCTACACTA;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=11;WE=16974029;WS=16974011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr1	16974256	.	G	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.903;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.463;NF=16;NR=1;PP=313;ReadPosRankSum=-1.414;SC=GCTCGGGGCCGGACCTATCTC;SOR=1.565;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=17;WE=16974264;WS=16974233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr1	16974454	rs3981965	T	TGGGC	637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=6.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQRankSum=-10.101;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,29:0.16:181
chr1	16974666	rs28503658	C	T	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.590;NF=17;NR=32;PP=683;ReadPosRankSum=0.005;SC=CCAGATCCGGCGTTGTACAGA;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=49;WE=16974674;WS=16974656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,71:0.55:128
chr1	16974758	rs28484638	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.532;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.655;NF=0;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=-0.089;SC=GGCCGGGGCGGGGTCTCGGCC;SOR=3.967;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=8;WE=16974766;WS=16974748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr1	16974901	rs28562993	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.147;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.885;NF=12;NR=2;PP=673;ReadPosRankSum=-2.096;SC=GCCGCAGTGAATCCCTGGTGC;SOR=2.419;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=14;WE=16974923;WS=16974891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,5:0.10:49
chr1	16974915	rs59636978	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.514;NF=15;NR=5;PP=673;ReadPosRankSum=-2.847;SC=CTGGTGCTCCCGGCCCCGCCA;SOR=0.880;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=20;WE=16974923;WS=16974891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chr1	16974972	rs58464479	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQRankSum=-11.487;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,61:0.43:143
chr1	16975002	rs2093773	C	T	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.23;MQRankSum=-14.565;QD=9.08;ReadPosRankSum=-1.343;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,122:0.50:244
chr1	16975202	rs28602904	T	C	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQRankSum=-6.932;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.419;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:479,132:0.22:611
chr1	16975230	rs2761535	G	C	8757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FS=3.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.54;MQRankSum=-15.918;QD=14.50;ReadPosRankSum=3.739;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,402:0.67:604
chr1	16975724	rs149232270	GC	G	2031.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.461;NF=23;NR=17;PP=1343;ReadPosRankSum=0.838;SC=GATACTGACTGCCCGGCAGTG;SOR=0.672;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=40;WE=16975732;WS=16975714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,69:0.54:127
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chr1	16975912	rs148656339	CCCTGTT	C	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=19.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.76;MQRankSum=-2.185;QD=2.28;ReadPosRankSum=-1.848;SOR=3.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,12:0.13:93
chr1	16976528	rs376140395	G	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=8.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.99;MQRankSum=-3.811;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.712;SOR=1.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr1	16976539	rs199931165	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.641;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.823;NF=26;NR=6;PP=382;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GCTGTGGCCCAGGGCCCTCAT;SOR=2.678;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=32;WE=16976547;WS=16976518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,19:0.22:88
chr1	16976585	rs1135350	C	T	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.95;MQRankSum=-6.253;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,66:0.31:214
chr1	16976679	rs1065528	G	A	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=1.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.55;MQRankSum=-2.804;QD=6.43;ReadPosRankSum=-2.007;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,162:0.38:428
chr1	17017675	rs2743471	C	A	4453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=85;PP=1779;ReadPosRankSum=1.459;SC=CAGTCAAGACCCGCTGCCAGG;SOR=0.830;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=300;TCF=131;TCR=169;TR=143;WE=17017683;WS=17017665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,238:0.45:526
chr1	17017717	rs12561804	C	T	4975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1464;ReadPosRankSum=1.433;SC=GCTCACCTCTCTTCTTCCAGC;SOR=0.594;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=206;TCF=85;TCR=121;TR=102;WE=17017725;WS=17017707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,149:0.46:321
chr1	17017734	rs12561805	C	T	4536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=51;PP=1106;ReadPosRankSum=-1.484;SC=CAGCTTCTTCCGCAGGAGGTC;SOR=0.625;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=67;TCR=102;TR=84;WE=17017742;WS=17017724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,118:0.49:241
chr1	17022952	rs557690	C	A	7774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=24.68;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr1	17023511	rs563144	C	A	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=49;PP=1414;SC=TTCCCAACTCCAGATTGGATG;SOR=2.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=61;WE=17023519;WS=17023501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	17026004	rs9661305	C	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=17;PP=835;SC=CGGCGGCGAACTCGCGGCCTC;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=17026012;WS=17025994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	17029513	rs523936	C	G	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=50;PP=1537;SC=ATGCAGACAGCCTTTCCCCCA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=77;WE=17029521;WS=17029503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	17030325	rs601893	A	G	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=2;PP=636;SC=AGCAAGTGATAAGAGTAGTCT;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=17030333;WS=17030315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	17030504	rs601031	T	A	5300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.907;NF=45;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=2.902;SC=TTGGAGAGGGTGCTGGTGGGC;SOR=0.713;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=150;TCF=80;TCR=70;TR=82;WE=17030527;WS=17030494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,135:0.55:246
chr1	17030515	rs201665864	G	A	5579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=1.170;QD=21.22;ReadPosRankSum=2.303;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,142:0.54:263
chr1	17030518	rs200139772	CT	TG	5593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=3.395;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.141;QD=21.35;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,143:0.55:262
chr1	17030590	rs590170	G	A	3714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1279;ReadPosRankSum=1.451;SC=CGGCTGCTTCGCCTCCAGCTC;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=92;WE=17030598;WS=17030580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,182:0.52:348
chr1	17030729	rs12029338	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=422;ReadPosRankSum=-0.689;SC=ATGCCTTTGCCGTGGGATCTT;SOR=1.706;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=23;WE=17030737;WS=17030719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr1	17033758	rs1736691	A	G	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-1.300;QD=12.92;ReadPosRankSum=2.029;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,80:0.64:125
chr1	17033854	rs2476568	C	T	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.296;NF=25;NR=33;PP=810;ReadPosRankSum=0.208;SC=TCAGCGGCCGCGTACCCGTCG;SOR=0.810;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=58;WE=17033862;WS=17033844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,92:0.58:159
chr1	17034041	rs2743505	T	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=11;PP=330;SC=CGCGCTGACCTCTAGCTCCCC;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=17034049;WS=17034031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	17034167	rs2988287	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-2.341;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	17044511	rs2773185	T	C	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=264;ReadPosRankSum=-0.949;SC=TCCCAGCTGCTCTTCCTGCAT;SOR=0.709;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=14;WE=17044519;WS=17044501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr1	17044589	rs944147	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.272;NF=11;NR=11;PP=294;ReadPosRankSum=2.700;SC=TGTGGGGAACGGAGCCCAAGC;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=22;WE=17044597;WS=17044579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr1	17046361	rs3856291	A	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr1	17046456	rs3856292	T	C	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=20;PP=756;ReadPosRankSum=0.192;SC=GGAGTGATCTTACTCAGGGTA;SOR=0.826;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=48;WE=17046464;WS=17046446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,81:0.47:174
chr1	17046549	rs1755332	G	A	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.675;NF=37;NR=39;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GTCTGTGGCCGCGGTGGGATC;SOR=0.683;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=76;WE=17046557;WS=17046539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,104:0.52:201
chr1	17046595	rs3856293	T	C	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=778;ReadPosRankSum=1.259;SC=TTCACCACCTTGGGGTGGCCA;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=65;TCR=74;TR=74;WE=17046603;WS=17046585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,110:0.52:212
chr1	17046613	rs3856294	C	T	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=997;ReadPosRankSum=0.279;SC=CCAAAGCGGGCAGTCAGATGC;SOR=0.766;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=130;TCF=58;TCR=72;TR=70;WE=17046621;WS=17046603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,125:0.53:235
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chr1	17085834	rs2005622	G	T	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.103;NF=56;NR=40;PP=1342;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CGGGCCGCAGGGTGAAGCACC;SOR=0.569;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=148;TCF=92;TCR=56;TR=96;WE=17085842;WS=17085824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,133:0.62:213
chr1	17086052	rs1057286	T	C	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=82;PP=2233;SC=GGTGCTGATGTGGGATTTGCG;SOR=2.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=15;TCR=82;TR=97;WE=17086060;WS=17086042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	17086278	.	G	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.33;MQRankSum=2.450;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.217;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	17087365	rs2446556	C	G	2757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.380;NF=36;NR=45;PP=1260;ReadPosRankSum=0.737;SC=TGTAGTGGAACGCCCTGGAGA;SOR=0.766;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=174;TCF=82;TCR=92;TR=81;WE=17087373;WS=17087355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,135:0.53:257
chr1	17087432	rs2446554	G	T	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-9.779;NF=40;NR=41;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GTCTTATCTAGGCCCAGTGGC;SOR=0.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=81;TCR=80;TR=81;WE=17087440;WS=17087422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,93:0.43:218
chr1	17197563	rs7556482	G	T	7753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=8.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.47;MQRankSum=-20.875;QD=14.28;ReadPosRankSum=-1.724;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,269:0.50:543
chr1	17197571	rs76372883	G	A	3535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FS=8.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.52;MQRankSum=-11.668;QD=5.86;ReadPosRankSum=-5.470;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:490,113:0.19:603
chr1	17197595	rs201521253	A	C	4589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.053;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-14.569;NF=104;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.131;SC=ACAGGACTCGACGCCTTTCTT;SOR=1.171;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=507;TCF=293;TCR=214;TR=154;WE=17197627;WS=17197585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:528,170:0.24:698
chr1	17197609	rs150993810	T	C	7187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=732;ExcessHet=3.0103;FS=3.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.75;MQRankSum=-14.552;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:525,207:0.28:732
chr1	17197615	rs146936960	C	A	7357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FS=3.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQRankSum=-14.849;QD=10.01;ReadPosRankSum=1.584;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:522,213:0.29:735
chr1	17197619	rs113661539	A	G	7427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FS=4.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.90;MQRankSum=-14.620;QD=10.04;ReadPosRankSum=2.694;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:522,218:0.29:740
chr1	17197690	rs72642967	T	G	8729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQRankSum=-16.902;QD=16.66;ReadPosRankSum=3.062;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,237:0.45:524
chr1	17197694	rs72642969	G	A	8746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=3.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQRankSum=-16.958;QD=17.92;ReadPosRankSum=1.846;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,232:0.48:488
chr1	17197710	rs114564385	G	C	7572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=7.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQRankSum=-16.892;QD=20.52;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,192:0.52:369
chr1	17197715	rs202012907	G	A	7082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=3.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=-16.519;QD=20.89;ReadPosRankSum=1.591;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,168:0.50:339
chr1	17197722	.	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=4.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQRankSum=-4.277;QD=0.72;ReadPosRankSum=3.188;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,34:0.11:305
chr1	17197724	rs3897252	C	G	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.968;HP=2;HapScore=1;MGOF=84;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=8.194;NF=14;NR=56;PP=830;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TGACTCCCGGCCAGTGGGACC;SOR=1.103;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=243;TCF=61;TCR=182;TR=70;WE=17197733;WS=17197700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,79:0.27:288
chr1	17197725	rs75030124	C	G	3991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=8.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQRankSum=-11.860;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,106:0.37:284
chr1	17197758	rs143100028	C	G	2945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=4.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.41;MQRankSum=-9.367;QD=18.07;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,78:0.48:163
chr1	17197764	.	G	A	2760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=12.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQRankSum=-8.009;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,76:0.49:154
chr1	17197771	rs139655267	G	A	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.55;MQRankSum=-7.873;QD=19.21;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,67:0.48:140
chr1	17197777	rs149102001	T	G	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=4.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQRankSum=-7.260;QD=19.28;ReadPosRankSum=0.426;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr1	17197779	rs138448635	G	A	2376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.90;MQRankSum=-6.738;QD=19.64;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr1	17198209	rs61768108	A	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.37;MQRankSum=-3.176;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr1	17198211	rs61768109	C	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=9.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.40;MQRankSum=-2.879;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr1	17198215	rs61768117	A	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=11.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.07;MQRankSum=-2.689;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.810;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr1	17198518	rs141922545	T	G	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.77;QD=26.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	17248500	rs6683035	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=457;ReadPosRankSum=-0.232;SC=AGGCATGCCCACAGCCTCCCC;SOR=0.646;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=36;WE=17248514;WS=17248490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr1	17248532	rs6586566	A	G	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=40;PP=1534;SC=GGGGCTGGCGAGGGCACAGGA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=85;WE=17248540;WS=17248522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	17249395	rs6586567	A	G	5908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=0.528;SC=ACTGTAACTCACTGTGGGGCA;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=366;TCF=134;TCR=232;TR=201;WE=17249403;WS=17249385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,283:0.54:523
chr1	17250762	rs58609892	G	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr1	17250836	rs57174186	A	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=249;ReadPosRankSum=-1.939;SC=TGCCGGCCACAGAGATGGCAT;SOR=0.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=22;WE=17250844;WS=17250826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr1	17251055	rs9435703	C	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=609;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GGCCCACACACGGGGCAAAAG;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=43;WE=17251063;WS=17251045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,62:0.43:144
chr1	17256313	rs9435710	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	17257187	rs144414935	G	GTCCGAGGGAGCACTC,GTCCGAGGGAGC	224.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.323;NF=1;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-0.391;SC=AGGGAGCACTGTCCAAGGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=17257195;WS=17257177;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.38:16
chr1	17262942	rs7529769	G	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr1	17262944	rs7521985	A	G	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr1	17262953	rs7521989	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=7.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr1	17264863	rs4275496	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.289;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.111;NF=4;NR=2;PP=43;ReadPosRankSum=0.003;SC=ACAGAACCCCAACCACCCTTT;SOR=0.169;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=17264871;WS=17264853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	17264920	rs4463721	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.503;NF=4;NR=2;PP=33;ReadPosRankSum=1.193;SC=CAGGAGCAGGCGGCCCTGGAG;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=6;WE=17264928;WS=17264910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	17264939	rs4558023	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-1.585;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr1	17265327	rs4269813	A	G	2914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.164;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=36;PP=1083;ReadPosRankSum=-2.550;SC=CCCCAGCCTCACCTGGGCGTC;SOR=0.691;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=191;TCF=100;TCR=91;TR=83;WE=17265335;WS=17265317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,157:0.47:337
chr1	17265366	rs4269812	C	G	4641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=51;PP=1446;ReadPosRankSum=0.103;SC=CGGTTCCTAACTCAGCAGCCT;SOR=0.581;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=222;TCF=112;TCR=110;TR=109;WE=17265374;WS=17265356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,238:0.50:477
chr1	17265560	rs9435793	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.958;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=2.206;NF=3;NR=15;PP=346;ReadPosRankSum=0.222;SC=CCGCCGAGGCCCCTCCCCGGC;SOR=1.549;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=18;WE=17265568;WS=17265550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr1	17266536	rs9435714	G	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-1.603;SC=GGCCCACGAGGACGCCCAGCG;SOR=0.760;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=11;WE=17266544;WS=17266526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr1	17267302	rs6586577	A	G	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=482;ReadPosRankSum=0.309;SC=GCTCACTGTAACCTGGAACTC;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=32;WE=17267310;WS=17267292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,51:0.35:144
chr1	17267496	rs6586578	C	T	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.596;NF=11;NR=22;PP=520;ReadPosRankSum=0.174;SC=ATCTCAGCCTCGAGGATAGTA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=33;WE=17267504;WS=17267486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,75:0.44:171
chr1	17270750	rs146363471	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=0.143;SC=CAGGATGGCGCGCGGGTGCGC;SOR=0.812;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=17;WE=17270758;WS=17270740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr1	17270845	.	C	CG	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=150;ReadPosRankSum=1.418;SC=CAGTGCCCCCCTGGGGTTAGG;SOR=0.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=5;WE=17270853;WS=17270835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr1	17273396	rs7537468	A	G	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=67;PP=1684;ReadPosRankSum=1.237;SC=AGGGCTCCCTACGAGTGGCGG;SOR=0.865;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=190;TCF=78;TCR=112;TR=109;WE=17273404;WS=17273386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,160:0.54:298
chr1	17273444	rs7545185	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=35;PP=575;ReadPosRankSum=-0.782;SC=AGCTCCCCACGCTGCGCCATG;SOR=0.885;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=82;TCF=14;TCR=68;TR=40;WE=17273452;WS=17273434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,52:0.51:101
chr1	17273493	rs7537563	A	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=-2.263;SC=GCAGGTGGGCAAAGCTGTGTG;SOR=0.602;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=14;WE=17273501;WS=17273483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr1	17275054	rs6698564	G	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.218;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-1.743;SC=CCGCCCTGGGGGGTCCTCCTG;SOR=2.564;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=17275062;WS=17275044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	17281003	rs2076606	T	C	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	17295679	rs4920574	T	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=24;PP=881;SC=GGGCCCTGGCTAAGGTGGAGG;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=17295687;WS=17295669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	17297289	rs9435656	C	T	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=69;SC=TCCGGGACCCCAACTTCATCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=17297297;WS=17297279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	17299014	rs6661019	A	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=361;ReadPosRankSum=0.378;SC=CAGCCCCCCCACCCAGAGCCC;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=31;WE=17299022;WS=17298996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr1	17301672	rs761423	T	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	17301780	rs761422	A	G	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=24;PP=784;SC=GGAGCTCCTCATGGGCACACA;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=17301788;WS=17301770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	17303589	rs2235932	C	T	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=41;PP=1495;SC=CTCGGTGACCCGGCAAGGCCC;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=17303597;WS=17303579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	17303792	rs4920588	C	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=295;SC=AGGTCAGGCCCATAAGAGCCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=17303800;WS=17303782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	17312743	rs3170740	C	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=9;PP=461;SC=CGGGCAGCGGCGGCCAGGGCT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=17312751;WS=17312733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	17313157	rs2076605	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=584;SC=TCAGGCAGGAGCCACGCCCCC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=17313165;WS=17313147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	17313343	rs9435659	G	A	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=18;PP=795;SC=CCTTGGACACGGCTGCAGCCA;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=17313351;WS=17313333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	17313654	rs761421	C	T	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=49;PP=1662;SC=CCGGTGGCCGCACCCGTCCCA;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=95;WE=17313662;WS=17313644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	17314942	rs9435662	G	A	4702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=72;PP=2234;SC=AGTCATTGGCGCCGTCTCCGC;SOR=1.055;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=117;WE=17314950;WS=17314932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	17319011	rs2076603	G	A	5208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=70;PP=2509;SC=CCCAAAGTGGGGGTCTCATCA;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=127;WE=17319019;WS=17319001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	17323449	rs9435736	T	C	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=2;PP=160;SC=CCACCCTGCCTCACTCCACCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=17323457;WS=17323448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	17331676	rs3738814	A	G	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=26;PP=854;SC=AAGGCTATGGAGAGCCCTCCA;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=17331684;WS=17331666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	17345624	rs35456786	C	CT	341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=451;SC=TTCTGTCTACCTTTTTTAACA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=17345632;WS=17345614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	17354297	rs33927012	A	G	5986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=64;PP=2292;SC=CCTTCCTGAGATTCATCCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=131;WE=17354305;WS=17354287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	17359676	rs1022580	C	A	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=21;PP=608;SC=ATTTATGTAACGTTCAACCTC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=17359684;WS=17359666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	17371223	rs2647169	C	T	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=24;PP=1138;SC=CAAGAACTCTCCTTCAATAGC;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=17371231;WS=17371213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	17380269	rs2746463	G	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=12;PP=743;SC=GGCGCAGAAAGATAACTTGAC;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=17380277;WS=17380259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	17380497	rs2746462	G	T	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=29;PP=887;SC=TCAAGGAGAGGGCGACCACCG;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=44;WE=17380505;WS=17380487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	17398066	rs875219	G	C	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	17398069	rs875218	T	C	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	17401283	rs3818041	C	T	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=174;SC=TTATCTGCCCCACCCTCCCGA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=17401291;WS=17401273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	17402116	rs3818035	G	T	2908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=23;PP=1419;SC=TGGCAGGGGCGGGTAATATAT;SOR=1.189;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=17402124;WS=17402106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	17402135	rs3818034	T	C	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=30;PP=1475;SC=ATTGGTTTGCTGCTACCCCAT;SOR=1.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=84;WE=17402143;WS=17402125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	17402159	rs3818033	G	A	4471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=43;PP=2041;SC=CTCCAGCCTCGGGAGGCTAGC;SOR=0.897;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=102;WE=17402167;WS=17402149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	17402255	rs3818032	C	T	5993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.97;NF=65;NR=70;PP=2402;SC=GCTCCACGGGCGCCTGCACCT;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=135;WE=17402263;WS=17402245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	17402347	rs2647205	C	T	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=56;PP=1630;SC=GGAGTTTCAGCAAATTACCCA;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=95;WE=17402355;WS=17402337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	17402374	rs12732522	G	C	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=48;PP=1457;SC=CAGAGGGCCTGCAAGAGGAGT;SOR=1.028;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=78;WE=17402382;WS=17402364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	17402418	rs3818031	A	G	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=35;PP=1112;SC=ACCCAGAGTGACATCAGCAGA;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=17402426;WS=17402408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	17406039	rs11805924	G	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=283;SC=GTTGTCCACGGTCTTCCTATG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=17406047;WS=17406029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	17411010	rs761427	G	A	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=11;PP=745;SC=TAAGTGACGGGGCCAGGAACT;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=17411018;WS=17411000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	17418883	rs2647184	A	G	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=16;PP=805;SC=TCTAGGCTGGACTGGGCTGGG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=17418902;WS=17418873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	17418894	rs2273111	A	G	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=19;PP=823;SC=CTGGGCTGGGATCACTCACTC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=17418902;WS=17418873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	17419066	rs11203298	T	C	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=36;PP=1153;SC=GATCTATCTGTTGCTGGAGCC;SOR=0.946;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=60;WE=17419074;WS=17419056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	17422226	rs2076609	C	T	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=5;PP=715;SC=GCTCTGTTGCCGTCTCTAGGA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=17422234;WS=17422216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	17422302	rs2076608	T	C	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=31;PP=1502;SC=TGTCTTGGGCTTTAGTCTCCT;SOR=0.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=83;WE=17422310;WS=17422292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	17431618	rs11203300	A	G	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=26;PP=788;SC=GAGGGGCTTCAAGAGGAGACT;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=17431626;WS=17431608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	17431681	rs2647172	C	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=381;SC=TGAGCCCAGGCGTTTGAGACC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=17431689;WS=17431671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	17445603	rs112151621	G	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	17550225	rs3003481	T	C	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=31;PP=975;SC=TCTATCCCTTTGCCCCTCCAG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=17550233;WS=17550215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	17551034	rs2293915	A	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=329;SC=CAGGGTCTGTAGTATCCAACC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=17551042;WS=17551024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	17555316	rs2977233	C	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	17557310	rs3003407	G	A	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=26;PP=684;SC=GAGGTGGGATGTCAGCAAACT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=17557318;WS=17557300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	17564990	rs2977310	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=7;PP=539;SC=GGCTGGGGTGTAGACCGAGTG;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=17564998;WS=17564980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	17588612	rs79862987	G	A	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=34;PP=1532;SC=ATTACTCTGCGCCCAACTCTC;SOR=0.983;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=83;WE=17588620;WS=17588602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	17593144	rs2272628	C	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=6;PP=426;SC=AGGCCAGGCTCGGGTTCCTGG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=17593152;WS=17593134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	17594592	rs4339902	G	A	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=25;PP=636;SC=GTGGCGGGTCGCAGTAAGAAC;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=17594600;WS=17594582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	17596980	.	CA	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	17597721	rs4595409	A	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=371;SC=CATCCTGGAGAGAGAGGCCTT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=17597729;WS=17597711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	17662633	.	T	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	17681277	rs6683201	T	C	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=205;SC=CTGCTTCCGATTCTAGACAGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=17681285;WS=17681267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	17683041	rs1635567	T	C	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=64;PP=2134;SC=ATCCAGGCAATAGGGTAGCAT;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=108;WE=17683049;WS=17683031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	17683157	rs1635566	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=572;SC=GGGGGAAGTGAGTCAAAAGAA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=17683165;WS=17683147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	17685174	rs2428735	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=431;SC=GTATTAAAGATATTTGACTTG;SOR=1.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=17685182;WS=17685164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	17685466	rs34481461	C	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=15;PP=391;SC=CAGCCACTTTCCCAGTGATTA;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=17685474;WS=17685456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	17689954	rs2477150	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=18;NR=4;PP=587;SC=AGGGTGGGGCCGCTCAGATTG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=17689962;WS=17689948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	17698725	rs1204873	C	T	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=16;PP=842;SC=GTGAGGGCTGCGGTGCAGGCC;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=17698733;WS=17698715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	17698891	rs6700319	C	T	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=31;PP=1074;SC=AGGTGGCAGGCAGACAGGCAG;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=17698899;WS=17698881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	17698961	rs1204872	T	C	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=564;SC=CTAGCCTCACTATCCTGCCCC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=17698969;WS=17698951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	17699017	rs6656582	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=413;SC=CCCAGTTCCAACCACGCAGAA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=17699025;WS=17699007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	17699463	rs1204869	C	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=616;SC=AATGAGGATTCGGGAGCCGTC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=17699471;WS=17699453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	17699509	rs2308230	G	GGTGA	4900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=21;PP=2244;SC=AGGCTGAGAAGGTGTTTGTGC;SOR=0.967;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=39;WE=17699517;WS=17699499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	17707601	rs6669650	T	C	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	17707739	rs1204898	T	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=17;PP=529;SC=TCCAGACTAATTTTCTCCACC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=17707747;WS=17707729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	17707757	rs6664321	CG	TC	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=14;PP=791;SC=ACCCCACCCCCGACACCCTCT;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=17707766;WS=17707747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	17707798	rs10788668	C	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=254;SC=GCTGATCAAACCTTTTGTCCT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=17707806;WS=17707788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	17714864	rs6696295	T	C	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=11;PP=634;SC=CCATCCCTTCTTTCTCTCCTA;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=17714872;WS=17714854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	17715081	rs2526842	C	T	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=20;PP=667;SC=GATGGGTCCTCAGACTAGGAT;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=35;WE=17715089;WS=17715071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	17715135	rs2526841	T	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=12;PP=483;SC=GGGCAGAGCTTGAGGTTTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=24;WE=17715143;WS=17715125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	17715475	rs2800688	T	C	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=85;SC=CTAGGACCTCTCACCAGGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=17715483;WS=17715465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	17718671	rs10709483	AG	A	1921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=894;SC=AGCAACAGCCAGGGTGGCATC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=17718679;WS=17718661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	17718750	rs12737852	C	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.82;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	17720439	rs6695849	T	C	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=19;PP=1092;SC=GATGTGTGACTGGCAAACAAT;SOR=1.305;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=17720447;WS=17720429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	17720615	rs10458537	A	C	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=36;PP=1656;SC=AGCTCAGTCCAATCTCTCAGG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=71;WE=17720623;WS=17720605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	17720686	rs34075690	AG	A	2049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=24;PP=1414;SC=GTGGCCTCTGAGGGGGGAGGG;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=43;WE=17720694;WS=17720676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	17721388	rs6691485	C	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=128;SC=CACCAAGTGGCGGGTGACCAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=17721396;WS=17721382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	17721695	rs35197313	GT	G	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5082;FS=0.000;HP=17;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=2.329;SC=GCTTTTTCTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.481;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=17721715;WS=17721685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr1	17721707	rs12239645	T	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.69;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	17725358	rs2244936	C	G	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	17738570	rs71014950	AC	A	5144.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=41;PP=2903;SC=GCCATGAGCCACCCTGACTGG;SOR=0.963;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=71;WE=17738578;WS=17738560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	17739820	rs1075535	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=31;PP=802;SC=GTGGCGTGCCTGTGCAGTCCT;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=17739828;WS=17739810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	17740357	rs2003871	G	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=201;SC=AGCCGGGCACGGTGGTTCACA;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=17740365;WS=17740347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	17914846	rs1193343	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=418;SC=CTGTCTGCGGCGCCCCTGGGG;SOR=2.115;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=24;WE=17914854;WS=17914836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	17929980	rs1193338	C	G	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=33;PP=1669;SC=CGGTGGTGCTCTCTCTCCCCA;SOR=1.089;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=90;WE=17929988;WS=17929970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	17991052	rs6695710	T	C	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=40;PP=1357;SC=CTGTGGGCCCTGGGTCACTGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=82;WE=17991060;WS=17991042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	18017522	rs871087	T	C	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=52;PP=2347;SC=AACAATTTATTGCACTTCCTT;SOR=1.078;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=138;WE=18017530;WS=18017512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	18017558	rs871088	A	G	7559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr1	18017704	rs871089	C	T	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=68;PP=1822;SC=TGAACACTGCCGCATTAAGTC;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=101;WE=18017712;WS=18017694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	18021406	rs905389	T	C	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=34;PP=2001;SC=AATGCATCCGTATGGCAGCCC;SOR=1.044;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=96;WE=18021414;WS=18021396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	18023290	rs2270979	C	T	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=23;PP=1111;SC=CAGGTGCTTCCCTTAATGCGC;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=58;WE=18023298;WS=18023280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	18023365	rs2270978	C	T	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=40;PP=1533;SC=TCTCACTCAACGGGCACTGTG;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=18023373;WS=18023355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	18023509	rs2270977	T	C	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=34;PP=1379;SC=CCATGCCCGATAGCCACGTGG;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=18023517;WS=18023499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	18023690	rs2270976	A	G	4315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=50;PP=1746;SC=CGACCCCGACATCTGGGTGCG;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=104;WE=18023698;WS=18023680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	18023997	rs3835471	G	GC	517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=4;PP=340;SC=AACTACTTGGGCAGAGCAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=18024005;WS=18023987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	18434904	rs34958868	A	ATAC	348.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=189;SC=GTGTGTGTGTAAATTGTGTGT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=18434912;WS=18434894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	18661583	rs536540	T	C	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=33;PP=874;SC=GCGCACAGAGTGGCCATCCTG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=18661591;WS=18661573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	18691614	rs12079178	T	C	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	18691665	rs41300138	G	T	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=21;PP=1263;SC=CCACTGGGAGGTTGAAGTTAG;SOR=1.309;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=74;WE=18691673;WS=18691655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	18702988	rs10796450	T	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=34;PP=804;SC=ACTCTTCCTTTGATCCCCAGC;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=18702996;WS=18702978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	18703544	rs10465915	G	A	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=63;PP=1865;SC=TCCTGTCTGGGAGGTTTCCCC;SOR=1.126;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=99;WE=18703552;WS=18703534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	18704829	rs72940712	G	A	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=46;PP=1342;SC=GAAGGCACCCGCCCCGGCCAC;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=18704837;WS=18704819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	18704862	rs1043459	A	G	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=40;PP=1292;SC=TGACATCTCCACGACCGGTTT;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=69;WE=18704870;WS=18704852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	18960722	rs4920523	G	C	3987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=35;PP=1745;SC=ACTGGAGTCAGGGAGTGTACT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=104;WE=18960730;WS=18960712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	19071182	rs3915506	A	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.65;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	19071182	.	AA	GG	419	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=28;MQ=59.24;NF=8;NR=0;PP=419;QD=59.0584843578;SC=ATGGATGGATAAATGGATGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=8;WE=19071195;WS=19071169;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,8:0.40:20
chr1	19071183	rs3915505	A	G	928.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	19071187	.	G	GATAA	430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=586;SC=TGGATAAATGGATGGATGGAT;SOR=3.611;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=12;WE=19071195;WS=19071169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	19168479	.	A	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	19175846	rs28374389	T	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=15;PP=642;SC=GTGTTGTTGATGGTGTGCCAG;SOR=0.754;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=40;WE=19175854;WS=19175836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	19181015	rs34447754	G	C	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=52;PP=2239;SC=CCCAAGTGGCGCAGCTCCGTG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=109;WE=19181023;WS=19181005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	19181082	rs28470550	A	C	6482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=64;PP=2698;SC=ACACGGCGCCAGTGAAGTTCT;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=144;WE=19181090;WS=19181072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	19181393	rs35874116	T	C	6912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=69;PP=2186;SC=ATGGCCTCGATGTGGTGGTCG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=134;WE=19181401;WS=19181383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	19184077	rs68081213	A	G	7216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=97;PP=2965;SC=CCTCCACCGCAAAGCGCATGG;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=81;TCR=97;TR=178;WE=19184085;WS=19184067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	19199473	rs28700162	T	A	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=51;PP=1619;SC=ACACTTCTGTTTTTCTCTGAA;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=91;WE=19199481;WS=19199463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	19200908	rs28529092	G	C	5982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=64;PP=2811;SC=AACATCTAGGGTCTCCCACCA;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=82;TCR=64;TR=146;WE=19200916;WS=19200898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	19201184	rs6665917	G	C	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.25;NF=6;NR=21;PP=491;SC=AGGTTCAACAGGAGGCCGAGT;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=19201192;WS=19201174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	19201956	rs2230708	A	G	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=35;PP=1305;SC=TGTACTTGTCATCCGGGTAGA;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=19201964;WS=19201946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	19202770	rs7550822	T	C	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=29;PP=1165;SC=TCCGGTGGGATTGTCCTCCTC;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=19202778;WS=19202760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	19202896	rs2230707	G	A	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	19202917	rs7550938	T	C	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.71;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	19202926	rs2230706	T	C	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.26;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	19203997	rs2230705	C	G	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=27;PP=1039;SC=GACGCGAGCACGCGGAACACT;SOR=0.982;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=19204005;WS=19203987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	19204173	rs6426814	A	G	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=141;SC=GGGGCCCAAAACACCACCTAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=19204181;WS=19204163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	19208145	rs112548638	G	GGGTTGCCT	3155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=11;PP=2138;SC=CAGGTGAGCAGGTGAACGTCC;SOR=1.573;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=28;WE=19208153;WS=19208135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	19208944	rs28566028	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=5;PP=515;SC=GCTGGGCTGCACCTCCCCCAC;SOR=2.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=27;WE=19208952;WS=19208934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	19209543	rs6426611	A	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=17;PP=983;SC=CAAGGGGCTCAGGGTGGCCTC;SOR=1.569;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=19209551;WS=19209533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	19215834	rs941495	T	C	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=62;PP=2874;SC=GGGGCTGAGCTCTGCCCACCC;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=78;TCR=62;TR=140;WE=19215842;WS=19215824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	19238001	.	T	TTTTA	1010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=11;PP=583;SC=GGACAGTTTATTTTATTTATT;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=11;WE=19238009;WS=19237991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	19282944	rs4912132	G	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=140;SC=CGGCCGGCCGGGCGGTTCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=19282952;WS=19282934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	19282981	rs1886768	A	C	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=43;SC=GCCTCCGCAGAGACGGCAGGA;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=19282989;WS=19282971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	19401405	rs2281748	G	A	6459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=60;PP=2264;SC=AAAGCACAACGGGCAGAGGTG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=121;WE=19401413;WS=19401395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	19411129	rs1043905	A	G	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=24;PP=765;SC=GTTTGATGTCATGGATGTTGA;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=19411137;WS=19411119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	19412464	rs2274009	C	T	209.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=172;SC=TTGAGTAAGCCTCCATCCCCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=19412472;WS=19412461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	19413261	rs12584	T	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=31;PP=1011;SC=TTATTCTCCATCTCCTCCAAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=19413269;WS=19413251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	19413420	rs2274008	T	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=226;SC=ATGCCTTGGGTTTCAGGTTGC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=19413428;WS=19413410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	19415304	rs1043899	C	T	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	19420392	rs1106839	G	A	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=12;PP=658;SC=GACCTAGTTCGGCGTTTTAGT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=19420400;WS=19420382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	19426199	rs2236377	G	A	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=47;PP=1275;SC=TGAAGCTGTTGTTCCAAATAA;SOR=1.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=19426207;WS=19426189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	19433449	rs6426677	A	G	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=245;SC=TGAGGGCCTCAACGGGGACAT;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=19433457;WS=19433439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	19440107	rs9661719	A	G	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=140;SC=CTGGACTGCTAGATGAGAGAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=19440115;WS=19440098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	19441594	rs56030256	C	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=12;PP=380;SC=ACTTAAGCAGCCAGGTAACAA;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=19441602;WS=19441584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	19444552	rs17392444	G	A	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=568;SC=AAGGACACAGGAGAAATCCCA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=19444560;WS=19444542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	19447819	rs35802543	T	C	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=23;PP=809;SC=AGGCTGCCAGTGCAGCGAGCA;SOR=0.933;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=19447827;WS=19447809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	19447843	rs1044010	C	G	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=20;PP=819;SC=TGCTGCCGCACAGAGCACAGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=19447851;WS=19447833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	19448326	rs6681662	C	T	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=18;PP=777;SC=ATCTTGTTCACAGCTATATCT;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=19448334;WS=19448316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	19448608	rs7535738	C	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TTGGACTACACCTGAACATGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=19448616;WS=19448598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	19450938	rs6681943	G	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=459;SC=TCTGCAAGGGGAAATACCAAG;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=19450946;WS=19450928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	19474975	rs2296108	T	G	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=22;PP=1097;SC=TTCTTTAGCTTCGAGGCCTCA;SOR=1.081;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=59;WE=19474983;WS=19474965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	19483209	rs10799710	A	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=205;SC=GGGGAGAGAAAATGACTAGAA;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=19483217;WS=19483199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	19486804	rs61579638	GA	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr1	19486839	rs946419	T	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=30;PP=687;SC=GGATAATACTTGTAAAAATCA;SOR=2.387;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=35;WE=19486847;WS=19486829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	19487656	rs3748759	T	C	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=44;PP=1097;SC=GGACAGAAAATGTCAGAGTCC;SOR=1.167;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=69;WE=19487664;WS=19487646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	19491514	rs12133185	G	C	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=31;PP=727;SC=CAAGAGGCCAGGGTCAGTAAA;SOR=3.086;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=19491522;WS=19491504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	19491857	rs3748757	T	C	4360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=61;PP=1544;SC=GGAGGCAAGATGGGAGAAAAA;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=98;WE=19491865;WS=19491847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	19499835	rs951908	G	C	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=61;PP=2300;SC=TTTAGGAGATGACTATAGGCA;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=51;TCR=61;TR=112;WE=19499843;WS=19499825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	19499873	rs952789	G	T	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=63;PP=2224;SC=AAATTTAAAAGCTCCAGTAAG;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=109;WE=19499881;WS=19499863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	19499954	rs952790	G	A	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=49;PP=1907;SC=TGACATAGGAGCTGATCCGGA;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=97;WE=19499962;WS=19499944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	19500729	rs6694521	G	A	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	19510394	rs3762396	A	G	6773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=72;PP=2965;SC=GATGAACCTTAAAGACAAGTA;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=104;TCR=72;TR=173;WE=19510402;WS=19510384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	19513570	rs59833909	TTA	T	370.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=329;ReadPosRankSum=0.116;SC=CAAGAAAGTTTTATATATATA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=9;WE=19513581;WS=19513560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr1	19518659	rs11588032	G	A	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=9;PP=574;SC=CAAAATATAAGTTATAATCAA;SOR=1.225;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=19518667;WS=19518649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	19519782	rs10799734	C	T	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=10;PP=1084;SC=AAGCTGGATGCCTACCTCTTA;SOR=2.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=19519790;WS=19519772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	19526363	rs12122656	A	G	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=233;SC=ACAATTATTCAGAGCCAAAAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=19526371;WS=19526353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	19554099	rs7515397	T	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=415;SC=AGTGGCTCATTCTTGTAATCC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=19554107;WS=19554089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	19557281	rs12128595	G	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=234;SC=TAGCCAAATGGCCAGGAAACA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=19557289;WS=19557271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	19557713	rs2275403	G	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=1;PP=74;SC=GCCCCAAACCGGACTCCGCTA;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=19557721;WS=19557703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	19558018	rs55748756	C	T	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=35;PP=1019;SC=TGTGGGGGTTCTCTAGTCTTT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=19558026;WS=19558008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	19559729	rs16862625	A	G	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=85;SC=CCTCTGGAGCAATAAAGTCCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=19559737;WS=19559719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	19565338	rs709682	C	T	6511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.41;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	19565344	rs709683	C	G	6596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	19568722	rs710866	G	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=3;PP=353;SC=ACACTCCATGGAACACCAACA;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=19568730;WS=19568712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	19568972	rs710865	A	G	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=29;PP=939;SC=TGGAAACTGAACACAAGTACA;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=19568980;WS=19568962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	19570426	rs2294944	C	G	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=15;PP=905;SC=AATGGAGACACGGGAGGACTC;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=19570434;WS=19570416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	19578192	rs2294942	G	A	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=18;PP=1138;SC=GCGGCGGCTTGGCAGGGAGAG;SOR=1.159;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=19578200;WS=19578182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	19582563	rs1557133	G	A	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=31;PP=930;SC=GGCAGGGGGAGGAAGGCCCTT;SOR=1.075;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=49;WE=19582571;WS=19582553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	19583400	rs1774075	A	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=347;SC=AAGGGACCCCAACGTGGGGAC;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=19583408;WS=19583390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	19583734	rs4912057	G	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=683;SC=TTGGCAGGCCGGAGGCTCAGG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=19583742;WS=19583724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	19595137	rs2235795	C	T	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=36;PP=1792;SC=GCGCCATACGCGGCCTGCAGG;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=98;WE=19595145;WS=19595127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	19595892	rs6665423	G	A	4705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=104;PP=2965;SC=ATCAGCCCCCGGGCCCAGAGT;SOR=2.332;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=28;TCR=105;TR=131;WE=19595900;WS=19595882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	19596124	rs2235794	C	T	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=705;SC=GTGCCTGAGGCAGGGGAAGAG;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=19596132;WS=19596114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	19596156	rs6665756	G	T	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=17;PP=953;SC=CCTGCCGGGTGGTGGCGCTGT;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=47;WE=19596164;WS=19596146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	19597420	rs12046875	G	T	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=35;PP=1146;SC=GGCCTTGGTAGCAATTTTCAC;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=19597428;WS=19597410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	19609254	rs1738025	T	C	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=82;PP=2965;SC=CATTCGTGAGTAACCAAATGC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=89;TCR=83;TR=171;WE=19609262;WS=19609244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	19609437	rs12070508	T	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.83;QD=29.67;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	19609522	rs140599506	G	A	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.89;QD=22.89;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	19611241	rs1738023	T	C	12190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=182;PP=2965;SC=TGTTTCCCATTCTTGTCCTCA;SOR=1.064;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=114;TCR=182;TR=294;WE=19611249;WS=19611231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr1	19638309	rs2227295	A	G	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	19652132	rs214315	T	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.679;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	19652874	rs41264079	G	A	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=13;PP=1417;ReadPosRankSum=1.954;SC=GTGGAGTCGGGCAGCAAGGTG;SOR=2.211;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=62;WE=19652882;WS=19652864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr1	19654023	.	A	ATCCCTCCCTCCC	745	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=57.05;NF=0;NR=3;PP=745;QD=251.333333333;SC=CCATCCATCCATCCCTCCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=19654031;WS=19654013;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	19683301	rs169957	G	T	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=21;PP=648;SC=AGTGGCCCCTGGAATTCAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=19683309;WS=19683291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	19934900	rs61740466	G	A	6222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.215;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=68;PP=2884;ReadPosRankSum=1.060;SC=ATCCAACTCCGGGCCACAGGA;SOR=0.386;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=76;TCR=69;TR=144;WE=19934908;WS=19934890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr1	19981451	rs3828101	A	G	274.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=205;SC=TAACACCACTACCCGGCCCCC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=19981459;WS=19981441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	19981791	rs2294630	A	G	6198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=65;PP=2918;SC=ACAGTGACACAGGCATGGTGA;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=93;TCR=66;TR=158;WE=19981799;WS=19981781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	20020993	rs4370779	AC	GT	5845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=47;PP=2947;SC=GGCCGGCGACACGGAGCTGCA;SOR=0.739;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=83;WE=20021002;WS=20020983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	20305065	rs10732279	C	T	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=14;PP=622;SC=TGGGGTTCTGCGCCCTCCCTC;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=20305073;WS=20305055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	20395401	rs11573185	C	A	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=11;PP=1456;SC=CACACTCCCCCCTACGTCCTT;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=65;WE=20395409;WS=20395391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	20442054	rs584367	T	C	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=43;PP=1160;SC=TTGTAGATGCTGCACCCCTGG;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=79;WE=20442062;WS=20442044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	20446170	rs11298078	GT	G	1618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=25.69;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	20490518	rs6426616	T	C	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=48;PP=1335;SC=ACACCTGGGCTGGCTGGAGAA;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=89;WE=20490526;WS=20490508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	20499168	rs2301475	T	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=679;SC=CTCAGGAATATCTCCTTCCAA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=20499176;WS=20499158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	20501442	rs10916718	T	C	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=13;PP=542;SC=TCTCTGGCTTTGAGCATGAAC;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=20501450;WS=20501432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	20503710	rs10753483	G	A	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=2;PP=102;SC=TCTTTTCTGCGGGACTTGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=20503718;WS=20503700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	20645086	rs35480773	T	A	9323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=109;PP=2965;SC=CACTCAGGGGTGGAGAGTCCC;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=97;TCR=109;TR=204;WE=20645094;WS=20645076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr1	20940258	rs488991	T	A	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=16;PP=596;SC=ACAGACCGAGTCTCAGGGCCT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=20940266;WS=20940248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	20964328	rs2298298	A	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=5;PP=395;SC=TTCTTTTCTCATCACAGGCAA;SOR=1.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=20964336;WS=20964318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	20971980	rs11379920	C	CA	89.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.396;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	20972048	rs3131713	G	A	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	20975168	rs71653623	C	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=22;PP=609;SC=GCCCTTCCCCCACATGTCCAC;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=20975176;WS=20975158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	20977221	rs686658	A	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=8;PP=196;SC=CTAAAAGAACATGGCATCCTC;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=20977229;WS=20977211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	20978832	rs6893	T	C	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=8;PP=710;SC=ACCCCCCTCCTTGCCCCGTCT;SOR=1.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=20978840;WS=20978822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	20979307	rs11428148	G	GT	3438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=44;PP=2602;SC=GCCTGGGGCCGTTTCTGGCAG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=62;WE=20979315;WS=20979297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	20980880	rs607254	G	A	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=33;PP=1346;SC=AACAAAACGAGGCTGTGACCC;SOR=0.984;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=72;WE=20980888;WS=20980870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	20981806	rs592851	G	A	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	20982631	rs4704	G	A	5930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	20987873	rs537816	G	C	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=41;PP=1390;SC=GACCCAGCACGTGCACACCGG;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=20987881;WS=20987863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	20992606	rs630484	G	T	2908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.599;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=20;PP=1577;ReadPosRankSum=0.429;SC=CTCCGAGAGGGAAAGGAGTTT;SOR=0.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=75;WE=20992614;WS=20992596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr1	20992819	rs631357	G	C	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=43;PP=1389;SC=TGTAGCGGTCGTCCTCCTGCC;SOR=1.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=65;WE=20992827;WS=20992809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	21024901	rs522496	C	T	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=21;PP=825;SC=TCGGCCTCCACGTCATGCTGG;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=50;WE=21024909;WS=21024891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	21030902	rs900039	G	T	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=7;PP=887;SC=TTCTCCTGGGGACCTGGCCCT;SOR=2.137;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=21030910;WS=21030892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	21040079	rs10799661	C	A	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.185;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1482;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GAACCTAGACCTCAGAGCTCG;SOR=0.372;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=93;WE=21040087;WS=21040069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr1	21042300	rs554111	C	G	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=178;SC=GGAGTTGACTCTCTGGTGGGG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=21042308;WS=21042290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	21043913	rs604659	T	C	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=25;PP=1438;SC=CCCTGGGGACTCTCGGGGCGG;SOR=1.265;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=73;WE=21043934;WS=21043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	21043926	rs604645	T	C	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=31;PP=1690;SC=CGGGGCGGCCTCATGCCCTGC;SOR=1.102;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=85;WE=21043934;WS=21043903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	21044161	rs601329	A	G	4105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=63;PP=1945;SC=GGTTCATGGGACGGCAGCGCA;SOR=1.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=84;WE=21044169;WS=21044151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	21044219	rs601392	A	C	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=22;PP=722;SC=CCCAGGACCAACGGGACCAGA;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=21044227;WS=21044209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	21050958	rs592060	C	T	5212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=90;PP=2949;SC=TCTGAGAGAGCTGATCACGGC;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=57;TCR=90;TR=147;WE=21050966;WS=21050948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	21099846	rs589755	A	G	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=199;SC=AGGAAGCAGAACAAGATTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=21099854;WS=21099836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	21106204	rs200327876	G	GAA	298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.92;ReadPosRankSum=0.869;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr1	21143774	rs12126757	A	T	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	21167404	rs2230573	A	G	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=22;PP=1286;SC=TGATAGAGTAATTGGCCCATG;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=21167412;WS=21167394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	21174429	rs17449243	T	C	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=30;PP=715;SC=AAGCAGATGATGATTACACTG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=21174437;WS=21174419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	21175855	rs7525082	C	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=3;PP=409;SC=CCAAGTTATTCTATACTATCA;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=21175863;WS=21175845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	21179969	rs7542882	G	A	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=7;PP=306;SC=CATAAGGATTGCTATCAAAAC;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=21179977;WS=21179959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	21188871	rs17409373	C	A	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=45;PP=1354;SC=GAAACTTAAACGTAATTTTAC;SOR=1.673;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=63;WE=21188879;WS=21188861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	21219050	rs6685306	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=4;PP=313;SC=ATAAAAAGAGCGTAACAGAAA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=21219058;WS=21219040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	21295864	rs2271115	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	21299363	rs6700718	C	A	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=139;SC=AGTGGTGTGACTATAAGGGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=21299371;WS=21299360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	21325360	rs885363	C	A	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=9;PP=331;SC=ATTTAAGGAGCAAAAATATAT;SOR=0.850;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=21325368;WS=21325350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	21327637	rs1395508	C	T	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=40;PP=2160;SC=GTCAAAAATACTAAGTGCCAG;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=116;WE=21327645;WS=21327627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	21377314	rs6426663	C	T	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=350;SC=AAAATGATGCCTTTACAGGGA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=21377322;WS=21377304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	21494634	rs61779121	C	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=473;SC=TGGTGGCTCACGCCTGTAATC;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=21494642;WS=21494624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	21502724	rs34197724	TGCC	T	3217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;QD=41.79;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	21503168	.	A	AG	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.236;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,13:0.17:76
chr1	21554319	rs6426676	A	G	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=229;SC=CTGCAACCTGAAGCACTGGGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=21554327;WS=21554309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	21560253	rs28368029	G	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=12;PP=322;SC=AGATTAATCTGCAGGCTGGAG;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=21560261;WS=21560243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	21571601	rs12562197	G	A	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=764;SC=AGCAGGCTGCGGGGAGAGGAG;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=21571609;WS=21571591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	21573722	rs2229450	G	A	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=24;PP=1084;SC=ACCATCTGTCGGTGGTGTTGA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=57;WE=21573730;WS=21573712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	21582348	rs2076282	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=3;PP=729;SC=TTTCAAGGACTAGATGAAATG;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=21582356;WS=21582338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	21583925	rs2076280	C	T	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=10;PP=611;SC=CCTGGGCTCCCCTAGCTTCAA;SOR=1.199;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=21583933;WS=21583915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	21583973	rs3026879	A	G	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=17;PP=952;SC=CGGAGCAGGAAGGACCGTGCT;SOR=1.122;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=21583981;WS=21583963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr1	21755539	rs3855556	C	A	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=29.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr1	21755867	rs7522332	A	G	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=44;PP=1475;SC=TTCCAGCAGCACTACCAGTAC;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=21755875;WS=21755857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	21755906	rs3738922	G	A	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=33;PP=1031;SC=AGGGAGCAGCGCCTGAGGAGC;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=21755914;WS=21755896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	21756008	rs3894725	G	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=57.25;NF=4;NR=14;PP=300;SC=GACTACATGAGCCACATCATT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=21756016;WS=21755998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	21756069	rs7532750	G	A	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=148;SC=TGGGGTGTGTGGGGGATAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=21756077;WS=21756059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	21795388	rs1827293	A	G	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	21799489	rs1971327	T	C	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.96;NF=21;NR=40;PP=912;SC=CTGGCATCTATGATGGGCCGA;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=21799497;WS=21799479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	21799823	rs1971328	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=897;SC=CTGGTGTCCAATCCCTCTGTG;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=21799831;WS=21799813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	21800185	rs7520015	T	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=20;PP=614;SC=TCTATTATGGTATTCTTAACA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=21800193;WS=21800175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	21801346	rs7531217	G	A	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=605;SC=GTCATATGTGGAGTGTGAATT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=21801354;WS=21801336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	21804815	rs7535654	T	G	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=24;PP=690;SC=GTACTCCATTTTGAAGGTGAT;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=36;WE=21804823;WS=21804805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	21805730	rs2316504	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=432;SC=AAAGTCTCCTATTCTCACACT;SOR=1.519;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=21805738;WS=21805720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	21807367	rs201117263	TA	T	97	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.48;QD=24.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	21808159	rs71512991	G	A	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.50;MQRankSum=-2.998;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,89:0.49:182
chr1	21808207	rs146564096	A	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.26;MQRankSum=-3.928;QD=9.97;ReadPosRankSum=-2.418;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr1	21808223	rs145079058	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.95;MQRankSum=-4.780;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr1	21809750	rs202069483	T	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.63;QD=32.37;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	21889635	rs1780316	T	C	5914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=53;PP=1572;SC=TCCCTGACAGTGCCGGCACCG;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=99;WE=21889643;WS=21889625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	21890464	rs1767428	A	G	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.39;SOR=3.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	21900420	rs2275370	A	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=20;PP=544;SC=TTAGGAGAATAGGTTGTGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=21900428;WS=21900410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	21904108	rs3200256	G	T	6785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=109;PP=2965;SC=TGCTGCTCGCGCTGGCCCTCT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=74;TCR=109;TR=183;WE=21904116;WS=21904098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr1	21925108	rs2794278	T	C	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=80;SC=ACCCGTACCCTCTGCGAGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=21925116;WS=21925098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	21929260	rs829368	A	G	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=28;PP=1152;SC=AGGGATGGGGATGCAGGGGAA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=21929268;WS=21929250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	21929456	rs3215988	GC	G	1109.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=581;SC=GAGCCCCAGTGCCCCCCCCAC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=25;WE=21929464;WS=21929446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr1	21935467	rs12130950	G	A	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=461;SC=AGGAAGGGAAGTTGAGATGAC;SOR=1.105;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=25;WE=21935475;WS=21935457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	21939741	rs1256282	G	C	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=48;PP=1519;SC=GGAGATAAGGGAGGGGTGTGA;SOR=1.321;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=73;WE=21939749;WS=21939731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	21945380	rs150275476	C	T	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.94;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	21945389	rs12143471	C	T	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.81;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	21946396	rs12134357	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=7;PP=798;SC=CATCTTCTACTGGCGTGGCCT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=21946404;WS=21946386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	21946415	rs1681255	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=14;PP=1005;SC=CTGTCCTCAGGGAGGTGAAGG;SOR=1.574;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=49;WE=21946423;WS=21946405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	21948936	rs829415	G	C	70.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	21953436	rs829412	A	G	9835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=124;PP=2965;SC=CCCACTTTACAGACAGGACCC;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=101;TCR=124;TR=225;WE=21953444;WS=21953426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr1	21961339	rs10799706	A	T	6742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=74;PP=2489;SC=CACCCCACCGAGGACTTCAGT;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=135;WE=21961347;WS=21961329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr1	21978465	rs181939530	G	A	94.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	22013561	rs829420	C	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=3;PP=324;SC=TCTACTGTAACAATATGTGGA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=22013569;WS=22013551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	22013771	rs10493008	G	A	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	22016678	rs11422483	T	TA	71.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=63;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CATGGATTCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=22016686;WS=22016668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	22030121	rs55633304	A	G	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,65:0.78:83
chr1	22032472	rs11426922	A	AT	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=5;PP=764;SC=TATTCATTTAATTAATAGAAA;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=22032480;WS=22032462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	22050649	rs2275668	C	A	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.674;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1235;ReadPosRankSum=1.177;SC=CTAAGTGATACATTCATTTTT;SOR=1.415;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=22050657;WS=22050639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr1	22063149	rs10753517	G	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=511;SC=TAAAAGAAACGTTGGATAACA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=22063157;WS=22063139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	22082923	rs10458384	G	A	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	22149935	rs897467	T	C	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=47;PP=1607;SC=CTGTGATGCCTGAGGAGAATC;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=49;TCR=47;TR=96;WE=22149943;WS=22149925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	22150257	rs3736357	C	T	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	22157689	rs3736355	G	A	7115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=107;PP=2965;SC=GCCAGGTGGTGTGTGGGGTGT;SOR=0.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=78;TCR=108;TR=185;WE=22157697;WS=22157679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	22158363	rs4654771	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=187;SC=GCCCAGTTGGGTAGAGGGGTC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=22158371;WS=22158353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	22160148	rs7547731	C	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=23;PP=629;SC=CCTTGGCCCACGGCTCCAGGG;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=34;WE=22160156;WS=22160138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	22168216	rs7556412	C	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=29;PP=880;SC=TGGTCCTTCTCGTGTCTTGGT;SOR=1.565;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=44;WE=22168224;WS=22168206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	22174600	rs3767138	A	G	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=54;PP=1689;SC=CAGGAAGCAGATGGCAGGAGG;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=84;WE=22174608;WS=22174590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	22177119	rs61777200	A	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=326;SC=TGTCCTTCACATGGGGAAGGG;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=22177127;WS=22177109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	22179673	rs12049614	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=307;SC=GGCCGACAGGTGGCCTTTCTG;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=19;WE=22179681;WS=22179663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	22180244	.	A	AAAAAT	910.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;MQRankSum=4.904;QD=39.60;ReadPosRankSum=-1.514;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr1	22180548	rs12117402	T	C	7520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=75;PP=2965;SC=TCAACCTCCTTCTCTCTCTGA;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=79;TCR=76;TR=154;WE=22180556;WS=22180538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	22183471	rs12024579	A	C	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=24;PP=1307;SC=TGGGGGAGAGACAGGAGGGGA;SOR=1.072;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=67;WE=22183479;WS=22183461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	22183739	rs2305562	A	G	7781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=74;PP=2965;SC=AGACCCCAGAAGACAGACTTC;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=86;TCR=74;TR=159;WE=22183747;WS=22183729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr1	22186234	rs10917056	A	G	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=9;PP=535;SC=AGCCCCATGCACAAGGACAGC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=22186242;WS=22186224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	22191454	rs897471	G	A	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=41;PP=1217;SC=GATGCTGGCCGCCAGCGGCAC;SOR=0.951;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=67;WE=22191462;WS=22191444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	22199081	rs2501266	A	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=310;SC=AGGTGGCAACACCGCCTGGGG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=22199089;WS=22199071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	22199245	rs2229482	C	T	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=30;PP=1203;SC=TGAGGCCTTCCACCTGGGCCT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=22199253;WS=22199235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	22199821	rs2454290	G	A	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=34;PP=1685;SC=CTCCGCCCTAGGGACTCTGGG;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=89;WE=22199829;WS=22199811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	22200053	.	G	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=598;SC=CCATGTTACGGGGAAACTGGG;SOR=2.376;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=22200075;WS=22200043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	22200067	rs2247741	A	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=17;PP=452;SC=AACTGGGCAGAGAAGAGCAGG;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=22200075;WS=22200043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	22200082	rs2445136	T	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=294;SC=AGCAGGGACGTGCCCTGGACC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=22200090;WS=22200072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	22200835	rs2445135	C	G	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=1;PP=84;SC=CTGGATGAAGCGGGTGTGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=22200843;WS=22200829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	22202109	rs2501265	C	T	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=10;PP=835;SC=CCTCCTGCCCCGGCTCCAGAC;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=22202117;WS=22202099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	22203259	rs2454295	A	G	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=42;PP=1176;SC=AGCCACTGAAAGAGCACATGT;SOR=1.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=54;WE=22203267;WS=22203249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	22205408	rs2454294	T	C	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=220;SC=CCAAGTCTCCTGCCTCCCTGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=22205416;WS=22205404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	22205466	rs2454293	T	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.833;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=410;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAACCCCCCCTGACCCGGAGC;SOR=1.839;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=34;WE=22205474;WS=22205455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr1	22206649	rs989994	T	C	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=34;PP=1620;SC=GCCATTGCAATTGCAACCAGA;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=84;WE=22206657;WS=22206639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	22206942	rs1874793	G	A	5390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=61;PP=2486;SC=GTCCCACGCTGGCCATCTTGG;SOR=0.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=118;WE=22206950;WS=22206932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	22207235	rs1874792	T	C	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=30;PP=806;SC=CCGGCACCCATGAGGACCACG;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=22207243;WS=22207225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	22207804	rs139046040	ACCCAGGGTGGCAG	A	6156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=44;PP=2970;SC=TTCTTTCCCCACCCAGGGTGG;SOR=0.752;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=53;WE=22207824;WS=22207794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	22208030	rs921847	C	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=338;SC=AGGGCTGCAGCCTGGGCCTGC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=22208038;WS=22208020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	22211222	rs4654994	T	C	6541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=60;PP=2671;SC=AGCCCGGCTCTGCCCCCACAC;SOR=1.055;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=101;TCR=61;TR=159;WE=22211230;WS=22211212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	22215088	rs2445140	T	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	22216574	rs2254358	C	A	5096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=65;PP=2059;SC=GAATCTGAGCCCCATCCGCAT;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=118;WE=22216582;WS=22216564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	22216604	rs2254357	C	G	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=57;PP=1921;SC=AGCCCACATCCAGCTCCACAA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=22216612;WS=22216594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	22217108	rs2501260	G	A	12149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=149;PP=2965;SC=ACACCTCTCGGAACTCTCTGG;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=118;TCR=150;TR=267;WE=22217116;WS=22217098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr1	22303702	rs4415533	C	A	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;MQRankSum=-0.075;QD=25.69;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr1	22307340	rs7528228	C	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=6;PP=229;SC=ATGAGAAAAGCGGAAGCTTCT;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=14;WE=22307348;WS=22307330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	22307358	rs7528300	C	G	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.12;QD=24.90;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	22307538	rs7528405	C	T	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=22;PP=711;SC=CAGGAGCTCCCGGACCTACCA;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=22307546;WS=22307528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	22310080	rs10799723	G	A	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=8;PP=488;SC=TTTGGAGGGTGAAGGAGCTGG;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=22310088;WS=22310070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	22310139	rs10733031	T	G	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.37;QD=46.29;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	22310145	rs10733032	C	T	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.53;QD=42.96;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	22310262	rs10733033	G	C	6604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.39;QD=25.31;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	22310411	rs28468423	A	G	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.22;QD=43.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	22310411	.	AGA	GGG	878	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=48.44;NF=14;NR=26;PP=878;QD=23.2866968716;SC=CACCAAGACCAGACCTTGTAC;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=40;WE=22310421;WS=22310401;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,40:0.89:45
chr1	22310413	rs7549398	A	G	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.08;QD=46.95;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	22310662	rs6426735	G	T	17155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=165;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.343;SC=CCCCTGACTCGGTGCTTTTTA;SOR=0.320;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=350;TCF=167;TCR=183;TR=347;WE=22310682;WS=22310652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,666:1.00:667
chr1	22310674	rs7538207	C	T	15331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,594:1.00:594
chr1	22310725	rs3820287	G	C	8547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=138;PP=2965;SC=CCCTGCTGCCGGTGGTGGACT;SOR=1.172;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=78;TCR=138;TR=216;WE=22310733;WS=22310715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr1	22310824	rs1803531	T	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=743;SC=CCGGCTGCAATGTGAGTCAGC;SOR=5.031;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=22310832;WS=22310814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	22313161	rs1803530	T	C	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=51;PP=1269;SC=CCGCCTTCATTGACTGGATTG;SOR=1.076;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=78;WE=22313169;WS=22313151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	22313371	rs34262568	G	A	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	22313469	rs3806296	G	C	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.01;QD=26.85;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	22313521	rs71638814	G	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.64;QD=24.58;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	22315662	rs12082371	C	T	4324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.82;MQRankSum=-1.486;QD=20.02;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,111:0.51:216
chr1	22315666	rs55665598	G	A	4321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.50;MQRankSum=-1.166;QD=19.73;ReadPosRankSum=0.946;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,113:0.52:219
chr1	22315710	rs12071902	G	A	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.93;MQRankSum=-1.675;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,106:0.52:202
chr1	22315738	rs4655006	C	T	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.74;QD=27.40;SOR=1.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	22324705	rs7534936	T	C	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=62;PP=1632;SC=TGATTCACCGTGAACACTGGC;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=107;WE=22324713;WS=22324695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	22328279	rs12751986	C	T	6503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=25.61;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	22329041	rs71016961	GC	G	3050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.643;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.370;NF=21;NR=18;PP=1251;ReadPosRankSum=-1.332;SC=TTGCTATGTTGCCCAGGCTGG;SOR=0.474;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=39;WE=22329049;WS=22329031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,78:0.44:176
chr1	22329062	rs143337942	CC	GT	4088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-10.774;NF=41;NR=25;PP=1920;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TCTCAAACTCCCGGGCTCAAG;SOR=0.663;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=176;TCF=112;TCR=64;TR=66;WE=22329071;WS=22329052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,106:0.44:239
chr1	22329220	rs55638883	G	A	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.726;NF=37;NR=63;PP=1369;ReadPosRankSum=2.703;SC=AGGGCTCATCGAGGGCCAGGC;SOR=0.887;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=189;TCF=75;TCR=114;TR=100;WE=22329228;WS=22329210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,121:0.51:239
chr1	22329346	rs200212152	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.968;NF=0;NR=9;PP=107;ReadPosRankSum=0.088;SC=AATGTTCACTGTTCATATGTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=9;WE=22329354;WS=22329338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr1	22329407	rs12756442	G	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=17;PP=1057;SC=CACACAGCCAGTTGAAGGCAT;SOR=1.468;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=22329415;WS=22329397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	22329645	rs4543768	T	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=32;PP=748;SC=TCTAATGGCGTGGCATCCAGC;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=22329653;WS=22329635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	22333688	rs3820289	T	C	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=12;PP=1343;SC=TGTTTTGGTATCTTCTGTGTG;SOR=2.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=55;WE=22333696;WS=22333686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	22336277	rs3820285	C	G	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=33;PP=1410;SC=TTTGTTTCTGCCTTTGGCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=65;WE=22336285;WS=22336267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	22336305	rs9187	C	T	6157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;MQRankSum=9.660;QD=43.06;ReadPosRankSum=2.914;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr1	22336308	rs12908	G	A	6126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;MQRankSum=8.245;QD=43.15;ReadPosRankSum=2.889;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr1	22405379	rs34952712	CT	C	174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=10.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.126;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.126;SOR=4.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr1	22408106	rs2501282	G	A	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=36;PP=1599;SC=GGATGGACTAGGGGACGATTA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=87;WE=22408114;WS=22408096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	22408199	rs201214894	A	AT	2493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.208;NF=7;NR=39;PP=1312;ReadPosRankSum=0.058;SC=ACAGTGTTGTATTTTTTTGTT;SOR=0.946;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=46;WE=22408207;WS=22408189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr1	22447148	rs12756110	G	C	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=257;SC=CCTCCTCTTAGGAATTACGCG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=22447156;WS=22447138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	22447645	rs41420150	C	CTG	1040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=763;SC=GTGGGAGAGTCTGGGGCCCTG;SOR=4.977;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=22447653;WS=22447635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	22818139	rs75197070	ATT	A	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=3.224;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	22832743	rs209732	A	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=9;PP=216;SC=AGGTATTAGTAAATTGTTGAC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=22832751;WS=22832733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	22835677	rs209729	A	G	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=61;PP=1848;SC=AAGATTGAGTACAAGCTCTTT;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=95;WE=22835685;WS=22835667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	22837586	rs34404742	CT	C	289.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.388;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr1	22846709	rs209720	G	A	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=62;PP=1900;SC=GGAGCGGCACGTGGTGACCCA;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=103;WE=22846717;WS=22846699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	22849003	rs998978	A	C	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=45;PP=1292;SC=CGGGGCCTGAATCTCCCCTCC;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=22849011;WS=22848993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	22852715	rs881646	G	C	4644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=51;PP=1618;SC=CCCCAGAGCCGGTGGCCCCGA;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=101;WE=22852723;WS=22852705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	22925292	rs664340	C	G	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=46;PP=2203;SC=CAGGCGCCTCCCCGGGCTTTC;SOR=1.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=80;TCR=48;TR=124;WE=22925300;WS=22925282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	22987958	rs10580	A	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=27;PP=789;SC=CCCTTGCCCAACCAATGCACA;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=22987966;WS=22987948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	23045943	rs2869513	A	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=13;PP=578;SC=ATCTGGTTTCACAGGGCCCAC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=34;WE=23045951;WS=23045933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	23101688	rs1561624	T	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=11;PP=615;SC=GTTGTGAAAATAGATGGATGT;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=23101696;WS=23101678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	23107811	.	TAA	T	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	23108089	rs2817904	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=350;SC=TTCAGGACCCAGAGCCAGGCC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=23108097;WS=23108079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	23216712	rs309474	T	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=13;PP=468;SC=GAGCCTCAGCTGGAAGTTGAG;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=23216720;WS=23216702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	23219187	rs116119	C	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=289;SC=CTCTGCCTACCTTTGTGGGCA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=23219195;WS=23219177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	23219493	rs309472	T	C	7933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=84;PP=2965;SC=CCGTGGCAGGTTACGGGCGCT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=150;WE=23219501;WS=23219483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	23223116	rs309466	C	T	3485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=72;PP=1860;SC=AGCTCACTCTCACCTCTAGGC;SOR=1.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=94;WE=23223124;WS=23223106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	23232400	rs309502	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=242;SC=TTTCCCTCCACGGAGGGACTG;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=12;WE=23232408;WS=23232390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	23236826	rs309497	C	T	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=22;PP=1668;SC=AGAGGGTAGACGCCCTCAGCC;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=23236834;WS=23236816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	23280424	rs12048993	G	T	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=43;PP=1526;SC=GCTCCAGCACGTTCTCCGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=83;WE=23280432;WS=23280414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	23289568	rs10799777	T	C	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=17;PP=898;SC=GCCCAGCCCATATGCCCAGTT;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=23289576;WS=23289558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	23289841	rs78538754	G	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=5;PP=102;SC=GGGATATCAGGGTCCAGAGAC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=23289849;WS=23289831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	23291582	rs4655138	G	A	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=2;PP=187;SC=TTTTATACACGAGGACATCGA;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=23291590;WS=23291572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	23342193	rs10917344	C	G	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=196;SC=CATAGATGAACCTTGAGGACA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=23342201;WS=23342183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	23342362	rs681648	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=241;SC=TGTTTAATGTATACAGAATTT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=23342370;WS=23342352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	23380198	rs579785	A	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=10;PP=877;SC=TTTTAAAGATAGTCAAATAAC;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=23380206;WS=23380188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	23399932	rs967605	C	T	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=38;PP=1055;SC=ATTGCACATGCCTTTGAGAGG;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=23399940;WS=23399922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	23405794	rs2072945	A	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=416;SC=TTGTGACATCAGGGCTGAGGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=23405802;WS=23405784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	23405872	rs2072944	T	C	242.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CTTAGTCTTATGGGGTCATTT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=23405880;WS=23405862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	23409538	rs2235546	G	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	23418153	rs10799790	C	T	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=38;PP=1483;SC=TCTGGCCTGTCCTTCAGGGGC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=23418161;WS=23418143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	23419261	rs477717	G	A	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=65;PP=2527;SC=CCTTCAGTCCGCTCTCGGTGC;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=126;WE=23419269;WS=23419251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	23419374	rs3765407	G	T	9644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	23419383	rs477830	C	T	9774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	23419855	rs1983965	T	C	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=34;PP=1405;SC=GTTTGATTTGTGTCTTAAGTT;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=74;WE=23419863;WS=23419845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	23664511	rs11586100	T	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=182;SC=GTGCCAGAGATTGGAGCAGAC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=23664519;WS=23664501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	23688933	rs2849028	A	G	6475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=77;PP=2965;SC=TCTGACTGAAATTCTTCCCAC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=79;TCR=77;TR=156;WE=23688941;WS=23688923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	23693422	rs2849025	T	C	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=6;PP=676;SC=GTCAAGCCAATATCCAATTAA;SOR=2.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=23693430;WS=23693412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	23696152	rs665977	G	A	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=36;PP=1022;SC=GAGGCTGGCCGAGAAACCACC;SOR=1.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=23696160;WS=23696142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	23710805	rs605468	A	G	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=32;PP=1538;SC=GTATGTGGATAACAGGGAAGG;SOR=1.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=80;WE=23710813;WS=23710795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	23713952	rs676363	T	G	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=29;PP=993;SC=CTGAGGAGTTTCAGGGGCCCT;SOR=0.927;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=51;WE=23713960;WS=23713942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	23720260	rs2486078	T	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=609;SC=GAGGCTGGTTTGAAAAGCTCC;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=23720268;WS=23720250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	23724183	rs2275355	C	T	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=21;PP=771;SC=TGTTCCTGTACCATCCCTTGG;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=23724191;WS=23724173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	23735241	rs1198423	G	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=18;PP=554;SC=AAATTGGCAAGGAGACTGCTT;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=23735249;WS=23735231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	23743581	rs2156087	C	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=0;PP=234;SC=AGTCTAACATCTGGTTGAGCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=23743589;WS=23743571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	23751140	rs71514235	G	T	7633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr1	23755513	rs1198430	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=30;PP=757;SC=CCATCAACCCTGACTATTCCT;SOR=1.002;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=49;WE=23755521;WS=23755503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	23758134	rs1198434	A	G	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=50;SC=AAATCAATGGATGCTCAGAGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=23758142;WS=23758130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	23758498	rs11438812	T	TA	143.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=19;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.674;NF=0;NR=6;PP=58;ReadPosRankSum=0.157;SC=GCCTCTAGGATTTTTTTTTTT;SOR=0.595;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=23758506;WS=23758488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr1	23765472	rs1767148	A	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=525;SC=CAAGGATGTGAAGTGTAGACT;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=23765480;WS=23765462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	23810658	rs71514236	G	A	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	23836364	rs2075993	A	G	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=28;PP=1343;SC=GGGGGCAGGCAGGGCCACTCA;SOR=1.159;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=78;WE=23836372;WS=23836354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	23845589	rs56128752	A	T	7378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=89;PP=2928;SC=AGTTGCCAACAGCACGGATAT;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=164;WE=23845597;WS=23845579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	23847464	rs2075995	C	A	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=44;PP=1493;SC=TCTGGATGAGCTGGTCCAAGG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=23847472;WS=23847454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	23954126	rs34020220	T	TAC	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5346;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=549;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CTTCCAATTGTACACACACAC;SOR=1.179;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=12;WE=23954134;WS=23954116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr1	23955186	.	T	TTTATTATTATTATTATTATTATTA,TTTATTATTATTATTATTATTA	868.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.67;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0,0;NR=8,8;PP=270,60;SC=CATTTATTCATTTATTATTAT;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8,8;WE=23955194;WS=23955176;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:21
chr1	24018277	rs10917413	C	G	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=62;PP=2311;SC=ATAAGGCCCTCGGCCGGAAGC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=121;WE=24018285;WS=24018267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	24106510	rs3831910	A	AT	1288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=30;PP=1182;SC=GAATAGTATCATTTTCTTCTT;SOR=2.208;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=30;WE=24106518;WS=24106500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	24122986	rs760941	C	T	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.02;SOR=5.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	24124801	.	C	CTTT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.880;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr1	24133612	rs1018396	G	A	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=39;PP=1381;SC=TGTCCTGAGCGTGATCAGGAT;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=76;WE=24133620;WS=24133602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	24134721	rs719400	T	C	4257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=52;PP=2154;SC=TGACAGCAGATAGCATGTCTT;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=114;WE=24134729;WS=24134711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	24143932	rs2076344	A	G	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=13;PP=507;SC=TTTCATCCCTAGAGAAAGGCC;SOR=0.963;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=30;WE=24143940;WS=24143922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	24200903	rs2229586	G	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=131;SC=TCAGCAAAAAGGGGTCCGTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=24200911;WS=24200893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	24200921	rs2229585	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=172;SC=TGTCTAGGTGTCTGGGACTGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=24200929;WS=24200911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	24200969	rs2229584	T	C	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=480;SC=CCTCTCTCTCTTCCAGGGAGT;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=24200991;WS=24200959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	24200983	rs2229583	C	T	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=532;SC=AGGGAGTGAACTGATTTCTGA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=24200991;WS=24200959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	24201094	rs2229581	G	C	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=28;PP=1281;SC=CCTCTGTCTCGGTGACTGAGG;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=69;WE=24201102;WS=24201084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	24201109	rs2229580	C	T	2871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=29;PP=1520;SC=CTGAGGATCTCGGGGCTTCTT;SOR=1.000;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=73;WE=24201117;WS=24201099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	24201262	rs2502993	A	G	7565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=77;PP=2965;SC=TGGAGCAGAAAGCAAAGGCCT;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=162;WE=24201270;WS=24201252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	24201357	rs4649124	A	G	5312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=71;PP=2764;ReadPosRankSum=-0.988;SC=AGCACAGCCAACACTAGCCCT;SOR=0.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=61;TCR=71;TR=131;WE=24201365;WS=24201347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr1	24201448	rs3003336	C	T	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=67;PP=2253;SC=ACAAGCTGGCCACATGCTGAT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=114;WE=24201456;WS=24201438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	24201643	rs2501431	G	A	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=35;PP=1353;SC=CCCACATGATGCCCAGGGTCA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=24201651;WS=24201633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	24201919	rs2502992	TT	CC	7999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.330;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=70;PP=1878;ReadPosRankSum=-0.575;SC=TCCGGCGGAGTTGGTGGGAGG;SOR=0.474;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=130;WE=24201928;WS=24201909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr1	24255844	rs71575785	C	CTATTAT	480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=43.70;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	24288476	rs72540327	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=98;SC=GTAAAAAAAATAGACCATCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=24288484;WS=24288466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	24294450	rs200961364	C	CA	197.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=4.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.53;MQRankSum=-3.367;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.844;SOR=1.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	24294587	rs145191744	G	A	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	24383819	rs7540491	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=7;PP=436;SC=CTGGTCCATGTAGACTAGACT;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=24383827;WS=24383809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	24387822	rs7553075	T	A	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=38;PP=1182;SC=CAGAGGAGAATGGGGGCCATC;SOR=1.014;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=61;WE=24387830;WS=24387812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	24388371	rs4649168	T	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=404;SC=ACTGACCCAGTGTGCCCAGAC;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=24388379;WS=24388361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	24388417	rs11811060	A	G	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=9;PP=672;SC=TTCCCTGCAGACATAGGTGGA;SOR=1.559;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=24388425;WS=24388407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	24388679	rs3795303	T	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=306;SC=TCCTCTCCTCTGGTTTTGTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=24388687;WS=24388669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	24389509	rs67138023	GAA	G	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=170;SC=TGGGGGACCAGAAACTCTGCT;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=24389518;WS=24389501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	24392600	rs6682222	G	A	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=40;PP=1711;SC=CACATACCATGTGTCTCCTCT;SOR=0.867;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=96;WE=24392608;WS=24392590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	24392671	rs6699525	T	C	6173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=73;NR=68;PP=2569;SC=GATCCCTGCCTTACTCTATTT;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=73;TCR=68;TR=141;WE=24392679;WS=24392661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	24392796	rs10903076	C	T	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=50;PP=1406;SC=CTGCCCCATCCGGGTCAAGCA;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=70;WE=24392804;WS=24392786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	24393563	rs16829071	C	T	7413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=64;PP=2789;SC=CTGCAACGGCCGCTCAAAATA;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=142;WE=24393571;WS=24393553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr1	24393729	rs11249090	G	A	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=43;PP=1264;SC=GGGTGAGGCAGGGGCGGTGCT;SOR=2.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=55;WE=24393737;WS=24393719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	24394424	rs7542151	G	A	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=46;PP=1612;SC=CGAACCAGTGGCCAGGGATTT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=95;WE=24394432;WS=24394414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	24394673	rs12125641	C	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=447;ReadPosRankSum=-0.413;SC=CGGGGCAGGGCGGGGCAGGGC;SOR=3.126;Source=Platypus;TCF=22;TR=23;WE=24394681;WS=24394663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr1	24394811	rs12145360	A	G	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=1342;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GTTCTGGATGATCACTTCCAC;SOR=0.272;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=70;WE=24394819;WS=24394801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr1	24395003	rs6660675	T	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=320;SC=AACCCTCTGCTGCTCCCCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=24395011;WS=24394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	24400584	rs6660949	G	C	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	24400633	rs10903083	C	G	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=39;PP=1469;SC=TGGCAGGGAGCGGGGTAGGTG;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=84;WE=24400641;WS=24400623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	24409165	rs4320728	C	T	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=51;PP=2118;SC=TGACACAAAACTCGTACTCCT;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=113;WE=24409173;WS=24409155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	24416059	rs4393101	T	C	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=23;PP=1318;SC=TGGTGCTCTGTCCCGGGGGCT;SOR=1.105;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=64;WE=24416067;WS=24416049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	24416133	rs4276859	C	T	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=53;PP=1827;SC=CATTGGTTGGCGGTGAGGGGA;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=104;WE=24416141;WS=24416123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	24417415	rs6700245	T	C	8207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=118;PP=2965;SC=GACGAGGCCTTGGATTGGGCA;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=77;TCR=119;TR=195;WE=24417423;WS=24417405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr1	24434717	rs11447181	T	TC	663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=573;SC=CAAGGCTGCATCCCCCCGACC;SOR=1.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=18;WE=24434725;WS=24434707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	24448084	rs17852648	G	A	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=49;PP=1742;SC=GAGCTCCTGCGGGCTCCCTGG;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=88;WE=24448092;WS=24448074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	24460797	rs17852649	T	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=12;PP=490;SC=CTGCACGGATTGGCGTGGGGG;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=24460805;WS=24460787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	24484441	rs946671	A	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=20;PP=553;SC=CATAATTATCATCATCTGAAT;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=24484449;WS=24484431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	24485518	rs10751769	T	C	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=7;PP=921;SC=CCCCACCTGCTGCACACCCCC;SOR=2.259;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=42;WE=24485526;WS=24485508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	24485813	rs4649194	T	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=671;SC=AACCAAGGTTTGGGGCATTAT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=33;WE=24485821;WS=24485803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	24513608	rs12094257	C	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=233;SC=CCAGGAGCTCCGGGTCCGAGG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=24513616;WS=24513598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	24513768	rs4090311	G	A	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=502;SC=CCCCGCCCGGGCCCAGGTCCC;SOR=1.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=23;WE=24513776;WS=24513758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	24662903	rs12062028	G	C	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=13;PP=1492;SC=CAGTTGCCTTGCACTCTAGCC;SOR=2.400;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=66;WE=24662911;WS=24662893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	24671287	rs4648859	C	T	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	24671464	.	ACCCTCCACACCTGTGCC	A	342.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.19;NF=0;NR=7;PP=1128;SC=ACACCTGTGCACCCTCCACAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=24671488;WS=24671454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	24673247	rs6702097	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=11;PP=245;SC=ACCCCTTGGAGCTAGGTTTAG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=24673255;WS=24673237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	24673866	rs6691722	A	G	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=29;PP=1467;SC=AGCAGAAGTCAATCTTCAAGT;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=24673874;WS=24673856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	24684116	rs7527465	G	A	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=608;SC=GGTATCTGGCGGGGTTAATGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=24684124;WS=24684106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	24684728	rs11249092	G	A	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=23;PP=1681;SC=GCAGGGAGTCGTGCCGGAAGG;SOR=1.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=81;WE=24684736;WS=24684718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	24687653	rs532147	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=154;SC=GTCACGGCACTGGGGCAGAGC;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=24687661;WS=24687643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	24695749	rs35671964	C	G	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=28;PP=1113;SC=TTTTATGTTACAAAAATAGAA;SOR=0.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=65;WE=24695757;WS=24695739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	24706113	rs3765428	G	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	24706269	rs1064842	A	G	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.00;ReadPosRankSum=1.412;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr1	24706292	rs1142057	T	C	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	24706410	rs3765431	T	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=18;PP=398;SC=AAGGTCTAAATGCATTTTATA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=24706418;WS=24706400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	24706438	rs3835230	A	AG	475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=474;SC=AAACTCTGGCAGTAACAATGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=24706446;WS=24706428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	24710405	rs11538189	A	G	3829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=40;PP=1523;SC=TGAGGGAAACATGCAAGTTCC;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=93;WE=24710413;WS=24710395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	24746056	rs148391167	G	A	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	24927561	rs4553122	T	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	24989762	rs4649011	G	T	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=30;PP=949;SC=GTCAAAAATTGTAGTGACTTA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=24989770;WS=24989752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	25098245	rs9332415	T	C	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=4;PP=664;SC=ATTGGGGTTTTGTAACTAGCT;SOR=3.056;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=25098253;WS=25098235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	25098341	rs7548438	C	T	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=30;PP=1361;SC=GGTTCAAGTCCTATGTGTATC;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=71;WE=25098349;WS=25098331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	25153692	rs4649022	G	A	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	25254317	rs7517302	C	T	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=32;PP=856;SC=GCAGCTCCCCCAGGTCCCAGG;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=25254325;WS=25254307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	25256444	rs71514255	G	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=235;SC=CTCGGCCGCCGCTGCCGCGAG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=25256452;WS=25256434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	25291010	rs6672420	A	T	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.68;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	25570550	rs5773124	A	AT	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.962;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.257;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr1	25678002	rs66744254	TA	T	290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=0.878;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,21:0.88:24
chr1	25678238	rs3093616	T	A	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=36;PP=1037;SC=TTAAGATGAGTATTTCACATG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=25678246;WS=25678228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	25747230	rs586178	G	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.36;QD=31.60;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	25893221	rs4523506	G	T	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=7;PP=721;SC=CCCCTGCACCGGGGGCTTCCT;SOR=2.191;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=34;WE=25893229;WS=25893211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	25893242	rs4418583	TG	CA	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=16;PP=2141;SC=TCTTGGGCCATGTGCCCTGCT;SOR=1.478;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=54;WE=25893251;WS=25893232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	26085048	rs11321223	AG	A	3207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=27;PP=2440;SC=GCCTGGCCAAAGGGGGGATGA;SOR=1.877;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=75;WE=26085056;WS=26085038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	26090072	rs807270	A	G	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=14;PP=499;SC=GTTGGGTGGGATAGGAGTCGG;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=26;WE=26090080;WS=26090062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	26098107	rs2072747	G	A	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=15;PP=786;SC=GAGAGCCGGCGGCAGATGGAG;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=26098115;WS=26098097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	26098333	rs807264	G	A	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=28;PP=944;SC=GCCGAGCGAGGGTGCTGCGGG;SOR=1.318;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=40;WE=26098341;WS=26098323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	26107688	rs807273	C	A	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TGGCTTGGGCCTGGAGTGGAA;SOR=0.530;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=80;WE=26107696;WS=26107678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr1	26109237	rs12567324	A	G	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=61;PP=1776;SC=TGGGAGGTTGAGGGTAGGGGT;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=21;TCR=61;TR=82;WE=26109245;WS=26109227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	26110065	rs3820514	A	G	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=67;NR=41;PP=1995;SC=GCCTATCACAAAGGCCCTGAG;SOR=1.088;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=108;WE=26110073;WS=26110055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	26110143	rs3767877	G	A	8205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=82;PP=2965;SC=CCTGCCCTGCGTGGGGCACAG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=85;TCR=82;TR=167;WE=26110151;WS=26110133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	26127020	rs13373825	G	A	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	26127425	rs6659086	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=666;SC=CACTGGGAGAGCTCAGGAAGA;SOR=4.332;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=26127433;WS=26127415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	26131654	rs7349185	G	A	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=18;PP=865;SC=GCGGCCAGCTGCGAGGAGGAG;SOR=1.197;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=52;WE=26131662;WS=26131644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	26138136	rs760598	C	A	7010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	26138262	rs760597	T	C	4354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	26139137	rs10902685	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	26139392	rs3738451	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=14;PP=420;SC=TGAGGGCCTCAGGGACTGCCC;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=26139400;WS=26139382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	26139444	rs10751726	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=9;PP=230;SC=TTTCTGTGCTGAGCCCAGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=26139452;WS=26139434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	26139919	rs6676509	C	T	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=103;SC=AGTACAAGCACGGTGAGTGTT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=26139927;WS=26139909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	26140573	rs2294228	C	A	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=60;PP=1998;ReadPosRankSum=-0.536;SC=CACAGAACAACCAGGAGAACT;SOR=0.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=115;WE=26140581;WS=26140563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr1	26146884	rs984412	C	G	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=40;PP=1228;SC=AGGCGGCGAGCACTTGGCCGA;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=26146892;WS=26146874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	26150023	rs11247758	C	T	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=24;PP=876;SC=TAGAGAGTGCCCTGTCCCTAG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=26150031;WS=26150013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	26152666	rs6598923	T	C	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=13;PP=1051;SC=AGGAACCTTCTTCTGCCCCCT;SOR=1.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=26152674;WS=26152656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	26152758	rs6598924	A	G	5098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=52;PP=2078;SC=TCATCATGGCATCTGTAAATG;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=121;WE=26152766;WS=26152748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	26310394	rs2275102	A	G	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=17;PP=865;SC=GTAGGGAGAGAACAGGCTCAT;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=26310402;WS=26310384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	26314564	rs2245979	T	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=230;SC=AAAGGCCTTCTGGGGAAGGTG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=26314572;WS=26314554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	26349245	rs35744844	C	T	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=41;PP=1664;SC=CATTGCCTCCCAGACCTCGGC;SOR=0.850;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=89;WE=26349253;WS=26349235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	26349967	rs1938405	C	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.82;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	26357178	rs35238823	A	AC	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.203;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=276;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TGTTTGGGGAACCCCCCCCCC;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=14;WE=26357186;WS=26357168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr1	26357656	rs2736831	C	A	11086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=128;NR=109;PP=2965;SC=AACATCAGCTCACCCCTCACT;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=128;TCR=109;TR=237;WE=26357664;WS=26357646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr1	26357855	rs2802321	A	G	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=53;PP=2560;SC=TCCAAGCCCTAACATTTTTCC;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=114;WE=26357863;WS=26357845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	26358752	rs5773143	T	TA	3337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=23;PP=2822;SC=TGGATCCAACTAACCCTTCTC;SOR=1.970;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=66;WE=26358760;WS=26358742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	26365374	rs4659404	T	G	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=6;PP=380;SC=TGGTAGAACATTTGCTGAGGA;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=26365382;WS=26365364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	26365549	rs2997452	C	T	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=18;PP=890;SC=ACCTGGTTTACAACACAGCTG;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=26365557;WS=26365539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	26372144	rs6686190	A	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=7;PP=637;SC=CAGGGGTCAGAATCTGGGCTG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=26372152;WS=26372134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	26383645	rs144384652	CCAGGGGT	C	3138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=19;PP=1738;SC=ATGCTGGTTTCCAGGGGTCAG;SOR=1.042;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=32;WE=26383659;WS=26383635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	26487940	rs3748856	A	G	6229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=86;PP=2965;SC=CTCACGCCGCACCCCTGCAAC;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=75;TCR=86;TR=161;WE=26487948;WS=26487930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	26496370	rs2232646	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=339;SC=CCGAGCCTGCCTAGCCCCCCG;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=26496378;WS=26496360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	26524706	rs9970046	A	G	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=31;PP=1319;SC=GCGTTCATTTACATGACATTT;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=57;WE=26524714;WS=26524696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	26526554	rs6700024	G	A	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	26527304	rs12121284	T	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	26527310	rs12118976	C	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.28;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	26527809	rs1889755	AG	CA	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=1022;SC=CCCTCCCCTGAGGCCTTCTGA;SOR=1.781;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=23;WE=26527818;WS=26527799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	26527951	rs6657616	G	A	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	26528181	.	C	CTTT	177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.34;MQRankSum=0.126;QD=17.78;ReadPosRankSum=0.385;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr1	26528922	rs10902720	C	G	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	26596080	rs7550997	G	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=22;PP=600;SC=GCAGAGAGAAGCAGAATTCTC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=26596088;WS=26596070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	26597435	rs4659419	G	A	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	26597673	rs11247894	G	A	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=172;SC=GGAGGGATACGTGAATTCTTG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=26597681;WS=26597663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	26601570	rs11577318	A	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=27;PP=888;SC=GAGGTGAGCAACATTAGTCAG;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=26601578;WS=26601560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	26606174	rs10902732	A	C	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=12;PP=584;SC=AAACCTTCCAAAGCCCCAAGC;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=26606182;WS=26606164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	26607726	rs7544	T	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=29;PP=909;SC=AACCTAACCTTAGAGTCCCTC;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=26607734;WS=26607716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	26608761	rs12354062	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=6;PP=403;SC=AAGAGCCTGGCGGAGCAGCGG;SOR=1.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=26608769;WS=26608751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	26608814	rs6672357	A	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=103;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=246;SC=GACTGGGTCCAGGACAGGGAC;SOR=2.448;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=19;WE=26608822;WS=26608804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	26608848	.	CTGGGGCCGGG	C	2655.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	26608859	.	ACCGGGACC	A	2700.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.78;SOR=1.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	26608877	rs140364749	GCCGGGA	G	2863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.847;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.50;ReadPosRankSum=1.771;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr1	26609307	rs6598952	G	T	7321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=99;PP=2965;SC=CCATCAGCACGCGGTGACCCA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=100;TCR=101;TR=199;WE=26609315;WS=26609297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr1	26610891	rs4332350	A	C	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	26612042	rs11247898	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	26612297	rs11579630	C	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	26612460	rs11247900	G	A	5148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=62;PP=2121;SC=TCTACCACCAGCTCACTAAGA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=115;WE=26612468;WS=26612450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	26620846	rs3832184	C	CA	5718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=58;PP=2966;SC=GGGGGAGATGCGGGGCACCGT;SOR=0.997;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=8;TCR=62;TR=66;WE=26620854;WS=26620836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	26623641	rs12129482	C	T	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=641;SC=GACCCCGTGGCGGTGCCTTGA;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=26623649;WS=26623631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	26644399	rs41285347	C	T	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=20;PP=1074;SC=TACCTCACCCCGCCTCCTCTG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=26644407;WS=26644389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	26648381	rs17163868	C	T	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=11;PP=827;SC=TAGAAAATAGCTTATGTTACA;SOR=1.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=26648389;WS=26648371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	26648838	rs11247914	G	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=704;SC=AGGTCATCAGGCATTGTTCCT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=26648846;WS=26648828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	26650550	rs11247915	C	A	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=40;PP=2187;SC=CTGTGTGCATCCCTCTGTGTT;SOR=1.350;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=80;TCR=40;TR=120;WE=26650558;WS=26650540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	26654937	rs11589684	G	C	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=46;PP=1388;SC=TTCTCCCATGGAGGGATTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=26654945;WS=26654927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	26655208	rs11247916	C	T	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	26655462	rs12057290	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=33;PP=861;SC=ATCTGTATGTCAGGCCTTCTT;SOR=3.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=26655470;WS=26655452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	26655507	rs11247917	C	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=273;SC=GCCACTGATTCTTGGACGCTG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=26655515;WS=26655497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	26662774	rs7517559	C	T	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=25;PP=1326;SC=GGGAAAGGTCCGAAATGAGGG;SOR=1.265;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=72;WE=26662782;WS=26662764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	26663362	rs10751735	C	T	5768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=65;PP=2291;SC=GGCCTGTGTGCTGGGGCCGTG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=121;WE=26663370;WS=26663352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	26664968	rs11247919	C	T	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=26;PP=798;SC=ACAGTAGCCACCTAGGGGAAA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=26664976;WS=26664958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	26671522	.	GAAATGAGGCATCA	G	2619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.36;QD=42.95;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	26671538	.	AGCAC	A	2696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.48;QD=44.21;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	26671544	.	GGGGCCCTTCACGACCTCTTTCCAGGTGGGGAACA	G	2677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.51;QD=44.63;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	26671594	.	TG	CA	386	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MMLQ=27;MQ=58.66;NF=1;NR=9;PP=386;QD=43.9467874862;SC=GCAGGAGCACTGGACCCCTGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=10;WE=26671603;WS=26671584;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:30,10:0.25:40
chr1	26671625	.	A	G	340	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=63;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=340;QD=20.8206229193;SC=TCTGGGTGGGAGATGAGGCAG;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=18;WE=26671633;WS=26671615;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr1	26671658	.	G	A	297	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=297;QD=17.4616427656;SC=GGCCCTTCACGACCTCTTTCC;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=19;WE=26671666;WS=26671648;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:44,19:0.30:63
chr1	26671690	.	A	G	301	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=301;QD=17.6721690814;SC=GAGGCAGCAGAAGCACTGGAC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=19;WE=26671698;WS=26671680;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr1	26671719	.	C	T	156	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=27;MQ=56.48;NF=4;NR=10;PP=156;QD=13.6265151819;SC=CACCTCCTTCCGGGTGGGAGA;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=14;WE=26671727;WS=26671709;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr1	26694245	rs10794531	T	C	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=20;PP=594;SC=GGATGGGCCATGAGCATCCAC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=26694253;WS=26694235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	26694260	rs10794532	T	C	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.01;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	26698884	rs11247936	T	C	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=14;PP=1120;SC=ACATGAGTCTTGAGGGAGGCA;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=26698892;WS=26698874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	26698938	rs6703878	A	G	4436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=77;NR=40;PP=2356;SC=CAAATACTTAATTCCAACCTC;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=117;WE=26698946;WS=26698928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	26699103	rs11584185	T	C	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=61;PP=1964;SC=CTTGCACAACTTCTCTGTTAG;SOR=1.144;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=90;WE=26699111;WS=26699093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	26699157	rs11247937	T	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=37;PP=1045;SC=CTTCCCAACCTACTCTGGTGA;SOR=2.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=26699165;WS=26699147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	26700631	rs12079255	A	G	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=20;PP=1281;SC=GTTCACCAAAACTCTACTCCC;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=26700639;WS=26700621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	26700795	rs7520030	T	C	6590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=61;NR=77;PP=2628;SC=CCAGCTGTGCTCCCTCCTGGC;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=61;TCR=77;TR=138;WE=26700803;WS=26700785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	26752992	rs4659441	T	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=37;PP=976;SC=CAGGAAGTTTTGAGGAGCAGG;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=26753000;WS=26752982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	26784196	rs114122859	A	G	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=244;SC=TGAGAAGCCTATATATGGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=26784204;WS=26784186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	26799941	rs2255389	A	G	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=6;PP=873;SC=AACCACCTCAAAATCTGCAGT;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=26799949;WS=26799931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	26801290	rs2045343	A	T	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=161;SC=CTTTCCTGTTAACTTAAATCC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=26801298;WS=26801280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	26879920	rs4970490	T	C	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=22;PP=1069;SC=TTTACCTGGCTGAGCTGGCTC;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=26879928;WS=26879910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	26900428	rs34694705	C	CA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr1	26901007	rs41303623	G	A	1682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=25;PP=775;SC=CAGCCATTGCGGCCCCAGGAG;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=39;WE=26901015;WS=26900997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	27320356	rs6689941	T	C	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=30;PP=1418;ReadPosRankSum=-1.703;SC=GCCGCCGCCCTGGGATCCCAT;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=75;WE=27320364;WS=27320345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,162:0.99:164
chr1	27426796	rs4266911	T	C	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=11;PP=871;SC=CTGGCCCTGGTGTTACTGCCC;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=27426804;WS=27426786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr1	27428321	rs6598870	T	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=31;PP=691;SC=ACCGCAGCTGTGGGAGGGACA;SOR=0.870;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=54;WE=27428329;WS=27428311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	27435976	rs3738689	C	G	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=19;PP=1111;SC=CAGCCCCCGCCCCCACCCCGC;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=27435984;WS=27435966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	27480757	rs34306208	A	G	4942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=71;PP=2436;SC=CCACCAAAGCAACCACCACGA;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=62;TCR=71;TR=133;WE=27480765;WS=27480747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	27609629	.	CA	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	27609980	rs6670124	T	G	4894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=66;PP=2337;ReadPosRankSum=-0.920;SC=AAGCCACAGATCAAGCACAAG;SOR=0.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=122;WE=27609988;WS=27609970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr1	27610043	rs41291064	T	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=34;PP=987;SC=CCATATACCGTCTAGGGTCAC;SOR=2.400;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=45;WE=27610051;WS=27610033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	27660340	rs12758154	T	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=7;PP=378;SC=TTACTGTACATCTCAGCACCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=27660348;WS=27660333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	27660568	rs35771571	G	A	5831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=48;PP=2926;SC=GGGCGGCACCGGCACTCCCCA;SOR=1.206;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=92;TCR=48;TR=140;WE=27660576;WS=27660558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	27661037	rs12565684	T	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.06;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	27661755	rs71294466	T	TGTA	1437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=5;PP=1305;SC=AGGGGGTGGTTGGGTTTTCCT;SOR=3.056;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=28;WE=27661763;WS=27661745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	27676925	rs6702341	G	A	10347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr1	27679692	rs11247639	A	G	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=15;PP=1104;SC=CATATGTGAGAGAGAATGAGT;SOR=1.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=27679700;WS=27679682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	27679797	rs3813795	A	G	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=55;PP=2229;SC=GATGACAGCCAGGCCAGCCGC;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=123;WE=27679805;WS=27679787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	27679954	rs1128918	G	A	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=40;PP=1350;SC=GCCAGCTGGGGGGCACACGCC;SOR=1.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=62;WE=27679962;WS=27679944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	27680292	rs8533	A	G	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=38;PP=1539;SC=AGCCGTGCGAATGGGTGGATG;SOR=0.806;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=82;WE=27680300;WS=27680282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	27686063	rs7521552	G	C	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=32;PP=963;SC=GCCAGCAGAAGTAGACCCTCT;SOR=1.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=44;WE=27686071;WS=27686053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	27687366	rs35733093	C	G	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	27688633	rs1138294	G	A	4834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=58;PP=2202;SC=CACCACCTGGGTGGGGTCATT;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=115;WE=27688641;WS=27688623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	27696011	rs10218730	C	T	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=28;PP=774;SC=CCCAGCACCACGCCTGGCACC;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=27696019;WS=27696001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	27875824	rs4908364	C	T	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=44;PP=1530;SC=CAGTCTGAAGCGGCTGGAGTT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=83;WE=27875832;WS=27875814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	27944000	rs1292089	T	A	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=188;SC=GTAGGTGCCCTGCAAAGGTTA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=27944008;WS=27943990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	27995077	rs56015130	G	T	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=35;PP=1081;SC=CGTAGTGGGGGTGTTGGGGTG;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=27995085;WS=27995067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	28086955	rs10902671	C	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=15;PP=738;SC=TGAAAAATAGCTTATATCCTG;SOR=1.201;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=40;WE=28086963;WS=28086945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	28268573	rs10902678	C	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=6;PP=194;SC=CACCCTTCAGCAGTATGTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=28268581;WS=28268567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	28268829	rs138466566	T	TC	4713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=34;PP=1388;SC=GCAAAGGGCCTCCCCCAACAT;SOR=0.876;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=42;WE=28268843;WS=28268819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	28268835	rs5018921	A	C	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=34;PP=1200;SC=GGCCTCCCCCAACATCCATCC;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=28268843;WS=28268819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	28280012	rs11577165	G	C	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=31;PP=686;SC=GCTTAGAAAAGGCAGTCTTGG;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=28280020;WS=28280002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	28282206	rs3813804	C	T	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=15;PP=781;SC=TGTACATTGTCGGCCACGTGC;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=28282214;WS=28282196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	28282819	rs4908381	T	C	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=40;PP=1160;SC=CTGTCACAGCTTCATACCTGG;SOR=2.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=28282827;WS=28282809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	28290231	rs4373781	C	G	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=29;PP=803;SC=GGCTGGCCCCCCTGTCGTGGC;SOR=1.480;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=42;WE=28290239;WS=28290221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	28301217	rs12406483	C	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=18;PP=546;SC=TAATCATATGCATAAGGACCT;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=28301225;WS=28301207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	28339933	rs6683268	A	T	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=139;SC=CTTCTCATTTACCTACCTAAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=28339941;WS=28339923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	28369279	rs2476547	G	A	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=36;PP=988;SC=GTAAATCTTCGTGATATCCTT;SOR=1.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=28369287;WS=28369269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	28374815	rs7541031	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	28422847	rs2989472	C	T	6820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=123;NR=64;PP=2965;SC=TACGGCCACTCCCTGTCCCGC;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=123;TCR=66;TR=187;WE=28422855;WS=28422837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr1	28422967	.	CT	C	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=3.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=2.196;QD=0.47;ReadPosRankSum=-1.046;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,75:0.18:411
chr1	28527011	rs1049504	A	G	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	28555426	rs567086	G	A	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=189;SC=AACATCAATCGGCTCACCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=28555434;WS=28555416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	28555579	rs3753863	C	A	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	28559574	rs510803	C	G	5624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=77;PP=2533;SC=TCTTACAGGTCCGCTCCTCTA;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=57;TCR=77;TR=134;WE=28559582;WS=28559564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	28559694	rs474597	A	G	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=22;PP=651;SC=CATATAATTAACCACTTTAAA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=28559702;WS=28559684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	28562676	rs12154	A	G	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=5;PP=1101;SC=GAGACGCCAGAGGTGCAGCTC;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=28562684;WS=28562666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	28563084	rs2078348	C	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.00;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	28564252	rs8559	A	G	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=16;PP=1392;SC=ATGGAATTGGAACTCCTATTC;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=61;WE=28564260;WS=28564242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	28564279	rs9508	A	G	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	28696507	.	C	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=231;SC=GCCGCCGCCTCCCTCCTCGGC;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=28696515;WS=28696497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	28834045	rs146544479	C	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.93;QD=36.78;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	28834052	rs140914793	T	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.36;QD=45.26;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	28835155	.	C	CA	192	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MMLQ=26;MQ=58.41;NF=4;NR=0;PP=192;QD=58.75;SC=CCATGATGTACAGTCCCTTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=28835163;WS=28835145;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr1	28835176	.	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.25;QD=42.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	28835178	.	G	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.25;QD=42.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	28835181	.	G	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.25;QD=42.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	28843271	rs139141175	CAG	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr1	29016714	.	T	TG	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr1	29016716	rs6678913	T	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.422;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr1	29019724	rs4654365	G	A	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=23;PP=699;SC=CCTGGGAGACGAGATTGATTT;SOR=2.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=29019740;WS=29019714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	29037240	rs11415888	C	CT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr1	29063559	rs6697540	A	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=292;SC=GCTCCCGCAGACGGGGCTCAT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=29063567;WS=29063549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	29070609	rs3835537	A	AG	285.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=312;SC=ATACAGTATCACCTAACAGTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=29070617;WS=29070599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	29138975	rs1042114	G	T	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=18;PP=1048;SC=CCTAGCGCCTGCCCCAGCGCT;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=53;WE=29138983;WS=29138965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	29189597	rs2234918	C	T	8492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=84;PP=2965;SC=TCGCGCTGGGCTACGCCAATA;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=191;TCF=106;TCR=85;TR=190;WE=29189605;WS=29189587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr1	29342090	rs11433402	G	GA	80.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.831;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	29345009	rs5773229	C	CTT	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=11;PP=591;SC=AGTTTAAACACAACATGGTAT;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=29345017;WS=29344999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	29345027	rs2985334	T	G	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=189;SC=TATTGGTTCATTGTTTGCCTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=29345035;WS=29345017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	29379992	rs2788888	G	A	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=22;PP=573;SC=AAATATTTTCGTAGAGTTATG;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=29380000;WS=29379982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	29385486	rs2153165	G	C	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	29475341	rs2230678	C	T	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=24;PP=1262;SC=CTCTTCCTGCCCTTCCTCTTG;SOR=0.990;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=57;WE=29475349;WS=29475331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	29475394	rs2230677	C	G	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=32;PP=1634;SC=CCTGCTGCCCCCTTTGCTCCT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=82;WE=29475402;WS=29475384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	29475648	rs2230679	T	G	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=59;PP=1663;SC=TGCGGCTCTTTTCCTTGCTGG;SOR=1.430;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=83;WE=29475656;WS=29475638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	29529699	rs1062924	T	C	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=42;PP=1234;SC=TCTGGATGACTGCTTGCCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=84;WE=29529707;WS=29529689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	29542435	rs2640469	C	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=616;SC=CAGGTACACTCGGCCAATCAG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=29542443;WS=29542425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	29542637	rs1128400	A	G	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=39;PP=1227;SC=TCAGGAAGGAATCCGTAGTTT;SOR=0.868;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=29542645;WS=29542627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	29557224	rs2640466	C	T	7758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr1	29563059	rs75011501	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=118;SC=CGCGCCGCTCCGCTCCGGCTC;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=29563067;WS=29563049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	29696060	rs56203706	T	C	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=29;PP=1406;SC=CCCGGGGCCATGGAGCCCTGT;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=82;WE=29696068;WS=29696050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	29842261	rs10915168	A	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=24.09;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	31196255	rs45601237	G	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=344;SC=CAGTGCTGAGGGTCAGGGCCC;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=31196263;WS=31196245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	31212578	rs11586791	C	T	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=276;SC=AGCACAGGGCCCGTGTCTGGT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=31212586;WS=31212574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	31215364	rs1050663	T	C	10296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=128;NR=86;PP=2965;SC=CCACCTCTACTGAGTGCTCGA;SOR=0.923;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=218;TCF=129;TCR=89;TR=214;WE=31215372;WS=31215354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr1	31351513	rs1891419	G	A	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=67;PP=2248;SC=GTTCATCATCGGGAAAGGAGT;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=118;WE=31351521;WS=31351503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	31409726	rs56387244	CCT	C	1118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=808;SC=AAGAGAGGCCCCTGTTAGTGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=31409735;WS=31409716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	31415040	rs4949187	A	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.34;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	31418119	rs12142833	C	T	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=17;PP=1399;SC=GAGAACATGCCACAAATCCTA;SOR=1.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=31418127;WS=31418109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	31426815	rs2275741	A	G	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=450;SC=TTCCACTGCCATTCGTGAGTC;SOR=3.014;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=31426823;WS=31426805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	31440921	rs4317854	G	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=299;SC=ATCTATCCCTGATTCTGAAAC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=31440929;WS=31440911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	31445932	rs2491135	C	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	31446069	rs146432389	TG	T	1797.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=15;PP=841;SC=TTTCAAGACCTGTTTTTTTTT;SOR=0.780;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=18;WE=31446079;WS=31446059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	31446071	rs368200818	T	A	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=13;PP=490;SC=TCAAGACCTGTTTTTTTTTTC;SOR=0.780;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=24;WE=31446079;WS=31446059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	31465631	rs72657295	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=16;PP=410;SC=CTATTTCTATAAAATAACCAG;SOR=4.047;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=31465639;WS=31465621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	31478638	.	AAGAGAGAG	A,AAG	1263.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.334;QD=19.44;ReadPosRankSum=-2.112;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,11,52:0.17,0.80:65
chr1	31479005	rs1337046	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=17;PP=421;SC=AACCTCCTATCATGTCCCTCA;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=31479013;WS=31478995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	31501755	rs4949331	T	C	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=77;PP=2252;SC=AGTCAGCATCTTGAATTTTAC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=24;TCR=78;TR=101;WE=31501763;WS=31501745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	31654940	rs2297959	C	T	172.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.20;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	31732390	rs6425725	G	A	209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.07;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	31732892	rs2292165	G	A	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=51;PP=1879;SC=AAAGACAAGCGGCCTTGGAGT;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=103;WE=31732900;WS=31732882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	31733926	rs12121460	A	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=289;SC=AGTGGCTCACACCTGTAATCC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=31733934;WS=31733916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	31740640	rs12074417	A	G	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=23;PP=1385;SC=CGGCCTCCCAAAGTGCTGGGA;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=31740648;WS=31740630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	31744505	rs113021667	A	AT	427.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=1.979;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr1	31761989	rs1532859	G	A	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=12;PP=753;SC=TGTTATGGGAGATGACTGCTA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=31761997;WS=31761979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	31762374	rs1532858	C	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=190;SC=CACTGACCTGCTGTGCTACGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=31762382;WS=31762364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	31764930	rs10733007	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=36;PP=1019;SC=AGTTCTCAGGTCAGGCACGGT;SOR=1.571;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=50;WE=31764938;WS=31764920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	31821972	rs76908476	C	T	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	31838551	rs5773353	T	TA	41.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr1	31845686	rs2279885	C	G	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	31882582	rs4012494	G	GGCCTCA	2211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=10;PP=964;SC=CATAAGGGATGGCCCTGCTCT;SOR=1.067;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=15;WE=31882590;WS=31882572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	31883295	rs6701521	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=16;PP=515;SC=GAGTTATGCCTTCCATGCTGG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=31883303;WS=31883285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	31886101	rs34555734	G	C	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=28.57;SOR=1.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	31886833	rs10914377	T	C	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=38;PP=1281;SC=TCGCCCCGGATCATCTGGGCC;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=67;WE=31886841;WS=31886823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	31896536	.	G	T	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=11;PP=917;SC=GTGCCCTCCCGCAGGCGTCCT;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=31896544;WS=31896526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	31897493	rs1320585	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=5;PP=436;SC=GTTCTGTGAGAGGTGGGGCTT;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=21;WE=31897501;WS=31897483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	31897643	rs2275437	G	A	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	31899684	rs10454445	A	T	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=34;PP=923;SC=AGCCTGCCTGACCCCCCCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=31899692;WS=31899674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	31899704	rs10454446	C	T	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=623;SC=GCCTGAAGCCCGGCCCCTTAG;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=31899712;WS=31899694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	31902149	rs79942123	G	T	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=16;PP=1508;SC=GTATCTGTCTGTCTATTAGGG;SOR=1.809;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=67;WE=31902157;WS=31902139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	31905767	rs59550534	G	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=364;SC=AGTGTTATGAGCAACGCCAGA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=31905775;WS=31905761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	31905889	rs3050461	A	ACAG	6707.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.636;NF=25;NR=33;PP=2980;ReadPosRankSum=-0.909;SC=TAGACGCCACACAGCAGCAGC;SOR=0.930;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=58;WE=31905897;WS=31905879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,156:0.91:171
chr1	31971684	rs1316427	C	G	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=2;PP=924;SC=TGTTTCCGCTCTTTGTTTCTG;SOR=4.294;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=35;WE=31971692;WS=31971674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	31973122	rs112889748	GTGGAGTCTGTC	G	2108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=16;PP=2965;SC=CTGCTTCTATGTGGAGTCTGT;SOR=0.823;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=24;WE=31973146;WS=31973112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	31973138	rs56235358	T	C	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	31973215	rs1320577	G	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=105;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=16;PP=734;SC=GGGTGGGGATGCCACTGTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=36;WE=31973223;WS=31973205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	31973266	rs10753250	G	A	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=24;PP=986;SC=GCAGAGGGTTGGGCTCTGTCC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=54;WE=31973274;WS=31973256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	31973348	rs1574106	A	C	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	31973409	rs1574105	G	A	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	31973440	rs1574104	G	A	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=39;PP=1216;SC=CTCCAGCCCCGAGTCTAGTCC;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=31973448;WS=31973430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	31973481	rs1573837	C	T	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=31;PP=995;SC=GCCTCCCCTACTGGGAACAGT;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=31973489;WS=31973471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	32044641	.	G	A	252	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=78;MMLQ=24;MQ=53.14;NF=11;NR=3;PP=252;QD=20.4836580391;SC=TTCAGTTATAGTTTAATTTCA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=32044649;WS=32044631;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr1	32044641	.	G	GTTTAATTTCAGTGAGAGCTGTTGTGTCTATGTGTGTGTGTGTGTGATGTCTTCAGTTATAA	459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.99;QD=153.24;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	32045800	.	C	CTCTCTCTCTCTCTG	220.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.07;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr1	32086912	rs2280386	A	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=384;SC=AGGAGGGACAACCCAAGTTGG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=32086920;WS=32086910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	32090725	rs41527749	C	T	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=43;PP=1426;SC=CAGTGGTGAGCAGGCTGGGGA;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=91;WE=32090733;WS=32090715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	32092525	rs2271933	A	G	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=50;PP=1532;SC=CCGATGCTCCATCTCCAAAAT;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=82;WE=32092533;WS=32092515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	32092610	rs41263963	G	A	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=22;PP=729;SC=GCTCCGGCTCGGGGGATCTGC;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=32092618;WS=32092600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	32100551	rs3835520	GA	G	2566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=44;PP=1865;SC=ATCCCTGAATGAAAAAGACAC;SOR=1.122;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=52;WE=32100559;WS=32100541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	32110574	rs41263965	G	A	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=63;PP=1772;SC=GTCCGCGCCTGTCAATCTTGG;SOR=1.353;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=92;WE=32110582;WS=32110564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	32118160	rs1061392	C	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	32119347	rs376725697	AAC	A	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=9.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.585;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr1	32121224	rs75341435	C	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=22;PP=664;SC=GCCACAGCATCCTGACAGGTC;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=28;WE=32121232;WS=32121214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	32122164	rs7545321	A	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=12;PP=337;SC=TGTCCAGCCCAGCTCTGTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=32122172;WS=32122154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	32122779	rs75640130	C	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=12;PP=302;SC=CCAGAGGCCACGATCCTCCAG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=32122787;WS=32122769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	32124597	rs16834652	A	G	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=26;PP=844;SC=GGATAGAAACAGGTTCTAATA;SOR=0.809;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=32124605;WS=32124587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	32126070	rs11807560	C	T	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=46;PP=2088;SC=CGTGCTCCCACGGCTGGGGCA;SOR=1.106;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=115;WE=32126078;WS=32126060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	32127911	rs2271927	C	T	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=50;PP=1786;SC=AAGGGGTGCCCGCCCTCCCAG;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=102;WE=32127919;WS=32127901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	32127953	rs2271928	G	A	4185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	32128140	rs75145224	T	C	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=45;PP=1517;SC=ACCACACACATGCGCATGCAT;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=90;WE=32128148;WS=32128130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	32128283	rs1568396	C	G	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.16;SOR=6.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	32131163	rs1356803	C	G	9275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr1	32134491	rs2271929	C	G	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=72;PP=2205;SC=CTGCAGGAGCCGGCGGTCCCC;SOR=2.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=33;TCR=72;TR=105;WE=32134505;WS=32134481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	32136168	rs2292990	G	C	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=20;PP=959;SC=TGGCTGACGGGGGGGAGGGGA;SOR=1.252;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=58;WE=32136176;WS=32136158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	32136398	rs1474182	G	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=30;PP=830;SC=GAAAGTCTTGGCTCAAAAGAC;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=32136406;WS=32136388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	32140733	rs2292993	C	T	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=10;PP=548;SC=CGTCATGCACCTTCCAGCCTC;SOR=0.811;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=24;WE=32140741;WS=32140723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	32145009	rs4949461	C	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=8;PP=405;SC=TGACAGCTGACGCAACAGTGC;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=32145017;WS=32144999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	32146425	rs11590964	C	T	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=13;PP=690;SC=CTGCTAATCCCCCAGAGTACG;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=32146433;WS=32146415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	32148571	rs10737358	A	G	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=31;PP=1181;SC=GAGGTCCCACAGGTCCGGTGG;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=66;WE=32148579;WS=32148561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	32156869	rs10798884	A	T	10884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=1.757;SC=TCCAGGGACCACTCGCTACAG;SOR=0.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=124;TCR=131;TR=253;WE=32156877;WS=32156859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,417:1.00:418
chr1	32156940	rs2297680	C	A	9579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.106;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=1.558;SC=GCCTTATCTTCCCCCCGTTCA;SOR=0.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=109;TCR=118;TR=226;WE=32156948;WS=32156930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,367:1.00:368
chr1	32157009	rs2297679	G	T	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=82;PP=2965;SC=GAAGCAAGGGGGTACTCACCG;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=96;TCR=83;TR=178;WE=32157017;WS=32156999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr1	32157531	rs2297676	T	C	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=35;PP=1668;SC=GGGGGCTGGATTCCCGAAGGT;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=89;WE=32157539;WS=32157521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	32158374	rs3818788	T	C	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=83;PP=2189;SC=TTACCTGAAGTGGGGCATCCG;SOR=1.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=130;WE=32158382;WS=32158364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	32159588	rs2275097	A	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=535;SC=ACACACACAAACCCCTGCTTT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=32159596;WS=32159578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	32160918	rs6656079	A	G	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=62;PP=2101;SC=CATCACACATATCTTGAGTGG;SOR=0.974;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=104;WE=32160926;WS=32160908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	32163950	rs2297674	G	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=20;PP=681;SC=GGTACTGGTGGGCTGGGGACA;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=32163958;WS=32163940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	32164206	rs2228550	T	G	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=26;PP=709;SC=GGGAATACTCTTCTGGAGATG;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=32164214;WS=32164196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	32165495	rs2228552	G	T	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=17;PP=1113;SC=GATGGCAGACGTCTTCATGAG;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=32165503;WS=32165485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	32167526	rs1815465	G	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=3;PP=513;SC=CGAAGACACAGGCACACACAC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=32167534;WS=32167516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	32193647	rs1127100	T	C	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=30;PP=1402;SC=TCCGCTCGGCTGCCCCACCCG;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=75;WE=32193655;WS=32193637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	32194404	rs71006321	A	AACAC,AACACAC	168.90	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=138;SC=GGCCTCACTGAACACACACAC;SOR=1.981;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=2;WE=32194412;WS=32194394;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:5
chr1	32196647	rs909001	C	G	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=32;PP=1045;SC=GGGTCCCCTCCGGCCGGGCCC;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=63;WE=32196655;WS=32196637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	32205254	rs12749187	T	G	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=47;PP=1771;SC=GGGAGGAGGGTGGACAGAGAC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=95;WE=32205262;WS=32205244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	32207581	rs2297600	T	G	7758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=76;NR=96;PP=2965;SC=GTGGGAGAGGTGAGGCATATG;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=77;TCR=97;TR=172;WE=32207589;WS=32207571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	32209650	rs12040661	G	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=138;SC=GGCATGGTACGCAGAGTTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=32209658;WS=32209640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	32230280	rs71516323	C	T	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=13;PP=874;SC=CATTTGCTCACCTTCCCATGT;SOR=1.122;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=45;WE=32230288;WS=32230270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	32256590	rs35252813	G	A	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=36;PP=1668;SC=CCTCTGGGGGGCCTCTGCCAA;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=88;WE=32256598;WS=32256580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	32260034	rs67410810	A	G	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=153;SC=ACTTCTTGTCACACCACTCAG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=32260042;WS=32260024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	32266026	rs552124	A	G	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=34;PP=1413;SC=ATTAAATGACATCACTTGTTC;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=32266034;WS=32266016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	32279629	rs6669563	G	A	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=972;ReadPosRankSum=2.882;SC=TCTGTGCCCCGGTCTTGGGCA;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=32279637;WS=32279619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
chr1	32280610	rs6664445	T	C	5933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=82;PP=2965;SC=CTCCCCTGAGTAGGCACCGAG;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=67;TCR=82;TR=149;WE=32280618;WS=32280600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	32860161	rs547329	T	C	5139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=104;PP=2965;SC=CATCATTAGGTCCCGCCTCCC;SOR=1.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=38;TCR=104;TR=142;WE=32860169;WS=32860151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	33065947	rs704886	G	C	7600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=0.882;SC=GATGGGTCTGGTGATCTGGTC;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=188;TCF=84;TCR=104;TR=184;WE=33065955;WS=33065937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
chr1	33117071	rs583114	T	G	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	33127730	rs1085416	T	C	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=3;PP=117;SC=TGCGATCTGCTAGCCTTGGCC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=33127738;WS=33127720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	33133968	rs2762904	T	C	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;QD=25.75;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	33134774	rs359955	A	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=19;PP=474;SC=ATCTTGTCTAAGTTTTATGTT;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=34;WE=33134782;WS=33134764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	33134989	rs359956	A	G	114.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	33160878	rs360042	C	T	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=50;PP=2181;SC=CAGCACTTCCCGGAAATCGGC;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=111;WE=33160886;WS=33160868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	33161212	rs360041	T	C	12366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=156;NR=124;PP=2965;SC=TTCTCCTCCATGCTGGGGCTC;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=280;TCF=156;TCR=124;TR=280;WE=33161220;WS=33161202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr1	33233323	rs360523	A	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=12;PP=905;SC=CCTTGCCGTGAGACCTGTGCC;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=44;WE=33233331;WS=33233313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	33234136	rs360522	T	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=364;SC=GCGGAGGTTGTGGTGAGCCAA;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=33234144;WS=33234126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	33234153	rs3737993	G	A	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=6;PP=530;SC=CCAAGATTTCGCTACTGCACT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=33234161;WS=33234143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	33235626	rs3737995	G	A	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=36;NR=40;PP=1640;SC=AGGCGGAGGCGGAGGCTGGCG;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=76;WE=33235634;WS=33235616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	33276424	rs4951787	G	A	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	33293748	rs10753266	T	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=485;SC=TCTTCCCCTCTCCAGTTTCCT;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=33293756;WS=33293738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	33299816	rs4951773	A	T	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=81;SC=TTGTTTATTGATAATTTATAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=33299824;WS=33299806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	33318561	rs702836	T	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=521;SC=TTGTGATAATTGTAAGTATAT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=33318569;WS=33318551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	33318634	rs785274	G	A	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=33;PP=1381;SC=GTTGGCTGACGTAGTTCACTC;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=78;WE=33318642;WS=33318624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	33330432	rs1284368	A	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=610;SC=CAGAGGCCAGAGCCTGGGTTC;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=33330440;WS=33330422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	33476353	rs66599471	C	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-5.579;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr1	33476385	rs76881767	C	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-6.940;QD=1.89;ReadPosRankSum=1.177;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,10:0.12:86
chr1	33476387	rs201842558	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-6.940;QD=1.82;ReadPosRankSum=1.263;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,10:0.12:86
chr1	33476396	rs79824855	G	A	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-7.084;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.681;SOR=1.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,9:0.09:96
chr1	33476404	rs76230073	T	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=5.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-7.278;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=1.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,9:0.09:101
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chr1	33478931	rs80324279	G	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-8.914;QD=0.48;ReadPosRankSum=2.194;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,8:0.10:81
chr1	33485789	.	AAC	A	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr1	33497070	rs1012884	G	A	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=244;SC=GGTCTGTCACGTAACTGAGCA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=33497078;WS=33497060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	33560338	rs804428	A	G	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=33;PP=945;SC=TGGGAGTGTCATGCTGGGCTC;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=33560346;WS=33560328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	33641932	rs604941	A	G	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	33642152	rs643402	C	T	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	33646950	rs622407	A	G	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=32;PP=1147;SC=GGCAGAAGTAATGCTCGCAGC;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=33646958;WS=33646940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	33742228	rs4475712	T	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=7;PP=111;SC=GCGGGGCCGGTGAGGACTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=33742236;WS=33742218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	33746163	rs10914676	T	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=10;PP=203;SC=CCCTTAGGGCTGAGGGGCAGG;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=33746171;WS=33746153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	33760743	rs4641276	T	C	11687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=129;PP=2965;SC=GCTGTGCCCCTACAGTCTCAC;SOR=0.956;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=225;TCF=96;TCR=129;TR=222;WE=33760751;WS=33760733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr1	33777524	rs6679416	T	C	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=18;PP=1564;SC=GCAAGAAGTGTTGTCTTTGCT;SOR=1.890;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=72;WE=33777532;WS=33777514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	33778226	rs12563102	G	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=6;PP=239;SC=GCAGGCAGCCGTGAGAAGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=33778234;WS=33778216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	33778591	rs6664593	T	C	116.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=68;SC=TCCAGCCAGCTGGTTCTTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=33778599;WS=33778581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	33832865	rs6425816	A	G	5721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=67;PP=2404;SC=TGGCACCTGCAGGGGAAGCCT;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=122;WE=33832873;WS=33832855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	33834416	rs12144672	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=15;PP=406;SC=GAAGGGGGAGTCCAAGGGGAG;SOR=2.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=33834424;WS=33834406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	33836796	rs7545416	C	G	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=24;PP=793;SC=GTGTTAAGGACAACAGCCTCT;SOR=1.298;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=38;WE=33836804;WS=33836786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	33840795	rs10914693	T	G	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=3;PP=199;SC=TGGGCCATTTTGCATCCTTCA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=33840803;WS=33840792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	33945192	rs16835507	T	A	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=37;PP=1540;SC=AGTTCCTGACTATCTTGCCTA;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=33945200;WS=33945182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	33957152	rs4403594	T	G	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=53;PP=1891;SC=CAGGCTCGGGTATAGTGACGC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=99;WE=33957160;WS=33957142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	33960062	rs9943259	A	G	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=58;PP=2609;SC=TGTACCTTGCAGAGAAACCCT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=138;WE=33960070;WS=33960052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	33961147	rs3795420	T	G	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=37;PP=1171;SC=ATGCTAGAGATAAACTTTCCA;SOR=1.812;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=50;WE=33961155;WS=33961137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	34038214	rs2641962	T	C	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=29;PP=1080;SC=CAGCTGTACATGGCCTTGGTT;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=71;WE=34038222;WS=34038204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	34038413	rs2794602	A	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=233;SC=AGGGTAAAGTATCATAATAAA;SOR=2.147;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=34038421;WS=34038403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	34043169	rs11291100	TC	T	1449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=621;SC=CCCTTTCGTCTCCCCCCCATC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=23;WE=34043177;WS=34043159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	34052605	rs7526990	A	G	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=104;SC=GATAAGGTCCACTGGCCCGAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=34052613;WS=34052595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	34070826	rs12733436	G	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=252;SC=GATTGCTCTGGACCAGTCTCC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=34070834;WS=34070823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	34071434	rs1874044	C	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=7;PP=263;SC=ACCAGCCTAACTCCTTTCATG;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=34071442;WS=34071424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	34071525	rs1874045	C	T	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=13;PP=464;SC=TGAGTTGGTTCTTTCCAACTC;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=34071533;WS=34071515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	34158472	rs12757315	C	T	5465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	34158482	rs12757320	C	T	5874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.67;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	34189957	rs11346874	AG	A	1637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=1124;SC=AGAGGGCCTCAGGGGAGCACC;SOR=1.112;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=28;WE=34189965;WS=34189947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	34238283	rs474474	T	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=25;PP=727;SC=GTCACCGTGGTGAAACCGGGA;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=34238291;WS=34238273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	34684463	rs705207	G	A	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=11;PP=371;SC=GGAAAAGCAAGGTTCTGACCA;SOR=1.127;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=18;WE=34684471;WS=34684453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	35183838	rs683589	A	C	1518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=16;PP=850;SC=CAGGAAAAAAAAAACAAACAA;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=35183846;WS=35183828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	35223345	rs3738345	G	A	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=46;PP=2020;SC=TAGTGTTCAAGGCGAGCGTGG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=98;WE=35223353;WS=35223335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	35223881	rs1061349	G	A	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=272;SC=GGATTCAGACGCTCTGGGAGC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=35223889;WS=35223871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	35561510	rs2101973	G	A	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=21;PP=689;SC=AATTATTTAAGTTAGTTATGT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=35561518;WS=35561500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	35562965	rs2971408	G	A	7535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=76;PP=2965;SC=ATCATCTGGCGTGAATAAAAT;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=99;TCR=76;TR=175;WE=35562973;WS=35562955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr1	35563206	rs6658571	C	G	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=56;PP=1566;SC=TATTTCCCTACCTTGTTCTTG;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=77;WE=35563214;WS=35563196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	35576145	rs2935955	C	T	32.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	35885046	rs113288221	C	CT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.355;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,15:0.21:73
chr1	35925861	rs2819002	C	A	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=12;PP=882;SC=CCACGAGAGGCAAAAAAATGG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=42;WE=35925869;WS=35925851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	36203715	.	ATAT	AAT,A	1646.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,22:0.39,0.61:36
chr1	36203717	.	ATAT	A	65.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.689;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr1	36203720	rs201555109	T	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	36203722	rs199569493	T	A	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.07;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	36205166	rs577483	A	G	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=58;PP=1610;SC=AAATGCAACAATGAATATACT;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=16;TCR=58;TR=74;WE=36205174;WS=36205156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	36213712	rs516992	G	T	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=568;SC=ACAAATGTCAGTCATTGTCAT;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=36213720;WS=36213702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	36216835	rs535638	C	T	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=511;SC=AACAAAACAACGTAATTGCCA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=36216843;WS=36216825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	36282417	rs2791960	A	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	36307412	rs5773512	CAT	C	242.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.640;NF=0;NR=7;PP=265;ReadPosRankSum=1.880;SC=TATATATGCACATATATATAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=36307421;WS=36307402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	36316418	rs11403763	C	CA	1092.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.847;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;MQRankSum=0.306;QD=19.87;ReadPosRankSum=0.347;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr1	36316571	rs4652895	A	C	4663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=57;PP=1642;SC=GCACTCGCTCAGTCTCTATTC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=103;WE=36316579;WS=36316561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	36553673	rs399393	A	G	4477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=39;PP=1665;SC=GCATGGACACACGGCGCAAGC;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=90;WE=36553681;WS=36553663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	36553836	rs12131875	A	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=40;PP=887;SC=CAATGGAAGGAGGGAGGAGAG;SOR=1.005;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=54;WE=36553844;WS=36553826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	36563158	rs3738360	C	A	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.02;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr1	36565584	rs274753	C	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	36565617	rs274754	G	A	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	36602943	rs2231318	C	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=13;PP=324;SC=AGTGGGAAAACGAAGGGGTAG;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=36602951;WS=36602933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	36641729	rs2296263	C	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=6;PP=198;SC=GGTGCCTGGTCTGCTCCCTTG;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=36641737;WS=36641719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	36642420	rs475591	T	C	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=31;PP=725;SC=CCCGCCTCTCTGCCAGCACCG;SOR=1.392;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=43;WE=36642428;WS=36642410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	36762396	rs1566589	C	T	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=399;SC=GTTACCCCTTCCAGACTCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=36762404;WS=36762386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	36773074	rs138016197	CTT	C	3550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=12;PP=2620;SC=CCTAGGGACTCTTGGGGCAGA;SOR=2.362;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=57;WE=36773083;WS=36773064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	36773819	rs11263871	C	G	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	36788356	rs7536394	A	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=15;PP=568;SC=GGTCACGGAGAGGCCCGGACG;SOR=1.358;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=26;WE=36788364;WS=36788346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	36814473	rs55703317	C	T	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=25;PP=697;SC=AGGCACAAGACACGCAGGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=36814481;WS=36814458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	36820927	rs11263875	G	A	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	36881871	.	C	CTTT	356.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.44;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,12:0.92:13
chr1	36883946	rs16822888	T	C	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=47;PP=1156;SC=TTTTGTCCCATGACTGATATG;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=60;WE=36883954;WS=36883936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	36884473	rs57413616	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=335;SC=AAGTTGCGGTAAGCTGAGATC;SOR=2.147;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=36884481;WS=36884472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	36884529	rs202052052	AG	A	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr1	36886364	rs2275478	C	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=567;SC=TAGAAAGCAGCCTTAACCAAA;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=36886372;WS=36886354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	36887702	rs2236565	C	T	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=14;PP=927;SC=TGTAGACTTCCGTATCTAGAG;SOR=1.539;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=49;WE=36887710;WS=36887692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	36887870	rs16822940	C	T	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=37;PP=1285;SC=TTTCCACGGACTTCTCTCTAA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=36887878;WS=36887860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	36887965	rs16822942	T	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=23;PP=506;SC=CAACTGAGTGTGTGTTAACCA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=29;WE=36887973;WS=36887955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	36888302	rs35889349	C	CT	1184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.841;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,74:0.78:95
chr1	36888462	rs1416840	A	G	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=48;PP=1557;SC=CTTGAATTCTATCCTCTTCAC;SOR=0.867;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=84;WE=36888470;WS=36888452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	36888520	rs16822952	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=29;PP=787;SC=GTATGACATGATGGAATGTTC;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=45;WE=36888528;WS=36888510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	36888889	rs115230603	C	T	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=9;PP=604;SC=CTTGGCAGTGCGGCATTCCGT;SOR=1.923;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=35;WE=36888897;WS=36888879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	36889005	rs16822954	G	A	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	36889197	rs11263892	TG	CA	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=674;SC=AGGGAGAGGCTGGGCGCAGTG;SOR=2.419;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=15;WE=36889206;WS=36889187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	36893968	rs61308377	A	G	8089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=84;PP=2965;SC=GGGTATACATAATGGAAAGTC;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=113;TCR=85;TR=197;WE=36893976;WS=36893958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	36898338	rs76403041	C	T	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=24;PP=622;SC=ATCACCCAAACCAAGACACTT;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=36898346;WS=36898328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	36909567	rs3795495	G	A	8795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=94;PP=2965;SC=TGAACCTGTGGATGCACACTG;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=99;TCR=94;TR=193;WE=36909575;WS=36909557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	36913601	rs16823009	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=17;PP=459;SC=AAAGCTGTCCTCTAGTATTCC;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=23;WE=36913609;WS=36913580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	36921533	rs2275480	A	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=19;PP=514;SC=AAACCTGGGGATGAAAAGGGG;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=36921541;WS=36921523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	36923643	rs16823045	G	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=41;PP=1153;SC=GCCCAGGCCTGGTTTACGTTT;SOR=0.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=71;WE=36923651;WS=36923633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	36926409	rs3738838	G	C	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=40;PP=1493;SC=AAAATCTGTGGAGTCTGCCAC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=36926417;WS=36926399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	36926461	rs3738840	C	T	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=31;PP=876;SC=GCCCTGGCTACAGTTATAGCA;SOR=1.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=36926469;WS=36926451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	36926946	rs2275475	T	G	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=27;PP=1163;SC=AGACAGACATTGGGGGAGAAG;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=60;WE=36926954;WS=36926936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	36927733	rs7065	G	A	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=21;PP=1016;SC=GCAGCGTAGAGGGAGGTGGGT;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=36927741;WS=36927723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	36927846	rs16823052	C	T	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=39;PP=1165;SC=TTTTCACCCACTCTCCAACTC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=64;WE=36927854;WS=36927836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	36929660	rs71713603	A	ATCTCCCCTACTCCTGTGCTTCCT	12606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=28;PP=1340;SC=ACCGCTGTATATCTCCCCTAC;SOR=1.410;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=40;WE=36929668;WS=36929650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	36929988	rs3806289	T	C	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=41;PP=1198;SC=ATCGAGGCAGTTGCAATACCG;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=36929996;WS=36929978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	36933096	rs3918000	T	C	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	36934976	rs3917990	C	T	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=18;PP=497;SC=GGGTTAACCTCCACAATATCT;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=36934984;WS=36934966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	37324683	rs3738081	A	C	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=25.91;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	37324935	rs12067006	T	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=771;SC=TTCTCCTCCCTTGCCACAGGT;SOR=3.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=34;WE=37324943;WS=37324925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	37325477	rs6691840	A	C	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=22;PP=1037;SC=CCAGACTCGGACCGGGGAGCT;SOR=1.065;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=59;WE=37325485;WS=37325467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	37325723	rs12082412	C	T	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=26;PP=685;SC=GGCCTGAGGTCGCAGCTCCCT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=37325731;WS=37325713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	37335458	rs577094	A	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=858;SC=AGCCCTCCCCACATCCCCACC;SOR=1.421;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=37335466;WS=37335448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	37335485	rs509284	A	G	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.52;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	37335494	rs577813	G	T	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.97;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	37959450	rs215210	T	C	3916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=52;PP=1466;SC=AGCAACTTGCTGGGATTACAA;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=92;WE=37959458;WS=37959440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	37959470	rs215211	C	G	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=43;PP=1483;SC=ACATTGTCTTCATCTTCCTGC;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=37959478;WS=37959460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	37961290	.	AAAAAAAACAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAC	A	191.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.237;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	37961291	.	AAAAAAACAAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAC	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.814;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	37975279	rs215214	C	T	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=404;SC=ATGCTGAACACAGAAAGCAAC;SOR=1.819;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=37975287;WS=37975269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	37975312	rs2036637	T	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=172;SC=ATGGTACATGTCCCACTGTGA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=37975320;WS=37975302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	37978999	rs72657778	A	C	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=47;PP=1861;SC=GCACAATAGGAACACTACAGG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=95;WE=37979007;WS=37978989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	37980444	rs140274410	G	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=30;PP=641;SC=CGCGGCTTCCGGAGACGCGTG;SOR=5.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=37980452;WS=37980434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	38006359	rs2174769	A	G	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=42;PP=1276;SC=TCACGCTCCTAAAATTCAAAC;SOR=1.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=58;WE=38006367;WS=38006349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	38018150	rs72657793	T	C	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=23;PP=1218;SC=TACGTGCACATGTGTGCACAC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=38018158;WS=38018140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	38023148	rs72657795	T	C	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=7;PP=1468;SC=AGGTTGGGGATGTGTGGAGCT;SOR=3.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=60;WE=38023156;WS=38023138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	38025103	rs41267309	T	C	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	38030609	rs41267315	C	T	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	38033217	rs41307894	G	C	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	38046920	rs2360010	G	T	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=24;PP=1125;SC=TAACTAAATAGACAAATTCAA;SOR=1.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=38046928;WS=38046910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	38047062	rs112076625	C	G	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=38;PP=1505;SC=AACCAGAGGACATAGAAGCTG;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=73;WE=38047070;WS=38047052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	38049552	rs6426024	C	G	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=44;PP=1473;SC=AGAAAGCACCCCAAATGAGCA;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=38049560;WS=38049542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	38052799	rs11582642	C	T	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=668;SC=ACCTGGGAAGCGGAGGTTGCA;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=38052807;WS=38052789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	38061572	rs6697632	G	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=406;SC=CGTCCCTCTCGGCCTCAGAGC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=38061580;WS=38061562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	38080065	rs11588571	C	A	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.82;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr1	38082381	rs45577433	G	C	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1419;ReadPosRankSum=0.445;SC=GAAGGCGGCTGTGGAGAGAAC;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=70;WE=38082389;WS=38082371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr1	38095036	rs34565418	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=283;SC=AGTCATCTACAGAGTGGGTAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=38095044;WS=38095026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	38148765	rs684260	A	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	38149076	rs34250208	G	A	4204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=46;PP=1724;SC=CTCCCCACTGGATAGACGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=92;WE=38149084;WS=38149066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	38149193	rs686083	C	T	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=25;PP=725;SC=CAGAGGGAGCCATAAAAGTGA;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=38149201;WS=38149183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	38155265	rs586252	G	C	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=31;PP=1315;SC=AACAGCACTAGGGAGCTGCTT;SOR=0.988;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=38155273;WS=38155255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	38161694	rs615530	A	G	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=39;PP=1103;SC=CAACTAATAGATGCTTACTGT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=38161702;WS=38161684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	38164724	rs557290	C	G	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.889;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=68;PP=1939;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GCTCAGGCAGCGCCTTGTTGG;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=109;WE=38164732;WS=38164714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr1	38166022	rs513826	T	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr1	38167361	rs67680207	A	AC	1007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.84;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr1	38174185	rs557897	G	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=602;ReadPosRankSum=-0.635;SC=AGACGTGCTAGTCCCACACCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=25;WE=38174193;WS=38174175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr1	38184316	rs609437	T	C	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=66;PP=1709;SC=GCCTTGACCTTGGTGCCTTGG;SOR=1.530;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=96;WE=38184324;WS=38184306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	38184470	rs610213	C	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=14;PP=504;SC=AGGCACGGTCCGCTAGTGGGG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=38184478;WS=38184460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	38185337	rs518583	T	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=16;PP=549;SC=GCATATGGTGTGTGCACACAC;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=38185345;WS=38185327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	38186189	rs6671088	C	T	5303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=59;PP=2260;ReadPosRankSum=-1.055;SC=AGGCAGCAACCCCATCAGTTG;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=111;WE=38186197;WS=38186179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,200:0.99:202
chr1	38186294	rs1008879	C	T	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=957;SC=GACACCAGGGCGGTCACCTAG;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=38186302;WS=38186284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	38187447	rs579908	A	G	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=27;PP=1158;SC=CCCTCAGCATATGCACGGCTA;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=38187455;WS=38187437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	38187989	rs12123842	T	C	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=40;PP=1206;SC=GGACAGGGCATATGCCAGCAC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=66;WE=38187997;WS=38187979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	38188841	rs12121777	G	A	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=49;PP=1963;SC=GACTTTGACTGGGAGAGAAAG;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=100;WE=38188849;WS=38188831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	38192604	rs6699887	G	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=4;PP=358;SC=CACATGAACAGTGAGCTGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=38192612;WS=38192594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	38272660	rs2291297	G	A	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=1156;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TGTAAGGCAAGGGGAAAGGGA;SOR=0.262;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=59;WE=38272668;WS=38272650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr1	38289383	rs12751325	T	C	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=47;PP=1344;SC=GTGACAAACCTGTCTGTTGAG;SOR=0.717;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=93;WE=38289391;WS=38289373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	38293845	.	TA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	38293992	rs9329568	C	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=257;SC=TTCTTTTGTTCTGAGACAGAG;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=38294000;WS=38293982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	38301250	rs3912368	A	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=6;PP=550;SC=TATATACAGGATCTATATCTC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=38301258;WS=38301240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	38301476	rs3762359	G	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=1.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	38327982	rs3843	G	T	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=22;PP=926;SC=GGAGGAGAGAGAGGCTCAGAG;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=59;WE=38327990;WS=38327972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	38332057	.	T	TTC	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=688;ReadPosRankSum=0.908;SC=CTCACTCATATTCTCTCTCTC;SOR=1.739;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=22;WE=38332065;WS=38332047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr1	38332078	.	T	TCA	239	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=9;NR=8;PP=239;QD=14.2352941176;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=17;WE=38332089;WS=38332068;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:33,17:0.34:50
chr1	38338795	rs11488569	A	G	5402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=69;PP=2313;SC=TGTAGCTGTCATCTTATTTAC;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=135;WE=38338803;WS=38338785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	38339659	rs148711435	C	T	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=7;PP=428;SC=GGAACAGAGGCCTTACCTGGC;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=38339667;WS=38339649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	38345896	rs2306427	A	C	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=15;PP=472;SC=AAAAAAAAATATCAGAATAAA;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=23;WE=38345904;WS=38345886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	38352849	rs2279261	G	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=591;SC=CCTACGAGTGGCGAGACCCTG;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=38352857;WS=38352839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	38397341	rs34655914	G	A	6952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=96;PP=2965;SC=GCCGCCCGCCGAACCTGCAGT;SOR=0.990;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=195;TCF=98;TCR=97;TR=183;WE=38397349;WS=38397331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	38397369	rs35267671	C	T	9003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=107;PP=2965;SC=TCCCGAGAGCCGGCGGCGGCA;SOR=0.799;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=224;TCF=115;TCR=109;TR=218;WE=38397377;WS=38397359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	38411350	rs11485595	C	T	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=32;PP=1685;SC=CCTGGAGGGACAGTTGAAGTT;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=92;WE=38411358;WS=38411340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	38411445	rs871524	G	A	6859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=80;PP=2903;SC=CCTGGCCGCCGTGCTCCAGGC;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=89;TCR=80;TR=169;WE=38411453;WS=38411435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	38423853	rs9293	G	C	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=773;SC=CTACATCCCTGAACACTAGAG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=38423861;WS=38423843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	38425629	rs34993722	CAA	C	472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.829;QD=21.49;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr1	38425724	rs17531342	T	C	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=22;PP=1348;SC=TTTCACCTCCTTTCTACATGG;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=38425732;WS=38425714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	38425895	rs28675056	T	C	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=39;PP=1093;SC=GAACATCTGTTGGGTATCCAG;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=38425903;WS=38425885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	38442547	rs10890216	G	A	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=50;PP=1643;SC=TCAGCAGTCAGTCACTTACCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=100;WE=38442555;WS=38442537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	38447615	rs7533079	G	T	162.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	38450367	rs6680796	A	G	6607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=77;PP=2712;SC=TGAAATTTTCACCCCTACTTA;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=73;TCR=77;TR=149;WE=38450375;WS=38450357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	38455389	rs3935867	C	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=26;PP=768;SC=CTCTGGGGCTCCGGACCCCGG;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=38455397;WS=38455379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	38462898	rs4274021	T	A	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	38462905	rs12724533	C	G	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.70;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	38464639	rs4570384	C	G	7381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	38483296	rs373891204	A	ATT	147.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.44;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr1	38488506	rs34251728	C	CT	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.522;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.825;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,26:0.28:93
chr1	39305403	rs17499125	C	T	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	39325063	rs1925678	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=11;PP=464;SC=GGCGGGGGACTGGGCGCAGCC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=39325071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	39330399	rs3828041	G	A	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	39340862	rs874243	A	G	5609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=52;PP=2467;SC=GGAATACAGAAGATGAATTTA;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=78;TCR=52;TR=129;WE=39340870;WS=39340852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	39361569	rs12085567	G	A	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=569;SC=ATGAAGGTTCGTTGAAACAAA;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=39361577;WS=39361559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	39385086	rs7522863	A	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=658;SC=AAAGTTTTCTATGTAATTGTT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=39385094;WS=39385076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	39457006	rs12043492	C	T	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=128;SC=GCCTCTTGGGCCGCACTTACC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=39457014;WS=39456996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	39494666	rs35464164	C	CT	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.579;QD=8.44;ReadPosRankSum=-1.135;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr1	39494687	rs3768323	G	A	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=36;PP=996;SC=TTTTTGAGACGAAGTCTCACT;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=39494695;WS=39494677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	39550210	rs260972	C	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=482;SC=CTCACCAGGGCCTCTGACAAA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=39550218;WS=39550200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	39717566	rs2490948	T	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=14;PP=412;SC=GCCCTCCTGGTGCCATACAAA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=39717574;WS=39717556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	39734598	rs16826022	G	C	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=43;PP=1839;SC=GGAAGACGGAGTGGGAGGGGT;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=39734606;WS=39734588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	39748921	rs2275188	G	A	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=15;PP=683;SC=ATCTGGAACAGGCTTTTGAAG;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=39748929;WS=39748911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	39758993	rs6688708	C	G	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=136;SC=TTGTACAAAACTTGAATCCAT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=39759001;WS=39758986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	39763242	rs2275187	G	A	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	39766055	rs2275186	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=32;PP=920;SC=AGAAAGGGTACCTCTGGGCCA;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=45;WE=39766063;WS=39766045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	39797055	rs16826069	A	G	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=38;PP=1462;SC=GGAGGAGGGCATAGCCAGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=79;WE=39797063;WS=39797045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	39806610	rs3116396	C	T	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=57;PP=1690;SC=TGAACCTCTGCCTCCAACAGT;SOR=1.114;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=87;WE=39806618;WS=39806600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	39812620	rs2490944	G	T	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=10;PP=673;SC=GGTTTTTTGTGTTTTGTTTCC;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=39812628;WS=39812610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	39812822	rs2761764	C	A	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=31;PP=1176;SC=AACAGACTGCCGCTCAGGTGG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=52;WE=39812830;WS=39812812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	39847730	rs79306726	G	A	3680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=47;PP=1741;SC=TCCCAGCTCCGGCCGTGGCTG;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=39847738;WS=39847720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	39894839	rs645061	A	G	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=1;PP=630;SC=TTTAAATTTGATCTCTTAAAG;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=39894847;WS=39894829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	39908701	rs75882914	G	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=216;SC=TGAGGGGAAGGTTAATACTGT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=39908709;WS=39908691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	39910257	rs78256423	A	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=288;SC=ACTTTCCCAGACTCTGCTACA;SOR=2.448;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=39910265;WS=39910247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	39927507	rs783820	G	A	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=14;PP=1093;SC=ACCGCCAACCGAACAAGTACC;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=39927515;WS=39927497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	39929240	rs7554206	T	C	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=39;PP=1824;SC=AATAGGAAGTTTTGCTCTACC;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=96;WE=39929248;WS=39929230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	39957913	rs4660269	A	G	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	39958080	rs10888798	C	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=160;SC=GTGCCGGGCCCTGGCCGAACG;SOR=1.230;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=39958088;WS=39958070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	39988034	rs15733	C	T	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.84;QD=25.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	39988084	rs6525	G	A	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=6;PP=673;SC=GATGACGTCCGCGGCTCCCAC;SOR=1.788;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=32;WE=39988092;WS=39988074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	40026701	rs186881656	A	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=222;SC=TAAATTTGCAATTTGTAATCC;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=40026709;WS=40026691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	40029641	.	A	T	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=54;PP=1556;SC=GCAGATGTCCAACTGGCCACG;SOR=1.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=81;WE=40029649;WS=40029631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	40092089	rs2695320	T	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=4;PP=518;SC=AGCCAGTCCATGAAGCAAAGC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=40092097;WS=40092079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	40096053	rs1148945	T	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=186;SC=CAGCACTCACTGTCTCGATTT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=40096061;WS=40096043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	40098328	rs784625	T	C	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	40149515	rs784633	A	G	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=6;PP=457;SC=GGGGAGCAGCAGGGAGGCCCC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=40149523;WS=40149513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	40149642	rs784634	G	T	5347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	40149870	rs113763288	C	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.63;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	40149875	rs113459798	C	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.60;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	40150156	rs9662128	G	A	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=22;PP=831;SC=TGAGGATGCCGCTGGGGCAGT;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=40150164;WS=40150146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	40150370	rs2746058	C	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=13;PP=305;SC=ACACACAGGGCGGGGTTGCAG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=40150378;WS=40150360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	40229616	rs202005319	T	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.025;NF=0;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=-1.220;SC=TCCCTGGAACTCTGCTTGTAC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=40229624;WS=40229606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	40230336	rs76376226	C	G	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.205;NF=27;NR=18;PP=671;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CAGCTCGTTGCTTTTCTTCGG;SOR=0.713;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=45;WE=40230344;WS=40230326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,71:0.52:137
chr1	40235490	rs369351852	C	G	6039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.92;MQRankSum=1.759;QD=22.96;ReadPosRankSum=2.356;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,256:0.97:263
chr1	40367592	rs804719	A	G	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.41;QD=24.03;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	40367598	.	G	GCCC	1505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;NF=1;NR=18;PP=306;SC=TCACAAGCGCGCCCCCCCCGC;SOR=1.112;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=19;WE=40367606;WS=40367582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	40526003	rs3122419	T	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=605;SC=GAGTTCAGTCTAGCCACAGAA;SOR=2.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=40526011;WS=40525993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	40533266	rs11207440	T	G	4265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=45;PP=1778;SC=TGCCGGATCATGTCCTCCTCC;SOR=3.237;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=92;WE=40533274;WS=40533256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	40533287	rs6665926	T	G	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=46;PP=1693;SC=CCCTCCACCATGCCCCCCTCC;SOR=3.589;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=67;WE=40533295;WS=40533277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	40533315	rs6665933	T	G	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.50;QD=44.39;SOR=3.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	40533320	rs6665936	T	G	4434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.45;QD=45.72;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	40533326	rs6665937	T	G	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.48;QD=46.36;SOR=2.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	40533347	rs6665944	T	G	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=82;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=40;PP=1358;SC=TTCCCGCTCATCACTGTTCGC;SOR=2.414;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=50;WE=40533355;WS=40533337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	40536074	rs58190778	C	CT	6043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=58;PP=2965;SC=TAAAGTTACACGTTGACACAC;SOR=0.733;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=79;WE=40536082;WS=40536064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	40556922	rs3122439	T	C	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=19;PP=892;SC=TGTGCAAATATAGTTCCTAGA;SOR=1.061;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=51;WE=40556950;WS=40556912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	40556942	rs56654546	A	T	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.44;ReadPosRankSum=1.174;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,76:0.89:85
chr1	40558256	rs4481840	C	G	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=28;PP=797;SC=AGGCCTCAAACAGCATTATCA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=40558264;WS=40558246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	40688132	rs16827064	C	T	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=127;SC=CATTCATTAGCAGGAGAAAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=40688140;WS=40688122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr1	40840270	rs10645094	T	TGC	688.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.52;MQRankSum=1.076;QD=22.22;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr1	40840274	.	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.38;MQRankSum=1.464;QD=16.41;ReadPosRankSum=1.239;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr1	40840296	rs4561032	T	A,TGAGA	1993.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.91;MQRankSum=0.678;QD=62.30;ReadPosRankSum=1.040;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,9,20:0.28,0.62:32
chr1	40859213	rs377617377	CT	C	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=29.27;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	40859235	rs143326400	T	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=24;PP=499;SC=TTTTTTTTTTTGTGACAGAGT;SOR=2.419;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=27;WE=40859243;WS=40859225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	40879808	rs209605	G	C	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	40881041	rs209606	C	G	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=54;PP=1894;SC=CTTCTTCTTCCGGTTCCAGAA;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=110;WE=40881049;WS=40881031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	40928067	rs2036196	A	T	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=427;SC=AGGAATATGGATCTTTTTTTT;SOR=1.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=40928075;WS=40928057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	41094320	rs2076334	C	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=323;SC=TATGAATCAACTGGGGACAGT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=41094328;WS=41094310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	41095171	rs2076333	A	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=293;SC=GATGGCACCAACCACATGGGC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=41095179;WS=41095161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	41101572	rs2253835	A	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=20;PP=861;SC=GGACCACAGCACGGGGCTGCA;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=41101580;WS=41101562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	41107360	rs491619	T	C	11018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.63;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,429:1.00:430
chr1	41107612	rs2076332	C	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=21;PP=620;SC=CCCGGGGTGGCAGGGCCTCAG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=41107620;WS=41107602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	41204569	rs1057925	C	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=8;PP=304;SC=CCCAGCAAAGCCTACAGTCGT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=41204577;WS=41204559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	41229180	rs4660455	G	A	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	41284366	rs2361660	G	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=26;PP=756;SC=AGGCCTGCAAGCCGCGCGCGG;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=41284374;WS=41284356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	41284406	rs2361659	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=461;ReadPosRankSum=-0.482;SC=GGGCACGACCAGAGCGGGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=25;WE=41284414;WS=41284396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr1	41285087	rs4660468	T	C	10265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.168;SC=TCTACCTGGCTGAGAAGGACG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=107;TCR=105;TR=209;WE=41285095;WS=41285077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,411:1.00:413
chr1	41298652	rs913378	T	C	7677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=111;NR=76;PP=2965;SC=GTGGCCCCTTTGGTGGGCCAC;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=111;TCR=76;TR=187;WE=41298660;WS=41298642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	41327873	rs12081504	G	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=55;SC=GCCAGCGGCTGCTCTGCGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=41327881;WS=41327863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	41453286	rs5773721	GT	G	2604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=41;PP=1764;SC=TAAGGGCACAGTTAACAGTCA;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=41;WE=41453294;WS=41453276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	41454425	rs6675122	G	A	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	41456808	.	CT	C	182	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=14;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=7;NR=3;PP=182;QD=18.6;SC=GGGAAACTAACTTTTTTTTTT;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=10;WE=41456829;WS=41456798;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,10:0.28:36
chr1	41456821	rs116700741	T	G	2214.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	41456821	.	T	TG	352	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=13;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=7;NR=3;PP=352;QD=35.6;SC=TTTTTTTTTTTTCTTTTGTGA;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=10;WE=41456829;WS=41456798;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:25,10:0.29:35
chr1	41461513	rs12047657	G	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=7;PP=418;SC=ATTTTTACAAGGTCACGTAGC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=41461521;WS=41461503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	41462986	rs12047078	T	C	1174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=731;SC=TGGTTTTTTTTCCCTTGAAAT;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=41462994;WS=41462976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	41466550	rs12735455	T	A	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=109;SC=ATATATTAAGTTGATCACTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=41466558;WS=41466540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	41466803	rs12718433	G	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=22;PP=620;SC=AGTAGAGTTCGCTGCCTTGGG;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=41466811;WS=41466793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	41474400	rs35044078	C	G	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=35;PP=1566;SC=AGGATTCCAGCTTGCTGGTAC;SOR=0.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=77;WE=41474408;WS=41474390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	41475085	rs12144160	A	G	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=19;PP=1324;SC=AACCTTCACAATGAAGCTGTT;SOR=1.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=41475093;WS=41475075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	41486408	rs3738369	G	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=297;SC=TGTTCTCAGTGTGGCTTAAGG;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=41486416;WS=41486398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	41493811	rs1140227	C	T	5806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=52;PP=2092;SC=CCCCTCATTCCTAGAAGAATG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=113;WE=41493819;WS=41493801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	41494222	rs11578697	G	T	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1942;ReadPosRankSum=-0.628;SC=TCTCCACACAGGTTCCTACTG;SOR=0.272;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=113;WE=41494230;WS=41494212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr1	41540853	rs2011981	A	T	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.13;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	41540861	rs2011982	T	C	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.30;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	41582429	rs34477858	T	TA	308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=376;SC=CCTTATAGTCTAATATATTCC;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=41582437;WS=41582419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	41618442	rs213768	A	T	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=31;PP=856;SC=CACTGAATGAAGAAATCTAAA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=41618450;WS=41618432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	41651952	rs12408956	G	A	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=391;SC=GGAGGAAGGAGAAGAACATTT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=41651960;WS=41651942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	41949595	rs2759256	G	A	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=13;PP=1161;SC=ATATTAGCCAGTGCCTCCATC;SOR=1.828;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=41949603;WS=41949585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	41949628	rs2759257	A	C	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=28;PP=1635;ReadPosRankSum=-1.444;SC=GAGAGATGGAATGTGTCAACG;SOR=1.023;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=83;WE=41949636;WS=41949618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr1	41950312	rs2984691	T	C	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=23;PP=631;SC=GAGCAGGGAGTGCCTGTTGCC;SOR=1.238;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=41950320;WS=41950302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	41976017	rs678110	C	T	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=12;PP=706;SC=AGCTCCTGGACGGAGGGACAG;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=41976025;WS=41976007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	41976328	rs9439043	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=474;SC=TCGGGGTTGGTCGGTGCACGC;SOR=1.255;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=22;WE=41976336;WS=41976318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	41978566	rs2991344	T	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=9;PP=414;SC=AACCCGTGGGTCCAGCCCCAA;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=41978574;WS=41978556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	41978825	rs2483689	C	G	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.042;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=26;PP=1532;ReadPosRankSum=1.316;SC=CAAGGGAGAGCGCCCATGCCC;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=41978833;WS=41978815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr1	41979156	rs615177	A	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=21;PP=824;SC=TGCCTCGTGTAGCCTCCGTGC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=41979164;WS=41979146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	41983912	rs2810547	C	A	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	42041479	rs1815257	A	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=21;PP=619;SC=TGCAATCTTCACACTCCCCCA;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=42041487;WS=42041469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	42046812	rs2810565	C	T	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=36;PP=1025;SC=AGGAAGGGGGCTGCCTGAAGG;SOR=1.051;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=59;WE=42046820;WS=42046802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	42048745	rs2810566	T	C	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=34;PP=1133;SC=GTGACTGCTGTGGCTCAGGGC;SOR=0.737;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=68;WE=42048753;WS=42048735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	42049032	rs2984694	G	A	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=25;PP=1196;SC=TGTCGATCTCGCTGGTGTCCA;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=42049040;WS=42049022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	42049140	rs2475842	C	G	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=46;PP=2470;SC=CTTCGGTGGACAGGGGCAGGA;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=120;WE=42049148;WS=42049130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	42050055	rs61773680	G	T	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=55;PP=2100;SC=TCTGAGGATGGAGCCCAGGGG;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=67;TCR=55;TR=122;WE=42050063;WS=42050045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	42629040	rs2232224	A	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=10;PP=458;SC=GTATTCCCGAACCCCACCAAT;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=42629048;WS=42629030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	42630364	rs2071499	G	A	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=14;PP=601;SC=GCACAGTGCGGAGAGCAGGAA;SOR=0.814;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=31;WE=42630372;WS=42630354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	42693597	rs343376	A	G	3672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=36;PP=1274;SC=AGTAGGCAGCACATCTTCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=73;WE=42693605;WS=42693587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	42865468	rs56751964	G	A	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=75;SC=ATGCCTTGGCGTCTTCCCTTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=42865476;WS=42865458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	42870338	rs1105670	C	T	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=6;PP=140;SC=CTGGACAAGACACTCCTCAAG;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=42870346;WS=42870328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	42880516	rs1055055	T	C	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=25;PP=1351;SC=CTACCTCTAGTGAAAGTGAGC;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=66;WE=42880524;WS=42880506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	42898843	rs1034268	A	G	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=28;PP=1192;SC=AGGTAGTAAAACATGACCAGG;SOR=0.869;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=67;WE=42898851;WS=42898833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	42901082	rs3748845	A	C	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=37;PP=1154;SC=ATGGTAATACAACAAGCAGGC;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=42901090;WS=42901072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	42901173	rs4660634	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=253;SC=GGTTCTCTCTCTTACTGTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=42901181;WS=42901163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	42915753	rs11210647	T	C	6266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=80;PP=2660;SC=ACATAGACTTTATGATCTTTA;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=66;TCR=80;TR=146;WE=42915761;WS=42915743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	42948562	rs202122677	GA	G	800.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=1.096;NF=0;NR=39;PP=485;ReadPosRankSum=0.289;SC=TGGAACATGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.642;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=39;WE=42948570;WS=42948552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,48:0.89:54
chr1	42948585	rs6656344	C	A	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=36;PP=965;SC=CACTGAGAAACAAGTCTTTAA;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=42948593;WS=42948575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	42956001	rs72659920	G	A	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=25;SC=CCCAGGAGTTGGAGGTTGCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=42956009;WS=42955991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	42956034	rs72659921	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=25;SC=GTGCCACTGCACTCCAGCCTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=42956042;WS=42956024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	42962800	rs3748841	A	T	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=34;PP=1218;SC=CAAAGGAACAAAATCAGAGAC;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=69;WE=42962808;WS=42962790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	42986956	rs72659942	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=5;PP=281;SC=GGCCAAGTATTTTCTAATTTC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=42986964;WS=42986946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	43002199	rs372826618	AAG	A	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.557;QD=1.61;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,34:0.16:208
chr1	43002347	rs72659956	A	G	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.17;NF=11;NR=36;PP=1066;SC=ATTTTTAAATAAAGTATAACT;SOR=1.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=43002366;WS=43002337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	43002358	rs72659958	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=31;PP=809;SC=AAGTATAACTATGTGTCTCAG;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=43002366;WS=43002337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	43002744	rs4660643	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.027;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=495;ReadPosRankSum=1.304;SC=CCATAGCACTGTAGAATACGT;SOR=1.689;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=25;WE=43002752;WS=43002734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr1	43011389	rs6661835	A	G	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	43011396	rs142311566	TCG	T	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=438;SC=GGCAGGCAGATCGCTTGAGCT;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=43011405;WS=43011379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	43021810	rs12038786	C	T	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=12;PP=532;SC=AGATTTTATTCTTATATTTGC;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=43021818;WS=43021800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	43030135	rs114498677	C	T	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.49;QD=21.25;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	43030158	rs67724541	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=388;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=5;PP=202;SC=TAAGGGTTTCGCCATGTTGAC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=43030166;WS=43030148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	43030190	.	A	ACCTCAGGTGATCCACCCACCTCGG	632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=2900;SC=TGAACTCCTGACCTCCCAAAG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=8;WE=43030198;WS=43030180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	43055243	rs10789417	C	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=412;SC=TTTACTAAACCTAATCCTTTA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=16;WE=43055251;WS=43055233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	43076555	rs201279077	CTT	C	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.641;QD=19.27;ReadPosRankSum=0.137;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr1	43110276	rs7523056	G	A	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=132;SC=TCTAAGATCCGGGGCCAGTGG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=43110284;WS=43110266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	43124701	rs6600419	A	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=1474;ReadPosRankSum=1.037;SC=TGATTCCTCCATGCATTGCTC;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=70;WE=43124709;WS=43124691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chr1	43124859	rs3738494	C	T	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=47;PP=1751;SC=ACGACTGTGACATCATAGTGA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=48;TCR=48;TR=95;WE=43124867;WS=43124849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	43132393	rs35844708	G	GA	977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=1111;SC=AAAGGGAAGAGAACCACCTAA;SOR=2.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=43132401;WS=43132383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	43201534	rs4660658	G	A	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=435;SC=CAGGGCAGGCGGAGCTCAGAC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=43201542;WS=43201524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	43212431	rs4660662	A	G	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=27;PP=1759;SC=GTTCGGGGGGACCCTGCTGGG;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=85;WE=43212439;WS=43212414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	43212869	rs3738496	A	T	6942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=84;PP=2768;SC=GGGGAAGAGAAAGGCAAACCA;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=150;WE=43212877;WS=43212859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr1	43213499	rs3738499	C	T	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	43213797	rs3738500	A	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=7;PP=679;SC=AGGGTGGGGTAGTAGAGTGCA;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=43213805;WS=43213787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	43228189	rs2816593	T	A	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=38;PP=1015;SC=TCACATCCAATCTCTGAACGT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=43228197;WS=43228179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	43239395	rs2760075	G	A	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=48;PP=1328;SC=GTTTATAATCGTTGTGACTTT;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=67;WE=43239403;WS=43239385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	43300921	rs4660673	C	G	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=359;SC=CCTGACACTTCTCCATAGGTT;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=43300929;WS=43300911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	43302971	rs1466548	C	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=25;SC=ACTGTACACACATGCACACAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=43302979;WS=43302961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	43393245	rs11282849	G	GGGTGAGAAAT	816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=4;PP=2970;SC=TCATGCGTGCGGGTGAGTATA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=11;WE=43393253;WS=43393235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	43418026	rs2297972	C	T	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=29;PP=790;SC=CACTCAGGCCCACACTCAGCC;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=43418034;WS=43418016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	43652369	rs6413971	T	C	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=42;PP=1911;SC=TGTTTTGCATTTTGGGCAGAT;SOR=0.854;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=92;WE=43652377;WS=43652359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	43663376	rs513009	A	G	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=40;PP=1379;SC=AAGGAATGAAAGGCTTGCCTA;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=68;WE=43663384;WS=43663366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	43672636	rs11210812	T	G	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=727;SC=TCTGGGCTGGTGCACGGATCT;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=43672644;WS=43672626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	43675467	rs2453412	G	A	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=39;PP=2251;SC=TTGTCATCTCGCATTCTGGAC;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=106;WE=43675475;WS=43675457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	43680855	rs4233492	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=7;PP=361;SC=GAAGCCTTGCGCAACAGCTGG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=43680863;WS=43680845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	43681184	rs612626	C	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=215;SC=CCTGGCTACACCCTATGCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=43681192;WS=43681174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	43692695	.	A	G	3223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	43697968	rs3120045	G	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=187;SC=GTGGAAACACGTGATGCTGGT;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=10;WE=43697976;WS=43697958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	43699813	rs3820588	A	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=344;SC=TATGCCCAGTATGGCCCCTGG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=43699821;WS=43699803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	43699935	rs2477561	C	T	3966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=30;PP=1715;SC=CAGAAGGAAACGTCTCTGATT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=43699943;WS=43699925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	43700140	rs2483688	A	G	6746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=76;PP=2817;SC=CCTCTCCCTCACTGAGAATCT;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=145;WE=43700148;WS=43700130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr1	43771016	rs3831248	TA	T	5443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.07;NF=8;NR=52;PP=2452;SC=AGAGCAACGGTAAAGAGGGGC;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=60;WE=43771024;WS=43771006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	43771090	rs3120044	G	A	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=36;PP=1076;SC=TGACCCATGGGACCCTCAGCT;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=43771098;WS=43771080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	43773033	rs2275180	A	G	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=24;PP=1382;SC=CTTGGAGGGTAAGGGCGACAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=43773041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	43774437	rs1467809	G	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=241;SC=GCAGGTATTAGACGGTATCGG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=43774445;WS=43774427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	43774495	rs2282225	G	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=6;PP=435;SC=GATGGGATGTGGGGCTGGGAC;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=43774503;WS=43774485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	43777852	rs1999595	C	T	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=43;PP=1683;SC=GTTACTTTCCCGTCGACCCCA;SOR=0.947;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=77;WE=43777860;WS=43777842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	43779564	rs3120276	T	C	4587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=46;PP=1702;SC=CCATCCTGGCTGCCCTTTTAA;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=104;WE=43779572;WS=43779554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	43779724	rs138876276	TTG	T	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.275;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,21:0.20:107
chr1	43779869	rs2991990	T	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=441;SC=AAATATTTAATATTCCCATTT;SOR=2.215;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=43779877;WS=43779859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	43782846	rs1198982	G	A	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=12;PP=732;SC=TGGACCGTCTGCCCTCTTGTC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=43782854;WS=43782836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	43826312	rs710251	C	A	11979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=1.614;SC=TGCCCACCCTCCCCTTGACTG;SOR=0.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=122;TCR=125;TR=246;WE=43826320;WS=43826302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,470:1.00:471
chr1	43851797	rs11541153	G	A	7752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=119;PP=2965;SC=GACCACTGCTGCCTGAAGGTC;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=78;TCR=120;TR=197;WE=43851805;WS=43851787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	43855578	rs839753	G	C	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=61;PP=2209;SC=CCGAGGTAGCGAGGTCAGGGG;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=104;WE=43855586;WS=43855568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	43896743	rs138762270	C	T	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=71;PP=2208;SC=CCCACGGCCTCGGACCCTCAG;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=49;TCR=71;TR=120;WE=43896751;WS=43896733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	43907092	rs12407785	G	A	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=30;PP=1132;SC=GGGTATGGGTGTGAAGTCACA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=43907100;WS=43907082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	43916642	rs6954	T	C	6008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=95;PP=2679;SC=GAAGCACTTGTGGCCACCGTC;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=72;TCR=96;TR=167;WE=43916650;WS=43916632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	43917820	.	C	A	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.792;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=864;ReadPosRankSum=-0.118;SC=TGTGCACCCCCTTCTCCGCAC;SOR=0.441;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=62;WE=43917828;WS=43917810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,80:0.52:153
chr1	43919413	rs6692611	A	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=17;PP=563;SC=GGGAGGCCGGAGAGCTCGGGG;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=43919421;WS=43919403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	43998397	rs11350891	GT	G	642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=455;SC=GAAAATCCCTGTTTTTTTACT;SOR=1.382;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=16;WE=43998405;WS=43998387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	44035352	rs1065771	C	T	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=37;PP=1369;SC=TGCTATGTGCCGCAGGCGGAA;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=80;WE=44035360;WS=44035342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	44044468	rs11210874	C	T	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=11;PP=1102;SC=CCTCTCGCTTCGTGTACCCAC;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=44044476;WS=44044458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	44057257	rs2304353	A	G	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=37;PP=1139;SC=GGCAGCCAACAGCAGAGAAGG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=59;WE=44057265;WS=44057247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	44057668	rs7540068	G	T	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=30;PP=939;SC=GTCCCTGAGGGTCTGTGATGG;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=44057676;WS=44057658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	44057696	rs7553297	A	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=27;PP=739;SC=CCAGGAGGGTATTTTCTGGAT;SOR=1.057;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=44057704;WS=44057686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	44058034	rs2117316	G	A	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=20;PP=1943;SC=GCCGTGGTGGGTCCAGAGGTG;SOR=2.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=87;WE=44058042;WS=44058024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	44058265	rs3828151	C	A	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=86;PP=2454;ReadPosRankSum=1.703;SC=CCCGCACAGCCCAGTCCAGTA;SOR=1.120;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=127;WE=44058273;WS=44058255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
chr1	44064319	rs17849103	A	G	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=54;PP=2594;SC=CAGGACCCTCAAGTTTGCTGT;SOR=1.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=96;TCR=56;TR=147;WE=44064327;WS=44064309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	44067859	rs12023161	A	G	5809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=75;PP=2542;ReadPosRankSum=0.317;SC=GCTAGCCTGCACTGCCAAGAT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=59;TCR=76;TR=133;WE=44067867;WS=44067849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr1	44071221	rs631248	G	A	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=45;PP=1309;SC=TTGTTGTGGTGCCCATTGACC;SOR=1.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=70;WE=44071229;WS=44071211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	44072018	rs1065772	C	T	5778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=49;PP=2472;SC=TCCCGGAGACCTTTACCTTGG;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=122;WE=44072026;WS=44072008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	44072066	rs10890266	C	T	6947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=66;PP=2965;SC=ACAACCGGCCCCTGTCTCCGG;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=87;TCR=66;TR=152;WE=44072074;WS=44072056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	44072420	rs539096	A	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=22;PP=1215;SC=CTCCAGGATTAATAGGCAGAG;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=44072428;WS=44072410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	44075227	rs517622	T	C	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=44;PP=997;SC=CCTGTGGGTCTGTTCTGCAGG;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=44075235;WS=44075217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	44078359	rs3791149	T	A	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=13;PP=989;SC=GTGATGGTGCTGTAAGCAGAA;SOR=1.131;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=46;WE=44078367;WS=44078349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	44078384	rs499257	T	C	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=18;PP=1333;SC=TTAACGGGCTTTCTTTTCTTG;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=61;WE=44078392;WS=44078374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	44079411	rs603542	T	C	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=50;NR=99;PP=2473;SC=CCCCCTACCATGTGCCTGGCC;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=51;TCR=101;TR=149;WE=44079419;WS=44079401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	44083110	rs571862	C	T	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=20;PP=1251;SC=TCTCCATTCTCTGCAGTCCAT;SOR=1.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=44083118;WS=44083100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	44083507	rs641365	T	C	5792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=70;PP=2162;SC=AGACCATGGGTGATTTCTGGA;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=128;WE=44083527;WS=44083497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	44083519	rs641351	G	A	5192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=69;PP=2380;SC=ATTTCTGGAGGATGGTGTGGG;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=123;WE=44083527;WS=44083497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	44084739	rs1143701	C	T	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=65;PP=2364;SC=GTGAGAAGCGCGAGCTGCGTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=129;WE=44084747;WS=44084729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	44086080	rs568639	T	C	6656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	44086831	rs1143702	C	T	6880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=69;PP=2700;SC=GCATGCGCTACGAGGGCGTGG;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=132;WE=44086839;WS=44086821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	44087496	rs673485	C	T	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=16;PP=1800;SC=GGGTCCAGCACCTGCTCTTGG;SOR=1.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=67;TCR=16;TR=83;WE=44087504;WS=44087486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	44119038	rs3215842	A	AT	175.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.424;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=279;ReadPosRankSum=1.833;SC=GAGCAGTAAGATTTTTTTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=44119046;WS=44119028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr1	44125962	rs3215843	CA	C	1427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=10;PP=1354;SC=TTTTTACTTTCAAAAAGGTAC;SOR=2.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=38;WE=44125970;WS=44125952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	44134887	rs143990622	T	C	5371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=65;PP=2163;SC=CAGTATGAGATGACGGAGTGC;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=72;TCR=65;TR=136;WE=44134895;WS=44134877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	44137257	rs586339	C	A	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=18;PP=864;SC=GAAGAACAAGCAGCAGCTGCC;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=44137265;WS=44137247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	44280381	rs37468	A	T	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=514;SC=AACTTGGTCCATCACAAAACA;SOR=2.303;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=44280389;WS=44280371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	44280425	rs3791064	T	G	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=20;PP=826;SC=TTTATGTATTTAGTTACGTTC;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=44280433;WS=44280415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	44323736	rs2906465	T	C	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=21;PP=1169;SC=AACAGGTTTTTGAAGTGAATA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=62;WE=44323744;WS=44323726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	44386305	rs3120802	C	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=16;PP=591;SC=GTGGGTGGGGCAGTGCTTCTG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=44386313;WS=44386295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	44386445	rs80055718	G	A	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=30;PP=1234;SC=CCCTGCCCCCGTCTTCTAGAA;SOR=0.882;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=71;WE=44386453;WS=44386435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	44386615	rs3120803	A	G	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	44395786	rs2108202	C	T	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=21;PP=699;SC=CAACTGATCACTTCATCTCTC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=44395794;WS=44395776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	44401384	rs2242637	A	G	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=43;PP=1454;SC=TGGCCTAGGCAGCAGGTGAGT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=85;WE=44401392;WS=44401374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	44415415	rs2240447	C	T	10154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=125;PP=2965;SC=TGATGCCTGACGCTTGGCCAT;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=245;TCF=120;TCR=125;TR=244;WE=44415423;WS=44415405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr1	44426025	rs2301993	G	A	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=13;PP=526;SC=CTTGCCCTCCGCTCCCATAGT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=44426033;WS=44426015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	44426948	rs2906596	G	A	8795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.544;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GGTCCTGACCGGGGTCTCTGC;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=96;TCR=136;TR=231;WE=44426956;WS=44426938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,336:1.00:337
chr1	44432500	rs4660759	C	G	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.270;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=70;PP=2347;ReadPosRankSum=1.523;SC=CCAGTGCCCTCCCCTGCCCAG;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=110;WE=44432508;WS=44432490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr1	44442521	rs12410334	A	C	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=26;PP=811;SC=GTATGAATGCAAAATGCTGGG;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=44442529;WS=44442511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	44457215	rs12403025	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	44457305	rs12403036	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=18;PP=805;SC=CCCACTGCCTGGTTTCTGGGC;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=44457313;WS=44457295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	44457739	rs11376967	T	TC	563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=529;SC=ATTTCCCACCTCTGCGGGTCC;SOR=1.371;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=44457747;WS=44457729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	44596379	rs34057178	CCAA	C	16683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=119;PP=2978;SC=GACCCACAGGCCAACAACAAC;SOR=0.860;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=147;TCF=18;TCR=129;TR=137;WE=44596389;WS=44596369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr1	44679556	rs803369	A	G	5064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	44680719	rs4660780	G	C	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=43;PP=2142;SC=AATGCATGCAGAGTAGGACTC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=106;WE=44680727;WS=44680709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	44685664	rs41270415	C	T	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=32;PP=1225;SC=GGGCTCTGCCCGTGCTGCCTG;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=61;WE=44685672;WS=44685654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	44686322	rs12419	T	C	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	44788398	rs161721	A	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=11;PP=365;SC=ACTTCTTACCATCCCATATTG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=44788406;WS=44788388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	45088629	rs28453885	G	A	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=489;SC=CTAGGGCTGCGCCGTGTGTGT;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=45088637;WS=45088619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	45169711	rs374584525	TA	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.777;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr1	45270777	.	CA	C	82.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	45470130	rs7528534	T	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=587;SC=TGTGGCCTTTTAGCAGCAGAA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=45470138;WS=45470120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	45472798	.	TTGTGTGTGTG	T,TTG	1450.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.24;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=6,6;NR=18,18;PP=922,111;SC=CCTCGAGCAGTTGTGTGTGTG;SOR=0.914;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=24,24;WE=45472815;WS=45472788;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.18,0.82:38
chr1	45474157	rs2298006	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=16;PP=722;SC=AGACACACAAGGCTCAATGTT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=45474165;WS=45474147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	45475566	rs6429552	A	G	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=7;PP=1029;SC=ACCCTGTTTTAGTCCTGGCCT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=45475574;WS=45475556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	45479874	rs6698485	G	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=19;PP=575;SC=GTGATCTAGCGGAGCAGCCAA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=45479882;WS=45479864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	45504720	rs7551698	G	C	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=32;PP=1210;SC=GGTTTGTGATGGTTGTGGTTC;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=76;WE=45504728;WS=45504710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	45524213	rs3738246	C	T	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=525;SC=ATGGCAAGGGCTCATAAACAC;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=27;WE=45524221;WS=45524203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	45796269	rs3219493	G	C	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=28;PP=1042;SC=GGCACTTTTTGCAAAAGAGAT;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=50;WE=45796277;WS=45796259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	45798555	rs3219487	T	C	9935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=120;PP=2965;SC=GTCCCTCTATTGTTCCTATTT;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=94;TCR=120;TR=214;WE=45798563;WS=45798545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr1	45805566	rs3219468	G	C	11265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr1	45812751	.	C	A	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=677;ReadPosRankSum=2.633;SC=GGTAGTCGGACTTTGGTTTCC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=45812759;WS=45812741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr1	45961955	rs937290	A	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=294;SC=TCATGGGCTCAGGTGGAACCA;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=45961963;WS=45961945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	45965307	rs12568144	G	A	4806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=87;PP=2608;ReadPosRankSum=-0.991;SC=AGCGGCAGGGGTCTGGCTCCC;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=40;TCR=88;TR=126;WE=45965315;WS=45965297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,178:0.99:180
chr1	45965340	rs7546268	T	C	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=64;PP=1960;SC=CTTGCTCTCCTAGCGGGGGAT;SOR=2.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=81;WE=45965348;WS=45965330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	45973928	rs2275276	G	A	8238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=89;PP=2965;SC=ACTACGAGGTGCACCCCAACC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=186;WE=45973936;WS=45973918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	45981512	rs2356559	T	C	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=63;PP=1633;SC=GGTTAGCATTTGACACAGACT;SOR=0.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=105;WE=45981520;WS=45981502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	46027355	rs512083	T	C	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=25;PP=1114;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCACT;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=46027363;WS=46027345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	46050004	rs57257530	TTCGG	T	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=23;PP=1215;SC=GCTGTCGCTGTTCGGGAAGGC;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=46050015;WS=46049994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	46057144	rs2991981	A	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=4;PP=129;SC=TCCCACTTCAACCTCCTGAGT;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=46057152;WS=46057134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	46065998	rs3014211	T	C	5279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=53;PP=2455;SC=AGATAATGAGTATTTTCATCA;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=73;TCR=53;TR=126;WE=46066006;WS=46065988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	46073489	rs2230657	G	A	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=14;PP=616;SC=CTTTAGACCCGACAGTCAAGC;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=46073497;WS=46073479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	46078630	rs2050376	A	G	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=168;SC=TGAAGGTCTGACCCATAGACT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=46078638;WS=46078620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	46078854	rs2230658	A	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	46078884	rs2230659	C	T	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=18;PP=473;SC=ATGATAAGACCGAAGAAATGC;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=46078892;WS=46078874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	46080530	rs2991985	T	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=7;PP=599;SC=TTAAAAGTCATTTTGACTTTC;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=46080538;WS=46080520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	46080947	rs1972410	A	C	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=48;PP=1919;SC=TTCTTTTTTGAGCCATTACTA;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=101;WE=46080955;WS=46080937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	46081940	rs2356581	T	A	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=23;PP=975;SC=GGTGATGGGTTCCTGTTACAA;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=46081948;WS=46081930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	46081960	rs2253862	C	T	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=27;PP=1107;SC=AGGCTGTGGGCGGCCTGGGTT;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=68;WE=46081968;WS=46081950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	46082431	rs2991988	C	A	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	46085852	rs2275085	C	T	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=552;SC=TGCTTCTAGACCCAATGTCAG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=46085860;WS=46085844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	46085879	rs2275086	C	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=8;PP=685;SC=GAGTAGTAAACCTGTAGGTCT;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=46085887;WS=46085869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	46086077	rs3014246	C	T	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=33;PP=1182;SC=GGTGAGGAAGCTGGCTTCCAG;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=46086085;WS=46086067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	46086913	rs3014245	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=9;PP=795;SC=TAAGCCTCAACTGTGGCAGAG;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=46086921;WS=46086903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	46087577	rs3014242	G	A	8891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=146;PP=2965;SC=TGGTGGCAGCGGTGGTGCCAC;SOR=1.395;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=247;TCF=101;TCR=146;TR=239;WE=46087585;WS=46087567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	46087879	rs3014241	A	G	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=48;PP=2168;SC=GGGAGAGATAAGTGGGATGGG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=111;WE=46087887;WS=46087869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	46089225	rs3014240	C	G	4483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	46347875	rs56242896	A	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr1	46347878	rs201525530	AT	A	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.532;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr1	46347910	rs6665193	G	A	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	46379518	rs4256763	A	G	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=51;PP=1721;SC=AAACGGAGGCAAGAGAGACTG;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=90;WE=46379526;WS=46379508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	46424964	rs4460582	G	A	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=19;PP=1205;SC=GCGGCCCGTGGAATGGTGTCC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=46424972;WS=46424954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	46466721	rs11589562	T	C	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	46476587	rs11211247	T	G	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=31;PP=1122;SC=AACTTCAAGATAATTTGGAGA;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=46476595;WS=46476577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	46485548	rs946529	G	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=183;SC=CAAATGTATGGTCCTGAGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=46485570;WS=46485538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	46485562	rs946528	C	T	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=161;SC=TGAGGGGATGCGGCAGGGAGA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=46485570;WS=46485538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	46487552	rs2275426	G	A	6941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	46487560	rs946524	A	G	7394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.50;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	46491635	rs785478	C	T	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=26;PP=727;SC=AGTTCTCTAGCCCCCCGACCA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=46491643;WS=46491625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	46493460	rs1707336	T	G	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=41;PP=1475;SC=TGTCCAAAATTGGCCTCATGA;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=84;WE=46493468;WS=46493450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	46495434	rs2236560	G	A	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=201;SC=CTGGCTTCTTGCTAGATTTGC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=46495442;WS=46495424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	46498375	rs1622208	A	G	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=36;PP=1176;SC=CGGAGGTGGTAGAGCTGATCC;SOR=0.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=46498383;WS=46498365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	46511487	rs2297883	G	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=4;PP=596;SC=ATGGGTCCTCGTTACTGTACA;SOR=3.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=27;WE=46511495;WS=46511477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	46521517	rs785468	G	A	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=41;PP=1418;SC=CAGGTTTGATGCTATTCATTT;SOR=0.814;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=79;WE=46521525;WS=46521507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	46521559	rs785467	A	T	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	46546208	rs1768803	T	C	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=14;PP=1366;SC=GCTGGGATTATAGGCATGAGC;SOR=2.448;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=63;WE=46546216;WS=46546198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	46598269	rs1707304	C	A	13519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr1	46598273	rs1707303	A	C	13549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr1	46655158	rs6659553	T	C	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	46810530	rs3737744	A	G	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=45;PP=2011;SC=TTTTGACATGACTTACAGTGT;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=104;WE=46810538;WS=46810520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	46827214	rs324414	A	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=5;PP=588;SC=GCTCACTAGTAACTGCTTCTG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=46827222;WS=46827204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	46871986	rs324419	T	C	7649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=79;PP=2569;SC=CCCTGCTGTGTGAGGACATGT;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=162;WE=46871994;WS=46871976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	46972605	rs12127101	T	A	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=17;PP=1704;SC=GGACTGGGGGTGGGTCTCCCT;SOR=1.969;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=73;WE=46972613;WS=46972595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	46976530	rs12045200	C	G	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=25;PP=1136;SC=CACGTACATCCTCTCCCAGAG;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=66;WE=46976538;WS=46976520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	46976717	rs12045245	C	T	7120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=91;PP=2965;SC=AAGGCAAGGCCGAGGCCCCCA;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=95;TCR=93;TR=186;WE=46976725;WS=46976707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr1	47013364	rs1258041	T	C	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=31;PP=876;SC=GCAGGCAGGATGGGAGGGCAG;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=47013372;WS=47013354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	47014813	.	C	CA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.976;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr1	47059934	rs1258021	T	C	5198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=72;PP=1982;SC=AGTTCTCCATTGGCCTCTGAC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=124;WE=47059942;WS=47059924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	47078637	rs4660947	T	C	9891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=116;PP=2965;SC=CCATGAGCAATGCCATATAGC;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=124;TCR=116;TR=239;WE=47078645;WS=47078627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr1	47080679	rs6671527	G	A	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=52;PP=1548;SC=CCGACTCTTCGACTTCTCACC;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=82;WE=47080687;WS=47080669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	47099346	rs723333	C	A	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=8;PP=800;SC=ACACATTTATCCATGGACACA;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=47099354;WS=47099336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	47108828	rs736188	T	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	47110766	rs3215990	G	GC	1455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=9;PP=803;SC=TTGAGCCTCAGCAAGGGTTTC;SOR=1.151;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=47110774;WS=47110756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	47118067	rs620913	G	A	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=5;PP=712;SC=TACAATCAACGTGTGAGCATC;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=47118075;WS=47118057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	47118096	rs2289446	C	A	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=7;PP=976;SC=GTAAACAGAGCACTATAACTT;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=47118104;WS=47118086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	47118189	rs620431	G	T	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=51;PP=2385;SC=ATGACGTGATGGGCTGGAAAA;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=120;WE=47118197;WS=47118179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	47124204	rs34308534	C	CA	512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=595;SC=GTCAAGGACACAAAGTTCATA;SOR=2.833;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=47124212;WS=47124194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	47124479	rs611468	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=683;SC=AGCTAGGTGAAGTACCCAATC;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=47124487;WS=47124469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	47130873	rs594118	A	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=10;PP=749;SC=GGGTGAGGGTAAGGAGGGTGA;SOR=1.355;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=47130881;WS=47130863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	47133811	rs11211337	T	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.81;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	47138444	rs616249	C	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=210;SC=GTGGATGGAGCGATTGATGCA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=47138452;WS=47138434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	47138819	rs614486	T	G	13761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=177;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=0.278;SC=TTCTGTGGGATTTGGACATCC;SOR=0.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=345;TCF=179;TCR=166;TR=343;WE=47138827;WS=47138809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,508:1.00:510
chr1	47139103	rs1025806	C	T	8895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=149;PP=2965;SC=AGCTTCAATGCCAAGCCTTTT;SOR=1.213;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=81;TCR=149;TR=229;WE=47139111;WS=47139093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr1	47154272	rs2304745	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=14;PP=347;SC=ATTAGACAAGCAGGCCAGCAG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=47154280;WS=47154262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	47155462	rs2241862	G	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=289;SC=CCCCCAGAATGCATCCACAGA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=47155470;WS=47155452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	47182206	rs3737731	C	T	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=40;PP=1060;SC=ATGCAATTATCTCCTTTAAAT;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=47182214;WS=47182196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	47276728	rs2297812	G	C	4070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=58;PP=2217;SC=TAAGTCTGCGGAGCTGAGGTT;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=102;WE=47276736;WS=47276718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	47279789	rs2297811	C	T	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=70;PP=2901;SC=CTCCTCCTGGCCCCTCTATGC;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=137;WE=47279797;WS=47279779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	47280746	rs3215983	GAT	G	5258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=35;PP=2204;SC=CCTAACCCAGGATGAAGATGA;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=47;WE=47280755;WS=47280736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	47280859	rs2297810	G	A	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=32;PP=1175;SC=TCTACTGCATGGCCCTGTACC;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=47280867;WS=47280849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	47280884	rs4646491	C	T	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.11;NF=26;NR=28;PP=961;SC=GCACCAGCATCGTTGTAGAGA;SOR=0.758;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=54;WE=47280892;WS=47280874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	47282772	rs2297809	C	T	7752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=77;PP=2947;SC=GGAGAGCTTCCGCCTCTACCC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=82;TCR=77;TR=159;WE=47282780;WS=47282762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr1	47283505	rs4646495	G	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=343;SC=GGTCATGAACGCTCTGTCACT;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=47283513;WS=47283495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	47284526	rs3766196	C	A	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=31;PP=773;SC=CAGGCTGTGACCTCCCTGGGC;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=47284534;WS=47284516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	47348573	rs202002284	C	G	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=23.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	47398496	rs1126742	A	G	4998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=66;PP=2371;SC=TGCAAAACGGAAAGGGTCAAA;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=123;WE=47398504;WS=47398486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	47398913	rs3890010	C	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=17;PP=478;SC=GAATAGACAACCATTTATGCA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=47398921;WS=47398903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	47399967	rs28451040	G	A	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.34;QD=25.31;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	47400059	rs71500102	A	G	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.35;QD=28.95;SOR=1.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	47402487	.	TTGTGTG	T,TTG	4540.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.55;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=8,8;NR=38,38;PP=491,1433;SC=GAATGTGTGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.711;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=46,46;WE=47402502;WS=47402477;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.71:111
chr1	47495605	rs17102977	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=505;SC=GCTTGTGTCTATAAGAGGGGA;SOR=2.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=47495613;WS=47495595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	47497037	rs11211420	G	A	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=44;PP=2273;SC=GCAGAAAACCGTCACCAACTT;SOR=1.198;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=122;WE=47497045;WS=47497027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	47504217	rs2221324	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=408;SC=AATTAGATCTATTTAAACGTC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=47504225;WS=47504207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	47504936	rs2292060	C	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=6;PP=472;SC=TTTTTCCCCTCAAATCATTAT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=47504944;WS=47504926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	47515563	rs11448645	G	GA	302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=1;PP=437;SC=GCATTTGGTGGAAAAATATCA;SOR=3.767;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=12;WE=47515571;WS=47515553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr1	47571943	.	CTTTT	C,CT	6271.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.83;MQRankSum=-1.274;QD=34.09;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,47,136:0.26,0.74:184
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chr1	47572046	rs4926805	C	T	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=27;PP=765;SC=GAACCTAGGGCCATTCTTATT;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=47572054;WS=47572036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	47581122	rs7547893	A	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=16;PP=575;SC=GTATAATTTTAAAAAAAAAGT;SOR=1.162;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=49;WE=47581130;WS=47581107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	47582195	rs10890464	G	A	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	47582246	rs1295463	C	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=26.20;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	47582292	rs10890465	T	G	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=14;PP=834;SC=GCTGGAGGGATTAGGACTGGG;SOR=1.306;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=44;WE=47582300;WS=47582282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	47583415	rs6664496	G	T	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=9;PP=768;SC=TAGATGCCATGTTTTCTTTCT;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=47583423;WS=47583405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	47607281	rs12564525	C	T	5140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=87;PP=2763;SC=CCTGGCTCCACGGATTGGTAT;SOR=0.966;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=149;WE=47607289;WS=47607271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	47607641	rs11211465	C	T	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=36;PP=1795;SC=CCTTTTCCTGCATTTGCCCAT;SOR=1.285;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=104;WE=47607649;WS=47607631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	47607762	rs2056901	T	C	9408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=25.71;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr1	47607785	rs2056900	G	A	8329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=105;PP=2965;SC=CTTAGGGTACGGCTTGCTCCT;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=95;TCR=106;TR=199;WE=47607793;WS=47607775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr1	47607851	rs2056899	A	T	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=77;PP=2312;SC=AGCCTTCCACAATGACATCCT;SOR=1.194;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=121;WE=47607859;WS=47607841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	47608983	rs113777592	G	T	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.27;QD=24.90;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	47609489	rs10789501	T	C	8652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=95;PP=2965;SC=GGTTTTTTGCTGTATGAGGAA;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=103;TCR=96;TR=198;WE=47609497;WS=47609479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	47609668	rs911909	T	C	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=74;PP=2513;SC=GCAGAGAAGGTCCCTAGTAAT;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=49;TCR=74;TR=123;WE=47609676;WS=47609658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	47610065	rs149718343	A	C	7787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-0.525;NF=114;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CAACTACAGAAGGAGGGGGAG;SOR=0.405;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=116;TCR=71;TR=184;WE=47610073;WS=47610055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,302:1.00:303
chr1	47610293	rs968322	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.80;MQRankSum=-4.669;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,63:0.21:301
chr1	47611598	rs2405599	T	C	4863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=64;PP=2759;SC=TGGCCCAACCTAGAGGTATGT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=131;WE=47611606;WS=47611588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	47614185	rs760440	G	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=2;PP=625;SC=TGAATGTCCAGCTCAGGGCTG;SOR=4.174;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=26;WE=47614193;WS=47614180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	47614434	rs4926600	C	T	8057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=124;PP=2965;SC=TCTCAGGAGGCTCCCTAACCC;SOR=0.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=95;TCR=124;TR=219;WE=47614442;WS=47614424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr1	47652872	rs12567025	T	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=9;PP=830;SC=TTCCCTTCCCTTGAGCCTCAG;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=47652880;WS=47652862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	47655816	rs2248907	A	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=415;SC=GAGCTGCCAGACCTGGCCTCC;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=47655824;WS=47655806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	47685455	rs927462	T	C	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=41;PP=1553;SC=GGGCCGTGTGTTTGGGCGCGG;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=75;WE=47685463;WS=47685445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	47717189	rs2758735	A	G	7492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=93;PP=2965;SC=CAAGCTGTTCAGGTATGGACC;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=83;TCR=94;TR=176;WE=47717197;WS=47717179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	47735280	rs2742104	T	C	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=513;SC=GAAAGTAGGATGAAAGACTAA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=47735288;WS=47735270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	47737930	rs2758741	C	T	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=32;PP=906;SC=CAATTAAAAACATACTTTAAA;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=47737938;WS=47737920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	47755316	rs17103075	T	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=9;PP=261;SC=GACACTCAAATAACTTCATGT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=47755324;WS=47755306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	47841109	rs2253511	T	C	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=195;SC=TGGCTCATGCTTGTAATCCCA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=47841117;WS=47841099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	47842431	rs3125648	G	A	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=15;PP=659;SC=TAAACCTGAAGGCATCCTTGA;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=47842439;WS=47842421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	47883019	rs6666370	T	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	47883024	rs2820969	A	G	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	47904668	rs3046924	T	TCCGCAC	6787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=1187;ReadPosRankSum=0.997;SC=CGGCCCCGCATCCGCACCCGC;SOR=0.821;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=36;WE=47904676;WS=47904652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,147:0.97:151
chr1	47904909	rs2405913	G	C	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=600;SC=AGCCTTCTACGCGGCGTCCCT;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=47904917;WS=47904899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	48260116	rs3738314	C	T	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=759;SC=CCTTGGATCTCGGTGCTGCTG;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=48260124;WS=48260106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	48695081	rs212989	G	A	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=31;PP=982;SC=GAGGATCCAGGTGTACATGTC;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=48695089;WS=48695071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	48697733	rs212991	T	G	6768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=71;PP=2381;SC=CTTTCCACATTCTTCGGGACC;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=46;TCR=71;TR=117;WE=48697741;WS=48697723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	48701567	rs6694372	C	T	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=91;PP=2594;SC=CCGGCCCCTCCTTCCCTCCTT;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=39;TCR=91;TR=130;WE=48701575;WS=48701557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	48707838	rs705430	A	G	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=34;PP=884;SC=GTCCAGCCTCATTTGCCTCAG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=48707846;WS=48707828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	48708228	rs850763	G	T	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=27;PP=690;SC=GCCAGCCGGGGAGTGCCCTGC;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=48708236;WS=48708218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	48713206	rs7535096	T	C	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=40;PP=1364;SC=TCTGGGGCTATTTTGCGTGAT;SOR=0.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=70;WE=48713214;WS=48713196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	48902977	rs2261674	G	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=26;PP=767;SC=GTACAAATACGAGAATTATAC;SOR=1.885;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=48902985;WS=48902967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	49056762	rs151241264	A	AC	128.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.41;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr1	49128720	rs320007	C	T	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=18;PP=659;SC=CATTAAATTTCCATTTAAGAT;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=49128728;WS=49128710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	49193394	rs1385152	G	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=3;PP=494;SC=GCCATCTGTCGTCTTTGGAGT;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=49193402;WS=49193384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	49224584	rs1128934	G	T	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=26;PP=1395;SC=CTGCCAAGCCGCAGGAGCAGC;SOR=0.971;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=70;WE=49224592;WS=49224574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	49332724	rs6703833	A	C	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=17;PP=795;SC=GGGGAGGAGAAGAATCATTCA;SOR=1.095;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=49332732;WS=49332714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	49332969	rs61785986	A	G	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=388;SC=TTAGCAGGTCAGGGCGGACAA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=49332977;WS=49332959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	49511424	rs3934240	A	G	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=61;PP=1879;SC=AGTTCTTCCTATGGTCCGGGC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=108;WE=49511432;WS=49511414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	50331725	rs10788920	T	C	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	50572096	rs12138061	C	A	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=37;PP=1131;SC=CTGGCAGCCCCACAGTGCTGG;SOR=0.955;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=59;WE=50572104;WS=50572086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	50575675	rs148666401	CTG	C	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-1.380;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr1	50661411	rs2480683	C	T	9181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=100;PP=2965;SC=ACCAGTCCCCCAACCGGCGCT;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=208;TCF=106;TCR=102;TR=205;WE=50661419;WS=50661401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr1	50666515	rs2494876	C	T	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=13;PP=1059;SC=TTCTGCTTGTCCCCCCAGGTT;SOR=1.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=53;WE=50666523;WS=50666505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	50884778	rs2746610	G	A	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.03;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	50956163	rs143167159	AAAGG	A	3066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.47;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	50956212	rs149582773	C	CAAATACAGTGG	7514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=34;PP=1561;SC=GCTTCAGTATCAAATACAACC;SOR=1.642;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=58;WE=50956220;WS=50956202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr1	50957509	rs1149790	A	T	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=57;PP=1630;SC=TTTGACATATAACTTTTTTTT;SOR=1.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=75;WE=50957519;WS=50957499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	51180660	rs17384533	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.60;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	51425293	rs144699454	CCA	C	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,13:0.21:61
chr1	51767711	.	G	C	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=28;PP=1853;SC=CAGCCTAATCGTCATGCCCTA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=91;WE=51767719;WS=51767701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	51767912	rs375305601	GC	G	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,10:0.16:63
chr1	51873951	rs1065754	G	A	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=42;PP=1302;SC=ATTCTTCTTCGTAAGTGGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=69;WE=51873959;WS=51873941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	51905949	rs149345524	C	CTG	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.265;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	52293638	rs706495	G	A	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=34;PP=897;SC=TGGAGATTTAGTTCACAATCC;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=52293646;WS=52293628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	52303005	rs12944	G	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=2;PP=683;SC=GTCAGAAAATGAGTGTGTTTT;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=52303013;WS=52302995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	52402856	rs10888741	T	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=516;SC=CTGAGGCCAGTAACCATGTCT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=52402864;WS=52402846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	52402956	rs10888742	G	A	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=26;PP=1503;SC=AATGAATATGGGTCTCATACC;SOR=1.161;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=75;WE=52402964;WS=52402946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	52489322	rs2783178	G	A	5510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=75;PP=2492;SC=CTGGTACATCGGGCCCTCTGG;SOR=0.973;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=49;TCR=75;TR=123;WE=52489330;WS=52489312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	52490418	rs4926906	C	T	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=431;SC=TGTCCTACCCCTTGTTAAGTC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=52490426;WS=52490408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	52517412	rs7529324	A	G	5764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=52;PP=2829;SC=TTCTTAATGAAAACAGTAGAG;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=139;WE=52517420;WS=52517402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	52729425	rs58847260	TC	T	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.971;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr1	52820226	rs2820334	G	A	6254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=64;PP=2589;SC=CATTCAGTGCGTATTGGCTCT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=140;WE=52820234;WS=52820216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	52827212	rs374206070	TTCC	T	863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=4.390;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,41:0.14:302
chr1	53072454	rs1970951	T	C	8775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=90;PP=2965;SC=CCCACCACTTTAACGTGCTCG;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=105;TCR=91;TR=195;WE=53072462;WS=53072444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr1	53153432	rs443751	T	C	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=45;PP=2098;SC=CTGCTGTTCTTTGTGTAGCTG;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=111;WE=53153440;WS=53153422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr1	53192187	rs269298	C	T	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=105;SC=CTGCTACGCTCCTAGCTTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=53192195;WS=53192177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	53308665	rs532242	C	G	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=45;PP=1349;SC=GGGGTGCGGGCGGCGACGCGG;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=53308673;WS=53308651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	53320274	rs480299	G	T	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=61;PP=1895;SC=AAGTAGCCGAGCGATTTCTCA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=101;WE=53320282;WS=53320264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	53323492	rs10788945	C	A	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=27;PP=790;SC=ATAGACCAGACTTTTTACTAG;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=53323500;WS=53323482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	53333116	rs557847	A	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=6;PP=625;SC=GACTGTTTTCATTATAGGATT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=53333124;WS=53333106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	53364976	rs576891	A	G	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=47;PP=1492;SC=GCTTTGTTTTAAAGGAGGGAG;SOR=1.497;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=53364984;WS=53364966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	53387379	rs7552139	G	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=211;SC=GTGCTTCTCCGGCCCTGCACC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=53387387;WS=53387369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	53543112	rs946590	C	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=42;PP=1284;SC=GCCCACATGGCCACAGGTGCT;SOR=4.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=45;WE=53543120;WS=53543102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	53544439	rs1288388	G	A	14990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=156;NR=206;PP=2965;SC=TCACCAGCCCGCAGGTGCACC;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=157;TCR=208;TR=362;WE=53544447;WS=53544429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,602:1.00:602
chr1	53544597	rs1288389	T	C	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=24;PP=703;SC=GGGGCGCTGGTGGGCATGGCT;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=53544605;WS=53544587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	53553702	rs1288400	A	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=501;SC=TCTCCAGCTCACTGATCTGGA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=53553710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	53553754	rs1288401	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=11;PP=690;SC=CTCCTCATCCTGCTCCACTTG;SOR=1.197;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=53553762;WS=53553744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	53555783	rs1288403	A	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=28;PP=884;SC=CACAGTCCTGAAGCCCCATGG;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=53555791;WS=53555773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	53558270	rs1288406	A	G	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=40;PP=2070;SC=GCAGGATGCCACGGATGAAGA;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=76;TCR=40;TR=116;WE=53558278;WS=53558260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	53559310	rs11206091	T	C	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=910;ReadPosRankSum=1.481;SC=ATGGCTGGCTTCCCAGCAGCC;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=36;WE=53559318;WS=53559300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr1	53571288	rs1288422	C	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=409;SC=CCACCTCCAGCAGACAGCGTG;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=53571296;WS=53571278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr1	53990321	rs541224	C	T	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr1	54356106	rs6656722	G	A	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=44;PP=1638;ReadPosRankSum=1.631;SC=GAGGCTTAGAGCATGTGCAGG;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=104;WE=54356114;WS=54356096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr1	54356341	rs6682112	C	G	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.52;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	54356347	rs6694562	A	T	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	54356361	rs11206237	C	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=434;SC=GGCCATGGGACCTTGCTGGAG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=54356369;WS=54356331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	54370306	rs2294512	G	A	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=10;PP=739;SC=CTGTGTGTAGGGTCTCAGTTT;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=54370314;WS=54370296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	54375570	rs2235544	C	A	6352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.019;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=74;PP=2452;ReadPosRankSum=-0.835;SC=GAAATCCTTACAAGTTGGGAA;SOR=0.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=66;TCR=75;TR=139;WE=54375578;WS=54375560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,249:0.99:251
chr1	54375701	rs11206244	C	T	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=30;PP=916;SC=TTCTAGGTGACCAACGGGAGG;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=54375709;WS=54375691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	54389774	rs61674130	TAG	T	184.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=4;PP=205;SC=AATTTAAAAATAGAGGTATAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=54389783;WS=54389764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	54605318	rs3841798	T	TGG	593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.47;ReadPosRankSum=1.956;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr1	54607051	rs671103	A	G	8167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=114;PP=2965;SC=AGTTGTTGGGATACTCAGGAC;SOR=1.031;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=73;TCR=114;TR=187;WE=54607059;WS=54607041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	54618435	rs7528345	A	T	9344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=122;NR=86;PP=2965;SC=CTGGCTTCCCATGTAGAAACT;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=122;TCR=87;TR=208;WE=54618443;WS=54618425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr1	54636689	rs7552121	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=8;PP=473;SC=TAGGGGTACAATGGGCCGGCC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=54636697;WS=54636679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	54637167	rs625643	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=9;PP=223;SC=GAAGTGACGTTGGTAAACATG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=54637175;WS=54637157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	54681920	rs13571	G	C	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=28;PP=1057;SC=GACCTGGACTGTAACGAGGGT;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=54681928;WS=54681910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	54686374	rs612711	T	C	5419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=62;PP=2860;SC=GCAGCGGAACTTGAGGGCCTC;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=143;WE=54686382;WS=54686364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	54686464	rs613158	C	T	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=87;PP=2910;SC=GAGAGTGCTGCGCCGGGTCAT;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=167;WE=54686472;WS=54686454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	54690954	rs3088379	T	C	5293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=64;PP=2475;SC=GAACACAGAATTTGCAGGCCC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=127;WE=54690962;WS=54690944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	54694214	rs2297026	G	A	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=27;PP=770;SC=GTCTCCCCTCGTCCTGGGCTC;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=54694222;WS=54694204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	54706733	rs2297027	A	G	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=68;PP=2105;ReadPosRankSum=1.712;SC=TGCTCGCCCCAGGCCCAGCCG;SOR=0.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=122;WE=54706741;WS=54706723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr1	54871469	rs183895460	G	A	95.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	54871566	.	ACCGC	A	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	54871709	.	T	TCGCCGC	1792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=887;SC=GCGCCGAGCCTCGCCGCCGCC;SOR=0.902;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=11;WE=54871717;WS=54871699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	55014099	rs299874	C	T	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=19;PP=562;SC=TTAACTCAGACGCTCTGCATC;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=55014107;WS=55014089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	55014160	rs299872	C	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=357;SC=AAGGAGAAATCGCAGAACCCC;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=55014168;WS=55014150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	55064898	rs112040476	A	T	94.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.12;QD=23.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	55064970	rs148238018	C	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=25.44;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	55072726	rs1616691	T	C	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=7;PP=479;SC=GGCACTGCAGTGTGGCAGGGC;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=55072734;WS=55072716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	55074922	rs2289016	G	A	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=38;PP=1557;SC=AGGTCCGCTGGCCCACCACCC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=55074930;WS=55074912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	55078046	rs1655528	T	C	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=315;SC=GCATGAGCACTGGCAGGGGTT;SOR=5.421;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=55078054;WS=55078036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	55080612	rs112970628	G	GGTGTGT,GGTGT	1036.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.083;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.497;NF=2,2;NR=18,18;PP=85,718;ReadPosRankSum=1.600;SC=AAGCAGAGCGGGTGTGTGTGT;SOR=0.223;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=20,20;WE=55080620;WS=55080602;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.86:42
chr1	55080627	.	GCA	G	45.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.340;QD=1.09;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr1	55080629	rs1702015	A	G	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.476;QD=27.40;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
chr1	55080635	rs1655525	G	A	1708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=41.68;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	55118566	rs1655520	C	G	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=33;PP=1584;SC=TGGAGAGAAGCGGGCACTGGC;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=81;WE=55118574;WS=55118556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	55119515	rs1655519	T	G	14832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=160;NR=164;PP=2965;SC=TGGCTCCAGCTATGGTATCAG;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=160;TCR=164;TR=324;WE=55119523;WS=55119505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,574:1.00:574
chr1	55119546	rs1655518	A	G	15884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=156;PP=2965;SC=AGCACCCATGAGCCCAACTCC;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=145;TCR=157;TR=301;WE=55119554;WS=55119536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,598:1.00:598
chr1	55129375	.	C	CA	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=2.070;SOR=1.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr1	55130972	rs471724	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=15;PP=400;SC=CCTGCCAACCCCCTACCCCCC;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=55130980;WS=55130962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	55134379	rs627095	C	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=826;SC=CCACCCCAAGCTCCCCTTGTG;SOR=3.258;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=36;WE=55134387;WS=55134369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	55134487	rs478513	G	A	5118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=54;PP=2147;SC=GGGCTCAGTGGGTCTCTCACT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=112;WE=55134495;WS=55134477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	55136067	rs2251719	T	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=8;PP=964;SC=CACTTGAGGGTATGCTGGCTG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=55136075;WS=55136059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	55136529	rs480963	T	C	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.67;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,162:0.99:164
chr1	55138673	rs564400	C	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	55139741	rs570218	A	G	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	55167773	rs646356	T	A	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=34;PP=998;SC=GCACGAGAGGTCGTGCGCTCC;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=55167781;WS=55167763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	55174819	rs12028701	C	T	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=25.74;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	55174882	rs145713883	TTTTG	T	620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=9;PP=418;SC=TGTACTAGTTTTTTGTTTGTT;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=55174893;WS=55174872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	55182300	rs1147990	T	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=14;PP=453;SC=CCTATTTATGTCGAGAGCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=55182308;WS=55182290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	55197149	rs3815226	T	C	5313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=54;PP=2360;SC=TGTTTCTGTCTTTAACCCAGG;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=122;WE=55197157;WS=55197139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	55251689	rs586462	T	C	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=632;SC=GCCAGTTGAGTTCTGGATCTC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=55251697;WS=55251679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	55253575	rs665118	T	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=31;PP=906;SC=TGCCCAGGCCTGTGGTGGTGG;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=55253583;WS=55253565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	55266845	rs1147984	C	T	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=67;PP=1936;SC=ATGACTGCTCCCTCTGCTCCC;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=109;WE=55266853;WS=55266835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	55271774	rs757581	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=148;SC=GGAGGCGGGCAGCGCGCAGGC;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=55271782;WS=55271764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	55271825	rs149086830	C	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=10;PP=609;SC=GAGCTCATGGCTGGAACCGCG;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=55271833;WS=55271815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	55273580	rs9782980	G	T	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=26;PP=1221;SC=GCTGGGCCCCGGCTCCTACAA;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=55273588;WS=55273570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	55277430	rs10788986	T	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=8;PP=352;SC=CAAGGAGTGGTTCTGACAGCC;SOR=4.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=19;WE=55277438;WS=55277420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	55277599	rs600499	T	C	6279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=47;PP=2834;SC=CCCCCGGCCTTATCAGGTACC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=82;TCR=49;TR=129;WE=55277607;WS=55277589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	55279345	rs149536795	CCCGGCCT	C	352.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=61.07;NF=4;NR=3;PP=366;SC=TTGAGGCTGGCCCGGCCTCCG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=55279359;WS=55279335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	55282556	rs733168	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=3;PP=693;SC=ACACAATTCAACTCATAACAG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=55282564;WS=55282546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	55319902	rs718265	A	G	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=33;PP=1116;SC=CAAAGGGGATAATGTCCTGGA;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=58;WE=55319910;WS=55319892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	55330966	rs611057	T	C	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=12;PP=588;SC=TACAGAAACCTAAGCCTCACC;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=55330974;WS=55330956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	55446664	rs2253467	G	C	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.06;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	55446671	rs2253466	C	T	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.51;SOR=1.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	55446697	rs2253465	G	A	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=34;PP=1831;SC=ACCTGCGCCCGGCTCCCTGCG;SOR=1.195;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=101;WE=55446705;WS=55446687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	55457710	rs2500326	G	A	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=59;PP=2107;SC=CCGTTTCTGCGGAGACGACAC;SOR=0.938;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=100;WE=55457718;WS=55457700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	55457815	rs2495513	C	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	55464743	rs2500340	T	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=6;PP=700;SC=CTTGAAGCCTTGAGTTGCAGC;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=55464751;WS=55464733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	55464790	rs2500341	C	G	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=20;PP=1669;SC=AAGCCTGTCTCGGTGTTTAGG;SOR=1.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=55464798;WS=55464780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	55505732	rs2495482	A	G	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=40;PP=1230;SC=GGGTGTAGGGATGGGAGGCCG;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=55505740;WS=55505722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	55516781	rs599037	G	T	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=28;PP=1364;SC=GGGAATTTGTGACCGAAGCCA;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=78;WE=55516789;WS=55516771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	55518316	rs2483205	C	T	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=12;PP=387;SC=TTGTGTTCGTCGAGCAGGCCA;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=23;WE=55518324;WS=55518306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	55518467	rs2495477	A	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=10;PP=385;SC=CCTCATAGGTAAGTGATGGCC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=55518475;WS=55518457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	55518528	rs494198	C	A	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=4;PP=138;SC=GTGGCTTGGGCTGGGCCCAGG;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=55518536;WS=55518518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	55521899	rs201349983	GGGGCGGA	G	573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=40.98;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	55523033	rs509504	A	G	5445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=61;PP=2036;SC=CCAATGCCCAAGACCAGCCGG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=118;WE=55523041;WS=55523023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	55524116	rs585131	C	T	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	55524197	rs540796	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	55524237	rs562556	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=9;PP=233;SC=GGCCACAGCCGTCGCCCGCTG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=55524245;WS=55524227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	55524339	.	CGTGTGTGTGTGTGT	C	500	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9998;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=61.78;NF=1;NR=1;PP=500;QD=251.5;SC=ACCCCTCCTTCGTGTGTGTGT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=55524360;WS=55524329;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr1	55524387	.	T	C	21	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.9999;HP=2;HapScore=2;MGOF=96;MMLQ=24;MQ=61.07;NF=2;NR=3;PP=21;QD=11.1542425094;SC=TGTGTGTGTGTGTGTCAGTGC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=55524395;WS=55524377;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr1	55527323	rs630431	G	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=689;SC=ATACCGCCATGCATCAGGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=55527331;WS=55527313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	55529187	rs505151	G	A	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=40;PP=1381;SC=ACCAGCGAAGGGGCCGTGACA;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=55529195;WS=55529177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	55538385	rs654674	T	C	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=8;PP=900;SC=TATTCAGTTCTAGAGATTTTT;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=55538393;WS=55538375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	55541174	rs487230	A	G	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=605;SC=GACTCGCTCTACTTGTATAGG;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=55541182;WS=55541164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	55546895	rs683880	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=471;SC=TAGCAAGTAGTCGAATGAGAA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=55546903;WS=55546886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	55555285	rs548852	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=619;SC=TTAATTAAAAGACTCCAACAC;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=55555293;WS=55555275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	55557859	rs34673217	A	ATT	757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=569;SC=ATTATTACACAGTTACGAACT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=12;WE=55557872;WS=55557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	55557864	rs3736992	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=266;SC=TACACAGTTACGAACTAAATT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=55557872;WS=55557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	55558661	rs585203	A	G	39.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	55560796	rs503495	T	C	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=156;SC=GGATTTATTTTCTTTTTGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=55560804;WS=55560788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	55562125	rs580485	G	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=172;SC=TATAGAAAACGATAAATAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=55562133;WS=55562115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	55566411	rs67540253	TTAGTC	T	1448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=5;PP=1143;SC=TGGCAAGAGATTAGTCTAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=55566423;WS=55566401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	55567143	rs1165282	T	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=2;PP=380;SC=ACTAAAGAATTGCAAGTTATG;SOR=3.500;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=55567151;WS=55567133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	55567410	rs615652	A	G	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=49;PP=1479;SC=AGCAGAGGAGAAGAATGAGCA;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=77;WE=55567418;WS=55567400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	55572867	rs594226	G	A	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=18;PP=1094;SC=GGCAATAACCGAGCACTGAAG;SOR=1.339;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=54;WE=55572875;WS=55572857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	55575670	rs534741	A	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=115;SC=ATGACTGGTTATGTAACAGAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=55575678;WS=55575661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	55609728	.	CT	C	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=24;QD=12.0;SC=AATTATAACACTTTTTTTTTT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=55609736;WS=55609718;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr1	55614036	rs34030121	CAT	C	494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=482;SC=CATCAATAAACATAAAGATAG;SOR=3.611;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=10;WE=55614045;WS=55614026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	55619422	rs1165230	G	A	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=81;SC=TAGACATCAAGTTTAATATGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=55619430;WS=55619416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	55638075	rs1165222	G	A	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=24;PP=1528;SC=CAGGAGACCAGTGGGAATTGG;SOR=1.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=77;WE=55638083;WS=55638065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	55643837	rs11350615	TA	T	959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=26;PP=989;SC=AAAAAGCAAATAAAACTAATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=26;WE=55643845;WS=55643827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	57002861	.	G	A	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=221;SC=TGCCAAAGAGGAACTTCAAGA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=57002869;WS=57002851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	57202872	rs6656021	A	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=381;SC=GGTTTATATAAGCACTGACTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=57202880;WS=57202862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	57216949	rs6688703	T	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=646;SC=ACTTGTACAGTTTTTCATTCA;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=57216957;WS=57216939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	57219377	rs12402907	C	G	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=27;PP=1288;SC=ACATTTATTTCCTTGATACAA;SOR=0.916;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=66;WE=57219385;WS=57219367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	57219631	rs11404547	G	GA	260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=279;SC=GAGATACCAGGAAAAAAATGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=57219639;WS=57219621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	57221553	rs1774808	GA	TG	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=15;PP=1133;SC=CTTTTCTTTTGAAAGATAAAA;SOR=0.928;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=41;WE=57221562;WS=57221543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	57224460	rs857103	G	C	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	57252615	rs2275733	A	T	101.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	57258485	rs1935553	A	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=24;PP=1121;SC=TCCTAAGGCAAAGAATAATCA;SOR=0.722;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=50;WE=57258493;WS=57258475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	57395251	rs605648	T	C	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=51;PP=1839;SC=AGAAGGTCAATAAGCATCAAT;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=102;WE=57395259;WS=57395241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	57406392	rs6669836	T	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=324;SC=TATTTTCTACTATCGTATATG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=57406400;WS=57406382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	57422484	rs1013579	C	T	6683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=85;PP=2542;SC=ACTTGACTTCCGCATGGTCTG;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=58;TCR=86;TR=143;WE=57422492;WS=57422474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	57528772	rs1261611	A	G	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=667;SC=GAAAGTATCAAGCCAGGCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=57528780;WS=57528762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	58996203	rs2271004	T	C	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=19;PP=1738;SC=CTGGATTTGCTGCTTTACAGT;SOR=1.958;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=81;WE=58996211;WS=58996193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	59004979	rs902925	C	T	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=36;PP=1097;SC=TTTCACTTGACTACCTGAAAC;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=59004997;WS=59004969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	59125894	rs12092264	A	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	59125899	rs12082192	G	A	365.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	59126676	rs232779	A	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=4;PP=629;SC=GGCAACAAAAAACGTTACTAA;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=59126684;WS=59126666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	59127024	rs4912364	T	G	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=29;PP=1119;SC=CTCTGAAACATAATTTAATGA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=59127032;WS=59127014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	59131311	rs232790	G	T	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=34;PP=1037;SC=ACTCTACAATGACAAGAAAAA;SOR=1.257;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=59131319;WS=59131301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	59134586	rs11207284	G	C	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=37;PP=1271;SC=TACGGAAAAAGAGTAAGCATT;SOR=1.036;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=58;WE=59134594;WS=59134576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	59134607	rs57822474	C	CAG	4282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=1816;SC=TCCTGTTTGACGGGGAAGCGG;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=59134615;WS=59134597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	59137783	rs539141	A	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=397;SC=ATGTAGAAAGACTGGACAGTA;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=59137791;WS=59137773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	59139223	rs2064370	C	G	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=31;PP=1475;SC=CATGGATGAGCCATTTGAAAG;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=76;WE=59139231;WS=59139213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	59142713	rs579110	T	C	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=24;PP=667;SC=TTAAGTATTTTGGTTTGCATA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=59142721;WS=59142703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	59147420	rs11207292	G	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=7;PP=559;SC=AGAATATCACGTTTTAAAACA;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=59147428;WS=59147410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	59147926	rs12139511	T	C	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=80;NR=49;PP=2573;SC=CTGTCAGAAGTAATGAATTCT;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=129;WE=59147934;WS=59147916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	59150941	rs2206764	G	A	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=25.93;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	59150997	rs5774421	TA	T	80.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.157;QD=10.09;ReadPosRankSum=1.534;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr1	59156155	rs12076049	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=105;SC=ATTACTTATACAAAACGTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=59156163;WS=59156145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	59158632	rs12097333	T	C	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=24;PP=772;SC=TATTTGTCTTTTTATTTATTG;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=59158640;WS=59158622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	59160724	rs66629118	TA	T	241.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.624;NF=3;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GCACTAAGTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=8;WE=59160732;WS=59160714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr1	59165838	rs11207297	T	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=22;PP=655;SC=GCCCCTCCCGTGCCGGGAGGC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=59165846;WS=59165828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	59248813	rs2760499	G	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=31;PP=889;SC=CAACAGGGCTGTGGCAAGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=59248821;WS=59248803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	59364615	rs11207326	G	C	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=14;PP=604;SC=TAGTCCATCAGAGGAGATAGG;SOR=1.094;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=59364623;WS=59364605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	59364918	rs6658104	G	A	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=30;PP=945;SC=TACAGCCCACGCAGAGGAAGG;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=59364926;WS=59364908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	59787350	rs835409	T	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=20;PP=506;SC=CAATTAAGAATTGGGAGCCCC;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=33;WE=59787358;WS=59787340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	59844471	rs835435	G	A	5325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	60228310	rs10626387	T	TTC	5010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=47;PP=2408;SC=CATTAAAGACTTGTCATTTGA;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=51;WE=60228318;WS=60228300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	60280749	rs113730234	GT	G	1535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=375;SC=GTAGGAGGGAGTGTGAAGGTG;SOR=0.850;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=60280757;WS=60280739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	60280962	rs41287714	A	G	173.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=69;SC=GTCCCGGCGCACCCTGCCCTT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=60280970;WS=60280952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	60299820	rs618716	C	G	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=47;PP=1507;SC=GGCTTTAATCCGTTTCGGTGG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=60299828;WS=60299810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	60392338	rs142934991	G	A	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	60466814	rs626251	T	C	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=24.64;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	60475930	rs616949	C	G	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=20;PP=1153;SC=TTTTCCTTCACTGGGGAGCTA;SOR=1.292;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=62;WE=60475938;WS=60475920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	60505578	rs680390	A	G	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=20;PP=1173;SC=CCAATAGTACAATTGCCATAC;SOR=1.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=60505586;WS=60505568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	61548344	rs113913435	TTC	T	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.294;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,27:0.19:140
chr1	61743160	rs332827	G	A	4144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	61818422	rs7528918	A	G	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=24;PP=801;SC=ATGTGGCAAGATTAAATACAC;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=32;WE=61818436;WS=61818412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	61818428	rs200638269	T	TAC	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=484;ReadPosRankSum=2.522;SC=CAAGATTAAATACACACACAC;SOR=0.610;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=9;WE=61818436;WS=61818412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr1	61869783	rs2236059	G	A	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	61892301	rs5774558	T	TG	3799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=50;PP=2826;SC=ACTTGTCTTTTGCACAAAAGG;SOR=1.064;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=63;WE=61892309;WS=61892291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	61921185	rs11423561	A	AT	660.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.473;HP=13;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.593;NF=2;NR=30;PP=367;ReadPosRankSum=-0.533;SC=ACCTTTTGGGATTTTTTTTTT;SOR=1.104;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=32;WE=61921193;WS=61921175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr1	62160542	rs1151765	A	G	283.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=264;SC=TATATATCACACTCTTTATAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=62160550;WS=62160532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	62189541	rs17312971	T	C	123.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	62231924	rs141761262	T	TTGA	1227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=1028;SC=TAGATTTCTGTTGATTCTTTT;SOR=3.690;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=24;WE=62231932;WS=62231914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	62232031	rs1286835	C	T	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=44;PP=1597;SC=ATGGTTCCATCACTAATGGAA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=93;WE=62232039;WS=62232021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	62237396	rs199652994	CT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr1	62330080	rs2799627	T	G	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=44;PP=2173;SC=AAAGAGAAATTCTTGTTGATG;SOR=0.897;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=105;WE=62330088;WS=62330070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	62340855	rs12753462	G	C	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=143;SC=TTGATCAACTGTACAGTAATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=62340863;WS=62340845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	62350123	rs72229771	GTTTTT	G	601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=37.61;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr1	62365217	rs1412622	C	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	62365428	rs5774578	G	GA	812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=892;SC=TAATGATTGAGAATTGCGATA;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=22;WE=62365436;WS=62365418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	62374267	rs2151122	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=261;SC=CCAAACTATATTTAAAGTATG;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=62374275;WS=62374257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	62380124	rs4915789	A	G	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=8;PP=492;SC=GCGAATCTCCATCTCAGAAAA;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=62380132;WS=62380114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	62380223	rs11585422	G	T	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	62380270	rs1134766	C	T	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	62380298	rs1056513	G	A	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	62393394	rs2251182	A	G	7412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=107;NR=65;PP=2965;SC=CAAATTTTGCATCTTCAGAGG;SOR=0.977;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=107;TCR=65;TR=172;WE=62393402;WS=62393384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	62417951	.	A	AG	473.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.61;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	62417952	.	A	G	461	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=94;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=20;NR=2;PP=461;QD=22.5350551158;SC=GAGAGAGAGAAAAATAGGCCC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=62417960;WS=62417942;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	62417952	.	A	AGAGAGAGAG	472.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.55;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	62644118	rs2481703	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=459;ReadPosRankSum=-0.916;SC=TGCCCAATGGATTCACCTTGC;SOR=0.616;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=25;WE=62644126;WS=62644108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr1	62713224	rs2941679	C	G	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=48;NR=50;PP=1814;SC=TGACAGGCCACCATGAGGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=62713232;WS=62713214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	62728784	rs2666472	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=637;SC=CAGCAGCTTCACGATGGAGAA;SOR=1.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=62728792;WS=62728774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	62728838	rs2258470	T	C	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=15;PP=954;SC=GTTCCCGTTGTGATCGGCCAA;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=62728846;WS=62728828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	62728861	rs2260581	T	C	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=19;PP=1192;SC=TGACAAGCAGTTTCAGGAAGT;SOR=1.039;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=62728869;WS=62728851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	62728918	rs2262110	G	A	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=40;PP=1551;SC=CCACCACGGCGGGGCTAGACG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=82;WE=62728926;WS=62728908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	62729015	rs2262106	G	A	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	62732421	rs11207949	T	C	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	62738904	rs7516290	T	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=6;PP=360;SC=AGGAGGCCGGTGGCTCCTTGG;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=62738912;WS=62738894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	62740446	rs2666506	T	C	5229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.22;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	62740449	rs2666507	T	C	5223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	62747154	.	G	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.394;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=418;ReadPosRankSum=-2.068;SC=TCCAGGATTTGTGGCAACAAT;SOR=1.242;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=26;WE=62747162;WS=62747144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr1	62939634	rs1168007	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=7;PP=217;SC=AAGATCTTTACGCAGAAAGCC;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=62939642;WS=62939624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	62943264	rs1168008	C	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=5;PP=553;SC=GAGTAGTTTACTTGGCAAGAT;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=62943272;WS=62943254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	62945418	rs1183260	A	G	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=15;PP=443;SC=ACAGTGGTGCAACCACAGCTC;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=62945426;WS=62945408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	62945537	rs116275420	G	A	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=146;SC=TGTACTTTTTGTAGAGATGGG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=62945545;WS=62945527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	62953183	rs1168025	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=21;PP=578;SC=TCTCCACAAACAGAAGACAGC;SOR=2.621;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=62953191;WS=62953173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	62960250	rs1168041	T	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=212;SC=GTGCACAACCTACTTAGTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=62960258;WS=62960240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	62961928	rs1168038	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=311;SC=CCAGCAAAAATCAACTTTTGA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=62961936;WS=62961918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	62970184	rs1168027	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=244;SC=AGATAGCCTATGATTAGACTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=62970192;WS=62970179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	62973795	rs1184865	A	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=277;SC=AAAAGACTTAAGGATGCATAG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=62973803;WS=62973785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	62976472	rs1168043	T	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=340;SC=CAGTACAAGTTGAAAAACCTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=62976480;WS=62976462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	63001120	rs1168018	A	C	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=1193;ReadPosRankSum=-0.693;SC=TCCACTGTTCAAAATCAAACT;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=61;WE=63001128;WS=63001110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr1	63027411	rs5774610	AG	A	1852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=941;SC=CAGATGCTTAAGTAGATTATG;SOR=1.132;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=63027419;WS=63027401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	63044645	.	C	CAA	189.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-1.738;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr1	63066704	rs146832988	TTG	T	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	63113511	rs746735	C	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=22;PP=605;SC=TTATCTTTTTCAGAACTTACT;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=63113519;WS=63113501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	63113689	rs1168088	T	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=238;SC=TGCTTTATCCTCTACATTTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=63113697;WS=63113682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	63113719	rs1168089	T	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=483;SC=ATATCAATCATAATCCCAAAA;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=63113727;WS=63113709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	63128836	.	G	GA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=1.195;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	63871881	rs1012872	A	G	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=114;SC=TAGTAGGGCAAGAACCTTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=63871889;WS=63871871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	63872871	rs6588028	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=15;PP=408;SC=CATTGCTGTCATCTAGTAATG;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=63872879;WS=63872861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	63881552	rs4630153	C	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=13;PP=671;SC=AGCTTTTGTTCTACGTTTTTG;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=63881560;WS=63881542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	63912563	rs3838450	ACAATT	A	1225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=18;PP=1100;SC=TTTTCAGAAAACAATTCAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=63912575;WS=63912553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	63975830	rs6588047	T	C	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	63991140	rs9436686	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=2;PP=206;SC=TTTTCTTCTATGTATAAAATC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=63991148;WS=63991130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	63991267	rs217478	T	C	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=19;PP=713;SC=CACGAAGCGATGCAACTTTCT;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=41;WE=63991275;WS=63991257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	63999087	rs217454	T	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=11;PP=649;SC=CAGTGTATGATTGAATGTTTT;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=63999095;WS=63999077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	64015217	rs217485	G	A	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=25.76;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	64017262	.	GA	G	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.9748;HP=11;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=45;QD=13.5;SC=ACTCCGTCTTGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=64017270;WS=64017252;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	64059472	rs11584276	C	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=236;SC=CCCGCGGCGCCCTCCCTCGCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=64059480;WS=64059462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	64608329	rs2762833	G	T	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=61;PP=2134;SC=ACATCCCAGCGTGCGGTAAAT;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=107;WE=64608337;WS=64608319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	64624612	rs4362024	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=395;SC=GTAATATTATGCATGTTACTT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=64624620;WS=64624602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	64624842	rs6668545	A	G	6494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=80;PP=2792;SC=GTCAAAATGTAGAGATGTCAA;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=62;TCR=81;TR=142;WE=64624850;WS=64624832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	64643277	rs7527017	C	T	6101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=66;PP=2505;SC=CAGCAATGGACGGAATTTCAA;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=135;WE=64643285;WS=64643267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	64669567	rs2806529	A	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=299;SC=TCATTGTTATATCCCAACTTT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=64669575;WS=64669557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	65016349	rs2164571	A	T	5978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=65;PP=2324;SC=GGTAAGAGGCAATGAGTACTT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=134;WE=65016357;WS=65016339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	65045602	rs5774708	TA	T	366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=137;ReadPosRankSum=-0.151;SC=AGCCAGATGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=13;WE=65045611;WS=65045592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,24:0.89:27
chr1	65068638	rs6665437	T	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	65099701	rs5774715	G	GT	265.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=0.879;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr1	65099978	rs2118102	G	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=23;PP=622;SC=TAGAGGCATAGTAGATAAAGA;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=65099986;WS=65099968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	65107372	rs6664905	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=10;PP=627;SC=CAGCATCAAACAGGAGGGACT;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=65107380;WS=65107362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	65113351	rs7534210	T	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=349;SC=GTCCAGAGTCTATGTGGTCTC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=65113359;WS=65113341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	65113568	rs6588100	T	C	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=39;PP=1032;SC=CCAGACCGGATGGCCTTGCCT;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=65113576;WS=65113558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	65234216	rs35506383	AT	A	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5206;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=203;ReadPosRankSum=1.789;SC=CCATGAAATAATTTTTTTTTT;SOR=0.465;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=19;WE=65234225;WS=65234206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr1	65255018	rs2500232	G	A	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=10;PP=1399;SC=CTTTGAAATTGTGTCTTTGTA;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=63;WE=65255026;WS=65255008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	65270549	rs12134044	A	G	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=20;PP=993;SC=TTTTCTTTTAAAATCAGTTCA;SOR=0.780;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=44;WE=65270557;WS=65270539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	65280620	rs3790529	G	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=26;PP=689;SC=TATTATTAACGTAGGCAAATC;SOR=5.353;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=65280628;WS=65280610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	65301238	rs2274945	A	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=267;SC=AAGTATTTACATAAATGCCAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=65301246;WS=65301228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	65311214	rs3737139	G	C	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	65321250	rs2230586	G	A	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=27;PP=1362;SC=CCGTGCGCAGGATCTGCTTCT;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=65321258;WS=65321240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	65321388	rs310229	G	A	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=46;PP=1531;SC=CCTGCTATTCGGGAAATGACC;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=65321396;WS=65321378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	65321419	rs11579283	G	A	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=42;PP=1367;SC=TGTTTAAAATGGGGTCAGGCA;SOR=1.167;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=63;WE=65321427;WS=65321409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	65325970	rs310224	C	T	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=24.90;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	65326098	rs200133188	CATGCATTT	C	292.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=943;SC=ATACCCCTTGCATGCATTTAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=65326113;WS=65326088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	65330682	rs2256298	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=155;SC=AAGGGACAGGGTTAAGTTGCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=65330690;WS=65330672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	65335095	rs11585932	T	C	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=47;PP=1616;SC=CAATATCATGTCCATCCTGCT;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=65335103;WS=65335085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	65830297	rs2296478	G	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.90;QD=42.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	65830299	rs2296479	T	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.06;QD=35.83;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	65830608	rs1570868	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=31;PP=889;SC=AGAAATGTCATTGAAGACATA;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=65830616;WS=65830598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	65844963	rs3818449	A	G	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=10;PP=857;SC=TGTTCCCACTATTCCTATCTA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=65844971;WS=65844953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	65858088	rs6588144	T	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	65858145	rs4325172	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=8;PP=510;SC=TCTGTGAGGAGGACCACGCTG;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=65858153;WS=65858135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	65860687	rs4582839	A	C	6560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr1	65867391	rs4592284	C	G	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=21;PP=1023;SC=CTGAATTTCACAATTCAGCCT;SOR=1.039;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=65867399;WS=65867381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	65886398	rs3790435	T	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=18;PP=703;SC=GCGGCCCCAGTTCGGGAGACA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=65886406;WS=65886388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	65886448	rs3790434	T	C	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=25;PP=835;SC=CCGGCTCGCTTGTCGTGTGGT;SOR=0.733;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=53;WE=65886456;WS=65886438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	65887013	rs12145690	A	C	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.823;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=24;PP=1524;ReadPosRankSum=-0.672;SC=ATGGACAGAGAAGAAACCAGT;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=69;WE=65887021;WS=65887003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr1	66036501	rs2186248	G	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	66618316	rs146526475	TACAC	T	99.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	66731886	rs6588193	G	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=264;SC=GCTCTCAAAAGTATGTCTCTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=66731894;WS=66731876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	66732386	rs6588194	G	A	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	66732529	rs6701329	A	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=17;PP=457;SC=TTCCCTACTAATGTAGCAGTA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=66732537;WS=66732519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	66829262	rs783039	A	G	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=52;PP=1614;SC=GACGTGAGTAATTATGACCTG;SOR=1.169;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=66829270;WS=66829252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	66838076	rs79722858	C	T	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=20;PP=681;SC=AGGACATTCTCGATACCTTAG;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=66838084;WS=66838066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	67126114	rs12094526	A	G	6333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=64;PP=2681;SC=GTTATCCTGAACCTTGACCTG;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=83;TCR=65;TR=147;WE=67126122;WS=67126104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr1	67133111	rs11208941	T	C	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=14;PP=879;SC=GGAGTGTATGTTTGGTTAGCT;SOR=1.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=67133119;WS=67133101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	67138877	rs35377023	AG	A	2094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=11;PP=1656;SC=TGTTTCACTAAGAAAAATATG;SOR=2.147;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=39;WE=67138885;WS=67138867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	67145322	rs10889644	C	A	7463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=81;PP=2965;SC=ACTTAGGAAGCACATGACCAA;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=112;TCR=82;TR=192;WE=67145330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	67149706	rs10749764	G	C	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=321;SC=AGCCCTAAATGCTTTTTGGCC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=67149714;WS=67149696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	67154730	rs139348429	CAA	C	1554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.73;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,62:0.83:75
chr1	67160336	rs2146904	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=29;PP=818;SC=ACTGTTCATCATGGAACTCGT;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=67160344;WS=67160326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	67160938	.	T	TAAAAAAAAAA	827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=59.12;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	67266756	rs549148	T	A	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=24;PP=1091;SC=GATCCCCTCCTGATGCCTTCT;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=54;WE=67266764;WS=67266746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	67288045	rs482082	C	T	5117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	67390416	rs3008858	G	C	8156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=90;PP=2965;SC=GGGGAGTGGTGCACCACCCCT;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=85;TCR=91;TR=175;WE=67390424;WS=67390406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr1	67390468	rs1886686	C	G	6430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=86;PP=2821;SC=CCAAGCTCCTCCGTTAGCGGC;SOR=0.991;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=53;TCR=88;TR=139;WE=67390476;WS=67390458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	67394707	rs146880793	AG	A	1737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=730;SC=ATTCATGCACAGATTATTATT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=67394715;WS=67394697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	67396222	rs3008861	T	G	281.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=232;SC=AACAGGCCATTCTCTGGGCGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=67396230;WS=67396212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	67424488	rs112036823	A	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	67425311	rs2985794	T	G	173.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=108;SC=ATATGTAGATTTAGACAGGAT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=67425319;WS=67425301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	67425494	rs35465377	A	AT	98.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	67436446	rs4553158	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=4;PP=256;SC=CACAAACTCTATCAGTTTTTA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=67436454;WS=67436436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	67474880	rs12061148	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=205;SC=TATACTGTTATATAGGTTTAA;SOR=1.508;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=67474888;WS=67474870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	67487109	rs77253931	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=6;PP=523;SC=TTAATTATCCTAGGCTGACAC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=67487117;WS=67487099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	67487403	.	CACAG	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.82;MQRankSum=-0.639;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	67487405	rs71711790	CAG	C	253.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.965;NF=1;NR=29;PP=544;ReadPosRankSum=0.062;SC=GACACAGACACAGACACACAC;SOR=0.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=67487414;WS=67487393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	67508067	rs79424188	A	G	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=45;PP=1318;SC=CAGATACAACACTGTACAAAA;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=67508075;WS=67508057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	67519422	rs6660202	G	A	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=9;PP=797;SC=CAAAGTCCAGGGAGCCGGCGC;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=67519430;WS=67519412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	67558739	rs6588237	C	T	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=10;PP=479;SC=TATCCAGTGGCGTTACATTAT;SOR=1.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=67558747;WS=67558729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	67560897	rs10889653	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=462;SC=TTTACTTAACAATAGATGATA;SOR=1.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=67560905;WS=67560887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	67560956	rs11208997	C	T	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=18;PP=781;SC=CTAACGTTGACTATCTTGGCA;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=67560964;WS=67560946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	67577367	rs6588240	A	T	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=15;PP=410;SC=CTATTAAGTTACTTCTAATTA;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=67577375;WS=67577357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	67579386	rs2144656	A	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	67591611	.	GAAA	G	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.794;QD=4.10;ReadPosRankSum=1.232;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr1	67591660	rs4655520	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=22;PP=591;SC=AAAATCTTAGGTGGAAAGAAA;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=67591668;WS=67591650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	67648460	rs6687620	T	C	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=9;PP=988;SC=CATCTTGGCTTGGGACCAGAG;SOR=2.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=44;WE=67648468;WS=67648450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	67685387	rs7530511	T	C	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=53;PP=1381;SC=TGGAGTTCACTGTTTTTTCAT;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=90;WE=67685395;WS=67685377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	67685443	rs7518660	G	A	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=35;PP=1024;SC=TTATTCTGTTGGGCTTTTCTT;SOR=2.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=67685451;WS=67685433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	67705726	rs10889671	A	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=170;SC=TGTGGCCTAAAGTAAAGGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=67705734;WS=67705716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr1	67852141	rs12138812	A	G	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=8;PP=600;SC=AATTTACCTTATTCTTGAGCA;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=67852149;WS=67852131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	67852335	rs2228420	G	A	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
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chr1	68151980	rs2759219	T	G	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=7;PP=1262;SC=ACCCGGGCAGTGGTTGAGGGC;SOR=4.091;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=53;WE=68151988;WS=68151970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	68152363	rs3783468	G	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=229;SC=GTGGTAGGTGGGGGTCAGGAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=68152371;WS=68152353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	68152388	rs681673	T	C	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=137;SC=GCTGCCTTTGTCCGACTAGAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=68152396;WS=68152378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	68173264	rs2295942	C	T	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=34;PP=1292;SC=GTTATCCAGTCGGGGCTTCTT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=75;WE=68173272;WS=68173254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	68613933	rs2303949	C	T	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	68614013	rs2566789	A	G	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=48;PP=1340;SC=ACATTACAGAAATCCTAAAGA;SOR=1.581;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=67;WE=68614021;WS=68614003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	68620998	rs2820488	C	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=551;SC=TAGACTGGCTCTGAATTCTGT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=68621006;WS=68620988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	68652184	rs5774920	T	TA	575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQRankSum=0.908;QD=14.39;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,34:0.85:40
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chr1	68943442	rs3790476	A	G	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.47;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	68943665	rs12119046	T	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.49;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr1	68947318	rs3833522	C	CA	9347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=102;PP=2979;SC=AATACCCCCCCAAAAATCATC;SOR=0.849;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=17;TCR=106;TR=119;WE=68947326;WS=68947308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr1	68952564	rs138180992	AAC	A	46.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	68960476	rs4926345	T	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	70034370	rs11280966	C	CCAGCCGCGTG	5256.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.27;QD=41.39;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	70226173	rs17325887	T	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=317;SC=GGCTCCTATCTAGGTAACTGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=70226181;WS=70226163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	70304758	rs12735430	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=12;PP=459;SC=TATTGAGTACAGTGAATAATT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=70304766;WS=70304748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	70397087	rs7530457	T	C	3844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	70587360	rs641909	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=5;PP=326;SC=TAAAAACTGACAACTTTTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=70587368;WS=70587350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	71327936	rs112423301	T	TA	1624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=19;PP=570;SC=ACATACTAAGTAAAAAAAAAT;SOR=1.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=38;WE=71327944;WS=71327926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	71328234	rs7533733	A	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=224;SC=TGACTTAGAAAGCTCAAGGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=71328242;WS=71328224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	71331498	rs1409986	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.97;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	71334870	rs1536537	C	T	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=32;PP=1280;SC=GTATGTGTGTCGGGGCAGGGG;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=74;WE=71334878;WS=71334860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	72058367	rs1334004	C	T	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	72058405	rs1334005	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=231;SC=GGTTGAGTTTTAAAATGAACG;SOR=1.708;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=72058413;WS=72058395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	72058552	rs1413368	G	A	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=24;PP=984;SC=CAGCCACACAGGTATAATTGC;SOR=0.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=53;WE=72058560;WS=72058542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	72242039	rs6424448	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=253;SC=GTTGAAGTACGTATGATTAAT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=72242047;WS=72242029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	74507711	rs7538410	T	G	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=129;SC=ATAAGAACCTTTTATTTACTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=74507719;WS=74507701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	74575182	rs1340472	C	T	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=9;PP=251;SC=ATCCATTTTGCTTCATATCCT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=74575190;WS=74575172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	74646514	rs6701961	C	T	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=32;PP=885;SC=AATAAATATTCTTCAAAAAGG;SOR=2.137;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=74646522;WS=74646504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	74648182	rs1047127	A	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=393;ReadPosRankSum=0.965;SC=TTTCCCTTTTATACATTTAAT;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=74648190;WS=74648172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr1	74648329	rs17591320	G	A	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=42;PP=1853;SC=ATCACATGATGATCCAGCGCT;SOR=0.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=97;WE=74648337;WS=74648319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	74664149	rs4422957	T	C	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	74665493	rs792310	G	A	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=57;PP=1915;SC=ACGTTTTTGTGGATCCTGCTG;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=94;WE=74665501;WS=74665483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	74666344	rs35329584	A	AC	162.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=108;SC=GACTGCCACCAGCCTGGCTAA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=74666352;WS=74666334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	74669973	rs9425024	T	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=1;PP=142;SC=TATCGTTAAATATATTTTGAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=74669981;WS=74669963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	74671519	rs571848	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=183;SC=TGATGTAGAGATATTTTAAAT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=74671527;WS=74671509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	74701295	rs505508	T	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=184;SC=GCAGCATGTTTTGTGAAAGTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=74701303;WS=74701285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	74705494	rs41289182	G	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=11;PP=587;SC=AAGACAGAAAGAGCTAAATAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=74705502;WS=74705484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	74716515	rs67159904	CT	C	3834.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=41;PP=1129;SC=TATCTTTAGGCTTTTTTTTTT;SOR=1.244;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=44;WE=74716532;WS=74716505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	74716524	.	T	C	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=42;PP=1389;SC=GCTTTTTTTTTTTTTTTTCAA;SOR=1.270;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=60;WE=74716532;WS=74716505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	74818872	rs59924195	G	A	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=163;SC=ATGATTTTTCGAGGTGTAGGG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=74818880;WS=74818862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	74836154	rs6698326	T	G	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=38;PP=1065;SC=GAAGATACATTTTAGACTTAT;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=55;WE=74836162;WS=74836144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	74841173	rs2880795	A	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=6;PP=214;SC=CTGAAAGATTAGAAACCTCCC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=74841181;WS=74841163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	74841190	rs1569093	G	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.49;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	74901829	rs45589143	A	C	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=28;PP=1107;SC=GAGATACCCCAAAATGGCATC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=74901837;WS=74901819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	74902244	rs41289200	A	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.51;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	74936374	rs596204	A	G	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=32;PP=1688;SC=ATTTGATGTGATATTTGGGGT;SOR=1.090;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=85;WE=74936382;WS=74936364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	74936454	rs491922	G	C	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=52;PP=2226;SC=GTGTTGTAAGGCTTCATTTTG;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=118;WE=74936462;WS=74936444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	74937350	.	CATCGACCTATTT	C	1248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=2966;ReadPosRankSum=0.327;SC=TGGGTGACATCATCGACCTAT;SOR=0.604;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=14;WE=74937369;WS=74937340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr1	74937749	rs3765674	A	G	4293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=44;PP=1788;SC=GTCTTTGCCTATGAGGGTGTA;SOR=0.768;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=93;WE=74937757;WS=74937739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	74941210	rs648614	C	T	7698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=89;PP=2965;SC=CTAAATGATCCGTCAAGGGTT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=105;TCR=91;TR=194;WE=74941218;WS=74941200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	74941293	rs649058	G	A	8797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr1	74941373	rs144258020	A	G	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=94;PP=2965;SC=TTGCCTCATGAGCACACAGGG;SOR=0.885;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=73;TCR=94;TR=165;WE=74941381;WS=74941363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	75036783	rs9326115	T	C	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=26;PP=1731;SC=TTAAACTCACTGTCTGCCAGC;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=82;WE=75036791;WS=75036773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	75036812	rs9326116	C	T	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=41;PP=2063;SC=TAGACCTGCACGTTGTTGGGG;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=67;TCR=41;TR=108;WE=75036820;WS=75036802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	75072264	rs41289216	G	T	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=16;PP=1214;SC=TACAACAAAAGAAACTTGTGT;SOR=1.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=75072272;WS=75072254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	75097426	rs11210490	G	C	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=20;PP=1018;SC=AAGCCATTTGGAGCAGTGGTT;SOR=1.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=75097434;WS=75097416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	75108863	rs623171	A	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	75172001	rs7527057	T	A	4272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=42;PP=1835;SC=GAATCATTTTTCCAGTAGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=106;WE=75172009;WS=75171991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	75172756	rs71695861	TAA	T	1216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.715;NF=5;NR=30;PP=406;ReadPosRankSum=-0.619;SC=ATTAAAGTGGTAAAAAAAAAA;SOR=0.706;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=35;WE=75172766;WS=75172746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,47:0.89:53
chr1	75190452	rs1051122	C	T	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	75199152	rs277373	C	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=30;PP=793;SC=TGCGAAACTTCAGGAGCCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=75199160;WS=75199142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	75214390	rs749690	G	C	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=15;PP=608;SC=CAGATGATCTGGTTACCCACA;SOR=1.054;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=40;WE=75214398;WS=75214380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	75603055	rs1526503	A	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=20;PP=555;SC=GTTCTGGGTGAAGGTTGTAGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=75603063;WS=75603045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	75609049	rs12041465	A	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=11;PP=259;SC=AATACTTTTGAGTCTTTTGAG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=75609057;WS=75609039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	75614380	.	C	CT	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.115;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,48:0.30:162
chr1	75626420	rs2462955	A	T	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	75680433	rs687715	G	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	75680545	rs688513	T	G	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=107;SC=CAACTCTCAGTGTCATTGACA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=75680553;WS=75680535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	75681351	rs594470	A	T	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=186;SC=AACTGCATGAAGTAAAAGTAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=75681359;WS=75681341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	75681511	rs595009	T	C	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=27;PP=1003;SC=TCAGGCAGCATTGTAGGAATT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=75681519;WS=75681501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	75685403	rs600734	T	C	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=42;PP=2418;SC=TTCCCAGGGATAGAAAACACT;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=122;WE=75685411;WS=75685393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	75704070	.	C	CATATATATATATAT	468	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BRF=0.5;FR=0.9990;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=0;PP=468;QD=471.0;SC=ACGTATATTTCATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=1;TCR=0;TR=1;WE=75704078;WS=75704060;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	./.:0,1:1.00:1
chr1	75716925	rs588098	C	T	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	75823084	rs1249833	C	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=482;SC=TCTCTGAGCACTGAGTAGAAT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=75823092;WS=75823074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	76143505	rs1746748	T	C	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=24;PP=527;SC=ACGCAGAAGATGGGTGATTTC;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=76143513;WS=76143495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	76190568	rs116034618	C	T	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=16;PP=469;SC=AGCAGGGGGCCCTGGGCCAAA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=76190576;WS=76190558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	76194229	rs11316888	GT	G	1529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=23;PP=907;SC=AGCTTTATATGTTTTGTTTGG;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=24;WE=76194237;WS=76194219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	76194306	rs1146572	A	G	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=255;SC=TCCACAGATAATTTACAATAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=76194314;WS=76194296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	76234886	rs1146593	A	G	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=15;PP=575;SC=TCACCTTCCAACATCATTGAA;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=76234894;WS=76234876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	76252011	rs1146634	G	A	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=28;PP=915;SC=CAGACAGGGTGGAGTAGGGTT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=48;WE=76252019;WS=76252001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	76252687	rs1146636	T	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=4;PP=184;SC=TGATATTCTATGGTGTTTATT;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=76252695;WS=76252677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	76253045	rs3831900	T	TA	754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=2;PP=853;SC=CCTAGTTAGTTACAATTTTTA;SOR=3.056;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=18;WE=76253053;WS=76253035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	76255613	rs11588643	A	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=7;PP=398;SC=AGGGACATTTACCTAATACTT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=76255621;WS=76255603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	76257074	rs35837562	A	AT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr1	76257892	rs12703	A	T	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=23;PP=1270;SC=GATTTCTGGCAATTACAAGTC;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=76257900;WS=76257882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	76269372	rs5745323	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=216;SC=CATCATTGCATAATTCAAATC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=76269380;WS=76269362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	76269460	rs5745325	G	A	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=16;PP=807;SC=AAACACAGTTGCATCAAATTT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=76269468;WS=76269450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	76280543	rs1144339	A	G	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=141;SC=ACTTAGCAAGAATAATCATTC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=76280551;WS=76280533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	76344011	rs1493367	C	A	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=22;PP=617;SC=CAGGTAATTTCTTTATTTGAT;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=76344019;WS=76344001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	76344711	rs5745449	A	T	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	76344920	rs5745453	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TGAATGTTCTGTATCTTCTCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=76344928;WS=76344910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	76345640	rs2307077	G	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=219;SC=AGAGTAAAATGATTAACCTAA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=76345648;WS=76345630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	76346920	rs5745466	C	CAT	2032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=1265;SC=TCTTACCAAACGTGTTTTCAG;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=76346928;WS=76346910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	76349534	rs5745485	C	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=18;PP=481;SC=TTATAATGACCAGTTTTACAC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=76349542;WS=76349524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	76363505	rs2029680	A	C	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=248;SC=AGAAAATTAAACTAAAATTTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=76363513;WS=76363495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	76378275	rs5745547	G	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=0;PP=434;SC=TAACCCTTGAGTTCCATATGT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=76378283;WS=76378265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	76378357	rs71690142	ATAT	A	2829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.64;MQRankSum=0.658;QD=37.23;ReadPosRankSum=1.961;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr1	76608508	rs71071986	CT	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=-1.737;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,17:0.20:86
chr1	76608777	rs184095	C	T	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=212;SC=AAATTGAACTCACCCTGTTTA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=76608785;WS=76608767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	76771475	rs10782610	G	T	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=14;PP=541;SC=ATCAGTTAGAGAATTATTTAT;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=76771483;WS=76771465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	76773440	rs76783328	T	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=441;SC=ATTTTGTGGTTAAAGACTACT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=76773448;WS=76773430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	76878199	rs79657041	A	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=658;SC=ACAGTTATTTATTTACGCTGA;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=76878207;WS=76878189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	77093010	rs680442	CT	TG	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=690;SC=AGTTTCTCAACTCTTTTTCCT;SOR=2.124;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=18;WE=77093019;WS=77093000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	77093180	rs1184626	C	A	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=50;PP=1600;SC=GTTTACCTTCCTTCTGGCCAT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=96;WE=77093188;WS=77093170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	77094514	rs12125529	G	A	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=32;PP=1020;SC=TGATCTTGCCGCATCACTTAA;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=77094522;WS=77094504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	77558057	rs1048575	G	C	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	77627096	rs839825	G	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=13;PP=758;SC=TGATGCTATGGAAAGGGGGAA;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=77627104;WS=77627086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	77634948	rs1779199	G	A	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=31;PP=1656;SC=AATTTACCTCGTAACTTCTAT;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=85;WE=77634956;WS=77634938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	77635148	rs1779198	A	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=29;PP=769;SC=AAATTTATTTATATCATGTAG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=77635156;WS=77635138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	77685042	rs12723684	T	C	7400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=90;PP=2965;SC=AGCAACACAGTTGCCAAGACA;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=64;TCR=90;TR=154;WE=77685050;WS=77685032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	77763542	rs1167206	G	A	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=27;PP=768;SC=CAGAGATAAAGCAAAAATTGA;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=77763550;WS=77763532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	77949123	rs7515509	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.49;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	77949129	rs7528932	A	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.47;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	78001881	rs10873948	T	C	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=142;SC=CACAGTGGCTTATGCCTGTAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=78001889;WS=78001871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	78024284	rs6675743	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=8;PP=645;SC=CTTTTAAATATAGATAAATGC;SOR=1.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=78024292;WS=78024274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	78024345	rs79671213	C	CTAT	3341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=20;PP=1582;SC=GCTATTGACTCTATTTTCTGA;SOR=1.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=34;WE=78024353;WS=78024335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	78031994	rs7552291	A	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=354;SC=GGACAGTAATATAACACACAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=78032002;WS=78031984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	78033981	rs145860524	AAAATG	A	1504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=729;SC=ATAAATAAATAAAATGAAATG;SOR=1.002;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=15;WE=78033993;WS=78033971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	78045369	rs1565852	G	A	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=41;PP=1194;SC=TTAAATATTGGATTTCTAAAT;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=78045377;WS=78045359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	78047503	rs36003200	C	T	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	78179032	rs71075758	AT	A	245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=140;SC=CATTAAACTCATTTTTTTTTT;SOR=0.836;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=78179040;WS=78179022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	78184433	rs1963170	G	A	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=5;PP=164;SC=TGGCAAACATGGTGAAATCCC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=78184441;WS=78184423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	78245131	.	G	GT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=1.027;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	78281002	rs11162386	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=270;SC=GTCTGTCTTATGTAATAATAG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=78281010;WS=78280992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	78383467	rs1749913	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=16;PP=441;SC=CTTTATTCTCGTGAAAATATT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=78383475;WS=78383457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	78399207	rs4483454	C	G	182.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=102;SC=ATTTATTAAGCTAAATATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=78399215;WS=78399197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	78430689	rs11409017	A	AG	6515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=64;PP=2549;SC=TATTAACAAAAGAAGTGGACA;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=93;WE=78430698;WS=78430679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
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chr1	78478675	rs3790586	G	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=5;PP=354;SC=TACAGTTTTTGAAAGTTTAAC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=78478683;WS=78478665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	78481640	rs1039863	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	79094593	rs273257	A	G	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	79106967	rs11577394	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=366;SC=TTATATCACACTTTAAAACTG;SOR=1.426;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=19;WE=79106975;WS=79106957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	79128320	rs11577395	A	G	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=225;SC=TATTGCTTTCATAATTTATAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=79128328;WS=79128310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	79128570	.	G	GT	4492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=41;PP=2088;SC=ATAGGTAGATGGTTTGGTGGT;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=48;WE=79128578;WS=79128560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	79355596	rs1061728	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=16;PP=449;SC=TGAGATCAAAATCACTGCTTA;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=79355604;WS=79355586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	79358743	.	CA	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr1	79383748	.	G	GA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=1.211;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr1	81967466	.	T	TCAGCAG	729	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=22;MQ=57.43;NF=5;NR=10;PP=729;QD=49.0666666667;SC=TGGAGCCACTTCAGCAGCAGC;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=15;WE=81967474;WS=81967456;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	81967495	.	A	AGC	2198.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-0.657;QD=35.46;ReadPosRankSum=-2.580;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,57:0.92:62
chr1	81967496	.	A	G	1134	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=55.44;NF=43;NR=29;PP=1134;QD=16.2329335076;SC=AGCAGCAGCAACAGCAGCAGC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=72;WE=81967516;WS=81967480;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr1	81967496	rs57360565	A	AG,AGCAG	3055.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-0.428;QD=57.66;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,41:0.19,0.77:53
chr1	81967508	rs114868480	A	G	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.412;NF=41;NR=29;PP=1266;ReadPosRankSum=-1.219;SC=AGCAGCAGCAACAGAAGCAGC;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=81967516;WS=81967480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr1	81967772	rs4083533	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.67;QD=23.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	81969071	rs4650561	A	T	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=32;PP=1285;SC=CGCCAGCAGCAGCAGCAGCTC;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=81969079;WS=81969061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	81970883	.	CCACACA	C,CCA	844.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.02;QD=40.23;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,14:0.33,0.67:21
chr1	82302600	rs12064537	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=559;SC=GACTGATGGTTTTGATGAAGC;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=82302608;WS=82302590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	82415814	rs9438715	T	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=8;PP=729;SC=CATGTGTGCATGACTGTATGT;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=82415822;WS=82415804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	82416220	rs2148630	G	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=307;SC=AGTAGGTTCTGTATTACAGTG;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=82416228;WS=82416210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	82417552	rs7413275	T	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=5;PP=271;SC=TCGCAAATTTTTTTCACCACA;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=82417560;WS=82417542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	82421596	rs11163397	C	T	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=48;PP=2099;SC=TTCTGAGACCCGAAGCTTTGG;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=114;WE=82421604;WS=82421586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	82452565	.	GT	G	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,38:0.18:206
chr1	82456585	rs41292984	G	A	5799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=62;PP=2264;SC=CCCAATCTTAGAGACTCTCCC;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=124;WE=82456593;WS=82456575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	84355734	rs71826512	AAGAACTTCAAGGAT	A	2472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=26;PP=2969;SC=GCGACTGCAGAAGAACTTCAA;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=30;WE=84355755;WS=84355724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	84383079	rs17534614	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=2;PP=316;SC=ACTGTCATCAGGAAAATAACC;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=84383087;WS=84383069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	84640691	rs582201	T	G	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=12;PP=278;SC=TTTAATCATTTTCTAATTTAT;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=84640699;WS=84640681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	84765356	.	A	ATATT	1328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=5.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.06;MQRankSum=0.662;QD=23.31;ReadPosRankSum=1.816;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr1	84791239	rs315555	T	C	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	84810396	rs315528	A	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=297;SC=GTGTGCCTCAAAATGCTTCCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=84810404;WS=84810386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	84810815	rs315527	A	G	6749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=78;PP=2756;SC=TGTAAGCAGCAGACTGAGAAA;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=71;TCR=78;TR=149;WE=84810823;WS=84810805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	84853957	rs665074	A	T	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=9;PP=786;SC=AAATTTTGCAATAAAGGATAA;SOR=1.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=42;WE=84853965;WS=84853947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	84864256	rs3738573	G	C	4855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	84944989	rs2292191	A	G	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=9;PP=918;SC=GGATAAGAGCAGCAGCAGCGG;SOR=2.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=84944997;WS=84944979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	84946745	rs7413066	C	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.94;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	84956161	rs11440073	C	CT	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=3.244;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,36:0.17:206
chr1	84986213	.	AT	A	45	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=58.85;NF=3;NR=0;PP=45;QD=19.0;SC=ACATCAATTGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=84986221;WS=84986203;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	85113203	rs2994949	T	C	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=47;PP=1666;SC=CAGGTCTTGATGCCACACTCC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=100;WE=85113211;WS=85113193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	85113229	rs1057746	A	G	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=49;PP=1752;SC=TGATTTGTACATTCTCCTCCA;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=100;WE=85113237;WS=85113219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	85121255	rs4537578	A	G	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=31;PP=1084;SC=TAAAACACTTAGCAGGAGAAA;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=85121263;WS=85121245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	85121299	.	G	GT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.195;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,11:0.18:62
chr1	85128262	rs2911563	A	G	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=40;PP=1114;SC=ATGCTTAAGCATCTAAAACTC;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=85128270;WS=85128252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	85128280	rs2994437	T	C	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=12;NR=30;PP=840;SC=CTCTAATGCATTCTATACACG;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=85128288;WS=85128270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	85128305	rs11164033	G	C	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=477;SC=TGGTGAAAGTGAACCTGGTAT;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=85128313;WS=85128295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	85131641	rs2911566	G	C	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=202;SC=GGGTTCCTGAGCTTCCAGTTA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=85131649;WS=85131631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	85131982	rs3096445	T	G	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=826;ReadPosRankSum=1.880;SC=ATCCTTAAAATATCAGTAACA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=39;WE=85131990;WS=85131972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr1	85331808	rs146269415	G	GAGA	4295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=46;PP=2520;SC=ATTCATTGTGGAGAAGTGAAC;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=48;WE=85331816;WS=85331798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	85488030	rs2028304	G	A	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1746;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CAAGCCACACGAGCATGGTAG;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=85488038;WS=85488020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,157:0.99:159
chr1	85488154	rs2039814	G	C	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=16;PP=424;SC=ATTGAGGTAAGTATGAGTAAG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=85488162;WS=85488144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	85537502	rs4907131	T	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=186;SC=CCAGGGTAAATCTTAGAAAAC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=85537510;WS=85537492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	85537522	rs4907132	T	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	85538655	rs10664942	A	AG	297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=27.07;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	85547945	rs7534574	T	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=6;PP=414;SC=TGAATGACCATTGAACATTAA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=85547953;WS=85547935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	85550156	rs146215625	A	AAT	331.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.12;ReadPosRankSum=1.503;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr1	85551468	rs111823967	A	ATCAGTTTTTCT	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=2399;SC=TTGCCTACACATCAGGGACTT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=85551476;WS=85551458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	85555672	rs1417351	A	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=7;PP=323;SC=AATTCAATGTATATAATTTAA;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=85555680;WS=85555662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	85575838	rs376334573	TA	T	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=3.485;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.180;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,36:0.32:114
chr1	85589939	rs11356964	GT	G	7196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=78;PP=2951;SC=GTTATGGTAAGTTGCCTGCAA;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=11;TCR=79;TR=89;WE=85589947;WS=85589929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	85592126	rs817474	G	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	85595645	rs1020770	C	T	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=33;PP=1353;SC=CTGCCTGTCACCCTCTCATGG;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=70;WE=85595653;WS=85595635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	85598527	rs36118758	TC	T	2218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=21;PP=926;SC=TTGTTTTTCTTCCCCCCCCAG;SOR=1.288;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=41;WE=85598535;WS=85598517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	85624549	rs709786	C	T	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=25;PP=978;SC=GTAGACTCAACTGTCTGCATT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=85624557;WS=85624539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	85624864	rs817412	G	A	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	85647713	rs817444	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=202;SC=ACCTTGAATTTCTTCCCCCAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=85647721;WS=85647703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	85648620	rs817443	C	T	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=39;PP=1357;SC=GTATGATGAACTTCTCGGCAG;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=85648628;WS=85648610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	85648905	rs11161539	T	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=721;SC=GAAAGAAAAATACGTTATAAA;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=85648913;WS=85648895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	85723318	rs17382844	A	G	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=30;PP=788;SC=TACAGATTGGATAAGAATGTG;SOR=2.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=85723326;WS=85723308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr1	85787114	rs233116	A	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=8;PP=554;SC=TCTTGCCGGCAACCGGGGGGG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=85787122;WS=85787104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	85930272	rs4001153	GAC	G	866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.89;ReadPosRankSum=0.779;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr1	85930293	.	ACT	A	555	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=24;MQ=60.38;NF=9;NR=30;PP=555;QD=14.358974359;SC=ACACACACACACTCGCCCCCC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=39;WE=85930302;WS=85930283;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,39:0.87:45
chr1	86046561	rs2297140	C	A	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=831;ReadPosRankSum=1.006;SC=CCCACCGGGCCCACCGCGCCG;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=39;WE=86046569;WS=86046551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr1	86173204	rs41289761	G	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	86173298	rs1539444	C	T	4871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=45;PP=1993;SC=TAAATGGAATCCCCCATGCCC;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=110;WE=86173306;WS=86173288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	86202016	rs1481200	C	T	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	86203216	rs60021908	T	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=40;PP=1115;SC=AACATAAAGTTAAAGTTATTA;SOR=1.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=55;WE=86203224;WS=86203206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	86210241	rs11387251	G	GT	565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=704;SC=TTCTGCCAGGGTTTTATCAAA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=86210249;WS=86210231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	86210546	rs7547023	G	A	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=29;PP=705;SC=AATTATATAAGCAAAAAAATC;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=37;WE=86210554;WS=86210536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	86211325	rs10747324	G	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=350;SC=TAACTCTTACGGTTAGACAGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=86211333;WS=86211315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	86246849	rs313722	A	C	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	86249063	rs313724	C	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=8;PP=768;SC=TGAGTTTCTACCTTAAAAGTC;SOR=2.303;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=42;WE=86249071;WS=86249053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	86249206	rs7520146	T	C	6702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=77;PP=2039;SC=CTTTAGGACCTGATATCCCAA;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=61;TCR=77;TR=138;WE=86249214;WS=86249196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr1	86249911	rs313725	A	G	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=38;PP=1442;SC=TGTAGAATAAATGCTTGGTGA;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=79;WE=86249919;WS=86249901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	86355212	rs76666601	C	A	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=20;PP=1307;SC=ATGAGAAAGACACAATTAGAA;SOR=1.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=86355220;WS=86355202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	86361802	rs7541806	C	G	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	86362144	rs193124174	T	G	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=18;PP=477;SC=CCTTTTTTTTTCTTAACAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=25;WE=86362152;WS=86362134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	86372839	rs5775877	T	TG	1300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=13;PP=635;SC=GAAGTAATTTTGGGGGGGTTA;SOR=1.038;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=22;WE=86372847;WS=86372829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	86375654	rs1502657	C	G	5943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=54;PP=2054;SC=TTTCTCCCTGCGGACCTAGTG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=119;WE=86375662;WS=86375644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	86377028	rs10493777	C	T	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	86435850	rs7538391	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.67;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	86435957	.	TA	T	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=2.394;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr1	86453237	rs11799965	T	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	86453265	.	CTCT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,6:0.09:67
chr1	86554813	rs56934354	G	GA	252.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr1	86554821	rs12405791	G	A	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.38;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	86590915	rs2174767	G	A	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=62;PP=2518;SC=TTAGGAGAGAGCTAAATTTCT;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=72;TCR=63;TR=134;WE=86590923;WS=86590905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	86591837	rs11161747	G	A	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=79;PP=2343;SC=TACAGCAGTCGCTGGTGATGA;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=128;WE=86591845;WS=86591827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	86621992	rs1999747	C	A	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=4;PP=471;SC=GTTGGTCTAACCCCTACCCTA;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=86622000;WS=86621982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	86814688	rs272491	C	T	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=48;SC=AAATAATACTCACATCTGATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=86814696;WS=86814678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	86818572	rs272496	T	C	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=22;PP=651;SC=GTTGATTTTGTTCTTCATTTT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=86818580;WS=86818562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	86820267	rs1182098	C	T	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=46;PP=1772;SC=ATGCTGTATACTCTGCAGATT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=98;WE=86820275;WS=86820257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	86821194	rs10676142	A	ACT	452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=190;SC=AGGAATTTAAACTAAAATTTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=86821202;WS=86821184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr1	86913074	rs12752909	A	G	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=2;PP=717;SC=GTAGTATTTTAAAAAGTGCAA;SOR=5.211;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=86913082;WS=86913064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr1	86939130	rs2145412	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	86939390	rs2180762	G	A	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=22;PP=1260;SC=TGTGATGATAGAAACTTTTTC;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=86939398;WS=86939380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	86952324	rs2734705	A	G	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=25;PP=867;SC=CATGTACAAAATGAACTCATA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=86952332;WS=86952314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	86956785	rs2753342	C	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	86959173	rs2791494	T	C	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=27;PP=997;SC=ACCTGGACAATGCAGCCTCCC;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=68;WE=86959181;WS=86959163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	86959796	rs1321689	C	T	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=15;PP=1408;SC=AGGGTTTTCCCGTACGTGACA;SOR=1.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=63;WE=86959804;WS=86959786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	86961480	rs55902541	T	C	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=29;PP=788;SC=TTGGCATTATTAAGATTTTGA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=86961488;WS=86961470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	86965419	rs1882753	T	C	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=29;PP=1521;SC=TGAATACTACTGCTCTCATCC;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=84;WE=86965427;WS=86965409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	87036746	rs772599	C	A	4388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=37;PP=1669;SC=CTGTGCTCTGCATTATGTTTG;SOR=0.830;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=92;WE=87036754;WS=87036736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	87045574	rs2231602	T	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=110;SC=TAAAAAGGAATGAATATGCTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=87045582;WS=87045564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	87045896	rs4001061	TCCTACA	T	11458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.347;NF=25;NR=77;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.860;SC=ATGACATTGATCCTACACCTA;SOR=0.772;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=28;TCR=81;TR=102;WE=87045909;WS=87045886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,262:0.99:264
chr1	87458695	rs10873810	G	A	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=10;PP=740;SC=CTCCCAGTGTGGGGAGGGTAC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=87458703;WS=87458685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	87538182	rs34124612	TTG	T	2386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=15;PP=1056;SC=CATGCAATCTTTGTGTGTTTG;SOR=0.931;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=22;WE=87538191;WS=87538172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	87538200	rs10782592	G	A	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=17;PP=640;SC=TTGAGAATTAGTTCAGGCTGT;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=87538208;WS=87538190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	87549858	rs2798675	A	G	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=3;PP=79;SC=TATATAATGAATGTGTTCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=87549866;WS=87549848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	87558066	rs66709085	CCACATA	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=0;PP=99;SC=TTCCCAATCGCCACATACACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=87558079;WS=87558056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	87563668	rs1199677	G	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=9;PP=239;SC=TATTATCTCTGTAATCTGTGT;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=16;WE=87563676;WS=87563658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	87570398	rs1621247	G	A	4692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=84;PP=2639;SC=TGTGACTATTGGATTCTTGAA;SOR=1.436;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=125;TCF=41;TCR=84;TR=121;WE=87570406;WS=87570388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	87598117	rs6686259	T	G	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=29;PP=1829;SC=CGCGGCGGCCTCGGGAGGCCC;SOR=1.544;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=93;WE=87598125;WS=87598107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	87599697	rs6576865	G	A	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=65;PP=1915;SC=CTCTGGCCACGCTTGCACCCT;SOR=0.971;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=112;WE=87599705;WS=87599687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	87633761	rs10782593	C	T	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	89150150	.	G	GT	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=9.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	89225976	rs430600	T	C	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=31;PP=964;SC=ATTGAAGGCCTTACAAAAACA;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=89225984;WS=89225966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	89236029	rs7541301	T	A	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=26;PP=1386;SC=CTTATTTTTTTAATAGGATCG;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=89236037;WS=89236019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	89236260	rs74361945	CT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=1.462;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.893;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	89252013	rs3215731	A	AT	171.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=115;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TAGAACTTAGATTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=89252021;WS=89252003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
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chr1	89427252	rs10922530	G	A	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=194;SC=TCTTACAAACGAATAACCTAA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=89427260;WS=89427242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	89430420	rs1536259	A	G	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.04;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	89449390	rs112636230	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-1.847;QD=4.95;ReadPosRankSum=1.345;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr1	89449399	rs77567101	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-2.193;QD=3.35;ReadPosRankSum=2.351;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,5:0.16:31
chr1	89449508	.	AT	A,ATTTTTTTTTT	42.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=1316;ReadPosRankSum=0.586;SC=TGCTTCAACCATTTTTTTTTT;SOR=0.740;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=17;WE=89449517;WS=89449498;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.18:138
chr1	89478854	rs4656076	C	G	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=1;PP=229;SC=GGAAGTACTACGAAGGGGACT;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=89478862;WS=89478848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	89479063	rs4656077	G	A	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=28;PP=943;SC=AAGAACTTCCGGATACAGAGT;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=89479082;WS=89479053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	89479074	rs4656078	C	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=30;PP=861;SC=GATACAGAGTCGGGGCAGATT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=89479082;WS=89479053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	89479758	rs3795543	T	C	7151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=53;PP=2646;SC=ATGGTACGTCTCTGTTACCTT;SOR=0.857;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=87;TCR=53;TR=138;WE=89479766;WS=89479748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	89486037	rs7555039	C	T	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=21;PP=987;SC=ACTCACTACCCTCAGAACAGC;SOR=1.078;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=53;WE=89486045;WS=89486027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	89520329	rs72054220	GAAAAAC	G	2154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.41;NF=18;NR=15;PP=1669;SC=AGAGAAAACAGAAAAACAGAA;SOR=1.112;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=33;WE=89520342;WS=89520319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	89520574	rs10922554	C	A	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=26.81;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	89520636	rs10922555	G	A	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.83;QD=40.78;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	89520643	rs10922556	C	T	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.48;QD=45.44;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	89522512	rs4376712	C	T	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=78;NR=45;PP=2267;SC=GACCCTAAACCGTATACATTT;SOR=1.142;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=123;WE=89522520;WS=89522502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	89522646	rs1048425	G	C	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.93;NF=52;NR=59;PP=2501;SC=CTCCTGGAGGGTTTCTGTGGG;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=111;WE=89522654;WS=89522636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	89574026	rs1329119	G	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=14;PP=399;SC=ATTTCCACCAGATTAGTTCCC;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=89574034;WS=89574016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	89575677	rs2026043	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=5;PP=182;SC=AATTTTGCCTTGGGTAACCAG;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=9;WE=89575685;WS=89575667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	89579941	rs2230338	T	C	6733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=84;PP=2701;SC=TCCCCACTGCTGATGGCATTG;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=89;TCR=85;TR=172;WE=89579949;WS=89579931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	89582690	rs1803632	G	C	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=18;PP=1150;SC=CCATTGACTGGAATGCCACCT;SOR=1.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=89582698;WS=89582680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	89583544	rs2209956	T	C	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=205;SC=ATTTGGTTTCTTTTTATTAGC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=89583552;WS=89583534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	89597755	rs942442	T	C	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=77;SC=ATTTTAAACTTTTCTTAAATG;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=89597763;WS=89597745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	89607479	rs6666846	G	T	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.81;SOR=2.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	89607486	rs6658235	T	C	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.90;SOR=2.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	89615979	rs586609	C	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=314;SC=TACAGTAGGCCTCAGTAAACA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=89615987;WS=89615969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	89618472	rs10710842	GA	G	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.850;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.299;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr1	89637578	rs676913	G	A	7166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=80;NR=97;PP=2915;SC=AGTGTTCTCAGTGAGGCACAC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=81;TCR=98;TR=177;WE=89637586;WS=89637568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	89650850	rs623134	A	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=231;SC=GCTATAACACATATACTTACA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=89650858;WS=89650840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	89652071	rs561042	TC	CT	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.57;QD=45.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	89652078	rs608339	A	T	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.45;QD=45.18;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	89652087	rs1142890	CC	TG	3976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.96;QD=48.50;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	89652090	rs1142888	T	G	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.96;QD=45.20;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	89652094	rs1142887	G	A	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.86;QD=46.33;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	89652097	rs1142886	C	T	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.96;QD=46.18;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	89652102	rs655260	A	T	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.11;QD=43.71;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	89661228	rs650448	T	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=11;PP=289;SC=GTTGTTTCCATCTCAGGCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=89661236;WS=89661218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	89726592	rs535351	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=22;PP=543;SC=TACAGTAGCAGTAAACAGTTC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=89726600;WS=89726582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	89727870	rs76346754	A	T	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=402;SC=TCATCGTTACAGGCAGGGGAG;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=89727878;WS=89727860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	89732237	rs61729628	G	A	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=41;PP=1243;SC=TACACAGACGGGGCAAATTGA;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=89732245;WS=89732227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	89732535	.	AAT	A	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.4999;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=20;QD=30.0;SC=GAGCTGGGTGAATATATATAT;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=1;WE=89732544;WS=89732525;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,1:0.20:5
chr1	89735314	rs3806338	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=588;SC=AATAAGCAAAGGAAGTCATTT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=89735322;WS=89735304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	89845926	rs11361992	GT	G	2927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=1281;ReadPosRankSum=1.655;SC=TATATTCTCTGTTTTTTTTTA;SOR=0.469;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=66;WE=89845935;WS=89845916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr1	89847372	rs4658359	G	T	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=57;PP=2369;SC=GCAGAGGGCAGCTGACTACTA;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=120;WE=89847380;WS=89847362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	89847411	rs4658360	C	T	3966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=60;NR=54;PP=1859;SC=GCGAGTGAAGCTCCCCACAGA;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=114;WE=89847419;WS=89847401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	89847444	rs4658146	A	G	3983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=61;PP=2094;SC=GCTGCTGGACATGCATGCGGC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=120;WE=89847452;WS=89847434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	89849201	rs928652	C	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=5;PP=202;SC=GCTTTTTCTTCCTTCCATAGG;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=89849209;WS=89849191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	89849350	rs928653	G	A	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=393;SC=GGAGGGGTACGTTTATACAAT;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=89849358;WS=89849340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	89849441	rs928654	T	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=230;SC=TGCTAAATCTTAAAATAACAA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=89849449;WS=89849431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	89849574	rs928655	G	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=77;SC=TTCAGATTTGGTTTAGTCTCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=89849582;WS=89849564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	89849742	rs959460	A	T	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=15;PP=537;SC=GAGGCTCAAGATAAGAGTCGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=89849750;WS=89849732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	89851100	rs369061637	G	GT	216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.06;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	89885854	rs6673154	G	A	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=21;PP=712;SC=GCTGGACACCGAGGGTCTGGG;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=89885862;WS=89885844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	89888530	rs4261099	C	T	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=24;PP=1882;SC=ATCATCAGATCGTTGCTCAGC;SOR=1.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=67;TCR=24;TR=91;WE=89888538;WS=89888520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	89888552	rs4282800	T	A	4334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=38;PP=2357;SC=TTACTTCAGGTCATTTTCAGT;SOR=1.413;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=82;TCR=38;TR=120;WE=89888560;WS=89888542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	89888585	rs4415545	C	G	12267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.40;QD=44.61;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	89888588	rs4506445	G	T	12317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.48;QD=43.84;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	90171835	rs6657969	C	T	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.75;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	90178743	rs474536	A	G	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=56;PP=2440;SC=GGTCCAGAAGACAGCCTGGTC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=90178751;WS=90178733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	91383589	rs2448020	T	G	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=29;PP=1175;SC=CTGATCAGATTTGGCAATATA;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=91383597;WS=91383579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	91402917	.	T	TAA	66.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.16;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	91447985	rs358691	C	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=10;PP=244;SC=CATGAATAACCATAGCTACAA;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=91447993;WS=91447975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	91728053	rs585898	G	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	91728202	rs555432	T	C	124.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	91739208	rs281964	C	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	91739414	rs281963	G	A	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=197;SC=AGAAAATATGGAAATTAATCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=91739422;WS=91739404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	91781304	rs281991	T	C	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=109;SC=TATTTTTTTTTCAGTAGAATT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=91781312;WS=91781294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	91781413	rs281992	T	G	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=12;PP=628;SC=CTGCGTCACCTATGATTAAGG;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=91781421;WS=91781403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	91793877	rs281972	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=6;PP=250;SC=CAACCCTGAATCAAGCTTTAG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=91793885;WS=91793867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	91813184	rs281936	C	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=158;SC=TAAATATCCACAGAAACAATG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=91813192;WS=91813174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	91817065	rs202158224	T	C	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=10;PP=766;SC=AAATAAGCTATATTAGCATTA;SOR=1.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=38;WE=91817073;WS=91817055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	91818302	rs41286785	A	G	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=228;SC=AATGTAATAAAAACTCATACA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=91818310;WS=91818292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	91841301	rs282036	T	C	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=32;PP=973;SC=AACACAAAAATATGTGCATTA;SOR=1.000;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=52;WE=91841309;WS=91841291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	91846374	rs282033	C	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=225;SC=TGTGGCAGTGCAGACATAAAG;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=91846382;WS=91846364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	91846595	rs5776097	T	TA	256.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=300;SC=TAGTTACTTTTATTTTAAAAC;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=91846603;WS=91846585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	91846654	rs282032	A	T	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=109;SC=TGAGGTTTTAACATTTGCTAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=91846662;WS=91846644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	91851193	rs12144808	G	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=11;PP=451;SC=TGCCTTCTCCGATTTCAGAAG;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=24;WE=91851201;WS=91851183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	91851253	rs282026	T	C	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	91859795	rs282009	T	C	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=38;PP=1462;SC=TTGCCAGCAATATGTGATAAG;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=84;WE=91859803;WS=91859785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	91973557	rs553606	T	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=13;PP=359;SC=TTTTCCTTTTTTAGTCTTGGT;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=91973565;WS=91973547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	91974034	rs1876264	G	A	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=372;SC=AGGGATGAGGGGATTATATGT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=91974042;WS=91974024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	91980447	rs483532	A	G	4799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	91980649	rs10874758	G	A	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=29;PP=766;SC=CAAGGGATCAGTTCAGATCAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=91980657;WS=91980639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	91989572	rs488126	T	G	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.016;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=18;PP=1219;ReadPosRankSum=0.945;SC=TTTTTCTGTTTTTGTTTTTTC;SOR=1.642;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=62;WE=91989580;WS=91989562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr1	92108274	.	TA	T	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.215;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr1	92108899	rs2493202	C	T	11403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=143;PP=2965;SC=TCTCCTCCATCTGTTGAACGA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=126;TCR=143;TR=268;WE=92108907;WS=92108889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr1	92185657	rs1805112	C	T	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=28;PP=830;SC=GGAAAGGAAACGGAAGGCCTC;SOR=1.238;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=92185665;WS=92185647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	92195601	rs10783002	G	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=295;SC=GAAGGAGGGTGACAGTGAAAC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=92195609;WS=92195591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	92200597	rs12124904	G	A	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=35;PP=1029;SC=TTCTCAAATCGAAGTGCTTGT;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=92200605;WS=92200587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	92200627	rs10874913	T	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=518;SC=CTCTTCCCTTTGTTATACAAG;SOR=2.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=27;WE=92200635;WS=92200617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	92224067	rs3738441	C	T	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=19;PP=816;SC=TGGACTCTGGCATTATTTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=92224075;WS=92224057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	92224347	rs11165441	G	A	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=19;PP=491;SC=CTTAGCCCTGGCTTTCCATGA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=92224355;WS=92224337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	92262874	rs2810904	T	C	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=30;PP=1186;SC=GCCCCTGGCCTGCAGTGCGGA;SOR=1.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=73;WE=92262882;WS=92262864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	92428495	rs10783071	C	A	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	92446112	rs11165911	T	C	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=78;SC=ACAAAAGACATTCTTGACTTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=92446120;WS=92446102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	92446398	rs2303967	T	A	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	92447004	rs10875104	A	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=6;PP=337;SC=GTCTTGTGATATTGCCCAGGC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=92447012;WS=92446994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	92457843	rs10747493	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=174;SC=GAATGCATACCGCCTGAAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=13;WE=92457851;WS=92457833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	92457969	rs55996004	CA	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.876;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	92568263	rs527412	A	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=268;SC=TTATAGCCGTAAAAATAATTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=92568271;WS=92568253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	92573670	rs11166163	G	A	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=25;PP=826;SC=ACAGGCCACAGGGGTTCCATG;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=92573678;WS=92573660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	92606592	rs147859018	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=314;SC=AAAACAGACTATATATTATCA;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=92606600;WS=92606582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	92646021	rs1483022	G	A	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=41;PP=1631;SC=ATCAGTCAAAGAAAGGTGAAA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=78;WE=92646029;WS=92646011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	92647223	rs560389	A	G	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=27;PP=1081;SC=AAGCAAAGTAATAATGATCTT;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=92647231;WS=92647213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	92647532	rs565156	C	A	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=24;PP=931;SC=TTTTCTGCAACTAAAAAGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=92647540;WS=92647522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	92649335	rs569593	A	G	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.16;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	92712266	rs974924	C	T	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=17;PP=592;SC=AAGCAAAACACAGAAAAGATT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=92712274;WS=92712256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	92763091	rs372630078	CA	C	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.605;QD=1.23;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr1	92764828	rs10875348	T	A	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=419;SC=CCAGGTAGAGTAGGCCGAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=92764836;WS=92764818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	92799151	rs1487537	C	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=133;SC=GTGAAAAGTTCACATGGATTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=92799159;WS=92799141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	92852504	rs10747411	A	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=9;PP=499;SC=TCCTGACCTCATGATCTGCCT;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=92852512;WS=92852494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	92944314	.	C	CAGAG	507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.06;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	92946479	rs11164605	G	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=13;PP=491;SC=GGGCGGGTTCGCAGAAGAGGC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=92946487;WS=92946469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	92979092	rs146230362	ATATATATATATATATATATATATATATATATG	A	74.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.52;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr1	92979354	rs6603979	A	G	5148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=62;PP=2202;SC=AAGACATCGAACCAGATTTTC;SOR=0.808;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=117;WE=92979362;WS=92979344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr1	93029453	rs6656432	A	G	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=211;SC=ACAATTCATAATGAACTATGC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=93029461;WS=93029443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	93071048	rs2050597	G	T	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.180;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=58;PP=1609;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TAAACCATACGTTAAGTATTA;SOR=2.350;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=70;WE=93071056;WS=93071038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr1	93089823	rs7514716	T	C	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=33;PP=1078;SC=TCAGTTCATCTTGTAACTCAT;SOR=0.871;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=58;WE=93089831;WS=93089813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	93128854	rs10747450	A	G	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=292;SC=ACCACCCAAAAAATTATTTCT;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=93128862;WS=93128844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	93160902	rs2391199	T	C	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	93163385	rs7418336	A	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	93163633	rs1017008	C	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=133;SC=CAGCCAACCACAAACATTGTT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=93163641;WS=93163623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	93167610	rs10218567	C	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	93167854	rs10218670	A	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=513;SC=GGCAAGACAGACAGATTAAAA;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=93167862;WS=93167844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	93312142	rs12746956	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=17;PP=438;SC=TTTAGCTATCATAAATAATGT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=93312150;WS=93312132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	93312192	rs200610101	C	CT	46.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	93312592	rs12062315	C	T	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	93426866	rs945629	T	C	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.25;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	93426869	rs1415069	G	C	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.83;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	93426874	rs116489989	G	T	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.90;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	93545157	rs2815419	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	93580581	rs2815427	G	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=18;PP=727;SC=CATATTGATTGCAGTGTGATT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=36;WE=93580589;WS=93580571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	93580992	rs566843	C	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=19;PP=940;SC=AAATTTTAGCCTTCACTCTTT;SOR=0.726;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=47;WE=93581000;WS=93580982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	93581024	rs2295423	T	C	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=29;PP=1755;SC=CCCTCTAATGTAGAGGGGTGG;SOR=0.865;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=75;WE=93581032;WS=93581014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	93602194	rs2281524	C	T	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=24;PP=1490;SC=TAAAAAAGCTCAGTAGACAAT;SOR=1.390;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=77;WE=93602202;WS=93602184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	93620393	rs1060622	G	A	7371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=79;PP=2717;SC=TCTAAGCAGAGTTTGTATGTG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=148;WE=93620401;WS=93620383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	93621483	rs1057257	A	G	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=293;SC=ACCACAAAATAGTTGTGAAAT;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=93621491;WS=93621473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	93646207	rs2297707	T	C	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=58;PP=2783;SC=CCCCGCGCCTTCGGCGGCGCC;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=135;WE=93646215;WS=93646197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	93646418	rs10874763	C	T	7029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr1	93649732	rs6682670	A	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=33;PP=930;SC=ATCTAGTTAAAAGAAGTTTTG;SOR=2.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=40;WE=93649740;WS=93649722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	93659350	rs2815411	A	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=133;SC=AATAAAAGGAAATATTACCTA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=93659358;WS=93659340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	93672723	rs2815413	A	C	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=8;PP=537;SC=GCAGTGAAAAATTCAGAAGTC;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=93672731;WS=93672713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	93676314	rs555161	A	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	93676578	rs797676	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=381;SC=TCATGCCTGTAATCCCAACAC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=93676586;WS=93676568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	93711782	rs3754186	T	A	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.60;ReadPosRankSum=1.670;SOR=0.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr1	93998640	rs34814765	AT	A	1141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=749;SC=GTGCTAAATAATTATCTTTGA;SOR=1.681;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=93998648;WS=93998630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	94012287	rs237425	G	A	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=298;SC=TTAAAAAGATGTGACTCTACT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=94012295;WS=94012277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	94041787	rs25569	G	GAC	1907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=1364;SC=CGATGGCGTGGACACTTTATG;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=27;WE=94041795;WS=94041777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	94312482	rs5776191	T	TC	14881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=81;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=77;PP=2969;SC=ACCCCGTTTTTCGAACCCCGC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=46;TCR=77;TR=123;WE=94312490;WS=94312472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr1	94312528	rs147446599	G	GC	11674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=75;PP=2969;SC=CACAGACGTCGCGCGGCGGCG;SOR=1.457;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=20;TCR=75;TR=95;WE=94312591;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	94312533	rs202198870	G	GC	11069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=55;PP=2973;SC=ACGTCGCGCGGCGGCGCTCGC;SOR=1.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=66;WE=94312591;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	94312542	.	G	GC	10308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=46.86;SOR=1.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	94312543	.	C	CCG	2849	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=59.28;NF=9;NR=51;PP=2849;QD=20;SC=GCGGCGCTCGCGCGCAGGTCC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=60;WE=94312591;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	94312544	.	G	C	1742	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=23;MQ=59.39;NF=38;NR=50;PP=1742;QD=20.1905819608;SC=CGGCGCTCGCGCGCAGGTCCA;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=88;WE=94312591;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:20,88:0.81:108
chr1	94312544	.	G	GC	9997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=47.16;SOR=1.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	94312554	.	A	AG	8602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=48;PP=2453;SC=GCGCAGGTCCAGCCGCGGCTG;SOR=2.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=54;WE=94312591;WS=94312518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	94312558	.	G	GC	2350	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=59.05;NF=6;NR=46;PP=2350;QD=45.8653846154;SC=AGGTCCAGCCGCGGCTGGGTC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=52;WE=94312591;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	94312559	.	CGGCTGGGTCGGGCG	C	7882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=46.37;SOR=1.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	94312572	.	CGCGGCGGCCGGG	C	2971	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=24;MQ=59.02;NF=2;NR=46;PP=2971;QD=20;SC=CTGGGTCGGGCGCGGCGGCCG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=48;WE=94312591;WS=94312518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr1	94312576	.	G	GC	7612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.88;QD=46.42;SOR=2.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	94312579	.	G	GT	7297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=45.33;SOR=2.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	94312584	rs200230769	G	GC	6872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=45.22;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	94335194	rs1051394	A	T	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	94335585	rs2273167	G	C	40.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=24;SC=TGGGAATGGAGTGGTGGACAA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=94335593;WS=94335568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	94335643	rs373511428	G	GA	91.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=77;SC=AATCTAGGGAGAAAAAATGGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=94335651;WS=94335633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	94336498	.	CA	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.486;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	94337499	rs61782458	G	C	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=355;SC=GGCCTATGCAGATATGTTCCA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=94337507;WS=94337493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	94341137	rs2273166	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=4;PP=575;SC=AGTCTTTTACCAAGGACTAAT;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=94341145;WS=94341127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	94341267	rs2273165	A	G	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	94343233	rs3789457	T	C	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=54;PP=2195;SC=CCTCAGAGGTTTCTCCATCCG;SOR=0.910;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=98;WE=94343241;WS=94343223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	94344580	rs6675820	C	A	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=46;PP=2867;SC=GCCCCGCCTGCCTGAGCGCGG;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=103;TCR=46;TR=149;WE=94344588;WS=94344570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	94344860	rs41292665	G	T	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=74;PP=2149;SC=GAGACAAAGGGCCTGGGTTTA;SOR=3.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=10;TCR=74;TR=84;WE=94344868;WS=94344850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	94367097	rs7515191	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=16;PP=576;SC=AAAATCTATCGCTTCCGCTAT;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=94367105;WS=94367087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	94471075	rs1762114	A	G	6050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=92;PP=2952;SC=GCAGCTCATCAATTGCATCAA;SOR=1.031;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=59;TCR=92;TR=151;WE=94471083;WS=94471065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	94476555	rs537831	G	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=35;PP=971;SC=CCACAGCACAGGGCCCACTAG;SOR=2.024;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=48;WE=94476563;WS=94476545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	94487354	rs472908	G	A	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=29;PP=1343;SC=ATTCATGGTAGTTAAGCAAGT;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=71;WE=94487362;WS=94487344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	94495930	rs547806	T	C	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=13;PP=1179;SC=AACCCACCGTTGGGTCCTCCC;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=94495938;WS=94495920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	94497662	.	A	AT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,12:0.16:74
chr1	94511533	rs3789398	G	A	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=36;PP=927;SC=TGAGAGATCCGCGCAGAGCCC;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=46;WE=94511541;WS=94511523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	94544135	.	A	AC	495	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=22;MQ=60.38;NF=3;NR=11;PP=495;QD=37.1428571429;SC=CCATCCTCCAACCCCCCTTAC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=94544143;WS=94544125;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	94544234	rs3112831	T	C	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=26.02;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	94544805	rs139796930	T	TCA	593.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5346;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.463;NF=10;NR=2;PP=580;ReadPosRankSum=-1.639;SC=CACATCTCTCTCACACACACA;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=12;WE=94544813;WS=94544795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr1	94549029	rs526016	A	G	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	94549083	rs574741	T	C	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=26;PP=787;SC=CTCCTATATGTTTGAAAACTC;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=94549091;WS=94549073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	94574053	rs11165073	C	A	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=3;PP=227;SC=TTTTCACCAACTCTCCCTGTT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=94574061;WS=94574043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	94576968	rs2297634	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	94578548	rs4847281	T	C	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	94639337	rs1330858	A	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.61;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	94639447	rs1999272	C	T	6836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=61;PP=2778;SC=TGGAATTTCACCTTCGAGGTC;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=148;WE=94639455;WS=94639437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	94643531	rs1048854	T	C	4438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=54;PP=2028;SC=CATCTTGTGGTTGTAGGGACC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=101;WE=94643539;WS=94643521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	94667430	rs5776210	G	GA	181	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=0.158;SC=AAATATCACAGAAAAAAAAAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=94667438;WS=94667420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr1	94668046	rs1541099	C	T	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=40;PP=2044;SC=ACACCAAACTCCTGGCAGATT;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=102;WE=94668054;WS=94668036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	94674723	rs6684237	G	A	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=5;PP=272;SC=TTAATACTTCGTTTCCCATGT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=94674731;WS=94674713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	94924046	rs2147794	A	G	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=172;SC=TCTCACTATGATGTGAAAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=94924054;WS=94924036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	94930345	rs16946	G	A	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=23;PP=991;SC=AGGGGAAAAAGGAGCGAGCTG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=94930353;WS=94930335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	94941376	rs681187	G	A	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=158;SC=AATTGATTTTGTGGACATAAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=94941384;WS=94941366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	94980671	rs3118109	C	G	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=36;PP=1228;SC=CTCTGTTACTCATTAAACCTA;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=94980679;WS=94980661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	95001600	rs698946	A	C	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=28;PP=974;SC=CATTCCCTGCAGGGTAGGAGA;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=95001608;WS=95001590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	95211285	rs6541364	C	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	95211525	rs1333953	G	A	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=25;PP=633;SC=CTGGAAGCCAGCAGGTTTTAC;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=95211533;WS=95211515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	95286094	rs10782992	G	T	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	95286658	rs6676991	C	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=220;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=13;PP=213;SC=TGTGTGTGCACGTCTGGAAAT;SOR=0.902;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=95286666;WS=95286648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	95286675	rs11274910	GTCCCAAATGTAAA	G	1158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=2957;SC=AAATAACTCTGTCCCAAATGT;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=95286695;WS=95286665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	95290003	rs6687749	C	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=7;PP=355;SC=GGGCACTGTGCGCTCAGCCCT;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=95290011;WS=95289993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	95290305	rs6541372	T	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=249;SC=CAGCCTATTTTATAAAAAGGA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=95290313;WS=95290295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	95291366	rs10874894	A	G	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	95330372	rs859098	G	A	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	95332864	rs12137650	C	T	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=12;PP=772;SC=TGACTCTGTTCCTTTGTTCTC;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=95332872;WS=95332854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	95333068	rs859096	G	T	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=31;PP=910;SC=TCTCTAAGGGGCTAAATTGTG;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=95333076;WS=95333058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	95367136	rs859059	G	A	165.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	95367416	rs2275612	C	T	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=28;PP=915;SC=AATGATATGTCCATAGACAAA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=95367424;WS=95367406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	95367669	rs2275613	G	A	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	95427041	rs3831103	AT	A	490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.571;NF=0;NR=20;PP=268;ReadPosRankSum=1.973;SC=AAAAAGCTTGATTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=20;WE=95427050;WS=95427031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,32:0.91:35
chr1	95428455	rs60283438	C	CT	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.948;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr1	95615554	rs12085822	G	A	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=51;SC=AACAGCAGTAGTTACCTTACT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=95615562;WS=95615550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	95696709	rs11165349	T	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=14;PP=335;SC=ACTTTTACCTTTCTCAGTTTT;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=95696717;WS=95696699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	95705615	rs640527	G	A	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=34;PP=1023;SC=CCTCCTTATAGGGACCCTTGT;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=95705623;WS=95705605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	95709821	rs259358	T	C	5119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=56;PP=1916;SC=TTTATGGATGTGGATATACCT;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=119;WE=95709829;WS=95709811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	95712458	rs592097	C	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=22;PP=598;SC=AGTAAAATAGCAGTGTTTTTT;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=95712466;WS=95712448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	97189091	rs3762411	G	A	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=19;PP=717;SC=AATAACAGGAGGTTGAAACTA;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=97189099;WS=97189081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	97189288	rs3762410	T	A	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=131;SC=ATTTGTAAAGTTGGACCATAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=97189296;WS=97189278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	97236130	rs3762409	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=133;SC=TTCTAATTCTGCTTATCAGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=97236138;WS=97236129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	97243023	rs17115729	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=6;PP=409;SC=TTGAGGGGCCATTTAATTTTG;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=97243031;WS=97243013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	97278804	rs273886	G	A	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=20;PP=811;SC=TGTATGAAGTGTCTAATTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=97278812;WS=97278794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	97547831	rs290854	G	A	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=17;PP=1189;SC=GCTTTCTGCCGTAAAAACAAG;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=97547839;WS=97547821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	97771947	rs7556439	C	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=16;PP=453;SC=ACGTGCAAGACAAATCCAACT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=97771955;WS=97771937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	97839016	rs1890138	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=13;PP=561;SC=CTAGCCAGTCATCTGATCCAT;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=31;WE=97839024;WS=97839006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	97847874	rs72728438	T	C	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=69;SC=TTATTTCTCATGGCAGCTCTT;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=97847882;WS=97847864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	97848140	rs56279424	G	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TTCAAACTGTGAAAAAATAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=97848148;WS=97848130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	97981242	rs2811178	T	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=367;SC=TTAAAATATATGATAGACATT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=97981250;WS=97981232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	98348885	rs1801265	G	A	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=41;PP=1330;SC=GAAGTGGAACGCAGAGTTGCA;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=98348893;WS=98348875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	98349390	rs111231337	C	CA	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=1.468;HP=12;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=125;ReadPosRankSum=-1.970;SC=TTAGGAATCACAAAAAAAAAA;SOR=0.977;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=12;WE=98349398;WS=98349380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr1	99127205	rs12723363	A	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.27;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	99127392	rs9728148	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=8;PP=329;SC=CGGGCAGCAGTGGCTCTTCCG;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=99127400;WS=99127382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	99150635	rs9433747	G	A	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=17;PP=464;SC=TAAACATTTGGTGAATATTTT;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=99150643;WS=99150625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	99164246	.	CT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=2.778;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr1	99164434	rs6577322	G	A	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=45;PP=1384;SC=TTGTACATGAGTACGTGCTTT;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=99164442;WS=99164424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	99225627	rs2019213	G	A	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	99358542	rs55842403	C	T	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=26;PP=1440;SC=ATAAACTTCACTTGCAATCAA;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=99358550;WS=99358532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	99358761	rs7524256	T	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=19;PP=474;SC=ATATGCTGAATGTTGAAGTTG;SOR=1.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=30;WE=99358769;WS=99358751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	99387628	rs34854879	T	TA	2716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=66;PP=1317;ReadPosRankSum=-0.782;SC=AAACATTCAATAAAAAAAATG;SOR=0.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=1;TCR=80;TR=67;WE=99387636;WS=99387618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,117:0.98:119
chr1	99418911	.	T	TTGTGTG	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;MQRankSum=0.500;QD=34.87;ReadPosRankSum=-1.541;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr1	100133438	.	CTT	C,CT	361.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.625;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,10,11:0.42,0.46:24
chr1	100152443	rs1338576	T	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=11;PP=432;SC=TAGATTCTATTTTTTAAACTG;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=100152451;WS=100152433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	100316589	rs2307130	A	G	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=13;PP=508;SC=CAAATCCTCTAGAAGCCAAAA;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=100316597;WS=100316579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	100316765	rs663848	C	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=364;SC=TTTTAAAGCTCTAAGATAAAT;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=100316773;WS=100316755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	100329889	rs535461	G	C	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=33;PP=1977;SC=TTCATTTTAGGCTGGTTTTGT;SOR=1.239;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=97;WE=100329897;WS=100329879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	100335883	rs903126	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=374;SC=ATTTTATTTCACCTCTAAACT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=100335891;WS=100335873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	100336361	rs2230306	C	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	100340225	rs634880	G	A	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=24;PP=1146;SC=TTAAGGTATCGTCTTTTCTTT;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=100340233;WS=100340215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	100342227	rs3736295	C	T	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=45;PP=1378;SC=ATCTGCTTTACTGATTTTCTT;SOR=1.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=100342235;WS=100342217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	100343153	rs2291638	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=6;PP=448;SC=AATTGTTTTCATTTTATTTCT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=100343161;WS=100343143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	100345409	rs2392077	C	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=593;SC=TTGTCTCTTTCCTTCCTCCTA;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=100345417;WS=100345399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	100346741	rs3736296	T	C	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=32;PP=1330;SC=CAGGTTTGTTTATATGTTGTT;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=100346749;WS=100346731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	100350383	rs2234707	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=321;SC=AGGACCAGCAGTGTCAGCATC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=100350391;WS=100350373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	100353675	rs555929	G	A	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=67;PP=2443;SC=GTAAGCAAATGGAAGGATAGC;SOR=0.819;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=124;WE=100353683;WS=100353665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	100357141	rs2035961	T	A	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=503;SC=AAATTAACTTTCAAATTTATT;SOR=1.312;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=100357149;WS=100357131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	100358200	rs594249	G	A	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=54;PP=1569;SC=TATGTAAATCGATAGTATTCG;SOR=2.168;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=70;WE=100358208;WS=100358190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	100366446	rs35956186	GTT	G	898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;QD=23.65;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,32:0.84:38
chr1	100376448	rs2274570	G	A	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.22;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	100376456	rs1541041	T	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	100381109	rs112476688	A	AT	214.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr1	100381869	rs2296885	G	A	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=132;SC=CAAAATAATTGATTATTTCTC;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=100381877;WS=100381860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	100533960	rs6687189	G	A	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=14;PP=1074;SC=GAATCTCTGCGTATTCTTAAG;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=100533968;WS=100533950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	100575933	rs13375867	G	A	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=26;PP=845;SC=TTTATTAGCCGCTTCTAACTC;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=57;WE=100575941;WS=100575923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	100598866	rs472498	GC	AT	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=64;PP=2947;SC=CGCTGGAGCCGCGGAGGTGTG;SOR=1.416;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=32;TCR=66;TR=96;WE=100598875;WS=100598856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	100617887	rs2784177	C	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=10;PP=671;SC=GTTAGTGATACACACATTACT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=100617895;WS=100617877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	100626182	rs35699743	C	CT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr1	100671860	rs201117345	AT	A	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr1	100671866	rs34229137	T	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr1	100672060	rs12021720	T	C	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=52;PP=2143;SC=CTGAGCTGACTCACAGAGCCC;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=113;WE=100672068;WS=100672050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	100680593	rs11431894	C	CT	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.793;QD=9.20;ReadPosRankSum=-1.320;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr1	100715454	rs3806235	G	A	5863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=123;PP=2965;SC=TGGGAAACGCGCCTCCCCCTG;SOR=1.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=47;TCR=124;TR=170;WE=100715462;WS=100715444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	100733207	rs60634058	G	GT,GTT	2695.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:23,76,70:0.45,0.41:169
chr1	100733552	rs4298755	T	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=2;PP=689;SC=TCTAGGTGCATAAAAACCCAA;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=100733560;WS=100733545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	100750733	rs58046505	AGTTTT	A	3320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=18;PP=1675;SC=CTTAGTAATTAGTTTTGTTTT;SOR=1.349;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=32;WE=100750745;WS=100750723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	100817529	.	A	AGT	114.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.01;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr1	100818464	rs594529	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=499;SC=GGCGAGTGACTTCAGCTGGCC;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=100818472;WS=100818454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	100961779	rs149672640	ATT	A	756.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=15;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.459;NF=2;NR=18;PP=229;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CATGAAAAGGATTTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=20;WE=100961789;WS=100961769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr1	100970346	rs10875295	T	C	6441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=62;PP=2867;SC=ACCTTGCTTATTCTCTTGTTT;SOR=0.990;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=154;WE=100970354;WS=100970336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	101194965	rs68164684	G	GT	283.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=0.425;SC=ATTGTTTACTGTTTTTTTTTT;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=101194973;WS=101194955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr1	101203827	rs3176879	G	A	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	101372607	rs4908106	C	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=254;SC=GACTTGTTACCAATTGAACAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=101372615;WS=101372597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	101431250	rs11166534	A	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=7;PP=771;SC=GTTTACTGATATGTTGCATAA;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=101431258;WS=101431240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	101487373	rs67726104	AACACAC	A	279.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	101704532	rs3737577	G	T	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=17;PP=1281;SC=GGGACACAGGGTTGGCACCAT;SOR=1.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=67;WE=101704540;WS=101704522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	102271774	rs4907955	G	A	4933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=66;PP=2056;SC=TTAGGTGAACGCAGCCAATGA;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=112;WE=102271782;WS=102271764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr1	103352451	rs2229783	A	G	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=43;PP=1610;SC=TCATATGCTCAATGTCTTGTT;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=86;WE=103352459;WS=103352441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	103354138	rs1676486	A	G	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=14;PP=574;SC=CTTACTGGAGACCCAGGAGGC;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=103354146;WS=103354128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	103354428	rs1763347	A	G	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=17;PP=700;SC=TTACTGGTAAACCTGGAGGAC;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=103354436;WS=103354418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	103354939	rs113226085	C	CTGTGTGTGTG	550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=2169;SC=ACTTAAAGGACTGTGTGTGTG;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=103354947;WS=103354929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	103356168	rs1085	A	C	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=6;PP=129;SC=TACGGAGTTGAAAATAGTAAT;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=103356176;WS=103356158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	103379918	rs3753841	G	A	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	103380379	rs34228277	T	TA	182.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr1	103400491	rs11164641	GA	AT	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=5;PP=1055;SC=ATTTAAATTTGATTTAATGTC;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=103400500;WS=103400481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	103428389	rs1841834	G	A	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=23;PP=661;SC=CTCAAAAACAGTATTATTACA;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=103428397;WS=103428379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	103435626	rs2061710	G	A	159.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=111;SC=ATATATATATGTATATTTCAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=103435634;WS=103435604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	103444679	rs11164649	T	G	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=40;PP=1316;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GACAGTTCAATTTCAATATGC;SOR=0.229;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=77;WE=103444687;WS=103444669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr1	103449598	rs2615978	G	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=256;SC=AAGTACTCATGATAATATAGA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=103449606;WS=103449588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	103455217	rs1463034	C	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=104;SC=GTGCTGATAACGAGGGAAAAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=103455225;WS=103455207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	103461508	rs2622867	T	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=7;PP=245;SC=AACATTTCACTTTGAAAGTAA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=103461516;WS=103461498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	103462473	rs2786125	A	G	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=273;SC=ACATAGTCTAATTTCTAAAAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=103462481;WS=103462463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	103463976	rs2622870	G	T	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=82;SC=AAGCTTTAACGTGTACATATA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=103463984;WS=103463966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	103467615	rs2929162	C	T	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=28;PP=686;SC=CTATAGTACACAGTGAGTTAT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=103467623;WS=103467605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	103468609	rs2251895	A	G	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	103471456	rs71752747	CCAT	C	6005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=47;PP=2537;SC=CCCTGTAAAACCATCATCATC;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=52;WE=103471472;WS=103471446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	103471734	rs71592255	A	AAAATAAATAAAT	2110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=14;PP=2993;SC=GCAAGGAAGTAAAATAAATAA;SOR=0.693;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=17;WE=103471742;WS=103471724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	103483514	rs945748	C	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=256;SC=CTAGTCCTATCGAAGAGTTCG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=103483522;WS=103483504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	103487394	rs35291481	CT	C	990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.70;MQRankSum=0.405;QD=19.05;ReadPosRankSum=1.524;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr1	103496620	rs7523441	G	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=303;SC=ACTGCACTGCGATGTCCATAT;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=103496628;WS=103496610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	103496805	rs36076089	GA	G	518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.490;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,33:0.82:40
chr1	103548319	rs11164662	C	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=351;SC=AGTGTAATAACTTTTAGTAAT;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=103548327;WS=103548309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	103573547	rs6691654	G	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=8;PP=402;SC=AGAGCGGGGAGGAAGGGTAAA;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=21;WE=103573555;WS=103573537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	104076462	rs6697444	C	T	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.06;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	104076495	rs6702220	A	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	104076537	rs6702324	A	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=314;SC=GTGTTTTTTTAAATCAGTTAT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=104076545;WS=104076527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	104080169	rs10736038	G	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	104084226	rs10881232	A	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=22;PP=618;SC=CTTCCTAGTTACCAAATTTAC;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=104084234;WS=104084216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	104086145	rs10785725	A	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=12;PP=321;SC=ATAATGTTTCATATTTTAGTA;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=104086153;WS=104086135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	104089773	rs7529928	C	G	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=79;SC=TGAAAAAGTTCGTCTATTCTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=104089781;WS=104089763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	104116312	rs12132040	A	G	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;MQRankSum=-0.120;QD=25.28;ReadPosRankSum=-0.882;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr1	104162351	rs140204075	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.57;MQRankSum=0.672;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr1	104256478	rs167447	T	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.81;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	104256520	rs71655824	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	107946262	rs12126267	G	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=594;SC=AACCTGGGAGGTGGAGGTTGC;SOR=2.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=107946270;WS=107946252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	107979396	rs480392	A	C	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=46;PP=1402;SC=GTCTGCCGGGAAATTCCTGGC;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=107979404;WS=107979386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	107998298	rs151001860	G	A	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=25;PP=873;SC=TGTGAAATGAGGTGACAGCAC;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=107998306;WS=107998288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	108139003	rs3748702	C	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=35;PP=944;SC=GATAAGGATACTTTTGTTCTC;SOR=2.608;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=108139011;WS=108138993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	108152332	rs1328208	T	A	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=567;SC=ATTATCAGTCTAGGGCACTGG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=108152340;WS=108152322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	108160260	rs5776894	GA	G	1225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=456;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CTGCCCTAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.844;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=34;WE=108160269;WS=108160250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,81:0.85:95
chr1	108292260	rs6672483	A	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=17;PP=617;SC=TGGTTTAGAAACATGGGTTAT;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=108292268;WS=108292250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	108297908	rs17236011	T	C	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=12;PP=463;SC=GACACCCACATGAACACTGCC;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=108297916;WS=108297898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	108299775	rs34437461	ATG	A	537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=10.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.43;MQRankSum=0.845;QD=23.38;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr1	108307642	rs7514025	C	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=456;SC=TAAAGAGGAACACATTGCTTT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=108307650;WS=108307632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	108307727	rs7528153	T	A	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=22;PP=1134;SC=TCTTCTTTTGTCTTAGAAATG;SOR=1.067;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=60;WE=108307735;WS=108307717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	108313258	rs6583048	C	T	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=541;SC=GATGACTTACCTTTTCTATTG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=108313266;WS=108313248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	108315305	rs4611048	C	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=19;PP=1158;SC=TGTTAATTAGCCTTTCCTAAT;SOR=1.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=65;WE=108315313;WS=108315295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	108507541	rs71796067	GGCC	G	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=11;PP=573;SC=GCAAGGATGCGGCCGCCGCCG;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=13;WE=108507551;WS=108507531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	108724518	rs490680	A	G	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=22;PP=1216;SC=TCTAATGCAGAATATTAAAGT;SOR=1.286;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=65;WE=108724526;WS=108724508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	108724693	rs491785	G	A	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=25;PP=676;SC=CTCAGAACTGGTAAGAACCAC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=108724701;WS=108724683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	108771721	rs79996376	T	C	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-16.148;NF=37;NR=57;PP=1063;ReadPosRankSum=0.877;SC=CACCTCTGACTGGTGGTGGCT;SOR=0.639;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=222;TCF=96;TCR=126;TR=94;WE=108771729;WS=108771711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,133:0.40:332
chr1	109170746	rs2133198	C	T	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=9;PP=904;SC=TGACCATTAACTTTTTGGCAA;SOR=2.024;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=109170754;WS=109170736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	109200108	rs36100901	C	T	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	109241669	rs2297563	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=105;SC=AATGATTCTTGACATGGCCTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=109241677;WS=109241659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	109255513	rs3006864	G	T	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=12;PP=849;SC=AAGAGGACCCGGATTGCTTTG;SOR=1.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=44;WE=109255521;WS=109255503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	109268573	rs4494160	T	C	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=38;PP=1280;SC=AGTGTTTTTGTCTATAACAAG;SOR=1.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=109268581;WS=109268563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	109289353	rs1124427	C	G	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	109289487	rs6604120	C	T	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=1;PP=23;SC=AGCCCCAACCCAGCGGTCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=109289495;WS=109289477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	109299453	rs1277044	C	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=111;SC=GGTTTACTAACAGAAAATTCA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=109299461;WS=109299443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	109301250	rs1277042	G	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=17;PP=590;SC=TGTTCAAAATGCCATTGGTTT;SOR=0.952;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=109301258;WS=109301240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	109321824	rs1759481	G	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=562;SC=TTAGGAAAAGGGTGCTTTGTA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=109321832;WS=109321814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	109325028	rs1277051	T	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=6;PP=287;SC=GTTTTAGTGCTTCTGTCTACT;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=109325036;WS=109325018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	109339414	rs35138668	GT	G	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr1	109358958	rs6696787	T	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=37;PP=1099;SC=TTTAATTACATAAACTAACTG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=109358966;WS=109358948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	109366370	rs7522260	C	T	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=38;PP=1101;SC=TCATAAAATACGGTGTGGAGA;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=109366378;WS=109366360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	109369791	rs11102505	G	A	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.61;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	109369797	rs11102506	T	G	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	109369915	rs7551421	G	T	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=31;PP=1150;SC=TTTTCTCCACGTTTTGCTTCC;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=109369923;WS=109369905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	109372968	rs1277221	T	G	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=203;SC=TTGTAAAATCTCCCATGGTGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=109372976;WS=109372967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	109377070	rs12060255	C	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=8;PP=355;SC=GGACATTACCCCAGAGTTAGA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=109377078;WS=109377060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	109377157	rs112859436	T	TA	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=1.934;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr1	109377283	rs12063387	A	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	109377334	rs12061417	C	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=11;PP=264;SC=TCCCCCAGCCCCAGCTGTCCC;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=109377342;WS=109377324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	109377537	rs12057309	G	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=463;SC=TGGGGCTCCAGGGCTAGGACT;SOR=1.483;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=109377545;WS=109377527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	109391486	rs1149142	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=15;PP=723;SC=TTTCTCATGTGTGAATTTGGT;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=109391494;WS=109391476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	109428249	rs10857987	G	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=185;SC=TTATTTTAAAGTGTTTTTAAC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=109428257;WS=109428239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	109440215	rs41279678	G	A	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=44;PP=1435;SC=TGTTGTCAGCGACACCTAGAT;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=109440223;WS=109440205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	109456850	rs1664419	G	A	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=6;PP=346;SC=AGGTTTTCTCGTTTCATATGG;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=109456858;WS=109456840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	109465165	rs35029887	ACTT	A	13826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=101;PP=2974;SC=TTCAACAACAACTTCTTCCAC;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=131;TCF=29;TCR=102;TR=127;WE=109465175;WS=109465155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	109466562	rs151310940	TTTTTTTG	T	925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.235;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.47;ReadPosRankSum=1.196;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,49:0.92:53
chr1	109466858	rs705268	G	A	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=53;PP=1540;SC=TATTTTTTTCGTTCTGCATAC;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=109466866;WS=109466848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	109474221	rs1769740	C	T	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=16;PP=436;SC=AGAGTCATAACCTGGAATTAA;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=109474229;WS=109474211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	109474250	rs66470959	T	TAA	94.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.55;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	109477653	rs839850	G	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=14;PP=337;SC=ACCCAAATCCGTTGTAGCAAG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=109477661;WS=109477643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	109479978	rs168107	G	T	5588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=59;PP=2137;SC=GGGGAGGTTCGCTCTCAGGAC;SOR=0.731;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=122;WE=109479986;WS=109479968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	109482220	rs338480	C	T	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=11;PP=857;SC=CGTGAGCCACCGCGCCTGGCC;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=109482228;WS=109482210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	109482826	rs338479	C	T	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=42;PP=1334;SC=CATTCCCAAACAAGACATTAC;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=109482834;WS=109482816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	109483975	rs193139	T	C	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=18;PP=1185;SC=TCTATGTTCTTTCATTCTCAG;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=109483983;WS=109483965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	109486016	rs17014489	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=525;SC=ATCCAAGGCAAGATTGCTCTC;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=109486024;WS=109486011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	109486196	rs338466	A	G	6799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=85;PP=2937;SC=TCCACAGCTCAGTAGCCACTA;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=93;TCR=87;TR=176;WE=109486204;WS=109486186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	109486240	rs3215062	TA	T	7544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=93;PP=2966;SC=AGAAGTACCTTAAAACAGAGA;SOR=0.805;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=14;TCR=98;TR=107;WE=109486248;WS=109486230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	109490457	rs839543	T	C	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=15;PP=439;SC=TTTGATCAAGTTTGCATTTAT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=109490465;WS=109490447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	109493134	rs34131552	G	GTTA	708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=438;ReadPosRankSum=0.705;SC=TGGGTTTTGGGTTATTATTAT;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=109493142;WS=109493124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr1	109529322	rs61696019	T	TAA	1363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=25;PP=1274;SC=GAATGAATATTAGTTATCCTA;SOR=2.517;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=109529330;WS=109529312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	109545046	rs184606	C	T	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=26;PP=674;SC=TAGAAAAAAACATATATATTT;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=109545054;WS=109545036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	109608870	rs3217403	CACTT	C	2528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=21;PP=1143;SC=AAAGAACAATCACTTACTTTT;SOR=1.140;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=109608881;WS=109608860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	109633377	rs528661	C	G	4656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=46;PP=2001;ReadPosRankSum=1.948;SC=CTCCTGCGTACTACGGCTTCT;SOR=0.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=111;WE=109633385;WS=109633367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr1	109635398	rs512671	A	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.69;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	109637229	rs551001	C	G	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=109;SC=CATCGGTCCCCAGGATGACAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=109637237;WS=109637219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	109656038	rs6701236	A	G	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.10;QD=32.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	109656142	.	ACTCGGATCAAC	A	2938	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=22;MQ=60.25;NF=12;NR=15;PP=2938;QD=20;SC=CCTCGCTTAAACTCGGATCAA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=109656160;WS=109656132;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	109656420	rs536176	T	C	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=4;PP=89;SC=ATGCTTCCACTGTGTTCTTCA;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=109656428;WS=109656410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	109656946	rs667524	T	C	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=30;PP=1104;SC=CGGAGCTTCATGCCTGCAAAG;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=109656954;WS=109656936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	109656981	rs586530	T	C	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=35;PP=1367;SC=CCCTACCCGATCCCGCTTTGG;SOR=0.706;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=66;WE=109656989;WS=109656971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	109704390	rs643197	C	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=10;PP=949;SC=GCTCCCTGCCCGGGGTCCCAG;SOR=2.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=45;WE=109704398;WS=109704380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	109704618	rs678238	A	G	4481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=73;PP=2163;SC=GCCTGACCCCATCAAGGGCAC;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=114;WE=109704626;WS=109704608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	109727475	rs649531	T	C	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=138;SC=AAAGGGAAGCTTGAGCAGGGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=109727483;WS=109727465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	109734157	rs606066	T	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=24;PP=903;SC=ATCTGCCCCATTGGTGTGTCC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=109734165;WS=109734147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	109734225	rs643785	G	T	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=7;PP=467;SC=AGACTGACCAGCAGGGACTTC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=109734233;WS=109734222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	109734541	rs645128	C	T	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=41;PP=1161;SC=CCCAGGAGGACTCCTAGCATT;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=109734549;WS=109734531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	109735298	rs658779	T	C	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=1775;ReadPosRankSum=1.909;SC=TTATGAATGGTGTGGCCTCCT;SOR=0.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=113;WE=109735306;WS=109735288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr1	109735416	rs659543	A	C	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.77;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr1	109735504	rs659659	T	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=21;PP=586;SC=AAGGTACCTGTAGTCTGGCAT;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=109735512;WS=109735494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	109737063	rs2359246	C	T	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	109737090	rs2359245	G	A	2834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=32;PP=1253;SC=GCAACACTCCGACCAGGACTT;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=70;WE=109737098;WS=109737080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	109737132	rs2359244	T	C	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=36;PP=1480;SC=TGGCAAACACTGTCACTCTTG;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=109737140;WS=109737122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	109737172	rs2359243	C	T	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=45;PP=1541;SC=TTCCAAAGGGCTGAAATACTT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=109737180;WS=109737162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	109737314	rs2359242	T	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.85;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	109737320	rs2359241	G	A	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.58;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	109740310	rs10573144	AGT	A	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=289;ReadPosRankSum=-1.287;SC=CTTGTTTGAGAGTGTGTGTGT;SOR=0.708;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=11;WE=109740321;WS=109740300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr1	109742452	rs913178	C	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=250;SC=AGTGAGAGCTCAGGTCTCTTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=109742460;WS=109742442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	109742485	rs913179	G	A	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=2;PP=299;SC=GAACGTGCTCGGATGGGACCT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=109742493;WS=109742475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	109743622	rs3736956	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=279;SC=GGATGGGCACCCTGCTCCCCA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=109743630;WS=109743612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	109745618	rs1052878	T	C	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=51;PP=1645;SC=TCAGGAGGCCTAGACATGGAC;SOR=1.149;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=109745626;WS=109745608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	109771063	rs683182	T	C	4166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=57;PP=1904;SC=CTGTAAGTTATAGTTCTTTTC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=108;WE=109771071;WS=109771053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	109771881	rs657511	G	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=4;PP=305;SC=GTGTGTGAAGGAAATCTCAGT;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=109771889;WS=109771871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	109773704	rs200052301	TA	T	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=7.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	109778577	rs658092	T	C	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=26;PP=1176;SC=CTGTCACCGTTTCCTTGGGTC;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=109778585;WS=109778567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	109779073	rs140717526	G	A	5832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=70;PP=2518;SC=CCGGGCTCAGGAGCCTTCCGT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=72;TCR=70;TR=142;WE=109779081;WS=109779063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	109779556	rs631927	T	A	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=43;PP=1433;SC=CCAAGTCAGGTGCTTGAAAGG;SOR=0.936;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=75;WE=109779564;WS=109779546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	109779621	rs11439617	T	TC	1287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=1028;SC=AGGGCCCAACTCTCAGAATAC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=23;WE=109779629;WS=109779611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	109792735	rs144034706	A	ACGC	4773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=29;PP=1379;SC=CCCCCTCCCAACGCCGCCGCC;SOR=1.049;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=47;WE=109792756;WS=109792725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	109793034	rs142746289	C	T	9801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=111;PP=2965;SC=AAGGCTGCCCCTGGAGCTGTC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=99;TCR=111;TR=209;WE=109793042;WS=109793024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr1	109794252	rs454107	T	C	13619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.475;SC=TCCTGGAGAGTGTCCCCTTAG;SOR=0.587;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=134;TCR=170;TR=301;WE=109794260;WS=109794242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,539:0.99:542
chr1	109795026	rs413380	T	C	6188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=84;PP=2501;SC=AGCTGGACTATGAAGACCAAG;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=154;WE=109795034;WS=109795016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	109795608	rs437444	T	C	4913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=55;PP=2591;SC=CTGAGGTCTTTCAGCTGGACA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=65;TCR=56;TR=119;WE=109795616;WS=109795598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	109804883	rs66795935	C	G	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=31;PP=1280;SC=TCAGTGTCCCCCTTCTCTGCT;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=109804891;WS=109804873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	109807283	rs6657811	A	T	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.372;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=42;PP=1553;ReadPosRankSum=-1.087;SC=CGGGCAGGTTATCAGGTGCCT;SOR=0.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=75;WE=109807291;WS=109807273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr1	109813236	rs111491315	TTCCCAGTCTTGGGG	T	8624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=70;PP=2974;SC=CTCCCACCCATTCCCAGTCTT;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=19;TCR=72;TR=88;WE=109813257;WS=109813226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	109816176	rs441853	A	C	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=59;PP=1764;SC=GCAGCCGGGGAGGCCCCCCTC;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=104;WE=109816184;WS=109816166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	109825360	rs643457	C	T	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=131;SC=AGATCTGAGCCGGAGAGAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=109825368;WS=109825350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	109836842	rs646335	C	G	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=57;PP=1937;SC=GTCAGAGTACCATGCCTTCTT;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=104;WE=109836850;WS=109836832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	109838833	rs616899	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=182;SC=CTCAGCACAGTGCCCCCCAGA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=109838841;WS=109838823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	109838918	rs629001	C	T	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	109839392	rs604349	A	G	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=21;PP=1135;SC=CATGATCCCCATGCCTCCCTT;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=109839400;WS=109839382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	109839433	rs1278285	A	G	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=43;PP=1983;SC=CGAGGTCCGTAGTGATGGGGG;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=106;WE=109839441;WS=109839423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	109839954	rs603624	G	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=13;PP=491;SC=GAGCCTTGCCGCAGCTTCCCC;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=109839962;WS=109839944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	109856842	.	TGG	T	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.917;QD=2.30;ReadPosRankSum=-2.771;SOR=0.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr1	109883576	rs3217347	C	CAT	2516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=31;PP=1635;SC=TAACCACACACGATTACCTGC;SOR=1.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=32;WE=109883584;WS=109883566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	109884775	rs2228604	T	G	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=17;PP=496;SC=TCCTTCTTGTTGTATCCTAGA;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=109884783;WS=109884765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	109897103	rs11142	A	G	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=27;PP=1478;SC=CTGATGATCTAAAGATTCTTC;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=109897111;WS=109897093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	109958035	rs1465607	T	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=16;PP=441;SC=ATAACTGTCTTACATACTCAC;SOR=1.371;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=23;WE=109958043;WS=109958025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	110009434	rs2787015	A	C	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=30;PP=1962;SC=GAGCCAAGCCACCACGCCGCG;SOR=1.487;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=94;WE=110009442;WS=110009424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	110009654	rs138525393	AC	A	6058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=82;PP=2699;SC=CACCGCCCTGACCCCCCGGCC;SOR=1.149;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=93;TCF=5;TCR=88;TR=86;WE=110009662;WS=110009644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	110018148	rs530565	C	T	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=11;PP=819;SC=GGTTAGTTCTCGACTTTGGCC;SOR=1.524;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=43;WE=110018156;WS=110018138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	110148974	rs1799875	C	T	5096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=44;PP=1963;SC=CAATGATGCCCGTGGTTTTGA;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=104;WE=110148982;WS=110148964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	110163076	rs6669802	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=6;PP=145;SC=GGAAAAATCCAAAGAGGCTAG;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=110163084;WS=110163066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	110164068	.	C	G	193	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=16;MQ=55.63;NF=0;NR=12;PP=193;QD=18.9809343789;SC=TGGTGGGGGGCGGGGGGTGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=12;WE=110164076;WS=110164058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	110168888	rs493972	C	G	5853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=69;PP=2727;SC=TGCGGAGCTGCAGCCTGCCCT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=69;TCR=69;TR=138;WE=110168896;WS=110168878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	110169957	rs524998	A	G	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=32;PP=1813;SC=GGTGTGGTGCATGTTGGGGGG;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=96;WE=110169965;WS=110169947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	110170896	rs863978	T	C	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=27;PP=1140;SC=TGGATGTGCATGCGGTCTGTG;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=110170904;WS=110170886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	110171705	rs523786	A	C	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.66;ReadPosRankSum=1.753;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr1	110172346	rs5776989	T	TG	828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=919;SC=GCGTGCTGGGTGGGGGTCAGG;SOR=6.666;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=25;WE=110172354;WS=110172336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	110172362	rs2269341	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=3;PP=1011;SC=TCAGGGGCTCCGGTGAGCCCA;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=39;WE=110172370;WS=110172352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	110199172	rs60189163	CTG	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=1.960;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	110201580	rs650985	C	T	6362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=76;PP=2722;SC=ATACATCCTACGTTACAGAGA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=147;WE=110201588;WS=110201570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	110201699	rs506008	T	C	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;SC=TGGACGCCTTTCCAAATCTGA;SOR=0.841;Source=Platypus;TCF=45;WE=110201707;WS=110201689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	110201809	rs562996	G	T	9844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;QD=44.75;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	110201812	rs563003	A	G	10054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=44.29;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	110210780	rs530021	C	G	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	110230767	rs10857795	G	A	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=33;PP=1582;SC=CATCTCTGACGCGACCTGCGG;SOR=1.149;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=85;WE=110230775;WS=110230757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	110231592	rs737497	T	C	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=43;NR=2;PP=1197;SC=CGGTCTCCTCTCTGCTCTTGC;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=45;WE=110231600;WS=110231591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	110231777	rs4147565	G	A	8665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=110;PP=2965;SC=TGCAATGTGTGGGGGGAAGGT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=98;TCR=110;TR=207;WE=110231785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	110233138	rs74837985	G	C	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=38;PP=1525;SC=TTGAGCCCAAGTGCTTGGACG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=110233146;WS=110233128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	110252010	rs1292098	T	C	7369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=59;PP=2716;SC=CTCTGTTCTGTTTTTTGCCCC;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=142;WE=110252018;WS=110252000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr1	110300441	rs3818562	G	A	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=28;PP=1371;SC=TTGAAGCTGTGCTTGATCTTC;SOR=1.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=79;WE=110300449;WS=110300431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	110300504	rs10776700	A	G	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=56;PP=2317;SC=AGGGGCCAAGACGGTGGGCCA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=119;WE=110300512;WS=110300494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	110301766	rs35360175	AGT	A	414.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.34;ReadPosRankSum=1.832;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr1	110466338	rs333970	C	A	18098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=203;NR=205;PP=2965;SC=TAACTGGTACCGCCTTGCCCA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=409;TCF=204;TCR=205;TR=408;WE=110466346;WS=110466328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,678:1.00:678
chr1	110466709	rs333971	T	C	6665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=79;PP=2792;SC=GAGGGATCCTTCAGCCCGCAG;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=142;WE=110466717;WS=110466699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	110467745	rs333972	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=12;PP=868;SC=GATGTCTAATACCAGCCCTGT;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=110467753;WS=110467735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	110558276	rs11384766	A	AC	2079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=1322;SC=ATTAGATAAAATTTTGAGTTT;SOR=1.262;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=110558284;WS=110558266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	110580693	.	AATATATATATAT	A	1910	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=1910;QD=478.25;SC=AGTTCTATCAAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=110580712;WS=110580683;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	110603286	rs144523285	A	AGGTGCTTCCTCCGTGGTGTCCAGGCAGG	2601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=2965;SC=TTGGAGGCAGAGGTGGGCTGG;SOR=3.545;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=12;WE=110603294;WS=110603276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	110612925	rs2274568	G	A	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=4;PP=67;SC=AGAGAGGGTCGGGCTGCGCGC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=110612933;WS=110612915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	110735037	rs2603583	T	G	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=823;SC=ACCCATGAGGTTCCCACCTGG;SOR=4.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=110735045;WS=110735032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	110738296	rs2784140	G	A	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=62;PP=2231;SC=ATGACTACTCGGCCACCCTGC;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=122;WE=110738304;WS=110738286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr1	110740273	rs2603581	G	T	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	110740688	rs2761445	C	T	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=29;PP=2031;SC=TTAAGGCAGCCCACCCGCAGG;SOR=1.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=93;WE=110740696;WS=110740678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	110741081	rs2761446	C	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=36;PP=1004;SC=TGCCCAAGCCCTGCCCGCCTC;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=53;WE=110741089;WS=110741071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	110765535	rs611587	C	G	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=4;PP=968;SC=CCAGCTGGGCCCATCCATCCC;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=45;WE=110765543;WS=110765525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	110882444	rs814771	A	G	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=21;PP=1097;SC=GCGGGGGCGAATCGCGCAGCA;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=110882452;WS=110882434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	110924235	rs12120542	T	C	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	110949720	rs6671673	C	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	110950439	rs6674775	C	T	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=91;PP=2779;SC=CTGACGAAGGCTTGGGCTCCC;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=60;TCR=91;TR=150;WE=110950447;WS=110950429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	111059812	rs3841846	C	CGA	1513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=0.691;QD=24.82;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,50:0.82:61
chr1	111060669	rs1281175	T	C	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=55;PP=2079;SC=TGACCACCTTTAGCTCCCTAT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=107;WE=111060677;WS=111060659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	111061062	rs1281174	T	C	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=51;PP=2142;SC=GCATCCTTTTTTCCCGGTCTC;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=109;WE=111061070;WS=111061052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	111434170	rs137933588	CTGGTG	C	2831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.15;NF=1;NR=37;PP=1983;SC=ACTGAAGAGGCTGGTGTGGGG;SOR=2.231;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=38;WE=111434182;WS=111434160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	111436857	rs1578956	TC	GT	6131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=30;PP=2904;SC=CACCCTGTACTCGTGCAAATG;SOR=1.038;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=81;WE=111436866;WS=111436847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	111437176	rs5777031	G	GA	261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=379;SC=TAATTGGGGGGAAAATTTGTA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=111437184;WS=111437166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	111441829	rs1803259	C	T	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=51;PP=1690;SC=CTGCAGTAGTCCTGTGGTGAA;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=111441837;WS=111441819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	111494194	rs2232041	C	T	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=79;PP=2965;SC=CTTAGATTGGCCATGGAAGCA;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=73;TCR=79;TR=151;WE=111494202;WS=111494184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	111726213	rs694180	A	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=27;PP=851;SC=TGCCCTGGTAAGTATTGTACT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=111726221;WS=111726203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	111726869	rs3795823	G	A	4446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=51;PP=1654;SC=ATCAGATTGCGTCTCACCTGC;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=94;WE=111726877;WS=111726859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	111732003	rs35906145	T	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=397;SC=ATATCTTCAGTTCTCATTTCC;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=111732011;WS=111731993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	111737183	rs660173	C	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=8;PP=390;SC=GGTGAGCCGTCCAGGGGCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=111737191;WS=111737173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	111737398	rs9970286	G	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=236;SC=GCAAGATCATGCAGACCCCGA;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=111737406;WS=111737388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	111739771	rs3833538	G	GCAGGACAAA	6769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=35;PP=2900;SC=TGGAATATGGGCAGGCCCTGA;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=51;WE=111739779;WS=111739761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	111742838	rs639306	G	C	207.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=160;ReadPosRankSum=1.593;SC=ACTAGCCCCAGAGAGGGCATG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=111742846;WS=111742828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr1	111770423	rs755467	T	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=25;PP=832;SC=CAGCAGGAAATTTGGTGAGGA;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=111770431;WS=111770413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	111773568	rs2255089	G	C	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	111773600	rs2274232	A	G	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=51;PP=1543;SC=TCCTGCATGGATTTTAGAGGA;SOR=1.882;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=68;WE=111773608;WS=111773590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	111773830	rs2147789	A	T	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=27;PP=865;SC=CAGCCAGAAAATAAATAATCA;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=111773838;WS=111773820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	111778187	rs2251715	A	G	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=3;PP=140;SC=GAAACCTCATAGATTCCAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=111778195;WS=111778177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	111778241	rs2764544	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=3;PP=496;SC=TATTGCACCTCGTTTCTTTGT;SOR=3.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=111778249;WS=111778231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	111778824	rs2251608	T	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=19;PP=403;SC=GGGGTGGGGCTGGGGAGAGTC;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=111778832;WS=111778814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	111783942	rs56403938	C	T	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	111783996	rs2494007	A	G	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=38;PP=1282;SC=TCCAGGATCAACAGGTTCCCT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=71;WE=111784004;WS=111783986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	111784148	rs2764551	T	G	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=11;PP=325;SC=TGTTCAAAGATAGAAGCTTCT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=111784156;WS=111784138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	111785930	rs1056825	T	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=438;SC=CTTGCCAGGCTGGCCTTTGGA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=111785938;WS=111785920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	111833441	rs11102235	G	A	5592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.193;NF=69;NR=59;PP=2244;ReadPosRankSum=-0.061;SC=CAAACAACTCGTTACAAAAAC;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=128;WE=111833449;WS=111833431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,221:0.99:223
chr1	111833488	rs34698010	C	CCT	10204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.151;NF=12;NR=66;PP=2969;ReadPosRankSum=0.757;SC=CTTCATGAAACCTCCTCGTCT;SOR=0.287;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=78;WE=111833496;WS=111833478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,237:1.00:238
chr1	111833517	rs12026825	G	A	4919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=62;PP=1874;SC=ACAGGTGGCCGACTCTGGAGC;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=108;WE=111833525;WS=111833507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	111854207	rs4839122	T	C	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=18;PP=1408;SC=CTCACTGAGGTTGTAACAATT;SOR=1.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=111854215;WS=111854197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	111854223	rs6537695	C	T	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=25;PP=1356;SC=CAATTTATGGCAAATTGGAAG;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=76;WE=111854231;WS=111854213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	111854755	rs4423003	A	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=1;PP=630;SC=CAAAACTCACAGCACACTTCA;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=111854763;WS=111854750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	111890244	.	CT	C	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr1	111970431	rs71652911	TAC	T	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.897;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr1	112020222	rs3831358	GC	G	1151.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=11;PP=1287;SC=CTTCCGCCCTGCCCCCCACCC;SOR=0.765;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=26;WE=112020246;WS=112020212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	112020224	rs115634476	C	A	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=11;PP=734;SC=TCCGCCCTGCCCCCCACCCAC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=33;WE=112020246;WS=112020212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	112020238	rs2211494	A	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=17;PP=1300;SC=CACCCACCTGACAACACCTCC;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=56;WE=112020246;WS=112020212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	112026198	rs9025	T	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=332;SC=GGATAGAGGGTCCTTCAGAAT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=112026206;WS=112026193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	112029193	rs2252739	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=13;PP=517;SC=TTCATCCGCCAAGACTATGAC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=112029201;WS=112029183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	112029325	rs2800906	A	G	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=18;PP=553;SC=GCCAGGTCCTACCTCTGCCTC;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=112029333;WS=112029315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	112031278	rs41282516	G	T	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=13;PP=529;SC=CATCCAGCCAGACCCCAGGCA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=112031286;WS=112031268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	112032126	rs58712964	T	C	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;QD=45.29;SOR=1.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	112032131	rs61002431	T	G	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=15;PP=866;SC=TGTTTTAGCCTCCCAGACTGT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=112032139;WS=112032128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	112032205	rs7544118	C	T	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=1630;ReadPosRankSum=1.159;SC=TGGAGAAGTCCTTTTCCCTGG;SOR=0.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=74;WE=112032213;WS=112032193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,127:0.98:130
chr1	112042632	rs2229155	A	G	7286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=80;PP=2965;SC=AGACCACACAAGCTTTGAGGA;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=97;TCR=80;TR=177;WE=112042640;WS=112042622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	112042787	rs35511654	T	G	6973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=88;PP=2965;SC=CAGTTGATGATAGATAAAGGC;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=99;TCR=90;TR=186;WE=112042795;WS=112042777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr1	112106342	rs1591711	C	T	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=15;PP=1032;SC=CTATTTTACACGCTAGGACAA;SOR=1.488;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=54;WE=112106350;WS=112106332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	112106444	rs1591712	G	A	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=60;PP=2206;SC=CCTCCCAGCAGCTATATTTTC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=125;WE=112106452;WS=112106434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	112240038	.	CT	C	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr1	112269872	rs197434	G	A	12791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=176;NR=112;PP=2965;SC=CTGTCAGGGCGAACCTGCGGC;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=176;TCR=112;TR=288;WE=112269880;WS=112269862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr1	112305406	.	TA	T	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,40:0.41:97
chr1	112991862	rs3818729	G	T	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=30;PP=859;SC=ATACTTTCTTGTCAGCTGCCA;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=112991870;WS=112991852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	112999227	rs1175641	G	A	4789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=51;PP=2798;SC=TAGAAAACCAGGTGCCTCCAC;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=79;TCR=51;TR=130;WE=112999235;WS=112999217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	113052155	rs3790605	C	G	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	113052186	rs3790606	G	C	121.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	113063125	rs910697	A	G	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=31;PP=1121;SC=GGCTGGACCAAACCTGAACAC;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=113063133;WS=113063115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	113068577	rs35147679	C	T	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=18;PP=1063;SC=TGTCACTTTACAGATGCTGTT;SOR=1.214;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=56;WE=113068585;WS=113068567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	113083439	rs10745330	C	T	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	113113192	.	TAC	T	155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.25;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	113113194	.	C	T	226	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=25;MQ=60.37;NF=4;NR=8;PP=226;QD=21.7309343789;SC=TATATATATACACACACACAT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=113113202;WS=113113184;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	113140583	rs12049572	T	C	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=21;PP=1132;SC=TGAACAGATATGATACATACC;SOR=1.240;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=66;WE=113140591;WS=113140573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	113196196	rs66520135	TA	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-1.633;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr1	113196197	rs2932528	A	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=6.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=0.249;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr1	113202571	rs12120956	G	A	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=167;SC=GAGCTATTCTGAGTTGATAAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=113202579;WS=113202561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	113236681	rs3748656	C	T	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=35;PP=1579;SC=TGCTACGGGGCGACCACCTGT;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=92;WE=113236689;WS=113236671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	113237171	rs883593	A	G	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=32;PP=1454;SC=TGGAGCTGACAGGGCGCTGGC;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=75;WE=113237179;WS=113237161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	113238665	rs71584764	T	TA	385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=291;SC=CCGTCTCAATTAAAAAAAATA;SOR=2.303;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=13;WE=113238673;WS=113238655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	113239382	rs17030651	G	A	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=63;PP=1888;SC=CACTGCTGGAGCGGCTGCTCA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=54;TCR=63;TR=116;WE=113239390;WS=113239372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	113240790	rs12133583	G	T	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=969;SC=CCCACTGAAGGTGCAGCCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=113240798;WS=113240780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	113241052	rs2306940	T	C	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=58;PP=1867;SC=AGGGCAAAGCTCGCCTGAGCC;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=94;WE=113241060;WS=113241042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	113243048	rs6679	C	T	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=54;PP=2444;SC=GGCCCCACAGCCATGACTACC;SOR=0.995;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=124;WE=113243056;WS=113243038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	113244433	rs2279500	T	C	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=43;PP=1260;SC=AATGCCTCCTTCTCCAGCCCT;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=113244441;WS=113244423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	113246506	rs2306937	C	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=220;SC=CCCAAACCTCCCTGGAAACCG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=113246514;WS=113246496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	113254081	rs193289227	T	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=29;PP=818;SC=ACAGATGACGTTGACTACAGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=113254089;WS=113254071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	113254125	rs12040903	G	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=19;PP=493;SC=TGTGCCACACGTTATTCTAAT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=113254133;WS=113254115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	113254484	rs4839258	A	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=141;SC=TTCCCAGTAAAGTGCTTTCTG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=10;WE=113254492;WS=113254474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	113255389	rs10857971	C	T	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=160;SC=GCATTCTCAACGGCCCCCACT;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=113255397;WS=113255379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	113255686	rs147819439	T	TTG	145.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.282;QD=16.19;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	113456546	rs1049434	A	T	3852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	113471629	rs10627911	C	CT	358.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.264;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr1	113616382	rs56062000	G	GA	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=244;SC=CCTAAGCTCTGAAGGAAACTG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=113616390;WS=113616372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	113636924	rs1216802	T	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=519;SC=TTTATTTTACTAAATTTTTTC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=113636932;WS=113636914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	113657018	rs200615395	AT	A	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=2.300;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.458;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr1	113657092	rs1216793	A	C	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.190;NF=51;NR=28;PP=1784;ReadPosRankSum=-1.243;SC=AGACAGTAACACGAGGTGAAA;SOR=0.406;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=79;WE=113657100;WS=113657082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr1	113657538	rs17442872	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=357;SC=TTGTACTTCAGTCAAGAATGT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=113657546;WS=113657528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	113658887	rs1216791	G	A	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=14;PP=869;SC=ACCTTTGAGAGTTAAAAATGT;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=113658895;WS=113658877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	113659065	rs10541977	ACT	A	6905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=50;PP=2852;SC=GACGGTAATGACTCTGTTGTT;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=59;WE=113659074;WS=113659055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	113666351	rs1728222	G	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.388;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	114092306	rs10858004	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=484;SC=TTTCTTAACTAATTAAACATC;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=25;WE=114092314;WS=114092296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	114137013	rs3834733	C	CAT	1126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=2;PP=1059;SC=GTTCAAACATCATGTCTTTTA;SOR=3.528;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=21;WE=114137021;WS=114137003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	114161116	rs1217200	C	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.80;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	114191994	rs1743594	G	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	114224782	rs11438160	A	AT,ATT	1818.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=1.550;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:25,33,72:0.25,0.55:130
chr1	114234690	rs12138638	C	T	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=290;SC=GAAACCTGTGCAGATGTTGTG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=114234698;WS=114234680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	114240319	rs3835263	T	TA	3886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=2110;SC=TCCAGGCATTTACTCAGCTTA;SOR=0.750;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=45;WE=114240327;WS=114240309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr1	114249382	rs6698586	C	T	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=48;PP=1337;SC=TATCCATGCCCTCTTGCCTCC;SOR=1.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=63;WE=114249390;WS=114249372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	114267347	rs1230640	C	T	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=23;PP=1267;SC=GTAAACACTACGTGAATACAA;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=67;WE=114267355;WS=114267337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	114280717	rs2273758	A	C	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=20;PP=1353;SC=TGCTTATTCCAATTTCTCCAA;SOR=1.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=68;WE=114280725;WS=114280707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	114339956	rs34169583	C	CTAAA	874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=581;SC=ATCGTATTTACTAATTTTTAA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=114339964;WS=114339946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	114357750	rs1217413	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	114372332	rs57877024	TA	T	326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5567;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=113;SC=CTGCATACCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=114372341;WS=114372322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	114377093	rs1599971	A	G	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=27;PP=746;SC=TCGGTTCTTAAGAATAGTATT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=114377101;WS=114377083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	114377148	rs1970559	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=16;PP=335;SC=CATAAAACATTGAAAGGACCT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=114377156;WS=114377138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	114377568	rs2476601	A	G	5115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=50;PP=1539;SC=TCAGGTGTCCATACAGGAAGT;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=94;WE=114377576;WS=114377558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	114400195	rs11386228	G	GA	132.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=-0.105;SC=ATTCTTAGGAGAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=114400203;WS=114400185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	114401231	rs1217418	A	G	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=75;SC=GGTGACTACAAATAATACCCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=114401239;WS=114401221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	114401904	rs1217419	T	G	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=142;SC=CAGTAAGCAATGGGTACAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=114401912;WS=114401894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	114423653	rs1217382	C	T	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=17;PP=895;SC=GAAAAAAGTGCTTTTTTATTT;SOR=1.532;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=114423661;WS=114423643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	114424601	rs1217381	C	T	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=29;PP=774;SC=TCCACAGTGTCCTGGAGTATA;SOR=1.263;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=42;WE=114424609;WS=114424591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	114429340	rs1746860	T	C	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	114438951	rs1217401	A	G	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=36;PP=1654;SC=AAGGCGCAGCAAAGCAGTGAG;SOR=0.925;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=84;WE=114438959;WS=114438941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	114472218	rs1217441	A	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=692;SC=GGGTTGAGGGACGGCCGCTCG;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=114472226;WS=114472208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	114512939	rs3811018	A	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=570;SC=TCTTAAAGAGACCTTAATTCA;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=114512947;WS=114512929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	114515717	rs2358996	G	A	12288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=143;NR=122;PP=2965;SC=GGCAGCAGGCGTTTGTGGCCC;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=268;TCF=146;TCR=122;TR=265;WE=114515725;WS=114515707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr1	114523465	rs3789614	A	G	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=9;PP=704;SC=GGAGGCAACCACTGGGCAAAT;SOR=1.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=114523473;WS=114523455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	114634485	rs1053135	T	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=174;SC=GTGTCTCAGCTTTGACCTACA;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=114634493;WS=114634475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	114641685	rs2774285	A	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=8;PP=404;SC=AGTGAGGGGTAGAATTACGTC;SOR=1.121;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=24;WE=114641693;WS=114641675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	114680310	rs41274114	G	A	4569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=2314;ReadPosRankSum=1.932;SC=CTCATCAAAGGTGGGGTTCAG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=108;WE=114680318;WS=114680300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr1	114940632	rs5777192	CA	C	810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=28;PP=349;ReadPosRankSum=1.807;SC=ATACCAGAGTCAAAAAAAAAA;SOR=0.605;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=29;WE=114940640;WS=114940622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,46:0.92:50
chr1	114948281	rs6537825	A	G	6099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=79;PP=2682;SC=TGCAGGTTCAATTTTCACATG;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=142;WE=114948289;WS=114948271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr1	114976224	rs12132214	A	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=7;PP=345;SC=TATGGTTTTAAGGCAACAAAC;SOR=1.148;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=114976232;WS=114976214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	115128087	rs222493	A	G	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=106;SC=ATCCTCCTCTAACAGCCTGAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=115128095;WS=115128077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	115144703	rs28398	A	G	7111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	115165472	rs222502	T	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=246;SC=AAACAAAAATTAAAAAAACTA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=115165480;WS=115165462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	115166350	rs148413143	ATTGT	A	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=326;SC=TATTTGTTTGATTGTTTGTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=115166361;WS=115166340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	115168097	rs12136548	T	C	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=49;PP=1616;SC=TTCTGAAGAGTCACAATGTTC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=115168105;WS=115168087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	115222434	rs761755	G	A	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=6;PP=133;SC=GGAAATAATTGTTGGAACAAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=115222442;WS=115222424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	115238016	rs68036474	CA	C	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr1	115256669	rs969273	G	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=419;SC=CACAGGGAATGCAATGCTATT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=115256677;WS=115256659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	115280193	.	C	CA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=-1.688;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,17:0.17:98
chr1	115398044	rs60659641	GC	G	674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=423;SC=TTCCCCTCCCGCCCCCCCGGG;SOR=2.030;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=16;WE=115398052;WS=115398034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	115401136	rs360615	G	A	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=0;PP=86;SC=TAGAATTTTGGACAATTAATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=115401144;WS=115401126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	115452848	rs12117860	G	A	118.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	115487468	rs35233102	C	CT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-1.254;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	115576023	rs10776792	A	G	6088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	115576175	rs12732821	G	A	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=49;PP=1394;SC=TCTTTTGGCTGTAAATTATAT;SOR=1.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=65;WE=115576183;WS=115576165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	115601615	rs7523818	A	G	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=36;PP=1095;SC=GAAGAAATACAAGGAAAAATG;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=115601623;WS=115601605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	115604681	rs11102881	A	G	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=40;PP=1840;SC=GCCAGGGGCCAGAGGCACTGA;SOR=1.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=105;WE=115604689;WS=115604671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	115604798	rs10776795	C	T	8053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=100;PP=2965;SC=CTCCGCAGCACCCGAAGAACC;SOR=0.939;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=80;TCR=100;TR=175;WE=115604806;WS=115604788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr1	115631924	rs4240540	C	T	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=40;PP=1555;SC=TCGGGGACCCCGGCCCCGCGC;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=91;WE=115631932;WS=115631914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	115829313	rs6330	G	A	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=49;PP=1686;SC=AGTCCAGTGGGCTTGGGGGAT;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=92;WE=115829321;WS=115829303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	116224925	rs10923176	G	A	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=15;PP=1374;SC=AGGATTTTTCGTTTAGGACCT;SOR=2.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=67;WE=116224933;WS=116224915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	116224940	rs10754330	C	A	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=24;PP=1623;SC=GGACCTGCTTCTTCAGTGAAA;SOR=1.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=85;WE=116224948;WS=116224930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	116225180	rs10923177	A	C	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=56;PP=1604;SC=ACTATTTAAGATTCATGGTAC;SOR=2.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=69;WE=116225188;WS=116225170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	116228220	rs12145661	C	T	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=51;PP=1295;SC=TGAATTATAGCGTGTTACTAG;SOR=2.332;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=64;WE=116228228;WS=116228210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	116245809	rs6667224	C	T	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=321;SC=AAAGATGACACAGCATAAATT;SOR=1.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=116245817;WS=116245799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	116247790	rs3811003	G	A	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=380;SC=ACTGAGGGTGGGGCGCTGGCT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=116247798;WS=116247780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	116260532	rs2997741	A	T	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=41;PP=1267;SC=GAGAAAAGTAACAAAAGTTAC;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=116260540;WS=116260522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	116260604	rs2997742	G	A	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=17;PP=513;SC=GCTGGAATGGGAATAGGAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=116260612;WS=116260594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	116268178	.	GAA	G	237.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;MQRankSum=0.744;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.088;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,13:0.72:18
chr1	116283343	rs9428083	A	G	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	116283526	rs7538337	G	A	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=34;PP=909;SC=AGGTCTGGCTGAGGGTTTCTG;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=116283534;WS=116283516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	116287682	rs9428211	T	C	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=26;PP=734;SC=AAAGGAAATGTATTCTTGTCC;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=116287690;WS=116287672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	116310818	rs4484922	G	C	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=170;SC=ATAAAGCAGAGTTCAGTATAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=116310826;WS=116310808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	116310967	rs4074536	T	C	5906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=55;PP=2326;SC=TGTTTTTGCGTGACCTTATCT;SOR=0.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=138;WE=116310979;WS=116310957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	116311198	rs4074537	T	C	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=770;SC=CCAAATATGCTGTGTGCAGAA;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=116311206;WS=116311188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	116534852	rs4046190	C	T	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=41;PP=1290;SC=GCTTCACCTCCATCGCCTCGG;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=74;WE=116534860;WS=116534842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	116569530	rs2488429	G	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	116577981	rs1935828	G	A	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=37;PP=1021;SC=GAAGTGCACCGTAGAGAATGC;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=116577989;WS=116577971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	116607254	rs1281748	G	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=474;SC=GTGAACCTTGGCCCTTTTAGA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=116607262;WS=116607244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	116609126	rs3833541	TC	T	5608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=45;PP=2306;SC=TTCATTCCACTCCCCGCCTCT;SOR=0.705;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=60;WE=116609134;WS=116609116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	116655183	.	G	GA	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.875;QD=4.67;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr1	117121865	rs12066192	G	A	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=7;PP=764;SC=GAACTAATATGTCCAATCCCA;SOR=2.461;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=117121873;WS=117121855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	117122285	.	G	GTCC	1919.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=20.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.382;NF=19;NR=66;PP=2530;ReadPosRankSum=2.631;SC=CGTCGTCGTCGTCGTCCTCCT;SOR=3.834;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=103;TCF=28;TCR=75;TR=85;WE=117122309;WS=117122275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,86:0.89:97
chr1	117122288	rs647711	G	C	6065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.481;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.395;NF=47;NR=73;PP=2751;ReadPosRankSum=2.318;SC=CGTCGTCGTCGTCCTCCTCCT;SOR=3.363;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=49;TCR=74;TR=120;WE=117122309;WS=117122275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,148:0.97:152
chr1	117142531	rs631461	G	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=7.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=7.253;NF=29;NR=9;PP=668;ReadPosRankSum=2.605;SC=CAGGCAGCATGGGCACATAGC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=38;WE=117142539;WS=117142521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr1	117142613	rs76151115	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=1.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.65;MQRankSum=-11.190;QD=0.21;ReadPosRankSum=1.681;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,25:0.14:184
chr1	117236970	rs614477	G	C	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=53;PP=1542;SC=GGACAGTGCTGCTGCCATGTG;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=75;WE=117236978;WS=117236960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	117487710	rs10159095	AT	GA	5402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=53;PP=2947;SC=TGATCCAGCCATCAGGTGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=83;WE=117487719;WS=117487700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	117554104	rs17229354	C	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=6;PP=285;SC=TAGCTCAGGGCGCCATCTAAG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=117554112;WS=117554094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	117554421	rs3754112	A	G	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=24;PP=1279;SC=GTACAGCTCAACAAACTGGGA;SOR=1.037;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=61;WE=117554429;WS=117554411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	117555898	rs2764849	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=1;PP=377;SC=TTTACCTACCGCTATAGAATT;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=117555906;WS=117555894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	117559726	rs2249265	A	G	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=29;PP=975;SC=AAGTGTGGTCATGTCTACCAA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=117559734;WS=117559716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	117602960	rs2244501	C	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=17;PP=1049;SC=ACTTGGGGGACCCAGCGAAAT;SOR=1.539;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=117602968;WS=117602950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	117605130	.	C	CT	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr1	117618722	rs1289672	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=311;SC=AGAGTTTGGGTGTTTCAGGCT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=117618730;WS=117618712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	117619168	.	T	C	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=8;PP=1142;SC=ATCGGAATGGTGATGATCCCT;SOR=2.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=46;WE=117619176;WS=117619158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	117626528	rs41312698	G	A	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=8;PP=779;SC=GAGCCTAGGAGTTTGAGACAG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=117626536;WS=117626518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	117628869	.	A	ATG	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.730;QD=19.67;ReadPosRankSum=-1.135;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	117631391	rs1555792	T	C	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=37;PP=1731;SC=TTTTCCCATATTGTGGCTGGA;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=93;WE=117631399;WS=117631381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	117633366	rs2296447	T	C	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=142;SC=TGGATGTCTGTATTCCCTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=117633374;WS=117633356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	117639828	rs11330257	TA	T	329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=9.777;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;MQRankSum=0.471;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.562;SOR=4.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr1	117656088	rs1289658	A	G	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	117656276	rs1290530	A	G	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=138;SC=AGCTGAGAGGAGGCAGACACA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=117656284;WS=117656266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	117660608	rs1289655	C	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=328;SC=TCACACACCACCTCCCTGTCC;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=117660616;WS=117660598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	117660754	rs749902	C	T	4864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=48;PP=2274;SC=CTCCTGAGGACAGAAGCGTAT;SOR=1.083;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=126;WE=117660762;WS=117660744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	117690272	rs10754339	G	A	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=351;SC=TTTTGTGGCCGAGGCACATTA;SOR=1.893;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=117690280;WS=117690262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	117715026	rs6657810	C	T	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=23;PP=1004;SC=TCCTCTTTTCCCACACCTCAG;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=59;WE=117715034;WS=117715016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	117715987	rs140251705	A	AAC	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=711;ReadPosRankSum=-0.020;SC=GACACAGATGAACACACACAC;SOR=0.598;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=17;WE=117715998;WS=117715977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr1	117911178	.	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr1	117957288	rs1289948	A	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=1;PP=302;SC=GAGAACAGGAACCTAAAGGGA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=117957296;WS=117957278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	117984776	rs2306444	A	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=252;SC=TGTGCTATGTATACTATGAGA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=117984784;WS=117984766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	118053126	rs41506254	T	C	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=22;PP=695;SC=AGAACACAGATGAAAAGTCAA;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=50;WE=118053134;WS=118053116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	118065284	rs34350477	C	G	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=115;SC=AACCTCTTGTCTTTGTGTTTA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=118065292;WS=118065274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	118320644	rs1780028	A	G	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=186;SC=ATTCCCTAGCAAATTTGTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=118320652;WS=118320634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	118320859	rs1775749	T	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=15;PP=1010;SC=CATAGTTCTGTTTAGCTTGAG;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=118320867;WS=118320849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	118321119	rs114485606	T	C	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=31;PP=999;SC=TACCTCTCTCTACCACCCATC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=50;WE=118321127;WS=118321109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	118424269	rs10923444	C	T	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=47;SC=CCCACAAAGGCGCTGGAGTCA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=118424277;WS=118424259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	118429438	rs3054231	G	GACA	946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=984;SC=CTACTCTGCAGACAACACCTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=19;WE=118429446;WS=118429428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	118484265	rs10733098	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=0;PP=48;SC=CCAAGGTAATGCAACTACTAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=118484273;WS=118484255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	118501390	rs5777329	C	CT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	118526592	rs4347199	G	A	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=148;SC=TTCAACTGTCGCAAATATGTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=118526600;WS=118526582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	118565953	rs10923472	G	A	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=19;PP=869;SC=AATCTCAGATGGTATCGTTTC;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=118565961;WS=118565943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	118583408	rs10923477	G	A	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=40;PP=1447;SC=AAGGATACAGGTAGTAATTTG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=81;WE=118583416;WS=118583398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	118617274	rs1935993	C	T	7286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=84;PP=2965;SC=TTGTTCTTGCCCTGCTGGTTA;SOR=0.798;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=77;TCR=85;TR=161;WE=118617282;WS=118617264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	118623681	rs56768861	TACACACAC	TAC,T	1767.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002,0.4998;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=7,7;NR=10,10;PP=907,27;SC=AATAGTGTCTTACACACACAC;SOR=1.432;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=17,17;WE=118623696;WS=118623671;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:44
chr1	118644430	rs10754367	A	G	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	118644524	rs17185492	T	A	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	119466275	rs4659129	A	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=243;SC=AGGAACCTACATTTTGTTCTC;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=119466283;WS=119466265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	119683063	rs3934789	G	A	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=154;SC=CCTTAGGCGAGGGAAGGCATG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=119683071;WS=119683053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	119683390	rs12096448	G	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=670;SC=AGCCGCTATCGGGCGGACTGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=119683398;WS=119683380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	119923531	rs2224995	A	C	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=17;PP=652;SC=TTACTCTCTGACTTCTGGCTT;SOR=0.902;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=31;WE=119923539;WS=119923521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	119923724	rs2275607	T	C	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=35;PP=1765;SC=CTTGGTGTGTTTGACAGACTT;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=85;WE=119923732;WS=119923714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	119925403	rs1341007	C	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=1;PP=260;SC=TCTCAGCCAACTGAACCCACC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=119925411;WS=119925394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	119925464	rs2298027	G	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=10;PP=655;SC=GAATCAGGGGGGTCCACCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=35;WE=119925472;WS=119925454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	119927680	rs6667679	A	G	5615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=76;PP=2281;SC=TAAAAAGGTAAGAAAGATACC;SOR=1.005;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=125;WE=119927688;WS=119927670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	119935507	rs10802092	A	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=270;SC=AAGATCATTGACAGCTCTGGG;SOR=5.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=119935515;WS=119935497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	119936263	rs3765949	G	A	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=20;PP=1353;SC=ACAGAATTACGTTATTCATTC;SOR=1.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=119936271;WS=119936253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	120057246	rs1047303	C	A	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=36;PP=956;SC=CACAAGGAGACCCTGAAGTCC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=39;WE=120057254;WS=120057236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	120165826	rs12076924	C	T	9525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=114;PP=2965;SC=CACAGCCGTGCGGCTTCTCGC;SOR=0.924;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=81;TCR=114;TR=195;WE=120165834;WS=120165816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr1	120166681	rs12067843	G	A	10374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=108;PP=2965;SC=CAGCTACACCGGATTGGTCAT;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=115;TCR=108;TR=220;WE=120166689;WS=120166671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr1	120267505	rs483180	C	G	5591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=69;PP=2393;SC=AAAGGTGCATCAAAACTAGGA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=123;WE=120267513;WS=120267495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	120267597	rs3838425	GC	G	2190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=33;PP=1424;SC=GAGTGTGGGTGCCTATATGTA;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=35;WE=120267605;WS=120267587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	120296033	.	AAC	A	231.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=25.75;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	120336876	rs699778	T	G	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=45;PP=1365;SC=GCTGAAGGGGTCTAGAAGCTT;SOR=1.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=71;WE=120336884;WS=120336866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	120337384	rs947270	T	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.13;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	120337403	rs947271	A	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.60;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	120341256	rs71672737	G	A	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=42;PP=1085;SC=GAAGTGTACAGCTCAGCAACC;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=65;WE=120341264;WS=120341246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	120378678	rs3009182	C	T	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=37;PP=1257;SC=TGGCTACATCCTGAGCAGAGC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=120378686;WS=120378668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	120380008	rs3009184	T	A	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=19;PP=486;SC=GAAGAGCAGGTCATATTATGC;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=120380016;WS=120379998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	120381686	rs5777416	G	GT,GTGTGAGTCA	1476.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=2900;SC=GTGATTATATGGAGCACCTAG;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=16;WE=120381695;WS=120381682;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:29
chr1	120381687	.	G	C	370	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=18;NR=1;PP=370;QD=21.3037480288;SC=TGATTATATGGAGCACCTAGC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=19;WE=120381695;WS=120381682;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,19:0.63:30
chr1	120381687	rs34302627	G	GTGAGTCAC	1476.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.15;SOR=3.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	120384205	rs2994820	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=531;SC=CCTGAGAGTGAACCAGGACTT;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=120384213;WS=120384195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	120387120	rs12405228	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=618;SC=TGGCAGAAGAGGTGGAGCCAG;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=120387128;WS=120387110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	120458270	rs75831573	G	C	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=58;PP=2126;SC=TCCTGCTGGGGCATCATGGCA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=107;WE=120458278;WS=120458260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	120467876	rs41302079	G	A	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=11;PP=584;SC=ACGAGAAACTGAAGTGTGTTA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=120467884;WS=120467866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	120478285	rs5025718	T	C	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=32;PP=720;SC=AAACAGACCATGAGAGCTAGT;SOR=1.451;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=120478293;WS=120478275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	120480394	rs2453057	T	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=2;PP=276;SC=TCCCTCTTATTCCACAAAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=120480402;WS=120480391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	120512104	rs2493409	T	C	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=8;PP=1190;SC=GCCCCTTCCCTGTTTCTAGAT;SOR=2.794;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=51;WE=120512112;WS=120512094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	120539331	rs2124109	C	T	5035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-5.729;NF=85;NR=77;PP=2281;ReadPosRankSum=1.270;SC=CTTGCCTGTCCCTTTCCCAGA;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=360;TCF=186;TCR=174;TR=162;WE=120539339;WS=120539321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,267:0.42:635
chr1	120572547	rs141882865	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	120572572	rs146242578	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	120611496	rs138685616	C	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=3.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.37;MQRankSum=-4.740;QD=1.40;ReadPosRankSum=-3.315;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,17:0.10:163
chr1	120611498	rs2489097	G	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.40;MQRankSum=-5.232;QD=1.39;ReadPosRankSum=-2.646;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,16:0.10:164
chr1	120611554	rs75248693	TT	CG	4166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=2.585;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.45;MQRankSum=-7.214;QD=13.98;ReadPosRankSum=-1.610;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,114:0.38:298
chr1	120611715	rs2794167	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.620;NF=16;NR=41;PP=1051;ReadPosRankSum=1.690;SC=GGAGGCGTGTAAGGGGTCCCG;SOR=0.785;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=124;TCF=44;TCR=80;TR=57;WE=120611723;WS=120611705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,42:0.31:137
chr1	120611758	rs61790276	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.418;NF=10;NR=22;PP=459;ReadPosRankSum=2.968;SC=GGGGAACCCCGGCGGTTGGCG;SOR=0.929;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=32;WE=120611766;WS=120611737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr1	120611830	rs61790277	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.254;NF=7;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GAGTGGCCTCGCTCCGCGCCG;SOR=1.007;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=17;WE=120611838;WS=120611820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr1	120611876	rs11801062	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.995;NF=10;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=0.942;SC=AGAGAAGGACCGAGGGGGAGA;SOR=1.493;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=14;WE=120611884;WS=120611866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr1	120611964	rs11810554	G	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.970;NF=18;NR=11;PP=375;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CGGGGGCCGCGCAGCACAGCC;SOR=0.848;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=29;WE=120611972;WS=120611950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr1	120612006	rs4021006	G	A	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-1.899;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,65:0.52:124
chr1	120612040	.	T	TCCTCCGCCG	1810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.821;NF=8;NR=25;PP=2985;ReadPosRankSum=3.959;SC=CGCCTCCTCCTCCGCCGCCGC;SOR=0.984;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=33;WE=120612053;WS=120612024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr1	120612154	rs56375229	C	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.11;MQRankSum=-2.796;QD=13.76;ReadPosRankSum=-1.192;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,28:0.39:72
chr1	120612163	rs55899574	C	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQRankSum=-3.961;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr1	120612168	rs11801102	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=11.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.59;MQRankSum=0.102;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=2.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
chr1	120612265	rs375584849	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.933;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.251;SC=CGGGTGTGCAACGAAGCAGCC;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=4;WE=120612273;WS=120612255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr1	121115761	rs150166046	T	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.484;NF=27;NR=4;PP=430;ReadPosRankSum=0.376;SC=GCTGAGTCTGTTAGTCTGTAA;SOR=0.389;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=31;WE=121115769;WS=121115751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr1	121115786	rs199825051	C	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQRankSum=-2.324;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr1	121116121	rs201302047	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.08;MQRankSum=-3.230;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.991;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	121116647	rs2772072	T	A	1213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=9;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.902;NF=42;NR=18;PP=911;ReadPosRankSum=1.591;SC=AGCCCCCCTTTAAAAAAAAAG;SOR=0.473;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=60;WE=121116655;WS=121116637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,69:0.57:121
chr1	121116678	rs61806689	C	T	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=7.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.60;MQRankSum=2.360;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.412;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,82:0.38:214
chr1	121116688	rs61806690	A	G	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=11.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.74;MQRankSum=3.321;QD=13.28;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,99:0.40:247
chr1	121116733	rs61806691	A	G	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.815;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.750;NF=34;NR=52;PP=1042;ReadPosRankSum=4.779;SC=ATCAAAGCCCAGAATGAGTAC;SOR=0.798;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=200;TCF=105;TCR=95;TR=86;WE=121116741;WS=121116723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,131:0.41:317
chr1	121116933	rs79097880	T	C	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=37;PP=1018;SC=ATTAGGAAGATAGCAGCCATG;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=44;WE=121116941;WS=121116923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	121116953	rs78187610	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=25;PP=672;SC=GATCCATCAGAGTGCTTGCCA;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=121116961;WS=121116943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	144013853	rs6600697	T	C	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=2835;ReadPosRankSum=0.140;SC=TGCATGGTGGTTTATTTAGGG;SOR=0.824;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=216;TCF=137;TCR=79;TR=78;WE=144013873;WS=144013843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,105:0.36:292
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chr1	144854528	rs78461771	A	G	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-7.615;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.984;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,86:0.39:221
chr1	144854537	rs3851872	T	C	3335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-7.783;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.204;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,96:0.39:245
chr1	144854581	rs78371650	T	C	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-9.779;NF=20;NR=23;PP=1653;ReadPosRankSum=0.294;SC=AGATGCTCAGTTGTGCTCTGA;SOR=0.739;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=133;TCF=64;TCR=69;TR=43;WE=144854606;WS=144854571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,54:0.23:235
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chr1	144854597	rs3851873	T	C	3810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-5.139;QD=19.95;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,99:0.52:191
chr1	144854598	rs3863691	C	T	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=2.864;QD=10.38;ReadPosRankSum=-1.541;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,55:0.30:185
chr1	144859720	rs678786	G	C	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=10;PP=970;SC=GTGATCTCCCGACTGGCCAAG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=144859728;WS=144859710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	144860026	rs1699819	G	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-0.696;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr1	144865850	rs1613780	G	T	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.600;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,120:0.36:332
chr1	144866509	rs924667	G	A	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=796;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CATAAGGAGCGAGTGAAGTAA;SOR=0.722;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=129;TCF=95;TCR=34;TR=56;WE=144866517;WS=144866499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,65:0.41:160
chr1	144866643	rs1620560	G	A	4387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=640;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=80;PP=2123;ReadPosRankSum=2.870;SC=TCCCGTAGGCGGTCATTGATG;SOR=0.761;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=340;TCF=164;TCR=176;TR=149;WE=144866651;WS=144866633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,244:0.38:637
chr1	144866662	rs1064044	T	C	4165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=78;PP=1998;ReadPosRankSum=3.023;SC=TGCAGATGGATTCCTCCAGGC;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=153;TCR=179;TR=144;WE=144866670;WS=144866652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,230:0.38:601
chr1	144868170	rs1628310	C	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=647;ReadPosRankSum=-2.356;SC=ACAGTGCTGGCACCTGGGCAG;SOR=1.065;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=136;TCF=38;TCR=98;TR=50;WE=144868178;WS=144868160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,55:0.36:153
chr1	144868204	rs1747951	A	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=245;ReadPosRankSum=0.074;SC=TAAGAAGCAAATGGGGTGTCA;SOR=3.345;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=16;WE=144868212;WS=144868194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr1	144871738	rs1698605	C	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr1	144871755	rs1778159	A	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.443;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=-0.350;SC=CAAGGAGACCACTGGTGTCTC;SOR=1.380;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=6;WE=144871763;WS=144871745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr1	144871782	rs1778158	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=-1.358;SC=GCCAAGGAGGAGAGGGCCAGT;SOR=1.218;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=12;WE=144871790;WS=144871772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,14:0.22:64
chr1	144871889	rs1698606	A	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=2.416;SC=AGCCTAGGAAAAGAAAGTTAA;SOR=0.674;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=26;WE=144871897;WS=144871879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr1	144873818	rs1610566	A	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=450;ReadPosRankSum=2.168;SC=TTGAAGAAAAATCAAACAGGC;SOR=0.461;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=58;TCF=49;TCR=9;TR=29;WE=144873826;WS=144873808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr1	144873840	rs1627335	A	G	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=623;ReadPosRankSum=0.804;SC=GCAGAGAAAGAGGAGATGAAG;SOR=0.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=40;WE=144873848;WS=144873830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,51:0.48:107
chr1	144873887	rs1699787	C	T	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.093;NF=38;NR=23;PP=788;ReadPosRankSum=2.070;SC=CTGAATGGGCCTGGTTGGCCT;SOR=0.572;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=106;TCR=61;TR=61;WE=144873895;WS=144873877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,93:0.37:251
chr1	144873962	rs11341221	CT	C	5395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.979;NF=7;NR=47;PP=1827;ReadPosRankSum=0.080;SC=CCTTAGCCCCCTGAGATGCAC;SOR=0.762;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=164;TCF=30;TCR=134;TR=54;WE=144873970;WS=144873952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,174:0.34:513
chr1	144874038	rs1419160	T	C	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.791;NF=19;NR=40;PP=794;ReadPosRankSum=1.144;SC=ATCTATAAAATCCATGAATGA;SOR=0.775;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=163;TCF=57;TCR=106;TR=59;WE=144874046;WS=144874028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,97:0.39:251
chr1	144874070	rs1610565	C	T	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.671;NF=8;NR=30;PP=527;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TGATGTTCTACAGAGAACTGG;SOR=0.580;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=106;TCF=27;TCR=79;TR=38;WE=144874078;WS=144874060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
chr1	144874088	rs1419158	G	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.832;NF=4;NR=19;PP=353;ReadPosRankSum=-0.410;SC=TGGAATCCTGGCCTTATGTTT;SOR=0.772;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=23;WE=144874096;WS=144874078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,29:0.38:76
chr1	144874641	rs1610771	G	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=242;ReadPosRankSum=1.837;SC=TCTCCACTCAGCCTAGACAAA;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=17;WE=144874649;WS=144874631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr1	144874760	rs1610774	T	C	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.376;NF=22;NR=16;PP=533;ReadPosRankSum=1.126;SC=AGGCTTCCAGTTCATCAGACA;SOR=0.755;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=38;WE=144874768;WS=144874750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,80:0.35:229
chr1	144874950	rs1747957	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=147;ReadPosRankSum=0.302;SC=GGTCACCGAAGCCAACCTGTC;SOR=1.345;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=15;WE=144874958;WS=144874940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr1	144877176	rs2762875	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.486;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.425;NF=17;NR=8;PP=327;ReadPosRankSum=0.981;SC=TTTTGCATGCCGGGTGATAAG;SOR=1.237;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=25;WE=144877184;WS=144877166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr1	144877366	rs1807092	A	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.237;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.96;MQRankSum=1.069;NF=8;NR=19;PP=342;ReadPosRankSum=-0.294;SC=CTATGAGAACATCTCTAAGGA;SOR=1.100;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=27;WE=144877374;WS=144877356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr1	144877390	rs1807093	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=59.94;MQRankSum=0.960;NF=4;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CCCCCAAGCTGAATTCTGGCA;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=18;WE=144877398;WS=144877380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr1	144879264	rs2798901	A	G	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=59.97;MQRankSum=1.347;NF=44;NR=42;PP=1124;ReadPosRankSum=-2.097;SC=CTCAGCTTCCAGGGTCTTTCC;SOR=0.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=181;TCF=91;TCR=90;TR=86;WE=144879272;WS=144879254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,161:0.47:340
chr1	144879375	rs1747958	T	C	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.905;NF=34;NR=32;PP=878;ReadPosRankSum=-0.137;SC=TTCAGATCTTTGATGTCCTTT;SOR=0.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=77;TCR=72;TR=66;WE=144879383;WS=144879365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,84:0.44:189
chr1	144881711	rs937714	T	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.81;MQRankSum=-0.884;NF=5;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=-0.449;SC=CCTGTGGACTTTACTCAAGTC;SOR=0.591;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=17;WE=144881719;WS=144881701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr1	144882581	rs1699836	A	G	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.733;NF=17;NR=29;PP=815;ReadPosRankSum=0.025;SC=TTATTCTTTCAATGGTGCTGG;SOR=1.267;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=114;TCF=51;TCR=63;TR=46;WE=144882589;WS=144882571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,43:0.40:108
chr1	144882823	rs1698647	C	T	4846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=86;PP=2098;ReadPosRankSum=0.406;SC=TCAGACATTGCTTCTCCCATC;SOR=0.572;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=421;TCF=182;TCR=239;TR=159;WE=144882831;WS=144882813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:434,271:0.38:705
chr1	144882912	rs1698646	G	T	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=55;PP=1207;ReadPosRankSum=0.468;SC=TGAGGGCTAGGTCTGGTCCTC;SOR=0.584;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=147;TCF=28;TCR=119;TR=69;WE=144882920;WS=144882902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,86:0.48:180
chr1	144886063	rs1625285	T	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=1.510;SC=CCTCATGACCTGCAAGCTCCC;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=12;WE=144886071;WS=144886053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr1	144886092	rs1343472	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,32:0.29:112
chr1	144886197	rs1698624	A	T	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.263;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,79:0.39:203
chr1	144886409	rs1620507	A	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr1	144890833	rs11447	T	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.335;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=1.498;SC=CTTGTTAACTTATAATTACAC;SOR=0.287;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=13;WE=144890841;WS=144890823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr1	144892089	rs1614098	G	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.430;NF=14;NR=5;PP=242;ReadPosRankSum=-0.080;SC=TCCCAAGCAGGTCCTCCGCCC;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=19;WE=144892097;WS=144892079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr1	144892149	rs1698709	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-2.536;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr1	144905992	rs373352718	TA	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	144910082	rs638780	A	G	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=30;PP=814;SC=CATACACACAAGTTGTTCTTT;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=144910090;WS=144910072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	144912153	rs1628172	A	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=10;PP=609;SC=TTTCCAAGACAGCCAGTGGGG;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=28;WE=144912161;WS=144912143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	144912233	rs1629011	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr1	144915561	rs1778111	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.332;NF=19;NR=35;PP=660;ReadPosRankSum=0.715;SC=CTTTCCTTTCGCTGTAGACGC;SOR=0.810;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=38;TCR=73;TR=54;WE=144915569;WS=144915551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,77:0.43:180
chr1	144915624	rs1778112	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.374;NF=6;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=2.121;SC=TTGCAGAGCAGTGTTGCACTA;SOR=0.446;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=25;WE=144915632;WS=144915614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr1	144916676	rs1698683	C	T	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=45;PP=1233;ReadPosRankSum=-0.923;SC=TTCTTTCAGCCACTGGAGGTT;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=278;TCF=144;TCR=134;TR=99;WE=144916684;WS=144916666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,155:0.32:482
chr1	144916748	rs1747930	C	G	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=49;PP=992;ReadPosRankSum=3.579;SC=ACTCTCCATACTCTACAGCCA;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=72;TCR=127;TR=76;WE=144916756;WS=144916738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,120:0.40:303
chr1	144917546	rs1698682	A	G	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=452;ReadPosRankSum=-1.122;SC=AGTCTCTCTAAGTCATGATCT;SOR=0.408;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=32;WE=144917554;WS=144917536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr1	144917827	rs11295415	CA	C	710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.963;NF=9;NR=8;PP=951;ReadPosRankSum=-0.369;SC=ACCTCCAGAGCAACAGCTTTA;SOR=0.906;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=17;WE=144917849;WS=144917817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr1	144917841	rs1698681	T	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.312;NF=15;NR=12;PP=965;ReadPosRankSum=-1.489;SC=AGCTTTATCATGTATTCGCTG;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=27;WE=144917849;WS=144917817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr1	144918011	.	T	TA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr1	144918034	rs2655804	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-1.116;SC=AGATGTGATCACTCTCCTCAA;SOR=0.343;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=11;WE=144918042;WS=144918024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr1	144918957	rs1061308	T	A	3136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-7.029;NF=46;NR=52;PP=1171;ReadPosRankSum=-2.049;SC=ATTCTGCAATTCTTCTTGTAG;SOR=0.726;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=215;TCF=106;TCR=109;TR=98;WE=144918965;WS=144918947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,172:0.42:405
chr1	144919008	rs11296953	AC	A	3139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.633;NF=1;NR=49;PP=1652;ReadPosRankSum=1.723;SC=TAAACATATTACCTTTTTAAA;SOR=0.696;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=118;TCF=4;TCR=114;TR=50;WE=144919016;WS=144918998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,114:0.40:288
chr1	144919094	rs1698680	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=234;ReadPosRankSum=-2.222;SC=GAAAGAGGAGCAGAGGGTGCC;SOR=0.512;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=17;WE=144919102;WS=144919084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr1	144922109	rs1343469	A	G	4587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.364;NF=95;NR=73;PP=2425;ReadPosRankSum=1.531;SC=CACAAAGACTAAAAATAAAAT;SOR=0.810;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=430;TCF=231;TCR=199;TR=168;WE=144922117;WS=144922099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:465,251:0.35:716
chr1	144922171	rs1343470	C	T	6201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=933;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.298;NF=100;NR=110;PP=2673;ReadPosRankSum=0.102;SC=TCCTGTCCTACGTGACCCTCA;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=534;TCF=259;TCR=275;TR=210;WE=144922179;WS=144922161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:579,345:0.37:924
chr1	144922523	rs2455994	C	T	2619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-2.454;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,160:0.31:520
chr1	144922583	rs1359300	G	A	3025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=65;PP=1442;ReadPosRankSum=1.172;SC=CTTTTGAGACGACTCCTGAGC;SOR=0.837;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=338;TCF=148;TCR=190;TR=111;WE=144922591;WS=144922573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,186:0.30:615
chr1	144923823	rs11268079	TAGGAAGAAACGGCA	T	10383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=91;PP=2957;SC=AGTCATGGGCTAGGAAGAAAC;SOR=1.316;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=9;TCR=111;TR=98;WE=144923844;WS=144923813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	144923887	rs12140706	T	A	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=9;HapScore=2;MGOF=254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=965;ReadPosRankSum=0.348;SC=GCCAACAAAATTTTTTTTTTG;SOR=0.761;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=36;TCR=87;TR=53;WE=144923895;WS=144923876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,69:0.45:152
chr1	144930571	rs2762866	C	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=466;ReadPosRankSum=0.046;SC=CACTATGTAGCCGTTTTGTAT;SOR=0.392;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=38;WE=144930579;WS=144930561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,68:0.55:123
chr1	144930596	rs2762867	C	A	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.770;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=643;ReadPosRankSum=0.533;SC=GGACCCGGAGCGGCAAATAAT;SOR=0.463;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=43;WE=144930604;WS=144930586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,77:0.51:152
chr1	144930940	rs2147326	T	C	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=51;PP=1484;ReadPosRankSum=-0.705;SC=TCCTCATCTTTCTGTTGTGGA;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=93;TCR=113;TR=92;WE=144930948;WS=144930930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,139:0.41:335
chr1	144931330	rs2762745	C	T	3912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=66;PP=1572;ReadPosRankSum=1.303;SC=TGGAGCAGTGCAGAGTATCTC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=392;TCF=197;TCR=195;TR=134;WE=144931338;WS=144931320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:466,237:0.34:703
chr1	144931392	rs2798893	G	A	3789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=66;PP=1618;ReadPosRankSum=0.095;SC=CTTGATCTCCGCGCCAGAGTC;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=349;TCF=172;TCR=177;TR=132;WE=144931400;WS=144931382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,205:0.39:531
chr1	144931727	rs2985363	G	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.08;MQRankSum=-0.884;NF=7;NR=32;PP=674;ReadPosRankSum=0.266;SC=CTAGCGGGTGGCAAGCTTCCC;SOR=0.837;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=17;TCR=71;TR=39;WE=144931749;WS=144931717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,59:0.45:132
chr1	144946510	rs2488977	C	T	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=23;PP=1572;SC=TTTAAACTGCCAAGTTTGTAG;SOR=1.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=80;WE=144946518;WS=144946500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	144946768	rs2762733	G	A	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=42;PP=887;ReadPosRankSum=0.379;SC=AGTAAGGACAGTAATTATGAT;SOR=1.011;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=31;TCR=90;TR=55;WE=144946776;WS=144946758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,69:0.39:179
chr1	144946876	rs2798887	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=-2.038;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	144951959	rs142985095	T	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=2.370;QD=1.73;ReadPosRankSum=-1.472;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,63:0.19:339
chr1	144951973	rs77471170	T	C	5768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.680;NF=129;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=0.283;SC=TAAGTGAATCTATGTCTCTTG;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=326;TCF=206;TCR=120;TR=203;WE=144951981;WS=144951949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,270:0.61:441
chr1	144952078	rs71220421	C	A	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQRankSum=0.227;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.948;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:503,167:0.25:670
chr1	144952220	rs139438772	C	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.08;MQRankSum=-9.061;QD=3.86;ReadPosRankSum=2.494;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,79:0.26:305
chr1	144994658	rs1664022	C	A	4019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=52;PP=1568;ReadPosRankSum=1.533;SC=GAAGTAGATGCGCAGCTTGAG;SOR=0.570;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=338;TCF=202;TCR=136;TR=119;WE=144994666;WS=144994648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,223:0.37:602
chr1	144994861	rs2442640	C	T	11030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.972;SC=GCTGGGGCTACGGCGACATGG;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=414;TCF=199;TCR=215;TR=358;WE=144994869;WS=144994851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,478:0.88:543
chr1	145014053	rs548602	T	C	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.873;NF=18;NR=5;PP=371;ReadPosRankSum=1.004;SC=ACACCCCTCATTTCTATATTT;SOR=0.217;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=23;WE=145014061;WS=145014043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr1	145014103	rs1778711	G	C	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.285;NF=37;NR=3;PP=806;ReadPosRankSum=1.063;SC=CAGGCTGGCTGGCCTTTGGAG;SOR=1.010;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=107;TCF=92;TCR=15;TR=40;WE=145014111;WS=145014093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,40:0.38:104
chr1	145014186	.	GAA	G	1928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.306;ClippingRankSum=0.000;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=6.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.911;QD=5.33;ReadPosRankSum=1.291;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,76:0.21:362
chr1	145014210	rs1778710	G	A	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=1.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.511;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,112:0.21:534
chr1	145014218	rs1778709	G	A	3354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.495;QD=5.68;ReadPosRankSum=1.866;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:473,118:0.20:591
chr1	145014263	rs1778708	C	T	5826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=868;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=-0.787;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:535,333:0.38:868
chr1	145014394	rs1107089	C	T	3503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=71;PP=1406;ReadPosRankSum=-1.129;SC=CTTAGGCACACGTTATATGGT;SOR=0.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=229;TCF=58;TCR=171;TR=94;WE=145014402;WS=145014384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,113:0.42:268
chr1	145014411	rs1778707	T	C	2703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=48;PP=975;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TGGTGCATATTCTTTGCCCAC;SOR=0.484;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=170;TCF=35;TCR=135;TR=62;WE=145014419;WS=145014401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,72:0.39:185
chr1	145015877	rs77741369	G	T	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=843;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.439;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:654,179:0.21:833
chr1	145016020	rs657162	T	G	14248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=229;PP=2962;ReadPosRankSum=0.116;SC=AGCTGTCAATTAAACAGAACA;SOR=0.431;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=355;TCF=123;TCR=232;TR=352;WE=145016043;WS=145016010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,536:1.00:537
chr1	145016032	rs112952246	C	CA	775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=5.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,81:0.22:360
chr1	145016035	rs80291027	A	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=2.003;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,53:0.14:380
chr1	145017784	rs11300211	CT	C	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-0.507;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr1	145017834	rs55689644	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=11.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.234;SOR=2.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr1	145017837	.	CTTCCTTCCTT	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.324;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=25.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=4.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,9:0.12:74
chr1	145017851	rs2596284	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=4.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=-2.063;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr1	145018023	rs2799192	G	T	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=626;ReadPosRankSum=-0.932;SC=AGAAAAAATTGGAAGACAGGG;SOR=1.133;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=44;WE=145018031;WS=145018013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,57:0.38:150
chr1	145021024	rs1778692	G	C	4265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.71;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,111:0.49:228
chr1	145021034	rs674066	C	A	4598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.85;ReadPosRankSum=0.576;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,131:0.48:273
chr1	145021265	rs673110	A	G	3769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=76;PP=1689;ReadPosRankSum=0.282;SC=TGTCATTTCTATTTATCTCTC;SOR=0.549;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=232;TCF=77;TCR=155;TR=120;WE=145021273;WS=145021255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,184:0.52:354
chr1	145038686	rs67176560	AG	A	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=3.095;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,22:0.24:90
chr1	145038736	rs1663882	C	G	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=2.158;NF=64;NR=32;PP=1148;ReadPosRankSum=0.528;SC=GTGTTTGTACCGTCTTCACTC;SOR=0.541;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=224;TCF=159;TCR=65;TR=96;WE=145038744;WS=145038726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,94:0.39:238
chr1	145038815	rs2442664	A	G	12359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=271;NR=205;PP=2965;SC=AGATGGAAGCATATCTGTTAT;SOR=2.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=477;TCF=272;TCR=205;TR=476;WE=145038823;WS=145038805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,485:1.00:485
chr1	145038952	rs1663881	C	T	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=85;PP=2119;ReadPosRankSum=1.096;SC=TAAAGTGTGTCTGGGGGAAGG;SOR=0.812;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=312;TCF=97;TCR=215;TR=119;WE=145038960;WS=145038942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,181:0.37:484
chr1	145039026	rs1663880	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,50:0.19:261
chr1	145039562	rs1663878	C	T	3665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=48;PP=1739;ReadPosRankSum=-0.491;SC=AAGTCTGGAGCGCGGCGAGAA;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=404;TCF=261;TCR=143;TR=140;WE=145039570;WS=145039552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:394,209:0.35:603
chr1	145039594	rs111958438	T	C	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=863;ExcessHet=3.0103;FS=0.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:722,138:0.16:860
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chr1	145075854	rs1663853	G	C	4010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.794;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=60;PP=1722;ReadPosRankSum=-0.998;SC=CGCTGTCTGTGCCCTTCATGG;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=327;TCF=164;TCR=163;TR=129;WE=145075862;WS=145075844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,215:0.39:546
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chr1	145109468	rs2442652	A	G	9196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.096;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=2.494;SC=GCTTTAAACTATTGTCAGTGC;SOR=0.797;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=278;TCF=203;TCR=75;TR=224;WE=145109476;WS=145109446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,281:0.80:351
chr1	145109493	rs2442651	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:463,82:0.15:545
chr1	145109549	rs2596331	G	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1054;ExcessHet=3.0103;FS=0.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-1.288;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:877,162:0.16:1039
chr1	145109583	rs2794053	C	A	10324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=179;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.204;SC=TTCCCTAAGACGTTGGCTTTT;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=755;TCF=418;TCR=337;TR=323;WE=145109591;WS=145109573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:679,531:0.44:1210
chr1	145109661	rs2655551	G	A	5550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=3.375;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:984,371:0.27:1355
chr1	145109809	rs2596327	T	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=2.095;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,19:0.15:129
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chr1	145112287	rs2794042	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=5.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.678;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,36:0.18:198
chr1	145112288	.	G	GCA	1651.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.835;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,51:0.25:201
chr1	145112313	rs2596302	T	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=6.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.110;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,52:0.17:312
chr1	145112414	rs2590131	T	C	3630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1335;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1154,174:0.13:1328
chr1	145112420	rs2794041	C	T	5686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1388;ExcessHet=3.0103;FS=0.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-1.270;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:999,381:0.28:1380
chr1	145112428	rs2794040	C	T	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1262,199:0.14:1461
chr1	145112485	rs2794039	C	T	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1084,178:0.14:1262
chr1	145115658	.	TATTTTTAA	T	1126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.378;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,48:0.15:320
chr1	145115810	rs2655557	A	G	15091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1474;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:917,547:0.37:1464
chr1	145115820	rs2655558	T	C	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1420;ExcessHet=3.0103;FS=1.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=1.588;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1122,291:0.21:1413
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chr1	145139088	rs150935736	C	CG	2367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.72;QD=37.00;SOR=8.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr1	145281361	rs147539840	TC	T	2709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1384;ExcessHet=3.0103;FS=0.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQRankSum=-8.933;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1195,187:0.14:1382
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chr1	145281780	rs190671398	T	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=7.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=0.309;QD=0.71;ReadPosRankSum=1.957;SOR=1.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,32:0.14:226
chr1	145281824	rs4089950	T	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=12.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.91;MQRankSum=-1.943;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.759;SOR=1.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,40:0.21:187
chr1	145281897	.	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;ClippingRankSum=0.000;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=0.688;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:425,81:0.16:506
chr1	145282093	rs199946317	G	A	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.614;NF=16;NR=53;PP=1037;ReadPosRankSum=-0.536;SC=CATTAACAGTGGGTGATCAAC;SOR=0.616;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=235;TCF=60;TCR=175;TR=69;WE=145282101;WS=145282083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,89:0.31:283
chr1	145440086	rs34791738	C	T	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.905;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=66;PP=1900;ReadPosRankSum=-0.484;SC=CATGTTCATTCCTGATGGGCG;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=79;TCR=103;TR=115;WE=145440094;WS=145440076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,161:0.56:285
chr1	145456732	rs375314716	GA	G	574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=1.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.336;QD=1.97;ReadPosRankSum=1.709;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,89:0.30:292
chr1	145510376	rs147038428	A	G	179.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=174;SC=GACAGAGCTCACCTCCTACAA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=145510384;WS=145510366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	145517561	rs4471211	C	T	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=60;PP=1718;SC=AGTAATTAGGCGGACTGGAGA;SOR=2.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=14;TCR=60;TR=74;WE=145517569;WS=145517551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	145530254	rs74119688	C	T	3295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.445;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,168:0.46:363
chr1	145531980	rs4384171	T	C	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=9;PP=1060;SC=GGCAAGATGCTTGACCTCAGG;SOR=2.093;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=54;WE=145531988;WS=145531970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	145532010	.	C	CTG	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr1	145532549	rs1328584	T	C	5289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	145532994	rs34834904	GT	G	6659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=37;PP=2153;SC=CTCCTGGAACGTTTTTTTTCT;SOR=1.073;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=67;WE=145533009;WS=145532984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	145533001	rs35103913	T	C	7136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=37;PP=2252;SC=AACGTTTTTTTTCTCTTTATT;SOR=1.139;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=106;WE=145533009;WS=145532984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	145533175	rs11590105	T	C	6956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=86;PP=2965;SC=CCCCCCTGCATTGCAGAACCA;SOR=0.817;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=69;TCR=86;TR=155;WE=145533183;WS=145533165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	145533314	rs2274619	T	C	5949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=78;NR=66;PP=2965;SC=TGACCTCTGGTTACTTCCCTT;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=78;TCR=66;TR=144;WE=145533322;WS=145533304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	145535921	rs2274617	T	C	14593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=191;NR=145;PP=2965;SC=TAAAATGCATTACAGGCAACT;SOR=0.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=336;TCF=191;TCR=145;TR=336;WE=145535929;WS=145535911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,548:1.00:548
chr1	145538664	rs1109216	A	G	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=25;PP=1351;SC=TGCTGATCATATGCCCCTGTG;SOR=1.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=69;WE=145538672;WS=145538654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	145555653	rs6424379	C	T	4945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.800;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,242:0.54:446
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chr1	145558565	rs11801520	C	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=35;PP=991;SC=GGCTGCTGCTCTCTCTCAGCT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=145558573;WS=145558555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	145558824	rs17352281	A	C	4027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=47;PP=1971;ReadPosRankSum=0.837;SC=CTCTTCCTACAATCTGTGCAG;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=111;TCR=71;TR=120;WE=145558832;WS=145558814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,182:0.63:290
chr1	145561594	rs6670984	C	T	4692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=72;PP=2006;ReadPosRankSum=-0.571;SC=ACAGGGGCCACCCCAGAGCCC;SOR=0.652;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=407;TCF=220;TCR=187;TR=151;WE=145561602;WS=145561584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,255:0.39:658
chr1	145561782	rs143964722	G	T	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=79;PP=2237;ReadPosRankSum=-1.305;SC=CCATGAACCAGCTTCTGCTTC;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=211;TCF=79;TCR=132;TR=125;WE=145561790;WS=145561772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,163:0.58:283
chr1	145562293	rs11579366	G	C	3948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=51;PP=1595;ReadPosRankSum=2.509;SC=GCCCAAGCCAGAGGCGCAGGT;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=166;TCF=79;TCR=87;TR=99;WE=145562301;WS=145562283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,185:0.60:307
chr1	145562881	rs10910824	T	C	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=435;ReadPosRankSum=-2.931;SC=AAAGGCTCTGTTGGAAAAGTA;SOR=0.830;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=34;WE=145562889;WS=145562871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,61:0.49:124
chr1	145566535	rs1819347	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=-2.235;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr1	145581623	.	A	ATTTCTT	528	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=15;MQ=60.21;NF=0;NR=16;PP=528;QD=34.0625;SC=TTTCTTGGTTATTTCTTTTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=16;WE=145581631;WS=145581613;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr1	145585317	rs4128488	A	G	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	145586780	rs10910829	T	C	4288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1765;ReadPosRankSum=-2.022;SC=ACTGTGGAGCTCTCCAGTCCT;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=191;TCF=91;TCR=100;TR=114;WE=145586788;WS=145586770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,205:0.62:332
chr1	145588536	rs9286836	C	T	15852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=191;NR=168;PP=2965;SC=TTTGCTTGCCCCTCCCTCAGC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=359;TCF=191;TCR=168;TR=359;WE=145588544;WS=145588526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,593:1.00:593
chr1	145597116	rs9728311	C	T	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=57;PP=1605;SC=TTCCCAGTCACAGATGGGGTG;SOR=2.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=72;WE=145597124;WS=145597106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	145598459	rs9729715	T	C	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=36;PP=2193;SC=AGGAGGATGATACTAGGTATC;SOR=1.428;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=102;WE=145598467;WS=145598449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	145601861	rs9286837	G	A	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.524;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=77;PP=2530;ReadPosRankSum=1.336;SC=GGCTGAGGAAGAGATTTAGAG;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=32;TCR=79;TR=108;WE=145601869;WS=145601850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,177:0.98:180
chr1	145706564	.	CA	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.160;QD=1.93;ReadPosRankSum=1.106;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	146321014	.	C	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.09;MQRankSum=-1.282;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.962;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr1	146633933	rs1036852	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-1.217;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,36:0.32:113
chr1	146643555	rs1348316	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=312;ReadPosRankSum=1.819;SC=AACTGCGGGCATGGGACGCTT;SOR=0.813;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=31;WE=146643563;WS=146643545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,44:0.33:132
chr1	146656292	rs4950385	A	G	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=25;PP=611;SC=CATACTATCAATGTGACTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=146656300;WS=146656282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	146672906	rs894469	C	T	8500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CTTCCAGAAACGGAAAGTCAA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=99;TCR=97;TR=196;WE=146672914;WS=146672896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,324:0.99:326
chr1	146673178	rs6683215	A	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=607;SC=AGGTAAACAGAATGCCAATAA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=146673186;WS=146673168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	146680262	rs2354433	A	G	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=11;PP=914;SC=CCGCCTCCCAAAGTGCTGGGA;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=146680270;WS=146680252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	146685121	rs1530336	G	A	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=28;PP=718;SC=GATATCACAGGCACTATCACA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=146685129;WS=146685111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	146687250	rs1822312	A	T	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=2;PP=1068;SC=AAGTAAACATAGGTAACTGAA;SOR=4.712;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=42;TCR=3;TR=44;WE=146687258;WS=146687240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	146714392	rs1890042	G	C,T	1217.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=21.75;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,27,29:0.48,0.52:56
chr1	146714588	rs1890043	C	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=276;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GTTTACCCGCCCGCGCCAGGG;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=18;WE=146714596;WS=146714578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr1	146724093	rs1890037	A	G	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=33;PP=1478;SC=GAATAAGTCTACTCAAAAAGT;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=146724101;WS=146724083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	146727363	rs41295827	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=1.521;SC=GACCTCATGAGTTCTGTACAT;SOR=0.582;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=146727371;WS=146727353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	146727388	rs17160051	G	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=4;PP=397;SC=ATCCTCCCATGAAATGTAATT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=146727396;WS=146727378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	146728162	rs61409326	T	TA	4040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=32;PP=2616;SC=CCAGCCTTTATACGTGTCTTC;SOR=1.069;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=57;WE=146728170;WS=146728152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	146736092	rs4950315	C	T	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=19;PP=1260;SC=TCTCAGTAGTCTTCAGTCTCC;SOR=1.305;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=61;WE=146736100;WS=146736082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	146736137	rs36008075	A	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.835;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=437;ReadPosRankSum=-0.019;SC=ACAGCCTCCAAGAGCTCTACT;SOR=1.271;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=28;WE=146736145;WS=146736127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,43:0.28:154
chr1	146740502	rs17356233	C	G	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=49;PP=2318;SC=GGAAGCTTCACCTGCTGGATA;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=123;WE=146740510;WS=146740492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	146740576	rs11576360	G	A	7396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=88;PP=2845;SC=TGAGCTAATGGCTGTTAAAAC;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=78;TCR=89;TR=166;WE=146740584;WS=146740566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	146747153	rs6680778	T	C	4990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=81;PP=2670;SC=TTTTCTGCTTTCTTGGCTTGC;SOR=1.135;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=131;WE=146747161;WS=146747129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	146748072	rs7534963	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=238;SC=AGTGCTGGCTATGTGCAGGGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=146748080;WS=146748062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	146751782	rs7547279	A	C	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=40;PP=1293;SC=TGGAGTCCATACTGGGAGAAA;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=146751790;WS=146751772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	146756975	rs201681383	G	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr1	146759306	rs6703892	T	C	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	146766069	rs71083827	C	CAT	6322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=32;PP=2965;SC=TGAGTGAAGACGTGTTCTTCT;SOR=1.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=76;WE=146766077;WS=146766059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	146767149	rs4950394	G	T	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=25;PP=899;SC=TGTCCTTCATGCACAGTCTTC;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=146767157;WS=146767139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	147083744	rs677977	C	T	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	147096112	rs61751618	G	A	3416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=48;PP=1684;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GGAACAGCATGCCTTCGGTGT;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=96;TCR=86;TR=103;WE=147096120;WS=147096102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,156:0.57:276
chr1	147096794	rs867270	A	G	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=40;PP=1136;SC=TCCTTGTCAAAATGAGATTCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=53;WE=147096802;WS=147096784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	147096828	rs946902	C	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=23;PP=630;SC=TGCTTTGAGGCAGTTCCAGGA;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=147096836;WS=147096818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	147121977	rs6593795	C	T	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=20;PP=864;SC=GCAGAGTCCACGGCTTTCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=51;WE=147121985;WS=147121967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	147126437	rs140566115	G	A	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=535;ReadPosRankSum=-1.650;SC=GTCTGCCTCCGGCCTCTGACA;SOR=0.538;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=38;WE=147126445;WS=147126427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,63:0.58:109
chr1	147230217	rs1692141	T	C	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=28;PP=1801;SC=CACGTCTTTCTTCTCTGAGCC;SOR=1.301;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=89;WE=147230225;WS=147230207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	147381444	rs1532399	A	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.74;QD=25.30;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	147806559	rs10752439	C	T	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=50;PP=2514;SC=ACTTAGCTTGCGTTAAGCAAG;SOR=1.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=90;TCR=50;TR=140;WE=147806567;WS=147806549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	147806874	rs2999607	G	C	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	147806880	rs537191	T	C	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=2.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	149290881	rs144019609	C	T	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.01;MQRankSum=1.438;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,95:0.22:432
chr1	149291003	rs201487380	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=7.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.54;MQRankSum=0.189;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,16:0.15:106
chr1	149376972	rs199868473	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.63;MQRankSum=-1.611;QD=17.22;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	149379694	rs79328769	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.801;NF=5;NR=3;PP=129;ReadPosRankSum=-1.244;SC=ACCTGGCGGCCGTCTGTGGAG;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=8;WE=149379702;WS=149379684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr1	149379780	rs79713217	C	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQRankSum=-1.613;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	149676264	rs199745503	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=1.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.78;MQRankSum=-12.741;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,62:0.19:323
chr1	149676401	rs146138154	A	G	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=22.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.67;MQRankSum=-8.773;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.487;SOR=1.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,108:0.40:272
chr1	149880650	rs35002905	C	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=377;ReadPosRankSum=-0.831;SC=CTTCCCTCATCGCTTGTCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=20;WE=149880658;WS=149880645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr1	149898292	rs115070660	A	G	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=475;ReadPosRankSum=1.116;SC=CCAGACCCCAATGATGATACC;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=39;WE=149898300;WS=149898282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,67:0.35:192
chr1	149900985	rs71664710	CA	C	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=2.700;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,38:0.32:117
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chr1	149908174	rs61807549	A	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=520;ReadPosRankSum=0.271;SC=AGGCTCCCCAACTCCCCAGAG;SOR=0.481;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=26;WE=149908182;WS=149908164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr1	150122493	rs4553237	T	C	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	150128425	rs1545762	C	T	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=606;SC=CCACCTTGGCCGCTGGAACAT;SOR=1.552;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=31;WE=150128433;WS=150128415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	150129267	rs10749675	G	A	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=36;PP=945;SC=AACAGCTGTGGCCCACTGAAG;SOR=1.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=150129275;WS=150129257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	150199039	rs68136184	CTCCTCT	C	4547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=5.755;NF=9;NR=34;PP=2029;ReadPosRankSum=-1.071;SC=CATCCTCATCCTCCTCTTCCT;SOR=0.627;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=104;TCF=28;TCR=76;TR=43;WE=150199052;WS=150199029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,124:0.44:281
chr1	150199123	rs7522034	G	T	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=5.335;NF=25;NR=35;PP=768;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CATCTTCATCGCCATCTTTAA;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=66;TCR=95;TR=60;WE=150199131;WS=150199113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,112:0.39:289
chr1	150203082	rs201009025	C	CT	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=8.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.179;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	150203984	rs113913866	AT	A	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.086;NF=11;NR=3;PP=501;ReadPosRankSum=0.232;SC=AAAATCCTATATAACTTTTTC;SOR=1.981;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=14;WE=150203992;WS=150203974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr1	150249101	rs11205354	C	A	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=5.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr1	150255587	rs2147324	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=111;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CCTTAAACTCTGGTTTCAAAC;SOR=0.157;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=12;WE=150255595;WS=150255577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr1	150258838	rs1122967	C	G	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=643;ReadPosRankSum=-0.251;SC=TCTCCCCTCTCTAGCATTTTC;SOR=0.643;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=155;TCF=105;TCR=50;TR=49;WE=150258846;WS=150258828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,97:0.37:260
chr1	150259400	rs9126	A	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.407;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=632;ReadPosRankSum=0.153;SC=GTGACTTCTAATTTGTGTAAA;SOR=1.205;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=147;TCF=35;TCR=112;TR=41;WE=150259408;WS=150259390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,52:0.27:194
chr1	150276429	rs471738	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.827;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=0.784;SC=ATGTAATACTGTTTGATCAGT;SOR=0.463;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=21;WE=150276437;WS=150276419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,31:0.34:91
chr1	150276461	rs471657	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GACATCAGCCGGGCGTGGTGG;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=16;WE=150276469;WS=150276451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr1	150277387	rs11205359	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=1.053;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	150280546	rs10480	C	T	3147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.985;NF=39;NR=33;PP=1045;ReadPosRankSum=0.601;SC=GAAGCCATGCCGCCGGCGACA;SOR=0.510;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=72;WE=150280554;WS=150280536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,147:0.67:219
chr1	150280801	rs8006	G	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=1.370;SC=TCCAAATATAGAAACAATCCC;SOR=0.188;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=7;WE=150280809;WS=150280791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	150281202	rs580060	A	C	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.942;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=330;ReadPosRankSum=-0.546;SC=ACTGGGGAGGAAGAGGTTGCA;SOR=0.307;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=25;WE=150281210;WS=150281192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr1	150297334	.	CT	C	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr1	150300727	rs834225	T	C	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=465;ReadPosRankSum=-1.236;SC=TAATTCTTCCTTTCTCCCCAC;SOR=0.934;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=29;WE=150300735;WS=150300717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr1	150307270	rs1260408	T	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=268;ReadPosRankSum=-0.124;SC=TAACTCCTGGTCTCAAGTGAT;SOR=0.399;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=12;WE=150307278;WS=150307260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr1	150307709	rs143350315	A	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=635;ReadPosRankSum=0.915;SC=GATTACGGACAAAGGTATCTG;SOR=1.828;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=30;WE=150307717;WS=150307699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr1	150321486	rs1625468	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=-0.847;SC=GTCTAATTTGGGGAAAATAAA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=8;WE=150321494;WS=150321476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	150389964	.	GA	G	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.679;NF=24;NR=5;PP=411;ReadPosRankSum=0.263;SC=ATCCATGTAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.524;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=29;WE=150389972;WS=150389954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr1	150432802	rs12029359	G	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.068;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.09;MQRankSum=0.839;NF=15;NR=39;PP=916;ReadPosRankSum=-0.797;SC=TGGTAAGTAAGCCCAGTAAGG;SOR=1.274;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=54;WE=150432810;WS=150432792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr1	150432870	.	GGTT	G	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.003;QD=18.76;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
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chr1	150471848	rs34802685	A	AT	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
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chr1	150482255	rs41264469	A	G	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=64;PP=1531;ReadPosRankSum=0.022;SC=TCACCATCCCATGCCCTCCTC;SOR=0.822;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=272;TCF=84;TCR=188;TR=89;WE=150482263;WS=150482245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,138:0.32:425
chr1	150482738	rs11205387	G	A	4533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=90;PP=2332;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CAGACAAGACGGTGGGCTCTG;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=100;TCR=160;TR=144;WE=150482746;WS=150482728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,208:0.58:360
chr1	150483236	rs9661040	A	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=308;ReadPosRankSum=-1.087;SC=TCTCATTTCCACTATATCCTC;SOR=0.544;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=18;WE=150483244;WS=150483233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr1	150483355	rs3737240	C	T	2967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=25;PP=1346;ReadPosRankSum=0.837;SC=ATTCCAGGAACGCCAGCTCCA;SOR=0.564;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=133;TCF=93;TCR=40;TR=79;WE=150483363;WS=150483345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,134:0.62:216
chr1	150483840	rs4970979	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=575;ReadPosRankSum=-0.207;SC=CAACCACTGTCTCTTCTTTAT;SOR=0.617;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=29;WE=150483848;WS=150483830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr1	150484395	rs149815479	ACC	A	854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=269;ReadPosRankSum=1.248;SC=CCATCCATGTACCCCCCCTGC;SOR=0.638;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=150484404;WS=150484385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	150484987	rs13294	G	A	7423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=3.542;SC=CATTGACATCGGTCGAGTCAC;SOR=0.805;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=337;TCF=158;TCR=179;TR=228;WE=150484995;WS=150484977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,346:0.65:529
chr1	150485566	rs12031973	T	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr1	150485571	rs12031974	T	C	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.67;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	150522471	rs10668635	C	CTG	2864.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=1432;ReadPosRankSum=0.954;SC=GTGGAGGGCTCTGAGGGCCCG;SOR=0.586;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=31;WE=150522479;WS=150522461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,72:0.64:112
chr1	150525425	rs41317513	G	A	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=1042;ReadPosRankSum=0.434;SC=CCAGGGCCCCGAAGGTGTCTG;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=64;WE=150525433;WS=150525415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,88:0.71:124
chr1	150528090	rs146160043	G	GACAC	2361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.841;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.07;MQRankSum=1.186;NF=3;NR=23;PP=1401;ReadPosRankSum=2.025;SC=TATGCACACAGACACATGCCC;SOR=0.933;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=26;WE=150528098;WS=150528080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,64:0.42:152
chr1	150528118	rs149100901	T	TACAC	1271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=838;ReadPosRankSum=1.719;SC=CATACACATGTACACACATAT;SOR=0.815;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=20;WE=150528126;WS=150528108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr1	150528175	rs35233292	GCA	G	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=373;ReadPosRankSum=-1.128;SC=ACGCATATGCGCACAGACACA;SOR=0.793;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=11;WE=150528184;WS=150528165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr1	150529322	rs34379037	T	TAA	4286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=30;PP=2965;SC=CTGTTCCCTCTGGGCAGAGCT;SOR=1.109;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=63;WE=150529330;WS=150529312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	150531008	rs10888382	T	C	7245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=48;PP=2825;SC=TTGGGAACAATGGTGATGAAG;SOR=1.146;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=98;TCR=49;TR=146;WE=150531016;WS=150530998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	150531050	rs10749657	G	A	8996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.018;HP=7;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.847;SC=CAGGCCCCCCGCAGCCCCCCA;SOR=0.951;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=135;TCR=67;TR=199;WE=150531058;WS=150531040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,342:1.00:343
chr1	150531170	rs10749658	C	T	12969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=130;NR=160;PP=2965;SC=TGGGTAACCACGCCCAGGACA;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=130;TCR=160;TR=290;WE=150531178;WS=150531160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr1	150531380	rs11204664	T	C	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=343;ReadPosRankSum=-0.670;SC=GCCCCCCTACTGTCCCTTGTG;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=20;WE=150531388;WS=150531370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	150550019	rs11428742	T	TA	5671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=78;PP=2967;SC=TCTGCTCTCTTACAACACTAC;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=3;TCR=80;TR=81;WE=150550027;WS=150550009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	150551256	rs2737821	G	A	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1137;ReadPosRankSum=0.457;SC=ACCCTTGGCGGGTGAGTCCGG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=84;TCR=42;TR=74;WE=150551272;WS=150551246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,90:0.56:160
chr1	150600181	rs2280078	C	T	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=5.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.82;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,68:0.77:88
chr1	150634472	rs3754207	A	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=709;ReadPosRankSum=-2.533;SC=CTTTCAATATATCATGTATAT;SOR=0.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=49;WE=150634480;WS=150634462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
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chr1	150676674	rs367543855	TA	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.260;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr1	150678910	rs1336899	T	C	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=42;ReadPosRankSum=0.736;SC=CCTTTCAACCTTGAGTTTATG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=4;WE=150678918;WS=150678900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	150679033	rs1336900	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=5.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.896;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,47:0.27:174
chr1	150679358	rs11586422	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.681;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr1	150705755	rs1415148	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-0.928;SC=ATGAAATAAGGTAATAATTTC;SOR=0.148;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=6;WE=150705763;WS=150705745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr1	150771703	rs10788796	T	C	10383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=103;PP=2965;SC=CTGCCAAAACTGCATGGTTCA;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=132;TCR=103;TR=234;WE=150771711;WS=150771693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr1	150772129	rs41271965	T	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-2.171;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,43:0.32:134
chr1	150779755	rs6587522	C	T	7017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr1	150789961	rs3894771	A	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=417;ReadPosRankSum=0.142;SC=AATTTTTTTTAAAAAAGAATC;SOR=1.088;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=28;WE=150789969;WS=150789951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr1	150799112	rs3768017	A	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=1.347;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr1	150801466	rs3738483	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=177;ReadPosRankSum=-0.643;SC=CTCTTTTTCTTAACTGAGGTT;SOR=0.661;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=15;WE=150801474;WS=150801456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr1	150804401	rs34083816	GA	G	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.313;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.425;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,29:0.30:98
chr1	150833805	rs139885151	C	CA	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr1	150849071	rs66776757	ACC	A	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	150938616	rs267739	G	A	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=23;PP=1113;SC=GGCAGCTGGAGTAATGGTTCA;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=56;WE=150938624;WS=150938606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	150944169	rs11579289	G	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=36;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TTTTTTCCTAGAGAAAAGTTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=150944177;WS=150944167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	150944541	rs267737	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=257;SC=TGCCTGCAAAACAGGGGGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=150944549;WS=150944531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	150956947	rs2305815	C	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.747;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=556;ReadPosRankSum=-0.367;SC=AGACGAGAGTCCCCCTCTCGT;SOR=0.695;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=31;WE=150956955;WS=150956937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr1	150958977	rs2305814	T	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=507;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TGTCCTGTAATGGACAAGAGA;SOR=1.038;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=43;WE=150958985;WS=150958967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr1	150960350	rs7532008	A	C	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=646;ReadPosRankSum=0.676;SC=CCTCCTAGGCACTGCAGCGGG;SOR=0.686;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=45;WE=150960358;WS=150960340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,66:0.62:107
chr1	150969992	rs2925740	T	C	7980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=93;PP=2965;SC=GGGGAAGGACTCTGAGAGAAG;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=89;TCR=93;TR=181;WE=150970000;WS=150969982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr1	150970577	rs2925741	G	T	5374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	150970811	rs74602660	G	C	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=871;ReadPosRankSum=1.755;SC=TTCACTGCCAGAAATCTCGGT;SOR=0.581;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=18;TCR=77;TR=45;WE=150970819;WS=150970801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr1	150970836	rs1673160	T	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=444;ReadPosRankSum=0.505;SC=GCATGTGGACTTTTTTTTTCT;SOR=0.679;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=27;WE=150970844;WS=150970826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr1	150972538	rs708909	G	A	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	150972559	rs201856676	CT	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.444;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	150974162	rs771204	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.493;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=291;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TAGCTCTGGAGCCCCTTGGGT;SOR=1.071;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=26;WE=150974170;WS=150974152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,44:0.37:119
chr1	150975108	rs771205	T	C	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=70;PP=1829;SC=AAAAGGGACTTGGCTGAGGGG;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=34;TCR=70;TR=104;WE=150975116;WS=150975098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	150990825	rs3738480	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=283;ReadPosRankSum=0.658;SC=CTGGGTACTTATGGCTTTGAG;SOR=0.169;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=16;WE=150990833;WS=150990815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr1	150991221	rs11204758	A	G	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=647;ReadPosRankSum=1.643;SC=AAAGAGAGGAAGAAAGAGTTT;SOR=0.500;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=42;WE=150991229;WS=150991211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,57:0.36:159
chr1	150991285	rs6664220	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=289;ReadPosRankSum=0.140;SC=TTGGGAGGCCAAGGCGGGCGG;SOR=0.368;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=19;WE=150991293;WS=150991275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr1	150998221	rs55774303	AT	A	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
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chr1	150999863	rs55717234	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr1	151001583	rs6691701	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=-1.398;SC=TCCCCTTTCTGCTTTTTCCCA;SOR=0.214;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=11;WE=151001591;WS=151001573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	151006539	rs3738476	C	A	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=693;ReadPosRankSum=0.291;SC=TGATTTCTGGCCTGAGTCAAG;SOR=0.766;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=190;TCF=84;TCR=106;TR=60;WE=151006547;WS=151006529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,119:0.34:350
chr1	151011325	rs61751619	C	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=763;ReadPosRankSum=-0.693;SC=CATGCGCAAGCGTCTTTCTGC;SOR=0.650;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=161;TCF=88;TCR=73;TR=60;WE=151011333;WS=151011315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,98:0.32:305
chr1	151019180	rs6587553	A	G	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=488;ReadPosRankSum=-0.705;SC=ACTGGATAAAAGGCCTTAGAA;SOR=0.664;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=136;TCF=46;TCR=90;TR=40;WE=151019188;WS=151019170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,72:0.38:188
chr1	151026815	rs2902810	C	T	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=760;ReadPosRankSum=2.804;SC=AAAACAGATGCGAGACACCTT;SOR=0.728;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=187;TCF=84;TCR=103;TR=66;WE=151026823;WS=151026805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,114:0.35:323
chr1	151028234	rs11204767	G	T	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.836;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=76;PP=2355;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GCTTCACTCCGCTGTCTGAGG;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=46;TCR=76;TR=121;WE=151028242;WS=151028224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr1	151039609	rs3738481	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=7.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr1	151070252	rs35034487	CA	C	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=1.052;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr1	151104598	rs4971005	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=0.723;SC=CCAGACCCAGAAGGCCCGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=151104606;WS=151104590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr1	151104950	rs10788800	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=281;ReadPosRankSum=-2.755;SC=GAGGCCGTGGGCCGCTCCCTT;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=24;WE=151104958;WS=151104940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr1	151105824	rs4971006	C	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=1.454;SC=GCGGGAGCCCCGGAGTCTCGA;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=15;WE=151105832;WS=151105814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr1	151108137	rs4971007	T	G	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1106;ReadPosRankSum=1.179;SC=CCACCTGGGGTCAGCACCTTC;SOR=0.622;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=264;TCF=143;TCR=121;TR=86;WE=151108145;WS=151108127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,133:0.32:416
chr1	151114882	rs11464219	C	CT	783.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.539;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,30:0.30:99
chr1	151139073	.	C	CT	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr1	151140888	.	C	CT	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.831;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.754;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,17:0.20:83
chr1	151144057	rs28730723	C	T	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=3.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,111:0.53:210
chr1	151144109	.	C	T	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1394;ReadPosRankSum=2.418;SC=AGTCAAATACCTGTATATTAT;SOR=0.877;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=183;TCF=97;TCR=86;TR=91;WE=151144117;WS=151144099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,126:0.47:270
chr1	151144314	rs200165349	C	CT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr1	151146186	rs7552226	C	G	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=46;PP=1356;SC=TAGAATGCTGCGTCACGAAGG;SOR=2.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=151146194;WS=151146176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	151146276	rs7521416	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=465;SC=AGTGCGGGGCTGGGCGCTGTG;SOR=1.547;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=24;WE=151146284;WS=151146266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	151149601	rs6656261	A	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=682;SC=AGTGGCTCACACCTGTAATTC;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=151149609;WS=151149591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	151205303	rs7544947	A	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=393;ReadPosRankSum=-0.965;SC=CAGGCCAGGCACGGTGGCTCA;SOR=0.430;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=10;TCR=62;TR=25;WE=151205311;WS=151205293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr1	151209063	rs12407426	C	T	3299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.780;NF=58;NR=46;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.342;SC=TAATGGATTACAGCCTCTTGA;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=270;TCF=156;TCR=114;TR=104;WE=151209071;WS=151209053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,188:0.39:479
chr1	151210789	rs7532935	C	T	2117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=839;ReadPosRankSum=0.962;SC=ATACAGATAACCAGTCACGTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=115;TCR=113;TR=76;WE=151210797;WS=151210779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,128:0.33:384
chr1	151212399	rs141190258	C	CCTT	3577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=11;PP=2053;SC=TGCCGGGCCTCCTAACTCTAT;SOR=2.073;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=48;WE=151212407;WS=151212389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr1	151238222	rs2275900	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.288;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=2.012;SC=TCCTTTTGCCGCCTCTTCCCT;SOR=0.261;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=24;WE=151238230;WS=151238212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr1	151239051	rs7489	T	C	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,107:0.39:273
chr1	151239570	rs10888408	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=500;ReadPosRankSum=0.830;SC=CCTCTGGCAGCGGCATGCTCC;SOR=0.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=36;WE=151239578;WS=151239560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,45:0.35:128
chr1	151254023	rs59912932	A	C	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=22;PP=1101;ReadPosRankSum=1.207;SC=CCCAACCTTTAGGTCCCGATT;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=69;WE=151254031;WS=151254013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,92:0.58:158
chr1	151254041	rs3811406	T	C	5455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=48;PP=2464;SC=ATTCCTTCCATGCTCCAAATC;SOR=1.299;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=92;TCR=48;TR=140;WE=151254049;WS=151254031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr1	151259043	rs2298265	C	T	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1181;ReadPosRankSum=-1.853;SC=CTGTGTGTCCCGAGCAGTCTG;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=78;WE=151259051;WS=151259033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,94:0.47:200
chr1	151259543	rs3748545	G	A	8756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.782;SC=CCAGTTGCTGGGGTGCCCTTC;SOR=0.630;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=399;TCF=202;TCR=197;TR=256;WE=151259551;WS=151259533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,387:0.63:611
chr1	151263782	rs10788803	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=203;ReadPosRankSum=0.359;SC=ATTAACATTAATATTTTGTTA;SOR=0.560;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=13;WE=151263790;WS=151263772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr1	151280400	rs1536617	C	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=33;PP=953;SC=TCCAGGAAAGCAGCTGCTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=40;WE=151280408;WS=151280390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	151282841	rs1752388	A	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=173;ReadPosRankSum=0.152;SC=TTCTCTAGTGAAGTTCTACCT;SOR=1.003;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=12;WE=151282849;WS=151282831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	151288172	rs1056847	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,28:0.30:92
chr1	151288391	rs1752379	A	G	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=41;PP=1590;SC=CATCACCCACATCCTCATCCA;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=90;WE=151288399;WS=151288381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	151314379	rs1752387	T	C	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=299;SC=CTAACCTATATATTCATCATA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=151314387;WS=151314375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	151315287	rs2233854	G	C	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=739;ReadPosRankSum=-0.800;SC=TGTGCCCCGGGGCTGAGTGAG;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=203;TCF=108;TCR=95;TR=60;WE=151315295;WS=151315277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,115:0.32:364
chr1	151316161	rs1752386	G	A	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=25;PP=1221;SC=ACACACCAGCGAGCCCCATGG;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=151316169;WS=151316151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	151337788	rs10788804	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=225;ReadPosRankSum=1.268;SC=TATAAGGAGGACCATAGTGGG;SOR=1.105;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=18;WE=151337796;WS=151337778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr1	151341703	rs55906289	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=-0.155;SC=CCCAGGCCACGCCTCTGTCCA;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=9;WE=151341711;WS=151341693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	151341728	rs35093538	G	GC	496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=610;SC=TGGAAGAGGCGCCCTGTGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=15;WE=151341736;WS=151341718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	151372138	rs7172	G	A	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,77:0.36:216
chr1	151372770	rs2495390	A	G	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=876;SC=GGGGGACTGGAAGAGTTGTTG;SOR=2.621;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=34;WE=151372778;WS=151372760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	151373200	rs2495391	T	C	5115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=61;PP=2240;SC=CTAAGATGAATCTAAGGTGAA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=114;WE=151373208;WS=151373190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	151374025	rs4603	T	C	4721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=56;PP=2161;ReadPosRankSum=1.257;SC=CAGTTTCAAATCGCCACTGTC;SOR=0.733;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=201;TCF=116;TCR=85;TR=128;WE=151374033;WS=151374015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,219:0.63:349
chr1	151377248	rs6667714	T	C	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	151379250	rs2274535	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-0.595;SC=ACTTCAGGTCGGAAGGTTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=7;WE=151379258;WS=151379240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr1	151380504	rs200057999	AAAAG	A	70.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.102;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	151380727	rs2025899	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=451;ReadPosRankSum=-0.337;SC=CTGTGGGGGAAAAAAAAAAAG;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=29;WE=151380735;WS=151380717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr1	151381320	rs3831142	GA	G	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.455;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.010;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
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chr1	151384733	rs3748550	G	A	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=734;ReadPosRankSum=0.565;SC=TCTTCCTGAGGGCAAAACTGC;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=48;WE=151384741;WS=151384723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,74:0.36:205
chr1	151395782	rs2274533	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=178;ReadPosRankSum=-0.276;SC=GTTACCCACATGTAAATAAAT;SOR=1.077;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=13;WE=151395790;WS=151395772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr1	151396037	rs2274534	A	C	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=489;ReadPosRankSum=2.761;SC=TCTGTAATAAAGCACAAAGAG;SOR=0.513;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=52;WE=151396045;WS=151396027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,73:0.39:186
chr1	151400942	rs11204811	A	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=233;ReadPosRankSum=1.650;SC=CACCTATAACACATTCTCCCT;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=21;WE=151400950;WS=151400932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,33:0.34:97
chr1	151402045	rs6587577	A	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=648;ReadPosRankSum=-0.640;SC=TCTGGATGCCAGTTTATTCCA;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=82;TCR=52;TR=58;WE=151402053;WS=151402035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,72:0.41:177
chr1	151499635	rs2298168	C	T	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=399;SC=GAACACCTGCCTTACCTCTCC;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=151499643;WS=151499625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	151501698	rs2096232	A	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=10;PP=543;SC=AGAAACTGCCAAACTACTTTC;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=151501706;WS=151501688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	151501737	rs6678068	T	C	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	151506526	rs41272467	G	A	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.555;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,86:0.65:133
chr1	151508061	rs11204842	A	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=563;SC=TGGTCCTCTCACCCATCCCCA;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=151508069;WS=151508051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	151512895	rs3828054	A	G	3645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=41;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CCAGAGGACCAGGCGGCGGTA;SOR=0.699;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=97;WE=151512903;WS=151512885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,182:0.59:308
chr1	151518484	rs71580387	T	TTC	1015.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.48;QD=37.62;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	151535020	rs143684177	A	ATC	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=256;ReadPosRankSum=0.182;SC=TGTCTGAGCCATCTCTCTCTC;SOR=0.694;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=151535042;WS=151535010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	151546931	rs6660238	A	G	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=26;PP=699;SC=AGGGGCCTGCAGGTGGATCGA;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=151546939;WS=151546921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	151547253	rs16833391	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=-0.363;SC=CCCATCAAACCAGCTCATCTT;SOR=2.147;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=12;WE=151547261;WS=151547243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	151551320	rs3748608	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=315;ReadPosRankSum=1.554;SC=GGGCTGGTTTGTAACCTGCCC;SOR=0.761;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=24;WE=151551328;WS=151551310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr1	151552301	rs3833527	TG	T	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	151554503	rs1891592	T	C	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=637;ReadPosRankSum=0.829;SC=ACTCTGGCTGTGCCATAAGCC;SOR=0.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=68;TCR=31;TR=42;WE=151554511;WS=151554493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,61:0.47:129
chr1	151634512	rs3831367	A	AT	1175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=8;PP=1188;SC=AAATGTATTGATTTTTTTCCC;SOR=3.171;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=43;WE=151634520;WS=151634502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	151634803	rs11808761	G	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=652;ReadPosRankSum=-0.079;SC=AAGGAAGATAGATTAAATAAG;SOR=0.320;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=90;TCF=21;TCR=69;TR=42;WE=151634811;WS=151634793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,46:0.46:99
chr1	151675486	rs3790508	A	G	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=160;ReadPosRankSum=-1.552;SC=CCAGCTTCCAAGAAACCCCTA;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=151675494;WS=151675485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	151675618	rs1308150	T	C	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=40;PP=1650;SC=AAACGCTGGGTACAGAAGGCC;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=89;WE=151675626;WS=151675608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	151681567	rs2280474	G	A	3099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=3.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,149:0.66:227
chr1	151686983	rs939592	T	A	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.710;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=652;ReadPosRankSum=-1.086;SC=GAGGTGGAAATTATGCTCAGT;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=46;WE=151686991;WS=151686973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,66:0.56:118
chr1	151694241	rs1879533	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=1.792;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=155;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GGGAGACCCCCGGCGGACCTC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=9;WE=151694249;WS=151694231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr1	151700189	rs72506285	C	CCTG	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.215;NF=0;NR=14;PP=582;ReadPosRankSum=-1.058;SC=CAGGATTCTCCCAGAGTCTGG;SOR=0.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=14;WE=151700197;WS=151700179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr1	151732700	rs10888433	A	G	4115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.668;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=72;PP=1905;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CAGTCAGGTAAGTAAGATTTA;SOR=0.889;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=194;TCF=80;TCR=114;TR=117;WE=151732708;WS=151732690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,196:0.60:327
chr1	151733335	rs8480	T	G	4061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=1.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.761;QD=13.27;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,195:0.64:306
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chr1	151740479	rs1196457	C	A	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=575;SC=GACACACCCCCATCTGCCTGA;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=151740487;WS=151740476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	151740666	rs2495397	T	C	5462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	151742550	.	GGAGAGA	G	1167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=6.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.381;QD=12.83;ReadPosRankSum=1.737;SOR=1.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr1	151742565	rs140076465	GGGAGACCATGGGGAGACGGAGAC	G	1403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.942;QD=10.48;ReadPosRankSum=1.288;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,47:0.35:134
chr1	151747043	rs1123855	C	T	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=40;PP=1066;ReadPosRankSum=0.340;SC=GCAATGCCAGCGAGGCTCAAA;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=86;TCR=95;TR=77;WE=151747051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,108:0.39:276
chr1	151747733	rs1781421	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=1.521;SC=ACTTTAAAGACATTCCTTTGG;SOR=0.223;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=9;WE=151747741;WS=151747723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	151747799	rs1781419	G	A	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=16;PP=951;SC=GGTTTCTGAGGAAGAAAAAGT;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=151747807;WS=151747789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	151748425	rs3923394	C	A	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=37;PP=1042;SC=TTGCTGCTTTCAGAAAGAACC;SOR=1.644;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=151748433;WS=151748415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	151751081	rs1996729	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=179;ReadPosRankSum=0.252;SC=AGACTGAGAAGGCATTCCTTC;SOR=0.568;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=20;WE=151751089;WS=151751071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr1	151753805	rs11355113	AT	A	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=1.253;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	151754112	rs35077383	T	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=448;ReadPosRankSum=-2.227;SC=CACCCAAAGCTAGTATAACTA;SOR=0.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=38;WE=151754120;WS=151754102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,56:0.31:181
chr1	151755284	rs6681093	C	G	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr1	151780177	rs3828057	C	T	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=32;PP=943;SC=GAAGTCCGCTCATTCTTCCTG;SOR=1.099;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=48;WE=151780185;WS=151780167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	151783688	rs939595	A	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=391;SC=TCTAACAGAGAGTGGTACTCC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=151783696;WS=151783678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	151789588	rs151171878	C	CTGTGTG	1300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;QD=39.42;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	151789609	rs56273334	C	T	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=42.34;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	151789611	rs55841824	C	T	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=42.31;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	151789647	rs12144914	T	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.713;NF=14;NR=10;PP=249;ReadPosRankSum=0.220;SC=CACACATGCATGCATACACAT;SOR=0.713;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=24;WE=151789655;WS=151789637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr1	151798372	rs111882199	G	C	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.365;SC=CAGGGTCCAGGCTCCCCCGCC;SOR=0.800;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=237;TCF=108;TCR=129;TR=84;WE=151798380;WS=151798362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,156:0.38:416
chr1	151811226	rs6673556	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=187;SC=GAGGCAGCGAGCAGGTCGCGG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=151811234;WS=151811216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	151819691	.	AGGAGGCAGGAGGCAGGCAGGGGAGGCAGGAGGCAGGAGGCAGGCAGG	A	1730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=45.55;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	151819738	.	G	GGGAGGCA	476	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=57.46;NF=1;NR=6;PP=476;QD=71.2857142857;SC=AGGCAGGCAGGGGAGGCAGGA;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=7;WE=151819746;WS=151819728;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,7:0.30:23
chr1	151820298	rs6587624	G	C	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=65;PP=2288;SC=ATCTTGTCCAGTTCTACGTCC;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=111;WE=151820306;WS=151820288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	151820324	rs6587625	T	C	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=64;PP=2153;SC=AACCAGAGAGTCCACGGGGAT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=109;WE=151820332;WS=151820314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr1	151825991	rs7556386	G	T	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=29;PP=956;SC=CCTCAAGAAGGCCTCTGTGGT;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=151825999;WS=151825981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	151862661	rs1060870	G	A	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=47;PP=2147;SC=GATTATAGGCGTGAGCCACAG;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=121;WE=151862669;WS=151862651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	151867560	rs3762427	G	A	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=23;PP=926;SC=TCCAGGAGCCGTCTTCACATT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=53;WE=151867568;WS=151867550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	151881885	rs3748805	A	C	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=31;PP=742;SC=TACTGGCGGCAGGCACAGAGC;SOR=1.287;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=49;WE=151881893;WS=151881875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	152009530	rs3811422	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=6;PP=243;SC=CTCAGACAGCTTCCGCGCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=11;WE=152009538;WS=152009520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	152084693	.	TCTC	T	6763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.186;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.694;NF=26;NR=52;PP=2968;ReadPosRankSum=3.060;SC=TGCTCGCGCCTCTCCTCCTGC;SOR=1.068;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=149;TCF=43;TCR=106;TR=78;WE=152084703;WS=152084683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,178:0.54:330
chr1	152085505	rs2515663	A	C	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=69;PP=1719;SC=ATTACTGTCAAGATCCAGAAG;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=37;TCR=70;TR=106;WE=152085513;WS=152085495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr1	152086555	rs141946179	AT	A	1087.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=36;PP=535;ReadPosRankSum=2.326;SC=AAGTGGAGACATTTTTTTTTC;SOR=0.670;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=37;WE=152086564;WS=152086545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,65:0.62:105
chr1	152191709	rs6662450	C	G	15047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=192;PP=2965;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGAAGAACAACTTGTGCCAGA;SOR=0.275;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=347;TCF=154;TCR=193;TR=346;WE=152191717;WS=152191699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,576:1.00:577
chr1	152191879	rs10788828	G	A	12196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=154;PP=2965;SC=AGCTAGATCCGTGTTGTTCAC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=327;TCF=173;TCR=154;TR=327;WE=152191887;WS=152191869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr1	152192114	rs7520249	C	T	7407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.870;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=13.558;NF=85;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=4.640;SC=GGACCCATGTCGGCCGCGACT;SOR=0.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=220;TCF=95;TCR=125;TR=206;WE=152192122;WS=152192104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,288:0.95:302
chr1	152192293	rs7520375	C	T	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=71;PP=2965;SC=AGGAATGACCCGAGCTAGATC;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=100;TCR=72;TR=171;WE=152192301;WS=152192283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	152192631	rs6587647	C	T	15788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=200;NR=185;PP=2965;SC=CCGTGTTGTCCGTGGCCGGAG;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=386;TCF=200;TCR=186;TR=385;WE=152192639;WS=152192621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr1	152192687	rs6587648	T	C	16377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=188;NR=185;PP=2965;SC=AGAGGAATGCTCTGAGCTAGA;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=375;TCF=190;TCR=185;TR=373;WE=152192695;WS=152192677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,614:1.00:614
chr1	152192825	rs6666097	C	T	4952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.713;SC=CCCACGCTGGCCGTGGCCTGG;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=293;TCF=134;TCR=159;TR=168;WE=152192833;WS=152192815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,214:0.59:365
chr1	152192978	rs6587649	T	C	16676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.098;NF=207;NR=196;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.499;SC=AGATCCATGTTGTCCCTGGCT;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=405;TCF=207;TCR=198;TR=403;WE=152192986;WS=152192968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,647:1.00:649
chr1	152193052	rs6587650	A	G	15662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=205;PP=2965;SC=AGCCAGACTCATGTTGCCCAA;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=376;TCF=170;TCR=206;TR=374;WE=152193060;WS=152193042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,611:1.00:611
chr1	152193121	rs6587651	G	T	9296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=1.427;SC=AGTAACTTGAGCCAGACCCGT;SOR=0.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=110;TCR=142;TR=252;WE=152193129;WS=152193111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,336:1.00:337
chr1	152193286	rs7545406	G	T	7159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FS=3.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.445;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,332:0.59:563
chr1	152193291	rs6587652	G	T	21494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=36.81;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr1	152193544	rs7535536	A	G	17929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr1	152193547	rs6587653	G	A	17899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.43;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr1	152193851	rs11204937	C	T	6837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=93;PP=2965;SC=GATTTTATTACGAGCCTGAAC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=64;TCR=93;TR=157;WE=152193859;WS=152193841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr1	152193990	rs11204938	A	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=40;PP=1165;SC=AGGTACAAAGAGTAGCTCTGT;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=152193998;WS=152193980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	152195728	rs34061715	AT	A	3410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.933;HP=11;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.383;NF=7;NR=82;PP=1402;ReadPosRankSum=0.338;SC=GAGTTTAGGCATTTTTTTTTT;SOR=0.382;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=98;TCF=7;TCR=91;TR=89;WE=152195738;WS=152195718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,175:0.98:179
chr1	152384498	rs3215709	G	GT	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.579;NF=4;NR=2;PP=157;ReadPosRankSum=0.328;SC=AATTCCCCAGGCAAGGCCTCT;SOR=0.458;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=152384506;WS=152384497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	152384833	rs1923492	T	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=-2.273;SC=TGTTTTTAGTTTTCCTTTGTC;SOR=0.349;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=19;WE=152384841;WS=152384823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr1	152484129	rs2105117	G	A	7844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.956;SC=CCTCCCCAGTGTTCAGCCCCA;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TCR=372;TR=248;WE=152484137;WS=152484119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:746,444:0.37:1190
chr1	152487979	rs2282296	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.581;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=182;ReadPosRankSum=1.091;SC=CCTCCTGCTGCGGCTCCGGCA;SOR=0.547;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=21;WE=152487987;WS=152487969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,38:0.34:112
chr1	152488063	rs1053588	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=189;ReadPosRankSum=-0.798;SC=GGAGACGCCGCCGACAGCGGA;SOR=0.605;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=18;WE=152488071;WS=152488053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,36:0.39:93
chr1	152552461	rs4845313	C	A	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=64;PP=1356;ReadPosRankSum=0.848;SC=ATTTGTTAGTCCAAAATCTAC;SOR=1.177;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=138;TCF=36;TCR=102;TR=81;WE=152552469;WS=152552451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,111:0.59:187
chr1	152681543	rs1332496	T	C	21027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=269;NR=193;PP=2965;SC=TTATCGAAATTCCACCAAGAT;SOR=0.891;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=464;TCF=270;TCR=194;TR=462;WE=152681551;WS=152681533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,814:1.00:814
chr1	152732106	rs17612167	A	T	4085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=55;PP=2024;ReadPosRankSum=2.233;SC=TGCCGCTCCAACAGTGCTGCG;SOR=0.481;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=238;TCF=152;TCR=86;TR=138;WE=152732114;WS=152732096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,194:0.57:341
chr1	152749091	rs41268480	C	T	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=52;PP=1268;ReadPosRankSum=1.469;SC=CCACCACAGACGGCGTAGGTC;SOR=0.685;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=107;TCF=23;TCR=84;TR=67;WE=152749099;WS=152749081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,80:0.65:123
chr1	152760106	rs56313719	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.546;NF=7;NR=22;PP=473;ReadPosRankSum=-0.346;SC=AGGGGGCAGCGGCCAGCACTC;SOR=1.257;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=29;WE=152760114;WS=152760096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr1	152882982	.	C	CAGCAGCAGGAGGGGCAGCTGGAGCTCTCTG	1712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.23;QD=114.18;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	152944594	rs3170863	C	T	5290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=96;PP=2455;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CCTCCAAGAGCAAACAGAAGT;SOR=0.579;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=308;TCF=123;TCR=185;TR=163;WE=152944602;WS=152944584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,255:0.57:447
chr1	152957573	rs1611760	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=608;ReadPosRankSum=-0.088;SC=AATGGGGGAGTTAAGGGAGAT;SOR=0.681;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=42;TCR=4;TR=29;WE=152957581;WS=152957563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr1	152957832	rs1611762	C	A	5179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.880;NF=84;NR=82;ReadPosRankSum=1.575;SC=AGCCCTGCCACCCCAAGGTGC;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=134;TCR=130;TR=166;WE=152957840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,239:0.64:375
chr1	152957887	rs1611764	G	A	4378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.826;NF=75;NR=61;PP=2317;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CCAGCCCAAGGTTCCAGAGCC;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=248;TCF=134;TCR=114;TR=136;WE=152957895;WS=152957877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,195:0.59:330
chr1	152975495	rs2075739	G	A	3773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=43;PP=1531;ReadPosRankSum=0.676;SC=ATCCTTTGAAGCATGAGTTCT;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=101;TCR=69;TR=108;WE=152975503;WS=152975485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,180:0.62:290
chr1	152975658	rs67156933	AGAGCCAGGCTGTACCAAGGTCCCT	A	1179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.98;MQRankSum=7.447;QD=17.35;ReadPosRankSum=1.325;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr1	152975763	rs1977734	C	A	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=4.164;NF=33;NR=29;PP=691;ReadPosRankSum=-1.749;SC=CTGAGCCAGGCTGTACCAAGG;SOR=0.764;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=62;WE=152975771;WS=152975753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,71:0.56:127
chr1	152975829	rs1970328	A	G	3547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.877;NF=41;NR=38;PP=1237;ReadPosRankSum=0.011;SC=AGGTCCCTGAACCAGGCAGCA;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=79;WE=152975837;WS=152975819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,126:0.57:221
chr1	152975941	rs1055935	C	G	3252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=51;PP=1613;ReadPosRankSum=1.355;SC=CTACACAAAGCTACCAGAGCC;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=93;TCR=91;TR=104;WE=152975949;WS=152975931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,153:0.56:272
chr1	153004721	rs1334848	A	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=813;ReadPosRankSum=1.297;SC=GAAAGAACATAGCTTTTTAAG;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=47;WE=153004729;WS=153004711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr1	153004778	rs3820141	C	T	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=28;PP=1567;ReadPosRankSum=0.025;SC=TTATTCTCTGCTTAAATCATC;SOR=0.913;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=163;TCF=110;TCR=53;TR=98;WE=153004786;WS=153004768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,152:0.60:255
chr1	153004809	rs3181787	T	C	4830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=57;PP=2269;ReadPosRankSum=0.135;SC=CCAGGACCAGTCACTGTTGCA;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=230;TCF=134;TCR=96;TR=140;WE=153004817;WS=153004799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,226:0.59:380
chr1	153004848	rs3795381	T	C	11219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-0.810;QD=23.67;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,285:0.60:474
chr1	153004853	rs3795382	C	T	11264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-0.810;QD=23.13;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,293:0.60:487
chr1	153004983	rs12195	C	T	4125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.323;NF=69;NR=63;PP=2204;ReadPosRankSum=0.472;SC=CCAAAGTGCCCGAGCCCTGCC;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=120;TCR=105;TR=132;WE=153004991;WS=153004973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,182:0.62:294
chr1	153005156	rs2711	C	T	5404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.202;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,257:0.60:431
chr1	153122310	rs510277	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-0.467;SC=AGTCCTGGGAGTAAGAAGAGC;SOR=1.015;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=9;WE=153122318;WS=153122300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr1	153190590	rs35221508	G	GT	591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.526;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.513;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr1	153233488	rs150026164	C	CGGCGGT	5088.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=4.757;NF=9;NR=46;PP=2879;ReadPosRankSum=-0.863;SC=AGACCTCTGGCGGCGGTGGCG;SOR=0.646;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=114;TCF=13;TCR=101;TR=55;WE=153233508;WS=153233478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,136:0.56:242
chr1	153233701	rs1143390	A	C	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr1	153233991	rs11275959	A	ACTCTGGCGGCGG	1034.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.496;NF=3;NR=5;PP=2005;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GTCTGCGGCTACTCTGGCGGC;SOR=0.766;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=8;WE=153233999;WS=153233981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr1	153234295	rs12043009	G	A	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=1168;ReadPosRankSum=-1.945;SC=GTGGCTCCGGGAGTGGCAAGG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=59;WE=153234303;WS=153234285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,93:0.69:135
chr1	153279462	rs66966700	TAAG	T	2382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.373;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.363;NF=17;NR=18;PP=1432;ReadPosRankSum=0.693;SC=GCGCAGAAAATAAGAGCCACA;SOR=0.951;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=35;WE=153279472;WS=153279452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,63:0.52:120
chr1	153283004	rs821423	C	T	2831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=932;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TGAAAGCACTCGGATGGGTTT;SOR=0.605;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=66;WE=153283012;WS=153282994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,138:0.56:247
chr1	153283165	rs372264715	A	C	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.197;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=708;ReadPosRankSum=0.858;SC=TCTGACCGGGAGAGTGTGGAC;SOR=1.629;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=20;WE=153283187;WS=153283155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,35:0.32:110
chr1	153283179	rs3006473	A	G	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.789;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=1530;ReadPosRankSum=0.194;SC=TGTGGACGGCAGCCCTGGAAG;SOR=0.319;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=38;WE=153283187;WS=153283155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,58:0.68:85
chr1	153314153	rs3006448	C	A	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=6;PP=266;SC=CTCGCCTTTCCCAAGAAGTGG;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=153314161;WS=153314143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	153314347	rs3006449	C	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=157;SC=AGCCCCTGCACAGCTGATGGA;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=153314355;WS=153314337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	153315467	rs5777858	T	TAAG	1706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=6;PP=1004;SC=ATGAGAAGGATAAGACAGCAG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=20;WE=153315475;WS=153315457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	153315579	rs3014863	A	G	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.06;NF=71;NR=42;PP=2188;SC=TCTTAGTGCCAAAGAAGGCAA;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=113;WE=153315587;WS=153315569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	153315784	rs1865234	T	C	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=64;PP=1941;SC=GGACTGAAGCTATGTTCACTA;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=95;WE=153315792;WS=153315774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	153320334	rs3006457	T	C	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=39;PP=2008;SC=CTCGGTTGCTTTTTGGCCCAG;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=97;WE=153320342;WS=153320324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	153320372	rs3006458	T	G	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=57;PP=2261;SC=CAGGCCTGGATACCCAGAGCA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=119;WE=153320380;WS=153320362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr1	153320581	rs3006459	T	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=622;SC=CAGCACCTGCTTCAGTCTTCT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=153320589;WS=153320571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	153410822	rs10888561	C	A	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=58;PP=1493;SC=TTTCAAAAAGCCTTCAGGAAA;SOR=2.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=72;WE=153410830;WS=153410812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	153412392	rs3006428	T	G	7746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=120;PP=2965;ReadPosRankSum=0.299;SC=AAAAGGCAAATAGGCAGGTGA;SOR=0.529;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=87;TCR=121;TR=206;WE=153412400;WS=153412382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,293:0.99:296
chr1	153430249	rs35971850	TG	T	9804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=78;PP=2966;SC=TTATTGTTCCTGGGGTCTCTG;SOR=0.974;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=55;TCR=80;TR=132;WE=153430257;WS=153430239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr1	153431406	rs3014837	C	G	4416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=48;PP=2143;SC=GGCTTGGCTTCTCAATCTTGT;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=113;WE=153431414;WS=153431396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	153509890	rs3795393	T	C	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.597;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,62:0.36:172
chr1	153533840	rs75282796	T	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=373;ReadPosRankSum=-1.149;SC=AAAAAAAGTTTATTGAATACA;SOR=0.561;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=22;WE=153533848;WS=153533830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr1	153587256	rs11548102	A	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TGCAGAGATGAGGACAGGTGC;SOR=1.702;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=8;WE=153587264;WS=153587246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr1	153587308	rs11548104	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=451;ReadPosRankSum=0.218;SC=CAAGTTTTATCTCCAGGCCCA;SOR=0.872;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=33;WE=153587316;WS=153587298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr1	153588208	rs9792963	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=203;ReadPosRankSum=-1.009;SC=TGCAGGGCAAGGCCAAGGTGA;SOR=0.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=16;WE=153588216;WS=153588198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr1	153588279	rs9792967	G	A	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=627;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TGTGGGAGCAGAAAGGCCAGG;SOR=0.674;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=47;WE=153588287;WS=153588269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,68:0.37:184
chr1	153588340	rs11548103	C	T	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=55;PP=1457;ReadPosRankSum=0.705;SC=CCCATGGTGCCCACTGTGTCT;SOR=0.799;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=166;TCF=79;TCR=87;TR=100;WE=153588348;WS=153588330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,168:0.61:277
chr1	153600778	rs3806233	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=596;ReadPosRankSum=1.042;SC=TTCCAGCCCAGGAGACAGAGG;SOR=0.730;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=95;TCF=71;TCR=24;TR=33;WE=153600786;WS=153600768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr1	153604029	rs1046379	C	T	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=705;ReadPosRankSum=-1.628;SC=CCCTCAAGACCTTTGAGGAGG;SOR=0.538;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=150;TCF=86;TCR=64;TR=54;WE=153604037;WS=153604019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,92:0.40:232
chr1	153604112	rs1046381	G	A	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.372;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=32;PP=929;ReadPosRankSum=-1.250;SC=CCACCCCCTTGCCTCTGACTC;SOR=0.887;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=192;TCF=98;TCR=94;TR=78;WE=153604120;WS=153604102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,115:0.41:283
chr1	153609039	rs4845557	T	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
chr1	153635425	rs3795396	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	153636472	.	T	TACC	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=4.173;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.862;NF=16;NR=1;PP=562;ReadPosRankSum=1.841;SC=CTACTACTACTAGTAAATAAG;SOR=4.275;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=17;WE=153636480;WS=153636462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr1	153636860	rs4351684	A	G	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=469;ReadPosRankSum=0.298;SC=AAATGGTTAGAGAGGGACTCA;SOR=0.591;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=74;TCR=63;TR=42;WE=153636868;WS=153636850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,80:0.35:226
chr1	153637617	rs3862047	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.956;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=208;ReadPosRankSum=-0.607;SC=ATAGCAACAAGCTAAGTAAAC;SOR=0.957;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=18;WE=153637625;WS=153637607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr1	153642835	rs6663046	G	C	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=39;PP=1100;SC=ACTTACACTTGTCCCCATTCC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=50;WE=153642843;WS=153642825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	153656352	rs9662664	T	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.611;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=120;ReadPosRankSum=1.147;SC=GGAGAACCAATAGCAGAGGAG;SOR=1.158;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=11;WE=153656360;WS=153656342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr1	153658480	rs11264236	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.641;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=484;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GGGCCCTGGGGGTGGGCTATT;SOR=0.256;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=28;WE=153658488;WS=153658470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr1	153660514	rs11295572	AC	A	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.681;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.157;NF=9;NR=0;PP=195;ReadPosRankSum=2.033;SC=CAGCTCCTCTACCCCCCCAAT;SOR=4.637;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=9;WE=153660522;WS=153660504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	153661374	rs34402066	CG	C	5292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.181;NF=21;NR=55;PP=2649;ReadPosRankSum=1.911;SC=CGGGCGCTCACGGTAGGCTGT;SOR=0.607;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=175;TCF=59;TCR=116;TR=76;WE=153661382;WS=153661364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,180:0.42:429
chr1	153662544	.	ATCTC	A	355.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=-0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.000;QD=23.72;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr1	153662617	.	T	A	26	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=21;MQ=54.32;NF=2;NR=3;PP=26;QD=12.1542425094;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=5;WE=153662625;WS=153662607;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,5:0.26:19
chr1	153665919	rs5777879	T	TC	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=488;ReadPosRankSum=2.776;SC=CCTCCACACCTCCCTACCCTG;SOR=0.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=14;WE=153665927;WS=153665909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	153701376	rs12074957	G	C	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	153743234	rs6675978	T	C	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=704;ReadPosRankSum=-2.115;SC=TGGGGCTCTTTAGCCCTCAAT;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=42;WE=153743242;WS=153743224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,90:0.60:150
chr1	153743317	rs4345834	G	A	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=-1.865;SC=TTTTCCTGTCGTTAACATCTG;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=18;WE=153743325;WS=153743307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr1	153744496	rs149826958	CGGT	C	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=3.086;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,21:0.10:219
chr1	153784666	rs11264420	CT	C	543.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.272;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.41;MQRankSum=0.633;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,41:0.87:47
chr1	153792297	rs75524443	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=0.199;SC=AAGGGGGGCCGGGTGCGGTGG;SOR=0.288;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=11;WE=153792305;WS=153792287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr1	153800931	rs144104082	TACACACACAC	TAC,T,TACACACACACAC	139.73	.	AC=1,0,0;AF=0.500,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=0,0;NR=6,6;PP=758,198;ReadPosRankSum=0.414;SC=CTCTCACACATACACACACAC;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6,6;WE=153800948;WS=153800921;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.67:9
chr1	153906397	rs11264621	A	G	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=830;ReadPosRankSum=0.873;SC=CTCTGCACCAACTTCCCCTTT;SOR=0.569;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=52;WE=153906405;WS=153906387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,81:0.41:198
chr1	153907278	.	C	CCTG	1215	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=19;NR=20;PP=1215;QD=31.358974359;SC=GACACCTGCTCCTGCTGCTGC;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=39;WE=153907288;WS=153907268;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:99,39:0.28:138
chr1	153907305	rs35902206	G	GC	613.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=5.570;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,60:0.19:320
chr1	153907306	.	T	C	1291	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=26;MQ=59.98;NF=55;NR=35;PP=1291;QD=14.7307912505;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=248;TCF=148;TCR=100;TR=90;WE=153907316;WS=153907290;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:158,90:0.36:248
chr1	153907306	rs375088543	T	TGC	1522.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=5.814;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,99:0.28:357
chr1	153913770	rs2252508	A	G	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=737;ReadPosRankSum=0.666;SC=AGACATCTGGAAGGGAAGAAG;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=55;WE=153913778;WS=153913760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,91:0.37:243
chr1	153954674	rs10908578	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=1.646;SC=AGGGCACAGGTGTCATGGTGT;SOR=0.620;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=20;WE=153954682;WS=153954664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,42:0.43:98
chr1	153954778	.	AAC	A	86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=3;PP=86;QD=17.8;SC=TATCAACACCAACACACACAC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=5;WE=153954787;WS=153954768;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr1	153964396	rs34521811	C	CAA	3597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=1911;ReadPosRankSum=1.779;SC=AGGAAGTAACCAGTGATACAA;SOR=0.593;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=40;WE=153964404;WS=153964386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,94:0.43:220
chr1	153967487	rs376157395	CA	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr1	154027381	rs3834774	AT	A	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.715;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.553;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,19:0.26:74
chr1	154031217	rs4845591	A	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.097;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=446;ReadPosRankSum=0.427;SC=ACATGCTCCAAGCATAATCAA;SOR=1.027;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=30;WE=154031225;WS=154031207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr1	154061855	rs2066135	T	G	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=24;PP=1196;SC=AAGCACGGAATATAAAAGTGC;SOR=1.081;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=154061863;WS=154061845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	154108387	rs3001361	G	A	5347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=82;PP=2456;SC=AATGAGACCCGTTAAGTGCAA;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=135;WE=154108395;WS=154108377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	154110733	.	G	GA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.251;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,19:0.20:97
chr1	154112167	rs2500223	A	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=2.310;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	154141908	rs4845364	A	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.061;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=600;ReadPosRankSum=0.338;SC=CAGAGTGAAGAGTTTCAGAAG;SOR=0.437;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=125;TCF=38;TCR=87;TR=44;WE=154141916;WS=154141898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,56:0.34:164
chr1	154144060	rs5777891	T	TAG	708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=412;ReadPosRankSum=-1.116;SC=AACCTATATGTAGAGAGAGTT;SOR=0.336;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=10;WE=154144068;WS=154144050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr1	154178185	.	C	CT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.875;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,16:0.19:86
chr1	154192143	rs9803862	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=1.033;SC=GCACTGAGCAGGTAAGCCAAG;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=17;WE=154192151;WS=154192133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr1	154192463	rs34176728	G	GT	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.433;QD=2.92;ReadPosRankSum=1.585;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr1	154208877	rs3762339	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=0.269;SC=GTTTTGCTCTATTGCCTAGGC;SOR=0.385;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=8;WE=154208885;WS=154208867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	154218639	rs4040743	TTCAG	T	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=209;ReadPosRankSum=0.420;SC=TGTTAGCGTGTTCAGTCATTC;SOR=0.712;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=5;WE=154218650;WS=154218629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr1	154227239	rs1194604	C	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.997;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=297;ReadPosRankSum=-1.880;SC=AATAAAGCTGCATCAGTGCTA;SOR=0.271;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=84;TCF=63;TCR=21;TR=26;WE=154227247;WS=154227229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr1	154227292	rs11412846	G	GT	687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.450;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,74:0.37:202
chr1	154228287	rs1194603	T	C	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.890;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,68:0.28:247
chr1	154235657	rs11265398	G	A	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.987;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=774;ReadPosRankSum=0.830;SC=GCTGTGTTTTGTGTGTGTGTA;SOR=1.161;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=50;WE=154235665;WS=154235647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,66:0.42:158
chr1	154243097	rs2282227	G	A	2309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.244;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=48;PP=1310;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GATGAGGCGGGGAGGTGGGAC;SOR=1.638;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=78;TCF=10;TCR=68;TR=52;WE=154243105;WS=154243087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,64:0.70:92
chr1	154243115	rs1044013	C	T	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=36;PP=918;ReadPosRankSum=-0.804;SC=GACCCCCAAACATATATCAGC;SOR=0.898;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=39;WE=154243123;WS=154243105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,47:0.71:66
chr1	154245142	rs11265425	T	G	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,70:0.61:115
chr1	154285052	rs11265530	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=11.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-5.384;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,20:0.23:87
chr1	154285078	rs11581043	T	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-3.905;QD=4.02;ReadPosRankSum=-1.054;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr1	154294656	rs1194607	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.560;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,26:0.26:101
chr1	154296076	rs1194610	T	C	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=564;ReadPosRankSum=-0.910;SC=TTCTGGGCACTGGGATGCTGA;SOR=0.850;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=41;WE=154296084;WS=154296066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,66:0.42:156
chr1	154296812	rs41304552	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=491;ReadPosRankSum=0.127;SC=TGGGGGCCACCGTTGGCACAG;SOR=0.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=36;WE=154296820;WS=154296802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr1	154302826	rs6691345	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=-1.591;SC=AGTGTTGGTCCAGACCTCAGT;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=31;WE=154302834;WS=154302816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,43:0.28:151
chr1	154305010	rs1209264	A	G	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=15;PP=695;SC=CTCCAGCCTGAGCAGCAGAGC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=154305018;WS=154305000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	154310048	rs1760795	C	G	3846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=52;PP=1672;ReadPosRankSum=-0.593;SC=CCTGGGGTCTCTCCAGGGAGT;SOR=0.544;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=107;WE=154310056;WS=154310038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,171:0.68:250
chr1	154310223	rs11448687	G	GA	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=264;ReadPosRankSum=-0.128;SC=CTGTATTAGAGAAAAAAAAAT;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=21;WE=154310231;WS=154310213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr1	154313232	rs1194588	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=314;ReadPosRankSum=-0.790;SC=TCTCCGTTCTTGTCTCTCCCC;SOR=0.659;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=23;WE=154313240;WS=154313222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr1	154317153	rs1194587	C	T	3099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=53;PP=1483;ReadPosRankSum=2.531;SC=CATCCCGCTCCGTAGGCAACG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=94;WE=154317161;WS=154317143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,145:0.65:224
chr1	154317418	rs1194586	T	C	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=394;ReadPosRankSum=2.294;SC=CTGGAAAGACTGGCTCTCTCA;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=27;WE=154317426;WS=154317408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr1	154321072	rs1194591	A	G	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=44;PP=1375;SC=GAAAGGCCTCATGTGAACACT;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=154321080;WS=154321062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	154401972	rs6694817	T	C	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=59;PP=1813;SC=AAATGAGGCTTTGTGCATTCC;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=96;WE=154401980;WS=154401962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	154407419	rs7518199	A	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=671;SC=GGGCTTCTCTACACTATATTT;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=27;WE=154407427;WS=154407409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	154407713	rs7521458	T	C	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=35;PP=890;SC=AGGCCAGGCATGGTGGCTCAC;SOR=1.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=154407721;WS=154407703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	154408340	rs4845371	T	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=192;SC=TAGAGGCCTCTGCCAGCTGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=154408348;WS=154408337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	154409893	rs71586015	A	AT	1239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,74:0.86:86
chr1	154420402	rs7512646	G	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=7;PP=497;SC=GTTGGTCAGGGTGGTCTCGAA;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=154420410;WS=154420396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	154422580	rs71586016	C	CTGTGTGTGTGTG	496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.16;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	154426970	rs2228145	A	C	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	154437896	rs2229238	T	C	5636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=131;PP=2965;SC=CTGTGGATGATAAAACACAAA;SOR=2.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=37;TCR=131;TR=167;WE=154437904;WS=154437886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	154442960	rs11265621	G	A	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=47;PP=1543;SC=TACAGGGCAGGGGCAGGAAAC;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=78;WE=154442968;WS=154442950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	154443014	rs79925547	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=0.164;SC=GGTGTGCTGGCGAGGTGAAAG;SOR=0.458;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=22;WE=154443022;WS=154443004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr1	154459197	rs4845633	C	G	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=43;PP=1261;SC=CAGGCCACTGCGGTGACCCAT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=154459205;WS=154459187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	154474131	rs4845635	C	G	7303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=99;PP=2965;SC=CCTCCGTGGCCCGGGAGTTTT;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=82;TCR=99;TR=180;WE=154474145;WS=154474121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr1	154474557	rs6703672	T	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=13;PP=262;SC=GGCTGCTCCGTGCGCCCCCGG;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=154474565;WS=154474547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	154479657	rs10654618	C	CAT	3001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=18;PP=1725;SC=ATGCCTGACACGTTTCCTTTT;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=154479678;WS=154479647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	154479670	rs6664608	C	T	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=24;PP=1097;SC=TTCCTTTTGTCGGAGTCTGAG;SOR=0.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=154479678;WS=154479647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	154492702	rs10908842	G	A	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=16;PP=1097;SC=CAGACTAGCTGGCTGGGGATC;SOR=1.483;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=54;WE=154492710;WS=154492692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	154493721	rs6684225	T	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=8;PP=780;SC=CCTTCCAGCTTGGGCTTGGTG;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=154493729;WS=154493711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	154514331	rs4845647	C	A	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=359;SC=CTCAGGATGCCGTGAGGATGG;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=154514339;WS=154514321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	154516477	rs12750774	G	A	7094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GAATGCTTCCGAGACCTGAGC;SOR=0.783;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=315;TCF=138;TCR=177;TR=208;WE=154516485;WS=154516467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,331:0.66:500
chr1	154516571	rs6678164	T	C	9602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=138;PP=2965;SC=TTTTCTGGGCTATGCACGTCA;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=84;TCR=138;TR=221;WE=154516579;WS=154516561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr1	154523215	rs4520411	C	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=4;PP=379;SC=ATCGGTGATACGATCATTTTG;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=154523223;WS=154523205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	154523588	rs10908849	T	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=366;SC=CTCCCAGCACTGTGGTCTAGT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=154523596;WS=154523578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	154524973	rs12144146	A	G	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=879;ReadPosRankSum=-0.171;SC=TGTTAGTAGAATGGTCCAGGT;SOR=0.676;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=59;WE=154524981;WS=154524963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,98:0.61:160
chr1	154528086	rs4078519	T	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=720;SC=GCTCTTAGTTTGGGCCCCACA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=154528094;WS=154528076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	154557685	rs9427094	C	T	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=40;PP=1970;SC=GCTCTCCTGTCTCCTTACCCA;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=100;WE=154557693;WS=154557675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	154561261	rs9427095	G	C	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=32;PP=909;SC=TGTTGCAGACGTTTCACAGTT;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=154561269;WS=154561251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	154562624	rs201932953	CG	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.595;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr1	154562625	rs7532276	G	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.129;HP=11;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=364;ReadPosRankSum=0.087;SC=GGACCCCCCCGCCCCAAAAAA;SOR=1.781;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=26;WE=154562633;WS=154562607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	154571174	rs143817514	T	TGGA	1102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=947;SC=TTTTCACTTGTGGAGATGAAG;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=19;WE=154571182;WS=154571164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	154573967	rs2229857	T	C	12454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.96;NF=145;NR=147;PP=2965;SC=TGCGTTTCTTTTGGTCTCAGG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=301;TCF=147;TCR=154;TR=292;WE=154573975;WS=154573957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr1	154574820	rs1466731	T	C	11117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=133;PP=2965;SC=CCCTGACTTCTGAGATGCACG;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=122;TCR=133;TR=254;WE=154574828;WS=154574810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr1	154575040	rs1802645	C	T	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=43;PP=1405;SC=GCTGCTGGTACCTGAGCTGTC;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=154575048;WS=154575030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	154600372	rs6426859	A	G	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=3.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	154744807	rs1051614	C	G	4634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=78;PP=2264;ReadPosRankSum=1.416;SC=GGCTGATGTACAGGATGCGCT;SOR=0.597;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=189;TCF=71;TCR=118;TR=127;WE=154744815;WS=154744797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,207:0.68:306
chr1	154744852	rs1131820	A	G	2901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=58;PP=1418;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CATCCGCGCCATTGTCGATCA;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=44;TCR=85;TR=88;WE=154744860;WS=154744842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,132:0.68:194
chr1	154832304	rs4845397	T	C	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=55;PP=1625;SC=GAGTGTCCTTTAAGCTGACTT;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=80;WE=154832312;WS=154832294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	154832322	rs1218586	A	C	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=51;PP=1482;SC=CTTTCCTGTTAATTTGACACT;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=154832330;WS=154832312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	154842199	.	G	GGCTGCTGCT,GGCTGCTGCTGCTGCTGCT	2363.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=2.279;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=17.51;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:33,40,62:0.30,0.46:135
chr1	154917701	rs906594	A	G	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=44;PP=1332;SC=AGCAGGCACCACCAAGCATAT;SOR=1.156;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=68;WE=154917709;WS=154917691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	154948327	rs12087657	G	T	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=43;PP=1394;SC=TAAACTACGCGTGTTTTCATT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=154948335;WS=154948317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	154950727	rs369038429	A	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=754;ReadPosRankSum=2.107;SC=GGATTTTTTTAAAAAAAAACT;SOR=1.002;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=44;WE=154950735;WS=154950716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr1	155006450	rs74520550	CC	AG	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=636;ReadPosRankSum=0.470;SC=CTCACCAGAACCTTGTGTCCA;SOR=0.614;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=20;WE=155006459;WS=155006440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr1	155014426	rs55668940	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=0.750;SC=AGCAACAGATGAGGAGGGTTT;SOR=0.562;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=11;WE=155014434;WS=155014416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr1	155026114	rs6660884	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.425;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=315;ReadPosRankSum=0.354;SC=ATTGTCCTCACTTTATACATG;SOR=0.253;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=25;WE=155026122;WS=155026104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr1	155026942	rs6427128	A	C	7983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=83;PP=2798;ReadPosRankSum=0.893;SC=CACACTCAGAAGCCACCAGAG;SOR=0.326;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=156;WE=155026950;WS=155026932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,312:1.00:313
chr1	155028522	rs11264302	G	A	5142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=791;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:491,294:0.37:785
chr1	155030557	rs11264303	A	C	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=56;PP=1377;ReadPosRankSum=-1.954;SC=GCCTCCAGACAGCTAATACTC;SOR=0.658;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=399;TCF=194;TCR=205;TR=119;WE=155030565;WS=155030547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:451,196:0.30:647
chr1	155033317	rs11264304	T	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=301;ReadPosRankSum=-1.542;SC=AGGTGAGTCCTGGATGCCAGA;SOR=0.835;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=30;WE=155033325;WS=155033307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,38:0.30:127
chr1	155033334	rs12743272	G	A	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.302;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=668;ReadPosRankSum=1.773;SC=CAGAGGAAGGGGACTCCACCT;SOR=0.388;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=42;WE=155033342;WS=155033324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,66:0.72:92
chr1	155057499	rs3766918	A	G	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=489;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GGGGCTGCGGAGCGGTCAGAT;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=31;WE=155057507;WS=155057489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr1	155058663	rs17723260	G	A	3614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=1.816;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,177:0.64:276
chr1	155106054	rs4390169	A	G	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=50;PP=1495;ReadPosRankSum=-0.515;SC=AGTGAGTGTCAGAGCCCTGTG;SOR=0.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=113;TCR=90;TR=112;WE=155106062;WS=155106044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,151:0.58:259
chr1	155106227	rs4745	A	T	3957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=67;PP=1729;ReadPosRankSum=-1.293;SC=CAGGCCCATGACAATCCACAG;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=90;TCR=119;TR=119;WE=155106235;WS=155106217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,193:0.56:347
chr1	155106550	rs9297	A	G	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=46;PP=1011;ReadPosRankSum=1.011;SC=GTGAAGGTGTATGCCACACCT;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=75;TCR=111;TR=77;WE=155106572;WS=155106540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,109:0.38:290
chr1	155108287	rs11264333	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=240;ReadPosRankSum=2.135;SC=GGAGCCGAGTGCGCGGGGCGG;SOR=0.596;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=15;WE=155108295;WS=155108277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr1	155142210	rs4421576	A	G	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.224;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=467;ReadPosRankSum=-0.853;SC=CATCACAGTAAGATCCAATGC;SOR=0.902;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=34;WE=155142218;WS=155142200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,43:0.28:156
chr1	155142229	rs4276914	G	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=3.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=-2.287;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,54:0.31:176
chr1	155148781	rs4971059	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=402;ReadPosRankSum=-1.841;SC=CTGGCATTGTGGGTTTCCAAA;SOR=0.662;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=27;WE=155148789;WS=155148771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr1	155149718	rs3814316	G	A	5123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=116;PP=2523;ReadPosRankSum=0.842;SC=ACCAGGACACGGTACAGACCC;SOR=0.655;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=519;TCF=202;TCR=317;TR=195;WE=155149726;WS=155149708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:540,293:0.35:833
chr1	155161794	rs147048677	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.275;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.00;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr1	155162067	rs4072037	C	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=508;ReadPosRankSum=0.805;SC=GACCAGAACCCGTAACAACTG;SOR=0.678;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=39;WE=155162075;WS=155162057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,68:0.41:164
chr1	155173374	rs185081382	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,28:0.31:91
chr1	155178782	rs760077	A	T	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=62;PP=2300;SC=GCGCCGTGACACTCCGAGGCG;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=109;WE=155178790;WS=155178772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	155181843	rs2974935	G	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.218;NF=19;NR=9;PP=333;ReadPosRankSum=0.541;SC=GGGGGTACCAGACAGGACTCC;SOR=0.571;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=28;WE=155181851;WS=155181833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr1	155182164	rs2075570	C	T	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.721;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.123;NF=34;NR=13;PP=628;ReadPosRankSum=-0.070;SC=TCTTCCTGCCCACCCAATCCA;SOR=0.952;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=164;TCF=105;TCR=59;TR=47;WE=155182172;WS=155182154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,90:0.36:253
chr1	155184975	rs140081212	A	G	12230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=173;PP=2965;SC=ACAAAGGCAAAGAGACAAAGG;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=143;TCR=173;TR=315;WE=155184983;WS=155184965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr1	155186729	rs28445596	T	C	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.008;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.256;NF=17;NR=31;PP=1692;ReadPosRankSum=-0.259;SC=CCCCGCTCCCTTGGTCTTGAG;SOR=0.966;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=48;WE=155186750;WS=155186719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,78:0.36:218
chr1	155186742	rs1057941	G	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.757;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.460;NF=15;NR=26;PP=1692;ReadPosRankSum=0.905;SC=GTCTTGAGCCGAGTGGGTGAT;SOR=0.988;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=41;WE=155186750;WS=155186719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,59:0.34:175
chr1	155202689	rs10796940	A	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=539;ReadPosRankSum=1.175;SC=AGGGGACGGGAACACACAGAC;SOR=0.572;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=27;WE=155202697;WS=155202679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr1	155203060	rs56310840	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.568;NF=15;NR=22;PP=582;ReadPosRankSum=1.859;SC=GCTTAGGTGCGGAGGTGGCAC;SOR=0.870;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=37;WE=155203068;WS=155203050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,47:0.33:141
chr1	155205669	rs28559737	G	T	8566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=122;PP=2965;SC=AGACAAAGGCGCAACACTGGG;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=97;TCR=122;TR=218;WE=155205677;WS=155205659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr1	155206341	rs9628662	T	G	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=568;ReadPosRankSum=-0.008;SC=AATCCTGGAGTTGGGTGACGG;SOR=0.609;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=140;TCF=51;TCR=89;TR=49;WE=155206349;WS=155206331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,71:0.37:193
chr1	155209360	rs2075569	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=196;ReadPosRankSum=-2.031;SC=AAAAGAAAAACGAAAAGTTTC;SOR=0.385;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=14;WE=155209368;WS=155209350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr1	155217435	.	AGG	A	152.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=1.098;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr1	155217436	.	GGA	ATT	134	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=134;QD=49.3669687156;SC=CCCAGAGGTAGGAGGGAAAGG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=4;WE=155217446;WS=155217426;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,4:0.17:24
chr1	155217438	rs199735676	A	ATT	152.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr1	155218168	rs2075568	T	C	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=45;PP=1176;ReadPosRankSum=-0.778;SC=CCAATCCCCATCCCTGGGGCG;SOR=0.597;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=217;TCF=99;TCR=118;TR=87;WE=155218176;WS=155218158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,146:0.39:379
chr1	155218365	rs734073	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.972;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=0.060;SC=CTTTCACAGCTCCCACGCTCC;SOR=0.194;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=13;WE=155218373;WS=155218355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr1	155221837	rs2072647	C	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr1	155224091	rs2075566	C	A	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=664;ReadPosRankSum=-1.371;SC=ACCCGGCTGGCACCAACTGGG;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=74;TCR=49;TR=45;WE=155224099;WS=155224081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,60:0.34:176
chr1	155224301	rs2242577	C	A	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=913;ReadPosRankSum=-2.037;SC=CCTGAGTGAGCCCCTCACCAC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=56;WE=155224309;WS=155224291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,78:0.42:184
chr1	155230131	rs1142287	C	T	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=923;ReadPosRankSum=0.976;SC=TAGCTGTGCCCCCCAGGGCAG;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=179;TCF=115;TCR=64;TR=72;WE=155230139;WS=155230121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,122:0.41:296
chr1	155231545	rs2242576	T	G	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=299;ReadPosRankSum=-0.051;SC=GAGACCCGGGTCTCAGCTGGC;SOR=0.622;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=24;WE=155231553;WS=155231535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr1	155239624	rs2361543	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=214;ReadPosRankSum=-0.707;SC=ACTGTTCTCAGACACTTGTTG;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=16;WE=155239632;WS=155239614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr1	155255837	rs11264352	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=175;ReadPosRankSum=0.656;SC=GGTCCCTGCCTCAGTACGCTG;SOR=0.675;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=13;WE=155255845;WS=155255827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr1	155257431	rs146752176	T	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	155257492	rs11264355	C	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.594;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr1	155260350	rs1052177	A	G	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=2.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,94:0.37:255
chr1	155260383	rs1052176	G	T	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.875;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=915;ReadPosRankSum=-1.151;SC=CTTAGCACCCGCATGATGTTG;SOR=0.848;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=207;TCF=116;TCR=91;TR=71;WE=155260391;WS=155260373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,131:0.35:373
chr1	155265177	rs2071053	A	G	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=49;PP=1267;ReadPosRankSum=-1.941;SC=CCAACCCTACAGGCGCCGCCT;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=107;TCR=135;TR=88;WE=155265185;WS=155265167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,134:0.34:391
chr1	155269776	rs3020781	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr1	155280104	rs35556344	C	CT	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.160;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	155289545	rs11264361	T	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=422;ReadPosRankSum=3.346;SC=CCCAGGAACCTCATCCTTCCT;SOR=0.850;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=146;TCF=70;TCR=76;TR=42;WE=155289553;WS=155289535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,66:0.25:259
chr1	155291431	rs12741581	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=509;ReadPosRankSum=0.267;SC=TGTCCTTCCCCGCAGCTCTTG;SOR=0.913;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=79;TCF=64;TCR=15;TR=28;WE=155291439;WS=155291421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,36:0.40:91
chr1	155294274	rs914616	A	G	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=67;PP=2001;SC=GCGCTGGGCTACACCTCCCTC;SOR=1.378;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=97;WE=155294282;WS=155294264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	155294772	rs4971075	A	G	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;SC=GCTTCCGAATAAACTGCCCTT;SOR=0.811;Source=Platypus;TC=123;TR=123;WE=155294780;WS=155294762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	155311658	rs80187273	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.959;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr1	155313047	rs4971051	T	C	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=19;PP=1129;SC=GCTGGGATTATCAGCGTGAGC;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=155313055;WS=155313037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	155408635	rs4971053	T	C	5904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=89;PP=2965;SC=GAGTCACTTGTGACTGCAGGC;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=160;WE=155408656;WS=155408625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	155450662	.	G	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=309;ReadPosRankSum=0.100;SC=ACAACTGAAGGAGTAATAGTA;SOR=0.896;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=23;WE=155450670;WS=155450652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,32:0.27:119
chr1	155532316	rs12403379	T	C	16624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.57;QD=45.05;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr1	155532325	rs12403380	T	C	18841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.51;QD=46.64;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr1	155532332	rs34869594	T	C	19640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.43;QD=46.21;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr1	155532341	rs61812107	T	C	20039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.51;QD=43.38;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr1	155533153	rs148794484	G	A	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=903;ReadPosRankSum=1.779;SC=GTATTGTACCGCTGAGGGAAA;SOR=0.585;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=52;WE=155533161;WS=155533143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,59:0.57:104
chr1	155618415	rs5777949	CT	C	7872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=89;PP=2966;SC=ACTCATGCGCCTTTTCAGATG;SOR=0.723;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=125;TCF=29;TCR=96;TR=118;WE=155618423;WS=155618405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	155631307	.	AAC	A	251	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MMLQ=26;MQ=53.3;NF=0;NR=8;PP=251;QD=31.75;SC=GATCAAGAGAAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=8;WE=155631318;WS=155631297;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,8:0.32:25
chr1	155701055	rs111619259	C	CA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=2.103;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.543;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,25:0.19:131
chr1	155737385	rs849712	C	T	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.69;QD=27.43;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	155737425	.	AACACAC	A,AAC	912	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=26;MQ=48.25;NF=1,1;NR=27,27;PP=208,912;QD=7.53571428571;SC=GATCAAGAGAAACACACACAC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=28,28;WE=155737438;WS=155737415;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.97:29
chr1	155746340	rs60525991	CT	C	329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.141;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr1	155755097	rs822021	G	A	5733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=88;PP=2601;SC=TTAAAATCCCGTGTTCTCACT;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=49;TCR=88;TR=137;WE=155755105;WS=155755087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	155785578	rs148569012	CAACT	C	6873.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=43;PP=2947;SC=CAAATATTACCAACTAACATT;SOR=1.194;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=78;WE=155785589;WS=155785568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr1	155822971	rs822490	C	T	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=6;PP=885;SC=AAATCAATATCCCCTTTCAGA;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=155822979;WS=155822961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	155823002	rs822491	T	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=12;PP=1299;SC=TGTAAAGGTATCCAGAAATAG;SOR=2.271;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=59;WE=155823010;WS=155822992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	155829360	rs1749412	C	A	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=191;SC=CTTAGCTCAGCGCATCCCCGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=155829368;WS=155829353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	155837865	rs822522	G	C	7685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.95;NF=96;NR=71;PP=2965;SC=AGAAGAAGCAGAAGAACCCAC;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=96;TCR=73;TR=167;WE=155837873;WS=155837855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	155838267	rs822521	T	C	9564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=167;NR=89;PP=2965;SC=AGGAGGCCCATGGGCTGCCAG;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=168;TCR=91;TR=256;WE=155838275;WS=155838257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr1	155850558	rs822508	T	C	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=38;PP=924;SC=CTCTTCCTGATGAGTATCTAC;SOR=1.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=155850566;WS=155850548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	155850811	rs822509	G	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=242;SC=CATCCAGGCAGGCAGACTCAC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=155850819;WS=155850807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	155870416	rs1749409	G	A	9479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=129;PP=2965;SC=TGACCTTTAAGGGCAAAATGT;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=121;TCR=129;TR=250;WE=155870424;WS=155870406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr1	155880573	rs493446	C	G	7641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=119;PP=2965;SC=GGGCCTTCCTCGGTTGCCCCG;SOR=0.930;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=208;TCF=86;TCR=122;TR=205;WE=155880581;WS=155880563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	155880760	rs5777961	C	CA	1986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=1226;SC=AGAAACCCCCCCATCTTCACC;SOR=1.565;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=29;WE=155880768;WS=155880750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	155884155	rs376524287	GA	G	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.981;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=1.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,13:0.20:66
chr1	155891045	rs625658	A	C	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=28;PP=1945;SC=AGGAACACAGAAGACAGCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=91;WE=155891063;WS=155891035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	155891857	.	AT	A	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr1	155891877	rs4020747	C	CAG	1761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=28;PP=777;SC=TTTTTTGAGACAGTCTTGCTC;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=30;WE=155891885;WS=155891867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	155899020	rs539602	A	T	9291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=151;NR=81;PP=2965;SC=ACCTAAGGATAAAAAACATGA;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=152;TCR=82;TR=232;WE=155899028;WS=155899010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr1	155903310	rs4661150	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=9;PP=746;SC=CTCCTGACCTTGTGATCCACC;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=155903318;WS=155903300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	155903408	rs4661151	C	T	4454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=52;PP=2049;SC=AGTGGAGACCCTTCAACTTCA;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=114;WE=155903416;WS=155903398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	155904177	rs2275079	T	C	35759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=1387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=375;NR=355;PP=2965;SC=CGACCGCTTCTACTCAACCAC;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=732;TCF=376;TCR=356;TR=730;WE=155904185;WS=155904167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1372:1.00:1372
chr1	155904392	rs2275081	G	A	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=54;PP=1391;SC=GATGGCTGCTGTGCCTACTAT;SOR=4.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=58;WE=155904400;WS=155904382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	155912486	rs2152051	T	C	8511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=124;PP=2965;SC=GATCTGCGGTTGAGGCTGTGG;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=89;TCR=124;TR=213;WE=155912494;WS=155912476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	155917880	rs1010033	T	A	10071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=129;PP=2965;SC=GACTAATGCCTCCCCATCTGC;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=89;TCR=129;TR=218;WE=155917888;WS=155917870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr1	155928232	rs2364404	T	C	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.05;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	155928242	rs2886069	C	T	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.01;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	155931368	rs4661175	G	A	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=24;PP=1463;SC=ACCCGGCCAAGAGAGGTTGAT;SOR=1.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=77;WE=155931376;WS=155931358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	155955076	rs4661216	A	G	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=24;PP=1012;SC=GCAACAAGATATATAGGGGAA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=56;WE=155955084;WS=155955066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	155981489	rs1475766	C	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=-0.981;SC=CCAAAAAACACACAGGGCAAG;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=155981497;WS=155981486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	156011444	rs2297792	T	C	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.792;NF=23;NR=21;PP=612;ReadPosRankSum=2.118;SC=GGGTCCGGGATATCCCAAAGG;SOR=0.661;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=44;WE=156011452;WS=156011434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,103:0.61:168
chr1	156013676	rs34673835	C	T	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=1179;ReadPosRankSum=0.316;SC=TCTGTGGCCTCGATAGTCTCA;SOR=1.321;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=66;WE=156013684;WS=156013666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr1	156025096	rs7541	C	T	11633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=180;NR=114;PP=2965;SC=ACTCTGGTTACGGGGACACTG;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=181;TCR=114;TR=294;WE=156025104;WS=156025086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr1	156095848	rs2475758	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=0.000;SC=AAATTAGATGCCCAGGAGGAT;SOR=0.569;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=10;WE=156095856;WS=156095838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr1	156096387	rs593987	G	A	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=381;ReadPosRankSum=-1.579;SC=CTGGGGAGCCGGACTTCCTTG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=29;WE=156096395;WS=156096377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,45:0.35:128
chr1	156096417	rs594028	T	G	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=492;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GCACAGCTCTTCAGACCCCTG;SOR=0.868;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=35;WE=156096425;WS=156096407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,70:0.41:170
chr1	156096814	rs113124909	ACCCTGTCCT	A	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.952;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=2891;ReadPosRankSum=-2.398;SC=GGCCTGCCCCACCCTGTCCTC;SOR=0.052;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=8;WE=156096830;WS=156096804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	156099630	rs665979	C	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=0.181;SC=AGGCTTAAAGCTGGGGCCCAG;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=156099638;WS=156099620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr1	156099669	rs513043	T	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=-2.005;SC=GATCCACATCTGGAACCAGAT;SOR=0.827;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=7;WE=156099677;WS=156099659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr1	156105028	rs538089	T	C	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=2.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,92:0.34:270
chr1	156105609	rs646840	G	T	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=606;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GAGTAGCCAGGTGTCTCCTAC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=47;WE=156105617;WS=156105599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
chr1	156106185	rs505058	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	156106863	rs553016	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.910;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=634;ReadPosRankSum=0.591;SC=CCTTGGGTGGCGATGGGAGCG;SOR=0.477;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=149;TCF=58;TCR=91;TR=48;WE=156106871;WS=156106853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,79:0.33:241
chr1	156108976	rs7339	G	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr1	156109379	rs368278858	GGA	G	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=0.715;SC=CCTCCGAGAGGGAGAGAGAGA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=2;WE=156109388;WS=156109369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr1	156131050	.	A	T	153	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5643;HP=2;HapScore=2;MGOF=132;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=9;NR=0;PP=153;QD=20.8634680608;SC=CTGGGGGGACACGCCGAGCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=9;WE=156131058;WS=156131040;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	156132909	rs143862668	GCA	G	3426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.160;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.324;NF=6;NR=23;PP=1210;ReadPosRankSum=-1.356;SC=CCCACACTGAGCACAGTCTAC;SOR=0.827;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=29;WE=156132918;WS=156132899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,88:0.64:138
chr1	156146218	rs12401573	C	T	4722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=51;PP=1848;ReadPosRankSum=-0.061;SC=TGGCTGTCCCCAACTCCATCC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=122;TCR=89;TR=122;WE=156146226;WS=156146208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,218:0.62:351
chr1	156146640	rs41265017	G	A	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.798;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=54;PP=1347;ReadPosRankSum=1.264;SC=CTCCGGGCTCGGGGCAAGGTT;SOR=0.842;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=247;TCF=120;TCR=127;TR=100;WE=156146648;WS=156146630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,147:0.40:370
chr1	156169610	rs2072499	A	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=652;ReadPosRankSum=-1.346;SC=ATCCCTCCATACTGCTCAAAT;SOR=0.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=44;WE=156169618;WS=156169600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,64:0.55:117
chr1	156182710	rs2241107	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GACGTTCTACTGCTTCCAATC;SOR=0.804;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=10;WE=156182718;WS=156182700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr1	156202173	rs1052053	A	G	2914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=1201;ReadPosRankSum=0.948;SC=ATGACACAGCAAATCTATGAC;SOR=0.766;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=78;WE=156202181;WS=156202163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,141:0.57:249
chr1	156203572	.	C	CT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=1.490;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr1	156206121	rs1052067	G	A	3488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=36;PP=1350;ReadPosRankSum=-1.129;SC=ACAGTGTTATGGCACCCTACT;SOR=0.895;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=152;TCF=84;TCR=68;TR=87;WE=156206129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,166:0.56:298
chr1	156236592	rs370875877	CT	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr1	156247907	rs2248273	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=407;ReadPosRankSum=0.250;SC=GAACTGAGGGCAAGGAGTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=22;WE=156247915;WS=156247897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr1	156255833	rs2842883	G	C	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=34;PP=954;SC=GCAGGGCCTGGCTGGTGTGGG;SOR=2.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=156255841;WS=156255823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	156279210	rs3001784	T	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=47;PP=1462;SC=CTGAAATCTATCTTTTCAGTC;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=66;WE=156279218;WS=156279200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	156280296	rs72414608	GATAA	G	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQRankSum=1.963;QD=18.99;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr1	156287360	rs2249790	C	T	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=379;ReadPosRankSum=-0.735;SC=AGAAAAGACACTGATTTTAAA;SOR=0.656;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=30;WE=156287368;WS=156287350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr1	156303527	rs2764402	C	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=469;ReadPosRankSum=-1.190;SC=TGCTTCTATACGTACTTACTT;SOR=0.754;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=29;WE=156303535;WS=156303517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr1	156309543	.	G	A	2522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=1.146;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,118:0.66:179
chr1	156348032	rs181064189	C	T	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=867;ReadPosRankSum=-0.415;SC=CCTCTCACCCCACCTCCCCAG;SOR=0.507;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=63;WE=156348040;WS=156348022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,69:0.57:122
chr1	156352012	rs752640	GT	AC	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.24;ReadPosRankSum=2.178;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,91:0.68:134
chr1	156354293	rs6668731	A	G	13760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.139;NF=168;NR=163;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.503;SC=GAGAAGCCTCACAGATCCTCC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=332;TCF=169;TCR=163;TR=331;WE=156354301;WS=156354283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,528:1.00:530
chr1	156354347	rs11303415	TC	T	18085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=175;PP=2983;SC=CTTTCTGGACTCCCCCCCCAG;SOR=0.766;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=240;TCF=53;TCR=187;TR=226;WE=156354375;WS=156354337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,602:1.00:602
chr1	156354367	rs6668857	A	G	15130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=154;NR=177;PP=2965;SC=GACTCCCAGCACTACGAGGAC;SOR=0.800;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=333;TCF=154;TCR=179;TR=331;WE=156354375;WS=156354337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr1	156376680	rs6662064	A	G	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=294;SC=GGGGCACAGAAGGGGAATTTC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=156376688;WS=156376675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	156390262	.	GGCC	G	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=34;QD=25.5;SC=GCAGCCTCCCGGCCGCCGCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=2;WE=156390272;WS=156390252;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,2:0.12:16
chr1	156446242	rs2274316	C	A	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CAGAGCAATACCCAGAATTCA;SOR=0.967;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=80;WE=156446250;WS=156446232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,130:0.67:193
chr1	156446450	rs12131289	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=453;ReadPosRankSum=0.277;SC=AGCTCTCCACCGTCCTGACTC;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=28;WE=156446458;WS=156446440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr1	156446903	rs2274317	T	C	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.836;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,119:0.64:186
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chr1	156452870	rs2282286	G	A	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.939;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=758;ReadPosRankSum=0.325;SC=CAAGAGCTGCGAAGAGGTTGG;SOR=0.287;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=40;WE=156452878;WS=156452860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr1	156496188	rs6427315	A	G	1937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.68;SOR=1.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	156498673	rs1171564	T	A	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=48;PP=2318;SC=GAGAAGTCACTCGTAACCTTC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=75;TCR=48;TR=123;WE=156498681;WS=156498663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	156499969	rs1171566	T	C	11620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=199;PP=2965;SC=CAAGTCGGCGTAGGTTCCGCA;SOR=1.268;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=300;TCF=101;TCR=199;TR=300;WE=156499977;WS=156499959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr1	156500128	rs746505	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=-1.191;SC=ACACAGACGCTGGAGGGGTCT;SOR=0.191;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=156500136;WS=156500118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr1	156502991	rs1609666	A	G	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=43;PP=1206;SC=ATGGGGTCACATTAAATCAGC;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=156502999;WS=156502981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	156503541	rs6699212	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=609;SC=CTAGCTGGCCTCAGCTGCTAA;SOR=3.258;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=26;WE=156503549;WS=156503531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	156503947	rs6661934	G	A	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=45;PP=954;ReadPosRankSum=0.143;SC=TCCAGAGGGCGGGCATGTGAG;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=76;TCR=140;TR=70;WE=156503955;WS=156503937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,110:0.35:313
chr1	156504579	rs745596	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr1	156505061	rs942965	C	T	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.833;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=678;ReadPosRankSum=0.265;SC=GAAACAGGTGCGCGTGGCTGT;SOR=1.078;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=42;WE=156505069;WS=156505051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,75:0.70:107
chr1	156509552	rs1171570	C	G	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=976;SC=TGGTGCCAAACGCACAGACAA;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=156509560;WS=156509542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	156518379	rs744224	G	A	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=63;PP=2060;SC=TTACCTGGACGCTGTTTCTTT;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=116;WE=156518387;WS=156518369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	156520173	rs1778819	T	A	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=37;PP=1401;SC=AAAAAAGATGTGACCCCAAGC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=72;WE=156520181;WS=156520150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	156520320	rs1778818	C	T	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=299;SC=TTCCCTGGGACGCGGCCAGGC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=156520328;WS=156520310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	156524221	rs6694580	G	T	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=58;PP=1675;SC=CAAGTGGGCAGGTGAAGGGTC;SOR=1.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=79;WE=156524229;WS=156524211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	156526234	rs2489139	C	T	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=21;PP=1332;SC=CATCTCATATCGCACTCACAA;SOR=1.440;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=70;WE=156526242;WS=156526224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	156526444	rs2488269	T	C	3869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=55;PP=1727;SC=GCCGCCACTCTCCTCCGGATG;SOR=1.042;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=86;WE=156526452;WS=156526434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	156526564	rs2489138	C	A	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=252;SC=CTAGGCTCCGCCGGGGGATCT;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=156526572;WS=156526554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	156531871	rs1171545	A	G	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=55;PP=1709;SC=CTAGGAATCTACCCTCTTCTT;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=73;WE=156531879;WS=156531861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	156532977	rs1171547	T	C	6897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=92;PP=2965;SC=CCAGCATCTCTTGGTAGACGG;SOR=0.772;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=181;TCF=86;TCR=95;TR=178;WE=156532985;WS=156532967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	156534296	.	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.221;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CTCCTGAGCAGTGCTCCCTGT;SOR=0.425;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=14;WE=156534304;WS=156534286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr1	156536123	rs2066378	T	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.12;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	156536133	rs4382715	A	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.70;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	156536221	rs2066377	G	C	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=37;PP=2012;SC=TCTTCTTCAAGGGAACCACGG;SOR=1.364;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=78;TCR=37;TR=115;WE=156536229;WS=156536211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	156536251	rs947662	T	C	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=58;PP=2844;SC=AACAGTGGCCTAGCTTGGCCA;SOR=1.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=91;TCR=58;TR=149;WE=156536259;WS=156536241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	156536353	rs947663	A	G	7397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=96;PP=2965;SC=GAACATGAGAACACCTTCTCA;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=66;TCR=97;TR=162;WE=156536361;WS=156536343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	156536480	rs947664	T	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=39;PP=1175;SC=TCCAACTCCCTTCTCTGCCCA;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=156536488;WS=156536470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	156539154	rs6427319	T	C	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	156551848	rs6682716	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=357;ReadPosRankSum=0.068;SC=AGGAGCACTGAGAGGCGACTG;SOR=0.507;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=19;WE=156551856;WS=156551838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr1	156553102	rs34924172	AG	A	3239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=23;PP=2680;SC=AAGTCATGAAAGGACCTTCCA;SOR=1.586;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=65;WE=156553110;WS=156553092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	156553762	rs11264502	A	C	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=30;PP=844;SC=GTAAGCAGAGACGCTGTTCCC;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=156553770;WS=156553752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	156556321	rs10796961	G	A	12270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=164;NR=128;PP=2965;SC=CCATGGAGTCGGGCATCTGCA;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=166;TCR=129;TR=292;WE=156556329;WS=156556311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr1	156561414	rs6698493	T	C	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=49;SC=GAATCCCAAGTGGAAGGGAAG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=156561422;WS=156561404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	156561557	rs149629319	G	GGGGTCGGGCC	1838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=10;PP=2982;SC=CACATGCGCCGGGGCCGGGCC;SOR=1.493;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=21;WE=156561565;WS=156561547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	156561651	rs7516274	G	C	4887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=49;PP=1967;SC=GGGCTCGCGCGTGCCGCGGAT;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=104;WE=156561659;WS=156561641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	156562008	rs1925949	G	A	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=40;PP=1223;SC=CAAGGTCAGTGGCACAACTCT;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=156562016;WS=156561998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	156562143	rs942959	G	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=483;SC=AACCACCCTTGACTCTGCCTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=156562151;WS=156562133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	156563375	rs6427321	G	A	6608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=84;PP=2867;SC=GTGGGGTGGGGGAGATTGGGG;SOR=0.913;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=59;TCR=84;TR=141;WE=156563383;WS=156563365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	156563726	rs6427322	A	C	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=36;PP=1449;SC=ACTTGCTCATATCCCTCACAG;SOR=0.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=82;WE=156563734;WS=156563716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	156563813	rs6668178	G	A	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=40;PP=1316;SC=CTGCTCTGGAGAAGAAGTACC;SOR=1.440;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=66;WE=156563821;WS=156563803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	156563852	rs942963	C	T	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=30;PP=835;SC=ACCCTGACACCGAGTGTGTCT;SOR=1.649;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=44;WE=156563860;WS=156563842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	156563898	rs1270	T	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=19;PP=564;SC=TGGGTATTCTTCCCAATAAAG;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=156563906;WS=156563888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	156565049	rs72559129	A	AAC	24222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=162;PP=2966;SC=CACCACCTAAAAGTTTCCTCA;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=65;TCR=168;TR=224;WE=156565057;WS=156565039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr1	156565256	rs140797137	T	C	3627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,201:0.39:516
chr1	156565834	rs12024215	G	C	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=18;PP=890;SC=GGTCAAAGGTGGGGAGAAAAG;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=156565842;WS=156565824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	156566286	rs74974163	G	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=436;ReadPosRankSum=-1.752;SC=AGGGGTCATGGGGGTAGATAA;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=42;WE=156566294;WS=156566276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr1	156594364	rs12405992	T	C	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=68;PP=2800;SC=TGACGCCTCTTATCCCCGACC;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=59;TCR=69;TR=127;WE=156594372;WS=156594354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr1	156617968	rs2277873	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=494;ReadPosRankSum=0.550;SC=AGGTCCTCCCGGGGCCTCTGC;SOR=1.019;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=26;WE=156617976;WS=156617958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr1	156618768	rs4661209	T	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=735;ReadPosRankSum=0.290;SC=TTGCCTGAAGTGGTCGTGGGT;SOR=0.425;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=34;WE=156618776;WS=156618758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr1	156622252	rs1056695	G	A	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.438;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1555;ReadPosRankSum=0.066;SC=AGCCCAGGAGGAGTCACTCTC;SOR=0.544;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=145;TCF=85;TCR=60;TR=95;WE=156622260;WS=156622242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,125:0.60:207
chr1	156626358	rs6700323	C	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.073;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=1.577;SC=AGTGAAACCACAATGCCTCTC;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=13;WE=156626366;WS=156626348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	156626920	rs7524611	T	C	13629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=208;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GAGGGGCCCCTGCCATATGCT;SOR=0.396;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=373;TCF=162;TCR=211;TR=368;WE=156626928;WS=156626909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,534:0.99:537
chr1	156627996	rs2298135	T	C	4781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=62;PP=1518;ReadPosRankSum=0.658;SC=TGGTGTGGCATGATCAGGGAC;SOR=0.531;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=121;WE=156628004;WS=156627986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,233:0.63:368
chr1	156628717	rs951964	C	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=4.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,80:0.58:138
chr1	156629037	rs11360	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GAGGGGTGGTACTGGAGTCCA;SOR=0.519;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=11;WE=156629045;WS=156629027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr1	156639000	rs1046650	A	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=7;PP=834;SC=GCCAGAAACCATATGTCAAGA;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=43;WE=156639008;WS=156638990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	156639636	rs11549292	G	A	14292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=217;NR=203;PP=2965;SC=AGCTACTCAGGGCCTGGAGGC;SOR=1.100;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=420;TCF=217;TCR=203;TR=420;WE=156639644;WS=156639626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
chr1	156639753	rs11582300	G	A	19976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=763;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=232;PP=2965;SC=CAAACCCATCGGACTCCCCAT;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=416;TCF=184;TCR=232;TR=413;WE=156639761;WS=156639743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,758:1.00:758
chr1	156640156	rs3748570	G	A	24323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=929;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=291;NR=221;PP=2965;SC=TTCCTCCTGGGGGCCCTCGGG;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=515;TCF=294;TCR=221;TR=512;WE=156640164;WS=156640146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,914:1.00:914
chr1	156640308	rs3748571	C	T	16694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=254;PP=2965;SC=TCGGGGTGTACGTTGGGCTGG;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=417;TCF=163;TCR=254;TR=417;WE=156640316;WS=156640298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,630:1.00:630
chr1	156640503	rs3828043	C	T	15222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=178;NR=165;PP=2965;SC=CTCTGCTCTTCCCAGGCAGCT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=178;TCR=169;TR=343;WE=156640511;WS=156640493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,572:1.00:572
chr1	156640678	rs2886443	G	A	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=170;PP=2965;SC=CCCCTGCCCCGGGCCTGGCTC;SOR=3.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=9;TCR=170;TR=179;WE=156640686;WS=156640668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr1	156646668	rs4278369	A	G	4405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=46;PP=2015;SC=CAGCTCTGCCACCTGGCTACT;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=106;WE=156646676;WS=156646658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	156670545	rs4661213	C	T	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=18;PP=874;SC=CCCCCACCACCACCTAGGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=156670553;WS=156670535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	156705593	rs4311877	G	C	9070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=95;PP=2965;SC=TCAGGCCCACGTGGCCCAGGA;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=119;TCR=97;TR=212;WE=156705601;WS=156705583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr1	156706559	rs8658	A	C	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=877;SC=AGCCTGAGGAAACATCTCAGA;SOR=1.659;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=156706567;WS=156706549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	156707775	rs6670122	T	G	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=20;PP=1430;SC=ACAGCACTTTTTGGACCCAGA;SOR=1.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=50;TCR=20;TR=70;WE=156707783;WS=156707765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	156713512	rs4437869	C	T	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	156752048	rs2274503	C	G	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=56;PP=1805;SC=AACAGTGAGGCCTTACTTCAT;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=100;WE=156752056;WS=156752038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	156752231	rs367770256	AT	A	484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.67;NF=0;NR=9;PP=329;SC=AAACACAGATATTTGAGGACT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=156752239;WS=156752221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	156760887	rs11264554	C	A	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=54;PP=2564;SC=GGCCACTCGCCTCTAAGGGGA;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=83;TCR=54;TR=136;WE=156760895;WS=156760877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	156784982	rs926103	T	C	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=28;PP=1147;SC=ATTCCCTGTGTTGGAGGCAGC;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=156784990;WS=156784972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	156785617	rs1800601	G	A	8433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.07;NF=117;NR=87;PP=2965;SC=TGGGCAACTCGGCGCATGAAG;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=117;TCR=87;TR=204;WE=156785625;WS=156785607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr1	156785762	rs11325907	AG	A	11665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=119;PP=2974;SC=GAGATGAGGGAGCTGCACCAC;SOR=0.927;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=27;TCR=119;TR=146;WE=156785787;WS=156785752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr1	156785771	rs7546838	A	G	11389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.26;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	156785779	rs1800600	G	A	10375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.11;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	156811236	.	G	A	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,105:0.41:256
chr1	156841674	rs1410082	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=0.443;SC=CCTCCCAGCTGTTTCCAGATT;SOR=0.481;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=12;WE=156841682;WS=156841664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	156845492	rs144271100	A	AGT,AGTGT	2506.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4,4;NR=58,58;PP=1165,1411;ReadPosRankSum=0.807;SC=GGCAGGGACGAGTGTGTGTGT;SOR=1.115;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=124;TCF=6;TCR=118;TR=62,62;WE=156845501;WS=156845482;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.42,0.43:111
chr1	156848909	rs1799770	CA	C	583.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.463;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr1	156848995	rs6337	C	T	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=35;PP=1548;ReadPosRankSum=1.059;SC=AGCTGCTGGCCGTGGCTAGCC;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=93;WE=156849003;WS=156848985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,105:0.73:143
chr1	156849775	rs12076232	T	C	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=707;ReadPosRankSum=-0.520;SC=ATTGATGCAGTGTCCGCCCGT;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=55;WE=156849783;WS=156849765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,71:0.41:174
chr1	156851141	rs61813797	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.178;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr1	156874874	rs78436112	TGG	T	840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=5.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.736;QD=22.12;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr1	156875037	rs6676171	T	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=0.419;SC=TGGTGCCCCTTCCCTGGCCTC;SOR=0.990;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=10;WE=156875045;WS=156875027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr1	156875092	rs4661074	G	A	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.16;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,54:0.57:95
chr1	156875097	rs4661075	G	A	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.52;ReadPosRankSum=-2.041;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr1	156875107	rs2644590	C	A	2643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.19;ReadPosRankSum=-2.197;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,68:0.60:114
chr1	156875377	rs2644591	G	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=1.723;SC=CCCCAGGATGGGGATCAGCAC;SOR=0.399;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=16;WE=156875385;WS=156875367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr1	156875923	.	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=-2.364;SC=AGTTGCTGCCCCTCAGTCTTT;SOR=0.627;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=13;WE=156875931;WS=156875913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr1	156875985	rs2644593	G	A	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=35;PP=1920;SC=TGGTTTTGGAGGAAGGTGGGG;SOR=1.203;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=99;WE=156875993;WS=156875975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	156877457	rs1952294	T	C	11845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=142;PP=2965;SC=CAGCACCCATTCTTGCCAAAA;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=109;TCR=142;TR=251;WE=156877465;WS=156877447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr1	156880288	rs146834392	C	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=404;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TACCCCCGGTCTCTTCCTCTG;SOR=0.740;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=26;WE=156880296;WS=156880278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr1	156882950	rs61813832	C	T	4218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=53;PP=1712;ReadPosRankSum=-0.642;SC=TCCTGCCCATCGCTGAGCTCA;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=390;TCF=238;TCR=152;TR=135;WE=156882958;WS=156882940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:476,246:0.34:722
chr1	156882996	rs822441	G	C	6031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=935;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=75;PP=2218;ReadPosRankSum=-1.342;SC=ATGTCCCTCCGAGCTACAGTC;SOR=0.741;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=484;TCF=258;TCR=226;TR=165;WE=156883004;WS=156882986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:583,340:0.37:923
chr1	156883546	rs12137505	A	G	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=1362;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CCCATTCTACAATAAAGGTAT;SOR=0.840;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=90;WE=156883554;WS=156883536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,123:0.59:209
chr1	156883617	rs61813833	G	A	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.054;SC=GCCTCCATGCGGCCTGACTTC;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=109;TCR=91;TR=81;WE=156883625;WS=156883607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,134:0.39:342
chr1	156884365	rs749256	T	C	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=31;PP=2844;SC=AGGAGAGGAGTGCAGTGGGAG;SOR=2.176;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=99;TCR=31;TR=130;WE=156884373;WS=156884355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	156884584	rs56260937	C	T	4721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=95;PP=2421;ReadPosRankSum=-1.380;SC=GACGCCAGGACCGTTGAGGAG;SOR=0.864;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=240;TCF=92;TCR=148;TR=149;WE=156884592;WS=156884574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,220:0.63:350
chr1	156890672	rs41273221	T	C	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,106:0.67:159
chr1	156894006	rs822438	C	G	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=443;SC=TGTGAGTCGGCGGTATTCGAC;SOR=1.893;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=156894014;WS=156893996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	156894613	rs12117221	G	T	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=17.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.02;ReadPosRankSum=1.701;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,74:0.65:114
chr1	156894825	rs72698699	C	T	2935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.080;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=54;PP=1283;ReadPosRankSum=-1.473;SC=GACTGGGAGGCCCCCTGTGCC;SOR=0.431;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=144;TCF=52;TCR=92;TR=88;WE=156894833;WS=156894815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,139:0.65:215
chr1	156899288	rs11264584	G	A	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=696;ReadPosRankSum=-0.679;SC=ATCATGTACAGAGGTGGTGGA;SOR=0.486;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=39;WE=156899296;WS=156899278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,47:0.76:62
chr1	156899592	rs822427	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=278;ReadPosRankSum=-0.350;SC=GGGTGCAGGAAGCTGTTCTGG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=16;WE=156899600;WS=156899582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr1	156901888	rs822429	T	C	295.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=206;ReadPosRankSum=-0.490;SC=CTGAGGGTGTTTACCCCGACT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=156901896;WS=156901878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr1	156902222	rs12119908	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=319;ReadPosRankSum=0.731;SC=CCAGGGAACCGCATCACAGAG;SOR=0.756;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=19;WE=156902230;WS=156902212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr1	156902259	rs822430	G	A	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=29;PP=1401;SC=TCCTCGCCACGGTGCAGTATC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=156902267;WS=156902249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	156902281	rs822431	T	G	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=655;ReadPosRankSum=-0.910;SC=GATGCAGTTCTCCAAGGCCAA;SOR=0.753;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=48;WE=156902289;WS=156902271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,84:0.60:139
chr1	156902574	.	A	ATT	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.849;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr1	156906881	rs2275198	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.518;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=642;ReadPosRankSum=-0.542;SC=GGGCCTTGGGGAGGAGGGTGT;SOR=0.263;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=32;WE=156906889;WS=156906871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr1	156907031	rs4570419	C	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=440;ReadPosRankSum=1.689;SC=CCAAGCCCTGCTTCCCTCACC;SOR=0.602;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=28;WE=156907039;WS=156907021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr1	156907081	rs945508	T	C	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=29;PP=1185;SC=CTCAATGGTATGGAAGATCAT;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=67;WE=156907089;WS=156907071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	156907115	rs868188	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=377;ReadPosRankSum=-0.781;SC=AGGGCCAGGCTTGGAGGAGAG;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=27;WE=156907123;WS=156907105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,49:0.39:127
chr1	156909303	rs3818807	T	A	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,82:0.55:150
chr1	156909695	rs2275199	G	A	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.22;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr1	156911379	rs2275200	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=369;ReadPosRankSum=-0.806;SC=GGGGGCTGCTAGCTGAGCTTC;SOR=0.321;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=24;WE=156911387;WS=156911369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr1	156914070	rs16837807	C	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=435;ReadPosRankSum=0.110;SC=GTCATGTTTCCATGCTTGGGA;SOR=0.885;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=27;WE=156914078;WS=156914060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr1	156914240	rs112088642	CCATTCATT	C,CCATT	1599.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=41.02;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,23,16:0.59,0.41:39
chr1	156915038	rs2275201	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=401;ReadPosRankSum=-1.243;SC=CTGAGAAGTCCAACATGGCGC;SOR=0.296;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=25;WE=156915046;WS=156915028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr1	156916640	rs111988963	G	GCCTATCCCTT	1373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.374;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=2897;ReadPosRankSum=1.577;SC=CCAGACCCCTGCCTTTGCCAA;SOR=0.287;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=22;WE=156916648;WS=156916624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr1	156925435	rs2275204	T	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=440;ReadPosRankSum=1.954;SC=TACTGGTACATGAAAGGGCTG;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=38;WE=156925443;WS=156925425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr1	156927751	rs12132684	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=-0.802;SC=GATGCACAAGTATTTGGTACA;SOR=0.880;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=20;WE=156927759;WS=156927741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr1	156928776	rs1572409	A	T	4253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=72;PP=2055;ReadPosRankSum=1.048;SC=AGAGGGAAGGAGCCAGGGCCA;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=218;TCF=102;TCR=116;TR=132;WE=156928784;WS=156928766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,195:0.64:307
chr1	156929023	rs16837847	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=188;ReadPosRankSum=0.742;SC=GGCATTTCAGCTCCCTATGAC;SOR=0.817;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=19;WE=156929031;WS=156929013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,18:0.23:77
chr1	156930053	rs56372341	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=-0.813;SC=AGCTACTGTGCAGTGTTCTGG;SOR=0.430;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=10;WE=156930061;WS=156930048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	156939067	rs2275206	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=1.006;SC=GCCCTGCTGGGACTCACCTCA;SOR=0.784;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=13;WE=156939075;WS=156939057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr1	156939175	rs1336149	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=163;ReadPosRankSum=1.414;SC=GTTTCTATAACACAGAAGGAG;SOR=0.749;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=15;WE=156939183;WS=156939165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr1	156941412	rs12136088	T	G	3680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=44;PP=1602;ReadPosRankSum=-1.652;SC=AGAAGCCTTCTGTCCTTGCTT;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=176;TCF=109;TCR=67;TR=112;WE=156941420;WS=156941402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,182:0.63:288
chr1	156946898	rs1006168	T	G	3228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=62;PP=1685;ReadPosRankSum=-1.368;SC=CTCAACAGCTTAGCTCTCTTC;SOR=0.810;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=171;TCF=70;TCR=101;TR=101;WE=156946906;WS=156946888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,150:0.60:252
chr1	156947928	rs16837897	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=235;ReadPosRankSum=0.986;SC=TTAACTTGCTTTCCTCCCCAA;SOR=0.399;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=18;WE=156947936;WS=156947918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr1	156947953	rs12141806	A	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=305;ReadPosRankSum=-0.013;SC=GAGCTTTTCAACAGGACATTA;SOR=0.428;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=23;WE=156947961;WS=156947943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr1	156949153	.	C	CT	228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.71;ReadPosRankSum=1.186;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,15:0.83:18
chr1	156954267	rs6427339	C	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=611;ReadPosRankSum=0.849;SC=CGCAGTGTCACTGGGAGGTTA;SOR=0.660;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=40;WE=156954275;WS=156954257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,68:0.47:144
chr1	156954384	rs6427340	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=1.114;SC=TAAACACTATTGCAATGACAC;SOR=0.078;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=156954392;WS=156954374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr1	157062575	rs12126791	T	C	3860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=1866;ReadPosRankSum=-0.410;SC=TTTGCCTCCATCATGGGAGCA;SOR=0.638;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=189;TCF=98;TCR=91;TR=119;WE=157062583;WS=157062565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,181:0.61:295
chr1	157062739	rs12136960	C	G	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=1036;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CTTAAAAGCCCCTGGGAGCTG;SOR=0.422;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=108;TCF=36;TCR=72;TR=62;WE=157062747;WS=157062729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,92:0.60:153
chr1	157067893	.	AT	A	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-2.248;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr1	157485561	rs3811035	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=7.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.403;SOR=1.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr1	157485720	rs1002967	T	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=18;PP=449;SC=TCTTCCCTTGTGCCTGCGCTG;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=157485728;WS=157485710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	157491173	rs6427383	T	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=232;ReadPosRankSum=0.197;SC=AAAAGTCATATCTCAATCTTG;SOR=1.207;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=16;WE=157491181;WS=157491163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr1	157497263	rs3761961	T	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=564;ReadPosRankSum=1.181;SC=ATACAAAACTTAGAGATGGAG;SOR=0.358;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=88;TCF=63;TCR=25;TR=39;WE=157497271;WS=157497253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr1	157508882	rs6427384	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=272;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TTACCAGTGACGGAGAGGCTC;SOR=0.679;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=20;WE=157508890;WS=157508872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr1	157509025	rs2012199	C	T	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=44;PP=1161;ReadPosRankSum=0.308;SC=CAGGGCAGCACCCTCATGATG;SOR=0.651;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=229;TCF=121;TCR=108;TR=90;WE=157509033;WS=157509015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,158:0.38:414
chr1	157514097	rs6679793	A	G	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.648;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=543;ReadPosRankSum=1.003;SC=ATGACGCTGTAAGGCATTGTT;SOR=0.510;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=40;WE=157514105;WS=157514087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,71:0.39:182
chr1	157548669	rs1885561	T	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=247;ReadPosRankSum=0.056;SC=CACATAATAATCCCTGGAACA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=15;WE=157548677;WS=157548659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr1	157550066	rs10489673	T	C	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=953;ReadPosRankSum=1.379;SC=TTGCATATTGTGTACTCGGGA;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=134;TCR=124;TR=96;WE=157550074;WS=157550056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,191:0.39:485
chr1	157557701	rs2777962	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.365;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=-0.909;SC=CATCATTCTCGTCTCCATATC;SOR=1.065;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=21;WE=157557709;WS=157557691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr1	157557957	rs11799853	T	C	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=46;PP=1105;ReadPosRankSum=-1.196;SC=ATTCCTGCTATCTCCTTCTTC;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=67;WE=157557965;WS=157557947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,102:0.67:153
chr1	157559122	rs11582663	C	T	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=530;ReadPosRankSum=0.025;SC=CCAGTAGTGCCGATGATACCA;SOR=0.759;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=165;TCF=89;TCR=76;TR=50;WE=157559130;WS=157559112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,89:0.34:261
chr1	157566019	rs10489674	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.653;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=0.033;SC=CTCAGGAAAAGGATGAAATGG;SOR=0.071;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=157566027;WS=157566009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	157566211	rs12744410	A	G	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=940;ReadPosRankSum=0.717;SC=GAGCCCATACACTCATATGCT;SOR=0.629;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=68;WE=157566219;WS=157566201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,108:0.55:195
chr1	157567751	rs1361889	A	G	6207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=59;PP=1913;SC=CTGCTCCAGGATTGGAGAAGG;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=110;WE=157567759;WS=157567741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	157648543	rs2282284	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=182;ReadPosRankSum=-1.540;SC=ATTCTCATAGTTTTCTTCATC;SOR=0.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=12;WE=157648551;WS=157648533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr1	157650960	rs12563943	T	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.065;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=445;ReadPosRankSum=-0.095;SC=GAAATCAATATTCTGGAAGTC;SOR=0.429;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=29;WE=157650968;WS=157650950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr1	157668390	rs7522061	T	C	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=889;ReadPosRankSum=-1.345;SC=CATGGAGGATTGAGGAGAAGT;SOR=0.792;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=72;WE=157668398;WS=157668380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,106:0.58:183
chr1	157670290	rs945635	C	G	3252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=45;PP=1265;ReadPosRankSum=-1.589;SC=GGGCACCGGCCGGGCAGAGGG;SOR=0.695;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=88;WE=157670298;WS=157670280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,156:0.65:241
chr1	157718231	.	C	CAAAT	799.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=1.067;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr1	157718283	rs6696643	A	T	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.854;NF=38;NR=20;PP=926;ReadPosRankSum=-1.647;SC=CTCTATTGCAAACAATGCATC;SOR=0.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=58;WE=157718291;WS=157718273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,96:0.59:164
chr1	157736931	rs9427313	C	T	10428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=806;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=1.586;SC=CTGAGATCACCTTCCCCCTCT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=311;TR=326;WE=157736939;WS=157736921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,482:0.61:791
chr1	157737504	rs2873413	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5099;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=250;ReadPosRankSum=0.932;SC=GGTGCTGCCTGCAGACACGGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=157737512;WS=157737494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr1	157740186	rs10540465	GTC	G	5134.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.422;SC=TCCCACAGAAGTCAGGGTTTT;SOR=0.649;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=57;WE=157740197;WS=157740176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,129:0.60:215
chr1	157740189	rs57139984	A	G	5143.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CACAGAAGTCAGGGTTTTACC;SOR=0.671;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=84;WE=157740197;WS=157740176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,131:0.60:218
chr1	157768185	rs9426992	T	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.431;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=174;ReadPosRankSum=1.306;SC=CAGTGTGGTATGAGTCACGGC;SOR=0.384;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=18;WE=157768193;WS=157768175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr1	157771880	rs4971154	C	T	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1224;ReadPosRankSum=-1.054;SC=AGTACAGGATCGGAGGAGAGC;SOR=0.921;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=290;TCF=151;TCR=139;TR=91;WE=157771888;WS=157771870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,144:0.34:427
chr1	157772175	rs146216789	G	A	2682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1320;ReadPosRankSum=-0.718;SC=ACTTCTGACAGTGATGCTCAC;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=84;WE=157772183;WS=157772165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,122:0.65:189
chr1	157802877	rs2765500	T	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=112;ReadPosRankSum=-1.639;SC=AGCAGCTTCATGGCGCTTGTG;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=8;WE=157802885;WS=157802874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	157802979	rs2261295	C	T	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=36;PP=2245;SC=CTGTAGGACTCACCTGAGCAG;SOR=1.387;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=81;TCR=36;TR=116;WE=157802987;WS=157802969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	157806006	rs2765503	G	A	6528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=112;PP=2965;SC=CCTTAGGCATGTACTCAGTCA;SOR=1.332;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=54;TCR=112;TR=166;WE=157806014;WS=157805996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	157811392	rs2260040	G	A	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=35;PP=1809;SC=CCAGGTTGGCGGGGAGAAAGT;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=91;WE=157811400;WS=157811382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	158056299	rs7367384	C	G	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=15;PP=1790;SC=CCCCTCCAGCCCAAGCCCATC;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=75;TCR=16;TR=89;WE=158056307;WS=158056289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	158057420	rs7514301	A	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=407;ReadPosRankSum=0.710;SC=ACTGGAGCCGATACACTGCAA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=27;WE=158057428;WS=158057410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr1	158057633	rs36008419	C	G	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=352;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CAGCCAACCCCGAGATCTTGG;SOR=0.596;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=33;WE=158057641;WS=158057623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,52:0.36:143
chr1	158057691	rs3820676	A	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=153;ReadPosRankSum=0.173;SC=GGGAGTGATAAGGAAGAGTTC;SOR=1.574;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=16;WE=158057699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr1	158058109	rs6427419	C	A	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=40;PP=1447;ReadPosRankSum=1.872;SC=CTTCTTTCTCCCTCACAGTTG;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=178;TCF=110;TCR=68;TR=103;WE=158058117;WS=158058099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,126:0.54:232
chr1	158066834	rs6427420	A	G	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=842;ReadPosRankSum=1.001;SC=TTTTAACTTCACAGGAAGTCT;SOR=0.811;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=55;WE=158066842;WS=158066824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,103:0.61:170
chr1	158153996	rs426336	T	C	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=65;PP=1937;SC=CTCAGGTTCCTAAGACTTCAG;SOR=2.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=82;WE=158154004;WS=158153986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	158224575	rs71084271	CTGTGTGTGTGTGTGTGTG	C,CTGTGTGTGTG	3244.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=22.049;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.730;NF=2,2;NR=72,72;PP=2997,2494;ReadPosRankSum=4.669;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.925;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=129;TCF=5;TCR=124;TR=74,74;WE=158224603;WS=158224549;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.53,0.35:173
chr1	158224595	.	G	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=11.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=-0.782;QD=2.04;ReadPosRankSum=3.884;SOR=1.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,36:0.17:211
chr1	158224825	rs411089	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=309;ReadPosRankSum=0.008;SC=CTCTCTCCATCCTCTTTCTCA;SOR=0.665;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=22;WE=158224833;WS=158224815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr1	158226667	rs1042388	C	T	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.285;NF=26;NR=35;PP=844;ReadPosRankSum=0.424;SC=ACCCAAAGCCCGTGTGGGTGA;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=60;TCR=82;TR=61;WE=158226675;WS=158226657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,83:0.41:202
chr1	158260878	rs375739413	CT	C	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=1.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,66:0.23:288
chr1	158324425	rs1065457	A	G	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=424;ReadPosRankSum=-0.942;SC=AGTTTTATCCAGATAGTGCAA;SOR=0.656;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=61;TCR=68;TR=37;WE=158324433;WS=158324415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,81:0.39:206
chr1	158326447	rs35184522	C	CT	976.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=5.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.688;QD=4.32;ReadPosRankSum=-1.458;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,81:0.36:226
chr1	158368541	rs34465440	A	G	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=982;ReadPosRankSum=0.532;SC=GGCACAGGTGACAAAGGCCTT;SOR=0.829;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=59;TCR=70;TR=59;WE=158368549;WS=158368531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,85:0.42:203
chr1	158368846	rs6662382	T	C	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1083;ReadPosRankSum=0.061;SC=GCCTTTTGTTTATGATGAGTG;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=103;TCR=94;TR=74;WE=158368854;WS=158368836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,120:0.37:325
chr1	158369319	rs6696357	C	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=0.329;SC=CTTTGTAATACGAACATTTTC;SOR=0.061;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=158369327;WS=158369309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	158389208	rs34276698	G	GA	883.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.023;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.928;NF=2;NR=58;PP=894;ReadPosRankSum=2.398;SC=TTAATCAATTGAAAAAAAACC;SOR=1.426;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=68;TCF=4;TCR=64;TR=60;WE=158389217;WS=158389198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr1	158389209	.	A	AG	783.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.781;QD=7.46;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,41:0.39:105
chr1	158389630	rs57525598	G	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=1.489;SC=TTGAAGTCCTGACCTCAGGTG;SOR=0.732;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=7;WE=158389638;WS=158389620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr1	158389659	rs58605957	T	C	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=612;SC=GTCTCAGCCTTCCAAAATGCT;SOR=2.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=158389667;WS=158389649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	158389693	rs77441663	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.055;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=336;ReadPosRankSum=0.845;SC=TGAGAAACTGCACCTGGCCAG;SOR=0.484;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=26;WE=158389701;WS=158389683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr1	158390252	rs12239443	T	G	8191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.362;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.144;NF=93;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=0.914;SC=CATGTCCCATTAGCACTGAGT;SOR=0.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=201;WE=158390260;WS=158390242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,297:0.99:299
chr1	158390501	rs34616883	G	A	13938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=25.76;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr1	158435250	rs1002599	C	T	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=368;ReadPosRankSum=0.188;SC=AAATGCCTGCCACCTGCAAAC;SOR=0.671;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=29;WE=158435258;WS=158435240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr1	158435278	rs1573519	G	A	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=34;PP=1928;SC=GAAATTTCCCGTACATTTCCA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=100;WE=158435286;WS=158435268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	158435928	rs41273489	G	A	7378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TCAGCACTCCGGCTTCAGTCA;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=366;TCF=176;TCR=190;TR=226;WE=158435936;WS=158435918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,333:0.60:557
chr1	158436299	rs4657080	T	C	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=96;PP=2965;SC=GTTAAAGAGCTATTTTTTAAA;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=51;TCR=96;TR=147;WE=158436307;WS=158436289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	158436354	rs67123344	AT	A	1501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=45;PP=1064;SC=TGTTTTATACATTTTTTTTCA;SOR=2.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=47;WE=158436362;WS=158436344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	158450192	rs61741711	C	T	5937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.684;SC=GCTTCTTGGCCTCTCTTACAG;SOR=0.634;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=315;TCF=154;TCR=161;TR=196;WE=158450200;WS=158450182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,266:0.63:422
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chr1	158450314	rs6679056	A	G	11573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=154;PP=2965;SC=GATGTTAACGAATTTGTGATA;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=118;TCR=154;TR=272;WE=158450322;WS=158450304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr1	158450382	rs1418843	C	T	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=42;PP=1043;ReadPosRankSum=-1.256;SC=TGTTTCTTATCTCTGCATTCT;SOR=0.575;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=189;TCF=78;TCR=111;TR=75;WE=158450390;WS=158450372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,116:0.42:275
chr1	158507157	rs2051665	A	T	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	158507160	rs2051666	T	G	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.57;SOR=1.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	158507184	rs2051068	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=476;ReadPosRankSum=0.894;SC=ACAGGTATAGATTATATGTCA;SOR=0.904;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=34;WE=158507192;WS=158507174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,46:0.29:158
chr1	158507222	rs5778082	GA	G	5319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=59;PP=2214;SC=CCAGGGTTATGAAAAAAAATC;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=95;WE=158507230;WS=158507212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr1	158507360	rs77684327	G	C	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.405;NF=14;NR=40;PP=764;ReadPosRankSum=0.189;SC=TAAAATGACAGGTCTAGAGAA;SOR=0.602;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=98;TCF=28;TCR=70;TR=54;WE=158507368;WS=158507350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,82:0.64:128
chr1	158507398	rs2051067	G	T	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=43;PP=1189;SC=GTCAGGCTCTGAATGTAGGCA;SOR=2.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=158507406;WS=158507388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	158517471	rs150369892	G	A	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=879;ReadPosRankSum=-0.286;SC=GAGCTGGTTGGTCATGATGAC;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=92;TCR=91;TR=68;WE=158517479;WS=158517461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,97:0.38:258
chr1	158532405	rs7526514	T	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr1	158533140	rs12080815	A	G	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=917;ReadPosRankSum=-0.301;SC=CCTGGGTAAGAAAGGCTGCCA;SOR=0.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=81;TCR=67;TR=61;WE=158533148;WS=158533130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,103:0.42:243
chr1	158533224	rs12081915	A	G	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=1.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,114:0.39:292
chr1	158549264	rs863360	G	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=492;ReadPosRankSum=0.879;SC=GAGGGTTACAGATGGCCAGGA;SOR=0.638;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=37;WE=158549272;WS=158549254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,62:0.38:165
chr1	158549420	rs863361	C	T	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=1588;ReadPosRankSum=1.506;SC=CGATGGTCAGCGTATAGCAGG;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=51;WE=158549429;WS=158549410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,77:0.37:210
chr1	158549421	rs77690058	G	A	2883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.343;SC=GATGGTCAGCGTATAGCAGGT;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=89;WE=158549429;WS=158549410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,131:0.63:207
chr1	158549492	rs863362	C	T	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=693;ReadPosRankSum=-1.112;SC=ACCTGTCCACCCAAGTTAGAC;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=53;WE=158549500;WS=158549482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,68:0.35:192
chr1	158549511	rs863363	A	G	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=662;ReadPosRankSum=0.461;SC=ACCCATGATGATCAGATTACC;SOR=0.755;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=168;TCF=87;TCR=81;TR=56;WE=158549519;WS=158549501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,80:0.34:237
chr1	158580887	rs3768535	T	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=576;SC=TTTTTTAAGATCCTACAATAA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=158580895;WS=158580877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	158580921	.	G	GCACACA,GCACACACA	1011.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.722;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.50;MQRankSum=0.464;QD=31.62;ReadPosRankSum=0.351;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,15,15:0.47,0.47:32
chr1	158580949	.	A	ACACACG	509	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=23;MQ=59.3;NF=9;NR=6;PP=509;QD=34.1333333333;SC=ACACACACACACACACACGAG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=15;WE=158580957;WS=158580939;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr1	158582522	.	T	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-1.033;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.173;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr1	158582646	rs2251969	T	C	4658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=53;PP=1602;SC=ACTTGCCCTCTGCCAGGGCTT;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=158582654;WS=158582636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr1	158584091	rs952094	A	G	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.08;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	158584103	rs373704896	G	GA,GAA	705.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.21;ReadPosRankSum=1.127;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,25,13:0.61,0.32:41
chr1	158587390	rs857716	C	T	5664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=58;PP=2557;SC=TAGTTAAGAACCGAAGGAAAT;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=140;WE=158587398;WS=158587380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	158587784	rs857717	T	G	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.802;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=819;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AATTCTTCCATAATAATATAA;SOR=0.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=44;WE=158587792;WS=158587774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr1	158587858	rs28525570	G	A	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=33;PP=1195;SC=TGGACATGGAGGTCCGGAACA;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=64;WE=158587866;WS=158587848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	158588916	rs7553252	C	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=8;PP=655;SC=AATACATGCTCTCAGAGTCTC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=158588924;WS=158588906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	158592935	rs3753068	G	A	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=60;PP=2003;SC=CAGTGATCTCGGGAAGTCTCT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=94;WE=158592943;WS=158592925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr1	158595824	rs56954229	T	C	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=13;PP=1048;SC=GAAGGGAAAATCTTACAGAGG;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=158595832;WS=158595814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	158595842	rs11265038	C	A	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=21;PP=1235;SC=AGGCTACAGACAATAAAATCC;SOR=1.439;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=158595850;WS=158595832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	158596524	rs12088990	A	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=9;PP=779;SC=TAGTGATGGAAACACCTCCTT;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=158596532;WS=158596514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	158597507	rs3737515	G	C	8838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=129;PP=2965;SC=TGCTTCATTAGCAAGCTCTGC;SOR=1.060;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=78;TCR=129;TR=207;WE=158597515;WS=158597497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	158606449	rs3738791	G	T	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=35;PP=1343;SC=CAGGCTCATGGGCCACCAGCT;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=75;WE=158606457;WS=158606439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	158607788	rs2518492	T	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=13;PP=995;SC=TACTCGCTTGTATTATCCACA;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=158607796;WS=158607778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	158609300	rs17635857	C	G	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=13;PP=612;SC=AAATGGTCTCCTAACATGGGA;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=158609308;WS=158609290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	158612236	rs863931	A	G	7005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr1	158614198	rs6702040	C	T	4573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=77;PP=2251;SC=TATGAGGAATCAAATGAGAGG;SOR=1.070;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=125;WE=158614206;WS=158614188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	158618223	rs857677	C	T	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=9;PP=478;SC=AAAAAGAGAACCAAAGAAGAG;SOR=1.387;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=27;WE=158618231;WS=158618213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	158618480	rs11265044	A	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-0.615;SC=AAAAGTAAGGATATGTACCAG;SOR=0.557;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=15;WE=158618488;WS=158618470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr1	158619728	rs2482965	A	C	4566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=57;PP=2131;SC=CCCCAGCGGGAATTCAATTCC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=112;WE=158619736;WS=158619718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	158621197	rs200143693	A	G	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=793;ReadPosRankSum=-0.483;SC=AAGTCCTTCAAATAGTAGATC;SOR=0.651;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=51;WE=158621205;WS=158621187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,84:0.67:126
chr1	158637865	rs140998442	GAAA	G,GAA	1747.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=4.188;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.352;QD=24.27;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,44,23:0.61,0.32:72
chr1	158639601	rs2298801	A	G	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,107:0.66:161
chr1	158640990	rs113663367	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-1.050;SC=CACCAACAACGAAAGAAGAGA;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=8;WE=158640998;WS=158640980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr1	158647495	rs325996	A	T	7262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=85;PP=2965;SC=CACTCATGACAGCAAGATTTC;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=82;TCR=85;TR=167;WE=158647503;WS=158647485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	158647522	rs703121	A	G	6516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=90;PP=2965;SC=GTCCCTTGTGACTGTGAAACA;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=158;WE=158647530;WS=158647512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	158647631	rs325995	T	A	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=40;PP=980;SC=ATCCCTGCAGTCATTAACAAG;SOR=1.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=158647639;WS=158647621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	158647669	rs703122	T	C	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=22;PP=675;SC=ATAGCAAGCATTACAGGGCAA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=158647677;WS=158647659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	158654786	rs385096	C	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=437;SC=TGTTTCTAAACGGAATCTAAT;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=158654794;WS=158654776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	158654852	rs857937	A	G	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1432;ReadPosRankSum=0.070;SC=TTCCTTCTCTAGAGATCTTAG;SOR=1.380;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=72;WE=158654860;WS=158654842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr1	158655036	rs435080	G	A	8458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=91;PP=2965;SC=CCCTCTCAGCGACCCGCTCCT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=86;TCR=92;TR=177;WE=158655044;WS=158655026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	158655162	rs2564859	C	A	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=58;PP=1760;SC=GATTCTGTTACTTGCTAGTTC;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=81;WE=158655170;WS=158655152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	158656281	rs2564858	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.10;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	158656347	rs111674514	C	CAG,CAGAG	1403.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=37;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3,3;NR=17,17;PP=84,561;ReadPosRankSum=1.995;SC=TAAAATGTGTCAGAGAGAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20,20;WE=158656355;WS=158656337;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.14,0.77:43
chr1	158656432	rs367824971	G	GA	252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.85;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr1	158687163	rs28568406	G	A	4368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.379;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=70;PP=2402;ReadPosRankSum=-2.668;SC=AAAGAATATCGGGAAGACCAT;SOR=0.734;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=268;TCF=140;TCR=128;TR=151;WE=158687171;WS=158687153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,203:0.55:367
chr1	158687224	rs857703	G	A	4898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=70;PP=2324;ReadPosRankSum=0.671;SC=TCAGAAGAGGGAATCCTCAAT;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=263;TCF=130;TCR=133;TR=142;WE=158687232;WS=158687214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,227:0.57:400
chr1	158687896	rs857705	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=593;ReadPosRankSum=1.758;SC=GATTGGTTTCCGCTCTCCATA;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=41;WE=158687904;WS=158687886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,68:0.43:160
chr1	158724537	rs34126693	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=305;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GAGGTAAAGCTTAAGAGATAT;SOR=0.954;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=17;WE=158724545;WS=158724527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr1	158735595	rs857824	C	T	5420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=43;PP=2454;SC=CTCCTTGTTGCGCAAGCTGTA;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=124;WE=158735603;WS=158735585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	158735691	rs857825	T	C	6841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=86;PP=2965;SC=CTTCTTCAGCTGCACATACAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=89;TCR=86;TR=175;WE=158735699;WS=158735681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	158735740	rs857826	A	G	6928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=94;PP=2965;SC=ACCACAGTGAAGTGGGAGGCA;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=73;TCR=94;TR=167;WE=158735748;WS=158735730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	158735892	rs857827	A	G	5478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=70;PP=2683;SC=TAGGACATTTATAGACGTATC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=135;WE=158735900;WS=158735882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	158736215	rs6666753	G	A	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=53;PP=1938;SC=TTTTCTCACTGAGCAAGTTTG;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=96;WE=158736223;WS=158736205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr1	158813047	.	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-1.260;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr1	158909164	rs2325704	C	A	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=34;PP=2029;SC=ACTGAGAATTCACTGCATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=85;WE=158909172;WS=158909154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	158913525	rs856082	A	G	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=8;PP=660;SC=AGACTTTCCTATATGCACGGT;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=158913533;WS=158913515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	158943295	rs144676333	T	TCA	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=731;ReadPosRankSum=-0.645;SC=AAAGGGATTTTCACACACACA;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=17;WE=158943303;WS=158943285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr1	158946629	rs145608153	A	AATATATGTAT	513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=1249;SC=CACAGAAAATAATATATGTAT;SOR=1.445;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=158946637;WS=158946619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	158946658	rs145640162	CTATATATATATATATATATATATATATA	C	355.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.53;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	158984322	rs12738378	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=1.806;SC=ACATTTGGTCGTTGAGTCCTT;SOR=0.804;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=8;WE=158984330;WS=158984312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr1	158985652	rs4262539	T	C	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,77:0.39:195
chr1	158985831	rs66519738	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=1.328;SC=AGCTCTGCTACGGCTCTTCCA;SOR=0.202;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=11;WE=158985839;WS=158985821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr1	158986477	rs866484	G	C	5648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=73;PP=2427;ReadPosRankSum=0.967;SC=CCACCCAACAGTTCTTCAACT;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=241;TCF=124;TCR=117;TR=153;WE=158986485;WS=158986467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,266:0.63:421
chr1	158986561	rs16841500	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.005;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,91:0.34:267
chr1	158987941	rs856046	A	G	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=17;PP=1134;ReadPosRankSum=0.362;SC=GCCCTGTGTTATACTGAGGTC;SOR=1.018;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=62;WE=158987949;WS=158987931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,65:0.71:92
chr1	158988270	rs11539423	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,39:0.35:110
chr1	159002222	rs861318	A	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=465;ReadPosRankSum=-1.727;SC=AGACCTATTAAAATCTAATAA;SOR=0.741;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=22;WE=159002230;WS=159002212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr1	159002301	rs2518553	T	C	3117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,152:0.62:246
chr1	159002377	rs1057027	C	A	4936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=2.282;SC=CCAGGAACAGCGTCAGCTTCC;SOR=0.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=205;TCF=102;TCR=103;TR=129;WE=159002397;WS=159002367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,239:0.58:410
chr1	159002389	rs1057028	T	A	4652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=1.446;SC=TCAGCTTCCATATCCTTCAGA;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=199;TCF=95;TCR=104;TR=126;WE=159002397;WS=159002367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,223:0.60:374
chr1	159021506	rs62621173	C	T	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=42;PP=1245;ReadPosRankSum=1.031;SC=GAAGAAGTTTCCATAGAAGAC;SOR=0.780;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=260;TCF=144;TCR=116;TR=97;WE=159021514;WS=159021496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,155:0.36:430
chr1	159022166	rs41264141	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=156;ReadPosRankSum=0.899;SC=CAGAGCCACCCTTGTCCAGGA;SOR=0.889;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=16;WE=159022174;WS=159022156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr1	159169463	rs3027001	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=941;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CTGTGTAAGACTATTCATGGC;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=64;WE=159169471;WS=159169453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,96:0.67:144
chr1	159169641	rs862999	T	C	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=41;PP=1344;SC=TCATCTTCCTTGGCCACTACT;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=159169649;WS=159169631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	159174824	rs863001	G	C	17842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,686:1.00:686
chr1	159174885	rs7550207	T	C	5419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=2.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=-3.363;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,267:0.63:426
chr1	159175004	rs17838198	CT	C	1188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=31;PP=1175;SC=CTCTTGGTGCCTTTTCCTTCT;SOR=2.780;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=31;WE=159175012;WS=159174994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	159175193	rs3027016	A	G	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=627;ReadPosRankSum=-1.452;SC=CTGCCCCTCAATTCCCAGGAG;SOR=0.678;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=37;WE=159175201;WS=159175183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,54:0.62:87
chr1	159175354	rs12075	G	A	6553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.375;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=80;PP=2793;ReadPosRankSum=-1.829;SC=GGAGACTATGGTGCCAACCTG;SOR=0.484;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=306;TCF=182;TCR=124;TR=186;WE=159175362;WS=159175344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,303:0.63:478
chr1	159272060	rs2251746	T	C	3528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1361;ReadPosRankSum=0.996;SC=CCAGATATGATACAGAAAACA;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=88;WE=159272068;WS=159272050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,164:0.65:252
chr1	159320979	rs10908710	G	A	14096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=156;PP=2965;SC=GGTCTTTCTCGCCCTCTACAT;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=293;TCF=136;TCR=157;TR=292;WE=159320987;WS=159320969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr1	159402584	rs11419544	G	GT	3818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=64;PP=2967;SC=CTATCAAGGAGTTATTACTTT;SOR=1.304;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=12;TCR=69;TR=76;WE=159402592;WS=159402574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	159409196	rs6691297	T	C	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=24;PP=1415;SC=TGAGAACCTCTGAGTGTAATA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=77;WE=159409204;WS=159409186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	159409533	rs10908721	G	A	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=35;PP=2655;SC=TGCTTTACTGGGACTATGTGA;SOR=1.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=89;TCR=35;TR=124;WE=159409541;WS=159409523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	159409734	rs10908722	G	T	19869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=785;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=239;NR=211;PP=2965;SC=TCATCCGAATGGATCTTCATC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=452;TCF=239;TCR=213;TR=450;WE=159409742;WS=159409724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,766:1.00:766
chr1	159409857	rs12048482	A	G	12386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=195;PP=2965;SC=GCCAGCCCATATCATTGGCAG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=327;TCF=132;TCR=195;TR=325;WE=159409865;WS=159409847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr1	159505101	rs35393723	G	A	3013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1520;ReadPosRankSum=-2.805;SC=GTCTTCTTCCGGCCCTCAGCT;SOR=0.504;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=141;TCF=67;TCR=74;TR=88;WE=159505109;WS=159505091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,134:0.64:208
chr1	159505297	rs4656837	C	T	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=34;PP=1185;ReadPosRankSum=-1.310;SC=TGCCACAGAACGGCAAATTGA;SOR=0.866;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=272;TCF=157;TCR=115;TR=91;WE=159505305;WS=159505287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,148:0.36:412
chr1	159558258	rs2808661	A	G	4116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=56;PP=1844;SC=GTTACTTTGTAGAAGCTCAGC;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=159558266;WS=159558248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	159683438	rs1800947	C	G	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=575;ReadPosRankSum=-0.051;SC=CATCTGGTGACAGCACAAAGT;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=94;TCR=39;TR=40;WE=159683446;WS=159683428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,61:0.30:203
chr1	159684047	.	CCACACACACA	C,CCACA	1090.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.36;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,18,11:0.60,0.37:30
chr1	159750802	rs3806189	G	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.96;MQRankSum=1.735;QD=18.00;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr1	159772442	rs11584071	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=168;ReadPosRankSum=-1.352;SC=TTCCTACCCCGTAGTCCTGGG;SOR=0.299;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=13;WE=159772450;WS=159772432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	159777848	rs11585055	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	159778699	rs12042065	G	A	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.102;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=22;PP=1260;ReadPosRankSum=1.375;SC=AGCCTCCTGGGGCTTCATCAT;SOR=0.511;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=122;TCF=89;TCR=33;TR=74;WE=159778707;WS=159778689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,104:0.62:169
chr1	159778983	rs12083967	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=237;ReadPosRankSum=2.103;SC=AGGTGGCCCCTGAGGGTGGCC;SOR=1.038;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=18;WE=159778991;WS=159778973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr1	159779629	rs11586456	T	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=-1.387;SC=ATCTGTCCACTGAGCCTGGCA;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=9;WE=159779637;WS=159779619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr1	159783148	rs55650803	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=246;ReadPosRankSum=1.601;SC=GACCTGTGAACTAGCCCTCCT;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=38;TCR=0;TR=15;WE=159783156;WS=159783138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr1	159783225	rs78228389	G	A	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=-1.288;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,77:0.38:202
chr1	159785284	rs4411129	C	G	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=55;PP=2242;SC=CTCACCCTCTCTCTTACATTT;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=124;WE=159785292;WS=159785274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	159785370	rs4301626	T	C	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.898;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=580;ReadPosRankSum=-2.210;SC=TGCAGCCCAGTGAGGTTTCAT;SOR=0.677;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=57;WE=159785378;WS=159785360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,100:0.42:240
chr1	159785425	rs4443889	A	G	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=624;ReadPosRankSum=-1.498;SC=AGAACCCCTTAGCGACTGTGA;SOR=0.812;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=139;TCF=59;TCR=80;TR=47;WE=159785433;WS=159785415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,72:0.40:182
chr1	159799599	rs11422063	C	CA	3990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=28;PP=2972;SC=CAGATGCATGCAAAGAAGGAT;SOR=1.645;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=73;WE=159799607;WS=159799589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	159807969	rs2494491	A	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=292;ReadPosRankSum=1.227;SC=CCTCATTTTTAAAAAAACTGC;SOR=0.976;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=22;WE=159807977;WS=159807959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr1	159824967	rs2501340	G	C	8625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=75;PP=2965;SC=TCGACCTACTGTCCTTTGTGA;SOR=0.860;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=183;TCF=105;TCR=78;TR=179;WE=159824975;WS=159824957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr1	159825061	rs2501339	G	C	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=620;ReadPosRankSum=-3.102;SC=CGTATCTGGAGAGCCCTGCAG;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=77;TCR=97;TR=50;WE=159825069;WS=159825051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,96:0.32:299
chr1	159825916	rs11587021	C	T	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=954;ReadPosRankSum=1.255;SC=CACAGCCTGGCAGGTGCCTGA;SOR=0.732;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=117;TCF=46;TCR=71;TR=65;WE=159825924;WS=159825906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,95:0.55:174
chr1	159826561	rs111861505	C	CCA	600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=10.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr1	159827416	rs4477268	C	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=-0.203;SC=GAGGGAGGGTCTCCCACAGGG;SOR=0.382;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=12;WE=159827424;WS=159827415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	159827456	rs2494503	A	G	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=10;PP=898;SC=GGCACTGATAACCCAAGGAAA;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=159827464;WS=159827446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	159827475	rs11584200	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=273;ReadPosRankSum=0.308;SC=AACCCCAACAGGTCCCAGAGT;SOR=0.430;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=17;WE=159827483;WS=159827465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr1	159828128	rs2494504	A	G	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=31;PP=915;SC=CAGAGCCAAGAAGGGCCATGT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=159828136;WS=159828118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	159828746	rs2501337	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=721;SC=AGCAGAAGCAGGGCTTCAGGA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=159828754;WS=159828736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	159832425	rs2494507	G	A	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=57;PP=1737;SC=CACTGCCTGGGGTGGCAGGAA;SOR=1.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=78;WE=159832433;WS=159832415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	159842088	rs2494518	T	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=217;SC=GTTCCCCCCATCCTATTTTAC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=159842096;WS=159842078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	159842103	rs11265289	C	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=5;PP=257;SC=TTTTACTCCACCTTCAGTACC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=159842111;WS=159842093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	159842691	rs4460634	C	G	2535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=23;PP=1314;SC=CATCTCTTTGCGGGAGGGAAG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=63;WE=159842699;WS=159842681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	159854392	rs2501325	C	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=584;SC=TTAGAAACCCCGGGTCCACAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=159854400;WS=159854382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	159860259	rs2501320	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=428;ReadPosRankSum=1.451;SC=GGCAGGGGACGGTGTACTCAC;SOR=0.492;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=29;WE=159860267;WS=159860249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr1	159889686	rs2252815	G	A	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.235;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=892;ReadPosRankSum=-0.951;SC=AGCTCAGCGTGCACCACCCTC;SOR=0.443;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=59;WE=159889694;WS=159889676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,88:0.64:138
chr1	159890459	rs11265297	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=2.603;SC=ACCAGAACTGTTACCAAATGC;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=12;WE=159890467;WS=159890449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr1	159897126	rs13052	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.416;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr1	159897388	rs1934074	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=362;ReadPosRankSum=1.286;SC=ATGTGAAGCTCGCTAGGCCCT;SOR=0.829;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=29;WE=159897396;WS=159897378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,53:0.37:145
chr1	159897681	rs142211405	TAA	T,TA	1527.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.872;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.948;QD=13.40;ReadPosRankSum=1.794;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,54,44:0.47,0.39:114
chr1	159898100	rs3747615	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.335;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TGCCTCGCCCACTGCTCTGGC;SOR=0.351;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=23;WE=159898108;WS=159898090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr1	159898913	rs7543462	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=396;ReadPosRankSum=-1.784;SC=CAGAGCTAGGAAGAACAAGCG;SOR=0.382;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=24;WE=159898921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr1	159902526	rs3827531	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=342;ReadPosRankSum=0.476;SC=GGGGGCAGGATGAGAAACCCA;SOR=0.444;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=31;WE=159902534;WS=159902516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr1	159906156	rs10908750	A	G	2666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=1187;ReadPosRankSum=0.724;SC=TGCATAGGTAACCCTGGACCC;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=185;TCF=91;TCR=94;TR=76;WE=159906164;WS=159906146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,142:0.38:373
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chr1	159913053	rs41264841	C	T	6625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=68;PP=2841;ReadPosRankSum=0.643;SC=CTGGAGAAACCCCCAGTTCAG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=270;TCF=162;TCR=108;TR=173;WE=159913061;WS=159913043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,305:0.59:515
chr1	159922369	rs2840583	C	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=772;ReadPosRankSum=1.238;SC=AATCAGGGATCGGGTCTGTTT;SOR=0.880;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=47;WE=159922377;WS=159922359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,67:0.59:114
chr1	159922458	rs1317520	A	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-1.007;SC=GGCAAAAGCAAACAAACCCAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=8;WE=159922466;WS=159922448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	159923111	rs2789417	T	G	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1211;ReadPosRankSum=0.616;SC=TAGACACATATATTGTACTGC;SOR=0.572;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=73;WE=159923119;WS=159923101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,108:0.66:164
chr1	160000435	rs12409352	A	T	5366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=73;PP=2625;ReadPosRankSum=-0.360;SC=CCTGCCCTATAAACCATAACA;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=262;TCF=140;TCR=122;TR=160;WE=160000443;WS=160000425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,244:0.61:398
chr1	160057522	rs3001040	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	160061934	rs12408242	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=291;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GGGCTGGAAGTTGGATTTTTT;SOR=0.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=14;WE=160061942;WS=160061930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr1	160061959	rs12401728	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=296;ReadPosRankSum=0.680;SC=CTTCATGTGACATAATGTGGA;SOR=0.631;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=18;WE=160061967;WS=160061949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr1	160062225	.	G	A	3175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1541;ReadPosRankSum=-2.478;SC=CGATGGCTTCGGGGCCCCACC;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=91;WE=160062233;WS=160062215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,145:0.65:224
chr1	160062472	rs2295622	C	T	3801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1522;ReadPosRankSum=0.801;SC=ATGCCACAGCCTCCAGCACCA;SOR=0.621;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=149;TCF=71;TCR=78;TR=91;WE=160062480;WS=160062462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,181:0.62:291
chr1	160062727	rs2295621	A	G	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.021;SC=CCTCCCGCACATGTACAGGGA;SOR=0.862;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=78;WE=160062735;WS=160062717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,103:0.61:168
chr1	160064592	rs12044027	T	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=193;ReadPosRankSum=-0.096;SC=ACTAGATAGGTCACTTGTGGC;SOR=0.813;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=35;TCR=3;TR=13;WE=160064600;WS=160064582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr1	160068068	rs12046504	A	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=134;SC=GCGCAGCTGGACGCCGACCCC;SOR=2.712;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=160068076;WS=160068055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	160085868	rs2854244	A	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr1	160090674	rs2854246	T	C	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=33;PP=1324;SC=CCTGACTCTCTGGCTCTCCCT;SOR=1.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=79;WE=160090692;WS=160090664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	160090681	rs67915591	CCCTT	C	5364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=35;PP=2759;SC=CTCTGGCTCTCCCTTCCTCCC;SOR=1.133;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=53;WE=160090692;WS=160090664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	160091136	rs17846705	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=328;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TCCAGCCTTCTTTACAGATGA;SOR=1.053;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=19;WE=160091144;WS=160091126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr1	160093222	rs2820581	C	T	9752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=120;PP=2965;SC=CCCACACGCCCGACCCGGGAA;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=92;TCR=121;TR=211;WE=160093230;WS=160093212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr1	160093648	rs41265763	G	A	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=904;ReadPosRankSum=-0.439;SC=CATCTTGGATGGCACTGCCTG;SOR=0.620;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=58;WE=160093656;WS=160093638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,81:0.62:130
chr1	160093911	rs2820582	T	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=26;PP=862;SC=AGCTCATCTTTTGTCAGCTCC;SOR=1.378;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=39;WE=160093919;WS=160093901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	160093927	rs2854248	T	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=337;ReadPosRankSum=-0.589;SC=GCTCCCAGGCTCTAAGATAGA;SOR=1.186;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=22;WE=160093935;WS=160093917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr1	160095127	rs7548116	T	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=444;ReadPosRankSum=-0.838;SC=AGTACTTACCTGGCAAAAGCT;SOR=1.063;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=99;TCF=17;TCR=82;TR=28;WE=160095135;WS=160095117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,31:0.30:105
chr1	160097315	rs2295623	C	A	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=3;PP=717;ReadPosRankSum=0.702;SC=CACAAGGCACCCAACCTGATG;SOR=0.965;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=36;WE=160097323;WS=160097305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr1	160097666	rs6695366	G	A	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=65;PP=1778;SC=TCTTTCCTCAGAGTGATAGAG;SOR=1.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=23;TCR=65;TR=88;WE=160097674;WS=160097656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	160098927	rs5778151	A	AG	954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=18;PP=998;SC=GTGTCTCCAAAGCCTCTTGCT;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=160098935;WS=160098917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr1	160105367	rs17846715	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-1.285;QD=4.80;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
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chr1	160109636	rs17846717	C	G	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=44;PP=1512;ReadPosRankSum=0.380;SC=GTGACAGCCACCAAGCCAACC;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=260;TCF=130;TCR=130;TR=90;WE=160109644;WS=160109626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,138:0.34:402
chr1	160109656	rs17846718	G	C	2901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=49;PP=1493;ReadPosRankSum=-1.727;SC=CTCTGATGCTGCTGACACTCT;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=266;TCF=131;TCR=135;TR=98;WE=160109664;WS=160109646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,157:0.37:430
chr1	160109788	rs41288127	C	T	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,92:0.44:208
chr1	160109835	rs55884181	G	A	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=614;ReadPosRankSum=-0.443;SC=CCTCCCTCCAGGACCACACGC;SOR=0.442;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=39;WE=160109843;WS=160109825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr1	160121899	rs77332724	A	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,55:0.37:147
chr1	160124875	rs6427504	G	A	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=27;PP=1605;SC=CTGACTCGAGGTGGACCCAAT;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=79;WE=160124883;WS=160124865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	160128671	rs4656888	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=152;ReadPosRankSum=-2.396;SC=GAATGATGTGGTGGGTGACAG;SOR=0.668;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=13;WE=160128679;WS=160128661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr1	160128994	rs10908764	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=0.340;SC=ACACCTGGGCCGTTAGAGAAA;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=8;WE=160129002;WS=160128984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	160134056	rs17368402	G	A	2420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=46;PP=1024;ReadPosRankSum=-0.639;SC=TGCTGAGATCGAACACTTCAT;SOR=0.772;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=253;TCF=116;TCR=137;TR=83;WE=160134064;WS=160134046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,147:0.33:452
chr1	160134205	rs11265338	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.665;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=584;ReadPosRankSum=-2.477;SC=GGCTGTTGGCCACAGTCACTG;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=34;WE=160134213;WS=160134195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr1	160136350	rs7529215	G	A	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.183;NF=86;NR=47;PP=1937;ReadPosRankSum=1.422;SC=AGCGCATGGCGCGGAAGAACT;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=231;TCF=148;TCR=83;TR=133;WE=160136358;WS=160136340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,152:0.54:280
chr1	160137300	rs4656889	A	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=1.717;SC=CACCTCGGAGAAGCAGAGGAG;SOR=0.334;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=26;WE=160137308;WS=160137290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr1	160140998	rs1209804	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=0.498;SC=CTGATCCTTGGTCTCTCCTCC;SOR=0.801;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=12;WE=160141006;WS=160140988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr1	160141196	rs625549	C	T	6471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=64;PP=2732;SC=AAAATGCCTACTTAGAACTGG;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=147;WE=160141204;WS=160141186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	160141285	rs669162	CC	TG	3018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.647;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=1595;ReadPosRankSum=2.222;SC=GGTTATTATCCCTGGGGTGAG;SOR=0.815;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=50;WE=160141294;WS=160141275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,85:0.37:231
chr1	160141636	rs1891265	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=473;ReadPosRankSum=0.484;SC=TGCTTAATACCCTTAGTTTAA;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=30;WE=160141644;WS=160141626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr1	160146173	rs881291	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=346;ReadPosRankSum=0.070;SC=CAAGATGGATTGAGGCTGCGT;SOR=0.820;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=57;TCR=69;TR=37;WE=160146181;WS=160146163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,50:0.30:164
chr1	160147502	rs731852	T	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-1.523;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,30:0.34:87
chr1	160147510	rs731853	G	A	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr1	160151345	rs113684338	CA	C	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.071;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	160151421	rs11265350	G	C	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.773;NF=26;NR=10;PP=382;ReadPosRankSum=-0.622;SC=AGAAGCCTTAGGGTGTACAGA;SOR=0.662;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=36;WE=160151429;WS=160151411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,48:0.38:125
chr1	160151450	rs7519748	T	C	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.786;NF=39;NR=13;PP=729;ReadPosRankSum=-1.135;SC=CTGACACTGTTTCCTCTCTCC;SOR=0.956;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=134;TCF=91;TCR=43;TR=52;WE=160151458;WS=160151440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,73:0.39:188
chr1	160151624	rs36097870	G	GC	11558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-3.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.774;NF=43;NR=120;PP=2933;ReadPosRankSum=1.321;SC=TCACAAAACAGCCCAGCACTC;SOR=0.614;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=452;TCF=152;TCR=300;TR=163;WE=160151632;WS=160151614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:713,454:0.39:1167
chr1	160156027	rs12131640	C	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=448;ReadPosRankSum=-0.486;SC=TCTGGCATCTCTCTCTCCTGC;SOR=0.955;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=31;WE=160156035;WS=160156017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,39:0.32:120
chr1	160163446	rs3747621	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=265;ReadPosRankSum=2.919;SC=GATTATCAAACGGGCTGTGGC;SOR=0.283;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=20;WE=160163454;WS=160163436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr1	160163509	rs3747623	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=411;ReadPosRankSum=-0.771;SC=GCTCACTACCCCACCCCTGCG;SOR=0.175;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=30;WE=160163517;WS=160163499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr1	160164668	rs1186693	T	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	160165095	rs2275703	A	C	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.918;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=14;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CCAGACAAGCACCTCCAGTAT;SOR=1.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=72;TCR=21;TR=65;WE=160165103;WS=160165085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,70:0.65:108
chr1	160165451	rs10908769	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.320;HP=10;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=778;ReadPosRankSum=0.662;SC=TGCCCCCCCCCCCGGCTCCTC;SOR=0.126;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=27;WE=160165459;WS=160165432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,32:0.76:42
chr1	160168368	rs822450	G	A	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.055;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.701;NF=23;NR=12;PP=451;ReadPosRankSum=3.511;SC=ACAAAATTGAGGTTCAATGAA;SOR=0.915;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=35;WE=160168376;WS=160168358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,57:0.34:169
chr1	160169473	rs959166	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=5;PP=683;SC=TCCTCTTTTGTTGTTTAGTTC;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=160169481;WS=160169463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	160178356	rs667306	A	G	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	160232929	rs61480108	AT	A	861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.765;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,67:0.64:105
chr1	160233345	rs6688586	C	A	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=22;SC=AGGAGAATTGCTTGAACCCGG;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=160233353;WS=160233335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	160247185	rs10594	G	C	2822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1090;ReadPosRankSum=-1.106;SC=TACCTGTCATGGGCAATAGGA;SOR=0.703;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=79;WE=160247193;WS=160247175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,133:0.68:197
chr1	160251792	rs2795067	A	G	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=1049;ReadPosRankSum=0.930;SC=ATGTGATGGAAAATGAAGAGA;SOR=0.622;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=78;TCR=52;TR=69;WE=160251800;WS=160251782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,99:0.53:188
chr1	160260233	rs2298104	T	C	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=7.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.53;ReadPosRankSum=-2.593;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr1	160263124	rs1317944	C	T	3538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=53;PP=1422;ReadPosRankSum=0.954;SC=TGTTATATACCAATCAAGTAT;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=71;TCR=100;TR=89;WE=160263132;WS=160263114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,166:0.56:297
chr1	160265515	rs3789042	T	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.915;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=666;ReadPosRankSum=1.233;SC=ATGGGAGAAATAGGTACTTAC;SOR=1.044;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=44;WE=160265523;WS=160265505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr1	160268834	.	G	GA	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.27;ReadPosRankSum=1.682;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,34:0.16:219
chr1	160275434	rs2066320	A	G	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	160302444	rs4656897	G	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=1.107;SC=TGCTTATCCAGTTTTACTTTT;SOR=0.122;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=160302452;WS=160302434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr1	160303416	rs1802778	G	A	5133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=1.685;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,249:0.61:406
chr1	160309664	rs1886419	T	G	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,131:0.60:218
chr1	160313733	rs1886417	C	A	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-1.074;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr1	160313744	.	GTTT	G	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr1	160388932	rs200356076	G	A	4003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.305;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=78;PP=1832;ReadPosRankSum=0.677;SC=GTGTGGCAGCGGGGGCCACCC;SOR=1.011;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=299;TCF=122;TCR=177;TR=117;WE=160388940;WS=160388922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,208:0.41:508
chr1	160393905	rs12086448	A	G	4535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.598;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=45;PP=2198;ReadPosRankSum=-0.027;SC=AGGAGCAGAAAAACCCCAGGG;SOR=0.506;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=195;TCF=130;TCR=65;TR=128;WE=160393913;WS=160393895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,199:0.69:289
chr1	160394155	rs68148622	CT	C	4453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.111;NF=4;NR=62;PP=2618;ReadPosRankSum=1.394;SC=TATTCTCTCACTACTTTCCTC;SOR=0.640;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=7;TCR=107;TR=66;WE=160394163;WS=160394145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,135:0.62:217
chr1	160458782	rs3795327	A	G	6793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=57;PP=2609;SC=TCCTCCCCTCAGTGGTCATTT;SOR=1.041;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=98;TCR=59;TR=155;WE=160458790;WS=160458772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr1	160519812	rs3832278	C	CA	3319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=36;PP=1807;SC=AGCCCAGGCCCATCTACAAGT;SOR=1.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=39;WE=160519823;WS=160519802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	160519815	rs58960001	C	CT	3319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=36;PP=1745;SC=CCAGGCCCATCTACAAGTCCC;SOR=1.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=38;WE=160519823;WS=160519802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	160582200	rs200238058	T	TA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.759;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
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chr1	160616703	rs2295612	G	T	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=46;PP=947;ReadPosRankSum=0.211;SC=GAAACAGCACGAAGGTCAAGG;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=95;TCR=134;TR=78;WE=160616711;WS=160616693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,134:0.34:389
chr1	160650913	rs4656926	A	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=512;SC=AGGAGGCTGAATAGGACCCCC;SOR=1.981;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=25;WE=160650921;WS=160650903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	160650938	rs6667145	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=12;PP=935;SC=TTTCTTTGTTCAAAACAACTC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=160650946;WS=160650928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	160654758	rs2295615	C	G	5459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=81;PP=2574;ReadPosRankSum=3.191;SC=CTGTTGTCCTCTTTCTGGACC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=116;TCR=131;TR=153;WE=160654766;WS=160654748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,246:0.64:387
chr1	160654786	rs1980606	G	A	4952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=78;PP=2120;ReadPosRankSum=0.643;SC=TGTACAGTGCGCCACTCTGAG;SOR=0.597;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=227;TCF=98;TCR=129;TR=142;WE=160654794;WS=160654776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,228:0.62:370
chr1	160681653	rs57782077	G	GA	271.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.58;MQRankSum=0.747;QD=11.82;ReadPosRankSum=1.746;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,19:0.83:23
chr1	160717872	rs527733	T	G	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=114;SC=TCCAGGAGGTTGTTGTGTTGG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=160717880;WS=160717862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	160722064	rs527342	A	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=15;PP=402;SC=GCTTAACTTCATCTTAATGGT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=160722072;WS=160722054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	160766179	rs3831924	C	CT	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.931;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=1.190;SC=CTGGGAGATTCTTTTTTTTGT;SOR=0.105;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=160766187;WS=160766169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr1	160771761	rs1556517	C	A	4137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=65;PP=1718;ReadPosRankSum=1.973;SC=ACCTCACCGCCGCGCAGCAGA;SOR=0.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=164;TCF=59;TCR=105;TR=100;WE=160771769;WS=160771751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,190:0.66:287
chr1	160786670	rs560681	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=271;ReadPosRankSum=-0.717;SC=CTCCATCTCTATTTACTCAGG;SOR=0.523;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=25;WE=160786678;WS=160786660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr1	160788131	rs3817407	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.433;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=273;ReadPosRankSum=-0.651;SC=AGATCAATGTTGTCCGCCAGT;SOR=1.718;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=21;WE=160788139;WS=160788121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr1	160789196	rs537540	A	C	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=74;PP=2276;SC=GCTATGGGGTATCTGGTCCAA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=29;TCR=74;TR=103;WE=160789204;WS=160789186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	160793442	rs474131	A	G	9179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=124;PP=2965;SC=GATATGAGGTATTTGACCAGG;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=237;TCF=112;TCR=125;TR=236;WE=160793450;WS=160793432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr1	160793560	rs509749	A	G	6924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=92;PP=2760;SC=AGAGAACACCATGTATGCACA;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=52;TCR=92;TR=144;WE=160793568;WS=160793550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	160793962	rs506081	G	C	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=26;PP=1461;SC=TGCTGTTGGTGTGTTACAGGG;SOR=1.346;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=74;WE=160793970;WS=160793952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	160797323	rs577453	T	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=550;SC=TCTTGTGTTGTCCTTGCAGAG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=160797331;WS=160797313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	160797514	rs576334	C	G	7389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr1	160797684	rs574610	A	G	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=27;PP=784;SC=CCTGGGGCTCACAGACAGAAG;SOR=2.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=34;WE=160797692;WS=160797674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	160801046	rs480104	C	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=181;ReadPosRankSum=0.482;SC=AGACTAGGAACTGTTCTATAG;SOR=0.357;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=13;WE=160801054;WS=160801036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	160803802	rs11265493	A	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=448;ReadPosRankSum=-2.156;SC=ACACATCTACATCAACAACAC;SOR=0.437;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=35;WE=160803810;WS=160803792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr1	160809003	rs6682654	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=1.459;SC=TTGCTCATTTGGTTAACCTCC;SOR=1.460;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=160809011;WS=160808993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr1	160832212	rs11265500	A	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.995;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=183;ReadPosRankSum=1.507;SC=AGGGCCAGATACCCCTCTCAC;SOR=1.274;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=12;WE=160832220;WS=160832202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr1	160849030	rs3766358	T	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=485;ReadPosRankSum=2.050;SC=CTCAACACACTCACACATACC;SOR=0.324;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=29;WE=160849038;WS=160849020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr1	160849060	rs3766359	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=746;ReadPosRankSum=1.489;SC=GGACAAACTCGACCTTACTCA;SOR=0.585;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=44;WE=160849068;WS=160849050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,51:0.62:82
chr1	160849082	rs3820094	A	G	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=828;ReadPosRankSum=-0.575;SC=AGGTCCCTGCAGTCCCCACAG;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=63;WE=160849090;WS=160849072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,82:0.61:134
chr1	160849367	rs2274905	G	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=460;ReadPosRankSum=-0.079;SC=CTACATCCTGGCCTCAAACTT;SOR=1.574;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=23;WE=160849375;WS=160849357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
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chr1	160921230	rs4656971	T	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=296;ReadPosRankSum=0.242;SC=CATCTTGTGTTCTGCTCACCT;SOR=1.730;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=14;WE=160921238;WS=160921220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
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chr1	160969008	rs3831190	T	TG	1160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=1184;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CAGGTATGGGTGGGGTAACAG;SOR=0.434;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=34;WE=160969016;WS=160968998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr1	160969110	rs2297222	T	C	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=807;ReadPosRankSum=-0.982;SC=CCCATTCCCCTAGGCCCACTT;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=52;WE=160969118;WS=160969100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,75:0.56:133
chr1	160969585	rs790056	C	T	7199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=96;PP=2856;ReadPosRankSum=0.036;SC=TCACTCACGGCACCTACAGTA;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=380;TCF=206;TCR=174;TR=217;WE=160969593;WS=160969575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,357:0.55:644
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chr1	160970968	rs2297221	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;ReadPosRankSum=-0.899;SC=GCAAATACACGAGATGGGGAA;SOR=0.836;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=17;WE=160970976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr1	160971015	rs2297220	G	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=215;ReadPosRankSum=1.040;SC=GTGCTCTCTAGATCCCCAGGC;SOR=0.382;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=13;WE=160971023;WS=160971005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	160971146	rs790055	A	G	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.22;ReadPosRankSum=2.111;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr1	160971155	rs2297219	G	C	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.90;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr1	160990906	rs2481085	G	A	5508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=104;PP=2862;ReadPosRankSum=1.411;SC=AGGACTCCTGGGAACAGACAC;SOR=0.766;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=249;TCF=96;TCR=153;TR=166;WE=160990914;WS=160990896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,243:0.66:368
chr1	161010762	rs2073658	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=783;ReadPosRankSum=2.572;SC=ATTAGGACCACTTATGGTAGC;SOR=1.276;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=19;WE=161010782;WS=161010752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr1	161010774	rs2516841	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=783;ReadPosRankSum=0.387;SC=TATGGTAGCTAGGTGTGGTGT;SOR=0.638;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=19;WE=161010782;WS=161010752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	161010791	rs2073657	C	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=252;ReadPosRankSum=0.058;SC=GTGTCTCACACCTGTAATCCC;SOR=0.520;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=14;WE=161010799;WS=161010781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr1	161011716	rs2774276	G	C	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=821;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCTTCTATCCGTTGGGGTGGT;SOR=0.296;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=48;WE=161011724;WS=161011706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr1	161011736	rs144100508	GGA	G	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=23.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.753;SOR=3.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr1	161012590	rs2073655	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.148;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=561;ReadPosRankSum=0.751;SC=GCCATGATGGGTTCTTAGTCT;SOR=0.912;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=34;WE=161012598;WS=161012580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,56:0.59:95
chr1	161013121	rs2516839	C	T	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=769;ReadPosRankSum=0.233;SC=GTCTTTGTATCTCCTGATTCA;SOR=0.479;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=53;WE=161013129;WS=161013111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,77:0.69:112
chr1	161019040	rs3813609	G	C	7384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=101;PP=2855;ReadPosRankSum=-1.412;SC=GCGGAGTCCAGGGAACAGCAG;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=181;TCR=169;TR=211;WE=161019048;WS=161019030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,348:0.63:552
chr1	161022380	rs4396136	G	A	4063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=91;PP=2457;ReadPosRankSum=1.912;SC=CATGAAGGTCGGTGCAGGGGA;SOR=0.519;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=183;TCF=50;TCR=133;TR=131;WE=161022388;WS=161022370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,176:0.67:261
chr1	161030059	rs66818503	CA	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.401;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr1	161043735	rs4656285	A	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=-0.191;SC=GGTGGCAGTGAGGCTGAAGAG;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=14;WE=161043743;WS=161043725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr1	161043764	rs4656978	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=227;ReadPosRankSum=0.270;SC=TGCTGTGTGCGTGTGCATACT;SOR=1.244;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=12;WE=161043772;WS=161043754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr1	161047125	rs60601836	CTATA	C	1091.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=798;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CTGTCACATACTATATATAGC;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=17;WE=161047136;WS=161047118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr1	161049358	rs3820097	G	A	4926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.006;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=52;PP=1769;ReadPosRankSum=0.229;SC=GGCTCAGACCGTACCCAGAGA;SOR=0.535;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=190;TCF=109;TCR=81;TR=116;WE=161049366;WS=161049348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,230:0.65:352
chr1	161088583	rs41270017	T	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=379;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CAGGCTGGGCTTCATCACCAG;SOR=0.752;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=34;WE=161088591;WS=161088573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
chr1	161089450	rs111473243	C	CTAAACT	1083.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.426;NF=3;NR=8;PP=485;ReadPosRankSum=1.422;SC=GCTCTTCTACCTAGATTCTCC;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=11;WE=161089458;WS=161089440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr1	161092761	rs17389237	A	G	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,97:0.36:269
chr1	161093137	rs78180560	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=0.993;SC=GTGACTTGAAAAGACATGTGA;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=20;WE=161093145;WS=161093127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr1	161094190	rs1135783	A	G	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=713;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TGTACAGCCCATGTTCCTGCT;SOR=0.841;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=127;TCF=47;TCR=80;TR=54;WE=161094198;WS=161094180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,82:0.41:202
chr1	161126641	rs61124670	T	C	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=-1.050;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr1	161126705	rs76617482	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=407;ReadPosRankSum=1.055;SC=CTTGGCCCCAACTACTCTCTC;SOR=0.781;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=36;WE=161126713;WS=161126695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,67:0.29:233
chr1	161126975	rs12031437	C	G	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=530;ReadPosRankSum=1.204;SC=GGCTGGTGGCCTAAGCCAAGA;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=50;WE=161126983;WS=161126965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,71:0.42:171
chr1	161131811	.	G	A	3620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=37;PP=1325;ReadPosRankSum=-1.837;SC=CTTGCCGATTGTACTCTGACC;SOR=0.761;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=149;TCF=85;TCR=64;TR=89;WE=161131819;WS=161131801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,174:0.62:279
chr1	161136843	rs2301287	C	G	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=905;ReadPosRankSum=-0.955;SC=TGACCTCTCGCCGGCGGCTAC;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=82;TCR=86;TR=67;WE=161136851;WS=161136833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,89:0.39:226
chr1	161139738	rs36013429	G	A	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=496;ReadPosRankSum=0.634;SC=CCTCTGGCTCGTGCCCTGAGT;SOR=0.570;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=41;WE=161139746;WS=161139728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,69:0.34:203
chr1	161143801	rs3813619	G	A	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=44;PP=948;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GCACCCCAACGTTCAACAGTT;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=153;TCF=56;TCR=97;TR=71;WE=161143809;WS=161143791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,89:0.44:203
chr1	161143969	rs11265561	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-0.248;SC=AGGCCAAGGCAGGCAGATCAC;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=10;WE=161143977;WS=161143959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr1	161145005	rs3813620	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=500;ReadPosRankSum=-0.277;SC=TAAAGGACACCGACACAGGAC;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=39;WE=161145013;WS=161144995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,56:0.36:156
chr1	161161284	rs41270041	G	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=4.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=-1.128;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,89:0.36:245
chr1	161162173	rs7512012	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.623;SC=GGTGAGTGCCGGCCACCATGT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=8;WE=161162181;WS=161162163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr1	161163037	rs4233367	T	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=309;ReadPosRankSum=1.159;SC=GCCCAGTGCCTGGGCCTGGCA;SOR=0.899;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=26;WE=161163045;WS=161163027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,46:0.38:121
chr1	161163633	rs3813622	C	T	3300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1251;ReadPosRankSum=1.717;SC=AGGCACAGAACGGAAGTGGGG;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=296;TCF=151;TCR=145;TR=109;WE=161163641;WS=161163623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,182:0.38:482
chr1	161167698	rs4589131	T	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=148;ReadPosRankSum=-1.105;SC=GCCAGAAGTGTAAGTGGGTGG;SOR=0.111;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=11;WE=161167706;WS=161167688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr1	161172233	rs11538340	C	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=0.788;SC=GGTGCTGCGGCCTGGGGCTGG;SOR=0.811;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=19;WE=161172241;WS=161172223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,34:0.30:114
chr1	161176137	rs4656993	A	G	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=523;ReadPosRankSum=-0.298;SC=ACTCCTTGCTATCTTTTGGGG;SOR=0.757;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=36;WE=161176145;WS=161176127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chr1	161179877	rs4656994	G	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=649;ReadPosRankSum=-0.511;SC=GCCACATTCAGTAGCACTTCC;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=43;WE=161179885;WS=161179867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,63:0.35:179
chr1	161184059	rs10629771	C	CTGTGTGTG	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=319;ReadPosRankSum=0.295;SC=AAATTGGCCTCTGTGTGTGTG;SOR=2.110;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=11;WE=161184067;WS=161184049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr1	161191339	rs12721035	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.841;QD=7.44;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,55:0.42:130
chr1	161191450	.	CTTTTTT	C	632.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-1.073;QD=14.06;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr1	161191461	.	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-1.131;QD=15.11;ReadPosRankSum=2.403;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr1	161191522	rs685	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-1.834;SC=GTGCAGTGGCACGATGTCAGC;SOR=0.368;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=9;WE=161191530;WS=161191512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	161192316	rs6413453	G	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=-2.155;SC=GTAAGACCTGGATAGGTGAGG;SOR=1.079;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=16;WE=161192324;WS=161192306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr1	161192845	.	CCACACACACA	C	2248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=4.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=1.053;QD=12.03;ReadPosRankSum=-1.969;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,84:0.45:187
chr1	161196166	rs3813628	A	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr1	161200487	rs4073054	C	A	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=207;ReadPosRankSum=1.249;SC=CTAGACCCCACGATACCTGAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=12;WE=161200495;WS=161200484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr1	161201297	rs111679990	AT	A	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr1	161201350	rs11265567	G	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.24;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr1	161201350	.	GCG	TCA	187	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=58.48;NF=4;NR=4;PP=187;QD=30.0584843578;SC=GAGTGCAGTGGCGTGATCTCT;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=8;WE=161201360;WS=161201340;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	161201352	rs11265568	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.63;ReadPosRankSum=-1.858;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	161202605	rs2307424	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-2.014;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,40:0.31:131
chr1	161204906	rs3123553	G	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=0.044;SC=ACTCCAGCCTGGGCAACAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=161204914;WS=161204896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	161205898	rs6686001	G	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=0.179;SC=GGTCCCCAGGGGTGGATAGTA;SOR=0.793;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=12;WE=161205906;WS=161205888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr1	161208254	.	AAG	A	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.249;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,20:0.18:110
chr1	161209164	rs79769623	G	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=0.049;SC=AGCCGAGATCGCAGCACTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=6;WE=161209172;WS=161209154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	161228843	rs16832733	G	A	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=1.957;SC=CGGGATCCCAGGGAGGCGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=161228851;WS=161228833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	161253657	rs4255401	C	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=177;ReadPosRankSum=1.955;SC=TTTGGAACTACAGTACTATAT;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=13;WE=161253665;WS=161253647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr1	161254280	rs4477295	G	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=-0.885;SC=GAATGGCCAGGCTTGCCCTTC;SOR=0.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=19;WE=161254288;WS=161254270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr1	161276434	rs6674383	A	G	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=24;PP=1032;SC=CCCCCAACCTATCAGTCCTCC;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=161276442;WS=161276424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	161279532	.	C	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=158;ReadPosRankSum=-1.343;SC=CCTGCTTGTTCTTTCTTTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=161279540;WS=161279522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr1	161326722	rs199612101	C	CT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.956;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,17:0.20:87
chr1	161332091	rs34744926	CT	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
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chr1	161483843	rs145947252	A	G	4614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.934;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.077;NF=49;NR=106;PP=2711;ReadPosRankSum=0.258;SC=CTCCTGAGCAAACAAAGCCAC;SOR=0.860;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=271;TCF=92;TCR=179;TR=155;WE=161483851;WS=161483833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,203:0.57:357
chr1	161495477	rs72633678	A	T	3761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-2.444;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.564;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,196:0.39:505
chr1	161495885	rs404508	T	C	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.379;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.608;NF=49;NR=46;PP=1302;ReadPosRankSum=0.458;SC=TAGAGGTGACTTTTGACATTG;SOR=0.705;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=254;TCF=126;TCR=128;TR=95;WE=161495893;WS=161495875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,144:0.37:388
chr1	161518159	rs200225944	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=6.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.93;MQRankSum=-0.067;QD=3.64;ReadPosRankSum=-1.801;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr1	161518172	rs147342954	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.97;MQRankSum=-2.751;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.593;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,25:0.25:99
chr1	161518214	rs148181339	T	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.05;MQRankSum=-4.413;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,61:0.26:234
chr1	161518314	rs114535887	C	T	5948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=6.605;NF=104;NR=88;PP=2694;ReadPosRankSum=1.698;SC=TGAAGTAGCTCGAGGCCTGGC;SOR=0.637;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=401;TCF=216;TCR=185;TR=192;WE=161518322;WS=161518304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,294:0.49:604
chr1	161518336	rs77144485	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=651;ExcessHet=3.0103;FS=2.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQRankSum=-17.014;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:546,92:0.14:638
chr1	161559256	rs114945036	C	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.667;NF=33;NR=8;PP=813;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TTGGTGCCCCCAGTAGGCCTA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=41;WE=161559264;WS=161559246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr1	161559327	rs3933769	A	G	6532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=108;NR=50;PP=2965;SC=TCTTCCTCACACTACCTCCTC;SOR=1.275;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=108;TCR=50;TR=158;WE=161559335;WS=161559317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	161559571	rs138747765	C	T	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.45;MQRankSum=-0.477;QD=12.35;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr1	161561236	rs143998157	C	T	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=5.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQRankSum=0.358;QD=7.29;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,84:0.40:210
chr1	161561287	rs151302833	A	G	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.80;QD=27.69;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	161565324	rs61801822	C	T	10133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=208;NR=123;PP=2965;SC=CTGGCTAATCCTTTTCTTTTT;SOR=1.267;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=337;TCF=208;TCR=129;TR=331;WE=161565332;WS=161565314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr1	161565479	rs111504845	G	A	6118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.723;NF=70;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.664;SC=AATGGAGACTGGGCCTGAAAA;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=111;TCR=193;TR=193;WE=161565487;WS=161565469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,282:0.66:426
chr1	161569419	.	C	G	1680	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=42.49;NF=80;NR=4;PP=1680;QD=20.4139430065;SC=CTTTCCTGCACCCACCTGGAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=253;TCF=193;TCR=60;TR=84;WE=161569427;WS=161569409;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:169,84:0.33:253
chr1	161576227	rs145679054	C	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.36;QD=25.92;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	161577657	rs61802306	G	A	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.266;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.357;NF=22;NR=35;PP=895;ReadPosRankSum=-1.177;SC=CGAGCAGTACGGGGCTGAGGA;SOR=1.010;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=134;TCF=58;TCR=76;TR=57;WE=161577677;WS=161577647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,73:0.37:197
chr1	161577669	rs61802307	G	A	4913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=76;PP=2962;SC=GGCTGAGGATGAGGCCCAGAG;SOR=1.063;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=54;TCR=76;TR=130;WE=161577677;WS=161577647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	161594226	rs61803008	C	T	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=32;PP=2588;SC=CTCTTATTACCCCCATGGGAT;SOR=1.852;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=92;TCR=34;TR=123;WE=161594234;WS=161594216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	161594246	rs61803009	G	T	4977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=45;PP=2965;SC=TGGGGGTCATGTGTCTTGAGG;SOR=1.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=102;TCR=45;TR=146;WE=161594254;WS=161594236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	161594525	rs61803010	GT	CG	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=39;PP=2043;SC=TCTTTGACAAGTGCCAACAGG;SOR=5.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=41;WE=161594534;WS=161594515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	161596283	rs418215	G	A	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=55;PP=1552;SC=AGATCCTGAGGCATAAGGGAA;SOR=3.370;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=65;WE=161596291;WS=161596273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	161599693	rs76714703	T	C	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=3.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.78;MQRankSum=-1.014;QD=15.10;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,84:0.70:120
chr1	161600287	rs143868437	AT	A	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.097;NF=0;NR=15;PP=436;ReadPosRankSum=1.302;SC=CAGGAGCCCAATTTTCCCAAG;SOR=1.152;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=15;WE=161600295;WS=161600277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr1	161600995	rs34085961	C	T	3531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=53;PP=1364;ReadPosRankSum=0.863;SC=CCACCCATCTCTGTCACCTGC;SOR=0.780;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=94;WE=161601003;WS=161600985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,177:0.60:294
chr1	161601097	rs67020125	C	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=360;ReadPosRankSum=0.645;SC=AGGAAAGAGCCTGGAGGCAAG;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=28;WE=161601105;WS=161601087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,31:0.42:73
chr1	161601118	rs61803026	G	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=434;ReadPosRankSum=-1.264;SC=GTGGGTGGGTGTGCCCCCTTT;SOR=1.308;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=25;WE=161601126;WS=161601108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr1	161601133	rs61803027	T	C	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=26;PP=730;SC=CCCTTTACTCTCCCAAAGGTC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=161601141;WS=161601123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	161643044	.	A	G	1098	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=17;NF=39;NR=36;PP=1098;QD=15.1036161673;SC=CCAAGATGTAAGGAGGGGAGA;SbPval=0.2;Source=Platypus;TCF=74;TR=75;WE=161643052;WS=161643034;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:96,75:0.44:171
chr1	161643269	rs2045571	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.848;NF=19;NR=17;PP=396;ReadPosRankSum=-0.527;SC=AGACTAAGGACGGCAGCGAAG;SOR=0.668;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=36;WE=161643277;WS=161643259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,39:0.36:107
chr1	161643798	rs1050501	T	C	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	161644955	rs7532925	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.584;NF=4;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GAAGGCCTGAGCTGGTCCCAT;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=6;WE=161644963;WS=161644945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	161644976	rs1674758	C	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.239;NF=8;NR=4;PP=144;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CCAACCCTGGCCCTGGTCCTT;SOR=0.999;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=12;WE=161644984;WS=161644966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr1	161645010	rs6427615	C	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.113;NF=3;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=0.239;SC=CAGGCCCCACCGCCTAATCCT;SOR=0.741;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=8;WE=161645018;WS=161645000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	161645259	rs1674759	T	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=175;SC=GGTCAGCTCTTAGTCTAACTC;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=161645267;WS=161645249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	161676904	rs1340977	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=242;SC=CAAATCTGAATGATGAAAGCC;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=161676912;WS=161676894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	161676970	rs1340978	A	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=512;SC=GAGACAGTTAAATTTACTTCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=161676978;WS=161676960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	161677172	rs180961101	T	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=1.092;SC=GGAATGGAGCTTTGCTTACCT;SOR=0.577;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=10;WE=161677180;WS=161677162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr1	161680258	rs6427618	G	A	2845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,135:0.61:220
chr1	161680432	rs17405152	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.421;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr1	161680518	rs61801161	T	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=214;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CATCATCATTTTCTGGTTCTC;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=19;WE=161680526;WS=161680508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr1	161680565	.	C	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=446;ReadPosRankSum=-2.180;SC=AGTTTTGAGACGCTGCAGTGT;SOR=0.540;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=33;WE=161680573;WS=161680555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr1	161681848	rs4301614	C	T	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=900;ReadPosRankSum=0.062;SC=TCCTCTTCTCCTTCTACAAGG;SOR=0.653;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=179;TCF=75;TCR=104;TR=62;WE=161681856;WS=161681838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,103:0.37:277
chr1	161683136	rs11746	G	A	3876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=66;PP=2064;ReadPosRankSum=1.273;SC=TCTGGCCACCGGAAGCCTGGG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=97;TCR=108;TR=125;WE=161683144;WS=161683126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,177:0.61:289
chr1	161695639	rs7520519	G	T	4401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=46;PP=2244;SC=TGCCCTATGCGCCAGTGTTCG;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=71;TCR=46;TR=117;WE=161695647;WS=161695629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	161696088	rs1417582	T	C	9670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr1	161696782	rs11585450	G	C	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=616;ReadPosRankSum=0.645;SC=TCCCGGGGCCGGGTGAGTGCC;SOR=0.765;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=44;WE=161696790;WS=161696772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
chr1	161696998	rs1875763	C	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=214;ReadPosRankSum=0.658;SC=CGAGAAGAACCATGCAAGCCG;SOR=1.501;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=16;WE=161697006;WS=161696988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr1	161697547	rs12044611	T	C	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=378;ReadPosRankSum=-3.407;SC=TTTGCATCCTTGTGTTTTGCT;SOR=0.460;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=38;WE=161697555;WS=161697537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,71:0.41:175
chr1	161721351	rs7540096	A	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.168;NF=5;NR=3;PP=97;ReadPosRankSum=1.722;SC=TTGAGAAGCAAAAATGAAGTG;SOR=0.252;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=8;WE=161721359;WS=161721341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr1	161721403	rs200382520	T	TG	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQRankSum=2.032;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.154;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr1	161722272	rs10917852	C	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.844;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=381;ReadPosRankSum=-2.369;SC=ATTTTATATCCTTTGGATATT;SOR=0.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=30;WE=161722280;WS=161722262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr1	161722779	rs35439833	C	CAA,CAAA	1755.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=31.92;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,21,32:0.38,0.58:55
chr1	161722805	rs17415408	T	G	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,44:0.32:136
chr1	161736035	rs2298019	A	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=737;SC=TCGTGCGGCAAAAGTAGTTTG;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=161736043;WS=161736025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	161751741	rs1058405	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=343;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TTTGGATTTGATGCCTTGGGA;SOR=0.706;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=29;WE=161751749;WS=161751731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,56:0.32:176
chr1	161822959	rs2340717	C	T	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=509;SC=GGTGAAACATCCATTTCTATG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=161822967;WS=161822949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	161823011	rs2257107	T	A	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=12;PP=1080;SC=CTATATTTTATAGGTTAAATC;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=161823019;WS=161823001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr1	161833233	rs3767632	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=749;ReadPosRankSum=-1.064;SC=TATGTGAGTGGAACAGTCTAA;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=40;WE=161833241;WS=161833223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr1	161928327	rs9482	A	G	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=64;PP=2196;SC=AAAGTTCGTCAGTTCCTCCTT;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=122;WE=161928335;WS=161928317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	161954448	rs12726227	C	T	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=218;SC=GAAGGGGGACCGCTCTCCAAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=161954456;WS=161954438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	161967681	rs2499836	A	G	5968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=54;PP=2048;ReadPosRankSum=-0.683;SC=GTTGTTCCCCACCCAGCAGGA;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=115;WE=161967689;WS=161967671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr1	161976234	rs12022536	A	G	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=7.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-1.168;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,64:0.41:157
chr1	161976272	rs34863451	G	GA	1914.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.065;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.55;MQRankSum=1.044;NF=15;NR=51;PP=793;ReadPosRankSum=1.146;SC=TCCTGAGAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.398;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=66;WE=161976280;WS=161976262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,110:0.85:130
chr1	161987385	rs16839677	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=422;ReadPosRankSum=-1.369;SC=CTGGGGGCTCGACAGGAAAGC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=20;WE=161987393;WS=161987375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr1	162126986	rs192487220	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr1	162302635	rs347306	T	C	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=5;PP=993;SC=TTGTGGAATCTGTTGAAAGTG;SOR=2.628;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=162302643;WS=162302625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	162302689	rs347307	C	T	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=38;PP=2011;SC=AGAAGACTTTCTGTAATAACT;SOR=1.145;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=109;WE=162302697;WS=162302679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	162313597	rs347278	T	C	9494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=124;NR=104;PP=2965;SC=TCCTCACCCATCCTGTTCTTC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=125;TCR=106;TR=228;WE=162313605;WS=162313587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr1	162335052	rs905721	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=311;ReadPosRankSum=0.733;SC=CCCAGATGCCCATGCTGCCCG;SOR=1.104;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=23;WE=162335060;WS=162335042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr1	162335424	rs1964052	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=17;PP=482;SC=GTCACTTTCCTTAAGTTTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=162335432;WS=162335414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	162343774	rs7512126	A	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.860;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=563;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TGGGAAGGACAGCAGGCTGTG;SOR=0.925;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=48;WE=162343782;WS=162343764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,57:0.33:173
chr1	162344102	rs2282397	C	T	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=684;ReadPosRankSum=-2.429;SC=CTGGGTGCCACCTGGAAGCCA;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=55;WE=162344110;WS=162344092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,87:0.33:265
chr1	162344390	rs164159	A	G	5737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=107;PP=2965;SC=CGTGCTGGGTATCCCCCAAGC;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=57;TCR=108;TR=164;WE=162344398;WS=162344380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	162345091	rs164181	G	A	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=13;PP=681;SC=TGGTGAGAGCGCTGTGTTCTG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=162345099;WS=162345081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	162345199	rs164182	T	G	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.454;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=651;ReadPosRankSum=-1.034;SC=AATGTCTGGGTTATAGAAGAA;SOR=0.499;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=46;WE=162345207;WS=162345189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,73:0.62:117
chr1	162346433	rs150155141	CA	C	868.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=288;ReadPosRankSum=-1.074;SC=TTAAAAGCTTCAAAAAAAACC;SOR=0.646;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=24;WE=162346441;WS=162346423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,58:0.40:144
chr1	162348637	rs164187	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-1.810;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr1	162348662	rs164188	C	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=5;PP=328;SC=CACCACTCCTCGTAGCAGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=162348670;WS=162348652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	162351586	rs901662	G	A	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=13;PP=1247;ReadPosRankSum=0.115;SC=GGAAGTTACAGGTTTTGGGTG;SOR=0.888;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=72;TCR=21;TR=63;WE=162351594;WS=162351576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,77:0.68:113
chr1	162352819	rs1123005	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=0.574;SC=GCTAAGGCCTATGTGCCAAAC;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=11;WE=162352827;WS=162352809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	162352941	rs11806859	G	A	3142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=1554;ReadPosRankSum=-1.106;SC=TGTCCTTAAGGCATGTGTGTT;SOR=0.887;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=169;TCF=102;TCR=67;TR=105;WE=162352949;WS=162352931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,146:0.60:242
chr1	162367235	rs164124	G	A	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=96;PP=2628;SC=CCTGAAAGTTGTATCTTTAAA;SOR=1.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=32;TCR=96;TR=128;WE=162367243;WS=162367225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	162381833	rs12745630	C	G	4599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=57;PP=2013;SC=TCCCAGGAAGCCCTGTTGGCC;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=98;WE=162381841;WS=162381823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	162467014	rs10919549	C	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=616;ReadPosRankSum=-2.136;SC=CCTCCAGGTACCAGGCTTCCA;SOR=0.961;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=39;WE=162467022;WS=162467004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr1	162470961	rs5778280	A	AT	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=1.041;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	162473401	.	CAAAA	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr1	162546863	rs12129762	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=-0.203;SC=CACAGACATATTTCTTGTTAC;SOR=0.078;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=11;WE=162546871;WS=162546853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr1	162722846	rs1632311	C	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=12;PP=830;SC=AAAAATAAAACCATGTCCTCT;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=162722854;WS=162722836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	162725655	rs1115570	A	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=18;PP=369;SC=TCAACCAATCAGTATTTATTT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=162725663;WS=162725645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	162737116	rs2298258	C	G	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=39;PP=1262;SC=TCATCATCCTCTGGAGGCAGT;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=67;WE=162737124;WS=162737106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	162740327	rs1780003	T	C	9175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=151;PP=2965;SC=GTGGGCAGGGTGTCAAGGGAG;SOR=1.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=94;TCR=151;TR=245;WE=162740335;WS=162740317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr1	162742180	rs1704762	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=21;PP=588;SC=CCTCTGGATTTCAGTATTGGG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=162742188;WS=162742170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	162743418	rs1355287	G	T	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.736;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=1147;ReadPosRankSum=-1.066;SC=TTTTCCTTTAGGTATTTCATC;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=63;WE=162743426;WS=162743408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr1	162748588	rs907074	C	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=22;PP=583;SC=GCAAGTCCTGCCTTAGCAGGA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=162748596;WS=162748578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	162754244	rs61812969	T	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.55;QD=32.57;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	162760554	rs71519246	T	C	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=32;PP=1316;SC=GCAGCGGCGGTGTTTGCTTCA;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=81;WE=162760562;WS=162760544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	162765475	rs2684884	G	C	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=55;PP=1957;SC=AGGGTCCTAAGTTTAGAAGCT;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=162765483;WS=162765465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	162774236	rs77482353	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.793;NF=0;NR=16;PP=307;ReadPosRankSum=1.887;SC=TGAATAATTGAGGTCCCGTTT;SOR=1.574;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=16;WE=162774244;WS=162774226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr1	162775267	rs12563263	C	T	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.155;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.583;NF=35;NR=51;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GAAGAAATTACATTATGACCC;SOR=0.871;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=187;TCF=80;TCR=107;TR=86;WE=162775275;WS=162775257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,123:0.40:304
chr1	162787243	rs2803865	T	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.157;NF=31;NR=5;PP=648;ReadPosRankSum=-0.075;SC=ATGTTAGAATTTTGCCTTTTG;SOR=2.925;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=88;TCF=70;TCR=18;TR=36;WE=162787251;WS=162787233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,20:0.22:89
chr1	162822771	rs2684878	A	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr1	163038613	rs7515900	C	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=9;PP=792;SC=CCAGCTATTTCTCTCCACCTT;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=163038621;WS=163038603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	163038853	rs10917671	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=41;PP=1115;SC=TTTTTTACAGGCATATGAATA;SOR=1.503;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=58;WE=163038861;WS=163038843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	163117351	rs3768560	G	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=539;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TTGATGAGGGGTGAAGAGGGA;SOR=0.512;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=31;WE=163117359;WS=163117341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr1	163122528	rs1354939	G	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=535;ReadPosRankSum=-1.235;SC=AAAACAGTCAGCTGGAGAAAT;SOR=0.918;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=27;WE=163122536;WS=163122518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr1	163187263	rs2814368	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=270;ReadPosRankSum=1.615;SC=AGTCTTTCCTGTAAATTATAA;SOR=0.147;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=20;WE=163187271;WS=163187253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr1	163298768	.	TA	T	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr1	163307754	rs4657262	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=0.515;SC=AACATTTTGGACACACTGATT;SOR=0.830;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=8;WE=163307762;WS=163307744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr1	163308027	rs11330875	TA	T	119.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	163309302	rs2999852	C	T	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=59;PP=1726;SC=CTTTAAAAAACAAAATTTGTT;SOR=1.144;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=94;WE=163309310;WS=163309292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	163310259	rs61812220	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=-0.678;SC=GTTTGAATATATTGTGTGGAG;SOR=0.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=20;WE=163310267;WS=163310249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr1	164529388	rs114718992	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=280;ReadPosRankSum=2.233;SC=ACAAGCAACTACATGGCGGAG;SOR=0.465;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=14;WE=164529396;WS=164529378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	164789444	rs1538488	A	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=30;PP=846;SC=CCAATATGTCACCAGGTGAAT;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=164789452;WS=164789434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	165173216	rs1354509	A	G	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=39;PP=1242;SC=CTAGGAAACAATCACCCAGGT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=66;WE=165173224;WS=165173206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	165175374	rs4656435	G	A	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	165180089	rs1532815	T	A	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.13;NF=14;NR=43;PP=1127;SC=TATATAATACTTGAGGAGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=165180097;WS=165180079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	165218679	rs9970062	C	T	10411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=145;NR=108;PP=2965;SC=CCAGGCTGAGCAGCTCCCGCT;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=145;TCR=109;TR=253;WE=165218687;WS=165218669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr1	165324833	rs76307003	A	G	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=52;PP=1393;ReadPosRankSum=-0.444;SC=AGAGGAGAAGAAACGATGCGT;SOR=0.507;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=46;TCR=72;TR=87;WE=165324841;WS=165324823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,121:0.75:161
chr1	165375895	rs283697	A	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=3;PP=334;SC=CCGCTAGCCCAATGGAATTAA;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=165375903;WS=165375885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	165376043	rs283696	T	C	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=26;PP=1097;SC=GCCAGCACTGTCTCACCTGCC;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=54;WE=165376051;WS=165376033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	165376227	rs111545739	C	CCG	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	165376229	rs10800095	C	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr1	165376231	.	CTG	C	387.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr1	165376233	rs10800096	G	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr1	165377389	rs283692	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=3;PP=569;SC=GGAGGACCAATAACATGGGAG;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=165377397;WS=165377379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	165377552	rs2134095	G	A	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,96:0.32:303
chr1	165378729	rs202161632	TACACAC	T,TAC	3526.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=19,19;NR=18,18;PP=1405,656;SC=CACATGTGTATACACACACAC;SOR=1.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=37,37;WE=165378750;WS=165378719;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.20,0.80:87
chr1	165386567	rs2281986	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=-0.575;SC=ATCACTTGGGCATTGGGACAG;SOR=0.616;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=9;WE=165386575;WS=165386557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	165389129	rs1128977	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=570;ReadPosRankSum=0.527;SC=CTCCACAGATGGCACAGATGT;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=37;WE=165389137;WS=165389119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,51:0.46:112
chr1	165389285	rs157870	C	G	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1145;ReadPosRankSum=-1.576;SC=AAGCACAGAGCCAGAGTAAAT;SOR=0.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=68;WE=165389293;WS=165389275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,114:0.58:197
chr1	165398115	rs113471	T	C	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,136:0.66:207
chr1	165513439	rs285446	A	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=8;PP=420;SC=TTCTTTCCAGAGCCCCTCCCC;SOR=4.047;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=22;WE=165513447;WS=165513429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	165513456	rs285445	A	T	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.18;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	165513463	rs285444	C	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.92;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	165601566	rs9333379	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=-0.141;SC=GATTTTAGATTGCTGGTGGGT;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=10;WE=165601574;WS=165601556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr1	165621322	rs77176546	TATTATC	T	2203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=1376;ReadPosRankSum=1.176;SC=TTCACTGAGCTATTATCAGGG;SOR=1.011;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=28;WE=165621335;WS=165621312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,59:0.43:138
chr1	165624799	rs8133	G	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=0.549;SC=TTTATTTCCAGTTACATTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=11;WE=165624807;WS=165624789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	165630475	rs7544840	C	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=578;SC=TGAAAAGATACATAATTTTAT;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=165630483;WS=165630465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	165630495	rs7511691	T	C	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=7;PP=629;SC=TATATAGGCATAAAATATCAC;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=165630503;WS=165630485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	165630698	rs6667681	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=32;PP=927;SC=CCTGGGCCACACTGGAAGAAG;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=165630706;WS=165630688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	165634425	rs3820362	C	G	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.241;NF=14;NR=34;PP=836;ReadPosRankSum=1.126;SC=ACTACTTTAACAGGAAAAGTT;SOR=0.801;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=48;WE=165634433;WS=165634415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr1	165636749	rs2176151	A	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.236;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=674;ReadPosRankSum=-1.223;SC=CACCACCCCCAGCTAATTTTT;SOR=0.274;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=38;WE=165636757;WS=165636739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr1	165648559	rs4646897	T	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=378;ReadPosRankSum=-1.617;SC=GAATTCTTTGTACTATTTGTG;SOR=1.302;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=21;WE=165648567;WS=165648549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr1	165648709	rs1143661	C	T	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,63:0.28:226
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chr1	165648894	rs4646895	C	G	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.15;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr1	165721223	rs7512095	T	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=2;PP=410;SC=CTTGCAACTTTTCTTTAAGTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=165721231;WS=165721213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	165737704	rs2790053	C	G	9128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=14.958;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.23;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,389:0.99:393
chr1	165859630	rs477033	C	G	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	165859640	rs138035087	G	GTGT	5300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=57;PP=2300;SC=CTGTATTGGTGTGTTGGGGGG;SOR=1.285;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=5;TCR=64;TR=61;WE=165859653;WS=165859620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	166029970	rs4353067	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=389;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TGTCATTCCCTAAAAGCAGAT;SOR=0.872;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=26;WE=166029978;WS=166029960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,44:0.32:139
chr1	166124134	rs896402	A	G	10008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=104;PP=2965;SC=TGTAAGTTAAAAATGATTCTG;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=85;TCR=104;TR=187;WE=166124142;WS=166124124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr1	166590254	rs558874	A	G	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=697;ReadPosRankSum=-0.955;SC=TTGCATAGTAAATGTGTGTGT;SOR=0.637;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=152;TCF=43;TCR=109;TR=47;WE=166590262;WS=166590244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,62:0.32:196
chr1	166591043	rs530513	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=224;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TACTCAGACTTATGGGGTTTT;SOR=0.588;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=16;WE=166591051;WS=166591033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr1	166818566	rs2075946	A	G	5577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=98;PP=2889;ReadPosRankSum=1.217;SC=TGCGGCGGGCATTCCGAGGCC;SOR=0.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=296;TCF=146;TCR=150;TR=194;WE=166818574;WS=166818556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,266:0.62:429
chr1	166826773	rs6675153	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.272;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=0.936;SC=TCAATGAATTCGGTGAGGGTC;SOR=0.083;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=7;WE=166826781;WS=166826763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr1	166827602	rs10800270	A	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=373;ReadPosRankSum=-0.253;SC=AATCTTATTTAAAAAATCTTT;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=28;WE=166827610;WS=166827592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr1	166838866	rs71253526	A	AATTTT	1465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=12;PP=1291;SC=CTTTATACTTAAAGTATCCAC;SOR=0.957;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=23;WE=166838874;WS=166838856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	166839174	rs4657609	G	A	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=691;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TTAAAGAGACGGGGTTTTTTA;SOR=0.801;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=42;WE=166839182;WS=166839164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr1	166904818	rs78168757	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=120;ReadPosRankSum=0.507;SC=CCTGGATGTGTGTATGTGCAT;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=10;WE=166904826;WS=166904808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr1	166905927	rs33958744	C	T	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,138:0.32:430
chr1	166944256	rs59211434	TTC	T	365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=233;SC=GCCCCCATCATTCTCTCTCTC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=166944265;WS=166944246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	166944273	rs12116418	T	A	369.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=3;PP=214;ReadPosRankSum=1.645;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SOR=0.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=166944281;WS=166944263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr1	166958601	rs2296837	T	C	7890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=86;PP=2965;SC=TGCCGAACCGTAAGGCCAGCC;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=91;TCR=87;TR=177;WE=166958609;WS=166958591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr1	166958710	rs11578336	T	G	5089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=72;PP=2374;ReadPosRankSum=-1.380;SC=TTACTGCTCCTCAGACTGGGC;SOR=0.916;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=124;WE=166958718;WS=166958700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr1	166958826	rs41269700	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.014;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=52;ReadPosRankSum=-1.025;SC=CTTGGCCCTGCCAGAGGAAGA;SOR=1.565;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=7;WE=166958834;WS=166958816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr1	166958937	rs41269702	G	T	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=10;PP=662;SC=GGATCCTCACGGCTGTTTCTC;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=166958945;WS=166958927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	166963234	rs3736988	T	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.928;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=230;ReadPosRankSum=1.529;SC=TTTAAAATTTTTGCTTCTCAA;SOR=1.067;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=18;WE=166963242;WS=166963224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr1	166973358	rs12567885	C	T	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=24;PP=1103;ReadPosRankSum=-1.337;SC=CACTTCTATACCTACCCCATA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=71;WE=166973366;WS=166973348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,96:0.62:154
chr1	167059462	rs2281963	G	C	3398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1489;ReadPosRankSum=0.468;SC=GGGCACTGGAGAGAAAAGGGG;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=255;TCF=145;TCR=110;TR=102;WE=167059470;WS=167059452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,181:0.39:467
chr1	167082869	rs12122365	G	A	3943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=46;PP=2136;ReadPosRankSum=-2.006;SC=TAAAATCAAAGCCAGGTTTCT;SOR=0.617;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=232;TCF=160;TCR=72;TR=142;WE=167082877;WS=167082859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,183:0.60:306
chr1	167088473	rs1410244	C	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=687;ReadPosRankSum=0.188;SC=CAGGTCCCTGCCTCTTCCCGC;SOR=0.952;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=40;WE=167088481;WS=167088463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr1	167095163	rs267745	G	C	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=776;ReadPosRankSum=0.195;SC=ACCCCAATGAGGGCTTCCTGA;SOR=0.623;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=56;WE=167095171;WS=167095153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,102:0.62:164
chr1	167095765	rs6668826	G	A	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=819;ReadPosRankSum=-0.238;SC=GGCAGGAGGCGCCGCGCAGAC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=58;WE=167095773;WS=167095755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,109:0.57:190
chr1	167095881	rs3795605	G	A	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=37;PP=1257;ReadPosRankSum=0.882;SC=AGAGGAGGCGGCAGACAGGAG;SOR=0.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=81;WE=167095889;WS=167095871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,118:0.68:173
chr1	167097739	rs2281959	C	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=529;ReadPosRankSum=0.522;SC=CGGAGAAGCACTGACAGGGAG;SOR=0.667;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=35;WE=167097747;WS=167097729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr1	167272707	rs41270708	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TTTTGTGTTCATAGACTGGAA;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=17;WE=167272715;WS=167272697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr1	167307356	rs116145924	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=207;ReadPosRankSum=0.544;SC=GTGTGCCTGCCTCTCCTGCCT;SOR=0.732;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=21;WE=167307364;WS=167307346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,41:0.34:121
chr1	167353258	rs35617253	AT	A	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.981;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,35:0.32:108
chr1	167367193	rs7524019	C	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=457;ReadPosRankSum=-0.515;SC=TCACTGTGCTCAGCTAATTTT;SOR=0.794;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=100;TCF=69;TCR=31;TR=33;WE=167367201;WS=167367183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,53:0.35:152
chr1	167382374	rs10753757	A	C	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr1	167382399	rs67647055	AGTGT	A	496.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=323;ReadPosRankSum=0.385;SC=CGTGTGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=17;WE=167382412;WS=167382389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	167385178	rs35216157	G	GA	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=2.836;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr1	167403504	rs952962	A	G	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=33;PP=1027;SC=CACCCCCCTCATCCTCAGCCC;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=167403512;WS=167403494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	167404078	rs3108156	G	A	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=31;PP=1203;SC=GACATTACTCGATCCAAGAAG;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=67;WE=167404086;WS=167404068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	167404179	rs61806155	G	A	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.26;QD=25.50;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	167515272	rs7513428	T	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=9;PP=796;SC=AAACCCCCCTTGCCTTAGAAG;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=167515280;WS=167515262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	167691353	.	CGCG	C	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=37;QD=25.5;SC=GGCTCAGGGACGCGGCGGCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=2;WE=167691363;WS=167691343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,2:0.13:15
chr1	167734793	rs763283	C	T	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=672;ReadPosRankSum=0.135;SC=GTCCTACTTTCAACTACCCTT;SOR=0.770;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=45;WE=167734801;WS=167734783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,70:0.48:146
chr1	167741309	rs113375030	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.815;NF=6;NR=0;PP=29;ReadPosRankSum=0.659;SC=GCAGCGAGCCAAGATCACGGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=6;WE=167741317;WS=167741308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr1	167793670	rs1476074	C	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=5;PP=433;SC=CTCAATAATACGGCCTCCTCC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=167793678;WS=167793660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	167794130	rs55964745	G	A	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=42;PP=1153;SC=GAGGCAGAACGCAAAGCAGAA;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=167794138;WS=167794120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	167806647	rs1034463	T	A	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=74;PP=2208;SC=TGTTCCCTTTTCGGAGTTGTT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=54;TCR=74;TR=128;WE=167806655;WS=167806637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	167806696	rs1034464	T	C	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=64;PP=1865;SC=GTCCCCATTGTATCTTAGGTG;SOR=1.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=90;WE=167806704;WS=167806686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	167815167	rs2269678	T	C	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=863;ReadPosRankSum=0.625;SC=ATAGGTCAATTCTTTGATCTA;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=79;TCR=64;TR=52;WE=167815175;WS=167815157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,84:0.36:236
chr1	167815610	rs2269679	C	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=274;ReadPosRankSum=1.308;SC=GTTCTTGTTGCAAGAAACTCA;SOR=0.986;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=19;WE=167815618;WS=167815600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr1	167817639	rs203795	A	G	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=606;ReadPosRankSum=1.311;SC=TCAGTCTGACACCACTTGTGA;SOR=0.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=49;WE=167817647;WS=167817629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,88:0.40:220
chr1	167823512	rs3738236	T	C	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=453;ReadPosRankSum=-0.588;SC=GTGGAATAGCTCATTTTTGCT;SOR=0.812;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=26;WE=167823520;WS=167823502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr1	167825485	rs2071921	T	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-2.730;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,82:0.30:270
chr1	167825718	rs7537851	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CACCATAGGACGTCAGGTTTT;SOR=0.193;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=167825726;WS=167825708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	167839578	rs67878347	G	A	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.973;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=433;ReadPosRankSum=0.438;SC=CATACATTAAGACTTGGCTGC;SOR=0.964;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=33;WE=167839586;WS=167839568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,58:0.38:154
chr1	167849318	rs203847	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr1	167849414	rs203849	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.801;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,32:0.27:120
chr1	167871297	rs71735758	GA	G	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr1	167887416	rs1050037	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=252;ReadPosRankSum=-1.393;SC=AAGTTTGCTGCATTTTTCTAT;SOR=1.201;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=15;WE=167887424;WS=167887406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr1	167887436	rs1050036	A	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=359;ReadPosRankSum=0.958;SC=TTGAATCAAGAACTAGCTACC;SOR=1.460;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=21;WE=167887444;WS=167887426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr1	167887642	rs10918798	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=249;ReadPosRankSum=0.993;SC=TAATAATAGACAAATTTATGG;SOR=1.911;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=15;WE=167887650;WS=167887632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr1	167889145	rs199537893	CA	C	1108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.998;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,86:0.63:137
chr1	167893759	rs9618	G	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr1	167906239	rs203788	A	C	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=16;PP=693;SC=TGCGGAGTCGATACCTGGGTG;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=37;WE=167906247;WS=167906229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	167921190	rs73024140	G	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=421;ReadPosRankSum=-1.094;SC=AGAAAGGATTGTGACTATAAT;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=28;WE=167921198;WS=167921180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,39:0.74:53
chr1	167971979	rs436256	GC	TG	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=262;ReadPosRankSum=0.136;SC=GTGGAATGGCGCAGTCACTGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=167971988;WS=167971969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr1	167973648	rs60142550	T	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=221;ReadPosRankSum=0.864;SC=CCAGTAGTTATTATCACTGAA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=14;WE=167973656;WS=167973638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	167984917	rs73026177	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr1	167985326	rs3831959	TG	T	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=315;ReadPosRankSum=-0.944;SC=TCCTTGCATATGGGTGGTATT;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=10;WE=167985334;WS=167985316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	167988590	rs73026184	A	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=235;ReadPosRankSum=0.292;SC=CCAGCCAATAATGTACTATCT;SOR=0.139;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=16;WE=167988598;WS=167988588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr1	167992344	rs201541	T	A	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=943;ReadPosRankSum=1.564;SC=GCAATGCATATACTAAGCTCT;SOR=0.728;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=62;WE=167992352;WS=167992334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,77:0.72:107
chr1	168013850	rs11558511	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr1	168035104	rs380095	G	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=549;SC=TGACTAGGCAGCAGTAGAGTC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=168035112;WS=168035094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	168056724	rs275143	A	G	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=3.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=1.930;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,105:0.59:177
chr1	168057030	rs11351983	CT	C	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=392;ReadPosRankSum=0.041;SC=TTCCACCCCTCTTCTCCCGTT;SOR=0.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=12;WE=168057038;WS=168057020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr1	168059866	rs275149	A	G	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=56;PP=1738;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GGGGCTGTCCACCTGCCATGA;SOR=0.520;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=166;TCF=75;TCR=91;TR=108;WE=168059874;WS=168059856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,133:0.65:206
chr1	168073601	rs2294817	C	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.638;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=404;ReadPosRankSum=2.087;SC=TGGTCATCCTCCCCCAGCAAG;SOR=2.303;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=19;WE=168073609;WS=168073591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr1	168074145	rs6427119	G	A	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=587;ReadPosRankSum=-1.262;SC=GGAAAGATAAGGCAGGACCAG;SOR=0.639;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=36;WE=168074153;WS=168074135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr1	168105496	rs73030230	T	A	4994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=50;PP=2078;ReadPosRankSum=-2.350;SC=GCTGCTCACCTGGTCCTCACG;SOR=0.659;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=197;TCF=122;TCR=75;TR=127;WE=168105504;WS=168105486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,233:0.66:352
chr1	168106716	rs6664903	T	C	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=112;PP=2965;SC=AGTGAATTCGTCCCGAAGCCA;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=58;TCR=112;TR=170;WE=168106724;WS=168106706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
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chr1	168206118	rs55947108	GTTTAA	G	4010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=54;PP=2913;SC=CACAGAAGCTGTTTAATTTAA;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=2;TCR=56;TR=56;WE=168206130;WS=168206108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	168208308	rs12142742	T	C	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=55;NR=45;PP=1750;SC=AAGCCCATTCTGCTGGATAAT;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=100;WE=168208316;WS=168208298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	168262289	rs7543224	A	G	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.13;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr1	168262299	rs7520743	C	T	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.57;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	168274201	rs4656579	G	A	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=12;PP=1396;SC=TTTGGTGTGGGAGTTCACAGA;SOR=1.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=59;WE=168274209;WS=168274191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	168278264	rs1883148	G	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1060;SC=TGGCAACAGGGTGGAGTTCTT;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=168278272;WS=168278254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	168282261	rs3885717	T	A	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=860;ReadPosRankSum=-0.495;SC=AGGAGCCTCTTTGCACAGCGA;SOR=0.702;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=140;TCF=47;TCR=93;TR=61;WE=168282269;WS=168282251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,80:0.40:199
chr1	168510122	rs470733	T	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.745;NF=35;NR=7;PP=652;ReadPosRankSum=1.648;SC=GTGAGTATAATCTCAGTCCAT;SOR=0.429;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=86;TCF=69;TCR=17;TR=42;WE=168510130;WS=168510112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,48:0.53:90
chr1	168511155	rs76400946	T	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.148;NF=19;NR=8;PP=367;ReadPosRankSum=-0.760;SC=TTCCTGAGGATGGCAGCATTT;SOR=0.388;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=27;WE=168511163;WS=168511145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr1	168513067	rs61801330	C	A	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.412;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.273;NF=27;NR=23;PP=774;ReadPosRankSum=4.074;SC=AGTCAAAACCCGAGTCAAACC;SOR=0.501;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=50;WE=168513075;WS=168513057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr1	168513109	rs3820404	A	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.261;NF=22;NR=24;PP=667;ReadPosRankSum=2.556;SC=TTGCCTCCCTATTCTTTATCT;SOR=0.511;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=46;WE=168513117;WS=168513099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,55:0.38:146
chr1	168545821	rs61079363	G	A	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-8.676;NF=47;NR=29;PP=977;ReadPosRankSum=0.174;SC=CATAAAAGAGGTCCTCAAAGA;SOR=0.606;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=108;TCR=63;TR=76;WE=168545829;WS=168545811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,110:0.47:234
chr1	168545949	rs34933908	G	A	6720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=8.521;NF=96;NR=108;PP=2811;ReadPosRankSum=3.097;SC=AAGTGGAGAAGCTGTCTGTGA;SOR=0.417;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=273;TCF=118;TCR=155;TR=204;WE=168545957;WS=168545939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,316:0.71:444
chr1	168546011	rs371404303	A	T	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.488;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.381;NF=22;NR=52;PP=1180;ReadPosRankSum=-2.327;SC=GGTTTGACTCAGGTTATGACT;SOR=1.050;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=124;TCF=40;TCR=84;TR=74;WE=168546019;WS=168546001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,93:0.52:179
chr1	168549422	rs6427130	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.926;NF=17;NR=25;PP=516;ReadPosRankSum=-2.326;SC=TAATGTGAGTCTGCCTCCTCA;SOR=0.814;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=42;WE=168549430;WS=168549412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,63:0.34:183
chr1	168550535	rs79981832	A	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.221;NF=3;NR=22;PP=397;ReadPosRankSum=-1.095;SC=GTTTATACTCACCTTTTATGA;SOR=0.874;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=79;TCF=14;TCR=65;TR=25;WE=168550543;WS=168550525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,28:0.34:83
chr1	168665747	rs78760104	C	CT	4779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.364;NF=13;NR=40;PP=1942;ReadPosRankSum=-0.228;SC=CTCCTGTCCCCGGCCCCTTTC;SOR=0.686;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=160;TCF=50;TCR=110;TR=53;WE=168665755;WS=168665737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,154:0.35:439
chr1	168665974	rs524705	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=-1.557;SC=GGACACTTAATCTCACTTTGC;SOR=0.148;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=13;WE=168665982;WS=168665964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr1	168670136	.	TGTGTGTGTGG	T	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;MQRankSum=2.088;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr1	168698173	rs1052591	C	T	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=706;ReadPosRankSum=-1.791;SC=GGCTCTGTGGCGTGGGCATGC;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=145;TCF=92;TCR=53;TR=55;WE=168698181;WS=168698163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,94:0.40:234
chr1	169076212	rs1200128	G	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr1	169080837	rs1200138	C	T	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=44;PP=1316;SC=ATAATGTAGTCTTAAAGCAAC;SOR=1.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=60;WE=169080845;WS=169080827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	169094100	rs968304	T	A	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=857;ReadPosRankSum=-1.158;SC=CCTACTAATGTTTTTCTCTCT;SOR=0.904;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=57;WE=169094108;WS=169094090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,91:0.54:168
chr1	169099061	rs1200157	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=218;ReadPosRankSum=0.233;SC=TTTCATTTCAGCAAAATCACA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=14;WE=169099069;WS=169099051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr1	169101257	rs34447553	A	AT	407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,30:0.79:38
chr1	169102223	rs61803315	G	C	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=971;ReadPosRankSum=-0.194;SC=GCTCCAGTTTGAAGTTCCATT;SOR=0.630;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=58;WE=169102231;WS=169102213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,71:0.54:131
chr1	169138027	rs10919082	A	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=389;ReadPosRankSum=-0.089;SC=GTATCTATATATATGTTATGC;SOR=0.502;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=27;WE=169138035;WS=169138017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr1	169138307	rs4656656	C	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr1	169138318	rs4656657	T	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=-2.716;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr1	169138868	rs3737681	C	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=570;ReadPosRankSum=-1.723;SC=CTATATGAAACGCTAACTTAT;SOR=0.714;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=30;WE=169138876;WS=169138858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr1	169159866	rs7526721	G	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=393;ReadPosRankSum=0.280;SC=AAAAATGTTTGATTTTAATAC;SOR=0.231;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=26;WE=169159874;WS=169159856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr1	169200111	rs10800420	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=417;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TTAACTCTCCCCTTTTAATTG;SOR=0.636;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=25;WE=169200119;WS=169200101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr1	169216412	rs2040445	C	G	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=32;PP=1033;SC=AAATAAAGTACGGTACTGAGT;SOR=1.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=49;WE=169216420;WS=169216402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	169256501	rs4589164	C	T	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1059;ReadPosRankSum=-0.859;SC=CATTGCTCTCCTATTAACAAA;SOR=0.626;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=73;WE=169256509;WS=169256491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,101:0.57:177
chr1	169272299	rs10919130	A	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr1	169272451	rs10800427	A	T	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.30;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	169272453	rs10800428	G	A	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.20;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	169279196	rs34054662	T	TA	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=405;ReadPosRankSum=0.699;SC=CTGAAAATGATAAAAAAATTA;SOR=0.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=17;WE=169279204;WS=169279186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr1	169293721	rs1140523	G	A	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1307;ReadPosRankSum=1.050;SC=CAATGAAAACGAATCTTTCAC;SOR=0.531;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=45;TCR=81;TR=79;WE=169293729;WS=169293711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,128:0.65:197
chr1	169345704	rs12563090	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr1	169349608	rs3830533	C	CTA	748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.45;MQRankSum=0.574;NF=17;NR=0;PP=792;ReadPosRankSum=-0.184;SC=AGTAACTATACTGTTAAATCT;SOR=1.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=17;WE=169349616;WS=169349600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr1	169351596	rs3905328	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=337;ReadPosRankSum=-0.851;SC=CATGGAAAGCATTTGGCATTA;SOR=0.901;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=23;WE=169351604;WS=169351586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr1	169390957	rs35107735	A	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.082;NF=10;NR=13;PP=427;ReadPosRankSum=0.843;SC=GGAGGCAAAAACCCCTGACTG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=23;WE=169390965;WS=169390947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr1	169391154	rs3820059	A	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=435;ReadPosRankSum=-1.389;SC=ATAATTTTTAAAAGTAGTAGT;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=31;WE=169391162;WS=169391144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
chr1	169394226	rs10919168	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=-2.284;SC=TGTTATGCCCACTCTAGAGGA;SOR=0.771;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=22;WE=169394234;WS=169394216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr1	169435027	rs2678166	C	T	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=17;PP=1874;SC=AAAAATCAAACACATCCAGGC;SOR=2.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=75;TCR=17;TR=91;WE=169435035;WS=169435017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	169484552	rs3820060	T	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=450;ReadPosRankSum=-2.173;SC=CCAGGCACCTTAAGAACTAAG;SOR=1.333;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=55;TCF=46;TCR=9;TR=22;WE=169484560;WS=169484542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr1	169492676	rs9332643	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=0.100;SC=CAGCTTTCTTCAGAACTAAAG;SOR=0.368;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=169492684;WS=169492666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr1	169493953	rs12131397	A	C	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=986;ReadPosRankSum=0.901;SC=ACTACATTGTAGTAGAGAAAA;SOR=0.756;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=62;WE=169493961;WS=169493943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,67:0.59:114
chr1	169494196	rs2301515	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=1.935;SC=AAAATATATACAATAAAGTAA;SOR=0.737;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=15;WE=169494204;WS=169494186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr1	169498834	rs6009	T	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=16;PP=1114;SC=GATCAAAGTCTGAGGAAAATA;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=169498842;WS=169498824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	169498975	rs6030	T	C	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=2.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,116:0.38:303
chr1	169499190	rs2157581	A	G	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.349;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	169499951	rs9332620	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=232;ReadPosRankSum=0.309;SC=GAAATAACCCCGACTCTTCCA;SOR=0.894;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=16;WE=169499959;WS=169499941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr1	169510233	rs9332607	G	A	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.152;NF=62;NR=47;PP=1701;ReadPosRankSum=0.965;SC=CTAGAGAAAGGGTTGTATGGC;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=185;TCF=99;TCR=86;TR=109;WE=169510241;WS=169510223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,180:0.60:300
chr1	169510380	rs9287090	G	A	2878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.480;NF=54;NR=38;PP=1089;ReadPosRankSum=-1.158;SC=GCATCTGACCGAGGGCTGGGG;SOR=0.856;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=248;TCF=129;TCR=119;TR=92;WE=169510388;WS=169510370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,162:0.41:398
chr1	169510524	rs1800594	A	G	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.885;NF=44;NR=52;PP=1334;ReadPosRankSum=5.059;SC=CGAGGGCTGGAGAAAGGTTTG;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=98;TCR=114;TR=96;WE=169510532;WS=169510514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,136:0.34:404
chr1	169511555	rs6032	T	C	2778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=43;PP=1364;ReadPosRankSum=0.727;SC=GGAGGGTCCTTCCAGGGCCTC;SOR=0.746;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=246;TCF=124;TCR=122;TR=93;WE=169511563;WS=169511545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,144:0.40:360
chr1	169511734	rs4525	T	C	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=54;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GGGTCCCTTATGCTTAGCATG;SOR=0.698;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=262;TCF=127;TCR=135;TR=102;WE=169511742;WS=169511724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,143:0.37:391
chr1	169511755	rs4524	T	C	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=51;PP=1411;ReadPosRankSum=0.311;SC=TTCTTGACTTTTGAATTCTCC;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=123;TCR=132;TR=98;WE=169511763;WS=169511745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,132:0.36:371
chr1	169512027	rs6021	T	C	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=931;ReadPosRankSum=0.259;SC=TATCTGTGTTTGAAGAAACGA;SOR=0.667;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=113;TCR=85;TR=79;WE=169512035;WS=169512017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,140:0.41:341
chr1	169512093	rs6017	A	G	3130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=54;PP=1338;ReadPosRankSum=0.807;SC=CTTCTTCCTGATTCAATGATG;SOR=0.587;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=308;TCF=173;TCR=135;TR=114;WE=169512101;WS=169512083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,183:0.35:517
chr1	169512120	rs6016	G	A	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=56;PP=1485;ReadPosRankSum=-1.455;SC=GGAATGACCTGATTCCTAATG;SOR=0.626;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=334;TCF=184;TCR=150;TR=119;WE=169512128;WS=169512110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,187:0.35:534
chr1	169513436	rs9287092	C	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=-0.865;SC=CAGGGAGATACATAGAGGAGC;SOR=0.454;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=14;WE=169513444;WS=169513426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	169515874	rs13306345	T	A	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=871;ReadPosRankSum=0.933;SC=AACAGACGCATAGACCAATGG;SOR=0.655;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=115;TCF=29;TCR=86;TR=55;WE=169515882;WS=169515864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,73:0.49:148
chr1	169519049	rs6025	T	C	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr1	169525766	rs2239853	T	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=144;ReadPosRankSum=0.717;SC=TGTTAGGAACTGAGGAAAGTT;SOR=0.765;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=11;WE=169525774;WS=169525756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr1	169528580	rs6012	C	T	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=716;ReadPosRankSum=-0.701;SC=AGATAGAAGACGCTCATTAGC;SOR=0.689;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=182;TCF=74;TCR=108;TR=62;WE=169528588;WS=169528570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,89:0.36:246
chr1	169529826	rs6022	C	A	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.275;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,31:0.25:123
chr1	169529973	rs6029	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=0.824;SC=CCATCTTCTCCGCAGGGAATG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=10;WE=169529981;WS=169529963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr1	169551549	.	T	TA	33	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5032;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=33;QD=22.5;SC=CAGTACTTCTTAAAAAAAAAA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=169551557;WS=169551539;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,2:0.50:4
chr1	169555367	rs372224504	TA	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	169562904	rs6128	C	T	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-1.674;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,111:0.28:397
chr1	169566313	rs6127	C	T	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=532;ReadPosRankSum=0.262;SC=AAGCCGTTGTCACAAGAGAAA;SOR=0.809;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=133;TCF=62;TCR=71;TR=48;WE=169566321;WS=169566303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,88:0.35:252
chr1	169572545	.	CTGTGTGTGTG	C	1058.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=0.000;QD=23.53;ReadPosRankSum=-2.057;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	169572557	rs199963384	G	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=1.214;QD=21.39;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr1	169572559	.	G	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=0.910;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.274;SOR=0.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr1	169599265	rs3917654	C	T	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,99:0.30:335
chr1	169672595	rs202128116	GA	G	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=2.112;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.032;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr1	169698825	rs1534904	T	G	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.329;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=854;ReadPosRankSum=-2.623;SC=CTGAGGATTTTAAAGAGCACC;SOR=1.029;Source=Platypus;TCF=74;TR=62;WE=169698833;WS=169698815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,92:0.37:250
chr1	169698921	rs2076059	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=390;ReadPosRankSum=-0.400;SC=AAGGGTAGATCCCAAAGTCCT;SOR=0.499;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=25;WE=169698929;WS=169698911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr1	169699819	rs3917419	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=261;ReadPosRankSum=-0.185;SC=AAGAACACTGGAAACTAGAAC;SOR=0.843;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=21;WE=169699827;WS=169699809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,32:0.34:95
chr1	169699839	rs60632494	G	GT	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-2.279;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr1	169762807	rs10489177	T	G	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=799;ReadPosRankSum=1.239;SC=CCAGATGGTCTTCTATAGTGA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=51;WE=169762815;WS=169762797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,78:0.41:188
chr1	169768033	rs6680938	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr1	169768080	rs6668114	C	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=-1.074;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr1	169795214	rs57068023	CT	C	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=75;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TTTAAAACAACTTTTTTTTTC;SOR=1.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=7;WE=169795222;WS=169795204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr1	169797127	rs6427223	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.891;NF=3;NR=49;PP=913;ReadPosRankSum=0.327;SC=CATATATATTGCTACTTTATA;SOR=0.656;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=7;TCR=102;TR=52;WE=169797135;WS=169797117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,56:0.45:124
chr1	169805973	.	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.484;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=0.881;SC=AAGCTTTCTCGAAATATTAAA;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=11;WE=169805981;WS=169805963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr1	169819605	rs6664099	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr1	169823296	rs112604424	G	GCTTGA	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=443;ReadPosRankSum=0.913;SC=TTAATTTTGTGCTTGACTTGA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=10;WE=169823304;WS=169823286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr1	169823718	rs4656197	T	C	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=46;PP=998;ReadPosRankSum=0.334;SC=GCTAATCTTTTGGGGTAAGCT;SOR=0.847;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=189;TCF=85;TCR=104;TR=80;WE=169823726;WS=169823708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,122:0.38:317
chr1	169831993	rs7525259	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=231;ReadPosRankSum=-0.192;SC=TTTCAGTGAAAAGTATTAAGC;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=17;WE=169832001;WS=169831983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr1	169835950	rs12133843	A	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=-0.705;SC=AACCAAATATATGACTCATCT;SOR=1.802;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=169835958;WS=169835940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	169839595	rs10919260	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=-0.156;SC=TATTTATTATACTCAAATCTA;SOR=0.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=12;WE=169839603;WS=169839585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr1	169847683	rs6683056	G	A	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=4;PP=505;SC=CAATTTCTATGAACACCATAA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=169847691;WS=169847673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	169890933	rs518928	A	G	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=26.10;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr1	169891056	rs3838393	CT	C	379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=292;SC=ATATCATTAACTTTTTTTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=16;WE=169891064;WS=169891046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	169941761	rs511443	A	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=9;PP=214;SC=TGGTTAAAGAAACAAACTACA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=169941769;WS=169941751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	169947146	rs11396984	C	CA	405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.514;QD=18.44;ReadPosRankSum=-1.800;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr1	169951748	rs638486	A	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=3;PP=210;SC=TTTTCCTAACATAATAATAGT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=169951756;WS=169951738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	169951997	rs33943686	C	T	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.215;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=507;ReadPosRankSum=1.637;SC=CTGCAAGGTCCCCAACATAAT;SOR=0.423;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=38;WE=169952005;WS=169951987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,80:0.59:136
chr1	169952385	rs2057249	G	T	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=15;PP=1574;SC=CAGTCTATTTGAATAGAAAGC;SOR=2.362;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=60;TCR=15;TR=74;WE=169952393;WS=169952375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	169985796	rs16862933	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=-1.398;SC=AATACAGTGAAGTTCTGTTGC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=20;WE=169985804;WS=169985786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr1	170001151	rs11277624	ATACTCATT	A	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=2954;ReadPosRankSum=2.096;SC=AGGATCATCCATACTCATTGA;SOR=1.550;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=15;WE=170001166;WS=170001141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr1	170115156	rs550297	G	A	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.283;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=29;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TAAAATGACAGTCTCAAGTTC;SOR=0.404;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=74;WE=170115164;WS=170115146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,110:0.71:156
chr1	170135669	rs6427234	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=264;ReadPosRankSum=-0.551;SC=GAACAGACTGCGCCTTGGACT;SOR=0.583;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=22;WE=170135677;WS=170135659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr1	170135760	rs6427235	T	C	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=3.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,87:0.38:232
chr1	170135765	rs6669514	T	C	3175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=1.031;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,88:0.36:245
chr1	170501385	rs7531125	A	C	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	170502517	.	A	G	68	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=68;QD=25.6928031368;SC=AGGCTAAGCTATGTAGTTAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=170502525;WS=170502507;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	170511604	rs7538037	T	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=516;ReadPosRankSum=-0.978;SC=TTTCATAAACTCATTTTTATG;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=32;WE=170511612;WS=170511594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr1	170521376	rs913257	G	A	3131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=49;PP=1654;ReadPosRankSum=1.743;SC=ATTGCTACACGAACAAGAAGT;SOR=0.667;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=173;TCF=91;TCR=82;TR=99;WE=170521384;WS=170521366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,143:0.59:241
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chr1	170928671	rs2294740	T	C	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,89:0.61:147
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chr1	170931249	rs17563376	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.884;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	170940768	.	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=115;ReadPosRankSum=1.053;SC=ATTACAGATATTGTAAACTCT;SOR=0.202;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=9;WE=170940776;WS=170940758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	170958886	rs61816055	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=195;ReadPosRankSum=-0.227;SC=TGTTAGTTGCTGCTTTGGTAA;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=18;WE=170958894;WS=170958876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,24:0.31:78
chr1	170959029	rs16863922	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=587;ReadPosRankSum=-0.133;SC=TTACAGGCAACTGTGTGATAA;SOR=0.936;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=178;TCF=101;TCR=77;TR=51;WE=170959037;WS=170959019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,77:0.29:270
chr1	170959088	rs28634500	C	T	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=743;ReadPosRankSum=0.321;SC=TGTTGACATGCACTTCACCCA;SOR=0.689;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=209;TCF=110;TCR=99;TR=65;WE=170959096;WS=170959078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,97:0.28:341
chr1	170961360	rs189860161	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr1	170965681	rs9427213	T	C	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=984;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TTCTGCTGAATTGTTCTGGAC;SOR=0.819;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=75;WE=170965689;WS=170965671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,124:0.39:314
chr1	170983976	rs41310903	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=-1.629;SC=TGGAGACTTGCTAGAAATGCA;SOR=0.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=11;WE=170983984;WS=170983966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	170985569	rs7882102	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=286;ReadPosRankSum=-0.294;SC=ACAGAATAAGCCAATAGGAGA;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=15;WE=170985577;WS=170985559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	170993440	.	A	ACGG	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr1	170993442	.	G	GTGTGTGT,GGTGTGTGT	160.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=171;ReadPosRankSum=-0.204;SC=ATATTTATATGGGGTGTGTGT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=170993452;WS=170993433;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.25:24
chr1	170993444	.	GG	TG	1559	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.9969,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=11,3;NR=3,0;PP=1559,170;QD=111.571428571;SC=ATTTATATGGGGTGTGTGTGT;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=14,3;WE=170993452;WS=170993433;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,3:0.11:27
chr1	170993444	.	GG	GGTG	1559	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.9969,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=11,3;NR=3,0;PP=1559,170;QD=111.571428571;SC=ATTTATATGGGGTGTGTGTGT;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=14,3;WE=170993452;WS=170993433;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr1	170993444	rs28459501	G	GGT,T	718.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.75;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,17,7:0.68,0.28:25
chr1	171061990	rs2064074	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=0.453;SC=ATAAGAGCACACTGTGTGCAC;SOR=0.675;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=171061998;WS=171061980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr1	171076966	rs2266782	G	A	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,135:0.35:387
chr1	171077198	rs1920149	G	A	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=676;ReadPosRankSum=0.804;SC=AAACTGCCATGTATTTCTCAC;SOR=0.791;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=46;WE=171077206;WS=171077188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,66:0.46:145
chr1	171077372	rs2066534	C	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=271;ReadPosRankSum=0.401;SC=GGTACTACTCCCCGGGTACTC;SOR=0.856;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=23;WE=171077380;WS=171077362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,33:0.28:118
chr1	171112490	rs1736565	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=504;ReadPosRankSum=-1.721;SC=AAGATACATACAGTTTGAGGT;SOR=0.475;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=41;WE=171112498;WS=171112480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chr1	171130598	rs145126383	CACACA	C	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=2.366;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr1	171155103	rs6657314	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	171168379	rs5778696	CA	C	888.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=616;ReadPosRankSum=1.539;SC=AGAGGCAAAACAAATTATTAA;SOR=0.559;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=19;WE=171168387;WS=171168369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
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chr1	171168585	rs2020861	A	G	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=654;ReadPosRankSum=1.142;SC=TGGGAAACTCAGGCTCAGATA;SOR=0.900;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=48;WE=171168593;WS=171168575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,66:0.43:152
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chr1	171227216	rs10912675	T	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=0.566;SC=ATCTTCCTCATGCAGGAGAAC;SOR=0.592;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=29;WE=171227224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr1	171227487	rs12141555	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr1	171250044	rs742350	C	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=586;ReadPosRankSum=2.488;SC=CCCTCCCAACCCCAATTGTGA;SOR=0.684;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=46;WE=171250052;WS=171250034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,78:0.33:239
chr1	171251509	rs12091482	G	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=0.230;SC=TGTTTTTGGTGTGCCATGTGA;SOR=0.883;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=16;WE=171251517;WS=171251499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr1	171252287	rs1126692	A	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-2.685;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,17:0.22:79
chr1	171292017	rs2076322	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=140;ReadPosRankSum=-1.733;SC=AAAAGTAAATAAAATTACAAA;SOR=1.286;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=9;WE=171292025;WS=171292016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	171300959	rs2294482	T	C	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.788;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=720;ReadPosRankSum=0.193;SC=AATCCCATCATCAGTTATGAT;SOR=0.433;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=46;WE=171300967;WS=171300949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,80:0.71:113
chr1	171301033	rs2294483	C	G	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.87;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	171301043	rs71103398	G	GA	830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.77;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	171303925	rs3820170	C	T	7571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=82;PP=2691;SC=TACTGAAAGTCCTCTCTTTGG;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=148;WE=171303933;WS=171303915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr1	171311003	rs1042772	A	C	5629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=75;PP=2617;SC=AGGGTTACACAAAGTCATGCT;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=127;WE=171311011;WS=171310993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	171491264	rs3736679	T	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr1	171496895	rs10753126	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=291;ReadPosRankSum=-1.038;SC=ACTGTCTCCAAAATAATAAGA;SOR=1.092;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=20;WE=171496903;WS=171496885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr1	171509327	rs760644	G	A	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.564;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=977;ReadPosRankSum=0.589;SC=GACCTTATCCGCTCCTCAAGA;SOR=0.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=101;TCR=81;TR=79;WE=171509335;WS=171509317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,126:0.44:289
chr1	171511039	rs1687064	C	G	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=938;ReadPosRankSum=2.452;SC=GGGATATTTCCGGGAATAAGA;SOR=0.776;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=212;TCF=123;TCR=89;TR=77;WE=171511047;WS=171511029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,123:0.36:338
chr1	171511442	rs2272810	A	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=-0.851;SC=TGGTTGAATTATGCAAAGAGC;SOR=0.627;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=14;WE=171511450;WS=171511432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr1	171514731	rs235468	C	G	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,114:0.42:273
chr1	171519487	rs235470	A	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=-1.334;SC=TCATTATTCAAGTGTTAAAAG;SOR=0.770;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=7;WE=171519495;WS=171519477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr1	171526570	rs1687057	G	A	13487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1799;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=193;PP=2962;ReadPosRankSum=0.149;SC=CTCCACTTCCGGCAACCTTAA;SOR=0.686;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1011;TCF=532;TCR=479;TR=408;WE=171526578;WS=171526560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1049,716:0.41:1765
chr1	171526910	rs12025905	G	A	7941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-5.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1044;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=119;PP=2535;ReadPosRankSum=-0.828;SC=TTCCCCAGCTGCCCCAGTCAT;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=564;TCF=267;TCR=297;TR=218;WE=171526918;WS=171526900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:589,444:0.43:1033
chr1	171527322	rs235482	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=318;ReadPosRankSum=0.522;SC=GGAATGGCATAGGAATACTGA;SOR=0.475;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=22;WE=171527330;WS=171527312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr1	171546833	rs6685179	C	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=553;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TACTAAAATGCTTATTTTTGT;SOR=0.970;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=106;TCF=27;TCR=79;TR=42;WE=171546841;WS=171546823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,52:0.40:131
chr1	171548617	rs3817772	G	A	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=51;PP=1086;ReadPosRankSum=1.506;SC=TAATATCAAAGACTTCTTCCA;SOR=0.799;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=202;TCF=75;TCR=127;TR=79;WE=171548625;WS=171548607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,109:0.35:309
chr1	171548868	rs235489	T	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=369;ReadPosRankSum=1.933;SC=TAGTATTAATTTTACTCTTTT;SOR=0.924;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=26;WE=171548876;WS=171548858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr1	171556165	rs235501	G	C	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=517;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TACCAGCATCGCAGCTTTCCT;SOR=0.609;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=142;TCF=81;TCR=61;TR=42;WE=171556173;WS=171556155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,108:0.39:279
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chr1	171605539	rs61730974	A	G	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=740;ReadPosRankSum=-0.804;SC=TATTCAGCTCATATCTTATGA;SOR=0.720;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=64;WE=171605547;WS=171605529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,122:0.37:332
chr1	171605922	rs79255460	G	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.072;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=698;ReadPosRankSum=-0.054;SC=ATGATCATGCGGAAGCTTGGC;SOR=1.042;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=131;TCF=40;TCR=91;TR=45;WE=171605930;WS=171605912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,59:0.38:157
chr1	171607569	.	CAG	C	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=12;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=40;QD=12.25;SC=GACAAGGGAACAGAGAGAGAG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=4;WE=171607578;WS=171607559;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr1	171607702	rs2032555	C	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=445;ReadPosRankSum=0.898;SC=ATAAAGACCACGTGGGCACAA;SOR=0.670;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=37;WE=171607710;WS=171607692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,57:0.36:159
chr1	171679958	rs10913530	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=300;ReadPosRankSum=1.326;SC=CTGAACACTAGTTTAAAAAAG;SOR=0.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=26;WE=171679966;WS=171679948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr1	171707272	rs10753179	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=311;ReadPosRankSum=0.361;SC=CCATGCCCCATTAATTTTTTA;SOR=0.573;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=171707280;WS=171707262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr1	171751051	rs2294719	A	G	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=540;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AAGCTCCTCAAATGGTATCTC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=38;WE=171751059;WS=171751041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,55:0.38:146
chr1	171751236	rs2294720	T	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.025;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=205;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GGGTGCTACATAAATATATCA;SOR=0.979;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=17;WE=171751244;WS=171751226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
chr1	171753039	rs2232816	A	G	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=464;ReadPosRankSum=0.052;SC=GAAGATGGACATGACGCAGAT;SOR=0.707;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=42;WE=171753047;WS=171753029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,69:0.35:196
chr1	171755170	rs2232818	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,52:0.27:190
chr1	171763522	rs909958	C	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=600;ReadPosRankSum=0.129;SC=GACTTGTTTCCTTCTTTTTCC;SOR=1.078;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=39;WE=171763530;WS=171763512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,59:0.40:146
chr1	171765591	rs2232826	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=823;ReadPosRankSum=0.874;SC=CCTGATGTGAGGTCATTCTGA;SOR=0.615;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=88;TCR=61;TR=59;WE=171765599;WS=171765581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,86:0.40:214
chr1	172038079	rs12760234	T	C	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=511;ReadPosRankSum=-1.158;SC=GGCAGGGAGATTGTGGGAGGT;SOR=0.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=35;WE=172038087;WS=172038069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,53:0.60:89
chr1	172113792	rs368647987	A	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=519;ReadPosRankSum=0.928;SC=CCTTCTATGTACTTAAAATCC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=30;WE=172113800;WS=172113782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr1	172222629	rs145316116	TCTCTCCTCTCCTCTC	T	2173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.54;QD=44.36;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	172277845	rs200321314	AT	A	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=2.159;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr1	172308238	rs6697844	C	T	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr1	172308333	rs77687231	A	G	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-1.519;SC=GTCTACCTCTAACTAAATTTC;SOR=0.815;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=13;WE=172308341;WS=172308323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr1	172356437	rs6688654	A	G	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=43;PP=1199;SC=ACATCAGCACAGCCACCGTGT;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=172356445;WS=172356427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	172376809	rs9425600	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=284;ReadPosRankSum=0.783;SC=CTGGCCTGTATGTGCATGAGC;SOR=1.906;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=20;WE=172376817;WS=172376799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr1	172387433	rs112122140	T	G	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.352;SC=GACCCCCTCCTGCAGTTCCAG;SOR=0.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=305;TCF=168;TCR=137;TR=106;WE=172387441;WS=172387423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,211:0.35:606
chr1	172399346	rs200979934	TAA	T	2972.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.247;NF=12;NR=25;PP=1336;ReadPosRankSum=1.175;SC=GGTTTAAATATAAGAGACTGA;SOR=0.666;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=37;WE=172399355;WS=172399336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,81:0.45:181
chr1	172410967	rs1063412	G	A	3130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.070;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=37;PP=1260;ReadPosRankSum=0.527;SC=AGGTAGAATGGACACAGACAT;SOR=0.503;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=89;WE=172410975;WS=172410957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,147:0.63:233
chr1	172411496	rs2230471	A	G	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=14;PP=714;SC=AAGAAGCCAGACCAGTCCCTA;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=31;WE=172411504;WS=172411486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	172411768	rs13932	T	C	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=720;ReadPosRankSum=0.068;SC=TACATTATCCTTTCATTCAAA;SOR=0.769;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=158;TCF=67;TCR=91;TR=54;WE=172411776;WS=172411758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,109:0.39:282
chr1	172417781	rs2157451	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=295;SC=TACACCATCAATGTTCAATAA;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=172417789;WS=172417771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	172422209	rs2285175	C	T	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=628;ReadPosRankSum=-0.312;SC=ATGTTTGCGTCGCCTTTAAAG;SOR=0.801;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=51;WE=172422217;WS=172422199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,76:0.41:184
chr1	172425529	rs2285170	C	G	6087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=90;PP=2223;ReadPosRankSum=-0.277;SC=ATTTCCTCACCTCTCTCTGTC;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=299;TCF=136;TCR=163;TR=166;WE=172425537;WS=172425519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,306:0.57:537
chr1	172431210	rs4916261	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=301;SC=AAGGATGTATGAAGGACTTTG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=172431218;WS=172431200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	172434309	rs9425328	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.95;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	172434375	rs2901655	G	A	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=44;PP=2133;SC=ATGTATAAAGGCACATTTCTT;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=114;WE=172434383;WS=172434365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	172434812	rs2901656	C	T	4105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1700;ReadPosRankSum=0.560;SC=ATAAAAGTTCCCCTATTGGCA;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=75;TCR=96;TR=110;WE=172434820;WS=172434802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,194:0.64:301
chr1	172437592	rs1129942	G	A	4272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=43;PP=2188;SC=CATCCAGAAAGCATTCACTAC;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=115;WE=172437600;WS=172437582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	172501643	rs2239816	T	C	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=1217;ReadPosRankSum=-1.737;SC=CCCCTTTCTATCTACCAATCA;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=96;TCR=58;TR=75;WE=172501651;WS=172501633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,107:0.52:205
chr1	172502340	rs2285143	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr1	172502479	rs2285144	T	C	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=439;ReadPosRankSum=0.312;SC=TCGGTCACATTCTCGCGCTCC;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=24;WE=172502487;WS=172502469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr1	172502727	rs55696309	TA	T	1448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.662;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.863;NF=1;NR=25;PP=982;ReadPosRankSum=0.068;SC=TTTTGGCTTTTAGGGTCCGGG;SOR=0.231;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=26;WE=172502735;WS=172502717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr1	172522602	rs1159378	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TGTGTGTATTGTTAGTTTTTT;SOR=0.223;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=172522610;WS=172522592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	172547465	rs2285664	A	G	3332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=1284;ReadPosRankSum=-2.614;SC=TGGTGGAAGAATATGAAGAAA;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=96;WE=172547473;WS=172547455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,165:0.60:277
chr1	172554867	rs10752995	T	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=127;ReadPosRankSum=-0.210;SC=CTTTGATTTTTTAAGAAAAAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=7;WE=172554875;WS=172554860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr1	172577864	rs372623434	CT	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.580;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr1	172633350	rs5030772	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=1.358;SC=TGATTAGTATATGTTAGACTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=172633358;WS=172633341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	172634734	rs2639653	T	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=10;PP=1039;SC=CTATTCCTTGTTGAAAGCTCC;SOR=2.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=172634742;WS=172634724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	173456778	rs188572783	A	G	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=524;ReadPosRankSum=2.236;SC=GATTAGTCTCATTAGCACCTG;SOR=0.993;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=37;WE=173456786;WS=173456768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,52:0.50:103
chr1	173457017	rs78495657	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-0.305;SC=CTTGGAGAAGCTGGTGCTGTG;SOR=0.105;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=173457025;WS=173457007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr1	173470105	rs12065426	A	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr1	173490407	rs200616970	TAA	T	534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr1	173490616	rs146332693	CTATATA	C	342.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.08;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	173493312	rs10912633	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.345;SC=AAGGAAATCTAAATAAACTAC;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=173493320;WS=173493302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr1	173494210	rs6696443	C	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=655;ReadPosRankSum=0.790;SC=GGTCAGCAGGCAAAGAGTTAT;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=32;WE=173494218;WS=173494200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr1	173556699	rs301698	G	T	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=44;SC=AAAGCACAGAGTCTTATTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=173556707;WS=173556689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	173606179	rs12065988	A	T	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=795;ReadPosRankSum=0.238;SC=ATACTAAATAAATGCATATGC;SOR=0.508;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=44;WE=173606187;WS=173606169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr1	173606207	rs12067170	T	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=537;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GCTTAGTCAATTATAGATATC;SOR=0.439;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=28;WE=173606215;WS=173606197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr1	173702764	rs45467799	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=276;ReadPosRankSum=1.414;SC=ATTACATTTCCTTATCGCTTG;SOR=0.579;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=18;WE=173702772;WS=173702754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr1	173724942	rs2273366	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.90;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,29:0.88:33
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chr1	173802433	rs3835254	GA	G	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.994;NF=10;NR=2;PP=367;ReadPosRankSum=-0.235;SC=TAAAATTTTTGAAAATTCAAA;SOR=1.230;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=12;WE=173802441;WS=173802423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr1	173819743	.	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.693;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	173921301	.	CA	C	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,21:0.30:69
chr1	174417231	rs7516240	G	A	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=28;PP=1558;SC=GTCTGCAGGTGTCTTTAAATT;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=87;WE=174417239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	174926860	rs34143059	CT	C	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=1.191;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr1	174927388	rs10798329	G	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=17;PP=467;SC=TGATATTTGAGTTAAAGTATG;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=174927396;WS=174927378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	174945171	rs142125254	CTGTATGACTGTGA	C	2746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=4.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,83:0.26:318
chr1	174969271	rs1046439	C	T	2638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,136:0.39:346
chr1	175046488	rs2072033	G	A	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=18;PP=1255;SC=GCACATCTCCGTGGCTTTCTT;SOR=1.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=64;WE=175046496;WS=175046478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	175046789	rs2072032	A	G	9560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=119;PP=2965;SC=GGGGGAGGCCAGGGAGGAACA;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=110;TCR=121;TR=228;WE=175046797;WS=175046779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr1	175052828	rs2072031	G	A	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.818;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=854;ReadPosRankSum=1.124;SC=GCCTGTCACAGAACCTTGGAA;SOR=0.235;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=40;WE=175052836;WS=175052818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr1	175053098	rs11577778	T	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-2.144;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,74:0.38:195
chr1	175053101	rs2072030	A	T	6203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=106;PP=1714;SC=TGTGAGATGTATGCTGTGGAT;SOR=1.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=43;TCR=106;TR=149;WE=175053109;WS=175053088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	175054548	rs1573758	C	T	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=28;PP=1434;ReadPosRankSum=-0.561;SC=CAGGTCTGCACCCGGGGACTG;SOR=0.416;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=78;WE=175054556;WS=175054538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr1	175086461	rs6690229	A	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=28;PP=720;SC=GTGGGATGGCATCCCTTCATA;SOR=5.353;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=175086469;WS=175086451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	175087606	rs10912888	T	C	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=360;ReadPosRankSum=0.400;SC=CCACACAACATGAAAGGGTTT;SOR=0.569;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=105;TCF=79;TCR=26;TR=38;WE=175087614;WS=175087596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,49:0.34:146
chr1	175087677	rs6656284	G	A	9067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=25.98;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	175087683	rs149150350	A	AT	1814.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=10;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.878;NF=17;NR=29;PP=448;ReadPosRankSum=-0.063;SC=ATTGGTCAGCATTTTTTTTTT;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=52;TCR=89;TR=46;WE=175087691;WS=175087667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,134:0.39:343
chr1	175087729	rs6696455	T	C	10761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=108;PP=2965;SC=GGTCACTGACTGGGTGACAGA;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=133;TCR=108;TR=241;WE=175087737;WS=175087719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,412:1.00:412
chr1	175092674	rs2285215	C	T	6126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;PP=2965;SC=AGGGAGGTTCCGGTGGGGAAG;SOR=0.711;Source=Platypus;TCF=89;WE=175092682;WS=175092664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	175092707	rs10798333	C	T	6327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=80;PP=2965;SC=ACTGTCCTGACGGGCCTGAGA;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=86;TCR=81;TR=166;WE=175092715;WS=175092697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	175092840	rs2072041	T	C	6613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=25.94;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	175095936	rs7515770	C	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=237;SC=GTCAGAAAGGCCCTGTGGCAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=175095944;WS=175095934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	175097331	rs10912891	G	A	3927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=53;PP=1581;SC=CTGAACGACCGTGCAATGAGA;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=86;WE=175097339;WS=175097321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	175097349	rs7547567	C	T	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=46;PP=1349;SC=AGAACCAGCACCGGAAAGCCT;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=74;WE=175097357;WS=175097339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	175104796	rs4651324	G	T	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=4;PP=275;SC=GGCATACTACGGTACATATAA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=175104804;WS=175104786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	175105880	rs2072037	G	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=5;PP=600;SC=GGTTCTGAAAGCCTCAGACAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=175105888;WS=175105870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	175105942	rs4650703	G	A	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=21;PP=1432;SC=TTGGAATTCCGTTTTTTATTT;SOR=1.396;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=53;TCR=21;TR=74;WE=175105950;WS=175105932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	175113578	rs10912897	T	C	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.777;SC=ACAGAGACAATGATATCGCAC;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=102;WE=175113586;WS=175113568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr1	175116046	rs11450833	C	CT	664.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=8.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.418;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.011;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr1	175116252	rs4651335	C	G	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=38;PP=1167;SC=CCAGCTGTGGCAGCTTGGGGC;SOR=1.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=175116260;WS=175116242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	175129945	rs60195884	TC	T	1322.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=37.79;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	175129947	.	TTCTTCTTG	T	1322.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=37.79;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	175129955	.	G	T	521	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=109;MMLQ=26;MQ=60.23;NF=20;NR=7;PP=521;QD=20.5841189832;SC=TCTTCTTCTTGTTCTTCTCTG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=175129963;WS=175129945;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	175130204	rs1057239	G	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=380;SC=GCAGGTCCTGGGCTCAAAAGG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=175130212;WS=175130194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	175293424	rs2213635	T	C	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=1;PP=364;SC=GCTTTTAAAATATAAAGCTAA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=175293432;WS=175293421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	175299301	rs2027867	T	C	6502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=72;PP=2965;SC=AGGCGGCCTCTTGGCCATCCC;SOR=0.913;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=96;TCR=72;TR=168;WE=175299309;WS=175299291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr1	175324518	rs55715761	GCA	G	3051.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=16;PP=1739;SC=AAGCTGATGAGCAATCCTTGT;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=175324529;WS=175324508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	175324521	rs55973835	A	T	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=16;PP=943;SC=CTGATGAGCAATCCTTGTGGA;SOR=1.478;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=52;WE=175324529;WS=175324508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	175324651	rs2228359	A	G	6624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=61;PP=2222;SC=TGCGGCTTCCATCGGTGGATT;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=127;WE=175324659;WS=175324641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	175335234	rs1385541	C	T	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=932;ReadPosRankSum=2.719;SC=TGGAGGTCTCCGAGGAGGCTG;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=46;TCR=69;TR=60;WE=175335242;WS=175335224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,100:0.58:171
chr1	175335412	rs1385540	A	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=378;SC=ACACTTATCTAATATTTTGCT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=175335420;WS=175335402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	175336292	rs1872440	C	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.411;SC=TCCATGACTCCTTAGGCTTAT;SOR=0.387;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=28;WE=175336313;WS=175336282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr1	175336305	rs1872439	G	C	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=1106;ReadPosRankSum=0.256;SC=AGGCTTATAGGCTAACCTGGT;SOR=0.593;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=32;WE=175336313;WS=175336282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr1	175336530	rs6697701	T	C	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=38;PP=1139;SC=CCTATTCATATCTTGTGTTTA;SOR=1.255;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=57;WE=175336538;WS=175336520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	175336619	rs6697801	T	C	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=80;SC=GTCAATAGGATGAACCAGCCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=175336627;WS=175336609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	175348723	rs859427	C	T	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr1	175355128	rs859436	C	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,70:0.39:178
chr1	175355391	rs859437	A	G	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=564;ReadPosRankSum=0.410;SC=CAAAAGCCACAGTGTCCGAGA;SOR=0.440;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=44;WE=175355399;WS=175355381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,67:0.38:176
chr1	175360690	rs859444	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=45;ReadPosRankSum=0.893;SC=AAAATGGGGGCGATGTCTCTT;SOR=1.085;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=6;WE=175360698;WS=175360680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr1	175362736	rs3752517	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=267;ReadPosRankSum=0.361;SC=TCAGCAGGTCGTTACCACATA;SOR=0.504;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=20;WE=175362744;WS=175362734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr1	175365663	rs859446	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,77:0.38:204
chr1	175375334	rs859400	C	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=268;ReadPosRankSum=0.670;SC=GACCACGCTGCGAGCTCCCGG;SOR=0.344;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=23;WE=175375342;WS=175375324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr1	175375469	rs2239819	C	A	3091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1233;ReadPosRankSum=1.678;SC=GCTGAACTGGCACATGGACAG;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=230;TCF=129;TCR=101;TR=93;WE=175375477;WS=175375459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,171:0.39:443
chr1	175375683	rs859399	T	C	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1118;ReadPosRankSum=0.185;SC=CTTTGCTGGATGTGTTGTAGT;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=267;TCF=135;TCR=132;TR=101;WE=175375691;WS=175375673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,168:0.41:405
chr1	175375802	rs859398	T	C	3444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=61;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.400;SC=ATCAGGTTGATGCCAATGAGC;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=325;TCF=156;TCR=169;TR=113;WE=175375810;WS=175375792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,201:0.35:569
chr1	175916267	rs6674353	T	C	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=17;PP=863;SC=GGTGTATTTCTATAATCCTGT;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=175916275;WS=175916257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	175937540	rs4534339	C	T	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=40;PP=2116;SC=AAAGGCTGTACGGAGGGGAAC;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=116;WE=175937548;WS=175937530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	175951347	rs10798430	T	A	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=10;PP=1546;SC=TAAAATTAGGTTACAGAAAAA;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=56;TCR=10;TR=66;WE=175951355;WS=175951337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	176012466	.	G	GA	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=7.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=3.435;SOR=0.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,23:0.23:100
chr1	176012807	rs4233165	G	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=392;SC=CAAACCAAATGTATGATTCAT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=176012815;WS=176012797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	176050430	rs56720201	GA	G	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.837;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr1	176103053	rs34010407	TAC	T	2657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=29;PP=1604;SC=GATAACAATATACACAGACCA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=176103062;WS=176103043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	176104067	.	G	A	785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=402;ReadPosRankSum=0.988;SC=ACACTGCATGGAAAAGGCTCC;SOR=0.807;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=35;WE=176104075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,52:0.28:189
chr1	176105710	rs373330844	CA	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr1	176118219	rs3748618	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=6;PP=207;SC=TCCTACAATAGAAAATTATAA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=176118227;WS=176118209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	176153658	rs791744	T	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=7;PP=342;SC=AAAAAAAATATGACTGTAACA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=21;WE=176153666;WS=176153648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	176671912	.	T	TGTGTGA	571	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=24;MMLQ=22;MQ=59.97;NF=1;NR=18;PP=571;QD=30.2105263158;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=19;WE=176671921;WS=176671902;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr1	176681165	rs66731142	ATG	A	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.975;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.001;NF=0;NR=20;PP=813;ReadPosRankSum=2.473;SC=GTGTAAGCATATGTGTGTGTG;SOR=1.656;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=20;WE=176681174;WS=176681155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr1	176734756	rs3737759	C	T	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	176734840	.	C	G	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=725;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GACAGCTGTCCGTCATTGCTG;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=90;TCR=84;TR=64;WE=176734848;WS=176734830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,112:0.41:273
chr1	176759202	rs2076335	A	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=331;ReadPosRankSum=-0.691;SC=AAATTTCTAAAGAATTCCAAC;SOR=1.096;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=23;WE=176759210;WS=176759192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr1	176762955	rs78673484	T	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.041;NF=2;NR=10;PP=212;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GATTAAACATTGAAAAGAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=12;WE=176762963;WS=176762945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	176833427	rs61756323	T	C	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=321;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GTGCTAGATCTCTTTGCTGTC;SOR=0.496;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=23;WE=176833435;WS=176833417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,43:0.41:106
chr1	176833497	rs12118933	G	C	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.755;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=779;ReadPosRankSum=1.862;SC=CTGAGGTCCCGGCTGAGCTCC;SOR=0.879;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=63;WE=176833505;WS=176833487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,111:0.65:170
chr1	176845528	rs2076341	C	T	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=11;PP=1251;SC=GGAAAGGCAACGCTCCTGTAC;SOR=2.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=55;WE=176845536;WS=176845518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	176857347	rs2072935	A	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=28;PP=829;SC=AGAGCTGCATAAGAGAACAGG;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=176857355;WS=176857337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	176863836	rs2281180	G	C	6149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.27;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	176863836	.	GTGGCAC	CTGGCAC,CTGGCAT	833	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=62,36;NR=46,23;PP=715,833;QD=6.9423260421;SC=GTCCCTTGCTGTGGCACTCCA;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=108,59;WE=176863850;WS=176863826;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:110
chr1	176863842	rs6680908	C	T	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,101:0.56:179
chr1	176863867	rs2228956	T	C	5969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.297;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=59;PP=2309;ReadPosRankSum=-0.684;SC=AGCCGCCATGTGCTTGGTGCC;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=133;WE=176863875;WS=176863857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,234:1.00:235
chr1	176992553	rs172917	A	G	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=60;PP=2307;SC=TTTCGGGGTCACATTGGTGTT;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=123;WE=176992561;WS=176992543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr1	176992676	rs10798496	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=390;ReadPosRankSum=-1.809;SC=TGGCATCCAGCTGGCTCCCCT;SOR=0.624;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=27;WE=176992684;WS=176992666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr1	176998930	rs56297461	C	T	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=745;ReadPosRankSum=-1.376;SC=GGTTTCATGACACCAAACCTT;SOR=0.942;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=53;WE=176998938;WS=176998920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,75:0.45:167
chr1	176999917	rs12568439	G	A	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,82:0.37:224
chr1	177001896	rs2076069	C	G	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=60;PP=1438;ReadPosRankSum=-0.235;SC=TCTGGGGCTGCGGGACCCGGC;SOR=0.621;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=300;TCF=120;TCR=180;TR=101;WE=177001904;WS=177001886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,161:0.35:464
chr1	177198998	rs3176441	T	C	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=1.278;SC=AAGAAACCAATCGCCCGGGAG;SOR=0.901;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=9;WE=177199006;WS=177198988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr1	177250670	rs1045736	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=111;ReadPosRankSum=0.597;SC=GCTAATGGGCGGCCCACTTCA;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=9;WE=177250678;WS=177250660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr1	177898799	rs623479	C	T	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=107;SC=CATTGTGAAGCTAATCTTAAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=177898807;WS=177898789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	177899121	rs545608	G	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
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chr1	177901741	rs684227	A	G	11770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=121;NR=123;PP=2965;SC=TCCTCTGCTCAGGACTGGGGG;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=244;WE=177901754;WS=177901731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr1	177902753	rs591120	G	C	3892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.941;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,190:0.57:332
chr1	177908852	rs943762	C	T	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.325;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,136:0.42:324
chr1	177913980	rs532842	T	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=189;SC=AGTGTTTCACTTCCTCTCCCT;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=177913988;WS=177913970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	177915474	rs842192	A	C	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	177916889	.	AA	GG	141	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=22;MQ=58.7;NF=4;NR=0;PP=141;QD=48.6169687156;SC=GGAGGTGAGGAAAGGGACAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=177916898;WS=177916879;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	177917661	.	T	C	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,83:0.30:276
chr1	177929554	rs10913472	C	T	3244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,162:0.62:261
chr1	177929987	rs12040910	T	C	5380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=52;PP=2265;SC=GGGACCTACATGCACCAGCTG;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=131;WE=177929995;WS=177929977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	177930096	rs867275	T	C	1933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=904;ReadPosRankSum=-1.860;SC=CAGACACAGATGGACATTGTT;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=156;TCF=65;TCR=91;TR=73;WE=177930104;WS=177930086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,107:0.43:247
chr1	177930642	rs945640	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=302;ReadPosRankSum=-0.131;SC=ATGATCCATCGTAAGGCTGAC;SOR=0.995;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=20;WE=177930650;WS=177930632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr1	177930894	rs945641	C	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=17;PP=435;SC=CAAAAACACACAGGAAGAAGT;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=177930902;WS=177930884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	177933443	rs3813651	G	A	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=49;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.218;SC=AGCAGTGAGCGGGGTCCTGGG;SOR=0.796;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=152;TCF=62;TCR=90;TR=78;WE=177933451;WS=177933433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,134:0.56:239
chr1	177933505	rs3813652	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=528;ReadPosRankSum=1.579;SC=TGCTCCAAAGCGTGGGCAGGT;SOR=0.991;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=36;WE=177933513;WS=177933495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr1	177934351	rs72703030	G	T	2777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=67;PP=1675;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TCCTGTTTCTGAAAGTTCTTA;SOR=0.592;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=151;TCF=45;TCR=106;TR=96;WE=177934359;WS=177934341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,122:0.66:185
chr1	177935050	rs1889981	T	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=648;ReadPosRankSum=-1.164;SC=GCAGCCACTGTGGGTGTCCAT;SOR=0.624;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=45;WE=177935058;WS=177935040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,82:0.60:136
chr1	177935203	rs954502	A	G	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,65:0.62:104
chr1	177935275	rs1415085	A	G	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=22;PP=597;SC=TGAAAGCCACAGTTAATTCTA;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=29;WE=177935283;WS=177935265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	178484834	rs10798611	A	G	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=481;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GAGCCAGTGCACCTGGTCTAT;SOR=0.682;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=36;WE=178484842;WS=178484824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
chr1	178494428	rs6664493	C	T	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=10;PP=1175;SC=GAGGAGTGTACGAAAGGGCCT;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=178494436;WS=178494418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	178499068	rs6675811	T	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=380;SC=AATAAACAAATGACTTACAGT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=178499076;WS=178499058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	178514165	rs12141152	C	T	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=49;PP=1680;SC=GGGTTCCAGGCGAGATGAGAC;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=91;WE=178514173;WS=178514155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	178514560	rs34632529	A	AT	11912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=155;PP=2966;SC=TTGAAGGTTGATTTTGACTAC;SOR=0.873;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=225;TCF=51;TCR=174;TR=203;WE=178514568;WS=178514550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr1	178515135	rs4650992	A	T	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=30;PP=817;SC=GAAAACTAAGACCTTCCCACT;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=178515143;WS=178515125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	178646748	rs2811318	A	T	228.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.77;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	178646752	rs2773075	A	C	228.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	178745798	rs11323887	CT	C	749.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.543;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.059;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,55:0.85:65
chr1	178746031	rs75184054	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=168;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TGTTTGTTCACATACTTAAAT;SOR=1.154;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=13;WE=178746039;WS=178746021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr1	178776985	rs6690324	G	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=49;SC=TTTCATAGTCGTTGTGCTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=178776993;WS=178776981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	178780650	rs12131426	A	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=479;SC=GAAAAATAAGACTCATTGATA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=178780658;WS=178780640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	178820159	rs1544124	C	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=4;PP=950;SC=TAAAAACTTTCTGTGTAGAAA;SOR=3.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=178820167;WS=178820149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	178854162	rs6425503	C	T	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=8;PP=560;SC=TTTCAAGGGACTGAAAAATAA;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=178854170;WS=178854152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	178858711	rs10798635	C	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.623;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr1	178858759	rs3753534	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=0.289;SC=TAAAAAATAGGATAACTTTTC;SOR=0.904;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=14;WE=178858767;WS=178858749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,23:0.22:103
chr1	178866674	rs17674780	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=162;ReadPosRankSum=-1.628;SC=GAAGTGATACAGCTCAACTCT;SOR=0.177;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=14;WE=178866682;WS=178866664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	179023879	rs12735672	T	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=446;SC=AAGAACTCAGTGGAATACAAA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=179023887;WS=179023869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	179040930	rs10913689	T	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=11;PP=681;SC=AAAGCAAAAATTATTTAGTTA;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=36;WE=179040938;WS=179040920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	179041011	rs3820163	A	G	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=37;PP=1698;SC=GATAATGAGAAGTTTTATGTA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=89;WE=179041019;WS=179041001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr1	179051300	rs2296377	T	C	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=8;PP=763;SC=TTGGCTCTTTTTCCTGCTGCT;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=179051308;WS=179051290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	179052006	rs2274227	G	T	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=52;PP=2193;SC=AAGTTGTGTGGCAAGGTTGCC;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=104;WE=179052014;WS=179051996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	179054692	rs912758	T	G	6221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=98;NR=70;PP=2965;SC=CTTGGTTTCTTGGCTGTTGGC;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=99;TCR=71;TR=168;WE=179054700;WS=179054682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr1	179067071	rs10913690	C	A	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=53;PP=1570;SC=ATTCCCCATGCTTTTACTCAC;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=179067079;WS=179067061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	179080115	rs376797144	CTT	C	618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.530;QD=15.86;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,30:0.77:39
chr1	179087934	rs2171959	T	C	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=85;PP=2094;SC=TTTTTATTAGTGTACATTCAA;SOR=1.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=122;WE=179087942;WS=179087924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	179089213	rs1858551	C	T	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=22;PP=1638;SC=GACAACAGAGCGAGACCCTGT;SOR=1.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=80;WE=179089221;WS=179089203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	179089239	rs67836984	GA	G	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,29:0.18:159
chr1	179089475	rs9726961	C	G	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=40;PP=1173;SC=AAAATCATTTCATTCATCTCA;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=179089483;WS=179089465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	179089491	rs9728480	A	C	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=37;PP=1081;SC=TCTCACAATCATAAAGCTTCA;SOR=3.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=179089499;WS=179089481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	179089518	rs9727252	C	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=21;PP=493;SC=AAAGTAAAAACTATCTTTTGA;SOR=3.334;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=179089526;WS=179089508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	179271948	.	A	AT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,17:0.17:100
chr1	179292442	rs2902277	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=0.942;SC=CCATGCTGTCGTGTTTTATGG;SOR=0.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=11;WE=179292450;WS=179292432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr1	179304892	rs1034269	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=201;ReadPosRankSum=-1.780;SC=CACCCTGGTGTCACTTTCTAT;SOR=0.743;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=179304900;WS=179304882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr1	179307047	rs10913726	T	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=0.736;SC=TATTTTTAGTTGTTTTTAAAT;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=7;WE=179307055;WS=179307037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr1	179310262	rs11576517	C	T	4899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=4.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.982;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,235:0.62:381
chr1	179312102	rs4651024	T	C	4560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=78;PP=1890;ReadPosRankSum=0.268;SC=GAACCAGAAATGTGGTAAACA;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=105;TCR=118;TR=150;WE=179312110;WS=179312092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,224:0.59:382
chr1	179312235	rs10913728	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=1096;ReadPosRankSum=0.155;SC=TGGTGAGTAGGGAAGTCTAAT;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=24;WE=179312257;WS=179312225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr1	179312249	rs11350945	AT	A	732.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=1402;ReadPosRankSum=-0.263;SC=GTCTAATTTGATTATAGTAAT;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=20;WE=179312257;WS=179312225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr1	179312525	rs12691483	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-1.566;SC=ACGCCCGGTTGGTTTTTTTGT;SOR=0.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=4;WE=179312533;WS=179312517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr1	179317895	rs200924427	ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	A,ATGTGTGTGTGTGTG	1383.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=35.48;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,26,13:0.67,0.33:39
chr1	179319580	rs3753527	T	C	4513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=88;PP=2178;ReadPosRankSum=0.961;SC=AGTATCTTGGTATGCTGTGAG;SOR=0.810;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=241;TCF=93;TCR=148;TR=141;WE=179319588;WS=179319570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,216:0.59:364
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chr1	179335499	rs35129223	C	CT	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
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chr1	179348646	rs141815555	T	TG	723.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.701;NF=0;NR=11;PP=440;ReadPosRankSum=1.166;SC=AAAAAATACCTGCCCCAGCTC;SOR=1.139;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=11;WE=179348654;WS=179348636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr1	179351606	rs4625243	G	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr1	179364391	rs61173288	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=273;ReadPosRankSum=-0.844;SC=AGAAGCTTATATAGCTTCTGA;SOR=0.387;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=18;WE=179364399;WS=179364381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr1	179380414	rs181574151	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-1.045;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
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chr1	179398563	rs4652382	C	G	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=249;SC=TTAATGATTCCATGAAAAATC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=179398571;WS=179398553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr1	179401379	rs11314780	CT	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
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chr1	179401559	rs7550656	C	T	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-0.182;QD=6.95;ReadPosRankSum=-1.138;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,86:0.39:223
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chr1	179401599	rs7550736	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.727;QD=5.95;ReadPosRankSum=2.163;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,48:0.36:135
chr1	179402037	rs199738366	C	CA	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr1	179414105	rs11577579	A	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=454;ReadPosRankSum=1.439;SC=CACTCTTTAGATCCTGAATGA;SOR=0.360;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=30;WE=179414113;WS=179414095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,52:0.48:108
chr1	179418132	rs10913770	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=76;ReadPosRankSum=-0.299;SC=AGCAATCCTCCCACCTCAACC;SOR=0.303;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=7;WE=179418140;WS=179418130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr1	179418181	rs10913771	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=128;ReadPosRankSum=0.412;SC=CCACCACTGTTGACTAATTTT;SOR=0.375;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=9;WE=179418189;WS=179418171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr1	179437827	rs7514278	G	A	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=266;SC=CTAAAGGTTTGTTGCAATACA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=179437835;WS=179437817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	179452194	rs6668035	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=219;ReadPosRankSum=0.643;SC=AACTCTTTCTCATAGCTGATA;SOR=0.204;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=16;WE=179452202;WS=179452184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr1	179452522	rs12407885	G	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=-0.096;SC=TTTTAAAGCAGAATGTTTCTG;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=25;WE=179452530;WS=179452512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr1	179462149	rs7549194	A	G	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=27;PP=701;SC=AGATTTTTGAAGTTCAATTGA;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=179462157;WS=179462139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	179494665	rs4620484	C	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=8;PP=174;SC=AGGGTCCTGCCCTGTCACCCA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=179494673;WS=179494655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	179497359	rs6698201	T	C	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=23;PP=1017;SC=AAATGGAAAATGTAAGCTTCC;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=179497367;WS=179497349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	179503806	rs6425572	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr1	179504025	rs141228272	AAAG	A	1645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.336;QD=21.10;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr1	179504043	rs6658180	C	G	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.241;NF=17;NR=16;PP=433;ReadPosRankSum=-0.994;SC=AGAAGAACAACAAGAAGAAGA;SOR=0.472;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=33;WE=179504051;WS=179504033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr1	179504130	rs6425574	G	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.660;NF=16;NR=20;PP=467;ReadPosRankSum=-0.837;SC=CTTTATTCAGGTTGTATTTAT;SOR=0.654;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=36;WE=179504138;WS=179504120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,66:0.53:125
chr1	179520254	rs1410591	C	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=639;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CTCCCTCAGGCATGTGACTTT;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=47;WE=179520262;WS=179520244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,64:0.36:176
chr1	179520506	rs1410592	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.130;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=307;ReadPosRankSum=2.026;SC=GAAGCTGAACGGCAGCAGGGG;SOR=0.412;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=23;WE=179520514;WS=179520496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr1	179528917	rs12401708	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,51:0.29:173
chr1	179528942	rs12401711	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,50:0.31:162
chr1	179544898	rs1079292	T	C	6115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=91;PP=2965;SC=GCCCGCGGCCTCCGCCGCTCC;SOR=1.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=49;TCR=92;TR=140;WE=179544906;WS=179544888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr1	179545050	rs12406197	C	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.143;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=264;ReadPosRankSum=0.669;SC=GCTAGGGGCACGGGAGCGCAG;SOR=0.148;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=22;WE=179545058;WS=179545040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr1	179561645	rs4652418	A	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=205;ReadPosRankSum=0.559;SC=TTAAAACTGGAGTCTCAGTTA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=14;WE=179561653;WS=179561635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	179561683	rs4652419	A	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr1	179590352	rs61826406	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-1.521;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr1	179599327	rs35061972	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=1.242;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	179604864	rs4628468	C	T	4808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=65;PP=1864;ReadPosRankSum=-1.757;SC=TCCCGCCAGACGCTGTGCCGA;SOR=0.703;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=198;TCF=99;TCR=99;TR=125;WE=179604872;WS=179604854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,228:0.61:371
chr1	179609589	rs16854429	G	T	4099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1728;ReadPosRankSum=-0.383;SC=AGGTATGTTTGCTTGTCTCCC;SOR=0.672;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=192;TCF=91;TCR=101;TR=110;WE=179609597;WS=179609579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,196:0.55:355
chr1	179631242	rs35448215	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr1	179816017	rs79921581	C	G	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=49;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GAGCCAGAAACAAAGCCTGTG;SOR=0.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=76;WE=179816025;WS=179816007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,101:0.69:146
chr1	179852074	rs1281378	T	C	6042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=106;PP=2776;SC=TCTCCTGTTATGACCAGGAGA;SOR=1.155;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=62;TCR=107;TR=168;WE=179852082;WS=179852064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	179852552	rs605807	T	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=4;PP=607;SC=GATCTAACCTTTCAGTCTTTT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=179852560;WS=179852542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	179858333	rs1300068	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=304;SC=ACTTCTCTAGCGTAAATAAAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=179858341;WS=179858323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	179858444	rs2245425	G	A	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	179876900	rs1281380	A	T	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=25.26;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	179876988	rs609521	C	G	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	179887125	rs627897	G	A	11252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=129;PP=2965;SC=ATGAAAACGCGGCCTTCAAAG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=257;TCF=127;TCR=130;TR=253;WE=179887133;WS=179887115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr1	179983665	rs2501607	G	A	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=70;PP=2038;SC=ATATACAAAGGAGAGTCATTC;SOR=1.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=104;WE=179983673;WS=179983655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	179989742	rs2477120	G	C	6486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=80;PP=2965;SC=TCCCAAACCAGAAGGGCTACT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=79;TCR=80;TR=159;WE=179989750;WS=179989732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	179992076	rs2477117	A	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=23;PP=594;SC=AGTTTTGCTCATTTAAAAATA;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=179992084;WS=179992066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	179993793	rs4622030	T	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=204;SC=ATGATTTGATTGCATAAGAAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=179993801;WS=179993783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	180010702	rs4652461	T	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=7;PP=508;SC=TTTTTTACTATGAATAAGACA;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=180010710;WS=180010692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	180022343	rs9425854	T	G	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=48;PP=1539;SC=GTTGTGGATATGTTCTCTCAA;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=180022351;WS=180022333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	180059736	rs67852047	GACATACCT	G	1223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.72;NF=13;NR=10;PP=1662;SC=GACATAGATTGACATACCTAC;SOR=1.688;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=23;WE=180059751;WS=180059726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	180059811	rs10798729	A	C	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.741;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.179;NF=58;NR=38;PP=2100;ReadPosRankSum=0.610;SC=TTATTATAGTAATATGTTTAT;SOR=0.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=96;WE=180059819;WS=180059801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr1	180080115	rs3767202	T	G	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=9;PP=970;SC=CTAACCTTATTGTCTTCTAAA;SOR=2.024;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=44;WE=180080123;WS=180080105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr1	180144291	rs71118443	C	CA	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.790;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
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chr1	180145088	rs2298206	A	G	4446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=46;PP=1804;SC=ACGTGCAGACACTGCGGGAGA;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=96;WE=180145096;WS=180145078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	180148012	rs17855475	G	C	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=793;ReadPosRankSum=1.461;SC=TCCTACCTGGGTAGAGAGGTG;SOR=0.687;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=46;WE=180148020;WS=180148002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,78:0.74:106
chr1	180155376	rs2298207	C	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=-1.189;SC=AGTGTGCGTTCCTGTAAGGCT;SOR=0.368;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=180155390;WS=180155366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	180155382	rs3216058	AG	A	614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=498;SC=CGTTCCTGTAAGGCTGGGCAC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=180155390;WS=180155366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	180158668	rs3894210	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=196;ReadPosRankSum=-0.317;SC=CTCCAGCTTCCGCTTGTTCCT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=8;WE=180158676;WS=180158658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr1	180158927	rs3889149	C	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=616;ReadPosRankSum=1.592;SC=CAGTGATCTTCGTTGGGTCCT;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=37;WE=180158935;WS=180158917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr1	180159654	rs7521513	C	T	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.922;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,109:0.54:201
chr1	180159657	rs1050154	C	T	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.926;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,109:0.54:201
chr1	180159797	rs3215795	TC	T	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=269;ReadPosRankSum=-0.501;SC=GCAGGGAAGCTCCCTTGAATT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=9;WE=180159805;WS=180159787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr1	180180669	rs164980	A	G	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=24;PP=843;SC=TAACTCGTGCATAGTGGCAGG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=180180677;WS=180180659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	180240510	rs2764449	T	C	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=637;ReadPosRankSum=1.590;SC=GGTTTTTCCTTGCAGATGACT;SOR=0.503;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=47;WE=180240518;WS=180240500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,82:0.71:116
chr1	180257692	rs2254465	A	C	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=18;PP=392;SC=AAGTTTACCAAGAGACAGAGA;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=180257700;WS=180257682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	180283659	rs2764433	T	C	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=355;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=180283667;WS=180283649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	180471040	.	C	CA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.924;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.100;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
chr1	180757056	rs3761904	A	G	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	180757117	rs34984251	G	GT	446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=568;SC=CACTTAAGAGGATTTTCTTGA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=180757125;WS=180757107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	180803922	rs2271669	T	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=435;SC=TCAACTAAAGTAATCATGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=180803930;WS=180803912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	180885430	rs10732273	T	C	13624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=168;NR=135;PP=2965;SC=ACATCCAGCCTGATGGCCCCC;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=168;TCR=135;TR=303;WE=180885438;WS=180885420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr1	180897521	rs7544551	C	T	12700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=154;NR=121;PP=2965;SC=CGTTATTTTCCTCTAATCCCT;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=154;TCR=121;TR=275;WE=180897529;WS=180897511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr1	180897569	rs3747958	C	T	6206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=94;PP=2634;ReadPosRankSum=0.454;SC=GCTGCAGGACCGTTGGTCCCA;SOR=0.731;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=290;TCF=142;TCR=148;TR=180;WE=180897577;WS=180897559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,299:0.63:471
chr1	180897792	rs35197779	ATGC	A	1894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=34;PP=1731;SC=ATCTAGCCAAATGCTGCTGCT;SOR=3.816;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=35;WE=180897802;WS=180897782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	180905352	rs3795505	C	T	5563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=898;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=80;PP=2372;ReadPosRankSum=0.047;SC=TTACAGAAAGCCACGAGTCCC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=517;TCF=274;TCR=243;TR=172;WE=180905360;WS=180905342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:579,313:0.35:892
chr1	180905448	rs3795504	G	T	6268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=910;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=88;PP=2308;ReadPosRankSum=-1.380;SC=CAGCTTCCTTGTGTCCTGAAG;SOR=0.534;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=509;TCF=230;TCR=279;TR=175;WE=180905456;WS=180905438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:561,345:0.38:906
chr1	180905694	rs3795503	C	T	4204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=2.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,217:0.57:384
chr1	180913597	rs2331995	A	G	10541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=130;PP=2965;SC=CAGCAAGGGGAACCGGTCCAG;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=117;TCR=130;TR=247;WE=180913605;WS=180913587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr1	180933498	rs4652543	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.730;NF=27;NR=3;PP=552;ReadPosRankSum=0.157;SC=GTCCAGGCCCCGGTTCCTGGG;SOR=0.660;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=30;WE=180933506;WS=180933488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
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chr1	181684605	rs12407563	A	G	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=39;PP=1150;SC=ATTCAAAAGGAGAGAAAGAAA;SOR=1.139;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=64;WE=181684613;WS=181684595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	181686216	rs7540850	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.281;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,32:0.26:123
chr1	181688868	rs4651113	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=253;ReadPosRankSum=-0.101;SC=TCTCACTGTGGCTGGCATTGC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=16;WE=181688876;WS=181688858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	181701799	rs35737760	T	A	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=88;PP=2511;ReadPosRankSum=0.077;SC=TCAAGGGGGATGGAGGGGACC;SOR=0.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=73;TCR=150;TR=130;WE=181701807;WS=181701789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,150:0.60:251
chr1	181702616	rs41304253	G	A	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=54;PP=1771;ReadPosRankSum=0.037;SC=GCTGGCAGGAGGCCTTGATGA;SOR=0.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=102;TCR=94;TR=111;WE=181702624;WS=181702606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,213:0.64:332
chr1	181706685	rs34488539	C	T	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=37;PP=1698;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GCCACTACATCGTGAACCTGC;SOR=0.802;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=188;TCF=115;TCR=73;TR=103;WE=181706693;WS=181706675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,183:0.61:301
chr1	181708168	rs73045109	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=-1.985;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr1	181714466	rs375841404	AT	A	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.701;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,38:0.23:168
chr1	181719679	rs704332	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GTTGGAGGAGCGAGAAAGTAT;SOR=1.052;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=26;WE=181719687;WS=181719669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,44:0.29:150
chr1	181721418	rs188477220	A	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=3.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.444;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,40:0.28:141
chr1	181725110	rs4652678	T	C	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=-0.616;SC=ATGTAGATCATGAGAAAAACA;SOR=0.646;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=26;WE=181725118;WS=181725100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,70:0.59:119
chr1	181726413	rs704330	G	A	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=73;SC=CATTAAATAAGCATTTTCCAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=181726421;WS=181726403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	181727030	rs12564606	A	T	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.180;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=38;PP=1508;ReadPosRankSum=0.310;SC=AGAGCCTGCCATGGTAGATCT;SOR=0.997;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=139;TCF=80;TCR=59;TR=96;WE=181727038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,141:0.67:212
chr1	181727273	rs704329	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=238;ReadPosRankSum=0.062;SC=CACAAGAGCCGACTGAGCCCC;SOR=0.184;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=21;WE=181727281;WS=181727263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr1	181731667	rs149636359	T	TC	1559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.70;MQRankSum=0.922;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,78:0.64:122
chr1	181732695	rs72735265	A	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.891;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=-0.236;SC=ATCCTCTCTGAGGGTTGTCAT;SOR=0.588;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=20;WE=181732703;WS=181732685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,41:0.58:71
chr1	181741301	rs199930	C	T	4089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=51;PP=1634;ReadPosRankSum=-1.350;SC=AGAACGAGAACGAACGCTGCG;SOR=0.688;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=102;TCR=93;TR=108;WE=181741309;WS=181741291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,199:0.54:370
chr1	181750469	rs704328	G	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=581;SC=TCTCCTATCTGTCTGCATCCT;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=181750477;WS=181750465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	181752769	rs144664284	A	AT	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.680;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr1	181752923	rs36163765	AAGCTT	A	4830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=43;PP=2565;SC=TGCCAAAGGTAAGCTTAGCTT;SOR=1.200;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=48;WE=181752935;WS=181752913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	181759657	rs704326	G	A	6124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=85;PP=2965;SC=TATGGACCCCGCCGATGACGG;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=78;TCR=85;TR=163;WE=181759665;WS=181759647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr1	182355046	rs2296519	A	G	6647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	182356399	rs1058111	A	G	7717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=89;PP=2965;SC=GTAAAGTACTAGAGCCATCGA;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=87;TCR=89;TR=176;WE=182356407;WS=182356389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	182369078	rs6698722	G	A	4922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=49;PP=2523;SC=AGCCAGAGACGGGTCTGTATA;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=123;WE=182369086;WS=182369068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	182369233	rs6674281	A	G	11198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=106;PP=2965;SC=AGCAGAGAATAAACGTGCAGC;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=121;TCR=109;TR=226;WE=182369241;WS=182369223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr1	182423146	rs41299607	G	A	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=584;ReadPosRankSum=-0.258;SC=AGTCTTTGCCGATTTTTTCAA;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=43;WE=182423154;WS=182423136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,68:0.72:95
chr1	182429295	rs10572829	CTG	C	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=318;ReadPosRankSum=0.600;SC=ATGCGTGTGTCTGTGTGTGTG;SOR=1.296;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=10;WE=182429304;WS=182429285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr1	182429728	rs266508	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr1	182443462	rs649437	T	C	4357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=74;PP=2666;ReadPosRankSum=-1.132;SC=CTGGCAGGACTTGCAGCATTT;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=112;TCR=113;TR=146;WE=182443470;WS=182443452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,197:0.58:337
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chr1	182491107	.	AGTGT	CGTGC,CGTGT	248	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=11;MQ=60.0;NF=11,18;NR=4,6;PP=248,74;QD=20.0978583241;SC=CTTATAATATAGTGTTCTCCA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=15,24;WE=182491119;WS=182491097;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.62:24
chr1	182491111	rs12142736	T	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr1	182496829	rs7535533	A	G	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=691;ReadPosRankSum=-2.846;SC=GAAGATCAGTATAGAGACCAA;SOR=0.671;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=150;TCF=55;TCR=95;TR=54;WE=182496837;WS=182496819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,95:0.41:232
chr1	182501933	rs266534	C	A	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.611;SC=GAAAGTAAGTCATTTCTGTAT;SOR=0.701;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=226;TCF=114;TCR=112;TR=89;WE=182501941;WS=182501923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,140:0.39:356
chr1	182502033	rs266535	G	T	5229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=89;PP=2693;SC=GCAGCCTGGAGTCTAGCAAAA;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=60;TCR=89;TR=149;WE=182502047;WS=182502023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr1	182509269	rs266531	G	A	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=13;PP=1200;SC=GACTATTTCAGTAGGCCAAAA;SOR=2.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=59;WE=182509277;WS=182509259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	182509292	rs3856115	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.779;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=320;ReadPosRankSum=0.418;SC=ATGGATCCACAGTCTCCTTTC;SOR=0.439;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=87;TCF=64;TCR=23;TR=33;WE=182509313;WS=182509282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,44:0.40:109
chr1	182509617	rs3911280	C	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr1	182517357	rs6657620	G	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=-0.537;SC=CTGGCCTTGCGTTTTTTGGGC;SOR=1.702;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=7;WE=182517365;WS=182517356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr1	182517642	rs10911094	C	A	3408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=3.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.617;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,162:0.57:285
chr1	182522552	rs266544	C	T	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1029;ReadPosRankSum=3.521;SC=TAGGAGTTGTCGCAGGTGTTT;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=79;WE=182522560;WS=182522542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,120:0.54:222
chr1	182544815	rs11807829	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=1.292;SC=TGATTTCTATTGCAGAATGAA;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=13;WE=182544823;WS=182544805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr1	182549019	rs533259	A	G	4819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=51;PP=2039;SC=TCACAGCTTCATGTAGTGGTG;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=123;WE=182549027;WS=182549009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	182551337	rs627928	A	C	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.874;SC=GAGCTTTCAGATCCTCAAATG;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=86;TCR=84;TR=75;WE=182551345;WS=182551327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,101:0.42:242
chr1	182554557	rs486907	C	T	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1237;ReadPosRankSum=1.941;SC=CAGGACATTTCGGGCAAATTC;SOR=0.593;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=234;TCF=124;TCR=110;TR=91;WE=182554565;WS=182554547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,144:0.38:382
chr1	182569626	rs1144566	T	C	6542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	182571003	rs610367	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr1	182571277	rs569790	C	T	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1085;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TCTGGGGTTGCGGGAAAGAAG;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=73;WE=182571285;WS=182571267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,130:0.58:223
chr1	182573227	rs509476	T	C	6058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.93;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,241:0.99:243
chr1	182778367	rs971040	G	A	6903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=90;PP=2965;SC=CAAAGTAGACGGAGTAGCTTT;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=172;TCF=82;TCR=90;TR=170;WE=182778375;WS=182778357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	182784022	rs2275171	T	C	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=61;PP=1599;ReadPosRankSum=1.232;SC=ATGCATGGCATCTCACATGGT;SOR=0.891;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=52;TCR=87;TR=96;WE=182784030;WS=182784012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,129:0.66:195
chr1	182812410	rs376728056	CT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr1	182850727	rs6677840	T	C	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=645;SC=TAAGAATGACTTGGGAAGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=182850735;WS=182850717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	182854017	rs3130492	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=303;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TAGAATTCCTGAAGTTAGTGA;SOR=0.895;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=21;WE=182854025;WS=182854007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr1	182993025	rs10911194	C	T	3574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=1608;ReadPosRankSum=-0.252;SC=TCAACGCCGCCTTCAACGTGA;SOR=0.687;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=305;TCF=171;TCR=134;TR=113;WE=182993033;WS=182993015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,202:0.36:568
chr1	183072590	rs2296288	T	C	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=550;ReadPosRankSum=-0.444;SC=GTGGTTCCTGTGAGAACACCT;SOR=0.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=73;TCR=102;TR=56;WE=183072598;WS=183072580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,106:0.35:301
chr1	183077296	rs3835273	A	AG	671.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=570;ReadPosRankSum=0.480;SC=ATTTAGTGCTAAAGAGGGCGT;SOR=1.329;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=18;WE=183077304;WS=183077286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr1	183077615	rs3765521	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
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chr1	183079509	rs2296291	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=218;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GCTCAGTTCCCCAGTTTACAC;SOR=1.002;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=14;WE=183079517;WS=183079499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,16:0.34:47
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chr1	183084607	rs3736888	AC	GA	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.498;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.77;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr1	183085611	rs10689020	C	CA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr1	183085696	rs6424888	A	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=472;ReadPosRankSum=-1.562;SC=TGTTTTATCCATTTTTCATTG;SOR=0.877;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=44;WE=183085704;WS=183085686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,58:0.33:176
chr1	183085755	rs20563	A	G	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.275;NF=37;NR=28;PP=806;ReadPosRankSum=-0.694;SC=TGAATGTAATATTGAAACAGG;SOR=0.780;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=175;TCF=95;TCR=80;TR=65;WE=183085763;WS=183085745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,112:0.38:292
chr1	183086757	rs2296292	A	C	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=584;ReadPosRankSum=-0.131;SC=GCCTCTCTGCAGAAGACCTTG;SOR=0.621;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=54;WE=183086765;WS=183086747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,79:0.41:193
chr1	183093875	rs20557	T	C	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=692;ReadPosRankSum=-1.119;SC=TCGATCCCAATGCAGTTGGAA;SOR=0.880;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=68;TCR=74;TR=58;WE=183093883;WS=183093865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,68:0.38:180
chr1	183094547	rs20558	T	C	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=688;ReadPosRankSum=-2.406;SC=AATTGCAATCTGTATGGGACC;SOR=0.789;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=153;TCF=97;TCR=56;TR=51;WE=183094555;WS=183094537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,79:0.31:252
chr1	183094802	rs10797850	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=174;ReadPosRankSum=1.251;SC=GCCTAATGTAGGCAAGGCATC;SOR=0.751;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=11;WE=183094810;WS=183094792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr1	183095185	rs55856623	TAA	T	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.152;QD=4.49;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr1	183095234	rs1886501	A	G	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.997;NF=25;NR=9;PP=551;ReadPosRankSum=1.096;SC=TGCCTGAGAAATGTCCTGTGT;SOR=0.894;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=34;WE=183095242;WS=183095224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,51:0.34:151
chr1	183095477	rs2296293	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=572;ReadPosRankSum=1.692;SC=GACTTTGACAGCCTCAGTCTA;SOR=0.805;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=40;WE=183095485;WS=183095467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,44:0.45:97
chr1	183096253	rs3066017	T	TATA	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=200;ReadPosRankSum=0.024;SC=TCAAAAAAATTATGACAGTAT;SOR=0.479;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=6;WE=183096261;WS=183096243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr1	183096634	rs1413390	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=0.291;SC=GGTGAACAAGGTAGATGTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=183096642;WS=183096624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr1	183096668	rs1413389	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=0.447;SC=GACTTATGTTCCAGTTGGGAG;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=183096676;WS=183096658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr1	183097956	rs34133998	G	GTTA	1390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.324;NF=1;NR=20;PP=798;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CTAAAGCAAGGTTAGTATAGT;SOR=0.773;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=59;TCF=4;TCR=55;TR=21;WE=183097964;WS=183097946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,40:0.36:110
chr1	183098001	rs10797851	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=165;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TAAACTACTCATAGATTATAA;SOR=1.195;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=15;WE=183098009;WS=183097991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr1	183099701	rs2296300	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=151;ReadPosRankSum=0.467;SC=GATTGCAAACGTCTGAGGTGG;SOR=0.990;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=17;WE=183099709;WS=183099691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr1	183100555	rs2333620	T	C	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=6.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.796;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,53:0.29:184
chr1	183100562	.	G	GT	1583.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=4.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,45:0.29:153
chr1	183100563	.	G	GTGTGTGTGT	1482.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.885;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,43:0.29:149
chr1	183100596	rs2333619	A	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=10.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.488;SOR=0.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr1	183100596	.	ATT	GTG	450	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=67;MMLQ=28;MQ=59.51;NF=0;NR=13;PP=450;QD=38.7282980663;SC=GTGTGTGTGTATTGTCTTATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=13;WE=183100606;WS=183100586;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr1	183100598	rs4047797	T	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=11.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr1	183101427	.	AAAT	A	99	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=99;QD=26.5;SC=ACTCCATTTCAAATAATAATA;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=4;WE=183101437;WS=183101423;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,4:0.31:13
chr1	183101471	rs12061219	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-2.457;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr1	183101686	rs12095664	G	A	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=587;ReadPosRankSum=-0.297;SC=AGTATAATTTGAAAGTGGTTT;SOR=0.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=44;WE=183101694;WS=183101676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,77:0.45:170
chr1	183104013	rs2296299	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=483;ReadPosRankSum=0.033;SC=GGTCTGTGATGATGCCGTACT;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=39;WE=183104021;WS=183104003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,50:0.42:120
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chr1	183105705	rs20561	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=44;PP=913;ReadPosRankSum=-0.440;SC=AGAGGATCGCGAGCGCTGTCC;SOR=0.997;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=161;TCF=51;TCR=110;TR=60;WE=183105713;WS=183105695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,73:0.37:197
chr1	183106739	rs10797854	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=201;ReadPosRankSum=-1.376;SC=TATAAAAGGAGCGGGAGCATA;SOR=0.230;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=16;WE=183106747;WS=183106729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr1	183155482	rs684527	C	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.130;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr1	183155700	rs6678888	C	A	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=462;ReadPosRankSum=0.103;SC=CCTTCTCCTCCCCTATCTGGG;SOR=0.779;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=34;WE=183155708;WS=183155690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,69:0.43:162
chr1	183155715	rs60707856	CT	C	1706.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.631;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=1084;ReadPosRankSum=0.703;SC=TCTGGGGCTCCTCCAGAGACG;SOR=1.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=18;WE=183155725;WS=183155705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,49:0.42:116
chr1	183155717	rs61418038	C	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.681;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=1081;ReadPosRankSum=0.754;SC=TGGGGCTCCTCCAGAGACGGA;SOR=1.064;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=22;WE=183155725;WS=183155705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,44:0.39:112
chr1	183155778	rs6703054	A	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.986;SC=AAATAGTAAGACAATAAGCTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=183155786;WS=183155768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	183177218	rs647347	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=0.431;SC=GCTGAAAAGGACGGAAAGAGG;SOR=1.164;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=22;WE=183177226;WS=183177208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr1	183205523	.	CAAA	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.310;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=1.318;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr1	183253213	rs607332	G	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=316;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TTAGGGAACAGGCTTCCTGGT;SOR=0.235;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=21;WE=183253221;WS=183253203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr1	183253959	rs603850	T	G	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=898;ReadPosRankSum=-1.346;SC=AGGGACAGAGTGGGAGAGAAC;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=57;WE=183253967;WS=183253949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,88:0.68:130
chr1	183471295	rs789193	G	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.23;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	183486859	rs789169	G	A	8537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=82;PP=2965;SC=TCACAACACTGCAAGGCCAGG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=88;TCR=82;TR=170;WE=183486867;WS=183486849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr1	183516100	rs699246	G	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=0.359;SC=ATTTCAGAGCGTTTTTTCTCT;SOR=0.459;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=10;WE=183516108;WS=183516090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	183516440	rs2702182	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5048;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=2.016;SC=CTGCTTCTCTGAGATACTGTA;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=28;WE=183516448;WS=183516430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr1	183525452	rs699244	T	G	5274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=90;PP=2713;SC=ATTTGTTATCTGTCACCCTTC;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=53;TCR=90;TR=143;WE=183525460;WS=183525442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	183534935	rs2296164	C	T	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=382;ReadPosRankSum=0.581;SC=CAGGGAGCGACGGTCAGAACC;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=30;WE=183534943;WS=183534925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,55:0.54:102
chr1	183542387	rs2274064	T	C	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=34;PP=1366;ReadPosRankSum=0.093;SC=TCGAAACAGCTTGCCCACAGG;SOR=0.623;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=85;WE=183542395;WS=183542377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,140:0.68:205
chr1	183711483	rs3820689	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=-1.300;SC=TACCTGAGACCATAATTCTTC;SOR=0.929;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=11;WE=183711491;WS=183711473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr1	183775638	rs11579867	A	T	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;PP=970;ReadPosRankSum=-1.482;SC=AGCTGGCGAGATGGTGAACTT;SOR=0.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TCF=43;TR=63;WE=183775646;WS=183775628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,103:0.61:169
chr1	183817016	rs3010054	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=314;ReadPosRankSum=-1.700;SC=AGATATGTGAGGAAAGATTAA;SOR=0.518;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=16;WE=183817024;WS=183817006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr1	183852914	rs10797919	G	C	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=1008;ReadPosRankSum=1.153;SC=TTCCATATGTGAACAGATGGG;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=59;WE=183852922;WS=183852904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,80:0.58:137
chr1	183861007	rs3814329	G	A	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5039;FS=4.761;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=276;ReadPosRankSum=0.036;SC=TCTCTCCACAGGGGTGGCCAA;SOR=2.049;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=14;WE=183861015;WS=183861004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	183866849	rs12031722	G	T	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=1172;ReadPosRankSum=0.672;SC=CGAGAGTTATGCAGGGTTGTG;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=68;WE=183866857;WS=183866839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,87:0.64:135
chr1	183871637	rs4604659	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=205;ReadPosRankSum=0.641;SC=TGTGACCTACGACAACATATG;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=12;WE=183871645;WS=183871627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	183876182	rs11591089	C	T	5653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=87;PP=2291;ReadPosRankSum=0.862;SC=CAGCTGCTGACGCCAGCACCA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=97;TCR=135;TR=151;WE=183876190;WS=183876172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,265:0.64:413
chr1	183895178	rs4328036	G	A	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.904;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=35;PP=1399;ReadPosRankSum=0.664;SC=TACAGCTGCCGTTGTCAGTAC;SOR=1.017;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=97;WE=183895186;WS=183895168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,139:0.64:218
chr1	183909667	rs200271185	A	G	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=541;ReadPosRankSum=-0.917;SC=AGCATAATTCATGAAGAGGCT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=38;WE=183909675;WS=183909657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr1	183913540	rs17504460	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=322;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TAAAAAGTCACGAGTCTAGTA;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=18;WE=183913548;WS=183913530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr1	183942950	rs2296714	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr1	183944089	rs2077202	A	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=227;ReadPosRankSum=-1.066;SC=CAAAAATTTCATTGTGCCTTT;SOR=0.153;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=13;WE=183944097;WS=183944083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr1	183944444	rs2378795	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=1.391;SC=TTCTATCAATCCCAGGAAGTA;SOR=0.260;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=15;WE=183944452;WS=183944434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr1	183947757	rs3833521	G	GA	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.628;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=219;ReadPosRankSum=2.549;SC=GCTACTCCTGGAAAAAAAATT;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=13;WE=183947765;WS=183947747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr1	184476621	rs9633308	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=320;SC=AGGCCACAGGTGAAAGGGTCT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=184476629;WS=184476611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	184692999	rs71101940	T	TA	82.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	184718750	rs10588591	GA	G	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.368;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.540;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	185061018	rs12408074	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.745;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=-0.342;SC=CACGATCTTGGCTCACTGCAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=185061026;WS=185061008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	185094277	rs7523448	G	T	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=-0.369;SC=AACTGGGTTTGAAAAATGTTT;SOR=1.473;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=9;WE=185094285;WS=185094267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr1	185119794	rs1544051	C	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=189;SC=GTAATTGTTGCAGCACATGAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=185119802;WS=185119784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	185135745	rs950327	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,26:0.27:98
chr1	185137454	rs58809696	T	TAAATGATAGAC	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.799;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,10:0.17:59
chr1	185137461	rs56166198	A	T	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr1	185137464	.	T	TAA	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.685;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr1	185143721	rs10489579	A	G	7248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	185144347	rs6696591	T	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	185153545	rs76544683	G	GT	1738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=913;SC=TAACAATGATGGGCTTTTTTT;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=185153553;WS=185153535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	185171869	rs6698109	A	G	5429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=59;PP=1960;SC=GAGTTATTACACTTATCTCTG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=117;WE=185171877;WS=185171859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	185176015	rs2146328	A	G	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=159;SC=AATCATTTATACTTCTAATTT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=185176023;WS=185176005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	185240474	rs12041704	A	G	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=55;PP=1845;SC=CCCAAACAGTAATTATCAAGA;SOR=1.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=98;WE=185240482;WS=185240464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	185259731	rs2378909	A	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=6;PP=1080;SC=ATTAAAATGTAAAATAAAATG;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=185259739;WS=185259721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	185267114	rs10174	A	G	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=9;PP=1603;SC=GTGTACCTCTACTAACCATAA;SOR=3.426;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=68;WE=185267122;WS=185267104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	185267528	.	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.964;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	185833565	rs7556537	A	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr1	185834851	rs57584779	C	CT	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr1	185891409	rs55890842	G	A	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=557;ReadPosRankSum=-0.593;SC=TTTGGACATCGATCCTAATTA;SOR=0.967;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=37;WE=185891417;WS=185891399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,48:0.42:113
chr1	185984517	rs6665753	T	C	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=77;PP=1613;ReadPosRankSum=-1.940;SC=ATACGTGTCATGTAGCCAATG;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=62;TCR=107;TR=122;WE=185984525;WS=185984507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,165:0.68:244
chr1	186022032	rs10911808	T	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=214;ReadPosRankSum=1.446;SC=TAAACTGTTATGAGAATTCTA;SOR=0.399;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=15;WE=186022040;WS=186022022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr1	186026474	rs12129650	T	C	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=783;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CTGCCTTCCATAACCTGGTTC;SOR=0.725;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=181;TCF=90;TCR=91;TR=62;WE=186026482;WS=186026464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,110:0.34:325
chr1	186030902	rs10737266	G	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=-0.535;SC=AATTTTTACCGAAATTGAGCA;SOR=1.199;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=10;WE=186030910;WS=186030892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr1	186031041	rs7522627	C	T	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,96:0.38:255
chr1	186039006	rs761905	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=211;ReadPosRankSum=0.605;SC=TTTATACTCACCATTAAAGAC;SOR=2.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=11;WE=186039014;WS=186038996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	186050417	rs10798035	A	G	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=471;ReadPosRankSum=0.684;SC=GCACTGATAGAGTGTTTATCC;SOR=0.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=37;WE=186050425;WS=186050407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,74:0.35:209
chr1	186055371	rs6425017	A	G	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.754;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=616;ReadPosRankSum=-3.458;SC=TATATTTACTATTATAGTTCC;SOR=1.305;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=37;WE=186055379;WS=186055361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,63:0.44:143
chr1	186057181	rs10911816	T	C	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.351;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.03;MQRankSum=-0.796;NF=37;NR=40;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.301;SC=CTTTTTCCCCTAGATATGCAA;SOR=0.575;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=214;TCF=95;TCR=119;TR=77;WE=186057189;WS=186057171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,135:0.39:345
chr1	186064760	rs1022671	A	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=11.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr1	186076224	.	C	CT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=1.231;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,18:0.17:106
chr1	186077463	rs1555495	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=4.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=357;ReadPosRankSum=-0.558;SC=GTTTGTAATTATCTAGGCTAT;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=35;TCR=0;TR=17;WE=186077471;WS=186077455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr1	186081918	rs7555520	C	T	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.463;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1061;ReadPosRankSum=1.259;SC=ATTTTAACGGCAAATTTCTTT;SOR=0.919;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=147;TCF=91;TCR=56;TR=73;WE=186081926;WS=186081908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,109:0.41:265
chr1	186086578	rs10157742	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.617;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,44:0.34:128
chr1	186089072	rs2891230	G	A	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=44;PP=1262;ReadPosRankSum=-0.363;SC=TTTATAATTCGAATCAGCATG;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=96;TCR=114;TR=82;WE=186089080;WS=186089062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,116:0.39:299
chr1	186089112	rs2383434	T	C	1895.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,110:0.37:300
chr1	186089363	rs10752962	C	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=158;ReadPosRankSum=0.981;SC=AATGATTATGCTGCTGTTCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=10;WE=186089371;WS=186089353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr1	186092076	rs2057388	A	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr1	186101539	rs10911825	A	G	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=3.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,52:0.35:147
chr1	186113931	rs3737941	T	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=252;ReadPosRankSum=-1.027;SC=ATTTGGTTCTTCAACCTTTGG;SOR=1.644;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=16;WE=186113939;WS=186113921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr1	186114441	rs12133166	G	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.025;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=628;ReadPosRankSum=1.757;SC=GCTGAGAAGAGACTTTTTTTT;SOR=1.362;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=21;WE=186114451;WS=186114431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr1	186114443	rs5779272	CT	C	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.020;HP=9;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.427;NF=12;NR=3;PP=649;ReadPosRankSum=1.101;SC=TGAGAAGAGACTTTTTTTTTA;SOR=1.586;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=15;WE=186114451;WS=186114431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr1	186135236	rs6425021	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=254;ReadPosRankSum=0.781;SC=TCTATAAGCAGTTATTTTTAC;SOR=1.011;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=18;WE=186135244;WS=186135226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr1	186141301	rs4651302	G	A	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=766;ReadPosRankSum=0.734;SC=AGATCAGTTTGCCGTCAACAA;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=153;TCF=62;TCR=91;TR=63;WE=186141309;WS=186141291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,111:0.40:279
chr1	186151493	rs16825040	C	G	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.298;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=577;ReadPosRankSum=0.642;SC=AGTTTTTTTTCAATAATCATT;SOR=1.138;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=104;TCF=31;TCR=73;TR=38;WE=186151501;WS=186151483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,56:0.37:150
chr1	186265948	rs1293987	T	A	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=31;PP=1517;ReadPosRankSum=2.305;SC=ATGAAAGAGCTGTTTTCTGAT;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=82;TCR=41;TR=90;WE=186265956;WS=186265938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,107:0.70:152
chr1	186270894	rs1547084	A	G	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,56:0.33:169
chr1	186273994	rs2273779	C	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=405;ReadPosRankSum=1.593;SC=TTCAACAATTCGGAAAATCAA;SOR=0.775;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=40;WE=186274002;WS=186273984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,72:0.31:235
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chr1	186292720	.	A	T	78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=78;QD=28.1928031368;SC=TTGCTAATTTAAAAAAACCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=186292728;WS=186292710;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
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chr1	186313249	rs2950829	A	G	5844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=105;PP=2965;SC=TATCAGAATAACAGATTTTCC;SOR=1.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=47;TCR=105;TR=152;WE=186313257;WS=186313239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	186315474	rs35942197	C	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=0.446;SC=TAAAGTCATACAATTATTTTC;SOR=0.859;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=14;WE=186315482;WS=186315464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr1	186316656	rs3753564	G	C	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=610;ReadPosRankSum=-1.291;SC=CTGTTATAAAGAGCTTATGAA;SOR=0.415;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=86;TCF=16;TCR=70;TR=38;WE=186316664;WS=186316646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr1	186319282	rs3766701	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=42;ReadPosRankSum=0.415;SC=AGGCTATTTACTGACAGGATA;SOR=0.086;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=186319290;WS=186319272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	186326757	rs3841803	TA	T	2143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.043;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.095;NF=3;NR=40;PP=1303;ReadPosRankSum=1.605;SC=CACTCTAATCTAAAAACAAAG;SOR=0.396;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=5;TCR=79;TR=43;WE=186326765;WS=186326747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,99:0.63:157
chr1	186329869	rs2026187	C	G	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=21;PP=1117;SC=AGTATTTCAACTCACTAACAA;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=186329877;WS=186329859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr1	186330643	rs10494586	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=2;PP=921;SC=TACCTAATTCTGTCCCAAATA;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=35;TCR=2;TR=36;WE=186330651;WS=186330633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	186330700	rs36117514	A	AG	2281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=2.107;QD=18.86;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,71:0.59:121
chr1	186352347	rs4651309	A	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.936;NF=5;NR=17;PP=311;ReadPosRankSum=0.731;SC=GCTAGAATCAAGAAGATTTAG;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=22;WE=186352355;WS=186352337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr1	186357523	rs1290390	T	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.51;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	186360656	rs35365127	CAAG	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=0.842;SC=AATAAGGTATCAAGAATGGGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=186360666;WS=186360646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	186360814	rs77026585	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=183;ReadPosRankSum=1.561;SC=TTTCCATGTTGTGTTTCTGTT;SOR=0.662;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=13;WE=186360822;WS=186360804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr1	186363119	rs12084264	C	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=-2.295;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr1	186363211	rs12728791	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.010;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=1.078;SC=CTGTTTCTGTTTTTATTTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=186363219;WS=186363201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	186367619	rs3766698	C	T	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=47;PP=1029;ReadPosRankSum=1.779;SC=TAACTATTAACAAAAACCTAA;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=91;TCF=17;TCR=74;TR=59;WE=186367627;WS=186367609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,73:0.66:111
chr1	186413714	rs11812050	G	C	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=394;ReadPosRankSum=-0.440;SC=ATTCTCAACCGAAGGAGTGTA;SOR=0.160;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=24;WE=186413722;WS=186413704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr1	186418600	rs12407957	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=412;ReadPosRankSum=0.346;SC=ATTTTAGGGACTGGATTTGAT;SOR=0.613;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=32;WE=186418608;WS=186418590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,41:0.38:108
chr1	186645488	rs4648276	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=-0.424;SC=TGTATATAGAATGTGTGAGTT;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=11;WE=186645496;WS=186645478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr1	186645927	rs2066826	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=83;ReadPosRankSum=0.036;SC=TGGGTATAAGCGGTAATAACT;SOR=0.387;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=8;WE=186645935;WS=186645917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr1	186649221	rs2745557	A	G	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=16;PP=883;SC=AGTTCTTTCGAACTCTAGCGG;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=186649229;WS=186649211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	186862388	rs41264626	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=2.112;SC=CCTGTTAGCTATAGTTGGAGT;SOR=0.665;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=23;WE=186862396;WS=186862378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr1	186901852	rs12720586	G	A	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=961;ReadPosRankSum=-1.720;SC=TGTATTTTATGATTTTTACTT;SOR=0.533;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=63;WE=186901860;WS=186901842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,103:0.64:162
chr1	186908385	rs2307200	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=0.180;SC=TCAATCTACACTGCTTTTATA;SOR=0.990;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=10;WE=186908393;WS=186908375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr1	186919732	rs4650709	A	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=5.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.482;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr1	186919993	rs969357	G	A	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.915;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=41;PP=904;ReadPosRankSum=-1.609;SC=GTAGCTTTCTGTTGAGAGAGA;SOR=0.961;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=51;WE=186920001;WS=186919983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,60:0.63:95
chr1	186925168	rs5007825	AG	GT	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=642;ReadPosRankSum=0.220;SC=CACCGTGCCCAGCCCAAAGAT;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=19;WE=186925177;WS=186925166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr1	186925194	rs5007824	T	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=601;ReadPosRankSum=0.322;SC=TTTAAACATGTATTTTGGAGT;SOR=0.900;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=30;WE=186925202;WS=186925184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr1	186925552	rs2307199	T	C	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=50;PP=1231;ReadPosRankSum=-1.047;SC=GCATTTTAATTATTATTAACA;SOR=1.042;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=113;TCF=28;TCR=85;TR=64;WE=186925560;WS=186925542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,70:0.58:120
chr1	186946638	rs2891262	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr1	186946641	rs2891263	C	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr1	186946912	rs2307198	G	A	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=63;PP=1919;SC=AGAAAGTACAGGGCTCCAGGT;SOR=1.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=96;WE=186946920;WS=186946902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	187610537	rs10159161	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.241;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	187610537	.	AC	GG	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=38;QD=22.8669687156;SC=GGGACAAAGAACCCCGTCTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=187610546;WS=187610527;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	187610538	rs10157977	C	G	304.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	187610698	rs10157987	C	A	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=48;PP=2357;SC=GAAACCATGCCCCCACCCCTA;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=134;WE=187610706;WS=187610688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr1	187610852	rs10159182	A	C,T	9256.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76,41;NR=82,42;PP=2573,999;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CCATGTGCCCATGGAATCTCC;SOR=0.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=118;TCR=125;TR=158,83;WE=187610860;WS=187610842;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.65,0.35:401
chr1	187611003	rs12076164	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=232;ReadPosRankSum=-0.940;SC=CAATATCAGCATTTAAGTTTA;SOR=0.203;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=18;WE=187611011;WS=187610993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr1	192128183	rs4454527	G	A	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=4;PP=886;SC=AAACATTTTCGTATGTTACCC;SOR=2.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=192128191;WS=192128173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	192129370	rs4329489	G	A	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=189;SC=TAATGTAAATGCAATTTTCAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=192129378;WS=192129360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	192153533	rs202046410	A	T	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=54;PP=1541;ReadPosRankSum=0.604;SC=CTCATGGAACAAGACAGTTAT;SOR=0.687;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=342;TCF=180;TCR=162;TR=118;WE=192153541;WS=192153523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,214:0.36:602
chr1	192778159	rs12130714	A	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=432;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GCTGCGACGCACGCCCAGCCG;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=29;WE=192778167;WS=192778149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr1	192780498	rs17647363	A	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=246;ReadPosRankSum=-1.918;SC=TTAACTCTGAATACCAAATAA;SOR=0.483;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=12;WE=192780506;WS=192780488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr1	193039658	.	CT	C	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.145;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr1	193051685	rs2275444	G	A	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	193051893	rs201236241	AT	A	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=1.432;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	193054088	rs72740218	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.38;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,50:0.83:60
chr1	193074371	rs10801175	A	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=317;ReadPosRankSum=2.577;SC=ACGCCGCGGCACTCCTGCCCG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=193074379;WS=193074361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr1	193074651	rs10921310	T	A	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=64;PP=2382;SC=GGTCACCTCCTCGCAGCTGAG;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=44;TCR=65;TR=108;WE=193074659;WS=193074641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	193090865	rs10737621	C	A	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=8.680;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.85;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,190:0.99:192
chr1	193094375	rs4466634	T	C	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	193104827	rs10921318	G	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=159;SC=TTTTTTTCTGGAAAAATTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=193104835;WS=193104817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	193111228	rs147167392	TGA	T	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.797;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr1	193150540	rs138446152	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=607;ReadPosRankSum=-0.336;SC=ATCCAGCTCTGCCTGGCAGCC;SOR=0.851;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=49;WE=193150548;WS=193150530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,61:0.34:182
chr1	193202001	rs10921328	C	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=377;SC=CCACTGCACTCTAGCCTGGGC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=193202009;WS=193201991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	193202032	rs201897186	C	CA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.202;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr1	193205272	rs3738244	T	A	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=33;PP=2017;SC=ATAAGACTCTTTCACATGAAT;SOR=1.398;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=75;TCR=35;TR=108;WE=193205280;WS=193205262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	196227526	rs977157	A	G	4438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=50;PP=1736;SC=GGTCCGACTGATCACTGGATG;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=89;WE=196227534;WS=196227516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	196242764	rs558895	T	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=35;PP=977;SC=ATTTCTCGTATGGCTTTTGAA;SOR=2.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=196242772;WS=196242754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	196251522	rs2477357	T	C	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	196254970	rs2477360	C	T	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=83;PP=2331;ReadPosRankSum=-0.796;SC=TGTTGACATACGTAAAAAGTT;SOR=0.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=31;TCR=84;TR=114;WE=196254978;WS=196254960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr1	196303297	rs35078847	TAG	T	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.20;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	196311513	rs6658788	G	A	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=40;PP=1074;SC=GTCTGAAGATGACATTATATG;SOR=3.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=196311521;WS=196311503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	196398619	rs1538684	T	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=4;PP=976;SC=GTTAGATAAATAAGCCACTTT;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=196398627;WS=196398609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	196398974	rs12121250	T	A	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=28;PP=727;SC=CCAAAGCACATTTCATAAAGC;SOR=4.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=29;WE=196398982;WS=196398964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	196461513	rs4607811	C	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=283;SC=ATGCAAGCAACCATATCTTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=196461521;WS=196461503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	196654324	rs1061147	A	C	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1226;ReadPosRankSum=-0.308;SC=GAAATACAGCAAAATGCACAA;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=301;TCF=148;TCR=153;TR=93;WE=196654332;WS=196654314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,190:0.33:569
chr1	196658497	rs482934	G	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr1	196658905	rs12029785	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TATTATGAGGGTTTCTTCTTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=196658913;WS=196658895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	196659237	rs1061170	C	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=542;ReadPosRankSum=-0.945;SC=TAATCAAAATCATGGAAGAAA;SOR=0.785;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=35;WE=196659245;WS=196659227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,54:0.36:150
chr1	196684625	rs203674	G	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=188;ReadPosRankSum=2.391;SC=TTTATTAGTAGATCTAATCAA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=11;WE=196684633;WS=196684615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	196695742	rs3753396	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=-1.216;SC=ATAAAATTCAATGTGTTGATG;SOR=0.718;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=26;WE=196695750;WS=196695732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,41:0.34:122
chr1	196705926	rs375046	C	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr1	196709774	rs1065489	G	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=408;ReadPosRankSum=-0.022;SC=CTCCACCTGAGATTTCTCATG;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=41;WE=196709782;WS=196709764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,61:0.34:182
chr1	196712577	rs513699	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=4.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-22.094;QD=1.80;ReadPosRankSum=-4.286;SOR=1.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:438,53:0.11:491
chr1	196712586	rs61822181	C	T	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=3.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-18.482;QD=2.49;ReadPosRankSum=-5.337;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:468,80:0.15:548
chr1	196743927	rs385390	A	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=419;ReadPosRankSum=0.041;SC=TAAATTCAGAACCACACTTGG;SOR=0.432;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=36;WE=196743935;WS=196743917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,46:0.37:124
chr1	196743964	rs446868	C	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=688;ReadPosRankSum=-0.356;SC=ATTTCAAACCCCAAACAGTGC;SOR=0.724;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=53;WE=196743972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,83:0.38:216
chr1	196757258	rs400642	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.776;NF=6;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=-0.575;SC=TTCATTGTTTCGCCATATTGC;SOR=1.002;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=196757266;WS=196757248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr1	196757392	rs400344	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.290;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.155;NF=23;NR=9;PP=359;ReadPosRankSum=-0.714;SC=GATTCATTTCCGAATCTTCCT;SOR=0.223;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=32;WE=196757400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,18:0.17:106
chr1	196757874	rs387111	G	A	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-4.262;QD=9.55;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,59:0.28:208
chr1	196757881	rs387107	G	T	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-4.278;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,62:0.28:220
chr1	196758778	rs384032	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.219;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.619;NF=20;NR=11;PP=416;ReadPosRankSum=2.154;SC=TTTAAGCTCCGTGACACATTG;SOR=0.992;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=31;WE=196758786;WS=196758768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,55:0.43:127
chr1	196762665	rs1846241	G	A	8751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-1.644;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.583;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,434:0.57:763
chr1	196794519	rs442759	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=1.619;SC=GAAAGAAAAACACTATAAGTG;SOR=0.892;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=9;WE=196794527;WS=196794509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
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chr1	196794909	rs409549	G	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=613;ReadPosRankSum=0.825;SC=GACCAAAGAAGCTGGAAAGAT;SOR=0.514;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=99;TCF=27;TCR=72;TR=40;WE=196794917;WS=196794899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,51:0.43:119
chr1	196796184	rs399507	G	A	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=4.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.387;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,83:0.43:194
chr1	196796240	rs438781	T	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=403;ReadPosRankSum=-0.621;SC=TACTTTTATCTTTATTCATTT;SOR=0.352;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=28;WE=196796248;WS=196796230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,34:0.44:77
chr1	196797123	rs677961	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=6.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-6.642;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.691;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,44:0.33:133
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chr1	196801078	rs414628	A	T	3408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.708;NF=58;NR=76;PP=1501;ReadPosRankSum=-1.297;SC=ACACATTGCGAACAACATGTT;SOR=0.798;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=425;TCF=195;TCR=230;TR=134;WE=196801086;WS=196801068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:464,211:0.31:675
chr1	196801190	rs390679	C	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=10.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=0.911;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=1.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,51:0.29:177
chr1	196874356	rs10801578	G	T	9047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=92;PP=2965;SC=CAACAGCAGAGGGAAATTCTT;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=111;TCR=92;TR=203;WE=196874364;WS=196874346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	196884074	rs201089095	A	AT	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.66;MQRankSum=-2.011;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.545;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,24:0.21:113
chr1	196884258	rs150845796	A	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.56;MQRankSum=-6.370;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,75:0.30:253
chr1	196884290	rs200244837	T	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.25;MQRankSum=-6.347;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,37:0.29:129
chr1	196887274	rs3795341	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.526;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr1	196920178	rs3828032	C	T	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=760;ReadPosRankSum=0.787;SC=ATGTTGTTCTCTCAGATGCTG;SOR=0.773;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=150;TCF=60;TCR=90;TR=53;WE=196920186;WS=196920168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,99:0.39:251
chr1	196926956	rs3748556	C	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.123;SOR=1.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,46:0.37:125
chr1	196926973	rs3748555	C	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.984;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=829;ReadPosRankSum=0.585;SC=CTTATTTGAACTTGTATTTTT;SOR=1.106;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=117;TCF=83;TCR=34;TR=49;WE=196926981;WS=196926963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,61:0.35:172
chr1	196946869	rs3748557	T	A	5297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=75;PP=2080;SC=TGAAAACAGATCCGAATATTT;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=127;WE=196946877;WS=196946859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	196952268	rs45489701	C	T	9484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=144;PP=2965;SC=AAGGATGTGCCGGACAAGATC;SOR=0.933;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=103;TCR=145;TR=247;WE=196952276;WS=196952258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr1	197026672	rs1759009	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=281;SC=AATATTCATCATGTCAAGCAT;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=197026680;WS=197026662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	197030201	rs5997	T	C	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=68;PP=1503;SC=GAGCCAAACATGTTTCTAAAA;SOR=1.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=22;TCR=68;TR=90;WE=197030209;WS=197030191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	197031021	rs6003	C	T	9138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=103;PP=2965;SC=GCAACCATAACGCATGTTCTC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=195;TCF=91;TCR=104;TR=192;WE=197031029;WS=197031011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr1	197053373	rs12677	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=6;PP=364;SC=AGTTGTACACGGAGAGCAAAA;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=197053381;WS=197053363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	197053561	rs200839523	T	TA	432	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.552;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr1	197055925	rs10754213	T	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	197059878	rs4915315	G	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=0;PP=230;SC=CGGCTAATGCGTTAGCTTTTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=197059900;WS=197059868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	197059892	rs10754214	A	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=347;SC=GCTTTTTAAAATGGTAACTAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=197059900;WS=197059868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	197059928	rs4915316	A	G	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=6;PP=705;SC=GATATCATGTAGATGAATTGC;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=197059936;WS=197059918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	197063352	rs41304071	C	T	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=47;PP=1488;SC=ATTACTTTAACTTATTCAATG;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=197063360;WS=197063342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	197070442	rs3762271	G	T	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=15;PP=516;SC=GTTGCTCTAAGGTGGAGATAA;SOR=0.743;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=31;WE=197070450;WS=197070432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	197070697	rs41310927	T	C	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	197070707	rs41308365	G	A	5590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	197070815	rs1412640	T	C	6290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=73;PP=2965;SC=TTTCTCTTTGTAATTTTGCAG;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=94;TCR=73;TR=167;WE=197070823;WS=197070805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	197070901	rs964201	A	G	7171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=90;PP=2965;SC=TATGTTCTGTACATCCTGAAA;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=83;TCR=91;TR=173;WE=197070909;WS=197070891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr1	197072420	rs41310925	T	C	5411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=52;PP=2965;SC=TCCACTTCTTTTGTTGCACAT;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=91;TCR=53;TR=143;WE=197072428;WS=197072410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	197073932	rs2878749	T	C	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=41;PP=1425;SC=TATAAATATATTTCCGTAATT;SOR=1.116;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=197073940;WS=197073922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	197091537	rs4915337	A	T	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=47;PP=2304;SC=ATGCTTTAAGAGACATATCCA;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=116;WE=197091545;WS=197091527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	197091808	rs61819088	T	C	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=64;PP=1928;SC=CTGTGAATAATAAAGGCAGAG;SOR=2.948;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=12;TCR=66;TR=76;WE=197091816;WS=197091798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	197097751	rs113161395	A	G	3618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.308;NF=48;NR=76;PP=1855;ReadPosRankSum=1.259;SC=CACCTTCACCACTTAGGAAAT;SOR=0.825;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=202;TCF=81;TCR=121;TR=124;WE=197097759;WS=197097741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,177:0.57:309
chr1	197097891	rs150344996	AAAAT	A	602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=40.18;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	197101303	rs3737110	C	A	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=242;SC=TCAAGCTAACCTAATGACTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=197101311;WS=197101293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	197104149	rs35659894	TA	T	378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=443;SC=TATGTATAATTAAAGAATGAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=197104157;WS=197104139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	197109042	rs1332663	C	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=157;SC=CATTAAAATACAAATTCCCTA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=197109050;WS=197109032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	197112533	rs6677082	G	A	6340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=67;PP=2965;SC=TAACATTTACGGAATTAAAGG;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=152;WE=197112541;WS=197112523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	197113073	rs1571964	G	A	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=13;PP=712;SC=ATCACAGAATGGTTAAAACAT;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=197113081;WS=197113063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	197141243	rs6428389	A	C	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.37;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr1	197147471	rs61819118	A	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=231;SC=AATTCAACAAAGTAATAAGAA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=197147479;WS=197147461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	197316435	rs1337167	T	C	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=37;PP=2436;SC=TCAATATGACTAAGAGTTGAC;SOR=1.365;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=83;TCR=37;TR=120;WE=197316443;WS=197316425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	197325908	rs2786098	T	G	4956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.03;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr1	197390368	rs3902057	A	G	8473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=96;PP=2965;SC=TCAGCTGCCTATGTCCATCTG;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=84;TCR=96;TR=180;WE=197390376;WS=197390358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	197398086	rs7534863	A	G	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=572;ReadPosRankSum=-0.943;SC=AAATAATAATACTATGTCTCT;SOR=0.497;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=41;WE=197398094;WS=197398076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,56:0.55:101
chr1	197407942	rs980371	A	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=361;SC=TTCAGACAGAATGAAACAATA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=197407950;WS=197407932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	197446702	rs1135810	G	T	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.630;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=24;PP=1299;ReadPosRankSum=1.043;SC=AGCTTGCTCTGGTTGGTCTTC;SOR=1.013;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=81;WE=197446710;WS=197446692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,116:0.63:185
chr1	197480927	rs12142127	C	T	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.56;ReadPosRankSum=-1.289;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,95:0.60:158
chr1	197482167	rs2013617	C	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=18;PP=484;SC=AATGTGATTTCATAAGAAACA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=197482175;WS=197482157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	197510025	rs3902061	G	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=449;SC=TTCTAATTTGGAAGTATAAAC;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=197510033;WS=197510015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	197510299	rs3850628	G	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=180;SC=TCAGGGATACGCATATCACTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=197510307;WS=197510289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	197515253	rs11276673	ATGTTCAG	A	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=280;SC=AAATTATTTCATGTTCAGTGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=197515267;WS=197515243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	197515715	rs4303099	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=258;SC=AACTATAAACGTAAAATAAGA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=197515723;WS=197515705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	197515777	rs4316386	A	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=10;PP=618;SC=TCAAATAAACAGCATAAGTAT;SOR=1.501;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=34;WE=197515785;WS=197515767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	197515981	rs10922249	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr1	197576307	rs11411505	A	AT	702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=575;SC=TTCACTCTCTATAAAAAAAAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=197576315;WS=197576297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	197576350	rs75687955	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=1.437;SC=ATATTTACTTTACAAAGTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=197576358;WS=197576340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	197741951	rs2477067	C	A	1902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=28;PP=1125;SC=GATCTTGTCCCAAAAAAAAGA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=197741959;WS=197741941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr1	197742171	rs2488396	C	T	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=17;PP=437;SC=ATACATTTCACGTGACTGTAT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=197742179;WS=197742161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	197744098	rs117405403	G	C	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=157;SC=GCCTAGCGCCGTCCCGCCGGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=197744106;WS=197744094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	197874949	rs2270763	T	C	3631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1665;ReadPosRankSum=1.129;SC=ACTATGTGGATCCAGCTACTG;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=94;TCR=66;TR=104;WE=197874957;WS=197874939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,170:0.65:262
chr1	197876393	rs188118779	A	T	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=825;ReadPosRankSum=1.120;SC=TGTATTTTTTAAAAAATAAAG;SOR=0.832;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=55;WE=197876401;WS=197876383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,90:0.73:124
chr1	197876533	rs1546244	C	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=308;SC=GCACATTGATCGTTATTTTCC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=197876541;WS=197876523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	197881578	rs373709678	G	C	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.981;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=306;ReadPosRankSum=1.484;SC=TGGGGAAGCCGGGCCGTACCG;SOR=1.009;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=23;WE=197881586;WS=197881568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,30:0.36:84
chr1	197890422	rs12122995	C	G	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=44;PP=2900;SC=TGACTCAACTCTTTCCTTCCA;SOR=1.393;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=146;TCF=99;TCR=47;TR=143;WE=197890430;WS=197890412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr1	197890802	rs13376365	T	C	5545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=85;PP=2409;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GTGCCTCCTATCCTCACCCCC;SOR=0.604;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=85;TCR=134;TR=139;WE=197890810;WS=197890792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,250:0.68:369
chr1	197896728	rs12046958	T	C	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.320;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=541;ReadPosRankSum=1.126;SC=CAGGTTGTAATGAGAATGAGG;SOR=0.454;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=119;TCF=93;TCR=26;TR=49;WE=197896736;WS=197896718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,57:0.36:157
chr1	197898023	rs10664707	C	CA	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.584;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr1	197898395	rs111260868	G	GT	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=2.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,45:0.20:222
chr1	197901206	.	C	CA	43	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=21;MQ=62.13;NF=0;NR=5;PP=43;QD=11.4;SC=TTTATTAAGCCAAAAAAAAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=197901214;WS=197901196;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,5:0.42:12
chr1	198225339	rs115377846	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=2.965;SC=TAATGAGATACCATCCAGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=198225347;WS=198225329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	198498325	.	A	AAT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr1	198691478	.	A	AAT	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=19;MQ=60.33;NF=0;NR=2;PP=51;QD=30.0;SC=TGTGATATATAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=2;WE=198691486;WS=198691468;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,2:0.15:13
chr1	198701289	rs1932433	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=128;ReadPosRankSum=-1.434;SC=ATCTTAATTTTGATTACTCTA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=198701297;WS=198701287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	198723642	.	C	CCCTTT	1159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.509;QD=24.68;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr1	200080464	.	CA	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr1	200143064	rs3034024	CTTTT	C	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.26;ReadPosRankSum=0.912;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr1	200143281	rs1060060	C	T	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=520;ReadPosRankSum=-2.336;SC=AGCACCTGAACGGGGATGTGC;SOR=0.643;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=43;WE=200143289;WS=200143271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,91:0.37:247
chr1	200143442	rs1060061	T	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=-1.493;SC=CTGCTCCAAGTAACGCTAATT;SOR=0.180;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=14;WE=200143450;WS=200143432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr1	200182654	rs6427805	T	C	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	200182664	rs6427806	C	T	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.25;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	200182721	rs61826220	G	C	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.61;ReadPosRankSum=2.074;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr1	200182725	rs76632737	G	A	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.54;ReadPosRankSum=1.912;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr1	200182732	rs116503230	AC	GT	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.806;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.95;ReadPosRankSum=1.983;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,51:0.59:87
chr1	200182746	rs189992968	G	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=1348;ReadPosRankSum=0.476;SC=CGGAGAGGACGCCAGAGAGGG;SOR=0.916;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=29;WE=200182754;WS=200182711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,43:0.38:113
chr1	200182799	rs114847764	G	A	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.162;NF=19;NR=15;PP=461;ReadPosRankSum=0.443;SC=GCGTGGCGAGGTTCATCATGG;SOR=0.591;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=34;WE=200182807;WS=200182789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr1	200182834	rs12028402	A	G	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=35;SC=CTAGGGATGCAGTCCATTCCC;SOR=1.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=107;WE=200182842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	200183398	rs10919847	C	A	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=50;PP=1576;SC=ATCATTGATACTATTGTGTCT;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=200183406;WS=200183388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
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chr1	200544650	rs35571944	TAC	T	2004.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.142;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=1261;ReadPosRankSum=0.911;SC=ATATACAATTTACACACACAC;SOR=0.275;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=36;WE=200544661;WS=200544640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,76:0.66:116
chr1	200549590	rs10753877	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=-1.036;SC=TGGGGTAGAATAATTTCCCTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=200549598;WS=200549580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	200555482	rs6691410	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=1.579;SC=ATTTATATACCCCATAACATT;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=200555490;WS=200555472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr1	200558363	rs6665951	T	C	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=481;ReadPosRankSum=-1.617;SC=TAGCCAATGTTTCCATTTCTA;SOR=0.673;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=38;WE=200558371;WS=200558353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,56:0.37:151
chr1	200567596	rs2809358	T	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=1.358;SC=CAGTATGAAATTGTTAAATTC;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=200567604;WS=200567586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	200569392	rs2809357	C	A	5740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=55;PP=2965;SC=TAAGGAAGGTCGGAAAAATAC;SOR=1.195;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=102;TCR=55;TR=156;WE=200569400;WS=200569382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr1	200574959	rs2808238	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=113;ReadPosRankSum=0.593;SC=ATGCTCTTTCTATCTAGTGAA;SOR=0.293;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=10;WE=200574967;WS=200574949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr1	200575744	rs10577607	CTAAA	C	1165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GGGTAGAAGGCTAAATAAATA;SOR=1.280;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=23;WE=200575755;WS=200575734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr1	200575794	rs2794410	A	G	1952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=22;PP=1217;ReadPosRankSum=0.161;SC=CAATGAGAATACAATAAAGAT;SOR=0.946;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=72;WE=200575802;WS=200575784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,88:0.58:152
chr1	200578093	rs2794409	G	A	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=19;PP=600;SC=AATTTATTTTGATGTTTTGCA;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=200578101;WS=200578083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	200583380	rs2808241	T	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.144;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=188;ReadPosRankSum=-2.091;SC=TGGCCATGACTGATTTGAACT;SOR=2.030;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=16;WE=200583388;WS=200583370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr1	200594240	rs2809350	G	A	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=54;PP=1464;SC=GAGGTATTAGGTGATCTCAAT;SOR=2.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=63;WE=200594248;WS=200594230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	200610525	rs5780032	TA	T	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr1	200618238	rs6665604	T	C	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=21;PP=769;SC=GCGACTTCTCTGAATGTATAG;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=49;WE=200618246;WS=200618228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	200619530	rs2809365	T	C	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=14;PP=1078;SC=CCATAAAACATAGTTAACTGC;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=200619538;WS=200619520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	200816513	.	G	GT	419	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=7;HapScore=3;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=59.45;NF=0;NR=7;PP=419;QD=62.8571428571;SC=AATATCCAGGGTTTTTTTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=7;WE=200816529;WS=200816503;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:23,7:0.23:30
chr1	200816521	rs2172666	G	T	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.47;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	200816658	rs2131834	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=5;PP=245;SC=TATGTACCTATTTAATTTGTA;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=200816666;WS=200816648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	200819424	rs150601775	AT	A	920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=30;PP=441;ReadPosRankSum=-0.651;SC=TGTGTTGGATATTTTTTTTTT;SOR=0.927;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=3;TCR=57;TR=32;WE=200819432;WS=200819414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,57:0.65:88
chr1	200824978	rs61825260	C	T	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.51;ReadPosRankSum=2.083;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr1	200824980	rs2029752	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.21;ReadPosRankSum=2.864;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr1	200824981	rs2029753	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.24;ReadPosRankSum=3.146;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr1	200843305	rs3738250	G	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-1.292;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
chr1	200867492	rs2271018	C	G	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,78:0.60:129
chr1	200877786	rs2279837	T	C	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.599;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=694;ReadPosRankSum=0.695;SC=GCATGGGCTGTGGTTTGTGGA;SOR=0.205;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=50;WE=200877794;WS=200877776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr1	200880978	rs296520	C	T	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=29;PP=834;SC=GTGGGAGCTGCGCCGCGCAGC;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=200880986;WS=200880968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	200881172	rs296521	C	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.247;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.840;NF=17;NR=17;PP=400;ReadPosRankSum=-0.082;SC=GGAGCACCCGCCCCCACTCAC;SOR=0.251;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=34;WE=200881180;WS=200881162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr1	200942539	.	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.504;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=196;ReadPosRankSum=1.311;SC=GAGGGGGCCACGCCCTCTGTC;SOR=0.275;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=12;WE=200942547;WS=200942529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr1	200943793	rs71991687	CAGGA	C	7409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=33;PP=2970;SC=CTGCCCACACCAGGAAGGAGA;SOR=1.459;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=77;WE=200943804;WS=200943783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	200944840	rs296563	T	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=-0.092;SC=AGTGGGAGGATGGAAGGCAGG;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=13;WE=200944848;WS=200944830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr1	200950292	.	C	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=405;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CTGATCAAGGCACGTGTGTGG;SOR=0.625;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=23;WE=200950300;WS=200950282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr1	200956404	.	A	AT	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.686;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr1	200957691	rs2297912	G	C	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=108.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,62:0.55:113
chr1	200960307	rs2297909	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=-0.142;SC=AGAGGGAGCCGGTGAGCAGGG;SOR=0.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=14;WE=200960315;WS=200960297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr1	200965601	rs10920088	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-1.685;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr1	200967490	rs10920089	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=13.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.024;SOR=3.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr1	200969983	rs6656481	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.460;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr1	200971526	rs57886383	T	TG	919.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.349;NF=1;NR=13;PP=263;ReadPosRankSum=-0.019;SC=AGCTCGCGGTTGGGGGGGTAA;SOR=0.489;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=55;TCF=2;TCR=53;TR=14;WE=200971534;WS=200971516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,44:0.36:122
chr1	200972983	rs74846840	G	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.432;SC=CAGGGTAGAGGTCCTGCTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=200972991;WS=200972973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr1	200974888	rs11584527	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr1	201009556	rs1546416	A	G	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=60;PP=2314;SC=GAGCCCACCAATGAGCAAAAT;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=122;WE=201009564;WS=201009546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	201009897	rs6427875	T	C	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=26;PP=649;SC=CCAGGAGCCCTGAGTCAACAG;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=201009905;WS=201009887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr1	201010862	rs6675915	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=32;PP=896;SC=GGCTGACGTTTCCACCACTGT;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=201010870;WS=201010852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	201012484	rs13374149	C	T	3866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=68;PP=1959;ReadPosRankSum=1.035;SC=GGTATTGGCACGAGCCAGGGG;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=213;TCF=97;TCR=116;TR=124;WE=201012492;WS=201012474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,179:0.58:306
chr1	201017602	rs7535428	T	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	201020105	rs6702590	A	G	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=21;PP=1096;SC=GGCCCTCAGCATCTCACCAGG;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=61;WE=201020113;WS=201020095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	201021619	rs12029212	C	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=481;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CTCCAGTGCACATTAGAACAG;SOR=0.627;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=27;WE=201021627;WS=201021609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr1	201022376	rs56183942	G	A	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=-3.568;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,130:0.42:313
chr1	201030668	rs2297904	G	A	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=39;PP=904;ReadPosRankSum=-0.945;SC=GGGAAGGATGGGCTTTATCCC;SOR=1.204;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=48;WE=201030676;WS=201030658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr1	201030988	rs61614423	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=641;ReadPosRankSum=0.363;SC=GCAGTAGCACCGTGGGGGCTG;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=35;WE=201030996;WS=201030978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,39:0.58:67
chr1	201031307	rs2297903	A	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=-0.084;SC=GGGGAGTGTGAAGGAGAAATG;SOR=0.247;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=8;WE=201031315;WS=201031297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	201035087	rs113792034	G	A	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1339;ReadPosRankSum=2.374;SC=GGGACAGAGGGGCCAATGGGG;SOR=0.652;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=79;WE=201035095;WS=201035077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,124:0.61:203
chr1	201038501	rs17420160	T	C	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=837;ReadPosRankSum=1.637;SC=GAAACTCTGATGCTTGTAGCC;SOR=0.581;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=58;WE=201038509;WS=201038491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,94:0.70:135
chr1	201042153	rs3767506	C	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=-0.054;SC=AAAGCTCCCACGGGGCAAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=20;WE=201042161;WS=201042143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr1	201042618	rs9333652	G	A	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.08;SOR=2.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	201044748	rs1998721	A	G	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=79;PP=2485;SC=CAGTACCTGTATGGAGGGAGG;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=148;WE=201044756;WS=201044738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	201047075	rs4915477	A	G	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=52;PP=1902;ReadPosRankSum=1.839;SC=GTGTCATGGCACCCGACTCCA;SOR=0.594;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=196;TCF=116;TCR=80;TR=124;WE=201047083;WS=201047065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,196:0.63:312
chr1	201047135	rs16847674	G	A	6786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=80;PP=2778;ReadPosRankSum=-0.089;SC=AGTCGAAGCGGTTGAAGATAG;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=274;TCF=148;TCR=126;TR=176;WE=201047143;WS=201047125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,319:0.62:517
chr1	201060865	rs2296383	G	A	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,166:0.62:269
chr1	201079458	rs1325309	T	A	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=51;PP=1256;ReadPosRankSum=0.920;SC=GTTAAGGGGATGAGGGCGCTG;SOR=0.933;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=129;TCF=45;TCR=84;TR=74;WE=201079466;WS=201079448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,132:0.62:214
chr1	201081283	rs112984935	AC	A	1139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.108;NF=13;NR=19;PP=337;ReadPosRankSum=1.264;SC=CATGACGCACACCCCCCCCCA;SOR=0.935;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=32;WE=201081291;WS=201081273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr1	201081299	rs113558244	C	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.879;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.304;NF=30;NR=19;PP=567;ReadPosRankSum=0.840;SC=CCCCACGGCCCGGGCCCTGAA;SOR=1.092;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=49;WE=201081307;WS=201081289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,60:0.38:160
chr1	201081550	rs116071603	G	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=355;ReadPosRankSum=1.812;SC=CCCGCCTTGGGGACTAGGCTG;SOR=0.567;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=21;WE=201081558;WS=201081540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr1	201112981	rs8158	A	G	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=557;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GTTGCTCAGTATATGCATCCG;SOR=1.032;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=35;WE=201112989;WS=201112971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,70:0.60:116
chr1	201113118	rs3738266	A	G	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=32;PP=1104;SC=CCATTATCTGAGGCCAGGGCT;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=59;WE=201113126;WS=201113108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	201116018	rs3752979	C	G	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=47;PP=1366;SC=AGGGCCACCACGTCTTAGAGC;SOR=1.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=68;WE=201116026;WS=201116008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	201120730	rs2068152	C	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AGACAGTTGACAACTATGAAA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=201120738;WS=201120721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	201122784	rs6684980	C	T	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=693;ReadPosRankSum=-0.030;SC=CTCTGTGCCCCACCCTTCCTC;SOR=0.936;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=46;WE=201122796;WS=201122774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,65:0.59:110
chr1	201122947	rs1925361	T	G	5251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=66;PP=2162;ReadPosRankSum=1.215;SC=GGCCGTGCACTGTGGTCGTGA;SOR=0.279;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=121;WE=201122955;WS=201122937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr1	201123019	rs147736242	C	T	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,69:0.32:218
chr1	201162360	rs12069088	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=1.262;SC=AAAGCAATTCCATTTCTGTTC;SOR=0.427;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=13;WE=201162368;WS=201162350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr1	201162411	rs12089471	G	A	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=26;PP=1005;SC=AGTCAAAGAGGAGGCAGAACT;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=201162419;WS=201162401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	201162643	rs10800761	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=0.961;SC=ACAGTGACGCGATCTCAGCTC;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=5;WE=201162651;WS=201162633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr1	201163191	rs1107128	G	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr1	201166383	rs4915221	G	A	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=832;ReadPosRankSum=-1.361;SC=GATCTGTACCGCTGCACAGCA;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=73;TCR=85;TR=63;WE=201166391;WS=201166373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,109:0.41:265
chr1	201166435	rs11589317	T	C	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=64;PP=1724;SC=TGAGACTCACTGTCATCGAAG;SOR=0.901;Source=Platypus;TCF=41;TR=104;WE=201166443;WS=201166425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	201170772	rs10157730	A	G	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=10;PP=704;SC=ATGGTACCAGAGCCTATGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=201170780;WS=201170762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	201170824	rs10158976	C	G	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=29;PP=1148;SC=AGCTCTCCTGCTGGGTGTTTG;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=201170832;WS=201170814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	201171007	rs10800762	T	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=620;SC=CAGGGATGCTTCAGGTCTAGT;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=201171015;WS=201170997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	201173104	rs832160	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.673;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr1	201174204	rs12725611	C	T	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=29;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.865;SC=CCTATTTCCCCGGCAGCCATC;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=79;WE=201174212;WS=201174194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,126:0.63:200
chr1	201175227	rs832156	C	A	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=31;PP=1150;ReadPosRankSum=-1.085;SC=AGGATAAAGACCTTCAGTCCA;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=75;WE=201175235;WS=201175217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,110:0.62:176
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chr1	201176968	rs12063867	A	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=569;ReadPosRankSum=0.386;SC=TCCAGGAGAAATGGGGTCCGG;SOR=0.444;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=39;WE=201176976;WS=201176958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,50:0.71:70
chr1	201177246	rs72751165	T	C	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.211;SC=ATTCAGATGGTGGCCTAGGGA;SOR=0.623;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=147;TCF=74;TCR=73;TR=91;WE=201177254;WS=201177236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,130:0.63:206
chr1	201177278	rs7551098	C	T	2846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=1291;ReadPosRankSum=0.416;SC=ACAGGGTCTGCGGGTAGAGGT;SOR=0.808;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=144;TCF=66;TCR=78;TR=85;WE=201177286;WS=201177268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,135:0.61:222
chr1	201177538	rs7551538	G	T	3819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=42;PP=1751;ReadPosRankSum=-1.295;SC=ATGCCCTGGTGCTAAGGCCTC;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=150;TCF=86;TCR=64;TR=100;WE=201177546;WS=201177528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,171:0.67:254
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chr1	201178667	rs199718718	C	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=7.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-8.505;QD=2.92;ReadPosRankSum=-6.224;SOR=1.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,29:0.13:216
chr1	201178680	.	A	G	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=5.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-7.886;QD=3.60;ReadPosRankSum=-3.370;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,49:0.19:263
chr1	201178866	.	A	G	1436	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=22;MQ=53.51;NF=24;NR=43;PP=1436;QD=21.9518091425;SC=TAGGTTCAGGAAGTAAGGCAG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=211;TCF=87;TCR=124;TR=67;WE=201178874;WS=201178856;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:144,67:0.32:211
chr1	201178904	.	A	G	1435	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MMLQ=21;MQ=48.55;NF=39;NR=45;PP=1435;QD=17.4972763398;SC=GGGGGTTCTGAAGAAATGGGG;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=181;TCF=73;TCR=108;TR=84;WE=201178912;WS=201178894;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:97,84:0.46:181
chr1	201178924	.	AAG	GAA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=17;MQ=46.27;NF=42;NR=41;PP=2944;QD=20;SC=GTCAGTGAATAAGGCAGGTTA;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=172;TCF=75;TCR=97;TR=83;WE=201178934;WS=201178914;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:89,83:0.48:172
chr1	201181217	rs12070918	A	G	4847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=-1.012;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,234:0.58:402
chr1	201181223	rs12070919	A	G	14913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.19;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr1	201181920	rs12060924	G	T	3313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=43;PP=1384;ReadPosRankSum=0.434;SC=AAAACCAGGGGTTTAGCCAAG;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=98;TCR=74;TR=101;WE=201181928;WS=201181910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,164:0.55:300
chr1	201182779	rs2282413	A	G	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=66;PP=1497;ReadPosRankSum=-0.501;SC=GCTGGCTCCCATGGGCTAGAG;SOR=0.858;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=149;TCF=50;TCR=99;TR=97;WE=201182787;WS=201182769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,140:0.64:220
chr1	201183363	rs2282415	C	T	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=753;ReadPosRankSum=-1.634;SC=CGGGGGAGGCCGCCACACTCT;SOR=0.612;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=54;WE=201183371;WS=201183353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,93:0.63:148
chr1	201183402	rs1568810	T	C	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=858;ReadPosRankSum=1.324;SC=ACCTGGGACCTGGCACCTGGT;SOR=0.677;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=63;WE=201183410;WS=201183392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,132:0.66:199
chr1	201184097	rs4915496	G	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,62:0.33:190
chr1	201184275	rs2275673	C	T	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=760;ReadPosRankSum=0.940;SC=CCACCCTGACCGTCCAGGGTA;SOR=0.554;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=47;WE=201184283;WS=201184265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr1	201187764	rs10920144	T	C	6679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=66;PP=2324;SC=CATCGGATGCTGTCTTTGCTC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=71;TCR=66;TR=137;WE=201187772;WS=201187754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	201187828	rs3738268	T	C	4307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=64;PP=1787;SC=GAGGTGAGCATGGGATAGCCC;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=119;WE=201187836;WS=201187818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	201187954	rs6667020	C	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=581;SC=TGAGCCACATCTTAGGGGCCC;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=201187962;WS=201187944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	201190732	rs3738269	G	A	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=865;ReadPosRankSum=-0.727;SC=CGTGCCATGTGGGCACCGTGC;SOR=0.663;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=183;TCF=92;TCR=91;TR=68;WE=201190740;WS=201190722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,103:0.40:255
chr1	201193668	rs6687494	G	T	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=2;PP=691;SC=TTTTCTTGTCGACGTTGTGTT;SOR=4.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=26;WE=201193676;WS=201193665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	201195119	rs3738270	C	T	7806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=83;PP=2690;ReadPosRankSum=0.559;SC=CGACCGCATCCACACCAACCG;SOR=0.565;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=301;TCF=171;TCR=130;TR=185;WE=201195127;WS=201195109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,369:0.63:586
chr1	201195296	rs3738271	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=480;ReadPosRankSum=-0.100;SC=TGGGGGTTGCGCTCTGCAATG;SOR=1.027;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=7;TCR=62;TR=29;WE=201195304;WS=201195286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr1	201197331	rs3753971	G	A	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=4;PP=1041;SC=ATGGTTCCCCGAGGGGCCAGC;SOR=3.417;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=201197339;WS=201197321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	201282167	rs1772860	C	G	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=15;PP=1796;SC=GTTCCTTCCACGCCAAACATT;SOR=2.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=65;TCR=15;TR=80;WE=201282175;WS=201282157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	201285759	rs1779297	A	G	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=42;PP=1361;SC=AGGATGAGAAATACCAGGCCA;SOR=0.806;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=77;WE=201285767;WS=201285749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	201285909	rs1534051	A	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=253;SC=GAGATGGGTGAGGGCATCTGC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=201285917;WS=201285899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	201286614	rs11336457	GA	G	5072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=32;PP=1030;SC=TTTTTGGTCTGAAAAAAAAAA;SOR=1.042;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=51;WE=201286636;WS=201286604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr1	201286628	rs1772823	C	G	5948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=39.40;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	201288007	rs1794868	G	A	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=113;SC=ACATTCAGCCGGTGCATAGAA;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=201288015;WS=201287997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	201288898	rs1722759	A	C	5004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=49;PP=2119;ReadPosRankSum=-0.781;SC=CCACCCCCAGATCCACTTCTG;SOR=0.294;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=67;TCR=49;TR=114;WE=201288906;WS=201288888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr1	201290968	rs1779292	T	G	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=12;PP=1636;SC=CCCAGGCTGATAGTGTGGTGG;SOR=2.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=66;WE=201290976;WS=201290958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	201291066	rs2071960	C	T	10668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=169;NR=92;PP=2965;SC=CCTGTCGGGCCGGGCAGAGGC;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=170;TCR=92;TR=261;WE=201291074;WS=201291056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr1	201292110	rs1779288	T	C	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=41;PP=2336;SC=AGGCTCCCCATTGACCCCCCT;SOR=1.246;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=121;WE=201292118;WS=201292100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	201293512	rs36076398	TG	T	2735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.14;NF=35;NR=13;PP=1905;SC=CCATGGTGCCTGGGAAGCCAC;SOR=1.966;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=48;WE=201293520;WS=201293502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	201293970	rs1620046	C	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=633;SC=GCTCAGAGCCCGGCAGAAGGC;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=25;WE=201293978;WS=201293960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	201293985	rs854505	G	A	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=4;PP=669;SC=GAAGGCTATCGAAGAGTGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=201293993;WS=201293975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	201328824	rs2275863	G	A	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=650;ReadPosRankSum=0.615;SC=AAAGAGCAACGCTGGAGCTGA;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=50;WE=201328832;WS=201328814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,85:0.42:201
chr1	201328913	rs45509695	G	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=210;ReadPosRankSum=-0.038;SC=GGAGGAGCATGGAAGAGTAGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=19;WE=201328921;WS=201328903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr1	201330366	rs2275862	G	C	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=660;ReadPosRankSum=0.239;SC=CAGGAGGAGTGTGAGATGGAG;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=46;WE=201330374;WS=201330356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,65:0.40:161
chr1	201330583	rs2275861	A	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=440;ReadPosRankSum=0.638;SC=AGCCCCCAGCATCCCAGCCCT;SOR=0.503;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=30;WE=201330591;WS=201330573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
chr1	201331379	rs11806184	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=123;ReadPosRankSum=-1.039;SC=CTAATCTCTTTCACCTCTCAC;SOR=1.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=7;WE=201331387;WS=201331369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	201331554	rs1104859	T	G	1817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=656;ReadPosRankSum=0.732;SC=GAGAGGCCCATAGAAAAAGAC;SOR=0.655;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=41;WE=201331562;WS=201331544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,87:0.59:148
chr1	201331664	rs2365652	C	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=389;ReadPosRankSum=0.148;SC=GCCGGGTTTACTAGGACGTGG;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=31;WE=201331672;WS=201331654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr1	201333369	rs45527945	C	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=-2.413;SC=GCCTGGGGGCCCAGCAGGAGC;SOR=0.714;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=14;WE=201333377;WS=201333359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr1	201334382	rs3729547	G	A	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=52;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.051;SC=AGTGAGCCTCGATCAGCGCCT;SOR=0.611;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=98;WE=201334390;WS=201334372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,164:0.65:251
chr1	201335899	rs1573230	C	T	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=5;PP=1249;SC=TACTGCACCCCGTTCCATCAT;SOR=3.538;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=51;WE=201335907;WS=201335889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	201336984	rs3729843	C	T	2613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=-1.538;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,122:0.58:210
chr1	201337170	rs3729842	A	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=10;PP=818;SC=AATCTTAGTCAATAGGAGAGT;SOR=2.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=39;WE=201337178;WS=201337169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	201338553	rs10800776	T	C	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=771;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CCCTGCTTGGTGCTGTCCAGC;SOR=0.601;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=58;WE=201338561;WS=201338543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,77:0.58:133
chr1	201338586	rs10920183	A	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=740;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CCCAGCATGGAACACTGGGGT;SOR=1.077;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=39;WE=201338594;WS=201338576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr1	201338896	rs10920184	T	C	3366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1123;ReadPosRankSum=-2.353;SC=AGGCTGCACTTGGGACAGCAG;SOR=0.514;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=79;WE=201338904;WS=201338886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,159:0.60:265
chr1	201339043	rs12049476	C	A,T	2708.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=10,13;NR=26,32;PP=599,693;SC=AGAGAGCCCGCGGCAGGAGCA;SOR=1.547;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=36,45;WE=201339051;WS=201339033;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.43,0.57:112
chr1	201341175	rs45533739	CAGAAG	C	4492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.12;MQRankSum=1.067;NF=18;NR=30;PP=2359;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TGCTTCTGCTCAGAAGAGAAG;SOR=0.566;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=48;WE=201341187;WS=201341165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,113:0.64:176
chr1	201341341	rs868407	C	T	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=70;PP=2121;SC=CAAACACACACGCCTGCACAC;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=109;WE=201341349;WS=201341331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	201351787	rs139797888	G	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.975;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=230;ReadPosRankSum=-1.725;SC=ATACCTGGGGGTCCTGATCTC;SOR=1.233;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=14;WE=201351795;WS=201351777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr1	201353827	rs10920189	G	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.178;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=264;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GTGCCCTACCGCACAGCCTGG;SOR=0.471;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=19;WE=201353835;WS=201353817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr1	201355522	rs4128458	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=235;ReadPosRankSum=0.448;SC=GCCCCCTGCTTTGCCAAAGAG;SOR=0.571;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=19;WE=201355530;WS=201355512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,42:0.38:110
chr1	201355943	rs2799677	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=517;ReadPosRankSum=-1.963;SC=GCATGGAGGACTTCTCCAAGA;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=41;WE=201355951;WS=201355933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,58:0.33:175
chr1	201368463	rs28364652	G	GT	2514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.853;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,79:0.44:179
chr1	201383616	rs2026593	A	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=11;PP=847;SC=CTCCAGCCCCACCCTGCCCCG;SOR=1.911;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=47;WE=201383624;WS=201383606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	201383643	rs2026594	A	C	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=27;PP=1793;SC=CTGCCAGGCTAACCTGCAGGG;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=86;WE=201383651;WS=201383633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	201434740	rs1053592	G	A	1579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=21;PP=797;ReadPosRankSum=0.719;SC=GGGAAGATGCGTAGAGGTGGG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=91;TCR=50;TR=59;WE=201434748;WS=201434730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,83:0.38:221
chr1	201437477	rs1256930	A	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=209;ReadPosRankSum=-0.637;SC=ACCTGCCTTGACCTCAGCACT;SOR=0.671;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=16;WE=201437485;WS=201437467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr1	201453289	rs576697	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=0.259;SC=CCTAGGACCCTGCCTGCATGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=201453297;WS=201453279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	201687451	rs11576721	A	G	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=490;ReadPosRankSum=1.598;SC=GCTGGGGTGCATGTGAGGGGA;SOR=0.798;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=146;TCF=90;TCR=56;TR=46;WE=201687459;WS=201687441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,58:0.31:188
chr1	201749520	rs529581	G	C	3451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1669;ReadPosRankSum=1.496;SC=CTGTTTTAACGATTGACCTTC;SOR=0.677;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=165;TCF=100;TCR=65;TR=102;WE=201749528;WS=201749510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,159:0.58:276
chr1	201752429	rs527725	A	C	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=4;PP=706;ReadPosRankSum=-2.321;SC=CTCTGTGCTTAGCAAATAGGC;SOR=0.705;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=56;TCR=8;TR=35;WE=201752437;WS=201752419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr1	201754410	.	CTT	C,CT	837.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=1.946;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,27,28:0.45,0.47:60
chr1	201763184	rs564440	T	C	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	201763499	rs567185	C	T	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=17;PP=727;SC=GAACTCCTGACCTCAGGTGAT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=201763507;WS=201763489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	201772863	rs34105833	T	TG	3363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=62;PP=2872;SC=GTTTGGGGGGTGGGAAGTAGG;SOR=1.679;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=6;TCR=65;TR=67;WE=201772871;WS=201772853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	201773707	.	TAAA	T	428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=4.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr1	201777568	rs2292822	C	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=282;ReadPosRankSum=-1.622;SC=CCCAGCCCCCCACACTAGGCT;SOR=1.036;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=27;WE=201777576;WS=201777558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,35:0.30:117
chr1	201816849	.	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=300;ReadPosRankSum=1.447;SC=CTTTGACAGCATGGAGCAATC;SOR=1.329;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=17;WE=201816857;WS=201816839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr1	201824390	rs11576508	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.451;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr1	201837934	rs34353605	CGT	C	1964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.684;NF=6;NR=41;PP=1886;ReadPosRankSum=0.556;SC=GGTAAGTGGCCGTGTGTGTGT;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=10;TCR=71;TR=47;WE=201837945;WS=201837924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,94:0.64:148
chr1	201840059	rs150361248	GTTATT	G	2603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=30;PP=1710;SC=TTGGTCCTGAGTTATTTTATT;SOR=1.421;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=34;WE=201840071;WS=201840049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	201840464	rs2644124	T	C	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=39;PP=1342;SC=AGGTAGAACCTCATCTTTCTT;SOR=0.844;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=67;WE=201840472;WS=201840454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	201840537	.	G	A	120	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=51.97;NF=1;NR=7;PP=120;QD=19.3464015684;SC=TTTTTTTTGAGACAGTCTCGC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=8;WE=201840545;WS=201840527;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,8:0.47:17
chr1	201844128	rs2678203	G	A	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=44;PP=1526;SC=GATCCCAACAGTGGGGTACCC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=80;WE=201844136;WS=201844118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	201858887	rs7539696	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=5.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.663;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=647;ReadPosRankSum=0.340;SC=TCAAGCCTGGCGGCAGAGCTA;SOR=3.682;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=30;WE=201858895;WS=201858877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr1	201860626	rs2250377	A	G	12403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=134;NR=136;PP=2965;SC=CTGGCTTCATATACCCACCTA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=134;TCR=136;TR=270;WE=201860634;WS=201860616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr1	201865763	rs8028	A	G	7373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=102;PP=2965;SC=GTGCAGTGGGACTGACAGTGA;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=77;TCR=103;TR=179;WE=201865771;WS=201865753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr1	201868333	rs3738290	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-1.612;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr1	201915550	rs41305074	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=510;ReadPosRankSum=2.273;SC=TGATCTGGATGCAGCGAGTGG;SOR=0.687;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=34;WE=201915558;WS=201915540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr1	201926403	rs61821487	T	G	3431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=28;PP=1363;ReadPosRankSum=0.521;SC=TTCCCCCTGTTCTTAGCCCAT;SOR=1.023;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=187;TCF=114;TCR=73;TR=89;WE=201926411;WS=201926393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,170:0.49:350
chr1	201932615	rs141522636	TTG	T	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=-0.914;SC=TTATTCAAACTTGTGTTTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=201932624;WS=201932605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr1	201934578	rs4648	G	A	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=546;ReadPosRankSum=2.214;SC=AGTGGCCATGGTTGGGTCAGC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=42;WE=201934586;WS=201934568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,79:0.57:138
chr1	201952294	rs73074403	C	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.093;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr1	201952310	rs112370844	T	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr1	201952574	rs4950806	T	C	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.419;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=566;ReadPosRankSum=1.222;SC=TTTCTAACATTTTCCGTGGCT;SOR=0.865;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=37;WE=201952582;WS=201952564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,63:0.50:127
chr1	201952598	rs56768485	G	A	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.743;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=555;ReadPosRankSum=2.396;SC=TAGATGACCTGTTGTTCATGC;SOR=0.928;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=45;WE=201952606;WS=201952588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,77:0.47:164
chr1	201952755	rs4950807	T	A	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=476;ReadPosRankSum=-0.373;SC=GTTAAAGCTCTTATCTTTGTT;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=40;WE=201952763;WS=201952745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr1	201969082	rs1130790	G	A	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,111:0.57:195
chr1	201970562	rs4332408	T	C	8569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=93;PP=2965;SC=TCTGCTTTGTTTCATACCTGG;SOR=0.736;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=183;TCF=87;TCR=96;TR=180;WE=201970570;WS=201970552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr1	201970748	rs4131469	G	A	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=1082;ReadPosRankSum=0.043;SC=CACTCCCCACGGGGCCAGAGA;SOR=0.791;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=64;WE=201970756;WS=201970738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,85:0.64:133
chr1	201970986	rs35227221	C	CA	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=363;ReadPosRankSum=1.281;SC=GATGGGAAAACACTGGGTCAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=11;WE=201970994;WS=201970976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr1	201973565	rs3820439	G	A	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=423;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GGGCCAAATCGTCCTTAAGAA;SOR=0.501;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=39;WE=201973573;WS=201973555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,59:0.40:146
chr1	201980119	rs2819361	C	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=2;PP=741;SC=CTTGAAGAGACGGTGTCCGCA;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=29;WE=201980127;WS=201980109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	201981218	rs11543979	C	G	2199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=1033;ReadPosRankSum=1.333;SC=ACATGGATGGCGCCACCCTCT;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=66;WE=201981226;WS=201981208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,106:0.58:184
chr1	201981354	rs56310296	TG	CC	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=995;ReadPosRankSum=-1.677;SC=CATGTTGAGCTGAGTCGAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=21;WE=201981363;WS=201981344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr1	201981862	rs2819362	T	C	8665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=93;PP=2553;SC=CCCCCTCCCCTGGCAGCTCTG;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=66;TCR=93;TR=159;WE=201981870;WS=201981852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	202092046	rs3795593	C	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=8;PP=453;SC=GGGCCCCCTGCACTCACCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=202092054;WS=202092036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	202092332	rs3795594	C	G	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=950;ReadPosRankSum=0.529;SC=GCCAACCAAGCCCTTGGTGGC;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=91;TCR=63;TR=57;WE=202092340;WS=202092322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,70:0.34:206
chr1	202092360	rs3795595	G	A	7489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=72;PP=2965;SC=CCTAACCCCGGCAAGGATGGG;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=108;TCR=73;TR=180;WE=202092368;WS=202092350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr1	202092415	rs3795596	A	G	10460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=131;NR=97;PP=2965;SC=ATCTGACAGGAGCACCAGGGC;SOR=0.913;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=131;TCR=97;TR=228;WE=202092423;WS=202092405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr1	202092580	rs7516762	T	C	10275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=149;PP=2965;SC=ACCTGAAGAGTGCCTGGAACT;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=125;TCR=149;TR=274;WE=202092588;WS=202092570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr1	202096815	rs3820380	G	A	7171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=63;PP=2840;SC=GTCCTTCCTTGTCCCCATAGA;SOR=0.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=99;TCR=63;TR=162;WE=202096823;WS=202096805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr1	202097524	.	ACTG	A	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=1.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.570;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,30:0.10:290
chr1	202097662	.	TGC	T	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=9.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr1	202107422	.	A	AAC	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.211;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr1	202113835	rs4989100	T	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=438;ReadPosRankSum=1.016;SC=CGAGCGCGGCTGCCGACGACT;SOR=0.823;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=1;TCR=67;TR=24;WE=202113843;WS=202113825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr1	202119308	rs7551879	T	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=-0.611;SC=AATAAACAGCTCTAAGCAGAA;SOR=0.243;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=26;WE=202119316;WS=202119298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr1	202121643	rs10920337	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=-1.137;SC=ACAGTCCACAGGCTGCAGTGA;SOR=0.375;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=14;WE=202121651;WS=202121633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr1	202122840	rs35407093	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=312;ReadPosRankSum=0.471;SC=GCCTGGCTCCGGGGGGGTGGT;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=22;WE=202122848;WS=202122830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr1	202129826	rs4309039	T	C	16745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=187;NR=170;PP=2965;SC=TCTGCCCTCCTGTGCCTGCTG;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=359;TCF=188;TCR=171;TR=357;WE=202129834;WS=202129816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,647:1.00:647
chr1	202130006	rs4259724	C	A	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=644;ReadPosRankSum=-0.318;SC=TCACATCCAGCCGCTGCCTAC;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=60;TCR=96;TR=52;WE=202130014;WS=202129996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,85:0.34:250
chr1	202130754	rs3934648	T	C	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	202152661	rs72746675	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr1	202152930	rs61823724	G	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.758;NF=1;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=-0.179;SC=AATCCAGCAGGTGTCTAGCAA;SOR=0.927;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=10;WE=202152938;WS=202152920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr1	202155365	rs61823726	G	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=29.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.464;QD=2.60;ReadPosRankSum=5.684;SOR=5.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr1	202155368	rs61823727	C	A	2183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=37.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=5.816;SOR=5.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr1	202155543	rs2993432	A	C	6932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.358;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=0.753;SC=ATCCTGGTGCACTGCAGGAGG;SOR=0.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=88;TCR=110;TR=198;WE=202155551;WS=202155533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr1	202155805	rs61823728	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=40;ReadPosRankSum=0.029;SC=CGGGCCCCTCATGATCCAGAC;SOR=0.069;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=6;WE=202155813;WS=202155795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	202156135	rs139095833	C	CCCTCGCTCCTCGCT,CCCTCGCTCCTCGCTCCTCGCT	1888.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.84;QD=48.43;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,24:0.38,0.62:39
chr1	202156482	rs3010088	G	A	5477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=64;PP=2771;SC=GAAGGAGTACGAGGTACACTT;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=94;TCR=64;TR=158;WE=202156490;WS=202156472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr1	202156628	rs3010089	A	C	6208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=82;PP=2906;ReadPosRankSum=-1.253;SC=GCTGGCTCTTACGCACCCCTG;SOR=0.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=138;WE=202156636;WS=202156618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr1	202163063	rs2361431	T	C	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=18;PP=726;SC=GCTGCGGCCATCGCGCCGTGC;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=202163071;WS=202163053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	202163364	rs2077598	C	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=-0.152;SC=CCTGGTCCTGCGGGCTGCTGG;SOR=0.512;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=10;WE=202163372;WS=202163354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr1	202163516	rs1812761	C	A	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=23;PP=1215;SC=AAATACCAGGCGAGCAGGGAG;SOR=1.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=202163524;WS=202163506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	202166497	rs61823731	A	G	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,115:0.26:446
chr1	202172943	rs72746693	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=1.921;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,44:0.44:101
chr1	202183308	rs10920362	C	T	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=460;ReadPosRankSum=0.830;SC=GAGGGCCGCTCAGCGAGGGCG;SOR=0.622;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=34;WE=202183316;WS=202183298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,43:0.57:75
chr1	202194441	rs3010067	G	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr1	202196931	rs1452070	G	A	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=32;PP=1848;SC=AGTATTAAACGCATCGTAGAT;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=95;WE=202196939;WS=202196921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr1	202197161	rs3795598	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.221;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=630;ReadPosRankSum=0.058;SC=CCTCATTTTACATAGAGCTGC;SOR=0.365;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=39;WE=202197169;WS=202197151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,59:0.58:102
chr1	202304868	rs14451	T	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=296;ReadPosRankSum=-1.131;SC=TCTTCAGACGTGAAGCTCTCT;SOR=1.001;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=25;WE=202304876;WS=202304858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,40:0.38:105
chr1	202318346	rs113722623	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.910;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=769;ReadPosRankSum=1.503;SC=ACCCCATGGGGAGTATCAGTG;SOR=0.269;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=51;WE=202318354;WS=202318336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,60:0.59:102
chr1	202386075	rs2843413	T	C	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=74;PP=2206;SC=TGTGGCTTTGTAGTATTTGTA;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=112;WE=202386083;WS=202386065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	202407189	.	G	GT	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-1.412;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,21:0.19:112
chr1	202409940	rs16849995	A	G	4075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=46;PP=1510;ReadPosRankSum=2.299;SC=CAGCCAAAAGATGGTCCTCAT;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=100;WE=202409948;WS=202409930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,196:0.63:313
chr1	202565948	rs504261	G	A	2111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=940;ReadPosRankSum=0.935;SC=GCCACTGGGCGATGGGCCTCC;SOR=0.578;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=209;TCF=97;TCR=112;TR=79;WE=202565956;WS=202565938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,120:0.37:324
chr1	202569600	rs115267501	C	T	4121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=62;PP=1798;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CCAGCTTCTCCGGCTGTCCAG;SOR=0.639;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=217;TCF=112;TCR=105;TR=126;WE=202569608;WS=202569590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,195:0.57:342
chr1	202572105	rs55968420	GCC	G	13680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.197;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.503;NF=31;NR=129;PP=2971;ReadPosRankSum=3.420;SC=CCCCCACTCTGCCCCCCCACA;SOR=0.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=49;TCR=198;TR=160;WE=202572120;WS=202572095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,371:0.76:489
chr1	202574784	rs1968583	G	A	4506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=77;PP=1952;ReadPosRankSum=-0.503;SC=TGTCCTCCTGGCTCTCCCCAG;SOR=0.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=101;TCR=141;TR=134;WE=202574792;WS=202574774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,215:0.57:375
chr1	202702619	rs182757951	C	T	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=972;ReadPosRankSum=-0.383;SC=ATTTAAGATTCCCTGACGAAA;SOR=0.822;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=187;TCF=83;TCR=104;TR=74;WE=202702627;WS=202702609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,130:0.45:292
chr1	202703053	rs4310498	G	A	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=43;PP=1344;SC=TGTCCGAGATGGCTTGGCCTT;SOR=1.053;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=202703061;WS=202703043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	202705455	rs1141109	G	C	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,53:0.42:127
chr1	202711777	rs144222509	G	T	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.078;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=848;ReadPosRankSum=0.288;SC=AGTCAGAAGCGCATACCTAGT;SOR=0.714;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=187;TCF=93;TCR=94;TR=69;WE=202711785;WS=202711767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,102:0.36:280
chr1	202715244	rs3216061	G	GA	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.912;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=525;ReadPosRankSum=2.136;SC=TTTTCCATAGGAAAAAAAATC;SOR=1.084;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=34;WE=202715252;WS=202715234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,53:0.30:174
chr1	202715284	rs1141108	G	A	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.832;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.359;NF=50;NR=30;PP=1089;ReadPosRankSum=-0.776;SC=ATTTATATTTGTAAGGAGGAC;SOR=1.037;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=196;TCF=111;TCR=85;TR=80;WE=202715292;WS=202715274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,118:0.35:334
chr1	202718028	rs1892163	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=265;ReadPosRankSum=1.977;SC=ATTTTACTAAATAATACCCAA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=44;TCR=2;TR=15;WE=202718036;WS=202718019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr1	202718202	rs1892164	G	A	3435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1324;ReadPosRankSum=2.260;SC=TCATCTCATCGTGGGAAAACA;SOR=0.588;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=271;TCF=124;TCR=147;TR=105;WE=202718210;WS=202718192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:302,190:0.39:492
chr1	202722277	rs4950742	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TTTCAGACTCGGCTTTGTAAG;SOR=3.932;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=8;WE=202722285;WS=202722267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr1	202731986	rs140328663	C	CCTCAA	1403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=21;PP=1372;SC=TTCTCCACTTCCTCATCATCT;SOR=3.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=22;WE=202731994;WS=202731976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	202743973	rs11337395	AT	A	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.904;QD=12.41;ReadPosRankSum=-1.893;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr1	202777105	rs112577603	C	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.815;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=-1.623;SC=TAGGCAGCCCCAAACTTGACG;SOR=2.670;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=10;WE=202777113;WS=202777096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	202794757	.	G	A	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.455;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=51;PP=1096;ReadPosRankSum=1.337;SC=ACTCGTGGGTGCTAATGGAGT;SOR=0.870;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=227;TCF=109;TCR=118;TR=89;WE=202794765;WS=202794747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,124:0.39:320
chr1	202887295	rs2275734	G	A	5774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,272:0.58:469
chr1	202888947	rs3182429	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=407;ReadPosRankSum=1.853;SC=TCACATGTACTGTTTCTGTGT;SOR=0.803;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=30;WE=202888955;WS=202888937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,50:0.30:169
chr1	202889207	rs7520522	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=12;PP=346;SC=TTTGAGAGGCTAAGGCAGGCA;SOR=2.124;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=202889215;WS=202889197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	202897431	rs10800882	A	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=-0.827;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr1	202931839	rs2232854	G	A	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=719;ReadPosRankSum=-2.286;SC=TGAAGTATGGGGAGAAGAAAG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=41;WE=202931847;WS=202931829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
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chr1	202933657	rs2232847	T	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TGGCTATGGTTACCAGTCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=202933665;WS=202933647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	202933992	rs1418445	G	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
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chr1	202934765	rs12125832	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.708;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr1	202936456	rs12137082	G	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.981;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr1	202936479	rs34807965	CG	C	166.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	202936491	.	G	T	175.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	202977809	rs6678040	G	A	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.815;NF=33;NR=21;PP=882;ReadPosRankSum=-2.759;SC=TCAGGTTCCTGCAGAGGAAGC;SOR=0.553;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=54;WE=202977817;WS=202977799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,80:0.67:119
chr1	202978032	rs1418444	C	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=-1.366;SC=AGATATAAGACGTGATACCAG;SOR=0.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=17;WE=202978040;WS=202978022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr1	202991830	rs72085275	CA	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.262;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr1	203003641	rs10920550	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.958;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr1	203003870	rs782800	G	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.234;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=444;ReadPosRankSum=0.012;SC=AGGGAAGGCCGAGGGGAGCTG;SOR=0.635;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=35;WE=203003878;WS=203003860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr1	203004627	rs5780134	A	AC	3798.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=31.39;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	203004930	rs139600380	T	TAGC	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=-2.116;SC=TGTTTCTGTGTAGCAGAGAGG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=203004938;WS=203004920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr1	203006243	rs782805	A	G	12792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=119;PP=2965;SC=AACTTTCCTCAGATCTAGACC;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=161;TCR=120;TR=278;WE=203006251;WS=203006233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr1	203008174	rs61821060	G	C	11455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=126;NR=130;PP=2965;SC=GAGGGGGACCGCCTGGGTCCC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=127;TCR=130;TR=256;WE=203008182;WS=203008164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr1	203008286	rs10920553	C	G	6284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=82;PP=2664;SC=GTCAGGAGACCTTGGCGGCCA;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=65;TCR=82;TR=146;WE=203008294;WS=203008276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr1	203012705	rs7547566	C	G	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=40;PP=1175;SC=ACACCTTGACCAAGAGAGCAG;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=64;WE=203012713;WS=203012695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	203012906	rs4950908	G	A	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=26;PP=2005;SC=CAGTTGGGGCGGGAGCTCTGT;SOR=1.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=71;TCR=26;TR=97;WE=203012914;WS=203012896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	203023122	rs2291691	A	C	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=834;ReadPosRankSum=-1.664;SC=TGGGAAGTGCATTGAAGGGCA;SOR=0.984;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=49;WE=203023140;WS=203023112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,77:0.46:166
chr1	203023240	rs10635298	G	GGC	954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=706;ReadPosRankSum=0.917;SC=CAGGCCCGCTGCCAGTGCCGG;SOR=1.255;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=17;WE=203023248;WS=203023230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr1	203025209	rs11590950	G	C	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=43;PP=1184;ReadPosRankSum=0.597;SC=AGGGCACCCAGAGGGTGAGTC;SOR=0.623;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=187;TCF=93;TCR=94;TR=89;WE=203025217;WS=203025199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,135:0.43:317
chr1	203028711	rs4590732	C	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=96;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TTGGGGTGGTCAGGTGTTCCT;SOR=0.018;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=203028719;WS=203028701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	203030685	rs2270543	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr1	203032922	rs1416262	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,65:0.35:188
chr1	203036757	rs2275354	T	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=391;ReadPosRankSum=-1.170;SC=TGATGCTGGATGTGAGACAGG;SOR=0.862;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=33;WE=203036765;WS=203036747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,48:0.35:137
chr1	203040673	rs9803710	A	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=7;PP=707;SC=AGCAGCTTCAAAAAGGTGTGT;SOR=1.911;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=29;WE=203040681;WS=203040663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	203040740	rs11583155	T	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,44:0.43:103
chr1	203040816	rs2270540	G	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=769;ReadPosRankSum=0.585;SC=TCTATGGACTGCAGGCACGCC;SOR=0.723;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=56;WE=203040824;WS=203040806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,86:0.41:211
chr1	203053768	rs903356	T	C	5670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr1	203053889	rs12143972	C	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.982;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=686;ReadPosRankSum=-0.144;SC=AAGGTCGGGGCACAGCCATTC;SOR=0.457;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=48;WE=203053897;WS=203053879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr1	203054651	rs61745017	G	A	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=29;PP=1493;ReadPosRankSum=-0.508;SC=CCCCGGTAGCGGAGGTCACGC;SOR=0.805;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=98;TCR=45;TR=89;WE=203054659;WS=203054641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,102:0.56:182
chr1	203137784	rs35823777	A	ACT	6033.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=2546;ReadPosRankSum=5.120;SC=TCCTCCCGTGACTTCAGTGTG;SOR=0.686;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=60;WE=203137792;WS=203137774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,153:0.62:248
chr1	203140671	rs3737875	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=284;ReadPosRankSum=2.010;SC=GGGCATGGCCGTTGTGGGTCC;SOR=0.701;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=21;WE=203140679;WS=203140661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr1	203143379	rs3737873	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=0.423;SC=CAGAGGCCCCTTACTGCTGAG;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=7;WE=203143387;WS=203143378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr1	203143395	rs3737872	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=234;ReadPosRankSum=0.201;SC=CTGAGGAACCTGGAACTTTCT;SOR=0.459;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=13;WE=203143403;WS=203143385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr1	203144833	rs12145010	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,37:0.26:144
chr1	203148633	rs4950927	A	G	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=50;PP=2178;SC=GATCCTGGCCACAGAAGGAGC;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=113;WE=203148641;WS=203148623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr1	203152801	rs880633	T	C	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=18;PP=953;SC=TGTTTGTCTCTCCGTCCAGGG;SOR=1.015;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=49;WE=203152809;WS=203152791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	203153555	rs12128727	C	T	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=4;PP=1004;SC=CTTTGCTACACATCAGGCAGG;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=203153563;WS=203153545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	203153634	rs2071579	C	G	6893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=106;NR=66;PP=2965;SC=ACAGTGGATGCGGGAGACCCA;SOR=1.070;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=109;TCR=69;TR=172;WE=203153642;WS=203153624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr1	203154532	rs1538372	A	G	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=24;PP=635;SC=GAAGTCTGGGATGGGGCCCGG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=203154540;WS=203154522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	203155882	rs4950928	G	C	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=61;PP=1716;SC=TCCACTCCCCGACGCGGCAAA;SOR=5.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=65;WE=203155890;WS=203155872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	203174921	rs2486951	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=214;ReadPosRankSum=0.186;SC=GTGGGCACAGATAAGCCACAT;SOR=1.078;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=18;WE=203174929;WS=203174911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr1	203175107	rs2494296	A	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=170;ReadPosRankSum=2.488;SC=GTTTGGGTGGACTGGCTCCCC;SOR=0.264;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=14;WE=203175115;WS=203175097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr1	203186092	rs186594769	C	T	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=646;ReadPosRankSum=-0.256;SC=ACAGCCGCCCCGCTGCACAGC;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=46;WE=203186100;WS=203186082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,77:0.45:173
chr1	203186666	rs41308417	C	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=589;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TTGCTACAACCAGGAAGAGAA;SOR=1.015;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=31;WE=203186674;WS=203186656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr1	203186950	rs150192398	C	CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT	1426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=8.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=2.098;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,41:0.35:117
chr1	203187341	rs142759151	T	TGGTCAA	416.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.103;NF=2;NR=11;PP=717;ReadPosRankSum=-0.213;SC=TATTGTATGCTGGTCAAGGTC;SOR=1.027;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=13;WE=203187359;WS=203187331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr1	203188692	rs2486958	A	C	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=494;ReadPosRankSum=-1.686;SC=ATTCTCTGCAATTGGCATCCT;SOR=0.873;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=38;WE=203188700;WS=203188682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,46:0.33:138
chr1	203191262	rs2244385	C	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-0.513;SC=CCTCGGGGCTCAAAAGAAGCC;SOR=0.502;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=6;WE=203191270;WS=203191252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	203192448	rs3216011	GC	G	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=359;ReadPosRankSum=-1.835;SC=GCCCCTGTGAGCCCCAGGTAG;SOR=0.437;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=13;WE=203192456;WS=203192438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr1	203276546	rs12039961	G	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.471;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,69:0.38:183
chr1	203311736	rs1891180	T	C	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=52;PP=1209;SC=AAGTTGGGGATGGAGGGCAGA;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71;WE=203311744;WS=203311726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	203317162	rs7543148	C	T	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=-1.551;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,57:0.43:134
chr1	203465392	rs28446858	T	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=504;ReadPosRankSum=-0.735;SC=CCAACTACATTCCCTGCATGA;SOR=0.560;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=35;WE=203465400;WS=203465382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,48:0.40:119
chr1	203466349	rs2306152	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=279;ReadPosRankSum=0.830;SC=GTTGGGGCATGGAGGGTCAGG;SOR=0.765;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=16;WE=203466357;WS=203466339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr1	203472112	rs79523790	T	C	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.814;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=869;ReadPosRankSum=0.359;SC=CCTTTGCCCCTGAGCCTGCGC;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=78;TCR=129;TR=79;WE=203472120;WS=203472102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,140:0.37:383
chr1	203652444	rs1419114	A	G	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=34;PP=1285;SC=AGCTGCGTTCAAGGGATGCAC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=72;WE=203652452;WS=203652434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr1	203667409	rs2228445	T	C	6016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=64;PP=2635;SC=ATGTCACGCTTATCATCCTGG;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=134;WE=203667417;WS=203667399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	203667536	rs6676272	A	G	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=503;ReadPosRankSum=0.761;SC=TTCCACCACCACCACCAAGCG;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=36;WE=203667544;WS=203667526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,54:0.45:120
chr1	203667577	rs139986068	TA	T	865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.376;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=701;ReadPosRankSum=1.489;SC=GGTTATAGCTTAAAACATTTC;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=21;WE=203667585;WS=203667567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr1	203670128	rs3820197	A	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=168;ReadPosRankSum=2.283;SC=GCAGATCTGGATAGAAAGCAT;SOR=0.883;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=9;WE=203670136;WS=203670118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	203670179	rs3766752	A	G	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=61;SC=CAGATATCCAAACTCCTTGCT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=203670187;WS=203670169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	203677250	rs3753036	G	A	3534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=69;PP=1705;ReadPosRankSum=1.639;SC=TTTCCTTTGCGTAGACACTTA;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=186;TCF=72;TCR=114;TR=110;WE=203677258;WS=203677240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,169:0.56:301
chr1	203679934	rs2032018	A	G	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=427;ReadPosRankSum=-2.669;SC=TTGCCAAAATACCTGTCAATG;SOR=0.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=27;WE=203679942;WS=203679924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr1	203681255	rs2229565	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,35:0.34:102
chr1	203689936	rs4951112	C	G	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=34;PP=924;SC=GGAGTGAAGACTACGGTGTGT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=203689944;WS=203689926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	203693191	rs79600755	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GATGGAACAAGCAACGGTGGA;SOR=0.293;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=10;WE=203693199;WS=203693181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr1	203698627	rs2365862	C	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=290;SC=GAGCTGAGATCGCGCCATTAC;SOR=1.911;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=16;WE=203698635;WS=203698617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	203698672	rs5780193	CA	C	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.969;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.879;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr1	203740458	rs3820196	C	A	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,38:0.36:105
chr1	203740462	rs3820195	G	A	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.871;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr1	203740615	rs3737976	T	C	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1278;ReadPosRankSum=0.202;SC=GGTAGGTTTTTCCTTCTAATC;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=81;WE=203740623;WS=203740593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,109:0.65:167
chr1	203741368	rs3737973	C	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=0.112;SC=TCACTGCAAACAAACAGCATG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=23;WE=203741376;WS=203741354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr1	203766827	rs872032	T	C	3709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=1593;ReadPosRankSum=0.211;SC=CAAAACAGCCTGCTAAAAAGA;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=122;WE=203766835;WS=203766817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,180:0.58:311
chr1	203768328	rs7552670	T	C	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=46;PP=1446;ReadPosRankSum=1.338;SC=TATCCCTAGCTTCATTGTTTC;SOR=0.799;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=309;TCF=168;TCR=141;TR=105;WE=203768336;WS=203768318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,155:0.34:461
chr1	203769532	rs7540041	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=186;ReadPosRankSum=-1.985;SC=TTGGTTCTGAGCTGGGATCCT;SOR=1.015;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=18;WE=203769540;WS=203769522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr1	203786416	rs183964623	G	C	233.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=174;ReadPosRankSum=-0.385;SC=GGGTAATTCAGTGTTTTTTTC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=203786424;WS=203786406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr1	203787700	rs4951260	T	C	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=38;PP=1496;SC=GTTTACAGGGTGACAGCTGCC;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=87;WE=203787708;WS=203787690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	203803016	rs6694647	A	G	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=28;PP=886;SC=TTTCTTTTCTACTTGTTTGTG;SOR=0.914;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=48;WE=203803024;WS=203803006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	203821200	rs7512877	G	A	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=29;PP=1852;SC=CTTTGTGTCCGTGAGACTAGG;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=96;WE=203821208;WS=203821190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr1	203833062	rs142737263	CTCTG	C	911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.925;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.12;MQRankSum=1.478;NF=2;NR=17;PP=825;ReadPosRankSum=-0.197;SC=ATTTTCTTTCCTCTGTCTATG;SOR=0.174;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=66;TCF=5;TCR=61;TR=19;WE=203833073;WS=203833052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr1	204006538	rs4951291	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=258;SC=ATCACCTTCCTCTCATGCTGC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=204006546;WS=204006528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	204006597	rs4951039	G	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=489;SC=ACAAGCCCGCGCGATGGGAGT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=204006605;WS=204006587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	204010389	rs10437107	G	T	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=79;PP=2238;SC=GGAATCGGGCGGAGTGATTAG;SOR=1.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=35;TCR=79;TR=114;WE=204010397;WS=204010379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	204081655	rs374243810	A	ACACACT,ACACACACT	1871.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.104;NF=22,22;NR=7,7;PP=57,488;ReadPosRankSum=1.735;SC=ACACACACACACTTTCTCTCT;SOR=0.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29,29;WE=204081663;WS=204081645;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:53
chr1	204081892	rs2250538	C	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=19;PP=942;SC=TGTGGGTTCACAAGTAAGCTT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=204081900;WS=204081882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	204085609	rs7551756	A	G	8288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=105;PP=2965;SC=AAAAGTCTCAATGGGGTCTGT;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=106;TCR=106;TR=210;WE=204085617;WS=204085599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr1	204091245	rs2692018	G	A	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=757;ReadPosRankSum=-0.679;SC=CTCCTTCTGCGTCCACTTTTC;SOR=0.510;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=143;TCF=89;TCR=54;TR=54;WE=204091253;WS=204091235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,72:0.41:177
chr1	204094963	rs12566764	C	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=6;PP=747;ReadPosRankSum=0.300;SC=CATCCATCACCGTTCCCCTTC;SOR=1.185;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=125;TCF=104;TCR=21;TR=46;WE=204094971;WS=204094953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,52:0.36:145
chr1	204103618	rs2293335	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,76:0.58:132
chr1	204108961	rs11799485	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=-1.901;SC=GCATGTTACTATACTGAATAC;SOR=0.489;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=9;WE=204108969;WS=204108959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	204110334	rs10793755	A	G	6936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	204120952	rs3737655	G	T	3945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=71;PP=1580;ReadPosRankSum=0.351;SC=GGACGCGCGCGGCTGAGGGGC;SOR=0.607;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=76;TCR=119;TR=115;WE=204120960;WS=204120942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,194:0.62:312
chr1	204124370	rs11571092	AC	A	1830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.763;NF=5;NR=31;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.560;SC=ACCTTGCCTGACCCCCAGCAA;SOR=0.598;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=36;WE=204124378;WS=204124360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,67:0.64:104
chr1	204124865	rs2368564	C	T	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=646;ReadPosRankSum=-2.873;SC=TCTAACATGACCTGTGCATTG;SOR=0.752;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=45;WE=204124873;WS=204124855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,82:0.67:123
chr1	204125089	rs3795575	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=535;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TATGGAAGACGTCTCAGCAGA;SOR=0.906;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=30;WE=204125097;WS=204125079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
chr1	204125464	.	T	TCAGACAGACAGA	2017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=3.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.98;ReadPosRankSum=1.292;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,55:0.54:101
chr1	204126378	rs3730102	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=314;ReadPosRankSum=0.534;SC=GGCATCTAGCGGAGGCTGGGC;SOR=0.746;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=21;WE=204126386;WS=204126368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr1	204131186	rs5705	T	G	4390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=45;PP=1592;ReadPosRankSum=1.069;SC=TGTTGCCAAGTGTCAGCCTCT;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=95;TCR=73;TR=105;WE=204131194;WS=204131176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,207:0.65:320
chr1	204159537	.	T	TTG	305	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=32;MMLQ=20;MQ=56.18;NF=0;NR=3;PP=305;QD=109.0;SC=TAGCCCTACGTCCCCGCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=204159549;WS=204159527;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	204159541	.	CG	C	389	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=32;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=389;QD=137.0;SC=CCTACGTCCCCGCCCCCCGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=204159549;WS=204159527;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	204167672	rs3795573	T	C	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=998;ReadPosRankSum=-1.446;SC=AGAGAGCAGATGCAATATCTA;SOR=0.445;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=133;TCF=54;TCR=79;TR=86;WE=204167680;WS=204167662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,125:0.66:189
chr1	204198209	rs3795571	A	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=56;PP=1567;SC=TGTCTACCTCATGGATGCTGC;SOR=2.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=68;WE=204198217;WS=204198199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	204199614	rs10900562	C	T	9145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=85;PP=2965;SC=CCGCTTCTCCCTCATGGAGCC;SOR=1.203;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=147;TCR=86;TR=231;WE=204199622;WS=204199604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr1	204210750	rs4412655	C	A	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=51;PP=1978;SC=TGTGAATGAGCACCCAGGGCT;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=88;WE=204210758;WS=204210740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	204210791	rs4951325	G	A	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=36;PP=1723;SC=TTACTTCTAGGGGAAGATGGG;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=79;WE=204210799;WS=204210781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	204214975	.	TACACACAC	T,TAC	2661.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;QD=40.95;SOR=1.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,22,43:0.34,0.66:65
chr1	204216410	rs4951329	C	T	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=21;PP=1412;SC=TATCAATGGCCGGAACCTTTG;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=204216418;WS=204216400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	204216468	rs4512713	C	T	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	204216601	rs4288652	G	A	3440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=54;PP=1774;SC=ACGGGGGAAAGAGGCGTTCAC;SOR=1.102;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=87;WE=204216609;WS=204216591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	204219850	rs4951331	G	A	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=54;PP=1549;SC=ACCATGGTCCGTCACCTCTGG;SOR=1.155;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=81;WE=204219858;WS=204219840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	204230581	rs3795569	G	A	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=53;PP=1624;SC=CTCAGCCTGTGGGGAGAGGCA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=68;WE=204230589;WS=204230571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	204234196	.	G	GGT	3715.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.7542;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=58;PP=2843;ReadPosRankSum=-0.304;SC=GCACAAGAAGGGTGTGTGTGT;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=6;TCR=73;TR=63;WE=204234204;WS=204234184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,117:0.91:128
chr1	204234222	rs4076020	T	C	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
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chr1	204379617	rs3014626	T	C	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=66;PP=2929;SC=TTGCCCCTTGTTAGCCTGTTG;SOR=0.777;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=141;WE=204379625;WS=204379607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr1	204380483	rs34146119	C	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=1.204;SC=GTGGCCAGAACCGGAAGCCCG;SOR=1.402;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=15;WE=204380491;WS=204380473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr1	204394888	rs372358199	CA	C	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=401;ReadPosRankSum=1.940;SC=GAATGAGAACCAAAAAAATGT;SOR=0.818;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=20;WE=204394896;WS=204394878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,26:0.34:76
chr1	204396728	rs17406271	A	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-1.791;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,42:0.28:151
chr1	204396745	rs370349965	GA	G	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=2.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-1.843;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,48:0.27:179
chr1	204396830	rs17334387	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.04;MQRankSum=1.453;NF=30;NR=24;PP=607;ReadPosRankSum=2.425;SC=TGTAGGAGATGGACAGCTTCA;SOR=0.771;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=54;WE=204396838;WS=204396820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,81:0.32:250
chr1	204398073	rs61758009	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.09;ReadPosRankSum=1.687;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	204398077	rs61758008	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.04;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
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chr1	204399064	rs2271420	G	A	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,58:0.33:178
chr1	204402500	rs2271422	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.058;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=231;ReadPosRankSum=1.360;SC=GGGCATCGTACACATACTTGA;SOR=0.796;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=24;WE=204402508;WS=204402490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,56:0.34:165
chr1	204402898	rs2271423	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=2.291;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,63:0.42:150
chr1	204403659	rs3747636	A	G	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=751;ReadPosRankSum=-1.099;SC=TGATGTTGTCATTATGTCGGT;SOR=0.550;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=127;TCF=54;TCR=73;TR=61;WE=204403667;WS=204403649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,119:0.53:223
chr1	204408135	rs41302123	G	A	2538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=35;PP=969;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TGAACGAGCCGGTCACCCCAT;SOR=0.597;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=164;TCF=87;TCR=77;TR=70;WE=204408143;WS=204408125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,134:0.43:309
chr1	204409281	rs3014631	C	G	6327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.48;SOR=1.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr1	204409281	.	CGGTCCCC	GGGTCCCA,GGGTCCCC	1558	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=36,99;NR=14,38;PP=797,1558;QD=17.0093574972;SC=ATAAGCAAAGCGGTCCCCTCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=99;TCR=38;TR=50,137;WE=204409296;WS=204409271;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.36:137
chr1	204409288	rs17847763	C	A	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,75:0.37:205
chr1	204410532	rs79390725	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=214;ReadPosRankSum=-0.568;SC=GGCTACTTAATGCCACTCTAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=17;WE=204410540;WS=204410522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr1	204410795	rs3747635	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=1.207;SC=CGCTGCTGCCGGTCCACCCAA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=16;WE=204410803;WS=204410785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr1	204413297	rs2292459	C	T	4144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=3.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.24;ReadPosRankSum=-1.655;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,106:0.62:171
chr1	204413297	.	CGG	TGA	2272	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=33;NR=30;PP=2272;QD=36.9121884899;SC=GGGCCTGTTTCGGAGAAAGGG;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=63;WE=204413307;WS=204413287;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:47,63:0.57:110
chr1	204413299	rs2292460	G	A	4144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=4.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.38;ReadPosRankSum=-1.505;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,105:0.62:170
chr1	204418889	rs2999492	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=261;ReadPosRankSum=-1.537;SC=TCTCCCAAGGCGCACTGGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=17;WE=204418897;WS=204418879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr1	204418939	rs3014637	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr1	204426052	rs2999490	A	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=3;HapScore=2;MGOF=87;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=236;ReadPosRankSum=2.314;SC=ACACACACACACCAGCCGAAC;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=15;WE=204426060;WS=204426042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr1	204426183	rs61762602	C	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=260;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TCCCTCACAGCCAAGACACTG;SOR=0.757;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=20;WE=204426191;WS=204426173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr1	204426780	rs61762599	T	C	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=509;ReadPosRankSum=-1.637;SC=ACCTACACACTCTAGCAACAG;SOR=0.904;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=33;WE=204426788;WS=204426770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,51:0.40:128
chr1	204428957	.	A	AGAG	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=1.696;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	204429135	rs17847744	C	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=0.843;SC=CTGGGAAACCCATTTTCTCCC;SOR=0.749;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=19;WE=204429143;WS=204429125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr1	204429212	rs5013460	A	T	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.46;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	204429213	rs5013459	T	G	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	204429215	rs5013458	TA	AG	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	204429285	rs2999485	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=4;PP=218;SC=AGAGGGAAGAAATGAAACATG;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=204429293;WS=204429275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	204429838	rs2271414	C	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=493;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GACTCAGTGGCAAGGGAGATA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=30;WE=204429846;WS=204429828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr1	204433093	rs2271415	A	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=356;ReadPosRankSum=-0.582;SC=CCCCCTCACAATCTTACTACC;SOR=0.683;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=26;WE=204433101;WS=204433083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr1	204433511	rs11455991	T	TC	1819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=10;PP=2030;SC=GGAAATCGAGTCAAAACACAG;SOR=2.494;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=45;WE=204433519;WS=204433501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	204434277	rs2942149	T	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=17;PP=808;SC=AAAGAAAGTTTGGAAATGGAT;SOR=2.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=50;WE=204434285;WS=204434267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	204434325	rs58247897	C	CCT	1207.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.525;SC=TCCCAAATCCCACCCCATTCT;SOR=0.305;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=12;WE=204434334;WS=204434315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr1	204434326	rs17847779	A	G	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.878;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CCCAAATCCCACCCCATTCTT;SOR=0.302;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=13;WE=204434334;WS=204434315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr1	204438334	rs1124777	C	T	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=52;PP=1531;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GCAGTTTGCCCGGCAATTGTT;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=93;WE=204438342;WS=204438324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,128:0.57:225
chr1	204438643	rs1553921	G	T	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=47;PP=1538;ReadPosRankSum=-1.234;SC=CCTGTGGGGAGAGTGAGTTGT;SOR=0.689;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=155;TCF=85;TCR=70;TR=102;WE=204438651;WS=204438633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,156:0.68:230
chr1	204494756	.	G	GT	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.543;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.554;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,63:0.30:212
chr1	204518842	rs4245739	C	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=389;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GCATTTATTCCGTTCACTTAC;SOR=1.030;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=23;WE=204518850;WS=204518832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr1	204527619	rs74764164	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr1	204913271	rs12061847	C	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=286;ReadPosRankSum=-0.406;SC=GGGGGCTCTTCGGTCCTCCAA;SOR=0.273;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=20;WE=204913279;WS=204913261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr1	204915393	rs2595960	A	G	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=41;PP=1586;SC=ATGCACCAGGAAGTGAGCTAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=81;WE=204915401;WS=204915383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	204917680	rs2068667	C	T	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=735;ReadPosRankSum=-0.970;SC=CTGGCTCGCTCACCTCTCTGG;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=48;WE=204917688;WS=204917670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,65:0.65:100
chr1	204921258	rs12141283	A	G	3049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=50;PP=1082;ReadPosRankSum=0.574;SC=AGTGAAGGGGAAAAAGAGTGC;SOR=0.584;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=252;TCF=110;TCR=142;TR=92;WE=204921266;WS=204921248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,176:0.39:457
chr1	204926980	rs7519658	C	T	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.357;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=58;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TGTCCCGGGGCTGGGGGCCAA;SOR=0.432;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=151;TCF=51;TCR=100;TR=91;WE=204926988;WS=204926970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,125:0.62:200
chr1	204931077	rs12740109	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=499;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TTCACTGAGCGTATTGCCTTT;SOR=0.148;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=29;WE=204931085;WS=204931067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr1	204943285	rs2595945	A	T	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=22;PP=1926;ReadPosRankSum=1.728;SC=GGCACTCGAGATTGCTTCTCT;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=70;TCR=22;TR=92;WE=204943293;WS=204943275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr1	204943992	rs2794861	A	G	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=58;PP=1750;SC=GGAGAGGGACAAGGAGGCCAT;SOR=1.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=83;WE=204944000;WS=204943982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	204945338	rs34566896	CTA	C	2054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=977;ReadPosRankSum=-0.177;SC=CCTCCCCTCTCTATAGGAGAC;SOR=0.892;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=24;WE=204945347;WS=204945328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr1	204945618	rs12124296	G	A	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=995;ReadPosRankSum=-1.397;SC=CAAGTATGATGAGTGCTCCAG;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=143;TCR=84;TR=76;WE=204945626;WS=204945608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,142:0.35:407
chr1	204951209	rs2278796	C	T	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=558;ReadPosRankSum=-0.671;SC=CACGAGGCCACGCTCACAGGC;SOR=0.284;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=42;WE=204951217;WS=204951199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,48:0.39:122
chr1	204953459	rs10641235	A	ATG	68.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;QD=22.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	204954993	rs2278795	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=170;ReadPosRankSum=-1.313;SC=CAACTAACCCAGCCCTGCCTG;SOR=0.299;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=13;WE=204955001;WS=204954983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr1	204955319	rs11240324	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=-1.629;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr1	204955329	rs11240325	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr1	204966170	rs16854920	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=266;ReadPosRankSum=0.739;SC=TCCGTTATGCTTGGGGAGGCT;SOR=1.426;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=20;WE=204966178;WS=204966160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr1	204966428	rs2802808	C	G	13159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1029;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=180;PP=2962;ReadPosRankSum=0.860;SC=CTACCACCATCGCCACCACCA;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=574;TCF=278;TCR=296;TR=344;WE=204966439;WS=204966418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,626:0.62:1016
chr1	204966690	rs2794858	G	A	6165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=107;PP=2965;SC=ACCCGTGACTGGATGCTCAGT;SOR=1.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=55;TCR=108;TR=160;WE=204966698;WS=204966680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr1	204966749	rs2595944	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=383;ReadPosRankSum=-0.470;SC=TGACACACACACACTCCTTGG;SOR=0.764;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=25;WE=204966757;WS=204966739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr1	204970148	rs10716288	TC	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TTTCTGACTCTCCCCTTTCCT;SOR=0.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=5;WE=204970156;WS=204970138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr1	204970243	rs4950976	A	G	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.274;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=394;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GTGTCTCCATATCTCTGGTGC;SOR=0.394;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=30;WE=204970251;WS=204970233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,53:0.39:137
chr1	204970302	rs4951151	T	C	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=455;ReadPosRankSum=-1.323;SC=CACCAGCCCCTGATGAGCAGT;SOR=0.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=65;TCR=56;TR=44;WE=204970310;WS=204970292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,75:0.39:194
chr1	204970495	rs4951152	C	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=-1.160;SC=CATTAAAGAGCTCCTGTGAAC;SOR=0.199;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=12;WE=204970503;WS=204970485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr1	204978445	rs3839001	G	GCTT	7561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.820;NF=26;NR=46;PP=2954;ReadPosRankSum=1.674;SC=TCAACCTTCTGCTTATTTGCT;SOR=0.764;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=251;TCF=93;TCR=158;TR=72;WE=204978453;WS=204978435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:419,212:0.34:631
chr1	204978533	rs1530745	A	G	13141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.02;NF=207;NR=165;PP=2965;SC=GTCCTTTAGCAGGGTAGTTTG;SOR=0.853;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=211;TCR=166;TR=372;WE=204978541;WS=204978523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr1	204978643	rs1530744	C	A	21507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=839;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=253;NR=241;PP=2965;ReadPosRankSum=1.075;SC=CCATCTCCCCCATGAAATCAT;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=500;TCF=255;TCR=245;TR=494;WE=204978651;WS=204978633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,831:1.00:835
chr1	204978704	rs55678495	G	A	11712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=2.476;SC=ACAACCAAGCGGACATCGCCA;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=488;TCF=210;TCR=278;TR=321;WE=204978712;WS=204978694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,536:0.65:819
chr1	205028581	rs2305278	C	G	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.596;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=546;ReadPosRankSum=0.123;SC=GAGGCCCTTGCCCCAGGCCTC;SOR=0.232;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=92;TCF=72;TCR=20;TR=34;WE=205028589;WS=205028571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
chr1	205028883	rs35182846	CAG	C	1284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.740;NF=0;NR=28;PP=1162;ReadPosRankSum=0.449;SC=TGAGGGCAGGCAGAGTCAGGG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=28;WE=205028892;WS=205028873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr1	205030862	rs41264869	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr1	205031116	rs2229866	C	T	3054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=44;PP=1427;ReadPosRankSum=-1.681;SC=AACGGGGAGCCTCTGGCCTCC;SOR=0.722;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=318;TCF=185;TCR=133;TR=112;WE=205031124;WS=205031106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,171:0.36:480
chr1	205031744	rs2242001	G	A	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,104:0.39:266
chr1	205031769	rs2242000	G	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=631;ReadPosRankSum=1.632;SC=CTGAGTTTAGGTGTTTCCAAA;SOR=0.702;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=51;WE=205031777;WS=205031759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,93:0.40:235
chr1	205033283	rs1470637	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.063;NF=6;NR=1;PP=104;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TAGTCCAGGCGGGAGATTTGA;SOR=0.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=7;WE=205033291;WS=205033273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	205033374	rs2305277	T	C	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.204;NF=29;NR=13;PP=576;ReadPosRankSum=0.192;SC=ATGGCGTGGCTTCAAAGGGCA;SOR=0.889;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=42;WE=205033382;WS=205033364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,60:0.41:145
chr1	205034488	rs4460698	A	G	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=661;ReadPosRankSum=1.835;SC=AGAAACCCATAGCCTAAGCGC;SOR=0.451;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=38;WE=205034496;WS=205034478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr1	205034852	rs143128501	A	ATGGCCTGCTGCACTGGTCAGGGCCGGTGGTC	970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.821;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.084;NF=2;NR=1;PP=709;ReadPosRankSum=-2.315;SC=CTCATGTCTCATGGCCTGCTG;SOR=2.712;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=3;WE=205034860;WS=205034842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr1	205038731	rs2305275	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=0.296;SC=CCTCCCTGACCCCTCTCCCGC;SOR=0.437;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=22;WE=205038739;WS=205038721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr1	205039295	rs56283998	A	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=1.296;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,36:0.32:112
chr1	205041158	rs2229868	C	T	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.618;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=639;ReadPosRankSum=-1.570;SC=CCCGAGTCAGCGGCCTGCATC;SOR=0.612;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=50;TCR=47;TR=53;WE=205041166;WS=205041148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,88:0.59:148
chr1	205041542	rs3903399	T	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=311;ReadPosRankSum=-0.413;SC=GAAGGGCTGGTTAAAGGTGAG;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=18;WE=205041550;WS=205041532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr1	205052939	rs4950979	G	A	5927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=67;PP=2598;SC=GCCTCTTGACGAGTCTCAAGT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=126;WE=205052947;WS=205052929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	205053219	rs4951168	C	T	6362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=76;PP=2965;SC=TTCTAAGCGCCGAGTCTGACA;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=163;WE=205053227;WS=205053209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr1	205067972	rs71147725	C	CA	32.07	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=8.02;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	205069404	rs11240356	G	A	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=68;PP=1798;ReadPosRankSum=-0.118;SC=AAGCAACTACGGGAAGGATAA;SOR=0.847;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=54;TCR=102;TR=103;WE=205069412;WS=205069394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,158:0.64:247
chr1	205085358	rs12025836	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=0.489;SC=ACTAAATACTTTGTTTTTGAA;SOR=1.034;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=3;WE=205085366;WS=205085348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	205091105	rs12033568	G	C	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.896;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=50;PP=1177;ReadPosRankSum=-1.465;SC=GAAGAGACTGGCGCAAGCTCC;SOR=1.398;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=98;TCF=16;TCR=82;TR=57;WE=205091113;WS=205091095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,65:0.59:110
chr1	205116635	rs11367	A	T	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,89:0.65:136
chr1	205119981	rs3851295	C	T	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=658;ReadPosRankSum=0.660;SC=AGCACTGCTGCGTACCTAAGC;SOR=0.893;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=43;WE=205119989;WS=205119971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,68:0.62:109
chr1	205129319	rs1062715	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=533;ReadPosRankSum=0.941;SC=GGGCACAAGGGAAGTGTCCTC;SOR=0.851;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=43;WE=205129327;WS=205129309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,59:0.39:153
chr1	205130413	rs3851294	A	G	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=21;PP=943;SC=TGTAAAGAACAGCTTTCCAGA;SOR=1.059;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=58;WE=205130421;WS=205130403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	205240913	rs9659978	A	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=5;PP=484;SC=TCCTGAGCGCACACATGCCAG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=205240921;WS=205240903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	205274174	rs10793728	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=0.529;SC=CAGAGGTCTCAACATTGGACA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=205274182;WS=205274166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	205275206	rs4951195	AG	TT	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=30;PP=2748;SC=GAGGCTTGAGAGTTGTGCTCT;SOR=0.888;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=68;WE=205275215;WS=205275196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	205275421	rs4951197	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=30;PP=935;SC=GGTTGGAGAGACCGAAGTCAG;SOR=1.385;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=205275429;WS=205275411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	205290794	rs3738746	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=595;ReadPosRankSum=0.586;SC=AGGGGAATCAGTAGGCTGTGC;SOR=0.837;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=40;WE=205290802;WS=205290784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr1	205290965	rs35321028	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=172;ReadPosRankSum=0.559;SC=TCGACGGCGGCGCGTGACCAC;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=13;WE=205290973;WS=205290955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr1	205307789	rs11240441	G	A	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=74;PP=1646;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CCCACCAAATGCAGATTGTGG;SOR=1.078;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=155;TCF=40;TCR=115;TR=96;WE=205307797;WS=205307779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,110:0.56:195
chr1	205308335	rs1105385	G	A	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=634;ReadPosRankSum=0.889;SC=GTTCCATGTCGAACACGTCCA;SOR=0.205;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=41;WE=205308343;WS=205308325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,57:0.67:85
chr1	205308368	rs1105387	C	T	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1294;ReadPosRankSum=0.774;SC=ACTTGGGCTGCCGGTAGAGGC;SOR=0.502;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=81;WE=205308376;WS=205308358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,107:0.64:167
chr1	205308591	rs1105388	C	T	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=60;PP=1492;ReadPosRankSum=0.557;SC=CTGAGGACAGCGACAGTGAAA;SOR=0.800;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=39;TCR=87;TR=88;WE=205308599;WS=205308581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,102:0.70:146
chr1	205312280	rs7549293	C	G	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=9;PP=1336;SC=CAGCAAATGCCTGTTGGTTTC;SOR=2.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=61;WE=205312288;WS=205312270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	205325609	rs2298250	C	A	10181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=114;NR=116;PP=2965;SC=ACCAGCAGGCCCTCAGAATGC;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=114;TCR=118;TR=230;WE=205325617;WS=205325599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr1	205353492	rs2274702	A	C	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=676;ReadPosRankSum=-1.846;SC=GCCTCAGGCCACTGATAAACA;SOR=0.682;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=48;WE=205353500;WS=205353482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,97:0.64:151
chr1	205385498	rs6688045	C	T	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=482;ReadPosRankSum=-0.009;SC=ACATCAATCACCAGGGTGAAT;SOR=0.649;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=131;TCF=60;TCR=71;TR=43;WE=205385506;WS=205385488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,94:0.37:253
chr1	205417586	rs74141216	C	T	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.96;MQRankSum=1.114;NF=3;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=-0.926;SC=CCGAGAAGCCCTCACTCCCCT;SOR=1.135;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=14;WE=205417594;WS=205417576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr1	205492756	rs7529442	A	G	3033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1492;ReadPosRankSum=0.009;SC=CCATGGAGGTAAGGGCCTCTG;SOR=0.550;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=88;WE=205492764;WS=205492746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,138:0.62:221
chr1	205495392	rs2297837	A	G	3525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=49;PP=2145;ReadPosRankSum=-0.897;SC=AGCTGGGGGTAGAGGATCATT;SOR=0.862;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=177;TCF=102;TCR=75;TR=120;WE=205495400;WS=205495382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,148:0.68:218
chr1	205495976	rs1544154	A	G	8881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=122;PP=2965;SC=GTGAGGCCTCAGGGGCAGGGT;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=101;TCR=122;TR=222;WE=205495984;WS=205495966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr1	205498021	rs7531230	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=102;ReadPosRankSum=1.342;SC=AGAGCCACGATCCCTGCAGCC;SOR=0.719;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=9;WE=205498029;WS=205498011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	205498343	rs4951235	C	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=274;ReadPosRankSum=0.181;SC=GCGGGGACCCCCTGTGGCCTC;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=20;WE=205498351;WS=205498333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr1	205499355	rs12042887	C	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.306;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=562;ReadPosRankSum=-0.862;SC=GCCCCCCAGCCGGGCCCAATA;SOR=0.451;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=46;WE=205499363;WS=205499345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,59:0.49:121
chr1	205499495	rs12035825	G	A	1603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=724;ReadPosRankSum=-1.057;SC=CTGGGGGTCCGGGAGCAGGGC;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=53;WE=205499503;WS=205499485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,84:0.44:191
chr1	205499577	rs6668356	C	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=406;ReadPosRankSum=1.067;SC=GAGGCCCCAGCCCCAGCAGAG;SOR=0.793;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=27;WE=205499585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr1	205499595	rs41264891	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=4;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=939;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GAGCAGCCCCGGGCACCTTGC;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=24;WE=205499619;WS=205499585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,29:0.36:80
chr1	205499611	rs41264893	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=3;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=939;ReadPosRankSum=0.193;SC=CTTGCCTCCCCTGCTGGGGTT;SOR=0.540;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=23;WE=205499619;WS=205499585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr1	205499701	rs12748821	T	C	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=888;ReadPosRankSum=0.613;SC=GGCCAGTCCTTACTGGAGGCC;SOR=0.756;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=47;WE=205499709;WS=205499691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,89:0.40:220
chr1	205499921	rs11240505	C	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=278;ReadPosRankSum=-1.002;SC=CCCATGGTCCCCCCACCACTG;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=21;WE=205499929;WS=205499911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,27:0.30:89
chr1	205553346	.	AT	A	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.776;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.933;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	205561496	rs74231752	C	T	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	205568213	rs2282449	C	T	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=657;ReadPosRankSum=-1.149;SC=ACACCTTCCACGTGAAGTTTT;SOR=0.567;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=113;TCF=74;TCR=39;TR=51;WE=205568221;WS=205568203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,75:0.44:169
chr1	205568390	rs2282450	T	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=425;ReadPosRankSum=1.716;SC=GTAAGGAAAGTATCTGTTTCT;SOR=0.857;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=37;WE=205568398;WS=205568380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,47:0.29:164
chr1	205568438	rs2282451	G	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.998;HP=4;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=884;ReadPosRankSum=-0.332;SC=GTCGGGGAGCGGGGGAGCAGG;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=27;WE=205568450;WS=205568428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr1	205568442	rs2282452	G	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=4;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=1166;ReadPosRankSum=0.584;SC=GGGAGCGGGGGAGCAGGAGAT;SOR=0.555;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=33;WE=205568450;WS=205568428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr1	205600653	rs6593957	C	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	205615946	.	AC	A	390	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=9;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=59.74;NF=0;NR=10;PP=390;QD=40.2;SC=TAAAAAAAAAACACCTTTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=10;WE=205615955;WS=205615926;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:33,10:0.23:43
chr1	205615947	rs4951250	C	A	1062.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.35;ReadPosRankSum=2.100;SOR=1.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,56:0.86:65
chr1	205686523	rs34305872	G	GT	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-2.040;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr1	205696671	rs1772147	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=631;SC=TTGTATACTCGAGCACAGCCT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=205696679;WS=205696661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	205719191	rs111265946	C	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=37;PP=1115;ReadPosRankSum=0.695;SC=CCCCGAACTTCAGCCGATGGG;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=0;TCR=68;TR=37;WE=205719199;WS=205719181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr1	205739396	rs823139	T	G	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr1	205764640	rs823156	G	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=400;ReadPosRankSum=3.008;SC=GACACAGACAGAGGTCAGAGG;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=33;WE=205764648;WS=205764630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,66:0.40:163
chr1	205766159	rs5780304	CA	C	7212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.095;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.139;NF=19;NR=68;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CAAAATGACGCAAAGACCACT;SOR=0.300;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=94;TCF=22;TCR=72;TR=87;WE=205766167;WS=205766149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr1	205779231	rs11240569	G	A	5193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=46;PP=2965;SC=CAGCAGCCACGGTCCCAAAGC;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=102;TCR=46;TR=148;WE=205779239;WS=205779221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	205814485	rs1104899	G	A	19364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=116;PP=2965;SC=AGTGTGCCCCGACCATAGATG;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=145;TCR=116;TR=261;WE=205814505;WS=205814475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr1	205814497	rs1891460	T	C	19530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=143;NR=122;PP=2965;SC=CCATAGATGATGCCATCACGC;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=265;TCF=143;TCR=122;TR=265;WE=205814505;WS=205814475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr1	205859798	rs12028467	G	C	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=6;PP=214;SC=ATATTTTTATGATGCTGGTTA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=205859806;WS=205859788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	205884610	.	A	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.351;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=298;ReadPosRankSum=-0.581;SC=TGCAACCAAGAGGTGACCCTA;SOR=0.612;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=26;WE=205884618;WS=205884600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
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chr1	205895818	.	C	T	3632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=75;PP=1803;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TGCCCTCCTGCGCATACCCGA;SOR=0.611;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=188;TCF=73;TCR=115;TR=126;WE=205895826;WS=205895808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,168:0.65:259
chr1	205896475	rs7366204	C	T	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=32;PP=1540;SC=TCTTGATTTACTTCCAATCCA;SOR=0.880;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=75;WE=205896483;WS=205896465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
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chr1	205901287	rs11240596	T	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=2.320;SC=AAGGCTCTTCTCCAACACAAT;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=10;WE=205901295;WS=205901277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	205901788	rs3811423	G	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=153;ReadPosRankSum=-1.206;SC=CCCATCCTTGGGGTCTGGGTC;SOR=0.242;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=15;WE=205901796;WS=205901778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr1	206230958	rs28632197	G	A	9090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=100;PP=2965;SC=CCCAGGATGCGCCGGCGGCTC;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=94;TCR=100;TR=194;WE=206230966;WS=206230948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr1	206230986	rs28676508	G	A	7931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=99;PP=2965;SC=GCAGCCTCTCGAGCCGCCACA;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=102;TCR=100;TR=201;WE=206230994;WS=206230976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr1	206231152	rs28529127	G	A	5109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=78;PP=2148;SC=GGAAAGACTCGCTGGGGTCTG;SOR=0.960;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=128;WE=206231160;WS=206231133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr1	206231203	rs28415467	G	A	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=51;PP=1554;SC=TGCCCACCTCGGGCACTGGAA;SOR=1.227;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=80;WE=206231211;WS=206231193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	206231259	rs33985287	A	G	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.14;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	206231264	rs33933482	G	A	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	206239403	rs28602496	C	T	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=5.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=-3.176;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,77:0.40:191
chr1	206239415	rs28639473	C	T	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.175;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=1596;ReadPosRankSum=-2.090;SC=CTGGCTCAGACAGAGCAGGGT;SOR=0.915;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=55;WE=206239423;WS=206239393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,84:0.41:206
chr1	206239574	rs28391411	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=318;ReadPosRankSum=-2.464;SC=CCACATCCTCTGTGGCCTTAG;SOR=1.067;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=29;WE=206239582;WS=206239564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,46:0.43:108
chr1	206239667	rs28412824	GA	AG	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=333;ReadPosRankSum=-0.221;SC=TACTCAACAAGATTCGCCCAT;SOR=0.138;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=9;WE=206239676;WS=206239657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	206239697	rs28628301	G	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GGGAAGATCTGGGTCCAAATA;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=206239705;WS=206239687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr1	206240271	rs28523378	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.641;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr1	206319086	.	C	G	7386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DP=933;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.377;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:541,390:0.42:931
chr1	206516159	rs199928990	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr1	206516261	rs201036189	C	T	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.51;MQRankSum=-0.561;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
chr1	206566195	rs200978831	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.92;MQRankSum=-5.752;QD=0.53;ReadPosRankSum=-2.284;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:481,82:0.15:563
chr1	206566860	rs11361942	TA	T	854.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=7.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.04;MQRankSum=-9.469;QD=4.94;ReadPosRankSum=-2.899;SOR=1.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,66:0.38:173
chr1	206566904	rs2919105	T	C	4305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.435;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-17.585;NF=116;NR=43;PP=2740;ReadPosRankSum=-1.294;SC=CTTTTCAGCGTCAAGCCAAGT;SOR=1.051;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=319;TCF=220;TCR=99;TR=159;WE=206566912;WS=206566893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,189:0.49:388
chr1	206567100	rs2480377	C	T	2490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-13.571;QD=4.73;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,150:0.28:527
chr1	206579936	rs201644221	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.76;MQRankSum=-3.210;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.895;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr1	206603535	rs2297539	G	A	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=386;ReadPosRankSum=-0.978;SC=CAATTCCTCTGGTGGTGGAAA;SOR=0.859;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=34;WE=206603543;WS=206603525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,56:0.30:184
chr1	206623685	rs12725078	G	T	5977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=51;PP=2458;SC=GACAAGAATTGTATGAGCACA;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=79;TCR=51;TR=130;WE=206623693;WS=206623675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	206623866	rs11809494	C	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=437;ReadPosRankSum=2.785;SC=CAGAAGGAAGCGATTATATAT;SOR=0.646;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=29;WE=206623874;WS=206623856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr1	206626607	rs11120575	G	A	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1194;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CCCGAGAGCTGTCCTTTAAGA;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=76;WE=206626615;WS=206626597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,124:0.61:203
chr1	206626779	rs2483059	A	G	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=44;PP=1251;SC=CTCTATGGGAATGAGACTTCA;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=206626787;WS=206626769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	206626828	rs2483058	C	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=5;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=342;ReadPosRankSum=0.372;SC=GCCAACCCCTCGGGGGTCCAG;SOR=0.412;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=20;WE=206626836;WS=206626818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr1	206631518	rs10864212	G	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=3;PP=504;SC=GTTACAGTCTGTTTGGAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=206631540;WS=206631509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	206631532	rs12565311	T	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.973;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=434;ReadPosRankSum=0.829;SC=GGAAAAAGAGTCATGCTAAAA;SOR=2.004;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=20;WE=206631540;WS=206631509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr1	206634429	rs17018890	A	G	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=822;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TACGGGAACTAGAACGGCAGA;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=89;TCR=62;TR=57;WE=206634437;WS=206634419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,99:0.39:252
chr1	206646427	rs1930437	C	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=517;ReadPosRankSum=-1.041;SC=TGTGGAATGGCCACATGGAGC;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=33;WE=206646435;WS=206646417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr1	206647742	rs1539242	A	G	6735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=65;PP=2719;SC=GCGAGGTGCAAGTGAGGGAGT;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=145;WE=206647750;WS=206647732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr1	206647787	rs1539243	T	C	6219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=64;NR=74;PP=2099;SC=ACCAGAACATTGTCAAGCTCT;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=138;WE=206647795;WS=206647777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr1	206648037	rs2297546	C	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr1	206648378	rs1059704	G	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=435;ReadPosRankSum=0.031;SC=TCAGACCAGCGGCAGGCCTGG;SOR=0.286;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=20;WE=206648386;WS=206648368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr1	206665896	rs2336940	C	G	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=69;PP=2523;SC=CGAGGGCTGACCTCCAACCCC;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=119;WE=206665904;WS=206665886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr1	206667441	rs2184030	G	A	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=79;PP=2337;SC=GTCCATTTTCGAAGAAGCCCT;SOR=1.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=29;TCR=80;TR=108;WE=206667449;WS=206667431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr1	206670827	rs12754274	G	T	4579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=33;PP=2250;SC=TGTGTGCTTCGAAGCGTGAAG;SOR=1.459;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=84;TCR=34;TR=117;WE=206670835;WS=206670817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	206680983	rs2095124	A	C	7343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr1	206757857	rs4845112	C	A	7908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.596;SC=CACGGACAAGCGGACATCCTT;SOR=0.676;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=296;TCF=151;TCR=145;TR=194;WE=206757865;WS=206757847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,374:0.64:583
chr1	206758077	rs4418597	T	A	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=51;PP=1442;SC=AAGCCCACCCTCTAAAACTCC;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=80;WE=206758085;WS=206758067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	206765254	rs12079722	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.838;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=395;ReadPosRankSum=1.494;SC=GTCCCCGTTGCCTCACAATGT;SOR=1.230;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=22;WE=206765262;WS=206765244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr1	206766819	rs138574590	AGAGC	A	344.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=5;PP=336;SC=AGAGAGAGAGAGAGCGCGAGA;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=15;WE=206766833;WS=206766809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	206770283	rs11284613	AC	A	740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=3;PP=539;SC=TGTTCCAAAGACCCCCCCAAA;SOR=3.528;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=20;WE=206770291;WS=206770273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	206772194	rs373767533	ACT	A	1747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.51;NF=24;NR=6;PP=1409;SC=CCAGACAATAACTCTGAGTGT;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=206772203;WS=206772184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	206772753	rs4845116	A	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=408;SC=CACTACTCAGATTGAGAGGAA;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=206772761;WS=206772743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	206773659	rs6662929	A	G	8090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=93;PP=2965;SC=GTCGTCCTTCAGGGCTGATGG;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=88;TCR=94;TR=181;WE=206773667;WS=206773649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr1	206776200	rs6668054	C	T	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.61;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	206776203	rs6675741	T	C	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	206810946	rs17013271	C	T	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=686;ReadPosRankSum=-1.512;SC=ACATAGGATTCTATATTCTTC;SOR=0.428;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=61;TCR=12;TR=39;WE=206810954;WS=206810936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr1	206858646	rs17041931	C	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.141;HP=5;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=273;ReadPosRankSum=-1.565;SC=CGCAGCCCCCCACCCCTGCCC;SOR=0.039;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=16;WE=206858654;WS=206858636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr1	206904464	rs10863805	C	T	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=689;ReadPosRankSum=0.285;SC=CTCCCACTTCCTTCCTCCTGT;SOR=0.944;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=42;WE=206904472;WS=206904454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,62:0.35:177
chr1	206904644	rs58152125	C	CGT	1701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.237;NF=3;NR=33;PP=1534;ReadPosRankSum=-0.375;SC=GGGAAGAGCCCGTGTGTGTGT;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=6;TCR=71;TR=36;WE=206904653;WS=206904634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,60:0.57:105
chr1	206905043	rs4073250	C	T	4796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=43;PP=2090;ReadPosRankSum=-1.984;SC=TGACCATCACCGAGTTTATGA;SOR=0.672;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=235;TCF=154;TCR=81;TR=133;WE=206905051;WS=206905033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,221:0.63:353
chr1	206943116	rs5743627	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=233;ReadPosRankSum=0.799;SC=TGCTTTGGGGTTGGGGAGTGG;SOR=0.551;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=16;WE=206943124;WS=206943106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr1	206943351	rs3024494	T	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=204;SC=CCAAATGCCTTGCCTCACAGC;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=206943359;WS=206943341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	206944112	rs3024492	T	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=438;ReadPosRankSum=-1.960;SC=GAGATCTGACTCCAGGAGTCT;SOR=0.735;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=27;WE=206944120;WS=206944102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr1	206944233	rs1554286	A	G	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=33;PP=1561;ReadPosRankSum=0.620;SC=GCAAGGGAAAAAACTGATCTG;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=89;TCR=49;TR=92;WE=206944241;WS=206944223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,134:0.60:225
chr1	206944645	rs1518111	T	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=576;ReadPosRankSum=-1.809;SC=GGAAGCAGAGTCTCCCTTCCC;SOR=0.219;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=29;WE=206944653;WS=206944635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr1	206944861	rs1518110	A	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=377;ReadPosRankSum=-0.368;SC=TTTTTTAAATAAAATTGGCTC;SOR=1.044;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=21;WE=206944869;WS=206944851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr1	207009910	rs2243170	T	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=430;SC=TCCTCCCGGCTTGCCTTCGAG;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=207009918;WS=207009905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	207014472	rs2243188	A	C	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	207015957	rs2243191	T	C	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=640;ReadPosRankSum=-0.020;SC=GAAGTAATGTTCTCAGCTTGA;SOR=0.646;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=45;WE=207015965;WS=207015947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,87:0.64:135
chr1	207040659	rs2232360	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=457;ReadPosRankSum=0.770;SC=TAGAGTTTCTGCCTGCTTCAT;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=29;WE=207040667;WS=207040649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr1	207042033	rs2232363	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TGGTCACAGTGTATCTTATTT;SOR=0.527;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=9;WE=207042041;WS=207042023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr1	207195779	rs2842726	A	G	4734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=58;PP=2229;SC=TTAGGGATAGAAATTGGCATA;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=207195787;WS=207195769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr1	207237233	.	GGT	G	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.484;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr1	207243851	rs923109	A	G	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=30;PP=890;SC=CCCTGTCTCCACTCAAATTAG;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=207243859;WS=207243841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	207245045	rs11120137	T	C	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=41;PP=955;SC=TACGTCCAAATGTAGTTTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=58;WE=207245053;WS=207245035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	207245080	rs35425352	A	AT	482.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.764;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;MQRankSum=0.000;QD=16.65;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr1	207262980	rs12711513	T	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=579;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TTTGGTGTCCTTTTGCGGTGT;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=44;WE=207262988;WS=207262970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,60:0.43:141
chr1	207263829	rs6690037	A	G	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=766;ReadPosRankSum=0.918;SC=GTGCCGCTGTAAGTTAGATCT;SOR=0.885;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=48;WE=207263837;WS=207263819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,69:0.41:170
chr1	207268779	rs7542292	A	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=471;ReadPosRankSum=1.293;SC=AGGTTCAAGCAGTTCTCATGC;SOR=0.490;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=30;WE=207268787;WS=207268769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr1	207288897	rs12031629	T	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.688;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr1	207297484	rs2842707	G	C	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=603;ReadPosRankSum=0.862;SC=TGATGCCTTCGCTGAGTATTT;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=31;WE=207297492;WS=207297474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr1	207297680	rs1126618	T	C	6642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=84;PP=2162;SC=AAACAATAGGTGTTTGGAGAC;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=59;TCR=87;TR=141;WE=207297688;WS=207297670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr1	207300259	rs2491393	A	G	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=64;PP=1870;SC=GGACTGTGACAGAATTTCAAT;SOR=1.116;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=99;WE=207300267;WS=207300249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr1	207304900	rs4844573	T	C	5492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=46;PP=2673;SC=GATAGTTGTATTAATTTACCA;SOR=1.109;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=89;TCR=46;TR=133;WE=207304908;WS=207304890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	207500293	rs4844591	C	T	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=38;PP=1107;SC=GCAAACCCACCTTTCAATATA;SOR=2.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=49;WE=207500301;WS=207500283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr1	207504669	rs2184476	G	A	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=49;PP=1281;SC=TTATATTTTTGCTTTATTCTT;SOR=2.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=62;WE=207504677;WS=207504659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	207510289	rs2490257	T	C	12235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=106;NR=229;PP=2965;SC=ACCAACACCTTAGAAACCCAC;SOR=1.417;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=338;TCF=106;TCR=232;TR=335;WE=207510297;WS=207510279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr1	207510548	rs10746462	A	G	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=12;PP=2370;SC=ACAGCCCAAAAATTCACCACA;SOR=3.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=81;TCR=12;TR=93;WE=207510556;WS=207510538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	207510596	rs10746463	G	A	7953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=66;PP=2965;SC=TCAGCAGCACGTAAGTCCACT;SOR=1.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=146;TCR=66;TR=212;WE=207510604;WS=207510586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr1	207512577	rs10641442	T	TTAA	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=410;SC=CTTGATTAAGTTAATGTGTAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=9;WE=207512585;WS=207512567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	207532861	rs56253023	C	CTTT	1144.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=12.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.835;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr1	207627693	rs3813946	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TGCTCCAGCCTTGCCCTCCCA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=207627701;WS=207627683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	207641840	rs2063143	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=5;PP=562;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CATCATCTGACGGCTTTTTTT;SOR=0.995;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=35;WE=207641848;WS=207641830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr1	207642295	rs1507764	G	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=787;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TTGTGTGTGCGTGGTGTGGAC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=52;WE=207642303;WS=207642285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr1	207646322	rs1048971	G	A	3503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-4.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=62;PP=1583;ReadPosRankSum=-0.821;SC=CTGCTCCCCTGTGTAAACTTT;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=196;TCF=96;TCR=100;TR=121;WE=207646330;WS=207646312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,173:0.63:273
chr1	207646462	rs17615	G	A	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=47;PP=1143;ReadPosRankSum=-2.794;SC=TTGAAGGGCAGTAGTCAGATT;SOR=0.600;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=55;TCR=84;TR=78;WE=207646470;WS=207646452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,133:0.61:219
chr1	207646898	rs4308977	T	C	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=11;PP=1046;ReadPosRankSum=-1.768;SC=AGGCTGCCAGTCACCTCCTGG;SOR=1.130;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=95;TCF=72;TCR=23;TR=55;WE=207646906;WS=207646888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,72:0.61:118
chr1	207646923	rs17616	G	A	2550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=25;PP=1263;ReadPosRankSum=-1.161;SC=CACCATGGTCGTCATACAGGT;SOR=0.704;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=131;TCF=88;TCR=43;TR=80;WE=207646931;WS=207646913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,114:0.67:171
chr1	207653178	rs12032512	C	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=629;ReadPosRankSum=-0.012;SC=TATGATTATTCAGGAATTCAG;SOR=0.446;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=40;WE=207653186;WS=207653168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,54:0.45:120
chr1	207653395	rs17617	C	A	9246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=115;PP=2965;SC=AAACACAGAGCACGGTAAGTT;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=81;TCR=116;TR=196;WE=207653403;WS=207653385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr1	207653444	rs17258996	T	A	3612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=54;PP=1348;ReadPosRankSum=0.358;SC=GCACAAGTGGTTTCGGCTTCT;SOR=0.530;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=152;TCF=52;TCR=100;TR=85;WE=207653452;WS=207653434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,173:0.61:282
chr1	207679187	rs55717835	GA	G	2168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=16;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.155;NF=37;NR=34;PP=930;ReadPosRankSum=-0.304;SC=TCTCAAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=71;WE=207679195;WS=207679177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,134:0.58:233
chr1	207679229	rs4844599	T	G	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.490;NF=64;NR=41;PP=1448;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CTTTGATGCTTCTATGGTCTT;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=248;TCF=155;TCR=93;TR=105;WE=207679237;WS=207679219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,153:0.43:360
chr1	207679307	rs4844600	A	G	11744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=26.75;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr1	207753621	rs2274567	A	G	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.194;NF=39;NR=49;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CATGGTGAGCATACCCCAAGC;SOR=0.764;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=231;TCF=107;TCR=124;TR=88;WE=207753629;WS=207753611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,115:0.38:299
chr1	207753831	.	C	CT	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,23:0.19:124
chr1	207757936	rs646817	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=439;ReadPosRankSum=-0.246;SC=CTGTAGAATCACCTTGGATTA;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=93;TCR=19;TR=38;WE=207757944;WS=207757926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,39:0.35:113
chr1	207758232	rs1752688	A	G	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.263;NF=30;NR=61;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GTCAGTATCCACTTCCACATA;SOR=0.565;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=293;TCF=88;TCR=205;TR=91;WE=207758240;WS=207758222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,126:0.32:392
chr1	207782916	rs4844609	A	T	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=81;PP=2780;SC=GAGTTTCTTTACCCTCACTGA;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=140;WE=207782924;WS=207782906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr1	207782931	rs6691117	A	G	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=859;ReadPosRankSum=-1.237;SC=CACTGAGATCATCAGATTTAG;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=62;WE=207782939;WS=207782921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,87:0.41:214
chr1	207784968	rs3818361	A	G	14966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=158;NR=161;PP=2965;SC=ATAAGATATAACAAAGGAAAT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=320;TCF=159;TCR=161;TR=319;WE=207784976;WS=207784958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,575:1.00:575
chr1	207790088	rs3811381	C	G	5468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=91;PP=2298;ReadPosRankSum=-0.426;SC=ACAAGTGACCCTCAAGGGAAT;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=363;TCF=165;TCR=198;TR=178;WE=207790096;WS=207790078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,279:0.50:561
chr1	207791434	rs41274770	A	G	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=994;ReadPosRankSum=0.236;SC=CATCCACCCAAGATCCAAAAC;SOR=0.844;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=66;WE=207791442;WS=207791424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,112:0.53:212
chr1	207795320	rs2296160	A	G	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=26;PP=1181;SC=CCTTTTAGGTACACATGATGC;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=65;WE=207795328;WS=207795310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	207818719	rs11118237	G	A	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=948;ReadPosRankSum=2.337;SC=CGAGGCTAGAGCTCTGCTCAG;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=72;WE=207818727;WS=207818709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,125:0.63:197
chr1	207850560	rs67422482	A	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=103;ReadPosRankSum=-0.462;SC=CCATCTACTCAGGAGGCTGAG;SOR=0.593;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=9;WE=207850568;WS=207850557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	207850589	rs34451130	A	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=15;NR=3;PP=317;ReadPosRankSum=0.104;SC=AATTGCTTGAACCTGTGAGGC;SOR=0.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=18;WE=207850597;WS=207850579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr1	207850652	rs57151160	CAAAAAA	C	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=14.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.09;ReadPosRankSum=-1.520;SOR=3.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr1	207850879	rs34509370	C	T	8196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.691;NF=101;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.714;SC=GCCTAAAAAACTCAGTCTGGA;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=338;TCF=159;TCR=179;TR=216;WE=207850887;WS=207850869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,385:0.63:613
chr1	207851611	rs2296158	A	G	5665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.531;NF=78;NR=98;PP=2480;ReadPosRankSum=0.684;SC=CATCCAGTTCAGATCCCAAAT;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=302;TCF=135;TCR=167;TR=176;WE=207851619;WS=207851601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,283:0.56:504
chr1	207857158	rs12411037	T	C	3128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.135;NF=80;NR=26;PP=1876;ReadPosRankSum=0.212;SC=AAGTAGTAATTTAATTGGGTA;SOR=1.031;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=222;TCF=155;TCR=67;TR=106;WE=207857166;WS=207857148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,139:0.49:283
chr1	207857222	rs41314532	G	A	8790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=786;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=2.661;NF=132;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.378;SC=TCTAGATACCGACTCATTGGT;SOR=0.876;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=428;TCF=235;TCR=193;TR=227;WE=207857230;WS=207857212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,431:0.55:782
chr1	207872595	rs12729569	A	G	7053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=0.121;SC=AAGCCTTTGGAATAGCAGTGT;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=377;TCF=220;TCR=157;TR=209;WE=207872603;WS=207872585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,335:0.55:608
chr1	207872657	rs12748243	C	T	8921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=799;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.545;SC=CAATCTCTCCCCTTCATCTGT;SOR=0.591;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=446;TCF=208;TCR=238;TR=255;WE=207872665;WS=207872647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,439:0.55:796
chr1	207888626	rs6677310	C	T	2806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.647;NF=54;NR=42;PP=1423;ReadPosRankSum=0.232;SC=GAATTGCTCACACATTTGCTA;SOR=0.754;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=189;TCF=102;TCR=87;TR=96;WE=207888648;WS=207888616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,134:0.50:270
chr1	207888704	rs2796255	T	C	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.207;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.421;NF=47;NR=62;PP=1329;ReadPosRankSum=0.226;SC=TTGGCTGGAATGAAAGCCCTT;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=181;TCF=79;TCR=102;TR=109;WE=207888712;WS=207888694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,132:0.56:237
chr1	207888760	rs2796261	C	T	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=78;PP=2307;SC=GAAAGAACTACGTAGTTTGGA;SOR=1.091;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=45;TCR=79;TR=123;WE=207888768;WS=207888750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	207890866	rs2796257	T	C	22308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=870;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=269;NR=213;PP=2965;SC=GGAACTCCCCTTGGAGATATT;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=487;TCF=272;TCR=215;TR=482;WE=207890874;WS=207890856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,860:1.00:860
chr1	207941191	rs2724374	G	T	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	207956559	rs1962149	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=1.131;SC=CACCCTATGAGTTTAAAGGAT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=207956567;WS=207956549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	207959122	.	CTTT	C	780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=41.09;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	207959136	rs373519619	T	TAA	783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.19;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	207992546	rs12123251	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CCCCATTGCCGTCGACTGACG;SOR=0.478;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=20;WE=207992554;WS=207992536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr1	208062260	rs2745952	T	C	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=1505;ReadPosRankSum=-0.814;SC=GCTCCAGCCCTCTGTGTGTGA;SOR=1.067;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=72;WE=208062268;WS=208062250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr1	208062471	rs2073070	A	C	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=4.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.051;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,120:0.56:215
chr1	208062973	rs2745953	A	T	5905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=71;PP=2184;ReadPosRankSum=-1.447;SC=CCGCCTGGGAAGACAGAGAAA;SOR=0.585;SbPval=0.46;Source=Platypus;TCF=133;TR=149;WE=208062981;WS=208062963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,283:0.66:428
chr1	208063067	rs2179634	G	A	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=4.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,182:0.65:282
chr1	208063100	rs5780411	G	GA	716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.244;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,62:0.45:138
chr1	208072626	rs12029239	A	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-2.159;SC=TAGATACACAAAATCTCAGGT;SOR=0.320;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=208072634;WS=208072616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	208200737	rs659192	C	G	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=445;ReadPosRankSum=-0.413;SC=TAGAAGACACCATTTTCTGGA;SOR=0.922;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=30;WE=208200745;WS=208200727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr1	208204794	rs76190764	CTGTT	C	1477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.227;SC=CATATGTGCACTGTTTGTTCC;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=24;WE=208204805;WS=208204784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr1	208207839	rs3736963	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,37:0.26:140
chr1	208208124	rs6540448	C	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr1	208219545	rs74152180	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=1.684;SC=CCACCCTCTCTCTGCTTTTGT;SOR=0.021;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=18;WE=208219553;WS=208219535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	208225909	rs841865	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=0.795;SC=CATTCTGGGCGTGGTGGTACT;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=29;WE=208225917;WS=208225899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr1	208233998	rs2251465	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.503;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=407;ReadPosRankSum=1.455;SC=TCTGAAGCTCCCATGGGAAAA;SOR=0.466;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=32;WE=208234006;WS=208233988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,42:0.32:132
chr1	208252504	rs2274444	C	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.024;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr1	208252777	rs17011882	G	C	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,93:0.45:206
chr1	208269592	rs74631854	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=0.572;SC=GTAGATACTATGTGGAACCTG;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=208269600;WS=208269582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr1	208270244	rs3818517	A	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=452;ReadPosRankSum=0.092;SC=GGAGGAGCAAAGAGATGATGC;SOR=0.557;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=38;WE=208270252;WS=208270234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr1	208270325	rs6695694	C	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=-0.301;SC=CACTGATCTCCCCTGACCTCA;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=208270333;WS=208270315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	208276351	rs2296732	C	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.246;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.115;NF=20;NR=9;PP=449;ReadPosRankSum=1.555;SC=TCTTCCTGCTCTCAACACTGA;SOR=0.261;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=29;WE=208276359;WS=208276341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
chr1	208276399	rs10654695	C	CCTCT	7180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=27;PP=2973;SC=GAGGACAATTCCTCTCTCTGC;SOR=1.734;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=73;WE=208276407;WS=208276389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr1	208390086	rs1664227	G	C	8873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=82;PP=2965;SC=TTACCGCCTTGGTGCACTGGA;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=124;TCR=83;TR=205;WE=208390094;WS=208390076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr1	208391085	rs12120681	G	A	11406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=129;NR=115;PP=2965;SC=CCACATAGACGGCCCCCGTCC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=245;TCF=130;TCR=115;TR=244;WE=208391093;WS=208391075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr1	208391254	rs2782948	C	T	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.05;NF=54;NR=87;PP=2755;SC=GGGCCAGGGCCGCCTCTGTTC;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=54;TCR=88;TR=141;WE=208391262;WS=208391244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr1	209605636	rs3842530	TAGCAGCAGCAGC	T	4439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.163;NF=11;NR=45;PP=2997;ReadPosRankSum=-1.761;SC=GCCACCACCGTAGCAGCAGCA;SOR=0.753;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=79;TCF=14;TCR=65;TR=56;WE=209605658;WS=209605626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr1	209781417	rs143460578	TACAC	T	776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=3;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.909;NF=0;NR=26;PP=702;ReadPosRankSum=-0.914;SC=GGCACACGGGTACACACACAC;SOR=1.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=26;WE=209781430;WS=209781407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr1	209782343	rs11119314	A	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=294;ReadPosRankSum=0.748;SC=GATACCCCCCATTCTATGAAG;SOR=0.656;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=29;WE=209782351;WS=209782333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,40:0.31:131
chr1	209782545	rs9430006	A	G	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.563;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=624;ReadPosRankSum=-0.209;SC=GTCCCTGGGGATCTTACAGAA;SOR=1.201;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=35;WE=209782553;WS=209782535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr1	209784663	rs10746421	A	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=313;ReadPosRankSum=0.948;SC=CACAGAGGAGACCTGCTTGCA;SOR=0.950;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=17;WE=209784671;WS=209784653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr1	209784927	rs2076230	G	T	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=894;ReadPosRankSum=1.959;SC=GGGTGGGAAAGCTGTTCTGGG;SOR=1.094;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=128;TCF=43;TCR=85;TR=56;WE=209784935;WS=209784917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,72:0.43:168
chr1	209785011	rs2076226	G	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=151;ReadPosRankSum=0.618;SC=TTGGAGCTCCGTGTACCCTCT;SOR=0.654;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=11;WE=209785019;WS=209785001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr1	209785957	rs2272879	T	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr1	209786078	rs2272880	G	A	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,78:0.47:165
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chr1	209796329	rs12748250	T	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.365;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=414;ReadPosRankSum=-0.612;SC=GCACTTACCATCTGCCTGGTC;SOR=1.259;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=29;WE=209796337;WS=209796319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,31:0.34:90
chr1	209799253	rs2179402	A	G	5131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=70;PP=2389;SC=GGTAGCGATTACAGTAGCCTC;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=122;WE=209799261;WS=209799243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	209804095	rs4844863	G	A	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=32;PP=940;SC=GAGGGGGACCGTCAGCCATCA;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=209804103;WS=209804085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	209807972	rs1130667	G	A	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=996;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GCATGCCGGCGGGCATGGGCC;SOR=0.390;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=57;WE=209807980;WS=209807962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,79:0.65:122
chr1	209811829	rs2076355	A	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=352;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CATCCGTCTTATCCTGTGGAG;SOR=0.684;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=29;WE=209811837;WS=209811819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,40:0.40:99
chr1	209811886	rs2076356	T	G	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.740;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,89:0.61:146
chr1	209812063	rs2076357	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=233;SC=CGTCCTGAGATCCCAGCATAT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=209812071;WS=209812053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	209823354	rs2228339	G	A	1825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=985;ReadPosRankSum=0.700;SC=TCAGTCCACAGGTAGATGAAG;SOR=0.774;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=167;TCF=70;TCR=97;TR=67;WE=209823362;WS=209823344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,99:0.35:282
chr1	209849002	rs3817870	T	C	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=726;ReadPosRankSum=0.828;SC=CTGCAGGTCATTCCCGCCTCC;SOR=0.774;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=46;WE=209849010;WS=209848992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,80:0.53:152
chr1	209849399	rs3830766	AG	A	1627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.693;NF=1;NR=20;PP=826;ReadPosRankSum=-0.952;SC=ACAGACCGAGAGAGGAATGGA;SOR=0.672;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=21;WE=209849414;WS=209849389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr1	209849406	rs1473683	T	G	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.27;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	209880508	rs58182526	GA	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.942;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.063;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr1	209950681	rs649275	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr1	209950760	rs669694	C	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TGAGCACCAGCAACTGCAGGC;SOR=0.501;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=10;WE=209950768;WS=209950750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr1	209952865	rs623360	C	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=465;ReadPosRankSum=2.190;SC=TTTTTAAGGACTGATCATTGG;SOR=1.027;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=31;WE=209952873;WS=209952855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,36:0.53:68
chr1	209974528	.	CAA	C	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr1	210001586	rs616227	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=0.780;SC=CTGGTCTCCCAGATAGTGCTG;SOR=0.346;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=9;WE=210001594;WS=210001576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr1	210003388	rs599663	A	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.931;HP=3;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=222;ReadPosRankSum=2.332;SC=TTAACATCTCATTTGACCTTT;SOR=0.590;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=7;WE=210003410;WS=210003378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr1	210003402	rs599649	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.128;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=222;ReadPosRankSum=1.313;SC=GACCTTTTCCTAATTTCTACA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=8;WE=210003410;WS=210003378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr1	210004199	rs585627	C	G	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=2.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.876;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,55:0.33:168
chr1	210006437	rs655712	GC	AT	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=319;ReadPosRankSum=-0.858;SC=ATCAATGAACGCTATTGTTGG;SOR=0.148;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=210006446;WS=210006427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr1	210006603	rs656566	C	T	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=668;ReadPosRankSum=-0.354;SC=AAACATCCCCCGAAGAGTTCA;SOR=0.805;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=58;WE=210006611;WS=210006593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,103:0.36:284
chr1	210008367	rs685248	C	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=461;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GGGAAGACCACAAAACCCCTC;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=54;TCR=14;TR=29;WE=210008375;WS=210008357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr1	210008673	rs686582	T	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.946;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=188;ReadPosRankSum=-1.600;SC=TGGGGCACAGTTGTAGCTAGA;SOR=0.283;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=17;WE=210008681;WS=210008663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr1	210012102	rs1962735	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=95;ReadPosRankSum=-0.409;SC=TGTTGAGCCAAGCCCTGCGCA;SOR=0.109;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=11;WE=210012110;WS=210012092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr1	210015568	rs10570454	GCT	G	1078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=866;ReadPosRankSum=1.770;SC=ACATGTAAATGCTCTCAGTCA;SOR=0.743;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=20;WE=210015577;WS=210015558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,33:0.28:116
chr1	210111733	rs12025114	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr1	210406940	rs624270	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=336;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GCAGCAGAGCTGCGCTGCGGG;SOR=0.553;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=24;WE=210406948;WS=210406930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr1	210407031	rs624706	G	T	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=3.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=-1.261;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,118:0.43:276
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chr1	210407339	rs34824193	T	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=2.214;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr1	210411266	rs11347154	GT	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr1	210414879	.	C	CT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr1	210536078	rs2294848	C	G	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=30;PP=2016;SC=CGTGCCTGCACCTTAGTCCAC;SOR=1.298;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=96;WE=210536086;WS=210536068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr1	210577831	rs34772809	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=255;ReadPosRankSum=-0.120;SC=AGACAGAAAACGAGTACTACC;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=16;WE=210577839;WS=210577821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr1	210577873	rs2066721	G	C	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=15;PP=999;SC=TTCGCTGCCTGTACTACACCA;SOR=1.318;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=210577881;WS=210577863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr1	210577901	rs34228541	T	C	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=454;ReadPosRankSum=-1.018;SC=CCTGGAGCTCTGCTGGCAGCA;SOR=0.678;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=34;WE=210577909;WS=210577891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,55:0.58:95
chr1	210591742	rs3215542	TG	T	1066.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=734;ReadPosRankSum=-1.467;SC=GGAGCTGGAGTGGGGGGTGAG;SOR=0.791;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=2;TCR=67;TR=30;WE=210591750;WS=210591732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr1	210686570	rs4545340	A	G	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=32;PP=1020;SC=ACATTGAATAACATGTCTATT;SOR=1.058;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=51;WE=210686578;WS=210686560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	210761462	rs4297293	G	C	2117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=41;PP=1175;SC=GATCCTTGCTGCTGTGTTAGG;SOR=1.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=210761470;WS=210761452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	210804319	rs74158952	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=0.603;SC=AGCCAACATATCTTTGTATTT;SOR=1.179;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=9;WE=210804327;WS=210804309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr1	210847514	rs1934615	A	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=200;ReadPosRankSum=-1.834;SC=CAGACTTTCCAGGAGGCCTTT;SOR=0.351;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=13;WE=210847522;WS=210847504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr1	210856585	rs3135473	G	T	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=21;PP=1274;SC=GGCAGGGTTGGAGGTATCTGT;SOR=1.313;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=210856593;WS=210856575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	210857457	rs1135317	A	G	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=45;PP=1371;SC=CACGTTTCACATCGCTGATCT;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=210857465;WS=210857447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr1	211276828	rs3762452	C	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	211280724	rs199641326	TAA	T	6485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.153;QD=24.57;ReadPosRankSum=1.176;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:29,235:0.89:264
chr1	211380770	rs7525401	T	C	3794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.814;NF=73;NR=63;PP=1494;ReadPosRankSum=0.281;SC=CAGGACGCCCTGCTGGGCCGA;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=343;TCF=184;TCR=159;TR=136;WE=211380778;WS=211380760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:351,213:0.38:564
chr1	211447435	rs5780634	CT	C	95.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	211447625	rs11580084	G	A	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=52;PP=1868;SC=AAACACTTCAGTAGTAAGGCT;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=108;WE=211447633;WS=211447615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr1	211452529	rs10708960	TA	T	283.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;MQRankSum=0.510;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,24:0.86:28
chr1	211452678	rs3767377	G	A	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=38;PP=1174;SC=ATCACTAGAAGTACTTGTGAT;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=211452686;WS=211452668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	211452728	rs3767378	G	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=29;PP=829;SC=ACAGTACTTCGTATTAAGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=211452736;WS=211452718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	211527609	rs7530570	C	A	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=1;PP=571;SC=TACAGGAGGCCCCTTCTGGGT;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=211527617;WS=211527599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	211545442	rs10717294	CT	C	488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=1.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,37:0.84:44
chr1	211565142	rs41275362	T	C	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1335;ReadPosRankSum=2.118;SC=GGGAAAGTAATTGTGTTCCAT;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=82;WE=211565150;WS=211565132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,99:0.63:158
chr1	211846876	rs701929	A	G	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=1008;ReadPosRankSum=0.027;SC=AACTCGTGTCATGGTTTAATA;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=146;TCF=80;TCR=66;TR=78;WE=211846884;WS=211846866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,120:0.51:235
chr1	211960797	rs12122929	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GCCAATGCACGCTAGCCTGGG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=211960805;WS=211960787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	212142054	rs11322485	GA	G	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.001;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.464;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
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chr1	212220847	rs2970592	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=381;ReadPosRankSum=-1.612;SC=CCTTTCCCCTGTCAAAGTTAC;SOR=0.214;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=25;WE=212220855;WS=212220837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr1	212236157	rs4951436	G	T	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=16;PP=1170;SC=TCTACAAAATGTAAACTGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=212236165;WS=212236147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	212238213	rs139190048	G	A	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=1225;ReadPosRankSum=-0.485;SC=GTTATATTCAGCATGTAAGAA;SOR=0.432;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=88;WE=212238221;WS=212238203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,124:0.67:185
chr1	212240063	rs3738449	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=332;ReadPosRankSum=2.156;SC=AGTCAGTCTGGGGAGAAAAGT;SOR=1.042;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=21;WE=212240071;WS=212240053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr1	212241714	rs201294353	TA	T	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.458;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,39:0.33:119
chr1	212251103	rs6658972	A	G	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=246;SC=ATCTGAAGATATATATGCTGT;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=212251111;WS=212251093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	212251367	rs5780675	GT	G	840.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5088;FS=5.015;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=495;ReadPosRankSum=0.211;SC=GAAATCTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=33;WE=212251375;WS=212251357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,47:0.89:53
chr1	212273639	rs3135474	C	T	5786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=64;PP=2546;SC=GCCCCCAGGGCAAAGTGCAAT;SOR=0.775;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=75;TCR=64;TR=137;WE=212273647;WS=212273629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr1	212273729	.	C	T	2958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=4.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,149:0.58:259
chr1	212274413	rs6540718	A	C	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	212475573	rs2298114	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=246;ReadPosRankSum=-1.429;SC=CTACAAATTATCTTACTGTAT;SOR=0.997;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=17;WE=212475581;WS=212475563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr1	212515613	rs1774249	C	T	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=630;ReadPosRankSum=1.094;SC=ATCAGAAATTCGTACAACAGG;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=43;WE=212515621;WS=212515603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,62:0.59:105
chr1	212521639	rs701908	T	G	7571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GATTGAAGCATAGCACTGTTC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=111;TCR=70;TR=181;WE=212521647;WS=212521629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr1	212526288	rs792442	C	T	7246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=90;PP=2965;SC=TGGGAAAATACCATTCCATTG;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=81;TCR=91;TR=171;WE=212526296;WS=212526278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr1	212530192	rs792439	T	C	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=754;SC=ATTTTTTTGCTTATTGTATAC;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=212530200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	212538771	.	CTTT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=2.258;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	212560327	rs792449	A	G	9156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=101;PP=2965;SC=GGTAGACCAGAAAGACGGCCA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=94;TCR=102;TR=195;WE=212560335;WS=212560317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr1	212617860	rs145109984	CGTGT	C	349.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	212791288	rs3839030	CGT	C	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.98;ReadPosRankSum=1.085;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr1	212799870	rs3122713	A	G	8368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=82;PP=2965;SC=CAGAGATGTGAACGTCATGGC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=106;TCR=83;TR=188;WE=212799878;WS=212799860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr1	212799949	rs3795842	C	T	8246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=106;PP=2965;SC=GGGCTGGAGACGGTTGGTTCT;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=111;TCR=106;TR=215;WE=212799957;WS=212799939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr1	212870410	rs2233924	G	A	8790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=89;NR=82;PP=2965;SC=TCAGGGCTCTGGGGAAAAACA;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=90;TCR=83;TR=171;WE=212870418;WS=212870400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	212900434	rs3835160	C	CG	850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=640;SC=CTTCATCTTGCCAGTTCACCA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=212900442;WS=212900424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	212900487	rs2244935	A	G	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	212911836	rs15702	T	C	6009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=57;PP=2292;SC=TTCAGTACCATGTCAGAGGTT;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=85;TCR=57;TR=142;WE=212911844;WS=212911826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr1	212912108	rs67229635	ATT	A	795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;QD=23.40;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,27:0.79:34
chr1	212939491	rs10863991	C	A	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	212955454	rs11120026	G	A	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr1	212969842	.	C	CTT	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.20;ReadPosRankSum=1.960;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr1	212970375	rs1284800	A	G	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=18;PP=1933;SC=ACCATGCCCGACCTCTACTTA;SOR=2.165;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=81;WE=212970383;WS=212970365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	212985466	rs12130945	C	T	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=9;PP=404;SC=TGAGCCACCGCGCCCAGCCTA;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=212985474;WS=212985456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	213003372	.	A	T	51	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=51;QD=28.5904041824;SC=TTTGAAAGTAACTAAAAAACT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=213003380;WS=213003363;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	213009469	rs10864004	A	G	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=55;PP=1607;SC=CATTATTTCAATGGTTCTGTT;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=89;WE=213009477;WS=213009459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	213031709	rs2201603	C	T	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	213031948	rs11120047	G	C	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=40;PP=2087;SC=GGTGAATGGGGCCCCCCGGGA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=101;WE=213031956;WS=213031938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr1	213032568	rs12023052	T	A	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=47;PP=1493;SC=GTCAGATCCTTAAAAGACCGG;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=79;WE=213032576;WS=213032558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr1	213036924	rs3086478	C	CAAAA	873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.577;QD=31.20;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,25:0.89:28
chr1	213056819	rs2644547	A	G	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=40;PP=1431;SC=GCCTGGCCAAAAATTTTTCTT;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=76;WE=213056827;WS=213056809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	213056892	rs12125982	A	G	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=35;PP=1086;SC=TTGCTATCAAATATTTACATT;SOR=1.048;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=58;WE=213056900;WS=213056882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr1	213058852	rs7536716	T	A	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=625;SC=AAGATACGGATTCTAAACACT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=213058860;WS=213058842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	213062017	rs112024320	T	TTTG	1685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.375;NF=1;NR=27;PP=1326;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CATGGTTTTATTTGTTGTTGT;SOR=1.473;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=28;WE=213062025;WS=213062007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr1	213068192	rs2792558	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=618;SC=TATTATTTTTTAGGCTGTTGG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=213068200;WS=213068182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	213068233	rs12408694	C	T	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	213068595	rs3207090	C	T	6266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr1	213124871	rs3123305	G	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=238;ReadPosRankSum=-0.921;SC=CTCGCTCCCCGCCCAGGCCCC;SOR=0.931;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=22;WE=213124879;WS=213124861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr1	213124992	rs149124296	G	C	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=1.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=1.077;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,91:0.39:235
chr1	213139748	rs3738805	T	G	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=318;ReadPosRankSum=-0.622;SC=CAATGGGGCTTGTTGTGCCTT;SOR=0.705;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=27;WE=213139756;WS=213139738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,43:0.38:113
chr1	213140362	rs10779597	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=277;ReadPosRankSum=-2.155;SC=GTTGAGATTAGAGGCAGGAGC;SOR=0.814;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=22;WE=213140370;WS=213140352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr1	213140398	rs10779598	A	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=402;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GCCAGGGAAAATTCTAAGAGT;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=34;WE=213140406;WS=213140388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,45:0.45:100
chr1	213146944	rs7511930	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CTGGTTTCTGAGGCAATAGAG;SOR=0.264;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=14;WE=213146952;WS=213146934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr1	213173457	rs3738806	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=0.132;SC=GAAACTGAACCTCAGAGATGT;SOR=0.976;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=213173465;WS=213173447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr1	213178340	rs11120076	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=323;ReadPosRankSum=2.376;SC=GAGCAACTATGTCCACTCCCT;SOR=1.811;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=21;WE=213178348;WS=213178330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr1	213180441	rs202124670	GA	G,GAA	358.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.746;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.668;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,23,10:0.61,0.26:38
chr1	213186531	rs11542154	G	A	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=408;ReadPosRankSum=-0.346;SC=AGGTTGTCAGGTCTCCAGTTA;SOR=0.877;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=33;WE=213186539;WS=213186521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,51:0.34:152
chr1	213224719	rs4951476	T	C	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr1	213405414	rs11271079	GGCAACTGAGGAT	G	1784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=2934;ReadPosRankSum=0.743;SC=AGGCTCCAAAGGCAACTGAGG;SOR=0.867;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=25;WE=213405433;WS=213405404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,48:0.45:107
chr1	214491536	rs55760458	G	C	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=645;ReadPosRankSum=-1.585;SC=ATTTCACATGGGTTGGGCAGG;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=46;WE=214491544;WS=214491526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,68:0.51:134
chr1	214492286	rs1134647	G	A	3996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1314;ReadPosRankSum=-1.330;SC=AAGCATCTCGGATTCCCTGAC;SOR=0.604;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=66;TCR=75;TR=90;WE=214492294;WS=214492276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,186:0.68:273
chr1	214497861	rs6695148	G	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=0.305;SC=AAAAGAAAGGGTTTAAAACCA;SOR=0.412;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=214497869;WS=214497851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr1	214500907	rs17022608	A	C	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.617;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,79:0.53:150
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chr1	214531183	rs75290267	G	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=40;ReadPosRankSum=0.041;SC=CACCCCTGTGGGGGGAGCAGA;SOR=0.905;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=6;WE=214531191;WS=214531173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr1	214558228	rs3013446	A	G	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=0.097;SC=ATTTAAACAAATCATAAAAAG;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=7;WE=214558236;WS=214558218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	214564340	rs7550799	T	C	2872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=61;PP=1433;ReadPosRankSum=-0.622;SC=CCAGAGAGGATCGGCTCCAGG;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=101;TCR=140;TR=106;WE=214564348;WS=214564330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,150:0.42:354
chr1	214564442	rs11120307	C	G	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=-1.281;SC=TATAAAAAGACCAGATAGACA;SOR=1.321;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=20;WE=214564450;WS=214564432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr1	214566845	rs7355212	A	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=293;SC=TTCTCTCTCTAGGCATATGCA;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=214566853;WS=214566835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	214566952	rs4655342	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=0.462;SC=AAGAGTGAATAGGAAAAGAGA;SOR=0.486;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=17;WE=214566960;WS=214566942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr1	214567013	rs11322819	CG	C	687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=267;ReadPosRankSum=-1.361;SC=GCCATCAAGTCGGGGGGGATT;SOR=0.837;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=16;WE=214567021;WS=214567003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,37:0.26:140
chr1	214571251	rs11580603	A	C	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=33;PP=1317;ReadPosRankSum=0.590;SC=AACAAATAAGACTACCTGTAT;SOR=0.648;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=257;TCF=169;TCR=88;TR=93;WE=214571259;WS=214571241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,151:0.39:390
chr1	214576354	rs55788513	T	C	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=785;ReadPosRankSum=-0.225;SC=GCTATTTTGCTTGCAAATCTT;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=48;WE=214576362;WS=214576344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,83:0.54:154
chr1	214778928	rs112085631	CG	C	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.589;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	214779147	rs111648472	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.654;NF=4;NR=4;PP=98;ReadPosRankSum=-1.212;SC=GGGGCAGCGCTCGTAGAGCGC;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=8;WE=214779155;WS=214779137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	214787430	rs111512847	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=240;ReadPosRankSum=-0.456;SC=CCCCACCCCCACCCCAGGCCC;SOR=1.730;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=14;WE=214787438;WS=214787420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr1	214804109	rs115414295	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=375;ReadPosRankSum=-0.169;SC=AAGAAAAAGCGCTCCACCTTC;SOR=0.462;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=27;WE=214804117;WS=214804099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr1	214811244	rs2070065	C	G	3405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1519;ReadPosRankSum=-1.279;SC=TTAAGAGTCACTCTGAGCAAA;SOR=0.803;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=94;TCR=84;TR=103;WE=214811259;WS=214811234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,162:0.59:273
chr1	214813487	rs2070066	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr1	214813782	rs3795524	A	G	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1587;ReadPosRankSum=0.034;SC=ACTAGCTTATATGGAGCTACA;SOR=0.788;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=170;TCF=96;TCR=74;TR=102;WE=214813790;WS=214813772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,139:0.59:235
chr1	214813941	rs3795523	C	G	5013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=79;PP=2440;ReadPosRankSum=0.285;SC=CCGGTGTTACCAAGACTTGCA;SOR=0.626;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=236;TCF=109;TCR=127;TR=150;WE=214813949;WS=214813931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,240:0.59:406
chr1	214814125	rs3795522	G	A	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1308;ReadPosRankSum=-0.168;SC=AGTGAATGTCGTTTAGAAGCA;SOR=0.749;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=138;TCF=73;TCR=65;TR=81;WE=214814133;WS=214814115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,144:0.58:248
chr1	214814582	rs3795520	G	A	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=342;ReadPosRankSum=0.267;SC=TAAATAAAAGGGAAATTGAAG;SOR=0.576;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=21;WE=214814590;WS=214814572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr1	214814733	rs3795519	T	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=301;ReadPosRankSum=-0.011;SC=ATCTGATCAGTACAAGCAAGA;SOR=0.517;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=20;WE=214814741;WS=214814723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr1	214814778	rs3795518	G	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=346;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TGAAGAAACCGGAAATGCATA;SOR=0.574;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=24;WE=214814786;WS=214814768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr1	214814925	rs61732031	C	T	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=691;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TGCAAAGGAACACCAAGAATT;SOR=0.685;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=52;WE=214814933;WS=214814915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,85:0.56:152
chr1	214814995	rs12067133	C	T	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=4.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,125:0.56:224
chr1	214815916	rs3795517	T	C	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=47;PP=1467;ReadPosRankSum=-1.174;SC=GAGAAATTCTTATCTTTACAA;SOR=0.518;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=89;WE=214815924;WS=214815906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,139:0.65:213
chr1	214816142	rs3795516	T	G	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=928;ReadPosRankSum=-0.515;SC=GCTCTAGTCTTAGCAGTTTGG;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=61;WE=214816150;WS=214816132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,92:0.53:172
chr1	214816224	rs2666839	G	A	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=1033;ReadPosRankSum=1.031;SC=TTTAGAAGGGGCTGTTTCAGC;SOR=0.836;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=138;TCF=73;TCR=65;TR=72;WE=214816232;WS=214816214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,132:0.52:255
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chr1	214818548	rs61732022	C	T	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=57;PP=1705;ReadPosRankSum=-0.536;SC=TAAATCATCACGTGAAGATAT;SOR=0.559;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=186;TCF=102;TCR=84;TR=120;WE=214818556;WS=214818538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,194:0.61:316
chr1	214818846	rs3790646	A	G	4040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=62;PP=1909;ReadPosRankSum=0.085;SC=ACGGCACTGGATCAGTTGTCT;SOR=0.764;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=221;TCF=112;TCR=109;TR=131;WE=214818854;WS=214818836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,195:0.58:339
chr1	214818945	rs3790647	A	C	3436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1686;ReadPosRankSum=1.955;SC=GAGGTGAAGGAAAAGACGGAA;SOR=0.731;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=194;TCF=97;TCR=97;TR=109;WE=214818953;WS=214818935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,161:0.58:279
chr1	214819044	rs7533166	C	T	2900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=51;PP=1583;ReadPosRankSum=0.678;SC=GAAAAGGACTCACAGGCACTG;SOR=0.687;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=175;TCF=89;TCR=86;TR=106;WE=214819052;WS=214819034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,136:0.56:244
chr1	214819328	rs3748695	G	A	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=1101;ReadPosRankSum=-1.450;SC=GCTGCACATCGCAGAGAAACT;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=79;TCR=64;TR=68;WE=214819336;WS=214819318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,102:0.49:208
chr1	214819587	rs12058704	A	G	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=781;ReadPosRankSum=1.579;SC=AAACAAGGTCAGTTGTCAGAA;SOR=0.732;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=49;WE=214819595;WS=214819577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,62:0.58:106
chr1	214819980	rs3748696	C	T	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1109;ReadPosRankSum=1.363;SC=GAGCATGCAGCTCTTGAGGCA;SOR=0.631;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=74;WE=214819988;WS=214819970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,84:0.58:144
chr1	214820299	rs3748698	A	G	3388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.181;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1458;ReadPosRankSum=-0.429;SC=ATGACCAAGAAGCCTGTAAGG;SOR=0.674;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=181;TCF=91;TCR=90;TR=92;WE=214820307;WS=214820289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,164:0.56:293
chr1	214820494	rs3790648	G	A	2827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=34;PP=1325;ReadPosRankSum=-0.233;SC=TCAGTAGACTGAAAAATCAAA;SOR=0.689;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=165;TCF=93;TCR=72;TR=83;WE=214820502;WS=214820484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,135:0.53:257
chr1	214820524	rs3790649	T	C	3442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=43;PP=1241;ReadPosRankSum=-1.427;SC=AAGAGCAGCTTGTCTCTAAAC;SOR=0.594;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=103;TCR=83;TR=95;WE=214820532;WS=214820514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,169:0.55:305
chr1	214821415	rs17023384	A	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TGATTTTGTCACACTTAATTC;SOR=0.250;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=214821423;WS=214821405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr1	214825289	rs111668550	C	CTT	841.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr1	214826196	rs335524	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=115;ReadPosRankSum=0.646;SC=CAGACATACCGAGAGAAATTG;SOR=0.815;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=14;WE=214826204;WS=214826186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr1	214826364	rs335523	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=1.223;SC=TCATGATTTCGAATGGTTTAT;SOR=0.919;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=8;WE=214826372;WS=214826354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr1	214826810	.	CTT	C,CT	2938.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.389;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:38,58,143:0.24,0.60:239
chr1	214828812	rs435043	A	G	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=58;PP=1699;SC=AACATATGGTATGCGTGCATA;SOR=1.317;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=88;WE=214828820;WS=214828802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr1	214830617	rs438034	A	G	9344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=120;NR=107;PP=2965;SC=GGAGAATGGTAGAGGACCAAC;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=120;TCR=108;TR=227;WE=214830625;WS=214830607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr1	214837110	rs7289	C	G	5040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=117;PP=2965;SC=TGGAGTCCAACGGCAGTGAGA;SOR=2.028;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=38;TCR=119;TR=155;WE=214837118;WS=214837100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr1	215260152	rs11586565	A	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=445;ReadPosRankSum=-1.602;SC=TTGCCTTAACATATAGCTCTT;SOR=0.481;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=25;WE=215260160;WS=215260142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr1	215345263	rs3834061	GTCTCTC	G	734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.13;QD=38.67;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	215793834	rs14137	G	A	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.924;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1306;ReadPosRankSum=0.924;SC=CCTATCTGGCGTCATCACCAA;SOR=0.410;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=137;TCF=80;TCR=57;TR=86;WE=215793842;WS=215793824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,111:0.67:166
chr1	215848587	rs2797234	T	C	5823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=0.968;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,280:0.60:463
chr1	215848641	rs2797235	T	C	13322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=164;NR=159;PP=2965;SC=CGGCCTGGATTGTCTGATTTC;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=325;TCF=165;TCR=160;TR=323;WE=215848649;WS=215848631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr1	215853748	rs5780842	GT	G	1440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=48;PP=572;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TTAAGTTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=5;TCR=64;TR=52;WE=215853757;WS=215853738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,88:0.81:108
chr1	215901299	rs78380529	T	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=265;ReadPosRankSum=0.761;SC=AAATGAGAAGTTGGACAAGAA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=20;WE=215901307;WS=215901289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,32:0.38:84
chr1	215914646	rs6694510	T	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=138;ReadPosRankSum=1.854;SC=TATAAAATGCTCTTGATTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=13;WE=215914654;WS=215914636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr1	215916728	.	ATGTG	A	315.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=35.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr1	215932957	rs17025373	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.148;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=552;ReadPosRankSum=-1.386;SC=CCAGAGAAATGTACAAATCCT;SOR=1.360;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=30;WE=215932965;WS=215932947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr1	215956304	rs7518466	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=162;ReadPosRankSum=2.247;SC=TAGACAGGGAAGTTTCTCTTA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=17;WE=215956312;WS=215956294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,20:0.23:87
chr1	215960167	rs10864198	T	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=489;ReadPosRankSum=1.311;SC=GCCACAATGTTCTGTGGCTTC;SOR=0.435;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=122;TCF=40;TCR=82;TR=42;WE=215960175;WS=215960157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,54:0.35:155
chr1	216172380	rs10864219	A	G	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=25;PP=731;SC=AATCCCACTTATTTTTCTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=36;WE=216172388;WS=216172370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	216219781	rs6657250	A	G	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.37;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,192:0.99:194
chr1	216246675	rs35944387	AG	A	2320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=40;PP=1731;SC=TATCGCATAAAGGGCTTGAGT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=42;WE=216246683;WS=216246665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	216258194	rs56110889	G	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=328;ReadPosRankSum=-1.222;SC=CCTTGAGACAGCCCACAAAAC;SOR=0.538;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=26;WE=216258202;WS=216258184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,32:0.32:100
chr1	216348764	rs1805049	C	T	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=701;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TGGAAACCACCTAAGATGGAT;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=45;WE=216348772;WS=216348754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,78:0.62:125
chr1	216370108	rs447102	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=381;ReadPosRankSum=0.214;SC=CAATGAATGTCGTCCCTATAT;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=23;WE=216370116;WS=216370098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr1	216370130	rs386851	T	G	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=31;PP=921;SC=TTTTTAAATTTAATTCACACA;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=216370138;WS=216370120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	216371934	rs646094	A	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=378;ReadPosRankSum=0.191;SC=TTCCTAGAGAAATTAAATAGT;SOR=0.379;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=23;WE=216371942;WS=216371924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr1	216373476	.	G	GA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.698;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.933;QD=0.51;ReadPosRankSum=-0.612;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,16:0.18:90
chr1	216390694	rs1324330	C	T	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=1201;ReadPosRankSum=0.789;SC=TATGATGCTGCTTCACACACC;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=75;WE=216390702;WS=216390684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,109:0.69:158
chr1	216495191	rs7515253	T	G	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=587;ReadPosRankSum=-1.080;SC=CTACTATTTTTTTTTTAGATT;SOR=0.909;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=43;WE=216495199;WS=216495181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,50:0.41:122
chr1	216495400	rs2089947	A	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,67:0.35:190
chr1	216496947	rs1805050	G	A	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=884;ReadPosRankSum=0.543;SC=GAAGAGATGGGGTATTATAGA;SOR=0.556;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=196;TCF=90;TCR=106;TR=71;WE=216496955;WS=216496937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,116:0.35:330
chr1	216500830	rs1339963	G	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=275;ReadPosRankSum=0.812;SC=TTGCCAAATGGTATAAAGATA;SOR=0.315;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=22;WE=216500838;WS=216500820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr1	216592003	rs4253963	T	C	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=1304;ReadPosRankSum=0.709;SC=GCCCATCTACTGTCTTTTCTA;SOR=0.651;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=199;TCF=103;TCR=96;TR=103;WE=216592011;WS=216591993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,177:0.49:360
chr1	216595306	rs10779261	C	T	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,175:0.59:295
chr1	216679858	rs144848582	A	AT	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=116;ReadPosRankSum=0.427;SC=GGAAGGGAGGATTTTTTTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=10;WE=216679866;WS=216679848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr1	216737861	rs11117622	G	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=0.182;SC=GGCTCAATAGGTATATATTAA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=216737869;WS=216737851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr1	217604777	rs7520483	G	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=25;PP=668;SC=CTATGAAAACGATGTTCTCCT;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=217604785;WS=217604767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	217783810	rs12749938	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.057;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	217784431	rs145143662	A	AC	3424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.455;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,164:0.45:368
chr1	217804325	rs944730	G	A	10845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=152;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.961;SC=AACGACACCCGGGAGCCTGGC;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=502;TCF=250;TCR=252;TR=304;WE=217804333;WS=217804315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,513:0.64:801
chr1	217804635	rs34121469	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=245;ReadPosRankSum=-1.301;SC=GAACAAAAAGTCGAACCCCGG;SOR=1.518;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=14;WE=217804643;WS=217804625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr1	217804955	rs10495062	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=-1.736;SC=TCTGTTACCATACAACGAAAT;SOR=0.160;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=217804963;WS=217804945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr1	217947738	rs6604561	G	A	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=611;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TGCAATTACAGAAGGCAAAGC;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=139;TCF=75;TCR=64;TR=50;WE=217947746;WS=217947728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,89:0.37:240
chr1	218458551	rs946213	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=525;ReadPosRankSum=0.421;SC=CCCGGAACTCTGGGCTAGACG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=13;WE=218458565;WS=218458541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr1	218458557	rs3831934	AG	A	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=634;ReadPosRankSum=0.196;SC=ACTCTGGGCTAGACGACCCCG;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=11;WE=218458565;WS=218458541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr1	218519928	rs113711540	A	AAAAC	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=372;ReadPosRankSum=-1.190;SC=TTTCGCATCAAAAACAACAAC;SOR=0.412;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=9;WE=218519936;WS=218519918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	218578726	rs142802402	ACT	A	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.578;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.884;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.042;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,26:0.27:95
chr1	218610662	rs11285412	CT	C	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.861;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.209;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr1	218683417	.	CT	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.104;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	219366400	rs35359058	T	TG	341.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=8.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr1	219383848	rs5781096	A	ACTTTTT	1607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=7;PP=699;SC=TATGTATTCTACTTTTAAGTA;SOR=1.244;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=12;WE=219383856;WS=219383838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	219383867	rs940571	T	C	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=14;PP=558;SC=TATGTTTTTGTTTTTAGGAGG;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=32;WE=219383875;WS=219383857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	219383905	rs940570	A	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=20;PP=835;SC=GCATGGCAATACATTTAGCAT;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=219383913;WS=219383895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr1	219706327	rs2785986	A	G	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=20;PP=1311;ReadPosRankSum=-0.078;SC=AATATATGACATTATAATTAA;SOR=0.822;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=144;TCF=109;TCR=35;TR=88;WE=219706335;WS=219706317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,117:0.62:190
chr1	219706428	rs10746385	T	C	4802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=74;PP=1687;ReadPosRankSum=-0.465;SC=TGGGTTTTTATGCATAGAAGG;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=380;TCF=202;TCR=178;TR=155;WE=219706436;WS=219706418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,261:0.41:632
chr1	219783279	rs79789352	T	A	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.321;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-15.071;NF=55;NR=73;PP=1804;ReadPosRankSum=-2.292;SC=GTCCTCAGAGTCAAGCAGGAC;SOR=1.006;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=274;TCF=132;TCR=142;TR=128;WE=219783287;WS=219783269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,144:0.41:355
chr1	220089352	rs2231734	A	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=229;ReadPosRankSum=-0.905;SC=ATGGAACTACAGGAGGGATAT;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=17;WE=220089360;WS=220089342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr1	220142070	rs1061242	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-2.377;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr1	220145371	rs2795315	T	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=6;PP=295;SC=ACAATTTACTTAAATATTCTT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=220145379;WS=220145361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	220145584	rs1982986	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr1	220145637	rs1982985	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=0.106;SC=CATAGTGACCATCAGTATATC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=10;WE=220145645;WS=220145627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr1	220145655	rs1982984	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	220151808	rs3215088	C	CAA	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=617;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TGAGAAACCTCGTTTTATAAA;SOR=1.845;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=15;WE=220151816;WS=220151798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr1	220153332	rs34917248	T	TAA	3730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=20;PP=1919;SC=ACTTATTTTTTAAGAGTCTAC;SOR=1.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=49;WE=220153340;WS=220153322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	220154246	rs35193743	AT	A	962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=6.881;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.075;NF=3;NR=31;PP=397;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GAGCTTTTCAATTTTTTTTTT;SOR=1.221;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=34;WE=220154255;WS=220154236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,60:0.83:72
chr1	220154659	rs10595099	TAAA	T,TA	3922.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.034;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.335;QD=29.27;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,110,19:0.82,0.14:134
chr1	220154768	rs1061160	C	T	6548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.078;NF=91;NR=89;PP=2828;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CTCTGTGTGACTGTACCCATT;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=287;TCF=142;TCR=145;TR=180;WE=220154776;WS=220154758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,305:0.63:481
chr1	220156090	rs2647462	T	C	8667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=82;PP=2965;SC=GAGCATTCTCTTGCACTCCAA;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=104;TCR=83;TR=185;WE=220156098;WS=220156080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr1	220156427	rs1391566	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.315;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=0.321;SC=AACTTTTTAATAAAAATGGCT;SOR=1.473;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=12;WE=220156435;WS=220156420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr1	220160360	rs2647435	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=528;SC=ATCTGCTGACATTGTAGCTTT;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=220160368;WS=220160350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	220160433	rs2647434	A	G	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=29;PP=2071;SC=ACTATTAAGAATTGAATTAAT;SOR=1.427;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=73;TCR=29;TR=102;WE=220160441;WS=220160423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	220162195	rs2254494	T	C	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=41;PP=1191;SC=GAGATATTTATAAAACTTTGG;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=56;WE=220162203;WS=220162185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	220178717	rs5781162	T	TA	2593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=33;PP=1570;SC=AAAGATGATATAAACCAAAGT;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=38;WE=220178725;WS=220178707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	220184150	rs34170326	CA	C	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.822;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr1	220184164	rs28570471	A	G	1633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=32.67;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	220192192	rs34320023	TA	T	164.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=1.143;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr1	220192495	rs2245457	C	G	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=63;PP=1842;SC=GATACTTAATCAATAATAAAT;SOR=1.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=89;WE=220192503;WS=220192485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	220197545	rs2577159	C	T	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=14;PP=1807;SC=AAAGAAATCACGTTCTACTAA;SOR=2.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=69;TCR=14;TR=82;WE=220197553;WS=220197535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	220197625	rs2230301	G	T	8811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=95;PP=2965;SC=TATGTTTAGAGTCTATCCTCT;SOR=0.949;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=133;TCR=95;TR=228;WE=220197633;WS=220197615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr1	220205943	rs2789816	G	A	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=48;PP=1332;SC=GTGACTAATTGAAGTAATTGA;SOR=2.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=57;WE=220205951;WS=220205933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	220205980	rs2577138	A	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=25;PP=688;SC=GCTTCTAAAGAAAATGAAATG;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=220205988;WS=220205970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	220207017	rs2647456	C	T	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=37;PP=1038;SC=ACATAAAAGACAGAAAAGAAA;SOR=1.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=220207025;WS=220207007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	220208154	rs2789817	C	A	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=713;SC=CTGTTAATATCCTTAAGTAGA;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=220208162;WS=220208144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	220231180	rs34887640	CT	C	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=268;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TTTAAAATTACTGTGAAAAAC;SOR=0.853;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=220231188;WS=220231170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr1	220239448	rs1146773	T	C	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=82;PP=2501;SC=TTAACTGCTGTTTTTCATTGT;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=53;TCR=83;TR=135;WE=220239456;WS=220239438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	220240862	rs17563262	A	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=-0.486;SC=TCCGTGATCAATCCTATTTAT;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=8;WE=220240870;WS=220240852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr1	220291487	rs3820455	T	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.787;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr1	220321023	rs11095	A	G	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=696;ReadPosRankSum=-1.568;SC=AGTACTGGCTAGAAGTTTGGA;SOR=0.573;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=132;TCF=51;TCR=81;TR=56;WE=220321031;WS=220321013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,71:0.39:182
chr1	220325137	rs12032738	G	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=0.506;SC=AAATAATACAGTCAGAGTGAG;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=10;WE=220325145;WS=220325127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	220331319	rs3767654	T	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-2.546;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,36:0.32:113
chr1	220332552	rs2789792	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=412;SC=TAAATTAAAACTGGCCATAGT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=220332560;WS=220332542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	220332876	rs2808026	G	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=248;SC=GGCGCTATAAGTAAATGTGAC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=220332884;WS=220332866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	220335430	rs2164790	A	G	32.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr1	220344453	rs12045447	T	C	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,88:0.69:128
chr1	220355433	rs11343960	CT	C	699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=2;PP=795;SC=AATAATATTACTTCTATTAAA;SOR=3.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=18;WE=220355441;WS=220355423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	220355521	.	T	TA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.435;QD=0.28;ReadPosRankSum=-1.014;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,22:0.19:116
chr1	220357301	rs73098569	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=0.417;SC=AATTTTCTACTTCTTTACTAC;SOR=0.527;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=220357309;WS=220357291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr1	220368527	rs73098579	T	G	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=1113;ReadPosRankSum=0.637;SC=GAAAGAAAACTTAGAATATAA;SOR=0.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=64;WE=220368535;WS=220368517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,94:0.64:148
chr1	220369745	rs35396665	TA	T	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.027;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.671;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr1	220375728	rs76473498	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr1	220406054	rs12086760	T	C	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.040;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=450;ReadPosRankSum=-0.229;SC=GAATTTAAAATGTCAGCTTGA;SOR=0.223;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=42;WE=220406062;WS=220406044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,64:0.67:96
chr1	220406291	rs10863538	A	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=24;PP=678;SC=TCATAGAACCAACCCCTGTAT;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=220406299;WS=220406281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	220427661	rs28650887	C	T	8835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.103;NF=129;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=0.332;SC=CAGATCATCCCGATGCACCCA;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=463;TCF=230;TCR=233;TR=266;WE=220427669;WS=220427651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:329,424:0.56:753
chr1	220603288	.	A	AGTGT	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=-0.540;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.697;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,10:0.14:71
chr1	220603310	rs10553491	TGTGA	T	964.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.198;NF=18;NR=22;PP=1278;ReadPosRankSum=0.689;SC=TGTGTGTGTGTGTGAGAGAGA;SOR=1.138;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=40;WE=220603323;WS=220603298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
chr1	220607523	rs74139667	CA	TG	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.157;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr1	220607572	rs74139669	G	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=398;ReadPosRankSum=-2.019;SC=CGCTTAATTTGCACAGAGTTT;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=31;WE=220607580;WS=220607562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,50:0.39:128
chr1	220607685	rs1361256	G	A	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=2.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.459;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,87:0.47:184
chr1	220607891	rs1338767	A	G	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=26;PP=1811;SC=TTAGCCCTTTAAGAAAAAAGT;SOR=1.305;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=220607899;WS=220607881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	220789236	rs2786599	C	T	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=23;PP=792;SC=GGGAAAATTGCGTTTTTTTAA;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=220789244;WS=220789226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	220789362	rs12137627	T	A	414.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.481;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=1.634;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr1	220808921	rs10746403	T	C	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=43;PP=1200;SC=TCTTCCCAAATTTGTGTTTTT;SOR=1.159;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=64;WE=220808929;WS=220808911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr1	220824115	rs12123306	G	C	6014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=94;PP=2965;SC=CTGTGTTAGTGCCCTTGCTGA;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=79;TCR=94;TR=173;WE=220824123;WS=220824105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr1	220825523	rs3737296	A	G	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=40;PP=1112;SC=CATTTTGTTCATTAAGAGTTT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=220825531;WS=220825513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	220970028	rs2642438	A	G	9069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.463;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=0.827;SC=TGGCGAGGCCACCGCCCAGTG;SOR=0.561;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=132;TCR=96;TR=226;WE=220970036;WS=220970018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,363:1.00:364
chr1	220982320	.	C	CA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr1	220986516	rs12144830	C	G	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=8;PP=833;SC=TGAGCTTTGACGGGATGGTGC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=220986524;WS=220986506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	221053545	rs12141189	T	C	5307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=66;PP=2143;ReadPosRankSum=-1.176;SC=GTCTCCGCTCTCAGCCGCCTA;SOR=0.654;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=361;TCF=208;TCR=153;TR=150;WE=221053553;WS=221053535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:386,279:0.42:665
chr1	221054761	rs17597773	C	G	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=617;ReadPosRankSum=-0.974;SC=AGCCGACTAACAGTCAGAAAT;SOR=0.626;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=32;TCR=75;TR=41;WE=221054769;WS=221054751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,55:0.39:141
chr1	221507141	rs7555947	C	T	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=12;PP=910;SC=TGTGAACATACTTTCATAGGC;SOR=1.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=221507149;WS=221507131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr1	221876126	rs2280340	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-2.373;SC=TATAGAAATAATGAATTAAAA;SOR=0.527;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=221876134;WS=221876116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr1	221912361	rs1141714	T	C	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=34;PP=1586;SC=CTCGGCTTGGTTCATTGGTAT;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=85;WE=221912369;WS=221912351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	221912808	rs1136448	T	C	5909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=71;PP=2951;SC=TGGCTTGGGTTTGGGCCTGAT;SOR=0.776;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=82;TCR=71;TR=151;WE=221912816;WS=221912798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	222696035	rs144597197	G	A	2954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=46;PP=1667;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TTGCCCTGGCGGACGTGGGGC;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=96;TCR=73;TR=106;WE=222696043;WS=222696025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,142:0.59:239
chr1	222721288	rs4846382	C	T	4319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=57;PP=1992;SC=CCACCTGGCCCAACAAGAATA;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=105;WE=222721296;WS=222721278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr1	222734803	rs1134898	G	C	8008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=94;PP=2965;SC=TGAAATGAAAGCCTGGCCACC;SOR=0.822;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=177;WE=222734811;WS=222734793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	222737265	rs35877231	G	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	222737568	rs3008640	C	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=12;PP=303;SC=TAATATGCTCCCTTTAAATTT;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=222737576;WS=222737558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	222742676	rs4846766	T	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=2;PP=536;SC=CAGGGGATAGTGTGGATGATA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=222742684;WS=222742666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	222751034	rs2936033	T	C	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=65;PP=1932;SC=TAGATAACCATTAGTCAAAAA;SOR=1.503;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=91;WE=222751042;WS=222751024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr1	222798106	rs3008617	G	A	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=31;PP=1152;SC=ATTCTTTTGTGTAGGTTGGAC;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=222798114;WS=222798096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	222802006	rs2936053	A	G	6430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=76;PP=2965;SC=GGTACAAGATAAGACAGAATT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=80;TCR=77;TR=156;WE=222802014;WS=222801996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	222802803	rs3748626	T	G	6184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=81;PP=2965;SC=AAAAAAACCCTGGGAATCAGG;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=183;WE=222802811;WS=222802793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	222802926	rs3008620	C	T	9251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=111;NR=106;PP=2965;SC=TTTTGGATAGCGAAAAAACAA;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=111;TCR=106;TR=217;WE=222802934;WS=222802916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr1	222821211	rs61824282	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=199;ReadPosRankSum=-1.048;SC=ATTCCTATAACAATGGTATTA;SOR=0.340;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=16;WE=222821219;WS=222821201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr1	222823529	rs17465637	A	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	222823743	rs67180937	T	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	222825403	rs3002150	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=18;PP=537;SC=AAAGCTGACTGTAATTCCTGC;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=222825411;WS=222825393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	222825717	rs10495198	T	C	6608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=63;NR=96;PP=2882;SC=AATAGAGAACTCAGTATCATA;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=63;TCR=96;TR=159;WE=222825725;WS=222825707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr1	222825761	rs2936019	G	A	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.996;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=61;PP=1843;ReadPosRankSum=0.228;SC=TCTATTTTTAGGGTAATATAT;SOR=0.951;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=93;WE=222825769;WS=222825751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,127:0.99:128
chr1	222826481	rs2291832	G	A	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=45;PP=1559;SC=ATGTAAGTGCGTTCATGAATA;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=222826489;WS=222826471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	222832295	rs2291834	T	C	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=25;PP=746;SC=AAAAACTAAATTTTAAGTTAA;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=222832303;WS=222832285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	222833538	rs2291835	C	G	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=2.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,49:0.36:137
chr1	222833601	rs3002153	T	C	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=58;PP=1570;SC=TGGAGCCACCTGTGAGACCTC;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=102;WE=222833609;WS=222833591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr1	222837594	rs2270707	G	A	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=48;PP=1346;SC=CAATGCAGCAGTGAAGCTGAT;SOR=2.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=222837602;WS=222837584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	222838216	rs2936026	C	T	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=35;PP=1044;SC=ATCTATCTCTCTTTTTCAGAT;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=222838224;WS=222838206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr1	222846882	rs12138316	G	A	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=33;PP=943;SC=ACTTTGGGAGGCCGAGGCGGG;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=222846890;WS=222846872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	222860734	rs3008638	C	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=3;PP=222;SC=GATAGCGCCACTGCATGCCAG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=222860742;WS=222860724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	222867687	rs74330139	A	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr1	222886119	rs3811465	A	G	11269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr1	222919895	rs2378607	T	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=7;PP=440;SC=ATTATGGAGATTGACGGTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=222919903;WS=222919885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	222922168	rs17011714	A	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=419;ReadPosRankSum=0.116;SC=AGGAATCAGAAAGTCCTATAA;SOR=0.436;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=31;WE=222922176;WS=222922158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr1	222923001	rs2068814	A	G	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=36;PP=1117;SC=CCACCTGGTCATATGTACTAT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=222923009;WS=222922991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr1	222923351	rs6683071	A	G	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=24;PP=677;SC=GCTGGGGTCCAAGAGTATGGA;SOR=1.453;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=222923359;WS=222923341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	223116109	rs75109669	C	T	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=20;PP=2096;SC=TATTTGCCTGCCTGACTGTAA;SOR=2.459;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=80;TCR=20;TR=100;WE=223116117;WS=223116099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	223152868	rs1815607	G	A	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=10;PP=1093;SC=GGTGAATTATGTGGTATATGA;SOR=2.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=52;WE=223152876;WS=223152858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	223156382	rs2926159	C	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=15;PP=792;SC=TTATGATGCTCTGTTTTTGAT;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=223156390;WS=223156372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	223156406	.	C	CT	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr1	223176275	rs61738819	G	A	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=40;PP=965;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TAGCCATTGTGATTGTCCTTT;SOR=0.666;SbPval=0.5;Source=Platypus;TCR=121;TR=74;WE=223176283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,106:0.33:321
chr1	223178478	rs9441940	G	A	3557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=68;PP=1990;ReadPosRankSum=-2.574;SC=TGAAAGTGACGCTGGCTCTGC;SOR=0.540;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=297;TCF=159;TCR=138;TR=137;WE=223178486;WS=223178468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,173:0.44:395
chr1	223178561	rs9441941	A	C	16042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.841;SC=GTAGCTGCCCAGATGCCTACA;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=382;TCF=193;TCR=189;TR=379;WE=223178569;WS=223178551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,616:1.00:618
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chr1	223712870	rs112481227	G	T	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.281;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=677;ReadPosRankSum=-1.577;SC=GTGCCTTTAAGAGGTGACACG;SOR=0.455;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=121;TCF=45;TCR=76;TR=51;WE=223712878;WS=223712860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,82:0.63:130
chr1	223715248	rs36108579	GT	G	2580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=1195;SC=ACAAGATTGAGTTCTTGGCTT;SOR=1.042;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=223715256;WS=223715238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	223716349	rs4072246	G	A	5684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=47;PP=2948;SC=GCCACAGAACGTGCATGGTAT;SOR=1.296;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=99;TCR=47;TR=146;WE=223716357;WS=223716339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	223717379	rs61823524	A	C	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=30;PP=1385;SC=CCCTGCCCCAACTTGCACCTT;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=73;WE=223717387;WS=223717369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	223717484	rs34158997	G	A	5957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=64;PP=2421;SC=AGTTGATGCCGAGCTTGCTGC;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=135;WE=223717492;WS=223717474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	223718462	rs61823525	G	A	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=10;PP=569;SC=TTGTTCCTTCGTGACCAATGT;SOR=1.547;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=223718470;WS=223718452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	223718518	rs61823552	C	A	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=17;PP=1235;SC=TGTGGTCAGACTACAATGGAC;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=223718526;WS=223718508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr1	223718651	rs61823553	G	A	7318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr1	223718670	rs61823554	G	A	7240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr1	223722646	rs34630115	T	TA	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=2.509;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr1	223722780	rs34606532	G	A	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=45;PP=2188;SC=AGTGGGAATCGGATCATTTGA;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=107;WE=223722788;WS=223722770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	223900408	rs25655	C	G	8848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=76;PP=2965;SC=GCTCCCACGACAGGGCCATCA;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=95;TCR=76;TR=171;WE=223900416;WS=223900398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr1	223905532	rs17596	G	A	3745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=56;PP=1756;ReadPosRankSum=2.278;SC=AAGGAGCCCTGGGTAAGTGAT;SOR=0.650;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=185;TCF=86;TCR=99;TR=108;WE=223905540;WS=223905522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,182:0.53:345
chr1	223931648	rs1222137	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=250;SC=CCAAACCCTCTGACCCAACCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=223931656;WS=223931638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	223934720	rs17600	G	A	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=54;PP=2250;SC=GCTATGAAGCGCTATCAGGGG;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=127;WE=223934728;WS=223934710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr1	223938565	rs1153968	A	C	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,83:0.38:217
chr1	223951841	rs751128	T	C	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1044;ReadPosRankSum=0.636;SC=GCTCTGGTTATGTGTCCACAG;SOR=0.717;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=82;TCR=48;TR=77;WE=223951849;WS=223951831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,126:0.61:205
chr1	223990623	rs77933928	G	A	2814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.535;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=82;PP=1818;ReadPosRankSum=0.790;SC=GGGAAAAAAGGTAGCCAAGGA;SOR=1.127;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=168;TCF=45;TCR=123;TR=109;WE=223990631;WS=223990613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,124:0.60:206
chr1	224301749	rs6690695	C	T	332.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=5.441;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=235;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TACCCCTTCCCCGGCGGCTGC;SOR=2.056;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=13;WE=224301757;WS=224301746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr1	224302154	rs3066024	T	TGAG	5892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=64;PP=2965;SC=GTCTGGGAGATGAGAAGGGAG;SOR=1.490;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=80;TCF=7;TCR=73;TR=71;WE=224302162;WS=224302144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	224318151	rs3065998	T	TTTG	3960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=20;PP=1714;SC=GTTATTGATTTTTGTTCTTTT;SOR=1.664;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=56;WE=224318162;WS=224318141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	224321984	rs1472167	C	T	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=23;PP=654;SC=TTATGAATTTCTGATTTTAGA;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=224321992;WS=224321974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	224344996	rs41303994	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=1.197;SC=ATAAGTGTAAGTATTACTGGT;SOR=0.116;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=224345004;WS=224344986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	224345012	rs7543762	G	A	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=5;PP=499;SC=CTGGTAGAGAGACATTTTAAG;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=224345020;WS=224345002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	224363674	rs200913375	C	CT	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=1.666;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,32:0.25:130
chr1	224363683	rs45522536	C	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,32:0.24:131
chr1	224371225	rs372836597	TAGC	T	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=567;ReadPosRankSum=-0.704;SC=GGAGGCCCGTTAGCAGCCTGC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=13;WE=224371235;WS=224371215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr1	224377724	rs6686449	C	T	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1508;ReadPosRankSum=0.678;SC=GACCTCTGTTCATCAACCCCA;SOR=0.667;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=94;WE=224377732;WS=224377714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,121:0.54:225
chr1	224379893	.	CTT	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr1	224418834	.	CAAA	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-1.795;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr1	224437889	rs78473436	A	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=534;ReadPosRankSum=-0.473;SC=AACATATACAAAAATATACCA;SOR=0.600;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=39;WE=224437897;WS=224437879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr1	224444628	rs10799556	C	T	13690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=172;NR=105;PP=2965;SC=ATTCAGATTCCTTCTACATCC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=281;TCF=173;TCR=108;TR=277;WE=224444636;WS=224444618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr1	224444901	rs2897055	G	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=22;PP=595;SC=AAGAGAAAGTGCATTCACTCA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=224444909;WS=224444891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	224468986	rs34156240	CGT	CGTGT,C	472.77	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.644;NF=2,2;NR=11,11;PP=57,671;ReadPosRankSum=0.848;SC=ACTCTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=13,13;WE=224468995;WS=224468976;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.89:18
chr1	224482216	rs2404783	T	C	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=658;SC=TTACAGATTTTGACAGCAACA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=224482224;WS=224482206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	224492381	rs7522125	C	T	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=19;PP=948;SC=TAGGCTTTTTCCTCATAACTG;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=224492389;WS=224492371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	224492746	rs3754090	C	T	14990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=160;NR=176;PP=2965;SC=CTTTCTTTTGCAGGACAGCTT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=337;TCF=161;TCR=176;TR=336;WE=224492754;WS=224492736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr1	224495852	rs7534447	C	T	9062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=122;PP=2965;SC=TGGAACTTATCCGTGGTGTTG;SOR=0.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=104;TCR=122;TR=225;WE=224495860;WS=224495842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	224500860	.	CA	C	145.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.29;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr1	224500881	rs6684300	A	G	154.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=21;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=149;SC=AAAAAAAAAAAACAAGCAAAT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=224500889;WS=224500871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:0,5:1.00:5
chr1	224505570	rs3066969	T	TAA	2976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=24;PP=1367;SC=GCTCTAACAATAAGACTCACC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=28;WE=224505578;WS=224505560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	224505719	rs4436353	T	G	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=54;SC=AAATAAATTTTCATGAATATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=224505727;WS=224505709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	224513972	rs16846649	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TCCAAGATTATGGATTGGTGA;SOR=0.184;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=12;WE=224513980;WS=224513962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	224514275	rs4653578	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=433;SC=TAAACTCTTCGTTAATAAAGT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=224514283;WS=224514265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	224517842	rs2896990	C	T	6262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=71;PP=2440;SC=CGTCGGTCTTCCAAGCCACAG;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=61;TCR=72;TR=132;WE=224517850;WS=224517832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr1	224517907	rs4146965	A	T	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=61;PP=1642;SC=GCCCGCCGCGATCGCCGGGCC;SOR=1.466;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=92;WE=224517915;WS=224517897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr1	224544529	rs7517754	A	G	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=6;PP=1804;SC=GGATTCGAGGACCACACGCCT;SOR=3.391;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=63;TCR=6;TR=69;WE=224544537;WS=224544519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	224563372	rs139634403	A	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.866;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=95;ReadPosRankSum=0.276;SC=TTTGGGTATGAATGATTGTCT;SOR=1.193;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=10;WE=224563380;WS=224563362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr1	224600910	rs10916612	C	A	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.89;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	224600920	rs10916613	C	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.29;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	224621368	rs2405033	G	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=22;PP=1074;SC=TCACCAGCTGGCGGTAAGGGA;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=224621376;WS=224621358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	225230608	rs2501107	C	T	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=37;PP=1272;SC=TAAATCTATGCTTGAGAATTC;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=225230616;WS=225230598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr1	225237850	rs2501086	A	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=301;SC=GTCATGGATAATTTTGAAGTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=225237858;WS=225237840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	225266966	rs3105559	C	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=4;PP=179;SC=AGAAGAATTTCTGGAGCATTT;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=225266974;WS=225266956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	225268343	rs3128651	A	G	9680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr1	225268346	rs3128652	G	A	9680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	225270409	rs3128655	A	T	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=32;PP=896;SC=GCTTGATAAAAACTGTAAAGT;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=225270417;WS=225270399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr1	225273248	rs3128658	G	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=647;SC=CATTTTAGATGTTTCAGTATG;SOR=1.900;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=225273256;WS=225273238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr1	225511905	rs10799300	T	C	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,48:0.40:119
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chr1	225528183	rs3856145	C	A	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.106;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=720;ReadPosRankSum=0.146;SC=CAGAAATAGACAACCCCCATT;SOR=0.429;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=138;TCF=89;TCR=49;TR=56;WE=225528191;WS=225528173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,83:0.41:202
chr1	225528340	rs12184324	C	T	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=39;PP=803;ReadPosRankSum=0.333;SC=GAGTATTTCCCTTGATGCCAT;SOR=0.607;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=183;TCF=71;TCR=112;TR=67;WE=225528348;WS=225528330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,113:0.37:304
chr1	225533684	rs6667999	A	G	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=656;ReadPosRankSum=-1.745;SC=AGATGATGACAAAATTGTAGA;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=88;TCR=55;TR=53;WE=225533692;WS=225533674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,76:0.36:209
chr1	225533861	rs74147200	A	G	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=43;PP=811;ReadPosRankSum=-0.249;SC=AATCAACTACATGTACCAGTT;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=93;TCR=113;TR=78;WE=225533869;WS=225533851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,122:0.41:301
chr1	225534219	rs7527925	T	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=364;ReadPosRankSum=1.772;SC=CTTTGCACTGTAATCATGCAA;SOR=0.655;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=32;WE=225534227;WS=225534209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,56:0.44:128
chr1	225534348	rs7535953	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=49;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCCCAGTCTAGACTTACTAGT;SOR=2.570;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=5;WE=225534356;WS=225534338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr1	225539363	rs12408617	G	A	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=772;ReadPosRankSum=0.015;SC=ATTTGAAATAGGTGAAAGTCA;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=55;WE=225539371;WS=225539353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,77:0.45:171
chr1	225539665	rs3856150	T	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.389;SC=ATGTCGTACATTATCTTACAT;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=225539673;WS=225539655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	225555512	rs11578981	C	T	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=508;ReadPosRankSum=-0.929;SC=TCAAGATTGCCGTGGAATCTC;SOR=0.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=39;WE=225555520;WS=225555502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,81:0.54:150
chr1	225555602	rs12737248	T	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=344;ReadPosRankSum=-0.365;SC=TATTTGAAAATCCTGACTGTG;SOR=0.623;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=22;WE=225555610;WS=225555592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr1	225562385	rs10915816	C	T	3345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=26;PP=1400;SC=ATGGGTTTTCCAAAGGTTGCC;SOR=1.016;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=71;WE=225562393;WS=225562375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr1	225565015	rs3856154	T	C	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=798;ReadPosRankSum=-1.015;SC=GATGATGACCTTCCCGAGGTC;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=54;WE=225565023;WS=225565005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,103:0.59:174
chr1	225565073	rs3856155	C	T	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=681;ReadPosRankSum=-2.534;SC=AGACCCAGGGCGAAAAGTTTA;SOR=0.755;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=52;WE=225565081;WS=225565063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,95:0.58:164
chr1	225567813	rs61615439	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
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chr1	225576058	rs6679430	T	C	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=909;ReadPosRankSum=-2.400;SC=AAAAATGATGTGACTGTCTTT;SOR=0.517;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=61;WE=225576066;WS=225576048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,96:0.63:152
chr1	225576311	rs10753405	A	G	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=631;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TGAATTAAGCAAGGGAGGGAT;SOR=0.695;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=41;WE=225576319;WS=225576301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,61:0.58:105
chr1	225577648	rs12134158	C	T	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=657;ReadPosRankSum=-0.880;SC=TGTCACTCACCCTTTCCTCCT;SOR=0.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=40;WE=225577656;WS=225577638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr1	225579918	rs41268717	A	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-4.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=229;ReadPosRankSum=-0.706;SC=TCTCCATGAGACATCATTGTT;SOR=0.252;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=14;WE=225579926;WS=225579909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr1	225586971	rs41305733	A	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=557;ReadPosRankSum=-0.840;SC=ATGAAAAATAAATGTCCATAT;SOR=0.445;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=105;TCF=28;TCR=77;TR=41;WE=225586979;WS=225586961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,58:0.41:142
chr1	225598018	rs138769892	T	C	4334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=59;PP=2013;ReadPosRankSum=2.170;SC=ATCCACCACATAGAGAAGCTG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=115;TCR=87;TR=137;WE=225598026;WS=225598008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,208:0.62:333
chr1	225600351	.	T	TA	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.487;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr1	225601647	rs3766928	C	T	3248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=6.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=3.379;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,159:0.58:273
chr1	225602823	rs6666171	A	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=1.667;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	225603103	rs6702433	C	T	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr1	225609763	rs12410357	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=114;ReadPosRankSum=-0.375;SC=GGCTGTATAAGGATAAACACA;SOR=0.538;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=9;WE=225609771;WS=225609753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr1	225609884	rs1056608	A	G	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	225611661	rs1056607	C	T	5678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr1	225611845	rs1340867	C	T	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=67;PP=1900;SC=TTTATGTATTCGTCTTTTTCC;SOR=2.535;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=18;TCR=67;TR=85;WE=225611853;WS=225611835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	225685621	rs145776060	TAAG	T	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=0.561;SC=CTCACAGTAATAAGAAGATTA;SOR=0.120;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=225685631;WS=225685611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr1	225686025	rs2297747	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=333;ReadPosRankSum=-1.189;SC=TTTATAGGAATAGTAAATTTG;SOR=0.673;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=23;WE=225686033;WS=225686015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr1	225699681	rs2184778	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-0.801;SC=CTCTTTCATCGGTCTTCTCTC;SOR=0.136;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=225699689;WS=225699671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr1	225702610	rs151230297	A	G	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=610;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TGCCTGAGAGAGAGAAATGTT;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=46;WE=225702618;WS=225702600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,96:0.53:182
chr1	225707271	rs34432111	G	GA	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.315;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr1	225965832	rs1461957	G	T	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=3.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,131:0.62:212
chr1	226016381	rs41266229	G	A	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=340;ReadPosRankSum=1.359;SC=TGTCAGGGCCGGGCTGGGCGG;SOR=0.540;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=22;WE=226016389;WS=226016371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
chr1	226016397	rs41266231	G	A	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=376;ReadPosRankSum=-1.002;SC=GGCGGGCTCCGTTGTTAATGG;SOR=0.510;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=25;WE=226016405;WS=226016387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,48:0.55:88
chr1	226019633	rs1051740	T	C	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=908;ReadPosRankSum=-0.380;SC=TCTCAACAGATACCCTCACTT;SOR=0.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=64;WE=226019641;WS=226019623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,80:0.37:214
chr1	226019774	rs2260863	G	C	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=42;PP=1209;SC=AATTATAGGTGACTGAGATGT;SOR=2.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=226019782;WS=226019764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr1	226027067	.	GGT	G	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr1	226036309	rs360063	A	G	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=870;ReadPosRankSum=1.025;SC=CTCTGTGAACAAACACCCTCC;SOR=0.611;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=189;TCF=100;TCR=89;TR=71;WE=226036317;WS=226036299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,138:0.37:375
chr1	226041489	rs61753643	G	A	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=423;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GCAGGAAGACGCACCTGGGGA;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=40;WE=226041497;WS=226041479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,57:0.30:189
chr1	226044489	rs60955535	G	GC	1249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=14;PP=1216;SC=TGCTCTATGTGCCCCAGTGAG;SOR=0.968;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=31;WE=226044497;WS=226044479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	226044766	rs9919303	G	A	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=200;ReadPosRankSum=-0.168;SC=CGTGGGCCACGCGGCTCTGAG;SOR=0.641;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=21;WE=226044774;WS=226044756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr1	226048744	rs34700682	CA	C	2097.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=743;ReadPosRankSum=0.451;SC=CTCAGGTTACCAAGCACACAT;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=22;WE=226048752;WS=226048734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr1	226053805	rs7515156	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
chr1	226054333	rs45492299	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.881;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,49:0.26:192
chr1	226054681	rs360085	T	A	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=7;PP=885;SC=GCTCAACAACTCACTAGCTGC;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=226054689;WS=226054671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	226054714	rs2292563	G	A	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=436;ReadPosRankSum=-0.703;SC=GATACCAGCCGGCCCCCTTTG;SOR=0.640;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=30;WE=226054722;WS=226054704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr1	226055595	rs2292564	G	A	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=2.081;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,65:0.47:139
chr1	226075608	rs12753531	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.723;NF=7;NR=12;PP=302;ReadPosRankSum=0.806;SC=CGGCCTTGGGGACCGGCTCCT;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=19;WE=226075616;WS=226075598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr1	226108894	rs10915897	C	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=947;ReadPosRankSum=1.951;SC=CAGAAGTCCGCGGGATGGACT;SOR=0.923;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=67;WE=226108902;WS=226108884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,92:0.61:150
chr1	226111926	rs28364597	G	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=444;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CCGAGGACCGGCGAGCTAACA;SOR=0.591;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=26;WE=226111934;WS=226111916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr1	226125543	rs60825997	G	GA	709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=641;SC=GGTCATCTGGGAGGCTGAAGT;SOR=2.093;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=226125551;WS=226125533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	226128509	rs2295419	G	C	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=217;ReadPosRankSum=1.469;SC=AAAGGCCAGGGGCCCTTCGAC;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=14;WE=226128517;WS=226128499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr1	226180807	rs201197753	ACTTT	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr1	226180813	rs151278173	TTTC	T	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr1	226252232	rs2036870	C	T	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=30;PP=787;SC=TATGTATCCACATAATTTAAC;SOR=1.739;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=39;WE=226252240;WS=226252222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	226253316	rs1849032	G	T	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=1277;ReadPosRankSum=-0.618;SC=TTTTGTGCTAGTTATGTTTTT;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=226253324;WS=226253306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr1	226334578	rs1219666	G	A	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=83;PP=2514;SC=ACTTGCATCAGGCAATTAAAA;SOR=1.273;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=41;TCR=85;TR=123;WE=226334586;WS=226334568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	226352498	rs2306120	T	G	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.686;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1076;ReadPosRankSum=-0.529;SC=ACCTTTTTTTTTCTTGCTCTT;SOR=0.935;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=221;TCF=122;TCR=99;TR=78;WE=226352506;WS=226352480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,142:0.37:382
chr1	226353521	rs2306121	T	A	3070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=40;PP=1255;ReadPosRankSum=-1.874;SC=TTGCCAACATTATCCTCATTA;SOR=0.580;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=240;TCF=153;TCR=87;TR=101;WE=226353529;WS=226353511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,165:0.43:387
chr1	226411317	rs10915962	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=0.775;SC=GCCTTCCCAGCCCCTGGCCCG;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=11;WE=226411325;WS=226411307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr1	226420722	rs2306119	A	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=117;SC=ACAAATATGCATAATTCTTAA;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=226420730;WS=226420712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	226438449	rs6678137	T	C	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	226474132	rs10799347	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.356;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr1	226485327	rs11390947	A	AT	452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=397;ReadPosRankSum=2.060;SC=AAACTTGTAAATTTTTTACTG;SOR=0.793;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=16;WE=226485335;WS=226485317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr1	226549498	rs2271347	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=0.783;SC=CTCATACCCTGTAAGCCAGGC;SOR=1.445;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=12;WE=226549506;WS=226549488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	226550924	rs747657	G	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=-1.753;SC=CCAACAGTTTGATTAGGAGAA;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=22;WE=226550932;WS=226550914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr1	226553467	.	C	CA	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr1	226553485	rs118165556	A	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=1.258;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr1	226553486	rs146042055	C	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=1.316;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr1	226553490	rs34917861	C	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.414;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr1	226553494	rs11378196	C	CA	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=2.058;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr1	226555302	rs1136410	A	G	3703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=62;PP=1846;ReadPosRankSum=1.156;SC=AAGCATTTCCACCTTGGCCTG;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=96;TCR=93;TR=125;WE=226555310;WS=226555292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,176:0.64:274
chr1	226555837	rs1805413	G	A	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=25;PP=957;ReadPosRankSum=-0.794;SC=GGGGAGGGACGGCTGCAAGGT;SOR=0.823;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=64;WE=226555845;WS=226555827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,104:0.66:158
chr1	226556094	rs1805400	T	C	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=42;PP=1300;SC=GCTTTCTCTTTTAGCAGGTGG;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=63;WE=226556102;WS=226556084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr1	226566726	rs907190	A	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=43;ReadPosRankSum=-1.573;SC=CTCTGTGATTAGATTTCATTC;SOR=0.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=7;WE=226566734;WS=226566716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr1	226570840	rs1805415	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.252;SC=TACGGTCCTGTTTTTTAACCT;SOR=0.745;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=10;WE=226570848;WS=226570830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr1	226573364	rs1805414	A	G	4942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=74;PP=1907;ReadPosRankSum=-0.996;SC=CCATGCCATCAGCTACTCGGT;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=237;TCF=105;TCR=132;TR=135;WE=226573372;WS=226573354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,247:0.56:439
chr1	226576270	rs2255403	A	G	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=30;PP=1430;ReadPosRankSum=-0.853;SC=AATAAGTGGGACACAACTCCT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=92;TCR=47;TR=89;WE=226576278;WS=226576260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,135:0.63:214
chr1	226589709	rs2666428	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=494;ReadPosRankSum=0.195;SC=ATTCCAAGCACCTGGAAAAAC;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=32;WE=226589717;WS=226589699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr1	226589958	rs1805404	G	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=699;ReadPosRankSum=0.331;SC=CTTTCTGCTGGTCATCCCACC;SOR=0.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=47;WE=226589966;WS=226589948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,60:0.59:101
chr1	226595647	rs907187	C	G	8956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.786;SC=CTAGCTGCCGCCAAAGCTCCG;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=421;TCF=205;TCR=216;TR=245;WE=226595655;WS=226595637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,433:0.57:758
chr1	226829845	rs41268735	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=534;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GAGGGAAGGCGACATGAGGGC;SOR=1.119;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=40;WE=226829853;WS=226829835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,52:0.33:157
chr1	226923505	rs708776	G	T	8150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.03;NF=110;NR=101;PP=2965;SC=AGGCTTGTCCGGATCTTGGGG;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=110;TCR=101;TR=211;WE=226923513;WS=226923495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr1	227069677	rs11405	T	C	4251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=53;PP=1485;SC=TAATGTCGGCTGAGAGCCCCA;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=96;WE=227069685;WS=227069667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	227069737	rs6759	C	T	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=4.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr1	227071364	rs1295643	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=416;ReadPosRankSum=1.813;SC=ATAGGCTGCCGTGGGGGACAT;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=19;WE=227071385;WS=227071354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr1	227071377	rs1295644	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=698;SC=GGGGACATTCTGCGGCCCTCA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=227071385;WS=227071354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	227071525	rs1046240	C	T	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=864;ReadPosRankSum=-1.073;SC=GAGCGAAGCACGTGATCATGC;SOR=0.624;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=52;WE=227071533;WS=227071515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,111:0.56:200
chr1	227073410	rs2236910	G	C	9227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=153;PP=2965;SC=CTCCAGCCACGCTTCTCTCCG;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=103;TCR=153;TR=256;WE=227073418;WS=227073400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr1	227078955	rs2802267	T	C	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=17;PP=641;SC=CCGCCTGAGATGTGAACCTTT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=227078963;WS=227078945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	227079222	rs2236915	C	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=583;ReadPosRankSum=0.411;SC=CTTGAAGATTCAGCAAGTGTT;SOR=0.937;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=34;WE=227079230;WS=227079212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr1	227081622	rs10753428	A	G	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=50;PP=1988;SC=GGGCAAGAGCAGCTGGGCCTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=112;WE=227081630;WS=227081604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	227081850	rs2855562	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=331;ReadPosRankSum=1.294;SC=GATGCGTCCAGCTGCCTCGTG;SOR=0.223;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=29;WE=227081858;WS=227081840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,47:0.70:67
chr1	227085155	rs11802358	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=398;ReadPosRankSum=0.595;SC=TTAGGGTGAAGTGTTAAGACT;SOR=1.142;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=26;WE=227085163;WS=227085145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr1	227085462	rs1800672	T	C	3767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.788;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,223:0.36:627
chr1	227085646	rs1800673	C	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=266;ReadPosRankSum=-0.935;SC=ATAAATGTAGCTCCAGTTCAT;SOR=0.233;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=21;WE=227085654;WS=227085636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
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chr1	227171210	rs12739480	G	A	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=826;ReadPosRankSum=3.444;SC=GGGCCCACCCGTCTCCCTGGG;SOR=0.662;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=163;TCF=106;TCR=57;TR=67;WE=227171218;WS=227171200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,105:0.38:274
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chr1	227216662	rs1929861	T	C	4939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=71;ReadPosRankSum=-1.416;SC=CTTGAATTTCTTTAAATTTTC;SOR=0.607;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=236;TCF=117;TCR=119;TR=153;WE=227216670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,218:0.64:338
chr1	227216775	rs1929860	C	T	6124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=84;PP=2857;ReadPosRankSum=2.216;SC=CCAGAAGTTACGGTTTGACAC;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=158;TCR=132;TR=181;WE=227216783;WS=227216765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,280:0.62:451
chr1	227217005	rs3820651	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=188;ReadPosRankSum=-0.911;SC=TTAATCATATCCCAATTATAC;SOR=0.349;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=14;WE=227217013;WS=227216995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr1	227218069	rs5781458	C	CAT	961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	227219314	rs1319103	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=245;ReadPosRankSum=0.544;SC=CCAATAAAATAAGCATTCATT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=12;WE=227219322;WS=227219304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	227221222	rs11586734	C	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=240;ReadPosRankSum=-0.793;SC=GCACCAAACACCCAAATTTAA;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=23;WE=227221230;WS=227221212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,33:0.31:105
chr1	227222515	rs113874316	G	GACAA	12425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=112;PP=2972;SC=GTTTTAGACAGACAAACAGCC;SOR=1.302;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=7;TCR=120;TR=118;WE=227222523;WS=227222505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr1	227223367	rs10495272	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=476;ReadPosRankSum=1.121;SC=AAGAAAATTCGTAACACTCAC;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=30;WE=227223375;WS=227223357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr1	227235510	rs114098136	A	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr1	227239702	rs56176301	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=371;ReadPosRankSum=-1.169;SC=AAAATAAGTCGGGAAAAATAA;SOR=0.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=20;WE=227239710;WS=227239692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr1	227239746	rs10799381	G	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=474;SC=CAATGTGCAGGCTTAGCAAAT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=227239754;WS=227239736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	227268488	rs1929853	T	G	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=10;PP=1204;ReadPosRankSum=0.742;SC=ATTTATCACATCTGACAAATG;SOR=1.325;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=104;TCF=80;TCR=24;TR=61;WE=227268496;WS=227268478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,82:0.58:142
chr1	227288655	rs2104863	G	A	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=3;PP=75;SC=CAGGTACTCAGTAAGTATTTA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=227288663;WS=227288645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	227299978	rs2458521	C	T	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.060;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1203;ReadPosRankSum=0.738;SC=AGAAGAAAATCAATTAAGCTT;SOR=0.917;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=74;TCR=41;TR=77;WE=227299986;WS=227299968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,106:0.63:167
chr1	227300277	rs488104	G	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=5;PP=488;SC=AATAACTTTAGAAATATTTTA;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=227300285;WS=227300267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	227327502	rs41268741	G	A	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=748;ReadPosRankSum=-1.013;SC=GAAGAAAAACGTTAACATTTT;SOR=1.304;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=44;WE=227327510;WS=227327492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr1	227327527	rs41268743	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=597;ReadPosRankSum=-0.663;SC=AAATTGTTTTTAACTGACTCC;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=33;WE=227327535;WS=227327517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr1	227330759	rs12139502	A	G	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=-2.221;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,76:0.40:190
chr1	227381326	rs6696485	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=315;ReadPosRankSum=0.031;SC=CAAATAATAACAACAACAAAG;SOR=0.627;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=16;WE=227381334;WS=227381324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr1	227381373	rs3768436	G	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=433;ReadPosRankSum=0.873;SC=AATTTTTTTTGGTTGACGATA;SOR=0.558;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=27;WE=227381381;WS=227381354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr1	227381442	rs11585910	A	G	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.680;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=658;ReadPosRankSum=1.067;SC=GTTGCTAGATATTACATGGTA;SOR=0.424;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=54;WE=227381450;WS=227381432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,85:0.37:229
chr1	227387143	rs3768435	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.726;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=-1.342;SC=CTTACCCTGTATGAAATGCAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=227387151;WS=227387133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr1	227400792	rs1513612	A	T	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=88;SC=ATTCCTGAAAAATATTTCTAA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=227400800;WS=227400782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr1	227920061	rs1060295	T	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=147;ReadPosRankSum=0.626;SC=GCTGCCTCTCTTCCACCCGTC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=11;WE=227920069;WS=227920051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
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chr1	227923081	rs7419238	G	A	13338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=137;NR=161;PP=2965;SC=TTTCTGCCCCGCCAGCGCCTG;SOR=0.818;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=302;TCF=137;TCR=165;TR=298;WE=227923089;WS=227923071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,523:1.00:523
chr1	227935280	rs2236361	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=322;ReadPosRankSum=-0.883;SC=GAGTCAGCCACGTGCTGCAGC;SOR=0.103;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=28;WE=227935288;WS=227935270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr1	227935355	rs2236360	T	C	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=748;ReadPosRankSum=0.745;SC=CTCCAGTCCATGGGTGACGGC;SOR=0.869;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=153;TCF=90;TCR=63;TR=63;WE=227935363;WS=227935345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,93:0.38:242
chr1	227935444	rs2236359	A	G	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1083;ReadPosRankSum=-0.045;SC=ACAGATGAGCAGGGATGTCTG;SOR=0.692;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=232;TCF=116;TCR=116;TR=91;WE=227935452;WS=227935434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,145:0.36:405
chr1	227968107	rs10799448	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=372;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CTGCTGGCTCGCAGATGGCAT;SOR=0.412;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=23;WE=227968115;WS=227968097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr1	228003967	rs12121588	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=440;ReadPosRankSum=0.656;SC=AGCGGGCGCCGGCCTGGGATG;SOR=0.869;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=32;WE=228003975;WS=228003957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,54:0.38:143
chr1	228033197	rs9426581	A	G	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=30;PP=1847;SC=GCTGCAGGAGATGCAGCTCCC;SOR=1.274;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=91;WE=228033205;WS=228033187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr1	228109137	rs35718701	A	G	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=539;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GAGCCCAGGAACTCAGCCTGT;SOR=0.727;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=35;WE=228109145;WS=228109127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,57:0.39:148
chr1	228112121	rs4653889	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=491;ReadPosRankSum=1.466;SC=GCAAGGGCCGATCAGTGAGCC;SOR=1.652;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=91;TCF=18;TCR=73;TR=31;WE=228112129;WS=228112111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,34:0.31:111
chr1	228113046	rs8192629	C	T	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=550;ReadPosRankSum=1.206;SC=GGCACTCGAGCGCACTCATGC;SOR=0.853;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=49;WE=228113054;WS=228113036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,107:0.33:327
chr1	228113163	rs3795768	A	G	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=560;ReadPosRankSum=2.101;SC=GCGCCTGGGCAGCCGCCTCTG;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=40;WE=228113171;WS=228113153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,55:0.36:153
chr1	228129197	rs631768	T	C	1279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.140;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,70:0.45:154
chr1	228194775	rs76933265	C	G	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=25;PP=875;ReadPosRankSum=1.159;SC=CGGCCCCCCCCGGCGCTCACG;SOR=0.806;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=174;TCF=114;TCR=60;TR=75;WE=228194783;WS=228194757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,109:0.48:225
chr1	228294300	rs12564763	T	C	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=9;PP=1367;SC=CACTGAGCTCTCTCTGTGCTT;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=59;WE=228294308;WS=228294291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	228352160	rs4348717	T	C	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=39;PP=993;SC=TAGCAGTGTGTGGTTCCTGCC;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=69;WE=228352168;WS=228352150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	228353651	rs55873785	G	C	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=19;PP=1515;SC=CCAACGGCCGGAGCGGCCTGG;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=67;WE=228353659;WS=228353641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr1	228391591	rs12022917	G	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=-0.575;SC=ATGGTAGAGTGACTGTAGGTA;SOR=0.839;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=10;WE=228391599;WS=228391581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr1	228391808	rs11800309	G	T	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=836;ReadPosRankSum=0.919;SC=ACAGATTTTGGTATATGCGGG;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=55;WE=228391816;WS=228391798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,79:0.75:105
chr1	228399482	rs11804508	C	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=7;PP=521;SC=CGCCGCCACCCTCATGGATCA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=228399490;WS=228399472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	228399766	rs55971985	T	C	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	228400646	rs3121192	T	C	7061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.79;SOR=1.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr1	228400653	rs3121191	A	T	6669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	228402047	rs1620111	A	G	8331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=100;PP=2965;SC=GCCACACACTAACCATCTCCC;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=102;TCR=102;TR=200;WE=228402055;WS=228402037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr1	228402121	rs1771487	A	G	6847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=88;PP=2923;SC=ACGTCCACCCAGTTCTGCGTG;SOR=0.918;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=63;TCR=91;TR=151;WE=228402129;WS=228402111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	228405118	rs5781507	G	GA	484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.20;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	228431095	rs1771455	A	G	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=871;ReadPosRankSum=0.642;SC=CAGGCAAGACAGATGCCGGGG;SOR=0.558;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=63;WE=228431103;WS=228431085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,97:0.59:165
chr1	228431930	rs10916293	C	T	4565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=48;PP=2040;ReadPosRankSum=0.938;SC=GAATCTTCAGCGCCTGTGAAA;SOR=0.613;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=207;TCF=134;TCR=73;TR=131;WE=228431938;WS=228431920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,217:0.62:352
chr1	228433217	rs2487384	A	G	2517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.941;NF=33;NR=45;PP=1234;ReadPosRankSum=0.996;SC=AGCCCCAGACAGAGGTGACGT;SOR=0.825;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=78;WE=228433225;WS=228433207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,116:0.69:168
chr1	228434395	rs7517088	T	C	3310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=60;PP=1551;ReadPosRankSum=-1.654;SC=GCATAGAGGCTGCGGGCTGCA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=178;TCF=83;TCR=95;TR=112;WE=228434403;WS=228434385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,157:0.58:270
chr1	228434467	rs7517108	T	C	2904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=51;PP=1238;ReadPosRankSum=2.274;SC=CCTGTGAGGCTGGGGGCCAGC;SOR=0.591;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=168;TCF=77;TCR=91;TR=98;WE=228434475;WS=228434457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,143:0.52:273
chr1	228437603	rs6426494	T	C	2970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=30;PP=1379;ReadPosRankSum=0.743;SC=GGCCTTGTCTTCCCAGTGCTG;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=142;TCF=90;TCR=52;TR=85;WE=228437611;WS=228437593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,138:0.59:235
chr1	228438045	rs12737540	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=492;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TTCATGTCTCGGGCTTCCCAT;SOR=2.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=23;WE=228438053;WS=228438035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr1	228444318	rs7532144	T	G	3004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=32;PP=1410;ReadPosRankSum=-1.472;SC=GACCTAGATGTTGGTGGTCAC;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=154;TCF=95;TCR=59;TR=90;WE=228444326;WS=228444308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,138:0.65:212
chr1	228444565	rs7532342	T	A	6317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=78;PP=2663;SC=GGCCAGGCGGTCGCCGGGGAG;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=151;WE=228444573;WS=228444555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr1	228444741	rs3795780	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=1.021;SC=TCCACTTCTCCATGCCCTCAC;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=14;WE=228444749;WS=228444731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr1	228451826	rs453140	C	T	5451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.027;NF=65;NR=52;PP=1847;ReadPosRankSum=-2.385;SC=GAGCCCAAGGCGGTGTTTGCC;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=180;TCF=95;TCR=85;TR=117;WE=228451834;WS=228451816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,253:0.65:387
chr1	228456147	rs878388	T	C	5561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=76;PP=2256;ReadPosRankSum=0.897;SC=CCTACTTTCTTGTCTAGGCCC;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=266;TCF=144;TCR=122;TR=169;WE=228456155;WS=228456137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,264:0.62:426
chr1	228461129	rs1188724	A	G	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.03;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,118:0.69:172
chr1	228461408	rs11398292	A	AG	4518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=38;PP=2586;SC=GTGGCCCTGAAGGGAGCGGGG;SOR=1.006;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=62;WE=228461416;WS=228461398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	228463433	rs510931	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=294;ReadPosRankSum=0.742;SC=CGAGGGCCGCCGTGACCTCCC;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=18;WE=228463441;WS=228463423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr1	228464248	rs1188721	T	G	2788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=1372;ReadPosRankSum=1.705;SC=CGGACGTGGATGGCAGCTGGA;SOR=0.681;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=111;TCF=71;TCR=40;TR=81;WE=228464256;WS=228464238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,124:0.68:183
chr1	228464276	rs1188722	T	C	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=41;PP=1497;ReadPosRankSum=-2.166;SC=CGGTCTGCGGTTCCAGCAGGG;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=88;WE=228464284;WS=228464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,145:0.66:219
chr1	228464842	rs936885	C	G	4354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=67;PP=2061;ReadPosRankSum=0.461;SC=GTGCCTGACTCGGCCTCTGCC;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=114;TCR=126;TR=128;WE=228464850;WS=228464832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,204:0.57:361
chr1	228465370	rs867599	T	G	3826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.839;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=53;PP=1896;ReadPosRankSum=1.262;SC=CCAGGAAGGTTCGAGGACAGG;SOR=0.628;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=193;TCF=97;TCR=96;TR=117;WE=228465378;WS=228465360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,174:0.64:274
chr1	228468458	rs1188697	G	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,68:0.64:106
chr1	228470995	rs1150906	G	T	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=33;PP=866;ReadPosRankSum=0.701;SC=GGTAAATGCCGCAGGAGCCCC;SOR=1.251;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=43;WE=228471003;WS=228470985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,54:0.67:81
chr1	228475848	rs437129	G	A	6756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.631;SC=GCTGAGCAAGGCAGCCCCTGT;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=381;TCF=171;TCR=210;TR=208;WE=228475856;WS=228475838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,317:0.57:561
chr1	228480282	rs1150908	A	G	5688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.134;NF=79;NR=84;PP=2546;ReadPosRankSum=1.102;SC=AAGGGGCCACAGCTGTGCTGC;SOR=0.543;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=271;TCF=142;TCR=129;TR=163;WE=228480290;WS=228480272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,265:0.61:436
chr1	228482010	rs449133	C	T	6955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.094;SC=TGAGGCAGGACGGGTCCAGGT;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=341;TCF=164;TCR=177;TR=219;WE=228482018;WS=228482000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,312:0.64:488
chr1	228482285	rs1150909	T	C	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=1265;ReadPosRankSum=0.022;SC=CAGGAGGTGTTCTCATGCTCA;SOR=0.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=62;WE=228482293;WS=228482275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,69:0.70:99
chr1	228492044	rs1150910	G	A	6321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CAAACCAGGAGGCCAGAGAAG;SOR=0.595;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=295;TCF=155;TCR=140;TR=189;WE=228492052;WS=228492034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,298:0.59:502
chr1	228494382	rs1150911	T	G	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=53;PP=1384;ReadPosRankSum=-1.175;SC=AGCGCAGTTCTTGTGCTTTGG;SOR=0.479;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=159;TCF=65;TCR=94;TR=96;WE=228494390;WS=228494372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,127:0.61:207
chr1	228494790	rs435776	G	A	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=1091;ReadPosRankSum=-0.005;SC=GCTGGTACGCGGAGTGGAGCA;SOR=0.861;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=68;WE=228494798;WS=228494780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,132:0.62:213
chr1	228495696	rs419173	T	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=330;ReadPosRankSum=0.763;SC=ACAGATGGGCTATGGCAAAAG;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=19;WE=228495704;WS=228495686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr1	228497053	rs379620	A	G	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=54;PP=2271;ReadPosRankSum=0.080;SC=CTCCATTCAGAAAGGCCTTCC;SOR=0.567;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=199;TCF=122;TCR=77;TR=130;WE=228497061;WS=228497043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,169:0.60:282
chr1	228503677	rs1150912	A	G	4031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=54;PP=1666;ReadPosRankSum=-0.984;SC=GAACCCGTGCACACCTCGGAG;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=207;TCF=116;TCR=91;TR=118;WE=228503685;WS=228503667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,203:0.56:365
chr1	228504472	rs1188732	T	C	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,132:0.71:187
chr1	228504670	rs11810627	C	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=233;ReadPosRankSum=-1.118;SC=GGCCTCTGCGCGGCTCACCGT;SOR=1.022;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=16;WE=228504678;WS=228504660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr1	228504701	rs111792077	G	GCTCC	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr1	228505668	rs1188729	C	G	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=30;PP=1363;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GAAGATGTCTCTCTGGAGCTT;SOR=0.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=80;WE=228505676;WS=228505658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,136:0.68:200
chr1	228505699	rs1188728	T	C	3465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=40;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CTGAGGCTGGTGAGGTCATCT;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=98;WE=228505707;WS=228505689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,161:0.67:241
chr1	228509427	rs373610	A	G	5742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=82;PP=2515;ReadPosRankSum=0.881;SC=ACTGGCCTGGACCGTGCTGAT;SOR=0.798;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=214;TCF=99;TCR=115;TR=148;WE=228509435;WS=228509417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,256:0.67:380
chr1	228520763	rs384553	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=501;ReadPosRankSum=1.447;SC=CCTTCCTCCAGGCCCTGGCGG;SOR=0.346;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=24;WE=228520771;WS=228520753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr1	228520880	rs416564	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.305;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=216;ReadPosRankSum=-0.294;SC=TTATGGCTGACCCCTTTTCTG;SOR=0.208;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=13;WE=228520888;WS=228520870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	228520973	rs369909	C	G	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=519;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GCTGAGAGACCTCCAGGTGGC;SOR=0.629;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=42;WE=228520981;WS=228520963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,77:0.55:141
chr1	228522029	rs57891072	TA	T	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.64;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr1	228522047	rs520552	A	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=278;ReadPosRankSum=1.256;SC=CAGGGCTCCAAGGCCCAGGTT;SOR=1.362;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=16;WE=228522055;WS=228522037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr1	228523005	rs60787858	T	TG	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=250;ReadPosRankSum=-1.369;SC=GGGCCGTGAGTGGGGGTGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=3;WE=228523013;WS=228522995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	228523042	rs55678904	T	TG	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=-1.834;SC=GGCTGGGGCATGGGGGGTGGG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=228523050;WS=228523032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr1	228523442	rs1684868	T	C	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.49;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
chr1	228523447	rs10799473	TG	CA	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.43;ReadPosRankSum=1.738;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
chr1	228523618	rs1757160	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=528;ReadPosRankSum=-0.125;SC=AGGAGTGGGGGACAGGACAGC;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=29;WE=228523626;WS=228523608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr1	228524919	rs3795807	G	A	4268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=65;PP=2281;ReadPosRankSum=0.396;SC=AGGCAGGCCAGGGTGTCATGA;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=245;TCF=130;TCR=115;TR=141;WE=228524927;WS=228524909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,199:0.58:342
chr1	228524961	rs3795808	C	A	6023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=77;PP=2606;ReadPosRankSum=-0.765;SC=TGCAGGTGCCCGGAGGTGACA;SOR=0.729;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=283;TCF=143;TCR=140;TR=163;WE=228524969;WS=228524951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,291:0.59:492
chr1	228525627	rs1757127	C	A	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1063;ReadPosRankSum=0.228;SC=CACTTCAGCACCCCCATCCCT;SOR=0.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=76;WE=228525635;WS=228525617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,142:0.64:223
chr1	228525898	rs1188717	C	G	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1378;ReadPosRankSum=-2.082;SC=AGGCCCCTAGCAGGGTCGTCC;SOR=0.671;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=73;WE=228525906;WS=228525888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,104:0.60:172
chr1	228526486	rs58480216	G	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=586;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TGGGGGCCTCGTGGCCCACAG;SOR=0.687;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=43;WE=228526494;WS=228526476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,51:0.66:77
chr1	228526665	rs505629	T	C	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=586;ReadPosRankSum=0.550;SC=TGCCCATAGCTGTGGCCGGCC;SOR=0.539;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=48;WE=228526673;WS=228526655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,89:0.61:147
chr1	228526742	.	C	CCACACA	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.16;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr1	228528412	rs1150916	G	A	6371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=71;PP=2359;ReadPosRankSum=2.571;SC=CCTGACCTTCGCCCCGGCCCC;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=259;TCF=143;TCR=116;TR=166;WE=228528420;WS=228528402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,303:0.66:461
chr1	228528563	rs1188710	C	G	3557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.733;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=71;PP=1869;ReadPosRankSum=0.216;SC=AGGCACCCTGCAGGCCCTGGG;SOR=1.026;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=182;TCF=70;TCR=112;TR=109;WE=228528571;WS=228528553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,161:0.58:276
chr1	228529429	rs141828109	A	AGACGGCTCAGCCAGCCTGTGGCATGG	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=2954;ReadPosRankSum=0.557;SC=TTCCTGGGACAGACGGCTACA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=5;WE=228529437;WS=228529419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr1	228530025	rs114936771	G	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=517;ReadPosRankSum=-2.162;SC=GGCTGTGAGGGCTGGGGACCC;SOR=0.763;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=40;WE=228530033;WS=228530015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,66:0.46:143
chr1	228539300	rs3795812	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr1	228547901	rs12035900	C	T	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=879;ReadPosRankSum=0.042;SC=AAGACGGAGACGCCTTTGTGA;SOR=0.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=201;TCF=106;TCR=95;TR=65;WE=228547909;WS=228547891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,107:0.35:303
chr1	228556788	rs3738685	C	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=621;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TGCCTCTTACCTGACAGCCAG;SOR=0.463;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=68;TCR=28;TR=46;WE=228556796;WS=228556778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr1	228559994	rs500049	C	T	4080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=63;PP=1291;ReadPosRankSum=0.451;SC=CAGGAACAGGCGACCATGCGC;SOR=0.630;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=318;TCF=140;TCR=178;TR=117;WE=228560002;WS=228559984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,230:0.40:571
chr1	228560139	rs498382	A	G	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=629;ReadPosRankSum=0.286;SC=TGTCCCAGTCAGAGGAGGAGG;SOR=0.463;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=46;WE=228560147;WS=228560129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,51:0.40:129
chr1	228560700	rs512253	T	C	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=443;ReadPosRankSum=1.120;SC=TGCCGCTGGATGAGCCTGCAG;SOR=0.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=74;TCR=64;TR=44;WE=228560708;WS=228560690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,66:0.32:208
chr1	228566588	rs79980265	T	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=461;ReadPosRankSum=0.657;SC=GTCTTCCGTCTCGTTGCATTA;SOR=0.773;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=27;WE=228566596;WS=228566578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr1	228612838	rs2230656	G	T	10288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=155;PP=2965;SC=GCAACTTGCGGATTAGCAGCT;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=117;TCR=155;TR=272;WE=228612846;WS=228612828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr1	228613052	rs1188474	T	C	6431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=96;PP=2469;SC=GGCCCCGCGGTGTCCTCTGCC;SOR=1.130;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=53;TCR=96;TR=149;WE=228613060;WS=228613042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr1	228645063	rs10916317	A	G	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=3.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.164;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,61:0.38:160
chr1	228646356	rs144766104	CGT	C	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=0.667;QD=15.61;ReadPosRankSum=-4.220;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr1	228681749	rs3795817	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=208;ReadPosRankSum=-1.764;SC=TCCTTCACCCCGAGGCGTGTT;SOR=0.711;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=16;WE=228681757;WS=228681739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr1	228699477	rs6665115	T	C	4931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.307;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=94;PP=1961;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CCTGGCCACGTGGTCACTCAT;SOR=0.639;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=487;TCF=256;TCR=231;TR=181;WE=228699485;WS=228699467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:431,272:0.39:703
chr1	228871693	rs3738073	C	T	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.844;QD=7.76;ReadPosRankSum=3.448;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,116:0.42:276
chr1	228873640	rs3215603	GT	G	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.306;NF=0;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=-1.055;SC=CAGGGGCCAGGTTATTGGCCG;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=228873648;WS=228873630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr1	229385326	rs191593428	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=-0.498;SC=CCCCTGAGGAAGAAGGGAGAA;SOR=1.051;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=10;WE=229385334;WS=229385318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr1	229385669	rs71561726	TTC	T	2041.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.023;QD=15.59;ReadPosRankSum=2.277;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr1	229407233	rs7519709	G	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=1.215;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr1	229422088	rs237763	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr1	229422193	rs237764	T	C	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=13;PP=658;SC=TTCACAGCACTATTTTGAAGT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=34;WE=229422201;WS=229422183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr1	229438828	rs237787	G	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=712;ReadPosRankSum=-0.752;SC=TGAAAAAGAGGGGATCCCAGC;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=30;WE=229438836;WS=229438818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr1	229461024	rs2282083	C	T	4682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=56;PP=1775;ReadPosRankSum=-0.116;SC=CTGTCATCCACGGGTTCTCTG;SOR=0.724;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=194;TCF=97;TCR=97;TR=117;WE=229461032;WS=229461014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,221:0.65:342
chr1	229477725	.	GA	G	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,41:0.22:190
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chr1	229637645	rs754022	C	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=434;ReadPosRankSum=-0.083;SC=AAGTAGTTTCCTATTGACTAT;SOR=0.592;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=60;TCR=14;TR=29;WE=229637653;WS=229637635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
chr1	229637881	rs2381108	T	G	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.714;NF=15;NR=39;PP=663;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GTGATTAATCTTATAGTATAA;SOR=0.730;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=161;TCF=48;TCR=113;TR=54;WE=229637889;WS=229637871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,78:0.34:227
chr1	229663064	rs113712941	GAGGAA	G	6289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=35;PP=2286;SC=TCCTTGTTGAGAGGAAAGGAA;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=44;WE=229663076;WS=229663054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr1	229683264	rs3738187	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=210;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TGATGCCTACGGAAGCCTGGG;SOR=0.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=13;WE=229683272;WS=229683254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr1	229684929	rs111960720	A	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=353;ReadPosRankSum=1.387;SC=AACCCACAGGACTCTACATCT;SOR=1.250;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=30;WE=229684937;WS=229684919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr1	229730452	rs2295625	G	A	4331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=56;PP=1731;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CCTGCTGAGCGCTCCACAGCC;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=231;TCF=126;TCR=105;TR=124;WE=229730460;WS=229730442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,207:0.60:347
chr1	229738170	rs3753886	T	G	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.018;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=1903;ReadPosRankSum=1.462;SC=CATCCTTGACTCGCTTAATGC;SOR=0.129;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=107;WE=229738178;WS=229738160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr1	229738236	rs4925500	G	A	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=55;PP=2221;SC=TGGGCATGTCGGGGGGCTCCA;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=113;WE=229738244;WS=229738226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	229746019	rs2273573	C	T	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=59;PP=1755;SC=TAACCCAGTACGTGGCAGGAT;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=98;WE=229746027;WS=229746009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr1	229750343	rs2273574	T	G	5640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=112;PP=2965;SC=AGACCAGCCATGTGGCTAAGT;SOR=1.484;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=50;TCR=112;TR=162;WE=229750351;WS=229750333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	229768297	rs1473719	C	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=487;SC=ATAGGAAATACTAAGGTAGGA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=229768305;WS=229768287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	229772693	rs3811473	T	G	7356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=1.672;SC=GCCCAGGAAGTCTCAATAGAT;SOR=0.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=93;TCR=83;TR=175;WE=229772701;WS=229772683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,268:1.00:269
chr1	229781532	rs881694	T	G	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=8;PP=663;SC=CAGAGAGCAGTCTTCTTCCCC;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=229781540;WS=229781522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	229781744	rs2274994	T	C	5550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=2046;ReadPosRankSum=2.344;SC=ATGTGTCCTCTAGCTCCTCCC;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=105;WE=229781752;WS=229781734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,213:0.99:215
chr1	229783236	rs6587349	T	C	4949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.26;SOR=1.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	229783240	rs2274995	T	C	4980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr1	229795070	rs1048306	T	G	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=25;PP=758;SC=GTGCCGCCAGTGACACTGTCC;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=229795078;WS=229795060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr1	230391234	rs41315597	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.428;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=411;ReadPosRankSum=-1.571;SC=AATTGAAAGGCGCATTCCACG;SOR=1.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=22;WE=230391242;WS=230391224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr1	230398241	rs16851269	C	T	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.996;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=439;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CTCAGTCACACGCCAGCAGAC;SOR=0.915;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=32;WE=230398249;WS=230398231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
chr1	230398445	rs3811485	G	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr1	230451935	rs144363709	C	CAT	1496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=7;PP=752;SC=TACACATGTGCATGTGTATAC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=230451943;WS=230451925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	230451978	rs11122492	G	A	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=15;PP=643;SC=ATGTGTATACGTACATATGTG;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=230451986;WS=230451968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	230459433	rs35048134	GC	G	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=0.902;SC=CATCCCAAAGGCCCCCCCTCA;SOR=0.982;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=12;WE=230459441;WS=230459423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr1	230461079	rs2306813	G	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,55:0.35:155
chr1	230497940	rs828479	G	T	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=27;PP=1467;SC=GCACGAGAGGGTGGGGGAGGA;SOR=1.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=84;WE=230497948;WS=230497930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr1	230498232	rs2820384	C	T	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=37;PP=1048;SC=GGAAGCCCTCCTGGGGCTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=230498240;WS=230498222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	230503684	rs2632571	C	T	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=14;PP=821;SC=CTCAAGGTCACGCAAGCTGGC;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=230503692;WS=230503674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	230513128	rs828463	G	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=308;SC=ACATCAACACGTGATAAATCC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=230513136;WS=230513124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	230778491	rs4846864	G	C	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=83;PP=2053;SC=CCTCTGTGGCGGTCTCTTCGG;SOR=1.491;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=37;TCR=84;TR=120;WE=230778499;WS=230778481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr1	230795177	rs1359866	T	C	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=28;PP=1954;SC=ATATCATTGCTATAATTTTTT;SOR=1.410;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=66;TCR=28;TR=94;WE=230795185;WS=230795167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr1	230796326	rs3736983	A	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=0.055;SC=TTCACATTCTATCAGCAATAT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=230796334;WS=230796325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	230798864	.	CT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=-1.384;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr1	230819295	rs5781596	ATTC	A	1395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.023;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,42:0.28:152
chr1	230819479	rs5781597	G	GT	900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.671;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,53:0.87:61
chr1	230820763	rs150768186	C	CACATT	1949.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=1405;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TCGGAAGTCTCACATTAGACT;SOR=0.902;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=26;WE=230820771;WS=230820753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr1	230822607	rs1536591	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=427;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TTATTGACGCGCACATATGTA;SOR=2.018;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=25;WE=230822615;WS=230822597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr1	230825942	rs3000064	A	G	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=452;ReadPosRankSum=1.907;SC=TGCTTAGAAGAGTCTGCGGCA;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=31;WE=230825950;WS=230825932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr1	230828987	rs2478534	C	A	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=780;ReadPosRankSum=1.082;SC=TTTCCCCCCCCATATTCAGCT;SOR=0.939;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=55;WE=230828995;WS=230828977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,89:0.56:159
chr1	230829139	rs1051038	A	G	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=625;ReadPosRankSum=0.213;SC=AGCAGCCTTAAGCATCTTGGA;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=47;WE=230829147;WS=230829129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,57:0.39:146
chr1	230841559	rs3827749	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=210;ReadPosRankSum=-0.870;SC=CCGTGCCACCGCGGCCCTGCC;SOR=1.260;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=15;WE=230841567;WS=230841549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr1	230841687	rs7080	T	C	8156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=75;PP=2965;SC=ACCGGGGAGATAGTTTCTTCA;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=100;TCR=76;TR=174;WE=230841695;WS=230841677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr1	230845794	rs699	A	G	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=57;PP=1658;ReadPosRankSum=0.819;SC=ACTGGCTCCCATCAGGGAGCA;SOR=0.632;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=376;TCF=230;TCR=146;TR=139;WE=230845802;WS=230845784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:384,241:0.39:625
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chr1	230891248	rs2493145	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=231;ReadPosRankSum=1.212;SC=CCAAGAGGCACGGGGCTGGGG;SOR=1.127;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=230891256;WS=230891238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr1	230898231	rs2282318	T	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=606;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGTAACTTGGTGGACAAAGCC;SOR=0.869;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=31;WE=230898239;WS=230898221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr1	230898494	rs2282319	C	T	6516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.778;NF=71;NR=88;PP=2453;ReadPosRankSum=2.122;SC=CCGACCACAACGAGTTCTGGA;SOR=0.734;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=265;TCF=121;TCR=144;TR=159;WE=230898502;WS=230898484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,317:0.63:507
chr1	230898615	rs3215985	G	GA	984.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.596;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.224;NF=0;NR=37;PP=1036;ReadPosRankSum=0.707;SC=TAAGGGCTGGGAAAAAATCAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=67;TCF=0;TCR=67;TR=37;WE=230898623;WS=230898605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr1	230903234	rs11122590	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.355;SC=AGGGTGCCCCAGTGGCCTCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=230903242;WS=230903224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr1	230903350	rs3828126	T	C	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=574;ReadPosRankSum=0.440;SC=AAGACTTCACTGGGGGTGTGG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=49;WE=230903358;WS=230903340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,75:0.73:103
chr1	230904911	rs11122593	C	T	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=582;ReadPosRankSum=1.272;SC=TGACTCTGCTCTTTCCATGTT;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=30;WE=230904919;WS=230904901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr1	230910469	.	TTTTC	T	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.417;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr1	230914612	rs12130847	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-1.336;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr1	230914706	rs1933630	C	A	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=442;ReadPosRankSum=-1.137;SC=CGTGTCTCTCCGCTTTGCTGC;SOR=0.534;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=28;WE=230914714;WS=230914696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr1	230914729	rs1933631	A	C	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=460;ReadPosRankSum=0.403;SC=GATGGCATTTAAGGACTTCAA;SOR=0.785;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=30;WE=230914737;WS=230914719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr1	230916260	rs28359687	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=361;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CTGACAAAGACGAACACCTGA;SOR=0.658;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=24;WE=230916268;WS=230916250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr1	230923151	rs2297830	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TTGTGCACACTGCCTCAGGAG;SOR=0.169;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=17;WE=230923159;WS=230923141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr1	230923187	rs12731671	C	G	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=460;ReadPosRankSum=-0.354;SC=GGCACACAGGCTCCTGGCTTC;SOR=1.075;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=29;WE=230923195;WS=230923177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr1	230923313	rs12731961	C	T	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=624;ReadPosRankSum=0.239;SC=GGAGGAGCAGCGGTTTCGGGC;SOR=0.779;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=45;WE=230923321;WS=230923303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,79:0.41:191
chr1	230928351	rs2282321	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=393;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GAATTGTATTCGGACAGGGGA;SOR=0.503;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=21;WE=230928359;WS=230928341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr1	230928512	rs7522057	C	G	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=480;ReadPosRankSum=1.371;SC=GTAGCTCCCCCGGGCTGGCTG;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=43;WE=230928520;WS=230928502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,53:0.34:156
chr1	230933898	rs2297831	C	T	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=718;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TCCCCCTTCTCTCCTATCAGG;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=46;WE=230933906;WS=230933888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,72:0.56:129
chr1	230975454	rs1202550	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=0.483;SC=AAATCTGGCAATATTGACCAG;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=230975462;WS=230975444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	231003851	.	G	C	82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MMLQ=23;MQ=59.37;NF=6;NR=1;PP=82;QD=16.6816017925;SC=GCCTCACGCCGGCAGGTGCCC;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=231003859;WS=231003843;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,7:0.44:16
chr1	231042732	rs3811502	T	A	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.070;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=1074;ReadPosRankSum=-1.191;SC=ACGTTTCTGATACTGATGGAA;SOR=0.927;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=68;WE=231042740;WS=231042722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,94:0.60:156
chr1	231047310	rs10580953	TAC	T	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=428;ReadPosRankSum=0.626;SC=AAAAAAAAGATACAGACTCAT;SOR=0.507;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=231047319;WS=231047300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr1	231047392	rs2153049	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.287;SC=ACATCAAGAAGAGGATTGTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=231047400;WS=231047382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	231057310	rs2275334	C	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=15;PP=369;SC=CTCAAGCCAACATCTAATTTC;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=231057318;WS=231057300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	231059784	rs3748774	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=19;PP=474;SC=GCTAGTCCATCATATCTAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=231059792;WS=231059774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	231060736	rs3748775	T	C	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr1	231064578	rs5781609	T	TCTC	939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=6;PP=922;SC=CCCAGGCAATTCTACCTCACC;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=18;WE=231064586;WS=231064568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	231064611	rs950029	G	A	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=6;PP=619;SC=AGGGAGTAGCGTGCCACCATG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=231064619;WS=231064601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	231067236	rs11122624	C	T	5752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=91;PP=2692;SC=CAAAATGCTGCATTAGTATCA;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=54;TCR=91;TR=145;WE=231067244;WS=231067226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr1	231067318	rs11122625	G	T	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=857;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GGTTAAACCAGACCTGTAAAC;SOR=0.456;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=52;WE=231067326;WS=231067308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr1	231069652	rs1890351	A	C	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=27;PP=770;SC=ATAATTGTTAAAATTGAGATT;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=231069660;WS=231069642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	231081304	rs6673085	T	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=914;SC=CAGCTCTACTTCTTTATGCTA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=231081312;WS=231081294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	231094050	rs60736833	GA	G	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr1	231114420	rs114508011	A	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=197;ReadPosRankSum=0.064;SC=TTGAGCAGGGAGAGCGGCGAG;SOR=0.836;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=13;WE=231114428;WS=231114410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr1	231114465	rs76376323	C	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=-1.366;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr1	231114595	rs11122174	C	T	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=0.066;SC=AAGGCGCATGCGCGACAGCCC;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=24;WE=231114603;WS=231114585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr1	231124055	rs10779804	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.516;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr1	231175644	rs12025055	C	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr1	231334780	rs11122249	C	A	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,136:0.33:409
chr1	231337031	rs11122252	C	A	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,63:0.35:178
chr1	231337037	rs78871549	C	T	2495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,75:0.38:200
chr1	231353589	rs4658907	A	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=384;ReadPosRankSum=-0.270;SC=TGGAAAGTGCAGGAGGGTAAT;SOR=0.567;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=25;WE=231353597;WS=231353579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr1	231362923	rs491182	G	A	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.254;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=914;ReadPosRankSum=3.076;SC=TAATGACAGCGTACAGGAATA;SOR=0.825;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=45;TCR=75;TR=65;WE=231362931;WS=231362913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,90:0.56:162
chr1	231377081	rs518686	C	T	4158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=34;PP=1604;ReadPosRankSum=0.040;SC=ACCACCACGGCTTAGCAAAGA;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=187;TCF=126;TCR=61;TR=107;WE=231377089;WS=231377071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,198:0.60:331
chr1	231400905	rs849714	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=216;ReadPosRankSum=-1.310;SC=TTTGTGACCAACCTAGCCAAC;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=10;WE=231400913;WS=231400899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr1	231401204	rs6702011	T	C	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=532;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TTAAGCCATATTTTCTTCACT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=31;WE=231401212;WS=231401194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr1	231401596	rs532226	T	C	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=946;ReadPosRankSum=0.486;SC=TACATAAAACTTGACGCTTTA;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=60;WE=231401604;WS=231401586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,84:0.57:148
chr1	231401902	rs574553	G	A	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.773;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=27;PP=1296;ReadPosRankSum=-0.373;SC=AACCAAAAGAGTCTACAACTG;SOR=0.957;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=81;WE=231401910;WS=231401892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,105:0.60:175
chr1	231471268	rs35468792	AT	A	832.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.691;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=1176;ReadPosRankSum=0.163;SC=TAAATAATATATAAGCTCTCT;SOR=1.355;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=13;WE=231471283;WS=231471258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr1	231471272	rs201213618	GCTCT	G	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.561;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=1180;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TAATATATAAGCTCTCTCTCT;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=11;WE=231471283;WS=231471258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr1	231480507	rs1009227	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	231486989	rs2474633	A	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=-0.824;SC=TGCTTATGTAAATTGTTTTCT;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=9;WE=231486997;WS=231486979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr1	231487017	rs2474634	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=0.806;SC=GTTAACTTGCTTATTGAATAC;SOR=1.964;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=11;WE=231487025;WS=231487007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr1	231488524	rs2437150	C	T	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=762;ReadPosRankSum=-0.227;SC=GCTGTAAGACCTAATTCTAAA;SOR=0.596;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=150;TCF=82;TCR=68;TR=55;WE=231488532;WS=231488514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,72:0.34:211
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chr1	231830295	rs3738401	G	A	7688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=4.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=0.885;SC=TGTCTCTCTCGGCCCTTCAGT;SOR=0.557;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=373;TCF=199;TCR=174;TR=239;WE=231830303;WS=231830285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,341:0.63:542
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chr1	231936016	rs2759354	A	G	6665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=118;PP=2965;SC=AGCTACCAGCACATCGTGTTT;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=66;TCR=118;TR=184;WE=231936024;WS=231936006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr1	231954101	rs6675281	C	T	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=578;ReadPosRankSum=-1.398;SC=GGCTAAAGACCTCACCGAGGA;SOR=0.302;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=32;WE=231954109;WS=231954091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,38:0.84:45
chr1	231954872	rs11588937	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=0.736;SC=TCTCAGAAGACGCTGGTTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=231954880;WS=231954862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr1	231956086	rs11122343	A	T	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=23;PP=726;SC=TTGTGTTTTGAGGGTTAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=42;WE=231956094;WS=231956076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr1	232002392	rs3082	A	G	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,44:0.41:108
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chr1	232098859	rs4266866	C	G	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=1645;ReadPosRankSum=-2.271;SC=ATGTCCTAAGCATAAAGCCTA;SOR=0.688;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=23;TCR=80;TR=38;WE=232098867;WS=232098837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,50:0.39:128
chr1	232144598	rs821616	A	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=236;ReadPosRankSum=-2.485;SC=GCTTATCCAGAGCCTACAGCT;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=20;WE=232144606;WS=232144588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr1	232144887	rs821617	A	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=0.471;SC=AATATTGGGAAGGCTTCCCAT;SOR=0.732;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=23;WE=232144895;WS=232144877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr1	232172374	rs17773715	G	A	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=885;ReadPosRankSum=1.096;SC=CACGCTCTTCGATCCCTCGGA;SOR=0.468;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=57;WE=232172382;WS=232172364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,82:0.64:128
chr1	232534776	rs586719	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr1	232535030	rs629939	C	T	5206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=63;PP=1885;SC=CTGGTCAGAGCAGAAATAAAC;SOR=0.861;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=108;WE=232535038;WS=232535020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	232538234	rs17177525	T	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=3.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=312;ReadPosRankSum=0.165;SC=CAAATAAGGATAGAATTAGAA;SOR=1.014;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=18;WE=232538242;WS=232538224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,35:0.35:100
chr1	232551416	rs12569188	G	A	2144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=805;ReadPosRankSum=1.344;SC=GTCACAGCACGGGCACCAGCC;SOR=0.675;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=167;TCF=69;TCR=98;TR=65;WE=232551424;WS=232551406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,120:0.39:305
chr1	232564297	rs3210731	T	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.828;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=325;ReadPosRankSum=-0.955;SC=ATGACATCCATCTCACTATAC;SOR=0.922;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=31;WE=232564305;WS=232564287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,59:0.35:168
chr1	232568293	rs1547741	A	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=35;PP=1025;SC=ATTCAGAGCCACAAGGCTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=50;WE=232568301;WS=232568283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	232574921	rs2275307	T	C	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.489;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=31;PP=857;ReadPosRankSum=3.337;SC=GCGGAGATGGTGGACGCGTAG;SOR=0.932;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=167;TCF=92;TCR=75;TR=75;WE=232574929;WS=232574911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,104:0.40:262
chr1	232577281	rs573140	T	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=188;ReadPosRankSum=1.819;SC=CCAATGGATATGTCACAAAAG;SOR=0.174;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=11;WE=232577289;WS=232577271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr1	232579597	rs4649372	T	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.788;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr1	232581247	rs1409369	C	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=118;ReadPosRankSum=0.826;SC=TACAAGGGCCCCCCTTGAGGA;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=13;WE=232581255;WS=232581237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr1	232581436	rs12757779	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=1.281;SC=GGTGCCACGTGGTGTTCCTCC;SOR=1.112;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=11;WE=232581444;WS=232581426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr1	232581667	rs12723697	G	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=87;ReadPosRankSum=0.370;SC=GATGCAGAGCGATCCACCCTT;SOR=0.299;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=9;WE=232581675;WS=232581657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr1	232597987	rs12142629	T	A	2597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.374;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=938;ReadPosRankSum=0.224;SC=TCATTAAGTATCACCCGATGA;SOR=0.672;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=219;TCF=114;TCR=105;TR=79;WE=232597995;WS=232597977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,148:0.38:394
chr1	232601241	rs12145798	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.798;NF=3;NR=11;PP=163;ReadPosRankSum=-2.264;SC=GACATATATATACACACACAC;SOR=0.646;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=14;WE=232601249;WS=232601231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr1	232601261	rs34840482	CAT	C	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=3.257;NF=0;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=-0.403;SC=CACACATATACATACACACAC;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=8;WE=232601270;WS=232601251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr1	232607050	rs12116796	T	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.322;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=224;ReadPosRankSum=-1.270;SC=AACAAAGATATTTTTGGGAAA;SOR=0.066;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=15;WE=232607058;WS=232607040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr1	232607094	rs12116822	T	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=441;ReadPosRankSum=-0.017;SC=GGGAGAATGATAGATCAGGGA;SOR=0.317;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=31;WE=232607102;WS=232607084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,57:0.49:116
chr1	232629170	rs11294872	TA	T	1089.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=2.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.832;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,79:0.37:216
chr1	232629475	rs3737839	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=132;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GGATATCTCTCAGTTTGTGTA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=10;WE=232629483;WS=232629465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr1	232650750	rs3795366	A	G	11008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=122;PP=2965;SC=TCTGCAGGACAGAAGTGATGC;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=158;TCR=123;TR=279;WE=232650758;WS=232650740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr1	232650867	rs4649383	C	T	16405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=215;NR=200;PP=2965;SC=TCACACCCATCTTGGGCACAG;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=416;TCF=216;TCR=200;TR=415;WE=232650875;WS=232650857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,631:1.00:631
chr1	232941153	rs12409898	C	T	2914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=50;PP=1771;SC=GCTTCAGCTTCTCGTTTGCGG;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=76;WE=232941161;WS=232941143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	233086456	rs13381	T	C	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=2.099;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,130:0.32:406
chr1	233113827	rs1045158	G	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=1.582;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,34:0.27:128
chr1	233121791	rs12038915	G	A	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CCAGGAGCCCGTGCCACCATC;SOR=0.635;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=31;WE=233121799;WS=233121781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,40:0.34:118
chr1	233122127	rs41309639	C	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=368;ReadPosRankSum=0.291;SC=CAAGGAGAGCCGGCTGCCCGA;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=28;WE=233122135;WS=233122117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
chr1	233134086	rs56231757	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.077;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,45:0.26:175
chr1	233137225	rs140788891	CATAA	C	1814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;MQRankSum=0.323;QD=40.33;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr1	233150270	rs6424263	T	C	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTAGGCCCAATATAATTTATT;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=233150278;WS=233150260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr1	233225848	rs12059884	T	C	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=2.066;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,84:0.29:285
chr1	233295992	.	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr1	233296891	rs2296515	T	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=150;ReadPosRankSum=-0.986;SC=TCCCTAAGCCTCTCAGCGGGC;SOR=1.190;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=11;WE=233296899;WS=233296881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr1	233296908	rs2296516	T	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.257;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=0.528;SC=GGGCATTTTGTTTTCTTTCTC;SOR=1.358;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=15;WE=233296916;WS=233296898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr1	233395214	rs2139998	T	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=-1.745;SC=GATACTTTTTTAATTTTACTT;SOR=0.368;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=8;WE=233395222;WS=233395204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr1	233397752	rs6701073	T	C	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=453;ReadPosRankSum=-1.222;SC=AACATCGAAATCACATGAAGA;SOR=0.963;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=28;WE=233397760;WS=233397742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr1	233398636	rs12120677	A	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=393;ReadPosRankSum=0.567;SC=AAACACTGATAAAAAACTTAT;SOR=0.749;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=17;WE=233398644;WS=233398626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr1	233398670	rs12132556	C	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=635;ReadPosRankSum=0.549;SC=AAAACATTTACATTTTGAAGT;SOR=0.997;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=37;WE=233398678;WS=233398660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr1	233398713	rs1033325	C	T	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=17;PP=1013;ReadPosRankSum=1.654;SC=CCTTGGATTTCTGTGATTAGT;SOR=1.284;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=63;WE=233398721;WS=233398703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,71:0.63:112
chr1	233398918	rs66542898	AG	A	1769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.017;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.767;NF=1;NR=28;PP=2936;ReadPosRankSum=0.349;SC=GCCTGAAGAAAGGAAAAGACA;SOR=0.984;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=29;WE=233398939;WS=233398908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr1	233398927	rs1033324	C	G	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=2380;ReadPosRankSum=-0.295;SC=AAGGAAAAGACAGAGAAAAAT;SOR=0.524;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=33;WE=233398939;WS=233398908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr1	233398931	rs5781734	G	GC	1626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.231;HP=6;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=2959;ReadPosRankSum=0.041;SC=AAAAGACAGAGAAAAATCATT;SOR=0.310;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=24;WE=233398939;WS=233398908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr1	233398993	rs1033323	C	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=200;ReadPosRankSum=2.109;SC=TTTAGACTATCTATTGAATAT;SOR=0.132;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=11;WE=233399001;WS=233398983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr1	233431241	rs10442595	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-1.120;SC=TGCGCCCCGGGGCTGGTGAGC;SOR=0.320;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=10;WE=233431249;WS=233431231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr1	233489499	rs7539016	A	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=294;SC=TAAGTGTGTCATAAGGAAAAG;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=233489507;WS=233489489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	233489529	rs7549137	G	A	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=6;PP=555;SC=AGCCCATTGAGCATATGAAAT;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=233489537;WS=233489519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	233489706	.	TG	T	212.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,21:0.13:167
chr1	233489707	rs7551511	G	T	3195.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.14;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,144:0.86:167
chr1	233489708	.	TG	T	142.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,21:0.12:168
chr1	233490536	rs137943316	A	AATGTCTTGGGGATAATCTG	5365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=13;PP=2900;SC=TAGCAACTCTAAACTGCGTTG;SOR=2.330;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=32;WE=233490551;WS=233490526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr1	233490543	rs2049182	G	A	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=35;PP=1648;SC=TCTAAACTGCGTTGAGAGATG;SOR=1.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=94;WE=233490551;WS=233490526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	233490764	rs4649219	G	T	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=41;PP=1870;ReadPosRankSum=-0.116;SC=AAAGGTGAGAGAAATTTTTAA;SOR=0.548;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=49;WE=233490784;WS=233490754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,55:0.70:79
chr1	233490776	rs4649220	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.798;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=31;PP=1739;ReadPosRankSum=-0.353;SC=AATTTTTAAACAGCATAATGT;SOR=0.312;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=36;WE=233490784;WS=233490754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr1	233512362	rs10489691	A	G	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.726;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=73;PP=1630;ReadPosRankSum=0.777;SC=TTACGTGGTCATTAAAGTAGC;SOR=0.429;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=154;TCF=50;TCR=104;TR=112;WE=233512370;WS=233512352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,145:0.71:203
chr1	233514934	rs3795375	G	A	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=39;PP=1440;ReadPosRankSum=0.866;SC=TGGGTGCACCGTCCTTCTGGC;SOR=0.686;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=94;WE=233514942;WS=233514924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,150:0.62:240
chr1	233514975	rs3795374	G	T	3707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=45;PP=1665;ReadPosRankSum=-1.374;SC=ACCTCAGAGAGCTTCATAAAG;SOR=0.847;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=165;TCF=93;TCR=72;TR=107;WE=233514983;WS=233514965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,171:0.63:273
chr1	233515071	rs963982	C	T	4967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=59;PP=2209;ReadPosRankSum=0.076;SC=CCCGCAGAAGCGCCAGTCCTC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=119;TCR=90;TR=138;WE=233515079;WS=233515061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,222:0.69:324
chr1	233515102	rs963981	T	G	6027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=79;PP=2395;ReadPosRankSum=-1.093;SC=GCCATCCACCTGTGGGGAGGC;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=117;TCR=116;TR=161;WE=233515110;WS=233515092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,283:0.71:396
chr1	233749855	rs2795294	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=-0.788;SC=CGGGGCCAGAAGAGGCGGCGG;SOR=0.616;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=233749863;WS=233749847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr1	233749896	rs140745317	C	CTTGGCTTTGGCT	1140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.663;NF=12;NR=1;PP=1575;ReadPosRankSum=-0.014;SC=CGGCGTTGGCCTTGGCGGCGG;SOR=0.836;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=13;WE=233749904;WS=233749886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr1	233759864	rs12092901	C	T	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=29;PP=1054;SC=TTACTCAAGTCGATGCCCCAG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=233759872;WS=233759854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	233759918	rs701213	T	C	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=28;PP=1007;SC=GGGGCTTATTTAGACAATGGT;SOR=0.947;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=50;WE=233759926;WS=233759908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr1	233785716	rs17814096	T	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=5.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,51:0.25:206
chr1	234040742	rs12136133	A	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=1.409;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,42:0.32:132
chr1	234040898	rs78485515	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=484;ReadPosRankSum=-1.461;SC=CCCGGGCGTGGGTGAGCGAGC;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=36;WE=234040906;WS=234040888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,49:0.33:149
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chr1	234041667	rs111395268	G	A	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.946;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=363;ReadPosRankSum=-0.338;SC=GCCCGGAGACGGAGTTCTCCT;SOR=0.106;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=70;TCF=5;TCR=65;TR=23;WE=234041675;WS=234041657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr1	234367549	rs2236220	T	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=521;ReadPosRankSum=-1.212;SC=GCGCTGACTCTGCAGAGCTGC;SOR=1.641;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=35;WE=234367557;WS=234367539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr1	234442376	rs674385	G	A	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=152;SC=TGGCCATGAGGCCTTAAAGGG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=234442384;WS=234442366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	234444761	rs71576414	T	TAAAA	651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.34;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	234458668	rs35870005	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=-0.182;SC=GCCAGACAGAGGAGGGTGCCC;SOR=0.404;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=8;WE=234458676;WS=234458658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr1	234509259	rs10910420	G	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,53:0.28:187
chr1	234509972	rs73099933	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=150;ReadPosRankSum=-1.269;SC=ATTTTGGCCAACAGCTTCATC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=234509980;WS=234509962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr1	234510262	rs4300255	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=187;ReadPosRankSum=0.520;SC=GCGCAGAGAAAACCTTGCCTG;SOR=1.172;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=15;WE=234510270;WS=234510252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr1	234519452	rs58896934	C	CT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=-0.509;SC=ATTTCAAATCCTTTTTTTTTC;SOR=0.616;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=234519460;WS=234519442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr1	234527575	rs3862040	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=1.514;SC=TTTGTTTATTCACTTATTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=234527583;WS=234527565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr1	234528006	rs3754317	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=254;ReadPosRankSum=0.228;SC=TGCTTGAGCCAATGAGGCAGA;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=18;WE=234528014;WS=234528003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr1	234529519	rs1802871	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.842;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,45:0.29:156
chr1	234529540	rs1134756	G	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.50;ReadPosRankSum=-2.148;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,53:0.33:162
chr1	234529552	rs2175594	C	T	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=521;ReadPosRankSum=-1.712;SC=CGGTCCACTCCGCTTGGTTAT;SOR=0.579;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=19;WE=234529560;WS=234529530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,47:0.32:146
chr1	234529570	rs2175593	G	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.763;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=2.102;SC=TATCTGCTTCGACCAAATTAG;SOR=0.410;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=18;WE=234529578;WS=234529560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,34:0.28:121
chr1	234541801	rs12073170	A	G	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=799;ReadPosRankSum=-0.044;SC=TGTGATTGAAACACCACTGCA;SOR=0.792;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=57;WE=234541809;WS=234541791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,95:0.39:243
chr1	234546384	rs12072682	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr1	234563060	rs443685	T	C	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.32;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,37:0.93:40
chr1	234563556	rs10910434	T	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=0.069;SC=ATTTAGTTTTTAAAAAATCAG;SOR=0.668;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=15;WE=234563564;WS=234563546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr1	234564864	rs71701823	GAA	G	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=147;ReadPosRankSum=-0.280;SC=AAAGCAAAAAGAAAAGAAAGT;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=6;WE=234564873;WS=234564854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr1	234565078	rs4027042	G	GAA	1113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=465;ReadPosRankSum=0.171;SC=AAGCTGGTAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.654;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=44;WE=234565086;WS=234565068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,56:0.41:135
chr1	234566085	rs2236587	A	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=415;ReadPosRankSum=0.105;SC=TTTAATATGCACAAGTCTTAA;SOR=0.542;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=132;TCF=48;TCR=84;TR=40;WE=234566093;WS=234566075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,55:0.30:186
chr1	234569192	rs3754311	T	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,98:0.29:337
chr1	234573171	rs2273873	A	C	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=851;ReadPosRankSum=-1.946;SC=CTTTGGTACAAAACACACCAG;SOR=0.704;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=190;TCF=94;TCR=96;TR=68;WE=234573179;WS=234573161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,138:0.39:354
chr1	234573265	rs270498	C	T	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=996;ReadPosRankSum=0.775;SC=TCATTCACCCCATGGGGAAAG;SOR=0.807;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=104;TCF=39;TCR=65;TR=67;WE=234573273;WS=234573255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,87:0.59:147
chr1	234582457	rs270527	C	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=59.99;NF=33;NR=6;PP=892;SC=AAAGTTTTCTCTTTGTTTTAA;SOR=1.758;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=39;WE=234582465;WS=234582447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	234584446	rs270526	G	A	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=27;PP=699;SC=AAATACAACCGAGATGAACTA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=27;WE=234584454;WS=234584436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	234596202	rs270511	T	A	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=43;PP=1156;SC=AGAAGCTCAATACCATTAGGT;SOR=2.753;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=52;WE=234596210;WS=234596192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr1	234601586	rs270504	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=346;ReadPosRankSum=1.058;SC=GATCTCTTACGCTGCAGGCTA;SOR=0.458;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=25;WE=234601594;WS=234601576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr1	234603386	rs270502	G	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=371;ReadPosRankSum=0.212;SC=ATGGGTGAAAGAGCCAACATC;SOR=1.025;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=23;WE=234603394;WS=234603376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr1	234606793	rs12745505	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=49;ReadPosRankSum=0.566;SC=TATCTCTTGGTGGCAGCATTA;SOR=0.061;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=234606801;WS=234606783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr1	235301496	.	CAA	C,CA	1455.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.905;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.54;ReadPosRankSum=1.620;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,28,55:0.32,0.62:88
chr1	235316185	rs11351017	CT	C	55.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.17;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	235324047	rs66533903	A	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=5.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=311;ReadPosRankSum=-1.183;SC=TCTAAATGAGAATCTCTTCTC;SOR=0.439;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=17;WE=235324055;WS=235324037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr1	235324298	rs2295815	T	C	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.002;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,86:0.28:305
chr1	235324545	rs66929873	T	A	4974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=971;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=83;ReadPosRankSum=-1.027;SC=AGGCCATTCTTACTCCAAAGA;SOR=0.655;Source=Platypus;WE=235324553;WS=235324535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:655,304:0.32:959
chr1	235341346	rs7534107	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=0.185;SC=TTATGACATTTATAAGTTGTC;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=7;WE=235341354;WS=235341336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr1	235345346	rs61730876	C	T	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.428;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=28;PP=922;ReadPosRankSum=-3.201;SC=CTCTGCCACCCCCTCCTCTGG;SOR=0.806;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=193;TCF=112;TCR=81;TR=72;WE=235345354;WS=235345336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,114:0.38:300
chr1	235357303	rs34768226	A	ATG	2731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=14;PP=1437;SC=AAATACTTGCACAACAGAACG;SOR=1.197;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=26;WE=235357322;WS=235357293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	235357314	rs35180803	AT	A	1286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=749;ReadPosRankSum=-1.720;SC=CAACAGAACGATTGTTATGTT;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=33;WE=235357322;WS=235357293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr1	235357543	rs10802438	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.275;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=-0.067;SC=TAAGAAAAAAAGTATGTCGTA;SOR=2.368;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=13;WE=235357551;WS=235357533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr1	235383188	rs4659654	A	G	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=35;PP=930;SC=CATCTTTGTCATCCAGATTTT;SOR=1.015;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=235383196;WS=235383178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr1	235392546	rs12731746	T	C	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=35;PP=1976;SC=TTTCACTTACTTCTTCTTCAC;SOR=0.988;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=99;WE=235392554;WS=235392536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr1	235394510	.	TA	T	97	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=22;MQ=60.4;NF=1;NR=3;PP=97;QD=31.5;SC=AAGTACTATATATTTTTTTTA;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=235394518;WS=235394500;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr1	235394541	rs7518225	A	C	393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.87;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	235397937	rs35818300	GCA	G	711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=686;SC=GGGTAAACAGGCACACACACA;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=15;WE=235397946;WS=235397927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	235403595	rs11581220	G	T	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=205;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TATAAAGTTTGAAATTAAACT;SOR=0.509;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=21;WE=235403603;WS=235403585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,32:0.34:95
chr1	235490391	rs3840452	CA	C	1434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=833;SC=GAAAGAGCCGCAACCAGGCGC;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20;WE=235490399;WS=235490381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	235505313	rs3841735	A	AT	1326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.701;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.527;NF=25;NR=13;PP=972;ReadPosRankSum=1.430;SC=GAAATTTTCAATTTTTTTATT;SOR=0.372;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=38;WE=235505321;WS=235505303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,65:0.80:81
chr1	235543262	rs11425048	C	CA	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr1	235543476	rs145735844	TTGTGTGTGTGTGTGTG	T,TTGTGTGTGTGTG	1049.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=10.981;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.99;ReadPosRankSum=0.557;SOR=2.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,23,10:0.66,0.29:35
chr1	235594182	rs2291687	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.605;SC=GGTTTAATAGAGAATTGTTAG;SOR=0.381;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=13;WE=235594190;WS=235594172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr1	235594250	rs2291688	A	G	131.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=84;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CTATTAATAGATAACAAGATT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=235594258;WS=235594240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr1	235598973	rs2055127	C	T	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=420;ReadPosRankSum=-2.489;SC=AGCCCTCCATCGCACCAAATG;SOR=0.558;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=28;WE=235598981;WS=235598963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,49:0.48:103
chr1	235601958	rs3819974	G	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=-1.037;SC=GTGAAAACTAGATCTTGTCCC;SOR=1.488;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=9;WE=235601966;WS=235601948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr1	235628908	rs1305556	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=682;ReadPosRankSum=0.068;SC=AAGATTAAGTGTAAGACATTC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=38;WE=235628916;WS=235628898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr1	235647631	rs291387	G	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=359;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TACAGAGCAGGGCATACCTCT;SOR=0.678;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=24;WE=235647639;WS=235647621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr1	235652513	rs291396	T	C	5446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=63;PP=2673;ReadPosRankSum=1.125;SC=AATAAGGATCTTCCCTGTCTT;SOR=0.501;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=234;TCF=149;TCR=85;TR=164;WE=235652521;WS=235652503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,247:0.70:353
chr1	235667690	rs291348	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=307;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CGACGTCTGGAGGGCTCCTCG;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=18;WE=235667698;WS=235667680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr1	235715523	rs14326	A	G	4521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=74;PP=2174;SC=GGAGGTCCGCAGCTGCCTGGG;SOR=1.152;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=41;TCR=74;TR=115;WE=235715531;WS=235715513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	235715556	rs423026	C	G	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=54;PP=1623;SC=GCACAGAGCACAGGTGCTCAG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=72;WE=235715564;WS=235715546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr1	235715601	rs400948	A	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=717;SC=TCCAGGGAAGAGGTGTCCACG;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=235715609;WS=235715591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	235747005	rs2774335	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=329;ReadPosRankSum=-0.711;SC=AGCTGAGCTTCGGGCGGAGGG;SOR=0.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=22;WE=235747013;WS=235746995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr1	235747154	rs2774336	A	G	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=833;ReadPosRankSum=1.481;SC=TGCCCCTAGAAGTAACCAAAG;SOR=0.982;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=54;WE=235747162;WS=235747144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,91:0.54:170
chr1	235826382	rs36014994	TA	T	759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.881;HP=13;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.365;NF=0;NR=31;PP=418;ReadPosRankSum=0.430;SC=TGTAAGGCTGTAAAAAAAAAA;SOR=1.942;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=31;WE=235826392;WS=235826372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,46:0.94:49
chr1	235827443	rs3819013	T	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=415;ReadPosRankSum=-0.177;SC=TTAAAAATCATGTGGAAGGAA;SOR=2.765;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=26;WE=235827451;WS=235827433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr1	235827641	rs12092604	C	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=556;SC=AGAACCTACACCCCAAGGTGA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=235827649;WS=235827640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	235840294	rs7517694	G	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=298;ReadPosRankSum=1.460;SC=AGATCTGGCAGGGACCTGAGA;SOR=0.655;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=85;TCF=63;TCR=22;TR=25;WE=235840302;WS=235840284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,37:0.33:112
chr1	235856901	rs3754232	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=-0.238;SC=ATCATTTGGTGCAAGACCATC;SOR=1.552;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=235856909;WS=235856891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr1	235860340	rs7541057	C	T	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=15;PP=773;SC=TCAAATCTCACGAAAGATATA;SOR=1.262;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=46;WE=235860348;WS=235860330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr1	235887276	rs6667717	G	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=216;SC=TATAGTTACAGTGGCCCATGA;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=235887284;WS=235887266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	235896726	rs6429275	C	T	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=18;PP=1012;SC=GTCTGAATTCCGGAATACAAA;SOR=1.276;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=52;WE=235896734;WS=235896716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	235910392	rs6676149	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=219;ReadPosRankSum=-0.096;SC=TTGGAATTCAATGCTACAAAA;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=15;WE=235910400;WS=235910382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr1	235910542	rs3754234	C	T	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=44;PP=1544;SC=TTTAATGGACCGAAGGAGAAG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=235910550;WS=235910532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	235918688	rs374043151	CAAAAGAAAAG	C,CAAAAG	2587.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.81;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,24,41:0.37,0.63:65
chr1	235922228	rs3738519	T	C	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.356;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=702;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CTTTAAAGAATAGTAAAATAA;SOR=1.247;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=80;TCF=59;TCR=21;TR=40;WE=235922236;WS=235922218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
chr1	235922523	rs34466404	T	C	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.599;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=45;PP=1251;ReadPosRankSum=2.692;SC=CTGACCTGGGTTCTGCTCCCA;SOR=0.603;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=238;TCF=129;TCR=109;TR=88;WE=235922531;WS=235922513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,128:0.35:370
chr1	235933535	rs6665568	C	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,36:0.23:158
chr1	235940450	rs2273584	C	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=529;ReadPosRankSum=2.047;SC=GTTGGAGATTCTTTAGATGAT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=39;WE=235940458;WS=235940440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,71:0.69:103
chr1	235945294	rs6696123	T	C	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=870;ReadPosRankSum=0.287;SC=CTTGGGATGATAAACAATGGC;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=60;WE=235945302;WS=235945284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,122:0.60:202
chr1	235964140	rs74148828	T	A	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.433;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr1	235971802	rs16832868	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=314;ReadPosRankSum=0.663;SC=TCTGAAGCACGTCCTGAGGCA;SOR=0.772;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=34;WE=235971810;WS=235971792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,66:0.31:212
chr1	235972435	rs3820553	T	C	5812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=2.333;SC=AAGCCTGCTGTAGTAAGCGCA;SOR=0.688;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=266;TCF=131;TCR=135;TR=184;WE=235972443;WS=235972425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,259:0.66:391
chr1	235972867	rs1063128	T	C	5138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.048;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=67;PP=2534;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AAGCTGCACTTTGAAGACAAC;SOR=0.649;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=266;TCF=131;TCR=135;TR=148;WE=235972875;WS=235972857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,236:0.56:425
chr1	235993565	rs11464	T	G	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=765;ReadPosRankSum=1.220;SC=GTAATAGAAATCCTCGACCAT;SOR=0.655;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=150;TCF=102;TCR=48;TR=55;WE=235993573;WS=235993555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,85:0.33:256
chr1	236141174	rs3213190	T	C	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,41:0.36:113
chr1	236142253	rs12032474	T	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.161;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=542;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TGAGCCTCCATGTGCCCCCAG;SOR=1.066;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=39;WE=236142261;WS=236142243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,52:0.36:146
chr1	236142565	rs1536132	T	C	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=696;SC=CTGGGGTGGGTCAAGCCTGCA;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=236142573;WS=236142546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	236143302	rs3831989	C	CA	949.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=299;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CCCCTTTGTGCAAAAAAAACA;SOR=0.656;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=21;WE=236143310;WS=236143292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,61:0.43:142
chr1	236144099	.	A	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=0.319;SC=AGGTGATAAAACACATTTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=236144107;WS=236144089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr1	236144951	rs3738525	A	G	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=352;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GGATTCACCAAGTCAGTCTCA;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=33;WE=236144959;WS=236144941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,47:0.31:152
chr1	236145145	rs715956	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr1	236154365	rs4660137	G	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.236;NF=4;NR=14;PP=299;ReadPosRankSum=-1.194;SC=AGACCTGCATGGCAGAGGGGG;SOR=0.354;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=18;WE=236154373;WS=236154355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr1	236175153	rs2031486	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=-1.179;SC=GACAGGGCAATGGGCCATGTG;SOR=1.802;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=236175161;WS=236175143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr1	236175339	rs2031487	T	C	5054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=49;PP=2226;SC=GGCATTCATCTACATCTGTAA;SOR=0.861;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=111;WE=236175347;WS=236175329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr1	236176990	rs10803217	T	C	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=24;PP=533;SC=CAGCTTCACCTGCACCCCACT;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=236176998;WS=236176980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	236193093	rs73115261	G	A	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=423;ReadPosRankSum=-0.608;SC=ACTGGGGAGCGCGCCCTTCTG;SOR=0.640;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=42;WE=236193101;WS=236193083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,70:0.35:201
chr1	236193145	rs2273586	G	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=228;ReadPosRankSum=-1.137;SC=TGGTGCGAACGCTTCTGCAGG;SOR=0.540;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=21;WE=236193153;WS=236193135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr1	236205121	rs4297282	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.270;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=302;ReadPosRankSum=-2.153;SC=CACCATGTAATGCTCACAACT;SOR=0.203;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=18;WE=236205129;WS=236205111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr1	236208688	rs10733131	AT	GA	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=0;PP=1280;ReadPosRankSum=0.295;SC=ATGATCTATAATACACATTAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=26;WE=236208697;WS=236208678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr1	236208773	rs10733133	C	T	3594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,172:0.65:264
chr1	236209024	rs3768088	C	G	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=768;ReadPosRankSum=-2.347;SC=GGAAAAATATCGATAGATTTT;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=45;WE=236209032;WS=236209014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,77:0.71:108
chr1	236209081	rs3768089	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-0.969;SC=CAGTGCTATAGAGCGATGGCA;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=10;WE=236209089;WS=236209071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr1	236305885	rs7522547	G	A	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=636;ReadPosRankSum=-0.518;SC=CGCGATGCGCGGAGACCCCCG;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=37;WE=236305893;WS=236305875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr1	236368391	rs3215798	C	CT	1148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=722;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GGCATGATGTCTGTAAGTATG;SOR=0.829;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=20;WE=236368399;WS=236368381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,43:0.31:139
chr1	236368708	rs1254206	T	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=115;SC=ATGTGAAACATTCAGGAATGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=236368716;WS=236368698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	236371260	rs1880913	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=1.100;SC=ATAGTTTACACAAAAATCTCA;SOR=1.061;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=236371268;WS=236371250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr1	236381825	rs1055851	G	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	236381897	rs1615601	T	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=273;SC=AAGAAAAAGCTTATTAGTAAG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=236381905;WS=236381887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	236381917	rs1614938	T	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	236381987	rs1749598	A	G	104.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	236381987	.	ACC	GCA	126	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=62;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=126;QD=59.8226249541;SC=AAAATAAAAAACCTCAAACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=236381997;WS=236381977;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr1	236381989	rs1749599	C	A	104.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr1	236384022	rs34880815	A	ATTT	407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;QD=31.36;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr1	236384278	rs1405624	G	C	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=27;PP=807;SC=AAAGAAAATAGCAATAAACTC;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=236384286;WS=236384268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	236385116	rs2463190	C	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=377;SC=TCTGCCTATTCCTAAATTCTA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=236385124;WS=236385106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	236385165	rs2463189	G	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=14;PP=647;SC=AAAAAGCTTGGACTCAGTGGA;SOR=1.206;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=38;WE=236385173;WS=236385155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	236385360	rs2477587	C	T	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr1	236385379	rs2463188	A	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=24;PP=753;SC=CTAAACGATAAGTAAGTTTTG;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=236385387;WS=236385369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	236388346	rs3768092	G	A	5249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=61;PP=1977;ReadPosRankSum=-1.035;SC=TCCCAACCCCGTGTCCCAATC;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=237;TCF=131;TCR=106;TR=138;WE=236388354;WS=236388336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,262:0.58:453
chr1	236393654	rs2812471	A	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=25;PP=719;SC=GCTCATGCCTATAATCCTAGC;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=236393662;WS=236393644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	236395979	rs11388266	C	CT	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.431;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr1	236413147	rs1726639	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.259;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr1	236413282	rs2056713	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=270;ReadPosRankSum=-1.677;SC=AAAGAAGTTCGTAAGTTTAGT;SOR=0.926;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=23;WE=236413290;WS=236413272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr1	236413362	rs2477598	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=72;ReadPosRankSum=-1.784;SC=CAATGATATACACTAAATATA;SOR=0.503;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=8;WE=236413370;WS=236413352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr1	236413384	rs2477597	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.806;SC=ATACATTCCATTATAAAAATC;SOR=0.280;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=7;WE=236413392;WS=236413374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr1	236415347	rs1749589	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.305;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,40:0.34:118
chr1	236415444	rs1618510	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.905;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr1	236416921	rs2812465	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=290;ReadPosRankSum=-0.234;SC=ACTTCCTATCCTCGTGGCACC;SOR=0.653;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=10;WE=236416931;WS=236416911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr1	236416923	rs10082203	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=985;ReadPosRankSum=0.794;SC=TTCCTATCCTCGTGGCACCTA;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=27;WE=236416931;WS=236416911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr1	236433135	rs3834089	AT	A	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=135;ReadPosRankSum=-1.239;SC=GTCACATATAATACCTTTGAT;SOR=1.027;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=5;WE=236433143;WS=236433125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr1	236444879	rs11281666	G	GGCCCGGCCCT	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=1332;ReadPosRankSum=1.877;SC=CCTCTTTTCTGGCCCGGCCCT;SOR=0.269;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=3;WE=236444887;WS=236444869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr1	236444973	rs1269025	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.892;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,38:0.31:122
chr1	236557771	rs966365	G	A	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=50;PP=1868;SC=CTAAACAGATGGGGAGAGGCA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=107;WE=236557779;WS=236557761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr1	236557928	rs966364	G	A	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=27;PP=757;SC=TTTTCGACCCGACTTTTATCT;SOR=1.217;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=43;WE=236557936;WS=236557918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr1	236572368	.	TA	T	224.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.10;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr1	236572389	rs659901	G	A	316.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.40;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr1	236572475	rs669710	A	G	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=17;PP=695;SC=TTTAAATTAAAGCAAACCCGC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=236572483;WS=236572465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	236577761	rs625444	TC	CT	112.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.81;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	236590497	rs1759388	C	G	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=7;PP=464;SC=TCTTGATAAGCAGCATTGTTT;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=236590505;WS=236590487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	236590563	rs1778861	C	T	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=16;PP=762;SC=GTAGTCCAGCCCTTCTGATTT;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=236590571;WS=236590553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	236590629	rs636378	C	T	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	236590659	rs636048	G	C	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	236590816	rs635487	T	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=383;SC=TTTTTTGAGATTTATAGAGTT;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=236590824;WS=236590806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr1	236700673	rs62670060	GAGC	G	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=5;PP=824;SC=GCTGGATTCTGAGCAGATTTA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=236700683;WS=236700667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	236700807	rs1126407	T	A	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=55;PP=2330;SC=GTAATCCCGTTTGTTGGCACC;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=75;TCR=55;TR=130;WE=236700815;WS=236700797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr1	236700823	rs1041934	T	C	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr1	236700857	rs1041935	C	T	7492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=72;PP=2646;SC=GATTGTGATACGTGGGCATGT;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=76;TCR=72;TR=148;WE=236700865;WS=236700847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr1	236700982	rs2737706	T	C	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=41;PP=1311;SC=ATTTGATACTTTGAGGCCCAA;SOR=1.423;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=58;WE=236700990;WS=236700972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr1	236702153	rs2244808	G	A	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=140;SC=AGCACTCATGGGGCCCCTGTG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=236702161;WS=236702143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	236702209	rs1041936	CA	TG	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=7;PP=624;SC=ATGGCAGCAGCATGAAACCTC;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=236702218;WS=236702199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236702374	rs2472126	G	A	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=20;PP=596;SC=TTATGGTGCTGAAGGACAAAT;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=236702382;WS=236702364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	236702447	rs12744425	T	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236702450	rs12744427	T	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	236702475	rs11807205	A	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=86;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=162;SC=GCCCAGCCTTATATTTCCTAC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=236702483;WS=236702465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	236702497	rs111502141	AGTTT	A	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.47;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr1	236702517	rs11807542	T	C	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=95;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=54;SC=GCTTTGTAGTTTTTCTCCATA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=236702525;WS=236702507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	236703700	rs2244659	A	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=85;SC=AAGCACTGCTAGTGTTTTGGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=236703708;WS=236703695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	236703734	rs2243405	T	C	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=0;PP=161;SC=CATTTGGTCATGTGTGTGGAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=236703742;WS=236703724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	236703767	rs2758994	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.461;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=290;ReadPosRankSum=0.993;SC=AGGTATAAAACTGGACGCAAG;SOR=5.279;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=236703775;WS=236703757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr1	236703832	rs34818366	CG	C	1989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=15;PP=673;SC=TTTTTGGTGGCGGGGGGGGCT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=30;WE=236703840;WS=236703822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	236704888	.	ATAT	AACAGGTTAT,A	143	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.38;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=1;PP=27;SC=TTATATGTCAATATAAAATAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=0;TCR=1;TR=1;WE=236704902;WS=236704878;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:3
chr1	236704891	.	TAAA	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	236704894	.	A	AGGTT	41	.	AC=0;AF=0.00;AN=0;BRF=0.38;FR=0.9995;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=41;QD=62.0;SC=GTCAATATAAAATATTTAGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=1;TCF=0;TCR=1;TR=1;WE=236704902;WS=236704878;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	./.:0,1:1.00:1
chr1	236704897	.	ATT	A	173.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.77;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	236706352	rs2758174	A	C	7192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.582;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.968;SC=TTTGAAGAGCACCAAATTTTC;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=68;TCR=114;TR=181;WE=236706360;WS=236706342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr1	236706371	rs2758175	A	G	5177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=93;PP=2548;SC=TCTTAACTCTATATAAAAATT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=55;TCR=93;TR=148;WE=236706379;WS=236706361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	236706425	rs2244267	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=46;PP=1310;SC=CCACAATAGAGGCCCAAAGCA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=56;WE=236706433;WS=236706415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr1	236706671	rs2243530	T	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=282;SC=TGTAATCATGTGTGTTTGCTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=236706679;WS=236706666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	236706780	rs2243527	C	T	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=21;PP=1079;SC=TGAAACATTCCGTAGTGTTCT;SOR=1.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=236706788;WS=236706770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	236706862	rs2243525	G	C	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=52;PP=2029;SC=CTTTTCAGAGGCTGCCATTCG;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=109;WE=236706870;WS=236706852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr1	236707007	rs2799410	C	T	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=31;PP=781;SC=TACCGCCTTCCACCCGTGAAC;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=236707015;WS=236706997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	236707036	rs2794786	A	T	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.72;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	236707045	rs2799409	C	T	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	236708022	rs5781896	GT	G	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.510;QD=13.63;ReadPosRankSum=-1.121;SOR=0.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,41:0.84:49
chr1	236708224	rs2244063	A	C	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=53;PP=1624;SC=AGGTGAGGTTACAGTTTTTGA;SOR=1.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=236708232;WS=236708214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr1	236708316	rs2758181	A	G	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=478;SC=AGTATGTGGAAGTTGTGTATG;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=236708324;WS=236708306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	236708357	rs60495052	C	CCCTT	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=7;PP=344;SC=TGTAATTTGCCCCTTTTTATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=236708365;WS=236708347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	236711297	rs2254823	A	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=5;PP=481;SC=AATGGCATGTATCCTTTCCTT;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=236711305;WS=236711287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	236711323	rs15701	T	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=7;PP=593;SC=TGATAATTTATTGTGATGTTA;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=236711331;WS=236711313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	236711586	rs1160	G	A	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=37;PP=1045;SC=GCACCATTAGGTCCTGCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=236711594;WS=236711576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	236714064	rs6989	A	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=446;SC=GATTTTGTAAAGAAGTGATAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=236714072;WS=236714058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	236714292	rs373763274	T	TA,TAA	1336.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=4.819;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,30,45:0.34,0.51:88
chr1	236714335	rs2254487	C	T	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=58;PP=1522;SC=TGAGTCAGTCCGCCTGCCTCG;SOR=1.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=73;WE=236714343;WS=236714325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr1	236716741	rs1475132	G	A	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=9;PP=700;SC=ACAAAAGACCGGACCTCTAGT;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=236716749;WS=236716731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	236716959	rs2275685	C	T	5277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=75;PP=2356;SC=CCATGGCCACCGAAAACTGTG;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=57;TCR=75;TR=131;WE=236716967;WS=236716949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	236717104	rs2275686	A	G	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=492;SC=TTGAAAAAATATCCAACATAC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=236717112;WS=236717094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	236717926	rs2275687	T	C	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=80;PP=2702;SC=CATCAAGGCTTCTGCTCTCTC;SOR=0.801;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=69;TCR=83;TR=149;WE=236717934;WS=236717916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr1	236718524	rs6668848	G	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=2;PP=815;SC=CAAGCACTAGGTTGTGTCTTA;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=236718532;WS=236718514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	236718561	rs6668926	G	A	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=10;PP=1360;SC=GGCACACAGGGCAAGGGTGAC;SOR=2.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=59;WE=236718569;WS=236718551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr1	236718620	rs1126627	T	C	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr1	236719135	rs1885532	T	C	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=31;PP=2321;SC=AGTCCAGGGCTTCCAGGAAAA;SOR=1.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=101;WE=236719143;WS=236719125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr1	236719193	rs1885533	A	G	9015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=122;NR=89;PP=2965;SC=CTTCTTCATCACCCCAATATG;SOR=0.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=122;TCR=89;TR=211;WE=236719201;WS=236719183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr1	236719259	rs1885534	G	A	11135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=130;NR=138;PP=2965;SC=ACACAGGAAAGAGATGTGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=131;TCR=139;TR=268;WE=236719267;WS=236719249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr1	236720761	rs2799404	T	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=454;SC=CGCTATCTGCTTCATAGCCTA;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=236720769;WS=236720751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	236721610	rs2275688	G	A	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=29;PP=1901;SC=GCGCTTCCCAGGACATTCTTC;SOR=1.549;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=95;WE=236721618;WS=236721600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr1	236721660	rs2275689	T	C	5704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=56;PP=2855;SC=CACAGCAGTGTTCAGCACTGG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=85;TCR=56;TR=141;WE=236721668;WS=236721650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	236721731	rs819431	T	C	7876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=102;PP=2965;SC=AGGTATACAATGCTGTCTGTC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=101;TCR=102;TR=203;WE=236721739;WS=236721721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr1	236722182	rs819432	A	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=10;PP=684;SC=TATATTCAGAAAATAATATAC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=236722190;WS=236722172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	236722489	rs2146122	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=21;PP=549;SC=AAAAAAAAAACCAACTTCAAT;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=236722497;WS=236722479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr1	236723177	rs10754576	GC	AA	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr1	236724504	rs1077439	G	A	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=12;PP=651;SC=ATAAAAAGTAGAAAAAGAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=236724512;WS=236724494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	236724605	rs1077438	G	T	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=27;PP=1010;SC=TAGAACGGTAGGGAAGTCAAT;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=57;WE=236724613;WS=236724595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr1	236724715	rs1077437	T	G	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr1	236724766	rs1077436	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=11;PP=251;SC=ATTTTAATTACATTCTACTGG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=236724774;WS=236724756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	236729867	rs2758172	C	T	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	236732198	rs12135604	C	A	562.22	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.62;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr1	236732199	.	A	AC	353.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.728;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr1	236735939	rs2853602	T	C	5161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=61;PP=2850;SC=TATAGCAAATTGATGAGTATC;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=140;WE=236735947;WS=236735929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	236739416	rs2115740	C	T	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=23;PP=1206;SC=CTCTTCTGAGCGCACACATGC;SOR=1.264;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=65;WE=236739424;WS=236739406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	236740039	rs6658793	G	C	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=17;PP=1226;SC=CCAGTACACAGAGGCATGAAC;SOR=1.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=236740047;WS=236740029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr1	236744424	rs35257076	A	AT	602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=291;ReadPosRankSum=0.294;SC=GCCCTCTGCTATTTTTTTTTA;SOR=0.788;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=20;WE=236744432;WS=236744414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr1	236744712	rs4518892	C	A	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.11;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr1	236746275	rs2794769	G	C	5408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=90;PP=2965;SC=CAGTTTTGCAGAGTATCACAT;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=55;TCR=90;TR=145;WE=236746283;WS=236746265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr1	236746443	rs2794768	C	T	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=35;PP=1078;SC=CCCACAGCTCCACTGGGATCC;SOR=1.076;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=236746451;WS=236746433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	236748505	rs1006456	T	C	17335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=174;NR=216;PP=2965;SC=CCACGCTTATTAAATCCTCCA;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=393;TCF=175;TCR=218;TR=390;WE=236748513;WS=236748495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,670:1.00:670
chr1	236748630	rs1006455	C	T	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.87;SOR=4.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr1	236748636	rs1006454	G	A	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.45;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	236749022	rs10925166	G	A	216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.68;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	236749026	rs10925167	T	A	163.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr1	236749348	rs2794764	C	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=416;SC=GGTTTGCTTTCTATTTTTCCT;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=236749356;WS=236749338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	236749451	rs3831993	TA	T	207.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.78;NF=4;NR=1;PP=162;SC=TACTGGCATATAAGCATGACC;SOR=1.329;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=236749459;WS=236749444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	236749649	rs2794763	T	C	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=13;PP=815;SC=TTGATAACCATAAATGGCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=40;WE=236749657;WS=236749639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	236749817	rs2799420	C	T	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=22;PP=657;SC=GGCAAAAATTCATCATTACAT;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=236749825;WS=236749807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	236751519	rs34200005	GA	G	770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=640;SC=AGGGCCTTTTGAGATTAATAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=236751527;WS=236751509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr1	236755170	rs2794760	G	T	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=35;PP=2411;SC=GCAAACTGTAGAAGGTTATCT;SOR=1.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=88;TCR=35;TR=121;WE=236755178;WS=236755160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	236755427	rs2794759	A	G	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=35;PP=1056;SC=AGCAATTAAAAAGTGAATTCA;SOR=1.643;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=46;WE=236755435;WS=236755417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	236755690	rs2794758	G	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=77;SC=TCCGATACTCGCCCCTTCTTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=236755698;WS=236755680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	236755814	rs2794757	G	A	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr1	236755837	rs2564739	C	T	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=15;PP=554;SC=TTTCTAAAAGCCTAATGAGTG;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=236755845;WS=236755827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	236755937	rs67239913	TA	T	229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=127;SC=TAGAAGGCTGTAAAAAAAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=236755946;WS=236755927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	236757200	rs2564738	A	G	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=376;SC=AATGATACAGACAAAACAAGA;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=236757208;WS=236757190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr1	236757229	rs2794754	G	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=4;PP=451;SC=AAAAAGGAATGCTGGGAAATT;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=236757237;WS=236757219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	236757507	rs2794753	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=245;SC=CGTTCTCAGAATAAAACACAC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=236757515;WS=236757497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	236758887	rs2794751	T	C	8291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=93;PP=2700;SC=AAGCATGTAATGCAGAAGAGG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=180;TCF=87;TCR=93;TR=178;WE=236758895;WS=236758877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr1	236759060	rs2794750	T	C	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=33;PP=1992;SC=TCACTTATCTTACAAAAAAAA;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=88;WE=236759068;WS=236759050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	236767072	rs1529540	A	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=204;SC=CTACTCATAAACATTTCAAGC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=236767080;WS=236767066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	236767176	rs1529541	C	G	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	236767178	rs375752396	AG	A	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr1	236767182	rs6650089	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
chr1	236767330	rs10802551	A	G	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=44;PP=1699;SC=CTTCATCTCTAGATAAGAGGC;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=86;WE=236767338;WS=236767320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr1	236881403	rs2275399	C	T	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=769;SC=CCAAAGAAAACCTTTCCAAAG;SOR=4.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=236881411;WS=236881393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	236882110	rs1341865	G	A	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=27;PP=1594;SC=TTAAGGAAAAGATGGATGCTT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=82;WE=236882118;WS=236882100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	236882303	rs1341864	T	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=43;PP=1044;SC=TGGTGTCCATTGGCGCTGAAG;SOR=1.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=62;WE=236882311;WS=236882293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr1	236883240	rs1768053	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=210;SC=TTATGAATACTGTATTTATAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=236883248;WS=236883230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	236883421	rs1341863	C	T	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	236883564	rs1341862	G	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=23;PP=646;SC=TGAGCAAGATGTTTTAAAGTC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=236883572;WS=236883554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	236890781	rs1768056	A	G	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=133;SC=CAAGGAAGTCAAAAGGAGAGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=236890789;WS=236890775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr1	236897633	rs707203	A	G	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=23;PP=1988;SC=ATGGGGGCGAAGGGGGAGGAT;SOR=1.812;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=71;TCR=23;TR=92;WE=236897641;WS=236897623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	236899899	rs11355106	TC	T	4071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=57;PP=2426;SC=TGTGGAAGGATCCCCCTCCAG;SOR=1.033;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=66;WE=236899907;WS=236899889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr1	236900018	rs7542508	G	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=510;SC=ATTTCCAAAGGCTAATGTTAT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=236900026;WS=236900008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	236902560	rs7527525	C	T	5502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=54;PP=2965;SC=GGGGAGGGGGCTTGCTGGTGT;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=105;TCR=54;TR=159;WE=236902568;WS=236902550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr1	236902594	rs2288601	C	G	8889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr1	236902865	rs2288602	A	C	6684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr1	236902955	rs7544174	T	C	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=51;PP=1610;SC=GTGAATATCATTTTGGCCCTG;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=73;WE=236902963;WS=236902945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr1	236914610	rs3738545	G	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=546;SC=CTTGACTTCTGTGTACCTAAA;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=236914618;WS=236914600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr1	236924506	rs2282366	A	G	5355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=87;PP=2716;SC=CTGCTTTAGCAGGAGTCCACT;SOR=1.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=54;TCR=87;TR=141;WE=236924514;WS=236924496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr1	236958532	rs28372871	G	T	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=12;PP=622;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GAGGAGCTCGGGCAGACCAAT;SOR=1.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=41;WE=236958540;WS=236958522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr1	236978992	rs5781924	T	TTCTG	6678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=69;PP=2918;SC=GCACAATACATTCTTTTATTA;SOR=1.563;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=1;TCR=79;TR=70;WE=236979000;WS=236978982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	236988593	rs5781926	A	AT	1695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=1404;ReadPosRankSum=1.212;SC=TACAGTGTATATTTTTAAGGC;SOR=0.861;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=41;WE=236988601;WS=236988583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,80:0.61:131
chr1	237001926	rs3820568	A	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=339;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GGCCTAATCCATTGTGTTTCC;SOR=0.275;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=19;WE=237001934;WS=237001916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr1	237013550	rs146375090	AT	A	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.46;ReadPosRankSum=2.691;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr1	237013553	rs200399202	T	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.49;ReadPosRankSum=2.120;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr1	237023333	rs10925254	T	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=137;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=14;PP=436;SC=CCACTGATTCTCAACCTGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=237023341;WS=237023323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr1	237037998	rs150727404	CT	C	402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.977;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.724;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr1	237038008	rs10925256	T	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.182;QD=10.81;ReadPosRankSum=-2.330;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr1	237048500	rs1805087	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=278;ReadPosRankSum=2.530;SC=ATTAGACAGGACCATTATGAG;SOR=0.764;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=24;WE=237048508;WS=237048490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,39:0.37:105
chr1	237048562	rs2275566	G	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=25;PP=673;SC=TAATGTGACTGTTTTTTATGA;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=237048570;WS=237048552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr1	237049879	rs12065382	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=-0.123;SC=CTGAGATGGACTCATAGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=15;WE=237049887;WS=237049869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr1	237054569	rs2229276	A	G	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.167;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=596;ReadPosRankSum=-0.704;SC=ACCTGTACGCAGAGGCTGCTG;SOR=1.168;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=38;WE=237054577;WS=237054559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr1	237057608	rs2297965	G	A	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=31;PP=2269;SC=CTGGCGCCACGTTCTTGCTAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=111;WE=237057616;WS=237057598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr1	237058744	rs12070777	C	A	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=1018;ReadPosRankSum=1.699;SC=CAGACCTGCGCAGGCTGCGGT;SOR=0.695;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=72;WE=237058752;WS=237058734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,140:0.65:215
chr1	237058828	rs1131449	C	T	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=46;PP=1493;SC=TGTGGAGACTCGCAGACATCG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=81;WE=237058836;WS=237058818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr1	237058996	rs75739277	C	CTATT	300.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=5;PP=252;SC=TCACTCGTAGCTATTCTGCAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=237059004;WS=237058986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	237060433	rs3820571	G	T	5862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=99;PP=2965;SC=GCTAGCTGTTGCATTATATGT;SOR=1.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=48;TCR=99;TR=147;WE=237060441;WS=237060423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr1	237060945	rs67705775	CT	C	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.002;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.083;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr1	237061056	rs2853522	A	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=1.833;SC=GCTGACACTTACCTGCTTCTG;SOR=0.593;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=237061064;WS=237061046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr1	237063335	rs1050996	G	C	7331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=71;PP=2808;SC=ATTTGCAGACGTTATGATCTT;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=85;TCR=71;TR=154;WE=237063343;WS=237063325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	237063504	rs9779	A	G	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=-2.185;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr1	237540615	rs10925391	A	C	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=896;ReadPosRankSum=0.304;SC=ATATCCGTATATCTGCAGGGG;SOR=0.658;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=56;WE=237540623;WS=237540605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,105:0.66:160
chr1	237580606	rs6673182	G	T	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.35;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	237580612	rs6673187	G	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.93;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	237586384	rs16835237	T	C	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,79:0.35:227
chr1	237617757	rs3765097	C	T	3073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=43;PP=1574;ReadPosRankSum=-0.712;SC=AGTCCGTAAGCCTAAGTCTGC;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=103;WE=237617765;WS=237617747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,147:0.63:233
chr1	237619875	rs5781961	A	AT	1096.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,85:0.50:171
chr1	237620049	rs2045955	T	C	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1279;ReadPosRankSum=-1.363;SC=AGAAGCATGATTGGGTTCATA;SOR=0.823;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=73;WE=237620057;WS=237620039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,124:0.64:193
chr1	237632285	rs35662567	A	AT	651.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=724;ReadPosRankSum=0.847;SC=TAGATGTAACAGAGGATATTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=18;WE=237632293;WS=237632275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr1	237632595	rs71561877	T	TGTG	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=631;ReadPosRankSum=0.560;SC=TTGAGTGAGGTGTGGTGGTGT;SOR=1.038;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=22;WE=237632608;WS=237632585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr1	237656185	rs139196633	A	AAGGGAGGG	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=2.100;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr1	237670140	rs2618702	A	G	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=622;ReadPosRankSum=-0.879;SC=ATTTATTTTCAGATTCTGTGA;SOR=0.466;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=45;WE=237670148;WS=237670130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,80:0.62:130
chr1	237675163	rs67622164	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.759;NF=0;NR=16;PP=287;ReadPosRankSum=1.009;SC=AAAAAAACAGGTATTGATGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=16;WE=237675171;WS=237675153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr1	237693610	rs34521733	C	CA	670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=4.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.367;QD=6.64;ReadPosRankSum=1.474;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,58:0.57:101
chr1	237693921	rs2779365	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=362;SC=TTTAAAATTCAGATTCAAGGC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=237693929;WS=237693911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	237711644	rs2618661	T	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=529;SC=GGAAGAACAGTAATGAGGTAG;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=237711652;WS=237711634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr1	237711797	rs2253273	A	G	4325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=47;PP=1936;SC=TCACCCCATCACAAGAAGCAA;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=237711805;WS=237711787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr1	237714103	rs2306238	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr1	237730124	rs2805390	A	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=31;PP=826;SC=CTGGAGGCTCATCTCCTCTGC;SOR=2.110;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=39;WE=237730132;WS=237730114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	237730169	rs2779401	C	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=457;SC=ACCAGTGTTTCCCACAGCACA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=237730177;WS=237730159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr1	237732395	rs2805396	G	A	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=4;PP=591;SC=GGGTGGGTGCGATTTTCCTGG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=237732403;WS=237732388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	237753074	rs11331089	AT	A	3006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.622;NF=43;NR=34;PP=1407;ReadPosRankSum=0.852;SC=CTAAAACTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=77;WE=237753082;WS=237753064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,151:0.93:162
chr1	237754340	rs1332777	A	G	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=40;PP=1197;SC=TATGTGAGGAAGGTTACAGTC;SOR=1.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=237754348;WS=237754330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr1	237755188	rs2618713	C	T	6162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=93;PP=2841;SC=TTATTTCTATCTGTCACTCAT;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=54;TCR=93;TR=147;WE=237755196;WS=237755178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr1	237755203	rs2779430	T	C	4466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=84;PP=2576;SC=ACTCATTATGTTTTACATCTC;SOR=1.391;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=37;TCR=84;TR=119;WE=237755211;WS=237755193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr1	237757027	rs1478915	G	A	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=27;PP=692;SC=TGTGACCAAGGTATTTCTATT;SOR=4.047;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=237757035;WS=237757017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	237765200	rs2805418	G	A	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=410;SC=CACATCAATCGATATGCAAGA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=237765208;WS=237765190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr1	237765470	rs791541	A	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=22;PP=592;SC=TATAGCATTGATTTATTCTGA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=237765478;WS=237765460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	237794603	rs1759123	A	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.171;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=566;ReadPosRankSum=0.665;SC=GTGGCTTATTAAATACTGTGA;SOR=0.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=33;WE=237794611;WS=237794593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,41:0.75:55
chr1	237801770	rs707189	T	C	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=62;PP=2124;SC=TTGACTTTCTTAGATTTGCTG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=111;WE=237801778;WS=237801760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr1	237802559	rs530109	T	C	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	237813126	rs625006	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCCTTTGAAGATTATCTACTG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=6;WE=237813134;WS=237813116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr1	237814783	rs684923	C	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=397;ReadPosRankSum=0.325;SC=TAAATGAACACGCAAAGATGC;SOR=0.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=27;WE=237814791;WS=237814773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr1	237814898	rs2184014	C	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TCATGCTTGACGCTGGGAAAT;SOR=0.069;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=237814906;WS=237814888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr1	237824332	rs471647	G	A	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=21;PP=568;SC=TTTTTCTAAAGAATAATCTGA;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=237824340;WS=237824322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	237831103	rs477245	C	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	237841390	rs34967813	A	G	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=657;ReadPosRankSum=-2.509;SC=CCTTATGAACAAGAAATCAAG;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=41;WE=237841398;WS=237841380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,78:0.79:99
chr1	237850666	rs10679267	C	CT	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr1	237862164	rs1521745	G	C	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=7;PP=560;SC=AAATATTACTGTTGTGTCATT;SOR=1.547;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=237862172;WS=237862154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	237862436	rs1521744	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=9;PP=230;SC=GGATTTGTAATAAAGTCTTTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=237862444;WS=237862426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	237863439	rs12754190	G	A	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=10;PP=956;SC=TAGAGTAATGGAGAAATAAAC;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=237863447;WS=237863429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr1	237863718	rs2797436	T	G	6153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=25.12;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr1	237863790	.	G	GT	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=3.046;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,24:0.23:106
chr1	237865203	rs939699	C	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=8;PP=658;SC=CTGAATAGTACATAGCTTAAG;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=237865211;WS=237865193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr1	237872714	rs35261418	GT	G	746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.926;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,57:0.83:69
chr1	237881770	rs2797441	C	T	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=15;PP=674;SC=AGAAAGATACCGAGGATGAAG;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=237881778;WS=237881760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	237890437	rs2685301	C	T	7337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=89;PP=2965;SC=AACTACTGTCCAAGCAGAGGA;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=75;TCR=89;TR=164;WE=237890445;WS=237890427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr1	237893674	rs2797445	C	T	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=45;PP=1557;SC=TTTAGTGGGGCTCTAAGATGA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=84;WE=237893682;WS=237893664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr1	237923053	rs2253831	C	T	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.780;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=415;ReadPosRankSum=-1.490;SC=TCAGTGGCCACGTGGTTTCTA;SOR=1.092;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=38;WE=237923061;WS=237923043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,58:0.33:176
chr1	237951451	rs2256242	A	G	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=60;PP=1655;SC=ATGTTTTAGAATGAATATTGT;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=76;WE=237951459;WS=237951441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr1	237951482	rs16835818	G	A	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=405;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GTGCAATACCGTAATAATTTA;SOR=1.765;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=22;WE=237951490;WS=237951472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr1	237955649	rs68129840	CTGTG	C	430.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.08;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr1	237955678	rs144369382	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.90;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	237955680	rs146659498	T	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	237955698	rs71162418	CGT	C	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	237957146	rs790902	G	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=9;PP=735;SC=TAATTTTAACGTATTTATTTT;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=237957154;WS=237957136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr1	237957161	rs790901	A	G	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	237957309	rs790900	A	C	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=52;PP=1665;SC=TGAGTAAATAATTATATGAGA;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=88;WE=237957317;WS=237957299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr1	237965035	rs2790346	C	A	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.65;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr1	237965043	rs2790347	A	G	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.22;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr1	237965094	rs2794820	G	T	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr1	237965131	rs9428384	G	A	6012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.09;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	237965133	rs35563566	A	AT	1604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.513;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,103:0.69:149
chr1	237969638	rs790879	A	G	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr1	238048325	rs2298100	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=19;PP=545;SC=TCATGTAATTAGTAACAAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=238048333;WS=238048315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr1	240255568	rs140531536	GGGC	G	1432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=8;PP=783;SC=AGGGGGGAGGGGGCGGCGGCG;SOR=3.193;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=26;WE=240255581;WS=240255558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	240256822	rs10926124	C	A	7210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=149;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.798;SC=AGCACCGGGCCGACGGCGGCC;SOR=1.932;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=202;TCF=53;TCR=149;TR=199;WE=240256830;WS=240256812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr1	240286453	rs3738434	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=165;ReadPosRankSum=-1.728;SC=CAGTGCTCGCTCTTAATGACT;SOR=0.570;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=14;WE=240286461;WS=240286443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr1	240286774	rs112160077	T	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=57;ReadPosRankSum=0.940;SC=TTTCCTTAGCTGCTCAACAGC;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=7;WE=240286782;WS=240286764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	240351628	rs4659948	T	C	5618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=90;PP=2870;SC=TGTGACAGACTCTGCGATTTA;SOR=1.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=54;TCR=90;TR=144;WE=240351636;WS=240351618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr1	240370629	rs10926166	C	G	4442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=857;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=84;PP=2174;ReadPosRankSum=-0.936;SC=AGTTTCAAACCAGCCACGAAC;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=520;TCF=270;TCR=250;TR=168;WE=240370637;WS=240370619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:571,267:0.32:838
chr1	240371075	rs71646825	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQRankSum=2.692;QD=15.64;ReadPosRankSum=-1.152;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr1	240371085	rs71646826	A	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.04;MQRankSum=2.699;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr1	240408789	rs1456659	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=332;ReadPosRankSum=-1.400;SC=AAAGGTTCCCGTCCTGATGAC;SOR=0.528;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=24;WE=240408797;WS=240408779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr1	240421383	rs10926181	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-0.687;SC=TTTGGGCTGAGGGATATGATG;SOR=0.527;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=240421391;WS=240421373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr1	240448434	rs6673167	G	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=354;ReadPosRankSum=0.086;SC=AATTAGGAGGGTGTTGCAAGA;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=28;WE=240448442;WS=240448424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr1	240601222	rs2356385	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=285;ReadPosRankSum=-0.283;SC=AGAGAGCTACTGTTGGTGCTT;SOR=2.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=15;WE=240601230;WS=240601212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr1	240601269	rs2356386	A	G	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=18;PP=1420;SC=ATAATTGTGCATGAATAAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=77;WE=240601277;WS=240601259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	240635491	rs2210861	G	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=194;SC=ATAAATTAGCGTCTGTAGCTG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=240635499;WS=240635483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr1	240656824	rs10926280	C	A	3559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.287;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=75;PP=1962;ReadPosRankSum=1.126;SC=CCGTAGAGTACGGGATCAATC;SOR=0.963;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=168;TCF=61;TCR=107;TR=113;WE=240656832;WS=240656814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,158:0.69:230
chr1	240975213	rs2275742	T	C	6081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=110;NR=55;PP=2965;SC=AGCAATGTGTTTTACCTTAAA;SOR=1.326;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=111;TCR=58;TR=165;WE=240975221;WS=240975203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr1	240975435	rs2275744	C	T	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=87;PP=2389;SC=ATGTGTGCCTCGAAGTTCCCA;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=20;TCR=87;TR=107;WE=240975443;WS=240975425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr1	240977964	rs12744536	G	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=5;PP=466;SC=TTAAACACATGTAATTGTCAT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=240977972;WS=240977954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr1	240979803	rs3738068	G	A	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=430;SC=CATAAATTCAGTAAGGTCTCT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=240979811;WS=240979793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr1	241100122	rs261857	G	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=189;SC=CCTCTTGAAAGATTTAATTTC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=241100130;WS=241100112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr1	241146322	rs7520707	A	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.13;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr1	241519098	rs4659599	T	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,28:0.25:113
chr1	241667244	rs4659607	G	T	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=17;PP=2019;SC=GCATCCAGCTGCGGGATAACT;SOR=2.282;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=73;TCR=18;TR=90;WE=241667252;WS=241667234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr1	241712134	rs11556464	C	T	3388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.763;NF=49;NR=29;PP=1125;ReadPosRankSum=-1.878;SC=TCTAGGTTGGCTCATTACAAG;SOR=0.857;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=78;WE=241712142;WS=241712124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,165:0.64:259
chr1	241767930	rs632966	G	A	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=34;PP=1061;SC=GGGGGAAACCGGGCATAAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=46;WE=241767938;WS=241767920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	241798631	rs3737604	C	T	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=803;ReadPosRankSum=0.642;SC=TATTAAAATACGATAACTGGC;SOR=0.919;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=163;TCF=100;TCR=63;TR=62;WE=241798639;WS=241798621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,94:0.36:258
chr1	241838057	rs67170285	C	T	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.00;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr1	241838065	rs66585415	T	C	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr1	241846710	rs41310587	A	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=0.198;SC=GGAAAGTGAAATTTTTGTCAA;SOR=0.223;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=9;WE=241846718;WS=241846700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
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chr1	241886764	rs10926549	A	G	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.32;ReadPosRankSum=1.270;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,52:0.65:80
chr1	241907691	rs7418599	A	G	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=35;PP=1776;SC=GTTCTTTCCCATAGGTATGGG;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=102;WE=241907699;WS=241907681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr1	241907706	rs41310585	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,50:0.28:177
chr1	241907817	rs10802990	T	C	7448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=82;PP=2524;SC=GAGCGTATAATGGTCAGACTA;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=74;TCR=82;TR=155;WE=241907825;WS=241907807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	241913062	rs11432682	C	CT	1080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.381;NF=3;NR=18;PP=764;ReadPosRankSum=2.184;SC=TGCAGGTGCCCTTTTTGGGAA;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=21;WE=241913070;WS=241913052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr1	241933876	rs11809239	A	G	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=25;PP=1322;SC=TGAGTATGGTAGCATATCTTA;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=241933884;WS=241933866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr1	241934117	rs199626781	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=231;ReadPosRankSum=2.426;SC=TCTGTGTGTGCATGCTTATAT;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=21;WE=241934125;WS=241934107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr1	241954005	.	TAA	T,TA	2329.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=5.088;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.471;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:29,74,85:0.39,0.45:188
chr1	241958738	rs78461872	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=0.091;SC=TGCAGTCCCAGAAAAGTCTTG;SOR=0.573;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=11;WE=241958746;WS=241958728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr1	241964559	rs4658661	C	G	8606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=94;PP=2965;SC=AAAATGGCAACGTTTGGATGA;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=176;WE=241964567;WS=241964549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr1	242015820	rs2526704	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=0.684;SC=AGTGGCTTGCACCTGTTGTCC;SOR=1.112;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=11;WE=242015828;WS=242015810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr1	242020495	rs2995544	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=1.354;SC=CTAAAACTTACAGTAGAAAAA;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=242020503;WS=242020485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr1	242023898	rs4149909	A	G	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=947;ReadPosRankSum=-0.755;SC=ATTCGGGCCAACAATACCTTC;SOR=0.719;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=67;WE=242023906;WS=242023888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,136:0.58:236
chr1	242030151	rs735943	A	G	2485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=26;PP=1059;ReadPosRankSum=0.656;SC=TCAAGAAGTCATAGTTGGGAT;SOR=0.906;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=75;WE=242030159;WS=242030141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,126:0.54:232
chr1	242042545	rs1776148	A	G	2649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.186;SC=TTACGAGAAGAGGCATGTTCT;SOR=0.676;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=77;WE=242042553;WS=242042535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,122:0.62:196
chr1	242042690	rs1418760	A	G	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=37;PP=1087;SC=TATATGTAAGAAAAAATAGAT;SOR=1.349;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=242042698;WS=242042680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr1	242045275	rs1635498	C	T	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=50;PP=1676;SC=CTCCAAGCTACGTTTATCTCA;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=242045283;WS=242045265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr1	242048514	rs10666416	G	GTAAA,GTAAATAAA	382.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=5,5;NR=1,1;PP=141,117;SC=ATCTCAAAAAGTAAATAAATA;SOR=2.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6,6;WE=242048522;WS=242048504;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.50:10
chr1	242053042	rs851797	A	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=26;PP=718;SC=TTTGTATATTAACTTTATAAT;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=242053050;WS=242053032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr1	242253024	rs7523793	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=43;ReadPosRankSum=0.796;SC=TATTATGTGTTGTTCAGAGAA;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=6;WE=242253032;WS=242253014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr1	242264102	rs12124966	A	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
chr1	242287684	rs10926623	T	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=326;ReadPosRankSum=-2.093;SC=TTTTGCCCAATACAAGATCAC;SOR=0.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=21;WE=242287692;WS=242287674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr1	242511556	rs112478548	AACAAAG	A	6461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=73;PP=2974;SC=TGAAAGAGGAAACAAAGACAA;SOR=1.288;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=5;TCR=77;TR=78;WE=242511569;WS=242511546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	243319611	rs148125417	T	C	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQRankSum=-2.472;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,113:0.33:346
chr1	243327520	rs1815604	A	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQRankSum=-1.846;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr1	243332884	rs140816120	AAG	A	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.07;MQRankSum=0.812;QD=22.79;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr1	243335940	rs74889777	GA	G	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-1.251;SC=TCTCAGACAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.766;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=12;WE=243335948;WS=243335930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr1	243354791	rs144272877	C	T	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr1	243388370	rs10926973	A	T	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=300;ReadPosRankSum=1.263;SC=AGCTAAAAGGAGAGAAAGTTC;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=19;WE=243388378;WS=243388360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr1	243419429	rs3904682	T	A	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=477;ReadPosRankSum=-0.930;SC=GGGAGAAAGCTGGACATTTCC;SOR=0.672;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=40;WE=243419437;WS=243419419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,74:0.36:207
chr1	243481431	rs2783972	A	G	7342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=94;PP=2965;SC=GACAGATTGTATAAAGAAAAT;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=81;TCR=95;TR=175;WE=243481439;WS=243481421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	243493484	rs2636324	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=2;PP=212;SC=TGGATACTTACGTATTTCGTG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=243493492;WS=243493474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr1	243579112	rs10927011	G	A	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=46;PP=1358;SC=AGCAAATGGAGGCCCAGCATG;SOR=1.132;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=243579120;WS=243579102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr1	244527857	rs10927214	T	C	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=8;PP=649;SC=ATAGCCTATATGCATAGTCCT;SOR=2.133;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=34;WE=244527865;WS=244527847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr1	244528127	rs9782996	T	C	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=58;PP=1765;SC=GGAGTTAGAATTGCACATCCT;SOR=1.563;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=85;WE=244528135;WS=244528117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr1	244552134	rs61095163	CATTT	C	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.335;NF=8;NR=3;PP=456;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TAAATGCATTCATTTGTCTTA;SOR=0.352;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=11;WE=244552145;WS=244552124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr1	244573030	rs2306084	C	A	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=439;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CTACTTTTCTCAGTATCACCA;SOR=0.612;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=29;WE=244573038;WS=244573020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr1	244587195	rs57748551	A	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=443;ReadPosRankSum=0.295;SC=TGCACCCTAGATTTTAAAAAA;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=31;WE=244587203;WS=244587185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr1	244601152	rs3127465	C	T	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=26;PP=724;SC=AATTAATGACCTCCTGCCAAA;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=244601160;WS=244601142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	244624635	rs3006006	G	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=151;ReadPosRankSum=-0.904;SC=CCGGGACCCAGGCGCCTGCAG;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=13;WE=244624643;WS=244624625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr1	244624887	rs3124058	T	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=305;ReadPosRankSum=0.453;SC=CCCATGCGCCTCGGGACCGCT;SOR=0.561;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=22;WE=244624895;WS=244624877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr1	244641216	rs11586356	C	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=288;ReadPosRankSum=0.195;SC=AGCTCACCCACGACAGAATTG;SOR=0.796;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=29;WE=244641224;WS=244641206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,53:0.27:193
chr1	244653556	rs3006021	A	T	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=99;SC=GACAAATGAGAATCAGTAACG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=244653564;WS=244653552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr1	244723920	rs7522899	C	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr1	244724092	rs7544794	G	A	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=34;PP=1081;ReadPosRankSum=0.738;SC=TAAGTCTATCGGTGACTGCTA;SOR=0.855;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=255;TCF=146;TCR=109;TR=86;WE=244724100;WS=244724082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,157:0.34:467
chr1	244735858	rs10927267	A	G	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=443;ReadPosRankSum=-0.368;SC=TAGCTTTCACAACAAAAGACA;SOR=0.590;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=37;WE=244735866;WS=244735848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,59:0.34:173
chr1	244747051	rs6429486	G	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.196;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=0.150;SC=TCTAGAAATTGGCGTGGGAGG;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=8;WE=244747059;WS=244747041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr1	244747150	rs6429487	G	A	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=2.388;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,46:0.29:161
chr1	244747293	rs6429488	CG	TA	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.435;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,18:0.18:100
chr1	244747339	rs6429490	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=-0.762;SC=ATACCTCCATGCAATACCTCC;SOR=0.709;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=9;WE=244747347;WS=244747329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr1	244754961	rs41269387	C	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=0.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr1	244773784	rs6698173	T	C	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=31;PP=713;SC=ATTTTTAAAATGCTTCATCTT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=244773792;WS=244773774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr1	244773803	rs6698180	T	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=24;PP=587;SC=TTAATTTCTGTGTGATCTTTT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=244773811;WS=244773793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr1	244803205	rs60280231	CTT	C	3279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.94;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:17,120:0.88:137
chr1	245021291	rs11299108	TA	T	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.643;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,53:0.29:182
chr1	245025697	rs11419280	T	TA	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.513;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr1	245133489	rs7545078	T	G	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=903;ReadPosRankSum=1.034;SC=GGGGGCCGGGTGGCAGACGGG;SOR=0.726;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=43;WE=245133497;WS=245133479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr1	245133539	rs7542813	A	G	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=27;PP=1928;SC=GTGGCGCGAAACGGGGACAGG;SOR=2.155;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=86;WE=245133558;WS=245133529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	245133549	rs10536649	GGC	G	3283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=32;PP=2805;SC=ACGGGGACAGGGCGCGCGCTC;SOR=2.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=59;WE=245133558;WS=245133529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr1	245133623	rs145835471	T	TCCTCC	7964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=65;PP=2971;SC=GAGCGGCCCCTCCTCCAGGCC;SOR=1.365;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=77;TCF=12;TCR=65;TR=73;WE=245133631;WS=245133613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	245133662	rs61844237	G	C	6083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=71;PP=2561;SC=TGAGCAGGCCGGGACACCGCG;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=36;TCR=71;TR=107;WE=245133670;WS=245133652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr1	245179011	rs201488109	CA	C	638.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=1.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.564;QD=4.50;ReadPosRankSum=-2.969;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,72:0.51:142
chr1	245179171	rs1196365	C	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,50:0.29:173
chr1	245179188	rs1196366	G	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=372;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCGCATCACTGTGCTGCCTGG;SOR=0.604;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=32;WE=245179196;WS=245179178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,32:0.28:116
chr1	245222634	rs694793	C	G	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=7;PP=782;SC=TTGGAGAAACCTGGCCTTTTC;SOR=2.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=42;WE=245222642;WS=245222624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr1	245222839	rs579269	G	T	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr1	245245378	rs10927386	T	C	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.63;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,79:0.71:112
chr1	245245402	rs10927387	C	T	2518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=771;ReadPosRankSum=0.677;SC=AAGAAGAACCCACTGGATACA;SOR=0.672;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=49;WE=245245410;WS=245245392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
chr1	245249945	rs74749788	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr1	245318688	rs12409851	C	T	8539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=92;PP=2965;SC=GATGTAGCGTCGGTGGAACCT;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=194;WE=245318696;WS=245318678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr1	245765800	rs7541927	T	A	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=435;ReadPosRankSum=0.477;SC=TGCATGTATATCGCAGAGTAT;SOR=0.317;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=31;WE=245765808;WS=245765790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,52:0.66:79
chr1	245775356	rs376770702	TTGTGTG	T	552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-1.198;QD=22.11;ReadPosRankSum=1.131;SOR=1.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr1	245775407	rs28368385	T	A	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-0.907;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr1	245851304	rs6701084	A	G	8765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=134;PP=2965;SC=GCAGGGCGACAGTCAGCCACT;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=84;TCR=134;TR=218;WE=245851312;WS=245851294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr1	245861571	rs3205034	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,30:0.21:141
chr1	246021941	rs2362587	T	C	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=44;PP=1316;SC=TGCTTATGATTGCCTGGCACA;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=246021949;WS=246021931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr1	246022071	rs2185370	C	T	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=520;SC=AGCACAGGAGCGAGGGAAGCA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=246022079;WS=246022061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr1	246027024	rs12123124	A	G	4130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.41;SOR=1.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	246027029	rs61830203	A	T	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.26;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr1	246027034	rs2153404	G	C	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=1.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr1	246091457	rs6669768	T	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=35;PP=855;SC=GTTGACAGGATGCCAGGGGTT;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=246091465;WS=246091447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	246091515	rs2275318	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=427;SC=ACACCTCCCACGAAGTGCAAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=246091523;WS=246091505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr1	246091531	rs6669866	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=15;PP=437;SC=GCAATTCTCCTCAAGATGCAG;SOR=4.047;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=246091539;WS=246091521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	246093465	rs11295264	GA	G	2876.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.734;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,204:0.76:268
chr1	246110573	rs10802300	A	G	6534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=112;NR=67;PP=2965;SC=AAGAGCAAGTAGCTAAAGGAA;SOR=1.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=112;TCR=67;TR=179;WE=246110581;WS=246110563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr1	246489706	rs57404221	GA	G	914.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.764;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.293;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,73:0.36:201
chr1	246489769	rs367922653	TA	T	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.701;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.968;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr1	246490438	rs3737245	T	C	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.05;ReadPosRankSum=0.232;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,44:0.44:101
chr1	246490442	rs3737246	A	G	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=6.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=1.361;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,45:0.40:112
chr1	246490452	rs3737247	G	A	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=2.600;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,51:0.38:136
chr1	246498866	rs10159376	A	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=207;ReadPosRankSum=-1.462;SC=ATAAACATTAAATTTTAATAG;SOR=0.608;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=12;WE=246498874;WS=246498856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr1	246670281	rs6671418	G	C	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	246670297	rs201911211	CCCT	C	651.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=1409;ReadPosRankSum=1.734;SC=CGACGCCCCCCCCTCCCCAGC;SOR=0.583;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=34;WE=246670307;WS=246670286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr1	246670333	rs6426303	A	G	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=41;PP=2148;SC=CGACTCAGGTAGGCGAGGGCG;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=97;WE=246670341;WS=246670323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr1	246670481	rs7520453	C	G	7329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=93;PP=2965;SC=CGTTTCCCCTCTTGGCGGTTG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=78;TCR=93;TR=171;WE=246670489;WS=246670471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr1	246711789	rs3124131	T	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=11;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=443;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CCTAAAAAAATAAAATAAAAA;SOR=1.060;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=22;WE=246711797;WS=246711771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr1	246711816	rs5782396	GA	G	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=6;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=445;ReadPosRankSum=-0.411;SC=CACGTAGGGAGAAAAAGGAAA;SOR=0.555;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=16;WE=246711824;WS=246711806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr1	246712033	rs1890160	A	G	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=24;PP=649;SC=TTGGATTTAAAAGAAACATGT;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=246712041;WS=246712023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	246714587	rs10754526	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=1.666;SC=CTGGATTTCCGGGATCTGCCA;SOR=0.701;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=17;WE=246714595;WS=246714577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr1	246714631	rs80342781	TG	AA	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr1	246714636	rs34850511	T	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr1	246720174	rs3120710	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=200;SC=CCTTGGCATGAAACTTGGCTT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=246720182;WS=246720164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr1	246720798	rs3124071	G	A	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=53;PP=1768;SC=AGTCACAGTGGATCACTCGTA;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=92;WE=246720806;WS=246720788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr1	246727558	rs3120713	G	T	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=12;PP=736;SC=GATATTCTATGTAAAACACTG;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=246727566;WS=246727548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr1	246754778	rs35302997	G	GA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=126;ReadPosRankSum=0.274;SC=GCAAAGGTTAGAAAATGAAGT;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=5;WE=246754786;WS=246754773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr1	246755124	rs6702823	T	C	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=53;PP=1887;SC=GGTGAGAACTTGCAAAACACC;SOR=0.705;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=105;WE=246755132;WS=246755114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr1	246797710	rs35650980	G	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=1.092;SC=TTAACTGTTTGTTTGTTTTTT;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=3;WE=246797722;WS=246797700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr1	246797714	rs11396823	G	GT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=1.092;SC=CTGTTTGTTTGTTTTTTTGCT;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=2;WE=246797722;WS=246797700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr1	246797974	rs6680646	T	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr1	246804824	rs12401692	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GTTGCTTCTTTGGGGGTTTCC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=246804832;WS=246804814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr1	246939671	.	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=505;ReadPosRankSum=1.855;SC=TGGATCCATCCAAGGGAAAGG;SOR=0.831;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=149;TCF=75;TCR=74;TR=48;WE=246939679;WS=246939661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,63:0.26:240
chr1	246943547	rs41267531	A	C	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=12;PP=1326;SC=TCTGGATTTTATGTGTGTGAC;SOR=2.271;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=60;WE=246943555;WS=246943537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr1	247006160	rs5021094	G	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=-1.662;SC=AGGAATACTAGAGCCAAACAC;SOR=0.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=15;WE=247006168;WS=247006150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr1	247021269	rs77746851	T	C	49.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.19;QD=12.30;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr1	247024288	rs41308196	T	C	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQRankSum=-0.760;QD=14.74;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,74:0.67:111
chr1	247025531	rs55727006	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=4.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=1.476;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr1	247031237	.	C	G	184	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=87;MMLQ=21;MQ=59.82;NF=0;NR=9;PP=184;QD=24.3079125052;SC=CGTGGTAATACTAGCTAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=247031245;WS=247031227;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr1	247048834	rs2642990	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.188;NF=3;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=0.917;SC=GATAACATCGTTACCACTGGA;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=3;WE=247048842;WS=247048824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr1	247054530	rs1472275	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=1.016;SC=ATCTTTGTATTTAGTTTACTT;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=247054538;WS=247054520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr1	247067139	rs34620854	CA	C	124.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.365;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr1	247067492	rs34554106	AG	A	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.791;NF=0;NR=9;PP=301;ReadPosRankSum=-0.283;SC=ATAAAAATGTAGTCCTTTGAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=247067500;WS=247067482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr1	247091604	rs35687457	CA	C	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=0.414;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr1	247109014	rs2642982	G	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=166;ReadPosRankSum=-0.430;SC=TCGGGCTGACGCAGCTGGACC;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=247109022;WS=247109004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr1	247109267	rs2642983	A	C	3982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.705;QD=20.85;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,122:0.64:191
chr1	247109291	rs111328919	CG	C	1648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.095;NF=3;NR=33;PP=2460;ReadPosRankSum=-0.896;SC=TGAGCCACTGCGCCCAGCCTC;SOR=0.612;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=36;WE=247109304;WS=247109281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,79:0.58:136
chr1	247109296	rs41267541	A	G	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.17;MQRankSum=1.210;NF=19;NR=32;PP=2461;ReadPosRankSum=-0.388;SC=CACTGCGCCCAGCCTCTGAGA;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=51;WE=247109304;WS=247109281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,73:0.58:125
chr1	247129945	rs1779985	A	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=220;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CTAATCAGCTAGGTATGGGGG;SOR=1.387;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=11;WE=247129953;WS=247129941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr1	247130577	rs4971282	C	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=0.330;SC=TATTAAAAAGCCACTGGATTG;SOR=1.085;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=8;WE=247130585;WS=247130572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr1	247150740	rs3749427	T	C	7642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=26.08;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr1	247151557	rs2642992	A	G	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=96;PP=2817;SC=AGAAGACAAAACTGGAAAAAA;SOR=2.062;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=128;TCF=30;TCR=98;TR=126;WE=247151565;WS=247151547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr1	247162658	rs2642973	C	T	14835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=188;PP=2965;SC=ACCTGAGTGTCTGGCTGTCTT;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=142;TCR=188;TR=330;WE=247162666;WS=247162648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr1	247264726	rs138228553	AT	A	125.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.791;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr1	247267274	rs4925692	C	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=663;ReadPosRankSum=0.818;SC=CCCGACAGGGCTCCGGCCGGC;SOR=0.668;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=39;WE=247267282;WS=247267264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,57:0.70:82
chr1	247274899	rs73135916	A	G	178.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5434;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=63;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CAGGTGGCCGAAGTCGGAGGG;SOR=0.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=247274907;WS=247274889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr1	247287260	rs3901383	A	G	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=1.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-1.104;QD=8.62;ReadPosRankSum=2.020;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,142:0.45:316
chr1	247287269	rs78802037	T	C	8130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-1.438;QD=26.75;ReadPosRankSum=0.620;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,245:0.81:304
chr1	247320258	rs41304032	A	G	4937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=94;PP=2608;ReadPosRankSum=2.317;SC=TTTCATGGTAATGAAGGCAAT;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=239;TCF=107;TCR=132;TR=168;WE=247320266;WS=247320248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,224:0.67:332
chr1	247320868	rs11806327	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=407;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TATGACTTCTGCAAAAAATGA;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=23;WE=247320876;WS=247320858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr1	247322130	rs112758144	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=23;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GGGTTTTTGCCGTGTTGGTCA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=247322138;WS=247322120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr1	247322298	rs6675536	G	T	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=622;ReadPosRankSum=-2.237;SC=CTCTTGTGAGGGCAAATTACC;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=45;WE=247322306;WS=247322288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,95:0.69:138
chr1	247323195	rs4925786	T	C	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=60;PP=1619;ReadPosRankSum=-1.998;SC=AAGATGTTCATCTGATTCTGT;SOR=0.754;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=92;WE=247323203;WS=247323185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,125:0.72:173
chr1	247323260	rs9793102	C	A	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=550;ReadPosRankSum=2.114;SC=GTCTACACTTCCTTTCTCCCA;SOR=0.593;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=36;WE=247323268;WS=247323250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr1	247323279	rs150260021	TTC	T	889.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.78;ReadPosRankSum=2.233;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr1	247323290	rs75724934	T	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.30;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr1	247419509	rs1778540	T	C	10334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=156;NR=101;PP=2965;SC=TATTACCATATAAATCTTCTT;SOR=1.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=157;TCR=102;TR=257;WE=247419517;WS=247419499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr1	247419664	rs1778541	C	T	12530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=137;NR=163;PP=2965;SC=TGCTCTTCACCCAGGCAATAT;SOR=0.803;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=302;TCF=137;TCR=165;TR=300;WE=247419672;WS=247419654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr1	247485932	rs10924984	A	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=8;PP=586;SC=TCCTCAGAGCACCCGAGTAAG;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=247485940;WS=247485922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr1	247486213	rs41268345	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=1.367;SC=TCCTGCTATCGTCTGCACAAA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=21;WE=247486221;WS=247486203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr1	247486421	rs6692645	G	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.645;SC=GAGGCAAACAGGGGATTTTCA;SOR=0.963;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=6;WE=247486429;WS=247486411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr1	247486678	rs7540329	T	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.054;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=181;ReadPosRankSum=0.700;SC=TGTTTCATGGTGCTTTTCATA;SOR=2.985;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=12;WE=247486686;WS=247486668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr1	247582461	rs368835809	TATA	T	1279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=41.28;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr1	247582466	rs4998423	A	T	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr1	247587477	rs3806268	G	A	8955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=118;PP=2965;SC=TGGACTGGGCGTCGGGGACAC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=111;TCR=118;TR=228;WE=247587485;WS=247587467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr1	247587531	rs4925543	A	G	10272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=115;PP=2965;SC=TCCACTGTCGAGAGGTGAGCC;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=146;TCR=115;TR=260;WE=247587539;WS=247587521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr1	247597329	rs12124866	C	T	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=481;SC=TCAGGTGTGTCCTGATGCTTC;SOR=2.948;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=18;WE=247597337;WS=247597326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr1	247597349	.	G	GGAGCTCTCTGGTCAGATGTGTTCTGAGGCCTTCTCTATTCCA	1011	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=21;MQ=59.33;NF=13;NR=1;PP=1011;QD=74.0714285714;SC=CCTCTGTTCTGGAGCTCTCTG;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=14;WE=247597357;WS=247597339;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,14:0.61:23
chr1	247597364	.	G	GAT	2758.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.60;QD=95.13;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	247597365	.	G	A	1201	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=25;MQ=58.51;NF=49;NR=5;PP=1201;QD=22.8846520842;SC=CTCTGGTCAGGTGTGTTCTGA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=50;TCR=5;TR=54;WE=247597373;WS=247597355;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr1	247597365	.	G	GTGTTCTGAGGCCTTCTCTATTCCAGAGCTCTCTGGTCAGA	2753.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.60;QD=94.96;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr1	247597656	rs3835304	TG	T	3477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=79;PP=2966;SC=CCCGGTGGGCTGGGGTTTGAG;SOR=2.768;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=82;TCF=0;TCR=82;TR=79;WE=247597664;WS=247597646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr1	247599232	rs10754557	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=415;SC=GTGGAGCGTGGGTGAGAGACA;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=247599240;WS=247599222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr1	247611570	.	CTT	C	205.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.407;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.458;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,11:0.73:15
chr1	247614386	rs12070953	T	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.218;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr1	247614407	rs12065526	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=1.004;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr1	247614553	rs12086048	C	T	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=717;ReadPosRankSum=-0.354;SC=GGGAGGAACACGTCCCAAAGG;SOR=0.787;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=137;TCF=85;TCR=52;TR=49;WE=247614561;WS=247614543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,80:0.36:220
chr1	247614693	rs6695302	C	T	9958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=119;PP=2965;SC=GTGTCATTCACAGCGGTGTCA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=122;TCR=119;TR=241;WE=247614701;WS=247614683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr1	247614896	rs11583410	A	C	4110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=63;PP=2297;ReadPosRankSum=-1.100;SC=GGGCTTGCAGATGGCCACGTA;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=204;TCF=98;TCR=106;TR=120;WE=247614904;WS=247614886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,177:0.59:299
chr1	247654993	rs10925061	T	C	7507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=105;PP=2965;SC=TTGCCATGTCTTGTGAGGAAA;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=77;TCR=106;TR=181;WE=247655001;WS=247654983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr1	247655275	rs12141850	T	C	5343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	247690320	rs2141543	C	T	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr1	247695612	rs6657127	G	A	7047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=87;NR=96;PP=2965;SC=TCCAGGAAGGGGAGGTTGGCA;SOR=0.790;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=88;TCR=96;TR=183;WE=247695620;WS=247695602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr1	247695756	rs6697472	T	C	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=67;PP=1951;SC=GAGGGTCGTGTGGAGAAGCCC;SOR=1.001;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=115;WE=247695764;WS=247695746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr1	247702118	rs2103336	C	T	4457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr1	247712303	rs41315846	T	C	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.32;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr1	247729206	rs367904043	CT	C	365.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.745;QD=8.92;ReadPosRankSum=1.606;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr1	247752019	rs1151687	G	C	5953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=82;PP=2965;SC=CCTCCCGGCTGTGATGTCCTG;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=68;TCR=82;TR=150;WE=247752027;WS=247752009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr1	247752161	rs10925085	T	C	7362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=74;PP=2832;SC=ACCCTCACCCTGCAGCTGCCC;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=163;WE=247752169;WS=247752151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr1	247752367	rs869111	A	G	6763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=86;PP=2965;SC=GTCAGCTACCAGGAGACAGAA;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=97;TCR=87;TR=182;WE=247752375;WS=247752357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr1	247769752	rs61730407	A	G	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	247835352	rs1151641	C	T	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=8;PP=1033;SC=GTATGAAAAACCAGTAAAATC;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=247835360;WS=247835342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr1	247835674	rs28446289	G	A	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-2.314;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,86:0.31:274
chr1	247835908	rs28556931	T	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.884;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=423;ReadPosRankSum=-0.087;SC=GCAATAGCCATGACCATGCTG;SOR=0.594;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=37;WE=247835916;WS=247835898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,57:0.34:168
chr1	247835950	rs1151640	T	C	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.854;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=40;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.943;SC=TGGTTCATAATAGTACTGTAA;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=65;WE=247835958;WS=247835940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,108:0.65:167
chr1	247836008	rs28555391	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.701;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=384;ReadPosRankSum=-1.563;SC=CCATGGTGGTGAAGAGAACCA;SOR=0.466;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=33;WE=247836016;WS=247835998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,62:0.37:168
chr1	247836207	rs28711149	T	A	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.669;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=36;PP=1090;ReadPosRankSum=1.863;SC=GTTATAGATTTTGGCAATGAT;SOR=0.856;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=221;TCF=114;TCR=107;TR=82;WE=247836215;WS=247836197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,120:0.35:342
chr1	247921100	rs1552812	T	G	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=1964;ReadPosRankSum=0.648;SC=CCAATAGACCTCCTACTGCAA;SOR=0.228;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=109;WE=247921108;WS=247921090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr1	247921352	rs1552813	C	T	5929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=70;PP=2614;SC=ATCTATCATACGCCATCACAC;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=144;WE=247921360;WS=247921342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr1	247921717	rs10888359	C	A	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr1	247978079	rs72777548	T	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=856;ReadPosRankSum=-1.058;SC=TATCTATTATTGAAAGAAGAA;SOR=0.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=20;WE=247978095;WS=247978069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr1	247978087	rs10888248	G	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.090;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
chr1	247978319	rs6695283	A	G	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=58;PP=2246;SC=TGGAAGGCAAATAGAGTAGGC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=113;WE=247978327;WS=247978309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr1	247978541	rs35979231	AAGG	A	2709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.450;NF=8;NR=28;PP=1386;ReadPosRankSum=0.680;SC=ACAGTAGGATAAGGAGAAGGT;SOR=0.719;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=104;TCF=27;TCR=77;TR=36;WE=247978551;WS=247978531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,78:0.32:240
chr1	247978996	rs10888249	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=298;ReadPosRankSum=0.299;SC=AAAACCCCATAAGGATAAATT;SOR=0.610;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=23;WE=247979004;WS=247978986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,33:0.29:112
chr1	248004296	rs6681483	A	G	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=35;PP=1433;SC=TGACCTTTCTAACAGCTTCTT;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=84;WE=248004304;WS=248004286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr1	248020448	rs10749636	G	A	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=270;SC=GACACCACCCGTCGGCGCCTG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=248020456;WS=248020438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr1	248020526	rs142390236	C	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=12;PP=863;SC=CGGCCGGGAGCGCAGCCCTCC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=248020534;WS=248020516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr1	248020556	rs11204523	G	C	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=25;PP=1394;SC=GTCATGGCCTGGGCGCCGCCC;SOR=1.408;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=76;WE=248020564;WS=248020546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr1	248039713	rs3811445	A	G	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=669;ReadPosRankSum=1.134;SC=TGCCACCCACAACAATAGCAG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=169;TCF=66;TCR=103;TR=49;WE=248039721;WS=248039703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,71:0.27:266
chr1	248058755	rs1337876	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=79;ReadPosRankSum=1.049;SC=GCAACTCCATATAACTGTTGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=6;WE=248058763;WS=248058745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr1	248058797	rs1856248	T	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=273;ReadPosRankSum=0.611;SC=ATAAAAAGCATAGAAGAATGC;SOR=0.625;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=19;WE=248058805;WS=248058787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr1	248058845	rs4500353	A	C	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.658;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=610;ReadPosRankSum=-0.841;SC=ATCAGCTGTTATTATTATTAT;SOR=0.792;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=117;TCF=88;TCR=29;TR=41;WE=248058853;WS=248058835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,55:0.34:160
chr1	248058879	rs6587387	A	T	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=890;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TCTGTTCAGCAGCAGTAGAGA;SOR=0.688;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=165;TCF=111;TCR=54;TR=61;WE=248058887;WS=248058869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,91:0.35:263
chr1	248059423	rs10888267	C	T	4414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=73;PP=2197;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CCACTTCCTGCGTGAGATGCC;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=105;TCR=112;TR=141;WE=248059431;WS=248059413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,206:0.62:331
chr1	248059703	rs11204545	T	A	5703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.69;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,152:0.68:222
chr1	248059712	rs11204546	T	C	5450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.53;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,139:0.70:198
chr1	248059856	rs10888268	T	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=448;ReadPosRankSum=-1.128;SC=CTGACTTCACTTCCATCCAGG;SOR=0.333;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=24;WE=248059864;WS=248059846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr1	248084434	rs11204563	G	A	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=89;PP=2965;SC=CTCCCTGTTTGGCAATTCCCT;SOR=1.294;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=60;TCR=89;TR=148;WE=248084442;WS=248084424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr1	248084464	rs11204564	T	C	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.264;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.41;MQRankSum=-0.725;QD=27.53;ReadPosRankSum=2.517;SOR=1.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,120:0.97:124
chr1	248084464	.	TGGGACCACC	CGGGACCACC,CGGGACCGCA	2839	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=22;MQ=41.9;NF=41,2;NR=79,18;PP=2839,622;QD=20;SC=CCTGATTCACTGGGACCACCG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=41;TCR=80;TR=120,20;WE=248084481;WS=248084454;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:121
chr1	248084471	rs149623571	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=8.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.32;MQRankSum=-2.230;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.007;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,24:0.21:116
chr1	248084473	rs143274587	C	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=9.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.02;MQRankSum=-2.348;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.069;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,23:0.20:113
chr1	248085108	rs4625315	C	T	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=2;PP=573;SC=CCAAATCCCACAGGTCCACTA;SOR=3.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=248085116;WS=248085098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr1	248085341	rs4925773	T	A	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=47;PP=1300;SC=ACACTTTTATTTCTACATCTG;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=64;WE=248085349;WS=248085331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr1	248112627	rs4925787	T	C	7793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=906;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.274;NF=120;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.981;SC=TCAATGCTTGTGCTCACACTG;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=523;TCF=263;TCR=260;TR=240;WE=248112635;WS=248112617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:497,405:0.45:902
chr1	248112745	rs4925788	G	T	9850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-4.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.434;NF=168;NR=183;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.600;SC=GGTCTATGAGGGCACAGTGTT;SOR=0.291;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=445;TCF=193;TCR=252;TR=351;WE=248112779;WS=248112735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,412:0.76:545
chr1	248112754	rs201126494	T	C	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FS=11.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.93;MQRankSum=4.900;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=1.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:439,110:0.20:549
chr1	248112762	rs4925789	TG	CA	18107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FS=10.004;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.81;MQRankSum=-3.696;QD=33.60;ReadPosRankSum=4.784;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,435:0.81:539
chr1	248112771	rs4925791	C	T	18279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FS=10.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.62;MQRankSum=-2.015;QD=33.48;ReadPosRankSum=7.801;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,455:0.83:546
chr1	248112809	rs4925583	A	G	14671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.726;HP=2;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=5.605;NF=195;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=4.387;SC=TCATGTTCCTATGGCCAGGTT;SOR=0.134;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=414;TCF=196;TCR=218;TR=399;WE=248112817;WS=248112799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,573:0.97:593
chr1	248112836	rs4925792	A	G	16326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=2.983;NF=196;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=1.963;SC=GCTGTCTACCACATGAAATCT;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=415;TCF=196;TCR=219;TR=414;WE=248112844;WS=248112826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,633:0.98:643
chr1	248112915	rs10888280	A	G	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.245;NF=53;NR=64;PP=1492;ReadPosRankSum=0.592;SC=TCTACTATGCACCTTTTGTCT;SOR=0.648;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=330;TCF=142;TCR=188;TR=117;WE=248112923;WS=248112905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,166:0.32:524
chr1	248128929	rs6664332	G	A	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=53;PP=1239;ReadPosRankSum=0.683;SC=ATGGCAGTCAGCTTCCTCTCA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=253;TCF=106;TCR=147;TR=92;WE=248128937;WS=248128919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,110:0.33:333
chr1	248129240	rs4478844	G	A	2954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=60;PP=1816;ReadPosRankSum=0.644;SC=ACTATCATTGGTGTGTCAGGA;SOR=0.865;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=148;TCF=60;TCR=88;TR=98;WE=248129248;WS=248129230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,128:0.60:214
chr1	248186128	rs202091004	CAAG	C	13161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.893;NF=22;NR=139;PP=2945;ReadPosRankSum=3.738;SC=GCCTGAGAAACAAGGAGGTGA;SOR=0.735;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=238;TCF=35;TCR=203;TR=161;WE=248186138;WS=248186118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,330:0.68:488
chr1	248202344	rs6658141	G	C	13053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=862;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.673;NF=168;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.425;SC=TTATACCTATGTACGTCCAAG;SOR=0.598;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=490;TCF=244;TCR=246;TR=326;WE=248202352;WS=248202323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,587:0.69:855
chr1	248224099	rs6666048	T	C	6507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.276;NF=92;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.357;SC=ATGGCTCTAATTGGAAACCTA;SOR=0.873;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=323;TCF=145;TCR=178;TR=213;WE=248224107;WS=248224089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,294:0.65:450
chr1	248224216	rs6658227	C	T	5663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.787;NF=121;NR=69;PP=2962;ReadPosRankSum=0.338;SC=ACCATTGTTCCTAAGATGGCA;SOR=0.957;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=312;TCF=185;TCR=127;TR=190;WE=248224224;WS=248224206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,246:0.60:411
chr1	248224294	rs6658256	C	T	6310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.432;NF=122;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=3.205;SC=TTCTTCTTCTCGGCATTAGGA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=390;TCF=197;TCR=193;TR=240;WE=248224302;WS=248224284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,305:0.55:553
chr1	248224398	rs55937620	A	G	4442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-20.454;NF=43;NR=101;PP=2217;ReadPosRankSum=4.762;SC=GAGCAAAAGAATGTGTGTGCT;SOR=1.401;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=299;TCF=121;TCR=178;TR=144;WE=248224406;WS=248224388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,221:0.45:490
chr1	248224489	rs56834114	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=2.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.26;MQRankSum=-12.743;QD=2.01;ReadPosRankSum=-3.352;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,61:0.19:320
chr1	248224569	rs75239130	G	T	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=3.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQRankSum=-11.186;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.328;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,143:0.30:478
chr1	248224578	rs60743763	T	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=24.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQRankSum=-11.941;QD=0.41;ReadPosRankSum=-4.467;SOR=3.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:460,38:0.08:498
chr1	248224586	rs60429598	CA	TG	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=35.649;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQRankSum=-12.668;QD=1.21;ReadPosRankSum=-3.679;SOR=4.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:465,48:0.09:513
chr1	248224595	rs76336532	C	T	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=3.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQRankSum=-11.531;QD=3.02;ReadPosRankSum=-6.080;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,130:0.25:515
chr1	248224754	rs55893924	T	C	7406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.721;NF=95;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.684;SC=TTGTCTACACTTATCTACGTC;SOR=0.538;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=329;TCF=142;TCR=187;TR=210;WE=248224762;WS=248224750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,343:0.66:521
chr1	248308934	rs77923536	C	T	6914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.632;NF=66;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.674;SC=GATGCTGTAGCGACATTTTCC;SOR=0.805;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=314;TCF=116;TCR=198;TR=187;WE=248308942;WS=248308924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,315:0.60:524
chr1	248343543	rs9435919	C	T	6477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=94;PP=2965;SC=CTTCAACTACCTGTCTGGCAG;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=94;TCR=94;TR=188;WE=248343551;WS=248343533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr1	248344442	rs4916105	C	T	150.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=124;SC=AATAAGGACACTAAAGTATTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=248344450;WS=248344432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	248366702	rs4916112	G	A	21533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=849;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=266;NR=227;PP=2965;SC=TTGGCTCTGAGTGCTTTCTTT;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=498;TCF=270;TCR=228;TR=493;WE=248366710;WS=248366692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,831:1.00:831
chr1	248367415	rs4916082	C	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=34;PP=958;SC=CATAAATCTGCAATGACATAT;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=248367423;WS=248367405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	248402758	rs6666148	C	T	6761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=96;PP=2965;SC=AAATTCATCACTTTTTCTGTG;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=173;WE=248402766;WS=248402748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr1	248457979	rs6667171	C	A	16067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=151;PP=2962;SC=CCCCAGCCACCGTTTCAGGGC;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=136;TCR=151;TR=287;WE=248458001;WS=248457969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr1	248457993	rs11204625	C	G	2290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.938;NF=40;NR=50;PP=1044;ReadPosRankSum=0.175;SC=TCAGGGCTTCCTTGACCTCAC;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=271;TCF=122;TCR=149;TR=90;WE=248458001;WS=248457969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,143:0.30:470
chr1	248458676	rs6678138	T	C	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=9;PP=1218;SC=ACCAGCATCATGTCCATGAGG;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=53;WE=248458697;WS=248458666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr1	248458689	rs6674940	A	G	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=12;PP=1557;SC=CCATGAGGGAAAGTTGGCTCA;SOR=2.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=65;WE=248458697;WS=248458666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr1	248458717	rs12745228	C	G	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=32;PP=1638;SC=GTACATGGGCCTGTGGAGCCG;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=97;WE=248458725;WS=248458707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr1	248458736	rs28409263	A	G	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.724;NF=26;NR=18;PP=435;ReadPosRankSum=-0.926;SC=CGGTGGTCCCAGTGAATCAGG;SOR=0.556;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=44;WE=248458744;WS=248458726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,61:0.34:179
chr1	248458760	rs12135684	C	A	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-1.646;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,74:0.32:228
chr1	248458875	rs11339452	CT	C	1096.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.180;NF=2;NR=21;PP=764;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TATTTCTCATCTCCATAATTT;SOR=0.827;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=68;TCF=3;TCR=65;TR=23;WE=248458883;WS=248458865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,39:0.30:128
chr1	248486895	rs4244184	G	T	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=21;PP=1601;SC=AAAAGAAGACGTTAGCAGACA;SOR=1.335;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=78;WE=248486903;WS=248486885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr1	248486913	rs4244185	A	G	4582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr1	248487016	rs4451579	C	T	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=402;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TGAGAGGATTCAGCATGGGAG;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=35;WE=248487024;WS=248487006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,55:0.34:162
chr1	248487638	rs7555310	A	G	7684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=131;PP=2965;SC=CATCTTGGGTACAGTGGTGCA;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=86;TCR=131;TR=217;WE=248487646;WS=248487628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr1	248487768	rs7555424	A	G	8012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=26.44;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr1	248512064	rs28372410	T	G	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=29;PP=1427;ReadPosRankSum=0.258;SC=GGTCCAAGCTTCATCATCCAC;SOR=0.839;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=147;TCF=93;TCR=54;TR=85;WE=248512072;WS=248512054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,138:0.63:220
chr1	248512094	rs28728105	C	T	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.273;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=41;PP=1850;ReadPosRankSum=-0.102;SC=ATTCAACCACCGTGATGGAAT;SOR=0.890;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=193;TCF=118;TCR=75;TR=114;WE=248512102;WS=248512084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,191:0.63:301
chr1	248512498	rs28448343	A	G	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,86:0.40:216
chr1	248512637	rs2039824	C	T	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=929;ReadPosRankSum=0.141;SC=AGCTCTCTTGCTCTGACACCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=67;WE=248512645;WS=248512627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,114:0.66:172
chr1	248512749	rs28377739	G	A	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=908;ReadPosRankSum=-0.867;SC=GACCGTGCTCGGGTTTCCAAG;SOR=0.919;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=53;WE=248512757;WS=248512739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,71:0.61:116
chr1	248512767	rs28545014	G	T	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=967;ReadPosRankSum=-1.867;SC=AAGAGGAGCAGACAGAACAAA;SOR=0.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=62;WE=248512775;WS=248512757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,85:0.66:129
chr1	248513023	rs28607995	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=326;ReadPosRankSum=-1.094;SC=TAAGAAACCCGAGAGGCTCAC;SOR=0.407;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=19;WE=248513031;WS=248513013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr1	248513088	rs28481429	G	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=1.892;SC=ATAATTGATTGTGGTTATTAG;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=248513096;WS=248513078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr1	248525638	rs34079073	CA	C	5634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=62;PP=2954;ReadPosRankSum=2.940;SC=CCTATTTACTCATCCTCCTCA;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=250;TCF=85;TCR=165;TR=92;WE=248525646;WS=248525628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,182:0.33:551
chr1	248550976	rs6587467	T	G	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=967;ReadPosRankSum=1.546;SC=TCACAATAAATGCTCAGGATT;SOR=0.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=244;TCF=140;TCR=104;TR=78;WE=248550984;WS=248550966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,126:0.33:387
chr1	248551146	rs72766981	C	G	4487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=75;PP=2272;ReadPosRankSum=0.596;SC=CCATTGTGCCCAAGATGCTGG;SOR=0.680;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=208;TCF=91;TCR=117;TR=131;WE=248551154;WS=248551136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,204:0.66:309
chr1	248569282	rs28667896	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=142;ReadPosRankSum=-1.584;SC=AGTAAATGCTAGATATCAGTC;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=12;WE=248569290;WS=248569272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr1	248569369	rs28599722	A	G	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=3.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.619;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,63:0.31:204
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chr1	248604452	rs78822516	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=4;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.855;NF=12;NR=4;PP=472;ReadPosRankSum=1.393;SC=TTCCAACTTTATCATATCTCT;SOR=1.262;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=16;WE=248604473;WS=248604442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
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chr1	248738183	rs1782199	G	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.685;NF=0;NR=11;PP=160;ReadPosRankSum=-1.766;SC=TAAATATTGAGTTAAACTGAC;SOR=0.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=11;WE=248738191;WS=248738173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
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chr1	248789504	rs1892442	T	C	8015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=71;PP=2737;SC=TGCTACTTTCTGAGCAGATGA;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=98;TCR=72;TR=168;WE=248789512;WS=248789494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr1	248790075	rs1892443	A	G	9926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=127;PP=2965;SC=GCCACGTAGCAGTCATAGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=255;TCF=127;TCR=128;TR=253;WE=248790083;WS=248790065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
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chr1	248801488	.	C	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.228;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=14.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.48;MQRankSum=-3.352;QD=24.58;ReadPosRankSum=-4.125;SOR=2.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr1	248801505	.	T	TCA	1917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.510;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.906;NF=20;NR=3;PP=2954;ReadPosRankSum=-5.044;SC=TCCTTCCTGATCAGTCACCAC;SOR=2.352;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=23;WE=248801574;WS=248801495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr1	248801511	.	A	G	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=15.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQRankSum=-1.949;QD=30.84;ReadPosRankSum=-4.491;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,52:0.72:72
chr1	248801514	.	AC	A	2547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.217;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.449;HP=6;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.933;NF=24;NR=3;PP=2501;ReadPosRankSum=-3.607;SC=ATCAGTCACCACCCCTGATGC;SOR=2.833;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=27;WE=248801574;WS=248801495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
chr1	248801528	.	G	A	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=5.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.50;MQRankSum=-1.693;QD=33.13;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,80:0.80:100
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chr1	248801550	rs374446105	C	T	4836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=4.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQRankSum=-0.267;QD=36.92;ReadPosRankSum=2.683;SOR=1.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,115:0.88:131
chr1	248801556	rs79649486	C	T	5268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQRankSum=1.504;QD=38.74;ReadPosRankSum=2.199;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,124:0.91:136
chr1	248801566	rs74154510	T	G	6766.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.53;MQRankSum=1.856;QD=42.03;ReadPosRankSum=3.282;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,150:0.93:161
chr1	248801592	rs78622116	C	T	7801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-4.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.978;HP=2;HapScore=1;MGOF=93;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=3.014;NF=79;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=2.987;SC=TCCCTGCTAGCCCTTCCTGAT;SOR=0.507;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=131;WE=248801619;WS=248801582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,173:0.98:177
chr1	248801602	.	T	TCA	7387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.845;ClippingRankSum=0.000;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=13.822;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.01;MQRankSum=3.019;QD=43.20;ReadPosRankSum=3.149;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,167:0.98:171
chr1	248801610	rs150878651	G	A	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=9.841;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.07;MQRankSum=2.635;QD=43.78;ReadPosRankSum=2.230;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,164:0.98:167
chr1	248801611	rs143981271	C	T	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-4.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=9.841;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.07;MQRankSum=2.635;QD=43.78;ReadPosRankSum=2.164;SOR=0.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,164:0.98:167
chr1	248801633	rs74901534	A	G	6464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=6.102;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.67;MQRankSum=2.527;QD=42.25;ReadPosRankSum=0.501;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,150:0.98:153
chr1	248801778	rs201643849	A	T	974.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=9.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.71;MQRankSum=-1.806;QD=25.66;ReadPosRankSum=1.770;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,34:0.89:38
chr1	248801897	rs79303917	G	A	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.58;MQRankSum=5.793;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.499;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,159:0.29:549
chr1	248801944	rs143010547	TCAGCACG	T	13033.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.54;MQRankSum=-10.299;QD=27.79;ReadPosRankSum=2.896;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,327:0.70:469
chr1	248802249	rs201931676	T	TAGA	562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.61;QD=80.39;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr1	248813135	rs4916153	G	A	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=8;PP=939;SC=GGTGGCATGTGGGTCACTTGT;SOR=2.935;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=45;WE=248813143;WS=248813125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr1	248813547	rs201161767	G	C	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.27;QD=29.81;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr1	248813901	rs144600224	A	T	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr1	248813972	rs147604785	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.26;MQRankSum=2.786;QD=2.62;ReadPosRankSum=-3.094;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr1	248814052	rs28533004	T	A	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=5.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.44;MQRankSum=-1.180;QD=16.42;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,164:0.74:221
chr1	248814080	rs1782242	A	C	7245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=163;PP=2965;SC=ATGGAGGTCAAAAAGACCAGG;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=114;TCR=163;TR=277;WE=248814088;WS=248814070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr1	248814126	rs28418327	G	A	8218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=176;PP=2965;SC=GGAAACGGGCGTTGCTGAACA;SOR=0.838;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=95;TCR=176;TR=271;WE=248814134;WS=248814116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr1	248814265	.	GAAC	G	236	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=26;MQ=42.97;NF=0;NR=6;PP=236;QD=47.9216124337;SC=ATGTAGTCATGAACAAACCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=248814275;WS=248814255;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,6:0.75:8
chr1	248845097	rs2000390	C	T	9787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=102;PP=2965;SC=GTGGATCACACTGGATCTGCA;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=113;TCR=102;TR=215;WE=248845105;WS=248845087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr1	248845411	rs11485825	G	A	5801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=74;PP=2792;SC=GATCCAAAACGGAGAGGTTCT;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=133;WE=248845419;WS=248845401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr1	248845458	rs4509608	C	T	5194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=62;PP=2434;SC=AGATGCTGATCGAGAGTGATG;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=130;WE=248845479;WS=248845448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr1	248845471	rs4575113	T	C	4811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=61;PP=2175;SC=GAGTGATGACTGCAATGATGA;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=127;WE=248845479;WS=248845448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr1	248845499	rs4462184	A	G	5163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=63;PP=2312;SC=CCCCACCAGCACTGCCAGATA;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=127;WE=248845507;WS=248845489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr1	249110906	rs4926508	G	C	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=59;PP=2542;SC=TTGGGTCCCAGCCCCTCTTGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=56;TCR=60;TR=115;WE=249110914;WS=249110896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	45895	rs4241318	A	G	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.79;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	224970	rs2290912	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr2	233416	rs300756	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=264;ReadPosRankSum=0.853;SC=AAAACAGGCCGGGGGAAGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=13;WE=233424;WS=233406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr2	234130	rs3748872	T	G	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=856;ReadPosRankSum=-1.393;SC=GTTAAACCTTTACTGTCTAAC;SOR=0.527;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=53;WE=234138;WS=234120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,91:0.46:200
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chr2	264895	rs4854300	G	C	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=15;PP=988;SC=GGGCAAGAGGGTGGCAGTGCG;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=264903;WS=264885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	269352	rs6755722	G	A	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=262;ReadPosRankSum=-0.101;SC=AAAAAAGTACGTAATATGCTT;SOR=0.770;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=23;WE=269360;WS=269342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr2	271998	rs112400131	CA	C	629.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,65:0.47:138
chr2	272840	rs12714401	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=1.643;SC=TTTATATTATGAATTAGAAGC;SOR=0.849;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=14;WE=272848;WS=272830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr2	272926	rs12714402	A	G	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=329;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TGGAATCTTCATTGGTCAGGT;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=36;WE=272934;WS=272916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,69:0.34:205
chr2	273070	rs12714403	A	G	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=55;PP=1761;ReadPosRankSum=0.328;SC=GGGGCTGTGAAGTCCTTCTTG;SOR=1.222;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=83;WE=273078;WS=273060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr2	283231	rs368562757	A	AT	1651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=41;PP=1216;ReadPosRankSum=0.930;SC=AATAAATCGCATTTTTTTGCA;SOR=0.651;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=0;TCR=49;TR=41;WE=283239;WS=283221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr2	287448	.	TAAAAA	T,TAA	982.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.774;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.78;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,24:0.24,0.73:33
chr2	675831	rs2293084	G	T	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=40;PP=1302;SC=CAGGAGGATGGAAACAGGATT;SOR=1.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=675839;WS=675821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	676177	rs2293083	C	G	5717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=90;PP=2771;SC=CTGCAATACACTGAACTCTCC;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=51;TCR=91;TR=140;WE=676185;WS=676167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	676457	rs2293082	G	C	10679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=160;NR=86;PP=2965;SC=GCTGCAGCCCGGCACAGCCCT;SOR=1.215;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=162;TCR=86;TR=246;WE=676465;WS=676447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr2	676478	rs3215297	T	TGTAA	5639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=4.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.012;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,152:0.33:458
chr2	677213	rs3749138	G	A	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=7;PP=744;SC=GCCACAGGCCGGGTGCTCTGT;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=677221;WS=677203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	1079130	rs4971429	G	A	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=-1.147;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,53:0.33:162
chr2	1079130	.	GCG	ACA	2304	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=29;NR=6;PP=2304;QD=67.3562249961;SC=TGAGCAGGAGGCGTGCGTCAC;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=119;TCF=88;TCR=31;TR=35;WE=1079151;WS=1079120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:84,35:0.29:119
chr2	1079132	rs4971430	G	A	1879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=4.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,56:0.32:174
chr2	1079143	rs4971431	A	G	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.591;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=2323;ReadPosRankSum=-1.779;SC=TGCGTCACCTATCCCCACCCC;SOR=0.911;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=137;TCF=96;TCR=41;TR=45;WE=1079151;WS=1079120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,73:0.35:211
chr2	1079320	rs4971432	C	T	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=805;ReadPosRankSum=1.888;SC=TCTGTGTGGGCGGAAGCCACC;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=158;TCF=56;TCR=102;TR=62;WE=1079328;WS=1079310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,91:0.41:223
chr2	1093965	rs11127460	G	A	3058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CTCTATTCCTGCTTTTTATTT;SOR=0.480;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=92;WE=1093973;WS=1093955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,142:0.70:202
chr2	1133188	rs5828807	G	GCACA	838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=1;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=483;ReadPosRankSum=0.302;SC=GTGGACACATGCACACACACA;SOR=0.327;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=15;WE=1133196;WS=1133178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr2	1168756	rs4597564	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,46:0.40:115
chr2	1168982	rs7560649	T	A	79.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-1.282;SC=GATAATTGTGTTAGTTTCAGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=1168990;WS=1168972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	1241592	rs146197111	C	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=592;SC=GCATCAGCCTCGAAACTCACG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=1241600;WS=1241582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	1320143	rs4927635	C	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,72:0.31:233
chr2	1320300	rs35466197	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.284;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	1320304	rs74994128	CG	AC	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr2	1437410	rs4927578	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.237;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=335;ReadPosRankSum=0.957;SC=CACTGAGGAGCGGCAACTCCC;SOR=1.817;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=25;WE=1437418;WS=1437400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr2	1442551	rs34191654	AT	A	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=2.238;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,43:0.32:136
chr2	1457364	rs2070881	A	G	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.694;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=29;PP=1000;ReadPosRankSum=-1.568;SC=CTCCGGAGAGACCCCACTTAT;SOR=0.472;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=214;TCF=139;TCR=75;TR=76;WE=1457372;WS=1457354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,121:0.39:308
chr2	1459806	rs4927610	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr2	1481155	rs2280132	G	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=426;ReadPosRankSum=0.919;SC=ACGCGCGCCTGCGGCCTGTGC;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=30;WE=1481163;WS=1481145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr2	1481231	rs2175977	G	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=-1.075;SC=GGCCGCGCCAGCGAGGTCCCC;SOR=0.683;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=25;WE=1481239;WS=1481221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,47:0.38:123
chr2	1491510	.	C	CA	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=1.254;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,23:0.29:78
chr2	1520676	rs1126799	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,24:0.19:124
chr2	1546327	rs1042589	C	G	6325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=77;PP=2207;ReadPosRankSum=0.416;SC=CAGGCAAATCCGAAATCAGCA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=248;TCF=122;TCR=126;TR=151;WE=1546335;WS=1546317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,307:0.64:483
chr2	1639122	rs2241457	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=118;ReadPosRankSum=0.459;SC=AGTGGTCACATGGGACTCTCG;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=13;WE=1639130;WS=1639112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr2	1642537	rs6729142	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	1642539	rs6742040	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	1642544	rs116214231	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	1642545	rs6742039	C	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	1642803	.	CGGGTCTCATTTCAAGGTTTCCTGGGTGTGCACCGCCCCTGATGCTCTGAGCT	C	181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=5.19;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	1647171	rs6730800	T	C	6012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=48;PP=2723;SC=CCCGGAGGTCTACCCTGGGGA;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=88;TCR=48;TR=136;WE=1647179;WS=1647161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	1648570	rs13015020	G	A	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,114:0.65:176
chr2	1652822	rs1863135	T	G	5110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=54;PP=2279;SC=TGGATGCGTCTATGTAGGAGG;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=64;TCR=54;TR=118;WE=1652830;WS=1652812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	1664654	rs17841813	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.379;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=355;ReadPosRankSum=1.226;SC=GCATCTTACCATTCACACTGA;SOR=1.119;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=26;WE=1664662;WS=1664644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr2	1667267	rs2241455	C	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-2.643;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr2	1667310	rs12475392	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,42:0.27:156
chr2	1696510	rs138859568	AAC	A	1383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.553;NF=2;NR=22;PP=855;ReadPosRankSum=1.177;SC=GAGGTGCAGGAACACACAGAG;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=6;TCR=80;TR=24;WE=1696519;WS=1696500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,46:0.30:155
chr2	1747993	rs62116430	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=515;ReadPosRankSum=0.921;SC=CGAAGCCCCGGACCCCGCGCC;SOR=0.512;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=29;WE=1748001;WS=1747983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr2	1813057	rs12988270	G	T	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=31;PP=702;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GCAAAAGGCTGTCTGAAAATG;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=42;WE=1813065;WS=1813047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,57:0.66:86
chr2	1926437	rs1529667	G	T	11661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=163;NR=133;PP=2965;SC=GCGTCCTTCCGGGGAAGTCCT;SOR=0.843;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=302;TCF=164;TCR=138;TR=296;WE=1926445;WS=1926427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr2	3193040	rs17682	G	A	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=477;ReadPosRankSum=-0.120;SC=AAAGAGCTGCGACTGTTTGAG;SOR=0.869;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=38;WE=3193048;WS=3193030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,60:0.32:187
chr2	3200948	rs1037467	C	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.649;SC=CCTTAAATGGCAAAAATGAAC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=3200956;WS=3200938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	3212247	rs7584823	G	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr2	3212303	.	C	T	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=350;ReadPosRankSum=-0.403;SC=AAAAGGACTACTTAAAAATAG;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=34;WE=3212311;WS=3212293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,49:0.28:173
chr2	3212712	rs28705690	T	C	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=45;PP=904;ReadPosRankSum=1.609;SC=TCCTTCAGAATGTTCAGATTC;SOR=0.689;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=63;WE=3212720;WS=3212702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,86:0.71:121
chr2	3217777	rs11127386	A	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr2	3217794	rs10865535	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CGACAGGCCCTGGTGTGTGAT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=6;WE=3217802;WS=3217784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
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chr2	3342009	rs3811617	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=2.484;SC=AATAGTCACATGCACATTTCG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=3342017;WS=3341999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	3356849	rs4854122	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=125;ReadPosRankSum=0.027;SC=TATAACTTTCATAACTAATAA;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=12;WE=3356857;WS=3356839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr2	3356953	rs2875394	A	T	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=43;PP=1912;SC=AAAAAGCATGATATGTTTAGG;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=108;WE=3356961;WS=3356943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr2	3358458	rs146001084	ATTATGAAGTTAGAT	A	3611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=35;PP=2974;SC=TTTAATAGAGATTATGAAGTT;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=3358479;WS=3358448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	3523324	rs10179340	A	G	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	3579760	rs1071625	T	C	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=319;ReadPosRankSum=1.425;SC=GCTAACACTTTGAGCAGCCAG;SOR=0.655;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=29;WE=3579768;WS=3579750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,45:0.32:142
chr2	3597974	rs10186193	T	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=263;ReadPosRankSum=-0.328;SC=AAGGATGGCCTGGCCCCCAGT;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=22;WE=3597982;WS=3597964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr2	3605468	rs12711976	A	G	6208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=65;PP=2351;SC=CACAGGGTTTATTAGGCCACC;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=126;WE=3605476;WS=3605458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr2	3605528	rs62106013	T	G	2952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.07;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,82:0.64:128
chr2	3605538	rs34613047	A	C	2656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.30;ReadPosRankSum=2.166;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,68:0.60:114
chr2	3624303	rs80103345	G	A	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=1.755;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,53:0.23:231
chr2	3627648	rs7576238	G	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=359;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CTCTGGAGTTGCCCAGAGGGC;SOR=1.373;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=26;WE=3627656;WS=3627638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,40:0.33:122
chr2	3627693	.	CT	C	1712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.180;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.947;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=1090;ReadPosRankSum=-1.347;SC=TTAAACTATTCTTTTAGCCGT;SOR=0.430;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=32;WE=3627701;WS=3627683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,70:0.70:100
chr2	3652616	rs3769507	G	C	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,76:0.59:128
chr2	3653576	rs7604806	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=0.579;SC=TGATAAATGTACCTGCTTTAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=9;WE=3653584;WS=3653566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr2	3653844	rs3739147	T	C	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=615;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GTCAGTAGCCTGCACTGGTGG;SOR=0.349;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=55;WE=3653860;WS=3653834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,87:0.67:130
chr2	3660752	rs3811531	T	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=2;PP=668;SC=GCGGCTGGGCTGCAGGCGGGG;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=27;WE=3660760;WS=3660742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	3660856	rs7567724	G	A	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=41;PP=1476;SC=CTGAGACGCTGTGCTGGCCAG;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=84;WE=3660864;WS=3660846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	3685046	rs3811528	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-1.175;SC=GGTCGGGTTATCCGTGCACGT;SOR=0.960;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=7;WE=3685054;WS=3685036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr2	3685074	rs3811527	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr2	3685163	rs34347618	T	C	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1226;ReadPosRankSum=-1.060;SC=GTGTGGGTCGTCATGGAAAAA;SOR=0.450;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=77;WE=3685171;WS=3685153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,129:0.61:213
chr2	3718723	rs146521098	C	T	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=836;ReadPosRankSum=-0.013;SC=GAAGACTGACCCGGTTTCTGG;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=56;WE=3718731;WS=3718713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,85:0.52:164
chr2	3725964	rs72769388	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=8.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=1.293;SOR=2.335;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
chr2	3726163	rs2043080	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.625;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=1.294;SC=CAACGGTTCGTTCATCGAAGT;SOR=1.191;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=16;WE=3726171;WS=3726153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,19:0.23:82
chr2	3749084	rs11689171	T	C	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=5.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=-1.277;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,55:0.27:204
chr2	3749151	rs66473381	GGAA	G	1626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=671;ReadPosRankSum=2.046;SC=TGACAACTCAGGAAGAAGAAG;SOR=0.657;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=18;WE=3749161;WS=3749141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,46:0.34:135
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chr2	3800383	rs357969	C	T	7213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=98;PP=2965;SC=ATCTTTTGGGCGACTCAAAGG;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=94;TCR=98;TR=192;WE=3800391;WS=3800373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr2	3800496	rs357968	C	T	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=88;PP=2642;SC=CAACAGTGAGCATGCTTCGTA;SOR=1.070;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=55;TCR=88;TR=143;WE=3800504;WS=3800486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	3815250	rs10180257	A	G	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=16;PP=1220;SC=TCTCTGAGGAACTTGTGTCTT;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=3815258;WS=3815240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	3815477	rs17017989	T	A	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=534;ReadPosRankSum=0.254;SC=GCAGGTGACGTGCAGTTTCAT;SOR=0.794;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=127;TCF=54;TCR=73;TR=41;WE=3815485;WS=3815467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,69:0.33:206
chr2	3826324	rs13005405	C	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=404;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TCTAGAAGGTCGCACTATTTC;SOR=0.657;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=32;WE=3826332;WS=3826314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
chr2	3826387	rs13021385	T	C	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=501;ReadPosRankSum=0.882;SC=TGATAAAATGTGGTGTATTTT;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=44;WE=3826395;WS=3826377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,71:0.28:257
chr2	3826597	rs13035992	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=330;ReadPosRankSum=0.165;SC=ACAAGCCAGCGCGGAATCGGA;SOR=0.800;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=29;WE=3826605;WS=3826587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,45:0.32:139
chr2	4135981	rs1024026	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=300;ReadPosRankSum=0.075;SC=CCTAGCATGTCAAGGCCAGAC;SOR=0.810;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=29;WE=4135989;WS=4135971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr2	4136145	rs1024027	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr2	5834249	rs3841075	G	GTGA	1043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.705;NF=1;NR=23;PP=1189;ReadPosRankSum=-0.202;SC=AGTTGTAGTGGTGATGATGAT;SOR=0.397;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=24;WE=5834257;WS=5834239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr2	6980931	rs12617815	G	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=0.566;SC=GCTAGAACTGGGCCAGGGAGG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=6980939;WS=6980921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	7001224	.	TACACACACACGC	T	862	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=19;MQ=60.45;NF=25;NR=21;PP=862;QD=19.1956521739;SC=CATGTACGTATACACACACAC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=46;WE=7001245;WS=7001214;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,46:0.87:53
chr2	7001233	rs3085147	ACG	A	5101.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=41.48;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	7001249	rs202012587	ACACACACACC	A	1944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=3.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.932;QD=20.91;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,73:0.78:93
chr2	7001259	.	C	A	2049	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=90;MMLQ=19;MQ=59.95;NF=75;NR=44;PP=2049;QD=17.5106824584;SC=ACACACACACCCACACACTTA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=119;WE=7001274;WS=7001245;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,119:0.96:124
chr2	7003879	rs2712039	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=234;SC=GGACTGGAGTGTTTTATTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=7003887;WS=7003869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	7005069	rs2595172	C	T	4950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=36;PP=2607;SC=AGAACCGGCTCTACAGACCAG;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=91;TCR=36;TR=127;WE=7005077;WS=7005059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	7005369	rs11678810	A	G	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=54;PP=1756;SC=GTGCCTCCTGACAGGCGCCCA;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=93;WE=7005377;WS=7005359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	7005992	rs4669108	C	T	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=25;NR=3;PP=735;SC=GGCAGGAGCCCTGGGGCTGGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=28;WE=7006000;WS=7005982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	7017903	rs10182815	A	G	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=26;PP=1719;SC=TGGCATACAGAGACTGCTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=81;WE=7017911;WS=7017893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	7019079	rs6704746	A	G	7262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=70;PP=2952;SC=GATGAATTTCACAAAGCAATC;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=160;WE=7019087;WS=7019069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr2	7027323	rs9917321	T	A	5143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=87;PP=2612;SC=CTTTTGCTGATTTCCTTCAAG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=42;TCR=87;TR=129;WE=7027331;WS=7027313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	7046272	.	T	TAC	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-0.502;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=1.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr2	7050426	rs6725201	G	C	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.868;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,112:0.50:226
chr2	7050483	.	A	ATGTG	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.068;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr2	7076975	.	A	AGTGTGTGTGTGT	663.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=312;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CACACACAGTAGTGTGTGTGT;SOR=0.478;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=10;WE=7076986;WS=7076965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr2	7130556	.	CACACACACACAG	C	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.906;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	7137067	rs364891	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=189;ReadPosRankSum=-0.420;SC=GATGACCACAACAAGGTACCG;SOR=1.379;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=13;WE=7137075;WS=7137057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr2	7154632	rs309325	T	C	10279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=130;NR=97;PP=2965;SC=GATTAGAAACTGCAATTAGCT;SOR=0.864;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=133;TCR=98;TR=227;WE=7154640;WS=7154622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr2	7164578	rs376219	A	G	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1189;ReadPosRankSum=-0.442;SC=AGCGAGACGAAGGCTGCGCGC;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=81;TCR=80;TR=84;WE=7164586;WS=7164568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,154:0.49:313
chr2	7164746	rs392709	C	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=394;ReadPosRankSum=0.819;SC=AGCTTGGTGCCTACTCCTGTG;SOR=0.688;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=26;WE=7164754;WS=7164736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,49:0.60:82
chr2	7164812	rs392409	C	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=0.386;SC=AACATTAACTCATGAGCGCCA;SOR=1.488;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=9;WE=7164820;WS=7164802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr2	7170388	.	CTGTGTGTG	C	1836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=3.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.676;QD=15.18;ReadPosRankSum=-1.582;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,69:0.57:121
chr2	7243449	rs10617957	AGTGTGT	A	4172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.315;NF=22;NR=36;PP=2290;ReadPosRankSum=0.761;SC=TGCATGAGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.643;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=58;WE=7243464;WS=7243439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,128:0.63:204
chr2	7249826	.	ATG	A	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr2	7403641	rs111726098	T	TAC	531.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=7.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.000;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr2	7409989	rs10548278	TTG	T	2761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.794;NF=3;NR=56;PP=2158;ReadPosRankSum=-0.049;SC=GAACCCAGGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.657;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=122;TCF=9;TCR=113;TR=59;WE=7410000;WS=7409977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,105:0.57:185
chr2	7421557	rs4668533	C	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=779;ReadPosRankSum=0.111;SC=TTGGCTCCAACTAGATGCACG;SOR=0.573;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=41;WE=7421578;WS=7421547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
chr2	7421569	rs368940217	CTG	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,13:0.14:90
chr2	7421778	rs4668534	A	T	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=893;ReadPosRankSum=-0.196;SC=TAGCTGCTGAAGCACGAAGCA;SOR=0.722;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=131;TCF=51;TCR=80;TR=62;WE=7421786;WS=7421768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,87:0.48:182
chr2	7421860	rs57998976	A	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=318;ReadPosRankSum=0.378;SC=TGGTGGCCAGATTTCCTGCCA;SOR=0.094;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=18;WE=7421868;WS=7421850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr2	7471480	.	T	TCTCA,TCACACACACA	2234.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.46;MQRankSum=0.360;QD=24.83;ReadPosRankSum=2.344;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,47,36:0.52,0.40:90
chr2	7471732	rs6732990	G	A	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=862;SC=TCTGGAATGAGCTGTTCACAT;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=7471740;WS=7471722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	8178735	rs1364054	A	G	5598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=50;PP=2051;SC=TGTGCTAATTATCTCTGTGAT;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=113;WE=8178743;WS=8178725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	8178798	rs62104935	C	T	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=779;ReadPosRankSum=0.550;SC=CAGATGATGACTAATGGGCCA;SOR=0.810;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=56;WE=8178806;WS=8178788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,91:0.50:183
chr2	8822912	rs3845751	A	C	3779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.20;ReadPosRankSum=2.834;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,147:0.98:150
chr2	8866844	rs13024421	C	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=268;ReadPosRankSum=1.417;SC=GTACTGAATACTGCAGGCAAC;SOR=1.230;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=15;WE=8866852;WS=8866834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr2	8870814	rs6431959	A	G	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=31;PP=1919;SC=TCTGTCATAAAGGTACAGTAA;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=94;WE=8870822;WS=8870801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	8871342	rs1044280	C	A	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=1501;ReadPosRankSum=0.615;SC=CCTTTTCAAGCTGGGAGTCAT;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=109;TCR=107;TR=108;WE=8871350;WS=8871332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,143:0.48:297
chr2	8887910	rs1978841	A	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=257;ReadPosRankSum=-1.765;SC=AAAACTATGTATAAAATCAGT;SOR=1.999;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=30;TCR=0;TR=14;WE=8887918;WS=8887900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr2	8898036	rs6750682	A	G	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=590;ReadPosRankSum=0.850;SC=CTTGTTGCCCAGGCTGGAGTG;SOR=0.836;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=31;WE=8898044;WS=8898026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr2	8910717	rs10929557	T	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=316;ReadPosRankSum=-1.490;SC=TATTATTTTGTATTGTCTGCT;SOR=0.299;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=17;WE=8910725;WS=8910709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr2	8910736	rs144280481	GT	G	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.033;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.585;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr2	8910987	rs12476359	A	T	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.393;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=65;PP=1951;ReadPosRankSum=1.246;SC=AAAAGCATTTAAAAATTAATA;SOR=1.218;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=94;WE=8910995;WS=8910977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr2	8911010	rs17630893	T	C	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=642;ReadPosRankSum=0.904;SC=TGTGTGATAGTATGTTAAGTA;SOR=0.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=36;WE=8911018;WS=8911000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr2	8916847	rs4669338	A	T	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=11;PP=668;SC=AAGCTTATTAACTATCATAGA;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=8916855;WS=8916837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	8943291	rs2356658	G	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=2;NR=29;PP=695;SC=AAAACAAAACGCAAGCCCAAG;SOR=3.145;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=8943299;WS=8943281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	8998624	rs10929559	A	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=312;SC=TGGCCCACGGAGACATGGCAT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=8998632;WS=8998619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	8998775	rs71657308	C	CA	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.046;QD=1.00;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,34:0.21:163
chr2	9008502	rs114860060	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=331;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TCCTAGGACATCACACCATAA;SOR=0.236;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=22;WE=9008510;WS=9008492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr2	9143763	rs374380125	G	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
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chr2	9463454	rs12475160	C	T	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=83;PP=2385;SC=AGCATCTCACCGGTACCAGCG;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=37;TCR=83;TR=120;WE=9463462;WS=9463444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr2	9484542	rs6724103	C	T	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=11;PP=1342;SC=AGGGAAATTTCTCCAATTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=59;WE=9484550;WS=9484532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	9484561	rs79044067	TAAAA	T	4818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=22;PP=1605;SC=TTGTTGTTGTTAAAAAAAAAA;SOR=1.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=57;WE=9484572;WS=9484551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	9491017	rs4669385	C	T	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=92;PP=2598;SC=GCTTTGACCTCATTTCACGTA;SOR=1.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=40;TCR=95;TR=132;WE=9491025;WS=9491007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	9515099	.	TA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.216;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	9516845	rs149051225	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=-0.494;SC=AGAAACAGGACGAATCTCCAA;SOR=0.120;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=9516853;WS=9516835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	9558905	.	CT	C	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=2.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,42:0.37:114
chr2	9728574	rs67724256	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-1.303;SC=TTTTCTCTGTATGGGTCTTTT;SOR=0.257;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=12;WE=9728582;WS=9728564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr2	9981672	rs112717131	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr2	9983591	rs35818430	A	AG	6301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.19;NF=17;NR=47;PP=2924;SC=TCCGGCCGGAAGCTTCTCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=64;WE=9983599;WS=9983581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	9983686	rs2303914	G	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,58:0.57:102
chr2	9983716	rs385513	A	C	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=35;PP=1127;SC=CTGGCGGGCCACGATCGCCGG;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=9983724;WS=9983706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	9985341	rs3214586	TC	T	5420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.920;NF=15;NR=48;PP=2205;ReadPosRankSum=0.102;SC=TGTCCTCTTCTCCCATAGGAA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=30;TCR=97;TR=63;WE=9985349;WS=9985331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,182:0.54:334
chr2	9986102	rs139410585	ACT	A	591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=382;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GCAGAGCAAGACTCTGTCTAA;SOR=0.307;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=10;WE=9986111;WS=9986092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr2	9991556	rs287991	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=220;SC=TGGGTTAATTGAAAAAAAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=9991564;WS=9991546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	10044951	rs2052948	A	G	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.131;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=12;PP=611;ReadPosRankSum=-0.002;SC=GTTTTGTTGCAAAAATTGCAA;SOR=1.052;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=116;TCF=84;TCR=32;TR=49;WE=10044959;WS=10044941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,62:0.41:153
chr2	10045014	rs400917	C	T	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=4.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,159:0.45:356
chr2	10045024	rs396190	G	A	13807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.43;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr2	10045147	rs448327	A	G	8883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=129;PP=2965;SC=TAAGTGTGTGACATATATTGT;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=80;TCR=130;TR=208;WE=10045155;WS=10045137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr2	10059097	rs2303921	A	C	10261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.59;ReadPosRankSum=1.314;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,399:1.00:401
chr2	10059844	rs16867245	C	T	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=39;PP=1010;ReadPosRankSum=-3.068;SC=ACTGATAGAACGTGTTTCCAT;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=93;TCR=87;TR=81;WE=10059852;WS=10059834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,127:0.42:299
chr2	10085270	rs138738492	CCTGT	C	1765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=1480;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TGGGTAGAACCCTGTCTACTT;SOR=0.887;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=32;WE=10085281;WS=10085260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,87:0.44:196
chr2	10091952	rs111645870	G	A	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=838;ReadPosRankSum=0.221;SC=CGGCAGCGGCGAGCGGGCGCG;SOR=0.539;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=58;WE=10091960;WS=10091942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,86:0.54:159
chr2	10092019	rs187290376	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.981;NF=8;NR=15;PP=370;ReadPosRankSum=2.330;SC=CCGCGGGGGGGCCGCGCTGAG;SOR=0.504;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=23;WE=10092027;WS=10092009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr2	10092933	rs141313862	CTTAG	C	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.144;NF=8;NR=0;PP=279;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CTCCCAGTTTCTTAGTTATTT;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=8;WE=10092944;WS=10092927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	10093003	rs73913928	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.106;NF=24;NR=13;PP=460;ReadPosRankSum=0.146;SC=ATTTTGTATGGAGTATCTTAA;SOR=0.544;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=37;WE=10093011;WS=10092993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr2	10094992	rs2303918	A	G	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=15;PP=1538;SC=AGCTTATGATACCTTGCAGTA;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=54;TCR=15;TR=69;WE=10095000;WS=10094982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	10095020	rs150405807	G	GT	1112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,72:0.49:146
chr2	10095185	rs16867251	T	C	5899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=98;PP=2791;SC=TCAATGGAGATGAAGACAGCG;SOR=0.953;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=66;TCR=100;TR=164;WE=10095193;WS=10095175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr2	10101128	rs77464454	A	G	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=19;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.518;SC=AAATTGTCAAAGAACTACATC;SOR=0.374;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=103;TCF=76;TCR=27;TR=66;WE=10101136;WS=10101118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,81:0.64:126
chr2	10101468	rs16867256	A	G	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=77;PP=2701;ReadPosRankSum=-1.020;SC=CGGAATCTCAATACTGACCAG;SOR=0.837;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=68;TCR=79;TR=144;WE=10101476;WS=10101458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,221:0.99:223
chr2	10102735	rs41264179	T	C	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=35;PP=810;ReadPosRankSum=0.450;SC=ACTTGATAAATCAAAGGTGGC;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=18;TCR=70;TR=44;WE=10102743;WS=10102725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr2	10104504	rs41264185	C	T	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=46;PP=1343;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CGCTTTTATTCCCAGAGGTGC;SOR=0.620;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=161;TCF=68;TCR=93;TR=82;WE=10104512;WS=10104494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,141:0.54:261
chr2	10105535	rs41264203	T	C	5955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=26.47;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr2	10105584	.	A	AT,ATT	1232.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,52,15:0.69,0.20:75
chr2	10105644	rs11884250	T	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=35;PP=950;SC=ACTATCCTCTTCCCTTTTTAT;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=10105652;WS=10105634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	10126123	rs1835424	A	T	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=11;PP=1122;SC=ACCCTTTTTTAAAAAATGAGA;SOR=2.265;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=52;WE=10126131;WS=10126113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	10126330	rs2303920	G	A	5595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=68;PP=2289;SC=TAACATTCAAGTTGATACCTA;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=117;WE=10126338;WS=10126320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	10126416	rs16867274	A	G	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=33;PP=878;SC=ACAAGGTAAGATCGGCAGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=10126424;WS=10126406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	10130973	rs12475243	T	G	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=66;PP=2143;SC=GGCTGGAGTTTGCACGCAGAA;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=103;WE=10130981;WS=10130963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	10133284	rs12618788	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-2.032;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr2	10133843	rs12472800	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=439;ReadPosRankSum=-0.758;SC=CTGGGTTCTCCGTGTGTCCTA;SOR=0.561;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=29;WE=10133851;WS=10133833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr2	10136592	rs16867277	T	C	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=34;PP=820;ReadPosRankSum=-0.421;SC=TAGGATTTCATTGAAACACTT;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=43;WE=10136600;WS=10136582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,55:0.56:99
chr2	10138983	.	T	C	21	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=21;QD=27.8856062736;SC=TATGTACACATATATATACGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=10138991;WS=10138973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	10139015	.	T	TATAC	298	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=28;MQ=57.15;NF=3;NR=1;PP=298;QD=79.0;SC=CACATATATATACATATATAT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=10139025;WS=10139005;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	10139017	.	C	T	111	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=58.7;NF=4;NR=1;PP=111;QD=29.1542425094;SC=CATATATATACATATATATAT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=10139025;WS=10139005;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	10140651	rs2163338	A	G	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=37;PP=1021;ReadPosRankSum=-1.866;SC=GAGAGCTAACAGGTCAATCTA;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=223;TCF=131;TCR=92;TR=88;WE=10140659;WS=10140641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,146:0.45:323
chr2	10183748	rs372827624	TGCC	T	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.63;MQRankSum=1.315;NF=3;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=2.303;SC=AGCTCCGGGTTGCCGCCGCCG;SOR=1.112;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=10183758;WS=10183738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	10183970	rs115226520	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=1.461;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr2	10188649	rs11687357	A	T	9416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=134;PP=2965;SC=GGAACTATGTATGCAGCTTCC;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=95;TCR=134;TR=228;WE=10188657;WS=10188639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr2	10223894	rs7569312	T	G	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=14;PP=697;ReadPosRankSum=0.330;SC=AGGCATCTACTGCAGATGAAG;SOR=0.819;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=138;TCF=100;TCR=38;TR=55;WE=10223902;WS=10223884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,67:0.41:165
chr2	10225241	rs6432058	C	T	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=22;PP=1364;SC=CTGAGTAAGACGATGTTTGTG;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=10225249;WS=10225231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	10226306	rs34098251	G	GC	2222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.494;NF=1;NR=25;PP=954;ReadPosRankSum=-2.068;SC=GAATAGACCAGCGAGCTCTGA;SOR=0.691;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=60;TCF=6;TCR=54;TR=26;WE=10226314;WS=10226296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,74:0.48:155
chr2	10262920	rs1130609	T	G	6795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=93;PP=2926;SC=TCGCTGCGCCTCCACTATGCT;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=63;TCR=93;TR=156;WE=10262928;WS=10262910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr2	10264057	rs6432065	T	C	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=926;ReadPosRankSum=-0.173;SC=TCGTCTTGTATGTTTTTCCAT;SOR=0.748;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=214;TCF=90;TCR=124;TR=87;WE=10264065;WS=10264047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,164:0.43:382
chr2	10281903	rs5829249	G	GC	3197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=18;PP=1964;SC=GGTGGCCATGGCCTGGGGCTG;SOR=1.191;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=46;WE=10281911;WS=10281898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	10282147	rs11896140	T	C	3742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=59;PP=1688;ReadPosRankSum=1.067;SC=GCTATGCCCCTTGCTCTTTCA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=236;TCF=109;TCR=127;TR=108;WE=10282155;WS=10282137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,179:0.51:354
chr2	10332539	rs13392520	A	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=4;PP=721;SC=ACCTCTCCCTACAGCAGCTCG;SOR=2.964;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=32;WE=10332547;WS=10332532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	10563236	rs55737425	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=6.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,67:0.45:150
chr2	10566792	rs2270306	C	G	2326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=2150;ReadPosRankSum=-1.022;SC=CCCATCCTCTCTGGAAGCATA;SOR=0.701;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=63;WE=10566812;WS=10566782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,116:0.47:247
chr2	10566804	rs2270307	A	G	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=2150;ReadPosRankSum=-0.266;SC=GGAAGCATAAAGAACAGTGAG;SOR=0.664;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=153;TCF=85;TCR=68;TR=68;WE=10566812;WS=10566782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,131:0.48:275
chr2	10585302	rs2302613	T	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AGAGATGGAATTGAAAGAAAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=10585310;WS=10585292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	10586780	rs28362380	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=9.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=1.405;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr2	10586790	rs7608353	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=9.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr2	10587169	rs7558559	T	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	10595534	rs6721235	T	C	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.297;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CTGGATTCTTTTCCTGTTTTT;SOR=0.735;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=155;TCF=80;TCR=75;TR=80;WE=10595542;WS=10595524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,116:0.53:220
chr2	10712278	rs3732114	C	T	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=419;ReadPosRankSum=0.550;SC=CTTGTCGATGCAGTTTCTCAG;SOR=0.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=37;WE=10712286;WS=10712268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,64:0.47:137
chr2	10729897	rs759403	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=406;ReadPosRankSum=-0.670;SC=GGAAAAAGTACGTAAAAATTT;SOR=0.518;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=28;WE=10729905;WS=10729887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr2	10740841	rs4668692	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=149;ReadPosRankSum=-0.048;SC=AGACTTCCCATCTTAAGCATA;SOR=0.610;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=13;WE=10740849;WS=10740831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr2	10741141	rs10181806	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=0.088;SC=GCTTAAAGGTAAACAGTTGTG;SOR=1.911;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=10741149;WS=10741131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	10743153	rs2287061	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=564;ReadPosRankSum=0.104;SC=GAAATGGCCACAGACTGCGCA;SOR=0.533;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=40;WE=10743161;WS=10743143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr2	10743191	rs2287062	G	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.779;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=762;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AATAACTGTAGTTTTCTGTTT;SOR=0.505;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=53;WE=10743199;WS=10743181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,80:0.49:163
chr2	10743319	rs2287063	T	C	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=706;ReadPosRankSum=-0.020;SC=CAGGTCCTTATGCAATCTTCA;SOR=0.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=70;TCR=96;TR=68;WE=10743327;WS=10743309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,124:0.47:264
chr2	10747246	rs6744854	C	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=151;ReadPosRankSum=-0.749;SC=TTCTCATGTTCAAAACTCAAA;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8;WE=10747254;WS=10747236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	10747271	rs6759740	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr2	10747298	rs71392244	A	AT	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.265;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,25:0.38:65
chr2	10762302	rs70953325	TA	T	9954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.345;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.248;NF=15;NR=134;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.867;SC=GGTAAACAGTTAACACAGGAA;SOR=0.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=15;TCR=136;TR=149;WE=10762312;WS=10762292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,382:0.99:385
chr2	10784491	rs3732111	A	G	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr2	10784528	rs3821196	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=-0.272;SC=AAAAGGTCAATGCATAGGAAA;SOR=0.511;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=18;WE=10784536;WS=10784518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr2	10799467	rs147521601	TGGG	T	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	10808776	rs55925118	C	CAA	4211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=33;PP=1936;SC=ATTACTAAAACTACTCACGCA;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=10808784;WS=10808766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	10813782	rs6748766	T	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	10824859	rs72777344	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.239;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=0.483;SC=ATAACATAGGAAGCAAAAAAT;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=10824867;WS=10824849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	10911891	rs1198850	T	C	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=22;PP=1029;SC=AGTGCCCGGGTGTGGGTGTGT;SOR=1.192;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=10911899;WS=10911881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	10912153	rs2171773	T	G	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=38;PP=1090;SC=TGGACGAGGATGCTCCCTGCC;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=10912161;WS=10912143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	10915090	rs58188788	T	A	6362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	10928694	rs11409434	G	GA	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=2.389;QD=3.76;ReadPosRankSum=-0.865;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr2	10994418	rs1198852	T	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=5;PP=1147;SC=TGAGCCACTGTGTCCGGCCTC;SOR=3.486;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=45;WE=10994426;WS=10994410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	10994937	rs1198851	C	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=15;PP=791;SC=GGTGGCCTCCCTTTCCATAAG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=10994945;WS=10994927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	11053020	rs3732104	A	G	10854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=160;PP=2965;SC=GCGTGGACGCAGCCGAGGGCC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=315;TCF=155;TCR=160;TR=314;WE=11053028;WS=11053010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr2	11053923	rs115526526	G	A	9075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=97;PP=2965;SC=CAGAGCCTGCGGGGAAGGAGG;SOR=0.771;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=114;TCR=98;TR=209;WE=11053931;WS=11053913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr2	11264830	rs7560331	G	A	4545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=57;PP=1758;ReadPosRankSum=-0.926;SC=CGTGGACCTGGCAACCTGCTC;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=279;TCF=157;TCR=122;TR=132;WE=11264838;WS=11264820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,233:0.46:503
chr2	11273407	.	GTC	G	2510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=4.658;NF=25;NR=47;PP=1265;ReadPosRankSum=-1.081;SC=TCAGGCACAGGTCTCTCTCTC;SOR=0.850;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=225;TCF=83;TCR=142;TR=72;WE=11273420;WS=11273397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,131:0.25:526
chr2	11280500	rs138426688	TAA	T	726.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr2	11295226	rs148805827	C	CG	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=28.98;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	11295867	rs7598570	G	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr2	11300732	rs2271622	C	T	6995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.132;SC=CCCCCTCACTCGGAGCCTCTC;SOR=0.725;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=421;TCF=211;TCR=210;TR=208;WE=11300740;WS=11300722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:359,352:0.50:711
chr2	11300869	rs6432182	T	C	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=2.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-1.029;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,183:0.52:354
chr2	11300927	rs59329825	TAAA	T	1191.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.101;QD=15.48;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr2	11304471	.	A	ATATT	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.56;MQRankSum=1.582;QD=3.26;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr2	11311895	rs190520586	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=335;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GGTGTTTCACCGTGCTAGCCA;SOR=0.339;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=21;WE=11311903;WS=11311887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr2	11312181	rs12987956	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=357;ReadPosRankSum=-0.182;SC=AGTAAGAACCGGACTCACATG;SOR=0.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=27;WE=11312189;WS=11312171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,31:0.37:83
chr2	11312224	rs3732103	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=-2.585;SC=CAAGTGTCTACGTAGTAGGGT;SOR=0.737;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=13;WE=11312232;WS=11312214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr2	11348364	rs141148984	C	CTAACT	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=-1.825;SC=ATGAATAAACCTATTAATTCA;SOR=0.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=11348372;WS=11348354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	11348609	rs5829297	CAAAT	C	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=707;ReadPosRankSum=0.209;SC=CATAAATTTACAAATAAAAGA;SOR=0.557;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=18;WE=11348620;WS=11348599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr2	11356190	rs726843	G	A	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr2	11357100	rs57554471	G	A	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=39;ReadPosRankSum=1.672;SC=CACCCACCTCGGCCTCCCAAA;SOR=0.784;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=11357108;WS=11357090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr2	11359031	rs9808228	G	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	11359120	rs2230774	G	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.274;SC=TATGGAATCAGTTTCTCTACA;SOR=0.357;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=8;WE=11359128;WS=11359110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr2	11359300	rs17463952	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.649;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=0.204;SC=CAATATTTTTCCCTCAAGACA;SOR=1.184;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=13;WE=11359308;WS=11359290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr2	11680896	rs34137466	CAA	C	796.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=473;ReadPosRankSum=-3.053;SC=GGAGGACCGTCAAAGAGTTTA;SOR=0.683;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=13;WE=11680905;WS=11680886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr2	11725179	rs55893544	G	GA,GAA	2865.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.36;ReadPosRankSum=-1.333;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,102,38:0.69,0.26:148
chr2	11725241	rs12470971	G	A	10146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr2	11727507	rs13394619	G	A	15450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=222;PP=2965;SC=GCCCACTGCAGTATTTGTAAA;SOR=0.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=153;TCR=223;TR=374;WE=11727515;WS=11727497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,594:1.00:594
chr2	11731774	rs2358040	T	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=492;SC=TGGGAAGCAATCTGATGATAT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=11731782;WS=11731764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	11738091	rs1435547	T	C	10097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr2	11738765	rs1865575	C	T	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=6;PP=1175;SC=AAACCCAGTGCGCATGTTTGC;SOR=2.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=50;WE=11738773;WS=11738755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	11741193	rs11681838	C	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=37;PP=1047;SC=CATTTAGTAACAGCCTTGACC;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=11741201;WS=11741183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	11742458	rs72772088	A	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=8;PP=864;SC=GGTCATCCGCAGGCCTGGCAC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=11742466;WS=11742448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	11752635	rs2304399	T	C	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=18;PP=734;SC=GGCAGAAAATTGAGGATGTGG;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=41;WE=11752643;WS=11752625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	11755443	rs2252958	T	G	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=29;PP=771;SC=CTCAGCCTACTTGTCCCTGTC;SOR=2.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=11755451;WS=11755433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	11757009	rs6735957	A	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=32;PP=946;SC=GAGAGTAAATATTGTGGTCAA;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=11757031;WS=11756999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	11757023	rs892868	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=291;ReadPosRankSum=1.820;SC=TGGTCAACTTCGGATCGGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=15;WE=11757031;WS=11756999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr2	11810095	rs6432225	G	A	6204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=87;PP=2938;SC=CACCACGTGCGCGGACAGCGC;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=76;TCR=88;TR=163;WE=11810103;WS=11810085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	11817812	rs4669769	G	C	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.411;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1223;ReadPosRankSum=-2.430;SC=CCAGCTGGGAGACCTCGCAGG;SOR=0.983;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=75;WE=11817820;WS=11817802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,128:0.54:239
chr2	11818019	rs11694975	G	A	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-4.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.423;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=560;ReadPosRankSum=0.469;SC=GACCGGCCCCGCTTGCTCCTC;SOR=0.159;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=42;WE=11818027;WS=11818009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr2	11853774	rs12465629	T	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	11853913	rs4614906	G	A	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=618;ReadPosRankSum=1.800;SC=GGGTGGATTCGAAATGTATGG;SOR=0.563;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=44;WE=11853921;WS=11853903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,64:0.47:136
chr2	11853964	rs4640359	G	A	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=3.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,83:0.46:181
chr2	11853988	rs12465630	A	T	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=873;ReadPosRankSum=-1.746;SC=ACATTTTAAGATTAGAGAAAA;SOR=0.667;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=63;WE=11853996;WS=11853978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,97:0.55:175
chr2	11854099	rs4668739	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=327;ReadPosRankSum=2.229;SC=CCGCAGCACTTGCTGGATGCT;SOR=1.453;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=25;WE=11854107;WS=11854089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr2	11905636	rs3214670	GT	G	1752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=1.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.026;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,112:0.48:231
chr2	11907842	rs45509591	C	T	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=769;ReadPosRankSum=0.792;SC=GGTCTCCTGTCCTGGTGAAGG;SOR=0.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=47;WE=11907850;WS=11907832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,78:0.50:157
chr2	11924950	rs3795974	T	C	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,102:0.47:217
chr2	11932173	rs7561070	G	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.942;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=299;ReadPosRankSum=1.021;SC=CTTAGCAAGTGTTGGTTTTGT;SOR=0.520;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=23;WE=11932181;WS=11932163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr2	11936798	rs2577264	A	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.122;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=254;ReadPosRankSum=-0.316;SC=AAGAAAGAATAGGAAGGCACC;SOR=1.863;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=14;WE=11936806;WS=11936788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr2	11945108	.	GT	G	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.680;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr2	12858444	rs55813198	A	G	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=27;PP=1183;ReadPosRankSum=3.657;SC=ATGAACATACACAGGTCTACC;SOR=0.974;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=169;TCF=107;TCR=62;TR=83;WE=12858452;WS=12858434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,111:0.47:236
chr2	12864613	rs6432324	T	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.554;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=0.341;SC=AGTTCCTGAATGAGGCCCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=12864621;WS=12864607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	12877501	rs5829384	G	GA	12260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=87;PP=2974;SC=GTGAGAATGGGTAGAGGAAGC;SOR=1.190;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=83;TCR=88;TR=170;WE=12877509;WS=12877491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr2	12877609	rs7604252	C	T	4580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.439;NF=60;NR=76;PP=1920;ReadPosRankSum=0.746;SC=CGTCACATCTCGACAGCTAGT;SOR=0.666;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=274;TCF=118;TCR=156;TR=136;WE=12877617;WS=12877599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,231:0.49:472
chr2	12877695	rs7564991	A	C	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=43;PP=711;ReadPosRankSum=-1.506;SC=GTTTTTAATCAGCTCCATTCC;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=22;TCR=89;TR=54;WE=12877703;WS=12877685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,61:0.51:120
chr2	15307195	.	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,21:0.16:131
chr2	15319070	rs5829492	TA	T	812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr2	15378822	rs140225141	G	GAATT	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=1216;SC=TTAAAAAAAAGAATAGTGAGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=22;WE=15378830;WS=15378812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	15415525	rs3755127	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=595;ReadPosRankSum=-1.397;SC=AGAAAGGAAACAAAAATAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=56;TCR=12;TR=36;WE=15415533;WS=15415515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr2	15417280	rs3214432	ATT	A	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=880;ReadPosRankSum=-1.423;SC=TATTAAAGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=1;TCR=65;TR=23;WE=15417293;WS=15417270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
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chr2	15427173	rs4668892	C	T	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=31;PP=1056;ReadPosRankSum=1.603;SC=TGGAAACAAACGTACATATGA;SOR=0.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=100;TCR=66;TR=80;WE=15427181;WS=15427163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,122:0.48:254
chr2	15448311	rs1318102	A	T	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=26;PP=1202;ReadPosRankSum=-3.088;SC=ACTCTGCTCAATAATAAGCTG;SOR=0.780;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=166;TCF=108;TCR=58;TR=81;WE=15448319;WS=15448301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,133:0.49:274
chr2	15491994	rs10605991	GCACACACACA	G	4672.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.496;NF=33;NR=44;PP=2997;ReadPosRankSum=0.762;SC=TGGTCTGCATGCACACACACA;SOR=0.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=77;WE=15492019;WS=15491983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,139:0.53:260
chr2	15493881	rs2277915	A	G	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=638;ReadPosRankSum=0.565;SC=GAAGAAGAATATTCAATCTAA;SOR=0.542;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=48;WE=15493889;WS=15493871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,85:0.55:155
chr2	15519992	rs2058866	G	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=7.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.761;SOR=0.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr2	15523266	rs6756934	A	T	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=8;PP=521;SC=ATGGTCATCAATCTTGTATCC;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=15523274;WS=15523256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	15523307	rs3834149	TA	T	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=1.419;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr2	15523549	rs3755129	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=263;ReadPosRankSum=0.467;SC=CACCACTCTATATCCACATCA;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=15;WE=15523557;WS=15523539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	15533689	rs2380650	T	C	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=0.117;SC=AACTATTCACTTACCAAATGA;SOR=1.194;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=15;WE=15533697;WS=15533679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr2	15533734	rs139494535	G	GAAATGAAAGCGTATGTCTACAC	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=4.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.840;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr2	15533779	rs9710889	G	A	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.361;QD=9.96;ReadPosRankSum=-1.271;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,88:0.52:168
chr2	15533884	rs9710962	C	A	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=5.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.079;QD=16.74;ReadPosRankSum=1.221;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr2	15533895	rs13417550	A	G	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.52;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr2	15533899	rs11689153	A	G	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.60;ReadPosRankSum=-1.007;SOR=1.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr2	15555651	rs62120516	G	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.153;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=707;ReadPosRankSum=-1.838;SC=AGAATTTTAAGAAGTTAGTTT;SOR=0.341;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=38;WE=15555659;WS=15555641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr2	15564718	rs10929367	T	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=343;ReadPosRankSum=0.901;SC=ATGTATGTGGTTTGTGTATCT;SOR=1.131;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=20;WE=15564726;WS=15564708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr2	15567649	rs3796002	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=148;ReadPosRankSum=1.908;SC=TCCTTTGTAGTATTTAATTTT;SOR=0.425;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=8;WE=15567657;WS=15567639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	15601287	rs11411624	A	AT	2647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.281;NF=17;NR=24;PP=1074;ReadPosRankSum=0.768;SC=TTATCAATATAAAAAAGAAGG;SOR=0.499;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=41;WE=15601295;WS=15601277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,81:0.55:146
chr2	15601441	rs7590340	C	T	3098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=51;PP=1441;ReadPosRankSum=0.774;SC=ACAGAATTTCCAGGGCTTGTA;SOR=0.691;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=186;TCF=87;TCR=99;TR=99;WE=15601449;WS=15601431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,152:0.51:298
chr2	15601574	rs7590458	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=295;ReadPosRankSum=0.763;SC=TATGAAACACCTTGAAATGAC;SOR=1.082;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=19;WE=15601582;WS=15601564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr2	15607842	rs4668909	T	C	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,69:0.61:113
chr2	15608013	rs4668910	C	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.088;SC=TGACTGATTTCATTATTGATT;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=15608021;WS=15608003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	15614404	rs13014906	T	C	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=52;PP=1247;ReadPosRankSum=0.218;SC=CTTCTCCAGCTCTAGTCTCCA;SOR=0.763;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=166;TCF=59;TCR=107;TR=78;WE=15614412;WS=15614394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,109:0.47:233
chr2	15615910	rs1990754	A	G	4241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=61;PP=1626;ReadPosRankSum=0.373;SC=AAGTTTTCACAGATGAAACAG;SOR=0.744;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=270;TCF=141;TCR=129;TR=130;WE=15615918;WS=15615900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,219:0.54:406
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chr2	15644401	rs2287265	C	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=730;ReadPosRankSum=0.781;SC=TAAAATGTCCCTTTATAATGA;SOR=0.389;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=45;WE=15644409;WS=15644391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,56:0.57:99
chr2	15674686	rs13029846	T	C	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.893;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,108:0.45:239
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chr2	15678368	rs7595512	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr2	15678482	rs2380657	T	C	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=527;ReadPosRankSum=0.700;SC=CGTTTTTAGTTTCTCCACTCA;SOR=0.975;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=40;WE=15678490;WS=15678472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,58:0.47:123
chr2	15678501	rs66736557	GA	G	776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=293;ReadPosRankSum=2.876;SC=CATTATTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=0.852;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=24;WE=15678509;WS=15678491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,55:0.44:126
chr2	15679609	rs2058868	A	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TCTCTAATAAAGCTTCCCTCA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=15679617;WS=15679599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr2	15691886	rs7572131	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CATATATATGGAATATAGTGA;SOR=1.112;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=15691894;WS=15691876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	15694164	rs34789730	T	TA	3110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=1426;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CAGAAAAACATTGAATTTCAC;SOR=0.708;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=39;WE=15694172;WS=15694154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,92:0.49:188
chr2	15731998	rs10221770	A	G	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=169;ReadPosRankSum=0.921;SC=CGCCACTGCCACGCCGTGTCA;SOR=0.965;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=14;WE=15732006;WS=15731988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr2	15735419	rs2302928	G	A	302.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=149;ReadPosRankSum=0.480;SC=AGTTGGGTAAGTGAAAATCAG;SOR=0.136;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=9;WE=15735427;WS=15735409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr2	15737698	rs2302932	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=0.658;SC=AATCTTGTCAGTATCTGGGGG;SOR=1.981;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=15737706;WS=15737688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	15744484	rs35195784	CT	C	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.43;MQRankSum=1.041;NF=10;NR=1;PP=353;ReadPosRankSum=0.408;SC=GAAACACATACTTTTGATGCA;SOR=0.784;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=11;WE=15744492;WS=15744474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr2	15747393	rs10929378	C	T	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=1012;ReadPosRankSum=-1.109;SC=AAACTTTGAACAACATCAAGC;SOR=0.575;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=179;TCF=71;TCR=108;TR=75;WE=15747401;WS=15747383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,139:0.45:312
chr2	15768876	rs11900266	G	A	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=330;ReadPosRankSum=0.829;SC=AAGCTTGTATGCTTTAGGAAT;SOR=0.607;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=30;WE=15768884;WS=15768866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,49:0.42:118
chr2	15768981	rs62122280	C	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.364;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=0.989;SC=TTGTAGGGCTCTATTATATTC;SOR=1.085;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=14;WE=15768989;WS=15768971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr2	15840505	rs4668460	C	A	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=896;ReadPosRankSum=-1.355;SC=ATGTTTGGATCTATTGCAGCC;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=58;WE=15840513;WS=15840495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,81:0.45:180
chr2	15840522	rs4668461	G	T	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=1038;ReadPosRankSum=-1.426;SC=AGCCATACTGGGAACATCAGG;SOR=0.771;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=91;TCR=67;TR=73;WE=15840530;WS=15840512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,113:0.47:243
chr2	15840645	rs4668962	T	C	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1505;ReadPosRankSum=-0.391;SC=ACTGCCCCACTTCTGGACTTA;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=174;TCF=75;TCR=99;TR=94;WE=15840653;WS=15840635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,140:0.52:267
chr2	15841230	rs1421610	T	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=155;ReadPosRankSum=-0.972;SC=CTAAAGTGTTTATTGCTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=15841238;WS=15841220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	15841288	rs1421609	G	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=404;ReadPosRankSum=0.062;SC=CATTGATGTGGCTATCTGTGT;SOR=0.339;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=25;WE=15841296;WS=15841278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr2	16734295	rs114377299	A	G	3154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=55;PP=1423;ReadPosRankSum=1.862;SC=GGTAGAGGTTAGCGGCAAACA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=76;TCR=89;TR=102;WE=16734303;WS=16734285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,158:0.55:287
chr2	16743453	rs6751062	A	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=180;ReadPosRankSum=-0.223;SC=GGTGGCCCACAGAGGTCCTTC;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=16;WE=16743461;WS=16743443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr2	17696573	rs834514	C	T	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=593;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CATATTAGGACCTGCTATAGT;SOR=0.623;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=42;WE=17696581;WS=17696563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,62:0.41:151
chr2	17698678	rs665312	A	G	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=657;ReadPosRankSum=-0.909;SC=TATTTTGGCTACTGAGTGATG;SOR=0.757;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=38;WE=17698686;WS=17698668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,51:0.39:131
chr2	17773524	rs2680827	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=0.110;SC=TTTCAACCTTGTTTTTATTCC;SOR=0.622;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=23;WE=17773532;WS=17773514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr2	17836450	rs144020266	C	CT	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=545;ReadPosRankSum=-0.565;SC=ACCTACAATGCTTTTTTCCCC;SOR=0.872;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=20;WE=17836458;WS=17836440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr2	17836722	.	TCA	T	450	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.878;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr2	17888457	rs6734462	G	A	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=668;ReadPosRankSum=-2.389;SC=CAGTGGGAATGATACAGTAAA;SOR=1.002;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=40;WE=17888465;WS=17888447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr2	17890091	rs113290670	G	GTA	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=269;ReadPosRankSum=-1.630;SC=TGAAAATTGTGTATATATATA;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=8;WE=17890099;WS=17890081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr2	17898326	rs12469221	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,54:0.45:120
chr2	17902125	.	G	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=64;ReadPosRankSum=-1.917;SC=GAAACTGATGGTTTGGTGGGT;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=17902133;WS=17902115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	17902381	rs11897477	C	G	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=796;ReadPosRankSum=0.415;SC=CACATAGATACGTGAACAAGT;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=72;TCR=65;TR=61;WE=17902389;WS=17902371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,86:0.43:198
chr2	17913266	rs2052746	A	C	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=33;PP=927;ReadPosRankSum=0.728;SC=TGCAAATTAGATTTACATCAA;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=40;WE=17913274;WS=17913256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr2	17927275	rs12474069	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=-1.141;SC=ATATTAAACTCAACAAAATAA;SOR=0.223;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=17;WE=17927283;WS=17927265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr2	17941423	rs2555072	T	G	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=42;PP=1331;SC=ACAGTCTTGGTATCTTGATTT;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=17941431;WS=17941413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	17942775	rs1812152	T	A	9755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=111;PP=2965;SC=GAGGAATCAGTCTCGGTATGG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=106;TCR=111;TR=217;WE=17942783;WS=17942765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr2	17946243	rs16981869	A	G	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.239;SC=GCTTATCTCAATGCTGGTGGT;SOR=0.639;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=187;TCF=83;TCR=104;TR=86;WE=17946251;WS=17946233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,120:0.46:261
chr2	17948034	rs16983838	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=403;ReadPosRankSum=0.097;SC=ATATGAATATAATATGGCTAT;SOR=1.008;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=25;WE=17948042;WS=17948024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr2	17949939	rs72407975	TTAA	T	1120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.984;NF=5;NR=7;PP=386;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TTCCGTTCAATTAATATACTT;SOR=0.601;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=12;WE=17949949;WS=17949929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr2	17954027	rs300175	G	A	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=70;PP=2118;SC=AGGCAACTCAGTGAAGTAGAG;SOR=0.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=118;WE=17954035;WS=17954017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	17954140	rs300176	A	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=22;PP=566;SC=CTTTCCCCATATCTAGATTAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=25;WE=17954148;WS=17954130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	17954421	rs300177	C	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=6;PP=239;SC=TAATTCAACTCTATTAATTTT;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=15;WE=17954429;WS=17954411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	17954647	rs300178	T	G	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=136;SC=TGATTGGTCTTAGAGGAGGTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=17954655;WS=17954637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	17959405	.	GTA	G	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=84;ReadPosRankSum=0.528;SC=TTGTATATGTGTATATATATA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=17959429;WS=17959395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	17959420	rs10535305	TAC	T	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=76;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TATATATATATACACACACAC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=17959429;WS=17959395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	17962117	rs61762986	T	A	2956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=56;PP=1596;ReadPosRankSum=0.930;SC=AGTTCATGTCTTCTCTAAGAC;SOR=0.629;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=94;TCR=101;TR=110;WE=17962125;WS=17962107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,140:0.54:258
chr2	17962450	rs300168	A	G	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=950;ReadPosRankSum=0.188;SC=TTAGTCCTGAAGAGCATCTAC;SOR=0.971;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=152;TCF=71;TCR=81;TR=62;WE=17962458;WS=17962440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,90:0.41:221
chr2	17962518	rs300169	C	T	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=62;PP=2236;SC=CGAATATTTACAAAATTATCA;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=113;WE=17962526;WS=17962508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	17962993	rs149936944	CAAGTT	C	4448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.842;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.729;NF=6;NR=47;PP=2460;ReadPosRankSum=-0.479;SC=GTGGCCATAACAAGTTGAGTA;SOR=0.842;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=110;TCF=21;TCR=89;TR=53;WE=17963005;WS=17962983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,117:0.49:238
chr2	17963311	rs78136924	C	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-1.169;SC=TTAATGTTCTCTGTGTCATGA;SOR=0.120;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=17963319;WS=17963301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	17997752	rs115417570	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr2	18112473	rs4240213	G	A	10572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=121;PP=2965;SC=CCGATAAGGAGTACTACTTTG;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=250;TCF=129;TCR=121;TR=248;WE=18112481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,416:1.00:416
chr2	18113508	rs3747516	G	A	5864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=90;PP=2581;ReadPosRankSum=0.440;SC=AGTTTTCCAAGTACTACCAGA;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=337;TCF=158;TCR=179;TR=175;WE=18113516;WS=18113498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,290:0.52:559
chr2	18113623	rs4832524	A	G	3500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.351;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=72;PP=2063;ReadPosRankSum=-1.937;SC=GCGGATGCACACCTTCATTAC;SOR=0.568;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=231;TCF=99;TCR=132;TR=133;WE=18113631;WS=18113613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,173:0.52:332
chr2	18757501	rs3902946	G	C	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=365;ReadPosRankSum=2.648;SC=AGAATTTGTCGAGCCCATGCT;SOR=0.459;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=30;WE=18757509;WS=18757491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr2	18767384	rs11096544	G	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=0.255;SC=ACGGGCAGAAGGGAGTTCTCC;SOR=0.238;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=18767392;WS=18767378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	18768850	rs16985306	A	G	3743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=2.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,188:0.54:351
chr2	18770540	rs6720633	G	C	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=676;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TCCCTTTTCTGTACTCTTTCC;SOR=0.151;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=79;TCF=65;TCR=14;TR=41;WE=18770548;WS=18770530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr2	20130970	.	C	CT	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr2	20131079	rs1191778	T	C	7409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=82;PP=2965;SC=CTTCATCTGTTCATGGTATTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=90;TCR=83;TR=171;WE=20131087;WS=20131069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr2	20131184	rs1191779	C	A	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=80;PP=2335;SC=AAACATTTTTCAAAATTGAGG;SOR=1.288;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=42;TCR=81;TR=122;WE=20131192;WS=20131174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	20174175	.	G	GA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,20:0.21:97
chr2	20233135	rs1191824	T	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=664;SC=TAAATAGGGTTATACAAAACC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=20233143;WS=20233125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	20302490	.	G	GAGAAGAAGAAGA	1306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.971;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.03;MQRankSum=6.179;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr2	20320489	rs376838936	AAAGG	A	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr2	20401858	rs11350492	TA	T	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=1.466;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.584;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr2	20403794	rs10205485	A	T	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	20405050	rs6531225	A	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=3;PP=659;SC=ACCACTGCCCACAGGCATGAC;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=20405058;WS=20405040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	20423154	rs4666375	A	G	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=57;PP=1892;SC=AGCAGTGGAGAACCCGAGTGC;SOR=2.405;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=89;WE=20423170;WS=20423144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	20454511	.	CA	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.838;QD=1.29;ReadPosRankSum=-2.061;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr2	20699667	rs342089	C	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=13;PP=876;SC=CAGCAGTCACCCCACATCTAG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=20699675;WS=20699657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	20700900	rs342088	A	G	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=26;PP=1059;SC=CTTCTTTGCTAGCCTTGGGCA;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=20700908;WS=20700890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	20818454	rs3732152	T	A	5790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=68;PP=2965;SC=GGGGCTGGGCTTCTGGTTGGC;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=104;TCR=68;TR=171;WE=20818462;WS=20818444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr2	20818517	rs3732150	T	C	7919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=114;NR=106;PP=2965;SC=ATAAGACACATTGGGCTCTGG;SOR=1.017;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=116;TCR=106;TR=220;WE=20818525;WS=20818507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr2	20822218	rs4666444	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=249;SC=CACCACAGAGTGGGGGGCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=20822226;WS=20822208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	20823612	rs13030108	A	G	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=17;PP=897;SC=CTCTGTCCAGAACACTCTCAG;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=20823620;WS=20823602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	20823724	rs6531248	T	C	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=39;PP=1043;SC=CACAGGCGGCTGGCAGCAGGA;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=67;WE=20823732;WS=20823714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	20823850	rs6733419	T	C	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	20823858	rs2305459	C	T	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.73;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	20824498	rs2305458	C	T	5316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=54;PP=2293;SC=TTACGGTCCACGGATGACACG;SOR=0.928;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=76;TCR=54;TR=129;WE=20824506;WS=20824488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	20824691	rs17663045	C	T	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=43;PP=1248;SC=GAGGATTTCCCACAAGTGTCC;SOR=1.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=20824699;WS=20824681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	20841059	rs4666449	C	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=51;PP=1489;SC=GGTACGCCCGCCTGCTGCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=58;WE=20841067;WS=20841049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	20845273	rs2304423	G	A	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.795;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=816;ReadPosRankSum=0.963;SC=CGCCTGCCAGGGGAAAAGAAG;SOR=1.023;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=53;WE=20845281;WS=20845263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,72:0.46:157
chr2	20867122	.	G	GGGCGGCGGCGGC	96.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=-0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	20870579	rs13013489	G	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=239;ReadPosRankSum=-0.977;SC=CACTGCGGCGGCTGGGCTTCG;SOR=1.214;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=20;WE=20870587;WS=20870569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr2	20871190	rs4666457	A	C	5739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=113;PP=2926;SC=AGGTAGCGCGAGGGCCGGGGA;SOR=1.453;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=54;TCR=114;TR=167;WE=20871198;WS=20871180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr2	21225281	rs1042034	C	T	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=41;PP=1800;SC=GATATAATCACTGAAGATTGT;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=89;WE=21225289;WS=21225271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	21232195	rs693	G	A	12596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=172;NR=149;PP=2965;SC=TATCTTCTAGGGTCTCTCGGA;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=322;TCF=173;TCR=149;TR=321;WE=21232203;WS=21232185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr2	21232803	rs584542	TG	CA	10633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=106;PP=2947;SC=TGCTCAAGAATGTCATTTATT;SOR=1.227;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=180;TCF=69;TCR=111;TR=175;WE=21232812;WS=21232793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr2	21233098	.	CTCA	C	1296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=897;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TATGATAGTGCTCATCAAGAC;SOR=0.636;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=21;WE=21233108;WS=21233088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr2	21235475	rs568413	T	C	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=67;PP=2073;SC=AGACCCATCATATGATAGTGT;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=101;WE=21235483;WS=21235465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	21236482	rs488329	A	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=21;PP=643;SC=GACCTTCACAACAATATTGTA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=21236490;WS=21236472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	21255573	rs10701091	C	CCATCT	2077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=2190;SC=TCAAATCTAACTTCAAAACCC;SOR=3.958;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=34;WE=21255581;WS=21255563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	21263900	rs1367117	G	A	1429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=36;PP=803;ReadPosRankSum=0.536;SC=CTCTTTCAGGGTGCACTGGCT;SOR=0.986;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=56;WE=21263908;WS=21263890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr2	21266774	rs17240441	GGCAGCGCCA	G	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=1716;ReadPosRankSum=2.889;SC=CAGCAGCGCAGGCAGCGCCAG;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=13;WE=21266790;WS=21266741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr2	21363725	.	A	G	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,71:0.57:124
chr2	23746761	rs112036099	G	C	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,126:0.48:265
chr2	23860238	rs75133321	G	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=666;ReadPosRankSum=0.720;SC=AAGACTATTAGTGAGTGCGGC;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=45;WE=23860246;WS=23860228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr2	23862187	rs540290	C	G	3223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=63;PP=1633;ReadPosRankSum=-1.817;SC=CGACTGAGCCCAGGGCTTGGC;SOR=0.744;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=222;TCF=96;TCR=126;TR=113;WE=23862195;WS=23862177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,163:0.48:339
chr2	23865260	rs642931	T	C	14987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=184;NR=143;PP=2965;SC=CCACCCTGATTGCACACTCCT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=328;TCF=185;TCR=143;TR=327;WE=23865268;WS=23865250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr2	23865908	rs527176	G	C	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=13.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,96:0.55:175
chr2	23907211	.	T	TA	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.427;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.004;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,22:0.23:96
chr2	23919169	rs72796125	C	T	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=776;ReadPosRankSum=0.539;SC=CTCCTCACCCCGCCCGCTCTC;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=63;WE=23919177;WS=23919159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,89:0.54:165
chr2	23919375	rs3795942	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=496;ReadPosRankSum=-0.295;SC=ACGTGGACCACGTGGAGAGGT;SOR=0.481;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=34;WE=23919383;WS=23919365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr2	23925980	rs12466745	T	C	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.093;SC=AGATGGCAGTTTGCTGCCCTT;SOR=0.458;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=75;TCR=31;TR=57;WE=23925988;WS=23925970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,61:0.52:117
chr2	23926233	rs72796138	C	T	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=798;ReadPosRankSum=-2.014;SC=GGAGCTTCATCGAGTCCCCAA;SOR=0.876;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=127;TCF=48;TCR=79;TR=55;WE=23926241;WS=23926223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,108:0.46:237
chr2	23926659	rs3795948	T	C	3864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,205:0.43:482
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chr2	24021231	rs17509001	T	C	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=43;PP=1042;ReadPosRankSum=0.577;SC=ACAACTCAAATTGATTATTCT;SOR=0.926;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=60;WE=24021239;WS=24021221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,72:0.46:156
chr2	24042550	rs2879639	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=10;PP=509;SC=AAAAATATACCATAATTCTAA;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=24042558;WS=24042540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	24055058	rs10432637	G	C	20671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=220;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.055;SC=ACACCCCACTGTCTTTAGTTT;SOR=0.237;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=435;TCF=212;TCR=223;TR=432;WE=24055066;WS=24055048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,789:1.00:790
chr2	24087621	rs72788214	A	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.500;SC=AATTTACTCAAATAACATTTG;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=24087629;WS=24087611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	24087857	rs12623316	A	G	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.881;SOR=1.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr2	24103432	rs374010112	CA	C	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.765;QD=4.17;ReadPosRankSum=1.020;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr2	24108557	rs72790304	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=431;ReadPosRankSum=2.849;SC=CAATTAAAATGAAAAATATTT;SOR=0.858;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=30;WE=24108565;WS=24108547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr2	24108652	rs7579201	T	C	8002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=71;PP=2703;SC=TCGACGATTCTGTCGGATGTT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=161;WE=24108660;WS=24108642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr2	24110911	rs34093830	G	GA	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=-1.502;SOR=0.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr2	24111311	rs72790306	T	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=316;ReadPosRankSum=-0.118;SC=CATCAACATTTGCTTATATAA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=23;WE=24111319;WS=24111301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,30:0.39:77
chr2	24149439	rs61739076	G	A	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,76:0.61:125
chr2	24181159	rs12616678	G	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=-2.101;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr2	24194314	rs1533440	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TTTTCTTTTTCTTTCAGTGTT;SOR=0.430;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=13;WE=24194322;WS=24194304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr2	24238928	rs72781680	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=102;ReadPosRankSum=0.478;SC=CCCTCCGGTCCCGGTTCCCAG;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=7;WE=24238936;WS=24238918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr2	24239189	rs113601626	T	TCCTGGC	3011.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=3.304;NF=7;NR=37;PP=2760;ReadPosRankSum=1.083;SC=AGGCACCTGGTCCTGGCCCTG;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=15;TCR=77;TR=44;WE=24239207;WS=24239179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,138:0.53:258
chr2	24245659	rs17712391	C	T	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=709;ReadPosRankSum=1.263;SC=GCTGGCAGCACGGCCCTGGCG;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=47;WE=24245667;WS=24245649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,68:0.58:117
chr2	24245713	rs138903557	C	G	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.065;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=884;ReadPosRankSum=0.727;SC=GCTGAGCACCCCGCTGTGGGA;SOR=0.512;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=66;WE=24245721;WS=24245703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,115:0.54:214
chr2	24246175	rs12989842	C	T	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=72;PP=2025;SC=GTAAACCTGCCGTCCCAGGCC;SOR=1.209;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=39;TCR=74;TR=111;WE=24246183;WS=24246165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	24246679	rs925228	A	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=64;PP=1907;SC=TACCAAGCTCAGGGCATCCAT;SOR=1.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=85;WE=24246687;WS=24246669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	24255862	rs10179142	C	G	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=63;PP=2066;SC=CAGAAGTAATCGAGTTAACAT;SOR=1.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=92;WE=24255870;WS=24255852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	24255991	rs17763442	C	T	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=673;ReadPosRankSum=-0.398;SC=CTAAAAAATCCGAACAAAACA;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=44;WE=24255999;WS=24255981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,71:0.45:159
chr2	24262060	rs3731620	G	A	3205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=58;PP=1863;ReadPosRankSum=0.405;SC=AGTCTGAGACGTCAGCCATTT;SOR=0.586;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=196;TCF=103;TCR=93;TR=115;WE=24262068;WS=24262050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,151:0.53:283
chr2	24272657	rs111634163	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GGGCTGGGGCCGGAGCCGAGC;SOR=0.512;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=24272665;WS=24272647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr2	24276736	rs11125393	T	C	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,134:0.47:288
chr2	24277104	rs12469126	A	G	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=959;ReadPosRankSum=1.962;SC=TGTTGCAGGTATGGTGGAGCC;SOR=0.507;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=68;WE=24277112;WS=24277094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,111:0.56:197
chr2	24283853	rs13016301	A	T	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=595;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TGGGATCAGCACTCTGCCCTC;SOR=0.582;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=63;TCF=8;TCR=55;TR=31;WE=24283861;WS=24283843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr2	24300563	rs10209238	T	C	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1226;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GCAGCAGACGTTGGGGGCCCT;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=74;TCR=89;TR=77;WE=24300571;WS=24300553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,129:0.49:264
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chr2	24307260	.	A	ACAGGGCAGGG	2281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.650;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.980;NF=0;NR=34;PP=2722;ReadPosRankSum=-3.073;SC=GCAGGACAGGACAGGGCAGGG;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=80;TCF=4;TCR=76;TR=34;WE=24307268;WS=24307240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,74:0.49:152
chr2	24338428	rs1056123	T	G	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=484;ReadPosRankSum=-0.448;SC=AATAATAAAATTGTCTTTCAT;SOR=0.467;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=28;WE=24338436;WS=24338418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr2	24342505	rs1056122	T	C	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=741;ReadPosRankSum=-2.849;SC=TGTAAGTTGCTACCAGAAGAT;SOR=0.792;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=52;WE=24342513;WS=24342495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,121:0.51:238
chr2	24342532	rs1134516	G	A	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=1017;ReadPosRankSum=1.077;SC=GGGTCTTCACGACAACCACAC;SOR=0.826;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=66;WE=24342540;WS=24342522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,144:0.51:284
chr2	24343867	rs67397664	ACTTT	A	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=435;ReadPosRankSum=1.974;SC=TCTTGATAGGACTTTCTTTCA;SOR=2.179;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=11;WE=24343878;WS=24343857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr2	24345562	rs7592020	C	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=-0.067;SC=GGTGGTCCATCATTCAGGGCC;SOR=0.602;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=10;WE=24345570;WS=24345552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr2	24358001	rs12329297	G	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=215;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TTTAGCTAAAGAAGATACTGA;SOR=0.596;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=16;WE=24358009;WS=24357991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr2	24358160	rs12329043	A	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=0.210;SC=ATATGGAAAAAAGAATTAAAA;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=24358168;WS=24358150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	24369674	rs11693860	C	T	8789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=105;PP=2965;SC=ACAAGGATAACGAAAAAAGAA;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=88;TCR=105;TR=192;WE=24369682;WS=24369664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr2	24384424	rs4665667	T	C	4608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=85;NR=54;PP=2553;SC=ATTTGAAACCTTTGGCAAGAG;SOR=1.090;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=85;TCR=55;TR=139;WE=24384432;WS=24384414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	24386925	rs35664527	C	CA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=-0.175;SC=TATTTTCACACAAAAAAAGTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=5;WE=24386933;WS=24386915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	24387178	rs113322110	G	GC	3248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=43;PP=2062;SC=TTGAGCCTCAGCAGGAACGGG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=44;WE=24387186;WS=24387168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	24388096	rs4665668	G	A	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=9;PP=607;SC=AGCTGGCACCGATGTCTCCAG;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=24388104;WS=24388086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	24390517	rs2288072	G	A	2739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=3.342;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,146:0.48:306
chr2	24395269	rs918802	T	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=600;SC=AGCCTTTCCTTCGTTCAAGTA;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=24395277;WS=24395259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	24395294	rs918803	T	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=13;PP=812;SC=TAGAAATTTCTTAAGTTTTCT;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=24395302;WS=24395284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	24395506	rs889830	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=42;PP=1087;SC=CGGACTCAAGTGATCCTCCCA;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=24395514;WS=24395496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	24398281	rs2042467	T	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=17;PP=978;SC=CCCAAAGGCCTGGCTCTCAAC;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=24398289;WS=24398271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	24398446	rs2042468	A	T	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.176;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=575;ReadPosRankSum=1.800;SC=AATGGAGGTGAGATAACGTGG;SOR=0.946;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=44;WE=24398454;WS=24398436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,59:0.41:145
chr2	24402127	rs61193015	C	CAA	2392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=1494;SC=TAAAATGAAACGAGAATGTTG;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=24402135;WS=24402117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	24413298	rs2288073	A	G	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,95:0.48:199
chr2	24432211	rs2303293	C	T	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=57;PP=1571;SC=AGGGGTCTAGCGTCTAAGGTC;SOR=1.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=84;WE=24432219;WS=24432201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	24432620	rs2303294	A	G	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=15;PP=1519;SC=GTCTGCCAGGAAGGCCTTAAG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=68;WE=24432628;WS=24432610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	24432667	rs2303295	C	G	5342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=43;PP=2569;SC=TGATGCTACCCCCAGACGCGT;SOR=1.363;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=99;TCR=43;TR=142;WE=24432675;WS=24432657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	24440997	rs2551183	A	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=45;PP=1331;SC=AATAATGTCAACATAAACTGA;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=24441005;WS=24440987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr2	24484150	rs4665680	T	C	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=44;PP=1376;SC=TATAAGTATATTTATTTGTTT;SOR=2.381;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=57;WE=24484158;WS=24484140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr2	24521493	rs7559133	C	T	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=35;PP=1759;SC=CAGGTAGCTCCATCATCATTC;SOR=1.073;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=94;WE=24521501;WS=24521483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	24521766	rs6707600	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=19;PP=534;SC=CAATAAAAGTCAGGCAGAGTT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=24521774;WS=24521756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	24550867	.	CAA	C,CA	2839.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.827;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.054;QD=13.33;ReadPosRankSum=1.313;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:27,43,143:0.20,0.67:213
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chr2	24905927	rs11125744	G	C	5708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr2	24933689	rs7593430	A	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=354;SC=TTTCTTCATTATCTCAAAGTC;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=24933697;WS=24933679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	24952712	rs375818965	CT	C	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=-0.800;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,25:0.26:98
chr2	24952740	rs11439247	C	CT	2924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=40;PP=1716;SC=CGAAGTCTCACCTGTCACCAG;SOR=1.547;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=40;WE=24952748;WS=24952730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	24974945	rs11125763	T	G	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=31;PP=1200;SC=AGAGTTCTCTTCTCCAGCAAA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=64;WE=24974953;WS=24974935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr2	25022442	rs34475213	TA	T,TAA	119.74	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.4757,0.5240;FS=2.363;HP=13;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3,3;NR=2,2;PP=6,45;ReadPosRankSum=-0.287;SC=AAAGTTCTGGTAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5,5;WE=25022450;WS=25022432;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.71:14
chr2	25037042	rs1003064	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=0;PP=505;SC=GACCTGTACAGTCTCCACTTC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=25037050;WS=25037041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	25039804	rs2099505	G	A	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=430;SC=TTTATATACTGTACATTACTC;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=25039812;WS=25039794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	25040423	rs10178420	G	A	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.88;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=1.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr2	25046090	rs1127568	T	C	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=22;PP=1089;SC=AGTCAAAATCTGAGATGATTT;SOR=1.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=25046098;WS=25046080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	25046355	rs4665273	T	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=38.44;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	25046361	rs5829941	A	AT,ATT	1223.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.63;QD=50.99;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,14:0.42,0.58:24
chr2	25047408	rs7604576	A	G	7076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=88;PP=2965;SC=TTTTCTACCTACAGACACAGA;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=74;TCR=88;TR=162;WE=25047416;WS=25047398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr2	25048847	rs2289090	A	G	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=40;PP=2261;SC=CTTAGGTCCCAGGGCTGCTTC;SOR=1.491;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=87;TCR=40;TR=126;WE=25048855;WS=25048837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	25050977	rs7566416	T	C	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=71;PP=2269;SC=TGCCCTCCGTTTCCATCCCTG;SOR=1.248;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=37;TCR=71;TR=108;WE=25050985;WS=25050967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	25057298	rs2278486	C	G	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr2	25061270	rs145368937	GGGGTGGGGT	G	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.912;SOR=0.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr2	25064193	rs2241759	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=359;ReadPosRankSum=1.270;SC=CCCGGTAGTCGGGCAAGCCGC;SOR=0.489;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=26;WE=25064201;WS=25064183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,47:0.47:101
chr2	25194741	rs7593864	G	A	12370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=155;PP=2965;SC=GAGACCTGCCGGGCTCCTTCC;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=287;TCF=131;TCR=156;TR=286;WE=25194749;WS=25194731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr2	25314186	rs2918630	T	C	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=2.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,130:0.55:238
chr2	25344464	rs2276597	G	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.459;NF=15;NR=8;PP=349;ReadPosRankSum=0.619;SC=GACCATGGCAGGGGGTCTGGG;SOR=0.298;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=23;WE=25344472;WS=25344454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr2	25359422	rs3731631	G	A	2799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.686;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,155:0.48:326
chr2	25362194	rs6718083	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=-1.547;SC=ACCACTAATGGTGAGAAGTTA;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=16;WE=25362202;WS=25362184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr2	25368005	rs10188516	G	A	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=366;ReadPosRankSum=0.404;SC=CTGCATAGTGGGCTTAAGGCT;SOR=0.923;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=19;WE=25368013;WS=25367995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr2	25368030	rs10180231	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GGAAAGCAAGTTTCTCGAGTA;SOR=0.094;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=12;WE=25368038;WS=25368020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
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chr2	25458546	rs2304429	C	T	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=41;PP=1751;SC=ACAGCCACACCGCAGCCAGAT;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=96;WE=25458554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	25458853	rs79478703	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TTCGCAGGGCAGGAGCCTCCA;SOR=0.042;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=25458861;WS=25458843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr2	25463483	rs2289195	G	A	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=30;PP=1840;ReadPosRankSum=-1.512;SC=CAGCTGAGAAGGTGGAGGGGA;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=66;TCR=32;TR=94;WE=25463491;WS=25463473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr2	25466888	rs2289093	G	T	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=51;PP=1841;SC=TGCAGGCCCAGCGGTGTCCCA;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=88;WE=25466896;WS=25466878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	25469913	rs2276599	C	T	8139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=148;NR=81;PP=2965;SC=CCAGCAGGGACACTCACCTGC;SOR=1.204;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=231;TCF=150;TCR=81;TR=229;WE=25469921;WS=25469903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr2	25472784	rs11681447	C	T	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=35;PP=951;SC=GCTGCGAATGCAAACCCATCC;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=25472792;WS=25472774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	25551692	rs12995245	C	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=-0.162;SC=TGTGGGTCTGCAGGCTCACCT;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=25551700;WS=25551682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	25602142	rs2304426	G	A	9301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=178;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.948;SC=GGGAGGCAGAGGACTCTTTGT;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=179;TCR=81;TR=259;WE=25602150;WS=25602132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,342:1.00:343
chr2	25602310	rs2304427	C	T	4670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=100;PP=2226;ReadPosRankSum=-1.483;SC=TTGCTTCTCCCGTTACTCGTT;SOR=0.797;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=342;TCF=125;TCR=217;TR=150;WE=25602318;WS=25602300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,242:0.43:565
chr2	25610287	rs66917623	G	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr2	25650631	rs34648410	A	G	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.562;NF=12;NR=44;PP=880;ReadPosRankSum=-0.608;SC=TTAGCATCCAATACCTCATAA;SOR=0.570;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=25;TCR=96;TR=56;WE=25650639;WS=25650621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,57:0.46:125
chr2	25650668	rs3832082	C	CT	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.680;NF=1;NR=19;PP=641;ReadPosRankSum=-1.031;SC=GTTTTGCCTACTTCCTGGACT;SOR=0.859;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=20;WE=25650676;WS=25650658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr2	25655772	rs7583475	T	C	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=385;ReadPosRankSum=-2.468;SC=GCCGCAGCTCTGCCAGCAGCG;SOR=0.726;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=38;WE=25655780;WS=25655762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,56:0.43:130
chr2	25656880	rs1395949	C	G	4960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.19;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	25875401	rs137982132	T	TAA	1074.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.536;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,94:0.42:222
chr2	26082057	rs13422450	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=1.556;SC=TTGATTCTCCTAACCTAGCCT;SOR=0.474;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=11;WE=26082065;WS=26082047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr2	26152793	rs3731640	G	A	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=14;PP=1058;ReadPosRankSum=-1.212;SC=CCTCCCTCCCGTAGGCTCTTT;SOR=0.927;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=120;TCF=91;TCR=29;TR=64;WE=26152801;WS=26152783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,88:0.54:164
chr2	26161226	rs11388254	C	CA,CAA	1146.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=0.367;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,45,24:0.55,0.29:82
chr2	26203678	rs1465878	T	C	12304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=180;NR=142;PP=2965;SC=CTCGTTCACCTGGGGCTTGTT;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=180;TCR=142;TR=322;WE=26203686;WS=26203668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr2	26321526	rs11678157	T	C	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=23;PP=897;SC=TTTTCTGCATTGTAGGAATAG;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=26321534;WS=26321516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	26350136	rs2289022	G	T	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	26357748	rs2243834	G	T	4822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=41;PP=2464;SC=CTGTTGAATCGTGATTTTATC;SOR=1.334;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=85;TCR=44;TR=126;WE=26357756;WS=26357738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	26399214	rs4665830	G	A	15212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=184;PP=2965;SC=CCTTCCCAGGGGAGTACGCCG;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=348;TCF=163;TCR=185;TR=346;WE=26399222;WS=26399204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr2	26405985	rs10779956	A	G	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=47;PP=1399;SC=CTCCCTCACCAGGTGTGGTGT;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=26405993;WS=26405975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	26408064	rs4665833	T	C	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	26415088	.	T	TA	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.941;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr2	26415429	rs5001914	A	G	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=33;PP=942;SC=GCCGAGGCGGAGGATCATTTG;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=26415437;WS=26415419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	26416301	rs7582341	A	G	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=16;PP=1508;SC=CCTGACTCATAAAATCATTTT;SOR=1.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=66;WE=26416309;WS=26416291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	26417533	rs1865324	C	A	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=316;SC=ACATGAGCTCCCTGGCCCTGC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=26417541;WS=26417523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	26420708	rs13387855	T	G	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=64;PP=2020;SC=AGAGGCCACATCAAAGCTAAT;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=111;WE=26420716;WS=26420698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	26420809	rs2289019	G	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=23;PP=630;SC=CACCTAGGGGGTTTTGTGTCG;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=26420817;WS=26420799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	26454996	rs7593175	A	G	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=7;PP=667;SC=TAAAGAGGGCATATAGCTTCA;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=26455004;WS=26454986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	26477125	rs147970487	G	GACT	1614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=2;PP=1369;SC=ATTCCAGAATGACTATCTTGA;SOR=3.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=25;WE=26477133;WS=26477115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	26512957	rs1056471	G	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=31;PP=916;SC=CTATTAAATAGTTTGCACTTA;SOR=2.419;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=39;WE=26512965;WS=26512947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	26532443	rs72851588	T	C	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,94:0.53:179
chr2	26532491	rs2007556	G	T	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=46;PP=1506;SC=GCAGTTATTAGTATTGTCAAC;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=81;WE=26532499;WS=26532481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	26532730	.	GCT	G	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
chr2	26532735	rs3856397	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.59;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr2	26533023	rs3851967	C	T	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1208;ReadPosRankSum=-0.557;SC=CCCCGGCCTGCGGGCTGCAAG;SOR=0.744;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=198;TCF=100;TCR=98;TR=92;WE=26533031;WS=26533013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,163:0.50:326
chr2	26534322	rs74962505	G	A	7033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=0.939;SC=GTGGGGACATGAGGACGGAGA;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=442;TCF=192;TCR=250;TR=226;WE=26534330;WS=26534312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,336:0.52:650
chr2	26534801	rs7568529	G	A	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=35;PP=1382;SC=GCGAAGGGGTGGTCCTGTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=72;WE=26534821;WS=26534791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	26534813	rs111756480	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=377;ReadPosRankSum=1.099;SC=TCCTGTGGGCACAGGCTGCAT;SOR=0.704;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=29;WE=26534821;WS=26534791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,47:0.42:112
chr2	26534872	rs79413730	C	T	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=379;ReadPosRankSum=-0.848;SC=CCAGGGCTTCCGGGCTTGGGC;SOR=0.502;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=28;WE=26534880;WS=26534862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,52:0.46:113
chr2	26534967	rs78752370	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=383;ReadPosRankSum=2.202;SC=AGAAAGATGAACCCCGTCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=15;WE=26534989;WS=26534957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr2	26534981	rs112825174	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=383;ReadPosRankSum=2.688;SC=CGTCTGCTGGCGCCCACAGGA;SOR=0.813;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=9;WE=26534989;WS=26534957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	26536118	rs112243485	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=426;ReadPosRankSum=0.803;SC=CTCTGCTAGGGCTCCACTTCA;SOR=0.320;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=27;WE=26536126;WS=26536108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr2	26536299	rs11886746	C	G	9198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=85;PP=2965;SC=TGCTGTGGACCGGCCCCCAGA;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=121;TCR=85;TR=206;WE=26536307;WS=26536289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr2	26536694	rs2052937	C	T	2532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1160;ReadPosRankSum=1.044;SC=AGGTCACAAGCGTACGTGGTG;SOR=0.877;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=152;TCF=84;TCR=68;TR=81;WE=26536702;WS=26536684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,128:0.51:253
chr2	26536727	rs74987785	C	T	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CAGCGCTGAACAGCCAGCACA;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=168;TCF=88;TCR=80;TR=91;WE=26536735;WS=26536717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,173:0.57:305
chr2	26537499	rs10187359	A	C	8522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=103;PP=2965;SC=CACCTGCAGAAACGTGTGTGC;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=69;TCR=103;TR=171;WE=26537507;WS=26537489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr2	26537516	rs112471374	A	T	2742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=50;PP=1272;ReadPosRankSum=0.647;SC=GTGCGGCGCTATGTGGCTCCT;SOR=0.835;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=144;TCF=58;TCR=86;TR=81;WE=26537524;WS=26537506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,131:0.53:248
chr2	26539054	rs13422500	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=271;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GGACCAGCTGGCCAAACTACA;SOR=0.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=22;WE=26539062;WS=26539044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr2	26539806	rs75819301	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.696;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr2	26606347	rs13030294	T	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	26607992	rs934280	T	C	5955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=75;PP=2355;SC=TTGGAACAGCTTTTGCCAACA;SOR=1.025;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=41;TCR=75;TR=116;WE=26608000;WS=26607982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	26625042	rs13003230	C	A	5065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=110;PP=2965;SC=GGGCGGGATCCGCGCCGCAGG;SOR=1.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=43;TCR=111;TR=152;WE=26625050;WS=26625032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr2	26647277	rs7423300	T	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=29;PP=835;SC=TGCACTGTGCTGGACTCTTAG;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=26647285;WS=26647267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr2	26653457	rs4450561	G	A	11909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=103;PP=2965;SC=TTGGAGTATCGTCTTCATAAT;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=161;TCR=104;TR=262;WE=26653465;WS=26653447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr2	26663187	.	T	TTG	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=5.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-1.741;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr2	26667615	rs939820	T	C	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=29;PP=1194;SC=TGAGAAGTTTTGGGAGATTTG;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=69;WE=26667623;WS=26667605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	26671092	rs34461558	C	CA	647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.00;ReadPosRankSum=-1.786;SOR=0.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
chr2	26671544	rs4072407	A	G	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=43;PP=1652;SC=TCTCCTCCCCATGACCCAACT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=98;WE=26671552;WS=26671534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	26676322	rs1402962	A	G	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	26677810	rs2280516	A	G	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=21;PP=992;SC=CATGTGGGGCAGTTGGCTCTT;SOR=0.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=26677818;WS=26677800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	26703734	rs55676840	C	T	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.789;SC=ACGATCTCCACAGCCAGGCCC;SOR=0.678;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=180;TCF=114;TCR=66;TR=80;WE=26703742;WS=26703724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,133:0.45:293
chr2	26733500	rs939817	C	T	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=991;ReadPosRankSum=0.464;SC=ATCCCGCCCTCCACAGCCTGT;SOR=0.691;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=164;TCF=100;TCR=64;TR=69;WE=26733508;WS=26733490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,120:0.47:254
chr2	26733677	rs7582117	G	A	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.97;MQRankSum=0.979;NF=36;NR=50;PP=1165;ReadPosRankSum=0.357;SC=GTGGACCAGAGACACTGGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=69;TCR=102;TR=86;WE=26733685;WS=26733667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,114:0.49:235
chr2	26739247	rs7575020	T	A	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,73:0.45:161
chr2	26739423	rs11687696	T	C	3595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=61;PP=1299;ReadPosRankSum=-2.147;SC=AGGAGCCCACTGTGCCGTCAG;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=82;TCR=110;TR=106;WE=26739431;WS=26739413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,182:0.52:349
chr2	26741769	rs74613195	G	A	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.982;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=27;PP=1198;ReadPosRankSum=-1.072;SC=GCGACACCTCGCCATGCATGA;SOR=0.509;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=183;TCF=130;TCR=53;TR=85;WE=26741777;WS=26741759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,115:0.46:250
chr2	26750557	rs10865425	T	C	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=8;PP=985;SC=CAGCCCAAGATTTCTTCGGTC;SOR=2.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=26750565;WS=26750547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	26750645	rs1879760	G	A	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=36;PP=1034;ReadPosRankSum=0.264;SC=CCAAGGAGAAGAGCAGGCTCC;SOR=0.539;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=190;TCF=113;TCR=77;TR=81;WE=26750653;WS=26750635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,116:0.40:287
chr2	26795217	rs59491712	GT	G	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.252;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr2	26795235	rs13004284	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=495;ReadPosRankSum=0.861;SC=TTTTTTTTCTCTTGAATCATC;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=25;WE=26795243;WS=26795225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr2	26798893	rs13002673	A	T	13402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=167;NR=181;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.811;SC=CCTTCAGCCAAGGCGGCCATT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=728;TCF=350;TCR=378;TR=348;WE=26798901;WS=26798883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:699,683:0.49:1382
chr2	26799031	rs2272464	G	A	3984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=95;PP=2299;ReadPosRankSum=2.449;SC=CAGAGCTTACGAATTTCTACC;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=90;TCR=185;TR=141;WE=26799039;WS=26799021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,185:0.50:368
chr2	26801795	rs75930789	C	T	3197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=61;PP=1294;ReadPosRankSum=-1.837;SC=TTTCTTAGAACATTTGTTGTG;SOR=0.737;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=213;TCF=83;TCR=130;TR=102;WE=26801803;WS=26801785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,172:0.47:366
chr2	26802392	rs2272467	A	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=506;ReadPosRankSum=-1.208;SC=TTTAGCCATGACCATGCTACC;SOR=0.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=34;WE=26802400;WS=26802382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,52:0.52:100
chr2	26804122	rs744539	T	G	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=32;PP=2331;SC=TAGAGGTGAGTGTGGGCCCAG;SOR=1.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=79;TCR=32;TR=110;WE=26804130;WS=26804112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	26804143	rs744540	T	C	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=52;PP=2965;SC=TACAAAGTCATACTTCAAACC;SOR=1.204;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=99;TCR=52;TR=150;WE=26804151;WS=26804133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	26804218	rs935171	G	A	10850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=137;NR=110;PP=2965;SC=CATGTCAGGTGTTTGCCGCTA;SOR=0.838;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=250;TCF=139;TCR=111;TR=247;WE=26804226;WS=26804208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr2	26804247	rs935172	T	C	3684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.045;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,198:0.43:463
chr2	26951449	rs1663002	G	A	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=64;PP=1872;SC=GCCCCGAGGGGCCTGGAGCAC;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=97;WE=26951457;WS=26951439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	26997031	rs13007156	G	A	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=35;PP=1425;ReadPosRankSum=-1.779;SC=CCCAGGTCTGGGCCTCTTGAC;SOR=0.766;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=200;TCF=122;TCR=78;TR=95;WE=26997039;WS=26997021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,148:0.47:313
chr2	27157396	rs920437	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	27157400	rs920436	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr2	27246285	rs10865456	C	T	2969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1404;ReadPosRankSum=-0.107;SC=AACTAGAGCACGAATACATCC;SOR=0.738;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=224;TCF=125;TCR=99;TR=92;WE=27246293;WS=27246275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,154:0.41:373
chr2	27258251	rs2304714	T	G	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=820;ReadPosRankSum=-1.261;SC=CTGATTTCCATGGGTGATTTG;SOR=0.623;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=50;WE=27258259;WS=27258241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,62:0.65:95
chr2	27258761	rs2304713	C	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=484;ReadPosRankSum=-1.371;SC=GGCCTGGGCTCACCGCTGACA;SOR=0.717;Source=Platypus;TCR=30;TR=27;WE=27258769;WS=27258751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr2	27260469	rs1124649	G	A	3598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=57;PP=1478;ReadPosRankSum=0.722;SC=CCGACTGAAAGTGCTGGCATT;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=298;TCF=151;TCR=147;TR=118;WE=27260477;WS=27260459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,193:0.41:467
chr2	27261329	rs11690454	A	G	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=22;PP=1403;SC=CCACCTGACTAGGGGGTTGTG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=67;WE=27261337;WS=27261319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	27262763	rs146244277	GGGA	G	9769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.265;NF=5;NR=113;PP=2971;SC=CTGGGTGTCAGGGAGGAGGCG;SOR=1.265;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=130;TCF=7;TCR=123;TR=118;WE=27262773;WS=27262753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,226:1.00:227
chr2	27279013	rs2278593	A	G	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=1255;ReadPosRankSum=-1.058;SC=CCAGGTGGGAATCCTAAGAAT;SOR=0.540;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=157;TCF=63;TCR=94;TR=88;WE=27279021;WS=27279003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,131:0.53:246
chr2	27279416	rs2384570	A	G	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=58;PP=2532;SC=TCACATGGTCACATACTTGCT;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=85;TCR=58;TR=143;WE=27279424;WS=27279406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	27280092	rs6711384	T	A	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=591;ReadPosRankSum=-3.002;SC=TTGCCTCCTTTGACCACCTAA;SOR=0.660;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=35;WE=27280100;WS=27280082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr2	27280127	rs6721395	G	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=14;PP=1072;ReadPosRankSum=-2.212;SC=TTCTGTCCTGGTATCTGTTCA;SOR=0.838;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=110;TCF=80;TCR=30;TR=58;WE=27280135;WS=27280117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,94:0.52:180
chr2	27290525	rs11681145	A	G	4487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=75;PP=2152;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GTCTGTACCCACTGCCACTGA;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=137;TCR=143;TR=148;WE=27290533;WS=27290515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,227:0.50:450
chr2	27303755	rs2736976	A	G	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=84;PP=2438;SC=CCCCTGGCCCAGCCTGCCCGC;SOR=1.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=29;TCR=84;TR=113;WE=27303763;WS=27303745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	27315252	rs2304681	G	A	10394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=102;PP=2965;SC=CTCCTGCACCGTTCTCTCCCT;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=103;TCR=102;TR=205;WE=27315260;WS=27315242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr2	27319826	rs9677784	A	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=27;PP=774;SC=TTCAGGTGAGAAAACTAAGGC;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=27319834;WS=27319816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	27323385	rs1131375	C	T	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=41;PP=1788;SC=GAATTGGGGCCAACTCCAATA;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=92;WE=27323393;WS=27323375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	27323468	rs4665371	A	C	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=40;PP=1333;SC=GACCTGGATTAAAATCTGCCA;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=79;WE=27323476;WS=27323458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	27324340	.	G	A	951	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MMLQ=26;NF=24;NR=34;SC=CTCTGGGCCCGGGGGCATCTC;SbPval=0.23;Source=Platypus;TR=58;WS=27324330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:72,58:0.45:130
chr2	27324354	.	C	T	1684	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=56.53;NF=14;NR=24;PP=1684;QD=45.2308213828;SC=GCATCTCCTTCAGCCTCTGCC;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=38;WE=27324362;WS=27324330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:96,38:0.28:134
chr2	27351609	.	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=383;ReadPosRankSum=1.804;SC=TTATATGGAAGGGCTATATAA;SOR=2.093;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=20;WE=27351617;WS=27351599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr2	27351948	rs6715286	T	G	10147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=104;PP=2965;SC=GTAGCCAGGATACATACGTCT;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=123;TCR=106;TR=226;WE=27351956;WS=27351938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr2	27353507	rs2304678	G	C	13370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=140;NR=188;PP=2965;SC=GGCAGCACTGGTACATGAGCC;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=141;TCR=188;TR=328;WE=27353515;WS=27353497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr2	27353630	rs41288799	G	C	2008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=52;PP=1227;ReadPosRankSum=0.090;SC=ACCATTTGGGGTCTCAGTTCA;SOR=0.621;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=44;TCR=95;TR=77;WE=27353638;WS=27353620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,96:0.50:191
chr2	27354173	rs11126874	C	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=962;SC=ATCTTGTCAGCGGCAACCTCA;SOR=3.716;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=40;WE=27354181;WS=27354163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr2	27355454	rs4665948	A	C	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=9;PP=880;SC=TTCAGCCACCACCCAAAGTCT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=27355462;WS=27355444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	27355991	rs2289358	G	T	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=36;PP=1715;SC=ACACCTTCCAGACACGGACGT;SOR=1.052;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=94;WE=27355999;WS=27355981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	27356278	rs2289359	T	C	4198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=50;PP=2458;SC=CCATGGCAGGTGCCCATACAA;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=121;WE=27356286;WS=27356268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	27424496	rs1006898	G	A	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=24;PP=1257;SC=TCAAAGGAGGGCTTTGAGAAA;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=27424504;WS=27424486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	27424636	rs1395	G	A	3792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=40;PP=1676;ReadPosRankSum=-0.858;SC=TGGCATGCTGGAGCCCATGCT;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=156;TCR=88;TR=112;WE=27424644;WS=27424626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,190:0.46:413
chr2	27426362	rs2580761	G	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=499;ReadPosRankSum=0.638;SC=ACCTCAGAGCGGGCCTGGAAG;SOR=1.110;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=23;WE=27426370;WS=27426352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr2	27426514	rs1275521	G	C	10123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=99;PP=2965;SC=CCCTTGTCATGCACACAGATG;SOR=1.097;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=165;TCR=100;TR=264;WE=27426522;WS=27426504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr2	27428147	rs1298361	A	G	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=13;PP=2024;SC=TACTATAGCCAAGACCAGCCT;SOR=3.139;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=87;TCR=14;TR=99;WE=27428155;WS=27428137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	27428295	rs1275524	A	G	25343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=1001;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=279;NR=252;PP=2965;SC=CTGACCCCACAATGATAACTG;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=533;TCF=280;TCR=253;TR=531;WE=27428303;WS=27428285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,990:1.00:990
chr2	27428702	rs1275525	A	C	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.99;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	27428815	rs1275526	C	G	8323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=64;PP=2965;SC=CTCAGCTTATCTCTTCTTTTC;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=106;TCR=64;TR=169;WE=27428823;WS=27428805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr2	27428877	rs1275527	C	G	12431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=115;PP=2965;SC=CCCCACACCACGGCTTACTGC;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=128;TCR=115;TR=241;WE=27428885;WS=27428867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr2	27435250	rs1275533	A	G	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=43;PP=1877;SC=GCGCCTCACGACCCGGGTAGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=27435258;WS=27435240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	27435374	rs11608	G	A	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=414;ReadPosRankSum=0.345;SC=AAGCAGGGTCGCTGGCCAGCC;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=36;WE=27435382;WS=27435364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,66:0.58:113
chr2	27438710	rs11126918	G	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=353;ReadPosRankSum=0.446;SC=TTGCTTAAGCGCCTTTCATTC;SOR=0.951;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=24;WE=27438718;WS=27438700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr2	27440785	rs1275536	C	T	20406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=252;NR=209;PP=2965;SC=AGGCCCTCACCGATCCCTCCT;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=466;TCF=253;TCR=213;TR=461;WE=27440793;WS=27440775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,756:1.00:756
chr2	27445315	rs3214689	G	GT	2441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NR=25;ReadPosRankSum=0.201;SC=GAAGGTAGGAGTTGGTGCAGG;SOR=0.815;Source=Platypus;WE=27445323;WS=27445305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,98:0.47:207
chr2	27449293	rs7593448	C	G	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.887;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=702;ReadPosRankSum=0.117;SC=CCCTGGAGTACAAGCTGGAAT;SOR=1.156;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=44;WE=27449301;WS=27449283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,53:0.51:104
chr2	27460968	rs1141313	A	G	8899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.350;SC=TGGCTCACGCAGAGCAGCAAA;SOR=0.663;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=454;TCF=225;TCR=229;TR=242;WE=27460976;WS=27460958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:422,453:0.52:875
chr2	27462076	rs3739092	C	T	3576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=70;PP=1989;ReadPosRankSum=2.498;SC=TTCACCTGCCCCCGCAGGAGG;SOR=0.626;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=235;TCF=101;TCR=134;TR=127;WE=27462084;WS=27462066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,171:0.49:351
chr2	27462405	rs2014252	T	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=314;ReadPosRankSum=1.192;SC=TTTCTTCCCTTCCCAGCACAT;SOR=0.885;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=21;WE=27462413;WS=27462395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr2	27481460	rs58965570	C	T	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=463;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TTGTTGCTGTCCCTTATCCCT;SOR=0.569;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=23;WE=27481468;WS=27481451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr2	27486134	rs113407226	G	A	5521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,295:0.50:588
chr2	27497815	rs60631624	T	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=251;ReadPosRankSum=1.189;SC=TAATGAGACGTGCAAACTCAT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=12;WE=27497823;WS=27497809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	27505782	rs62130709	C	T	2157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.942;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=916;ReadPosRankSum=0.106;SC=GTGCCAGGGACGGGGCAGGGC;SOR=0.462;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=136;TCF=42;TCR=94;TR=66;WE=27505790;WS=27505772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,108:0.50:216
chr2	27522543	rs141577308	C	CCTAT	4700.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;MQRankSum=0.453;QD=38.85;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,114:0.94:121
chr2	27528692	rs4665963	T	C	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr2	27532870	rs62130714	A	G	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=3.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.651;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,140:0.49:285
chr2	27535311	rs5830041	T	TG	14250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=111;PP=2936;SC=CTTCTTCCCCTGGCTGTCAGC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=59;TCR=118;TR=167;WE=27535320;WS=27535301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr2	27549833	rs35568684	CA	C	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr2	27550967	rs1049817	A	G	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=904;ReadPosRankSum=-1.566;SC=TTCGAGCCTTAGGAGGGTTGG;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=66;WE=27550975;WS=27550957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,86:0.52:164
chr2	27556721	rs3739095	G	A	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GCTCAAATCAGTGCTTAATCC;SOR=0.538;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=65;WE=27556729;WS=27556711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,125:0.66:188
chr2	27558252	rs11684134	A	G	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	27566520	rs11689803	T	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=27;PP=584;ReadPosRankSum=-2.392;SC=TTCCCCATCTTTTCTCCCTCA;SOR=0.807;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=39;WE=27566528;WS=27566510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,45:0.42:106
chr2	27587922	rs35891906	CT	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=-1.236;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	27589810	rs2280737	T	C	5283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=79;PP=1827;ReadPosRankSum=0.791;SC=TGAGCTAGAGTGAATGAAGAG;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=298;TCF=141;TCR=157;TR=153;WE=27589818;WS=27589800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,268:0.52:516
chr2	27591804	rs80051818	T	C	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=717;ReadPosRankSum=1.612;SC=AGAGCTGTTTTACTATTGGGC;SOR=0.559;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=40;WE=27591812;WS=27591794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr2	27592423	rs7602534	C	T	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=46;PP=1346;ReadPosRankSum=-0.287;SC=CTGCCTGAGACACAGACATAG;SOR=0.758;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=208;TCF=107;TCR=101;TR=99;WE=27592431;WS=27592413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,188:0.47:398
chr2	27595756	rs1528533	G	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=252;ReadPosRankSum=0.345;SC=AGTAAATAGTGTACGAGGATG;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=15;WE=27595764;WS=27595746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr2	27597805	rs3215365	CTT	C	1005.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.001;NF=7;NR=10;PP=576;ReadPosRankSum=-1.824;SC=AGATCAAGGACTTACTGCAGA;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=17;WE=27597814;WS=27597795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr2	27598097	rs4665972	T	C	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=383;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GCTCTGCCTCTCAGATTCATG;SOR=0.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=23;WE=27598105;WS=27598087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr2	27599132	rs12475426	G	A	4745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.013;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=75;PP=2482;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GTCTTGAGAGGGAGGGGAAGT;SOR=0.561;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=272;TCF=144;TCR=128;TR=148;WE=27599140;WS=27599122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,223:0.52:433
chr2	27600239	rs13472	G	A	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=3.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=-3.001;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,188:0.52:359
chr2	27606098	rs2384629	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=297;ReadPosRankSum=0.442;SC=TATTTCACAGAAATATAAGAA;SOR=1.981;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=16;WE=27606106;WS=27606088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr2	27656822	rs3214499	G	GA	2483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=1461;ReadPosRankSum=-0.404;SC=AGTGATTTGTGACTCTGTTAT;SOR=0.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=37;WE=27656830;WS=27656812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,78:0.56:139
chr2	27659491	rs780102	T	C	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,77:0.64:121
chr2	27659824	rs116758259	T	G	3036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.03;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,139:0.60:233
chr2	27663215	rs1260341	T	A	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=651;ReadPosRankSum=-1.794;SC=CATGCCTTCTTTGACATTTAA;SOR=0.968;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=43;WE=27663223;WS=27663205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,74:0.62:119
chr2	27663416	rs1260342	G	T	4303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=56;PP=1725;ReadPosRankSum=-2.838;SC=GATTGGTCACGACCACTCTTG;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=127;TCR=114;TR=118;WE=27663424;WS=27663406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,209:0.52:399
chr2	27665361	rs780112	C	G	4075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=52;PP=1661;ReadPosRankSum=0.107;SC=ACCCTTGCCCCGTCCTACTGC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=109;TCR=84;TR=118;WE=27665369;WS=27665351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,207:0.53:390
chr2	27667297	rs4803	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr2	27667520	rs10635082	T	TTTTG	724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.99;ReadPosRankSum=-1.727;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr2	27669341	rs11333597	AT	A	1696.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.182;NF=2;NR=33;PP=1124;ReadPosRankSum=-0.105;SC=ACTGCTCTGGATTCTCAAGCT;SOR=0.764;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=69;TCF=2;TCR=67;TR=35;WE=27669349;WS=27669331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,58:0.42:137
chr2	27669365	rs11430923	G	GT	514.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr2	27670307	rs11126999	G	A	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.687;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,158:0.52:305
chr2	27672456	rs77876269	C	T	4488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=71;PP=2061;ReadPosRankSum=0.113;SC=AGAGCTCCATCTTCATGTTCC;SOR=0.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=268;TCF=130;TCR=138;TR=141;WE=27672464;WS=27672446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,220:0.53:416
chr2	27676287	rs56076827	A	T	2996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=1376;ReadPosRankSum=0.588;SC=CGCTGTTTCCAGAGTCTCGCA;SOR=0.647;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=77;WE=27676295;WS=27676277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,139:0.58:241
chr2	27677691	rs780104	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=0.637;SC=AAAGGAAGACGGGCAGGCAGC;SOR=0.092;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=18;WE=27677699;WS=27677681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
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chr2	27688601	rs1647276	C	T	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=980;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TGGTTATTGGCCAGCCTCTCA;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=151;TCF=92;TCR=59;TR=72;WE=27688609;WS=27688591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,93:0.46:203
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chr2	27708459	rs79587828	G	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=303;ReadPosRankSum=1.403;SC=GTGTAATACTGGTCAATTTTC;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=26;WE=27708467;WS=27708449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr2	27715207	rs8395	T	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.571;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=644;ReadPosRankSum=0.857;SC=GGGAGTGGCATTACCCTCTGG;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=39;WE=27715215;WS=27715197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr2	27715416	rs2303369	C	T	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=59;PP=1575;ReadPosRankSum=1.737;SC=TCCAGCCTCCCCCATCCCAGA;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=216;TCF=101;TCR=115;TR=109;WE=27715424;WS=27715406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,166:0.54:309
chr2	27716494	rs704795	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGAGGAAGCCGTTGGTGGACA;SOR=1.292;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=13;WE=27716502;WS=27716484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr2	27721971	rs813592	T	C	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.695;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chr2	27722416	rs1260320	G	A	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=924;ReadPosRankSum=-1.154;SC=GGTGCTAGAAGGCAGGAAGTT;SOR=0.849;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=49;TCR=81;TR=59;WE=27722424;WS=27722406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,74:0.43:172
chr2	27728777	rs2293572	C	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=582;ReadPosRankSum=-2.018;SC=ATTGGCAGGTCTAGATCCAAG;SOR=0.917;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=38;WE=27728785;WS=27728767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr2	27729480	rs2293571	G	A	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=40;PP=1469;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TGAGGATGTGGCCCGGATGGA;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=110;TCR=80;TR=94;WE=27729488;WS=27729470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,134:0.49:274
chr2	27730940	rs1260326	T	C	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.906;SC=CAGACCTTGCTGGTGAGAGTC;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=79;WE=27730948;WS=27730930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,137:0.58:235
chr2	27806793	rs145957642	G	GT	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=643;ReadPosRankSum=1.197;SC=TTTTTCTAAGGTTCTTTTGTG;SOR=0.308;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=18;WE=27806801;WS=27806783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr2	27858167	rs34666736	C	CT,CTTTT	1141.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.64;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,35,25:0.48,0.34:73
chr2	27861707	rs11692692	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=270;ReadPosRankSum=0.652;SC=TAAATTTTGCGTTTGTTGGCT;SOR=0.906;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=15;WE=27861715;WS=27861697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr2	27884878	rs1569152	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=0;PP=368;SC=TGCCTTCTAACTGGTATCCCT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=18;WE=27884886;WS=27884868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	27887034	rs9678851	C	A	9969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=94;PP=2965;SC=GTCGCGCCCCCCGACAGCGGT;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=130;TCR=95;TR=224;WE=27887042;WS=27887024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr2	27905388	.	ATTCTTT	A	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=26;MQ=63.6;NF=2;NR=3;PP=143;QD=34.0;SC=TGGTTCTTGGATTCTTTTTTT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=27905401;WS=27905378;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	27905391	rs113178497	C	T	148.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.90;QD=21.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	27995781	rs3736594	A	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=166;SC=GAAATACTTGAAGGAACCTTT;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=27995789;WS=27995771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	28084530	.	TG	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=1.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	28268467	rs6738887	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=148;SC=TCTTGCCTAACGTTAGGAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=28268475;WS=28268457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	28464369	rs376402633	CT	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=5.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,23:0.22:106
chr2	28464435	rs6737817	T	C	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=1007;SC=GATCTTGGCTTACTGCAACCT;SOR=3.109;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=28464443;WS=28464425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	28615812	rs72195155	GGA	G	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,13:0.12:105
chr2	28634790	rs12624279	G	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,63:0.45:140
chr2	28718897	rs4665423	A	G	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=37;PP=1778;SC=ACACAGAGGAACATAAAAGCA;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=96;WE=28718905;WS=28718887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	28748857	rs4666085	T	C	7964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=93;PP=2965;SC=GCCCCTCTCCTTCCCAACACA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=88;TCR=93;TR=180;WE=28748865;WS=28748847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr2	28748916	rs10181687	A	C	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=76;PP=2478;SC=CCACTTTATCACTGGAGCCCA;SOR=1.011;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=125;WE=28748924;WS=28748906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	28752498	rs6728486	T	C	5483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=43;PP=2479;SC=GGATAAAGCTTAGAGACTGAC;SOR=1.087;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=122;WE=28752506;WS=28752488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	28752555	rs4473343	T	C	8123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr2	28752727	rs6710800	C	G	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=64;PP=1906;SC=TGATGACCCTCGTACCATTTT;SOR=1.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=89;WE=28752749;WS=28752717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	28752741	rs6725577	A	G	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=53;PP=1454;SC=CCATTTTACCATGAACTCGGC;SOR=2.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=68;WE=28752749;WS=28752717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	28761257	rs7589169	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=30;PP=885;SC=AGGTGAGGCCACGGGCCTAGG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=28761265;WS=28761247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	28761282	rs7589254	A	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=23;PP=630;SC=CCCCAAGGGCAGTGGGGCCCA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=28761290;WS=28761272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	28761912	rs185219831	G	A	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1241;ReadPosRankSum=0.505;SC=CAGAAAGCCCGGCAGCCATGG;SOR=0.618;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=90;TCR=47;TR=80;WE=28761920;WS=28761902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,107:0.58:184
chr2	28763374	rs11127162	G	T	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=58;PP=1807;ReadPosRankSum=1.578;SC=AGGAGAACAGGAGTGATAGGG;SOR=0.353;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=92;WE=28763382;WS=28763364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr2	28771452	rs56019402	CTA	C	1713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.303;NF=8;NR=12;PP=952;ReadPosRankSum=1.530;SC=GAAGTCCCTTCTATATATATA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=20;WE=28771461;WS=28771442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr2	28771624	rs11680168	T	G	4719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=49;PP=2386;SC=TCTAATGCGTTCCCTGGTACT;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=119;WE=28771632;WS=28771614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	28771897	rs11680304	T	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=341;SC=ACCTGAGATGTGAATCCTGTT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=28771905;WS=28771887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	28785754	rs7560628	G	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=313;SC=CATTGACAAGGATGGGTTTTT;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=28785762;WS=28785744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	28788428	rs34237604	AG	A	694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.54;NF=0;NR=16;PP=630;SC=GCCTTGAGCCAGGAATCCAGG;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=28788436;WS=28788418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	28789643	rs10186460	T	C	16393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=166;NR=161;PP=2965;SC=TTCATTTTCTTTCTTGGACCC;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=171;TCR=167;TR=327;WE=28789651;WS=28789633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,644:1.00:644
chr2	28795893	rs13005799	G	A	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.05;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	28795899	rs13007288	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	28795962	rs13005854	G	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=12;PP=836;SC=TAGGGGCTGCGGAGTGGGGAC;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=28795970;WS=28795952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	28802355	rs12466173	G	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,52:0.61:85
chr2	28804835	rs5830085	GA	G	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.092;QD=5.43;ReadPosRankSum=-1.475;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr2	28805410	rs4666102	C	A	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=408;ReadPosRankSum=-1.913;SC=ACTAAGAATCCTCACTGCTAA;SOR=0.737;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=32;WE=28805418;WS=28805400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,48:0.41:117
chr2	28805465	rs79974360	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=221;ReadPosRankSum=0.493;SC=CCCAAGGGCCGAAGTGTGAAA;SOR=0.622;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=16;WE=28805473;WS=28805455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr2	28808539	rs13393932	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=0.863;SC=TAAAAGAAATGTATTGAGTCT;SOR=2.129;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=7;WE=28808547;WS=28808529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr2	28812285	rs12468715	T	C	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=622;ReadPosRankSum=-0.453;SC=CAGAGAGGACTGCCTGACATC;SOR=0.488;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=57;TCR=14;TR=37;WE=28812293;WS=28812275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr2	28812982	rs4666105	C	T	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=924;ReadPosRankSum=0.124;SC=TCCGGCTGCACTGGGCTTCTT;SOR=0.530;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=64;WE=28812990;WS=28812972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,97:0.59:165
chr2	28814460	rs113057936	T	A	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=658;ReadPosRankSum=-1.331;SC=TCCCTAGGAGTAGGACCCAGG;SOR=0.957;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=37;WE=28814468;WS=28814450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr2	28816425	rs10176136	T	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=604;SC=GGCTCCTGGTTCCATGTCTGC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=28816433;WS=28816415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	28816814	rs11462230	C	CTT,CTTT	2797.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.65;ReadPosRankSum=1.127;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:26,66,58:0.44,0.39:150
chr2	28816948	rs4665429	C	T	16064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=159;NR=184;PP=2965;SC=TGCATGTATACGTGTACACGT;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=345;TCF=160;TCR=185;TR=343;WE=28816956;WS=28816938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,625:1.00:625
chr2	28821662	rs7557359	C	T	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=566;ReadPosRankSum=0.107;SC=GCCTGCAGAGCAGGGAGTGGA;SOR=1.185;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=33;WE=28821670;WS=28821652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr2	28824303	rs1106882	C	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=351;ReadPosRankSum=1.490;SC=CTAGGATTATCCACCTACACC;SOR=2.124;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=22;WE=28824311;WS=28824293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr2	28824793	rs7601771	C	G	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=874;ReadPosRankSum=1.539;SC=CAACTTTGTTCACCATCTCCG;SOR=0.716;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=60;WE=28824801;WS=28824783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,110:0.47:235
chr2	28824940	rs67381370	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=0.340;SC=GAGACAGCCAGGGGCATGGAC;SOR=0.164;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=11;WE=28824948;WS=28824930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr2	28840691	rs1534478	C	T	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=796;ReadPosRankSum=1.600;SC=CAATTAAGGGCCTTGCCGAAT;SOR=0.926;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=120;TCF=39;TCR=81;TR=51;WE=28840699;WS=28840681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,71:0.44:161
chr2	28841021	rs1881256	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=0.055;SC=GATAGCCATGGAACCCATTCC;SOR=0.264;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=12;WE=28841029;WS=28841011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr2	28841049	rs1881255	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=334;ReadPosRankSum=-0.855;SC=GCCTTGGTTGGTCTGAATGAA;SOR=0.610;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=25;WE=28841057;WS=28841039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr2	28855918	rs34314459	A	AG	9264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=95;PP=2974;SC=TGAGCAGCCAAGGCCTGGTGG;SOR=0.829;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=117;TCF=20;TCR=97;TR=115;WE=28855926;WS=28855908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr2	28975107	rs2276547	G	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=-0.777;SC=CTGCGTCCCCGTCTGCCGCCG;SOR=1.136;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=15;WE=28975115;WS=28975097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr2	29001691	rs1128416	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=503;ReadPosRankSum=1.009;SC=TTCATGGACAATATACAGATT;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=25;WE=29001699;WS=29001681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr2	29041877	rs13009357	T	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=263;ReadPosRankSum=0.145;SC=AAACATTCTGTTTTTAAAAGA;SOR=0.602;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=21;WE=29041885;WS=29041867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr2	29045323	rs4436918	C	T	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=33;PP=998;SC=CTATTATATACATTACACCTT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=29045331;WS=29045313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	29052256	rs12998251	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	29052283	rs72449240	G	GT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	29063384	rs13006361	G	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=627;ReadPosRankSum=0.275;SC=GTTGTTTACTGAGCTCTAGTC;SOR=0.668;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=33;WE=29063392;WS=29063374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr2	29075178	.	CAA	C	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.527;QD=9.41;ReadPosRankSum=1.436;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr2	29087799	rs13030945	C	A	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.973;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=729;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GGTATTTTCCCAAATATCTTT;SOR=1.361;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=44;WE=29087807;WS=29087789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr2	29087814	rs55785599	C	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=673;ReadPosRankSum=-0.705;SC=ATCTTTATACCTTTCTGTTAT;SOR=0.715;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=101;TCF=69;TCR=32;TR=43;WE=29087822;WS=29087804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,61:0.48:127
chr2	29092679	rs4233729	T	C	5193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=73;PP=2423;ReadPosRankSum=0.575;SC=CTAAAATCAGTTCCCCAGCCT;SOR=0.581;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=286;TCF=135;TCR=151;TR=147;WE=29092687;WS=29092669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,245:0.54:456
chr2	29092850	rs4666122	G	T	5269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=92;PP=2782;ReadPosRankSum=1.942;SC=GCTCTCGAGGGGATGACTCTT;SOR=0.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=418;TCF=223;TCR=195;TR=196;WE=29092858;WS=29092840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,272:0.45:609
chr2	29129300	rs36066576	AT	A	1449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=3.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.384;QD=5.55;ReadPosRankSum=2.374;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,131:0.50:261
chr2	29129418	rs11688605	A	G	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.600;NF=36;NR=58;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.203;SC=ATATTGTGGAATGGAACGTAC;SOR=0.848;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=199;TCF=83;TCR=116;TR=94;WE=29129426;WS=29129408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,155:0.50:313
chr2	29135468	rs6715296	C	G	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=34;PP=1074;ReadPosRankSum=3.064;SC=AATGGAAAGGCGACAATAGCA;SOR=0.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=78;WE=29135476;WS=29135458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,123:0.40:305
chr2	29136435	rs35033327	A	G	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=631;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GCCTACATCCAGCATTTAGTC;SOR=0.405;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=48;WE=29136443;WS=29136425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,63:0.61:104
chr2	29136489	rs4666132	G	T	1722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=783;ReadPosRankSum=0.885;SC=TATATTTTTGGAGGAGGAAAA;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=144;TCF=88;TCR=56;TR=64;WE=29136497;WS=29136479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,94:0.40:233
chr2	29136623	rs4666133	T	C	1679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=658;ReadPosRankSum=0.503;SC=ACCCAAAGTATGCCTTTTAAA;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=59;WE=29136631;WS=29136613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,86:0.50:173
chr2	29136653	rs4666134	T	C	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=614;ReadPosRankSum=-2.644;SC=ATTAAGTGAATCTTTAATTCA;SOR=0.392;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=92;TCF=27;TCR=65;TR=45;WE=29136661;WS=29136643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,65:0.53:122
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chr2	29169612	rs3087649	T	C	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=971;ReadPosRankSum=-1.161;SC=GAGATTCTGATTTAGATCCTG;SOR=0.697;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=61;WE=29169620;WS=29169602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,98:0.48:206
chr2	29226498	rs12613325	G	A	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=50;PP=2762;ReadPosRankSum=0.355;SC=TTCCCAGCCCGTTACCTCCAG;SOR=0.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=75;TCR=102;TR=88;WE=29226520;WS=29226488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,141:0.52:273
chr2	29226512	rs12623297	A	G	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=2762;ReadPosRankSum=0.013;SC=CCTCCAGGCCAGGGAGTCCTC;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=63;TCR=95;TR=79;WE=29226520;WS=29226488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,123:0.52:237
chr2	29226559	rs12619829	C	T	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=622;ReadPosRankSum=-0.873;SC=GTAAGAGCTCCAAGTCAAACC;SOR=0.362;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=88;TCF=20;TCR=68;TR=40;WE=29226567;WS=29226549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr2	29240005	rs13409097	T	C	3394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=46;PP=1409;ReadPosRankSum=0.896;SC=AGAGTTTGCCTTGACCTTGTG;SOR=0.589;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=191;TCF=102;TCR=89;TR=93;WE=29240013;WS=29239995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,170:0.47:363
chr2	29245933	rs13420380	G	A	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=871;ReadPosRankSum=-0.773;SC=CTGCAACAGGGCCTGGCCTTG;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=62;WE=29245941;WS=29245923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,109:0.51:215
chr2	29246044	rs6721861	T	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=440;ReadPosRankSum=-2.128;SC=GTGTGCTTGGTGGTGACTGGG;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=38;WE=29246052;WS=29246034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,78:0.53:146
chr2	29247304	rs66715573	C	T	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=507;ReadPosRankSum=2.785;SC=GGGGAGAGGCCCTGGGATGTG;SOR=0.712;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=105;TCF=32;TCR=73;TR=32;WE=29247312;WS=29247294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,41:0.39:104
chr2	29268375	rs2276551	A	C	3549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=88;PP=2258;ReadPosRankSum=0.848;SC=TAGACCTGAAATAATCCCCCC;SOR=0.745;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=253;TCF=61;TCR=192;TR=113;WE=29268383;WS=29268365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,184:0.43:430
chr2	29274704	rs61749512	C	T	6622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=759;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=101;PP=2893;ReadPosRankSum=1.809;SC=TCCTGAACACCGCCACCAGGA;SOR=0.650;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=435;TCF=226;TCR=209;TR=207;WE=29274712;WS=29274694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:409,342:0.46:751
chr2	29274720	rs895591	A	G	6477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=713;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=103;PP=2940;ReadPosRankSum=-0.654;SC=CAGGAATGGCACCCTGCCTGG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=424;TCF=215;TCR=209;TR=207;WE=29274728;WS=29274710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,335:0.48:705
chr2	29293446	rs72861052	A	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=323;ReadPosRankSum=-1.158;SC=CAGTGACCCCAGGACACTCCT;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=28;WE=29293454;WS=29293436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr2	29355303	rs4666167	C	T	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=542;SC=TTTATACCCTCCTGATACCTC;SOR=3.334;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=29355311;WS=29355293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	29356567	rs17749904	G	C	2568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=41;PP=958;ReadPosRankSum=1.373;SC=TTATTGACCTGGGAGCAGACA;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=100;TCR=83;TR=90;WE=29356575;WS=29356557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,140:0.46:306
chr2	29366830	rs3213947	A	G	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=897;ReadPosRankSum=1.145;SC=AGTAACTGCAATCTCTGAAGC;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=64;WE=29366838;WS=29366820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,87:0.42:209
chr2	29366875	rs3217572	C	CACAG	1610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=1431;ReadPosRankSum=-1.687;SC=TGTTCAAGGACACAGTATGGT;SOR=0.715;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=26;WE=29366883;WS=29366865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
chr2	29375775	rs113615666	C	CT	912.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=39;PP=754;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GATTGCTTCACTTTTTTTTGT;SOR=0.710;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=88;TCF=1;TCR=87;TR=40;WE=29375783;WS=29375765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr2	29383374	rs2305450	G	A	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=49;PP=1307;SC=ATTCTTTAGAGTACAAAAGGT;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=68;WE=29383382;WS=29383364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	29386646	rs10200936	G	C	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=363;ReadPosRankSum=-0.241;SC=AGTAGCATAAGAGTTTTGGAT;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=26;WE=29386654;WS=29386636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr2	29390301	rs72790253	A	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
chr2	29404441	rs35300134	G	A	3341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.095;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1214;ReadPosRankSum=-1.580;SC=CGCACAGATCGAAAGCTGCTT;SOR=0.757;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=183;TCF=94;TCR=89;TR=86;WE=29404449;WS=29404431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,165:0.54:303
chr2	29416572	rs1670283	T	C	11693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=143;PP=2965;SC=CGAACAGAGATCTCTGCAGCT;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=135;TCR=146;TR=278;WE=29416580;WS=29416562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr2	29419591	rs1670284	G	T	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=36;PP=2212;SC=CTTTAAGACTGTTTCATATAG;SOR=1.398;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=81;TCR=37;TR=117;WE=29419599;WS=29419581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	29444095	rs1569156	C	T	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=30;PP=898;SC=CAACTGCTTCCAAGAGAGACT;SOR=1.079;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=29444103;WS=29444085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	29446202	rs4622670	G	A	6896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=63;PP=2965;SC=GCAGCAGGGCGCTCACCGAAT;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=104;TCR=64;TR=167;WE=29446210;WS=29446192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	29455267	rs2256740	A	G	8507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=125;NR=98;PP=2965;SC=AGGCCCTGCCACCACCTCCGG;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=126;TCR=99;TR=223;WE=29455275;WS=29455257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr2	29497967	rs35228363	G	A	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=5.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,77:0.53:144
chr2	29498210	rs4589708	A	G	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=23;PP=1509;SC=GGAGGGGACAATGAGGCCATG;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=62;WE=29498218;WS=29498200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	29519622	rs2272409	C	T	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=3;PP=590;SC=TGCGTGCACGCGCACATATCG;SOR=2.448;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=29519630;WS=29519612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	29525341	rs11127213	A	G	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.08;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	29525341	.	ATCAT	GTCAC,GTCAT	698	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=59.76;NF=23,55;NR=8,12;PP=442,698;QD=15.982834673;SC=CCGAGATTGCATCATTGCACT;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=31,67;WE=29525353;WS=29525331;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:69
chr2	29525345	rs11127214	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=5.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr2	29541104	rs2276549	C	T	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	29541299	rs144545604	C	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=4.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,65:0.52:125
chr2	29543663	rs2293564	T	C	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=25;PP=1230;SC=TGACCTGCCATTGAGGAGTGT;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=61;WE=29543671;WS=29543653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	29551161	rs62130643	G	A	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=26;PP=1251;ReadPosRankSum=1.408;SC=TGGGGACAACGGGGTTATGAG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=106;TCR=49;TR=84;WE=29551169;WS=29551151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,117:0.59:199
chr2	29755003	rs62131079	C	T	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=511;ReadPosRankSum=1.621;SC=ACAGGGAAAACGAATCTGCAG;SOR=0.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=35;WE=29755011;WS=29754993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr2	29917940	rs2256376	C	G	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=36;PP=1089;SC=CTTTTCAGCCCCCTCCACTCC;SOR=1.340;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=29917948;WS=29917930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	29940529	rs2246745	A	T	10102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=118;NR=120;PP=2965;SC=GAGAAGGAGAAGGCATGTTTG;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=118;TCR=121;TR=238;WE=29940537;WS=29940519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr2	30143499	rs4358080	G	C	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=30;PP=891;SC=GCAGCGGCAGGAGCCACAGGA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=30143507;WS=30143489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	30381505	rs1137288	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=258;ReadPosRankSum=-1.077;SC=TGCAGTACAGTGAAGTTCAAG;SOR=0.385;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=17;WE=30381513;WS=30381495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr2	30480196	rs6548005	C	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=490;ReadPosRankSum=0.340;SC=AGTCCCTGGCCTATGGCATGC;SOR=0.318;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=43;WE=30480204;WS=30480186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr2	30682360	rs829574	G	A	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=20;PP=1038;SC=TGATGAGCCCGGTGCACTGTT;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=30682368;WS=30682350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	30682470	rs55723517	A	T	5572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=59;PP=2181;SC=CAAATGGATGATGTGATATAT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=123;WE=30682478;WS=30682460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr2	30775299	rs12053428	G	A	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=647;SC=GTTTGTTAGAGTATTATGTAA;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=30775307;WS=30775289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	30791152	rs6749074	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	30828792	rs2248777	G	A	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=23;PP=1412;SC=TAAGGAGCGCGCAACCTAGAT;SOR=1.261;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=71;WE=30828800;WS=30828782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	30955528	rs2276567	C	A	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=23;PP=647;SC=AGGGCCCGGCCACCTCCCACC;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=30955536;WS=30955518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	30959262	rs509380	G	T	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	30959366	rs11889549	T	C	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=962;ReadPosRankSum=-1.397;SC=AATGTGCCCGTACCTGGTAGT;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=66;WE=30959374;WS=30959356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,103:0.49:210
chr2	30961400	rs35032002	AG	A	941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=575;ReadPosRankSum=-0.239;SC=GCCGTGTAAAAGCACTCAGAT;SOR=0.799;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=16;WE=30961408;WS=30961390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr2	30968760	.	ATT	A	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
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chr2	30975961	rs62142192	G	T	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-2.040;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,110:0.46:240
chr2	30977073	rs485100	G	A	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=52;PP=2684;SC=TTCCACCTTCGTAAATGTTCA;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=145;WE=30977081;WS=30977063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	30980940	rs508405	C	T	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=464;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CTCCATTCGGCCTCGCCCCAG;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=37;WE=30980948;WS=30980930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,69:0.52:133
chr2	30986989	rs579016	G	T	2870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=36;PP=1387;ReadPosRankSum=-1.198;SC=GGGCTCCCCAGTGACTTACCC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=90;TCR=59;TR=92;WE=30986997;WS=30986979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,131:0.58:226
chr2	31009977	rs1915125	G	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=108;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GGGTATGCTCGTGTGGGGCTC;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=31009985;WS=31009967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	31178393	rs73923310	T	C	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=701;ReadPosRankSum=-1.079;SC=CCAGAAGAACTGGGGGTTGCA;SOR=0.668;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=51;WE=31178401;WS=31178383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,69:0.45:152
chr2	31178818	rs2288100	C	T	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CCTTGGGCAACTTGATGAGCT;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=69;WE=31178826;WS=31178808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,103:0.60:171
chr2	31181139	rs2303325	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=441;ReadPosRankSum=-1.740;SC=CAAAGACTTCCGTACCTATTA;SOR=0.874;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=29;WE=31181147;WS=31181129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr2	31188957	rs889896	C	T	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=10;PP=1026;SC=GTGCCTGGCACGTAGTTAGAT;SOR=2.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=53;WE=31188965;WS=31188947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	31401290	rs4952052	A	C	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=30;PP=1885;SC=TAAAGGGCTGAAGGGGACAGA;SOR=1.304;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=92;WE=31401298;WS=31401280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	31410708	rs1822496	C	T	11644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=123;NR=174;PP=2965;SC=CAGAAAGACACAATTATTCAC;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=298;TCF=124;TCR=174;TR=297;WE=31410716;WS=31410698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr2	31414807	rs1562022	C	G	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	31457817	rs2236170	T	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=584;ReadPosRankSum=0.718;SC=ATGGGAAGCCTTCAGTTGAGG;SOR=0.571;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=27;WE=31457825;WS=31457807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr2	31467351	rs2295473	T	A	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.072;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=580;ReadPosRankSum=-1.541;SC=TTTCAGGTGCTCTCTTTTCTT;SOR=0.426;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=132;TCF=54;TCR=78;TR=55;WE=31467359;WS=31467341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,85:0.43:196
chr2	31483890	rs13028669	T	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=36;PP=637;ReadPosRankSum=1.110;SC=CAGTGCATCATGTGTGTGACA;SOR=1.893;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=37;WE=31483898;WS=31483880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr2	31484334	rs654650	G	A	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=22;PP=1448;SC=GTAGGGGAAGGAATGATGCAA;SOR=1.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=31484342;WS=31484324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	31488965	rs619002	C	T	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=27;PP=1836;SC=CATTCTGGTGCTCATAGGAGG;SOR=1.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=97;WE=31488973;WS=31488955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	31489627	rs71802781	TACACAC	T,TACACACAC	906.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.4990;FS=3.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=24,24;PP=1799,23;ReadPosRankSum=0.409;SC=GAGCGGTGACTACACACACAC;SOR=1.000;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=24,24;WE=31489642;WS=31489617;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.86:28
chr2	31567743	rs566224	T	C	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	31569471	rs7599175	A	G	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=10;PP=1144;SC=ACCCAGCCAGAATGAGCATTT;SOR=2.194;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=53;WE=31569479;WS=31569461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	31570376	rs1366813	T	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=716;SC=CGGGATCCCATGGGCTCCTTA;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=31570384;WS=31570366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	31570626	rs4952083	C	T	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.53;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	31570631	rs4952084	A	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	31571241	rs13415401	G	C	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=52;PP=1917;SC=TAGGGAAAGAGAAGGATGCCA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=100;WE=31571249;WS=31571231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	31571786	rs1884725	A	G	4200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=47;PP=1743;SC=AAGGAACTGTAAAGCTTATTC;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=89;WE=31571794;WS=31571776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	31572398	rs1429374	A	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=605;SC=GAAGATCATTATAAGATCTTA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=31572406;WS=31572388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	31572482	rs11408029	T	TG	4178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=38;PP=2517;SC=GCTTCCTATATGGGGTCAGCA;SOR=1.170;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=62;WE=31572490;WS=31572472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	31587235	rs1018505	G	A	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=44;PP=1263;SC=ACATCATCCCGTGAAAAAAAG;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=31587243;WS=31587225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	31588288	rs2365842	T	A	9900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr2	31589654	rs13387204	T	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=5;PP=761;SC=TCCCTCTTCCTATTTCCCACA;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=31589662;WS=31589644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	31590759	rs2281550	C	T	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=22;PP=1550;SC=GGGTTCAATGCATATCTCTTG;SOR=1.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=81;WE=31590767;WS=31590749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	31596955	rs4952086	G	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.02;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	31596963	rs4952087	T	C	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.07;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	31600146	rs10187719	T	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=573;SC=CCTTGCTCTGTAGGGGCTGCA;SOR=3.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=24;WE=31600154;WS=31600136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	31609448	rs477626	A	C	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=76;PP=2384;SC=TCTTACTACAATGTCTCCCTC;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=126;WE=31609456;WS=31609438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr2	31611029	rs2073316	G	A	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=11;PP=977;SC=CATGGAGCTCGTGCACTGACT;SOR=1.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=50;WE=31611037;WS=31611019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	31611367	rs206847	T	C	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=37;PP=908;SC=AAACAACTCATGGATAAACAA;SOR=1.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=31611375;WS=31611357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	31805619	rs619857	T	C	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=15;PP=767;SC=GTGCGCGCTCTACGCTGCGCT;SOR=1.105;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=38;WE=31805627;WS=31805609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	31805675	rs522638	A	G	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=18;PP=1153;SC=GGCGCCCGCAAGGGAAAAACG;SOR=1.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=55;WE=31805683;WS=31805665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	31805706	rs523349	G	C	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=23;PP=1600;SC=AAGTAATGTAGGCAGAAGAGG;SOR=1.441;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=80;WE=31805714;WS=31805696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	31805880	rs142200057	A	AG	10007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=97;PP=2936;SC=CCGTAGCCGGAGGCTTCGCGA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=24;TCR=100;TR=120;WE=31805888;WS=31805870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr2	31806031	rs632148	C	G	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=28;PP=849;SC=CCCCGCAACCCCTTTATGGAG;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=31806039;WS=31806021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	32188239	rs184465798	A	G	3345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=58;PP=1499;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GTGAAACCGCACCGTCAGCTC;SOR=0.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=201;TCF=82;TCR=119;TR=99;WE=32188247;WS=32188229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,164:0.52:315
chr2	32312700	rs7561519	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.186;SC=TTCACATGATTGTCCAGATTT;SOR=0.861;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=9;WE=32312708;WS=32312690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr2	32314473	rs469305	A	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.175;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.525;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	32324072	rs7566162	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=4.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=0.690;SC=ATTGTTCATGTTTTCACAGGG;SOR=0.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=9;WE=32324080;WS=32324062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	32361482	rs11392886	T	TC	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-2.189;SC=AAGGGACGGTTAGTAGTACTC;SOR=1.022;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=32361490;WS=32361472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	32362079	rs10627985	G	GTATA	1655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.035;NF=14;NR=13;PP=1295;ReadPosRankSum=2.353;SC=CAGCATTTTAGTATATTTTCC;SOR=0.499;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=27;WE=32362087;WS=32362069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr2	32369901	rs2365556	T	C	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=9;PP=1135;SC=CACAGTGAGCTGAGATCATGC;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=32369909;WS=32369891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	32390834	rs6733481	A	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=-0.434;SC=AAGGGGACGGAAGCCGGAGGC;SOR=0.061;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=6;WE=32390842;WS=32390824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr2	32402636	rs4258846	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.909;NF=12;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=0.488;SC=GCTGGGATAACAGGCGTGAGC;SOR=0.927;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=22;WE=32402644;WS=32402626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr2	32418808	rs212751	T	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=170;ReadPosRankSum=-0.192;SC=ATGGGGCTAGTAACTAAGTTC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=14;WE=32418816;WS=32418798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr2	32434701	rs212685	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=-1.174;SC=CTGAAAAAAAATATTTCCTTA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=32434709;WS=32434691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr2	32449871	rs376045897	ATTTT	A,ATTT	2571.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.494;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=35;PP=1167;ReadPosRankSum=2.142;SC=TGGAAGAAAAATTTTTTTTAA;SOR=0.359;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=5;TCR=90;TR=37;WE=32449887;WS=32449861;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.51:140
chr2	32449879	rs199998217	T	TAAA	2271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=5.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.62;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,71:0.58:122
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chr2	32461493	rs55638726	T	TC	605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=439;SC=AATTCTGAGTTTTATCTTCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=32461501;WS=32461483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr2	32481795	rs59966205	T	A	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.008;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,65:0.50:129
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chr2	32655873	.	CTTTTT	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
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chr2	32667182	rs60197615	G	C	9451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
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chr2	32688601	rs762019	A	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=255;ReadPosRankSum=-0.070;SC=AGTCTTTGTGATATTTAAATT;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=13;WE=32688609;WS=32688591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr2	32692855	rs190390347	C	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=622;ReadPosRankSum=0.574;SC=ATGTTTCTGACAAGTTATGAA;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=35;WE=32692863;WS=32692845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr2	32706579	rs9646977	T	A	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=58;PP=1701;SC=TCATGCCTGTTATCCCAGCAC;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=76;WE=32706587;WS=32706569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	32707476	rs71446071	T	G	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1048;ReadPosRankSum=3.030;SC=TAAACCACAGTTTTTTTTCCA;SOR=0.560;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=136;TCF=97;TCR=39;TR=71;WE=32707484;WS=32707466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,80:0.48:165
chr2	32712875	rs2366891	A	C	4931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=93;PP=2835;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TCAGGTATGAATTCAGGAGAA;SOR=1.276;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=40;TCR=94;TR=132;WE=32712883;WS=32712865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr2	32713706	rs2366894	A	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=254;ReadPosRankSum=-1.169;SC=TTCTAGTTCAACTGGAAACAA;SOR=0.525;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=18;WE=32713714;WS=32713696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr2	32724566	.	ATC	A	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-1.467;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,18:0.12:148
chr2	32724590	rs145668508	GTC	G	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=2.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.146;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,39:0.19:207
chr2	32749880	rs2710609	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	32749890	rs2710610	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	32749893	rs2710611	A	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	32749903	rs2710612	T	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.29;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	32822729	rs2583713	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=222;ReadPosRankSum=2.480;SC=TCTCCAGTTGAGTGGGAGAAG;SOR=2.012;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=13;WE=32822737;WS=32822725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr2	32822957	rs2710625	G	A	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1025;ReadPosRankSum=-0.599;SC=AAGCTGTGACGCTTTCAACCT;SOR=0.649;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=148;TCF=65;TCR=83;TR=78;WE=32822965;WS=32822947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,106:0.48:219
chr2	32855615	rs2710623	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=6;PP=326;SC=TACAATTGCTACTGGAAGGGA;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=32855623;WS=32855605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	32860415	rs11124286	C	T	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=49;PP=1582;SC=ATCCAGAACTCGTGCAGCAAA;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=32860423;WS=32860405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	32875420	.	CTT	C	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=-0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=0.441;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	32889576	rs12988468	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=0.516;SC=TATTTTTATGATAAAACTATA;SOR=0.346;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=32889584;WS=32889566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	32959024	rs1551177	T	C	11173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=159;PP=2965;SC=GTATGGAAATTACTTGGCATT;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=263;TCF=104;TCR=159;TR=263;WE=32959032;WS=32959014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr2	32961691	rs17497801	C	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=511;SC=AGATTAGGTACACCTGCAAGT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=28;WE=32961699;WS=32961681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	32961745	rs10200333	T	A	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=28;PP=1638;SC=TAATTATTTTTACTTGATTTT;SOR=1.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=90;WE=32961753;WS=32961735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
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chr2	33335847	rs218226	C	T	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=52;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.176;SC=ACCATTTTCCCAAGTTATGGT;SOR=0.919;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=189;TCF=64;TCR=125;TR=71;WE=33335855;WS=33335837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,110:0.39:284
chr2	33414009	rs3922572	T	A	466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=456;SC=AATGCTTTTTTAAAAAAAAGG;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=33414017;WS=33413999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	33477964	rs3731575	C	T	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=410;ReadPosRankSum=-1.005;SC=CATGAGTACACGGGACAACTT;SOR=0.262;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=22;WE=33477972;WS=33477954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr2	33488419	rs12468099	G	A	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=1030;ReadPosRankSum=1.074;SC=AAGCTTCTACGTCTAGTGCCA;SOR=0.643;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=71;WE=33488427;WS=33488409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,130:0.54:242
chr2	33500848	rs3816479	A	G	3753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=59;PP=1785;ReadPosRankSum=-0.010;SC=AAACTCAACAATGCTATCTGC;SOR=0.688;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=231;TCF=125;TCR=106;TR=132;WE=33500856;WS=33500838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,184:0.55:334
chr2	33525382	rs935996	A	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.468;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=0.504;SC=TGGAGTGATAAATACTAAAGT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=9;WE=33525390;WS=33525376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	33525407	rs2123769	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AGTGCCAGACATAAGAAGTAC;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=14;WE=33525415;WS=33525397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr2	33540138	rs2276591	G	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.28;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	33540172	rs3216704	A	AT	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=7;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=199;ReadPosRankSum=1.484;SC=AATGAAACCGATTTTTTTCAA;SOR=0.467;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=11;WE=33540180;WS=33540162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr2	33540248	rs1058840	G	A	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	33568191	rs5024712	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.319;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=189;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CTATGTTGGCTGGGTGCATGG;SOR=0.233;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=16;WE=33568199;WS=33568181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr2	33585796	rs4422143	T	C	12692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=158;PP=2965;SC=ACATCAGGCGTGGGATGGGGA;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=287;TCF=127;TCR=160;TR=284;WE=33585804;WS=33585786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr2	33586464	rs11442294	C	CT	610.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr2	33588699	.	TGTGTAA	T	1015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=1064;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GTTGAAAAGATGTGTAAACGT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=0;TCR=53;TR=21;WE=33588712;WS=33588689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr2	33614187	rs642472	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=457;ReadPosRankSum=0.547;SC=CTCTGAGCTGCGAGGGGGTGG;SOR=0.584;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=31;WE=33614195;WS=33614177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr2	33622448	rs2367734	T	C	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=31;PP=949;SC=GAGTTTCAGTTTGAGAAGATG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=33622456;WS=33622438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	33622475	rs12053346	T	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=553;SC=GTTCTGGAGATGTACATTAAG;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=33622483;WS=33622465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	33623306	rs2034693	C	T	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=3;PP=1077;SC=TTGTCTGTGACTGAAGCAATG;SOR=4.223;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=44;WE=33623314;WS=33623298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	33623387	rs624060	AT	GC	8588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=44;PP=2947;SC=TCCTCACAGAATAATATCCAA;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=122;WE=33623396;WS=33623377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	33623713	rs41291171	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.203;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	33623720	rs8970	A	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.08;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	33623734	rs622716	A	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	33643740	rs6724875	T	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.52;ReadPosRankSum=1.540;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,39:0.93:42
chr2	33643745	rs76703549	T	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.821;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr2	33744958	rs7597095	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=194;ReadPosRankSum=-0.543;SC=ATTGAGGGCACAGCTGCAGGG;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=16;WE=33744966;WS=33744948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr2	33745208	rs2305576	T	C	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,119:0.46:256
chr2	33764286	rs7592762	T	C	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=228;ReadPosRankSum=-0.393;SC=AGGTAAGTGGTTGAGGGAGAA;SOR=0.499;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=20;WE=33764305;WS=33764276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,39:0.32:120
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chr2	33952055	rs2290101	C	G	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.897;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=2;PP=667;ReadPosRankSum=1.083;SC=GAAAACTCAGCGGGGGCAGGA;SOR=1.621;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=59;TCF=54;TCR=5;TR=33;WE=33952063;WS=33952045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr2	33952413	rs4477896	T	C	3549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=62;PP=1946;ReadPosRankSum=0.803;SC=CTCAGCAGGATAGTGAGGGCC;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=269;TCF=137;TCR=132;TR=121;WE=33952421;WS=33952403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,175:0.43:410
chr2	33952456	rs2367810	C	G	12372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=142;PP=2965;SC=ACACCGCCACCCACCACTCCA;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=293;TCF=150;TCR=143;TR=292;WE=33952464;WS=33952446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr2	33952621	rs11684598	G	A	7359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CTTCGGTGGCGTAAGCCACAC;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=499;TCF=274;TCR=225;TR=233;WE=33952629;WS=33952611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,367:0.49:752
chr2	35696612	rs4670472	C	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=240;ReadPosRankSum=0.995;SC=GTTTTAGTGTCTATGTGCATG;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=17;WE=35696620;WS=35696602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr2	36605304	rs4670546	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=0;PP=497;SC=TAGATGCTCTGTAATTGAATA;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=36605312;WS=36605294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	36605417	rs4670547	A	G	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=45;PP=2144;SC=TCTTCACATTACATCACATTG;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=70;TCR=46;TR=115;WE=36605425;WS=36605407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	36605585	rs4670548	A	G	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=44;PP=1401;SC=GTCCAGATGCAACAGTAGGGA;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=68;WE=36605593;WS=36605575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	36670011	rs3732073	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=177;ReadPosRankSum=1.073;SC=ATCACTGAACTGTTTGCATTA;SOR=1.078;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=13;WE=36670019;WS=36670001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr2	36704144	rs848547	C	T	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=966;ReadPosRankSum=-1.280;SC=TCTGCTTCACCGCCCAGTGTG;SOR=0.516;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=88;TCR=73;TR=74;WE=36704152;WS=36704134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,103:0.50:204
chr2	36739553	rs848526	T	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=32;PP=714;SC=TGTGTACACATGGCCCTTCCC;SOR=1.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=36739561;WS=36739543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	36740643	rs2293254	C	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=422;ReadPosRankSum=-1.053;SC=GACTCTGTAGCCTGTTTCTCC;SOR=0.653;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=25;WE=36740651;WS=36740633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr2	36756288	rs711247	T	C	7729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=94;PP=2965;SC=TCTCTTATTTTGGTCCAGGAG;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=80;TCR=95;TR=174;WE=36756296;WS=36756278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr2	36771701	rs2276671	C	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=311;ReadPosRankSum=1.685;SC=TAGGTGTTTTCTAATTTTTAA;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=21;WE=36771709;WS=36771691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr2	36775315	rs2270333	C	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=2.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	36775410	rs70946932	C	CT	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr2	36779144	rs10180760	T	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.48;ReadPosRankSum=-1.289;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr2	36781401	rs1533946	T	C	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=702;ReadPosRankSum=-1.649;SC=TTCACAATTATAGTCCTAGGT;SOR=0.532;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=42;WE=36781409;WS=36781391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,60:0.56:108
chr2	36782656	rs10178965	G	A	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=20;PP=1096;ReadPosRankSum=-1.478;SC=ATAAAACCATGATATATAATG;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=154;TCF=109;TCR=45;TR=72;WE=36782664;WS=36782646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,95:0.49:193
chr2	36782886	rs848642	G	A	4228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=87;PP=2037;ReadPosRankSum=2.450;SC=TTCATGGCACGAAGAACTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=270;TCF=100;TCR=170;TR=132;WE=36782894;WS=36782876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,208:0.48:437
chr2	36783127	rs10194100	T	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=838;ReadPosRankSum=0.424;SC=TACCTGAGAGTTGCTTCCCTG;SOR=0.867;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=54;WE=36783135;WS=36783117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,73:0.44:165
chr2	36783215	rs10181664	C	T	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1029;ReadPosRankSum=2.403;SC=TGTAATAATACCGGAAAGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=74;WE=36783223;WS=36783205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,133:0.50:268
chr2	36805676	rs2075226	A	G	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=23;PP=897;ReadPosRankSum=-2.069;SC=CACCAGCCCCAAAGGCTGGGA;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=87;TCR=45;TR=68;WE=36805684;WS=36805666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,80:0.47:170
chr2	36806021	rs2072534	G	A	3117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=89;PP=2063;ReadPosRankSum=0.040;SC=GTGACCAAAAGCAAAATACAG;SOR=0.606;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=231;TCF=68;TCR=163;TR=131;WE=36806029;WS=36806011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,148:0.53:280
chr2	36806051	rs2072533	A	G	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.827;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=58;PP=1230;ReadPosRankSum=-0.016;SC=AGACAAAAACATTTCAAGGAA;SOR=0.416;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=135;TCF=23;TCR=112;TR=72;WE=36806059;WS=36806041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,74:0.52:142
chr2	36808350	rs848638	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=20;PP=938;ReadPosRankSum=-0.128;SC=AGGATGAAATCAAAGCTTTCT;SOR=0.841;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=64;WE=36808358;WS=36808340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr2	36808732	rs848637	T	G	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=51;PP=1603;SC=TCAAAATTTTTACTGTAGGAG;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=80;WE=36808740;WS=36808722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	36810473	rs11691767	G	T	2786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.873;SC=CTTTCCTTGCGTTGCTGAGGA;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=66;TCR=65;TR=85;WE=36810481;WS=36810463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,135:0.59:229
chr2	36810586	rs14291	T	C	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=647;ReadPosRankSum=0.641;SC=CATCATCTGATGTATCAAAGA;SOR=0.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=46;WE=36810594;WS=36810576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,70:0.69:102
chr2	36824956	rs5830430	G	GC	1820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=14;PP=1139;SC=CGGCCGTAGGGCTGCCGGTCG;SOR=1.157;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=26;WE=36824964;WS=36824946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	36825137	rs1544655	G	A	5798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=78;PP=2592;SC=GCTGCAGGCCGGGGCCGGGAA;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=154;WE=36825145;WS=36825127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr2	36825170	rs2287104	T	C	5398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=78;PP=2432;SC=CCCACCCGCCTCGGCCCCCGC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=130;WE=36825178;WS=36825160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	36825330	rs11441122	C	CG	1264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.18;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	36825359	.	G	GCCCCGC	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr2	36943338	rs4670597	C	G	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=15;PP=1314;SC=AGGCCAGCCACTGACATCTCT;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=61;WE=36943346;WS=36943328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	36943419	rs4670598	T	C	7089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=74;PP=2733;SC=TGATGCAGTCTATCCCCACAC;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=154;WE=36943427;WS=36943409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr2	36965582	rs35608380	TC	T	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=161;SC=TATATTAGGGTCCTTTGTAAA;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=36965590;WS=36965572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	37000797	rs3770784	C	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=251;SC=TCGCTTGAACCCGGAGGTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=37000805;WS=37000787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	37000877	rs116154541	A	T	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=2.085;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr2	37001570	rs974964	C	T	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=45;PP=1297;SC=CAGGGTTTGACGGTTTCCACA;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=37001578;WS=37001560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	37010574	rs3821147	G	A	4242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=47;PP=1424;ReadPosRankSum=-1.414;SC=AGAAACCCACGGTGTCTTTGA;SOR=0.799;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=211;TCF=110;TCR=101;TR=105;WE=37010582;WS=37010564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,214:0.53:403
chr2	37032529	rs75212718	G	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.018;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr2	37077015	rs723674	C	A	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=45;PP=1230;SC=CTACCATGTCCTGCTGGTTTC;SOR=2.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=37077023;WS=37077005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	37078095	rs10668550	A	AT	113.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr2	37094945	rs2540923	A	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	37095139	rs6752845	G	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.967;SC=ACGTAAGAAAGCTTACTTAAC;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=37095147;WS=37095129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	37096970	rs2160379	C	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=20;PP=537;SC=TGTCAATAAACGATCACTTTG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=37096978;WS=37096960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	37111045	rs2691106	T	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=567;ReadPosRankSum=-0.289;SC=CCAAGTGCATTTTGTGCTCCA;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=42;WE=37111053;WS=37111035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr2	37113791	.	G	GA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=4.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,16:0.17:95
chr2	37129618	rs148671880	A	ATAAT	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=5.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	37230888	rs2706811	A	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=539;ReadPosRankSum=1.773;SC=ATAACTTTATATTGTTAAAAT;SOR=0.299;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=95;TCF=22;TCR=73;TR=38;WE=37230896;WS=37230878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr2	37232927	rs139942041	GT	G	1941.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.536;SC=ATAAAAACATGTTTTTTCACT;SOR=0.648;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=3;TCR=57;TR=30;WE=37232937;WS=37232917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr2	37232929	rs369798714	T	G	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.878;SC=AAAAACATGTTTTTTCACTTA;SOR=0.623;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=37;WE=37232937;WS=37232917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
chr2	37234519	rs2013223	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CCAAGTCTCGTTCTGTCGCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=37234527;WS=37234509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr2	37255015	rs2540998	G	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=370;ReadPosRankSum=0.668;SC=GCAGCAAAATGTCTCAAGGTG;SOR=0.788;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=25;WE=37255023;WS=37255005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
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chr2	37306343	rs6743906	G	A	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=24;PP=831;SC=GAAAAACTGTGAAAGTATCCC;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=37306351;WS=37306333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	37315648	rs148156073	G	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.778;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	37316717	rs371385606	TA	T	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.833;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr2	37317869	rs4670654	C	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=19;PP=740;SC=AAAACAGGTACGTAATTATTT;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=37317877;WS=37317859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	37318041	rs4670655	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=261;SC=TAGTGAGTATAAAATAAAATT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=37318049;WS=37318031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	37323427	rs56020915	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=316;ReadPosRankSum=-0.972;SC=AATAAAGTGGAAACTTGAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=20;WE=37323435;WS=37323417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr2	37373982	rs2307475	A	AT	5636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=34;PP=2831;SC=TTAGGAAAAAAGGCAATCACT;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=64;WE=37373990;WS=37373972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	37402270	rs11569755	C	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=0.960;SC=CAATAATAATCTCACCTCTTT;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=9;WE=37402278;WS=37402260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr2	37402373	rs11569758	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr2	37410537	rs6544061	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=402;ReadPosRankSum=0.772;SC=ATAGAAATTTCAAAGAATTAT;SOR=0.806;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=30;WE=37410545;WS=37410527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,52:0.39:132
chr2	37414431	rs6724820	A	C	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=282;ReadPosRankSum=-0.129;SC=AAAACTAAAGAATCTCCAAAC;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=17;WE=37414439;WS=37414421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr2	37415496	rs11124566	G	C	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=486;ReadPosRankSum=0.583;SC=CCTGCAATGAGGAACCGCCTT;SOR=0.506;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=36;WE=37415504;WS=37415486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr2	37428743	rs2540973	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=1.159;SC=TTTAACAATGCTTCCACATGA;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=37428751;WS=37428733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	37438993	rs1137437	G	A	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=29;PP=1166;ReadPosRankSum=-1.101;SC=TACCTGGAACGCTCTCACTTT;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=190;TCF=125;TCR=65;TR=88;WE=37439001;WS=37438983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,141:0.47:302
chr2	37447464	rs59081952	A	AG	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-1.304;QD=13.13;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	37447472	rs145839584	ATAT	A	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-1.434;QD=11.89;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr2	37447477	rs199703730	T	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-0.908;QD=10.80;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	37456032	rs2098386	C	T	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.557;SC=TCTTCTTCAACTAAGGAAGCT;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=77;TCR=66;TR=72;WE=37456040;WS=37456022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,106:0.54:196
chr2	37458711	rs3213745	G	A	6249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=2.204;SC=CTGCGGCCATGGCGGGCAAAG;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=357;TCF=164;TCR=193;TR=184;WE=37458719;WS=37458701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,297:0.51:584
chr2	37480249	rs1056021	A	G	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=222;ReadPosRankSum=-1.115;SC=GACAATCTACAAAGAACAAGT;SOR=0.287;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=17;WE=37480257;WS=37480239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr2	37499289	rs11124574	T	C	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=0.076;SC=ACCAGTCTTATCACTTTGTAA;SOR=0.368;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=4;WE=37499297;WS=37499286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	37518045	rs10177176	G	C	6205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,296:0.60:496
chr2	37543371	rs6544066	A	G	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=630;ReadPosRankSum=-0.785;SC=ATAATAGCACACACAGTACCT;SOR=0.822;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=50;WE=37543379;WS=37543361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,87:0.50:175
chr2	37599619	rs112031803	ATG	A	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=4.461;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,32:0.16:202
chr2	38178362	rs2197561	T	C	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.183;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=838;ReadPosRankSum=-0.466;SC=ATTTGACCCTTTTCTCACTCT;SOR=0.416;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=103;TCF=74;TCR=29;TR=55;WE=38178370;WS=38178352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,75:0.52:143
chr2	38179134	rs4670800	G	A	19397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=737;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=201;PP=2965;SC=TACAGCACAGGTCATTCTCCA;SOR=0.808;Source=Platypus;TCF=202;WE=38179142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,734:1.00:734
chr2	38202502	rs2044447	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-0.229;SC=ATTAAGATCTATAGTAAATCA;SOR=0.283;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=13;WE=38202510;WS=38202492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr2	38208233	rs1446297	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=293;SC=AACCACAGATTATTGGGCCCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=38208241;WS=38208223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr2	38218470	rs11356296	TA	T	488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.901;NF=0;NR=7;PP=241;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TTATAAACTTTATTTGAATAT;SOR=0.542;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=38218478;WS=38218460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr2	38244818	rs11901988	A	C	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.49;ReadPosRankSum=1.066;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr2	38244824	rs11891536	G	A	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.38;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,60:0.57:106
chr2	38244826	rs77762745	A	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CAAATGTAGTATTGTAACTGG;SOR=0.739;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=20;WE=38244834;WS=38244808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr2	38298150	rs1056837	A	G	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=66;PP=2460;SC=TGATGAGGCCATCCTTGTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=66;TCR=66;TR=132;WE=38298158;WS=38298140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr2	38298203	rs1056836	C	G	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=73;PP=2839;SC=GGCCACTTCACTGGGTCATGA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=148;WE=38298211;WS=38298193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	38526324	rs3816370	A	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	38526547	rs3765052	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=1.085;SC=AATAAGTTATGTACAATAAAC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=9;WE=38526555;WS=38526537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr2	38536626	rs2305243	T	G	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.482;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,67:0.52:129
chr2	38537626	rs2305245	A	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=647;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TTGTAAACAGAAGAAAGAAAA;SOR=0.925;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=40;WE=38537634;WS=38537616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,50:0.49:102
chr2	38541581	rs71400348	C	CTAT	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=338;ReadPosRankSum=1.724;SC=TCCTGTTCGCCTACTGATAAG;SOR=1.828;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=38541589;WS=38541571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	38542573	rs12712583	T	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=325;ReadPosRankSum=0.991;SC=TTATTTTGTATCTCAGCGCAA;SOR=1.420;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=17;WE=38542581;WS=38542563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr2	38570291	.	TAAAAAAAAAAAA	T	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.75;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	38570359	rs371959555	T	C	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=620;ReadPosRankSum=0.389;SC=TTAACAGGCATGGTTGGTACT;SOR=1.274;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=35;WE=38570367;WS=38570349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr2	38604351	rs3731847	A	G	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=32;PP=967;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CGCCGGCGCCACAGCCCCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=72;WE=38604359;WS=38604341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,109:0.44:250
chr2	38793110	rs144643949	G	GT	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.377;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr2	38797196	rs145942144	T	TG	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=305;ReadPosRankSum=0.986;SC=AACTATACTCTGCCATGTTAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=38797204;WS=38797186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	38813167	.	C	CT	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=2.252;SOR=0.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr2	38956947	rs2272445	A	G	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=72;PP=2095;SC=CTATGCTACAAGTGACCCAAT;SOR=1.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=27;TCR=73;TR=99;WE=38956955;WS=38956937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	38975332	.	G	GT	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.766;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
chr2	38977371	rs3112183	C	T	8035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=121;PP=2965;SC=ATGCACGTTACGCAAAATCTG;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=77;TCR=121;TR=198;WE=38977379;WS=38977361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr2	38977402	rs3134630	T	C	5144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=93;PP=2845;SC=CAATTACTTATTTGCCTTAAA;SOR=1.498;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=37;TCR=93;TR=130;WE=38977410;WS=38977392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr2	39006603	rs3112201	T	G	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.121;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=2030;ReadPosRankSum=-0.291;SC=AAACTCCTGATCTCCAAGGAT;SOR=0.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=39006611;WS=39006593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr2	39025043	rs34207268	G	GA	269.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=0.135;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr2	39025555	rs1530853	G	A	9454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=138;PP=2965;SC=GATCAAGTTCGCAACGAAGCT;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=107;TCR=138;TR=245;WE=39025563;WS=39025545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr2	39025632	rs1530852	A	G	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=83;PP=2338;SC=AACAGGCAGGATAGGTTATTG;SOR=1.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=34;TCR=83;TR=117;WE=39025640;WS=39025622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	39030074	rs13029406	C	T	4556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=82;PP=2379;SC=CAAAAAACCTCAGATGATGAC;SOR=1.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=35;TCR=82;TR=117;WE=39030082;WS=39030064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	39042639	rs3112138	G	A	9264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=141;NR=88;PP=2965;SC=AAAGAGAAATGAGAACCAACT;SOR=0.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=233;TCF=141;TCR=92;TR=229;WE=39042647;WS=39042629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr2	39043360	rs368002198	AT	A	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,33:0.24:135
chr2	39045885	rs10176932	C	T	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=3;PP=1175;SC=CCATTTTACACGGCTGGTAAG;SOR=4.450;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=49;WE=39045893;WS=39045884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	39050019	rs3112146	G	T	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=544;SC=AAAATTCACAGCTAACATACA;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=39050027;WS=39050009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	39050061	rs34582261	AT	A	2092.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=13;PP=1437;SC=CATGCCCTTGATTTCCCCCAT;SOR=2.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=37;WE=39050069;WS=39050051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	39050141	rs3770681	A	C	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=62;PP=2410;SC=TTACAAACGGAGACTTAAAAG;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=143;WE=39050149;WS=39050131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	39065729	rs17494315	C	A	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=18;PP=1520;SC=CAAAATTCAACGTCAAATACA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=60;TCR=19;TR=78;WE=39065737;WS=39065719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	39075356	rs11124651	A	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.44;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	39082344	rs7598922	T	C	7742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=117;PP=2965;SC=AGGTGGTCCATTCAGAGAATC;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=85;TCR=117;TR=202;WE=39082352;WS=39082334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr2	39090696	rs3099999	T	C	5574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=109;PP=2965;SC=TACACACATATCTTCAATCAG;SOR=1.496;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=48;TCR=109;TR=157;WE=39090704;WS=39090686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	39117117	rs7565111	G	A	6379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=80;NR=75;PP=2965;SC=AACCACCGCAGGCAACATGGG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=155;WE=39117125;WS=39117107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	39181774	.	CTT	C	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=2.207;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr2	39185048	rs422854	C	T	3012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=26;PP=1932;SC=TGCAAAGGCCCCTGGAGATAG;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=92;WE=39185056;WS=39185038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	39187190	rs6755527	T	C	6633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=73;PP=2965;SC=GGACTTCGAGTCCTCTCCGGC;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=97;TCR=73;TR=170;WE=39187198;WS=39187180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr2	39187519	rs958412	A	G	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=55;PP=1638;SC=GCGCCTACAAACTGGAGGCGG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=19;TCR=55;TR=74;WE=39187527;WS=39187509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	39198966	rs2305516	A	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=24;PP=1840;SC=AGCTGAGTTTATGGACTTTGA;SOR=1.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=64;TCR=24;TR=87;WE=39198974;WS=39198956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	39201073	.	CTA	C	129	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=1;NR=9;PP=129;QD=13.8;SC=ATATCTATATCTATATATATA;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=10;WE=39201082;WS=39201063;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr2	39214821	rs2290445	A	C	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=125;SC=AATTGCTTATAATTAAAAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=39214829;WS=39214811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	39224351	rs1454223	G	T	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=10;PP=1029;SC=AAGTAGTTTAGAAACTTAATC;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=39224359;WS=39224341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	39224615	rs5830551	G	GT	1090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=37;PP=1089;SC=GAAAATGCAAGTTTTTTTCTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=37;WE=39224623;WS=39224605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	39233500	rs7577088	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=446;SC=TTAATGAAATGAGTGTTTTGT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=39233508;WS=39233490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	39251375	rs10634554	T	TCAC	1008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=849;SC=TATTCAACTGTCACAATAAAA;SOR=2.124;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=15;WE=39251383;WS=39251365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	39262068	rs10153761	C	T	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=95;PP=2714;SC=AGGTACAAGACAAAAATATCT;SOR=1.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=41;TCR=95;TR=136;WE=39262076;WS=39262058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	39281730	rs997344	G	C	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	39406572	rs7566123	C	A	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=38;PP=1064;SC=GAAAATCTTCCAGTTTGTGTA;SOR=1.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=56;WE=39406580;WS=39406562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	39440727	rs10196407	G	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=24;PP=552;SC=AACACCATGCGGAAGGGTCCT;SOR=1.464;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=35;WE=39440735;WS=39440717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	39452861	rs11124663	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=660;SC=ATGGGGTAGCCAGATGCATTG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=39452869;WS=39452851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	39479122	rs3770678	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.381;SC=AAACATGATCGCTAAAAATGA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=39479130;WS=39479112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	39494197	rs2302749	C	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.630;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=0.846;SC=AGAGATGAAACAGCCAAGAAA;SOR=1.708;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=18;WE=39494205;WS=39494187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr2	39494329	.	C	A	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=830;ReadPosRankSum=1.204;SC=AGTTTACTTACCAACACAACA;SOR=0.763;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=60;WE=39494337;WS=39494319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,88:0.53:165
chr2	39494469	rs10865149	C	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.058;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GATCAGTGCACAAAGGATGAG;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=11;WE=39494477;WS=39494459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
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chr2	39514204	rs3755171	G	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CTCTGACATAGTGTCATTATT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=39514212;WS=39514194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	39526842	rs2111382	A	C	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=11;PP=635;SC=GCAACTTAATAATTCTTGAAT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=39526850;WS=39526832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	39542658	rs5830562	AT	A	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=7.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.389;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	39553271	rs3815594	A	G	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=798;ReadPosRankSum=-1.164;SC=AGATTCTTCAATGATGATGCA;SOR=0.687;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=141;TCF=94;TCR=47;TR=56;WE=39553279;WS=39553261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,93:0.42:219
chr2	39564620	rs1125839	C	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=6.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr2	39570427	rs3732053	T	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CAATAAAACATAGCTTGCTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=6;WE=39570435;WS=39570417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr2	39583446	rs8545	A	G	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=529;ReadPosRankSum=-1.261;SC=CTTTCATCATAATAATTTCTT;SOR=0.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=33;WE=39583454;WS=39583436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr2	39944055	rs2540229	G	A	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=378;ReadPosRankSum=0.522;SC=GACTGCCTCAGTGGTTGATCT;SOR=0.479;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=21;WE=39944063;WS=39944045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr2	39982898	rs10688564	G	GAGTAT	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=185;ReadPosRankSum=0.566;SC=CATCTATTTTGAGTAAATAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=39982906;WS=39982888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	39993167	rs4670959	T	C	2138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.044;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=695;ReadPosRankSum=0.971;SC=ATCTGTCTTATGGGACAAACC;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=63;WE=39993175;WS=39993157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,112:0.51:218
chr2	40006430	rs12620957	A	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=536;ReadPosRankSum=1.999;SC=CTCGGGCGCGAGCGGCTCGCT;SOR=0.765;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=17;WE=40006450;WS=40006420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr2	40006442	rs35761077	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=1;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=536;ReadPosRankSum=0.995;SC=CGGCTCGCTCCTGGAGGCGGC;SOR=1.048;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=17;WE=40006450;WS=40006420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr2	40392313	rs434725	G	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=945;SC=ATCACTGTGAGAGCAAGTGAT;SOR=3.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=40392321;WS=40392303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	40402275	rs6734847	G	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=8;PP=492;SC=TGAGGTCAATGGCCCTAAACA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=40402283;WS=40402265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	40403104	rs106706	A	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	40404839	rs433572	C	T	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=23;PP=1722;SC=TAGGGAGACACGGAGAGAGAA;SOR=1.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=70;TCR=23;TR=91;WE=40404847;WS=40404829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	40564500	rs13406526	G	A	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,52:0.40:129
chr2	40564557	rs13406541	G	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=445;ReadPosRankSum=1.989;SC=TAAACTTTAAGAAAGTACCTG;SOR=0.794;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=35;WE=40564565;WS=40564547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,64:0.45:143
chr2	40655563	rs3838567	CCACA	C,CCA	1455.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.11;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,30,17:0.60,0.34:50
chr2	40657165	.	C	A	4981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=77;PP=2156;ReadPosRankSum=0.541;SC=AACATGTAGACCATGGCCACA;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=331;TCF=170;TCR=161;TR=159;WE=40657173;WS=40657155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,252:0.48:525
chr2	42181051	rs3038317	GCA	G	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.791;QD=17.88;ReadPosRankSum=0.078;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr2	42275664	rs187184761	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=0.058;SC=CCGGCCCCTGTCCGACGGCGC;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=42275672;WS=42275654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	42275819	rs11897440	T	C	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=544;ReadPosRankSum=-1.154;SC=TGCCCGGCGGTGCCGCGGTGG;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=42;WE=42275827;WS=42275809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,74:0.53:139
chr2	42280300	rs34482969	G	A	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=311;ReadPosRankSum=1.167;SC=AGGAGAGAGAGGGGGAACCTG;SOR=0.839;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=25;WE=42280308;WS=42280290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr2	42280358	rs35771566	C	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=632;ReadPosRankSum=0.000;SC=GACCTAATGACCTGCCCTCGG;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=38;WE=42280366;WS=42280348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,60:0.45:132
chr2	42282632	rs13401037	A	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=457;ReadPosRankSum=0.175;SC=TTCTCTGGGGACCCTTGTCTC;SOR=0.844;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=34;WE=42282640;WS=42282622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,51:0.40:128
chr2	42396722	rs7233	A	G	4474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=35;PP=2140;SC=CCGCCCCTCTAAGCCCGGAGC;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=68;TCR=35;TR=103;WE=42396730;WS=42396712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	42510018	rs6736913	A	G	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.94;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr2	42719847	rs113015907	T	TG	9872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=67;PP=2975;SC=TGGCCGCGCCTGGGCCTCGCT;SOR=1.111;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=107;WE=42719869;WS=42719837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	42719860	rs112592817	G	GC	10639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=75;PP=2910;SC=GCCTCGCTGGGCGCGCACCCC;SOR=0.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=43;TCR=77;TR=118;WE=42719869;WS=42719837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr2	42795954	rs78106475	T	C	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=19;PP=759;SC=TGGGAGCGGGTTCCGGGAGCG;SOR=0.934;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=42795962;WS=42795944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	42836516	rs6720277	A	G	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=9;PP=2007;SC=AATATTGAATAAAATGTTGAT;SOR=3.940;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=70;TCR=9;TR=78;WE=42836524;WS=42836506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	42925079	rs148782944	TTTC	T	744.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=17;PP=746;SC=TTTGTGTATCTTTCTTCTTCT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=17;WE=42925089;WS=42925069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	42931217	rs2304658	A	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=302;SC=TCTTCTTCACACATTTTAAAA;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=42931225;WS=42931207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	42935961	rs4953577	C	T	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=32;PP=1598;SC=CAAACAGTAACGTGTTTGGGC;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=85;WE=42935969;WS=42935951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	42935979	rs4953578	C	T	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	42950185	rs62144300	C	T	9346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=88;NR=136;PP=2965;SC=GGTATGTAAGCCCAGGAATTC;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=88;TCR=136;TR=224;WE=42950193;WS=42950175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr2	42990336	rs1992286	T	G	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=88;PP=2965;SC=GGTCCAGGGATCGGCAGGCGG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=179;WE=42990344;WS=42990326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	42994505	rs13032819	G	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr2	42996709	rs10535570	ATGTGTGTG	A	1782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.96;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=1.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,46:0.90:51
chr2	42996759	rs34567167	AAGAGAG	AAG,A	2997.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.079;NF=19,19;NR=28,28;PP=2031,710;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTGTGTGTGAAAGAGAGAGAG;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=47,47;WE=42996772;WS=42996749;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:86
chr2	43015612	rs3816181	G	T	6643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=51;PP=2965;SC=GCCCCCTCCCGCTAGGGCCAG;SOR=1.183;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=101;TCR=53;TR=152;WE=43015620;WS=43015602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr2	43015719	rs3816183	T	C	9915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=120;PP=2965;SC=GGGCCTCCGATGAACATGACT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=111;TCR=121;TR=231;WE=43015727;WS=43015709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr2	43015757	rs3816184	G	A	7565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=117;PP=2965;SC=CCTGCAATGCGCAAAGTGGGG;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=80;TCR=117;TR=197;WE=43015765;WS=43015747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr2	43015814	rs62143190	G	A	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=73;PP=2126;SC=CACGGGTCCCGTGGGGGCCAG;SOR=1.441;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=107;WE=43015822;WS=43015804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	43015902	rs3816185	G	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=645;SC=TCTCATCCCCGGTTCATGCCT;SOR=3.334;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=43015910;WS=43015892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	43019730	rs2304656	A	G	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=64;PP=1847;SC=GGAGGCCCGCAGCTCCGCCCA;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=98;WE=43019738;WS=43019720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	43452183	rs7933	A	G	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=14;PP=952;ReadPosRankSum=-2.502;SC=CTGTGGTGCAACTTGGGCCGC;SOR=0.790;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=120;TCF=85;TCR=35;TR=53;WE=43452191;WS=43452173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,86:0.45:193
chr2	43514036	rs11900952	G	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=559;ReadPosRankSum=1.836;SC=CTTCCGTCTCGGCGCACTTAC;SOR=0.628;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=35;WE=43514044;WS=43514026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
chr2	43754992	rs1491508	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=2.862;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr2	43778857	rs34461850	GA	G	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.95;MQRankSum=1.720;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.284;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr2	43787576	rs4337518	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=337;ReadPosRankSum=-0.417;SC=AAAGAAATCAGTCTTCTGAAG;SOR=0.212;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=19;WE=43787584;WS=43787566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr2	43793725	rs1158411	G	A	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=760;ReadPosRankSum=0.406;SC=AGGTAAGAATGAAACCTCAAA;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=52;WE=43793733;WS=43793715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,61:0.46:133
chr2	43797619	rs17031056	C	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,66:0.53:125
chr2	43797710	rs11904510	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=323;ReadPosRankSum=-1.241;SC=ATGTCAGCCTGAGAGGCAAAT;SOR=0.405;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=23;WE=43797718;WS=43797700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr2	43798792	rs11884742	G	A	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,97:0.56:172
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chr2	43817950	rs35899859	CT	C	794.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.495;QD=8.11;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
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chr2	43872032	rs4450661	A	G	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=530;ReadPosRankSum=0.169;SC=GTTTGATTTAATTTTTGTCAA;SOR=1.185;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=31;WE=43872040;WS=43872022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr2	43902511	rs755862	G	C	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=810;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TATTCTCCAGGCCTCAGTCAT;SOR=0.439;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=83;TCF=61;TCR=22;TR=49;WE=43902519;WS=43902501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr2	43903066	rs3828297	A	G	4251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=67;PP=1937;ReadPosRankSum=-2.266;SC=TGTAGTTGTCACCATACTTTT;SOR=0.689;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=313;TCF=155;TCR=158;TR=132;WE=43903074;WS=43903056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,223:0.43:519
chr2	43903354	rs4952675	T	C	5866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=84;PP=2368;ReadPosRankSum=1.241;SC=GGTCTTGAGTTTGACCTCTGT;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=295;TCF=145;TCR=150;TR=162;WE=43903362;WS=43903344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,285:0.55:514
chr2	43903483	rs4952995	T	C	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=40;PP=761;ReadPosRankSum=-0.278;SC=TAGGACAGTGTGCCAGGGTCA;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=40;TCR=82;TR=60;WE=43903491;WS=43903473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,80:0.44:182
chr2	43905898	rs142175341	G	GAGGTGGAGGTGC	778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.10;MQRankSum=1.455;QD=31.15;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr2	43921489	rs12616572	A	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.521;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr2	43926943	rs7606783	T	A	3253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=1747;ReadPosRankSum=0.887;SC=CTGGGGCTCCTGTGAGTGACT;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=217;TCF=104;TCR=113;TR=110;WE=43926951;WS=43926933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,148:0.55:270
chr2	43931176	rs4953002	T	C	5182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=79;PP=2267;ReadPosRankSum=3.951;SC=AGGCCTTCAATATGGAGAGTG;SOR=0.729;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=258;TCF=120;TCR=138;TR=144;WE=43931184;WS=43931166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,268:0.53:506
chr2	43931321	rs4953003	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=31;PP=619;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TAAAGGAGGTGTTTAAAGGGT;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=40;WE=43931329;WS=43931311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr2	43937500	rs17414174	T	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;ReadPosRankSum=1.575;SC=GTTTAGAACGTAATTCCTCAA;SOR=0.750;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=38;WE=43937508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr2	43937723	.	C	CTTT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.784;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	43939525	rs13028613	A	G	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=922;ReadPosRankSum=1.107;SC=TCACTAAGGTAGGAACCTCCT;SOR=0.648;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=161;TCF=64;TCR=97;TR=62;WE=43939533;WS=43939515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,101:0.41:247
chr2	43947944	rs17031344	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	43953664	rs7574334	A	G	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=543;ReadPosRankSum=0.356;SC=TAATTATCAAATCAATTTAAT;SOR=0.997;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=37;WE=43953672;WS=43953654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr2	43991357	rs7565517	A	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=6;PP=683;SC=ACTTTTTCTTATCTTTAAAGA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=43991365;WS=43991347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	44099433	rs4148217	C	A	5976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=98;PP=2658;ReadPosRankSum=1.432;SC=CAGCAGTTTACGACGCTGATC;SOR=0.619;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=369;TCF=152;TCR=217;TR=174;WE=44099441;WS=44099423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,290:0.50:579
chr2	44099582	rs4148218	G	A	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=578;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GCATCCAGCAGGGCGTTGGTG;SOR=2.115;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=28;WE=44099590;WS=44099572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr2	44100849	rs4245794	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-2.211;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr2	44101214	rs10709506	CA	C	1525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=1279;SC=GGTTTGATTTCATTGTGATTG;SOR=2.613;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=44101222;WS=44101204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr2	44101538	rs28517482	C	T	9787.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
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chr2	44152180	rs4952694	G	A	2933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,162:0.45:361
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chr2	44172444	rs28394191	A	C	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=5.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.259;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,155:0.48:321
chr2	44173422	rs7594526	T	G	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=627;ReadPosRankSum=1.343;SC=GAAATCAGTGTGAAGGTAAAA;SOR=0.570;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=36;WE=44173430;WS=44173412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr2	44175366	rs72877186	A	C	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=860;ReadPosRankSum=0.544;SC=AGGGGGGAAAAAACCTGAGTT;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=55;WE=44175374;WS=44175356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,83:0.50:167
chr2	44177560	rs59338949	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=231;ReadPosRankSum=-0.905;SC=CTAAAAGACACACATAACTAT;SOR=2.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=16;WE=44177568;WS=44177550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr2	44177701	rs58811869	G	C	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=735;ReadPosRankSum=-0.415;SC=TGCAATATTAGAGGGACTTAC;SOR=0.691;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=51;WE=44177709;WS=44177691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,101:0.54:188
chr2	44186498	rs11893433	A	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=33;PP=954;SC=ACAATATTACAACAAATATTT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=44186506;WS=44186488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	44187829	rs10190161	A	C	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	44201259	rs7593842	T	C	7503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=70;PP=2965;SC=GCCAATTACATTGTCTACAAA;SOR=1.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=148;TCR=70;TR=218;WE=44201267;WS=44201249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr2	44202426	rs17031786	A	G	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=89;PP=2398;SC=AAACTAAAACATATGCTTATT;SOR=2.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=22;TCR=89;TR=111;WE=44202434;WS=44202416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	44209477	rs6741066	C	T	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=56;PP=2046;SC=CCCAATCAAACTGATTGGAAA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=113;WE=44209485;WS=44209467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	44445604	.	G	GT	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=-1.024;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr2	44502788	rs3738985	A	C	12186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=146;NR=118;PP=2965;SC=CGGATCCAGGAAGCTCAACAG;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=146;TCR=118;TR=264;WE=44502796;WS=44502778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr2	44508835	rs11124986	G	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=36;PP=987;SC=GTTTCCAGTTGTTATTTACTC;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=44508843;WS=44508825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	44512971	rs3768919	G	A	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=24;PP=877;SC=GTAAAAATACGTTGCAACCAT;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=44512979;WS=44512961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	44531484	rs3738984	C	T	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=83;PP=2392;SC=GATGGTAAGTCCTCATGACAG;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=38;TCR=83;TR=121;WE=44531492;WS=44531474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	44545234	rs11348872	GT	G	1510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=1.905;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,114:0.72:159
chr2	44547574	rs698761	G	A	8184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=97;PP=2965;SC=CCGCTAAAATGAGAATAAGGT;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=134;TCR=98;TR=231;WE=44547582;WS=44547564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr2	44547909	rs8886	T	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=42;PP=968;SC=TGAATGTAACTGCTTTAAGAA;SOR=6.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=43;WE=44547917;WS=44547899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	44548613	rs2241871	T	C	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=32;PP=1206;SC=AAAAATTAAATAGAAGGCCTT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=44548621;WS=44548603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	44556298	rs2033951	T	C	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=44;PP=1249;SC=TCTTTTATAATAACTGTTTTA;SOR=2.381;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=54;WE=44556306;WS=44556288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	44565447	rs2289463	A	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=5;PP=523;SC=AAACTGCATAAATATTTTGAT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=44565455;WS=44565437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	44569474	rs2304769	G	A	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=4;PP=1011;SC=CAAAATAAACGTTTTAAGTCA;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=42;WE=44569482;WS=44569464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr2	44569739	rs11421998	T	TA	216.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr2	44570776	rs17580226	C	T	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=1;PP=687;SC=CATAGGGATACATGAATCAGG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=44570784;WS=44570766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	44570804	rs12053381	C	A	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=6.463;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.63;ReadPosRankSum=0.645;SOR=2.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr2	44570804	.	CCTCACATGC	ACTCACATGA,ACTCACATGC	609	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=24,45;NR=3,9;PP=609,571;QD=24.5358472171;SC=CTTCTCCCTCCCTCACATGCG;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=27,54;WE=44570821;WS=44570794;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.49:55
chr2	44570813	.	C	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=8.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.647;SOR=1.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr2	44573624	rs698763	G	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=394;SC=TAGACTTAACGTTGTACAAAA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=44573632;WS=44573614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	44573658	rs698764	T	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=10;PP=300;SC=AAATAGTAGGTATTTCACAGA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=44573679;WS=44573648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	44573671	rs698765	G	T	272.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=248;SC=TTCACAGATTGTAAATGTTCT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=44573679;WS=44573648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	44617324	rs1085486	T	A	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=15;PP=868;SC=CTTTTTTGAATACTAAAAATG;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=44617332;WS=44617314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	44622256	rs1067342	A	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=205;SC=TATGGTCTAAATTTTTAGTTT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=44622264;WS=44622246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	44858687	rs10191477	T	C	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	44931520	rs343989	C	T	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=978;ReadPosRankSum=0.617;SC=TAGCCCATCACGGATATTGAA;SOR=0.685;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=67;WE=44931528;WS=44931510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,90:0.55:165
chr2	44942331	rs35173334	CA	C	264.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.044;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr2	44942384	rs343957	C	G	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=734;ReadPosRankSum=2.318;SC=TTTTTGGTCACTTCACAATCA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=54;WE=44942392;WS=44942374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,66:0.45:146
chr2	44993542	rs343937	A	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=690;ReadPosRankSum=0.323;SC=GTTTTAAAATATGTGAATTTC;SOR=1.394;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=43;WE=44993550;WS=44993532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr2	45170153	rs4953152	G	A	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=42;PP=914;ReadPosRankSum=-2.176;SC=CAGGGAAGCCGTGACTCCTGG;SOR=0.546;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=8;TCR=70;TR=48;WE=45170161;WS=45170143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr2	45171842	rs338074	A	G	19159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,759:1.00:759
chr2	45640374	rs3755073	C	A	5894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=99;PP=2726;ReadPosRankSum=1.789;SC=GTGACCTCAACGTCTGCTGAA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=315;TCF=147;TCR=168;TR=185;WE=45640382;WS=45640364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,300:0.53:563
chr2	45645512	rs2276655	C	T	3764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.401;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=52;PP=1787;ReadPosRankSum=0.416;SC=ACCTGCAAAACGTTCGGATAT;SOR=0.887;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=219;TCF=123;TCR=96;TR=125;WE=45645520;WS=45645502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,185:0.52:357
chr2	45647043	rs3213788	C	G	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.758;SC=GCTGAAAAGACAAAGATCAAA;SOR=0.723;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=197;TCF=68;TCR=129;TR=72;WE=45647051;WS=45647033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,125:0.43:291
chr2	45773816	rs2276657	C	G	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=18;PP=1599;SC=ATCACAAAAGCAACTTTAAAG;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=74;WE=45773824;WS=45773806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	45774050	rs6708810	G	A	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.555;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=758;ReadPosRankSum=0.090;SC=AAAATGTACAGAATGCACAAA;SOR=1.072;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=122;TCF=43;TCR=79;TR=53;WE=45774058;WS=45774040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,66:0.36:185
chr2	45774548	rs1865685	A	C	5152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.665;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=48;PP=2327;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TATATGGTTTATTGTCTCTCA;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=77;TCR=49;TR=125;WE=45774556;WS=45774538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr2	45780962	rs3816107	C	G	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=58;PP=1703;SC=AATACAGAAGCGGGGAAAACC;SOR=1.302;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=89;WE=45780970;WS=45780952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	45790000	rs11900809	A	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=743;ReadPosRankSum=0.564;SC=CGTTTATTAAACAAGAATACA;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=42;WE=45790008;WS=45789990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr2	45801621	rs6544833	C	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=528;ReadPosRankSum=0.216;SC=TATATTTGGGCTCTGTTGTTT;SOR=0.639;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=28;WE=45801629;WS=45801611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr2	45806963	rs374392017	TA	T	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.382;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,40:0.33:121
chr2	45808963	rs10611302	CTT	C	2604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.134;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.000;NF=6;NR=24;PP=1085;ReadPosRankSum=2.717;SC=AAAAGAGAAACTTTTGTAATA;SOR=0.591;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=30;WE=45808972;WS=45808953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,69:0.51:136
chr2	45809059	rs10611303	GTC	G	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=609;ReadPosRankSum=-0.196;SC=GAACTTTATTGTCTCTGAACT;SOR=0.906;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=18;WE=45809068;WS=45809049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr2	45826526	rs35501868	CT	C	4459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.251;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.030;NF=46;NR=33;PP=2963;ReadPosRankSum=2.013;SC=AGTACAACCCCTATGCTAGTC;SOR=0.951;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=149;TCF=79;TCR=70;TR=79;WE=45826534;WS=45826516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,132:0.50:266
chr2	45879610	rs637909	A	G	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=40;PP=1081;SC=CCTCCCCGTCATTCCGGGAAC;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=45879618;WS=45879600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	46203796	rs2278786	G	A	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=51;PP=1473;SC=TGGGGTAGGGGAGACTATGCA;SOR=1.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=74;WE=46203804;WS=46203786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	46205925	rs2249633	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=4;PP=371;SC=AAGCACTGGGACTGCCCTCTG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=46205933;WS=46205915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	46207567	rs2249505	C	T	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=59;PP=1776;SC=ACCGCCAGCCCCTCCCTTCAC;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=99;WE=46207575;WS=46207557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	46228391	rs374169133	CAT	C	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr2	46234568	rs10188306	A	G	7634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=106;NR=82;PP=2965;SC=AGAGGTATGCACTAATGCAAT;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=107;TCR=85;TR=188;WE=46234576;WS=46234558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr2	46378419	rs71824792	TACACAC	T	1532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=18.25;ReadPosRankSum=-0.244;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr2	46583235	rs6743991	C	A	427.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.500;NF=14;NR=4;PP=283;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TGTGCCAGTCCCATCTGTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=18;WE=46583243;WS=46583225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr2	46583277	.	C	CCG	1463	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=16;NR=7;PP=1463;QD=64.1304347826;SC=GTCCCACCCCCCCCCCTTTCC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=23;WE=46583289;WS=46583267;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,23:0.92:25
chr2	46583278	rs61586942	C	CG	1425.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=7.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.460;QD=36.56;ReadPosRankSum=2.753;SOR=1.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,34:0.87:39
chr2	46583279	.	CCC	TCT	1526	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=20;NR=7;PP=1526;QD=58.4988101801;SC=CCCACCCCCCCCCCTTTCCAG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=27;WE=46583289;WS=46583267;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr2	46583279	rs142684263	C	CT	1469.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.68;ReadPosRankSum=2.830;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,33:0.87:38
chr2	46583281	rs75984373	C	T	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.53;ReadPosRankSum=2.172;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,36:0.88:41
chr2	46583593	rs2278753	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.360;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=415;ReadPosRankSum=-1.386;SC=CTCAGGCCACGCTCCCACCCC;SOR=0.280;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=24;WE=46583601;WS=46583583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr2	46739157	rs3814045	A	G	2149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1007;ReadPosRankSum=0.728;SC=CACTAGCTTCACTTCCCAGAG;SOR=0.638;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=73;WE=46739165;WS=46739147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,109:0.57:190
chr2	46771134	rs6714484	G	C	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=63;PP=1457;ReadPosRankSum=0.404;SC=AACAAACAGAGCCGGATAAGC;SOR=1.451;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=121;TCF=12;TCR=109;TR=69;WE=46771142;WS=46771124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
chr2	46799852	rs1451153	G	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=1.049;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr2	46818992	rs17818315	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.220;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,41:0.38:107
chr2	46819815	rs2305350	A	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.420;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=438;ReadPosRankSum=0.417;SC=GTATACATATATTTCCTGCTA;SOR=1.154;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=27;WE=46819823;WS=46819805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr2	46839477	rs1824050	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr2	46840680	rs4952836	T	A	86.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	46842410	rs2242033	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=-1.987;SC=AATAGGTCATAAAGTCAATTT;SOR=0.846;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=15;WE=46842418;WS=46842400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr2	46845849	rs2122715	A	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr2	46986416	rs6738426	A	G	3254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.190;NF=63;NR=58;PP=1633;ReadPosRankSum=1.382;SC=TTTTTGATACATTTGATCCAT;SOR=0.645;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=267;TCF=144;TCR=123;TR=121;WE=46986424;WS=46986406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,171:0.44:385
chr2	46987300	rs3768720	T	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=463;ReadPosRankSum=-1.421;SC=TCCCCAAAGGTTGTTAACTAG;SOR=0.648;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=30;WE=46987308;WS=46987290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,51:0.54:95
chr2	47044277	rs2289930	C	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=-2.140;SC=CCACTGCAGCCCTGAGCCCCA;SOR=0.111;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=13;WE=47044285;WS=47044271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr2	47045267	rs2289931	G	A	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=906;ReadPosRankSum=-0.223;SC=GCAGCAACCCGGGCCAGCCCA;SOR=0.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=79;TCR=31;TR=56;WE=47045275;WS=47045257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr2	47045309	rs2289933	C	T	4948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.882;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=32;PP=2962;ReadPosRankSum=0.778;SC=TCTTGCCTCTCCTCCTCCAGG;SOR=0.885;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=189;TCF=125;TCR=64;TR=99;WE=47045329;WS=47045299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,128:0.51:250
chr2	47045321	rs17773492	A	G	5707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TCCTCCAGGGAACTCTTTGAA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=136;TCR=78;TR=119;WE=47045329;WS=47045299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,163:0.55:295
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chr2	47185438	rs4952856	G	A	1987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CTCATCCCCCGCTCTGCGCCT;SOR=0.997;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=148;TCF=96;TCR=52;TR=75;WE=47185446;WS=47185428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,94:0.51:183
chr2	47201797	rs6745836	A	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=14;PP=551;SC=AAATTTTTTTAAAAAACCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=47201805;WS=47201787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	47201991	rs67758600	CT	C	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.387;NF=6;NR=2;PP=239;ReadPosRankSum=-2.685;SC=AGACCTCCGCCTCCTCCTGGC;SOR=0.721;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=8;WE=47201999;WS=47201981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr2	47220448	rs60188383	C	CT	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=536;ReadPosRankSum=-0.724;SC=TGTTACAACTCTAACTTTTCA;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=14;WE=47220456;WS=47220438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr2	47220622	rs17480869	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-3.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=411;ReadPosRankSum=-1.202;SC=AGCTCCGGGAGGTGCTGCGGA;SOR=0.666;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=34;WE=47220630;WS=47220612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,77:0.51:151
chr2	47221693	rs7576915	A	G	3512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=59;PP=1420;ReadPosRankSum=-2.594;SC=CCAGTCTCACATCTCACGCAG;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=181;TCF=72;TCR=109;TR=99;WE=47221701;WS=47221683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,171:0.57:302
chr2	47233048	rs13407983	G	A	3880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,222:0.45:495
chr2	47233749	rs13424540	T	C	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.530;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=972;ReadPosRankSum=0.779;SC=GGACCCCTGGTGGGTAAATGC;SOR=0.596;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=164;TCF=96;TCR=68;TR=80;WE=47233757;WS=47233739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,122:0.49:249
chr2	47238631	rs55944397	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=338;ReadPosRankSum=-0.670;SC=GTGGCAGCAGCTGGCTGTGCA;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=18;WE=47238639;WS=47238621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr2	47256618	rs7575628	A	G	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=46;PP=1092;ReadPosRankSum=0.051;SC=GTCAGCCAACACACATGAAGT;SOR=0.698;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=18;TCR=80;TR=57;WE=47256626;WS=47256608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr2	47273668	rs12712986	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=539;ReadPosRankSum=1.609;SC=ATGGGGAGGAGAGTGAGGCTT;SOR=1.225;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=30;WE=47273676;WS=47273658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr2	47277043	rs2304287	C	G	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=537;ReadPosRankSum=0.066;SC=CCCTGTGATGCTAGCCCTCTA;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=28;WE=47277051;WS=47277033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr2	47277207	rs3816066	CA	AG	5800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.055;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,156:0.43:359
chr2	47278823	rs17482356	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=-0.744;SC=AATGACTGCTCCTGGGGCCTG;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=47278831;WS=47278813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr2	47314052	rs1474394	T	C	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=628;SC=CAATCATGTTTTGTGGCCAGA;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=47314060;WS=47314045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	47348155	rs6741295	GC	AA	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=182;ReadPosRankSum=-1.027;SC=AGCTGACCTGGCAGTGTAGAG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=5;WE=47348164;WS=47348145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr2	47348347	rs1880583	C	T	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=739;ReadPosRankSum=-1.519;SC=CTCCCCTCACCCCTAGCTGTC;SOR=0.759;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=50;WE=47348355;WS=47348337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,89:0.51:173
chr2	47357458	rs58184321	A	G	3936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=70;PP=1684;ReadPosRankSum=0.454;SC=TCACTTCGTTATCTGTCATTC;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=224;TCF=79;TCR=145;TR=110;WE=47357466;WS=47357448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,191:0.52:366
chr2	47357564	rs59073987	A	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.232;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=0.380;SC=GTGGAGCTTCAAAACATTTAA;SOR=2.726;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=16;WE=47357572;WS=47357554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr2	47380203	rs815809	T	C	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	47382214	rs815806	C	G	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=27;PP=2034;SC=GGAACGAGAGCGGCACGAAGG;SOR=1.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=95;WE=47382222;WS=47382204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	47382300	rs815805	G	A	3324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1442;ReadPosRankSum=1.700;SC=CAAGGGGCAGGCCATCTTACC;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=105;TCR=90;TR=103;WE=47382308;WS=47382290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,167:0.49:344
chr2	47382342	rs815804	G	T	3641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.995;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,195:0.48:409
chr2	47387989	.	CAAAA	C	176.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	47601106	rs1126497	T	C	7371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=80;PP=2873;SC=GGCACCTCCATGTGCTGGTGT;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=89;TCR=80;TR=169;WE=47601114;WS=47601096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr2	47605097	rs28609437	C	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=242;SC=GATGGCCGGGCACGGTGGCTC;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=47605105;WS=47605087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	47612224	rs7584256	C	T	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=16;PP=1260;SC=AAATTATGTCCATTAAAAGCA;SOR=2.080;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=60;WE=47612232;WS=47612214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	47613870	rs1421	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=19;PP=643;SC=TAACATCATATATTTGTAATA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=47613878;WS=47613860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	47630213	rs2303425	T	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=3;PP=242;SC=TGGAAGCTGATTGGGTGTGGT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=47630221;WS=47630203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	47630550	rs2303426	C	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=29;PP=883;SC=AGGTGAGGGCCGGGACGGCGC;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=47630558;WS=47630540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	47656801	rs2347794	G	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=7;PP=1054;SC=AGCTGATTTAGTTGAGACTTA;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=47656809;WS=47656791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	47672569	rs1981929	G	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=241;SC=TTGGAGACCTGCTGTACTATT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=47672577;WS=47672559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	47690404	rs3771278	T	C	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	47690408	rs3771279	A	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.88;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	47690411	rs3771280	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	47693706	rs3732182	G	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=380;SC=ATAACAGTATGTTTTTCACTA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=47693714;WS=47693696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	47693788	rs12998837	A	T	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=23;PP=1012;SC=TTTCTTCTTGATTATCAAGGC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=47693796;WS=47693778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	47693959	rs3732183	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=360;SC=TTTGCAAGTCGTTATTATATT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=47693967;WS=47693949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	47698308	rs3764959	A	G	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=3;PP=49;SC=AAGCCATTACATTCTGACTAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=47698316;WS=47698298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	47739551	rs2303424	A	G	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=51;PP=1560;SC=AGACAGAACCAGGGCAGTGGT;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=85;WE=47739559;WS=47739541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	47748292	rs2278139	A	G	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=27;PP=1427;SC=CGGGGTCGGCACCGAGCGCGG;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=67;WE=47748300;WS=47748282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	48010214	rs41540312	C	T	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GCGCACCGCCCGCGCACGGCG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=13;WE=48010222;WS=48010210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	48010488	rs1042821	G	A	4180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=92;PP=2244;ReadPosRankSum=-0.772;SC=GCTGCCCCCGGGGCCTCTCCT;SOR=0.814;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=343;TCF=140;TCR=203;TR=149;WE=48010496;WS=48010471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,208:0.45:461
chr2	48018314	rs3136282	T	A	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=1.379;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAAACA;SOR=0.551;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=21;WE=48018322;WS=48018304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr2	48022900	rs3136316	A	G	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=12;PP=673;SC=GTGAGCCACCACACCTGGCAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=48022908;WS=48022890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	48022981	rs1800934	G	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=484;ReadPosRankSum=-1.269;SC=GGGATTACAGGCGTGAGCCTC;SOR=0.720;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=35;WE=48022989;WS=48022971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
chr2	48023115	rs1800935	T	C	2957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.542;SC=AACGTGCAGATGAAGCCTTAA;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=85;WE=48023123;WS=48023105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,148:0.53:278
chr2	48025694	rs1800936	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=0.239;SC=AACTGTCTTACATTATGGTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=48025702;WS=48025684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	48025764	rs1800937	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr2	48030458	rs2072447	G	C	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=11;PP=1235;SC=TGAAAGTTATGTCTTATAATG;SOR=2.262;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=50;WE=48030466;WS=48030448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	48032740	rs267608104	A	AT	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.944;QD=4.62;ReadPosRankSum=1.006;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr2	48032874	rs2234731	ACTAT	A	2005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=22;PP=1290;SC=TCATTTGAAGACTATCTATCT;SOR=1.203;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=48032885;WS=48032864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	48032937	rs3136359	T	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=11;PP=344;SC=TGAAGTACATTTAAACAATAT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=48032945;WS=48032927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	48033272	rs148100105	ATTTTTGTTTTAATTCCT	A	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr2	48033546	rs142812704	C	CT	5094.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.253;NF=40;NR=44;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TGAGAGGGCACTTCTCTTGCT;SOR=0.741;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=165;TCF=72;TCR=93;TR=84;WE=48033559;WS=48033536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,197:0.55:361
chr2	48033551	rs3136367	C	G	13734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=90;PP=2965;SC=GGGCACTTCTCTTGCTAGCAC;SOR=0.913;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=132;TCR=93;TR=218;WE=48033559;WS=48033536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
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chr2	48040904	rs373765859	G	GA	5210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=42;PP=2909;SC=TATTAACACAGAAAAAAGATG;SOR=1.151;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=87;WE=48040912;WS=48040894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	48046012	rs374445177	TA	T	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.453;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,59:0.33:181
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chr2	48066232	rs368463059	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=1.833;QD=3.51;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr2	48132541	.	CCCCG	C	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;QD=35.25;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	48586409	rs137947879	ATTTAGTT	A	826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.902;NF=1;NR=14;PP=662;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TTTATGTTTTATTTAGTTTTT;SOR=0.450;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=15;WE=48586423;WS=48586399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr2	48600592	rs78185897	C	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.825;SC=AAAATTACTTCTTTCCAACCA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=48600600;WS=48600582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	48602252	rs17855177	C	T	3630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=61;PP=1860;ReadPosRankSum=0.582;SC=GCGTGTCTTCCCTGTCTTCTG;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=239;TCF=113;TCR=126;TR=117;WE=48602260;WS=48602242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,170:0.49:347
chr2	48667968	.	C	CGGCGGCTGCGGT	845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.047;QD=9.72;ReadPosRankSum=2.982;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr2	48689053	rs11125171	A	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=1.248;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr2	48734576	rs6716341	G	A	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=51;PP=1558;SC=CCCTGCAGGAGTTAGGACACT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=72;WE=48734584;WS=48734566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	48738388	rs62135170	C	T	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=19;PP=1945;SC=TATAATTTCCCTACTCCACAT;SOR=2.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=86;WE=48738396;WS=48738378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	48738687	rs4528813	G	C	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=58;PP=1665;SC=ATTTCAGGAGGAAGAGGACAT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=80;WE=48738695;WS=48738677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	48757105	rs201429893	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=1.072;SC=GTCGGACACCAGAAAAACTTT;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=7;WE=48757113;WS=48757095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr2	48757257	.	T	TTCCTCCGCCTCC	664.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.031;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=2974;ReadPosRankSum=1.034;SC=GCCCCGGGTCTTCCTCCCCCT;SOR=5.421;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=32;WE=48757265;WS=48757247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr2	48757288	rs116061481	C	T	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=28.33;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	48807796	rs17039250	A	C	3615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=35;PP=1572;ReadPosRankSum=0.889;SC=ATCCAGGCAAATGGGTCACCT;SOR=0.713;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=205;TCF=129;TCR=76;TR=101;WE=48807804;WS=48807786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,177:0.52:338
chr2	48807976	rs3828340	T	C	4712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=76;PP=2378;ReadPosRankSum=0.765;SC=CCATTGTAGATTTTTATTTCA;SOR=0.719;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=340;TCF=169;TCR=171;TR=156;WE=48807984;WS=48807966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,236:0.45:522
chr2	48808152	rs940389	G	C	5080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=77;PP=2826;ReadPosRankSum=-0.450;SC=CTGCCTACCAGACCAACATGT;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=191;TCR=158;TR=169;WE=48808160;WS=48808142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,237:0.49:487
chr2	48808594	rs3749142	C	T	5427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=83;PP=2532;ReadPosRankSum=-1.668;SC=AGCCAAAATCCGGATGGTCTT;SOR=0.546;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=338;TCF=157;TCR=181;TR=165;WE=48808602;WS=48808584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,268:0.47:566
chr2	48808882	rs3749144	T	A	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=915;ReadPosRankSum=1.000;SC=TTCATGAACCTGACATAGAGC;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=54;WE=48808890;WS=48808872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,67:0.50:135
chr2	48808898	rs3749145	C	T	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=964;ReadPosRankSum=1.141;SC=AGAGCAGATGCTGAAGTTGGG;SOR=0.788;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=56;WE=48808906;WS=48808888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,66:0.47:139
chr2	48809593	rs3792234	G	T	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=-1.795;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,138:0.49:280
chr2	48809756	rs3792235	T	C	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=384;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TAAATATTCTTACCTTCCTCC;SOR=0.382;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=28;WE=48809764;WS=48809746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,44:0.63:70
chr2	48822381	rs2140551	G	A	4493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=52;PP=2734;ReadPosRankSum=-0.065;SC=AAATAGAAAAGAAGTGGATTA;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=88;TCR=53;TR=139;WE=48822389;WS=48822370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr2	48844968	rs2293269	C	G	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.652;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=26;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TCCGAGGGCACTGCGTGCCGC;SOR=0.585;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=143;TCF=94;TCR=49;TR=72;WE=48844976;WS=48844958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,117:0.53:222
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chr2	48898798	rs3920390	T	A	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,75:0.53:142
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chr2	48925746	rs6755901	C	T	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=18;PP=1061;SC=CTTTTGGTTTCTACTTACTCT;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=48925754;WS=48925736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	48925986	rs70946824	AT	A	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.819;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr2	48936006	rs73928211	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.449;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=218;ReadPosRankSum=-0.828;SC=ATATCAGCTTGGGGATGATGT;SOR=2.035;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=14;WE=48936014;WS=48935996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr2	48952701	rs6545063	C	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=4;PP=517;SC=GAGGAACATGCAAATAGTGCC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=48952709;WS=48952691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	48956431	rs11892719	T	A	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=34;PP=1028;SC=TCTGCATGATTATGAGCTATG;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=48956439;WS=48956421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	48956475	rs11887058	C	T	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.385;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=412;ReadPosRankSum=0.651;SC=ACCACTGTGTCCCCCTGAAAA;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=28;WE=48956483;WS=48956465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr2	48956512	rs11897846	A	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=-2.261;SC=GTTGTCCCCAAATCATACAGT;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=16;WE=48956520;WS=48956502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr2	48960032	rs10495960	G	A	2602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=38;PP=1231;ReadPosRankSum=0.924;SC=ATTCCCGAAGGCATTCCCAAG;SOR=0.671;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=195;TCF=115;TCR=80;TR=88;WE=48960040;WS=48960022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,134:0.43:311
chr2	48982485	rs4073367	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=41;ReadPosRankSum=-0.055;SC=AACCACCAAGTTTTGGGTTCT;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=48982493;WS=48982475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	48982622	rs4073366	C	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr2	48982755	.	G	GGCTGCA	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.11;MQRankSum=1.583;QD=25.48;ReadPosRankSum=1.764;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	49003458	rs62135453	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GCAATGACTACGATGGACAAG;SOR=0.997;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=16;WE=49003466;WS=49003448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr2	49215977	rs2072488	G	A	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=5;PP=990;SC=AGATGAGAGAGGAACGCAGAA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=49215985;WS=49215967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	49216284	rs2072487	C	T	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=439;SC=ATGCGGTCTTCAGCTGAGGTA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=49216292;WS=49216274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	49244559	rs2091787	A	G	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.584;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=1023;ReadPosRankSum=1.512;SC=AGTATCAAGTAGGCCTTTTAG;SOR=0.623;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=68;WE=49244567;WS=49244549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,88:0.53:167
chr2	49381585	rs1394205	C	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=281;SC=CTGATTTCTTCCTGCATTTGC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=49381593;WS=49381575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	49510173	rs7578654	A	C	7530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=111;PP=2965;SC=CTGCTATATAACTTGATCTCT;SOR=0.977;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=86;TCR=111;TR=196;WE=49510190;WS=49510163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	50170729	rs1345562	G	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr2	50201110	rs9636391	A	G	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=46;PP=2212;SC=AGCTACCTGCAAGTTTTCACA;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=113;WE=50201118;WS=50201100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	50201383	rs4971883	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=1.485;SC=AATGGCTGACGCACTACGGCA;SOR=0.399;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=16;WE=50201391;WS=50201373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr2	50434759	rs1715984	C	G	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=27;PP=1073;SC=GACTTTGAATCAAATATTATA;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=63;WE=50434767;WS=50434749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	50574038	rs13413205	C	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr2	50692459	rs12713101	T	A	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=9;PP=716;SC=ACTGCTTCTATGGGTTATGAC;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=50692467;WS=50692449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	50692819	rs10168838	T	G	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=330;SC=AACTAGTTTTTAAAGTTCTAG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=50692827;WS=50692809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	50693504	rs75315267	AAC	A	4092.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=21;PP=1429;SC=GAACCCAAATAACAGTTACTG;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=50693513;WS=50693494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	50699305	rs2075234	T	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=3;PP=601;SC=AATTAAAAACTTGAATAAGGA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=50699313;WS=50699304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr2	54035374	rs2692519	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=315;ReadPosRankSum=-0.490;SC=AACTTAAGCCATAACTGAAAA;SOR=1.352;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=23;WE=54035382;WS=54035364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr2	54041983	rs2542571	G	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,84:0.50:167
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chr2	54122956	rs698856	A	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=505;ReadPosRankSum=-1.442;SC=CAGTACCAGCATAACTTTGTC;SOR=0.803;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=31;WE=54122964;WS=54122946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr2	54133744	rs805316	T	C	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,101:0.48:211
chr2	54135429	rs805319	G	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=348;ReadPosRankSum=-0.370;SC=AAAACAATTAGTGCAGACTTT;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=20;WE=54135437;WS=54135419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr2	54152927	rs2302879	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;ReadPosRankSum=1.372;SC=ATTCAAGTGATAGCTACTTAA;SOR=0.706;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=25;WE=54152935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr2	54155240	rs805349	A	G	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=965;ReadPosRankSum=0.005;SC=GTGTATAATCACCAATATACT;SOR=0.873;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=147;TCF=97;TCR=50;TR=72;WE=54155248;WS=54155230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,114:0.50:229
chr2	54158957	rs805352	C	T	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=10;PP=752;ReadPosRankSum=-1.678;SC=GCTGAGACTCCCACTAACCAC;SOR=1.025;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=125;TCF=90;TCR=35;TR=49;WE=54158965;WS=54158947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,77:0.45:170
chr2	54161885	rs805357	G	T	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,56:0.56:100
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chr2	54175440	rs805445	T	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr2	54343012	rs7573491	C	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=321;ReadPosRankSum=-0.955;SC=ACTTCCGCTCCGCCATGACAC;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=23;WE=54343020;WS=54343002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr2	54362437	rs2357954	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	54482703	rs76397255	GGGGCCC	G	11372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.493;NF=43;NR=119;PP=2977;ReadPosRankSum=2.612;SC=CCCACGTTCAGGGGCCCGGGC;SOR=0.591;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=343;TCF=97;TCR=246;TR=162;WE=54482716;WS=54482693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,290:0.62:469
chr2	54482989	rs6740641	C	T	7231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=0.170;SC=AGGCAGAGGCCGCTTCTAGGC;SOR=0.596;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=458;TCF=200;TCR=258;TR=238;WE=54482997;WS=54482979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:333,347:0.51:680
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chr2	54494448	rs1817557	G	A	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=511;ReadPosRankSum=1.504;SC=CATCAGCTCCGGAAGCTGGGT;SOR=0.501;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=37;WE=54494456;WS=54494438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,67:0.49:138
chr2	54587596	rs2280718	C	T	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=54;PP=1774;SC=CCCAGCACTCCTGAGAGCAGA;SOR=0.895;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=97;WE=54587604;WS=54587586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
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chr2	54608883	rs11677654	C	A	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=14;PP=876;ReadPosRankSum=-1.310;SC=ACTTTTCCATCATGGGCACAT;SOR=1.002;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=52;WE=54608891;WS=54608873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,63:0.64:99
chr2	54839276	rs3796014	A	G	3269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=1385;ReadPosRankSum=-2.752;SC=ATGTGTCTCTACCTCTGCTCT;SOR=0.676;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=200;TCF=99;TCR=101;TR=90;WE=54839284;WS=54839266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,165:0.45:370
chr2	54844911	rs72618664	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=238;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TTCCATATCCGTTGGCTTAAC;SOR=0.474;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=19;WE=54844919;WS=54844901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr2	54855137	rs2971887	T	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=868;ReadPosRankSum=-0.826;SC=AGGGAAGGCATAGCTTCATTG;SOR=1.046;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=74;TCR=29;TR=51;WE=54855145;WS=54855127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,61:0.46:132
chr2	54858511	rs1052788	C	T	5962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=92;PP=2497;ReadPosRankSum=1.152;SC=ACATCAAGAACGAGATCGACA;SOR=0.669;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=397;TCF=185;TCR=212;TR=171;WE=54858519;WS=54858501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,309:0.43:722
chr2	54886347	rs1052820	G	A	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.387;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=757;ReadPosRankSum=1.192;SC=AGAGGCGGCCGCCTTCTCCCG;SOR=0.538;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=55;WE=54886355;WS=54886337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,110:0.53:206
chr2	54893237	rs3817163	C	T	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=720;ReadPosRankSum=0.324;SC=TGAGAGTCGCCGTGCTTCATG;SOR=0.478;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=41;WE=54893245;WS=54893227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr2	54895817	rs201990044	AT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.702;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr2	55040426	rs2631840	A	G	7644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GGAAGGAGCCATATATATGCA;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=80;TCR=98;TR=174;WE=55040434;WS=55040416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,302:0.99:304
chr2	55071101	rs10610419	TTGTG	T,TTG	1563.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.113;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.66;ReadPosRankSum=0.789;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,18,46:0.26,0.67:69
chr2	55077061	rs12713278	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=225;ReadPosRankSum=-1.195;SC=TTCTATTTGTAGAATTGCTGC;SOR=1.002;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=12;WE=55077069;WS=55077051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr2	55080703	rs35619447	A	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=1.226;SC=AGTTTTCTTAAAGTTTCAGAT;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=55080711;WS=55080693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	55091029	rs2358155	C	T	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=486;ReadPosRankSum=0.329;SC=ATCGCCAGGTCGGTAAGCAGG;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=42;WE=55091037;WS=55091019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,78:0.47:166
chr2	55093784	rs17417731	T	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-2.124;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr2	55093842	rs1961245	G	A	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=373;ReadPosRankSum=-0.831;SC=ATGTCAAGATGCTGATATTTT;SOR=0.660;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=31;WE=55093850;WS=55093832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,58:0.43:136
chr2	55121930	rs998230	C	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=394;ReadPosRankSum=0.810;SC=AGTTTTCCATCTCATATATTT;SOR=1.142;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=22;WE=55121938;WS=55121920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr2	55122589	rs6545454	A	G	3900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=66;PP=1693;ReadPosRankSum=0.639;SC=CTGGGACTAGAGTGAGGCAAA;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=88;TCR=135;TR=110;WE=55122597;WS=55122579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,192:0.50:385
chr2	55180965	rs4671998	G	A	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=10;PP=1166;SC=TGGAGGTTGCGGTGAGCTGAG;SOR=2.247;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=52;WE=55180973;WS=55180955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	55181022	rs34371058	T	TA	435.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,44:0.41:107
chr2	55186229	rs12623902	T	C	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=21;PP=1168;SC=GAAGATGTTGTTTTGTTTACA;SOR=1.112;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=59;WE=55186237;WS=55186219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	55186394	rs17346629	A	C	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	55187297	rs58866010	A	AG	3354.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=23;PP=1667;SC=AGAGGGCCGGAGGGGTAGTGG;SOR=1.189;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=42;WE=55187305;WS=55187287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	55200800	rs2255112	T	G	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=23;PP=1003;SC=TGCTAAAGAATCTTATTAACC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=55200808;WS=55200790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	55201038	rs2255026	C	T	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=26;PP=778;SC=TCAAAAAGAACGGAATGATTT;SOR=1.146;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=55201046;WS=55201028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	55214618	rs2580769	A	C	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=18;PP=1409;SC=TGTTTTCCAGACATCTCACCT;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=55214626;WS=55214608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	55214912	rs2580770	C	G	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=35;PP=952;SC=AAAACAAAAACGCTACTACAT;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=55214920;WS=55214902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	55404794	rs14026	G	A	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	55407754	rs6716066	C	T	11851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=137;PP=2965;SC=TCACTGTAGACAATCTGAGCT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=270;TCF=133;TCR=137;TR=269;WE=55407762;WS=55407744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr2	55407935	rs10183953	G	A	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=41;PP=1119;SC=AGCACAGTAGGACTGGATTTT;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=45;WE=55407943;WS=55407925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	55439963	rs2118283	C	A	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=38;PP=1083;SC=GAAAGGCTTTCTTATGTCTTT;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=55439971;WS=55439953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	55470115	rs11357	C	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=17;PP=874;SC=TTTGCACTTACATCACCCACT;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=55470123;WS=55470105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	55471407	rs2589083	T	C	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=53;PP=1270;SC=AATGTCATAATGTACTTTAAG;SOR=2.239;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=69;WE=55471415;WS=55471397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	55473371	rs2576724	A	G	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=29;PP=2097;ReadPosRankSum=0.263;SC=AATATTGTTCATGAACTAACA;SOR=0.895;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=86;TCR=30;TR=111;WE=55473379;WS=55473361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr2	55473386	rs3833559	CAT	C	7916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=49;PP=2973;SC=CTAACAATAACATGTAACAAA;SOR=1.583;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=101;WE=55473395;WS=55473376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	55473681	rs2589081	A	C	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=50;PP=1407;SC=GTCACATAATACTTGCAAGTT;SOR=4.548;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=53;WE=55473689;WS=55473671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	55489629	rs2589093	T	C	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=72;PP=2094;SC=TTTAGATTTATTCTCAAATAT;SOR=3.116;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=12;TCR=74;TR=84;WE=55489637;WS=55489619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	55490745	.	CA	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.910;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.964;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr2	55490819	rs1056445	G	T	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=1.714;SC=AGCAGCCCCAGTGAGCACATC;SOR=0.366;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=182;TCF=117;TCR=65;TR=181;WE=55490827;WS=55490809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,266:1.00:267
chr2	55518742	rs2249856	T	C	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=16;PP=1166;SC=TGTGCACTTGTTTCACACTTA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=55518750;WS=55518732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	55522422	rs2589110	A	G	7560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=99;PP=2965;SC=TTATTCTGATAACTGGCCTAG;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=107;TCR=99;TR=205;WE=55522430;WS=55522412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr2	55527108	rs1545121	G	A	6036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=76;PP=2434;SC=TGATGATGCTGATGAGCTTTT;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=61;TCR=77;TR=137;WE=55527116;WS=55527098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	55528257	rs2576699	A	C	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=16;PP=729;SC=GCTGGCAATGACGCATTCACC;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=55528265;WS=55528247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	55528514	rs2589117	A	G	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=217;SC=TCAATCATGTATAATACAGAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=55528522;WS=55528504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	55566531	rs12621734	A	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=738;ReadPosRankSum=0.590;SC=AGTGGAAAATAAATGGGCTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=11;WE=55566549;WS=55566521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	55566538	rs71821845	CTATT	C	493.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.563;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=672;ReadPosRankSum=0.791;SC=AATAAATGGGCTATTTATTTA;SOR=3.477;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=10;WE=55566549;WS=55566521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	55576634	rs2589090	C	T	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=32;PP=996;ReadPosRankSum=-2.613;SC=TCCTAAATAACAGATATTCCA;SOR=0.808;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=165;TCF=97;TCR=68;TR=84;WE=55576642;WS=55576624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,141:0.51:278
chr2	55582601	rs5831355	T	TTTGACACA	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=493;ReadPosRankSum=0.941;SC=TTTTTCTCATTTACTTGTGAA;SOR=0.883;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=9;WE=55582609;WS=55582591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr2	55582684	rs1437394	A	T	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=752;ReadPosRankSum=0.408;SC=GACCATATAAATTCAATGAAC;SOR=0.895;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=129;TCF=81;TCR=48;TR=54;WE=55582692;WS=55582674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,82:0.41:200
chr2	55589364	rs13019339	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr2	55589434	rs3111412	T	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.089;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=654;ReadPosRankSum=1.005;SC=ACTGAAAGAATTTTACAAACC;SOR=1.323;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=39;WE=55589442;WS=55589424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,45:0.32:139
chr2	55599655	rs3111411	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=431;ReadPosRankSum=1.431;SC=TTCTAAAATAGAAACAATTAT;SOR=0.474;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=34;WE=55599663;WS=55599645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,49:0.54:91
chr2	55749193	rs17369150	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=153;ReadPosRankSum=-1.098;SC=GCATTAATAAAATGATTTGGT;SOR=1.009;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=14;WE=55749201;WS=55749183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr2	55760940	rs4671248	G	T	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=19;PP=1431;SC=CTTAAGGAACGAGAACAGTGA;SOR=1.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=68;WE=55760948;WS=55760930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	55762957	rs3762513	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	55764511	.	G	GA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr2	55764754	rs11280083	AATATGAATAC	A	4702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=46;PP=2971;SC=TTTCTCTAATAATATGAATAC;SOR=1.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=48;WE=55764771;WS=55764744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	55771050	rs3816489	C	G	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=19;PP=1884;SC=ATTCTAATTGCTCTTATTGTC;SOR=2.189;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=85;WE=55771058;WS=55771040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	55771161	rs1045910	A	G	11377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
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chr2	55808969	rs1975486	C	T	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=20;PP=505;SC=TTATTTAAACCTCTATTCCTA;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=55808977;WS=55808959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	55812073	rs7594279	T	G	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=29;PP=2298;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GTCAGAAATCTATTATTTTGC;SOR=1.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=92;TCR=30;TR=121;WE=55812081;WS=55812063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr2	55815922	rs199690164	CA	C	762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.231;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.334;NF=8;NR=12;PP=488;ReadPosRankSum=0.282;SC=AATCTAATTACAAAAAATTGT;SOR=0.368;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=20;WE=55815930;WS=55815912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr2	55844445	rs782594	T	C	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=96;PP=2770;SC=TCCACCGCTCTAGCCGCCGCC;SOR=2.778;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=20;TCR=97;TR=116;WE=55844453;WS=55844435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	55863360	rs35916020	T	TA	539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.710;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.414;SOR=1.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr2	55873301	rs2627776	T	A	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=10;PP=618;SC=TTCCACTTTTTAAAGCAATAT;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=55873309;WS=55873291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	55883317	rs2627765	G	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=619;SC=GGAAAATCTCGGGGAATAACA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=55883325;WS=55883307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	55883509	.	T	TA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.295;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr2	55889062	rs782604	G	A	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	55894243	rs76693423	G	A	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=2.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,98:0.49:198
chr2	55894247	rs782637	T	C	6765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.88;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	55898290	rs782632	C	G	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	55898929	rs2627771	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.40;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	55898929	.	AC	GT	455	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6;NR=5;PP=455;QD=46.2243522602;SC=GCCACTGCACACCAGCCTGGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=11;WE=55898938;WS=55898919;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr2	55898930	rs2627772	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.40;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	55899228	rs782631	A	T	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=525;SC=TCTGGAAACAAGAGGCAGTTT;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=55899236;WS=55899218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	55900283	rs782629	A	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=190;SC=ATTTTCAAATACCATGACATG;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=55900291;WS=55900273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	55912120	rs782572	T	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=22;PP=689;SC=GAAGTACCAATCTCTCTTCTC;SOR=1.132;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=35;WE=55912128;WS=55912110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	55914573	rs11386711	C	CA	78.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	55914621	rs809732	T	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=329;SC=TGGACTCTGGTTGTCTGGAAT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=55914629;WS=55914611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	55920663	rs62165235	T	C	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.502;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=488;ReadPosRankSum=0.822;SC=AAAGGGAAATTTGGAATTTAG;SOR=1.237;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=29;WE=55920671;WS=55920653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr2	56098272	rs45535043	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.026;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=553;ReadPosRankSum=0.411;SC=TAGAGATGTAGGGTCAAAGAG;SOR=0.474;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=39;WE=56098280;WS=56098262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,66:0.44:149
chr2	56102260	rs55673402	G	GAT	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=8.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	56145270	rs10496056	A	G	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1300;ReadPosRankSum=1.440;SC=CCTTTTTGGTATAACACAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=116;TCR=109;TR=96;WE=56145278;WS=56145260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,156:0.44:351
chr2	56149475	rs2277886	C	G	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.318;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,109:0.49:223
chr2	56216052	rs10865292	G	A	8046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr2	56411817	rs35587531	C	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,49:0.42:118
chr2	56603118	rs72803075	C	G	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=59;PP=1737;SC=GTTGTGTCGTCGCTTGTTCGC;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=92;WE=56603126;WS=56603108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	56611543	rs34920355	C	CAAG	5154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.555;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.323;NF=6;NR=50;PP=2329;ReadPosRankSum=-0.700;SC=TGATAGAAGACAAGAAGAAAA;SOR=0.585;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=131;TCF=12;TCR=119;TR=56;WE=56611551;WS=56611533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,133:0.54:248
chr2	58275666	rs986512	G	A	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=29;PP=999;SC=CTTAAGGTGTGTCCTGCACTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=58275674;WS=58275656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	58316814	rs1051061	A	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=532;ReadPosRankSum=-0.937;SC=TCATGGTGATATAAAAGCAGC;SOR=1.067;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=39;WE=58316822;WS=58316804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr2	58358810	rs10496087	C	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=200;ReadPosRankSum=1.414;SC=AAGTTTTATTCCAGCTGAACA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=11;WE=58358818;WS=58358800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
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chr2	58449041	rs200325071	CA	C	1273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.677;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.237;NF=18;NR=11;PP=948;ReadPosRankSum=2.621;SC=ATATATAAAACAAAGGCATTT;SOR=1.140;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=29;WE=58449049;WS=58449031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
chr2	60614572	rs243080	G	A	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=573;ReadPosRankSum=0.045;SC=GAACGGCTCTGCAAGATGCCT;SOR=0.667;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=40;WE=60614580;WS=60614562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,82:0.50:163
chr2	60687959	rs7569946	A	G	3738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=61;PP=1865;ReadPosRankSum=0.419;SC=AGAAGCGCAAACTCCCGTTCT;SOR=0.628;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=267;TCF=119;TCR=148;TR=115;WE=60687967;WS=60687949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,185:0.44:422
chr2	60768978	rs2665668	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=60;ReadPosRankSum=1.780;SC=AAAATAAGTAGTCATAATAGC;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6;WE=60768986;WS=60768968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	61007782	rs10496089	A	G	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=46;PP=2824;SC=ATAATTATAAAGTTTCATGTA;SOR=1.286;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=92;TCR=46;TR=138;WE=61007790;WS=61007772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	61008036	rs3845814	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=34;PP=1006;SC=ACTATAGTCCCCTTCCTCCTT;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=61008044;WS=61008026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	61014952	rs4672404	A	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=41;PP=1206;SC=TTTGGGAGGCAGAGGCGGGCA;SOR=2.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=48;WE=61014960;WS=61014942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	61121492	rs842644	G	A	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=364;SC=TTATAATGCAGTCTATTTGGA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=61121500;WS=61121482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	61187478	rs375391646	CA	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.212;QD=2.85;ReadPosRankSum=-2.571;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr2	61308569	.	AT	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.264;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr2	61349446	rs1177284	G	A	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=190;ReadPosRankSum=1.535;SC=TAAAAGAAATGCATAGTTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=13;WE=61349454;WS=61349436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr2	61384906	rs7558954	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=0.054;SC=CTGTGTCCACTGCCCCTAGTT;SOR=1.140;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=11;WE=61384914;WS=61384896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr2	61385100	rs1665258	G	A	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.97;ReadPosRankSum=0.704;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,61:0.47:131
chr2	61385105	rs1729671	G	C	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,64:0.48:132
chr2	61385248	rs1177309	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=0.159;SC=CCTTGCTCCAAAGAGAACCCC;SOR=0.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=11;WE=61385256;WS=61385238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	61389737	rs1729674	T	G	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=725;ReadPosRankSum=-0.420;SC=GGTTTTTTTATATAAATGGTA;SOR=0.511;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=33;TCR=60;TR=44;WE=61389745;WS=61389727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,68:0.50:137
chr2	61389799	rs1729673	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=343;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TAGCAAATGTGTATAGAAATA;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=20;WE=61389807;WS=61389789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr2	61404514	rs112583316	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	61412559	rs777585	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TGATGTTTTACTGAGAAGACT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=61412567;WS=61412549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	61413723	rs1809028	A	G	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=775;ReadPosRankSum=1.248;SC=TTCATAATGCAGTAATAAGGT;SOR=0.642;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=58;WE=61413731;WS=61413713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,64:0.46:139
chr2	61415492	rs14170	A	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.97;MQRankSum=-0.930;NF=17;NR=16;PP=457;ReadPosRankSum=0.460;SC=ATTCTTCCTCAGCTAGGGTAG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=33;WE=61415500;WS=61415482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr2	61417617	rs777591	A	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=440;ReadPosRankSum=0.257;SC=TTAACTAATTAGAAATGACAC;SOR=0.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=28;WE=61417625;WS=61417607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,73:0.49:149
chr2	61448776	rs2290324	A	C	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=977;ReadPosRankSum=0.555;SC=TATTTAGATCAATCTGAACCC;SOR=0.542;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=140;TCF=44;TCR=96;TR=64;WE=61448784;WS=61448766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,90:0.47:190
chr2	61450454	rs2123111	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.269;SC=ATTAGTGGAAATAAGTTTTTC;SOR=0.145;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=7;WE=61450462;WS=61450444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr2	61456592	.	T	TA	56.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	61456611	rs70959901	C	CAA	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=2.200;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr2	61483715	rs68101593	A	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr2	61483725	rs72811484	T	A	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.479;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	61484556	rs2060824	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=-1.531;SC=TCAATGAACATATAACAAAAA;SOR=0.180;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=61484564;WS=61484546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
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chr2	61522123	rs13014347	T	C	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	61523769	.	A	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=363;ReadPosRankSum=-1.282;SC=CCCTCACTAAATAAACAAATG;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=20;WE=61523777;WS=61523759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr2	61528299	rs11428092	T	TA	1026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.136;NF=7;NR=18;PP=633;ReadPosRankSum=-1.120;SC=ATACCATCTATAAAAAACAGG;SOR=0.607;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=25;WE=61528307;WS=61528289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,55:0.44:124
chr2	61538602	rs141750762	G	GAAAAGAGAAAGAAAAAGAAAA	1491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.46;QD=67.81;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	61552379	.	A	AT	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=15;MQ=61.43;NF=3;NR=2;PP=32;QD=13.4;SC=ACAAACATACATGTGCCCACT;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=61552387;WS=61552369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	61552484	rs2593624	T	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr2	61570886	rs72381726	AAAGT	A	1315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.749;NF=16;NR=6;PP=924;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TCCTTTCAACAAAGTAAGATA;SOR=0.728;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=22;WE=61570897;WS=61570876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr2	61575308	rs6722430	A	G	3949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=75;PP=2103;ReadPosRankSum=0.115;SC=TCTTTCTGACATGCCTTGGGA;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=143;TCR=162;TR=141;WE=61575316;WS=61575298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,197:0.49:404
chr2	61576517	rs811378	G	A	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=50;PP=1478;SC=TCAACAAGATGTAAGTGGAGA;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=61576525;WS=61576507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr2	61605614	rs10208769	T	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=0.536;SC=ATTCTTGCATTTGTCAGCAAA;SOR=1.047;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=18;WE=61605622;WS=61605604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr2	61622251	rs3213951	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.365;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=286;ReadPosRankSum=-1.334;SC=AATAATAAAACATATGGATGA;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=19;WE=61622259;WS=61622241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr2	61647901	rs778155	A	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=480;ReadPosRankSum=-0.088;SC=AGGAATTGATATAAGTAAATA;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=31;WE=61647909;WS=61647891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,43:0.37:115
chr2	61648932	.	A	ACG	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.521;NF=9;NR=5;PP=520;ReadPosRankSum=3.293;SC=ACACACACACACGCGCGCGCG;SOR=0.776;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=14;WE=61648940;WS=61648922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr2	61713209	rs35844473	GGAAAATC	G	1255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=2049;ReadPosRankSum=-0.615;SC=ACTGAAAACAGGAAAATCTTG;SOR=0.347;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=19;WE=61713228;WS=61713199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr2	61713218	rs60155512	T	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.38;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr2	61713218	.	TGT	AGG	2022	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=19;PP=2022;QD=103.773393743;SC=AGGAAAATCTTGTGTTTGTAT;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=20;WE=61713228;WS=61713199;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr2	61713220	rs61235340	T	G	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.64;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr2	61722519	rs74392163	G	GA	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=-0.203;SC=ATACATTTTAGAAAAAGGCAC;SOR=1.112;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=61722527;WS=61722509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	61722788	rs191955346	A	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.454;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=0.427;SC=GCATTTTATAAAACAACTAAA;SOR=0.412;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=11;WE=61722796;WS=61722778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr2	61729258	rs2305155	A	G	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.52;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr2	61729268	rs2305156	T	C	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.11;ReadPosRankSum=-1.412;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,56:0.61:92
chr2	61749690	rs3732171	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr2	61749716	rs3732170	C	T	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=443;ReadPosRankSum=-0.599;SC=AAAAACAAAACTCTGAATTTA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=27;WE=61749724;WS=61749706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr2	61761169	rs1446532	G	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=230;SC=TTTAATTACAGAAAACTGAGA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=61761177;WS=61761159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	62053878	rs11392751	G	GA	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=4;PP=143;SC=TCAAAAAAAAGAAGAAAACGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=62053886;WS=62053868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	62063093	rs11299120	TA	T	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=1.744;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr2	62063341	rs111508280	TG	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=61.34;MQRankSum=0.489;NF=0;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=0.157;SC=ACAAAGTCAATGAAAAAAAAG;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=62063349;WS=62063331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr2	62066927	rs4672457	A	G	5994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=87;PP=2965;SC=TCCTGCATCCACAAGCTGACC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=86;TCR=88;TR=173;WE=62066935;WS=62066917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr2	62067433	rs17513722	T	C	4415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=66;PP=2312;ReadPosRankSum=1.582;SC=GGTACTGTAATTGTGGGCACC;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=281;TCF=150;TCR=131;TR=144;WE=62067441;WS=62067423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,218:0.48:458
chr2	62073918	rs58256183	C	T	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=455;SC=CCTCTGACTGCTTCCTGTCGG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=62073926;WS=62073908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	62074140	rs113296637	A	AAC	1737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=27;PP=1338;SC=CTCTACTAAAAACAAAACTTA;SOR=1.455;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=30;WE=62074162;WS=62074130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	62074154	rs62149863	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.457;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.291;NF=2;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=0.031;SC=AAACTTAGTCGGGTGTGGTGG;SOR=1.802;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=16;WE=62074162;WS=62074130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr2	62081012	rs4270331	A	C	18472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=202;NR=180;PP=2965;SC=CAGCGGGCTGAGCCACTTTCT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=383;TCF=202;TCR=181;TR=382;WE=62081020;WS=62081002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,726:1.00:726
chr2	62081217	rs1881616	A	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=45;PP=1307;SC=CTGGCCCGGGACGGGAAAGCT;SOR=3.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=49;WE=62081225;WS=62081207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	62095994	rs4672463	A	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=13;PP=461;SC=AAACTTGGCCAGGCACGGTGG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=62096002;WS=62095984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	62096790	rs149499966	TTCTG	T	4372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.405;NF=6;NR=55;PP=2925;ReadPosRankSum=1.048;SC=CTAGTTTTCTTTCTGTCTAAG;SOR=0.989;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=12;TCR=104;TR=61;WE=62096801;WS=62096780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,114:0.51:225
chr2	62100380	rs76248080	G	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=374;ReadPosRankSum=0.330;SC=TAATCACCATGATCTTCATTT;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=29;WE=62100388;WS=62100370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr2	62104343	rs7571143	C	T	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=803;SC=TCCACTGCTGCCTTACTATCA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=62104351;WS=62104333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	62107376	rs5831625	T	TC	1790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=12;PP=1214;SC=TAAAGTTTGTTTTTTAAACTT;SOR=1.708;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=31;WE=62107384;WS=62107366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	62107632	rs2272429	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=283;ReadPosRankSum=-1.192;SC=ATTTGAAGATGCAACATGATT;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=22;WE=62107640;WS=62107622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr2	62112221	rs11429418	G	GA	3662.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.757;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=83;PP=1533;ReadPosRankSum=-0.168;SC=CAGATGGGGGGGAAAAAAAAG;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=16;TCR=102;TR=96;WE=62112230;WS=62112205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:25,200:0.89:225
chr2	62112222	rs67059162	G	A	7331.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.02;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,226:0.99:229
chr2	62112246	rs57035931	C	CT	673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,49:0.40:123
chr2	62196080	.	CT	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=2.878;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr2	62228180	rs55785307	C	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=338;ReadPosRankSum=1.113;SC=GTTAGCTTGTCTATTCAGCTT;SOR=0.467;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=21;WE=62228188;WS=62228170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr2	62729674	rs4672527	T	C	7224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.12;NF=65;NR=110;PP=2965;SC=AGTAGTCAGGTAAGATTGAAT;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=67;TCR=112;TR=175;WE=62729682;WS=62729664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr2	62729747	rs11443505	G	GA	3247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.206;NF=17;NR=65;PP=2699;ReadPosRankSum=-1.410;SC=ATTTAAGATAGAAAAAATTAT;SOR=0.344;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=20;TCR=74;TR=82;WE=62729755;WS=62729737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr2	62733382	rs117632723	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.893;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=319;ReadPosRankSum=0.412;SC=GGGAGCGCGCGGGGCTGCCCG;SOR=1.714;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=17;WE=62733390;WS=62733372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr2	62738883	rs6757222	C	T	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=27;PP=1578;SC=TTTTTTGGTTCGGTGGCATTT;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=84;WE=62738891;WS=62738873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	62738931	rs6757448	G	C	5298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=69;NR=57;PP=2352;SC=CCTGCTATATGAAGCAGCTGC;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=126;WE=62738939;WS=62738921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	62739135	rs4405748	A	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=557;ReadPosRankSum=0.141;SC=AAAATATTTTATATATTACAC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=25;WE=62739143;WS=62739125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr2	63182611	rs148454752	G	GT	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.535;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=211;ReadPosRankSum=0.275;SC=TAGATTACCCGTTTTTTTTTT;SOR=1.549;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=21;WE=63182619;WS=63182601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr2	63401973	rs2421862	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr2	63457026	.	GA	G	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.420;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	63486429	rs992214	C	T	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=601;ReadPosRankSum=-1.213;SC=TTAAAAATAGCGTTAATTCTT;SOR=0.930;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=43;WE=63486437;WS=63486419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,82:0.44:185
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chr2	63631830	rs6724115	T	C	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=394;ReadPosRankSum=2.772;SC=AGATAAACTTTGGTTTTTCTT;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=34;WE=63631838;WS=63631820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr2	63631889	rs4671501	A	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=-0.490;SC=TATTAAAGAAAATCAATTACT;SOR=0.252;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=12;WE=63631897;WS=63631879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr2	63631921	rs4671502	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-3.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=24;ReadPosRankSum=0.177;SC=CAGCAACATACAAGTATATAA;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=63631929;WS=63631911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	63664829	rs11896820	A	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-0.885;SC=ATAGCATTTTATAAAAATATT;SOR=0.490;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=7;WE=63664837;WS=63664822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	63720210	rs7563623	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GAATAAACATACTCTAGTGTA;SOR=0.184;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=63720218;WS=63720200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr2	63798333	rs4671068	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.621;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr2	63816672	rs10469944	C	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=0.305;SC=GCGTTTGCAGCAGACGTGTTT;SOR=0.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=6;WE=63816680;WS=63816662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr2	63822785	rs2305157	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=0.494;SC=ACTACCACTGTTTATTAACTA;SOR=0.120;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=63822793;WS=63822775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr2	63826164	rs7591566	C	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=165;ReadPosRankSum=0.993;SC=AATGCATTTTCCTATGCTATA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=10;WE=63826172;WS=63826154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr2	63826528	rs7606045	T	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.531;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=266;ReadPosRankSum=-0.197;SC=TTTCTTGTTTTTGTTTAGTAG;SOR=0.074;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=19;WE=63826536;WS=63826518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr2	63850098	rs12476592	G	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=0.431;SC=ACCACCGCACGGCGCCCAAGC;SOR=0.197;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=63850106;WS=63850088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	64069732	rs6546029	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=42;PP=991;ReadPosRankSum=1.405;SC=GAGAAAAGCCGGGTGGGTTTT;SOR=0.897;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=34;TCR=82;TR=59;WE=64069740;WS=64069722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,64:0.47:137
chr2	64085114	rs10183479	G	A	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.870;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=551;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GTAATCTTGGGCACTGGTTTT;SOR=1.013;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=48;WE=64085122;WS=64085104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,79:0.36:218
chr2	64118158	rs11433092	T	TA	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=8.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=3.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr2	64124722	rs11558741	C	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr2	64126775	rs78227932	C	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=389;ReadPosRankSum=-0.226;SC=AATGTCTCCACCATTCCCTGA;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=28;WE=64126783;WS=64126765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,40:0.44:90
chr2	64139834	rs2302808	A	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,53:0.61:87
chr2	64139901	rs2302809	A	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=18;PP=485;SC=CTTATAAAGAACCAGTTTATT;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=64139909;WS=64139891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	64140301	rs10207847	A	T	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	64140613	rs373731505	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=1.068;SC=AGAAATGAGAAGGGGAGATTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=64140621;WS=64140603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	64143884	rs13027117	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=108;ReadPosRankSum=0.582;SC=AAAGTTTCCTTTAAGTTCTTT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=7;WE=64143892;WS=64143879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr2	64147834	rs1440002	G	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=1.432;SC=TTAGTTTAACGATTATTATAA;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=64147842;WS=64147824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	64148288	rs114965420	A	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=0.489;SC=ATAATTCCAGATCTTCAAAAT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=3;WE=64148296;WS=64148278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	64195997	rs34977697	C	CA	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=2.632;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr2	64210979	.	CA	C	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.310;QD=1.70;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,39:0.23:166
chr2	64323751	rs368871090	GA	G	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=1.675;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,30:0.16:182
chr2	64327544	rs329498	G	T	3231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=0.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=1.144;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,172:0.43:401
chr2	64327592	rs329497	T	C	3981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=1737;ReadPosRankSum=-1.822;SC=GGGCCCGAGATAAAGTATATG;SOR=0.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=268;TCF=135;TCR=133;TR=123;WE=64327600;WS=64327582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,213:0.45:475
chr2	64331815	.	CT	C	593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.138;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
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chr2	64567916	rs12473206	C	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr2	64682364	rs3770741	A	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=628;ReadPosRankSum=-1.861;SC=CATCATCTGCAGACACTGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=88;TCF=72;TCR=16;TR=38;WE=64682372;WS=64682354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,45:0.38:119
chr2	64819249	rs35699964	T	TA	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.347;QD=1.96;ReadPosRankSum=0.390;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr2	65200618	rs4671636	C	A	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=29;PP=1106;SC=AAAATGAAACCATGAACAGCA;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=65200626;WS=65200608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	65315880	rs1420184	G	C	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=83;PP=2529;SC=CTAATTCTTAGTGCATTTCTA;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=41;TCR=83;TR=123;WE=65315888;WS=65315870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	65315903	rs1420185	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=554;ReadPosRankSum=-1.015;SC=ATCCATAATGGAGCGTGAGGA;SOR=0.574;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=35;WE=65315911;WS=65315893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr2	65318021	rs34486588	T	C	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.063;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=558;ReadPosRankSum=-0.572;SC=AAATTAATACTGATGGCTTAT;SOR=1.392;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=34;WE=65318029;WS=65318011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr2	65318052	rs34134287	C	G	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=18;PP=945;ReadPosRankSum=-0.437;SC=GTAAATGAATCTGACATTAAT;SOR=0.934;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=61;WE=65318060;WS=65318042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr2	65356904	rs35925158	T	C	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=773;ReadPosRankSum=0.368;SC=CAGCCTCTCCTGACCCATCAC;SOR=0.607;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=49;WE=65356921;WS=65356894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr2	65473930	rs58944514	AAAATTTTC	A	3924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=40;PP=2969;SC=TGTTAAATCAAAAATTTTCTT;SOR=1.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=42;WE=65473945;WS=65473920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	65478371	rs7574628	T	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=393;SC=TTGAAATATTTTCAGTTTTTA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=65478379;WS=65478361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	65481008	rs268871	A	C	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=48;PP=1529;SC=GGTAAGTGAAAGGAAAATATC;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=85;WE=65481016;WS=65480998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	65488538	rs268862	G	A	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=56;PP=1694;SC=TACATTAGAAGTGGTGATTTC;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=93;WE=65488546;WS=65488528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	65495570	rs55843720	A	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=2.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	65495570	.	AT	CC	1533	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=27;NR=9;PP=1533;QD=44.0685520795;SC=GGTACCAAATATTACGTTCTA;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=36;WE=65495581;WS=65495560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,36:0.84:43
chr2	65495571	rs60931828	T	C	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=2.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	65495573	rs72536103	A	AC	2564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=9;PP=1227;SC=ACCAAATATTACGTTCTACTT;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=65495581;WS=65495560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	65495887	rs268875	G	A	12012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.57;QD=26.11;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr2	65540905	rs8827	C	G	5648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=81;PP=2633;ReadPosRankSum=0.052;SC=CGGAGTCGGGCGCGTCCTGGC;SOR=0.667;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=344;TCF=169;TCR=175;TR=167;WE=65540913;WS=65540895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,280:0.48:587
chr2	65559027	rs2271198	A	G	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=901;ReadPosRankSum=0.376;SC=AACAGCAAACACTGCATTGCA;SOR=0.637;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=87;TCR=73;TR=69;WE=65559035;WS=65559017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,125:0.40:313
chr2	65604914	rs268120	A	G	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=612;ReadPosRankSum=1.129;SC=TCAAAGCGGCAGTCCTCAGCA;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=41;WE=65604922;WS=65604904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,41:0.51:81
chr2	66665146	rs2280334	T	C	9845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=162;PP=2965;SC=CGCTTCCCTCTTTCTCTGTGC;SOR=1.175;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=94;TCR=162;TR=255;WE=66665154;WS=66665136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr2	66667186	rs2271856	C	T	497.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.74;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr2	66667200	rs60086042	A	AACACACACACAC,AACACACACACACAC	1060.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.56;QD=55.83;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,10:0.47,0.53:19
chr2	66798282	rs2861108	G	T	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=2;PP=1179;SC=TTAATCACAGGGTTCTCTGGC;SOR=4.534;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=51;TCF=48;TCR=3;TR=50;WE=66798290;WS=66798272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	67630980	rs3770657	G	A	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=65;PP=2524;SC=TTACTAGGTAGTGAACCTTTT;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=122;WE=67630988;WS=67630970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	67632125	rs3770655	C	T	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=28;PP=1386;SC=ATTGGTTCTTCCAGGAAGTTC;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=68;WE=67632133;WS=67632115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
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chr2	68272883	rs72821819	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=0.674;SC=TAATATGTAAGTTATAAATAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=68272891;WS=68272879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr2	68881938	rs140852128	CA	C	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
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chr2	69043539	rs2271832	G	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=390;ReadPosRankSum=1.438;SC=AACCCCATCAGAAAGAAGCTC;SOR=0.902;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=25;WE=69043547;WS=69043529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr2	69049939	rs4241344	G	T	3385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=1795;ReadPosRankSum=-1.113;SC=CTTTGCAGAGGATGGTCCAAG;SOR=0.592;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=245;TCF=117;TCR=128;TR=123;WE=69049947;WS=69049929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,174:0.46:379
chr2	69098078	rs2231340	A	G	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=262;ReadPosRankSum=-1.371;SC=ACCCTTACCTATATCATTCCC;SOR=0.478;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=19;WE=69098086;WS=69098068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr2	69180161	rs7561266	T	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=30;PP=891;SC=AGAATTGAGATCCAACCACAT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=69180169;WS=69180151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	69201894	rs4417751	C	T	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=60;PP=1756;SC=TTTAGGAGGTCTGCTTCTTAT;SOR=1.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=86;WE=69201902;WS=69201884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	69297622	rs4591376	C	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=491;SC=TGACCCTGAACGGATAATATA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=69297630;WS=69297616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	69298817	rs13030844	T	C	5510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=55;PP=2606;SC=CAGAGCCCATTATCCACTATG;SOR=0.915;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=81;TCR=56;TR=136;WE=69298825;WS=69298807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr2	69317925	rs4854546	G	A	9913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=0.559;SC=GCTAAAAGCAGAACCCTGATT;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=136;TCR=129;TR=262;WE=69317933;WS=69317914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,393:0.99:395
chr2	69318129	rs4241348	T	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=39;PP=1021;SC=TACTTCATTGTTGGTGGGGTG;SOR=2.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=69318137;WS=69318119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	69330284	rs4241349	G	A	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=168;SC=TGGGTGTCCAGCTTGGTAAGC;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=69330292;WS=69330274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	69409029	rs6749826	C	A	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=675;ReadPosRankSum=-0.164;SC=AGGACAGCTTCATATACACTT;SOR=0.525;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=44;WE=69409037;WS=69409019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,63:0.53:118
chr2	69420574	.	G	GTC	552	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=20;MQ=61.26;NF=0;NR=36;PP=552;QD=15.5555555556;SC=CATTAATGGTGTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=95;TCF=2;TCR=93;TR=36;WE=69420583;WS=69420564;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:59,36:0.38:95
chr2	69420591	.	T	TCTCA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.028;NF=0;NR=39;PP=637;ReadPosRankSum=1.289;SC=TCTCTCTCTCTCACATACACA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=0;TCR=74;TR=39;WE=69420605;WS=69420581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,12:0.16:77
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chr2	69586370	rs67760762	A	G	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=476;ReadPosRankSum=-1.849;SC=ATTCTCAAAGACTGGGGTCTT;SOR=0.571;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=34;WE=69586378;WS=69586360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,58:0.59:99
chr2	69614161	rs6720415	A	G	4307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=60;PP=1433;ReadPosRankSum=2.800;SC=CCCCAGCGCCACCCGGCAACA;SOR=0.718;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=262;TCF=122;TCR=140;TR=110;WE=69614169;WS=69614151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,238:0.42:561
chr2	69633382	rs6546513	A	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr2	69659126	rs4453725	A	T	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=898;ReadPosRankSum=-1.509;SC=ATTCTTCAACATATGACAGAA;SOR=0.559;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=115;TCF=39;TCR=76;TR=61;WE=69659134;WS=69659116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,107:0.54:198
chr2	69693006	rs9309428	C	T	3944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=1917;ReadPosRankSum=0.186;SC=CTCTCACGGCCCGCGGGCAGG;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=213;TCF=110;TCR=103;TR=122;WE=69693014;WS=69692996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,186:0.52:361
chr2	69732526	rs184082437	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=283;ReadPosRankSum=-0.763;SC=AGAAAGCTTTTGAATTAAAAA;SOR=0.927;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=15;WE=69732534;WS=69732516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr2	69741609	rs2276689	C	T	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=576;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TTACCGCTGGCTCCTGGGCAG;SOR=0.919;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=34;WE=69741617;WS=69741599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr2	69741753	rs3832159	CTGT	C	2816.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.339;NF=23;NR=37;PP=2326;ReadPosRankSum=-0.164;SC=GTTGCTGTTGCTGTTGTTGTT;SOR=0.649;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=60;WE=69741763;WS=69741743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,130:0.56:231
chr2	69741854	rs6715776	T	G	7143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.141;NF=79;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.518;SC=ATTGCTGGTTTCTGGGTTGCT;SOR=0.271;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=79;TCR=100;TR=179;WE=69741862;WS=69741844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,271:1.00:272
chr2	69771484	rs3771544	C	T	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=22;PP=1292;ReadPosRankSum=-1.282;SC=GAGTGCAGTGCACATTAAGTG;SOR=0.838;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=173;TCF=123;TCR=50;TR=88;WE=69771492;WS=69771474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,122:0.51:239
chr2	69784255	rs3771543	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.293;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=35;PP=797;ReadPosRankSum=-0.675;SC=TGTTGTAGAACACATTCTTAG;SOR=0.166;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=70;TCF=8;TCR=62;TR=41;WE=69784263;WS=69784245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr2	69784278	rs3821277	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-5.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.047;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=314;ReadPosRankSum=-0.018;SC=TCTCAGAACTTGGAGATATTA;SOR=0.146;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=20;WE=69784286;WS=69784268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr2	70015181	rs10496171	C	T	6046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=70;PP=2707;SC=CTCTTGTGTGCTCAGGCAACC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=141;WE=70015189;WS=70015171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr2	70031797	rs3771541	C	G	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=55;PP=1648;SC=TGGCTGACTTCGCAGCAACAG;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=84;WE=70031805;WS=70031787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	70033711	rs3771539	G	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=29;PP=814;SC=CACCCAATAAGAAAGACATGG;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=70033719;WS=70033701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	70039677	rs2305523	A	C	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=453;SC=TGAAGCTCCAATTCTTGTGGT;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=70039685;WS=70039667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	70039936	.	T	G	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.617;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.053;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=1171;ReadPosRankSum=0.128;SC=TTACAGTGTATATTAGCCAGG;SOR=1.159;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=104;TCF=39;TCR=65;TR=58;WE=70039944;WS=70039926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,76:0.51:149
chr2	70046255	rs3732269	G	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	70046262	rs3732268	G	A	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.75;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	70057448	rs3732266	T	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=221;SC=CGGGGCGGACTGGGGAGCGCC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=70057456;WS=70057438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	70068258	rs3836157	CT	C	926.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=26;PP=870;SC=TAAAGCTTAGCTTTTTTGGAG;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=28;WE=70068266;WS=70068248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	70076954	rs4852349	A	T	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	70096862	rs114517801	T	C	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=723;ReadPosRankSum=0.253;SC=ACTGCTGGCGTTGGACAGGTT;SOR=0.859;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=46;WE=70096870;WS=70096852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,68:0.36:191
chr2	70098808	rs3214007	A	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=4;PP=626;SC=ATATGAAAGTAAGGAAGAGCT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=70098816;WS=70098798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	70120909	rs3214822	GA	G	1043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.67;NF=15;NR=7;PP=907;SC=GGGGAAAAATGAAAGCTGTGT;SOR=2.093;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=22;WE=70120917;WS=70120899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	70121197	rs2278934	T	C	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=42;PP=999;SC=GTTGGAGGCCTGTCCCTTTTG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=70121205;WS=70121187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	70123808	rs35135448	G	GT	147.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.183;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr2	70131320	rs35836496	G	GT	525.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr2	70162534	rs2228183	T	G	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=36;PP=1881;SC=TGGTGCCACTTGGACCCGAAT;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=96;WE=70162542;WS=70162524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	70164034	rs3771531	T	C	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=64;PP=2798;SC=TTCAGGGGATTGCTGCAAACA;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=99;TCR=64;TR=162;WE=70164042;WS=70164024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr2	70164580	rs3217643	C	CAGGG	1431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=1269;SC=AACCCCAGAGCAGGGGTTCAG;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=24;WE=70164588;WS=70164570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	70187727	rs12464297	A	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=485;ReadPosRankSum=0.012;SC=AGGATATGCAACCCCCCCCAC;SOR=0.416;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=30;WE=70187735;WS=70187716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr2	70188676	rs3796097	T	C	5648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=85;PP=2477;SC=CGAAGCAGAGTGGGGATGACT;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=56;TCR=85;TR=141;WE=70188684;WS=70188666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr2	70191360	rs10203732	C	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=1.356;SC=AGCCCAAGCCCACCTTGGCCC;SOR=0.471;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=26;WE=70191368;WS=70191350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr2	70392379	rs11126263	G	A	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=577;ReadPosRankSum=0.478;SC=ATTTTCTTTTGTTGTATTTGT;SOR=0.668;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=38;WE=70392387;WS=70392369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
chr2	70392820	rs17005383	G	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=408;ReadPosRankSum=-1.021;SC=TGGACTTTCTGATGTACAGGG;SOR=1.123;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=24;WE=70392828;WS=70392810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr2	70454794	rs2592181	G	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=-0.398;SC=ATTCACAACAGAATTATTTTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=70454802;WS=70454784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	70456452	.	TA	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr2	70457784	rs200532251	C	CAA	721.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=11.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.750;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
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chr2	70485320	rs11556184	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr2	70486407	rs750156	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.073;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	70486475	rs3214762	G	GT	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=174;ReadPosRankSum=-0.201;SC=ATAATCTTCTGTTTTTTTCCC;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=8;WE=70486483;WS=70486465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr2	70502811	rs112551993	T	TTCTG	2278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=1339;ReadPosRankSum=-0.884;SC=AAGCTTGAATTTCTTATTGTT;SOR=0.605;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=27;WE=70502819;WS=70502801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr2	70520498	rs2272532	A	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=671;ReadPosRankSum=0.357;SC=ACCAGGGGCCAGACCGCGGGA;SOR=0.951;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=37;WE=70520506;WS=70520488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr2	70520846	rs15656	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=203;ReadPosRankSum=0.499;SC=CACGCTCCCGCTGTAGGCCCG;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=14;WE=70520854;WS=70520836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr2	70524577	rs2618235	G	A	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.975;NF=30;NR=41;PP=1136;ReadPosRankSum=0.837;SC=TGGCTTTGTCGTTGCAATGCA;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=145;TCF=64;TCR=81;TR=71;WE=70524585;WS=70524567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,112:0.48:232
chr2	70528601	rs2279158	T	C	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=1171;ReadPosRankSum=-2.178;SC=AAGAACAGTGTAGAAACCCGC;SOR=0.733;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=173;TCF=92;TCR=81;TR=82;WE=70528609;WS=70528591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,132:0.40:327
chr2	70528827	rs2279159	G	A	4943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=70;PP=2422;ReadPosRankSum=-0.419;SC=CTCCTGCCCCGGGCTGGAAGG;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=276;TCF=149;TCR=127;TR=156;WE=70528835;WS=70528817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,234:0.52:447
chr2	70677819	rs1058211	A	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr2	70678172	rs3732250	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CAACCTCTGACCTAGTACTTT;SOR=0.495;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=70678180;WS=70678162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr2	70780954	rs186942988	C	G	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=605;ReadPosRankSum=0.096;SC=CTGCGGTGCCCGAGTGGCGGA;SOR=0.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=39;WE=70780962;WS=70780944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr2	70900403	rs4984	G	A	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=660;ReadPosRankSum=0.513;SC=GGAGGGCAACGCTGAAGAACT;SOR=0.648;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=52;WE=70900411;WS=70900393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,88:0.53:166
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chr2	70901788	rs56014211	GGT	G	1246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.219;NF=11;NR=11;PP=1429;ReadPosRankSum=2.043;SC=TGGAAGCAAGGGTGTGCCTCA;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=22;WE=70901797;WS=70901775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr2	70905099	rs2902577	T	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=358;ReadPosRankSum=0.017;SC=GGGCCCAACATCCTGCATGGA;SOR=0.293;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=22;WE=70905107;WS=70905089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr2	70917812	rs10084293	C	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=1.489;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,29:0.30:96
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chr2	70995217	rs2287098	A	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=2.509;SC=GGCGGCGGGGATGACTGGCCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=70995225;WS=70995207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	71004368	rs4533493	A	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.21;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	71004492	rs56316086	T	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.19;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr2	71004492	.	TCA	CCT	779	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=21;MQ=60.11;NF=10;NR=15;PP=779;QD=33.2987149945;SC=CTGGGCCTTTTCATTTTTCAT;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=25;WE=71004502;WS=71004482;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,25:0.57:44
chr2	71004494	rs56135050	A	T	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.19;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr2	71012604	rs7566541	G	A	5294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=46;PP=2252;SC=GGCGACAAGCGTGTGCTGGCT;SOR=0.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=114;WE=71012612;WS=71012594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	71012734	rs7566476	C	G	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=68;PP=2014;SC=TGATTCAGAACTGTTGTTACT;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=106;WE=71012742;WS=71012724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	71017516	rs12713717	A	G	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=1002;ReadPosRankSum=0.683;SC=GGGGGAACGGACGTCGACCCT;SOR=1.065;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=146;TCF=91;TCR=55;TR=64;WE=71017524;WS=71017506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,104:0.46:225
chr2	71036189	rs149426278	CA	C	1635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=994;ReadPosRankSum=1.969;SC=CGCCAGTTGTCAGACTGATTC;SOR=0.954;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=26;WE=71036197;WS=71036179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,53:0.34:156
chr2	71043461	rs722896	C	T	3595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=52;PP=1684;ReadPosRankSum=0.528;SC=CTGGTCCAGACGGCCATTTGC;SOR=0.787;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=265;TCF=145;TCR=120;TR=119;WE=71043469;WS=71043451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,180:0.47:387
chr2	71044211	rs2075221	C	T	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=765;ReadPosRankSum=-2.291;SC=GATAAGCTCTCGCATTTCTGC;SOR=0.727;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=128;TCF=50;TCR=78;TR=52;WE=71044219;WS=71044201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,78:0.38:203
chr2	71047410	rs35637981	C	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TGTGCAGAGCCGGGATTCCAA;SOR=1.194;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=8;WE=71047418;WS=71047400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr2	71058226	rs2080390	C	T	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=390;ReadPosRankSum=0.451;SC=TGAAAAGAAACGTTTTGTCAC;SOR=0.876;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=28;WE=71058234;WS=71058216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr2	71058835	rs741326	A	G	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=40;PP=1227;ReadPosRankSum=1.377;SC=GGCTTACCTCACACTTTGGAC;SOR=0.456;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=180;TCF=112;TCR=68;TR=97;WE=71058843;WS=71058825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,150:0.55:274
chr2	71061108	rs17662453	G	A	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=801;ReadPosRankSum=1.174;SC=TCAGCAACTGGACATTGGTCT;SOR=0.672;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=49;WE=71061116;WS=71061098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,85:0.44:193
chr2	71062833	rs11450450	G	GC	9530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=77;PP=2957;SC=GATGTGGCTTGCTCGGGGCCA;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=115;WE=71062841;WS=71062823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	71127696	rs3732243	G	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=-0.717;SC=GGGGAGCGGCGCTCCCGGCCA;SOR=0.495;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=8;WE=71127704;WS=71127689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	71162996	rs11685700	A	G	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=12;PP=758;ReadPosRankSum=2.081;SC=AAGGCTGAGCAGCTCTCTCCA;SOR=0.879;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=103;TCF=75;TCR=28;TR=50;WE=71163004;WS=71162986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,67:0.45:149
chr2	71163086	rs11681642	T	C	4133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=68;PP=1607;ReadPosRankSum=1.205;SC=GACTGCTCCATGGCCATGGAG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=134;TCR=122;TR=141;WE=71163094;WS=71163076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,208:0.54:383
chr2	71163220	rs35768563	C	T	3481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=6.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,108:0.46:237
chr2	71163225	rs759219	C	T	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=7.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,85:0.43:200
chr2	71163277	rs34965400	G	A	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.916;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=366;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CCCGGGCCCCGCTTCTTGCCT;SOR=1.170;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=26;WE=71163285;WS=71163267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr2	71170525	.	TGGG	T	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	71170528	.	GG	CA	374	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=374;QD=85.4935749724;SC=TGTGTGGTGGGGGCGGACTCT;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=5;WE=71170538;WS=71170523;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,5:0.31:16
chr2	71170530	.	GC	G	379	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=21;MQ=60.45;NF=1;NR=4;PP=379;QD=85.606179974;SC=TGTGGTGGGGGCGGACTCTGA;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=5;WE=71170538;WS=71170523;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,5:0.38:13
chr2	71170531	.	C	CAG	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	71175511	rs35598289	G	GAA	2677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=1766;ReadPosRankSum=1.255;SC=TAGGACTACAGAAAATGATCA;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=58;WE=71175522;WS=71175501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,134:0.53:254
chr2	71175552	rs34723947	T	TG	4834.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.712;NF=21;NR=52;PP=2551;ReadPosRankSum=0.339;SC=CTGATTTCTTTGGGGCACACT;SOR=0.713;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=43;TCR=102;TR=73;WE=71175560;WS=71175542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,184:0.51:362
chr2	71185391	rs967063	A	C	3021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1279;ReadPosRankSum=1.134;SC=GAGCACAGAAAGTGCCCAGAA;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=104;TCR=90;TR=103;WE=71185399;WS=71185381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,150:0.52:291
chr2	71186382	rs17006573	G	A	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=552;ReadPosRankSum=0.655;SC=CAACACTGCCGTCAGCACTCC;SOR=0.437;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=34;WE=71186390;WS=71186372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr2	71190384	rs2072462	C	T	5839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FS=1.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=1.651;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,302:0.49:620
chr2	71190545	rs2072463	G	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=785;ReadPosRankSum=-1.079;SC=GTGCAGCAGCGCTTTTCCTCC;SOR=0.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=45;WE=71190553;WS=71190535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr2	71191777	rs2270263	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=652;ReadPosRankSum=0.158;SC=AATTCCTTTCCGAACGGGGTC;SOR=0.420;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=36;WE=71191785;WS=71191770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr2	71205976	rs1115049	A	G	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=506;SC=TCCCGGCTGCAGGGAGCGAGA;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=24;WE=71205984;WS=71205966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	71206058	rs1115050	A	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=206;SC=CCGAGAAGCCAGCAGAGACAG;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=71206066;WS=71206048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	71211989	rs3796099	A	G	35311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=352;NR=377;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.941;SC=AGCGGCCCACAATGTGGAATG;SOR=0.243;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=734;TCF=353;TCR=381;TR=729;WE=71211997;WS=71211979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1355:1.00:1356
chr2	71304738	rs1043701	G	A	8489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=119;PP=2965;SC=TGGGCTCTGTGTGGAAGAGCT;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=86;TCR=120;TR=204;WE=71304746;WS=71304728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr2	71305456	rs6713	C	T	11990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=1.857;SC=AGGTTTTCTTCTGGCGCTGAC;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=134;TCR=134;TR=266;WE=71305464;WS=71305446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,478:1.00:480
chr2	71351487	rs11541017	G	A	7217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=86;PP=2834;SC=AAGAGGGACCGCTTCACTTAC;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=71;TCR=87;TR=156;WE=71351495;WS=71351477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr2	71351700	.	CCTT	C	2308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=25;PP=968;ReadPosRankSum=1.209;SC=CCATTGATATCCTTCTTTTGA;SOR=0.680;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=26;WE=71351710;WS=71351690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,60:0.51:118
chr2	71357417	rs2012479	C	A	7102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=6.791;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.60;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,299:0.99:301
chr2	71357634	rs1813348	C	T	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=15;PP=1462;SC=TGCGAAAGCGCTCGCGCTGCC;SOR=2.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=55;TCR=15;TR=70;WE=71357642;WS=71357624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	71360723	rs1813159	A	G	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=51;PP=1436;SC=TTTTGAGAGAAGAGAGAGCAC;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=71;WE=71360743;WS=71360713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	71360735	rs138856662	T	TTCC	3833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=35;PP=1881;SC=AGAGAGCACTTTCCTCCTCAA;SOR=1.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=36;WE=71360743;WS=71360713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	71415479	rs357780	T	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=7;PP=1023;SC=GTCACAGTATTGTGAGACCAC;SOR=2.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=42;WE=71415487;WS=71415469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	71417065	rs357777	G	T	9836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=143;PP=2965;SC=GGTCTCGTGAGGGAATAAACC;SOR=0.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=102;TCR=143;TR=245;WE=71417073;WS=71417055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr2	71615571	rs2542529	C	T	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=10;PP=1170;SC=GGGGCAACAACTACCCACAGA;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=51;TCR=10;TR=61;WE=71615579;WS=71615561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	71620818	rs6741436	C	T	4209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=55;PP=1653;SC=GCTCTCGCTTCCCCTGCAACC;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=85;WE=71620826;WS=71620808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	71626679	rs34538815	CT	C	8445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=86;PP=2966;SC=GCTGACTGTACTTTTACAAGC;SOR=1.128;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=141;TCF=44;TCR=97;TR=128;WE=71626687;WS=71626669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr2	71632976	rs67651141	AGTGCATATTAAGTGGTCTAATAG	A	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.458;SC=CAGGTACTGGAGTGCATATTA;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=3;WE=71633006;WS=71632966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr2	71635931	rs12466025	G	T	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	71645628	rs72207075	G	GTT	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.52;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	71645854	rs71402979	TGTA	T	2595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=35;PP=1819;SC=ATGGCTCACATGTAGTGAAAA;SOR=1.460;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=37;WE=71645864;WS=71645844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	71645890	rs4852784	G	C	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=720;SC=TTTATTTTGTGTACATATGGG;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=71645898;WS=71645880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	71651939	rs12613800	T	A	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=45;PP=1399;SC=ACAATGTTAGTGACTAAGAGT;SOR=0.889;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=79;WE=71651947;WS=71651929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	71661855	rs35526551	C	CA	4020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=46;PP=2938;SC=TTTTATATTGCAAATTGCTTT;SOR=0.969;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=70;WE=71661863;WS=71661845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	71694113	rs71416709	C	T	4176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,211:0.53:395
chr2	71708810	rs34707417	T	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=-0.499;SC=AATTTCTGGATCTGTGGTCTT;SOR=0.148;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=5;WE=71708818;WS=71708800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr2	71708825	.	T	TATCCATCC	318.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=639;ReadPosRankSum=0.902;SC=GGTCTTCATCTATCCATCCAT;SOR=0.412;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=13;WE=71708833;WS=71708815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	71708852	.	C	CCATCCATCCATCCATCCATT	498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.00;MQRankSum=1.039;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr2	71747235	rs11675897	A	G	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1235;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TAATGGAATCATATAATGCAC;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=93;TCR=60;TR=91;WE=71747243;WS=71747225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,123:0.60:206
chr2	71747432	rs11687223	G	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=366;ReadPosRankSum=-1.487;SC=CCTCCTGGGGGTTTTAGAATC;SOR=0.585;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=26;WE=71747440;WS=71747422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr2	71747851	rs12713755	T	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=331;ReadPosRankSum=-2.041;SC=CCATCCTGGGTTCCCGGATGT;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=25;WE=71747859;WS=71747841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr2	71747899	rs12713756	G	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=589;ReadPosRankSum=0.244;SC=GGGATCACCAGAGGATGTTGT;SOR=0.790;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=45;WE=71747907;WS=71747889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,69:0.39:178
chr2	71753416	rs150724610	G	C	3051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1384;ReadPosRankSum=1.162;SC=GCCCACAGGCGTAGCCCTGCG;SOR=0.561;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=86;WE=71753424;WS=71753406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,149:0.50:301
chr2	71755380	rs4852800	A	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.946;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,57:0.48:118
chr2	71762232	rs4852801	C	T	6794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=120;PP=2849;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GAGCCTCCTGCCCCCAGCAAA;SOR=0.845;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=431;TCF=190;TCR=241;TR=207;WE=71762240;WS=71762222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,332:0.51:652
chr2	71762310	rs4852802	A	G	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=67;PP=1516;ReadPosRankSum=-1.290;SC=GCATCCTGCCAGTATCCCAGA;SOR=1.625;SbPval=0.91;Source=Platypus;TCF=56;TR=85;WE=71762318;WS=71762300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,94:0.47:200
chr2	71766487	rs7609409	G	A	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,58:0.57:102
chr2	71776345	rs736096	CA	TG	3586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.741;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=17;PP=2526;ReadPosRankSum=0.948;SC=GGCCTCGGGCCACATCTGTTT;SOR=1.397;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=189;TCF=127;TCR=62;TR=65;WE=71776354;WS=71776335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,95:0.39:245
chr2	71780215	rs2303596	T	C	6364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=101;PP=2376;ReadPosRankSum=-1.065;SC=ATGTGGATGATGCCATCCAGT;SOR=0.755;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=344;TCF=161;TCR=183;TR=187;WE=71780223;WS=71780205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,322:0.53:605
chr2	71780821	rs2303597	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=19;NR=5;PP=386;ReadPosRankSum=-0.998;SC=GTGTGGTCCCTTTCCCAGCTC;SOR=1.447;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=24;WE=71780829;WS=71780814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	71795152	rs2288355	A	T	15303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=196;NR=142;PP=2965;SC=TTGGGCTCTCAGTGGATGAGA;SOR=0.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=345;TCF=197;TCR=148;TR=338;WE=71795160;WS=71795142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,577:1.00:577
chr2	71796865	rs10205023	C	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=326;ReadPosRankSum=1.497;SC=GGCTGACATACGCAGGGGTGC;SOR=1.420;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=18;WE=71796873;WS=71796855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr2	71797176	rs10183967	A	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;ReadPosRankSum=1.415;SC=ACCTCCGGAGACTTCATGCTT;SOR=1.200;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=46;WE=71797184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr2	71797712	rs3764971	G	A	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=28;PP=2178;SC=ATGAGTGACCGGTTCCCCCTC;SOR=1.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=75;TCR=28;TR=102;WE=71797720;WS=71797702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	71817003	rs1473228	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=644;SC=GTCCGTGCCTATCTGTGTGGT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=71817011;WS=71816993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	71817571	rs720541	A	T	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=45;PP=1317;SC=CGTCAGGTGCAGCAAACTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=61;WE=71817579;WS=71817561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	71828423	rs2303604	A	T	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=5;PP=743;SC=AACCCGAATAAGTAGACTGAA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=71828431;WS=71828413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	71829821	rs1529408	G	T	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=38;PP=1509;SC=CGCCTAGTGCGCCTTGATACT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=89;WE=71829829;WS=71829811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	71847943	rs12995778	C	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=213;ReadPosRankSum=2.000;SC=AAATGGACACCCCTAGGTTAC;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=20;WE=71847951;WS=71847933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
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chr2	71871236	rs84182	A	G	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=750;SC=GTGTGTGCGTACTGGGCAGTG;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=71871244;WS=71871226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	71891361	rs2303599	C	T	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=44;PP=1934;SC=TTGGGTGCCCCGTGTTGGCTG;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=106;WE=71891369;WS=71891351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	71901286	rs2559081	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=7;PP=538;SC=TCTCTCTAACCTTGCTTCCTT;SOR=1.911;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=27;WE=71901294;WS=71901276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	71906171	rs1863812	T	C	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=17;PP=1430;SC=GGCCAAAAACTACCTCTCTGT;SOR=1.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=71906179;WS=71906154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	71906278	rs17718530	A	C	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=844;ReadPosRankSum=-0.617;SC=CTTTCCACCCAGAATGGTTTG;SOR=0.696;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=72;WE=71906286;WS=71906268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,111:0.46:240
chr2	71907930	rs7558412	G	T	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=235;SC=AGTGGAAGTAGGGGTGGCAGT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=71907938;WS=71907925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	71909822	rs2559082	C	T	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=51;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GCAGGCCTGACGACACTGTGG;SOR=1.139;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=128;TCF=29;TCR=99;TR=62;WE=71909830;WS=71909812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,75:0.50:151
chr2	72692272	rs5832083	A	AAG	10247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=44;PP=2930;SC=AGGACAAAGTAAGCAACTGCC;SOR=1.353;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=99;WE=72692280;WS=72692262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	72707874	rs653220	A	G	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=720;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TAATAATCTGAACAAGCTAGA;SOR=1.477;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=43;WE=72707882;WS=72707864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,58:0.55:106
chr2	72742083	rs57089571	GAC	G	1480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.743;QD=17.22;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,61:0.71:86
chr2	73151231	rs1561247	C	T	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=18;PP=1445;SC=CTCTCGAGTGCGGGGAGGTGT;SOR=1.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=78;WE=73151239;WS=73151221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	73195837	rs10565763	TTTCC	T	659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.027;QD=17.83;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr2	73280303	rs13030434	G	A	1347.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.491;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,80:0.41:197
chr2	73339430	rs4143146	T	G	8258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=86;PP=2965;SC=AGCCCCGCCCTGTTAGGCCTT;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=112;TCR=87;TR=196;WE=73339438;WS=73339420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr2	73339708	rs1864488	G	A	24142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=935;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=261;NR=217;PP=2965;SC=GCCACTCGGGGCAGCCGTGCG;SOR=0.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=480;TCF=263;TCR=217;TR=478;WE=73339716;WS=73339698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,929:1.00:929
chr2	73429742	rs60009779	T	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=223;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TGCAGAATCTTCTCACTTCTC;SOR=0.631;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=14;WE=73429750;WS=73429739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr2	73430234	rs13432787	T	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=17;PP=472;SC=AGAGCCTAGGTCGCCACTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=73430242;WS=73430224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	73435601	rs17008862	T	C	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=804;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TACAGGACACTGAGAGACAGC;SOR=0.807;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=59;WE=73435609;WS=73435591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,99:0.54:182
chr2	73441385	rs55857338	C	G	5758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=73;PP=2159;ReadPosRankSum=-1.698;SC=AAGGCGGAGGCGCGCCCAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=254;TCF=127;TCR=127;TR=144;WE=73441393;WS=73441375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,276:0.59:471
chr2	73441513	rs55833912	C	T	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=41;PP=903;ReadPosRankSum=-3.332;SC=CGGGTCCTGCCGGGAGCCTCT;SOR=0.633;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=63;WE=73441521;WS=73441503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,80:0.48:166
chr2	73447736	rs2303905	G	A	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=380;ReadPosRankSum=-1.414;SC=GCAGTTAGAGGAGGTGATTCT;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=31;WE=73447744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr2	73447775	rs2303904	A	G	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=34;PP=1399;SC=ACTGACCTCTATCCCACCTAA;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=75;WE=73447783;WS=73447765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	73448174	rs2288632	C	T	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=674;ReadPosRankSum=0.450;SC=TTGTCTATGACTTTCCTGGTA;SOR=0.555;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=49;WE=73448182;WS=73448164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr2	73450139	rs17008885	A	T	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.078;NF=38;NR=35;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TGTAATGAGCACTCATCTCTT;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=91;TCR=81;TR=73;WE=73450147;WS=73450129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,136:0.46:296
chr2	73452127	rs58429816	AG	A	1293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.950;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.812;NF=0;NR=30;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.575;SC=GGTGGGCAGTAGGCCTTGGAA;SOR=1.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=30;WE=73452135;WS=73452117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr2	73452917	rs200384089	G	A	6406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=99;PP=2581;ReadPosRankSum=-0.018;SC=ATCCCCCACCGCTGCAGGGAG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=395;TCF=196;TCR=199;TR=194;WE=73452925;WS=73452907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,355:0.49:729
chr2	73455747	rs2288631	C	T	6777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=80;PP=2475;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TTTCTTGGTACCCCATCATGC;SOR=0.725;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=377;TCF=199;TCR=178;TR=176;WE=73455755;WS=73455737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,345:0.48:715
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chr2	73477351	rs909065	T	C	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.214;NF=23;NR=12;PP=525;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CTGCTGAGTGTTGGGGGGGCT;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=35;WE=73477359;WS=73477341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,58:0.60:96
chr2	73478461	rs7851	A	T	1922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=40;PP=898;ReadPosRankSum=1.565;SC=TGATTGGGGCATATGCCAAGG;SOR=0.898;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=47;TCR=80;TR=62;WE=73478469;WS=73478451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,102:0.45:229
chr2	73478521	rs200761109	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=404;ReadPosRankSum=-0.115;SC=GCTTTGATGCCACAAACATTC;SOR=1.107;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=25;WE=73478529;WS=73478511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr2	73490412	rs34363861	A	G	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.67;ReadPosRankSum=2.788;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr2	73491514	rs61735876	C	T	4415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=1392;ReadPosRankSum=-2.050;SC=GCAGTGTGCGCGTGTCCAGGT;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=196;TCF=81;TCR=115;TR=99;WE=73491522;WS=73491504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,218:0.55:394
chr2	73492614	rs526106	A	T	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=59;PP=1662;ReadPosRankSum=-0.365;SC=GGGGGCTGGGACCGCTCTGAG;SOR=0.731;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=225;TCF=112;TCR=113;TR=110;WE=73492622;WS=73492604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,132:0.46:287
chr2	73613031	rs61156725	TGGAGGA	T	1678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.733;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.473;QD=23.98;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr2	73613341	rs11126399	G	A	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=24;PP=693;SC=CCGGGGAGGGGTGTGGAGCCG;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=73613349;WS=73613331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	73649928	rs1881245	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=14;PP=844;ReadPosRankSum=0.859;SC=TATTATATACGTAAGTAAATA;SOR=1.049;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=54;WE=73649936;WS=73649918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,61:0.44:140
chr2	73651967	rs3813227	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=397;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TGATGCTGCTCGTTCATATGG;SOR=0.676;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=28;WE=73651975;WS=73651957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,46:0.42:110
chr2	73675669	rs2037814	T	G	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1551;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CACTCACATGTAGAGGACCTC;SOR=0.942;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=87;WE=73675677;WS=73675659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,115:0.54:214
chr2	73677833	rs6546836	A	G	7221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.929;NF=120;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.225;SC=TTTTCTACCAACAGTCGTTGC;SOR=0.675;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=413;TCF=214;TCR=199;TR=224;WE=73677841;WS=73677823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,345:0.52:665
chr2	73677898	rs6546837	G	C	6963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.327;NF=115;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CCTGGACCAGGTGACCGGAAG;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=419;TCF=210;TCR=209;TR=230;WE=73677906;WS=73677888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,318:0.53:603
chr2	73679107	rs200925575	G	T	5807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=109;PP=2923;ReadPosRankSum=-1.020;SC=TCCTACCAGCGAGAGTTGCCG;SOR=0.572;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=415;TCF=174;TCR=241;TR=191;WE=73679115;WS=73679097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,285:0.50:575
chr2	73679280	rs6546838	A	G	3459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=1913;ReadPosRankSum=-0.382;SC=TTTGAAAGCAATAGGGGTTCC;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=98;TCR=96;TR=119;WE=73679288;WS=73679270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,161:0.59:272
chr2	73679866	rs10496192	T	C	3726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=72;PP=1934;ReadPosRankSum=-0.816;SC=AGTAAAGGTATTCTAAAGATT;SOR=0.635;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=260;TCF=100;TCR=160;TR=118;WE=73679874;WS=73679856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,180:0.49:364
chr2	73679990	rs6724782	T	A	4163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=62;PP=2075;ReadPosRankSum=1.733;SC=TGCCAGGTAGTCATGTAACTG;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=250;TCF=141;TCR=109;TR=143;WE=73679998;WS=73679980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,202:0.52:390
chr2	73680508	rs6546839	G	C	4975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=71;PP=2126;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CCCCTTGCCCGTTTCAGAGAT;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=295;TCF=147;TCR=148;TR=139;WE=73680516;WS=73680498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,242:0.52:469
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chr2	74135797	rs702461	T	C	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=623;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TTGTCTCCACTAGATCTGGCA;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=34;WE=74135805;WS=74135787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr2	74135898	rs756128	A	G	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.634;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=1169;ReadPosRankSum=1.562;SC=CCAACAGGGAAAAGATGACCC;SOR=0.571;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=75;WE=74135906;WS=74135888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,114:0.52:221
chr2	74140581	rs891699	A	T	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=18;PP=1186;ReadPosRankSum=1.581;SC=AAGAATGAGAATTTTATAAGC;SOR=0.756;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=160;TCF=119;TCR=41;TR=76;WE=74140589;WS=74140571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,95:0.47:202
chr2	74140789	rs891698	T	C	4922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=103;PP=2559;ReadPosRankSum=-1.543;SC=CAGCCCCTTTTCTGATTCTGA;SOR=0.578;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=306;TCF=110;TCR=196;TR=167;WE=74140797;WS=74140779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,240:0.52:458
chr2	74140888	rs891697	A	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=882;ReadPosRankSum=2.069;SC=CTCTCCTGAGATAGACTGAGA;SOR=0.389;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=48;WE=74140896;WS=74140878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,53:0.57:93
chr2	74142164	.	GA	G	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=38;QD=23.0;SC=AAAAATTAGGGAAAAATCTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=3;WE=74142172;WS=74142154;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
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chr2	74185876	rs4777	A	T	4069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=57;PP=1561;ReadPosRankSum=0.265;SC=AATACCATGAAGTTCAGGCTG;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=242;TCF=125;TCR=117;TR=116;WE=74185884;WS=74185866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,205:0.51:404
chr2	74273383	rs11426743	T	TC	2255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.112;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,90:0.54:168
chr2	74300717	rs7560668	T	C	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=550;ReadPosRankSum=-1.447;SC=TTATACTCACTTGGGATCTGG;SOR=0.686;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=42;WE=74300725;WS=74300707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,85:0.40:214
chr2	74320262	rs12713810	C	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=693;ReadPosRankSum=-1.738;SC=TGATGTGGTTCTTTGATAAAA;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=44;WE=74320270;WS=74320252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,50:0.53:94
chr2	74327453	rs6738709	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=471;ReadPosRankSum=-0.658;SC=CCCCAGTCCCCGACCCAGGGC;SOR=0.862;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=30;WE=74327461;WS=74327443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr2	74362090	rs828879	A	G	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=31;PP=834;SC=AGTCTGGAATATCTGCCTGTG;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=74362098;WS=74362080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	74374884	rs1667605	G	A	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=571;ReadPosRankSum=1.193;SC=GACAGCCGCCGGCCCCGCGGT;SOR=0.645;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=39;WE=74374892;WS=74374874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,70:0.56:125
chr2	74383630	rs11540640	G	A	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.498;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,101:0.52:194
chr2	74383911	rs828852	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.94;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	74383911	.	GT	AC,AT	92	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=16;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=4,6;NR=4,11;PP=92,75;QD=18.1834843578;SC=ACATTTTAAAGTAGGCATTTA;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=8,17;WE=74383920;WS=74383901;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.44:18
chr2	74383912	rs56259334	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.331;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	74394034	rs56873314	G	C	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=509;ReadPosRankSum=1.052;SC=CAATAAAACTGAATCACCTTC;SOR=1.341;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=27;WE=74394042;WS=74394024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr2	74400503	.	GTTTT	G	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.85;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	74405867	rs79791015	T	G	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=3.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.136;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,64:0.54:119
chr2	74405952	rs2272240	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=0.611;SC=GCTGCGAGCCTTTGCAAACCT;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=12;WE=74405960;WS=74405942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	74448655	rs7587117	T	C	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=73;PP=1761;SC=AAATGTCAGATGTGGAGCAGG;SOR=1.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=47;TCR=73;TR=120;WE=74448663;WS=74448645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	74466594	rs4853018	G	A	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=910;ReadPosRankSum=1.025;SC=GCAGGCGCCCGCCGTAGCTCA;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=68;WE=74466602;WS=74466584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,116:0.52:222
chr2	74481944	rs376191179	AT	A	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr2	74489490	.	CTT	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr2	74649920	rs201792044	C	CA	197.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr2	74649921	rs11685929	C	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr2	74699715	rs141704877	T	C	7216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=1.411;SC=TCCACGTTTTTCTCGAAGGGA;SOR=0.586;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=406;TCF=191;TCR=215;TR=202;WE=74699723;WS=74699705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,362:0.51:703
chr2	74720002	rs4853026	C	G	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=20;PP=1430;SC=GGCATGGGCTCTCCTGCTTAA;SOR=1.197;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=56;WE=74720010;WS=74719996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	74725144	rs6546908	T	C	7725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=66;PP=2965;SC=CTGGAGCGCCTTCGGGCAGTG;SOR=1.065;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=114;TCR=66;TR=180;WE=74725152;WS=74725134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	74734983	.	TG	T	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr2	74782374	.	G	A	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.333;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=43;PP=1483;ReadPosRankSum=-0.849;SC=GAGCTCTGGGGGTGGCCGAGG;SOR=0.579;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=192;TCF=110;TCR=82;TR=92;WE=74782382;WS=74782364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,161:0.48:333
chr2	74782976	rs139011002	C	T	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.541;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=47;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CCCACTGCTGCCCCCGTCCCT;SOR=0.589;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=202;TCF=111;TCR=91;TR=92;WE=74782984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,146:0.43:336
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chr2	74902855	rs2075212	T	A	3443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=60;PP=1904;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TGTATTCCCCTTCCCCACTCC;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=105;TCR=103;TR=122;WE=74902863;WS=74902845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,168:0.52:326
chr2	74902872	rs363609	A	G	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=1792;ReadPosRankSum=1.394;SC=CTCCGTTTTTATAGAGCTGGC;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=98;TCR=97;TR=109;WE=74902880;WS=74902862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,161:0.51:313
chr2	75061873	rs663504	C	G	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=50;PP=1085;ReadPosRankSum=-0.192;SC=CTCCCTACTCCGGGCCTGGGA;SOR=0.955;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=160;TCF=61;TCR=99;TR=75;WE=75061881;WS=75061863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,113:0.50:227
chr2	75061904	.	C	T	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=803;ReadPosRankSum=0.893;SC=TTTGGGCAGCCGGGACACTCC;SOR=0.584;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=103;TCF=29;TCR=74;TR=54;WE=75061912;WS=75061894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr2	75105798	rs604112	A	G	15427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=152;NR=160;PP=2965;SC=CCCACATGCTATCTTTCTGTT;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=152;TCR=161;TR=312;WE=75105806;WS=75105788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr2	75113572	rs2306806	G	A	2365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1011;ReadPosRankSum=-1.165;SC=CTTGGGTGTGGAGGGGTTGGT;SOR=0.670;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=162;TCF=77;TCR=85;TR=69;WE=75113580;WS=75113562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,118:0.47:250
chr2	75113657	rs2229626	C	T	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.174;NF=23;NR=23;ReadPosRankSum=0.054;SC=AGATGCGCAACGTGGAACTGG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TR=46;WE=75113665;WS=75113647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,61:0.41:147
chr2	75113789	rs2229627	C	G	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=51;PP=1235;ReadPosRankSum=-0.500;SC=CACTCAACCCCGGCAAGCAGA;SOR=0.696;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=224;TCF=116;TCR=108;TR=98;WE=75113797;WS=75113779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,187:0.47:401
chr2	75115108	rs10194657	A	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.721;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,57:0.47:121
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chr2	75186337	rs2287102	A	G	4514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=38;PP=1855;SC=GTCCAGGACAATCTTAGCTTC;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=101;WE=75186345;WS=75186327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	75187573	rs3771799	G	A	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=35;PP=1650;SC=ATCCCTAAATGTCAGGCTTGC;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=86;WE=75187581;WS=75187563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	75187793	rs3821312	A	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=449;SC=AATTTTAGCTACCTAGCCTCA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=75187801;WS=75187783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	75425623	rs2024512	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=138;ReadPosRankSum=-0.694;SC=CAGCAATGCCGTGGTCCTCTA;SOR=0.330;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=10;WE=75425631;WS=75425613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr2	75425728	rs6715729	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=404;ReadPosRankSum=-1.649;SC=CGGCGATGGGAAAGAAGTTGT;SOR=0.538;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=26;WE=75425736;WS=75425718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
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chr2	75873733	rs2286238	T	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=0;PP=508;ReadPosRankSum=-0.155;SC=CTTTCTAGGCTGGGAGAACAC;SOR=0.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=47;TCR=0;TR=25;WE=75873741;WS=75873723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr2	75874390	rs2286239	G	C	2107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=941;ReadPosRankSum=-0.774;SC=GGGTCGGTGCGCGCGTGAGCG;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=195;TCF=82;TCR=113;TR=74;WE=75874398;WS=75874380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,114:0.41:278
chr2	75879452	rs4853168	G	C	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=-1.557;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr2	75881828	rs6759555	T	C	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,59:0.51:115
chr2	75882156	.	CTT	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	75882399	rs17689863	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=358;ReadPosRankSum=0.744;SC=TTGAAGCGTCGAAAAGGTCTT;SOR=0.560;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=26;WE=75882407;WS=75882389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
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chr2	75933830	rs6728499	T	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=356;ReadPosRankSum=-0.294;SC=AATGGAATTATTAATTGAAAT;SOR=0.973;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=22;WE=75933838;WS=75933820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr2	79253028	rs3816371	G	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=0.633;SC=GTACTGGGAGGTCTCAGGGAT;SOR=1.845;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=12;WE=79253036;WS=79253018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr2	79253987	.	ATAGGGGAAAGT	A	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-8.570;QD=2.20;ReadPosRankSum=-4.343;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,14:0.12:121
chr2	79254000	.	CATGCA	C	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-9.201;QD=2.00;ReadPosRankSum=-3.979;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,16:0.12:130
chr2	79254029	rs34088535	C	CA	1181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=4.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-9.609;QD=6.03;ReadPosRankSum=-3.964;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,45:0.23:196
chr2	79254065	rs431912	C	T	3166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-9.157;NF=82;NR=28;PP=1589;ReadPosRankSum=-2.309;SC=GATGAACACGCTTATCTTTCA;SOR=0.677;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=332;TCF=232;TCR=100;TR=110;WE=79254073;WS=79254055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:307,179:0.37:486
chr2	79254101	rs396461	T	G	8856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=959;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-7.705;QD=9.35;ReadPosRankSum=-2.215;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:511,436:0.46:947
chr2	79254261	rs452267	T	C	15578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=284;PP=2965;SC=GTAACAGCTATTCATACATCT;SOR=1.543;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=405;TCF=119;TCR=286;TR=403;WE=79254269;WS=79254251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,570:1.00:570
chr2	79255325	rs2290079	G	C	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=714;ReadPosRankSum=0.206;SC=TTTATATTCTGTCTCCCTAGG;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=42;WE=79255333;WS=79255315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,62:0.40:156
chr2	79255426	rs383969	G	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=39;PP=1221;SC=TCAGCAGCCTGAGCTTGGCGT;SOR=1.154;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=62;WE=79255434;WS=79255416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	79312414	rs3739144	G	A	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1177;ReadPosRankSum=-2.331;SC=TGAATCCTATGGTACAATGAG;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=79;WE=79312422;WS=79312404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,119:0.52:227
chr2	79313815	rs2073445	G	T	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=545;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TGGGAAGTTTGGGACCAGTGG;SOR=0.626;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=36;WE=79313823;WS=79313805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,47:0.57:82
chr2	79314094	rs6723688	G	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.866;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr2	79348129	rs11339710	GA	G	795.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.225;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr2	79348196	rs2070707	G	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=326;ReadPosRankSum=-1.591;SC=CTTTATTGCTGATCTCTTCAC;SOR=1.270;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=19;WE=79348204;WS=79348186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr2	79350347	rs12228	A	G	11819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=129;PP=2965;SC=ACTAGAGGCAACTGGAAAATA;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=283;TCF=154;TCR=129;TR=282;WE=79350355;WS=79350337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr2	79385758	rs80188986	A	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-6.832;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,66:0.31:215
chr2	79385786	rs76653007	TG	CA	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.349;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-6.191;QD=6.99;ReadPosRankSum=-2.402;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,41:0.23:176
chr2	79422965	rs1434199	C	G	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=25.20;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	79423062	rs149273901	TTTTG	T	1771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=23;PP=1212;SC=GAACTCAGTTTTTTGTTTGTT;SOR=1.721;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=26;WE=79423073;WS=79423052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	79750543	rs10205858	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.573;SC=TCCACACTGGCTCAAAAACAT;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=79750551;WS=79750533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	79914539	rs17017573	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=0.756;SC=CTGAGGAGCAGCAAAAATCCA;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=11;WE=79914547;WS=79914529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr2	80646800	.	C	T	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=416;ReadPosRankSum=-1.844;SC=TAGAATTTCACTAGAGAGATA;SOR=0.580;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=29;WE=80646808;WS=80646790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,48:0.41:117
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chr2	80846129	rs145250873	C	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.798;QD=13.06;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
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chr2	84518438	rs1968722	T	C	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=64;PP=1959;SC=TTTTTTCCAGTCAGCAGCCTC;SOR=1.517;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=94;WE=84518446;WS=84518428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	84650707	rs2832	A	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=19;PP=835;SC=TGGTGAAAACATCTTAATTCA;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=84650715;WS=84650697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	84676163	rs10202632	C	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	84676886	rs56733272	TAAA	T	1265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=31.64;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	84755996	rs35980296	A	ATT	2058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.80;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,78:0.94:83
chr2	84756049	rs4832089	G	A	7280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=82;PP=2965;SC=CTATGTTGAGGTGTTCTCTCC;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=108;TCR=85;TR=189;WE=84756057;WS=84756039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr2	84756341	rs4832090	T	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=12;PP=313;SC=AAATAAGATTTCACATATTAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=84756349;WS=84756331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	84771480	rs1037863	G	A	4661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=45;PP=1760;SC=AGGAATATCTGTATCACAGAG;SOR=0.834;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=98;WE=84771488;WS=84771470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	84771567	rs1542477	C	T	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=49;PP=1449;SC=ATGTCCGCTCCAAGAAAATCA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=84771575;WS=84771557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	84800605	rs11891970	C	A	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=25;PP=1059;SC=CCATTCAGGCCGCATTTGAAT;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=84800613;WS=84800595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	84806553	rs6547569	G	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=215;SC=TGCTTCCAATGCCTGCTGATT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=84806561;WS=84806543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	84822715	rs6761632	C	T	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=5;PP=1567;SC=TATTTCAAACCTGACTTTTAC;SOR=3.412;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=57;TCR=6;TR=62;WE=84822723;WS=84822705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	84834063	rs4276039	T	C	8809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=133;NR=72;PP=2965;SC=GCACAAATACTGGGTGCTGCA;SOR=1.138;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=136;TCR=74;TR=205;WE=84834071;WS=84834053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr2	84834237	rs4441485	T	C	5502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=118;PP=2883;SC=AGAATAATTTTGATTCATACA;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=50;TCR=118;TR=167;WE=84834245;WS=84834227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr2	84897361	rs12470102	T	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=244;SC=TCTCTTTTTATCCTGTTTCTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=84897369;WS=84897351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	84897517	rs1881095	A	G	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=26;PP=757;SC=CTGTTTATCTAAATTTTTCTG;SOR=0.867;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=46;WE=84897525;WS=84897507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	84899360	rs4832106	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=6;PP=819;SC=CCTGTAGGATGTCATTGAGTC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=84899368;WS=84899350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	84912420	.	C	CT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=6.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-1.974;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr2	85108252	rs34667238	G	GC	1025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=35.37;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	85273149	rs3769765	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=156;ReadPosRankSum=-1.211;SC=GAAATCTTTACATCTGTCTAG;SOR=0.866;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=11;WE=85273157;WS=85273139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr2	85276866	rs17025830	T	C	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=0.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	85360828	.	GGGC	G	982.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=2.154;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr2	85510777	rs7574856	A	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=491;ReadPosRankSum=0.856;SC=TTCTGCCATCACGCTGAAGCA;SOR=1.248;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=29;WE=85510785;WS=85510767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr2	85532205	rs6741339	C	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=337;ReadPosRankSum=-0.959;SC=GAAGGAAGAGCCATTAAGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=32;TCR=1;TR=17;WE=85532213;WS=85532195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
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chr2	85573033	rs908302	G	A	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1102;ReadPosRankSum=0.479;SC=ACACGGAGCAGGTTGGCTCCA;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=72;TCR=91;TR=80;WE=85573041;WS=85573023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,129:0.50:260
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chr2	85589223	rs368398168	TA	T	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.717;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,19:0.23:83
chr2	85596739	rs3821021	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=298;ReadPosRankSum=0.405;SC=TGTAGCTGTAAGTGTCTGATG;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=17;WE=85596747;WS=85596729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr2	85598056	rs72840081	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=295;ReadPosRankSum=1.278;SC=ACAGGTGCCTTGCAGCTTCTG;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=15;WE=85598064;WS=85598049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr2	85622059	rs6886	T	C	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.79;ReadPosRankSum=2.162;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,80:0.43:188
chr2	85625222	rs6885	T	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=1.941;SC=CAAGGGCAAATGGGCTGGAGT;SOR=0.503;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=22;WE=85625230;WS=85625212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,46:0.41:112
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chr2	85662650	rs6547618	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=546;ReadPosRankSum=-1.588;SC=GGTCTTCTCCAAAACCCCTTT;SOR=0.751;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=38;WE=85662658;WS=85662640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,41:0.36:113
chr2	85766545	rs2289972	C	T	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.927;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=892;ReadPosRankSum=-1.517;SC=GGGCAGAAGGCAGCGCCAAGG;SOR=0.478;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=40;TCR=82;TR=61;WE=85766553;WS=85766535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,83:0.51:162
chr2	85769246	rs1078005	G	A	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=21;PP=1172;SC=ATTGTTTGGTGTGATGTTCTG;SOR=1.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=85769254;WS=85769236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	85769711	rs1078004	C	G	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,114:0.47:240
chr2	85769975	rs2043675	A	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=309;ReadPosRankSum=0.169;SC=TTATACAAGTATATGGGTCTT;SOR=0.845;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=22;WE=85769983;WS=85769965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr2	85777270	rs2028898	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=536;ReadPosRankSum=0.007;SC=GGAAAAAGCCGACCAAGTTCA;SOR=0.616;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=32;WE=85777278;WS=85777260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr2	85780131	rs2592551	G	A	3944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-5.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=1410;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GCTGGTGGGAGCGGGAGTGCA;SOR=0.720;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=244;TCF=125;TCR=119;TR=113;WE=85780139;WS=85780121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,231:0.47:492
chr2	85780536	rs699664	C	T	2617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.106;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=999;ReadPosRankSum=1.738;SC=TTGCAACCTTCGGGGGCAGTA;SOR=0.565;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=73;TCR=101;TR=77;WE=85780544;WS=85780526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,132:0.52:256
chr2	85781318	rs1254896	T	G	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=51;PP=2318;SC=CAAAGAACAGTCCAATGGATC;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=117;WE=85781326;WS=85781308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	85788140	rs1254898	C	T	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,77:0.54:143
chr2	85788175	rs7568458	T	A	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=446;ReadPosRankSum=-0.573;SC=AAGAAATCACTGCACCAACAG;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=25;WE=85788183;WS=85788165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
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chr2	85788402	rs55829881	AC	A	161.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
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chr2	85823168	rs7573200	G	A	141.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=-0.867;SC=GGGCCGGCCTGGGGCAAGGGG;SOR=0.859;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=4;WE=85823176;WS=85823157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr2	85823632	rs2232745	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=310;ReadPosRankSum=0.269;SC=CTTTACATCCCCTTCCCCAGG;SOR=0.278;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=18;WE=85823640;WS=85823626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr2	85824073	rs2232747	T	C	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TCTCTTCTTCTAGCTCTCACC;SOR=0.676;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=118;TCR=105;TR=96;WE=85824092;WS=85824063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,151:0.45:333
chr2	85824084	rs2232748	G	C	3112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.401;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=0.266;SC=AGCTCTCACCGTGCCCTGGGC;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=214;TCF=112;TCR=102;TR=96;WE=85824092;WS=85824063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,151:0.46:329
chr2	85824251	rs6643	T	C	3778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.826;NF=50;NR=48;PP=1561;ReadPosRankSum=0.669;SC=CTTGTGCCGCTATGAGCTGCC;SOR=0.553;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=189;TCF=89;TCR=100;TR=98;WE=85824259;WS=85824241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,181:0.55:331
chr2	85826132	rs1044158	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=95;ReadPosRankSum=-0.828;SC=TTTTTGGTACGAAATAAATGG;SOR=0.375;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=85826140;WS=85826122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	85828014	rs6733550	T	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.896;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=217;ReadPosRankSum=1.413;SC=ACAGTAACTGTCAAGTAGTGT;SOR=1.289;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=15;WE=85828022;WS=85828004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr2	85828972	rs3827550	C	G	5056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=67;PP=1808;ReadPosRankSum=-1.432;SC=CGTCATCAAGCTCCTGTTGCC;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=319;TCF=169;TCR=150;TR=138;WE=85828980;WS=85828962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,263:0.45:591
chr2	85846329	rs13383605	G	A	2726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=990;ReadPosRankSum=0.616;SC=AGCCTGTGATGATTTTCCTTT;SOR=0.646;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=68;WE=85846337;WS=85846319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,132:0.54:243
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chr2	85866577	rs10660019	C	CTT	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.979;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
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chr2	85890753	rs762548	A	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=785;ReadPosRankSum=0.569;SC=GGAGGAGAGCAGGCATTGGGC;SOR=0.481;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=52;WE=85890761;WS=85890743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,70:0.49:143
chr2	85890771	rs893159	T	G	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=856;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GGCTAAGGAGTGGGCAGTGGG;SOR=0.669;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=53;WE=85890779;WS=85890761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,73:0.50:147
chr2	85893616	.	CTG	C	126	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=5;NR=5;PP=126;QD=12.9;SC=GGCTTGGGTGCTGTGTGTGTG;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=10;WE=85893627;WS=85893606;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,10:0.32:31
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chr2	85982017	rs76354978	G	C	6129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GGCTCCTGGCGAACGCCAGGG;SOR=0.748;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=349;TCF=146;TCR=203;TR=195;WE=85982025;WS=85982007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,293:0.53:555
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chr2	86258784	rs2278536	T	G	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=551;ReadPosRankSum=0.717;SC=GCACAGGCTGTGTCACTTGGG;SOR=0.572;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=42;WE=86258792;WS=86258774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,57:0.43:134
chr2	86259443	rs2276626	C	T	8964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1094;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=145;NR=129;PP=2962;ReadPosRankSum=2.491;SC=CATCGGCGTCCCCCTCCTCAG;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=599;TCF=310;TCR=289;TR=274;WE=86259451;WS=86259433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:624,470:0.43:1094
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chr2	86272191	rs7572386	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.726;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TCAGAACACAGAGCCCTTGGT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=86272199;WS=86272184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	86272309	rs61254540	G	A	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=577;ReadPosRankSum=-1.359;SC=TTCATCCAAGGAATCTTAAAT;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=37;WE=86272317;WS=86272299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,54:0.44:122
chr2	86272350	rs61185790	C	G	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.870;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,92:0.49:188
chr2	86275985	rs2289239	A	G	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=28;PP=1314;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GTGGGGATAAATGCATGCAAT;SOR=1.037;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=161;TCF=103;TCR=58;TR=85;WE=86275993;WS=86275975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,105:0.45:233
chr2	86276395	rs10184159	C	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=712;ReadPosRankSum=-0.142;SC=AGCTTGTAGGCGACCTCAGGC;SOR=0.965;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=37;WE=86276403;WS=86276385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr2	86292656	rs311563	C	T	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=1023;ReadPosRankSum=0.566;SC=AATCCCTAATCGCCTGCCTGG;SOR=0.477;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=141;TCF=47;TCR=94;TR=68;WE=86292664;WS=86292646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,103:0.54:192
chr2	86302103	rs3815840	A	G	208.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=170;SC=CAATCACCAGAATCCGAACAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=86302111;WS=86302093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	86302409	rs2288116	A	G	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.454;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=684;ReadPosRankSum=-1.329;SC=GGAGGTAGAAATTCAGGGCAG;SOR=0.940;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=49;WE=86302417;WS=86302399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,71:0.61:116
chr2	86304932	.	GCGCACA	G	748	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=23;MQ=61.37;NF=11;NR=4;PP=748;QD=51.0666666667;SC=GCACGCGCGCGCGCACACACA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=15;WE=86304945;WS=86304924;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,15:0.88:17
chr2	86305123	rs2288117	T	C	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=43;PP=2963;SC=AGAAAAAAGGTCATAAAAAAC;SOR=1.325;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=139;TCF=93;TCR=46;TR=136;WE=86305131;WS=86305113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	86305534	rs74607112	T	C	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=430;ReadPosRankSum=0.196;SC=CCTCTGAACCTGACAGATCAG;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=31;WE=86305542;WS=86305524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr2	86307884	rs3217271	CAG	C	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=423;ReadPosRankSum=0.821;SC=CCACAGCTCACAGAGTTAGCA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=11;WE=86307893;WS=86307874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	86310110	rs2288118	C	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=283;ReadPosRankSum=-0.832;SC=GCTACAATCACTACAACTTAA;SOR=0.421;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=19;WE=86310118;WS=86310100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr2	86315741	rs2288120	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=532;ReadPosRankSum=0.399;SC=TGGCTGGAAACGTGATAGTCA;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=42;WE=86315749;WS=86315731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr2	86317037	rs4832242	G	C	5437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=56;PP=2300;SC=GAGGGATCGGGATTTTCTTCC;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=118;WE=86317045;WS=86317027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	86332809	rs4832245	G	A	3845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=47;PP=1680;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CACGCTACCCGACCAACTCCT;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=264;TCF=161;TCR=103;TR=120;WE=86332817;WS=86332799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,194:0.47:411
chr2	86333051	rs17026904	G	T	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=69;PP=1528;ReadPosRankSum=-1.515;SC=ACGTGGATGAGATCACTTCTA;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=39;TCR=116;TR=92;WE=86333072;WS=86333041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,102:0.58:175
chr2	86334199	rs2367201	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=9.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.354;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,66:0.42:159
chr2	86338298	rs56955251	G	GT	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.147;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
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chr2	86344367	rs2059353	T	C	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=18;PP=503;SC=TTTCAGTAGCTATTTGAATAC;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=86344375;WS=86344357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	86346308	rs6715623	G	A	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=636;SC=TATATTTTTAGTAGTTTATTT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=86346316;WS=86346298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	86348737	.	A	AT	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.806;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.036;QD=0.92;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,21:0.19:112
chr2	86352010	rs4832250	G	T	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=4;PP=288;SC=ATAATGTATAGAAAGTACTTG;SOR=1.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=86352018;WS=86352000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	86352785	rs4618054	G	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=759;ReadPosRankSum=-1.357;SC=GAGATCCAGAGAGGAGAGTAG;SOR=0.950;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=50;WE=86352793;WS=86352775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,64:0.40:162
chr2	86352825	rs6740228	C	T	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=498;ReadPosRankSum=-1.505;SC=TGTGATTAGTCAAGGGACACA;SOR=0.957;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=35;WE=86352833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,56:0.37:150
chr2	86359405	rs1559515	G	T	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=637;ReadPosRankSum=-1.035;SC=GGCTGACAGGGTATCAGAGTG;SOR=0.586;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=78;TCR=40;TR=44;WE=86359413;WS=86359395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,78:0.42:185
chr2	86362204	rs7606421	C	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=198;ReadPosRankSum=1.158;SC=CATTTGGCCACATAACACGTA;SOR=0.469;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=17;WE=86362212;WS=86362194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr2	86363074	rs3770069	A	G	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.815;SC=TTTGTCCTGCATGTGGCAGGC;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=90;TCR=88;TR=90;WE=86363082;WS=86363064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,125:0.51:246
chr2	86363855	rs7558040	G	C	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=24;PP=706;SC=TATCTGTGTTGACGGATCATC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=86363863;WS=86363845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	86364353	rs2241434	A	G	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=632;ReadPosRankSum=-1.006;SC=TATCCCTTCTATTTCCTTTCA;SOR=0.602;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=33;WE=86364361;WS=86364343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr2	86364653	rs2241433	A	G	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=50;PP=1102;ReadPosRankSum=0.451;SC=CAGCAGTGACAGCGACAGTGA;SOR=0.425;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=137;TCF=38;TCR=99;TR=73;WE=86364661;WS=86364643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,87:0.54:160
chr2	86364706	rs56274257	TG	T	1605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=44;PP=1796;SC=GGAGCAGCAATGGGTCTCACC;SOR=5.421;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=1;TCR=47;TR=45;WE=86364714;WS=86364696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	86371883	rs8244	T	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=146;ReadPosRankSum=-0.271;SC=TGGCCTCAACTGCACTACCCA;SOR=0.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=17;WE=86371891;WS=86371873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,42:0.45:93
chr2	86373488	rs143817586	TATATA	T	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	86385668	rs1057893	T	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=732;ReadPosRankSum=-2.174;SC=ATTCATTGATTAGTGGTTAAA;SOR=0.223;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=14;WE=86385690;WS=86385658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr2	86385682	rs34945759	TC	T	627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.692;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=724;ReadPosRankSum=0.027;SC=GGTTAAAACATCAAAAAAAAA;SOR=0.241;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=14;WE=86385690;WS=86385658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr2	86385886	rs6739460	A	G	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=72;PP=1984;SC=TGAACAAAAAATACCATAAAC;SOR=1.104;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=114;WE=86385894;WS=86385876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	86393770	.	TA	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.884;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,24:0.20:122
chr2	86398074	rs2288115	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-0.967;SC=ATATCAATGCAGGGCATTTTT;SOR=0.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=86398082;WS=86398064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr2	86398291	rs2288113	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=240;ReadPosRankSum=0.781;SC=TCTGATGAGTGTATCATGTAT;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=13;WE=86398299;WS=86398281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	86400791	rs59649940	T	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.428;NF=13;NR=6;PP=243;ReadPosRankSum=-1.341;SC=GAAGCTGGAGTATCTCCCTTT;SOR=0.638;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=19;WE=86400799;WS=86400781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr2	86406438	rs6547663	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr2	86408385	rs6731995	A	G	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=647;ReadPosRankSum=-0.772;SC=AGCAGCACACAGTGAAAAGCC;SOR=0.915;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=53;WE=86408393;WS=86408375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,81:0.49:167
chr2	86420201	rs77373668	G	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=456;ReadPosRankSum=-1.352;SC=ATGGACTCTAGGAGGGAACAG;SOR=0.539;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=29;WE=86420209;WS=86420191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr2	86420255	rs11897696	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-2.989;SC=GGCTGGGCACGGTGGCTCGTG;SOR=1.219;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=9;WE=86420263;WS=86420245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr2	86422416	rs17551822	T	C	12953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.05;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr2	86422416	.	TCTAGT	CCTAGG,CCTAGT	1555	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=43,106;NR=36,84;PP=986,1555;QD=13.1578212008;SC=CGCTGACGGTTCTAGTTCAGC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=106;TCR=85;TR=79,190;WE=86422429;WS=86422406;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.41:191
chr2	86422421	rs17551815	T	G	2737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,153:0.38:400
chr2	86433240	rs10901	C	T	4468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=53;PP=2308;ReadPosRankSum=1.546;SC=AATCCTACGGCCCCTGAATAT;SOR=0.814;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=278;TCF=167;TCR=111;TR=140;WE=86433248;WS=86433230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,215:0.47:456
chr2	86434569	rs9309634	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=773;SC=CAAGACCAGCTTGGCCAACAT;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=86434577;WS=86434559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	86437551	rs7565645	T	G	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=24;PP=1408;SC=TGAAGATACCTGTTGTTTCAT;SOR=1.107;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=71;WE=86437559;WS=86437541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	86479035	rs12988844	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=304;ReadPosRankSum=1.163;SC=AGGGCACACTAGAGGGACTGA;SOR=1.230;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=15;WE=86479043;WS=86479025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr2	86479287	rs17438687	G	T	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=41;PP=1029;ReadPosRankSum=0.519;SC=TTGGCAGCTTGCCCAATCCTT;SOR=0.614;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=69;WE=86479295;WS=86479277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,99:0.61:162
chr2	86507135	rs58029983	A	G	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.003;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.402;SC=GCAGAGAAGGACGACAGACCT;SOR=0.895;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=72;WE=86507143;WS=86507125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,116:0.53:219
chr2	86507205	rs57412282	C	T	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=927;ReadPosRankSum=1.416;SC=CTGGGTGGGGCGTGGGTGTGG;SOR=0.640;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=66;WE=86507213;WS=86507195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,101:0.55:183
chr2	86509388	rs1863059	T	G	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,91:0.54:168
chr2	86564462	rs187407143	C	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=129;ReadPosRankSum=-0.322;SC=TCCTCGGCGGCTACTGTACCT;SOR=0.948;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=10;WE=86564470;WS=86564452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	86683642	rs2030259	A	G	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=19;PP=704;SC=AGCAACCGTTATAAATGGAAA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=35;WE=86683650;WS=86683632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	86683901	rs56347930	G	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr2	86691250	rs12714187	G	A	5984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=73;NR=61;PP=2467;SC=GCTGTACTGCGGCAACTCCAC;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=134;WE=86691258;WS=86691240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	86693826	rs34605051	T	C	6277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=1.597;SC=ACCTTCCCCATCGGATGTTTC;SOR=0.669;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=359;TCF=177;TCR=182;TR=204;WE=86693834;WS=86693816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,298:0.51:580
chr2	86705565	rs2292887	T	C	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.004;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=452;ReadPosRankSum=0.914;SC=TGGGATAGTTTTGTAGTAGAA;SOR=1.274;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=24;WE=86705573;WS=86705555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr2	86707504	rs4832290	T	C	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=52;PP=1315;SC=TTCCTGCTTTTGTGTTTGTTC;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=86707512;WS=86707494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	86712731	rs72932310	G	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=205;ReadPosRankSum=1.820;SC=TTTGATGGCTGTCAGTCTGCA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=11;WE=86712739;WS=86712721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr2	86712820	rs72932311	A	T	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.921;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=12;PP=762;ReadPosRankSum=-1.038;SC=AAAGCAATCTAACTTTGCAAA;SOR=1.073;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=106;TCF=70;TCR=36;TR=48;WE=86712828;WS=86712810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,92:0.45:203
chr2	86737649	rs966477	G	A	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=1099;ReadPosRankSum=-1.105;SC=GGATGGAATAGAGAGAGACAG;SOR=0.444;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=139;TCF=57;TCR=82;TR=72;WE=86737657;WS=86737639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,110:0.56:197
chr2	86756209	rs1036940	C	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=410;SC=TTTTGCATTTCTACAACACTC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=86756217;WS=86756205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	86756280	rs9284788	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.390;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=340;ReadPosRankSum=1.508;SC=CAAGGAACCCGTGTTGATAAT;SOR=1.646;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=21;WE=86756288;WS=86756270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr2	86756381	rs11548929	T	G	2551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=798;ReadPosRankSum=1.414;SC=AGTTCATGTGTGCTTTGGATG;SOR=0.742;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=57;WE=86756389;WS=86756371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,131:0.55:239
chr2	86790525	rs111532456	AG	A	3483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.454;NF=5;NR=60;PP=2253;ReadPosRankSum=0.225;SC=GCGCCCAGGCAGGTCACGGGC;SOR=0.630;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=135;TCF=8;TCR=127;TR=65;WE=86790533;WS=86790515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,113:0.49:231
chr2	86850022	rs396354	T	C	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=84;PP=2444;SC=TCCCTGGAGTTTCCTCTCTTT;SOR=2.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=20;TCR=84;TR=104;WE=86850030;WS=86850012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	86947783	rs76239019	C	T	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=14;PP=510;SC=AGCGCCGCCGCCTCCGGCATG;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=86947791;WS=86947773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	86978895	rs4832311	G	T	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=115;SC=CTTCCTTTGGGACGCTATAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=86978903;WS=86978885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	86979093	rs10186663	G	A	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=21;PP=800;SC=TTCTCAATGAGGTGATGGTGG;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=86979101;WS=86979083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	86992337	rs3840984	T	TAA	4629.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=53;PP=2974;SC=AGTCAGATGTTATTAATGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=59;WE=86992345;WS=86992327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	86998659	rs56328788	CT	C	2472.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.002;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,200:0.79:254
chr2	87015633	rs71378806	T	TGA	4698.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=28;PP=2431;SC=GTGAGCAGGCTGAGTTCAAAA;SOR=1.440;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=54;WE=87015641;WS=87015623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	87016922	.	G	GCACCCC	2626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.773;NF=3;NR=15;PP=1082;ReadPosRankSum=-2.505;SC=GGTTATGGAGGCGCCCCAGCC;SOR=0.740;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=9;TCR=57;TR=18;WE=87016930;WS=87016912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,71:0.40:178
chr2	87017069	rs2944250	C	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=-1.045;SC=CCCAGCGCACCCGGCGCCCAG;SOR=0.184;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=87017077;WS=87017059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr2	87017575	rs2229240	C	T	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=43;PP=1491;ReadPosRankSum=-0.077;SC=TGTCCCCCAACCTCTTGCCCG;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=235;TCF=133;TCR=102;TR=96;WE=87017583;WS=87017565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,153:0.44:351
chr2	87017662	rs2229239	G	T	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=5.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.480;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,146:0.43:336
chr2	87017989	rs36227194	G	T	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=1131;ReadPosRankSum=-1.182;SC=AAGCTCGGGCGCGAGGGGAGG;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=85;TCR=76;TR=74;WE=87017997;WS=87017979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,111:0.50:223
chr2	87048677	rs13024609	A	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=390;ReadPosRankSum=-1.924;SC=GCCCTGGGCCAAGTTGGGGCA;SOR=0.593;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=23;WE=87048685;WS=87048667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr2	87048702	rs13001400	T	G	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=11;PP=1689;SC=CCGAGTTCGGTTGTTGCTGTA;SOR=2.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=68;WE=87048710;WS=87048692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	87049358	.	G	GA	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,16:0.19:83
chr2	87060359	rs62146088	C	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.342;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.456;NF=5;NR=30;PP=662;ReadPosRankSum=-0.361;SC=ACTCTGTTGCCCAGGCTGGAG;SOR=2.288;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=35;WE=87060367;WS=87060349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr2	87069379	rs4322832	G	A	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.41;QD=26.31;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	87069431	rs4514875	C	T	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.89;QD=28.66;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	87073743	rs4971887	A	G	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.667;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-1.943;NF=56;NR=30;PP=1794;ReadPosRankSum=2.473;SC=AGAGAAGAAAATATCCCAGGG;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=87073751;WS=87073733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr2	87085598	rs28727404	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.301;NF=0;NR=11;PP=113;ReadPosRankSum=0.633;SC=TGTGGGACCTTGCAGTCACAC;SOR=2.350;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=11;WE=87085606;WS=87085588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr2	87088964	rs62146888	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	87092750	rs70958910	C	CA	330.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQRankSum=0.063;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.243;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,21:0.78:27
chr2	87092865	rs10195435	C	T	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=5.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.96;MQRankSum=-12.109;QD=4.51;ReadPosRankSum=4.050;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,56:0.30:187
chr2	87276811	rs200334386	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.40;MQRankSum=-1.230;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	87303060	rs79162177	C	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.005;NF=9;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=0.541;SC=TGCAGGATCTCGTGCTTGAGA;SOR=0.583;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=18;WE=87303068;WS=87303050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
chr2	87355968	rs201950950	AG	A	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQRankSum=-5.501;QD=0.80;ReadPosRankSum=3.957;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,30:0.11:283
chr2	87356024	rs3101261	C	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQRankSum=-4.483;QD=2.05;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,14:0.15:95
chr2	87356038	rs201869954	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQRankSum=-4.153;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,8:0.11:70
chr2	87398390	rs192585453	T	G	1287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQRankSum=-2.057;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.531;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,64:0.47:137
chr2	87408281	rs373956158	T	G	99.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.30;QD=19.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	88272798	rs201020598	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.795;NF=6;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=-0.443;SC=CCCCTCCTGCCGCTATCGCCG;SOR=1.497;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=8;WE=88272806;WS=88272788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr2	88328183	.	T	TC	319	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-0.550;QD=13.29;ReadPosRankSum=1.402;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr2	88328208	.	G	A	164	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=26;MQ=59.31;NF=0;NR=10;PP=164;QD=19.8771212547;SC=TCGCCCTGTCGCCCAGACTAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=10;WE=88328216;WS=88328198;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,10:0.37:27
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chr2	88384084	rs920578	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=0.198;SC=TAACAACATTCCCAGATCTAA;SOR=0.126;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=11;WE=88384092;WS=88384074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
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chr2	88748390	rs4972212	A	T	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=48;PP=1037;ReadPosRankSum=-1.890;SC=GGACCTATTCAATGCCTGTGT;SOR=0.618;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=62;TCR=100;TR=77;WE=88748398;WS=88748380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,125:0.50:251
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chr2	88874891	rs1805165	C	A	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=1423;ReadPosRankSum=3.064;SC=TCTTTTGTAGCGAAAGGATCC;SOR=0.789;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=197;TCF=81;TCR=116;TR=87;WE=88874899;WS=88874881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,134:0.42:316
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chr2	88913273	rs867529	G	C	4436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=67;PP=2100;ReadPosRankSum=0.457;SC=TGACACCAAGGAACCGGATCC;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=146;TCR=138;TR=138;WE=88913281;WS=88913263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,230:0.46:502
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chr2	89161072	rs113539064	T	C	11863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.48;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,309:0.48:642
chr2	89161322	rs232223	C	G	5026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.98;MQRankSum=-0.935;NF=90;NR=54;PP=2375;ReadPosRankSum=0.289;SC=TGCAGAGTCACCTTATAGATC;SOR=0.876;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=276;TCF=162;TCR=114;TR=144;WE=89161330;WS=89161312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,240:0.53:452
chr2	89161547	rs232222	A	G	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.315;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=59;PP=1765;ReadPosRankSum=2.544;SC=AGGTGTGGAAACCCTGAGGCT;SOR=2.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=12;TCR=59;TR=71;WE=89161555;WS=89161537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr2	89512775	rs145409842	T	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.214;NF=24;NR=3;PP=487;ReadPosRankSum=0.635;SC=AACTTCCCAGTGAGCTTCAAA;SOR=0.169;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=51;TCR=5;TR=27;WE=89512783;WS=89512769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
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chr2	90259965	rs842156	T	C	5632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=82;PP=2727;ReadPosRankSum=2.133;SC=GCCAGATGTGTCATCTGGATG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=389;TCF=214;TCR=175;TR=181;WE=90259973;WS=90259955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,278:0.48:584
chr2	91766685	rs2258279	GA	TG	2716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=8.039;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=-12.377;QD=8.52;ReadPosRankSum=-5.109;SOR=1.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,92:0.29:319
chr2	91767199	rs2558010	A	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.121;NF=28;NR=7;PP=483;ReadPosRankSum=-2.185;SC=AATTTGTGTCAGCTTATATTC;SOR=0.368;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=77;TCF=66;TCR=11;TR=35;WE=91767207;WS=91767189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr2	91767507	rs2580541	T	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-2.447;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,37:0.16:238
chr2	91809227	rs2536993	A	G	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-4.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.931;NF=118;NR=34;PP=1986;ReadPosRankSum=2.933;SC=TGGGGCCTCCATGGTGGCTTG;SOR=0.603;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=405;TCF=311;TCR=94;TR=152;WE=91809235;WS=91809217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,142:0.31:451
chr2	91809324	rs2536994	C	T	5158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=5.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.091;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-34.218;NF=195;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=6.079;SC=AGTATGACAACGGATTGGAGG;SOR=0.791;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=1009;TCF=529;TCR=480;TR=379;WE=91809332;WS=91809314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1146,361:0.24:1507
chr2	91809385	rs55812636	C	G	4886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=4.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-31.254;NF=154;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.952;SC=CCTGGCCATGCCTTTTTCTAT;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=954;TCF=420;TCR=534;TR=346;WE=91809394;WS=91809375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1033,326:0.24:1359
chr2	91809404	rs55918232	G	C	4702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=4.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-29.255;NF=134;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.322;SC=ATTTTCTATGGAATGCACGCA;SOR=0.586;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=855;TCF=364;TCR=491;TR=301;WE=91809412;WS=91809394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:890,300:0.25:1190
chr2	91809456	rs2191971	T	G	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.195;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-19.954;NF=65;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=5.101;SC=TATAGTCTGGTTCCACAAGAG;SOR=0.477;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=533;TCF=185;TCR=348;TR=164;WE=91809480;WS=91809446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:511,141:0.22:652
chr2	91809468	.	C	CTAA	4237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DP=581;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-18.134;QD=7.42;ReadPosRankSum=6.176;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:439,132:0.23:571
chr2	91809470	rs2386154	G	A	4328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-17.666;QD=7.79;ReadPosRankSum=6.160;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:426,130:0.23:556
chr2	91809472	.	G	GTGACTAACAA	4349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-17.290;QD=7.95;ReadPosRankSum=5.773;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:416,131:0.24:547
chr2	91925022	rs28577290	C	A	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=10.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.94;MQRankSum=-2.426;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,82:0.47:176
chr2	91940522	rs201177880	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	91955209	rs202182230	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.19;MQRankSum=-0.091;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.927;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr2	95537245	rs4854234	C	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr2	95537572	rs4854235	C	T	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=694;ReadPosRankSum=-1.591;SC=GCGCAGCGCACGCAGCAAGAC;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=55;WE=95537580;WS=95537562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,88:0.32:273
chr2	95537622	rs11164112	A	G	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=639;ReadPosRankSum=1.797;SC=GGACACGCACAGCTGGAAGTC;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=49;WE=95537630;WS=95537612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,78:0.34:230
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chr2	95766553	rs373760483	TA	T	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
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chr2	95944902	rs61086044	A	AC	417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=295;SC=GGTGCTGGGCACCGCAGGGTG;SOR=0.836;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=8;WE=95944910;WS=95944892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	95944934	.	G	GC	78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=3;NR=2;PP=78;QD=19.0;SC=GGTGGGGTGGGCAGCCCAGCC;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=95944942;WS=95944924;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr2	95945568	rs7585914	G	A	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=440;ReadPosRankSum=-1.935;SC=CTTTCTTAGTGACACCCATGT;SOR=0.479;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=32;WE=95945576;WS=95945558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,66:0.63:104
chr2	95945830	rs7586229	G	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TCCCGGTGTGGCTGCCAGTGT;SOR=0.586;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=17;WE=95945838;WS=95945820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr2	95947085	rs12992066	A	G	4014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=57;PP=1586;ReadPosRankSum=1.154;SC=CTGGTGTGCCAGAGCTGGGAG;SOR=0.807;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=99;WE=95947093;WS=95947075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,188:0.66:285
chr2	95952177	rs7602232	C	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=275;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GGCTGGGTGACGGGTAGATGG;SOR=1.034;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=17;WE=95952185;WS=95952167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr2	95963242	rs2248415	C	G	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=412;ReadPosRankSum=1.554;SC=GGAGGGGGGTCGGGGGGAGGA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=27;WE=95963250;WS=95963232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr2	96012907	rs7602807	C	G	2632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=1026;ReadPosRankSum=-1.045;SC=CCGCCTCCGCCGCAGACCAGT;SOR=0.677;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=69;WE=96012915;WS=96012897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,124:0.60:206
chr2	96076409	rs6577014	C	T	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=58;PP=1835;SC=AGTTCTGACCCCACTCACCAA;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=89;WE=96076417;WS=96076399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	96504594	rs11676926	C	T	4611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.653;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.061;NF=63;NR=69;PP=2164;ReadPosRankSum=1.380;SC=TTCGTTTGGGCTTTCTGGATC;SOR=0.794;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=220;TCF=111;TCR=109;TR=132;WE=96504602;WS=96504584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,210:0.63:335
chr2	96514492	rs150195180	C	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=55.18;MQRankSum=-0.524;NF=3;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ACTCGGGAGGCTGAGGCAGGA;SOR=1.447;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=96514500;WS=96514482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	96525652	rs77710257	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-7.748;QD=1.78;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,12:0.12:102
chr2	96525659	rs72931750	C	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-7.787;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,12:0.11:110
chr2	96555522	rs12471925	C	A	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.494;NF=51;NR=27;PP=1245;ReadPosRankSum=-4.224;SC=AACGAACATCCTATTAAATGT;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=103;TCR=58;TR=78;WE=96555530;WS=96555512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,98:0.48:206
chr2	96601240	rs199988716	G	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.32;MQRankSum=-7.767;QD=7.02;ReadPosRankSum=-2.687;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,59:0.34:173
chr2	96601296	rs145876416	A	ATGATTAAT	3181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.67;MQRankSum=-10.792;QD=14.20;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,85:0.38:224
chr2	96601312	rs201144574	G	A	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.975;NF=32;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.281;SC=AATATATCATGTATATATCAC;SOR=0.626;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=229;TCF=103;TCR=126;TR=84;WE=96601320;WS=96601286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,73:0.32:227
chr2	96601345	rs149389865	T	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.75;MQRankSum=-8.435;QD=5.17;ReadPosRankSum=2.199;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,52:0.35:149
chr2	96601364	rs148485539	C	T	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=7.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.69;MQRankSum=-7.401;QD=6.99;ReadPosRankSum=2.206;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,46:0.37:125
chr2	96604473	rs75003856	T	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-3.036;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,20:0.16:122
chr2	96604516	rs62154560	C	T	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-10.034;NF=75;NR=42;PP=1557;ReadPosRankSum=-1.316;SC=CAAAAAACTACGAGCATTTTC;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=224;TCF=141;TCR=83;TR=117;WE=96604524;WS=96604506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,142:0.53:266
chr2	96604591	rs62154561	A	G	6568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-12.510;NF=89;NR=103;PP=2661;ReadPosRankSum=5.027;SC=ACTGGAAGTTAGTGAATCCAT;SOR=0.792;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=368;TCF=177;TCR=191;TR=192;WE=96604599;WS=96604581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,318:0.54:589
chr2	96604632	rs62154562	A	T	5094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.274;NF=64;NR=99;PP=2422;ReadPosRankSum=-1.362;SC=AAATGTGATCACTGTCTTTCA;SOR=0.795;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=318;TCF=130;TCR=188;TR=163;WE=96604640;WS=96604622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,251:0.51:491
chr2	96604679	rs62154563	C	T	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.079;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.588;NF=26;NR=65;PP=1328;ReadPosRankSum=-3.032;SC=TAATGATTAACATATCATGTA;SOR=1.209;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=198;TCF=67;TCR=131;TR=91;WE=96604687;WS=96604665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,87:0.39:223
chr2	96604730	rs113311459	T	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=5.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.636;NF=0;NR=25;PP=511;ReadPosRankSum=-0.043;SC=AGAAAATATGTTTACCGTGAA;SOR=3.209;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=13;TCR=64;TR=25;WE=96604738;WS=96604720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,14:0.22:65
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chr2	96610395	rs147285461	C	CA	933.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-18.601;QD=2.21;ReadPosRankSum=5.524;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:371,51:0.12:422
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chr2	96610923	rs75080810	C	G	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-5.896;QD=2.87;ReadPosRankSum=2.465;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:563,178:0.24:741
chr2	96610952	rs62154595	T	C	7236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=4;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.897;NF=98;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.269;SC=GGTTTAAGAATAACATGCAGC;SOR=0.578;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=372;TCF=149;TCR=223;TR=236;WE=96610960;WS=96610942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,343:0.62:551
chr2	96611013	rs202100353	A	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQRankSum=-2.729;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.976;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,35:0.28:126
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chr2	96614212	rs4907288	A	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.897;NF=33;NR=12;PP=728;ReadPosRankSum=2.011;SC=GCTAAGTTTTAGAAGAAAATA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=45;WE=96614220;WS=96614202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr2	96616313	.	A	ATT	200	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=53.27;NF=5;NR=1;PP=200;QD=44.9850014064;SC=AGAGTTGCCTAATTAGTAAAA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=6;WE=96616328;WS=96616304;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr2	96616348	rs62154609	C	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQRankSum=-7.348;QD=5.66;ReadPosRankSum=-2.879;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,12:0.21:56
chr2	96616378	rs62154611	C	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-8.969;NF=23;NR=6;PP=423;ReadPosRankSum=-2.607;SC=CATGACATGACAAATGTTAAG;SOR=0.619;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=29;WE=96616386;WS=96616368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,37:0.32:117
chr2	96616442	rs74960926	C	A	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.22;MQRankSum=-10.744;QD=9.28;ReadPosRankSum=2.927;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,67:0.28:236
chr2	96616448	rs76503749	G	T	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQRankSum=-10.073;QD=9.39;ReadPosRankSum=2.307;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,67:0.29:234
chr2	96616485	rs78218362	C	G	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.311;NF=21;NR=28;PP=501;ReadPosRankSum=-0.395;SC=TAAAAAATCTCTGAAATCATA;SOR=0.751;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=49;WE=96616493;WS=96616475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,54:0.25:213
chr2	96616501	.	C	CAA	1238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.08;MQRankSum=-5.603;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,41:0.21:196
chr2	96616505	rs373114066	AGC	A	1106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQRankSum=-5.449;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,37:0.20:181
chr2	96616532	rs112676430	T	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=7.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQRankSum=-2.539;QD=4.54;ReadPosRankSum=-2.773;SOR=1.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,19:0.15:125
chr2	96616654	rs75283408	C	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.355;HP=1;HapScore=4;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.897;NF=6;NR=3;PP=285;ReadPosRankSum=-0.966;SC=GCAGAAGTATCACTTGAGAAG;SOR=1.414;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=9;WE=96616675;WS=96616644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr2	96616667	rs77249402	A	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=7.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQRankSum=-1.717;QD=14.97;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr2	96616690	rs111409549	T	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.59;MQRankSum=-1.496;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
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chr2	96616951	rs74904196	A	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQRankSum=-4.806;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
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chr2	96616967	rs77784489	G	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQRankSum=-5.378;QD=2.31;ReadPosRankSum=1.755;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,6:0.13:45
chr2	96616976	rs76077075	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-6.212;QD=4.31;ReadPosRankSum=1.491;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr2	96616979	rs80105408	G	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQRankSum=-5.422;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,9:0.18:50
chr2	96616997	rs74701498	T	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=-5.317;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr2	96617023	rs78346055	C	A	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=5.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-4.204;QD=12.56;ReadPosRankSum=-2.220;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,33:0.33:99
chr2	96617025	rs72492186	C	A	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=5.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-4.065;QD=12.71;ReadPosRankSum=-2.609;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
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chr2	96789787	rs893173	T	C	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.946;SC=GGGAGGAAGCTAGGGTCTGAG;SOR=0.746;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=53;TCR=55;TR=67;WE=96789795;WS=96789777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,100:0.62:161
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chr2	96795714	rs749459	G	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=455;ReadPosRankSum=-0.808;SC=GGCTGAAGGCGAGCCTGGAAC;SOR=0.720;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=25;WE=96795722;WS=96795704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,52:0.66:79
chr2	96795857	rs749458	T	C	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=830;ReadPosRankSum=2.274;SC=GTTGCTGCTCTGAGACTTGAT;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=68;WE=96795865;WS=96795847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,107:0.65:165
chr2	96795944	rs749457	A	G	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=749;ReadPosRankSum=0.604;SC=AAGAAAGGGCAGGCAATGGCT;SOR=0.848;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=51;WE=96795952;WS=96795934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,81:0.63:128
chr2	96798510	rs1168966	G	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=482;ReadPosRankSum=-1.473;SC=AGATCCCTCCGGACATACAGA;SOR=0.832;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=24;WE=96798518;WS=96798500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,65:0.69:94
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chr2	96944553	rs772175	G	A	4354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.346;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=63;PP=2218;ReadPosRankSum=-0.625;SC=TGACCCTGCAGGTTGTAGTAA;SOR=0.515;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=213;TCF=118;TCR=95;TR=131;WE=96944561;WS=96944543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,201:0.61:331
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chr2	97351840	rs7599598	A	G	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=1427;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CCGCCTCAACACCGTGCTCCC;SOR=0.554;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=135;TCF=59;TCR=76;TR=85;WE=97351848;WS=97351830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,145:0.59:244
chr2	97353725	rs868168	G	A	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=833;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GCAGGCACGCGGGGGTGGGGG;SOR=0.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=50;WE=97353733;WS=97353715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,67:0.67:100
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chr2	97403110	rs58361269	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=0.831;SC=CTCTCAACCAGGACCGGTGGC;SOR=0.418;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=20;WE=97403118;WS=97403100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr2	97463095	rs1318597	T	C	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=4.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=869;ReadPosRankSum=0.926;SC=CCCTCGGCCTTTGTGCCTCGG;SOR=0.500;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=39;WE=97463103;WS=97463091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr2	97527739	rs144449119	A	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=-0.787;SC=TGCAGGGGGCACAGCACGGGG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=12;WE=97527747;WS=97527729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	97587049	rs34895357	T	C	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=24;PP=927;SC=CGCCTTCCCCTTGCTCTCGCC;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=97587057;WS=97587039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	97595109	rs6725927	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=5.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-1.533;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr2	97613616	rs1624844	T	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=2.256;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,53:0.39:136
chr2	97613748	rs1623881	C	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.552;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=112;ReadPosRankSum=-0.209;SC=CCATTTAATTCTCATAAGTCT;SOR=2.799;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=8;WE=97613756;WS=97613738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr2	97617140	rs1257019	T	C	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.488;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,75:0.32:233
chr2	97617227	rs1257018	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=357;ReadPosRankSum=-2.108;SC=GGGAGCTGGGAGGCAGAGGGC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=34;WE=97617235;WS=97617217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,52:0.31:170
chr2	97637516	rs6714860	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=1.459;SC=ATGGTCAAGGTGAAGTGTCCG;SOR=0.919;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=10;WE=97637524;WS=97637506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
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chr2	97638038	rs1730120	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=1.527;SC=GAGGATGGGCACGGTGGCGGC;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=10;WE=97638046;WS=97638028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr2	97643576	rs1796048	T	C	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=982;ReadPosRankSum=-0.615;SC=TACTCCAGCGTTGACGGTTTT;SOR=0.799;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=209;TCF=101;TCR=108;TR=67;WE=97643584;WS=97643566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,137:0.33:417
chr2	97747978	rs1257094	C	T	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.00;QD=32.76;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	97751782	rs62155549	TG	CA	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.96;QD=44.90;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	97751786	rs62155551	G	A	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.64;QD=44.67;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr2	97814956	rs4386368	G	A	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.92;QD=26.32;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr2	97833569	rs78400826	C	T	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQRankSum=0.134;QD=16.12;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,46:0.45:103
chr2	97833583	rs72945197	C	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.082;NF=17;NR=35;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.264;SC=CTGATTCTTACTTCTTTTACC;SOR=0.427;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=128;TCF=38;TCR=90;TR=52;WE=97833591;WS=97833543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
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chr2	97877292	rs10171441	C	A	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=17;PP=2406;SC=GTGTCTTCTCCGAAACAACCA;SOR=2.621;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=107;TCF=88;TCR=19;TR=105;WE=97877300;WS=97877282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
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chr2	98205924	rs74177639	C	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=2;PP=964;SC=CCTCAGCCTGCAAAGGGGTAC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=98205932;WS=98205914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	98206188	rs1868445	C	G	4855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=90;PP=2759;SC=CTTCCTTAATCGTCGGCTGCA;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=34;TCR=90;TR=124;WE=98206196;WS=98206178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	98273290	rs11547232	C	T	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=30;PP=1204;SC=CTCCCTCCCCCTCTCCCAACA;SOR=0.820;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=70;WE=98273298;WS=98273280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	98273661	rs2290124	A	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=26;PP=846;SC=GAGATCTAGAAGGAGGAAGTG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=98273669;WS=98273651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	98274527	rs1042705	G	C	12531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=147;NR=149;PP=2965;SC=TCTCATCCCCGACAAGGTCCG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=298;TCF=149;TCR=149;TR=296;WE=98274535;WS=98274517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr2	98276014	rs150112418	CCCTCACCTGCCCTGACCAGAA	C	1643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=33;PP=2926;SC=TGGAAGCTGACCCTCACCTGC;SOR=5.031;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=34;WE=98276042;WS=98276004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	98351654	rs34532595	TG	T	1011.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.476;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.904;NF=28;NR=5;PP=1140;ReadPosRankSum=0.007;SC=GGTGGGGGTGTGGGGCCGAGC;SOR=2.278;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=49;TCR=11;TR=33;WE=98351662;WS=98351644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr2	98353847	rs11686881	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=296;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TCACCTGGCTCATGCCCAGCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=14;WE=98353855;WS=98353839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr2	98354139	rs17488834	G	T	10592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=781;ExcessHet=3.0103;FS=2.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,503:0.65:775
chr2	98354511	rs3192177	G	A	3179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=1029;ReadPosRankSum=0.699;SC=AGCGGATGGAGTGCCCACCAG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=71;WE=98354519;WS=98354501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,151:0.75:202
chr2	98355990	rs11678558	G	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=28;PP=640;ReadPosRankSum=0.680;SC=AGCCCTCCACGCCGGCTCTTC;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=34;WE=98355998;WS=98355980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr2	98376989	rs3214760	TA	T	746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=2;PP=931;SC=CATTTATGGATAAAAAGGTGC;SOR=4.479;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=26;WE=98376997;WS=98376985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	98377512	rs2044458	A	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=350;ReadPosRankSum=0.083;SC=GCTCAGCCTCATGTCACATGC;SOR=0.557;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=24;WE=98377520;WS=98377502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr2	98382886	rs895438	G	A	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=921;ReadPosRankSum=0.411;SC=TTGTTAATACGGTGCACTATG;SOR=0.671;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=51;WE=98382894;WS=98382876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,63:0.70:90
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chr2	98409046	rs12995673	G	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=998;ReadPosRankSum=1.009;SC=TTCAGGCTGCGGCTCCTGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=55;WE=98409054;WS=98409036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,66:0.63:104
chr2	98409565	rs13032265	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=7;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-0.922;SC=AGGGAAAAAATAGCAAGAAAT;SOR=0.207;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=98409573;WS=98409555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	98413781	rs2305143	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=-1.036;SC=GTGAGGACTTCTAAGTAAGTA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=98413789;WS=98413771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr2	98418812	rs11340992	CA	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=1.195;SC=GTATGAGCTGCAAATAAGGCT;SOR=0.551;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=98418820;WS=98418802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr2	98449796	rs6721250	C	T	138.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=97;SC=AAAGAATATACAAATTAGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=98449804;WS=98449786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	98460742	rs12712162	G	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=1.150;SC=AGAAAATAAAGTTAAATTTGT;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=98460750;WS=98460732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
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chr2	98611833	rs2279825	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=5;PP=264;SC=CGCCCAACTTTGCGCCGGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=98611841;WS=98611823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr2	98797744	rs4851890	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=-0.188;SC=AGGCCTCCATCGGGTCAGAAG;SOR=0.352;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=15;WE=98797752;WS=98797734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr2	98804314	rs1466156	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=3;PP=192;SC=ACTAACAAAGGAATGATTGAC;SOR=1.329;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=98804322;WS=98804304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr2	98828389	rs62154945	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=504;ReadPosRankSum=-1.336;SC=TCTTTTTTCCGTAGATTGGAA;SOR=0.769;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=40;WE=98828397;WS=98828379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,61:0.32:193
chr2	98833166	rs62156665	A	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=453;ReadPosRankSum=-0.915;SC=GGCTGACAGCAGCTCCTGGCA;SOR=0.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=40;WE=98833174;WS=98833156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,52:0.39:132
chr2	98833445	rs139373261	A	ACCCC	274.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=-0.689;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr2	98833446	rs67163987	C	CCA	524.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=8.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.898;QD=20.99;ReadPosRankSum=1.139;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	98833449	rs62156666	G	C,A	949.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.47;QD=43.17;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,8:0.64,0.36:22
chr2	98834550	rs62156669	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=0.188;SC=ACAGGCTGGCGGTCCCTGGGT;SOR=0.598;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=18;WE=98834558;WS=98834540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr2	98844575	rs7606220	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=324;ReadPosRankSum=-0.993;SC=AACATAGTGAACCTCTTGTCT;SOR=0.604;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=19;WE=98844583;WS=98844565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr2	98844674	rs7601049	C	G	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=680;ReadPosRankSum=1.009;SC=GAATGAAGATCTGACTCTTTT;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=54;WE=98844682;WS=98844664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,90:0.44:204
chr2	98862097	rs4851121	A	G	5159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.27;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	98862097	.	ATACATTAAG	GTACATTAAA,GTACATTAAG	985	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=25;MQ=59.81;NF=11,41;NR=23,79;PP=427,985;QD=14.1314080842;SC=TTTTTCTTAAATACATTAAGT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=34,120;WE=98862114;WS=98862087;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.28:121
chr2	98862106	rs62156717	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,47:0.35:136
chr2	98862150	rs202044554	A	AGTATTCT	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=791;ReadPosRankSum=0.083;SC=AATGTTGCTTAGTGGTATTGA;SOR=0.979;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=12;WE=98862158;WS=98862140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr2	98866980	rs370926569	CT	C	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.812;QD=4.55;ReadPosRankSum=-2.204;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr2	98872662	rs113487988	C	CT,CTT	923.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=18.47;ReadPosRankSum=1.060;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,29,15:0.58,0.30:50
chr2	98887116	rs4851955	G	C	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.94;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	98887116	.	GTTTG	CTTTG,CTTTT	985	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=31,14;NR=8,5;PP=985,734;QD=26.1479798089;SC=TTCTTCCTCTGTTTGTTTGTT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39,19;WE=98887140;WS=98887106;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:39
chr2	98887120	rs62157894	G	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.59;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr2	98887132	rs62157895	C	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.20;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr2	98887355	rs62157896	C	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=-0.445;SC=AGGTGGGTGCCCTGGAGGTCT;SOR=0.649;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=19;WE=98887363;WS=98887345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr2	98906955	rs62155282	T	C	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=0.988;SC=ATCAATTATTTCTGCTTTGTC;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=5;WE=98906963;WS=98906945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	98907089	.	GT	G	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=8.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=0.752;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,37:0.35:106
chr2	98914559	rs62155296	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-0.330;SC=AATAACAGAACGCCAAGGCCA;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=98914567;WS=98914549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	98928429	rs17428626	C	G	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=850;ReadPosRankSum=-2.398;SC=CGCCCTCGGACTCGGACGGCT;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=191;TCF=112;TCR=79;TR=62;WE=98928437;WS=98928419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,74:0.29:255
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chr2	98948224	rs13427344	C	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.897;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=244;ReadPosRankSum=-0.294;SC=TGAAGGTAAACTGGATAGAGG;SOR=0.405;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=25;WE=98948232;WS=98948214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,33:0.34:98
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chr2	99449174	rs2280256	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=280;ReadPosRankSum=1.064;SC=CGAGATCCCACTGCAGCTCAT;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=18;WE=99449182;WS=99449164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr2	99614595	.	CA	C	545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
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chr2	99771533	rs2516834	C	T	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=76;PP=2334;SC=AGCGGAAACGCTTCAAACCGG;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=49;TCR=77;TR=125;WE=99771541;WS=99771523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr2	99771590	rs2632260	G	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=43;PP=1272;SC=TCTTGGGCGCGCGCGGTGTTT;SOR=1.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=99771598;WS=99771580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	99778985	rs2632277	T	C	9676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=108;PP=2965;SC=TGGGACGTTCTTGTCTTCTTT;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=219;TCF=109;TCR=110;TR=217;WE=99778993;WS=99778975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr2	99779131	rs2516835	T	C	10806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=120;PP=2965;SC=AGTATGCTGCTTATCATCAAA;SOR=0.698;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=124;TCR=122;TR=244;WE=99779139;WS=99779121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr2	99802650	rs150171730	G	A	3944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.275;NF=57;NR=41;PP=1444;ReadPosRankSum=0.049;SC=CCTCTAAAGAGAGCAATCACT;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=91;TCR=64;TR=98;WE=99802658;WS=99802640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,189:0.62:304
chr2	99802820	rs6757661	A	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=38;PP=1137;SC=TTTTGAGACGAAGTCTCTCTC;SOR=1.942;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=49;WE=99802828;WS=99802810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	99804642	rs10865030	T	C	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=9;PP=409;SC=TATTTTAGACTGTGACAAAAG;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=99804650;WS=99804632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	99811894	rs7605843	C	T	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=18;PP=1370;SC=CAGACATTTACCATTTCTTCA;SOR=1.718;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=72;WE=99811902;WS=99811884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	99812070	rs1044575	G	A	6090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=83;PP=2503;SC=AGGACTTCCAGCAGAGGAGAA;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=141;WE=99812078;WS=99812060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr2	99859954	rs36096004	C	CAGAT,CAGATAGAT	656.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=0,0;NR=14,14;PP=520,127;SC=GGTAGGCAAACAGATAGATAG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=14,14;WE=99859962;WS=99859944;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:14
chr2	99860537	rs34443578	T	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=609;ReadPosRankSum=0.523;SC=AGAATCCCAGTAGCCTGTGAA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=42;WE=99860545;WS=99860527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,67:0.57:117
chr2	99870872	rs138844118	AAGATAGTATTCTCACAGGCTC	A	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=1633;ReadPosRankSum=-0.814;SC=TCCCTGTTTCAAGATAGTATT;SOR=0.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=3;WE=99870900;WS=99870862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
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chr2	99918077	rs74177686	A	G	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.81;QD=30.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr2	99976564	rs3828162	A	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=85;SC=CTTGTGTTGTAATGAAAGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=99976572;WS=99976556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	99978048	rs12233086	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,43:0.29:146
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chr2	100021184	rs2290261	A	G	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=5.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,51:0.40:126
chr2	100022270	rs1053544	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TTGGTTAAACGGATGAAGAAA;SOR=0.502;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=5;WE=100022278;WS=100022260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	100022772	rs717454	T	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=426;ReadPosRankSum=-1.998;SC=AAGAACCACATTGATGACCAC;SOR=0.464;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=150;TCF=86;TCR=64;TR=42;WE=100022780;WS=100022762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,69:0.31:226
chr2	100055506	rs3087386	A	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=630;ReadPosRankSum=-0.189;SC=CTCCTGGGAAAAGGCTGGAGA;SOR=0.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=32;WE=100055514;WS=100055496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr2	100081323	rs28369943	C	T	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=18;PP=830;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CACATTATAACAGAAGAATGA;SOR=0.947;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=161;TCF=103;TCR=58;TR=60;WE=100081331;WS=100081313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,87:0.40:219
chr2	100081561	rs28369942	A	AAAGTC	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr2	100218080	rs4851214	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=543;ReadPosRankSum=1.314;SC=GCTGGACCACGGCGCTGCCAG;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=32;WE=100218088;WS=100218070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr2	100288931	rs4851222	G	A	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=22;PP=1142;ReadPosRankSum=-2.055;SC=GTTAACACCCGGCACAGTCCA;SOR=0.838;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=74;WE=100288939;WS=100288921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,137:0.61:226
chr2	100343557	rs4851223	C	T	7319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	100454072	rs5832886	C	CT	4233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.994;NF=6;NR=39;PP=1681;ReadPosRankSum=0.373;SC=TTAGTCCCCCCCAACAAAAAA;SOR=0.657;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=8;TCR=61;TR=45;WE=100454080;WS=100454062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,120:0.67:178
chr2	100627908	rs373469810	T	C	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=18;PP=1228;ReadPosRankSum=-3.050;SC=CAGGTGGTCATTGAGAATGAT;SOR=1.032;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=107;TCF=77;TCR=30;TR=71;WE=100627916;WS=100627898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,88:0.67:131
chr2	100721050	rs13421952	A	G	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=123;SC=CCCACCGCCCACCCCCAGGTC;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=100721058;WS=100721040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	101031588	.	TA	T	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.669;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr2	101086894	rs13385681	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,42:0.33:129
chr2	101086966	rs13411940	C	T	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=769;ReadPosRankSum=-2.917;SC=ACATCTTCGTCCCCAGTTCCC;SOR=0.817;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=196;TCF=113;TCR=83;TR=57;WE=101086974;WS=101086956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,129:0.34:375
chr2	101087104	rs13414632	C	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=570;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CCCAGGGCAGCTCTGGAGGGA;SOR=0.599;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=29;TCR=80;TR=40;WE=101087112;WS=101087094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,58:0.44:133
chr2	101087191	rs13388529	G	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=0.638;SC=AGAGGATCAAGAGAGCGAGAT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=10;WE=101087199;WS=101087181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	101093556	rs6726587	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=-1.434;SC=ACTCATTAAATTTACGTAATA;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=15;WE=101093564;WS=101093549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr2	101095733	rs7561811	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr2	101096802	rs7565675	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.063;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=-1.602;SC=AGATCACGGCAGTGATCCCAC;SOR=0.456;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=13;WE=101096810;WS=101096792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr2	101096834	rs13428749	C	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=269;ReadPosRankSum=-0.193;SC=CTCTCCACCTCCTCTTTTGCA;SOR=0.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=25;WE=101096842;WS=101096824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,46:0.40:116
chr2	101096860	rs7568519	T	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=308;ReadPosRankSum=3.134;SC=CTTCTGACTATCTTAGAAGCA;SOR=0.601;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=24;WE=101096868;WS=101096850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,49:0.33:150
chr2	101096903	rs13393776	T	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=304;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GCAAGACAACTGCAAGGTCAT;SOR=0.689;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=28;WE=101096911;WS=101096893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,49:0.30:162
chr2	101096960	rs1519654	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=335;ReadPosRankSum=-0.303;SC=CCTTGCAGGGCTCGGGGACTG;SOR=0.535;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=28;WE=101096968;WS=101096950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,31:0.27:115
chr2	101126124	rs1829479	T	A	3589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=78;PP=2013;SC=TTTCTCCTTATTATGTTACTT;SOR=1.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=27;TCR=78;TR=105;WE=101126132;WS=101126114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	101179341	rs2970988	AG	GA	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=0.875;SC=CTTCTGTGCCAGTTCCTTGAA;SOR=0.619;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=101179350;WS=101179331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	101185539	.	G	GT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,27:0.16:165
chr2	101186088	rs1052117	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.664;NF=18;NR=3;PP=331;ReadPosRankSum=-0.411;SC=AGAATAAATTCGGAGAAGTTT;SOR=0.659;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=21;WE=101186096;WS=101186078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr2	101188373	rs138885839	C	CCTGTGTATGAGTGA	833.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,26:0.27:98
chr2	101520972	rs5832941	A	AT	404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=464;SC=GCCCAATGAAAGAGTGCCTGT;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=101520993;WS=101520962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	101520985	rs10168430	A	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=3;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=-0.956;SC=GTGCCTGTGCATTTAAACATT;SOR=0.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=3;WE=101520993;WS=101520962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	101521173	rs3042779	AT	A	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.108;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr2	101541798	rs356651	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=-0.586;SC=CACCCTGCCCCGTCCATGTGG;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=20;WE=101541806;WS=101541788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr2	101564628	rs10207725	A	G	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=388;ReadPosRankSum=-1.709;SC=TGAATGTTCAATTTTTGTTTT;SOR=0.463;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=34;WE=101564636;WS=101564618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,44:0.37:119
chr2	101566070	rs3739005	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TTTGAATTTTCGAGTTCCCAG;SOR=0.465;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=7;WE=101566078;WS=101566060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr2	101580575	rs41280595	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.198;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,57:0.28:201
chr2	101581246	rs7581886	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.110;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr2	101581294	.	C	CT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=1.846;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,28:0.17:165
chr2	101581976	rs4851392	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.605;NF=6;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=1.876;SC=AGCCTCTCTGATTTTGACCAT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=101581984;WS=101581972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	101591304	rs2305160	A	G	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,144:0.36:400
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chr2	101609827	rs9223	C	T	6115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=70;PP=2425;ReadPosRankSum=-0.692;SC=AGAGCCAGACCGTGTTTCAAA;SOR=0.842;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=278;TCF=150;TCR=128;TR=161;WE=101609835;WS=101609817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,301:0.56:535
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chr2	101619321	rs2278723	T	C	11577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=124;PP=2965;SC=GTCTGGTTGTTACCGAGAGAT;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=245;TCF=118;TCR=127;TR=242;WE=101619329;WS=101619311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr2	101619377	rs72821045	C	T	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=5.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,74:0.28:268
chr2	101620856	rs34386800	TA	T	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=3.204;QD=0.19;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,34:0.17:198
chr2	101622728	rs10934	C	T	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=445;ReadPosRankSum=0.859;SC=AAATAGAATGCCCAGACCCGT;SOR=0.621;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=34;WE=101622736;WS=101622718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,74:0.62:119
chr2	101624471	rs746924	T	C	7042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=67;PP=2965;SC=GTCCAGTCCCTTTCTGCCGCC;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=159;WE=101624479;WS=101624461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr2	101624786	rs200543793	AT	A	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.733;QD=1.61;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr2	101627925	rs1062062	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.957;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=261;ReadPosRankSum=-1.974;SC=TTGGGTTTCCCGAAAACCAGG;SOR=1.126;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=28;WE=101627933;WS=101627915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,32:0.28:114
chr2	101635369	rs56291532	G	A	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=2.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,94:0.32:291
chr2	101635538	rs13007048	C	T	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=588;ReadPosRankSum=1.704;SC=CCTTGGGTCTCGGCTCTTCAT;SOR=0.629;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=39;WE=101635546;WS=101635528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr2	101638828	rs34685616	C	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=527;ReadPosRankSum=-0.075;SC=CGAGGATCTCCGTGTGGGCCC;SOR=0.855;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=175;TCF=92;TCR=83;TR=50;WE=101638836;WS=101638818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,78:0.30:258
chr2	101638888	rs3739014	A	G	6317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=83;PP=2965;SC=ACTGCCGGGCATCTATGCGGT;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=175;TCF=91;TCR=84;TR=174;WE=101638896;WS=101638878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr2	101640086	.	G	GT	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.121;QD=1.22;ReadPosRankSum=-2.433;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,21:0.21:100
chr2	101644855	rs11683877	G	A	4750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=56;PP=2379;ReadPosRankSum=0.492;SC=TGCCAACTGGGGGCCCTGGGC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=143;TCR=90;TR=145;WE=101644863;WS=101644845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,221:0.61:362
chr2	101646359	rs12472882	G	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=404;ReadPosRankSum=-0.897;SC=CCAGAAAAGCGTCCATGCTTA;SOR=1.002;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=21;WE=101646367;WS=101646349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr2	101652732	rs4850957	C	T	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=896;ReadPosRankSum=0.333;SC=CCCTGCTCTCCGAGGGGCCAA;SOR=0.964;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=45;WE=101652740;WS=101652722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,62:0.69:90
chr2	101656726	rs2289953	T	C	7220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=77;PP=2359;SC=ATCCGCCCCGTGGTGTGACAG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=66;TCR=77;TR=143;WE=101656734;WS=101656716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr2	101869588	rs2272320	G	T	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,101:0.67:151
chr2	101874442	rs6757365	C	T	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=725;ReadPosRankSum=0.357;SC=GTGTTTTGGGCATTTCTGTGT;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=46;WE=101874450;WS=101874432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,78:0.62:126
chr2	101881539	.	C	T	1424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,84:0.50:169
chr2	101881549	rs3768995	A	T	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=2.182;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,85:0.57:149
chr2	101889306	rs750783	A	G	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=777;ReadPosRankSum=0.534;SC=ACAATCACCTATTCCTGAAGG;SOR=0.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=49;WE=101889314;WS=101889296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,54:0.67:81
chr2	101898412	rs13151	G	C	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.266;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=376;ReadPosRankSum=-0.490;SC=GTGGACTGCTGTCATCACTTC;SOR=0.452;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=28;WE=101898420;WS=101898402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr2	101911385	rs3828194	A	G	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1067;ReadPosRankSum=0.186;SC=AGAGTTATCCATCATTACCTG;SOR=0.583;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=99;TCR=51;TR=81;WE=101911393;WS=101911375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,123:0.57:215
chr2	101925026	rs11123868	T	C	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=58;PP=852;ReadPosRankSum=0.896;SC=GCCCCGACGCTGGCTTCGCGC;SOR=0.680;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=233;TCF=72;TCR=161;TR=86;WE=101925034;WS=101925016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,120:0.36:334
chr2	101967346	rs6543032	C	T	6354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=52;PP=2788;SC=AAAAGGTTTTCATTTAAGTGC;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=98;TCR=52;TR=149;WE=101967354;WS=101967336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr2	101971618	rs6753727	T	C	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=12;PP=1153;SC=TGGAGACCAATCACTTATTGC;SOR=2.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=56;WE=101971626;WS=101971608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	102018908	rs2175968	A	G	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=19;PP=1193;SC=CTTATTGCCCATGGCAGTGTC;SOR=1.337;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=102018916;WS=102018898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	102026879	.	A	ACACT,ACT	821.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.26;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5037,0.4963;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12,12;NR=7,7;PP=393,15;SC=ACACACACACACTTATGTGAT;SOR=1.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=19,19;WE=102026887;WS=102026869;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:23
chr2	102027050	rs35603034	CT	C	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.760;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,55:0.25:224
chr2	102031176	rs4851434	A	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=14;PP=889;SC=TCCTCTGCCAATGGCCAGGCA;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=102031184;WS=102031166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	102031489	rs4851435	C	G	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	102035192	rs6709913	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=361;SC=TCCATACACCCCACTATTCAC;SOR=2.833;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=102035200;WS=102035182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	102038849	rs4851436	T	A	12202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=166;PP=2965;SC=TTTCTTTGCCTGTTCTTGCTC;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=120;TCR=166;TR=285;WE=102038857;WS=102038839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr2	102045328	rs6543047	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=282;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CAGAAGAGTACGCACAGAAAA;SOR=0.148;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=18;WE=102045336;WS=102045318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr2	102066878	rs4851448	A	T	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=8;PP=500;SC=AGAGATGGAGATTTGCCATGT;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=102066886;WS=102066871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	102067083	rs7585228	T	C	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=50;PP=1743;SC=ACCTATCAGGTAGCAATACTG;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=93;WE=102067091;WS=102067073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	102068872	rs4851449	T	A	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=259;ReadPosRankSum=2.223;SC=GTGCCCAGCCTCCGGGTGCCA;SOR=0.861;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=23;WE=102068880;WS=102068862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,42:0.30:142
chr2	102069002	rs4851450	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.168;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=-1.251;SC=ATATTCCTTTTCCTCTTTTCT;SOR=2.002;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=9;WE=102069010;WS=102068992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr2	102083183	rs4851455	T	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	102314437	rs13430711	T	C	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.92;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	102314633	.	G	GGGCAGCC	1130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.309;NF=2;NR=18;PP=1365;ReadPosRankSum=2.317;SC=CGCGGGGAGCGGGCAGCCGGC;SOR=1.659;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=20;WE=102314641;WS=102314623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,47:0.92:51
chr2	102315057	rs1567385	A	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=43;PP=1345;SC=TTATTGGGGGACGAGGAGAGG;SOR=2.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=58;WE=102315065;WS=102315047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	102483883	rs17745869	T	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=28;PP=731;SC=CCCTCACAGATTTGAGGAATT;SOR=2.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=102483891;WS=102483873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	102501891	rs57584884	A	G	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=20;PP=559;SC=TTTATCATAAACCATTTCTAA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=102501899;WS=102501881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	102625880	rs2236930	T	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=336;ReadPosRankSum=1.021;SC=GGTGTAGGTCTTTTTGTTAGG;SOR=0.337;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=19;WE=102625888;WS=102625870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr2	102632574	rs3819370	A	G	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=-1.014;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr2	102632582	rs3819369	T	A	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=37.33;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	102636030	rs2072480	A	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=159;ReadPosRankSum=-2.027;SC=GTTGATAATGATGATGTAATT;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=10;WE=102636038;WS=102636020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	102636348	rs2072479	C	T	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=777;ReadPosRankSum=0.040;SC=TGACGGTGCACGTAGAATTCC;SOR=0.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=52;WE=102636356;WS=102636338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,71:0.66:108
chr2	102641264	rs2236921	T	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=279;ReadPosRankSum=-1.952;SC=GTTTAGAATTTAAAAAATTGT;SOR=1.218;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=14;WE=102641272;WS=102641254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr2	102781649	rs2228139	C	G	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=1009;ReadPosRankSum=0.779;SC=TGTTATAATGCACAAGCCATA;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=62;WE=102781657;WS=102781639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,113:0.54:210
chr2	102785158	rs34396383	GT	G	929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=1.911;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,64:0.65:99
chr2	102788343	.	TGAA	T	2597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.753;NF=6;NR=22;PP=1151;ReadPosRankSum=-0.525;SC=CAGTAATTGATGAAGATGACC;SOR=0.730;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=68;TCF=10;TCR=58;TR=28;WE=102788353;WS=102788333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,72:0.40:181
chr2	102788409	rs2041747	G	A	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=38;PP=1197;SC=TCACATTTTGGTGTTAAATCC;SOR=1.204;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=58;WE=102788417;WS=102788399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	102851243	rs6742931	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	102957716	rs1420101	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.715;NF=16;NR=20;PP=545;ReadPosRankSum=-1.962;SC=GATTCAAAGTCTAATGAGAGG;SOR=0.857;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=36;WE=102957724;WS=102957706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
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chr2	103003265	rs2241116	C	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=558;ReadPosRankSum=-2.057;SC=CATGTGAATTCCCCTCTCAAG;SOR=0.448;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=33;WE=103003273;WS=103003255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,40:0.70:57
chr2	103006387	rs4851570	A	G	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=489;ReadPosRankSum=1.625;SC=ACTCAGTGGAATGTGTCAGCA;SOR=0.769;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=31;WE=103006395;WS=103006377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr2	103013388	rs11465656	TG	T	1943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.871;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=34;PP=1240;ReadPosRankSum=-1.333;SC=CAAGATATTCTGGGGACTGAG;SOR=0.866;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=37;WE=103013396;WS=103013378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,66:0.69:96
chr2	103039584	rs3817465	A	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=559;ReadPosRankSum=0.533;SC=CCTGTGTGAGATGCACTTTGT;SOR=1.151;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=30;WE=103039592;WS=103039574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr2	103040247	rs11377261	T	TG	1800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=2153;ReadPosRankSum=0.609;SC=TGTTTCCATGTGCTTTGTTTA;SOR=0.862;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=34;WE=103040257;WS=103040237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr2	103040249	rs2272129	C	T	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=2145;ReadPosRankSum=1.174;SC=TTTCCATGTGCTTTGTTTATT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=40;WE=103040257;WS=103040237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr2	103040945	rs887972	G	A	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=686;ReadPosRankSum=1.069;SC=GGCTTTTCATGGAAAAGCGTG;SOR=1.146;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=36;WE=103040953;WS=103040935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr2	103059613	rs1558651	A	G	5764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=50;PP=2516;SC=AGGACAAAGTATTCTCACCAG;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=131;WE=103059621;WS=103059603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr2	103090127	rs17027255	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=413;ReadPosRankSum=0.406;SC=ACTTTTGACCCAGGTGGATGC;SOR=0.963;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=20;WE=103090135;WS=103090119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr2	103095404	rs11692304	G	A	5175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=60;PP=1720;ReadPosRankSum=-0.256;SC=ACCACAAATCGCCTCCGGTCA;SOR=0.606;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=212;TCF=117;TCR=95;TR=130;WE=103095412;WS=103095394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,252:0.63:403
chr2	103120232	rs2075188	G	A	2229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=922;ReadPosRankSum=0.116;SC=CATCACATGAGCCAGGCATCT;SOR=0.646;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=47;TCR=76;TR=66;WE=103120240;WS=103120222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,108:0.59:183
chr2	103120311	rs2075187	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=1.184;SC=AAACTTTTATGAAACCTGATT;SOR=0.622;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=16;WE=103120319;WS=103120301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr2	103125182	rs6724322	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=99;SC=GCAGCATTTACTCTGTAATAG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=103125190;WS=103125172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	103125457	rs6739301	A	G	12486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.21;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr2	103125466	rs6742381	T	C	12239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr2	103128866	rs4851609	T	C	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=26;PP=564;SC=CTACAGGAAGTGGTTGAAATT;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=103128874;WS=103128856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	103136309	rs1403550	T	C	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	103136446	rs1403551	T	G	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=28;PP=826;SC=TGTCCCCATTTTCTGTCCTTG;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=103136454;WS=103136436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	103141447	rs2015478	A	G	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=45;PP=1796;SC=TGTATGGAGGAGTCCTTACGT;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=101;WE=103141455;WS=103141437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	103141651	rs1024798	G	C	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=24;PP=696;SC=TTCCTTCAGTGTGCAAGTGTT;SOR=1.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=31;WE=103141659;WS=103141641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	103149100	rs1014286	G	A	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=36;PP=1147;SC=CCATGGACACGGCAGGGACCA;SOR=1.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=103149108;WS=103149090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	103149162	rs2008159	A	G	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	103149182	rs2008157	A	G	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=415;SC=GGTGTTTCTCAAGAGTCTGTC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=103149190;WS=103149172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	103281540	rs35151143	G	GT	1472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=594;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TTGACAAGGTGTTTTTTTTTT;SOR=0.774;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=52;WE=103281548;WS=103281530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,97:0.67:144
chr2	103300506	rs6757258	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=462;ReadPosRankSum=0.053;SC=CTTTGTCCCCATCGCAGAAGC;SOR=0.557;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=35;WE=103300514;WS=103300496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
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chr2	103380998	rs2540296	C	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=203;ReadPosRankSum=2.008;SC=CCTGTAATTTCAATATTTTTG;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=13;WE=103381006;WS=103380988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
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chr2	104995800	rs4851692	C	T	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1274;ReadPosRankSum=-0.058;SC=GTGACCCATACCTGATGTCTC;SOR=0.865;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=266;TCF=124;TCR=142;TR=95;WE=104995808;WS=104995790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,141:0.34:410
chr2	105472055	rs186512421	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=1.409;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr2	105709023	rs6543282	T	C	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=60;PP=1441;SC=TTAGCAAAAGTGAAGGTAATG;SOR=1.281;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=87;WE=105709031;WS=105709013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	105885961	rs2241797	T	C	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=31;PP=1114;SC=GGGGCCAGCATGCAGGTAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=105885969;WS=105885951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	105897003	rs2241799	G	A	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=914;ReadPosRankSum=-1.605;SC=TGCGGACCTCGTTCAGGTAGC;SOR=0.684;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=65;WE=105897011;WS=105896993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,116:0.64:181
chr2	105897261	rs2679833	C	T	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=18;PP=504;SC=TGGAGGGGAGCGCACGGTGGC;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=105897269;WS=105897251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	105924510	rs2241801	A	G	5964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=72;PP=2965;SC=CTGAGGCCGCACGCAGCTCGT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=158;WE=105924518;WS=105924500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr2	105953909	rs2033727	G	C	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=18;PP=922;SC=ACCCGAACCAGCAGCGAGAGA;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=50;WE=105953917;WS=105953899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	105953938	rs3217439	G	GC	3921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=24;PP=1967;SC=GGCATGCGGCGACTCAGAGTG;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=105953946;WS=105953928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	105954140	rs55772482	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=6.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.499;SOR=1.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr2	105961703	rs2679842	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	105977776	rs3087523	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=252;ReadPosRankSum=-2.363;SC=ACAGGATGTCGTCCCTCTCTG;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=22;WE=105977784;WS=105977766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,36:0.38:96
chr2	105979730	rs2278502	C	A	7302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=81;PP=2870;ReadPosRankSum=-2.077;SC=ATGGGAACCCCGGGACACTCA;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=310;TCF=173;TCR=137;TR=189;WE=105979738;WS=105979720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,345:0.63:550
chr2	105994564	rs144051497	C	CATCAA	5784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.777;SC=GGAAAGAGCACATCAGCATGC;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=22;TCR=71;TR=52;WE=105994572;WS=105994554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,144:0.63:228
chr2	106013147	rs34179780	C	T	8208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=117;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.558;SC=AGACACAGTTCTCAGCCACTA;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=346;TCF=160;TCR=186;TR=216;WE=106013155;WS=106013137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,391:0.64:607
chr2	106013216	rs11891016	T	C	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=738;ReadPosRankSum=0.727;SC=CTCAGTATAATGCAACTTGAG;SOR=0.726;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=193;TCF=67;TCR=126;TR=74;WE=106013224;WS=106013206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,84:0.35:243
chr2	106015194	rs60968240	G	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=327;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CTCCTCTCCCGGGTCTACCCC;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=30;WE=106015202;WS=106015184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr2	106471393	rs6543345	T	C	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=1.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	106471825	rs3832068	C	CA	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.870;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr2	106690542	rs35317173	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.967;SC=CCACAGGGAAGGGTGGCAGGG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=106690550;WS=106690532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	106710668	rs11268588	C	CGCAGGAAGGAAGTGCCACCTT	1127.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=43.37;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	106715342	rs3820891	G	A	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=61;PP=1742;SC=ACCTCCCTGCGCTGCTTCAGC;SOR=1.632;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=87;WE=106715350;WS=106715332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	106717274	rs3739136	A	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=437;SC=TCTTAGACCCAGGCCCTTCAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=106717282;WS=106717264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	106717656	rs10177888	G	A	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=30;PP=827;SC=CCTCCCAGAAGAAAAATTACC;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=106717664;WS=106717646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	106742139	rs4851925	C	T	4886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=63;NR=53;PP=1877;SC=GCCAGCCCTACAGAAAGCAAT;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=116;WE=106742147;WS=106742129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	106742177	rs3739137	T	A	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=59;PP=1947;SC=TGAATTTACATGTGCAGGCAC;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=108;WE=106742185;WS=106742167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	106774614	.	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=289;ReadPosRankSum=-0.689;SC=AAAGTCAAACATCTCATTTGA;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=23;WE=106774622;WS=106774604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr2	106780015	rs3910716	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=395;SC=AATGCGTATACAGACATTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=106780023;WS=106780005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	106780055	rs10631203	C	CTG	2251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=12;PP=1221;SC=AGCAAACAAACAGAATTAATT;SOR=1.051;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=23;WE=106780063;WS=106780045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	106782398	rs4851115	C	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=7;PP=529;SC=CAAGAACCCACTTTTGTTTTA;SOR=1.547;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=27;WE=106782406;WS=106782388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	106810727	rs7604916	A	G	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	106992845	rs56959583	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.78;MQRankSum=-0.549;QD=20.75;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	106992952	rs4641931	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.480;NF=15;NR=10;PP=236;ReadPosRankSum=-2.327;SC=CATCTGACCTATGTGGGCAAA;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=25;WE=106992971;WS=106992942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,43:0.30:145
chr2	106992963	rs11464214	A	AG	6182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=39;PP=2878;SC=TGTGGGCAAAATTCCTGTGCT;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=106992971;WS=106992942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	107007576	rs60043380	A	T	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=74;PP=1961;SC=ACCAAAATCCATGCTTCTCAA;SOR=2.373;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=18;TCR=75;TR=92;WE=107007584;WS=107007566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	107107567	rs2228021	G	C	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.10;MQRankSum=0.936;QD=2.87;ReadPosRankSum=-2.084;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,85:0.23:367
chr2	107107694	rs6543414	A	G	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=82;PP=2852;SC=GTGTGGGTAAAAAGCAGGCTC;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=55;TCR=82;TR=137;WE=107107702;WS=107107684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	107107765	rs6543415	C	A	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=47;PP=1395;SC=GACCACCAGGCTTCAGTGTGC;SOR=1.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=107107773;WS=107107755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	107118896	rs4340514	T	C	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=18;PP=1166;SC=AAAAATGTTCTGTGTTGAACA;SOR=1.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=60;WE=107118904;WS=107118886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	107119136	rs4365459	G	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=3.225;NF=8;NR=26;PP=785;ReadPosRankSum=2.056;SC=ATTTGCCTCAGAGAACCTGCG;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=107119144;WS=107119126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr2	107120812	rs62154001	T	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.915;NF=12;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=0.667;SC=TGGCCTTGGGTTCCTCAGCCC;SOR=0.701;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=26;WE=107120820;WS=107120802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,36:0.31:115
chr2	107121040	rs146000492	T	TA	4028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.772;NF=22;NR=44;PP=919;ReadPosRankSum=-0.864;SC=AGACCCCATCTAAAAAAAAAT;SOR=1.030;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=66;WE=107121048;WS=107121030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,180:0.98:184
chr2	107123363	rs144897643	A	T	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.17;MQRankSum=-4.729;QD=13.19;ReadPosRankSum=2.316;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,64:0.60:107
chr2	107423188	rs1470591	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=538;ReadPosRankSum=-0.281;SC=CCTGGAAGCCGGGAAGAACCA;SOR=0.870;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=40;WE=107423196;WS=107423178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,72:0.35:205
chr2	107423395	rs1470590	T	G	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.689;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,85:0.34:247
chr2	107446396	rs877693	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.134;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=297;ReadPosRankSum=0.737;SC=AAATCAGAAATACTTCTGGTT;SOR=0.223;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=22;WE=107446404;WS=107446386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr2	107446430	rs935565	T	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=476;ReadPosRankSum=0.284;SC=ATAAGGTATTTTCAACCTGTA;SOR=0.480;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=78;TCF=62;TCR=16;TR=28;WE=107446438;WS=107446420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,40:0.36:111
chr2	107460345	rs62155507	A	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=622;ReadPosRankSum=-2.002;SC=GCTGTCGGTGAAGTAGATGAA;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=48;WE=107460353;WS=107460335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,62:0.63:99
chr2	107460474	rs12473361	T	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=1.755;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr2	108863650	rs9646947	A	C	6916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.62;ReadPosRankSum=1.779;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,269:1.00:270
chr2	108863767	rs9308806	A	C	6062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=78;PP=2603;SC=GGGAAAAAGTATGTAATTTCC;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=139;WE=108863775;WS=108863757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr2	108868736	rs13030422	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=489;SC=GTGCTCTCATGTTGCTGTCTT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=108868744;WS=108868726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	108875464	.	AAAACTTGGTCAGGTGATGTTAT	A	14190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=121;PP=2974;SC=ATTCTTGGAGAAAACTTGGTC;SOR=1.033;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=150;TCF=20;TCR=130;TR=138;WE=108875493;WS=108875454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr2	108876948	rs4141931	C	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=511;SC=GTGGGTAGGCCTAGGAACCAT;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=108876956;WS=108876938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	108877062	rs4141932	T	A	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=46;PP=2191;SC=TACTGTGGCTTTGAATGAGAA;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=73;TCR=47;TR=119;WE=108877070;WS=108877052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	108915008	.	AT	A	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=7.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr2	108915263	rs4149422	C	T	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	108994808	rs1402467	C	G	2267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.200;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=29;PP=1123;ReadPosRankSum=0.235;SC=CCTTACACGACATGGAGGATT;SOR=0.918;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=201;TCF=114;TCR=87;TR=76;WE=108994816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,128:0.35:367
chr2	108999786	rs4149436	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=376;ReadPosRankSum=-0.892;SC=TAATGGAACATTCTCACTTCT;SOR=0.814;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=29;WE=108999794;WS=108999776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,40:0.28:142
chr2	109003761	rs3731686	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,46:0.32:145
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chr2	109124242	rs62148108	T	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.792;NF=1;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=-1.636;SC=AAAAGTTTCATCTTGAAGTAA;SOR=0.105;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=109124250;WS=109124232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	109292280	rs7584953	T	C	7243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=26.44;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr2	109381438	rs61748149	A	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=672;ReadPosRankSum=0.450;SC=CAAAGGAAGGACAGTGGGATT;SOR=0.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=49;WE=109381446;WS=109381428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,69:0.38:184
chr2	109388846	rs700876	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=133;ReadPosRankSum=1.804;SC=CTGCAATTCAGATGTGGAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=12;WE=109388854;WS=109388836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr2	109389124	rs700875	A	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-2.057;SC=TTCTATAATTATCGATTTTAC;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=109389132;WS=109389114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	109389463	rs826580	G	A	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=53;PP=1653;SC=GAAATGGGGAGGACTTTCAAT;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=88;WE=109389471;WS=109389453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	109393522	rs58272304	TG	T	1499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=10;PP=1058;SC=CTCTAGGTCCTGGGGTAAAGC;SOR=1.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=28;WE=109393530;WS=109393512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	109393766	rs56132830	A	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=17.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=3.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,19:0.23:81
chr2	109393767	rs367802106	TATAAC	T	562.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=17.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=3.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,19:0.24:78
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chr2	109393779	rs375449172	A	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=7.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=2.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
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chr2	109393786	rs371246549	TC	T	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.543;SOR=2.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr2	109393789	.	TCCCTTACCCCCC	T	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.464;SOR=2.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr2	109393803	.	GT	G	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=1.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
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chr2	109404474	rs35693674	C	CT	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr2	109408159	rs35794776	G	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,13:0.17:75
chr2	109408208	rs6740879	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=2.344;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr2	109411248	rs111234702	GAATAT	G	629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=626;ReadPosRankSum=-2.329;SC=TACGAAATTTGAATATAATAT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=13;WE=109411260;WS=109411238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr2	109421334	rs147074070	TCTC	T	566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=9;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=288;ReadPosRankSum=-0.213;SC=GTTTTTTTTTTCTCCTCCTAG;SOR=0.971;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=10;WE=109421344;WS=109421314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr2	109429146	rs975597	T	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=453;ReadPosRankSum=2.677;SC=GAGTTCAAGCTCGTTTAGATA;SOR=0.410;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=30;WE=109429154;WS=109429136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr2	109490104	rs6737810	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=20;PP=569;SC=TGATCATTTAAACCAGGGGTT;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=109490112;WS=109490094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	109513321	rs7607563	C	A	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=13;PP=1018;SC=CCCTCGTTGGCTCCTTGGCTT;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=109513329;WS=109513311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	109513654	rs12623957	G	A	5458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=95;PP=2473;ReadPosRankSum=1.496;SC=TCTTCTCGAGGCAATCAAATG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=96;TCR=132;TR=163;WE=109513662;WS=109513644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,249:0.68:365
chr2	109513786	rs3789738	A	T	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=1.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,61:0.74:82
chr2	109522720	rs260639	G	A	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.299;QD=10.46;ReadPosRankSum=2.789;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr2	109522747	rs3833574	CT	C	750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.870;NF=4;NR=14;PP=212;ReadPosRankSum=-0.711;SC=CTCTCCCAGGCTTTTTTTTCA;SOR=0.681;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=18;WE=109522755;WS=109522737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,53:0.37:144
chr2	109526969	rs260632	G	A	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=29;PP=1334;SC=CATCCTTCTCGGAGAACATCA;SOR=0.983;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=71;WE=109526977;WS=109526959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	109527087	rs260631	G	A	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=435;ReadPosRankSum=-1.526;SC=AGAGCTGCCCGGTGTCTGTGT;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=28;WE=109527095;WS=109527077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr2	109527373	rs260630	A	G	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=30;PP=1496;SC=GAGTCCAGGAAGCAGGGCACC;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=76;WE=109527381;WS=109527363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	109539653	rs260643	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.51;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	109539653	.	AT	GC,GT	250	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8,21;NR=0,3;PP=93,250;QD=18.3084843578;SC=TGTGGCAAACATCCCTCCCTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=8,24;WE=109539662;WS=109539643;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.32:25
chr2	109539654	rs2077536	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.091;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr2	109539774	rs3749107	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=387;ReadPosRankSum=0.378;SC=GTAGTGAAAGGGATCCGTGCT;SOR=0.533;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=29;WE=109539782;WS=109539764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,49:0.33:149
chr2	109539913	rs748225	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.535;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=1.745;SC=GTAGTAGCTACGGGGGAGAGA;SOR=0.458;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=28;WE=109539921;WS=109539903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,41:0.36:115
chr2	109745782	rs200435574	TGGCCGGTCCCCGCCACGCA	T	2692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=28;PP=2928;SC=CGGGCTCGGCTGGCCGGTCCC;SOR=1.392;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=30;WE=109745808;WS=109745772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	109746599	rs116528204	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	109929958	rs6748434	A	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr2	109964431	rs6725756	C	T	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=48;PP=1136;ReadPosRankSum=1.944;SC=GGGTGGGCCCCGCCAGCCCAT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=70;WE=109964439;WS=109964421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,94:0.71:133
chr2	109988215	rs11680644	C	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=272;ReadPosRankSum=0.756;SC=ACCTGACCTTCAAGCCCCTTT;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=17;WE=109988223;WS=109988205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr2	110053248	rs7369523	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=317;ReadPosRankSum=-0.047;SC=TGGCCTTCATCTCTTAAAGCC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=18;WE=110053256;WS=110053238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr2	110371493	rs3829700	A	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	110372192	rs6594048	A	G	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=25;PP=1074;SC=GGGGCGCCCTAGGCGGCGAAC;SOR=0.972;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=61;WE=110372200;WS=110372182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	110373197	rs1560884	G	A	4533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=79;PP=2624;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GTGGGAAAAAGGCCTCCCAGT;SOR=0.820;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=203;TCF=89;TCR=114;TR=138;WE=110373205;WS=110373187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,194:0.63:309
chr2	110552183	.	G	C	148.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-0.619;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	110552184	rs368194978	GC	G	139.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-1.051;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.737;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	110855123	rs2004273	G	T	8606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=92;PP=2965;SC=AGGGGCTGCTGCAGGGGCCGG;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=115;TCR=93;TR=206;WE=110855131;WS=110855113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr2	110855270	rs5833366	TG	T	1517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.301;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,68:0.37:186
chr2	110873470	rs11375171	G	GA	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.530;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr2	110882699	rs2048243	A	G	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=595;ReadPosRankSum=-0.169;SC=AAAGCCAAGAAGATTTTCCAT;SOR=0.764;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=152;TCF=93;TCR=59;TR=49;WE=110882707;WS=110882689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,80:0.34:238
chr2	110886686	rs3838315	A	AGACCAGAT	1652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.302;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.498;SC=AAAAAGGCCTAGACAGAACTC;SOR=1.077;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=19;WE=110886694;WS=110886676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,44:0.29:150
chr2	110905664	rs1509417	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.03;ReadPosRankSum=-2.098;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
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chr2	110919321	rs2271244	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.523;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=219;ReadPosRankSum=-1.219;SC=AAAGAAACTCCAAATCAAAAA;SOR=1.167;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=19;WE=110919329;WS=110919311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,23:0.32:72
chr2	110922064	.	CA	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr2	110922703	rs11675767	C	T	3498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=65;PP=1548;ReadPosRankSum=0.804;SC=CTTCACTTGACTCTTGGCCTT;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=364;TCF=168;TCR=196;TR=122;WE=110922720;WS=110922693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:447,216:0.33:663
chr2	110959898	rs11240794	C	G	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=182;ReadPosRankSum=-0.583;SC=AGTTTCTTCTCTACTCTTGCA;SOR=0.711;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=18;WE=110959906;WS=110959888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr2	111058854	rs190352639	G	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.32;QD=22.90;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	111397237	rs112515450	CT	C	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=7.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.338;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr2	111406724	rs34802999	T	TCA	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=249;ReadPosRankSum=-0.395;SC=AATAGGAGAATCACACACACA;SOR=1.532;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=8;WE=111406733;WS=111406714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr2	111406968	.	GA	G	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.256;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.731;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr2	111526090	.	TGA	AGA	246	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=28;MQ=59.98;NF=0,0;NR=4,10;PP=213,246;QD=61.9428031368;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=4,10;WE=111526101;WS=111526080;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:49,4:0.08:53
chr2	111526090	.	TGA	T	246	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=28;MQ=59.98;NF=0,0;NR=4,10;PP=213,246;QD=61.9428031368;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=4,10;WE=111526101;WS=111526080;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr2	111644475	rs10188079	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=191;ReadPosRankSum=-1.787;SC=TACGCTTGCTCGTGAAATCAG;SOR=0.604;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=19;WE=111644483;WS=111644465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr2	111644491	rs66815319	TA	T	509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=-1.392;SC=ATCAGCCACTTAACTGTTCTG;SOR=0.468;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=11;WE=111644499;WS=111644481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr2	111721142	.	ATG	A	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr2	111721220	rs139505303	G	A	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=43;PP=1362;ReadPosRankSum=1.678;SC=ATGGAAAATCGAATCTCAGGC;SOR=0.590;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=94;WE=111721228;WS=111721210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,143:0.57:252
chr2	111753449	rs3761707	G	C	4609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=74;NR=51;PP=2322;SC=AATAATGATGGTCACCGTGAT;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=125;WE=111753466;WS=111753439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	111789092	rs3789090	G	A	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=10;PP=1269;SC=TCTGCACTGTGTCCATGCTTA;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=58;WE=111789100;WS=111789082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	111886332	rs13429049	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.343;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr2	111907691	rs724710	T	C	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=404;ReadPosRankSum=-1.599;SC=TGCGGCGTATTGGAGACGAGT;SOR=0.814;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=40;WE=111907699;WS=111907681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,66:0.36:185
chr2	111909247	rs3789068	A	G	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=249;ReadPosRankSum=0.353;SC=GTTCTTCAGTATGGAATTTCT;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=13;WE=111909255;WS=111909246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr2	112536264	rs76115652	G	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.90;QD=29.54;SOR=3.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	112545981	.	T	G	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=49.49;NF=0;NR=6;PP=45;QD=13.2952020912;SC=AGGAAACTGGTGTATAATAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=6;WE=112545989;WS=112545971;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,6:0.23:26
chr2	112590989	rs3761697	A	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-2.310;NF=5;NR=15;PP=224;ReadPosRankSum=0.394;SC=AAAAACTTACATATGAGAAAG;SOR=0.479;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=20;WE=112590997;WS=112590979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr2	112592148	rs143082348	TC	T	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=2.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-2.640;QD=2.10;ReadPosRankSum=-4.941;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,24:0.15:161
chr2	112605302	rs4848197	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=8.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQRankSum=-6.243;QD=0.65;ReadPosRankSum=-2.745;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,19:0.14:137
chr2	112605465	rs4848800	T	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.96;NF=15;NR=29;PP=863;SC=GTAAATACGATACAAATGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=112605473;WS=112605455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	112616040	.	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=6.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.53;MQRankSum=0.499;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr2	112621498	rs70962959	GA	G	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-1.178;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr2	112625575	rs6742515	T	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,33:0.33:101
chr2	112630412	rs141064868	A	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.789;NF=1;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=1.440;SC=AAAGTAACATAATCATTAAAT;SOR=0.116;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=8;WE=112630420;WS=112630402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	112641111	.	CA	C	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-1.646;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,51:0.23:221
chr2	112641256	rs2037198	G	A	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.65;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	112641256	.	GA	AA,AG	677	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=15,3;NR=45,15;PP=677,274;QD=11.8628535425;SC=AGGCCAGTCTGAAAGCTGAGG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60,18;WE=112641265;WS=112641246;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:60
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chr2	112641283	rs12233011	A	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=0.059;SC=ATGGGATGCTACGCACAGCTC;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=18;WE=112641291;WS=112641273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr2	112656372	rs35898499	A	T	2810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,137:0.69:200
chr2	112687157	rs138909702	A	ATATTTATTTATT	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=5.530;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.557;SOR=2.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,10:0.18:56
chr2	112704862	rs7601798	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.526;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr2	112705157	rs3761701	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=242;ReadPosRankSum=1.034;SC=AAGTCCGAGCTGTGGGCTTAT;SOR=0.787;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=19;WE=112705165;WS=112705147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr2	112705185	rs3761700	G	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=206;ReadPosRankSum=2.026;SC=TTCTCTAATAGCGGACAGGAT;SOR=0.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=13;WE=112705193;WS=112705175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr2	112725684	rs113538397	A	ATGTGTG	1072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=3.408;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,37:0.26:142
chr2	112740373	rs1996323	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=209;ReadPosRankSum=0.200;SC=ATACATCTGTGTGTGCTTTGT;SOR=0.915;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=14;WE=112740381;WS=112740363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr2	112740596	rs57740008	GA	G	2264.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=1586;ReadPosRankSum=0.860;SC=AGAAGAGCACGATTAGTCATC;SOR=0.588;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=27;WE=112740606;WS=112740586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,62:0.38:162
chr2	112740598	rs57297275	T	G	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=1594;ReadPosRankSum=1.057;SC=AAGAGCACGATTAGTCATCTC;SOR=0.588;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=37;WE=112740606;WS=112740586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,62:0.38:162
chr2	112751928	rs7604639	G	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=347;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GCCGTCACCAGAGGGGGAGTT;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=32;WE=112751936;WS=112751918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,51:0.39:131
chr2	112752142	rs7592909	A	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=1.227;SC=GAGTTTGAGAACAACCTGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=8;WE=112752150;WS=112752132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	112752880	rs6739294	G	A	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1084;ReadPosRankSum=-0.294;SC=AGTGAACCAAGTGCTGTGCTC;SOR=0.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=192;TCF=110;TCR=82;TR=76;WE=112752888;WS=112752870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,97:0.39:250
chr2	112753020	rs77702371	A	G	3134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=56;PP=1625;ReadPosRankSum=2.048;SC=GTTTTTGCCAAACATGACCTT;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=160;TCR=172;TR=110;WE=112753028;WS=112753010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,177:0.33:530
chr2	112753097	rs6726639	A	C	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=58;PP=1368;ReadPosRankSum=-2.496;SC=TCCCAGTGACACTGAAACTTG;SOR=0.682;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=238;TCF=84;TCR=154;TR=92;WE=112753105;WS=112753087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,128:0.35:363
chr2	112753781	rs34346510	TA	T	2567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=1255;ReadPosRankSum=0.940;SC=TTACCACAGTTAAATAACACC;SOR=0.725;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=95;TCF=18;TCR=77;TR=38;WE=112753789;WS=112753771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,96:0.39:247
chr2	112753883	rs10173553	C	T	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=367;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GCTCTTCAGGCCACCAACCAT;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=23;WE=112753891;WS=112753873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr2	112754828	rs3811632	G	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=411;ReadPosRankSum=1.187;SC=TTGACTATTTGTTCTTCCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=26;WE=112754836;WS=112754818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr2	112755001	rs2230515	A	G	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=749;ReadPosRankSum=-1.787;SC=GATTGGGTTGATTTTATACAT;SOR=0.908;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=179;TCF=77;TCR=102;TR=59;WE=112755009;WS=112754991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,83:0.32:259
chr2	112761653	rs4848933	C	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=235;ReadPosRankSum=-1.244;SC=AATCTCAGTTCCCAGTGGGCC;SOR=0.536;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=14;WE=112761661;WS=112761643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr2	112765973	rs1131244	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=344;ReadPosRankSum=-1.905;SC=ACAACTCTTCACAGCGGGAGA;SOR=0.834;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=31;WE=112765981;WS=112765963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,50:0.26:189
chr2	112766262	rs10210692	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,56:0.29:191
chr2	112766304	rs55766181	G	C	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=398;ReadPosRankSum=-1.127;SC=TTCTAGGAGAGTGTGAATTAA;SOR=0.723;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=39;WE=112766312;WS=112766294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,68:0.32:210
chr2	112766319	rs55799805	T	C	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=1.235;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,60:0.31:195
chr2	112767406	rs11884641	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.862;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=243;ReadPosRankSum=-0.138;SC=GGCGCTCTTGATTTTTTCAAA;SOR=1.539;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=15;WE=112767414;WS=112767396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr2	112767483	rs11884693	A	G	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=622;ReadPosRankSum=-2.557;SC=TGGTCACAGTAACAAGGACTC;SOR=0.835;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=48;WE=112767491;WS=112767473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,88:0.38:234
chr2	112767739	rs75313362	A	G	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=644;ReadPosRankSum=0.573;SC=TGAAGCCAGGAAGGAGAGGAC;SOR=0.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=42;WE=112767747;WS=112767729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,64:0.35:181
chr2	112767824	rs77781750	A	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=0.694;SC=GGCCTGCTCCAGGTATTATTA;SOR=0.948;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=20;WE=112767832;WS=112767814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr2	112767941	rs77306155	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.420;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-1.151;SC=CACAACCCTCATGGCCGCATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=3;WE=112767949;WS=112767931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr2	112770770	rs4374383	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.724;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,54:0.37:147
chr2	112770798	rs4500955	TG	CA	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=997;ReadPosRankSum=0.370;SC=AGGCTGCAGCTGCATCACACA;SOR=0.709;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=37;WE=112770807;WS=112770788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,65:0.39:168
chr2	112773366	rs6710591	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=156;ReadPosRankSum=-1.948;SC=TCTAAAGATTATGTTCTTTTA;SOR=0.481;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=12;WE=112773374;WS=112773356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr2	112773500	rs6710733	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TAATCCATGAAAAGACTGTCC;SOR=0.674;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=18;WE=112773508;WS=112773490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr2	112773528	rs111619827	TCTTGTAC	T	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=427;ReadPosRankSum=-0.868;SC=ATTGAGTTGCTCTTGTACCTT;SOR=0.818;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=9;WE=112773542;WS=112773518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr2	112776913	rs3841094	T	TC	1217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.757;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.640;NF=15;NR=24;PP=596;ReadPosRankSum=-0.305;SC=AAGCATCCTTTCCCCCCCCGG;SOR=0.890;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=45;TCR=75;TR=39;WE=112776921;WS=112776903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,71:0.27:262
chr2	112776979	rs3811640	C	A	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=4.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.488;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,93:0.31:297
chr2	112779286	rs10667527	A	ATC	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.495;NF=0;NR=11;PP=356;ReadPosRankSum=1.058;SC=GCTTGCTCAGATCTCTTTTAT;SOR=0.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=11;WE=112779294;WS=112779276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr2	112779734	rs12989808	A	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=-1.588;SC=AGCTTTGTGCATGATCATCAG;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=12;WE=112779742;WS=112779724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr2	112785770	rs6738237	A	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=-0.285;SC=CAAAAGTTGTATAAATATTAG;SOR=0.614;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=7;WE=112785778;WS=112785760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr2	112786523	rs147500027	A	AT	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=516;ReadPosRankSum=0.067;SC=TGTTTTTGGTATTTGTCTTCC;SOR=0.828;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=16;WE=112786531;WS=112786513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr2	112832684	rs6542026	G	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=284;SC=ATTTAAAACCGTATGTTTTCA;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=112832692;WS=112832674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	112865517	rs7562848	G	C	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	112945188	rs4848281	T	A	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=71;PP=1867;SC=GTTCCCGCCCTCTCACCAGTG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=23;TCR=71;TR=94;WE=112945196;WS=112945178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	113277707	rs34238996	CA	C	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr2	113300330	rs4849071	G	A	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=49;PP=1337;SC=TATGACCCCAGATGCATGTGC;SOR=4.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=53;WE=113300338;WS=113300320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	113305150	rs11123139	G	C	6244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=90;PP=2788;SC=CAGAGGTAATGACGGGCGTCC;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=51;TCR=91;TR=141;WE=113305158;WS=113305140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr2	113307023	rs376484413	CT	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.827;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.673;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr2	113308516	rs2304555	T	A	8375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=84;PP=2965;SC=AAAATGGCACTGTTATGTTGA;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=167;WE=113308524;WS=113308506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr2	113308622	rs3816140	C	T	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=54;PP=1547;SC=AAGAAATTCACTGGGGGTAGT;SOR=2.484;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=65;WE=113308630;WS=113308612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	113309473	rs1545133	C	T	8485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=104;NR=81;PP=2965;SC=GAGGGTTGTTCGACACAAAAA;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=105;TCR=82;TR=185;WE=113309481;WS=113309463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr2	113310197	rs11351307	CT	C	903.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.267;SOR=1.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,62:0.83:75
chr2	113315735	rs57858974	CT	C	135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=62.13;NF=1;NR=6;PP=186;SC=CCTGAGAGTTCTTTTTAAAAG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=113315743;WS=113315725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	113321900	rs41280572	T	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=5;PP=443;SC=GAATGTTGGATGAAGCATTCT;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=113321908;WS=113321890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	113326281	rs6746874	C	G	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=9;PP=915;SC=AAATGTGTAACCAGTTGCAGT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=113326289;WS=113326271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	113326502	rs13010814	C	T	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=64;PP=2104;SC=GATGATGTTACAGTCACAATC;SOR=1.228;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=97;WE=113326510;WS=113326492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr2	113344047	rs752992	T	C	17360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=169;PP=2965;SC=CCCCACCCCATCACCACACAG;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=327;TCF=158;TCR=169;TR=327;WE=113344055;WS=113344037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,675:1.00:675
chr2	113346413	rs3748024	C	G	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=32;PP=1556;SC=AGAGGAGGTGCTACTAGATGT;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=72;WE=113346421;WS=113346403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	113346480	rs41278942	G	A	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=1008;ReadPosRankSum=0.719;SC=CTCCTCTGACGGCAGGAAAAC;SOR=0.803;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=61;WE=113346488;WS=113346470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,85:0.65:130
chr2	113346512	rs1047652	A	C	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=54;PP=1803;SC=GACTGCCCCCACGCCCCTCCC;SOR=1.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=85;WE=113346520;WS=113346502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	113404708	rs4849091	G	A	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=54;PP=1557;SC=CTCAAGGGCTGCTGATGGCCG;SOR=1.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=83;WE=113404716;WS=113404698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	113479745	rs34781106	AC	A	8967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=137;PP=2976;SC=GTGCCCCCCGACCCCCCGTCT;SOR=1.773;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=173;TCF=30;TCR=143;TR=164;WE=113479760;WS=113479733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr2	113480556	rs34912983	GC	G	2324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=21;PP=2123;SC=CCCAGTGAAGGCCCCAGTGTG;SOR=1.712;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=59;WE=113480564;WS=113480546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	113480938	.	G	GCACACACACACACA	1993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;QD=48.63;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	113481547	rs2063919	A	G	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=54;PP=2126;SC=AGGCCTCAGAAGAATGAGCAA;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=97;WE=113481555;WS=113481537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	113482779	rs4849116	A	C	14832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=157;NR=139;PP=2965;SC=GTGGGCACCTACACAGGGCCC;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=297;TCF=157;TCR=140;TR=296;WE=113482787;WS=113482769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr2	113484319	rs2138604	G	A	6306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=88;PP=2965;SC=GATCCAGGTGGGAGCTGGGTG;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=72;TCR=88;TR=159;WE=113484327;WS=113484309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr2	113484353	rs2138605	A	G	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=73;PP=2171;SC=CAGGCCCAGCAGGGGCGGAGC;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=118;WE=113484361;WS=113484343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	113498566	rs3811040	A	G	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=57;PP=1797;SC=TTCAGCAACTAAAGAGTCAGA;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=113498574;WS=113498556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	113513825	rs6731822	T	C	10268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=126;PP=2965;SC=CTCTGGCTTATGGCTTTTGAC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=133;TCR=129;TR=257;WE=113513833;WS=113513815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr2	113520129	rs36093393	G	A	5334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=95;PP=2308;ReadPosRankSum=0.886;SC=TACTCCTGAAGCTTTCTCTGC;SOR=0.762;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=265;TCF=122;TCR=143;TR=168;WE=113520137;WS=113520119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,250:0.64:390
chr2	113532885	rs3783550	G	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=565;ReadPosRankSum=-0.304;SC=GAACAAGATGGTAGAAAAAGG;SOR=0.875;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=35;WE=113532893;WS=113532875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,50:0.57:88
chr2	113535395	rs2071376	G	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=426;ReadPosRankSum=2.218;SC=TTCTCATAGAGCCTGCCTAGG;SOR=0.859;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=25;WE=113535403;WS=113535385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr2	113535438	rs2071375	C	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=7;PP=498;ReadPosRankSum=0.890;SC=GTGGGGTGGGCAGGTGGGGGC;SOR=0.986;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=32;WE=113535446;WS=113535428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr2	113537223	rs17561	C	A	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=731;ReadPosRankSum=0.130;SC=CTAAAAGGTGCTGACCTAGGC;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=47;WE=113537231;WS=113537213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,70:0.64:110
chr2	113540177	rs1894399	C	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.45;ReadPosRankSum=1.016;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr2	113540205	rs1609682	G	T	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,108:0.72:149
chr2	113588302	rs1143643	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=415;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CCCAACTTTCCGTGTGATTAT;SOR=1.402;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=22;WE=113588310;WS=113588292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr2	113590467	rs1143633	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=472;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TGAGGCGAGGCGGCAAAATTT;SOR=0.412;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=31;WE=113590475;WS=113590457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr2	113671303	rs3811045	T	C	11046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=107;PP=2965;SC=TTAAATGGTCTTTGATACCCC;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=139;TCR=110;TR=245;WE=113671311;WS=113671293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr2	113671378	rs3811046	G	T	13111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=142;NR=150;PP=2965;SC=GACCCGGCTGGAAGCCCCCTG;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=296;TCF=142;TCR=154;TR=292;WE=113671386;WS=113671368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr2	113671410	rs3811047	A	G	10061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr2	113671518	rs3811048	G	A	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=42;PP=1321;SC=TTACAGGGTGGGAGAATTGTA;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=48;WE=113671526;WS=113671508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	113737566	.	C	T	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=385;ReadPosRankSum=-2.709;SC=CTGATACCATCTCTCCTCTTA;SOR=0.535;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=34;WE=113737574;WS=113737556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,46:0.38:120
chr2	113785727	rs1562304	A	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr2	113830582	rs4849150	A	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=0.551;SC=GTGTTATTAAACCCATTTTAC;SOR=0.269;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=113830590;WS=113830572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	113832312	rs6761276	T	C	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=873;ReadPosRankSum=-0.364;SC=AAGATCTGCATACTTCCTAAC;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=52;WE=113832320;WS=113832302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,91:0.61:149
chr2	113832333	rs6743376	C	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=553;ReadPosRankSum=0.896;SC=AGAGGCTTGGCCCGCACCAAG;SOR=0.711;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=39;WE=113832341;WS=113832323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,65:0.60:108
chr2	113832981	rs13005572	C	T	1775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=799;ReadPosRankSum=0.223;SC=GCCCCCAAACCAAGCTCATCC;SOR=1.002;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=52;WE=113832989;WS=113832971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,79:0.68:116
chr2	113875509	rs2234677	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=282;ReadPosRankSum=0.162;SC=CCCAGGTACTGCCCGGGTGCT;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=19;WE=113875517;WS=113875499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr2	113875565	rs2234678	A	G	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=475;ReadPosRankSum=2.015;SC=GGAAGACCTCAGAAGACCTCC;SOR=0.920;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=34;WE=113875573;WS=113875555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr2	113875584	rs2234679	G	C	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=657;ReadPosRankSum=0.542;SC=CCTGTCCTATGAGGCCCTCCC;SOR=0.950;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=38;WE=113875592;WS=113875574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,57:0.59:96
chr2	113875631	rs16065	T	C	1568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=-1.481;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,77:0.64:120
chr2	113875753	rs4251969	C	G	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=0.385;SC=TCTGGGGGATCTGGGCACGGG;SOR=1.493;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=25;WE=113875761;WS=113875743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr2	113875773	rs4251970	A	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=309;ReadPosRankSum=0.418;SC=GGAGGCATCCATGGGAGACCA;SOR=1.284;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=18;WE=113875781;WS=113875763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr2	113877495	rs928940	G	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=13;PP=616;SC=GTGCATACTCGGACTGGAAAC;SOR=1.121;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=33;WE=113877503;WS=113877485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	113877538	rs4251986	G	C	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=474;ReadPosRankSum=1.142;SC=AAAGGATAGAGATGGAACCAT;SOR=0.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=28;WE=113877546;WS=113877528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr2	113877713	rs878972	A	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=236;ReadPosRankSum=-1.365;SC=AGGGTAAATTATTTTTAGGAT;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=16;WE=113877721;WS=113877703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr2	113887207	rs419598	T	C	5753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=77;PP=1962;ReadPosRankSum=1.525;SC=AACTAGTTGCTGGATACTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=125;TCR=127;TR=154;WE=113887215;WS=113887197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,283:0.61:467
chr2	113887262	rs423904	C	T	4033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.067;SC=GCCAGGAAAGCCAATGTATGT;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=88;TCR=118;TR=122;WE=113887281;WS=113887252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,193:0.59:329
chr2	113887273	rs446433	G	A	3284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=67;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CAATGTATGTGGGCATCACGT;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=80;TCR=113;TR=114;WE=113887281;WS=113887252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,156:0.57:273
chr2	113887294	rs495282	G	C	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=55;PP=1324;ReadPosRankSum=1.069;SC=CACTTTGCCCGTCTGTCTGCA;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=153;TCF=58;TCR=95;TR=87;WE=113887302;WS=113887284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,109:0.55:198
chr2	113887338	rs495410	A	C	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=777;ReadPosRankSum=2.115;SC=CCCTAGGTGCAATGTCCTAAT;SOR=1.201;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=77;TCF=11;TCR=66;TR=40;WE=113887346;WS=113887328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr2	113888557	rs451578	G	A	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=597;ReadPosRankSum=-0.754;SC=AAAAATACCCGGGGTCTCTTC;SOR=0.487;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=44;WE=113888565;WS=113888547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr2	113888579	rs432014	T	C	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=773;ReadPosRankSum=-1.648;SC=TTATTGCTGCTTCCTCTTCTA;SOR=0.629;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=52;WE=113888587;WS=113888569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,78:0.58:134
chr2	113888793	rs454078	A	T	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=1046;ReadPosRankSum=1.201;SC=AAACAACCAAAATTTTTTCTT;SOR=0.568;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=129;TCF=51;TCR=78;TR=69;WE=113888801;WS=113888783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,115:0.54:213
chr2	113888900	rs380092	T	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=382;ReadPosRankSum=0.505;SC=GCAGAGTGCCTGGCTTGCGCT;SOR=0.551;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=22;WE=113888908;WS=113888890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr2	113890304	rs315952	T	C	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=51;PP=1111;ReadPosRankSum=-0.899;SC=GCTCAGACAGTGGCCCCACCA;SOR=0.612;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=302;TCF=158;TCR=144;TR=99;WE=113890312;WS=113890294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,161:0.34:479
chr2	113940207	rs3738908	T	A	4460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.839;NF=63;NR=68;PP=1733;ReadPosRankSum=0.662;SC=CTCCTGAACCTACCAGACAAA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=385;TCF=184;TCR=201;TR=131;WE=113940215;WS=113940197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:423,250:0.37:673
chr2	113940681	rs3748914	T	C	5561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=70;PP=2707;SC=AAGACAGCAGTGAGCCTGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=140;WE=113940689;WS=113940671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
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chr2	113943470	rs2241976	A	G	9172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GGGAGGGTGGACACCCCCAGG;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=103;TCR=90;TR=190;WE=113943478;WS=113943460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,350:0.99:352
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chr2	113953657	rs4849169	A	C	4790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=62;PP=1907;ReadPosRankSum=2.996;SC=AGGCTCTGGGAGGCAATGGAT;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=108;TCR=84;TR=140;WE=113953665;WS=113953647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,220:0.74:297
chr2	113953952	rs4848318	T	C	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=620;ReadPosRankSum=-1.217;SC=CCTGTGCCGATGCATGCACAG;SOR=0.321;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=44;WE=113953960;WS=113953942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,55:0.79:70
chr2	113953973	rs71385890	A	AT	1088.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.65;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr2	113953974	rs10579377	GACA	G	1088.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.43;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr2	113953984	rs7603621	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr2	113955074	rs902695	G	A	1971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.674;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=24;PP=971;ReadPosRankSum=-0.665;SC=GCACACTTGCGTGTGTCTGAG;SOR=0.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=61;WE=113955082;WS=113955064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,90:0.66:136
chr2	113956371	rs2276561	G	C	5011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=64;PP=2160;ReadPosRankSum=-1.012;SC=CTGCGGCCACGCACTCCGCGC;SOR=0.721;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=209;TCF=107;TCR=102;TR=137;WE=113956379;WS=113956361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,232:0.65:357
chr2	113956821	rs2305133	C	G	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GCCGAGCCCACCTCCCCGCCG;SOR=0.783;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=56;WE=113956829;WS=113956811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,63:0.70:90
chr2	113977862	rs4849175	T	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=14;PP=336;SC=CAGGAATGGTTGGGGAGACAG;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=20;WE=113977870;WS=113977852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	113984503	rs2241975	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=-0.837;SC=GGTAATGTAGCAGGCCTGGGA;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=113984511;WS=113984497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr2	113984594	rs67776659	T	C	1710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=851;ReadPosRankSum=-0.371;SC=TACAAGGAGATGCCCTCTTTG;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=57;WE=113984602;WS=113984584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,77:0.70:110
chr2	114000458	rs902691	C	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=19;PP=570;SC=TGGGTATCTCCAAGGCACTTG;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=114000466;WS=114000448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	114426090	rs80162835	C	T	2911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.637;NF=51;NR=36;PP=1317;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CAGGATACCCCGCGCACACAT;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=87;WE=114426098;WS=114426080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,138:0.59:232
chr2	114480812	rs3835109	A	AAAC	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=450;SC=TTAAAAAATTAAACCAAAGAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=114480820;WS=114480802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	114493260	rs12624301	A	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=234;SC=GTAAGAAGCTATAACAAGATA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=114493268;WS=114493250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	114493509	rs142249018	CT	C	1913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=27;PP=1043;SC=TCAGAATTCCCTTTTTTGTTC;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=33;WE=114493517;WS=114493499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	114501112	rs3748906	C	T	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=13;PP=604;SC=TGAAATAATACAAAAATGATT;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=114501120;WS=114501102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	114503630	rs58673639	T	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=418;SC=CTGAACCAGTTTTCCCTTCCC;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=114503638;WS=114503627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	114513787	rs4538208	C	G	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=17;PP=1170;SC=CGCAGGGCTCCGGCGCCCCTG;SOR=1.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=65;WE=114513795;WS=114513777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	114513901	rs4321376	C	T	6492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=67;PP=2277;SC=GCACTCCGTCCCGGTTTGGGC;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=127;WE=114513909;WS=114513891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr2	115919677	rs7557011	C	G	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.58;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	115919678	rs7573359	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.58;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	116066984	rs975453	G	A	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=27;PP=691;SC=TGATAATTTCGCATTCAAATG;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=116066992;WS=116066974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	116099725	rs843403	A	T	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=44;PP=1284;SC=CAAACTCATTAAGCACTCTCT;SOR=1.190;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=68;WE=116099733;WS=116099715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	116497479	rs1550854	A	G	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=51;PP=1537;SC=GGTAAGTAACATGGAAGTACT;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=83;WE=116497487;WS=116497469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	116497528	rs1550853	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=39;PP=1128;SC=GTGACTTGACAGATGGTATTC;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=116497536;WS=116497518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	116510817	rs2053724	G	C	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=851;ReadPosRankSum=0.069;SC=GTTAAACCGAGCTCAGAACAT;SOR=0.675;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=55;WE=116510825;WS=116510807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,97:0.60:162
chr2	116525960	rs1446495	G	A	4745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=58;PP=1999;SC=ATTTCACCACGTAGCTATGTT;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=108;WE=116525968;WS=116525950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	116534922	rs1374271	A	G	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=1.626;SC=AGCGTTGTCAAATGCCATCTT;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=39;TCR=64;TR=35;WE=116534930;WS=116534912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr2	116539846	rs36082071	GA	G	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=-0.122;SC=CATTTGGGGGGAAAAAACTAT;SOR=0.361;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=11;WE=116539854;WS=116539836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr2	116548526	rs6735355	A	G	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=54;SC=TAGTAATTCAAAAGAGAAATG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=116548534;WS=116548516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	116548820	rs3738879	C	T	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	116593675	rs10549769	ATG	A	2570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;MQRankSum=0.295;QD=30.97;ReadPosRankSum=1.232;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr2	116593695	rs34212292	GAT	G	1950.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.839;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.053;NF=8;NR=35;PP=1293;ReadPosRankSum=1.220;SC=GTGTGTGTGAGATATATATAT;SOR=0.340;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=43;WE=116593707;WS=116593665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,78:0.83:94
chr2	116598546	rs272011	G	A	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=305;SC=CTCTGTTCCTGATTACACCGA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=116598554;WS=116598536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	116599659	rs272010	A	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=2;PP=592;SC=AACTTAGAGTAGAATTAGGTT;SOR=2.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=116599667;WS=116599649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	116599927	rs272009	T	C	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=40;PP=932;SC=AATAATGGACTGTATTTATAC;SOR=1.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=116599935;WS=116599917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	118572471	rs3755492	A	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=305;ReadPosRankSum=1.925;SC=GGCTCAGAAGACCCACGCGCG;SOR=0.794;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=26;WE=118572479;WS=118572461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,41:0.33:125
chr2	118575215	rs1052637	C	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr2	118575468	rs6737733	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=0.998;SC=TTGGCAGAAGCGGGGAGTCCA;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=118575476;WS=118575458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	118583940	rs2303348	C	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=430;ReadPosRankSum=-0.615;SC=GTTTTCTTCGCTACTTGAAAC;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=42;WE=118583948;WS=118583930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,58:0.32:180
chr2	118688754	rs971754	T	C	5840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=83;PP=2224;SC=GAAATGGTGATGAAAAGACAT;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=57;TCR=83;TR=140;WE=118688762;WS=118688744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr2	118704478	rs7580124	T	G	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=61;PP=1726;SC=TGACATGAACTTTTACAAAAT;SOR=1.357;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=87;WE=118704486;WS=118704468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	118704503	rs2303329	A	G	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=41;PP=1090;SC=ACAAGGAGTAATTAGACGCAA;SOR=1.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=118704511;WS=118704493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	118705570	rs10186396	A	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=29;PP=1448;SC=GCGCCTGGCCAAATCTGCTTT;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=83;WE=118705578;WS=118705560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	118706879	rs1035598	A	G	5747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr2	118731573	rs748767	G	A	7664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=72;PP=2908;SC=AGACGGCTCTGCAAGTATATG;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=94;TCR=74;TR=165;WE=118731581;WS=118731563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr2	118732975	rs6722547	T	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=24;PP=648;SC=AGCAGCAGCATCCTGAGAGAG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=118732983;WS=118732965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	118735395	rs889899	G	A	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=364;SC=TTGCTCCCCAGTCTGTAGAGG;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=118735403;WS=118735385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	118753097	rs17584619	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=394;ReadPosRankSum=0.861;SC=CAAAACAGAGCGATTAAACAA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=35;WE=118753105;WS=118753087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,40:0.32:126
chr2	118753148	rs10633675	A	ATC	2572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=30;PP=1525;SC=CCACTCAGATATGTCTTATAA;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=30;WE=118753156;WS=118753138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	118764242	rs34609704	C	CA	3989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=20;PP=2226;SC=ACACAGTAGACACTCAAAAGT;SOR=1.322;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=49;WE=118764250;WS=118764232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	118766024	rs10864966	A	G	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=19;PP=1786;SC=CAGACATGGAAGAAGTTAAAA;SOR=2.069;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=64;TCR=19;TR=83;WE=118766032;WS=118766014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr2	118771663	rs12477588	A	G	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.33;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
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chr2	119591683	rs7588093	C	A	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	119700090	rs17009280	A	G	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.560;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr2	119700096	rs2077344	T	C	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.08;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	119734894	rs60485337	AAGAGAG	A	2861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.247;NF=25;NR=21;PP=2926;ReadPosRankSum=1.161;SC=GTGTGTGAAAAAGAGAGAGAG;SOR=1.041;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=46;WE=119734907;WS=119734884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,73:0.66:110
chr2	119735251	rs2278590	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=688;ReadPosRankSum=0.473;SC=CACATTTCTTCAAGACCACCC;SOR=0.769;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=35;WE=119735259;WS=119735241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr2	119739063	rs6761637	T	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=355;ReadPosRankSum=-0.409;SC=AAAGGTGACTTCGGGAGGCCA;SOR=0.420;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=25;WE=119739071;WS=119739053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr2	119739127	.	C	CT	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,23:0.26:89
chr2	119739182	rs10211503	T	C	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=4.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.451;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,87:0.57:152
chr2	119749477	rs2304708	T	G	6571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=87;PP=2762;SC=CTGATTCCTTTGTTCTTAGGA;SOR=0.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=67;TCR=88;TR=154;WE=119749485;WS=119749467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr2	119749611	rs4848530	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=0.183;SC=TGTGCTGGGGCTTGCCCTAGG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=15;WE=119749619;WS=119749601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr2	119749858	rs3765035	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CCCGCAGGACATCCCATCCCC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=119749866;WS=119749851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	119915132	rs11308896	CG	C	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=746;SC=CGAGGGTTTACGGGGGCCGGT;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=119915140;WS=119915122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	119915249	rs7556873	T	C	3434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1334;ReadPosRankSum=-0.193;SC=AGATGCCGCGTACCTGGCAGC;SOR=0.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=71;TCR=54;TR=84;WE=119915257;WS=119915239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,154:0.67:230
chr2	119915509	rs1317848	G	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=0.807;SC=AGCCCGGGCCGCCCCGAGTCG;SOR=0.755;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=21;WE=119915517;WS=119915499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr2	120003642	rs838083	C	T	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=32;PP=880;SC=CCAGCATGCTCTTTTTGATAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=120003650;WS=120003632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	120012171	rs12711924	G	A	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	120014985	rs838072	A	G	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=6;PP=1803;SC=GGCTCTGGCAATCTATTTTTG;SOR=3.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=65;TCR=6;TR=70;WE=120014993;WS=120014984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	120059895	rs16744	G	GGAAA	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=169;ReadPosRankSum=0.252;SC=AAAGAGAGAAGGAAAGACCTG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=120059903;WS=120059885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr2	120059921	rs8600	C	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=-0.093;SC=AAAGAAATAACCAGATTTTAG;SOR=0.399;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=10;WE=120059929;WS=120059911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr2	120059988	rs1890	T	C	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=274;ReadPosRankSum=0.450;SC=ATTTCAAAAATTCAGCAGTGG;SOR=0.888;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=23;WE=120059996;WS=120059978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr2	120060082	rs1052500	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr2	120125029	rs2084202	A	G	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=40;PP=2133;SC=TCCGTGGCCGAGAGCTTGGAG;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=105;WE=120125037;WS=120125019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	120125936	rs2244135	T	C	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=21;PP=613;SC=GCTCAGCAGCTCAGACTGGAA;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=120125944;WS=120125926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	120125973	rs3091407	G	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=0.308;SC=CTCTCAAACTGCCTGAGGCCC;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=10;WE=120125981;WS=120125963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr2	120187344	rs11123523	A	G	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=2;PP=193;SC=CCTCCTTATTATTCTTAAGTC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=120187352;WS=120187334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	120189404	rs4340531	A	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=305;SC=CCTGCGGAGAAGTCCCGGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=120189412;WS=120189394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	120189433	rs4599130	G	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=176;SC=CGGCCACAGCGGAGCAGCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=120189441;WS=120189423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	120194651	rs3217464	A	AGTGTGC	19545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=113;PP=2957;SC=CACCAACCAGACGATCTGCTT;SOR=0.827;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=175;TCF=45;TCR=130;TR=156;WE=120194659;WS=120194639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr2	120197670	rs1042656	G	A	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=21;PP=1012;SC=GTCTCTGTCCGTGGGTGACCC;SOR=1.031;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=120197678;WS=120197660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	120199140	rs1126839	A	G	13684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=185;PP=2965;SC=TCACCTCCCCATTGAGGAAGC;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=317;TCF=132;TCR=185;TR=316;WE=120199148;WS=120199130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr2	120209689	rs2587692	A	G	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=63;PP=1942;SC=GGTTATGAGCAGGAGCTGTGG;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=106;WE=120209697;WS=120209679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	120221585	rs2253870	G	A	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=13;PP=1120;SC=TTGGTATTAAGTGCAGCCTCA;SOR=2.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=120221593;WS=120221575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	120221984	rs2579647	A	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=18;PP=559;SC=TGAATGAGGAACTGGGTCTCC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=120221992;WS=120221974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	120230998	rs2579641	G	A	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=9;PP=712;SC=TCCTGTCCCCGGGTTCGTGGG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=120231006;WS=120230988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	120231165	rs2587701	T	C	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=36;PP=872;SC=AGGTGAGCCATGGGCCCAGGC;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=56;WE=120231173;WS=120231155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	120231303	rs2587702	T	C	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=131;SC=AGGGGGAAAGTGATTTGAACC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=120231311;WS=120231293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	120303820	rs2579624	A	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=236;ReadPosRankSum=-0.681;SC=AAAAGAAAAGAAGTACCTAAT;SOR=1.202;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=18;WE=120303828;WS=120303810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,21:0.27:79
chr2	120317621	.	CT	C	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.002;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr2	120362407	rs1568540	C	T	5909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=80;NR=80;PP=2782;SC=GAAAGGGTGACAGAGGGGCAG;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=81;TCR=80;TR=160;WE=120362415;WS=120362397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	120362897	rs1521914	T	A	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=67;PP=1818;SC=GTATCAAGTGTCAGTACAGTT;SOR=2.208;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=22;TCR=67;TR=89;WE=120362905;WS=120362887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	120366057	rs11398750	G	GT	1153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.97;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,62:0.91:68
chr2	120369300	rs10864986	T	C	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.05;NF=64;NR=58;PP=1972;SC=ATAAACGGGTTGTTCGCAATC;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=122;WE=120369308;WS=120369290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	120385094	rs71966516	GATATATAT	GAT,G	1283.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13,13;NR=6,6;PP=166,687;ReadPosRankSum=0.329;SC=AGTAAAAGTGGATATATATAT;SOR=1.493;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=19,19;WE=120385109;WS=120385084;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.97:32
chr2	120387637	rs12711931	G	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=351;SC=TGGTAGATTAGACTGTGTGGC;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=120387645;WS=120387627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	120388412	rs2272058	G	A	7548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr2	120404629	.	ATT	A,AT	2547.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=4.414;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.394;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:22,44,121:0.24,0.65:187
chr2	120409430	rs1521912	A	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=362;SC=ACAAAAGTAGATGGAACTAAA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=120409438;WS=120409420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	120414083	rs6761357	C	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=495;ReadPosRankSum=1.537;SC=ATTTGCTTTCCGTGGGCCACT;SOR=0.462;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=29;WE=120414091;WS=120414073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr2	120438523	rs13011768	A	G	10749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=146;NR=109;PP=2965;SC=TGGAGTTCCAATCTCGTACCA;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=146;TCR=109;TR=255;WE=120438531;WS=120438513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,407:1.00:407
chr2	120438696	rs939777	A	G	15535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=0.815;SC=TCACCTTCCAACCTGTGAGTG;SOR=0.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=181;TCR=179;TR=352;WE=120438704;WS=120438686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,581:1.00:582
chr2	120439230	rs1983406	C	G	9622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=110;PP=2965;SC=TGGGCAAAGACGGGGAGAAGC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=105;TCR=111;TR=215;WE=120439238;WS=120439220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr2	120443443	rs939778	A	G	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=38;PP=1084;SC=GTTAGAAGTAACTTTTTCAGG;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=120443451;WS=120443433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	120689905	rs2292361	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=4;PP=791;SC=TTGCTCATCTAGAACATAATC;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=120689913;WS=120689895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	120703842	rs2289581	A	G	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	120704164	rs3214717	A	AT	2206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=796;SC=AGTTATCTAAATGTTTCAAAT;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=120704174;WS=120704154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	120704166	rs2289580	G	T	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=624;SC=TTATCTAAATGTTTCAAATAA;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=120704174;WS=120704154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	120714401	.	C	CT	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.168;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr2	120718322	rs12618050	A	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=455;SC=TGATTTTCCTATTCCTGATTA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=120718330;WS=120718312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	120718672	rs6737776	T	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=208;SC=AATCATCATGTTTAAGTGCAT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=120718680;WS=120718662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	120725704	rs10194955	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=18;PP=522;SC=ACTACTGCCCACTAGTCAAAT;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=120725712;WS=120725694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	120776972	rs3216703	TG	T	735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=17;PP=712;SC=GATCAGGCACTGTAACATTCA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=120776980;WS=120776962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	120830815	rs3738970	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=188;SC=AGACAAAATTATTTGTGGGGG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=120830823;WS=120830805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	120885310	rs1034489	G	A	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=78;PP=2965;SC=CTTATTGGAAGCAACGATTGG;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=103;TCR=78;TR=181;WE=120885318;WS=120885300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr2	120889173	rs3738968	G	C	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.476;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=34;PP=2182;ReadPosRankSum=0.866;SC=GGGTTATTTTGCCTTTTTTTT;SOR=0.412;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=107;WE=120889184;WS=120889162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,166:0.95:174
chr2	120900514	rs140232691	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=107;ReadPosRankSum=-0.942;SC=TCATCAGTCTATTTCCTATTT;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=10;WE=120900522;WS=120900504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr2	120918585	rs12617570	A	C	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=77;PP=2274;SC=ATTTTTGCCAAAGACAGTTTT;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=38;TCR=77;TR=115;WE=120918593;WS=120918575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr2	120980428	rs11550347	G	C	9561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=132;PP=2965;SC=GGCAAAGACGGCCCAGTAGCT;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=112;TCR=132;TR=244;WE=120980436;WS=120980418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr2	120997869	rs6746072	A	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.962;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr2	121036385	rs12711939	TT	GA	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=30;PP=1871;SC=ACCACCTTCCTTTGGCATTGG;SOR=1.281;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=50;WE=121036394;WS=121036375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	121038290	rs113531689	GA	G	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=11.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.583;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr2	121043403	rs4091515	G	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=7;PP=550;SC=GGCAGATTTTGTTCCCCTTAA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=121043411;WS=121043393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	121708663	rs10864866	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=2;PP=991;SC=TGTAATTCACAGATGACCAGG;SOR=4.575;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=46;TCR=2;TR=48;WE=121708671;WS=121708660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	121712729	rs10175446	C	T	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=9.208;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.93;MQRankSum=-0.485;QD=27.06;ReadPosRankSum=1.725;SOR=4.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr2	121713022	rs6718382	C	G	3942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.23;SOR=2.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	121713030	rs12614482	G	A	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=3.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	121713041	rs12617878	T	C	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=58;PP=1680;SC=AGGATGGGGCTAGCAGATCTC;SOR=4.977;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=63;WE=121713049;WS=121713012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	121726447	rs2592595	G	A	16188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=224;PP=2965;SC=GAAGCAGCTCGGCGGCCAGCG;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=368;TCF=143;TCR=225;TR=366;WE=121726455;WS=121726437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,607:1.00:607
chr2	121729323	rs2677507	A	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=415;SC=TGGCATGCCCAGGTCTGGGTG;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=121729331;WS=121729316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	121729360	rs2592592	T	C	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=12;PP=845;SC=CATGTGCCCCTGGCAGGACTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=121729368;WS=121729350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	121729490	rs2592591	C	T	7904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=84;PP=2965;SC=CCCTGAGTAACAGACTGTCCT;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=102;TCR=84;TR=186;WE=121729498;WS=121729480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr2	121729686	rs2592590	T	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=38;PP=1151;SC=AGGACCAGGCTTGTGGGCTGC;SOR=1.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=121729694;WS=121729676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	121730138	rs3106962	C	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=8;PP=471;SC=GGGGTCACTTCAGGGCATGTG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=121730146;WS=121730128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	121740190	rs1968619	C	T	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	121740194	rs1530580	T	G	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.72;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	121740505	rs280196	C	T	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	121744225	rs2276553	A	G	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=32;NR=53;PP=1711;SC=GATGGGGCAGAAGAGAGTCTG;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=85;WE=121744233;WS=121744215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	121746956	rs3738880	G	T	10268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CACCGTAGACGCCCTGGCCAG;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=115;TCR=118;TR=232;WE=121746964;WS=121746946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,389:0.99:391
chr2	121747406	rs12711538	G	A	17831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=166;PP=2965;SC=TGGGGTCCCCGATTCAGCCCT;SOR=0.955;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=288;TCF=120;TCR=168;TR=286;WE=121747414;WS=121747396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr2	121747429	rs10167980	A	G	16572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=141;PP=2965;SC=CTGGAGTGCCACCACCTCACC;SOR=0.921;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=104;TCR=145;TR=245;WE=121747437;WS=121747419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr2	121982011	rs4384798	T	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=379;ReadPosRankSum=-1.166;SC=AAAGGTGCAGTGCCACAGTAT;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=24;WE=121982019;WS=121982001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,44:0.48:92
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chr2	121996976	rs60243991	A	C	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.240;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=605;ReadPosRankSum=-0.264;SC=CTGAGCACTAAAAGTTGTGTA;SOR=0.218;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=39;WE=121996984;WS=121996966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,58:0.78:74
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chr2	122004596	rs2252862	C	G	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=813;ReadPosRankSum=-1.529;SC=AAGCAGGGTGCCCCTGGATCC;SOR=0.420;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=50;WE=122004604;WS=122004586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
chr2	122005699	rs999766	G	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=724;ReadPosRankSum=1.550;SC=CCACCCCAAAGACTAGGTCTT;SOR=0.278;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=53;TCF=49;TCR=4;TR=36;WE=122005707;WS=122005689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr2	122007378	rs2119021	A	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-2.549;SOR=1.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
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chr2	122161850	rs9807995	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GTCGGAACTGCACTATCGGGA;SOR=0.573;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=11;WE=122161858;WS=122161840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr2	122205778	rs34350940	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=166;ReadPosRankSum=1.864;SC=TCCTGTGCCTGGGCAGCCTCT;SOR=0.577;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=13;WE=122205786;WS=122205768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr2	122216419	rs2304560	A	G	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-2.301;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,53:0.25:216
chr2	122273187	rs6711830	C	G	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr2	122283313	rs12052948	G	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=8.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=1.589;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,34:0.29:116
chr2	122286442	rs934760	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=161;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TTATGTGGGAAGACAAACCCC;SOR=1.251;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=11;WE=122286450;WS=122286432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr2	122484966	rs17016977	A	G	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,66:0.29:227
chr2	122485106	rs1056006	A	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=124;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CCACTGCAAGATGGTATGCAC;SOR=1.222;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=11;WE=122485114;WS=122485096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr2	122488379	rs59537490	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=242;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CAAGATTGTGGTAAGTGCTAG;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=23;WE=122488387;WS=122488369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,36:0.35:103
chr2	122488820	rs2305020	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-0.517;SC=CACAGCAATGCGAAGTGAATA;SOR=0.850;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=10;WE=122488828;WS=122488810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr2	122489374	rs12616209	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,85:0.29:293
chr2	122489831	rs17006779	T	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=213;ReadPosRankSum=-1.564;SC=TTTGAATGCGTCATCAAATTC;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=21;WE=122489839;WS=122489821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,34:0.34:100
chr2	122489932	rs6726677	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=-1.127;SC=TCACATATTCCGGGGACTGTT;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=122489940;WS=122489922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	122520713	.	G	GT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.447;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr2	125192068	rs1425745	T	C	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=26;PP=984;SC=CAGAATCAGATGTTGCTGACT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=125192076;WS=125192058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	125281910	rs17727261	C	T	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.711;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.09;ReadPosRankSum=-1.100;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,93:0.95:98
chr2	127447763	rs6709803	G	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.168;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=582;ReadPosRankSum=1.871;SC=GATGCAGCTTGGGCCAAGGTG;SOR=1.514;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=31;WE=127447771;WS=127447753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,47:0.92:51
chr2	127453664	rs1050967	A	C	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=70;PP=1814;ReadPosRankSum=1.286;SC=CCCTGCAGGGAGACCCTGCCC;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=57;TCR=74;TR=123;WE=127453672;WS=127453654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,171:0.92:186
chr2	127656664	rs61742783	A	G	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=1153;ReadPosRankSum=0.638;SC=TTCCTAGAGGATAATAATTTT;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=70;WE=127656672;WS=127656654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,94:0.95:99
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chr2	127811679	rs142568045	G	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=-0.790;SC=ACAGGCACACGCGTGGACACA;SOR=0.895;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=20;WE=127811687;WS=127811669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr2	127816846	rs140171337	CTG	C	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=9.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	127944781	rs11384285	A	AC	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=1.803;SC=GTGATCAGCGAACACAAATAC;SOR=0.804;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=127944789;WS=127944771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	127956991	rs34225806	G	A	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,75:0.63:119
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chr2	128029065	rs11345447	GA	G	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-0.131;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
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chr2	128050134	rs4150402	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=393;SC=CACCTATGCCTATTGTTACAT;SOR=2.093;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=128050142;WS=128050124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	128076022	rs9636237	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=139;ReadPosRankSum=-0.097;SC=AAAATTATGATTATCCAAATT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=128076030;WS=128076012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	128081682	rs12622436	C	A	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=695;ReadPosRankSum=-0.489;SC=AATCCCCCCTCTCCCTCCCAG;SOR=0.823;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=50;WE=128081690;WS=128081672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,94:0.58:161
chr2	128175862	rs1799808	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=599;ReadPosRankSum=0.181;SC=CCCTGCTGGACGGCATCCTTG;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=36;WE=128175883;WS=128175852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr2	128175875	rs1799809	G	A	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=15;PP=1388;SC=CATCCTTGGTGGGCAGAGGTG;SOR=1.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=62;WE=128175883;WS=128175852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	128176195	rs2854700	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=424;SC=AGCTTGGGGTGAAAGGACACA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=128176203;WS=128176185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	128177377	rs1158867	C	T	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	128180872	rs5936	G	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=778;ReadPosRankSum=0.101;SC=TCAATTGCTCGCTGGACAACG;SOR=0.521;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=43;WE=128180880;WS=128180862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,53:0.58:92
chr2	128181028	rs1878844	A	G	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=47;PP=1588;SC=CGCTGGGTGCAGGGTGGGCAG;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=87;WE=128181036;WS=128181018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	128181234	rs2069922	GC	G	841.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.088;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.543;NF=0;NR=18;PP=569;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TCCTCCGGGCGCCCCCTGCGC;SOR=1.714;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=18;WE=128181242;WS=128181224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr2	128183914	rs2069928	G	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=122;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CTGCCATTGCGTTTGGGGGAT;SOR=1.547;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=11;WE=128183922;WS=128183904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr2	128249441	rs334152	C	T	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=431;SC=TCCACTTTACCGACTCGTTTA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=128249449;WS=128249435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	128261245	rs138089460	AAAAT	A	211.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=35.30;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	128271958	rs10432384	C	T	6044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=88;PP=2738;SC=CCCTCCCTCCCGCTTACCCAG;SOR=0.903;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=156;WE=128271966;WS=128271948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr2	128281469	rs2303947	C	T	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=49;PP=1339;SC=GCAAAAGTTACCACTGAGGAA;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=6;TCR=49;TR=55;WE=128281477;WS=128281459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	128321770	rs2404991	G	A	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=59;PP=1986;SC=CCACAAGACCGGCGTGGCCAT;SOR=0.877;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=105;WE=128321778;WS=128321760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	128338519	rs35136538	T	G	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=890;ReadPosRankSum=-1.093;SC=CCAGGGCCTATGCTCAAACCC;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=52;WE=128338527;WS=128338509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,70:0.71:98
chr2	128339456	rs4662740	G	T	2686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,127:0.57:224
chr2	128342547	rs4662741	G	A	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=34;PP=1025;SC=CAGGGAGACCGTGGAAAGCAG;SOR=1.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=128342555;WS=128342537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	128345960	rs10928773	T	C	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,62:0.61:102
chr2	128346228	rs11673952	A	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=295;SC=CTCTGGGTCCACAGCATGCAG;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=128346236;WS=128346218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	128350551	rs11678239	G	A	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.190;NF=19;NR=35;PP=744;ReadPosRankSum=-1.424;SC=GGTCACCTCTGGCCATCCGCG;SOR=0.758;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=153;TCF=56;TCR=97;TR=54;WE=128350559;WS=128350541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,73:0.39:188
chr2	128350578	rs58867441	T	TG	3237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=70;PP=2936;SC=CCCTCGGCCTTGGCACCTCCA;SOR=2.461;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=6;TCR=78;TR=75;WE=128350586;WS=128350568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	128351346	rs7558838	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=121;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CAGCTCAAAGTGTGGTCCCCA;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=13;WE=128351354;WS=128351336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr2	128363530	rs11382004	G	GC	2057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=30;PP=1338;SC=GGGCGGCTGGGCCGCGGGACC;SOR=1.571;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=128363538;WS=128363520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	128369896	rs777435	A	G	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=709;ReadPosRankSum=2.268;SC=CCCGGATCACAGGCCAGGTGA;SOR=0.861;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=182;TCF=97;TCR=85;TR=57;WE=128369904;WS=128369886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,88:0.30:295
chr2	128377833	rs2248519	C	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.162;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=209;ReadPosRankSum=-0.402;SC=CAGAGGTGCACAAGAGCTGTG;SOR=1.067;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=17;WE=128377841;WS=128377823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr2	128382859	rs2245297	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=1.083;SC=GGGCAAGAGCCCGGCCACGGG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=128382867;WS=128382849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr2	128385340	rs79948094	C	A	4488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=61;PP=2224;ReadPosRankSum=-1.214;SC=TCCCATGGGTCTCCATGGATC;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=224;TCF=120;TCR=104;TR=140;WE=128385348;WS=128385330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,229:0.62:372
chr2	128390758	rs55688363	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.350;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CATGGTTTAGGGCCCACATCG;SOR=0.267;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=15;WE=128390766;WS=128390748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr2	128391902	rs115958237	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=230;ReadPosRankSum=-0.169;SC=GTGGGCGGACGGGCAGTGAGC;SOR=0.479;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=20;WE=128391910;WS=128391892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr2	128392647	rs60245561	G	T	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=25;PP=1539;ReadPosRankSum=0.980;SC=GTCAGGGCTGGTGTACCTGCT;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=103;TCR=39;TR=93;WE=128392655;WS=128392637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,117:0.66:176
chr2	128393261	rs2255178	T	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=17;PP=1008;SC=GGGCCGCAGCTGGAGACCCAG;SOR=1.516;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=56;WE=128393269;WS=128393251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	128393289	rs2255177	T	C	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=891;ReadPosRankSum=-0.115;SC=AGTGTGTCCATCACCCAGGAG;SOR=0.545;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=58;WE=128393297;WS=128393279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,91:0.64:143
chr2	128394758	rs2255039	T	C	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=4.007;NF=47;NR=25;PP=1031;ReadPosRankSum=2.081;SC=ACGGCCCCAATGGCAGGAGCC;SOR=0.780;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=114;TCF=73;TCR=41;TR=72;WE=128394766;WS=128394748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,118:0.55:214
chr2	128394875	rs59579995	C	CA	6375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.11;MQRankSum=16.738;QD=12.80;ReadPosRankSum=2.409;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,310:0.62:498
chr2	128394876	.	C	A	2581	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=21;MQ=64.8;NF=78;NR=60;PP=2581;QD=20;SC=TCTGACCCCCCCGTCCCCTGT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=271;TCF=146;TCR=125;TR=138;WE=128394885;WS=128394865;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:133,138:0.51:271
chr2	128394877	rs56272236	C	T,CT	19646.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=66;NR=120;PP=2976;SC=CTGACCCCCCCGTCCCCTGTC;SOR=0.782;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=190;TCF=66;TCR=124;TR=186;WE=128394885;WS=128394865;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.63,0.37:491
chr2	128396807	rs891515	A	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=14;PP=1253;SC=CATGGACAGCAGGAGGGGAGA;SOR=1.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=64;WE=128396815;WS=128396797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	128400433	rs74628990	G	A	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.639;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=432;ReadPosRankSum=0.581;SC=AGGCCCCACCGCCCTTACCCT;SOR=1.136;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=27;WE=128400441;WS=128400423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,29:0.81:36
chr2	128401091	rs2244507	A	G	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=77;PP=2790;SC=GGGGTTTGCCAGATGAAGAAG;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=159;WE=128401099;WS=128401081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr2	128401742	rs6745343	A	G	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=547;ReadPosRankSum=-0.558;SC=AAGGGGCCCAAACAAAGGCCC;SOR=0.821;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=30;WE=128401750;WS=128401732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
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chr2	128411934	rs6707277	A	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=450;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CACACAGGAGAGGTGGCAGGT;SOR=0.850;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=29;WE=128411942;WS=128411924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
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chr2	128432534	rs79485780	A	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=286;ReadPosRankSum=2.423;SC=CGCCTCGGCCAGGGGTCCCGC;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=19;WE=128432542;WS=128432524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr2	128459039	rs1048211	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
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chr2	128520547	rs6731093	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=406;ReadPosRankSum=-1.454;SC=TTGAATGGAGGTGTAAGCCAG;SOR=0.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=22;WE=128520555;WS=128520537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr2	128608271	rs34858843	GA	G	443.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=1.793;HP=12;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=180;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TAATCAAAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.307;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=17;WE=128608280;WS=128608261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr2	128608290	rs6713679	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.08;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	128608384	rs34706819	G	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr2	128610648	rs10210695	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr2	128610719	rs35614229	T	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=377;ReadPosRankSum=0.862;SC=AAAATACTCCTTCAAAAGTTT;SOR=1.100;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=22;WE=128610727;WS=128610709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr2	128610747	rs10171898	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=52;ReadPosRankSum=-0.427;SC=AATGTTCACTGTGCATTTGAA;SOR=0.671;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=7;WE=128610755;WS=128610737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr2	128699750	rs2304519	G	C	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=1422;ReadPosRankSum=-2.121;SC=TGAAACAGAAGACATTGCATC;SOR=0.696;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=82;WE=128699758;WS=128699740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,111:0.71:156
chr2	128699833	rs1370229	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=283;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CATGTTGAGGCTTCCACAACA;SOR=0.526;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=17;WE=128699841;WS=128699823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr2	128708063	rs2461463	T	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=30;PP=685;SC=CCAACAAAGATGATTAAGAAG;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=128708071;WS=128708053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	128744580	rs2948068	A	G	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=60;PP=1675;SC=AGAGAGGGAAACAAAATGCCA;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=89;WE=128744588;WS=128744570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	128753854	rs1550174	T	C	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=34;PP=1740;SC=TGGGACACTTTGTTTTATGCT;SOR=1.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=97;WE=128753862;WS=128753844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	128757804	rs10928793	C	T	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=33;PP=1616;SC=TCGGTATCACCAGGCCCTCAG;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=83;WE=128757812;WS=128757794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	128849114	rs4476299	T	C	5248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=63;PP=2281;SC=TCTGGTGTCCTATCCCTTCCC;SOR=0.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=117;WE=128849122;WS=128849104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	128860835	rs7355336	A	G	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=40;PP=1059;SC=CAATTACTACATGCATTTCCT;SOR=2.267;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=128860843;WS=128860825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	128870808	rs4662775	T	C	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=43;PP=1227;SC=GCAAAATCAATTATGTATTCA;SOR=1.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=64;WE=128870816;WS=128870798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	128874061	rs10210598	G	A	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=842;SC=CCTACGTGGAGAGTCAACCAC;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=128874069;WS=128874051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	128877837	rs4662593	G	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=4;PP=733;SC=AGGGTTGGGAGAGGAAAACCA;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=128877845;WS=128877827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	128878014	rs4662594	G	A	8973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr2	128878667	rs6430990	T	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=2;PP=747;SC=CATTCGAAGATATTCTTAATT;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=128878675;WS=128878657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	128878979	rs10636999	C	CTT	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=2.036;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
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chr2	128880899	rs4480941	T	A	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=104;SC=ATCAGCAGCATTTAACAGTGT;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=128880907;WS=128880889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	128880993	rs4633871	A	G	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=21;SC=CAGTATGCACATAACTGAAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=128881001;WS=128880983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	128890878	rs34066685	T	TG	7002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=72;PP=2421;SC=GTTTCTCCCTTGCCTAGTCCC;SOR=0.950;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=15;TCR=74;TR=87;WE=128890887;WS=128890868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	128934317	rs144961158	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,37:0.23:163
chr2	128941483	.	G	GGT	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=20.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-2.640;SOR=0.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr2	129075877	rs200979099	G	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.86;MQRankSum=0.047;QD=2.38;ReadPosRankSum=1.726;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr2	129075961	rs61732881	T	C	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=41;PP=1162;SC=GGGGGTCGGGTGTGGGGAACA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=77;WE=129075969;WS=129075951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	130737578	rs4233601	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.791;NF=20;NR=0;PP=275;ReadPosRankSum=0.388;SC=TTGCAGGGGCGCAGAGAGCTC;SOR=0.434;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=48;TCR=2;TR=20;WE=130737586;WS=130737568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr2	130738163	rs144773989	G	A	5701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.07;MQRankSum=-1.761;QD=13.42;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,272:0.64:425
chr2	130750107	.	C	CCGGCGG	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.16;MQRankSum=-0.623;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr2	130750446	rs199529770	C	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.18;MQRankSum=-1.281;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr2	130897055	rs28751929	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5133;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.792;NF=11;NR=4;PP=279;ReadPosRankSum=1.120;SC=TAGCGGAAGTGTCAGGAAATG;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=15;WE=130897063;WS=130897045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr2	130897218	rs13006246	T	C	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.847;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.96;MQRankSum=-0.889;NF=17;NR=23;PP=547;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TCTGCTTCAGTGCGGGCAGGA;SOR=0.716;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=40;WE=130897226;WS=130897208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,64:0.71:90
chr2	130915892	.	C	CT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr2	130941065	rs6737226	T	C	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=44;PP=1695;SC=GTGGAGCCTCTGTCCCTGCTC;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=103;WE=130941073;WS=130941055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	130948314	rs142246044	G	GT	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;MQRankSum=1.292;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.143;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr2	130949411	rs10208844	G	T	4570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.97;QD=27.70;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	130951548	rs1052319	G	A	8019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.853;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=9.165;NF=119;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=3.629;SC=TGGTGATCTCGGCCACAGACA;SOR=0.815;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=244;TCF=122;TCR=122;TR=228;WE=130951556;WS=130951538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,327:0.94:347
chr2	130951566	rs7340193	G	A	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=0.549;QD=4.17;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,115:0.29:401
chr2	130987792	rs12992461	G	A	4526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=71;PP=2122;ReadPosRankSum=0.199;SC=GCACATCAGCGTGCTGGTGCC;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=187;TCF=85;TCR=102;TR=129;WE=130987800;WS=130987782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,199:0.67:295
chr2	130988166	rs201275727	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=13.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=-12.700;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.731;SOR=1.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,69:0.21:329
chr2	130988203	rs79048658	C	T	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.285;NF=38;NR=37;PP=2083;ReadPosRankSum=2.483;SC=GTCCTGAGCACTGTGGGCCCC;SOR=0.729;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=231;TCF=114;TCR=117;TR=75;WE=130988224;WS=130988193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,91:0.28:327
chr2	130988216	rs76582648	C	G	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-10.533;NF=35;NR=39;PP=2083;ReadPosRankSum=1.805;SC=TGGGCCCCAGCGAAGCCCTCC;SOR=0.715;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=224;TCF=109;TCR=115;TR=74;WE=130988224;WS=130988193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,91:0.30:307
chr2	130988276	rs3894178	C	T	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.029;NF=23;NR=36;PP=682;ReadPosRankSum=0.451;SC=GTATCAAGCTCATCCCCACTG;SOR=0.845;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=73;TCR=106;TR=59;WE=130988284;WS=130988266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,69:0.28:243
chr2	130988410	rs202147725	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQRankSum=-3.649;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,52:0.31:167
chr2	130988421	rs200539608	C	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.29;MQRankSum=-3.383;QD=5.00;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,60:0.32:187
chr2	131338146	rs375190971	AC	A	34.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.00;QD=17.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	131487673	rs272128	A	C	10497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=0.403;SC=TGCCATGCTCACATACCTGTA;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=105;TCR=127;TR=230;WE=131487681;WS=131487663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,403:1.00:405
chr2	131520663	rs1905235	T	C	9067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=110;PP=2965;SC=CAGGGACCAATCCCGGCTGGA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=115;TCR=111;TR=225;WE=131520671;WS=131520653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr2	131672950	rs12464119	A	G	2971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=51;PP=1441;ReadPosRankSum=0.815;SC=AAGGCACCCAACTCGCACCAA;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=313;TCF=152;TCR=161;TR=100;WE=131672958;WS=131672940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:374,169:0.31:543
chr2	131673316	rs3739129	C	T	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.309;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=44;PP=1186;ReadPosRankSum=0.039;SC=ACTGCGGCCCCGGGGCTGAGG;SOR=0.437;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=227;TCF=97;TCR=130;TR=88;WE=131673324;WS=131673306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,134:0.38:352
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chr2	131674285	rs3739127	A	G	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1131;ReadPosRankSum=-1.005;SC=TTATTGAGTCAATAGTTCTAG;SOR=0.780;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=187;TCF=119;TCR=68;TR=82;WE=131674293;WS=131674275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,104:0.41:252
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chr2	131688783	rs61750360	G	A	2811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1059;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GCAGGCCCACGTCGAAAGGAG;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=71;WE=131688791;WS=131688773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,134:0.62:217
chr2	131703968	rs67022442	G	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr2	131769237	rs13023338	G	A	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=22;PP=1282;SC=AGAGCCCATCGGAGCTGATGG;SOR=1.338;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=66;WE=131769245;WS=131769227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	131829557	rs187664008	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=0.856;SC=CTGAAGTAGCGACAATCACTA;SOR=0.921;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=14;WE=131829565;WS=131829547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr2	132111121	rs11895354	G	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.20;QD=44.03;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	132111123	rs370814343	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.20;QD=44.03;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	132111127	rs13410274	G	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.20;QD=44.03;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	132111166	.	G	GCC	1758.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.04;QD=42.90;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	132111167	.	G	C	974	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=20;MQ=40.92;NF=15;NR=18;PP=974;QD=30.5688246226;SC=GCCGCCGCCGGCGCTGGCCTC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=33;WE=132111175;WS=132111143;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr2	132111167	.	G	GCCGCCGCCGC	1677.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.14;QD=45.34;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	132120501	rs146351322	C	CT	5302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.442;NF=60;NR=59;PP=2979;ReadPosRankSum=-0.554;SC=AAGACGCTGACTTTTTTTGTG;SOR=0.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=119;WE=132120512;WS=132120491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr2	132121350	rs371054387	G	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.33;QD=30.18;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	132200114	rs76882281	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.000;NF=9;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=1.691;SC=CCCCTGTCTATTGCCTCCCCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=132200122;WS=132200113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	132200136	rs73960420	C	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.615;NF=13;NR=1;PP=250;ReadPosRankSum=0.853;SC=ACTGCATAGACGCCAGCCTCT;SOR=1.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=14;WE=132200144;WS=132200126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	132200256	rs71345553	T	C	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.805;NF=52;NR=28;PP=1141;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GCTCATCCTCTGGCCCCTGGG;SOR=0.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=80;WE=132200264;WS=132200246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,89:0.64:140
chr2	132200307	rs71345554	G	A	3369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.034;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.850;NF=63;NR=52;PP=1690;ReadPosRankSum=-0.514;SC=CCGCCTCTGCGTCTGGGTCTC;SOR=0.517;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=179;TCF=101;TCR=78;TR=115;WE=132200315;WS=132200297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,157:0.65:240
chr2	132200345	rs71428578	C	T	4558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.764;NF=73;NR=66;PP=2107;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CTGTCCTCCTCGCCCTCCTCC;SOR=0.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=114;TCR=101;TR=139;WE=132200353;WS=132200335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,216:0.65:332
chr2	132200529	rs71345555	A	G	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.726;NF=46;NR=48;PP=1552;ReadPosRankSum=2.240;SC=TGATCTCAGGAAAGTTCAGGT;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=94;WE=132200537;WS=132200519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,105:0.55:192
chr2	132200568	rs62176150	C	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.280;NF=28;NR=20;PP=628;ReadPosRankSum=-2.327;SC=CACTGATCTCCAGCTGGATCT;SOR=0.814;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=148;TCF=77;TCR=71;TR=48;WE=132200576;WS=132200558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,75:0.34:220
chr2	132200935	rs71345556	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=32.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.083;NF=0;NR=20;PP=373;ReadPosRankSum=1.235;SC=CAGGTTGACACTGGACAGCTT;SOR=5.249;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=20;WE=132200943;WS=132200925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr2	132200984	rs113036104	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=32.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.84;MQRankSum=-4.763;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.397;SOR=5.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr2	132200995	rs113518588	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=21.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.90;MQRankSum=-3.966;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=3.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr2	132201202	rs77064210	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=7.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQRankSum=-10.982;QD=1.99;ReadPosRankSum=-5.332;SOR=1.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,27:0.19:143
chr2	132201288	rs4337511	A	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=28.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.500;NF=38;NR=13;PP=632;ReadPosRankSum=0.389;SC=TGGTCATGGCATTGTGCAGGT;SOR=2.061;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=51;WE=132201296;WS=132201278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,53:0.33:159
chr2	132201466	rs112041013	G	A	4366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-1.363;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.347;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,195:0.67:293
chr2	132201466	.	GGG	AGA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;NF=67;NR=64;PP=2944;QD=20;SC=CTTGAGGACGGGGCCAAGGAA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=209;TCF=109;TCR=100;TR=131;WE=132201476;WS=132201456;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:78,131:0.63:209
chr2	132201468	rs4522649	G	A	7923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-1.311;QD=26.50;ReadPosRankSum=0.642;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,200:0.67:299
chr2	132201582	rs1806886	A	G	4678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=81;PP=2532;ReadPosRankSum=0.987;SC=TAAGCAGCATACGGCACTGCT;SOR=0.750;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=247;TCF=118;TCR=129;TR=152;WE=132201590;WS=132201572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,214:0.60:358
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chr2	132201718	rs2001215	T	C	4132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.480;NF=66;NR=59;PP=1744;ReadPosRankSum=1.829;SC=GATGTCCACATGGAGCTTCCC;SOR=0.592;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=226;TCF=121;TCR=105;TR=125;WE=132201726;WS=132201708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,196:0.58:338
chr2	132201736	rs2076798	C	G	4419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.100;NF=68;NR=63;PP=1948;ReadPosRankSum=0.403;SC=CCCCCAGAGCCGGCTGCTGGA;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=120;TCR=113;TR=131;WE=132201744;WS=132201726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,210:0.60:349
chr2	132201862	rs1806887	C	G	3960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.507;NF=55;NR=61;PP=1729;ReadPosRankSum=-0.343;SC=AGCACTGTCCCTGACCTGGAA;SOR=0.661;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=226;TCF=105;TCR=121;TR=116;WE=132201870;WS=132201852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,197:0.53:370
chr2	132201889	rs2007096	C	A	2935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.593;NF=45;NR=54;PP=1509;ReadPosRankSum=0.492;SC=GGCCTCAGCACTTTCCTGGTC;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=90;TCR=111;TR=99;WE=132201897;WS=132201879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,147:0.49:302
chr2	132201930	rs13411254	T	C	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.259;NF=37;NR=50;PP=1235;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CTGCTCCGAATGCCTGTACCA;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=163;TCF=67;TCR=96;TR=87;WE=132201938;WS=132201920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,110:0.48:228
chr2	132202050	rs13413908	T	C	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.005;NF=38;NR=44;PP=1342;ReadPosRankSum=0.993;SC=CTCTGGGGACTCTGTCCCCAT;SOR=0.763;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=82;WE=132202058;WS=132202040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,126:0.67:187
chr2	132229720	rs3101998	T	C	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.200;NF=28;NR=61;PP=1125;ReadPosRankSum=-2.578;SC=GAAATCTTGTTGAGGCGCCGC;SOR=1.528;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=172;TCF=61;TCR=111;TR=89;WE=132229728;WS=132229710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,76:0.38:198
chr2	132237983	rs71347110	A	G	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=12;PP=1290;SC=CCTCCATCACAGCCTCCCTGC;SOR=3.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=62;WE=132237991;WS=132237973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	132238082	rs138331264	T	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=8.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQRankSum=-10.783;QD=0.49;ReadPosRankSum=-0.970;SOR=1.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,44:0.13:350
chr2	132248379	rs12469517	T	G	3744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.130;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.457;NF=60;NR=57;PP=1909;ReadPosRankSum=1.534;SC=CTGTGGAGCATAACCAGAGAG;SOR=0.550;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=117;WE=132248387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,172:0.64:270
chr2	132248584	rs10182785	T	C	5598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=69;PP=2965;SC=CCCTGGCACTTCCCCCATGAA;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=80;TCR=69;TR=148;WE=132248592;WS=132248574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	132248876	rs6709245	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.028;NF=0;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TTCCGCGTCTAACTCTCTTCC;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=132248884;WS=132248866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	132249372	rs6706952	C	T	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.17;QD=22.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	132249600	rs2272357	G	A	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQRankSum=-0.555;QD=31.37;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr2	132249605	rs2272358	G	A	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.64;MQRankSum=-0.499;QD=31.30;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr2	132254681	rs6711982	A	G	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=491;ReadPosRankSum=-1.490;SC=GTGCTGCCGCATGCCAGCCTG;SOR=0.176;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=36;WE=132254689;WS=132254671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr2	132257830	rs13035779	C	T	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.564;NF=38;NR=34;PP=1106;ReadPosRankSum=0.138;SC=GCAGCCTAGACGGTGTCCTCG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=72;WE=132257838;WS=132257820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,126:0.69:182
chr2	132258031	rs3108473	A	G	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.468;NF=63;NR=42;PP=1592;ReadPosRankSum=2.309;SC=AAGATAATTCACAGTTCATTT;SOR=0.678;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=154;TCF=91;TCR=63;TR=105;WE=132258039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,143:0.65:221
chr2	132258141	rs192055611	T	C	3469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.176;NF=59;NR=61;PP=1984;ReadPosRankSum=-1.516;SC=GACTTTCCTGTCTCCTACCTG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=120;WE=132258149;WS=132258131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,157:0.68:230
chr2	132258484	rs139623617	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.687;NF=10;NR=3;PP=221;ReadPosRankSum=0.728;SC=ACTGCGTATCGGGCACTACGC;SOR=1.123;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=13;WE=132258492;WS=132258474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr2	132258593	rs13415770	A	G	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.540;NF=46;NR=24;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.185;SC=CTGTACCACAACAAGGTCCAG;SOR=0.504;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=113;TCF=77;TCR=36;TR=70;WE=132258601;WS=132258583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,117:0.65:180
chr2	132258815	rs12691986	G	A	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.891;NF=52;NR=64;PP=1949;ReadPosRankSum=0.141;SC=AGGTAAGGAAGGGATGCCTTT;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=116;WE=132258823;WS=132258805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,141:0.72:197
chr2	132266015	rs12477848	T	A	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.708;NF=56;NR=25;PP=1305;ReadPosRankSum=0.931;SC=TGGAATGAGTTCCCAGCTCTG;SOR=0.524;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=128;TCF=91;TCR=37;TR=81;WE=132266023;WS=132266005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,101:0.62:162
chr2	132266142	rs12691988	G	C	5053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-5.415;NF=89;NR=93;PP=2944;ReadPosRankSum=0.652;SC=ATCACTATTCGTTGGAGATGT;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=280;TCF=136;TCR=144;TR=182;WE=132266163;WS=132266132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,237:0.59:401
chr2	132266281	rs35012291	TG	T	1463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.897;HP=5;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.933;NF=0;NR=37;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.834;SC=GGCTGGATGGTGGGAAGCAGA;SOR=1.281;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=37;WE=132266289;WS=132266271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr2	132272158	rs13031436	T	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-1.109;QD=31.72;ReadPosRankSum=-1.358;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr2	132272158	.	TGG	AGA	351	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=39;MMLQ=22;MQ=56.92;NF=7;NR=5;PP=351;QD=33.7056562385;SC=TGCTTGAACCTGGATGCGGAG;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=12;WE=132272168;WS=132272154;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,12:0.57:21
chr2	132272160	rs12995918	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-1.221;QD=29.03;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	132272235	rs36013871	GA	G	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-2.039;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr2	132272326	rs12477742	A	G	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQRankSum=-6.816;QD=12.52;ReadPosRankSum=-1.329;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,78:0.63:124
chr2	132273092	rs2950565	T	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.613;NF=14;NR=4;PP=298;ReadPosRankSum=1.546;SC=ACTGGCTCGGTGCGGGATGTG;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=18;WE=132273100;WS=132273082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr2	132273796	.	G	GCA	839	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=21;MMLQ=27;MQ=59.71;NF=5;NR=5;PP=839;QD=90.8910008438;SC=CCACGGTGGAGCCAACCCTCA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=10;WE=132273810;WS=132273786;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,10:0.56:18
chr2	132273797	.	C	CA	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.54;ReadPosRankSum=0.227;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr2	132273798	.	C	CT	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.54;ReadPosRankSum=0.358;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr2	132273801	.	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.11;ReadPosRankSum=0.236;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr2	132273802	rs201262646	C	CATTAG	1113.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.762;HP=2;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=821;ReadPosRankSum=0.048;SC=TGGAGCCAACCCTCACTAATG;SOR=1.536;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=10;WE=132273810;WS=132273786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr2	132273988	rs199565961	GC	G	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQRankSum=1.826;QD=6.69;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,24:0.22:107
chr2	132273994	rs372388255	T	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQRankSum=1.826;QD=6.84;ReadPosRankSum=-1.669;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,24:0.23:106
chr2	132274077	rs4309618	A	G	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.72;MQRankSum=-1.577;QD=21.09;ReadPosRankSum=0.951;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr2	132274113	rs4493309	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.100;NF=0;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GGAGGGCCACATTGTTCTTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=132274121;WS=132274103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr2	132274474	rs13010688	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=2.319;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr2	132275343	rs12691998	G	T	9016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.745;NF=117;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.080;SC=CACCAAGTTGGTTGTGGGCTT;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=341;TCF=179;TCR=162;TR=226;WE=132275351;WS=132275333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,431:0.67:643
chr2	132275396	rs2277878	T	C	9822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=59.74;MQRankSum=-3.470;NF=107;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.042;SC=GCCCCAAGCATGCGCTCCTGG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=351;TCF=166;TCR=185;TR=228;WE=132275404;WS=132275386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,467:0.66:704
chr2	132276039	rs28681469	C	T	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.942;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=284;ReadPosRankSum=0.810;SC=TACTCTGCCCCGGGGAAGTGG;SOR=0.994;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=21;WE=132276047;WS=132276029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr2	132276254	rs28621583	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.433;NF=5;NR=6;PP=156;ReadPosRankSum=-0.190;SC=AGTACACCCCAATGTTTGGGC;SOR=0.905;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=11;WE=132276262;WS=132276244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr2	132276650	rs28712373	G	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.991;NF=27;NR=8;PP=616;ReadPosRankSum=-0.262;SC=GCTCATCACAGAGGCCAAACA;SOR=0.737;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=35;WE=132276658;WS=132276640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr2	132277686	rs9287520	C	T	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.369;NF=35;NR=23;PP=722;ReadPosRankSum=-0.986;SC=GGACAGATGGCGGCTCTGTGT;SOR=0.698;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=58;WE=132277694;WS=132277676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,113:0.61:186
chr2	132277962	rs7560296	T	C	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-8.598;NF=23;NR=26;PP=733;ReadPosRankSum=0.752;SC=TCTGCCATGATACTGCTGACC;SOR=0.646;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=49;WE=132277970;WS=132277952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,92:0.54:170
chr2	132277984	rs10209980	G	A	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.093;NF=19;NR=25;PP=593;ReadPosRankSum=0.871;SC=AGCGGGGGAAGCTGCACCAGC;SOR=0.886;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=44;WE=132277992;WS=132277974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,76:0.53:143
chr2	132286046	rs3101992	A	G	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-8.853;NF=27;NR=30;PP=916;ReadPosRankSum=0.891;SC=GACTCCGCCAATCCTCTCCTC;SOR=0.685;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=57;WE=132286054;WS=132286036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,61:0.58:106
chr2	132286061	rs60469601	A	G	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-8.331;NF=25;NR=34;PP=874;ReadPosRankSum=-0.755;SC=CTCCTCTCCAAGCAGGGTCAG;SOR=0.706;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=59;WE=132286069;WS=132286051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,65:0.57:114
chr2	132286155	rs10174409	G	C	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.344;NF=14;NR=21;PP=470;ReadPosRankSum=1.231;SC=AGGCCGAGACGGGCGGATCAC;SOR=0.607;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=35;WE=132286163;WS=132286145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr2	132287824	rs10187823	C	T	3871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.125;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.554;NF=55;NR=57;PP=1674;ReadPosRankSum=0.053;SC=GGATCCTGGGCTGTGGTCTCA;SOR=0.526;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=89;TCR=95;TR=112;WE=132287832;WS=132287814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,196:0.62:317
chr2	132288102	rs116538008	T	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=21.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.43;MQRankSum=-4.943;QD=1.70;ReadPosRankSum=1.085;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,9:0.15:61
chr2	132288362	.	T	C	597	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=41.07;NF=13;NR=25;PP=597;QD=16.6255582249;SC=AGCCTCTCCATGTCAAGCTTC;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=38;WE=132288370;WS=132288352;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:47,38:0.45:85
chr2	132290399	rs57007130	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.009;NF=35;NR=32;PP=1056;ReadPosRankSum=-0.497;SC=GTCTGGCACCGCCACAGGCCC;SOR=0.741;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=67;WE=132290407;WS=132290389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,77:0.68:113
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chr2	132494182	rs11690978	G	C	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=3.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.99;MQRankSum=0.093;QD=13.01;ReadPosRankSum=-1.902;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,88:0.64:137
chr2	132494272	rs4850248	A	G	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.612;NF=17;NR=41;PP=1097;ReadPosRankSum=0.799;SC=AGTAATAACTATAATTTTATA;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=58;WE=132494280;WS=132494262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr2	132558335	rs12992187	G	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=0.513;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
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chr2	132593636	rs59199382	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-2.260;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.768;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
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chr2	133014497	.	G	C	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=9.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=1.044;QD=11.06;ReadPosRankSum=1.526;SOR=1.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,63:0.30:209
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chr2	133014511	rs76230250	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=25.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-6.931;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=1.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,23:0.08:284
chr2	133014518	rs78879023	C	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=26.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQRankSum=-7.336;QD=0.33;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,25:0.08:316
chr2	133014552	.	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.675;ClippingRankSum=0.000;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=8.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQRankSum=-15.176;QD=0.38;ReadPosRankSum=-4.450;SOR=1.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:495,69:0.12:564
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chr2	133014602	rs75245503	G	C	22050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1038;ExcessHet=3.0103;FS=3.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=-17.194;QD=21.31;ReadPosRankSum=-0.951;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:486,549:0.53:1035
chr2	133014612	rs74853538	A	C	23170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1101;ExcessHet=3.0103;FS=4.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.71;MQRankSum=-16.938;QD=21.12;ReadPosRankSum=1.073;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:510,587:0.54:1097
chr2	133014619	rs78327226	C	T	12605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1136;ExcessHet=3.0103;FS=6.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-20.858;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:781,352:0.31:1133
chr2	133014640	rs78867621	C	T	15798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-18.882;NF=157;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.056;SC=GGATGCCGGACGGCCCTCGGC;SOR=0.966;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=706;TCF=385;TCR=321;TR=251;WE=133014665;WS=133014630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:755,427:0.36:1182
chr2	133014651	rs111708138	A	AC	25687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=3;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.799;NF=100;NR=191;PP=2966;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GGCCCTCGGCACCACCGAGAC;SOR=0.803;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=480;TCF=153;TCR=327;TR=291;WE=133014665;WS=133014630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:426,693:0.62:1119
chr2	133014657	rs113237573	G	A	15247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.215;HP=2;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-15.878;NF=170;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=2.017;SC=CGGCACCACCGAGACCCGCCT;SOR=1.008;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=714;TCF=384;TCR=330;TR=279;WE=133014665;WS=133014630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:710,449:0.39:1159
chr2	133014678	rs72869462	A	G	30052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=4;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.892;NF=246;NR=218;PP=2962;ReadPosRankSum=2.443;SC=CATGAGCCCCAGGTCCCGCCA;SOR=0.814;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=735;TCF=380;TCR=355;TR=464;WE=133014686;WS=133014668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:431,755:0.64:1186
chr2	133014703	rs72869464	T	C	30074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=3;HapScore=1;MGOF=88;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.803;NF=231;NR=238;PP=2962;ReadPosRankSum=1.925;SC=GACCCCGAGGTGACCTCAGCC;SOR=0.595;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=718;TCF=343;TCR=375;TR=469;WE=133014711;WS=133014693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,732:0.66:1111
chr2	133014721	rs72869465	T	C	27571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1021;ExcessHet=3.0103;FS=1.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-5.662;QD=27.11;ReadPosRankSum=1.448;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,683:0.67:1017
chr2	133014751	rs75204936	T	C	3686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=2.209;QD=5.11;ReadPosRankSum=2.742;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:576,146:0.20:722
chr2	133014776	rs72869466	CA	TG	3844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=2.377;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:450,121:0.21:571
chr2	133014786	rs72869468	G	A	6839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=3.441;NF=62;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=1.567;SC=CAGGAGACCGGCATGCCCCCC;SOR=0.984;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=424;TCF=151;TCR=273;TR=187;WE=133014798;WS=133014761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,201:0.41:489
chr2	133075726	rs2598810	A	G	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.759;NF=40;NR=27;PP=979;ReadPosRankSum=-1.784;SC=CACACTGGAGAGAAGCCCTAC;SOR=1.089;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=208;TCF=110;TCR=98;TR=67;WE=133075734;WS=133075716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,88:0.32:276
chr2	133075904	rs113311843	C	CA	3935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.370;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.161;NF=18;NR=72;PP=2968;ReadPosRankSum=1.522;SC=AGAAACAATACAATGCAATGT;SOR=0.814;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=231;TCF=62;TCR=169;TR=90;WE=133075913;WS=133075893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,171:0.37:468
chr2	133425912	rs2709533	C	T	4356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=37;PP=2313;SC=TTTAATGGCCCCCTCACTCCC;SOR=1.394;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=115;WE=133425920;WS=133425902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	133426183	rs2709532	G	C	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=37;PP=1065;SC=ACCATCCCACGCCTCAGAGCC;SOR=4.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=133426191;WS=133426173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	133472385	rs11329925	CA	C	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr2	133483496	rs117220221	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=0.187;SC=TCTGGTTTGCCGGTTTTTCTG;SOR=0.072;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=133483504;WS=133483486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr2	133489401	rs17397142	A	G	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=581;ReadPosRankSum=-0.394;SC=CAATGGCGCTATCTGCAGGGC;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=138;TCF=70;TCR=68;TR=51;WE=133489409;WS=133489391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,90:0.39:232
chr2	133539460	rs6717116	A	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=5;PP=682;SC=CAACTCTTTTAAAGGTGGTGG;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=31;WE=133539468;WS=133539450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	133539566	rs6730282	G	A	4859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=37;PP=1927;SC=CAACAGGGCTGTGTCTATTCC;SOR=1.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=104;WE=133539574;WS=133539556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr2	133540605	rs13016342	G	T	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=55;PP=1192;ReadPosRankSum=-1.406;SC=TTTTAGGTGTGGTTTGCTGGA;SOR=1.171;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=209;TCF=83;TCR=126;TR=83;WE=133540613;WS=133540595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,116:0.41:281
chr2	133540714	rs72847214	G	A	3203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1570;ReadPosRankSum=1.013;SC=GTTTCCAGGGGAAGCCCATCA;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=94;WE=133540722;WS=133540704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,144:0.66:219
chr2	133541444	rs12691829	T	C	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.30;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	133541454	rs12691830	A	G	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	133541575	rs12611515	C	T	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=43;PP=1922;SC=AGCAGGGAGACGGACCTGCCT;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=104;WE=133541583;WS=133541565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	133542014	rs12616282	T	C	6943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=84;PP=2965;SC=TGCCCATGGGTGCCGAAGACC;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=98;TCR=84;TR=182;WE=133542022;WS=133542004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr2	133542545	rs10191147	G	A	8022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=97;PP=2965;SC=GGTTCTCCACGGACTTATCGG;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=115;TCR=97;TR=211;WE=133542553;WS=133542535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr2	133542585	rs17325719	C	G	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=849;ReadPosRankSum=0.534;SC=GTCTGAAGGACTTTTCTCATC;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=125;TCR=107;TR=70;WE=133542593;WS=133542575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,99:0.27:361
chr2	133547805	.	AGGGCTTTG	A	2627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.736;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=35;PP=2939;ReadPosRankSum=-0.882;SC=GCTCTGAGCAAGGGCTTTGCT;SOR=1.074;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=2;TCR=57;TR=36;WE=133547820;WS=133547795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,67:0.61:110
chr2	133554288	rs1868076	A	G	6650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=110;PP=2965;SC=GATCCAAGAGACGTGAGTGAA;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=68;TCR=112;TR=178;WE=133554296;WS=133554278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	133636211	rs140434127	ACACACACACACACACACG	A	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.24;MQRankSum=3.608;QD=5.49;ReadPosRankSum=2.150;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr2	133683658	rs2577634	G	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr2	133881425	rs2278457	G	A	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=661;ReadPosRankSum=-2.317;SC=AAGCAGAAGGGAGTACATGGG;SOR=0.803;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=57;WE=133881433;WS=133881415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,107:0.36:296
chr2	133971448	rs13393624	T	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=489;ReadPosRankSum=-1.189;SC=CTAGAGGAATTCCTTCCTTGG;SOR=1.096;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=114;TCF=46;TCR=68;TR=40;WE=133971456;WS=133971438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,69:0.37:186
chr2	135075378	rs3791280	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=372;ReadPosRankSum=1.311;SC=TTGGTCAACAGTGGCTCTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=19;WE=135075386;WS=135075368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr2	135076111	rs4954134	C	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=144;SC=GTTCTTTAGGCCACAGCTTGA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=135076119;WS=135076101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	135096097	rs7598410	T	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=19;PP=532;SC=AATGATATTCTCTCAGGGTGA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=135096105;WS=135096087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	135102453	rs3214771	TA	T	1286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=1036;ReadPosRankSum=-0.579;SC=ACCTTTTAAGTAAATGATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=30;WE=135102461;WS=135102443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,43:0.63:68
chr2	135102742	rs2290048	A	G	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=972;ReadPosRankSum=0.816;SC=TTTCAGCTGTATGGAGTGTTG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=57;WE=135102750;WS=135102732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,76:0.76:100
chr2	135186057	rs62170036	T	G	3303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=1640;ReadPosRankSum=1.155;SC=TACTGCTTCCTGTGACGCCAT;SOR=0.563;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=104;WE=135186065;WS=135186047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,152:0.61:250
chr2	135214418	rs56024138	AT	A	516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.082;HP=10;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.811;NF=1;NR=17;PP=204;ReadPosRankSum=1.258;SC=GCGTATTTTCATTTTTTTTTT;SOR=0.228;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=18;WE=135214427;WS=135214408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr2	135215542	.	G	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.742;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=13.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=2.109;SOR=0.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,38:0.31:121
chr2	135260628	rs80237714	A	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-10.153;QD=1.03;ReadPosRankSum=2.712;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,56:0.15:362
chr2	135260665	rs201742966	A	G	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-9.006;QD=3.98;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,37:0.16:225
chr2	135260672	rs199988367	T	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.11;MQRankSum=-8.733;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.613;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,34:0.16:208
chr2	135602601	rs6430545	T	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.396;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=374;ReadPosRankSum=-0.487;SC=GAGATAACAGTATTTTCTTCT;SOR=1.668;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=22;WE=135602609;WS=135602591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr2	135629927	rs12469941	C	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=640;ReadPosRankSum=-1.476;SC=AATAGGTCCTCTGTAATTACT;SOR=0.631;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=39;WE=135629935;WS=135629917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,44:0.70:63
chr2	135677268	rs3769024	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=388;ReadPosRankSum=0.262;SC=TCCAGTTTGGGGTTTGGATTT;SOR=0.468;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=23;WE=135677276;WS=135677258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr2	135677471	rs3841862	A	AGTTT	3023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=1654;ReadPosRankSum=1.637;SC=TGTAAGTACTAGTTGTCTGTT;SOR=0.851;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=30;WE=135677479;WS=135677461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,75:0.72:104
chr2	135694354	rs1823118	G	C	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=607;ReadPosRankSum=-0.354;SC=AAAGAAAATAGAGGGTTTTTT;SOR=2.093;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=30;WE=135694362;WS=135694344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr2	135694379	rs1374289	C	T	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.828;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=696;ReadPosRankSum=1.998;SC=TGTATTTGTTCTTAAATGACC;SOR=1.538;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=41;WE=135694387;WS=135694369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr2	135700151	rs3816339	A	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr2	135703338	rs57267734	CT	C	812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.852;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr2	135703650	rs201814332	G	GT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,48:0.18:264
chr2	135705558	rs1979033	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=0.517;SC=TACACTATCAGATGAACAGAA;SOR=0.169;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=16;WE=135705566;WS=135705548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr2	135710322	rs10166142	A	G	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=336;ReadPosRankSum=1.667;SC=TCAGTCTTTTATGTAACATTT;SOR=0.457;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=23;WE=135710330;WS=135710312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,49:0.67:73
chr2	135711516	rs3814355	C	T	4162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=7.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.02;ReadPosRankSum=1.936;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,194:0.65:297
chr2	135711657	rs3814354	G	A	5441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=80;PP=2408;ReadPosRankSum=-0.482;SC=GCAGTGGGAAGAGCAAACATT;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=269;TCF=133;TCR=136;TR=158;WE=135711665;WS=135711647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,256:0.61:417
chr2	135740876	rs60969462	A	G	3305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=66;PP=1700;ReadPosRankSum=0.543;SC=TTGAAGGAAGATATTTCTTTC;SOR=0.557;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=189;TCF=77;TCR=112;TR=115;WE=135740884;WS=135740866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,157:0.59:267
chr2	135741061	rs12623713	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=367;ReadPosRankSum=-1.611;SC=CCTTTCAGTCGGATAAAGCAG;SOR=0.078;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=15;WE=135741069;WS=135741051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr2	135745392	rs11888766	G	A	4396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=65;ReadPosRankSum=-0.007;SC=TACCATGGCAGTCAATATCCT;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=207;TCF=105;TCR=102;TR=135;WE=135745400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,211:0.65:327
chr2	135745545	rs11899779	C	T	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=50;PP=1443;ReadPosRankSum=0.839;SC=CCAGGCATTGCCTGTGATGGT;SOR=0.746;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=152;TCF=77;TCR=75;TR=89;WE=135745553;WS=135745535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,123:0.54:227
chr2	135745722	rs10928526	A	G	4875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=58;PP=1996;ReadPosRankSum=3.838;SC=AAGATGTGAGACTTGGAATGT;SOR=0.653;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=207;TCF=101;TCR=106;TR=119;WE=135745730;WS=135745712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,228:0.61:372
chr2	135748872	rs144837592	AAAAAC	A	622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=1.128;QD=22.24;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr2	136070923	.	CAA	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=1.493;QD=4.99;ReadPosRankSum=-1.422;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr2	136148179	rs199759650	AAC	A	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.869;QD=0.39;ReadPosRankSum=1.595;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,13:0.11:121
chr2	136148394	rs202232784	GA	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr2	136467164	rs2304367	C	A	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=89;PP=2404;SC=AGTTCGATTACTTTCCTTAGG;SOR=1.989;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=24;TCR=90;TR=113;WE=136467172;WS=136467154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	136527443	rs113881162	G	GTGAT	5994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=2622;SC=AACTGAGGTTGTGATTGATTA;SOR=0.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=46;WE=136527460;WS=136527433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	136545844	rs1042712	C	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=13;PP=970;SC=GGCCGGTAAACATAGATGAAG;SOR=2.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=46;WE=136545852;WS=136545834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	136546110	rs2278544	A	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=312;SC=TGGTGGGTCCAGCATCTAGGA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=136546118;WS=136546100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	136548169	rs892716	A	G	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=232;SC=CACTCCTGCAAATAGCAGATG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=136548177;WS=136548159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	136548192	rs1808756	G	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	136555659	rs2322659	T	C	7926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr2	136558157	rs748841	C	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=8;PP=457;SC=TAAGAACAAGCGCCCAGAGGA;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=136558165;WS=136558147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	136561557	rs2304371	G	A	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=31;PP=1160;SC=GGCTCATTCAGCGTGATCCAA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=136561565;WS=136561547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	136565028	rs10928549	C	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=38;PP=1171;SC=CCTCCATGCACCCAACCCACT;SOR=2.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=136565036;WS=136565018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	136569848	rs12988076	C	A	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=9;PP=1215;SC=GTACCACCCACCTTCCAATCA;SOR=2.872;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=54;WE=136569856;WS=136569838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	136575199	rs6719488	G	T	12547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=161;PP=2965;SC=AGTAGGCAACGCCTGGGAGGC;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=292;TCF=131;TCR=161;TR=292;WE=136575207;WS=136575189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr2	136575534	rs4954449	T	C	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=72;PP=2684;SC=GCTTCCCAGATTCTCTGATAG;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=64;TCR=72;TR=136;WE=136575542;WS=136575524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr2	136594158	rs2236783	G	A	6297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=55;PP=2868;SC=CATCACTGAGGGTCTGGAGTT;SOR=1.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=95;TCR=57;TR=150;WE=136594166;WS=136594148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr2	136610598	rs4988226	A	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=22;PP=565;SC=TACCACTTAAAGAAGTATTAA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=136610606;WS=136610588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	136614255	rs309180	G	A	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	136622825	rs309177	A	G	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.58;SOR=2.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr2	136690414	.	T	TA	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,27:0.25:109
chr2	136873549	rs2680880	A	T	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=315;ReadPosRankSum=-0.742;SC=GTTAAAAAAAATTTTTAAAGC;SOR=0.876;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=26;WE=136873557;WS=136873539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,31:0.28:111
chr2	137639616	rs1465612	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=8;PP=906;SC=TAATGAAAAACTTGCAATACC;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=137639624;WS=137639609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	137640006	rs11298935	CT	C	353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=374;SC=AAAATAGACTCTTTTTTTTAA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=137640014;WS=137639996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	137814477	rs17727482	C	G	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=67;PP=2853;SC=TCATAGCTCCCCCTCTCTTTG;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=81;TCR=68;TR=148;WE=137814485;WS=137814467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	137917922	rs4954474	T	A	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,141:0.37:383
chr2	138000226	rs7605259	T	C	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=65;PP=1579;SC=TTGTGGAATGTGAGCACCTTT;SOR=1.266;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=97;WE=138000241;WS=138000216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr2	138030271	rs10182152	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=525;ReadPosRankSum=0.491;SC=TAGACCTACTGTAAATTATAA;SOR=0.366;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=33;WE=138030279;WS=138030261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr2	138163391	rs1551281	T	C	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=46;PP=1334;SC=TAGTGTGCATTTTACTCTTTA;SOR=2.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=58;WE=138163399;WS=138163381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	138169158	rs1463285	T	C	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=18;PP=1168;SC=TTTAATATCTTAATGTCTCTT;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=138169166;WS=138169148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	138208631	rs1453302	G	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=42;PP=1155;SC=AGCTAAAAAAGCTATCCTCAT;SOR=3.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=48;WE=138208639;WS=138208621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	138237038	rs1584435	C	T	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=17;PP=893;SC=CTTCAGGTCCCTGTCAGAATG;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=138237046;WS=138237028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	138420996	rs10206850	A	G	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=769;ReadPosRankSum=1.275;SC=GAGATAATGAAATCAAATGGT;SOR=0.384;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=54;WE=138421004;WS=138420986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,90:0.70:128
chr2	138721942	.	ATTT	A	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	138727607	rs3100702	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=-1.135;SC=ATATAATTGGGACATTTCATG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=138727615;WS=138727597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	139045444	.	TT	AA	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=6;HapScore=4;MGOF=26;MMLQ=25;MQ=55.09;NF=3;NR=0;PP=41;QD=31.4892916207;SC=AACTGTTTTTTTAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=3;WE=139045453;WS=139045434;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,3:0.18:17
chr2	139045972	rs6733578	T	C	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=50;PP=1647;ReadPosRankSum=-0.325;SC=TTCTGCCAGATACCTGTGGTA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=166;TCR=138;TR=110;WE=139045980;WS=139045962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,141:0.32:435
chr2	139046301	rs12691943	A	G	5399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=889;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-3.051;NF=86;NR=89;PP=1963;ReadPosRankSum=-0.447;SC=CCACCATTTCATCGTATCACT;SOR=0.694;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=500;TCF=243;TCR=257;TR=175;WE=139046309;WS=139046291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:569,318:0.36:887
chr2	139046385	rs13382964	G	A	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=56;PP=942;ReadPosRankSum=1.857;SC=CTCCAGCAGGGTCTGCGTGAC;SOR=0.663;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=289;TCF=96;TCR=193;TR=88;WE=139046393;WS=139046375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,106:0.29:360
chr2	139308397	rs148464901	T	TTCTCTC	667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=39.28;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	139429068	rs10803570	G	A	9583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=133;NR=123;PP=2965;SC=TGCTGTCTGCGTACGCCATGG;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=256;TCF=133;TCR=123;TR=256;WE=139429076;WS=139429058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr2	140992337	rs13387241	C	A	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	141004513	rs11895946	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=1;PP=352;SC=AGTGCTTCCTCTTTCAAAAAC;SOR=3.500;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=141004521;WS=141004510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	141004529	rs2129483	A	G	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=5;PP=416;SC=AAAACACCTCAATTGCAGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=141004537;WS=141004519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	141032088	rs1386356	C	T	4289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=52;PP=1679;SC=CTTCATAGCGCGTTGGACAGA;SOR=0.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=89;WE=141032096;WS=141032078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	141113798	rs13017246	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=195;SC=GTATCCCGTAGATACACACCA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=141113806;WS=141113788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	141128977	rs634115	C	T	63.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=42;SC=TACTATATAACGACATTTAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=141128985;WS=141128967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	141260668	rs4444457	A	G	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=88;PP=2514;SC=CACACTGTCGATATCCTAGAG;SOR=1.123;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=48;TCR=89;TR=136;WE=141260676;WS=141260658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	141267744	rs1948051	T	C	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	141283603	rs1352047	T	G	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=41;PP=1380;SC=TACCTCATTTTCAAAGATTAT;SOR=1.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=59;WE=141283611;WS=141283593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	141284041	rs7562323	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=267;SC=AACTCTGGGAAGCCAAACTTG;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=141284049;WS=141284031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	141298467	rs6729619	A	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=757;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TCATGAATACACTAACACAAT;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=33;WE=141298475;WS=141298457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr2	141298674	rs13013854	T	C	7459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.32;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr2	141298682	rs11694934	G	C	6815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	141298749	rs11694970	G	C	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=33;PP=988;SC=TAAACTATTAGACTGCCTCAA;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=141298757;WS=141298739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	141299317	rs9287535	A	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	141359287	rs1441465	C	T	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=75;SC=GCATTTAAGACATACATGTAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=141359295;WS=141359277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	141457962	rs34694228	C	T	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=17;PP=954;SC=CTTGAAATAACGTGGATTCTC;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=141457970;WS=141457952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	141526805	rs144752289	G	A	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=40;PP=1827;SC=TATTCCCACGGCAAATGAAGT;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=141526813;WS=141526795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	141528358	rs73961489	G	A	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=507;SC=TTTTTCTAATGTTTAACTGAC;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=141528366;WS=141528348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	141528443	rs117193300	C	T	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	141528592	rs7599219	T	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=38;PP=892;SC=AGAATGAAAATGAAACAAATT;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=141528600;WS=141528582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	141533646	rs78669171	A	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=282;SC=GACCTGGCACAAATTCATTAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=141533654;WS=141533636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	141533662	rs996361	T	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=7;PP=312;SC=ATTAGTGTGATTTACCTTGCT;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=141533670;WS=141533652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	141598473	rs35745624	A	AT	4612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=18;PP=2403;SC=TTTAAAAAAAAAATCATACTT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=61;WE=141598481;WS=141598463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	141625410	rs12987572	A	C	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=28;PP=852;SC=TGACCTACAGAAAGATAAATA;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=141625418;WS=141625400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	141707694	rs1980343	C	T	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	141709419	rs1429348	T	G	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.883;SC=AGTGAGCATTTGGTACTTGCC;SOR=0.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=70;WE=141709427;WS=141709409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr2	141762830	rs13413663	C	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=6;PP=867;SC=CATTTTAATTCCTTTAGTTTC;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=141762838;WS=141762820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	141771058	rs3791766	T	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=271;SC=AAGATAAATCTTTTATAACTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=141771066;WS=141771048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	141816621	rs1525579	A	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=242;SC=AAAGATGTCTAACCTATAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=141816629;WS=141816611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	141945949	rs1249434	C	T	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=14;PP=891;SC=TCTTTTTAAACGCAAACTTTT;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=141945957;WS=141945939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	142012036	rs9973397	T	G	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=544;ReadPosRankSum=0.773;SC=TGCTTACATTTCTGTTAACTA;SOR=0.760;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=35;WE=142012044;WS=142012026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,54:0.68:79
chr2	142237868	rs4264514	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=528;ReadPosRankSum=1.136;SC=TGATATGCTTGTAGTTGAAAG;SOR=0.739;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=27;WE=142237876;WS=142237858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr2	142356616	.	CCCCCCG	C	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.07;ReadPosRankSum=1.534;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	142356630	rs147283574	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.78;ReadPosRankSum=1.472;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr2	142356635	rs144533069	C	G	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.43;ReadPosRankSum=0.369;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr2	142567738	rs28529494	G	T	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=27.82;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	143787161	rs6429999	C	A	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	143787274	rs6430000	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=9;PP=251;SC=TTACCTAATGCCATTTTTATT;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=16;WE=143787282;WS=143787264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	143913004	rs2580857	T	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=15;PP=983;SC=TCATGGAAAATTGTATGTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=143913012;WS=143912994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	143973860	rs1451805	G	A	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=3;PP=185;SC=GAAAACTTCCGTCACTGCAAT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=143973868;WS=143973850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	144193151	rs11438710	C	CTT	120.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	144194565	rs17230746	C	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=12;PP=327;SC=TAAGTCACTACGACAGTGATA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=144194573;WS=144194555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	144934655	rs5834992	A	AG	368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=4;PP=251;SC=ACAGCACCAAAGGGGAAATCC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=144934663;WS=144934645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	145121339	rs10206546	G	A	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=37;PP=970;SC=TTGACTGCACGCAGTCTAAGT;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=145121347;WS=145121329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	145155414	rs13003631	G	A	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=3;PP=404;SC=TACCATGTTGGCCAGGCTGGT;SOR=2.215;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=145155422;WS=145155404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	145155789	rs112140314	A	AT	106.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=52;SC=TTTCACTAAGATTTTTTTTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=145155797;WS=145155779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	145157858	rs35213774	A	G	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=49;PP=1505;SC=AATTAAAATTACCGTTACATT;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=75;WE=145157866;WS=145157848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	145181758	rs10928212	A	C	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=0;PP=97;SC=ACCACTCAGTATCTTCCCACT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=145181766;WS=145181748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	145255210	rs12691693	T	C	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=8;PP=574;SC=CTTGTAATAATAGCAGAATGA;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=145255218;WS=145255200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	147596973	rs4411641	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=222;SC=CTAAATTTGAATGATAAAATA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=147596981;WS=147596963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	148701099	.	GAAA	G	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr2	149240657	rs5835195	GT	G	1777.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.439;QD=12.61;ReadPosRankSum=-1.985;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,119:0.84:141
chr2	149449185	rs6724787	G	A	12983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=150;NR=128;PP=2965;SC=ATTTGTTTCTGCCAGGCATTT;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=150;TCR=130;TR=278;WE=149449193;WS=149449175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr2	149520214	rs10193313	C	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=238;SC=GCAATGTTTTCTTATATTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=149520222;WS=149520204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	149837739	rs35917197	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=152;ReadPosRankSum=1.378;SC=AGTGGGGTTTCCCATCATCCT;SOR=0.223;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=149837747;WS=149837729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	150069645	rs56171871	C	CGT	1213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.556;NF=6;NR=29;PP=1213;ReadPosRankSum=0.530;SC=CGGTAAGGATCGTGTGTGTGT;SOR=0.706;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=108;TCF=11;TCR=97;TR=35;WE=150069654;WS=150069635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,81:0.29:283
chr2	150320627	rs34341723	TA	T	1001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.428;QD=14.11;ReadPosRankSum=1.193;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,64:0.90:71
chr2	150427516	rs4500908	C	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=4;PP=509;SC=AAGTCTTAATCTATTACCAAA;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=150427524;WS=150427506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	150428849	rs10650419	C	CAAAAAAAAAA	1167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=41.70;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	150432377	rs12232959	C	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=17;PP=549;SC=AATAAACATTCCAGGTAGAAA;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=150432385;WS=150432367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	150432469	rs10932467	G	T	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=222;SC=TAAAATTACTGTGGTATTAGT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=150432477;WS=150432459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	150432976	rs11545261	C	T	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	150433128	rs11680630	C	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=473;SC=TGTTATAAACCTGTCTTCCTT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=150433136;WS=150433118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	150443689	rs4667420	C	G	6513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=77;PP=2837;ReadPosRankSum=0.192;SC=ACAAAACAGACGAGTGATCGA;SOR=0.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=147;WE=150443697;WS=150443679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,251:0.99:253
chr2	150443813	rs4667419	C	T	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr2	151343988	rs56303053	A	AT	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.30;MQRankSum=0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
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chr2	151900390	rs150701043	TAAAAACAAAAAC	T,TAAAAAC	2709.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;QD=41.06;SOR=3.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,41,25:0.62,0.38:66
chr2	152108261	rs4665119	T	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=552;SC=CCACTTTCTTTTCTCTGCAGA;SOR=2.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=27;WE=152108269;WS=152108251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	152109159	rs289885	C	T	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=683;SC=TTGCATTTTCCTTCCTAGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=152109167;WS=152109149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	152117780	rs2271811	T	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=379;ReadPosRankSum=2.757;SC=ATCGTTCTTATTAGCCCTTTT;SOR=0.555;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=32;WE=152117788;WS=152117770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,61:0.33:184
chr2	152117957	rs2271813	T	C	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=865;ReadPosRankSum=-1.064;SC=AGCCTAGTCCTGAGCCTCTGG;SOR=0.934;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=58;WE=152117965;WS=152117947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,97:0.65:150
chr2	152118271	rs55775354	G	A	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.492;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.494;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,75:0.31:240
chr2	152118275	rs56376752	A	G	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.463;QD=10.82;ReadPosRankSum=-1.968;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,79:0.32:246
chr2	152118338	rs35240993	G	GT	1026.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.004;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.879;NF=3;NR=17;PP=424;ReadPosRankSum=-1.723;SC=TTTTGGTTTCGTTTTTTGTTC;SOR=0.593;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=20;WE=152118346;WS=152118328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,61:0.36:169
chr2	152138522	rs3771886	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr2	152139416	rs1048135	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=0.520;SC=TTCATCTGGCGAATGCTCCTT;SOR=0.395;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=14;WE=152139424;WS=152139406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr2	152139493	rs10182245	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=0.213;SC=AATAAATATTATAAGCATAGC;SOR=0.355;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=11;WE=152139501;WS=152139483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr2	152214036	rs144588762	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.680;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr2	152266473	rs2290368	T	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=379;ReadPosRankSum=-1.178;SC=CAGCCGGAGCTGGGAAAGTCG;SOR=0.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=34;WE=152266481;WS=152266463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr2	152266731	rs2290367	T	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=1.953;SC=GAATGTGGCGTGGGCTCAGGT;SOR=0.454;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=11;WE=152266739;WS=152266721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr2	152267072	rs4664045	T	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=353;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TAGCGGAGAGTGGGGCGCTCT;SOR=0.832;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=29;WE=152267080;WS=152267062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,54:0.38:141
chr2	152267672	rs7585604	G	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=170;SC=TTCATTTGCAGGAGTTAGAAA;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=152267680;WS=152267662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	152267721	rs66862523	AT	A	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.302;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	152267897	rs147405197	G	GT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.549;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr2	152273317	.	T	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,11:0.18:60
chr2	152273503	rs6735771	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	152289767	rs72860233	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=176;ReadPosRankSum=0.860;SC=GTTGACTATAGCACTTTATGT;SOR=0.320;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=20;WE=152289775;WS=152289757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr2	152292169	rs34105266	GA	G	605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.107;NF=1;NR=27;PP=358;ReadPosRankSum=-0.043;SC=TTTGAAGTAGGAAAAAAAAAG;SOR=0.775;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=28;WE=152292177;WS=152292159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr2	152295141	rs16830036	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=321;ReadPosRankSum=-0.156;SC=AGTGTTAGTCATAGTACGTAG;SOR=0.627;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=25;WE=152295149;WS=152295131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr2	152303171	rs2432941	G	A	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	152311570	rs2444263	G	A	9988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=110;PP=2965;SC=CTCAATCACCGGCATTATTTC;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=79;TCR=110;TR=189;WE=152311578;WS=152311560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr2	152314385	rs16830047	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=-2.057;SC=TAATATTTCTGCACAAGAATA;SOR=0.717;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=37;WE=152314393;WS=152314375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,72:0.51:141
chr2	152314547	rs35044903	C	CA	197.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=0;NR=7;PP=237;SC=TACTTTGATTCAAATAATCTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=152314555;WS=152314537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	152315549	rs2444260	G	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=13;PP=322;SC=CATTGTCAGTGGTGTGGCCTG;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=152315557;WS=152315539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	152318713	rs59316798	TATC	T	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=0.538;SC=ATTGTAAGAATATCATCCGGT;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=2;WE=152318723;WS=152318703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	152320118	rs2123465	G	A	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=57;PP=2419;SC=AGCAGCAACAGTGGAAAATGC;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=120;WE=152320126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	152322095	rs2444257	A	T	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=75;PP=2965;SC=AATGAAAAATAATGAAGAAAT;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=101;TCR=75;TR=176;WE=152322103;WS=152322085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr2	152331418	rs1065177	C	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=23.73;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	152342481	rs16830090	A	G	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=46;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.847;SC=GAAATATTATATGTTGGATTT;SOR=0.993;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=71;WE=152342489;WS=152342471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,102:0.63:161
chr2	152346979	rs1061305	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.858;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,54:0.35:156
chr2	152348842	rs2288193	T	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=483;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GGTGTGACTATATCCCTTTTT;SOR=0.754;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=42;WE=152348850;WS=152348832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,74:0.36:203
chr2	152349026	rs2288195	G	A	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=830;SC=AGGAGAGACCGTGAATGAGTG;SOR=3.086;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=152349034;WS=152349016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	152350462	rs4664455	T	C	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=63;PP=1881;SC=GGGGGAAATGTTATGTTTAAT;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=95;WE=152350470;WS=152350452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	152350903	rs112383145	G	GTA	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.368;NF=0;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=-0.545;SC=ATGGAAAGTAGTATGTTTCCT;SOR=0.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=152350911;WS=152350893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	152352843	rs7575451	C	G	12475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=139;NR=125;PP=2965;SC=GGAGTGACAGCTAAAGGAGTT;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=269;TCF=140;TCR=129;TR=264;WE=152352851;WS=152352833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr2	152353395	rs10497081	T	G	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=815;ReadPosRankSum=-0.067;SC=TGTATTATTTTAAATCATGAA;SOR=1.002;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=129;TCF=88;TCR=41;TR=50;WE=152353403;WS=152353385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,59:0.37:159
chr2	152354453	rs137985656	T	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.644;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.522;NF=15;NR=28;PP=511;ReadPosRankSum=-1.493;SC=GTCAGAGTTATCCATGTTATT;SOR=0.932;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=43;WE=152354461;WS=152354443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,62:0.28:224
chr2	152360136	.	AT	A	48	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=48;QD=37.0;SC=AATAGTAAAAATTTTTACTAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=152360144;WS=152360126;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	152369117	rs13023600	T	C	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=22;PP=1554;SC=CGTGAGCCACTGCACCTGGTG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=79;WE=152369125;WS=152369107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	152374800	rs16830136	G	A	3748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=34;PP=1582;SC=ATGAATGTGCGCCAGAGGAAA;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=93;WE=152374808;WS=152374790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	152382454	rs6721666	C	G	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=14;PP=817;SC=GCCAAGAGACCGGTGGTTGAT;SOR=1.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=45;WE=152382462;WS=152382444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	152383913	rs2288198	T	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	152387553	rs4664475	T	C	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=72;PP=2171;SC=GCAACATGGGTGTGTCGTGGA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=126;WE=152387561;WS=152387543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	152388228	rs60806638	G	C	9082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=81;PP=2965;SC=CCCAGACTTTGTGACAATTTA;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=133;TCR=82;TR=214;WE=152388236;WS=152388218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr2	152388415	rs56026241	AT	A	2768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=58;PP=2324;SC=TTTGATCTAAATTGTGGAAGA;SOR=2.542;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=0;TCR=59;TR=58;WE=152388423;WS=152388405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	152394534	rs3732310	T	G	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=41;PP=1772;SC=TTACCCAAAGTTAATGTAAAT;SOR=0.762;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=85;WE=152394542;WS=152394524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	152396726	rs66541369	T	TA	1601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=16;PP=1572;SC=TTTTTCTCTTTAAAAAAATGT;SOR=2.165;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=54;WE=152396734;WS=152396716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	152402515	rs10687343	T	TA,TAA	1276.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.698;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,29,41:0.35,0.49:83
chr2	152403014	rs4664486	C	T	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	152404294	rs2288201	C	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=30;PP=789;SC=TAGTAGGGGACGACGAGGGCA;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=152404302;WS=152404284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	152409416	rs2288203	C	T	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=66;PP=1902;SC=CTCAACAGACCGAGATGCATT;SOR=1.411;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=96;WE=152409424;WS=152409406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	152409809	rs4575719	C	A	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=10;PP=1040;SC=AGCCACCCCCCAGAGCTGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=152409817;WS=152409799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	152417064	rs2288206	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=14.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.865;SOR=0.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr2	152417311	rs3214502	T	TC	995.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=509;ReadPosRankSum=1.340;SC=TCTCACACACTCCCTACTAAC;SOR=0.477;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=16;WE=152417319;WS=152417301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,41:0.38:107
chr2	152421937	rs7602715	A	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=-2.610;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,30:0.35:86
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chr2	152422087	rs2288211	A	G	4522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=57;PP=1845;ReadPosRankSum=1.650;SC=TAAAGTTAGGATAGTTTTCAA;SOR=0.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=110;TCR=93;TR=124;WE=152422095;WS=152422066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,210:0.64:329
chr2	152424933	rs3214503	T	TA	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.608;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr2	152425692	rs3732312	T	C	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=390;ReadPosRankSum=-1.018;SC=ATGGTTAAGATTGCTGATATT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=25;WE=152425700;WS=152425682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr2	152427249	rs7568873	A	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=20;PP=496;SC=AAGAGCATAGATGAGAATCAT;SOR=1.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=152427257;WS=152427239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	152432886	rs61254943	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=1.666;SC=AGAAAACACAGGTAGAAGCAG;SOR=0.207;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10;WE=152432894;WS=152432876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	152472417	rs62174707	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=513;ReadPosRankSum=0.444;SC=GGAATTGAGACTTATAGGGGT;SOR=1.668;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=27;WE=152472425;WS=152472407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,32:0.74:43
chr2	152473986	.	CA	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.883;QD=3.12;ReadPosRankSum=2.102;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	152474001	rs4303716	A	G	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.205;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	152475938	rs10186656	T	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=221;ReadPosRankSum=-0.336;SC=GCTTTTAACATGCAGAGCTAA;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=14;WE=152475946;WS=152475929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr2	152476028	rs10172023	C	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=591;ReadPosRankSum=0.714;SC=GCAGGCAGATCCATTCATGCA;SOR=0.595;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=42;WE=152476036;WS=152476018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,54:0.36:150
chr2	152481977	rs10186482	A	G	228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=138;SC=GATTAATTTCATAATTCTCAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=152481985;WS=152481967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	152490219	rs6709886	A	G	6796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=71;PP=2900;SC=CGCTCTGGTCAGGCAGGCATG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=161;WE=152490227;WS=152490209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr2	152490458	rs6710212	A	G	6396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=75;PP=2457;SC=AGTTGCTTGCAGTAACCATCT;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=140;WE=152490466;WS=152490448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr2	152496526	rs6713162	A	G	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=55;PP=1563;ReadPosRankSum=0.682;SC=GAGCCAATGGACACCCAGCCA;SOR=0.619;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=145;TCF=58;TCR=87;TR=95;WE=152496534;WS=152496516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,126:0.64:197
chr2	152511778	rs10930723	A	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,39:0.59:66
chr2	152515683	rs75807392	G	A	4289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=90;PP=2046;ReadPosRankSum=0.715;SC=TTGTAGAGATGCTAGGAAAAA;SOR=0.607;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=217;TCF=75;TCR=142;TR=142;WE=152515691;WS=152515673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,204:0.61:335
chr2	152520027	rs12620077	A	G	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1055;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CTTATTATCCAGAGTAAACGC;SOR=0.615;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=126;TCF=82;TCR=44;TR=75;WE=152520035;WS=152520017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,106:0.62:170
chr2	152521096	rs10170273	C	T	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=4.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=-2.779;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,101:0.58:173
chr2	152525453	rs140608564	G	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.145;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=222;ReadPosRankSum=-0.206;SC=ACTGAATTGCGCCCCCTACAA;SOR=1.090;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=20;WE=152525461;WS=152525443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr2	152525471	rs58903550	A	G	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=807;ReadPosRankSum=1.187;SC=CAATTCTCAGAGCAAGAGTTG;SOR=0.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=53;WE=152525479;WS=152525461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,79:0.74:107
chr2	152527572	rs7426114	C	T	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.374;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1095;ReadPosRankSum=0.616;SC=TGAGCCAACACCATGCCCATG;SOR=0.671;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=109;TCR=93;TR=77;WE=152527580;WS=152527562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,150:0.39:389
chr2	152527608	rs34577613	C	T	4450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=63;PP=1717;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GTGAACTTGACGGTATCTGGG;SOR=0.592;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=202;TCF=93;TCR=109;TR=122;WE=152527616;WS=152527598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,213:0.61:348
chr2	152531077	rs6711382	A	G	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=2.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,105:0.28:379
chr2	152531781	rs12618063	C	A	5968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=66;PP=2221;ReadPosRankSum=-0.572;SC=ATTTCACATCCCAGCAAAGAC;SOR=0.803;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=238;TCF=129;TCR=109;TR=149;WE=152531789;WS=152531771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,284:0.61:464
chr2	152536498	rs6735208	T	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.266;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=338;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GCAGGTTGTATTTGTGAATAA;SOR=1.015;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=33;WE=152536506;WS=152536488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,42:0.27:157
chr2	152552062	rs6433569	A	C	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,157:0.32:488
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chr2	152566433	rs12464543	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
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chr2	152684704	rs150910136	A	AC	1272.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=3.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,76:0.29:260
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chr2	152725790	rs143110116	CAG	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.721;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,20:0.10:194
chr2	152729138	rs770609	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=649;SC=CTATAAAGAATTTCAAGAATC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=152729146;WS=152729128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	152827973	rs7567588	A	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.777;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=273;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GACTGCAGCTAGCCATCTGAG;SOR=0.503;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=26;WE=152827981;WS=152827963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,31:0.30:104
chr2	152828281	rs7607341	C	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-4.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=425;ReadPosRankSum=-1.943;SC=GAACATCTCTCTCTTCCCCTG;SOR=0.210;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=71;TCF=15;TCR=56;TR=32;WE=152828289;WS=152828271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr2	152988610	rs5835408	C	CT	4123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.833;NF=10;NR=45;PP=2144;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CTTTTTATTCCTGCACGAAAA;SOR=0.748;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=99;TCF=15;TCR=84;TR=55;WE=152988618;WS=152988600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,132:0.55:241
chr2	152992237	rs12612031	G	A	438.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=249;ReadPosRankSum=2.612;SC=AGCTATAATTGAGTCATTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=152992245;WS=152992227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr2	153000337	rs12617139	T	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr2	153001359	rs142275525	GAT	G	2463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=1078;ReadPosRankSum=1.031;SC=CCCTGGCAAAGATATTTTAAG;SOR=0.499;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=26;WE=153001368;WS=153001347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,67:0.65:103
chr2	153006452	rs13003423	G	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=455;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GAAATCATGAGTTGGAGGAAG;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=23;WE=153006460;WS=153006442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr2	153192324	rs2003332	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.355;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=298;ReadPosRankSum=0.940;SC=CACCCCGTGCCGGGAGCGAGC;SOR=0.118;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=18;WE=153192332;WS=153192314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr2	153378459	rs4664114	T	C	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=48;PP=1315;SC=TTAAACAGAATGCTATGAACC;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=86;WE=153378467;WS=153378449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	153378574	rs4664592	A	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=27;PP=729;SC=TTATGAAAAAAGTAATGAAAG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=153378582;WS=153378564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	153378652	rs4664593	G	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=277;SC=TTGCTTCTGCGACAGAGATAG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=153378660;WS=153378642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	153405594	rs1155779	G	A	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=27;PP=889;SC=AAATTTCTTTGAGAACTAACC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=153405602;WS=153405584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	153405684	rs12468789	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=18;PP=454;SC=TCATACCCAAAGAATTGAGCT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=153405692;WS=153405674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	153415170	rs6705427	A	C	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=8;PP=665;SC=CTGGTGGAAAAAACAAAACTT;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=153415178;WS=153415160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	153415229	.	AT	A	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=2.025;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.759;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,33:0.29:114
chr2	153415244	rs72868279	T	C	3769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.219;QD=27.72;ReadPosRankSum=-1.579;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,134:0.99:136
chr2	153415244	.	T	TC	1197	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=14;HapScore=3;MGOF=16;MMLQ=22;MQ=59.86;NF=16;NR=18;PP=1197;QD=35.2941176471;SC=TTTTTTTTTTTCCCCAACAGA;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=34;WE=153415252;WS=153415219;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:45,34:0.43:79
chr2	153415376	rs6434098	T	G	7913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=83;NR=97;PP=2965;SC=GAATTTTATGTGGTCACAGCA;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=83;TCR=97;TR=180;WE=153415384;WS=153415366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr2	153417325	rs6713836	A	G	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=10;PP=729;SC=AGGAACAGCAAGTTATACATG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=153417333;WS=153417315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	153435288	rs12693407	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=3;PP=416;SC=ATTTATAATGGTGTAAGTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=22;WE=153435296;WS=153435278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	153463984	rs3080598	TAC	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=0.754;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	153475253	rs13413144	A	T	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=143;SC=AAGAATTCCCATTCATATGAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=153475261;WS=153475243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	153476066	rs5835439	G	GCCA	2827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=13.741;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.669;NF=1;NR=51;PP=2460;ReadPosRankSum=2.243;SC=CGCCGCCGCCGCCCCCTCCTC;SOR=2.815;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=52;WE=153476074;WS=153476056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr2	153478931	rs7609122	T	C	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=2;PP=1019;SC=TGTGCCGCCTTGTGAAATGTG;SOR=4.664;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=38;TCR=3;TR=40;WE=153478939;WS=153478921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	153481943	rs2346532	T	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=21;PP=1360;SC=TTCTCTTTGATGTCTTTAGCT;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=153481951;WS=153481933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	153483281	rs9989874	A	C	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=39;PP=1133;SC=GTTTATGATAAAATGAAAATG;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=153483289;WS=153483271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	153492910	rs1561267	G	T	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=28;PP=1305;SC=TCCCCATTGAGTTTCACTGGG;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=72;WE=153492918;WS=153492900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	153497168	rs1465818	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=268;SC=TTCTCTGCAACTGAGCAGAAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=153497176;WS=153497163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	153504552	rs12693429	G	A	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=61;PP=1958;SC=TAGCAAACACGGAAGAATTTT;SOR=1.125;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=92;WE=153504560;WS=153504542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	153514583	rs6713779	G	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=382;SC=AGATACCATTGTTATATAGGT;SOR=1.483;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=153514591;WS=153514573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	153519524	rs1036526	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	153520782	rs3762507	A	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=25;PP=645;SC=GAGAAAAATTATATTTGGAAA;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=153520790;WS=153520772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	153520819	rs3762506	C	A	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=322;SC=GAGAAATAAGCGTCTAACATG;SOR=2.636;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=153520827;WS=153520809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	153529361	rs2304559	T	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=0;PP=408;SC=TTATTAGACATAAAACAACTC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=153529369;WS=153529351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	153535670	rs10166987	C	T	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=27;PP=986;SC=TTAAAATCTACAGAACTGAGA;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=153535678;WS=153535660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	153549814	rs10172024	G	C	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=48;PP=2193;SC=TGGTCACCAAGTGTACACAAG;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=76;TCR=49;TR=122;WE=153549822;WS=153549804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr2	153572438	rs2346548	C	T	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	153576548	.	G	GTCAGTCTTAAATGATTGGCTGCCAATGTTTCATTTCTTTATCATTCCCCTCCCCCCTTTTTTACCCTTTTTTGAATGTGCATGGAATGTAAATTA	5744.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=54.71;SOR=1.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	153576580	.	A	ATTTC	1997	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=59.5;NF=0;NR=39;PP=1997;QD=51.8974358974;SC=CCAATGTTTCATTTATCATTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=39;WE=153576588;WS=153576569;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr2	153577013	rs9646744	G	A	8149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=109;PP=2965;SC=TTATAGTATTGCTTTCCTACC;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=86;TCR=109;TR=195;WE=153577021;WS=153577003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr2	154800874	rs4318348	A	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=2;PP=359;SC=TATGTGTACAATTAATGAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=154800882;WS=154800864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	155099146	rs9288324	G	A	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=139;SC=CATCTTGGTAGTATCTCTGCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=155099154;WS=155099143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	155306885	rs697648	C	T	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=10;PP=591;SC=AAGCTAAAGACGAAATAAGCT;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=155306893;WS=155306875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	157183211	rs35479735	TC	T	4127.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=24;PP=2030;SC=CTGGATTGTCTCCCTCCCTCC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=50;WE=157183219;WS=157183201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	157189011	rs834836	G	C	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	157352742	.	TTTTTA	T	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=1.379;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.871;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr2	157370018	.	GTTT	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,8:0.18:45
chr2	157406249	rs2116665	G	A	9613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=152;PP=2965;SC=GGGAAAGTGCGTGTGAGCGGC;SOR=1.084;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=96;TCR=152;TR=247;WE=157406257;WS=157406239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr2	157406296	rs2116664	A	C	6537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=115;PP=2965;SC=TATGCCAGGTATCTGGGAGGG;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=49;TCR=115;TR=164;WE=157406304;WS=157406286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr2	157425502	.	C	CTT	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=2.203;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr2	157425801	rs67602053	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr2	157426114	rs147508905	ACTGGCAGCAAT	A	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.733;NF=0;NR=5;PP=2594;ReadPosRankSum=1.643;SC=CAGTGACAGAACTGGCAGCAA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=5;WE=157426132;WS=157426104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr2	157427593	rs1469652	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	157427837	rs1469651	C	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=16;PP=467;SC=ACCACAATTCCTATTGTAAAC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=157427858;WS=157427827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	157427850	rs1469650	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=342;SC=TTGTAAACGCGGAATGGCTTA;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=157427858;WS=157427827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	158141079	rs2289941	T	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=163;ReadPosRankSum=-1.787;SC=ATCGTACAAATGCTTTGTTTT;SOR=0.930;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=15;WE=158141087;WS=158141069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr2	158157361	rs3214040	C	T	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=66;PP=2140;SC=TCTATGGCCACGGAGACCACC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=119;WE=158157369;WS=158157351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	158162475	rs3214039	C	T	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=34;PP=992;SC=AGAGAGTCCACCACTAAACAC;SOR=1.318;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=52;WE=158162483;WS=158162465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	158162521	rs3816595	T	G	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=686;ReadPosRankSum=-0.532;SC=GTGTGGGTCCTGCAGTCAACT;SOR=3.750;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=27;WE=158162529;WS=158162511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr2	158165004	rs6728956	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=557;SC=TTAACTGTTGCTAACAAAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=158165012;WS=158164994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	158180784	.	CA	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-1.156;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.197;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr2	158275111	.	TA	T,TAA	402.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,17,25:0.33,0.48:52
chr2	158283710	rs155614	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-0.978;SC=TATTCCTCCAAAGGTAATTGT;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=158283718;WS=158283707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	158284056	rs155613	C	T	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=7;PP=204;SC=AAACGAAATACAAATGTTACA;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=158284064;WS=158284046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	158286954	rs140813062	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=415;ReadPosRankSum=1.990;SC=CTAAAGCTCCGGTGCACTGCC;SOR=0.509;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=73;TCF=59;TCR=14;TR=31;WE=158286962;WS=158286944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr2	158291107	rs70987792	T	TAG	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=4.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=262;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TGTGTGTGCGTAGAGAGAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=158291115;WS=158291097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr2	158291188	rs11904180	A	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=5;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=304;ReadPosRankSum=0.193;SC=GGGAGAGACAAAAAATAATTC;SOR=0.334;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=22;WE=158291196;WS=158291178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr2	158291324	.	ATC	A	500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=38.52;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr2	158291359	rs112348634	T	A	79.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.99;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr2	158291359	.	TCT	ACA	399	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=27;MQ=53.74;NF=2;NR=4;PP=399;QD=75.411312477;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=6;WE=158291369;WS=158291349;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,6:0.33:18
chr2	158291361	rs28752058	T	A	115.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.07;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr2	158390468	rs7594480	T	C	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=758;ReadPosRankSum=-0.222;SC=AGTTGAGATATAGTCTTCTTA;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=59;WE=158390476;WS=158390458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,112:0.56:199
chr2	158390652	.	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr2	158395079	rs7576514	C	G	11034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr2	158400908	rs6728987	C	T	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=970;ReadPosRankSum=-1.796;SC=AACTAAGTACCTCTATCCTCA;SOR=0.822;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=162;TCF=107;TCR=55;TR=68;WE=158400916;WS=158400898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,92:0.43:213
chr2	158401137	rs10432556	T	C	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.289;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=675;ReadPosRankSum=1.206;SC=AACAAGAAAATGTAATTTTGT;SOR=0.997;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=29;TCR=77;TR=54;WE=158401145;WS=158401127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,63:0.46:138
chr2	158412966	.	G	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.057;SC=ATGCACTTATGTTCATTGGTA;SOR=0.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=158412974;WS=158412956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr2	158626980	rs1146031	C	T	8279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=91;PP=2965;SC=CGGCAACATTCTCCCCTTGCC;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=121;TCR=92;TR=212;WE=158626988;WS=158626970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr2	158636910	rs2227861	G	A	4392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=54;PP=1805;ReadPosRankSum=-0.968;SC=AGCACTCCACGGCTTGGCCAG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=148;TCR=108;TR=128;WE=158636918;WS=158636900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,225:0.50:449
chr2	158637136	.	GA	G	145.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.479;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,31:0.23:133
chr2	158637137	rs1866885	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=1.371;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,47:0.32:149
chr2	158655883	rs111834201	C	CAA	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.840;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr2	159028800	rs2222390	A	G	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	159035344	rs3836162	A	AT	1448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.326;NF=8;NR=19;PP=515;ReadPosRankSum=1.732;SC=ACTTAGAAACATTTTTTTTAA;SOR=0.562;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=27;WE=159035352;WS=159035334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,81:0.54:149
chr2	159077019	rs958671	A	C	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,60:0.65:92
chr2	159166069	rs7559772	T	C	5441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=104;PP=2965;SC=AAAGTCTTTCTTATTTTTATT;SOR=1.431;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=54;TCR=105;TR=156;WE=159166077;WS=159166059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
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chr2	159195562	rs61746487	A	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=425;ReadPosRankSum=-0.371;SC=TAAGTCTTTCAAAGACAGTTT;SOR=0.629;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=33;WE=159195570;WS=159195552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,53:0.36:148
chr2	159312776	rs3796107	GA	TT	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=1507;ReadPosRankSum=0.580;SC=GAGTCTTTCAGAAGAGTTATG;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=48;WE=159312785;WS=159312766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,74:0.50:148
chr2	159434492	rs2356188	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=135;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TACATGTTCCGAATAGTTAAA;SOR=0.527;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=11;WE=159434500;WS=159434482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr2	159434727	rs10933494	T	G	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=423;ReadPosRankSum=-1.327;SC=TGAATAGAATTCTGTCTGTTG;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=29;WE=159434735;WS=159434717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr2	159434802	rs72184107	ATC	A	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=2.133;SC=TGAATTTTTCATCTCTCTTAA;SOR=0.515;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=7;WE=159434811;WS=159434792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr2	159534874	rs2356506	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.645;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=186;ReadPosRankSum=1.620;SC=CAGCCTGTTTCTGCCATAGTT;SOR=0.148;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=12;WE=159534882;WS=159534864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr2	159660870	rs17810398	C	T	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.868;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=411;ReadPosRankSum=0.237;SC=AAACAGGATTCGAGAAAACAA;SOR=0.688;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=35;WE=159660878;WS=159660860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,56:0.34:165
chr2	159661077	rs2271663	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CTGGAGGGATCCCTCTGAGAG;SOR=0.399;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=159661085;WS=159661067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	159663599	rs9869	T	C	2977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,146:0.64:228
chr2	159672442	rs10016	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=312;ReadPosRankSum=-0.096;SC=GGTAAATTAAGCAGCTTTTGT;SOR=0.864;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=28;WE=159672450;WS=159672432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr2	159992572	rs35935932	C	T	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=141;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=4;PP=394;SC=CGCGCGCGCGCGTTTAAGGGA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=159992580;WS=159992562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	160019863	rs12466551	A	G	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=42;PP=1572;SC=AAAGATGGAAACCTAAGATTA;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=82;WE=160019871;WS=160019853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	160033174	rs759034	A	G	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=193;SC=CCAGAGAGCCAGACTTGGGTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=160033182;WS=160033164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	160034919	rs4665031	A	G	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=1;PP=677;SC=ACCTTATCCTATTACACGTTT;SOR=3.545;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=27;WE=160034927;WS=160034916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	160035195	rs12988603	C	T	10041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=121;NR=137;PP=2965;SC=TCCTCAGCAACATCTCCCTGA;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=121;TCR=138;TR=258;WE=160035215;WS=160035185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr2	160035207	rs6748288	T	C	10344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=137;PP=2965;SC=TCTCCCTGAATGGCAAGGCCG;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=129;TCR=138;TR=266;WE=160035215;WS=160035185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr2	160073895	rs4665042	G	C	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=15;PP=939;SC=GGTTCAAAGGGGGAGGACATA;SOR=1.697;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=50;WE=160073903;WS=160073885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	160075886	rs146371641	G	GC	9120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=76;PP=2936;SC=GCAGCGTGATGCCCTCAAAGG;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=26;TCR=82;TR=99;WE=160075894;WS=160075876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr2	160076026	rs2303334	C	G	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=40;PP=1250;SC=AGCCACATGCCTGGTATTCCT;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=160076034;WS=160076016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	160076077	rs2303335	T	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=18;PP=644;SC=ATCCGGCCAGTGTCACCCTTC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=160076085;WS=160076067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	160082354	rs12692544	C	T	8349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	160082364	rs34344829	A	G	7814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr2	160082384	rs13419975	T	A	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=58;PP=1697;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TACTGCACAGTCTCCATGTAA;SOR=0.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=94;WE=160082392;WS=160082374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr2	160084224	rs2042494	G	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=12;PP=656;SC=ATGTTCTGTCGTGGGTTTGCA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=160084232;WS=160084214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	160084263	rs2042495	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=20;PP=781;SC=ACGGTGTTCCAGGTGTGGGAG;SOR=0.986;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=49;WE=160084271;WS=160084253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	160084534	rs2288111	A	G	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=96;SC=CTTCTCCAGCAGTGAAGGCCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=160084542;WS=160084524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	160085506	rs72955954	A	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.777;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=566;ReadPosRankSum=0.014;SC=AGTGTTGCTCAGGTGCCTCTC;SOR=0.810;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=34;WE=160085514;WS=160085496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr2	160087535	rs3821301	T	G	5695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=104;PP=2965;SC=CCTTAAGAAATCCCCATTTGT;SOR=1.261;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=56;TCR=106;TR=160;WE=160087543;WS=160087525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr2	160092703	rs72203422	TA	T	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.045;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
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chr2	160114437	rs3213715	G	A	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=53;PP=1549;SC=ATTAATACAAGGTGAGGTTAA;SOR=2.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=65;WE=160114445;WS=160114427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	160116281	rs4665052	A	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.56;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	160132196	rs35620648	A	AC	1289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=20;PP=609;SC=AAACACTGAAACCCCCCCAAA;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=21;WE=160132204;WS=160132186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	160136337	rs174264	G	A	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=26;PP=1039;SC=TTCACTATGCGGACACCTCAT;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=58;WE=160136345;WS=160136327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	160176943	rs174229	A	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=26;PP=772;SC=AAAGAAAACAAATAATTAGAG;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=160176951;WS=160176933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	160182302	rs415793	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,26:0.24:110
chr2	160203934	rs965163	A	C,T	1833.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=13,39;NR=4,11;PP=115,869;SC=ATATTAGGCAAGTAATAAACA;SOR=2.334;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=17,50;WE=160203942;WS=160203924;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.24,0.76:75
chr2	160231108	rs6742788	A	G	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	160239378	rs2302927	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=426;ReadPosRankSum=0.204;SC=TTAAAAGAGCAAAACATGAGT;SOR=0.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=24;WE=160239386;WS=160239368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr2	160241936	rs1469015	A	G	261.22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=0.966;SC=TACCATAAAAACAATAAGATT;SOR=1.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=160241944;WS=160241926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr2	160243183	rs918351	TA	AT	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=44;PP=2506;SC=CATGATTTCGTATCTTCTAAA;SOR=2.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=52;WE=160243192;WS=160243173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	160261721	rs35567166	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=1.922;SC=ATAAAGGATATAATTATTACT;SOR=1.609;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=4;WE=160261737;WS=160261711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	160261729	rs74694096	AC	A	121.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	160285060	rs57144725	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=172;ReadPosRankSum=0.735;SC=ACTCCTCAAACAACCCAAATA;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=10;WE=160285068;WS=160285050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	160285575	rs12473781	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.674;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=155;ReadPosRankSum=0.879;SC=CCCTTTGCTCCGGCTCTTCTG;SOR=1.565;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=12;WE=160285583;WS=160285565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	160285660	rs10754963	T	A	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr2	160289911	rs10187471	A	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.743;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=351;ReadPosRankSum=1.852;SC=AACAAAATGTACCACAAAACA;SOR=0.220;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=24;WE=160289919;WS=160289901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr2	160294779	rs3213791	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CTTTCTCTAATAGTAAAATTC;SOR=0.212;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=7;WE=160294787;WS=160294769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr2	160294842	rs3213790	A	G	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=231;ReadPosRankSum=-0.976;SC=ACTGGTCAATAAACTAGATTC;SOR=0.663;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=19;WE=160294850;WS=160294832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr2	160295297	rs2302923	C	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=631;SC=CGGGTACTTTCAAAGTGTTCT;SOR=3.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=160295305;WS=160295287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	160295732	rs13417010	C	T	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,31:0.26:117
chr2	160304741	rs12470533	A	T	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=677;ReadPosRankSum=-1.039;SC=TCACTTATGTAAATGTGGATA;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=45;WE=160304749;WS=160304731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,56:0.64:88
chr2	160310246	rs10202670	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=359;ReadPosRankSum=0.891;SC=GTGGCTGACCATTGGGAAGGC;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=32;WE=160310254;WS=160310236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,50:0.43:116
chr2	160335315	rs72947590	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=474;ReadPosRankSum=0.134;SC=TTGTATACTTTTAAAAATATA;SOR=0.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=24;WE=160335323;WS=160335305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr2	160585740	rs3821299	C	A	234.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=1.797;SC=ATCCCTAGGGCCACTCTTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=160585748;WS=160585730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr2	160604812	rs1427329	C	T	3718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.429;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=62;PP=1810;ReadPosRankSum=1.766;SC=CTGAAGTTCCCGATAATAGGG;SOR=0.785;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=162;TCF=74;TCR=88;TR=108;WE=160604820;WS=160604802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,169:0.66:257
chr2	160605268	rs1365803	T	C	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.690;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.877;SC=TTGCAGTCCCTCCAGCACTTG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=66;WE=160605276;WS=160605258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,102:0.61:167
chr2	160605489	rs10929950	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
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chr2	160621354	rs5835760	G	GT	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=13;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.091;NF=0;NR=11;PP=120;ReadPosRankSum=1.696;SC=GACATTAGTTGTTTTTTTTTT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=11;WE=160621362;WS=160621344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	160634564	rs5835761	ACC	A	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=783;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTAAAAATAAACCCTTTTATT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=160634573;WS=160634554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	160634582	rs148276105	TAATATC	T	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=845;ReadPosRankSum=-1.068;SC=ATTAGTAGCTTAATATCAATA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=160634595;WS=160634572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr2	160636492	rs56329454	A	G	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=851;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TCTAGAATGGAAAAACACCTT;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=178;TCF=110;TCR=68;TR=60;WE=160636500;WS=160636482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,103:0.35:295
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chr2	160639970	rs2114626	T	C	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=514;ReadPosRankSum=-1.335;SC=TCCAAGTAGATGAAGGACAGT;SOR=0.533;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=40;WE=160639978;WS=160639960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
chr2	160654524	rs2556106	G	T	40.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	160663678	rs7566887	T	C	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=568;ReadPosRankSum=3.565;SC=AATACAACTATGTCTACTGCC;SOR=1.412;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=43;WE=160663686;WS=160663668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr2	160676427	rs12692566	C	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr2	160676445	rs36120198	A	AT	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=334;ReadPosRankSum=1.271;SC=GAGAAGAAACATTTTTTCCTA;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=14;WE=160676453;WS=160676435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,24:0.31:77
chr2	160698700	rs41265133	A	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=1.112;SC=CTCTCTCTCTATATATATATA;SOR=0.441;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=13;WE=160698708;WS=160698690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr2	160710216	rs41264211	A	G	7106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=1.290;SC=TATCTGAAAAACAAGCCAAAC;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=310;TCF=164;TCR=146;TR=206;WE=160710224;WS=160710206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,334:0.64:518
chr2	160711045	rs3951216	G	C	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=49;PP=1533;SC=TTCCAGCACGGTCTAAAGAAG;SOR=1.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=78;WE=160711053;WS=160711035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	160711556	rs975490	T	G	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=68;PP=2102;SC=TATTGTTGAGTCTTGTCCATT;SOR=1.248;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=32;TCR=69;TR=100;WE=160711564;WS=160711546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr2	160729134	rs1397705	A	C	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.740;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=66;PP=2032;ReadPosRankSum=0.933;SC=AATTTGTTTTATGGTATTATC;SOR=1.447;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=90;WE=160729142;WS=160729124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr2	160729186	rs10168271	T	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=29;PP=710;SC=CTGTCACATGTGTGGGCCCCT;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=160729194;WS=160729176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	160734722	rs2292387	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=87;ReadPosRankSum=1.212;SC=GACTCCAATCCTGAAGATCAT;SOR=0.859;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=6;WE=160734730;WS=160734712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr2	160735008	rs2292388	C	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,53:0.28:190
chr2	160737495	rs2729712	A	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=0;PP=304;SC=CTTACCTTTTATTTTCCAGCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=160737503;WS=160737485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	160737560	rs2729711	G	T	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=15;PP=1034;SC=GGTAAAACAGGAAGAATATAA;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=160737568;WS=160737550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	160737621	rs11675155	C	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=375;ReadPosRankSum=0.134;SC=CACAGTTGGGCGTCTTATTGT;SOR=0.760;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=34;WE=160737629;WS=160737611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,54:0.27:199
chr2	160738677	rs16822581	G	A	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=549;ReadPosRankSum=1.353;SC=ACATCTGCTAGAGAATGAATG;SOR=0.966;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=161;TCF=103;TCR=58;TR=45;WE=160738685;WS=160738667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,67:0.26:253
chr2	160742862	rs2271383	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=179;ReadPosRankSum=0.730;SC=CTAAGCTATTGGTGAGTGAGA;SOR=0.440;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=19;WE=160742870;WS=160742852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr2	160760972	rs1397707	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GCTCCAGAGCCCCCCCGCCCC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=160760980;WS=160760962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	160761082	rs6760195	T	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.772;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=0.919;SC=ACTGCGGGGCTGGCGTGCCCG;SOR=0.922;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=15;WE=160761090;WS=160761072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,27:0.23:117
chr2	160805993	rs6726923	C	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=5;PP=779;SC=CATCACCAACCAGACCAGAGG;SOR=3.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=160806001;WS=160805983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr2	160808075	rs3828323	C	T	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=423;ReadPosRankSum=-0.242;SC=GTATTTACACCGTGTCCAGAA;SOR=0.423;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=31;WE=160808083;WS=160808065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr2	160813249	rs3749113	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=-0.539;SC=AATTTTCTTGGGCAGAAAGAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=5;WE=160813257;WS=160813239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr2	160833188	rs2715918	A	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	160840370	rs5835784	AC	A	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=161;SC=TGGGATACTCACCCCTCAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=160840378;WS=160840360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	160843623	rs6757188	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=274;ReadPosRankSum=0.022;SC=CAAATTAAAATAGTGTTGGTC;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=21;WE=160843631;WS=160843613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr2	160872989	rs10563068	GGT	G	1394.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=5;PP=552;ReadPosRankSum=-1.037;SC=AGAAGGGGGGGGTGCGAGGAG;SOR=0.579;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=38;WE=160872999;WS=160872972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,36:0.90:40
chr2	160872991	rs34555459	T	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.218;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,4:0.10:40
chr2	160873021	rs2715939	G	A	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	160873270	rs2667040	A	G	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=63;PP=1911;SC=CTGTGCTGATACCGATGGGCA;SOR=2.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=79;WE=160873278;WS=160873260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	160873294	rs3833577	T	TA	1085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=42;PP=1021;ReadPosRankSum=0.531;SC=GCAATTCTTATAAAAAAAATA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=42;WE=160873302;WS=160873284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr2	160876827	rs1511213	A	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=504;SC=TGCAAAGGAGATAACACCCTG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=160876835;WS=160876817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	160885418	rs35771982	G	C	4885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=54;PP=1944;ReadPosRankSum=0.223;SC=CAGCCAGCGTGTTCATCCAGC;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=108;TCR=81;TR=125;WE=160885426;WS=160885408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,230:0.68:336
chr2	160885442	rs3749117	T	C	5354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.889;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=67;PP=2026;ReadPosRankSum=-0.311;SC=TTGAGGCCCATCCACACCTCC;SOR=0.581;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=199;TCF=99;TCR=100;TR=129;WE=160885450;WS=160885432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,252:0.66:379
chr2	160889673	rs2203053	G	A	5375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=1.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	160898783	rs3792194	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=0.367;SC=ATATATCGAAAGCATTTTTTA;SOR=0.563;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=13;WE=160898791;WS=160898773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr2	160901517	rs4665143	A	G	5680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=76;PP=2965;SC=CCAGGCAACCACTGCCTCCTA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=156;WE=160901525;WS=160901507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr2	160919020	rs3749119	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=0.497;SC=GAAGCGGATCCGTAGCCTCCT;SOR=0.569;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=21;WE=160919028;WS=160919010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr2	160919040	rs11285500	AC	A	1024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=20;PP=775;SC=TCCGCGCCCCACCCCCTCCGG;SOR=2.387;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=160919048;WS=160919030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	160958145	rs7586751	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=125;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CCTATTATTATCTTAAACCAA;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=160958153;WS=160958135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	160958349	rs201103445	GAA	G,GA	751.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.242;HP=12;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=25,25;PP=320,43;ReadPosRankSum=-0.420;SC=TGGTTCCCTGGAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=26,26;WE=160958358;WS=160958339;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.26,0.66:47
chr2	160964057	rs13009231	G	T	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.97;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,38:0.58:65
chr2	160964057	.	GGA	TGG	1484	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=29;NR=3;PP=1484;QD=48.0458710894;SC=CAAAGCTGTTGGAGTCATGGC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=32;WE=160964067;WS=160964047;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr2	160964059	rs13008664	A	G	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.95;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr2	160968743	rs66470452	CA	C	762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=800;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TTAGGTTAAACAAGATTCCAA;SOR=0.634;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=24;WE=160968751;WS=160968733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr2	161028992	rs1037694	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=289;ReadPosRankSum=-1.340;SC=TTTCACCAAGTGTATGTTATT;SOR=0.990;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=15;WE=161029000;WS=161028982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr2	161029218	rs2305818	G	A	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=1007;ReadPosRankSum=-1.927;SC=GGTGGAGGGAGTCATTCCGCC;SOR=0.876;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=73;WE=161029226;WS=161029208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,123:0.60:204
chr2	161138652	rs1870105	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.038;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=414;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TTAAGTTTCAGTTTCCAATTC;SOR=1.382;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=31;WE=161138660;WS=161138642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr2	161169828	rs10929977	C	G	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=585;ReadPosRankSum=-1.506;SC=AAAAGAACAGCTCTACTTTGT;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=36;WE=161169836;WS=161169818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr2	161174693	rs1430	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.23;ReadPosRankSum=-1.116;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
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chr2	161797513	rs1524625	A	G	2802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.235;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.626;SC=TCATGTTTCAAAACACCAGAG;SOR=0.946;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=94;WE=161797521;WS=161797503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,130:0.65:201
chr2	162017769	rs76016690	T	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=423;ReadPosRankSum=-1.511;SC=CCTTGCTATGTAAAGTGGTGT;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=21;WE=162017777;WS=162017759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr2	162175290	rs1116165	T	C	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	162224193	rs58162668	G	GT	2857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=36;PP=2230;SC=TATAAAAGGAGTTTTTATTTT;SOR=0.912;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=58;WE=162224201;WS=162224183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	162224495	rs2303318	A	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=450;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AACTCTCATCATATTACATTT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=23;WE=162224503;WS=162224485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr2	162226758	rs140114478	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=0.147;SC=CAAAGTTATAGATGTTTATCA;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=13;WE=162226766;WS=162226748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr2	162241846	rs62188123	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr2	162247772	rs1921674	C	T	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=315;SC=GATTTAAATTCGAATTTTTGA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=162247780;WS=162247762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	162265270	rs16845844	A	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=485;ReadPosRankSum=1.070;SC=TCTGGTCATCATTATTTTTGG;SOR=0.541;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=35;WE=162265278;WS=162265260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,51:0.66:77
chr2	162274607	rs200480786	ATGTGTG	A,ATGTGTGTGTGTGTGTG	694.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.86;QD=36.56;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,13,6:0.68,0.32:19
chr2	162279850	rs139857158	GCT	G	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=0.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=4.171;QD=0.43;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,40:0.10:417
chr2	162280748	rs890076	G	A	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	162357792	rs149895753	A	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=456;ReadPosRankSum=1.071;SC=AGGAACCTCTATTTTTTTAGC;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=25;WE=162357800;WS=162357782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr2	162728938	rs41265135	A	C	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=47;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CTAAATTACTACTAGAAATTA;SOR=0.861;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=108;TCF=33;TCR=75;TR=65;WE=162728946;WS=162728928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,97:0.63:154
chr2	162730312	rs35292746	T	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=141;SC=AGAATCCCTCTGACAATGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=162730320;WS=162730302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	162757676	rs6754546	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=230;SC=CTCTGAAGTTACTAATGATTG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=162757684;WS=162757666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	162813807	rs10221808	A	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=28;PP=769;SC=CATCATTTAAAATTTTCATTT;SOR=3.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=162813815;WS=162813797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	162873188	rs2970931	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=246;SC=TTATATATAATATGAAATACA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=162873196;WS=162873178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	162876813	rs66494540	G	GTT	343.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr2	162876828	rs35175377	CA	C	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr2	162877028	rs12692646	T	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.62;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	162879452	rs2302873	T	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=44;PP=1247;SC=TATGTTAGTATTTTTCAAGTC;SOR=3.296;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=50;WE=162879460;WS=162879442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	162890175	rs1558957	T	C	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	162890196	rs11437441	C	CA	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=206;ReadPosRankSum=-0.078;SC=TTGGTATTGACAAAAAAAAAA;SOR=0.593;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=17;WE=162890204;WS=162890186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr2	162890217	rs7608798	G	A	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=25;PP=640;SC=AAGTAACATCGTTGCACACAT;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=162890225;WS=162890207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	162891848	rs6432708	C	T	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=54;PP=1568;SC=AAAAAAGACACAAATTGTTCT;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=84;WE=162891856;WS=162891838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	162894766	rs10930040	A	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=533;SC=TAACTATTTTAAAAGCTTATA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=162894774;WS=162894756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	163030336	rs3764917	T	C	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=418;ReadPosRankSum=0.443;SC=TTGCATGTGATGAATGTCATT;SOR=0.700;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=38;WE=163030344;WS=163030326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,64:0.65:99
chr2	163051415	rs1468916	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=22;PP=607;SC=AACATCACTTCTAAGTCACAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=163051423;WS=163051405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	163236275	rs78358420	C	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.570;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=184;ReadPosRankSum=0.071;SC=GAGATCATGGCAAGGAGAATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=163236283;WS=163236265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	163374577	rs113748016	G	A	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=572;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TAGATGAATCGATGACCACCA;SOR=0.803;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=51;WE=163374585;WS=163374567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,90:0.37:242
chr2	163694878	rs4667768	C	G	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	163694886	rs4667769	G	A	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.42;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	164466039	rs3833554	AT	A	2701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=48;PP=1226;ReadPosRankSum=-1.047;SC=CATTCATTACATTTTTTTTTT;SOR=0.845;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=72;WE=164466047;WS=164466029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,136:0.92:148
chr2	165349459	rs1051160	G	A	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=10;PP=1372;SC=TTTTCACATGGTAATGTTTTC;SOR=2.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=60;WE=165349467;WS=165349449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	165353712	rs8192673	C	T	6188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=92;PP=2685;ReadPosRankSum=-0.483;SC=TGACTATGAACAGACATACCC;SOR=0.764;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=263;TCF=125;TCR=138;TR=171;WE=165353720;WS=165353702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,284:0.68:416
chr2	165358672	rs4667463	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=4;PP=451;SC=AGAAAATAACATAAATTATTA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=23;WE=165358680;WS=165358662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	165383686	.	AATATATATATATAT	A	130.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.524;SOR=3.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	165424837	rs17437781	A	G	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=45;PP=2186;SC=TTTTCTGTAGAATTATTGGCG;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=114;WE=165424845;WS=165424827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	165476253	rs61748245	A	T	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=906;ReadPosRankSum=0.712;SC=ACAGATGTAAATGGAGAACAG;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=113;TCR=105;TR=73;WE=165476261;WS=165476243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,140:0.30:467
chr2	165477836	rs10200142	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=214;ReadPosRankSum=0.972;SC=CGGCCGGGGGGCTCGGGCGTC;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=18;WE=165477844;WS=165477826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr2	165477903	rs62173895	G	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=2.657;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	165544450	rs6738627	G	A	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=405;SC=ATGTCTCCACGTAAAATATGC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=165544458;WS=165544440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	165551404	rs17244632	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=557;ReadPosRankSum=1.105;SC=AGCTGTGCCAGTGTCTCTTGT;SOR=0.768;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=157;TCF=96;TCR=61;TR=48;WE=165551412;WS=165551394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,82:0.32:257
chr2	165557318	rs6712203	C	T	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=22;PP=546;SC=TCATTCATCACATGCAATTCT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=165557326;WS=165557308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	165559856	rs35492512	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TTAAATAAGAAGAGGTAAAAG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=165559864;WS=165559846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	165560236	rs17185198	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=-0.308;SC=AGCATTTTTTATACTTACAGA;SOR=0.586;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=16;WE=165560244;WS=165560226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr2	165578581	rs6414069	A	G	4455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	165579065	rs10167778	T	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=189;ReadPosRankSum=0.089;SC=TACTTTTGTATGTGAGGTTGA;SOR=0.527;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=13;WE=165579073;WS=165579055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr2	165584407	rs12692743	C	T	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=445;SC=AACACCTTCACACAAACACAA;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=165584415;WS=165584397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	165586466	rs13392281	T	C	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=472;ReadPosRankSum=0.538;SC=CCAACATTTTTGGCTTTAAAA;SOR=0.967;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=31;WE=165586474;WS=165586456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr2	165586652	rs13432439	C	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=583;ReadPosRankSum=1.454;SC=TTTCATTACCCGTTATTGTTT;SOR=0.633;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=39;WE=165586660;WS=165586642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr2	165586693	rs61553904	T	C	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=3;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=913;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TTGTCTTCAATAGATAAACAA;SOR=0.333;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=29;WE=165586713;WS=165586683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr2	165586705	rs13395130	T	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=732;ReadPosRankSum=1.271;SC=GATAAACAAGTCTACAAGATA;SOR=0.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=24;WE=165586713;WS=165586683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr2	165630100	rs355862	A	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=89;ReadPosRankSum=-1.180;SC=GAGTCCTCAGACATATTAAAA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=165630108;WS=165630097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr2	165630414	rs355864	A	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=851;ReadPosRankSum=1.759;SC=GGGAATAATCATGTTAACATT;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=47;WE=165630422;WS=165630404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr2	165630460	rs355865	T	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=25;PP=577;SC=ATGTGCTTTATGCAATAAAAA;SOR=4.332;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=165630468;WS=165630450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr2	165657066	rs62173958	T	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=-0.975;SC=ATCTCTCTCCTAGGCAGCATA;SOR=0.814;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=22;WE=165657074;WS=165657056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,37:0.35:107
chr2	165657096	rs62173959	G	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=293;ReadPosRankSum=-0.885;SC=TCAAAATTTTGTACTTGAAAT;SOR=0.556;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=21;WE=165657104;WS=165657086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr2	165657142	rs7588491	A	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=2.004;SC=TTCATAATGAACCCAAACTGG;SOR=0.420;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=16;WE=165657150;WS=165657132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr2	165657185	rs355915	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TGGGTGAATGGATAAAGAAAC;SOR=1.646;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=16;WE=165657193;WS=165657175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr2	165698715	rs71028447	A	AG	1021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=17;PP=681;SC=TCCCACCGCTAGGCTGCGCTT;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=165698723;WS=165698705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	165809138	rs10544528	ATG	A	896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.895;NF=19;NR=5;PP=897;ReadPosRankSum=0.290;SC=CAGTTGCAGCATGTGTGTGTG;SOR=0.484;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=24;WE=165809149;WS=165809128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr2	165809426	rs17353791	T	C	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=51;PP=1176;ReadPosRankSum=1.693;SC=AAGTTGCACATAGGACAGAAT;SOR=0.641;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=48;TCR=106;TR=75;WE=165809434;WS=165809416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,81:0.49:165
chr2	165811554	.	GAA	G	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.721;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.340;SOR=1.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr2	166012203	rs3731760	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=709;ReadPosRankSum=0.052;SC=GCCACCACACCCAGCCTATGC;SOR=1.281;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=44;WE=166012211;WS=166012193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr2	166153499	rs7593568	A	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=10;PP=510;SC=TCTAAGTTTTATTTTATGTGT;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=166153507;WS=166153489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	166167166	rs7560348	T	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.857;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-0.586;SC=ATATTATATATAATGGAAATT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=166167174;WS=166167156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	166170127	rs2121371	T	C	6314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=107;NR=58;PP=2965;SC=AACCTAATTATAGCCAGTGTC;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=108;TCR=60;TR=165;WE=166170135;WS=166170117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr2	166172317	rs1838846	A	G	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=108;PP=2965;SC=TTTTTTAAAAAAATATGCCAG;SOR=1.411;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=57;TCR=109;TR=162;WE=166172325;WS=166172307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	166179650	rs1867864	C	T	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.890;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=24;PP=1301;ReadPosRankSum=-1.634;SC=TTTGTTTCTTCTCTTGTTATT;SOR=0.927;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=210;TCF=137;TCR=73;TR=86;WE=166179658;WS=166179640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,136:0.45:300
chr2	166221569	rs3835933	TG	T	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=7.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.127;SOR=0.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr2	166221883	rs67174953	GTATC	G	1282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.76;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	166224047	rs2304010	G	A	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=21;PP=597;SC=AGCAATTTTTGTCACTCTGTC;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=166224055;WS=166224037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	166226581	rs72874371	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=0.163;SC=TTAAGAAATCATCAATTAGAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=9;WE=166226589;WS=166226578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr2	166229922	rs6432821	T	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.07;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	166229922	.	TGGAAATGT	CGGAAATGA,CGGAAATGT	318	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4,4;NR=11,29;PP=162,318;QD=14.3645249908;SC=CTTTGTACCATGGAAATGTCA;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=15,33;WE=166229938;WS=166229912;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:33
chr2	166229930	rs2304014	T	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr2	166234076	rs1864885	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	166514594	rs10803800	A	G	111.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=80;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TGAGTTAACCATTTTCATATT;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=166514602;WS=166514584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	166535918	rs777346	C	T	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=52;PP=1765;ReadPosRankSum=1.040;SC=TGCCTTACACCATGACCCCGG;SOR=0.577;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=204;TCF=97;TCR=107;TR=106;WE=166535926;WS=166535908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,145:0.49:298
chr2	166610972	rs67722214	CA	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.350;NF=10;NR=4;PP=140;ReadPosRankSum=-0.945;SC=GAGTAAAAACCAAAAAAAAAT;SOR=0.903;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=14;WE=166610980;WS=166610962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr2	166611006	rs62174818	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.017;NF=24;NR=7;PP=566;ReadPosRankSum=-1.995;SC=AATTGCCAAACTCAGTCTGAA;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=31;WE=166611014;WS=166610996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr2	166611086	rs41268661	C	T	2478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.020;NF=54;NR=40;PP=1228;ReadPosRankSum=0.542;SC=CAACATCTCACTTGTGCTTGT;SOR=0.682;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=108;TCR=79;TR=94;WE=166611094;WS=166611076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,125:0.49:253
chr2	166618262	rs1968294	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=256;ReadPosRankSum=-3.366;SC=AGAGCTGTTACCTGCTTGGGC;SOR=1.276;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=14;WE=166618270;WS=166618252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr2	166621354	rs2113840	T	C	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	166786351	rs1560596	C	T	2702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=60;PP=1401;ReadPosRankSum=1.372;SC=AACACCCTTTCCCCCATCACA;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=52;TCR=104;TR=91;WE=166786359;WS=166786341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,129:0.57:225
chr2	166788336	rs7592429	T	C	5076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=74;PP=2538;ReadPosRankSum=-0.880;SC=GCATCCAATGTATTTCCCAAG;SOR=0.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=54;TCR=76;TR=127;WE=166788344;WS=166788326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr2	166797646	rs1432273	C	T	12748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=162;NR=145;PP=2965;SC=ATCTGGTTCACAGTCTCCAGG;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=163;TCR=148;TR=307;WE=166797654;WS=166797636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr2	166799596	rs13000534	T	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=3;PP=1050;SC=AATGCCAGTCTACCTTACAGC;SOR=4.461;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=39;WE=166799604;WS=166799587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	166799893	rs10930190	G	A	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	166810161	.	G	GCCCGCTCA	10091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=67;PP=2454;SC=CCGCCCGCCCGCCCGCTCACC;SOR=1.810;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=98;TCF=19;TCR=79;TR=81;WE=166810173;WS=166810151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr2	166810183	.	T	TCACCCGCG	2987	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=24;MQ=61.81;NF=16;NR=67;PP=2987;QD=20;SC=GCTCACCCGCTCACCCGCTCA;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=141;TCF=41;TCR=100;TR=83;WE=166810193;WS=166810173;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:58,83:0.59:141
chr2	166810373	rs1347041	A	G	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=51;PP=1622;SC=TCGGAGGGAGAGGCGGGCCTG;SOR=1.382;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=79;WE=166810381;WS=166810363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	166810433	rs5836068	GT	G	1061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=22;PP=1031;SC=GGACCCGGAGGTGAGGGCTGC;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=166810441;WS=166810423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	166854515	rs73969742	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=315;ReadPosRankSum=1.404;SC=AATTTTCTATCTCAGTGGGAG;SOR=0.463;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=21;WE=166854523;WS=166854505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr2	166892444	rs34673057	TAAA	T	298.90	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	166892448	rs114707732	A	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.143;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.126;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr2	166892788	rs2298771	C	T	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=36;PP=1067;ReadPosRankSum=-0.362;SC=CCAATTTCTGCTGTATGATTG;SOR=0.713;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=69;WE=166892796;WS=166892778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,106:0.49:217
chr2	166893081	rs7601520	G	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=455;ReadPosRankSum=0.092;SC=TTACACCAATGTAGGGAAGAG;SOR=1.402;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=26;WE=166893089;WS=166893071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr2	166894230	rs2020318	T	C	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.506;NF=59;NR=31;PP=1363;ReadPosRankSum=3.469;SC=GTTACATATGTATACATGTGC;SOR=0.624;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=181;TCF=121;TCR=60;TR=90;WE=166894238;WS=166894220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,108:0.47:229
chr2	166895913	rs199995171	CTT	C	601.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=-2.484;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr2	166896143	rs2126152	T	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr2	166897864	rs6432860	A	G	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=786;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GGTCCATCACAACCAGGTTGA;SOR=0.847;SbPval=0.66;Source=Platypus;TCF=63;TR=61;WE=166897872;WS=166897854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,96:0.50:193
chr2	166897989	rs11394960	G	GA	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.984;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.247;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr2	166900606	rs6753355	A	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.065;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=539;ReadPosRankSum=-0.843;SC=TAATATGGACATTTGAATGTG;SOR=1.402;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=28;WE=166900614;WS=166900596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr2	166903188	rs538921	A	C	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=896;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TTCCTCATACAACCACCTGCT;SOR=0.741;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=132;TCF=89;TCR=43;TR=60;WE=166903196;WS=166903178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,92:0.40:232
chr2	166903228	rs6432861	C	T	2924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,154:0.45:343
chr2	166903445	rs7580482	T	C	3995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.425;NF=49;NR=60;PP=1725;ReadPosRankSum=1.081;SC=AAATGACCAATACAAAAAATA;SOR=0.755;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=209;TCF=97;TCR=112;TR=109;WE=166903453;WS=166903423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,195:0.51:384
chr2	166904346	rs1461193	G	A	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=45;PP=997;ReadPosRankSum=-0.965;SC=ACTATGCTATGATATTGCCTA;SOR=0.481;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=141;TCF=39;TCR=102;TR=64;WE=166904354;WS=166904336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,100:0.48:208
chr2	166905375	rs1542484	A	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=468;ReadPosRankSum=2.603;SC=ATACACAGATACACACAAATT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=36;WE=166905383;WS=166905365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
chr2	166905480	rs994399	G	A	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=466;ReadPosRankSum=-1.974;SC=AAAGAAAGTCGTATGATGAAC;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=36;WE=166905488;WS=166905470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr2	166905572	rs1542483	T	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=-0.351;SC=TTAAATATATTATTCATTCAA;SOR=0.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=11;WE=166905580;WS=166905562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	166909544	rs3812718	C	T	4124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=1.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,208:0.52:399
chr2	166909559	rs3812719	C	A	3376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=78;PP=1869;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CTGGAATTACCGAAATAGTTT;SOR=0.666;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=211;TCF=67;TCR=144;TR=116;WE=166909567;WS=166909549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,159:0.53:299
chr2	166915335	rs10930201	C	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=184;ReadPosRankSum=2.063;SC=TCTAAAGTGCCCCATGAAAAC;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=166915343;WS=166915325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	166930214	rs566839	T	A	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=25;PP=772;SC=TTTTAAAGAGTGGACTAAGAG;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=166930222;WS=166930204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	167056428	rs4303728	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr2	167060449	rs10180721	A	T	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=17;PP=1054;SC=AAAATCTGAAAAATAAATATT;SOR=1.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=167060457;WS=167060439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	167060980	rs77944059	GAAAC	G	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=10;PP=477;SC=CCAAGGTAAAGAAACAAACAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=167060991;WS=167060970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	167085124	rs10199799	T	G	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=5.090;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.52;ReadPosRankSum=1.028;SOR=1.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr2	167085141	rs58519838	CTT	C	6979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=33;PP=2950;SC=TAAAGAATAACTTATATCCTT;SOR=2.114;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=91;WE=167085150;WS=167085131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr2	167090042	rs722204	G	A	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=17;PP=507;SC=AGTCAATTCTGAAACTCACTA;SOR=1.002;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=29;WE=167090050;WS=167090032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	167099158	rs6746030	A	G	11240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=168;PP=2965;SC=GAGAACCTCCATACACAACCT;SOR=1.139;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=255;TCF=86;TCR=169;TR=254;WE=167099166;WS=167099148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr2	167162277	rs4429487	G	A	12310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr2	167163043	rs9646771	T	C	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=41;PP=1867;SC=TCCAGTCCGGTGGGTTATTCA;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=106;WE=167163051;WS=167163033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	167163199	rs9646772	A	T	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=39;PP=1039;SC=AACTTTTCCTAAGAAAAAAAT;SOR=1.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=167163207;WS=167163189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	167163372	rs4583483	TC	CA	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=811;SC=CCAGAGTCTTTCAAGGTGCAA;SOR=2.200;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=167163381;WS=167163362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	167163663	rs4447616	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=233;SC=GTTTACCTTTCTACATGGCAG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=167163671;WS=167163653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	167168093	rs6432901	C	T	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	167279922	rs6738031	C	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=20;PP=624;SC=TTCTCTGATCCATATATATAT;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=167279930;WS=167279912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	167284520	rs3748895	T	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=415;ReadPosRankSum=-2.084;SC=ACTGAAACTTTCTACTATGTG;SOR=0.509;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=22;WE=167284528;WS=167284510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr2	167313313	rs200713564	AATATATATAT	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	167322522	rs7593452	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=534;ReadPosRankSum=0.708;SC=ATTTGTTTTCGAAATAATGTA;SOR=1.083;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=32;WE=167322530;WS=167322512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr2	167327064	rs12992062	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=-2.137;SC=GGGAAGTTCAAGTGAATACAT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=167327072;WS=167327054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	167328750	rs2293567	C	T	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=23;PP=2322;SC=AAAATCTTTGCAGACGTCAAT;SOR=2.283;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=86;TCR=23;TR=109;WE=167328758;WS=167328740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	167334085	rs7565062	G	T	3749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.035;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.175;NF=44;NR=39;PP=1551;ReadPosRankSum=0.296;SC=CAAATCAGGAGTTGGCTTTAA;SOR=0.114;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=83;WE=167334093;WS=167334075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,147:0.99:149
chr2	167334224	.	C	CA	741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.423;NF=1;NR=14;PP=387;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TTTGTACCTGCAAAAAATTCT;SOR=0.844;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=15;WE=167334232;WS=167334214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr2	167759948	rs7599152	C	T	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=39;PP=1751;SC=GAGTGTATCACTGATAAAAGG;SOR=0.973;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=98;WE=167759956;WS=167759938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	167760451	rs5836125	AG	A	1548.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.072;NF=0;NR=30;PP=1134;ReadPosRankSum=0.172;SC=TTCCTTGCCTAGCCTACCATT;SOR=0.826;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=63;TCF=0;TCR=63;TR=30;WE=167760459;WS=167760441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr2	168105701	rs141843026	G	A	3981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.288;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=50;PP=1721;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TCCCTATCTGGAATTGATTCA;SOR=0.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=151;TCR=110;TR=118;WE=168105709;WS=168105691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,193:0.51:378
chr2	169103796	.	C	CGCCGGG	685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=40.34;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	169487610	rs11347055	GT	G	463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=258;SC=CTATATCCTGGTTTTTTTTTT;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=169487619;WS=169487600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	169487668	rs4667585	A	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=205;SC=CAGGCTTCCTAAGAATTATTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=169487676;WS=169487658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	169674655	rs830026	T	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	169674663	rs830025	A	T	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	169674764	rs830024	C	G	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=23;PP=773;SC=CCTGTGCTCGCGAACTCCTCT;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=169674772;WS=169674754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	169681151	rs3732031	C	T	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=1.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,172:0.42:407
chr2	169681278	rs11374385	T	TTTTGTTTGTTTG	3898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.53;QD=44.30;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr2	169690729	rs522893	T	C	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=47;PP=2236;SC=GTATGTTTTTTACTCTAGGCC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=114;WE=169690737;WS=169690719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	169707262	rs139707092	AAATTCTCTGG	A	2530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.993;NF=16;NR=16;PP=2981;ReadPosRankSum=-0.443;SC=ATCTCTACTGAAATTCTCTGG;SOR=0.838;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=32;WE=169707279;WS=169707252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,66:0.51:129
chr2	169707428	rs540652	C	T	3960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=57;PP=1769;ReadPosRankSum=-1.006;SC=TACCAAGACACATTCCTTCCT;SOR=0.753;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=281;TCF=143;TCR=138;TR=122;WE=169707436;WS=169707418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,199:0.43:462
chr2	169707552	rs488621	A	G	3623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=64;PP=1644;ReadPosRankSum=0.262;SC=TCCATTTTGCATAACAACTGG;SOR=0.720;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=233;TCF=106;TCR=127;TR=115;WE=169707560;WS=169707542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,181:0.49:370
chr2	169712115	rs58938408	C	CA	287.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.089;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr2	169713084	rs11385898	T	TA	1066.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.265;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=574;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GACTCCGTCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=49;WE=169713092;WS=169713074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,74:0.47:156
chr2	169721377	rs479661	G	A	8936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.89;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr2	169721377	.	GAGGA	AAGGA,AAGGG	1309	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=97,51;NR=56,27;PP=999,1309;QD=6.75667459181;SC=AAAAAAGAAGGAGGATGGTGG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=97;TCR=56;TR=153,78;WE=169721389;WS=169721367;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:153
chr2	169721381	rs3931	A	G	2780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,134:0.50:267
chr2	169727879	rs61598834	G	GA	900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=8;PP=882;SC=ATAAAAACAAGAAAAAAAGAG;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=31;WE=169727887;WS=169727869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	169728069	.	GAAA	G	3846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.226;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.46;MQRankSum=0.433;QD=33.45;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,112:0.97:115
chr2	169730344	rs16856071	A	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=0.021;SC=GTTTTAAAATATATTATAGTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=169730352;WS=169730334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr2	169763148	rs560887	T	C	3496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=55;PP=1360;ReadPosRankSum=2.628;SC=TTGCTTTTTATGCTTGTATCT;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=253;TCF=134;TCR=119;TR=120;WE=169763156;WS=169763138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,192:0.47:405
chr2	169764141	rs2232323	A	C	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=42;PP=1349;ReadPosRankSum=-1.520;SC=CTGGGCACATACCTGAAGACC;SOR=0.699;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=203;TCF=113;TCR=90;TR=98;WE=169764149;WS=169764131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,185:0.53:348
chr2	169764176	rs492594	G	C	4107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=59;PP=1882;ReadPosRankSum=0.094;SC=CCTGTTTGCAGTTGGCTTTTA;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=249;TCF=135;TCR=114;TR=127;WE=169764184;WS=169764166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,205:0.48:428
chr2	169780366	rs579275	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=310;ReadPosRankSum=0.683;SC=GATGCAAAGATGCATGATTGC;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=23;WE=169780374;WS=169780356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr2	169789016	rs497692	T	C	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=55;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CAAGAGCTGTTGCACTCAGTA;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=76;TCR=107;TR=93;WE=169789024;WS=169789006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,131:0.54:244
chr2	169801488	rs853789	A	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.009;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=466;ReadPosRankSum=2.431;SC=AAGATAGTAAACAAGAAAGTA;SOR=1.347;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=27;WE=169801496;WS=169801478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr2	169814347	rs853773	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=169;ReadPosRankSum=-1.231;SC=GAAATTTTTCATTCTTTAGAG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=16;WE=169814355;WS=169814337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr2	169814655	rs853772	G	T	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=392;ReadPosRankSum=-0.106;SC=CAGAGAGAGGGTTATATTAAT;SOR=1.140;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=26;WE=169814663;WS=169814645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
chr2	169824739	rs4148789	T	TA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=1;PP=553;SC=GATGAGAAGCTAACCAAAAAC;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=14;WE=169824757;WS=169824729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	169824743	rs2389613	C	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	169824749	rs28405534	C	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.46;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	169826877	rs2193831	C	T	9460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=134;PP=2965;SC=CTTCCCCAGACGGGTTATTGT;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=94;TCR=135;TR=227;WE=169826885;WS=169826867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr2	169828325	rs2241340	A	G	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=4;PP=1360;SC=ATGACCTCTTAGTTTCTCCCA;SOR=3.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=48;TCR=4;TR=52;WE=169828333;WS=169828315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	169830051	rs2389605	C	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=646;SC=TGGTTATTCACTGAACACTGT;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=169830059;WS=169830048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr2	169830328	rs2287622	A	G	5470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=87;PP=2965;SC=TGGTTTAATGACCATGTTGAG;SOR=1.106;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=143;WE=169830336;WS=169830318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	169830443	rs55669065	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=389;ReadPosRankSum=0.153;SC=TGTTGATACTCGGTGTCTGTG;SOR=0.660;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=25;WE=169830451;WS=169830433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr2	169836182	rs368187290	CAAAAAAAAAAA	C	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=9.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.34;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	169842809	rs2287618	T	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=28;PP=671;SC=GAAGACAAAATGCTTGAGTCA;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=169842817;WS=169842799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	169994021	rs369228824	AAG	A	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.194;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,35:0.21:163
chr2	169997051	rs990626	G	A	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,54:0.60:90
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chr2	170010985	rs2075252	T	C	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=28;PP=800;ReadPosRankSum=2.664;SC=CCTATGTCCTTGGGATCCCAA;SOR=0.672;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=151;TCF=93;TCR=58;TR=70;WE=170010993;WS=170010975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,114:0.44:260
chr2	170025083	rs2229268	A	G	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.03;MQRankSum=-0.886;NF=50;NR=43;PP=1252;ReadPosRankSum=1.576;SC=AACCATCGCCACAGTCATCAT;SOR=0.784;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=204;TCF=104;TCR=100;TR=93;WE=170025091;WS=170025073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,159:0.44:359
chr2	170025198	rs143342962	GA	G	1057.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.280;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.085;NF=2;NR=33;PP=756;ReadPosRankSum=-1.311;SC=TGCCATGGGGGAAAAAAACAT;SOR=1.037;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=5;TCR=78;TR=35;WE=170025206;WS=170025188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,62:0.47:133
chr2	170029800	rs17848190	T	C	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=35;PP=825;ReadPosRankSum=-0.304;SC=CATTGTCACATTGAGGTTGTG;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=55;WE=170029808;WS=170029790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,75:0.46:162
chr2	170030821	rs2075250	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=55;ReadPosRankSum=1.754;SC=TACTACTACATGGAGCACTTC;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=6;WE=170030829;WS=170030811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr2	170050472	rs2075248	T	C	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=648;ReadPosRankSum=0.459;SC=GACAAGCTGGTTGTAGCATGG;SOR=0.962;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=35;WE=170050480;WS=170050462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,55:0.51:107
chr2	170053505	rs2228171	C	T	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=41;PP=945;ReadPosRankSum=0.946;SC=CGCCCAGATGCGCATTGGAAC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=66;WE=170053513;WS=170053495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,93:0.54:172
chr2	170053580	rs2302696	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.582;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=-0.741;SC=GAGCAAAACACAAGCATGTTC;SOR=0.275;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=22;WE=170053588;WS=170053570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr2	170055255	rs16823023	T	C	2820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=1.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=-2.122;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,140:0.48:292
chr2	170058497	rs16856600	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=396;ReadPosRankSum=-1.551;SC=GGCAAAAAACGCTGCAAAATG;SOR=0.276;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=27;WE=170058505;WS=170058487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr2	170059190	rs2239599	T	C	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=1021;ReadPosRankSum=1.620;SC=CATTCACACATAGCAGGATTC;SOR=0.707;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=147;TCF=96;TCR=51;TR=69;WE=170059198;WS=170059180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,98:0.46:213
chr2	170063783	rs13417389	T	C	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=253;ReadPosRankSum=-2.245;SC=TGAAAGTGCATGCTGATCAAT;SOR=0.677;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=24;WE=170063791;WS=170063773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,33:0.38:87
chr2	170077165	rs3815572	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=0.704;SC=AAACAAATTCCAAAGCACGAT;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=12;WE=170077173;WS=170077155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr2	170082013	rs2075246	A	G	1964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=919;ReadPosRankSum=1.084;SC=CATGGCTCCTACAAAAGAACC;SOR=0.445;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=98;TCF=34;TCR=64;TR=60;WE=170082021;WS=170082003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,91:0.62:146
chr2	170088477	rs2302693	T	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.587;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=321;ReadPosRankSum=1.658;SC=CGTTGTTACCTCTGTTGTTTT;SOR=2.639;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=17;WE=170088485;WS=170088467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr2	170088506	rs2302692	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=-2.583;SC=TTGTTTTCACTGAACTACTCA;SOR=1.371;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=170088514;WS=170088496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	170089824	rs2239596	T	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,59:0.46:128
chr2	170089851	rs2239595	G	A	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,103:0.49:209
chr2	170092288	.	C	T	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=708;ReadPosRankSum=0.196;SC=TTCTGATACTCGTCTGATTTC;SOR=0.744;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=50;WE=170092296;WS=170092278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,65:0.49:133
chr2	170092395	rs2229267	A	G	3513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.976;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,179:0.48:376
chr2	170092655	rs12151603	A	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.324;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=-2.049;SC=AAATAATACAACATCCTGTTT;SOR=0.361;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=17;WE=170092663;WS=170092645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr2	170096018	rs830973	G	A	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=531;ReadPosRankSum=-2.935;SC=AAACTGGCTCGGGTTAGTTCA;SOR=0.546;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=39;WE=170096026;WS=170096008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,76:0.43:178
chr2	170099446	rs831041	T	G	5105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=63;PP=2479;ReadPosRankSum=0.491;SC=TCTGAAACATTCTGGGTATGT;SOR=0.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=327;TCF=196;TCR=131;TR=158;WE=170099454;WS=170099436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,255:0.47:545
chr2	170099473	rs831042	T	C	6134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=86;PP=2236;ReadPosRankSum=0.017;SC=TACGACAGCCTGCTTCATCCG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=379;TCF=206;TCR=173;TR=188;WE=170099481;WS=170099463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,320:0.47:686
chr2	170099895	rs2075255	A	C	8145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=3.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.18;ReadPosRankSum=1.174;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,212:0.47:448
chr2	170099899	rs2075254	G	A	8298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=1.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.43;ReadPosRankSum=0.959;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,225:0.47:476
chr2	170103336	rs831043	T	C	4679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=86;PP=1934;ReadPosRankSum=0.950;SC=CACACTGCTCTGTGGGTGGTT;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=333;TCF=154;TCR=179;TR=163;WE=170103344;WS=170103326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,243:0.48:508
chr2	170103351	rs2075249	G	T	12313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=172;PP=2965;SC=GTGGTTCATTGGTTGGGTCCC;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=136;TCR=173;TR=308;WE=170103359;WS=170103341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr2	170115588	rs2241190	T	C	6117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,324:0.45:721
chr2	170129528	rs830994	G	A	10346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=118;PP=2965;SC=TGTGGCTGAGGACACAGACCT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=128;TCR=118;TR=246;WE=170129536;WS=170129518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr2	170129636	rs830995	A	G	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=83;PP=2267;SC=TATCCAAGACATGAAGCCACT;SOR=1.305;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=43;TCR=83;TR=126;WE=170129644;WS=170129626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	170134191	rs831003	G	C	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=9;PP=1843;SC=ATATTTCTCTGCAGCCATTTT;SOR=3.373;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=76;TCF=65;TCR=11;TR=74;WE=170134199;WS=170134181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	170136129	rs115854094	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=309;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CAAAATTATTATATTTCTTCA;SOR=0.873;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=20;WE=170136137;WS=170136119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr2	170139346	rs831010	C	T	6032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=60;PP=2965;SC=AGAATCTGTTCACTGTTCAGA;SOR=1.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=103;TCR=61;TR=163;WE=170139354;WS=170139336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr2	170139629	rs72878449	A	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.052;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr2	170139639	rs831011	A	G	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=418;SC=ACCCTCTGGAATTAGGCACAG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=170139647;WS=170139619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	170150671	rs2229266	G	A	7764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=896;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.494;SC=AAGCATGTTCGTCACTGCCGT;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=521;TCF=257;TCR=264;TR=233;WE=170150679;WS=170150661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:490,401:0.45:891
chr2	170175334	rs2229263	T	C	3455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=41;PP=1793;ReadPosRankSum=-0.775;SC=CACCCAGGAGTTGGGGATGCA;SOR=0.808;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=95;TCR=67;TR=103;WE=170175342;WS=170175324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,155:0.61:253
chr2	170218816	rs1559013	T	C	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=12;PP=1152;SC=CGAGAGGCTCTGGCTGGGCTC;SOR=1.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=54;WE=170218824;WS=170218806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	170218847	rs1559014	C	G	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=25;PP=1681;SC=CACTGGCCGGCGCTAGGCAGG;SOR=1.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=81;WE=170218855;WS=170218837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	170336024	rs1879466	G	C	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=58;PP=2778;SC=AGCTAGGCCTGCACGGCTGTG;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=85;TCR=58;TR=143;WE=170336032;WS=170336014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	170339003	rs2353187	C	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=1.146;SC=AAACAGAAGACAGGATAGGTA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=170339011;WS=170338993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	170349305	rs77231012	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5539;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=0.454;SC=ACTAACAACTACATATTTTAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=170349313;WS=170349295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	170355944	rs12692909	A	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=0.333;SC=TATACTATAAATACTGTTCTT;SOR=0.223;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=10;WE=170355952;WS=170355934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr2	170371499	rs28763870	T	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=0.924;SC=TCATGATTTATGTCTAAATGA;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=170371507;WS=170371489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr2	170393925	rs2683423	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=1.292;SC=CGGAGTTTTCGCTCTTGTTGC;SOR=0.204;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=11;WE=170393933;WS=170393915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr2	170394487	rs2290005	T	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=-1.034;SC=TACTTTAGAATCAAACTTTGC;SOR=1.382;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=18;WE=170394495;WS=170394477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr2	170396849	rs147055290	T	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=201;SC=AGTGGTTACCTTTGGGTGTGA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=170396857;WS=170396839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr2	170413601	rs2592824	A	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=437;ReadPosRankSum=1.321;SC=CTTCAAAACAACTGGTAGATT;SOR=0.479;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=29;WE=170413609;WS=170413591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr2	170425523	.	A	AC	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.610;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr2	170463551	rs2592813	T	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.686;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr2	170471032	.	C	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=274;ReadPosRankSum=2.474;SC=ATTTTACAACCTGTTTTAAAT;SOR=1.154;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=20;WE=170471040;WS=170471022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,32:0.73:44
chr2	170488454	rs3754921	A	G	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.402;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=591;ReadPosRankSum=-2.067;SC=GTATGTGAATATGTATATTTT;SOR=1.054;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=40;WE=170488462;WS=170488444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,69:0.58:119
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chr2	170493103	rs1050354	T	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=302;ReadPosRankSum=-0.964;SC=CAGAAAAAGATGACAAGTATA;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=18;WE=170493111;WS=170493093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr2	170493863	rs8207	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5031;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=203;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CAGTCAGGACAATGAATTAAA;SOR=0.580;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=14;WE=170493871;WS=170493853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr2	170504672	.	CAAAAAAAAAAAAAAAA	C	1312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.000;QD=35.48;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,35:0.95:37
chr2	170505684	rs3213946	G	A	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=652;ReadPosRankSum=-0.965;SC=ACATTCAGGAGTAATTACCAT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=39;WE=170505692;WS=170505674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr2	170531572	rs11682248	T	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9985;FS=1.983;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=444;ReadPosRankSum=2.364;SC=CAAACACAATTTTTTGTTTTC;SOR=1.358;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=19;WE=170531580;WS=170531562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr2	170531614	rs11688600	A	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=228;SC=ACAGTTTAACATAATAATATG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=170531622;WS=170531604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	170550727	rs11690884	G	T	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=1047;ReadPosRankSum=2.077;SC=CATGCCGGGGGTCCAGAAACA;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=70;WE=170550735;WS=170550717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,125:0.67:187
chr2	170550839	rs3820952	A	G	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=1.060;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,157:0.68:232
chr2	170550956	rs1446901	A	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=334;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CGCCAGCCGTAGCCGAGGAAC;SOR=0.504;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=19;WE=170550964;WS=170550946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr2	170558231	rs11685651	T	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.639;NF=5;NR=11;PP=285;ReadPosRankSum=0.702;SC=GAAAAGTGTATCACTTAAGAT;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=16;WE=170558239;WS=170558221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr2	170558293	rs200739872	AAAAAG	A	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.632;HP=11;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.230;NF=0;NR=7;PP=290;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTTAAAAAAAAAAAAGAGAGA;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=170558305;WS=170558283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr2	170605981	rs4667607	C	T	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=21;PP=1135;SC=ATCTAGTCGGCGGACAAACTA;SOR=1.230;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=61;WE=170605989;WS=170605971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	170606438	.	TATAC	T	280	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=84;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=280;QD=48.0;SC=TATATATATATATACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=170606458;WS=170606428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	170606450	.	C	T	130	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=84;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=130;QD=27.4618687579;SC=TACACACACACATATATGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=170606458;WS=170606428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	170606476	.	CAT	C	263	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=178;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=263;QD=58.0;SC=TATATGTATACATATATATGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=170606485;WS=170606466;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	170606496	.	C	CGCAT	185	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=201;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=5;PP=185;QD=35.8333333333;SC=TGTATATATACGTATGTATAC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=170606504;WS=170606486;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,6:1.00:6
chr2	170606588	.	A	G	25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=116;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=25;QD=29.8856062736;SC=ATATATACGTATGTATGTATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=170606596;WS=170606578;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	170606613	.	CAT	C	102	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5164;HP=2;HapScore=2;MGOF=78;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=102;QD=43.0;SC=TATGTGTATACATATATATGT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=170606622;WS=170606603;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	170606654	.	ATG	A	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=35;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=52;QD=37.5;SC=ATACGTATATATGTGTATATA;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=2;WE=170606666;WS=170606644;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
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chr2	170676227	rs1541776	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=-1.599;SC=GATTTAGAAATATTTTCTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=14;WE=170676235;WS=170676217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
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chr2	170680879	rs3769767	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=0.443;SC=TAACGCGACAGGTGATCTTAG;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8;WE=170680887;WS=170680869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr2	170684593	rs115491675	A	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=446;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GGGCGAGGCGACCCTGGGCCG;SOR=1.022;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=28;WE=170684601;WS=170684583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
chr2	170762487	rs10171268	C	T	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=39;PP=2368;SC=TGATATTTAACATGAATGTGT;SOR=1.406;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=121;WE=170762495;WS=170762477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr2	170762566	rs10194785	A	T	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1057;ReadPosRankSum=0.673;SC=AGCGAGAACTAAACGAGCATG;SOR=0.872;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=270;TCF=144;TCR=126;TR=92;WE=170762574;WS=170762556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,150:0.33:455
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chr2	170782037	rs1461958	C	T	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=540;SC=ATACTATGATCACATCATTAA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=170782045;WS=170782027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	170784004	rs6723655	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=22;PP=582;SC=TTTTGATTAATTTTTTTTCAA;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=30;WE=170784012;WS=170783994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	170784049	rs898851	G	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=296;SC=AAGAACACCAGTTGTGTGCTC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=170784057;WS=170784039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	170785484	rs10165565	G	A	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=20;PP=516;SC=TCAAGCTTTGGTTTTCTTTTC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=170785492;WS=170785474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	170821010	rs10197085	A	G	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=740;ReadPosRankSum=-0.838;SC=TCCTCTGAGGAAACTGGAGGG;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=56;WE=170821018;WS=170821000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,85:0.37:228
chr2	170821289	rs17556553	G	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=288;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TAAGTGCAAAGTTATTGACTC;SOR=0.321;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=18;WE=170821297;WS=170821279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr2	170850738	rs1461959	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=5;PP=633;SC=TGAAATAATTTGAGTTGCTTG;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=27;WE=170850746;WS=170850728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	170865588	rs10205516	G	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=168;SC=TTTAGTGCCTGCTAGGATAAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=170865596;WS=170865578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	170871950	rs16857446	T	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=0.014;SC=AAGTGACATTTTGGTATATTT;SOR=1.371;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=170871958;WS=170871940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr2	170871976	rs13028230	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=0.052;SC=TTTGTCTGTTATATATGATCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=170871984;WS=170871966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr2	170911950	rs6741614	T	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.352;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=462;ReadPosRankSum=0.087;SC=AAAGAAATAATGATTTTTTTT;SOR=0.857;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=39;WE=170911960;WS=170911940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,54:0.34:159
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chr2	170917983	rs35032863	CT	C	3102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.826;HP=12;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.413;NF=3;NR=113;PP=1379;ReadPosRankSum=0.200;SC=TAAGAGGGAGCTTTTTTTTTT;SOR=0.866;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=147;TCF=3;TCR=144;TR=116;WE=170917993;WS=170917973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:26,194:0.88:220
chr2	170929880	rs10202446	G	A	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=13;PP=1120;SC=GACCTTTTATGTAATAGGAAA;SOR=1.946;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=55;WE=170929888;WS=170929870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	171034900	rs72882094	G	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=456;ReadPosRankSum=1.199;SC=GGGCAGTGGAGGGGGATGACA;SOR=0.662;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=33;WE=171034908;WS=171034890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,37:0.39:96
chr2	171070785	rs72885631	T	G	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=18;PP=1143;SC=ATCTGCAAATTTACTACATTG;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=171070793;WS=171070775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	171070810	rs67994603	G	T	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=27;PP=1357;SC=AGTATCAGTCGGCTTTTCTTA;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=77;WE=171070818;WS=171070800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	171071369	rs4667626	C	T	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=62;PP=1819;SC=GTTTTCTTGACGTGTGCAGTT;SOR=1.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=90;WE=171071377;WS=171071359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	171073887	rs2161916	G	A	8123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=104;PP=2965;SC=TTGGCACCCCGTTCTGGATGG;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=92;TCR=104;TR=196;WE=171073895;WS=171073877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr2	171092445	rs1035625	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=401;SC=GGGCCTTTTTAGGACATCTGA;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=171092453;WS=171092435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	171225841	rs4668246	A	G	8727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr2	171243920	rs72874578	C	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TTAACATTCCCCTACCCTCCC;SOR=1.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=14;WE=171243928;WS=171243910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr2	171248778	rs62170829	G	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=648;ReadPosRankSum=-0.561;SC=ACTTCAGGCTGGGCAACAGAG;SOR=0.963;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=39;WE=171248786;WS=171248768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr2	171259308	rs17579757	T	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=351;ReadPosRankSum=-0.678;SC=TCATCCTCTTTAGGTGGGTGT;SOR=1.453;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=21;WE=171259316;WS=171259298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr2	171260708	rs10930425	C	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=1.326;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr2	171260787	rs6736609	G	A	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.132;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=973;ReadPosRankSum=1.160;SC=CATTGATGCTGTACCCGTGGA;SOR=1.167;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=63;WE=171260795;WS=171260777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,95:0.62:153
chr2	171260820	rs6751520	T	C	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=32;PP=1262;ReadPosRankSum=2.022;SC=CCGCCCGCTCTTGGACATGTT;SOR=0.615;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=73;WE=171260828;WS=171260810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,115:0.64:180
chr2	171261021	rs6751781	T	G	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=33;PP=917;SC=TATATGGTGGTTTGTAAGAAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=171261029;WS=171261011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	171264091	rs138990294	T	TGCTCTGGATATGAAA,TGCTCTGGATATGAAAGCTCTGGATATGAAA	1877.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=13,13;NR=1,1;PP=787,1255;SC=CTTTATCTGGTGCTCTGGATA;SOR=3.477;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=14,14;WE=171264099;WS=171264081;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.71,0.29:31
chr2	171264179	rs72876321	C	T	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.12;MQRankSum=0.140;NF=32;NR=26;PP=639;ReadPosRankSum=0.012;SC=TCACCAATGACGGACAGTTGA;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=185;TCF=106;TCR=79;TR=58;WE=171264187;WS=171264169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,81:0.30:272
chr2	171300575	rs17426211	C	A	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1297;ReadPosRankSum=-1.267;SC=CAGATTTGCACCAAATATAGT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=87;WE=171300583;WS=171300565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,141:0.75:188
chr2	171300648	rs4667639	T	A	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=46;PP=1310;SC=AGTTCCCTTCTAGCAGCCCTC;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=71;WE=171300656;WS=171300638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr2	171319997	rs12477518	A	C	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=854;ReadPosRankSum=-0.206;SC=GCTTCCAAAAAGGACTGTCTA;SOR=0.929;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=68;WE=171320005;WS=171319987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,105:0.62:168
chr2	171323280	rs67549561	CTGTGTCCTAAGAT	C	1737.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.927;NF=2;NR=20;PP=2964;ReadPosRankSum=-2.429;SC=CTGGCCATCCCTGTGTCCTAA;SOR=0.643;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=22;WE=171323300;WS=171323270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr2	171323328	rs4359605	T	C	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5376;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=219;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=27;PP=366;SC=AAACATGTAATTGGCTAGTTG;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=171323336;WS=171323318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	171355198	rs6761297	A	G	5431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=65;PP=2301;ReadPosRankSum=-0.778;SC=ATCACTGGGTACTGGGAAAAA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=123;WE=171355206;WS=171355188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr2	171355329	rs6733198	G	C	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=886;SC=AGACTCCAACGTAACAATGGT;SOR=1.503;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=171355337;WS=171355319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	171356274	rs10185178	G	A	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=33;PP=1184;SC=AGATACAAAAGGGTCAGAGAG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=62;WE=171356282;WS=171356264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	171356423	rs9752383	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.926;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	171358211	rs7593940	G	A	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	171358474	rs7608168	T	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=203;SC=TCAGGAGCACTGGAATGAGTC;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=171358482;WS=171358464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	171508490	rs10718459	CA	C	651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=498;SC=GCCCTTTGATCAAAAAAAATT;SOR=2.019;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=23;WE=171508498;WS=171508480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr2	171570488	rs7563812	C	G	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=30;PP=908;ReadPosRankSum=0.502;SC=GCGATCCCCGCGTCCGCAGTG;SOR=0.692;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=57;WE=171570496;WS=171570478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,86:0.70:123
chr2	171573185	rs1134626	G	T	6088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CCGCGCTGCCGCCAGGCTACT;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=108;TCR=160;TR=188;WE=171573193;WS=171573175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,268:0.69:390
chr2	171627676	rs1861462	T	G	5493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr2	171632225	rs17694506	C	T	144.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5165;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=89;ReadPosRankSum=1.221;SC=AGACTTTAGTCCTCTGTGAGC;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=7;WE=171632233;WS=171632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	171632385	rs10626619	C	CTT	2154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=12;PP=792;SC=AAAATAAAAACAATACGAAAT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=171632393;WS=171632375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	171633554	rs17694562	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=1.475;SC=AACAAAATACATACTTAATAC;SOR=0.941;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=171633562;WS=171633544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	171634104	rs55923006	C	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=705;ReadPosRankSum=-2.027;SC=AAGTGTATGTCAGGGACATCA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=33;WE=171634112;WS=171634094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr2	171634347	rs11334749	TA	T	3797.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.06;MQRankSum=0.815;NF=1;NR=51;PP=2109;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CAATTGTTACTATAGATAGAA;SOR=0.900;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=1;TCR=85;TR=52;WE=171634355;WS=171634337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,110:0.61:181
chr2	171634395	rs1065651	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=649;ReadPosRankSum=0.108;SC=GATAAAAATGCAGAAGTATAG;SOR=0.741;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=33;WE=171634403;WS=171634385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr2	171636496	rs55693618	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=0.420;SC=AGAATTATTTCAGTAGAAGTT;SOR=0.199;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=21;WE=171636504;WS=171636486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr2	171654663	rs2287111	A	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=0.283;SC=TCATAGAACTATAAGCAGTCA;SOR=0.293;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=6;WE=171654671;WS=171654653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr2	171678379	rs2241165	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=3;PP=912;SC=GACACCGTTCCATATTTGAAG;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=171678387;WS=171678369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	171678625	rs769404	T	C	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=1.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-2.293;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,120:0.31:385
chr2	171705157	rs35403424	AT	A	2281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;MQRankSum=0.416;QD=17.69;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=1.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,120:0.93:129
chr2	171786169	rs2676158	A	G	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=47;SC=CGACTCGGCCAGGGGGCGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=171786177;WS=171786159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	171786239	rs3770442	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr2	171793357	rs35123411	C	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=1.449;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr2	171818289	rs2557804	G	A	10831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.647;SC=AGATGTGGCTGATAATAACAG;SOR=0.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=108;TCR=174;TR=281;WE=171818297;WS=171818279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,412:1.00:413
chr2	171822466	rs4668356	C	T	26937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=1093;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=272;NR=308;PP=2965;SC=ACGCACCCTCCGACCCTGCCA;SOR=0.799;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=599;TCF=286;TCR=313;TR=580;WE=171822474;WS=171822456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1072:1.00:1072
chr2	171906469	rs3217296	GA	G	2364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.069;NF=2;NR=22;PP=848;ReadPosRankSum=0.436;SC=CTCTGAAAAGGAGAAAAAAAA;SOR=0.784;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=24;WE=171906477;WS=171906459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,72:0.49:147
chr2	171910313	rs11553951	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=0.227;SC=TTTCCAGGTCCTGGATTTTAT;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=15;WE=171910321;WS=171910303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr2	171913207	rs200719254	CAA	C	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.873;QD=11.76;ReadPosRankSum=-1.865;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	171916664	rs2676130	A	T	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=746;SC=AATCAGACAAATCTGTAGATG;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=171916672;WS=171916654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	172016756	rs113416007	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=69;ReadPosRankSum=0.665;SC=TCCGCGGCGCGGGAGAGGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=9;WE=172016764;WS=172016746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr2	172180771	rs10205459	A	G	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=22;PP=880;SC=ATCCACACTCAGTGCATTTTC;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=172180779;WS=172180761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	172187261	.	AT	A	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=0.14;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,38:0.16:233
chr2	172411273	rs10455	G	A	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=35;PP=778;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GAGTTAAACAGTGAAGTAGCA;SOR=0.966;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=50;WE=172411281;WS=172411263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,76:0.62:122
chr2	172549248	rs6433311	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr2	172563922	rs312925	G	A	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TTTAATGATAGAATGCATTCA;SOR=0.791;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=66;WE=172563930;WS=172563912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,82:0.56:146
chr2	172564021	rs312924	A	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=385;ReadPosRankSum=1.883;SC=TGGCATAGAAATTCTCTGTTG;SOR=3.890;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=20;WE=172564029;WS=172564011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr2	172569134	rs5836347	AT	A	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=207;ReadPosRankSum=-1.075;SC=TTTGTTTTCGATTTTTTTTTT;SOR=0.869;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=20;WE=172569142;WS=172569124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr2	172582111	rs35175731	T	TG	156.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.282;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	172582281	rs139032813	A	ATTAC	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=16;PP=1389;SC=GATTCCTTTTATTATGTATTA;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=172582289;WS=172582271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	172644229	rs2292813	T	C	7517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=92;PP=2965;SC=GTGGTAAAGATAGCCACTGAG;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=109;TCR=93;TR=201;WE=172644237;WS=172644219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr2	172650165	rs35565687	C	T	2227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=27;PP=1084;ReadPosRankSum=0.341;SC=TCCCAAGTCCCGGAGCACATT;SOR=0.933;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=145;TCF=85;TCR=60;TR=71;WE=172650173;WS=172650155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,108:0.47:229
chr2	172650382	rs6745143	G	A	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=400;ReadPosRankSum=-0.206;SC=ATCTTGAAAAGAAGGAGGTGA;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=24;WE=172650390;WS=172650372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr2	172690418	rs3736499	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=0.532;SC=ACCACTGCTTCACATTTTAGA;SOR=0.385;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=13;WE=172690426;WS=172690408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr2	172693780	rs3765166	G	A	5189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=95;PP=2356;ReadPosRankSum=0.523;SC=TGCAGCTCCTGTGAGGAAATT;SOR=0.810;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=324;TCF=133;TCR=191;TR=155;WE=172693788;WS=172693770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,262:0.49:530
chr2	172693944	rs3765167	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=164;ReadPosRankSum=1.951;SC=TTCAAAAAGCATGAGCTTTCT;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=11;WE=172693952;WS=172693934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	172709215	rs3770444	G	C	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	172712480	rs2056202	T	C	8262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=74;NR=157;PP=2965;SC=ATATAAAACGTCATTGGCTGG;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=75;TCR=157;TR=231;WE=172712488;WS=172712470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr2	172725301	rs1878583	A	G	14500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=210;PP=2965;SC=CTGGGGTCATATAACGCTCTC;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=357;TCF=146;TCR=211;TR=355;WE=172725309;WS=172725291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,559:1.00:559
chr2	172864845	rs6730085	C	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=545;ReadPosRankSum=-3.543;SC=GGGCGGCGAGCGAGTGCTCGC;SOR=0.790;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=91;TCF=70;TCR=21;TR=34;WE=172864853;WS=172864835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,53:0.40:133
chr2	172865009	rs62183782	T	A	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=1.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,159:0.39:406
chr2	172944748	rs58045367	G	A	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=10;PP=535;SC=TGTGGGGGAAGCACTTGAGGG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=172944756;WS=172944738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	172966250	rs2228184	T	C	6949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.74;ReadPosRankSum=-1.216;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,268:0.99:270
chr2	172967302	rs743605	C	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr2	173292709	rs6744873	A	G	4674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=7.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.72;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,128:0.54:237
chr2	173292713	rs6716540	C	T	4406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=5.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.79;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,112:0.53:212
chr2	173292728	rs6731763	T	C	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.065;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=712;ReadPosRankSum=0.267;SC=CCACCCCCACTGGGGCGCCGG;SOR=0.475;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=38;TCR=78;TR=56;WE=173292736;WS=173292718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,76:0.51:150
chr2	173332115	rs2272499	G	A	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=24;PP=938;ReadPosRankSum=1.273;SC=ACTCAGAGTCGAGGCCATTTG;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=140;TCF=89;TCR=51;TR=67;WE=173332123;WS=173332105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,93:0.48:192
chr2	173334161	rs147116420	T	TATGATTTAGTACC	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=2962;ReadPosRankSum=0.835;SC=ATTTCTGTAATATGATTTAGT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=7;WE=173334169;WS=173334151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	173337495	rs16860497	C	T	3600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1443;ReadPosRankSum=0.320;SC=CCCGTGCATGCGTACAGGCCT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=126;TCR=91;TR=102;WE=173337503;WS=173337485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,183:0.51:357
chr2	173339808	rs11895564	G	A	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=619;ReadPosRankSum=0.093;SC=GTTTGGCATTGCAGTAAAAAA;SOR=0.405;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=41;WE=173339816;WS=173339798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,60:0.48:126
chr2	173340209	rs55867175	A	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr2	173344474	rs1920979	A	G	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=62;PP=2083;SC=TATGGTGAGCATCCCTCTGTC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=110;WE=173344482;WS=173344464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	173344680	rs2293647	A	C	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=1077;ReadPosRankSum=-2.907;SC=CACTGCAATAATGGATCTTTT;SOR=0.792;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=68;WE=173344688;WS=173344670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,109:0.48:225
chr2	173352157	rs2293648	A	T	6036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.213;SC=CCTATTCTGCATATAGAGAAC;SOR=0.593;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=396;TCF=208;TCR=188;TR=198;WE=173352165;WS=173352147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,299:0.48:618
chr2	173352824	rs10930559	C	T	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,108:0.53:205
chr2	173353000	rs138348628	A	AT	2342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.960;NF=1;NR=36;PP=1518;ReadPosRankSum=0.041;SC=AAAAGCTGACATATACTAGGT;SOR=0.695;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=79;TCF=6;TCR=73;TR=37;WE=173353008;WS=173352990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,77:0.53:146
chr2	173353060	rs1319059	G	A	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=35;PP=936;SC=AATAAGCATTGTAAGTAAATC;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=173353068;WS=173353050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	173423645	rs34421489	CT	C	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=7.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=2.035;SOR=0.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr2	173427053	rs10176813	T	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,59:0.56:106
chr2	173428874	rs6433368	C	T	8584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=116;PP=2965;SC=TGCTTTGTCTCCTCCTATGCA;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=93;TCR=116;TR=209;WE=173428882;WS=173428864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr2	173431421	.	C	CA	56.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	173435374	rs13417334	A	G	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.545;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=604;ReadPosRankSum=-1.886;SC=TAAAACTTCAAATAGTGCATA;SOR=0.410;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=91;TCR=29;TR=39;WE=173435382;WS=173435364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr2	173435578	.	C	CT	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=3.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.359;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,54:0.25:215
chr2	173460640	rs12693005	T	C	3735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1155;ReadPosRankSum=1.038;SC=ACGAGGCTGATGACTGGTGCG;SOR=0.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=96;WE=173460648;WS=173460630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,179:0.66:270
chr2	173460803	rs1530864	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr2	173600603	rs76443145	C	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.681;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GGTCGCCAGGCGTCCGGGAGG;SOR=0.411;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=19;WE=173600611;WS=173600593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr2	173600783	rs34574292	C	CG	6881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=58;PP=2098;ReadPosRankSum=0.735;SC=AAAGGTAGCTCGCCGGGGGCC;SOR=0.721;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=76;WE=173600792;WS=173600773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,217:0.99:219
chr2	173609286	rs7604773	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=6.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.095;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,43:0.29:150
chr2	173659913	rs7585729	T	C	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=36;PP=802;SC=ATGCAACTCTTGTAGTATATT;SOR=2.208;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=173659921;WS=173659903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	173679287	rs72908147	C	T	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.410;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=515;ReadPosRankSum=-0.890;SC=ATTTTCAAAACTTGTTTTTGA;SOR=0.318;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=33;WE=173679295;WS=173679277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr2	173679371	rs3754766	C	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=-1.105;SC=GCTCAATTTTCTGTAGTTTGA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=173679379;WS=173679361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr2	173686465	.	TAAAAAAAA	T	933.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;QD=28.29;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr2	173686663	rs2258180	G	T	4735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=71;PP=1951;ReadPosRankSum=0.124;SC=GGATGTCTGAGAACTTTGAGA;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=103;TCR=122;TR=131;WE=173686671;WS=173686653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,225:0.59:380
chr2	173793096	rs3835838	GA	G	1033.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.036;NF=0;NR=23;PP=763;ReadPosRankSum=-3.528;SC=GCATTTTTAGGAATGACGTGT;SOR=0.420;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=23;WE=173793104;WS=173793086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr2	173831934	rs16861098	C	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5034;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=249;ReadPosRankSum=-1.437;SC=TTCTAGTAAACGGAGCTGTGA;SOR=0.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=18;WE=173831942;WS=173831924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr2	173848200	rs59582070	C	CT	2612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.031;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,176:0.71:249
chr2	173861456	rs5010643	G	C	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=46;PP=1374;SC=TCTGACTGTCGTCTTCCCTCC;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=63;WE=173861464;WS=173861446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	173865976	rs3214814	G	GT	3269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.508;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.632;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,179:0.47:381
chr2	173866203	rs2028934	C	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=40;PP=881;ReadPosRankSum=-0.295;SC=CCTCATCACACTGAAATGTGT;SOR=0.810;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=18;TCR=81;TR=48;WE=173866211;WS=173866193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr2	173883523	rs61741759	C	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=787;ReadPosRankSum=-0.138;SC=AGATGAGTTCCGGAGGAGGTA;SOR=0.791;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=48;WE=173883531;WS=173883513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,66:0.52:128
chr2	174068513	rs11899707	G	C	7250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr2	174074353	rs2289398	T	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=437;SC=TTTATTTTGTTATGGTGGGTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=174074361;WS=174074351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	174074407	rs2289396	A	G	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=12;PP=966;SC=TCTCTTAAATATCTCCTTTCT;SOR=1.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=47;WE=174074415;WS=174074397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr2	174228257	rs2278638	C	G	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=200;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TAAATCTGTTCCATCACGCAA;SOR=1.863;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=12;WE=174228265;WS=174228247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr2	174228418	rs4972555	C	T	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=5;PP=1154;SC=ATCAGAAACTCTGAATGTGTC;SOR=3.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=46;WE=174228426;WS=174228408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	174228744	rs1529887	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=527;ReadPosRankSum=1.295;SC=GAAGGGGACCTAGAGGAAACC;SOR=1.034;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=28;WE=174228752;WS=174228734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr2	174230153	rs2288993	C	G	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=32;PP=1171;SC=TTTTGAAGTTCTGTGTTTTGT;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=174230161;WS=174230143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr2	174230983	rs35959156	G	GT	1252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=22.78;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	174231184	rs62175733	C	T	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=735;ReadPosRankSum=-1.171;SC=AGGGGTTGGTCCTGTGGGCTT;SOR=0.585;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=52;WE=174231192;WS=174231174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,101:0.45:222
chr2	174232452	rs139829082	A	AT	1074.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.317;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=722;ReadPosRankSum=-0.221;SC=AAAGTTTCCAATTTTTTCACT;SOR=0.948;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=27;WE=174232460;WS=174232442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,58:0.47:124
chr2	174820750	rs1047640	T	C	5953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=99;PP=2833;ReadPosRankSum=1.422;SC=CTGGACACTGTACCATTTGAT;SOR=0.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=392;TCF=181;TCR=211;TR=182;WE=174820758;WS=174820740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,302:0.44:680
chr2	175201299	rs62174227	C	G	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1185;ReadPosRankSum=-0.092;SC=ACAAGTCGGGCTTCCATTCGA;SOR=0.597;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=172;TCF=80;TCR=92;TR=80;WE=175201307;WS=175201289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,141:0.45:313
chr2	175202174	.	GGGCGGCGGCAGCGGC	G	2769.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.077;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=4.126;NF=7;NR=33;PP=2970;ReadPosRankSum=0.962;SC=AGTGCCGCCCGGGCGGCGGCA;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=23;TCR=102;TR=40;WE=175202209;WS=175202164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,79:0.39:202
chr2	175223296	rs4972650	T	A	228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.80;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	175244756	rs2358666	T	C	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	175245627	rs138237113	TATC	T	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TACACTATGATATCATGTTAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=3;WE=175245637;WS=175245617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	175260355	rs719161	G	T	3400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=47;PP=1614;ReadPosRankSum=-1.229;SC=CCCCATCTTGGAACTGGAACT;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=139;TCR=100;TR=113;WE=175260363;WS=175260345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,173:0.49:356
chr2	175263063	rs10497410	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=5.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,36:0.31:117
chr2	175263218	rs10930660	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=-1.526;SC=TAAAAATATCATAAAGTTATT;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=18;WE=175263226;WS=175263208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr2	175264627	rs59353951	CT	C	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr2	175306804	rs7574442	C	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=374;ReadPosRankSum=-1.838;SC=ATGGCTTTGTCATCACATTTA;SOR=0.766;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=27;WE=175306812;WS=175306794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr2	175318396	rs12614979	G	A	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=8.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-2.800;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr2	175318590	rs12468711	G	T	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=799;ReadPosRankSum=-2.213;SC=CAAATAGTATGTGAGAGTAGA;SOR=0.639;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=40;TCR=87;TR=54;WE=175318598;WS=175318580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,79:0.47:169
chr2	175326258	rs72910819	G	T	3725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=2.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,188:0.50:374
chr2	175335076	rs2358637	G	T	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=7;PP=1117;SC=AATTTTTTTCGACTAAACACA;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=175335084;WS=175335066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	175426750	rs6732100	A	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=434;ReadPosRankSum=-1.880;SC=TTATATTTCTATTGGACAGCT;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=29;WE=175426758;WS=175426740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr2	175436234	rs1044335	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=520;ReadPosRankSum=-2.142;SC=CCCACTTTCCCCCGGGGTTTA;SOR=0.522;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=65;TCF=56;TCR=9;TR=28;WE=175436242;WS=175436224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr2	175436576	rs112447307	A	C	1866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=44;PP=955;ReadPosRankSum=1.605;SC=GAGGCAGAGGAGGCGGCCCGG;SOR=0.698;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=52;TCR=80;TR=74;WE=175436584;WS=175436566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,93:0.51:181
chr2	175436940	rs4972450	G	A	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=54;PP=2061;SC=CCGGTTGTGCGGACTTGATTG;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=110;WE=175436948;WS=175436930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	175439512	rs1367218	T	C	7234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=67;PP=2899;SC=TTCCACAAGATGTGCTCCATC;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=102;TCR=67;TR=169;WE=175439520;WS=175439502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr2	175439681	rs3049897	T	TAA	719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.054;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,56:0.45:124
chr2	175446270	rs13401162	T	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.930;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=471;ReadPosRankSum=-2.510;SC=GTTGTTAAGGTTCTTGGTGAT;SOR=0.230;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=28;WE=175446278;WS=175446260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr2	175613059	rs3816448	A	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=3.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=0.580;SC=CTTTGCATCAACTATGGGCCC;SOR=0.086;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=9;WE=175613067;WS=175613049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr2	175613165	rs2305413	G	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=781;ReadPosRankSum=-1.067;SC=TACTAAGGTGGTCTAGAGGCG;SOR=0.597;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=82;TCF=62;TCR=20;TR=47;WE=175613173;WS=175613155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,54:0.55:98
chr2	175613600	rs2646159	T	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=377;SC=GAGGCAAGCATAAAACTCTGT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=175613608;WS=175613590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	175614908	.	CAAA	C,CA	3442.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=2.183;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.207;QD=21.38;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:25,43,93:0.27,0.58:161
chr2	175622178	rs11327107	TG	T	1342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=1111;SC=GCCACCATCCTGGGTGATTTA;SOR=2.613;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=29;WE=175622186;WS=175622168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	175622220	rs35759748	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.937;NF=24;NR=5;PP=474;ReadPosRankSum=-1.257;SC=ATTCCGAGCGCGCAGCCCTTC;SOR=0.846;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=29;WE=175622228;WS=175622210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr2	175622788	rs2646164	G	A	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=63;PP=1961;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TAGTGTGAACGTTTTTCTCAA;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=106;WE=175622796;WS=175622778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,201:0.99:203
chr2	175622907	rs2600687	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=382;ReadPosRankSum=-0.042;SC=GAGGCTGAGGTGGGTGGATCA;SOR=1.681;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=21;WE=175622915;WS=175622897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr2	175624107	rs34695580	GA	G	1453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.948;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.247;NF=8;NR=26;PP=459;ReadPosRankSum=-0.688;SC=CTTCATCCTGGAAAAAAAAAT;SOR=0.373;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=34;WE=175624115;WS=175624097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,88:0.57:155
chr2	175629021	rs7560774	C	A	3550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=39;PP=1451;ReadPosRankSum=-0.901;SC=GATTTGGGGGCCTCCAGCACT;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=186;TCF=110;TCR=76;TR=98;WE=175629029;WS=175629011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,174:0.52:335
chr2	175666656	rs2646153	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=0.960;SC=ATGCTTTCTCGTAATTCCTTG;SOR=0.123;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=16;WE=175666664;WS=175666646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr2	175677022	rs12613075	C	T	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.909;SC=GCAACCCGCACTGCAAATGGC;SOR=0.618;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=64;WE=175677030;WS=175677012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,85:0.60:142
chr2	175689342	rs149952097	C	CTATA	781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=3;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=407;ReadPosRankSum=2.493;SC=GCCACATATTCTATATATATA;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=22;WE=175689350;WS=175689332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr2	175711942	rs14228	C	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=735;ReadPosRankSum=-0.052;SC=AGCATTCTGCCAGGCAGCACA;SOR=0.887;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=104;TCF=26;TCR=78;TR=53;WE=175711950;WS=175711932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr2	176001037	rs34875693	G	GA	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.72;MQRankSum=1.348;NF=5;NR=5;PP=221;ReadPosRankSum=1.251;SC=GTTTTGTATGGAAAAAAACAC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=10;WE=176001045;WS=176001027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr2	176805795	rs2360059	A	C	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=244;ReadPosRankSum=0.020;SC=GGGCAATATGAGGAAGCCCCA;SOR=0.822;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=21;WE=176805803;WS=176805785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr2	176857749	rs61115910	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=-0.991;SC=CACGGATAGACTTTGGATTTT;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=176857757;WS=176857739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	176947237	rs6758117	C	T	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=752;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CCGGCGCTGGCGCTGCGCGCG;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=44;TCR=71;TR=59;WE=176947245;WS=176947227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,78:0.48:161
chr2	176964904	rs847151	G	A	3828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=65;PP=1883;ReadPosRankSum=-1.474;SC=AGTCTAGCCTGGCTCCTGCAG;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=230;TCF=106;TCR=124;TR=116;WE=176964912;WS=176964894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,180:0.55:328
chr2	176965086	rs35817516	G	A	3787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=60;PP=1601;ReadPosRankSum=1.816;SC=TCTTGCCTGCGACCTTCACTG;SOR=0.592;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=243;TCF=125;TCR=118;TR=116;WE=176965094;WS=176965076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,197:0.46:429
chr2	176988290	rs56007470	C	CGCA	5027.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=48;PP=2708;ReadPosRankSum=1.109;SC=CATTCGCAGCCGCAGCAGCAG;SOR=0.692;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=124;TCF=27;TCR=97;TR=59;WE=176988298;WS=176988280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,133:0.46:287
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chr2	178326838	rs1979059	C	G	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=6.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.36;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
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chr2	178358072	rs1348849	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=311;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TAGACAATTACATAAATGAGT;SOR=1.262;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=21;WE=178358080;WS=178358062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr2	178362537	rs114000397	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TGCTTAAGATATCTGTTTTCT;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=22;WE=178362545;WS=178362527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr2	178362572	rs12468046	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=0.409;SC=TGCACCTATTGTAAGGGTGTT;SOR=0.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=10;WE=178362580;WS=178362562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr2	178364328	.	A	AT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=1.960;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,14:0.17:80
chr2	178378452	rs2364854	T	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=201;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TAAGAAAATGTCAGACTTGAA;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=13;WE=178378460;WS=178378442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	178417142	rs11694988	C	T	8513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.750;NF=93;NR=219;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.534;SC=AGCTTGCAGGCGGAGGACCCG;SOR=0.711;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=493;TCF=142;TCR=351;TR=312;WE=178417150;WS=178417132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,375:0.64:588
chr2	178417225	rs11695035	C	T	3092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.814;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.487;NF=55;NR=69;PP=2255;ReadPosRankSum=-1.341;SC=AGGCCTTGTACAGGGCCTGGG;SOR=0.819;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=210;TCF=99;TCR=111;TR=124;WE=178417233;WS=178417223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,125:0.59:211
chr2	178481818	rs10497497	G	T	7678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-14.997;NF=156;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.127;SC=TACATTTTCCGATTTGGGTCA;SOR=0.648;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=460;TCF=258;TCR=202;TR=270;WE=178481826;WS=178481808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,378:0.53:712
chr2	178494173	rs3830637	G	GGGA	2623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=1422;ReadPosRankSum=0.189;SC=ACACTGGCAGGGGAGGATGAG;SOR=0.872;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=32;WE=178494181;WS=178494163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,68:0.53:128
chr2	178528703	rs13025391	C	T	3033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=63;PP=1459;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GGAAGAACCTCGCTTTATTAC;SOR=0.709;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=72;TCR=125;TR=101;WE=178528711;WS=178528693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,153:0.50:307
chr2	178528789	rs13025904	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=581;ReadPosRankSum=-0.782;SC=TGAACCCTTCGCAAATCACAA;SOR=0.875;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=39;WE=178528797;WS=178528779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr2	178534110	rs2222711	G	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=184;ReadPosRankSum=0.581;SC=TTTCAGGAGTGCTTCCTTAAA;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=13;WE=178534118;WS=178534100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr2	178534324	rs6433687	A	G	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=740;ReadPosRankSum=-1.444;SC=TTAATCTGTGATTATGTGTAG;SOR=0.917;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=57;WE=178534332;WS=178534314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,94:0.45:211
chr2	178540293	rs3770016	A	G	5638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=61;PP=2523;SC=CTTTTGTTGCATTCCTAAACA;SOR=0.927;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=152;TCF=87;TCR=65;TR=148;WE=178540301;WS=178540283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr2	178545713	rs4538242	C	T	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=21;PP=640;SC=ATAAACACATCTATGGGAAAA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=178545721;WS=178545703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	178545736	rs9677333	T	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.833;NF=4;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=0.144;SC=ATAAGACCACTTGAACCAAGT;SOR=0.593;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=10;WE=178545744;WS=178545726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr2	178561947	rs2886424	G	C	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=13;PP=1017;ReadPosRankSum=-1.262;SC=AAGTTTAGCTGGTTTACACAT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=83;TCR=23;TR=61;WE=178561955;WS=178561937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,72:0.60:120
chr2	178565815	rs10201180	T	C	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,79:0.57:139
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chr2	178633945	rs34543540	A	C	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=597;ReadPosRankSum=0.072;SC=CTAGTCCTCCAGCTCCCAATG;SOR=0.711;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=47;WE=178633953;WS=178633935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,73:0.54:134
chr2	178681716	rs1438059	G	C	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=67;PP=1511;SC=TATGAAAGCAGGCAGCCACCA;SOR=2.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=13;TCR=67;TR=80;WE=178681724;WS=178681706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	178764364	rs3037901	A	AAT	185.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.60;ReadPosRankSum=2.200;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr2	178769992	rs2695096	T	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=533;SC=TGCACACTTCTTCTATATGCC;SOR=2.621;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=178770000;WS=178769982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	178936373	rs1435573	T	G	7240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GCAGCAGAGGTGTTCCTGCAT;SOR=0.229;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=81;TCR=88;TR=168;WE=178936381;WS=178936363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,270:1.00:271
chr2	178936614	rs6433711	C	T	13182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=157;PP=2965;SC=AGGGGGATACCGAGGCAGATT;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=326;TCF=167;TCR=159;TR=322;WE=178936622;WS=178936604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr2	178977620	rs2276622	C	G	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=78;PP=2145;SC=GAGTGGGCCTCTTGGACCTCC;SOR=2.176;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=20;TCR=78;TR=98;WE=178977628;WS=178977610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	178986130	rs200909090	TACAC	T	1040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=35.89;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	178986136	rs200763421	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=1.919;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	178986138	rs201783668	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-1.783;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr2	179203797	rs1434087	G	A	9606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=153;PP=2965;SC=GAACTCAGTCGGCACCTAACT;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=99;TCR=154;TR=250;WE=179203805;WS=179203787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr2	179226290	rs1560871	T	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=480;SC=TTAATTAGACTATTACATAGC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=179226298;WS=179226283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	179236831	rs6433724	A	G	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=20;PP=1020;SC=TAAATTACATATGTGGTTTTT;SOR=0.929;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=53;WE=179236839;WS=179236821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	179238507	rs7595571	T	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=16;PP=1035;SC=TGCTTGTGGCTGCCACTTTTT;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=179238515;WS=179238497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	179238841	rs10190530	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=321;SC=CTTTTTGGTGATTACTTTCAT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=179238849;WS=179238831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	179260382	rs2304340	A	G	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=30;PP=901;SC=TTTCTGGGTCAACTGAAAACC;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=179260390;WS=179260372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	179325735	rs17304212	C	T	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=36;PP=2176;SC=TGTCATTTCTCGTTCACAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=111;WE=179325743;WS=179325725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	179363807	rs3214536	A	AT	243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=1;PP=221;SC=GAAAGATTAAATTTTTTTTTG;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=12;WE=179363815;WS=179363797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	179363909	.	A	AT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=3.330;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,23:0.21:107
chr2	179395067	rs56207956	C	G	5216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=58;PP=2361;SC=TATCCTGCAACCCAGTAACAA;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=122;WE=179395075;WS=179395057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	179396766	rs68080670	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,33:0.23:145
chr2	179400585	rs71979618	G	GA	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.347;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.018;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr2	179411215	rs72648254	C	T	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=1038;ReadPosRankSum=0.031;SC=GCATCCAGTTCGGCTTTGGGT;SOR=0.654;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=227;TCF=109;TCR=118;TR=79;WE=179411223;WS=179411205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,115:0.36:317
chr2	179441386	rs67041405	G	A	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.494;SC=ACCTGAGATCGGAAACTGGTG;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=260;TCF=130;TCR=130;TR=86;WE=179441394;WS=179441376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,137:0.33:415
chr2	179444768	rs4145333	C	G	10009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=113;NR=141;PP=2965;SC=TCCAAATTAGCTACTCTGAAG;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=115;TCR=141;TR=254;WE=179444776;WS=179444758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr2	179482347	rs72677235	CTAAG	C	939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=6;PP=875;SC=ATCAAATTCACTAAGTAAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=179482358;WS=179482337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	179515989	rs372356060	T	C	3299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=49;PP=1208;ReadPosRankSum=2.440;SC=GTGGGACTTCTGGCTTTTTGG;SOR=0.457;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=159;TCF=86;TCR=73;TR=100;WE=179515997;WS=179515979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,161:0.65:248
chr2	179516261	rs72650064	G	T	4119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=69;PP=2106;ReadPosRankSum=-1.808;SC=GGCACCTCGGGCACTATAAAA;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=185;TCF=90;TCR=95;TR=128;WE=179516269;WS=179516251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,183:0.66:277
chr2	179518911	rs139167585	TAGC	T	6848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=47;PP=2600;SC=AAGTTATTCTTAGCAGAGGAG;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=52;WE=179518921;WS=179518901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	179548695	rs372078760	AT	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.978;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
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chr2	179566146	rs2251987	T	G	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.37;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr2	179585266	rs2562831	C	T	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=80;PP=2552;SC=TGTTTCTAACCTGCTTTCGAT;SOR=1.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=42;TCR=80;TR=122;WE=179585274;WS=179585256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	179600563	rs2742348	G	A	9395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=124;PP=2965;SC=CAAACTTGTTGGAAGCCTTAC;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=103;TCR=124;TR=226;WE=179600571;WS=179600553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr2	179614952	rs10803917	A	G	7317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=99;PP=2965;SC=ACCAATGCTAACTCTTCTTCC;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=185;WE=179614960;WS=179614942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr2	179615887	rs922984	T	C	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=20;PP=1230;SC=GATTTTCATGTCCTCTCTAGA;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=179615895;WS=179615877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	179615931	rs922985	C	G	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=26;PP=1552;SC=CTTCACTTCTCAAAGTTCTTG;SOR=1.059;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=73;WE=179615939;WS=179615921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	179615994	rs922986	T	C	4641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	179616770	rs58651353	GA	G	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.899;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr2	179618019	rs3754953	T	A	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=79;SC=AACAGAAAACTACATTCCCCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=179618027;WS=179618009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	179620951	rs7585334	C	T	8360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=85;PP=2965;SC=CAATTAACCACCTTCTACACT;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=113;TCR=85;TR=198;WE=179620959;WS=179620941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr2	179621477	rs6433728	C	T	3919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=70;PP=1990;SC=TGGGACTTGGCGGACTCTCTT;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=105;WE=179621485;WS=179621467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr2	179623758	rs2291310	C	T	7912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=70;PP=2965;SC=TACAGCATTACTAGCAACAAA;SOR=0.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=105;TCR=70;TR=175;WE=179623766;WS=179623748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr2	179623939	rs6705594	T	C	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=82;PP=2013;SC=ACCACAAAAATGAGTGGATTT;SOR=1.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=37;TCR=82;TR=119;WE=179623947;WS=179623929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	179629363	rs4894043	T	C	4310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=46;PP=1991;SC=AAAGCGTGTATTCTTGCCCAT;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=102;WE=179629371;WS=179629353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	179629461	rs2291311	C	T	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=42;PP=1329;SC=CCGGATATCACGGCACAGAAG;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=179629469;WS=179629451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	179632710	rs2291313	T	C	9921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=119;PP=2965;SC=AACTGGGAATTACTGGAATGT;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=117;TCR=120;TR=235;WE=179632718;WS=179632700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr2	179633298	rs4471922	G	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=778;SC=CCCATCGTATGGCTATCCCAC;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=33;WE=179633306;WS=179633288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	179634376	rs72125115	GTA	G	651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;QD=31.03;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	179635882	rs4894047	C	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=300;SC=TCTTTTAAAACGATAACGATC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=179635890;WS=179635872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	179639297	rs3816781	C	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	179642425	rs719201	G	A	5882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=69;PP=2902;SC=AACTTATCACGCTTACCATCA;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=91;TCR=69;TR=160;WE=179642433;WS=179642415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	179643886	rs2291302	A	G	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=51;PP=2095;SC=AATTTACATCAAATAGTTATA;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=101;WE=179643894;WS=179643876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr2	179643934	rs2291301	A	G	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=42;PP=1716;SC=GCAAGGAGCTATGATAAATGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=179643942;WS=179643924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	179644035	rs1552280	G	A	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=49;PP=1548;SC=CTTGATTCTTGAATCAAATCC;SOR=1.064;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=179644043;WS=179644025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	179644855	rs10497520	T	C	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=31;PP=1422;SC=TCTCCAACTTTAGGTTCTTGA;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=70;WE=179644863;WS=179644845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	179666830	rs68003004	G	A	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=13;PP=1069;SC=TGTCCTCTGGGGGAGCAGAGG;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=179666838;WS=179666820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr2	179721046	rs17362588	G	A	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr2	179979930	rs2289993	T	C	3948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,185:0.67:275
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chr2	179982125	rs3217565	AAGAT	A	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.932;NF=13;NR=1;PP=609;ReadPosRankSum=0.236;SC=ATTCTTCAACAAGATAGATAA;SOR=0.906;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=14;WE=179982136;WS=179982115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr2	179988395	rs5836671	T	TA	775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.513;QD=15.83;ReadPosRankSum=0.021;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,43:0.88:49
chr2	179989039	rs2289992	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=605;ReadPosRankSum=-0.291;SC=TTACGTGTAGGTAAGTGTTCA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=34;WE=179989047;WS=179989029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr2	179997177	rs3214766	AT	A	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.096;NF=0;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=-1.960;SC=TTGAGATAACATTTTTTAAAG;SOR=0.701;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=9;WE=179997185;WS=179997167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr2	180039068	rs13013868	C	T	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=23;PP=1443;ReadPosRankSum=0.220;SC=AATCCAAAAGCTGTTAAAATA;SOR=0.889;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=139;TCF=102;TCR=37;TR=90;WE=180039076;WS=180039058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,110:0.63:174
chr2	180047746	rs1446673	G	C	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.471;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=671;ReadPosRankSum=-1.322;SC=ACAATAGAAAGAATCATTAGT;SOR=1.292;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=40;WE=180047754;WS=180047736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr2	180047908	rs6757681	T	C	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=43;PP=1273;ReadPosRankSum=2.050;SC=TCCGTCTGTCTTTTCCTCCTA;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=72;WE=180047916;WS=180047898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,109:0.62:175
chr2	180308335	rs10171283	C	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GTCAAGAAATCATTATTTTCA;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=180308343;WS=180308325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	180310560	rs139227051	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=587;ReadPosRankSum=-0.250;SC=ATTCCCAATGCTTTTTTAAAA;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=29;WE=180310568;WS=180310550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr2	180311207	rs2271760	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr2	180448523	rs11695089	A	G	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=11;PP=1318;ReadPosRankSum=0.147;SC=TCTTCCTACTATCCCCATGAT;SOR=1.661;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=108;TCF=84;TCR=24;TR=68;WE=180448531;WS=180448513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,79:0.63:125
chr2	180725481	rs259816	T	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	180835589	rs4894140	A	G	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=37;PP=1512;SC=TATAGCTAAAAGTTAACAGAA;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=66;WE=180835597;WS=180835579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr2	182340714	rs139050637	A	ACT	2056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=29;PP=1504;SC=AACCACCCTCACTCAAAAAAA;SOR=2.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=30;WE=182340722;WS=182340704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	182344846	rs11412304	G	GT	283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=18.92;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	182346544	rs2305590	T	C	132.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=82;SC=TTACATTTAGTGGAATTGGTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=182346552;WS=182346534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	182347072	rs2305588	T	C	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=5;PP=801;SC=TTTCTAATTCTTTCCCTAATT;SOR=3.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=36;WE=182347080;WS=182347062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	182350489	rs17290693	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=4;PP=811;SC=AAGCTCAGTCTGTAGTTTGTC;SOR=2.511;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=36;WE=182350497;WS=182350479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	182350743	rs155103	A	G	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.09;NF=23;NR=52;PP=1577;SC=TCAAATTGGTACTTGATTTCT;SOR=1.315;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=75;WE=182350751;WS=182350733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	182359613	rs165419	G	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=10;PP=260;SC=AGTGAAGTACGTAAAACTGGT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=182359621;WS=182359603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	182374660	rs2305582	A	T	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=192;SC=TAAAAACAAAAATAGATTTAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=182374668;WS=182374650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	182376546	rs1466109	T	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=16;PP=616;SC=ATCGAGAGGGTGTAATGAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=182376554;WS=182376536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	182390107	rs2305580	A	T	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=148;SC=GTATTCTAGAATTTTTTTAAA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=182390115;WS=182390097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	182395345	rs1143676	G	A	6973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=61;PP=2283;SC=GGCATAGTCCGGTTCTTGTCC;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=124;WE=182395353;WS=182395335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr2	182396568	rs56005177	A	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=23;PP=620;SC=AAATTCAGTCATATAGGCAGG;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=182396576;WS=182396558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	182399486	rs7601843	G	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	182399497	rs11418738	A	ATT	996.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.22;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr2	182399514	rs142045243	T	TTGAG	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=7;PP=803;SC=TTTTTGGTTTTTGAGTTTTAT;SOR=1.214;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=182399522;WS=182399504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	182399638	rs2124443	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=10;PP=305;SC=TTGTACTTCTATTGATCTCAT;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=182399646;WS=182399628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	182403792	rs57234957	A	AT	4471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=30;PP=2586;SC=ACTGGTTGACAATAAGCGGTG;SOR=1.295;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=61;WE=182403800;WS=182403782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	182403851	rs10180793	G	A	8058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=75;PP=2965;SC=CTTCCATTAAGTCACCATCTA;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=179;WE=182403859;WS=182403841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr2	182412633	rs139036113	G	GACACACACACACAC	4567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;QD=42.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	182412710	rs56263562	T	C	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=195;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=755;SC=TTCAATTAGATAGTAAGTAAA;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=182412731;WS=182412700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	182412723	rs34890422	C	CGT	942.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=195;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=24;PP=1073;SC=TAAGTAAAAACGTACAATTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=182412731;WS=182412700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	182413238	rs72883670	C	T	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=273;SC=TTTAAAGATACAGGTTATCTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=182413246;WS=182413228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	182413736	rs55741565	C	T	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=222;SC=TTCCCTTTACCTATAACTACA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=182413744;WS=182413726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	182414358	rs12623687	T	C	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=13;PP=642;SC=GAAGAATTCTTACCCATTATA;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=182414366;WS=182414348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	182414522	rs12623737	T	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=10;PP=249;SC=ATGTCATTCTTCAATGTTCAG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=182414530;WS=182414512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	182438716	rs10427195	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=356;SC=ATGCATTTAAATAGTATTTGC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=182438724;WS=182438706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	182468803	rs61750041	T	G	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=419;ReadPosRankSum=-0.094;SC=ATACTTAGAATCACCTGAAAA;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=182468811;WS=182468793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr2	182543455	rs1801262	T	C	5280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=67;PP=2287;SC=GCGTTCATGGTTTCGAGGTCG;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=118;WE=182543463;WS=182543445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr2	182794534	rs1051085	G	A	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=269;SC=TTGTATGTCAGTATTTTTCAT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=182794542;WS=182794524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	182928555	rs1196161	G	C	9161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=127;PP=2965;SC=GTCATGAGTGGTGAATCATGG;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=91;TCR=127;TR=218;WE=182928563;WS=182928545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr2	182981846	rs1882211	G	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=2;PP=540;SC=TGAAAACTTTGCACTCTTTTC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=182981854;WS=182981836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	183033020	rs199755981	GA	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-1.421;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr2	183066377	rs56413404	C	CAAAAA	1777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;QD=36.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	183070619	rs1344773	A	T	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=7;PP=827;SC=CGCATAATTTATTCCTTTCCT;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=183070627;WS=183070609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	183070911	rs55747252	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=19;PP=491;SC=TGAACAGTGAGAATTATGGAA;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=183070919;WS=183070901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	183593697	rs288280	C	T	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=-1.553;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,175:0.71:247
chr2	183597062	rs34818934	T	TG	717.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=1.795;QD=23.92;ReadPosRankSum=-2.203;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr2	183597063	rs34295287	T	TG	717.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.84;MQRankSum=1.656;QD=24.75;ReadPosRankSum=-1.585;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr2	183597318	rs825660	A	G	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.538;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=781;ReadPosRankSum=-2.011;SC=AAAGAAACACATTTAGAAATT;SOR=0.552;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=49;WE=183597326;WS=183597308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,89:0.69:129
chr2	183604507	rs10167605	A	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	183616592	rs3098359	C	T	4276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=90;PP=2880;SC=CTAGATAACTCTGAATCATTA;SOR=1.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=42;TCR=90;TR=132;WE=183616600;WS=183616582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	183616748	rs3115425	G	C	2119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=1028;ReadPosRankSum=-1.129;SC=ATGATGGGGGGGTTTTTTGTG;SOR=0.632;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=68;WE=183616756;WS=183616738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,102:0.54:190
chr2	183616943	rs192843048	A	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=1.200;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
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chr2	183793383	rs9333279	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=-0.137;SC=AACTGCAGTTTAGGAAAAGGG;SOR=0.275;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=8;WE=183793391;WS=183793373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr2	183793398	rs9333280	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=91;ReadPosRankSum=0.159;SC=AAAGGGAAACAGACTACCCCA;SOR=0.156;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=12;WE=183793406;WS=183793388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr2	183799558	rs9288088	G	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.680;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
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chr2	183848114	rs1400130	T	C	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.234;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=909;ReadPosRankSum=-1.304;SC=TGAACCACTATGGGGAAAGAC;SOR=0.695;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=78;WE=183848122;WS=183848104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,130:0.69:188
chr2	183851058	rs10185562	C	T	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=319;SC=ATTATCAATTCAGAAACTGGC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=183851066;WS=183851048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	183860298	rs10497617	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=207;ReadPosRankSum=0.627;SC=GACTTAAGTAGTGAACATTTT;SOR=1.473;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=12;WE=183860306;WS=183860290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	183902651	rs2944358	G	A	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=6.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,69:0.54:127
chr2	183960143	rs57818913	G	GT	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,19:0.18:103
chr2	183960522	rs13399265	T	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=571;SC=GGAGGTCAATTTGATTGTCCT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=183960530;WS=183960512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	183988984	rs2705719	C	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=308;SC=CTTCCCGGTGCAAAAACCCTT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=183988992;WS=183988974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	183995742	rs925803	A	C	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=22;PP=690;SC=CAGGGTCCTGATCAGTTGCCC;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=42;WE=183995750;WS=183995732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	183998366	rs34264626	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.096;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr2	184022015	rs3791249	G	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.791;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=117;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GTCACTGACAGAATTAGCCCA;SOR=0.236;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=12;WE=184022023;WS=184022005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr2	184024190	rs3748884	A	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=377;ReadPosRankSum=0.281;SC=TTTATAAACAAAGGAGTTATT;SOR=0.839;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=24;WE=184024198;WS=184024180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr2	184024511	rs34967913	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-1.194;SC=ATGAAACCTTTACGCTTTAAA;SOR=0.188;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=5;WE=184024519;WS=184024501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr2	185798504	rs4667000	A	C	3574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=46;PP=1523;SC=AACATGACCAAAAAAGGGGTA;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=78;WE=185798512;WS=185798494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr2	185800905	rs12476147	A	T	6162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=80;PP=2769;SC=CATCTTCAACAATCTTCACCA;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=143;WE=185800913;WS=185800895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr2	185801747	rs4667001	G	A	4454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	185801755	rs4667002	A	G	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr2	185802211	rs5836928	C	CACA	3709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=27;PP=2378;SC=GTAAAAAGAACACAATACTTT;SOR=0.876;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=45;WE=185802219;WS=185802201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	185802243	rs1366842	C	A	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=32;PP=1376;SC=TCAAATGCAACAATGATACAT;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=185802251;WS=185802233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	185802363	rs12477430	A	G	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=41;PP=1595;SC=GATATGAAACACATGAGTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=85;WE=185802371;WS=185802353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	186610344	rs11884004	T	G	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=50;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.894;SC=TGGACCCAAATAAGCTGGAAA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=75;WE=186610352;WS=186610334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,103:0.67:153
chr2	186610388	rs17813736	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=482;ReadPosRankSum=0.014;SC=TTTAAGTACTGGACACCATTC;SOR=0.910;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=28;WE=186610396;WS=186610378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr2	186611566	rs6758484	C	A	4644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=94;PP=2702;SC=AAAATATTAACAGAAAAATTG;SOR=1.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=43;TCR=94;TR=137;WE=186611574;WS=186611556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	186611938	rs12618129	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=384;ReadPosRankSum=-1.535;SC=CCTGATTTCTGTTAGGCCCTG;SOR=1.565;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=21;WE=186611946;WS=186611928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr2	186625670	.	TAA	T	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.415;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=-1.390;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr2	186625770	rs7562137	A	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr2	186627943	rs17228441	T	C	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=662;ReadPosRankSum=2.878;SC=GGTTCAATTATTTCAGCGCAG;SOR=0.815;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=45;WE=186627951;WS=186627933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,67:0.59:114
chr2	186629349	rs1986166	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.301;NF=11;NR=14;PP=332;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TCTTTCAACTGACATTTACTG;SOR=0.577;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=25;WE=186629357;WS=186629339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr2	186647270	rs140906899	T	TA	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=-1.540;SC=GATCTTACAGTACAGGTCCTT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=186647278;WS=186647260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	186653546	rs3752671	G	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=810;ReadPosRankSum=-1.759;SC=TCTGTAGCACGTGCAGTGAAG;SOR=0.744;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=198;TCF=121;TCR=77;TR=64;WE=186653554;WS=186653536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,80:0.30:271
chr2	186654592	rs992822	A	G	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=1027;ReadPosRankSum=0.324;SC=GAAGCAATCAATGCTATACTA;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=59;WE=186654600;WS=186654582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr2	186655726	rs10931199	G	A	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=23;PP=1012;SC=TCTTCATTACGATCTCAACTT;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=186655734;WS=186655716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	186656657	rs10173807	C	T	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=50;PP=1536;SC=GGTTTGCCAACGGACATTTAG;SOR=1.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=77;WE=186656665;WS=186656647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	186656840	rs17815052	T	C	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.123;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=855;ReadPosRankSum=1.518;SC=CAGAATTAAATGTGACCTCAT;SOR=0.998;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=60;WE=186656848;WS=186656830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,90:0.63:143
chr2	186656956	rs17229201	T	C	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=963;ReadPosRankSum=0.812;SC=TTTAATGAAATGGAATCTGAA;SOR=0.698;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=76;WE=186656964;WS=186656946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,138:0.64:217
chr2	186657089	rs17229222	C	A	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=1052;ReadPosRankSum=-2.257;SC=ATGAGAGATCCCCACAAAGAG;SOR=0.823;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=66;WE=186657097;WS=186657079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,79:0.68:116
chr2	186658056	rs60029104	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.563;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=623;ReadPosRankSum=1.432;SC=CAAAGAGATCGATTTAGATCA;SOR=0.933;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=41;WE=186658064;WS=186658046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,63:0.58:109
chr2	186658438	rs10490391	C	T	2771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1290;ReadPosRankSum=-1.098;SC=TTTTGTGATACGTTTCCAAAA;SOR=0.608;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=86;WE=186658452;WS=186658428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,132:0.60:220
chr2	186658565	rs10490392	G	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=731;ReadPosRankSum=0.939;SC=CTGTAGTAGAGAAAGAAGACA;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=43;WE=186658573;WS=186658555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,67:0.71:95
chr2	186659359	rs2161036	G	T	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.251;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=788;ReadPosRankSum=-0.882;SC=CAAAGAGTAAGGGAAGTCACA;SOR=0.932;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=46;WE=186659367;WS=186659349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,78:0.70:111
chr2	186661673	rs55938253	A	G	3777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=59;PP=1818;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GCAGTTTCTTACAAAAGCTGC;SOR=0.840;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=190;TCF=89;TCR=101;TR=106;WE=186661681;WS=186661663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,173:0.57:304
chr2	186664473	rs11686997	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=291;ReadPosRankSum=-1.797;SC=GGAAAAAATATGAATCAAAAC;SOR=0.457;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=21;WE=186664481;WS=186664463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr2	186664963	rs10931200	C	A	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=580;ReadPosRankSum=1.943;SC=TAGTGTACCCCTTTGCAACAA;SOR=0.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=40;WE=186664971;WS=186664953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,61:0.54:113
chr2	186665432	rs36004074	G	A	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=805;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GTAGAAGATGGAAAATCTGAT;SOR=0.736;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=46;WE=186665440;WS=186665422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,71:0.49:145
chr2	186665824	rs11695215	A	G	3818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.014;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=52;PP=1918;ReadPosRankSum=-0.282;SC=AGCACCATTTAACAAGCATTG;SOR=0.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=109;WE=186665832;WS=186665814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,174:0.61:285
chr2	186667121	rs7605884	T	C	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=628;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CAGGCTTTCTTTTCTTTCAAT;SOR=0.645;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=36;WE=186667129;WS=186667111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr2	186667360	rs7565527	A	C	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,111:0.34:329
chr2	186670104	rs7576532	A	C	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=30;PP=1237;SC=TTGTATATGAACAGTTCATAG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=186670112;WS=186670094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr2	186670979	rs4666689	T	C	2850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1434;ReadPosRankSum=1.309;SC=GAAATAAGAATTCGAACATCA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=87;WE=186670987;WS=186670969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,129:0.64:203
chr2	186671357	rs17826534	G	A	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=843;ReadPosRankSum=0.153;SC=CAAAACCAACGAGAAAGTAAA;SOR=0.518;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=52;WE=186671365;WS=186671347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,76:0.72:105
chr2	186671912	rs1862066	G	A	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.951;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=1212;ReadPosRankSum=-1.949;SC=ATTTTCCAACGTCAGGTTAAC;SOR=1.046;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=71;WE=186671920;WS=186671902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,110:0.67:165
chr2	186672527	rs72900086	T	A	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=1287;ReadPosRankSum=-1.801;SC=GATGTGCCCCTACCTAAACCT;SOR=0.542;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=80;WE=186672535;WS=186672517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,131:0.70:186
chr2	186678241	rs34138386	A	AT	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=147;ReadPosRankSum=0.542;SC=TAGGCATTTGATTTTAATATT;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=5;WE=186678249;WS=186678231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	186678877	rs17230036	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr2	186678887	rs2161035	T	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=1560;ReadPosRankSum=1.416;SC=ATCTCAAGCCTGGTGATATTT;SOR=0.777;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=45;WE=186678895;WS=186678867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
chr2	186680041	rs2287606	G	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr2	186696759	rs2302913	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.854;SC=TTACTGTTTGCATAAATACCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=186696767;WS=186696749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	186697876	rs1468999	A	G	9698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=107;NR=121;PP=2965;SC=AATGTCTTCAACTTTGTCAAA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=107;TCR=121;TR=228;WE=186697884;WS=186697866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr2	187364811	rs4144786	G	A	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=3;PP=153;SC=GGTAAGGACTGTAAATATGCA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=187364819;WS=187364801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	187365374	rs62200583	A	G	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=157;ReadPosRankSum=-0.736;SC=ATGTATGTTCATTTCTTTTTT;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=17;WE=187365386;WS=187365364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,16:0.20:80
chr2	187368733	rs10164423	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,54:0.27:200
chr2	187370673	rs11690758	G	C	4172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.934;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=50;PP=1383;ReadPosRankSum=1.581;SC=ACAGTGCCTGGGTTCAAATCC;SOR=0.475;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=139;TCF=76;TCR=63;TR=105;WE=187370681;WS=187370663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,197:0.74:267
chr2	187455278	rs9333287	C	T	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=39;PP=1225;SC=GAACTGGAGCCGGCCCCCTCC;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=67;WE=187455286;WS=187455268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	187466921	rs200501166	A	AT	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr2	187487160	rs9333288	G	A	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=50;PP=1849;SC=AAATTTTGGTGAGTCTTCTGG;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=187487168;WS=187487150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	187490371	rs2197787	T	G	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=59;PP=1876;SC=CCTAGTTTGTTAAAAATATGT;SOR=2.948;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=68;WE=187490397;WS=187490361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	187490378	.	A	ATGTGTG,ATGTGTGTG	433	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=21;MQ=60.46;NF=0,0;NR=33,33;PP=219,433;QD=7.27272727273;SC=TGTTAAAAATATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=33,33;WE=187490397;WS=187490361;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.56:59
chr2	187490388	rs5836986	G	GT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr2	187490389	rs28633327	G	T	1878.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.53;QD=46.97;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	187498107	rs9333289	T	C	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
chr2	187501648	rs13430921	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=204;ReadPosRankSum=0.458;SC=TGTCATATATATATGAATCTG;SOR=0.922;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=15;WE=187501656;WS=187501638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr2	187519338	rs9333290	G	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=1.358;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr2	187528635	rs3816386	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-0.788;SC=TCAAAGGACTAACATATTTTA;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=10;WE=187528643;WS=187528625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	187529823	rs35994921	AT	A	798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=4.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=2.129;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,85:0.62:138
chr2	187532373	rs2595391	T	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=374;ReadPosRankSum=-1.317;SC=ATATTCATGGTAGGTTTTCTT;SOR=0.527;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=27;WE=187532381;WS=187532363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,35:0.30:118
chr2	187532417	rs2230616	G	A	5963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=58;PP=2287;SC=TCCTGATCATGTCTTTCTTCC;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=132;WE=187532425;WS=187532407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr2	187533368	rs11685758	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=316;ReadPosRankSum=1.277;SC=TAGAGGTTAACTGTGGAAATT;SOR=0.341;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=21;WE=187533376;WS=187533358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
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chr2	187559029	.	A	ACAGCAG,ACAG	3691.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24,24;NR=84,84;PP=1675,2985;ReadPosRankSum=3.762;SC=GCCTCATCCAACAGCAGCAGC;SOR=0.680;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=36;TCR=120;TR=108,108;WE=187559037;WS=187559019;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.57:325
chr2	187559047	rs144403657	G	GCAA	1946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=4.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.495;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,132:0.31:426
chr2	187608102	rs200281950	T	TC	785.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.23;MQRankSum=2.679;NF=8;NR=8;PP=300;ReadPosRankSum=1.977;SC=AAGCATTTGTTCCCCCCCACA;SOR=0.630;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=16;WE=187608110;WS=187608092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,41:0.30:137
chr2	187611748	rs2247924	G	A	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=11;PP=879;SC=TTTAAAGTAAGACATCCTGAC;SOR=1.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=187611756;WS=187611738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	187626338	rs13026081	C	T	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=762;ReadPosRankSum=0.707;SC=AAGCTGAGGACAAGTCGCAGT;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=51;WE=187626346;WS=187626328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,75:0.60:126
chr2	187627567	rs2595381	G	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=604;ReadPosRankSum=-0.512;SC=TGGGGATTGTGTGTCTGCTGT;SOR=0.702;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=144;TCF=58;TCR=86;TR=50;WE=187627575;WS=187627557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,70:0.35:202
chr2	187692908	rs17852916	T	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=558;ReadPosRankSum=-0.239;SC=AAAGTTGATCTCTTGTTGTCC;SOR=0.685;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=146;TCF=77;TCR=69;TR=49;WE=187692916;WS=187692898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,66:0.32:207
chr2	187692983	rs17856918	T	C	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=639;ReadPosRankSum=1.753;SC=CCTTTGGTCATCCGGCTTAGA;SOR=0.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=49;WE=187692991;WS=187692973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,78:0.31:250
chr2	187693003	rs10195632	A	T	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=502;ReadPosRankSum=-1.145;SC=ACTAGTGTGAAATTTTCCACT;SOR=0.679;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=138;TCF=66;TCR=72;TR=46;WE=187693011;WS=187692993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,78:0.34:231
chr2	187693044	rs17852915	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=454;ReadPosRankSum=0.688;SC=CAGTGGGACACACAATATTCT;SOR=0.775;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=35;WE=187693052;WS=187693034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,55:0.30:184
chr2	187693104	rs10172225	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=313;ReadPosRankSum=-2.284;SC=TCCCAAATGACACAGTGGGTA;SOR=0.412;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=26;WE=187693112;WS=187693094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,30:0.29:103
chr2	187693155	rs10195758	A	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr2	187693521	rs59504667	TA	T	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.611;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=72;ReadPosRankSum=2.016;SC=TGTGAAACTTTAAAAAAAAGG;SOR=0.373;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=7;WE=187693529;WS=187693511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr2	187694410	rs6745572	C	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=1.011;SC=TTTGTGAAAACTGACCCTACA;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=14;WE=187694418;WS=187694400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr2	187697883	rs10164815	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr2	187698037	rs7609183	G	A	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=11;PP=269;SC=AGTTGGTTGCGTATCAATAAT;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=187698045;WS=187698027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	187698707	rs6434197	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,73:0.28:264
chr2	187709415	rs72096458	AC	A	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.532;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr2	187709553	rs11892669	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=186;ReadPosRankSum=-0.456;SC=ACATTTAAAAATATTTAGAAT;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=20;WE=187709561;WS=187709543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,20:0.39:51
chr2	187712648	rs11885224	T	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.770;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr2	187712685	rs140128829	C	CTGATTTTTCAT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=695;ReadPosRankSum=1.368;SC=AGTCTCTAGGCTTCATTATTT;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=2;WE=187712693;WS=187712675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr2	187713866	rs6725956	C	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=1.281;SC=ATGCTGGGTGCGGGCGGAGGC;SOR=0.883;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=12;WE=187713874;WS=187713856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr2	187713922	rs6726153	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=0.032;SC=TCTCCAAGACGACGGCGTGCA;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=5;WE=187713930;WS=187713912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr2	188216807	rs858745	T	C	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=35;PP=1697;SC=AATTCCAAACTTCTCAAGCTG;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=85;WE=188216815;WS=188216797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	188243633	rs3771084	A	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=113;SC=CAAGACATCTAGTAATTTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=188243641;WS=188243623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	188245640	rs1511877	G	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=389;SC=GACATTATATGAAAATCTATA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=188245648;WS=188245630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	188250301	rs698577	T	A	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	189387669	rs147170586	A	G	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=793;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CACCCTATTAAAAATGAACTA;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=53;WE=189387677;WS=189387659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,72:0.55:130
chr2	189448896	rs2048138	A	T	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=12;PP=1749;SC=TGCAACTGAAATTGTTGTTTA;SOR=3.083;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=67;TCR=12;TR=79;WE=189448904;WS=189448886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	189849773	rs3106796	A	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=634;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CTAAAAGGGAATGAAAGTCAT;SOR=0.945;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=29;WE=189849781;WS=189849763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr2	189855674	rs2203601	T	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr2	189857993	rs12693525	T	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr2	189860996	rs62181728	G	A	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=-0.320;SC=GTGTGTGTGTGTATATATATA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=14;WE=189861004;WS=189860986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr2	189861029	.	T	TACAC	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr2	189861031	rs62181730	T	C	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	189862203	rs3134654	C	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=11;PP=465;SC=TCTCTGACACCATGTTGTTAC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=189862211;WS=189862193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	189863389	rs13306272	C	T	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=626;ReadPosRankSum=0.748;SC=CATATAATGCCAATCTCCCAG;SOR=0.916;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=43;WE=189863397;WS=189863379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,68:0.43:160
chr2	189864080	rs1800255	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.131;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=421;ReadPosRankSum=-1.040;SC=TAGAGGTGGAGCTGGTCCCCC;SOR=0.534;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=36;WE=189864088;WS=189864070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,65:0.44:147
chr2	189866199	rs2271682	T	A	6745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=79;PP=2965;SC=ACTACCTGGATATAAAAAGAA;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=83;TCR=80;TR=162;WE=189866207;WS=189866189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr2	189867205	rs3106801	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.057;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=1.187;SC=TAGGATTATTGTACCCCTATT;SOR=0.132;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=18;WE=189867213;WS=189867195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr2	189867844	rs3736489	T	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=-1.812;SC=ATCTATTGATTATCTGTCTAT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=189867852;WS=189867834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr2	189867882	rs3736490	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=111;ReadPosRankSum=1.703;SC=CCTCTCCCCCCTCTGTAAGTC;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=189867890;WS=189867872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	189871800	rs13306270	G	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=2.450;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr2	189875421	rs1516446	T	G	9713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.584;SC=TTGATGTGCATCTGGCATTCC;SOR=0.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=123;TCR=90;TR=211;WE=189875429;WS=189875411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,370:1.00:371
chr2	189875695	rs3768660	T	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.996;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=482;ReadPosRankSum=1.006;SC=TTGAATAGAATAAATAAAATT;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=31;WE=189875703;WS=189875685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr2	189899541	rs4666770	T	C	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=4;PP=659;SC=TATGCTCATATACAAGGTAAA;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=189899549;WS=189899539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	189899572	rs7420715	T	C	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=6;PP=1005;SC=GTTCTAGTGCTGTAATAGTAT;SOR=3.258;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=45;WE=189899580;WS=189899562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	189901295	rs12693526	G	A	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=12;PP=657;SC=TATGTAATAAGTAGTAAAAAG;SOR=1.556;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=36;WE=189901303;WS=189901285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	189907937	rs6434312	A	G	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=26;PP=921;SC=GACCTCTGTCACCTCGGTCTC;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=189907945;WS=189907927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	189910066	.	A	ATG	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.288;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr2	189918337	rs6750027	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=14;PP=385;SC=TTAAGGAAGGTCCTTAAGGAT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=189918345;WS=189918327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	189918787	rs6738371	C	T	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=35;PP=1374;SC=AATGATCTTGCTCAGATACCA;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=189918795;WS=189918777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	189922016	rs34715449	G	GA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.360;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	189923104	rs7556733	A	G	4517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=34;PP=2078;SC=TGCGTTTATTAAGCAGTAATT;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=101;WE=189923112;WS=189923094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	189923434	rs12989558	A	C	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=8;PP=705;SC=TCATAGCACAAAATATTTCTC;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=189923442;WS=189923424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	189923630	rs5837121	AT	A	4859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.680;NF=17;NR=110;PP=1304;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CTATAAACACATTTTTTTTTT;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=22;TCR=144;TR=127;WE=189923639;WS=189923620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,321:0.83:389
chr2	189925313	rs6414121	G	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.60;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	189925548	rs6414122	T	A	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=49;PP=1374;SC=TGAATCTGTGTAAGTTTAACA;SOR=1.092;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=79;WE=189925556;WS=189925538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	189927506	rs7424947	C	G	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=8;PP=650;SC=TGAAACTTACCCATAAGTCTT;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=189927514;WS=189927496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	189932831	rs2229495	T	C	6639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=96;PP=2965;SC=CAGAGGTACCTGGAGAGCCCT;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=85;TCR=97;TR=179;WE=189932839;WS=189932821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr2	189933678	.	G	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.373;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-0.874;SC=AAAGTTGACCGCTTATTTGGA;SOR=0.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=12;WE=189933686;WS=189933668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr2	189936687	rs6434317	T	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=13;PP=634;SC=ACTTTTCAATTAATTAAATGT;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=189936695;WS=189936677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	189943121	rs5837122	GA	G	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr2	189974958	rs4128539	G	T	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=9;PP=1112;SC=TACCAAAATTGGTATTGCCAC;SOR=1.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=189974966;WS=189974948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	190313396	rs6738193	A	G	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=25;PP=968;SC=TGCCTATAGCATATTCTGTGA;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=190313404;WS=190313386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	190319966	rs5837143	C	CA	1091.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5637;FS=1.552;HP=10;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=413;ReadPosRankSum=-0.946;SC=GACTTTGCCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.165;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=42;WE=190319974;WS=190319956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,61:0.87:70
chr2	190319990	rs1224958	A	G	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=33;PP=2430;SC=TAAATTCCTTACACATGTTTG;SOR=1.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=81;TCR=33;TR=114;WE=190319998;WS=190319980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	190322196	rs10497700	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=443;SC=TCCAAAGCTATTCCTAGTTTT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=190322204;WS=190322186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	190323530	rs1157910	A	G	8905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=136;NR=79;PP=2965;SC=ACAATTTTACATGTGTAGCAT;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=138;TCR=79;TR=215;WE=190323538;WS=190323520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr2	190327076	rs2304703	C	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=475;SC=TTAAAAGATACGAAGACACTT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=190327084;WS=190327066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	190327126	rs2304702	C	G	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=14;PP=1211;SC=AGTACGGTAGCAAAAACAAAA;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=190327134;WS=190327116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	190331057	rs77852112	A	G	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=460;ReadPosRankSum=-1.999;SC=CTGTTGTTCAAGATGCTATTG;SOR=0.450;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=28;WE=190331065;WS=190331047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr2	190430177	rs2304704	A	G	8412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=94;PP=2965;SC=TCCAGAGCAGAACGTACTCCA;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=196;TCF=100;TCR=96;TR=194;WE=190430185;WS=190430167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr2	190443304	rs1439815	C	T	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=90;PP=2498;SC=AGATACTATTCCCATCACATG;SOR=2.462;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=24;TCR=90;TR=114;WE=190443312;WS=190443294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr2	190444630	rs1439816	C	G	7147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=95;PP=2965;SC=GGCGGGGTGACAAAAAGCGAT;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=73;TCR=95;TR=167;WE=190444638;WS=190444620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr2	190445076	rs4287798	T	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=2;PP=678;SC=CCAGAACTCGTGTAGAGTTGC;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=190445084;WS=190445066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	190448047	rs987028	T	C	9379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=0.694;SC=TTTTAAGTTGTCTTTTCACTT;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=158;TCR=94;TR=249;WE=190448055;WS=190448036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,375:0.99:377
chr2	190448548	rs368151678	CATAT	C,CAT	2456.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=45.50;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,17,37:0.31,0.69:54
chr2	190448552	rs11887969	T	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=793;ReadPosRankSum=-0.112;SC=CACACACATATACACAGTAGT;SOR=0.616;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=29;WE=190448560;WS=190448534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr2	190531426	rs1437880	G	A	7330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=84;PP=2965;SC=TGTCATTTCCGGATGCATTAT;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=109;TCR=85;TR=192;WE=190531434;WS=190531416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr2	190531615	rs3828267	T	C	4963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=77;PP=2662;ReadPosRankSum=0.676;SC=ACAAGCTGCATTGGAGACTCA;SOR=0.742;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=327;TCF=167;TCR=160;TR=165;WE=190531623;WS=190531605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:256,241:0.48:497
chr2	190541861	rs56090484	G	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=18;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=208;ReadPosRankSum=0.306;SC=TTTTTTTTTTGGAACAGAGTC;SOR=0.393;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=13;WE=190541869;WS=190541851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr2	190560817	rs77445225	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=522;ReadPosRankSum=-1.508;SC=TGTATTTTTTTCCTTAAACCA;SOR=0.489;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=33;WE=190560825;WS=190560807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr2	190570001	rs11319823	TA	T	665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=33;PP=693;SC=TAGGCAATAATAAAAAAAAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=33;WE=190570010;WS=190569991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	190593168	rs3067424	ATTTTT	A	1021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.594;NF=4;NR=14;PP=710;ReadPosRankSum=1.351;SC=TCCTTATTTTATTTTTATTTT;SOR=0.446;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=18;WE=190593180;WS=190593158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr2	190593311	rs1225087	C	G	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=24;PP=1541;SC=TTACAAGTGTCAGCCACCGTG;SOR=1.289;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=72;WE=190593319;WS=190593301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	190595258	rs1225090	G	T	8056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=100;PP=2965;SC=GTCAACAATTGGTTGTAGATG;SOR=0.828;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=84;TCR=101;TR=184;WE=190595266;WS=190595248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr2	190602513	rs1225099	T	C	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=27;PP=726;SC=TATCTATTTTTGAACGTTTTC;SOR=1.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=190602521;WS=190602503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	190603201	rs56352098	T	TA	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=79;ReadPosRankSum=-1.142;SC=TCAAAAGAATTAAAAAAAAAA;SOR=0.495;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=8;WE=190603209;WS=190603191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr2	190611084	rs13002216	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr2	190611414	rs2254166	T	C	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=79;PP=2334;SC=TTATTTTTAATAATGGTAATA;SOR=1.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=30;TCR=79;TR=109;WE=190611422;WS=190611404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	190611459	rs2254167	A	G	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=37;PP=1661;SC=TTTTTGAATGAAAGTTCTTGA;SOR=3.398;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=190611491;WS=190611449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	190611473	rs201037870	CGATACTAAGCA	C	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.185;NF=0;NR=6;PP=1825;ReadPosRankSum=-1.449;SC=TTCTTGATCTCGATACTAAGC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=6;WE=190611491;WS=190611449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr2	190617643	rs2243876	A	G	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr2	190636411	rs6942	C	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=142;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CACATTATCACAGAAACAGTG;SOR=0.283;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=13;WE=190636419;WS=190636401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr2	190640475	rs3816196	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=395;ReadPosRankSum=0.365;SC=TAAATGATCAATATTAAATAC;SOR=1.140;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=29;WE=190640483;WS=190640465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr2	190643257	rs7591929	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=348;ReadPosRankSum=0.500;SC=TGGGAGTTGTGTAGATTCCTG;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=30;WE=190643265;WS=190643247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,69:0.50:139
chr2	190647108	rs10168387	T	C	4340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=40;PP=2751;SC=ACCACTAAACTTAAAACTTTT;SOR=1.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=103;TCR=42;TR=142;WE=190647116;WS=190647098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	190660683	rs5742981	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=497;ReadPosRankSum=2.723;SC=CTGAGGTAAGGTAATTATATT;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=32;WE=190660691;WS=190660673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,39:0.49:79
chr2	190670539	rs3214425	T	TA	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.209;NF=4;NR=22;PP=290;ReadPosRankSum=0.050;SC=ATTGTTGGTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.525;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=26;WE=190670547;WS=190670529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr2	190682632	rs3791773	G	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=7.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=127;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TCTAGAATTGGAGGAGGAGAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=6;WE=190682640;WS=190682622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr2	190708982	rs5743112	C	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=2.577;SC=CCCAGCCCTGCTTCCCTTTTT;SOR=2.683;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=16;WE=190708990;WS=190708972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr2	190720748	rs5743139	AT	A	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.249;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	190722343	rs735559	T	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=368;ReadPosRankSum=-1.014;SC=TTCTCTCGATTCCTCCTTTCC;SOR=0.538;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=22;WE=190722351;WS=190722333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr2	190788123	rs77427005	G	T	5797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.976;NF=94;NR=90;PP=2641;ReadPosRankSum=0.565;SC=GTATTCATTGGGAATCTCAAC;SOR=0.678;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=364;TCF=186;TCR=178;TR=184;WE=190788131;WS=190788113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,283:0.52:548
chr2	190926859	rs11333758	GT	G	859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.317;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.404;NF=24;NR=3;PP=878;ReadPosRankSum=0.754;SC=CCAACAGCTTGTTTAAAAGAG;SOR=1.688;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=27;WE=190926867;WS=190926849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,32:0.52:62
chr2	191064753	rs6753459	C	T	3320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=59;PP=1548;ReadPosRankSum=-0.789;SC=GGGACCAATACTGTGATCTTG;SOR=0.650;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=243;TCF=125;TCR=118;TR=115;WE=191064761;WS=191064743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,177:0.45:392
chr2	191109448	rs7582209	G	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=548;ReadPosRankSum=-1.712;SC=ATTTAGGTCAGGGTTAGTGGA;SOR=0.419;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=41;WE=191109456;WS=191109438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr2	191109533	rs11883568	C	T	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.249;SC=ACCAATGGAGCACTAATACCC;SOR=0.831;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=75;WE=191109541;WS=191109523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,122:0.44:278
chr2	191114229	rs2244076	T	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=6.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr2	191116355	rs3791792	A	G	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.434;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.063;NF=13;NR=28;PP=511;ReadPosRankSum=-0.868;SC=CTATCTATATATTCTTTTCCA;SOR=0.560;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=41;WE=191116363;WS=191116345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,62:0.48:130
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chr2	191184475	rs291466	A	G	5118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=679;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.489;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=74;PP=1849;ReadPosRankSum=1.491;SC=GCGCTGCCCCATCGCCAAACA;SOR=0.546;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=353;TCF=159;TCR=194;TR=145;WE=191184483;WS=191184465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:389,283:0.42:672
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chr2	191224981	rs4656	G	T	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1207;ReadPosRankSum=2.232;SC=ACTTCAAGACGCTGGCTGATG;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=93;TCR=79;TR=80;WE=191224989;WS=191224971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,145:0.49:298
chr2	191227197	rs2067420	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-0.388;SC=AGTTGACTTCGTTTTTTTATA;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=7;WE=191227205;WS=191227187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr2	191227235	rs2067421	T	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.863;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=255;ReadPosRankSum=0.692;SC=AATTGGAAATTTTGGAATTTC;SOR=1.598;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=16;WE=191227257;WS=191227225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr2	191227492	rs972689	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=0.972;SC=ACCATGAACTAAATGTTTGGA;SOR=0.646;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=191227500;WS=191227482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr2	191231458	rs11544940	G	A	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=867;ReadPosRankSum=-0.693;SC=CAACAGAGGAGGAAACAGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=70;TCR=54;TR=54;WE=191231466;WS=191231448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,79:0.42:190
chr2	191231503	rs10931450	G	A	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=926;ReadPosRankSum=-1.024;SC=GTAACAAGGTGGCATCTGAAG;SOR=0.792;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=136;TCF=70;TCR=66;TR=65;WE=191231511;WS=191231493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,81:0.41:199
chr2	191235901	rs1882891	A	C	5788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=73;PP=2121;SC=TGCCATACTGAGGGCCATGGG;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=130;WE=191235909;WS=191235891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr2	191334459	rs145257711	A	ATTTTTAT	733.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.31;MQRankSum=0.505;QD=20.38;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr2	191354658	rs59123011	C	CCT	4968.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.28;NF=7;NR=40;PP=2174;SC=ACAAATGCCCCGAGAAGCCTA;SOR=1.159;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=47;WE=191354666;WS=191354644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	191364708	rs72907168	G	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=685;ReadPosRankSum=1.431;SC=TGCTATCACTGATCATGGGGC;SOR=0.790;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=147;TCF=88;TCR=59;TR=48;WE=191364716;WS=191364698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,63:0.32:198
chr2	191373775	rs6707244	C	T	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=711;SC=GGGTTGGTTTCCCTTTCCAGA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=191373783;WS=191373765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	191375375	rs6712426	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.541;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=205;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TGGGAGGCCTGGGGAGGCGGA;SOR=0.186;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=16;WE=191375383;WS=191375365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr2	191379268	rs4586658	G	A	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,53:0.33:160
chr2	191383348	rs12053190	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.208;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=-0.379;SC=TGTTTGCAAAACCTAAAGTAA;SOR=0.105;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=3;WE=191383356;WS=191383338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr2	191390126	rs10931458	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=235;ReadPosRankSum=-0.701;SC=AAAAGGGAATGCATTTTCTAA;SOR=0.166;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=17;WE=191390134;WS=191390116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr2	191399433	rs12693579	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
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chr2	191537793	rs5837195	GT	G	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr2	191545821	rs12618075	A	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=2.429;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,50:0.64:78
chr2	191552121	.	CAAA	C	775.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=5.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.143;QD=12.71;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr2	191552148	rs6716415	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=-1.076;QD=3.00;ReadPosRankSum=1.581;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr2	191746233	rs78219026	T	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-1.693;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr2	191765206	rs3771313	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr2	191766899	rs3771312	T	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr2	191851485	rs2066799	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.393;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=-1.169;SC=AGCAGGGGGGCGTCCTCCACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=191851493;WS=191851484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	191854423	rs2066797	T	C	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=-1.495;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	191862398	rs16833157	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=217;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TGAACGTGGCGAGAGTCATGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=11;WE=191862406;WS=191862394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr2	191872185	rs2066806	TAG	T	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=136;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GCTATAAAATTAGAGAGATAT;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=191872194;WS=191872175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr2	191874667	rs2066802	A	G	3792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=56;PP=1731;ReadPosRankSum=0.365;SC=TGTCATCATAAAGCTGGTGAA;SOR=0.595;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=81;TCR=89;TR=109;WE=191874675;WS=191874657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,180:0.66:273
chr2	191875035	rs36077929	C	T	4635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,233:0.63:371
chr2	191922841	rs3024866	G	A	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=46;PP=1498;SC=TCGGTTGCTGGAGAGGAAATC;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=191922849;WS=191922831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	191923543	rs3024865	G	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=-1.952;SC=AATTAAAAGTGTTTAAAAACC;SOR=0.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=14;WE=191923551;WS=191923533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr2	192160839	rs4853574	A	T	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=16;PP=875;SC=TTTTGCAGACATACATTGGAA;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=192160847;WS=192160829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	192160875	rs4853575	C	T	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=23;PP=1192;SC=TTAACCCATACCGGTCTTTAC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=192160883;WS=192160865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	192161058	rs11397643	G	GT	1108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=33;PP=813;SC=GTTTTTGTCAGTTTTTTTTAA;SOR=1.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=2;TCR=38;TR=35;WE=192161066;WS=192161048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	192161103	rs10622945	A	ATTCT	879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.99;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	192247808	rs34460997	A	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=3;PP=159;SC=GTTTGCTTCAATCAGATTATG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=192247816;WS=192247804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	192247836	rs4641883	C	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=6;PP=265;SC=TAGGCAGCTGCATTGAGAAAG;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=15;WE=192247844;WS=192247826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	192250543	rs13000398	A	G	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=21;PP=1318;SC=TGATGGTGTAATTAGGAATAA;SOR=1.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=192250551;WS=192250533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	192250568	rs13026888	T	C	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=41;PP=2021;SC=TAAAACAATATAGTGAGGAAG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=66;TCR=41;TR=107;WE=192250576;WS=192250558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	192250726	rs13018796	G	A	6972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=88;PP=2965;SC=AGCATTTTGAGAGCAGGATGA;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=78;TCR=88;TR=165;WE=192250734;WS=192250716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr2	192279327	rs2271767	T	C	12118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=137;NR=114;PP=2965;SC=AGAGGTTCCATTGGTGGATGT;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=137;TCR=114;TR=251;WE=192279335;WS=192279317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr2	192701393	rs10167187	A	G	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.879;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=63;PP=1541;ReadPosRankSum=1.473;SC=CTTCCACGGCACCGGAAACGG;SOR=0.950;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=167;TCF=53;TCR=114;TR=89;WE=192701401;WS=192701383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,113:0.51:223
chr2	192711162	rs4471838	A	C	6212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=79;NR=60;PP=2781;SC=GCATAGGGGGAACTGACCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=139;WE=192711170;WS=192711152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr2	192820898	rs7606017	T	G	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=8;PP=1083;ReadPosRankSum=-0.774;SC=GAAGAATGTCTACCAATTTTC;SOR=1.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=54;WE=192820906;WS=192820888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr2	193056737	rs3768702	C	A	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=758;ReadPosRankSum=-0.247;SC=AGAGAACACTCCAGTCATTAA;SOR=0.349;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=59;WE=193056745;WS=193056727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,84:0.58:146
chr2	196578313	rs71960316	C	CT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,11:0.19:57
chr2	196582816	rs842736	T	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=276;SC=CTTATTATACTCCACTATATG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=196582824;WS=196582806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr2	196636662	rs1145939	C	G	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.593;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=60;PP=1529;ReadPosRankSum=1.011;SC=AAAGGTCTAACAATAGCTGAA;SOR=0.434;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=116;TCF=28;TCR=88;TR=81;WE=196636670;WS=196636652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,103:0.70:147
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chr2	197004585	rs188130766	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=0.969;SC=ATACAAAGTACAATCGACATT;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=8;WE=197004593;WS=197004575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
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chr2	197010823	rs2271888	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
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chr2	197021276	rs10931726	T	C	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=1166;ReadPosRankSum=0.875;SC=AAATTTCTGCTCGACAATCCT;SOR=0.716;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=71;WE=197021284;WS=197021266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,131:0.58:226
chr2	197021372	rs12478353	T	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=692;ReadPosRankSum=1.598;SC=CAGCAAATTTTCCTCTGGGGG;SOR=0.629;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=46;WE=197021380;WS=197021362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr2	197065889	rs3795921	A	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=0;PP=220;SC=ACAACAGCACATAGCTTTATC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=197065897;WS=197065885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	197065964	rs3820908	C	A	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=18;PP=1224;SC=AGCTTCTGAACCTGCCTGTCC;SOR=1.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=197065972;WS=197065954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr2	197106759	rs2045277	T	C	5563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=57;PP=2397;SC=AACTGTGCCCTCTCCTTTCAC;SOR=0.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=123;WE=197106767;WS=197106749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
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chr2	197171183	rs12468199	C	T	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.08;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	197172816	rs2305567	G	A	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=31;PP=884;SC=CAGTCTAAATGGCAGTGAGGC;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=197172824;WS=197172806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	197184321	rs1531111	C	T	6440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=92;PP=2965;SC=TCGCTGTCCCCGGCCTGGAGT;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=88;TCR=93;TR=180;WE=197184329;WS=197184311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr2	197504545	rs1879128	C	G	2707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1155;ReadPosRankSum=1.110;SC=TGGTCGGAGGCTCGCGAGGCT;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=86;WE=197504553;WS=197504535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,134:0.52:259
chr2	197530414	rs80092902	A	G	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=58;PP=1374;ReadPosRankSum=-1.489;SC=ACAGGTAGAAAGATTTCTTCT;SOR=0.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=50;TCR=111;TR=84;WE=197530422;WS=197530404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,122:0.55:220
chr2	197534692	rs7590083	C	T	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=61;PP=1769;SC=GTGCTTCTTACTCTCATCAAA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=105;WE=197534700;WS=197534682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr2	197541296	rs17271281	G	A	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=856;ReadPosRankSum=0.765;SC=TAATCCTTGAGCATAACCAGT;SOR=0.630;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=62;WE=197541304;WS=197541286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,91:0.48:188
chr2	197577448	rs80183667	T	C	2963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=58;PP=1207;ReadPosRankSum=2.092;SC=AGCAGGCAGATGCTCACCTGA;SOR=0.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=201;TCF=84;TCR=117;TR=98;WE=197577456;WS=197577438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,158:0.46:345
chr2	197584504	rs2680970	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=0.086;SC=AAAAAAATTGCAAAATGATAT;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=19;WE=197584512;WS=197584494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr2	197593787	rs2460436	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=131;ReadPosRankSum=0.492;SC=CTTAATCAGACATTATTATTG;SOR=0.892;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=9;WE=197593795;WS=197593777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	197594203	rs2577580	G	C	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=39;PP=918;ReadPosRankSum=-0.449;SC=TAGAACCCTAGCAGCCCCATG;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=25;TCR=74;TR=53;WE=197594211;WS=197594193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,69:0.54:127
chr2	197595762	rs2680967	G	A	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=64;PP=1330;ReadPosRankSum=-1.379;SC=CTTCATTAACGTAGTTGTCAG;SOR=1.039;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=180;TCF=65;TCR=115;TR=93;WE=197595770;WS=197595752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,136:0.50:272
chr2	197597012	rs75295851	A	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=144;ReadPosRankSum=-3.316;SC=TAGGAAACCAATTAATTTCTT;SOR=1.082;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=9;WE=197597020;WS=197597002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr2	197629531	rs113641244	TA	T	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=126;ReadPosRankSum=0.501;SC=GCTCATGTACTAAAAAAAAAT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=11;WE=197629539;WS=197629521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr2	197636379	rs62185599	A	G	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.037;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=850;ReadPosRankSum=0.128;SC=TGTCACAGTGAGGCTGATAAT;SOR=1.170;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=54;WE=197636387;WS=197636369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,70:0.45:157
chr2	197654593	.	T	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=2.370;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,45:0.35:130
chr2	197737587	rs3795915	T	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr2	197750042	rs365342	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=-0.766;SC=TAAATCTCAAGTTTATTTAAT;SOR=0.260;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=4;WE=197750050;WS=197750032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr2	197758148	rs332299	C	T	82.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=45;SC=AATGATTTCGCCTGCATTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=197758156;WS=197758138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	197761824	rs332300	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr2	197777589	rs12693800	C	T	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=12;PP=1058;ReadPosRankSum=-1.370;SC=GGTTAATGTTCATGTAACAGT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=89;TCR=22;TR=61;WE=197777597;WS=197777579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,85:0.56:153
chr2	197792148	rs11421690	A	AC	601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=1.656;QD=30.09;ReadPosRankSum=1.184;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr2	197792152	rs10687155	A	AAC	620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=5.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.96;MQRankSum=1.624;QD=25.86;ReadPosRankSum=1.460;SOR=2.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr2	197854233	rs144034091	T	TAC	652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=523;ReadPosRankSum=2.507;SC=GCTGATGAACTACACACACAC;SOR=0.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=13;WE=197854241;WS=197854223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr2	197863214	rs1966703	C	T	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=55;PP=1580;SC=GAAGTTACTACAAACACAATA;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=84;WE=197863222;WS=197863204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	197863851	rs4850742	C	T	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=20;PP=497;SC=AAGAAACATGCACAAGGTGTT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=197863859;WS=197863841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	197864996	rs6434897	A	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=676;SC=AGGGAAATTTATTTTAATTAT;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=197865004;WS=197864986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	197865047	rs2305251	C	T	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=674;ReadPosRankSum=-0.814;SC=ATCCATTATTCTTTCAATTAA;SOR=0.702;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=42;WE=197865055;WS=197865037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,55:0.53:103
chr2	197866470	rs12478175	T	A	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr2	197872727	rs57048274	T	TTCTC	4383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=62;PP=1771;SC=GACATTCTCTTTCTCCCATTC;SOR=2.655;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=78;TCF=2;TCR=76;TR=63;WE=197872737;WS=197872717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	197890001	rs62185248	C	T	2630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=1016;ReadPosRankSum=-1.961;SC=GCTGTGGAGACAAAAAGCAAA;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=67;TCR=90;TR=74;WE=197890009;WS=197889991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,136:0.46:295
chr2	197953372	rs146161383	TAAGTC	T	6222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=36;PP=2974;SC=ACAGACAACTTAAGTCAAGTC;SOR=1.643;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=79;WE=197953384;WS=197953362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	197954780	rs4300850	A	G	10286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=168;PP=2965;SC=AAACAGAGCAACTCACGGCAA;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=84;TCR=168;TR=251;WE=197954788;WS=197954770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr2	197964689	rs56077856	G	A	2123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=54;PP=1218;ReadPosRankSum=0.677;SC=ATAACGCAAGGATTCAGGTTG;SOR=0.829;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=169;TCF=62;TCR=107;TR=82;WE=197964697;WS=197964679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,102:0.46:220
chr2	197986048	rs2697270	T	C	6583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=115;NR=56;PP=2965;SC=AGACTAAGAGTGTCATACCTG;SOR=1.310;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=115;TCR=56;TR=171;WE=197986056;WS=197986038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	197989945	rs2579395	T	C	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=7;PP=832;SC=CCGACTGGAGTGCACTATGCA;SOR=2.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=37;WE=197989953;WS=197989935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	197990909	rs2918628	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=28;PP=757;SC=GTAATATTTGGTAAAGATCAA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=197990917;WS=197990899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	198001319	rs3731569	A	G	3518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=1.253;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,184:0.54:342
chr2	198001443	rs2579387	C	T	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=56;PP=1542;SC=GCCCTGCCGACGTTAAATCAA;SOR=1.890;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=75;WE=198001451;WS=198001433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	198011904	rs2249470	G	A	8786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=125;PP=2965;SC=ATAGTAAGACGTGTCACTCAC;SOR=1.076;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=73;TCR=126;TR=198;WE=198011912;WS=198011894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr2	198175297	rs10931780	G	C	4329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=-1.393;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,208:0.69:301
chr2	198257652	rs11380582	T	TA	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr2	198257795	rs4685	T	C	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,87:0.30:289
chr2	198265173	rs788017	T	A	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.293;SOR=1.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr2	198265526	rs788018	A	G	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.755;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,67:0.26:258
chr2	198266943	rs788019	C	T	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=31;PP=817;SC=ATCAACTATTCAGCCAAACTG;SOR=2.160;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=38;WE=198266951;WS=198266933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	198267770	rs3217350	G	GAA	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.773;NF=0;NR=7;PP=224;ReadPosRankSum=-0.104;SC=CTGAAAAAGAGAAAAGAGAAG;SOR=0.866;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=7;WE=198267778;WS=198267760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr2	198281743	rs699318	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=1.531;SC=GCTCATTCTCTTTTCTATGTA;SOR=0.180;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=198281751;WS=198281733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	198283305	rs788023	T	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=404;ReadPosRankSum=1.347;SC=GATCAGGGGTTTTCCCTCCTG;SOR=0.526;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=32;WE=198283313;WS=198283295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,47:0.31:150
chr2	198324934	rs56933545	C	CT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.293;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr2	198355135	rs148517124	T	TTG	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.93;MQRankSum=3.130;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr2	198362018	rs8539	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.905;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=542;ReadPosRankSum=-0.536;SC=CTCCAATGTTTTTGTATTTAT;SOR=0.370;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=35;WE=198362026;WS=198362008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,41:0.35:117
chr2	198365043	rs1116734	C	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=-1.009;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr2	198380635	rs75909202	C	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=272;ReadPosRankSum=-1.178;SC=GTTCCTCGTTCGCCCTCTCCC;SOR=0.348;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=21;WE=198380643;WS=198380625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr2	198508951	rs10497806	G	A	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,86:0.40:216
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chr2	198643651	rs72918816	A	G	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=583;ReadPosRankSum=1.997;SC=TAGTCATCCAATGAAAATAGA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=46;WE=198643659;WS=198643641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,80:0.39:206
chr2	198669754	rs770659	G	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,10:0.19:52
chr2	198669871	rs770658	G	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr2	198950240	rs1064213	G	A	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=853;ReadPosRankSum=1.595;SC=CTGTCAGATTGTAGCAATGAA;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=222;TCF=111;TCR=111;TR=70;WE=198950248;WS=198950230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,118:0.34:347
chr2	200173684	rs10153730	T	G	6808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=84;PP=2891;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GCCAGCCCTGTAGAGAGAGGA;SOR=0.289;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=60;TCR=85;TR=144;WE=200173692;WS=200173674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
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chr2	200298313	rs7596597	A	G	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr2	200677625	rs2030653	C	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=423;SC=GGCCTGATGTCTTCCTGACAA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=200677633;WS=200677615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	200684249	.	T	TA	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.477;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.346;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
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chr2	200710706	rs769960	T	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=535;SC=GGAGTATTCATATTTACAGAG;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=200710714;WS=200710696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	200713751	rs4672569	A	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=304;ReadPosRankSum=-0.927;SC=TTCATGTTTTAACTATAAAAA;SOR=0.777;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=21;WE=200713759;WS=200713741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
chr2	200790216	rs12476690	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=147;ReadPosRankSum=2.056;SC=CACTAAATGACGCATCTTTTA;SOR=0.902;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=12;WE=200790224;WS=200790206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr2	200800493	rs6435039	A	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=176;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=128;SC=ACACACATACACACACACGCA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=200800501;WS=200800491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	200800885	rs79092034	C	T	86.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=6.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CTTACTGTACCAACACTGTGA;SOR=3.229;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=200800893;WS=200800875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr2	200813126	rs10497844	T	C	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=712;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=2.447;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:511,200:0.28:711
chr2	200820505	rs281766	T	G	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.903;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=32;PP=1768;ReadPosRankSum=-0.708;SC=CAGGCACCGGTGTGAAGGGTC;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=93;WE=200820513;WS=200820495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr2	200873144	rs113489455	AATACAAAAAAAACTTG	A	6734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.232;NF=15;NR=48;PP=2929;ReadPosRankSum=0.906;SC=AGAATGATGCAATACAAAAAA;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=63;WE=200873167;WS=200873134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr2	201171013	rs185341792	CG	TC	3051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=1819;ReadPosRankSum=0.808;SC=TTCATTTTCTCGGGTAGGAGA;SOR=0.720;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=52;WE=201171022;WS=201171003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,84:0.38:224
chr2	201171207	rs12614621	G	C	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=716;ReadPosRankSum=0.507;SC=AGGGCGTGTGGAGGGACGAGA;SOR=0.825;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=48;WE=201171215;WS=201171197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,76:0.34:224
chr2	201194279	rs3739119	C	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=168;ReadPosRankSum=1.736;SC=CCTGCAGCTGCCTCCTGGGAG;SOR=0.534;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=15;WE=201194287;WS=201194269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr2	201253956	rs842823	A	G	6449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr2	201254049	rs3820881	G	C	9208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr2	201254171	rs4674015	A	G	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=58;PP=1565;SC=CATAAGTAACATTTACTGAAA;SOR=1.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=18;TCR=59;TR=76;WE=201254179;WS=201254161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	201277011	.	CT	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=2.624;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr2	201277181	rs6706953	T	C	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=857;ReadPosRankSum=0.847;SC=GATGTTAGACTTAAATATTCC;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=55;WE=201277189;WS=201277171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,84:0.64:132
chr2	201334852	rs17532294	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CGTGAGGTCTAAAGAGATTTA;SOR=0.544;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=17;WE=201334860;WS=201334842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr2	201354937	.	AGGCGCGGT	A	2954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.845;NF=9;NR=20;PP=2970;ReadPosRankSum=2.630;SC=AGGGCAGGCAAGGCGCGGTGG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=30;TCR=69;TR=29;WE=201354952;WS=201354927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,82:0.37:220
chr2	201355106	rs13018579	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=584;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GCCCACCAGGGCCGTGGCTCT;SOR=0.927;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=45;WE=201355114;WS=201355096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,65:0.39:166
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chr2	201397569	rs842940	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=49;SC=CAGATTTTATGTAAAGTTTAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=201397577;WS=201397559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	201397647	rs842939	A	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	201437328	rs35987478	C	A	6035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.69;ReadPosRankSum=2.390;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,151:0.69:218
chr2	201437334	rs12052989	T	C	6065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.96;ReadPosRankSum=2.971;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,154:0.68:225
chr2	201440299	rs3764778	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=106;ReadPosRankSum=-0.052;SC=TATTATTGATATGTAACAACC;SOR=1.022;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=7;WE=201440307;WS=201440289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	201450962	rs148878576	C	G	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,93:0.61:152
chr2	201451006	rs4470327	C	T	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=677;ReadPosRankSum=-0.770;SC=GGCTTTCTCCCGTAACAGCGG;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=47;WE=201451014;WS=201450996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,75:0.55:136
chr2	201464295	rs10179964	T	C	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=763;ReadPosRankSum=-1.560;SC=TCATTAGGCCTGGGATGGGGC;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=56;WE=201464303;WS=201464285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr2	201467231	rs2293524	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=2.222;SC=AGGGCACTTAACCTCATTCAT;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=18;WE=201467239;WS=201467221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	201470233	rs200778985	ATTT	A	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.04;ReadPosRankSum=0.797;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr2	201473674	rs2470902	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.02;ReadPosRankSum=1.485;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr2	201474237	rs4672858	A	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.040;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=752;ReadPosRankSum=0.705;SC=ACTTTTCCCTATAATATCAAT;SOR=0.298;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=47;WE=201474245;WS=201474227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,57:0.70:82
chr2	201485572	rs4672865	A	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=450;ReadPosRankSum=0.005;SC=CTCAATGGGCATAAATGATTG;SOR=0.821;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=30;WE=201485580;WS=201485562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,45:0.58:77
chr2	201485649	rs4672866	T	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=0.253;SC=GTTGGTGATATCCAATGCAGA;SOR=0.105;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=201485657;WS=201485639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr2	201485747	rs6761252	G	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=260;ReadPosRankSum=0.992;SC=AGAGACTGTTGGACAGTTCTT;SOR=1.314;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=16;WE=201485755;WS=201485737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr2	201485830	rs6761375	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,64:0.35:183
chr2	201488758	rs2348021	A	G	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=37;PP=1242;SC=AACAAATATCAGTTAAAATGC;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=201488766;WS=201488748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	201515939	rs868810	T	C	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=41;PP=977;SC=GTTCTCCAAATGCACATGAGG;SOR=2.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=201515947;WS=201515929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr2	201515992	rs80217116	G	A	421.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5098;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=352;ReadPosRankSum=0.729;SC=AGGTGTTGAGGAAACTTCTCC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=17;WE=201516000;WS=201515982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr2	201521472	rs2287011	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr2	201521731	rs4674302	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=354;ReadPosRankSum=0.440;SC=AAAACTATGAATGGATATTTT;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=24;WE=201521739;WS=201521721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr2	201523736	rs10931910	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=214;ReadPosRankSum=-2.106;SC=TTTTAGAAACAAGAAACTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=13;WE=201523744;WS=201523726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr2	201534136	rs2715907	C	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CACTACACTCCAGTGTCATGC;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=8;WE=201534144;WS=201534129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr2	201677454	rs2270281	C	T	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=18;PP=1388;SC=CAGGCATGACCTAGGGTAGGA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=66;WE=201677462;WS=201677444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	201677791	rs2270280	T	C	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=30;PP=1071;SC=TTTGTGCCTGTATCGGGTATA;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=201677799;WS=201677781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr2	202025131	rs2518142	G	A	5827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr2	202131587	rs2293554	T	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=0.917;SC=ATTGGGGCTTTTTTTTGTGGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=10;WE=202131595;WS=202131577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr2	202134144	rs13401994	G	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=109;ReadPosRankSum=0.223;SC=ATTCATTAAGGCGCCAGTTAG;SOR=0.065;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=8;WE=202134152;WS=202134137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr2	202151163	rs3769818	A	G	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.412;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=655;ReadPosRankSum=0.311;SC=CAGTCACAATATTATGTGATG;SOR=0.506;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=176;TCF=110;TCR=66;TR=56;WE=202151171;WS=202151153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,101:0.34:294
chr2	202151746	rs17860433	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=435;ReadPosRankSum=2.097;SC=GTTAAATAGGATATTAACAAC;SOR=0.984;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=26;WE=202151754;WS=202151736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr2	202152162	rs13113	T	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=282;ReadPosRankSum=1.392;SC=TTGTTTGAAATCTTTTAAAAA;SOR=0.766;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=27;WE=202152170;WS=202152152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr2	202153225	rs700635	C	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
chr2	202153252	rs700636	A	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=116;ReadPosRankSum=-2.212;SC=AGACATTCAGAGAGTCAGAGC;SOR=0.629;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=15;WE=202153260;WS=202153242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr2	202211443	rs1406122	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=519;ReadPosRankSum=-1.573;SC=ACTTGGAGTGCTGAGATTTTT;SOR=0.947;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=37;WE=202211451;WS=202211433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,59:0.29:204
chr2	202215409	rs71022364	C	CAAAACAAAACAAAACAA	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-1.929;QD=6.11;ReadPosRankSum=0.373;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,7:0.20:35
chr2	202215492	rs13014235	C	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GGAGCTGGTACAAGAGGAGTT;SOR=0.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=10;WE=202215500;WS=202215482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,15:0.27:56
chr2	202245244	rs3795966	A	G	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=24;PP=1411;SC=ACTTGTATAAAAGGTCAGTTA;SOR=1.067;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=202245252;WS=202245234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	202245944	rs3832088	TAA	T	2986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=32;PP=764;SC=ACCCAGAGCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.352;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=35;WE=202245963;WS=202245934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	202245955	rs72937131	A	G	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.64;SOR=1.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	202246034	rs3731709	G	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=275;SC=AGTTATCCTTGGTAAATATAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=202246042;WS=202246024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	202248788	rs7579617	T	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=18;PP=1088;SC=CATGAAAATATAGCTGAGGAA;SOR=1.497;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=60;WE=202248796;WS=202248778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	202248979	rs7579853	T	A	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=50;PP=1411;SC=AGATTGAAAGTCTAGATTAAT;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=78;WE=202248987;WS=202248969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	202253975	rs144571074	G	A	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.943;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=737;ReadPosRankSum=2.176;SC=AATCTGGTGCGGCAATGTGAA;SOR=1.130;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=45;WE=202253983;WS=202253965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,71:0.67:106
chr2	202257930	rs3815515	C	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=38;PP=2106;SC=AAGCAAGAAGCGTATATATAT;SOR=4.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=42;WE=202257939;WS=202257920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	202260049	rs2256584	G	A	5964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=65;PP=2563;SC=CTTTAAGTTTGTGCTGAAGGT;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=89;TCR=65;TR=154;WE=202260057;WS=202260039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr2	202264156	rs13022344	C	T	7795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=77;PP=2926;SC=TCAGATAAGACATGGTTCCGC;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=83;TCR=77;TR=159;WE=202264164;WS=202264146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr2	202264316	rs6732993	C	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=32;PP=875;SC=AAAGCAACGTCCTAGAAAGCA;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=202264324;WS=202264306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	202272032	rs11691865	T	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=220;SC=CACTGAACAATGGCTACTAAA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=202272040;WS=202272022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	202284236	rs113582398	C	CTTAAT	3819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.94;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr2	202337730	rs1019299	A	G	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=25.12;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr2	202344179	rs34469362	GT	G	386.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=235;ReadPosRankSum=-1.333;SC=TAATATAAAGGTTTTTTTTTT;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=202344187;WS=202344169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr2	202357949	rs2714482	A	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=14;PP=968;SC=TTGTCTTTACAAAGCCTCTGA;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=202357957;WS=202357939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr2	202402250	rs3083390	AAC	A	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=124;ReadPosRankSum=0.247;SC=AAAAACAATAAACACATATGT;SOR=0.330;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=4;WE=202402259;WS=202402240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	202469361	rs12474206	C	T	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=51;PP=1696;SC=CCAAATTTGGCGTCTCCTGTG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=103;WE=202469369;WS=202469351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	202469472	rs7572583	A	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=29;PP=768;SC=ACATAACTAGATGAAACATCA;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=202469480;WS=202469462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	202499683	rs56162425	C	G	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=49;PP=1510;SC=AATAGGAGAGCACTAATCTCC;SOR=1.552;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=69;WE=202499691;WS=202499673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	202501448	rs1208081	T	C	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=21;PP=1120;SC=CTATCACAACTTAACCTTGGT;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=202501456;WS=202501438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	202507982	rs6723016	T	C	6346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=2.290;SC=CCTTAGTGATTCCCAGCTCGT;SOR=0.796;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=340;TCF=185;TCR=155;TR=222;WE=202507990;WS=202507972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,300:0.64:467
chr2	202509814	rs3754932	T	C	57.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AATTAATAAATTGCTGCACTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=202509822;WS=202509804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr2	202526366	rs62193397	G	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=577;SC=CACTTGTGTAGCACTTCCTGT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=202526374;WS=202526356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	202528830	rs74887695	A	AT	6224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=52;PP=2969;SC=TTCATCTATGATTTTTCATGG;SOR=1.268;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=69;TCR=58;TR=113;WE=202528838;WS=202528820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	202531136	rs17384314	G	C	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=60;PP=1862;SC=AATTTAAAATGTGTCTGCATT;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=92;WE=202531144;WS=202531126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	202534303	rs145833090	TATAGGAAGAGCTTAA	T	370.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=138;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=64;SC=CTACTAGGTATATAGGAAGAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=202534325;WS=202534301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	202538300	rs11375204	G	GA	2011.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.96;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,92:0.96:96
chr2	202546113	rs1208073	T	C	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=23;PP=1813;SC=CAGTCTTGAATCCAGGTCCAA;SOR=1.490;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=89;WE=202546121;WS=202546103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr2	202549626	rs1812933	A	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=6;PP=391;SC=AGCCGAGATCACGCCACTGCA;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=20;WE=202549634;WS=202549616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	202549666	rs1812932	A	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.47;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	202557702	rs6725443	C	T	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=77;PP=2337;SC=ACATCTCTGCCGTAGAACAGA;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=46;TCR=77;TR=123;WE=202557710;WS=202557692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	202566741	rs7603563	T	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=28;PP=787;SC=ACAGATTTAATTGATTTCACT;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=202566749;WS=202566731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	202569992	rs3219171	A	T	7497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=129;PP=2965;SC=AATGATACTGATGTCAGAGTG;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=78;TCR=129;TR=207;WE=202570000;WS=202569982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr2	202570232	rs3219170	A	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=490;SC=ACTTATGGTAAACAAAATCCC;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=202570240;WS=202570222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	202574825	rs1210940	C	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=535;SC=AATCCATCAACAAGAAACAAC;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=202574833;WS=202574815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	202575821	rs3219168	G	A	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr2	202575907	rs2882231	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=18;PP=508;SC=CACATGAAACACAATCACTAG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=202575915;WS=202575897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	202580370	rs3219167	G	A	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=26;PP=2965;SC=ATGCTCTGCTGTATGTTGAGC;SOR=2.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=121;TCR=27;TR=146;WE=202580378;WS=202580360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr2	202598100	rs202219507	T	A	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.91;MQRankSum=-1.115;NF=16;NR=28;PP=667;ReadPosRankSum=-1.810;SC=ATCAACTGAGTGTTTTCGTCA;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=44;WE=202598121;WS=202598090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,62:0.44:141
chr2	202598113	rs2276615	C	T	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=55;PP=1966;SC=TTTCGTCATTCACTTCTGACA;SOR=1.290;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=80;WE=202598121;WS=202598090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr2	202606639	rs3731703	G	A	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=79;PP=2242;SC=TTATTATGATGTGATTATGAT;SOR=1.310;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=38;TCR=79;TR=117;WE=202606647;WS=202606629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	202608877	rs4673207	C	A	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=8;PP=1128;SC=CAGTGCATAGCAAGAAGTAAA;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=47;WE=202608885;WS=202608867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	202614632	rs41308828	T	G	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=37;PP=863;ReadPosRankSum=-0.264;SC=ATTAAGTACTTATATTAGTCT;SOR=0.522;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=7;TCR=70;TR=41;WE=202614640;WS=202614622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr2	202625615	rs3219156	C	T	7956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=76;PP=2965;SC=TGAGATGGCACTGGCTTTTCA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=105;TCR=76;TR=180;WE=202625623;WS=202625605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr2	202633725	rs113884822	TA	T	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr2	202688293	rs4675229	A	G	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=14;PP=1383;SC=TGTACTTCGTAATACCTTCTG;SOR=1.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=202688301;WS=202688283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	202698422	rs66588345	ATCT	A	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr2	202712095	rs917958	A	C	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=41;PP=1977;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CTCTTATTTCATTTGCTAGGG;SOR=0.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=103;WE=202712103;WS=202712085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr2	202741064	rs2072504	G	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=5;PP=793;SC=TTGTTTTCCCGGGACTCTTTC;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=202741072;WS=202741054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	202741256	rs4675235	A	T	8944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=75;PP=2520;SC=GGAGGAAGAGACTTCACTTGC;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=57;TCR=75;TR=132;WE=202741277;WS=202741246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr2	202741269	rs4675236	G	A	8406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=67;PP=2148;SC=TCACTTGCCCGCTTTGCCCTG;SOR=0.947;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=114;WE=202741277;WS=202741246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	202753437	.	GTC	G	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=58.99;NF=0;NR=2;PP=58;QD=34.5;SC=GCCAGATAGTGTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=2;WE=202753446;WS=202753427;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
chr2	202939654	rs10221698	T	C	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=620;ReadPosRankSum=-1.759;SC=TATGTTCCTGTCAGCAAACCT;SOR=0.921;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=39;WE=202939662;WS=202939644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,77:0.41:187
chr2	202955454	rs1568535	G	C	3531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=52;PP=1933;ReadPosRankSum=-0.050;SC=TGGCTCAGGGGTCAGCAGCTG;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=134;TCR=94;TR=124;WE=202955462;WS=202955444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,169:0.49:345
chr2	202962310	rs11288166	CT	C	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=1.510;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr2	202964380	rs2882486	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=479;ReadPosRankSum=1.429;SC=CTTCAAAGGAGAGCTACAATG;SOR=0.953;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=34;WE=202964388;WS=202964370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,57:0.51:111
chr2	202964528	rs2350722	T	C	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,94:0.51:186
chr2	202964986	rs6755174	C	A	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=613;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GTTCATCCCCCTACCTGCAAT;SOR=0.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=49;WE=202964994;WS=202964976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,80:0.49:164
chr2	202965222	rs6726731	A	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=6.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=1.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr2	202974360	rs12615065	T	G	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1276;ReadPosRankSum=0.591;SC=CCTCACGATGTGGCCCCACCA;SOR=0.949;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=182;TCF=107;TCR=75;TR=82;WE=202974368;WS=202974350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,125:0.43:291
chr2	202978198	.	G	GT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.196;QD=0.28;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,34:0.16:213
chr2	202989742	rs56243480	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.989;NF=9;NR=3;PP=130;ReadPosRankSum=1.677;SC=GCAGTGAGCCGAGATCGTGCC;SOR=0.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=12;WE=202989750;WS=202989732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr2	202990653	rs56293728	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr2	202990704	rs56046075	T	C	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=22;PP=620;SC=TGAGATGGAGTTTCGCTCTTG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=202990712;WS=202990694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	203000717	rs7578906	A	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr2	203000729	rs56806886	A	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=-2.622;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr2	203000730	rs9679591	A	T	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.01;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	203000810	rs35537724	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=240;ReadPosRankSum=1.239;SC=GAATGAAGCCGCAGACCTTCG;SOR=0.416;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=20;WE=203000818;WS=203000800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr2	203003066	rs3043926	G	GGTGT	4994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=18;PP=2864;ReadPosRankSum=1.409;SC=ATATGAACTAGGTGTGTGTGT;SOR=1.485;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=72;WE=203003074;WS=203003056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr2	203003085	rs16838883	T	C	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.857;NF=65;NR=25;PP=1474;ReadPosRankSum=-2.373;SC=GTGTGTATGGTATATATAAAA;SOR=0.582;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=181;TCF=127;TCR=54;TR=90;WE=203003093;WS=203003075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,113:0.58:194
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chr2	203051886	rs6722588	C	T	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=39;PP=1078;SC=GGATACCATGCACAGTTGTAT;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=203051894;WS=203051876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	203052947	rs35468542	G	A	3751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,192:0.52:370
chr2	203058233	rs13024221	T	C	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=325;ReadPosRankSum=-1.116;SC=TCCGGTAGGTTGGGCAAGCCA;SOR=0.798;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=22;WE=203058241;WS=203058223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr2	203058861	rs34823131	A	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=451;ReadPosRankSum=-1.294;SC=TCATCTCACAAGGATGCCTCA;SOR=0.903;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=28;WE=203058869;WS=203058851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr2	203079307	rs3769817	T	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=378;SC=TTTAGCATTCTTAACAGGTTT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=203079315;WS=203079297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	203139738	rs11397579	A	AC	694.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=670;SC=AATAGCTTCTACACCTTCATT;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=203139746;WS=203139728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	203141063	rs140927221	CA	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.080;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr2	203152355	rs7572505	G	A	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1177;ReadPosRankSum=-1.735;SC=ATGCTATCTTGCTAATTTATT;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=199;TCF=125;TCR=74;TR=90;WE=203152363;WS=203152345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,127:0.45:281
chr2	203155015	rs11310035	GT	G	1290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.433;NF=14;NR=15;PP=900;ReadPosRankSum=-1.365;SC=ATCCCTTTAAGTTTTGTTTGT;SOR=0.928;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=29;WE=203155023;WS=203155005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr2	203168173	rs1054446	C	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=92;ReadPosRankSum=0.216;SC=AAAGGAATTACGATTATATCA;SOR=1.755;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=203168181;WS=203168163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr2	203241979	.	A	AC	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=289;ReadPosRankSum=-0.949;SC=AGGCGAAGGAACCCCCCCAGC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=13;WE=203241987;WS=203241972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	203378398	rs10714063	CT	C	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.22;MQRankSum=1.225;NF=8;NR=6;PP=301;ReadPosRankSum=0.910;SC=TAACAAAATACTTTTTTAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=14;WE=203378406;WS=203378388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr2	203378616	rs7575056	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=-0.862;SC=TTTATTTGCTCCTTTTAAATT;SOR=0.654;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=15;WE=203378624;WS=203378606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr2	203379681	rs55722784	A	C	4793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=72;PP=1491;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CTCTTGATCTAGATAATCTGA;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=269;TCF=133;TCR=136;TR=144;WE=203379689;WS=203379671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,253:0.50:504
chr2	203384776	rs11390605	C	CT,CTT	1318.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=6.135;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.08;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=1.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:14,37,31:0.45,0.38:82
chr2	203630102	rs373287818	CT	C	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.902;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,37:0.25:150
chr2	203630562	rs114146579	C	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=36;PP=798;ReadPosRankSum=-0.200;SC=TGGCATCGTGCGCTTCTGGTC;SOR=0.813;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=69;TCF=10;TCR=59;TR=43;WE=203630570;WS=203630552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr2	203651278	rs55689177	CA	C	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-2.797;NF=12;NR=6;PP=189;ReadPosRankSum=0.645;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=18;WE=203651286;WS=203651268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr2	203661779	rs6704822	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	203690387	rs1344959	G	A	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=12;PP=665;SC=TTTAAATGGGGATTATCAGAT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=33;WE=203690395;WS=203690377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	203693559	rs4675296	C	G	6996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=80;PP=2965;SC=TACATAGAATCCTCAAATTTA;SOR=0.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=100;TCR=80;TR=180;WE=203693567;WS=203693549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr2	203748544	rs34788166	A	AT	2720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.648;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.354;NF=4;NR=73;PP=1008;ReadPosRankSum=2.316;SC=ATTTGTAGAAATTTTTTTTTT;SOR=0.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=5;TCR=96;TR=77;WE=203748552;WS=203748531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,137:0.91:150
chr2	203748594	rs10196719	A	G	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=50;PP=1424;SC=GGAGTGCAGTAGTGCAATCTT;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=62;WE=203748602;WS=203748584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	203749392	rs3050865	C	CTTT	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=12;PP=615;SC=CTTATTTCTTCCTTTACAATG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=203749400;WS=203749382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	203817257	.	A	AT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=3.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,27:0.17:159
chr2	203820275	rs3731695	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=-1.126;SC=TCTGTAGTTATTGTTAAAATT;SOR=0.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=8;WE=203820283;WS=203820265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr2	203880992	rs2351524	T	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=304;SC=TTTTGCTTTCTTTACTGCTAT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=203881000;WS=203880982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr2	203964456	.	C	CT	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=3.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.953;QD=0.72;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,38:0.18:208
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chr2	203992707	rs114569446	T	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=442;ReadPosRankSum=-0.642;SC=ACATTTGAGTTGCTACATCAT;SOR=0.467;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=30;WE=203992715;WS=203992697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr2	203996635	rs9677190	T	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=7;PP=810;ReadPosRankSum=-0.663;SC=ACATTTTTAATGTTAAATGAC;SOR=0.486;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=43;WE=203996643;WS=203996625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr2	203996870	rs6748898	A	G	4837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=101;PP=2936;SC=GAATAAGGCTAATAAAGCTAA;SOR=1.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=38;TCR=101;TR=139;WE=203996878;WS=203996860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr2	204002809	rs10180815	A	C	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=1;PP=770;SC=CTCTCAAGCTATTTTGTTTTG;SOR=5.283;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=204002817;WS=204002799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	204036545	.	C	CTT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	204054821	.	T	C	1028	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=132;MMLQ=24;MQ=58.75;NF=22;NR=6;PP=1028;QD=37.9561147338;SC=ATCATACCACTGCACTCCAGC;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=28;WE=204054842;WS=204054815;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,28:0.57:49
chr2	204054882	rs148174619	TACACACACACACACACACAC	T,TACAC	1605.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=41.17;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,23,16:0.59,0.41:39
chr2	204062061	rs4675323	A	G	13227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=166;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.807;SC=AAAGGCCACCATCCCCAAAAA;SOR=0.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=330;TCF=159;TCR=171;TR=323;WE=204062069;WS=204062051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,519:0.99:524
chr2	204073414	rs140112414	A	G	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.846;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=975;ReadPosRankSum=1.884;SC=TTATGGACACACCAACGAGGT;SOR=0.749;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=187;TCF=95;TCR=92;TR=80;WE=204073422;WS=204073404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,161:0.51:318
chr2	204090887	rs2351773	C	G	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	204111394	rs13015873	T	C	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=755;SC=CATTTATTGATACAGTTAATT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=204111409;WS=204111384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	204111398	rs10586509	GTTAA	G	1601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.29;NF=22;NR=5;PP=1302;SC=TATTGATACAGTTAATTCAGA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=204111409;WS=204111384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	204111443	rs6435176	A	G	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=17;PP=1274;SC=TCCAAATTAAATTGATTATTT;SOR=1.429;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=62;WE=204111451;WS=204111433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	204111705	rs6751894	T	C	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	204116660	rs3731694	A	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=157;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GATTATTTTGATACAGAAATA;SOR=0.268;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=19;WE=204116668;WS=204116650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr2	204116690	rs2043449	C	T	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=22;PP=1508;SC=TCTGTTTCAGCGGACCCTTTT;SOR=1.288;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=204116698;WS=204116680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr2	204116887	rs2351771	T	G	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=38;PP=973;SC=ATAGTATTTATTTTTTGAGTA;SOR=2.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=204116895;WS=204116877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	204154552	rs1048013	C	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.236;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,61:0.35:173
chr2	204154686	rs10170454	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=386;SC=TATTTTAGACAGAGGTTTGCT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=204154694;WS=204154676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	204206977	rs4675333	C	T	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	204216255	rs35382487	G	GT	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.902;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr2	204261723	rs3731652	G	C	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=47;PP=1056;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GCAGGCAGATGCAGTCATCTG;SOR=0.866;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=209;TCF=81;TCR=128;TR=75;WE=204261731;WS=204261713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,109:0.35:314
chr2	204305093	rs3814365	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=11.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,29:0.28:103
chr2	204309464	rs74396768	T	C	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr2	204322298	rs2469953	T	C	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.298;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,77:0.35:219
chr2	204355822	rs2469962	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr2	204732714	rs231775	A	G	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=5.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,117:0.50:232
chr2	204732850	rs231776	A	G	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=71;PP=2220;SC=CAGCAGTCAAAGGCAGTGATT;SOR=1.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=43;TCR=71;TR=114;WE=204732858;WS=204732840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr2	204822670	rs5837889	A	AT	786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,57:0.42:137
chr2	204824178	rs146016344	AGT	A	1452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.39;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
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chr2	205969220	rs2289025	G	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.319;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=697;ReadPosRankSum=-0.293;SC=ACTTCGCCAAGAACTAAGGAC;SOR=0.868;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=158;TCF=63;TCR=95;TR=50;WE=205969228;WS=205969210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,84:0.35:241
chr2	205978113	rs368750104	CAG	CG,C	286.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.083;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=-1.705;SC=TAATCCTGAGCAGGGGTGTGT;SOR=0.142;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=8;WE=205978128;WS=205978103;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.32:40
chr2	205978114	rs1848948	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.083;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=696;ReadPosRankSum=1.240;SC=AATCCTGAGCAGGGGTGTGTG;SOR=2.019;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=31;WE=205978128;WS=205978103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr2	205978118	rs5837952	GT	G	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=9.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr2	206036918	rs736320	C	T	5516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=55;PP=2703;SC=ATATTGTTTTCCTTTCTTCTG;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=143;WE=206036926;WS=206036908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr2	206041366	rs11329569	TA	T	480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr2	206050355	rs62172732	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=233;ReadPosRankSum=1.741;SC=TCAGTTCTGTATGAGAACTTA;SOR=0.208;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=16;WE=206050363;WS=206050345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr2	206165185	rs11690400	T	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=150;ReadPosRankSum=-1.029;SC=AGAAATATTCTTAGAACAATA;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=10;WE=206165193;WS=206165175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr2	206166580	rs11686273	G	A	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=893;ReadPosRankSum=-1.084;SC=TTTCTGCAGAGGCAGAGGAGC;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=55;WE=206166588;WS=206166570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,79:0.57:139
chr2	206265727	rs372362225	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.270;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=413;ReadPosRankSum=-0.904;SC=TCTCCTTCACGTTTCACTAGA;SOR=1.068;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=25;WE=206265735;WS=206265717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr2	206364487	rs11687914	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=-0.748;SC=ATTTCACCATTTTCCTGGCAT;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=206364495;WS=206364477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr2	206364737	rs10197347	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.442;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr2	206364791	rs11683289	C	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=2.589;SC=TTGAATTCATCTTTTCTAAGA;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=18;WE=206364799;WS=206364781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr2	206417900	rs12466943	T	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.896;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr2	206417948	.	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=87;ReadPosRankSum=0.647;SC=TTTTTGGCAGGCAGTAACAGC;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=9;WE=206417956;WS=206417938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr2	206418032	rs6730102	G	A	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr2	206480486	rs56272619	T	C	3104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,179:0.32:552
chr2	206481612	rs35710107	TGA	T	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr2	206562250	rs849558	C	T	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=35;PP=1646;SC=TTCTTTGGGTCGTTGATTTCT;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=93;WE=206562258;WS=206562240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr2	206565500	rs3771051	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.06;MQRankSum=-0.742;NF=14;NR=35;PP=643;ReadPosRankSum=-1.497;SC=TCCAAGGCCACCATCTCTGGT;SOR=0.632;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=142;TCF=46;TCR=96;TR=49;WE=206565508;WS=206565490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,62:0.36:171
chr2	206581033	rs849541	G	A	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=62;PP=2104;SC=CTCTACATCAGGTTCACCTCC;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=102;WE=206581041;WS=206581023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	206592695	rs849526	T	C	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,143:0.61:235
chr2	206608039	rs849568	T	C	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=96;PP=2965;SC=CCCGCCTGGTTAGCAGCCGCT;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=61;TCR=96;TR=157;WE=206608047;WS=206608029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	206614646	rs10932123	T	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=33;ReadPosRankSum=-1.307;SC=AGGGACCTAGTGGTCCCCCAG;SOR=0.478;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=6;WE=206614654;WS=206614636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr2	206630073	rs35659576	A	AAC,AACAC	1544.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.4998,0.5001;FS=1.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14,14;NR=8,8;PP=24,736;ReadPosRankSum=-0.404;SC=CAGGTGCAATAACACACACAC;SOR=1.236;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=22,22;WE=206630081;WS=206630063;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.84:61
chr2	206632302	.	T	TA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.181;SOR=1.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
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chr2	206911191	rs34828561	C	CA,CAA	771.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.4969,0.5031;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.519;NF=15,15;NR=13,13;PP=6,270;ReadPosRankSum=1.232;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=28,28;WE=206911199;WS=206911181;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.86:51
chr2	206911228	rs2909111	G	A	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=20;PP=1086;SC=GAAGACTTACGCATGTCTTTG;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=206911236;WS=206911218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	206921451	rs818009	G	A	5300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=44;PP=2318;SC=CTTCCAATTCGGTTTCCAGGT;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=112;WE=206921459;WS=206921441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr2	207024886	rs113729178	G	GC	653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.13;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	207027356	.	CT	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,18:0.21:85
chr2	207162033	rs116382753	A	G	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,117:0.29:407
chr2	207169731	rs10932150	G	A	7716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=89;PP=2965;SC=GCCAGTGTGAGAAAATGTAAC;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=110;TCR=89;TR=198;WE=207169739;WS=207169721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr2	207172627	rs7582864	A	G	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=32;PP=1426;SC=TTTCTGTCCAATCTGTGGCTG;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=72;WE=207172635;WS=207172617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	207174316	rs3732084	T	C	6350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=66;PP=2847;SC=AAGAAGCCAGTCTTCGGAAGG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=73;TCR=68;TR=139;WE=207174324;WS=207174306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	207345826	rs3213811	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=5;PP=484;SC=GAAATGAATTGCTATATGATG;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=207345834;WS=207345816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	207452151	rs3832131	GT	G	610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=16;PP=326;SC=TCATTGGAAAGTTTTTTTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=17;WE=207452159;WS=207452141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	207472573	rs1991537	A	G	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	207472606	rs5838036	G	GT	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.03;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	207472683	rs78458117	C	CTA	3957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=15;PP=1085;SC=TAATCCTAGCCTGTTTTCTGA;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=207472691;WS=207472673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	207559646	rs71410896	G	GA	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr2	207621759	rs1990849	A	G	4869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=69;PP=2048;SC=TGACATCATAATAAAGCTAAA;SOR=1.130;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=36;TCR=69;TR=105;WE=207621767;WS=207621749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr2	207814273	rs75295922	C	A	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,79:0.68:117
chr2	207820276	rs13420911	G	A	2706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=50;PP=1202;ReadPosRankSum=1.374;SC=CCCACCCCATGTATTATCTGA;SOR=0.837;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=84;WE=207820284;WS=207820266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,132:0.64:206
chr2	207824384	rs11903403	T	G	3506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=36;PP=1538;ReadPosRankSum=0.877;SC=ACAACTCAAGTATACGCAAGC;SOR=0.619;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=134;TCF=83;TCR=51;TR=91;WE=207824392;WS=207824374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,163:0.66:246
chr2	207824548	rs1453168	G	A	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=66;PP=2007;SC=TATCCATTCCGGCTCTAAAAA;SOR=1.572;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=27;TCR=66;TR=93;WE=207824556;WS=207824538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr2	207824650	rs1453169	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=5.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=0.809;SC=GTTTAGGCCTAAGGAAGCCTA;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=207824658;WS=207824640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr2	207825656	rs13397039	A	T	3763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,171:0.65:262
chr2	207833848	rs7582092	A	G	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=591;ReadPosRankSum=0.191;SC=ATAGAAATCCATTCTTCCAAA;SOR=0.478;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=41;WE=207833856;WS=207833838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,84:0.72:117
chr2	207833983	rs7582305	A	G	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.943;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=996;ReadPosRankSum=-1.074;SC=ACAGTGGAACATATGGGTTTG;SOR=0.977;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=68;WE=207833991;WS=207833973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,86:0.68:127
chr2	207908875	rs1468982	T	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=-1.390;SC=AATATATCACTTACTATGTAC;SOR=1.112;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=207908883;WS=207908865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	207946141	rs2287507	A	G	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=52;PP=1382;ReadPosRankSum=-2.868;SC=AGTTTAAGGGACAAAATGTTT;SOR=0.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=40;TCR=76;TR=80;WE=207946149;WS=207946131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,109:0.70:155
chr2	207946164	rs2287506	T	C	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=40;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.320;SC=GTTTAAATCCTATCTCTTCCA;SOR=1.071;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=53;WE=207946172;WS=207946154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
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chr2	207953406	rs2302870	T	G	1956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=54;PP=1208;ReadPosRankSum=-2.003;SC=GAAAGGGCTGTTTAACTCATT;SOR=0.521;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=111;TCF=26;TCR=85;TR=73;WE=207953414;WS=207953396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,85:0.67:127
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chr2	207974875	rs2244918	A	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=414;ReadPosRankSum=-0.689;SC=AAATGCAGACATAAAGTATGT;SOR=0.719;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=26;WE=207974883;WS=207974865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr2	207988613	rs2700166	C	T	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=34;PP=1171;SC=CTTCAGCCCCCAGCCCTCCTT;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=207988621;WS=207988603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	207998800	rs2284934	C	T	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,115:0.30:387
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chr2	208031724	rs2269070	G	C	377.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=3.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.548;NF=9;NR=3;PP=207;ReadPosRankSum=0.418;SC=AGACCTGGTCGGGAGTCCGGC;SOR=1.000;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=12;WE=208031732;WS=208031719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr2	208031796	rs2037893	C	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=9;PP=699;SC=TAGAGGGAGCCTAGGTAGACG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=208031804;WS=208031786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	208031992	rs1269424	T	A	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	208477852	rs2551949	G	A	11191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr2	208477956	rs2709416	C	T	7820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=118;PP=2965;SC=GTTCCAGTGTCTGAAGAAGAT;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=86;TCR=118;TR=204;WE=208477964;WS=208477946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr2	208633413	rs4675711	T	C	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=60;PP=2054;SC=CCAGCTGCGCTAGGAGCAGCA;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=92;WE=208633421;WS=208633403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	208693261	rs720632	C	G	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=50;PP=1704;SC=AAGACTGAAGCCAGCAAGACA;SOR=1.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=84;WE=208693269;WS=208693251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	208693307	rs720631	T	C	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=40;PP=993;SC=GTGCAGCTGGTGGCACAATCT;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=208693315;WS=208693297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	208717440	rs10932211	A	G	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=35;PP=1636;SC=AGGCAGGGAAAGGCTGAAAAA;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=89;WE=208717448;WS=208717430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	208717574	rs113047081	G	GA	842.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.764;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr2	208811097	rs10932215	C	T	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=40;PP=1758;SC=CTACCTTATACTTTGAAGTAT;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=97;WE=208811105;WS=208811087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	208811284	rs10932216	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=677;ReadPosRankSum=0.434;SC=GTACTTTTAACACTACAGAAC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=42;WE=208811292;WS=208811274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,61:0.59:104
chr2	208841964	rs4441448	A	G	6139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=74;PP=2965;SC=TTGTCAGCTCATTCTGCCGCC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=92;TCR=75;TR=166;WE=208841972;WS=208841954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr2	208986385	rs2305429	A	G	3320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=27;PP=1953;SC=AAACAACAAAAGAGGACATAT;SOR=1.456;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=88;WE=208986393;WS=208986375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr2	208986637	rs2305430	T	C	6107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=94;PP=2965;SC=TGTAGTCCTCTCTCTCATAGA;SOR=1.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=66;TCR=95;TR=160;WE=208986645;WS=208986627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr2	209007559	rs796287	T	G	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=78;PP=2398;SC=TGAACAGAGATACAGTCGTCT;SOR=1.475;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=32;TCR=78;TR=110;WE=209007567;WS=209007549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	209030330	rs34111482	G	GT	422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.22;ReadPosRankSum=-1.302;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr2	209030572	rs6721025	A	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=580;SC=GGTATCAAGCACATCAATTTA;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=209030580;WS=209030562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	209033138	rs7589065	C	T	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=16;PP=459;SC=TGGCTCAAGCCTGTAATCCCA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=209033146;WS=209033128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	209033173	rs7562540	A	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=352;SC=CAAGGCGGGCAGATCGCGAGG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=209033181;WS=209033163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	209035485	rs6435420	T	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=2;PP=1008;SC=ATTTTGCAGATGAGGAAACTA;SOR=4.125;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=209035493;WS=209035475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	209035658	rs6748431	C	T	9597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=120;PP=2965;SC=AATTTACAATCTCACACCTAC;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=127;TCR=120;TR=247;WE=209035666;WS=209035648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr2	209035849	rs4292037	A	C	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=37;PP=1224;SC=TGTCCATCCAAAGTTTCATTT;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=209035857;WS=209035839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	209036605	rs10932244	T	C	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=28;PP=1772;SC=CAACCAGACATAGAAATCTAA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=85;WE=209036613;WS=209036595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	209036712	rs10804166	T	C	6511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=76;PP=2615;SC=CCAGGCTTACTCTGTTTGCGG;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=72;TCR=77;TR=147;WE=209036720;WS=209036702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr2	209036778	rs6435421	A	G	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=65;PP=1985;SC=AAGGAGAGGCAGAGAGATGAA;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=103;WE=209036786;WS=209036768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	209045657	rs10208685	T	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=137;ReadPosRankSum=-0.128;SC=ATCATAAGTATTAAATACAGT;SOR=0.780;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=10;WE=209045665;WS=209045647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr2	209045839	rs56342568	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=0.741;SC=CTCCTAAACATTTAGAAACAT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=209045847;WS=209045829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr2	209046162	rs6435425	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.55;ReadPosRankSum=0.207;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr2	209046162	.	GTA	ATG	475	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=10;PP=475;QD=52.8467874862;SC=AATAAAATTGGTATGATTGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=209046172;WS=209046152;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,10:0.71:14
chr2	209046164	rs6435426	A	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.58;ReadPosRankSum=0.447;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr2	209049840	rs10804167	C	T	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	209101905	rs57383668	GA	G	1125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=324;SC=TAACGGGAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=209101913;WS=209101895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr2	209138946	rs6705163	C	T	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=28;PP=827;SC=GCTGAATAAGCTGAGCTCCTC;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=209138954;WS=209138936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	209163556	rs7569723	C	T	5985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=96;PP=2803;SC=AGAGAATGTTCATGTGACTGA;SOR=1.184;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=49;TCR=97;TR=144;WE=209163577;WS=209163546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr2	209168853	rs893256	C	T	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=51;PP=2377;SC=ACATTGTTGCCATTGAAGGCC;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=122;WE=209168861;WS=209168843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	209176807	rs12624141	T	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=510;SC=GAGGCATTTTTACCCAAAGCT;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=209176815;WS=209176797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	209184844	rs934712	A	G	51.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	209184980	rs10932258	G	A	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=304;ReadPosRankSum=-0.204;SC=TTGTAGATGAGTTCTTGTATT;SOR=0.223;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=209184988;WS=209184970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr2	209184999	rs10932259	C	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=9;PP=300;SC=TTAAAAACCCCAAAATTCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=19;WE=209185007;WS=209184989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	209189912	rs893255	A	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=22;PP=970;SC=TTTTACAGATATTAAGAGAGT;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=209189920;WS=209189902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	209190330	rs2363468	T	C	5407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=65;PP=2406;ReadPosRankSum=1.855;SC=TTGCTGGAATTGAGGATTGTG;SOR=0.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=128;WE=209190338;WS=209190320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,205:1.00:206
chr2	209190519	rs893254	A	T	11595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	209190528	rs893253	C	G	11454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.50;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr2	209191082	rs1529979	C	A	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=52;PP=1829;SC=TTCAAGTGGCCAATCAGGAAG;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=93;WE=209191090;WS=209191072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr2	209191099	rs1529978	T	C	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=51;PP=1497;SC=GAAGCAAAAATGAGGGTGATG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=90;WE=209191107;WS=209191089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	209194696	rs1437414	G	C	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=11;PP=370;SC=AAAATTTCAAGCTAAAACGTA;SOR=0.813;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=209194704;WS=209194686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	209195099	rs1866045	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=559;SC=AACTATCACCGTGCTGTAGCT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=209195107;WS=209195089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	209195133	rs12694109	T	C	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=4;PP=854;SC=AGCTGCAGGCTCAGAGCAGCA;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=209195141;WS=209195123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	209195491	rs112938452	G	GAGA	299.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=401;SC=TTTTCCTGAGGAGGTTTCCTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=209195499;WS=209195481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	209199945	rs2363469	A	G	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=3;PP=879;SC=TGCCTCATAGAATATAGTTGA;SOR=3.967;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=37;WE=209199953;WS=209199935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	209201054	rs6744236	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=406;SC=TTTTGTTTCCTGTCACTCTCC;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=209201062;WS=209201044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	209201739	rs7596571	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=418;SC=TAGTTTAATATGTACTTTAGT;SOR=2.925;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=22;WE=209201747;WS=209201729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	209203122	rs4675756	C	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=258;SC=AATTTTTTAACGGTATAAATG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=209203130;WS=209203112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	209207518	rs35986928	C	CT	91.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.95;MQRankSum=-0.224;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,10:0.83:12
chr2	209209827	rs2304544	G	A	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=1.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr2	209209997	rs2043718	C	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=35;PP=886;SC=AGTTTTATTACAGCATTTATC;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=209210005;WS=209209987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	209212707	rs2304545	G	A	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=34;PP=1118;SC=TTGGGCAGACGGGCAAGGAGG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=65;WE=209212715;WS=209212697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	209214770	rs2118297	A	G	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	209215448	rs994696	A	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=368;SC=GAGGAAAGATATTTTCTGAGT;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=209215456;WS=209215438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	209215586	rs994697	A	G	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=21;PP=726;SC=ACAGCAGTGAAGAAGATTTCA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=209215594;WS=209215576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr2	209219190	rs6435453	A	G	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=11;PP=1060;SC=AGCACTCAATAAAAGTTAACT;SOR=2.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=209219198;WS=209219180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	209220157	rs10208191	G	T	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=777;SC=CAGTTCTGTGGCTGTTTAGAC;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=209220165;WS=209220147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	209224874	rs11357589	CA	C	2036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=15;PP=1085;SC=AGCAGTTTGTCAACCAGCATA;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=26;WE=209224882;WS=209224864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	209293168	rs962595	C	T	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=657;SC=TGCAGCAGAACAACAACACTC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=209293176;WS=209293158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	209315573	rs1370371	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=343;ReadPosRankSum=0.087;SC=AACCTCAGATGTTCTCAAGAC;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=29;WE=209315581;WS=209315563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,45:0.36:124
chr2	209345944	rs34570534	CT	C	973.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=4.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-1.265;QD=7.98;ReadPosRankSum=1.661;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,91:0.75:122
chr2	209346020	rs61511423	T	TGCAACCTC	1772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=2346;SC=CTCGGCTCACTCGCCTCCCGG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=30;WE=209346028;WS=209346010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	209353607	rs6726003	A	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=492;SC=CCCTGTCTCAAGAAAAGATAA;SOR=2.636;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=209353615;WS=209353603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	209353656	rs11335842	GT	G	1034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.283;NF=17;NR=15;PP=574;ReadPosRankSum=1.666;SC=GCTCTGCTAAGTTTTTTTTTT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=32;WE=209353664;WS=209353646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr2	209358027	rs3820900	C	T	5815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=64;PP=2563;SC=GTCGGTGGAACCTCTCCGTGG;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=73;TCR=64;TR=136;WE=209358035;WS=209358017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr2	210517785	rs2254169	C	T	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=15;PP=1222;SC=CGGTTTGCTACAAATTTTTCC;SOR=2.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=210517793;WS=210517775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	210517915	rs2271252	T	C	5883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=68;PP=1935;ReadPosRankSum=1.927;SC=AACGGAAAGATGAAGCAAAGG;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=225;TCF=123;TCR=102;TR=148;WE=210517923;WS=210517905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,278:0.67:415
chr2	210555264	rs3768813	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=355;ReadPosRankSum=1.209;SC=TCCTTTAGCAATATTTCTGTC;SOR=2.079;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=21;WE=210555272;WS=210555254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr2	210557380	rs6720659	C	T	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=15;PP=945;ReadPosRankSum=-0.138;SC=TGGAGTTCCACGATCAACAGG;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=58;WE=210557388;WS=210557370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,82:0.55:150
chr2	210557542	rs741007	G	A	4349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=54;PP=2208;ReadPosRankSum=-0.325;SC=TGCAAGGCACGGAAGAAGAAA;SOR=0.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=110;TCR=87;TR=121;WE=210557550;WS=210557532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,193:0.66:294
chr2	210558162	rs741006	G	A	6020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=84;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.516;SC=GTGCAGCAAAGGGATACTTTC;SOR=0.816;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=288;TCF=148;TCR=140;TR=180;WE=210558170;WS=210558152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,274:0.63:436
chr2	210559960	rs2239672	G	T	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1592;ReadPosRankSum=-1.173;SC=TTAGTTCAGTGCCAGAGATAG;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=74;TCR=87;TR=96;WE=210559968;WS=210559950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,144:0.57:253
chr2	210561533	rs3217099	C	CAGA	1013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=915;ReadPosRankSum=-1.114;SC=TACTTTTTTGCAGAACTGCCT;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=19;WE=210561541;WS=210561523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr2	210569459	rs12619409	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=-0.164;SC=TGAAGTGTTTGACACATAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=12;WE=210569467;WS=210569449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr2	210588500	rs2284359	A	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=413;ReadPosRankSum=0.395;SC=ACCTCTTTCCAACACACTGCT;SOR=0.843;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=22;WE=210588508;WS=210588490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr2	210594540	rs4673486	A	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=732;ReadPosRankSum=-1.676;SC=CGAATGCAAGATATAGTTAAA;SOR=0.718;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=54;WE=210594548;WS=210594530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,78:0.41:190
chr2	210594717	rs11389149	C	CT	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.10;MQRankSum=0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr2	210594721	rs201238994	T	TA	211.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=-1.707;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.787;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr2	210594722	rs77505136	T	A	309.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr2	210594768	rs7594601	T	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=1.235;SC=AGGTCCCAGATTGTAGACCTG;SOR=1.058;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=10;WE=210594776;WS=210594758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr2	210654225	rs35337581	C	T	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,93:0.62:150
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chr2	210698785	rs75245711	C	T	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=578;ReadPosRankSum=-0.046;SC=ATGGGAATGTCTTCAGGAGAG;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=37;WE=210698793;WS=210698775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,65:0.65:100
chr2	210745681	rs2370838	C	A	7581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=73;PP=2873;ReadPosRankSum=-0.810;SC=CTTTCATTTCCTAGGTACTGT;SOR=0.246;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=84;TCR=73;TR=156;WE=210745689;WS=210745671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,294:1.00:295
chr2	210786137	rs9288415	G	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=4;PP=423;SC=AAACTACTACGTTTGTGTCAT;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=210786145;WS=210786127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	210804439	rs80250444	A	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-0.528;QD=20.62;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr2	210843383	rs2075117	G	A	7621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=99;PP=2965;SC=AGCCATCCCAGCAGGCTTCGC;SOR=0.837;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=80;TCR=100;TR=179;WE=210843391;WS=210843373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr2	210846867	rs2723222	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TCAGTGTCATAGTTTTTGTAA;SOR=0.789;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=20;WE=210846875;WS=210846857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,29:0.28:105
chr2	210874246	rs3738934	T	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=262;ReadPosRankSum=-0.382;SC=TTTAGTATTATTTAATACTGA;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=19;WE=210874254;WS=210874236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr2	210880893	rs7570090	C	T	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=890;ReadPosRankSum=0.715;SC=GGAAGATTTGCGGGAAACAGG;SOR=0.731;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=46;TCR=64;TR=64;WE=210880901;WS=210880883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,109:0.59:184
chr2	210882171	rs2075116	A	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=195;ReadPosRankSum=-1.635;SC=TTTAGGAGTTACTTATTTCCT;SOR=0.826;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=14;WE=210882179;WS=210882161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chr2	210882677	.	C	T	78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=78;QD=28.1928031368;SC=CTATGTTGGCCAGGCTGGTCT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=210882685;WS=210882667;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	210889759	rs6435550	A	G	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=5;PP=943;ReadPosRankSum=-1.109;SC=GTCTCACCCAAAATTCATGCA;SOR=0.462;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=44;WE=210889767;WS=210889749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,59:0.77:77
chr2	210962947	.	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=366;ReadPosRankSum=-1.224;SC=AGGAAACAGTCAACCTTTTAC;SOR=0.680;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=36;WE=210962955;WS=210962937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,65:0.31:207
chr2	211060050	rs2286963	T	G	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=859;ReadPosRankSum=1.095;SC=TCTGCTAATTTATGTTGCACT;SOR=0.687;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=52;WE=211060058;WS=211060035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,71:0.71:100
chr2	211069438	rs263677	G	A	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=66;PP=2014;SC=GTAGAGAATGGTCTCATTTAA;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=112;WE=211069446;WS=211069428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	211074909	rs3764913	T	C	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=547;ReadPosRankSum=-2.367;SC=TAGAAGTCCTTTTTTACACAC;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=33;WE=211074917;WS=211074899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,61:0.69:89
chr2	211163063	rs150329321	TAC	T,TACACAC	572.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.22;QD=26.03;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,17,5:0.77,0.23:22
chr2	211167132	rs2292300	A	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=477;ReadPosRankSum=-0.676;SC=GAAGAGCTAAACTCATCCCAA;SOR=0.640;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=36;WE=211167140;WS=211167122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,46:0.26:175
chr2	211168181	rs35179660	T	TC	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.783;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=0.728;SC=TCAGTTCCATTTTTGCCTATC;SOR=0.212;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=3;WE=211168189;WS=211168171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr2	211168346	rs12469767	A	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=1.037;SC=GAGTGGGGTCATCCCTGGCTG;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=18;WE=211168354;WS=211168336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr2	211319824	rs2287432	T	C	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.68;ReadPosRankSum=1.632;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr2	211320041	rs10691255	G	GAA	584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.577;QD=20.16;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,26:0.90:29
chr2	211341156	rs2287418	C	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=19;PP=542;SC=AGGGGAAAAACAGAAACTAGG;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=211341164;WS=211341146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	211341204	rs56033100	G	GC	410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=402;SC=GAGGGCGGCGGCGGCGCCCAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=211341212;WS=211341194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	211342502	rs17552879	G	A	6837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=109;PP=2965;SC=TGAGTCTTAAGCTGGATATCT;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=66;TCR=110;TR=173;WE=211342510;WS=211342492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	211444533	.	GGT	G	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,15:0.17:86
chr2	211513118	rs4673540	C	T	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=7;PP=952;SC=GGCTACCACTCGAGCTAATGA;SOR=2.448;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=42;WE=211513126;WS=211513108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr2	211532800	rs3217217	A	ATGTG	745.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.75;MQRankSum=-0.162;QD=35.49;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
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chr2	212285103	rs2289086	T	C	280.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=-0.649;SC=TTAGTGCTTATGAACTATTAC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=212285111;WS=212285093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr2	212286934	rs3791709	A	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=482;ReadPosRankSum=0.347;SC=TGTTGTTTTAATCGTAATGAT;SOR=0.390;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=28;WE=212286942;WS=212286924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr2	212295875	rs6710946	C	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.240;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=505;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CCCAGGTTTTCCCATTTTTCT;SOR=1.371;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=27;WE=212295883;WS=212295865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr2	212488828	rs146953835	GTC	G	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=-0.752;QD=0.76;ReadPosRankSum=-1.621;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,12:0.12:96
chr2	212488870	rs3215298	G	GC	1731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.162;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.153;NF=1;NR=29;PP=1147;ReadPosRankSum=-1.410;SC=TTCTTACAAAGAAAAACACAC;SOR=0.127;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=30;WE=212488878;WS=212488860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,52:0.76:68
chr2	212543924	rs4673628	A	G	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=49;PP=1718;SC=GAAACACCAAAATCAAGGGGA;SOR=0.889;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=84;WE=212543932;WS=212543914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr2	212544024	rs10169970	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=364;SC=TATGGCAAATGACTTTGGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=212544032;WS=212544014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	212569879	rs10221746	T	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=6;PP=345;SC=ACAGGGTTTCTCCATGTTGGC;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=212569887;WS=212569869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	212569924	rs10221615	G	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=9;PP=438;SC=TGATCCACCCGCCTCAACCTC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=212569932;WS=212569914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	212569983	rs6723705	G	A	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=21;PP=1088;SC=AGTCAATCTTGTGTAATTTTT;SOR=1.141;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=60;WE=212569991;WS=212569973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	212587321	rs13002712	G	A	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=44;PP=900;ReadPosRankSum=-0.185;SC=TTAATGAAACGCTGCCAAAAC;SOR=0.488;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=24;TCR=70;TR=59;WE=212587329;WS=212587311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,79:0.72:110
chr2	212589986	rs35778743	T	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=271;ReadPosRankSum=0.178;SC=AGCTGAGTTCTGGAGTGACAA;SOR=0.522;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=27;WE=212589994;WS=212589976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr2	212615516	rs6757068	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=215;ReadPosRankSum=0.896;SC=GAAATACTCCTGCTCCTTTAT;SOR=0.356;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=18;WE=212615524;WS=212615506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr2	213291199	rs10166403	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=7;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.810;NF=5;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-1.856;SC=TGATATTTTTATTAAATAGTT;SOR=0.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=14;WE=213291207;WS=213291189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr2	213291226	rs34480397	C	CTCTT	893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=14;PP=786;SC=AAACCTCAATCTCTTTATCTC;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=213291234;WS=213291216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	213403091	rs73989053	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=429;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TCCCGGGATGGGTGAAGAGGG;SOR=1.461;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=25;WE=213403099;WS=213403081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr2	213886454	rs2291241	A	T	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=42;PP=1514;SC=TCTGGTTAGAAAAATGAAAAA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=213886462;WS=213886444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr2	213886647	rs141472671	A	ATTTTATCT	2278.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=14;PP=1558;SC=ACAGCATAAGATTTTATCTTC;SOR=0.963;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=21;WE=213886655;WS=213886637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	213914343	rs2165444	C	T	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=5;PP=534;SC=TGGTCATTACCGACTACATAA;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=213914351;WS=213914333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	213945992	.	G	GA	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,18:0.19:93
chr2	214012405	rs6738070	A	C	4115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=3.070;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,210:0.50:424
chr2	214142631	rs13000409	G	C	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=482;ReadPosRankSum=-0.850;SC=CAGGGCATGTGAGAGGTCTTC;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=33;WE=214142639;WS=214142621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,65:0.57:115
chr2	214228792	rs12469417	C	T	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=5;PP=299;SC=TTGAATTTTACTTTTTAGATT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=214228800;WS=214228782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	214228959	rs4146048	G	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=628;SC=GATATTTAAAGGTGAGTAAGT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=214228967;WS=214228949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	214233812	rs6752347	C	A	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=34;PP=1027;SC=AGTGTGGAAACAATTTTAATT;SOR=1.139;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=214233820;WS=214233802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	214261534	rs339815	T	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=169;ReadPosRankSum=-0.388;SC=ACCCTTTATCTGTGTTCTTTA;SOR=0.116;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=17;WE=214261542;WS=214261524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr2	214794743	rs12623569	A	C	3080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.025;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=38;PP=1094;ReadPosRankSum=-1.625;SC=GATCTATGTAAAGGCGATTGC;SOR=0.757;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=197;TCF=100;TCR=97;TR=87;WE=214794751;WS=214794733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,159:0.51:314
chr2	215013777	rs5838412	GTA	G	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.620;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr2	215013801	.	G	GTATA	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr2	215102929	rs1912207	T	A	5959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=53;PP=2554;ReadPosRankSum=-0.582;SC=TGTTACCTCATATTGAAGTTG;SOR=0.622;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=81;TCR=54;TR=134;WE=215102937;WS=215102919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr2	215593261	rs33960630	C	CTT	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.583;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr2	215595765	rs6435849	C	G	4856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr2	215595861	rs34664471	G	GA	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.164;HP=10;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=221;ReadPosRankSum=1.452;SC=GGCTTTGCAGGAAAAAAAAAA;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=19;WE=215595880;WS=215595851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr2	215595872	rs28685662	G	A	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=712;SC=AAAAAAAAAAGCATTCTTTTG;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=29;WE=215595880;WS=215595851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	215632256	rs2070093	A	G	9277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=107;PP=2965;SC=CTATATCCACATGCCCATTCT;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=119;TCR=107;TR=226;WE=215632264;WS=215632246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr2	215645464	rs2229571	C	G	4535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=90;PP=2615;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TACTGTTTTTCCTCCCTGATG;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=305;TCF=132;TCR=173;TR=154;WE=215645472;WS=215645454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,212:0.48:443
chr2	215645545	rs2070096	C	G	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=55;PP=1604;ReadPosRankSum=-1.486;SC=CTGAGGGCACCGTTTGCTTAA;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=208;TCF=91;TCR=117;TR=97;WE=215645553;WS=215645535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,136:0.45:302
chr2	215657182	rs56130510	TA	T	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=5.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.942;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,45:0.58:78
chr2	215674090	rs35933323	T	G	5066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=69;PP=2259;ReadPosRankSum=1.069;SC=CCAGAAACTGTGCGACCCGTG;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=201;TCR=160;TR=156;WE=215674098;WS=215674080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,268:0.41:659
chr2	215674323	rs1129804	C	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-1.406;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr2	215674341	rs17489363	A	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=193;ReadPosRankSum=-0.573;SC=GAAGCAAGGAAGCCTCGGGAA;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=13;WE=215674349;WS=215674331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr2	215674371	rs34732883	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr2	215797527	rs10532785	AATTC	A	824.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.315;NF=2;NR=14;PP=670;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AAATAAAGTTAATTCATTCTC;SOR=0.749;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=16;WE=215797538;WS=215797517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr2	215812297	rs2274412	G	A	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=798;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GCAATAAAAGGGGAGTTAGGT;SOR=0.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=54;WE=215812305;WS=215812287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,86:0.43:199
chr2	215820013	rs10498027	G	A	4338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.591;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,233:0.46:509
chr2	215840414	rs17493319	C	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=0.575;SC=CTTCTAAGTACTTTATTCTCC;SOR=0.483;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=8;WE=215840422;WS=215840404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr2	215840829	rs7594021	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=-0.445;SC=AACTTCAGAAACTATATATAA;SOR=0.180;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=215840837;WS=215840819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr2	215847629	rs62204080	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=0.045;SC=GAGTGGCTGGGACATGCTATT;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=7;WE=215847637;WS=215847619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr2	215848034	rs7608150	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=321;SC=ATCACCCTGGTTGCTCTTTGA;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=215848042;WS=215848024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	215851246	rs7559069	A	G	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=1.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr2	215851303	rs34351934	A	G	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=26;PP=1083;ReadPosRankSum=-0.001;SC=GGCCCCAGCAATGAAGTAATA;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=207;TCF=135;TCR=72;TR=77;WE=215851311;WS=215851293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,124:0.43:290
chr2	215854156	rs71428357	C	T	3739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=66;PP=1779;ReadPosRankSum=0.684;SC=CATCCTGAACCGGGGAGGTGT;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=131;TCR=126;TR=133;WE=215854164;WS=215854146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,194:0.45:428
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chr2	215876371	rs10198064	T	C	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=453;ReadPosRankSum=-0.654;SC=TTCTGTACATTGCCTGTGAGA;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=47;TCR=80;TR=47;WE=215876390;WS=215876361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,83:0.40:206
chr2	215876589	rs11388414	G	GT	910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,54:0.82:66
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chr2	215878433	rs11896277	G	A	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=558;ReadPosRankSum=-0.203;SC=AGTAATAATAGTAATTTCATG;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=33;WE=215878441;WS=215878423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr2	215880108	rs6753310	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=203;ReadPosRankSum=-0.266;SC=TTCCAAAAGCCGAATAAATGG;SOR=0.317;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=11;WE=215880116;WS=215880098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	215890312	rs2177423	A	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=6;PP=315;SC=AAATATTATGAGAAGTGTTAA;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=215890332;WS=215890305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	215890324	rs5838479	G	GT	640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.04;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	215890352	rs5838480	GTT	G	771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.43;MQRankSum=0.648;QD=26.61;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr2	215901592	rs1474331	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=275;ReadPosRankSum=-0.838;SC=TCATCTCTACATGATTACTTT;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=21;WE=215901600;WS=215901582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr2	215901774	rs17501837	C	T	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1019;ReadPosRankSum=0.733;SC=AAACCTTCTGCACAACCAGCA;SOR=0.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=67;TCR=82;TR=73;WE=215901782;WS=215901764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,137:0.49:279
chr2	215919166	rs10194592	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=386;ReadPosRankSum=0.426;SC=CATGAGGAACGTTTAGATCTC;SOR=0.546;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=46;TCR=3;TR=23;WE=215919174;WS=215919156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr2	215928972	rs1523721	G	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=617;ReadPosRankSum=1.408;SC=CATTACATCAGTATGGCACAT;SOR=1.417;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=32;WE=215928980;WS=215928962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr2	215940242	rs6711179	T	C	8441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr2	215940283	.	GA	G	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;ClippingRankSum=0.000;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=1.191;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,58:0.17:332
chr2	215976231	rs2948978	A	T	283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=0;PP=310;SC=ACAAAAAAAAATTTTTGAAAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=215976239;WS=215976221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	216176780	rs28366034	C	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.403;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=434;ReadPosRankSum=1.763;SC=GCTTCCTGAGCCGCCACATCC;SOR=0.746;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=34;WE=216176788;WS=216176770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,53:0.40:134
chr2	216176807	rs4535042	T	G	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=591;ReadPosRankSum=0.433;SC=CCCTCCTACCTGCGCACGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=47;WE=216176815;WS=216176797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,95:0.61:157
chr2	216176824	rs28366035	C	T	976.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,56:0.38:148
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chr2	216190020	rs2372536	C	G	3820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=60;PP=1601;ReadPosRankSum=-0.266;SC=CCAGGTGTAACTGTTGAGGAG;SOR=0.652;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=202;TCF=93;TCR=109;TR=114;WE=216190028;WS=216190010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,188:0.59:317
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chr2	216209472	rs13010249	A	G	4824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=62;PP=2044;ReadPosRankSum=1.600;SC=AAAAGGCCCCATGCAATTTAC;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=147;TCR=103;TR=150;WE=216209480;WS=216209462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,244:0.58:424
chr2	216211712	rs10932609	A	T	7313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
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chr2	216212339	rs4673993	T	C	5068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.202;NF=71;NR=77;PP=2239;ReadPosRankSum=0.656;SC=CAGTTTTTTATTCAGGAGCAG;SOR=0.624;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=258;TCF=121;TCR=137;TR=148;WE=216212347;WS=216212329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,242:0.59:408
chr2	216213689	rs61469558	A	T	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=2.501;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,36:0.34:105
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chr2	216214492	rs10498036	T	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.538;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=446;ReadPosRankSum=1.028;SC=ACTGGATCCATAGTTTTTGGT;SOR=2.833;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=25;WE=216214500;WS=216214482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr2	216229692	rs11651	A	G	8671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.482;SC=TCCCATCATCATAACACGTTG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=436;TCF=253;TCR=183;TR=258;WE=216229700;WS=216229682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,423:0.62:685
chr2	216235089	rs1250209	C	T	11618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=138;NR=145;PP=2965;SC=TCCACTATGACGTTGTAGGTG;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=138;TCR=145;TR=283;WE=216235097;WS=216235079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr2	216236532	rs10804241	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.229;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.470;NF=10;NR=3;PP=163;ReadPosRankSum=-1.299;SC=CATCACACCCGGCCATGAAGC;SOR=1.005;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=13;WE=216236540;WS=216236522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr2	216237929	rs2289199	A	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=323;ReadPosRankSum=1.957;SC=GCTGTTAGATAAAAAAAATCA;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=18;WE=216237937;WS=216237920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr2	216240126	rs3214672	AAC	A	1076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=725;ReadPosRankSum=-0.729;SC=GCTGAAAGAAAACAAAATTAA;SOR=0.942;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=21;WE=216240135;WS=216240116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,41:0.29:139
chr2	216242917	rs1132741	T	A	2891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=35;PP=1262;ReadPosRankSum=-1.188;SC=TGGTGACAACTCCCTGAGCTG;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=254;TCF=155;TCR=99;TR=93;WE=216242925;WS=216242907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,157:0.38:408
chr2	216243832	rs1250204	T	C	10626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=137;NR=97;PP=2965;SC=TTTATTCCAATGAACAACGGT;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=137;TCR=97;TR=234;WE=216243840;WS=216243822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr2	216248305	rs1250203	G	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=26;PP=750;SC=TCGAATGATCGCTTACATGAG;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=216248313;WS=216248295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	216248707	rs35639338	TAA	T	1502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=635;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TCTGAATAAGTAAAAGCTGGT;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=19;WE=216248716;WS=216248697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr2	216249587	rs13652	C	T	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=35;PP=1799;SC=CTGTACCTGTCTCTCCGTAAG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=61;TCR=35;TR=96;WE=216249595;WS=216249577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	216249819	rs1250201	C	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=325;SC=GTAAATACTACGTGTAATTAG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=216249827;WS=216249809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	216251697	rs35343655	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.570;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=180;ReadPosRankSum=0.217;SC=TTTCCCACCCGGGGGAGGAAG;SOR=1.702;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=13;WE=216251705;WS=216251687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr2	216253039	rs1250215	G	C	3756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.472;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=60;PP=1290;ReadPosRankSum=-0.302;SC=AGGGGCAAATGGGGCTTATTT;SOR=0.570;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=188;TCF=78;TCR=110;TR=106;WE=216253047;WS=216253029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,181:0.58:310
chr2	216256615	rs6709607	T	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.960;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=-0.869;SC=AAAGGTAAAATCAATATTTCA;SOR=1.562;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=11;WE=216256623;WS=216256605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr2	216262621	rs6725958	A	C	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=710;ReadPosRankSum=1.044;SC=TTTCCAGAGGACTGTTACTGC;SOR=0.498;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=120;TCF=45;TCR=75;TR=50;WE=216262629;WS=216262611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,84:0.42:202
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chr2	216269095	rs13306359	C	T	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.031;NF=47;NR=25;PP=1024;ReadPosRankSum=-1.748;SC=AGAAAAGGCACTTAATTTTCA;SOR=0.803;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=140;TCF=87;TCR=53;TR=72;WE=216269103;WS=216269085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,97:0.50:195
chr2	216269209	rs1053238	T	G	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1691;ReadPosRankSum=-0.880;SC=GATTCCTCAGTGGGTACTTGG;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=83;TCR=82;TR=102;WE=216269217;WS=216269199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,172:0.63:275
chr2	216269254	rs7589580	T	G	3347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=54;PP=1372;ReadPosRankSum=-2.186;SC=GCCTGGGCTGTCCTCTTCGGG;SOR=0.857;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=90;WE=216269262;WS=216269244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,161:0.63:257
chr2	216271812	rs7592898	A	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=564;ReadPosRankSum=0.150;SC=AACAATCCTGATAAGATAACA;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=31;WE=216271820;WS=216271802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr2	216272819	rs7570208	C	G	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=722;ReadPosRankSum=-0.507;SC=AAGAGGGGGACGCTTAGCTGA;SOR=0.725;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=113;TCF=83;TCR=30;TR=42;WE=216272827;WS=216272809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,50:0.40:126
chr2	216272900	rs2577301	T	G	14207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.48;ReadPosRankSum=1.399;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,411:1.00:412
chr2	216272900	.	TGTCAGGA	GGTCAGGA,GGTCAGGT	2604	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=138,52;NR=95,42;PP=2604,1197;QD=20;SC=TCCACAGTCGTGTCAGGAGGG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=138;TCR=97;TR=233,94;WE=216272915;WS=216272890;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:235
chr2	216272907	rs7596677	A	T	3457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.662;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,188:0.43:440
chr2	216274853	rs5838511	AAC	A,AACAC	5546.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12,12;NR=73,73;PP=1507,2368;ReadPosRankSum=0.015;SC=AATTTAAATTAACACACACAC;SOR=0.606;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=14;TCR=89;TR=85,85;WE=216274864;WS=216274843;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.65,0.29:218
chr2	216283958	rs3796123	T	A	3654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=53;PP=1823;ReadPosRankSum=0.325;SC=GTAATAGAGCTACTTACTTGG;SOR=0.663;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=166;TCR=122;TR=125;WE=216283966;WS=216283948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,189:0.43:437
chr2	216288841	rs56137176	T	C	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=562;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TTTTTCTCACTTCTGTGGCTC;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=34;WE=216288849;WS=216288831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,50:0.56:89
chr2	216295312	rs1250241	T	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=1;PP=632;SC=TTTTCTTGACTTCCAGAAGTT;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=216295320;WS=216295302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr2	216299281	rs1250246	A	C	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=240;ReadPosRankSum=1.568;SC=AAATATAAGCAGTTTTTAAAC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=36;TCR=0;TR=14;WE=216299289;WS=216299280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr2	216299550	rs2577290	GC	AA	8389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.999;QD=16.04;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,225:0.43:523
chr2	216299571	rs10648691	T	TTAC	5411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.021;NF=3;NR=73;PP=2921;ReadPosRankSum=-0.746;SC=AAGGAAAACGTTACATTTGCA;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=208;TCF=11;TCR=197;TR=76;WE=216299579;WS=216299561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,146:0.43:343
chr2	216299629	rs1250247	C	G	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=97;PP=2753;SC=TGAATATTGACGTACATATTT;SOR=3.553;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=15;TCR=98;TR=112;WE=216299637;WS=216299619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	216300482	rs1250259	T	A	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=42;PP=1161;ReadPosRankSum=-0.270;SC=CCCCAGGCACTGGACGGCCAG;SOR=0.968;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=66;WE=216300490;WS=216300472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,103:0.68:151
chr2	216810468	rs62183184	A	C	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=53;PP=1453;ReadPosRankSum=0.670;SC=CTAAGGTAGAAAAATGGACCA;SOR=0.747;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=182;TCF=83;TCR=99;TR=95;WE=216810476;WS=216810458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,156:0.53:295
chr2	216811707	rs1344695	G	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.998;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=298;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TGATCACAACGAGTTATTTTT;SOR=1.018;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=21;WE=216811715;WS=216811697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr2	216861273	rs2303845	T	C	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=45;PP=1298;SC=ACAATATCAATTAAAACTTAT;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=216861281;WS=216861263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	216878008	rs1864253	C	G	5019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=95;PP=2344;ReadPosRankSum=1.236;SC=CACTCGCACCCGCAGCAGCAG;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=331;TCF=129;TCR=202;TR=153;WE=216878016;WS=216877998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,249:0.45:548
chr2	216982370	rs3815855	C	G	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=646;ReadPosRankSum=-1.646;SC=TCACATAGTTCAGTGTCCACA;SOR=0.761;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=45;WE=216982378;WS=216982360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,62:0.41:152
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chr2	217055100	rs41302516	G	A	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=50;PP=1226;ReadPosRankSum=0.860;SC=AACAGTTGGCGACTATCACAG;SOR=0.947;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=165;TCF=65;TCR=100;TR=76;WE=217055108;WS=217055090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,123:0.46:268
chr2	217055171	rs12470053	A	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=565;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CATTCTCAATATGAATAGCAG;SOR=0.349;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=33;WE=217055179;WS=217055161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr2	217069151	rs1438162	A	G	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=55;PP=1240;ReadPosRankSum=1.477;SC=CTGGTGTTCTATGATTGAAGT;SOR=0.990;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=177;TCF=69;TCR=108;TR=85;WE=217069159;WS=217069141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,112:0.44:256
chr2	217123958	rs169616	T	C	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=11;PP=945;SC=CTGTTGGCTCTGGGGGTGCCA;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=217123966;WS=217123948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	217148417	rs876771	C	A	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=54;PP=1290;ReadPosRankSum=0.159;SC=TGCACTTGACCGAGCCATCAC;SOR=0.887;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=143;TCF=49;TCR=94;TR=79;WE=217148425;WS=217148407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,102:0.50:203
chr2	217280261	rs10582846	GTT	G	494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr2	217280876	rs71577872	T	C	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1049;ReadPosRankSum=1.202;SC=GCTGGTCAGCTGTTTTGAACT;SOR=0.515;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=119;TCF=83;TCR=36;TR=74;WE=217280884;WS=217280866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,85:0.57:148
chr2	217281150	rs3214962	AC	A	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=219;ReadPosRankSum=0.586;SC=CTTTCAGGGCACCCCCCCCAA;SOR=0.820;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=16;WE=217281158;WS=217281140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr2	217311315	rs72948623	A	G	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=42;PP=1437;ReadPosRankSum=1.057;SC=TTCCTGTCCAATGCTGGATTC;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=120;TCR=87;TR=100;WE=217311323;WS=217311305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,169:0.48:353
chr2	217315787	rs2066527	T	C	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,123:0.51:240
chr2	217329154	rs150984009	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.912;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=202;ReadPosRankSum=0.972;SC=AGGCAGTTCTTCTGACTTGGC;SOR=0.328;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=17;WE=217329162;WS=217329144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr2	217329432	rs34170201	C	CA	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.742;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,30:0.19:161
chr2	217342000	rs284523	T	C	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=583;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TATGTTTACTTTGCTCCCAAA;SOR=0.653;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=38;WE=217342008;WS=217341990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
chr2	217342063	rs205980	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=0.078;SC=AAAATTGACTAGTGATGCCCT;SOR=0.399;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=14;WE=217342071;WS=217342053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr2	217343136	rs5838586	G	GC	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=503;ReadPosRankSum=0.216;SC=ACCTCCCCCAGCCTAGAGCTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=15;WE=217343144;WS=217343126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr2	217364452	rs284573	C	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=169;ReadPosRankSum=0.035;SC=GTCTGTGCATCTAATACCATT;SOR=0.752;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=10;WE=217364460;WS=217364442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr2	217364539	rs284572	C	T	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=58;NR=40;PP=1887;SC=ACAGCAATCCCTGTTTTGTTT;SOR=0.972;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=98;WE=217364547;WS=217364529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	217498290	rs5838590	C	CGCCGCTGCT	1644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.19;QD=38.25;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	217541582	rs2160549	T	C	12884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=149;PP=2965;SC=AGATGCCACGTTTGCGGCCAC;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=117;TCR=150;TR=266;WE=217541590;WS=217541572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr2	217724544	rs62180545	A	G	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=1044;ReadPosRankSum=1.137;SC=GTCCTGTGAGAGCTGCCTCCA;SOR=0.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=110;TCR=114;TR=76;WE=217724552;WS=217724534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,119:0.39:305
chr2	217736131	rs2241191	G	A	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=411;ReadPosRankSum=-0.469;SC=TGAAAAACACGTGGGTTCTTG;SOR=0.500;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=31;WE=217736139;WS=217736121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr2	218577575	rs1835333	T	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=7;PP=619;SC=AGTTTGCATCTGTCACCCACC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=218577583;WS=218577565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	218577813	rs148961389	AC	A	5221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=75;PP=2165;SC=AGGCATCTTCACCCCCCCTCA;SOR=1.026;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=6;TCR=78;TR=81;WE=218577821;WS=218577802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr2	218604247	rs4672848	A	C	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=28;PP=1620;SC=GCATAAGTAGAACTGGGGCAG;SOR=1.361;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=82;WE=218604255;WS=218604237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr2	218673230	rs143914712	GCA	G	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr2	218674514	rs13389312	A	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=748;ReadPosRankSum=-0.801;SC=AGGAAGGAGAACCCCACCGAG;SOR=0.593;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=52;WE=218674522;WS=218674504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,57:0.38:152
chr2	218674614	rs13417442	C	T	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=808;ReadPosRankSum=-0.161;SC=TGGCAGCTGGCGTGGGGTCTG;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=78;TCR=71;TR=63;WE=218674622;WS=218674604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,114:0.47:243
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chr2	218675199	rs1035672	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=249;ReadPosRankSum=-0.781;SC=CAGTCTGAACGTTTGATGATT;SOR=0.772;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=17;WE=218675207;WS=218675189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr2	218682474	rs12694422	A	G	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=31;PP=921;ReadPosRankSum=-0.229;SC=TGCTGCCCCCACTGGGACTGG;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=89;TCR=72;TR=71;WE=218682482;WS=218682464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,110:0.46:241
chr2	218682771	rs3796026	A	G	3387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=51;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TAGAATAGCCACCATAGGCCA;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=147;TCR=128;TR=108;WE=218682779;WS=218682761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,186:0.41:454
chr2	218683139	rs34291329	G	A	2063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=1008;ReadPosRankSum=1.148;SC=GCCATGCTGGGATTGATGGCC;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=60;WE=218683147;WS=218683129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,98:0.52:188
chr2	218683154	rs2571445	A	G	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=36;PP=1037;ReadPosRankSum=-0.921;SC=ATGGCCCGCCAGCCGAAGCCA;SOR=0.653;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=71;WE=218683162;WS=218683144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,104:0.52:200
chr2	218683257	rs2571442	A	G	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=38;PP=1380;ReadPosRankSum=-0.263;SC=ACTGAGCTCGAGCCTGGCTTT;SOR=0.783;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=84;WE=218683265;WS=218683247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,145:0.44:332
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chr2	218694512	rs55694913	T	G	7151.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=33;PP=1596;SC=AAGCCCTGCTTTGAAAAGCCA;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=92;WE=218694520;WS=218694500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr2	218694691	rs10188605	A	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,54:0.47:114
chr2	218694962	rs10165160	C	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=369;ReadPosRankSum=-0.408;SC=TGGTGAGAGGCAGCCCCCAGC;SOR=0.538;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=22;WE=218694970;WS=218694952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr2	218695102	rs3796028	G	A	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.062;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=34;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GGCTGGATCCGTCTTCTGGTA;SOR=1.048;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=156;TCF=89;TCR=67;TR=89;WE=218695110;WS=218695092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,128:0.52:244
chr2	218745685	rs10199795	G	A	10734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=147;PP=2965;SC=TGAGGGGGTCGGAGGTGTTAT;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=108;TCR=147;TR=251;WE=218745693;WS=218745675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr2	218746990	rs2303381	A	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=271;ReadPosRankSum=0.122;SC=TGTGGAACAGACCAGGGGTGG;SOR=0.935;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=21;WE=218746998;WS=218746980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr2	218747190	rs2303383	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=232;ReadPosRankSum=-2.496;SC=AAGGATTCCATAAAAAGTTTT;SOR=0.593;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=15;WE=218747198;WS=218747180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr2	218749626	rs2288165	T	C	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=993;ReadPosRankSum=0.224;SC=AACTCTCTCCTACCATCACCC;SOR=0.467;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=150;TCF=104;TCR=46;TR=64;WE=218749634;WS=218749616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,86:0.47:182
chr2	218750359	rs6714587	G	A	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=401;ReadPosRankSum=0.541;SC=TCCAAGCCTGGCAGCCCAGGA;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=25;WE=218750367;WS=218750349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr2	218750377	rs12990490	C	T	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=531;ReadPosRankSum=-2.899;SC=GGAGGAGTACCTGTCTTGTCC;SOR=0.447;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=34;WE=218750385;WS=218750367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr2	218750453	rs35040165	A	AG	2308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=1164;ReadPosRankSum=1.727;SC=CTTGACACAGAGGACAGCACT;SOR=0.680;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=32;WE=218750461;WS=218750443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,81:0.48:169
chr2	218750703	rs2288166	C	T	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,88:0.43:206
chr2	218750731	rs2288167	G	C	3638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=-0.348;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,98:0.43:230
chr2	218750734	rs2288168	T	A	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,98:0.43:228
chr2	218750817	rs10211238	T	C	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=4.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,84:0.49:173
chr2	218758123	.	G	GCGCACACA	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=464;ReadPosRankSum=1.986;SC=GTGCGCGCGCGCACACACACA;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=30;WE=218758134;WS=218758113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr2	218759674	rs2288169	G	C	3674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=47;PP=1179;ReadPosRankSum=1.901;SC=ACTCCAGAGAGGGAGTCCATC;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=135;TCR=107;TR=106;WE=218759682;WS=218759664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,195:0.47:417
chr2	218768422	rs3791936	T	G	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=49;PP=1058;ReadPosRankSum=0.322;SC=CTGTCAGGAATTTCCTCCTGG;SOR=0.448;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=175;TCF=53;TCR=122;TR=73;WE=218768430;WS=218768412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,101:0.44:229
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chr2	218770984	rs2288170	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.067;NF=32;NR=13;PP=688;ReadPosRankSum=1.412;SC=AGACATTATCCACCTCCCACC;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=79;TCR=34;TR=45;WE=218770992;WS=218770974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr2	218801767	rs4674232	C	T	5507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=72;PP=2152;SC=TTTTCCTCCCCGCAAAACTCC;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=50;TCR=74;TR=121;WE=218801775;WS=218801757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr2	219000310	rs2230054	C	T	6693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.877;NF=137;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=1.622;SC=TCTTCCTGCTCTGCTGGCTGC;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TCF=255;TR=239;WE=219000318;WS=219000300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,310:0.52:597
chr2	219082119	rs2271541	G	T	7342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=1.943;SC=CAGCAGGGCCGCTCCCTCCGT;SOR=0.302;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=166;TCF=99;TCR=67;TR=159;WE=219082127;WS=219082109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,291:1.00:292
chr2	219082330	rs12694432	A	G	7663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=120;PP=2965;SC=CTAATCCCCAATGTTGTCCAG;SOR=1.163;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=67;TCR=120;TR=187;WE=219082338;WS=219082320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr2	219093278	rs60528331	A	G	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=384;SC=GCAAAGAAACAAGTGCTCAGC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=219093286;WS=219093274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	219099260	rs1018288	G	C	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=743;SC=TTTCAACTCCGTCCATAAAAA;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=219099268;WS=219099250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	219099484	rs10932765	T	C	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=16;PP=1208;SC=TAATTCTGCATACTACATATT;SOR=2.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=219099492;WS=219099474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	219103313	.	CTTTT	C,CT	1735.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.675;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.93;ReadPosRankSum=0.874;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,31,25:0.53,0.43:58
chr2	219103580	rs10169718	A	G	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=94;PP=2583;SC=CCATGTGAGTATAGAATTTGG;SOR=1.929;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=30;TCR=95;TR=124;WE=219103588;WS=219103570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	219104316	rs34974153	AT	A	892	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.809;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,74:0.77:96
chr2	219117482	rs35271699	G	A	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	219128506	rs2292549	C	T	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=102;PP=2836;SC=CTGTCTCTACCGGGCCCCACT;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=55;TCR=103;TR=157;WE=219128514;WS=219128496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr2	219138940	rs4791	C	T	4767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=50;PP=2666;SC=TAGACATAAACTTTATTACAT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=87;TCR=52;TR=137;WE=219138948;WS=219138930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr2	219139573	rs6734242	G	A	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=626;SC=TGCTCGTTCTGTTATCTGTCC;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=219139581;WS=219139563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	219142023	rs2168703	G	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=10;PP=1088;SC=TCCCTAGTGTGCCGGGGTCCG;SOR=1.875;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=48;WE=219142031;WS=219142013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	219142492	rs2168704	G	A	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=60;PP=2965;SC=GCTGGGGAACGCCACCAAGTT;SOR=1.299;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=103;TCR=60;TR=162;WE=219142500;WS=219142482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr2	219142773	rs6707559	C	T	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=55;PP=1492;SC=CAGAAGGAAGCGCTTGGCTCC;SOR=2.484;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=68;WE=219142781;WS=219142763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	219144815	rs2045435	T	C	25735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=1038;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=266;NR=270;PP=2965;SC=TATCACTCACTGCTCTCTCCT;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=539;TCF=268;TCR=271;TR=536;WE=219144823;WS=219144805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1019:1.00:1019
chr2	219146803	rs2292553	G	A	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=669;SC=CCCAGGGGGCGGAGGGCCTGG;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=33;WE=219146811;WS=219146793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	219153983	rs10707182	GA	G	1007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=623;SC=GTGGGGACCTGAAGTTCTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=219153991;WS=219153973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	219187901	rs1870125	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=1;PP=927;SC=ACGTCCAGAGCCGGCAGGCAG;SOR=4.921;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=35;TCR=1;TR=36;WE=219187909;WS=219187891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr2	219206919	rs3816562	C	T	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=45;PP=1303;SC=GAGACAGAAGCCAGGGCAGCC;SOR=2.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=56;WE=219206927;WS=219206909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	219209393	rs1350336	A	G	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=37;PP=2965;SC=CCTCCCCAAAACTCTGACCTC;SOR=2.415;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=135;TCR=38;TR=172;WE=219209401;WS=219209383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	219221982	rs144807145	G	GTC	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=650;ReadPosRankSum=1.083;SC=AGAAAGTCCAGTCTCTCTCTC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=1;TCR=65;TR=20;WE=219221990;WS=219221972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr2	219227756	rs6723716	T	C	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=54;PP=1316;SC=CAGGTGGGAATGGGGCTTTCA;SOR=1.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=71;WE=219227764;WS=219227746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr2	219231807	rs3845833	C	T	5590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr2	219232354	rs7608923	C	A	3785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=54;PP=2459;SC=AAGGCTCCAGCGCCCCTTAGC;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=111;WE=219232362;WS=219232344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	219254622	rs2695342	A	G	9682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=104;PP=2965;SC=CCCGCCGAGCAGACATCAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=215;TCF=110;TCR=105;TR=214;WE=219254630;WS=219254612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
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chr2	219265094	rs2579958	T	C	6796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=69;PP=2495;SC=GCGCTCCTGTTCGCTCGAGGT;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=72;TCR=70;TR=141;WE=219265102;WS=219265084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr2	219265136	rs11463820	T	TC	8863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=67;PP=2965;SC=GAGAGGGAACTCTTCGGGGGT;SOR=0.743;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=15;TCR=70;TR=82;WE=219265144;WS=219265126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr2	219266204	rs2252235	T	C	6545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=119;NR=58;PP=2965;SC=TCCTCCTGGCTCAGGGGTTCA;SOR=1.412;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=119;TCR=58;TR=177;WE=219266212;WS=219266194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr2	219266330	.	C	T	6709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=101;PP=2684;ReadPosRankSum=0.576;SC=GAAGCCGGGGCATCCTCCACT;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=362;TCF=174;TCR=188;TR=193;WE=219266338;WS=219266320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,331:0.56:589
chr2	219267781	rs2227255	C	T	8554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=139;NR=109;PP=2965;SC=AGCGTCCTCACGTGGATGAGT;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=252;TCF=143;TCR=109;TR=248;WE=219267789;WS=219267771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr2	219267913	rs2227258	A	G	18216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=697;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=217;NR=193;PP=2965;SC=ATGCAGCCCAATGAACCTGCG;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=413;TCF=219;TCR=194;TR=410;WE=219267921;WS=219267903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,687:1.00:687
chr2	219288382	rs4672893	A	G	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=28;PP=2719;SC=TGCTCCCCCAAGCCCCTGAGC;SOR=2.099;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=90;TCR=28;TR=118;WE=219288390;WS=219288372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	219288899	rs3731866	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=495;ReadPosRankSum=-1.775;SC=TTCCTGGGCCCGGCTCTTTGT;SOR=0.721;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=31;WE=219288907;WS=219288889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr2	219294258	rs6720403	A	C	3192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=62;PP=1903;ReadPosRankSum=0.395;SC=TCCCTGGGAGAAGGTGCCCTG;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=105;TCR=128;TR=111;WE=219294266;WS=219294248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,148:0.47:313
chr2	219295835	rs4674307	G	A	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=39;PP=815;ReadPosRankSum=0.632;SC=ACTTTGGGAGGCTGAGGCGGG;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=22;TCR=79;TR=50;WE=219295843;WS=219295825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,58:0.49:118
chr2	219296545	rs17572485	G	A	1803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=757;ReadPosRankSum=2.137;SC=GACCTCAGCTGGTGACAGTTG;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=84;TCR=62;TR=60;WE=219296553;WS=219296535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,99:0.43:232
chr2	219305404	rs2305833	G	C	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=748;ReadPosRankSum=-0.647;SC=AGGTAGCTGTGCACCAGCTAA;SOR=0.678;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=45;WE=219305412;WS=219305394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,63:0.61:103
chr2	219319657	rs6436058	A	G	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=46;PP=1688;SC=TGTTCCTCACAAGGCCTGACG;SOR=0.809;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=99;WE=219319665;WS=219319647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr2	219320207	rs3932856	C	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.038;NF=32;NR=7;PP=692;ReadPosRankSum=-0.480;SC=AACCAATCAACTGATGGAAAC;SOR=0.500;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=60;TCR=12;TR=39;WE=219320215;WS=219320197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr2	219320233	rs139275139	GAAA	G,GAA	1559.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.559;QD=20.00;ReadPosRankSum=0.754;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,41,33:0.53,0.42:78
chr2	219321692	rs5838699	CA	C	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.226;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.349;SOR=1.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr2	219330644	rs144775927	C	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=132;ReadPosRankSum=-1.061;SC=ATGTCTGACACATAGTAAGTG;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=11;WE=219330652;WS=219330634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr2	219339283	rs549026	T	C	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=679;ReadPosRankSum=0.238;SC=ATTTGGAGGTTATTTGTCACT;SOR=0.801;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=40;WE=219339291;WS=219339273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr2	219350358	rs141872712	CAAA	C	1022.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.026;QD=9.74;ReadPosRankSum=2.349;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,65:0.62:105
chr2	219353195	rs10932782	C	T	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=46;PP=1310;SC=ACACAAGAAACACAAATATAC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=61;WE=219353203;WS=219353185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	219414560	rs150600881	C	G	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=1218;ReadPosRankSum=1.629;SC=AAGCTGCCTGCTGGTTTCCTT;SOR=0.638;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=78;WE=219414568;WS=219414550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,109:0.43:251
chr2	219433597	rs526897	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.827;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=5;PP=917;ReadPosRankSum=-0.016;SC=GCGGCTCATTGTTTTCCGCTG;SOR=1.507;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=115;TCF=99;TCR=16;TR=51;WE=219433605;WS=219433587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,49:0.44:112
chr2	219433888	rs689116	C	A	1912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=53;PP=1239;ReadPosRankSum=-1.155;SC=CCTTGCCGGACGCCTCTCGCG;SOR=0.825;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=163;TCF=38;TCR=125;TR=67;WE=219433896;WS=219433878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,85:0.42:204
chr2	219445860	rs34214861	GAA	G	1311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.408;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=852;ReadPosRankSum=1.530;SC=CTATGGAAAAGAAATGGGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=26;WE=219445869;WS=219445850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr2	219445893	rs5838702	CT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr2	219447912	rs2952825	A	G	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=32.70;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr2	219447952	.	GTGTGTCTCTCTCTCTC	G	2975	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=88;MMLQ=26;MQ=56.51;NF=0;NR=51;PP=2975;QD=20;SC=GTGTGTGTGTGTGTGTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=0;TCR=60;TR=51;WE=219447975;WS=219447942;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,51:0.85:60
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chr2	219492924	rs612874	T	C	4866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=95;PP=2025;ReadPosRankSum=2.331;SC=ACCAGCTTTGTGGCCAGAGCA;SOR=0.674;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=324;TCF=131;TCR=193;TR=162;WE=219492932;WS=219492914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,251:0.48:523
chr2	219498759	rs7574429	T	G	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=630;ReadPosRankSum=-1.506;SC=AGAGTAGGCATGGTCCTTGGG;SOR=0.632;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=49;WE=219498767;WS=219498749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,67:0.53:127
chr2	219501133	rs2278530	G	A	5150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=77;PP=2049;ReadPosRankSum=-0.858;SC=AGCCCCTTTGGCCCCTGGCCA;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=372;TCF=187;TCR=185;TR=152;WE=219501141;WS=219501123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,269:0.42:635
chr2	219501328	rs1055816	G	A	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=892;ReadPosRankSum=0.176;SC=AAGGGTTGGTGTGCTGGCTTT;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=26;TCR=80;TR=55;WE=219501336;WS=219501318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,74:0.55:135
chr2	219505653	.	A	AT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=2.133;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr2	219508372	rs3770213	A	T	3274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=51;PP=1400;ReadPosRankSum=1.605;SC=GACTGTGGCAAGAGGCTCTTC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=96;TCR=101;TR=98;WE=219508380;WS=219508362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,160:0.50:321
chr2	219508988	rs3770214	T	C	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1192;ReadPosRankSum=0.063;SC=TCTTCAGCACTCAAGTCAGAA;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=68;WE=219508996;WS=219508978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,96:0.48:202
chr2	219509618	rs2230115	C	A	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1509;ReadPosRankSum=1.074;SC=TAGAGTGGGGCCGGTGTGCCA;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=220;TCF=100;TCR=120;TR=110;WE=219509626;WS=219509608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,145:0.49:297
chr2	219513782	rs4674322	T	C	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=42;PP=1101;ReadPosRankSum=0.300;SC=GAAGGGGTAATGGCTCTGCTG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=90;TCR=81;TR=90;WE=219513790;WS=219513772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,131:0.53:249
chr2	219517088	rs4674323	T	C	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,72:0.58:125
chr2	219521231	.	T	TA	865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=556;ReadPosRankSum=-1.025;SC=TTAGAGTTCTTACTTTCTTCC;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=14;WE=219521239;WS=219521221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr2	219525582	rs6722185	A	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=8;PP=801;SC=CCACACAGTAATGCTGACCTG;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=36;WE=219525590;WS=219525572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	219527005	rs2303561	C	T	1659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,89:0.46:195
chr2	219529348	rs2243911	C	T	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.567;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=702;ReadPosRankSum=0.752;SC=GGGCTGACCACGATCAGCCTA;SOR=0.353;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=51;WE=219529356;WS=219529338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,68:0.52:130
chr2	219532903	rs2556384	C	T	5798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=3.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.47;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,156:0.47:332
chr2	219532903	.	CGG	TGA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=50;NR=42;PP=2944;QD=20;SC=ACTGCTGAAGCGGTCCACCCC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=194;TCF=98;TCR=96;TR=92;WE=219532913;WS=219532893;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:102,92:0.47:194
chr2	219532905	rs2556385	G	A	5798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=3.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.31;ReadPosRankSum=0.739;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,152:0.45:335
chr2	219540243	rs33970984	CTT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=7.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.496;SOR=1.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr2	219541056	rs2556388	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=202;ReadPosRankSum=-2.653;SC=TCTCCCTCTATCTCTGTTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=13;WE=219541073;WS=219541046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr2	219545309	rs2303565	T	C	9002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=925;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.908;SC=GTTCTACCCCTTGGCTTCCTC;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=476;TCF=249;TCR=227;TR=237;WE=219545321;WS=219545299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:474,450:0.49:924
chr2	219555262	rs1344642	G	A	2132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=1044;ReadPosRankSum=-0.341;SC=CAGACTTTGCGGAGGGACAGC;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=73;WE=219555270;WS=219555252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,108:0.50:218
chr2	219558193	rs55996799	C	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=348;ReadPosRankSum=1.808;SC=ATTTGAGACACCCCCTTGGAA;SOR=0.913;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=22;WE=219558201;WS=219558183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr2	219562675	rs1863704	G	A	3031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.298;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=51;PP=1219;ReadPosRankSum=0.699;SC=CTCCTTATAGGTGTCTTGGCC;SOR=0.581;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=87;TCR=119;TR=89;WE=219562683;WS=219562665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,157:0.46:345
chr2	219602499	rs3731877	G	C	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=30;PP=1620;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CACGCCACCTGAGAAACCCTC;SOR=0.938;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=207;TCF=133;TCR=74;TR=97;WE=219602507;WS=219602489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,163:0.48:338
chr2	219602819	rs3731876	G	A	4757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=74;PP=2055;ReadPosRankSum=0.807;SC=GTTCGAGCCCGTCAGAAAAAA;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=307;TCF=151;TCR=156;TR=143;WE=219602827;WS=219602809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,244:0.47:521
chr2	219605118	rs7562426	G	A	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=245;ReadPosRankSum=1.730;SC=GCAAAGCAGCGGGGTGGTGCT;SOR=0.826;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=19;WE=219605126;WS=219605108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr2	219609776	rs2272191	G	A	4741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=53;PP=2251;ReadPosRankSum=0.100;SC=TAGTAACGACGCTTCAGGGCT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=162;TCR=91;TR=147;WE=219609784;WS=219609766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,221:0.58:383
chr2	219609995	rs2272190	G	C	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=48;PP=887;ReadPosRankSum=0.112;SC=AAGAGCCCCCGGGGAGAAGGT;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=31;TCR=80;TR=66;WE=219610003;WS=219609985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,79:0.60:132
chr2	219610322	rs2272189	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=197;ReadPosRankSum=0.530;SC=GCCCAGGGAAGAATGGGCAGC;SOR=0.387;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=11;WE=219610330;WS=219610312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr2	219610433	rs586194	A	G	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=2.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.011;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,76:0.47:163
chr2	219612282	rs2272188	A	G	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=381;ReadPosRankSum=1.186;SC=GAGCCCCATCATCTGGCTGTA;SOR=0.674;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=35;WE=219612290;WS=219612272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,50:0.45:112
chr2	219614190	.	C	CT	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=1.233;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr2	219614888	rs200453830	C	T	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=731;ReadPosRankSum=-1.754;SC=CCTATTTCTTCACAGCTCTGC;SOR=0.641;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=108;TCF=25;TCR=83;TR=45;WE=219614896;WS=219614878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,54:0.46:118
chr2	219616610	rs72027596	C	CT	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=5.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr2	219616681	.	A	G	120	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=28;MQ=57.17;NF=0;NR=9;PP=120;QD=17.1968013941;SC=CCCAGGCTGGAGTGCAATGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=9;WE=219616689;WS=219616671;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr2	219618237	rs6436073	A	C	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=640;ReadPosRankSum=-1.547;SC=GCTGGAGGGTACCAAGACCCC;SOR=0.487;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=38;WE=219618245;WS=219618227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,51:0.59:86
chr2	219618497	rs6757772	T	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=350;ReadPosRankSum=-0.788;SC=ATTCTCCAGCTGGGGGTTGGT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=20;WE=219618505;WS=219618487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr2	219618708	rs55900247	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=-0.168;SC=GTAAATAGAATTTTTTTTATG;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=13;WE=219618716;WS=219618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr2	219691566	rs1467320	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=376;ReadPosRankSum=-0.963;SC=GGATGGCATGAGAAACCCTGC;SOR=1.204;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=20;WE=219691574;WS=219691556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr2	219692527	rs11385903	G	GC	5743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.142;NF=26;NR=64;PP=2936;ReadPosRankSum=1.501;SC=ATCACCAACAGCCCTTTCCGG;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=28;TCR=68;TR=90;WE=219692535;WS=219692517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr2	219692696	rs1722196	G	C	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.127;NF=36;NR=42;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.239;SC=GCCCCTCTGGGTGCCCATAAG;SOR=0.795;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=169;TCF=80;TCR=89;TR=78;WE=219692704;WS=219692686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,122:0.44:275
chr2	219692790	rs5838710	A	AG	6026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=68;PP=2975;SC=GCATCCCTGCAGGGAGGGGCG;SOR=0.929;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=83;TCF=10;TCR=73;TR=78;WE=219692798;WS=219692780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr2	219695487	rs692243	G	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=437;ReadPosRankSum=2.610;SC=TGACCTGGTGGCTCCCCTTCC;SOR=0.788;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=30;WE=219695495;WS=219695477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr2	219696014	rs650898	G	A	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	219892233	rs61749573	T	A	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.761;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,111:0.45:248
chr2	219903258	rs6736922	T	G	6418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=77;PP=2512;SC=GTGAGCATCATGTCCTTGGGA;SOR=0.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=139;WE=219903266;WS=219903248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr2	219903723	rs4674354	C	T	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=47;PP=1458;SC=ATGGATTCTCCACCTTCTGGG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=219903731;WS=219903713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	219903787	rs4672910	T	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=31;PP=882;SC=AATAAATCAATCAAAGCATAA;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=219903795;WS=219903777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	219906066	rs11674400	C	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=6;PP=1031;SC=AAGACTCAGTCCCATGGGGCT;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=219906074;WS=219906065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	219920037	rs394452	A	G	9730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=146;NR=110;PP=2965;SC=CCTCCCCCGGAGTCCAGCTGC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=146;TCR=112;TR=256;WE=219920045;WS=219920027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr2	219920412	rs3731881	A	G	8468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=95;NR=88;PP=2965;SC=TCAGCCTGTGAGGCTCGCGGT;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=183;WE=219920420;WS=219920402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr2	219922073	rs34694069	G	GC	3908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=21;PP=2877;SC=CCCCGGGCGGGCTCTTCACCT;SOR=1.609;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=63;WE=219922081;WS=219922063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	219923410	rs71974827	G	GAGA	9202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=54;PP=2971;SC=AGCTGACTCTGAGAAGAAGCT;SOR=0.896;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=82;WE=219923418;WS=219923400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	219941063	rs897477	G	A	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=34;PP=1285;SC=CTTGGAAGCTGTTCTCCAAGT;SOR=0.836;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=75;WE=219941071;WS=219941053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr2	220012576	rs7585742	G	C	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=55;PP=1644;SC=TTCCAATTCAGTATTAGGTAC;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=73;WE=220012584;WS=220012566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr2	220022176	rs6436120	C	T	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=2;PP=533;SC=CCCAACCCCACATTCGAATTA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=220022184;WS=220022166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	220022435	rs2030452	G	C	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=36;PP=1005;SC=TACAGAGTAAGGGTGCTAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=61;WE=220022443;WS=220022425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	220023196	rs2293069	A	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=319;SC=CTCCCTGATAAAATAGAAGGC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=220023204;WS=220023186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	220028900	rs6753739	A	G	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=39;PP=1743;SC=AGAACTGATCAGGCCACACTG;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=99;WE=220028908;WS=220028890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr2	220033830	rs3795986	A	G	5268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=85;PP=2700;SC=GGAGGCTAGGAAAAGTTTGGG;SOR=1.106;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=50;TCR=85;TR=135;WE=220033838;WS=220033820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	220033956	rs6436121	T	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr2	220037393	rs4674361	A	G	5171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=59;NR=68;PP=2253;SC=AAGTGAAAGGAGCACCGGGCT;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=127;WE=220037401;WS=220037383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	220037666	rs1127102	A	G	5558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=58;PP=2728;SC=GACATTAGCGAGAGACGGCAG;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=137;WE=220037674;WS=220037656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr2	220037756	rs1043160	A	G	8383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=89;PP=2965;SC=AGGTGTAGGGATGCAGGACAG;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=95;TCR=90;TR=184;WE=220037764;WS=220037746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr2	220040330	rs1127101	A	G	6909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr2	220041091	rs6436123	G	A	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=51;PP=1514;SC=TGAAGGGCACGGAAAGGTATG;SOR=1.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=67;WE=220041099;WS=220041081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr2	220041433	rs6436124	C	A	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=18;PP=1207;ReadPosRankSum=-0.166;SC=CCGCTCAGGCCGGGAGGGGCG;SOR=0.424;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=65;WE=220041441;WS=220041423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,87:0.98:89
chr2	220041455	rs6436125	C	T	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=27;PP=1579;ReadPosRankSum=1.838;SC=GCCGGGAGGCCGGGGAGGGGG;SOR=1.493;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=88;WE=220041463;WS=220041445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,118:0.98:120
chr2	220046349	rs2272017	G	C	8136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=80;PP=2965;SC=GTTCATCCTGGTTCTCCTGCC;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=98;TCR=81;TR=176;WE=220046357;WS=220046339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr2	220046975	rs3731900	C	A	13042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=166;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GGGTCCCCCCCAGATGGAGTG;SOR=0.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=167;TCR=170;TR=335;WE=220046983;WS=220046965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,506:1.00:507
chr2	220047393	rs3731901	C	T	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=42;PP=1144;SC=GTAGGGCTTCCTGGCTAGGAG;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=220047401;WS=220047383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr2	220071803	rs6714820	C	G	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.63;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	220071879	rs66491679	TG	T	404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=5;SC=GGCTTGAAGCTGGGGGGGGGT;SOR=4.047;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=16;WE=220071887;WS=220071869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	220072766	rs4674366	G	T	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=43;PP=1667;SC=GCAGGGTAATGGCAGCCAAGT;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=220072774;WS=220072756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr2	220072852	rs4674367	C	T	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=32;PP=2866;SC=AGCTTCAACCCTACCCTGTCG;SOR=1.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=83;TCR=32;TR=115;WE=220072860;WS=220072842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr2	220078496	rs2139823	T	C	5202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=50;PP=2813;SC=GACACAGGCCTCAGGCCCCCT;SOR=1.126;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=86;TCR=50;TR=136;WE=220078504;WS=220078486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	220083279	rs1109866	C	T	6001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=77;PP=2517;SC=CCAGAGTCCCCAGAGCCATCC;SOR=0.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=48;TCR=78;TR=125;WE=220083287;WS=220083269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	220083453	rs1109867	G	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=523;SC=GGCCGGGACTGGTCACTCGGA;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=220083461;WS=220083443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	220085845	rs2276633	A	G	14977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=151;PP=2965;SC=CATGCAGGGCAGTGGTCTCAG;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=297;TCF=145;TCR=152;TR=295;WE=220085853;WS=220085835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,590:1.00:590
chr2	220087088	rs146429396	T	G	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.858;SC=ACTTCAGCCCTGTGCCTGGAG;SOR=0.778;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=164;TCF=78;TCR=86;TR=77;WE=220087096;WS=220087078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,120:0.50:239
chr2	220088248	rs908196	A	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=14;PP=768;SC=CGGTTTTCCCAAAGACACTGT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=220088256;WS=220088238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	220089590	rs3216709	T	TG	4555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=62;PP=2946;SC=CGGGGTGGGGTGGGGAAGAGA;SOR=0.889;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=72;WE=220089598;WS=220089580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	220089685	rs2276637	G	C	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.18;NF=19;NR=30;PP=1112;SC=TTAAGAGACAGTTCCTGATTT;SOR=1.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=220089693;WS=220089675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	220113242	rs7601549	T	G	16779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=249;PP=2965;SC=TGGAGGCGCTTCAGCCCCCAG;SOR=1.013;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=405;TCF=155;TCR=250;TR=404;WE=220113250;WS=220113232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,614:1.00:614
chr2	220113384	rs8447	G	A	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=50;PP=1553;SC=CTTACACTTGGGGGTAGCGGG;SOR=3.360;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=54;WE=220113392;WS=220113374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	220118531	rs939574	G	C	4650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	220135208	rs2891733	C	T	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=27;PP=709;SC=GCACTCTGATCGGGGGGCCAA;SOR=2.368;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=32;WE=220135216;WS=220135198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	220136155	rs7594971	T	C	28484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1096;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-2.015;NF=390;NR=313;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.107;SC=CATCTGCCACTGCAACCTAGA;SOR=0.861;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=705;TCF=392;TCR=313;TR=703;WE=220136163;WS=220136145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1089:1.00:1091
chr2	220136351	rs3731892	G	A	21072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=232;NR=289;PP=2965;SC=CTGCAGAAAAGGTATACCACG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=525;TCF=235;TCR=290;TR=521;WE=220136359;WS=220136341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,774:1.00:774
chr2	220136371	rs3731894	T	C	19149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=232;NR=255;PP=2965;SC=GAGCAGCTGTTGGTGGCAGAG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=489;TCF=233;TCR=256;TR=487;WE=220136379;WS=220136361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,719:1.00:719
chr2	220197821	.	C	CTA	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=197;ReadPosRankSum=0.314;SC=GTTCGATCTGCTATATATATA;SOR=0.779;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=12;WE=220197829;WS=220197811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
chr2	220239534	rs3731904	G	A	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=22;PP=1332;SC=GCACTAGAGGGGAAGCAGCCC;SOR=1.463;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=66;WE=220239542;WS=220239524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	220239561	rs3731905	C	G	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	220246218	rs6436148	T	C	8016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=81;PP=2965;SC=GAGTCGGCGCTCGGAACAGCC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=161;WE=220246226;WS=220246208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr2	220249299	rs5838737	C	CT	3620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=102;PP=1820;SC=TTTGTTTTTTCTTTTTTTTGA;SOR=2.222;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=132;TCF=4;TCR=128;TR=104;WE=220249307;WS=220249289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr2	220249329	rs2002892	C	T	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=73;PP=1940;SC=TCGCTCTTGTCGCCCAGTCTG;SOR=2.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=14;TCR=74;TR=87;WE=220249337;WS=220249319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	220250147	rs907679	A	G	6838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=69;PP=2965;SC=AGTCCTCACCACAGGCTGGGT;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=100;TCR=69;TR=169;WE=220250155;WS=220250137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr2	220250322	rs878437	C	A	8367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=98;PP=2965;SC=GGGACTCTGCCGCCCTCCCCA;SOR=0.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=67;TCR=98;TR=165;WE=220250330;WS=220250312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr2	220250826	rs2271456	G	A	4733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=91;PP=2697;SC=GGGCACTGCAGCCAGCCAGGC;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=56;TCR=91;TR=147;WE=220250834;WS=220250816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	220250897	rs11352428	AG	A	1955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=42;PP=2135;SC=CAGACTAAGCAGGGTGGTCCT;SOR=2.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=220250905;WS=220250887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	220251178	rs2271457	T	C	7153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=105;PP=2653;SC=CATGACGATATGTGGAGATGA;SOR=0.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=72;TCR=106;TR=177;WE=220251186;WS=220251168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr2	220251208	rs1040009	T	C	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.372;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=953;ReadPosRankSum=0.527;SC=TACTCATAAGTAACAGACAGC;SOR=0.539;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=135;TCF=48;TCR=87;TR=63;WE=220251216;WS=220251198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,106:0.50:213
chr2	220251529	rs200657344	T	A	2603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.192;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=29;PP=1009;ReadPosRankSum=0.312;SC=AAGACAGGGGTGTGAGTTGCA;SOR=0.492;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=70;WE=220251537;WS=220251519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,128:0.49:259
chr2	220252287	rs138394024	CTCG	C	8993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=51;PP=2969;SC=TGACTCCTCTCTCGCACCCAC;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=83;WE=220252297;WS=220252277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr2	220264412	rs13018645	A	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.328;NF=5;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=-2.074;SC=GATGAGTATTATTCTGTTAAG;SOR=1.077;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=18;WE=220264420;WS=220264402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr2	220264543	rs58721028	C	CAT	8827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=47;PP=2965;SC=TGCCTAGGAACGTGTCTGCAC;SOR=0.977;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=74;WE=220264551;WS=220264533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr2	220283259	rs1318299	A	G	5153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=41;PP=1835;ReadPosRankSum=1.605;SC=CGGGCTTCCCACTCGGCTCCC;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=100;WE=220283267;WS=220283249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,204:0.99:206
chr2	220283277	rs2017800	T	C	5789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=45;PP=2239;SC=CCCCGCTGAGTTCGCCCGTGT;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=108;WE=220283285;WS=220283267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr2	220283826	rs907677	T	G	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=63;PP=2043;SC=AGGCCTGGGGTCTGGGGTCCC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=105;WE=220283834;WS=220283816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr2	220284779	rs12991025	C	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=13;PP=691;ReadPosRankSum=-1.071;SC=CCAGCTTTATCACCCGCAACT;SOR=0.668;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=50;WE=220284787;WS=220284769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr2	220285182	rs41272701	C	A	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=976;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TGTGTGGGCCCTGAGAGGGGA;SOR=0.652;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=149;TCF=87;TCR=62;TR=77;WE=220285190;WS=220285172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,101:0.52:193
chr2	220285309	rs1058261	C	T	4865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=63;PP=1743;ReadPosRankSum=1.461;SC=CCCTCAGGGACATCCGGGCTC;SOR=0.702;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=245;TCF=121;TCR=124;TR=128;WE=220285317;WS=220285299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,250:0.52:481
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chr2	220286142	rs1058284	G	A	3488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1323;ReadPosRankSum=-0.952;SC=ACAACATTGCGCGCCTGGAGG;SOR=0.721;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=207;TCF=103;TCR=104;TR=98;WE=220286150;WS=220286132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,175:0.49:358
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chr2	220316579	rs4674399	C	T	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	220330642	.	TGTGCGCGC	T	3204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.169;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.21;MQRankSum=0.844;QD=24.46;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=1.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,127:0.97:131
chr2	220330644	.	TGCGCGCGTGTGC	T	2982	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=62.4;NF=45;NR=41;PP=2982;QD=20;SC=CGTGTGTGTGTGCGCGCGTGT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=86;WE=220330669;WS=220330634;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,86:0.96:90
chr2	220330657	rs68012340	GTGCA	G	3203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.169;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.18;MQRankSum=0.844;QD=24.46;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=1.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,127:0.97:131
chr2	220330661	.	A	G	2415	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=21;MQ=61.79;NF=80;NR=41;PP=2415;QD=20.2460430789;SC=GTGTGCGTGCACGTGTGCGTG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=128;TCF=82;TCR=46;TR=121;WE=220330669;WS=220330634;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,121:0.95:128
chr2	220333950	rs10167209	T	C	10367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=26.25;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr2	220336517	rs73991563	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=142;ReadPosRankSum=1.767;SC=GGACCAGGCCCGGGATGGCAT;SOR=0.110;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=12;WE=220336525;WS=220336507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr2	220336723	rs73087210	C	T	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=416;ReadPosRankSum=1.037;SC=AGGCAGGCACCCTCGTGGTCA;SOR=0.743;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=37;WE=220336731;WS=220336713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,63:0.46:137
chr2	220338307	.	C	T	3326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=32;PP=1740;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GCCAGCGTCACCGTCACATTC;SOR=1.001;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=213;TCF=141;TCR=72;TR=106;WE=220338315;WS=220338297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,154:0.50:310
chr2	220342004	rs45519033	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=529;ReadPosRankSum=-1.003;SC=TGCAGGACGAGGTGCTGCTGA;SOR=0.534;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=28;WE=220342012;WS=220341994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr2	220348751	rs10755037	C	T	7292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=864;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=0.724;SC=CCCAGTACCCCTAAGTCTGCA;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=457;TCF=247;TCR=210;TR=203;WE=220348759;WS=220348741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:494,363:0.42:857
chr2	220353013	rs875098	G	A	4267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=87;PP=2032;ReadPosRankSum=-1.574;SC=GCCCTGCACCGCACATCTCCT;SOR=0.605;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=292;TCF=106;TCR=186;TR=141;WE=220353021;WS=220353003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,212:0.50:426
chr2	220353161	rs11892048	G	C	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GAGTGAGTGAGGGGGCCTGGA;SOR=0.747;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=92;TCR=85;TR=83;WE=220353169;WS=220353151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,123:0.46:265
chr2	220353440	rs62191888	G	T	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=57;PP=2460;SC=GTGGGACAGGGCTTGAGGGGT;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=118;WE=220353448;WS=220353430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	220354108	rs55760516	A	G	14459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=177;NR=162;PP=2965;SC=TGTCACCTCAAGGCCAGCCAG;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=340;TCF=177;TCR=163;TR=339;WE=220354116;WS=220354098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,538:1.00:538
chr2	220354365	rs56132883	C	T	12883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=198;PP=2962;ReadPosRankSum=1.427;SC=CCAAGCCTTTCGTCCTTGACA;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=737;TCF=337;TCR=400;TR=371;WE=220354373;WS=220354355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:616,644:0.51:1260
chr2	220354542	rs55969678	G	A	4323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=80;PP=1999;ReadPosRankSum=-1.461;SC=GCCTCAGCCCGGCCAAGGAGG;SOR=0.827;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=262;TCF=95;TCR=167;TR=122;WE=220354550;WS=220354532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,205:0.51:402
chr2	220354757	rs6742231	G	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=30;PP=654;SC=TCCTGGCTGGGGTGGGGGGAG;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=38;WE=220354765;WS=220354747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	220355529	rs12464085	A	G	17401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=190;PP=2965;SC=CTCCACGGCCACCACGTGCTC;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=357;TCF=167;TCR=190;TR=356;WE=220355537;WS=220355519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,682:1.00:682
chr2	220356449	rs6747041	G	C	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=29;PP=2891;SC=AGCACCCAGGGACCTCCCCCG;SOR=1.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=92;TCR=29;TR=121;WE=220356457;WS=220356439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr2	220356520	rs12473286	G	T	3616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.366;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=1584;ReadPosRankSum=0.341;SC=TGTCAGCTCCGGAGATGGTGA;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=136;TCR=99;TR=110;WE=220356528;WS=220356510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,186:0.48:391
chr2	220356632	rs6747090	C	T	6713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,348:0.52:673
chr2	220356806	rs907146	C	T	13105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=171;NR=126;PP=2965;SC=GGTCTGCATACGTCAATCAAG;SOR=0.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=171;TCR=126;TR=297;WE=220356814;WS=220356796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr2	220357594	rs1078212	C	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=469;SC=CTGAGCCAGGCGGGCCTGGGG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=220357602;WS=220357590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	220358198	rs1050816	C	T	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=78;NR=43;PP=2167;SC=TCCATGGCCTCTGGCCTTCTT;SOR=1.186;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=121;WE=220358206;WS=220358188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr2	220361070	rs5838740	TC	T	7442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=84;PP=2963;ReadPosRankSum=1.314;SC=TGTCGCCCACTCCCCAGATGT;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=34;TCR=160;TR=101;WE=220361078;WS=220361060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,267:0.49:549
chr2	220361265	rs2385541	A	G	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=30;PP=862;SC=ACTCTTGAGTAGGGTTTGAGT;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=220361273;WS=220361255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	220361486	rs2010592	G	A	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=3;PP=1314;SC=GGCTGTGGCCGGGCCTGTCTT;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=49;TCR=3;TR=51;WE=220361494;WS=220361479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	220361520	rs16859986	C	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=9;PP=955;ReadPosRankSum=-0.018;SC=CCTGACTCGGCCCGCGGGTAG;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=79;TCR=16;TR=49;WE=220361528;WS=220361510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,57:0.52:110
chr2	220361590	rs11437065	T	TA	7277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.032;NF=44;NR=53;PP=2964;ReadPosRankSum=-1.314;SC=CTGAAGGACGTGGTGCTGATC;SOR=0.753;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=197;TCF=93;TCR=104;TR=97;WE=220361598;WS=220361580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,213:0.49:438
chr2	220362283	rs2010528	C	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=7;PP=628;SC=GTCCCTTTAACAGCCAAGGAG;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=220362291;WS=220362273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr2	220362557	rs12474050	C	T	6232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=87;PP=2765;SC=GGACCAAGGACGGGGAGGACA;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=73;TCR=87;TR=160;WE=220362565;WS=220362547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr2	220362899	rs2029251	C	G	12488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=150;PP=2965;SC=TCGCTCGCGTCGACGTGGCCT;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=122;TCR=150;TR=272;WE=220362907;WS=220362889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr2	220367068	rs188637221	A	G	3591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=37;PP=1429;ReadPosRankSum=-0.363;SC=GCCCTGGAGCAGGCGGGTCAC;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=234;TCF=151;TCR=83;TR=107;WE=220367076;WS=220367058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,187:0.45:419
chr2	220370599	rs62193808	G	T	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=405;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CCTATTGTGTGTCCTCGAGCA;SOR=0.565;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=33;WE=220370607;WS=220370589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,55:0.47:117
chr2	220371181	rs10932808	T	A	6123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=122;PP=2965;SC=GGGGAACCCCTCAGCTGATGG;SOR=1.243;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=71;TCR=122;TR=192;WE=220371189;WS=220371171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	220397811	rs6731344	T	C	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=58;PP=1623;SC=TCAGTGGGGTTGGGGAGAGGT;SOR=1.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=77;WE=220397833;WS=220397801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	220397825	rs6716083	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=415;ReadPosRankSum=0.561;SC=GAGAGGTCTGCGGACCTCTGC;SOR=0.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=26;WE=220397833;WS=220397801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr2	220399951	rs2276643	A	G	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=2.325;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,95:0.45:212
chr2	220400063	rs141949099	GT	G	820.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
chr2	220400159	.	TTGTG	T	312	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=11;PP=312;QD=31.0;SC=GTGTATGTGTTTGTGTGTATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=11;WE=220400170;WS=220400149;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,11:0.48:23
chr2	220401732	rs3770237	G	A	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=31;PP=1328;ReadPosRankSum=0.582;SC=GGATGCCCCTGCCAGCCTTCT;SOR=0.867;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=173;TCF=106;TCR=67;TR=90;WE=220401740;WS=220401722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,122:0.52:233
chr2	220401751	rs2385538	G	A	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=40;PP=1640;ReadPosRankSum=-0.462;SC=CTCAGGAAGAGAGGCCCACAC;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=200;TCF=121;TCR=79;TR=104;WE=220401759;WS=220401741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,168:0.54:312
chr2	220402624	rs11689270	G	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=580;ReadPosRankSum=-2.463;SC=GAGCTCTCCCGGTCCCACTCT;SOR=0.420;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=38;WE=220402632;WS=220402614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr2	220402665	rs6436153	C	A	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=21.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,70:0.46:151
chr2	220402671	rs11689281	G	T	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=19.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.58;ReadPosRankSum=2.327;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,79:0.51:156
chr2	220402680	rs11695248	T	C	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=22.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,89:0.52:172
chr2	220404381	rs1976616	A	G	7374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=100;PP=2965;SC=GGGCTGCCACATAGTCGGAGT;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=100;TCR=101;TR=200;WE=220404389;WS=220404371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr2	220404648	rs1043833	C	T	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.065;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=33;PP=839;ReadPosRankSum=-0.694;SC=CCATGAGGCGCAGTGGTGAGG;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=65;WE=220404656;WS=220404638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,97:0.46:209
chr2	220404726	rs1043832	G	A	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=668;ReadPosRankSum=0.507;SC=GCTCTGCCACGTGGGCCTTGA;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=44;WE=220404734;WS=220404716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,74:0.52:143
chr2	220405230	rs6436154	G	A	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=66;PP=1704;ReadPosRankSum=0.407;SC=AGGAGAAAGCGTGCTGCTCCG;SOR=0.782;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=216;TCF=87;TCR=129;TR=107;WE=220405238;WS=220405220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,165:0.51:322
chr2	220405321	rs6436155	T	C	9431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=105;PP=2965;SC=AGCAGCTGCCTGGTCCCCATC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=103;TCR=105;TR=207;WE=220405329;WS=220405311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr2	220406239	rs13004994	T	G	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=585;ReadPosRankSum=-0.227;SC=ATGTCCGAATTGGCATGGAAA;SOR=0.561;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=37;WE=220406247;WS=220406229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,62:0.57:109
chr2	220406722	rs3731912	T	C	10225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=104;PP=2965;SC=GCTCCTCGCCTAGCGTCACCA;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=215;TCF=111;TCR=104;TR=214;WE=220406730;WS=220406712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr2	220406944	rs7581251	G	A	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.37;SOR=1.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	220407918	rs10932810	G	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=0.922;SC=CGCTGCCCAGGGGGTAGAGCG;SOR=0.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=14;WE=220407926;WS=220407908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr2	220409701	rs10932811	C	T	1772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.024;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=981;ReadPosRankSum=0.265;SC=CTCTGAATCCCTCTACCATCA;SOR=1.105;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=105;TCF=35;TCR=70;TR=58;WE=220409709;WS=220409691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,85:0.55:155
chr2	220412256	rs8179770	T	C	7942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr2	220413661	rs12996466	C	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=10;PP=1133;SC=AGCCTAGCAACCTTCCATAAA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=220413669;WS=220413651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	220414016	rs6436156	C	T	8092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.58;SOR=1.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr2	220414016	.	CCCT	TCCC,TCCT	1006	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=25,53;NR=55,108;PP=975,1006;QD=12.8558484358;SC=GGCCACCAGACCCTGCTTATC;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=161;TCF=53;TCR=108;TR=80,161;WE=220414027;WS=220414006;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:161
chr2	220414019	rs13023533	T	C	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-2.274;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,109:0.49:221
chr2	220415595	rs146790993	GGA	G	3180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.954;NF=8;NR=34;PP=1675;ReadPosRankSum=-0.685;SC=ATGGGGCTGGGGAGAGAAGGG;SOR=0.742;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=85;TCF=10;TCR=75;TR=42;WE=220415604;WS=220415585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,91:0.44:205
chr2	220415646	rs1043582	T	C	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.544;NF=19;NR=26;PP=643;ReadPosRankSum=2.851;SC=TGGACACCAGTACACAAAGAG;SOR=0.541;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=45;WE=220415654;WS=220415636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr2	220415717	rs3731918	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.970;NF=1;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CTTGGCGGCAGGAAGGTGGGG;SOR=0.571;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=9;WE=220415725;WS=220415707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr2	220415752	rs6745782	C	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=378;SC=GGGCACAGCGCGGCACCTGAA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=220415760;WS=220415742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	220416164	rs6761575	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=7;PP=343;SC=CACCCCAAGTTCTGGAAAGCC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=220416172;WS=220416163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	220416570	rs4672931	C	T	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=52;PP=1636;SC=GCATGGCCCCCAGGAGGAGAG;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=87;WE=220416578;WS=220416560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	220416591	rs4672932	C	T	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=37;PP=1374;SC=ATGCATCTTCCCTCCCTGAAG;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=66;WE=220416599;WS=220416581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	220416803	rs4672933	A	T	9584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr2	220416942	rs34490902	G	C	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=53;PP=987;ReadPosRankSum=1.205;SC=TTCTTCCCTGGGGGTGAGGGG;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=63;TCR=103;TR=86;WE=220416956;WS=220416932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,147:0.55:269
chr2	220416967	rs4672934	C	T	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=921;ReadPosRankSum=-2.123;SC=CTAGCGAGGCCGGAGCCACCT;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=46;TCR=90;TR=64;WE=220416975;WS=220416957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,91:0.45:203
chr2	220417228	rs60549465	G	T	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=627;ReadPosRankSum=0.299;SC=GGGCAGCGAGGGGCCCGAAAG;SOR=0.673;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=110;TCF=68;TCR=42;TR=51;WE=220417236;WS=220417218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,82:0.50:165
chr2	220417266	rs59332477	C	T	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=766;ReadPosRankSum=-0.121;SC=ACCTTCCTGTCGGATGCGGAC;SOR=0.655;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=59;WE=220417274;WS=220417256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,106:0.50:210
chr2	220419236	rs10932813	T	C	6103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=64;PP=2602;SC=GGGAATCCGCTGTGAAGGAGA;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=92;TCR=64;TR=156;WE=220419244;WS=220419226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr2	220419339	rs10932814	T	C	7941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=96;PP=2965;SC=TGGATACAGCTGTACTCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=96;TCR=96;TR=192;WE=220419347;WS=220419329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr2	220420956	rs10932816	A	G	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=63;PP=2223;SC=CGAGACACACATCCTGGCCTT;SOR=0.894;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=106;WE=220420964;WS=220420946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr2	220421417	rs1983210	C	G	9279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=145;PP=2965;SC=GTGGTGTCAGCTCCGAGACCA;SOR=1.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=73;TCR=146;TR=218;WE=220421425;WS=220421407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr2	220421456	rs1983211	C	A	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=55;PP=1394;ReadPosRankSum=-0.083;SC=CTAAGGGGCACGGTAAGGCAG;SOR=0.460;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=158;TCF=46;TCR=112;TR=81;WE=220421464;WS=220421446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,128:0.52:244
chr2	220422029	rs55873563	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=509;ReadPosRankSum=0.073;SC=TCCTTGGGGTGCCACAGCCCA;SOR=0.875;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=35;WE=220422037;WS=220422019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,57:0.43:134
chr2	220422400	rs2278200	C	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.096;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=752;ReadPosRankSum=-0.046;SC=GAGGAGGGCACGGGGAGGCAT;SOR=0.378;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=42;WE=220422408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr2	220422774	rs2278201	A	G	3730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=47;PP=1495;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CTGGCTCCCCAGGGGCCACAC;SOR=0.782;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=244;TCF=133;TCR=111;TR=110;WE=220422782;WS=220422764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,196:0.47:418
chr2	220427996	rs11904583	T	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=10;PP=1523;SC=AACAGTGGCCTGGGAGTGAAG;SOR=3.026;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=70;WE=220428004;WS=220427992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr2	220428381	rs2303543	A	T	13011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=189;PP=2965;SC=CATTGCACAGACACCCCCGCA;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=317;TCF=128;TCR=189;TR=317;WE=220428389;WS=220428371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr2	220430203	rs1039898	C	T	18071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=696;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=170;NR=287;PP=2965;ReadPosRankSum=1.723;SC=CAACGACACCCTGTCCTGGGG;SOR=0.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=459;TCF=171;TCR=288;TR=457;WE=220430211;WS=220430193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,684:1.00:685
chr2	220431458	rs62191614	A	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.800;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=0.339;SC=CCTGGCCCAGATACAAGAAAT;SOR=1.356;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=6;WE=220431466;WS=220431454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr2	220431631	rs1043537	G	T	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=33;PP=1375;ReadPosRankSum=2.988;SC=GGTGCTTGACGGCATGCAGGA;SOR=0.713;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=109;TCR=66;TR=85;WE=220431639;WS=220431621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,131:0.45:291
chr2	220431919	rs4674412	A	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=28;PP=1433;SC=GCGGATGGCAAGCCTGTGAGA;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=220431927;WS=220431909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	220432014	rs61732787	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=527;ReadPosRankSum=-1.620;SC=CAGAACCGTGGAACACCACGT;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=38;WE=220432022;WS=220432004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,53:0.42:125
chr2	220432709	rs2292360	A	T	6553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.267;SC=GCGGACAGGAATCCATCAACC;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=449;TCF=212;TCR=237;TR=218;WE=220432717;WS=220432699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:391,342:0.47:733
chr2	220433113	rs12623922	T	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=364;ReadPosRankSum=0.868;SC=GTAGGATACCTAGAAGCGCAT;SOR=0.536;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=21;WE=220433121;WS=220433103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr2	220435034	rs10180675	A	G	26252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=1000;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=246;NR=237;PP=2965;SC=CCTGGCAGTAAAGCACCTTGA;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=486;TCF=248;TCR=238;TR=483;WE=220435042;WS=220435024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,994:1.00:994
chr2	220435375	rs1061399	G	A	3597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1646;ReadPosRankSum=-0.491;SC=AGGATGCGCAGTGCCAGGCTC;SOR=0.545;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=241;TCF=135;TCR=106;TR=113;WE=220435383;WS=220435365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,168:0.52:326
chr2	220435995	.	CA	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=8.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,5:0.15:33
chr2	220439330	rs116399602	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=486;ReadPosRankSum=0.321;SC=CTCATGACTGGTGGCCACATC;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=28;WE=220439338;WS=220439320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr2	220462640	rs681747	G	T	8667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=69;PP=2965;SC=CAGACGGGGAGGTTCGGTATG;SOR=0.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=115;TCR=69;TR=184;WE=220462648;WS=220462630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr2	220466199	rs620698	G	T	5279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=89;PP=2965;SC=TGTGCAAGGAGCCCAAGAGAA;SOR=0.834;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=74;TCR=89;TR=163;WE=220466207;WS=220466189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr2	220466344	rs11405075	G	GT,GTT	1339.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.045;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.727;QD=13.53;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:17,47,35:0.47,0.35:99
chr2	220471116	rs633200	C	G	16537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=170;NR=236;PP=2965;SC=GGACCTGGACCCTGCTTACTG;SOR=0.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=409;TCF=171;TCR=238;TR=406;WE=220471124;WS=220471106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,635:1.00:635
chr2	220473355	rs673951	G	A	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.046;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=1077;ReadPosRankSum=-1.011;SC=GCCTGAGGGCGTACGGGGCAG;SOR=0.825;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=66;WE=220473363;WS=220473345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,117:0.58:203
chr2	220476443	rs627530	C	T	15874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=229;NR=172;PP=2965;SC=CCTTCTCCGTCTGCCAGCCCT;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=405;TCF=231;TCR=174;TR=401;WE=220476451;WS=220476433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
chr2	220476645	rs581547	T	C	7733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=141;PP=2965;SC=GGGGCTGCCATGGGCAGGCTG;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=92;TCR=141;TR=232;WE=220476653;WS=220476635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr2	220479312	rs624773	T	C	9506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr2	220480639	rs640807	T	C	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=43;PP=1441;SC=GGGAGTGACATGGGCCTGGGG;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=83;WE=220480647;WS=220480629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr2	220480693	rs665845	G	C	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=29;PP=1399;SC=TGAGGCCTTCGCAGAGACCTC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=220480701;WS=220480683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr2	220494118	rs597306	A	C	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1923;ReadPosRankSum=-0.573;SC=GAGCCCCCCCACTCAGGGACC;SOR=0.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=79;WE=220494126;WS=220494100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,122:0.98:125
chr2	220495167	rs612078	A	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=25;PP=699;SC=GTCCCCTGCTAAGGGCTGAGT;SOR=1.559;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=35;WE=220495175;WS=220495157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	220500423	rs589767	A	G	10323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr2	220500426	rs639214	A	G	10478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr2	220502137	rs621515	C	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=8;PP=1185;SC=TGTGTGTGTTCTGTGTGTTCT;SOR=2.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=220502145;WS=220502127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	220502367	rs635311	A	C	15462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=0.903;SC=GGGTCCCTGGATGCTGGTCTG;SOR=0.335;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=380;TCF=180;TCR=200;TR=380;WE=220502375;WS=220502357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,576:1.00:577
chr2	220505265	rs684428	T	C	18438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=188;NR=180;PP=2965;SC=GTCCCAGCGTTTGTTGCTCAT;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=370;TCF=189;TCR=181;TR=368;WE=220505273;WS=220505255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,712:1.00:712
chr2	220586231	rs9288551	C	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=316;SC=AGGCTATGCGCTTTATCTGCA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=220586239;WS=220586221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	220586367	rs368069746	AAG	A	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.762;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,19:0.25:76
chr2	220771223	rs4674470	C	T	5987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=86;PP=2701;SC=AAGATGCCCCCAGGTGACATC;SOR=1.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=52;TCR=86;TR=138;WE=220771231;WS=220771213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr2	220771290	rs4674471	G	A	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=51;PP=1383;SC=TGTGCATTTTGCCAGGGAAAC;SOR=1.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=220771298;WS=220771280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	220771310	rs4674472	A	G	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=37;PP=1117;SC=CCAGAGTTGCACGATTTCTAT;SOR=2.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=220771318;WS=220771300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr2	220771378	rs4674473	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=409;SC=GCATATGTGTATGGCATGCCT;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=220771386;WS=220771368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	222301357	rs3213844	T	C	6449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=112;PP=2965;SC=AGGAACAATCTCATTAGCATT;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=66;TCR=113;TR=177;WE=222301365;WS=222301347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr2	222320427	rs2288627	G	A	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=67;PP=2139;SC=GTCTTAGGAGGTAGAACTTCT;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=117;WE=222320435;WS=222320417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr2	222321225	rs6718949	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=208;SC=AGCAAAATGTCTGCTGAACCA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=222321233;WS=222321215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	222431598	rs7586708	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr2	222435035	rs200647532	TCC	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=137;SC=CAAGTTTTTCTCCCCCCCCCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=222435056;WS=222435025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	222435048	rs2710504	A	G	201.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=206;SC=CCCCCCCCCAAAAAAAGAGGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=222435056;WS=222435025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	222437136	rs11381414	A	AG	220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=286;SC=AGGGCGGCCGAGCCCCGCCTT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=222437144;WS=222437126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	223065753	.	TAC	T	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.748;QD=1.08;ReadPosRankSum=-2.082;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,25:0.14:174
chr2	223065870	rs3731858	C	G	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.328;QD=5.90;ReadPosRankSum=-2.278;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,114:0.36:313
chr2	223066536	.	C	CA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.143;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr2	223159119	rs2303948	C	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=613;ReadPosRankSum=0.122;SC=CAGCCAGGGCCCTAGAGCCGC;SOR=0.844;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=34;WE=223159127;WS=223159109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr2	223161606	rs13405641	C	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=156;ReadPosRankSum=-0.110;SC=CATTGGAGAGCCCCAGATGTC;SOR=0.610;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=11;WE=223161614;WS=223161596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr2	223161624	rs12694578	A	G	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.50;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	223161889	rs12623857	A	G	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=64;PP=2018;SC=TGATAAAAACACCGCCGAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=99;WE=223161897;WS=223161879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr2	223162024	rs6754024	T	G	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.082;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=494;ReadPosRankSum=0.323;SC=CAGTCTTCTGTCCTATCCTCA;SOR=1.739;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=23;WE=223162032;WS=223162014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr2	223339533	rs200436592	CTT	C	98.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.77;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr2	223423362	rs4674664	A	G	10896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=131;PP=2965;SC=ACATCCCACCACTCACCACCT;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=114;TCR=133;TR=244;WE=223423370;WS=223423352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr2	223436428	rs3211018	T	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=2;PP=185;SC=GCTGGCCTAATATGCAGGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=223436436;WS=223436422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	223436607	rs7185	C	T	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=28;PP=1135;SC=AAGGGTCCAACATTGATTTCT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=223436615;WS=223436597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	223489249	rs3214770	GT	G	919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=876;SC=TTTTTTTAATGTTTACATTGT;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=22;WE=223489257;WS=223489239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	223489293	rs2290031	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=13;PP=541;SC=AAACAGTAACCTTTCTTTTTG;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=223489301;WS=223489283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	223493435	rs2019357	G	A	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	223520905	rs2166652	G	C	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=79;PP=2524;SC=CATTCTGCTGGCAACAGTTCC;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=128;WE=223520913;WS=223520895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr2	223520978	rs2044537	A	G	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=44;PP=1149;SC=ATGTATCTTTATGAGACTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=53;WE=223520986;WS=223520968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr2	223780921	rs12623448	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=1.282;SC=TTATTAAAAAGATAATTCTAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=223780929;WS=223780911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr2	223781017	rs60362808	AT	A	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.342;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.422;NF=17;NR=5;PP=330;ReadPosRankSum=-2.109;SC=CATTAAAAAAATTTTTTTTTG;SOR=2.096;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=22;WE=223781025;WS=223781007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr2	223785504	rs6739824	T	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=1;PP=883;SC=GCCACTTGACTATTGTTTCTT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=34;WE=223785512;WS=223785494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	223785740	rs6756323	A	G	5289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=2.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=-1.649;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,253:0.64:395
chr2	223785846	rs6728234	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=767;ReadPosRankSum=1.160;SC=GACTTGATCTGTTTTGTTGAT;SOR=1.082;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=41;WE=223785854;WS=223785836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,42:0.58:72
chr2	223787559	rs11891410	G	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,64:0.70:91
chr2	223787691	rs10932978	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=198;ReadPosRankSum=0.775;SC=TTCTTAGACTGTAAGTACATT;SOR=0.631;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=13;WE=223787699;WS=223787681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr2	223793471	rs1550419	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr2	223793480	rs1550420	C	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.11;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr2	223797797	rs17781935	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=226;ReadPosRankSum=1.445;SC=AAATTACTTAGAGAATGGCCA;SOR=1.222;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=14;WE=223797805;WS=223797791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr2	223799207	rs935030	C	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=563;SC=CAACACAGTTCACCATTTTGT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=223799215;WS=223799197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	223806189	rs35090606	C	CT	516.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=1.488;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr2	223806194	rs1550426	C	T	1663.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=1.134;QD=25.60;ReadPosRankSum=1.903;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr2	223917629	rs3795886	C	T	3234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1273;ReadPosRankSum=-0.321;SC=GTGCGGCCGGCGGCGGCAGCG;SOR=0.565;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=96;WE=223917637;WS=223917619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,152:0.74:206
chr2	223917812	rs10201907	T	C	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=36;PP=1586;SC=AGCCGCTGCCTGTGGTGTCGG;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=223917820;WS=223917802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr2	223917983	rs12621643	T	G	5280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=60;PP=2174;ReadPosRankSum=-0.981;SC=GGGCAGACGATGAGCTGGAGG;SOR=0.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=114;TCR=87;TR=138;WE=223917991;WS=223917973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,247:0.68:363
chr2	223918080	rs10189762	C	G	5207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=87;PP=2265;ReadPosRankSum=2.708;SC=GGACCCCTGCCGGTGGCTCCA;SOR=0.879;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=204;TCF=84;TCR=120;TR=141;WE=223918088;WS=223918070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,238:0.66:362
chr2	224629876	rs10644138	C	CCATCAT	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.421;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,23:0.24:96
chr2	224637967	rs16865186	A	G	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,89:0.53:168
chr2	224640497	rs76026027	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=440;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GGTGATCTTCGGTTCAAGTTC;SOR=0.924;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=22;WE=224640505;WS=224640490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr2	224702305	rs3738961	G	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=1.409;SC=ACAATGCCCTGGCACTGAAAG;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=8;WE=224702313;WS=224702295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr2	224743373	rs571111	C	T	7265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=68;PP=2965;SC=GTGTGGACGCCGCCCAGCTCT;SOR=1.309;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=127;TCR=70;TR=195;WE=224743381;WS=224743363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr2	224743591	rs602675	C	T	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=81;PP=2404;SC=CATAACACCTCCTTAAGATTT;SOR=1.543;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=38;TCR=81;TR=118;WE=224743599;WS=224743581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	224743652	rs547234	A	G	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=950;SC=TGTAATCCCAACACTTTGGGA;SOR=1.848;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=38;WE=224743660;WS=224743642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	224744701	rs516849	A	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=16;PP=903;SC=GAGGCAAGCAATTTGTTACTC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=224744709;WS=224744691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr2	224758906	rs625150	C	T	4922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=43;PP=2519;SC=AGCCAGGTTCCTGGGGGTCTC;SOR=1.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=87;TCR=46;TR=130;WE=224758914;WS=224758896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	224760359	rs150347314	TGA	T	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,12:0.12:104
chr2	224760494	rs597349	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=339;SC=GGTGTACAACGGGTCATTCAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=224760502;WS=224760484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	224763816	rs530065	C	T	4793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=76;PP=2203;SC=GGATGTAGAACAGAAATCACC;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=113;WE=224763824;WS=224763806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr2	224765894	rs604990	G	A	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=28;PP=1568;SC=TGGCTCTGAAGGATACTGCAG;SOR=1.168;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=76;WE=224765902;WS=224765884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	224770780	rs622896	C	T	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=156;SC=ACAACAGAAACTTGACTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=224770788;WS=224770770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr2	224777105	rs113054269	G	GTGAT	8052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=79;PP=2540;SC=GTTCTTCAAAGTGATTAAGAA;SOR=1.346;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=2;TCR=95;TR=81;WE=224777113;WS=224777084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr2	224844919	rs729631	C	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=2;PP=641;SC=CCCACACACACTGCCTGGCTG;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=224844927;WS=224844909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr2	225244352	rs61732371	G	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=371;ReadPosRankSum=0.846;SC=AGATGAAGGAGACATTCTGAA;SOR=0.759;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=26;WE=225244360;WS=225244342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr2	225368321	rs3738951	A	G	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=284;ReadPosRankSum=-0.652;SC=ACACAATCATAATAAACCTCA;SOR=0.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=18;WE=225368329;WS=225368311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr2	225376032	rs6743816	G	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.376;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chr2	225378382	rs3830376	ATAAT	A	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.306;NF=0;NR=6;PP=249;ReadPosRankSum=0.056;SC=TTATCACTTGATAATTAAATT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=225378393;WS=225378372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr2	225434445	rs10498163	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr2	225449893	.	GGGCGGC	G	681.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.077;QD=17.48;ReadPosRankSum=-2.107;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr2	225630435	rs1045653	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.289;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=363;ReadPosRankSum=0.314;SC=TGCTGCAGAGCCCTCAGACTT;SOR=0.512;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=31;WE=225630443;WS=225630425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,48:0.35:138
chr2	225633812	rs3754624	T	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.875;SC=TTTATGATTTTCCCCATTCTA;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=225633820;WS=225633802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr2	225664782	rs77823647	TAAA	T	783.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=316;ReadPosRankSum=0.931;SC=CATAAATAATTAAAAAAAACC;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=225664792;WS=225664772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr2	225665074	rs1560859	G	A	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=26;PP=692;SC=TTCAAAGTTTGCTGGCATTTT;SOR=2.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=32;WE=225665082;WS=225665064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	225668717	rs141021252	ATG	A	999.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.165;QD=14.08;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr2	225670901	rs4674941	G	C	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.412;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=931;ReadPosRankSum=1.115;SC=TTGCATGTTTGATAGCTGTCT;SOR=0.869;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=57;WE=225670909;WS=225670891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,91:0.69:132
chr2	225672460	rs12328236	G	A	3624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=58;PP=1530;ReadPosRankSum=1.098;SC=GGAGCATGCCGTACAGGGGCA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=82;TCR=87;TR=112;WE=225672468;WS=225672450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,178:0.60:295
chr2	225678849	rs10173628	A	G	32.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr2	225684166	rs7572725	A	G	3908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=63;PP=1904;ReadPosRankSum=-0.862;SC=TTCTTACCTTAAGGTCACCGG;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=79;TCR=94;TR=117;WE=225684174;WS=225684156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,183:0.65:283
chr2	225688061	rs16866194	T	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TTAAAAAGTATTTCAAGCAAT;SOR=0.239;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=10;WE=225688069;WS=225688051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr2	225719781	rs145044043	G	GACAC,GACACACAC	3113.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=3.241;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.315;QD=46.47;ReadPosRankSum=2.152;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,28,37:0.42,0.55:67
chr2	225781670	rs13013616	T	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.589;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=28;PP=502;ReadPosRankSum=0.019;SC=AGAGAAGATGTGGACATTTAT;SOR=2.030;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=33;WE=225781678;WS=225781660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr2	225796151	rs9808089	C	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=215;ReadPosRankSum=0.838;SC=GCTGCAGAGACTGAGATGTAG;SOR=1.675;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=14;WE=225796159;WS=225796141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr2	225848579	rs375205	T	C	3703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1542;ReadPosRankSum=0.024;SC=GTCCCCTAACTCCCTCTGGAC;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=90;WE=225848587;WS=225848569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,172:0.63:275
chr2	225875158	rs590233	A	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=8;PP=377;SC=ACCTAGAGGAAAATATAAAAT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=225875166;WS=225875148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	225907150	rs397052	C	T	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr2	226273490	rs2048935	T	C	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=1;PP=685;SC=TGGCCATAATTATTGGAGTTT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=226273498;WS=226273480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	226273689	rs2048936	T	C	8313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr2	226446621	rs77587532	T	C	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=28;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.615;SC=TTTCCTATTATACTCATCTAT;SOR=0.626;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=214;TCF=139;TCR=75;TR=75;WE=226446629;WS=226446611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,105:0.34:308
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chr2	226447844	rs6436570	G	A	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=31;PP=872;SC=CACAGAGTACGGGGTCTTGAG;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=226447852;WS=226447834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	226491770	rs3748993	A	C	7218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=100;PP=2965;SC=AACACCAGGGACACCTGTGGT;SOR=0.897;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=75;TCR=102;TR=175;WE=226491778;WS=226491760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
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chr2	227892498	rs7580776	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr2	227922454	rs2141829	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=176;ReadPosRankSum=-1.820;SC=AAGTCTTTGAGTGGATTTTCT;SOR=0.363;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=17;WE=227922462;WS=227922444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr2	227927189	rs35717623	GT	G	335.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.549;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
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chr2	227966148	rs16823202	C	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=8;PP=537;SC=GGCAATACTTCTAAAAATAAA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=227966156;WS=227966138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	227966298	rs59443812	T	TA,TAA	1996.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=3.462;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.433;QD=15.48;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:20,77,32:0.60,0.25:129
chr2	227967601	rs11274738	ACAATATTTCAGCAATAGGGAAAG	A	8375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=44.08;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	227967830	rs10707643	GA	G	745.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=10;PP=213;SC=TCACACAAATGAAAAAAAAAA;SOR=0.746;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=13;WE=227967838;WS=227967820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	227968553	rs7602059	A	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=5;PP=515;SC=CAACAGTAGTACCAACTTATT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=227968561;WS=227968543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	227973095	rs7600536	A	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=487;SC=TTAACCCGAAAGTAGTGTTAA;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=227973103;WS=227973085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	227973410	rs55741079	C	A	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=46;PP=1865;SC=ATTAAGACTTCTGGCTACACA;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=92;WE=227973418;WS=227973400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	227973623	rs12475686	A	G	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	227974113	rs6436654	A	G	11082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=117;PP=2965;SC=AATCACAGCCACCAGCACATC;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=113;TCR=117;TR=230;WE=227974121;WS=227974103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr2	227974191	rs6436655	A	G	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=90;PP=2809;SC=CAGTCCGGGCACGGTGGTTCA;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=60;TCR=92;TR=150;WE=227974199;WS=227974181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr2	228102723	rs13424243	G	C	2785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=989;ReadPosRankSum=-0.441;SC=CTTCTGTGACGGGGCCAAAGG;SOR=0.690;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=80;WE=228102731;WS=228102713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,136:0.67:202
chr2	228102752	rs1882435	C	A	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=332;ReadPosRankSum=-0.730;SC=TAAAAACAAACCCTAATACTG;SOR=0.593;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=30;WE=228102760;WS=228102742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,44:0.29:152
chr2	228104760	rs7579991	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=211;ReadPosRankSum=0.283;SC=CAAAGAGTCACCATGAAGTCA;SOR=0.698;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=18;WE=228104768;WS=228104750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,24:0.26:94
chr2	228109626	rs113428834	T	TG	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.476;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,28:0.32:87
chr2	228109784	rs6750210	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.477;SC=TTAAAACAGTCGTGCAAGAAA;SOR=1.244;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=10;WE=228109792;WS=228109774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr2	228111435	rs10178458	T	C	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,52:0.29:178
chr2	228111600	rs10168566	G	T	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,25:0.35:71
chr2	228111604	rs10168567	G	T	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr2	228111651	rs10192026	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=0.176;SC=GCTTTGTTTTACTTTTGAGAC;SOR=0.283;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=8;WE=228111659;WS=228111641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr2	228112186	rs4321358	A	G	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	228113175	rs6436669	A	G	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=-1.110;SC=CCTGCTAAAGAAGAAGATATA;SOR=0.821;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=25;WE=228113183;WS=228113165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,44:0.38:116
chr2	228118403	rs12621551	T	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=372;ReadPosRankSum=0.758;SC=GTGTCTAGGATGAAGTCCTTG;SOR=0.735;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=26;WE=228118411;WS=228118393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr2	228121101	rs55703767	G	T	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.645;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=990;ReadPosRankSum=1.182;SC=AATGGGTGAAGATGGCATTAA;SOR=0.684;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=65;WE=228121109;WS=228121091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,103:0.58:178
chr2	228128540	rs10205042	C	T	2768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1157;ReadPosRankSum=-1.223;SC=ATGGCCAGGCCTGAAAGGAAG;SOR=0.764;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=75;WE=228128548;WS=228128530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,128:0.70:182
chr2	228135426	rs73993878	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.858;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=227;ReadPosRankSum=-0.751;SC=CTGTTTTTAAGATTGACAGAA;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=13;WE=228135434;WS=228135416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	228142038	rs66668475	GA	G	429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.19;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr2	228144706	rs6729152	G	T	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=29;PP=770;SC=ATGTAGAAATGATCAATATAT;SOR=1.073;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=44;WE=228144714;WS=228144696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	228145543	rs6436671	C	T	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=26;PP=1282;SC=AGAAGAATGACTGGTACAGCA;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=228145551;WS=228145533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	228146991	rs72371878	AAT	A	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.349;QD=22.34;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr2	228149107	rs6436672	A	G	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=16;PP=463;SC=GCTGATTCTCAGGCTAATAAA;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=228149115;WS=228149097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	228154095	rs7593281	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=510;SC=CAGAAATTTGCTACTAAATTA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=228154103;WS=228154085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr2	228158418	rs7569636	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=20;PP=860;SC=GGCTGAGAAGTGATTAGGTGG;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=228158426;WS=228158408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	228158648	rs7608999	G	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=19;PP=540;SC=TTAATTACCTGTTTACCAGCC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=228158656;WS=228158638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr2	228159063	rs6436675	T	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=213;SC=CTGGACAAAATCATGGGGTGA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=228159071;WS=228159053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr2	228159641	rs4675163	C	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=952;ReadPosRankSum=1.677;SC=TTTTGTATACCATAGTTTGGG;SOR=1.114;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=51;WE=228159649;WS=228159631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr2	228159660	rs202047534	GTT	G,GT	1511.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.26;ReadPosRankSum=2.385;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,53,30:0.57,0.32:93
chr2	228194570	rs6706656	G	A	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr2	228194639	rs11384091	T	TA	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=1.794;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr2	228197368	rs4500938	A	G	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=72;PP=2154;SC=AGAGAAGAGCAAAGAGGCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=25;TCR=72;TR=97;WE=228197376;WS=228197358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr2	228204929	rs4420693	C	T	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=19;PP=942;SC=AGCCTTGTATCGAGGTTCTTT;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=228204937;WS=228204919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	228204982	rs4442987	C	T	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr2	228207625	rs6738078	G	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.335;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=283;ReadPosRankSum=2.178;SC=GGTAATTGACGTATGCTATCC;SOR=0.361;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=25;WE=228207633;WS=228207615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr2	228220288	rs56310237	A	G	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=408;ReadPosRankSum=-1.698;SC=TTAAGTACCAATTTTCTGAAT;SOR=1.483;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=25;WE=228220296;WS=228220278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr2	228220528	rs12478005	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.801;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr2	228221725	rs74713223	A	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=281;ReadPosRankSum=-2.120;SC=ATAGACGTCTACAACTTCTGG;SOR=0.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=20;WE=228221733;WS=228221715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr2	228230945	rs76547437	G	A	3767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=60;PP=1608;ReadPosRankSum=0.766;SC=ACACTGAAAAGTGATGAAAGA;SOR=0.656;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=109;WE=228230953;WS=228230935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,178:0.70:255
chr2	228356364	rs11289047	GT	G	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr2	228373404	rs11464376	A	AT	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=1.703;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr2	228399480	rs7588620	T	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=345;ReadPosRankSum=-0.952;SC=TAAGTTTACCTGTGTTTCATG;SOR=0.260;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=22;WE=228399488;WS=228399470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr2	228399781	rs202054394	C	CT	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr2	228416498	rs7598597	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=350;ReadPosRankSum=1.110;SC=CTACAAGTTACGTTAAACTGT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=17;WE=228416506;WS=228416496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
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chr2	228476140	rs2176186	C	T	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TAGAATGGCTCCAGAGCACCG;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=69;WE=228476148;WS=228476130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,104:0.70:148
chr2	228476253	rs2138402	C	G	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=52;PP=1814;SC=GCTGAAGCCTCTGCAGTTGGA;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=98;WE=228476261;WS=228476243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr2	228477814	rs7586824	G	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=1.203;SC=CTGAGAGTAAGTAAGGGCCTT;SOR=0.988;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=11;WE=228477822;WS=228477804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr2	228560800	rs11334205	GA	G	7451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.03;NF=15;NR=89;PP=2398;SC=CACAGCCCCTGAAAAAAAACA;SOR=0.763;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=111;TCF=18;TCR=93;TR=104;WE=228560808;WS=228560790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr2	228565656	rs11694828	G	A	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=12;PP=669;SC=TGAGGTTGCTGGAGAAAGCAG;SOR=1.278;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=37;WE=228565664;WS=228565646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr2	228567111	rs71039629	AT	A	161.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=1.009;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,14:0.82:17
chr2	228680153	rs11422779	C	CT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,21:0.26:81
chr2	228736313	rs12478068	G	T	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=999;ReadPosRankSum=-0.794;SC=AGGACCGCGCGGTGCAACCTG;SOR=0.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=55;WE=228736321;WS=228736303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr2	228736527	rs12470042	A	G	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=65;PP=1842;SC=AGGAGGGCGCAGCCACTGAAA;SOR=1.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=36;TCR=66;TR=101;WE=228736535;WS=228736517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr2	228736608	rs10933219	C	T	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=26;PP=690;SC=CCTTCAGATGCTGGACTCTTC;SOR=4.332;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=28;WE=228736616;WS=228736598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	228740927	rs4972994	G	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=331;SC=TAGTAGAGACGGGGTTTCACC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=228740935;WS=228740921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	228741250	rs7571353	T	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=875;SC=TAGGAAAAATTATTCCACTGA;SOR=2.110;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=228741258;WS=228741240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	228750239	rs4973445	G	T	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=49;PP=1394;SC=AATACATTATGTTTTAAAAAT;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=228750247;WS=228750229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	228754562	rs138602363	T	A	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=37;PP=1723;ReadPosRankSum=-1.141;SC=CTTTTTTGGGTGTATTTCAGC;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=102;TCR=56;TR=104;WE=228754570;WS=228754552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,130:0.63:207
chr2	228758456	rs35758334	C	A	5037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=40;PP=1955;SC=AACATGAAGTCTTTATTAACA;SOR=0.972;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=105;WE=228758464;WS=228758446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr2	228767618	rs2949014	T	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=3;PP=738;SC=AAGAATTAGATGGAATCTGGT;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=228767626;WS=228767608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	228776996	rs3748862	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=308;ReadPosRankSum=1.558;SC=TCGCCCAGGCTGGAGTGCAGT;SOR=0.445;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=56;TCR=14;TR=22;WE=228777004;WS=228776986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr2	228783479	rs1533960	C	A	1590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.376;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,106:0.28:382
chr2	228855866	rs16824283	G	C	4604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=65;PP=2240;ReadPosRankSum=0.713;SC=TCCTCTGGGGGCTGGCTGTTC;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=226;TCF=119;TCR=107;TR=138;WE=228855874;WS=228855856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,217:0.61:358
chr2	228973660	rs7561798	A	G	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.356;NF=24;NR=44;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.710;SC=AAGAACCTGGAGGAACCCAGA;SOR=0.530;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=104;TCF=34;TCR=70;TR=68;WE=228973668;WS=228973650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,81:0.65:124
chr2	228973723	rs11374866	C	CT	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.071;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.369;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr2	229035351	rs12618108	T	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=2.447;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr2	230092889	rs1419944	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,41:0.31:134
chr2	230092950	rs1419945	C	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.535;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr2	230096587	rs1226982	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=1.119;SC=GCTGCTATAACGAAATACCAC;SOR=1.085;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=6;WE=230096595;WS=230096577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr2	230096837	rs6743582	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=339;ReadPosRankSum=0.226;SC=ATGACTTAACCACCTCTTAAA;SOR=0.487;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=24;WE=230096845;WS=230096827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr2	230135527	rs1227013	C	T	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=168;SC=AACGCCTGAACCCGTGCGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=230135535;WS=230135517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr2	230135711	rs67686611	G	GC	3412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=1723;SC=CTGGCCCCCGGCTCCCGGGTG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=37;WE=230135719;WS=230135701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	230223477	rs201179230	CA	C	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.745;NF=0;NR=14;PP=514;ReadPosRankSum=-0.378;SC=ACTGTAAAAACATATTCTATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=14;WE=230223485;WS=230223467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
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chr2	230282624	rs6760224	G	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=370;SC=GACAGGAAAGGGGGTTGTTTC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=230282632;WS=230282623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	230341979	rs146727100	AC	A	2877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.406;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.806;NF=16;NR=40;PP=2125;ReadPosRankSum=0.949;SC=CCTGAATAAAACAAAATGTAC;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=27;TCR=69;TR=56;WE=230341987;WS=230341969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,115:0.61:188
chr2	230411518	rs369516727	TAGAC	T,TAGATAGACAGAC	766.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=9,13;NR=4,4;PP=824,542;SC=GATAGATAGATAGACAGACAG;SOR=2.419;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=13,17;WE=230411529;WS=230411508;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.70,0.30:23
chr2	230453214	rs11458391	G	GA	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.670;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.66;MQRankSum=0.806;QD=17.43;ReadPosRankSum=-1.267;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,59:0.91:65
chr2	230456232	rs56156768	C	T	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=713;ReadPosRankSum=1.283;SC=ATACTAGAACCGCTGGAGTCA;SOR=1.112;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=42;WE=230456240;WS=230456222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,64:0.63:102
chr2	230655733	rs722268	C	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=504;ReadPosRankSum=0.360;SC=TATTTCTCAACTATATTCAAA;SOR=0.416;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=32;WE=230655741;WS=230655723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr2	230656987	rs374041177	TA	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.594;QD=2.06;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr2	230663443	rs6749045	A	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=235;ReadPosRankSum=-0.815;SC=AAACTGAGAAACTACCTAATT;SOR=1.501;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=14;WE=230663451;WS=230663435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr2	230663576	rs6720868	C	T	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.771;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=24;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.172;SC=AAACATAAAACTCCCCCCACT;SOR=0.927;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=125;TCF=86;TCR=39;TR=84;WE=230663584;WS=230663566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,116:0.63:183
chr2	230668858	rs13018957	T	C	4094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=4.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,195:0.68:288
chr2	230668968	rs4972915	G	A	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=7.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=0.452;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,83:0.74:112
chr2	230668982	rs4973229	T	G	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=39;PP=1949;ReadPosRankSum=-0.157;SC=AATCCTGAAGTGACAGACTTC;SOR=0.421;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=56;WE=230668990;WS=230668958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,67:0.76:88
chr2	230672688	.	A	AT	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=1.587;SC=ATTTAGACCAATTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=230672696;WS=230672678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr2	230705516	rs34481385	TA	T	694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.798;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,55:0.61:90
chr2	230723777	rs544480	G	C	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=520;ReadPosRankSum=0.534;SC=CAGAAGACGAGGAGGAAGTAG;SOR=0.903;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=43;WE=230723785;WS=230723767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,57:0.35:163
chr2	230744570	rs479492	C	T	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=110;SC=TTTTAAGTACCTGGCTCACAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=230744578;WS=230744560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr2	230841074	rs499449	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.901;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,29:0.19:150
chr2	230861519	rs1035834	G	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=1.928;SC=TCATCAATTTGTGCAAAGGTA;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=17;WE=230861527;WS=230861509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr2	230914766	rs6748654	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=533;SC=ATGCCAAACATTTTTAGCATG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=230914774;WS=230914756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	230923648	rs9750739	C	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=143;SC=CGTGCCTGGCCTAAAATGGTA;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=230923656;WS=230923638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	231025209	rs13400142	G	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=-2.125;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr2	231025377	rs6710057	T	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.636;NF=5;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=-0.214;SC=AGTGCTGAGATTACAGGCTTG;SOR=0.941;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=8;WE=231025385;WS=231025367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr2	231025410	rs6752144	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=-0.917;SC=TGGCCTATGGCACACTTTTGT;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=231025418;WS=231025400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr2	231036860	rs3948463	C	T	2978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1078;ReadPosRankSum=-0.541;SC=AAGACCTCTTCATCCTGCAGA;SOR=0.627;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=75;WE=231036868;WS=231036850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,142:0.65:218
chr2	231037616	rs35495464	A	G	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=900;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GTGGACAAGTACCGCAGCAGA;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=54;WE=231037624;WS=231037606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,90:0.54:168
chr2	231042276	rs1135791	A	G	6613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,321:0.63:510
chr2	231042802	rs2241525	C	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=351;ReadPosRankSum=-2.240;SC=ATTACACACACGGGTATTTTC;SOR=0.578;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=136;TCF=84;TCR=52;TR=38;WE=231042810;WS=231042792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,89:0.36:244
chr2	231048200	rs139374219	GAGA	G	1172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.787;QD=30.86;ReadPosRankSum=-2.328;SOR=0.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr2	231050569	rs2114591	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=9.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
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chr2	231065722	rs41309108	A	T	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=983;ReadPosRankSum=-1.245;SC=CTTGGGAAACACCATGGAGAA;SOR=0.823;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=60;WE=231065730;WS=231065712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,89:0.63:142
chr2	231067590	rs73000371	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=333;ReadPosRankSum=0.376;SC=TCTCCTCCTACTTCTCTATAA;SOR=0.922;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=19;WE=231067598;WS=231067580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr2	231072709	rs1365776	C	T	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=54;NR=82;PP=2473;SC=ATCTTACCTCCTGGGAGGCTT;SOR=0.982;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=136;WE=231072717;WS=231072699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr2	231076032	rs3769837	G	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr2	231076289	rs3820974	T	G	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=0.243;SC=GAAGAAAAAGTTTTAGATCTC;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=42;WE=231076297;WS=231076279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,63:0.35:180
chr2	231077110	rs9061	C	T	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=720;ReadPosRankSum=0.628;SC=GAGTCTTCTTCCGCATTCATT;SOR=0.763;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=48;WE=231077118;WS=231077100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
chr2	231077676	rs11556887	G	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=587;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GCTTCCTTCTGCTAGGCCAGT;SOR=0.928;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=41;WE=231077684;WS=231077666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,57:0.59:97
chr2	231077725	rs1129411	A	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=33;PP=1106;SC=CTGCTCTGCCATTCATAGGAA;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=231077733;WS=231077715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr2	231077868	rs7601176	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=0.593;SC=CCCCAGGTGCAGAGAACTGAT;SOR=0.129;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=12;WE=231077876;WS=231077858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	231077911	.	A	C	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=58;QD=23.1928031368;SC=GTGGCCCCTTAATATTTTATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=231077919;WS=231077901;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr2	231103185	rs2278197	A	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=445;ReadPosRankSum=-1.685;SC=TTTGACAAATATTTGACTGAG;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=26;WE=231103193;WS=231103175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr2	231110582	rs28445040	C	T	3795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=2.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.83;ReadPosRankSum=1.900;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,174:0.68:256
chr2	231110737	rs3813464	C	T	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.755;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=416;ReadPosRankSum=-2.073;SC=CCCATTCCCCCATCTATTCAT;SOR=1.832;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=23;WE=231110745;WS=231110727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr2	231115603	rs9989792	T	C	2829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=861;ReadPosRankSum=-0.488;SC=GCCTGGGTGATGGACAGCCCC;SOR=0.636;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=76;WE=231115611;WS=231115593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,137:0.60:227
chr2	231115630	rs9989835	A	T	3036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=1.096;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,148:0.60:248
chr2	231115790	rs9989746	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=1.404;SC=AAGAAGGGGAGGATTTCTGGC;SOR=0.148;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=11;WE=231115798;WS=231115780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	231120255	rs367703666	CGG	C	43.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	231134078	rs66745970	AGCGTG	A	1071.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=826;ReadPosRankSum=-0.436;SC=ACATGGGGAGAGCGTGGCTCT;SOR=1.061;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=16;WE=231134090;WS=231134068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr2	231149108	rs4972946	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.224;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr2	231175549	rs200258126	T	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=0.566;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr2	231175763	rs78116662	G	A	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-0.990;QD=15.64;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,94:0.73:129
chr2	231177200	rs3086614	CTT	C	241.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.11;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr2	231253434	rs7586155	T	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=16;PP=530;SC=ATAAACCTATTTCTTTAATTG;SOR=0.968;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=231253442;WS=231253424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	231256755	rs10184953	C	T	7244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=75;PP=2965;SC=ACAGTCTGAGCGCTGGGAACA;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=98;TCR=76;TR=173;WE=231256763;WS=231256745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr2	231258150	rs7590429	C	T	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=31;PP=1095;SC=ACCTAATCCTCCAAGAATATA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=59;WE=231258158;WS=231258140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	231282534	rs35969967	C	CT	161.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=6;PP=155;SC=GGTGTTTGTCCTTTTTTTCGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=231282542;WS=231282524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	231327291	rs1649863	A	G	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.033;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=543;ReadPosRankSum=1.661;SC=AAGAGCTACTATTTCCTGAGG;SOR=0.471;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=142;TCF=60;TCR=82;TR=54;WE=231327299;WS=231327281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,79:0.37:214
chr2	231327430	rs17333468	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-1.452;SC=TTATTTTTGAGAATTAGCCTT;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=231327438;WS=231327420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	231328696	rs2306274	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr2	231328728	rs2306276	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,51:0.36:141
chr2	231329014	rs180754913	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=-0.370;SC=TTTAACCTCTCTGGCCCTGTT;SOR=1.781;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=17;WE=231329022;WS=231329004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr2	231330916	rs7369493	A	C	216.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.01;ReadPosRankSum=1.464;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
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chr2	231331701	rs3214547	A	AG	785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=734;SC=TGGAGGTTTGAGGCACGGACA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=231331714;WS=231331684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	231331706	rs2303609	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=-0.888;SC=GTTTGAGGCACGGACATTCTT;SOR=0.648;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=7;WE=231331714;WS=231331684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr2	231331799	rs1649869	T	C	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=26;PP=1429;SC=TTATCATACATTGAGAGCTCC;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=78;WE=231331807;WS=231331789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	231331896	rs1050224	G	A	5999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=67;PP=2104;SC=CAGAAGCCTCGAGCGGGGCAC;SOR=0.838;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=120;WE=231331904;WS=231331886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr2	231333763	rs12724	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=-0.171;SC=TCTAGCTCCTATGACTTCTAG;SOR=0.384;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=15;WE=231333771;WS=231333753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr2	231333834	rs1649873	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=0.532;SC=AAAAACTCTTGATGTAACAAA;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=13;WE=231333842;WS=231333824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr2	231333852	rs1649874	A	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=-1.262;SC=AAATGTCTTTATTTGCTGCAA;SOR=0.417;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=13;WE=231333860;WS=231333842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr2	231333890	rs1649875	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=86;ReadPosRankSum=-1.020;SC=TATGTTATATCCTTTAAAATA;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=9;WE=231333898;WS=231333880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr2	231334010	rs1649877	CA	TG	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,11:0.15:74
chr2	231334216	rs1051579	T	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr2	231334299	rs1051580	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr2	231334495	rs372197214	TA	T	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.871;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
chr2	231334504	rs139756804	AAAAG	A	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.372;NF=4;NR=15;PP=247;ReadPosRankSum=1.210;SC=TTAAAAAAAAAAAAGAAGAAG;SOR=0.588;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=19;WE=231334515;WS=231334485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,13:0.14:93
chr2	231334679	rs1678162	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=284;ReadPosRankSum=-0.031;SC=TTCCCTGCTGATTCCTAAGAC;SOR=0.627;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=21;WE=231334687;WS=231334669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,24:0.29:82
chr2	231337960	rs1615190	C	T	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=19;PP=1730;SC=GGGGAGTGGGCAGTCACTAAT;SOR=2.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=67;TCR=19;TR=85;WE=231337968;WS=231337950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr2	231338211	rs1678169	T	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,25:0.22:113
chr2	231359098	rs836230	T	G	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=26;PP=1278;SC=TTTATAGTTCTAAAGGATTAT;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=73;WE=231359106;WS=231359088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	231405572	rs4973329	T	G	3050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.340;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1248;ReadPosRankSum=1.912;SC=CATTGCTCACTTTATGCCCCA;SOR=0.490;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=77;WE=231405580;WS=231405562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr2	231406194	rs866270	G	A	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=26;PP=711;SC=TGAGTTTTTAGTTCAGGCTAC;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=231406202;WS=231406184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr2	231406680	rs836237	T	C	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=59;PP=1855;SC=AATGAGCAGATGTACACCCGA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=124;WE=231406688;WS=231406670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr2	231407519	rs6717269	C	T	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=19;PP=1227;SC=CATTGCATAACTGCTATATTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=231407527;WS=231407509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	231683487	rs16836174	CTT	C	1429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=952;ReadPosRankSum=0.883;SC=ATCAGGCACTCTTATTGATTC;SOR=0.646;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=24;WE=231683496;WS=231683477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,37:0.60:62
chr2	231738168	rs2289235	G	A	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=417;ReadPosRankSum=1.171;SC=CAAGAGGGGGGGCTCAGTGGG;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=33;WE=231738176;WS=231738158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,47:0.35:135
chr2	231738263	rs2289234	C	T	2243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=4.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=1.794;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,65:0.33:199
chr2	231738269	rs2289233	G	A	2237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,63:0.35:181
chr2	231738318	rs3816150	T	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.744;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,52:0.36:144
chr2	231741711	rs7570262	A	G	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.991;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=57;PP=1181;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GGATGTCTGCAGCATCCTGTC;SOR=0.496;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=244;TCF=80;TCR=164;TR=93;WE=231741719;WS=231741701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,118:0.37:317
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chr2	231742711	rs60237566	T	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,75:0.33:228
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chr2	231860848	rs6722863	A	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=9;PP=854;SC=CTGGAGGCCCAAGCCAGGCTC;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=231860856;WS=231860838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	231902316	rs186173488	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=1.317;SC=CGGCCCGGCTTGCGCGCCCTG;SOR=0.368;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=231902324;WS=231902306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	231902471	rs190787545	C	G	130.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=39;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCAGGCGCGGCCAAGCCGGGC;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=231902479;WS=231902461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr2	231902926	rs116101137	C	A	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=1;PP=24;SC=TGAGACTGCGCGGGGCCCGGC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=231902934;WS=231902916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr2	231940362	rs60087901	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.686;SC=GGCGCGGTCTCGGCTCACTAC;SOR=0.483;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=11;WE=231940370;WS=231940352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr2	231944373	rs2303353	A	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=0.686;SC=AAAAGAAGTAATTTTTCTGGG;SOR=1.371;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=15;WE=231944381;WS=231944363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr2	231949946	rs2303357	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=516;ReadPosRankSum=-1.028;SC=GTCTTAGGTTGTGATTCTCAT;SOR=0.571;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=32;WE=231949954;WS=231949936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,37:0.50:74
chr2	232029748	rs6744141	T	A	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr2	232030510	rs2303351	C	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=257;ReadPosRankSum=0.446;SC=GCTGCTCAGTCAACTTCAGAT;SOR=0.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=16;WE=232030518;WS=232030500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr2	232030555	rs2303350	G	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=542;ReadPosRankSum=0.364;SC=ATGAACTTCTGTTGAACTTTT;SOR=0.845;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=33;WE=232030563;WS=232030545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr2	232030861	rs2303349	A	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=-0.571;SC=AAATTATTTAACAAAAGAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=11;WE=232030869;WS=232030851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr2	232035429	rs6749	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=343;ReadPosRankSum=-0.503;SC=ATGATTAAGGGCCAGAGGTGC;SOR=0.297;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=24;WE=232035437;WS=232035419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr2	232087474	rs1626450	AT	GA	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=9;PP=511;SC=GTTGAAGTTGATAAAGTTTCT;SOR=1.009;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=31;WE=232087483;WS=232087464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	232153195	rs77340623	C	T	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=596;ReadPosRankSum=0.042;SC=GGAAAATTTCCCTTGAAGACC;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=35;WE=232153203;WS=232153185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr2	232225535	rs35889244	C	CG	12340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=110;PP=2974;SC=CCAGCCCCCACGGGACCCCCC;SOR=0.731;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=141;TCF=28;TCR=113;TR=135;WE=232225543;WS=232225525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr2	232260537	rs4972989	T	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.39;ReadPosRankSum=2.240;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr2	232317402	rs11295750	CA	C	2510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=955;ReadPosRankSum=3.780;SC=ATGATTAGAACAAGCACTGAG;SOR=0.603;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=32;WE=232317410;WS=232317392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,93:0.33:282
chr2	232320856	rs150234462	G	GA	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr2	232321956	rs7598759	C	T	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=677;ReadPosRankSum=0.597;SC=ATACTCATGACGTAAGCTAAA;SOR=0.565;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=143;TCF=62;TCR=81;TR=54;WE=232321964;WS=232321946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,62:0.35:175
chr2	232322829	rs6712148	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=7.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr2	232325414	rs139777351	TTCA	T	11679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.651;NF=29;NR=89;PP=2979;ReadPosRankSum=1.304;SC=CCTCATCATCTTCATCATCAT;SOR=0.625;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=49;TCR=148;TR=118;WE=232325424;WS=232325404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,294:0.67:437
chr2	232325692	rs12996154	A	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.918;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=209;ReadPosRankSum=1.020;SC=AGTCATGGCAAGAATAGATCA;SOR=0.242;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=24;WE=232325700;WS=232325682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr2	232326417	rs1131171	C	T	2663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1678;ReadPosRankSum=-1.990;SC=TGTCATCATCCTCCTCTTCAT;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=95;WE=232326425;WS=232326407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,116:0.69:168
chr2	232326801	rs2595514	A	T	10486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.099;NF=105;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=1.062;SC=TCCCAATGAGATGTTAGACTC;SOR=0.505;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=249;TCF=106;TCR=143;TR=248;WE=232326809;WS=232326791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,409:1.00:410
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chr2	232327880	rs59474219	C	T	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=529;ReadPosRankSum=-1.541;SC=GTAGTTTTAACATAATTCTGC;SOR=1.362;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=27;WE=232327888;WS=232327870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
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chr2	232390151	rs3752763	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=328;ReadPosRankSum=0.274;SC=AGGGACAGAGAAGGGAGGCCG;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=21;WE=232390159;WS=232390141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr2	232458443	rs10933378	T	C	8539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=114;PP=2965;SC=GCCCCTGGACTCCAGCCTGTA;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=106;TCR=115;TR=219;WE=232458451;WS=232458433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr2	232577421	rs75345231	C	T	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=789;ReadPosRankSum=1.082;SC=AGCTGGGGGTCCCTGGTTCTT;SOR=0.458;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=42;WE=232577429;WS=232577411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
chr2	232601768	rs10192111	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=190;ReadPosRankSum=-0.390;SC=AACCTAGATACCCTTGGATAC;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=13;WE=232601776;WS=232601758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr2	232645940	rs146484440	G	A	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=1006;ReadPosRankSum=-1.178;SC=GCTAGCAGCCGCAGCGGCCAG;SOR=0.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=23;TCR=81;TR=59;WE=232645948;WS=232645930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,76:0.61:124
chr2	232653358	rs11557625	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=3.070;SC=GTGGCTCAGCCCTCACTGCTC;SOR=0.793;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=11;WE=232653366;WS=232653348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr2	232656436	rs115875756	T	C	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=451;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TTTTTTTTCCTCTTCAGCTTG;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=24;WE=232656444;WS=232656426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr2	232661068	rs13408416	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=0.491;SC=TTGTGCCTCTCCTTGCAAAAA;SOR=0.264;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=232661076;WS=232661058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr2	232888856	rs896990	T	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=84;SC=TTAATGAATATTTCTTATACA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=232888864;WS=232888846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	233028070	rs3116181	A	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=10;PP=860;SC=AGGGCAGGAGATTTTAAACTT;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=233028078;WS=233028060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	233243660	rs2014448	T	C	7174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=91;PP=2965;SC=CTGACCTGATTTTTGCTCTCC;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=83;TCR=92;TR=174;WE=233243668;WS=233243650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr2	233244586	rs2853374	C	G	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=41;PP=1330;SC=TGCCTGCCTCCGCCCGCCAGG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=233244594;WS=233244576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr2	233244930	rs1048988	G	C	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=5.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-12.641;QD=4.93;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,98:0.27:366
chr2	233245090	rs2260307	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-8.190;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,37:0.19:200
chr2	233245141	rs2260309	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-15.634;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.382;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,54:0.15:352
chr2	233245210	rs13034594	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQRankSum=-9.925;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:566,105:0.16:671
chr2	233245958	rs200610301	C	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.725;NF=23;NR=12;PP=607;ReadPosRankSum=1.778;SC=CCTCTCTCTGCAGGGCTGGCC;SOR=1.051;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=35;WE=233245966;WS=233245948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr2	233271697	rs369374441	TAC	T	1936.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.704;NF=12;NR=35;PP=1838;ReadPosRankSum=-0.828;SC=CAGCTGCCCCTACACACACAC;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=30;TCR=89;TR=47;WE=233271710;WS=233271685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,120:0.34:356
chr2	233272162	rs2678517	G	A	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.701;NF=31;NR=29;PP=707;ReadPosRankSum=-1.498;SC=GGGAATCCTGGCTATGGAGTG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=93;TCR=88;TR=60;WE=233272170;WS=233272152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,77:0.36:216
chr2	233272528	rs6728119	G	T	6636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=88;PP=2614;ReadPosRankSum=-0.944;SC=GACCTCTATCGCATATCCTGA;SOR=0.762;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=269;TCF=128;TCR=141;TR=162;WE=233272536;WS=233272518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,299:0.64:468
chr2	233272607	.	C	T	3400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.797;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=76;PP=1881;ReadPosRankSum=1.350;SC=CCTCGCCAGCCGGCGCCTACG;SOR=0.498;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=180;TCF=58;TCR=122;TR=120;WE=233272615;WS=233272597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,155:0.63:246
chr2	233272925	rs2678518	A	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.899;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.451;NF=33;NR=17;PP=672;ReadPosRankSum=-1.345;SC=TGAGGAGGGGACACGGGGCCA;SOR=1.137;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=160;TCF=96;TCR=64;TR=50;WE=233272933;WS=233272915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,55:0.29:187
chr2	233273107	rs1130346	A	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=22.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-10.260;QD=1.96;ReadPosRankSum=-4.685;SOR=2.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,23:0.16:145
chr2	233273504	rs183793479	T	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.65;QD=24.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr2	233274145	rs2090543	G	C	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=23;PP=2298;SC=CGGATGTTACGGAGAGCGAGA;SOR=3.176;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=114;TCF=87;TCR=27;TR=110;WE=233274153;WS=233274135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr2	233274169	rs2091555	T	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.14;MQRankSum=1.115;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,50:0.31:160
chr2	233310297	rs796887	T	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.158;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.957;NF=11;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=0.295;SC=TGCAGGAGAGTGGCCCCCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=24;WE=233310305;WS=233310287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr2	233310369	rs790045	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.031;NF=12;NR=12;PP=303;ReadPosRankSum=3.445;SC=TGCTGCGCTATGGCGTGCAGA;SOR=0.674;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=24;WE=233310377;WS=233310359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr2	233310423	rs814220	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.590;HP=8;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.625;NF=10;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=-0.508;SC=AGCCCGGGGGCGGGCGGGGCA;SOR=0.416;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=22;WE=233310431;WS=233310413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr2	233310491	rs809327	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.04;MQRankSum=-1.834;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr2	233323177	rs2003780	T	C	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=24;PP=1051;SC=AAGTTTGAGCTTCAGTTTCCT;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=233323185;WS=233323167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	233344991	rs2741279	T	G	3719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1335;ReadPosRankSum=-0.945;SC=CACACAGTGTTGGGCCCTGCA;SOR=0.727;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=87;WE=233344999;WS=233344981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,175:0.67:261
chr2	233345249	rs1190432	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=363;ReadPosRankSum=-0.620;SC=GCCCCCTTGCCCCCCACCCAG;SOR=0.278;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=18;WE=233345257;WS=233345239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr2	233346027	rs746379	C	G	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=549;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CTCCCAACCCCCTTGTCCTCC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=23;WE=233346035;WS=233346017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr2	233346662	rs909432	A	C	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=43;PP=1260;SC=AGGAGGTGGCACAGGGAGGCC;SOR=3.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=49;WE=233346670;WS=233346652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	233347919	rs6750085	C	G	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=798;ReadPosRankSum=1.216;SC=GAAGGTGGCACCAGGCCTCGG;SOR=0.696;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=55;WE=233347927;WS=233347909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,87:0.32:275
chr2	233349588	rs1529874	G	A	10315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=98;PP=2965;SC=AGGTCGTCATGCTCTGACACA;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=136;TCR=98;TR=233;WE=233349596;WS=233349578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr2	233350000	rs2573246	C	G	2174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=33;PP=1037;SC=ACAGGGGCCACAGGTCAGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=52;WE=233350008;WS=233349990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr2	233385202	rs2741294	C	T	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=158;ReadPosRankSum=0.361;SC=ATTCAGTGCCCGGGGGCCGAA;SOR=0.935;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=13;WE=233385210;WS=233385192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr2	233385396	rs1550094	G	A	5582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=56;PP=1961;SC=GCCCCCCAGCGCCCTGCAAGG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=106;WE=233385404;WS=233385386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr2	233386229	rs2853444	T	C	6406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=94;PP=2965;SC=GTCTTCACTCTCCTCTTGGGG;SOR=1.087;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=60;TCR=94;TR=151;WE=233386237;WS=233386219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr2	233386328	rs2741295	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-2.956;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr2	233386583	rs2853445	T	C	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=53;PP=2380;SC=CCAGGTGAGGTTGAAAAGGCT;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=75;TCR=53;TR=128;WE=233386591;WS=233386573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr2	233387635	rs733603	A	G	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=22;PP=1303;SC=AATAGAGTGTAGGGAGGCCGG;SOR=1.013;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=53;WE=233387643;WS=233387625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	233388813	rs2741299	T	G	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=21;PP=1274;SC=TGCTCGGGCCTCGTCCGGGAC;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=233388821;WS=233388803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr2	233389918	rs2853447	A	G	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=40;PP=1768;SC=CCACTCCTCCATCTGTAGGTC;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=102;WE=233389926;WS=233389908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr2	233390705	.	C	T	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=398;ReadPosRankSum=1.819;SC=CCCCCGCCTCCGAGCTGCGGG;SOR=0.188;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=19;WE=233390713;WS=233390689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr2	233390937	rs2245601	A	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=344;ReadPosRankSum=1.091;SC=TGGAGGGGCCAGTGCTGACAC;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=11;TCR=57;TR=21;WE=233390945;WS=233390927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,31:0.34:91
chr2	233395974	.	GGGACCCTCTAGGACCGGTGCCCCAAGGTCACAGCT	G	1740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=3.482;NF=17;NR=11;PP=2971;ReadPosRankSum=0.670;SC=GGGCCACAGCGGGACCCTCTA;SOR=0.264;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=28;WE=233396016;WS=233395969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr2	233407120	rs2853462	C	T	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=621;ReadPosRankSum=1.446;SC=CCTCTTTCCTCGGTGACTCCC;SOR=0.647;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=154;TCF=98;TCR=56;TR=54;WE=233407128;WS=233407110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,88:0.32:271
chr2	233408190	rs34697564	A	ACCC	2040.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr2	233408220	rs10714586	AG	A	5356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=72;PP=2979;SC=AGGAGGCCTGAGGGGGGGCAG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=52;TCR=79;TR=119;WE=233408247;WS=233408209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr2	233408239	rs2573206	C	G	6698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=121;NR=90;PP=2965;SC=AGCCACTAAGCGTGGGGGTGG;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=121;TCR=90;TR=211;WE=233408247;WS=233408209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr2	233408514	rs72991926	A	T	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=36;PP=736;ReadPosRankSum=-0.090;SC=CAGCACACCCATCCTGGGCGT;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=40;WE=233408522;WS=233408504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,50:0.66:76
chr2	233409013	rs2250451	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=234;ReadPosRankSum=1.470;SC=AGCCCTTCACGCCAACCTCTG;SOR=1.124;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=15;WE=233409021;WS=233409003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
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chr2	233413648	rs72991949	G	A	517.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=-1.185;SC=TAATCTCCTCGTATATCTCCA;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=19;WE=233413656;WS=233413638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr2	233414341	rs4973540	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	233438786	rs2293338	G	A	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=13;PP=934;SC=GCCCTGAAAGGGTAGGCTGCT;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=233438794;WS=233438776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	233498669	rs2276557	G	T	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=-1.400;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,122:0.63:195
chr2	233536926	rs11684420	T	C	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=531;ReadPosRankSum=1.852;SC=CTTTCTTAAGTGATTGGCAGA;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=38;WE=233536934;WS=233536916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr2	233537125	rs11550699	A	G	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=924;ReadPosRankSum=0.562;SC=GAGGGTGTCAAAGGTGCCAAG;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=52;WE=233537133;WS=233537115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,109:0.63:172
chr2	233599904	rs11555646	A	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=468;ReadPosRankSum=-0.922;SC=AAATACGGAAAAGAATGGCAG;SOR=0.658;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=37;WE=233599912;WS=233599894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,66:0.34:193
chr2	233620907	rs35554391	C	CT	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.845;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr2	233633460	rs1801251	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=188;ReadPosRankSum=-1.205;SC=TACTACTGCTGTGTCAGTAAA;SOR=0.670;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=15;WE=233633468;WS=233633450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,20:0.21:96
chr2	233641083	rs737027	G	C	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=38;PP=1730;SC=TAGCTCTGTTGCTATTTGCCA;SOR=0.958;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=94;WE=233641091;WS=233641073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr2	233641208	rs5839447	CAG	C	4224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=40;PP=1956;ReadPosRankSum=1.609;SC=AGGAAATTTACAGAGTCTGCC;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=75;TCF=9;TCR=66;TR=46;WE=233641217;WS=233641198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,107:0.61:174
chr2	233655361	rs2289913	A	G	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=768;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TTATTCAAATACTGTCATAAA;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=47;WE=233655369;WS=233655351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,72:0.66:109
chr2	233660846	rs2305138	G	A	4455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=65;PP=1788;ReadPosRankSum=3.312;SC=AACTGCAAGAGCACAGAGCTA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=97;TCR=98;TR=129;WE=233660854;WS=233660836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,211:0.64:330
chr2	233671277	rs114498122	G	T	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=638;ReadPosRankSum=0.411;SC=TGAAGAGAGCGTGTGATGAAA;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=49;WE=233671285;WS=233671267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,79:0.33:237
chr2	233708806	rs3816334	A	G	3713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=39;PP=2145;ReadPosRankSum=2.793;SC=AGCAGCAGCAACAGCAACAGC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=119;TCR=59;TR=118;WE=233708814;WS=233708793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,162:0.62:262
chr2	233710713	rs4973054	G	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=245;ReadPosRankSum=1.368;SC=GAGGTCAACTGCTGCACCTGC;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=233710721;WS=233710703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr2	233712049	rs2305137	G	A	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=387;ReadPosRankSum=-0.162;SC=CTCCCCTCCCGTTTTGCAGTT;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=21;WE=233712057;WS=233712039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr2	233712226	rs10555297	CACA	C	1729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.042;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.350;NF=2;NR=19;PP=1046;ReadPosRankSum=0.541;SC=CAGCAGCTGCCACAGCAGCAG;SOR=1.067;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=21;WE=233712236;WS=233712216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,48:0.65:74
chr2	233721455	rs1947105	G	A	2324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.389;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=840;ReadPosRankSum=-0.045;SC=AATTTGAGCCGCTTGGTTGCC;SOR=0.904;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=62;WE=233721463;WS=233721445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,113:0.62:183
chr2	233723182	rs1284	G	A	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr2	233740227	rs778338	A	G	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,94:0.68:138
chr2	233744130	rs67252740	GCCC	G,GC	1046.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.386;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.429;QD=27.55;ReadPosRankSum=0.418;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,13,21:0.34,0.55:38
chr2	233744478	rs58835825	T	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.318;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=501;ReadPosRankSum=0.676;SC=CCCCCATCTGTGGCGGGACAC;SOR=1.911;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=25;WE=233744486;WS=233744468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr2	233750118	rs2292726	G	A	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=47;PP=1163;ReadPosRankSum=-1.425;SC=CACCAAAGCCGGCTGTCCCGG;SOR=1.017;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=67;WE=233750126;WS=233750108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,91:0.63:145
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chr2	233785015	rs778354	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=407;ReadPosRankSum=2.003;SC=TAATCTCCTCGGGCTGTAGGA;SOR=0.459;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=25;WE=233785023;WS=233785005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr2	233791608	rs1878289	C	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=16;PP=1041;ReadPosRankSum=0.569;SC=CCATTTAGAGCCAAACATGTC;SOR=0.439;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=61;WE=233791616;WS=233791598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,65:0.74:88
chr2	233791648	rs2592127	G	T	2916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=31;PP=1402;ReadPosRankSum=1.467;SC=GTCAGACGCAGTCCTTCGTAT;SOR=0.874;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=148;TCF=98;TCR=50;TR=99;WE=233791656;WS=233791638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,139:0.67:208
chr2	233834975	rs4973588	A	G	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=15;PP=883;SC=GCAAGGAGGCATTCTGCTCCA;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=233834983;WS=233834965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr2	233835088	rs78336991	T	C	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=450;ReadPosRankSum=0.138;SC=ATCAACCCTTTTCAGGCAATT;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=37;WE=233835096;WS=233835078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,72:0.35:208
chr2	233835150	rs75687703	A	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.423;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr2	233839710	rs75758173	A	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=0.179;SC=TCAGTTAGTCATCAGGCTAAG;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=8;WE=233839718;WS=233839700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr2	233880271	rs60652209	A	G	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=21;PP=1528;SC=CCACCCAGCCATCCACCCATT;SOR=1.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=85;WE=233880279;WS=233880261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	233899126	rs2233391	C	A	6567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,316:0.62:510
chr2	233899377	rs2233394	C	T	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=940;ReadPosRankSum=1.992;SC=GCACCAATGACGGGCTTGATT;SOR=0.704;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=167;TCF=81;TCR=86;TR=65;WE=233899385;WS=233899367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,91:0.34:270
chr2	233925166	rs1141328	G	A	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=17;PP=1132;SC=CTGCCGGCCCGGCCGAGGAGG;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=233925174;WS=233925156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	233925406	rs34218488	T	G	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=49;PP=1479;SC=GTTGTTCTTATGTCACAGGAC;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=233925414;WS=233925396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr2	233925491	rs4246649	A	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=478;SC=AGCTGGTCTCATGGCAGGTTT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=233925499;WS=233925475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	233997595	.	AT	A	561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.714;QD=12.21;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,40:0.87:46
chr2	233998646	rs6738961	C	T	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=15;PP=641;SC=CTGGCACATGCGGCTCAACAG;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=233998654;WS=233998636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	234054515	rs147786898	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=1.362;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr2	234054989	rs36180605	T	G	1931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.613;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=965;ReadPosRankSum=-1.375;SC=CTTGACCCTCTGTCTCTAACG;SOR=0.545;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=173;TCF=55;TCR=118;TR=72;WE=234054997;WS=234054979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,111:0.35:321
chr2	234055004	rs36189208	T	C	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=736;ReadPosRankSum=-1.977;SC=CTAACGCTGCTGCCCACAGGT;SOR=0.741;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=143;TCF=43;TCR=100;TR=62;WE=234055012;WS=234054994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,91:0.35:262
chr2	234066928	rs369242601	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=411;ReadPosRankSum=-2.176;SC=ATGAGTGGATGAATGAATTAA;SOR=0.596;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=36;WE=234066936;WS=234066918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,53:0.35:152
chr2	234066969	rs36127492	C	G	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=416;ReadPosRankSum=1.406;SC=TCCTGCAGCTCATTAAGTCAC;SOR=0.689;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=34;WE=234066977;WS=234066959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,54:0.33:165
chr2	234067089	rs36165346	A	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=-1.193;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,21:0.23:91
chr2	234070171	rs28605534	G	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=289;ReadPosRankSum=-1.141;SC=CTTTGTTAAAGTCGCACCTTT;SOR=0.442;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=14;WE=234070179;WS=234070161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr2	234070190	rs28609111	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=250;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TTGCAGGGGAGTGTCTAGGCC;SOR=0.518;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=16;WE=234070198;WS=234070180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr2	234070233	rs28576692	T	C	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=666;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TGGACACATGTTTCCAGGTTG;SOR=0.371;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=35;WE=234070241;WS=234070223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
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chr2	234078067	rs149304203	C	A	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=5;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=1618;ReadPosRankSum=-1.683;SC=CTCCTTCCCCCCAAGAGTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=37;WE=234078075;WS=234078046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,62:0.57:108
chr2	234078582	rs10754947	G	A	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=467;ReadPosRankSum=0.917;SC=TATGCTCCTCGCCCCACACCT;SOR=0.739;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=33;WE=234078590;WS=234078572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,48:0.66:73
chr2	234079551	rs10681979	CA	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.657;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr2	234085792	rs13007032	A	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=3.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.505;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=316;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GAAATTCTATAAAAAGCCAAC;SOR=3.556;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=15;WE=234085800;WS=234085782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	234091158	rs4571051	T	C	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=3.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.825;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,75:0.27:275
chr2	234098296	rs146883827	G	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=449;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GAGGGGGACAGGGAAGGAAGC;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=23;WE=234098304;WS=234098286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr2	234107070	rs7569827	G	A	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=70;PP=1977;SC=TTATGAAAGCGCCCTGGGCTT;SOR=1.376;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=110;WE=234107078;WS=234107060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	234112649	rs7609436	T	C	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=10;PP=676;SC=CAATGTTACATGTCTCTATCT;SOR=1.569;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=38;WE=234112657;WS=234112639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr2	234113057	rs7346	G	A	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.019;SC=GCTCCTTCACGTGCTCATCCT;SOR=0.828;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=239;TCF=122;TCR=117;TR=85;WE=234113065;WS=234113047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,121:0.35:342
chr2	234113301	rs9247	C	T	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,132:0.29:448
chr2	234113396	rs33926881	T	TTG	2692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=56;PP=2291;ReadPosRankSum=2.965;SC=TCGTGTGCATTTGTGTGTGTG;SOR=0.910;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=79;TCF=4;TCR=75;TR=60;WE=234113404;WS=234113386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,86:0.71:121
chr2	234113421	rs70958391	C	CGTATGTGT	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=54;PP=551;ReadPosRankSum=0.886;SC=TGCGTGAGTGCGTATGTGTGT;SOR=2.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=55;WE=234113429;WS=234113411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr2	234160345	rs2289477	T	G	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=339;ReadPosRankSum=-0.662;SC=CCTCGGGGACTGCCAGTGTGT;SOR=0.330;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=26;WE=234160353;WS=234160335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr2	234160669	rs10199278	C	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=-0.654;SC=AACCTGAGGCCGAGTCCCTGG;SOR=1.402;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=16;WE=234160677;WS=234160659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr2	234173503	rs12994997	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=0.951;SC=GGGCTCTGGCGAGGTACTATT;SOR=1.165;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=12;WE=234173511;WS=234173493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr2	234178624	rs35705047	CT	C	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=2.311;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr2	234178781	rs72400208	A	AT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr2	234181593	rs2289475	G	C	7400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=96;PP=2965;SC=ATCAAAGAATGTCTTGCCTTT;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=183;WE=234181601;WS=234181583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr2	234182240	rs2289472	C	T	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=2.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.90;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,91:0.66:138
chr2	234183368	rs2241880	A	G	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.616;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=1017;ReadPosRankSum=0.499;SC=CAATGTGGATACTCATCCTGG;SOR=1.107;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=59;WE=234183376;WS=234183358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,93:0.56:167
chr2	234183468	rs2241879	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-0.724;SC=TTGATATGGTGACAGAGCCTG;SOR=0.976;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=10;WE=234183476;WS=234183458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr2	234184417	rs3792109	G	A	5460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.380;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=79;PP=2574;ReadPosRankSum=1.555;SC=TGAATGTCACGGTCCCTTTGT;SOR=0.657;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=232;TCF=114;TCR=118;TR=162;WE=234184425;WS=234184407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,254:0.65:392
chr2	234197717	rs4663136	C	G	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=23;PP=685;SC=AGCAGCATGGCGCAACATCGA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=234197725;WS=234197707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	234201767	rs78930461	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.213;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr2	234224637	rs112149360	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=-1.114;SC=TGAGCCACCGCGCCCGGGCTG;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=12;WE=234224645;WS=234224627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr2	234227523	rs2304777	A	G	5499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=71;PP=2490;SC=GGGCATTTACATGGAAGGAGA;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=135;WE=234227531;WS=234227513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
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chr2	234229295	rs72976383	C	T	6230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=79;PP=2568;ReadPosRankSum=1.474;SC=CTCTGACCTGCGCCTTCCGCT;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=142;TCR=110;TR=177;WE=234229303;WS=234229285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,292:0.68:432
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chr2	234247508	rs13427703	C	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=0.128;SC=AGGCCCATAGCTTCTACCAAG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=10;WE=234247516;WS=234247498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,13:0.17:75
chr2	234247627	rs2241874	T	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=295;SC=AATGTGTGCATTCTTAGCGCC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=234247635;WS=234247617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	234255548	rs1046976	T	C	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=0.779;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,110:0.79:139
chr2	234294561	rs3075537	T	TTC	12051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=75;PP=2965;SC=AGCACTCTTGTTATAAATAAA;SOR=0.730;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=26;TCR=77;TR=101;WE=234294569;WS=234294551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr2	234294791	rs838716	G	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.16;ReadPosRankSum=0.744;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr2	234347091	rs3214826	TA	T	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.639;NF=0;NR=16;PP=184;ReadPosRankSum=0.853;SC=GTGTGCTTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.826;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=16;WE=234347099;WS=234347081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr2	234354245	rs2305542	G	A	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.089;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=651;ReadPosRankSum=-0.061;SC=GTTTGCCTGCGCATCGTCCCC;SOR=0.290;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=44;WE=234354253;WS=234354235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,61:0.78:78
chr2	234356623	rs72980357	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=262;ReadPosRankSum=2.430;SC=AGGAGAGACTCATCTTTCCCA;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=16;WE=234356631;WS=234356614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr2	234368715	.	TA	T	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.450;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr2	234368821	rs2290464	T	C	3474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.345;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.393;NF=53;NR=55;PP=1319;ReadPosRankSum=-1.209;SC=CAGGTGTAATTGGGCTTTCGG;SOR=0.515;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=108;WE=234368829;WS=234368811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,167:0.66:252
chr2	234371351	rs2228939	G	A	3322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=64;PP=1611;ReadPosRankSum=0.060;SC=GCAGTGAGACGGAGCTGCTGC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=43;TCR=93;TR=94;WE=234371359;WS=234371341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,151:0.69:218
chr2	234372985	rs2242098	A	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=656;ReadPosRankSum=0.530;SC=CTCTCGCCTGAAGTGCCTGTG;SOR=1.412;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=36;WE=234372993;WS=234372975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr2	234394487	rs1048603	G	A	4467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=68;PP=1857;ReadPosRankSum=-0.411;SC=ACGGGAAGACGATAGAAATCG;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=69;TCR=100;TR=117;WE=234394495;WS=234394477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,206:0.69:300
chr2	234396566	rs10929178	G	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=386;ReadPosRankSum=1.722;SC=TGAATCCGTTGGATGGCAGAC;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=30;WE=234396574;WS=234396556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,51:0.62:82
chr2	234405374	rs2602386	A	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=205;ReadPosRankSum=-0.810;SC=TTATTACTTAAGAGTTGTCTA;SOR=0.622;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=14;WE=234405382;WS=234405364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr2	234433081	rs6746234	G	A	4936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=48;PP=2107;ReadPosRankSum=0.693;SC=CGGCCATTACGATGACTTTTA;SOR=0.508;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=217;TCF=144;TCR=73;TR=137;WE=234433089;WS=234433071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,228:0.66:344
chr2	234438246	rs56828432	C	CT	4038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.27;NF=3;NR=35;PP=1766;SC=AAGGACTGTCCTAGGAGCTAG;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=38;WE=234438254;WS=234438236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr2	234438354	rs12692193	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=296;SC=GAAAAGTAAACATTTCTTTAA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=234438362;WS=234438344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	234442437	rs11332355	CA	C	525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=278;ReadPosRankSum=0.719;SC=TACACAGAAACAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=19;WE=234442445;WS=234442427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr2	234449316	rs2167884	G	A	5769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=63;PP=2266;SC=ACCTTCCGCAGTGGTCCATGC;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=130;WE=234449324;WS=234449306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	234449462	rs1545525	T	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=34;PP=967;SC=TGAGAAATAATTGCATACTTA;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=45;WE=234449470;WS=234449452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr2	234450822	rs1901812	T	C	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=79;SC=CACCTAGCAATTAAACCGCAT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=234450830;WS=234450821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr2	234457900	rs3965793	T	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr2	234469664	rs6753062	T	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=13;PP=627;SC=CCATAGGGTATAGGCCAAGTC;SOR=1.127;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=33;WE=234469672;WS=234469654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	234526223	.	AT	A	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=-3.546;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr2	234527118	rs1042605	A	G	10669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.178;NF=193;NR=187;PP=2962;ReadPosRankSum=1.462;SC=TGTTGCGAACAGACTTTGTTT;SOR=0.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=582;TCF=299;TCR=283;TR=380;WE=234527126;WS=234527108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,492:0.65:756
chr2	234545039	rs149250772	A	ATT	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-0.881;QD=12.04;ReadPosRankSum=1.033;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr2	234545861	rs17854828	C	T	10183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.95;MQRankSum=2.191;NF=161;NR=140;PP=2962;ReadPosRankSum=2.046;SC=TAGAAATAGCCTCTGAAATTC;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=464;TCF=247;TCR=217;TR=301;WE=234545869;WS=234545851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,454:0.61:739
chr2	234580453	rs3832043	AT	A	1362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=13;PP=861;SC=TCAGTGACTGATTTTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=41;WE=234580462;WS=234580443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr2	234590527	rs7586110	T	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,37:0.28:133
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chr2	234590970	rs17868323	T	G	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.66;MQRankSum=-0.182;QD=41.83;ReadPosRankSum=1.626;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr2	234590974	rs17863778	CG	AA	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=46.57;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr2	234591205	rs11692021	T	C	4388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=887;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-7.259;NF=84;NR=82;PP=1634;ReadPosRankSum=0.062;SC=GGAGAGAGTATGGAACCACAT;SOR=0.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=501;TCF=262;TCR=239;TR=166;WE=234591213;WS=234591195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:604,279:0.32:883
chr2	234591339	rs17864686	G	A	8688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.221;SC=CAATTTGGTTGTTGCGAACTG;SOR=0.714;Source=Platypus;TCF=210;TR=294;WE=234591347;WS=234591329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,382:0.70:543
chr2	234598991	rs7563561	T	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.311;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=550;ReadPosRankSum=-0.905;SC=CTGAAAGAGTTAGCACCTTAG;SOR=0.474;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=130;TCF=92;TCR=38;TR=44;WE=234598999;WS=234598981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,52:0.34:155
chr2	234599089	rs7608175	C	G	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=46;PP=1233;ReadPosRankSum=0.023;SC=GGTCTCTCCTCTATTCAAAAT;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=281;TCF=147;TCR=134;TR=101;WE=234599097;WS=234599079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,187:0.34:553
chr2	234599234	rs144486213	GA	G	2243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.263;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,153:0.62:245
chr2	234599296	rs45615240	T	C	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.669;NF=8;NR=23;PP=486;ReadPosRankSum=0.255;SC=CCTTGACTCCTACAGCACCAA;SOR=0.816;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=31;WE=234599304;WS=234599286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr2	234601669	rs6759892	T	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=262;ReadPosRankSum=-2.187;SC=CCTCCTTCGCTCATTTCAGAG;SOR=0.529;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=20;WE=234601677;WS=234601659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,29:0.27:109
chr2	234601965	rs1105880	A	G	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=2.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-2.713;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,71:0.37:193
chr2	234602191	rs2070959	A	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.273;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,76:0.27:282
chr2	234602202	rs1105879	A	C	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,81:0.28:293
chr2	234621780	rs3755323	T	C	3433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.47;ReadPosRankSum=2.545;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,86:0.69:125
chr2	234621787	rs3755322	C	G	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.52;ReadPosRankSum=1.479;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,89:0.71:126
chr2	234621825	rs3755321	T	C	2405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.349;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=36;PP=1088;ReadPosRankSum=-1.270;SC=GTCCTCACCCTGGAGGTGAAT;SOR=0.454;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=78;WE=234621833;WS=234621815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,108:0.73:148
chr2	234622061	rs3755320	C	A	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.817;NF=53;NR=36;PP=1643;ReadPosRankSum=-1.097;SC=CAGGCACCTGCATGCTACTTC;SOR=0.513;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=158;TCF=97;TCR=61;TR=89;WE=234622069;WS=234622051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,123:0.59:207
chr2	234622110	rs12475068	C	G	4931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.087;NF=68;NR=48;PP=1924;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CACCTCTGCGCGGCGGTGCTG;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=123;TCR=87;TR=116;WE=234622118;WS=234622100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,229:0.62:371
chr2	234622282	rs17868333	C	T	3599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.670;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-7.958;NF=54;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.519;SC=AGAACATGCTCTACCCTCTGG;SOR=0.901;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=223;TCF=101;TCR=122;TR=127;WE=234622302;WS=234622272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,170:0.54:317
chr2	234622294	rs17863790	C	T	3681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.575;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-8.674;NF=51;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=0.224;SC=ACCCTCTGGCCCTGTCCTACC;SOR=0.883;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=218;TCF=98;TCR=120;TR=122;WE=234622302;WS=234622272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,174:0.53:328
chr2	234626287	rs869283	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=195;ReadPosRankSum=1.716;SC=ATCCTGGGGCGACCAGGACAA;SOR=0.838;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=16;WE=234626295;WS=234626277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr2	234627608	rs2011425	T	G	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.707;NF=28;NR=21;PP=758;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GCGGGAGGCCTTGCGGGAGCT;SOR=0.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=49;WE=234627616;WS=234627598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,74:0.65:113
chr2	234627914	rs12468274	T	C	4873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.480;NF=85;NR=64;PP=2538;ReadPosRankSum=-0.600;SC=TGATGTGGTTTTAACAGACCC;SOR=0.809;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=232;TCF=127;TCR=105;TR=149;WE=234627922;WS=234627904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,218:0.67:327
chr2	234627937	rs2011404	T	C	9997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=134;NR=115;PP=2965;SC=TTAACCTCTGTGGGGCGGTGC;SOR=0.791;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=251;TCF=134;TCR=117;TR=249;WE=234627945;WS=234627927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
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chr2	234637803	rs3821242	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.02;QD=26.30;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
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chr2	234637912	rs6431625	T	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.370;NF=20;NR=14;PP=548;ReadPosRankSum=0.508;SC=ATGCGGGAGGTCTTGCGGGAG;SOR=0.853;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=34;WE=234637920;WS=234637902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,52:0.41:128
chr2	234638249	rs7574296	A	G	12151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=127;PP=2965;SC=TCTGCGCGGCAGTGCTGGCTA;SOR=0.822;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=286;TCF=159;TCR=127;TR=285;WE=234638257;WS=234638239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr2	234652347	rs13009407	C	G	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1113;ReadPosRankSum=-1.052;SC=CGCCCTCCGCCCCCGCCTCGC;SOR=0.738;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=226;TCF=92;TCR=134;TR=72;WE=234652355;WS=234652337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,91:0.29:309
chr2	234652482	rs62191918	C	T	5280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=79;PP=2072;ReadPosRankSum=0.308;SC=GCCACTTGAGCGCCAGCTTGC;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=232;TCF=102;TCR=130;TR=138;WE=234652490;WS=234652472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,246:0.65:381
chr2	234663649	rs10929301	C	G	9073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=152;PP=2965;SC=AGCTGAAGACCTACTCGAAGG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=111;TCR=153;TR=263;WE=234663657;WS=234663639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr2	234676413	rs2302538	T	C	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=758;ReadPosRankSum=-0.128;SC=AGAGGACCCCTGTTTTCTAGT;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=56;WE=234676421;WS=234676403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,60:0.59:102
chr2	234676458	rs12471326	T	C	3310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=37;PP=1461;ReadPosRankSum=-0.260;SC=TCATATTATGTTCTTTCTTTA;SOR=0.535;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=168;TCF=105;TCR=63;TR=95;WE=234676466;WS=234676448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,152:0.63:242
chr2	234687960	rs148246504	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.95;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr2	234687963	rs17868344	A	C	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.83;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr2	234688036	rs6431631	C	A	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=15;PP=480;SC=GCAGCAGTAGCCTCAAGTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=234688044;WS=234688026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr2	234698016	rs17862886	G	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=211;ReadPosRankSum=-0.196;SC=GGAGGAATGGGGATCTAAGAT;SOR=0.622;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=12;WE=234698024;WS=234698006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr2	234698097	rs12468017	T	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=421;ReadPosRankSum=-2.487;SC=GGACTTGTGCTGGGGGCAGGG;SOR=0.940;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=29;WE=234698105;WS=234698087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr2	234698126	rs17862888	C	G	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=656;ReadPosRankSum=-1.060;SC=ATTCCACCCACCATACTTGTT;SOR=0.761;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=39;WE=234698134;WS=234698116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,84:0.62:136
chr2	234702212	rs6738710	G	C	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=15;PP=1153;ReadPosRankSum=0.819;SC=CAGCCTGCTCGCTACGGCAAG;SOR=0.657;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=65;TCR=19;TR=63;WE=234702220;WS=234702202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,72:0.81:89
chr2	234702459	rs1500481	T	C	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=78;PP=2383;SC=GCTGAGGCACTACAACCCCGA;SOR=1.381;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=36;TCR=79;TR=114;WE=234702467;WS=234702449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr2	234702555	rs144897502	G	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=360;ReadPosRankSum=1.434;SC=CTGAGGGACCGTCGGGTCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=18;WE=234702563;WS=234702545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr2	234703136	rs6431634	T	C	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=61;PP=1672;SC=AGTCTGGAGGTGCTCTTCGTC;SOR=1.001;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=105;WE=234703144;WS=234703126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr2	234704150	rs2885297	T	C	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=8;PP=1791;SC=TCAGCAGGACTGGGGTAGGGC;SOR=3.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=62;TCR=8;TR=69;WE=234704158;WS=234704140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	234704318	rs2361503	A	G	26072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=1009;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=254;NR=239;PP=2965;SC=CAGATCCTGGAACTGTCAGTC;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=495;TCF=256;TCR=239;TR=493;WE=234704326;WS=234704308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,998:1.00:998
chr2	234704495	rs11563248	T	G	6685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=106;PP=2965;SC=CGTGCTTCCTTTATCCTGATG;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=77;TCR=106;TR=183;WE=234704503;WS=234704485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr2	234704690	rs759173	T	C	6974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;PP=2965;SC=TCGTAGCCCTTGGTGAGGCTC;SOR=0.773;Source=Platypus;TCF=90;WE=234704698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr2	234704746	rs759172	G	C	6717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=79;PP=2965;SC=CAGGAGGCCTGTAGGAGTCCC;SOR=0.867;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=179;TCF=97;TCR=82;TR=176;WE=234704754;WS=234704736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr2	234707341	rs1500479	T	C	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=768;ReadPosRankSum=0.198;SC=AGACAGAACGTGAGGCCCTGA;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=56;WE=234707349;WS=234707331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,106:0.67:159
chr2	234708428	rs13013882	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=289;ReadPosRankSum=0.133;SC=CCCCTCAGGTGAGGATGGCTA;SOR=0.228;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=20;WE=234708436;WS=234708418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr2	234708570	rs11563069	G	A	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.169;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,73:0.71:103
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chr2	234710831	rs10929306	G	C	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=965;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GGGTGAGGCTGCTGTGCTACA;SOR=0.799;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=60;WE=234710839;WS=234710821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,97:0.64:151
chr2	234711008	rs741158	G	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=271;ReadPosRankSum=-1.223;SC=AGGTGGGCTGGCTCCTTGTCT;SOR=0.399;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=14;WE=234711016;WS=234710998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr2	234712652	rs11562982	C	A	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=681;ReadPosRankSum=-1.102;SC=AGACAAGGAGCAAGGTGCTCA;SOR=0.701;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=45;WE=234712660;WS=234712642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,63:0.59:106
chr2	234713571	rs11563242	C	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=-0.303;SC=ACTCAAGGTCCCGTAGCATTC;SOR=0.527;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=234713579;WS=234713561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr2	234713706	rs4430949	T	C	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=952;ReadPosRankSum=1.073;SC=TGCGCTTGAGTAAAGAGCTGA;SOR=0.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=61;WE=234713714;WS=234713696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,113:0.69:163
chr2	234713812	rs2041651	G	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=610;ReadPosRankSum=0.910;SC=CCAGGGGTGAGGGAGTGGAGA;SOR=0.978;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=41;WE=234713820;WS=234713802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,57:0.62:92
chr2	234716309	rs6716876	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=474;ReadPosRankSum=-1.679;SC=TGCCTTGCACGTGTGTGTGTG;SOR=0.515;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=26;WE=234716317;WS=234716299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr2	234716426	rs11563241	G	A	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=957;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AGGTAAAAACGGTGCTGAATG;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=59;WE=234716434;WS=234716416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,107:0.55:196
chr2	234717669	rs10803663	A	G	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=5;PP=824;ReadPosRankSum=1.204;SC=AAGCACCGCCAGCTGACTCAA;SOR=2.190;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=78;TCF=66;TCR=12;TR=50;WE=234717677;WS=234717659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,51:0.65:79
chr2	234720734	rs988344	A	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.850;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=509;ReadPosRankSum=-0.675;SC=TCTCACTTGGAGGCTCCCCAG;SOR=0.237;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=33;WE=234720742;WS=234720724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,44:0.85:52
chr2	234725502	rs726016	T	C	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr2	234726616	rs6756004	A	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=486;ReadPosRankSum=0.026;SC=GAGAGCACAGAGGTGTGAGCC;SOR=0.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=37;WE=234726624;WS=234726606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr2	234727250	rs719419	T	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=363;ReadPosRankSum=0.973;SC=GGGGGGTGGCTGGGCCTTTTG;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=27;WE=234727258;WS=234727240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr2	234727478	rs6759919	A	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=482;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GCCGTCTCTCAGGGAGGGAGG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=31;WE=234727486;WS=234727468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr2	234727986	rs6754859	C	T	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=917;ReadPosRankSum=-0.493;SC=AGTTTAGCTGCGATGAGGTGG;SOR=0.777;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=58;WE=234727994;WS=234727976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,116:0.69:168
chr2	234728078	rs1500480	T	C	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr2	234730807	rs6734083	G	A	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=776;ReadPosRankSum=1.872;SC=GTCGGAGAACGTGCCCTTCGC;SOR=0.586;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=147;TCF=81;TCR=66;TR=59;WE=234730815;WS=234730797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,117:0.37:314
chr2	234732317	rs11676792	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=282;ReadPosRankSum=0.295;SC=CTGCGTGGAAATGAGGCACCG;SOR=0.833;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=24;WE=234732325;WS=234732307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chr2	234737372	rs7564261	C	A	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.311;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=285;ReadPosRankSum=-1.430;SC=CGAGGCCCTGCGGGTGCTGTC;SOR=0.600;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=22;WE=234737380;WS=234737362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,46:0.34:134
chr2	234738175	rs502059	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=1.102;SC=CTCTGCAGGGACCAAGGCATT;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=6;WE=234738183;WS=234738165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr2	234738472	rs582432	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=2.295;SC=GCTGTTCCCCGAGGAAACAGG;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=18;WE=234738480;WS=234738462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,28:0.30:94
chr2	234740136	rs879665	G	A	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=51;PP=1173;ReadPosRankSum=2.732;SC=AAGTGATACCGCTACTGATGA;SOR=0.701;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=280;TCF=135;TCR=145;TR=107;WE=234740144;WS=234740126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,169:0.34:504
chr2	234740157	rs879664	G	A	3032.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=53;PP=1318;ReadPosRankSum=1.972;SC=CAAGATGACCGTTTTCCAGAC;SOR=0.621;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=281;TCF=130;TCR=151;TR=107;WE=234740165;WS=234740147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,180:0.35:521
chr2	234740310	rs879666	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=286;ReadPosRankSum=0.529;SC=CATGCCATGTCGAGACCGGCA;SOR=0.565;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=17;WE=234740318;WS=234740300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr2	234740758	rs213547	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.753;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,28:0.25:112
chr2	234740797	rs76276350	C	CAAAA	1098.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.030;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.790;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,33:0.20:167
chr2	234740798	rs3064782	T	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,36:0.21:170
chr2	234740985	rs474242	G	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.390;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr2	234740985	.	GGC	AGG	710	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=60.13;NF=9;NR=12;PP=710;QD=36.3556130887;SC=AGTCCACCCCGGCACTCGGGG;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=21;WE=234740995;WS=234740975;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:50,21:0.30:71
chr2	234740987	rs658482	C	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.483;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr2	234741022	rs122856	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.377;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.556;NF=7;NR=10;PP=792;ReadPosRankSum=-0.142;SC=GTGGGAGGCATGTGGCAAGCT;SOR=0.409;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=17;WE=234741036;WS=234741012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr2	234741028	rs5839496	A	AG	558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.677;NF=5;NR=10;PP=763;ReadPosRankSum=0.546;SC=GGCATGTGGCAAGCTGAGACC;SOR=0.561;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=15;WE=234741036;WS=234741012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr2	234749151	rs213555	C	T	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=16;PP=1698;SC=AAGAATTCGGCTGAGATTCAC;SOR=2.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=81;WE=234749159;WS=234749141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	234749258	rs10511	T	C	2378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=0.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,148:0.31:474
chr2	234749354	rs12582	G	A	1512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=818;ReadPosRankSum=0.565;SC=CTGGCGTCCGGAGCCCTGGGG;SOR=0.686;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=74;TCR=112;TR=62;WE=234749362;WS=234749344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,85:0.33:260
chr2	234749780	rs3821238	G	C	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=2.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,76:0.34:225
chr2	234750542	rs3732215	G	C	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=630;ReadPosRankSum=0.892;SC=CCTCCTCCTGGAGTTCCAGTT;SOR=0.651;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=157;TCF=75;TCR=82;TR=52;WE=234750550;WS=234750532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,90:0.32:277
chr2	234750831	rs3806589	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=224;ReadPosRankSum=0.494;SC=GGACTCTTTCTGGAGATACGA;SOR=0.864;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=25;WE=234750839;WS=234750821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,40:0.26:153
chr2	234753008	rs169925	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=342;ReadPosRankSum=1.604;SC=CTCCCCTGACGATGCGGACTG;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=22;WE=234753016;WS=234752998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr2	234754273	rs2302156	T	C	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.140;SOR=0.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr2	234754506	rs2302155	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.634;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=500;ReadPosRankSum=0.143;SC=AAGAGCTTCTGAGTATAGCTG;SOR=0.449;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=148;TCF=62;TCR=86;TR=48;WE=234754514;WS=234754496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,81:0.32:256
chr2	234756240	rs2286431	G	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=565;ReadPosRankSum=1.148;SC=TGCACCCACTGGAGCCATCTA;SOR=1.460;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=34;WE=234756248;WS=234756230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,41:0.31:131
chr2	234761225	rs2286430	C	T	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=0.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,120:0.34:355
chr2	234761355	rs554699	G	A	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.289;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,64:0.30:214
chr2	234762480	rs626110	A	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=660;ReadPosRankSum=-0.606;SC=AAGGTGGGGAAGACCCTTACC;SOR=0.595;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=82;TCR=65;TR=53;WE=234762488;WS=234762470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,83:0.33:254
chr2	234762946	rs34087988	C	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.650;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	234763226	rs503913	C	T	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=522;ReadPosRankSum=-0.921;SC=ACTCCGCCCTCCCTGCCTTCC;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=81;TCR=94;TR=50;WE=234763234;WS=234763216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,100:0.30:333
chr2	234839404	rs4663987	C	T	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=1102;ReadPosRankSum=1.857;SC=ACTATTTTCCCTCCAGTTTTG;SOR=0.701;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=70;WE=234839412;WS=234839394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,110:0.63:175
chr2	234846198	rs1019103	G	A	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=858;SC=ATAGGCCAAAGTGACCTGGGC;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=234846206;WS=234846188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	234847573	rs9646720	A	G	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=46;PP=2731;ReadPosRankSum=0.300;SC=GGAAGTTGGGAGGGAATGCTA;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=131;WE=234847581;WS=234847559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr2	234847823	rs2302153	A	C	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=65;PP=1506;SC=TCCAAAGGTGAGGGTGGGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=91;WE=234847831;WS=234847813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr2	234854540	rs13004520	G	C	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=1561;ReadPosRankSum=2.183;SC=GACTTCACAAGAGATCCACTG;SOR=0.808;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=30;WE=234854560;WS=234854530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,55:0.30:184
chr2	234854550	rs11562975	G	C	2785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.430;SC=GAGATCCACTGTATATCCTGG;SOR=0.566;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=65;WE=234854560;WS=234854530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,128:0.68:188
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chr2	234888643	rs6745987	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=303;ReadPosRankSum=0.379;SC=GCCAGTGTGCTACCTACTTTC;SOR=0.382;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=17;WE=234888651;WS=234888633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr2	234892127	rs4663995	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.7898;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=1.780;SC=CAATTAACAATGTGGCAATTG;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=234892135;WS=234892117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr2	234905078	rs11563208	C	T	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=3.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,115:0.61:189
chr2	234915540	rs11563071	C	G	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=32;PP=1389;ReadPosRankSum=-2.230;SC=GGGAGGGTGTCATGAAGGAAA;SOR=0.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=87;TCR=50;TR=87;WE=234915548;WS=234915530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,134:0.69:194
chr2	234916771	rs11450151	A	AT	519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.818;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr2	234916831	rs6734618	A	G	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=26;PP=717;SC=AGTAGTTGTGATAATAAAAGA;SOR=1.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=36;WE=234916839;WS=234916821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr2	234923124	rs3732214	A	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.57;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
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chr2	235950187	rs1469375	T	C	11614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=818;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=177;PP=2962;ReadPosRankSum=1.351;SC=CCAAGTCCGATGCTCCCACAT;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=496;TCF=233;TCR=263;TR=335;WE=235950195;WS=235950177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,547:0.68:808
chr2	235951819	rs3795962	A	G	2894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.698;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1093;ReadPosRankSum=0.503;SC=CGTCCGTCCTAGAAAAGCTGA;SOR=0.458;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=79;WE=235951827;WS=235951809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,134:0.70:191
chr2	236403607	rs3738998	C	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=257;ReadPosRankSum=0.042;SC=CACGCGGCTGCTCCGCCGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=14;WE=236403615;WS=236403597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	236433161	rs62191529	G	A	4423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=70;PP=2336;ReadPosRankSum=-2.979;SC=GACAGGCCACGGGGCTGCACC;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=113;TCR=109;TR=140;WE=236433169;WS=236433151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,205:0.64:320
chr2	236433331	rs11689907	T	C	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=53;PP=1286;SC=GAAGGGACCCTGTGTCCAAGA;SOR=1.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=76;WE=236433339;WS=236433321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	236433390	rs10207027	G	A	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=31;PP=815;SC=TAGGGACCTCGTCCCTTTCTT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=236433398;WS=236433380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	236579317	rs13014733	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=363;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GGCCGCGGCCGGGACCACCCT;SOR=0.701;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=31;WE=236579325;WS=236579307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,37:0.31:120
chr2	236761396	rs13006916	C	T	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1076;ReadPosRankSum=0.488;SC=AGCCCGTGCCCGTCAGTCCTC;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=83;WE=236761404;WS=236761386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,109:0.61:180
chr2	236817336	rs57795387	CT	C	867.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.421;QD=5.63;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,80:0.52:154
chr2	236923361	rs35361765	C	CT	510.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=-0.865;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,41:0.35:118
chr2	236957822	rs2034648	G	A	7106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.307;SC=TGACTGGCCAGTCGAGCTCAT;SOR=0.671;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=327;TCF=143;TCR=184;TR=226;WE=236957830;WS=236957812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,344:0.64:539
chr2	237146643	rs72060634	TGTG	T	1472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=13;PP=699;SC=GGAGGTTAGTTGTGGTGGTGG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=237146653;WS=237146633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr2	237149941	rs6756597	C	T	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=29;PP=1528;SC=CCAAACGTGGCTGGAGATTTC;SOR=1.001;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=75;WE=237149949;WS=237149931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
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chr2	237996106	rs6740125	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.16;ReadPosRankSum=1.316;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
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chr2	238233483	rs13032404	G	A	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=3.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.697;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,65:0.37:177
chr2	238243285	rs2270671	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
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chr2	238243464	rs2270669	C	G	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=28;PP=973;SC=GGGGGCTCAGCCCTCTCCCAG;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=238243472;WS=238243454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	238244963	rs6728818	A	G	5537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=52;PP=2588;SC=AACAGTGGCCATCTTTGTGGC;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=141;WE=238244971;WS=238244953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr2	238249630	rs4433949	C	T	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=3.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,101:0.31:328
chr2	238253149	rs2646258	G	A	2457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.149;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,113:0.64:176
chr2	238253930	rs2256485	A	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr2	238255120	rs2270656	C	T	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=216;ReadPosRankSum=-1.741;SC=CCCAGGTGGCCGGGTCAGAAC;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=14;WE=238255128;WS=238255110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr2	238257013	rs2646265	G	A	3953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.152;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=67;PP=1806;ReadPosRankSum=0.043;SC=GGTATCCAGGGAATCCTCTTT;SOR=0.568;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=175;TCF=71;TCR=104;TR=117;WE=238257021;WS=238257003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,183:0.66:276
chr2	238257127	rs3790990	C	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=811;ReadPosRankSum=-0.243;SC=AGTCATCAAACGAAAACACTC;SOR=0.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=41;WE=238257135;WS=238257117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr2	238257213	rs2646264	C	G	2276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=930;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CTTGGAGCCTCCTGGCAGCAA;SOR=0.830;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=58;TCR=45;TR=59;WE=238257221;WS=238257203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,108:0.60:180
chr2	238257353	rs2646263	A	G	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=2.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.999;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,135:0.72:187
chr2	238258814	rs3790993	C	G	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-2.489;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,112:0.27:410
chr2	238261850	rs2646257	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=445;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TTGCACAGCATTGTGGAAGTA;SOR=1.045;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=26;WE=238261858;WS=238261840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr2	238266146	rs2645777	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=162;ReadPosRankSum=-1.459;SC=AGGAAGAGCCCGTCTGCAGGA;SOR=0.235;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=12;WE=238266154;WS=238266136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr2	238267058	rs4663731	G	A	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,78:0.70:112
chr2	238267717	rs2646254	C	T	4719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=44;PP=1797;ReadPosRankSum=-0.278;SC=AAGAACCAGGCAATCCTTTGT;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=193;TCF=120;TCR=73;TR=120;WE=238267725;WS=238267707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,222:0.64:349
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chr2	238305211	rs1553032	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-0.508;SC=TCTGAAAAGGCCTATAAATCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=238305219;WS=238305210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr2	238419543	rs71887544	CGT	C	1098.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=832;ReadPosRankSum=1.110;SC=TGCACACACTCGTGTGTGTGT;SOR=0.415;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=22;WE=238419554;WS=238419532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,43:0.43:100
chr2	238419611	rs2292879	A	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=605;ReadPosRankSum=0.183;SC=CAGTGCCATGAGCCTGTGCTT;SOR=0.764;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=42;WE=238419619;WS=238419601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,68:0.34:202
chr2	238427142	rs3751110	T	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-2.314;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,67:0.29:234
chr2	238427194	rs3751109	T	C	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=469;ReadPosRankSum=1.190;SC=GGGCCTGAACTGATATCTGAA;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=42;WE=238427202;WS=238427184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,68:0.29:233
chr2	238427251	rs3751107	G	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=381;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GGAGAACCTGGCTCAGAGGCC;SOR=0.996;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=33;WE=238427259;WS=238427241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,44:0.33:134
chr2	238428418	rs3751106	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=282;ReadPosRankSum=0.788;SC=CTAGTGGAGGGGGTGGATGTG;SOR=0.606;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=24;WE=238428426;WS=238428408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr2	238428454	rs75559690	T	C	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,55:0.28:199
chr2	238428459	rs3751105	G	A	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,60:0.28:212
chr2	238434434	rs11883500	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=-1.522;SC=GCCCTGGGGACTGCTGCTGCA;SOR=0.662;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=15;WE=238434442;WS=238434424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr2	238443226	rs2292884	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=2.505;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,37:0.30:124
chr2	238443407	rs2292885	G	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-0.105;SC=TGTTTGTAAGGTTAAGTTCTG;SOR=0.512;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=13;WE=238443415;WS=238443397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr2	238449107	rs2271809	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=1.562;SC=AGGAGGAGGAAGCCAAGGACG;SOR=0.641;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=9;WE=238449115;WS=238449097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr2	238503559	rs2325806	C	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=1.333;SC=TTGTTAGTGCCTCTCCGTATC;SOR=0.625;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=23;WE=238503567;WS=238503549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,42:0.27:154
chr2	238632377	rs3769085	A	C	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=22;PP=485;SC=CTTACCCTGCAGAGTGAGCAG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=238632385;WS=238632367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr2	238636698	rs150738667	GGTCT	G	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=456;SC=TTTTAAAATCGGTCTGTCTTT;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=238636709;WS=238636688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr2	238642569	.	A	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.943;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=33;PP=745;ReadPosRankSum=1.654;SC=CCCTGGGGGAAGTTGCACCTT;SOR=2.816;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=34;WE=238642577;WS=238642559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr2	238643990	rs3769077	G	A	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=36;PP=1234;SC=AGGCGCTTTCGGTGATACCTC;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=238643998;WS=238643980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr2	238648144	rs3769072	C	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=20;PP=580;SC=TTAGAGGAGGCAAACTTTATA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=238648152;WS=238648134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr2	238656870	rs2304430	T	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	238656936	rs2304431	A	G	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=15;PP=494;SC=TTTATCATTCATAGCCCCATC;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=238656944;WS=238656926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr2	238658030	rs200556733	TA	T	1180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.643;HP=12;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=34;PP=491;ReadPosRankSum=-2.076;SC=GTCTTTAGATTAAAAAAAAAA;SOR=0.310;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=35;WE=238658039;WS=238658020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr2	238658085	rs2304432	C	G	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=606;SC=GGTCCTCTCTCCCTCACCTCC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=238658093;WS=238658075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr2	238659708	rs3769062	C	T	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=11;PP=1324;SC=TTTATTTTCCCTTAACGCTTA;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=238659716;WS=238659698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	238659963	rs3835808	TAA	T	3696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=59;PP=1292;SC=CAACTTAACTTAAAAAAAAAA;SOR=1.349;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=7;TCR=61;TR=65;WE=238659972;WS=238659953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr2	238661832	rs733579	T	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=271;SC=TTCTGATCCATTTGCTCTAAG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=238661840;WS=238661822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr2	238661870	rs3832061	GT	G	800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=386;SC=AGGACTGAGGGTTTTTTTTTA;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=238661878;WS=238661860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr2	238662154	rs3769061	A	G	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=38;PP=1127;SC=AATGTTAACAATAGGCTGCGT;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=238662162;WS=238662144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	238667501	rs3215064	G	GA	1109.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=21;PP=558;SC=TAAAAAAAAAGAAAAAAAATC;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=23;WE=238667509;WS=238667491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr2	238668802	rs3213868	A	G	9848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=131;NR=113;PP=2965;SC=CCAAGATGACAAAAGAAGAGT;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=133;TCR=113;TR=244;WE=238668810;WS=238668792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr2	238671117	rs734388	A	G	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=7;PP=634;SC=CTTGTTTCTCATGACTCTTTG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=238671125;WS=238671107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	238671170	rs3739047	G	A	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=17;PP=1240;SC=GATTTGGAACGTGTGTTTACA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=63;WE=238671178;WS=238671160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr2	238671190	rs3739046	AG	GA	6116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=45.65;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr2	238671196	rs3739044	T	C	6162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=43.71;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr2	238671328	rs868119	A	G	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=41;PP=1937;SC=CTGAGAAAGAACAACACACAG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=86;WE=238671336;WS=238671318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr2	238671609	rs2001301	A	G	6076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.512;NF=82;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=1.181;SC=GATGGTGGGAACCACACAGAG;SOR=0.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=83;TCR=102;TR=184;WE=238671617;WS=238671599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr2	238671889	rs7609062	G	A	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=17;PP=925;SC=TAAGGGACGAGAAACCAATCA;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=238671897;WS=238671879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	238671940	rs15232	C	T	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=21;PP=1120;SC=CTGAGGGCAACTGTCAGGAAG;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=238671948;WS=238671930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr2	238672703	rs3739038	C	G	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=60;PP=2057;SC=AGAGCCAGGGCACTTCAATCC;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=106;WE=238672711;WS=238672693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr2	238672795	rs12477133	C	T	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=41;PP=1241;SC=CTGAGGCAGGCGGCAGGCGCG;SOR=1.202;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=64;WE=238672803;WS=238672785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr2	238683166	rs2279644	G	A	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=33;PP=1022;SC=TAGTGGGGACGGTACAGAGAG;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=238683174;WS=238683156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr2	238687893	rs60023357	G	A	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=6;PP=672;SC=ATCCCCAAGGGTGTTCCCTCT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=238687901;WS=238687883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr2	238688244	rs1151798	A	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=18;PP=517;SC=TCTCTGTCCTATCTGGGAGCG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=238688252;WS=238688234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	238688275	rs2117363	C	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=303;SC=CCCTGCCTTCCGAGAGACGAA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=238688283;WS=238688265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr2	238728736	rs79418672	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=381;SC=ATATAAAAAATTTAAAATCTG;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=238728744;WS=238728726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr2	238730522	rs72987141	G	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=32;PP=994;SC=TATGGTTTACGTAAAGTAAAT;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=57;WE=238730530;WS=238730512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr2	238894784	rs66771814	CT	C	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.722;QD=8.61;ReadPosRankSum=2.493;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	238894953	rs12473327	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr2	238896494	rs59213280	C	CATT	593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,18:0.82:22
chr2	238899045	.	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.914;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr2	238903310	rs10203101	C	T	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=17;PP=975;SC=TAACTTTACACGTGTTCAAAG;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=238903318;WS=238903300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr2	238903399	rs12615308	G	A	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.622;NF=26;NR=24;PP=673;ReadPosRankSum=0.580;SC=CATGTAAAGTGCATTTTCCTG;SOR=0.530;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=50;WE=238903407;WS=238903389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,93:0.71:131
chr2	238912120	rs10929262	A	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,69:0.31:222
chr2	238939370	rs11679080	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=376;ReadPosRankSum=-1.255;SC=CACCAGTGGCCGGACACACCC;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=29;WE=238939378;WS=238939360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,48:0.36:135
chr2	238969964	rs2250185	T	C	2132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=834;ReadPosRankSum=-0.951;SC=GGGTGCGAGCTGTGGCCCCGC;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=64;WE=238969972;WS=238969954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,104:0.56:186
chr2	238972827	rs821480	T	C	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=5;PP=863;SC=ATAAGTAGTGTAGATCTGTAG;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=238972835;WS=238972823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	238990388	rs3210400	G	A	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=661;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GAGCGGGCAGGCAGAGGTGGA;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=100;TCR=104;TR=63;WE=238990396;WS=238990378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,96:0.34:280
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chr2	238991796	rs2278742	C	T	1823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1005;ReadPosRankSum=-1.026;SC=CATTGCAGAGCATTTCTCCTG;SOR=0.631;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=222;TCF=127;TCR=95;TR=78;WE=238991804;WS=238991786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,107:0.33:324
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chr2	239010719	rs36066915	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=-2.593;SC=TGCACCACGCTGCCGTCAGTG;SOR=0.633;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=14;WE=239010727;WS=239010709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,24:0.28:87
chr2	239016539	rs935415	C	G	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1125;ReadPosRankSum=0.407;SC=GACTCCTGCTCATGGGTACCC;SOR=0.668;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=267;TCF=129;TCR=138;TR=86;WE=239016547;WS=239016529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:346,124:0.26:470
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chr2	239036423	rs62197371	C	A	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,82:0.30:272
chr2	239037273	rs72989009	C	A	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-1.315;SC=CAACCCCCCACGTCCTCTCGG;SOR=1.375;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=11;WE=239037281;WS=239037263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr2	239038912	rs57813708	T	C	3232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1341;ReadPosRankSum=1.194;SC=ACCTGCAGCTTCGGCGCCGCT;SOR=0.577;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=134;TCF=63;TCR=71;TR=86;WE=239038920;WS=239038902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,150:0.66:228
chr2	239039057	rs13033248	A	G	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=1009;ReadPosRankSum=0.427;SC=GGAGGCCTCAATCCCAGCGGC;SOR=0.688;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=65;WE=239039065;WS=239039047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,102:0.56:182
chr2	239039075	rs13006204	G	T	3201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.83;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,88:0.52:170
chr2	239039637	rs4663845	T	C	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=32;PP=1119;SC=CTCAAGACAGTGGCCTGCAGG;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=239039645;WS=239039627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr2	239039841	rs10172220	A	G	6675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=68;PP=2965;SC=CTGAGCCGGCAGCCCCGCGGG;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=100;TCR=68;TR=168;WE=239039849;WS=239039831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr2	239039896	rs10182906	G	C	10468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=103;PP=2965;SC=ACGGGGCTCCGGTGCCCTACA;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=116;TCR=103;TR=218;WE=239039904;WS=239039886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr2	239040187	rs12692215	T	C	6795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=80;PP=2965;SC=GCAAGTCAGGTCTGACCCTGC;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=80;TCR=80;TR=160;WE=239040195;WS=239040177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr2	239049540	rs2241985	G	A	6446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=63;PP=2282;ReadPosRankSum=-1.706;SC=ATGCCACCGCGGCCTCCTGGC;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=123;TCR=98;TR=144;WE=239049548;WS=239049530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,296:0.66:448
chr2	239049602	rs147827992	C	T	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-2.763;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,133:0.34:395
chr2	239050033	rs12692216	C	T	4912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=71;PP=2537;SC=GCCCGGGCCGCCCACCTGCCC;SOR=0.993;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=46;TCR=71;TR=116;WE=239050041;WS=239050023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr2	239051550	rs935411	T	C	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=10;PP=253;SC=TTGGGAACTTTGCCTTCTACA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=239051558;WS=239051540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr2	239051639	rs748218	T	A	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
chr2	239053436	rs12623661	G	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=6;PP=823;SC=CAGTGAGGGGGGCATTTCTGC;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=239053444;WS=239053426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	239053685	rs13013945	A	C	2685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=52;PP=1079;ReadPosRankSum=1.446;SC=CACTGGGCTCAGTGCAACTCC;SOR=0.568;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=89;WE=239053693;WS=239053675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,129:0.69:188
chr2	239054504	rs11674140	G	T	6840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=77;PP=2632;SC=CTTCCCTGGGGCCTGGTTCTA;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=64;TCR=77;TR=141;WE=239054512;WS=239054494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
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chr2	239056746	rs11674655	T	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=0.802;SC=TGGTGAGGATTGGGGCTCCTG;SOR=0.250;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=5;WE=239056754;WS=239056736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr2	239070400	.	G	A	9713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.915;SC=GGGGGGTTCCGCCTCCTCGCT;SOR=0.597;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=392;TCF=201;TCR=191;TR=257;WE=239070408;WS=239070390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,464:0.64:729
chr2	239075497	rs13402691	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=315;ReadPosRankSum=0.600;SC=TTCCCAAAAGCGGGGCTGAGT;SOR=0.424;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=21;WE=239075505;WS=239075487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr2	239075935	rs3820817	A	G	3042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=1466;ReadPosRankSum=0.483;SC=CTTATCCAGGAAAGAAAGAGT;SOR=0.861;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=133;TCF=71;TCR=62;TR=86;WE=239075943;WS=239075925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,136:0.64:211
chr2	239079276	rs34150107	G	A	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=52;PP=1391;ReadPosRankSum=1.723;SC=CGTAGCGGGCGTCGGCTGCGG;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=77;TCR=72;TR=106;WE=239079284;WS=239079266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,178:0.66:268
chr2	239079791	rs7577745	T	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.13;ReadPosRankSum=0.571;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr2	239082166	rs3832064	G	GC	3794.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.07;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,126:0.63:199
chr2	239093788	rs6431588	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.55;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr2	239096999	rs60823094	A	C	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=431;ReadPosRankSum=1.210;SC=TGTCTGACTCAGCAATATCCT;SOR=0.372;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=34;WE=239097007;WS=239096989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr2	239133662	.	G	C	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=21;MQ=58.8;NF=6;NR=0;PP=50;QD=14.1285354245;SC=ACCCACCCCCGCCCCCCACCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=239133670;WS=239133652;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,6:0.50:12
chr2	239133980	rs7558525	C	T	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.220;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=1006;ReadPosRankSum=2.486;SC=CGAGAGGGCCCGGCTGTGCCC;SOR=1.115;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=170;TCF=90;TCR=80;TR=64;WE=239133988;WS=239133970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,74:0.36:204
chr2	239134056	rs7572285	A	G	4256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.292;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,122:0.35:345
chr2	239134063	rs7584376	G	T	4217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,122:0.34:354
chr2	239134138	rs7572392	A	C	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=793;ReadPosRankSum=1.662;SC=ACCATCAGGGACTCTGGAAAC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=57;TCR=96;TR=59;WE=239134146;WS=239134128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,78:0.30:260
chr2	239136143	rs3795902	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.575;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=222;ReadPosRankSum=-0.156;SC=TGACTCTGTCCCCACCTCCCT;SOR=1.480;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=15;WE=239136151;WS=239136133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr2	239139883	rs13425452	G	C	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=613;ReadPosRankSum=0.194;SC=ACACATTCGCGAGGGGAGCGC;SOR=0.595;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=154;TCF=64;TCR=90;TR=53;WE=239139891;WS=239139873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,73:0.30:244
chr2	239140728	rs11689033	A	G	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=441;ReadPosRankSum=0.165;SC=CTGGCTGGAGAAATCCGGTGT;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=34;WE=239140736;WS=239140718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,56:0.27:205
chr2	239148970	rs56294817	C	A	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	239148996	rs140615710	CCCGT	C	10086.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=64;PP=2988;SC=CAGGCGTCCACCCGTCCGTCC;SOR=0.980;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=113;TCF=40;TCR=73;TR=96;WE=239149011;WS=239148986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr2	239155053	rs934945	C	T	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=596;ReadPosRankSum=-1.241;SC=CAAGGGGGATCCATTTTCGTC;SOR=0.867;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=39;WE=239155061;WS=239155043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,56:0.58:97
chr2	239165663	rs2304669	T	C	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=2.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,61:0.27:223
chr2	239181904	rs2304674	A	G	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.765;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=371;ReadPosRankSum=-2.772;SC=TAGCTCTTACAAACTGAGGGC;SOR=0.778;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=29;WE=239181912;WS=239181894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,36:0.32:114
chr2	239185922	rs2304673	T	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=138;ReadPosRankSum=-1.512;SC=GATAACAGGCTAGATAATACC;SOR=0.344;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=11;WE=239185930;WS=239185912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr2	239229372	rs13398676	C	A	6492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=62;PP=2378;ReadPosRankSum=-1.164;SC=CGCCGCTGACCGAGAAGCTGC;SOR=0.253;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=131;WE=239229380;WS=239229362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
chr2	239229440	rs112673616	A	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,49:0.24:205
chr2	239234396	rs75651012	A	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=289;ReadPosRankSum=-0.470;SC=ACAGAAGATAATGCACACTCT;SOR=1.420;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=17;WE=239234404;WS=239234386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr2	239241445	.	AT	A	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.006;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.913;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
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chr2	239306268	rs3739070	A	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.714;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,27:0.25:108
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chr2	240016771	rs2279273	C	T	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=66;PP=1448;ReadPosRankSum=0.871;SC=GGGAGGGAGACGGTCAGAGAG;SOR=0.965;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=135;TCF=45;TCR=90;TR=96;WE=240016779;WS=240016761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,110:0.65:169
chr2	240016824	rs2279274	A	G	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=43;PP=1046;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CCCTGGGCGCACTCCGGGGTC;SOR=1.366;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=12;TCR=54;TR=52;WE=240016832;WS=240016814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr2	240029736	rs7585225	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=11;PP=629;SC=CCTGCCCCGGTCGGCGTTACC;SOR=1.203;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=31;WE=240029744;WS=240029726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	240048505	rs3828206	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9970;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CAGCCCAGGCGTTCTGCCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=19;WE=240048513;WS=240048495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr2	240048544	rs3791448	C	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=191;SC=GCTAACTGGGCCCCTTCCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=240048552;WS=240048534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	240055901	rs2278778	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=131;ReadPosRankSum=0.416;SC=AGCGTGGGCAGCCTCAGAGCC;SOR=0.048;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=11;WE=240055909;WS=240055891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr2	240056356	rs373009251	C	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.224;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,58:0.30:192
chr2	240066417	rs2290087	A	G	5422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=53;PP=2189;SC=GAAGCTGCACAAAAAGGAGAT;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=115;WE=240066425;WS=240066407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr2	240066526	rs2290088	T	C	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=40;PP=914;SC=TCAACACTGCTGTGTTGCTGC;SOR=1.542;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=57;WE=240066534;WS=240066516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	240078587	rs5839723	GAC	G	845.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.184;NF=0;NR=14;PP=509;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CACCTCAACAGACACACCTTT;SOR=1.170;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=14;WE=240078596;WS=240078577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr2	240083528	rs3791515	G	A	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=58;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.011;SC=CTCCTCCCTGGAAGCCCCCCA;SOR=0.583;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=356;TCF=158;TCR=198;TR=110;WE=240083536;WS=240083518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:416,187:0.31:603
chr2	240083731	rs3828216	C	T	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=413;ReadPosRankSum=1.384;SC=GACTCCTGGGCGAGGGGGCGC;SOR=0.883;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=36;WE=240083739;WS=240083721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,48:0.30:159
chr2	240085403	rs11124182	C	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=238;SC=TCCCTGCCTCCGGTGAAGAGC;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=240085411;WS=240085393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	240085674	rs13010577	C	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.671;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr2	240111477	rs531993	A	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=224;ReadPosRankSum=0.029;SC=AGTCACCGGGAGTTGAGGGTG;SOR=1.112;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=19;WE=240111485;WS=240111467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr2	240219669	rs11696099	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr2	240323661	rs1709851	C	A	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=50;PP=2378;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TGTTGAGTTACAGGTCGGCCC;SOR=0.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=128;WE=240323669;WS=240323651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr2	240323905	rs3215239	T	TG	4549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.103;NF=20;NR=59;PP=2964;ReadPosRankSum=0.293;SC=CTGGCGGAGATGCGCGTTCGC;SOR=0.618;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=123;TCF=29;TCR=94;TR=79;WE=240323913;WS=240323895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,142:0.63:227
chr2	240500173	rs10187580	T	C	4449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=44;PP=2335;SC=CCCTGTCGTCTGCAAGCTGGA;SOR=1.278;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=82;TCR=44;TR=124;WE=240500181;WS=240500163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	240500413	rs6543554	A	G	7847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=107;PP=2965;SC=TGAATCCACCATCGTACCTGC;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=102;TCR=108;TR=209;WE=240500421;WS=240500403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr2	240500437	rs10180205	C	T	7678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=98;PP=2965;SC=TCTTGGATGCCGTCCGATTGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=100;TCR=98;TR=198;WE=240500445;WS=240500427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr2	240504878	rs6719279	C	T	4540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=67;PP=2116;SC=GGTAGCCATTCTAGTCATAGT;SOR=1.139;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=105;WE=240504886;WS=240504868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
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chr2	240721384	rs2898872	C	A	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=16;PP=1005;SC=TGAATTGACTCCTGCTTGGCC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=240721392;WS=240721374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr2	240981179	rs6731916	T	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=10;PP=997;SC=TTGTCTCTGGTTCAAAAATGT;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=240981187;WS=240981169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr2	240981262	rs6728493	A	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.241;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=597;ReadPosRankSum=-1.034;SC=TACATGTTAGAAACAAGAAGA;SOR=0.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=43;WE=240981270;WS=240981252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,58:0.32:183
chr2	240981375	rs6732185	T	A	8987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=3.108;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;MQRankSum=-0.037;QD=24.97;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,359:1.00:360
chr2	240981487	.	A	G	264	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=23;MQ=51.48;NF=10;NR=14;PP=264;QD=12.4488005228;SC=GTGAAGAGGCATGGACGAAGG;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=24;WE=240981495;WS=240981477;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:66,24:0.27:90
chr2	240982059	.	CCGTGGGTG	C	1025.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.233;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.72;MQRankSum=3.415;QD=25.64;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr2	240982068	.	AAGAGGCATGGACGAAGGGCCGTGGGTGAAGAGGCATGGACGAAGGGCC	A	1017.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.118;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.78;MQRankSum=2.315;QD=24.23;ReadPosRankSum=-0.671;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr2	240982116	.	C	A	904	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MMLQ=15;MQ=50.11;NF=21;NR=19;PP=904;QD=23.4692803137;SC=GACGAAGGGCCGTGGGTGAAG;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=40;WE=240982124;WS=240982093;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,40:0.82:49
chr2	240982228	rs10439373	C	T	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	240982271	.	G	A	834	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=22;NF=12;NR=7;PP=834;QD=45.7248006604;SC=GTGAAGAGCCGTGGATGAAGG;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=19;WE=240982279;WS=240982237;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr2	240982443	rs34596708	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.14;ReadPosRankSum=1.074;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr2	240982449	rs35318485	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.957;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr2	240984789	rs12465491	C	T	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=278;ReadPosRankSum=1.019;SC=GGCTCTCCAGCAGCCGGTGGC;SOR=0.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=27;WE=240984797;WS=240984779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,39:0.30:130
chr2	240984833	rs13389099	C	G	2952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=37;PP=1591;ReadPosRankSum=1.208;SC=GGGTGATGTGCGCATATGACA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=86;TCR=55;TR=96;WE=240984841;WS=240984823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,131:0.65:203
chr2	240985099	rs150098707	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.92;QD=29.23;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr2	240985347	rs13030992	G	A	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.07;QD=26.58;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr2	240985511	rs10933560	A	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=750;SC=TGGGAGCTGCAGGCCTACAAA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=240985519;WS=240985501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr2	241066280	rs4292120	C	T	6913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=107;PP=2931;SC=ACATTAGCGCCTCCGCCCCCT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=60;TCR=107;TR=167;WE=241066288;WS=241066270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr2	241066395	rs76780618	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=375;ReadPosRankSum=1.019;SC=ACTAGAACGAGGTCTGGTAGG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=16;WE=241066403;WS=241066385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr2	241073170	rs747741	C	T	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=11;PP=699;SC=AATAAGGCTGCCTGCCAGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=241073178;WS=241073160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr2	241073450	rs3749078	C	T	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=771;SC=AAGGTTATGTCAGGTGCGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=241073458;WS=241073440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr2	241075809	rs13406410	C	T	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=52;PP=1487;SC=GGTGCCCGCCCGCTGGGGTGC;SOR=1.533;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=75;WE=241075817;WS=241075799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr2	241390002	rs3828334	A	G	4459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=58;PP=1912;ReadPosRankSum=-0.061;SC=AGACAGCTAGACCTCTGGGAA;SOR=0.579;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=196;TCF=93;TCR=103;TR=116;WE=241390010;WS=241389992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,205:0.60:340
chr2	241395503	rs2292832	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=1.327;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr2	241395960	rs149251515	C	T	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=720;ReadPosRankSum=0.234;SC=GCTCAGCTGGCACCTGCCACC;SOR=0.669;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=225;TCF=125;TCR=100;TR=68;WE=241395968;WS=241395950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,133:0.34:393
chr2	241403955	rs3830536	GTGACGCCTGCGTGTGCGTGTCAACGCCTGTGTGCGCGCGT	G	5020.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.289;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=4.225;NF=19;NR=25;PP=2964;ReadPosRankSum=1.821;SC=TGCACACGTGGTGACGCCTGC;SOR=1.401;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=44;WE=241404002;WS=241403945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,132:0.50:262
chr2	241404317	rs2229458	C	T	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=41;PP=1208;ReadPosRankSum=0.892;SC=CCCAGGGCCCCGGGCCTGAGG;SOR=0.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=71;WE=241404325;WS=241404307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,100:0.67:149
chr2	241404499	rs2228327	C	T	2565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=1029;ReadPosRankSum=1.920;SC=CACAGGTCTCCGAAGCCAAGG;SOR=0.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=63;WE=241404507;WS=241404489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,117:0.67:174
chr2	241405400	rs10700206	C	CGTG	568.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=504;ReadPosRankSum=0.891;SC=TCACCTGGCACGGGCCCTTAC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=12;WE=241405408;WS=241405399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
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chr2	241405528	rs2228331	A	G	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=23;PP=977;ReadPosRankSum=-0.525;SC=TGACCTCTGCAGCCGGAAGGT;SOR=0.857;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=67;WE=241405536;WS=241405518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,127:0.59:214
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chr2	241439329	rs12994526	G	T	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.12;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr2	241439337	rs12994534	G	A	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,45:0.37:123
chr2	241439809	rs78414006	C	A	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=18;PP=1300;ReadPosRankSum=-0.484;SC=ATGCCCCAGCCGGGGGCCCTG;SOR=0.974;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=76;TCR=27;TR=72;WE=241439817;WS=241439799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,88:0.73:121
chr2	241440020	rs12986801	T	C	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1016;ReadPosRankSum=1.574;SC=CGCAAGGACATCCCGGCTACT;SOR=0.794;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=228;TCF=101;TCR=127;TR=78;WE=241440028;WS=241440010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,129:0.32:399
chr2	241448660	rs59967171	G	GGATA	1216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.73;QD=43.45;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	241451350	rs10427348	C	T	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=806;ReadPosRankSum=-1.464;SC=GGGCTGTGTCCGTGCTGTAGT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=49;WE=241451358;WS=241451340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,70:0.67:104
chr2	241452198	rs12695025	T	C	7724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr2	241452212	rs12695026	T	C	9363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=85;PP=2965;SC=GGTCGCGAGGTACACACCTTG;SOR=0.944;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=119;TCR=85;TR=204;WE=241452220;WS=241452188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr2	241492255	rs4676428	G	T	4896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=56;PP=2161;ReadPosRankSum=0.806;SC=CCCCAGGACCGAAATATCTTT;SOR=0.675;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=202;TCF=123;TCR=79;TR=139;WE=241492263;WS=241492245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,227:0.65:351
chr2	241496770	rs62621191	C	A	4802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=62;PP=1849;ReadPosRankSum=-0.797;SC=GTCTTCCAACCTGCAAGCGAC;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=92;TCR=98;TR=122;WE=241496778;WS=241496760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,231:0.62:371
chr2	241512049	rs2975769	C	A	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=54;PP=1106;ReadPosRankSum=0.803;SC=GCCGCCTCCCCCTTGCTCCTA;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=38;TCR=85;TR=78;WE=241512057;WS=241512039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,95:0.64:148
chr2	241512470	rs2001823	G	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.002;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=805;ReadPosRankSum=-0.995;SC=CTCCCCGGCCGGGGCTATGGG;SOR=1.180;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=53;WE=241512478;WS=241512460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,73:0.68:107
chr2	241531737	rs2975762	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=285;ReadPosRankSum=-0.257;SC=ACCTTCCCCTACTGTCCTCTT;SOR=0.283;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=19;WE=241531745;WS=241531727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr2	241533845	rs2975763	T	C	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=461;ReadPosRankSum=-1.495;SC=GGCACGGGGTTGCTGGCAGGA;SOR=1.112;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=29;WE=241533853;WS=241533835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr2	241537421	rs3749166	G	A	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,135:0.63:213
chr2	241537617	rs58715822	TC	T	1566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=1471;ReadPosRankSum=1.692;SC=CCCCTATCTGTCCTGGCAGAC;SOR=0.733;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=40;WE=241537625;WS=241537607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr2	241538074	rs2975766	A	G	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.013;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GCAGGTCTCCATCATGGCAGT;SOR=0.535;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=78;WE=241538082;WS=241538064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,165:0.67:247
chr2	241538229	rs2975767	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=-0.523;SC=CCCTGCCAGGAGGCTGCGGCC;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=15;WE=241538237;WS=241538219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr2	241555784	rs12052926	G	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=488;ReadPosRankSum=-0.531;SC=TTCCTCCTCCGTCTCTCTATT;SOR=0.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=29;WE=241555792;WS=241555774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr2	241555991	rs1509	G	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=423;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CTGCCAGGGGGCTCATGATAT;SOR=0.640;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=26;WE=241555999;WS=241555981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr2	241558397	rs6437353	G	A	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,83:0.65:127
chr2	241558547	rs7582275	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=493;ReadPosRankSum=-0.843;SC=GGGGGTTTGTGCCACCTTAGA;SOR=0.424;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=36;WE=241558555;WS=241558537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr2	241569329	rs2975785	A	G	2089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=870;ReadPosRankSum=-0.307;SC=CCCCCTGCTCACTCTCTGCTG;SOR=0.771;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=62;WE=241569337;WS=241569319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,99:0.61:163
chr2	241569849	rs12468377	C	T	4224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=59;PP=1938;ReadPosRankSum=-1.362;SC=AGGAGGGCGGCTTCTGCTTCA;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=95;TCR=82;TR=127;WE=241569857;WS=241569839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,192:0.70:273
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chr2	241570391	rs2975786	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=397;ReadPosRankSum=-0.823;SC=AAGGAGCCCGAGATCAGCCCT;SOR=1.041;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=21;WE=241570399;WS=241570381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr2	241621869	rs74882485	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQRankSum=1.221;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
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chr2	241622209	rs4081908	T	C	5156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=76;NR=74;PP=2277;SC=TCACAGAGGGTGAAGGTGGCA;SOR=0.744;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=150;WE=241622217;WS=241622199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr2	241627836	rs1003972	G	C	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=628;ReadPosRankSum=1.051;SC=GTTCCAGGGCGCAGACTGACC;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=41;WE=241627844;WS=241627826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,69:0.71:97
chr2	241627928	rs1560619	A	G	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=56;PP=1937;SC=TGCACAGGACAGGTAGGCAGA;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=110;WE=241627936;WS=241627918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr2	241631267	rs71428453	A	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=325;SC=TGTGGGAACCAGCCAGCTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=241631275;WS=241631257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr2	241631413	rs71428454	T	G	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=16;PP=551;SC=TCCAAGGCCCTGCTCCCAGTG;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=241631421;WS=241631403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	241631476	rs4328629	C	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=21;PP=707;SC=GCAGCTCGGGCCCTGCTGCCT;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=241631484;WS=241631466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr2	241659368	rs6437368	C	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=417;SC=GAAGTGCTGCCCACTGCAGGC;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=241659376;WS=241659358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	241660262	rs116041427	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=191;ReadPosRankSum=-0.467;SC=CTCTGTGCCCGAGTCACGGCC;SOR=0.830;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=15;WE=241660270;WS=241660252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr2	241663019	rs2043252	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=-1.550;SC=TGATGGGTGGCTGCTCCTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=9;WE=241663027;WS=241663009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr2	241666418	rs2060194	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=-1.109;SC=CAGCCAGGCCGGGGACATGCA;SOR=0.922;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=12;WE=241666426;WS=241666408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr2	241674222	rs3755533	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr2	241680633	rs4414678	G	T	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.013;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=319;ReadPosRankSum=0.788;SC=GTCCCTCTCCGCGCACCCCCC;SOR=1.314;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=20;WE=241680641;WS=241680623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr2	241680802	rs56024577	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=525;ReadPosRankSum=-1.794;SC=GCACTGTAGGGACAGGAGGGA;SOR=0.468;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=33;WE=241680810;WS=241680792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,66:0.64:103
chr2	241684660	rs1529665	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=127;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CAGCTGTAAATCCATCAAGGG;SOR=0.283;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=11;WE=241684668;WS=241684650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr2	241696840	rs10594016	ATCC	A	2048.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=8.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.872;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,64:0.38:167
chr2	241702561	rs11688298	T	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=400;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CAGCAGGCAGTTGGGGGTGGC;SOR=0.579;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=30;WE=241702569;WS=241702551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr2	241706166	.	T	TCA	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=1.112;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr2	241708675	rs2288753	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=-1.264;SC=GCTTCCAGCACTGGCCTCAGC;SOR=1.439;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=15;WE=241708683;WS=241708665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr2	241713429	rs2288751	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-1.756;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr2	241713646	rs1063353	A	G	2605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=973;ReadPosRankSum=-0.656;SC=GCAGGACTCAAGGCTGCCACC;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=86;TCR=120;TR=77;WE=241713654;WS=241713636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,148:0.38:386
chr2	241722445	rs2288750	G	A	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=920;ReadPosRankSum=0.182;SC=TATGGAAGCCGGGCCGGGCCA;SOR=0.592;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=58;WE=241722453;WS=241722435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,95:0.69:138
chr2	241722613	rs2288749	A	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=382;ReadPosRankSum=0.834;SC=GGACCTGTGCAGTGTGGAGTG;SOR=1.189;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=23;WE=241722621;WS=241722603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr2	241723427	rs2288748	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=-0.482;SC=AGCTCTCCCAAGGCCCTGCCC;SOR=1.371;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=18;WE=241723435;WS=241723417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr2	241726646	rs2288746	A	G	7730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=84;PP=2872;ReadPosRankSum=-0.362;SC=CCCAGCGGCCAACGGCAGGCG;SOR=0.767;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=256;TCF=135;TCR=121;TR=186;WE=241726654;WS=241726636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,361:0.72:504
chr2	241728843	rs2288745	C	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=518;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CCAGACAAGCCAGGCCCCCAA;SOR=1.153;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=29;WE=241728851;WS=241728833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr2	241737017	rs10167412	C	A	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.973;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=24;PP=1314;ReadPosRankSum=-2.110;SC=GACCATGGCCCCCAGCAACCC;SOR=1.024;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=122;TCF=83;TCR=39;TR=82;WE=241737025;WS=241737007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,110:0.66:167
chr2	241808314	rs34116584	C	T	3769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.592;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1641;ReadPosRankSum=-0.423;SC=GTGACCCCCCCCAAGGCCCTG;SOR=0.882;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=104;WE=241808322;WS=241808304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,174:0.69:254
chr2	241808463	rs66494441	A	G	3210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=3.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.894;QD=10.81;ReadPosRankSum=2.108;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,164:0.55:297
chr2	241808491	.	T	TCCCACCCACAGATCGTGGACGAGGGAAGGGGGTCACTGCTTCCTCACTCGGGGGGCCTGGGTCTCACCCCTGTA	4009.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.633;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=13.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.000;QD=26.21;ReadPosRankSum=-4.032;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,31:0.20:153
chr2	241808685	rs35698882	C	T	4978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=91;PP=2225;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CCCTGGAGGCCGCCCTGGTCA;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=77;TCR=128;TR=146;WE=241808693;WS=241808675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,221:0.71:311
chr2	241808792	rs34995778	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=539;ReadPosRankSum=-0.087;SC=AAGGGAGAGGCCCAGGTGGGG;SOR=0.628;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=27;WE=241808800;WS=241808782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr2	241813453	rs33958047	G	A	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=65;PP=1280;ReadPosRankSum=0.227;SC=CAGGGACCTCGCTCATCTCCT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=147;TCR=193;TR=114;WE=241813461;WS=241813443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,175:0.31:556
chr2	241813496	rs11693280	C	T	5492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.316;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=100;PP=2610;ReadPosRankSum=-0.245;SC=GACCCACAGACCCTCACCTCT;SOR=0.971;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=222;TCF=80;TCR=142;TR=146;WE=241813504;WS=241813486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,244:0.69:353
chr2	241815307	rs12478859	C	T	4420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=2.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=1.198;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,206:0.66:314
chr2	241815308	rs12464426	A	G	11908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.87;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr2	241815473	rs12695032	G	A	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.252;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=46;PP=1110;ReadPosRankSum=1.288;SC=CTGGATTGTCGAGGGCGCGGC;SOR=0.454;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=105;TCF=30;TCR=75;TR=68;WE=241815481;WS=241815463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,97:0.66:148
chr2	241816871	rs11894759	G	T	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=55;PP=1340;ReadPosRankSum=1.995;SC=GCAGAGTCAGGTTCTTCCTCC;SOR=0.536;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=298;TCF=118;TCR=180;TR=98;WE=241816879;WS=241816861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,150:0.33:454
chr2	241817516	rs4426527	A	G	5540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=75;PP=2020;ReadPosRankSum=1.205;SC=GCTACGTCATAGACCACTTCG;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=195;TCF=86;TCR=109;TR=136;WE=241817524;WS=241817506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,260:0.67:386
chr2	241827676	rs34927891	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=1.610;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr2	241827696	rs4675869	A	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=8;PP=341;SC=AGGCCCCCGCAGCCAGCACCC;SOR=0.843;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=241827704;WS=241827686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr2	241827798	rs11899555	T	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=235;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CCGGAGCCGATGCGCGGCGGG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=17;WE=241827806;WS=241827788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr2	241828012	rs6708304	T	C	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.631;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,57:0.29:195
chr2	241828034	rs6707568	A	G	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=43;PP=1452;SC=CTCGGGCGCCAGGAAGAGCAC;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=43;TCR=44;TR=85;WE=241828042;WS=241828024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr2	241828138	rs35290804	A	G	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=364;ReadPosRankSum=-1.028;SC=CTGCGCTCCCACCCTCACCCT;SOR=0.425;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=17;WE=241828146;WS=241828128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr2	241830944	rs10171053	G	T	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=343;ReadPosRankSum=-0.891;SC=TGACCAGGAGGGTGCGCCTAC;SOR=0.701;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=93;TCF=69;TCR=24;TR=26;WE=241830952;WS=241830934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,49:0.35:140
chr2	241830969	rs10171067	G	A	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.369;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=478;ReadPosRankSum=-1.360;SC=AGAGCTGGGCGCTGGCCGGCA;SOR=0.945;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=41;WE=241830977;WS=241830959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,72:0.36:202
chr2	241831005	rs10195453	C	T	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.064;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=708;ReadPosRankSum=0.716;SC=GGCTGAGGATCCTTCTCAAGC;SOR=0.838;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=172;TCF=102;TCR=70;TR=53;WE=241831013;WS=241830995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,98:0.33:301
chr2	241831264	rs6737320	G	A	4463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=68;PP=1537;ReadPosRankSum=0.978;SC=CTGCCAACTTGGCCCCTGCCC;SOR=0.896;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=383;TCF=182;TCR=201;TR=116;WE=241831272;WS=241831254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:503,254:0.34:757
chr2	241831296	rs6709469	C	G	3711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=-1.467;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:447,215:0.32:662
chr2	241831471	rs6709742	CA	TG	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
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chr2	241834875	rs3936205	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=736;ReadPosRankSum=-0.698;SC=ACGCAGATACGCGTGCAGAGT;SOR=1.194;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=50;WE=241834883;WS=241834865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
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chr2	241834944	rs4468809	T	C	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=683;ReadPosRankSum=1.286;SC=CGATGGCTGCTACCAGCAGGT;SOR=0.477;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=132;TCF=81;TCR=51;TR=45;WE=241834952;WS=241834934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,63:0.30:210
chr2	241835379	rs12105122	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr2	241835432	rs10933514	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=0.532;SC=ACAGTGGCAGGTGAGGGCCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=241835440;WS=241835422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	241859255	rs4675790	T	G	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=366;SC=CGGGCTCAGATCTGGGACCCC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=241859263;WS=241859245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr2	241865156	rs4675847	T	C	1783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,88:0.58:153
chr2	241870593	rs34408974	CG	C	466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.808;NF=0;NR=15;PP=475;ReadPosRankSum=-0.595;SC=CCCGGGGGGTCGGGGCCCATC;SOR=0.250;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=15;WE=241870601;WS=241870583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr2	241871847	rs34726174	G	A	3834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=66;PP=1843;ReadPosRankSum=1.804;SC=TGGGCAGGACGGGGGTGGCTG;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=185;TCF=82;TCR=103;TR=116;WE=241871855;WS=241871837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,182:0.62:292
chr2	241872429	rs145183723	TCCAGGGAGGGGCC	T	1487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.343;NF=6;NR=15;PP=2933;ReadPosRankSum=1.659;SC=GCCCCATGGCTCCAGGGAGGG;SOR=0.582;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=21;WE=241872449;WS=241872419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr2	241872597	rs4441463	A	G	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=812;ReadPosRankSum=-1.332;SC=GCCAGTCTCCAGGAGCAGCTG;SOR=0.654;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=56;WE=241872605;WS=241872587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,84:0.58:145
chr2	241874559	rs12618707	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.795;SOR=1.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
chr2	241889171	rs12479396	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=155;ReadPosRankSum=1.876;SC=ACCAGGTCCCGGGGAATGGCA;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=241889179;WS=241889161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr2	241889937	rs4077132	A	G	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=607;ReadPosRankSum=-0.782;SC=GGTGATGGTGAGGCTGGGGGG;SOR=0.717;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=34;WE=241889945;WS=241889927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,65:0.74:88
chr2	241898824	rs10169006	A	G	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=626;ReadPosRankSum=-1.758;SC=GAGAGCCTCCAGGACCTAGCG;SOR=0.740;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=50;WE=241898832;WS=241898814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,98:0.68:145
chr2	241898947	rs10179839	G	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=223;ReadPosRankSum=1.351;SC=GAGTGGGGGTGCCAGGAGGAA;SOR=1.493;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=13;WE=241898955;WS=241898937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr2	241904001	rs11688859	G	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.387;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=-0.036;SC=GGAGCAGGCAGGGGGGGACGC;SOR=0.283;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=16;WE=241904009;WS=241903991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr2	241904498	rs10432571	G	C	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=577;ReadPosRankSum=-2.769;SC=GGGCAGTTGGGTCCAATGCAC;SOR=0.694;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=42;WE=241904506;WS=241904488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,93:0.63:147
chr2	241905591	rs13395609	T	C	4366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=60;PP=2259;ReadPosRankSum=0.617;SC=GAAGGGCGTGTATCTGTCACT;SOR=0.682;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=196;TCF=113;TCR=83;TR=137;WE=241905599;WS=241905581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,201:0.65:311
chr2	241905779	rs12466789	A	G	3608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=2.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=2.426;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,172:0.57:300
chr2	241906671	rs12988969	C	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=204;ReadPosRankSum=0.078;SC=AGACCGTGAGCGGCCCCAGCT;SOR=1.174;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=14;WE=241906679;WS=241906661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr2	241922430	rs4577273	T	C	2121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-0.931;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,101:0.73:138
chr2	241925343	rs4675835	T	C	4435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=45;PP=1737;ReadPosRankSum=-0.021;SC=AGTGGGCACATGGCCCCAGCC;SOR=0.610;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=194;TCF=126;TCR=68;TR=125;WE=241925351;WS=241925333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,200:0.67:298
chr2	241928074	rs3922986	A	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.519;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr2	241929228	rs10200024	A	G	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=55;PP=1698;SC=CACCAGCAGCAGGTAAAGGTG;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=86;WE=241929236;WS=241929218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr2	241930757	.	A	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr2	241932361	rs57109098	A	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5030;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=205;ReadPosRankSum=1.681;SC=GAGGAACAGAAGTTCAAGGTT;SOR=0.307;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=14;WE=241932369;WS=241932351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
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chr2	241974289	rs2074822	G	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=211;SC=CACCTCAGGCGTGTGAAACTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=241974297;WS=241974279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr2	241976615	rs34203344	CG	C	2473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.471;NF=21;NR=25;PP=1305;ReadPosRankSum=0.261;SC=ACTCCTCATCCGGGTTCCCGC;SOR=0.671;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=155;TCF=76;TCR=79;TR=46;WE=241976626;WS=241976605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,98:0.32:308
chr2	241979550	rs7571117	T	C	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=2.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,105:0.36:290
chr2	241987554	rs7590504	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=0.083;SC=GGGAGATGCTGAGCTCCATGG;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=8;WE=241987562;WS=241987544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr2	241991029	rs10206324	A	G	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=26;PP=1237;SC=CCCCTGCTGCAGCCAGGCCCC;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=241991037;WS=241991019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr2	241991903	rs28529274	A	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=553;ReadPosRankSum=-1.167;SC=GGTCAGGGGGATCAAGCAGGG;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=33;WE=241991911;WS=241991893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr2	242002263	rs3732228	C	T	4243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=80;PP=2037;ReadPosRankSum=-0.485;SC=GTCAGGACCGCGTTGCTGGGT;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=74;TCR=113;TR=133;WE=242002271;WS=242002253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,200:0.65:308
chr2	242002828	rs7581709	C	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=465;ReadPosRankSum=1.587;SC=GGAGGTGGCACGCCTCCCGAG;SOR=0.922;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=29;WE=242002836;WS=242002818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr2	242003558	rs34771867	T	C	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=56;PP=1377;SC=GCGGCAGGCCTGCCTGCTCCC;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=91;WE=242003566;WS=242003548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr2	242004199	rs2286319	G	C	2302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.824;NF=47;NR=27;PP=890;ReadPosRankSum=0.441;SC=GAGCAAGGGCGGGGCTGGAGC;SOR=0.695;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=175;TCF=113;TCR=62;TR=74;WE=242004207;WS=242004189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,125:0.41:306
chr2	242004219	rs11464431	T	TG	14945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=84;PP=2957;SC=CAGGGACCCCTGCCACGCCCC;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=67;TCR=87;TR=149;WE=242004227;WS=242004209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr2	242011151	rs6760731	A	G	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.410;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=1.189;SC=TGCCCCACCCATCGGCCCCAT;SOR=2.465;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=195;TCF=40;TCR=155;TR=190;WE=242011159;WS=242011141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,244:1.00:245
chr2	242011330	rs6746124	C	A	11044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.608;NF=153;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=1.284;SC=CTTGGTGGCCCACCCTCGTCC;SOR=0.397;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=439;TCF=224;TCR=215;TR=309;WE=242011338;WS=242011320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,511:0.73:698
chr2	242072280	rs11684830	G	A	5647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=52;PP=2965;SC=CTCCCACCAAGGGACTTACCC;SOR=1.195;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=94;TCR=54;TR=146;WE=242072288;WS=242072270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr2	242072357	rs34401965	G	A	5732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=77;PP=2615;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TCTGAGTCCCGGTGAAGATGT;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=247;TCF=129;TCR=118;TR=165;WE=242072365;WS=242072347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,265:0.65:406
chr2	242077496	rs1470414	C	T	8716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr2	242079007	rs2074828	A	G	8021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=123;PP=2965;SC=ACTGCAAAACATTAGTGAAGC;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=86;TCR=124;TR=209;WE=242079015;WS=242078997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr2	242082222	rs2074834	C	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=3;PP=185;SC=TTTCCACGCGCTAAGGCCTGC;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=242082230;WS=242082212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	242082262	rs6709462	T	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=10;PP=436;SC=CAGAGAGCGCTGTCCTGCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=242082270;WS=242082252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr2	242082480	rs758068	A	C	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=24;PP=707;SC=CAAGCTTCCAACTCTAACAAC;SOR=1.103;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=242082488;WS=242082470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr2	242082559	rs2066941	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=12;PP=302;SC=CCAACTAATTTATAATGCTGA;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=242082567;WS=242082549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr2	242088921	rs3806599	A	C	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=13;PP=753;SC=CACAGCGACTAGCACCGATTG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=242088929;WS=242088911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr2	242099961	rs2017989	C	T	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=542;SC=AGCTAGCGGGCTGTGTGTGGA;SOR=1.094;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=28;WE=242099969;WS=242099951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr2	242121959	rs34186191	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=5;PP=736;SC=ACACCTGCTCGCCATCTTCTG;SOR=2.765;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=35;WE=242121967;WS=242121949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	242122602	rs1974555	T	G	84.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=66;SC=GGCATTCACGTGCTGTCCGAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=242122610;WS=242122601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr2	242139491	rs2013250	C	T	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=51;PP=2965;SC=GAGCCACTGACGTTTCCTTCC;SOR=1.422;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=110;TCR=51;TR=161;WE=242139499;WS=242139481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
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chr2	242157087	rs111770284	C	T	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=1006;ReadPosRankSum=0.029;SC=CCGGCCGTGACCCCCTCCCCG;SOR=0.656;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=60;WE=242157095;WS=242157077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,100:0.70:143
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chr2	242157241	rs76832527	G	A	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=47;PP=2891;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GGCCGAGCGCGCCCAGGACAT;SOR=0.739;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=74;WE=242157249;WS=242157218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,163:0.65:251
chr2	242157740	rs202170152	C	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,66:0.61:109
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chr2	242176188	rs2305071	G	C	3264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=2.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=-2.518;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,149:0.67:222
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chr2	242188628	rs77791862	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.448;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
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chr2	242194583	rs2305075	T	C	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.850;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=53;PP=1053;ReadPosRankSum=-1.711;SC=CCTAAGAAAATGGGAGAACAG;SOR=0.965;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=119;TCF=38;TCR=81;TR=75;WE=242194591;WS=242194573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,108:0.62:174
chr2	242203776	rs71933081	C	CA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr2	242203916	rs11891776	A	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.78;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr2	242206956	rs35334418	C	T	8092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=71;PP=2965;SC=CTCCTAACAGCGACCTTGGTT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=98;TCR=71;TR=169;WE=242206964;WS=242206946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr2	242255830	rs13006939	C	T	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,82:0.33:245
chr2	242259614	rs6745662	G	A	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr2	242263803	rs148452385	CTT	C	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr2	242265313	rs12477089	C	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.575;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=385;ReadPosRankSum=1.651;SC=TTTGTGAAAACTGATAACCTA;SOR=2.712;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=19;WE=242265321;WS=242265305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr2	242283071	rs6750169	C	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=2;PP=539;SC=TTGTAGTCAACAGCAATGTGT;SOR=3.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=242283079;WS=242283061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr2	242283094	rs6707518	A	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=5;PP=1045;SC=AGTCTGTGCTAATGTTCTCGT;SOR=2.712;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=43;WE=242283102;WS=242283084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr2	242285545	rs11683764	A	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=496;ReadPosRankSum=0.300;SC=TGTCATGTGCATGATGCCACC;SOR=0.841;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=33;WE=242285553;WS=242285535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr2	242289663	rs3217007	C	CATT	1400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=1076;SC=CAGTTACTAACATTGTGTCAG;SOR=2.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=22;WE=242289671;WS=242289653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr2	242350466	rs2240479	A	G	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=565;ReadPosRankSum=1.961;SC=TTGCCTTGCAACTTAAGAGAG;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=39;WE=242350474;WS=242350456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr2	242374215	rs35614125	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr2	242396033	rs2074775	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=7;PP=346;ReadPosRankSum=0.447;SC=GTACATACACATTTTACAGGA;SOR=0.510;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=92;TCR=23;TR=33;WE=242396041;WS=242396023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,40:0.29:136
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chr2	242402061	rs13011791	T	A	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.740;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=42;PP=903;ReadPosRankSum=1.831;SC=GATTTTTTTTTAAAATAAATC;SOR=0.992;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=177;TCF=66;TCR=111;TR=63;WE=242402069;WS=242402042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,82:0.34:242
chr2	242402087	rs41266961	G	C	2387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=60;PP=1423;ReadPosRankSum=-1.300;SC=TCTGAACACAGAGAAATATCT;SOR=0.680;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=35;TCR=96;TR=82;WE=242402095;WS=242402077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,107:0.63:171
chr2	242407478	rs10933558	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=357;ReadPosRankSum=-0.687;SC=GGCACCTGCCATCAAGGAAAA;SOR=0.577;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=35;WE=242407486;WS=242407468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,40:0.37:109
chr2	242407746	rs10933559	A	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=433;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TGCGCCGCCTATGCGGACATT;SOR=0.632;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=122;TCF=35;TCR=87;TR=37;WE=242407754;WS=242407736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,53:0.30:177
chr2	242432704	rs2271030	G	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=94;ReadPosRankSum=1.075;SC=ATGCTGTCTTGCAGGATGACT;SOR=0.223;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=8;WE=242432712;WS=242432694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr2	242433348	rs2018761	A	G	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=19;PP=845;SC=TGCTTGTCCCATATCCTGGGT;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=242433356;WS=242433338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr2	242440221	rs13013693	G	A	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.489;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:291,113:0.28:404
chr2	242523923	rs144402439	C	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=2;PP=601;SC=CAGAGGCTCACGGCCACACCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=242523931;WS=242523913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	242542298	rs6437269	T	C	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=6;PP=580;SC=TCAGCAGGGTTGCACATGGGC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=242542306;WS=242542288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr2	242556695	rs142708184	C	G	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=589;ReadPosRankSum=-0.117;SC=ACAGGCTTTTCTAGGCATTTC;SOR=0.239;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=28;WE=242556703;WS=242556685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr2	242556732	rs7580021	G	A	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=20;PP=1655;SC=TTCTTTTATTGAAATCTCAAC;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=80;WE=242556740;WS=242556722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr2	242557019	rs7580246	G	A	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.35;SOR=1.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr2	242557028	rs36043566	G	C	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=1.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr2	242572846	rs3208142	A	G	7993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=103;PP=2965;SC=GGGTGTGCTTAGAGGAGAAAC;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=81;TCR=105;TR=184;WE=242572854;WS=242572836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr2	242590338	rs35731596	A	G	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=45;PP=2201;SC=TGTTCTCTTCAGCACAGAAAT;SOR=1.172;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=123;WE=242590346;WS=242590328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr2	242593114	rs4567973	A	G	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=46;PP=1302;SC=AGAGCAGACCACAGGTAAAAC;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=64;WE=242593122;WS=242593104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr2	242593834	rs34885766	TAA	T	183.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=7.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.991;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr2	242606036	rs6709768	G	C	9921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=121;PP=2965;SC=TGCTTGGTTAGTGAAAGCATG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=127;TCR=121;TR=244;WE=242606044;WS=242606026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr2	242607483	rs7565540	GC	TT	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=7;PP=2298;SC=AGGCCCTTGGGCCCCCTATGG;SOR=2.517;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=55;WE=242607492;WS=242607473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr2	242610253	rs35454903	T	C	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=28;PP=718;SC=AGACAGGCAGTGGGGCGTGCA;SOR=1.071;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=46;WE=242610261;WS=242610243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr2	242610773	rs7601000	T	A	7500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=113;NR=71;PP=2965;SC=CTGGTGGAGCTGCAGCCTTCA;SOR=1.030;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=114;TCR=71;TR=184;WE=242610781;WS=242610763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr2	242611050	rs1130910	C	G	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=42;PP=1131;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GCTGCCTGCCCGGGCGCTGTG;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=49;WE=242611058;WS=242611040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr2	242611551	rs377679420	C	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,26:0.20:130
chr2	242612909	rs1130906	A	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=295;SC=TCGGGGAGCCAGAGATCCCCG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=242612917;WS=242612904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr2	242613089	rs7943	A	G	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=27;PP=918;SC=CTTGGGCTCCACGTCCGAGTT;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=51;WE=242613097;WS=242613079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr2	242613133	rs7740	T	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=784;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GCTGCAGTGGTAATGTGTGGG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=41;WE=242613141;WS=242613123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr2	242615462	rs5860	T	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=11;PP=660;SC=GTCTGGACTCTGCTGGGGACG;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=242615470;WS=242615452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr2	242617792	rs4076640	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=615;SC=TTGCTGACACAACTGTGCCAG;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=29;WE=242617800;WS=242617784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr2	242618050	rs1131195	A	G	6048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=90;PP=2962;SC=GTTTACACCAATCTAGGGAAA;SOR=1.089;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=55;TCR=91;TR=145;WE=242618058;WS=242618040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
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chr2	242674959	rs62191977	T	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=328;ReadPosRankSum=0.330;SC=AGCTGCGGCGTTTCCGCGTCC;SOR=0.819;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=23;WE=242674967;WS=242674949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr2	242680317	.	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=203;ReadPosRankSum=0.401;SC=CCAGGATCGTGGCACTTCAGC;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=18;WE=242680325;WS=242680307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr2	242680366	rs4073890	A	G	1076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,62:0.34:182
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chr2	242684115	rs4234097	T	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,35:0.27:129
chr2	242684394	rs4675884	G	C	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=808;SC=GGGACCCCCCGCCAAGGACAG;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=242684402;WS=242684384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr2	242688203	rs34519321	C	T	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-1.829;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,82:0.33:250
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chr2	242688366	rs35386923	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,53:0.32:168
chr2	242688434	rs34077392	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.100;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=395;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GTGAGGATGGTCCTGGTGTCC;SOR=2.044;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=8;WE=242688450;WS=242688424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr2	242688442	rs35249772	T	TC	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=395;ReadPosRankSum=0.288;SC=GGTCCTGGTGTCCCTCGTGCT;SOR=0.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=7;WE=242688450;WS=242688424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr2	242688672	rs78280775	C	T	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,103:0.38:274
chr2	242688870	rs113047262	T	C	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=910;ReadPosRankSum=-2.400;SC=CCTGCAGACATCTCCACTCAG;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=66;TCR=134;TR=68;WE=242688878;WS=242688860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,98:0.36:274
chr2	242690675	rs1106639	G	A	2579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1061;ReadPosRankSum=0.873;SC=TCCGTTTTACGTCCTCATCGA;SOR=0.796;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=176;TCF=86;TCR=90;TR=80;WE=242690683;WS=242690665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,141:0.41:347
chr2	242695497	rs62192024	T	C	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=181;ReadPosRankSum=0.524;SC=ACCGTCACCCTGCCAGGCTTC;SOR=0.620;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=18;WE=242695505;WS=242695487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr2	242707101	rs6756901	A	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,64:0.24:265
chr2	242716380	rs12469459	A	T	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=527;ReadPosRankSum=0.690;SC=GATGATGTCCATGCTGGGCGG;SOR=1.026;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=145;TCF=82;TCR=63;TR=43;WE=242716388;WS=242716370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,79:0.30:262
chr2	242742653	rs78145032	T	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=589;ReadPosRankSum=0.534;SC=GATGTGAGGATGGGGGTGCTC;SOR=0.323;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=63;TCF=59;TCR=4;TR=30;WE=242742661;WS=242742643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr2	242742875	rs62620233	C	T	4113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=72;PP=1638;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TTCCGGGGCGCCCCGAGCCTG;SOR=0.762;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=420;TCF=206;TCR=214;TR=139;WE=242742883;WS=242742865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:434,234:0.35:668
chr2	242743651	rs744986	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.232;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=389;ReadPosRankSum=-0.964;SC=GGGGAGGCCGGGGATCCTTGC;SOR=2.584;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=17;WE=242743659;WS=242743641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr2	242813124	rs13016102	T	C	6062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=62;PP=2404;SC=AACTGAATCATAGCCTCTCAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=123;WE=242813132;WS=242813114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr2	242813202	rs28512331	G	A	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,73:0.63:116
chr2	242839372	rs78233573	G	A	3705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.841;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=32;PP=1653;ReadPosRankSum=0.843;SC=TGATGTCCTCGTTCTGCAGGT;SOR=0.964;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=165;TCF=108;TCR=57;TR=102;WE=242839380;WS=242839362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,165:0.66:249
chr3	239313	rs35603824	C	CG	722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=358;ReadPosRankSum=2.208;SC=GATCCCAGCCCGGGGGGGGTT;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=15;WE=239321;WS=239303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr3	239555	rs58240971	C	CT	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.462;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr3	361274	rs35995557	CA	C	55.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=7.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	361508	rs2272522	C	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=22;PP=668;SC=TCTAATGTTCCTCCTGTTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=361516;WS=361498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	367757	rs162734	G	C	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=39;PP=1475;SC=CGTGAGTATTGTTTCAAACGA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=80;WE=367765;WS=367747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	367825	rs13073026	G	T	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=43;PP=1227;SC=ACCATCACAAGCCTGTTGGAC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=367833;WS=367815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	370051	rs62227239	C	T	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=41;PP=1157;SC=AGTACTATAACGGGAATTTCA;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=370059;WS=370041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	386520	rs1499046	C	T	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=765;SC=TAAATTCTGCCGGGCACTGCA;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=386528;WS=386510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	391100	rs13060847	A	G	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.46;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	403345	rs9846775	A	G	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=20;PP=1443;SC=TTTCTTCCACAAAAGTTTAAA;SOR=1.655;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=80;WE=403353;WS=403335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	404771	rs4684390	C	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=6;PP=579;SC=ATGAAACCCACTGGAACATTT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=404779;WS=404761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	417979	rs3773381	A	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=20;PP=1266;SC=TGTGACAACTATTTGTGATTT;SOR=1.280;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=63;WE=417987;WS=417969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	417994	rs930237	A	G	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=24;PP=1276;SC=TGATTTTGACATGTGACAGAA;SOR=1.158;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=418002;WS=417984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	418089	rs3773380	C	T	5659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=55;PP=2124;SC=GGCTGGAACACGACATTTTTA;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=117;WE=418097;WS=418079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	439963	rs6442827	A	G	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=38;PP=1697;SC=GACTCACCCAATAGAGGTATT;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=84;WE=439971;WS=439953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	440028	rs6771714	T	C	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=46;PP=1260;SC=GGGGCGATAATGATAGCATTT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=85;WE=440036;WS=440018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	440088	rs6771803	T	A	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=32;PP=842;SC=GAGATTATATTTGGGGAAGTC;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=49;WE=440096;WS=440078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	447069	rs11705894	C	T	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=130;SC=TCAATGCTAACACAAATGTCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=447077;WS=447059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	1320271	rs3732517	G	A	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=37;PP=1061;SC=CTTAGGCTCAGTGATCACCTT;SOR=1.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=1320279;WS=1320261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	1337203	rs565499	A	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=4;PP=537;SC=TGGGGAAGTAAGACAAAGAAT;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=23;WE=1337211;WS=1337196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	1339680	rs10558016	GGTTTTT	G	2686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=33;PP=1623;SC=TGGAAAGTAAGGTTTTTGTTT;SOR=1.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=33;WE=1339693;WS=1339670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	1363304	rs72382613	CTTCTA	C	4958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=21;PP=2236;SC=ATTAAACCGTCTTCTATTCTA;SOR=1.189;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=42;WE=1363316;WS=1363294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	1394159	rs62230966	C	A	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=40;PP=1109;SC=TTCATTTGTGCTTGATGAACA;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=1394167;WS=1394149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	1424718	rs2291101	G	A	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=26;PP=1344;SC=AGGAGAAAGTGTCATCTGTGG;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=1424726;WS=1424708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	2777622	rs1554198	A	G	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=55;NR=59;PP=2056;SC=AATACATAGAAGAGAGAAAGG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=114;WE=2777630;WS=2777612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr3	2908694	rs6789163	A	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=26;PP=700;SC=ATGTGGAGGTATGTTATGTTG;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=2908702;WS=2908684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	3076218	rs9845519	G	A	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=5;PP=721;SC=TGAATGGGTAGATAAATGAAT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=3076226;WS=3076208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	3076284	rs6765545	G	C	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=29;PP=1627;SC=TGAATACACTGCTCCAATTCT;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=84;WE=3076292;WS=3076274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	3076401	rs6790908	C	T	6253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=65;PP=2321;SC=GGCCTGACAACCACAGCCCCA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=126;WE=3076409;WS=3076391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	3076443	rs6803232	A	G	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=58;PP=1730;SC=CCAGGACTCCATTCTCCGTGG;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=101;WE=3076451;WS=3076433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	3080527	rs163543	C	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=351;SC=AGAGTACTCACTGAAAGTGAG;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=3080535;WS=3080517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	3081750	rs6802588	A	T	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=52;PP=2148;SC=AGAATGGTCGAGGCTTTGGTT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=121;WE=3081758;WS=3081740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	3081825	rs339285	T	C	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=60;PP=1741;SC=CCTCAGCTGATGCCTCTAGAT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=109;WE=3081833;WS=3081815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	3133791	rs7647903	G	A	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=13;PP=995;SC=GAGAAAATTAGTCACAATAGA;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=3133799;WS=3133781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	3137155	rs11389765	A	AT	528.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.91;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr3	3139383	rs334802	C	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=203;SC=TCCAGCAAAACTCACTGGTGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=3139391;WS=3139375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	3139957	rs2290610	T	C	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=44;PP=1319;SC=AAATTCACAATTGAGGTTCCA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=3139965;WS=3139947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	3143267	rs6771148	G	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=406;SC=GAGTACTTGAGAAGAACGGGT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=3143275;WS=3143257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	3170792	rs334773	C	T	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=26;PP=879;SC=CTGTGCCTTCCGAAGCAGTAT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=3170800;WS=3170782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	3170910	rs334772	A	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	3171460	rs334769	C	T	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=9;PP=628;SC=TGACCTGTTACGTGAAAAAGG;SOR=1.519;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=33;WE=3171468;WS=3171450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	3171502	rs334768	C	A	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=18;PP=896;SC=AAGTGCTTTGCCTGTGTTTCT;SOR=1.134;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=54;WE=3171510;WS=3171492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	3171713	rs113671187	G	GCCTGACT	3786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=35;PP=2850;SC=TTAGCTAAGTGCCAGTAGCTT;SOR=1.233;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=40;WE=3171721;WS=3171703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	3179262	rs334767	A	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=305;SC=TATGCCCGTCATAAACCCTGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=3179270;WS=3179252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	3189059	rs1621648	T	C	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=158;SC=GATACTAAAATGGTGGCAAGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=3189067;WS=3189057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	3189279	rs1705805	A	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=18;PP=604;SC=TGAAGATCGCAAAAGAGGAGA;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=3189287;WS=3189269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	3189398	rs1669348	A	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=9;PP=274;SC=GTAAGTATATACTAGGCTTGG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=16;WE=3189406;WS=3189388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	3192524	rs4183	A	ATAAC	2347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=14;PP=1402;SC=AATTTGTTAGATAACTTTATC;SOR=1.358;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=25;WE=3192532;WS=3192514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	3193957	rs1705800	A	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=249;SC=GTGCCTCAGCATCCCGAGCAG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=3193965;WS=3193955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	3196273	rs11300080	AT	A	286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=190;SC=TAAAATACTCATTTTTTTTCA;SOR=2.985;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=9;WE=3196281;WS=3196263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	3197871	rs1705789	T	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	3215954	rs1669321	A	G	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=57;PP=1714;SC=TACTATATAAAAACATATATA;SOR=1.632;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=78;WE=3215962;WS=3215944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	3217128	rs11332452	AT	A	90.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=2;PP=43;SC=GTCAGTAGCTATTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=3217136;WS=3217118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	3221430	rs1672753	C	T	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=56;PP=1699;SC=CGAGGGAGGGCCCGTGTCGCG;SOR=1.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=89;WE=3221438;WS=3221420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	3886580	rs4685689	A	G	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=71;PP=2756;SC=ATAACATCGCAAAGACTGTGG;SOR=0.840;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=133;TCF=62;TCR=71;TR=132;WE=3886588;WS=3886570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	3887876	rs2120609	T	C	5467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=59;PP=2388;SC=TTAAGGTTAATGGGACCCTTC;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=139;WE=3887884;WS=3887866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	4110440	rs34308595	T	TAAG	1693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=43.43;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	4403767	rs2819561	A	G	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=0;PP=109;SC=AAGTTCTGAGAAAAGCCCAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=4403775;WS=4403757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	4403817	rs2633851	TT	AC	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.39;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	4403837	rs2633852	A	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	4404087	rs2819560	A	G	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=194;SC=TAAAAAGGGCAGCACATTCAA;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=4404095;WS=4404077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	4452737	rs813811	G	A	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=60;PP=1617;SC=CAGAAATGCAGCAAGAGCTTT;SOR=1.632;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=83;WE=4452745;WS=4452727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	4461569	rs711667	G	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=222;SC=TGAGCAAGGTGCAGTGTTTGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=4461577;WS=4461559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	4461698	rs711666	C	T	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=25;PP=890;SC=GCAAAGGGTACCTATTTTGCA;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=4461706;WS=4461688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	4508742	rs2819590	C	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=6;PP=298;SC=GGCTGCCGAACTGCCATGGGC;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=4508750;WS=4508732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	4687470	rs5846330	G	GCT	1035.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.255;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.941;NF=1;NR=21;PP=1026;ReadPosRankSum=0.167;SC=CTGTATATAGGCTCTCTCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=22;WE=4687478;WS=4687460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,34:0.89:38
chr3	4687548	rs4271897	A	G	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	4687577	rs4303850	A	G	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=77;SC=ATGTGTGTGTATATATATAAG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=4687585;WS=4687567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	4693656	rs6442894	C	T	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=14;PP=823;SC=GGATGCTACACGTGACACTGG;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=4693664;WS=4693646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	4693937	rs6442895	G	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=525;SC=CTCTTTCAAGGCTGACGCACC;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=4693945;WS=4693927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	4694010	rs6442896	A	C	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=109;SC=AAATACACTCAGTCACCTTGC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=4694018;WS=4694000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	4712413	rs2306875	G	A	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	4725619	rs3215005	CA	C	1549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=28;PP=1141;SC=ACCAAGATCACAAGCTGTTTG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=4725627;WS=4725609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	4732670	rs4685801	G	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=389;SC=TACTAAAAAAGAAGGTAGTAC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=4732678;WS=4732664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	4738774	rs3749382	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=3;PP=784;SC=TGAGGCAGCTAATGAGTTCCA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=4738782;WS=4738764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	4738999	rs149795767	G	GGT,GGTGT	1157.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=36.18;ReadPosRankSum=0.434;SOR=2.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,7,24:0.22,0.75:32
chr3	4753712	rs2306881	A	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=460;SC=CTGCCGTTAAAGGGAGCTAAA;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=4753720;WS=4753702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	4817057	rs6442905	T	C	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=65;PP=1804;SC=ATGAAAAGAATGTAGCGCTTA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=116;WE=4817065;WS=4817047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	4829732	rs13079522	A	G	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=57;PP=2126;SC=ACTATACTACAGAGAGAGACG;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=127;WE=4829740;WS=4829722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr3	4856180	rs711631	T	C	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=18;PP=587;SC=GCATTGTCACTGTGCTGAGTC;SOR=0.725;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=35;WE=4856188;WS=4856170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	4856234	rs901854	G	A	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=12;PP=350;SC=TACTCAGGAAGCCGTCCAAAG;SOR=0.784;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=21;WE=4856242;WS=4856224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	4856993	rs6442911	C	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=326;SC=GGCGGGGTGCCTGCCCAGTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=4857001;WS=4856983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	4859725	rs9844268	G	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=14;PP=635;SC=CTTTACCAAGGCTGCTCAGCT;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=4859733;WS=4859715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	4867510	rs1051559	A	G	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=39;PP=1258;SC=AGGCAACGCAAGGAACCAAGT;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=66;WE=4867518;WS=4867500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	4872811	.	T	TCACACACACA	239.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=-0.000;QD=29.97;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr3	4872813	rs5018278	T	A	298.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;MQRankSum=0.140;QD=33.21;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr3	4872815	rs5018277	T	A	334.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;QD=33.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr3	4927281	rs4685841	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=667;SC=ACCATCACAATTTAAAAGGCC;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=4927289;WS=4927271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	4927308	rs6794077	A	G	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=12;PP=815;SC=GGTTGCTCACAGAACAAAACA;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=4927316;WS=4927298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	4940658	rs140319238	C	CAGAGAGAGAGAG	225.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.65;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	4942300	rs3762783	T	C	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=36;PP=1576;SC=GTGAACTTTTTTTGCAAAGGA;SOR=0.830;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=82;WE=4942308;WS=4942290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	4942430	rs3762784	G	A	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=33;PP=886;SC=ATCAGCTGGGGCCTGGATTTC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=4942438;WS=4942420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	5024415	rs11398309	A	AT	122.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5738;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-1.602;SC=CAGTAAATGCATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=5024423;WS=5024406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr3	5025514	rs56076357	G	GGTGTGT	213.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=331;SC=GCAGATTCAGGGTGTGTGTGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=5025522;WS=5025504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	5241223	rs377120	C	T	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=26;PP=1276;SC=TGTGATGATACAGCCTCAGTT;SOR=1.261;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=76;WE=5241231;WS=5241213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	5241309	rs410509	C	A	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	6903297	rs3749380	C	T	9074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=91;PP=2965;SC=AGAGGGAAAACGGGATCCACA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=115;TCR=92;TR=206;WE=6903305;WS=6903287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr3	6903601	rs342034	A	G	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=60;PP=1890;SC=CCAGGTAGGGATGCGCTCCCT;SOR=1.238;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=33;TCR=60;TR=93;WE=6903609;WS=6903591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	6904812	rs143886923	G	GT	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,22:0.17:126
chr3	7456675	rs712774	C	T	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=11;PP=778;SC=AGCAGTGCCCCGCAAGCAATG;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=7456683;WS=7456665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	7494245	rs111752136	TTG	T	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.04;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr3	7494417	rs2229902	A	T	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=23;PP=797;SC=TGTGCTGACTACCGGGGTGTC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=7494425;WS=7494407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	7678010	rs7611935	G	A	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	7678090	rs7612048	G	A	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=33;PP=922;SC=CACTGTCATTGTTTGAAAAAT;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=7678098;WS=7678080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	7732726	rs5846531	AT	A	222.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9940;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=155;ReadPosRankSum=0.845;SC=AACTTTGCAGATTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=13;WE=7732734;WS=7732716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr3	8299404	rs145434533	AGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG	A	939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=42.72;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	8299641	rs4990797	G	C	472.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.885;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.89;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr3	8543713	rs5846598	G	GT	2943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=39;PP=1656;SC=ACTTTTTCTTGTTCCCCTTCC;SOR=1.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=39;WE=8543721;WS=8543703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	8543757	rs2324625	A	C	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=33;PP=725;SC=AAAGGTAATGAGAAGGGAACT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=8543765;WS=8543747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	8556617	rs12715649	A	G	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=18;PP=1105;SC=CTAGATGGTGATCACATGGGA;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=8556625;WS=8556607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	8556784	rs12715650	A	C	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=30;PP=733;SC=GTGAGGCCAAAGCATGGAAAG;SOR=1.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=8556792;WS=8556774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	8609071	rs3774212	G	A	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=27;PP=1360;SC=TAGATATACCGTCTCTACCTA;SOR=1.168;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=75;WE=8609079;WS=8609061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	8667896	rs355058	T	C	15814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=150;NR=172;PP=2965;SC=TGCCACAGCATTGAGACACTG;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=323;TCF=151;TCR=172;TR=322;WE=8667904;WS=8667886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
chr3	8669361	rs1533001	C	A	8109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=70;PP=2594;SC=CACTTCACCGCGGTGCTGGGG;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=133;WE=8669375;WS=8669351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	8669367	rs5846608	TG	T	8087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=65;PP=2966;SC=ACCGCGGTGCTGGGGAGATGC;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=83;WE=8669375;WS=8669351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	8671319	rs142926392	C	CTGACTCACCAGTGGTTCACAGA	3347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=2973;SC=CACACCCTCACTGACTCACCA;SOR=1.197;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=18;WE=8671327;WS=8671309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	8675539	rs2276800	G	A	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=29;PP=1133;SC=GGACTCACGCGGGCCAGCCAG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=62;WE=8675547;WS=8675529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	8675778	rs11131140	T	C	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=138;SC=TAGAGAGGAATTGTACCATTT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=8675786;WS=8675768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	8676204	rs3774210	A	G	5845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=71;PP=2604;SC=GCACACTTGTATCTCCAGCAT;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=135;WE=8676212;WS=8676194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr3	8676945	rs3816911	T	C	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=28;PP=1196;SC=AATAGTGACATAGGAAATGCA;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=63;WE=8676953;WS=8676935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	8705555	rs34054872	T	C	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=45;PP=1392;SC=CAAGACAATGTTGTTTTCTTC;SOR=1.440;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=60;WE=8705563;WS=8705545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	8775457	rs2072583	G	A	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=648;SC=TAGCTGGCAGGGACATAAGTC;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=8775465;WS=8775455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	8775661	rs1008642	C	T	8973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr3	8784046	rs58914034	C	CAAA	945.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.474;QD=25.56;ReadPosRankSum=-0.467;SOR=1.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,32:0.86:37
chr3	8809222	rs4686302	C	T	9297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=125;PP=2965;SC=CCGTAGCAGGCAGCGAGCACG;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=103;TCR=126;TR=226;WE=8809230;WS=8809212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr3	9027704	rs341785	A	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=481;SC=CTTCGTAGGCAGGTTCCCCAG;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=9027712;WS=9027694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	9074617	rs9839715	C	T	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=222;SC=TTTTAGGGGACCTTAATTTAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=9074625;WS=9074607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	9102112	.	CTT	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.979;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr3	9122948	rs2664089	A	G	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	9123116	rs2669986	C	T	232.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=132;SC=CTTTGAGCCTCAGCTACCTCA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=9123124;WS=9123106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	9123134	rs2664088	A	G	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=140;SC=TCACCTATCAAATAAAAAGCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=9123142;WS=9123124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	9406661	rs2728949	G	A	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=245;SC=TGAAATATGAGATGATAATAT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=9406669;WS=9406651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	9406836	rs1054975	T	C	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=51;PP=1858;SC=TGACAGAAAGTGACCTCGGAA;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=115;WE=9406844;WS=9406826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	9407022	rs2648536	T	C	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=37;PP=1114;SC=TGGAGCAATATTTAAAATAGT;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=9407030;WS=9407012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	9408443	rs2648535	A	C	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=23;SC=AGAGATGAGAAACTAGGGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=9408451;WS=9408433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr3	9425911	rs1129170	G	A	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=16;PP=1025;SC=GATCCAAGAAGAGAAACTGGA;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=9425919;WS=9425901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	9489767	rs2258735	T	C	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=56;PP=1615;SC=CTATAATCCCTAGAAGAAACT;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=9489775;WS=9489757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	9495385	rs2648580	A	G	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=29;PP=1821;SC=ATAGTTTTAGATAATTATTGA;SOR=1.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=9495393;WS=9495375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	9543998	rs376667655	AAG	A	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,22:0.10:212
chr3	9730529	.	G	GT	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,52:0.28:189
chr3	9757511	rs3914774	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=235;SC=CTGTCAGAAGTTGAACAGGGT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=9757519;WS=9757510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	9768336	rs3868893	C	G	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=67;PP=2412;SC=AGTTCACCCTCTTTCCCCTAC;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=65;TCR=67;TR=132;WE=9768344;WS=9768326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr3	9769008	rs3891072	A	T	6302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr3	9788168	rs2269112	C	T	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=33;PP=991;SC=GTGTGACTCACAGCCACAGAT;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=9788176;WS=9788158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	9798140	rs2072668	C	G	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=34;PP=1558;SC=AGGGCTCATTCTGTGTCTGTC;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=89;WE=9798148;WS=9798130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	9798773	rs1052133	C	G	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=34;PP=2488;SC=CTGCGCCAATCCCGCCATGCT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=116;WE=9798781;WS=9798763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	9801080	rs2304277	G	A	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=22;PP=779;SC=TGTGTGCCCAGTGTGATGCCA;SOR=0.984;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=39;WE=9801088;WS=9801070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	9821914	rs14204	C	T	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=199;SC=GGAAGGGCCACGGCCCTCTAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=9821922;WS=9821910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	9822275	rs3868897	C	T	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=446;SC=CAGCCCACCTCCAGAGAACAA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=9822283;WS=9822265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	9823302	rs6443264	T	G	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=16;PP=541;SC=AGACACCAGATCAATCTCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=9823310;WS=9823292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	9828676	rs7621556	G	C	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=13;PP=1180;SC=CCTCTTTTGGGTTAGGCTGCT;SOR=2.024;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=50;WE=9828684;WS=9828666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	9834905	rs2276797	C	T	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	9841989	rs6443266	A	G	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=929;ReadPosRankSum=-0.777;SC=AGGTAAGTTCACCATGGAGGA;SOR=1.649;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=44;WE=9841997;WS=9841979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr3	9852059	rs34761997	C	CGAT	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=527;SC=CCCCGGTCCTCGACCCCTCTC;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=9852067;WS=9852049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	9859460	rs3806671	C	T	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=22;PP=728;SC=AGACCCCCAGCCCTATGCCTG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=9859468;WS=9859450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	9860623	rs3806668	T	G	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	9870414	rs17050593	C	T	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=24;PP=1344;SC=TACTGCGGCCCCCGTAACTAG;SOR=1.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=9870422;WS=9870404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	9876295	rs35783864	G	A	8407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	9876301	rs13088594	G	T	8709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.08;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	9885127	rs148538908	G	A	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=33;PP=1709;SC=GTCCTTGTGCGGCCGTGCCTC;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=84;WE=9885135;WS=9885117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	9896351	rs279563	A	G	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=26.08;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	9908749	rs1053239	G	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	9932337	rs279558	G	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=5;PP=449;SC=AATAGGGTCAGTGGGCCGCTT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=9932345;WS=9932327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	9934605	rs279553	T	C	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=44;PP=2109;SC=ACAGTGTGACTCTCAAGTATG;SOR=0.965;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=109;WE=9934613;WS=9934595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	9935070	rs11554811	T	C	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=37;PP=840;SC=GAAGCCTCTTTGGGGTGAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=9935078;WS=9935060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	9944308	rs112623184	G	A	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=44;PP=1573;SC=AAATGGGTGCGTCCCCCAACC;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=90;WE=9944316;WS=9944298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	9951038	.	T	TAC	2704.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.878;NF=3;NR=38;PP=1530;ReadPosRankSum=1.946;SC=CACACACATGTACACACACAC;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=41;WE=9951049;WS=9951028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,90:0.79:114
chr3	9962816	rs376511	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	9969932	rs57179462	TGG	T	8538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=58;PP=2966;SC=GGGCTGGGGTTGGGGTGTTGC;SOR=0.825;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=84;WE=9969941;WS=9969922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	9970031	rs279549	A	G	7724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=85;PP=2965;SC=GCCCGACTGCAACTGCTGACC;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=84;TCR=85;TR=168;WE=9970039;WS=9970021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr3	9972493	rs279545	G	A	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=14;PP=877;SC=TTGATGCTGGGAATTTGGAGA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=9972501;WS=9972483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	9975247	rs183956	C	G	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=74;PP=2178;SC=TGGGACCAGGCGCGGGACCTG;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=27;TCR=74;TR=101;WE=9975255;WS=9975237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	9976159	rs279552	A	G	6215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=59;PP=2519;SC=AGTCCCAGCTATGCTCTGGGG;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=139;WE=9976167;WS=9976149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	9991388	rs279601	G	C	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=59;PP=2627;SC=GCTTCTTGCTGCAGAAGCTCT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=134;WE=9991396;WS=9991378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	10085035	rs803335	G	T	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=100;SC=CCAGACAGACGACAGTGCAAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=10085043;WS=10085025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	10103931	.	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr3	10105661	rs369470214	CT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=30.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-11.466;QD=0.36;ReadPosRankSum=-1.869;SOR=3.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,21:0.10:202
chr3	10143061	.	CTT	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.776;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.097;SOR=1.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr3	10144778	rs111889470	TA	T	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr3	10186447	rs1678593	A	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	10186514	rs779811	T	A	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=76;SC=TACATATGTATACATGTGCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=10186522;WS=10186504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	10188428	rs1678607	T	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=32;PP=855;SC=GTCAGGCACGTTATCCAATCT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=10188436;WS=10188418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	10189929	rs1681660	T	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=9;PP=261;SC=CCTTATAGAATACCCTCGAGT;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=16;WE=10189937;WS=10189919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	10219510	rs1711109	C	T	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=67;PP=2266;SC=GAGTTCTCTCCGTCCCTTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=133;WE=10219518;WS=10219500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	10219729	rs1681663	A	G	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=256;SC=GCCCTCCTTGAGTGGGGCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=10219737;WS=10219719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	10241987	rs263410	A	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=4;PP=238;SC=GACTTCCAGAACCAGTCTCTC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=10241995;WS=10241977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	10251196	rs459864	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=5;PP=781;SC=AGACTGGCATAGTCTGAGGAC;SOR=2.774;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=34;WE=10251204;WS=10251186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	10254797	rs11465897	C	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=2;PP=132;SC=TTGATCCCCTCCATCCCTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=10254805;WS=10254790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	10258493	rs2302862	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=4;PP=386;SC=GGGGTCAGAGTATGTGGTACC;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=10258501;WS=10258483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	10258514	rs2302861	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	10258762	rs2302860	G	C	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=33;PP=941;SC=TCAGAGAATGGGACCAGGCTG;SOR=1.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=10258770;WS=10258752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	10261237	rs3895949	A	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=222;SC=CTCCTGAACTAGTGATCTGCC;SOR=2.670;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=10261256;WS=10261227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	10261248	rs3895948	T	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=228;SC=GTGATCTGCCTGCCTGGGCCT;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=10261256;WS=10261227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	10261294	rs3895947	AC	GT	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=1115;SC=GAGCCACCGCACCTGGCTGCC;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=10261303;WS=10261284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	10320865	rs2075355	A	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=423;SC=TTTGAGTGACATGGTTTGGAA;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=10320873;WS=10320855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	10334448	.	TA	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=2.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,31:0.17:183
chr3	10967739	rs2272395	T	C	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=47;PP=1688;SC=CCATGATGCCTCTCTCCCCGC;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=86;WE=10967747;WS=10967729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	10975621	rs41293363	G	A	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=18;PP=994;SC=CGTTGTTTAAGCAGTACAAAG;SOR=1.394;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=10975629;WS=10975611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	10976876	rs2245532	A	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=50;PP=1498;SC=CGGAGGGGACACTGCCCGAGG;SOR=2.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=62;WE=10976884;WS=10976866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	11067341	rs17532365	G	A	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=42;PP=1335;SC=GCATCTTTCTGACCCTCACTG;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=11067349;WS=11067331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	11076400	rs35957531	C	G	5906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=84;PP=2759;SC=CCCTTCCCCACCCTTCAAATT;SOR=0.917;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=146;WE=11076408;WS=11076390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	11300707	rs901865	T	C	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=21;PP=1294;SC=CCATAACTGGTGGCTGCTCTT;SOR=1.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=11300715;WS=11300697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	11350553	rs2305686	C	T	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=62;PP=1789;SC=AATGGGCTCTCGGTTGCACCG;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=105;WE=11350561;WS=11350543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr3	11487891	rs2442798	G	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=354;SC=TTGTAAATGCGTTATATAAAG;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=11487899;WS=11487881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	11551856	.	T	TA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=7.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.356;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr3	11596348	rs14016	C	T	6796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=80;PP=2721;SC=GACTTCTCCCCGGCCGCCTGC;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=147;WE=11596356;WS=11596338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr3	11643465	rs2276749	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=18;PP=503;SC=GCAGGGTCTGTATTCTGGGTT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=11643473;WS=11643455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	11744544	rs11411195	G	GA	1269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=915;SC=AATAAAAGGGGAAAAAATAAT;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=27;WE=11744552;WS=11744534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	11744584	rs6781438	C	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=14;PP=394;SC=CTCTTAGAATCCTAGTCATTA;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=11744592;WS=11744574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	11831953	rs9267	C	T	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=9;PP=767;SC=TTCATCTACACATAACATATA;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=11831961;WS=11831943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	11871215	rs11551661	T	C	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	11874762	rs12494203	G	A	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=47;PP=1251;SC=AGGGGCATTGGCTTAAAGGGA;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=11874770;WS=11874752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	11924613	rs369394286	AG	A	695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.15;QD=28.99;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	12045891	rs79624759	T	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.20;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	12045899	rs77368781	C	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.82;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	12045923	rs73135622	A	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=763;SC=GGCTAAGCCGACGCCTCAGCC;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=12045931;WS=12045913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	12045986	rs67270413	G	A	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=29;PP=1270;SC=CCGCGCCACCGGACCCCGTAG;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=12045994;WS=12045976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	12046013	rs72624441	A	C	5138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	12046076	rs2618395	T	C	6012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr3	12046124	rs76272937	A	G	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=1.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	12046125	rs74800608	G	C	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	12046131	rs74213196	A	C	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.62;SOR=1.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	12046148	rs2623874	C	T	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.14;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	12046168	rs2623875	A	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=118;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=285;SC=GCCTCGGCCTAGGCGGCGCCC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=12046176;WS=12046158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	12046196	rs2600233	A	C	148.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	12046362	rs2923856	G	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	12046364	rs2923857	G	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	12046372	rs2623877	G	C	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.61;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	12046445	rs2600235	TT	GC	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=427;SC=GCCGGGCGCCTTCGCCCTCGG;SOR=0.914;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=13;WE=12046454;WS=12046435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	12202866	rs308950	C	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=322;SC=CTAATATGCTCTGTGACCCTG;SOR=2.531;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=15;WE=12202874;WS=12202856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	12208652	rs795008	A	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=10;PP=618;SC=GCAACAGTGAACTAAAATTCT;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=12208660;WS=12208642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	12208671	rs795009	G	T	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=13;PP=830;SC=CTGGAAAGTTGCATGCCCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=12208679;WS=12208661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	12228960	rs138835839	CTCTTCCTCCTCT	C	22021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.14;QD=43.87;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr3	12229015	rs794999	A	G	14601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=158;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.454;NF=174;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=0.132;SC=CGGCCCCACCACCCACGGAGA;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=367;TCF=175;TCR=192;TR=364;WE=12229023;WS=12229005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,565:1.00:567
chr3	12232074	rs310764	A	G	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=34;PP=1063;SC=AAGCCAAAGCAGAGACCATCC;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=12232082;WS=12232064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	12232208	rs310765	T	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=12;PP=330;SC=GCTTGGTGGTTATGTCCCATG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=12232216;WS=12232198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	12557945	rs68107346	ATGTG	A	300.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.42;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	12571420	.	G	GT	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=2.272;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr3	12616533	rs3773341	G	A	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=395;SC=TCTTAGCTGTGGGAGCTAGGA;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=12616541;WS=12616523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	12650482	rs2454440	T	A	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=45;PP=1249;SC=AAAAGACAACTTCATTTCTTG;SOR=1.274;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=12650490;WS=12650472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	12650635	.	C	CTA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.109;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,5:0.14:35
chr3	12660291	rs3729926	C	T	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=48;PP=1296;SC=CAAAAGTATTCAACCCAAGAA;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=12660299;WS=12660281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	12810629	rs112818257	CCGGGACTGG	C	936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=2941;SC=CCCTCACTGCCCGGGACTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=12810645;WS=12810619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	12810755	rs7641959	G	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	12810783	rs61606491	C	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	12838293	rs12631514	G	C	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=75;PP=2530;SC=TTCAGGTGCAGCCCGCCGCCG;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=133;WE=12838301;WS=12838283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr3	12845158	rs9835677	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=22;PP=654;SC=TGGAGCAGGAGAGGGGGCCCT;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=12845166;WS=12845148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	12848822	rs11718898	T	C	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=43;PP=1929;SC=CCTCTGGTGGTCAAAGTGAAG;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=105;WE=12848830;WS=12848812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	12849011	rs34529773	TA	T	1294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=37;PP=1150;SC=TAGTTTATGGTAAAAAAACAA;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=41;WE=12849019;WS=12849001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	12849031	rs59302336	C	CA	598.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.491;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=2.277;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,33:0.89:37
chr3	12856856	rs2305398	A	G	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=36;PP=1154;SC=CGGCAAACACAGCCCCCGAAG;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=66;WE=12856864;WS=12856846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	12857493	rs2305397	C	T	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=38;PP=1606;SC=GAGCATATGCCTGTGCTGGTA;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=89;WE=12857501;WS=12857483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	12857823	rs731646	C	T	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=14;PP=924;SC=CAGGGAGGGCCGTGTTGCATC;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=47;WE=12857831;WS=12857813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	12858028	rs3732675	T	C	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=42;PP=2022;SC=TGTGGCTGACTCTTTCTACAA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=92;WE=12858036;WS=12858018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	12859004	rs3732678	A	C	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=36;PP=1476;SC=GGGCCAGGCCACCAGCGGGAG;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=79;WE=12859012;WS=12858994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	12872877	rs9814191	T	G	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=39;PP=1887;SC=CAGGTTTCAGTTGTGGGGCCT;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=94;WE=12872885;WS=12872867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	12872901	rs58996323	G	A	5047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=50;PP=2325;SC=CTCTTTCCCAGGGCTGGCTGC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=115;WE=12872909;WS=12872891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	12873121	rs145605538	CCTCGGCCAGTCGTT	C	1269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=2935;SC=CCTATGGAGTCCTCGGCCAGT;SOR=2.910;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=15;WE=12873142;WS=12873111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	12877830	rs56204642	G	GT	2436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=33;PP=1500;SC=GGGCTGCTTGGTAAGTGGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=35;WE=12877838;WS=12877820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	12880818	rs2290312	A	C	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=48;PP=1893;SC=ACTTCTGATCACTGAAAACTA;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=102;WE=12880826;WS=12880808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	12881233	rs3901334	A	G	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=26;PP=741;SC=AGGCACCCCCACCATTGCCAC;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=12881241;WS=12881223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	12881757	rs7627602	C	T	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=50;PP=1636;SC=GGGGAAGAAGCGGCCCCAGGT;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=87;WE=12881765;WS=12881747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	12892035	rs143622059	GGGGAGA	G	1808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=2.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	12942328	rs3773309	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=5;PP=265;SC=ACACCAGCCCTGTGGGCTCCT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=12942336;WS=12942318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	12942850	rs56387830	GC	G	1904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5174;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=12;PP=698;SC=TGGGGGGGTGGCCAGGGCTGG;SOR=3.570;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=38;WE=12942860;WS=12942837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	12943094	rs3773310	T	C	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=836;SC=TTTTTTTTTTTCAAATGTAAA;SOR=2.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=12943102;WS=12943084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	12944158	rs63063761	CA	C	93.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.81;QD=13.40;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	12954868	rs2600322	A	G	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=29;PP=1331;SC=ACAGCCAGACATGGACCCTGG;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=12954876;WS=12954858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	12956817	rs55881454	C	G	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=49;PP=1505;SC=CCCAGGAAAGCCTGCCAGTGT;SOR=1.911;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=16;TCR=51;TR=65;WE=12956825;WS=12956807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	13368892	rs2271509	G	A	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=30;PP=722;SC=TGCGGACAACGCAGGTGTTGT;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=13368900;WS=13368882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	13379400	rs3773302	C	T	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	13383540	rs2271504	A	G	7084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=64;PP=2909;SC=TCAGGTCCATAAAGGGGAAGT;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=144;WE=13383548;WS=13383530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	13393166	rs11292029	CT	C	226.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=16;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.667;NF=9;NR=1;PP=115;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TTTGATTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=10;WE=13393185;WS=13393157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr3	13395579	rs2280084	C	A	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=45;PP=1432;SC=CAGGTCCAGCCGGGGGTTGCG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=13395587;WS=13395569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	13399786	rs6795271	G	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=625;SC=GTAGACAGGCGCGAGGGTGAG;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=13399794;WS=13399776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	13399948	rs6807718	T	C	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=53;PP=1868;SC=CTCACTCCTCTCTGAGCTATG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=106;WE=13399956;WS=13399938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	13407556	rs3732671	T	C	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=39;PP=915;SC=TTTACCCGGATGCCGCTGCAG;SOR=1.081;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=13407564;WS=13407546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	13415146	rs6810356	G	T	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=21;PP=1912;SC=TGAAGTCGAGGCTTGCTCAGA;SOR=2.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=74;TCR=21;TR=95;WE=13415154;WS=13415136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	13418086	rs6442377	C	A	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=543;SC=GACGGGTGGGCTGGGCCCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=13418094;WS=13418076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	13419123	rs35998066	T	TG	1228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=839;SC=TGGAGGAGGATGGGACCACCA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=13419131;WS=13419113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	13420624	rs6442378	G	A	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=33;PP=928;SC=CTTAGGCCACGTAGAGCAAAG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=13420632;WS=13420614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	13421150	rs7628051	C	T	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=28;PP=1276;SC=ACCGGCCGGGCTGGGTCTCCT;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=63;WE=13421158;WS=13421140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	13421320	rs7625586	T	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=688;SC=ATCTCTGCACTCTGCTCTCAG;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=13421328;WS=13421310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	13438830	rs13066607	A	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=5;PP=432;SC=GGGCTGCAGAAGACAAACAGG;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=13438838;WS=13438820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	13522973	rs2675232	C	T	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=41;PP=1305;SC=CAACATAAGCCTCAGGCTCTC;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=13522981;WS=13522963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	13523010	rs2655218	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=38;PP=891;SC=AGCCCTCGGATGGCCTTCCAC;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=13523018;WS=13523000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	13574068	rs35913726	AC	A	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=367;SC=CTTCCCCATAACCCCCCCATC;SOR=0.927;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=13574076;WS=13574058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	13661047	rs2280304	A	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=564;SC=GTGTTGGAGCAGACTTAATGG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=13661055;WS=13661037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	13669537	rs1966825	T	G	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=22;PP=679;SC=TGGGGGCTTTTAGGGCTTTAG;SOR=1.390;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=13669545;WS=13669527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	13670481	rs2242023	A	G	5995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;SC=GCTCCTACACATGCCAGAGGA;SOR=0.838;Source=Platypus;TCF=81;WE=13670489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr3	13670536	rs9843344	A	G	5660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.031;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;ReadPosRankSum=0.421;SC=CGATGATGGGACCAAGTGTGT;SOR=0.253;Source=Platypus;TCF=72;WE=13670544;WS=13670526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr3	13670776	rs4684968	T	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=41;PP=999;SC=GGGATGCCTTTGGCCGGGGCT;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=13670784;WS=13670766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	13670837	rs4684969	T	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=394;SC=ACCTGGCTGGTCCCCTGCCCT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=13670845;WS=13670827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	13671183	rs877432	T	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=7;PP=804;SC=TCTCTTTCCCTGTCCTGGCCT;SOR=2.059;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=13671191;WS=13671175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	14105882	rs4684179	C	A	4510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=60;PP=2488;ReadPosRankSum=2.446;SC=AGCAGCAGCCCCAGCAGCAGC;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=89;TCR=62;TR=146;WE=14105890;WS=14105872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr3	14106310	.	T	TCCAGCACCAGCAGTC	8376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=2972;ReadPosRankSum=1.345;SC=CAGCAGCAGCTCCAGCACCAG;SOR=0.238;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=103;TCF=30;TCR=73;TR=33;WE=14106318;WS=14106269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr3	14106499	rs2607779	G	A	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=62;PP=1974;SC=GAGAGGCCCCGTGGGTATTCT;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=14106507;WS=14106489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	14154231	rs2731316	T	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=392;SC=TATGTCAAGATGTCAAGACCT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=14154239;WS=14154221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	14158220	rs2731313	G	A	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=11;PP=366;SC=GGCAGGAAAAGAAGCACTGAA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=14158228;WS=14158210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	14166280	rs57196972	C	T	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=40;PP=1555;SC=CCTCCGAAGCCCGCGCGGACC;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=86;WE=14166288;WS=14166270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	14171208	rs11711816	C	T	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=81;SC=ACAGTTCTTTCCATTGTGATC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=14171216;WS=14171198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	14174146	rs4685075	T	C	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=27;PP=776;SC=GGGCCCACAGTGGTGGCTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=14174154;WS=14174136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	14180633	rs2731320	C	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=578;SC=CGACTGGGTACGCCACTGGCC;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=14180641;WS=14180623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	14187449	rs2228001	G	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=9;PP=456;SC=GCTCACAGCTGCTCAAATGGG;SOR=1.347;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=14187457;WS=14187439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	14187699	rs2733532	T	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=315;SC=AGGCGAGGGTTAGTAATCAGA;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=14187707;WS=14187689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	14188700	rs2733533	C	A	4917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=45;PP=2646;SC=TGACTTGAGGCTGGGGCAGAA;SOR=1.408;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=94;TCR=46;TR=139;WE=14188708;WS=14188690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	14188762	rs2733534	G	C	10896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=147;NR=102;PP=2965;SC=CCCTGAGCTTGTCTTCTCTGC;SOR=0.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=253;TCF=147;TCR=106;TR=249;WE=14188770;WS=14188752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr3	14189340	rs2607749	A	G	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=8;PP=529;SC=GGCCTGGGGAAGGAAGAGGCC;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=14189348;WS=14189330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	14190237	rs2279017	T	G	6502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=71;PP=2965;ReadPosRankSum=1.245;SC=GGCACCTGTGTCGGGTGAGCA;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=82;TCR=72;TR=152;WE=14190245;WS=14190227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,249:0.99:251
chr3	14190268	rs2470353	G	C	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=72;PP=2742;SC=TGGCCAGCAGGGGAACAAGGC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=153;WE=14190276;WS=14190258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	14197987	rs2958057	A	T	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=49;PP=1685;SC=CCATGTGTTTAGCCTGAAACT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=99;WE=14197995;WS=14197977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	14199887	rs2228000	G	A	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=72;PP=2368;SC=TGAGGATGCCGCTGGCAAGCT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=51;TCR=72;TR=123;WE=14199895;WS=14199877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	14220095	rs2607775	C	G	19526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=212;NR=205;PP=2965;SC=AATTCCACTTCGCGAGTGACG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=417;TCF=212;TCR=205;TR=417;WE=14220103;WS=14220085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,740:1.00:740
chr3	14489107	rs62233560	G	A	6888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=60;PP=2648;SC=CTATGCCTCCGTTGTAATTGT;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=85;TCR=60;TR=145;WE=14489115;WS=14489097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr3	14526612	rs35363110	AT	A	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr3	14526667	rs138405130	C	CGTGT	507.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=5.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.555;NF=0;NR=7;PP=343;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGTGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=2.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=14526675;WS=14526657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr3	14561627	rs5846840	A	AG	863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=8;PP=688;SC=CCTGCCTCTGAGGCCTCAGTG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=16;WE=14561635;WS=14561617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	14905513	rs172429	T	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=10;PP=979;SC=GAAGTAGGAATTTTGTGCCTG;SOR=2.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=14905521;WS=14905503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	14939198	rs2117775	G	A	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=37;PP=1078;SC=CTGGACCCCCGGGTTCCACTT;SOR=1.296;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=56;WE=14939206;WS=14939188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	14939364	rs2117774	G	A	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=3;PP=909;SC=ACCCAGGGATGTGACTCCAGG;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=14939372;WS=14939354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	14939479	rs2164356	G	T	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=58;PP=2528;ReadPosRankSum=-0.683;SC=ACGTCTTCCTGGCCCGGGAGC;SOR=0.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=134;WE=14939487;WS=14939469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr3	14939679	rs2307090	G	A	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=39;PP=1150;SC=ATGCAAATCAGTGGGACATCT;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=14939687;WS=14939669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	14942024	rs2307088	T	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=26;PP=605;SC=CGCCAAAGCCTGGACCCTGCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=14942032;WS=14942014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	14942675	rs293906	G	A	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=46;PP=1230;SC=GCAGGCAACCGTCTCTCTTGT;SOR=3.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=51;WE=14942683;WS=14942665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	14949268	rs9818644	C	T	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=41;PP=1141;SC=GGCGAGGCTCCGATAAGCCCC;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=14949276;WS=14949258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	14960170	rs293916	T	C	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=295;SC=TAGGTGGACATGGTCCCTCTG;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=14960178;WS=14960160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	14960204	rs2117776	G	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=6;PP=563;SC=AGGAGAAGCCGGTCTACACTT;SOR=1.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=14960212;WS=14960194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	14963337	rs13060887	C	T	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=27;PP=1165;SC=GCTCAAGGGGCATCTGAGTGA;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=67;WE=14963345;WS=14963327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	14965507	rs4685235	A	G	5252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=53;PP=2544;ReadPosRankSum=1.143;SC=GGCTTCTTTCAGTTACAGAGC;SOR=0.449;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=94;TCR=54;TR=146;WE=14965515;WS=14965497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr3	15512242	rs905647	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=19;PP=534;SC=CGAATCTATGCCAACTGGGCT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=15512250;WS=15512232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	15539976	.	CCA	C	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=1.522;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,28:0.11:251
chr3	15643043	rs2019160	A	G	10896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=149;PP=2965;SC=CAAACGCGAAATCGGCAGCAC;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=263;TCF=114;TCR=149;TR=263;WE=15643051;WS=15643033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr3	15717693	rs2246960	G	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=348;SC=CCTTGTCAACGTGTAGCTCGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=15717701;WS=15717683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	15718652	rs2470540	T	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=12;PP=309;SC=AGTCCATATATTATGTACAAC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=15718660;WS=15718642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	15736385	rs2455814	A	T	7245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.353;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.927;SC=TCTCCCACCCACCCAGTTCAA;SOR=0.484;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=70;TCR=91;TR=161;WE=15736393;WS=15736375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr3	15737610	rs2470547	T	C	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=40;PP=1929;SC=AAACTCCCATTAGGTCTTTCA;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=103;WE=15737618;WS=15737600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	15737689	rs2470548	G	A	9024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.81;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	15737698	rs2470549	T	C	8991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	15752830	rs2455833	T	C	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=288;SC=TATTTTACACTAAAGAATTGT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=15752838;WS=15752820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	15753641	rs2455834	A	G	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=26;PP=1099;SC=CAAAGGTTACACTTACCTGAA;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=15753649;WS=15753631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	15756039	rs200662705	G	GAA	101.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr3	15756215	rs924754	A	T	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=19;PP=530;SC=TAATGTGTAAACCTTAGTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=15756223;WS=15756205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	15807725	rs6789076	T	A	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=16;PP=520;SC=TTCTTATTACTCAGAGGTTAC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=15807733;WS=15807715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	15838150	.	G	GT	42	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9999;HP=14;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=58.12;NF=0;NR=4;PP=42;QD=11.5;SC=GCACAGCTGGGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=15838158;WS=15838140;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,4:0.44:9
chr3	15900973	rs62243667	A	C	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=97;PP=2965;SC=GCCGCCGCCGACCGGCCCACT;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=65;TCR=97;TR=162;WE=15900981;WS=15900963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	15901053	rs71064238	CT	C	2527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=49;PP=2131;SC=CTGAGAAGACCTGCGGGCAGG;SOR=2.531;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=50;WE=15901061;WS=15901043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	15901087	.	CCCG	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-0.344;QD=1.84;ReadPosRankSum=-2.062;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr3	16310857	rs842258	G	A	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=13;PP=365;SC=GAAAAACTACGTTTAGTGGTC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=16310865;WS=16310847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	16358584	rs690241	T	C	4790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	16364919	rs690216	A	C	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.096;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=854;ReadPosRankSum=-0.780;SC=GAGGTAGACAAGGTCTCTGAA;SOR=0.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=58;WE=16364927;WS=16364909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr3	16368121	rs690145	T	C	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=136;SC=GTTAAGAATGTGAAATTCTGG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=16368129;WS=16368111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	16635866	rs13067997	C	G	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	16639754	rs3773827	G	T	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=16;PP=660;SC=ACTAAAAGAAGGTTCGATGAT;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=16639762;WS=16639744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	16646745	rs9847342	C	G	4756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=60;PP=2050;SC=CGACCGGCTCCAGGAGGAGCA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=110;WE=16646753;WS=16646735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	16679249	rs66929088	G	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=417;SC=CAGCACCACAGCAGAGCCATG;SOR=1.863;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=16679257;WS=16679239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	16926445	.	A	AG	153	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=89;MMLQ=26;MQ=55.96;NF=0;NR=4;PP=153;QD=43.5;SC=GGAGGAGAGGAGAGGGGCCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=16926453;WS=16926435;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	16926491	rs6442654	G	A	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=166;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=5;PP=126;SC=GGACGCGGGGGCGCGAGGACG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=16926499;WS=16926481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	16926521	rs200478663	CT	C	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=137;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=3;PP=153;SC=GCAGGCGGGTCTGCTGGGGCG;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=16926532;WS=16926511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	16926524	.	CT	C	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=137;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=3;PP=153;SC=GGCGGGTCTGCTGGGGCGCCC;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=16926532;WS=16926511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	16926539	.	CT	C	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.70;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	16926544	rs368284573	T	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	16926548	.	GT	G	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	16926551	.	CG	C	502.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	16926553	.	T	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.52;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	16926556	.	GT	G	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	16926561	.	C	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	16926562	.	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	16926567	rs373958057	T	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.31;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	16926599	rs7626446	T	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	16926607	rs7626448	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.76;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	16926642	rs6442655	A	G	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	16926648	rs6442656	T	G	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.55;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	16926666	rs7626542	T	G	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=556;SC=GGTCGCCTCGTCCACGGGCGG;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=16926674;WS=16926656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	17208484	rs41285047	A	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=379;SC=GATGCTAGCTAAATCTCTCAG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=17208492;WS=17208474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	17275173	rs2060628	G	C	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	17279526	rs2060629	T	C	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=246;SC=TCCAACTTTATATAACATATT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=17279534;WS=17279517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	17300133	rs2596647	A	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=203;SC=TTAATCCATTAACATATAAGA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=17300141;WS=17300123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	17413531	rs11272495	A	AAAACAAACAAACAAAC	2213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=58.26;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	17470114	rs2121262	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=128;SC=AAAAAGCATACATCCTCTCCC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=17470122;WS=17470104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	18308478	rs9820982	T	C	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=33;PP=1348;SC=AACGGAATTCTGAAGGAATCC;SOR=0.894;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=80;WE=18308486;WS=18308468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	18391132	.	CCTG	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,13:0.10:134
chr3	18419553	rs9310557	C	T	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=12;PP=877;SC=ATCCTAGACACAGAGGCCTCT;SOR=1.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=18419561;WS=18419543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	18419859	rs10460976	G	A	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=465;SC=TTCATTGGCTGAATTGTTTTG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=18419867;WS=18419849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	18427924	rs2229261	G	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=11;PP=576;SC=TGCTGATGAGGGGGGCAGGAC;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=18427932;WS=18427914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	19388305	rs6768477	A	G	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=34;PP=922;SC=TACCTATCTTATATTTCCCAT;SOR=2.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=19388313;WS=19388295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	19436587	rs10470642	T	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=308;SC=GCTCTGTCTCTTACCACAGGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=19436595;WS=19436577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	19556990	rs56353870	ATT	AT,A	250.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.4934,0.5066;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=10,10;PP=10,101;ReadPosRankSum=1.276;SC=TGTTATGGGCATTTTTTTTTT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10,10;WE=19556999;WS=19556980;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.94:18
chr3	19925807	rs9882578	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=459;SC=GGGAAACTTAATCTAACGGAG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=19925815;WS=19925798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	19930130	rs76305623	A	T	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=48;PP=1460;SC=TTTATCTATCATCCCATCTCC;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=69;WE=19930138;WS=19930120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	19940877	rs2931385	A	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=259;SC=GTATTTTTTAAATTCTATGCA;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=19940885;WS=19940867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	19941074	rs2931386	A	G	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=27;PP=830;SC=AAATATACATAAGGCGAAGAA;SOR=1.054;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=19941082;WS=19941064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	19946992	rs2931394	G	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=161;SC=TTTTTTTCTAGTCATCTTGTT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=19947000;WS=19946982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	19947296	rs2929377	T	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	19959756	rs2929366	G	A	5817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=84;PP=2663;ReadPosRankSum=-0.716;SC=TGTCGTATTGGTTGTGTCCAT;SOR=0.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=158;WE=19959764;WS=19959746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr3	19961330	rs2931403	CT	TC	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	19962199	rs2931404	G	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=17;PP=481;SC=AGAACAAATAGTAAATGTAAA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=19962207;WS=19962189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	19974700	rs2929350	T	C	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=348;SC=TTAGTTCCTATGGAAAGTGGA;SOR=1.432;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=19974708;WS=19974690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	19975582	rs2929349	A	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=661;SC=CTGGCTACAAAGACGCCTCCA;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=19975590;WS=19975572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	19992432	rs6773437	G	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=9;PP=751;SC=GGCCAAATACGGGAAATAAAA;SOR=2.012;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=35;WE=19992440;WS=19992422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	20011871	rs17796230	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=9;PP=578;SC=CTGATTCCAGGGTCTGTGGTA;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=20011879;WS=20011861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	20017489	rs4858122	GG	CC	363.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=384;SC=AAAGATGCTTGGTAACCATTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=20017498;WS=20017479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	20025665	rs34961993	G	GA	177.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	20025925	rs45542931	G	A	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=5;PP=149;SC=TTTTAAATGGGGTAAAAATCA;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=20025933;WS=20025915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	20136611	rs2293140	C	T	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=243;SC=TTCAGTCCTACAGGAGTTCAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=20136619;WS=20136601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	20136645	rs2293141	A	T	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=344;SC=TTACCAGTGAACTTAAAGGAT;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=20136653;WS=20136635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	20136959	rs12636856	A	G	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=77;SC=CCCAGTCTCCATATGCCAGGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=20136967;WS=20136949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	20141301	rs11128939	T	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=244;SC=GAGAGAGAGATAGACATACCA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=20141309;WS=20141291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	20142360	rs4858764	T	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=390;SC=TGATAGCAGGTTTTTGATTAG;SOR=2.636;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=20142368;WS=20142350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	20142709	rs79262878	G	T	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=21;PP=851;SC=CAATCATGCTGGCTGTGTGGG;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=20142717;WS=20142699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	20143020	rs4858155	G	C	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=44;PP=1377;SC=ACCTAAAATTGTACTTGACTC;SOR=1.189;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=68;WE=20143028;WS=20143010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	20156302	rs2365794	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=242;SC=AAGGTGATTGTCACAGATAAT;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=20156310;WS=20156292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	20179033	rs200097819	C	CT	1937.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.746;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,121:0.81:150
chr3	20179097	rs6787734	C	T	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=32;PP=822;SC=GGTGCAATCTCAGTTCACTGC;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=20179105;WS=20179087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	20179130	rs142342924	G	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=21;PP=609;SC=CTGGGCTCAGGTGATTCTCCC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=20179138;WS=20179120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	20181676	rs3762633	T	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=3;PP=51;SC=ATATTTGGTGTATGGTGTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=20181684;WS=20181666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	20188074	rs2686314	C	T	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=13;PP=312;SC=GCAAATGTTACCCTTTTATGT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=20188082;WS=20188064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	20189528	.	AT	A	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.067;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,45:0.19:242
chr3	21462754	rs451242	A	G	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=26;PP=1069;SC=GAATGGGTCCAGGAGCTGGCC;SOR=0.903;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=63;WE=21462762;WS=21462744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	21462787	rs427233	G	A	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=33;PP=1243;SC=GAGGAAGCGCGGAAGTCTGGA;SOR=0.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=68;WE=21462795;WS=21462777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	21462880	rs4455340	A	G	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=32;PP=800;SC=CTGCTAGAGGATTTGGTAGAA;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=21462888;WS=21462870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	21553262	.	G	T	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.171;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	21606027	rs66546661	AT	A	740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=14;PP=427;SC=AGCAAAATGTATTTTTTTTTT;SOR=1.387;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=25;WE=21606036;WS=21606017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	23364883	rs9844558	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=5;PP=438;SC=TATTCTAGACGATTTAAGAAG;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=23364891;WS=23364873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	23364918	rs11921580	C	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=11;PP=630;SC=TTTGGCATGACCCCAGGGCTA;SOR=1.436;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=23364926;WS=23364908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	23364967	.	C	T	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=22;PP=988;SC=ATCCCAAATTCGAAAATTCAA;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=23364975;WS=23364957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	23986983	rs7644275	C	G	99.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	23996371	rs4858095	T	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=19;PP=497;SC=TTCATTTAGGTGGCCATTATG;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=23996379;WS=23996361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	24006477	rs4858097	T	A	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=12;PP=647;SC=GGTTTGTCCATTGAGTAAGTC;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=24006485;WS=24006467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	24168981	rs13063628	C	T	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=12;PP=911;SC=CGAGTCTAGGCGTACTCACCT;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=24168989;WS=24168971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	24234500	rs73037660	A	G	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=31;PP=1383;SC=TCGCAAGAACAGAGGGGCAAC;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=24234508;WS=24234490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	25611472	.	GACACACACAC	GACAC,G	302.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.34;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001,0.4999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=5,5;PP=267,31;SC=CATGTGTGCAGACACACACAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5,5;WE=25611489;WS=25611462;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:7
chr3	27242887	rs66472045	G	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=622;SC=TCTAGATTTGGATTATGTAGG;SOR=2.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=27242895;WS=27242877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	27297816	rs3213930	G	C	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=17;PP=742;SC=CAACCACAGAGGTGAGTTTAC;SOR=1.030;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=46;WE=27297824;WS=27297806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	27332177	rs674303	T	C	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	27332302	rs674798	G	T	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	27332674	rs864241	T	C	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	27335350	rs633157	A	T	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=76;SC=TGTAGAATGCAGGGAATATTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=27335358;WS=27335340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	27343376	rs6551192	G	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=12;PP=300;SC=TCCCTTCACCGTCAGTCCTTT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=27343384;WS=27343366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	27353716	rs552647	C	A	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=48;PP=1312;SC=CCAAAAGCACCCAAGGAAGCA;SOR=1.449;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=67;WE=27353724;WS=27353706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	27363637	rs11393122	T	TA	692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.6905;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=425;ReadPosRankSum=0.690;SC=TTATAACAAGTAAAAAAAAAA;SOR=0.660;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=29;WE=27363645;WS=27363627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,41:0.80:51
chr3	27363937	rs640065	T	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=409;SC=AACTATCTTTTTCAGTGTGGA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20;WE=27363945;WS=27363927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	27385616	rs7635958	A	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=379;SC=TTTTAATGAGATCATCTGTAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=27385624;WS=27385612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	27424718	rs1472256	A	G	6669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=70;PP=2447;SC=TATCATCATCATCTTGAAGCA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=138;WE=27424726;WS=27424708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr3	27424799	rs17019721	A	G	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=61;PP=1837;SC=AAGAGAATTGACTAATTTATA;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=88;WE=27424807;WS=27424789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	27427601	rs34916422	TA	T	1057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=18;PP=578;SC=TTAAATCTTATAAAAAATGCT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=19;WE=27427609;WS=27427591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	27427618	rs13075550	A	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=17;PP=417;SC=TGCTTCATATAGTTTAAAAAT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=27427626;WS=27427608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	27431898	rs13068734	G	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.45;NF=3;NR=12;PP=291;SC=TGCTATAATTGAATGCACAAG;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=27431906;WS=27431888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	27442336	rs3736312	G	A	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	27446285	rs13063291	T	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=496;SC=ATTTCATATATAACACATGTG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=27446293;WS=27446275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	27472936	rs3755652	C	T	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	27473066	rs13077400	A	G	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=27;PP=853;SC=GAAGATGACCAAGAAGAAGAG;SOR=1.092;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=40;WE=27473074;WS=27473056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	27490194	rs13096477	T	C	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=73;NR=60;PP=2477;SC=TATCTTTTCTTCTCCGGTGGT;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=133;WE=27490202;WS=27490184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	27494589	rs2371065	A	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.654;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr3	28373462	rs139773536	C	CA	1618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.578;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.61;ReadPosRankSum=0.767;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,80:0.92:87
chr3	28381887	rs3762797	A	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=2;PP=204;SC=AAAAGATAAAAATTACCTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=28381895;WS=28381877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	28520417	rs1563656	T	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=14;PP=446;SC=CTATCAAAACTACAAGGTGTA;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=28520425;WS=28520407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	28520576	rs60690028	T	C	60.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=39;SC=TTTATATCAATGAATAGCATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=28520584;WS=28520566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	28533458	rs13099814	A	G	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=2;PP=184;SC=TAAACAATGGACAGCTCAGTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=28533466;WS=28533448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	28557206	rs10539083	CTGTGTG	CTGTG,C,CTG	447.73	.	AC=2,0,0;AF=1.00,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.4995,0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=1,1;NR=6,6;PP=24,129;SC=AAAAGATTTCCTGTGTGTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7,7;WE=28557219;WS=28557196;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:10
chr3	28557236	rs7617655	G	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=40.23;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	28578589	.	A	AT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.440;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr3	29476428	rs3773018	G	A	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=42;PP=1104;SC=TCTGCTGCCCGTGCTGTTTCT;SOR=1.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=57;WE=29476436;WS=29476418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	29628718	.	GTTTTTT	G	1019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=8.221;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.71;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr3	29628728	.	T	C	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=8.221;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.90;ReadPosRankSum=-1.360;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr3	29977739	rs1449287	T	C	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=45;PP=1289;SC=TCAGATGTGATATTCTCCATT;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=29977747;WS=29977729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	30045473	.	G	GT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr3	30686414	rs1155705	A	G	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=59;PP=1803;SC=TATGGTAAGCAAGCCTTTTAA;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=88;WE=30686422;WS=30686404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	30713126	rs11466512	T	A	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=15;PP=828;SC=TGTTTCCCCATCAGAATATAA;SOR=1.163;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=30713134;WS=30713116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	30732821	rs2276767	C	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=5;PP=541;SC=ACCCTGCTTGCACTCACTATA;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=30732829;WS=30732811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	30769948	rs7617829	C	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=326;SC=AAGACCAGAACATCAAGGCAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=30769956;WS=30769938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	30842298	rs201043079	GACAC	G	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	30842346	rs10553550	AAGAG	A	606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.45;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	30842597	rs59931065	A	AT	433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=420;SC=AAAAGAAAAGATTACAAGACT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=30842605;WS=30842587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	30896319	rs200976363	T	TA	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr3	31621228	rs58289734	T	TAAA	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=710;SC=AATGTAATGATGAAGAGTACA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=31621236;WS=31621218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	31642037	rs11713598	A	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=172;SC=TATTTGGTCAATATTATGCAT;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=31642045;WS=31642027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	31658678	rs368561756	C	CTT	112.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr3	31663515	rs10662891	A	AGTGTG	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=396;SC=TTGGTTTTATAGTTTTAAGTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=31663523;WS=31663505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	31677395	rs11129457	T	G	278.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=198;ReadPosRankSum=2.068;SC=TCATCATAGTTCAGTAAACCA;SOR=2.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=31677403;WS=31677385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr3	31703464	rs11058	T	C	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	31789582	rs2290532	T	C	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=30;PP=1293;SC=TGCACAAGGTTCTTCTGCTGC;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=31789590;WS=31789572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	31789724	rs2290533	C	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=529;SC=GTCAACTCAGCGTGTTCGGTG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=31789732;WS=31789714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	32022333	.	GCA	G	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-1.674;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr3	32493682	rs342745	A	G	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=52;PP=1547;SC=CCCAACCTGGAGGACTGGGGC;SOR=1.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=71;WE=32493690;WS=32493672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	32746288	.	G	GT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr3	32761848	.	A	C	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=75;PP=2207;SC=AAATGTTTTAATATTTCTGGT;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=37;TCR=75;TR=112;WE=32761856;WS=32761838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	32766905	rs6550155	A	G	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=7;PP=884;SC=CAACATTAAAATTTTTCTGTG;SOR=2.393;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=32766913;WS=32766895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	32774782	rs9798936	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=55;SC=TGTTTCCATTATCACCAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=32774790;WS=32774772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	32801173	rs9832822	A	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=32;PP=952;SC=ATATATTTGTAAGGAAAGCAA;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=32801181;WS=32801163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	32815231	rs2396631	A	T	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	32915214	rs6799979	C	G	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=85;NR=41;PP=2445;SC=GGAAGCTGGTCGTTCGGTTGT;SOR=1.339;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=85;TCR=41;TR=126;WE=32915222;WS=32915204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	32927509	rs6774703	G	T	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=39;PP=1199;SC=AAGCCGTGACGGCGAGGCATA;SOR=1.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=32927517;WS=32927499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	32933344	rs10630076	G	GTC	1117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.394;NF=2;NR=30;PP=1241;ReadPosRankSum=-0.259;SC=GTGTGTGCGTGTCTCTCTCTC;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=32;WE=32933353;WS=32933334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,41:0.75:55
chr3	33055721	rs4302331	A	G	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=48;PP=1773;SC=AGGTGGCTGCACACTGCATCC;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=92;WE=33055729;WS=33055711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	33093190	rs12632196	T	C	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=17;PP=1220;SC=ACACCCCTCCTCAAATTAATC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=33093198;WS=33093180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	33099880	rs7637435	T	C	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=296;SC=TAATGACTGCTGGAAAAATTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=33099888;WS=33099870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	33118631	rs9865342	G	A	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	33138544	rs7614776	A	G	8995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.670;SC=AGAACCAGCAACAGAGGGAGG;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=104;TCR=98;TR=200;WE=33138552;WS=33138534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,346:0.99:348
chr3	33155782	rs11558338	G	A	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=44;PP=1398;SC=AGATCAGCCTGCGGCTGCACC;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=74;WE=33155790;WS=33155772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	33161729	rs4074416	A	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=6;PP=380;SC=TTAGCTGGAAAAGTTATAGCA;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=33161737;WS=33161719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	33161745	rs4074415	A	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=8;PP=489;SC=TAGCAACACAAAGTTTCTGAA;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=33161753;WS=33161735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	33161898	rs4076086	C	T	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	33165436	rs6777433	T	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	33171659	rs4392367	A	G	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=32;PP=912;SC=AGAGTTCATCAAGGTCCACTG;SOR=3.321;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=37;WE=33171667;WS=33171649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	33175793	rs4234239	C	A	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=40;PP=1208;SC=CTGGTGGCTACGAGAAAATAT;SOR=1.141;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=65;WE=33175801;WS=33175783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	33194990	rs6810039	C	A	12295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=127;PP=2965;SC=TCCAAGCCCCCTCTGTCACAG;SOR=0.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=128;TCR=127;TR=254;WE=33194998;WS=33194980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr3	33255592	rs9637517	A	G	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=23;PP=902;SC=AGCACAAAGAACTTTCCTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=33255600;WS=33255582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	33260422	rs6764459	C	T	145.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=112;SC=GGCTTCGCGCCGGGCGCGCCG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=33260430;WS=33260412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	33434954	.	TA	T	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=2.013;SOR=1.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr3	33444286	rs623244	T	G	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	33612364	.	TAA	T	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.26;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr3	33618551	rs11391504	G	GA	291.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.45;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	33725814	.	G	GA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr3	33879770	rs3203777	G	A	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=32;PP=933;SC=AGCCGATTTGGTTAACAGATC;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=33879778;WS=33879760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	33896591	.	G	C	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=6;PP=614;SC=ATTAGCTTTAGATCACATTAC;SOR=1.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=33896599;WS=33896581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	35724256	rs1513475	T	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	35725250	rs969818	C	T	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=31;PP=1327;SC=TGACTCGCAGCCTTGCTGTCT;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=35725258;WS=35725240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	35731725	rs1513476	C	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=382;SC=TAGGGATAGACAAAACATTGT;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=35731733;WS=35731715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	35756778	rs2305233	A	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=1;PP=430;SC=AATCCTAACCAACCTTTTTCC;SOR=3.716;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=35756786;WS=35756768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	36587541	rs9878872	C	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=425;SC=TCTCACTGTGCTGGTTTCCCA;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=36587549;WS=36587531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	36876154	rs3796186	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=358;SC=TGTGGTCAAACCATGTCAGAA;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=36876162;WS=36876144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	36888575	rs12497299	C	T	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.07;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	36896653	rs9818599	G	C	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=23;PP=1091;SC=AAACCCAAGAGCTGGACTTAC;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=62;WE=36896661;WS=36896643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	36897812	rs11712950	T	C	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=26.05;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	36899593	rs7619089	C	T	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=27;PP=702;SC=TCTTAGGGGACAGCAGACCCT;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=36899601;WS=36899583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	36915524	rs4510338	T	C	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=20;PP=1287;SC=TGTGTGTATATATATATATAC;SOR=1.204;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=64;WE=36915532;WS=36915514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	36915814	rs4296548	T	G	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=30;PP=825;SC=TGAGAAGGGGTGTTTGTCATG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=36915822;WS=36915804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	36931411	rs79355931	G	A	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=91;PP=2965;SC=CTTTCCACTCGGGCTTGTGAT;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=74;TCR=95;TR=164;WE=36931419;WS=36931401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr3	36934343	rs5847939	CAT	C	750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.02;ReadPosRankSum=1.193;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr3	36934534	rs9832646	G	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	36937106	rs11129741	G	A	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=61;PP=2263;ReadPosRankSum=-0.880;SC=TACTCTCCCCGTGAGAGCCAT;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=133;WE=36937114;WS=36937096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr3	36940741	rs9864910	G	T	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=29;PP=898;SC=TAACCAGCTCGGTAGTATCCC;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=36940749;WS=36940731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	37090070	rs1800146	G	T	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr3	37107012	rs79838285	C	G	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=21;PP=1502;SC=TAGACTATCTCTTTGCAGAAC;SOR=1.516;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=74;WE=37107020;WS=37107002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	37163039	rs336595	G	A	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=16;PP=706;SC=TGATAAAAATGAAAATAAACA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=37163047;WS=37163029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	37360669	rs372045264	A	G	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=32;PP=1160;SC=TTTCAGGAACAAATGAAAGTA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=59;WE=37360677;WS=37360659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	37458758	rs113724034	A	C	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=16;PP=939;SC=CTGAATCCACATGAAAACAAT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=37458766;WS=37458748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	37512646	rs11713408	TG	CC	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=45;PP=2428;SC=ATTACTGCTGTGGTGGAAATG;SOR=1.017;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=76;WE=37512655;WS=37512636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	37953024	rs13099971	G	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=199;SC=AATAATGAAGGCTTCTTTATC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=37953032;WS=37953015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	37953083	rs13079669	T	A	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=632;SC=ACCCCCAACATGAACCTTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=37953091;WS=37953073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	38040434	rs143137431	A	ACAC	8718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=44.71;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	38101422	rs11708345	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=438;SC=CCTCTGCTGCCATTTCCTTGC;SOR=2.303;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=21;WE=38101430;WS=38101412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	38105498	rs71094947	C	CTT	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=6.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.977;SOR=0.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr3	38134438	rs11129778	A	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=32;PP=942;SC=GCCACTGACCACAGTAGCATT;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=38134446;WS=38134428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	38234729	rs17788141	T	C	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=26;PP=1618;SC=TATTTGATGCTTTTCAGTGTA;SOR=1.217;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=80;WE=38234737;WS=38234719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	38348686	rs753330	T	G	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.825;SC=CTGGGATGAGTCTCAGTCTCT;SOR=0.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=59;WE=38348694;WS=38348676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr3	38349146	rs138257211	ATTTG	A	5163.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=37;PP=2423;SC=TTTCACCTGTATTTGTTCTTT;SOR=0.763;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=50;WE=38349157;WS=38349136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	38350479	rs818819	T	C	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=28;PP=1316;SC=ACCGGGCCCATGCCATTATCC;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=75;WE=38350487;WS=38350469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	38350519	rs818818	G	A	7773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=48;PP=1661;SC=TGTTGGGGCCGTGTTGCTGAC;SOR=0.704;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=95;WE=38350527;WS=38350509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	38350543	rs818817	A	G	7675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=52;PP=1734;SC=GATCGCCTACAGTCTTCCCCA;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=101;WE=38350551;WS=38350533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	38350630	rs704929	C	A	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=54;PP=1698;SC=AAGCGAGTACCGGGCATGTAC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=89;WE=38350638;WS=38350620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	38355176	.	T	TGTGTGCGTGTGCGCGC,TGTGCGTGTGCGCGC	1785.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.52;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=12,12;NR=8,8;PP=17,701;SC=TCCGTGTGTGTGCGCGCGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=20,20;WE=38355184;WS=38355166;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:40
chr3	38390020	rs2615631	C	A	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=41;PP=1976;SC=TCTACACTTCCTTTTTTAAAA;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=102;WE=38390028;WS=38390010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	38401677	rs818851	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=5;PP=427;SC=TTGCAGCCCTCGTGCCTGTTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=38401685;WS=38401667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	38401839	rs818850	T	C	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=31;PP=1021;SC=GGACTCAGGGTGGTGTTCATG;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=38401847;WS=38401829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	38401918	rs818849	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=23;PP=755;SC=AGGGATTCCTATTCTCCTTCT;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=38401926;WS=38401908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	38402007	rs818848	T	A	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=237;SC=GCATCTGTTGTCACCAGGTCC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=38402015;WS=38401997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	38404472	rs17118	C	A	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=996;ReadPosRankSum=1.209;SC=CGGGCTTCGACTTCTCTCAAG;SOR=0.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=58;WE=38404480;WS=38404462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr3	38406648	rs704942	T	C	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=17;PP=718;SC=GCTGTGACACTGGTGTGTGGT;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=43;WE=38406656;WS=38406638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	38406773	rs704943	G	T	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=30;PP=987;SC=ACCAGCAGCTGCAGGTAACTG;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=38406781;WS=38406763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	38406793	rs2234608	T	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=30;PP=856;SC=GTGGCTACGTTGTGTGAGTGT;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=38406801;WS=38406783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	38408248	rs704946	G	A	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=21;PP=1250;SC=GGAGGTAATTGTTCATTCTGT;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=38408256;WS=38408238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	38408361	rs843890	G	A	5036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=61;PP=2155;SC=ACTCACATACGGAGGTTGGTT;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=120;WE=38408369;WS=38408351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	38408459	rs2234617	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=33;PP=822;SC=GACTGAAAACATTGATAAGCA;SOR=2.200;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=41;WE=38408467;WS=38408449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	38409600	rs704947	T	G	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=26;PP=1666;SC=TTTTCATGCTTTGTGTGTGTC;SOR=1.214;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=80;WE=38409608;WS=38409590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	38411731	.	G	GCACA	135	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	38442490	rs2070488	G	A	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=34;PP=1328;SC=AGAGACCATCGGAATTTGTTT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=68;WE=38442498;WS=38442480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	38519424	rs2070489	A	G	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=22;PP=980;SC=TCTGCAACGAACGCTTCACTC;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=38519432;WS=38519414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	38521156	rs13097628	T	C	7334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=76;PP=2918;SC=AGTTCTGTGCTGTCTTCTCTC;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=104;TCR=77;TR=180;WE=38521164;WS=38521146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr3	38524742	rs1046048	C	T	6423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=67;PP=2350;SC=GGTCGGTCAACGGCACTACCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=134;WE=38524750;WS=38524732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr3	38592406	rs1805126	A	G	8092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=101;PP=2965;SC=CAGACAGGGCATCGGCAAAGT;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=79;TCR=101;TR=180;WE=38592414;WS=38592396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr3	38593137	.	G	GGGT	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=32.63;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	38598606	rs41312391	C	A	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=14.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1536;ReadPosRankSum=-0.645;SC=CAGAGTGACACGAGATCTTGC;SOR=0.030;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=82;WE=38598614;WS=38598596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,111:0.95:117
chr3	38598669	rs41312393	A	G	5607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=54;PP=2417;SC=TGGCCAAGCAACCAGGAGCCT;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=127;WE=38598677;WS=38598659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr3	38601556	rs6799868	T	C	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=6;PP=1199;SC=CACTGCCCCCTCTTCCTGCCC;SOR=2.797;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=48;WE=38601564;WS=38601546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	38622467	rs7430407	T	C	6268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	38627629	rs7645173	A	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.354;NF=4;NR=34;PP=957;ReadPosRankSum=1.004;SC=TGAAAGCCCAAGGAGCCCTTG;SOR=2.531;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=38;WE=38627637;WS=38627619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr3	38627658	rs112524625	T	TC	564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=26.89;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	38655643	rs9856587	C	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=9;PP=223;SC=TTGGCCCCCTCCCACGGGGGT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=38655651;WS=38655633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	38674712	rs6599230	T	C	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=18;PP=646;SC=CTTGCTTCTCTGCCATGCGCT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=38674720;WS=38674702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	38739574	rs6599241	T	C	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=62;PP=2078;SC=ATGTTGACCATGATGAGGAAG;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=131;WE=38739582;WS=38739564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr3	38739845	rs6599242	A	G	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=66;NR=58;PP=2320;SC=TACCGAAGATAGAGTAGATGA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=124;WE=38739853;WS=38739835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr3	38748833	rs6790627	T	C	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=24.58;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	38764782	rs4076737	G	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=2;PP=632;SC=TGTCTGATGCGGGCGCCCTCA;SOR=3.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=38764790;WS=38764772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	38766675	rs6795970	A	G	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=16;PP=899;SC=CTCAGCAGGGACCTGAGGAAC;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=38766683;WS=38766665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	38766825	rs11129804	A	G	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=37;PP=1365;SC=GAGGGTCCCAACTGGGTGCCT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=71;WE=38766833;WS=38766815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	38768334	rs7374804	T	C	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=46;PP=1994;SC=AGAGTGGGAGTTTCACCACCA;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=92;WE=38768342;WS=38768324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	38784029	rs6599250	T	C	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=36;PP=1025;SC=TTCTGCATTATAGTGTGGTCA;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=50;WE=38784037;WS=38784019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	38791507	rs12054245	C	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=564;SC=GCTTCTGCTGCTCACATGGGA;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=38791515;WS=38791497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	38812708	rs4420804	C	T	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=25;PP=1082;SC=AGCCCTGTCTCCTACCCACCA;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=38812716;WS=38812698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	38911972	rs4133368	C	T	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=136;SC=GACTGGACTTCAGAGAATACT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=38911980;WS=38911966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	38913569	rs4077939	G	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=73;SC=GGCAGGCTGGGAAGTAACCCA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=38913577;WS=38913559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	38926912	rs6599266	C	G	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=56;PP=1564;SC=CAGAACAAAACGAAGGGGGTG;SOR=1.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=79;WE=38926920;WS=38926902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	38938299	rs5848481	C	CT	276.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=-1.816;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,18:0.86:21
chr3	38946872	rs4514993	A	T	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=18;PP=564;SC=TCAAAACTTAACAAACTACTT;SOR=1.378;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=38946880;WS=38946862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	38949363	rs6599267	A	C	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=15;PP=784;SC=TAAATGAATTATTTCAATTTG;SOR=1.473;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=44;WE=38949371;WS=38949353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	38951437	rs11720056	T	C	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=200;SC=AGACAGATGATAAAAGTGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=38951445;WS=38951427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	38951753	rs7429404	T	C	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=10;PP=245;SC=CCAAGCTTCTTTTTCCTTCCA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=38951761;WS=38951743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	38961537	rs6779297	T	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=33;PP=746;SC=AAAAAAACATTGAAAGGAAAG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=38961545;WS=38961527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	38967042	rs73068563	C	T	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=61;PP=1960;SC=TTGCTCAGTCCTGCAGCTGCA;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=97;WE=38967050;WS=38967032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	39093326	rs6599003	G	A	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=33;PP=2173;SC=TACTTGCACAGTGGTTTTGTT;SOR=1.493;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=83;TCR=33;TR=115;WE=39093334;WS=39093316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	39107993	rs10510698	T	G	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=8;PP=578;SC=TTTCAAAGTTTTAAGTCATAC;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=39108001;WS=39107983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	39111140	rs2293312	C	A	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	39118745	rs3732375	A	G	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=43;PP=1444;SC=ATAAACATGTATTTTGTTATC;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=77;WE=39118753;WS=39118735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	39121119	rs17038400	G	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=202;SC=GTTCCTGTTAGATACCAGTTA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=39121127;WS=39121109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	39129742	rs3736573	A	C	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=51;PP=1876;SC=TAAGAAAGACAAGAGGTTCTG;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=89;WE=39129750;WS=39129732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	39133085	rs2272217	T	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	39149092	rs6786764	A	G	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=56;PP=2581;SC=GACCGACCCGACGCCAGTAGC;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=123;WE=39149100;WS=39149082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	39149180	rs6786855	A	G	7116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=109;NR=81;PP=2965;SC=CAGACACTGGACGCTCCTAGC;SOR=0.945;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=111;TCR=82;TR=190;WE=39149188;WS=39149170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr3	39149489	rs28362643	C	T	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=70;PP=2204;SC=TTTTCTTGCCCCACTCCCCCT;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=102;WE=39149497;WS=39149479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	39152248	rs7613766	C	G	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=132;SC=GGGGGAGACCCCGAGGTAGTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=39152256;WS=39152238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	39152345	rs1112438	G	A	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=10;PP=774;SC=TTTACAGACCGAGAAGCAATT;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=39152353;WS=39152335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	39152575	rs7614000	C	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=737;SC=AGCAGGGTGGCCCTCATTCCC;SOR=1.314;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=39152583;WS=39152565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	39161456	rs1274972	G	A	8149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	39161464	rs1274971	G	A	8340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	39166743	rs2669852	T	C	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=141;SC=TGCAAGGTGGTCTGGACCTTC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=39166751;WS=39166733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	39229900	rs6805248	T	C	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=68;PP=2111;SC=AAACAGATGCTGCTGCTGCTG;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=132;WE=39229908;WS=39229890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	39308293	rs4271863	A	T	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr3	39323163	rs11715522	A	C	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=54;PP=1755;SC=CTGCCAACTTAAACGCCTCCA;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=39323171;WS=39323153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	39431081	rs2270770	G	A	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=38;PP=1557;SC=AAACACGCCTGCAAACCCTCC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=86;WE=39431089;WS=39431071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	39433147	rs1995236	G	A	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=60;PP=1967;SC=AGGATAGTTCGGCTTAGCCAC;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=110;WE=39433155;WS=39433137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	39437800	rs9877539	A	G	4804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	39452123	rs2077797	G	A	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.81;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	39452129	rs2077799	G	T	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.20;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	39453610	rs2723	C	T	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=26;PP=1281;SC=CAGTTTTATTCTAACTTTAAT;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=39453618;WS=39453600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	39541386	rs1708057	T	C	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=10;PP=761;SC=CCCTCATCTTTGGCCAGATGA;SOR=1.519;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=38;WE=39541394;WS=39541376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	39541478	rs1768241	A	G	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=35;PP=1385;SC=ATGCCATTGCACCAGCACATT;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=75;WE=39541486;WS=39541468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	39541550	rs1708059	A	G	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=40;PP=1405;SC=ACATTCCTCTACCTACAAGGT;SOR=0.870;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=70;WE=39541558;WS=39541540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	39541713	rs1768242	T	A	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=211;SC=CACTGGTGGATAAGTTTCTTG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=39541721;WS=39541703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	39543487	rs1612165	A	T	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=144;SC=GGGGGCTTCCAGAGTAGAGGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=39543495;WS=39543486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	39543614	.	CTCCGAACACT	C	679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=2954;ReadPosRankSum=1.212;SC=ACCAGAAGTACTCCGAACACT;SOR=0.648;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=39543631;WS=39543604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr3	39554946	rs552724	C	T	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	40231383	rs55785561	C	T	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=47;PP=2684;SC=GCTCCACCCCCCACCCGACTA;SOR=1.246;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=88;TCR=48;TR=134;WE=40231391;WS=40231373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	40275461	rs34800524	C	T	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=40;PP=1204;SC=CCCACAAGTCCCTCCTGACAG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=40275469;WS=40275451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	40286017	rs4618168	T	C	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=67;PP=1975;SC=GCATCCACAGTGGCACTGATG;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=118;WE=40286025;WS=40286007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	40291836	rs34856047	C	T	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=68;PP=2747;SC=GTCCCTTTCTCCCTCTGTTGG;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=62;TCR=69;TR=130;WE=40291844;WS=40291826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr3	40291877	rs9826171	C	T	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=63;PP=2235;SC=ATTTAGAAGACAAAATATCTT;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=113;WE=40291885;WS=40291867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	40351277	rs11541150	C	T	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=9;PP=1379;SC=TGCCTCCTCCCGGCTTCCGCC;SOR=2.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=56;WE=40351285;WS=40351267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	40352355	rs35523102	AT	A	555.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,50:0.78:64
chr3	40352884	rs1454492	C	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=0;PP=630;SC=ACTGAAATGGCTAATTCTGTT;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=40352892;WS=40352874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	40353259	rs1470937	T	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=299;SC=GATCATTTCTTTATATACACA;SOR=1.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=14;WE=40353267;WS=40353249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	40353425	rs34544743	CAG	C	1130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=541;SC=TTATATTTCTCAGAGTTATTT;SOR=0.846;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=40353434;WS=40353415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	40498845	rs2276868	C	T	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=853;ReadPosRankSum=1.779;SC=CGCCTAACGCCGCCAACATGG;SOR=0.249;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=48;WE=40498853;WS=40498835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr3	40498933	rs4973904	A	G	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=19;PP=610;SC=CTGAGGCGCCAAACGGCTCCC;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=40498941;WS=40498923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	40503083	.	G	GT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,9:0.20:44
chr3	40503520	.	A	ACTGCTGCTG,ACTGCTG	6242.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.46;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.4920,0.5080;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22,22;NR=27,27;PP=8,2333;SC=TACTAAGGGTACTGCTGCTGC;SOR=1.266;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=49,49;WE=40503528;WS=40503510;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:148
chr3	40503809	rs11539046	G	A	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=46;PP=1289;SC=TGTTGAGGCTGGAGTTAGGAG;SOR=1.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=64;WE=40503817;WS=40503799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	40505886	rs11129881	C	G	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=450;SC=TGGATGATTTCGGATTACCTG;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=40505894;WS=40505876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	40519429	rs4553952	T	C	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=9;PP=560;SC=TCTTACTTTTTCAAACCTAGA;SOR=1.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=40519437;WS=40519419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	40557312	rs6804333	A	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	41274764	rs2691680	C	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=716;SC=AAGGCTAGAACAGATATTTAG;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=41274772;WS=41274754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	41277040	rs11564465	C	T	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=99;SC=ATTAGTGCTGCCAGGAGGCCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=41277048;WS=41277039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	41291081	rs2293304	G	A	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=45;PP=1477;SC=AGGGCAGGAGGAAGAAGACAG;SOR=0.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=79;WE=41291089;WS=41291071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	41497165	rs9841301	G	A	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=23;PP=695;SC=CCACTCCATCGGGCAGACACA;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=41497173;WS=41497155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	41504866	rs2291758	A	G	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=128;SC=CTTAAACTATACTCTTATCAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=41504874;WS=41504856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	41607701	rs1565957	C	G	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=28;PP=859;SC=CAAATGATGTCCACTGCTTCA;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=41607709;WS=41607691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	41841716	rs4973986	A	C	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=39;PP=1281;SC=AAGCCCTGGGACTGAGCAGAA;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=72;WE=41841724;WS=41841706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	41923513	rs59960840	GAGGCC	GGGCC,G	1436.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=1160;SC=CCAGTAGAATGAGGCCATCAC;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=41923527;WS=41923503;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:32
chr3	41923515	rs61575884	GGCCA	G	1436.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.54;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	41923519	.	A	G	589	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=25;NR=6;PP=589;QD=20.1216520177;SC=GAATGAGGCCATCACATCACC;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=31;WE=41923527;WS=41923503;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,31:0.82:38
chr3	41925260	rs113374533	CAGAGAAAAAACAAGTGA	C	859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=1;PP=2973;SC=CACAATCCCACAGAGAAAAAA;SOR=3.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=13;WE=41925284;WS=41925257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	41925301	rs1716685	T	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=128;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=9;PP=754;SC=CTGCAGGTTCTAAATTACAGA;SOR=2.613;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=40;WE=41925309;WS=41925291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	41925398	rs1052501	C	T	5153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=53;PP=1994;SC=TGGAGCTCAGCTGTGTGCGAA;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=116;WE=41925406;WS=41925388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	41925423	rs1716687	T	C	6008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	41937000	rs1717003	C	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=217;SC=AAAATATAAACGTTACTTACA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=41937008;WS=41936990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	41938500	rs1717005	G	C	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	41939993	rs1625226	T	A	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.24;ReadPosRankSum=-2.068;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr3	41942199	rs1717007	T	C	4378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=38;PP=1731;SC=ACTCAGTTGTTAGAGTGTCTT;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=41942207;WS=41942189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr3	41952781	rs1716991	C	T	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=36;PP=1564;SC=TTGTCTTGCACTGATCCCTCT;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=89;WE=41952789;WS=41952771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	41957466	rs1716698	T	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=11;PP=386;SC=CTACTGTCCCTACCTTTTCTG;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=41957474;WS=41957456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	41960006	rs1716975	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=6;PP=166;SC=AATTCTGAAATACTTTCTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=41960014;WS=41959996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	41977214	rs3934103	C	T	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=230;SC=AAATTTTATCCAAAAATAACA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=41977222;WS=41977204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	41977488	rs58069203	CCT	C	6983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=49;PP=2966;SC=ACAGAGTGCCCCTGAGAGGTT;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=66;WE=41977497;WS=41977478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	41996136	rs2272007	T	C	9857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.96;NF=127;NR=108;PP=2965;SC=TTCAGGCCTTTTGCACTTATC;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=127;TCR=109;TR=235;WE=41996144;WS=41996126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr3	41996275	rs7651623	A	G	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=65;PP=1998;SC=TCTCACATACAATAGAATAAC;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=95;WE=41996283;WS=41996265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	42202055	.	G	GT	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr3	42202061	rs4974003	G	T	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.54;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,43:0.90:48
chr3	42218095	rs1010987	G	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=319;SC=CAGGGGTTACGAGTCCCCCTA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=42218103;WS=42218085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	42226151	rs4234445	T	C	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=29;PP=952;SC=CTTTTGAATCTCTGTTCTCCC;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=42226159;WS=42226141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	42234758	rs3816397	C	A	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=1141;ReadPosRankSum=0.883;SC=GGGGAAGGGACATTTACTCCA;SOR=0.530;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=42234766;WS=42234748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr3	42236415	rs9851455	A	G	5173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=54;PP=2030;SC=GCTACCACTCACTGGGCCTGT;SOR=0.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=104;WE=42236423;WS=42236405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	42244321	rs9311309	G	A	6869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.497;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TGCGGAAGGCGGGGCACCTCT;SOR=0.589;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=75;TCR=96;TR=168;WE=42244329;WS=42244311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,263:1.00:264
chr3	42251263	rs2290134	C	T	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=11;PP=1519;SC=TGCAAGGTTCCGCCACACTTC;SOR=2.617;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=67;WE=42251271;WS=42251253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	42251329	rs2290133	C	T	6666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=64;PP=2878;SC=ACCCCCGGCCCGGTGTGGTCA;SOR=1.025;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=168;TCF=100;TCR=68;TR=163;WE=42251337;WS=42251319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr3	42251577	rs10634555	C	CGGA,CGGAGGA	4844.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=1.449;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.000;QD=39.71;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,23,91:0.19,0.75:122
chr3	42251868	rs3836496	CT	C	1611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=34.29;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	42305131	rs754635	C	G	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=566;SC=ATGGCTGTAGCGAGCAAAGGA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=42305139;WS=42305121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	42660489	rs10712209	CT	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr3	42728144	rs6805421	A	G	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=47;PP=1760;SC=TCCCTCTCCAACCAGGTCCCC;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=92;WE=42728152;WS=42728134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	42733468	rs123509	T	C	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=49;PP=1275;SC=CAATGTGCTGTGCCTGACTAA;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=77;WE=42733476;WS=42733458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	42735150	rs11079	T	C	4658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=50;PP=2297;SC=AGTTTTTGCATCCAGAGCTCA;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=113;WE=42735158;WS=42735131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	42735274	rs339697	A	G	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=47;PP=1304;SC=CTGGGATCACAGCGGAATGCT;SOR=1.280;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=69;WE=42735282;WS=42735264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	42738297	rs2290973	G	A	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	42754912	rs3895740	A	G	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=26;PP=729;SC=TTACATTGGTAGTGATGGGAC;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=42754920;WS=42754902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	42772180	rs10865921	C	T	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=25;PP=681;SC=ACATTCAGGGCGAATGTCAGC;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=42772188;WS=42772170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	42774475	rs17074778	G	A	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=33;PP=1059;SC=GTGTAAAGGCGGAAGGGGCCC;SOR=0.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=55;WE=42774483;WS=42774465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	42781276	rs62246603	G	T	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=44;PP=1433;SC=GCTCTCTCTGGAGGACATCCC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=82;WE=42781284;WS=42781266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	42781316	rs11709500	G	A	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=38;PP=1106;SC=TAATTAGAAAGTGAGGGCATG;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=42781324;WS=42781306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	42784630	rs12635736	A	G	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=382;SC=GAGACCCCACAGACTGAAGAT;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=42784638;WS=42784620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	42787469	rs2240859	A	G	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=19;PP=533;SC=TCCCTGGCGAAGATAGGAGCT;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=42787477;WS=42787459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	42793337	rs11929390	T	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	42794333	rs55904344	G	C	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=23;PP=517;SC=CTCATAAAGGGGCACTAACTT;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=42794341;WS=42794323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	42799554	rs58407095	T	TACAC	399.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.32;ReadPosRankSum=-0.290;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr3	42799765	rs17238798	G	A	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.188;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=596;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TTCTGTAACCGTTTGTGCTGC;SOR=0.395;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=38;WE=42799773;WS=42799755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr3	42799858	rs339678	T	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=13;PP=411;SC=GCATCAGAAATGAAGCCTCAG;SOR=1.051;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=21;WE=42799866;WS=42799848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	42835889	rs6764909	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=9;PP=235;SC=CCATAATCCTAAAGTTAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=42835897;WS=42835879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	42906116	rs2228467	T	C	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=22;PP=936;SC=AAGGATGCAGTGGTGTCCTTT;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=42906124;WS=42906106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	42917047	rs9865715	A	G	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=46;PP=2018;SC=TTGAGGATGGAGCCAAAGGAG;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=97;WE=42917055;WS=42917037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	42947776	rs6789928	T	C	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=54;SC=CAGAGCGCTCTTCCGCGACCC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=42947784;WS=42947766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	42954912	rs11129987	C	T	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=113;SC=GGACCAGATCCTTAAATCAAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=42954920;WS=42954902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	42956273	rs1427801	T	C	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=23;PP=972;SC=CACATTGCATTGCACATCAGA;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=42956281;WS=42956263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	42956984	rs834579	A	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=464;SC=AACATTTACCATGTACTCTAG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=42956992;WS=42956974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	43073761	rs658958	G	A	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=46;PP=2251;SC=TCTCTCAGGCGTCTTGGCTCC;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=118;WE=43073769;WS=43073751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	43074430	rs2948619	A	G	6581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	43074434	rs2936817	C	T	6559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	43074871	rs588335	A	G	5260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=58;PP=2148;SC=TCTGGTGGGCACCCGATGTGC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=115;WE=43074879;WS=43074861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	43095101	rs536119	A	G	5279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=47;PP=2047;SC=GAGAAATGCCAGAACCCAGCC;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=118;WE=43095109;WS=43095091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	43097710	rs664628	A	G	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=47;PP=1879;SC=CAGGGTGTCTACAGAACATGC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=101;WE=43097718;WS=43097700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	43121559	rs604033	C	T	4742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=59;PP=2032;SC=GAATGAGGGACGGGATGTCCA;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=113;WE=43121567;WS=43121549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	43122966	rs2936818	G	A	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=23;PP=740;SC=CGGCCACTGGGAAGCACCACA;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=43122974;WS=43122956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	43414318	rs6441771	A	G	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=20;PP=706;SC=CGTGGAAGAGAGACCAGCTTG;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=43414326;WS=43414308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	43756577	rs10662733	C	CTG	1273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.527;QD=13.84;ReadPosRankSum=1.350;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,59:0.64:92
chr3	44283525	rs9850927	A	G	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=1;PP=112;SC=GAGGGGCCCCAGCGGGCCGGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=44283533;WS=44283515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	44283672	rs9833423	T	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	44283808	rs7645375	C	A	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1749;ReadPosRankSum=-0.537;SC=CGCAGGGGCCCGGTGAGCCCG;SOR=0.260;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=94;WE=44283816;WS=44283798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,115:0.99:116
chr3	44284610	rs80124180	G	A	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=20;PP=839;SC=AACTGTACAAGAATACTCCAA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=44284618;WS=44284600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	44310592	rs5004668	T	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=GTGAACTGAATATGAATATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=44310600;WS=44310582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	44312447	rs11130024	T	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=52;SC=ATCATATGTGTATTCTTTAGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=44312455;WS=44312437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	44332131	rs11927593	T	A	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=9;PP=499;SC=TCAATTTTTTTAAATGAGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=44332139;WS=44332121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	44332176	rs1488637	T	C	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=13;PP=1027;SC=CTTCTTCCATTAGTGTCTTAG;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=44332184;WS=44332166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	44345646	rs1488639	A	T	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=195;SC=GGTTTGAATAATAACCCCATT;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=44345654;WS=44345636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	44362408	rs9857957	G	A	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	44399668	rs4682970	T	C	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=4;PP=655;SC=CTTGAGACCTTTATTATCATG;SOR=2.078;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=34;WE=44399676;WS=44399658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	44408864	rs372993721	G	GT	108.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=108;SC=GTAATAGAATGTTTAAAAGAT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=44408872;WS=44408854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	44437870	rs6441838	A	C	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.17;ReadPosRankSum=-0.768;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr3	44540791	rs36046723	TTC	T	8167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=78;PP=2969;SC=CATAAGGTTTTTCTCTCCAGT;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=26;TCR=81;TR=101;WE=44540800;WS=44540781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	44751661	rs143370041	C	T	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=30;PP=1167;SC=TGTGGGCTCACAGGAGCTGTA;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=44751669;WS=44751651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	44763037	rs7640654	A	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=32;PP=1106;SC=AAATGCAATGAATGTGGGAAT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=56;WE=44763045;WS=44763027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	44775962	rs4682752	A	G	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=42;PP=1877;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GAGAGTTAACATGCAGAAGAA;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=108;WE=44775970;WS=44775952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,162:0.99:164
chr3	44803108	rs56236286	AAAGACAG	A	6732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.233;NF=21;NR=84;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.065;SC=AGCTCTGGGTAAAGACAGAAG;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=23;TCR=93;TR=105;WE=44803122;WS=44803098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
chr3	44816952	rs10574346	CTT	C	664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;MQRankSum=0.000;QD=23.74;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr3	44826315	rs56895721	G	GT	311.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.34;ReadPosRankSum=1.743;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr3	44827793	rs7642843	T	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.95;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	44840612	rs5848711	A	AT	1044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=6;PP=907;SC=GTCTTTGGAGATATAGAACTG;SOR=2.226;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=20;WE=44840620;WS=44840602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	44854563	rs3762636	A	G	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=17;PP=901;SC=CTTTTTTCCCAAAGCTTTTCT;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=44854571;WS=44854553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	44869026	rs4682999	A	T	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=25;PP=731;SC=AGCAGGTAAAATTCCTGTTAC;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=44869034;WS=44869016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	44882784	rs6766221	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=214;SC=GACCAAGTCTCGCTATGTTGC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=44882792;WS=44882774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	44884647	rs3804583	C	A	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1331;ReadPosRankSum=2.016;SC=AAACCTACGCCTGGAAAGTCA;SOR=0.237;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=75;WE=44884655;WS=44884637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr3	44906746	rs10429	A	G	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=78;PP=2176;SC=GTGGGACTGTATCCTAGGGCG;SOR=1.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=35;TCR=78;TR=113;WE=44906754;WS=44906736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	44929287	rs2271087	G	C	7069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=91;PP=2853;SC=CTGGCAAAGAGGTGAGCACCC;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=178;WE=44929295;WS=44929277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr3	44932270	rs937837	C	T	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=39;PP=1151;SC=GTGACCCCGGCAAAACCTGCT;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=44932278;WS=44932260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	44935019	rs62242575	C	T	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=2;PP=134;SC=CAAGCCTGCTCCTGTCCCAGG;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=44935027;WS=44935009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	44943069	rs1995640	C	T	3590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=38;PP=1582;SC=CTGGGGACTACGAAGGTGGCA;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=84;WE=44943077;WS=44943059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	44943389	rs1995641	G	A	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	44948479	rs3749195	C	T	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=22;PP=1122;SC=GACCGCCATCCGCAAAGGTGA;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=44948487;WS=44948469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	44948590	rs9876921	G	A	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	44948770	rs4622937	G	A	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	44948802	.	CAAA	C	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.45;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr3	44952407	rs1520082	G	C	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=18;PP=993;SC=TACTGGGGGGGTATGATGAAT;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=44952415;WS=44952397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	44952942	rs6777798	A	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=585;SC=TTCTGGACATATATCTTGCAC;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=44952950;WS=44952932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	45017904	rs6441873	AG	TT	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=28;PP=992;SC=TGGGTTTGCCAGTGAGGAGGC;SOR=0.735;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=57;WE=45017913;WS=45017894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	45018048	rs79296608	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=284;SC=CTATAAGATTCCGAACCCGGG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=45018056;WS=45018038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	45049186	rs11130040	A	G	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=12;PP=258;SC=AAACTTGGAGATTTGGGAACA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=45049194;WS=45049176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	45052775	rs6794	G	C	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=27;PP=1378;SC=GCAGAGTGTTGTGCACAAGGA;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=45052783;WS=45052765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	45068074	rs2301282	A	G	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=751;SC=TCATCTAGGGAACTTGAGTAA;SOR=2.613;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=45068082;WS=45068064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	45077123	rs13963	G	A	5962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=74;PP=2955;SC=GGGCACCCTGGGCACCCCTCA;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=154;WE=45077131;WS=45077113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	45077458	rs8318	G	A	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	45127515	rs9874077	T	C	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=50;PP=1826;SC=ATTGATGTTGTCATTGTAGAT;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=97;WE=45127523;WS=45127505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	45132637	rs1879240	T	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=327;SC=TGTTCATCACTGTCCCCAAAG;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=45132645;WS=45132627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	45137087	rs2037358	T	G	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=19;PP=513;SC=AAAACAGGCATGAAGCATGGA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=45137095;WS=45137077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	45187581	.	T	TCTCCGCACC	2094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=925;SC=CCCCGCCCTCTCTCCGCACCC;SOR=3.611;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=13;WE=45187589;WS=45187571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	45187671	rs1863837	C	T	8317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=97;NR=66;PP=2699;SC=CACTCCACGCCATCCGCCTCC;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=99;TCR=68;TR=163;WE=45187679;WS=45187661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr3	45187785	rs2276862	C	G	8270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr3	45267310	rs41118	C	T	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.91;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	45267321	rs395917	C	T	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	45461102	rs11383389	G	GT	5246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=36;PP=2973;SC=TCAAAGTGTAGTTGTGTATGG;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=78;WE=45461110;WS=45461092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	45500174	rs745551	C	A	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.03;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	45515648	rs11919039	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=16;PP=763;SC=GTCCCTGCTTTTCCTACCTTA;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=45515656;WS=45515638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	45517799	rs3733117	T	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=205;SC=CTTCTCAGCTTCTTCCAGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=45517807;WS=45517789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	45527099	rs7640603	C	G	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=790;SC=CTAGTGCTTACTTTTCTCACT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=45527107;WS=45527089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	45527218	rs7610357	T	C	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1753;ReadPosRankSum=1.883;SC=TGAACATGCTTACCCAGCAGG;SOR=0.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=94;WE=45527226;WS=45527208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr3	45530401	rs3733116	G	A	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=30;PP=838;SC=TCCTTCACTCGTCCCCATACC;SOR=1.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=45530409;WS=45530391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	45533224	rs2128361	G	A	6427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=76;PP=2410;SC=CCAACATCGCGTCTTTCACTG;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=129;WE=45533232;WS=45533214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr3	45542083	rs2306522	T	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=31;PP=934;SC=TAAGCACTTATACTGCTTTGC;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=45542091;WS=45542073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	45559519	rs2170549	T	C	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=41;PP=1095;SC=AGGAGAAAGCTGAGGCCAGGA;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=45559527;WS=45559509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	45565554	rs267220	A	G	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=42;PP=1561;SC=CCCTGATGGTAATGGCTGCTC;SOR=0.812;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=80;WE=45565562;WS=45565544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	45636335	rs267238	A	G	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=0;PP=130;SC=ACACACACACACGGCACCTGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=45636343;WS=45636325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	45637253	rs267237	C	T	3940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=45;PP=2000;SC=AGCCCAGGACCCCTTCTGTGT;SOR=0.823;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=96;WE=45637261;WS=45637243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	45637439	rs267236	T	C	4966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=53;PP=2024;ReadPosRankSum=-0.803;SC=CGCCAGCTGGTCTGGACGGTT;SOR=0.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=99;WE=45637447;WS=45637429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,188:0.99:189
chr3	45677635	rs11379880	C	CT	8524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	45677637	.	GCA	TGC	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=54;NR=56;PP=2937;QD=20;SC=CTCTTGTCCTGCAAGGAGCCT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=110;WE=45677647;WS=45677627;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,110:0.94:117
chr3	45677638	rs5848762	CA	C	8524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.83;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	45715159	rs35737275	CT	C	576.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=395;SC=AATCCCACCCCTTTTAGGAGG;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=45715167;WS=45715149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	45715688	rs2578679	G	A	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	45718327	rs7640969	T	G	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=1197;ReadPosRankSum=0.405;SC=CACAGCACCCTCTGCTGATTT;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=45718335;WS=45718317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr3	45776875	rs111484566	CT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=1.213;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,19:0.20:95
chr3	45780906	rs3733107	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=228;SC=TCTAAAGTCTAGGGCAGTTGT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=45780914;WS=45780896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	45799871	rs2251347	C	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=17;PP=567;SC=CTGGACCCACCGTCAGAGACC;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=45799879;WS=45799861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	45817418	rs758386	A	G	6792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=81;PP=2870;SC=ACGCCTTCTCACACTCCTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=160;WE=45817426;WS=45817408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr3	45939016	rs17764980	G	A	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=26;PP=2151;SC=CCAGGTCCTGGGATTTCTGCA;SOR=1.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=72;TCR=26;TR=98;WE=45939024;WS=45939006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	45977899	rs1873002	T	C	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=17;PP=1135;SC=CTCCTCCCAATGCCACACCTG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=61;WE=45977907;WS=45977889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	45979877	rs9875616	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=14;PP=332;SC=CTGTGAATCAGTTTAGGAGGT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=45979885;WS=45979867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	45989044	rs2234358	T	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=791;SC=AATTTGCAAGTCATGGCTGTG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=45989052;WS=45989034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	45996761	rs1463680	G	A	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=13;PP=563;SC=CATTTGGGTCGAGAGAATCAG;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=45996769;WS=45996751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	46000870	rs13069079	G	A	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=8;PP=1184;SC=GCCAACCCACGAGCTCCCTGC;SOR=2.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=46000878;WS=46000860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	46001063	rs1532071	G	A	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=78;PP=2397;SC=GGAAGAAAAGGAGAGAGAATC;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=129;WE=46001071;WS=46001053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	46007702	rs1994490	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=6;PP=511;SC=AAGGTGCATCTTCCCATGGAC;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=46007710;WS=46007692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	46007823	rs13079478	G	T	6013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	46007823	.	GTT	TTC	1140	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=36;NR=34;PP=1140;QD=17.0495410695;SC=ACTTGAGGGTGTTGAGCTCCT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=70;WE=46007833;WS=46007813;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,70:0.95:74
chr3	46007825	rs13059238	T	C	6013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	46008087	rs13079869	G	A	5170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=51;PP=1850;SC=CGGTCAGTGCGCAAACCTGGA;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=103;WE=46008095;WS=46008077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	46009487	rs33910087	G	A	8827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=124;NR=105;PP=2965;SC=TTCACCAGGCGCTCCAGGCTG;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=125;TCR=106;TR=229;WE=46009495;WS=46009470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr3	46009864	rs3733100	C	G	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=45;PP=1958;SC=TAGCTCCAGGCCCTGCAGGCA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=85;WE=46009872;WS=46009854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	46010007	rs13071283	T	C	7416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=79;PP=2965;SC=CTGTCTGCAGTTGCTCCCCTT;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=96;TCR=79;TR=175;WE=46010015;WS=46009997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr3	46010077	rs4683158	C	T	8326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=86;PP=2965;SC=CATGCGCTCCCGTAGCTGCTT;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=177;WE=46010085;WS=46010067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr3	46014545	rs41289622	T	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.35;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr3	46016599	rs3821884	T	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.63;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	46021218	rs4682801	G	T	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=717;SC=ACTTGACAAAGCGGATCCCAT;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=46021226;WS=46021208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	46063329	rs2230322	T	C	4361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=55;PP=1814;SC=CCAGGCAGTATAGGACAGTGG;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=98;WE=46063337;WS=46063319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	46306700	rs4987053	T	C	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=17;PP=987;SC=CATCCTACTATGATGACGTGG;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=46306708;WS=46306690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	46399798	rs1799865	T	C	8372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=107;NR=102;PP=2965;SC=CTCCCTATAATATTGTCATTC;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=107;TCR=102;TR=209;WE=46399806;WS=46399788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr3	46449391	rs11574442	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=518;SC=GGAAGTGGGCACACGTTAAAG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=46449399;WS=46449381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	46450297	rs3204850	A	G	6066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=67;PP=2965;ReadPosRankSum=1.773;SC=TGTTTTTGCCATAATGGTAGT;SOR=0.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=92;TCR=68;TR=159;WE=46450305;WS=46450287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,233:1.00:234
chr3	46480801	rs9110	A	G	6206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=59;PP=2787;SC=TGGTGGAGCAACACCTGTTTC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=136;WE=46480809;WS=46480791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	46484898	rs7615975	T	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=264;SC=ATGAGGTAAGTCCCCATCCTG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=46484906;WS=46484888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	46484964	rs1042073	G	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=13;PP=757;SC=AGTATCTCTCGTTGCTGTTGG;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=46484972;WS=46484954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	46487003	rs2269435	A	G	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=41;PP=1172;SC=GGAGCTGTCTACAGCCCAGGC;SOR=1.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=46487011;WS=46486993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	46487750	rs6776504	A	G	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=4;PP=664;SC=GTGAAGGTCAATATAAACATT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=46487758;WS=46487740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	46488854	rs2239692	T	C	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	46489015	rs743659	A	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=33;PP=895;SC=GAGATGGACTATTCAAACTGA;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=46489023;WS=46489005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	46490250	rs1475967	A	G	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=23;PP=1327;SC=TGCCTCACCCAGGCCCCCGTG;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=46490258;WS=46490240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	46490474	rs2230894	G	A	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=34;PP=1091;SC=CACACCACACGACCCGCGCAC;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=46490482;WS=46490464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	46491948	rs6774882	T	A	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=410;SC=CTGCCCCCCATATCCAAGCAA;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=21;WE=46491956;WS=46491938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	46501213	rs1126478	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=25.09;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	46501284	rs10662431	C	CCTT	1117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=537;SC=ACTGAACACTCCTCCTACGGC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=46501292;WS=46501274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	46501842	rs4234463	G	C	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=226;SC=ATATACCTGAGTCGGTTGGTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=46501850;WS=46501839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	46539864	rs11130092	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=14;PP=381;SC=CATTAAAGATCGTTTTTTCAC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=46539872;WS=46539854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	46574256	rs9849400	C	T	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	46574418	rs1402152	A	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	46580591	rs17078944	G	T	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=38;PP=1382;SC=AATTCTCATCGCTTGAAATAA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=46580599;WS=46580581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	46580830	rs35082490	A	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=199;SC=CACTCCAGCCATTTCAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=46580838;WS=46580820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	46586622	rs17286758	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.55;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	46592895	rs28617572	G	A	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=20;PP=1032;SC=CAACGCAACTGTTGCCTGTCC;SOR=1.065;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=46592903;WS=46592885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	46592987	rs28687398	A	G	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=53;PP=2125;SC=AAGCCTTTCCACCTCCTTCTT;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=68;TCR=54;TR=121;WE=46592995;WS=46592977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	46593147	rs1879325	A	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=715;SC=ACAAACAGAAAACAGTTTTAA;SOR=1.659;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=34;WE=46593155;WS=46593137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	46620614	rs11130097	T	C	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=21;PP=944;SC=ATTTCTAAAGTCTTTGAACTG;SOR=1.058;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=55;WE=46620622;WS=46620604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	46654132	rs2139637	G	A	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=23;PP=1155;SC=GGTCAAGTGCGACACATTTGG;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=46654140;WS=46654122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	46658737	rs9832679	A	G	4638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=50;PP=1663;SC=GATCTCAAGCATTTCTGGGAA;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=95;WE=46658745;WS=46658727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	46658872	rs9870935	G	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=826;SC=AAAATACATCGTATAATTTAG;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=46658880;WS=46658862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	46713102	rs6776565	C	T	5080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=50;PP=2242;SC=ACCAAGAGAGCGAGGGAGACA;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=72;TCR=50;TR=121;WE=46713110;WS=46713092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	46714708	rs12487651	C	G	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=155;SC=CTCCTCCCAACCCACCCTGCC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=46714716;WS=46714707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	46714797	rs11130103	C	T	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=10;PP=649;SC=CCTCTGGGGGCCCCTGGCTTG;SOR=1.556;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=34;WE=46714805;WS=46714787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	46714821	rs11130104	C	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=19;PP=808;SC=CTCTGGCCTCCCTCTCACCTG;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=48;WE=46714829;WS=46714811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	46717065	rs7635360	C	G	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=24;PP=1182;SC=CGCATGAGGCCTCCCTGGACA;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=46717073;WS=46717055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	46717931	rs6808525	T	C	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=45;PP=1194;SC=GACTAAGCACTGGGGTCTGGA;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=46717939;WS=46717921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	46717957	rs9876451	A	G	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=1119;ReadPosRankSum=1.783;SC=GCATGCCCACACCAGCCTCCC;SOR=0.428;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=50;WE=46717965;WS=46717947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr3	46718298	rs6806400	A	G	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=77;PP=2692;SC=AGCCCTCCCCAGCCCACCCTA;SOR=4.217;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=95;TCF=18;TCR=77;TR=89;WE=46718306;WS=46718288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	46722692	rs13080080	G	T	5179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=4.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=23.414;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=40;PP=2055;ReadPosRankSum=0.677;SC=GTGAGGGCCCGGTCCACCCCT;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=116;WE=46722700;WS=46722682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,204:0.97:210
chr3	46723551	rs4683310	G	A	11084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr3	46723663	rs4683311	C	T	6067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=117;PP=2965;SC=CTCAGACGCCCTCCCTTCCTC;SOR=1.495;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=181;TCF=61;TCR=120;TR=171;WE=46723671;WS=46723653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr3	46724569	rs9847407	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=474;SC=CTCTCTGCCCCGCAGACCCCC;SOR=2.215;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=25;WE=46724577;WS=46724559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	46750553	rs11130106	G	A	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=11;PP=790;SC=GAAGGAAGGCGGATGCCATTC;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=46750561;WS=46750543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	46751073	rs10578999	TAAGAAG	TAAG,T	6437.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.176;NF=14,14;NR=41,41;PP=2755,46;ReadPosRankSum=1.966;SC=CCACAGAGGATAAGAAGAAGA;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=55,55;WE=46751086;WS=46751063;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:147
chr3	46753976	rs9815362	T	C	4752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=72;PP=1795;SC=TTAGCTCCTGTGGGAAGGGTT;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=122;WE=46753984;WS=46753966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	46930123	.	ACCTTCAAAC	A	172.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=62.13;NF=5;NR=0;PP=2076;SC=AACATCAGAGACCTTCAAACC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=46930139;WS=46930113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	46933960	rs1001284	C	G	5928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=97;PP=2965;SC=TGCGCTGCCACTCGCGCGCGC;SOR=0.867;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=175;TCF=78;TCR=97;TR=174;WE=46933968;WS=46933950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	46943028	rs1531137	T	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=573;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CTGCGTCCCCTGGAACCAGCC;SOR=0.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=34;WE=46943036;WS=46943018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr3	46944274	rs1138518	T	C	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=51;PP=1956;SC=GTTTCTGCAATGGCGAGGTAA;SOR=0.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=115;WE=46944282;WS=46944264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	46963502	rs4587	T	C	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=9;PP=605;SC=AAGACCATCCTCTGCAGGACA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=46963510;WS=46963492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	46965197	rs2290546	C	G	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=29;PP=910;SC=CTGTGGAAAACGCGCTGCCAC;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=46965205;WS=46965187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	46967040	rs2290545	G	A	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=924;SC=AAGAATAGAGGGAACAAGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=46967048;WS=46967030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	46982365	rs6804732	T	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	47018214	rs936181	T	C	11933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=120;NR=132;PP=2965;SC=CAGCCGTAGTTGCCTCCATCT;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=120;TCR=133;TR=252;WE=47018222;WS=47018204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr3	47018447	rs34971711	CA	C	33.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5501;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=1.282;SC=GGGGAGCCAGCAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=10;WE=47018456;WS=47018437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr3	47029661	rs12152493	G	A	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=30;PP=829;SC=AATGGTACACGTGTGTCCTGG;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=47029669;WS=47029651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	47033937	rs13066214	C	T	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=20;PP=1134;SC=TTGCCTCCTCCACCCTGTGCC;SOR=1.154;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=63;WE=47033945;WS=47033927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	47035625	rs936185	G	A	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=63;PP=1787;SC=GAGCAAAGCAGGCGAGCTGGG;SOR=2.610;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=78;WE=47035633;WS=47035615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	47038135	rs11396344	C	CA	3307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=2011;SC=GCTAGGGGTCCGGGGGGAGAA;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=45;WE=47038143;WS=47038125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	47043538	rs2305634	C	T	4953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=53;PP=2098;SC=ACACCTCTTCCTTGGAGTCAG;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=108;WE=47043546;WS=47043528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	47044122	rs11928558	A	T	6456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr3	47045739	rs1079276	C	G	14850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=183;NR=189;PP=2965;SC=GCCAGACTCCCAGACCCCAGC;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=372;TCF=183;TCR=189;TR=372;WE=47045747;WS=47045729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr3	47045846	rs2305637	C	T	8047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=119;PP=2965;SC=AGCAGCCGCTCCCCCCAGGAG;SOR=1.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=82;TCR=120;TR=201;WE=47045854;WS=47045836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr3	47046842	rs2305638	G	C	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=71;PP=1748;SC=GGCAGACTAGGGGGCAGATAA;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=96;WE=47046850;WS=47046832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	47047176	rs5848810	A	AG	2392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=31;PP=1483;SC=TGGAGTGGCCAGGGGGCAGTC;SOR=0.887;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=40;WE=47047184;WS=47047166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	47050908	rs3214838	AG	A	1410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=31;PP=999;SC=TGGGCAGCCCAGGGGGGTGAG;SOR=2.511;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=32;WE=47050916;WS=47050898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	47059323	rs2385867	C	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=223;SC=GTGAGTAAAGCCAGCCAATCC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=47059331;WS=47059313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	47061183	rs2290547	G	A	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=10;PP=578;SC=GACATACTTAGGACAAGAAAT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=47061191;WS=47061173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	47061504	.	T	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=275;SC=TTGGCTATTATGTTTCAAATC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=47061512;WS=47061494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	47079112	rs6768722	G	A	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=13;PP=869;SC=GGTCTTGGACGGACTCCCAAA;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=47079120;WS=47079102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	47103861	rs10589946	GTT	G	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.381;QD=21.21;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,47:0.84:56
chr3	47125385	rs4082155	G	A	5716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.031;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.656;SC=GCTCTCTTTGGGCTCTATTTC;SOR=0.253;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=138;WE=47125393;WS=47125375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr3	47125916	rs5848822	CT	C	137.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.348;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr3	47129781	.	C	CA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.790;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr3	47142907	rs60548476	TCC	T	5475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=36;PP=2966;SC=ACAGCCTATTTCCCCATCAGA;SOR=1.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=72;WE=47142916;WS=47142897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	47143087	.	A	AGT	676.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.420;QD=13.01;ReadPosRankSum=1.177;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr3	47147393	.	CAAA	C	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.487;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr3	47161214	rs11923706	T	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=11;PP=428;SC=CAGTCTCGGGTATGTCTTTAT;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=47161222;WS=47161204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	47162661	rs6767907	A	G	5542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=77;PP=2383;SC=CAGGCAGGCGATTATCTATTT;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=126;WE=47162669;WS=47162651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr3	47187075	rs6442059	C	G	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=704;SC=CCCCTCACATCAGGTCATGTG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=47187083;WS=47187065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	47198826	rs11708451	G	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=310;SC=TTGAGCCCAGGAGTTCAGTTA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=47198834;WS=47198816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	47205502	.	CGCGGCGGCG	C	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=2986;SC=CAGGTCCGACCGCGGCGGCGG;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=11;WE=47205518;WS=47205492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	47270336	rs73067298	A	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=16;PP=408;SC=GAGTAGCCCCAATTCTCTGAG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=47270344;WS=47270326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	47276968	rs2276854	C	T	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=18;PP=845;SC=TCACTGAGGCCCCCATCCTCC;SOR=0.908;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=47276976;WS=47276958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	47277458	rs1874264	A	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=291;SC=GAGAACAGACATCAAGGGGCA;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=47277466;WS=47277448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	47277885	rs13094438	G	A	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=6;PP=278;SC=GCCTCTCCCTGAGTCTCCTTG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=47277893;WS=47277875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	47282303	rs2276853	G	A	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=8;PP=569;SC=TGCTTCTCCCGTAGTGACTTC;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=47282311;WS=47282293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	47286227	rs6772449	G	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=4;PP=237;SC=ATCCTCCCATGCACCCACCGA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=47286235;WS=47286217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	47287603	rs35871850	A	AT	1573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=8;PP=907;SC=CAAGAAGAGGAGCTCTTGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=20;WE=47287611;WS=47287593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	47316725	rs903538	G	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=5;PP=646;SC=AAATGATAGTGAGTGAGCTTT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=47316733;WS=47316715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	47318747	rs924009	T	G	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=41;PP=1783;SC=GCCCAGTCAGTTGAAGGCAAA;SOR=0.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=100;WE=47318755;WS=47318737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	47322496	rs807936	C	T	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=52;NR=43;PP=1694;SC=GGTTTCAGTTCCCAAAATTAA;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=95;WE=47322504;WS=47322486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	47376095	rs295450	A	G	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=21;PP=1357;SC=TTGGCAGTGGAGAGCCAGGCT;SOR=1.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=47376103;WS=47376085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	47449058	rs900688	T	C	9685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr3	47452087	rs900689	G	A	13292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=129;PP=2965;SC=AACCCATCCCGGCACAGCACC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=110;TCR=129;TR=239;WE=47452095;WS=47452077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,520:1.00:520
chr3	47452786	rs1531875	G	A	3663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	47454399	rs6789730	G	A	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.52;SOR=3.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	47456225	rs6442066	T	C	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=27;PP=1159;SC=CTGTTCTTCATCAGGACTCTT;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=47456233;WS=47456215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	47459679	rs12487736	C	T	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=39;PP=2069;SC=CACACGCAGACGTGGCCTGCC;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=109;WE=47459687;WS=47459669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	47462200	rs900690	T	C	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	47462587	rs900691	A	G	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=77;PP=2307;SC=GAGGAGCAGTACCCGGACTGC;SOR=1.481;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=111;WE=47462595;WS=47462577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	47464122	rs1038394	A	G	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=59;PP=1850;SC=GAGGCATGGCAAGGCCCCCCA;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=99;WE=47464130;WS=47464112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	47539751	rs2170814	T	C	4549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=53;PP=1806;SC=GCAAGAAGCCTGTTGCCCAGG;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=117;WE=47539759;WS=47539741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	47539969	rs13059519	C	T	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=39;PP=1124;SC=GGAAAGGACACCCAGAGTCAG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=47539977;WS=47539959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	47543389	rs3816779	G	A	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=73;PP=2168;SC=CTCTACAGATGTTTATCAAGG;SOR=1.128;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=114;WE=47543397;WS=47543379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	47555142	rs2291298	C	A	6498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=79;PP=2467;SC=ACGACGGAGGCTGGAGAGCAA;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=139;WE=47555150;WS=47555132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr3	47603926	rs11456803	A	AT	643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=521;ReadPosRankSum=-0.083;SC=TATTTTAAGTATTTTTTTGCC;SOR=1.075;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=18;WE=47603934;WS=47603916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
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chr3	47614413	rs2280567	G	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=263;SC=GGCAGCCACGGCCACAGTAAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=47614421;WS=47614403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	47618953	rs3732530	C	A	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
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chr3	47676902	rs3216712	C	CA	75.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	47680066	rs12633923	C	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=661;SC=ATATTATATCCTGTGAGAACT;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=30;WE=47680074;WS=47680056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	47680119	rs12636863	T	C	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=23;PP=1303;SC=TAGAATTATTTAGAGTCCCCT;SOR=1.198;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=72;WE=47680127;WS=47680109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	47762030	rs12495204	A	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=6;PP=571;SC=AAAAGACTCCATAAGTGAGAA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=47762038;WS=47762020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	47770380	rs6442081	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=355;SC=CAGCCTGGGCGACAGACTCCA;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=47770388;WS=47770370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	47866829	rs188325885	C	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=231;SC=GGCCTGGCGGCCGGGGGTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=16;WE=47866837;WS=47866819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	48019232	rs6770467	A	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=12;PP=1053;SC=CTCCAACAAGAACACTACCAC;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=48019240;WS=48019222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	48019258	rs6770477	A	G	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=21;PP=1163;SC=GAAATAATTCATATGCTTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=69;WE=48019266;WS=48019248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	48209486	rs3731539	C	T	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=36;PP=998;SC=ATGGAACTTCCGAAAACATTC;SOR=1.233;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=48209494;WS=48209476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	48219320	rs3731514	AAC	A	12221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.231;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.226;NF=33;NR=87;PP=2993;ReadPosRankSum=-0.074;SC=AACAAATAGGAACACACACAC;SOR=0.589;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=38;TCR=99;TR=120;WE=48219331;WS=48219310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,363:0.99:366
chr3	48414197	rs9852211	A	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=631;SC=GGCAAAGCCTATAAATTCAGA;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=48414205;WS=48414187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	48414215	rs9815103	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=14;PP=665;SC=AGAGCAGCCCGGAGAGGAGAA;SOR=1.132;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=36;WE=48414223;WS=48414205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	48419723	rs7630741	G	T	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=262;SC=TTTGGAAGAGGCTTCCAAATA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=48419731;WS=48419713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	48422235	rs6784322	T	A	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=12;PP=781;SC=GAAGGCAGTGTTCCTCTGTCT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=48422243;WS=48422225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	48422512	rs10576516	GT	G	260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.34;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr3	48450706	rs3217706	TC	T	959.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=595;SC=CCCTCACCCATCCCCCCCGTG;SOR=2.765;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=22;WE=48450714;WS=48450696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	48451300	rs3214871	AG	A	2747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=33;PP=2120;SC=CTACCTTGGCAGGCCCCACCC;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=53;WE=48451308;WS=48451290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	48454468	rs3214041	C	T	7308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=102;PP=2965;SC=GCCCATTCTCCCAGCCACACC;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=82;TCR=102;TR=184;WE=48454476;WS=48454458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr3	48455626	rs6794875	A	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=30;PP=806;SC=CCAGTCACACAGTGTCCTCCA;SOR=2.419;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=39;WE=48455634;WS=48455616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	48461313	rs2362450	C	G	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=16;PP=819;SC=CTACCTCTGACGGTGACAGCG;SOR=1.159;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=39;WE=48461321;WS=48461303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	48462461	rs11130171	A	G	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=585;SC=AAGAGGACCCAGGATGAGGGA;SOR=2.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=48462469;WS=48462451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	48463618	rs9883759	T	A	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=45;PP=2123;SC=TCAGAAGCTGTGACAGCAAAG;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=102;WE=48463626;WS=48463608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	48463711	rs9883927	T	C	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=48;PP=1745;SC=CTCCCAGCAGTCATGCCCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=87;WE=48463719;WS=48463701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	48473932	rs11553588	C	T	10544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=112;PP=2965;SC=GTCTCTGCTCCGTGTCTGACA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=105;TCR=115;TR=217;WE=48473940;WS=48473922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr3	48474249	rs2279077	A	G	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=58;PP=2144;SC=AGGCCCCTCAAGTCCACCATG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=107;WE=48474257;WS=48474239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	48476431	rs13062723	C	G	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=80;PP=2965;SC=CTGGGCTGCACAGAGTCCTGG;SOR=0.936;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=140;WE=48476439;WS=48476421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	48481647	rs3774808	G	A	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.82;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	48505302	rs6442124	A	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	48505964	rs2242150	C	A	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	48508585	rs11797	C	T	11367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=133;NR=136;PP=2965;SC=GGAAGAGCTACAGCCTAGGCA;SOR=0.698;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=134;TCR=136;TR=269;WE=48508593;WS=48508575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,433:1.00:433
chr3	48518513	.	GA	G	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.239;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr3	48576483	rs7615170	C	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=432;SC=GGTTACGAGGCGGAGGTGGGG;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=48576491;WS=48576473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	48593341	.	T	TA	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr3	48602523	rs138595277	G	GGGC	6999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=51;PP=2883;SC=AGACCCCGCTGGCAGCCCCCC;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=68;WE=48602531;WS=48602512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	48606065	rs2532848	G	T	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=30;PP=1033;SC=AGCGGCCAGGGCCCAGGCCAC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=48606073;WS=48606055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	48625266	rs1264194	T	C	5574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=54;PP=1780;ReadPosRankSum=0.768;SC=CTTCTCCAGCTGGCCCTAGGA;SOR=0.252;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=110;WE=48625274;WS=48625256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,220:1.00:221
chr3	48626745	rs144483183	C	T	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=340;SC=TAGTAGCTGGCCAGGGTCCAC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=48626753;WS=48626735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	48629749	rs201632603	G	T	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=85;PP=2873;SC=TGTCTGAGGCGCGGGGACTCC;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=62;TCR=85;TR=147;WE=48629757;WS=48629739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	48668097	rs369278809	G	T	8839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=106;PP=2965;SC=AGCAACTCACGGGGAAGCACT;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=101;TCR=109;TR=206;WE=48668105;WS=48668087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr3	48681765	.	CAG	C	174	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=16;MQ=59.86;NF=0;NR=10;PP=174;QD=17.9;SC=CCGGGCAGGGCAGAGAGAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=10;WE=48681776;WS=48681755;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr3	48719638	rs7633840	T	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=29;PP=873;SC=ATCTAGAGCGTCAGCGAGGCT;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=48719646;WS=48719628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	48723302	rs6792510	G	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=321;SC=ACGCCAGGCCGGGAGCGCCGA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=48723310;WS=48723292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	48727112	rs4858798	G	A	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=50;PP=1735;SC=AAGGCACCTCGTAGCGGGAAG;SOR=0.873;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=89;WE=48727120;WS=48727102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	48845251	rs9311430	C	T	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=51;PP=1465;SC=CATAGTCTTCCACACTCAATC;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=74;WE=48845259;WS=48845241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	48897078	rs6414612	A	G	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=40;PP=1305;SC=TGGCAAGAAAAAGGTGAATTA;SOR=1.190;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=58;WE=48897086;WS=48897068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	48965078	rs34221642	A	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=14;PP=753;SC=AAGAAGAAGAAGACGACCCTG;SOR=1.414;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=48965086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	48982732	rs9864243	G	A	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=72;SC=GAGAGCTTCAGCCAGCTAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=48982740;WS=48982722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	48986399	rs13315711	A	T	8552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr3	48986546	rs371516194	CATTTATTT	C	984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=14;PP=2986;SC=GTATGTTTAACATTTATTTAT;SOR=2.400;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=15;WE=48986561;WS=48986536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	49004723	rs6446196	A	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=33;PP=1157;SC=GTCTGCCACAAAACTTATAAA;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=61;WE=49004731;WS=49004713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	49044767	rs6781790	C	T	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=9;PP=808;SC=TAGCTGAGGGCGCTGTTGATG;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=49044775;WS=49044757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	49048534	rs142346765	CT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr3	49053219	rs7100	A	G	5977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=70;PP=2589;SC=GTCCCACCCCATTTTGCTGTG;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=75;TCR=71;TR=144;WE=49053227;WS=49053209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr3	49054692	rs3087866	T	C	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	49070499	rs4974081	C	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	49114544	rs7626445	C	T	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=188;SC=TACCCTTGCACAAGAGTGGAA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=49114552;WS=49114534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	49133310	rs9840050	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	49135961	rs13064784	C	G	8143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.435;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.070;SC=GAACCACAACCAGGACTGCAG;SOR=0.543;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=84;TCR=110;TR=193;WE=49135969;WS=49135951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,310:1.00:311
chr3	49137904	rs4521268	G	T	8161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=84;PP=2965;SC=GGGGCAAAATGAAACAAAGTA;SOR=0.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=113;TCR=84;TR=197;WE=49137912;WS=49137894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr3	49139966	rs4513485	G	A	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=46;PP=2211;SC=GCCCCTGACTGATCCTACCCA;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=103;WE=49139974;WS=49139956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	49145741	rs3212	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=454;SC=CAGCTTCCCATTGACAGAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=49145749;WS=49145731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr3	49146656	rs113592495	T	G	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=513;ReadPosRankSum=-1.362;SC=ACCCCGGGGGTGGGGAGGACC;SOR=0.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=45;WE=49146664;WS=49146640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,67:0.82:82
chr3	49148890	rs4292260	T	C	20193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=186;NR=195;PP=2965;SC=CCATCCTCCCTTATCCTCCTC;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=383;TCF=188;TCR=195;TR=381;WE=49148898;WS=49148880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,771:1.00:771
chr3	49166069	rs9865051	C	T	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=57;PP=2811;SC=GAGGTTCAGCCCCAGATTAGA;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=128;WE=49166077;WS=49166059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr3	49200627	rs4955418	A	G	16349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=630;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=218;NR=182;PP=2965;SC=GCCTTGGCCCATGCTGCCATG;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=400;TCF=218;TCR=182;TR=400;WE=49200635;WS=49200617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,629:1.00:629
chr3	49200692	rs4955419	T	A	18251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=219;PP=2965;ReadPosRankSum=1.269;SC=AGCCTTGACCTGTGCTGCCTT;SOR=0.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=425;TCF=202;TCR=223;TR=418;WE=49200700;WS=49200682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,698:1.00:699
chr3	49210732	rs7617480	A	C	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=188;SC=TCCAACCTAGATTTGAGCTGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=49210740;WS=49210722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	49211989	rs10865954	T	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=250;SC=CTCTGACCCCTGGTGGTCTTG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=49211997;WS=49211979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	49214952	rs114538522	C	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=2;PP=660;SC=AGCACAGAAACACACCATGGG;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=49214960;WS=49214942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	49249381	rs9867285	A	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=156;SC=AGATCACAAGATCAGGAGATC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=49249389;WS=49249371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	49269758	rs2099526	G	T	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	49273996	rs12631989	C	T	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=15;PP=1282;SC=AGAAGTCATCCAACTGGAATA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=49274004;WS=49273986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	49298139	rs7626076	G	A	2838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=39;PP=1557;SC=CGGGACACCTGTGGCAGGGCT;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=88;WE=49298147;WS=49298129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	49298205	rs4955417	T	C	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=51;PP=1931;SC=GGGCCTCTGGTGGCCTGTAGG;SOR=0.847;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=114;WE=49298213;WS=49298195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	49354975	rs71077785	GT	G	85.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=2.631;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr3	49365269	rs6795772	C	T	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=834;SC=GAAAAGAGCACATAAGTCACT;SOR=1.574;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=49365277;WS=49365259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	49395673	rs17838762	GGCCGCC	G	527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=9;PP=470;SC=ACACCGACTGGGCCGCCGCCG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=49395686;WS=49395663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	49406080	rs2878298	T	C	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	49406140	rs374609508	CT	C	80.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=1.404;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr3	49459114	rs4855873	A	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=232;SC=AGCCCACCCAAAGTGACTAAC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=49459122;WS=49459104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	49459376	rs1464566	T	C	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.83;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	49463926	rs6762593	A	G	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.73;ReadPosRankSum=0.979;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,130:0.98:132
chr3	49463962	rs113679342	C	CT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.724;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr3	49548008	rs2131107	C	G	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=14;PP=1043;SC=CTGCCCCTCTCGGGGAGGACC;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=50;WE=49548016;WS=49547998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	49548294	rs2329024	T	C	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=43;PP=1323;SC=GAGTTCTCATTTTCCATTTTA;SOR=1.434;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=49548302;WS=49548284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	49568095	rs2311801	G	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=110;SC=TCTCTAGGGGGGAGGAATCAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=49568103;WS=49568085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	49570882	rs1050088	T	C	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=26;PP=796;SC=TCATAGAGAATTCTTCGCTTC;SOR=0.897;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=49570890;WS=49570872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	49690199	rs4855885	G	A	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=53;PP=2416;SC=TCCGCAGCACGGCCCGCAAGA;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=122;WE=49690207;WS=49690189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	49701298	rs2005557	G	A	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=45;PP=1327;SC=GGCCCAGCCAGCACCAGGACC;SOR=0.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=73;WE=49701306;WS=49701288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	49713753	rs6778597	T	C	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=26;PP=1569;SC=GCACTAGCTTTTAGGAAGCAG;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=66;WE=49713761;WS=49713743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	49720393	rs2960548	C	G	10022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=147;NR=101;PP=2965;SC=GCAGCCCCCTCCTTGCCCTGT;SOR=0.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=147;TCR=104;TR=248;WE=49720401;WS=49720383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr3	49723274	rs75193211	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.76;MQRankSum=-7.564;QD=0.39;ReadPosRankSum=-4.896;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,14:0.15:94
chr3	49723784	rs9713651	C	A	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=44;PP=2177;SC=GGTGCTGATGCGGGATTTGCG;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=53;WE=49723792;WS=49723774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr3	49725432	rs11309936	AG	A	373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=245;SC=CAAAGCTACAAGGCTTCTGGG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=49725440;WS=49725422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	49736172	rs11130216	C	A	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=1347;ReadPosRankSum=-0.653;SC=TCTGGTGAGGCCTCCTCTCAT;SOR=0.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=75;WE=49736180;WS=49736162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
chr3	49738816	rs79581555	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=16;PP=951;SC=CCCTGTGGTGGTGGGAGAGCT;SOR=1.376;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=52;WE=49738824;WS=49738806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	49738945	rs6804655	C	T	4115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=54;PP=1867;SC=TCCGCTCCGTCGTCTTCTTTT;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=106;WE=49738953;WS=49738935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	49739507	rs1491985	G	C	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=36;PP=1656;SC=TTCCTCACCTGACCTCCAGTG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=81;WE=49739515;WS=49739497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	49751585	rs2291542	C	T	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	49753788	rs11720705	A	G	4698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=50;PP=2065;SC=AAGCAGGAGCATGTGGGTGGC;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=114;WE=49753796;WS=49753778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	49758764	rs4768	A	G	10103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=139;NR=121;PP=2965;SC=CCATCCTGGAACCTCCACCTT;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=261;TCF=139;TCR=122;TR=260;WE=49758772;WS=49758754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr3	49760039	rs1466685	T	C	7045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=0.878;SC=CTGGATGCGCTGCAGCACTGC;SOR=0.226;Source=Platypus;TCF=85;TR=169;WE=49760047;WS=49760029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr3	49765483	rs2307021	C	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=302;SC=GGTATGAGCACAACCCAAATC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=49765491;WS=49765480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	49829326	rs62260715	G	A	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=26;PP=896;SC=AGTATGCAAAGGAGACTGACC;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=49829334;WS=49829316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	49832261	rs6802890	A	G	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=16;PP=783;SC=ACTGCAACACAGGTTGGCTCG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=49832269;WS=49832251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	49836707	rs7629936	G	A	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=49;PP=1821;SC=CTTGCCACCTGGCCAAGCTGG;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=90;WE=49836715;WS=49836697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	49842625	rs2234391	A	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=632;ReadPosRankSum=-0.799;SC=TCTATCGTCCATCCTCTCTGC;SOR=0.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=35;WE=49842633;WS=49842615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr3	49842881	rs11400401	T	TG	3034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=37;PP=1481;SC=CTGGTAGGGGTGGGTTTAGGG;SOR=1.265;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=37;WE=49842889;WS=49842871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	49843723	rs3819325	T	C	116.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	49846041	rs2234385	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=15;PP=422;SC=CTTAATTAATGCTACAATCTC;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=49846049;WS=49846031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	49847623	rs1799845	A	G	5735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=58;PP=2662;SC=CGCCCTGGCAAGGGAGCAGTG;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=135;WE=49847631;WS=49847613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr3	49849723	rs1799843	G	A	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=68;PP=2288;SC=CTGTGTCCCAGACCTTGCTGC;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=118;WE=49849731;WS=49849713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	49881134	rs2246832	A	T	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=18;PP=880;SC=AACCAAGGTGATGACTGGAGC;SOR=1.057;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=46;WE=49881142;WS=49881124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	49884913	rs13316065	C	T	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	49894030	rs2276864	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=19;PP=527;SC=AACACAAAACTTTGGGCGGAG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=49894038;WS=49894020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	49897830	rs2681780	C	T	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=12;PP=1010;SC=GCACCCCTTCCAGGCCTCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=49897838;WS=49897820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	49898000	rs2777888	A	G	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=58;PP=2128;SC=CAAAACCAAGAAGGGGATAGT;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=104;WE=49898008;WS=49897990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	49898273	rs2681781	A	G	6269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=71;PP=2965;SC=AGAAAGGTGGATTGCCTGAAA;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=101;TCR=71;TR=172;WE=49898281;WS=49898263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr3	49899795	rs3796386	G	A	6053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=80;PP=2539;SC=TCTTCTTGTCGCCCAGAGTCA;SOR=0.974;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=55;TCR=81;TR=135;WE=49899803;WS=49899785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr3	49924940	rs1062633	T	C	5154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=63;PP=2081;SC=ACTAGTACTCTGAAGGTGGGT;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=121;WE=49924948;WS=49924930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	49928691	rs7433231	T	C	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=42;PP=1709;SC=TACTCCATGCTGCGGGCTACC;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=101;WE=49928699;WS=49928681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	49928917	.	A	G	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=36;PP=1115;SC=AGGTGGCAACATGATACCAAT;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=49928925;WS=49928907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	49936102	rs2230590	T	C	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=66;PP=2121;SC=GCCAGGGCCTTGGATAGGTAC;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=113;WE=49936110;WS=49936092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	49949071	rs868891	A	G	6934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=73;PP=2965;SC=GGGAGTACACAGGCTTCCCTG;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=94;TCR=73;TR=167;WE=49949079;WS=49949061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr3	49978069	rs6772095	C	T	5933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=82;PP=2540;SC=TAGCACGTAGCCTCGTCCTCA;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=47;TCR=82;TR=129;WE=49978077;WS=49978059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	50095103	rs139056065	CT	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.374;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,18:0.35:52
chr3	50098993	.	CTTT	C	1014.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=1.578;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr3	50112589	.	C	CA	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr3	50129374	rs5848907	T	TA	679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=3;PP=535;SC=ACTATTTGGATTATCTTATAA;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=50129382;WS=50129364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	50129994	.	CA	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr3	50155887	rs112672304	TGA	T	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=6.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.831;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr3	50212512	rs2624833	G	T	8270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.685;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.470;SC=TCTAACCCCTGTTCCTCGTCT;SOR=0.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=86;TCR=111;TR=192;WE=50212520;WS=50212502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,333:0.99:335
chr3	50251833	rs5848902	A	AG	4015.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=39;PP=2398;SC=CTGTGCCTACAGGTCGAGGAC;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=56;WE=50251841;WS=50251823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	50255663	rs35926495	C	T	15981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=2.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr3	50255666	rs56048629	C	T	15956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=2.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr3	50306752	rs67324803	G	GC	1531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=761;SC=GCCGCCCCCAGCCCCCACGCC;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=21;WE=50306760;WS=50306742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	50308718	rs4688739	A	G	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=20;PP=1150;SC=AACCTCACTCACTCCCAGAGC;SOR=1.395;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=64;WE=50308726;WS=50308708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	50329826	rs1076872	A	G	6629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=72;PP=2911;SC=GCCACACGCCACGCGCGCCAC;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=96;TCR=72;TR=168;WE=50329834;WS=50329816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr3	50332697	rs13100173	G	A	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=53;PP=1906;ReadPosRankSum=0.617;SC=AGGCTGTGGTGGATCTGGTAG;SOR=0.772;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=100;WE=50332705;WS=50332687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr3	50357869	rs709210	A	C	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=41;PP=1457;SC=ATGGCCCATGACACCGCCAGC;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=50357877;WS=50357859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	50597092	rs1034405	G	A	6579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=86;PP=2813;SC=GGCCACTCACGCATGGATGGC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=163;WE=50597100;WS=50597082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr3	50609123	rs636168	T	C	4204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	50609624	rs2232248	T	G	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=52;PP=1859;SC=TGTTTATTCCTCGGCCAGAAA;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=96;WE=50609632;WS=50609614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	50645635	rs621975	T	G	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=42;PP=1531;SC=ACCAATCCAGTGCAAGTCAAG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=50645643;WS=50645625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	50645793	rs622502	C	G	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=46;PP=2044;SC=TGCCTCCCCCCTCAGACTCAC;SOR=0.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=114;WE=50645801;WS=50645783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr3	50678001	rs608961	C	T	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=518;SC=CTCCCTGCCACGCTTCTAGGG;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=50678009;WS=50677991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	50683809	rs876105	T	C	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=38;PP=1124;SC=TCCCCCTCTTTCCAGCTATGG;SOR=1.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=50683817;WS=50683799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	50684489	rs4468971	A	G	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=23;PP=1267;SC=AGGATGGAGTAGGGGGAACCA;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=63;WE=50684497;WS=50684479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	50685574	rs35676349	CA	C	276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=265;SC=ATTCTTTTAACAAAAGGATTA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=50685582;WS=50685564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	51246360	rs4301044	A	G	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=38;PP=993;SC=CAGCACTTAGATTGGTTGGTG;SOR=1.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=55;WE=51246368;WS=51246350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	51273711	rs1480362	A	G	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=19;PP=1111;SC=AAATTCATTGATTTATGGAAG;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=51273719;WS=51273701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	51273773	rs1480361	T	C	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=46;PP=1696;SC=TATGTTGTTTTAGTTTCTGCA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=95;WE=51273781;WS=51273763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	51274902	rs11386090	T	TA	4224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=30;PP=2329;SC=CCTGATGGCTTACTCTCCATA;SOR=1.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=52;WE=51274910;WS=51274892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	51393706	rs35251332	C	CAG	2041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=19;PP=1200;SC=TCTAGGAAAACGGGCAGTACA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=29;WE=51393714;WS=51393696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	51395571	rs1542574	C	T	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=17;PP=460;SC=TCCAGACCTACGCCACAAACC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=51395579;WS=51395561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	51418348	rs2241784	G	A	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=3;PP=763;SC=GGAGCTTGCTGCTGAAGAAAC;SOR=3.912;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=33;WE=51418356;WS=51418338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	51422741	rs376055905	CGGA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=0.780;SC=GCGGCGGCAGCGGAGGAGGAG;SOR=0.598;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=3;WE=51422751;WS=51422731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,6:0.12:50
chr3	51422766	rs13091931	G	T	1386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.21;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr3	51468970	rs5848921	C	CA	93.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr3	51469107	rs4611808	C	T	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=17;PP=569;SC=TTTGTTAATACAAAACAAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=51469115;WS=51469097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	51471278	rs71633071	C	CA	114.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr3	51505205	.	CTTT	C	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-2.858;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr3	51517625	.	T	TTG	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=-1.030;SC=TTAAACTAGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=51517633;WS=51517615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr3	51697493	rs904145	A	G	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=58;PP=1963;SC=CACCAAGCTGAAAGGCAGTGA;SOR=1.047;Source=Platypus;TCF=33;TR=90;WE=51697501;WS=51697483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	51812952	rs11130296	C	T	7108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=97;PP=2965;SC=CAGTAACGTCCGGCGCACCAT;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=88;TCR=98;TR=184;WE=51812960;WS=51812942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	51895850	rs986539	C	T	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=14;PP=713;SC=CATTTATGTACTTCCCATTTA;SOR=1.036;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=51895858;WS=51895840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	51907736	rs7635409	A	G	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=18;PP=1008;SC=GGACACAGATATAGCAGACCT;SOR=0.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=51907744;WS=51907726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	51908226	rs1505403	T	C	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=39;PP=1433;SC=CAGGGTATGCTAGGAAGGGGC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=51908234;WS=51908216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	51908430	rs6794320	T	C	6803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	51929360	rs34574240	GA	G	1120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.37;NF=1;NR=40;PP=1124;SC=GGGCTTTCAAGAAAAAAAGAG;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=41;WE=51929368;WS=51929350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	51936949	rs7635125	T	C	7273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=61;PP=2924;SC=AGACACTAGCTACTAGCACTA;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=144;WE=51936957;WS=51936939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr3	51978220	rs28547534	A	G	7254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=88;PP=2793;ReadPosRankSum=0.140;SC=TGCTGGAACCACTGGGGCCGT;SOR=0.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=75;TCR=90;TR=163;WE=51978228;WS=51978210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,290:1.00:291
chr3	51990119	rs28587738	A	C	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=7;PP=346;SC=CCTGCTCGGCACGCCGCCCGC;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=51990127;WS=51990109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	51990315	rs28651222	A	G	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=1166;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TCCCGACTCCACTCGGACTCT;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=62;WE=51990323;WS=51990305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,171:0.98:175
chr3	51990646	rs73082754	C	A	7465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=1.594;SC=CGCGGGCACTCTTGCAATGCC;SOR=0.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=104;TCR=86;TR=188;WE=51990654;WS=51990636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,294:1.00:295
chr3	52012320	rs41292350	G	A	4933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=49;PP=1793;SC=ACTCTCACACGTGGGAGCAGC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=99;WE=52012328;WS=52012310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	52272945	rs11441245	C	CG	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.093;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=1.424;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr3	52415865	rs770284	A	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=675;SC=GAGCGCCTCCAGGGCGTGCTG;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=52415873;WS=52415855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	52430698	rs365048	A	G	6823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=81;PP=2965;SC=CTGGAGCGCCATAAGTTTGGG;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=162;WE=52430706;WS=52430688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr3	52453893	rs498778	C	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=10;PP=407;SC=CCAACAGAGGCTTCCATGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=52453901;WS=52453883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	52471942	rs82825	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=8;PP=688;SC=GGCCACAGGGGTGAGTTCCAG;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=52471950;WS=52471932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	52477080	rs2016575	T	C	4742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=57;PP=1761;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TTTCGGACCATGGCTCCTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=115;WE=52477088;WS=52477070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,190:0.99:192
chr3	52478750	.	G	GCACC	411	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=83;MMLQ=15;MQ=56.38;NF=9;NR=8;PP=411;QD=25.7647058824;SC=CACGGCACACGCAAACTCGGC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=17;WE=52478758;WS=52478740;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr3	52488202	rs1035002	C	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=31;PP=731;SC=TGAGTCCCCACGTCCTCTGCC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=31;WE=52488210;WS=52488192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	52489564	rs968588	A	T	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	52492085	rs4687614	G	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=17;PP=438;SC=ATATAACTGCGTTCATTAATA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=52492093;WS=52492075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	52492601	rs62257617	C	T	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=16;PP=669;SC=AGCGCCTGCCCTCAAGCTTCT;SOR=0.950;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=52492609;WS=52492591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	52492707	rs1541495	T	C	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=19;PP=770;SC=TTGATAAAAATCTGCTTCCGC;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=36;WE=52492715;WS=52492697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	52505758	rs3065763	G	GAT	2474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=10;PP=959;SC=TGACAGAAAAGGTGGAAATCC;SOR=1.302;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=21;WE=52505766;WS=52505748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	52506282	rs4312651	A	G	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=11;PP=487;SC=TGGGCATGCGACACTGTTCCC;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=52506290;WS=52506272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	52506426	rs6784615	C	T	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=32;PP=931;SC=TAAGGCCCAGCGCTGCACAGC;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=52506434;WS=52506416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	52506491	rs6445486	A	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=25;PP=730;SC=TGGGTGTCCTAATTTAATCAT;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=52506499;WS=52506481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	52510592	rs9856575	G	A	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=72;PP=2073;SC=CCACAACAGCGTCTCCGAGAT;SOR=1.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=113;WE=52510600;WS=52510582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	52512318	rs2109559	A	G	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=26;PP=1132;SC=AGGACCTCACAGTTTTGGGAT;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=52512326;WS=52512308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	52513940	rs4687618	T	C	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=340;SC=GGAGCCAGTTTGGGGGGCTTG;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=52513948;WS=52513930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	52518786	rs4687619	T	C	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=595;SC=CTCTGCTTTGTGCCACGGTCT;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=52518794;WS=52518776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	52523405	rs887515	C	T	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=37;PP=1476;SC=CCGGCCCCAGCGGAAGTCCCA;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=71;WE=52523413;WS=52523395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	52524974	rs4687621	A	C	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=210;SC=CCACTTCTTAACCGGGGTGGG;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=52524982;WS=52524964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	52536308	rs758801	A	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=22;PP=702;SC=CAGATGCAGTACCTACAACCA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=52536316;WS=52536298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	52537969	rs4687545	T	C	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=1.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	52540773	rs1010553	T	C	5122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=36;PP=1981;ReadPosRankSum=1.708;SC=CCGCCAATGGTGTGATCCACA;SOR=1.094;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=72;TCR=37;TR=108;WE=52540781;WS=52540763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,198:0.99:200
chr3	52544470	rs9835659	A	G	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=57;PP=1708;SC=TGAGCTGGACATGAGAGGTGG;SOR=1.004;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=92;WE=52544478;WS=52544460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	52546487	rs7644763	C	T	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	52548818	rs740903	C	T	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=48;PP=1870;SC=CAAGTCGCTGCCTGCATAGCC;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=91;WE=52548826;WS=52548808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	52559167	rs58050076	CGG	C	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.349;QD=23.65;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr3	52676065	rs376663529	CA	C	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,23:0.22:106
chr3	52725718	.	AT	A	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=1.758;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr3	52820855	.	CGAAT	C	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.4999;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=24;QD=31.0;SC=ACTTATGTGTCGAATGAATGA;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=1;WE=52820866;WS=52820845;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,1:0.10:10
chr3	52833881	rs35271262	C	T	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.08;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	52840853	rs62255418	C	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=6;PP=434;SC=AAGGCACACCCCTAAAGGCAA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=52840861;WS=52840843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	52853340	rs7620907	G	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.914;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=465;ReadPosRankSum=-0.509;SC=ACCCCACCCCGCTCTATGGGG;SOR=1.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=52853348;WS=52853330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr3	52867288	rs4687661	A	T	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=54;PP=2349;SC=AGTTCCTGGGAAAGGCTCCTG;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=125;WE=52867296;WS=52867278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr3	52867595	rs60332615	C	A	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=23;PP=1179;SC=CACACCTGCACCCCCATCCCC;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=67;WE=52867603;WS=52867585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	52867715	rs6787916	G	C	5815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=64;PP=2676;SC=TCAGGTCCTCGTCCTTCACAG;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=143;WE=52867723;WS=52867705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	52867811	rs6776876	A	T	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=71;PP=2361;SC=GCCTCGGTAGAAAGGCACACC;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=122;WE=52867819;WS=52867801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	52868610	rs11922961	T	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=7;PP=1217;SC=GCCGGGCCCATAGCTACAAAT;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=52868618;WS=52868600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	52868668	rs142854055	G	GCACA,GCACACA	3146.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.089;NF=24,24;NR=38,38;PP=1132,89;ReadPosRankSum=0.095;SC=ACACACAGATGCGCACACACA;SOR=0.724;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=62,62;WE=52868682;WS=52868657;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.36,0.61:74
chr3	52868670	rs62255421	G	A	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;MQRankSum=-0.160;QD=40.82;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr3	52868716	rs77032405	GC	G	7980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.214;NF=40;NR=78;PP=2713;ReadPosRankSum=1.069;SC=ATCTATCTAGGCCCCCCCCAC;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=43;TCR=83;TR=118;WE=52868732;WS=52868704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,271:0.99:273
chr3	52870729	rs11431693	C	CA	4836.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=36.92;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	52874446	rs6769789	C	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	52874716	rs374916394	GTT	G	270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=18.05;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,10:0.67:15
chr3	52874753	rs56019197	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=240;SC=TCTCACCCTGTCACCCAGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=52874761;WS=52874743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	52874779	rs7638431	G	A	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	52877647	rs55829187	C	CA	2770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=14;PP=980;SC=CTGAGGGCTACAGGTGAGCTT;SOR=1.057;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=24;WE=52877657;WS=52877637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	52877649	rs56008508	G	A	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=15;PP=620;SC=GAGGGCTACAGGTGAGCTTTC;SOR=1.010;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=37;WE=52877657;WS=52877637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	52877720	rs4687668	T	C	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	52878721	rs7650966	G	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=513;SC=CAGACCAAATGCAGGACACAT;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=52878729;WS=52878711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	52878746	rs10663469	C	CAG	1165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=2;PP=1026;SC=AGAGTTAAAACAAGTTTGGTT;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=52878754;WS=52878736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	52878825	rs7629528	C	A	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=34;PP=1380;SC=AGGAGCTGCTCATGCAGGGAC;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=78;WE=52878833;WS=52878815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	52881634	rs5848962	T	TG	2374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=1021;SC=AAGAGAGCTGTGGTACCTCTT;SOR=0.844;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=52881642;WS=52881624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	52883654	rs3216716	CT	C	1095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=947;SC=GGAGGGTGTGCTCAAACCCAG;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=22;WE=52883662;WS=52883644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	52886914	rs4687675	A	T	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=740;SC=GCCTTTGAAAACCCTAAAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=52886922;WS=52886904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	52960013	rs11360013	GC	G	3595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=18;PP=2116;SC=CTGCAGCCCTGCCATAGTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=52960021;WS=52960003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	52960256	rs34584015	AG	A	4126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=49;PP=2046;SC=ATCATTTTAGAGGGGCGAAAA;SOR=1.440;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=53;WE=52960269;WS=52960246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	52960261	rs34585187	C	A	4135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=49;PP=1521;SC=TTTAGAGGGGCGAAAAGCATT;SOR=1.440;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=69;WE=52960269;WS=52960246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	52968726	rs2257216	T	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=666;SC=TCTCTAATAATAACGTTTATT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=52968734;WS=52968716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	52968801	rs2710315	T	C	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	53003021	rs2245424	G	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=6;PP=634;SC=ACTTCAAAGAGCTTCCAGTTC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=53003029;WS=53003011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	53125922	rs11242	T	C	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=14;PP=1073;SC=CCTGAAGTCATGTCATTTTGT;SOR=1.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=53125930;WS=53125912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	53126143	rs2581786	G	A	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=56;PP=1729;SC=CCTTCCTCTGGGACCAGCCAG;SOR=1.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=53126151;WS=53126133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	53133526	rs2581829	A	G	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=31;PP=930;SC=ACTCACTGAGACTCCAGAGCC;SOR=1.197;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=53133534;WS=53133516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	53139506	rs2564942	CA	TG	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=240;SC=AAGAGCAAAGCAAGAAGGCCA;SOR=2.833;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=14;WE=53139515;WS=53139504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	53212383	rs2306570	C	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=5;PP=268;SC=CCGCTGGTCCCGCCCGGCCGC;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=53212391;WS=53212373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	53212716	rs17052826	C	T	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=103;SC=GCCACTGAGTCGCTATAGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=53212724;WS=53212706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	53213538	rs2035451	C	G	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=37;PP=1776;SC=TGGAGGTCTACGAGGGAGGGA;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=94;WE=53213546;WS=53213528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	53213657	rs2230493	T	C	6535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=71;PP=2268;SC=CGACGTTCGATGCCCACATCT;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=136;WE=53213665;WS=53213647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr3	53216051	rs6445568	T	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=271;SC=CCTCTTTTCCTCGGAGAGGCA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=53216059;WS=53216041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	53220444	rs6793352	T	C	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=26;PP=1250;SC=GTGTCTCCCCTTCAGGCCACT;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=53220452;WS=53220434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	53222761	rs2306574	C	T	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=81;PP=2664;SC=CAATGTGCTGCTGGACCGGGA;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=147;WE=53222769;WS=53222751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	53223291	rs7630600	T	G	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=25.52;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	53223927	rs1075865	C	G	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=30;PP=1167;SC=TGGGAGTGACCGGAAACATCA;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=74;WE=53223935;WS=53223917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	53224002	rs900495	T	C	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	53259850	rs3163	C	T	7283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=127;PP=2965;SC=GCAGCTCAGCCGGCTTCCCAC;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=79;TCR=127;TR=205;WE=53259858;WS=53259840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr3	53260903	rs2279323	G	C	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=31;PP=1018;SC=TTCTGTGAGGGAGAGCACACG;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=53260911;WS=53260893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	53261019	rs41275535	C	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=13;PP=312;SC=GGGCCTGTCCCTGTCCCAGGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=53261027;WS=53261009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	53262400	rs3736153	G	C	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=45;PP=1209;SC=GATAAACTGAGGATACAGGAT;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=73;WE=53262408;WS=53262390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	53262472	rs3736154	G	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=24;PP=632;SC=CCATGGGAGCGTTAGTTACTG;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=53262480;WS=53262462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	53263279	rs3736156	A	G	6837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.96;ReadPosRankSum=3.130;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,272:0.99:274
chr3	53264485	rs1131728	A	G	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=25;PP=1115;SC=TGTTCTGCTCAGCAATGTAGC;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=53264493;WS=53264475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	53267100	rs2242300	C	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=9;PP=739;SC=CCTGGATGTGCGGGTCAGAGC;SOR=2.059;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=53267108;WS=53267090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	53267133	rs6445573	G	C	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=19;PP=1088;SC=GTGTCTGGGCGAGGGGTGAAG;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=54;WE=53267141;WS=53267123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	53267296	rs2242302	G	A	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=58;PP=1870;SC=GCCAACTGGGGACAGGGGGCA;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=102;WE=53267304;WS=53267286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	53267342	rs2242303	G	A	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=44;PP=1249;SC=CCACAACACCGAGGAGCCTTC;SOR=1.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=53267350;WS=53267332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	53269046	rs1051485	T	C	3730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=39;PP=1511;SC=GGTGCTGCAGTGGGGCCGGGT;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=86;WE=53269054;WS=53269036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	53269163	rs1051483	G	A	5803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr3	53269275	rs2242304	T	C	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=27;PP=762;SC=GGAGCCTGCATTCTGGGTAAA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=53269283;WS=53269265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	53324819	rs201612547	ATGGCAC	A	1614.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=25;PP=1927;SC=CCTTACCGGGATGGCACTGGC;SOR=0.746;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=31;WE=53324832;WS=53324809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	53324915	rs3732834	A	G	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=25.40;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	53529013	rs312479	T	A	45.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	53529140	rs312480	T	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=24;PP=939;SC=CGCCCCCGCCTCAACGCCCAG;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=53529148;WS=53529130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	53685039	rs2276836	T	C	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=251;SC=TTTTAGGGAATGTGGTTGCTC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=53685047;WS=53685029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	53700550	rs2250736	T	C	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=36;PP=927;SC=GCTGGACAGATGTGCTCTACT;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=66;WE=53700558;WS=53700540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	53766026	rs2612033	T	C	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	53766212	rs2306866	A	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=13;PP=299;SC=CAGCGTGCACATGAGCTGCTG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=53766220;WS=53766202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	53769479	rs1045958	C	T	10177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=117;PP=2965;SC=TGCTGAGCAGCGCTGCCCTGG;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=93;TCR=117;TR=210;WE=53769487;WS=53769469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr3	53776995	rs2612026	T	C	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=22;PP=1074;SC=TTCTTTTCCTTTGGAGACAAA;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=53777003;WS=53776985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	53778620	rs28365115	C	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=6;PP=588;SC=GCCTCTGAGTCGTGAAGAGAG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=53778628;WS=53778610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	53779825	rs3821860	A	G	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=71;PP=2344;SC=GCATTTACTTAACTGCCTGTC;SOR=1.072;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=46;TCR=71;TR=117;WE=53779833;WS=53779815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	53796744	rs3774567	T	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=28;PP=844;SC=TGCCCTTAAATCTCCACACAC;SOR=4.047;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=30;WE=53796752;WS=53796734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	53806803	rs2278517	G	C	3407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=34;PP=1894;SC=TCAGGCTGTGGCGGGCCGTCA;SOR=1.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=95;WE=53806811;WS=53806793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	53814197	rs1829423	G	A	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=29;PP=904;SC=CAGGAAAGGAGAGAGACATCA;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=46;WE=53814205;WS=53814187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	53844184	rs34388124	G	A	14326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=564;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=183;PP=2965;SC=GCAGCCTGCCGTCCCTGCACC;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=344;TCF=161;TCR=183;TR=343;WE=53844192;WS=53844174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr3	53856653	rs2241808	C	T	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=89;PP=2590;SC=AGGCACAGGCCGCGCTCCACC;SOR=1.434;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=37;TCR=89;TR=126;WE=53856661;WS=53856643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	53857803	rs12676	A	C	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=32;PP=1302;SC=GCTCCCCGCGAGCACGTCCTT;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=82;WE=53857811;WS=53857793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	53880789	rs2232332	A	G	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=62;PP=1826;SC=CTGCCGGCTCAAGGGGCATGC;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=90;WE=53880797;WS=53880779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	53882663	rs1025690	G	A	9523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=63;PP=2176;SC=CGGCTTCAACGTGACGCTTGG;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=133;WE=53882681;WS=53882653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr3	53882673	rs5849009	G	GT	9546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=61;PP=2188;SC=GTGACGCTTGGTTTTTTCTCT;SOR=0.757;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=81;WE=53882681;WS=53882653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr3	53883722	rs1025689	C	G	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=17;PP=695;SC=ATCTAATCCCCGGAGACTTGA;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=53883730;WS=53883712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	53883910	rs4687751	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	53910919	rs11419180	G	GT	261.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9940;FS=3.468;HP=10;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=149;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATGCTCAAGTGTTTTTTTTTC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=15;WE=53910927;WS=53910909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr3	54354510	rs9879885	T	C	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=32;PP=1007;SC=TAGAAGAAATTGATGGCCTCC;SOR=0.852;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=56;WE=54354518;WS=54354500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	54596815	rs9814659	T	C	5795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr3	54604188	rs2251788	T	C	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=33;PP=811;SC=CTTTTGGTAGTGACTGGTTAA;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=54604196;WS=54604178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	54615971	rs6782115	A	G	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=16;PP=528;SC=TGATTGTTTCACAATAAATCT;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=29;WE=54615979;WS=54615961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	54676441	rs3832224	CA	C	625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=679;SC=TTCTTGTTTTCAAAAAATGAA;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=54676449;WS=54676431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	54786864	.	GT	G	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.744;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.640;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr3	54913354	rs35536476	CT	C	649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=-1.477;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,45:0.88:51
chr3	54919272	rs1405330	A	G	3940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=31;PP=2153;SC=TGGGGGAGTGATACTTATTCA;SOR=1.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=74;TCR=32;TR=105;WE=54919280;WS=54919262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	54928496	rs1526595	T	C	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=43;PP=1498;SC=TGAATGTCACTGCCTTAAGTG;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=99;WE=54928504;WS=54928486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	54953022	.	CTT	C	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.9993;HP=12;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=28;QD=11.3333333333;SC=TATGAAGTACCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=54953031;WS=54953012;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,3:0.60:5
chr3	54961949	rs4245920	C	T	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=48;PP=1539;SC=GACTGAGTCTCCTTGGGCGTC;SOR=0.903;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=85;WE=54961957;WS=54961939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	54962013	rs56327704	A	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=825;SC=CACGAAGGGCATGGCAGACTC;SOR=2.348;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=54962021;WS=54962003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	55003733	rs881820	G	T	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=28;PP=1005;SC=GACTTGGATAGCTTGTCCTTA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=55003741;WS=55003723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	55003992	rs113492437	T	TA	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.6250;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=66;ReadPosRankSum=1.367;SC=TGGGCCAATCTAAAAAAAAAA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=55004000;WS=55003982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr3	55038898	rs4955827	A	G	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=59;PP=1932;SC=GAAAACAGCCACACATTTCTG;SOR=1.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=95;WE=55038906;WS=55038888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	55108055	rs358076	G	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=11;PP=586;SC=TCGTTCTTACGTTAGAGAGGG;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=55108063;WS=55108045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	55989276	.	TTGTGTGTGTGTGTGTG	T,TTG	2089.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.98;SOR=2.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,40:0.22,0.78:51
chr3	56019805	rs6806267	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=55;SC=ACTGACTTATTTCCATCTTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=56019813;WS=56019795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	56019905	rs6445762	C	A	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=11;PP=767;SC=TGCAGTGGCCCGAGGAAAACC;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=56019913;WS=56019895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	56020159	rs7613818	G	A	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=311;SC=ATAACTAAACGAAGCAAACTT;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=56020167;WS=56020149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	56037025	rs5849124	C	CAT	5667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=22;PP=2566;SC=GGAAGAAACTCAAATATTTTC;SOR=1.591;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=55;WE=56037033;WS=56037015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	56037241	rs35658351	CA	C	2480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=44;PP=1731;SC=ATTAGCTCAACAAAATCCATG;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=45;WE=56037257;WS=56037231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	56037249	rs34984094	A	AG	2418.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=40;PP=1884;SC=AACAAAATCCATGCATTCGCA;SOR=3.570;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=40;WE=56037257;WS=56037231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	56041371	rs146206948	T	C	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.94;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	56052839	rs3816575	G	T	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=22;PP=1314;SC=AGAAAAGCAGGCACATTTAAA;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=56052847;WS=56052829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	56591178	rs73079891	A	G	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=8;PP=681;SC=CGGCACCCCTATATCCAATTG;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=56591186;WS=56591168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	56591278	rs150150392	T	TGGGGTAAGCA	4100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=1.092;NF=7;NR=24;PP=2979;ReadPosRankSum=2.015;SC=GCCATGAACTTGGGGTAAGCA;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=31;WE=56591286;WS=56591268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr3	56593543	rs12486047	C	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=244;SC=TCTTGCATTACCACCTTAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=56593551;WS=56593533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	56593680	rs11130525	T	C	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=16;PP=577;SC=GTTTTATTTATAGTGGTTAGA;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=56593688;WS=56593670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	56597688	rs6781293	A	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=7;PP=421;SC=AGTTATAAAGAATAAGCTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=56597696;WS=56597678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	56597954	rs6769055	C	T	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=31;PP=1964;SC=CACCTGCAACCCCTAATATGC;SOR=1.248;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=96;WE=56597962;WS=56597944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	56599159	rs73081810	T	C	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=27;PP=985;SC=TTTGATATTATAGCTGGGCAT;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=56599167;WS=56599149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	56599208	rs55831745	G	C	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=21;PP=692;SC=TGATTTCACAGCTAAATAAGA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=56599216;WS=56599198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	56599258	rs10687224	G	GTATT	582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=13;PP=691;SC=CAAGATATTTGTATTCCCCTT;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=56599266;WS=56599248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	56601175	rs112310084	T	C	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=8;PP=226;SC=ATACCAGCACTTTGGGAAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=56601183;WS=56601165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	56605404	rs139586078	TA	T	68.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5725;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=42;SC=TAAAGCTTATTAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=56605412;WS=56605394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	56627048	rs1388256	A	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=332;SC=AAGAACTGCAAAGAAAATGGA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=56627056;WS=56627038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	56627598	rs1491170	A	G	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=52;PP=1881;SC=CTGTTCTCTCAGTCAACACAC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=115;WE=56627606;WS=56627588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	56628031	rs7637449	G	A	11619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=144;PP=2965;SC=CGAGACAGACGACGACAAAAA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=258;TCF=114;TCR=144;TR=258;WE=56628039;WS=56628021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr3	56674190	rs1489949	A	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=16;PP=413;SC=GAATAGCTTTATTTCCAATTC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=56674198;WS=56674180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	56787451	rs3821412	C	T	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=43;PP=1461;SC=ACAGTTCTCACGAAGCACCAC;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=87;WE=56787459;WS=56787441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	56807854	.	T	TA	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.113;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr3	56993031	rs4626067	C	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	57011234	rs13080107	T	C	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=35;PP=1213;SC=TTTTTCTGGCTGCCTAATCCA;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=57011242;WS=57011224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	57131529	rs6764188	A	C	7053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=68;PP=2965;SC=ATTGCCCAATAAGTTGGCACC;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=84;TCR=68;TR=152;WE=57131537;WS=57131519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr3	57132200	rs2291462	A	G	4915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=66;PP=2335;SC=CGGGAGTGCAAGTGGGAACAG;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=123;WE=57132208;WS=57132190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	57135130	rs144675412	AGAG	A	552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=3;PP=310;SC=GGCCCAGAAGAGAGGAGAAGG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=57135140;WS=57135120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	57137090	rs2247656	A	G	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	57138419	rs6780995	G	A	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=53;PP=1872;SC=GCAGCTGGTCGTCTCTGTAGT;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=109;WE=57138427;WS=57138409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	57139833	rs1545982	G	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=350;SC=CCAGTGGCCTGGGGGTCGCTT;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=57139841;WS=57139823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	57139972	rs1545981	A	G	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=25;PP=1147;SC=TGTGCGGTGCATGGTCGAAGG;SOR=1.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=63;WE=57139980;WS=57139962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	57140108	rs2035654	G	A	6119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=66;PP=2455;SC=GATACTTTGAGACTTGATAGA;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=131;WE=57140116;WS=57140098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	57148968	rs11916303	C	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=155;SC=AAAGATGTGTCCCTCAAAAGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=57148976;WS=57148958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	57293802	rs62251992	A	G	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=429;SC=GAAAAGAAATATGGCGAAAAA;SOR=2.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=57293810;WS=57293793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	57303478	rs10662232	A	AGAATT	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.54;NF=12;NR=3;PP=901;SC=TTATGACAGAAGAAGTGGCTC;SOR=3.056;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=15;WE=57303486;WS=57303468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	57303684	rs11544593	A	G	3704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=54;PP=1700;SC=GATTTGGGAGAAGGAGGAAAG;SOR=1.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=83;WE=57303692;WS=57303674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	57321916	rs883244	T	G	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=13;PP=838;SC=TCAGAAACAATGTATTCATTT;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=57321924;WS=57321906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	57335691	rs62252001	T	A	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=5;PP=591;SC=TTTTACATATTTATACATGTA;SOR=1.802;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=57335722;WS=57335681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	57335705	rs67229457	TACACACACAC	T,TAC	2227.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.39;QD=42.84;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,42:0.19,0.81:52
chr3	57335747	rs4681970	C	T	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=34.76;SOR=1.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	57335876	rs4060726	C	T	6498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=79;PP=2668;SC=AGTAAGCTACCGGAGAGTGCC;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=71;TCR=81;TR=149;WE=57335884;WS=57335866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr3	57348685	rs150487595	GA	G	801.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=20;PP=443;SC=TACATAACAAGAAAAAAAATT;SOR=1.547;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=20;WE=57348693;WS=57348675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	57388114	rs6445873	C	T	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=45;PP=1353;SC=GCCCCAAGTACGCACTCCACT;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=57388122;WS=57388104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	57394309	rs4681729	T	G	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=45;PP=1275;SC=TATAAAGACATTAAGATGGGA;SOR=1.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=57394317;WS=57394299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	57401030	rs9811855	A	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=387;SC=GTAACTCCCCAAACATTTGAA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=57401038;WS=57401020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	57404995	rs9870842	C	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=21;SC=ATTTCAGTTACCTGAAAAGGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=57405003;WS=57404985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	57405347	rs9833502	A	T	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=76;SC=TTAAAAACTTAAGTCTTCCCC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=57405355;WS=57405337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	57411006	rs75662476	ACT	A	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=397;SC=ATGGGATCTCACTCTGTCATC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=57411015;WS=57410996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	57414071	rs4681982	G	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=3;PP=123;SC=CTCACTAAATGTACATTGAGT;SOR=1.445;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=9;WE=57414079;WS=57414061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	57431721	rs374553614	AAAAT	A	1868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=9;PP=1237;SC=TCAAAAACATAAAATAAATAA;SOR=1.954;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=24;WE=57431732;WS=57431711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	57509103	rs6768974	T	C	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	57542173	rs2241988	C	T	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=22;PP=1238;SC=GAAGCTGAGCCGGGCTGAAGC;SOR=1.264;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=62;WE=57542181;WS=57542163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	57582718	rs57877028	GAAA	G	8302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=50;PP=2617;SC=GCGGGCGGAGGAAAAAAACAG;SOR=1.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=75;WE=57582728;WS=57582708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	57627500	rs9873675	T	C	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=27.02;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	57627580	rs9816093	A	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=256;SC=ACACAGATTGATTTTTCCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=57627588;WS=57627570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	57857439	rs111294347	A	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=11;PP=297;SC=AGTACAGAGTATTTTTCACAT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=57857447;WS=57857429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	57994719	rs1658338	T	A	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=56;PP=1524;SC=CAGGGGTGGGTTATAGGGGGC;SOR=3.706;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=7;TCR=56;TR=62;WE=57994727;WS=57994709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	58089516	rs6445945	A	G	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=141;SC=TAGCTTTGAAATAATCTCCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=58089524;WS=58089508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	58089594	rs3215311	GT	G	1523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=7;PP=749;SC=TTTATGTTTTGTTCAGTGTGG;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=58089602;WS=58089584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	58089851	rs1522385	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=24.41;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	58089877	rs1522386	A	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=25.29;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	58092346	rs2177153	A	G	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=18;PP=1135;SC=GAGCTGTCGTAACATAGAATA;SOR=1.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=58092354;WS=58092336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	58112440	rs2362903	A	G	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=29;PP=905;SC=TTCCTTTCGCACCGGGGGATT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=49;WE=58112448;WS=58112430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	58121626	rs6445948	T	A	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=25;PP=1845;SC=AGGCACTAATTGGAAAATATG;SOR=1.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=90;WE=58121634;WS=58121616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	58127827	rs34336464	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=461;SC=GTAATAAGATCACCTTTGCGT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=58127835;WS=58127817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	58133803	rs66977380	AT	A	374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=1;PP=286;SC=TTCAAGGCTCATTTTTTTTTC;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=16;WE=58133811;WS=58133793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	58140768	rs13075269	G	A	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=24;PP=590;SC=ATGTGTATGGGCACATGGGAC;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=58140776;WS=58140758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	58145263	rs12634123	G	A	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	58154177	rs13079906	G	A	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=42;PP=1797;SC=GTATCCAGTCGGAATTCTTTA;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=93;WE=58154185;WS=58154167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	58155230	rs9870243	C	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=12;PP=1137;SC=CCTGGGGTTACTGTGTAGGGT;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=58155238;WS=58155220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	58156176	rs4681660	G	A	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=3;PP=605;SC=TAATTGCCACGCTCTCCCACC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=58156184;WS=58156166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	58179028	rs3732630	T	C	5772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=41;PP=2287;SC=CTAACTCATCTTTCCAGGACA;SOR=1.028;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=74;TCR=41;TR=115;WE=58179036;WS=58179018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr3	58179318	rs9812109	C	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=439;SC=CCTGTGACCCCAAAGGACAGT;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=58179326;WS=58179308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	58186719	rs3772985	C	A	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=16;PP=761;SC=CACAGCAGTCCTCACCTCCGC;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=58186727;WS=58186709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	58186911	rs4234389	A	G	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=20;PP=661;SC=GAGGGAAACCAGCTGTCCCCT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=58186919;WS=58186901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	58194051	rs3732631	C	A	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.695;SC=AAAGAGAATTCCCAGGGGTTT;SOR=0.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=73;WE=58194059;WS=58194041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr3	58196639	rs2292677	C	T	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=28;PP=800;SC=GACATCCTGGCGCTGCTCTGG;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=58196647;WS=58196629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	58270963	rs6774235	T	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=32;PP=1474;SC=TGAATGTCTCTTTGGGCCCCT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=70;WE=58270971;WS=58270953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	58303123	rs1473971	G	A	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=23;PP=919;SC=CTGTGCTTCAGTGTGGTTTCT;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=58303131;WS=58303113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	58351660	rs111264652	C	CT	169.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr3	58416538	rs4264746	T	C	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=33;PP=1465;SC=CATTGGGCCCTCTGAAGACTA;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=58416546;WS=58416528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	58484521	rs9853873	T	C	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=63;PP=2192;SC=TGAGTGCTTCTTGGAGATGCA;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=56;TCR=63;TR=118;WE=58484529;WS=58484511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr3	58510439	rs116616864	C	T	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=318;SC=CCAGCCTTCCCGTGGGAGAGC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=58510447;WS=58510429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	58512325	.	G	C	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=35;PP=1087;SC=GCACATCTCAGCTCCCTGGGT;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=58512333;WS=58512315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	58520306	rs7611026	G	C	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=44;PP=1530;SC=CTGGCACCTTGAAATCTTCTC;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=77;WE=58520314;WS=58520296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	58520859	rs4681862	A	G	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=32;PP=1049;SC=TCTGGTGACTATGGAGAGACA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=58520867;WS=58520849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	58552950	rs1139701	C	T	4585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=46;PP=1560;SC=TCAGCCTCTGCTGCCGTCTCA;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=96;WE=58552958;WS=58552940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	58575110	rs6445991	A	G	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=28;PP=814;SC=GACTGGTCAGAGTCAAAGTCC;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=58575118;WS=58575100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	58575158	.	ATG	A	46	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=46;QD=18.3333333333;SC=TTTGGAATGGATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=3;WE=58575167;WS=58575148;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,3:0.17:18
chr3	58621935	rs6791782	C	T	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=0;PP=289;SC=TTTAAGGCCCCTGGGAGGTGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=58621943;WS=58621933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	58625975	rs3749287	C	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	58631184	rs111621495	G	GAAATA	778.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.02;MQRankSum=0.500;QD=38.94;ReadPosRankSum=0.608;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr3	58635197	rs9811989	G	A	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=29;PP=963;SC=AACTAAAAATGCCTTGCCACT;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=58635205;WS=58635187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	58703383	.	G	GA	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=6.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.461;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr3	59908126	rs1385816	A	G	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=48;PP=1381;SC=TGGGAAGAACATGGACGTGAA;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=59908134;WS=59908116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	59908265	rs2276732	A	C	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=132;SC=TTTCAGAGGAAGTTGATATCC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=59908273;WS=59908255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	59997112	rs1130972	G	A	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=67;PP=2260;SC=CAGTCTGTCCGGCTTCGGGGC;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=55;TCR=68;TR=122;WE=59997120;WS=59997102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	59999690	rs13067835	T	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=11;PP=683;SC=TGCCGGGATATGAAAGGGAAG;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=59999698;WS=59999680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	60522571	.	C	CA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.36;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,18:0.17:106
chr3	60898271	rs6793737	G	A	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=13;PP=1032;SC=ACAGGATATAGATTTATAAAG;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=51;WE=60898279;WS=60898261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	60898434	rs11130795	T	C	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=57;PP=1858;SC=TTCTCACAATTTGCAGAAACT;SOR=0.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=92;WE=60898442;WS=60898424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	61911417	.	TA	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.813;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr3	62229553	rs1352882	C	T	3605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	62355666	rs3215030	G	GT	490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=142;SC=CTCTGCTATAGTTTTTTTTTC;SOR=2.200;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=15;WE=62355674;WS=62355656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	62385269	rs79260062	G	A	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=38;PP=1170;SC=TTCTAAGGAAGGAAAAGATAC;SOR=1.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=63;WE=62385277;WS=62385259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	62431415	rs6791296	T	C	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	62459828	.	A	ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTTT	42	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.59;FR=0.4886,0.5114;HP=18;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=27;MQ=54.19;NF=4,4;NR=0,0;PP=11,42;QD=3.5;SC=AAAAATCTGTATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4,4;WE=62459836;WS=62459818;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.40:10
chr3	62477233	rs5007494	A	C,AACAC	450.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=30.05;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,9:0.40,0.60:15
chr3	62498378	rs1376917	G	A	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=23;PP=921;SC=AAAACTGAATGTAACTCAACA;SOR=1.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=62498386;WS=62498368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	62543263	rs76364972	T	C	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	62556622	rs833663	A	G	6380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=71;NR=72;PP=2697;SC=ACCTAAGGGAAAGGAGAAAGA;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=143;WE=62556630;WS=62556612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	62612013	rs2248008	C	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=0;PP=622;SC=CAAGCTGGCACGGATTTACTA;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=62612021;WS=62612003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	62612280	rs2367310	C	T	4456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=82;PP=2298;SC=GAAGGAAGAACGTCTTAAATT;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=28;TCR=82;TR=110;WE=62612302;WS=62612270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	62612294	rs2367311	T	C	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=71;PP=2085;SC=TTAAATTTGCTAAGCCTTTTT;SOR=1.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=23;TCR=71;TR=94;WE=62612302;WS=62612270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	62612309	rs2367312	G	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=57;PP=1693;SC=CTTTTTTGTTGTACAAAGAAG;SOR=1.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=74;WE=62612317;WS=62612299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	62612342	rs2248023	T	C	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=35;PP=972;SC=ACGTTTGGAGTTCCTTCTGCA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=62612350;WS=62612332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	62612385	rs1349591	G	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=108;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=458;SC=TTACTAACATGGTTTTTACTG;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=62612393;WS=62612375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	62631553	rs4588354	G	T	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=37;PP=1083;SC=GAGGTTATTGGCAAGGCCCCT;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=62631561;WS=62631543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	62636826	rs4688302	C	T	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=23;PP=614;SC=GGTCTTTGTCCCATGGCCCAG;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=62636834;WS=62636816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	62647928	rs6770658	A	G	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=4;PP=749;SC=TCAATAATCAATGTGCTTCCT;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=62647936;WS=62647918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	62739092	rs478123	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	63437858	rs6806334	T	C	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=62;PP=1685;ReadPosRankSum=-0.885;SC=GTGCATTCTATGTAATACTGA;SOR=1.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=95;WE=63437866;WS=63437848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr3	63437977	rs6793874	C	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=345;SC=TTTAAAAATCCCTCAAAAGTG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=63437985;WS=63437967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	63649259	rs7612738	G	T	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=7;PP=330;SC=CTTGGGGGTGGTGAGTGAGTT;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=63649267;WS=63649249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	63649492	rs7634688	A	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=18;PP=584;SC=TTTCTTTATAAATCACTCAGT;SOR=0.899;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=29;WE=63649500;WS=63649482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	63821914	rs2637982	C	G	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=13;PP=667;SC=GAAATGCCTACGGTAGTTTTC;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=63821922;WS=63821904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	64133350	rs27673	A	G	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=49;PP=1454;SC=AGTGTTGGCCATCATAGGTCA;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=77;WE=64133358;WS=64133340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	64184685	.	C	CT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.838;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr3	64431140	rs114898153	C	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=589;SC=CCTCGGCGGCCGCTGGCCTGG;SOR=4.174;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=64431148;WS=64431130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	64518994	rs1017537	T	C	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=102;PP=2965;SC=TGTGATGTCCTCAAAAAAGCA;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=44;TCR=102;TR=146;WE=64519002;WS=64518984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	64526610	rs11130970	G	A	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=159;SC=GACTATCCTCGCTGCACTGTA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=64526618;WS=64526604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	64526651	rs3841969	CCAATGTG	C	630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=551;SC=TCCATACTAGCCAATGTGCAA;SOR=2.448;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=64526665;WS=64526641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	64526717	rs3796384	G	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	64526942	rs3796383	A	C	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=20;PP=989;SC=AGGATGGGAAAGCATTTCCAG;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=64526950;WS=64526932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	64527321	rs1373163	T	C	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=19;PP=696;SC=TCACAAAAAATAGGGTGTGAT;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=64527329;WS=64527311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	64527336	rs1036919	C	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=13;PP=563;SC=TGTGATGATCCGAGATGTGAA;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=64527344;WS=64527326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	64527378	rs1036918	G	A	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=9;PP=650;SC=GACATTGTTCGCACTAAAACT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=64527386;WS=64527368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	64527465	rs1036917	C	T	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=25;PP=1341;SC=TGAACAAAGACATCCTGTTCT;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=64527473;WS=64527455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	64547483	.	CG	GG	197	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000,0.5000;HP=13;HapScore=4;MGOF=21;MMLQ=7;MQ=58.84;NF=0,0;NR=6,12;PP=61,197;QD=14.3333333333;SC=TTTGGGGGGGCGGGGGGTGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=6,12;WE=64547491;WS=64547473;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr3	64547483	.	CG	CGG	197	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000,0.5000;HP=13;HapScore=4;MGOF=21;MMLQ=7;MQ=58.84;NF=0,0;NR=6,12;PP=61,197;QD=14.3333333333;SC=TTTGGGGGGGCGGGGGGTGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=6,12;WE=64547491;WS=64547473;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr3	64633504	rs12715589	A	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=3;PP=413;SC=ATATTATGCAAGCTAAAACAG;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=64633512;WS=64633494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	64640206	rs11326156	TA	T	7289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=40;PP=2687;SC=AAACATGTAGTAAAACGGTTT;SOR=0.879;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=70;WE=64640220;WS=64640196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr3	64640212	rs59517147	G	T	7461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=40;PP=1990;SC=GTAGTAAAACGGTTTTAGCCA;SOR=0.897;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=97;WE=64640220;WS=64640196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	64641150	rs6768305	C	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=8;PP=771;SC=AGTGCCTAAGCTGAGAAACCC;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=64641158;WS=64641140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	64667059	rs73124286	G	T	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=57;PP=1680;SC=AAGAGAGATGGGAGGTTGATT;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=91;WE=64667067;WS=64667049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	65351331	rs74697679	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=161;SC=GACTGAAACTCGTCATACATT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=65351339;WS=65351321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	65353448	rs7634490	G	A	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=24;PP=707;SC=TTTGGTTTACGTAGGAATCAT;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=65353456;WS=65353438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	65416648	rs4688566	C	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=32;PP=999;SC=TAATTCTTCACGCTTATGCCC;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=65416656;WS=65416638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	65439050	.	GAA	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=0.515;SOR=1.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr3	65456198	rs57455654	G	GA	69.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.431;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	65464625	rs7636096	G	A	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=109;SC=TGGGTTAGAAGAGATATCTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=65464633;WS=65464615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	65583600	.	TGG	T	822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;MQRankSum=0.452;QD=34.28;ReadPosRankSum=1.447;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr3	65595659	.	A	AATAGACCATTCTGAGGTAGAAGGAAAGGAAGGAAAGAGAGAAGGGGAAGGAACTGGGAGAAGAGAAGGGGAGAGGGAGAGAGGAAGGGAAAGAG	552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=33.015;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=39.48;ReadPosRankSum=-2.777;SOR=4.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,9:0.64:14
chr3	65607592	rs112243102	T	TCA	235.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.52;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr3	65607637	rs3749455	A	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=368;SC=GCCAAAGTCCAACTACTTACA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=65607645;WS=65607627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	66023592	rs28696109	A	G	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=10;PP=1083;SC=GGAGGGAAGCAGGAAATCGAG;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=66023600;WS=66023582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	66287056	rs146159281	G	A	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=41;PP=1412;SC=CAAGGATTTAGTAAGGCTGGT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=66287064;WS=66287046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	66293766	rs66918103	T	C	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=27;PP=857;SC=TATAAAATACTTCAGAAATGC;SOR=1.123;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=44;WE=66293774;WS=66293756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	66293851	rs1678092	T	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=181;SC=AAGTCATAAATGGCAATAAAT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=66293859;WS=66293841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	66354911	rs813636	G	C	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=45;PP=2143;SC=GGGGAGGCTTGTGAGCTTCTG;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=105;WE=66354919;WS=66354901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	66419793	rs11277069	CCAGGTGTA	C	1628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=7;PP=2662;SC=CTTCAATCAGCCAGGTGTACA;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=23;WE=66419808;WS=66419783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	66419942	rs1129179	A	G	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	66419956	rs13874	C	T	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=50;PP=1606;SC=ACAAGAATTACGCTGGCAAAG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=92;WE=66419964;WS=66419932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	66421147	rs332378	T	C	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=45;PP=1339;SC=TTTCTATTTATTGTGCAAAAT;SOR=1.533;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=62;WE=66421155;WS=66421137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	66428282	rs1046844	C	T	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=25;PP=733;SC=GCCTGCAGTGCAAACCCTCTT;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=66428290;WS=66428272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	66430811	rs2279290	T	G	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=44;PP=2181;SC=AAGCAAGTACTGGGCTTCCGC;SOR=1.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=75;TCR=44;TR=119;WE=66430819;WS=66430801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	66432680	rs332371	A	G	5982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=54;PP=2341;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TCTGCTTCACAGTTACTGAGG;SOR=0.333;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=133;WE=66432688;WS=66432670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr3	66433312	rs900172	A	G	249.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.21;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr3	66433676	rs900171	A	G	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=85;PP=2965;SC=TCAGGGGTCAAGTGGTGCCGC;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=65;TCR=85;TR=150;WE=66433684;WS=66433666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	66433937	rs9872772	T	G	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=161;SC=GCATCTGAGATTCTGTCTCAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=66433945;WS=66433927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	66434372	.	TCA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr3	66444330	rs67550176	T	C	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=644;SC=AAGAAATAAATTGCATCCAGC;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=66444338;WS=66444320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	66444615	rs6793110	G	A	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=785;SC=GGAAGCTGTCGCTGCTGATAT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=66444623;WS=66444605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	66451907	rs12494912	T	C	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=16;PP=894;SC=ATTAGTCACATTGACCTGTTT;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=66451915;WS=66451897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	66455797	rs3796148	T	C	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=31;PP=718;SC=TGAAGTCCCCTGGGTGCATGC;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=66455805;WS=66455787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	66463251	rs4856924	G	A	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.76;SOR=2.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	66463254	rs12493943	C	G	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.20;SOR=2.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	66465259	rs4856928	T	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=135;SC=AAGGAAAGGGTGGCGTTTGGT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=66465267;WS=66465249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	66550756	rs1403625	G	C	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.39;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	66550762	rs1403626	G	C	4027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.85;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	67048762	rs4856833	T	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=180;SC=ATAGCTGGAGTCGGGGCCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=11;WE=67048770;WS=67048752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	67054649	rs13096789	T	C	5799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=70;PP=2459;SC=TAGAGAGAATTGTTGGACGAC;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=145;WE=67054657;WS=67054639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	67276059	rs9868022	G	T	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=188;SC=GGGAAATGGAGAGTAACCACT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=67276067;WS=67276049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	67411103	rs902320	C	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=8;PP=238;SC=TGGTGGGCGACGTTCTCTTGG;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=67411111;WS=67411093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	67411166	rs902321	A	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.06;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	67459492	rs9824745	G	T	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=26;PP=719;SC=AAGATATCTTGTATAGGTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=67459500;WS=67459482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	67548852	rs7630024	G	A	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=112;SC=AGGCAGGAGAGGCTGCTTTGG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=67548860;WS=67548842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	68587884	rs3828366	A	C	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=19;PP=1017;SC=TTGCAAACACAGTTGTTTCCT;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=68587892;WS=68587874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	68606548	rs7616164	G	T	6638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.322;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.666;SC=TATTGTGCCTGTTGAGAACCA;SOR=0.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=78;TCR=92;TR=167;WE=68606556;WS=68606538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr3	68782213	rs6549143	A	G	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=23;PP=1505;SC=ATTTTCTGCAAAGGGGCCATG;SOR=1.261;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=69;WE=68782221;WS=68782203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	68788363	rs1504301	G	T	5430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=83;PP=2367;SC=GGAAAACAAAGGCCAAATAAT;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=51;TCR=83;TR=134;WE=68788371;WS=68788353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr3	68788465	rs1504300	G	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=575;SC=TTAAATTTACGGTTGGTAAAT;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=68788473;WS=68788455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	68801921	rs9835691	T	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=6;PP=854;SC=CAACCCTAGGTTTCTTTGGGT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=68801929;WS=68801911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	68934477	.	CA	C	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.458;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr3	69036524	rs200861184	G	GA	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.442;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr3	69036707	rs4855542	G	A	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=44;PP=1430;SC=GCATATGCCTGGGTAGATGAA;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=78;WE=69036715;WS=69036697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	69037633	rs9310136	G	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=6;PP=295;SC=AAATATGAATGCTAATGGTAG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=69037641;WS=69037623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	69038217	rs4855543	A	G	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=22;PP=635;SC=AGGATATAACATGACTTTTCA;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=69038225;WS=69038207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	69053447	rs9860095	A	T	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=11;PP=734;SC=AACATTTTCCATTTGAGAGTC;SOR=1.314;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=69053455;WS=69053437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	69091640	rs9985501	C	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=7;PP=522;SC=CCCAGAGTTACACACTTTGAA;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=69091648;WS=69091630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	69093598	rs2271118	T	C	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=108;SC=AGTATACAGGTTTCCAGAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=69093606;WS=69093588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	69096614	rs2292199	G	A	6138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=76;PP=2772;SC=TTATTGGTGTGGAAGAAACCA;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=149;WE=69096622;WS=69096604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	69104695	rs6549179	T	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=12;PP=307;SC=GAAAAAATATTATTAATACAA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=69104715;WS=69104685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	69104752	rs6549180	C	T	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=167;SC=AAACAAACTACAGAGTATTAC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=69104760;WS=69104742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	69137219	rs3853158	C	T	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=223;SC=TTTTTTTTATCATTAAACCTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=69137227;WS=69137217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	69137539	rs3853159	T	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=492;SC=TGTTCAACAATGGTTCCATCC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=69137547;WS=69137529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	69153854	rs7038	G	T	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=40;PP=1791;SC=CCAGACCTATGTTCTGCTTGC;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=90;WE=69153862;WS=69153844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	69153935	rs11128112	A	T	6103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=57;PP=2567;SC=CCGAACTATTATCAGCTCTGA;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=87;TCR=57;TR=144;WE=69153943;WS=69153925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr3	69225588	rs11128118	T	G	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=12;PP=605;SC=ACCCCTGAACTAGATTATCTG;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=69225596;WS=69225578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	69225875	rs9872199	T	A	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=178;SC=TTAAGGTCATTCAGAGGTACA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=69225883;WS=69225865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	69229976	rs12054011	G	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=8;PP=475;SC=CATGATCCGTGAGGCGGTTTT;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=69229984;WS=69229966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	69230026	rs9818314	T	C	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=16;PP=711;SC=ATCCAGGTGTTGCGTGTTTTT;SOR=1.146;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=69230034;WS=69230016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	69230061	rs9831516	G	A	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=25;PP=1361;SC=TGAAGAGTACGAGGATGCACG;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=69230069;WS=69230051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	69230801	rs9836305	G	A	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=32;PP=883;SC=CGGAGAGCAGGTGGGACTGGG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=69230809;WS=69230791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	69242770	rs11310698	CA	C	1500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.904;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=623;ReadPosRankSum=3.103;SC=GTAGGGGACTCAAAAAAAAAA;SOR=0.410;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=43;WE=69242778;WS=69242760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,78:0.95:82
chr3	69244162	rs9853587	G	A	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=16;PP=965;SC=GCTCAGAGGCGTTGTTCATAC;SOR=1.320;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=69244170;WS=69244152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	69245454	rs9310141	T	C	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=63;PP=2275;SC=TGACTTTTCGTCTCCAGTGTC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=124;WE=69245462;WS=69245444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	69245623	rs73095903	A	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=22;PP=604;SC=GTTAACATACAATAAAAATAG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=69245631;WS=69245613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	69245949	rs9860235	G	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=352;SC=AAATCTCAGAGAGCAAAAATA;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=15;WE=69245957;WS=69245947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	69246152	rs13059488	A	G	6527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=74;PP=2965;SC=TGCACAAACAAGCCACTTTGC;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=79;TCR=74;TR=153;WE=69246160;WS=69246142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr3	69246274	rs13059687	A	G	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=68;PP=2039;SC=ATTGTAACAAAGCATGTTCCT;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=105;WE=69246282;WS=69246264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	69265291	rs7643175	T	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=5;PP=496;SC=GGCGACAAAGTGAGACTCCAT;SOR=2.019;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=69265312;WS=69265281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	69265304	rs77475566	C	CA	1440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=6;PP=460;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAACC;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=19;WE=69265312;WS=69265281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	69265371	rs62254460	G	C	5193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=41;PP=2192;SC=TGATTAACATGTTTTGAACAG;SOR=1.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=117;WE=69265379;WS=69265361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	69265580	rs71115661	CT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.549;QD=2.98;ReadPosRankSum=-2.278;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr3	69267578	rs4855301	A	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=5;PP=135;SC=TAGTTAGAGGACCCTTTTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=69267586;WS=69267568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	69271206	rs6549189	T	C	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=28;PP=909;SC=GTAGATAGAGTTTGGCTTTTG;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=69271214;WS=69271196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	69273656	rs9848940	G	T	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=29;PP=1707;SC=GATTGGCAATGTGATATTTTT;SOR=1.377;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=89;WE=69273664;WS=69273646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	69336695	rs4855380	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=461;SC=CAGGATTCCCGTGCAGATGGT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=69336703;WS=69336685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	69336740	rs4855381	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	69351460	rs34523072	AAG	A	3633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=27;PP=2073;SC=ACAGCAAAAAAAGAGGGATGC;SOR=0.924;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=69351469;WS=69351450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	69359728	.	CACACAGAGAGAGAGAG	C	395	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=21;MQ=58.79;NF=1;NR=30;PP=395;QD=12.8387096774;SC=CACACACACACACACAGAGAG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=31;WE=69359753;WS=69359718;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,31:0.94:33
chr3	69359730	rs142506790	CACAGAGAGAGAGAG	C	452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.783;NF=1;NR=30;PP=1051;ReadPosRankSum=2.963;SC=CACACACACACACAGAGAGAG;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=31;WE=69359753;WS=69359718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr3	69362706	rs1483895	C	T	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=68;PP=1992;SC=GTCAGGGCCACGGCTGGCAAG;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=107;WE=69362714;WS=69362696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr3	69988437	.	G	GT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
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chr3	71008341	rs112773801	G	GT	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr3	71015021	rs7638391	G	T	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=596;SC=GCAAAGACCTGTTGGGTGGAC;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=71015029;WS=71015011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	71019750	rs9874207	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=4;PP=405;SC=CCAGGGAGTATGATGCTTTGT;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=71019758;WS=71019740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	71036994	rs6802472	A	G	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr3	72495593	rs11460842	T	TA	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.321;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr3	72495777	rs13066407	C	G	3626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	72495945	rs13088771	A	G	7268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=97;PP=2965;SC=ACTGGAAGAGAGAGCGAGGAA;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=71;TCR=98;TR=168;WE=72495953;WS=72495935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr3	72895449	.	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=0.882;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr3	73004157	rs1532190	T	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=7;PP=914;SC=GTAGCATTATTTACCTATCAG;SOR=1.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=73004165;WS=73004147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	73016974	rs3821379	A	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=34;PP=960;SC=CCCAAAGCATAGAGTTATACC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=73016982;WS=73016964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	73024350	rs1052278	C	A	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.434;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=60;PP=1711;ReadPosRankSum=-0.504;SC=TGTCTTGTGACCAAGGAAATA;SOR=0.550;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=104;WE=73024358;WS=73024340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr3	73046508	rs9834246	G	C	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=12;PP=633;SC=GGGGACGAGTGGCGGACCCGC;SOR=1.107;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=35;WE=73046516;WS=73046498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	73046544	rs9310254	T	C	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	73046561	rs9873229	C	T	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	73096591	rs71277513	A	ATAAT	1288.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=1145;SC=TGTCTGGTTGATGATTGATTA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=73096599;WS=73096581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	73110076	rs726029	G	A	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	73111368	rs2231924	T	C	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=13;PP=1190;SC=GAACCAATTTTCCACAATGTC;SOR=1.429;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=73111376;WS=73111358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	73111809	rs2231926	A	G	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.229;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=68;PP=2380;ReadPosRankSum=-1.176;SC=TTTGATAGGCATTGCGGCTGG;SOR=0.401;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=129;WE=73111817;WS=73111799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr3	73111973	rs2231928	A	G	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=59;PP=2214;SC=GCTCAAGACCATGGGTTGGAG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=120;WE=73111981;WS=73111963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	73111998	rs1060584	C	T	4903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=59;PP=2304;SC=AATGTTCACACTTCTATTTGG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=116;WE=73112006;WS=73111988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	73112919	rs3841614	T	TA	1787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=1064;SC=AGATTTTTAATACCTACAGAG;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=73112927;WS=73112909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	73112974	rs11708712	A	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=17;PP=496;SC=TGTACTTTTTAAAAATTGGGC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=73112982;WS=73112964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	73433369	rs3205537	G	A	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=29;PP=1126;SC=GATGCCCTCCGCCGCTCTCCT;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=73433377;WS=73433359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	73433494	rs13091636	T	C	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=30;PP=1056;SC=CGGTGATATCTGAGAGCTCGT;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=73433502;WS=73433484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	73437112	rs6549532	A	G	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=25.45;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	73440108	rs35427155	G	GA	1105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.13;ReadPosRankSum=1.365;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,55:0.90:61
chr3	73453201	rs2291464	C	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	73453325	rs2291463	C	T	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=19;PP=822;SC=AGGGATCCAGCACGGGTGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=73453333;WS=73453315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	73651383	rs6809923	A	T	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=11;PP=841;SC=GGGAAAAGTGAGACTCCCGCT;SOR=1.574;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=73651391;WS=73651373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr3	75788146	rs200842088	G	T	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=37;PP=1736;SC=TCATTACATTGAAAAGTCTGC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=75788154;WS=75788136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr3	75986663	rs12171318	C	A	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.243;NF=16;NR=11;PP=434;ReadPosRankSum=0.180;SC=AAGACATGAACGTGTCACTAG;SOR=0.289;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=27;WE=75986671;WS=75986653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr3	75986686	rs62269817	A	G	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=8.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQRankSum=-6.081;QD=21.06;ReadPosRankSum=0.647;SOR=0.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr3	75986695	rs79015247	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQRankSum=-2.251;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,16:0.19:84
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chr3	75986794	rs80235520	G	A	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=3.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-10.681;NF=6;NR=23;PP=438;ReadPosRankSum=-2.390;SC=AGTTGGATGCGAATTTCACTT;SOR=1.418;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=29;WE=75986802;WS=75986784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,48:0.28:171
chr3	75986813	rs77101234	T	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=6.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-11.896;QD=5.53;ReadPosRankSum=-3.656;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,30:0.19:157
chr3	75986833	rs73123284	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=7.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-11.190;QD=2.37;ReadPosRankSum=-4.570;SOR=1.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,15:0.12:127
chr3	75986874	rs7610755	G	C	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=27;PP=801;SC=CCAGGTTTTTGTTACACGGTA;SOR=0.920;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=45;WE=75986882;WS=75986864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	76484183	rs3849491	T	C	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=71;PP=1720;SC=TGATTGAGGATGCAGAGCTGA;SOR=1.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=102;WE=76484191;WS=76484173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	77607070	rs5850333	A	AC	2972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=19;PP=1344;SC=ATGTTAAAATACCTGAAAAGA;SOR=1.127;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=32;WE=77607078;WS=77607060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	77645946	rs35328861	CT	C	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr3	77646007	rs1523750	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=254;SC=GTATTTACTCCCATAATTAAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=77646015;WS=77645997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	77651695	rs3732916	A	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=31;PP=1223;SC=TTTGTGCATGAGATAGAAATT;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=77651703;WS=77651685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	77651985	rs9852724	C	T	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=26;PP=1461;SC=TCCACTCTCCCACAACATCTG;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=58;WE=77651993;WS=77651975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr3	78666765	rs9839790	T	C	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=5;PP=804;SC=CCCAGCTTGGTGAAAAGTGTT;SOR=2.004;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=78666773;WS=78666755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr3	78676391	rs11713043	C	T	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=4;PP=303;SC=AAAATTACTTCGTGGGATAGC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=78676399;WS=78676381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	78676422	rs7614084	G	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr3	78680578	rs6548592	T	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=503;SC=GAGATAAACATGCTTTTTCAT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=78680586;WS=78680568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	78700779	rs3925684	C	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=3;PP=614;SC=TATATTAAAACAAGTTTTAGA;SOR=2.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=78700787;WS=78700769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	78709068	rs76880412	CTTTT	C	437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=111;ReadPosRankSum=-0.134;SC=TCAATATATGCTTTTTTTTTT;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=10;WE=78709079;WS=78709058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr3	78711350	rs9864412	T	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	78711394	rs11359455	GA	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	78717508	rs2255164	G	A	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=32;PP=1154;SC=ACAGATAAGCGGATAAATGCA;SOR=1.159;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=52;WE=78717516;WS=78717498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	78737962	rs967454	G	A	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=44;PP=1247;SC=TTAAAAGCACGTTGTTATTGT;SOR=1.561;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=58;WE=78737970;WS=78737952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	78796078	rs2304503	C	A	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=29;PP=806;SC=AATCATTATACCCAAAAGTGA;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=78796086;WS=78796068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	81584268	rs60133692	CT	C	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.181;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
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chr3	81810702	rs11391701	A	AG	776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=464;SC=GAGGCCCGAGAGGTCGAGTGG;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=81810710;WS=81810692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	87100309	rs2575753	T	C	10145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=130;NR=102;PP=2965;SC=ACCACCTTTCTATCTTGAAAC;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=130;TCR=102;TR=232;WE=87100317;WS=87100299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr3	87100434	rs7619398	G	A	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=76;PP=2256;SC=CCATTTTCTTGGATCATAATA;SOR=2.174;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=108;TCF=30;TCR=78;TR=101;WE=87100442;WS=87100424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	87100893	rs2256481	G	A	2275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	87295049	rs11540913	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=18;PP=546;SC=CAATGTCTACTACAGCAAAAG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=87295057;WS=87295039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	88188420	rs9813894	G	A	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=6;PP=564;SC=ACAGCTCTCAGTACTTCCAAA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=88188428;WS=88188410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	88189341	rs7653652	T	C	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=49;PP=1732;SC=AGTCACAGGATATTTCAGGCT;SOR=1.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=88189349;WS=88189331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	88189945	rs61730543	T	A	10872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=128;NR=120;PP=2965;SC=ATGGCTTAATTTTAACAAAAC;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=128;TCR=120;TR=248;WE=88189953;WS=88189935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr3	88190768	rs7432826	C	A	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=29;PP=1014;SC=ATAAAACTTGCATTAACAGAT;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=88190776;WS=88190758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	88190809	rs7432838	C	T	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=27;PP=837;SC=CTGATGAAAACGGTTCAGAAA;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=45;WE=88190817;WS=88190799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	88199179	rs6551277	T	C	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=52;PP=2214;SC=TTGTTGCCGTTGTCTTTCCCC;SOR=0.996;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=133;WE=88199193;WS=88199169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	88199185	rs11374933	T	TC	6117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.265;NF=33;NR=55;PP=1604;ReadPosRankSum=1.187;SC=CCGTTGTCTTTCCCCCCCAGT;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=88;WE=88199193;WS=88199169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,206:0.99:208
chr3	88199298	rs6551278	T	C	7114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=85;PP=2497;SC=TATGCGACACTGTCACCAACC;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=61;TCR=85;TR=146;WE=88199306;WS=88199288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr3	89456555	rs3792572	T	A	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr3	89480265	rs12639506	A	G	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.92;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	89498619	rs1028011	A	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=214;SC=CTCCTGGTTTATAACACTGAA;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=89498627;WS=89498609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	89521509	rs73139110	C	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=4;PP=520;SC=GAAAGGAACACCATATGAAGT;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=89521517;WS=89521499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	89521602	rs112297761	T	TC	5045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=30;PP=2055;SC=TTTGGTGTTTTTTTTCTTGCA;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=53;WE=89521610;WS=89521592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	89521693	rs35124509	T	C	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=53;PP=1476;SC=TAATGGTGTCTGGACAGCACA;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=92;WE=89521701;WS=89521683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr3	89521725	rs1054750	T	C	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.17;NF=27;NR=49;PP=1330;SC=TCTTCACGGGTGTGGAGTACA;SOR=1.161;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=89521733;WS=89521715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	89521820	.	TTG	T	908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=442;SC=TTGAACTTTCTTGGCTTGACA;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=89521849;WS=89521810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	89521824	rs371736339	CT	C	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	89521825	.	TTGACATGAAA	T	2940	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=10;PP=2940;QD=20;SC=CTTTCTTGGCTTGACATGAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=89521849;WS=89521810;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	89521828	rs376317195	AC	A	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	89521831	rs369749467	TGAAAG	T	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	89521838	rs200459033	TTTG	T	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	89528461	rs12631313	A	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=466;SC=CTAGAATATAACATCGTGCAA;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=89528469;WS=89528451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	89528477	rs12636710	G	A	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=10;PP=566;SC=TGCAAATTGTGCTAATTGAAA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=89528485;WS=89528467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	90264768	rs6803112	A	G	2136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	93605126	rs8178649	A	G	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=6;PP=516;SC=ATTCAAATCTATTACAGACAA;SOR=1.547;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=28;WE=93605134;WS=93605116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	93780109	rs61739170	G	C	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=61;PP=2089;ReadPosRankSum=-1.605;SC=CCTTGTGGAGGTTCCTTGAGT;SOR=1.054;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=100;WE=93780117;WS=93780099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr3	93813171	rs10934676	C	G	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=56;PP=1854;ReadPosRankSum=-0.540;SC=AACTGATGGACGCCCAGTAAT;SOR=0.348;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=96;WE=93813179;WS=93813161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr3	94225664	rs199949202	A	C	95.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=23.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	94225786	rs1906643	G	T	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=7;PP=692;SC=TTCTTTATATGCTGAAATAGC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=94225794;WS=94225776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	96728829	.	G	GT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr3	97194422	rs7624823	T	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=291;SC=AGGGATCCCATAAGAATCCAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=97194430;WS=97194412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	97365038	rs301948	G	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=8;PP=383;SC=TGAGCAGTGCGAGTCCAGCTC;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=97365046;WS=97365028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	97365074	rs301949	A	G	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=12;PP=381;SC=ACTGGTCCTCATGTGGAAGAG;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=97365082;WS=97365064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	97367230	rs3214668	C	CA	4184.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=1541;SC=CTACACCCAACTGGAGATAAT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=34;WE=97367238;WS=97367220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	97467361	.	ATC	A	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.257;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.457;SOR=1.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,16:0.16:99
chr3	97499654	rs10935082	T	A	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=77;SC=ACATTTCCTATTTTAAAAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=97499662;WS=97499644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	97541018	rs974572	C	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.77;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	97605677	rs831902	A	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=649;SC=AATAGATGACATACATTTTTC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=97605685;WS=97605667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	97611916	rs1506441	A	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=247;ReadPosRankSum=0.953;SC=GCAAAGCAAAAATGATTTGTT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=97611924;WS=97611906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr3	97619250	rs5851085	C	CAACTA	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=5;PP=761;SC=TTCAAAAAGACAGATTATGTG;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=12;WE=97619258;WS=97619240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	97651884	rs4857298	A	C	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=15;PP=849;SC=AATTCCCCAGACACAAGGATA;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=97651892;WS=97651874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	97660106	rs4857302	A	C	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=27;PP=1064;SC=TAGTGGAAAGAATACTCAGAT;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=97660114;WS=97660096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	97660198	rs832089	A	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=16;PP=497;SC=TCTGTTTTTTATTTTGAAAAC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=97660206;WS=97660188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	97664725	rs2172257	C	T	6351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=93;PP=2965;SC=TTTTCTTGAGCTTCATCCTTT;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=72;TCR=93;TR=165;WE=97664733;WS=97664715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr3	97673268	rs832079	A	C	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.358;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=840;ReadPosRankSum=1.687;SC=TCACGTGAGTAGAGTGGGCCA;SOR=0.507;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=52;WE=97673276;WS=97673258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr3	97726747	rs832032	T	A	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=42;PP=1086;ReadPosRankSum=0.869;SC=CATTGTAGGCTTCTAAAACAT;SOR=0.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=52;WE=97726755;WS=97726737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr3	97727727	rs832030	G	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=12;PP=961;SC=TTAAGAGCATGCTTATTTACA;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=97727735;WS=97727717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	97727753	rs832029	G	A	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=18;PP=1265;SC=GTATGTGATGGTGTGTTCAAA;SOR=1.493;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=61;WE=97727761;WS=97727743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	97805954	rs13082722	T	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=441;SC=AATAAAATGCTACCGCTTTGT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=97805962;WS=97805944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	97806616	rs4518168	G	A	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=34;PP=1464;SC=ACGCACTAATGATATTTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=97806624;WS=97806606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	97806999	rs6439602	T	C	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=22;PP=645;SC=TTTGCATAAATAAGTCAACAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=97807007;WS=97806989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	97851998	rs9845327	A	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=672;SC=TGTAGGTGGTATTCTTCATGC;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=97852006;WS=97851988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	97852083	rs9826076	C	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=8;PP=605;SC=TACTGTGACACTATCCCATTG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=97852091;WS=97852073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	97868419	rs4241468	G	A	5776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=92;NR=68;PP=2965;SC=CTTACTCCTTGGGAATTTAGC;SOR=0.916;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=94;TCR=69;TR=160;WE=97868427;WS=97868409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr3	97868795	rs4857076	A	G	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	97868970	rs12639519	T	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=3.482;NF=2;NR=8;PP=247;ReadPosRankSum=1.080;SC=ATCTCTTATCTGTATCTTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=97868978;WS=97868960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr3	97887865	rs4133320	G	A	10950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=26.26;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr3	97887985	rs4133321	T	A	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=62;SC=ATTAATCTTGTCATATATAGC;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=18;TCR=62;TR=80;WE=97887993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	97888042	rs4133322	A	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=25;PP=1002;SC=ATTCAGACTAACCTTCTGTAA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=97888050;WS=97888032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	97888197	rs7623031	C	T	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=40;PP=1282;SC=TTATATCTTACACATTTGTTC;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=78;WE=97888205;WS=97888187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	97888337	rs13082608	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=17;PP=797;SC=CCTGCATCTCCGCAAGCAGAT;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=97888345;WS=97888327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	97983040	rs4241470	C	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=10;PP=688;SC=TCAATTATAGCACTGATCAAA;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=97983055;WS=97983030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	97983117	rs4241471	A	G	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	97983257	rs2132894	C	G	8565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.42;QD=43.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr3	97983265	rs4241472	C	A	8418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.04;QD=45.02;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	97983374	rs4857358	A	G	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=64;PP=2965;SC=TTGGGAGTTTAGCCTTTGTGG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=142;WE=97983382;WS=97983364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	97983391	rs2173236	C	G	5736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=67;PP=2965;SC=GTGGATGCTTCGTTATCATCC;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=149;WE=97983399;WS=97983381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr3	97983561	rs9289564	G	C	9032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=109;PP=2965;SC=CATTTGCAAAGCTTTACTTTA;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=103;TCR=110;TR=212;WE=97983569;WS=97983551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr3	97983711	rs9853887	T	C	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=70;PP=1820;SC=ACACTTTTACTGTGACATTAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=34;TCR=70;TR=103;WE=97983719;WS=97983701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	97983942	rs9853906	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=11;PP=686;SC=TGGCCCCCTCACCTTCAAATA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=97983950;WS=97983932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	98002587	rs16839611	A	G	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=49;PP=1358;SC=TTATACAATCATAATTCCTTT;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=98002595;WS=98002577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	98225441	rs1132750	A	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=224;SC=GGCTGAAGTCATCTGAAGGCT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=98225449;WS=98225440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	98225660	rs3762660	T	G	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	98240317	rs142862428	T	TA	2620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=32;PP=1603;SC=GAAGATAAGTTAGAGTTTACG;SOR=1.148;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=35;WE=98240325;WS=98240307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	98250986	rs2230344	C	T	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=31;PP=1333;SC=TGTCTTCCTTCCAGTCTTTTA;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=98250994;WS=98250976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	98252027	rs1529047	G	A	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=375;SC=CAACAAAGAAGGAAGTGTTAA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=98252035;WS=98252017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	98304467	rs1729995	T	C	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=26;PP=843;SC=TGCCCCGCCGTTCTCCACGAT;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=98304475;WS=98304457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	98487121	rs3217579	TAGTG	T	1594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=5;PP=1135;SC=TCTGCACGTTTAGTGAGTATT;SOR=3.086;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=21;WE=98487132;WS=98487111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	98489686	rs1440153	A	G	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=24;PP=1330;SC=AGGGTGCCCGATTCTGGTTTC;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=71;WE=98489694;WS=98489676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	98489915	rs1440152	C	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=25;PP=897;SC=AAGTGGACACCCCATATTTAA;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=43;WE=98489923;WS=98489905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	98491619	rs2334230	G	T	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=14;PP=819;SC=AAATATAGTAGGTATTTGGCA;SOR=1.355;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=44;WE=98491627;WS=98491609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	98501128	rs3772101	A	G	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=34;PP=1028;SC=CTGTTTTCCCAGTCACTTTCA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=98501136;WS=98501118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	98503776	rs999147	A	G	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	98503941	rs62278486	G	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=19;PP=468;SC=ATGGTTTCTTGCCTTAATACA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=98503949;WS=98503931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	98518160	rs62821060	T	TA	1141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.543;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.30;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,59:0.89:66
chr3	98520602	rs9860216	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=322;SC=TCCTGTGTCCAAGTGTTCTCA;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=98520610;WS=98520592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	98531342	rs9814819	A	G	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.062;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=790;ReadPosRankSum=1.357;SC=AAAAAACAACAAAAAATTGGT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=98531350;WS=98531332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr3	98536571	rs1440150	T	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	98540931	rs9843214	T	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=363;SC=AGCACACTAATGTGAGTGCTT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=98540939;WS=98540921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	98541012	rs866873	G	A	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=21;PP=1368;SC=TCTTAGCCCAGTGCTACCCAG;SOR=1.504;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=98541020;WS=98541002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	98542485	rs142035943	G	GAAGAA	1162.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=643;SC=ATTCTGCTATGAAGTCATGCT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=98542493;WS=98542475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	98542536	rs9845558	A	G	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=5;PP=104;SC=AAGTAACACAATAATTCAGTA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=98542544;WS=98542526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	98544353	rs828622	G	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=9;PP=231;SC=TAAAAACTTTGCCAACTTTTG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=98544361;WS=98544343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	99536937	rs1718240	C	T	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=58;PP=1535;SC=GGAGCCCTTCCGTGCGCCTCA;SOR=1.882;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=79;WE=99536945;WS=99536927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	99904783	rs12629505	G	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=321;SC=GGCACCATACGTGAGAATGGT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=99904791;WS=99904773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	100238231	rs67473840	ATG	A	694.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.7452;FS=5.699;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.521;NF=12;NR=4;PP=671;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GTGTGTGTGCATGTGTGTGTG;SOR=2.400;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=16;WE=100238242;WS=100238221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,25:0.86:29
chr3	100354683	rs1520652	G	A	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=38;PP=1050;SC=AAAACTCACAGAGCTTTAAAA;SOR=1.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=100354691;WS=100354673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	100354698	rs1718281	T	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.968;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.85;ReadPosRankSum=0.454;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr3	100368425	rs7622958	A	G	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=84;SC=TACAAAAGGAAGATATATCTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=100368433;WS=100368415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	100368692	rs1144118	A	G	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=46;PP=1307;SC=AGAAATTGCTATCTTGATATA;SOR=1.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=100368700;WS=100368682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	100374740	rs9866111	T	C	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=17;PP=653;SC=CTTTATCACATAGGAGTCCCA;SOR=0.886;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=100374748;WS=100374730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	100432752	rs9824942	A	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	100463651	rs377381727	TTG	T	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=-1.567;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,24:0.12:203
chr3	100467018	rs11353	T	C	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=36;PP=2355;SC=AGACTGGACCTCAACAACCTC;SOR=1.373;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=74;TCR=37;TR=110;WE=100467026;WS=100467008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	100473505	rs10936352	C	T	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=63;PP=2094;SC=CTTCACCAAGCGGGTTTTTGG;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=119;WE=100473513;WS=100473495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	100565031	rs6774830	G	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=261;SC=GAACATTGCTGAGAGCAATGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=100565039;WS=100565030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	100567592	rs6773877	T	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=13;PP=505;SC=TATAAGAAAATGGACATTGTC;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=100567600;WS=100567582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	100567799	rs6807452	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=256;SC=TTTGCAAACTCCAAGTACAAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=100567819;WS=100567789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	100567811	rs6771476	A	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=139;SC=AAGTACAAGAACTGCTTTATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=100567819;WS=100567789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	100570787	rs60146880	T	TAAA	1059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.64;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,36:0.84:43
chr3	100581261	rs10567225	AT	A	771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=202;ReadPosRankSum=-0.670;SC=TTTGCTGAAGATTTTTTTTTT;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=15;WE=100581270;WS=100581251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr3	100581351	rs75098731	T	G	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=257;SC=ACCAATACAATAAAAAGTCAT;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=100581359;WS=100581341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	100594326	rs3839090	CGGCATA	C	5029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=30;PP=2210;SC=TGCTTAATCTCGGCATAGATT;SOR=0.903;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=37;WE=100594339;WS=100594316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	100605206	rs1987384	A	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=304;SC=AAAATCACAGAGGGATTCAGA;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=17;WE=100605214;WS=100605196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	100617532	rs41273553	T	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=159;SC=GTTAAGTCAATGCTAACAGTC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=100617540;WS=100617522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	100617668	rs34999788	G	T	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=16;PP=911;SC=GGAAACCCCAGGACAGGAAGA;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=100617676;WS=100617658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	100621683	rs41273557	T	A	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	100621683	.	TC	AA	247	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=1;NR=12;PP=247;QD=23.1129134509;SC=AGTTGACACTTCCTGAGAAGT;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=13;WE=100621692;WS=100621673;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,13:0.81:16
chr3	100621684	rs79265689	C	A	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	100945069	rs146849728	TTATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	T	286.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=5;PP=2941;SC=CTTCTAAACTTTATATATATA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=100945114;WS=100945059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	100945983	rs486352	A	T	84.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=164;SC=TGTGCTAAAAATTTTTTTAAT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=100945991;WS=100945973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	100946742	rs521661	T	G	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=34;PP=1189;SC=AAGGGGCAGGTGTTCCACTCA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=100946750;WS=100946732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	100949842	rs348867	G	A	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=21;PP=878;SC=GGTGTGCTTGGAGAGTCCTGA;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=52;WE=100949850;WS=100949832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	100963154	rs571391	G	A	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=35;PP=1592;SC=TGGAAAGTGTGTGGATCTGTC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=76;WE=100963162;WS=100963144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	100976755	rs7613046	G	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=621;SC=TCTCTGAAAAGCCTGGACAAC;SOR=2.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=100976763;WS=100976745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	100992385	rs348866	C	T	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=8;PP=800;SC=ACTAACATAGCAGGCATACTG;SOR=1.938;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=41;WE=100992393;WS=100992375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	100994497	rs533852	C	T	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=20;PP=802;SC=CAAAACAGAGCATCACTCACA;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=100994505;WS=100994487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	101038339	rs546090	G	A	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=752;SC=CTAAATTATCGTAAATTTTGA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=101038347;WS=101038329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	101039107	rs573908	A	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=251;SC=TGGAAAGATAAAAACAAATGT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=101039115;WS=101039097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	101046671	rs9849770	C	A	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=33;PP=901;SC=CTGAAATAATCAACAAATAAG;SOR=1.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=46;WE=101046679;WS=101046661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	101051794	rs2068494	C	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=110;SC=ATTGAAATATCTTAAATTTAG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=101051802;WS=101051784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	101060716	rs6441598	T	G	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=422;SC=AATGTGACTTTAAAAATCCCT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=101060724;WS=101060706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	101066964	rs7636229	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=61;ReadPosRankSum=2.823;SC=AAACATTATATGACACTTGTT;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=101066972;WS=101066954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr3	101066992	.	A	T	49	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=7;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=49;QD=20.9428031368;SC=TACTTTTTTTAAAAAAAAGAG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=101067000;WS=101066982;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	101070420	rs75017790	A	C	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=193;SC=TATACTAAAAACTATAGTAAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=101070428;WS=101070410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	101080694	rs7616677	T	C	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=21;PP=620;SC=ATGGGCATAATTCAGATGACA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=101080702;WS=101080684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	101085413	rs939443	G	A	5190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=60;PP=2094;SC=AGTTCTCAACGGTTTCAGTGG;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=105;WE=101085421;WS=101085403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	101136385	rs4482646	C	A	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=8;PP=891;SC=GTACGGGATTCATATTATTTC;SOR=2.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=101136393;WS=101136375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	101177644	rs12496159	A	C	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=5;PP=1624;SC=AAAATCACAGAAAGTTAGAGA;SOR=4.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=56;TCR=5;TR=61;WE=101177652;WS=101177634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	101177741	rs139250326	A	G	7391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.920;SC=TAAATGAATCATTTATGGTCA;SOR=0.464;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=111;TCR=83;TR=190;WE=101177749;WS=101177731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,295:0.99:298
chr3	101212605	rs116410313	C	T	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=74;SC=TTAAATAACACAAGAAAACCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=101212613;WS=101212595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	101212889	rs3846088	C	T	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=12;PP=273;SC=AACCACTATACTACCCTGCAT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=101212897;WS=101212879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	101219818	rs7619540	G	A	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=104;SC=GTTTTATACTGTTTTCTTTAA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=101219826;WS=101219808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	101219889	rs7621830	G	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=6;PP=277;SC=AAAGATAATAGGTTAAAAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=101219897;WS=101219879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	101231871	rs9681493	C	T	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=17;PP=735;SC=CAGCTGCCGCCTGCGCCTCCC;SOR=0.823;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=37;WE=101231893;WS=101231861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	101231921	rs9682313	T	C	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=26;PP=764;SC=AGCCCTTCTCTGACCCTTTCT;SOR=0.867;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=51;WE=101231929;WS=101231911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	101232093	rs55749605	C	A	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=174;SC=AAAAAAAGCCCGCAAAGTGCG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=101232101;WS=101232083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	101308846	rs6441614	G	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=50;SC=TTTTTCAGCAGTTTTTTTTCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=101308854;WS=101308843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	101308874	rs3762729	C	T	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=173;SC=AAATCAGCACCGTAGAAGACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=101308882;WS=101308864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	101370529	rs56200814	TA	T	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr3	101371899	rs2303474	G	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=22;PP=564;SC=CAACTTAAAAGAATTCCCTAA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=101371907;WS=101371889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	101383321	rs13081846	T	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=2;PP=542;SC=AACCATGCAGTAAGTTGGATT;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=101383329;WS=101383311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	101383562	rs11712748	G	A	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=66;PP=1929;SC=GAGCCACCTAGTAAGGGATAG;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=34;TCR=66;TR=100;WE=101383570;WS=101383552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	101389864	rs9837549	T	C	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=17;PP=1767;SC=CTACTGTTGTTAGTGGGCTTC;SOR=1.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=77;WE=101389872;WS=101389854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	101400167	rs3094296	T	C	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=31;PP=1009;SC=TCTTAGTAATTTAACTGCATT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=101400175;WS=101400157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	101443461	rs994573	T	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=4;PP=417;SC=CTCCTTCAGATTACAAGCTCC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=101443469;WS=101443451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	101446207	rs3070526	AAT	A	3430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=15;PP=1585;SC=TAAAAATAACAATATGTTTCC;SOR=1.439;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=34;WE=101446216;WS=101446197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	101484335	rs2625282	G	A	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=58;PP=1960;SC=CAGAAGTTCAGGGGCAGCAGC;SOR=0.875;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=101;WE=101484343;WS=101484325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	101504624	rs2625289	A	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=235;SC=TTATCGGAAGATTATCGTAGT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=101504632;WS=101504614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	101571550	rs587555	A	G	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=213;SC=GTCATTTTGTATACACTAAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=101571558;WS=101571540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	101572822	rs2925334	C	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=384;SC=GTTGGCTAACCAAGATGACTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=101572830;WS=101572812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	101574503	rs677011	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=9;PP=682;SC=GCCATCCTCAGCATTTGTCAT;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=101574511;WS=101574493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	101575882	rs595788	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.905;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.509;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr3	101576029	rs3217713	T	TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC	9472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=40;PP=1631;SC=AATGCAAAGGTACACCAGAGT;SOR=1.030;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=59;WE=101576037;WS=101576019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	101576175	rs14134	T	C	6054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=85;PP=2694;SC=TGCTGCCAGCTTGCAGTATCG;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=49;TCR=85;TR=133;WE=101576183;WS=101576165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	102172106	rs11708291	T	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=367;SC=ACAAATCACTTTCCTTTGCCT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=102172114;WS=102172096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	102189169	rs17822656	T	C	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=10;PP=813;SC=AGAATCTGCTTTCCAAATGGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=102189177;WS=102189159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	105238890	rs11291806	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.105;QD=0.19;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,37:0.17:220
chr3	105252377	rs2171146	G	C	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=9;PP=671;SC=CATTGCCTGAGTTTCTGGAGT;SOR=1.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=37;WE=105252385;WS=105252367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	105253475	rs6437601	A	C	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=21;PP=1174;SC=CAGATGAAAGACCCTATCATC;SOR=1.320;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=105253483;WS=105253465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	105258861	rs1044240	A	G	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.25;ReadPosRankSum=2.627;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr3	105260596	rs599278	T	C	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=62;PP=1965;SC=CTTCAACAGCTATCACAGTTC;SOR=1.026;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=101;WE=105260604;WS=105260586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	105404031	rs16851440	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=234;SC=GGAAATGGTATAATAGGAAGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=105404039;WS=105404021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	105412286	rs10635036	C	CTT	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=512;SC=CAAAACCACTCTACCATATCT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=105412294;WS=105412276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	105422844	rs2305037	C	T	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=15;PP=639;SC=TTGGTGAACCCGTTGGGCTGC;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=105422852;WS=105422834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	105438806	rs7624400	G	A	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=14;PP=752;SC=ACTCAAATACGCTGAGTCATA;SOR=1.287;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=42;WE=105438814;WS=105438796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	105452751	rs1992520	C	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=7;PP=507;SC=TCATTTCAAACAAAGCACTTA;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=105452759;WS=105452741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	105453034	rs6768096	A	G	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=25;PP=716;SC=TTTCCAGCACAAATTGTTAGT;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=105453042;WS=105453024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	105455955	rs2289746	T	C	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=10;PP=430;SC=GAGAGTCTTATTTATTTCAAG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=105455963;WS=105455945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	105468330	rs1443098	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	105495432	rs9809911	G	T	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	105586538	rs2221379	G	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=395;SC=TTCCTCCATCGATTAGAGCAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=105586546;WS=105586528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	105588069	rs11711088	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=357;SC=CTCGCAGCACGTCAGAAAGGA;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=105588077;WS=105588059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	107451907	rs4855764	C	T	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr3	107510197	rs150873331	A	ATAAG	5821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=52;PP=2957;SC=TGGAAATGACATAAGTTGTAT;SOR=1.187;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=68;TCF=5;TCR=63;TR=57;WE=107510205;WS=107510187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	107519843	rs1532325	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=485;SC=TGGTAGAGAATGTTAGCTCTT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=107519851;WS=107519833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	107524097	rs9842741	A	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=3;PP=501;SC=TCATTAAATGATGTAAGTAAC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=107524105;WS=107524087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	107776511	rs709436	C	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=133;SC=GTTATTCTAACGATCAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=107776519;WS=107776501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	107809798	rs445541	C	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=10;PP=385;SC=CGCAGGTGTCCGGAGCAGCAG;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=107809806;WS=107809788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	107882643	rs327168	G	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=157;SC=TGAATTATGTGTTAAGAAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=107882651;WS=107882633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	107884211	rs327167	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=1;PP=341;SC=GTTAAACCATTTGTAGGTTCT;SOR=3.611;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=17;WE=107884219;WS=107884201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	107910327	.	CT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=1.078;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,18:0.22:80
chr3	107937231	rs1289761	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=286;SC=TCTAATTTTGTCTATACTGGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=107937239;WS=107937221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	107937286	rs1289760	A	G	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	107937571	rs1289759	G	A	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=150;SC=TTTAAGCAAAGAACTGCTGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=107937579;WS=107937561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	107937602	rs1289758	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=49;SC=ACTTTTCTTTCAAATGATTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=107937610;WS=107937592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	107938240	rs1289754	G	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=8;PP=622;SC=GGAAAAAGAAGGGTCGTTTAC;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=107938248;WS=107938230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	108070556	rs9846218	T	C	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=6;PP=885;SC=AACAATTATTTGTATGAATGT;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=108070564;WS=108070546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	108072243	rs6766283	C	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=4;PP=342;SC=GGCATTAATTCTCTTTATAAC;SOR=1.697;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=19;WE=108072251;WS=108072233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	108072298	rs6779254	T	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=13;PP=700;SC=GCTTTCTTCATTTATGTTCCT;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=108072306;WS=108072288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	108072704	rs6779650	T	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=394;SC=TTTCCTAATATGCCATGAGCT;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=108072712;WS=108072694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	108081247	rs16854512	G	A	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=50;PP=1745;SC=TGCCCTCTGCGATTTTGGCAG;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=96;WE=108081255;WS=108081237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	108096098	rs1463426	C	G	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=38;PP=1879;SC=ATTTTTCTTGCTTCTAGCCTC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=103;WE=108096106;WS=108096088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	108096227	rs1463425	G	C	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=64;PP=1953;SC=GCCTGTCGGAGCAGACAATTC;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=35;TCR=64;TR=99;WE=108096235;WS=108096217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	108102586	rs7426463	T	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.05;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	108107704	rs1463431	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=6;PP=636;SC=TGAAGGAGAACAAAGATGAAG;SOR=2.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=32;WE=108107712;WS=108107694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	108135606	rs56933265	TAA	T	3273.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=14;PP=1726;SC=CACTATTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.810;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=35;WE=108135617;WS=108135596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	108135609	rs116262927	A	T	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=1.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	108140148	rs4593038	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=406;SC=GAGTGGCTCCAGGGATCCGCA;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=108140156;WS=108140138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	108147295	rs1350235	C	A	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=1;PP=238;SC=CCCCTCCCTACTTCCATGTTC;SOR=2.093;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=108147303;WS=108147285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	108156633	rs113832514	A	AAAAG	1416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=19;PP=1007;SC=ACCTTCTGGAAAAAGAAAGAC;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=19;WE=108156641;WS=108156623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	108158574	rs3996040	C	T	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=21;PP=1262;SC=CCAGATACACCGTTACTGACC;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=108158582;WS=108158564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	108172817	rs6437783	C	T	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=23;PP=1204;SC=CACACTATTACCCTAGCAGTT;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=63;WE=108172825;WS=108172807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	108174537	rs3957557	T	C	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=21;PP=1401;SC=TACACAGTCTTCCCCCCATTC;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=108174545;WS=108174527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	108179219	rs11303627	CA	C	756.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.606;QD=10.97;ReadPosRankSum=1.650;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,56:0.81:69
chr3	108188993	rs9868484	G	A	3841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=51;PP=1478;SC=ACAAACATGTGCCAATTGAAG;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=84;WE=108189001;WS=108188983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	108189627	rs4299484	C	T	5666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=61;NR=71;PP=2350;SC=CCTGTTGATCCGTGCCACTAG;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=61;TCR=73;TR=132;WE=108189635;WS=108189617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	108189750	rs12495639	C	T	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=35;PP=988;SC=ATTTTAATCCCGGGCATTCTC;SOR=1.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=48;WE=108189758;WS=108189740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	108211869	rs140450152	A	AAAGG	1681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=46.71;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	108214537	rs2603140	T	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=264;SC=TGGTGTTCTATAATTTTTTCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=108214545;WS=108214528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	108216807	rs17539094	G	A	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=26;PP=1430;SC=GGTGCTTGTGGCCTCACTTCC;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=80;WE=108216815;WS=108216797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	108224685	.	CA	C	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.908;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,67:0.42:158
chr3	108229171	rs2249886	T	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=4;PP=274;SC=AGGCTGATCATACCCTAAGCA;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=108229179;WS=108229161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	108285518	rs2603121	T	A	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=122;SC=AACAAAAAAATTCTCACTTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=108285526;WS=108285508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	108327050	rs10684119	T	TAAC	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	108343488	rs73210672	C	G	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=105;SC=TAGCTTATAACTTCATTTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=108343496;WS=108343478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	108344636	rs5851600	TA	T	231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=2;PP=172;SC=TTGTTTATTGTAAAAAAAAAA;SOR=3.126;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=108344646;WS=108344626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	108347811	rs969256	C	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=7;PP=382;SC=TATCACCACCCTATTTACCAC;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=108347819;WS=108347801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	108355423	rs10711079	AT	A	740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=10;PP=395;SC=CACATCAGTGATTTTTTTCTA;SOR=1.112;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=15;WE=108355431;WS=108355413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	108355575	rs10711080	CT	C	661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.6379;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=-1.676;SC=TTGTTTTGTCCTTTTTTTTTT;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=14;WE=108355584;WS=108355565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,38:0.88:43
chr3	108356501	rs143129590	T	TTTAAGGTAGTA	97.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	108369954	.	T	C	47	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=47;QD=20.4428031368;SC=ATAGTTGATATAGATTACTAA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=108369962;WS=108369944;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	108373022	rs2969901	G	A	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=43;PP=1962;SC=AAGAGCAGTTGAGGAAAGAAC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=107;WE=108373030;WS=108373012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	108403086	rs9856097	T	C	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=39;NR=30;PP=1303;SC=TAGGAAGACCTCTTGTGAAAG;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=69;WE=108403094;WS=108403076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	108474524	rs9878093	A	C	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=19;PP=1122;SC=AGAATCAGGAATGGAACAAAT;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=108474532;WS=108474514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	108475993	rs5851607	G	GGGGGATTA	1838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=1476;SC=AGCTGGAGAAGGGGGATTAGG;SOR=1.556;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=20;WE=108476001;WS=108475983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	108541761	rs9879812	T	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=12;PP=302;SC=AAGATTTCTCTGAAAAAAAGA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=108541769;WS=108541751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	108541931	rs5851618	CAT	C	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=53;SC=TATTTTGAAACATGTTAATGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=108541940;WS=108541921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	108565815	rs2593831	T	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=5;PP=218;SC=TAACCAAGAATAGGCAATAGT;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=108565823;WS=108565805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	108634973	rs10933973	C	A	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=28;PP=1432;SC=AGCTCCATTACCATCATTGTT;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=77;WE=108634981;WS=108634963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	108639119	rs2715688	A	G	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=135;SC=GCTGTTGCCCATTCAGTAATC;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=108639127;WS=108639109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	108639423	rs2715687	C	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=412;SC=AAAAAGTCAACAAATCCATCC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=108639431;WS=108639413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	108677821	rs2197737	C	A	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=267;SC=CTTAATTTTCCGAAGTCTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=108677829;WS=108677811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	108677910	rs78212601	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=9;PP=417;SC=AGATTATCTTCTTTAAGCAAA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=108677918;WS=108677900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	108678002	rs2197738	G	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.32;ReadPosRankSum=0.883;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr3	108682218	rs2715755	A	G	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=29;PP=1356;SC=TTCTCGTTCCATAGAGTCTAC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=84;WE=108682226;WS=108682208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	108690221	rs2593943	G	A	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=51;PP=2076;SC=GGTAGCTGATGCTCAGGAAAA;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=120;WE=108690229;WS=108690211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	108698627	rs2953338	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=495;SC=ACAAGAACATGCGTGTAATGC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=108698635;WS=108698617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	108703422	rs1868195	A	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=185;SC=ATTCTTTCACATCTCTGTTGT;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=108703430;WS=108703412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	108703518	rs2593958	G	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	108703548	rs2593959	C	T	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=18;PP=880;SC=ATTTGTATAACTGTAGTACAC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=108703556;WS=108703538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	108703702	rs2593960	A	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=21;PP=545;SC=AAATGTTAGCAGTTCATTAAC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=108703710;WS=108703692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	108705715	rs11433147	A	AT	274.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=165;ReadPosRankSum=-0.218;SC=ACATGAGCTGATTTTTTTTTA;SOR=0.412;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=9;WE=108705723;WS=108705705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr3	108724202	rs13072610	A	G	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=30;PP=920;SC=TTTGGTAGATAGCCTATTTAT;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=108724210;WS=108724192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	108724279	rs2290058	T	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=277;SC=AAAAAGTTTTTAAATCAGAAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=108724287;WS=108724269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	108725694	rs2044586	C	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=127;SC=TTATATTTTACTTTCTAACTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=108725702;WS=108725693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	108725759	rs2044587	C	T	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=13;PP=835;SC=TTAAAATCTACTAGTGCTTCA;SOR=1.565;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=44;WE=108725767;WS=108725749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	108725848	rs5851630	ATTGC	A	5547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.09;NF=16;NR=40;PP=2857;SC=CATGACACAAATTGCTTAATC;SOR=0.968;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=56;WE=108725870;WS=108725838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	108725862	rs2044589	T	C	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=46;PP=1909;SC=CTTAATCCTATATTAATTACT;SOR=0.926;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=102;WE=108725870;WS=108725838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	108725984	rs2044590	G	C	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=39;PP=1223;SC=GTAAAAATAAGCTTCAACTGG;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=68;WE=108725992;WS=108725974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	108754146	rs9821261	G	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=8;PP=381;SC=ATATTTAAGAGCCCTTAACAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=108754154;WS=108754136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	108754214	rs3762697	T	C	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=17;PP=558;SC=GGGATACCCATGGCTTGTCTT;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=108754222;WS=108754204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	108754238	rs4855576	A	T	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=17;PP=668;SC=TGATATTGAAAAGAATTTAAA;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=108754246;WS=108754228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	108754260	rs3762696	A	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	108754320	rs11438791	T	TA	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr3	108754374	rs3762695	T	C	274.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=10;PP=263;SC=ATCAAAACAATTGGCAAAGGG;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=108754382;WS=108754364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	108776343	rs1031252	C	T	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=46;PP=1270;SC=TCTAGAGTTACATTTAAAAAG;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=108776351;WS=108776333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	108781952	rs13060344	G	T	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=23;PP=920;SC=ATTAACATTTGCTGAATGACT;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=53;WE=108781960;WS=108781942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	108788701	rs35996834	C	CT	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=578;SC=ATTATTGTTACTACAAGAAGC;SOR=1.781;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=108788709;WS=108788691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	108855774	rs1356071	A	G	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	109019435	rs9865540	G	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=18;PP=508;SC=GTGGGAGGCTGAGGAGGGCAG;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=26;WE=109019443;WS=109019425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	109027157	rs7611135	C	T	4447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=68;PP=1967;SC=ATGAAATTCACGATGAGTATT;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=36;TCR=68;TR=103;WE=109027165;WS=109027147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	109027820	rs7611871	G	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=216;SC=GTAGGGACCGGACGAATCATG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=109027828;WS=109027810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	109049720	rs112463757	C	CTAAGGGT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	109050980	rs1163438	T	C	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=85;SC=GACAGAATCTTGCTCTGTCGC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=109050988;WS=109050970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	109052732	rs3762648	T	C	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=22;PP=909;SC=CTGCCTTTGATAGACATTTTT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=109052740;WS=109052722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	109052934	rs7642495	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=336;SC=AGGCACCAACGCAGTTACTGG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=109052942;WS=109052924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	109056183	rs9836011	A	T	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.63;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr3	109178707	rs769534	C	G	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	109178758	rs769533	C	T	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	109321666	rs57113096	TG	T	44.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	110611137	rs1381838	G	A	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=45;PP=2028;SC=AAGCTCTATCGATTTCAAGTG;SOR=0.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=109;WE=110611145;WS=110611127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	110791113	rs4682228	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=12;PP=347;SC=CGTTCTCTGGAGCAGCGAGGC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=110791121;WS=110791103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	110792906	rs2399372	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=249;SC=GGTAGACACTGGTTTTGTATT;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=110792914;WS=110792896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	110793050	rs2399373	G	A	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=26;PP=1149;SC=GGGCACAGATGTTGTGACTTA;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=110793058;WS=110793040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	110830746	rs10575342	ATGTGTG	A	388.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.87;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	110866437	rs62273799	G	A	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=41;PP=1082;SC=TATGCATTAAGTGTTGTTTAG;SOR=3.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=46;WE=110866445;WS=110866427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	111260975	rs2276873	C	T	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=18;PP=1389;SC=ATAAACAGACCCAGGCGTGTG;SOR=1.420;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=63;WE=111260983;WS=111260965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	111261242	rs3832264	G	GCTGCTGAAATTGATCACCA	1531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=13;PP=2973;SC=CCTTGTGACTGCTGCTGAAAT;SOR=3.737;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=13;WE=111261250;WS=111261232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	111356083	rs1533270	G	C	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=27;PP=1064;SC=GTTCATCCCCGTCAGGTGCAG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=111356091;WS=111356073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	111366363	.	G	A	4926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=43;PP=2039;SC=TGGGATTAAAGTTCATCTTTC;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=73;TCR=43;TR=116;WE=111366371;WS=111366353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr3	111451603	rs3821919	G	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=20;PP=558;SC=AAAATGAGCAGCATATACAGC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=111451611;WS=111451593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	111564839	rs937557	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=454;SC=TTACTCCATCATACATATTGG;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=111564847;WS=111564829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	111604541	rs1283007	G	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=605;SC=AGAGGAGTTGGGAATTTTATG;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=111604549;WS=111604531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	111632614	rs1282947	A	G	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=59;PP=1724;SC=CTTTGGCATGAAAACTGATGA;SOR=1.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=20;TCR=60;TR=79;WE=111632622;WS=111632604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	111637904	rs2399399	G	A	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=29;PP=1182;SC=CCATTTCTGTGTTGATTAATC;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=111637912;WS=111637894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	111638132	rs951660	A	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=383;SC=CTTATTCAGGAATAGGCTTTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=111638140;WS=111638122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	111638952	rs6779756	C	T	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	111639353	rs937551	G	T	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=4;PP=64;SC=TGCATTACTGGGGTTTTGGAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=111639361;WS=111639343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	111658486	rs712510	T	G	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.693;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=1332;ReadPosRankSum=-0.648;SC=AGGTACTTTTTCCAGGTGTCA;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=111658494;WS=111658476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr3	111659377	rs698358	T	C	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	111677526	rs11713044	G	A	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=37;PP=1317;SC=CCTTCAAACAGCTATTTCTCT;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=77;WE=111677534;WS=111677516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	111685328	rs774859	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=225;SC=TGGATTTTGTTATGCACCTCC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=111685336;WS=111685322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	111685348	rs774858	A	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=241;SC=CCTTGACCCCATGTGTGTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=111685356;WS=111685338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	111685374	.	G	GGTGT,GGTGTGT	890.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.43;QD=42.42;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,11:0.48,0.52:21
chr3	111685659	rs80296143	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=300;SC=CCTGGAATAAATCACTCAACC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=111685667;WS=111685649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	111686738	rs799570	G	A	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=242;SC=GAAGACAGCTGTTCTGTGTCT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=111686746;WS=111686728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	111688578	rs774854	C	T	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=19;PP=994;SC=GGAAGGAAGACTTTGATTTGC;SOR=1.065;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=111688586;WS=111688568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	111692829	rs774852	C	T	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=166;SC=TGGCCGTTCTCTTTGAGGAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=111692837;WS=111692819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	111705275	rs150902974	G	GTTTGT	2099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=42.85;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	111710201	rs71773737	AT	A	1496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=8;PP=1492;SC=AAATACTTTTATTTTTCTTTC;SOR=2.644;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=41;WE=111710209;WS=111710191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	111719493	rs774764	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=211;SC=GTGCCTTCCTAGGGCCCATGA;SOR=1.230;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=111719501;WS=111719483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	111719786	rs2292583	A	T	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=28;PP=801;SC=CGGTGGATCTATGGGAAGGTA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=111719794;WS=111719776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	111757212	rs7625876	A	G	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=249;SC=GGCTTATGGTATGAGTCCAGC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=111757220;WS=111757202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	111760771	rs774774	A	G	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=44;PP=1759;SC=TTACAGGTAAAACAGAAAGCA;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=93;WE=111760779;WS=111760761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	111763085	rs4682350	C	T	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=9;PP=964;SC=TCAGATACCTCAACTATTCTT;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=46;WE=111763093;WS=111763075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	111763278	rs7650559	G	T	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=55;PP=1529;SC=CTTGGAAGTGGTTGGGGATTC;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=82;WE=111763286;WS=111763268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	111765834	rs1561911	G	A	7635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=92;NR=73;PP=2965;SC=GGCTTCGGTCGGATTACTCGT;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=165;WE=111765842;WS=111765824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr3	111766215	rs1318554	A	G	4218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	111766559	rs1688304	T	G	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=11;SC=AAAAAGAAAATAAAGGAAAAT;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=111766567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	111785208	rs11715561	G	A	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	111793316	rs191454	G	T	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=22;PP=641;SC=TTACCTGTTTGTTATATTTTC;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=111793324;WS=111793306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	111794365	rs1907639	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=381;SC=CCTTACTTTCAAGTGGCACTC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=111794373;WS=111794355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	111799845	rs340151	A	T	5645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr3	111805438	rs3833596	G	GT	3096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=42;PP=2065;SC=CGGCGGGACAGTAGTAGGACC;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=45;WE=111805446;WS=111805428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	111828423	rs340167	G	A	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	111831723	rs67780840	T	TA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr3	111843883	rs923745	T	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=9;PP=635;SC=CAATAAATTATACAGCAGAAG;SOR=1.751;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=111843891;WS=111843873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	111873902	rs11369523	T	TA	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=6.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.630;QD=12.89;ReadPosRankSum=-2.603;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,31:0.82:38
chr3	111873996	rs7622733	C	T	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;QD=24.79;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	111885896	rs4682084	A	G	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=110;SC=TAATTTAAAAATGTAACTTCA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=111885904;WS=111885886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	111918215	rs28516377	CA	TG	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=13;PP=860;SC=CCTTTTAAGCCAAAAGCCTTA;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=26;WE=111918224;WS=111918205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	111921010	rs9821935	A	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=160;SC=AGTCAAAGACATCTGCATATA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=111921018;WS=111921000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	111921116	rs9288938	C	A	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=12;PP=383;SC=CTGTTTAGAACTTGTAATCTG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=111921124;WS=111921106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	111921225	rs6781844	G	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=9;PP=251;SC=TCTATTATTTGCAGCAACTTT;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=111921233;WS=111921215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	111923047	rs4422273	G	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=105;SC=GAAATTGCACGATTTACTGGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=111923055;WS=111923037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	111923123	rs4434123	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	111936118	rs11921877	A	G	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=0;PP=173;SC=GAGTTAATGAATGAAGCACAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=111936126;WS=111936109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	111936200	rs1388857	C	A	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.28;ReadPosRankSum=1.295;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr3	111962851	rs6768523	T	C	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=18;PP=573;SC=CCTAGTATAGTAACTGCCACT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=111962859;WS=111962841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	111981696	rs5851826	CA	C	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=70.00;QD=42.93;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	111981703	.	AC	TC	866	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=1.0000,1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=69.07;NF=16,17;NR=2,2;PP=866,518;QD=49.2777777778;SC=CTACAAAAAAACATATATTTT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=18,19;WE=111981711;WS=111981693;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,19:0.95:20
chr3	111981703	.	AC	A	866	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;FR=1.0000,1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=69.07;NF=16,17;NR=2,2;PP=866,518;QD=49.2777777778;SC=CTACAAAAAAACATATATTTT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=18,19;WE=111981711;WS=111981693;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr3	111981704	rs5003791	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.07;QD=42.19;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	111981849	rs9860819	C	T	5656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr3	111981878	rs9809384	T	C	6594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr3	111981924	rs9809404	T	C	5971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr3	111983197	rs6788397	C	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	111984970	rs4682098	T	C	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=54;SC=TTTAGTTGGGTAGTTTTCAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=111984978;WS=111984969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	111985107	rs9872691	T	C	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=9;PP=421;SC=GTTTCTTCAATTGCTGCTTTA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=111985115;WS=111985097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	111996554	rs9828502	T	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=11;PP=628;SC=AGGTCTCTTATAGCAGCTGCG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=111996562;WS=111996544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	111996730	rs9809174	G	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=360;SC=TTTACAATTAGAAAAATCAGA;SOR=2.636;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=111996738;WS=111996720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	111997510	rs12632408	T	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	111997791	rs13314977	G	A	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=135;SC=TCTAACAGTAGAGAAAGACAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=111997799;WS=111997781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	111999736	rs147052896	A	ACTTGTTTTCT	410.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=2834;SC=CAGTTTCACTACTTTTCATGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=111999744;WS=111999726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	112052173	rs9883527	T	C	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=15;PP=321;SC=CTTCGGCTCTTGCCACAATCT;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=112052181;WS=112052163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	112059768	rs1131199	C	G	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=21;PP=1040;SC=ATGCCCTTCTCTCATCTGTCT;SOR=1.058;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=58;WE=112059776;WS=112059758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	112063705	rs3817425	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=0;PP=25;SC=CATTTTCTCTTTCTTTTCTAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=112063713;WS=112063695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	112064263	rs11921546	T	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.40;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	112064266	rs60497880	T	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	112066562	rs1050572	G	A	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=59;PP=1706;SC=ATGGGACCACGTCTGTTACCA;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=90;WE=112066570;WS=112066552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	112068440	rs60377655	C	T	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=134;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=215;SC=TGAAGTCATACGTATAAACCT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=112068448;WS=112068430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	112068494	rs150687436	T	TCTATTGCTTTATCA	1117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=2965;SC=AAAGCTCAACTCTTTTTGCCT;SOR=3.258;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=15;WE=112068502;WS=112068484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	112068517	rs57404826	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.9774;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=111;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=13;PP=509;SC=ACAATTTCCTCATGTGATGTC;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=112068525;WS=112068507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	112184927	rs2171513	A	G	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=28;PP=1711;SC=TGATCATTCAATGGTCCCTGT;SOR=1.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=86;WE=112184935;WS=112184917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	112185025	rs9288952	G	A	7372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=86;PP=2965;SC=TCTTGAGTTCGGTCCAATGAC;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=78;TCR=86;TR=164;WE=112185033;WS=112185015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr3	112190137	rs2931761	G	T	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr3	112253058	rs35560667	C	CA	1859.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.549;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;MQRankSum=0.668;QD=17.22;ReadPosRankSum=-0.843;SOR=0.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,96:0.89:108
chr3	112253193	rs11381118	C	CA	1295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,80:0.69:116
chr3	112267523	rs9809247	G	A	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=62;PP=1781;SC=TAACTAGCACGTAATCTGCTA;SOR=1.277;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=90;WE=112267531;WS=112267513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	112280218	rs2279532	G	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=15;PP=847;SC=TTGCCCCGCCGGAGAAAGCGG;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=112280226;WS=112280208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	112282244	.	C	T	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=37;PP=1314;SC=AATTAAAAAACAGTGGAATGG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=76;WE=112282252;WS=112282234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	112289320	rs9869455	G	A	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=3;PP=176;SC=GTAATCAAGTGCAGTGTAATT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=112289328;WS=112289310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	112289372	rs9869579	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=10;PP=450;SC=CATTTACACCGTGTTTCTTTC;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=112289380;WS=112289362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	112301458	rs5851844	C	CCTTAGTAAT	2286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=2900;SC=TAAGGTTTTCCCTTTAAAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=21;WE=112301466;WS=112301448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	112338027	rs13084615	T	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=395;SC=GGTGAAGGCTTTGGGCCTAAT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=112338035;WS=112338017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	112415652	rs10934180	G	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=5;PP=439;SC=ATCAGGAGCTGAAAGAGGACA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=112415660;WS=112415642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	112538571	rs35585943	CT	C	377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=3;PP=140;SC=TACAATGATACTTTTTTTTTT;SOR=1.493;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=8;WE=112538579;WS=112538561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	112546473	rs1997281	G	A	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=43;PP=1718;SC=TTCTTAATGCGATAGGAGGGC;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=81;WE=112546481;WS=112546463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	112642568	rs9865242	C	G	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=25;PP=884;SC=TGTAATGCCTCAGATGCCTTC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=48;WE=112642576;WS=112642558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	112647613	rs1466872	T	C	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=63;SC=TTCTTAACTCTTTTAAAAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=112647621;WS=112647603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	112647832	rs9826308	A	C	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=29;PP=948;SC=TCCAGGAGATATGCGCAGCTG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=48;WE=112647840;WS=112647822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	112647988	rs9868053	C	T	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.435;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=12;PP=1487;ReadPosRankSum=0.863;SC=CATTTGTTTCCGTCACAAATC;SOR=2.507;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=63;WE=112647996;WS=112647978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr3	112648125	rs6438117	G	T	14313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;MQRankSum=-0.236;QD=44.18;ReadPosRankSum=2.040;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,323:1.00:324
chr3	112648125	.	GGT	TGG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=59.66;NF=78;NR=89;PP=2947;QD=20;SC=TGATGGCCACGGTACGAATCT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=80;TCR=95;TR=167;WE=112648135;WS=112648115;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,167:0.95:175
chr3	112648127	rs4596117	T	G	14313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=44.73;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr3	112648222	rs2171509	T	C	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=62;PP=1995;SC=TGTTTCTTTCTTGTAGGCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=89;WE=112648230;WS=112648212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	112666859	rs2133946	C	T	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=41;PP=1216;SC=TTTTCACATTCTTCAGACTAT;SOR=2.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=112666867;WS=112666849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	112709828	rs2272393	C	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=4;PP=520;SC=TCTCTCTGCCCGTCTTCTGGG;SOR=2.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=112709836;WS=112709818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	112727184	rs2306857	A	T	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=75;PP=2292;SC=CTTTGCACAAAACTTTTGGCA;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=50;TCR=75;TR=125;WE=112727192;WS=112727174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	112732309	rs5851869	GT	G	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr3	112738318	rs2293560	C	T	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=47;PP=2484;SC=CACCCCCGCCCACATGCGCCG;SOR=1.166;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=90;TCR=49;TR=136;WE=112738326;WS=112738308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	112738625	rs7633507	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=29;PP=802;SC=AGGAGCCCGGCGGGAGGCTGC;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=112738633;WS=112738615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	112935138	rs4682130	C	G	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=64;PP=2029;SC=GAGGTTTTCTCTTCAGTCTGA;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=111;WE=112935146;WS=112935128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	112990245	rs35902417	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=22;PP=597;SC=CTGCACCACCCTCTGGTGAGC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=112990253;WS=112990235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	113010303	rs17321330	G	A	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=5;PP=231;SC=ACTTTCAGGCGAGTTCAGTTT;SOR=1.402;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=113010311;WS=113010293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	113010466	rs2291905	T	C	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=20;PP=490;SC=AGGATAAGACTGCCTTTCCTA;SOR=0.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=113010474;WS=113010456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	113012797	rs810209	G	A	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=32;PP=1207;SC=CTTAGCACCTGCATTTTAAAC;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=70;WE=113012805;WS=113012787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	113012974	rs775217	A	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=22;PP=682;SC=TAGAGTTTGGAATATGCTATA;SOR=1.225;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=113012982;WS=113012964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	113013848	rs11398178	A	AT	636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=725;SC=TTGATTAAAGATAAGAATATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=16;WE=113013856;WS=113013838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	113015436	rs808949	G	C	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=8;PP=1135;SC=CAAGGCCTAAGATCCTGGGGC;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=113015444;WS=113015427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	113015553	rs808950	A	C	9850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.184;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=0.820;SC=CCAAAGATCAACCCCCTTCTC;SOR=0.359;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=102;TCR=83;TR=185;WE=113015561;WS=113015543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,382:1.00:383
chr3	113022870	rs4682484	T	C	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=36;PP=1035;SC=CTGGAGCTCATGGATTCGTTC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=70;WE=113022878;WS=113022860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	113022996	rs2270782	G	A	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=19;PP=491;SC=AAAGAAAATAGACAAAAACAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=113023004;WS=113022986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	113027214	rs775231	A	C	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=190;SC=TAGTCACTAGAAAAATAACTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=113027222;WS=113027204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	113119440	rs140356033	C	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=16;PP=523;SC=GAAACAGCCACGGCTTCAATA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=113119448;WS=113119430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	113128051	rs13059888	G	T	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=44;PP=1819;SC=TCCTTAGTATGGGTTGTTCTT;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=103;WE=113128059;WS=113128041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	113320312	rs9829719	A	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=626;SC=TGACTCCTGTATTAGTGTAAA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=113320320;WS=113320302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	113323793	rs3732796	C	T	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=57;PP=1924;SC=ACGCGCTGCCCGTGATCCAGC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=118;WE=113323801;WS=113323783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	113331289	rs9842516	T	G	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=49;PP=1495;SC=CAGAGATGAGTTGTACCTCCA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=71;WE=113331297;WS=113331279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	113373930	rs930818	A	G	4749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=57;PP=2397;SC=ATCAGGAAGCACTGTGGCTAT;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=125;WE=113373938;WS=113373920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	113377481	.	G	GT	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.908;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,25:0.20:123
chr3	113378441	rs75490047	G	A	7246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=82;PP=2965;SC=TTGGATCTTCGCTGGTGGTGG;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=93;TCR=82;TR=175;WE=113378449;WS=113378431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr3	113499458	rs1430944	G	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=5;PP=213;SC=CTTTAGGTCTGTCTCTCAAAG;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=113499466;WS=113499448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	113557787	rs66781755	AGCC	A	6872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=42;PP=2899;SC=CCGTCAGGTAAGCCGCGGGCC;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=61;WE=113557797;WS=113557777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	113595156	rs2712350	C	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=21;PP=608;SC=AAGAAAATCTCCCTCATACTC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=113595164;WS=113595146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	113601761	rs62265406	T	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=12;PP=287;SC=TTCTTATTTTTCTTAACTAAA;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=113601769;WS=113601751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	113609403	rs9862440	G	A	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=13;PP=1085;SC=ACCGTGGGGTGCTCTATTCTA;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=55;WE=113609411;WS=113609393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	113619872	rs2632244	C	T	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=17;PP=821;SC=TTTTCTGTCACTTTAGAGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=113619880;WS=113619862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	113631884	rs2712341	A	C	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=1105;ReadPosRankSum=1.827;SC=TAACATAGAGACTGCTTTATT;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=57;WE=113631892;WS=113631874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr3	113632108	rs2712340	G	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=420;SC=GTGGTGGCGCGCGCTTGTAAT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=113632116;WS=113632098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	113655207	rs3765114	C	T	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=54;PP=1968;SC=GAACCTTCAACCGAACAGCAG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=56;TCR=54;TR=110;WE=113655215;WS=113655197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	113656833	rs1963015	C	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	113659308	rs2029228	G	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=30;PP=854;SC=CCCCCTGCTAGAGCCAACTAC;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=36;WE=113659316;WS=113659298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	113664183	rs68028538	CAG	C	753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=629;SC=GCATAAAAAACAGAAATTTTC;SOR=4.407;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=113664192;WS=113664173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	113673125	rs11921691	A	G	5718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=66;PP=2594;SC=GGCTCTTCCAAGATGCCAGCT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=130;WE=113673133;WS=113673115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	113679725	rs3732785	C	T	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=28;PP=822;SC=GATGAGTGATCTTGTGTGGGA;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=45;WE=113679733;WS=113679715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	113720624	rs6438178	C	T	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=70;PP=1913;SC=GATAGTCAAGCGTCTACCAAA;SOR=1.898;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=26;TCR=70;TR=95;WE=113720632;WS=113720614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	113784007	rs34428541	A	AT	324.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr3	113795834	rs7631864	G	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=10;PP=282;SC=GGGATGCAGGGAAGGAGTGCT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=113795842;WS=113795824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	113801826	rs13086657	C	T	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=5;PP=248;SC=TTGTAGACTTCGTCTTGTCAG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=113801834;WS=113801816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	113801965	rs13071100	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=380;SC=AAGTTTTAAATTGTAGGGTGC;SOR=1.071;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=21;WE=113801973;WS=113801955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	113858350	rs2251177	C	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=2;PP=320;SC=TACTTACTTGCTGGGGGAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=113858358;WS=113858340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	113890815	rs6280	C	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=12;NR=16;PP=429;SC=TTCAGGTGGCCACTCAGCTGG;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=113890823;WS=113890805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	114027065	.	CGT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.310;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=137;ReadPosRankSum=-0.039;SC=ATCAGTGCTGCGTGTGTGTGT;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=4;WE=114027074;WS=114027055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr3	115529088	rs140486681	C	CTG	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=-0.000;QD=18.84;ReadPosRankSum=0.619;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr3	115529092	rs56145932	G	C	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=-0.000;QD=29.27;ReadPosRankSum=0.921;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr3	115529360	rs2289269	A	G	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.85;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	115529370	rs2289268	A	G	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.26;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	115535432	rs36098686	T	C	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=12;PP=316;SC=TTTTGACATATGGAAGGTAAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=24;WE=115535440;WS=115535422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	116163634	rs138580275	GAC	G	1047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.009;QD=16.63;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr3	116728295	rs11381408	G	GA	562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=621;SC=CTTAATTAAAGAAAAAATACC;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=19;WE=116728303;WS=116728285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	118269774	rs9816586	A	G	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=61;PP=1848;SC=CAGGATGGCTATAAAAGAGAA;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=39;TR=100;WE=118269782;WS=118269764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	118269825	rs57227846	GT	G	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.484;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,60:0.83:72
chr3	118649060	rs2903250	G	T	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=42;PP=1291;SC=AGGACTGCTGGCTGACCCCGG;SOR=1.118;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=64;WE=118649068;WS=118649050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	118865970	rs4077930	G	A	8013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=110;NR=90;PP=2965;SC=CCAAGTGTACGGCCAAGCCAC;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=110;TCR=90;TR=200;WE=118865978;WS=118865960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr3	118866515	rs9864127	C	T	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=545;SC=AGGGGTACAACGGAAGGGCAC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=118866523;WS=118866505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	118878789	rs13077000	C	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=9;PP=379;SC=CTACAAAGAACGAGCCTCTCT;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=118878797;WS=118878779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	118909159	rs9840317	A	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=21;PP=746;SC=GCAACACAACAAGACTTTGTG;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=41;WE=118909167;WS=118909149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	118909962	rs3796356	T	C	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=762;ReadPosRankSum=0.794;SC=GTAAGACCTGTGGTCTTGGGG;SOR=0.498;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=51;WE=118909970;WS=118909952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr3	118909987	rs3796357	C	T	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=23;PP=619;SC=GCCATTTTTACTTACTGGTGG;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=118909995;WS=118909977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	118912961	rs62263545	T	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=391;SC=ATGTAAGATATGGTACACTTT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=118912969;WS=118912951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	118913337	rs7628485	A	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=598;SC=GTCTTTCAGTAAGGAATTCTA;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=118913345;WS=118913327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	118922654	rs12186112	A	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=277;SC=AACAAACAAAAAAATCTGTTG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=118922662;WS=118922645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	118930791	rs5868	G	C	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=6;PP=842;SC=GCTATCAGCAGCTGCAACCAG;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=118930799;WS=118930781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	118931389	rs6784208	C	T	7055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr3	118935282	rs201470978	CACACGCACAT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;MQRankSum=-0.431;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	118935302	rs112212482	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.02;MQRankSum=-0.431;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr3	119013928	rs3732412	A	T	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=28;PP=800;SC=TCGAGTTGTGATAGAGTCGGT;SOR=3.209;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=37;WE=119013936;WS=119013918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	119112559	rs935616	A	G	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	119118104	rs4688001	A	G	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	119128398	rs2305249	G	A	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	119133183	rs3732413	G	A	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=47;PP=1727;SC=TTCAAAGGGCGGCCCGGAAAG;SOR=0.764;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=92;WE=119133191;WS=119133173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	119150836	rs1132200	C	T	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=12;PP=743;SC=GCTTAGTTTGCCTTGAGTTCA;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=119150844;WS=119150826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	119170218	rs2178318	A	G	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=20;PP=573;SC=TTGTGATTATAGTAACTATTC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=119170226;WS=119170208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	119171280	rs1919586	C	G	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr3	119188895	rs6438531	C	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=23;PP=626;SC=AAAATGCTCTCGCATGGGAAA;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=31;WE=119188903;WS=119188885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	119196334	rs3732419	G	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=628;SC=ATGGAGAGTGGTCCTCTAGGA;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=119196342;WS=119196324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	119197198	rs187763011	T	C	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=32;PP=1075;SC=TTATTTCCTGTGTTGCAAGTG;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=71;WE=119197206;WS=119197188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	119197285	rs4688005	A	G	4569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=49;PP=1565;SC=ATTGTTTGTCATGAAACTCAC;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=87;WE=119197293;WS=119197275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	119198873	rs4688007	G	A	7705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=98;PP=2965;SC=ACTGATTTAGGACGACCTGTC;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=99;TCR=98;TR=197;WE=119198881;WS=119198863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr3	119222456	rs1131265	G	C	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.74;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr3	119222585	rs11358423	CT	C	145.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr3	119256056	rs62264488	T	C	7624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=93;PP=2965;SC=CTGTGGTTGGTTGTCATATTG;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=96;TCR=93;TR=189;WE=119256064;WS=119256046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr3	119348345	rs5852213	A	ATTT	2758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=22.61;ReadPosRankSum=0.707;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,101:0.83:122
chr3	119361250	rs8007	A	G	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=166;SC=GAAAAGAGGCATGCCTATCAG;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=119361258;WS=119361240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	119367390	rs2688643	T	C	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=26;PP=688;SC=AGAGCTTCTCTGAGATGTCAT;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=119367398;WS=119367380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	119373301	rs2688630	G	A	170.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	119373315	rs2688629	T	C	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=160;SC=TACAGTGGGATGGGGTGAGGC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=119373323;WS=119373291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	119378872	rs1880040	G	A	6038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=67;PP=2540;SC=CCTGCTCCTCGCAGCAGTGAA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=137;WE=119378880;WS=119378862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr3	119378977	rs2873788	G	A	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=67;PP=2816;ReadPosRankSum=1.991;SC=CCTCACGCAGGCGGTATACCA;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=79;TCR=67;TR=145;WE=119378985;WS=119378967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,198:0.99:200
chr3	119379186	rs4688023	C	T	5981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=81;PP=2161;SC=AGGTGGTAGACAGCCCCTTCC;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=137;WE=119379194;WS=119379176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	119379320	.	G	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=435;SC=TCCTCACATAGGAAATTCAGA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=119379328;WS=119379310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	119394168	rs2293235	C	T	211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.18;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	119395870	.	CGG	C	211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.25;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	119422204	rs7624672	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=348;SC=ACGGTTGTCCTTGGTCGGGTG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=119422212;WS=119422194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	119426307	rs9848716	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=11;PP=593;SC=ATCCAAGATATTCTCTATATT;SOR=1.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=119426315;WS=119426297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	119434527	rs6438544	G	C	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=52;PP=2013;SC=TCCATACTCTGCAGAATATGT;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=105;WE=119434535;WS=119434517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	119459682	.	TTG	T	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=75;QD=39.0;SC=CTGTCAGCATTTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=119459691;WS=119459672;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,2:0.18:11
chr3	119501580	rs3841391	G	GC	1133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=8;PP=778;SC=AGTGCTGGCAGCCCCCTGAGG;SOR=1.270;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=21;WE=119501588;WS=119501570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	119501780	rs2472668	G	A	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=34;PP=1178;SC=AGTGCCACCAGGTCCTTCTTC;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=119501788;WS=119501770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	119501798	rs2461831	T	A	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	119529113	rs3732356	G	T	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1059;SC=CGTGGGTGTGGGCATGCTTGT;SOR=2.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=119529121;WS=119529103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	119533733	rs6785049	G	A	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=654;SC=TCTTCCTCTCGCCCCCAACTT;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=119533741;WS=119533723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	119533773	rs6797879	T	C	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=17;PP=1134;SC=CTGGTGCCGGTCTGTGGGCTG;SOR=1.467;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=119533781;WS=119533763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	119533910	rs4058490	T	C	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=49;PP=1515;SC=CAGTGTTCAATGCGGAGACTG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=119533918;WS=119533900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	119595503	.	A	G	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=23;QD=28.8856062736;SC=CATGATTTGAATATGTCCCCC;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=119595511;WS=119595493;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	119886548	rs9858566	G	C	6520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=87;PP=2965;SC=GGCTAAAGCCGAGCTCCTTGG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=86;TCR=87;TR=172;WE=119886556;WS=119886538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr3	119886776	rs902790	T	A	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=68;PP=2101;SC=AGCCGCCTCTTTCTGGTAGGA;SOR=1.077;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=113;WE=119886784;WS=119886766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	119892121	rs13064815	C	G	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=6;PP=362;SC=ATGATTGGATCCTTTACAGGG;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=119892129;WS=119892111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	119900260	rs1488764	T	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=224;SC=AAGAGGTCAATGAGCAGTAGG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=119900268;WS=119900250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	119904125	rs902791	A	G	5468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=50;PP=1904;SC=GACAGAGACCATATCAGATGT;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=112;WE=119904133;WS=119904115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr3	119904315	rs902792	G	C	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=30;PP=934;SC=TTGTGAACATGCTGGAGCATG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=119904323;WS=119904305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	119905641	rs2319542	G	A	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=32;PP=1210;SC=CTGCAAAAGAGTCAAGGTCAA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=119905649;WS=119905631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	119911667	rs2319543	G	A	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=18;PP=862;SC=ATGAGAAACAGGAACTTTGGA;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=119911675;WS=119911657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	119962322	rs1492272	G	C	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=362;SC=GCACAATACCGACCTAGATCT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=119962330;WS=119962312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	120067797	rs4676696	G	A	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=51;PP=1856;SC=GGTTGTTCTTGGCCAGCAGCG;SOR=1.043;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=84;WE=120067805;WS=120067787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	120123953	rs1147701	T	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=24;PP=616;SC=TCAGAGGGCCTTGGCAACAAA;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=120123961;WS=120123943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	120130883	rs67083358	GACACACACACACACATACATGC	G	1660.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=18;PP=2990;SC=TCGACACACAGACACACACAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=18;WE=120130912;WS=120130873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	120134720	rs3215378	A	AG	1050.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=6;PP=790;SC=TCCGCAAGGTACCACATTGGC;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=120134728;WS=120134710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	120134883	rs2272515	T	C	5085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=57;PP=2116;SC=TCCTAAAACATACAATCATAA;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=115;WE=120134891;WS=120134873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	120169641	rs1147708	T	C	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=47;PP=1394;SC=GGCCCCGCGCTGACCTGGGAA;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=86;WE=120169649;WS=120169631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	120347374	rs137923025	T	G	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.108;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=427;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CAAACATAAATGCCTGGAGGA;SOR=1.414;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=24;WE=120347382;WS=120347364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr3	120351943	rs112229599	T	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=525;SC=CCCCTCTCAGTAAGGGTGGGG;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=120351951;WS=120351941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	120352566	rs143066858	C	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=419;SC=AGATCATAACCCTTTCCCAAG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=120352574;WS=120352556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	120360348	rs138460192	T	A	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=1;PP=86;SC=ATTGGAAATGTTAGATCTGTA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=120360356;WS=120360342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	120366522	rs137975469	CA	C	141.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=183;SC=GACAGAGAGACAAGGAAATAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=120366530;WS=120366518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	120369575	rs3817627	T	G	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=55;PP=2337;SC=CTGGCCAAAATCCCTTAGAAG;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=122;WE=120369583;WS=120369565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	120369683	rs140977117	G	A	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=44;PP=1287;SC=TAGACTTTATGTCTCCAGCTC;SOR=0.960;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=73;WE=120369691;WS=120369673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	120371414	rs2551607	G	A	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=24;PP=807;SC=GAGCAGTAGGGAGGGTGTGGA;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=120371422;WS=120371404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	120389316	rs2255543	T	A	3320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=42;PP=1374;SC=TGTGAGTGACTTGGCCTTCGT;SOR=0.806;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=77;WE=120389324;WS=120389306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	120389429	rs145728491	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=573;SC=AATGTTCTGAGTGATACACAG;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=120389437;WS=120389419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	120389491	rs17140269	A	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=146;SC=AACGACCTGTAGGCTCTAATG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=120389499;WS=120389481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	120393634	rs147202203	A	C	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=101;SC=ATAGCCTATAAGAAGCAGGAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=120393642;WS=120393627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	120413158	rs7612975	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=21;PP=571;SC=GCATATTTCTGTAGGCATAAT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=30;WE=120413166;WS=120413148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	120428621	rs11720353	T	C	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=27;PP=1180;SC=TTTAAAAATGTTTTACCATTT;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=66;WE=120428629;WS=120428611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	120461576	rs7647895	T	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=294;SC=AGGGGCGTGGTTCATTTAAGC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=120461584;WS=120461566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	120500446	rs2229308	T	A	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=216;SC=TGTGCAAAGATTGATGGTAGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=120500454;WS=120500436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	120833994	rs17195251	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=160;SC=TATTTGATACGTCTATTACTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=120834002;WS=120833984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	121100116	rs35624942	GT	G	666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=446;ReadPosRankSum=2.382;SC=AATTTGTGTGGTTTTTTTTTA;SOR=1.542;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=22;WE=121100124;WS=121100106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr3	121137976	rs6782025	C	T	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=16;PP=507;SC=CTTTGAGAAACCATATTCAGG;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=121137984;WS=121137966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	121138015	rs6782033	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=11;PP=308;SC=AGCATCACTACTCAACTGCTA;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=121138023;WS=121138005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	121154974	rs1381057	T	C	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=47;PP=2090;SC=CAAACCTGTTTGGTCACTTTG;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=118;WE=121154982;WS=121154964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	121155198	rs2030531	C	T	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=52;PP=1451;SC=GTCCACAGTTCAGTGCTCACA;SOR=1.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=74;WE=121155206;WS=121155188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	121168344	rs3218650	G	A	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=743;SC=TCATTAGGATGCGAATTTCGG;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=121168352;WS=121168334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	121168421	.	G	C	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=295;SC=CATCCACAGAGACTGATATCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=121168429;WS=121168411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	121186543	rs1381058	A	G	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=57;PP=1686;SC=ATATATGAAAAAGGTCTGATT;SOR=2.019;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=16;TCR=57;TR=72;WE=121186551;WS=121186533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	121195302	.	TACACAC	T,TAC	2075.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.17;QD=38.44;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,40:0.26,0.74:54
chr3	121202433	rs201304336	TA	T	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.246;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr3	121208833	rs3218649	G	C	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=28;PP=1060;SC=AATGGAACATGTCTGATGTTC;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=53;WE=121208841;WS=121208823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	121212277	rs11351457	AT	A	1251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=500;ReadPosRankSum=1.557;SC=TAAAATTGACATTTTTTTTTT;SOR=0.356;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=29;WE=121212285;WS=121212267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr3	121228833	rs3732406	A	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=12;PP=1238;SC=CAGTCATACAACCTCACTAAA;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=57;WE=121228841;WS=121228823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	121238749	rs702018	G	A	4734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=54;PP=1716;SC=TGCCAGCACGGCCAACCATCT;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=103;WE=121238757;WS=121238739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	121241058	rs13059229	C	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=776;SC=GTGTATCTGTCTAAATCATAA;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=121241066;WS=121241048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	121263720	rs702017	C	A	5809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=79;PP=2366;SC=TAGCTTGTCTCTTTCGTAGTC;SOR=0.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=128;WE=121263728;WS=121263710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	121265176	rs3806614	G	A	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=11;PP=733;SC=AGATTGAGAAGCATTATGCAA;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=121265184;WS=121265166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	121265522	rs11714774	A	C	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=40;PP=1228;SC=ACCAAGCAAAACTAGTAGGCC;SOR=1.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=62;WE=121265530;WS=121265512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	121339354	rs7640859	T	C	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=17;PP=1174;SC=AACCTAACTGTTTTTCTTACT;SOR=1.508;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=57;WE=121339362;WS=121339344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	121350583	rs1128159	C	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	121350966	rs9869984	C	G	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=41;PP=1790;SC=TAATCATATACAGCCACAGCT;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=90;WE=121350974;WS=121350956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	121351315	rs150627065	G	GGGCTCAGGCTCA	12660.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=76;PP=2981;SC=GCTCAGGCTCGGGCTCAGGCT;SOR=1.005;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=134;TCF=27;TCR=107;TR=100;WE=121351323;WS=121351305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,306:1.00:307
chr3	121351480	rs9815500	T	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=30;PP=859;SC=ACTGATAAGATCCCCCGCCCT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=121351488;WS=121351470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	121353254	rs2070179	T	C	5127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=67;PP=2281;ReadPosRankSum=-0.911;SC=AGCCCACGGGTACCACTAGAA;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=113;WE=121353262;WS=121353244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr3	121354381	rs7620842	A	T	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=2;PP=170;SC=CACTTTAGCCACCAAAGTGCT;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=121354389;WS=121354373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	121354583	rs3772126	G	A	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=45;PP=1709;SC=AAGCCTCACCGGCTTCTATGG;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=97;WE=121354591;WS=121354573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	121383297	rs7153	G	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=572;SC=CAAGTTTTGAGGGGAGTGGTC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=121383305;WS=121383287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	121388362	rs11363204	AT	A	185.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.57;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	121400725	rs1463736	G	A	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=23;PP=647;SC=TTAACCAAAGGGAAAGTAAAA;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=121400733;WS=121400715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	121414061	rs1127412	C	T	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=64;PP=2179;SC=AGATACATTACCTTCTATCTG;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=106;WE=121414069;WS=121414051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	121415720	rs3732410	T	C	8581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=92;PP=2965;SC=CAAGCGATTATAGTCATCTTT;SOR=0.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=184;WE=121415728;WS=121415710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr3	121416623	rs3732407	G	C	5940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=56;PP=2819;SC=CATTTTCTCAGTCATACTAAA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=139;WE=121416631;WS=121416613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr3	121435621	rs9832267	T	C	5767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	121435624	rs9812411	C	T	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	121500479	.	T	TACAC	711	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=327;ReadPosRankSum=1.769;SC=GCAATAAATGTACACACACAC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=9;WE=121500487;WS=121500469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr3	121613205	rs4603998	G	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=1;PP=411;SC=GAGTTAAACTGAGTTGCTGAA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=121613213;WS=121613195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	121631841	rs1523519	G	A	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=40;PP=1875;SC=TATCAACATGGTTGGCATTCT;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=99;WE=121631849;WS=121631831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr3	121643163	rs2293611	G	C	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=8;PP=1016;SC=CTTTTCTTCAGACATCAACTA;SOR=1.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=121643171;WS=121643153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	121659197	rs3817599	G	A	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=14;PP=653;SC=CAGTGAAGGGGGTTTGTTTAC;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=36;WE=121659205;WS=121659187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	121712291	rs35597690	G	T	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=58;PP=2498;SC=AAGGAGGGTGGCTCGGCCGCC;SOR=0.788;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=122;WE=121712299;WS=121712281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	121724038	rs3942629	G	A	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=23;PP=1949;SC=GCCAGGCCTGGTGTCTGCACC;SOR=2.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=89;WE=121724064;WS=121724028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	121810427	rs57304749	CT	C	4382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=68;PP=1786;SC=CAAGTTTTACCTTTTTTTTTC;SOR=0.703;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=24;TCR=70;TR=90;WE=121810435;WS=121810417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	121836966	rs10580127	TGA	T	5128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=34;PP=2222;SC=GAGACATTGATGAGAGAGAGG;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=47;WE=121836975;WS=121836956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	121976253	rs9869985	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=19;PP=457;SC=GCCTTCTCAGGCGGGGCACTG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=121976261;WS=121976243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	122000871	rs4678174	C	T	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=17;PP=998;SC=TGCCCAAACTCCTCCCTCTTA;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=122000879;WS=122000861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	122003045	rs2036400	G	C	10497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=113;PP=2965;SC=CCGCGCCCCCGTCAAGCTACC;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=120;TCR=114;TR=232;WE=122003053;WS=122003035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr3	122003757	rs1801725	G	T	11168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=141;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.786;SC=TCAGAAGAACGCCATGGCCCA;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=127;TCR=142;TR=267;WE=122003765;WS=122003747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,423:1.00:425
chr3	122003832	rs1801726	G	C	7340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=113;PP=2965;SC=GACCCGACACGAGCCATTACT;SOR=0.972;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=78;TCR=113;TR=190;WE=122003840;WS=122003822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr3	122004098	rs4677948	A	T	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=440;SC=GTCCCAGGGAAGAGGAATCGC;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=122004106;WS=122004088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	122128466	rs4306808	G	C	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=9;PP=1088;SC=TGCTCAGTGTGCAAGCAGCAG;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=122128474;WS=122128456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	122145810	rs4677950	T	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=6;PP=515;SC=CTGACACAGGTACGTGAAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=122145818;WS=122145800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	122186188	rs4678193	C	T	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=39;PP=1690;SC=CTCCATGTTACTAATCTGAGC;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=85;WE=122186196;WS=122186178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	122296647	rs7632426	G	A	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	122437321	rs7645033	T	C	6601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=72;PP=2633;SC=GTGTGGAATATGCTATCTCCT;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=87;TCR=74;TR=159;WE=122437329;WS=122437311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr3	122437834	rs3821688	A	G	3829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=64;PP=2005;SC=CTTGTCATCCACTATTTCACA;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=104;WE=122437842;WS=122437824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	122471407	rs72280610	TA	T	499.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.581;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,43:0.78:55
chr3	122474305	rs6794019	C	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=22;PP=565;SC=AAAAAAGATACAAGTTAGTAC;SOR=2.636;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=122474313;WS=122474295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	122477795	rs2137210	G	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=409;SC=GCTGACCTGGGAGTGGAATCT;SOR=2.030;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=20;WE=122477803;WS=122477785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	122478032	rs10657578	C	CCA,CCACA	926.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16,16;NR=0,0;PP=407,106;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CATGTGCGTTCCACACACACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=16,16;WE=122478040;WS=122478022;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.42,0.54:26
chr3	122512631	rs3806643	G	A	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=424;SC=CCACAGGAAGGAGCCCCGGCG;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=122512639;WS=122512621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	122513964	rs891406	A	C	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=84;SC=CCTGCTGCTCAGGACTATTCT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=122513972;WS=122513954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	122525555	rs35035359	G	GT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr3	122605544	rs9864868	G	A	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=35;PP=1341;SC=AAACTGTGCAGATATTTTACA;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=76;WE=122605552;WS=122605534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	122629589	rs7622250	A	G	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=80;SC=CCCGGGAGGCAGAGCTTGCAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=122629597;WS=122629579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	122629656	.	CA	C	61.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr3	122630323	rs2303982	T	G	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=19;PP=613;SC=ATGAGGTAGGTCCGGTTTCTT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=122630331;WS=122630313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	122630346	rs2303983	T	C	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=13;PP=444;SC=ACCTGCACAGTCGGTGGCCTC;SOR=0.927;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=122630354;WS=122630336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	122631896	rs2276782	A	T	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=37;PP=1063;SC=GCGCAGGAGGACCTCCACCAG;SOR=1.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=122631904;WS=122631886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	122642401	rs2276780	G	A	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=9;PP=572;SC=GAATCAGCTTGTGGCTGGTAA;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=122642423;WS=122642391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	122642415	rs2276779	G	C	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=10;PP=535;SC=CTGGTAATCTGGGGGTAAGGC;SOR=1.230;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=122642423;WS=122642391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	122642590	rs2276778	G	A	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	122646591	rs73856750	C	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	122646734	rs2276775	C	T	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=30;PP=1244;SC=AGTCGATGACCGTGGCTGCAT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=122646742;WS=122646724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	122646828	rs2276774	A	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=26;PP=719;SC=GATCTTCTCAATAGTCCGGCT;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=122646836;WS=122646818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	122646929	rs79679922	C	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=132;SC=GTTTTGTTTCCTCCTGTGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=122646937;WS=122646919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	122647610	rs76653630	C	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=19;PP=549;SC=GTCCGGGTCACGTCTGTGGAC;SOR=1.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=122647618;WS=122647600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	122680171	rs4677985	A	G	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=40;PP=1626;SC=AATTTTGGGTAAGTCATGGAT;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=122680179;WS=122680161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	122807995	rs836860	G	A	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=10;PP=803;SC=ACTCACAGTCGTTGGCTCCTT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=122808003;WS=122807985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	122811042	rs836863	A	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=172;SC=CACAGGCCCTAGCACTGTTGA;SOR=2.670;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=122811050;WS=122811032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	122821108	rs2717233	C	T	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=477;SC=CACCCTCTAGCTCTCACAGCC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=122821116;WS=122821098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	122821385	rs2241961	T	C	4485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=70;PP=1914;SC=AAGTGCCAAATGCTTTCATTG;SOR=0.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=118;WE=122821393;WS=122821375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	122821478	rs2241962	T	A	994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.13;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	122821671	rs2241963	AT	GA	6532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=38;PP=2947;SC=GTTCTCAGCAATGGTGGAGTC;SOR=0.778;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=86;WE=122821680;WS=122821661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	122880191	rs8935	T	C	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.18;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=1.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chr3	123008519	rs4677881	T	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=186;SC=GCGGATGCGGTATGGGGTATG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=123008527;WS=123008516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	123014877	rs9881951	C	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=467;SC=CTGTTGTCTCCGCCACCTGCT;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=123014885;WS=123014867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	123015094	rs9882534	G	C	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=37;PP=911;SC=GGCCTGAGACGGCCGTGGCTC;SOR=1.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=51;WE=123015102;WS=123015084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	123018963	rs4482616	A	G	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=30;PP=1440;SC=GAGGTGCCCCATACATGGCGT;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=85;WE=123018971;WS=123018953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	123021838	rs9877581	A	G	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=445;SC=GAGCAGCTGCAGTGACAGTGG;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=123021846;WS=123021828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	123022740	rs4333033	G	A	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;QD=26.60;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	123037047	rs4327330	A	C	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=145;SC=ACACCCAGGGAAGCCACTCAT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=123037055;WS=123037037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	123047666	rs9855969	A	G	4723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=85;PP=2527;SC=ATGGAGCAGGAGTAAAGCTGG;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=52;TCR=85;TR=137;WE=123047674;WS=123047656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	123049678	rs4678009	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=6;PP=756;SC=GTCAGTCAGTCGCTCGGGCTG;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=123049686;WS=123049668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	123049938	rs6806529	A	C	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=15;PP=450;SC=GAGAAGCAAAAAGATTCACCC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=123049946;WS=123049928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	123066555	rs112525497	A	AAAGG	5947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=29;PP=1392;SC=TGCCCACTTGAAAGGAAGTGG;SOR=1.402;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=56;WE=123066569;WS=123066545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	123167249	rs4678027	G	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=174;SC=CGCGGGCAGAGCCCCCGGGGG;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=123167257;WS=123167239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	123332875	rs11399895	G	GT	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.381;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.441;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr3	123378534	rs39639	C	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=445;SC=GATGAAAACTCTCAGAAAAGA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=123378542;WS=123378524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	123411589	rs40305	G	A	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=21;PP=851;SC=TACCATCCACGGTGACTTGGC;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=123411597;WS=123411579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	123418913	rs865358	G	A	9721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=121;PP=2965;SC=GGGTCTTTCCGTTCAGCGTCC;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=101;TCR=121;TR=222;WE=123418921;WS=123418903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr3	123440967	rs820355	G	A	7321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=67;PP=2272;SC=GTGCCCAGAGGCTCCTACCAT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=135;WE=123440975;WS=123440957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr3	123444785	rs820329	A	T	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=28;PP=1330;SC=GGCAGGGGGAACTCACCATTC;SOR=1.028;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=72;WE=123444793;WS=123444775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	123451773	rs9833275	G	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=17;PP=855;SC=CTACAGGACAGCTGGCCTTGG;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=123451781;WS=123451763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	123452838	rs4678047	G	A	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=38;PP=1457;SC=GAAGGACCGGGGTCTGCGGGG;SOR=0.878;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=67;WE=123452846;WS=123452828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	123456432	rs2168439	C	T	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=71;PP=1941;SC=CAAATCTGCTCACCTTCTGGC;SOR=2.258;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=19;TCR=72;TR=90;WE=123456440;WS=123456422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	123457711	rs2198766	C	A	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=6;PP=714;SC=CTAATACAGGCTGGATCAGGG;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=123457719;WS=123457701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	123457893	rs9840993	G	A	6036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=73;PP=2513;SC=TCCACTGCTGGAGCTGAAAAT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=142;WE=123457901;WS=123457883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr3	123633612	rs11551801	G	A	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=7;PP=740;SC=CACCTGATGAGTTTTCTTCTG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=35;WE=123633620;WS=123633602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	123634046	rs2700373	G	A	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=28;PP=1148;SC=CAGCAAGTCCGCTGTTGCTGA;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=68;WE=123634054;WS=123634036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	123652476	rs6784695	G	A	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=15;PP=916;SC=CAACATTTCCGGAGCCACAAA;SOR=1.421;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=48;WE=123652484;WS=123652466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	123698302	rs143684184	TG	T	37.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=18.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	123801295	rs58715131	G	A	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=55;SC=GCTTTATTTGGGGGGTGAGGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=123801303;WS=123801285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	123988039	rs2272486	T	C	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=47;PP=1333;SC=AGATGTGGCATGTGCGCAAGC;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=123988047;WS=123988029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	124044949	rs2289778	C	T	7475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=86;PP=2810;SC=GGAAGAGCTTCGCTGCTGCCC;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=77;TCR=86;TR=163;WE=124044957;WS=124044939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr3	124066121	.	C	CTGTG,CTG	251.79	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=0,0;NR=9,9;PP=166,228;ReadPosRankSum=-0.157;SC=AGGTGAGAAGCTGTGTGTGTG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=9,9;WE=124066129;WS=124066111;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.88:8
chr3	124114068	rs9841322	G	A	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=51;PP=1967;SC=AACTGATCAAGCAGTTCCAGC;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=115;WE=124114076;WS=124114058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	124128938	rs647010	A	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=9;PP=653;SC=GAAACACCAGATACAGAATCC;SOR=1.445;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=34;WE=124128946;WS=124128928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	124195987	rs572145	T	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=295;SC=TAGACACTGGTGTCTGAGGGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=124195995;WS=124195978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	124210344	rs10755077	C	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=18;PP=485;SC=AGTGACACCTCAAAGCTAAGG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=124210352;WS=124210334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	124281980	rs2256831	T	C	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=30;PP=706;SC=AAGGAGGCCATGAGCGCTGGC;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=124281988;WS=124281970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	124303786	rs2250757	G	C	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	124351229	rs3816201	C	G	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=25;PP=1502;SC=CCTGCCTTCACCACCTCTGAC;SOR=1.384;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=124351237;WS=124351219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	124351316	rs1708303	G	A	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=64;PP=2965;ReadPosRankSum=1.194;SC=CCGAGTCCGTGGCCAACCTGC;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=91;TCR=64;TR=155;WE=124351324;WS=124351306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,273:1.00:274
chr3	124351424	rs1660038	T	C	5592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=84;PP=2965;SC=TGCGTCGGCTTAACAGCGGGA;SOR=0.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=60;TCR=84;TR=144;WE=124351432;WS=124351414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	124352573	rs652046	A	G	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=11;PP=854;SC=GGAAATTGCGACTGAACAGTT;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=124352581;WS=124352563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	124369640	rs11372663	T	TA	4023.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=26;PP=1676;SC=TAAGCCTGTTTTTCTCTCTTT;SOR=0.715;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=38;WE=124369658;WS=124369630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	124369650	rs2291988	T	C	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=27;PP=1122;SC=TTTCTCTCTTTTCAGAGTCTA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=124369658;WS=124369630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	124374259	rs4677938	G	A	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=0;PP=252;SC=TCTGGCCTTGGTGTCCTCAGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=124374267;WS=124374257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	124374405	rs4677939	A	C	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=29;PP=1303;SC=TTTTTGGCTTAACAATGAAGA;SOR=0.824;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=68;WE=124374413;WS=124374395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	124376653	rs106520	G	A	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=69;PP=2230;SC=TTAAGCACGTGAGTGTCTCCC;SOR=0.902;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=119;WE=124376661;WS=124376643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	124377165	rs2175740	G	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=5;PP=273;SC=GCCTTGGTGCGTCCCCAAGTG;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=15;WE=124377173;WS=124377155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	124377430	rs56342323	G	A	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=33;PP=1013;SC=GCCACTTTCAGAAATACCAGA;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=124377438;WS=124377420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	124378386	rs333297	C	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=592;SC=GTAGAGCTAGCGGTTCTGTCT;SOR=4.174;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=124378394;WS=124378376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	124379641	rs333291	C	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=1;PP=508;SC=AGCTACTCTACACCATTGCCA;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=124379649;WS=124379631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	124379748	rs333290	G	C	5105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=43;PP=2049;SC=CCACACTCTTGCCTGCTTCCC;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=108;WE=124379756;WS=124379738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr3	124379817	rs333289	T	C	5447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=62;PP=1897;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GTTCAGATATTGAGGTGAGTT;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=119;WE=124379825;WS=124379807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr3	124380793	rs665927	C	T	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=22;PP=660;SC=TTTAAGAATGCGTCTAAGCCC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=124380801;WS=124380783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	124390796	rs3772782	C	T	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=29;PP=821;SC=GGCATAGCCTCAGGGGTTACT;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=124390804;WS=124390786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	124393610	rs333354	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=337;SC=TTGAGTGCTGACACCATATGC;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=124393618;WS=124393600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	124396338	rs333349	T	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=9;PP=808;SC=CACACATTAGTTCTTGTCCCA;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=124396346;WS=124396328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	124398571	rs821365	A	T	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=28;PP=733;SC=AGATTTTTTTAAAAAACAAAA;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=124398579;WS=124398561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	124398589	rs821364	A	C	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=593;SC=AAAACTTGTTATCTTGAATGC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=124398597;WS=124398579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	124412634	rs333283	G	T	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.193;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=1079;ReadPosRankSum=1.987;SC=AATTTTCTGTGTCTTTTTGTT;SOR=0.400;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=59;WE=124412642;WS=124412624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr3	124418846	rs2289427	C	T	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=65;PP=2068;SC=GCCTTCCCAGCGAGCCCTCGG;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=37;TCR=65;TR=102;WE=124418854;WS=124418836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	124437747	rs143730660	TC	T	5212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.22;SOR=1.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	124483420	rs61761679	G	C	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=37;PP=1049;SC=GGGACCAGAAGCATGGTAAGC;SOR=1.539;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=53;WE=124483428;WS=124483410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	124605736	rs6438861	T	C	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=96;SC=CGGCTGAGTGTGCGACAAAGT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=124605744;WS=124605726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	124629222	rs34208404	TA	T	1755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.203;HP=13;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.523;NF=12;NR=29;PP=494;ReadPosRankSum=-0.993;SC=CATCTCTCTATAAAAAAAAAA;SOR=0.468;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=41;WE=124629231;WS=124629212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,105:0.90:117
chr3	124642579	rs60525593	C	T	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=55;PP=1485;SC=ATCTTCATGCCTCCCCCCTGG;SOR=1.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=80;WE=124642587;WS=124642569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	124646594	rs4679392	A	G	4850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=57;PP=2337;SC=AGCAGTAGGTATAGGAATTGT;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=113;WE=124646602;WS=124646584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr3	124646705	rs10630030	A	AAAG	5981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=54;PP=2924;SC=AGCTGTTGGGAAAGGTGTATT;SOR=1.129;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=63;WE=124646713;WS=124646695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	124653710	rs10934701	A	G	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=29;PP=880;SC=AATACCATAGATCTCTTCCGA;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=124653718;WS=124653700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	124692689	rs2270778	C	T	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=44;PP=1522;SC=ATTCAGCATACGGGGACATTT;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=82;WE=124692697;WS=124692679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	124692785	rs2270779	C	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=28;PP=733;SC=AGCTCAATTCCGTAAAGAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=124692793;WS=124692775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	124731485	rs10804567	C	G	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=40;PP=1563;SC=GAAGAGGACACTGTTGTTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=124731493;WS=124731475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	124732618	rs6790837	A	G	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=41;PP=1619;SC=CTGAGCATGAAAAAAGGAGGA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=82;WE=124732626;WS=124732608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	124732842	rs6438871	C	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=712;SC=CGACTGTAAACGGAAAAGCCA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=31;WE=124732850;WS=124732832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	124733649	rs6438873	T	G	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=18;PP=837;SC=TGTTTCTTGGTGCATGGCCGC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=124733657;WS=124733639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	124738107	rs59232004	C	T	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=42;PP=1823;SC=AAAACTCACTCGAACGTTCTC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=101;WE=124738115;WS=124738097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	124739706	rs113503641	C	T	5445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=57;PP=2618;SC=CAATGAATTCCTCATCCCCTG;SOR=0.888;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=133;WE=124739714;WS=124739696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	124739892	rs6438874	G	A	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=59;PP=1974;SC=TGAACACGGTGGCAACATGCA;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=102;WE=124739900;WS=124739882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	124746049	rs2981546	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=263;SC=TGGCACTCACATGAGGAAAGG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=124746057;WS=124746039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	124746182	rs2333041	C	A	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=31;PP=1392;SC=GAAGAAAGGACGGGCTCCAAG;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=73;WE=124746190;WS=124746172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	124746347	rs4404487	T	C	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=50;PP=1273;SC=GAAGACTTTCTGAGGCTGAAA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=86;WE=124746355;WS=124746337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	124748226	rs2860440	G	A	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=28;PP=1031;SC=GAACCATCACGCCCTCTTTGG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=124748234;WS=124748216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	124774779	rs200147885	A	AGGGCAGC	211.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.36;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	124837684	rs621383	T	C	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=25;PP=737;SC=AAGACGAAGATGATGTACAGA;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=124837692;WS=124837674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	124839470	rs863642	G	A	7357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=86;PP=2965;SC=CAGGGAGCCCGGGGGAATGCT;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=88;TCR=87;TR=174;WE=124839478;WS=124839460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr3	124854425	rs702048	T	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=354;SC=ATACCAAGAGTACCTGCAGGC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=124854433;WS=124854415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	124896861	rs545103	C	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=32;PP=965;SC=GGACAGAAAGCCATGGGCCCA;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=124896869;WS=124896851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	124930044	rs673881	A	G	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=3;PP=385;SC=AGTTAATTACATCTAAAGGGT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=124930052;WS=124930034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	124930408	rs686088	A	G	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=137;SC=TTTGGTACCCAGGTAGATCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=124930416;WS=124930398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	124951171	.	CTT	C,CT	640.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.231;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,24,24:0.39,0.39:61
chr3	124951821	rs1053738	C	T	6092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=84;PP=2965;SC=CATTCTCTGACGGGGTGACCT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=78;TCR=84;TR=162;WE=124951829;WS=124951811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr3	124998098	rs10665336	C	CAAA	1040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=34.69;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	125270985	.	GTA	G	63	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=60.28;NF=2;NR=4;PP=63;QD=11.5;SC=ATGTGTGTGTGTATATATATA;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=6;WE=125270996;WS=125270975;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,6:0.29:21
chr3	125313710	.	C	CT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=-1.609;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,12:0.17:69
chr3	125734559	rs41265739	G	A	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=32;PP=903;SC=TATCTGCTGCGGCCAAACTGG;SOR=2.208;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=42;WE=125734567;WS=125734549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	125769757	rs4077563	C	T	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=22;PP=1557;SC=CACGTTGTGGCCGCCTCGAAT;SOR=1.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=76;WE=125769765;WS=125769747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	125775228	rs7613944	T	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=29;PP=1259;SC=CCAGGCCGGCTGTCATCATGC;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=71;WE=125775236;WS=125775218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	125775428	rs6438964	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=425;SC=CCAGGAGCACGAAGTCAGAGC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=125775436;WS=125775418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	125786695	rs4308225	G	A	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=14;PP=777;SC=AGGACTGCCCGACAACCTTTA;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=125786703;WS=125786685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	125786760	rs4308226	G	A	2663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=23;PP=1246;SC=GCAGTGCCCCGCTCCCTGTCC;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=60;WE=125786768;WS=125786750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	125786879	rs4234270	T	C	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=44;PP=1268;SC=ATGGACCAGGTGGTCTCCCTG;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=125786887;WS=125786869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	125874388	rs2276731	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=19;PP=564;SC=CAATAGGACCCTGCCTCCTTC;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=125874396;WS=125874378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	126135070	rs143567171	C	CCGCGTCCCCGGCCTCAGGTCCG	1221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=956;SC=GCGCGCAAACCCGCGTCCCTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=3;WE=126135078;WS=126135060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	126135365	rs6439010	G	T	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=61;PP=1712;SC=CGTCCCCTCCGGCGCGGGGGG;SOR=1.197;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=126135373;WS=126135355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	126137558	rs4679242	C	T	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=21;PP=670;SC=AGAAGGACGCCGCCTTGTTCG;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=39;WE=126137566;WS=126137548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	126138778	rs2271630	T	C	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=18;PP=858;SC=TGCTGAAGCTTGGCTGCAGCT;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=126138786;WS=126138768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	126138889	rs1877967	G	T	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=27;PP=905;SC=CCAGCCTGAGGAGGAGCCTGG;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=52;WE=126138897;WS=126138879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	126142583	rs74892038	C	T	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=29;PP=714;SC=AGCCCACACCCGTCCGTGGCC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=126142591;WS=126142573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	126157464	rs11444454	T	TG	855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=628;SC=TGTTCTTTGATGAAAAATGAA;SOR=1.697;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=126157472;WS=126157454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	126158622	rs1799404	A	C	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=32;PP=863;SC=AGTGCAGCAAAGGTCCTCGTC;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=126158630;WS=126158612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	126160601	rs4679121	C	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=5;PP=579;SC=GACTGGCCAGCTCTCACCTGC;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=126160609;WS=126160591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	126169091	rs777493	T	C	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=29;PP=1427;SC=CAACCTTGGATGCGTAAGGGT;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=80;WE=126169099;WS=126169081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	126169230	rs777494	C	T	7075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=77;PP=2789;SC=TAGAGATCCACGCACCCTCCC;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=73;TCR=77;TR=150;WE=126169238;WS=126169220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	126169472	rs777495	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=561;SC=CCTACCCGCATCTCCCTTCCT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=126169480;WS=126169462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	126194357	rs7624748	G	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	126207222	rs777483	A	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=352;SC=CTGCTAGGCCAGAAGGATGGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=126207230;WS=126207212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	126211479	rs2307882	C	CCTCT	1626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=1489;SC=AGCCTGAGCGCCTAACAAGGT;SOR=2.012;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=26;WE=126211487;WS=126211469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	126216829	rs13098666	T	A	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=41;NR=30;PP=1196;SC=TAGAAGCTTGTCTCTATGGAG;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=71;WE=126216837;WS=126216819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	126218769	rs35907154	T	C	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=614;SC=AGAGGCACAGTGAAGCCTCGG;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=126218777;WS=126218765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	126218788	rs6774768	T	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=4;PP=928;SC=GGTCAGGATTTGCTGGGCCAC;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=38;WE=126218796;WS=126218778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	126219030	rs13072404	T	C	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=84;PP=2184;SC=ACCACCGCTGTGAGGCCCTGG;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=46;TCR=84;TR=130;WE=126219038;WS=126219020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	126219086	rs13092625	A	G	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=51;PP=1543;SC=CATGCTCCCCACCAACTTCCA;SOR=1.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=126219094;WS=126219076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	126219117	rs13092793	C	T	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=36;PP=967;SC=CTGGACTGCTCCTGCTCCTCG;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=126219125;WS=126219107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	126219733	rs79706014	G	A	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=30;PP=881;SC=GAAGCCATGCGGTGGTCAGTG;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=126219741;WS=126219723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	126219973	rs1177565	T	C	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	126220078	rs34663426	G	A	8265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr3	126220539	rs9844797	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=299;SC=ATATTTTGGGAAACAGAAGAT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=126220547;WS=126220529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	126220845	rs7643584	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=21;PP=608;SC=TCCTCAGCTCGGGGGTTGCGG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=126220853;WS=126220835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	126226518	rs9784244	C	T	3889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	126236348	rs1687480	T	C	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=10;PP=511;SC=CAGCTCCCACTAAGAGGGCAG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=27;WE=126236356;WS=126236338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	126243419	rs7613347	A	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.037;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=451;ReadPosRankSum=0.801;SC=GGCGCTGGTGAGGCACAGAAA;SOR=1.033;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=31;WE=126243427;WS=126243409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr3	126260608	rs6766712	G	T	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=36;PP=1701;ReadPosRankSum=-0.473;SC=AGGTGCACCGGCAGCGGCGCG;SOR=0.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=95;WE=126260616;WS=126260598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr3	126261202	rs1056524	G	A	7404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.56;SOR=0.983;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	126261207	rs1056523	C	T	7478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr3	126261345	rs1056522	G	A	8958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=98;NR=103;PP=2965;SC=TTCTACCAGCGGCGCCTCTTC;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=98;TCR=103;TR=201;WE=126261353;WS=126261335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr3	126268918	rs869463	G	A	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=32;PP=1050;SC=CTGGAGCCCCGAGCCTAGAGA;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=126268926;WS=126268908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	126270735	rs2291509	G	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=520;SC=AAAGTGGCGCGTGCTGGGAGG;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=22;WE=126270743;WS=126270725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	126270757	rs13071443	G	T	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=804;SC=TAACATGAACGTCTGCATGCA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=126270765;WS=126270747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	126328101	rs9856833	A	G	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=35;PP=1023;SC=CAGTAAAAGCATACAATAGAT;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=126328109;WS=126328091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	126329910	rs777241	A	G	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=51;PP=1779;SC=TTATCTTTGCATAACAAGTGT;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=111;WE=126329918;WS=126329900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	126340553	rs3732534	G	A	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=22;PP=1662;SC=ATCTTGATCAGGACATTATCT;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=78;WE=126340561;WS=126340543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	126365127	rs11453652	C	CT	1925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=37;PP=1654;SC=GTGAGTTAAACAAAGTGTTAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=37;WE=126365135;WS=126365117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	126373994	rs3108755	A	G	3236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=41;PP=1926;SC=CCGCCCCCCAACACCGCCCCG;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=90;WE=126374002;WS=126373984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	126390443	rs139689605	GGA	G	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr3	126451805	rs2272488	G	A	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=15;PP=893;SC=CTGACCAGCCGCTGGCTGGTT;SOR=1.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=51;WE=126451813;WS=126451795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	126451937	rs2272487	G	T	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=58;PP=2088;SC=ACAGGAGCATGCTGCTATCCA;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=118;WE=126451945;WS=126451927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	126452133	rs6800807	C	T	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=312;SC=GGGGGCGGGCCCTGGCACCTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=126452141;WS=126452123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	126633419	rs2303994	C	G	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=12;PP=802;SC=CTTTGATGCCCGTCAAGAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=44;WE=126633427;WS=126633409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	126644974	rs732462	G	C	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=7;PP=767;SC=CTGAAAGGCTGTCTAAAATCC;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=35;WE=126644982;WS=126644964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	126724881	rs12489348	G	C	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=31;PP=1229;SC=TGGGAGTCCTGGGCAAGCAGT;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=126724889;WS=126724871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	126737268	rs4679323	C	A	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=41;PP=1912;SC=TGGCTGTGCTCATCGCCTACA;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=100;WE=126737276;WS=126737258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	126739012	rs891762	G	T	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=29;PP=1283;SC=GGCCACCAGGGCATGCTGCCC;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=126739020;WS=126739002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr3	126739291	rs6439030	T	C	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=22;PP=579;SC=GCAGCCTGTGTGGCCTGGGGG;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=126739299;WS=126739281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	126751689	rs6439031	G	A	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=79;PP=2333;SC=GGTGAACACCGTGGGAGCCCA;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=125;WE=126751697;WS=126751679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	126880488	rs7625800	T	C	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=24;PP=2145;SC=CCTGCCCCTCTCTCTGCCTGG;SOR=2.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=75;TCR=24;TR=99;WE=126880496;WS=126880478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	127105975	rs11407470	T	TA	573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.725;QD=5.68;ReadPosRankSum=-1.264;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr3	127323830	rs893293	C	T	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=36;PP=1550;SC=AGGAGATGATCGAGAGCATCG;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=127323838;WS=127323820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	127336934	rs782427	A	G	7700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=92;PP=2912;SC=GGTATAGCTCACATGTGCCCG;SOR=0.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=169;TCF=77;TCR=92;TR=167;WE=127336942;WS=127336924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr3	127391018	rs813633	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=544;SC=GTGCCGCGGGAACCCCCTGGG;SOR=3.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=127391026;WS=127391008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	127396220	rs1658037	T	C	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=22;PP=899;SC=CCTTGTGTGGTCCTGGACCAG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=127396228;WS=127396210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	127434580	rs627498	G	A	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=39;PP=1930;SC=GGCAGGTCCCGCACCCAGATG;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=106;WE=127434588;WS=127434570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	127434856	rs477554	C	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=24;PP=620;SC=TGAGACCCCCCGCACCTGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=37;WE=127434864;WS=127434846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	127641968	rs4141499	C	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=14;PP=684;SC=GAATAAAATTCAGAACATGAA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=127641976;WS=127641958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	127703085	rs13100951	G	A	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=52;PP=1355;SC=TCATCCCCCCGCCTTCAGATT;SOR=1.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=75;WE=127703093;WS=127703075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	127703144	rs34959313	C	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=727;SC=GGAGGACCTCCTGCTGTTCTG;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=29;WE=127703152;WS=127703134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	127774722	rs6802633	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.46;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	127774722	.	AA	GC	405	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=8;PP=405;QD=50.9408749847;SC=AAGAATGTTAAAGTGCTGTGT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=127774731;WS=127774712;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr3	127774723	rs55662362	A	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	127775480	rs9827668	G	T	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=13;PP=1005;SC=CAAATTTTGCGTATTCATTTT;SOR=1.646;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=49;WE=127775488;WS=127775470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	127775499	rs9827421	C	T	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=21;PP=1330;SC=TTTAAAATAACGTACTACGTT;SOR=1.413;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=70;WE=127775507;WS=127775489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	127775788	rs9847934	T	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	127779220	rs9848345	C	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=9;PP=661;SC=CTTTACTGACCGCTCTCTGGG;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=127779228;WS=127779210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	127779306	rs2304018	G	A	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=27;PP=1437;SC=AACCATGTCCGTGGGGAGCAG;SOR=1.274;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=79;WE=127779314;WS=127779296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	127783698	rs1044843	A	T	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=376;SC=TCCTTCATATATGTCTCCTCC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=127783706;WS=127783688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	127784118	rs13070488	T	C	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=36;PP=1087;SC=AATCATGTTCTTCTGGGTTGG;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=49;WE=127784126;WS=127784108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	127786551	rs9858267	G	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=23;PP=768;SC=GGTCTGTGACGTGTGCAGATA;SOR=2.012;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=32;WE=127786559;WS=127786541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	127786675	rs2276867	T	G	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=9;PP=712;SC=GTTAGACTTTTTCATATGACT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=127786683;WS=127786665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	127799983	rs1057220	A	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=427;SC=AGCGCTGCAGACCACGCCTGA;SOR=3.500;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=127799991;WS=127799973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	127800071	rs1057156	A	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=17;PP=934;SC=GGAGTCTCTTACTGCTGAAAA;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=127800079;WS=127800061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	127816433	rs34228187	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=299;SC=TCCAAACCCATGCTAGGAGCC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=127816441;WS=127816423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	127817955	rs11720239	A	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=26;PP=733;SC=AGGTTCCCCTAACCTGTAAGA;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=127817963;WS=127817945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	127872506	rs11711710	C	T	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=41;PP=1535;SC=TCGATCTGGGCTTCTCGTGCT;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=92;WE=127872514;WS=127872496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr3	127872602	rs11719546	A	G	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=51;PP=1634;SC=CCGGCGAGCCACTGCTTCAGG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=83;WE=127872610;WS=127872592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr3	128181537	rs2953129	C	T	8555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=109;PP=2965;SC=TCTCGGTGGACGACATCACCG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=101;TCR=110;TR=209;WE=128181545;WS=128181527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr3	128182074	rs2981026	G	A	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=48;PP=1311;SC=CCAGCACTTCGTAGTAGTTAG;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=73;WE=128182082;WS=128182064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr3	128205860	rs1573858	G	C	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=29;PP=677;SC=GCGGCTGCTCGGGCGCCACCT;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=128205868;WS=128205850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	128292062	rs200346912	CT	C	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.193;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr3	128292213	rs2734046	A	G	4278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=42;PP=1876;SC=GCTGGAAACCAGAGCTTGATG;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=95;WE=128292221;WS=128292203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	128292318	rs147519916	ATC	A	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,28:0.12:230
chr3	128618366	rs371460179	GGT	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr3	128853622	rs7646403	C	G	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	128859202	rs10664499	C	CTTAG	4920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=26;PP=2207;SC=CTGTCACAAACTTACTTACGT;SOR=1.502;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=48;WE=128859210;WS=128859192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	128864520	rs9842978	C	G	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=20;PP=1159;SC=CTGTATCAAGCGACTACTATG;SOR=1.257;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=128864528;WS=128864510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	128864540	rs9880527	A	G	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=24;PP=1372;SC=GGCAAGAATGAGCTGGGAACT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=128864548;WS=128864530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	128877521	rs4452346	C	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=23;PP=634;SC=CATTCATATACAAATATTGTA;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=128877529;WS=128877511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	128890350	rs4303883	G	A	6754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=89;PP=2965;SC=GATAACAAATGTCTGGAAGAG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=172;WE=128890358;WS=128890340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr3	129100288	rs62266952	A	G	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=58;PP=1717;SC=GAAGGTAAGCATCTAGCCAGC;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=97;WE=129100296;WS=129100278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	129127432	rs183930365	C	A	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=22;PP=1522;SC=ATCACCCTCACCCCAGCTCTG;SOR=1.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=129127440;WS=129127422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	129147418	rs3796391	G	A	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=27;PP=884;SC=CGGGGTATCAGATAAACCGTA;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=129147426;WS=129147408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	129152144	rs140695	T	C	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=48;PP=1110;SC=GCTGATTTCATGTTCAAGTAG;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=69;WE=129152152;WS=129152134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	129168854	.	C	CT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr3	129185661	rs6805886	C	A	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=10;PP=484;SC=GGGCTCCTTGCCAGGATTTTA;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=129185669;WS=129185651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	129275551	rs143824934	TGGGGAG	T	3124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=24;PP=1292;SC=GGAGGCAGGATGGGGAGGAGG;SOR=1.148;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=129275564;WS=129275541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	129279597	rs2713627	C	T	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	129281980	rs2713625	C	T	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	129284127	rs80245809	G	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=10;PP=785;SC=GGTCACTGCCGCTGAGTCCCT;SOR=1.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=129284135;WS=129284117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	129293183	rs2625962	T	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=9;PP=745;SC=GCTTACCGCGTGGATCTCGGG;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=129293191;WS=129293173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	129303197	rs2811463	T	C	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=59;PP=1771;SC=TCTGCCCCTCTGGGGCTGTGC;SOR=1.661;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=85;WE=129303205;WS=129303187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	129308096	rs13079843	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	129324127	.	CCCG	C	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr3	129324193	rs7619850	A	G	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=11;PP=592;SC=GCTTGCGCTCACAGGCCGGTC;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=19;WE=129324201;WS=129324183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	129546729	rs784689	T	C	5582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=58;PP=2715;SC=ATAGCAGAGCTGGTAGGTGCA;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=88;TCR=58;TR=146;WE=129546737;WS=129546719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	129694934	rs784705	C	A	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=22;PP=633;SC=GGAAACCTGCCGGCAAAGGGG;SOR=1.675;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=30;WE=129694942;WS=129694924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	129695440	rs13097335	G	T	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=107;SC=AGTGGGAGCTGCAGGAAATGT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=129695448;WS=129695430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	129695538	rs784704	C	T	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=10;PP=983;SC=CTTTCCTTCCCCAGCGTCCCA;SOR=2.041;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=129695546;WS=129695528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	129695954	rs5662	T	C	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	129696041	rs5663	A	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=15;PP=490;SC=CCTGGGTCAGAGAGCCCCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=129696049;WS=129696031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	130114408	rs5852594	AC	A	2415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=37;PP=1547;SC=TATATTTAGAACCATATATTT;SOR=1.508;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=38;WE=130114416;WS=130114398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	130116696	rs12488457	A	C	6009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=61;PP=2664;ReadPosRankSum=-1.051;SC=CAGTGGGCCAACTCATCTGAA;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=147;WE=130116704;WS=130116686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr3	130122409	rs5852595	TG	T	3863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;MQRankSum=0.250;QD=28.20;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr3	130124270	rs1497313	A	G	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	130124491	rs10934940	G	A	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=36;PP=991;SC=GTCCAGGGGCGTGGGGTCAGA;SOR=1.571;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=130124499;WS=130124481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	130124989	rs4688761	C	T	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=44;PP=1475;SC=GTCATGGAGACGATGGGATTG;SOR=0.845;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=80;WE=130124997;WS=130124979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	130125116	rs1497312	G	C	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=25;PP=780;SC=TTTTAGGGCTGTCATGGATTT;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=38;WE=130125124;WS=130125106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	130132302	rs11717623	T	A	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr3	130132302	.	TAG	AAT	2926	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=39;NR=39;PP=2926;QD=20;SC=TACTTATGTCTAGCAGAGAAT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=78;WE=130132312;WS=130132292;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,78:0.94:83
chr3	130132304	rs11713542	G	T	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	130132509	rs2219026	A	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=24;PP=655;SC=AATCATATCAATGAGCATTTT;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=130132517;WS=130132499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	130132851	rs10512767	A	G	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	130134492	rs16827497	T	C	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	130134563	rs7628563	G	A	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=27;PP=941;SC=TGAGTGACTCGGAGACATTAG;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=130134571;WS=130134553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	130135456	rs6439233	T	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=7;PP=487;SC=TGCCATCTGCTTCTCTCCTCC;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=130135464;WS=130135446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	130135575	rs4688798	A	T	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=24;PP=796;SC=CGGTGCCAACATTTTAGTCTC;SOR=0.927;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=41;WE=130135583;WS=130135565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	130137866	rs13062453	G	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=119;SC=CCCAATTATGGGGGGCATGAA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=130137874;WS=130137856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	130142587	rs35980322	AT	A	120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.25;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	130144984	rs1874599	G	C	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=128;SC=TTTTTGTTTTGTCTTGTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=130144992;WS=130144974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	130158343	rs2403340	C	T	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=25;PP=1096;SC=AGCAAACATGCGTTCACTTCT;SOR=0.881;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=61;WE=130158351;WS=130158333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	130162395	rs9883988	A	G	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=57;PP=1675;SC=GAGAATATTCAAAATGATGGT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=130162403;WS=130162385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	130174334	rs819085	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=13;PP=501;SC=TTTTTGGGAGGTAATGGCTTC;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=130174342;WS=130174324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	130187817	rs322113	T	C	5314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=46;PP=2199;SC=ACTTTCACATTGCCCCCACTC;SOR=0.960;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=115;WE=130187825;WS=130187807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	130189918	rs10668406	T	TTG	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.582;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr3	130190630	rs322117	G	A	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=25.18;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	130190720	rs11355796	AT	A	3682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=45;PP=2164;SC=GAAAAAGCACATTTAGAAGAA;SOR=1.008;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=53;WE=130190728;WS=130190700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	130190777	rs322118	G	A	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=39;PP=1246;SC=GAAGGTAATCGTGAGTACCAT;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=62;WE=130190785;WS=130190767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	130282567	rs78652791	G	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=23;PP=634;SC=AATTAAAATGGGGAGAGGATT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=130282575;WS=130282557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	130289617	rs10934949	T	C	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=34;PP=1924;SC=TCCCATGCTGTCCAAAGCTAA;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=95;WE=130289625;WS=130289607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	130308702	rs4515022	A	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=299;SC=GTTTGTTTACATGTGTTTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=130308710;WS=130308692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	130311398	rs73868925	C	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=10;PP=334;SC=GAAAGAGGAGCCCCTGGACCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=130311406;WS=130311388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	130313017	rs1467015	T	G	150.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	130317341	rs4336088	G	A	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=41;PP=1324;SC=TTGGTAGAATGTGAAATGCTT;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=130317349;WS=130317331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	130447530	.	TA	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.643;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr3	130660392	.	A	AT	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,19:0.19:100
chr3	130674022	rs218494	A	G	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	130683005	rs140015524	C	CA	2269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=1516;SC=TGAATCATCTCAGAGTTTTAC;SOR=1.430;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=33;WE=130683013;WS=130682995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	130715748	rs3773814	A	C	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=30;PP=897;SC=CTTTGCAGCAAATGTTTTAAC;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=130715756;WS=130715738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	130718472	rs16835513	G	A	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=69;PP=2267;SC=CGCTTCAGAAGGTTTTTCAGA;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=115;WE=130718480;WS=130718462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr3	130734887	rs34645149	G	GT,GTT	488.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.386;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,18,9:0.58,0.29:31
chr3	130851196	rs6769160	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	130851578	rs370984188	G	A	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=15;PP=438;SC=TATCTTTTTTGCCTTTTGTAG;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=130851586;WS=130851568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	130851686	rs6772241	G	A	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=205;SC=TTCCAAAAACGCAGAACAGTA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=130851694;WS=130851676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	130852185	rs2674613	TG	CA	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	130947435	rs3738000	A	T	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=17;PP=703;SC=TCCTATTGTGAAGAGAGTGAT;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=130947443;WS=130947425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	130962181	rs150346681	AT	A	715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=401;ReadPosRankSum=0.433;SC=TTGGAACCAGATTTTTTTTTC;SOR=1.038;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=23;WE=130962189;WS=130962171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr3	131188377	.	TACAC	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=-0.056;SC=AACTAGAGTGTACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=2;WE=131188388;WS=131188367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,3:0.14:21
chr3	131261662	rs10716194	TG	T	2980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.282;NF=11;NR=38;PP=961;ReadPosRankSum=1.501;SC=CCCATGATGATGGGGGGGGGT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=49;WE=131261670;WS=131261652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,106:0.97:109
chr3	131271180	rs994967	T	C	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=30;PP=1258;SC=AGAGATTCTGTGGACAATCGT;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=70;WE=131271188;WS=131271170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	131271439	rs2251178	T	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=369;SC=ATGCCCATTATATTCATTATG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=131271447;WS=131271429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	131404572	rs6439314	A	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=702;SC=TTGCAGTGAGACGAGACTGCG;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=131404580;WS=131404562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	131404641	rs6439315	C	A	2555.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=8.544;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.45;ReadPosRankSum=-0.846;SOR=1.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,104:0.95:109
chr3	131404641	.	CA	AA	1310	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=51,1;NR=26,7;PP=11,1310;QD=0.594431331782;SC=CACACACACACAAAAAGGAGT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=77,8;WE=131404649;WS=131404615;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,77:0.92:84
chr3	131404641	.	CA	CAAA	1310	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=51,1;NR=26,7;PP=11,1310;QD=0.594431331782;SC=CACACACACACAAAAAGGAGT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=77,8;WE=131404649;WS=131404615;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:59,8:0.12:67
chr3	131415340	rs2369134	C	T	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=20;PP=1475;SC=AAACTGTGTGCTAGCTTTGTT;SOR=1.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=77;WE=131415348;WS=131415330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	131418898	.	CTTTT	C	387.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=7.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.80;ReadPosRankSum=2.273;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr3	131418966	rs3883881	T	C	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=543;SC=ATTTCAGGGTTTGTCAATGAG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=131418974;WS=131418956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	131756241	rs2141570	T	C	2975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=23;PP=1889;SC=AGAATTTACTTCCACCTCTTA;SOR=1.499;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=80;WE=131756249;WS=131756231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	131756349	rs1569282	A	G	8162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=92;PP=2965;SC=CCCGCCAGCCACAGTCCCCTC;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=172;WE=131756357;WS=131756339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr3	131756375	rs1569281	A	G	7499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=91;PP=2965;SC=TTGTAACATCAAAATCCCCTT;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=75;TCR=91;TR=166;WE=131756383;WS=131756365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr3	132166148	rs377096498	AT	A	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=4.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=1.895;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.282;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,24:0.22:107
chr3	132173004	.	AT	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.950;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr3	132221076	rs200192843	CTT	C,CT	505.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.519;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.676;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,16,18:0.39,0.44:41
chr3	132360883	rs821572	C	T	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=32;PP=1277;SC=ATTCAAGGAACGTAACTGAGC;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=132360891;WS=132360873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	132363752	.	T	TA	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,20:0.23:88
chr3	132435532	rs67092166	C	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=254;SC=TTAATAGTTCCAGCACAAGAT;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=132435540;WS=132435522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	132435823	rs11718115	C	T	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=28;PP=745;SC=TCACATATACCGAACAGGATT;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=132435831;WS=132435813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	132435871	rs72628561	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=431;SC=ACAAATATTCAAATGATTTTG;SOR=4.294;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=132435879;WS=132435861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	132436901	rs35348816	AT	A	395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=144;SC=CCCGGCCTTCATTTTTTTTCC;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=132436909;WS=132436891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	132436967	rs66564593	A	G	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.87;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	132438719	rs12631786	T	C	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=115;SC=ATAGTCTTGCTCCTCAATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=132438727;WS=132438709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	132438747	rs10590809	CAT	C	97.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.55;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr3	133114893	rs1197300	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	133166403	rs7644197	A	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=348;SC=CCTCCTTGTAAACATAAAGTA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=133166411;WS=133166393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	133167363	rs2276737	G	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	133191093	rs899458	A	G	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=421;SC=GGAATAGTCCAGGCTACCACC;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=133191101;WS=133191083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	133329943	rs1444601	G	A	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=54;PP=2236;SC=ATTCCAGTCAGAACATCAAGT;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=120;WE=133329951;WS=133329933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	133335787	rs3732574	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=7;PP=299;SC=GAAAGTTTTACTTTAGAAAAA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=133335795;WS=133335777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	133341988	rs10935070	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=8;PP=420;SC=CTCTTTATTATTGGTGGCCAT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=133341996;WS=133341978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	133368362	rs3192149	T	G	6247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=72;PP=2772;SC=CTTTCAGGCTTATGTGAAACT;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=146;WE=133368370;WS=133368352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr3	133374030	rs7639941	T	C	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=220;SC=GCCTGGGCAATAGAGCAAGAC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=133374038;WS=133374020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	133375785	rs2718801	G	A	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=62;PP=1593;SC=AATACATTTTGCTGTTGACAG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=18;TCR=62;TR=80;WE=133375793;WS=133375775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	133380130	rs2718805	T	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=371;SC=TTCTAAGAAATCCTGGAACTT;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=133380138;WS=133380120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	133465283	rs1130459	A	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=29;PP=937;SC=CGCACCCGGAAGATGAGGCTC;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=133465291;WS=133465273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	133475722	rs1799852	C	T	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=35;PP=1879;SC=GCTGCTTTGCCTGGACAACAC;SOR=1.072;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=99;WE=133475730;WS=133475712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr3	133475812	rs1799899	G	A	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=60;PP=2438;SC=AAGTATGGGCGGCAAGGAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=124;WE=133475820;WS=133475802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	133485133	rs2692696	A	G	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=34;PP=1452;SC=GTATTTTGCTATAGCAGTGGT;SOR=0.915;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=86;WE=133485141;WS=133485123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	133493705	.	GTT	G,GT	881.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,17,43:0.24,0.61:71
chr3	133553527	rs2280672	C	T	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=26;PP=747;SC=CAACCCTGGCCCTCCCCTCTG;SOR=1.436;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=133553535;WS=133553517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	133556964	rs139009223	ACCGTGCCGGGCC	A	3481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=19;PP=2965;SC=ACAGGGCTACACCGTGCCGGG;SOR=1.700;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=38;WE=133556983;WS=133556954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	133583577	rs3811646	C	T	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	133666209	rs34550074	C	T	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=650;SC=CGGGGAATGGCTTGTAGAGAG;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=133666217;WS=133666199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	133667646	rs55943046	C	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=4;PP=291;SC=TGTCCCTTACCGCACACAACA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=133667654;WS=133667636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	133670073	rs6767412	T	C	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	133670225	rs6767522	T	C	225.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GTTTGTTGAATGCATGATCTC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=133670233;WS=133670215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr3	133692497	rs4634113	A	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=7;PP=344;SC=AGGGGTTGGAAGCCACTCACC;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=133692505;WS=133692487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	133692743	rs4241362	C	T	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	133698280	rs4640563	C	G	3517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=42;PP=1880;SC=TTGTGGTCAGCGTGGTGCACA;SOR=0.933;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=99;WE=133698288;WS=133698270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	133877113	rs56088702	A	G	4105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=61;PP=1890;SC=GCAAATCTGCAGAGTGACAAA;SOR=0.966;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=101;WE=133877121;WS=133877103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	133969487	.	G	GC	129.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	134077470	rs1353776	C	G	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=21;PP=1063;SC=CTGGGGGGCCCTCAGTCTGGG;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=134077478;WS=134077460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	134080661	rs1077718	A	G	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=31;PP=1081;SC=TGTAGGGAGAAAGAGGCTTGA;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=134080669;WS=134080651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	134266124	rs12637751	A	G	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=18;PP=848;SC=GATGAGCATTATTTTTGTTTG;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=134266132;WS=134266114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	134266148	rs12632372	G	C	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=23;PP=1135;SC=AGATAAAGGCGTTAACAATCA;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=134266156;WS=134266138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	134266321	rs11927068	A	G	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=34;PP=983;SC=GCAGGTACATAATTATACACA;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=134266329;WS=134266311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	134277195	rs35934324	A	AT	367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=205;SC=TTCAAGTAAAATTTTTTAAAA;SOR=1.244;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=134277203;WS=134277185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	134280395	rs6777283	T	A	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=666;SC=AAAAAATCACTATCTTGGAAA;SOR=1.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=134280403;WS=134280385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	134293619	rs4586863	A	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	134322814	rs2293294	G	C	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.53;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr3	134323156	rs4955535	A	G	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=44;PP=1574;SC=TGCCCTTGGCAAAGATCTGCA;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=134323164;WS=134323146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	134331874	rs7626611	T	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	134369716	rs13060869	C	A	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	134514579	rs9852662	T	C	9958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=141;PP=2965;SC=CCGGCCGCCTTGGGACTGCTG;SOR=0.910;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=105;TCR=142;TR=246;WE=134514587;WS=134514569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr3	134644636	rs635721	G	T	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	134670524	rs7644369	C	T	4243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=46;PP=1783;SC=CAGATGAGAGCTTCTCCCAGG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=93;WE=134670532;WS=134670514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	134697009	rs373709784	A	AC	656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=568;SC=CCACTGAGTTACAAGTCCTAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=134697017;WS=134696999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	134884652	rs1159404	A	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=497;ReadPosRankSum=-0.559;SC=TATAACTTAAAAATTGCTGTT;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=134884660;WS=134884642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr3	134968465	rs4243397	T	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.22;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	135720540	rs9814557	A	G	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=74;PP=2965;SC=AAAGATGCAGATCTGAACTCT;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=69;TR=143;WE=135720548;WS=135720530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	135720673	rs9872542	T	C	5392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=56;NR=71;PP=2517;SC=ACTTAAAGGATATTGCAGGAG;SOR=0.850;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=127;WE=135720681;WS=135720663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr3	135722264	rs17197552	A	G	7112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=94;PP=2965;SC=AGTCTGTAGAAGTCCTGTTGG;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=81;TCR=95;TR=175;WE=135722272;WS=135722254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	135768232	rs67039922	T	A	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=67;PP=2056;SC=TGAAAATGGGTTCTAATTTTG;SOR=1.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=107;WE=135768240;WS=135768222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr3	135824901	rs6792630	C	A	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=1;PP=50;SC=TAGAAAATTACCTTAGGAGTT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=135824909;WS=135824891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	135913665	rs1992952	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=254;SC=AAAGTCCCTCAGCAAGTTTCA;SOR=3.611;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=135913673;WS=135913660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	136035737	rs9833162	A	G	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=16;PP=1082;SC=TACATCTTATACTTGTCTTTA;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=136035745;WS=136035727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	136059537	rs503973	G	C	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=41;PP=1219;SC=TTCTAACCAAGTGAAGTATAC;SOR=1.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=136059545;WS=136059527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	136082119	rs115769262	A	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=333;SC=CCTAGTTTAAATGAGATGAGA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=136082127;WS=136082109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	136088038	rs9860801	G	A	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	136139878	rs9819496	G	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=12;PP=517;SC=CTCTCAAAGTGTTGGGGTTAC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=136139886;WS=136139868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	136196028	rs16843991	T	C	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=8;PP=405;SC=AATTTCCACATGATTACAACT;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=136196036;WS=136196018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	136196071	rs1394092	C	T	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=14;PP=678;SC=TTTTGATTCCCAGCATTTTAG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=136196079;WS=136196061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	136218930	rs900048	C	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=134;SC=TAGTGTGACACTGACAGCCAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=136218938;WS=136218926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	136240366	rs13092193	T	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=155;SC=AAAGCAGTTATAGAAAGAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=136240374;WS=136240356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	136310398	.	GA	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.674;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.184;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr3	136573289	rs9865545	G	A	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=19;PP=1173;SC=AAATAGAATTGATTATCTGAA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=59;WE=136573297;WS=136573279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	136573440	rs9827648	A	G	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=64;PP=2589;ReadPosRankSum=1.727;SC=AAGGCTATGGAAATTTTATGG;SOR=0.311;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=72;TCR=65;TR=136;WE=136573448;WS=136573430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr3	136574501	rs1052618	A	G	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=31;PP=849;SC=AATTTAAGAAAGCAGGACTAC;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=136574509;WS=136574491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	136574521	rs1052620	C	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=22;PP=587;SC=CCAGGAAATACTAGACTCTCC;SOR=1.885;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=27;WE=136574529;WS=136574511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	136574578	rs3076229	T	TTAA	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=401;SC=TGTTCAGTTATTATGTATACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=136574586;WS=136574568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	136649463	rs7648817	C	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=17;PP=481;SC=ATTAAATCCACTGTTTTCTTG;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=136649471;WS=136649453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	137748518	rs41265447	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=9;PP=567;SC=TTCAGGGGCATGGTCAGGGAT;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=137748526;WS=137748508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	137781923	rs329388	A	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=5;PP=112;SC=AAATGGGGACAAATGCAGACT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=137781931;WS=137781913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	137783700	rs179282	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=11;PP=351;SC=CCAGTGTGGATAGAGGGAATG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=137783708;WS=137783690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	137786442	rs442800	T	C	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=29;PP=989;SC=CAGTCATCCTTGGGCCGGGGC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=65;WE=137786450;WS=137786432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr3	137787047	rs374045	C	T	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=489;SC=CAGTCCGGGGCGTGGAGCGGG;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=137787055;WS=137787037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	137787192	rs446644	T	C	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=29;PP=844;SC=GTGACCAGTGTGCTCTGCTGG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=137787200;WS=137787182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	137787282	rs419075	T	C	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=24;PP=609;SC=AGGGAGAAAGTGGCTCCAACA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=137787290;WS=137787272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	137787355	rs446847	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=294;SC=TTCATGACTGTTGCCAAATCA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=137787363;WS=137787345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	137787935	rs382629	G	A	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	137787963	rs445025	T	G	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	137788123	rs425938	T	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=14;PP=386;SC=TTCTTTTCTCTAGCTTACTTT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=137788131;WS=137788113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	137788141	rs407009	T	A	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=12;PP=336;SC=TTTATTGTAATAATACAGCTT;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=137788149;WS=137788131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	137799291	rs384828	A	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	137799498	rs405602	T	C	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=13;PP=489;SC=GCACCAGTGCTCTGGACCCCA;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=137799506;WS=137799488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	137800656	rs2622711	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=14;PP=365;SC=GAACATTGTGAGAACTCTGCT;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=137800664;WS=137800646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr3	137807259	rs2724693	G	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=12;PP=654;SC=TGAAGCTCCCGTGCCTGCCGA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=137807267;WS=137807249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	137816817	rs7629243	A	C	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=37;PP=1075;SC=AATTTAATTTACTGAGCAAGG;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=137816825;WS=137816807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	137843018	rs1564496	G	C	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	137843106	rs2170309	T	C	2670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=32;PP=1208;SC=AGTGTTAGCTTTATTTGTTAC;SOR=0.712;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=64;WE=137843114;WS=137843096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	137843476	rs2246945	G	T	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr3	137850003	rs2724691	A	G	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=56;PP=2121;SC=AAGAAGGCAAACAGAAGAGGC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=137850011;WS=137849993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr3	137880695	rs9851548	A	G	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=18;PP=1583;SC=TCTCAAAAAAACAAAACAAAC;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=52;TCR=18;TR=70;WE=137880703;WS=137880685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	137880743	rs2622736	G	A	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.167;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=43;PP=2534;ReadPosRankSum=-0.392;SC=AAGCTGCATCGTCATCATCAT;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=85;TCR=46;TR=124;WE=137880751;WS=137880730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,157:0.95:165
chr3	137881265	rs3732839	T	A	5208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=79;PP=2773;SC=AAAATTCAGTTGTCTGAGGAT;SOR=0.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=141;WE=137881273;WS=137881255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr3	137882377	rs2622734	G	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=496;SC=ATATATATTTGTAACAGTCTA;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=137882385;WS=137882367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	137882752	rs2622733	A	G	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=30;PP=874;SC=AACCACAGGTAATTCTTCATA;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=137882760;WS=137882742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	137958438	rs6778511	C	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	137982718	rs939453	T	G	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=25;PP=837;SC=TTAACCTGTTTCCTTTCTGGT;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=137982726;WS=137982708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	138020275	rs7637162	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=6;PP=376;SC=TCAAACTCCTAATCTCAGGTG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=138020283;WS=138020265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	138020677	rs6801411	C	T	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=648;SC=AGTCCTGATACGTGTTAGGGA;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=138020685;WS=138020667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	138025136	rs3856636	T	G	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	138025396	rs9846480	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=24;PP=729;SC=AAACAATGCAACCTCTACACA;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=37;WE=138025404;WS=138025386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	138033181	rs9289556	C	T	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=54;PP=1940;ReadPosRankSum=2.710;SC=CACCCATGTCCTCATCTTCAC;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=110;WE=138033189;WS=138033171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr3	138043535	.	TACAC	T	307.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.95;QD=38.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	138091701	rs1199333	G	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=540;SC=ATGTCTTGCTGCCGCAGGTCT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=138091709;WS=138091691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	138116378	rs371472549	GCT	G	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=4.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.450;QD=1.88;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,16:0.15:110
chr3	138170788	rs13095961	T	G	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=28;PP=1500;SC=AGGGTTGAGGTGCAGCGCGTG;SOR=1.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=81;WE=138170796;WS=138170778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	138171042	rs4678418	C	T	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=32;PP=856;SC=CCTTGCCTGACGCGGGCAGGG;SOR=3.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=36;WE=138171050;WS=138171032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	138173905	rs56236670	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=1;PP=443;SC=AGGCAAGCAGGTGAGTGCTGC;SOR=4.615;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=19;WE=138173913;WS=138173895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	138176533	rs66644444	A	T	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=31;PP=922;SC=CAGGGGACACAGTGGGAACAG;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=138176541;WS=138176523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	138179308	rs67037472	G	A	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=14;PP=1402;SC=CACCCTGGCAGAGGGTGCTCT;SOR=1.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=62;WE=138179316;WS=138179298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	138179328	rs6763380	C	T	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=21;PP=1680;SC=TGCCTGCTTTCCTCCGAACCC;SOR=1.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=79;WE=138179336;WS=138179318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	138187568	rs1679167	C	T	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=44;PP=1822;SC=CGGTGAGTGGCGACATGTCCA;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=52;TCR=44;TR=95;WE=138187576;WS=138187558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	138189031	rs2347469	T	C	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=683;SC=TAAGAGGTTTTTAAGCCAGGC;SOR=1.666;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=29;WE=138189039;WS=138189021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	138189658	rs3813264	A	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=18;PP=1177;SC=GGGCTCAGATACTAGTAGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=138189666;WS=138189648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	138191232	rs10935282	G	A	7780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=140;NR=66;PP=2965;SC=ACGAGAGCTGGGGAGCCCATA;SOR=1.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=206;TCF=140;TCR=66;TR=206;WE=138191240;WS=138191222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr3	138193025	rs71878265	CT	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.638;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.963;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,22:0.24:92
chr3	138195529	rs1679169	C	T	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=16;PP=893;SC=TGAACCCTGGCTGGCCAACTT;SOR=1.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=47;WE=138195537;WS=138195519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	138289163	rs1673608	T	C	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=5;PP=519;SC=TCAGTACCTGTAAAGTTTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=138289171;WS=138289153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	138289221	rs1673607	C	T	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	138329862	rs811322	G	A	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=41;PP=1424;SC=TGGTATCTCCGGACTCTGCCA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=78;WE=138329870;WS=138329852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	138341284	rs11303336	CT	C	295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.596;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,21:0.84:25
chr3	138348081	rs470678	C	T	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=24;PP=736;SC=TTATAGAGATCTTATAATGAA;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=138348089;WS=138348071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	138400782	.	G	GA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,18:0.20:89
chr3	138417989	rs361080	G	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=260;SC=ACACCACAGCGAACTTTCAGT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=138417997;WS=138417979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	138433568	rs497900	C	T	5076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=59;PP=1778;SC=GAACCTGTAACGAAGCAGACA;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=94;WE=138433576;WS=138433558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	138456486	.	A	AAT	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=58;QD=32.0;SC=TCAGAAATAAAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=2;WE=138456494;WS=138456476;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,2:0.17:12
chr3	138668233	.	CGTGT	C	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.4995;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=22;QD=26.0;SC=TATGCATGTGCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=1;WE=138668244;WS=138668223;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,1:0.10:10
chr3	138882086	rs13097893	G	A	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=13;PP=430;SC=CAGTCTTCCCGGTGAATGGCA;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=138882094;WS=138882076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	139065988	rs1610195	C	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=602;SC=TCCATAGGCACTAGTGAAAGG;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=139065996;WS=139065978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	139066902	rs10755092	A	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=386;SC=CTTCTTTTCTATGCAGGTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=139066910;WS=139066892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	139068008	rs11706615	T	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=254;SC=TGTTTTGTGATGCTTTAATAT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=139068016;WS=139067998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	139075644	rs9878548	C	A	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	139077527	.	G	GA	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.540;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=5.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=3.222;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.643;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,21:0.22:96
chr3	139098357	rs9831108	A	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=479;SC=GAAAATAACCACAAAATCTAC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=139098365;WS=139098347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	139102120	rs7373302	C	A	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=48;PP=2566;SC=ATTTCTAATACAGTCCTGAAA;SOR=1.161;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=133;WE=139102128;WS=139102110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	139108250	rs3215032	C	CTG	1027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=1;PP=1153;SC=TGGAATCAAACGACCAAGACC;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=139108258;WS=139108245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	139195177	rs2233815	C	T	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=46;PP=1729;SC=GAGGGCCAGACCACAGTACTC;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=104;WE=139195185;WS=139195167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	139280328	rs35898558	G	GA	1360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=414;SC=GCTTTTCTTGGATGTATCGAG;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=139280337;WS=139280318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	139297655	rs10513083	A	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	140122341	rs4683494	G	A	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=209;SC=CTGCTGGCTCGTGGACCACAC;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=140122349;WS=140122331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	140167536	rs2081803	A	G	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=43;PP=1367;SC=AATCCCTTCAAAAGTTATGTG;SOR=1.109;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=67;WE=140167544;WS=140167526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	140178279	rs9836487	G	A	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=31;PP=1854;SC=AGTACACTGAGTAGTTCACCT;SOR=1.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=95;WE=140178287;WS=140178269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	140178485	rs7632885	G	A	4571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=68;PP=2790;ReadPosRankSum=-0.955;SC=GGGTGCCAAAGTCCCCGATGG;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=133;WE=140178493;WS=140178474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr3	140178638	rs10590825	CCCT	C	2602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.175;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-4.899;NF=1;NR=54;PP=2602;ReadPosRankSum=0.306;SC=GCCCTTCCACCCCTCCTACCC;SOR=1.079;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=55;WE=140178648;WS=140178628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,101:0.97:104
chr3	140281723	rs11714465	C	T	3999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=31;PP=1470;SC=GTCCGGCTTCCCTTGAGGCCC;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=71;WE=140281731;WS=140281713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	140282084	rs4683509	C	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=21;PP=549;SC=GGACACAGGTCGTCATTGTGA;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=140282092;WS=140282074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	140282861	rs10804675	C	T	6190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=60;PP=2427;SC=TTGTGTTTGTCGTGGCCATGG;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=136;WE=140282869;WS=140282851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr3	140285115	rs4683510	T	C	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=64;SC=GTCTGCTGCCTGGCCCACATG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=140285123;WS=140285105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	140401693	rs698673	A	G	7624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=92;PP=2965;SC=TGCCGCAACAAGCGCATCGCT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=105;TCR=92;TR=197;WE=140401701;WS=140401683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr3	140406947	rs28594654	G	A	10260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=117;NR=110;PP=2965;SC=AATAAACTACGTGCCCTTGGA;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=117;TCR=110;TR=227;WE=140406955;WS=140406937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr3	140407260	rs9876490	C	A	4930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=67;PP=2321;SC=AGTGCTGGAGCAGACAGCCAG;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=110;WE=140407268;WS=140407250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr3	140419715	rs1540506	C	T	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=25;PP=1405;SC=CATGACTCTTCGCTTCTGATT;SOR=1.115;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=73;WE=140419723;WS=140419705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	140678384	.	TA	T	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.850;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr3	140692486	rs2555707	G	T	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	140851016	.	G	GT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=7.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.773;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.429;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr3	140978921	rs3796259	C	T	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=14;PP=742;SC=AAATTTAGTTCTCCACCTCTA;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=140978929;WS=140978911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	140979184	rs1511378	T	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=207;SC=TATAAATGAATGATGAGGCTG;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=140979192;WS=140979174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	140997320	rs11556022	C	T	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=56;PP=1770;SC=ACATCCCCAGCGTGGCCGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=91;WE=140997328;WS=140997310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr3	141277651	rs13084444	T	G	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=3;PP=169;SC=TTGAATATTTTGCAGATGATC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=141277659;WS=141277641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	141299397	rs10635293	T	TACACAC	231.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	141327474	rs295323	G	A	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	141327593	rs2312266	C	T	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=24;PP=599;SC=TATATCCATGCAATGTTAATA;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=141327601;WS=141327583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	141331222	rs2172471	G	A	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	141535558	rs36009541	A	G	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=26;PP=1699;SC=CTTCACAGAGAAAAGTCTGAT;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=82;WE=141535566;WS=141535548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	141535608	rs33928105	C	A	4805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=52;PP=2154;SC=GATCAACTTTCCTCGCCTGGA;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=122;WE=141535616;WS=141535598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	141595883	rs7616510	G	C	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=290;SC=CCTAACCCGGGCGGCGGCGGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=141595891;WS=141595873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	141625999	rs7622417	G	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=6;PP=313;SC=TCCCTTTTATGTCTTTATAGG;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=141626007;WS=141625989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	141626189	rs3838612	C	CGGTA	526.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=331;SC=GGGCCGGGCACGGTAGCTCAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=141626197;WS=141626179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	141644274	rs1131029	G	C	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=192;SC=CTGGGCAACAGTCTCAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=141644282;WS=141644264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	141812759	rs9877817	G	A	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	141890089	rs55726682	A	T	77.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=1;PP=50;SC=AATACAAATTAAAAAAAAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=141890097;WS=141890085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	141891385	rs73236075	C	A	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=183;SC=AACAACATAGCCACGTTAGAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=141891393;WS=141891375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	141923506	rs9830411	C	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=7;PP=272;SC=AAAAAACCAACAATATCCAAA;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=141923514;WS=141923496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	141932356	rs6440072	G	A	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr3	142051147	rs4608715	T	C	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	142076059	rs3816805	A	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=292;SC=CATCATCAGCATTAGTAAATA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=142076067;WS=142076049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	142083776	rs3214978	T	TTA	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=0;PP=207;SC=ATAAAAAGATTGTTTGTTCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=142083784;WS=142083766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	142089971	.	C	CA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.622;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.239;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr3	142094816	rs113527448	G	GCA,GCACA	1168.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.59;ReadPosRankSum=0.836;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,8,25:0.22,0.68:37
chr3	142122451	rs2306699	T	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=252;SC=CTGGTAAACATCCCAGCAGCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=142122459;WS=142122441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	142168331	rs1802904	C	T	6332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr3	142215120	rs377263877	CT	C	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	142215123	rs201603669	TATATATATATATA	T	424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=70.79;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	142215149	rs74677466	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.16;ReadPosRankSum=-2.362;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr3	142215153	.	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=2.744;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr3	142215178	rs7620648	A	C	629.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.15;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	142218046	rs115556969	C	T	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	142222074	rs11916455	C	T	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=330;SC=AATGTTGGTGCTTATCTCCAA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=142222082;WS=142222064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	142222284	rs2227931	A	G	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=27;PP=742;SC=CTACACCATGATAATGAATGA;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=142222292;WS=142222274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	142272275	rs142950892	A	AAC	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.846;NF=2;NR=20;PP=670;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TGAATACACAAACACACACAC;SOR=1.092;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=22;WE=142272284;WS=142272265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr3	142272314	rs9869842	G	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=29;PP=922;SC=ACACACATATGTATCTCCAAT;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=142272322;WS=142272304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	142277365	rs199661872	AAAAT	A	4375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.10;QD=42.07;SOR=3.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	142277536	rs2227929	A	G	33026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=1336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=340;NR=325;PP=2965;SC=TTAAACAGCCATCATCAGAAT;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=668;TCF=341;TCR=327;TR=665;WE=142277544;WS=142277526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1312:1.00:1312
chr3	142277575	rs2227930	A	T	29933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=1162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=289;NR=350;PP=2965;SC=GTGAGAGCATACCACATAAAT;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=640;TCF=290;TCR=350;TR=639;WE=142277583;WS=142277565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1150:1.00:1150
chr3	142281612	rs2227928	A	G	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=35;PP=1712;SC=AGTAAGAACCATTAATAAAGT;SOR=1.256;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=98;WE=142281620;WS=142281602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	142388513	rs3836386	AATG	A	63.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=89;SC=ACTGCTTTAAAATGATGATGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=142388523;WS=142388503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	142408606	rs6793735	G	A	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=19;PP=549;SC=ACACATACCCGTGCCTGCACA;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=142408614;WS=142408596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	142413407	rs6789958	C	T	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=26;PP=916;SC=TTTTATTGTGCTTCAGCTTTA;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=142413415;WS=142413397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	142423451	.	AT	A	120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.25;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	142521224	rs11382953	C	CT	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=76;ReadPosRankSum=-0.171;SC=ATATATTTGTCTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=142521232;WS=142521214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr3	142607487	rs1457684	C	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=186;SC=CCCGAAGTCCCGGGCTTAGCC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=142607495;WS=142607477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	142985837	.	A	AT	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=1.895;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr3	142985890	rs12493372	T	A	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=341;SC=AACTGCCCTGTCTGGCCTTGG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=142985898;WS=142985880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	143530497	rs72993346	A	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	143567207	rs11714060	A	G	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=58;PP=1616;SC=ACCTGGATAAAGGCTATTTTA;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=81;WE=143567215;WS=143567197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	145790185	rs202042741	GT	G	1000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=1045;SC=AAAAAAATTGGTTGGTGGGAG;SOR=4.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=145790193;WS=145790175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	145796891	rs73010484	T	C	8023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=73;NR=91;PP=2413;SC=AAGCCATCACTGCATATCTTA;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=73;TCR=91;TR=164;WE=145796899;WS=145796881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr3	145838895	rs4681297	C	T	7070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=52;PP=2965;SC=GGTGTTTCTCCTACCATTCAG;SOR=1.214;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=164;TCF=109;TCR=55;TR=161;WE=145838903;WS=145838885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr3	145878591	rs34803917	G	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=470;SC=CAGCCCCGCGGAAGGGCTGGT;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=145878599;WS=145878581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	145878621	rs76718163	C	T	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	145878629	rs116299517	C	T	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.30;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	145912299	rs1512902	C	T	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=302;SC=ATAATGCATGCGGTATTATCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=145912307;WS=145912289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	145914366	rs78851167	C	T	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=29;PP=1688;SC=TTTCCATGGTCTGTTAATATG;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=84;WE=145914374;WS=145914356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	145924591	rs35080966	A	AT	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=194;SC=TATTAACACTAAAGTTAGCAT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=145924599;WS=145924581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	145924632	rs3762688	C	T	96.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=70;SC=ATAGATCACACGACATCCACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=145924640;WS=145924622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	145938528	rs3762686	C	A	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=187;SC=TTAATTTGTTCGCTTAAAAAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=145938536;WS=145938518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	145939691	rs3804648	C	T	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=5;PP=215;SC=ACATAAATAACAAATATATAC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=145939699;WS=145939681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	146113576	rs11340803	CT	C	1455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=748;SC=AGCATCAATGCTTTAATTTTA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=146113584;WS=146113566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	146176075	rs12494007	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=9;PP=258;SC=GACAGACATTCGTAAATAGTC;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=146176083;WS=146176065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	146177815	rs6806535	C	T	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=26;PP=1051;SC=GGTGGTCAGCCTGTTTCCCAG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=146177823;WS=146177805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	146246288	rs2738909	A	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=404;SC=CTGTTAGCAGAAAATACAGTT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=146246296;WS=146246278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	146251430	rs2738905	A	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.99;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	146251433	rs2587024	T	G	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.91;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	146254478	rs79005445	C	G	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=46;PP=1384;SC=TTCATCCAGCCCAGCCTTATC;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=146254486;WS=146254468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	146303750	rs342902	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	146307371	rs343288	G	A	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=29;PP=1667;SC=AAATGGGATAGGCTATATTGT;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=87;WE=146307379;WS=146307361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	146307635	rs343289	C	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=871;SC=TTAAATTTGACAGTGAAAAAA;SOR=3.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=146307643;WS=146307625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	147120444	.	TA	T	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.29;MQRankSum=2.955;QD=1.23;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr3	148459988	rs5186	A	C	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=64;PP=2009;SC=CCAAATGAGCATTAGCTACTT;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=32;TCR=64;TR=96;WE=148459996;WS=148459978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr3	148575156	rs2331407	C	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	148575441	rs1356259	C	T	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr3	148575476	rs3044024	C	CAA	203.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	148597482	rs1032465	T	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=286;SC=ACAGGGGAAATAATTGCTTTG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=148597490;WS=148597472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	148597612	rs12489516	C	T	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=31;PP=1263;SC=GCTATTTTTACGGATTGTGGC;SOR=0.889;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=74;WE=148597620;WS=148597602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr3	148714841	rs151126996	TTG	T	66.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=133;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CTGGGAAATATTGTGTGTGTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=148714850;WS=148714831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr3	148756825	rs6764352	G	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=11;PP=773;SC=AAAATTTACAGAACTACTTAC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=148756833;WS=148756815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	148786108	rs812249	C	T	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=20;PP=552;SC=CTGCAATGGCCGTAAGAGTTT;SOR=0.832;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=35;WE=148786116;WS=148786098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	148858987	.	CT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr3	148885851	rs2681096	G	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=21;SC=GTATTTTCATGTGATTCTCAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=148885859;WS=148885841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	148897498	rs146148959	TAC	T	381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	148900027	.	T	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=12.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=3.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr3	148900030	.	T	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=12.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.888;SOR=3.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr3	148916235	rs701753	T	A	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=62;PP=2127;SC=CTTTAGTGGGTTCCACAGCAG;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=123;WE=148916243;WS=148916225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	149039324	rs2015626	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=437;SC=TTATAAACTTGGCTTGATTAG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=149039332;WS=149039314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	149050925	rs1526786	T	C	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=21;PP=1248;SC=TCATTACTTCTACTAGTTACA;SOR=1.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=65;WE=149050933;WS=149050915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr3	149087404	rs8479	T	C	179.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=2;PP=86;SC=AGTCTGTAAATTACCCCCAGA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=149087412;WS=149087394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	149087714	rs6776940	T	C	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=5;PP=85;SC=GGATAAATAATGATGACATTT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=149087722;WS=149087704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	149093238	rs4771	A	G	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=12;PP=704;SC=ACTGGCCCTCAGTGCTGGCAA;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=149093246;WS=149093228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	149243694	rs9854499	G	C	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=7;PP=371;SC=TAAAATAAAAGTTGAAATTAT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=149243702;WS=149243684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	149258970	rs5853413	CA	C	313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=8;PP=339;SC=CTTTTCTCCCCAAAAATGTAG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=149258992;WS=149258960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	149374572	rs113228569	T	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=2.814;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr3	149374574	rs142250733	T	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-0.000;QD=31.52;ReadPosRankSum=1.602;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr3	149374576	rs145173717	T	A	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-0.000;QD=31.52;ReadPosRankSum=1.602;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr3	149374578	rs151019600	T	A	974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;QD=42.38;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	149374873	rs1055153	G	T	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TCGAGGCCCCGGGTGGCCGCC;SOR=0.411;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=67;WE=149374881;WS=149374863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr3	149459341	rs7633238	A	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=10;PP=864;SC=TCCTACAGTGATTTGTCTTCA;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=149459349;WS=149459331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	149468530	rs9843784	T	G	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=33;PP=1178;SC=TCACTCAGAATCGTTCTGATC;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=149468538;WS=149468520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	149479301	rs954714	C	T	5976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=57;PP=2158;SC=AGTTTTCACACGCTGTCAGAC;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=132;WE=149479309;WS=149479291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	149481974	rs4681189	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=372;SC=GTCATTTAGAGGGGTGCTCAG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=149481982;WS=149481964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	149485293	rs7610425	T	C	4883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=59;PP=2514;SC=GGTTTGCTGCTTGCAGTTTGT;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=124;WE=149485301;WS=149485283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr3	149488309	rs7630033	A	G	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=12;PP=959;SC=TAAAAATCACAGCACTTGCTA;SOR=1.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=149488317;WS=149488299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	149488442	rs7630153	A	G	7682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=80;PP=2744;SC=CATCCCAGACATCCAAGCGAA;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=89;TCR=80;TR=169;WE=149488450;WS=149488432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr3	149510262	rs4681554	A	G	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=308;SC=AGCCAGAGGCAGCTGTCACTG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=149510270;WS=149510252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	149564075	rs6440641	A	G	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=10;PP=279;SC=CTTGACATTGAGGTACCTTAT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=149564083;WS=149564065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	149613232	rs143625944	ATT	A	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.80;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr3	149678534	rs6768054	C	T	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=45;PP=2501;SC=CAGCTTATCACTGCAAGTGTG;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=87;TCR=45;TR=132;WE=149678542;WS=149678524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	149679148	rs61689176	T	TA	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.536;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
chr3	149686366	rs35842204	AAC	A	619.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=2.276;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr3	149686367	rs61268501	AC	A	118.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,21:0.22:95
chr3	150128154	rs61734437	T	C	9539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=95;PP=2965;SC=TGTCCCTGCCTCCGCAGCCGG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=112;TCR=95;TR=207;WE=150128162;WS=150128144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr3	150128484	rs3749400	C	A	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=1150;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GCGGGCAGGTCGCGCCTTGTC;SOR=0.538;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=150128492;WS=150128460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr3	150128994	rs34647320	T	G	8196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=92;PP=2965;SC=TGAAGCCGCCTGTTGCAGATT;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=94;TCR=92;TR=186;WE=150129002;WS=150128984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr3	150129171	rs3840253	A	AT	1701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=39;PP=1632;SC=ACTTTGGGAGATTGTTGTCAA;SOR=2.917;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=39;WE=150129179;WS=150129161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	150270077	rs12330655	C	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=248;SC=TTTTAAAAAACACATTTGTGT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=150270085;WS=150270067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	150276151	rs200333608	A	AT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.357;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr3	150276152	rs11924919	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.003;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr3	150276153	.	C	T	173.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=0.366;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr3	150283050	rs73001341	C	A	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	150285520	rs2293151	T	C	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=17;PP=815;SC=AAATTAATGATTTTGTATTAT;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=44;WE=150285528;WS=150285510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	150285664	rs2293150	A	G	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=39;PP=1869;SC=AAAATTAAGTAATGATTTATG;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=92;WE=150285672;WS=150285654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	150286210	rs1915945	A	T	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=249;SC=TTAAGATAAAATTTTTCTTAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=150286218;WS=150286200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	150332199	rs1568586	T	G	95.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	150340114	rs2177148	A	G	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=172;SC=TTAACTAACTACAAAATAAAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=150340122;WS=150340104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	150342397	rs17440940	C	T	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=73;SC=CTCTCAAATTCTGTGTACATT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=150342405;WS=150342387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	150384807	rs6440691	T	G	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.646;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.06;ReadPosRankSum=-1.542;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,91:0.98:93
chr3	150420588	rs10663389	G	GTTAAA	5092.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=46.30;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	150420604	.	A	AG	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=3.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=-0.558;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.402;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,25:0.25:99
chr3	150420606	rs9824030	T	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.745;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,65:0.66:99
chr3	150420608	rs9879627	G	T	1827.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.407;QD=18.46;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,85:0.86:99
chr3	150420676	rs10663390	A	AGTGT,AGT	475.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=26,26;PP=150,679;ReadPosRankSum=0.481;SC=AAATAATATGAGTGTGTGTGT;SOR=0.793;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=27,27;WE=150420684;WS=150420666;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.93:14
chr3	150420781	rs71676608	CAG	C	740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	150421527	.	C	CTCCTCCTCCTCCTCCACCTCT	644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=161.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	150480448	.	CCCG	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.141;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,6:0.11:53
chr3	150690566	rs3796240	T	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=27;PP=712;SC=AGGGACTGCCTCTTTGACTGC;SOR=4.479;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=29;WE=150690574;WS=150690556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	150804908	rs7653870	T	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=20;PP=579;SC=GGCGCTGCGGTGGAAGAGGTC;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=150804916;WS=150804898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	150881774	rs17290219	A	C	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=39;PP=1322;SC=GATCTGCTGCAGGTGGCCCCG;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=150881782;WS=150881764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	150910640	rs1231520	G	C	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=24;PP=479;SC=TCTGTAAATTGGAACACTCCT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=150910648;WS=150910630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	151011969	rs1048408	G	A	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	151012497	rs2242353	T	C	9129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=107;PP=2965;SC=GACCATTTGTTAGGATGATGT;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=129;TCR=107;TR=236;WE=151012505;WS=151012487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr3	151012896	rs9819885	C	T	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=54;PP=1626;SC=GATAAAGCACCGGCAAGACAA;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=93;WE=151012904;WS=151012886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	151045661	rs1491980	G	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=1;PP=426;SC=TTCTGTACACGAGGATAATAA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=151045669;WS=151045658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	151046308	rs1466684	G	A	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=40;PP=1561;SC=GCTCAAGATCGTATTTGGCAG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=80;WE=151046316;WS=151046298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	151054115	rs10513393	G	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	151056598	rs6809699	A	C	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.443;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=1273;ReadPosRankSum=-0.502;SC=GACTGGTGTTACCAGGCGCAG;SOR=0.571;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=58;WE=151056606;WS=151056588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr3	151067730	rs1565574	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=621;SC=GAAGGGAGGGCGGGATGCCAC;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=26;WE=151067738;WS=151067720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	151078216	rs9856118	A	G	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=25;PP=1972;SC=GATAACCCACATAGTACAAAT;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=77;TCR=25;TR=102;WE=151078224;WS=151078206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	151085842	rs3841945	AAAT	A	1708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.81;QD=42.72;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	151090604	rs9855202	G	A	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=14;PP=379;SC=CTCTTCTTTTGGAGAGAGCTA;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=151090612;WS=151090594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	151094995	rs73158000	G	A	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=31;PP=830;SC=TTATTGAACTGTCATGAATTT;SOR=1.911;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=42;WE=151095003;WS=151094985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	151105992	rs9289837	C	T	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=30;PP=855;SC=AACCTTGGCTCATTAGCATTT;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=151106000;WS=151105982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	151143354	rs10653830	T	TTG	1066.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.553;QD=26.67;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,36:0.90:40
chr3	151143447	rs6440742	G	T	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=32;PP=1387;SC=ATACCTGACAGTAGTAAGCTG;SOR=1.037;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=76;WE=151143455;WS=151143437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	151154666	rs2172250	T	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=24;PP=914;SC=GCATCTCCCATGTGATTTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=151154674;WS=151154656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	151155620	rs6781302	G	A	7130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=106;NR=87;PP=2965;SC=TAACAGTTCTGTTTGTATACA;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=106;TCR=88;TR=193;WE=151155628;WS=151155610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr3	151158184	rs937126	A	T	179.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.6746;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=-0.801;SC=ATTAGAGAAAATTTTTTTTTC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=151158192;WS=151158170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr3	151158265	rs937125	G	A	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	151158502	rs10663807	T	TAG	1034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=841;SC=ATAATAATGATGTCTGAGTCT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=151158510;WS=151158492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	151165678	rs9871952	T	C	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=18;PP=942;SC=ATGTACGGAGTTGTGCACCTG;SOR=0.899;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=42;WE=151165686;WS=151165668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	151165947	rs371409210	C	T	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=62;PP=2868;SC=CCTGGAATAACCCAGCTAATA;SOR=0.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=84;TCR=62;TR=146;WE=151165955;WS=151165937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr3	151166422	rs6798252	C	T	6448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=85;PP=2965;SC=AGTACTGGATCTGTAATGTAC;SOR=0.779;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=74;TCR=86;TR=159;WE=151166430;WS=151166412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	151171439	rs7619322	A	C	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.141;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=65;PP=2223;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TTGAGCCCATAAAAAACCTCT;SOR=0.335;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=123;WE=151171447;WS=151171429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr3	151171542	rs7621591	A	G	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=38;PP=1085;SC=TTCGGACTTTATTATAGCTCA;SOR=1.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=50;WE=151171550;WS=151171532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	151283691	rs9842591	C	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=49;SC=ATGACCCTCTCACCTGATTTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=151283699;WS=151283681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	151463421	rs1972977	G	T	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=44;PP=1878;SC=AATCTGCATTGCGGGAGACAG;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=98;WE=151463429;WS=151463411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr3	151542408	rs148745568	AAAAC	A	375.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=300;SC=CAGTCTAATCAAAACAAACAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=151542419;WS=151542398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	151542732	rs62272917	A	C	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=41.06;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	151542737	rs13098550	G	A	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=44.49;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	151542749	rs151253803	CTATT	C	893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=15;PP=800;SC=TTTTTTGAAACTATTAAAGAG;SOR=3.816;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=151542771;WS=151542722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	151542763	rs377047578	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=359;SC=TAAAGAGAATATTGAGAAGAA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=151542771;WS=151542722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	151545318	rs2410837	A	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	151545321	rs11306821	GT	G	637.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	151545323	rs62272918	T	G	646.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	151545601	rs1803155	G	A	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=48;PP=1945;SC=CTTCAAATTTGTTAATTGGAG;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=98;WE=151545609;WS=151545591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr3	151599393	rs13079080	C	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=21;PP=559;SC=TACAGTTTGCCTTAACTCATA;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=151599401;WS=151599383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	153839866	rs12493885	G	C	6948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=62;PP=2648;SC=GCCCCACCAGGTTCTGGGCCG;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=135;WE=153839874;WS=153839856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr3	153839959	rs59508481	CT	TC	8742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=52;PP=2947;SC=AGGGACGCTCCTCGCAGCGCA;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=107;WE=153839968;WS=153839949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	153847582	rs1626280	T	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=24;PP=623;SC=GATTTGGCTTTTGTTCTTTTC;SOR=2.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=153847590;WS=153847572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	153870511	rs1727956	G	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=104;SC=GCTATATTTAGTTCTTTAATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=153870519;WS=153870501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	153912641	rs12330779	C	A	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=39;PP=1257;SC=TAGGTAGTTGCAAAACAAAAT;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=153912649;WS=153912631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr3	153970796	rs355752	A	G	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=34;PP=1832;SC=ATACCTCTCTAGAGAATCTCT;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=62;TCR=34;TR=96;WE=153970804;WS=153970786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	153972500	rs355749	T	C	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=33;PP=1030;SC=TGTCCTCTTTTGGCCTCAGCA;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=153972508;WS=153972490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr3	153973408	rs3172332	T	C	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=157;SC=CAGGTTGTTCTGCTCTCTCAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=153973416;WS=153973398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	153994502	rs355787	TG	CA	3433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=22;PP=1937;SC=CTGACTTACATGTAGATTTAA;SOR=1.150;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=55;WE=153994511;WS=153994492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	154002357	rs200020002	A	AT	448.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5134;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.977;NF=6;NR=7;PP=149;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CCAGGACAAAATTTTTTTTTT;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=13;WE=154002365;WS=154002347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr3	154007682	rs355758	G	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=24.74;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	154010515	rs146770800	AACACAC	A	1473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;QD=38.78;SOR=6.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	154018690	rs3732652	G	A	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=36;PP=1665;SC=CTTTAAGTACGTACAGATTCA;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=98;WE=154018698;WS=154018680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	154021063	rs355756	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=226;SC=TTTGACATGAGAAAAGTGATA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=154021071;WS=154021053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	154834379	rs10522735	G	GTATATATATA,GTATATA	757.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=3,3;NR=9,9;PP=214,140;SC=TTCATTAGGAGTATATATATA;SOR=1.609;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=12,12;WE=154834387;WS=154834369;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.72:29
chr3	154858199	.	CTT	C	110.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	155205993	rs368444721	C	CT	439.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=3.378;HP=13;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=29;PP=281;ReadPosRankSum=1.263;SC=GACTGTAGTTCTTTTTTTTTT;SOR=2.262;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=29;WE=155206001;WS=155205983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr3	155212325	rs3214639	G	GA	1589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=31;PP=720;SC=TTTTAATCGAGAAAAAAGGAA;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=37;WE=155212333;WS=155212315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	155241593	rs9840061	A	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=2.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	155241740	rs9840234	A	G	12384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.666;SC=TGTCCTCATCAGAAACTTCCC;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=282;TCF=133;TCR=149;TR=277;WE=155241748;WS=155241730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,492:0.99:496
chr3	155271825	rs359549	G	A	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=12;PP=1133;SC=TGCTCCATGCGGGAGGCTACC;SOR=1.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=155271833;WS=155271815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	155314034	rs359569	A	G	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=20;PP=936;SC=TTGCCTTCTCACTCTTCCTAG;SOR=1.046;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=55;WE=155314042;WS=155314024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	155314296	rs359570	A	G	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=7;PP=161;SC=AATTTGGTAGAGGTAATCTGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=155314304;WS=155314286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	155523375	rs10563990	GCGCA	G	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=186;SC=CGATGGGGTAGCGCACGCAAC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=155523386;WS=155523365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	155611557	rs6441026	T	G	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	155654432	rs3772113	T	A	81.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=16.35;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	155836231	rs13093154	C	T	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=30;PP=855;SC=ACTTCCACCACGTTTTACATT;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=155836239;WS=155836221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	155991348	rs1160221	G	T	6056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=66;PP=2175;SC=GCACACAGATGCTCTTTCCAT;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=124;WE=155991356;WS=155991338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr3	155991410	rs13093003	C	G	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=39;PP=1168;SC=GGCAATTCACCGCTGTCTTTC;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=65;WE=155991418;WS=155991400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	156249407	rs2280030	G	C	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=107;SC=GGGGAACAAAGGCAACAGAAC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=156249415;WS=156249397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	156266642	rs6809188	C	T	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=17;PP=603;SC=TCAAAAAATTCTCTTCAAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=156266650;WS=156266632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	156266880	rs3773716	C	T	160.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=77;SC=ACTCATATTTCGTACTGGCAA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=156266888;WS=156266870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	156398895	rs62276620	A	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=7;PP=609;SC=TTCCAAAGCGATGTTGTGTTT;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=156398903;WS=156398885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	156431750	rs61733487	A	G	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=31;PP=1359;SC=TGTGGACTAAATACCTTCTTG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=156431758;WS=156431740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	156544488	rs62273902	C	G	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=61;PP=2381;SC=TAGAAAGGGACAGATTTGAAA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=119;WE=156544496;WS=156544478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	156544576	rs62273904	T	C	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=55;PP=2057;SC=AGTCTTAGGATGTGAACTCCC;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=118;WE=156544584;WS=156544566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr3	156570521	rs111501048	T	TA	454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=6;PP=154;SC=TTTTCAGAATTAAAAAAATTT;SOR=1.230;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=11;WE=156570529;WS=156570511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	156570680	rs62273959	G	A	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=18;PP=657;SC=TCAAGGAAGTGTAGATCGTGA;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=156570688;WS=156570670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	156570870	rs62275160	G	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=110;SC=TCTACATCAGGTATAGTTTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=156570878;WS=156570860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	156642333	rs77154496	G	A	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	156645196	rs200029200	A	AT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5131;FS=6.455;HP=13;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTAAAATCCTATTTTTTTTTT;SOR=2.245;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=156645204;WS=156645186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	157004323	rs4680353	A	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=28;PP=1051;SC=AATGGTTCTTAGCAGCAGGTA;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=157004331;WS=157004313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	157082082	rs3833585	C	CAA	1191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=7;PP=755;SC=ACAAACCAAACGAGTTATACC;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=16;WE=157082090;WS=157082072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	157146005	rs9289983	G	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=1;PP=334;SC=AAAAAAATGGGCATTTGTAAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=157146013;WS=157146000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	157146307	rs1456099	A	T	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=898;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGGAATGATGACTTTATCAGG;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=157146315;WS=157146297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr3	157154861	rs2305619	A	G	5746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=82;PP=2553;SC=CCGTAAGTTCACTTTAACTGT;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=57;TCR=82;TR=139;WE=157154869;WS=157154851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr3	157155314	rs3816527	C	A	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=25;PP=954;SC=ACGCCGTGCGCCTGCGGTCAG;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=157155322;WS=157155304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	157188045	rs1456113	A	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.20;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	157296325	.	C	CAT	82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=82;QD=21.75;SC=CCAAAAAGTACATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=157296333;WS=157296315;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,4:0.31:13
chr3	158390136	rs112809766	C	T	9827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=116;NR=84;PP=2965;SC=CTGCTAAACTCACCTCCATGC;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=202;TCF=116;TCR=86;TR=200;WE=158390144;WS=158390126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr3	158407930	rs34920045	CT	C	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.610;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr3	158520483	rs2713736	A	G	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=35;PP=1144;SC=GTTCCTAAACAACTTTTGTTT;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=158520491;WS=158520473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	158526942	.	GT	G	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.900;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr3	158537415	rs146160361	CTTTTT	C	3144.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=21;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=16;PP=611;SC=GTCTGTTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.888;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=52;WE=158537428;WS=158537405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	158537443	rs3765083	A	G	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=26;PP=1955;SC=TTTAGGGGGTATAACGTGTAT;SOR=1.515;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=66;TCR=27;TR=92;WE=158537451;WS=158537433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	158546552	rs75704067	ATATT	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=73;SC=AAACCTCAGAATATTAATTAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=158546563;WS=158546542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	158970714	rs1020470	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=169;SC=ATGTGCTGCATATTATTTCCT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=158970722;WS=158970704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	158991724	rs2621285	A	T	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	159744277	rs2936300	C	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=365;SC=TCCACCACAGCGAAACCAGTT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=159744285;WS=159744267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	159744352	rs2279742	C	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=12;PP=770;SC=CGAGACCTGACGGGAAGCGGG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=39;WE=159744360;WS=159744342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	159744438	rs2914119	C	T	5000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr3	159744438	.	CTC	TTT	2779	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=36;NR=38;PP=2779;QD=20;SC=AGGACAGGCACTCGCATGGGT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=74;WE=159744448;WS=159744428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr3	159744440	rs2936301	C	T	5000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	160025451	rs144099135	G	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=7;PP=330;SC=AGATGCTTACGAGAACACGTA;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=160025459;WS=160025441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	160474540	.	C	CGT,CGTGT	497.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.43;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=0,0;NR=11,11;PP=252,224;SC=GTGTATGTCTCGTGTGTGTGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=11,11;WE=160474548;WS=160474530;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.43,0.57:14
chr3	160740016	rs12498008	A	C	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=21;PP=754;SC=TATTAATTCTAAACTAATTTC;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=160740024;WS=160740006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	160804167	rs2231257	C	T	6080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=60;PP=2603;SC=AACATTTTGTCTTCCTTTTCA;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=80;TCR=60;TR=140;WE=160804175;WS=160804157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr3	160821115	rs36051722	C	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=12;PP=506;SC=CAACAAACTTCGTGGCTGCAT;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=160821123;WS=160821105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	160939746	rs376329329	CTTTTTTTTTTTT	C	2096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=37.44;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	160939776	rs28711573	T	A	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.08;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr3	160942667	rs76866405	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=7;PP=532;SC=AAAAAAAATTTAGTGTATTTT;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=25;WE=160942675;WS=160942657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	160955879	rs4350933	G	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.99;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	160955882	rs200517975	CTT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.222;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr3	160956548	rs11539155	A	G	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=373;SC=TGATCTCTCAAGATATCCATA;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=160956556;WS=160956538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	160965262	rs372150378	AT	A	65.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.802;HP=18;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=2.200;SC=TAATAGCAAAATTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=160965270;WS=160965252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr3	160970437	rs6789388	G	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	161064193	rs339101	A	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=23;PP=641;SC=ACATAGAATCACTTTAAAATT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=161064201;WS=161064183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	161221705	rs3921595	A	C	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=26;PP=672;SC=TTGTACCCAGAGGAAACTTCT;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=161221713;WS=161221695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr3	164714532	rs4855271	C	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=26;PP=688;SC=TTACATATGACATTCCAAACA;SOR=6.593;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=164714540;WS=164714522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	164733721	rs2290738	G	A	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=29;PP=1839;SC=TAAGACTCAGGTAAACTCCAA;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=93;WE=164733729;WS=164733711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	164751319	rs7611384	T	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=239;SC=TTAAGAAATTTGAACAAACTA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=164751327;WS=164751309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	164758630	rs13099130	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=414;SC=AGCAGCAGAAGTTTAATTGAT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=164758638;WS=164758620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	164764719	rs9838509	C	A	8937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr3	164766807	rs200218470	T	TAA	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=608;SC=AATATTATCTTTCTTTTTTCA;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=164766824;WS=164766797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	164766808	rs67477789	TC	T	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=854;SC=ATATTATCTTTCTTTTTTCAA;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=164766824;WS=164766797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	164766816	rs9821196	C	A	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=777;SC=TTTCTTTTTTCAACTTTGCTA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=164766824;WS=164766797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	164766835	rs9841237	T	C	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=13;PP=914;SC=TATTTCCTAATTATGAATACA;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=164766843;WS=164766825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	164772957	rs9290256	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=16;PP=612;SC=TTGACCAAAACCATTGGTTTA;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=38;WE=164772965;WS=164772947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	164773057	rs9290257	G	A	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=31;PP=987;SC=TGCAGTTTGGGTTAGTGAAAT;SOR=0.825;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=164773065;WS=164773047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	164776913	rs60170840	C	CAT	7013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=69;PP=2965;SC=TTAACTTACACGTGTAAACAC;SOR=0.756;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=22;TCR=71;TR=91;WE=164776921;WS=164776903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr3	164777677	rs9290259	T	G	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=15;PP=725;SC=CACGGACCCTTTATTCTACTT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=164777685;WS=164777667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	164781368	rs11718901	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=296;SC=TTTCAAATATGTTTAAAACAC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=164781376;WS=164781358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	164783165	rs9283633	T	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=16;PP=417;SC=GGAAGACGGGTTGAGATCTGT;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=164783173;WS=164783155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	164785338	rs9865476	G	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=180;SC=TAATATTCCAGTTCTGAATTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=164785346;WS=164785328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	164786382	rs9758479	C	A	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=8;PP=445;SC=AGGATGGTCTCCATCTCCTGA;SOR=1.214;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=25;WE=164786404;WS=164786372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	164786396	rs9754967	T	C	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=492;SC=CTCCTGACCTTGTGATCCGCC;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=164786404;WS=164786372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	164786413	rs9756068	A	G	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=12;PP=807;SC=CGCCCACGTCAGCTTCCCAAA;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=164786421;WS=164786403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	164786629	rs11313475	TA	T	1270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=27;PP=740;SC=CCTTAAAGAATAAAAAAAAGC;SOR=0.922;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=34;WE=164786637;WS=164786619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	164793541	rs7432386	G	T	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=277;SC=TAGAAAAAGTGGAAGTAATTG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=164793549;WS=164793531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	165495400	rs2686409	G	A	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	165496622	rs2686411	A	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TAAGATGTCCAGAAAACATTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=165496630;WS=165496612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	166966436	rs60512741	C	T	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=29;PP=1042;SC=CAGGCTGAGGCCCTAGAAAGA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=166966444;WS=166966426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr3	167000256	rs12638625	G	C	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=42;PP=1354;SC=TGGAAAATTTGCTGTTGAAGG;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=75;WE=167000264;WS=167000246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	167006568	rs7625639	G	T	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=23;PP=1467;SC=AAACTAAATTGCAGGTGCCTA;SOR=1.634;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=76;WE=167006576;WS=167006558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	167006612	rs7625651	G	T	5198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr3	167035501	rs4580553	G	A	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=187;SC=TGATGAAACCGTAACTGTACC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=167035509;WS=167035491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	167040185	rs12632964	A	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=115;SC=AAAGTATTAAATATTGGTAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=167040193;WS=167040175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	167051726	rs10936530	A	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=10;PP=284;SC=CATCCTTTATAAACTGATGGG;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=167051734;WS=167051716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	167077691	rs4257551	T	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=19;PP=587;SC=ACTGTCCACATACTTTCCCAT;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=167077699;WS=167077681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	167078544	rs9834845	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=7;PP=154;SC=ATTTGTCAGGTATATATTATC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=167078552;WS=167078534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	167745703	rs9861339	A	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=389;SC=AAAAGCCACCAGTGGACTTTT;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=167745711;WS=167745693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	167754573	rs6786410	A	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=378;SC=CCTCTTGGCAACTTGACAGAG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=167754581;WS=167754563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	167762678	rs57702503	C	CA	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.710;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr3	167764594	.	C	CAA	31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.9997;HP=13;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=31;QD=18.0;SC=TTTTGGCAGCCAAAAAAAAAA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=167764602;WS=167764584;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	168269756	rs6771018	A	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=766;SC=TAGAGGGAATACCATTTATGT;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=168269764;WS=168269746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	168269864	rs11321565	TA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.510;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr3	168538993	rs603638	A	G	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=18;PP=918;SC=TGTCTCGAGGATGCCTACGGA;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=168539001;WS=168538983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	168542454	rs145528794	T	TCA	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=432;ReadPosRankSum=-1.008;SC=TGCAGCTCTGTCACACACACA;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=9;WE=168542462;WS=168542444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr3	168546772	rs138926611	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=2;PP=404;SC=CAACAAGATACTTCCTCCTCT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=168546780;WS=168546762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	168810980	rs12634348	C	T	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=20;PP=534;SC=TTGATCAGTGCTGTTTCTTAA;SOR=1.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=168810988;WS=168810970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	168818560	rs9857376	C	T	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=48;SC=TATTCAGACACGCATAAAATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=168818568;WS=168818550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	168819788	rs9290358	A	G	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=205;SC=AAACAGCAAGACCTTTTGAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=168819796;WS=168819787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	168840571	rs3851380	A	T	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=33;PP=867;SC=AAACGGAACAACATTTTATTG;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=168840579;WS=168840561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	168840607	rs3851381	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=493;SC=ATTAAAGAAACAAGAAGGAAA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=168840615;WS=168840597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	168851934	rs6773653	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=282;SC=TTTCTTTGTAGTCCACTATTA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=168851942;WS=168851924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	168862969	rs201958382	CACACACACAGAG	C	822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.60;QD=41.14;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	169098992	rs7622799	G	A	6388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=51;PP=2484;SC=CCATAACTGGGGTCTTTCAGG;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=121;WE=169099000;WS=169098982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	169283921	rs3863106	C	T	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	169381262	.	G	GTC	36.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.12;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	169642993	.	C	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=10.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=0.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr3	169980956	.	CA	C	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;FR=0.9997;HP=15;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=57.15;NF=1;NR=1;PP=26;QD=14.5;SC=AACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=169980964;WS=169980949;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	170078232	rs3772173	C	T	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=60;PP=2445;SC=GACATTCATGCAAATGGAAAA;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=129;WE=170078240;WS=170078222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	170099218	rs146524896	ATTAT	A	685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.97;QD=36.09;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	170105233	rs6786374	C	T	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	170105378	rs6786542	C	T	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=29;PP=934;SC=CTTCGTCAGTCGGACATTTGC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=170105386;WS=170105368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	170197954	rs989997	T	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=4;PP=611;SC=AACACAAGGGTCCATAGAACC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=170197962;WS=170197944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	170198967	rs1861939	G	A	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=28;PP=855;SC=TGGAGGGGCCGGGCAAGCAGA;SOR=2.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=170198975;WS=170198957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	170584064	rs35192046	A	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.56;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	170584074	rs35683888	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.56;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	170586057	rs3732927	C	T	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	170727701	rs369506780	GGT	G	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.195;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr3	170784256	rs145832204	AT	A	530	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.830;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,52:0.74:70
chr3	170825905	rs6444960	C	G	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=24;PP=794;SC=GTTTCACCTTCGCAGGCTCAT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=170825913;WS=170825895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	170846676	.	C	CAAAA	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.97;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr3	170857167	rs35492114	G	GCA	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.18;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr3	170885097	rs2292005	C	T	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=429;SC=GATAAAACGGCGATCCAAAGA;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=170885105;WS=170885087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	170893070	rs12637875	G	A	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=33;PP=1083;SC=GAGGCGCTGGGTTCCGGGGGA;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=170893078;WS=170893060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr3	171065010	.	GA	G	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=-2.074;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
chr3	171065031	rs1389047	G	C	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=33.22;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	171087469	rs3796295	G	A	5307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=81;PP=2578;SC=AGATCCCTGCGGGGTCCTGAA;SOR=1.133;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=45;TCR=81;TR=126;WE=171087477;WS=171087459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr3	171323305	rs2287578	T	C	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=31;PP=907;SC=CAAATATATATATGCAAATTA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=171323313;WS=171323295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	171338237	rs9881788	T	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=23;PP=839;SC=TAAGCTCAGTTACTAGGTTTC;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=171338245;WS=171338227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	171395468	rs2124147	A	G	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=47;PP=1624;SC=TCTGTAAACTACGGATGGACC;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=87;WE=171395476;WS=171395458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	171404478	rs2290480	C	A	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr3	171405384	rs2305547	A	T	55	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=111;SC=GCTGAGAAAAATTTTTTTTTA;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=171405392;WS=171405374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	171442635	rs7647840	C	T	9397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=132;PP=2965;SC=CCACTTAGCTCGTACAGCCTC;SOR=0.890;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=95;TCR=133;TR=227;WE=171442643;WS=171442625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr3	171442750	rs10710862	AG	A	3781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=56;PP=2575;SC=CGGGTACCCTAGAGGCGAACC;SOR=2.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=2;TCR=57;TR=58;WE=171442758;WS=171442740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	171443607	rs4131284	C	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=2;PP=236;SC=GTGACAAAGACAGTGGAGCAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=171443615;WS=171443603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	171443955	rs4131283	T	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=159;SC=GCTGTGTGTATATACTGTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=171443963;WS=171443945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	171510238	rs3934620	C	T	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=23;PP=1300;SC=ATCAGGGGCCCCTGGCCATCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=65;WE=171510246;WS=171510228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	171844787	rs4894810	A	T	5477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr3	172003831	rs67373503	CT	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.228;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr3	172016725	rs16845307	A	G	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=45;PP=1411;SC=TTGACTCTCAAGAGCATCGTA;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=75;WE=172016733;WS=172016715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr3	172034208	.	G	GA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr3	172034271	rs9837821	T	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=354;SC=TCTGTTTTAATGTTCCTAAAC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=172034279;WS=172034261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	172034979	.	CT	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=3.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.818;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.628;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,28:0.27:102
chr3	172046861	rs2270568	T	C	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=31;PP=1204;SC=ACGACATTGGTACCAGGTATG;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=172046869;WS=172046851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	172046933	rs6799133	A	G	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=27;PP=768;SC=TCTTTTACATAGCTGGAAGGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=172046941;WS=172046923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	172054957	rs34366798	C	CT	130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	172055101	rs56106326	A	C	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	172162829	rs482204	G	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.80;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	172162837	rs477251	T	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	172166033	rs495225	G	A	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr3	172224303	rs1131532	A	G	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=15;PP=701;SC=AAAAGGCCCCAAAAAAACTGG;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=172224311;WS=172224293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	172224769	rs111284464	GC	G	1704.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=1448;SC=AAAGCAAGGAGCTTTTTTGCA;SOR=1.981;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=28;WE=172224779;WS=172224759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	172224771	rs17848019	T	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=25;PP=879;SC=AGCAAGGAGCTTTTTTGCAGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=34;WE=172224779;WS=172224759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	172227199	rs3815496	C	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=12;PP=286;SC=AATCAGCCATCGTAAGCATAC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=172227207;WS=172227189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	172351926	rs77121984	T	C	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=167;SC=TTGCATGCCTTCTTTTATAGG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=172351934;WS=172351916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	172365619	rs9865941	G	A	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	172428508	rs7629698	C	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=8;PP=371;SC=TGGACCACCTCAAAAAGCGAC;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=22;WE=172428516;WS=172428498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	172428782	rs2276805	T	C	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=52;PP=1655;SC=CATCTTGCCCTGGCTCGGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=105;WE=172428790;WS=172428772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr3	172473484	rs1403088	A	G	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr3	172480173	rs10654513	A	ATT	143	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=82;SC=ATTTAAGTTAAACTGGTTTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=172480182;WS=172480170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	172480174	rs11313111	AC	A	143	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=0;PP=91;SC=TTTAAGTTAAACTGGTTTTGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=172480182;WS=172480170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	172501443	rs7649589	A	C	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=131;SC=TTATAAAATAAGTTTGTTCTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=172501451;WS=172501433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	172520818	rs7644191	G	C	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=485;SC=ATTTTTGTAAGTTCCCTGAAT;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=172520826;WS=172520808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	172534428	rs10936738	C	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=4;PP=400;SC=TAAATATTCTCATCAGCTGTA;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=172534436;WS=172534418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	172537850	rs35236458	T	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.76;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	172634025	rs141570329	T	TTG	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=1.167;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.768;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr3	173322277	rs11718812	G	A	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=17;PP=1025;SC=TTCTCGACAAGCTCCCCTGTA;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=173322285;WS=173322267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	173323278	rs3853390	A	G	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=13;PP=713;SC=CCGGCGGTCTATGATGGAGCG;SOR=1.073;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=37;WE=173323286;WS=173323268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	173507395	rs4499633	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=310;SC=GAGTTCAAACTAGAACCCAAG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=173507403;WS=173507392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	173518043	.	CT	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.168;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,19:0.21:89
chr3	174581888	rs6445184	T	C	4660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr3	174951756	rs4371530	T	C	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=19;PP=867;SC=GAAGATGACATGGAAATTTCA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=174951764;WS=174951746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr3	174974177	rs13072102	C	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	175087275	rs9869507	A	G	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.68;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	175087408	rs78831152	C	T	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=8;PP=419;SC=TATAGGTAGCCTGTGTGTGTG;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=175087416;WS=175087398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	175165079	rs6802937	C	T	7127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr3	175345143	rs9866564	C	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=375;SC=GAAATGGATCCCTCTTTCAAC;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=175345151;WS=175345133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	175473047	rs9826737	T	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=12;PP=860;SC=GCCATGGCGTTACGCCTGCGG;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=175473055;WS=175473037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	176756230	rs77478951	G	A	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=42;PP=1355;SC=GTGCTGCAAAGGAACAAAGGT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=71;WE=176756238;WS=176756220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr3	176765253	rs1201300	G	A	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=13;PP=565;SC=AACAAAGTAAGAAGGAAAATG;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=32;WE=176765261;WS=176765243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	176765269	rs3749234	T	C	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=16;PP=591;SC=AAATGCTTCATTTACCATCTT;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=176765277;WS=176765259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	176767673	.	A	G	333	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=67;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=13;NR=0;PP=333;QD=28.2900932729;SC=TGTTGTTACTAGTTAATAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=13;WE=176767681;WS=176767672;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,13:0.76:17
chr3	176767673	.	A	AGG	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	176769608	rs1881979	G	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=409;SC=GAAAATCTTCGTTCCTAAAAA;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=176769616;WS=176769598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	176771861	.	T	TGC	377.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9215;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.720;NF=0;NR=7;PP=298;ReadPosRankSum=1.288;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=176771869;WS=176771851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr3	178542417	rs9857119	A	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=6;PP=232;SC=CCGCCTCGGCATCCGAAAGTG;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=178542425;WS=178542407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	178545952	rs35616186	C	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=12;PP=655;SC=TTACTCTCACCCCTTTCTCTG;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=178545960;WS=178545942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	178546026	rs9831934	T	C	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=31;PP=1514;SC=AAACATTTAATTGCTCCTTCA;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=178546034;WS=178546016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	178560581	rs6443583	A	C	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.188;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=49;PP=1765;ReadPosRankSum=1.782;SC=TTATCCTAACAAAACTCTACA;SOR=0.374;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=89;WE=178560589;WS=178560571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,149:0.99:150
chr3	178785549	rs6772028	G	A	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=26;PP=728;SC=ATTGGGTAGGGAAGCCTGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=178785557;WS=178785539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	178917005	rs3729674	A	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	178919397	.	A	ATTTTTT	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.54;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	178921253	rs17550640	G	GTAAA	2735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=18;PP=1809;SC=AGATTAATATGTAGTCATAAT;SOR=1.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=31;WE=178921261;WS=178921243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	178921639	rs2699895	C	A	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=197;SC=CTTTTTCTTGCACTATACAGT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=178921647;WS=178921629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	178922222	rs3729676	G	T	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=5;PP=273;SC=TTATATTTGAGTCTATCGAGT;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=178922230;WS=178922212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	178922274	rs2699896	C	A	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=14;PP=589;SC=TAGTATATACCTACTTTTTTC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=178922282;WS=178922264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	178922430	rs3729679	A	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=23;PP=658;SC=GTTTAGCAGTATGATCCATAA;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=178922438;WS=178922420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	178927410	rs2230461	A	G	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=35;PP=1412;SC=ATTATGATATATACATTCCTG;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=80;WE=178927418;WS=178927400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	178935943	rs45455192	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=2;PP=494;SC=TCTGTGAATCCAGAGGGGAAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=178935951;WS=178935933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	178938747	rs6443625	A	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.21;QD=27.32;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	178942431	rs2699889	C	G	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=651;SC=AAATAAATTTCAGGGTAAAAT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=178942439;WS=178942421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	178943972	rs9823044	G	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=47;SC=ATAGTACTTTGACATATCCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=178943980;WS=178943962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	178957783	rs3976507	C	T	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.35;NF=5;NR=1;PP=104;SC=TGTGACTGCACTTACTGTTTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=178957791;WS=178957773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	178957969	rs6782557	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=263;SC=AAAGCAAGCCGGTGTTGCTAA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=178957977;WS=178957959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	178959258	rs73054091	C	T	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=38;PP=1161;SC=TAATATGTGTCGAAATTAATT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=178959266;WS=178959248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr3	178960607	rs1059691	A	G	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=10;PP=1040;SC=CTTTTACATTATTAGTTTGCA;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=178960615;WS=178960597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr3	178960766	rs143962239	CT	C	8569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=94;PP=2966;SC=ATATAAGGTACTTTTCCACCT;SOR=0.721;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=26;TCR=99;TR=120;WE=178960774;WS=178960756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr3	178976699	rs7648422	A	G	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=31;PP=1258;SC=TGATTGGCATACAGTGCATCT;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=67;WE=178976707;WS=178976689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	178984575	rs7612684	A	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=20;PP=595;SC=TGAAGCTTAGACATCCACGGA;SOR=1.077;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=178984583;WS=178984565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	179046148	.	A	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=12;PP=413;SC=AGGTCAGTGTATAATTATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=26;WE=179046156;WS=179046138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	179076915	rs200503147	CT	C	179	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.77;ReadPosRankSum=1.744;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr3	179083079	rs60284816	C	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=183;SC=TTTGAGAAAACAATATTGCTT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=179083087;WS=179083069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	179085716	rs113028143	G	A	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=85;SC=TGTCTCGGGGGAAAAAGTATA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=179085730;WS=179085706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	179085722	.	G	GTA	107	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5001;HP=5;HapScore=4;MGOF=22;MMLQ=18;MQ=62.13;NF=3;NR=1;PP=107;QD=28.5;SC=GGGGGAAAAAGTATATATATA;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=179085730;WS=179085706;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,4:0.80:5
chr3	179085775	rs73043490	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=216;SC=TACCAGAAAACATATCTTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=179085783;WS=179085765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	179092989	rs9865666	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=8;PP=484;SC=TAATGTGTTACGGCTTGGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=179092997;WS=179092979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	179095920	rs112479789	G	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=110;SC=TCTGAGGCAGGAGGATCGCGT;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=179095928;WS=179095912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	179096006	rs35435588	C	CA	223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.319;QD=12.43;ReadPosRankSum=1.543;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,15:0.83:18
chr3	179096508	rs7637065	C	G	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=22;PP=956;SC=ATTGTATTTCCTTTTTCCCTG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=179096516;WS=179096498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	179109735	rs2287209	A	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=11;PP=344;SC=TGACCTTTATAGTAATTAGAT;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=179109743;WS=179109725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	179118998	rs3774225	C	T	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=60;PP=2549;SC=ATGTATGACACTGTTAATTCC;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=80;TCR=60;TR=140;WE=179119006;WS=179118988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
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chr3	179448066	rs11309768	AT	A	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.359;NF=1;NR=20;PP=291;ReadPosRankSum=-0.370;SC=CCAGATTTGTATTTTTTTTTT;SOR=0.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=21;WE=179448074;WS=179448056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr3	179448383	rs3213761	C	T	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=19;PP=985;SC=CTTTTTGTTTCTGTTTCTCTG;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=179448391;WS=179448373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	179463076	rs58527921	A	G	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	179463081	rs59131484	G	A	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	179469995	rs2239639	A	G	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=5;PP=631;SC=TGCCTCAGACAAAGTTGATAT;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=179470003;WS=179469985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	179472674	rs2287240	C	T	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr3	179481738	.	CAAAA	C	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.620;SOR=1.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr3	179481971	rs71917525	CTG	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-2.247;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr3	179501981	rs201974472	C	CA	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.6783;FS=5.333;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.694;NF=1;NR=16;PP=217;ReadPosRankSum=0.781;SC=TTTAATTTGCCAAAAAAAAAA;SOR=2.531;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=17;WE=179502000;WS=179501971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr3	179526234	rs71182519	GA	G	284.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.514;NF=1;NR=11;PP=194;ReadPosRankSum=-1.731;SC=AGCTACAAGAGAAAAAAAAAA;SOR=1.371;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=12;WE=179526242;WS=179526224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr3	179527459	rs111620765	G	GA	50.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr3	179592053	rs1609981	G	A	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=431;SC=TGAAAATAAAGCATTTATGCT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=179592061;WS=179592043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	179689173	rs3774255	T	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.44;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	180320897	.	AT	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=2.087;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,24:0.18:130
chr3	180372412	.	T	TA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr3	180679156	rs7428473	G	A	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	180679235	rs368132860	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr3	182546017	rs9814205	C	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=11;PP=375;SC=ATTACTCAATCTTAAGTTTGT;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=182546025;WS=182546007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	182575631	rs661774	G	T	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=134;SC=TAATACATGAGTTGTATGTTT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=182575639;WS=182575621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	182576923	rs645597	T	A	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=215;SC=ATTTTTTCTTTTCAAACAATT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=182576931;WS=182576913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	182590354	rs771156	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=14;PP=356;SC=AAAAATATTACTTTTCTCTCA;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=182590362;WS=182590344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	182598863	rs796406	A	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=10;PP=340;SC=ATTAAAGTACAGTATCAAATT;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=182598871;WS=182598853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	182681740	rs4859146	C	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=421;SC=TGAACTTCCACGCAATAATCA;SOR=1.225;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=182681748;WS=182681730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	182681853	rs4859147	T	C	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=20;PP=520;SC=AAAATAACAATGCAATATTAA;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=36;WE=182681861;WS=182681843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	182735182	rs6786878	C	A	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=72;PP=2026;SC=TAGATATGTTCATCTGCTTCA;SOR=1.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=24;TCR=73;TR=96;WE=182735190;WS=182735172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	182755209	rs2270968	T	G	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=24;PP=738;SC=AATGTTGGTGTGCAGTCCAAC;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=182755217;WS=182755199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	182757084	rs2270967	G	A	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=642;SC=GAGGTTCAGAGGGCTTTGAAA;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=182757092;WS=182757074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	182790249	rs7622479	G	A	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=27;PP=1128;SC=TGTTTTCTGAGAGAAAACCGC;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=182790257;WS=182790239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	182804385	rs6806083	G	A	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=12;PP=967;SC=TAAAGATCTTGGGAAAGGCTA;SOR=1.576;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=47;WE=182804393;WS=182804375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	182810144	rs3732604	T	G	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=18;PP=1195;SC=ACGAAAATACTGACACAGTAA;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=182810152;WS=182810134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	182925404	rs6804951	T	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=14;PP=735;SC=ACCTTCATGGTCTTCTTGAAG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=182925412;WS=182925394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	182946002	rs6803121	A	G	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr3	182987515	rs3811732	G	A	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=105;SC=TACGAAACACGAAGTTCTATG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=182987523;WS=182987505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	183211906	rs1520101	A	G	6298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=62;PP=2454;SC=AGGTCTCCACATTGTTGATTC;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=143;WE=183211914;WS=183211896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr3	183695545	rs200446876	A	AT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.223;SOR=1.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr3	183823576	rs4912524	T	C	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=18;PP=1802;SC=GCAGGCCCAGTCTCTATGTCA;SOR=1.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=62;TCR=18;TR=79;WE=183823584;WS=183823566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr3	183824557	rs56109847	G	A	9078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr3	183857809	rs112477801	C	CA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.681;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr3	183882114	rs150288196	G	A	10061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr3	183904049	rs11539876	A	G	8490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr3	183904232	rs1709624	T	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=17;PP=596;SC=CTGTCTGGGGTCTGAAACTGC;SOR=1.148;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=183904240;WS=183904222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	183975365	rs7633387	C	T	4114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=56;PP=1816;ReadPosRankSum=0.257;SC=GCAGGCTCGCCATGCCCATGT;SOR=0.323;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=107;WE=183975373;WS=183975355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr3	183976103	rs11546878	C	T	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=29;PP=1474;SC=CCCTGGAGGCCGGTTTATCTC;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=183976111;WS=183976093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	183994536	rs843371	A	G	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=36;PP=1264;SC=AACAGACTCAAGGCTCAACTC;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=183994544;WS=183994526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	183996213	rs843372	C	T	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=11;PP=620;SC=CCCCTACCCCCGCTCGGGAAT;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=28;WE=183996221;WS=183996203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	184010048	rs3914188	G	C	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=61;PP=1888;SC=GGGAGAAATGGCCAGCTGTCA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=91;WE=184010056;WS=184010038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	184020100	rs71185698	C	CA	297.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=380;SC=TAAGTGAATTCATGGGGAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=184020108;WS=184020094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	184033408	rs73187631	A	T	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=33;PP=1896;SC=GTTGGTGGGGACAGGCTGTAT;SOR=1.295;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=91;WE=184033416;WS=184033398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	184037533	rs13319149	A	G	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=42;PP=1507;SC=CGTGGCCCCCACCCCAGTTTT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=87;WE=184037541;WS=184037523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	184039666	rs2178403	A	G	5697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=108;PP=2965;SC=GACAGCATCAATGGCGCCCCC;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=64;TCR=108;TR=172;WE=184039674;WS=184039656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr3	184045799	rs939317	A	G	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=45;PP=1434;SC=GGGTATGACCAGCTTCTCTGG;SOR=1.054;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=72;WE=184045807;WS=184045789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr3	184046355	rs1879244	C	T	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=19;PP=767;SC=AGCCATGCCACGTTGCCCCAG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=184046363;WS=184046345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr3	184046470	rs2230571	C	T	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=25;PP=939;SC=ACATCCCCCACGTGTGGCTCT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=184046478;WS=184046460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	184062776	rs9839000	A	G	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=42;PP=1346;SC=CATGCCTGGCAGTGGCATGCA;SOR=1.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=184062784;WS=184062766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr3	184070675	rs3749223	A	G	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=28;PP=1007;SC=AGGAAGACACAGGGAGAGGTA;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=184070683;WS=184070665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr3	184071017	rs41266265	G	A	10143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr3	184071017	.	GTT	ATC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=59.9;NF=61;NR=70;PP=2947;QD=20;SC=TTTAGGAAGCGTTTGTGGCTT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=62;TCR=73;TR=131;WE=184071027;WS=184071007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,131:0.97:135
chr3	184071019	rs11920716	T	C	10143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr3	184071063	rs9820367	G	C	4556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=70;PP=2408;SC=AGCCTCAGGGGTAGGGGGACC;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=115;WE=184071071;WS=184071053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	184072459	rs73189624	G	A	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	184075958	rs41266271	C	T	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=46;PP=1375;SC=CTCCCCTTCTCTTCTAACATA;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=184075966;WS=184075948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr3	184090266	rs6141	C	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=209;SC=GAGCTGTACACGAGACAATGC;SOR=1.508;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=184090274;WS=184090256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	184091149	rs6142	G	T	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=6;PP=483;SC=GGTCTTCTAGGGGGACTGAGT;SOR=1.067;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=21;WE=184091157;WS=184091139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	184094183	rs956732	A	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=523;SC=CCAAGGGTGAAGAATCTATCC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=184094191;WS=184094173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	184098193	rs1920128	A	C	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=7;PP=220;SC=GCGCCGGCCCAGAGCCCCCCG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=184098201;WS=184098183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	184098647	rs885650	C	T	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=51;PP=1434;SC=GCGCGGGCGTCGGAGTGGACT;SOR=2.115;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=68;WE=184098655;WS=184098637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	184099378	rs35929225	C	A	6192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=83;PP=2965;SC=GGGAGCCAGGCGCTGAGGAGC;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=68;TCR=83;TR=150;WE=184099386;WS=184099368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr3	184100961	rs3833587	G	GT	1072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=448;SC=GGTGAGGCGGGGGGGGGGCCT;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=184100969;WS=184100951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	184106217	.	A	G	183	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=57.97;NF=11;NR=1;PP=183;QD=18.1476010456;SC=CCATCCATCCATCCGTCCCTT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=184106225;WS=184106207;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	184293564	rs7640497	C	T	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=740;SC=CTGCGGAGGTCTGGTGTCTGC;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=33;WE=184293572;WS=184293554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr3	184293769	rs7652597	T	C	6828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=79;PP=2860;SC=ACAGTGCCTGTACCAGTGAGT;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=147;WE=184293777;WS=184293759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr3	184295008	rs7644069	C	A	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=30;PP=951;SC=GCCTGGGTCACTTTCTCCTGG;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=184295016;WS=184294998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	184295316	rs7644377	C	T	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=58;PP=1691;SC=AAATTACCCCCGGATCATGAT;SOR=1.041;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=96;WE=184295324;WS=184295306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	184295828	rs4072650	C	A	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=48;PP=1588;SC=CCATGGGCCGCCTCGAACTGC;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=77;WE=184295836;WS=184295818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	184295921	rs4072651	C	T	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.88;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	184295921	.	CCA	TCG	535	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6;NR=21;PP=535;QD=21.7951064764;SC=CCTCCTGGGGCCAGCCGTTGC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=27;WE=184295931;WS=184295911;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr3	184295923	rs4072652	A	G	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.02;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	184299167	rs1138510	T	C	5483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=66;PP=2828;SC=GGTTTGCATCTTTTGACCTGG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=125;WE=184299175;WS=184299157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr3	184428903	rs9872799	T	G	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=63;PP=2446;ReadPosRankSum=-0.579;SC=GAATTCATATTCTGGTGGATT;SOR=0.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=110;WE=184428911;WS=184428893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr3	184429133	rs10656187	A	ATCC	6649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=2989;ReadPosRankSum=1.944;SC=CTCCTCCCAGATCCTCCTCCT;SOR=0.706;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=64;WE=184429141;WS=184429123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,155:0.95:163
chr3	184429414	rs10937187	C	A	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=49;PP=1787;SC=CTTGCCAAGGCTTTGGCCGCC;SOR=0.710;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=96;WE=184429422;WS=184429404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr3	184542693	rs71298576	A	AT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr3	184616504	rs9845800	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=166;SC=TTCTCCTATTCTCCATTTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=184616512;WS=184616494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	184631103	rs9821657	G	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=170;SC=TCTATCTTAGGGTAGCTTATA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=184631111;WS=184631093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	184633247	rs4686879	A	C	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=11;PP=436;SC=GAGAATTTCTAAATGTATTGG;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=184633255;WS=184633237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	184642587	rs11391596	A	AT	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.893;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr3	184647413	rs4643688	T	C	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr3	184654166	rs6444004	A	G	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=26;PP=843;SC=ATCTAGTGGAAAGACAATTAT;SOR=1.287;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=184654174;WS=184654156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	184658058	rs142586532	T	TTATATA	172.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=34.55;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	184675359	rs4501092	T	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.04;SOR=1.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	184682214	rs6799328	T	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=136;SC=ACTCCACAAATAAGATTGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=184682222;WS=184682204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	184684313	rs4470487	G	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=79;SC=AAACAGAAGAGTTTACTTCTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=184684321;WS=184684303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	184700356	rs4572747	A	C	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	184714014	rs9860814	C	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=7;PP=436;SC=TCAATTTTAGCTGTTGGTAGT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=184714022;WS=184714004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	184717703	rs2291737	T	C	277.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=214;SC=CCAATGTCATTTGGGCCTGGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=184717711;WS=184717693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	184801494	rs9845482	G	A	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=205;SC=ATTCAACATTGGTATAGTCAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=184801502;WS=184801484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	184907503	.	CTTTT	C	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.063;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr3	184935807	rs35531967	A	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=690;SC=CCCACCTCGGACTCCCAGAGT;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=184935815;WS=184935797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	185046909	rs34308085	AT	A	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=17;PP=706;SC=CAGTAGTTTTATTTTTTTTTA;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=36;WE=185046917;WS=185046899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	185046975	rs9863304	T	C	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=25.33;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	185155430	rs113427759	C	CT	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.7465;FS=4.649;HP=11;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=165;ReadPosRankSum=0.932;SC=TAGGTCAAGGCTTTTTTTTTT;SOR=1.389;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=13;WE=185155438;WS=185155420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr3	185212593	rs6798873	T	C	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=30;PP=961;SC=AGAAAGGGTCTCCAGGTGTTG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=185212601;WS=185212583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	185229464	rs61730237	T	C	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=47;PP=1395;SC=CTTGGTGATATTTCTGAAATG;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=73;WE=185229472;WS=185229454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr3	185232169	rs1837882	G	A	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=14;PP=562;SC=GGGAAATAGCGCACTGCAAAC;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=185232177;WS=185232159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr3	185327012	rs73175547	C	T	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=4;PP=580;SC=TGGTACTTATCTAACATGCTT;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=185327020;WS=185327002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	185330303	rs73175548	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=8;PP=348;SC=AGAGGAATGTCTTGATGTTGT;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=185330311;WS=185330293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	185347363	rs34843707	C	CA	106.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr3	185431283	rs17826758	A	G	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=37;PP=1280;SC=ACAGGTAAGTAAGATAGACTC;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=185431291;WS=185431273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	185635685	rs16860328	A	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=23;PP=667;SC=GAAATGAGATAGCAATCTTAA;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=41;WE=185635693;WS=185635675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	185655454	rs1862904	A	G	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=43;NR=14;PP=1200;SC=CTATCCACAAAGGCTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=57;WE=185655462;WS=185655445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	185798025	rs77805826	C	T	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	185802071	rs373161638	TAA	T	347.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr3	185879296	rs13073156	T	C	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=11;PP=991;SC=ACAGTCCCTGTGACTCTGAGA;SOR=1.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=48;WE=185879304;WS=185879286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	185882643	rs4686741	C	G	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=10;PP=1010;SC=AATGTGTACGCAGGCGGGGAG;SOR=1.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=185882651;WS=185882633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	185905876	rs13087397	G	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=5;PP=400;SC=CAGCATATCCGCAGAGCATGG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=185905884;WS=185905866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	185960192	rs6799929	A	G	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=0;PP=129;SC=CCAAGTCCCCAGCGGCCCTGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=185960200;WS=185960182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	185960414	rs12489063	G	A	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=40;PP=1229;SC=AGTGCAGTGCGGAGGGAAGGG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=185960422;WS=185960404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	185982955	rs3815620	G	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=4;PP=717;SC=ATGCTTTTCTGTAGAACCCAA;SOR=2.891;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=33;WE=185982963;WS=185982945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	185982972	rs3815619	T	C	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=10;PP=980;SC=CCAAACCCCGTCTTGCCCGCC;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=185982980;WS=185982962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	185990096	rs2193587	C	T	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=50;PP=1761;SC=AGGAATGTTTCTGGACACACA;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=97;WE=185990104;WS=185990086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	186015283	rs3819860	A	G	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=22;PP=829;SC=CTGAGGAAAAAAAAGAAGATT;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=186015291;WS=186015273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	186015303	rs3819859	A	G	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=19;PP=715;SC=TTAAAGACCAACCCAGGCCCT;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=186015323;WS=186015293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	186015315	rs3819858	T	C	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=20;PP=661;SC=CCAGGCCCTCTAGCTTCTTGG;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=186015323;WS=186015293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	186015438	rs3819857	C	T	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=139;SC=GCTGTGTCTCCCCCATTATAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=186015446;WS=186015428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	186276393	rs9854418	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=12;PP=347;SC=GATGAATAGACGTTTTAAAAC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=186276401;WS=186276383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	186287777	rs2889755	T	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=249;SC=ATACGCCCGATGATTTACCGA;SOR=2.531;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=186287785;WS=186287767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	186288565	rs3806714	A	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.76;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	186293820	rs2280390	T	G	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=32;PP=898;SC=CAGAAACTTTTGATGAACAGT;SOR=1.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=42;WE=186293828;WS=186293810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	186302391	rs140269415	A	ATTGTGTGTGTGT,ATTGTGTGTGTGTGT	1640.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=0,0;NR=30,30;PP=409,184;SC=ATGGCATATTAGTGTGTGTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=30,30;WE=186302399;WS=186302381;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.67:18
chr3	186386664	rs5855108	T	TA	275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=0;PP=278;SC=CTTTAATACATAAAAAAAAAC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=14;WE=186386672;WS=186386654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	186393073	.	GGTGT	G,GGT	1145.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.72;QD=67.40;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,11:0.35,0.65:17
chr3	186393097	rs7428891	T	A	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=61.04;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=454;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=14;WE=186393105;WS=186393087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr3	186395180	rs7629680	T	C	20430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=817;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=255;NR=200;PP=2965;ReadPosRankSum=1.868;SC=AGCATCCCCATGGACACCATC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=457;TCF=255;TCR=202;TR=455;WE=186395188;WS=186395170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,793:0.99:797
chr3	186435370	rs1050274	G	A	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=53;PP=1769;SC=GCTCCAGGCTGCTACTAAGTT;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=110;WE=186435378;WS=186435360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr3	186435561	rs13072823	G	A	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=22;PP=911;SC=AAGTCACTTGGGATTTGTACT;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=41;WE=186435569;WS=186435551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	186437944	rs5029980	T	C	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=59;PP=2173;SC=AGGAGGGGGATTGTCCTGTTC;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=118;WE=186437952;WS=186437934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr3	186442833	rs1656921	G	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=515;SC=TGCGAATGCTGATTGCGATCA;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=186442841;WS=186442823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	186443018	rs1656922	T	C	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=34;PP=1009;SC=TCCCTCTTCATGCTTAATGAA;SOR=0.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=58;WE=186443026;WS=186443008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr3	186449582	rs1648698	G	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=36;PP=1054;SC=GTACCCCTTCGCTGCCCAGTT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=186449590;WS=186449572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	186501502	rs266720	C	A	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=32;PP=896;SC=GTGGATGGCACGGAGGCAAAA;SOR=1.148;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=50;WE=186501510;WS=186501492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	186504148	rs266718	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=229;SC=ATGTGTTTTGTTGTCGTTCCC;SOR=1.981;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=186504156;WS=186504138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	186509517	rs187868	G	A	7642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=91;NR=92;PP=2965;SC=CTCTTACCCCGGCAATGTCTG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=91;TCR=93;TR=183;WE=186509525;WS=186509507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr3	186519136	rs1648703	A	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.20;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	186519141	rs1656941	A	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	186522293	rs113205972	TA	T	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr3	186522633	rs710450	A	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=8;PP=182;SC=CCCGAAAATAAACTTAGCCTT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=186522641;WS=186522623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	186791795	rs9821439	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=259;SC=TGGAAGAGAAACCTGTAGTCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=186791803;WS=186791785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	186917751	rs6764714	C	G	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=52;PP=2147;SC=GTCGCAGGACCAGACGGGCTC;SOR=0.842;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=117;WE=186917759;WS=186917741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr3	186947410	rs850318	C	T	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=4;PP=317;SC=TCCAGTCTAGCCGAGAACTCT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=186947418;WS=186947400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	186953808	rs850312	C	T	8309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=127;PP=2965;SC=TGACATACTGCAGGACATCTG;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=109;TCR=127;TR=236;WE=186953816;WS=186953798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr3	186954285	rs710452	A	G	10908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=123;PP=2965;SC=GGAAGAGGCCAGGCTCAGCAT;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=104;TCR=123;TR=227;WE=186954293;WS=186954275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr3	186961478	rs710460	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=380;SC=TGATGGATCTATCTCATGCAG;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=186961486;WS=186961468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	186969371	rs3214401	C	CG	470.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=3;PP=266;SC=GGGCAGGTTTCGAGAGTTTCT;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=186969379;WS=186969361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	186969634	rs698092	A	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=246;SC=ATGAAGGTGAATAAAACATGG;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=186969642;WS=186969624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	186978515	rs72549251	T	C	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=19;PP=972;SC=CATACAATCATTGGTAGGCTC;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=186978523;WS=186978505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	186980264	rs710468	C	T	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=10;PP=856;SC=AAGGAGAGGTCACAAGGCAGT;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=186980272;WS=186980254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr3	187003495	rs698105	A	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=5;PP=279;SC=AATTCATACCATTGTGATGTT;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=187003503;WS=187003485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	187086081	rs5855133	TCAGA	T	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=5;PP=1388;SC=TTCTGTGTACTCAGACAGTCT;SOR=2.554;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=187086092;WS=187086071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr3	187088812	rs3821812	C	T	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=50;PP=1789;SC=GGAAATGGCACGAGGAAGTCT;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=187088820;WS=187088802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr3	187088903	rs1533595	C	A	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=43;PP=1638;SC=CTTTGGGCATCTGTGGACAGG;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=83;WE=187088911;WS=187088893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr3	187088926	rs1533594	G	A	3342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=44;PP=1547;SC=TTAAAAAGCTGCATGACAAAG;SOR=0.865;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=80;WE=187088934;WS=187088916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	187089031	rs1003995	C	A	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=36;PP=1219;SC=AACCAGTCAGCTGAGGCAAAA;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=65;WE=187089039;WS=187089021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	187416253	rs1523468	C	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=515;SC=ACTCTCAAGCCCATGTGCCCT;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=25;WE=187416261;WS=187416243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	187416634	rs1973791	C	A	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=44;PP=1563;SC=TGTTCTCCTCCAGCATGCTGG;SOR=1.153;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=70;WE=187416642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr3	187416719	rs11707167	T	C	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=35;PP=1386;SC=GCCCGCCCGCTGGGCGCGGTC;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=187416727;WS=187416709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr3	187419661	rs113681515	G	GCCTGCC	2284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=15;PP=1878;SC=ACCAGAATAAGCCCGCGACTG;SOR=1.225;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=27;WE=187419669;WS=187419651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr3	187420445	rs4389470	C	T	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=34;PP=903;SC=TAGCACAAACCGCTTGACCTG;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=187420453;WS=187420435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	187440506	rs1005099	C	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=12;PP=328;SC=TCTTGCCTCTCCAAGGCCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=187440514;WS=187440496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	187446035	rs139706880	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=606;SC=TGGACTTCCAATTGAGGACTG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=187446043;WS=187446025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	187447032	rs1056932	G	A	4933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=47;PP=1969;SC=TGGCATTCTGGTTGAGGCTGT;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=109;WE=187447040;WS=187447022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr3	187447926	rs1491997	C	T	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	187451609	rs1880101	A	G	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	187451701	rs1880100	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.70;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	187451709	rs1880099	C	T	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	187898005	rs344953	C	T	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.27;SOR=2.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	188202550	rs2067078	A	T	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=38;PP=956;SC=TCATGTTTATAAGCCATCCTA;SOR=2.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=46;WE=188202558;WS=188202540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	188202582	rs1559814	G	T	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=692;SC=AATTTCATGAGTGTTTCTGTG;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=188202590;WS=188202572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr3	188242669	rs200398269	TTCCTTCCTTCCGTCCG	T	1188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.62;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	188242701	rs138209867	T	G	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	188242705	rs144299808	T	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.16;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	188478197	rs3841956	G	GGTGTGT	468.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;MQRankSum=0.603;QD=39.08;ReadPosRankSum=1.161;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr3	188478227	rs9844848	T	C	524.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;MQRankSum=0.555;QD=37.49;ReadPosRankSum=1.766;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr3	188478235	rs9844854	T	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.48;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr3	188590358	rs4687001	C	T	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr3	188590446	rs1136644	A	G	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	189587274	rs6790167	A	G	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=32;PP=810;SC=TCATCATCTCATTATCTGTGA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=189587282;WS=189587264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	189590871	rs111843185	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=19;PP=539;SC=GAGCAATGTGGAACATAATGG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=189590879;WS=189590861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	189604149	rs1554131	T	G	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=64;PP=2281;ReadPosRankSum=-0.704;SC=TCAGTGTCCCTTGCTCACCAT;SOR=0.261;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=74;TCR=64;TR=137;WE=189604168;WS=189604139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr3	189604160	rs1345186	T	C	5909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=74;PP=2889;SC=TGCTCACCATTATTTCCATGT;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=157;WE=189604168;WS=189604139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr3	189689904	rs710543	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=14;PP=414;SC=GCAAATGGGCAGAGGCAGACA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=189689912;WS=189689894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	189690826	rs200458285	A	AC	1364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=23;PP=308;SC=GAAAAAAAAAAACAAAACATG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=23;WE=189690834;WS=189690816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr3	189690861	rs710545	T	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=298;SC=TCATTGGAGGTCGTAAGAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=189690869;WS=189690851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	189691499	rs1815171	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=163;SC=ATTTTTAGTAGAGACGGGGTT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=189691507;WS=189691489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	189692565	rs1985690	G	A	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=55;PP=1557;SC=TGCAATTCGAGTGAGTCCATT;SOR=1.440;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=79;WE=189692573;WS=189692555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr3	189702200	rs710558	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=278;SC=GACCTGGATGTAGAGCTCCTA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=189702208;WS=189702190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	189702395	rs11311050	TA	T	932.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.309;NF=3;NR=19;PP=394;ReadPosRankSum=1.543;SC=TTGAATCGAGTAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=22;WE=189702404;WS=189702385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr3	189705542	rs3114672	A	G	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=38;PP=1088;SC=CGTGTCTACAAAGGTCAGCAT;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=189705550;WS=189705532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	189712089	rs1719599	GG	AA	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=27;PP=1589;SC=TGAAACAGACGGGAAAAAACA;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=189712098;WS=189712079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	189713345	rs10645374	G	GGTT	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.54;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	190030680	rs9869263	A	G	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=23;PP=1264;SC=GAAATATCGCACCCCCAATGA;SOR=1.249;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=74;WE=190030688;WS=190030670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr3	190106071	rs368234054	AG	A	6863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=52;PP=2951;SC=AAGTGGGGCCAGGGCTGGTGT;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=71;WE=190106082;WS=190106061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr3	190106074	rs3214506	G	C	6872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=55;PP=2208;SC=TGGGGCCAGGGCTGGTGTCTG;SOR=0.732;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=108;WE=190106082;WS=190106061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr3	190106242	rs1491994	T	C	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=33;PP=1072;SC=GGTAAGAAGATAGCAGCTTCT;SOR=1.002;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=53;WE=190106250;WS=190106232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	190106332	rs1491993	T	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=10;PP=254;SC=CTAAGGCTAATGATACCAAAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=190106340;WS=190106322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	190157898	rs6767754	G	A	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	190165800	rs1346016	T	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=114;SC=GGTGGATTCTTAAGCTCAGCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=190165808;WS=190165790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	190282197	rs6764468	G	A	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=56;PP=1657;SC=GTAGGGTAATGAGTCCACTCT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=90;WE=190282205;WS=190282187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	190338039	rs11368884	C	CT	142.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr3	190347247	rs148996090	C	A	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=28;PP=1222;SC=CTAGAAGTGCCAAAGGCGAAG;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=64;WE=190347255;WS=190347237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr3	190576593	rs1393055	A	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=515;SC=CTTTGGACACACCAGTCACTT;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=190576601;WS=190576583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	190577535	rs9855583	A	G	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=11;PP=396;SC=CATACTAACCAGGTCTACTTT;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=24;WE=190577543;WS=190577525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	190577763	rs7640070	G	A	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=150;SC=ATTTAAGTGTGCTTTTAATAT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=190577771;WS=190577753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	190578566	rs13075089	A	G	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=17;PP=798;SC=TCAACACTAGATTCTGACGTT;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=190578574;WS=190578556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	190580209	.	AAG	A	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=2.783;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr3	190936482	rs9290979	A	C	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=31;PP=1614;SC=GCATATGTACATACTTGGAGT;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=84;WE=190936490;WS=190936472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	190967779	rs2034771	A	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=16;PP=964;SC=AATAATGATCAATAACTTGCC;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=190967787;WS=190967769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	190980797	rs7644510	A	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=478;SC=ATCACATTACAGCATTGTTAC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=190980805;WS=190980787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	190986110	rs10804933	C	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TTTTATTCCACAGCAATAGTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=190986118;WS=190986100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	190986388	rs6794154	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=105;SC=TTAAGTTAATCACAATTAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=190986396;WS=190986378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	190991384	rs9857697	G	A	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=44;PP=1380;SC=GTGCTGTGCTGCAAGCATTGG;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=81;WE=190991392;WS=190991374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr3	190991439	rs9877400	T	C	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=32;PP=1033;SC=AGATTTAGATTACAACTGTTA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=190991447;WS=190991429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	191074796	.	TA	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.940;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr3	191107192	rs436393	A	G	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=13;PP=1116;SC=TTCATTTCACAAGAAAATGTT;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=191107200;WS=191107182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr3	191178925	rs539897	G	A	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=273;SC=AGGGCCAGGCGTTGGGAGAGC;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=191178933;WS=191178915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	191179193	rs293833	A	G	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr3	191179303	rs176823	C	T	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=30;PP=825;SC=CTTGGTTCTGCCTCCATTTTA;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=191179311;WS=191179293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	191888452	rs201475598	GAA	G,GA	1783.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.49;ReadPosRankSum=1.126;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,24,74:0.24,0.73:102
chr3	192053274	rs4571187	G	A	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=660;SC=AAAAAGAAGGGCGGAAAGGAT;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=192053282;WS=192053264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	193007560	rs12152269	G	A	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	193016895	rs1878716	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=5;PP=279;SC=AAAAACAATATAGTTTTCTTT;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=193016903;WS=193016885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	193017204	rs6805083	C	T	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr3	193023585	rs5855481	TA	T	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=650;SC=GGTCTCTGTTTAATGCTGTCC;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=193023593;WS=193023575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	193031926	rs2280268	C	T	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=21;PP=1119;SC=ACTTGGCTGCCTGGAGGGATC;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=193031934;WS=193031916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	193036794	rs6788770	G	C	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=18;PP=781;SC=CTAAGTGCTCGACTTCTGAAA;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=193036802;WS=193036784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	193042776	rs11926955	T	C	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=41;PP=1185;SC=CAGCCTGGCCTGAGGCAAAGC;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=193042784;WS=193042766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr3	193042964	rs11715170	G	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=231;SC=CCTTAGCCTGGTATTCAAAGT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=193042972;WS=193042954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	193044923	rs1387700	T	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=701;SC=AAAACCCAAGTTTCTAAGATA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=193044931;WS=193044913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	193062906	rs6444706	G	A	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=36;PP=1028;SC=GATAGTTCATGTTCTGAAAAC;SOR=2.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=193062914;WS=193062896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	193069125	rs55658952	G	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=31;PP=860;SC=AATTCACTTAGATCTCTATTG;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=193069133;WS=193069115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	193080344	rs12636830	C	T	6191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=75;PP=2476;SC=GGTGACAAAACATTGTACTTA;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=63;TCR=76;TR=138;WE=193080352;WS=193080334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr3	193081122	rs12637558	G	T	3644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=47;PP=1344;SC=CTTCAGTGTGGATAAGTAGAG;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=193081130;WS=193081112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	193081830	rs923496	A	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=581;SC=CCACAGAGTTATGCCACAGAG;SOR=2.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=193081838;WS=193081820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr3	193081866	rs4386441	T	A	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=11;PP=986;SC=CGATCATGGCTTTCAAAATAG;SOR=1.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=193081874;WS=193081856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	193090255	rs2171848	C	T	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.33;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	193090260	rs6444712	T	C	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	193096529	rs4687419	C	T	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=30;PP=859;SC=ACTCAACCGGCGAGGATCTCT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=193096537;WS=193096519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr3	193153562	rs1996735	T	C	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	193272442	rs58073069	CGTGTGTGT	CGT,C	587.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.4343,0.5657;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=2,2;NR=2,2;PP=5,214;SC=GTGATGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4,4;WE=193272457;WS=193272432;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:15
chr3	193332420	rs145894722	C	CTGTG	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=893;SC=ACGTATGGGGCTGTGTTTCCT;SOR=3.716;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=17;WE=193332428;WS=193332419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr3	193334991	rs7624750	G	A	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=10;PP=466;SC=GCCCTTCCTAGTTCAGAAGAC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=193334999;WS=193334981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr3	193336639	rs3772393	T	C	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=27;PP=1001;SC=ATGTAAAGGGTTGCATATTTA;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=193336647;WS=193336629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr3	193355074	rs166850	T	C	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=20;PP=591;SC=GCCACGGGTATGTGAAAAATT;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=193355082;WS=193355064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	193355102	rs10451941	T	C	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=18;PP=520;SC=AACTTGCCAATTAGCAAAAAA;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=193355110;WS=193355092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	193365939	rs9831772	T	G	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.844;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=54;PP=1649;ReadPosRankSum=-0.187;SC=ATTTGGATACTCGTGTATTTT;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=80;WE=193365947;WS=193365929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
chr3	193365974	rs9831900	T	G	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=36;PP=1007;SC=TTAATGTTGTTTGCTAACTAA;SOR=1.478;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=50;WE=193365982;WS=193365964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr3	193374964	rs9851685	T	C	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr3	193383973	rs10804957	A	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=0;PP=263;SC=GGTAAATCTGAGTACTTTTTA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=193383981;WS=193383963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	193384203	rs10937595	T	A	4236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=61;PP=1838;SC=GACTGCAGTCTTATTTTGACA;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=193384211;WS=193384193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr3	193386239	rs12494482	C	T	10063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=136;NR=126;PP=2965;SC=CATGGAGTCCCTTTTACTGAG;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=136;TCR=127;TR=262;WE=193386247;WS=193386229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr3	193854148	.	T	TA	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr3	194061906	rs4974538	TG	CA	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=31;PP=2304;SC=GGAGCCCTGCTGAGGAGAGAG;SOR=0.714;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=62;WE=194061915;WS=194061896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr3	194063153	rs3732474	G	A	5271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	194063300	rs62288099	T	C	5398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=45;PP=1748;SC=GGATGTCCAGTGGGACGGTGG;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=101;WE=194063308;WS=194063290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr3	194080336	rs4974533	G	A	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=48;PP=2044;SC=TAGGCACCTCGGGGACATGGA;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=100;WE=194080344;WS=194080326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr3	194080648	rs9682540	G	A	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=40;PP=1674;SC=GTCTGAGGCGGTTGTTCTGCA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=81;WE=194080656;WS=194080638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr3	194080696	rs9682541	G	A	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=42;PP=1532;SC=TGCGGAAGACGTTCCCGTCCA;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=85;WE=194080704;WS=194080686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr3	194080916	rs13070515	G	A	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=47;PP=1801;SC=GAAGATCCCCGGAGAGAGCTC;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=91;WE=194080924;WS=194080906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr3	194080983	rs13060627	C	T	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=34;PP=1217;SC=TGCATGAAGACGCTGGGTGGC;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=70;WE=194080991;WS=194080973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr3	194081089	rs11713861	C	T	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=38;PP=1596;SC=GGTTCTGCTGCAGAGCCAGTT;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=81;WE=194081097;WS=194081079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr3	194081179	rs11715737	G	A	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=54;PP=1986;SC=GGACCTGGAGGTTGCCCAGGT;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=110;WE=194081187;WS=194081169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr3	194081392	rs923936	G	A	5383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=61;PP=2478;SC=GGAGAGACTCGAGGCTGTCCA;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=129;WE=194081400;WS=194081382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr3	194081635	rs923935	T	C	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=58;PP=1754;SC=GGGTGGGCACTGCCACAATGC;SOR=0.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=99;WE=194081643;WS=194081625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr3	194118874	rs1223989	T	C	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=43;PP=2247;SC=TGGGCAGGCCTAGCGCGGAGA;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=109;WE=194118882;WS=194118864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr3	194309528	rs789837	G	A	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=373;SC=CTGTGTTTCTGGGACCTAAGG;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=194309536;WS=194309518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	194313632	rs7373172	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=19;PP=827;SC=GTGAGCCACCGCGCCTGGCCT;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=194313640;WS=194313622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr3	194313832	rs1773184	T	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=22;PP=605;SC=ACAGAAAAAGTGTTGGACAGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=194313840;WS=194313822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	194324939	rs6768028	A	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=237;SC=ACAGCTGCACAAGCCCCAAGG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=194324947;WS=194324929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	194324982	rs745171	C	A	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=9;PP=531;SC=ACGATGGCACCCACGCACCCG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=194324990;WS=194324972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr3	194325010	rs745168	G	A	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=14;PP=654;SC=GGCAACAGCCGTGTACCTCCA;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=194325018;WS=194325000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr3	194325325	rs708632	C	T	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=164;SC=GGCCATCCAGCTCTCCCCAGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=194325333;WS=194325315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	194331875	rs789993	A	T	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=454;SC=TTTTAACGGCACGTCTCACTT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=194331883;WS=194331865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr3	194337901	rs922282	T	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=146;SC=CTCAGGGTGCTGGTCGTGGGC;SOR=0.846;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=194337909;WS=194337891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	194344526	rs709011	G	C	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=47;PP=1467;SC=ACATGATGCTGAAGCGGGTTC;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=74;WE=194344534;WS=194344516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	194362721	rs1060827	G	A	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=141;SC=GTCTTGGGACGGTTCCACAGG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=194362729;WS=194362712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	194991220	rs7640099	AA	GC	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=154;SC=CCGGGAGCGCAAACTGACCTC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=194991229;WS=194991210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	194999996	rs7610022	T	A	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=4;PP=265;SC=AAAATTGTGATTTTTTAGCTG;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=195000004;WS=194999986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	195000203	rs113284303	T	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=204;SC=ACACAAGTATTAATCAAACAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=195000211;WS=195000193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	195028183	rs13059843	G	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=551;SC=TTAGAAACAGGGGTTATCAAT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=195028191;WS=195028173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	195029738	rs10636354	G	GAAAGT	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=5;PP=270;SC=GAAAACTACTGAAAGAACAAA;SOR=2.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=195029746;WS=195029728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	195041515	.	C	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=12;PP=293;SC=ACGTTATATTCTAACTTAGAA;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=195041523;WS=195041505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	195076877	rs6437374	C	G	8581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
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chr3	195295708	rs142189206	G	GGGGT	672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.05;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr3	195306055	rs4677691	A	G	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=521;SC=TGCAGTCTTTATCTCAGCAGA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=195306063;WS=195306045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	195345828	rs148520845	AG	GA	29822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-14.548;NF=335;NR=310;PP=2944;ReadPosRankSum=3.091;SC=CAGTGATCCCAGGGAAGCCAT;SOR=0.619;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=1068;TCF=577;TCR=491;TR=645;WE=195345837;WS=195345817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:515,746:0.59:1261
chr3	195345953	rs145174488	C	T	9255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1019;ExcessHet=3.0103;FS=1.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQRankSum=-3.595;QD=9.38;ReadPosRankSum=6.306;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:501,486:0.49:987
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chr3	195346331	rs142792605	C	G	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=25.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.66;MQRankSum=2.874;QD=17.56;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr3	195346352	rs201553387	C	T	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=26.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.63;MQRankSum=3.401;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr3	195346477	rs7631117	C	T	8460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.208;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.741;NF=193;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=1.031;SC=CTCATCCCCACGGAAGGGGTG;SOR=0.592;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=485;TCF=307;TCR=178;TR=312;WE=195346485;WS=195346467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,382:0.66:577
chr3	195346614	.	G	C	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DP=1325;ExcessHet=3.0103;FS=6.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-24.573;QD=0.78;ReadPosRankSum=5.584;SOR=1.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1200,116:0.09:1316
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chr3	195395289	rs79370883	A	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.842;NF=23;NR=10;PP=347;ReadPosRankSum=1.740;SC=CACTGAGAAGATGGTGCCCGG;SOR=0.571;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=105;TCF=81;TCR=24;TR=33;WE=195395297;WS=195395279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,30:0.25:118
chr3	195395314	rs79206144	G	A	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-8.917;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.508;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,43:0.22:195
chr3	195395328	rs62287989	T	C	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=3.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-9.618;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,57:0.24:242
chr3	195395334	rs75539242	A	T	2485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=7.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-8.911;QD=9.34;ReadPosRankSum=-2.248;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,72:0.27:266
chr3	195395347	rs78747381	G	A	3124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=5.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.60;MQRankSum=-8.295;QD=9.92;ReadPosRankSum=-2.846;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,89:0.28:315
chr3	195395354	rs80181010	A	G	3160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=4.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-8.623;QD=9.08;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,93:0.27:348
chr3	195395379	rs73216381	T	G	3321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=3.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-8.563;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,114:0.26:440
chr3	195395533	rs9847770	C	T	3670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.668;NF=52;NR=91;PP=1774;ReadPosRankSum=-0.227;SC=ACGCCTTGCCCGGAAGGCGTT;SOR=0.870;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=382;TCF=148;TCR=234;TR=143;WE=195395541;WS=195395523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:416,214:0.34:630
chr3	195395549	rs58717446	C	CAT	17556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=4.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.875;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.805;NF=12;NR=185;PP=2966;ReadPosRankSum=0.510;SC=GCGTTCGGCTCGTGTGTCTTG;SOR=1.178;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=224;TCF=12;TCR=212;TR=197;WE=195395557;WS=195395539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,441:0.83:534
chr3	195395624	rs74539433	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.57;MQRankSum=-5.082;QD=0.43;ReadPosRankSum=0.172;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,9:0.09:98
chr3	195395631	rs201911835	A	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-5.199;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.233;SOR=1.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,7:0.09:79
chr3	195395637	rs112256319	C	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=9.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=2.363;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr3	195395663	.	C	T	141	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MMLQ=22;MQ=45.27;NF=0;NR=11;PP=141;QD=15.9792011407;SC=AATGTCATTTCCTTAAGGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=11;WE=195395671;WS=195395653;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr3	195398105	rs201604773	T	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.85;MQRankSum=-1.480;QD=6.74;ReadPosRankSum=2.751;SOR=1.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr3	195398195	rs199605525	C	T	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.94;MQRankSum=1.938;QD=5.35;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,84:0.33:253
chr3	195398250	rs80193871	C	A	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.231;NF=37;NR=112;PP=2223;ReadPosRankSum=-0.991;SC=GCACCGCTCGCCCTCACCTTC;SOR=0.454;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=316;TCF=73;TCR=243;TR=149;WE=195398258;WS=195398240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,93:0.41:228
chr3	195398271	rs142433257	A	G	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.763;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.662;NF=11;NR=55;PP=1018;ReadPosRankSum=0.227;SC=GTGTGCAGGCACATGTGCACA;SOR=0.282;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=224;TCF=31;TCR=193;TR=66;WE=195398279;WS=195398261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,45:0.30:149
chr3	195399395	rs201046867	C	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=11.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.29;MQRankSum=-1.669;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.578;SOR=2.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr3	195399505	rs2280577	C	T	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.24;MQRankSum=-1.100;QD=6.89;ReadPosRankSum=0.329;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,64:0.38:169
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chr3	195400889	rs373782024	T	G	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=3.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.28;MQRankSum=0.491;QD=2.04;ReadPosRankSum=2.570;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,39:0.19:201
chr3	195412621	rs113400760	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=4.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQRankSum=-6.874;QD=0.57;ReadPosRankSum=3.843;SOR=0.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,17:0.15:114
chr3	195412842	rs113920966	A	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.72;MQRankSum=0.630;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,6:0.12:52
chr3	195412859	rs79486430	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQRankSum=0.841;QD=2.90;ReadPosRankSum=2.873;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr3	195412864	rs80246929	G	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.33;MQRankSum=0.841;QD=2.82;ReadPosRankSum=2.873;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr3	195412876	rs11185503	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.792;NF=3;NR=20;PP=1411;ReadPosRankSum=-2.139;SC=TTCTGCACTCTGGGGAAGAAG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=23;WE=195412884;WS=195412849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr3	195426305	rs9860655	T	C	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=12;PP=797;ReadPosRankSum=1.063;SC=CAAAGGTAATTGCAGTTTTTC;SOR=0.775;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=148;TCF=113;TCR=35;TR=54;WE=195426313;WS=195426295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,65:0.36:179
chr3	195426490	rs3107775	A	G	6247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.139;SC=TTTTTTCAATAAGTCAGCCTT;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=312;TCF=115;TCR=197;TR=209;WE=195426498;WS=195426480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,279:0.69:406
chr3	195447775	rs7620138	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=1.337;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr3	195447805	.	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-2.864;QD=1.12;ReadPosRankSum=-1.830;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr3	195447834	rs11185522	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.690;NF=3;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=0.460;SC=AAGGTACCCGCGAGAGACAGC;SOR=0.892;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=8;WE=195447842;WS=195447824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr3	195447871	rs11185524	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-0.458;QD=4.25;ReadPosRankSum=-2.535;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr3	195447886	rs7627924	G	C	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.254;NF=17;NR=10;PP=494;ReadPosRankSum=-1.096;SC=AGGATGGGCTGTCTCTGGGGT;SOR=0.494;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=27;WE=195447894;WS=195447876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr3	195451880	rs142096782	AG	GA	18189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.45;QD=45.02;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr3	195452649	rs200981173	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.08;MQRankSum=2.213;QD=1.06;ReadPosRankSum=1.233;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,44:0.17:253
chr3	195452668	rs201581458	C	G	4524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.90;MQRankSum=-1.977;QD=20.57;ReadPosRankSum=1.611;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,160:0.73:220
chr3	195452689	rs141077164	C	T	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=12.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.95;MQRankSum=-5.593;QD=7.94;ReadPosRankSum=3.837;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,78:0.41:189
chr3	195452770	rs2550231	G	A	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=13.233;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.05;MQRankSum=1.810;QD=44.32;ReadPosRankSum=1.257;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,125:0.98:128
chr3	195452799	rs2550232	C	T	6299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.82;QD=40.13;SOR=1.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr3	195452951	rs2688542	G	C	21269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=778;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.525;NF=292;NR=218;PP=2965;ReadPosRankSum=2.290;SC=AGCTGCACCTGATGCCACGGT;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TR=510;WE=195452959;WS=195452941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,771:1.00:773
chr3	195452987	rs9866681	G	A	7462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1091;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-15.005;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.325;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:678,413:0.38:1091
chr3	195452991	rs3828411	C	T	14992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1117;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-14.628;QD=13.45;ReadPosRankSum=2.765;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:690,425:0.38:1115
chr3	195453064	rs2550233	T	G	23479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=885;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.608;PP=2965;ReadPosRankSum=0.917;SC=GGAATCCCCTTGAAGAAACCT;SOR=0.201;Source=Platypus;WE=195453072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,879:0.99:884
chr3	195453205	rs9870815	G	A	5393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-8.713;NF=89;NR=75;PP=2833;ReadPosRankSum=-0.120;SC=ACAGCCCCTCGGAAGCCGCCC;SOR=0.811;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=310;TCF=162;TCR=148;TR=164;WE=195453213;WS=195453195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,250:0.50:504
chr3	195453243	rs3828408	C	T	12484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-11.614;NF=110;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=0.823;SC=TCAGAGACACCGACCATGGAC;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=376;TCF=204;TCR=172;TR=198;WE=195453265;WS=195453233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,328:0.49:669
chr3	195453257	rs3828406	G	A	12908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-10.561;NF=117;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.817;SC=CATGGACATCGCAACCAAGGG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=416;TCF=223;TCR=193;TR=217;WE=195453265;WS=195453233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,357:0.50:719
chr3	195453406	rs3210209	G	C	9539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-9.951;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:383,263:0.41:646
chr3	195453412	rs1063306	C	T	9361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-9.897;QD=15.42;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,247:0.41:607
chr3	195456561	rs3762739	C	G	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,59:0.46:129
chr3	195460236	rs712011	G	A	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=395;SC=CCAAGCCCCTGACCCCAGATG;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=195460244;WS=195460226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr3	195475989	rs7621695	G	A	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=-1.402;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,134:0.57:236
chr3	195476085	rs2688497	A	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=39;PP=1054;SC=TCAGATCAGCATGGTGGATAA;SOR=2.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=195476093;WS=195476075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	195477713	rs2291654	G	A	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.52;QD=44.95;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	195477713	.	GCC	ACA	997	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=57.55;NF=18;NR=2;PP=997;QD=52.5233937431;SC=CTGTTTGCCCGCCCCCCGCAG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=195477723;WS=195477703;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr3	195477715	rs2291653	C	A	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.65;QD=43.35;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr3	195477791	rs2291652	G	A	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=23;PP=1082;SC=CTTCCCCGGAGATGGGCTGGA;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=195477799;WS=195477781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	195478012	rs2291651	G	C	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=3.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr3	195479256	rs2258447	T	C	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=27;PP=1324;SC=AGGCGTTGACTTCTGCCATGG;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=66;WE=195479264;WS=195479246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr3	195484244	rs2550270	G	A	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=22;PP=669;SC=GAGACTCCTCGGCTCTGTGGT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=195484252;WS=195484234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	195487737	rs2246771	A	G	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=7;PP=507;SC=AGGCCTCCCCAGGCCTCGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=195487745;WS=195487727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr3	195489009	rs2246901	C	A	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=12;PP=677;SC=CTGGCGGAGGCGTGGAGGATG;SOR=1.078;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=195489017;WS=195488999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	195489067	rs2246980	C	G	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=14;PP=746;SC=CGAAGCTGGCCGAGACCTCAG;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=195489075;WS=195489057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	195489669	rs2550263	C	T	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=14;PP=1027;SC=ACGCGGCTTCCCGCCCACCTC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=50;WE=195489677;WS=195489659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr3	195490284	rs2550261	T	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=204;SC=GCAGGGAGGTTCCCGGCACCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=195490292;WS=195490274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr3	195490838	rs377595393	ATCCAGAT	AAGAT,A	491.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=1;PP=180;SC=CCTACTCCTTATCCAGATGCC;SOR=1.445;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=195490854;WS=195490828;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:12
chr3	195490842	rs34858176	AGATG	A	491.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.98;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	195492027	rs11926236	T	C	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=52;PP=1327;SC=AGGCCCAGGCTGGGGCTGCCA;SOR=0.814;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=90;WE=195492035;WS=195492017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr3	195495916	rs2550240	G	C	4203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=25.63;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr3	195496129	rs2688492	C	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=284;SC=ACGCACAGCACCTGTTCCTGG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=195496137;WS=195496119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	195497174	rs2259102	C	G	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=26;PP=953;SC=CGTTGTTTGTCATCTTTCTAA;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=195497182;WS=195497164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	195497743	rs2260685	T	C	4130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=45;PP=1475;SC=CTTGTTAGGATAGACCCCCTA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=195497751;WS=195497733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr3	195497809	rs2259153	T	C	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=31;PP=847;SC=CCGTCACCTGTAGGTCTTCTC;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=195497817;WS=195497799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	195501149	rs2259292	C	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=19;PP=696;SC=GTCCCCGGCGCCTGCCCCATA;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=195501157;WS=195501139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	195501258	rs2259331	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=236;SC=GAGCGCTCCCTGCAGGCTGCC;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=195501266;WS=195501248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	195505417	rs2259419	G	A	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=7;PP=226;SC=GCTGGAAGAGGGAGCTGGAAA;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=195505425;WS=195505407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr3	195505664	rs2688513	G	A	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=13;PP=579;SC=CAGCTACCTGGTGTTTCCATC;SOR=0.933;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=195505672;WS=195505654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr3	195505788	rs2550253	G	C	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=32.77;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr3	195505835	rs58500707	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQRankSum=3.507;QD=28.12;ReadPosRankSum=-1.920;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr3	195505838	rs59101491	G	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQRankSum=3.507;QD=28.12;ReadPosRankSum=-1.920;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr3	195511956	.	GTCGGTGACAGGAAGAGAGGTGGCGTGACCTGTGGATACTGAGGAAGTT	G	1532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=3.890;QD=30.05;ReadPosRankSum=2.279;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr3	195511959	.	G	A	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=16;MQ=44.41;NF=6;NR=3;PP=73;QD=11.9745791719;SC=AGGAAGTGTCGGTGACAGGAA;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=9;WE=195511967;WS=195511949;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,9:0.28:32
chr3	195511993	.	A	G	496	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=17;MQ=51.14;NF=15;NR=14;PP=496;QD=18.3024556051;SC=ACCTGTGGATACTGAGGAAGT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=29;WE=195512012;WS=195511983;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,29:0.66:44
chr3	195512042	rs6805660	T	C	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.31;QD=44.19;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	195512103	rs437805	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.839;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,37:0.31:119
chr3	195512107	rs374495657	T	A	4775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.13;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr3	195512186	rs202060675	T	C	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.46;QD=30.52;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr3	195512212	rs75588776	G	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=1.644;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr3	195515414	rs71180964	T	TGGTGACAGGAAGAGGGGTGGCGTGACCTGTGGATTCTGAGGAAGTGTC	989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=70.70;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	195515594	rs13095016	C	G	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=16;PP=780;SC=GTGTGGGTCTCGGTTTGTGGA;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=195515602;WS=195515584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	195515617	rs2641776	G	C	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=19;PP=863;SC=TGTAAGCCCAGTGGATGTGAT;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=43;WE=195515625;WS=195515607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	195516630	rs3103954	G	T	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=48;PP=1853;SC=TAATTTGTTGGGATGTGTGTC;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=93;WE=195516638;WS=195516620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr3	195516878	rs2177336	T	C	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=33;PP=1550;SC=GTGCCAGCTGTCCCTGTAGAT;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=70;WE=195516886;WS=195516868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	195517258	rs1106502	G	A	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=43;PP=1640;SC=GTCTCTGGAGGTTGGCATTCT;SOR=0.795;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=80;WE=195517266;WS=195517248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr3	195517321	rs1104760	G	A	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=43;PP=1829;SC=AGGGGATGAGGTGGTTGTTTC;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=195517329;WS=195517311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr3	195517553	rs882605	A	C	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=52;PP=1891;ReadPosRankSum=2.015;SC=TCTGGATCAAATGTTACTAAG;SOR=0.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=99;WE=195517561;WS=195517543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr3	195518112	rs142781032	T	TGTCTCCTGCGTAACA	3706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=27;PP=2957;SC=CTGGAGGAGCTGTCTCCATCA;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=37;WE=195518120;WS=195518102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr3	195518330	rs3107764	C	G	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=29;PP=829;SC=ACTGGGGCAGCAGTTTTACTT;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=195518338;WS=195518320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr3	195538501	rs143120396	TTC	T	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=2.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.933;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,48:0.25:195
chr3	195594151	rs10579442	CCT	C	13495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.217;NF=23;NR=76;PP=2972;ReadPosRankSum=2.003;SC=CACACCCACCCCTGTCAGCAC;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=23;TCR=78;TR=99;WE=195594160;WS=195594141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,305:0.99:307
chr3	195594950	rs56260729	G	A	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=32;PP=1174;SC=AGAGGGGGCCGGGGAGCCGGC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=195594958;WS=195594940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr3	195595632	rs13087251	A	G	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=710;SC=AGGGTCTGGGACACGAGGGGA;SOR=1.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=195595640;WS=195595622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	195595657	rs34049168	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=524;SC=GCACGTGGGAGAGAAAGCCAA;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=195595665;WS=195595647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	195596501	rs71637188	T	TAG	790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=518;SC=GGGCAGAGTGTAGAGAGACGA;SOR=1.230;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=195596509;WS=195596491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	195596636	rs13084875	C	T	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQ=61.34;NF=1;NR=5;PP=100;SC=TGGAGGAGGCCCCAGGCAGAG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=195596644;WS=195596626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr3	195596907	rs2278034	T	C	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=22;PP=1154;SC=ACAGCAGCCTTAGGGTGGCCT;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=195596915;WS=195596897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr3	195597288	rs2278033	T	C	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=35;PP=834;SC=GACCCCAGGATGGAAAGCCTA;SOR=1.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=195597296;WS=195597278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr3	195599085	rs2241413	T	C	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=15;PP=758;SC=ACGCGTGCCGTGCTGAGGGCC;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=195599093;WS=195599075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	195603634	rs11185487	G	A	335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=227;SC=AGGGCGGGGCGGGGCACACCC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=195603642;WS=195603624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	195686868	rs147286278	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.42;MQRankSum=-1.819;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr3	195686891	rs201127123	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.47;MQRankSum=-1.577;QD=2.44;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr3	195690163	rs201372496	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-6.419;NF=32;NR=4;PP=1149;ReadPosRankSum=-3.300;SC=GCTATTATACATAATTACAAA;SOR=0.776;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=106;TCF=81;TCR=25;TR=36;WE=195690171;WS=195690129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,17:0.19:90
chr3	195690216	rs189732960	T	C	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=4.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQRankSum=-13.861;QD=4.25;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,67:0.27:244
chr3	195690233	rs199975852	A	G	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.156;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-14.417;NF=51;NR=46;PP=1079;ReadPosRankSum=5.927;SC=CTGGGGGGACAGTGGCACAGT;SOR=0.689;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=233;TCF=132;TCR=101;TR=97;WE=195690241;WS=195690223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,67:0.25:264
chr3	195690251	rs200738162	A	G	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.23;MQRankSum=-15.224;QD=3.68;ReadPosRankSum=5.637;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,73:0.25:293
chr3	195690385	.	T	C	769.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.036;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=11.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.22;MQRankSum=0.031;QD=24.83;ReadPosRankSum=1.158;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,27:0.87:31
chr3	195690397	rs148308206	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.90;QD=32.32;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	195692311	rs62282793	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.752;NF=19;NR=3;PP=356;ReadPosRankSum=0.039;SC=TTCCCAGTGCTGACGTCCACA;SOR=1.302;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=22;WE=195692319;WS=195692301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr3	195692347	rs62282794	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.31;MQRankSum=-8.601;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,58:0.43:135
chr3	195692419	rs77887672	C	G	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-11.346;NF=24;NR=32;PP=662;ReadPosRankSum=2.418;SC=CGCACCTGAGCCCAGAAACAC;SOR=0.749;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=56;WE=195692427;WS=195692409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,72:0.34:210
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chr3	195701304	rs200047587	C	T	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FS=12.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.45;MQRankSum=-7.590;QD=0.49;ReadPosRankSum=-1.712;SOR=2.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:678,56:0.08:734
chr3	195701306	rs201186617	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=733;ExcessHet=3.0103;FS=12.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.42;MQRankSum=-7.256;QD=0.53;ReadPosRankSum=-1.969;SOR=2.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:674,58:0.08:732
chr3	195701310	.	C	CAA	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.766;ClippingRankSum=0.000;DP=760;ExcessHet=3.0103;FS=15.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.61;MQRankSum=-6.683;QD=0.61;ReadPosRankSum=-1.684;SOR=2.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:697,62:0.08:759
chr3	195701331	rs78212497	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=788;ExcessHet=3.0103;FS=5.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQRankSum=-4.242;QD=0.07;ReadPosRankSum=-2.427;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:692,95:0.12:787
chr3	195701472	.	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.576;NF=3;NR=26;PP=1300;ReadPosRankSum=-1.261;SC=AAATGTCAAGATGCCCATTCC;SOR=0.543;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=89;TCF=12;TCR=77;TR=29;WE=195701493;WS=195701462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr3	195701483	rs377526928	TCCA	T	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.28;MQRankSum=-1.848;QD=11.35;ReadPosRankSum=-2.501;SOR=0.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr3	195702731	rs200439531	G	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=9.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.48;MQRankSum=1.638;QD=2.32;ReadPosRankSum=-1.289;SOR=1.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,17:0.20:84
chr3	195702738	rs201183585	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.49;MQRankSum=-0.650;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr3	195706589	rs146645407	T	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.94;QD=29.74;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	195710971	rs4927836	G	T	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-8.602;NF=62;NR=49;PP=1638;ReadPosRankSum=0.559;SC=GGTGGACGGGGGGCGGCCTTA;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=97;TCR=79;TR=111;WE=195710979;WS=195710961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,128:0.53:241
chr3	195710989	rs2620604	G	A	5468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.20;MQRankSum=-9.665;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,142:0.56:255
chr3	195710993	rs4927692	A	G	5502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQRankSum=-9.531;QD=21.33;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,143:0.55:258
chr3	195754164	rs6782834	A	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=547;SC=TGAGGCAGGCATCAGAAAACA;SOR=2.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=195754172;WS=195754154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	195779155	rs41298097	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	195782176	rs419068	CA	TG	6214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr3	195782184	rs419059	C	T	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.46;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr3	195784997	rs3933	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=4;PP=434;SC=TGTAATCCTCGTCATTTGTCC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=195785005;WS=195784987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	195789428	rs507131	C	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.97;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr3	195792288	.	CGGGG	C	37.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.10;QD=18.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr3	195798258	rs480760	T	C	9740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ACTGTTTTGCTTTACTTACAG;SOR=0.558;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=117;TCR=79;TR=194;WE=195798266;WS=195798248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,376:1.00:377
chr3	195802106	rs41300443	G	A	7231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=75;PP=2965;SC=TTGTGACATTGGCCTTTGTGT;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=92;TCR=75;TR=166;WE=195802114;WS=195802096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr3	195925355	rs1106479	C	T	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=61;PP=2313;SC=CAGGGGCCACCGTCCTCCCTG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=131;WE=195925363;WS=195925345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr3	195925458	rs1106480	A	C	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=56;PP=1516;SC=AGGATGCAGCAGCCCTGTATG;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=86;WE=195925466;WS=195925448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr3	195926234	rs939892	T	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=496;SC=CAAGAGCCTTTGCTGTCATGT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=195926242;WS=195926232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	195934253	rs139902270	C	T	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=14;PP=696;SC=AGCTGACCACCCGCGGCCCCG;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=195934261;WS=195934243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr3	195935207	rs12497404	C	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=197;SC=CTCTGCAGCCCCCTCCTTGGC;SOR=1.244;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=11;WE=195935215;WS=195935199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr3	195936446	rs4916502	C	T	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=504;SC=GCGGCGGGGGCAGCTCCACGG;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=195936454;WS=195936436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	195937678	rs12718059	G	A	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=17;PP=436;SC=CCTGTGGCTTGCTCAGGTCAG;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=195937686;WS=195937668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	195943481	rs56030157	C	T	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=42;PP=1615;SC=GCTTGCCCCCCACCCCGGCCC;SOR=1.069;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=91;WE=195943489;WS=195943471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr3	195953775	rs68119320	C	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=6;PP=505;SC=ATCCGAGGAACAAGCCCAGGC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=195953783;WS=195953765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	195954078	rs57985677	C	CCGTCACTTT	3293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=25;PP=1935;SC=CACGTCACTTCGGCAAAGAGT;SOR=1.673;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=25;WE=195954086;WS=195954067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr3	195956726	rs144375332	AAG	A	1159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.29;ReadPosRankSum=0.683;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,38:0.93:41
chr3	195956827	rs17852687	T	C	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr3	195959924	rs1476331	T	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=10;PP=783;SC=TATTTCACCCTACACTGCAGT;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=195959932;WS=195959914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr3	195960225	rs9343	A	G	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=801;SC=ACAATGTTAGAATAAAATTGC;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=195960233;WS=195960215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	195968643	rs1045075	G	A	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=32;PP=1168;SC=AGACCGTAACGGCAGAAACTG;SOR=1.238;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=195968651;WS=195968633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr3	196051087	rs147354585	GTC	G	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.846;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,30:0.11:271
chr3	196054439	rs6785339	T	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=28;PP=801;SC=TGAGCTTGCCTGCGTGCAGGG;SOR=1.034;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=48;WE=196054447;WS=196054429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr3	196054488	rs6782336	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=500;SC=AGGGAGTCGCAGCAGCTCTGC;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=196054496;WS=196054478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr3	196088809	.	T	TA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=1.914;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr3	196096451	rs9860931	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=17;PP=460;SC=CCTTCTTATACACCAACATCA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=196096459;WS=196096441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr3	196118868	.	A	C	866	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=18;HapScore=1;MGOF=49;MMLQ=25;MQ=59.98;NF=1;NR=30;PP=866;QD=29.0571358886;SC=AAAAAAAAAAACACAAACTTC;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=31;WE=196118876;WS=196118858;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,31:0.89:35
chr3	196130005	rs6799210	A	G	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=202;SC=GAAGCACAGTAATAATAAGTT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=196130013;WS=196129995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	196134294	.	T	TA	230.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,17:0.81:21
chr3	196199204	rs3796129	G	T	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=64;PP=2348;SC=AGAAAAGCATGGATCCTTGAC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=115;WE=196199212;WS=196199194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	196210590	rs7643192	A	G	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=2;PP=92;SC=AACAGAAAACACTGGCATACA;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=196210598;WS=196210580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	196210808	rs7646174	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=11;PP=325;SC=GAGAGAACTTTATGATAAAAT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=196210816;WS=196210798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr3	196210894	rs7646273	T	C	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=114;SC=TCTGTACATCTCTTGAAGAAT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=196210902;WS=196210884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr3	196215352	rs34023868	C	CA	150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=16.75;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	196215451	rs62798260	CA	C	513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=196;SC=AGAAATATTCCAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=196215459;WS=196215441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr3	196215660	rs11185543	G	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=126;SC=ATTAATAACTGCAGCAATATC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=196215668;WS=196215650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	196236244	rs6803596	T	C	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=9;PP=733;SC=CAAATTAATCTTTTTTTAAAA;SOR=1.697;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=39;WE=196236252;WS=196236234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr3	196281023	rs145331413	CT	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.882;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr3	196281208	rs9311	T	C	4857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=56;PP=1878;SC=TATTTAGCTTTGGTAAAATGT;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=117;WE=196281216;WS=196281198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr3	196294104	rs9842616	C	G	4705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=67;PP=2028;SC=CTACAGGCTTCGGGTTTCTGA;SOR=1.166;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=100;WE=196294112;WS=196294094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	196386964	rs1798631	C	G	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=62;PP=2100;SC=ACATGGCAGCCCTCATGCTCC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=53;TCR=62;TR=115;WE=196386972;WS=196386954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr3	196434364	rs67479689	AGTCTG	A	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=6;PP=1325;SC=TTCCAGAACCAGTCTGGTAAT;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=23;WE=196434376;WS=196434354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr3	196443803	rs1906044	T	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=11;PP=382;SC=GTAAGTTGCCTGTTGATTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=196443811;WS=196443793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr3	196443944	rs138271381	G	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=171;SC=GGCCGAGGCAGGCGGATCACA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=196443952;WS=196443934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	196547446	rs2084382	G	C	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=37;PP=1099;SC=AGGGTAAGATGAGTTAAACAC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=196547454;WS=196547436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr3	196547538	rs2166799	G	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=306;SC=TAAAGTAGAAGGTTGATAAAA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=196547546;WS=196547528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr3	196554266	rs62410763	C	T	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	196554314	rs77117853	G	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=279;SC=ATCACCAGCGGTATGGCAGCT;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=196554322;WS=196554304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr3	196627088	rs9825635	A	G	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=102;SC=TTTGATTACTATTGGCAGTAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=196627096;WS=196627078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr3	196627335	rs6764463	T	C	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.59;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr3	196627361	rs6772870	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=283;SC=TTTTACATTTGATGTAATTAT;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=15;WE=196627369;WS=196627351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr3	196650187	rs62411765	C	T	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.63;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
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chr3	196656790	rs55931516	G	C	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=145;SC=TGTCTCACTGGAGGTTATTAG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=196656798;WS=196656780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr3	196657670	rs63736860	CT	C	1426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=14;PP=526;SC=TTTCTGGGACCTTTTTTTTTG;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=28;WE=196657678;WS=196657660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr3	196666059	rs553783	A	G	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=34;PP=1487;SC=AGGGACGCTTATGAGCTACCA;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=83;WE=196666067;WS=196666049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	196669488	rs3214858	C	CA	1981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=20;PP=1689;SC=CCGAGGGCGGCGTGTCGTCAT;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=37;WE=196669496;WS=196669478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	196674749	rs4916589	C	T	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=35;PP=2006;SC=GACTTGCAGCCGTTGCCACGC;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=87;WE=196674757;WS=196674739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr3	196674879	rs12636891	A	G	8369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=91;PP=2965;SC=TTGTAGTGCAAGAAGTTGACA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=90;TCR=93;TR=181;WE=196674887;WS=196674869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr3	196674972	rs574365	CT	TC	8625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=64;PP=2947;SC=GCTGTGAGGGCTGCCCCAGGG;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=121;WE=196674981;WS=196674962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr3	196742243	rs45625439	C	T	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=18;PP=846;SC=CACCTGGATCCGCTCCATGCA;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=43;WE=196742251;WS=196742233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr3	196749798	rs2288766	T	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=14;PP=698;SC=CTCCCTGCCCTCGGCCCCTCC;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=196749806;WS=196749788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr3	196750016	rs2288765	A	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=35;PP=1116;SC=GTCACTCAGCAGAACTTTCTT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=60;WE=196750024;WS=196750006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr3	196750841	rs2280294	C	A	2443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr3	196751474	rs2280296	C	T	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=272;SC=GCTGTACACACGGATGTGTGC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=196751482;WS=196751464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	196754819	rs2276788	C	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=488;SC=CTCCCCCGCCCTGCCCAGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=196754827;WS=196754809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr3	196754856	rs12637442	C	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=323;SC=GTGGCTCCAGCAGTTCTGTGT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=196754864;WS=196754846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	196778438	rs7629533	C	T	6410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=72;PP=2610;SC=TGTTACAACACGGTTCCAACC;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=151;WE=196778446;WS=196778428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr3	196793466	rs140259336	T	TA	174.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=74;SC=GTATATGTAGTAAAAAAAAAT;SOR=3.056;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=4;WE=196793474;WS=196793456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr3	196865242	rs1134986	C	T	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=16;PP=400;SC=TTCATTTACTCGTAATATACA;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=196865250;WS=196865232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr3	196869518	rs9866058	T	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=13;NR=0;PP=338;SC=GAGATCTCCCTTGGATTCTGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=196869526;WS=196869508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr3	196869688	rs7628652	A	G	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=20;PP=639;SC=TGTAAAATCCAAAATGGCAAG;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=196869696;WS=196869678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr3	196869820	rs9866550	T	A	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=226;SC=CAAATGTGATTAATGAGTTGA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=196869828;WS=196869810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr3	196921360	rs1802668	T	C	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr3	197020630	rs364644	G	A	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr3	197020718	rs434681	T	C	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr3	197020780	rs3836429	G	GA	1196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=24;PP=927;SC=CTTACTGAGAGAAAAAACCTT;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=28;WE=197020788;WS=197020770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr3	197020871	rs450891	G	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=237;SC=GCTTAGGGCAGTTTACAAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=197020879;WS=197020861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr3	197239266	rs9325394	C	G	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=49;PP=1451;SC=ACCTGCTAAGCCGTTACTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=70;WE=197239274;WS=197239256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr3	197362030	rs2451791	C	T	3612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=3.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.34;MQRankSum=-15.588;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.822;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,189:0.48:397
chr3	197362184	rs9867990	C	T	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQRankSum=-4.988;QD=16.12;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,62:0.44:140
chr3	197362187	rs9867993	C	T	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.27;MQRankSum=-5.163;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,59:0.44:135
chr3	197432063	rs58507505	T	C	8531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=88;PP=2965;SC=AGGGAACACATACAATGAGCA;SOR=0.730;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=165;WE=197432071;WS=197432053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr3	197482760	rs13068986	C	G	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=31;PP=1114;SC=GGAAAATGGACGCTTCTGCGA;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=197482768;WS=197482750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr3	197483279	rs6794391	A	G	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr3	197495334	rs3205525	G	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr3	197500394	rs3830497	T	TTTTG	3781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.229;NF=5;NR=27;PP=1457;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TTGGCAGTGTTTTTGTTTGTT;SOR=0.272;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=32;WE=197500402;WS=197500384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr3	197544200	rs55896070	C	CGTGTGTGTGTGT	787.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.51;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr3	197544201	.	A	ATTTTGTGTGTGTGTGCG	787.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=52.52;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr3	197544235	.	A	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	197544237	.	A	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr3	197557635	rs501101	C	T	4838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr3	197574936	rs2306439	G	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=15;PP=481;SC=GACTGGCTAAGTGCTTATTTG;SOR=2.400;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=22;WE=197574944;WS=197574926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr3	197581147	rs9863587	A	G	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=21;PP=1317;SC=CTCTATGTCAACGTCTTCAAA;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=197581155;WS=197581137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr3	197670507	.	C	CA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr4	53428	rs2859214	G	A	9255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=151;PP=2965;SC=GGGAGGCCTCGTCGGAACCGG;SOR=1.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=223;TCF=71;TCR=152;TR=222;WE=53436;WS=53418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr4	59952	.	T	TG	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=5.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-10.942;QD=1.59;ReadPosRankSum=2.318;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,20:0.11:179
chr4	59955	.	T	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=4.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-11.505;QD=1.32;ReadPosRankSum=2.812;SOR=0.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,20:0.10:197
chr4	59957	.	TG	T	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=4.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-11.777;QD=1.18;ReadPosRankSum=2.861;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,20:0.10:206
chr4	60303	rs3864127	G	A	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=778;ReadPosRankSum=0.657;SC=ATAATGGGCTGCATAATCTGA;SOR=0.609;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=53;WE=60311;WS=60293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,87:0.58:151
chr4	60335	rs2780400	A	T	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.07;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,76:0.55:139
chr4	60345	rs4248885	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,33:0.24:136
chr4	60400	rs3864128	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.056;NF=7;NR=23;PP=464;ReadPosRankSum=-0.316;SC=TATTATTTTCGCATCATGCCT;SOR=1.467;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=30;WE=60408;WS=60390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr4	60478	rs371532103	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.952;NF=0;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=1.760;SC=ACCGAGGACAGATGTTGCATC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=5;WE=60486;WS=60468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr4	67783	rs35464588	CT	C	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=2.500;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr4	67857	rs6599364	C	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=-0.510;SC=CTCCCATGTTCACACCATTGT;SOR=0.906;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=24;WE=67865;WS=67847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr4	85995	rs61336127	C	CA	7311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=93;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=42;PP=2974;SC=AGAAACCCTACAATGTGAAAA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=57;WE=86003;WS=85985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	86016	rs57253237	G	GC	6943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=34;PP=1801;SC=ATGTGGCAAAGCTTTACAGGG;SOR=1.102;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=86052;WS=86006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	86022	rs74490941	C	A	6046.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.75;QD=46.51;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	86022	.	CAG	ATA	2937	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=28;MQ=49.25;NF=14;NR=19;PP=2937;QD=20;SC=CAAAGCTTTACAGGGTCCACA;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=33;WE=86052;WS=86006;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:30,33:0.52:63
chr4	86023	rs78362263	A	T	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.75;QD=46.86;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	86024	rs77715101	G	A	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.72;QD=47.92;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	86031	rs367720730	CA	C	6397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.04;QD=47.39;SOR=1.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	86032	.	AAT	A	1702	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=27;MQ=48.99;NF=5;NR=20;PP=1702;QD=69.16;SC=CAGGGTCCACAATCCACTGAA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=86052;WS=86006;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	86034	rs57594632	TC	T	6217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.04;QD=46.06;SOR=1.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	86040	rs17853557	G	T	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.12;QD=46.13;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	86042	rs17857099	A	G	6329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.96;QD=47.95;SOR=1.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	86044	rs17857100	G	A	6149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.14;QD=44.89;SOR=1.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	86101	rs58319295	G	GC	10393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=49;PP=2957;SC=ATGTGGCAAAGCTTTAGACGG;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=82;WE=86109;WS=86091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr4	86738	rs2353625	A	G	7741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=83;PP=2965;SC=TCCATTCTGGACAAAAACCTT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=101;TCR=86;TR=183;WE=86746;WS=86728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr4	87277	rs2006764	G	C	8366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=87;PP=2965;SC=TGTGGCAAAGGTTTTAATCGG;SOR=0.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=183;TCF=96;TCR=87;TR=183;WE=87285;WS=87267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
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chr4	337983	.	A	C	148	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=28;MQ=54.33;NF=3;NR=0;PP=148;QD=60.9237375157;SC=AAATATTCTAAAGATTCTGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=3;WE=338004;WS=337973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
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chr4	338129	rs75245145	GC	AG	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.901;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-5.982;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.810;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,20:0.12:173
chr4	338156	rs79227679	T	A	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.598;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-4.648;QD=2.33;ReadPosRankSum=-3.886;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,48:0.21:228
chr4	338186	rs78725891	G	T	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-3.741;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,85:0.31:278
chr4	338197	.	T	TGA	3107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=1.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-2.998;QD=11.26;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,89:0.32:276
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chr4	338205	rs80052234	T	C	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-3.681;QD=11.46;ReadPosRankSum=2.988;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,93:0.33:284
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chr4	338258	rs80241916	G	A	3802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.00;MQRankSum=-4.019;QD=15.78;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,100:0.41:241
chr4	338260	rs76915575	A	G	3743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=2.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-4.026;QD=15.66;ReadPosRankSum=-0.852;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,99:0.41:239
chr4	338266	rs74323716	G	A	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=2.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-4.053;QD=15.56;ReadPosRankSum=-1.762;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,93:0.41:226
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chr4	338296	rs77544910	G	T	1458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-4.455;QD=11.58;ReadPosRankSum=-5.147;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,41:0.33:126
chr4	338301	.	G	GA	958.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-5.461;QD=9.04;ReadPosRankSum=-3.766;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,26:0.25:106
chr4	338302	.	G	GA	916.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.953;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=22.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-4.984;QD=9.26;ReadPosRankSum=-2.781;SOR=3.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,20:0.20:99
chr4	338305	.	CCGGG	C	432.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.264;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=26.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-4.726;QD=4.81;ReadPosRankSum=-2.882;SOR=4.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,17:0.19:90
chr4	338310	.	T	TGA	468.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.891;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=26.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-4.599;QD=5.45;ReadPosRankSum=-2.903;SOR=4.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,17:0.20:86
chr4	338313	.	A	ACC	384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.819;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=20.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-5.228;QD=4.75;ReadPosRankSum=-2.324;SOR=4.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,13:0.16:81
chr4	338322	rs78396627	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=15.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-5.441;QD=3.26;ReadPosRankSum=-2.877;SOR=3.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,11:0.15:73
chr4	343795	rs3037605	C	CTGCT	3089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=14;PP=1657;SC=AGTCACAGGGCTCAGGAGCAC;SOR=1.230;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=28;WE=343803;WS=343785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	376888	rs6854214	C	A	5036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=40;PP=1860;SC=TTTCAGAATTCTTCCATCTCT;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=97;WE=376896;WS=376878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr4	420688	rs2280250	C	T	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=66;PP=2436;SC=GGTATGAGTTCCTCTACTTCG;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=129;WE=420696;WS=420678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr4	429720	rs894534	T	C	5474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=70;PP=2107;SC=GATAATGAGATGCTGATGAGT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=59;TCR=70;TR=129;WE=429728;WS=429710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr4	466346	.	C	CAT	982.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=2.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-15.508;QD=3.29;ReadPosRankSum=-6.905;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,42:0.14:299
chr4	466361	.	C	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-17.766;QD=3.05;ReadPosRankSum=-2.699;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,59:0.16:370
chr4	466365	.	T	C	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQRankSum=-17.999;QD=2.99;ReadPosRankSum=-2.286;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:317,61:0.16:378
chr4	466424	.	C	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-18.204;QD=2.33;ReadPosRankSum=2.247;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,55:0.12:444
chr4	466427	.	G	T	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;ClippingRankSum=0.000;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-18.136;QD=2.22;ReadPosRankSum=1.556;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,55:0.12:456
chr4	466434	.	G	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=1.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-17.632;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.217;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,50:0.11:446
chr4	467813	rs200778794	C	CA	6553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=47;PP=2967;SC=AGCTACGAATCATCCAATACC;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=73;WE=467821;WS=467803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	500500	rs17721401	T	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=5;PP=323;SC=GACAGCTCTATTGGGGGCTGA;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=500508;WS=500490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	500631	rs4690182	A	G	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	648643	rs10902758	G	A	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=36;PP=1289;SC=GATCGACTACGTCCTCCACGG;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=648651;WS=648633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	666385	.	A	AT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr4	738512	rs6841958	T	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=382;SC=AGTGTTAGTGTTCGCCGTGGA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=738520;WS=738502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	780286	rs10794536	C	G	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=27;PP=1187;SC=GTCCCGCGCGCGGCTACTTCT;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=780294;WS=780276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	843508	rs1134921	C	T	8531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=104;PP=2965;SC=GACCAGGCGTCATTCAGCTCC;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=92;TCR=104;TR=195;WE=843516;WS=843498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr4	843622	rs33919242	AC	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr4	845772	rs10031922	T	C	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=37;PP=881;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CCTGTGGAGATGGAGATCGGA;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=48;WE=845780;WS=845762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr4	858941	rs1026738	T	C	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=21;PP=628;SC=CCACTGCCGATGCTGCAGTCT;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=858949;WS=858931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	946262	.	CTGTG	C	510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;QD=39.29;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	994452	rs3755954	C	T	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=23;PP=771;SC=GGACGGGTACCTGGACCTTCT;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=994460;WS=994442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	1006333	rs4647942	G	A	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=67;PP=2092;SC=GGGCCTTCCCGCCGGCCGCCG;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=109;WE=1006341;WS=1006323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	1019054	rs145808953	CCA	C	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=4.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.338;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,36:0.17:206
chr4	1050437	rs7680608	C	G	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	1050653	rs3816474	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=10;PP=682;SC=AGCAGGCTGGGGATGCTGATG;SOR=1.556;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=34;WE=1050661;WS=1050643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	1050849	rs10003009	GT	AC	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=21;PP=1136;SC=TGGTGACACGGTAGTTACAGC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=1050858;WS=1050839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	1050909	rs9992925	A	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=12;PP=270;SC=CATCTCTGAGAACCTCGGAGC;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=1050917;WS=1050899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	1052009	rs13114658	A	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=2;PP=381;SC=TTTCCTTTAAAACGCTGTGAA;SOR=3.126;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=21;WE=1052017;WS=1052002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	1052078	rs2290410	A	T	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.99;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	1052125	rs11724371	T	C	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=27;PP=929;SC=GGCTTTCCCATGCTCCTCTGA;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=57;WE=1052133;WS=1052115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	1052166	rs2248083	A	C	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=32;PP=1084;SC=CTCGGGGCCCAGGGAGGAGAC;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=62;WE=1052174;WS=1052156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	1052206	rs2045069	T	C	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=45.37;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr4	1052212	rs2045068	G	A	4646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.63;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr4	1052355	rs2045067	C	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=356;SC=AGGTTGCGGGCAGCCCTGGTG;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=1052363;WS=1052345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	1067267	rs2290408	G	T	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=259;SC=CCCATGCACCGGGTGGAAGGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=1067275;WS=1067262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	1067638	rs6852155	T	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=844;SC=GTGGTAGAGGTGGTGTGGGTG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=1067646;WS=1067628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	1084723	rs658846	G	C	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=7;PP=175;SC=ACTCTCAGGAGAGCTCACAGT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=1084731;WS=1084713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	1087168	rs61648964	A	AAT	4135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=19;PP=1837;SC=TATTGTAACAAATGCCAATAT;SOR=1.130;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=36;WE=1087179;WS=1087158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	1087171	rs59985183	G	T	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	1087265	rs1670534	T	C	6048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=130;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.04;NF=53;NR=42;PP=1491;SC=GCGTTTGTGATGCTCACCTCC;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=95;WE=1087273;WS=1087255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr4	1087327	rs138488801	G	GCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC	6321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.07;NF=9;NR=23;PP=2965;SC=CAGAGCCTGTGACCTCCACGG;SOR=1.252;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=32;WE=1087346;WS=1087317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	1087329	rs118112880	C	T	6576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=55.74;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	1087338	rs11725984	C	T	5400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.86;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	1087487	rs60035268	G	A	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=44;PP=1670;SC=CTGTGGCTCTGATGTCTGTGA;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=86;WE=1087495;WS=1087477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	1087901	rs13106356	A	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=253;SC=AAGCCCATGAAGGAGAGTGCC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=1087909;WS=1087891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	1090625	rs4045481	G	A	3539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	1102050	rs4974644	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	1164277	rs2279279	C	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=26;PP=1165;SC=CGCAGCCGCACCAGTGTCACC;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=57;WE=1164285;WS=1164267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	1164552	rs13115935	A	G	4742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=70;PP=2361;SC=AGGAAGGGGCAGCCTCCTCGG;SOR=0.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=54;TCR=72;TR=124;WE=1164560;WS=1164542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	1165130	rs11247975	G	T	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1493;ReadPosRankSum=1.865;SC=CGAAAACACCGCGTGCACGCT;SOR=0.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=78;WE=1165138;WS=1165120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr4	1165741	rs922697	A	G	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	1194594	rs13115903	A	T	8462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=95;PP=2965;SC=GCTGTGAGCAAGTGGAGAAAG;SOR=0.836;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=215;TCF=120;TCR=95;TR=212;WE=1194602;WS=1194584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr4	1207517	rs11247979	T	C	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=223;SC=CCCACGGCCCTGCTCTGCTCG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=1207525;WS=1207507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	1317192	rs2141656	C	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=336;SC=ACTTTTCTGTCTTCTAAACTG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=1317200;WS=1317188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	1321516	rs2335937	C	A	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=30;PP=817;SC=CGTGCGTCTCCTCGAGGGAGG;SOR=1.046;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=48;WE=1321524;WS=1321506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	1330759	rs1128427	T	C	9326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=101;PP=2965;SC=CCCTGCAGGCTGGCCTCTCAG;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=95;TCR=101;TR=196;WE=1330767;WS=1330749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr4	1332175	rs13147602	A	G	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=5;PP=825;SC=GGCTGCCCTGAGTGGCCCCCA;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=36;WE=1332187;WS=1332165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	1343405	rs2276903	T	C	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=46;PP=1519;SC=CCTTCCAGATTGTGGAGGAAC;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=1343413;WS=1343395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	1345647	rs10000797	G	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=378;SC=ACGGAGGGAGGGGCCCACGCC;SOR=2.636;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=1345655;WS=1345637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	1346682	rs28711287	G	C	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=497;SC=GGGGTGAGCTGTGATTGCACC;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=1346690;WS=1346672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	1348688	.	GCA	G	1190.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.06;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	1348691	.	T	TTTGGG	1152.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.75;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	1348806	rs3903127	A	C	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.643;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=1429;ReadPosRankSum=0.505;SC=TGTGCCAGGGACCCCCCGGGC;SOR=1.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=56;WE=1348814;WS=1348795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr4	1360144	rs142249516	G	A	4453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=50;PP=1811;SC=AGATGAGGACGATGAGGACTT;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=104;WE=1360152;WS=1360134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	1369093	rs11941200	CT	GG	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=8;PP=462;SC=CCGGTCTTGCCTGATGTGCCT;SOR=1.280;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=32;WE=1369102;WS=1369083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	1373699	rs112142388	C	CTTT	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=822;SC=TGACCGTGTTCTCCCTGGGTG;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=1373709;WS=1373693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	1373701	rs56108910	C	G	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=442;SC=ACCGTGTTCTCCCTGGGTGCT;SOR=3.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=1373709;WS=1373693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	1374695	rs28614045	C	A	5928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GATTGTTCCACGGGACGACGA;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=57;TCR=96;TR=151;WE=1374703;WS=1374685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,223:1.00:224
chr4	1374774	rs28522910	C	T	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=53;PP=1539;SC=CAGGAGCGCCCGGGTAGGTCT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=75;WE=1374782;WS=1374764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	1374789	rs28733902	A	G	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=44;PP=1330;SC=AGGTCTGGGCAAGGCGGTCAC;SOR=1.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=1374797;WS=1374779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	1377615	rs9996817	A	G	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=44;PP=1404;SC=ATCTCGGCTCATCCAGGTACA;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=78;WE=1377623;WS=1377605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	1388583	rs9328733	A	G	7684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=25.36;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr4	1389156	rs71614972	T	C	6836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.62;QD=23.41;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr4	1397297	rs11945310	T	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=12;PP=431;SC=CGGTGGGCCCTGGGCAACGGG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=1397305;WS=1397287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	1619865	rs11722375	T	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	1659128	rs56214302	T	C	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=24;PP=1563;SC=GCTCCTAAAGTGCTCACCGTT;SOR=1.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=84;WE=1659136;WS=1659118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	1698183	rs798719	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=32;PP=821;SC=TTAAATATTACAGATCACCAG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=1698191;WS=1698173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	1713586	rs62285070	G	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=4;PP=153;SC=CCCGACCCCCGGGTCCCGCGC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=1713594;WS=1713576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	1718870	rs2236788	G	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=163;SC=TGTGGCTTTGGGGGGAGACAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=1718878;WS=1718860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	1719508	rs62285073	G	A	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=20;PP=568;SC=GGACCAACCAGGAGAGATGGC;SOR=1.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=31;WE=1719516;WS=1719498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	1719572	rs798751	A	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=323;SC=TGGGCACGGGACGGACCTAGG;SOR=1.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=1719580;WS=1719562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	1720346	rs11552262	A	G	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=237;SC=ACATGCCCACATAGTAGCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=1720354;WS=1720336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	1720757	rs798754	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=375;SC=CCAGAGCTGAAAAGTTATGTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=1720765;WS=1720750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	1720824	rs798755	A	G	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=22;PP=932;SC=ACACGGAGCCAGCTTCAGGGC;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=56;WE=1720832;WS=1720814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	1725651	rs3099555	T	C	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=28;PP=893;SC=TGTCCGATGGTTCTTGCAGGA;SOR=1.565;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=41;WE=1725659;WS=1725641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	1729347	rs1793997	AT	GA	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=20;PP=2524;SC=TGGTGTGAGAATGTTAAACCT;SOR=1.469;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=64;WE=1729356;WS=1729337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	1729425	rs2592828	C	G	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=58;PP=2364;SC=GATTAAGTCTCTTTTAAAAGC;SOR=0.815;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=71;TCR=61;TR=129;WE=1729433;WS=1729415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	1729660	rs1063742	C	T	6100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=70;PP=2769;SC=TGTCTGGCAGCCCTGAGCAAG;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=85;TCR=70;TR=154;WE=1729668;WS=1729650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr4	1729953	rs17132047	G	A	8945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr4	1729988	rs1063743	G	A	10722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=113;PP=2965;SC=GCCAGCAGATGGCACTCAGAC;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=110;TCR=113;TR=223;WE=1729996;WS=1729978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
chr4	1730299	rs798759	A	G	5984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=69;PP=2749;SC=GGAGCGGAGCAGGAGAGGACC;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=75;TCR=69;TR=144;WE=1730307;WS=1730289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr4	1732410	rs17680831	C	T	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=37;PP=1188;SC=AGGCAAGGCGCGTGTTTTCCT;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=1732421;WS=1732400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	1732734	rs10516159	G	A	4792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=56;PP=2085;SC=GCCTGGTCGTGTAGAAGAGTA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=108;WE=1732742;WS=1732724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	1732978	rs17680881	G	A	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=56;PP=1838;SC=CATCAGCAGGGGCAGCCTGCC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=90;WE=1732986;WS=1732968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	1737062	rs3752746	A	G	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=39;PP=1264;SC=GGTAGGTACCAGGCAATTCCG;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=1737070;WS=1737052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	1737109	rs3752748	G	A	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=22;PP=781;SC=GAGCAGCCACGGCAGGTCTTG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=39;WE=1737117;WS=1737099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	1737404	rs34859791	C	CCT	7839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=52;PP=2973;SC=CCTTAGCCCCCGTGTGTGTTA;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=22;TCR=52;TR=74;WE=1737412;WS=1737394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	1737585	rs11729657	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=28;PP=638;SC=CCCTCCCTCATGCATGAAGCC;SOR=1.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=1737593;WS=1737575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	1739196	rs3816352	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=522;SC=GTTCCCTCGCCGCACTGTCTC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=1739204;WS=1739186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	1739252	rs41286677	T	C	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=554;ReadPosRankSum=-0.532;SC=TGTGGGCCTTTCCTCCCTCAC;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=1739260;WS=1739242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr4	1739592	rs2305188	A	G	5381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=64;PP=2164;SC=GCCTGTCACTACTGCCCAGGT;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=40;TCR=64;TR=104;WE=1739600;WS=1739582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr4	1741325	rs2077363	A	G	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=3;PP=66;SC=CCTCTGGGACATTGCTCCAGG;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=1741333;WS=1741315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	1741533	rs140089579	CCGTCCCCATCCCCCTCGCCATCCT	C	2042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.10;QD=37.83;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	1741740	rs2249143	G	A	8740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=101;PP=2965;SC=GTGAGTGCCCGGGCCACCGAG;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=91;TCR=102;TR=190;WE=1741748;WS=1741730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr4	1742400	rs4865463	T	C	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=70;SC=TAGAAGATCCTGGGTGGAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=1742408;WS=1742394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	1746844	rs8389	A	T	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=57;PP=1575;SC=CAACTTTTTTAAAAACTAGAT;SOR=1.847;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=76;WE=1746852;WS=1746834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	1795321	rs4450996	C	A	194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=76;SC=CTTCCCGCTCCGGAAAGTTTG;SOR=1.085;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=8;WE=1795329;WS=1795311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	1805296	rs3135883	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=465;SC=CAAGTTGGCGGTGGCTGAGGA;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=1805304;WS=1805288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	1806012	rs377096563	TG	T	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.458;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,9:0.15:59
chr4	1806834	rs4865476	G	C	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=83;SC=GTTCTGTGGAGATGCTCCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=1806842;WS=1806824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr4	1809127	rs34562534	CGT	C	912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.35;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr4	1818594	rs9328763	C	T	5312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.94;NF=49;NR=91;PP=2674;SC=CTTCCACGTACTTTTCTTCAC;SOR=1.213;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=140;TCF=49;TCR=91;TR=140;WE=1818602;WS=1818584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr4	1954945	rs489550	A	G	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=59;PP=2481;SC=CTTTAGCAGCATGGCTGCCTC;SOR=1.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=140;WE=1954953;WS=1954935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	1961137	rs474235	G	A	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=13;PP=811;SC=AGTGGTGGGTGTGCAAGGGTA;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=1961145;WS=1961127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	2044128	rs570712	C	T	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=485;ReadPosRankSum=0.719;SC=CCGCCGCCGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=2044136;WS=2044118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,56:0.93:60
chr4	2158102	rs200091082	CTT	C,CT	798.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.01;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,20,31:0.35,0.54:57
chr4	2158273	rs3216822	GGA	G	2672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=1272;SC=CCTGCACACTGGAGTGCATGG;SOR=1.392;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=27;WE=2158282;WS=2158263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	2158408	rs428361	C	T	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=5;PP=742;SC=AGTATGAAGTCCCCTCTTGGA;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=2158416;WS=2158398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	2322039	rs113929105	G	GC	3854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=41;PP=1924;SC=AGGCCCTGTGGCCCCCTGGGT;SOR=1.022;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=50;WE=2322047;WS=2322029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	2337603	rs599642	GC	TT	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=30;PP=1810;SC=GACAGGCAGTGCGCTCAATCT;SOR=1.688;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=43;WE=2337612;WS=2337593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	2339330	rs73203396	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=22;PP=710;SC=GGGCAAGGTGGGGGCGGGGGG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=2339338;WS=2339320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	2341194	rs2071680	T	C	7083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr4	2438492	rs1203763	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=320;SC=ACAGGCCCTTTGCAGCCCCGG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=2438500;WS=2438485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	2439670	rs1203762	A	G	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=25;PP=2028;SC=TCAGGTGGGCACCAATAGGGT;SOR=2.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=86;TCR=25;TR=110;WE=2439678;WS=2439660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	2439738	rs7688771	G	A	9419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=86;PP=2965;SC=CTCCGGTCCCGCCGTGTGCCT;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=136;TCR=86;TR=222;WE=2439746;WS=2439728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr4	2439756	rs5855731	C	CT	17280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=99;PP=2936;SC=CCTGGTGCCCCGTGACGTCCC;SOR=0.938;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=65;TCR=101;TR=164;WE=2439764;WS=2439746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr4	2439900	rs7660914	C	A	5558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=117;PP=2965;SC=AGGTGAGCCACCCCTACCTGC;SOR=1.427;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=174;TCF=55;TCR=119;TR=172;WE=2439908;WS=2439890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr4	2439965	rs17132558	G	C	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=62;PP=1822;SC=CCCACCTTTCGTCATTCTGGT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=9;TCR=62;TR=71;WE=2439973;WS=2439955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	2451694	rs3108494	T	C	6852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=61;PP=2799;SC=CGAGGAACTGTGCTGCGCCAT;SOR=0.977;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=95;TCR=61;TR=156;WE=2451702;WS=2451684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr4	2452933	rs3888113	T	C	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=31;PP=1440;SC=AGGATGGGCATTTGCTGCTCC;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=2452941;WS=2452923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	2460571	rs73205493	C	T	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=25;PP=854;SC=ACGAAGCTCGCGAAGGGCCGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=2460579;WS=2460561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	2460803	rs704346	A	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=16;PP=1034;SC=GCCACCCACCAGCCACCTCAG;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=2460811;WS=2460793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	2461888	rs3135152	A	G	6270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=68;PP=2258;ReadPosRankSum=0.949;SC=CAGGGCAAGCACACCAAGAGC;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=124;WE=2461896;WS=2461878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,247:0.99:249
chr4	2464179	rs3135150	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=202;SC=GGTGGGAGGAAAAGAAGGCCC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=2464187;WS=2464169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	2502299	rs55745322	A	ATT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	2513620	rs3128839	G	A	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.50;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	2513624	rs4974709	A	G	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	2698364	rs3733215	C	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=27;PP=758;SC=GGTCTGAGGGCATTTGAAGGT;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=2698372;WS=2698354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	2717690	rs2295499	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=812;SC=TGATTTCTTCCGTTCTGATAA;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=2717698;WS=2717680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	2743999	rs232712	A	G	142.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=0;PP=69;SC=GGCAGCACTCAGCCACATGCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=2744007;WS=2743989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	2744087	rs2269495	G	A	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=5;PP=843;SC=GCCTCTCTGGGCCGCGCCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=35;WE=2744095;WS=2744077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	2746285	rs13145281	A	C	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.640;HP=6;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQRankSum=0.000;NF=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.522;SC=GAAGCGCCCCACCAGGCTTCT;SOR=1.675;Source=Platypus;TCF=76;WE=2746293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,220:0.99:222
chr4	2746307	rs11728346	A	C	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;SC=CCACCCCCACAGTGACCACTG;SOR=2.120;Source=Platypus;TCF=49;WE=2746315;WS=2746297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	2828527	rs62637096	G	C	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=19;PP=935;SC=GTGTGAACATGTGTGCTTGTC;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=50;WE=2828535;WS=2828517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	2828630	rs72613119	G	T	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=35;PP=1193;SC=CTGTGTCTTTGTGTATATATA;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=2828638;WS=2828620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	2916931	rs16843589	G	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=5;PP=153;SC=AGTCACTCAGGCCAGAATGGA;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=2916939;WS=2916921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	2928125	rs1263345	C	T	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=730;SC=CTCCTCGTGCCGTGTTGTCAT;SOR=1.234;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=2928133;WS=2928115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	2928413	rs4964	T	C	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=25;PP=738;SC=GTAAGTACCGTGCTGCCTCCG;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=2928421;WS=2928403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	2928577	rs16843603	T	C	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=109;SC=GTCACCTGAGTGCTGTGCTGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=2928585;WS=2928567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	2933031	rs55754437	C	T	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=46;PP=1715;SC=AGGTGCCCGTCAGCCCAGGGG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=91;WE=2933039;WS=2933021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	2934308	rs1263349	G	A	12386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=120;NR=148;PP=2965;SC=GACCCCAAAGGCCCAGCCTGT;SOR=0.808;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=270;TCF=120;TCR=150;TR=268;WE=2934316;WS=2934298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr4	2935251	rs2301374	T	A	6841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=62;PP=2503;SC=CCACCAAACATAGGACCGTAG;SOR=0.883;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=146;TCF=81;TCR=65;TR=143;WE=2935259;WS=2935241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr4	2943361	rs1054090	T	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=10;PP=370;SC=GAGGAGGGCTTGGAGAGGCCC;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=2943369;WS=2943351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	2951804	rs2515960	A	G	9969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=121;PP=2965;SC=TTCCAGGTCCAAGTGGCTATC;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=109;TCR=121;TR=230;WE=2951812;WS=2951794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr4	2955145	rs1475977	T	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=11;PP=766;SC=AGGAGACAGGTAGAAGAGCCG;SOR=1.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=2955153;WS=2955135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	2955192	rs1475976	C	G	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=24;PP=1048;SC=AAGTCGGTCACCCAAGCTCAG;SOR=1.068;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=2955200;WS=2955182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	2955465	rs1475975	T	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=34;PP=957;SC=CACACAGTGATCACTCAGTTG;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=2955473;WS=2955455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	2965611	rs13120295	G	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=9;PP=521;SC=AGGGCCTGCGGAGGCGGCGGC;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=2965619;WS=2965601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	2965676	rs16843684	C	T	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=20;PP=1013;SC=GGATCGTGTCCGGAGCTCGAG;SOR=1.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=2965703;WS=2965666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	2965695	rs10021191	G	A	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=30;PP=1137;SC=AGGAGAGGGTGGTGCCCGGCG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=63;WE=2965703;WS=2965666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	2965874	rs142156088	A	AC	627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.46;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr4	2965914	rs10030130	C	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=496;SC=GGAACCCTGGCCCCCCTGAAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=2965922;WS=2965904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	2988636	rs2488815	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=7;PP=782;SC=TTGTTGTAACCCCCCCATTGT;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=2988644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	2988752	rs2471324	G	T	6062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr4	2990338	rs2051556	G	T	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=4;PP=667;SC=AAAATAATACGGCAAATACTG;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=2990346;WS=2990331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	2990375	rs2051555	G	A	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=10;PP=1062;SC=TATCGAGTGAGAACTGTAAGG;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=2990383;WS=2990365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	2990499	rs2960306	G	T	8728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=89;PP=2965;SC=ATAGGAAGACGTCTCTTCAGG;SOR=0.779;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=192;TCF=103;TCR=89;TR=190;WE=2990507;WS=2990489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr4	2993980	rs2515941	T	C	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=39;PP=1213;SC=ACCGAAGTGATTGTGGACTGT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=2993988;WS=2993970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	2994107	rs2471338	T	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=212;SC=ACGTAACATATGTTAAAAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=2994115;WS=2994097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	3006043	rs1024323	C	T	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=41;PP=1519;SC=TCCAAAAAAGCCTTTGAGGAA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=82;WE=3006051;WS=3006033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	3015553	rs1140085	G	A	5353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=55;PP=2191;SC=AAGTAGATTCGTAGTAAGTGT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=119;WE=3015561;WS=3015543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	3024044	rs2471325	C	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=798;SC=TGTTTTGCCGCGCTAGCCCTT;SOR=2.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=3024052;WS=3024034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr4	3076603	.	CCAGCAG	C	952	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=22;MQ=55.48;NF=5;NR=15;PP=952;QD=47.75;SC=TCAAGTCCTTCCAGCAGCAGC;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=20;WE=3076616;WS=3076593;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,20:0.77:26
chr4	3076654	.	G	GCAA	659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5929;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=12;NR=25;PP=1557;SC=AGCAGCAGCAGCAGCAGCAAC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=37;WE=3076680;WS=3076644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr4	3076659	.	A	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.44;QD=41.57;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	3076662	rs61792465	A	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=0.000;QD=31.21;ReadPosRankSum=1.502;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr4	3076665	rs61792466	A	C	710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;QD=30.90;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr4	3076672	rs76533208	A	G	3290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;QD=41.65;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	3118116	rs2071655	T	G	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=301;SC=GCGCTGCTCGTTTCCAACCCT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=3118124;WS=3118106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	3162056	rs363099	C	T	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=29;PP=1337;SC=GAGGGTTTCTCCGCTCAGCCT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=3162064;WS=3162046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	3174496	rs11276773	TGATTCACA	T	1832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=2;PP=2957;SC=GTATTAATAGTGATTCACAGG;SOR=4.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=29;WE=3174511;WS=3174486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	3180021	rs363096	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=2;PP=472;SC=GTTTTTGTTTTTAGGGAATCA;SOR=2.019;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=3180029;WS=3180011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	3213832	rs362336	G	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=43;PP=1186;SC=TGCCTGCAGAGCCGGCGGCCT;SOR=1.673;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=58;WE=3213840;WS=3213822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	3215835	rs362331	T	C	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=49;PP=1635;SC=CTCCCTCATCTACTGTGTGCA;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=3215843;WS=3215825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr4	3216815	rs916171	C	G	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=10;PP=549;SC=AAATTCTTCTCTTTGTTCTGT;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=3216823;WS=3216805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	3219613	rs2857790	A	C	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=635;ReadPosRankSum=1.282;SC=CGCCATTGCTAAGGAACATCA;SOR=0.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=33;WE=3219621;WS=3219603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr4	3225371	rs82334	A	C	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=42;PP=1231;SC=AGCAGCTTCAACCAGGCCGTT;SOR=1.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=3225379;WS=3225361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	3225389	rs82333	A	G	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=33;PP=893;SC=GTTTTCCTTCATTGCTAGAAT;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=3225397;WS=3225379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	3227419	rs362273	A	G	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=26;PP=1112;SC=AGCTGCTGCTACAGATCAACC;SOR=0.832;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=59;WE=3227427;WS=3227409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	3227592	rs2276882	T	A	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=25;PP=675;SC=TCCTTTTTTTTAAAAAAAAAT;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=3227600;WS=3227581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	3234980	rs362272	G	A	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=77;PP=2965;SC=CCTGCACGGCGTCCTCTATGT;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=122;TCR=77;TR=199;WE=3234988;WS=3234970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr4	3235184	rs3216820	GC	G	3810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=70;PP=2951;SC=CAGATGGCAGGCCAGGTATCA;SOR=2.517;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=76;TCF=3;TCR=73;TR=72;WE=3235192;WS=3235174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	3235241	rs362314	A	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=786;SC=GAGACGCAAGAGCACAGGTGC;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=3235249;WS=3235231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	3240159	rs2071704	C	T	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=19;PP=966;SC=CTCTGACCTGCGTCCCTCCTC;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=3240167;WS=3240149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	3240526	rs2858081	A	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=16;PP=775;SC=ACACTCAGGCACCTGCTTGCT;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=29;WE=3240534;WS=3240516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	3255258	rs2798227	A	G	4413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=88;PP=2631;SC=CTCAGCCCCCACCATTTAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=38;TCR=88;TR=126;WE=3255266;WS=3255248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	3255292	rs2798226	C	T	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=55;PP=1512;SC=GTGGCAAGGCCGGCGGCGGCG;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=68;WE=3255300;WS=3255282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	3257373	rs3135173	T	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=8;PP=267;SC=CCAGTAGGATTGTCGGGAGGG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=3257381;WS=3257363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	3257593	rs362287	C	T	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=12;PP=317;SC=AGGTGCGCCGCGTGCTGGACC;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=3257601;WS=3257583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	3262960	.	CA	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-0.749;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,24:0.24:99
chr4	3263138	rs3095073	G	A	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=38;PP=1230;SC=CCAGTTGCTCGGGCAGGACGT;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=3263146;WS=3263128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	3265479	rs3095078	C	T	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=14;PP=842;SC=CTTGTGTACACTAGTGAGTTT;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=3265487;WS=3265469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	3265710	rs3095077	C	T	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=33;PP=902;SC=GTGGATGTGTCGGGCCCGCTC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=3265718;WS=3265700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	3443931	rs13108218	A	G	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	3444690	rs73195104	G	A	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=32;PP=1053;SC=TTAGGGCTGGGTGGGAGGAGC;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=3444698;WS=3444680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	3445179	rs113221089	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	3445610	rs6853599	C	T	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=12;PP=615;SC=CTGTGCCCCTCCCAGGGACCT;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=3445618;WS=3445600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	3445745	rs4690097	C	T	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=43;PP=1476;SC=GCCCCTCACACCCCCTCCCGC;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=84;WE=3445753;WS=3445735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr4	3446132	rs1987546	C	G	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=26;PP=821;SC=GCGAGTGCTTCGGGGGCCGGA;SOR=0.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=3446140;WS=3446122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	3446284	rs45579537	G	C	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=606;SC=GGTGGACCCCGGCCCCGACTC;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=3446292;WS=3446274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	3446513	rs17805201	C	T	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=35;PP=1354;SC=GTGGACCCACCGTGGGCCGGC;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=72;WE=3446521;WS=3446503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	3475252	rs4325970	T	C	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	3487151	rs916189	A	G	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	3487237	rs2006791	A	G	5268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=59;PP=2354;SC=CTCGGGCCAGACTGACCTGTC;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=121;WE=3487245;WS=3487227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr4	3516689	rs2515967	T	C	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=58;PP=1769;SC=AGTGTTCCCTTCCCGTGCTCG;SOR=1.311;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=88;WE=3516697;WS=3516679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	3589623	rs10937959	G	A	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=6;PP=1040;ReadPosRankSum=0.336;SC=TGGTGCACCTGCACTTCCACA;SOR=1.818;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=73;TCF=62;TCR=11;TR=53;WE=3589631;WS=3589613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr4	3589669	.	G	GACTTCCTGGTGCACCTGC	1846.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=42;PP=2954;ReadPosRankSum=0.863;SC=CCCAGATGCAGACTTCCTGGT;SOR=0.669;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=73;WE=3589677;WS=3589659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,37:0.22:171
chr4	3589689	rs7657417	C	A	3665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=2.448;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,171:0.65:265
chr4	3589719	rs59190481	CA	C	14900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=87;PP=2951;ReadPosRankSum=0.127;SC=GGTTCATCTGCAACTTCCTGG;SOR=0.339;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=154;WE=3589727;WS=3589709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,368:1.00:369
chr4	3589846	rs7672828	T	C	5043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,250:0.55:451
chr4	3589893	rs6843750	G	A	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.350;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=807;ReadPosRankSum=0.693;SC=GTGCACCTGCGCCTCCAGGCA;SOR=0.437;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=174;TCF=51;TCR=123;TR=65;WE=3589901;WS=3589883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,111:0.44:255
chr4	3590537	rs73199384	G	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.399;HP=2;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=734;ReadPosRankSum=0.129;SC=GGAGACCCTCGCTGGGGAGGG;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=13;WE=3590557;WS=3590533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr4	3590549	rs73793633	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=734;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TGGGGAGGGCGCCAAGCAGTG;SOR=0.339;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=18;WE=3590557;WS=3590533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr4	3590577	rs73793634	G	A	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.152;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=1158;ReadPosRankSum=-0.332;SC=GGGTTGGGGCGTCAGCCAAGC;SOR=0.400;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=31;WE=3590596;WS=3590567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr4	3590588	rs73199385	A	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=10;PP=1158;ReadPosRankSum=0.960;SC=TCAGCCAAGCATCAGCCCCTA;SOR=0.741;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=37;WE=3590596;WS=3590567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
chr4	3590683	rs62272966	T	G	8465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1409;ReadPosRankSum=1.056;SC=AAACGTTCCCTGAACATGCCA;SOR=0.777;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=197;TCF=104;TCR=93;TR=102;WE=3590691;WS=3590673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,222:0.57:391
chr4	3590711	rs62272967	G	T	9024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.496;NF=56;NR=44;PP=1479;ReadPosRankSum=0.367;SC=AGGATGCTGGGTATCAGGCTA;SOR=0.753;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=191;TCF=98;TCR=93;TR=100;WE=3590719;WS=3590701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,226:0.58:393
chr4	3590730	rs62272968	G	A	8347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.454;NF=52;NR=49;PP=1563;ReadPosRankSum=-1.468;SC=TACCTTTGCTGGACAGCTCCA;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=192;TCF=97;TCR=95;TR=101;WE=3590738;WS=3590720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,212:0.59:360
chr4	3590817	rs62272969	T	C	5001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.679;NF=69;NR=40;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.235;SC=CACACACACATGCACAGACAC;SOR=0.583;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=124;TCR=74;TR=109;WE=3590836;WS=3590807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,133:0.59:225
chr4	3590823	rs72180705	GACAC	G	4532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.602;NF=36;NR=41;PP=2992;ReadPosRankSum=-0.030;SC=CACATGCACAGACACACACAC;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=77;WE=3590836;WS=3590807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,136:0.58:236
chr4	3590878	rs62272970	C	T	8795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.061;NF=116;NR=63;PP=2837;ReadPosRankSum=0.331;SC=CACAGACACACACACACAGAG;SOR=0.921;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=309;TCF=191;TCR=118;TR=179;WE=3590886;WS=3590862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,238:0.54:438
chr4	3590911	rs34447251	A	C	9973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.272;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.962;NF=138;NR=81;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.430;SC=GCTCACAAGTAGAGCTCTTCG;SOR=0.980;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=358;TCF=214;TCR=144;TR=219;WE=3590919;WS=3590901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,291:0.57:513
chr4	3591015	rs62272971	A	C	10286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=900;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:365,519:0.59:884
chr4	3591049	rs62272972	C	T	24289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=200;PP=2962;ReadPosRankSum=1.470;SC=TAGATGATTTCCCCCAGCTTA;SOR=0.719;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=660;TCF=331;TCR=329;TR=390;WE=3591057;WS=3591039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:463,639:0.58:1102
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chr4	3769789	rs11269124	G	GGGGGAGCTTTCCCAGAGACCC	1866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=2969;SC=CGGCCCGGACGGGGGAGCTTT;SOR=3.258;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=13;WE=3769797;WS=3769779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr4	4190511	.	G	GTCACTTGTTA	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.225;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=10.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-10.367;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.607;SOR=2.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,10:0.09:109
chr4	4190576	rs199742451	CG	GC	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-11.470;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.208;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,21:0.10:219
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chr4	4228062	rs1811446	G	T	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=168;SC=TAGGAAAGATGCACAGAGAGA;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=4228070;WS=4228052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	4238746	rs57797443	T	G	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=17;PP=969;SC=AACAGAGTTATCCGACACTCA;SOR=1.194;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=48;WE=4238754;WS=4238736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	4238906	rs34548596	A	AT	1469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.155;NF=2;NR=29;PP=758;ReadPosRankSum=1.404;SC=AGATGGCAGAATTTTTTTTCC;SOR=1.306;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=31;WE=4238914;WS=4238896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr4	4238922	rs12498280	A	G	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=26.31;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	4239516	rs62286913	C	T	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQRankSum=-6.851;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.989;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
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chr4	4239587	rs62286915	G	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=44.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.80;MQRankSum=-7.255;QD=1.96;ReadPosRankSum=-1.729;SOR=2.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,18:0.15:117
chr4	4241953	rs3817719	T	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=384;SC=CTGTTTTAACTTTTTTTCTTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=4241961;WS=4241943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	4249297	rs2916469	C	T	9251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr4	4249300	rs2916468	T	C	9267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr4	4249414	rs2980101	AT	GC	17134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=108;PP=2947;SC=AGTCGACCTGATGTGTCAGGT;SOR=0.861;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=207;TCF=91;TCR=116;TR=197;WE=4249423;WS=4249404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr4	4249483	rs2916466	CA	TC	7205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=79;PP=2947;SC=CAGATATTTCCAGTAATTCGC;SOR=1.468;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=120;TCF=38;TCR=82;TR=117;WE=4249492;WS=4249473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	4249855	rs2272747	G	A	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=10;PP=948;SC=CACCCTCGCGGTCCAGCTGGG;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=4249863;WS=4249845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	4249909	rs2272746	C	T	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=37;PP=1633;SC=GGAGCTGCTGCCGGGCCCGCG;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=88;WE=4249917;WS=4249899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	4249974	rs2272745	C	A	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=54;PP=1893;SC=TCAGACACAGCGCTTCCGGCG;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=99;WE=4249982;WS=4249964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	4250133	rs2272744	G	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=17;PP=480;SC=ACTGAGCTTTGCCGGTGGAAG;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=4250141;WS=4250123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	4275976	rs11723469	A	C	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=7.468;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;MQRankSum=-0.167;QD=20.70;ReadPosRankSum=0.060;SOR=2.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,48:0.94:51
chr4	4275986	rs11723471	A	C	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=40.81;SOR=2.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	4276132	rs7376390	T	C	9208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=89;PP=2965;SC=TGCGCCCACGTGTGCCTCTTC;SOR=1.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=219;TCF=130;TCR=89;TR=219;WE=4276140;WS=4276122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr4	4285221	rs2980214	A	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=486;SC=AATCAATGGAACATACCAGTT;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=4285229;WS=4285211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	4304337	rs2916382	C	T	4764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=56;PP=2226;SC=AGCCTTGTGCCGTCAGTCATT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=117;WE=4304345;WS=4304327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	4304522	rs2920217	A	C	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=74;PP=2732;SC=TCACAGAAATACGCAGAGCAA;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=138;WE=4304530;WS=4304512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr4	4315010	rs28458962	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=177;SC=ATGTGACACACGAGAGAATAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=4315018;WS=4315000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	4322275	rs873923	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	4393068	rs3792686	T	C	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=1;PP=184;SC=TTCCAAAAAGTAGTGGCTGTT;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=4393076;WS=4393058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	4422558	rs34931639	A	C	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=43;PP=2502;ReadPosRankSum=1.830;SC=GTGCTGCGCCACGTCGCACCT;SOR=0.439;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=120;WE=4422566;WS=4422548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr4	4425422	rs10675705	C	CAG	1478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=661;SC=GTGGGAGAGACAGGGGGCACA;SOR=1.209;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=4425430;WS=4425412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	4862125	rs149370601	AGGGGGCCGGGT	A	1990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=25;PP=2986;SC=GCGCAGAGGGAGGGGGCCGGG;SOR=1.559;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=26;WE=4862143;WS=4862115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	5016841	rs6847131	G	T	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=490;SC=TGACATAACTGTAGTTCTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=5016849;WS=5016831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	5017146	rs67449859	A	AT	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	5017149	.	T	TTCATTTC	516	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=516;QD=77.8571428571;SC=AAATTTCATTTCCATAATTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=5017158;WS=5017139;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,7:0.70:10
chr4	5017150	.	C	A	160	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=2;NR=7;PP=160;QD=21.6412458386;SC=AATTTCATTTCCATAATTTTC;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=5017158;WS=5017139;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr4	5017150	rs34659865	C	CATTTCA	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	5018702	rs11724788	G	A	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=64;PP=2548;SC=CTGGGAGTGGGCAATGGGGAG;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=129;WE=5018710;WS=5018692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	5128650	rs895679	T	C	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=679;SC=TATTTTTCAGTTCAATACTGA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=5128658;WS=5128640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	5128726	rs17882862	A	G	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=34;PP=1512;SC=CCTTTTGCACAGATGACAGCA;SOR=1.057;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=86;WE=5128734;WS=5128716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	5418383	rs2301858	G	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=243;SC=ATATGCATAAGTTACCAAATG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=5418391;WS=5418373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	5418539	rs168985	C	T	5606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr4	5469810	rs2301855	T	C	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=33;PP=1043;SC=AAGTCCTTCATACTGTCCCCC;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=5469818;WS=5469800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	5469916	rs41268643	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=203;SC=GGAAGGTATCGCTGAGGTGAG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=5469924;WS=5469906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	5500511	rs13116133	A	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=501;SC=CCATCTGGCTACAGTGCACAG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=5500519;WS=5500501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	5528115	.	A	AT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=0.583;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr4	5577884	rs6840591	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=3;PP=871;SC=CAGGTGGGTATGGGTGGGCTG;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=5577892;WS=5577874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	5577986	rs112554914	G	A	5817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr4	5642161	rs751841	A	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=293;SC=AGGCAAATGGACAGATGAGTG;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=5642169;WS=5642155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	5667133	rs75886611	GC	AA	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=8;PP=2019;SC=TTTGTGCACAGCTCCCTCAGC;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=45;WE=5667142;WS=5667123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	5696264	rs16837573	G	A	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=31;PP=956;SC=TATATAATGCGGAAAGACAGT;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=5696272;WS=5696254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	5710255	rs76269601	C	T	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=2;PP=51;SC=TGTCGGGACCCGCTACCTCAA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=5710263;WS=5710245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	5721021	rs2291157	A	C	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=58;PP=1605;ReadPosRankSum=0.515;SC=TCTAATGCGCAGACCCCCTCG;SOR=0.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=99;WE=5721029;WS=5721011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr4	5743509	rs6446393	C	T	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.42;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	5743512	rs6414624	T	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	5746916	rs4689313	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.41;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	5747078	rs2286342	A	G	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=33;PP=1138;SC=TGTGCGTGCCAGACTTTCTTT;SOR=0.791;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=62;WE=5747086;WS=5747068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	5747131	rs13145958	C	A	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=28;PP=841;SC=AAATTGGCTACATTAGAGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=5747139;WS=5747121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	5749784	rs4689312	G	A	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=12;PP=1110;SC=GTTTGTGATAGGGAGTGAATT;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=5749792;WS=5749774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	5749804	rs4689311	G	A	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=21;PP=1336;SC=TGTAATTCCCGAGCACGCACC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=72;WE=5749812;WS=5749794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	5749904	rs4688963	T	C	6373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=68;PP=2544;SC=AGATGGCAAATATCCAGCACT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=73;TCR=68;TR=141;WE=5749912;WS=5749894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr4	5749961	rs4688962	G	C	5227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=63;PP=2037;SC=CCCGACAGCTGATGATGACTC;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=109;WE=5749969;WS=5749951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr4	5750084	rs4688961	A	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=472;SC=GACTAGAGATATGGAATCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=5750092;WS=5750074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	5754544	rs899691	T	C	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=25;PP=1127;SC=GCTATGGTCCTGTGTGTTTCT;SOR=0.970;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=69;WE=5754552;WS=5754534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	5754579	rs28483498	C	T	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=40;PP=1630;SC=CTGGAGAGGACGATGGGGCGG;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=88;WE=5754587;WS=5754569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	5755373	rs7660793	G	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=276;SC=AAACCCAGGTGTGTCACCAGC;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=5755381;WS=5755363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	5755542	rs2302075	C	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.123;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=836;ReadPosRankSum=-0.681;SC=GACCTGGTCACGGCGTCTCTG;SOR=0.347;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=46;WE=5755550;WS=5755532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr4	5803669	rs1031919	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=5;PP=355;SC=CTTCCTTTCTTCCCTCAGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=5803677;WS=5803659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	5803904	rs1031918	C	T	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=26;PP=704;SC=ATGTCAGATACTGTGAATTTT;SOR=1.342;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=5803912;WS=5803894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	5812195	rs2279250	A	G	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=43;PP=1271;SC=TGGGCCCCGGACCTGTTGCCT;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=5812203;WS=5812185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	5812778	rs2291151	G	A	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=21;PP=590;SC=AAGACCAGTCGGTGGGACAAG;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=5812786;WS=5812768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	5841350	rs16837723	A	G	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=25;PP=779;SC=TGCTCCAGTAATGGGTGCCAT;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=46;WE=5841358;WS=5841340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	5841423	rs71640227	T	TAAAC	2797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.12;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	5845068	rs116314406	A	G	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=47;SC=CTACACACCCATCCACCTTCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=5845076;WS=5845058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	5863001	rs41264691	G	A	2917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=55;PP=1490;SC=CAGTCAACCCGCAGCTTCAGT;SOR=1.295;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=81;WE=5863009;WS=5862991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	5925054	rs28645567	G	A	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=961;ReadPosRankSum=3.320;SC=GACAGAAACAGTGATGGCAAT;SOR=0.735;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=60;WE=5925062;WS=5925044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr4	5966618	rs6828891	A	G	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	5969113	rs9997727	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=529;SC=GAGCACACAGGCTTTTCCTGA;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=5969121;WS=5969103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	5969235	rs7690750	A	G	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=26;PP=894;SC=GGCACTGGAGAGACAGCCTTG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=5969243;WS=5969225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	5969252	rs7690889	A	G	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=24;PP=868;SC=CTTGCACAGAAGACTGCAATT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=5969260;WS=5969242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	5969292	rs6446420	C	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=23;PP=687;SC=CCCCTCCCCGCAAAAAACCGC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=5969311;WS=5969282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	5969303	rs6446421	T	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.26;NF=10;NR=21;PP=596;SC=AAAAAACCGCTTTCTGTGTAG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=5969311;WS=5969282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	5969364	rs6446422	T	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=91;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=256;SC=CTCTCCAGGATGCTCAAAGGA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=5969372;WS=5969354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	5975538	rs16837960	G	A	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=68;PP=2031;SC=TTCCTCTCCCGGCACTTCCGG;SOR=1.394;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=99;TCF=30;TCR=69;TR=95;WE=5975546;WS=5975528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	5977566	rs4689289	C	A	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=43;PP=1636;SC=AACAGGAAAACTACTAAACTC;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=95;WE=5977574;WS=5977556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	5981849	rs68010642	C	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=224;SC=CAAAACGCCCCGGGGTGTGGG;SOR=3.442;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=5981857;WS=5981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	5982108	rs6821688	T	C	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=46;PP=1470;SC=AGGTTATCCTTCAAGCAATTT;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=78;WE=5982116;WS=5982098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	5982135	rs6838551	G	T	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=39;PP=1162;SC=GCCAACAAACGGTACCCGTTT;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=5982143;WS=5982125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	5982158	rs58696068	GT	G	819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.529;HP=11;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=29;PP=395;ReadPosRankSum=0.922;SC=CCACTCCGTAGTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=30;WE=5982166;WS=5982148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,46:0.84:55
chr4	5990339	rs6845455	G	A	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	5990599	rs751240	T	C	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=67;PP=2527;SC=CCGAGATCAGTGTCTGGAGCT;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=146;WE=5990607;WS=5990589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	5990791	rs2016083	A	G	8383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=99;PP=2965;SC=GTAAATATTGATCCAGTTCTT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=101;TCR=100;TR=200;WE=5990799;WS=5990781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr4	5990868	rs143859826	CCT	C	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=2.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.723;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,35:0.13:264
chr4	5991384	rs4234711	T	C	7641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=112;PP=2965;SC=GCACACCTGTTGTGTCCTTTG;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=200;TCF=87;TCR=113;TR=199;WE=5991392;WS=5991374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr4	5991476	rs4266238	G	A	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=65;PP=1929;SC=TGGCAAACCTGTCTCTCCTGC;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=45;TCR=66;TR=109;WE=5991484;WS=5991466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr4	6055971	rs9995294	C	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=710;SC=GGGAAACAGACGACTGGCCAC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=6055979;WS=6055961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	6056379	rs66499852	T	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=229;SC=GCAGGAGTTCTCTGAGAGCGC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=6056387;WS=6056374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	6056406	rs16838127	T	C	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=423;SC=GTGTGGGAAGTGACACCGCCT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=6056414;WS=6056396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	6056737	rs67965562	CTGTCCCAAATGCCCT	C	280.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	6058620	rs16838135	C	T	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=16;PP=391;SC=CCGTGATGTGCCCTCATTGTC;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=20;WE=6058628;WS=6058610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	6062061	rs28553970	T	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=6;PP=518;SC=CCCCACAGAATGTCCCCCTTG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=6062069;WS=6062051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	6062117	rs6852114	T	A	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	6279047	rs10937714	C	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=5;PP=342;SC=TACTGAGTGTCAGCGAGATCC;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=6279055;WS=6279037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	6291003	rs4689394	C	G	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=78;SC=TGGTGGCCTTCTCATTTTAGA;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=5;WE=6291011;WS=6290993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	6292751	.	G	GTGGCAGGGGCA	2487	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=62.36;NF=12;NR=0;PP=2487;QD=210.833333333;SC=GAGAGTGGGCGTGGCGCGATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=12;WE=6292766;WS=6292746;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,12:0.75:16
chr4	6292755	rs55640037	C	CAGGGGCATG	832.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=55.52;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	6292758	.	G	A	353	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=61.71;NF=18;NR=1;PP=353;QD=20.4090111867;SC=GGCGTGGCGCGATGTCCTCTT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=6292766;WS=6292746;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	6292758	rs56102017	G	GCA	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.60;QD=43.14;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	6292799	rs5018647	A	C	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=84;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=16;PP=986;SC=CTTCCCTGGTAACCAAGTCCT;SOR=1.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=6292807;WS=6292789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	6292818	rs5018648	C	G	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=23;PP=1250;SC=CTGACACCTTCTATGAGTCTC;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=65;WE=6292826;WS=6292808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	6292909	rs9998519	C	T	10634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr4	6292915	rs10010131	A	G	10763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr4	6293446	rs13101355	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.05;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	6293474	rs13147655	A	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.37;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	6293696	rs1801213	C	G	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=43;PP=1534;SC=AGCAGAGGCGCATGCTGGAGC;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=75;WE=6293704;WS=6293686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	6302519	rs1801212	G	A	13576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=161;NR=147;PP=2965;SC=CTTCTTCATCGTCAGCAACCT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=309;TCF=161;TCR=148;TR=308;WE=6302527;WS=6302509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,521:1.00:521
chr4	6302707	rs1801206	C	T	12020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=144;PP=2965;SC=AGGCCGAGGTCAACTTCGGCT;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=285;TCF=141;TCR=144;TR=285;WE=6302715;WS=6302697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr4	6303022	rs1801214	C	T	8869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=101;PP=2965;SC=TCGTCCTCAACGTCAGCGTCC;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=98;TCR=101;TR=199;WE=6303030;WS=6303012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr4	6303354	rs734312	G	A	5728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=81;PP=2965;SC=CTGCTGTTGCGCTGGTGGACC;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=162;WE=6303362;WS=6303344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr4	6303955	rs1046314	G	A	5336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=76;PP=2737;SC=GCGAGTTCAAGAGCGTGCTGC;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=136;WE=6303963;WS=6303945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	6304087	rs1046316	A	G	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=42;PP=1631;SC=CCCAGCTCTCACCCACCAGGC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=6304095;WS=6304077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	6304242	rs1046317	T	C	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=662;SC=CCATGAGGCCTTTCCCCAGTG;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=6304250;WS=6304232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	6325018	rs3796402	A	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=6;PP=901;SC=GGGGCCGGGAACTGCACATAC;SOR=2.137;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=6325026;WS=6325008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	6325086	rs3796403	G	A	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=29;PP=1588;SC=TGGTGGCGGCGATGGCAATGA;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=82;WE=6325094;WS=6325076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	6374189	rs6837903	A	G	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	6374230	rs35520578	C	CA	2956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=24;PP=1798;SC=AGGCACTGGCCAGGCCACAGT;SOR=1.264;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=41;WE=6374238;WS=6374220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	6377530	rs4688997	C	G	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	6377534	rs4688998	A	G	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	6377713	rs4234738	G	C	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=617;SC=CCGGATGGAAGAGAAGATCCA;SOR=1.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=6377721;WS=6377703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	6384402	.	T	A	155	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=145;MMLQ=27;MQ=52.27;NF=0;NR=3;PP=155;QD=63.2570708491;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=3;WE=6384412;WS=6384392;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,3:0.15:20
chr4	6415803	rs71872229	ATGTGTGTGTG	ATG,A	866.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0,0;NR=14,14;PP=42,630;SC=TTGCCTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=14,14;WE=6415820;WS=6415793;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:20
chr4	6578487	rs4689485	A	G	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=46;PP=1589;SC=TTGGCCCAGTATCCTGGCAAA;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=76;WE=6578495;WS=6578477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	6594827	rs10937747	A	G	5182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=37;PP=2626;SC=CTGGGAGAACATGGCACTTGG;SOR=1.574;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=107;TCR=37;TR=144;WE=6594835;WS=6594817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr4	6596360	rs2301795	G	A	4326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=60;PP=1695;SC=CGGTGTCTCGGTGCAGTATGC;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=106;WE=6596368;WS=6596350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	6619052	rs4689488	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=1;PP=677;SC=TAGACCAGGGACATTGGGGTT;SOR=6.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=6619060;WS=6619044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	6619165	rs4689489	A	G	5061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=49;PP=2453;SC=TCTACCACCTATATGAAGTGG;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=83;TCR=51;TR=130;WE=6619173;WS=6619155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr4	6619204	rs4689490	G	A	7642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=76;PP=2965;SC=CTCAGCCAGTGACAGTGAATC;SOR=0.785;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=89;TCR=76;TR=165;WE=6619212;WS=6619194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr4	6623032	rs4234768	G	T	7491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=88;PP=2965;SC=AGATGCCCCGGCCCCAGGGCT;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=70;TCR=88;TR=157;WE=6623040;WS=6623022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr4	6698500	rs113431497	C	CTGAGCCTGAA	411.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=0;PP=2034;SC=GGCCCTGGCCCTGACAGCAAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=6698508;WS=6698492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	6698667	rs11734898	T	C	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=27;PP=1211;SC=AGGACCTGGATGCCAATGGAG;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=65;WE=6698675;WS=6698657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	6698706	rs11733989	A	C	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=36;PP=1084;SC=GTGAGTTCATAGTGTTCGTGG;SOR=0.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=65;WE=6698714;WS=6698696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	6718775	rs3172604	G	T	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=172;SC=TGTCTTCCAAGTTTAAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=6718783;WS=6718765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	6865521	rs116439703	C	T	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=55;PP=2024;ReadPosRankSum=1.446;SC=TATTCCCATTCCTTCTCAAGT;SOR=0.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=105;WE=6865529;WS=6865511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr4	6956086	rs56094305	C	T	5262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=48;PP=1925;SC=GCTTTCTTGCCTTTCTTGCTG;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=97;WE=6956094;WS=6956076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr4	6968942	rs9291126	C	T	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=5;PP=912;SC=CAGAGGAAAGCTGACTTGTTT;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=6968950;WS=6968932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	6996129	rs3892490	G	A	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=25;PP=744;SC=CAGAAAAGGGGAGAAGAGTAA;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=6996137;WS=6996119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	7002803	rs2301817	C	T	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=383;SC=TGGTTCGGGGCTAGGCACGCA;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=7002811;WS=7002793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	7009367	rs76110139	C	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=421;SC=GTGAGCCCAGCGAGCACCCCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=7009375;WS=7009357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	7012338	rs55659111	G	T	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=18;PP=1328;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CGGTGACCCTGTGGCCACTGT;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=7012346;WS=7012328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr4	7027041	rs6834102	C	T	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=385;SC=GCAAGTGGCGCGACTCAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=7027049;WS=7027031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	7032180	rs11546450	G	A	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=44;PP=1179;SC=CCCCTCTGTTGTTTCAGACTG;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=60;WE=7032188;WS=7032170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	7044357	rs871133	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=13;PP=631;SC=CCTCAGCCCCAACCTCGGCCG;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=7044365;WS=7044347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	7064212	.	G	GAGATTTAT	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.18;MQRankSum=1.299;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.748;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr4	7064217	.	T	A	1201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.43;QD=41.44;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	7312145	rs11942816	T	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=24;PP=773;SC=GCTTTAAAAATGGCATTTATT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=7312153;WS=7312135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	7398194	rs9991834	A	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=283;SC=CCTGTGAGTCAGTGGCCTCGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=7398202;WS=7398184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	7434988	rs4318651	A	G	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=27;PP=1272;SC=GGATGGGGAAAGCACCCACCT;SOR=1.055;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=71;WE=7434996;WS=7434978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	7435194	rs12498567	G	A	6001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=63;PP=2565;SC=GGGTCCTGGGGCCGTGGCAGG;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=146;WE=7435202;WS=7435184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr4	7435379	rs4689746	A	G	5131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=61;PP=2679;SC=TTGCTCTCCAAGTTGTGGGAG;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=121;WE=7435387;WS=7435369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	7461769	rs12512664	A	G	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=30;PP=1306;SC=CATTTAGGGTAACTGAGCTGC;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=7461777;WS=7461759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	7461826	rs10655902	C	CCCA	6096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=39;PP=2250;SC=CCCAGCAGTCCCTCCCCCTGC;SOR=0.738;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=54;WE=7461834;WS=7461816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	7461915	rs12498272	T	A	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=42;PP=1359;SC=GCGTGCCAGCTAGTAGAATCC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=73;WE=7461923;WS=7461905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	7462058	rs34961985	A	T	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=10;PP=236;SC=GGCACTAACCAGCCAACCCCA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=7462066;WS=7462048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	7668752	.	A	T	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=32;PP=1781;SC=GTAAAAGGGCATTTTCACTTG;SOR=1.294;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=63;TCR=33;TR=93;WE=7668760;WS=7668742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	7684641	rs4689820	C	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=307;SC=TCACATCACACACCATCCTTG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=7684649;WS=7684631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	7684661	rs4689821	CT	AC	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=458;SC=GGCGTGGATGCTAGATATAAC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=7684670;WS=7684651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	7716932	rs6816604	T	C	17571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=190;NR=174;PP=2965;SC=TGAGCGCTCCTCCTCCTCAGA;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=365;TCF=190;TCR=175;TR=364;WE=7716940;WS=7716922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,673:1.00:673
chr4	7717012	rs2285781	G	A	12300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=164;PP=2965;SC=ACTGTGCCCTGGGCCAGACCT;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=124;TCR=167;TR=286;WE=7717020;WS=7717002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr4	7725693	rs2285778	C	T	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=39;PP=1204;SC=AGGGAAGCCCCCGGGATTGCT;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=7725701;WS=7725683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	7728472	rs2301746	C	T	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=19;PP=1028;SC=CTGCCTCACTCGGCCAGGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=7728480;WS=7728462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	7728658	rs2301745	C	T	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	7735215	rs2285775	C	T	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=427;SC=GAAGCCATGTCCCTGCAGGGC;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=7735223;WS=7735205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	7737137	rs4689845	G	A	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=39;PP=1593;SC=TTTCATGTGTGCCCCCGTTCC;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=88;WE=7737145;WS=7737127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr4	7737269	rs11307451	TG	T	2275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=33;PP=1337;SC=AGAGCTGAACTGGAGAATCTG;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=33;WE=7737277;WS=7737259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	7737341	rs4689846	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=440;SC=AGGAGTCTGTGGGGCAAAGAA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=7737349;WS=7737331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	7738775	rs75849760	G	A	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=30;PP=1340;SC=AAGCTGAGCCGCCCTTGCCTC;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=79;WE=7738783;WS=7738765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	7783163	rs28542374	G	A	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=32;PP=1280;SC=CAGACTGAGCGGAGGCAGGGT;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=69;WE=7783171;WS=7783153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	7802227	rs28406288	G	C	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=27;PP=1374;SC=AGGATGTTTAGAATCCAAACC;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=72;WE=7802235;WS=7802217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	7820727	rs4447865	T	A	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=1;PP=222;SC=TTCTCAGAGATTGTTATCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=7820735;WS=7820717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	7840561	rs113955695	T	TCA	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=335;ReadPosRankSum=1.345;SC=ATGAGCAGGTTCACACACACA;SOR=2.303;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=7840569;WS=7840551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	7857230	rs61742221	C	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=16;PP=769;SC=CGGGGCTCAGCGGCACAGCTT;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=7857238;WS=7857220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	8006928	rs11939078	C	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=6;PP=272;SC=TGCGCTCGCTCTGTCGGCGTC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=8006936;WS=8006918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	8129382	rs13143332	A	G	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=40;PP=1119;SC=AGGATCGGGCAGGAGTGGACC;SOR=1.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=8129390;WS=8129372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	8207083	rs2677605	A	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=228;SC=CCAAGGCGCCAGTGAGAGGCG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=8207091;WS=8207073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	8207154	rs1298878	C	T	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=4;PP=228;SC=ACCCCACCCGCCCCGTCCATC;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=8207162;WS=8207144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	8211624	rs1712316	C	T	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=304;SC=TCCAAGAGTCCAACCCAGGGC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=8211632;WS=8211614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	8214636	rs1712287	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=203;SC=TGTCTGAGACTGGGGACACAG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=8214644;WS=8214626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	8221058	rs4696782	G	A	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=35;PP=1343;SC=GCTTTCTTCCGCAGCTGTGGG;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=76;WE=8221066;WS=8221048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	8224414	rs113477900	T	TGTC	559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.28;QD=39.98;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	8228627	rs1678299	G	C	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.53;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	8228632	rs1678300	A	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.27;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	8228731	rs1281145	T	C	4496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=39;PP=1525;SC=TGCCTGAGCCTGGAGCCACAG;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=93;WE=8228739;WS=8228721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	8228894	rs1292647	T	C	2968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=41;PP=1167;SC=AAGCCGAGGATGACTGGGAGG;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=8228902;WS=8228884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	8228948	rs55642964	T	C	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	8229218	rs1281146	A	G	3679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=39;PP=1552;SC=ACCTGTTCCTAGTGGTGGCTG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=8229226;WS=8229208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	8229326	rs1281147	T	C	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.352;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=38;PP=1059;ReadPosRankSum=1.020;SC=TGGGGACGCCTGACCACATCT;SOR=0.499;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=65;WE=8229334;WS=8229316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr4	8229378	rs139890356	C	T	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.64;QD=25.45;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	8229713	rs1281148	A	G	11392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=114;PP=2965;SC=TCCCTGCCCAAACTTCCCACT;SOR=0.775;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=251;TCF=137;TCR=114;TR=249;WE=8229721;WS=8229698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr4	8229774	rs1281149	C	T	13053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=147;PP=2965;SC=CCAGGCGCTGCGCGGCCCCCT;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=131;TCR=147;TR=278;WE=8229782;WS=8229764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,508:1.00:508
chr4	8230070	rs1281150	T	C	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=22;PP=859;SC=GGCAGGCAGCTGAGAGCTACT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=8230078;WS=8230060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	8230235	rs1281151	T	C	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=23;PP=718;SC=GGCTGCCCCTTGGGGAGTGTG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=8230243;WS=8230225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	8233943	rs2276947	G	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=0;PP=253;SC=GCGGCGGGGCGGGGGCACAGG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=15;WE=8233951;WS=8233933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	8234381	rs3775905	T	C	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=65;PP=2058;SC=TTGGCTCTCCTGGAGCATCCT;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=124;WE=8234389;WS=8234371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	8237096	rs1678260	G	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=6;PP=653;SC=GGGGGAGTCCGACCTGGGTGG;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=8237104;WS=8237086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	8238151	rs11603	C	T	5506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=67;PP=2464;SC=TCAGCATCACCCTGGGTAAGC;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=130;WE=8238159;WS=8238141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr4	8242466	rs1281103	A	G	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=60;PP=2271;SC=TGGCGCTGGCAGCCGCCGTGG;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=128;WE=8242474;WS=8242456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr4	8242740	rs8153	G	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=778;SC=TGCCTCTCCTGGTGTCGCCGG;SOR=4.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=8242748;WS=8242730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	8390859	rs13136987	G	A	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=11;PP=1121;SC=GGAATGACAGGAAATCAGGAG;SOR=2.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=8390867;WS=8390849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	8391049	rs2242483	A	G	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=65;PP=2067;SC=GGTGGAAGACAGGAACCCAAA;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=114;WE=8391057;WS=8391039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr4	8394376	rs11934603	C	T	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=154;SC=CACTGTGGTACGCTCATACCA;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=8394384;WS=8394366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	8451488	rs61737659	C	T	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=24;PP=1033;SC=GAGTTGCTGGCCAAGTTGGCC;SOR=0.872;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=59;WE=8451496;WS=8451478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	8451681	rs201131284	T	C	127.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	8451686	rs202074531	T	C	94.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	8454639	rs1880024	A	G	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	8456701	rs2002860	C	G	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=37;PP=1074;SC=GAAAAAGAGACATGAAACTAG;SOR=2.790;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=43;WE=8456709;WS=8456691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	8467375	rs10009833	C	T	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=18;PP=513;SC=ATGAACCATGCTGTAACGTTC;SOR=2.303;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=8467383;WS=8467365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	8473050	rs2631768	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=3.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	8477385	rs10938715	G	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=4;PP=624;SC=TGTTCCGGTTGTATCCCTGAC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=8477393;WS=8477375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	8594572	rs76756393	G	C	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=23;PP=1201;SC=TGCCGCCCCCGCTGCCGCTGC;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=8594580;WS=8594562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	8594616	rs79736750	G	C	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=37;PP=1466;SC=GCCGCTGCCCGGCCGGGGTGC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=90;WE=8594624;WS=8594606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	8601470	rs151215420	CCT	C	1059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.39;NF=0;NR=19;PP=963;SC=CCTCTCCATCCCTCTCCAGTC;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=8601479;WS=8601460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	8602793	rs4299567	T	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=5;PP=358;SC=AAATGTCTGATGCGTGACGGT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=8602801;WS=8602783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	8602816	rs4594711	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=7;PP=497;SC=GGGCCACTGCAGGAGGGACTG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=8602824;WS=8602806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	8602884	rs4301095	T	C	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=31;PP=1362;SC=GGACCTGCAGTGATGCCGCCT;SOR=1.134;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=79;WE=8602892;WS=8602874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	8602935	rs4431213	A	G	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr4	8603117	rs35993494	A	T	9373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=101;NR=89;PP=2965;SC=GAGGTCTGCCAGCCCGCCTTC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=101;TCR=90;TR=190;WE=8603125;WS=8603107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
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chr4	8616179	rs7378066	T	C	5799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=55;PP=2393;SC=GCCCTGTACATACTCTGGCAG;SOR=0.858;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=126;WE=8616187;WS=8616169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr4	8620045	rs4444816	A	G	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=1071;SC=TCTGTGGGGTAGTTCCCCCTA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=40;WE=8620053;WS=8620035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	8621194	rs28514374	A	G	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=58;PP=2066;SC=CCCACGACCCACTGGGAGGTG;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=103;WE=8621202;WS=8621184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	9370908	rs11938651	C	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=45;SC=CTAGTGCCTACCCCCCAAAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=9370916;WS=9370898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	9783905	rs2227848	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-10.391;QD=0.56;ReadPosRankSum=-1.168;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,17:0.15:110
chr4	9783917	rs76288744	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-10.912;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.899;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,17:0.14:121
chr4	9784631	rs6283	C	T	3785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=43;PP=2162;SC=GTGGACACCCCGAAGGCCCTC;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=110;WE=9784639;WS=9784621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	9785134	rs1967551	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=534;SC=CGCACAGACATTGACAAGCAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=9785142;WS=9785124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	9909923	rs2280205	G	A	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=48;PP=1542;SC=GATCTTTGCCGGAGGGATCCC;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=91;WE=9909931;WS=9909913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr4	9982191	rs13115193	C	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=5;PP=472;SC=AGAGCAGATGCGGTTGACCAG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=9982199;WS=9982181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	9982330	rs13125646	A	G	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=43;PP=1928;SC=AGATCTCACTAAGGTACATGG;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=96;WE=9982338;WS=9982320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	9998440	rs10939650	C	T	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr4	9998493	rs13113918	A	G	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=51;PP=1931;SC=GACCAGAGCAAAGTCAGAGTG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=95;WE=9998501;WS=9998483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr4	9998605	rs28592748	T	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	10020564	rs2240721	G	A	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=144;SC=CCGCAGGGCCGCAGCGCCCTC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=10020572;WS=10020554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	10020757	rs2240722	A	G	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=11;PP=333;SC=GGCCGAGGGAAGACCTGGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=10020765;WS=10020747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	10022981	rs2276961	C	T	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=10;PP=508;SC=CCTGGAGGCCCGGCGTGGCTG;SOR=0.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=27;WE=10022989;WS=10022971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	10085949	rs2241473	G	A	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=210;SC=TCAGAAGAGCGTGTGGCTGTG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=10085957;WS=10085939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	10086015	rs2241474	T	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=18;PP=727;SC=GAACAGGAAATTCCCCCCTAG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=10086023;WS=10086005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	10086188	rs2241475	T	G	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=23;PP=729;SC=GGTAAGCTGATGACACACTGC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=10086196;WS=10086178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	10089865	rs734122	G	A	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=180;SC=GGACTGACACGTGGACTCGGC;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=10089873;WS=10089855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	10090178	rs4235349	T	C	7252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=77;PP=2965;SC=GGGAGGGCGATGTCTAAGTTC;SOR=0.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=107;TCR=78;TR=181;WE=10090186;WS=10090168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr4	10094698	rs3822246	G	A	7746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=79;PP=2628;SC=AAGCACTGAGGTCATAATTAA;SOR=0.837;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=154;WE=10094706;WS=10094688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr4	10094783	rs3822245	T	C	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=59;PP=1669;ReadPosRankSum=-1.315;SC=AGCACACACATGCTCACTACC;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=95;WE=10094791;WS=10094773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,164:0.98:168
chr4	10099277	rs41268389	G	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=328;SC=AACAGGCTCAGCCTCTGCTAG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=10099285;WS=10099267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	10099340	rs13441	T	C	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	10100801	rs2241484	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	10100812	rs2241485	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.74;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	10105739	rs3756224	C	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=426;SC=GTGAAGAAAACCGCAGAAGCA;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=10105747;WS=10105729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	10444650	rs3217	C	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=0;PP=481;SC=GTCTGTATTTCTTCTACTGAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=18;WE=10444658;WS=10444644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	10446385	rs9291410	C	T	7499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=87;PP=2965;SC=CTGCTGTGAGCTACTGTGTAA;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=84;TCR=87;TR=170;WE=10446393;WS=10446375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr4	10446906	rs10016022	A	G	7167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=105;PP=2965;SC=CAACCTTCACATCTATCAACT;SOR=0.830;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=91;TCR=105;TR=196;WE=10446914;WS=10446896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr4	10447985	rs35177766	AT	A	3072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=44;PP=1783;SC=GCCAACTAAAATTCAGAAAGT;SOR=1.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=44;WE=10447993;WS=10447975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	10502937	rs2903960	T	G	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=35;PP=2005;ReadPosRankSum=2.130;SC=CCAGGAAGCGTATTTTTACAT;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=103;WE=10502945;WS=10502927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr4	10509699	rs2868941	T	C	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=48;PP=1225;SC=TTAGGGTCAATGGGAAGTATG;SOR=1.158;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=76;WE=10509707;WS=10509689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	10525711	rs148908322	A	AGAG	793.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.51;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,21:0.91:23
chr4	10527342	rs2108878	C	T	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=12;PP=784;SC=TCTTGAGCCTCATTATTGGGC;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=10527350;WS=10527332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	10542058	rs1962796	C	G	5168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr4	10669522	rs13136927	A	C	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=47;PP=1915;SC=GGTAAGAGGGATCTTCAATTC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=97;WE=10669530;WS=10669512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr4	13475414	rs34962392	TATC	T	1592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=1019;SC=AATACAGCATTATCATAGTAA;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=20;WE=13475424;WS=13475404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	13545716	rs202191746	G	C	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=39;PP=1660;SC=CCGCGCGTCCGCGCAGCGCCG;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=84;WE=13545724;WS=13545706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	13545792	rs9684692	G	T	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=47;PP=1947;SC=TCCGCAGTCCGCCCCGCAGCT;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=13545800;WS=13545782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	13548796	rs2080023	T	G	6771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr4	13578405	rs2052159	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=464;SC=ACCCAGAGCAATTTTCAGATG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=13578413;WS=13578395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	13589495	rs13104252	G	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=12;PP=339;SC=GGAATAAGTTGATATATAAAT;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=13589503;WS=13589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	13593336	rs758975	A	G	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=52;SC=AAAGTTCTTTATCAGTGGGTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=13593344;WS=13593326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	13606576	rs1971278	A	T	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr4	13615293	rs2109917	C	A	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=64;PP=1875;SC=AATCTTCAAGCGGAAAATAAA;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=87;WE=13615301;WS=13615283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	13629721	rs12499127	G	A	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=21;PP=546;SC=ATAGACATTTGTAATGCGAAC;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=13629729;WS=13629711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	15003432	rs2702535	C	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=22;PP=801;SC=TAGAGGTGCGCGGCGAGGCGC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=15003440;WS=15003422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	15003721	rs1532346	A	G	5168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=46;PP=2423;SC=CGTGCGACCCAGGCAGACTCT;SOR=1.254;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=90;TCR=46;TR=136;WE=15003729;WS=15003711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr4	15003896	rs1532347	C	G	7136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=3.639;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.31;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,281:1.00:282
chr4	15004655	rs7435318	G	A	11819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=499;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=149;NR=147;PP=2965;SC=GAAACTCCCCGACCACCACCC;SOR=0.740;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=303;TCF=156;TCR=147;TR=296;WE=15004663;WS=15004645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr4	15004878	.	A	AGCCGCC	6641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=57;PP=1764;SC=CCGGACTCGAAGCCGCCGCCG;SOR=0.821;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=93;TCF=16;TCR=77;TR=72;WE=15004893;WS=15004868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	15004885	.	G	GCCGCCA	2980	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=24;MQ=59.97;NF=19;NR=63;PP=2980;QD=20;SC=CGAAGCCGCCGCCGCCGCCTC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=91;TCF=20;TCR=71;TR=82;WE=15004893;WS=15004878;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,82:0.90:91
chr4	15004924	rs138365074	C	CCCG	5148.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5011;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=57;PP=2979;ReadPosRankSum=0.450;SC=GTCGGTTCAGCCCGCCGCCGC;SOR=0.731;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=74;TCF=9;TCR=65;TR=62;WE=15004946;WS=15004914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,126:0.93:135
chr4	15041972	rs7698803	A	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=0;PP=201;SC=TTGCTCTTAAAACAAAGTAGC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=15041980;WS=15041962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	15042142	rs73797788	T	G	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=24;PP=822;SC=ATGGTATAATTGTTTCTAATG;SOR=0.897;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=15042150;WS=15042132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	15042245	rs2604576	C	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=9;PP=233;SC=GAGCACTTGTCGAAGTTTTTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=15042253;WS=15042235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	15443685	rs13108125	T	G	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=138;SC=CACTGTTAAATGTTGCCTGAA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=15443693;WS=15443675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	15480225	rs9993580	A	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=369;SC=ACTGTCCCCCAACTCACACTC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=15480233;WS=15480215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	15482477	rs10000250	A	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=39;PP=1279;SC=CCATTCAGCTACTGCTTGTTA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=15482485;WS=15482467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	15482809	rs6810461	G	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=10;PP=326;SC=TTCTTGCTCTGTTCACTCACA;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=15482817;WS=15482799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	15513147	rs1058412	C	T	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=343;SC=AACCTGCCACCACCAGGAGAA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=15513155;WS=15513137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	15530124	rs4698395	C	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=180;SC=GATGCTTGAACATCCGTTCCA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=15530132;WS=15530114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	15538744	rs1558572	T	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=364;SC=GGCCAGGAAGTGTCTGGGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=15538752;WS=15538734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	15539498	rs1861044	A	G	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=35;PP=1651;SC=CCTGTTTGATATCATGTTGCC;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=86;WE=15539506;WS=15539488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	15569018	rs73125627	G	A	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=23;PP=1090;SC=AGCAGCCGTCGAGGTCTTCAA;SOR=1.089;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=61;WE=15569026;WS=15569008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	15575751	rs4280724	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=359;SC=AGGATGTTTACCAAGTCATAT;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=15575759;WS=15575741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	15587897	rs6832789	A	T	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=65;PP=1861;SC=ACAGATTTAGAAACTTGAGCT;SOR=1.122;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=37;TCR=65;TR=102;WE=15587905;WS=15587887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	15589345	rs28419165	C	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=408;SC=CACTTCAAGACACTAACCTCT;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=15589353;WS=15589335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	15602773	rs80080596	C	CTTA	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=451;SC=ATCCAGAACACTTATCTTAAT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=15602781;WS=15602763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	15657036	rs184805452	C	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=232;SC=CGCGCCCGGTCGGCTTGGCCG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=15657044;WS=15657026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	15689928	rs4235380	G	A	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	15690233	rs6449160	C	A	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=37;PP=1501;SC=TGCTTTTCGACACCCTGAATC;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=84;WE=15690241;WS=15690223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	15717321	rs3213710	G	A	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=19;PP=735;SC=TTCAAGAAATGTTTCTCAGTT;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=15717329;WS=15717311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	15737882	rs4698413	C	T	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=44;PP=1244;SC=CTGAGTGCATCGTCCTCTTGC;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=15737890;WS=15737872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	15739488	rs4283655	A	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	15937526	rs1042510	G	A	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=29;PP=1387;SC=CATCTCTTAAGGGAACCCGTT;SOR=0.786;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=63;WE=15937534;WS=15937516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	15937731	rs2072313	T	C	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=57;PP=2278;SC=TCTCTTTGCCTTTGATGTGCT;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=116;WE=15937739;WS=15937721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr4	15964040	rs2286460	G	A	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=6;PP=515;SC=CTCTGTATATGAGTAAAGGAA;SOR=1.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=15964048;WS=15964030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	15964501	rs2286459	G	A	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=48;PP=2217;SC=GGTCAGCAGCGAAAGCCTGGC;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=108;WE=15964509;WS=15964491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	15964573	rs758328	A	G	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=66;PP=2872;SC=GGCAGTCGACACGAAGCCAGA;SOR=0.862;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=152;TCF=86;TCR=66;TR=150;WE=15964581;WS=15964563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr4	15964763	rs4698432	C	T	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=60;PP=1650;SC=GGCGATACTCCGATAAACTTG;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=87;WE=15964771;WS=15964753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	15977572	rs11734657	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=7;PP=633;SC=ACCCTTGGAGTTCTACTATAG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=15977580;WS=15977562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	15981885	rs3841512	G	GA	173.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=379;SC=TCAGTACCAAGAAAAAAAAAT;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=23;WE=15981893;WS=15981875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	15986042	rs7675574	G	A	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=36;PP=1042;SC=GGAATGAGACGTGCCATTTAC;SOR=1.310;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=52;WE=15986050;WS=15986032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	15986113	rs7659341	T	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=17;PP=375;SC=CCCCAACTCCTGGGTCACAGA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=15986121;WS=15986103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	15987509	.	T	TTTAAG	346.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.53;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	15987512	.	T	TGCTTATTTAATCTGTATTAAATATTTAATACAGATAA	811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=90.19;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	15989191	rs2191004	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.74;ReadPosRankSum=0.765;SOR=2.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr4	15989500	rs34264338	C	CT	181.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.873;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr4	15991275	rs2240685	G	A	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=26;PP=1243;SC=AGCATGTGTCGTGAGGCTAAA;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=15991283;WS=15991265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	15992783	rs17387037	A	C	5863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr4	16002050	rs6449212	T	C	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=7;PP=724;SC=CTTAAAGTAATGCACAATATA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=16002058;WS=16002040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	16024885	rs2013854	A	G	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=22;PP=1308;SC=AAGAGTGAGCAAGCCTGCCAA;SOR=1.455;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=16024893;WS=16024875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	16025837	rs17478336	C	T	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=14;PP=1033;SC=CTTTCACGTACGTCATTTCTT;SOR=1.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=16025845;WS=16025827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	16035209	rs34732299	C	CTT	40.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr4	16227781	rs3749543	A	G	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	16590588	rs11945652	G	A	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=58;PP=1629;SC=GATGTGACACGAGTGATGTGT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=79;WE=16590596;WS=16590578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	16597280	rs1506462	T	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=159;SC=TCTTTAATGCTCTCAGAGTAG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=16597288;WS=16597270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	16675898	rs4698505	C	A	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=45;PP=1549;SC=TCCGAATCCCCGAGCTGGTTG;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=82;WE=16675906;WS=16675888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	16753863	rs283027	A	C	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=48;SC=TCAGTGAACAAGATACAGAGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=16753871;WS=16753853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	17489003	rs2597767	T	C	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.70;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr4	17492145	rs731437	T	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=180;SC=TGATGTGCAATGCATCCTCAG;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=17492153;WS=17492135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	17494054	rs2597772	A	G	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=31;PP=931;SC=TCTATTCCCTAAAAACTTTAT;SOR=2.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=39;WE=17494062;WS=17494044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	17503382	rs2597775	C	T	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	17503544	rs2597776	C	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	17511595	rs10020171	A	T	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=34;PP=963;SC=GTTGTTACTCAAATCTGCAAT;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=55;WE=17511603;WS=17511585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	17511634	rs10030250	G	A	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=26;PP=799;SC=TAAATAGGGGGAAAAAATAAG;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=17511642;WS=17511624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	17513458	rs2244804	A	G	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=25;PP=1633;SC=AAGCAACACGAGTCAGGGGGT;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=78;WE=17513466;WS=17513448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	17513724	rs2244788	G	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=31;PP=749;SC=GCCTCGAGCCGGAGCGCCGCG;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=17513732;WS=17513714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	17513757	rs67496406	CG	C	783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.32;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	17517099	rs1551091	A	G	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=36;PP=1152;SC=GAGGGTGTAAAGTGCGGCAGT;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=17517107;WS=17517089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	17517242	rs28382333	C	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=158;SC=GCTGCCTCAACGTCAGGCATA;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=17517250;WS=17517232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	17581617	rs10939736	T	A	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=31;PP=980;SC=CGAAACAGTATTTTTTCTTTC;SOR=0.928;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=51;WE=17581625;WS=17581607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	17581643	rs35153429	CAG	C	1799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=1021;SC=TTTTTTGAAACAGAGTCTTGC;SOR=1.347;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=22;WE=17581652;WS=17581633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	17583200	rs5856433	TAA	T	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=-1.449;SC=TGTCTCTATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=17583209;WS=17583190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr4	17586703	rs3733576	T	C	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=36;PP=923;SC=CCAGATTTGCTGAAATTATTG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=67;WE=17586711;WS=17586693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	17590671	rs17499929	G	A	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=1203;ReadPosRankSum=0.578;SC=CTTGGTTATAGGGTTTTTTGG;SOR=1.487;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=51;WE=17590679;WS=17590661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr4	17590686	rs35467396	AT	A	362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-2.771;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr4	17590734	rs11737120	A	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=362;SC=CCCAGGCTAGAGTGCAGTGGC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=17590742;WS=17590724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	17599894	rs3775927	G	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=233;SC=GGTGCTGGGGGATTATTAAAT;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=17599902;WS=17599891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	17608620	rs4698628	A	G	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=16;PP=503;SC=CAAAATAGCTATTTTCAATTT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=17608628;WS=17608610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	17608884	rs4698629	C	G	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=586;SC=TATTCTGAAACTGATATGTGG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=17608892;WS=17608874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	17625209	rs11733730	G	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=6;PP=794;SC=CTTAGTCCATGACTTTCATCT;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=17625217;WS=17625207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	17627294	rs2315552	A	G	2870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=29;PP=1436;SC=TTACTGGGTGATGAATAATCC;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=75;WE=17627302;WS=17627284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	17627332	rs2315553	T	C	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=39;PP=1889;SC=GCTGCTAACTTTTTCAGGGAG;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=91;WE=17627340;WS=17627322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	17634213	rs6825562	A	G	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=25;PP=791;SC=TTTCTGCTGGACTTCTTTGGC;SOR=0.925;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=47;WE=17634221;WS=17634203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	17634255	rs6847966	G	A	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	17634256	rs142873186	C	CAA	1900.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=23;PP=353;SC=GTCCTAAAAGCAAAAAAAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=24;WE=17634267;WS=17634245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	17635556	rs140729140	CAAAAT	C	714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=394;SC=ATGCAAAAAACAAAATAAAGC;SOR=0.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=7;WE=17635568;WS=17635546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	17636507	rs375853416	G	GTT	39.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr4	17640858	rs6811887	C	T	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=34;PP=1366;SC=CCCTGGGGCCCGAGGCCTCAC;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=80;WE=17640866;WS=17640848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	17643620	rs28501187	G	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=0;PP=280;SC=TAGGGGGAGGGGGGGTGGCGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=18;WE=17643628;WS=17643610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	17643848	rs2286771	G	A	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=24;PP=701;SC=GGGCCGCCCCGCTCCTGAGGA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=17643856;WS=17643838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	17649233	rs3733577	T	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=10;PP=579;SC=GGAGGGGTATTGCTGGTGCAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=17649241;WS=17649223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	17649494	rs6813374	T	C	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	17649499	rs6813375	T	G	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.46;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	17654648	rs3815413	T	C	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=27;PP=668;SC=AAAGTGGGCATGAGGGTGGGA;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=17654656;WS=17654638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	17659936	rs10939742	G	T	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=20;PP=964;SC=CCTAGCAGGTGCCCGGCACAG;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=17659944;WS=17659926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	17660082	rs1860596	C	T	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=34;PP=1076;SC=CTGGAGCTCACGCTGCAGCTT;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=17660090;WS=17660072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	17660237	rs2302391	T	C	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=197;SC=TTTCCTGGGATGTTTTCTTCA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=17660245;WS=17660227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	17689901	rs11306510	AT	A	106.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	17689974	rs4698646	T	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=5;PP=385;SC=CAGCATGTGTTACTGGGGACA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=17689982;WS=17689964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	17694880	rs6449324	G	C	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=11;PP=877;SC=AAGCTCCCAGGGACCAGAAAC;SOR=1.654;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=43;WE=17694888;WS=17694870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	17694916	rs3822235	A	G	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=22;PP=1260;SC=GCATTTGGTCAGGGCTCACCT;SOR=1.336;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=71;WE=17694924;WS=17694906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	17694943	rs3733579	A	G	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=39;PP=2029;SC=GAGAATTCTGAAGCTTCACAT;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=104;WE=17694951;WS=17694933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr4	17707361	rs57570581	G	A	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=14;PP=1100;ReadPosRankSum=-0.951;SC=CCCCAGGGCTGGGTCAGACAC;SOR=0.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=57;WE=17707369;WS=17707351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr4	17707627	rs62295656	C	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=632;SC=TCCAACATCCCCTGTGTAATT;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=17707635;WS=17707617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	17711076	rs3733583	T	C	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=40;PP=1833;SC=TCAGCCTCTTTTGCAGCTCCA;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=95;WE=17711084;WS=17711066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	17812615	rs2074974	A	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=7;PP=199;SC=ATAGAAGACTACTCGGAGAGC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=17812623;WS=17812605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	17818885	rs2302212	T	C	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	17841948	rs2286534	T	A	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=103;SC=ATGAATGAAATTTTTTTTCTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=17841956;WS=17841938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	17885296	rs139656197	A	AAC	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.694;QD=20.11;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr4	20256804	rs813216	C	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=335;SC=GCCTCTTTGCCCCCGGGGTGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=20256812;WS=20256794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	20487975	rs76469534	C	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=14;PP=474;SC=AAGCAAAGGACAGGACCACTG;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=20487983;WS=20487965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	20490710	rs543593	T	G	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=7;PP=199;SC=TCACTAATGTTCAATTGTGCA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=20490718;WS=20490700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	20520993	rs519813	T	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=10;PP=342;SC=TCATTTAAAATATTTTTTTCA;SOR=0.880;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=20521001;WS=20520983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	20526985	rs146437952	C	CAT	129	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=3;PP=116;SC=TGATGTTAAACATATATTATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=20526993;WS=20526975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	20533700	rs3215198	A	ATT	989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=12;PP=373;SC=CTTGTTAGCTATTTTTTTTAT;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=20533708;WS=20533690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	20535460	rs74466092	T	TTC	302.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=359;SC=CTCTTTCACATTCTCTGTTAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=20535468;WS=20535450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	20544184	rs7690492	C	T	7256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=71;PP=2331;SC=TGGATACAGTCGTCCGATGTA;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=135;WE=20544192;WS=20544174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr4	20547838	rs2292439	C	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.20;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	20555358	.	TTG	T	62	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=62;QD=17.0;SC=ACTTCCATACTTGTGTGTGTG;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=4;WE=20555367;WS=20555348;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,4:0.50:8
chr4	20591523	.	C	CTTTTT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr4	20620683	rs1379659	G	A	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=27;PP=714;SC=CTTCTTGACCGTGTGGGACTA;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=20620691;WS=20620673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	20709238	rs35495469	G	GA	439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=480;SC=ATCGTTAGGGGAAAAAGAGAT;SOR=2.303;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=15;WE=20709251;WS=20709228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	20714642	rs3764964	T	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=308;SC=TCCCTCCATATTATATGCAAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=20714650;WS=20714632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	20714924	rs12331966	A	G	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=7;PP=701;SC=TTTGTTGACTATCTTCTGATT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=20714932;WS=20714914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	20726537	rs10654905	C	CTT	405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.9973;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=12;PP=143;SC=TTCCTTAAGTCTTTTTTTTTA;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=20726545;WS=20726527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	20733708	rs111474115	C	CA	1471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=25;PP=983;SC=AGGAAGAAAACAAAAATTGTA;SOR=1.140;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=20733716;WS=20733698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	20734171	rs6812257	G	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.10;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	20734176	rs6811933	C	G	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.47;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	20736416	rs112956417	A	AAAAC	667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=699;SC=AAAAACAAAAAAAACAAATGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=20736424;WS=20736406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	20751278	rs2322688	A	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=10;PP=549;SC=AATAATCCAGAGCTTACCTCG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=20751286;WS=20751268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	20760644	rs57740160	A	G	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	20760683	rs17623902	A	G	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=19;PP=494;SC=TGTTTGTTCCAGTTCTCACAA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=20760702;WS=20760673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	20852166	rs3765121	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	20852244	rs3765122	A	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	21305653	.	TGA	T	83.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.99;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	21698939	.	TAAAA	T	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.115;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr4	21764761	rs717531	C	T	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=80;PP=2629;SC=AATTCCTTCACTGTGGTTGAA;SOR=0.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=137;WE=21764769;WS=21764751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr4	21950259	rs6448102	A	G	6417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr4	22390167	rs9002	C	T	6087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr4	22416133	rs7658234	C	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=4;PP=235;SC=AACAATTAACCATCTAAAAAC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=22416141;WS=22416123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	22416195	rs13106386	C	G	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	22439914	rs6823735	A	C	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=56.21;NF=3;NR=0;PP=53;SC=CCCTCTCTGGAGGACAGTACT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=22439922;WS=22439904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	22444251	.	C	CA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.886;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr4	22444692	rs10018144	C	T	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	22457478	rs16872669	C	T	3993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=48;PP=1563;SC=GGACTTAGCCCTATGCAAGAA;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=87;WE=22457486;WS=22457468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr4	22749783	.	G	GTATATA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=255;SC=ACAGGCATATGTATATATATA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=22749791;WS=22749773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	22820504	rs358231	A	T	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	23815294	rs34074379	G	C	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=26;PP=1049;SC=TGTGTTATTAGGGTTTTGCCA;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=23815302;WS=23815284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	23886323	rs2946385	G	T	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=4;PP=652;SC=CATGTTAGTCGGGCCCAAGCC;SOR=2.432;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=23886331;WS=23886313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	24534687	rs3828558	T	C	5779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=61;PP=2185;SC=TCTAAAAAGGTAGAAGGCGGG;SOR=0.711;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=116;WE=24534695;WS=24534677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr4	24538573	rs4697063	A	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=2;PP=257;SC=GGTTTCTAATATAAGTTGTCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=24538581;WS=24538563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	24801315	rs2536512	G	A	4745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=50;PP=2040;SC=CGACGACGGCGCGCTCCACGC;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=112;WE=24801323;WS=24801305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr4	24801949	rs2695232	C	T	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=2;PP=49;SC=AACAGACACCCTCCACTCTGA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=24801957;WS=24801939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	24809884	rs1019229	T	C	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=377;SC=ACAGGATCAGTGCGTTTTCTC;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=24809892;WS=24809875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	24824076	.	G	GA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.569;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr4	24855783	rs61792822	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=314;SC=ATTCCTGGCCGCCCATCTAGC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=24855791;WS=24855773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	25001439	rs7689760	T	C	4293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=34;PP=1519;ReadPosRankSum=2.184;SC=CCAGTGTGCTTCCTGAAGGCT;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=25001447;WS=25001429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,166:0.99:168
chr4	25001576	rs7665497	C	T	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	25001576	.	CTC	TTT	1184	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=26;NR=35;PP=1184;QD=20.2863586043;SC=CCTCAACATCCTCCCCATAGC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=25001586;WS=25001566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	25001578	rs7665498	C	T	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	25001632	rs7690185	T	A	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=25;PP=759;SC=TCCTCCTTAGTACAACAGAAA;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=25001640;WS=25001622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	25001685	rs7670138	A	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=472;SC=TGGGGCCTTGAATGTAAAAAG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=25001693;WS=25001675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	25005193	rs2232028	G	A	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=24;PP=863;SC=GCGCCTGCACGTAAATCTCCT;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=25005201;WS=25005183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	25160732	rs34423002	T	TA	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr4	25236017	rs313549	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=1;PP=25;SC=CCGGAGTTCGTCCGCCGAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=25236025;WS=25236007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	25253995	rs313567	C	T	7596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=75;PP=2965;SC=CAGAATTTGCCGATATTATGC;SOR=0.764;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=85;TCR=75;TR=159;WE=25254003;WS=25253985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr4	25315637	.	C	CTTT	1259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=32.30;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	25316815	rs12508686	T	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=321;SC=TTTTGTTTTCTCCTGAAATGA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=25316823;WS=25316805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	25363901	rs315675	T	A	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=53;PP=1462;SC=CACTGTGAGCTCTGTAATTCT;SOR=1.281;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=76;WE=25363909;WS=25363891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	25370962	rs315689	A	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=310;SC=CTCTGGAGACATGGGGAGTTG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=25370970;WS=25370952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	25382216	rs315676	C	G	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=5;PP=105;SC=ATAAATATCACTTTGGGAACT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=25382224;WS=25382206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	25391584	rs186408	G	A	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=106;SC=AAAAAGGAATGAGCCTGATGT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=25391592;WS=25391574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	25393889	rs2292407	C	T	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=13;PP=499;SC=TAGTTTGACCCACACTCTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=25393897;WS=25393879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	25394078	rs2292408	A	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=213;SC=GTGAATATTTATTATCGGCTT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=25394086;WS=25394068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	25395674	rs17605267	C	A	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=484;SC=TCAGATTTGCCAAAAGGGCTC;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=25395682;WS=25395664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	25404553	rs10023139	C	T	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=14;PP=518;SC=ATCCCCCACACACTAATCTTA;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=25404561;WS=25404543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	25408516	rs3214034	T	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=17;PP=458;SC=AGGTAAGAAGTTGATATTTCT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=27;WE=25408524;WS=25408506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	25408724	rs28616687	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=66;SC=ACTGCCACTCACAGCTCTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=25408732;WS=25408714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	25417244	rs3816587	C	T	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=237;SC=GACTCAGTTACGGTGGTAATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=25417252;WS=25417234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	25419283	rs9174	T	C	6147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr4	25674905	.	TCACA	T	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	25674911	.	G	GAGGGA	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	25674913	rs62409436	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.05;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	25678199	rs6448389	A	G	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=71;PP=2430;SC=TTGCTGTGTGACTGCCCCAAG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=120;WE=25678207;WS=25678189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	25758580	rs4401441	G	A	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=44;PP=1322;SC=CAGTTTCTTAGGCTTTTTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=63;WE=25758588;WS=25758570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	25759079	.	CAA	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.282;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr4	25759109	rs11352729	CTT	CT,C	343.06	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.4921,0.5079;FS=2.251;HP=13;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8,8;NR=11,11;PP=9,199;ReadPosRankSum=-0.773;SC=AAAATCCCTGCTTTTTTTTTT;SOR=0.591;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=19,19;WE=25759119;WS=25759099;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.89:27
chr4	25759298	rs2286867	C	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=22;PP=684;SC=GCCGGTGGGACATGAAACCTA;SOR=0.864;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=38;WE=25759306;WS=25759288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	25759452	rs114129887	C	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=109;SC=TGTCAGCCAACTTTGGTGGCA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=25759460;WS=25759442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	25767064	rs62411787	G	A	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=29;PP=935;SC=TATGCTGCAGGAAATAAAGCA;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=25767072;WS=25767054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	25767183	rs4697616	G	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=269;SC=ACATCTTTATGTTTCCCTGAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=25767191;WS=25767173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	25769041	rs62411789	A	T	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=306;SC=TTTCTTTTCTAATTATTTAGA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=25769049;WS=25769031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	25769135	rs2290577	T	C	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=20;PP=1428;SC=TGCACCGTTTTTCTATACATA;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=68;WE=25769143;WS=25769125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	25780675	rs73258100	T	C	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	25780891	rs4697619	A	G	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=17;PP=504;SC=AGACAAGGTGATGAGATGCTT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=25780899;WS=25780881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	25915858	rs2305670	C	A	9924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.230;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=127;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CGAGCGGGGTCACGGCCCGGC;SOR=0.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=114;TCR=127;TR=240;WE=25915866;WS=25915848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,384:1.00:385
chr4	25930928	rs14553	A	G	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=856;SC=AAACTCTGTAATACCATAAAT;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=25930936;WS=25930918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	25948424	rs7654103	C	T	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=369;SC=TGGAAAGATGCAAAAGAAATC;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=25948432;WS=25948414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	26274274	rs7680528	T	A	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=28;PP=1666;SC=GCATTTTGTCTTCATTTTTTC;SOR=1.397;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=89;WE=26274282;WS=26274264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	26322759	rs113697915	C	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=295;SC=GGGGCCGCGGCGCGCTTGGCG;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=26322767;WS=26322749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	26364300	rs13116873	C	G	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=15;PP=504;SC=ATAGAATGAACACTCATGATT;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=26364308;WS=26364290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	26387959	rs56122711	AT	A	289.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;MQRankSum=0.514;QD=13.81;ReadPosRankSum=2.065;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr4	26407681	rs3109839	A	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	26417136	rs2270226	T	C	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	26615982	rs260954	C	T	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=7;PP=190;SC=TGTATGTTTACTTAAAAACTA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=26615990;WS=26615972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	26673761	rs9997999	T	A	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	26673787	rs7691219	A	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	26737063	rs33992685	C	CT	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=2.676;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr4	26862546	.	CTT	C,CT	818.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,31,26:0.46,0.38:68
chr4	26959207	rs3792685	T	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=431;SC=TGAATTTATATTTAACTTAAT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=26959215;WS=26959197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	27004011	rs10028164	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=8;PP=192;SC=TGGACTTACAGGAGAGGTAAG;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=27004019;WS=27004001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	27022800	rs10031905	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=411;SC=CCTACCGTAAACTTGCCACTC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=27022808;WS=27022790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	28821172	.	CT	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.094;QD=0.38;ReadPosRankSum=2.952;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,31:0.19:167
chr4	30132766	.	ATGTGTGTG	A,ATG	1885.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;QD=40.12;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,36:0.23,0.77:47
chr4	30222333	.	C	CAT	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=1.370;SC=TGTGTGTAGACATATATATAT;SOR=0.527;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=3;WE=30222341;WS=30222323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr4	30279745	rs61794114	G	A	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.20;QD=24.42;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	30976765	.	T	TTG	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=-0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=170;ReadPosRankSum=0.105;SC=TTCCCTTTCATTGTGTGTGTG;SOR=0.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=8;WE=30976776;WS=30976755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr4	31031755	rs139430988	T	TTGTGTGTGTGCA	2394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.89;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	31107647	.	T	A	113.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	31116254	rs71190493	A	AACAC	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.180;QD=30.25;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr4	36081878	rs4833069	C	T	5928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=55;PP=2057;SC=CGTCTGAGTTCGTGAACTATC;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=115;WE=36081886;WS=36081868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr4	36109409	rs7688562	C	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=85;SC=CATTTGAAAACATCTGTAGGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=36109417;WS=36109399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	36121140	rs143366422	G	GT	97.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=61.53;NF=2;NR=2;PP=72;SC=CAACCAATTAGTTTTTTTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=36121148;WS=36121130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	36122737	rs4832795	A	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=0;PP=404;SC=CTACAACATAAATATTTGTTG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=36122745;WS=36122729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	36126393	rs2271331	G	A	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=542;SC=GAGTTCTTATGATACGTAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=36126401;WS=36126383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	36126696	rs3817165	G	A	280.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=231;SC=CATTTTAATAGGTGATACAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=36126704;WS=36126686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	36130099	.	T	TACACACACACACACAC	104	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=59.59;NF=5;NR=1;PP=104;QD=17.8333333333;SC=GTCTATATTATACACACACAC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=36130107;WS=36130089;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,6:0.38:16
chr4	36130127	rs5009416	T	C	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=11;PP=981;SC=CACACACACATATCTACAAAT;SOR=1.961;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=48;WE=36130135;WS=36130117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	36130375	rs5857473	TA	T	1529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.333;NF=0;NR=26;PP=355;ReadPosRankSum=-1.265;SC=AACCTTTGTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=26;WE=36130384;WS=36130365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr4	36130393	rs1397419	C	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.333;NF=6;NR=31;PP=813;ReadPosRankSum=-1.500;SC=AAAAGTTATACTTTAAAAGTC;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=36130401;WS=36130383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr4	36148837	rs73225587	T	C	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=9;PP=1143;SC=TATTGTTTTCTCCCTCAAGAT;SOR=2.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=50;WE=36148845;WS=36148827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	36149025	rs1567483	G	A	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=46;PP=1416;SC=TTAAAACACTGTAATAAACAC;SOR=1.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=74;WE=36149033;WS=36149015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	36149113	rs1567484	C	T	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=20;PP=869;SC=AAGGCTATCACTATTGTATGC;SOR=0.739;Source=Platypus;TCF=18;TR=38;WE=36149121;WS=36149103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	36160340	rs1546495	G	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=12;PP=634;SC=CTAAAAAGAAGAGAAAAAATA;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=36160348;WS=36160330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	36162273	rs11431961	C	CA	60.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.6550;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=1.068;SC=GCTGAATTGTCAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=2;WE=36162281;WS=36162263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr4	36162923	rs2271330	G	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=387;SC=TTCTCAAAGAGTTACTACTAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=36162931;WS=36162918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	36168706	rs3055951	CAAAA	C	413.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=189;SC=TATAAAGAAACAAAAAAAAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=36168717;WS=36168696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	36211914	rs4394022	C	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=428;SC=GTGTGTGTGGCGGTGGAGTGG;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=36211922;WS=36211904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	36258197	rs7686575	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	36292018	rs1995319	T	A	3720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=31;PP=1452;SC=CTGAGTGATGTTACTGGCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=75;WE=36292026;WS=36292008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	36317970	rs9995922	T	C	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=37;PP=1444;SC=GAAACTATAGTTGCCCTCATT;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=75;WE=36317978;WS=36317960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	36340891	rs56246836	T	C	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=44;PP=1309;SC=AGAAAGTGACTTTCCAATCAA;SOR=1.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=36340899;WS=36340881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	37247021	rs892825	C	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=329;SC=CCCTCGCTGGCCGGTTTTGCC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=37247029;WS=37247011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	37432416	rs2973217	A	C	3484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=53;PP=1762;SC=CCTTTCCCTCAAGCCTATGGA;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=89;WE=37432424;WS=37432406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	37666995	rs1221653	T	C	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=73;PP=2258;SC=CAGAAGTTTCTAGTTTGCAAA;SOR=1.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=31;TCR=73;TR=104;WE=37667003;WS=37666985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	37828175	rs2059484	T	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=2;PP=497;SC=TCCCACCCCCTGCAGCGCACC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=37828194;WS=37828172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	37828186	rs2059483	C	T	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=2;PP=593;SC=GCAGCGCACCCGCAAACGGCA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=37828194;WS=37828172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	37831850	rs2911907	C	T	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=4;PP=78;SC=ACATGTCTTACCAGCTTGGCT;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=37831858;WS=37831840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	37850312	rs35704131	TG	T	2422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=40;PP=1689;SC=AATAATATTTTGAAATGTTCT;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=40;WE=37850320;WS=37850302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	37857106	rs6531590	G	A	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=280;SC=ATTTCCTCCAGAATGTTTTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=37857114;WS=37857096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	37857166	rs6842360	A	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.83;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	37863013	rs28402184	C	T	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=608;SC=CTTTTTTTTCCTATTTAGTCC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=37863021;WS=37863003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	37863045	rs3832307	AT	A	2403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=16;PP=1547;SC=TTATATTTTCATTGTCACTTG;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=38;WE=37863053;WS=37863035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	37903756	rs2279027	T	C	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=25;PP=1435;SC=ACATCTGCTTTCTAACGAGGT;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=37903764;WS=37903746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	37922307	rs2925957	G	C	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=25;PP=765;SC=TTAATATCCCGGGAGCAAGGA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=37922315;WS=37922297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	38016395	rs10501	T	G	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=72;PP=2539;SC=CAGGAGCCTGTGCGCAGGCCC;SOR=3.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=12;TCR=72;TR=84;WE=38016403;WS=38016385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	38022087	rs10015663	A	G	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=11;PP=801;SC=CAACAAGAGTAAAATTCCATC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=38022095;WS=38022077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	38047545	rs6845120	A	G	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=59;PP=1988;SC=TTCTCTTTATACGACACCCTG;SOR=0.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=101;WE=38047553;WS=38047535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	38053788	rs58659939	CTGTGTGTGTG	C	1659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=25;PP=997;SC=AGCAGAGCCACTGTGTGTGTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=25;WE=38053805;WS=38053778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	38097478	rs10517469	G	A	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=7;PP=602;SC=TAACAAGTAGGCAGCCATGTT;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=38097486;WS=38097468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	38628475	rs337624	G	T	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=4;PP=127;SC=GCCCCTTTCTGGGCTTGCCAA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=38628483;WS=38628465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	38628540	rs168086	A	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.67;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	38774785	rs10776482	A	G	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=20;PP=1262;SC=TTTATAGACAATCTGTTCTCA;SOR=1.190;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=38774793;WS=38774775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	38774889	rs4129009	T	C	9946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr4	38774898	rs145139818	G	A	10060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.55;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr4	38775040	rs10776483	A	G	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=37;PP=1352;SC=TAAGAATTATATGATCAGAAT;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=38775048;WS=38775030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	38776107	rs11096955	T	G	2302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=31;PP=1104;SC=GGCAGTTGGATAGTTCTTTTA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=38776115;WS=38776097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	38776180	rs11096956	C	A	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=20;PP=841;SC=TAGGATAATTCGGGAAAAGCA;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=38776188;WS=38776170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	38776491	rs11096957	T	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=18;PP=872;SC=GTCTTAGCATTTTCTAAACTA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=38776499;WS=38776481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	38798648	rs5743618	C	A	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=51;PP=2618;SC=ATCCAAGTAGCTGCAGAGGGA;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=121;WE=38798656;WS=38798638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	38798935	rs5743614	C	T	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.20;QD=27.86;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	38799710	rs4833095	T	C	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=41;PP=1288;SC=TAAGGTAAGATTTGATAACTT;SOR=1.339;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=38799718;WS=38799700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	38830350	rs5743810	A	G	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=28;PP=1121;SC=AGTAAGGTTGAACCTCTGGTG;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=38830358;WS=38830340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	38916465	rs4563504	A	C	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=6;PP=399;SC=CAGTCCTCCCAACCTCCCCCA;SOR=1.721;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=38916473;WS=38916455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	38930985	rs35369040	T	TAA	4020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.29;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	38930995	rs58035134	C	A	4730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=51;PP=1525;SC=TAAAAAAAAACAGTGCAGGGG;SOR=1.158;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=78;WE=38931003;WS=38930975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	38931097	rs13150445	A	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=271;SC=GTTTGAGGTCAGTAATTAAGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=38931105;WS=38931087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	38932922	rs2291493	C	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=105;SC=TTATCTTTTTCGGGGGTTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=38932930;WS=38932912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	38933726	rs4833106	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=418;SC=GCTTGTAATCATCAGGTTAAC;SOR=6.091;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=22;WE=38933734;WS=38933716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	38937372	rs2271031	T	C	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=10;PP=520;SC=AAGTGGCCTCTTTATCAAAGA;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=38937380;WS=38937362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	38942697	rs11398065	C	CT	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.605;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr4	38944976	rs34903665	A	AT	1594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=12;PP=1149;SC=ATAATCCAATATGGGGGGTGG;SOR=1.280;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=25;WE=38944984;WS=38944966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	38990336	rs75089163	T	C	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=6;PP=782;SC=TTTATCTACGTTTTTATTCCT;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=38990344;WS=38990326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	38995374	rs10212770	T	C	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=23;PP=1823;SC=TATCCATCTCTAGGTGCAAAG;SOR=1.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=86;WE=38995382;WS=38995364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	39034119	rs111780747	T	TAAAA	56.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=9;PP=226;SC=CACTTCCCATTAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=10;WE=39034127;WS=39034109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	39046586	rs111344840	CA	C	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=407;SC=GCTGCCCGGACAGGGTCTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=39046594;WS=39046576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	39046651	rs76308346	C	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=8;PP=344;SC=CCCCCGCCTCCCCCGCTCCTC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=39046659;WS=39046641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	39064126	rs2711942	G	C	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=5;PP=810;SC=AGTAATTGTAGATATATATAT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=39064134;WS=39064116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	39064162	rs2711941	A	C	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=17;PP=1429;SC=TCCTTTACATATTTTTGTTGT;SOR=1.563;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=67;WE=39064170;WS=39064152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	39065091	rs2711940	G	A	126.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=2;PP=78;SC=GAAAGGTTTTGCAAAGAGATG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=39065099;WS=39065081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	39094738	rs2566149	G	A	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	39104837	rs35745478	CTG	C	295.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=299;SC=ATTTTTGTATCTGTAATTTCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=39104846;WS=39104827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	39109399	rs12508577	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=11;PP=264;SC=CACCAAATTTATTAAGCTATA;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=39109407;WS=39109389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	39114929	rs3796510	G	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=144;SC=TTTGGAGAACGTGTTGGAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=39114937;WS=39114919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	39114945	rs3839126	A	AG	259.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=280;SC=GAGAATTGGAAGGGAAAGTCG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=39114953;WS=39114935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	39116775	rs10026775	A	T	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=14;PP=1002;SC=AAATTTTCTTACAGATATGAT;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=39116783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	39116911	rs3733276	T	C	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=54;PP=1800;SC=ACCTTAATACTGTGGAGGCTT;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=106;WE=39116919;WS=39116901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr4	39117103	rs3733277	G	A	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=253;SC=AAGAGGCAATGTTTAATTTTA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=39117111;WS=39117093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	39122577	rs3733274	A	G	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=17;PP=776;SC=CTGGCATAGTAGTGTTGACAT;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=39122585;WS=39122567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	39122697	rs3733275	C	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=466;SC=TTTAGTGCCCCGTTTTCTACA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=39122705;WS=39122687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	39128101	rs7694760	A	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=1;PP=525;SC=CCGTATTGACAGATGTGGGTA;SOR=5.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=39128109;WS=39128095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	39184297	rs148579854	AAG	A	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.596;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr4	39187521	rs111449236	TG	T	501.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.981;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr4	39187522	rs6839511	G	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr4	39205365	rs1451817	C	T	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=67;PP=2010;SC=ATCAAATCCACGTGCAAATCA;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=107;WE=39205373;WS=39205355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr4	39207318	rs17584431	A	G	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=35;PP=1123;SC=TTGCAGTATCACAGACTCTTA;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=39207326;WS=39207308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	39216221	rs2167494	C	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=6;PP=380;SC=TGTTTTTCAGCATTAAAATCC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=39216229;WS=39216211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	39216393	.	A	AT	168.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;MQRankSum=0.641;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,13:0.81:16
chr4	39226486	.	A	AT	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr4	39233977	rs11729098	G	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=610;SC=GGGTGCAGCCGCTCACGCCTC;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=39233985;WS=39233967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	39246229	rs190413634	G	A	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	39257671	.	T	C	281	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=15;PP=281;QD=17.5428451415;SC=AGGAAATATATGTAAATGCCA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=18;WE=39257679;WS=39257661;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,18:0.82:22
chr4	39259190	rs11096987	A	G	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	39271541	rs3733280	A	G	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=20;PP=1722;SC=GGGTCCATAGAATGTCCTCAG;SOR=1.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=39271549;WS=39271531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	39276623	rs11096989	A	AG	2388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=1178;SC=TATTTCTCAAAGTATTTCCAA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=39276631;WS=39276613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	39279671	rs56151655	C	CA	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr4	39279724	rs12648082	T	C	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=34;PP=1826;SC=TAAAGATGAATTTAACTCTTA;SOR=1.250;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=95;WE=39279732;WS=39279714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	39301605	rs2066788	G	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=9;PP=908;SC=CTTAGTAAAAGCAGAGCCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=39301613;WS=39301595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	39308187	rs2066789	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=5;PP=275;SC=TTATCTGTCCGACCACACTGT;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=39308195;WS=39308177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	39318706	rs2066790	A	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=12;PP=295;SC=TTTAAAATACATATCTAGAAA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=39318714;WS=39318696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	39329102	rs11096992	G	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	39353122	rs4975007	C	T	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	39448529	rs17618244	G	A	6555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=92;PP=2965;SC=CTCTACGACCGGCAGTTCAGG;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=72;TCR=92;TR=164;WE=39448550;WS=39448519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr4	39448542	rs7685429	C	G	6268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=93;PP=2965;SC=AGTTCAGGCCCTCACAGCGCG;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=75;TCR=93;TR=168;WE=39448550;WS=39448519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr4	39456392	rs1463478	G	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=16;PP=404;SC=AATTTAAAAAGCTAATCAAAT;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=39456400;WS=39456382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	39457870	rs3216720	T	TG	2126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=11;PP=904;SC=CACCAACAGTTTAAGTGTAAT;SOR=1.118;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=39457878;WS=39457860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	39458051	rs2125313	A	G	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=24;PP=1464;SC=CCCTGCGGATATATTTTTCAC;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=39458059;WS=39458041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	39459724	rs2687958	T	C	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=25;PP=973;SC=CACTGAACCTTAATTCGAAAA;SOR=0.743;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=50;WE=39459732;WS=39459714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	39460797	rs2687959	G	A	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	39478832	rs1048140	G	A	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=20;PP=565;SC=CAGTGGATGTGCCCCACCTCT;SOR=1.159;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=32;WE=39478840;WS=39478822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	39501722	rs35903165	CA	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.102;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr4	39505927	.	C	CA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=2.145;QD=0.41;ReadPosRankSum=2.053;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,15:0.18:82
chr4	39700173	rs1055582	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=6;PP=166;SC=CGCCGCCTTCCCCTCCCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=39700181;WS=39700163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	39747536	rs302931	A	G	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=158;SC=AGCTTTATGAATTGCTTACTG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=39747544;WS=39747526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	39757480	rs11389468	A	AT	835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=525;SC=CAGTAACTTTAAAAGTCTCTT;SOR=1.931;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=39757488;WS=39757470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	39827804	.	GTTT	G,GT	1265.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.195;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.60;ReadPosRankSum=-1.590;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,21,26:0.38,0.46:56
chr4	39851058	rs10664738	C	CAA	211.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr4	39864448	rs4547806	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=2;PP=372;SC=TGGATACATTGACAAAATATA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=39864456;WS=39864438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	39871117	rs34039605	G	GA	549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5349;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=145;SC=CTATTAGCATGAAAAAAAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=15;WE=39871125;WS=39871107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	39891783	.	T	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-1.068;SC=GGTTTTCAGGTATCTTTAGGA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=39891791;WS=39891773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr4	39910172	rs35396203	GA	G	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=36;PP=866;SC=TGTAATAAGAGAAAAAAAACT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=39;WE=39910180;WS=39910162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	39915454	rs11725674	G	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=21;PP=550;SC=GCTTATAACTGTGAGAAGTTT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=39915462;WS=39915444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	39918636	rs10001599	A	T	316.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.594;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr4	39921942	rs28449663	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=252;SC=TACATACATTAGCAATGCATG;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=39921950;WS=39921932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	40044833	rs28550618	C	A	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=8;PP=859;SC=AAGCCCTTCTCGTCCTGGGTC;SOR=2.303;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=43;WE=40044841;WS=40044823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	40045340	rs17439810	G	C	7791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=96;PP=2965;SC=TCCTGCTCCTGCCGGAAATAC;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=73;TCR=96;TR=169;WE=40045348;WS=40045330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr4	40045727	rs1704151	T	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=21;PP=672;SC=CTGGATGGCGTTCGGCGTCTT;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=40045735;WS=40045717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	40108750	rs1704154	C	T	145.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=3;PP=99;SC=GACAGGGTCTCGCTGTGTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=40108758;WS=40108740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	40115239	rs4974962	A	T	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=25;PP=800;SC=TTGTAACTTAATTTCTATTGC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=40115247;WS=40115229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	40121562	rs794001	G	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=7;PP=299;SC=CCCAAGAGACGATGAAGATAT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=40121570;WS=40121552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	40350763	rs10029872	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=197;SC=ATTCCAGACTTCCGAGCCACA;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=40350771;WS=40350753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	40356422	rs10009228	A	G	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=41;PP=1397;SC=AAGGCCACCAATTCCAAGGGG;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=40356430;WS=40356412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	40428010	rs278981	T	C	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=23;PP=905;SC=CCTCCATACATGGCGGCCGCG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=40428018;WS=40428000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	40435004	rs4861002	G	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=6;PP=166;SC=TTGAGACAGGGTCTCACTCTG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=40435012;WS=40434994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	40438576	rs2307046	A	G	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=45;PP=1675;SC=ATATACCACGACCAGCAGAAT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=40438584;WS=40438566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	40438931	rs12503550	T	C	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=38;PP=1225;SC=AAAACATTCATAGACTACCCA;SOR=1.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=40438939;WS=40438921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	40440215	rs2291580	T	C	10683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=132;PP=2965;SC=CGATCTCAGGTTCGGCCCAGT;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=120;TCR=132;TR=252;WE=40440223;WS=40440205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr4	40440854	rs1052153	G	C	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=87;PP=2204;SC=GCACCTTGGCGGAGGACCCGG;SOR=1.361;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=45;TCR=87;TR=132;WE=40440862;WS=40440844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	40504072	rs190144655	G	A	3737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=36;PP=1673;SC=TGGCCTGCTTGAAGGTTTCCA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=40504080;WS=40504062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	40778146	rs2465570	C	T	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=18;PP=597;SC=TCAATACAGGCTCATGGTACA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=40778154;WS=40778136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	40778162	rs2437323	T	G	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=20;PP=678;SC=GTACACAGTTTCCCACATGTC;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=40778170;WS=40778152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	40788544	rs2953325	A	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=8;PP=785;SC=CAAGATTTGAAGAACTCATTG;SOR=2.242;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=37;WE=40788552;WS=40788534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	40809207	rs113167696	GA	G	936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=20;PP=512;SC=GGGAGGTAAGGAAAAAAAATC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=40809215;WS=40809197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	40810747	rs2261167	A	G	6185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=69;PP=2874;SC=GAAACCCATCAAGATTGTTCT;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=78;TCR=69;TR=147;WE=40810755;WS=40810737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr4	40825819	rs3841555	TA	T	2276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=30;PP=1391;SC=TAAAGCCACTTACCACACTCA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=31;WE=40825827;WS=40825809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	40832363	rs2437343	C	T	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=196;SC=AACAATCTGCCTACTTCTCCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=40832371;WS=40832357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	40844199	rs1865605	T	C	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=30;PP=1445;SC=GGAACGCAGATGCAATTCCAG;SOR=1.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=84;WE=40844207;WS=40844189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	40895552	rs6447505	G	C	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=289;SC=GCTTCATTATGTTCAATCATC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=40895560;WS=40895542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	40937219	rs5857759	GA	G	558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;MQRankSum=0.521;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chr4	41015899	rs4861358	C	T	4385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=63;PP=2107;SC=GTGATTGCCTCGGTTCTGCTC;SOR=0.918;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=110;WE=41015907;WS=41015889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	41526250	rs10014221	G	A	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=491;SC=CCAACTTGATGTTGGCAAAGC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=25;WE=41526258;WS=41526240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	41526503	rs4266323	C	T	5778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=85;PP=2679;SC=CTGGTGAGTACGTGGAATTGA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=53;TCR=85;TR=137;WE=41526511;WS=41526493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr4	41607754	rs11943304	T	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=371;SC=TTAAAGTGATTTTACATTTAA;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=41607762;WS=41607747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	41611575	rs1105886	A	G	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=31;PP=1151;SC=AATGTTGAGCAGTAAAAGAGA;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=67;WE=41611583;WS=41611565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	41615249	rs66955637	A	AT	156.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=236;SC=TTATTTGGGGATTTTTTTAAA;SOR=2.833;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=41615257;WS=41615239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	41615690	rs13146318	T	A	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=49;PP=1286;SC=TAGGTTGGAGTCTTAATAAAC;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=60;WE=41615698;WS=41615680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	41629036	.	G	GGT	207.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-2.093;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr4	41648767	rs148133956	G	A	6425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=26.23;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr4	41984118	rs2660320	C	T	8173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=89;PP=2965;SC=GCATCATCAGCCTGCGAACTC;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=105;TCR=89;TR=194;WE=41984126;WS=41984108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr4	41985101	rs2660332	A	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=571;SC=CGTGTTGTATATAGATCGCAT;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=41985109;WS=41985091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	41992677	rs2581434	C	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	42003671	rs1047626	A	G	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr4	42003835	rs2581453	C	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=466;SC=TTTCTGTATACTGGAATAGTT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=42003843;WS=42003825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	42020142	rs2581423	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=8;PP=198;SC=AGGTATAGGCACAGAACTCAA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=42020150;WS=42020132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	42020347	rs2581422	A	G	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=86;SC=ATTCTCTTACATATAAACTAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=42020355;WS=42020337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	42022464	rs15857	C	A	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=200;SC=GGGAGTATGGCTCAAAGTACA;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=42022472;WS=42022454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	42024982	rs13107768	A	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=470;SC=AAAAGTGCAAACCAAATTTTG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=42024990;WS=42024972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	42025049	rs3213766	A	G	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	42025207	rs3213767	A	G	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=275;SC=ATGTTTCTCCAAAAGCACCTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=42025215;WS=42025197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	42040947	rs12641900	C	T	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	42051257	rs7684837	A	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=306;SC=TGTTGGCATTATAGGTGTGAG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=42051265;WS=42051247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	42051608	rs4241696	T	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=175;SC=GCTTGTGGGATAAAATAAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=42051616;WS=42051598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	42065269	rs3804190	A	G	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=238;SC=GTAGGGTTATATATCTATAGT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=42065277;WS=42065259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	42069029	rs12643893	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=9;PP=706;SC=TGGATACTTATTAAAATGTTA;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=42069037;WS=42069019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	42069331	rs11409064	C	CA	287.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=251;SC=ATGTTAATTCCTACTAATCAT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=42069339;WS=42069321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	42127762	.	G	GT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr4	42400112	rs11733156	G	T	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=20;PP=1013;SC=TCCTTGGCTGGCTGCGCTGGG;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=42400120;WS=42400102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	42448789	rs35005173	T	TA	134.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.23;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	42557859	rs73235601	C	A	174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=104;SC=AACTAACTAACTAAATAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=42557867;WS=42557849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	42571074	rs6845603	A	T	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.30;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	42582047	rs6447171	A	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=314;SC=ATGATTTAGCAATCTATACTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=42582055;WS=42582037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	42592935	rs3833615	C	CA	1601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.497;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.422;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,93:0.85:109
chr4	42596461	rs77305935	TAC	T	357.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=351;SC=AAGCATAGAATACACAGTAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=42596470;WS=42596451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	42602606	rs6819419	A	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=11;PP=320;SC=ATGAAATAATAATTTTAAACG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=42602614;WS=42602596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	42617935	rs10003317	A	G	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=138;SC=AATCTACCCCAAAACAAAAAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=42617943;WS=42617925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	42618021	rs113477520	T	TA	958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=368;SC=GTTTGACAAATATGAGAAAAA;SOR=0.765;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=9;WE=42618029;WS=42618011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	42618138	rs10033628	A	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=265;SC=AAATGTGAATAAGATTACTAA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=42618146;WS=42618128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	42626659	rs11306052	GA	G	489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.442;QD=15.30;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr4	42627805	rs1460358	A	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=226;SC=TCTGTTACTAACATATAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=42627813;WS=42627795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	42639186	rs898500	A	G	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	42965159	rs10213360	A	C	5772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.239;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=79;PP=2213;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GGGGTAAGTAAGCTGCCCAGG;SOR=0.404;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=145;TCF=66;TCR=79;TR=143;WE=42965167;WS=42965149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,233:1.00:234
chr4	43032612	rs4861050	G	A	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=30;PP=844;SC=CAATACTTTGGTTTATATATA;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=43032620;WS=43032602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	44652187	rs1113098	C	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=235;SC=TATTTACAAACATCAAATGAC;SOR=3.258;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=44652195;WS=44652177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	44682465	rs6447368	T	C	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=12;PP=603;SC=TAGGAAAAACTTGACATGTCT;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=44682473;WS=44682455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	44684455	rs13117025	C	T	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=19;PP=594;SC=AACAGTGTTGCTATTTCACTT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=44684463;WS=44684445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	44684507	rs9291245	C	T	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=150;SC=TTGTACTATTCATTATATGAG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=44684515;WS=44684497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	44685224	rs112232487	T	TA	997.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	44685225	rs58659516	T	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	44690320	rs1491304	A	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=195;SC=GTTTATAATTACATATGTGTG;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=44690328;WS=44690310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	44691795	rs11373408	T	TA,TAA	1213.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.691;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:18,53,24:0.56,0.25:95
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chr4	44699484	rs6851576	T	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=11;PP=325;SC=TTGTATTTATTCTACTTTATA;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=44699492;WS=44699474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	44699506	rs6821295	C	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=304;SC=CTTTTATGGGCTTTAAATCAA;SOR=1.002;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=44699514;WS=44699496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	44700453	rs1547526	G	C	182.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.73;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	44700454	rs77375257	G	A	182.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.58;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	44709695	rs1491302	C	T	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=192;SC=GAGATTTAACCCCACAGTCAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=44709703;WS=44709688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	44712908	rs3749582	T	C	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=11;PP=1149;SC=GCATCATAACTCCTCCAAAAT;SOR=2.035;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=44712916;WS=44712898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	44713235	rs1124828	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=460;SC=GAACAAAAAAAAAATCACCTT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=44713243;WS=44713225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	44719048	rs1873522	A	T	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=255;SC=TACATTACACAATGGGAAGAT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=44719056;WS=44719038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	44720248	rs3792705	T	A	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=165;SC=CAAATATACTTGTATTCTAAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=44720256;WS=44720238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	46263862	rs35496835	A	AG	1525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=7;PP=1121;SC=CTTTAATGTCAGTTTTTAGAA;SOR=2.376;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=25;WE=46263872;WS=46263852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	46263864	rs10938435	T	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=7;PP=759;SC=TTAATGTCAGTTTTTAGAAAC;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=35;WE=46263872;WS=46263852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	46334494	rs11503016	A	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=77;SC=AACATCTTTAACTATCCATGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=46334502;WS=46334484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	46388044	rs11503015	A	G	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=7;PP=723;SC=CTTAACTTTTAAAGGCATTAT;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=32;WE=46388052;WS=46388034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	46390865	rs11503014	C	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=381;SC=TTCCTGGACTCTGTGTAGGAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=46390873;WS=46390855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	46967279	rs2055943	C	A	4775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=83;PP=2390;SC=GACAAAACACCTTACCATCAT;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=41;TCR=84;TR=124;WE=46967287;WS=46967269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	46994972	rs34464680	G	GA	837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=10.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.688;QD=14.44;ReadPosRankSum=1.147;SOR=2.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,50:0.86:58
chr4	46995366	rs2229940	G	T	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.73;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,154:0.99:156
chr4	47034104	rs6847977	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=7.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=2.287;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr4	47034145	rs72109821	G	GCA	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=13;PP=459;ReadPosRankSum=-0.619;SC=TATACCCTGGGCACACACACA;SOR=0.269;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=14;WE=47034153;WS=47034135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	47322190	rs4482737	T	C	4496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=56;NR=39;PP=1763;SC=AAGATATCCATTGGATGAGCA;SOR=0.851;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=95;WE=47322198;WS=47322180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	47408665	rs6287	A	G	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=51;NR=30;PP=1465;SC=TAATAGTGGCACCTTCAGCTA;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=81;WE=47408673;WS=47408655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	47524997	.	CT	C	401	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.9996;HP=14;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=59.59;NF=7;NR=3;PP=401;QD=40.7;SC=ACTTGATATTCTTTTTTTTTT;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=10;WE=47525017;WS=47524987;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:35,10:0.22:45
chr4	47525009	rs5858076	T	A	1746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	47538360	rs13152689	T	C	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=3;PP=617;SC=CCAACCAAAATGAATACTCTC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=47538368;WS=47538351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	47560403	rs62298023	T	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=661;SC=CTAATCACATTTGGTGAAGTA;SOR=3.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=27;WE=47560411;WS=47560393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	47565481	rs6842801	G	C	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=3;PP=185;SC=GAGCAGCTGGGCAGTTTATGT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=47565489;WS=47565471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	47565862	rs71951443	TA	T	402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=13;PP=254;SC=ATGCAAGGATTAAAAAAAAAA;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=47565870;WS=47565852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	47582387	rs2351791	A	C	12862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=117;PP=2965;ReadPosRankSum=0.245;SC=TAATCTTACTACCTCCCCGTT;SOR=0.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=153;TCR=120;TR=269;WE=47582395;WS=47582377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,492:1.00:494
chr4	47584046	rs1058793	G	A	8546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=116;PP=2965;SC=TCTGTTCATCGTTCTCCTCCA;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=91;TCR=117;TR=207;WE=47584054;WS=47584036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr4	47597654	rs3749584	C	G	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=198;SC=TGCTTCTGTACAGCTCTCTGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=47597662;WS=47597644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	47667064	rs11934749	T	C	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=31;PP=1152;SC=AGGAGGGATATGCTCGCCTGT;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=47667072;WS=47667054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	47679928	rs2271036	T	C	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=35;PP=1220;SC=AGTAAAGGAATGTTCTGGGGT;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=77;WE=47679936;WS=47679918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	47680085	rs2271037	T	G	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=35;PP=1070;SC=GGAAGGACCATAACAATATTC;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=47680093;WS=47680075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	47682174	rs10517195	A	G	9013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=133;NR=108;PP=2965;SC=TGACCTCGTCAGACTTATCCA;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=243;TCF=134;TCR=109;TR=241;WE=47682182;WS=47682164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr4	47896057	rs73244439	T	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=5;PP=378;SC=AAGCTTAATCTAGAATATTTA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=47896065;WS=47896047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	47905158	rs2119204	A	G	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=12;PP=696;SC=TGACAAGAGCAAAACTCCATC;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=47905166;WS=47905148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	47916346	rs6826122	C	G	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=23.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	47944029	.	CAA	C,CA	827.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.842;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=5.221;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.430;QD=16.23;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,32,14:0.63,0.27:51
chr4	47945455	rs6819506	C	G	114.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=37;SC=ATATATCTGTCACATAATCAC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=47945463;WS=47945445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	47951945	rs1972883	G	A	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr4	47953515	rs3845160	A	T	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=19;PP=711;SC=CAGAGAGAGAAGAGTTAATGT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=47953523;WS=47953505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	47973171	rs2053407	G	A	162.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.20;QD=20.35;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	47973185	.	T	TTGTGTG	207	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=38;MMLQ=27;MQ=58.38;NF=0;NR=3;PP=207;QD=70.0;SC=ATATCTATATTTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=47973193;WS=47973161;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chr4	47973222	.	G	A	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.9999;HP=1;HapScore=4;MGOF=43;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=26;QD=30.3856062736;SC=TGTGCTGTGCGTAAAGGAGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=47973242;WS=47973212;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	47973234	.	T	G	27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=0.9999;HP=3;HapScore=4;MGOF=43;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=27;QD=30.8856062736;SC=AAAGGAGTGGTGAGAATCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=47973242;WS=47973212;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	48037926	rs13116684	A	G	7608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=94;PP=2965;SC=TTGCTCTGCCATCTTATTCCA;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=89;TCR=95;TR=183;WE=48037934;WS=48037916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr4	48073501	rs906486	G	T	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=40;PP=1719;SC=TGCTGGGACTGCCAACCTTCA;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=48073509;WS=48073491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	48078593	rs6850108	C	A	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=51;PP=1536;SC=TCTGTGTGTACCGCCAAGTCA;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=81;WE=48078601;WS=48078583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	48081896	rs11358014	CA	C	1290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.14;MQRankSum=0.330;NF=18;NR=17;PP=567;ReadPosRankSum=0.169;SC=AGGTATGATACAAAAAAAAAA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=35;WE=48081904;WS=48081886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,68:0.93:73
chr4	48082208	rs2352590	T	C	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=39;PP=1095;SC=TGTTTGAACATAACTGGTAGT;SOR=1.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=48082216;WS=48082198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	48088446	rs6858664	A	G	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=20;PP=1179;SC=ACACCAGGGCATGGTATGATA;SOR=1.298;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=48088454;WS=48088436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	48139565	rs2661529	C	A	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=36;PP=1025;SC=ATCCATTCCACAAAACCTCTC;SOR=1.409;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=50;WE=48139573;WS=48139555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	48147612	rs2661547	T	G	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=55;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.812;SC=GGACAGAAAGTGAAAGTGTTC;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=73;WE=48147620;WS=48147602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr4	48148435	rs3749503	G	A	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=59;PP=1786;SC=CAAAGAAAGCGTTGCAGTCAA;SOR=0.918;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=99;WE=48148443;WS=48148425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	48158524	rs882715	G	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=246;SC=CTAGAAACTGGATTTGTCAGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=48158532;WS=48158514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	48165757	rs16861083	G	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=13;PP=490;SC=TTCCCGTTACGTAATTACTTG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=48165765;WS=48165747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	48165888	rs139950746	CTTA	C	391.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=309;SC=TTGCTTAAAGCTTATTATAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=48165898;WS=48165878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	48169769	rs7689953	A	G	7795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=68;PP=2873;SC=CCCACTGCATATCACACACAT;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=84;TCR=68;TR=152;WE=48169777;WS=48169759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr4	48170669	rs2243840	A	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=15;PP=437;SC=ACAAAAACAGATTAAAATGCT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=48170677;WS=48170659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	48385022	rs189171239	A	T	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=23;PP=655;SC=TCTCTAGGAAAAAAATTTTCA;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=48385030;WS=48385012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	48486193	rs6845250	C	G	5904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr4	48487297	rs7676578	T	A	350.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	48491010	rs3811759	A	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=23;SC=TCATATTTATAGCCTGTGGTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=48491018;WS=48491000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	48492434	rs10008444	G	C	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=21;PP=767;SC=GCTGGCAGCAGCGCGGCAGGG;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=48492442;WS=48492424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	48494708	rs35912975	A	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=7;PP=651;SC=AATATCAAGTAGATCCTTCCC;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=48494716;WS=48494698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	48496368	rs17472127	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=267;SC=AAGGCAGTGTATTCTGAAAAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=48496376;WS=48496358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	48516970	rs7434721	C	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=229;SC=TAAACTGAAACAGAGGGGCAC;SOR=1.931;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=48516978;WS=48516960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	48517352	rs7661515	C	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=367;SC=TTTTACAACACAATAAATAAG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=48517360;WS=48517342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	48529683	rs11356838	TA	T	353.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr4	48529733	rs4695385	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=14;PP=349;SC=TGCGTATGAGGTATCAGTACC;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=48529741;WS=48529723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	48537603	rs3838234	T	TACAC	677.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.67;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr4	48547041	rs952289	A	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=28;PP=822;SC=TAAATAGGTCACAGTCTACTA;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=48547049;WS=48547031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	48558882	rs4694898	C	T	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=0;PP=665;SC=GTCTTCATCCCGGCCCTTGCC;SOR=4.332;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=48558890;WS=48558874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	48565101	rs13138269	A	T	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=197;SC=GCTTATAGGCATCTATCTTCT;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=48565109;WS=48565091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	48577121	rs28558226	C	T	5269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=68;PP=2247;SC=AAAAAATGTACGAACATAGTT;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=128;WE=48577129;WS=48577111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	48582836	rs4695390	A	T	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=28;PP=1387;SC=TGTGTCTGTCATAAGTCTCAA;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=76;WE=48582844;WS=48582826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	48588742	rs34558821	C	T	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=56;PP=1803;SC=GTTTTCTTTCCCCCCTGAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=100;WE=48588750;WS=48588732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	48607938	rs2940319	T	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=4;PP=172;SC=GAACACTCTGTCATTTTACCA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=48607946;WS=48607928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	48611149	rs2354348	A	G	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.58;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	48611153	rs776603	A	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	48611639	rs5858122	G	GA	244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.603;QD=17.48;ReadPosRankSum=1.163;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr4	48625213	rs776579	C	A	488.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.84;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,26:0.90:29
chr4	48655635	rs776580	T	A	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=499;SC=AACAGCTTTTTATCTATTTGG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=48655643;WS=48655625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	48655824	rs141132438	AAGCAGC	A	1723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=1395;SC=TCAGCTGCAAAAGCAGCAGCA;SOR=0.902;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=21;WE=48655837;WS=48655814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	48851937	rs3761729	C	T	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	48988705	rs2572344	G	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=154;SC=TCTGCGAGGCGCCCGCGAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=48988713;WS=48988695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	48990476	rs10537617	CT	C	760.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.188;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,58:0.74:78
chr4	48994138	rs28678278	G	T	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=45;PP=1280;SC=TTTTCTCTTTGCAGAGCTTAC;SOR=1.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=69;WE=48994146;WS=48994128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	49019232	rs28610228	T	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=12;PP=430;SC=TTATTTATTTTAAAAAAACCC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=49019240;WS=49019222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	49063872	rs1051447	C	A	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=7;PP=280;SC=AAACAACCATCATTTTCATAT;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=49063880;WS=49063862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	52709954	.	C	T	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	52753273	.	C	CT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr4	52896050	rs225170	A	G	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=36;PP=1116;SC=ACACAAGTCCACTGTTGGTAG;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=52896058;WS=52896040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	52927113	rs999634	C	A	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=45;PP=1476;SC=TGAGATAAAACGAATCAGAAA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=72;WE=52927121;WS=52927103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	52927229	rs784944	A	G	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=485;SC=TTGAACAGGTAGAGATCAGAC;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=52927237;WS=52927219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	52928352	rs34989037	GT	G	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.077;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr4	52938243	rs3860707	T	C	2625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=22;PP=1101;SC=AGAAGCCATGTCCGATTATAA;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=56;WE=52938251;WS=52938233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	52942779	rs55839120	G	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=372;SC=CAGAAGTCTGGTACCAGATGC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=52942787;WS=52942772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	52945799	rs7689145	C	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=0;PP=543;SC=CTTTAACTTGCTTTGGCTCAC;SOR=4.548;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=24;WE=52945807;WS=52945789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	52946161	rs7657148	A	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=24;PP=649;SC=AAACAATTTAAGGAAAAGAAC;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=52946169;WS=52946151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	52951213	rs10556262	CT	C	717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,44:0.94:47
chr4	52960908	rs3214049	T	A	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=33;PP=1421;SC=GCAGGTCCCATGGGTCATGTA;SOR=0.905;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=74;WE=52960916;WS=52960898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	53822307	rs301093	A	G	8107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=127;NR=103;PP=2965;SC=CCAGAGCTCTAAATCTGGAAG;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=233;TCF=127;TCR=106;TR=230;WE=53822315;WS=53822297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr4	54011424	rs4864727	C	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=13;PP=1040;SC=CCTCCTCTTCCCAAAACAGTA;SOR=1.938;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=54011432;WS=54011414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	54218736	rs75757991	G	A	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=7;PP=637;SC=GACAGAGAAAGATAAGATGAC;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=54218744;WS=54218726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	54245476	rs1471596	A	T	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=158;SC=GGTTGTGTGAAACAATGGTTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=54245484;WS=54245466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	54250189	rs10012853	T	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=469;SC=TCATCATGAATATACTTCTTT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=54250197;WS=54250179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	54280705	rs10719406	GA	G	342.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.510;QD=12.24;ReadPosRankSum=-1.019;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr4	54310188	rs11722866	A	G	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=18;PP=687;SC=TGTACCAGACATAAAAATATA;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=54310196;WS=54310178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	54310281	rs11723755	T	G	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=32;PP=1021;SC=GTAAGTAGTATTATTTAGATG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=63;WE=54310289;WS=54310271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	54310340	rs59279367	TA	T	1104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=26;PP=968;SC=TTTAAAGCAATAAAAACGTGT;SOR=1.556;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=54310348;WS=54310330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	54325444	rs34707349	C	CT	159.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.135;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr4	54327211	rs60909872	T	TA	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.283;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,16:0.22:72
chr4	54327235	rs3811785	T	C	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.92;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	54327584	rs3765158	A	G	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=5;PP=721;SC=AGTATTTTTGATTAGTCATTA;SOR=2.059;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=54327592;WS=54327574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	54362150	rs6836800	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=7;PP=487;SC=GCTCATGTCCGGGGTTTCTGA;SOR=1.708;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=23;WE=54362158;WS=54362140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	54373759	.	T	A	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=81;SC=GGTAGGATTGTAGAATTTGCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=54373767;WS=54373749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	54852693	rs201460622	CTTTTA	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	54876131	rs68107873	AC	A	140.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr4	54876132	rs4437313	C	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr4	54915527	rs75090248	T	C	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=137;SC=GCCAAAAATGTAGACCATTTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=54915535;WS=54915517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	54930269	rs139920029	CAG	C	1008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=741;SC=CAGACGGACACAGGGGAAACG;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=54930278;WS=54930259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	54966667	rs3194383	C	T	9524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=111;PP=2965;SC=GCTGCCCGTCCCGCAAGAGCG;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=93;TCR=112;TR=203;WE=54966675;WS=54966657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr4	54966830	rs13144341	G	A	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=47;PP=1756;SC=TCTGCTTAAGGGCCAGTTCTC;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=82;WE=54966838;WS=54966820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	54966919	rs1132998	T	C	4939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=44;PP=2145;ReadPosRankSum=0.724;SC=AGCACCACCATCACCATCATC;SOR=0.539;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=108;WE=54966927;WS=54966909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,193:0.98:196
chr4	54967214	rs6554148	C	T	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=757;SC=TTAGTGTAACCGTAGAGTCAG;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=54967222;WS=54967204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	54967709	rs2278142	C	A	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=15;PP=727;SC=AGCACCTTGCCCGAGCCTTAC;SOR=1.094;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=39;WE=54967717;WS=54967699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	55131001	.	T	TA	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.268;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr4	55141055	rs1873778	A	G	6034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=66;PP=2611;SC=CAATCAGCCCAGATGGACATG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=140;WE=55141063;WS=55141045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr4	55146406	rs6148442	T	TTGTAGGTCCCCCAG	897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=2900;SC=ACCTGGCACATAATCATCATC;SOR=5.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=55146414;WS=55146405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	55151711	rs2412559	C	A	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=57;PP=1769;SC=GGAGTGTGGACGGAGATGCTA;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=55151719;WS=55151701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	55151958	rs3830355	T	TA	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=7;PP=1247;SC=GGTGATGCTATTCAGCTACAG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=55151966;WS=55151948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	55152284	rs4864872	T	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=425;SC=TTGCCCAGGTTTGAGTGCCAG;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=55152292;WS=55152274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	55153837	rs7695657	A	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=669;SC=TGCTGCAGCCACCTCAAACCA;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=55153845;WS=55153827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	55156380	rs4864506	G	A	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=2;PP=638;SC=GTAGTTTGGAGATATGTACAG;SOR=3.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=55156388;WS=55156370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	55156400	rs2276948	A	G	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=7;PP=1164;SC=GTTAAATAATAGTAAGTTCTG;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=49;WE=55156408;WS=55156390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	55161254	rs3733540	C	T	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=27;PP=1131;SC=TAGTTCTGTGCAGGAGTTGTA;SOR=1.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=71;WE=55161262;WS=55161244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	55161391	rs7685117	T	C	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=46;PP=1247;SC=ACATGATGGATGACATCGGCA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=82;WE=55161399;WS=55161381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr4	55524304	rs999020	T	C	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=49;PP=1287;SC=AGCCTGTGCCTGGGAGGGTGG;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=55524312;WS=55524294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	55599436	rs1008658	T	C	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=29;PP=859;SC=TTTCCTGTGATTTTCATAATG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=55599444;WS=55599426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	55946081	rs4421048	A	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=295;SC=TGTGATGTCCAGGAGTTGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=55946089;WS=55946071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	55948108	rs2412617	A	G	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=12;PP=664;SC=TCTTTTTAATATGGCTGAGTC;SOR=1.249;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=38;WE=55948116;WS=55948098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	55976947	rs5858314	T	TA	232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.653;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	56262374	rs1128141	A	G	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=31;PP=1330;SC=CCGCGGCTCCAGGGAACGGCC;SOR=1.077;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=56262382;WS=56262364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	56290496	rs6828454	C	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=0;PP=785;SC=TGGGTTATTTCAACTTTTAGG;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=56290504;WS=56290495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	56290558	rs11732723	C	T	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=20;PP=1188;SC=CATTACACCTCTCATAAATTT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=59;WE=56290566;WS=56290548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	56290573	rs6810483	T	C	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	56291479	rs7677952	C	T	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=21;PP=1273;SC=GCTCCCTTTTCATTTTGTACA;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=61;WE=56291487;WS=56291469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	56291528	rs7660517	T	C	4376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=25.59;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	56291620	rs35154686	CAA	C	4882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=51;PP=2483;SC=TGGTTTTTAACAAGCTGTTTG;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=5;TCR=51;TR=56;WE=56291629;WS=56291610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	56309992	rs3736544	A	G	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=35;PP=974;SC=GTTGCTGGATATTAGATGAAT;SOR=1.340;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=56310000;WS=56309982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	56314759	rs146390682	GCA	G	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.70;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	56314761	.	A	G	215	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=59.12;NF=5;NR=0;PP=215;QD=49.9542425094;SC=GCGCGCGCGCACGCGCGCGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=56314785;WS=56314750;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,5:0.45:11
chr4	56314766	.	CGCGTGTGTGTGT	C	531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=40.90;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	56319088	rs4864996	A	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=248;SC=ATAAGTAGTAAAGTATAATCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=56319096;WS=56319078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	56319105	rs2412647	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=0;PP=318;SC=ATCACATCCCCGTTATAAGTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=56319113;WS=56319095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	56322244	rs10529254	TG	T	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.13;MQRankSum=0.856;QD=15.98;ReadPosRankSum=1.446;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr4	56329773	rs1522112	T	C	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=6;PP=429;SC=TAAAGAAGTCTGTATTTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=56329781;WS=56329763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	56337041	rs3805151	T	C	282.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=203;SC=AAATAAAAATTTGAGATAAAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=56337049;WS=56337031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	56342326	rs9312661	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=572;SC=GATGACAACCGTAGGCATTAA;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=56342334;WS=56342316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	56423002	rs71194590	G	GT	59	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=52;SC=TTATTTATAGGTTTTTTTTTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=56423010;WS=56422992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	56428820	rs2279458	C	T	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=516;SC=AATAAATGGGCTACTCATCTC;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=56428828;WS=56428810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	56447146	rs34437483	GA	G	65	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=2;PP=63;SC=TCAATGTCTAGAAAAAAACCG;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=56447154;WS=56447136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	56465418	rs1387198	T	C	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=27;PP=753;SC=AGAAACAGATTGATGATTTAG;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=56465426;WS=56465408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	56471551	rs3805382	A	G	5859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=71;PP=2413;SC=GAATAAGTGCATGGCTTCTCA;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=141;WE=56471559;WS=56471541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr4	56502094	rs35772728	G	C	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=55;SC=GGCGACCTGTGCCTGGGAGGC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=56502102;WS=56502084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	56502304	rs35771241	G	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=9;PP=369;SC=GAGCGGGGACGCCGCGGCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=56502312;WS=56502294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	56730304	rs73238374	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=25;SC=TCATTTTCCAAAAACAGCGTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=56730312;WS=56730294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	56734701	rs3213948	C	T	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=50;PP=1488;SC=TAAGACTTTCCTGAATTCTAT;SOR=1.289;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=56734709;WS=56734691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	56737489	rs73238378	G	A	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=39;PP=1092;SC=AAATACATGAGACAAGTGGTT;SOR=1.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=52;WE=56737497;WS=56737479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	56756531	rs2290016	T	C	4340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=54;PP=1515;SC=TCGATGTTGCTGACAGGACCA;SOR=0.907;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=92;WE=56756539;WS=56756521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	56763170	rs10014018	A	G	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=3;PP=45;SC=ATATCTTATAATCTTTTTTAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=56763178;WS=56763160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	56835413	rs1811473	C	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=159;SC=ATCAACATGGCGAAACCCCGT;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=56835421;WS=56835403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	56877724	.	G	GT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr4	56877725	rs191768874	G	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.55;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	57176710	rs13123803	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=245;SC=CTGGCTCTCTGAGGCCAGCTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=57176718;WS=57176700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	57176965	rs5858374	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=6.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=2.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr4	57180563	rs59615456	G	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=11;PP=229;SC=GGAAGCGCCAGGTTGGGAGGA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=57180571;WS=57180553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	57181629	rs61750793	C	T	8798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr4	57181632	rs7672073	G	C	8791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr4	57181995	rs3796547	C	T	5872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=76;PP=2965;SC=CCGGAGAAGTCGGAGATGCAC;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=160;WE=57182003;WS=57181985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr4	57182647	rs3822003	G	A	10055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=126;PP=2965;SC=CTCGCCGAGCGGGGAGGCCGG;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=96;TCR=126;TR=220;WE=57182655;WS=57182637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr4	57182758	rs28559894	C	T	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr4	57261372	rs34605681	G	GA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.976;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.239;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr4	57314905	rs11549976	A	C	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=426;SC=TAACCACCAAAGAAATTGTTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=57314913;WS=57314895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	57425443	rs7677956	G	A	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=2;PP=365;SC=CTCCACTCCAGCCTGGGCAAC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=57425451;WS=57425433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	57425520	rs76480778	A	AT	914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=351;ReadPosRankSum=0.079;SC=CTAGCAATCAATTTTTTTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=26;WE=57425528;WS=57425510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr4	57458942	rs6858341	C	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=349;SC=AGCAGCAGTGCCGGCGGGGAC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=57458950;WS=57458932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	57686807	.	G	GT	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.283;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr4	57797414	rs3796529	C	T	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=41;PP=1774;SC=CAGAGGGAGCCACCTCCTCCC;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=95;WE=57797422;WS=57797404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	57798189	rs2227901	G	A	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=61;PP=2348;SC=CAGTCAAAGCGGCTAAGGGAG;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=115;WE=57798197;WS=57798179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	57830501	rs9996331	G	A	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=1115;ReadPosRankSum=-1.089;SC=ACAAAGTGCTGGGATTACAGG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=55;WE=57830509;WS=57830491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,66:0.97:68
chr4	57839280	rs57265257	A	T	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=11;PP=980;SC=AAGAAAAAGAAAGTAAATGTT;SOR=1.961;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=47;WE=57839288;WS=57839270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	57843320	rs4865167	A	G	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1942;ReadPosRankSum=0.306;SC=GCTCTGCCCCACAGCCCGAGC;SOR=0.243;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=96;WE=57843328;WS=57843310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr4	57857188	rs3733309	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=22;PP=650;SC=TACTTACAGCACCGTCAATCA;SOR=3.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=57857196;WS=57857178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	57861117	.	G	A	138	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=26;MQ=58.79;NF=2;NR=5;PP=138;QD=24.6816017925;SC=AAAAAAGAAAGAAAGATTTTC;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=57861125;WS=57861107;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	57871748	rs71657247	C	CTT	1078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.04;QD=25.68;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	57883175	rs1718866	G	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=4;PP=389;SC=TAAAATACTTGAGGAAGTAGA;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=57883183;WS=57883165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	57889332	rs1718862	G	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	57889677	rs1056364	C	T	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=41;PP=1456;SC=TCAGAACTAGCGAGACGGGCA;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=75;WE=57889685;WS=57889667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr4	62382943	rs335311	A	G	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=6;PP=504;SC=GGCGGCAGAGAGCAGCCTTGG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=62382951;WS=62382933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	62383315	rs335312	G	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=283;SC=GGAAATGCCCGAAATGTGTCT;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=62383323;WS=62383305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	62445246	rs10018746	T	C	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=26;PP=1080;SC=GCTGCTTTTTTAGGCAATCCT;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=62445254;WS=62445236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	62449316	rs3075153	GTA	G	2749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=15;PP=1733;SC=TTCACTAGCTGTATGTTTGAT;SOR=1.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=62449325;WS=62449306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	62453209	rs2172802	A	G	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=22;PP=560;SC=AACCTTCAACATCAATCTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=62453217;WS=62453199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	62542879	rs1391319	G	C	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=166;SC=ATATGAATACGTGTTCTAACA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=62542887;WS=62542869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	62598689	rs10434219	C	T	5322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=77;PP=2541;SC=AGCTCCCTCACAGGGTGGATG;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=136;WE=62598697;WS=62598679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	62599289	rs9312082	G	A	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=55;PP=1480;SC=TCAACCTTTTGTGGTACTCTT;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=72;WE=62599297;WS=62599279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr4	62758251	rs7691112	A	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=2;PP=638;SC=ATCAGGTTGAAGACTTCTAGA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=62758259;WS=62758241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	62775479	.	ATG	A	378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	62775485	rs201167151	G	A	117.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.59;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	62800554	rs2305339	G	A	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=25;PP=1202;SC=TCATCCTCTTGTAGGCAATGG;SOR=1.053;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=69;WE=62800562;WS=62800544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	62800728	rs734644	T	C	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=914;SC=TCAGGGAGAATACAGACAATA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=62800736;WS=62800718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	62845388	rs1397547	G	C	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=31;PP=1348;SC=GCTTTTTCCGGGGGCTCCAGA;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=81;WE=62845396;WS=62845378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	62845490	rs1397548	A	G	5706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr4	62861941	rs17226398	G	C	6790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=64;PP=2161;SC=CTCTGTCACAGGTTCACTCTT;SOR=0.777;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=138;WE=62861949;WS=62861931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr4	62861964	rs56038622	A	T	7544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=71;PP=2815;SC=TGTATGTCCCATACCCAGTCC;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=150;WE=62861972;WS=62861954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr4	62937355	.	GA	G	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=2.831;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr4	65142710	rs1483713	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=8;PP=350;SC=TTAATATTGACAACAAGATGG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=65142718;WS=65142700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	65142835	rs1483712	G	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=14;PP=348;SC=CTTTAACTAAGGTATGTCTGC;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=65142843;WS=65142825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	65145955	rs1483711	T	G	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=8;PP=213;SC=TTCTTTCTTATTTCTATGAAA;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=65145974;WS=65145945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	65145966	rs5858871	T	TAA	871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=349;SC=TTCTATGAAATGTTATATTAG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=65145974;WS=65145945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	65146700	rs10012755	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=528;SC=TTTTCTCAGAAACCATTTATC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=65146719;WS=65146690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	65146711	rs1483709	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=502;SC=ACCATTTATCTTAAAGATGCA;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=65146719;WS=65146690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	65147404	rs10001161	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=25;SC=GTATTTATAGTAACCTATTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=65147412;WS=65147394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	65165661	rs11935568	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=238;SC=AAATTAGAGCGTGAATAGCAA;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=65165669;WS=65165651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	65165849	rs13139627	G	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=216;SC=CAATAGAACTGTCTAGTATGT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=65165857;WS=65165839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	65165909	rs13121693	T	A	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=91;SC=TTGACTTTTTTTTCACATGTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=65165917;WS=65165899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr4	66214043	rs2290254	G	A	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=362;SC=GTTTGACAGCGCGCAGTGTCT;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=66214051;WS=66214033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	66218728	rs3792649	C	T	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=17;PP=902;SC=ATAAATAACACCTTGAATAAC;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=66218736;WS=66218718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	66218917	rs376834421	GTA	G	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr4	66286088	rs6551921	G	A	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=248;SC=TCTTCTGCAAGTTGGATAATT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=66286108;WS=66286078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	66286100	rs6551922	T	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=263;SC=TGGATAATTGTAGTTGCTAAA;SOR=3.442;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=66286108;WS=66286078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	66286414	rs6551923	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=55;SC=ATTTTAGTTTTTCTATATAAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=66286422;WS=66286404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr4	68358331	rs2254659	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=23;SC=CATAGCTTGGGCATAGGAATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=68358339;WS=68358321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	68360694	rs2632453	T	C	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=135;SC=AATAGACTAATTCAAGTGGCT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=68360702;WS=68360684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	68360955	rs2646282	A	G	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.32;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	68374597	rs1056789	C	T	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	68376708	rs190255	T	C	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=24;PP=1115;SC=TGTTTATGTATTCATCTGCCA;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=57;WE=68376716;WS=68376698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	68380070	rs1056787	C	T	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=11;PP=478;SC=TACTGTTTCACCTATCAAAGC;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=68380078;WS=68380060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	68380215	rs11250	G	A	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=20;PP=928;SC=CTACCTTGAAGGAGTGCAGTG;SOR=0.990;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=47;WE=68380223;WS=68380205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	68384008	rs355510	C	T	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=2;PP=72;SC=CTTGTCCTTCCGATGTTTTAT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=68384016;WS=68383998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	68384861	rs355507	G	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=4;PP=188;SC=AATATAACAAGATTGAATTAC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=68384869;WS=68384851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	68396525	rs355477	G	C	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=17;PP=901;SC=CATGGAGATGGCACCAACCTG;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=68396533;WS=68396515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	68416393	rs11436062	T	TA	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr4	68416639	.	GTTGTTTTGTTTTGTT	G	2269	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=60.72;NF=0;NR=5;PP=2269;QD=455.6;SC=AAAAGTAAGAGTTGTTTTGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=68416661;WS=68416629;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,5:0.42:12
chr4	68436883	rs13111555	T	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=12;PP=491;SC=AGTAAGTAAATATGTTGAGCT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=68436891;WS=68436873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	68441091	rs2306810	T	C	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=13;PP=1515;SC=TGATCTTCCTTTATCTTTGCA;SOR=1.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=66;WE=68441099;WS=68441081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	68442968	rs11556614	A	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	68447200	rs2242331	A	G	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=75;PP=2415;SC=GTAAGTGCACAATGAACTGCA;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=51;TCR=75;TR=126;WE=68447208;WS=68447190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	68490019	rs10454253	C	T	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=23;PP=556;SC=TAAAACTATCCGTGATTTTAA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=68490027;WS=68490009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	68490044	rs10454252	C	T	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=21;PP=548;SC=ATCTATTCAACTTTCACGTTT;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=68490052;WS=68490034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	68490097	rs4860854	T	G	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=143;SC=TATGGGACTATAGTAATATAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=68490105;WS=68490087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	68490650	rs12508337	G	A	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=8;PP=622;SC=TTGGTATGACGGGGAAGTCAG;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=68490658;WS=68490640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	68492060	rs34742870	A	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=8;PP=450;SC=AAACATTTTTATAAAGATTTT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=68492068;WS=68492050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	68492244	rs35602179	T	TAA	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=400;SC=TTCCTGCATCTGTTTGGTTAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=68492252;WS=68492234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	68492301	rs12506872	A	T	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=4;PP=80;SC=TTTTCTCTATATATTTTGATC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=68492309;WS=68492291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	68496080	rs354866	G	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=387;SC=ATCAAAAAGAGTGATTCTTAT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=68496088;WS=68496070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	68514739	rs3849642	T	C	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=15;PP=959;SC=ATGTAACACATTCCATTTCAC;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=68514747;WS=68514729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	68531131	rs35765874	G	GT	215.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=3;PP=52;SC=CCAGCATAGTGTTTTTTTTTG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=68531139;WS=68531121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	68539539	rs112890671	AT	A	289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=263;SC=ATACATAATTATTTTTTGTAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=68539547;WS=68539529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	68543240	rs17571825	C	T	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=105;SC=TTTCTCAATACACTAGGTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=68543248;WS=68543230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	68544318	rs28483797	C	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=448;SC=TCCAGTATTACTGACAATGTA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=68544326;WS=68544308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	68547165	rs11394457	T	TA	142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	68547809	rs34482936	A	ATAC	2032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=12;PP=1031;SC=CAAAAGTGTCAAAAATTAGGA;SOR=1.414;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=68547817;WS=68547799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	68562176	rs10660788	T	TACAC	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	68562236	rs10573467	TAC	T	641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.09;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	68562365	rs17572160	A	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	68566878	rs377196781	A	AG	2477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=33;PP=1075;SC=GAAGGTAGGAAGGGGCGGGAC;SOR=1.234;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=52;TCF=6;TCR=46;TR=39;WE=68566899;WS=68566867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	68566891	rs34378415	TG	T	2236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	68586315	rs13124793	G	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=26;PP=631;SC=CCTGCACACAGAGCAGCAGAT;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=68586323;WS=68586305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	68586335	rs72643632	TA	CG	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=829;SC=TGCTTCAATGTAAAGGTCATT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=68586344;WS=68586325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	68725580	.	G	GT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=63;ReadPosRankSum=1.919;SC=TTTCTTTCAAGTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=6;WE=68725588;WS=68725570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr4	68812283	rs11930532	C	T	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	68812444	rs34591422	T	TAA	173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=28.96;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	68829207	rs6552134	G	A	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=47;PP=1328;SC=AGAAGTCTACGGCTCAAAGAA;SOR=3.113;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=52;WE=68829215;WS=68829197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	68904637	rs6552141	A	C	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=61;PP=2425;SC=GTCATCTCAAACCTCACAAAA;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=119;WE=68904645;WS=68904627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	68904834	rs9999589	T	G	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=35;PP=1459;SC=TTGACAACCTTTTTATTGACA;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=64;WE=68904842;WS=68904824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	68919617	rs10018943	G	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=15;PP=854;SC=TAACTCATGGGCAATCCACAC;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=68919625;WS=68919607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	68928740	rs1837215	G	A	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=62;PP=1807;SC=TTTCTGACACGCTCATTTGGG;SOR=1.186;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=96;WE=68928748;WS=68928730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	68930465	rs143544573	G	A	5756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=62;PP=2223;SC=CAACTTTATAGATGAGTCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=123;WE=68930473;WS=68930455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr4	68934306	rs10004522	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.91;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	68956422	rs57121360	T	A	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=22;PP=669;SC=GTCCCCTACGTCTTGCCCACA;SOR=0.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=68956430;WS=68956412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	68956498	rs13115830	C	T	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=283;SC=GAAGACACTTCTCAAATACTC;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=68956506;WS=68956488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	69057073	rs4860284	G	A	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=7;PP=419;SC=TCAAATTCCAGTACTTATATT;SOR=0.954;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=69057081;WS=69057063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	69078113	rs4463136	T	C	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	69083563	rs10008636	C	T	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=16;PP=496;SC=GGGAGTCATACTGGGGAGATA;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=30;WE=69083571;WS=69083553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	69094507	rs2319797	T	A	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=20;PP=684;SC=CATAACATTGTATCAGTCACA;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=38;WE=69094515;WS=69094497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	69094575	rs2319796	T	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr4	69095197	rs12331141	T	C	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	69096810	.	G	T	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=23;QD=28.8856062736;SC=CTATGTGATTGTAAATTTCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=69096818;WS=69096800;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	69097150	rs5859125	TA	T	886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=539;SC=TTACGCATTATAAAAAAATAT;SOR=1.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=19;WE=69097158;WS=69097140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	69533702	rs2045100	T	A	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=27;PP=1354;SC=AAGAAACATATCCAGCCATTC;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=79;WE=69533710;WS=69533692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	69886151	rs11730623	A	T	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=91;PP=2522;SC=TATACAGAGAAAAATCAATCA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=39;TCR=91;TR=130;WE=69886159;WS=69886141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	69964180	rs7439326	T	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr4	69964234	rs34182209	C	CT	1860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=410;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TGTCATCCACCTTTTTTTTTT;SOR=0.819;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=42;WE=69964242;WS=69964224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,103:0.88:117
chr4	69964271	rs28365062	A	G	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr4	69964337	rs7438284	AT	TC	8708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=44.89;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	69972777	rs5013211	G	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=5;PP=395;SC=ATTAGTCTTTGAGTAGTTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=69972785;WS=69972767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	69972949	rs4292394	C	G	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.91;QD=45.23;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	69972952	rs4348159	C	T	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.94;QD=44.13;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	69978554	rs57075995	C	CA	273.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.033;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr4	70079975	rs7697037	A	G	6561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.125;NF=78;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=0.100;SC=AGCTCACCACAGGGAAAAACA;SOR=0.860;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=79;TCR=94;TR=170;WE=70079983;WS=70079964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,269:0.99:271
chr4	70283908	rs2642841	T	A	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=27;PP=744;SC=AGCTTATTGATTATTTGTTAT;SOR=1.032;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=70283916;WS=70283898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	70288829	rs149235693	G	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.88;QD=29.12;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	70288954	rs2736507	C	T	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.73;QD=24.55;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	70288981	rs2736505	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.51;QD=26.27;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	70346711	rs28679647	G	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=25;PP=822;SC=AATCCCAGCAGTTTCCGAGGT;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=42;WE=70346719;WS=70346701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	70352164	rs41297427	A	AATTATC	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=103;SC=AAATGCCAACAATTTATTCTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=70352172;WS=70352154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	70355211	rs1845555	T	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=20;PP=517;SC=TTTCTTCTGATGTGTTACTGA;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=70355219;WS=70355201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	70355380	rs28542932	T	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=6;PP=188;SC=AAAATCAAGTTTTATCAGGAA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=70355388;WS=70355370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	70359694	rs7441743	G	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=161;SC=ACATATATTCGTATATAGGCA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=70359702;WS=70359684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	70513139	rs1347046	C	T	6098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=94;PP=2965;SC=AAAGGGCACCCTATATATTTC;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=166;WE=70513147;WS=70513129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr4	70593002	rs78342317	G	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=295;SC=AAGATTAGAAGGCCTAAAGAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=70593010;WS=70592992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	70620708	rs2134668	G	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=667;SC=ATTTAGAATGGTAATGATTTT;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=70620716;WS=70620698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	70707945	rs1220724	A	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=236;SC=CTCAATTTTAAGAATCAAATG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=70707953;WS=70707935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	70713520	rs1220702	G	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=34;PP=1153;SC=ACTAAAATTAGAGAGAAAAAC;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=61;WE=70713528;WS=70713510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	70803380	.	T	A	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=23;QD=28.8856062736;SC=AAGTAGGCAGTTTTTTTAGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=70803388;WS=70803370;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	70805831	rs1220858	A	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	70811806	rs1237375	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=223;SC=CATTGTGAGCTTGTCTAATAC;SOR=1.508;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=70811814;WS=70811796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	70898953	rs1136515	C	T	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=31;PP=994;SC=TCAGTAATCACGGGGCATGAT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=70898961;WS=70898943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	70899037	rs776852	T	A	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=20;PP=555;SC=AAGGAAAAATTAAAAAAAAGC;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=70899045;WS=70899027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	70921164	rs2271643	T	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=623;SC=AACACTTGTATTGTCATTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=70921172;WS=70921154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	70921337	rs2271644	G	A	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=35;PP=930;SC=GACTCTAGTTGCTTGTCTTTC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=70921345;WS=70921327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	70934964	rs4694266	A	G	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=161;SC=CTTTTAGTCTATGATCAATGA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=70934972;WS=70934954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	70944452	rs1399812	G	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	70947318	rs2063819	C	T	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	70947376	rs2063820	T	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=32;PP=881;SC=AAATGAAATTTAAAAAAGAAT;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=70947384;WS=70947366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	70948533	rs7675265	T	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=317;SC=TTAAATACTTTAGATAAATTC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=70948541;WS=70948523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	71008313	rs777398	G	T	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=19;PP=527;SC=ATAGTTATCTGTTGTGCTAAA;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=71008321;WS=71008303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	71008375	rs777399	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=256;SC=CAAGTAGAAGTTGAAACAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=71008383;WS=71008365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	71009033	rs777400	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=160;SC=TCATATTTTCATTTATAAAGT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=71009041;WS=71009023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	71020205	rs1709273	C	G	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=14;PP=377;SC=TGTTTATAGGCATTTGTGCTT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=71020213;WS=71020195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	71024010	rs111347259	T	TACAA	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=11;PP=955;SC=ACAGGACAAATACAATCAACT;SOR=1.308;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=18;WE=71024018;WS=71024000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	71065943	rs34093806	GA	G	305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=1.616;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr4	71067317	rs4694273	C	A	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=18;PP=522;SC=TGACCAGGAGCGCACCTCTAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=71067325;WS=71067307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	71114956	rs1048152	G	T	11781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=145;NR=144;PP=2965;SC=GTGGTACGTCGCCCAAACCTG;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=290;TCF=146;TCR=144;TR=289;WE=71114964;WS=71114946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr4	71201388	rs1351419	C	T	6676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=94;PP=2965;SC=ACTGATTCCACTATTCCTGAG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=88;TCR=94;TR=182;WE=71201396;WS=71201378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr4	71201648	rs2291182	T	G	6166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=81;PP=2965;SC=AGCCAGTATTTGGATGGAGAG;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=77;TCR=82;TR=158;WE=71201656;WS=71201638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr4	71228001	rs1842476	G	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=23;PP=579;SC=ACTATTAACCGTTGATGAAAC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=71228009;WS=71227991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	71232430	rs10024123	T	C	17751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=271;NR=175;PP=2965;SC=TCCTCCACCATGTTTTCCTTT;SOR=0.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=451;TCF=271;TCR=180;TR=446;WE=71232438;WS=71232420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,689:1.00:689
chr4	71232701	rs6853742	C	T	10793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=142;PP=2965;SC=CTCCCTACTCCTGCACCCTAA;SOR=0.905;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=248;TCF=105;TCR=143;TR=247;WE=71232709;WS=71232691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr4	71250308	rs2233586	T	A	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.20;QD=26.78;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	71250399	rs7676909	A	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=22;PP=604;SC=ATTAATCATCAATGAAACACT;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=71250407;WS=71250389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	71255370	rs7674958	A	T	6401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=142;NR=40;PP=2965;SC=TTTACTTCTTATTTCCACAGC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=142;TCR=41;TR=182;WE=71255378;WS=71255360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr4	71255593	rs2988	G	A	17328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;PP=2965;SC=TGATGCCCCAGGTTATCCACA;SOR=0.913;SbPval=0.51;Source=Platypus;WE=71255601;WS=71255583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,649:1.00:649
chr4	71255767	rs3733493	A	G	6511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=91;PP=2933;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TACTGCTTCTACTACCCAAAA;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=51;TCR=91;TR=142;WE=71255775;WS=71255757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,248:0.99:250
chr4	71265172	rs1844635	A	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=2;PP=25;SC=GGCTGTTGATAATTATGGACT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=71265180;WS=71265162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	71275012	rs1352689	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=218;SC=AGTAGATATATTAATACATAG;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=71275020;WS=71275002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	71275387	rs61336549	A	G	10317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=116;PP=2965;SC=CTTACTATGTAGGACCTATTA;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=245;TCF=128;TCR=117;TR=244;WE=71275395;WS=71275377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr4	71346701	rs6826961	C	G	14288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=170;NR=156;PP=2965;SC=CACCTAATAACCCCCCCAAAT;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=171;TCR=157;TR=326;WE=71346709;WS=71346691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,532:1.00:532
chr4	71384488	rs28674149	C	T	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=22;PP=1311;SC=AGGTAGCAATCTGAAACATGA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=71384496;WS=71384478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	71388551	rs7660807	A	G	5307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=66;PP=2254;SC=CAGCAGTCAAATCAGGTAAGA;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=116;WE=71388559;WS=71388541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	71467593	rs28538959	A	C	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=36;PP=1494;SC=TCTAAAAGATACTGTGCCTAT;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=79;WE=71467601;WS=71467583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	71467710	rs13115627	A	G	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=39;PP=1221;SC=GTATTGGAAAAACTGAAAAAA;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=71467718;WS=71467700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr4	71691975	rs12508115	A	G	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=48;PP=1708;SC=GAGAGGTGGAACAGAAAGCAC;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=84;WE=71691983;WS=71691965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	71698183	rs4694081	C	A	6591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=112;PP=2965;SC=AAGAAAAAACCCAACAGGGAT;SOR=1.054;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=183;TCF=69;TCR=114;TR=181;WE=71698191;WS=71698173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr4	71704965	rs3775728	C	T	8335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=80;PP=2965;SC=CGACCAGAGACTCGAGGCGAG;SOR=0.790;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=89;TCR=81;TR=168;WE=71704973;WS=71704955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr4	71705262	rs6813092	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=8;PP=355;SC=CGGAGGGCAGAGTAGGACGCG;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=71705270;WS=71705252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	71768079	rs1871048	C	G	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=19;PP=1018;SC=CGCCCCCTCCCCCTGCCATTG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=71768087;WS=71768069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	71864013	rs6446988	A	G	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=133;SC=CTTTAGGTATATATCTTCATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=71864021;WS=71864003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	71888332	rs373938314	C	CT	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.006;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.400;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr4	71892513	rs1486271	A	T	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	71894321	rs35880082	C	CTTTT	31.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.71;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr4	71894476	.	A	ATT	325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5056;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=-0.791;SC=TGCCTAGCTAATTTTTTTTTT;SOR=0.223;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=71894484;WS=71894466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	71894563	rs12513202	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.48;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	71895260	rs4643786	C	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=81;SC=AACTTTTTGACCAGTTTCTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=71895268;WS=71895250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	72316822	rs10022349	C	T	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=262;SC=ACTCCATCTCCCCATTAGCCA;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=72316830;WS=72316812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	72397710	rs3775162	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=418;SC=GTTCTTCATTCAGTTCAAACA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=72397718;WS=72397700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	72397964	rs10446504	T	C	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=56;PP=1391;SC=TAATTTATTGTGTTTCTCTTT;SOR=1.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=77;WE=72397972;WS=72397954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	72411967	rs4694097	A	G	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=0;PP=83;SC=CAAGCAAAGCAAGTCAGTTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=72411975;WS=72411957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	72413281	rs2278893	T	C	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	72423624	rs1453474	C	T	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=31;PP=846;SC=TTTAATTGAACGTACCTGTGA;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=72423632;WS=72423614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	72425863	rs1453458	C	T	4663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=52;PP=1838;SC=TCTCCCAGCACGACCTCAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=104;WE=72425871;WS=72425853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr4	72429433	rs6812916	G	A	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=3;PP=793;SC=TATAGAAAACGGTTTGATCGA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=72429441;WS=72429423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	72429452	rs2290397	G	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=6;PP=1173;SC=GATGCTAGGAGATAGGAAGGG;SOR=3.296;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=51;WE=72429460;WS=72429442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	72432991	rs965606	A	C	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=198;SC=CCTAGTTACTATTACAAATAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=72432999;WS=72432981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	72433545	rs1062677	A	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	72433759	rs1453453	C	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	72607678	rs2070741	T	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=27;PP=707;SC=TATAAACTCATGCTATTTTAA;SOR=2.356;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=72607686;WS=72607668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	72618296	rs9016	T	C	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=40;PP=1199;SC=AAAGTCTGAGTGCTTGTTAAC;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=72618304;WS=72618286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	72620865	.	C	CTATTTATTTATTTATT	1325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=10;PP=2993;SC=TATATATTTCCTATTTATTTA;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=10;WE=72620873;WS=72620855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	72622403	rs222033	A	C	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=20;PP=1212;SC=AAAATGGGAAAACGTTTTCAC;SOR=1.222;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=72622411;WS=72622393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	72628969	rs2276461	G	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=0;PP=613;SC=ATAGAGAAAAGAAAACGAGAA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=72628977;WS=72628968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	72649774	rs3733359	G	A	6339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr4	72669491	rs59662561	G	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=532;SC=TGACAATCGAGAAATCACTTT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=72669499;WS=72669482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	72934539	rs9884712	A	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=21;SC=TAGAATATGAATGCCTGAGGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=72934547;WS=72934529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	72934578	rs11444220	C	CT	268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=213;SC=TTTATCTTATCTTTTTTCCTG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=72934586;WS=72934568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr4	73175048	rs12501859	G	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=5;PP=575;SC=CATTTCTAAAGGAAGAAGCCT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=73175056;WS=73175038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	73175093	rs10024487	C	T	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.24;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	73414286	rs788908	C	T	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	73433122	rs33925079	GA	G	4022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=29;PP=1722;SC=TACCAGCCTGGAAAGGAGGGG;SOR=0.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=43;WE=73433130;WS=73433112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	73433315	rs6830556	G	C	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=20;PP=575;SC=TTGGGGAAGGGAGTTGTTTGC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=73433323;WS=73433305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	73434379	rs5859330	GT	G	2382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.204;NF=20;NR=24;PP=861;ReadPosRankSum=1.261;SC=TTGGGTTTGAGTTTTTTTTTA;SOR=0.358;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=44;WE=73434387;WS=73434369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr4	73434535	rs34234669	CA	C	518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.82;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	73930893	rs2126115	T	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr4	73933633	rs6845082	A	T	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=4;PP=1180;SC=CCAAAACTACAGAATACTCAA;SOR=3.545;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=45;WE=73933641;WS=73933632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	73933671	rs68113340	ATGTGTG	A,ATG	3381.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=31,31;NR=24,24;PP=680,1826;SC=CAATTTATGTATGTGTGTGTG;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=55,55;WE=73933688;WS=73933661;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.34,0.66:89
chr4	73942678	rs2306058	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=18;PP=770;SC=CATTATTTTCCGTGGAGCTGG;SOR=0.917;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=43;WE=73942686;WS=73942668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	73984597	.	CTT	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=-0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr4	73991006	rs6822576	T	C	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=52;PP=1290;SC=CAAGTGTTAGTGCCGTGTCAT;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=78;WE=73991014;WS=73990996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	74014809	rs1534450	A	C	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=47;PP=1377;SC=AGCACCATTAAAAAAATCTTG;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=57;WE=74014817;WS=74014799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	74270034	.	C	A	5849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=44;PP=1872;SC=ACCCCACACGCCTTTGGCACA;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=105;WE=74270042;WS=74270024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr4	74285191	.	G	GT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-1.436;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr4	74285758	rs2236766	G	T	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=10;PP=595;SC=ACTTAAAATTGCCCTTTATGG;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=74285766;WS=74285748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	74285823	rs2236767	G	A	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=17;PP=665;SC=GTGAGCTTCCGTCCAGAGATT;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=74285831;WS=74285813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	74302870	rs16849384	T	C	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=19;PP=735;SC=TTTATTTTGCTTTCCAGCTTC;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=74302878;WS=74302860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	74304118	rs6446932	T	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=11;PP=284;SC=AATGCATTTATATATTTGAAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=74304126;WS=74304108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	74313169	rs7667494	T	C	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=9;PP=322;SC=CTTTATTTTCTCTGTTGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=74313177;WS=74313159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	74318330	rs4235117	A	G	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=488;SC=CGCTGCAAACAATGAAGCAAG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=74318338;WS=74318320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	74349867	rs11939341	A	G	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=0;PP=507;SC=TATAGCCATTACAATAGATAA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=74349875;WS=74349866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	74357851	rs11733262	A	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=16;PP=404;SC=AAAGAAACTTATAAGATTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=74357859;WS=74357841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	74361254	rs10212657	T	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=962;ReadPosRankSum=0.268;SC=GAAAATGTGATTGGCTAATCT;SOR=1.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=74361262;WS=74361244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr4	74447452	rs1247670	C	T	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=27;PP=1019;SC=CAGAATGAGGCAAACTGTTCT;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=74447460;WS=74447442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	74447510	rs1247671	A	C	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=35;PP=1226;SC=GAGTCAGGTAAAAAGTGTGAT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=64;WE=74447518;WS=74447500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	74453782	rs10009048	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=20;PP=532;SC=CAAAGTTATAACAATTTTATG;SOR=3.258;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=74453790;WS=74453772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	74458987	rs34169741	C	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=4.250;NF=12;NR=6;PP=373;ReadPosRankSum=1.943;SC=CCTGCCTTGGCCTCCCGAAGT;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=74458995;WS=74458978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr4	74464285	rs10632092	T	TTG	1156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5755;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=615;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TCTTCCAGAATTGTGTGTGTG;SOR=0.664;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=15;WE=74464293;WS=74464275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,37:0.88:42
chr4	74464443	rs11368217	TA	T	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=13;PP=266;SC=TCCCTAAAAATAAAAAAAAAT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=74464451;WS=74464433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	74486052	rs1247591	C	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=428;SC=CATCGTTGTTCGGCTGAACTT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=74486060;WS=74486042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	74486264	rs1247590	G	A	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=44;PP=1754;SC=CAGCGATCCTGGAGCCCCAGG;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=86;WE=74486272;WS=74486254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr4	74607868	.	TA	T	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=26;QD=19.0;SC=CCTTTTTGGTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=74607876;WS=74607858;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	74713950	rs7658970	T	C	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=14;PP=1376;SC=AGAGGTACAATTACTGTCAAT;SOR=2.372;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=61;WE=74713958;WS=74713940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	74714098	rs2367288	G	A	8749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=106;PP=2965;SC=ATTCATCCCAGCAACATCATC;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=85;TCR=107;TR=191;WE=74714106;WS=74714088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr4	74718941	rs941758	C	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=16;PP=764;SC=CGCTGTCCACCCCAGGCTTCC;SOR=1.136;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=44;WE=74718949;WS=74718931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	74719925	rs11723868	G	A	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=38;PP=1091;SC=TTATATTAACGAAATAAATCA;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=74719933;WS=74719915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	74736144	rs4074	A	G	5805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=53;PP=2237;SC=TGCATTCGGAAAACTCTAGAG;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=104;WE=74736152;WS=74736134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr4	74847292	rs352007	G	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	74863997	rs425535	T	C	6690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=75;PP=2965;SC=GATGAACTCCTTGCGTGGTCT;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=164;WE=74864005;WS=74863987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr4	74903134	rs370655	T	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=470;SC=ACCCACTGCCTTCTATAGCAG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=74903142;WS=74903124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	75023609	rs6840665	T	C	7036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=81;PP=2965;SC=CACTGCACGCTTCCACATCCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=83;TCR=81;TR=164;WE=75023617;WS=75023599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr4	75023709	rs2289443	C	T	10562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=101;PP=2965;SC=CCGCTCTTTACCCCACTCTGC;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=89;TCR=101;TR=190;WE=75023717;WS=75023699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr4	75040944	rs13116686	T	G	4953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	75046310	rs4694183	A	C	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=469;SC=GTTTCCATGCATCTCATTTGA;SOR=2.546;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=75046318;WS=75046300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	75046372	rs561583	A	G	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=16;PP=1217;SC=TGGTACTGGGACTGTCACAAG;SOR=1.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=75046380;WS=75046362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	75046465	rs561844	C	G	4544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=53;PP=2051;SC=CAGGCTTGCTCTTTGTCCAGT;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=112;WE=75046473;WS=75046455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	75107255	rs4694184	T	C	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=17;PP=507;SC=CACACCACCATGCGTAGCTAA;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=75107263;WS=75107245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	75482263	rs201229958	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	75485813	rs78161216	C	T	144.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.29;QD=20.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	75673455	rs7699847	T	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	75681217	rs11734944	A	G	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	75937971	rs3822109	C	T	11375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=159;NR=132;PP=2965;SC=GAACACAGCTCGGGCACTCCT;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=295;TCF=160;TCR=135;TR=291;WE=75937979;WS=75937961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr4	75938179	rs3775527	G	A	13640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=192;PP=2965;SC=CAGAGTCCCCGACAGAGGAGT;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=332;TCF=140;TCR=192;TR=332;WE=75938187;WS=75938169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr4	75938236	rs1062293	A	G	9208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=135;PP=2965;SC=CTGAGCCAGTACCCCAGGAGA;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=76;TCR=136;TR=211;WE=75938244;WS=75938226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr4	75938373	rs919052	C	G	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=34;PP=971;SC=GAGTCTCTATCCAGTCCACTA;SOR=1.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=75938381;WS=75938363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	76415703	rs11422865	A	AT	1618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.46;MQRankSum=0.649;QD=17.22;ReadPosRankSum=1.211;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,85:0.90:94
chr4	76415985	rs6833496	G	A	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=21;PP=612;SC=AGAAGATGCAGGCTAACTGCC;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=76415993;WS=76415975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	76416779	rs2045863	G	A	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=30;PP=984;SC=ACACAAAAAAGTCAAACATCT;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=76416787;WS=76416769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	76434352	rs2306177	T	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=437;SC=TAATACAGCTTTTAAAAAGAA;SOR=2.584;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=21;WE=76434360;WS=76434342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	76467577	rs11722735	A	G	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=15;PP=775;SC=GCTGATCGCAATTTTCATAAA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=76467585;WS=76467567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	76474866	rs6535531	T	C	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=140;SC=CAGCTCACTGTAGCCTCGACC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=76474874;WS=76474856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	76488438	rs190465627	A	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=5;PP=267;SC=GGGTTTCACCATGTTAGCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=76488446;WS=76488428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	76489342	.	C	T	7157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=78;PP=2965;SC=GAGGTATTTACGCCTCCTGGA;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=100;TCR=78;TR=178;WE=76489350;WS=76489332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr4	76489582	rs2306174	G	A	7265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=73;NR=106;PP=2965;SC=TGGCCACACCGTTACCTTACT;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=180;TCF=73;TCR=107;TR=179;WE=76489590;WS=76489572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr4	76572191	rs2175766	A	C	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr4	76650176	rs7657871	C	G	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=174;SC=ATGGAGGGGGCATCCACATGC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=76650184;WS=76650166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	76670180	rs3853184	T	C	10154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=108;PP=2965;SC=CTCTTAAATTTAGGTCTTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=108;TCR=109;TR=215;WE=76670188;WS=76670170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr4	76676475	rs28573275	A	G	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	76691828	rs324715	G	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=205;SC=GATCCACATGGATGTTTCAAG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=76691836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	76691850	rs3215203	CACTT	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=5;PP=389;SC=ACTATGTAATCACTTAAAGTA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=76691861;WS=76691840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	76725245	rs381067	G	T	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.66;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	76731434	rs187211633	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=115;SC=GACAGTGGAGAGCACTTTGTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=76731442;WS=76731424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	76785716	rs1394913	C	T	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.27;QD=40.76;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	76785723	rs1394914	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.16;QD=44.62;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	76785736	rs1394915	T	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=325;SC=TGTTCCAATATATAATTAACA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=76785744;WS=76785706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	76787673	rs7654738	T	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=34;PP=993;SC=GAAGCTAGGCTTGCCAGATAA;SOR=1.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=76787681;WS=76787663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	76788692	rs2135234	C	T	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=299;SC=GCTCAGTTTTCGAGGGAGAGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=76788700;WS=76788682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	76793228	rs1394916	A	G	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.99;ReadPosRankSum=2.077;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr4	76794345	rs6858658	T	G	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=44;PP=2227;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AGGAATTGCATGTTGTATTTT;SOR=0.315;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=67;TCR=45;TR=111;WE=76794353;WS=76794335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr4	76797950	rs13132709	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=291;SC=CTCAAGCCCGGGAGTTCAAGA;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=76797958;WS=76797940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	76800729	rs13130621	A	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;QD=23.05;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	76800991	rs68095351	A	AT	146.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=2.278;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr4	76804067	rs4859564	A	G	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=36;PP=1834;SC=GTATTATTTCATTAACCACTA;SOR=1.262;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=75;TCR=38;TR=110;WE=76804075;WS=76804057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	76805902	rs1976518	C	T	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=38;PP=1303;SC=GTTCTGGCGACGGGAGGCCAT;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=76805910;WS=76805892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	76805962	rs1976517	G	A	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=37;PP=1091;SC=GAAGGAAATAGGAAATCAGGT;SOR=1.139;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=57;WE=76805970;WS=76805952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	76805978	rs1566975	C	T	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=33;PP=919;SC=CAGGTTAAAACCAATAGGCAT;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=76805986;WS=76805968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	76809319	rs7691712	A	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=12;PP=575;SC=CAGGTAGAGCATTCTTCTTTG;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=76809327;WS=76809309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	76809386	rs7691755	A	G	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	76812673	rs13116688	C	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=260;SC=GCCATTTACTCCTCAGCCCCT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=76812681;WS=76812663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	76817412	rs11731367	G	A	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=13;PP=664;SC=TTGGAAAGTGGGAAACACGTA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=76817420;WS=76817402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	76836137	rs6823734	A	G	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=28;PP=934;SC=TAAATTGTGAAGCTGAAAATT;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=76836145;WS=76836127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	76838909	.	G	A	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=9;PP=1010;SC=GTGAGCCACCGCACCTGGCCT;SOR=1.823;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=49;WE=76838917;WS=76838899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	76838929	rs34444403	TA	T	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr4	76839108	rs6819442	C	T	4503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=83;PP=2320;SC=GAAATTCCTCCGGAGGATAAA;SOR=1.275;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=127;TCF=42;TCR=85;TR=125;WE=76839116;WS=76839098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	76841748	rs2280101	A	G	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=601;SC=CTCCCTTCCCAGCCAAGGCAC;SOR=2.554;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=76841756;WS=76841738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	76846755	rs937788	T	C	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=6;PP=789;SC=AAGATTTATATGCACTTTGCA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=76846763;WS=76846745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	76861137	rs6847716	G	C	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=605;SC=TACTCCGCGCGGGCTTGGGGC;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=76861145;WS=76861127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	76861859	rs2292533	C	T	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=21;PP=1265;SC=CCCGCAGGGCCGGTGTCCCCG;SOR=1.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=76861867;WS=76861849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	76878716	rs2242471	G	C	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=40;PP=1302;SC=CCTCTTCTGGGATTTCCCGGG;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=76878724;WS=76878706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	76878956	rs2242473	G	A	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=27;PP=826;SC=AATAAATTACGTCTTAATAAA;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=76878964;WS=76878946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	76878982	rs2242474	T	C	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=20;PP=566;SC=GGTTATAAGATGAAATTTTCA;SOR=0.854;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=76878990;WS=76878972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	77065476	rs33962347	TA	T	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=4.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.302;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,55:0.36:153
chr4	77134786	rs11547135	C	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=508;SC=CGTCGAAGACCCGGGACCCTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=77134794;WS=77134776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	77199211	rs3817118	A	C	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=28;PP=1436;SC=GAATTATGTTACTTTCCACAG;SOR=1.238;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=79;WE=77199219;WS=77199201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	77201332	rs1036787	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=219;SC=TACTTTATAAGGAACTAAATG;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=77201340;WS=77201322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	77204500	rs1542096	C	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	77244540	.	T	C	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=67;PP=2168;SC=TTCCTGTTGTTTCTATTGGCG;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=46;TCR=68;TR=112;WE=77244548;WS=77244530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	77278678	rs78573099	C	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=329;SC=CTTCATACTCCTCTATACAAT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=77278686;WS=77278668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	77289047	rs5859510	CT	C	46.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.332;HP=16;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=0.619;SC=TTAGTAAGATCTTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=77289055;WS=77289037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr4	77303898	rs6844174	C	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	77305346	rs17001890	A	G	5923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=63;PP=2394;ReadPosRankSum=2.976;SC=ACATGCTGTCATGTTCACATA;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=141;WE=77305354;WS=77305336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr4	77494534	.	CAAT	C	89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=61.53;NF=3;NR=0;PP=89;QD=31.0;SC=TGCTGGTTGGCAATAATAATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=77494544;WS=77494524;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr4	77669967	.	CTT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr4	77677570	.	C	CT	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr4	77818108	rs79047696	G	A	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=25;PP=921;SC=TGCTGCTGCAGGGTCGAATAA;SOR=0.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=77818116;WS=77818098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	77949997	rs111698952	TGGTCCAA	T	2879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=2234;SC=GACTTCATGATGGTCCAAGTA;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=36;WE=77950011;WS=77949987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	77987351	rs4241602	A	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=9;PP=565;SC=GTATGGCAGTAGTATGTTTAT;SOR=1.445;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=31;WE=77987359;WS=77987341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	77996521	rs4252767	A	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=288;SC=CGCGCGGCCAAGGGCGCTGCC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=77996529;WS=77996517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	78034309	rs4859743	A	C	9679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=103;PP=2965;SC=GTTCCAGATGATCCTCAGGTC;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=96;TCR=103;TR=199;WE=78034317;WS=78034299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr4	78081744	rs28648488	G	C	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=290;SC=TGTGGGTAAAGAGCCAGTACA;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=13;WE=78081752;WS=78081734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	78106123	rs28503908	C	T	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=273;SC=TTGGATGTAACAGTGAGACTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=78106131;WS=78106113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	78669454	rs6855336	A	G	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=11;PP=383;SC=AAGGAAGAATAAGAAAAACTA;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=78669462;WS=78669444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	78697552	rs34417165	T	TA	194.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr4	78740066	rs6811439	T	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=5;PP=169;SC=CCAGCCCCGCTGCCGCGCGTG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=78740074;WS=78740056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	78740132	rs6828302	G	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=8;PP=311;SC=TCTCACCTGCGAGGCTCGGGA;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=78740140;WS=78740122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	78740160	rs77103397	G	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=142;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=8;PP=407;SC=CCACAAAGCGGGAGGGACACG;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=78740168;WS=78740150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	78740203	.	G	GACACACACAC,GACACACACACAC	818.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=45.49;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,10:0.44,0.56:18
chr4	78830272	rs10551874	AAC	A	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=349;SC=AATGAATGTGAACACCAGGAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=78830281;WS=78830262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	78870940	rs4859513	T	A	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=26;PP=1122;SC=ATGTATATTATTTTCTTTCAG;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=78870948;WS=78870930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	79158843	rs10011303	G	T	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=25;PP=653;SC=GATCATTTCAGACATCTGTTT;SOR=1.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=79158851;WS=79158833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	79173515	rs34015316	C	CT	2132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=3.889;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.675;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:23,123:0.84:146
chr4	79176325	rs1017647	C	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=5;PP=354;SC=ACTGGCTGCACGCCCATGCAG;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=79176333;WS=79176315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	79176361	rs1017646	T	C	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=502;SC=ACAAATGCCATCCCCCTAGTA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=79176369;WS=79176351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	79186171	rs2867014	G	A	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=49;PP=1591;SC=CCTGTTCTGCGTGTTAAGGAT;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=79186179;WS=79186161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	79187832	rs2008587	G	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=1;PP=377;SC=TTTTCATAGAGGCTATTCCTA;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=79187840;WS=79187822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	79187900	rs7694740	T	G	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=17;PP=1084;SC=ACAAATGTAATGAAAATTGGG;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=79187908;WS=79187890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	79188160	rs2008786	C	T	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=28;PP=711;SC=CTTCTTATTCCGGTGTGTCCT;SOR=1.567;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=79188168;WS=79188150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	79204209	rs1378236	C	T	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=11;PP=324;SC=TGCTTCTTTTCATTTTTATTT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=79204217;WS=79204199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	79205699	rs12504081	T	A	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=36;PP=1015;SC=CAGTCTCTGTTTAGGTATGGC;SOR=1.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=79205707;WS=79205689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	79205747	rs6815945	A	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=450;SC=TGTGTGGGAGATAGACTCATC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=79205755;WS=79205737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	79229435	rs41537644	C	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=15;PP=434;SC=GTATTCAAATCATAGCACATT;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=79229443;WS=79229425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	79238448	rs345515	T	C	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=24;PP=1141;SC=CCCAGGCCCGTGAAGCCCAGC;SOR=1.206;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=79238456;WS=79238438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	79238649	rs345514	T	C	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=52;PP=1370;SC=ACTCTGACCATGGAGTCTGCA;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=82;WE=79238657;WS=79238639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	79240063	rs345513	A	G	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=36;PP=1221;SC=CAGCTGTCTGACGTGGGCATC;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=79240071;WS=79240053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	79240473	rs345511	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=12;PP=621;SC=ATTTATTATTCCTTCTAATTT;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=79240481;WS=79240463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	79240771	rs78630423	A	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=350;SC=CATTGTAAACATATGTTCATT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=79240779;WS=79240761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	79284694	rs6835769	C	T	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=39;PP=1594;SC=CAGCACTGTGCAGCTGATCTC;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=94;WE=79284702;WS=79284684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	79300993	rs12512164	G	A	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=19;PP=875;SC=GGGTAGGGTCGAAGATCTCCT;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=79301001;WS=79300983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	79305148	rs7694602	C	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=327;SC=GTTTTTAAGCCTTTTCTGTGT;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=79305156;WS=79305138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	79305177	rs7677133	T	G	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=14;PP=708;SC=ATGTAATGATTGTATTTTCTT;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=79305185;WS=79305167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	79321770	rs144058401	A	ATC	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=0;PP=261;SC=GAAGCTGTGAATCTCTCTGTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=79321778;WS=79321760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	79339950	rs12649596	G	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=0;PP=323;SC=CAATGCAAGAGACCAGATCCT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=79339958;WS=79339940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	79345650	rs1471752	A	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=519;SC=TGTTCCCATCATCATTATTTT;SOR=4.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=79345658;WS=79345640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	79350200	rs112867538	C	CTGTG,CTG	1805.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.827;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10,10;NR=8,8;PP=86,604;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GTGCGTGTCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.231;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=18,18;WE=79350208;WS=79350190;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:46
chr4	79359885	rs2170899	T	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=34;PP=976;SC=ACATAATCACTTTGTATTATT;SOR=3.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=79359893;WS=79359875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	79365479	rs7678731	C	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	79366655	rs3749489	G	C	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=48;PP=2012;SC=AGGTAAAAATGCTCTCTTGAT;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=110;WE=79366663;WS=79366645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr4	79372856	rs10026662	A	C	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=29;PP=1613;ReadPosRankSum=-0.866;SC=AATTGAATTCACACCTCTTGC;SOR=0.575;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=85;WE=79372864;WS=79372846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr4	79372930	rs753752	C	T	4510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr4	79373254	rs753751	T	C	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=78;SC=ACCTTACTTCTTGGCACCAGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=79373262;WS=79373244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	79385719	rs6851427	G	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=28;PP=905;SC=AGCTTAAGGCGGTGGATGCTG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=79385727;WS=79385709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	79387464	rs7684722	A	G	11857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=25.83;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,457:1.00:459
chr4	79391020	rs7681619	C	T	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=10;PP=681;SC=TTGCCCATCCCTCATCTCTGA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=79391028;WS=79391010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	79391036	rs1496602	T	C	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=14;PP=885;SC=TCTGAAGTGTTAGCAGACTTC;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=79391044;WS=79391026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	79391256	rs7664505	T	C	3837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=64;PP=2139;SC=GTAAGGCCTGTCCCTCTGTCA;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=102;WE=79391264;WS=79391246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	79391424	rs6533688	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=273;SC=TGTGTAGGATCGGTTACGATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=79391432;WS=79391414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	79400868	rs11098194	C	T	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=28;PP=734;SC=TCAGTGAGGACGCAGGTAATG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=79400876;WS=79400858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	79403146	rs34505482	A	T	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=39;PP=1019;SC=GAGACTCCACAAAGTTGACAG;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=79403154;WS=79403136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	79409997	rs1496603	T	C	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=2;PP=96;SC=CTTCCACTAATGGTGCGTCTG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=79410005;WS=79409987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	79443774	rs931604	T	A	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=695;SC=CACAAGTACATTAAATGCATG;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=79443782;WS=79443764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	79455858	rs4975140	T	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=14;PP=383;SC=TCTGCTCATATGCTCTCAGTC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=79455866;WS=79455848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	79531186	rs5944	C	T	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	79531308	rs4612	C	T	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	79845007	rs13108247	C	A	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	79854436	rs10857059	T	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=40;PP=944;SC=TGAATGTAAATGGATCAAATC;SOR=2.231;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=79854444;WS=79854426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	80828668	rs10027070	A	T	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=38;PP=1163;SC=GCCATTATTTAAAAAAGCATG;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=80828676;WS=80828658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	80828740	rs6819294	T	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=326;SC=CCATGTTAACTTGAGACATGA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=80828748;WS=80828730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	80905833	rs28534734	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=240;SC=GGATGAAAAATAACCACTGAT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=80905841;WS=80905823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	80905851	rs28688624	A	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=356;SC=GATTTGTATAAATTAAAAAGT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=80905859;WS=80905841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	80905990	rs12647691	C	G	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;MQRankSum=0.323;QD=22.00;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,60:0.94:64
chr4	80906131	rs4444771	C	T	227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=82;SC=AAGTCCCTCACTGAAGCTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=80906139;WS=80906121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	80929875	rs146905274	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=615;SC=TCAGAAAGTATAATGTCAAAC;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=80929883;WS=80929865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	80939979	rs4336166	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=272;SC=TATGCAACAACACCAAAGATC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=80939987;WS=80939969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	80957195	rs373672335	GA	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-3.003;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr4	80975372	rs10745242	A	T	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=21;PP=1156;SC=CTTCTTATAGATTAAAAAAAT;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=80975380;WS=80975362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	80977078	rs4594664	T	G	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=15;PP=478;SC=AAATGTAAAATAACTTACTAG;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=80977086;WS=80977068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	80977297	rs4428232	T	A	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=103;SC=ACATGGGCTTTGAAGGCAGAT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=80977305;WS=80977287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	81121524	rs11099079	T	A	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=42;PP=1144;SC=AAAATAATTATAATGACAAGT;SOR=2.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=81121532;WS=81121514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	81124596	rs12780	G	C	6452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=59;PP=2773;SC=TGGTGAAGCGGCGGCGAGAGG;SOR=0.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=80;TCR=59;TR=138;WE=81124604;WS=81124586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr4	81222286	rs13119149	T	G	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=0;PP=262;SC=ACCCTACTCATGCAGCGCAGC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=81222294;WS=81222276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	81529380	rs2903671	T	C	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=12;PP=516;SC=AATAGATAACTGATTCCAACA;SOR=0.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=30;WE=81529388;WS=81529370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	81529518	rs2867782	T	C	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=25;PP=924;SC=GCTGCTCATATCTTGAAGAAG;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=81529526;WS=81529508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	81884610	rs11452353	A	AT	1508.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.52;QD=26.47;SOR=1.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	81967150	rs3733549	G	A	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=57;PP=2018;SC=AAATCTCATCGAGATATTATG;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=81967158;WS=81967140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	81967188	rs6831040	C	T	3863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=57;PP=1895;SC=TATCACTCAACTCTTGAGGAA;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=81967196;WS=81967178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	81973224	rs12647814	A	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=12;PP=556;SC=ATATACCCTTAAAGTTTTAAC;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=81973232;WS=81973214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	81973260	rs1390318	C	T	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=17;PP=566;SC=ATGCTGGGAGCTTTAGGAGTT;SOR=0.952;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=31;WE=81973268;WS=81973250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	82013619	.	AAAGGAAGGAAGG	A	255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=51.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	82025691	.	A	C	25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=25;QD=29.8856062736;SC=TTAATTAATTAATTCATTCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=82025699;WS=82025681;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	82065566	rs7687935	A	T	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.081;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=950;ReadPosRankSum=1.218;SC=CATAAAACACAAGCTGGTTAT;SOR=3.443;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=82065574;WS=82065556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr4	82088478	rs3733551	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TTAAAAAATATAATGCACTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=82088486;WS=82088468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	82092870	rs17005080	A	G	4638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=46;PP=2055;SC=TCCTTGTACAATTGTATAAAA;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=113;WE=82092878;WS=82092860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	82092967	rs9992933	C	T	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=53;PP=1555;SC=CTCTATCAAGCAGAATTTTAA;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=82092975;WS=82092957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	83276386	rs34411705	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=299;SC=ATTAAGCATTGTTTTATGAAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=83276394;WS=83276377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	83276430	rs3838641	C	CA	512.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5358;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=-1.868;SC=TTGTAAATGACAAAAAAAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=14;WE=83276438;WS=83276420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr4	83347842	rs3217298	T	TA	73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=130;SC=AATTCTAACATAAAATGATGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=83347850;WS=83347832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	83352177	rs10646358	C	CTT	2363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=42;PP=2174;SC=GGCGGTGTGGCTGCCTCTTGT;SOR=2.876;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=43;WE=83352194;WS=83352167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	83352186	rs35117197	G	C	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=37;PP=1081;SC=GCTGCCTCTTGTGTGGAATGG;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=43;WE=83352194;WS=83352167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	83369287	rs4285076	A	G	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=34;PP=993;SC=GATAGGGGATAGAAGTTGCAG;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=83369295;WS=83369277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	83375719	rs6853622	T	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=0;PP=270;SC=TTGGGCAGTATGTTTATTAGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=83375727;WS=83375718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	83411197	rs2276884	T	C	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=36;PP=1808;SC=AAGAAGCTTTTCACGTTCAAA;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=94;WE=83411205;WS=83411187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr4	83552809	rs3857138	A	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=492;SC=TTGGTTACTGACTCCAAAGGC;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=83552817;WS=83552799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	83582211	rs3733227	C	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=452;SC=GCTCTTCCTTCTTTCTGGATG;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=83582219;WS=83582201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	83626674	rs6853042	G	A	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=33;PP=1008;SC=GTGTCAGGGGGGAAAGCTGCA;SOR=1.248;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=83626682;WS=83626664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	83778839	rs7658703	T	C	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	83784337	rs7666917	G	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=5;PP=330;SC=AAGAAAAAGGGAAAAAACGCT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=83784345;WS=83784327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	83787845	rs7356522	G	A	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=474;SC=ATACCCACAAGTACATCTCAA;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=83787853;WS=83787835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	83788139	rs2290739	C	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=23;PP=681;SC=ATAACATAAGCATCCGACCAT;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=83788147;WS=83788129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	83788344	rs2045478	A	T	7035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=108;NR=61;PP=2965;SC=CATCTGTGCTACCTCCCATGA;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=108;TCR=63;TR=169;WE=83788352;WS=83788334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr4	83788562	rs2045479	T	C	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=38;PP=1081;SC=ACAAGTATAGTTAAATTGAAT;SOR=1.961;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=49;WE=83788570;WS=83788552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	83791373	rs10015419	C	T	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=3;PP=657;SC=TCCACATACTCTTCACATAGT;SOR=2.935;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=83791381;WS=83791359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	83791649	rs3762902	G	T	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=34;PP=1011;SC=TTCTGCCTAGGTTTTGTAGAT;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=83791657;WS=83791639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	83792464	.	TACACAC	T,TAC	886.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.63;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=29;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=4,4;NR=5,5;PP=66,313;SC=TATACATGCATACACACACAC;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9,9;WE=83792477;WS=83792454;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.77:22
chr4	83792498	rs7685043	G	T	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=7;PP=312;SC=CACAAGTAACGTAGGTACAGT;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=83792506;WS=83792488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	83792555	rs7686508	C	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=10;PP=348;SC=TGCAGTAAGTCGTTACTTAAT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=83792563;WS=83792545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	83793243	rs4693525	A	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=42;PP=1345;SC=AATGCATCTGAAGATAGTTAA;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=83793251;WS=83793233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	83793354	rs143845447	A	ATTTTG	1039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=12;PP=722;SC=GCTGTGGCTTATTTTATTTAT;SOR=2.030;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=13;WE=83793376;WS=83793344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	83793368	rs11942312	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=376;SC=TATTTATGATCTATTTATTGT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=83793376;WS=83793344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	83801849	rs6820324	G	A	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=6;PP=414;SC=GTTCTTGATGGTATTCCTTGT;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=83801857;WS=83801839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	83822334	rs982146	G	A	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=22;PP=696;SC=GAAGTGAGGAGGCCGAAAGGG;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=83822342;WS=83822324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	83827822	rs3214025	A	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=29;PP=796;SC=AAAAATAGCTATTTTTCTGAG;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=83827830;WS=83827812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	83838217	rs1031639	G	A	6243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr4	83839799	rs6535411	A	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=19;PP=792;SC=TGGGCATATTAATCTTTTTGT;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=83839807;WS=83839789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	83849581	rs6535412	A	G	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=210;SC=GAGCATCACAATTTACACAGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=83849589;WS=83849571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	83852065	rs985899	G	A	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=17;PP=1121;SC=TATTTGGGAAGTACTATAAAA;SOR=1.493;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=58;WE=83852073;WS=83852055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	83857108	rs6535413	AT	GA	10562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=55;PP=2947;SC=TTTAAAAGATATTATTTTCCG;SOR=1.018;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=131;WE=83857117;WS=83857098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr4	83857402	rs6535415	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=24;PP=699;SC=TGGATATTTCTGTCAGTTAAA;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=83857410;WS=83857392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	83900043	rs6535422	A	G	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=29;PP=1312;SC=AACCTGCAATAACTGGTGGTG;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=71;WE=83900051;WS=83900033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	83900260	rs7674484	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=384;SC=ATGTAAAACCAGCTCACTTAA;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=83900268;WS=83900250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	83970297	rs3081902	CT	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,23:0.23:101
chr4	83977975	rs6535432	C	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=2;PP=283;SC=GATTCCCTTACGGTACCAGAA;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=83977983;WS=83977969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	83986380	rs10555484	TATTTA	T	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=660;SC=CTGGATTGGATATTTAATTTA;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=83986392;WS=83986370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	83989516	rs2868747	T	C	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=24.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	83989571	rs5859858	G	GT	377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;QD=20.99;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	84189012	rs11448409	G	GT	182.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.30;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	84191031	rs6535454	A	G	5551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=93;NR=52;PP=2642;SC=CATAAATAGTATCATATATTA;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=93;TCR=52;TR=145;WE=84191039;WS=84191021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr4	84193366	rs6841889	C	T	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=20;PP=542;SC=ATTACCACTACCTCTTAGAAA;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=84193374;WS=84193356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	84205618	rs13113787	A	C	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=9;PP=303;SC=GCCGACTCGGAGGCTGCTACT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=84205626;WS=84205608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	84205872	rs6818847	C	A	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=17;PP=795;SC=GCCAGTGCCACAGCCCGCAGG;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=84205880;WS=84205862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	84223461	rs4285078	G	C	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	84230619	rs11099592	T	C	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	84232104	rs6535455	T	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=380;SC=AGCAAACATATAGCAGTATTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=84232112;WS=84232094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	84234190	rs6818355	A	G	636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.32;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	84234229	rs6840520	G	A	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=15;PP=1211;SC=GCTAGTGGGGGATCTCCTTAT;SOR=1.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=84234237;WS=84234219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	84240654	rs12501123	G	A	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=18;PP=463;SC=TAGAAGGTCTGTTTTCACAGT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=84240662;WS=84240644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	84240680	rs12501124	G	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=248;SC=GACTGAAATCGCATATATTTA;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=84240688;WS=84240670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	84347363	rs4693624	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=316;SC=CAAGATAAATATATTTGTAAA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=84347371;WS=84347353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	84352750	rs12645412	T	C	127.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=78;SC=TATAAAGTTATTGCATAACTT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=84352758;WS=84352740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	84353154	rs2047210	T	C	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=266;SC=TTCTTAATCATATAGGAAAGA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=84353162;WS=84353144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	84362443	rs4693088	T	G	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=383;SC=GGAATTTAAATGTTATCAATG;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=84362451;WS=84362433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	84364751	rs7665103	A	G	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	84364808	rs6535473	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=18;PP=536;SC=TTAAGGAAAATATGTTATTTA;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=84364816;WS=84364798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	84367050	rs11099599	G	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=247;SC=TAAAACAAAGGCAAAAAGCTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=84367058;WS=84367040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	84367286	rs11099600	G	A	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=19;PP=581;SC=TCTTCATATAGTGCTCATATA;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=84367294;WS=84367276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	84367887	.	T	G	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=4;PP=581;SC=AAATTTATTTTTATAGAGGTA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=84367895;WS=84367881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	84368225	rs11272773	GCATTGTGGCCAATGCCTGTAATCC	G	1032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=7;PP=2922;SC=AATTGGCCAGGCATTGTGGCC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=84368256;WS=84368215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	84370091	rs13141136	A	G	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=55;PP=1571;SC=ACAGAATTCAATGTTAAACAA;SOR=1.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=21;TCR=56;TR=76;WE=84370099;WS=84370081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	84370124	rs10718573	TA	T	669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.354;NF=0;NR=28;PP=410;ReadPosRankSum=0.622;SC=TCTGTGGAATTAAAAAAAAAA;SOR=1.157;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=28;WE=84370132;WS=84370114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr4	84374480	rs1494961	C	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=17;PP=738;SC=GATGACTCAACTGTTTTCTTA;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=84374488;WS=84374470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	84376743	rs6831595	A	T	8014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=115;PP=2965;SC=ATCTCCGGGCACGAGCTCGGC;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=69;TCR=115;TR=183;WE=84376751;WS=84376733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr4	84377497	rs2279658	A	G	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=260;SC=AGTGTCGTCTAATCCACTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=84377505;WS=84377487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	84380955	rs12505955	G	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=6;PP=160;SC=TTACAGGTATGTTCTTTTTTA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=84380963;WS=84380945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	84381035	rs34365268	CA	C	100	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=99;SC=CTCAAATTTTCAAATTGTGCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=84381043;WS=84381025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	84382058	rs34734728	CA	C	118.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;MQRankSum=0.126;QD=11.89;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr4	84383810	rs12642536	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=470;SC=AAGTCTAAGGCTTTATGCTTA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=84383818;WS=84383800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	84390469	rs148107040	G	GT	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.143;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr4	84393475	rs6535478	C	T	177.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	84397590	rs17352803	A	C	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=82;SC=GAAGATCAGCATTAAGTAATA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=84397598;WS=84397580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	84397620	rs17352824	G	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=105;SC=AGAAAGAACTGCTAGGGTTGA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=84397628;WS=84397610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	84401623	rs6838354	T	C	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=115;SC=ATCCATGAAATAGTAGTTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=84401631;WS=84401613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	84403491	rs35608460	A	AG	356.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=5;PP=363;SC=TATGTATACAATATGTGCTAC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=84403499;WS=84403481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	84509465	rs11394944	T	TG	4579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=30;PP=1944;SC=GAGTATCTGCTCCAATGTGCC;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=84509473;WS=84509455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	84519775	rs71668661	AT	A	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.047;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,23:0.26:87
chr4	85166020	rs348700	C	T	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=26.49;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	85465390	rs3835099	AT	A	474.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=-1.772;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,29:0.88:33
chr4	85556392	rs11310518	CT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.153;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr4	85710822	rs200702938	ACC	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.004;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=10.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=1.679;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr4	85710824	rs13137042	C	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=10.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr4	85765541	rs2869216	T	C	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	86844835	rs6824722	A	G	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=26;PP=1152;SC=CAAATCATGAAAGCTACCTCC;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=86844843;WS=86844825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	86845000	rs6825260	C	G	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=432;SC=GCGAATGTTACTATTAGCTCC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=86845008;WS=86844990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr4	87024228	rs112946101	C	CTG,CTGTG	483.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.03;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,8,10:0.38,0.48:21
chr4	87024409	rs28529458	T	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=24;PP=579;SC=TGAAAGAGAGTGGAAGGGACA;SOR=1.054;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=36;WE=87024417;WS=87024399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	87638342	.	ATT	A	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=2.068;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr4	87808810	rs3035472	G	GCA	2424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=9;PP=1379;SC=CCACCAGTGGGCATTCAAATA;SOR=1.739;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=28;WE=87808818;WS=87808800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	87809387	rs1550931	G	T	5782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=72;PP=2248;SC=TAGGTTTGTGGACCAGGTCTT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=62;TCR=72;TR=134;WE=87809395;WS=87809377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr4	87812586	rs55723875	TA	T	2269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.508;NF=22;NR=42;PP=931;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TACCCTGATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=64;WE=87812595;WS=87812576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,135:0.90:150
chr4	87957989	rs340629	T	C	5520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=24.32;SOR=4.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr4	88048163	rs11448202	A	AT	2479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:19,134:0.88:153
chr4	88048315	rs112686186	GC	G	943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.30;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	88048327	.	CA	C	160	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=8;HapScore=4;MGOF=26;MMLQ=17;MQ=58.82;NF=0;NR=17;PP=160;QD=10.2352941176;SC=TTCCCCCCCCCACCAAGATAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=17;WE=88048336;WS=88048305;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr4	88048328	rs112453934	A	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.20;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	88052219	rs342467	T	C	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=42;PP=1259;SC=ACAATGACCATGTTCTTCTCC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=79;WE=88052227;WS=88052209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	88053085	rs342466	C	T	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=10;PP=282;SC=CAAAAAGATTCTGAAATTTGT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=88053093;WS=88053075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	88056719	rs56703224	GT	G	1585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=22.33;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	88056925	rs342464	A	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=25;PP=682;SC=CAGTCCAGACATTTGTTTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=88056933;WS=88056915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	88226231	rs11735092	T	C	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=107;SC=TTAATCTTGTTCGTTTGACTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=88226239;WS=88226221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	88226480	rs6850131	A	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=313;SC=AAAGAAAAAAAAATTGAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=88226488;WS=88226470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	88231392	rs72613567	T	TA	1066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=841;SC=GTGCTGTACTTACTTCTGTAG;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=88231400;WS=88231382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	88234874	rs7698974	C	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=392;SC=ATTTTTCCTTCTTCATTTTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=15;WE=88234882;WS=88234864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	88238448	rs6531975	A	G	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=27;PP=841;SC=ATATAATCCAAAGATGAGAGT;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=88238456;WS=88238438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	88239609	rs13118664	A	T	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=29;PP=791;SC=GAAGAAACAAATTCCGAAAAA;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=88239617;WS=88239599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	88258483	rs9991501	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=15;PP=332;SC=ACTGATTTTTTGTTTTAAAAC;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=88258491;WS=88258473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	88296051	.	A	AT	148.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=121;SC=CACAATGGCTATTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=88296059;WS=88296041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	88312251	rs368478743	GT	G	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.693;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr4	88312293	rs28654511	A	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=328;SC=TTTAGAGGGTAGCTCGATCTA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=88312301;WS=88312283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	88401616	rs9933	A	G	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.06;NF=45;NR=36;PP=1522;SC=TTAAGAGAAGATCAATGGGAT;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=81;WE=88401624;WS=88401606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	88401735	rs34452129	CTA	C	2404.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=28;PP=1351;SC=TTGTCACTTGCTATAAACTTT;SOR=1.316;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=29;WE=88401744;WS=88401725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	88403823	rs6857504	T	G	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=143;SC=CTTTCTCAGGTCCCCATTATT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=88403831;WS=88403813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	88415636	rs1049544	G	C	8061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=90;PP=2965;SC=ACACTTAAGTGACCATCACTG;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=192;WE=88415644;WS=88415626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr4	88416188	rs13051	G	T	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=31;PP=1028;SC=ATTTTCTTCAGCTTCAGCCCT;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=56;WE=88416196;WS=88416178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	88416223	rs8342	A	G	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=921;ReadPosRankSum=3.356;SC=CAGTGTTGTCAGGTGCTACCG;SOR=0.934;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=53;WE=88416231;WS=88416213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,72:0.97:74
chr4	88532182	.	A	AGT	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=25;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=52;QD=13.75;SC=TACAAAATGTAGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=4;WE=88532191;WS=88532172;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr4	88533163	rs35939827	TTGTGTGTG	T	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=0;PP=198;SC=GGAAGAATATTTGTGTGTGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=88533178;WS=88533153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	88533441	rs13131929	T	C	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.81;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	88533445	rs13131936	T	C	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	88534235	rs2736982	A	G	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=31;PP=1239;SC=GTCAAAATTCAGATAGTAAAG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=88534243;WS=88534225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	88535832	.	A	ATAGCAGTGACAGCAGCAG	12474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=92;PP=2976;SC=GACAGCAGTGATAGCAGTGAC;SOR=1.562;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=204;TCF=13;TCR=191;TR=99;WE=88535840;WS=88535822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr4	88537737	rs2615489	G	A	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=84;PP=2354;SC=AGAAAAACCCGTAAGATTCCT;SOR=1.973;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=21;TCR=85;TR=105;WE=88537745;WS=88537727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	88577573	rs2615480	A	G	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=32;PP=1769;SC=AAAAGTTGAAACTACTTTATT;SOR=1.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=88;WE=88577581;WS=88577563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	88577754	rs4693851	A	G	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=57;PP=1644;SC=AAACTCCACAATTTTGATTGG;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=84;WE=88577762;WS=88577744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	88578310	rs2615479	A	G	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=49;SC=CATTGCAAATATTGAAACTGC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=88578318;WS=88578300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	88732453	rs4693183	C	T	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=117;SC=CATGAAATGACGGCCTTAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=88732461;WS=88732443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	88732531	rs4693878	T	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=7;PP=589;SC=ATATAACAAATAAAGCTACAA;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=88732539;WS=88732521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	88732746	rs13144371	A	G	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=52;PP=2262;SC=AATGCAGAAGACACCACAGAG;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=112;WE=88732754;WS=88732736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	88755828	rs7698623	T	C	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	88755967	rs11097173	C	T	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=32;PP=901;SC=CTCTTGCTCTCTTCATTTGTT;SOR=1.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=88755975;WS=88755957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	88759690	rs6835632	T	C	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=283;SC=ATAATACAACTCAGTGAGAGA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=88759698;WS=88759680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	88761259	rs13130999	A	G	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=58;PP=1752;SC=GTGTTTTATAAGAAAGTTTTC;SOR=1.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=84;WE=88761267;WS=88761249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	88813503	rs6532031	T	C	7597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=27.04;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr4	88928968	rs1805044	G	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=17;PP=602;SC=GACCCGGGCCGGCTGATGGCT;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=88928976;WS=88928958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	88957562	rs17786456	T	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=34;PP=973;SC=TTCATTTGGCTTCATCATTTC;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40;WE=88957570;WS=88957552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	88959381	rs2725221	G	A	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=24;PP=1275;SC=AACTTTTTCAGAGATGTTTCC;SOR=1.227;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=69;WE=88959389;WS=88959371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	89015857	rs2231164	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=23;PP=618;SC=TTTTAAATTTCAAGAAGTTTC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=89015865;WS=89015847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	89016782	rs2231162	A	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=36;PP=1045;SC=CAAATACTAAAAGTCAGGCCT;SOR=1.426;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=52;WE=89016790;WS=89016772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	89018565	rs2231157	A	G	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=25;PP=1514;SC=ATGAAGGAAAAAAACAATTCC;SOR=1.214;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=77;WE=89018573;WS=89018555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	89022362	rs2231153	C	T	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=13;PP=1008;SC=GCCCCGTTCCCAGAACAAAGA;SOR=2.107;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=89022370;WS=89022352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr4	89415396	rs6857425	T	C	8070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr4	89527323	rs17799056	G	A	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=276;SC=TCTTTTGAACGGTGCAGGGAT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=89527331;WS=89527313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	89571260	rs2860420	A	G	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=4;PP=109;SC=TTTCCTTTGCACCACTCCTGT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=89571268;WS=89571250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	89575324	rs2860427	T	A	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	89576581	rs2282593	C	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=443;SC=GCATGCACGCCTATGGTGAAA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=89576589;WS=89576571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	89577214	rs2972040	A	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=22;PP=551;SC=TGGAATTTAAAGGTATTTTAA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=89577222;WS=89577204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	89585235	rs2972018	A	G	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=18;PP=982;SC=TTACTTTATTATTGATGCTTA;SOR=1.164;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=52;WE=89585243;WS=89585225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	89588689	rs3017921	C	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=10;PP=332;SC=ATTTTTGTATCGATGAATTCA;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=89588697;WS=89588679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	89599421	rs2604227	A	C	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=201;SC=TTAATCACCTACTTTTGTCAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=89599429;WS=89599411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	89607905	rs3737488	A	G	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr4	89618837	rs710834	T	C	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=48;PP=1215;SC=TTACCTCCTCTGCCGCTGCCT;SOR=1.188;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=89618845;WS=89618827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	89628242	rs2924934	G	T	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=185;SC=TACTGAGCCTGGTTGATGTGT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=89628250;WS=89628232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	89649659	rs9224	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=3;PP=590;SC=CGCAGCTGCCAGCCCCCTGTG;SOR=2.649;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=89649667;WS=89649649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	89653103	rs112818517	G	A	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=29;PP=1459;SC=TAATATTTAAGTGAGCTATTT;SOR=1.261;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=81;WE=89653111;WS=89653093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	89668210	rs2278877	G	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=42;PP=1169;SC=AGGAAAATGTGTGTGAACATT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=89668218;WS=89668200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	89669110	rs7658690	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.08;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	89669115	rs7658214	A	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.42;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	89670155	rs3756050	C	T	5403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=46;PP=1958;SC=TCAGAACCTCCGGATTGGCTG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=103;WE=89670163;WS=89670145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr4	89671721	rs61737091	C	T	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=72;PP=2127;ReadPosRankSum=-0.827;SC=GCCCAGCCTGCGGCGAGAGGT;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=130;WE=89671729;WS=89671711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,203:0.99:205
chr4	89671810	rs3217628	A	AGG	1536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=1309;SC=GGGCAGTAAGATCAGGACTGT;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=26;WE=89671818;WS=89671800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	89689354	rs3756049	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=346;SC=TGTTTAAACTAGTAAAATTAT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=89689362;WS=89689344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	89711849	rs2290782	T	C	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=63;PP=1608;SC=ACATGTGAAGTGGATCGCAGG;SOR=1.156;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=99;WE=89711857;WS=89711839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	89726283	rs2276936	A	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=145;SC=TTCTACCTGTAAAAAATGTTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=89726291;WS=89726273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	90034686	rs17015027	A	G	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=51;PP=2094;SC=AATGTCTACCATCAAGGACAT;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=119;WE=90034694;WS=90034676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	90168882	rs13115988	G	A	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=6;PP=400;SC=ATAGAGGGACGCATGTGAATA;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=90168890;WS=90168872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	90169925	rs7653897	A	G	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=50;PP=1795;SC=CTCTTCCCTCACTGGAGTCAT;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=92;WE=90169933;WS=90169915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	90170118	rs28622301	A	G	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=40;PP=1562;SC=CACTGGCTGGACTCCTGGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=77;WE=90170126;WS=90170108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	90743317	rs3216147	T	TC	1815.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=14;PP=1084;SC=AGTATCTTGCTCCTGCCTCCA;SOR=1.287;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=26;WE=90743339;WS=90743307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	90743331	rs10005233	C	T	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=22;PP=1009;SC=GCCTCCAGGCCTCACATGAAA;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=90743339;WS=90743307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	90756550	rs7681440	C	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=8;PP=852;SC=ATTCACCTACCTACACATACC;SOR=2.655;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=45;WE=90756558;WS=90756540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	90816023	rs1442140	A	G	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=145;SC=AACTGGCAAAACTCAGTCTTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=90816031;WS=90816022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	90816790	rs2289515	T	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=8;PP=236;SC=GTCTATCAGGTCTAGAAGATT;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=17;WE=90816798;WS=90816780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	91246905	rs9284586	C	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=30;PP=782;SC=TTATTTTATACTTATTTTATG;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=42;WE=91246924;WS=91246895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	91246916	rs9284587	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=27;PP=705;SC=TTATTTTATGGTGTTGAAATT;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=91246924;WS=91246895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	91549156	rs11303496	CT	C	1027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.9975;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.482;NF=6;NR=14;PP=237;ReadPosRankSum=-2.233;SC=AATTTTTGTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.662;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=20;WE=91549165;WS=91549146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,59:0.92:64
chr4	91584811	rs6842658	A	T	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	91584992	rs6842926	A	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	91585060	rs6843110	A	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	91645179	rs62314447	A	T	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=26.37;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	91645275	rs147392922	G	GT	208.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=8;PP=216;SC=TCTTAAAATCGTTTTTTTGTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=91645283;WS=91645265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	91701720	rs2271592	C	T	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=29;PP=786;SC=AAGACTCTTTCCATCCAGTTC;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=91701728;WS=91701710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	91737022	rs17187511	C	T	5608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=69;PP=2394;SC=GCTTGGCCCACGAGTGTACTT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=134;WE=91737030;WS=91737012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr4	91737057	rs17017644	G	A	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=68;PP=2028;SC=TTTGTTCCACGCCCTTATTTA;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=46;TCR=68;TR=114;WE=91737065;WS=91737047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr4	91737150	rs17017647	C	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=29;PP=822;SC=GTCATGAAAACTATAGATCTT;SOR=2.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=91737158;WS=91737140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	94159770	rs13142615	A	G	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	94180159	rs7687990	A	G	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=29;PP=903;SC=AAGTCAGGAAAATGAGTCTTC;SOR=0.961;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=46;WE=94180167;WS=94180149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	94316763	rs1385405	T	G	5270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=57;PP=2075;SC=TTCAGCTTGGTTGCTGGAATC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=117;WE=94316771;WS=94316753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	94344042	rs10034345	G	A	6655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=77;NR=88;PP=2884;SC=CGAAATTTACGTAGCACCGGA;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=77;TCR=88;TR=165;WE=94344050;WS=94344032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr4	95147553	rs34491534	C	CT	75.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;MQRankSum=0.180;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr4	95255637	rs2289186	T	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	95503670	rs3857212	G	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=219;SC=TTCATTTTTTGGTCTGTGTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=95503678;WS=95503664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	95503902	rs5013417	T	C	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=52;PP=1702;SC=TAACCAATGATTCACTTTGTA;SOR=0.892;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=89;WE=95503910;WS=95503892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr4	95505975	rs12639887	C	T	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=192;SC=ATCTGTGTTTCGTATGGCATA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=95505983;WS=95505967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	95508108	rs70946535	CT	C	965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.663;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,69:0.85:81
chr4	95508281	.	C	CT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.346;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,20:0.19:107
chr4	95529430	rs10033359	C	T	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=376;SC=GATTACAGAACGGACATCATT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=95529452;WS=95529420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	95529444	rs9307146	C	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=301;SC=CATCATTAACCTATAGACAAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=95529452;WS=95529420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	95531417	rs10017461	A	G	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=33;PP=1075;SC=TGAGCAGCGCAGCTGCTACTG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=95531425;WS=95531407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	95531562	rs10007050	T	C	177.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=128;SC=ATAGCTCTATTGTGAGCTCTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=95531570;WS=95531552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	95539267	rs966845	G	A	4116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=66;PP=1866;SC=CAGCCTCACAGCTGCAGCTGC;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=111;WE=95539275;WS=95539257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	95561459	rs7690296	A	G	2711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=23;PP=1397;SC=AAACAGCGCTACTTACTCAGG;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=95561467;WS=95561449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	95561651	.	G	GT	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr4	95578588	rs13107595	G	A	5878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr4	96035796	rs10622489	G	GAC	601.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;MQRankSum=-0.154;QD=26.17;ReadPosRankSum=1.148;SOR=0.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr4	96073956	rs1365691	A	T	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=35;PP=1026;SC=TGGCTGTGACAGACTTCTAAA;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=96073964;WS=96073946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	96075965	rs1434536	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=21;PP=548;SC=GACCTCACCTCTCAGGGAGCG;SOR=1.681;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=28;WE=96075973;WS=96075955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	96091250	rs2241744	G	A	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=5;PP=415;SC=AATAGTTATCGGTCCTGGAGG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=96091258;WS=96091240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	96091524	rs2241743	G	A	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=28;PP=852;SC=TTATTTCTGAGGACAAAAGCA;SOR=1.316;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=96091532;WS=96091514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	96106322	rs2289043	A	G	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=27;PP=904;SC=CTGTCCTCCCATCTGTCTCTC;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=96106330;WS=96106312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	96123981	rs3733212	C	T	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=33;PP=1118;SC=TGAGGCGCTTCGCAGCCGCTT;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=66;WE=96123989;WS=96123971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	96127869	rs2276322	T	G	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=21;PP=800;SC=TGAGGACGACTGGGCGGGTGA;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=96127877;WS=96127859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	96137512	rs995062	T	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=435;SC=CCTTCCTCATTGGCCTCCTTA;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=96137520;WS=96137502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	96256616	rs4699423	A	G	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
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chr4	96761256	rs11725710	G	C	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr4	98864859	rs28417716	C	T	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=140;SC=TCTCATATAGCAATTCTGGAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=98864867;WS=98864849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	98893334	rs13147195	G	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=392;SC=ATAACTATTTGACATCCTTTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=98893342;WS=98893324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	98902278	rs35146453	A	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=260;SC=TTATAAAGCCAAAGAGTAGAC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=98902286;WS=98902268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	99027137	rs2865979	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=620;SC=TTATTTCATATAGTCGTGGGA;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=32;WE=99027145;WS=99027127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	99027184	rs2903150	T	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=185;SC=TCTCTCTTGATGTTAACATTT;SOR=1.329;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=12;WE=99027192;WS=99027174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	99027218	rs2903151	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=1;PP=25;SC=TCTTTTTCCTTCAGAAAATTC;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=99027226;WS=99027208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	99030211	rs10019087	C	T	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=2;PP=94;SC=ATATACATTACACCAAAATGT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=99030219;WS=99030201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	99049593	rs17558193	A	G	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=8;PP=550;SC=TGAGGTTTGTAGTATGCTGGA;SOR=1.105;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=99049601;WS=99049583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	99055406	rs13328042	A	G	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=54;SC=AAGACAATATAAGCAGAAAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=99055414;WS=99055396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	99055480	rs13328005	T	C	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	99055730	rs35399947	C	CTAA	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=71;SC=ATTTTCAGAACTGTCTAGTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=99055738;WS=99055720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	99064379	rs4699605	A	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=497;SC=AAGTGTGGAGAAAAAGGAAGC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=99064387;WS=99064369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	99218108	rs34325900	G	GA	2988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=21;PP=1368;SC=ACCATAAAGTGTGCCATACAG;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=99218116;WS=99218098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	99218169	rs35602562	C	CT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr4	99337881	rs10516430	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=15;PP=739;SC=TTATTTTGTTCACGTTGTTCT;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=99337889;WS=99337871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	99399748	rs4303985	G	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=9;PP=621;SC=TAAGAAGAGGGTTCAACCAAA;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=99399756;WS=99399738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	99408106	rs6838913	T	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=21;PP=456;SC=TAAAGATTATTGCATTTGTCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=99408114;WS=99408096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	99802395	rs11729285	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=105;SC=TATTAAAAAACATAGACTTGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=99802403;WS=99802385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	99808805	rs114518275	A	T	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=158;SC=AGTAGACTGGATAATCAAAGC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=99808813;WS=99808798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	99812300	rs116301678	C	A	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	99850126	rs11723037	A	G	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=12;PP=715;SC=TCCAACATGAAGGGGAAGGGG;SOR=1.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=99850134;WS=99850116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	99916777	.	C	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.645;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr4	99918661	rs10035037	A	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=9;PP=312;SC=GGGACCTGAAATTAAGAAACA;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=99918669;WS=99918651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	99926848	rs62323244	C	A	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	99926965	rs2123782	T	C	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	99927037	rs62323245	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=13;PP=336;SC=CAAAGACATTCGGAGTGGTAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=99927045;WS=99927027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	99952607	rs1037476	C	T	3822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=28;PP=2101;SC=TAATACTTTTCCTTCCACTCC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=71;TCR=28;TR=99;WE=99952615;WS=99952597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	99952696	rs62325189	C	G	7917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=2.177;SC=CTGGCTCCACCAAACTTTGTG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=81;TCR=83;TR=164;WE=99952704;WS=99952686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,313:0.99:315
chr4	99960736	rs372906038	CT	C	95.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.396;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr4	99993498	rs28730645	C	T	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=153;SC=AGGTTGGAGGCGCTTCTCCCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=99993506;WS=99993490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	99993686	rs28730644	C	T	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=22;PP=917;SC=AACTCAACATCATTATTACAT;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=99993694;WS=99993676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	99993833	rs28730643	A	G	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=25.77;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr4	99996286	rs62325245	A	C	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.225;NF=19;NR=37;PP=871;ReadPosRankSum=1.590;SC=GAGATGGCATAGTTTTTAAAG;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=56;WE=99996294;WS=99996276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr4	100001247	rs1154412	T	C	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=185;SC=ATATTTACAGTAAGAGACACT;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=100001255;WS=100001237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	100003301	rs28730596	A	T	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=52;PP=1628;SC=ATGTGTAAGTATGTGTGCATG;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=86;WE=100003309;WS=100003291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	100006645	rs1154410	A	G	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=28;PP=1235;SC=GCATATGCAAAAGCAGGTTAA;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=100006653;WS=100006635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	100021242	rs5003497	G	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=54;SC=TTACAGGGAGGTGATTATGCA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=100021261;WS=100021232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	100021253	rs2851278	G	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=60;SC=TGATTATGCAGTAAACATAGT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=100021261;WS=100021232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	100045500	rs1042365	T	G	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=171;SC=TTGTTTAAACTCATGGCTTTC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=100045508;WS=100045490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	100045574	rs1042364	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=10;PP=395;SC=GATAGTATTCTGAATTGCTCC;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=100045582;WS=100045564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	100045616	rs1126673	C	T	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=12;PP=441;SC=ATTGTTCGGACGCTGTTAATA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=100045624;WS=100045606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	100045647	rs2602894	A	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=331;SC=ATTAATAAGTATAATTTTCAT;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=100045655;WS=100045637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	100048327	rs9307234	G	A	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	100048344	.	G	GA	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-2.644;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,22:0.21:104
chr4	100048414	rs1126671	T	C	6298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=67;PP=2480;SC=TCTGGAAAAATAGTCAATCCT;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=74;TCR=67;TR=140;WE=100048422;WS=100048404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr4	100048506	rs6836440	G	A	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=59;PP=1656;SC=CTGTGATGGAGCATAAAAGAA;SOR=1.006;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=100048514;WS=100048496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	100052733	rs1126670	C	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=666;ReadPosRankSum=-0.509;SC=CTTCCTGGATCGGTTTATGTA;SOR=0.361;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=33;WE=100052741;WS=100052723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr4	100062819	rs2032349	A	G	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=61;PP=2037;SC=TATGGCACAGAGAGGTAGCAA;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=110;WE=100062827;WS=100062809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	100064166	rs5860566	G	GA	62.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	100064305	rs4699715	C	G	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=19;PP=812;SC=TTTGAAATCACCTCTGAATTA;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=100064313;WS=100064295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	100065509	rs1800759	T	G	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=24;PP=675;SC=TCCAATCACTTCCTTTTCTCC;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=100065517;WS=100065499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	100128536	rs28720156	G	T	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=7;PP=906;SC=AAGCGTTTATGGTACATTTTT;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=100128544;WS=100128526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	100131163	rs6833176	G	C	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=19;PP=1464;SC=TATGATAAGAGATGACAAAGA;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=69;WE=100131171;WS=100131153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr4	100134713	rs5860571	A	AT	4457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=26;PP=2089;SC=CATTTTCTCGAGTTGGTTCCA;SOR=1.015;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=45;WE=100134721;WS=100134703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	100140306	rs4699735	A	T	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=46;PP=1660;SC=CCTGTAGTACACATGCTGATT;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=88;WE=100140314;WS=100140296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	100235053	rs1789882	A	G	11260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=172;NR=165;PP=2965;SC=GCACTTCCTGAATGGGTTTCT;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=338;TCF=172;TCR=166;TR=337;WE=100235061;WS=100235043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr4	100235140	rs2018417	C	A	8757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=114;NR=147;PP=2965;SC=TGATGTCCACCGCAATGATTC;SOR=0.860;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=115;TCR=147;TR=261;WE=100235148;WS=100235130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr4	100239319	rs1229984	T	C	7119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=59.99;NF=75;NR=74;PP=2189;SC=GTCATCTGTGTGACAGATTCC;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=149;WE=100239327;WS=100239309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr4	100240064	rs55963727	A	T	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=18;PP=670;SC=AAACAGAGAGATGGTGACAGT;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=100240072;WS=100240054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	100268190	rs283413	A	C	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=36;PP=1807;SC=ACCCCTTCTCAAACACTTTCC;SOR=1.106;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=95;WE=100268198;WS=100268180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	100341643	rs1154460	G	A	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	100348837	rs11480228	G	GT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.765;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr4	100356179	rs1154469	C	T	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=38;PP=1589;SC=CTATTTCCAACTTACCCCTGC;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=100356187;WS=100356169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	100356337	rs1154470	G	A	4270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=53;PP=2058;SC=ACATCATTAGGTCATGATGAG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=104;WE=100356345;WS=100356327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	100571566	rs112275946	T	C	6435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=25.64;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr4	100738035	rs715239	G	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=8;PP=528;SC=GAGCAGCCCAGTTGTGTCTCT;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=100738043;WS=100738025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	100757048	rs3733463	G	A	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=29;PP=794;SC=AATGATGAGGGTGTAAAACAA;SOR=2.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=36;WE=100757056;WS=100757038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	100784980	rs3737484	C	T	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=20;PP=557;SC=CTGTACAATTCGATTATTCAC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=100784988;WS=100784970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	100805207	rs6532835	C	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=8;PP=308;SC=TATTTAAGGTCATTAAACACA;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=100805215;WS=100805197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	100870182	rs61203457	T	C	6570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=92;PP=2918;SC=CAAACGCAGATCTACCAACTG;SOR=1.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=61;TCR=92;TR=153;WE=100870190;WS=100870172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr4	100870375	rs2276939	T	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=316;SC=CCTTCCCTCTTGCCGCCTCCC;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=100870383;WS=100870373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	100871152	rs73832925	C	T	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=30;PP=1426;SC=CCGCCCGCCGCGAGATCCGAG;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=90;WE=100871160;WS=100871142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr4	101109161	rs3749604	G	C	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=75;PP=2503;SC=CAATTCTCTGGGTCAGTTTCT;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=147;TCF=71;TCR=76;TR=143;WE=101109169;WS=101109151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	101337270	rs373987562	CAT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=110;ReadPosRankSum=-1.413;SC=TGTATACATACATATATATAT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=101337279;WS=101337260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr4	101338217	rs3733437	T	C	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=19;PP=956;SC=AGAGTAACAATAATTTTCACT;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=52;WE=101338225;WS=101338207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	101343979	rs71878999	CT	C	432.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.78;ReadPosRankSum=1.728;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr4	101368501	rs1157181	A	G	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=174;SC=GAACACTTAGACATGTCCTTA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=101368509;WS=101368491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	101982305	rs78927351	C	G	6031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=78;PP=2507;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GGACATTTACCAGCATCTCAG;SOR=0.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=59;TCR=79;TR=136;WE=101982313;WS=101982295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,234:1.00:235
chr4	102267821	rs2850327	AA	CG	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.227;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=21;PP=2947;ReadPosRankSum=1.678;SC=GGAGGGGAGGAAAGGCGAGGC;SOR=2.078;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=89;WE=102267830;WS=102267811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr4	102642453	rs10856962	T	C	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=8;PP=699;SC=TTGAATTTTTTAATTGTCTTA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=102642461;WS=102642443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	102642526	rs12506517	T	C	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=31;PP=1291;SC=TACAGTAGTCTCTGCTTATCC;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=71;WE=102642534;WS=102642516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	102751401	rs60933909	GT	G	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.730;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.012;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr4	102839287	rs3733197	G	A	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=39;PP=1086;SC=TTCAGACCCCGCACATATTGC;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=102839295;WS=102839277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	102839362	rs3733198	A	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.42;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	102965043	rs3113676	T	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	103188865	.	G	GT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.082;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.027;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,12:0.19:62
chr4	103458888	rs3830689	TCA	T	360.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=0;PP=405;SC=GAGCCCTCTTTCACAGTTTCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=103458897;WS=103458880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	103514658	rs1609993	T	C	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=22;PP=731;SC=GTAGTGGTGCTGGAGCTGGAG;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=103514666;WS=103514648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	103592285	rs227362	C	T	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=3;PP=214;SC=TCACCTATGGCTCTTGGTTTA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=103592293;WS=103592275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	103594918	rs227276	T	C	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=143;SC=ATATATAATTTTTAAAATCCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=103594926;WS=103594912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	103594938	rs227277	G	A	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=178;SC=TGTCCATTCTGAAGTTTCCAT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=103594946;WS=103594928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	103610872	rs227365	A	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=22;PP=656;SC=TCACTCTAATATGTCATATTT;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=103610880;WS=103610862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	103611845	rs227368	C	T	8269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=81;PP=2774;SC=GGGATGGCTACGATCACTTGA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=82;TCR=81;TR=163;WE=103611853;WS=103611835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr4	103612018	rs227369	G	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=22;PP=556;SC=TTGAAGGTAAGACTAAAGCAG;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=103612026;WS=103612008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	103645083	.	G	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	103720065	rs200698775	T	C	6228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=65;PP=2318;SC=AAGCGCACCATAGAGTGCAGA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=129;WE=103720073;WS=103720055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr4	103732704	rs201561589	T	TG	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=0;PP=98;SC=CCACGCATAGTGCACACGCCT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=103732712;WS=103732698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	103911069	rs2715591	C	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=239;SC=TAGTTTCTTCCTGTGCAGTAT;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=103911077;WS=103911059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	103941410	rs57424390	G	GT	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.633;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr4	104032264	rs2720449	G	A	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=238;SC=CCATTATAGAGACCCAAACAG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=104032272;WS=104032254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	104041293	rs2720453	T	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	104057248	rs2720463	G	A	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=5;PP=188;SC=TAAATACATTGATGTTTATAA;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=104057256;WS=104057238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	104059542	rs2243682	G	A	7268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=96;PP=2965;SC=CAGGCTTTCCGTAAGGTGCTG;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=81;TCR=96;TR=177;WE=104059550;WS=104059532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr4	104061845	rs3052340	CTTA	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=355;SC=CAGATAGTGCCTTATTATTGG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=104061855;WS=104061835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	104063071	rs2711898	C	T	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	104066461	rs2615542	A	G	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=43;PP=1202;SC=TTTATATTAAATTGTTCCTCT;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=104066469;WS=104066451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	104066890	rs2169508	T	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=7;PP=294;SC=TATAACTATTTTGTTGTAATT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=104066898;WS=104066880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	104068898	rs2711894	G	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=618;SC=TTGCCCAGGTGGGAGTGCAGT;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=104068906;WS=104068888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	104079424	rs2251322	C	T	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=5;PP=400;SC=TATATACAAGCATATGAAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=104079432;WS=104079414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	104082349	rs2251634	C	T	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=15;PP=517;SC=TTGCCTCCAACTGGCTTTGAT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=104082357;WS=104082339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	104084765	rs11315612	CA	C	85.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr4	104102563	rs17217250	T	C	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=16;PP=596;SC=CATCAGTTGATACCTCATTAA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=104102571;WS=104102553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	104103897	rs4698879	C	T	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=13;PP=658;SC=CTATATTAAGCTGAGATAAAA;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=104103905;WS=104103887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	104104186	rs3835129	T	TACTA	567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=6;PP=625;SC=AGATTAAAACTACTAAAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=13;WE=104104194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	104107043	rs17283278	C	T	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	104117191	rs2290943	A	G	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=16;PP=1096;SC=AGGCAAATATAGTACCTGCAA;SOR=1.141;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=104117199;WS=104117181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	104119587	rs2276975	C	T	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	104510766	rs2765	G	A	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=431;SC=GACAGGACTGGTAAATAGGAG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=104510774;WS=104510756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	105393320	rs4282179	T	C	261.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.18;ReadPosRankSum=0.126;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr4	105393329	rs10693247	C	CT	242.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=8.195;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.24;ReadPosRankSum=0.753;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,10:0.83:12
chr4	105393361	rs4413407	A	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=8;PP=422;SC=AGCCCTATACATAAAATGAAA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=105393369;WS=105393351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	106154990	rs71971966	TATAGATAG	T	1164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=5;PP=948;SC=TTAGTATTTTTATAGATAGAT;SOR=2.066;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=106155005;WS=106154980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	106196951	rs2454206	A	G	5343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=77;PP=2552;SC=ACCTTCTCACATAATCCATAA;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=138;WE=106196959;WS=106196941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	106292121	rs2726526	G	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=143;SC=AATTATAGAAGAAAGTTTACA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=106292129;WS=106292111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	106317370	rs145622118	T	TATAAA	102	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=1;PP=39;SC=TACCAATTAATATAACATTAC;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=106317378;WS=106317360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	106317429	rs13787	C	G	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	106317498	rs34331553	CCAAA	C	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	106320399	rs1490593	G	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=137;SC=TTGGACTGAGGGAGCCAGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=106320407;WS=106320389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	106320446	rs1490594	G	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=105;SC=ACAATTGATTGTGATACCTAG;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=106320454;WS=106320436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	106359209	rs2713862	T	A	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=441;SC=ATTTTTTTTTTAAAAAAAAGC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=106359217;WS=106359199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	106395181	rs4699179	G	A	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=48;PP=1262;SC=GGGCACCCGTGCGCAGCAGCC;SOR=2.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=59;WE=106395189;WS=106395171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	106474096	rs6533206	T	C	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=387;SC=CTGACAGGACTGAATACAACC;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=106474104;WS=106474086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	106569976	rs377587421	CCT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.417;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr4	106819053	rs34712979	G	A	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=19;PP=1026;SC=CTTTTTTTTTGGTAGGTGGCC;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=50;WE=106819061;WS=106819033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	106848314	rs4546247	C	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=3;PP=560;SC=ACATACATAACACATGTGTGT;SOR=3.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=106848322;WS=106848313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	106848703	rs10856978	C	T	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=24;PP=660;SC=TGTGAGCTGCCATTTTGCTGA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=106848711;WS=106848693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	106861557	rs4627867	A	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=15;PP=595;SC=ATCTGCCAATATTATGTAGAT;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=106861565;WS=106861553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	106861730	rs4340795	A	G	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr4	106891531	rs6817700	A	G	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=3;PP=535;SC=ATTTTCTGCTATTTTTGCCAG;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=106891539;WS=106891521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	106892210	rs4449421	T	G	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=83;SC=TTTCTTCATGTTAAAGGTATA;SOR=1.402;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=106892218;WS=106892200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	106924753	rs115149004	C	A	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=158;SC=GTAAAACACACGTTTATATAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=106924761;WS=106924743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	107037630	rs78488187	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=444;SC=AACAATACAGCATATAAGAGA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=107037638;WS=107037620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	107158823	rs11729801	C	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=29;PP=762;SC=ATCTTTTACTCAAACTAAGAA;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=107158831;WS=107158813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	107163773	rs9996386	T	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=12;PP=335;SC=ATCCAGTTTATTGTTTCTTCT;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=107163781;WS=107163763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	107168431	rs3775091	G	C	5067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=79;PP=2401;SC=TTCATTAATTGATCTGGGGTT;SOR=1.076;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=47;TCR=79;TR=125;WE=107168439;WS=107168421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr4	107171647	rs41277029	G	A	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=165;SC=TAAATAAAATGAGAAAAGAAA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=107171655;WS=107171637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	107279518	rs75431821	T	C	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	107288117	rs3018064	T	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.16;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr4	107288449	rs2949646	G	A	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=40;PP=1247;SC=TGCGGCCCAGGCTACAACATG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=107288457;WS=107288439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	108048977	rs2158182	A	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=13;PP=487;SC=GCAAGATGTAAGGCTGAAGGC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=108048985;WS=108048967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	108535335	rs9569	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=13;PP=607;SC=CAAAGAAATGCCAACAGAGAC;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=33;WE=108535343;WS=108535325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	108535641	.	GA	G	46	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=46;QD=20.0;SC=CAAACTTAATGAAAAAAAAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=108535649;WS=108535631;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	108553048	rs3756270	G	C	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=27;PP=829;SC=AGGTAACTTTGCTTTTATGAC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=108553056;WS=108553038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	108575989	rs3733633	G	A	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=28;PP=1292;SC=CTGTACAGCCGTCCAGCCTCT;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=108575997;WS=108575979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	108581002	rs11291153	GC	G	1355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=371;SC=CAACATCTTTGCCCCCCCAGC;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=14;WE=108581010;WS=108580992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	108608100	rs45502094	CTCTAACACT	C	1464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=2965;SC=CTCCAAGTCACTCTAACACTT;SOR=2.115;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=108608116;WS=108608090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	108615226	rs371693146	CT	C	1883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.63;NF=4;NR=46;PP=986;SC=TGTAGTAATACTTTTTTTTTC;SOR=1.556;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=50;WE=108615234;WS=108615216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	108622241	rs17510783	C	T	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=14;PP=918;SC=GAACAGAGCTCAAAATTTAAA;SOR=1.409;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=51;WE=108622249;WS=108622231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	108622475	rs13110240	C	T	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=25;PP=755;SC=TTCTAGTTTACATGAGTCCTT;SOR=1.132;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=37;WE=108622483;WS=108622465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	108641169	rs2074372	C	G	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=8;PP=1148;SC=CCTCCGCGCTCCTGGAAGGAT;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=108641177;WS=108641159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	108641300	rs973126	T	C	7962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=85;PP=2965;SC=TATTGCTCAGTTTGACTTTCT;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=165;WE=108641308;WS=108641290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr4	108641317	rs1127006	G	A	7129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=84;PP=2914;SC=TTCTTGCACAGGCTCCCGGGG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=75;TCR=86;TR=158;WE=108641325;WS=108641307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr4	108641437	rs2074374	C	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=31;PP=877;SC=GGGGCCTCCTCGCGTCGGAGC;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=108641445;WS=108641427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	108641464	rs1319253	AA	GC	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=1138;SC=GCGCTGACTTAAGCACGCGCC;SOR=3.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=22;WE=108641473;WS=108641454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	108926170	rs3775973	T	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=265;SC=ATGTTTATTTTATACTGTAAC;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=108926178;WS=108926160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	108931039	rs4956145	T	C	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=24.95;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	108935768	.	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,22:0.23:94
chr4	108935770	rs7677408	T	C	808.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.252;SOR=0.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr4	108935871	rs4956147	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=271;SC=ATATTGTGTAGTGGTGAAGTC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=108935879;WS=108935861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	108944579	rs4956032	C	T	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	108944821	rs4956033	C	T	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=299;SC=AAAGAAGGAGCATTGTATACT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=108944829;WS=108944811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	108944846	rs4956034	A	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=161;SC=GCTTGTCCACATGCTGTAAAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=108944854;WS=108944836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	108969590	rs4245927	A	G	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=298;SC=CGCAGATATGAGGGGAGAAAA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=108969598;WS=108969580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	108985388	rs4613638	A	G	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=34;PP=1501;SC=AAAGCATCATAAGTTACAGTC;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=77;WE=108985396;WS=108985378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr4	108991979	rs2276335	C	T	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=16;PP=411;SC=ATAGCAATAGCATATTTTATG;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=108991987;WS=108991969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	108999300	rs4956156	G	T	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=32;PP=1734;SC=ACCTGATATGGGATTAAATTG;SOR=1.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=99;WE=108999308;WS=108999290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	108999366	rs4956157	G	A	7501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=71;PP=2965;SC=CACATGACTCGGCTACTTACC;SOR=0.886;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=91;TCR=71;TR=160;WE=108999374;WS=108999356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr4	109000536	rs6819640	T	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=149;SC=CAGAGGTGCATTGAGTTTCAC;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=109000544;WS=109000526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	109002986	rs7681524	T	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=12;PP=338;SC=TCCCCTTCCTTACCCTCCACC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=109002994;WS=109002976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	109010207	rs16996935	A	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=0;PP=240;SC=GGCATCTGGAAGGTCACTCAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=109010215;WS=109010197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	109478108	rs11731416	C	G	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=32;PP=1244;SC=TATTCATTTTCATTGATGGCT;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=109478116;WS=109478098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	109541616	rs3796935	T	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=30;PP=730;SC=CCTGCATCTCTGCCCACGTCG;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=109541624;WS=109541606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	109576843	rs2851380	G	T	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=19;PP=584;SC=ATGATTTGGTGGTGGGAAAGA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=109576851;WS=109576833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	109588238	rs2851374	G	C	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=469;SC=GGTGAGGGGGGCAAAATATGA;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=109588246;WS=109588228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	109664819	rs6533381	T	C	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=507;SC=CAACAATAAGTGAACCTAATA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=109664827;WS=109664809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	109670701	.	CA	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr4	109735133	rs2305436	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=286;SC=TTAGTAGTCTTGAATTAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=109735154;WS=109735123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	109735146	rs2305435	T	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	109735209	rs11733727	T	C	141.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=113;SC=GCCAACTGACTGGCTATCAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=109735217;WS=109735199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	109748227	rs13104307	C	T	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=1099;ReadPosRankSum=-0.692;SC=AAGGGTTAACCGTGTCAGTGA;SOR=0.799;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=60;WE=109748235;WS=109748217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,97:0.98:99
chr4	109759469	rs4956063	C	T	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=30;PP=711;SC=TTGTCTTGCACGAAACATTAA;SOR=3.202;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=109759477;WS=109759459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	109762918	rs11942576	C	A	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=35;PP=955;SC=GAATTGATTCCCTGTTTCCCA;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=109762926;WS=109762908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	109766177	rs10015534	G	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=175;SC=TATACTTTGTGTATCACTGTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=109766185;WS=109766173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr4	109767453	rs5860952	C	CA	5776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=59;PP=2690;SC=AACAGAATTCCGATCAATTTC;SOR=1.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=0;TCR=61;TR=59;WE=109767461;WS=109767443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr4	109769844	rs13130308	C	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=3;PP=396;SC=GACATTTTGGCTTCAAACCTA;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=109769852;WS=109769834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	109769899	rs13135591	C	T	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	109782249	rs13133634	C	T	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=7;PP=142;SC=TGAAAAACAACAGCAACCACC;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=109782257;WS=109782239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	109790373	rs142515007	TAAATA	T	1322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=42.67;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	109810573	rs34358532	ATTT	A,AT	687.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.917;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.71;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,16,11:0.55,0.38:29
chr4	109811003	rs12641411	T	C	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=40;PP=928;SC=ATGACTAATGTGCCTAACTAC;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=109811011;WS=109810993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	109817962	rs10856995	C	T	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=27;PP=705;SC=ATGAACACTACATATTAAAAT;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=109817970;WS=109817952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	109820141	rs144167011	A	ATATATCTC	900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=895;SC=ATCTATATCTATATATCTATA;SOR=2.948;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=13;WE=109820149;WS=109820131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	109820167	rs6853028	A	C	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=9;PP=660;SC=ATATATCTATATACCTACCTA;SOR=1.464;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=37;WE=109820175;WS=109820157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	109820195	rs6853368	C	A	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.55;QD=45.18;SOR=1.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	109820202	rs6853372	C	T	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.53;QD=43.63;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	109820446	rs6830868	T	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=170;SC=ATGCATGACATTTTCTATTTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=109820454;WS=109820436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	109841743	rs17596705	C	T	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	109841889	rs5860955	G	GA	174.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5082;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-2.081;SC=CATATATCAGGAAAAAAAAAG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=109841897;WS=109841879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr4	109842038	rs2030844	T	A	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=161;SC=ATTGTTTTTTTAAAAAATACC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=109842046;WS=109842028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	109863370	rs17531474	C	T	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=27;PP=2045;SC=CAAACCTTGACGGTGAGGATC;SOR=1.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=69;TCR=27;TR=96;WE=109863378;WS=109863360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	109971378	rs1863291	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=12;PP=355;SC=TTTAATTCTTTTTCCTGGTTC;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=109971386;WS=109971368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	110370867	rs13123618	C	T	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=197;SC=TCATGGTGGTCCTGCCTTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=110370875;WS=110370857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	110384047	rs70949082	G	GCTTTT	3931.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.12;NF=29;NR=15;PP=2604;SC=GTAAATACTTGCTTTTTCAGG;SOR=1.749;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=44;WE=110384055;WS=110384037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	110446454	rs6812906	A	G	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=1;PP=55;SC=TGGACAAGTAAAATATTATTA;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=110446462;WS=110446444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	110580084	rs1543812	G	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=431;SC=GTATTAAAAAGAATCTTATGG;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=110580092;WS=110580074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	110581324	rs34754720	A	AT	1255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=548;ReadPosRankSum=-0.022;SC=AAATTTACTCATTTTTTTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=40;WE=110581332;WS=110581314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr4	110581363	rs4698744	T	A	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=38;PP=2166;ReadPosRankSum=-0.904;SC=ATAACAGTTATTTATAGACAT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=76;TCR=39;TR=113;WE=110581371;WS=110581353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr4	110651026	.	TC	T	31.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	110661937	rs551	G	A	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=7;PP=442;SC=AAAATATCCAGTGAGATTTGC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=110661945;WS=110661927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	110670807	rs7441380	G	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=412;SC=ACCCATTAGCGTTTTTAACAC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=110670815;WS=110670797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	110678819	rs5860990	CA	C	407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=190;SC=AAAATGTGGTCATATCATGCT;SOR=1.270;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=110678827;WS=110678809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	110678925	rs11098044	T	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=4;PP=172;SC=TTACCTTGAGTCACAGATGCA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=110678933;WS=110678915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	110678979	rs146158558	T	TTTTAA	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=2;PP=213;SC=AAAGGATAATTTTTGGAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=110678987;WS=110678969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	110679002	rs7437142	G	T	259.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=104;SC=GCACACTATAGCAATATACTA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=110679010;WS=110678992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	110681505	rs2298749	C	T	7829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=89;PP=2965;SC=TGCAAACACCCGATTTGCAAT;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=73;TCR=90;TR=162;WE=110681513;WS=110681495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr4	110681618	rs4382037	C	T	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=38;PP=1470;SC=AGTAAAGTTGCTTTTCCTCTT;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=35;TCR=38;TR=73;WE=110681626;WS=110681608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	110682953	rs17610314	A	G	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=659;SC=CTCATTCTCTATATAGGAGTT;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=110682961;WS=110682943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	110737549	rs6828254	G	A	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=24;PP=640;SC=GCAGTCTTCAGTATTTAGCTT;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=110737557;WS=110737539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	110765361	rs7681770	T	G	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=57;PP=1720;SC=TGAAATAAGATAAAAGGACAC;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=84;WE=110765380;WS=110765351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	110765372	rs7657133	A	G	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=46;PP=1368;SC=AAAAGGACACACTATCAAAAC;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65;WE=110765380;WS=110765351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	110884220	rs61309548	CA	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.485;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr4	111397585	rs61735573	G	A	3514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=35;PP=1313;SC=ACTTTGCGGAGAGAGAGGGCT;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=111397593;WS=111397575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	111398208	rs10004516	A	G	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=29;PP=799;SC=GAGAACGGACAAGTCAAGTAA;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=111398216;WS=111398198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	111398252	rs11734805	C	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=400;SC=CTTAAGCTCACATATCTGCTT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=111398260;WS=111398242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	111437103	rs2348432	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=380;SC=ACTGGTTCCACCATAAGAGTC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=111437111;WS=111437093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	111454153	rs671841	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=4;PP=412;SC=CTGGTAAAAGACATAATAAGA;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=111454161;WS=111454143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	111781650	rs10213399	C	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=3;PP=162;SC=TGTGGTCTGTCGTTGACTGGA;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=111781658;WS=111781640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	113066831	rs10002700	G	A	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=1;PP=43;SC=GCAGGGACCGGGTGGGATCCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=113066839;WS=113066821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	113178966	.	T	TA	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr4	113436044	rs901474	T	G	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=14;PP=760;SC=CGGCGCTGGCTCCTCCCGGGC;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=113436052;WS=113436034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	113468564	rs78336146	C	T	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=1235;ReadPosRankSum=1.786;SC=CACACTCAAACCTAAAACAGA;SOR=0.446;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=64;WE=113468572;WS=113468554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr4	113483446	rs6838559	C	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=253;SC=CATTTATATACTGTACTTTTA;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=113483454;WS=113483439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	113539969	rs7696816	T	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=32;PP=1242;SC=ACTGCTTTCATTGAATGAAGG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=63;WE=113539977;WS=113539959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	113545165	rs6853745	T	G	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=245;SC=GAACTTGGATTTGAAAATTCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=113545173;WS=113545155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	113549989	rs12054518	G	A	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=16;PP=491;SC=ATATCTACAAGATTTTAAAGA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=113549997;WS=113549979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	113554385	rs13104310	A	T	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=281;SC=GAAATATTCAACTATTTATAC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=113554393;WS=113554375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	113569135	rs13136737	G	T	4048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=51;PP=1788;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GGGCGTTAACGCAATTGCTGA;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=96;WE=113569143;WS=113569125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr4	113570639	rs4513633	C	A	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	114028168	rs13134980	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=284;SC=GGTGATTGTTCTTTGTTGTGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=114028176;WS=114028158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	114067233	rs3112981	G	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=424;SC=TCATTGGTCAGACCTCTAAAC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=114067241;WS=114067223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	114081490	rs436855	A	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=8;PP=320;SC=TCAAAGTGCTAGGATTACAGG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=114081498;WS=114081480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	114117472	rs2285710	C	T	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=44.93;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	114117474	rs3214164	A	AT	4978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=27;PP=1261;SC=TCAGGGCACTATTTTCCTCAT;SOR=1.061;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=45;WE=114117484;WS=114117462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr4	114117723	rs2285709	G	A	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	114176848	.	G	GA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=2.373;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr4	114186291	.	G	GA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr4	114209691	rs29357	C	T	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=28;PP=916;SC=AAAGGTTCAGCCATCTGGATG;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=114209699;WS=114209681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	114209732	rs29356	T	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=25;PP=720;SC=TACAAGTGTATTTTTTTCTTC;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=114209740;WS=114209722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	114209763	rs29355	T	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=501;SC=CTAAAGTGATTTTGACGAGGT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=114209771;WS=114209753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	114254452	.	A	ATGTGTGTGTG	160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	114254454	rs77110722	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	114257201	rs3736575	C	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=27;PP=748;SC=AGCGGATCCGCGTAGGCCTGC;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=114257209;WS=114257191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	114260492	rs2272231	G	T	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=28;PP=859;SC=TCGTTATATAGCACAGAAAAG;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=114260500;WS=114260482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	114260538	rs2272230	C	T	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=533;SC=AAAAACTGCCCTTTGTTTTAT;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=114260546;WS=114260528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	114267023	rs9968405	G	A	4655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	114269552	rs2272235	G	A	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=45;PP=1340;SC=GTTCTTAGACGGGGTAGGCGG;SOR=1.361;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=114269560;WS=114269542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	114275243	rs33966911	C	T	11614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=155;NR=135;PP=2965;SC=CAGGGTCTCCCTCCCCTAAAA;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=155;TCR=137;TR=290;WE=114275251;WS=114275233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr4	114276880	rs28377576	T	C	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	114276884	rs3733615	A	G	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.48;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	114279422	rs10013743	A	G	6153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=62;PP=2860;SC=CTACAAAAGAAGCTGTTAGTG;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=88;TCR=62;TR=150;WE=114279430;WS=114279412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr4	114284645	rs35728190	C	T	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=58;PP=1841;SC=GAACTATATGCATATTGGGCT;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=106;WE=114284653;WS=114284635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr4	114286357	.	A	ATGTG,ATGTGTG	1402.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=5.310;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.354;QD=36.91;ReadPosRankSum=1.342;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,16,20:0.42,0.53:38
chr4	114294308	rs2293324	T	C	4288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1699;ReadPosRankSum=2.250;SC=TTGATGAGCATGGACACACCG;SOR=0.262;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=96;WE=114294316;WS=114294298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
chr4	114299187	rs34564840	ATTGT	A	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=6;PP=1176;SC=AAAGCAATAGATTGTTTGAAA;SOR=2.448;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=24;WE=114299198;WS=114299177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	114299347	rs17483231	A	C	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=45;PP=1219;SC=GGTTTGGGTTAGCATGGGGTG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=114299355;WS=114299337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	114309839	rs6533681	C	T	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=76;SC=ACTTTTCTTCCGGAAAAAATT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=114309847;WS=114309829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	114310106	.	CTG	C	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.584;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.600;NF=2;NR=3;PP=172;ReadPosRankSum=1.315;SC=GCATGCATGCCTGTGTGTGTG;SOR=0.709;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=5;WE=114310115;WS=114310096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr4	115544714	rs6851610	A	G	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=70;PP=2928;SC=ACCTGCTGCCAGAGAAGTCCA;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=94;TCR=70;TR=163;WE=115544722;WS=115544704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr4	115577997	rs34115976	C	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=17;PP=485;SC=CTTCATTTCCCCATATCTACT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=115578005;WS=115577987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	115586696	rs4833463	A	G	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=2;PP=98;SC=ATTTGCTGTTACCAAAGCATG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=115586704;WS=115586686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	115586972	.	CT	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr4	115589159	rs6831964	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.663;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=415;ReadPosRankSum=-1.131;SC=TACTGTAGTGCCGATTTTTAA;SOR=3.611;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=19;WE=115589167;WS=115589149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr4	115589302	rs11098261	A	G	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=48;PP=1618;SC=TTGAAACTATATATCATGGTG;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=94;WE=115589310;WS=115589292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	115898200	rs56019717	G	A	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=492;SC=TATGCTCATTGATTTTGGATT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=115898208;WS=115898190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	115898522	rs13115130	A	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=320;SC=TGAGTAAAACAAAATGATATG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=115898530;WS=115898512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	119035948	rs5861378	T	TC	6496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=54;PP=2121;SC=GGATAATATTTCCCCCCCTAA;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=77;WE=119035963;WS=119035938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr4	119064668	rs3749506	G	A	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.757;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=1.209;SC=AAATTGATTGGAAAAAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=119064676;WS=119064658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr4	119161619	rs641962	A	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=5;PP=277;SC=ACAAAGATTGATTTTTAATTA;SOR=1.136;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=119161627;WS=119161609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	119161795	rs617430	G	A	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=11;PP=432;SC=GTTTGGTCCCGGGGTGGTATG;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=119161803;WS=119161785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	119174563	rs609512	T	A	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=51;SC=TATGTATTGGTCACTATATCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=119174571;WS=119174553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	119174640	rs5861382	CT	C	140.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=0.108;SC=TGTGTGTATTCTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=119174648;WS=119174630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr4	119200274	rs658642	C	T	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=187;SC=CCCCGAGAACCGTCAGTTTGA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=119200282;WS=119200264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	119217114	rs788665	C	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=44;PP=1363;SC=ATGTCAAAATCCCTTTTCTCT;SOR=1.574;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=64;WE=119217122;WS=119217104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	119273712	rs13119545	C	G	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=23;PP=1009;SC=CGGACGCGTCCTCGGGGGCCG;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=60;WE=119273720;WS=119273702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	119409225	.	C	T	183	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=43.57;NF=11;NR=0;PP=183;QD=19.7973829588;SC=ATTACCAGACCCCCTCAAGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=11;WE=119409233;WS=119409215;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr4	119435862	rs202102941	A	G	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.88;QD=21.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	119608944	rs58763837	TTG	T	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=131;ReadPosRankSum=-0.028;SC=ATTCATTGTTTTGTGTGTGTG;SOR=1.402;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=4;WE=119608953;WS=119608934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr4	119609039	rs9968326	G	A	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	119609182	.	CTT	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=-2.352;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr4	119609246	rs13130107	A	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=274;SC=GCTGGAGTACAGTAGCATGAT;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=119609254;WS=119609236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	119625273	rs298995	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=12;PP=322;SC=CCAAATAACTGTATACTGTTT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=119625281;WS=119625263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	119718988	rs11730993	C	T	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=72;PP=1986;SC=AAAGGATACACTTAAAACTTG;SOR=1.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=31;TCR=72;TR=103;WE=119718996;WS=119718978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	119726949	rs2303513	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=6;PP=619;SC=CTTTAAAAACGGTGAGAAATT;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=119726957;WS=119726939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	119736598	rs6843524	C	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=3;PP=364;SC=GCACCCTGTCCGCCTTACCCT;SOR=1.981;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=16;WE=119736606;WS=119736588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	119736796	rs2389688	A	C	4481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr4	119737860	rs3775840	G	A	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=22;PP=982;SC=ATAAATGGCCGACTGTGCTGT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=119737868;WS=119737850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	119737885	rs3775839	T	C	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.60;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	119944566	rs138607209	C	CT	1403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=434;ReadPosRankSum=1.602;SC=ACTATGTCTTCTTTTTTTACT;SOR=1.421;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=25;WE=119944574;WS=119944556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,61:0.97:63
chr4	119947961	rs70944826	AAAG	A	9783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=73;PP=2967;SC=GCTGAGAACCAAAGAAGTGGT;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=23;TCR=75;TR=95;WE=119947971;WS=119947951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr4	119950975	rs111780874	A	AT	375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr4	119951647	rs7698598	A	G	10295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=154;NR=92;PP=2965;SC=CTTCAGTGGGACATCTGAGAC;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=154;TCR=93;TR=246;WE=119951655;WS=119951637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr4	119952955	rs61732241	C	T	7607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=90;PP=2965;SC=TCTTCCTCCCCGGCCAGTGAA;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=190;TCF=97;TCR=93;TR=187;WE=119952963;WS=119952945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr4	120071926	rs6853794	T	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=286;SC=TACTTATGATTATGCAATTAG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=120071934;WS=120071916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	120072233	rs6828875	G	C	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.85;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	120072238	rs6828349	A	G	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	120079159	rs11721566	A	G	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=10;PP=1112;SC=AGCAGAGTTTACTTTTGATTA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=49;WE=120079167;WS=120079149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	120133549	rs12644283	T	G	9516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TGCAGAAATGTTCTATCTCTT;SOR=0.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=258;TCF=109;TCR=149;TR=257;WE=120133557;WS=120133539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,376:1.00:377
chr4	120133712	rs6851130	G	A	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=418;ReadPosRankSum=1.045;SC=AGCCCGCTCCGAGGGGCGGGC;SOR=1.646;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=23;WE=120133720;WS=120133702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr4	120177489	rs61736682	A	G	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=32;PP=1107;SC=ACTCACCAGAAGTTTGCTATG;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=120177497;WS=120177479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	120177522	rs7668372	G	T	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=30;PP=1128;SC=CAGGTGAGATGGCTTGATTAT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=120177530;WS=120177512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	120177708	rs7668423	C	T	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=14;PP=375;SC=TAATTATCAACGATATTAATA;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=120177716;WS=120177698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr4	120181724	rs35372126	A	G	6471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=51;PP=2463;SC=AGATTGTTACAATTGGTTTAG;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=136;WE=120181732;WS=120181714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr4	120194718	rs35610634	G	GT	2204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.9986;FS=3.004;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.467;NF=5;NR=31;PP=395;ReadPosRankSum=-0.136;SC=AACAAATGTTGTTTTTTTTTA;SOR=0.339;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=36;WE=120194726;WS=120194708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,111:0.93:120
chr4	120220085	rs111948904	A	AAAAC	1531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=1114;SC=TCAGGTCATAAAAACACACAC;SOR=1.371;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=22;WE=120220093;WS=120220075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	120221425	rs62328407	C	G	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=34;PP=1716;SC=GTCCCCTCCCCGCCCAAAAGC;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=94;WE=120221433;WS=120221415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr4	120241849	rs4834770	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	120241902	rs1799883	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	120243336	rs5861422	TA	T	4025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=53;PP=2473;SC=TTTCTTATCTTAGAACCAACT;SOR=1.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=55;WE=120243344;WS=120243326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	120243389	rs5861423	A	ACTACT	1621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=24;PP=1397;SC=AAATCACCTAACTATGTCAAG;SOR=3.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=120243397;WS=120243379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	120243417	rs5861424	T	TTC	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=20;PP=702;SC=TTAATTCTTATTAATTAATTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=120243427;WS=120243407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	120243419	rs1973598	A	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=15;PP=369;SC=AATTCTTATTAATTAATTCTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=120243427;WS=120243407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	120265438	rs4440203	A	G	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=18;PP=536;SC=TAGTTTAGTTATGGGAATTTT;SOR=0.831;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=120265446;WS=120265428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	120423686	.	T	TA	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.51;NF=2;NR=1;PP=28;QD=13.3333333333;SC=AGTCTACAATTAAAAAAAAAA;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=3;WE=120423694;WS=120423676;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr4	120463856	rs2622497	A	C	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=25;PP=704;SC=GACTTTAACAAACACACCCAA;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=120463864;WS=120463846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	120528327	rs3733526	G	A	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=40;PP=1471;SC=TGTTCCAGGGGCACTGTTATC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=80;WE=120528335;WS=120528317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	120528524	rs10536068	ATCT	A	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=783;SC=GCTCCTAAACATCTTCTCATG;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=120528534;WS=120528514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	120550059	rs11342908	GC	G	1365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=20;PP=513;SC=CAGCTGCTGCGCCCCCCCCAC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=120550075;WS=120550049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	120550125	rs10639733	A	AGGC	1676.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=822;ReadPosRankSum=-0.706;SC=GGTTCCCAGGAGGCGGCGGCG;SOR=0.368;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=16;WE=120550133;WS=120550115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,42:0.93:45
chr4	120550144	rs2953291	A	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=12;PP=478;SC=CGGCGGCGGCAGCGGCAGCGC;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=120550152;WS=120550134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	120983259	rs2908989	T	C	10025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=119;NR=97;PP=2965;SC=ATCTGCAACATATAAAAAGGA;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=119;TCR=98;TR=216;WE=120983267;WS=120983249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr4	121737767	rs2136998	G	A	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=27;PP=819;SC=GGAAGAAATGGTGAAGACATA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=121737775;WS=121737757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	121828519	rs1901135	C	T	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=7;PP=669;SC=TAAAACATTTCAATACTTAAA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=121828527;WS=121828509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	121957734	rs1397645	T	C	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=79;PP=2380;SC=CCACGGTGGCTGAGGAACAGG;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=140;WE=121957742;WS=121957724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr4	121958091	rs3733558	T	G	6250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=70;PP=2965;SC=TCCCATCTTTTAGCTCGACTG;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=78;TCR=71;TR=148;WE=121958099;WS=121958081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr4	121958187	rs3822230	A	G	5870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=78;PP=2586;SC=CCACAAATACATCAAAGTAGT;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=68;TCR=78;TR=146;WE=121958195;WS=121958177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr4	121958697	rs3733560	G	A	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=51;PP=1783;SC=GATATAAACCGGATGGGGAAC;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=94;WE=121958705;WS=121958687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	121961295	rs3836716	A	AT	148.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=8;PP=162;SC=TTTGGTTTTAATTTTTTTTTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=121961303;WS=121961285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	121966807	rs2276959	C	T	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	122053910	.	CA	C	45.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr4	122137662	rs7663440	T	G	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=17;PP=757;SC=GAATCTAAAATAAAAAAATAT;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=39;WE=122137670;WS=122137652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	122148787	rs2044970	A	G	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=114;SC=AAGATTCACAACCTATGTGAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=122148795;WS=122148777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	122255895	rs56351803	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=299;SC=TCACTTGAAAATTGATAAATA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=122255903;WS=122255885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	122257942	rs4558890	A	C	7354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.40;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	122257950	rs2302309	A	G	7750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.12;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	122261495	rs2276956	C	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=295;SC=AAATTATATTCCAATGCCTAC;SOR=1.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=122261503;WS=122261485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	122261785	rs2276955	C	T	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=50;PP=1523;SC=GGAAATAGGACAAATCATACA;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=85;WE=122261793;WS=122261775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	122301350	.	GA	G	1332.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=37.02;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	122301352	.	GAGAGAGAGAGA	G	1326.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.682;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;MQRankSum=0.359;QD=35.86;SOR=2.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr4	122590883	.	TA	T	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
chr4	122617493	rs2306413	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=264;SC=TCACCAGCTGTTGCGCGCGAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=122617501;WS=122617490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	122617631	rs2306415	C	G	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	122617654	rs72678604	C	T	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=33;PP=1202;SC=CTTTTTGGCTCTCAGACAAAT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=122617662;WS=122617644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	122617688	rs2306416	T	C	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=35;PP=1196;SC=CGTCGCAGCATACAAAGTTGT;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=122617696;WS=122617678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	122617718	rs2306417	G	C	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=33;PP=992;SC=CAGCGCAGTGGGGGGCGCACG;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=122617726;WS=122617708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	122617745	rs1131239	G	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=32;PP=1142;SC=CCTGTGCCATGGCGACTACTC;SOR=0.919;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=54;WE=122617753;WS=122617735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	122681373	rs4342205	T	C	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=11;PP=989;SC=AGATCCACCATCATCTTCTTC;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=122681381;WS=122681363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	122683007	rs4370153	G	A	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=41;PP=1167;SC=TAGTGCAACAGCCAAGATTGT;SOR=1.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=122683015;WS=122682997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	122723106	rs67772833	G	A	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=31;PP=912;SC=ATACACATTCGGAAGGGAGAA;SOR=1.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=122723114;WS=122723096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	122732899	rs4295291	A	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=308;SC=TTTTAGTATAAGCAAGCTTTA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=122732907;WS=122732889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	122735225	rs141260260	C	CTTA	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=345;SC=TTATGGCACACTTACTATATA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=122735233;WS=122735215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	122737278	rs3217780	T	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=183;SC=GCCTGGCTAATTTTTCTATTA;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=122737286;WS=122737268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	122737487	rs71985276	C	CT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.962;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr4	122739121	rs3217773	A	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=377;SC=TGGCAGATTCATGAATAAGGT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=122739129;WS=122739111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	122740162	rs2071486	C	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=516;SC=CCTTTGATAACGGCTCTGTAG;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=122740170;WS=122740152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	122740454	rs1396080	T	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=0;PP=463;SC=CTAGGTTCCTTTACAAAGGAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=122740462;WS=122740444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	122742217	rs769242	T	C	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	122749436	rs2706793	G	T	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=23;PP=1352;SC=TATTTAAAATGAAAAACAGAA;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=122749444;WS=122749426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	122749541	rs1507994	C	T	5982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=70;PP=2409;SC=CAGTCCACGACGACACATGTA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=69;TCR=71;TR=139;WE=122749549;WS=122749531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr4	122769967	rs6824258	T	C	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	122782879	rs56159666	G	A	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=34;PP=936;SC=TTACTTTATTGTGAGCATTTT;SOR=1.339;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=122782887;WS=122782869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr4	122872719	rs1396082	G	A	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=25;PP=813;SC=CGCCCCTCCAGCCCCGGCGGC;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=122872727;WS=122872709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	123108762	rs7670081	G	A	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=19;PP=494;SC=AAATTAAATAGTTTTGTGGAG;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=123108770;WS=123108752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	123140739	rs6534345	G	C	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=53;PP=1668;SC=GTTTACACATGAAAGTAGTCT;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=123140747;WS=123140729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr4	123150286	rs6848868	T	C	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	123159136	.	C	CAA	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr4	123175900	rs66570627	G	A	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=11;PP=917;SC=AGGTATGGGAGATTGTTTGGA;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=123175908;WS=123175890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	123185682	rs7664976	C	A	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=427;SC=TCTAGTGAGGCTATACCTTAC;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=123185690;WS=123185672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	123374819	rs368686382	CT	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=1.152;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr4	123536963	rs4833837	G	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=314;SC=CCTTCTGAAAGCAGGAAAAAG;SOR=0.798;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=19;WE=123536971;WS=123536953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	123838758	rs12648093	A	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	123843716	rs13134412	T	C	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=76;PP=1845;SC=CCCAGCTCAGTGGCTGCCGCA;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=24;TCR=76;TR=100;WE=123843724;WS=123843706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr4	123854495	rs1563706	T	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=203;SC=ATTCTTTTGATTAAGTCTATA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=123854503;WS=123854485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	123868279	rs11098682	G	T	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=3;PP=108;SC=GGACTTAGTAGCCTGGACAGT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=123868287;WS=123868272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	123949556	rs1472949	G	A	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=37;PP=1025;SC=TAAAGGTAGGGTGTTAAATTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=123949564;WS=123949546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	124323738	rs300574	T	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=26;PP=767;SC=TCCTGAACTTTTAGCTTTCAA;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=40;WE=124323746;WS=124323728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	125592869	rs114589928	G	A	8183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.193;SC=CTCTTTCTAAGGCTTGTCGAA;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=100;TCR=93;TR=193;WE=125592877;WS=125592859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,312:0.99:314
chr4	126238924	rs6847454	A	T	9259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=121;PP=2965;SC=GCAGCAGTCCAGGCGCGCTCT;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=111;TCR=122;TR=232;WE=126238932;WS=126238914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr4	126239986	rs1039808	C	T	6654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=85;PP=2965;SC=GAGAACGTGGCGCTGGGATAT;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=95;TCR=85;TR=178;WE=126239994;WS=126239976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr4	126240510	rs2940779	T	C	7137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=95;PP=2965;SC=TAGTGTCATCTTAACAGTTTA;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=81;TCR=95;TR=176;WE=126240518;WS=126240500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr4	126241871	rs2710555	C	T	8826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=106;PP=2965;SC=ACATTCCCATCGGTACATCTG;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=105;TCR=106;TR=210;WE=126241879;WS=126241861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr4	126315034	rs925243	T	C	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=25;PP=1412;SC=ACCAGAGTTTTACTGCTCAGG;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=71;WE=126315042;WS=126315024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	126315282	rs925242	A	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=317;SC=TGCAGAAAACATGGAAGTGCC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=126315290;WS=126315272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	126329789	rs958415	T	C	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=30;PP=811;SC=GAGCAGAAGATGGTGGGGGAC;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=126329797;WS=126329779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	126335978	rs4605670	G	C	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=10;PP=727;SC=AAAAGTTTTGGTATAGCTTGT;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=126335986;WS=126335968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	126336990	rs10010000	G	T	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=745;SC=AGCAAGTATTGTCTTAATTAT;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=126336998;WS=126336980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	126337555	rs7675556	A	G	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=8;PP=851;SC=TTATTTCATGAGATGCATTGT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=126337563;WS=126337545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	126355609	rs7656135	T	G	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.628;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=56;PP=1724;ReadPosRankSum=0.818;SC=GTAAAGTTTGTCTGTTTTCTC;SOR=2.015;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=15;TCR=56;TR=70;WE=126355617;WS=126355599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr4	126369872	rs988863	G	C	8284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=96;PP=2965;SC=TCCCTAAAGTGAGAGCCAAAG;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=116;TCR=96;TR=211;WE=126369880;WS=126369862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr4	126372742	rs1567047	G	A	3693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=55;PP=2013;SC=AAACGGCCAGGCACTTTGGTG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=126372750;WS=126372732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr4	126373789	rs12650153	G	A	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=41;PP=1504;SC=CCTTGCCACAGTGGTGGAACC;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=126373797;WS=126373779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	126389627	rs6814158	A	G	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=10;PP=781;SC=TAAAATTTTCATGAAATTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=126389635;WS=126389617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	126400825	rs1506361	G	T	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=7;PP=527;SC=TAATAAAAGTGTATATTGAGT;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=126400833;WS=126400815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	126402921	rs11098815	T	G	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=800;ReadPosRankSum=0.733;SC=GGTGACTTCATTTGATTAGAC;SOR=1.315;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=126402929;WS=126402911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr4	126412575	rs1014866	A	G	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	128544514	rs12650360	C	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=8;PP=431;SC=GGGCTGGGACCTGGGTGACCT;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=128544522;WS=128544504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	128544696	rs4834207	A	G	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=40;PP=1350;SC=CTTGCCCCGGAAATGTTGGCG;SOR=1.496;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=128544704;WS=128544686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr4	128554404	rs2255457	G	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=22;PP=589;SC=TGGGCTGGGGGAACTGCAAGG;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=128554412;WS=128554394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	128565000	rs3749507	A	G	5727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=61;PP=2386;SC=TCCAACAGCGATACAAAGATG;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=133;WE=128565008;WS=128564990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr4	128584580	rs4833380	G	A	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	128621144	rs377528224	CT	C	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=2.061;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr4	128621272	rs12331481	A	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=11;PP=293;SC=ATTTTGTATAACAGTCATTAT;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=128621280;WS=128621262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	128627050	rs7683627	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=459;SC=AGGGATGCAGCGGTAGGTAGG;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=128627058;WS=128627040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	128632023	rs2305956	A	G	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=16;PP=1500;SC=TTTAAAATTTACTAAAATTTC;SOR=1.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=69;WE=128632031;WS=128632013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	128635022	rs34240473	C	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=288;SC=ATTCAGATTACTCTGTGAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=128635030;WS=128635012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	128651703	rs141499993	G	T	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	128665981	rs769293	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=521;SC=TTTACTTTTTTCTTCCAATAT;SOR=1.893;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=26;WE=128665989;WS=128665971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	128689936	rs2305958	A	G	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=17;PP=538;SC=AGAAAACTCCATTTCTTGTCT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=128689944;WS=128689926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	128703411	.	C	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=462;SC=GGCTCGCGCGCCTCCCGGGCA;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=128703419;WS=128703401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	128723042	rs1380154	T	C	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=15;PP=543;SC=TATCAGGTCTTGGTTTGTGCT;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=30;WE=128723050;WS=128723032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	128803159	rs3811741	G	A	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=155;SC=GAAACTCCTTGTCTACTAGCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=128803167;WS=128803149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	128807219	rs3811740	T	A	4741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=67;PP=2351;SC=TGAAATGCCATCTTTTTTGTC;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=122;WE=128807227;WS=128807209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr4	128812230	.	GT	G	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr4	128814964	rs17012739	G	T	7909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.043;SC=CAACGAGAGAGAGAGCATCTT;SOR=0.245;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=107;TCR=101;TR=208;WE=128814972;WS=128814954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,304:1.00:305
chr4	128817905	.	G	GT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=1.949;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr4	128923001	rs35200534	GT	G	150.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=1.954;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,10:0.83:12
chr4	128995989	rs6534661	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	129012181	rs2306054	G	A	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	129012638	rs1064205	A	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.95;NF=16;NR=27;PP=795;SC=TGGAAGAAGCATTGCTTAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=129012646;WS=129012628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	129012754	.	A	AT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.164;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr4	129029009	rs34678812	G	GA	3165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=27;PP=1649;SC=TCCCTCTTGGGAAAAAATGTG;SOR=1.082;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=49;WE=129029017;WS=129028999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr4	129043204	rs12508837	C	G	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=11;PP=497;SC=AAAAAACATCCTGGAGGAGAT;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=31;WE=129043212;WS=129043194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	129043286	rs3733320	C	T	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=25;PP=883;SC=ATGGCTTATACTATTATGAAC;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=55;WE=129043294;WS=129043276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	129043601	rs3832282	T	TG	5308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.46;QD=45.76;SOR=1.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	129043614	rs3733321	G	T	6073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.43;QD=45.67;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	129043617	rs3733322	T	G	6213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.29;QD=42.27;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	129043809	rs12509092	G	A	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=37;PP=953;SC=AGTCTATGGTGCATGATCTAA;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=129043817;WS=129043799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	129100643	rs12645577	G	A	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=64;PP=2055;SC=TCCAGAGACCGTGGGCCAGGA;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=113;WE=129100651;WS=129100633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	129776983	rs76983300	C	CT	640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=20;PP=523;SC=GTTGTTTTTACTTTTTTTTAA;SOR=2.147;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=22;WE=129776991;WS=129776973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	129924977	rs3113487	C	A	5096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	129961179	rs3113489	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	129965026	rs1450727	T	C	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=0;PP=67;SC=TCTTGTCAATTCAAGAACAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=129965034;WS=129965016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	130023759	rs1757935	A	T	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=27;PP=1489;SC=TCTTTTAGAGACTTCAGATGG;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=80;WE=130023767;WS=130023749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr4	130030652	rs337277	A	G	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=29;PP=1179;SC=ATCGTTCAGAATGTCCAGAGG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=62;WE=130030660;WS=130030642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	133367588	rs1827132	T	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=13;PP=501;SC=AGTCCTGAATTGCAGGTGCCA;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=30;WE=133367596;WS=133367578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr4	133367655	rs1827133	G	A	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	133368361	rs70948202	T	TC	626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=420;SC=TGGGTAAGGCTTGAGACTTGC;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=133368369;WS=133368351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	135121066	rs11099273	T	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=11;PP=799;SC=TCTTTCCTAGTGTCTCTGGGC;SOR=1.532;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=40;WE=135121074;WS=135121056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr4	135121368	rs2044116	G	T	7538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=95;PP=2965;SC=CCTGTCGCTCGACTTTCTTTT;SOR=0.803;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=89;TCR=98;TR=182;WE=135121376;WS=135121358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr4	135121601	rs10009368	C	T	6297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=88;PP=2965;SC=TTTATGTAAACATTGGTGAAT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=179;WE=135121609;WS=135121591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr4	139100372	rs4479754	C	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=1;PP=379;SC=AATTCTTACCCGACATTATTC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=139100380;WS=139100362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	139103366	rs10016559	A	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=292;SC=AGAAAGTAAAATACTATCTAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=139103374;WS=139103356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	139140388	rs10025342	G	A	6569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=75;PP=2965;SC=AATGAACTACGCAAACCACCA;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=97;TCR=75;TR=171;WE=139140396;WS=139140378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr4	139140494	rs6838248	G	C	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=79;PP=2117;SC=TTCCTGAAAAGGCGTCTTTAA;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=129;WE=139140502;WS=139140484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr4	139153317	rs6823642	T	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=532;SC=AAAAAGAACATGATGTGAGAG;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=139153325;WS=139153312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	139482958	rs7694744	G	T	3041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=44;PP=1577;SC=TGACTACATCGCCGGGATGTC;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=81;WE=139482966;WS=139482948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	139483177	rs7679047	T	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=15;PP=434;SC=CCATGTCGTCTCCAGGACCAC;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=139483185;WS=139483167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	139937071	rs3749515	C	T	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=111;SC=GACTCGGTGCCCTCGGCCCCA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=139937079;WS=139937061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	140005294	rs4863628	A	G	13332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=124;NR=121;PP=2965;SC=TACCGGCCCGAATGAGCAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=246;TCF=125;TCR=121;TR=245;WE=140005302;WS=140005284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr4	140039107	rs60424237	C	CA	327.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;MQRankSum=0.452;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr4	140187661	.	CT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.336;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,13:0.22:58
chr4	140263849	rs11944434	G	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=4;PP=347;SC=TGATCCACCCGCCTTAGCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=140263857;WS=140263839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	140270589	.	A	AT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.765;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr4	140270875	rs2044810	G	A	219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=21;SC=GCAGTGGCTCGTGCCTGTAAT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=140270883;WS=140270865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	140417471	rs4863655	G	T	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	140417671	rs4863656	G	C	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=45;PP=1253;SC=TGATTCTTCTGGCCACTGAAA;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=140417679;WS=140417661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr4	140587261	.	C	CGT	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.13;ReadPosRankSum=-1.608;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	140587263	rs2646047	C	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.18;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	140587269	.	T	TGTGCGCGC	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.667;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr4	140587271	.	C	CGCGCGCGCGT	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.23;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr4	140587273	.	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr4	140625323	rs925424	A	G	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	140640703	rs61747885	G	T	6581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=77;PP=2823;ReadPosRankSum=-1.145;SC=CTGTGCTGGGGGCTGGCTGAA;SOR=0.250;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=147;WE=140640711;WS=140640693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,248:1.00:249
chr4	140651584	rs5862430	TCTG	T	9286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=62;PP=2993;SC=TCCGCCAAAATCTGCTGCTGC;SOR=0.836;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=97;TCF=28;TCR=69;TR=84;WE=140651597;WS=140651574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr4	140810334	rs3733381	T	C	3916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=36;PP=1917;SC=CCTTTTCCATTTCTTAGGAGA;SOR=1.017;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=95;WE=140810342;WS=140810324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	140810637	rs11100342	C	T	5810.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=86;PP=2964;SC=GTGGAGGTGGCGGCTGCTGCT;SOR=0.962;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=66;TCR=86;TR=152;WE=140810648;WS=140810627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr4	140810638	.	GGCT	G	115.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=3.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.282;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,17:0.09:197
chr4	140811063	.	TTGCTGCTGCTGC	T	3000	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=22;NF=8;NR=50;PP=3000;QD=20;SC=TTGAGTGCTGTTGCTGCTGCT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=102;TCF=17;TCR=85;TR=58;WE=140811104;WS=140811053;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:44,58:0.57:102
chr4	140811080	.	GC	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.49;MQRankSum=-2.742;QD=0.37;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,17:0.09:184
chr4	140811082	.	TGCTGCTGCTGCTGC	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.644;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.49;MQRankSum=-2.742;QD=0.37;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,17:0.09:184
chr4	140811083	rs373804063	GC	G	6114.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.50;MQRankSum=2.806;QD=34.16;ReadPosRankSum=1.757;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,162:0.91:179
chr4	140811085	rs58287721	TGCTGCTGCTGC	T	5829.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.48;MQRankSum=3.363;QD=33.70;ReadPosRankSum=3.135;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,155:0.90:173
chr4	140811096	.	C	T	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=26;NF=59;NR=62;PP=2965;QD=20;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=121;WE=140811104;WS=140811053;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:20,121:0.86:141
chr4	140811135	rs3733382	T	C	9132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=102;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=80;PP=2210;SC=GCTGTTGCTGTTTCTGCTGCA;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=144;WE=140811143;WS=140811125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr4	141290574	rs2668577	C	T	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=21;PP=561;SC=GGAACATGTTCTGCAAATTAA;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=141290582;WS=141290564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	141311960	rs358329	T	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=366;SC=ATACAATAAATGGGATTTATT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=141311968;WS=141311950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	141321425	rs2252427	A	G	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=85;SC=TGGGGTACACATTTGTTTTCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=141321433;WS=141321415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	141383034	rs10644682	T	TAC	874.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=0.902;QD=15.62;ReadPosRankSum=-2.029;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr4	141458485	rs882930	T	G	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=473;SC=GCTTTCTAAATAGACATATGA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=141458493;WS=141458476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	141481203	.	AT	A	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-1.916;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,20:0.20:100
chr4	141543997	rs1560440	G	A	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=59;PP=1983;SC=CTGCCGTGGCGTGGTACAGCT;SOR=0.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=100;WE=141544005;WS=141543987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr4	141549393	rs2291711	C	A	6178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=46;PP=2242;SC=ACACCTAAAACAGAGACTTCA;SOR=0.964;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=120;WE=141549401;WS=141549383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr4	141554949	rs10002459	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=48;SC=TAGAGGCAACGATTTATCCAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=141554957;WS=141554940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	141555062	rs6851737	G	T	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	141592206	rs4956473	A	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=275;SC=ATTTTATTGAAGCAAAACTGA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=141592214;WS=141592196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	141600320	rs4956329	A	G	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=34;PP=1131;SC=CATTCTTCTCAAGCTGAGTGA;SOR=1.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=141600328;WS=141600310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	141607679	rs13112073	C	T	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=30;PP=778;SC=AAAAACCAGGCTCACTTTTTC;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=141607687;WS=141607669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	141677006	rs70943501	A	AG	2245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=14;PP=1794;SC=CCTGCAGCCCAGGCCGCGGGC;SOR=1.875;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=44;WE=141677014;WS=141676996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr4	141771713	.	TGG	T	218.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=1.538;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr4	141771715	rs78877852	G	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.085;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr4	141847077	rs13138724	G	A	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=40;PP=1652;SC=TCCCTGCTTTGAGGGCAACGC;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=91;WE=141847085;WS=141847067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	141847110	rs13120735	T	C	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=49;PP=1836;SC=ATTATAATGCTGTAGGCTGTG;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=109;WE=141847118;WS=141847100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr4	141847279	rs12503723	G	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=26;PP=724;SC=GAGAATACCTGGTCCACCATG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=141847287;WS=141847269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	141868736	rs2321687	G	T	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=285;SC=CCAGCAGGTCGGGGCCAGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=141868744;WS=141868726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	141869062	rs6857782	C	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=21;PP=532;SC=CTTCCAACCTCTACTTCTTGT;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=141869070;WS=141869052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	141924720	.	TACACACAC	T	551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.41;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	141927365	rs138771695	CATATATATACACATATATATGTGTATGTAT	C	2013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=4;PP=2976;SC=TATATACACACATATATATAC;SOR=2.560;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=13;WE=141927402;WS=141927355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	141940074	rs4245936	T	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=171;SC=TGAAATATTATACAGGTTTTT;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=141940082;WS=141940064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	141940187	.	AATATATATATATATAT	A	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.46;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	141940234	rs4245937	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	143003155	rs11446749	G	GA	1126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=9;PP=528;SC=GACCTTAAAAGAAAAAAACTT;SOR=1.132;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=19;WE=143003163;WS=143003145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	143007197	rs336325	C	T	1909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=26;PP=1065;SC=TGACACCTGGCAACCCAAAGT;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=143007205;WS=143007187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	143007419	rs336324	A	G	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=26;PP=783;SC=TCTGAAGGGGAAAAAACAAAG;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=143007427;WS=143007409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	143007460	rs336323	T	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=292;SC=GTGTTCACATTAAGCTGCCCA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=143007468;WS=143007450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	143043205	.	C	T	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=585;SC=AACCTGAATTCTCCTTGCCTC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=143043213;WS=143043195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	143044666	rs2645786	A	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=544;SC=AGATTCGATTATCAGGTATGT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=143044674;WS=143044656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	143130034	rs1907123	A	T	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=31;PP=1260;SC=GTAAGTAGAGAAATTGCTTCC;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=76;WE=143130042;WS=143130024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	143130219	rs1994217	T	A	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=565;SC=TATTTTTATCTTAAATCCATA;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=143130227;WS=143130209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	143181747	rs66750380	AT	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr4	143181748	rs1907111	T	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=-1.768;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr4	144124492	rs4234886	G	A	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	144135718	rs4285045	G	A	5324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=66;PP=2615;SC=CTTATGCCAGGAATATCACAA;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=62;TCR=67;TR=128;WE=144135726;WS=144135708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr4	144136193	rs10000911	T	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=278;SC=GAGTTTTTATTAAATTCTGAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=144136201;WS=144136183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	144380399	rs13114896	G	A	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=222;SC=AACATTCATGGACCTCATTTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=144380407;WS=144380389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	144381401	rs3795246	A	G	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=2;PP=783;SC=ATGAATGATTATAAACATAAG;SOR=4.479;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=28;WE=144381409;WS=144381395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	144447630	rs7694156	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=26;PP=717;SC=TTCTAGTATTTCATTACATTT;SOR=1.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=35;WE=144447638;WS=144447620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	144456124	rs6818251	A	G	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=46;PP=1362;SC=AATGGTATGTATTCTCAGATG;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=144456132;WS=144456114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	144459637	rs4690724	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=344;SC=TGTAACCAAGTAGGTAGCTTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=144459645;WS=144459631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	144466050	rs7692376	A	G	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	144466100	.	CTT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr4	144467104	rs13139128	T	C	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=496;SC=AGCTGCCTAATGCAGCACAGG;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=144467112;WS=144467094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	144469383	rs2088415	A	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=24;PP=635;SC=AAAAAAATCTATGAAGTAGAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=144469391;WS=144469373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	144471402	rs1979776	T	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=531;ReadPosRankSum=0.962;SC=TTTTTTTCCTTAAGGGAGAAC;SOR=3.092;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=22;WE=144471410;WS=144471392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr4	144618610	rs1034494	G	C	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=39;PP=1604;SC=ACTCCCCGACGAAGACCTTGG;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=83;WE=144618618;WS=144618600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	144801503	rs368319263	TA	T	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=19.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-10.661;QD=2.12;ReadPosRankSum=-3.459;SOR=3.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,15:0.12:122
chr4	144801510	rs199587133	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=21.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-9.671;QD=3.93;ReadPosRankSum=-3.711;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,20:0.14:140
chr4	144801522	rs200725864	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=20.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-8.027;QD=4.67;ReadPosRankSum=-4.844;SOR=2.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,38:0.21:179
chr4	144801662	rs1132785	C	G,T	16421.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.86;QD=30.75;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,255,279:0.48,0.52:534
chr4	144801662	.	CCTGTATAAA	GCTGTATAAC,TCTGTATAAA	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=19;MQ=57.2;NF=52,64;NR=78,89;PP=2944,2962;QD=20;SC=GCTCACAATTCCTGTATAAAA;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=292;TCF=121;TCR=171;TR=130,153;WE=144801679;WS=144801652;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:292
chr4	144801671	rs146400730	A	C	8707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-7.355;QD=18.61;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,227:0.49:468
chr4	144801728	rs201075956	CA	TG	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.518;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.828;NF=4;NR=35;PP=1760;ReadPosRankSum=-2.336;SC=TAAAGCATATCACAAAAGACA;SOR=1.283;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=104;TCF=20;TCR=84;TR=39;WE=144801737;WS=144801718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
chr4	144809800	rs143390057	C	A	6647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=85;PP=2959;SC=TTGTCTTGGACAGAATTAACG;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=84;TCR=86;TR=169;WE=144809808;WS=144809790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr4	144811428	rs4095436	A	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=273;SC=GCATATTCCAATCTGGTCACT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=144811436;WS=144811418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	144811470	rs4095435	A	G	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=104;SC=AGAACAAAAGAGGATTTCACA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=144811478;WS=144811460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr4	144824269	.	CTCCC	TTCCC,TTCCT	2623	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=22;MQ=47.66;NF=100,42;NR=201,113;PP=1737,2623;QD=5.88628309816;SC=CAGAAAATAACTCCCTGCTAC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=303;TCF=102;TCR=201;TR=301,155;WE=144824281;WS=144824259;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:303
chr4	144824273	rs6818201	C	T	4836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=4.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.90;MQRankSum=19.425;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.587;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,232:0.50:464
chr4	144824308	rs202179013	TG	CC	3072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.139;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-11.676;NF=14;NR=43;PP=2165;ReadPosRankSum=-3.417;SC=TCGGCATTCATGTTTATCATC;SOR=0.338;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=155;TCF=33;TCR=122;TR=57;WE=144824317;WS=144824298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,85:0.45:191
chr4	144824346	rs4091835	T	G	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.113;NF=1;NR=20;PP=307;ReadPosRankSum=-3.875;SC=CTTTGTATTATTTTTGACTGT;SOR=0.495;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=69;TCF=4;TCR=65;TR=21;WE=144824354;WS=144824336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr4	144917514	rs1980037	A	C	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=30;PP=1038;SC=ATGAGCTAAGACTCCACTTCA;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=144917522;WS=144917504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	144918867	rs1473055	A	G	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=43;PP=1185;SC=TAACATCAGCATAACATCACC;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=144918875;WS=144918857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	144918893	rs4835126	A	G	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.38;SOR=1.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr4	144918900	rs1849110	G	A	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=1.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	144921607	rs1849119	C	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.95;NF=14;NR=28;PP=771;SC=ATGAGCTGGACATGTGTCCCG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=144921615;WS=144921597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	144938033	rs5862681	A	AT	431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.90;QD=33.21;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	144938081	rs28373876	C	T	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.45;QD=28.98;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	144938120	rs4561879	TG	CC	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.83;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	144940333	rs41279321	G	C	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=26;PP=1103;SC=AACTGAAATAGGGTAGTTCAT;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=61;WE=144940341;WS=144940323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	145040784	rs62334651	T	C	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=24;PP=1257;SC=CTCGTGTAAATAGAGTTCAAT;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=145040792;WS=145040774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	145040962	rs6857144	CA	GT	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=18;PP=393;SC=TGAGAAAGGGCACAAGAATGA;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=145040971;WS=145040952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	145040999	rs62334652	T	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=267;SC=TAGAGCGTATTATGAAAGACA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=145041019;WS=145040989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	145041011	rs70953778	AC	A	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=8;PP=327;SC=TGAAAGACAAACTCTCCCACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=145041019;WS=145040989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	145041686	rs4867	A	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=25;PP=825;SC=CTGAAGAAGAAGTTGAAGTGT;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=43;WE=145041694;WS=145041676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	145041707	rs7658293	CT	AC	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.50;QD=41.23;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	145041720	rs7682260	A	G	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.79;QD=31.86;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	145041741	rs4449373	T	G	318.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.53;QD=45.54;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	145041750	rs45468202	A	C	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.03;QD=36.81;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	145573954	rs3215015	GA	G	1639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=21.86;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	145974935	.	G	GA	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr4	146046138	rs4835203	T	C	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=2;PP=190;SC=TTTTTTTCTCTTAGTCCTCAA;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=146046146;WS=146046128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	146048583	rs1378314	T	G	2700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=25;PP=963;SC=AGGCACTGTTTTAAGCACAGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=146048591;WS=146048573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	146065006	rs9991890	C	T	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=8;PP=649;SC=TATAAAATTTCGAAATTATTT;SOR=1.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=146065014;WS=146064996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr4	146463966	rs1497126	T	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=10;PP=290;SC=AAAAATAGAGTCCAATGTTAA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=146463974;WS=146463956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	146475243	rs10715854	CT	C	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.577;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.343;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr4	146686406	rs34284109	C	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=10;PP=253;SC=CACTTCCTCCCGCCTCCTCCG;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=146686414;WS=146686396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	146697205	rs4835257	A	C	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=639;SC=TCAAGGAAAGAATGGTTCAAG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=30;WE=146697213;WS=146697195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	146770400	rs28497499	T	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.23;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	146806762	rs200461563	CAGAGAGAG	C	531.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;MQRankSum=0.548;QD=31.29;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr4	147104263	rs919483	A	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=35;PP=1055;SC=CAATAGGCCAAAAAAGTACTG;SOR=1.654;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=147104271;WS=147104253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	147110891	rs7745	A	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=12;PP=295;SC=TTGTGATACAATTTGTCCTCT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=147110899;WS=147110881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	147364052	rs1344140	C	T	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=6;PP=163;SC=TCATTCTCCCCTCCCCCACTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=147364060;WS=147364042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	147425114	rs7439061	A	T	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=40;PP=1146;SC=AAATAATTTTATAATCATAGA;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=147425122;WS=147425104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	147431302	rs6816737	G	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=442;SC=CTTAATTTTGGGTTTTTTCAT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=147431310;WS=147431292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	147560199	rs35733768	G	A	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=5;PP=1141;SC=GCCCTTCCCAGCTCCAGCCCC;SOR=3.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=47;WE=147560207;WS=147560189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	147560411	rs13152799	T	C	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;SC=TCGGCTCCCATCGCGCCCTCG;SOR=0.850;Source=Platypus;TCF=62;WE=147560419;WS=147560401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr4	147560457	rs67194443	TGGCGGCGGC	T	4043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=34;PP=2329;SC=ACGCTGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=43;WE=147560476;WS=147560447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr4	147561654	rs3827594	C	G	9557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=110;PP=2965;SC=TCACACTGTCCCACAATAATA;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=131;TCR=111;TR=240;WE=147561662;WS=147561644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr4	147561971	rs3810843	G	T	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=28;PP=767;SC=AAGACTCTTGGCCTCTCCAGA;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=147561979;WS=147561961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	148463840	rs5335	G	C	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=59;PP=1878;SC=GCAACTGTGAGTCCGGGAATC;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=93;WE=148463848;WS=148463830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	148560357	rs2654935	C	T	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=234;SC=TAGTACTTGACAGAATGCTTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=148560365;WS=148560347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	148589677	rs2718454	C	T	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=27;PP=1073;SC=TGAAAATGGACTAATACACTT;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=63;WE=148589685;WS=148589667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	148591769	rs2036502	G	T	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=30;PP=1447;ReadPosRankSum=1.114;SC=TTAATCAGTTGTAAGTATTTT;SOR=0.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=75;WE=148591777;WS=148591759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr4	148601729	rs7666065	C	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=438;SC=CACTATTGAACAATCACCTTA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=148601737;WS=148601719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	148778685	rs11410393	G	GT	185.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.35;ReadPosRankSum=-1.191;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr4	148787669	rs4240341	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=23;SC=AGGGAAAAAAGCATCATTTTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=148787677;WS=148787665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	148796464	rs7663294	C	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=325;SC=TTAGGAGAAACACATTCCAGC;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=148796472;WS=148796454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	148800299	rs13147854	A	G	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=14;PP=1031;SC=CGTTTTAGACATTTCCTCTTT;SOR=1.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=56;WE=148800307;WS=148800289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	148827697	rs35780665	T	TA	635.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5231;FS=1.274;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=317;ReadPosRankSum=-0.261;SC=CAGATAAAAGTAAAAAAAAAA;SOR=0.972;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=21;WE=148827705;WS=148827687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr4	148827747	rs12509618	A	C	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	148827973	rs11099672	A	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=298;SC=GTTCCCTTCTATAACAGGTAT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=148827981;WS=148827963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	148831070	rs4627844	A	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=26;PP=749;SC=ATAATCCTCTATTGCATGTGT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=148831078;WS=148831060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	148985720	rs3775327	T	C	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=39;PP=920;SC=GTCTGCAGCATGGAGTGAGCA;SOR=1.379;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=58;WE=148985728;WS=148985710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr4	148985798	.	T	TGCGTTAGGCTCCCAGACCCCAATGCCAGGG	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=37.60;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	149002016	rs10708334	AT	A	811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=17;PP=511;SC=ATCTGTATATATTTTTTTATT;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=19;WE=149002024;WS=149002006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	149035449	rs1879829	T	C	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	149073555	rs2272089	C	T	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=155;SC=TTAGAAATTACTGAAAGAAAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=149073563;WS=149073545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	149076195	rs7668847	A	G	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=49;SC=AAGAGAAAATATATAAAGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=149076203;WS=149076185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	149356324	rs5528	G	A	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=56;PP=2242;SC=ACAGGTCGCCGTGTGATTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=109;WE=149356332;WS=149356314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	149356516	rs5525	A	G	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=59;PP=2205;SC=AATAGCTCCCATCATCTGGTT;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=120;WE=149356524;WS=149356506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	149357475	rs5522	C	T	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=50;PP=1918;SC=CTTTTAACAACGGCGCGCATG;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=149357483;WS=149357465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	151161470	rs11931842	A	G	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=30;PP=1454;SC=TTTTCCTAACAAATAAAGGCA;SOR=1.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=81;WE=151161478;WS=151161460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	151161490	rs6838238	T	C	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=40;PP=1851;SC=AATACTCCAGTACCATGGAAG;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=99;WE=151161510;WS=151161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr4	151161502	rs6813035	G	T	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=47;PP=1987;SC=CCATGGAAGGGTCTTGGGAGC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=68;TCR=47;TR=115;WE=151161510;WS=151161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr4	151177340	rs13152819	CC	TG	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=20;PP=424;SC=CACCCCCCACCCTCCTCCCGC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=22;WE=151177349;WS=151177330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr4	151177428	rs13101461	C	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.04;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	151177432	rs13101258	A	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	151231371	rs1813134	T	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=9;PP=744;SC=ATAAAGAAAATGAAAATTACC;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=151231379;WS=151231361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	151520216	rs35879351	G	A	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	151765383	rs373761661	GTA	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,6:0.12:51
chr4	151770174	.	TTA	T	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=-0.320;SC=AGTTTGACATTTATATATATA;SOR=0.515;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=4;WE=151770183;WS=151770164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr4	151773593	rs1782360	G	C	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=77;PP=2740;SC=CATCTCTGAGGCATCCTCTTC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=144;WE=151773601;WS=151773583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr4	151829659	rs1201207	T	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=13;PP=675;SC=TCAATGATTTTTTTTCCAAAA;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=151829667;WS=151829649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	152024326	rs4696658	T	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=33;PP=931;SC=AAAGGTCTGTTGAAATCCTGT;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=152024334;WS=152024316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	152025591	.	G	GTTTTT	76.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.56;QD=25.46;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	152048936	rs11099782	A	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=29;PP=825;SC=AACATTTTTTAAAAAAAAACG;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=152048944;WS=152048926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	152053408	rs7664483	G	A	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=11;PP=576;SC=ATATTCTCTTGAAAATTATGA;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=152053416;WS=152053398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	152069406	rs150487703	TACACACACACACACAC	T	955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=12;PP=3000;SC=TGTCCTGTCTTACACACACAC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=13;WE=152069429;WS=152069396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	152070633	rs3792611	T	A	2382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	152201053	rs36097019	G	A	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	152201204	rs1875308	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=262;SC=AAAGTGGTAAAATAGGCAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=152201212;WS=152201194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	152212486	rs13126069	C	T	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=50;PP=1617;SC=GGCTCTCCTGCGTCCCTCCTG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=96;WE=152212494;WS=152212476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	152212603	rs2407221	T	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=24;PP=712;SC=CAGGGGCAGATAACTCACAGG;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=152212611;WS=152212593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	152212704	rs13102005	T	A	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=4;PP=85;SC=GGGGTTGGAATGTGAAGAGTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=152212712;WS=152212694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	152559717	rs11450944	T	TA	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.447;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.169;SOR=1.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr4	152583907	.	CT	C	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr4	152626515	rs113829752	TA	T	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.135;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr4	152681880	.	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=6;PP=424;SC=CTAGAAGCTGGGCCGTAATTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=152681888;WS=152681870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	153252061	rs10033601	A	G	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=47;PP=1390;SC=CTTCACCAATAATAACAGTTA;SOR=1.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=64;WE=153252069;WS=153252051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr4	153267968	rs2714803	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=567;SC=TGATTTCAAAATTCATCCACA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=153267976;WS=153267958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	153271391	.	TA	T	276.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=3;PP=138;SC=CAATGTTAATTAAATATATAA;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=153271399;WS=153271381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	153410390	rs10021011	C	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=11;PP=430;SC=GTGTTGCCCTCGAATTTGAAC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=153410398;WS=153410380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	153549745	rs138358407	C	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;QD=21.03;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	153565641	rs12650966	A	G	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=34;PP=986;SC=GTTCTTCTGTAACAACTTTTA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=58;WE=153565649;WS=153565631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	153870273	.	T	TAAG	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.60;MQRankSum=1.833;QD=5.04;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr4	153870276	rs28633792	T	G	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.26;QD=36.54;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr4	153884092	.	G	GGT	600.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=9.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=-1.234;SOR=2.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr4	153896053	rs61753618	G	A	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=38;PP=1516;SC=CCGAACACCCGCCGCTCCCGC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=87;WE=153896061;WS=153896043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr4	154091111	rs34284701	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=271;SC=TAACTTCATCCGCATCTAAAG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=154091119;WS=154091101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	154178697	rs12643843	A	G	4892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=56;PP=2112;SC=CTGTGCATGAACTGGCACATC;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=105;WE=154178716;WS=154178687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr4	154178708	rs191032240	A	G	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=57;PP=1873;SC=CTGGCACATCACTACTTAGAG;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=95;WE=154178716;WS=154178687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	154191710	rs1470104	G	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=13;PP=304;SC=AGTTTCGCAGGCTGACCTCCT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=154191718;WS=154191700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	154216710	rs893805	G	A	7353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=83;PP=2965;SC=ACCTCGGGACGATCTTAACCA;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=87;TCR=83;TR=170;WE=154216718;WS=154216700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr4	154557383	rs142471814	ATG	A	1579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=1119;SC=GTATTCGCTGATGTGTATTCA;SOR=2.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=154557392;WS=154557373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	154557405	rs3214684	CT	C	1003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=10;PP=558;SC=CTTTCTAAGGCTTTTTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=30;WE=154557413;WS=154557395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	154631543	rs2405432	A	T	6187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=68;PP=2667;SC=TAGTGAATAGATAATGCCTTG;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=154;WE=154631551;WS=154631533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr4	154633580	rs33952548	GA	G	1842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=12;PP=1386;SC=TATATCCCCAGAAACATTCAA;SOR=1.938;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=154633588;WS=154633570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	154644454	rs1456384	T	C	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=27;PP=1233;SC=CAGGTGAGTGTGCCAAGCAAG;SOR=1.115;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=76;WE=154644462;WS=154644444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr4	154669756	rs186165328	C	T	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=28;PP=1601;SC=CAAGCTGATACAAGCTGGAGC;SOR=1.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=83;WE=154669764;WS=154669746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	154709480	rs3810765	G	A	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=17;PP=954;SC=AAGAGGGAAGGCTTACCTTCC;SOR=1.204;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=154709488;WS=154709470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	154709856	rs6535952	A	C	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=52;PP=1166;SC=GCAGGTTGGCAGGGATGGGCT;SOR=1.265;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=74;WE=154709864;WS=154709846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	155156207	rs7655799	G	A	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=59;PP=2440;SC=CTTTTCTAACGTCAGCCAGGA;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=129;WE=155156215;WS=155156197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr4	155161666	rs6535989	C	T	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=26;PP=1499;SC=GCTTTGGTTTCGGCATCTCTT;SOR=1.149;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=50;TCR=26;TR=75;WE=155161674;WS=155161656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	155190927	rs11412936	T	TA	222.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=111;SC=TAGGCTAGCTTAAAAAATTCT;SOR=2.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=155190935;WS=155190917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	155225784	rs1352715	A	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=480;SC=CTGTCTTAAAAAAACAAACAA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=155225792;WS=155225779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	155226421	rs12507663	C	A	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=546;SC=GCAATCATTTCTTTGAAATAC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=26;WE=155226429;WS=155226411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	155241438	rs11935503	G	A	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=9;PP=592;SC=ACAATGTATTGTACACTTAAA;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=155241446;WS=155241428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	155241572	rs11935573	G	A	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=46;PP=1679;SC=TTCATTTCCTGAGAGGATGCT;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=95;WE=155241580;WS=155241562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr4	155242383	rs62331873	C	T	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	155243573	rs13109747	C	T	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=63;PP=1901;SC=TATAATCATACGAAAGTATTG;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=113;WE=155243581;WS=155243563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr4	155243604	rs1352714	T	C	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=54;PP=1644;SC=TATTTCACCATTGTTGGCGTC;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=86;WE=155243612;WS=155243594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr4	155244401	rs140019361	TTTTG	T	684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=40.28;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	155244475	rs12500437	G	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	155244486	rs145036588	C	CA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr4	155256177	rs6858157	A	G	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=56;PP=1803;SC=CTGTGAGCCCACCACCGTCTT;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=96;WE=155256185;WS=155256167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr4	155256205	rs6858712	G	A	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=45;PP=1342;SC=GACCATCAACGAAAGTGTGGT;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=155256213;WS=155256195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr4	155305491	rs34927139	C	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=16;PP=915;SC=TATGGCCCTCCTCCTCATGCA;SOR=1.545;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=53;WE=155305499;WS=155305481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	155407407	rs4346631	A	T	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=424;SC=AGGTCTCGTCAGGGCATGAGA;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=155407415;WS=155407397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	155407569	rs12501998	T	C	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=38;PP=1022;SC=TTTTATCAGATGACATGGTAT;SOR=0.919;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=69;WE=155407577;WS=155407559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	155407680	rs13151559	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=594;SC=AAGCTGTAAAAGAGGAAAACT;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=155407688;WS=155407670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	155410822	rs4696593	G	A	4218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=46;PP=1846;SC=CATCGGAGGCGCTGACCCACA;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=101;WE=155410830;WS=155410812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr4	155411065	rs7656522	T	C	12375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=124;PP=2965;SC=GGCCGCCGGGTAGCAACGCGA;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=159;TCR=125;TR=282;WE=155411073;WS=155411055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr4	155411104	rs6536016	A	C	15511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=171;NR=161;PP=2965;SC=CCAAGGACAGAGAGATGCTCC;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=335;TCF=172;TCR=163;TR=332;WE=155411112;WS=155411094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,604:1.00:604
chr4	155460459	rs12642770	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.06;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	155469959	rs11451354	G	GA	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.052;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.064;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,24:0.21:112
chr4	155505241	rs148317511	A	AGAAGACAGAGTGCTCCCATTCCCACTTC	499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=62.47;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	155507590	rs6050	T	C	16922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=191;NR=164;PP=2965;SC=CAGCTTCCAGTACTTCCAGGT;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=357;TCF=191;TCR=166;TR=355;WE=155507598;WS=155507580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,639:1.00:639
chr4	155508627	rs2070018	G	A	7772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=75;PP=2965;SC=CCTCTACTCAGAAACAAGGAC;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=103;TCR=76;TR=177;WE=155508635;WS=155508617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr4	155510224	rs7656433	A	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=6;PP=126;SC=TTCCTACCCTATCTCTTCCAG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=155510232;WS=155510214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	155525276	rs2066865	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=1;PP=22;SC=GTCAATAAAGGTACCATGTAT;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=155525284;WS=155525266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	155525970	rs1049636	G	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=5;PP=426;SC=GTCAATAGAAGTTAGCAGTTA;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=155525978;WS=155525960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	155718171	rs57686041	A	ATT	189.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.25;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr4	155719919	rs33918255	AT	A	558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.46;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr4	155720274	rs156502	T	C	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=62;PP=1886;SC=AGCATCTTAATGGTCAGATTA;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=123;WE=155720282;WS=155720264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr4	155747891	.	CTTTT	C,CT	2867.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.85;QD=28.68;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,41,57:0.41,0.57:100
chr4	156135676	rs1047214	C	T	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=66;PP=2370;SC=TTGAGATCATCCCGGACTTTG;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=123;WE=156135684;WS=156135666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr4	156136027	rs2880415	C	T	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=55;PP=1932;SC=TGTTCCACATCATCGCCATGT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=112;WE=156136035;WS=156136017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr4	156271269	rs17377470	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=439;SC=ACTTTCCCCTAAAGCAATTAC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=156271277;WS=156271259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	156273768	rs2305050	T	C	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=22;PP=674;SC=TCATATTCATTAATAGCTTGT;SOR=1.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=34;WE=156273776;WS=156273758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr4	156274377	rs1058992	T	C	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	156274584	rs10004913	T	G	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=133;SC=ACATATACATTTATCTTTAGT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=156274592;WS=156274574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	156274606	rs33994283	CATT	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=53;SC=CTCTGATATTCATTATACTTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=156274616;WS=156274596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	156276096	rs3775249	G	A	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	156276289	rs2341894	C	T	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=7;PP=161;SC=CATGTAAATACACATTTTTCT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=156276297;WS=156276279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	156276317	rs2880181	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=6;PP=145;SC=CCACTCCTATAAGAACAAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=156276325;WS=156276307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	156276742	rs34426198	ACT	A	278.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=301;SC=TTAAAAGGAAACTCTTTCTCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=156276751;WS=156276732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	156276788	rs6857158	G	T	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=3;PP=231;SC=TTTCTATCAGGATTACTTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=156276796;WS=156276778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	156276841	rs6834126	T	C	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=16;PP=748;SC=TCATTCTTCTTCTCTTAAAAA;SOR=1.098;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=43;WE=156276849;WS=156276831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	156281666	.	ACT	A	66	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=66.83;NF=0;NR=3;PP=66;QD=33.6666666667;SC=CTATCTATAAACTCTTTTTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=156281675;WS=156281656;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	156283302	rs6829123	G	A	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.07;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	156290032	rs3733392	G	C	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=712;SC=CTCTCTGGGTGCTACCATACT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=156290040;WS=156290022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	156294624	rs34053877	G	GA	228.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=203;SC=AAATGGAAAAGAAAAATGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=156294632;WS=156294614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	156295965	rs11723273	T	C	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	156296868	rs986416	T	A	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr4	156297060	rs17377679	A	G	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=105;SC=TCAACTTCTGATAGTAGCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=156297068;WS=156297050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	156632391	rs11944673	A	G	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=60;PP=1894;SC=ACTCTGTGAAAAAATCTTCAA;SOR=1.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=93;WE=156632399;WS=156632381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	156643183	rs2306554	C	A	5294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=64;PP=2335;SC=TTATTTTTTGCTTTCAGATGC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=129;WE=156643191;WS=156643173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	156680340	rs1459845	G	T	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=39;PP=1177;SC=ACCCCTCCTCGGCCGGCCTGG;SOR=0.872;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=68;WE=156680348;WS=156680330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	156757789	rs113590442	G	GA	57	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.25;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	156757818	rs1399046	A	C	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=193;SC=ATTATCAATAATTTAAAAGGC;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=156757826;WS=156757808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	156784970	rs932081	C	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=19;PP=510;SC=TAATGCTATCCGTAAAAAAAC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=156784978;WS=156784960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	156787214	rs1399044	A	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=1;PP=310;SC=TATATTACTTATATTGTGTTC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=156787222;WS=156787208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	156787340	rs6848883	G	A	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	156826166	rs2137778	C	G	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=384;SC=TACTAAAGTTCATAAAAACCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=156826174;WS=156826156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	156832841	rs12502494	C	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=226;SC=TTCTCTTAACCTTTTCTCTTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=156832849;WS=156832831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	156839462	rs2292537	C	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=20;PP=597;SC=TATACATTTGCTATCTAAAAA;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=156839470;WS=156839452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	156847230	rs1543108	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=660;SC=TACCTAAGGGAAAAAAAAGGA;SOR=1.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=156847245;WS=156847220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	156847237	rs10714400	AG	A	1442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=21;PP=909;SC=GGGAAAAAAAAGGAATTATTA;SOR=1.280;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=156847245;WS=156847220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr4	156874681	rs7670813	A	G	99.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	156874833	rs2292538	G	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=317;SC=GAGGGAGCAGGGACAGATCCC;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=156874841;WS=156874823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	156874849	rs7671674	G	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=6;PP=225;SC=ATCCCGGGGAGGCGCGCGCTC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=156874857;WS=156874839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	157563266	rs7658059	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=4;PP=487;SC=TTGCCTGAGAAAGGCTAGACA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=157563274;WS=157563263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	157700394	rs17035231	A	G	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=53;PP=1645;SC=GAATTCATTCAAAAAGTTATC;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=86;WE=157700402;WS=157700384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	158005876	rs7667450	G	A	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=24;PP=881;SC=TACTAAGAAGGGTAGGTTACT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=158005884;WS=158005866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	158041591	rs11932115	G	A	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=3;PP=591;SC=AGAAGAAAAAGCCATACTATA;SOR=2.432;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=158041599;WS=158041581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	158041896	rs3775724	G	A	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=281;SC=TATTTTATATGTATATGCTTT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=158041904;WS=158041886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	158043559	rs41280501	C	T	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.87;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	158065038	rs12507409	T	C	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=19;PP=580;SC=ACGCCCCAACTCTGCTCATTG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=36;WE=158065046;WS=158065028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	159538140	.	C	CA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr4	159568383	rs13111939	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=340;SC=ATGTTCACAAATTTTTATTTC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=159568391;WS=159568373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	159601676	rs11559290	C	T	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=20;PP=714;SC=CTATGTGCTACAAGATGGTCT;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=159601684;WS=159601666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	159620035	rs7679753	A	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=3.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=410;ReadPosRankSum=1.712;SC=CTTTTGAGTAAAAGAAATTTA;SOR=4.174;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=159620043;WS=159620031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr4	159629814	rs17843966	A	C	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=8;PP=158;SC=AAAATTTTATACTATATGTAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=159629822;WS=159629804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	159630817	rs8396	T	C	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=4;PP=252;SC=ATCATATTCATAGACAAAAAC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=159630825;WS=159630807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	159631991	rs9410	G	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.369;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=542;ReadPosRankSum=-0.515;SC=GATGGGTCTAGTTCAAGAGCC;SOR=0.535;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=159631999;WS=159631981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr4	159640565	rs7666472	G	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=263;SC=CCTGTTTGTCGCTCCCCACCC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=159640573;WS=159640555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	159644494	rs2070630	G	C	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.77;SOR=1.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	159644501	rs2070629	C	T	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	159690622	rs55960593	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=5;PP=111;SC=AGCGTGGACGCGCCTGATCCG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=159690630;WS=159690612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr4	159690640	rs59971723	C	A	129.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=87;SC=CCGAGTGTGGCTCCGGACCCT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=159690648;WS=159690630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	159858736	rs11737459	T	A	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=47;PP=1513;SC=CATCCAACTGTTTAATCAAGA;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=78;WE=159858744;WS=159858726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr4	159881328	rs978297	T	C	38.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr4	159881479	rs9784569	T	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=12;PP=348;SC=CAAGAGAAGCTTGACTTAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=159881487;WS=159881469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	159894250	rs619128	C	T	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=13;PP=978;SC=AAAGCCACTCCCCAGTCTTGA;SOR=1.286;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=159894258;WS=159894240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	159894305	rs662473	T	C	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=32;PP=1263;SC=CCAATTTCACTGACGTACTCA;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=79;WE=159894313;WS=159894295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr4	160050068	rs200262378	TGG	T	108.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.77;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	160107918	rs10014197	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=531;SC=TTGAAGCATGTAACAATTTAA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=160107926;WS=160107908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	160114277	rs6834634	G	C	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	160162315	rs11944449	T	C	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=8;PP=583;SC=GGAAATGTTGTGTTTGGAGAA;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=160162323;WS=160162305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	160225430	rs13103075	T	A	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=14;PP=1098;SC=ATTTTAATTTTAAAATGTCTT;SOR=1.547;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=55;WE=160225438;WS=160225420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr4	160244872	rs33969988	A	AT	120.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.933;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	160251447	rs368303569	GTATA	G	336.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=2.008;QD=25.90;ReadPosRankSum=-1.704;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr4	160251449	rs55734414	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-1.643;QD=5.21;ReadPosRankSum=1.275;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr4	160251449	.	ATA	GTG	70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=47;MMLQ=27;MQ=59.11;NF=1;NR=1;PP=70;QD=61.7339374311;SC=GTGTGTGTGTATATATATGTA;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=2;WE=160251459;WS=160251437;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,2:0.22:9
chr4	160251451	rs56024370	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-1.643;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr4	160251453	.	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-1.833;QD=4.12;ReadPosRankSum=0.724;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr4	160251455	.	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-1.833;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr4	160251458	.	T	TGTG	49.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-1.833;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.449;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr4	160251459	.	A	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-2.353;QD=3.92;ReadPosRankSum=-1.622;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr4	160260209	rs13127789	G	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=12;PP=1070;SC=TTGCTTAATTGCATTGCCATA;SOR=1.552;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=47;WE=160260217;WS=160260199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	160271268	rs11320537	GT	G	595.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.553;NF=10;NR=9;PP=273;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CATATTTAAGGTTTTTTTTTT;SOR=0.578;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=19;WE=160271276;WS=160271258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,34:0.89:38
chr4	160274180	rs10034898	G	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=320;SC=GAATTTTTCTGCCATCCCAGT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=160274188;WS=160274170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	160277276	rs1135004	C	T	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=41;PP=1311;SC=GCCTCGCCCCCTATCAGTCCC;SOR=1.069;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=68;WE=160277284;WS=160277266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	162421109	rs57337277	G	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=341;SC=TTTCCAAAACGTAATTCTACT;SOR=1.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=162421117;WS=162421099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	162431434	rs62324275	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=55;SC=AATACCATCAATTAAAATATT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=162431442;WS=162431424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	162459299	rs4691769	T	C	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=28;PP=1475;SC=TGTGTGCTGTTGGGTGGTTCT;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=84;WE=162459307;WS=162459289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr4	162463660	rs60655417	G	GA	1410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=15;PP=816;SC=TCATTTAAGAGAAAAAAAAGC;SOR=1.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=35;WE=162463668;WS=162463650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr4	162841814	rs5863499	T	TA	1719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.234;NF=7;NR=38;PP=631;ReadPosRankSum=0.328;SC=CCTGAAGAATTAAAAAAAAAT;SOR=0.408;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=45;WE=162841822;WS=162841804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr4	164048199	rs4691895	G	C	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=52;PP=2085;SC=AAACCAAAAAGTTTGTGTGAC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=115;WE=164048207;WS=164048189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	164085425	rs4691896	T	C	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	164087954	rs936562	A	T	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=44;PP=1217;SC=CCAGAAATAGAAAAACAACTT;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=164087962;WS=164087944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	164415734	rs2276979	A	G	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=54;PP=1794;SC=GTTGGGCTAGAGCTTAAAAGC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=98;WE=164415742;WS=164415724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	164435265	rs2304802	A	C	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=23;PP=1197;SC=CTTGATCCCCAAAAAAAGAGA;SOR=1.166;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=64;WE=164435273;WS=164435255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr4	164438523	rs12643109	G	A	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=9;PP=429;SC=ATTATTTGTTGTACATAAAAT;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=24;WE=164438531;WS=164438513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	164438790	rs140868699	TACAA	T	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=407;SC=AAGTTGGGCGTACAAACAGTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=164438801;WS=164438780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	164440581	rs1561736	T	C	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr4	164440743	rs4362779	T	A	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=530;SC=CTAATTGTCATGATACAAAAA;SOR=3.611;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=21;WE=164440751;WS=164440733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	164450255	rs372244193	A	AT	535.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=322;ReadPosRankSum=-0.435;SC=GGATTTGGTCATTTTTTTTTT;SOR=0.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=19;WE=164450263;WS=164450245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,28:0.90:31
chr4	164466824	rs13130399	C	T	6399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=65;PP=2457;SC=CACAGGTGATCGCGATTACGT;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=134;WE=164466832;WS=164466814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr4	164466970	rs11726828	C	T	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=30;PP=784;SC=TTCCCAGACACAGATCATGAA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=164466978;WS=164466960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	164477252	rs33943246	A	AT	1421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=32;PP=528;SC=ACATTATTAGATTTTTTTTCG;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=34;WE=164477260;WS=164477242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	164533316	rs907431	A	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=259;SC=AAAAAGAACAATGTAAATAAA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=164533324;WS=164533306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	164621883	rs9308064	T	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	165118652	rs2288675	C	T	8863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=94;PP=2965;SC=CCCTGAGACTCTTAGTTCAAG;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=97;TCR=96;TR=191;WE=165118660;WS=165118642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr4	165118796	rs2288674	G	A	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=60;PP=1937;SC=GTTGTCCAGGGCAAGTTCTTT;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=97;WE=165118804;WS=165118786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr4	166258905	rs72701627	G	A	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=12;PP=483;SC=TCTGATAGCAGAGACTAATAT;SOR=0.843;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=28;WE=166258913;WS=166258895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	166261589	rs7679322	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=338;SC=TCATGGCCATAAGATTATCAT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=166261597;WS=166261579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	166261609	rs7679808	G	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=261;SC=TATTTCTAAGGAGACTAATAG;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=166261617;WS=166261599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	166262864	rs72701630	G	A	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=4;PP=232;SC=CATTTGAGATGTATTTATTCC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=166262872;WS=166262854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	166263047	rs17585739	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=14;PP=335;SC=CAGACTCTCAGTATAATGCCT;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=166263055;WS=166263037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	166403574	rs2289230	A	G	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=27;PP=766;SC=AGGTTTTATAAGATGATTTCT;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=166403596;WS=166403564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr4	166405584	rs4690821	C	T	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=59;PP=2415;SC=GTAGTGCTCACGAATACAGCT;SOR=0.870;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=80;TCR=59;TR=138;WE=166405592;WS=166405574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr4	166405800	rs2304592	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=610;SC=TGTAGCTTATTTACAATGACC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=166405808;WS=166405790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	166408517	rs2276931	T	C	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=17;PP=838;SC=TGGTTCTTGATTCAGAAGACT;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=50;WE=166408525;WS=166408507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr4	166408782	rs3822062	T	G	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=39;PP=1168;SC=TTCAAACCTGTCCTACAATGG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=166408790;WS=166408772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	166416643	rs7692951	A	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=6;PP=462;SC=CTTAGATGGCATAATTATGCA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=166416651;WS=166416633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	166978539	rs59089153	CT	C	2210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=32;PP=1455;SC=GTCTGTCTTCCTCTTTCTTTC;SOR=2.221;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=166978547;WS=166978529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr4	166981408	rs10651825	T	TA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.290;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr4	167012241	rs33952157	GT	G	1045.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=7;PP=446;SC=TGAGTGATTTGTTTTTTTTTA;SOR=1.708;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=20;WE=167012258;WS=167012231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	167012250	rs33986267	T	A	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=40.88;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	167012381	rs2654492	G	A	5343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=25.33;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	167012480	rs2646914	T	C	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=36;PP=1044;SC=GCTTTCAAGCTACACATTCTA;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=167012488;WS=167012470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr4	167012506	rs2254420	A	G	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=806;SC=CAGCAAATTCAAGTCATGCTT;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=167012514;WS=167012496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	167012543	rs2654493	T	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=528;SC=ATCCAGGTTTTTCTTCTGGTG;SOR=4.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=21;WE=167012551;WS=167012533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	167833973	rs62354113	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	169049435	rs11353908	CA	C	106.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.6281;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=84;ReadPosRankSum=1.465;SC=ACAGATTAGACAAAAAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=169049444;WS=169049425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr4	169183789	rs6552581	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=158;SC=GTTTGTCAATATTATCATCCT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=169183797;WS=169183779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	169279170	rs497151	A	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=265;SC=AGCAGAGCTGATATCTGAGTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=169279178;WS=169279160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	169282112	rs2684346	C	T	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	169282232	rs2684347	G	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=256;SC=CTTACACAAAGGAAGAGCTAT;SOR=0.846;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=169282240;WS=169282222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	169282355	rs2684348	T	C	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=18;PP=603;SC=AGCTGTCCCATACGCATCCTA;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=169282363;WS=169282345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	169292759	rs6829368	T	C	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=6;PP=857;SC=ACCCATAAACTTACCCATTTT;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=169292767;WS=169292749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	169299676	rs10517990	T	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=461;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TTGATTCCATTTATTTTCTGC;SOR=0.428;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=25;WE=169299684;WS=169299666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr4	169301059	rs1489232	T	C	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=201;SC=ATAGTACACATACATACTATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=169301067;WS=169301049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	169312801	rs6840397	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.504;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,68:0.76:89
chr4	169315571	rs11337868	TA	T	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=2;PP=639;SC=TTCAGCATCATAATATGCACA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=169315579;WS=169315561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	169315760	rs3749499	C	A	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=56;PP=1585;SC=GTAATACCCTCTCCAAAGTCT;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=93;WE=169315768;WS=169315750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	169317081	rs1826028	C	A	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=6;PP=241;SC=ACAACTGTAACGTATTATATT;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=169317089;WS=169317071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	169317279	rs3857035	C	T	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	169317284	.	T	TA	43	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=15;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=43;QD=15.3333333333;SC=TGCTACTATTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=169317292;WS=169317269;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chr4	169336662	rs4692661	T	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=8;PP=341;SC=TCTCTCTCCATAGAGCACTAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=169336670;WS=169336652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	169337741	rs17054123	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=5;PP=450;SC=TGAAAGTTATCATAGAAAAAA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=169337749;WS=169337731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	169341435	rs2130145	A	G	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=30;PP=1343;SC=ACATTGTGACAATAATCTCTT;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=73;WE=169341443;WS=169341425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr4	169341614	rs10598232	TACACAC	T	520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=40.06;ReadPosRankSum=1.593;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr4	169391990	.	TA	T	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=1.351;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,33:0.39:84
chr4	169799448	rs62333013	A	G	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=18;PP=628;SC=CTTCGGCCACAGCCAGACGCC;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=169799456;WS=169799438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr4	169812313	rs6827082	T	C	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=17;PP=561;SC=ACATCATCATTATTATTATTA;SOR=1.292;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=169812321;WS=169812303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	169835048	rs1532651	C	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	169846255	rs3733656	T	C	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=31;PP=1104;SC=TCTCATTTCATTGCGTTTACT;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=169846263;WS=169846245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr4	169846359	rs66895777	GCT	G	2685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=19;PP=1665;SC=AATTCATATTGCTCTCTCTCT;SOR=1.195;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=34;WE=169846368;WS=169846349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	169847646	rs35375934	TA	T	95.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;MQRankSum=0.157;QD=11.91;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr4	169928842	rs2877380	G	T	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=6;PP=307;SC=TGTTTCTCCAGCTCTTCAAAT;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=169928850;WS=169928832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	169930210	rs34403282	CA	C	73.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr4	169931268	rs28371817	G	A	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr4	169931274	rs2279038	G	A	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.95;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	169931288	rs2279039	T	C	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	169931326	rs67305871	CA	C	317	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.995;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
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chr4	170315496	rs4692721	C	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	170354836	rs7680152	C	T	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=26;PP=698;SC=ATAAACGTAACGAGAGACATC;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=170354844;WS=170354826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	170354873	rs13139925	T	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=19;PP=534;SC=CAAGAGAATATTGAATAAACT;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=170354881;WS=170354863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	170428334	.	G	GT	137.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.22;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr4	170428352	rs11335570	G	T	171.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.229;HP=17;HapScore=2;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=14;PP=434;ReadPosRankSum=1.036;SC=TTTTTTTTTTGGGCCAGGTCT;SOR=1.996;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=170428360;WS=170428342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr4	170483153	rs62952760	T	A	283.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	170581570	rs4692739	G	A	3070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr4	170616918	rs2062609	G	A	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=6;PP=133;SC=TTTCAGTTTTGTAGGTGATGT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=170616926;WS=170616908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	170623928	rs60812626	CAAAAAAAAAAAA	C	1183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=21;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=3000;SC=CCCATCTCTACAAAAAAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=12;WE=170623947;WS=170623918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr4	170628474	rs1566522	A	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=10;PP=322;SC=GAAGAAAGGAAAGCAATAAGC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=170628482;WS=170628464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	170658731	rs17055114	A	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=213;SC=GTATATAGACATACCTACTTC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=170658739;WS=170658721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	170658944	.	C	CA	458.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=145;ReadPosRankSum=0.691;SC=AAGCAGACATCAAAAAAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=13;WE=170658952;WS=170658934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,27:0.87:31
chr4	170663321	rs6849004	C	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=172;SC=AAAGACCTTTCAAAGTTGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=170663329;WS=170663311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	170989708	rs3214945	C	CA	139.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;MQRankSum=0.140;QD=15.49;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr4	170994554	.	G	GT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr4	172735897	rs3796654	C	G	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.949;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=901;ReadPosRankSum=1.816;SC=AAAGATCACACAAGGATTGGT;SOR=1.616;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=39;WE=172735905;WS=172735887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr4	172973421	rs1505494	G	A	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=4;PP=428;SC=AGAGCCTCAAGGCAGAGAGGA;SOR=2.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=21;WE=172973432;WS=172973411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	172973423	rs10572855	CAG	C	991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=4;PP=791;SC=AGCCTCAAGGCAGAGAGGATA;SOR=2.833;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=17;WE=172973432;WS=172973411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	172973580	rs1505495	C	A	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=38;PP=1221;SC=TTTACCCCAACCCATTCACCA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=70;WE=172973588;WS=172973570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	173232679	rs2136033	A	G	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=4;PP=870;SC=AATAGGCGATAATACACATTC;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=173232687;WS=173232669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	173232944	rs168011	G	T	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.02;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	173803914	rs6810619	T	C	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=25;PP=1167;SC=TCATAGTCCTTTAAAGATTAT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=173803922;WS=173803904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	173873170	rs11322401	TG	T	1203.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.540;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=594;ReadPosRankSum=3.089;SC=ATGACATTTTTGTTTTCCTGC;SOR=0.465;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=27;WE=173873178;WS=173873159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,64:0.90:71
chr4	173930166	.	CT	C	787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=749;SC=CATTTAATTCCTTGATTTTTC;SOR=4.804;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=19;WE=173930174;WS=173930156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	173930479	rs4696042	A	G	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=474;SC=GGCAGTGGGAACCAGTCGGGG;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=173930487;WS=173930469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	174310777	rs4695833	A	T	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=155;SC=AGGTCTGGGGAGGAGTCCAAG;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=174310785;WS=174310767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	174537063	rs4413383	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=536;SC=TGGAGATCCAGACATAAGTGA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=174537071;WS=174537053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	174537221	rs11726970	T	C	5686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=94;NR=57;PP=2965;SC=CTCTTCTCATTCAGAGGTGTA;SOR=1.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=95;TCR=57;TR=151;WE=174537229;WS=174537211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr4	174537356	rs34402795	T	A	11021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=123;NR=136;PP=2965;SC=TCAAATTTGTTGAGTAGCTGG;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=123;TCR=138;TR=259;WE=174537364;WS=174537346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,418:1.00:418
chr4	174537471	rs13103221	G	A	6145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=78;PP=2902;SC=AATTTGCATAGTCCTCAAGAA;SOR=0.936;Source=Platypus;TCF=60;TR=138;WE=174537479;WS=174537461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr4	175225452	rs4695918	G	A	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr4	175237408	rs1553669	T	C	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr4	175443156	rs1050145	C	T	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=33;PP=1186;SC=GAGGTTCAAACTGCTCATCCA;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=175443164;WS=175443146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr4	175443424	rs11433148	C	CT	1780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=13;PP=950;SC=CGCGGCCTCCCTGTCTCCGCC;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=23;WE=175443432;WS=175443414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	175580119	rs6553802	T	C	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=110;SC=TCCCAATTGCTTCTCTTTTCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=175580127;WS=175580109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	175598334	rs6812439	T	C	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=507;SC=TGATCCAGAATGAAACCCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=33;WE=175598342;WS=175598324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	175649861	rs1872548	T	G	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	175688138	rs7696263	A	G	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=45;PP=1566;SC=CGATAGAGCCAAAGCTGTTGA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=96;WE=175688146;WS=175688128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	175688274	rs10551381	TACACAC	TAC,T	542.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=0,0;NR=10,10;PP=339,83;SC=TATTCCATTTTACACACACAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10,10;WE=175688287;WS=175688264;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:13
chr4	176733450	rs62338073	G	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.87;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	176733452	rs113129787	G	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	177040893	rs142013157	A	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=279;SC=TCCAATTCCCAAATAAGAAAG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=177040901;WS=177040883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	177073026	rs4690661	G	A	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=64;NR=54;PP=1908;SC=TGGTGTACCTGCTAAAGAGGA;SOR=0.769;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=118;WE=177073034;WS=177073016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr4	177087322	rs4388031	C	T	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=161;SC=TTTAAGAACACATTCCTTTAA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=177087330;WS=177087312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	177093505	rs4538426	T	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=15;PP=584;SC=TAACATTGTTTTCAAATCAAT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=177093513;WS=177093495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr4	177095908	rs4690665	A	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=26;PP=720;SC=CATTAGAGCAATTTCTCTTGC;SOR=1.092;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=43;WE=177095916;WS=177095898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	177098285	rs17625943	G	A	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=41;PP=1345;SC=TGCATGGAGAGCTTGCACACA;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=79;WE=177098293;WS=177098275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr4	177100515	rs75391699	GT	G	755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;MQRankSum=0.349;QD=19.38;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr4	177113764	rs6857056	A	C	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=443;SC=CAGCTGTTTCAAAGGAAAACT;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=24;WE=177113772;WS=177113754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	177113836	rs6832177	C	T	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=18;PP=830;SC=TGAGGAACTCCGCTTTAAGTT;SOR=0.928;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=46;WE=177113844;WS=177113826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	177116463	rs994252	C	G	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.83;SOR=1.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	177116779	rs4565028	T	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=558;SC=GGCGGCGCGGTCTCGTGGGGC;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=177116787;WS=177116769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr4	177142776	rs10032098	CA	AC	4561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=39;PP=2888;SC=AATATCCAAACATAAGATTCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=73;WE=177142785;WS=177142766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr4	177142869	rs28415362	T	G	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=708;SC=AATGTGCACATTAAATATGAC;SOR=2.517;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=32;WE=177142877;WS=177142859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	177143417	rs13147229	C	T	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=10;PP=801;SC=TGTTGGATTCCCTCCGTCAGT;SOR=1.654;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=41;WE=177143425;WS=177143407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	177143664	rs6553937	C	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=21;PP=573;SC=ATATTTTAGACATCAAAGAAT;SOR=1.839;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=28;WE=177143672;WS=177143654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	177146627	rs10013975	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=380;SC=CAGATACTTATACTGTACATT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=177146635;WS=177146617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	177249533	rs2278903	A	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=375;SC=ATTGTATCTCATTAATCTCTT;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=177249541;WS=177249523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr4	177605081	rs5864401	CTCA	C	7353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=43;PP=2969;SC=ACAATCTTAGCTCATCATTTG;SOR=1.242;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=82;WE=177605091;WS=177605071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr4	177608707	rs7664413	C	T	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=830;SC=TTTACTATACCTTACTTGGTT;SOR=1.562;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=177608715;WS=177608697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr4	177608875	rs4529000	A	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=548;SC=TCACTTATTTAGAAGAATGAT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=177608883;WS=177608865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	177650614	rs3836595	T	TA	330.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=1;PP=434;SC=ACACTGAAATTAAAGAACCAG;SOR=3.767;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=12;WE=177650622;WS=177650607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	178163809	rs72702906	T	G	5441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=53;PP=2124;SC=AAGAGTTCATTCAGCCTTTAC;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=117;WE=178163817;WS=178163799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	178167074	rs2118922	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=313;SC=TAGTGCCAACGTTTCGTATTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=178167082;WS=178167064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr4	178169500	rs3828517	G	A	2845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr4	178262613	rs35370036	GT	G	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=1.431;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr4	178262683	rs17676249	T	C	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=35;PP=1340;SC=ACAAGCGTCCTAATTGTGGTC;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=178262691;WS=178262673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	178262811	rs28618113	T	C	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=23;PP=649;SC=GATATTGAATTTAAAGGGATA;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=32;WE=178262819;WS=178262801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	178272748	rs1054753	G	A	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=774;SC=TTCTAAGAGGGTTAATTATAC;SOR=1.163;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=178272756;WS=178272738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	178274565	rs2048074	A	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=838;ReadPosRankSum=-0.637;SC=AGATCAACAGAAAAACTGCAT;SOR=0.499;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=38;WE=178274573;WS=178274555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr4	178274694	rs10007075	T	G	4091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.203;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.41;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr4	178274750	rs13112358	C	T	4471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1783;ReadPosRankSum=-0.508;SC=ATAACTCAACCATCCAGCAAA;SOR=0.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=97;WE=178274758;WS=178274740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr4	178274835	rs13112390	A	C	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	178281754	rs1876268	G	A	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=61;PP=2012;SC=CCGAGTTGTGGGGAAGGATGG;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=109;WE=178281762;WS=178281744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	178352679	rs1061814	T	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=258;SC=TAAGAAAGGTTAAATAAAAAT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=178352687;WS=178352675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	178353046	rs3805167	G	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=287;SC=TATTTGACTAGACACTGGCTA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=178353054;WS=178353036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr4	178355428	.	A	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=8;PP=477;SC=AAATGCTAGGATTACAGTCGT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=178355436;WS=178355418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	178355668	rs4690521	C	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=74;PP=2153;SC=TAACAATTTACGGCAGGAAAT;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=47;TCR=74;TR=121;WE=178355676;WS=178355658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr4	178357566	rs71599314	A	ATAATTG	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=458;SC=ATATAACCAAATAATTGAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=178357574;WS=178357556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	178359960	rs2228119	G	C	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=27;PP=976;SC=TTGAGAAGCAGTGGTAGATAA;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=178359968;WS=178359950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr4	178361414	rs34241758	A	C	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=1396;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TAGGACCTGAACGGTGTTCTT;SOR=0.385;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=71;WE=178361422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr4	178363378	rs11131799	G	A	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=9;PP=1023;SC=CGGCGCAGCCGCCCGCCCAGG;SOR=2.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=178363386;WS=178363368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	178363496	rs74626221	C	A	6441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=71;PP=2805;ReadPosRankSum=-0.651;SC=AGAAACGGCACGAGAAGCACA;SOR=0.240;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=140;WE=178363504;WS=178363486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr4	178881982	rs13109967	G	T	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	178882120	rs9994032	A	T	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=13;PP=328;SC=CCTGAAATGAAATATTTGAAT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=178882128;WS=178882110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	178887686	rs114690495	G	A	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=137;SC=AAATCCTTTGGATAAGGCAAA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=178887694;WS=178887676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	178887795	rs113648256	T	TTTTC	1716.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.387;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=853;ReadPosRankSum=2.164;SC=ATTCTCGTCATTTTCTTTCTT;SOR=0.777;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=19;WE=178887803;WS=178887785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,42:0.93:45
chr4	183267728	rs33933747	TA	T	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.431;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr4	183268148	rs11373586	C	CGG	103	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=25.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	183268174	rs6552554	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr4	183271186	rs10644033	G	GA	351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=20.69;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	183370056	rs11721730	C	T	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=20;PP=900;SC=AGGGGTTAAGCGGCGCACCGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=183370064;WS=183370046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	183370244	rs35591339	AGCG	A	2671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=28;PP=1565;SC=AAGGTGGGTGAGCGGCGGCGG;SOR=0.831;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=32;WE=183370254;WS=183370234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	183522469	rs190672201	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=13;PP=371;SC=TGTTGTGATTTTTTTAGTTGC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=183522477;WS=183522459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr4	183601590	rs34738241	A	AG	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=15.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.282;QD=14.53;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=4.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr4	183650026	rs5864796	GA	G	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.891;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.664;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
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chr4	183664522	rs7654255	T	C	7962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr4	183665437	rs6835335	C	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=8;PP=263;SC=CAGTATCACACATCATCGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=16;WE=183665445;WS=183665427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	183673247	rs2309770	T	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=205;SC=AAAAAGGGGTTGAAAATCCAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=183673255;WS=183673237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	183674577	rs13130747	G	C	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=14;PP=1287;SC=TGAAAAATTAGTAATACTTGC;SOR=2.494;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=63;WE=183674585;WS=183674567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr4	183710332	rs61736044	G	A	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=36;PP=1504;SC=AATTTCTACTGAGGATCGCCT;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=86;WE=183710340;WS=183710322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr4	183713630	rs6857162	A	G	10401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=127;PP=2965;SC=GGCTGCTTCTACAAACAGCTT;SOR=0.833;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=240;TCF=109;TCR=131;TR=236;WE=183713638;WS=183713620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr4	183814104	rs72032204	AAGG	A	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=6;PP=647;SC=CAGGCATCACAAGGAGGAGAC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=183814114;WS=183814094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	183814166	rs3895619	C	T	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=14;PP=674;SC=TCCCCCCGCCCGCATTCTCCC;SOR=0.931;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=35;WE=183814174;WS=183814156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr4	183838025	rs13114262	A	G	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=35;PP=1245;SC=AGAAACAGAGAGAACTGGAGC;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=183838033;WS=183838015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr4	184170025	rs907357	G	A	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=21;PP=660;SC=TAAGTTATCTGTGCTGAAGAG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=184170033;WS=184170015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr4	184171218	rs137966660	G	A	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=53;PP=1496;SC=TACTCCTGTGGTGACATCTGC;SOR=0.991;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=91;WE=184171226;WS=184171208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr4	184190355	rs11407064	A	AC	5458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=64;PP=2957;SC=AATAGCACTTAGATTGGGTGG;SOR=1.510;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=71;TCF=5;TCR=66;TR=68;WE=184190363;WS=184190345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	184190535	rs6858486	G	A	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=29;PP=1641;SC=GTGATTTTCTGTAAAAGTTGC;SOR=1.114;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=85;WE=184190543;WS=184190525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	184201909	rs11132173	G	A	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=7;PP=876;SC=GTTAATTGCCGTATGCTTTAC;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=184201917;WS=184201899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	184202148	rs11132174	G	T	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=43;PP=1257;SC=ATTCCAGAATGATGGAATGCA;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=184202156;WS=184202138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	184203706	rs2871353	A	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=4;PP=279;SC=GGATTTTTTTAAATGAGACAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=184203714;WS=184203696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	184204099	rs3814421	C	T	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=37;PP=926;SC=TGATACCTTACAGGCACCATG;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=184204107;WS=184204089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	184207065	rs7678082	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=12;PP=538;SC=CCCAAACTTCCACTTGCACTC;SOR=1.077;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=31;WE=184207073;WS=184207055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	184243528	rs7688467	G	A	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=29;PP=993;SC=CATCCCAGGAGAGATAGTAAA;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=184243536;WS=184243518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	184366629	rs11282266	T	TGCACA	1125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=5;PP=1165;SC=GCCTGTTTTTTGCACAAGTAG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=19;WE=184366637;WS=184366619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	184367558	rs147291711	TCTG	T	8367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=64;PP=2948;SC=TAAACACGGTTCTGCATCATT;SOR=0.747;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=23;TCR=67;TR=87;WE=184367568;WS=184367548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr4	184426387	rs8872	C	T	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=20;PP=740;SC=ACTCGTCGGCCGCGCTCCTGA;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=184426395;WS=184426377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr4	184426526	rs6552675	A	G	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=19;PP=520;SC=TCAAGGTAGGAGCCGCGGGGC;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=184426534;WS=184426516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr4	184427580	rs62358469	A	G	4510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=77;PP=2284;SC=TTAAGTGTGGAGGCGAAACCA;SOR=1.213;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=40;TCR=78;TR=117;WE=184427588;WS=184427570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr4	184619035	rs111781155	CGT	C	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,6:0.15:41
chr4	184922669	rs3749534	G	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=22;PP=575;SC=AGGTGGCGGTGTGCTGTGGTC;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=184922677;WS=184922659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	184932609	rs4862282	G	A	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=32;PP=984;SC=ACACACATGCGCCTAGCGGGG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=55;WE=184932617;WS=184932599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr4	185075033	rs35344477	A	AT	408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=21.51;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	185339517	rs2288246	C	T	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=7;PP=635;SC=TTCACTGCCTCTGGTGAATCG;SOR=2.019;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=185339525;WS=185339507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	185340725	rs371986802	GAAA	G,GA	940.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.41;MQRankSum=0.717;QD=21.38;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,19,17:0.43,0.39:44
chr4	185550779	rs10660141	T	TA	37.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=1.282;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr4	185578229	rs13108061	G	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=1;PP=577;SC=TTTGTTGTTTGTTTTAGTAGT;SOR=3.352;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=25;WE=185578237;WS=185578219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	185583092	rs60624489	C	CTATT	4156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=29;PP=1949;SC=TTATTTCTATCCATCTCTTCA;SOR=1.006;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=185583100;WS=185583082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr4	185587165	rs2463447	A	G	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=21;PP=711;SC=AAATTCAGCCAGCATTTAATA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=43;WE=185587173;WS=185587155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	185622046	rs11728389	C	T	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=38;PP=1087;SC=CTAAGTAACACAATCATTTGT;SOR=1.192;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=57;WE=185622054;WS=185622036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr4	185652147	rs3806796	G	A	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	185652201	rs7675046	G	A	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.58;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	185652224	rs11362720	AC	A	569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.70;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	185681475	rs6825554	G	C	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=13;PP=1224;SC=ATGGCAATGTGTATGCAGCAA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=185681483;WS=185681465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr4	185683840	rs939040	A	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=522;SC=GGTCTGCGAGAGATCTCCAGT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=185683848;WS=185683830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	185686948	.	AAC	A	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=2.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.153;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,32:0.15:220
chr4	185694697	rs7691972	G	A	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=342;SC=CACTTGAACCGCTTCCTTCTC;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=185694705;WS=185694687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	185694877	.	TA	T	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr4	185701549	rs1803898	G	T	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=29;PP=929;SC=AGCCCTTCTGGATCAGTGCTG;SOR=0.767;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=53;WE=185701557;WS=185701539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr4	185701620	rs7680850	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=20;PP=668;SC=AGAAGCAGCATTGGGCCCCAA;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=185701628;WS=185701610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr4	185735054	rs7676928	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=14;PP=363;SC=GAAACTGCACGCAGAGAAGGT;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=185735062;WS=185735044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	185736113	rs2280297	G	C	5613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=61;PP=2473;SC=ACTCTCCTTAGTTCCTGACAA;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=129;WE=185736121;WS=185736103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr4	185772384	rs1032299	A	G	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=39;PP=1064;SC=GAGACTAGTCACCAAGAGTCC;SOR=3.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=45;WE=185772392;WS=185772374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr4	185859505	rs6821859	T	G	2678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=24;PP=1204;SC=TTCAGCTTTATGCATTCATCT;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=185859513;WS=185859495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr4	185940461	rs4862491	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=427;SC=GGAGAGGCGGCTTGCACCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=185940469;WS=185940451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	185941964	rs6841359	G	A	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=64;PP=1671;SC=CGCTTTGGGCGCTTTTAGGAG;SOR=1.117;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=100;WE=185941972;WS=185941954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	186065844	rs34795113	C	CT	193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.61;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr4	186097263	.	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr4	186111639	rs1133657	T	C	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=43;PP=1900;SC=CATTTTGGTGTAGTACTTGAA;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=93;WE=186111647;WS=186111629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	186112111	rs3108237	G	A	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=58;PP=2006;SC=CATTCTCTACGGGGTGTTCTG;SOR=1.095;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=93;WE=186112119;WS=186112101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr4	186112369	rs34825796	G	GA	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=448;SC=AAATATATCTGAAAAAAAAAT;SOR=0.850;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=19;WE=186112377;WS=186112359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr4	186168387	rs3108252	T	G	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr4	186170358	rs3108229	G	A	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=17;PP=419;SC=TTTTAACTTTGTAATAAATTA;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=186170366;WS=186170348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr4	186188373	rs57930723	TA	T	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr4	186283991	.	C	CTTT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr4	186288457	rs138875428	C	CT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=6.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=0.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr4	186320666	rs11287696	TA	T	438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=4;PP=306;SC=TTGTAAGATATAAAAAAAAAG;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=16;WE=186320674;WS=186320656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	186321067	rs1053218	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=678;ReadPosRankSum=2.066;SC=ACTGGTTATACTTACCAGAGT;SOR=0.618;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=186321075;WS=186321057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr4	186321447	rs3733646	C	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=254;SC=TAATTTAAATCGTCAAACTAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=186321455;WS=186321441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	186323209	rs3733645	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=4;PP=409;SC=CACTGTTTCTACAAGGCAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=22;WE=186323217;WS=186323199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	186323593	rs6552880	C	T	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=151;SC=CAAAAGACTTCAGTAAACTGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=186323601;WS=186323583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	186324841	rs13126680	T	A	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=43;PP=1326;SC=TCAATTTAAATAGACAGATTA;SOR=2.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=55;WE=186324849;WS=186324831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr4	186336583	rs10032989	G	A	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr4	186339584	rs10003160	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=5;PP=247;SC=GAAGACAGATAGTTTGCTTAC;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=13;WE=186339592;WS=186339574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr4	186347055	rs2289720	G	A	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=48;PP=1435;SC=GGGCGCTGACGCCTGCCCAAA;SOR=0.838;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=87;WE=186347063;WS=186347045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr4	186347073	rs11132303	G	C	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=46;PP=1150;SC=AAAAGTTCCGGGGGCCGGCCC;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=76;WE=186347081;WS=186347063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	186347092	rs10866275	T	C	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=44;PP=1035;SC=CCTGAAGTGGTGTCACCGCAC;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=186347100;WS=186347082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr4	186350559	rs6856909	C	T	6578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=64;PP=2281;SC=CACCACCAGACGCCACCATGC;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=130;WE=186350567;WS=186350549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr4	186357523	rs7697970	C	G	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	186361876	rs4476640	A	G	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=610;SC=GTAAAAAGGTAAGTTTACAAT;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=186361884;WS=186361866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	186361924	.	G	GGCCGGGCGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTT	485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.48;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	186366315	rs2120414	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=29;PP=819;SC=GCTTACAAACTAAGAAAAAAT;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=186366323;WS=186366305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr4	186366809	rs6833872	C	T	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=105;SC=CCAGGTTTTGCATACTCTCAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=186366817;WS=186366799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	186379371	rs7687202	G	A	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=38;PP=1124;SC=TTCTTGAAATGTAAGTTGTTT;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=186379379;WS=186379361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	186379735	rs6827370	T	C	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=25;PP=876;SC=GGCAGTAGATTGGTAGGTTTG;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=56;WE=186379743;WS=186379725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr4	186393233	.	G	GT	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,30:0.19:161
chr4	186423637	rs4635850	G	A	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=33;PP=934;SC=CCACAGCACCGCTGTTGGGGA;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=52;WE=186423645;WS=186423627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr4	186423677	rs10866276	G	A	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=21;PP=580;SC=AAAAACCACAGAGCAAAAATA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=28;WE=186423685;WS=186423667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	186427841	rs2306705	T	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=26;PP=577;SC=CATCGTCAGGTGCTGGGAGGC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=186427849;WS=186427831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr4	186444698	rs4862543	A	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	186444704	rs4861669	C	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr4	186456617	rs4862545	A	G	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=59;PP=1874;SC=ACCGGGCTCTAAGTGTCCCCG;SOR=1.587;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=85;WE=186456625;WS=186456607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr4	186528433	rs13144963	T	C	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr4	186541367	rs72718122	C	T	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=633;SC=CAACCTGTTCCGCCATTTTCC;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=186541375;WS=186541357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	186545719	rs13119106	G	T	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.07;NF=2;NR=8;PP=197;SC=AGAGAGGAGAGCATGTCAGTA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=186545736;WS=186545709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	186545728	rs3841443	TA	T	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=182;SC=AGCATGTCAGTAAAGCATCAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=186545736;WS=186545709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	186568566	.	CT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-1.650;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr4	186572791	rs4862557	C	T	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=16;PP=1206;SC=TTGTTATGCACGCTCTGAGAA;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=59;WE=186572799;WS=186572781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr4	186578529	rs2306703	T	A	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=1.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr4	186606175	rs55654028	C	T	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.31;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr4	186611551	rs6823677	G	A	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=139;SC=GGCTATAAGAGTGGGGCACAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=186611559;WS=186611541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr4	186611663	rs6823546	C	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr4	186997643	rs1568358	C	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=243;SC=TGGCATAAAACTATGAGTAAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=186997651;WS=186997633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	187004074	rs3775291	C	T	4073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	187005376	rs6830345	T	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr4	187072932	rs2276914	A	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=7;PP=677;SC=CAAAGCCACCATCTTTTTACC;SOR=2.432;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=37;WE=187072940;WS=187072922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr4	187072992	rs188328609	G	A	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr4	187073000	rs2276913	A	G	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.26;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr4	187073030	rs2276912	T	C	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=41;PP=1460;SC=CTTGCAGTGTTGTAACCAAGT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=81;WE=187073038;WS=187073020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr4	187074833	rs4862650	A	G	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=22;PP=779;SC=GCCCACTGACAAAGGCGTCCA;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=40;WE=187074841;WS=187074823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr4	187077206	rs4862653	A	G	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=33;PP=1366;SC=GAAATGGCGCAAACTCGGACT;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=75;WE=187077214;WS=187077196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	187077393	rs7670550	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=466;SC=GTCCCTGTTCTTCGGCCCTGG;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=187077401;WS=187077383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr4	187077437	rs13114283	G	A	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=193;SC=GACCTAGAACGTGACCAGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=187077445;WS=187077427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr4	187078785	rs2276924	A	G	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=59;PP=1940;SC=CTCGTTCCACACGCTCACGCC;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=104;WE=187078793;WS=187078775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr4	187078922	rs2276921	G	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=705;SC=CTGTGTGTCTGTCACCTCAGT;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=187078930;WS=187078912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr4	187079047	rs2276919	A	G	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=25;PP=1303;SC=TCACAGTGTCACAATGCCTGG;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=187079055;WS=187079037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr4	187088665	rs201993653	CAAA	C	92.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr4	187115632	rs10013653	C	A	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=28;PP=1269;SC=GATTGAATTTCAAATTTGATG;SOR=1.096;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=71;WE=187115640;WS=187115622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	187115841	rs7682918	C	T	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=30;PP=839;SC=ATCAATATAACGTGTCCTTAT;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=187115849;WS=187115831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr4	187118040	rs112367913	TTC	T	129.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr4	187118662	rs4862662	G	T	7337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.22;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,289:0.99:291
chr4	187120211	rs13146272	C	A	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=30;PP=831;SC=AAAGAGCCTTCAGATCCTACA;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=187120219;WS=187120201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr4	187122304	rs3817184	C	T	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr4	187122319	rs3736455	T	G	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=48;NR=28;PP=1260;SC=AGGTCATCGCTGAACGGGCCA;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=76;WE=187122327;WS=187122309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr4	187130198	rs2276918	A	G	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=57;PP=2821;SC=GAAACTTTCTAATGTCTACCT;SOR=1.090;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=138;WE=187130206;WS=187130188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr4	187149540	rs1912826	G	A	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=24;PP=621;SC=TTCAGGACACGTGTCTATTTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=187149548;WS=187149530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr4	187158034	rs3733402	G	A	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr4	187159282	rs4253256	G	C	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=6;PP=536;SC=TAATAATGCAGACCCCTAACC;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=187159290;WS=187159272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr4	187171355	rs4253299	A	G	4318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=35;PP=1806;SC=ATTTAGCCTCATGTCATTTCC;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=105;WE=187171363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr4	187172353	rs4253300	C	CT	372.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr4	187175722	rs2292423	T	A	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=8;PP=455;SC=TTCAAACAGGTATTTATTTTT;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=187175730;WS=187175712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr4	187178599	rs4253326	C	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=5;PP=132;SC=TAGCATAATTCAATCATAGTT;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=187178621;WS=187178589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr4	187178613	rs4253327	A	T	207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=101;SC=CATAGTTTTTAAAAAAATTCA;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=187178621;WS=187178589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	187179210	rs925453	T	C	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr4	187208745	.	AAT	A	59	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=59;QD=33.5;SC=CTCAATTAAAAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=2;WE=187208754;WS=187208743;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr4	187455399	rs28383653	C	T	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=23;PP=1223;SC=CTGGAGAGTCCCTGCACGGAG;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=58;WE=187455407;WS=187455389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr4	187511861	rs1973352	G	A	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=34;PP=1110;SC=TGAAAACACAGAATTTCCTTA;SOR=1.048;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=187511869;WS=187511851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr4	187513623	rs3836618	TA	T	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.42;NF=14;NR=3;PP=634;SC=AGATCTCATGTAAATCACTAT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=187513631;WS=187513614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr4	187518980	rs1280096	T	C	6727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=109;PP=2965;SC=ATAAACCTCATGATCCTATTG;SOR=1.219;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=165;TCF=54;TCR=111;TR=163;WE=187518988;WS=187518970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr4	187519206	rs1280097	C	G	5397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr4	187527472	rs2584344	A	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=719;SC=CCAGTGAGCTACCACTATCTG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=187527480;WS=187527462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr4	187530313	rs4862722	C	T	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=22;PP=1064;SC=TTGTAAACAACGTAAATCAAC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=187530321;WS=187530303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr4	187534363	rs2249916	G	A	6132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=29;PP=1719;SC=ATTCGGGGGCGTTATCGTTCA;SOR=1.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=88;WE=187534383;WS=187534353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr4	187534375	rs2249917	A	G	6569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=32;PP=1868;SC=TATCGTTCACATCTTCTAGCG;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=98;WE=187534383;WS=187534353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr4	187534542	rs2249926	T	C	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=85;PP=2603;SC=AAGACGTGACTTGCAGTTGTA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=44;TCR=85;TR=129;WE=187534550;WS=187534532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr4	187535588	rs56242383	T	C	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=233;SC=TCATTCATCTTTGACCACAGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=187535596;WS=187535578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr4	187538133	rs1280100	A	G	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=27;PP=1468;SC=TTCATAACACACAAATGTAAG;SOR=1.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=85;WE=187538141;WS=187538123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr4	187538330	rs1280099	G	A	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=53;PP=1630;SC=TAGTTTCAACGGCAAACTGTC;SOR=1.561;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=77;WE=187538338;WS=187538320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr4	187538942	rs1280098	T	G	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=33;PP=2025;SC=CACCCCACCTTGGGGGTCATC;SOR=1.246;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=101;WE=187538950;WS=187538932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	187540042	rs192818736	G	A	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=66;PP=2224;SC=CCATTAAACGGACTGAGATCA;SOR=1.060;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=107;WE=187540050;WS=187540032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr4	187542922	rs34360279	A	G	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=36;PP=1066;SC=AAGAATTTCCAATATTTCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=50;WE=187542930;WS=187542912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr4	187557893	rs328418	T	C	6691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=99;PP=2965;SC=GGCTATGACGTGATAGAGCGG;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=90;TCR=100;TR=189;WE=187557901;WS=187557883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr4	187561080	rs10001377	A	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=8;PP=205;SC=TGGATTACTTAAGGTCAGGAG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=187561088;WS=187561070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr4	187584771	rs172903	C	G	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=50;PP=1952;SC=ATGACACCTACAGAGAAAAAA;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=83;WE=187584779;WS=187584761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr4	187627593	rs3733409	C	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=2;PP=527;SC=AATATTCACACGCACTTCTAT;SOR=4.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=25;WE=187627601;WS=187627583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr4	187627659	rs200130748	TA	T	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.243;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,31:0.32:96
chr4	187627792	rs11939575	T	C	5901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=73;PP=2324;SC=CCATCTCTTCTGGCGTCCTCA;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=143;WE=187627800;WS=187627782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr4	187628398	rs1877731	C	G	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=37;PP=2080;SC=GTGTCTGTAACAATTGAGTAC;SOR=1.099;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=95;WE=187628406;WS=187628388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	187629140	rs367863	G	C	6586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=81;PP=2965;SC=TTAAACTAAAGAAATCCAGTT;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=76;TCR=81;TR=156;WE=187629148;WS=187629130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr4	187630590	rs3733415	G	A	9060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CTTTGTTCGCGCCTCCACATT;SOR=0.232;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=219;TCF=114;TCR=105;TR=216;WE=187630598;WS=187630580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,354:1.00:355
chr4	187630989	rs17077740	C	A	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=432;SC=CATTGCTTAACTGTCGGGAAT;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=187630997;WS=187630979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr4	189012728	rs2279550	G	C	5595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=56;PP=2798;SC=CAAGGAAAACGCCAACTGTGT;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=83;TCR=56;TR=138;WE=189012736;WS=189012718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr4	189013880	rs12499630	T	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=2;PP=121;SC=ACATCAGGCATTACATCAGAT;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=189013888;WS=189013870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr4	189019277	.	GA	G	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=2.228;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.848;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr4	189020293	rs11736108	G	A	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=47;PP=1536;SC=CTCTCCTTCAGTTTCTCCATG;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=89;WE=189020301;WS=189020283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr4	189020348	rs902910	G	A	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=45;PP=1446;SC=GCATTTCTTCGTTACTATTCA;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=189020356;WS=189020338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr4	189025972	rs9685561	A	C	6913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=2727;ReadPosRankSum=1.005;SC=CCCAAGAATCAAGATAAGCAC;SOR=0.268;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=80;TCR=70;TR=147;WE=189025980;WS=189025962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,272:1.00:273
chr4	189063361	rs70938702	CGTGTGT	C	874.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=8;NR=6;PP=988;SC=AACTTTATCTCGTGTGTGTGT;SOR=1.127;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=14;WE=189063374;WS=189063351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr4	189064873	rs72725001	C	T	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr4	189064952	rs28463290	C	G	4855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=62;PP=2227;SC=GTGTTATGATCAAAGCGCACC;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=119;WE=189064960;WS=189064942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr4	189065055	rs11940009	C	G	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=42;PP=1258;SC=AGCTGCGGGGCAGTGGTGCTG;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=189065063;WS=189065045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr4	189065104	rs9784566	T	G	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=624;SC=TCTGCGCTGTTGCTGGGGGAG;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=189065112;WS=189065094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr4	189065441	rs11940227	G	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=169;SC=GCCACAGACCGTCTCTGAGCG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=189065449;WS=189065431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr4	190329166	.	GCA	G	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=315;ReadPosRankSum=0.774;SC=ACATGCACGTGCACACACACA;SOR=0.999;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=10;WE=190329179;WS=190329156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr4	190394938	rs200986568	CAAGAAGAAGAAG	CAAG,C	1269.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001,0.4999;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10,10;NR=6,6;PP=890,24;SC=AGGATGGTGACAAGAAGAAGA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=16,16;WE=190394957;WS=190394928;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:29
chr4	190395072	rs12511992	A	G	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=43;PP=1609;SC=AATTCTACAAAAGCTTGACCA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=87;WE=190395080;WS=190395062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr4	190876160	rs74543744	C	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=24.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQRankSum=-15.482;QD=2.79;ReadPosRankSum=-1.553;SOR=2.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,29:0.12:242
chr4	190876177	rs80264746	G	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=53.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQRankSum=-16.820;QD=1.51;ReadPosRankSum=-2.946;SOR=4.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,45:0.15:300
chr4	190876195	rs7684300	C	T	3729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=18.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQRankSum=-19.262;QD=8.71;ReadPosRankSum=-5.709;SOR=1.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,121:0.28:428
chr4	190876204	rs3207892	G	A	4740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=11.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQRankSum=-20.290;QD=10.07;ReadPosRankSum=-6.030;SOR=1.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,157:0.33:471
chr4	190876242	rs1061653	G	A	5538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQRankSum=-19.113;QD=10.95;ReadPosRankSum=4.729;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,255:0.50:506
chr4	190876256	rs140599307	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FS=5.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQRankSum=-1.748;QD=0.18;ReadPosRankSum=2.144;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:427,35:0.08:462
chr4	190876278	rs199978807	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=8.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQRankSum=-1.075;QD=0.69;ReadPosRankSum=3.938;SOR=1.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,35:0.09:395
chr4	190876293	rs201142987	C	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=5.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.19;MQRankSum=-0.578;QD=1.22;ReadPosRankSum=2.727;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,35:0.10:346
chr4	190876319	rs77450681	A	T	3351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.376;HP=4;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.044;NF=54;NR=95;PP=2117;ReadPosRankSum=-2.151;SC=AAGTGCTGTTATTGTTTATAA;SOR=0.300;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=267;TCF=90;TCR=177;TR=149;WE=190876327;WS=190876309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,159:0.62:255
chr4	190876349	rs199599460	C	T	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=3;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.800;NF=5;NR=63;PP=1325;ReadPosRankSum=-3.350;SC=GTCAGTTTAACAGAAAGTCTG;SOR=0.970;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=139;TCF=14;TCR=125;TR=68;WE=190876357;WS=190876339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,72:0.53:136
chr4	190878463	rs62345288	T	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=25.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQRankSum=-8.366;QD=3.61;ReadPosRankSum=2.545;SOR=4.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,17:0.15:110
chr4	190878485	rs62345289	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=21.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQRankSum=-9.828;QD=2.36;ReadPosRankSum=3.931;SOR=3.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,18:0.12:144
chr4	190878506	rs12643923	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=40.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQRankSum=-12.718;QD=2.56;ReadPosRankSum=3.825;SOR=4.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,25:0.14:180
chr4	190878538	rs34697501	A	AT	860.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=106.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.87;MQRankSum=-12.854;QD=3.00;ReadPosRankSum=-4.954;SOR=6.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,57:0.20:287
chr4	190878563	rs137858630	C	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=10.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.25;MQRankSum=-1.555;QD=0.58;ReadPosRankSum=-4.445;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:421,65:0.13:486
chr4	190878597	rs62345290	C	T	6745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=863;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.491;NF=131;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.410;SC=TTATTAGATGCAATGAAGCAG;SOR=0.789;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=675;TCF=320;TCR=355;TR=298;WE=190878605;WS=190878587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:523,339:0.39:862
chr4	190878654	rs78653319	C	G	3453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1019;ExcessHet=3.0103;FS=1.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQRankSum=-3.458;QD=3.40;ReadPosRankSum=1.946;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:750,265:0.26:1015
chr4	190878661	rs62345291	A	T	6929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1009;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.17;MQRankSum=-3.948;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:610,397:0.39:1007
chr4	190878729	rs201450141	A	G	2836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=67.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQRankSum=-12.291;QD=15.50;ReadPosRankSum=-4.234;SOR=4.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,81:0.44:183
chr4	190878731	rs201154783	GG	CA	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=75.853;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.69;MQRankSum=-11.865;QD=16.97;ReadPosRankSum=-2.971;SOR=5.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,67:0.40:167
chr4	190878750	rs113800771	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=32.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.70;MQRankSum=-7.701;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.776;SOR=5.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr4	190878759	.	C	G	386	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=72;MMLQ=24;MQ=41.57;NF=0;NR=37;PP=386;QD=11.3721949337;SC=TAAAGATTTACTTAATAGCTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=102;TCF=10;TCR=92;TR=37;WE=190878767;WS=190878740;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:65,37:0.36:102
chr4	190947451	rs140385360	C	T	7623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.903;NF=166;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GCTCAAGCCTCGTATAAAAGT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=446;TCF=302;TCR=144;TR=245;WE=190947459;WS=190947441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:310,375:0.55:685
chr5	163260	rs29674	A	C	6573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=56;PP=2558;SC=GGACGGGGAGACCCTGCGCCC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=65;TCR=56;TR=121;WE=163268;WS=163250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr5	163751	.	A	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=28;PP=827;SC=TCTCTTCTGCAAAGTAGAAAG;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=163759;WS=163741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	163769	rs29675	G	A	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=591;SC=AAGTAAATCCGCAGACATCCC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=163777;WS=163759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	169361	rs13159868	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=3;PP=359;SC=CTCATCCCTCCGGGTTTTCAT;SOR=2.419;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=169369;WS=169351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	169763	rs1108868	A	G	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=36;PP=981;SC=AGCCGGTGTCAGAGAGGCGGG;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=169771;WS=169753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	171569	rs4956981	T	C	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=34;PP=1117;SC=CGTAAGTGCCTCAGACGCTGG;SOR=0.935;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=58;WE=171577;WS=171559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	171643	rs13171103	C	G	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=620;SC=CAGCAGCACACTTTTCTTGGT;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=171651;WS=171633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	172971	rs6868964	G	A	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=10;PP=733;SC=CACAGACGCCGGATTTTCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=172979;WS=172961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	173200	rs6885136	C	T	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=30;PP=863;SC=CCGCCCGGTCCGATTGGGTGC;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=173208;WS=173190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	173258	rs6893369	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.67;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	174106	rs4956987	G	A	4756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=60;PP=2051;SC=CGCAGGCGGCGGAAATCTCAG;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=105;WE=174114;WS=174096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr5	174240	rs6875054	GC	AA	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=9;PP=618;SC=CGCAGGGCCTGCCAGGCTCAG;SOR=1.220;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=21;WE=174249;WS=174230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	174267	rs6862729	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	181660	rs7717970	T	G	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	181730	rs12519352	C	G	2166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	181762	rs11133847	A	G	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=36;PP=1038;SC=TGAGCGACCGAGTCCCCGACA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=181770;WS=181752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	182077	rs4956924	T	A	8653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GCTGCACTTCTGGAGCGGAAG;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=125;TCR=79;TR=203;WE=182085;WS=182067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,325:1.00:326
chr5	195507	rs13167067	C	T	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=70;PP=2417;SC=TGCATTTCAGCCTGCAGGTGC;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=124;WE=195515;WS=195497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	218598	rs2303740	G	A	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=56.57;NF=1;NR=4;PP=61;SC=GAGCGGGACGGTCCCCAGCGG;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=218606;WS=218588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	225768	rs12520059	G	C	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	230980	rs2288461	A	G	6541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=59;PP=2572;SC=ACTGCTCTCTATTGTTTCCAG;SOR=0.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=75;TCR=61;TR=134;WE=230988;WS=230970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr5	231111	rs1126417	T	C	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=71;PP=2605;SC=AGTTCCACCCTACAGGTAGGG;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=126;WE=231119;WS=231101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr5	236587	rs150831951	G	T	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=11.968;NF=103;NR=44;PP=2591;ReadPosRankSum=3.231;SC=TGCCCGGCCTGTACGCCTGTG;SOR=1.156;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=170;TCF=121;TCR=49;TR=147;WE=236595;WS=236577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,221:0.94:234
chr5	236617	rs200223188	G	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=1.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-16.665;QD=0.20;ReadPosRankSum=-2.049;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:328,27:0.08:355
chr5	236619	rs201741295	T	C	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-17.009;QD=0.29;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:343,27:0.07:370
chr5	236628	rs201139275	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-17.890;QD=0.27;ReadPosRankSum=-0.600;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:393,34:0.08:427
chr5	236649	rs76896145	C	T	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-15.248;QD=2.61;ReadPosRankSum=-2.437;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:475,70:0.13:545
chr5	236653	rs75091805	C	A	1482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-15.537;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.995;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:476,72:0.13:548
chr5	236678	rs111387770	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-14.819;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.774;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:447,85:0.16:532
chr5	236734	rs200127852	G	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=6.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-6.541;QD=0.85;ReadPosRankSum=-3.071;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,43:0.15:293
chr5	236745	rs201133235	T	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=6.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-6.688;QD=0.70;ReadPosRankSum=-3.291;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,36:0.14:258
chr5	236760	.	C	G	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.179;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=5.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQRankSum=-6.643;QD=0.70;ReadPosRankSum=-3.206;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,17:0.09:188
chr5	236763	.	TAGAA	T	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=4.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=-7.261;QD=0.74;ReadPosRankSum=-3.327;SOR=0.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,15:0.08:177
chr5	311478	rs2244029	T	C	14389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=189;PP=2965;SC=GGGGGCAGATTGCCTTCGACG;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=124;TCR=189;TR=313;WE=311486;WS=311468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr5	314011	rs4957018	G	A	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	344218	rs6887387	C	T	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=534;SC=GGCTGAGCTCCGGCGCGGGCG;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=344226;WS=344208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr5	413639	rs2672731	G	C	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=68;PP=2072;SC=TTGATAATGTGTAAAATCAGG;SOR=1.568;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=32;TCR=69;TR=99;WE=413647;WS=413629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	422955	rs2292596	C	G	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=78;PP=2684;SC=GTTTGGGCAGCCCCCGCCCTT;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=50;TCR=78;TR=128;WE=422963;WS=422945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	433952	rs2672724	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=426;SC=AAATGGGCCCCGTCTTTTCTC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=433960;WS=433942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	434981	rs2672725	G	C	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=20;PP=528;SC=TCAGATCTGTGTGTCTACGCT;SOR=1.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=24;WE=434989;WS=434971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	435055	rs2672779	G	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=225;SC=TAAGACACACGCTTTGCAGAG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=435063;WS=435045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	453567	rs2672722	G	A	6127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=62;PP=2475;SC=TGGACCTGGAGTGCTCCCGGG;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=78;TCR=62;TR=140;WE=453575;WS=453557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr5	456915	rs2721010	A	G	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=55;PP=2315;SC=GTGGACATTCATGTGTCAAGT;SOR=1.057;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=84;TCR=55;TR=137;WE=456923;WS=456905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr5	457955	rs2251843	A	G	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	462465	rs890972	C	A	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=55;PP=1637;SC=GGGCCGAAGCCCAGTGCTTCC;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=85;WE=462473;WS=462455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	462556	rs2081942	G	A	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=558;SC=TTGCATTCCGGTCAGATCGCT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=462564;WS=462546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	465510	rs1035908	T	C	92.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=66;SC=GGGGGGAGCCTGGGTCCAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=465518;WS=465500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	466075	rs10474780	G	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=471;SC=CCTGCAGCACGGCAAGGGTTC;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=466083;WS=466065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	466811	rs2434697	T	C	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=25;PP=1835;ReadPosRankSum=-0.648;SC=GGCTGCTAAGTGGGCATGGGC;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=93;WE=466819;WS=466801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr5	472951	rs890974	T	C	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=33;PP=1141;SC=CGGGGCTCGGTTGGGGGGGCC;SOR=1.031;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=54;WE=472959;WS=472941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	473368	rs34674918	G	A	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	475104	rs2247114	A	G	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=32;PP=1211;SC=ATCAGGCGGCAGAAGGTGCCG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=475112;WS=475094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	475337	rs200907923	TGGAAAGTTAGGGTCACCG	T	754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=8;PP=2930;SC=CTGGGTGCCTTGGAAAGTTAG;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=475362;WS=475327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	475895	rs45521339	C	T	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=750;SC=CAGTCGGGACCCACAGAGAGG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=475903;WS=475885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	476530	rs2244240	C	G	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=62;PP=1948;SC=GCTGTGCCCACCGCCGGACAT;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=83;WE=476538;WS=476520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	476910	rs890977	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=347;SC=CGCCTTCCCATGGTGGGCACC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=476918;WS=476900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	478598	rs3734140	C	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=138;SC=AGAAAGCAGCCGCCCTGGGTG;SOR=1.802;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=478606;WS=478588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	478755	rs10053300	G	C	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=16;PP=1110;SC=ATGGTGGCTGGTGTGGTTGGG;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=478763;WS=478745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	479050	rs3836908	CCA	C	7284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=59;PP=2966;SC=TGGCATGGCCCCAGTCACGGG;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=72;WE=479059;WS=479040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	479879	rs376525752	G	GC	839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=4;PP=786;SC=TCTCCTCACTGCCCCATGGCA;SOR=3.180;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=20;WE=479887;WS=479870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	479905	rs890986	A	C	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=8;PP=885;SC=AGCCAGTGCCAGAGCCTGCTG;SOR=2.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=479913;WS=479895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	481610	rs6872510	T	C	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=22;PP=1125;SC=TGGCTTCTGGTTCTTCCGAGT;SOR=1.038;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=60;WE=481618;WS=481600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	482151	rs56916156	GC	G	334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=11;PP=631;SC=AACACGCAGTGCCCCCCCCCC;SOR=5.283;SbPval=0.01;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=12;WE=482170;WS=482141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	482186	rs9885312	C	G	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=28;PP=1531;SC=CACTTACGCGCCCGTGCAGCT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=482194;WS=482176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	482653	rs3777230	T	C	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=21;PP=1231;SC=CTGGCTGGGCTGGGCCTCACC;SOR=1.216;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=63;WE=482661;WS=482643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	484502	.	C	T	665	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=48.14;NF=24;NR=2;PP=665;QD=26.9142774057;SC=TGGCTCGCCCCGCCGGACCCA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=26;WE=484510;WS=484500;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr5	491826	rs11746373	G	C	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=18;PP=1020;SC=ATGAGGCAGCGCCGCCCCTCC;SOR=1.058;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=54;WE=491834;WS=491816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	619022	rs1617985	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=458;SC=GTTTCTACTCCATATCCAACA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=619030;WS=619012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	619333	rs1709531	T	C	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=62;PP=2015;SC=TCTGCTTACATCTGTATACGG;SOR=1.216;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=94;WE=619341;WS=619317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	711982	rs74987061	T	C	9993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=5.152;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.92;MQRankSum=6.387;QD=25.24;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,392:0.99:396
chr5	712030	rs62622378	T	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.97;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	712035	rs111978121	G	A	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.97;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	712045	.	C	CTCT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=35.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	712054	rs112428723	A	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	712139	rs111351502	T	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	741736	rs61128505	G	T	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.08;QD=27.05;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	745275	rs436541	A	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.11;QD=27.97;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	745306	rs172870	A	C	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.26;QD=30.42;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	745371	rs62332112	C	G	5854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.49;QD=26.02;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr5	751191	rs635008	G	A	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.64;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	751412	.	T	A	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.53;QD=25.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	766910	rs1809933	C	T	6558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=75;PP=2839;SC=AGTCACCACCCGGAAGTAGTG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=157;WE=766918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr5	767033	rs1809932	A	C	4616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=60;PP=2292;SC=GCGGGTGTCCATCTGCAGGAC;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=110;WE=767041;WS=767023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	796006	.	TGG	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=56;MMLQ=25;MQ=59.18;NF=158;NR=298;PP=2962;QD=20;SC=CCCAGTACTGTGGGCTCCCAT;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=562;TCF=171;TCR=391;TR=456;WE=796015;WS=795996;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:106,456:0.81:562
chr5	796047	rs33929417	CTG	C	45513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=44.06;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1033:1.00:1033
chr5	796053	.	GCT	G	2966	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=22;MQ=58.67;NF=122;NR=416;PP=2966;QD=20;SC=AGTACTGTGTGCTCCCATTTC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=564;TCF=132;TCR=432;TR=538;WE=796072;WS=796031;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,538:0.95:564
chr5	796064	.	T	C	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=20;MQ=58.95;NF=235;NR=242;PP=2962;QD=20;SC=CTCCCATTTCTCAGTACTGTA;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=909;TCF=455;TCR=454;TR=477;WE=796072;WS=796031;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:432,477:0.52:909
chr5	796064	rs144616948	T	TCAGTACTGTATGCCCATTTCC	19619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1026;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.64;MQRankSum=-0.422;QD=32.70;ReadPosRankSum=-2.950;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,596:0.99:600
chr5	796221	rs111848851	G	A	30509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1973;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-17.573;QD=15.53;ReadPosRankSum=6.994;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1150,815:0.41:1965
chr5	796223	rs373490497	GCCC	G	30840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1975;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=5;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-17.547;NF=83;NR=197;PP=2966;ReadPosRankSum=7.084;SC=AGTGCTGTGAGCCCCCATTTC;SOR=0.713;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=750;TCF=195;TCR=555;TR=280;WE=796237;WS=796211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1159,810:0.41:1969
chr5	796229	rs200391461	A	G	32164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1953;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-17.646;QD=16.52;ReadPosRankSum=7.109;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1129,818:0.42:1947
chr5	796272	rs199930059	T	A	27641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1707;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-19.220;QD=16.24;ReadPosRankSum=2.235;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:984,718:0.42:1702
chr5	796277	rs386219	T	C	26796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1650;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;MQRankSum=-18.370;QD=16.28;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:952,694:0.42:1646
chr5	796297	rs365674	C	T	22091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-16.221;NF=196;NR=241;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.793;SC=CTCCCATTTCCCAGTACTGTG;SOR=0.775;SbPval=0.48;Source=Platypus;TCF=411;TR=437;WE=796305;WS=796287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:811,571:0.41:1382
chr5	796328	rs605011	T	C	13134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=932;ExcessHet=3.0103;FS=1.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=-15.513;QD=14.12;ReadPosRankSum=-3.895;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:591,339:0.36:930
chr5	796333	rs610631	G	A	11248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=858;ExcessHet=3.0103;FS=1.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQRankSum=-15.514;QD=13.13;ReadPosRankSum=-2.682;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:559,298:0.35:857
chr5	796343	rs143398223	C	CTCT	9471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=725;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-15.032;NF=16;NR=147;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.334;SC=GGCCCATCAGCTCTTAAGCAG;SOR=0.852;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=409;TCF=29;TCR=380;TR=163;WE=796360;WS=796318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:475,250:0.34:725
chr5	796352	rs201362497	A	G	6672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.250;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-14.455;NF=55;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.991;SC=GCTCTTAAGCAGCAAGAGGCC;SOR=1.200;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=524;TCF=157;TCR=367;TR=197;WE=796360;WS=796318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,184:0.31:595
chr5	796437	rs140929317	T	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.99;MQRankSum=0.729;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,33:0.33:99
chr5	801362	rs3867415	A	G	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=68;PP=1942;SC=CAAAATGTGTAAACAAGAGTA;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=13;TCR=68;TR=81;WE=801370;WS=801352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	834075	rs1260864	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=20;PP=440;SC=AACCACTTACGTGTGCACGTG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=834083;WS=834065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	837553	.	C	G	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.502;ClippingRankSum=0.000;DP=540;ExcessHet=3.0103;FS=11.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-14.776;QD=3.19;ReadPosRankSum=-3.984;SOR=1.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:450,83:0.16:533
chr5	837556	rs28449575	T	G	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FS=15.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.47;MQRankSum=-15.916;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.879;SOR=1.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:453,65:0.13:518
chr5	840342	rs3822811	A	G	5416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.063;NF=100;NR=73;PP=2461;ReadPosRankSum=-0.206;SC=ACCTGGCACCACTCCTGCAGG;SOR=0.686;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=355;TCF=208;TCR=147;TR=173;WE=840350;WS=840332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,287:0.47:613
chr5	840506	rs7701283	C	T	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-14.224;NF=63;NR=68;PP=1921;ReadPosRankSum=0.009;SC=TGGCCCCAGGCGTGGGGGGCT;SOR=0.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=322;TCF=155;TCR=167;TR=131;WE=840514;WS=840496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,141:0.34:409
chr5	843879	.	T	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQRankSum=1.962;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
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chr5	878525	rs508016	T	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=4.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-17.258;QD=1.64;ReadPosRankSum=4.488;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:345,83:0.19:428
chr5	904395	.	G	GT	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.514;QD=2.63;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,31:0.28:111
chr5	981019	rs10065177	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=10;PP=575;SC=CAGAAGCTGATTGCTTTTAAA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=981027;WS=981009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	1009425	rs10060716	A	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=4;PP=150;SC=TGGAGCCAGCAGTGGGGGGAC;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=1009433;WS=1009415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	1034246	rs4975576	A	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=1;PP=168;SC=CCTAGCTGGCATGAGGGACCC;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=1034254;WS=1034244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	1035399	rs147352169	T	TAATG	4322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=23;PP=1050;SC=ACCAGTGAGTTAATGAATGAA;SOR=1.414;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=36;WE=1035407;WS=1035389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	1035482	rs12657514	A	G	7255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=72;PP=2965;SC=GGGAGTGAGTAATGGCAGGAC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=86;TCR=73;TR=156;WE=1035490;WS=1035472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr5	1036616	rs367843383	CA	C	442.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.24;MQRankSum=0.691;QD=21.08;ReadPosRankSum=0.539;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr5	1036900	rs34309815	C	T	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	1036962	rs34413936	C	A	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=495;SC=CAGACAGTGTCGACAGCAGGC;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=20;WE=1036970;WS=1036952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	1038526	rs3889678	A	G	5712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr5	1052360	rs3810854	C	T	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=25;PP=963;SC=GCAGCTTGGGCGGCATCACTG;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=53;WE=1052368;WS=1052350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	1052735	rs4046186	GGAGCA	G	625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.43;NF=1;NR=7;PP=452;SC=CAGGCGGGGAGGAGCAGGGCA;SOR=1.473;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=1052747;WS=1052725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	1057782	rs12108965	T	C	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=26;PP=575;SC=GCCCGGGACTTGGTGAGACCA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=1057790;WS=1057772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	1060400	rs4975568	G	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=3;PP=692;SC=GAAAAGACTCGGCGAAGTCGG;SOR=2.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=1060408;WS=1060390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	1060634	rs4246750	C	T	5419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=89;PP=2614;SC=AACACCAGCCCGGTACCCAGA;SOR=1.274;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=45;TCR=89;TR=133;WE=1060642;WS=1060624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	1060654	rs4246749	G	A	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=74;PP=2028;SC=AGACCGAGCCGCCCTGAGCGG;SOR=1.417;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=34;TCR=75;TR=108;WE=1060662;WS=1060644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	1060685	rs2241608	G	A	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=52;PP=1601;SC=CACGCGTCCCGGGCCCCACAG;SOR=1.967;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=70;TCF=18;TCR=52;TR=68;WE=1060693;WS=1060675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	1063187	rs6863419	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	1065290	rs4362981	A	G	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=15;PP=1141;SC=GGACAGTGAGAGGACAGCGAG;SOR=2.432;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=57;WE=1065327;WS=1065280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	1065298	rs55643147	GAGGGGACACTGAGGAGACACAC	G	3268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.56;QD=43.01;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	1065399	rs737154	C	T	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=26.28;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	1065683	rs56078134	A	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.58;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	1065689	rs13186367	C	T	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	1073689	rs10780095	C	T	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=20;PP=1588;SC=TGCCAGGGCACGTTTCCTGTG;SOR=1.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=80;WE=1073697;WS=1073679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	1074560	rs12523242	A	C	2627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=32;PP=1369;ReadPosRankSum=0.089;SC=TTCACACCCCAGACCTTGCCT;SOR=0.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=81;WE=1074568;WS=1074550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr5	1074921	rs7714914	G	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=524;SC=TGAGGAGGGAGGCCTCCATGC;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=1074929;WS=1074911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	1076459	rs11952124	G	T	4638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.889;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.43;ReadPosRankSum=0.163;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,194:0.98:198
chr5	1076519	.	TCAGGTTCCAGC	T	355	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=25;PP=355;QD=15.24;SC=TCAGGCCCCCTCAGGTTCCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=25;WE=1076537;WS=1076509;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,25:0.93:27
chr5	1076521	.	A	ATCCTGTGACCACCT	1940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=2880;SC=AGGCCCCCTCAGGTTCCAGCC;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=25;WE=1076537;WS=1076509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	1076524	.	T	TCCA	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.27;SOR=4.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	1076526	.	C	CCTGTGACCA,CATCCTGTGACCA	1267.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.48;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=25;PP=2806;SC=CCCTCAGGTTCCAGCCATCCT;SOR=4.479;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=1076537;WS=1076509;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:29
chr5	1078898	rs4975564	A	G	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=35;PP=1730;SC=AAGGAAAGGCAGGTCCGTGGG;SOR=0.822;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=61;WE=1078906;WS=1078888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	1081767	rs4526148	C	T	7295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=84;PP=2930;SC=TAGGGCAGTGCGCTGGCACGG;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=164;WE=1081775;WS=1081757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr5	1085604	rs11133624	C	A	5560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=94;PP=2941;SC=GGAACAAGGCCGGTCGGGAGG;SOR=1.396;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=39;TCR=94;TR=133;WE=1085612;WS=1085594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	1089030	.	G	C	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=30;PP=1669;SC=ACGGCATCTGGGGAGAGCCCT;SOR=1.374;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=89;WE=1089038;WS=1089020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	1093609	rs56276350	G	GGGGCGGGGACT	612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=987;SC=CGGGACACACGGGGCGGGGAC;SOR=4.804;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=1093617;WS=1093599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	1093860	rs6883411	CC	GT	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=899;SC=GGAGCTCAGGCCCTCCCCGGG;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=1093869;WS=1093850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	1160435	rs141202269	GGA	G	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,8:0.13:62
chr5	1214264	rs6554663	A	G	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=52;PP=1561;SC=GGTGGAAAGCACTCTGTGGCT;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=76;WE=1214272;WS=1214254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	1216775	rs4975629	A	G	11619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NR=133;PP=2965;SC=TCCGCGCCACACAGCGCTACG;SOR=0.838;Source=Platypus;TCR=133;WE=1216783;WS=1216765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr5	1219859	rs11746371	C	T	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=42;PP=1155;SC=AGGACCCGGGCTGTGTTCAGG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=1219867;WS=1219849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	1219874	rs6869718	G	A	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=31;PP=901;SC=TTCAGGGTACGGAGGGAGAGT;SOR=2.560;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=37;WE=1219882;WS=1219864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	1221199	rs12513763	T	C	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=22;PP=1502;SC=TAGCAGAACGTACAGAAAGCT;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=1221207;WS=1221189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	1225564	rs7728646	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=564;SC=GCACCACCCTTGCCCTGAAGC;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=1225572;WS=1225554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	1225613	rs7704058	G	A	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=17;PP=1164;SC=CCCCAGAACCGGACCCGGCCG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=1225634;WS=1225603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	1225626	rs7728667	T	A	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=23;PP=1254;SC=CCCGGCCGCCTGCGACCTCGG;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=63;WE=1225634;WS=1225603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	1225687	rs7705355	CT	TC	8118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=43;PP=2947;SC=CTGAGCTGCACTGGGTTTGCC;SOR=0.808;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=91;WE=1225696;WS=1225677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr5	1225703	rs7724858	A	G	5359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=52;PP=1847;SC=TTGCCGTGGGACTGGGGAACA;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=102;WE=1225711;WS=1225693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	1225801	rs7704363	G	A	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=44;PP=1245;SC=AGGGGAGGCCGTCTCCACCCT;SOR=1.361;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=1225809;WS=1225791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	1232240	rs7379178	C	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=687;SC=GTCCCGTCTGCCCCTTGAAGA;SOR=2.362;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=1232248;WS=1232230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	1232491	rs4975623	G	C	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.53;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	1232775	rs6858999	T	A	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=10;PP=964;SC=TGTGTTATTTTATGTTGTTAT;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=1232783;WS=1232765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	1235744	rs76827400	G	A	7812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=105;PP=2965;SC=TCGTGTACATGTGTGTCATCA;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=81;TCR=105;TR=186;WE=1235752;WS=1235734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr5	1272549	.	C	CGGGGGCCG	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.655;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.68;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr5	1280128	rs7734992	T	C	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=7;PP=625;SC=GCCACCTCACTGTGCGCACAA;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=1280136;WS=1280118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	1294086	rs2736098	C	T	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=48;PP=2271;SC=ATGGGGGGCCCGCGTGGTGCT;SOR=0.921;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=114;WE=1294094;WS=1294076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	1334507	rs5865369	GA	G	3226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.394;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.275;NF=7;NR=58;PP=1286;ReadPosRankSum=2.299;SC=CCCTGTCAAGGAAAAAAAAAC;SOR=0.830;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=7;TCR=63;TR=65;WE=1334515;WS=1334497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,149:0.98:152
chr5	1393713	.	GTCCTGGGGTAGTACACGCTCCTGTGGGGGCCCTGCATGCA	G	1135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.50;QD=30.70;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	1394815	rs1042098	A	G	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr5	1409127	rs429699	T	C	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=35;PP=1371;SC=TTGGCTGCCTTCCCCCGGACT;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=1409135;WS=1409117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	1409985	rs8179029	C	T	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=72;PP=2021;SC=AGCACAGGGTCGGGCTGCAGG;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=101;WE=1409993;WS=1409975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	1411256	rs2550936	A	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=8;PP=800;SC=TGGGGGCCGTACGTGAGCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=1411264;WS=1411246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	1411412	rs6347	T	C	5389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=53;PP=1676;SC=CGGCCCAGGCTGAGGACAGAG;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=101;WE=1411420;WS=1411402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
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chr5	1420588	rs11564758	C	G	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=31;PP=1491;SC=GTGTCTGCAACTCTGACACCT;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=82;WE=1420596;WS=1420578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	1442974	rs2254408	C	A	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=24;PP=1331;SC=CCCCGGCTGCCCCTACGACCC;SOR=1.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=73;WE=1442982;WS=1442964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	1464028	rs6876662	C	T	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=1124;ReadPosRankSum=0.379;SC=TTTCCCACGGCCCTGGTGGGT;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=59;WE=1464036;WS=1464018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr5	1466813	rs2277007	T	C	7799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=0.787;SC=CCACACTCTGTCCAGCCCCCG;SOR=1.099;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=202;TCF=125;TCR=77;TR=197;WE=1466821;WS=1466803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,295:0.99:297
chr5	1470900	rs2277005	G	A	9953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=91;PP=2965;SC=TGACTGCACCGCCCTGTCCCC;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=135;TCR=91;TR=226;WE=1470908;WS=1470890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr5	1471109	rs27054	T	C	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=53;PP=1212;SC=GGGTTTCCCATGGGTGCTGGT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=10;TCR=53;TR=63;WE=1471117;WS=1471099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	1479678	rs27059	G	C	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=22;PP=1640;SC=CCTGGTGTAAGCTCGTGTCTG;SOR=1.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=81;WE=1479686;WS=1479668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	1481148	rs2447846	A	C	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=45;PP=1455;SC=GGCCTGCACCAAGCACCTGCG;SOR=1.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=1481156;WS=1481138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	1594664	rs4246747	C	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	1708983	rs12523324	G	A	4684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=68;PP=1994;SC=CCTCGACCCAGAGCCAGACAA;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=109;WE=1708991;WS=1708973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr5	1799001	rs114776273	T	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=30;PP=979;SC=GTGTGACGACTGAGATAGAGC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=1799009;WS=1798991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	1801426	rs13176353	G	C	2482.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	1801427	rs34372448	C	CG	1329.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=564;ReadPosRankSum=-2.055;SC=GCGCTCCCCGCCCCCAGGGCG;SOR=0.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=1801440;WS=1801412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr5	1801432	rs11745573	A	G	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.20;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	1801689	rs2242412	A	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	1814395	rs36074605	TTGTA	T	3743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=27;PP=2147;SC=GTGGGTTAAATTGTATGTAGT;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=40;WE=1814406;WS=1814385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	1814783	rs4147773	T	C	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=80;PP=1982;SC=CTTTCAACTGTGAAGTGGTGG;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=32;TCR=80;TR=111;WE=1814791;WS=1814773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	3509083	rs13156164	C	T	5006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=74;PP=2402;SC=CTCTGAGACCCCCAGTCTGCC;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=54;TCR=74;TR=128;WE=3509091;WS=3509073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr5	3599320	rs861185	A	G	8683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=76;PP=2965;SC=TCCTCGATGGATCTGCCCTGT;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=116;TCR=76;TR=191;WE=3599328;WS=3599310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr5	3600334	rs844154	T	C	12311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=174;PP=2965;SC=GGGCACTCAATGGAGACAAGG;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=284;TCF=109;TCR=175;TR=281;WE=3600342;WS=3600311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr5	3610452	rs13183610	A	T	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	3610527	rs35761906	T	C	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=26;PP=787;SC=TCTCCCTCTGTGTAATCTACT;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=45;WE=3610535;WS=3610517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	3610658	rs1373997	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=201;SC=AGGAGTGGAGTGGGCCCAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=3610666;WS=3610648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	4087346	rs376960519	CTG	C	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=1.745;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr5	4087485	rs6869319	G	T	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	4095437	.	G	GTGTATACATATATATGTATACATATATT	1088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=98.98;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	4095647	.	C	CCTTTCCTTTTCTTTT	2773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=31.88;SOR=2.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	4420188	rs140931368	G	GTGTA	6991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.701;NF=10;NR=120;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TGCCTGGCATGTGTATGTGTG;SOR=0.783;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=140;TCF=12;TCR=128;TR=130;WE=4420202;WS=4420178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,193:0.96:201
chr5	4420474	rs2436584	A	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	4702337	.	GT	G	1028.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.57;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	4702339	.	GTGTGTGTGTGTGT	G	1027.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.06;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	4702352	.	T	G	251	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=329;MMLQ=24;MQ=59.19;NF=10;NR=9;PP=251;QD=15.0405901341;SC=TGTGTGTGTGTGCTCAGGCCC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=4702360;WS=4702342;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	4702461	rs4315900	C	T	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=6;PP=127;SC=TTTTGTTAATCTTTGGTCTAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=4702469;WS=4702451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	4930051	rs27416	G	T	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=40.86;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	4930086	rs151099206	T	TGTGA	1282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.042;NF=8;NR=13;PP=553;ReadPosRankSum=0.487;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=21;WE=4930094;WS=4930076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr5	4930181	rs560366	C	T	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=25;PP=880;SC=CTCATGCAATCGTGGGAGCTG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=4930189;WS=4930171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	4930303	rs1452032	G	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=10;PP=262;SC=CTCAGGCAGGGTTCCTCTGTT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=4930311;WS=4930293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	5140632	rs270208	T	C	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=381;SC=GTGGATGCTGTTGGCGCAGGT;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=5140640;WS=5140622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	5140958	rs270207	T	A	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=25;PP=804;SC=TATTAGGTGCTGTGAATGTTC;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=5140978;WS=5140948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	5140970	rs270206	C	T	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=20;PP=550;SC=TGAATGTTCACGACTCTGTGG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=5140978;WS=5140948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	5141009	rs59628659	CT	C	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=2.534;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr5	5146223	rs1871468	G	C	7409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=52;PP=2911;SC=CTCAGCCTCTGCTCACTCTTT;SOR=1.006;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=99;TCR=54;TR=150;WE=5146231;WS=5146213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr5	5146335	rs2086310	C	G	9118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=120;PP=2965;SC=AAGAGCAGTGCCCGTGTCCGA;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=104;TCR=120;TR=224;WE=5146343;WS=5146325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr5	5146377	rs1019747	T	C	6363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=109;PP=2965;SC=GCTGAAAGGCTCCAGGCACGA;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=80;TCR=110;TR=189;WE=5146385;WS=5146367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr5	5186412	rs143046364	A	AGG	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.39;MQRankSum=-0.464;QD=1.57;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr5	5186414	.	G	GGGGT	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.856;NF=2;NR=50;PP=952;ReadPosRankSum=0.373;SC=CACTTCGTAGGGTGTGTGTGT;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=2;TCR=55;TR=52;WE=5186425;WS=5186402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr5	5189950	rs6859975	G	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=459;SC=AAATACACGCGTTAGCTTATA;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=5189958;WS=5189940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	5189978	rs72647746	C	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=10;PP=604;SC=CAGATCCAGCCATGTATTTGA;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=5189986;WS=5189968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	5200234	rs1896622	C	G	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	5200430	rs16875038	C	T	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=526;SC=GCCTTTGATGCTCACTGCCTG;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=5200438;WS=5200420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	5223073	rs12652968	A	G	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=80;PP=2244;SC=CTCCTCTTGCATAGGTATTTT;SOR=1.432;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=35;TCR=81;TR=115;WE=5223081;WS=5223063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	5239921	rs11742341	C	T	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=43;PP=1545;SC=GGCACTGGACCGTGGACTGGC;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=81;WE=5239929;WS=5239911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	5240002	rs11742370	C	A	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=36;PP=1205;SC=AGAACTTAATCGCTACTGGAC;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=58;WE=5240010;WS=5239992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	5303349	rs11959893	T	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=4;PP=519;SC=GATGGAGCCATCCCTCACCGA;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=5303357;WS=5303339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	5436609	rs2578552	G	A	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	5437380	rs2578550	C	T	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=32;PP=865;SC=AGTAAACAGACAGTCCTTTTA;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=5437388;WS=5437370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	5443179	rs2578554	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=2;PP=286;SC=TCTGCCTAATGTCTGTTTATT;SOR=2.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=5443187;WS=5443169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	5443430	rs112316712	GT	G	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.675;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr5	5466361	.	T	TA	337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=376;SC=AATAGATACTTAAGTTTTGTA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=5466369;WS=5466352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	6020374	rs464221	A	G	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	6020418	rs457263	T	G	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=46;PP=1353;SC=ATCCAACCCTTTAAGCCAGCA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=69;WE=6020426;WS=6020408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	6020488	rs412953	C	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=514;SC=CTCCTCAAGTCGGCATTCCTT;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=6020496;WS=6020478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	6312879	.	C	CAG	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=-0.895;SC=CACACACACACAGAGAGAGAG;SOR=0.569;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=2;WE=6312887;WS=6312869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr5	6378614	rs7723985	G	C	12642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=0.724;SC=GCCCGTCCCCGACCCACACAG;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=285;TCF=121;TCR=164;TR=285;WE=6378622;WS=6378604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,481:1.00:483
chr5	6827854	rs275441	C	T	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=12;PP=1324;SC=ATCCCTCTTGCAGGGACTTTC;SOR=2.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=63;WE=6827862;WS=6827844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	7520881	rs13166360	G	T	15170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=598;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=174;NR=146;PP=2965;SC=CATCTTCGTGGTGTACACCAT;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=320;TCF=174;TCR=146;TR=320;WE=7520889;WS=7520871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr5	7654097	rs111644211	GAGA	G	2167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=14;PP=1071;SC=AAGAGCTGTTGAGAAGACCAG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=7654107;WS=7654087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	7695845	rs11134251	C	A	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=35;PP=1933;SC=TCTGTCTCCTCACCTCCTTTC;SOR=1.058;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=101;WE=7695853;WS=7695835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	7696028	rs11134252	C	T	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=44;PP=1235;SC=CTCTTGGTTTCGTTTTTCTTC;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=7696036;WS=7696018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	7712810	rs6555488	C	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=105;SC=TTGATTCACACTTAGGATTAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=7712818;WS=7712807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	7717396	rs6878196	T	C	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=12;PP=427;SC=TTTATTATGTTCCAGTTGTAT;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=7717404;WS=7717386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	7757704	.	G	GCCCCAGAGCA	2419.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.01;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	7757705	.	T	TGGCCGTGTTCAACATGGTAAGC	2421.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.42;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	7757715	rs4479814	C	T	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	7802363	rs2290910	C	T	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=20;PP=1142;SC=ACTGCGTCTGCGTCATGTTTG;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=60;WE=7802371;WS=7802353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	7826648	rs141881348	AAAC	A	1205.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=6;PP=947;SC=GCGCTGAATTAAACAACATTG;SOR=2.147;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=21;WE=7826658;WS=7826638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	7826680	rs6887726	T	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=27.11;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	7835616	rs34574678	G	GA	3727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.170;NF=9;NR=58;PP=1174;ReadPosRankSum=-0.924;SC=TCCTGTCTAGGAAAAAAAAGA;SOR=0.814;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=76;TCF=12;TCR=64;TR=67;WE=7835624;WS=7835606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr5	7835685	rs179044	G	T	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=48;PP=1333;SC=GGAGCACAGAGGCCAGTTCTT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=63;WE=7835693;WS=7835675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	7850898	.	TGCCCAGCCGCCCAGCC	T	821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=2415;SC=CGCCCGCCCCTGCCCAGCCGC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=7850921;WS=7850888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	7861985	rs2307116	G	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=42;PP=1121;SC=GCTCAATAACGCTAAACCACA;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=7861993;WS=7861975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	7862926	rs3733784	T	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=10;PP=782;SC=AAACTCCTTATACTACTTACC;SOR=2.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=37;WE=7862934;WS=7862916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	7866135	rs141939619	TTGAGG	T	7546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=69;PP=2946;SC=TACGTCTGAATTGAGGTATGT;SOR=1.275;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=5;TCR=69;TR=74;WE=7866147;WS=7866125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	7866967	rs162030	G	C	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=58;PP=2144;SC=GTTCCATTAAGGCAGAAATCT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=126;WE=7866975;WS=7866957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr5	7868030	rs2966952	T	C	6772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=90;PP=2965;SC=ATGATGGAATTTGACCCCGAA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=80;TCR=91;TR=170;WE=7868038;WS=7868020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr5	7870083	rs326119	C	A	4293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=57;PP=2016;SC=GAAAGCCAAGCTTTTGGTTTG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=108;WE=7870103;WS=7870073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	7870095	rs12653464	G	A	4100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=59;PP=2011;SC=TTTGGTTTGGGTTTCAGTTTA;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=110;WE=7870103;WS=7870073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	7870973	rs1801394	A	G	6731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	7885782	rs34487083	A	AT	1573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.543;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,98:0.80:122
chr5	7893121	rs162049	G	A	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=35;PP=947;SC=ATTCATTACTGTCATAAGAAA;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=7893129;WS=7893111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	7896957	.	C	CT	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,25:0.17:143
chr5	8461166	rs341899	T	C	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=25;PP=741;SC=GTTTCTAAGTTTATTATTAAA;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=8461174;WS=8461156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	9043142	rs3834271	T	TA	628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=22;PP=454;SC=GAAAATATATTAAAAAAAAAC;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=22;WE=9043150;WS=9043132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	9050410	rs257098	C	T	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=839;SC=TGACTTTCTCCGGTTTTTCAT;SOR=2.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=9050418;WS=9050400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	9053945	rs257095	C	T	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=42;PP=1193;SC=AGAACTCGTGCTTGAAGCCTT;SOR=1.218;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=9053953;WS=9053935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	9066464	rs786847	A	G	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=34;PP=2165;SC=CTTGCTGTTTATGACCTTAGA;SOR=1.371;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=75;TCR=34;TR=108;WE=9066472;WS=9066454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	9066802	rs786846	G	A	3892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=65;PP=1797;SC=GGGGTAAACAGAGCAACCTCA;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=96;WE=9066810;WS=9066792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	9202419	rs1805974	T	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=22;PP=602;SC=TCTTGCCTGCTCAGTATTTCA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=9202427;WS=9202409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	9265602	rs7734564	C	T	5926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=72;PP=2245;SC=ACTCTTCTGCCGCGGGACTCC;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=51;TCR=72;TR=123;WE=9265610;WS=9265592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr5	9280957	rs6555597	C	A	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=81;PP=2416;SC=TAAAATGTAACGTTTTAGCAA;SOR=1.198;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=124;WE=9280965;WS=9280947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr5	10227548	rs2136197	C	A	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=29;PP=1528;SC=CACTCCCAGTCAAGTTTATGC;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=10227556;WS=10227538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	10227823	rs3080459	C	CCT	1071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=792;SC=CCCAAAATTTCCTGTTTTTAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=10227831;WS=10227813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	10236856	rs11133605	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=18;PP=872;SC=CTAAGACATCATTTTAAAATG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=41;WE=10236864;WS=10236846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	10236927	rs2292263	C	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=28;PP=1396;SC=AACTTAGTTTCCTTGATTGGT;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=10236935;WS=10236917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	10237155	rs6876650	G	A	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	10239278	rs2252505	C	T	8714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr5	10250047	rs2607301	C	A	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.11;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	10250430	rs2548546	G	A	6692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=83;PP=2965;SC=CGGTTGGGGGGAAGTAATTCC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=153;WE=10250451;WS=10250420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr5	10250443	rs2578618	T	C	6253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=84;PP=2965;SC=GTAATTCCGGTTGTTGCACCA;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=60;TCR=84;TR=144;WE=10250451;WS=10250420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr5	10254817	rs2578617	A	G	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=48;PP=2069;SC=ATAAGGATGGAGATGTGACTG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=102;WE=10254825;WS=10254807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr5	10255021	rs2607294	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=675;ReadPosRankSum=1.949;SC=ACATGCCTGCTGAGATTGTTG;SOR=1.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=10255029;WS=10255011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr5	10255083	rs2578616	A	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=315;SC=AAAACATGCTACAAAACAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=10255091;WS=10255073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	10256161	rs1042392	T	C	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.081;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=62;PP=1921;ReadPosRankSum=1.390;SC=AGGCTGCTCGTGTTGCTATTG;SOR=0.293;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=57;TCR=64;TR=118;WE=10256169;WS=10256151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr5	10258125	rs2457156	G	A	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=28;PP=1651;SC=TCAAAACATCGTTTGATTTAT;SOR=1.377;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=86;WE=10258133;WS=10258115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	10261542	rs2607327	C	T	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=24;PP=2157;SC=GGAGATGTCTCGGTCAAAGTG;SOR=2.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=74;TCR=24;TR=98;WE=10261550;WS=10261532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	10261966	rs2244717	G	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=29;PP=762;SC=AAAAATAATCGTGGTTCTCAA;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=10261974;WS=10261956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	10262740	rs2578642	C	A	9959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=112;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.546;SC=GGTAAGGGATCTGTGCAGACT;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=118;TCR=113;TR=228;WE=10262748;WS=10262730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,388:0.99:390
chr5	10263451	.	TGGAG	T	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=52;PP=2947;QD=20;SC=CGCCTCTGCGTGGAGGGGGGG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=56;WE=10263472;WS=10263441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,56:0.90:62
chr5	10263453	rs147103051	GA	G	4377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.92;SOR=2.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	10263457	rs58620077	G	A	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.27;SOR=2.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	10263461	rs370306096	GGGA	G	3928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=2.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	10264962	rs544	A	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=16;PP=456;SC=CTCGTGATGCATCTACAGTTA;SOR=1.519;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=23;WE=10264970;WS=10264952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	10394911	.	A	AT	122.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr5	10397473	.	CT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.567;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr5	10417589	rs2967956	G	T	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=21;PP=621;SC=GCCAGGCATGGGGCTTACGCC;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=10417597;WS=10417579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	10423731	rs35814421	A	G	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=211;SC=AATTGTTGCCAATCCTATAGA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=10423739;WS=10423728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	10442496	rs2567577	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=52;PP=1476;SC=ACCAGGGGCCTTACGCGGCAC;SOR=4.443;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=55;WE=10442504;WS=10442486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	10448247	rs1976360	G	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=189;SC=ACATAAGCCCGGGATGTTGGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=10448255;WS=10448237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	10564846	rs814576	C	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=334;SC=CGGCGACCCTCCTGCGCGCCG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=10564854;WS=10564836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	10565027	rs1103749	C	G	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=49;SC=CGCCTCCCAGCTCCTGGCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=10565035;WS=10565017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	10624887	rs1531839	T	C	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=83;PP=2579;SC=TGGCTCCCAATCTTGCGCCTC;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=52;TCR=83;TR=135;WE=10624895;WS=10624877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	10649784	rs113222960	G	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=261;SC=TCCTGGCGGCGCGGGCTGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=10649792;WS=10649774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	10650150	rs56969869	A	G	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.85;QD=25.00;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	10650251	rs140897444	CGGGGCT	C	2157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=23;PP=1257;SC=GCGCTGGGGCCGGGGCTGGGG;SOR=1.094;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=24;WE=10650264;WS=10650241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	10650324	rs13354827	T	G	849.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	10650324	.	TT	GG	589	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=23;MQ=60.43;NF=3;NR=11;PP=589;QD=45.8905624902;SC=ATCGCACCACTTCCGCTCCAT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=10650333;WS=10650314;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	10650325	rs13354828	T	G	849.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	10664999	rs111384023	C	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=16;PP=791;SC=GCTCGGGGCCCGTGGCGGTGT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=10665007;WS=10664989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	10665259	rs11954194	C	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=592;SC=TCTCCCGAAACGACTGGCTTA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=10665267;WS=10665249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	10748231	rs267944	C	T	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=44;PP=2087;SC=AATGTTAATGCTTAACCGAAT;SOR=1.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=112;WE=10748239;WS=10748221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	10748462	rs267943	C	T	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=1.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	10761009	rs11740244	C	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=55;SC=GGCATCAAGGCCCGGAACCCG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=10761017;WS=10760999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	10761182	rs267927	A	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=10;PP=318;SC=CGAAGACATGACGCGGCGGGG;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=10761190;WS=10761172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	10986684	rs12515637	G	C	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=25.25;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	10986722	rs36031475	A	AG	3091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=21;PP=1064;SC=GCAACATGTAAGGGGAAACAG;SOR=0.750;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=29;WE=10986735;WS=10986712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	10986727	rs35210570	A	G	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=44.10;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	10986772	rs9312749	G	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;QD=25.56;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	10986947	rs10434650	C	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=8;PP=216;SC=GGGGTAAATGCATTTGCTATT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=10986955;WS=10986937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	10988172	rs879353	T	C	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=911;SC=CTCTGCCTTGTCGCGGGTCAA;SOR=2.476;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=10988180;WS=10988162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	11082762	rs2277053	T	C	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=54;PP=2688;SC=CTAGAGAAAATATTTTCACTT;SOR=1.050;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=90;TCR=55;TR=142;WE=11082770;WS=11082752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	11084189	rs1024621	T	C	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=76;PP=2440;SC=CTACTTTGTATCTCAAGCTCT;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=39;TCR=76;TR=115;WE=11084197;WS=11084179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	11412302	rs31750	C	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	13729714	rs3777093	A	G	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=51;PP=1385;SC=TTCCTTCACTATAAAACAATC;SOR=2.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=66;WE=13729722;WS=13729704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	13735892	rs3734109	T	C	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=27;PP=1312;SC=TGCACAGATATAGAATTCAGC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=13735900;WS=13735882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	13737700	rs2401811	A	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=316;SC=TGAAGCTCCCATACTGTATTT;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=13737708;WS=13737690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	13810149	rs35732567	G	A	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=305;SC=GTTCCGTCTGGACGGGCAGGT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=13810157;WS=13810139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	13810441	rs35058767	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=39;PP=1043;SC=GTTTCAATGGGAACAGTAAAC;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=13810449;WS=13810431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	13810529	rs31238	C	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=11;PP=331;SC=AAGAACTGATCTCTGAGAATA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=13810537;WS=13810519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	13811775	rs10078391	T	C	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=52;PP=1880;SC=AATCAGGCCTTGAAGCATGTT;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=113;WE=13811783;WS=13811765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr5	13814682	rs56046501	T	C	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=17;PP=1329;SC=TGTTTTCCTTTTTAATTATAC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=60;WE=13814690;WS=13814672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	13815049	rs6890413	AG	CT	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=187;SC=CTATTATATTAGATGTAATTT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=13815058;WS=13815039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	13817881	rs6889720	G	A	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=50;PP=1484;SC=ACTAATTTGTGGTGTACTGTC;SOR=2.242;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=65;WE=13817889;WS=13817871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	13820656	rs6554817	G	A	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=38;PP=1197;SC=AATGATGGCCGGACACGGTGG;SOR=1.437;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=56;WE=13820664;WS=13820646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	13823262	rs10035657	T	C	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=8;PP=1194;SC=TCACTGTTGTTATTTTTGCTG;SOR=2.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=42;TCR=8;TR=50;WE=13823270;WS=13823252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	13829608	rs1348691	G	A	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=7;PP=769;SC=AAGACCTCCAGGATGACACAC;SOR=2.419;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=36;WE=13829616;WS=13829598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	13829799	rs1348689	G	A	5836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=77;PP=2560;SC=CCTGCCGTCCGGCATAGCCAG;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=135;WE=13829807;WS=13829789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	13829933	rs16902790	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=20;PP=562;SC=ACTCATTTACGTATCTCAATC;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=13829941;WS=13829923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	13830048	rs10474996	G	A	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=188;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=226;SC=TTTCCATTCAGGAAAACAGAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=13830056;WS=13830047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	13839695	rs9312849	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=273;SC=TAAATATACACGTTATTAGCA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=13839703;WS=13839685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	13842027	rs35805633	CAA	C,CA	406.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.03;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,15,11:0.52,0.38:29
chr5	13842052	rs1910089	A	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=50;PP=1423;SC=AAAAAGCTATAGTCATATAAA;SOR=1.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=60;WE=13842060;WS=13842042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	13844874	rs16902837	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	13845045	rs10041113	G	A	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=35;PP=1288;SC=TCTCTAGAAGGGCAGGATCTG;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=66;WE=13845053;WS=13845035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	13845107	rs4429853	A	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=778;SC=AAGTACCTACAAGGAGAGGAA;SOR=6.138;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=13845115;WS=13845097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	13845151	rs10041099	C	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=570;SC=CAAAGCTGGTCGTTCAAGGAA;SOR=4.680;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=13845159;WS=13845141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	13859807	rs1867677	G	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=39;PP=1087;SC=ATTTTTAACCGCTTTCTTTAC;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=42;WE=13859815;WS=13859797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	13882841	rs10057007	A	G	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=7;PP=916;SC=ATTTACCTTGAAGTTCATTTT;SOR=2.348;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=13882849;WS=13882831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	13885023	rs147685082	GCA	G	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.116;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr5	13886244	rs150817911	CAA	C	718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.78;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	13894894	rs4701997	T	A	7095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=101;PP=2965;SC=GCAGCAGGTATTTTTGACTTC;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=172;WE=13894902;WS=13894884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr5	13928085	rs12659700	T	C	5223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=42;PP=2114;SC=CACACACGCATCTCCCTCCCG;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=116;WE=13928093;WS=13928075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr5	13944512	rs339445	A	C	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=59;PP=2178;SC=GAGTGACGCTATGCTTCCAGA;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=120;WE=13944520;WS=13944502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr5	14183866	rs354302	T	C	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=155;SC=AGGGAAGGCATGCGGCCGCAG;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=14183874;WS=14183856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	14183979	rs71597901	CAG	C	1226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.36;NF=10;NR=7;PP=821;SC=TAACCTTTGGCAGATAGTGAC;SOR=1.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=14183988;WS=14183969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	14184022	rs354301	G	A	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=11;PP=597;SC=CGTGGTAACCGTTTTTTAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=14184030;WS=14184012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	14184079	rs354300	G	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	14184116	rs16903264	C	T	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=25;PP=939;SC=TATTTTGGCTCTCTGATGTGT;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=14184124;WS=14184106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	14184211	rs354299	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=15;PP=443;SC=ACAGAGAATGTTGTGTGTTTG;SOR=1.302;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=23;WE=14184219;WS=14184201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	14184254	rs354298	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=325;SC=TAAAAATCCAACCGGCTAGTA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=14184262;WS=14184244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	14388797	.	GT	G	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=1.576;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr5	14471666	rs27091	T	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=161;SC=CAGCTCTGAATTACCGAGATG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=14471674;WS=14471656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	14472626	rs26186	T	C	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=14;PP=1082;SC=GGAGTCCATCTTGACCAGGAG;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=14472634;WS=14472616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	14479938	rs26173	G	A	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=17;PP=1344;SC=TTTACTGCCAGTGTTGTAGTC;SOR=1.661;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=69;WE=14479946;WS=14479928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	14485161	.	G	GT	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.599;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,32:0.30:105
chr5	14509487	rs150510776	T	TTG	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=270;ReadPosRankSum=-0.493;SC=CTTTATGGTTTTGTGTGTGTG;SOR=0.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=14509495;WS=14509477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr5	14751399	rs697570	C	T	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=29;PP=755;SC=CGGGAACCGACTGACAGAAGC;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=14751407;WS=14751389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	15927905	.	A	AGAAAGAC	1381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.80;QD=57.57;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	15935149	rs78784383	G	A	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=20;PP=1391;SC=GATTGGCTCTGAGACCTGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=71;WE=15935157;WS=15935139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	16091242	rs11389357	G	GA	305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.38;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	16177807	rs2582666	A	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=13;PP=1018;SC=AAATTATTTCAGGAAAAATAA;SOR=1.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=16177815;WS=16177797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	16179125	rs342550	C	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=7;PP=227;SC=CACCGGCTGCCTCGGGGTCTC;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=16179133;WS=16179115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	16474778	rs200951949	CT	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.285;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr5	16477751	rs162850	C	A	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=14;PP=924;SC=AAATAAATGTCTCCAGAAATA;SOR=1.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=48;WE=16477759;WS=16477741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	16478200	rs162848	G	A	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=29;PP=790;SC=TTTTTTCTTTGTCTGCTTCTG;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=16478208;WS=16478190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	16479220	rs33692	A	G	167.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=75;SC=GGGAAATGCCATTGTGAAATA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=16479228;WS=16479210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	16481062	rs2305279	C	T	9579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=88;PP=2965;SC=GTCTGTTGACCGTAAGGTGAT;SOR=0.959;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=133;TCR=89;TR=221;WE=16481070;WS=16481052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr5	16508674	rs332811	A	G	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=39;PP=2109;SC=ACGTACGTATATATCACAATT;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=109;WE=16508682;WS=16508664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	16508898	rs33684	T	C	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=49;PP=1224;SC=CTCAGAAAGTTGGTGTTTACA;SOR=1.230;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=75;WE=16508906;WS=16508888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	16572322	rs11338270	CT	C	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.386;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr5	16617099	rs35003	A	G	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=3;PP=85;SC=GTGCTTCCAGACAGGGACGGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=16617107;WS=16617089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	16667003	rs26743	C	T	4204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=87;PP=2585;SC=CTCCCGTAGCCTTCCATGCTA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=36;TCR=87;TR=123;WE=16667011;WS=16666993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	16668256	rs35579	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=5;PP=658;SC=GGACCACCACACTGTATTTTC;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=16668264;WS=16668246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	16670618	rs27431	C	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=290;SC=CCCCAACACACGGCAGCCAGT;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=16670626;WS=16670608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	16673975	rs25901	C	G	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=42;PP=1393;SC=TTCCATCTCGCTTCCTGGAAA;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=16673983;WS=16673965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	16676103	rs28057	T	C	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=10;PP=476;SC=AGTGGAATCATGGTCTCTGAG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=16676111;WS=16676093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	16679914	rs10060411	G	A	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=288;SC=AATTACAGGCGTGAGCCACCG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=15;WE=16679934;WS=16679904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	16679926	rs3217321	G	GC	955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=554;SC=GAGCCACCGTGCCGGCCAACC;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=14;WE=16679934;WS=16679904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	16679966	rs35580	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	16681966	rs399833	G	A	5946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=66;PP=2774;SC=CGAGGAAGCAGGGCAGGCAGT;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=79;TCR=66;TR=145;WE=16681974;WS=16681956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr5	16684109	rs2303703	T	C	4990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr5	16699512	rs256930	G	A	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=404;SC=ATAAAATAACGCCTCGCTCTC;SOR=1.942;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=16699520;WS=16699502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	16711365	rs3214558	CA	C	2894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.547;HP=10;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.341;NF=13;NR=54;PP=1220;ReadPosRankSum=0.761;SC=CTAAACCATGCAAAAAAAAAA;SOR=0.817;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=67;WE=16711374;WS=16711355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,147:0.95:154
chr5	16711451	rs27552	G	T	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=36;PP=1090;SC=GGTTTACCCCGCTTCAAAACA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=16711459;WS=16711441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	16755049	rs17429731	C	T	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=20;PP=568;SC=GATTTAGTCTCTTATTATGTC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=16755057;WS=16755039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	16762646	rs31511	T	C	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=969;ReadPosRankSum=-0.454;SC=TTGCAGGTTTTGACATACCGC;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=60;WE=16762654;WS=16762636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,121:0.98:123
chr5	16764255	rs375881422	CA	C	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.400;NF=21;NR=16;PP=540;ReadPosRankSum=-1.193;SC=GACTCCTTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=37;WE=16764274;WS=16764245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,55:0.90:61
chr5	16764334	rs250341	C	T	6438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=64;PP=2858;SC=AGAGAATTCACGTGCTGCACT;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=91;TCR=64;TR=155;WE=16764342;WS=16764324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr5	16766093	rs2561232	C	T	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=31;PP=1540;SC=ATTACAGTTACAACTGTTATT;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=53;TCR=31;TR=84;WE=16766101;WS=16766083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	16769273	rs11750538	G	A	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	16783711	rs4702172	T	C	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=38;PP=1085;SC=AAAATGCCTGTTTCCAAAGAG;SOR=4.271;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=16783719;WS=16783701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	16794780	rs7737765	G	A	2585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=28;PP=1326;SC=TGGTTGTCGTGGCGCTTCCAC;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=66;WE=16794788;WS=16794770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	16795012	rs7737850	C	T	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	16795073	rs7737987	C	G	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=27;PP=680;SC=CTGTCCCTGCCTTTCTGGGTA;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=16795081;WS=16795063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	16815530	rs60498681	G	C	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=10;PP=343;SC=GAAGCATTGTGGATTTGGAGT;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=16815538;WS=16815520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	16916071	rs145081788	GAA	G	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=23.69;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr5	17276053	.	CCTCT	C,CCT	843.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.24;QD=32.45;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,19:0.27,0.73:26
chr5	19520932	rs441865	T	C	5224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=82;PP=2650;SC=ATGCACACTTTAGAGGCTCGG;SOR=1.155;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=43;TCR=83;TR=125;WE=19520940;WS=19520922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	19721490	rs12187552	T	C	5749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=56;PP=2364;SC=AGGGTTGTCCTTGGAGAATGC;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=115;WE=19721499;WS=19721480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr5	21751715	rs10657805	C	CAGAA	961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.24;QD=48.09;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	21751718	.	A	AAAGAGTGTGTGT	1018	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=25;MQ=59.95;NF=20;NR=3;PP=1018;QD=44.4782608696;SC=CTTGTCCCAGAGTGTGTGTGT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=21751726;WS=21751705;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,23:1.00:23
chr5	21751741	rs370990145	T	TTGTGTGTGTG	1980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.83;QD=42.14;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	21752050	rs6451992	A	G	11852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr5	21752056	rs6451993	A	G	11819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr5	21760602	rs2303748	C	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=4;PP=770;SC=AGTATTGATTCCTCCCTTTGT;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=21760610;WS=21760592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	21802662	rs6897177	C	T	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=12;PP=312;SC=TTCTTAATAACTAGTGGGTAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=21802670;WS=21802652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	21817247	rs114414442	A	G	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=78;PP=2336;SC=GATGCCTGATAAGACATATAA;SOR=1.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=37;TCR=78;TR=115;WE=21817255;WS=21817237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	23510203	rs2973615	A	G	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=37;PP=1062;SC=TGCTCTTTTCACCCAGGCTGG;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=23510211;WS=23510193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	23523348	rs1874165	C	T	5144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=61;PP=2205;SC=TAAAATAATTCTTCTGATTTT;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=128;WE=23523356;WS=23523338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	23527919	rs2099081	A	G	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=73;PP=2151;SC=ATAGCCACAAAAAGACAAATG;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=23;TCR=73;TR=96;WE=23527927;WS=23527909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	23975952	rs10037197	G	C	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=324;SC=TGCTGTTGTTGTAACAATACA;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=23975960;WS=23975942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	23976115	rs1501940	G	A	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=49;PP=1727;SC=GTTGCAGTCCGTAGGCACTTG;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=99;WE=23976123;WS=23976105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	23977922	.	T	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=14;PP=501;SC=GAGCCACCAGTGTGACAAATA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=23977930;WS=23977912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	24498690	rs3815909	T	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=39;PP=1069;SC=ATTTAATTTATATAGGCATCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=24498698;WS=24498680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	24511654	.	CAGAGAGAG	C	674.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.17;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	24537481	rs6882202	G	T	4810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.085;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=42;PP=2218;ReadPosRankSum=0.978;SC=CGCTGTAAATGAACTTACCTA;SOR=1.005;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=122;WE=24537489;WS=24537471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr5	24593325	rs16893586	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=6;PP=647;SC=AGTAAAATATATAAAGAGCAA;SOR=2.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=24593333;WS=24593315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	25190755	rs112758294	G	A	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	26905920	rs5866810	GT	G	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=3;PP=387;SC=GGGAAATTGTGTTTTTTTTTT;SOR=3.611;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=21;WE=26905928;WS=26905910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	31322851	rs2962790	A	G	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=17;PP=775;SC=ATTTGAGCACAGTGTTTCTTC;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=31322859;WS=31322841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	31401447	rs10719	A	G	8107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=80;PP=2965;SC=AGCACACTTCATTCATTGTCT;SOR=1.115;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=133;TCR=80;TR=213;WE=31401455;WS=31401437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr5	31435975	.	C	CA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,28:0.15:181
chr5	31472087	rs6885959	T	A	3384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=28;PP=1944;SC=ACTTTTAAAATGTGCTGTTAC;SOR=1.323;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=88;WE=31472095;WS=31472077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	31472117	rs3763075	G	C	5123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=47;PP=2454;SC=GAAACATTCAGATCTGGAAAA;SOR=1.076;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=122;WE=31472125;WS=31472107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr5	31483596	rs10052174	G	A	6579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr5	31483753	rs11341915	GA	G	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=1.033;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.793;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr5	31485230	rs7712436	T	C	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=155;SC=TAGTTTCAGATGGAAATGAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=31485238;WS=31485220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	31486540	rs7735863	A	G	9638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=135;NR=102;PP=2965;SC=TTAAAATAGTAGTATGGAACA;SOR=0.894;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=239;TCF=135;TCR=104;TR=237;WE=31486548;WS=31486530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr5	31508933	rs56327412	G	GTT,GTTT	1855.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=40.34;ReadPosRankSum=1.658;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,33,12:0.72,0.26:46
chr5	31508945	rs4374769	C	T	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.51;ReadPosRankSum=1.586;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr5	31515373	rs7730136	C	T	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=20;PP=799;SC=TACTCTTCCACTGTAAAAACT;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=31515381;WS=31515363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	31515657	rs55656741	G	A	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=23;PP=673;SC=AGGAACAACCGATAAACCGTA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=37;WE=31515665;WS=31515647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	31529299	rs6859527	A	G	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.26;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	31529306	rs6450850	T	C	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	31532429	rs2291109	A	T	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=19;PP=1137;SC=GCTGGCCGGGATGAGGCGCCG;SOR=1.439;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=31532437;WS=31532419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	31532789	rs17409893	A	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=295;SC=GAGTCGGGGCAACTTATTTAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=31532797;WS=31532779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	31538692	rs17410000	A	C	6847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=107;PP=2965;SC=TGCTGCCAGCACTGGGGAAAT;SOR=1.117;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=173;TCF=64;TCR=109;TR=171;WE=31538700;WS=31538682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	31541142	rs17410035	G	T	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=18;PP=646;SC=GTTTCTTTGGGGTTTTATTCA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=31541150;WS=31541132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	32060985	rs35665699	T	TATC	1627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=2;PP=1675;SC=CGGGAAAAGATATGAGCTTCT;SOR=3.855;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=31;WE=32060993;WS=32060975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	32101168	rs2279232	A	T	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr5	32135599	rs161539	G	A	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=16;PP=1193;SC=GCTATTTTGTGTAGGTTCCTT;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=61;WE=32135607;WS=32135589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	32209751	rs202157337	TA	T	405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;QD=17.64;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	32242340	.	AT	A	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,21:0.24:87
chr5	32242381	rs7729256	G	T	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=41;PP=1105;SC=GAAAAGAAACGAACTTCCATT;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=32242389;WS=32242371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	32379210	rs1862636	G	A	6520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr5	32388485	rs3811972	G	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=8;PP=474;SC=ACTCACACCAGAGTTACCAGT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=32388493;WS=32388475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	32400266	rs1051489	A	G	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=53;PP=1545;SC=GGTTCCTTTTATGTCTTCTGC;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=32400274;WS=32400256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	32403346	rs4867440	C	T	8658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=93;PP=2965;SC=GACGTTGCAACTGATGACGTA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=101;TCR=93;TR=193;WE=32403354;WS=32403336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr5	32415360	rs5867145	TA	T	689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=413;SC=CCAGTATCCTTAAAAAGCTGG;SOR=1.302;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=32415368;WS=32415350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	32417694	rs178935	G	A	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=837;SC=TTCATTAAACGCAGTAAGTCA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=32417702;WS=32417684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	32522994	rs17439827	A	G	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=43;PP=1837;SC=GATTACGCCAACTCGGATCCA;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=32523002;WS=32522984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	32523298	rs687659	T	A	6218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=91;PP=2965;SC=CTCCTATATCTGTCCTGAGGA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=93;TCR=91;TR=184;WE=32523306;WS=32523288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr5	32523343	rs2457151	C	T	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=91;PP=2965;SC=TAAGAATGCTCGGACTGTCAC;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=86;TCR=92;TR=177;WE=32523351;WS=32523333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr5	32591804	.	AT	A	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.262;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr5	32688982	rs72740623	T	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=525;SC=AGGCACAAAATCAGGAATGGG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=32688990;WS=32688980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	32689008	rs1458050	C	G	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=6;PP=789;SC=AATTTAATACCCTCTCAATGA;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=32689016;WS=32688998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	32710965	rs56022335	GT	G	970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.913;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,75:0.77:98
chr5	32711000	rs34939454	A	ATG,ATGTG	1148.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2,2;NR=45,45;PP=286,1276;ReadPosRankSum=1.576;SC=GTGTGTGTATATGTGTGTGTG;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=47,47;WE=32711008;WS=32710990;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.24,0.71:34
chr5	32716474	rs34628434	C	CT	808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,53:0.82:65
chr5	32716589	rs10057069	T	C	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=35;PP=1246;SC=TCCAGTCATCTTTCCAATATG;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=67;WE=32716597;WS=32716579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	32725072	rs1147224	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=468;SC=GAATCATGTCTTTTGCAGCAA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=32725080;WS=32725062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr5	32786465	.	C	CT	906.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.652;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.485;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,94:0.30:316
chr5	33448962	rs5867190	A	AT	1104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=30;PP=1210;SC=AATCTGTTTAATTTGCCTACT;SOR=2.613;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=30;WE=33448970;WS=33448952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	33453368	.	CTTT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.486;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr5	33546113	rs11338120	TA	T	414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.388;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr5	33561028	rs35553442	GA	G	732.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=2.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,55:0.82:67
chr5	33615904	rs10057235	G	A	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=20;PP=1535;SC=TAGCACACATGTCAGCAGTTT;SOR=1.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=76;WE=33615912;WS=33615894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	33630839	rs4260678	A	G	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=12;PP=1439;SC=AATTAGTAAAAGTCATGATTT;SOR=2.617;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=64;WE=33630847;WS=33630829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	33637596	rs4076945	G	A	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=10;PP=738;SC=TAAGCTTTGTGTGGATCACAG;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=33637604;WS=33637586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	33637891	rs4076946	C	A	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.23;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	33637899	rs4076947	G	A	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.58;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	33643395	rs10066043	A	T	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=419;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TCCCTTAGAGAGAGTTGCCCT;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=33643403;WS=33643386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr5	33643617	rs4866409	C	T	4548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=58;PP=2030;SC=TCAAAACCTGCCACAAAGCAT;SOR=0.775;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=114;WE=33643625;WS=33643607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	33648842	rs34079160	GTT	G	496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=400;SC=TGGATGTTCAGTTATTTCCAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=33648851;WS=33648839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	33648906	rs6870538	G	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=8;PP=639;SC=CCTGCATATAGCCACCAAGAG;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=33648914;WS=33648896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	33649220	rs4866353	A	G	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=18;PP=440;SC=TAGGCCCATCATGGGAGTTAT;SOR=5.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=33649228;WS=33649210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	33649637	rs4242082	G	A	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=19;PP=786;SC=AGGTGAGGGCGTCATGAGACA;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=33649645;WS=33649627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	33649807	rs4504387	C	A	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=47;PP=1475;SC=CCGAAGCTGGCAGGGAAGAAC;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=84;WE=33649815;WS=33649797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	33649905	rs4621563	G	A	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=22;PP=629;SC=AGACAGCCACGTTTGTACAGA;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=33649913;WS=33649895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	33751389	rs5867210	T	TA	484.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.677;NF=13;NR=7;PP=326;ReadPosRankSum=-0.479;SC=ATGAAGATATTAAAAAAAAAA;SOR=0.756;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=20;WE=33751397;WS=33751379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr5	33751454	rs1530507	A	T	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=44;NR=27;PP=1278;SC=TTAATAAAACAACCAAAAGAA;SOR=0.994;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=71;WE=33751462;WS=33751444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	33951693	rs16891982	C	G	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=28;PP=1246;SC=AGTTGATGCACAAGCCCCAAC;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=69;WE=33951701;WS=33951683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	33954511	rs2287949	T	C	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=63;PP=1681;ReadPosRankSum=1.550;SC=ACAGGAAGGCTGTCCATCCAA;SOR=0.311;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=109;WE=33954519;WS=33954501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,168:0.99:169
chr5	33963731	rs141348470	AAAC	A	1021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.19;NF=13;NR=5;PP=807;SC=ACAATTAAAAAAACAACAACA;SOR=1.697;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=18;WE=33963741;WS=33963721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	33964210	rs183671	T	G	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=30;PP=959;SC=GTGGGAAAACTCCCTGAAGAC;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=33964218;WS=33964200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	33964241	rs6451048	A	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=25;PP=778;SC=ACCTGGATATAATTGGAAAAG;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=33964249;WS=33964231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	33969172	rs187692103	G	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=0.431;QD=7.31;ReadPosRankSum=2.515;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr5	33969172	.	GTG	CTC,CTG	199	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=161;MMLQ=29;MQ=51.61;NF=0,0;NR=3,6;PP=199,11;QD=84.1559582874;SC=CTCTCTCTCTGTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3,6;WE=33969182;WS=33969162;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.25:12
chr5	33988535	rs15612	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=26;PP=704;SC=AAACAGGCCCCGAGTTACTGG;SOR=3.193;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=33988543;WS=33988525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	34033670	rs299594	T	C	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=73;PP=2187;SC=CCATTCAGAATAATCCCAAAT;SOR=1.591;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=107;WE=34033678;WS=34033660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	34035609	rs17583316	T	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=280;SC=TCCCAGCCTATGAACCTGGTA;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=34035617;WS=34035599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	34687911	rs2279604	G	A	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.336;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=51;PP=1398;ReadPosRankSum=1.009;SC=TTGCTTTGCCGTGAATTATAT;SOR=1.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=69;WE=34687919;WS=34687901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr5	34688210	rs142375133	CGACAAA	C	5589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=36;PP=2875;SC=AAAGAGACTTCGACAAAGACA;SOR=0.845;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=51;WE=34688223;WS=34688200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	34716120	rs1867714	G	A	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.32;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	34716124	rs1867715	A	G	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.79;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	34716270	rs1867716	A	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	34803675	rs66603667	AC	A	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr5	34807928	rs6895634	C	T	6063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=63;PP=2713;SC=CCGAAAGTGTCGACAGCTCTG;SOR=0.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=89;TCR=63;TR=152;WE=34807936;WS=34807918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr5	34811137	rs2271522	T	G	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=41;PP=1815;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TACCGCTGCTTCTTGCTGTAC;SOR=0.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=97;WE=34811145;WS=34811127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr5	34818976	rs3884194	GT	G	2020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.184;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.409;NF=12;NR=27;PP=609;ReadPosRankSum=0.703;SC=GGAAGCATCTGTTTTTTTTTT;SOR=0.210;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=39;WE=34818984;WS=34818965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,104:0.95:109
chr5	34821825	rs10461947	C	T	4820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=52;PP=2031;SC=AAATGGCTTTCTCTTTCCCAA;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=115;WE=34821833;WS=34821815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	34822926	rs7730728	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=3;PP=332;SC=GTAGCTGGGATCACAGGCGCC;SOR=1.981;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=34822934;WS=34822916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	34824555	rs1048944	G	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=34;PP=989;SC=GAAAAGATACGCTGAGAGCTC;SOR=1.347;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=34824563;WS=34824545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	34845473	rs336486	C	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=254;SC=TTATTCCTTCCGGTTTATGTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=34845481;WS=34845463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	34863220	rs3846632	G	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=488;SC=ATGCCAGATGGGTCATCTCAT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=34863228;WS=34863210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	34925312	.	CTTTT	C	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr5	34945812	rs6868348	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=9;PP=362;SC=TTTTTTTTCCACTTACTCTTC;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=34945820;WS=34945802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	34954588	rs37437	T	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=11;PP=1138;SC=TTAATCTTGATATTAAAACCT;SOR=2.428;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=54;WE=34954596;WS=34954578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	35003683	rs11426533	C	CT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=129;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CTGTCTCCGCCTTTTTTTTTT;SOR=0.264;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=12;WE=35003691;WS=35003676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr5	35010138	rs466067	A	G	8168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr5	35026683	rs344513	A	G	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	35033047	rs2291698	C	T	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=44;PP=1239;SC=CTCATTCTTCCCCCACTTAAG;SOR=1.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=35033055;WS=35033037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	35033526	rs2291701	C	T	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=37;PP=1571;SC=ACATACCCAGCAGTCTTTAAA;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=83;WE=35033534;WS=35033516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	35033605	rs180749	G	A	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=46;PP=1530;SC=CATCTTGTAGGTCCCTACGTT;SOR=0.973;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=77;WE=35033613;WS=35033595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	35037006	rs171081	T	C	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=48;NR=35;PP=1516;SC=ACCTTTTTTTTTCCCCCATAA;SOR=0.916;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=83;WE=35037014;WS=35036996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	35039437	rs2279651	A	G	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=19;PP=728;SC=ACGGGTGGCAATGGCCAACAC;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=35039445;WS=35039427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	35039486	rs37370	C	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=19;PP=688;SC=CAGGTATCTGCTTCCTTCAGC;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=38;WE=35039494;WS=35039476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	35700598	rs6451206	T	C	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.06;ReadPosRankSum=1.592;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr5	35702209	rs35297265	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=3;PP=319;SC=TAAGCCAAGGGAGGACAAATC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=35702220;WS=35702199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	35702212	rs11357084	GA	G	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=505;SC=GCCAAGGGAGGACAAATCTTC;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=35702220;WS=35702199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	35702306	rs6874120	A	G	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=19;PP=830;SC=GTTGGGTGCAACATGCAGTTC;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=35702314;WS=35702296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	35704584	rs7448971	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=387;SC=GCATCTTTCACCAGTATATTT;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=35704592;WS=35704574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	35704892	rs10058349	G	A	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=236;SC=GGTAAAAGAAGACTAAGTAGT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=35704900;WS=35704882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	35705844	rs72738833	A	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=230;SC=TGAAATAGATAAGGAATCTTT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=35705852;WS=35705834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	35709095	rs13170082	C	T	4723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
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chr5	35753924	rs62353693	T	C	5170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=72;PP=2240;SC=TCCTCAGTCCTTCATATGACA;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=112;WE=35753932;WS=35753914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr5	35763877	rs11298650	AG	A	1799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=27;PP=1172;SC=ATATGCTATAAGTGGAAAATT;SOR=2.780;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=35763885;WS=35763867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	35763895	rs6876874	T	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=24;PP=547;SC=ATTGACACAATGCTCTCAAGC;SOR=2.899;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=35763903;WS=35763885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	35763916	rs6895801	A	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=16;PP=395;SC=ACTGTAGAAAATTGTACCTTC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=35763924;WS=35763906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	35764587	rs4869466	G	A	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=21;PP=1227;SC=CACACCATGGGGAAGATACAC;SOR=1.190;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=61;WE=35764595;WS=35764577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	35764603	rs4869467	A	G	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=24;PP=1535;SC=TACACACAGAATTTAACTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=71;WE=35764611;WS=35764593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	35764696	rs4242258	C	T	7026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.901;SC=AAGCCTTCTTCGAGTTTCCAT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=93;TCR=74;TR=166;WE=35764704;WS=35764686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,272:0.99:274
chr5	35779112	rs114896374	A	G	180.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=2;PP=126;SC=GGAGTTGTCTAAGAGCTATAT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=35779120;WS=35779102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	35792356	rs7730148	A	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=293;SC=AGAGAGTTTTAAAATACTCAT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=35792364;WS=35792346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	35795738	rs716971	T	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=415;SC=TCAGTCTCTGTGGCTTTTAGA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=35795746;WS=35795728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	35807070	rs36093359	T	C	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=43;PP=1307;SC=TTAAATTATTTTGAAAAAAGT;SOR=1.139;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=70;WE=35807078;WS=35807060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	35807455	rs7736291	T	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=35;PP=1114;SC=AAAGAAGCTGTACTCTGCCAG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=35807463;WS=35807445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	35857177	rs1353252	G	C	5072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=69;PP=2355;SC=TCATTTCTAAGTTTTCTTATG;SOR=0.996;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=120;WE=35857185;WS=35857167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	35857235	rs1494561	C	G	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=55;PP=1715;SC=AGTTCCCTAACAGACCTGAGT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=84;WE=35857243;WS=35857225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	35857262	rs1353250	A	G	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=48;PP=1346;SC=CTGGGTTTGAATGCAGTTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=69;WE=35857270;WS=35857252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	35857308	rs5867289	T	TC	1844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=29;PP=1256;SC=TTTTTAATGTTTAACCACCAT;SOR=2.352;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=35857316;WS=35857298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	35861068	rs1494558	T	C	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=83;PP=2965;SC=GATGTCAACATCACCAATCTG;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=162;WE=35861076;WS=35861058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr5	35871190	rs1494555	G	A	4763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=58;PP=1893;SC=CCTGAGTGTCGTCTATCGGGA;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=35871198;WS=35871180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	35875593	rs987106	A	T	7380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr5	35876274	rs3194051	A	G	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=37;PP=1901;SC=GGATGTAGTCATCACTCCAGA;SOR=1.135;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=98;WE=35876282;WS=35876264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	35904614	rs1833907	G	T	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=30;PP=1116;SC=GAGCCACATGGCTGTCCCAGG;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=35904622;WS=35904604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	35921069	rs6859892	T	C	11149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=136;NR=138;PP=2965;SC=TCCCTGCCACTTGTAGCTGGG;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=136;TCR=139;TR=274;WE=35921077;WS=35921059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr5	35921266	rs3734107	G	A	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=569;SC=AGGCCTCGCCGCTGCCTCTGG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=35921274;WS=35921256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	35962873	rs76212882	C	T	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=28;PP=2036;SC=ACCTTTGTTCCGAGGGCTAGG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=102;TCF=72;TCR=30;TR=100;WE=35962881;WS=35962863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	35962984	rs1070895	A	G	6104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=92;PP=2784;SC=GGTCAAAGCCATCTCAGTGGT;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=168;WE=35962992;WS=35962974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr5	36037778	rs2247611	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	36049677	rs1287273	C	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=2;PP=49;SC=TACCCTCTGCCATAATTATCC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=36049685;WS=36049667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	36051834	rs72303780	ATCCG	A	1081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=6;PP=512;SC=CAATCCATCCATCCGTCCATC;SOR=1.302;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=13;WE=36051845;WS=36051824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	36123065	.	T	TA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr5	36124514	rs13177876	A	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=171;SC=GTTCTTAAGAACACAAGTAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=36124522;WS=36124504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	36136675	rs267758	C	T	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=107;PP=2926;SC=AGATAAAATGCGACTGCATAA;SOR=2.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=29;TCR=107;TR=136;WE=36136683;WS=36136665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	36137620	rs267759	A	G	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=143;SC=CCAGAAATATATGAATCTCAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=36137628;WS=36137610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	36141386	rs13156321	T	A	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=47;PP=1312;SC=GTGGCCAAGTTAATTTACATT;SOR=2.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=63;WE=36141394;WS=36141376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	36142589	rs267764	T	A	2544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=26;PP=1177;SC=ATATTTTTTTTAAAAAAGGAA;SOR=1.095;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=36142597;WS=36142579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	36142648	rs12658867	A	G	5057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=44;PP=1848;SC=TAATGTTGCTATTCTCAGGAG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=98;WE=36142656;WS=36142638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	36143392	rs267766	C	T	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=65;PP=2010;SC=ATCGATGAAGCAGAAATAATG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=110;WE=36143400;WS=36143382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	36166827	.	C	CTT	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=6.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr5	36168582	rs7736391	T	C	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=44;PP=1151;SC=CAAAGGCAGTTGATTTTATGT;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=82;WE=36168590;WS=36168572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	36176874	rs40030	G	A	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=7;PP=470;SC=TTTCTTTTTCGGATGATTCTC;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=36176882;WS=36176864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	36195448	rs11952882	A	G	5848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=109;PP=2965;SC=TTTAATCCTGAATTTTAACCT;SOR=1.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=60;TCR=109;TR=168;WE=36195456;WS=36195438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	36201336	rs7705396	C	T	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=661;SC=GAATAACCTACTTAAAATATA;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=36201344;WS=36201326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	36207424	rs2303163	G	T	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=82;PP=2383;ReadPosRankSum=-0.790;SC=GTAAATAAGAGAGTCTTCTTC;SOR=0.623;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=35;TCR=83;TR=117;WE=36207432;WS=36207414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr5	36217764	rs111441491	G	GTTAATCA	3179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=700;SC=CTAAAAACAAGTAAATTATTA;SOR=1.999;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=32;WE=36217772;WS=36217754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	36241922	rs62356073	G	A	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=40;PP=1423;SC=CCGCGGCCGCGGGCTTGGGCT;SOR=0.734;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=79;WE=36241930;WS=36241912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	36241988	rs34888491	G	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=35;PP=786;SC=CGCGCCGCCCGGGCCTCTAAC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=36241996;WS=36241978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	36253937	rs4869473	G	A	6630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=99;PP=2965;SC=CAGTTGACACGGAGGAATTTA;SOR=1.137;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=54;TCR=99;TR=153;WE=36253945;WS=36253927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr5	36260976	rs6881086	T	A	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=15;PP=478;SC=TCTAAGAAAATGAAATAAGCA;SOR=0.902;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=26;WE=36260984;WS=36260966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	36268218	rs6869599	A	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=15;PP=1041;SC=TGATCGCTAAAAAAGAAAAGT;SOR=1.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=36268226;WS=36268208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	36269551	rs1035480	G	C	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=43;PP=1689;SC=TACACGCTTTGTTGGAAAACC;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=86;WE=36269559;WS=36269541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	36271491	rs5867310	CT	C	313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=140;SC=TATTTGAAGACTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=36271499;WS=36271481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	36301362	rs10941287	T	A	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	36301369	rs884692	T	G	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.51;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	36301420	rs884694	G	T	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=31;PP=1497;SC=TGAGCTGGACGGACTCACCTT;SOR=0.993;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=82;WE=36301428;WS=36301410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	36680713	rs3733811	C	T	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	36683809	rs11284736	CA	C	228.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.725;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,19:0.86:22
chr5	36683888	rs11748249	G	A	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=7;PP=1150;SC=CATCGGCACCGTGCGTATTTT;SOR=1.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=36683896;WS=36683878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	36958085	rs141750225	CAA	C	391.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr5	37003501	rs62654860	A	G	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=19;PP=543;SC=ATTAAGATCTATAGTAGTCCC;SOR=0.919;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=34;WE=37003509;WS=37003491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	37007629	rs159753	T	C	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=15;PP=440;SC=TGATTAAGTCTAGTATAACCT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=37007637;WS=37007619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	37019354	rs300060	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=475;SC=TTACAATTAGGTGATTTATTA;SOR=2.303;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=37019362;WS=37019344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	37061261	rs188541	A	G	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=8;PP=184;SC=TCTCTATCTTATTTTAATGAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=37061269;WS=37061251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr5	37242941	rs376022376	TA	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.206;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr5	37247700	rs6876576	G	A	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=23;PP=831;SC=CTGGTATTGCGTGAATAAAGA;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=37247708;WS=37247690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	37294473	rs1045908	T	C	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=18;PP=968;SC=GTAGTCTAGGTAATGGTACTC;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=37294481;WS=37294463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	37307299	rs34995492	C	CA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.327;QD=1.95;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr5	37309371	rs3835198	TAGA	T	2487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=23;PP=1389;SC=CTCATTTGCCTAGAAGAGGAG;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=29;WE=37309381;WS=37309361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	37318295	rs217797	G	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=515;SC=AAATAATTCAGAAGGTTGGGC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=37318303;WS=37318285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	37364443	rs217852	C	T	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=65;PP=2173;SC=CAGGTCCTTGCAAAGGATAAT;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=128;WE=37364451;WS=37364433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	37479853	rs76523401	T	G	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=4;PP=847;SC=GTGTAACATTTTTTTTTCTGG;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=36;WE=37479861;WS=37479843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	37516814	rs1967541	C	T	240.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	37516829	rs56721754	T	A	118.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	37724990	rs7444391	G	A	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=9;PP=615;SC=TTTTGGATGGGAAGGTTATTG;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=37724998;WS=37724980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	37752415	rs1549252	A	G	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=107;SC=TTTCCTGAACATAATTAAATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=37752423;WS=37752408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	37752460	rs1549251	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=326;SC=AGTTTAATGATTTATATTTAA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=37752468;WS=37752450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	37752497	rs2973079	A	G	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=8;PP=446;SC=TATTCCCCACATTTGCTCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=37752505;WS=37752487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	38406403	rs78024709	A	T	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=41;PP=1164;SC=CGAACAAGACAATTTAGCCAA;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=38406411;WS=38406393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	38407273	rs111320305	A	AT	2068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=32;PP=1567;SC=GAGAGGAAGAAGTGGTGATGA;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=33;WE=38407281;WS=38407263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	38407888	rs2961882	T	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=10;PP=634;SC=TCTTTTGTGTTGTCTTTTTTC;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=38407896;WS=38407878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	38412674	rs16903965	C	T	4182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=49;PP=1777;SC=GGTTGGCACACGGTTATGCTC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=38412682;WS=38412664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	38418035	rs56070719	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=242;SC=AAGGTCTTAAAGATAAATACA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=38418043;WS=38418027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	38425008	rs3812046	G	A	1629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=13;PP=715;SC=TGGGGTCAGCGCCACTGTGTT;SOR=1.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=37;WE=38425016;WS=38424998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	38435130	rs2956598	T	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=334;SC=GATGGGTCTCTAGGCTCTGTC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=38435138;WS=38435120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	38502954	.	CAT	C	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=39;QD=19.0;SC=TGTATGAATACATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=38502963;WS=38502944;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,3:0.25:12
chr5	38527228	rs2289779	T	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.422;SC=TGACTTACTTTAAAATTGAGT;SOR=0.290;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=67;WE=38527236;WS=38527218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr5	38528951	.	GACAC	G,GAC	1332.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.97;ReadPosRankSum=0.593;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,8,36:0.17,0.78:46
chr5	38530485	rs11293177	CA	C	98.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=121;SC=AAAAAGATGACAAAAAAAATG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=38530493;WS=38530475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	38820695	rs446650	G	A	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	38820802	rs542867	A	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=19;PP=502;SC=ATATGTATACATATGTATATA;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=38820810;WS=38820792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	38820823	rs113106049	C	CAT	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=745;SC=TGAATATACACATATGTATAC;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=38820831;WS=38820813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	38820839	rs640966	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=298;SC=TATACCTATGCATATATGAAT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=38820847;WS=38820829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	38822040	rs413278	A	G	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=126;SC=CGTGGCATTCACAGGCCGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=38822048;WS=38822030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	38823254	rs369886	C	T	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=31;PP=1380;SC=TAAGTGTGTACATGTATACAT;SOR=0.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=74;WE=38823262;WS=38823244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	38823318	rs142353288	G	GTGCA	7525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=42;PP=2970;SC=GTGTATACGTGTACATACATG;SOR=0.769;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=64;WE=38823366;WS=38823307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	38823344	.	A	G	1865	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=53.39;NF=28;NR=12;PP=1865;QD=47.4942803137;SC=GTGTGTATACACGTGCATACA;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=142;TCF=81;TCR=61;TR=40;WE=38823366;WS=38823307;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:102,40:0.28:142
chr5	38823344	.	A	ACGTGCATACATACATGGGTACGTGTGTATACG	7871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.03;QD=49.82;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr5	38823377	.	C	T	719	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MMLQ=19;MQ=52.1;NF=36;NR=20;PP=719;QD=13.4602002241;SC=TGTGTATACGCGTGCATACAT;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=162;TCF=90;TCR=72;TR=56;WE=38823385;WS=38823367;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:106,56:0.35:162
chr5	38823377	.	C	CGTGCATACATACCTGGGTACGTGTGTATACGT	7080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=3.556;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.85;MQRankSum=-0.578;QD=55.75;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr5	38876573	rs357271	T	C	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=30;PP=858;SC=GTTTTGGAAATATATTAGCAG;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=38876581;WS=38876563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	38884071	rs34675408	T	G	3919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1941;ReadPosRankSum=-0.855;SC=AACAGATTCATGGAGAACAAC;SOR=0.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=60;TCR=38;TR=97;WE=38884079;WS=38884061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr5	38885353	rs2289924	C	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=6;PP=425;SC=TCCTTGTTCACAGTAACTCTG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=38885361;WS=38885343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	38885647	rs113727379	C	T	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	38904363	rs1239334	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=281;SC=ATTTGCTGTGCTCTGGTTTGC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=38904371;WS=38904353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	38917574	rs357260	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	38917904	rs357262	G	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=7;PP=152;SC=TTTGATAGCTGATGCAACTGA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=38917912;WS=38917894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	38923171	rs357293	T	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=8;PP=423;SC=AGCCAACGTGTCATGCCTTTT;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=38923179;WS=38923161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	38931919	rs357277	G	A	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=11;PP=1089;SC=TCATAAACTTGTATTTATTCC;SOR=1.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=53;WE=38931927;WS=38931909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	38932466	rs357278	A	C	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=12;PP=822;SC=ATAAGTTACAACGCAAGGATT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=38932474;WS=38932456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	38942554	rs201700638	AT	A	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr5	38945919	rs62352642	C	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=19;PP=494;SC=AGCTTAAGCACATTTTATGAC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=38945927;WS=38945909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	38950776	rs2115949	G	A	4650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=71;PP=2000;SC=GGAAAAATGTGCTAGTAGAGC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=113;WE=38950784;WS=38950766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	38953427	rs2115948	T	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=7;PP=301;SC=ACACTTATATTGGCAGGAACA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=38953435;WS=38953417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	38953447	rs2115947	T	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=7;PP=276;SC=AATCCAGTCTTAAATATTAAT;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=38953455;WS=38953437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	38953665	rs33912683	G	GA	417.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=204;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCTGGAGAAAGAAAAAAAAAT;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=38953673;WS=38953655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr5	38954994	rs9292726	T	C	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=20;PP=650;SC=ACTATATCTCTTGGCTAATTT;SOR=1.132;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=31;WE=38955002;WS=38954984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	38955796	rs2043112	G	A	5137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=85;PP=2596;SC=AACATATTTGGAGTTGTATTC;SOR=0.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=59;TCR=86;TR=144;WE=38955804;WS=38955786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr5	38958968	rs6868591	A	C	605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.30;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr5	38959794	rs2115946	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	38962543	rs7729745	A	G	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	38966903	rs11435048	A	ATT	536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;QD=22.36;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	38971865	rs13165709	A	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	38971912	rs7732615	T	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	39021369	rs13177690	G	A	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=292;SC=CCCCAAATCTGTTAATTTAAA;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=39021377;WS=39021359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	39074296	rs2303808	G	C	16488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=648;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.48;ReadPosRankSum=-0.404;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,644:1.00:647
chr5	39108322	rs430630	A	G	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr5	39285139	rs261738	T	A	107.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.44;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
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chr5	39394493	rs1050903	G	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=9;PP=240;SC=CGATGGAGAAGTCTCAAATAA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=39394501;WS=39394483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr5	40852451	rs188934	C	G	7136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=87;PP=2965;SC=GAGATGTGACCGCTAGGGATT;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=126;TCR=87;TR=212;WE=40852459;WS=40852441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr5	40949997	rs1450656	C	T	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=337;SC=TTTACATTTTCTCCCCTAGAT;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=40950005;WS=40949987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	40955561	rs1063499	G	C	4720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
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chr5	40972017	rs11747673	A	G	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=5;PP=749;SC=CCTATGAATAATCACTGCTCT;SOR=3.193;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=33;WE=40972025;WS=40972007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	40972111	rs10805655	C	T	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	40980086	rs1450664	T	C	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=631;SC=ATGTGGTTTCTAGTTTAGCAG;SOR=1.802;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=30;WE=40980094;WS=40980076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	40981375	rs3749519	G	A	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.92;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	40981380	rs7731615	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.22;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	40981689	rs1061429	C	A	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=44;PP=1224;ReadPosRankSum=-0.698;SC=CCTGGAGGCCCTGGTCAGCTT;SOR=1.480;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=59;WE=40981697;WS=40981679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr5	40998851	rs2329435	G	A	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=36;PP=1050;SC=TAGCAGGTTAGACTCTGCACC;SOR=2.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=45;WE=40998859;WS=40998841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	41004396	rs7712140	G	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.28;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	41008780	rs2271704	A	G	4441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=43;PP=1846;SC=GGGACAAGTGAGCATCTTCTG;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=102;WE=41008788;WS=41008770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	41009899	rs1878290	A	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=290;SC=CAATTGTTAAATTGTTATTCA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=41009907;WS=41009889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	41018452	rs10054110	A	T	5408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	41032998	rs325831	A	G	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=28;PP=1338;SC=CAACCTCATCAGACCATTGGG;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=64;WE=41033006;WS=41032988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	41033112	rs4957367	G	A	6802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=67;PP=2965;SC=GAATACTCAGGGCCTTTCTTA;SOR=1.130;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=112;TCR=67;TR=179;WE=41033120;WS=41033102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	41033931	rs10434576	C	T	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=27;PP=1756;SC=ATCTATCTATCTCTCCTACCT;SOR=1.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=62;TCR=27;TR=88;WE=41033939;WS=41033921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	41033992	rs67027762	G	T	8288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr5	41034181	rs325833	A	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=53;PP=1520;SC=TCCCCCAGGTAAGTCATGAGT;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=60;WE=41034189;WS=41034171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	41039000	rs325849	A	G	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=34;PP=1162;SC=TCTGAAGACCAGGAAAGGGAG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=66;WE=41039008;WS=41038990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	41039430	rs7700901	G	C	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=115;SC=GGACAGTTCTGACCTGGAATA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=41039438;WS=41039420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	41042284	rs325854	G	T	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=27;PP=863;SC=ATGCTAAGGTGGTTCCCAAGG;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=41042292;WS=41042274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	41045730	rs11297360	CT	C	913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=511;ReadPosRankSum=0.475;SC=AGAGGGAACTCTTTTTTTTTT;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=34;WE=41045739;WS=41045720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr5	41045768	rs325860	G	A	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=29;PP=1660;SC=CTTTGATTGTGATACAGACAA;SOR=1.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=89;WE=41045776;WS=41045758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	41045835	rs6864243	C	G	5579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=59;PP=2655;SC=TTCCCCTCAGCTGAAAAACCA;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=140;WE=41045843;WS=41045825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	41049389	rs325863	T	C	6211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	41049397	rs325864	C	T	6203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	41050999	rs325866	C	T	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	41057562	rs618334	T	C	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=24;PP=644;SC=AAAACAAGCTTCTCATCTTCC;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=41057570;WS=41057552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	41061715	rs1023840	CA	TG	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=22;PP=2736;SC=CATTATATACCAGAACAGCAT;SOR=1.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=41061724;WS=41061705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	41149235	rs1014587	A	G	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=4;PP=526;SC=TTTTACAATGAAAAGGAATTA;SOR=2.468;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=41149243;WS=41149225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	41149284	rs1014588	G	A	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=19;PP=1343;SC=GAAAGATGATGTACTAGCTGA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=72;WE=41149292;WS=41149274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	41154150	rs4957374	A	C	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=843;SC=GAATAAACAAAAAATTTAGGC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=41154158;WS=41154140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	41158671	rs10075985	T	C	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=11;PP=1308;SC=TTAAAGTCAATAGGAGATTAT;SOR=2.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=41158679;WS=41158661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	41158863	rs6866352	G	A	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=87;PP=2492;SC=TCATTTCTTCGTCATCATTGA;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=53;TCR=87;TR=140;WE=41158871;WS=41158853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	41176454	rs149170637	A	C	132.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=125;SC=TCTTCATATCATTTTGGAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=41176462;WS=41176444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	41199959	rs1801033	G	T	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=35;PP=1397;SC=TACCAGAGGCGCAGTGCATGG;SOR=0.882;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=79;WE=41199967;WS=41199949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	41381901	rs35812696	T	TC	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=5;PP=398;SC=ATTTGAGGTTTCCCCCTGACA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=41381909;WS=41381891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	41382681	rs319013	G	T	6138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.20;SOR=1.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	41382691	rs545358	C	A	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=1.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	42647676	.	C	CA	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.796;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr5	42700044	rs6179	A	G	5918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=94;PP=2775;SC=TTCAGAAAGGATGGATGGTTC;SOR=1.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=44;TCR=94;TR=138;WE=42700052;WS=42700034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	42713472	rs33972388	TG	T	1201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=544;SC=GAAAGGGAAATGTAAACTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=42713480;WS=42713462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	42718335	rs76362844	G	A	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=13;PP=324;SC=ATTTTCTTGTGTCTCTTCTCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=42718343;WS=42718325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	42719239	rs6180	A	C	6767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=82;PP=2965;SC=CAAAAAGTGCATCCCTGTGGC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=85;TCR=82;TR=167;WE=42719247;WS=42719229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr5	42769844	rs1109882	G	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	42779686	rs11427149	G	GA	767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=2;NR=17;PP=216;SC=TTCAAATTAGGAAAAAAAAAG;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=19;WE=42779694;WS=42779676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	42779736	rs1423656	T	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	42779821	rs33987951	GT	G	45.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr5	43039793	rs1054428	T	C	10172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=116;PP=2965;SC=GGGAAGCTGCTGGAGCCTGAG;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=137;TCR=117;TR=253;WE=43039801;WS=43039783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr5	43066712	rs13167991	G	A	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=20;PP=1187;SC=CGAGAAAATGGAGGCACCGAG;SOR=1.053;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=43066720;WS=43066702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	43066774	rs316408	T	C	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=47;PP=1970;SC=ATGGCGGTGCTGGGACCCTAA;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=111;WE=43066782;WS=43066764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	43122371	.	T	TA	117	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.71;ReadPosRankSum=1.465;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr5	43173567	rs3752831	A	G	6761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.162;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.465;SC=GCAGATACATACATTCAGTTC;SOR=0.346;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=81;TCR=88;TR=168;WE=43173575;WS=43173557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,262:1.00:263
chr5	43175103	rs35397154	C	T	4844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=62;PP=1917;SC=GAGAGTCTAGCCAAGCAGATG;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=109;WE=43175111;WS=43175093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr5	43245922	rs13176855	C	T	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	43292483	rs113830463	C	CTTACTATGAA	1113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=2974;SC=TCCCAGAGCCCTTACTCTTCT;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=14;WE=43292491;WS=43292473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	43292908	rs55794239	C	A	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=188;SC=ATGATATCAGCCCTCCAAATG;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=43292916;WS=43292898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	43294192	rs56257144	C	T	8184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr5	43294357	rs138459217	TAAGTAA	T	979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=895;SC=ATTTAGGCTATAAGTAAAAGT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=18;WE=43294370;WS=43294347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	43296165	rs12520012	G	A	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=139;SC=ATACCTTAAAGTATACATTTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=43296173;WS=43296155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	43297032	rs3733768	C	T	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=24;PP=1584;SC=AAGTAGTTGCCTACCAAAGAT;SOR=1.429;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=43297040;WS=43297022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	43297144	rs3733769	A	G	7531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=84;PP=2965;SC=AGTAGACAGAATAGCAGCGGT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=163;WE=43297152;WS=43297134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr5	43298557	rs35239179	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=607;SC=AAAGTGTCATCTGGGTCTATT;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=43298565;WS=43298547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	43487874	rs3776423	T	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=272;SC=AATTACAATCTTAGGTATTTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=43487882;WS=43487864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	43492265	rs6876588	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=8;PP=496;SC=GCTTATTCTCTGTTAGTTAAA;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=43492273;WS=43492255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	43492978	rs10039298	G	A	5485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=76;PP=2357;SC=TATTGCTATCGTTTATCCCAG;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=61;TCR=77;TR=137;WE=43492986;WS=43492968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	43493592	rs7732089	T	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	43505993	rs7710628	A	G	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=44;PP=2283;SC=TGCTGATTTTATTATGAAAAT;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=111;WE=43506001;WS=43505983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	43509348	rs6872851	T	A	3983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=43;PP=1977;SC=AAAAATTCAGTGCCACAGGGA;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=105;WE=43509356;WS=43509338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	43509462	rs11415989	T	TC	2180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=38;PP=1742;SC=GGATAAGATATCTTCTAAGTC;SOR=1.392;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=39;WE=43509470;WS=43509452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	43527673	rs4318791	C	G	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=16;PP=393;SC=CCTAGACTGACTTATAATAGA;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=43527681;WS=43527663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	43530035	rs6866325	G	C	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	43533992	rs11741521	A	G	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=295;SC=GTCTGCACCTAATAATGCAAG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=43534000;WS=43533982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	43535754	rs6869933	G	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=8;PP=268;SC=TAAAAAAGCAGGTGTCAGTAA;SOR=0.776;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=17;WE=43535762;WS=43535744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	43609343	rs10057103	C	T	6969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=75;PP=2705;SC=CTCGTGTCCTCTACTTAGCAA;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=70;TCR=76;TR=145;WE=43609351;WS=43609333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr5	43612984	rs139409541	T	TA	1389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=18;PP=903;SC=CAAATATATATTTTTTTTGCC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=43612992;WS=43612974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	43645755	.	ATCTC	A	160	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=26;MQ=55.34;NF=0;NR=4;PP=160;QD=40.75;SC=CTATCTATCTATCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=43645766;WS=43645745;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,4:0.44:9
chr5	44809162	rs3747479	G	C	10206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=110;PP=2965;SC=GAAACGACCTGCCAAGACGTC;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=234;TCF=122;TCR=112;TR=232;WE=44809170;WS=44809152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr5	49694961	rs16879125	G	A	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=5;PP=857;SC=GACATATATCGTTGATGAAGC;SOR=3.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=49694969;WS=49694951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	49698180	rs13172025	G	A	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=75;PP=2374;SC=GAATTTGACTGTGAAGTTGGT;SOR=1.100;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=127;WE=49698188;WS=49698170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	49698977	rs201510379	T	TA	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=1.859;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,16:0.23:69
chr5	49698986	rs13154223	C	A	1199.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;MQRankSum=0.489;QD=16.90;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,59:0.83:71
chr5	49701519	rs34041280	CTGT	C	4283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=26;PP=2555;SC=TAAATGTTTTCTGTTGTTGTT;SOR=1.469;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=55;WE=49701529;WS=49701509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	49701755	rs2271236	A	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=33;PP=967;SC=TAAATGTGCAAATATTGTCTC;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=49701763;WS=49701745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	50040778	rs282561	T	C	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=114;SC=TTAAGCTTTGTTCTTTCCACG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=50040786;WS=50040768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	50046139	rs282553	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=20;PP=536;SC=TGGTAGAGGAAGCCTTAAAGC;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=50046147;WS=50046129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	50052800	rs282551	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=476;SC=GCATAACGTCTTCCATGTTCA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=50052808;WS=50052795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	50052888	rs282550	C	A	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=20;PP=1268;SC=TGTGTACCTCCGTTTCTTTAT;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=50052896;WS=50052878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	50053015	rs282549	G	A	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=59;PP=2089;SC=TCCTGGTTCCGTTTCCTGTGG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=120;WE=50053023;WS=50053005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	50055456	.	CT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr5	50084508	rs10683094	C	CCTT	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=626;SC=CAAACAAAAACCTATTCAGTA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=50084516;WS=50084498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	50122645	.	G	GT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.597;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.331;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr5	52084441	rs2897351	C	A	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=25;PP=737;SC=AATTAGTTTTCGTGTCTCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=52084449;WS=52084431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	52096889	rs1499280	C	A	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=59;PP=2012;SC=CTGCGACTACCTGTTTCAACA;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=104;WE=52096897;WS=52096879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	52157374	rs2447867	T	C	4834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr5	52193414	rs377107895	C	CA	8580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=93;PP=2972;SC=CTTCCCTTCCCAAACCAACAT;SOR=0.799;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=21;TCR=95;TR=114;WE=52193422;WS=52193404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr5	52204943	rs1478441	C	T	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=28;PP=800;SC=TAATAAATTCCAATTTTTCAC;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=52204951;WS=52204933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	52223350	rs923837	A	G	7033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=61;PP=2965;SC=GAAAATTCTGAAAGAACACGT;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=143;WE=52223358;WS=52223340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr5	52235802	rs1904165	T	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=40;PP=1168;SC=TCTATGCACTTATTGAATAAT;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=52235810;WS=52235792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	52235854	rs2447874	T	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=553;SC=TGCAAGGCACTGTGCTGCTTT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=52235862;WS=52235844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	52243059	rs3764924	A	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=250;SC=ATGTTTTCTCATTATATAGTA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=52243067;WS=52243049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	52243361	rs3764923	A	C	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=68;PP=2039;SC=AAGCTCTGATATATTCAGACT;SOR=1.730;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=25;TCR=72;TR=93;WE=52243369;WS=52243351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	52248291	rs1054085	T	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.89;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	52285117	rs28095	T	C	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=1;PP=1081;SC=AGGGGCGGGCTGGGGCGGGCC;SOR=4.731;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=48;WE=52285125;WS=52285107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	52344610	rs1421933	A	G	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=47;PP=1340;SC=GGTATGGCTAACAGAAATGCA;SOR=2.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=54;WE=52344618;WS=52344600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	52347369	rs1126643	C	T	7541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=92;PP=2953;SC=CAAACACATTCGGAGCAATTC;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=73;TCR=92;TR=165;WE=52347377;WS=52347359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr5	52351413	rs1062535	G	A	5361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=45;PP=2161;SC=GAAGTGCTACGAAAGTAATGG;SOR=0.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=117;WE=52351421;WS=52351403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	52351746	rs3212522	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=46;SC=TTCAAAATAGGCTAGAATGTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=52351754;WS=52351736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	52354103	rs996765	A	T	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=51;PP=1415;SC=AATTTGAAGGATAATAATGTC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=69;WE=52354111;WS=52354093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	52355854	rs2303127	T	C	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=52;PP=1614;SC=TAAGGCATGGTAATAATTGGC;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=86;WE=52355862;WS=52355844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	52358761	rs35940809	TA	T	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=5.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr5	52366138	rs2112290	G	A	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=56;PP=1669;SC=TCCTAAAGACGAGAGAGTGGT;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=86;WE=52366146;WS=52366128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	52367666	rs2287872	A	T	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=8;PP=871;SC=ACTGTGCTCTAAATTGTAAAC;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=52367674;WS=52367656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	52367706	rs2287871	T	C	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=21;PP=1409;SC=TGTTTTAATGTTGCTATGCTC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=52367714;WS=52367696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	52368922	rs984966	T	A	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=17;PP=1102;SC=TAATGGCTTTTCCCCCCTCCT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=52368930;WS=52368912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	52370077	rs3212693	C	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=5;PP=473;SC=AATTTCAAGTCTTGAGGTATA;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=52370085;WS=52370067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	52370174	rs3212591	G	A	4652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=35;PP=2096;SC=CACAAATGTTGTATGCCAATT;SOR=1.218;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=109;WE=52370182;WS=52370164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	52379277	rs2303122	C	T	6814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=78;PP=2899;SC=ACGGGACTTTCGCATCAGTAA;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=152;WE=52379285;WS=52379267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr5	52402858	.	G	C	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=8;PP=962;SC=TTTATCATCTGTATGATCCTT;SOR=1.852;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=43;WE=52402866;WS=52402848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	52781376	rs33951575	GTT	G	1040.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr5	52781902	.	CAAAAA	C	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=5.166;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;MQRankSum=0.463;QD=33.60;ReadPosRankSum=1.585;SOR=1.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr5	52869553	rs72750147	C	T	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=16;PP=573;SC=CAGGCAGCTGCGACTATAGGC;SOR=0.790;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=52869561;WS=52869543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	52899166	rs11414085	C	CT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.684;QD=1.35;ReadPosRankSum=1.479;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr5	52942083	rs31304	A	C	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=43;PP=1977;SC=CTTTAACTGGAGTTCCAGAAG;SOR=1.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=119;WE=52942091;WS=52942073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	53371315	rs70986658	C	CT	669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,44:0.75:59
chr5	53371333	rs156384	A	G	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=24;PP=717;SC=TTTTGAGATAAGGTCTCACTT;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=43;WE=53371341;WS=53371323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	53606295	rs35941	T	C	4707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	53751901	rs7699	G	A	9706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=108;PP=2965;SC=AAGGCTGGCTGCTGATAAAAG;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=101;TCR=110;TR=209;WE=53751909;WS=53751891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr5	53751988	rs7823	T	C	6973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=92;PP=2721;ReadPosRankSum=-0.909;SC=TACCAGATGGTGTGGAAATCA;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=78;TCR=94;TR=169;WE=53751996;WS=53751978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr5	53814052	rs2548615	T	C	4838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=56;NR=66;PP=2025;SC=AGCCCCTGCCTGTCGCGCCCC;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=56;TCR=66;TR=122;WE=53814060;WS=53814042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	53814394	rs2548614	T	C	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=49;PP=2354;SC=TGTCCCTGGGTTCCCGCGGCG;SOR=0.920;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=108;WE=53814402;WS=53814384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	53815066	rs2548613	C	A	8692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=108;PP=2965;SC=AGAGCAAGATCGACGGCTTCA;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=208;TCF=100;TCR=108;TR=204;WE=53815074;WS=53815043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr5	53815495	rs2548612	A	C	5949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=89;PP=2965;SC=GGGTTTCAGAATCATATTCTA;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=51;TCR=89;TR=140;WE=53815503;WS=53815485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr5	53815722	rs2565014	G	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=354;SC=TGAGACGAGGGTAGAATTAGA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=53815730;WS=53815712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	54153803	rs10040872	C	T	6233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=83;PP=2965;SC=GTACATACTGCGGGAAAGCCT;SOR=0.755;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=163;WE=54153811;WS=54153793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr5	54154209	rs3916738	G	A	7206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=84;PP=2965;SC=GAAACCTTTCGTATGTAAAGA;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=80;TCR=84;TR=164;WE=54154217;WS=54154199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr5	54154328	rs4242050	C	T	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=45;PP=1230;SC=TTTAGCCCATCGGTTGCCATC;SOR=1.440;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=64;WE=54154336;WS=54154318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	54253754	rs6883914	T	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=412;SC=GGAGATGCATTAGGCTTTATC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=54253762;WS=54253744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	54275119	rs3776032	A	G	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=31;PP=1512;SC=GTGTTGAACAATCACGAAAAT;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=54275127;WS=54275109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	54403957	rs3104233	T	C	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=30;PP=1301;SC=CAACAGCTGATGGAAAAAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=70;WE=54403965;WS=54403947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	54404015	rs1875506	C	T	4998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=48;PP=2021;SC=AAAAGGGGGACGATGTGAAAC;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=113;WE=54404023;WS=54404005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	54410120	rs3104230	A	C	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=66;PP=2187;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GGACTCAAAGACAGGTGCAGC;SOR=0.381;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=108;WE=54410128;WS=54410110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr5	54424226	.	G	GA	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,19:0.21:91
chr5	54424366	rs78692665	C	T	5798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=89;PP=2692;SC=CATTGTGGTTCTCCCCATTCC;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=65;TCR=89;TR=154;WE=54424374;WS=54424356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	54433393	rs336081	G	A	7192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=101;NR=64;PP=2965;SC=GTATTCAGAGGGCCTCTCAAT;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=102;TCR=64;TR=165;WE=54433401;WS=54433383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr5	54439466	rs1021580	G	A	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=36;PP=1131;SC=TGTTCTTTGCGGGATCCTACA;SOR=1.098;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=53;WE=54439474;WS=54439456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	54459961	rs381852	A	G	4354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=49;PP=1757;SC=AAGTTCTGGAAGCCAGAGGAG;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=102;WE=54459969;WS=54459951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr5	54468577	.	CTTTTTT	C	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.006;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.57;ReadPosRankSum=1.372;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr5	54468921	rs336115	C	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=27;PP=690;SC=GACGCCTAATCGTCAAACCCC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=54468929;WS=54468911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	54516521	rs6879219	G	A	7817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr5	54516752	rs3111181	C	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=577;SC=TCTCCTCTCCCGGGCCCCCAC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=28;WE=54516760;WS=54516742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	54517102	rs34101652	C	CT	375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=228;SC=AATCAATTTACTTTTTTTTTA;SOR=0.804;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=11;WE=54517110;WS=54517092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	54518660	rs7730048	G	A	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=7;PP=529;SC=ATGAGTTGCTGGAGAGTCGTT;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=54518668;WS=54518650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	54557438	rs400437	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=15;PP=392;SC=CATTTTAAGCTCAGAGTATTT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=54557446;WS=54557428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	54563775	rs143912964	TTTA	T	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=168;SC=TTTTCAATATTTTATTATGTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=54563785;WS=54563765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	54693374	rs230802	G	A	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=54;PP=1520;SC=AATTTCATAAGTTAAGTATAA;SOR=1.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=79;WE=54693382;WS=54693364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	54693402	rs230801	G	A	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=39;PP=1033;SC=GTAAATACAGGTAGTGTTTAT;SOR=2.604;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=46;WE=54693410;WS=54693392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	54706325	rs139320115	T	TTTTAAA	6285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=31;PP=2966;SC=TATTCTGACATTTTATTCTTT;SOR=1.170;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=52;WE=54706333;WS=54706315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	54709943	rs230766	G	A	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	54718618	rs230753	G	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=4;PP=553;SC=ATTAATTATCGTGTGTTCTCC;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=54718626;WS=54718608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	54721619	rs3217330	A	AT	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.431;HP=10;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=392;ReadPosRankSum=3.429;SC=GATTTTTTGGATTTTTTTTTT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=22;WE=54721627;WS=54721609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr5	54721642	rs230750	A	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=16;PP=1044;ReadPosRankSum=0.560;SC=ATTTACTTATATAAATGTTTA;SOR=0.569;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=53;WE=54721650;WS=54721632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr5	54737538	rs2278258	T	C	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=19;PP=1688;SC=TACTTCTCAGTATGAAACTTA;SOR=1.652;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=78;WE=54737546;WS=54737528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	54737791	rs2278257	G	C	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=45;PP=1390;SC=CAAAAGTATTGTTGATTTCAT;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=54737799;WS=54737781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	54771380	rs6870449	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	54804621	rs7707766	C	T	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=27;PP=1192;SC=GAAGTGAAGACCCAGGTGTAC;SOR=0.936;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=67;WE=54804629;WS=54804611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	54830295	rs2292280	T	G	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=555;SC=GCCCCACAGCTGCGCACGCGT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=54830303;WS=54830285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	54830380	rs11745331	A	G	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	54952688	rs11393180	C	CT	31.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=10.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	54990035	.	CA	C	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=2.166;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr5	55041943	rs66846694	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=6;PP=277;SC=TAAATGACACGTTCATATTCA;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=55041951;WS=55041933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	55042163	rs73127426	G	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=362;ReadPosRankSum=-0.765;SC=AAATTTCTTAGTGAAAGTTCC;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=18;WE=55042171;WS=55042153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr5	55058992	rs3761776	C	A	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	55081476	rs72761933	C	G	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=11;PP=1631;SC=AAAATTTGATCTTGTCAATTT;SOR=2.513;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=69;WE=55081484;WS=55081466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	55082474	rs957459	C	T	7005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=77;PP=2746;SC=TGATGGCTTGCGCTCAAACAG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=81;TCR=77;TR=158;WE=55082482;WS=55082464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr5	55094144	rs68029425	A	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=347;SC=TATAGCTGTTATAATCTGCTG;SOR=5.283;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=55094152;WS=55094135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	55112262	rs35519120	C	CT	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.192;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.473;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr5	55149235	rs10940486	G	T	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=22;PP=1445;SC=AGAAAAGCTCGCAGACAATCA;SOR=1.321;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=72;WE=55149243;WS=55149225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	55149407	rs10940487	T	C	4841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=69;PP=2147;SC=TGAGTGCTAATTCATTTAGAA;SOR=0.998;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=116;WE=55149415;WS=55149397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	55155402	rs1009639	C	T	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	55168328	rs71602921	C	CCTT	478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=425;SC=ATGTTTACCTCCTTCTCTGTT;SOR=3.442;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=9;WE=55168336;WS=55168318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	55179052	rs10940491	A	T	5541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=80;PP=2556;SC=ATAATATTCCAATTAGAGGCC;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=59;TCR=81;TR=139;WE=55179060;WS=55179042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr5	55179070	rs68051026	A	G	4436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=71;PP=2254;SC=GCCCAGAGGAAAAGAATCATT;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=115;WE=55179078;WS=55179060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	55203138	rs72763884	C	A	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=21;PP=1433;SC=GTATTCCCCCCACTCTGCCGT;SOR=1.466;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=74;WE=55203146;WS=55203128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	55213023	rs161699	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=433;SC=AGACTCGGCACGCAGCGCTTG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=55213031;WS=55213013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	55218112	rs72763895	C	T	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	55246001	rs4865999	A	G	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	55272085	rs1063560	G	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=5;PP=194;SC=GCTTGCACTAGCCAAGTCTGC;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=55272093;WS=55272075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	55398269	rs318818	G	C	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	55472289	rs160936	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=376;SC=TTTTTTTTACTGGCTCTTTTC;SOR=4.047;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=55472297;WS=55472279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	55528572	.	A	AACACAC,AAC	644.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.33;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=8,8;NR=2,2;PP=209,135;SC=CACGCACATGAACACACACAC;SOR=3.442;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10,10;WE=55528580;WS=55528562;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.76:17
chr5	55528815	rs149489	T	C	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=95;PP=2310;SC=ACTGTCAACATGACAGTCAGA;SOR=1.117;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=153;WE=55528823;WS=55528805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr5	55753652	rs16877004	C	T	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=9;PP=592;SC=GGGAGCTCTGCGCAGTTTTGT;SOR=1.559;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=34;WE=55753660;WS=55753642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	55753822	rs148833159	C	CA	3382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=35;PP=2025;SC=TTCATGTCAACAGGTTCACTG;SOR=0.901;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=44;WE=55753830;WS=55753812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	55759715	rs157851	T	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	55759720	rs4081705	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.78;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	55807370	rs464605	C	T	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=14;PP=848;SC=GATGTAGCTGCCATTGTGTCT;SOR=1.341;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=45;WE=55807378;WS=55807360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	55828785	rs30365	G	A	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=650;SC=AAGAATAAATGCATGGGCTTC;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=55828793;WS=55828775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	55830865	rs39837	C	T	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=15;PP=692;SC=CATGCCTCACCGCATTGTCTC;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=55830873;WS=55830855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	55851796	rs35483518	C	CA	392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=3.854;HP=13;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.500;NF=3;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=1.739;SC=GACTCCGTCACAAAAAAAAAA;SOR=1.000;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=8;WE=55851804;WS=55851786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr5	56111751	rs28710284	G	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=310;SC=ACGGAGCCGCGAGCCGCGGCG;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=56111759;WS=56111741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	56152416	rs832567	C	A	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=11;PP=598;SC=TTGTTTCTGCCTGCATTTTAG;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=56152424;WS=56152406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	56161787	rs832575	G	A	6949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=121;PP=2965;SC=GTACTTCTACGTCTAGTTCAG;SOR=1.111;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=73;TCR=121;TR=194;WE=56161795;WS=56161777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	56177443	rs702689	G	A	7372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=71;PP=2965;SC=GCAGTCCATTGATAATTCCCA;SOR=0.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=103;TCR=71;TR=174;WE=56177451;WS=56177433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr5	56177743	rs832582	G	A	11491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=209;NR=110;PP=2965;SC=TGAGTGCACAGTCCATTTAGA;SOR=1.282;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=323;TCF=209;TCR=114;TR=319;WE=56177751;WS=56177733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr5	56177848	rs5868032	TCAA	T	42974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.087;NF=90;NR=293;PP=2992;ReadPosRankSum=-1.661;SC=ACCTTCTAGTTCAACAACAAC;SOR=0.382;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=489;TCF=125;TCR=364;TR=383;WE=56177870;WS=56177838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,965:1.00:968
chr5	56178217	rs832583	A	C	12010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=179;PP=2965;SC=AAAGCCATCTAGACCTACCCC;SOR=0.855;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=330;TCF=149;TCR=181;TR=328;WE=56178225;WS=56178207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr5	56205643	rs252924	A	G	9349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=87;PP=2945;SC=GGCGGGACGCAAAGCGGAGAG;SOR=0.816;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=156;TCF=56;TCR=100;TR=143;WE=56205651;WS=56205633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr5	56205662	rs252923	T	G	6650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=46.51;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	56206073	rs33321	G	T	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=17;PP=987;SC=GAAAAGCCAAGCCAGGGTTTA;SOR=1.288;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=56206081;WS=56206063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	56207123	rs2257505	T	A	4984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=54;PP=2151;SC=AGAAATCTTGTCTATGCTTCC;SOR=0.792;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=65;TCR=56;TR=119;WE=56207131;WS=56207113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr5	56209735	rs40497	A	G	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=45;PP=2250;SC=CGGCCCTTTAAAAATGAGTGA;SOR=1.041;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=117;WE=56209743;WS=56209725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	56210923	rs331499	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=383;SC=AGATTTTTATGTTCACACCTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=56210931;WS=56210913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	56212595	rs832536	C	T	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=11;PP=467;SC=AAAATATGAGCTTATATTTGT;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=56212603;WS=56212585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	56221328	rs702679	A	G	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	56224485	rs10684065	T	TTGGC	416.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=425;SC=TGAAATGCTATAAGGGAACAT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=56224493;WS=56224475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	56224714	rs252893	T	C	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	56224782	rs150959650	ACT	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	56224796	rs11747763	T	A	326.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.85;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	56224818	.	T	TCTCACACA,TCTCACACACA	285.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=35.72;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,4:0.50,0.50:8
chr5	56224834	rs252891	T	A	450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.67;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	56224834	.	TCT	ACA	69	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.9994;HP=2;HapScore=3;MGOF=171;MMLQ=27;MQ=57.98;NF=0;NR=4;PP=69;QD=30.6169687156;SC=ACACACACACTCTCTCTCTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=56224844;WS=56224824;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,4:0.50:8
chr5	56224836	rs201429002	T	A	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.991;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr5	56226410	rs252890	T	C	9984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=1.035;SC=GATTGCTCTGTCCCTTAGGAT;SOR=0.372;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=260;TCF=160;TCR=100;TR=258;WE=56226418;WS=56226400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,380:1.00:381
chr5	56229288	rs832529	C	T	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=45;PP=1293;SC=TGTACACAAACAATTCTTTGT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=56229296;WS=56229278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	56255367	rs111894536	AT	A	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.845;QD=3.51;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,51:0.39:132
chr5	56526565	rs1544737	G	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=4;PP=465;SC=GCAATATGTTGTTCTTAATCA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=56526573;WS=56526555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	56526783	rs1130203	G	A	8497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=104;PP=2965;SC=CTGCTATTGGGCGTCCTAATG;SOR=0.761;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=198;TCF=92;TCR=106;TR=196;WE=56526791;WS=56526773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr5	56526819	rs3214438	GT	G	7321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=90;PP=2967;SC=AAGGAATGATGTTTATGGCTA;SOR=0.994;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=13;TCR=94;TR=103;WE=56526827;WS=56526809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr5	56527224	rs1862172	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=613;SC=CCTCAGCCTCTCCAGTATCTG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=56527232;WS=56527214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	56527247	rs1862173	T	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=445;SC=ATTACAGGCATCCACCACCAG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=56527255;WS=56527237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	56542024	rs11349725	TA	T	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.349;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr5	56546749	.	C	CTT	471.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.514;QD=17.47;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr5	56547059	rs6893468	G	A	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=36;PP=1005;SC=AGGTTTATTGGAATACAACTT;SOR=3.417;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=56547067;WS=56547049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	56777677	rs16886992	G	A	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	57754004	rs697135	C	T	8580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=101;NR=94;PP=2965;SC=GTTCCCTAGACGATAAACAAA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=101;TCR=95;TR=195;WE=57754012;WS=57753994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr5	57754132	rs697134	G	C	7115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=92;PP=2965;SC=TTGCAGACACGAGATCCCAAT;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=81;TCR=95;TR=173;WE=57754140;WS=57754122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr5	57755843	rs15915	C	T	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	57790337	rs7704785	T	C	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=28;PP=1692;SC=TAACACCAAATCACTAAACAG;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=86;WE=57790345;WS=57790327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	57842049	rs6870990	C	G	7389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=98;PP=2965;SC=ACTTGCTCCCCATGACTGGAC;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=69;TCR=99;TR=167;WE=57842057;WS=57842039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr5	57913390	rs144858413	G	A	5699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=66;PP=2804;SC=GGCCAATAATGAGTATGCTGC;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=89;TCR=67;TR=155;WE=57913398;WS=57913380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr5	58120753	rs11384049	G	GT	122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=0;PP=72;SC=TGGACATCGTGTTTTTTTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=4;WE=58120761;WS=58120743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	58121059	rs3749734	G	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=683;SC=TACAGAGTCCGAGCTAATTGT;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=58121067;WS=58121049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	58270457	.	T	TA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,21:0.15:137
chr5	58284208	rs3805557	C	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=306;SC=CACATATATACACATCTCAAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=58284216;WS=58284198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	58284283	rs3805556	G	A	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	58286625	rs1553114	C	T	6612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	58286737	rs111523718	G	GA	1657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.877;QD=11.20;ReadPosRankSum=-1.473;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,104:0.70:148
chr5	58286836	rs1973451	A	G	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=534;SC=GGCCGGGCATAGAGGCTCAAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=58286844;WS=58286826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	58287553	rs3840337	AAAC	A	588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.24;MQRankSum=0.668;QD=32.71;ReadPosRankSum=0.403;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr5	58289046	rs7737685	G	T	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=7;PP=400;SC=CTCAGAGGCGGATAGTGTCGA;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=58289054;WS=58289036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	58289334	rs7724713	A	G	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=17;PP=414;SC=GAAGAGGAAAATTTAAGTGAA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=58289342;WS=58289324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	58295380	.	GTA	G	894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=34.41;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	58297881	rs2968014	A	G	5238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=80;PP=2446;SC=CTTTCAGTTTATTCCTTACCA;SOR=1.048;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=49;TCR=81;TR=129;WE=58297889;WS=58297871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	58386812	.	G	A	109	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=5;NR=1;PP=109;QD=23.9618687579;SC=AGGGTGCTCAGAAATGCTGTT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=58386820;WS=58386802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	58476117	rs9292195	T	C	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=13;PP=679;SC=GAATGGGAAGTGACTTGAAAG;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=58476125;WS=58476107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	58489218	rs1445950	G	A	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=19;PP=1235;SC=ATTTGTATTTGTACTTGTGCT;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=65;WE=58489226;WS=58489208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	58489384	rs27175	G	A	6033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr5	58882331	rs11402131	C	CA	178.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-1.205;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr5	59725661	.	G	GT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr5	60063576	rs1460958	G	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=7;PP=1287;SC=CTAAGTTTACGTTCAGTGTTA;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=54;WE=60063584;WS=60063566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	60199363	rs4647102	C	T	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=443;SC=TCTCAACAACCAGCACAAAGT;SOR=1.077;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=26;WE=60199371;WS=60199353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	60241142	rs158921	G	A	3134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=31;PP=1733;SC=GGGAAGTGAAGGAGCACGTGG;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=60241150;WS=60241132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	60241268	rs158920	G	A	6399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr5	60369083	rs10471502	A	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=15;PP=452;SC=GAGGTAAGTTATATAACAGTA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=60369091;WS=60369073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	60369154	rs34070675	TG	T	569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=370;SC=AAAGTTTTAGTGTCTGAATGT;SOR=1.473;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=60369162;WS=60369144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	60448903	rs33927273	T	TAA	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=398;SC=CTATTAATCTTGAGTTCATTT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=60448911;WS=60448893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	60456029	rs142026129	G	A	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	60628153	.	GGGC	G	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.907;QD=2.46;ReadPosRankSum=1.346;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,9:0.14:65
chr5	60628411	rs75429795	G	T	5970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.58;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	60628414	rs111274143	G	T	5896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.68;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	60786880	rs7732234	C	T	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=80;SC=AGGGTCTTAGCTGACCAATAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=60786888;WS=60786870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	60789972	.	CGG	C	237.14	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.71;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr5	60789973	.	GGA	ACG	78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=0.9998;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=59.51;NF=1;NR=2;PP=78;QD=47.1559582874;SC=ACACACACACGGAGAGAGAGA;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=3;WE=60789983;WS=60789963;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,3:0.25:12
chr5	60789975	.	A	ACG	237.14	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.71;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr5	60999768	rs436696	C	T	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	61642937	rs3213940	T	C	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=22;PP=896;SC=TTTTAAGGTGTATACTTTATT;SOR=0.752;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=48;WE=61642945;WS=61642927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	61643816	rs3776615	G	A	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=14;PP=1132;SC=TACTTGAAAAGTAAAAGGTTA;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=61643824;WS=61643806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	61649347	rs6886044	T	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	61653757	rs35008	C	T	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=157;SC=ATTGCCATTCCGAGTCTTGCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=61653765;WS=61653747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	61654187	rs35009	G	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=25;PP=701;SC=TCAGCACCTTGAAATTTACAT;SOR=1.702;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=32;WE=61654195;WS=61654177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	61657228	rs247265	T	C	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=43;PP=1204;SC=CTTAATTCTGTGAACTAAATT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=64;WE=61657236;WS=61657218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	61657377	rs247266	A	T	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=9;PP=229;SC=TTTTTCCATAAAATTTGGAAT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=61657385;WS=61657367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	61673670	rs464058	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=19;PP=521;SC=ATATCACACTATTCCTTAAAA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=61673678;WS=61673660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	61676902	rs247253	G	T	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.44;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	61676911	rs247254	T	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.70;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	61684882	rs35130331	GA	G	1466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=18;PP=775;SC=GTAGCAATCTGAAAAAAGAAA;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=25;WE=61684890;WS=61684872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	61688892	rs35014	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	61689740	rs3215345	CT	C	1481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=15;PP=604;SC=CCCGCCTGGACTTTTTTTTCC;SOR=1.112;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=27;WE=61689748;WS=61689730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	61690542	rs2067202	GATTAT	G	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=551;SC=ATTGGCAGCTGATTATAAGGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=61690554;WS=61690532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	61694379	rs247264	T	C	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=35;PP=2201;SC=AGACAAAAGGTGAAGAGATCT;SOR=1.373;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=115;WE=61694387;WS=61694369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	61697859	rs27089	C	T	8305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=131;NR=91;PP=2965;SC=AATCCCCTTTCTACCTTTTTT;SOR=1.055;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=225;TCF=131;TCR=94;TR=222;WE=61697867;WS=61697849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr5	61699231	rs27693	A	C	7532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=78;NR=121;PP=2965;SC=ATTAGGCAGTACCAGAGAAGA;SOR=1.090;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=78;TCR=121;TR=199;WE=61699239;WS=61699221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr5	61699451	rs26649	C	T	9359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=93;PP=2965;SC=GGTCTTGGTCCGCACCCCAGG;SOR=0.837;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=122;TCR=94;TR=215;WE=61699459;WS=61699441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
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chr5	61745737	rs11329383	CT	C	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,25:0.20:122
chr5	61781127	rs26640	C	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=139;SC=GTTCCCAAGGCTTTGCTCTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=61781135;WS=61781117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr5	62597278	.	G	GTTTTTTTTT	469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;QD=46.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	63890387	rs4700641	C	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=2;PP=218;SC=CATGTATATACCTAATTATTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=63890395;WS=63890377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	63905068	rs889248	A	G	6573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=75;PP=2764;SC=GTGTTGTCTCATCTCAAGCTA;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=172;WE=63905076;WS=63905058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	63991512	rs275830	G	A	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=48;PP=1276;SC=TCTATTATTTGTTACCAATTA;SOR=4.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=52;WE=63991520;WS=63991502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	64070617	rs140062546	A	AAATTATGAC	1474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=2957;SC=TTTGGAAGGTATGTTGACTTT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=64070625;WS=64070607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	64070812	rs10057598	C	T	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=5;PP=130;SC=TGAATACTTTCAACAGAGCAG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=64070820;WS=64070802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	64077647	rs55793256	A	G	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=156;SC=CGTATTTAACATTCTGGAAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=64077655;WS=64077637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	64077966	rs2011079	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=427;SC=AGAGGAAAAAACGTTTCACAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=64077974;WS=64077956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	64084746	rs11340181	CT	C	157.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr5	64099941	rs200513803	T	TA	232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr5	64181525	rs143055779	G	GGTGT	367.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.000;QD=28.24;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr5	64267431	rs2278352	A	G	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=22;PP=1014;SC=AAGCAAGCCCAAGTGCCAACC;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=64267439;WS=64267421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	64267595	rs2278351	T	C	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=30;PP=970;SC=GTATGAAGCTTTGAGGAAGCA;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=50;WE=64267603;WS=64267585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	64313879	rs2910769	G	A	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=15;PP=906;SC=AACCCATCTTGGTGTTCTGTA;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=64313887;WS=64313869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	64483759	rs16893475	T	C	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=13;PP=850;SC=TTCTAAGATGTTCAGGTGTCC;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=64483767;WS=64483749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	64747918	rs3830368	T	TG	2571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=16;PP=1502;SC=CTCTATAGCCTTCTGTTAACA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=64747926;WS=64747908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	64766519	rs181517355	A	T	204.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr5	64857424	rs10560318	AACACAC	AAC,A	3652.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008,0.4992;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2,2;NR=54,54;PP=2349,18;SC=GTTTAATTAAAACACACACAC;SOR=1.697;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=3;TCR=67;TR=56,56;WE=64857437;WS=64857414;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:87
chr5	64859592	rs261252	T	A	6515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=59;PP=2789;SC=CATTTTCCTATTCTTATGTGT;SOR=1.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=101;TCR=59;TR=160;WE=64859600;WS=64859582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr5	64859884	rs35326591	CTG	C	665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=568;SC=AACCCGAAGTCTGTGGTTTTG;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=13;WE=64859893;WS=64859874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	64863484	rs35529383	T	TA	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=273;ReadPosRankSum=1.332;SC=TGAGTTTATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.638;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=25;WE=64863505;WS=64863474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr5	64864657	rs152063	A	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=234;SC=GTCTCAAGTTATCAGTGTGGT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=64864665;WS=64864647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	64865346	rs149512	A	T	133.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=11;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GGTTTTTTTTAAAAAAAAACC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=64865354;WS=64865327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr5	64865405	rs149208	A	G	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=14;PP=699;SC=TGGGAATACTAAGTGATTCAT;SOR=1.157;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=38;WE=64865413;WS=64865395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	64880705	rs10682457	G	GAA	251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=31.47;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	64881936	rs27141	A	G	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=37;PP=1217;SC=ATGACAGGCCATACACACTCA;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=76;WE=64881958;WS=64881926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	64887472	rs10644434	T	TTATA,TTA	420.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=11,11;NR=0,0;PP=264,152;SC=CAAGATTCCTTTATATATATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=11,11;WE=64887480;WS=64887462;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:8
chr5	64890479	rs36135	A	C	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.20;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,118:0.93:127
chr5	64906617	rs37330	T	A	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=3;PP=629;SC=TGCCCATTAATTACTTAGTAG;SOR=4.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=64906625;WS=64906607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	64919991	rs154854	G	A	9131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=142;NR=107;PP=2965;SC=GAGGCCGATGGTGGAGAATAG;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=250;TCF=143;TCR=107;TR=249;WE=64919999;WS=64919981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr5	64920803	rs37254	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=5;PP=944;SC=TTTGGTTTTGCCAAACGCGAG;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=64920811;WS=64920793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	64925256	rs43207	C	T	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=134;SC=GGCAGGGTATCCCTACCATAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=64925264;WS=64925253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	64931971	rs5868412	C	CT	217.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.222;HP=15;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=223;ReadPosRankSum=0.425;SC=ATACATTTACCTTTTTTTTTT;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=64931981;WS=64931961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr5	64942799	rs154955	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=7;PP=631;SC=TTATTCCCCTATTCTTTCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=33;WE=64942807;WS=64942789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	64946836	rs154853	G	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=9;PP=279;SC=ATTTTTGAATGTGTCATATGA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=64946844;WS=64946826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	64954159	rs28084	A	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=25;PP=1241;SC=TTTAAATGCCACCACACCTTG;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=72;WE=64954167;WS=64954149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	64956428	rs37349	C	T	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=800;SC=TTGGAGGGTACATCATCCAGT;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=64956436;WS=64956425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	64957686	rs37347	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=247;SC=CAGGTCTGCCAGGCTATTCCA;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=64957694;WS=64957676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	64957718	rs37346	T	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	64960311	rs36031543	A	ATC,ATCTC	4569.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=7,7;NR=37,37;PP=50,1758;SC=ACTTAGACTCATCTCTCTCTC;SOR=0.970;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=44,44;WE=64960319;WS=64960301;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.12,0.88:112
chr5	64968170	rs5868414	AT	A	695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.188;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=26;PP=482;ReadPosRankSum=2.264;SC=CTTAGCAAAGATTTTTTTTTT;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=26;WE=64968178;WS=64968160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr5	65008946	rs3833969	GT	G	938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.316;NF=0;NR=38;PP=707;ReadPosRankSum=1.291;SC=AAAGAAACAAGTTTTTTTTTT;SOR=1.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=38;WE=65008954;WS=65008936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr5	65018126	rs2548786	C	G	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=25;PP=1201;SC=CCCGGGCGCCCAGGCGCTGCC;SOR=1.204;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=70;WE=65018134;WS=65018116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	65018321	rs2548785	C	G	4424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	65036697	.	CT	C	25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9999;HP=20;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=25;QD=14.0;SC=ATACGTAATTCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=65036705;WS=65036691;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr5	65073224	rs34979	C	A	4865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	65075858	rs252648	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=96;SC=TCACCATGTTAGCCAGGCTGG;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=65075866;WS=65075848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	65081745	.	CT	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.269;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,25:0.20:126
chr5	65088175	rs6896574	G	A	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=17;PP=856;SC=AATGTTTAAAGGCATCTCTGG;SOR=1.376;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=47;WE=65088183;WS=65088165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	65105622	rs2561196	G	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=543;SC=TTCATTTTAAGTGGTATCCCA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=65105630;WS=65105612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	65108215	rs2254485	A	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=18;PP=505;SC=TAATGAATCCAGAGGTATAGT;SOR=1.781;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=25;WE=65108223;WS=65108205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	65288791	rs27132	A	G	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=327;SC=ATCTAGAAATATGATATTCCT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=65288799;WS=65288781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	65308055	rs706678	C	G	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=3;PP=49;SC=TTATATCAATCTTAAGTCTAT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=65308063;WS=65308045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	65316997	.	TA	T	52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=52;QD=39.0;SC=ATCTGACTTTTAAAATTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=65317005;WS=65316992;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	65317181	rs706679	C	T	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	65317332	rs784276	A	T	96.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	65317338	rs706680	T	C	96.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	65466045	rs114247107	T	C	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.94;NF=15;NR=35;PP=824;SC=CTCAGAGTTCTGTTAGTGCTA;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=65466053;WS=65466035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	66166427	rs1160971	CAT	C	4000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=18;PP=2971;SC=TTGCACATCACATGTGCTTTT;SOR=2.461;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=65;WE=66166436;WS=66166417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	66226652	rs80243092	G	A	5227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=75;PP=2194;SC=GGATTACACAGTGCTGGACCT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=129;WE=66226660;WS=66226642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr5	66226741	rs4099838	T	C	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=37;PP=1078;SC=GGAGGGTATCTACTCTTCTTC;SOR=1.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=66226749;WS=66226731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	66226798	rs4090993	T	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=293;SC=TCTTTATCTGTCTTGAATTAT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=66226806;WS=66226788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	66282444	rs149234910	A	ATT	554.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.75;MQRankSum=0.000;QD=30.82;ReadPosRankSum=0.217;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
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chr5	66414489	rs66679511	CT	C	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=1.067;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
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chr5	67494070	rs12658274	A	T	6240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=64;PP=2627;ReadPosRankSum=2.047;SC=ATTAAAACACACAACAGCAAC;SOR=0.267;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=72;TCR=66;TR=134;WE=67494078;WS=67494060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,236:1.00:237
chr5	67522722	rs706713	C	T	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=57;PP=1902;ReadPosRankSum=0.996;SC=CGGGAACTTACGTAGAATATA;SOR=0.318;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=97;WE=67522730;WS=67522712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr5	67522851	rs706714	A	C	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=914;ReadPosRankSum=1.674;SC=AGTATTGATAAGTGGTTGCTT;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=64;WE=67522859;WS=67522841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr5	67569746	rs171649	G	A	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	67575323	rs201581886	ATT	A	1347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;QD=36.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr5	67575344	rs16897620	A	G	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=14;PP=1053;SC=TTTTTGTCACATGTGAGTCAA;SOR=2.187;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=58;WE=67575352;WS=67575334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	67575642	rs3815701	A	G	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=40;PP=1143;SC=CATATATAGAAATAGTGGTTA;SOR=3.486;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=44;WE=67575650;WS=67575632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	67584758	rs1862162	A	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=575;SC=TGGGAAAGATAGGGTTTAGGT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=67584766;WS=67584748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	67587994	rs3730087	C	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=459;SC=GTTACTCTAACTTTTTATTTT;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=67588002;WS=67587984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	68463606	rs163442	G	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=295;SC=TGGGACCCATGTTTTCCCTCG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=68463614;WS=68463602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	68464234	rs163443	A	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=38;PP=1070;SC=TCACTGATACATGCAAGAGCA;SOR=1.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=68464242;WS=68464224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	68470559	rs426392	T	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=3;PP=981;SC=AGAAATAAACTGACTTTTTCA;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=40;WE=68470567;WS=68470549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	68470599	rs3087334	C	CATTA	3151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=18;PP=2793;SC=GATATGGTGTCATTAAGATTT;SOR=2.269;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=55;WE=68470607;WS=68470589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	68485366	rs648489	C	G	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	68491714	rs11283275	T	TAGTCAAG	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=418;SC=CTGAGTGAATTAGTCAAGCAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=68491722;WS=68491704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	68513572	rs2242351	C	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	68525027	rs2932777	C	T	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	68531253	rs2972388	C	T	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=32;PP=988;SC=GAGATAAGAACACCAACCAAA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=68531261;WS=68531243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	68546706	rs2972367	A	G	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=42;PP=1225;SC=CAGGGGCTCTATAGTGAGCAA;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=68546714;WS=68546696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	68550348	rs71612521	C	CA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr5	68550631	rs2054975	T	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	68550635	rs2054976	A	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	68551507	rs2291519	T	G	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=30;PP=1045;SC=AAAGGATCTCTAGTTATTTTC;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=68551515;WS=68551497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	68558282	rs34449359	G	C	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=211;SC=GATCACTTGAGGTCAGGAGTT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=68558290;WS=68558272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	68572668	rs4077460	C	T	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=243;SC=GAGACTGTGCCGTTTTAGGTA;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=68572676;WS=68572658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	68596068	rs28704183	C	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=371;SC=CTACCCACAACATCGGGCTCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=68596076;WS=68596058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	68602746	rs6881767	G	C	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	68609885	rs11749723	G	T	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=29;PP=787;SC=TTGGGAGGGAGGAGAAAAGAA;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=38;WE=68609893;WS=68609875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	68610009	rs28462372	A	C	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=52;SC=TTATAATAGAACACCAGGTGC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=68610017;WS=68609999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	68665320	.	TC	T	5632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=35;PP=2735;SC=AGCAACATGGTCCCCGCCGCG;SOR=0.964;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=69;WE=68665328;WS=68665310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	68685037	rs17229999	A	C	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=22;PP=606;SC=AATTCATTCAATGAAATCAAA;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=68685045;WS=68685027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	68692375	rs34097088	T	TA	801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.682;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,50:0.83:60
chr5	68696035	rs142095225	G	GTTTATTTA	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=37.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	68706252	rs10940223	G	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=290;SC=CATCTTTTCAGGTGCTTATTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=68706260;WS=68706242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	68706438	rs6871685	G	A	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=22;PP=650;SC=AATATGTTCAGTATGAATCAA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=42;WE=68706446;WS=68706428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	68720419	rs299099	T	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=19;PP=623;SC=TGAACTCTTTTTGTTCCAGAT;SOR=0.790;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=68720427;WS=68720409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	68728544	rs299075	G	A	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=58;PP=1986;SC=AGAAGTTGAGGGGCCCCATTT;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=90;WE=68728552;WS=68728534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	68805616	rs35107257	G	A	9657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=133;PP=2965;SC=ATCAGTATTTGTATCACTACT;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=93;TCR=134;TR=226;WE=68805624;WS=68805606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr5	68862361	rs375045774	TG	T	814.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.49;MQRankSum=-7.298;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.865;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr5	68862362	rs200135651	G	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=4.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.34;MQRankSum=6.138;QD=3.87;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr5	68862365	rs201465285	G	T	2020.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.19;MQRankSum=-1.552;QD=20.83;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,86:0.89:97
chr5	68902829	rs189471348	T	G	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.851;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.759;NF=20;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=2.199;SC=TTACTCCTTTTGGGTCCTGAT;SOR=0.235;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=116;TCF=80;TCR=36;TR=34;WE=68902837;WS=68902819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,39:0.31:124
chr5	69325573	.	CT	C	875.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQRankSum=-15.345;QD=2.04;ReadPosRankSum=2.888;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,130:0.30:429
chr5	70200973	rs189447511	C	A	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.43;QD=24.09;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	70307464	rs4976210	T	C	5529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=53;PP=2642;SC=GCTCTTTGAGTTCTCAGGGTC;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=134;WE=70307472;WS=70307454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	70308251	rs28409706	C	T	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=48;PP=2159;SC=TCCTGAAGGACGCAAGTCTAG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=116;WE=70308259;WS=70308241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr5	70751818	rs3748043	T	G	5499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=54;PP=2470;SC=GGCCGCCGGATCCTGCCACGG;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=123;WE=70751826;WS=70751808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	70763088	rs7442961	A	G	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=107;SC=TATGATTGCCATGCTAAACCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=70763096;WS=70763078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	70786726	rs35267960	G	GAC	1021.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=2;PP=997;SC=TGTAGGAAAAGAGTGTTATAG;SOR=4.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=20;WE=70786734;WS=70786716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	70797500	rs35422644	TA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr5	70798541	rs36009281	A	G	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=34;PP=1320;SC=TGCTGAAAGAAAAGAAATTCT;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=70;WE=70798549;WS=70798531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	70800538	rs3761967	G	A	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=19;PP=584;SC=TTTTCAAAATGTGCAGCCAGA;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=70800546;WS=70800528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	70805272	rs36098798	GC	G	310.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=460;ReadPosRankSum=1.629;SC=TTGATTGTGTGCCCCCTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=13;WE=70805280;WS=70805262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr5	70806457	rs715748	G	A	10007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NR=123;PP=2965;SC=TGGAAGAGAGGGTTCCTCAAG;SOR=0.693;Source=Platypus;TCR=127;WE=70806465;WS=70806447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr5	70806649	rs1961760	T	A	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=77;PP=2772;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GCTAGCAGAGTTCAGTGCTAT;SOR=0.322;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=57;TCR=78;TR=134;WE=70806657;WS=70806639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr5	70806711	rs715747	C	G	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=50;PP=2200;SC=ACATTCCCATCATGGAGAAAG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=91;WE=70806719;WS=70806701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	70806958	rs6886336	G	A	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=63;PP=1954;SC=CTTCAGTGCTGTGCCTTCACT;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=105;WE=70806966;WS=70806948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr5	70807991	rs418738	G	A	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=4;PP=131;SC=TTAGAATTTAGTAGACTTTTG;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=70807999;WS=70807981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	70809169	rs1698063	A	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr5	70860493	rs277944	T	C	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=43;SC=CAGATCATATTGGTTTAGACT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=70860501;WS=70860483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	70922616	rs12516456	G	A	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=32;PP=920;SC=TGGAAATTAAGTATGCAGAAC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=52;WE=70922624;WS=70922606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	70927856	rs277980	G	A	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=24;PP=1551;SC=AAAAAGTACAGGTATAGTCAG;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=78;WE=70927864;WS=70927846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	70928083	rs277981	C	T	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=40;PP=1107;SC=AGAAGTTTTACGTATTTGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=70928091;WS=70928073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	70931883	rs1553314	G	A	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=8;PP=411;SC=ATATTTTTTTGTTTTACTTTT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=70931891;WS=70931873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	70932002	rs7444180	G	A	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=28;PP=1028;SC=ATGGTAAGTAGTCAGTAACTA;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=70932010;WS=70931992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	70932170	rs7444232	G	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=277;SC=ATTTTTAAATGAGGTTTTTAG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=70932178;WS=70932160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	70945075	rs10064079	A	G	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=47;PP=1400;SC=GTGGCAGAGCATATAGGTAGG;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=79;WE=70945083;WS=70945065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	70948385	rs6888301	T	G	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=10;PP=857;SC=ATGCACATGTTAGATGTAACA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=70948393;WS=70948375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	70948654	rs2242372	G	A	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=21;PP=506;SC=ACAGAGCTCTGTGTAGTTGAG;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=70948662;WS=70948644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	70952506	rs7443786	A	G	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=11;PP=1024;SC=ATTTCTGCACATGGAGAGTGT;SOR=2.173;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=56;WE=70952514;WS=70952496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	71403306	rs3112402	T	A	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=7;PP=827;SC=CCTGCCGCAGTGGAGAGGAGC;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=71403314;WS=71403296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	71403621	rs115768420	C	T	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=717;SC=ACGGTCACTGCGCTCCTCCCG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=71403629;WS=71403611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	71411718	rs1531312	T	C	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=29;PP=833;SC=AAAGACTCTCTTATTGCTAAA;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=71411726;WS=71411708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	71412373	rs1466343	A	G	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=33;PP=1048;SC=CTGGCGCTGGAGATGTATTCA;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=71412381;WS=71412363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	71465361	rs3112399	T	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=376;SC=TGATGTTAAATCCCATTCAGA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=71465369;WS=71465351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	71488904	rs7736611	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=427;SC=GGGGAACGAACTTGGCCAAAC;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=71488912;WS=71488894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	71489169	rs70999269	C	CT	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr5	71490962	rs1866374	A	G	5064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=57;PP=2159;SC=AGACAAGCCAATAAAAACAGA;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=117;WE=71490970;WS=71490952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr5	72112421	rs34648	T	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	72112430	rs34647	C	G	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.68;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	72147269	rs34655	A	G	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=29;PP=889;SC=GATGTGGGATAAACAGTCTTA;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=72147277;WS=72147259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	72151858	rs34660	T	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=13;PP=352;SC=TTAAATTGTGTTGGGGAAACT;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=72151866;WS=72151848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	72168584	.	C	CT	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=6.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=1.860;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,55:0.15:355
chr5	72174432	rs266435	C	G	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=24.25;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	72174553	rs266436	G	A	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	72182743	rs4235663	A	G	89.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.20;QD=14.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	72182857	rs4704045	A	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=7;PP=258;SC=ATAAGTAATAAGAGGTTAATG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=72182865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	72184098	rs17606	C	T	5679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=59;PP=1848;SC=GCATCCTGGACAGCAACAAGA;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=108;WE=72184106;WS=72184088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr5	72185591	.	CT	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,22:0.26:86
chr5	72364673	rs470926	A	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	72419267	rs638333	T	C	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=31;PP=1807;SC=CAAACTCATCTTCTGCTTCTT;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=88;WE=72419275;WS=72419257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	72419410	rs7731777	A	G	7432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=94;PP=2965;SC=CCGTGGTTGGACTTGGGGCTG;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=110;TCR=94;TR=204;WE=72419418;WS=72419400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr5	72743299	.	G	GGC	1077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	72795055	rs35216563	G	GT	919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.39;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr5	72795160	rs3057009	AATCTC	A	3742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=29;PP=1998;SC=GGAGCTAGCAAATCTCGAGGA;SOR=0.954;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=72795184;WS=72795150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	72795176	rs2115439	G	A	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=30;PP=1054;SC=GAGGAGCGGGGGAGACGAGGG;SOR=1.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=47;WE=72795184;WS=72795150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	72795271	rs3057007	AAC	A	385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=426;SC=GTGTAAGTAGAACACAAAAGT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=72795280;WS=72795261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	72798502	rs201824290	GTTT	G	1853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.71;QD=33.70;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	72798845	rs14010	A	G	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=24;PP=1108;SC=ATGCTGAGACAAAGCAGCTGA;SOR=1.067;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=63;WE=72798853;WS=72798835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	72798995	rs6862039	T	A	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=31;PP=925;SC=AGCAGCTGATTTCTGATCTCA;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=72799003;WS=72798985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	72800295	rs12656416	A	G	4750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=58;PP=2062;SC=TCTTTGTAGGAAAAACTACCC;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=105;WE=72800303;WS=72800285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr5	72800817	rs56349241	A	ATGTT	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=572;SC=CTGCTCCCCCACTATTGACCA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=72800825;WS=72800807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	72800863	rs59856963	C	CT	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=-1.193;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr5	73072354	rs7714670	T	C	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=23;PP=1248;SC=TCAGGGCAGATGGTCCCCAAG;SOR=1.169;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=73072362;WS=73072344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	73076457	rs11949860	G	A	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=25.53;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	73076474	rs35525194	GT	G	2377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;MQRankSum=0.412;QD=18.58;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,120:0.94:128
chr5	73076511	rs6453022	C	A	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=35;PP=1275;SC=GCCTTTGAGCCAGAAGCCAGG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=73;WE=73076519;WS=73076501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	73090165	rs10683146	A	AGTT	6721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=43;PP=2842;SC=GTCAGCTAGTAGTTGTTGTTC;SOR=0.788;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=62;WE=73090173;WS=73090155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	73090261	rs7716253	T	C	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=52;PP=1366;SC=GATCAGCAGCTGAAAAGGAAG;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=73090269;WS=73090251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	73091149	rs73118524	C	T	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=28;PP=1444;SC=GACTTTATCTCTTCCAGCGTG;SOR=1.027;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=78;WE=73091157;WS=73091139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	73144845	rs2973568	A	G	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	73153389	.	TACACAC	T,TAC	2439.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.37;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=11,11;NR=14,14;PP=1212,50;SC=CATATATGTGTACACACACAC;SOR=1.460;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=25,25;WE=73153402;WS=73153379;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.77:60
chr5	73160730	rs1014550	G	A	3697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=55;PP=1667;SC=ATATATATGTGGCATGGTTGC;SOR=1.108;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=88;WE=73160738;WS=73160720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	73163861	rs2931422	C	T	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=41;PP=1496;SC=GCTGAGTGTGCTTTTACATAT;SOR=0.946;Source=Platypus;TCR=41;TR=71;WE=73163869;WS=73163851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	73178550	rs2973528	T	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=183;SC=GGAGGTGGAATGTTTGTGACA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=73178558;WS=73178540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	73190119	rs2973530	T	A	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=5;PP=917;SC=CTTGGAGGTCTTACTGCTTGC;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=73190127;WS=73190110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	73190174	rs34729826	A	G	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=36;PP=1919;SC=TAGTGGTTGTATTCATGTTAG;SOR=1.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=101;WE=73190182;WS=73190164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	73197185	rs434065	A	C	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=31;PP=939;SC=CTGGTCTGTCACGGCAGTCAG;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=73197193;WS=73197175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	73197200	rs384927	G	A	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=30;PP=814;SC=AGTCAGTGGGGCAAAGGTGCT;SOR=1.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=73197208;WS=73197190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	73339114	rs285599	C	T	7107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr5	73930442	rs300240	C	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=7;PP=726;SC=CAGATCTCACCCCATGTACTG;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=73930450;WS=73930432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	73930751	rs300239	C	T	7040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=92;PP=2965;SC=CATCTCCCACCTTGGTCCACT;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=177;WE=73930759;WS=73930741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr5	73931246	rs442425	T	C	17322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=242;NR=220;PP=2965;SC=AGACATCTTTTGAGACCCCAT;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=467;TCF=243;TCR=224;TR=462;WE=73931254;WS=73931236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,675:1.00:675
chr5	73932315	rs9176	T	C	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=33;PP=955;SC=TGACATTTTGTTTCCACTCCT;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=73932323;WS=73932305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	73981270	rs820878	T	C	21282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=828;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=230;NR=191;PP=2965;SC=CTGCCGCTCTTGGTGAAGATG;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=425;TCF=231;TCR=194;TR=421;WE=73981278;WS=73981260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,827:1.00:827
chr5	73985121	rs35711978	C	T	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=8;PP=1212;SC=TAAAATCCTTCTAAAATGTGT;SOR=2.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=73985129;WS=73985111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	73985215	rs11556045	A	G	6514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=60;PP=2917;SC=TTCCAGGCTAAAACCCAGGTT;SOR=0.915;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=150;TCF=89;TCR=61;TR=146;WE=73985223;WS=73985205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr5	73992406	rs1696979	T	G	78.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	73992609	rs1665894	G	A	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=14;PP=511;SC=TAGACAAATTGCTAATAGAAA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=73992617;WS=73992599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	74028752	rs10572369	GACACAC	G,GAC	1871.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.166;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.298;QD=35.99;SOR=1.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,23,28:0.44,0.54:52
chr5	74109632	rs13184097	C	A	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=47;PP=2600;SC=GACACAAAGACAAGTTTATTA;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=133;WE=74109640;WS=74109622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	74433839	rs5868765	G	GA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.704;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr5	75427518	rs1423099	C	T	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=10;PP=879;SC=AGAGCTGAACCACTGAAAGGA;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=75427526;WS=75427508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	75427935	rs10070440	G	A	6628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=93;PP=2965;SC=ACAAGGACCGGCGGGAGCTGG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=87;TCR=95;TR=180;WE=75427943;WS=75427925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr5	75648846	rs246792	T	C	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=22;PP=790;SC=CATAGCTCACTATAATCTTAA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=41;WE=75648854;WS=75648836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	75648940	rs66963762	AT	A	1284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;MQRankSum=0.404;QD=18.62;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,65:0.94:69
chr5	75757556	rs10045155	C	T	4368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=65;PP=1814;SC=GTGATAAGGGCGTGGGATTTG;SOR=0.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=103;WE=75757564;WS=75757546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	75858199	.	AT	A	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,16:0.18:88
chr5	75884734	rs1131232	G	A	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=32;PP=1493;SC=CTTTCAGTTTGTATCTGTTCA;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=75884742;WS=75884724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	75886168	rs2270907	A	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=748;SC=CACAGGGTCAATGCAACTGTC;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=75886176;WS=75886159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	75888788	rs3736394	G	A	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=27;PP=882;SC=TGATATTTCCGTAAGATACAG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=75888796;WS=75888778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	75904811	rs3822529	C	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=9;PP=806;SC=AGCAATCTTTCTTCAAATAGG;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=75904819;WS=75904801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	75923141	rs2455221	G	A	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=15;PP=849;SC=GAATTTGTGGGAATTATGATT;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=75923149;WS=75923131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	75923285	rs2431351	C	T	9746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr5	75923294	rs2431352	T	G	10183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	75923307	rs2909888	A	G	6366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=68;PP=2614;SC=CAACGTGGACAAGGACAGAGC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=142;WE=75923315;WS=75923275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr5	75923393	rs2431353	T	C	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=71;PP=1849;SC=TGAAGTCATGTGATTTTTAAT;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=106;WE=75923401;WS=75923383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr5	75923459	rs2455222	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=34;PP=918;SC=TAATTATACCGAAATTAGTTG;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=75923467;WS=75923449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	75923494	rs2431354	C	T	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=520;SC=AGTGATTTGACTCTATCTCCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=75923502;WS=75923484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	75924472	rs2455225	A	G	7210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=72;PP=2694;SC=GTATCAGGTCAGAGAAGGTTC;SOR=0.855;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=163;WE=75924480;WS=75924462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr5	75927595	rs431160	C	G	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=1;PP=631;SC=GATACTAATGCATTCCTAAAA;SOR=3.334;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=75927603;WS=75927585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	75927938	rs441157	A	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=33;PP=905;SC=AAGACAAGTAATGCTTTCAAA;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=75927946;WS=75927928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	75932869	rs2910819	C	T	4959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=38;PP=2280;SC=TGTCTAGTGACGGTTCATGGC;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=82;TCR=39;TR=119;WE=75932877;WS=75932859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	75932965	rs2455230	G	C	7776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr5	75933097	rs2937415	C	T	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=36;PP=992;SC=GAGGAACTAACTGATTTATCT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=75933105;WS=75933087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	75936944	rs457821	G	A	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=75;PP=2092;SC=TGGATCACCTGCCACTGTTTA;SOR=1.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=34;TCR=76;TR=109;WE=75936952;WS=75936934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	75948474	rs2252231	T	C	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=47;PP=2433;SC=CCTGACAGTGTCCCAGCTCCA;SOR=1.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=127;WE=75948482;WS=75948464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	75948650	rs2431363	A	G	7171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=89;PP=2965;SC=TACTGATTCTATTGTGAAGGT;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=69;TCR=91;TR=157;WE=75948658;WS=75948640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr5	75948685	rs2431362	G	A	5797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=80;PP=2411;SC=ACCATACCAAGTGCTTGGCTT;SOR=1.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=130;WE=75948693;WS=75948675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	75948799	rs2455215	T	C	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=775;SC=TGAATCCCAGTTCTGCTGCTC;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=75948807;WS=75948789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	75949844	rs457127	C	A	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=1;PP=148;SC=CTTAAGAAACCTCAGTGAAAG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=75949852;WS=75949834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	75949876	rs466393	T	C	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=168;SC=GCTTTAGAGATTGATTATTCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=75949884;WS=75949866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	75950193	rs462307	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=196;SC=TTGAATGGTGAACATGAACAC;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=75950201;WS=75950183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	75950707	rs465731	G	A	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=699;SC=ATTCAAAAATGATGGAGTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=75950715;WS=75950697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	75950997	rs459846	G	A	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=33;PP=827;SC=ACACAGAGGAGCACATGGTGA;SOR=1.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=75951005;WS=75950987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	75960818	rs11449450	T	TA	806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=70.00;QD=44.82;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	75960824	.	G	A	327	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=25;MQ=67.19;NF=13;NR=2;PP=327;QD=24.1180808365;SC=GAATTAAAAAGGAGTAATCTC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=15;WE=75960833;WS=75960814;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr5	75960825	rs253092	G	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.51;QD=42.94;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	75960825	.	G	GC	553	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=68.96;NF=10;NR=2;PP=553;QD=51.4038133726;SC=AATTAAAAAGGAGTAATCTCA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=75960833;WS=75960814;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr5	75960865	rs253093	T	C	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=9;PP=432;SC=TAATTTCACATAGTAAAAAGC;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=75960873;WS=75960855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	75964702	rs3764935	G	A	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=274;SC=AAAAATACCAGTGAATCAATC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=75964710;WS=75964692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	75967514	rs34357630	GA	G	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr5	75967862	rs35919076	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=19;PP=518;SC=ATATTTTTACATGTGTATTTA;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=75967870;WS=75967852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	75969747	rs41271836	A	G	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=25;PP=1354;SC=TTTTTCCATTATTTTCTTTTG;SOR=1.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=75969755;WS=75969737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	76003254	rs463188	A	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.56;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	76003258	rs464494	C	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.48;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	76028124	rs168753	A	T	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	76115172	rs686868	G	A	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	76128521	rs616235	G	A	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=45;PP=2555;SC=ACAGGAACCAGTAGATCCTCT;SOR=1.207;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=130;WE=76128529;WS=76128511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	76129053	rs631465	T	C	5840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=68;PP=2965;SC=TGGTCACCATTCCTTTGTATG;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=136;WE=76129061;WS=76129043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr5	76171252	rs1320308	A	C	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	76249536	rs1715771	C	G	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=53;PP=1595;SC=CGAGGCTGCCCGGCTCGCGGG;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=82;WE=76249544;WS=76249526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	76372850	rs1056586	G	A	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=11;PP=888;SC=GAAGCCTTAGGGTGTGGAAGA;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=76372858;WS=76372840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	76376478	rs149659097	G	GT	2596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=42;PP=1984;SC=GCCACAGGCCGTAACAGCCTG;SOR=1.516;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=44;WE=76376486;WS=76376468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	76607627	rs11413850	C	CT	928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=455;ReadPosRankSum=0.458;SC=TAAATGGATACTTTTTTTTTA;SOR=1.112;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=33;WE=76607635;WS=76607617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr5	76621612	rs4133658	A	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=235;SC=TAAAACGAATATCATTTATAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=76621620;WS=76621602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	76627436	rs9687030	A	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=555;SC=TCTCATGGGAAAGTAACGAGC;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=76627444;WS=76627426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	76627468	rs73767372	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=383;SC=GAGCTCTTTGCGTTTTTGCTC;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=76627476;WS=76627458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	76633297	rs7717046	G	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=263;SC=CAGTATCTAAGCCAGAAGGCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=76633305;WS=76633287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	76645529	rs2306343	G	A	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=44;PP=1171;SC=AAATGAGTTCGTTTTTAAGTT;SOR=3.486;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=51;WE=76645537;WS=76645519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	76703374	rs3101866	A	G	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=51;PP=1494;SC=CATGGAGCTCAGTCTAGTGGA;SOR=1.290;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=73;WE=76703382;WS=76703364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	76704849	rs186753	T	C	4782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=47;PP=1694;SC=ATGAAGATCCTCACACCAGTG;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=91;WE=76704857;WS=76704839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	76708987	rs335614	A	G	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=42;PP=1831;SC=GAGTATGTGAATTTTTAAACT;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=104;WE=76708995;WS=76708977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	76709249	rs335615	A	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=333;SC=CAGCTTTTTTAAAAAAAAATT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=76709257;WS=76709239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	76709268	rs335616	AA	GG	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=10;PP=518;SC=TTTTGTTACCAAATTGACTAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=76709277;WS=76709258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	76722443	rs40594	G	A	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=35;PP=975;SC=TAGCGTAAACGAGAGGCCTTC;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=49;WE=76722451;WS=76722433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	76729193	rs462581	G	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=244;SC=ATGTGCGTGTGAGATATGTGC;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=76729201;WS=76729183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	76733379	rs919224	C	T	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=25;PP=721;SC=TGACAAAAATCACAATTTAGC;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=76733387;WS=76733369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	76734084	rs33204	C	T	5350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=58;PP=2510;SC=AGTCTGGCAACGTGCAGGACA;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=129;WE=76734092;WS=76734074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	76736907	rs2560076	G	C	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=444;SC=TAGTAATGCCGTATAAAACCA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=76736915;WS=76736897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	76747087	rs335609	T	C	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=14;PP=571;SC=TCGTTCAAAATACACAAAAAG;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=76747095;WS=76747077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	76758803	rs426381	T	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=365;SC=AGAACAAAAATCATTTTTGCT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=76758811;WS=76758793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	76760495	rs410620	T	C	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=40;PP=2449;SC=CAGTGATATGTAAATGTATCC;SOR=1.273;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=80;TCR=40;TR=120;WE=76760503;WS=76760485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	76760657	rs11433376	G	GA	5117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.438;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=96;PP=1507;ReadPosRankSum=0.982;SC=AAAGGGTCAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.921;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=10;TCR=109;TR=104;WE=76760665;WS=76760647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,227:0.99:230
chr5	76785405	rs72593800	T	TG	834.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr5	76787919	rs42764	C	G	10019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=136;NR=90;PP=2965;SC=GGTCGGAACCCAGGAAGGCCG;SOR=0.986;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=136;TCR=90;TR=226;WE=76787927;WS=76787909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr5	76916335	rs5868876	G	GC	6270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=54;PP=2957;SC=TGAACAATTAGCTTCATGCAT;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=67;WE=76916343;WS=76916325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	76926578	rs13357072	T	C	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	77071835	rs352575	G	A	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	77298619	rs11552314	A	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=4;PP=364;SC=AGTGTATTCTACCCCCACTGC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=77298627;WS=77298609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	77412011	rs42360	A	G	5392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=53;PP=2179;SC=AAAACTTCTTAGCAGAATTCT;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=111;WE=77412019;WS=77412001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	77423965	rs115892142	A	C	3738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=61;PP=1760;ReadPosRankSum=-0.539;SC=ATAAGGTGCCAAGCTGGAAAT;SOR=0.403;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=97;WE=77423973;WS=77423955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr5	77425028	rs6453373	A	T	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=16;PP=821;SC=TCCACTCTTTACATTCGGAAC;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=45;WE=77425036;WS=77425018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	77461308	rs138987182	AGTT	A	512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=4;PP=395;SC=TGAATTTCTTAGTTGTCAGTC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=77461318;WS=77461298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	77473165	rs4532349	A	G	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=32;PP=1899;SC=TGACCTACCTATTGCTACGAA;SOR=1.075;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=98;WE=77473173;WS=77473155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr5	77473419	rs10428660	T	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=462;SC=TGTCCCCCACTCCCAGTGCCC;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=77473427;WS=77473409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	77656402	rs4072853	G	C	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=17;PP=1899;SC=GGATCTGCTCGGCGGCGGCGA;SOR=2.526;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=73;TCR=17;TR=90;WE=77656410;WS=77656392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	77745853	rs66744502	C	CA	2673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=19;PP=1033;SC=ATAACTGGGGCATTGGTAAGT;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=23;WE=77745870;WS=77745843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	77745862	rs200104831	G	GT	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=-2.213;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
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chr5	78265041	rs3733895	A	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=565;SC=ATAAAATTATAGATTAATGAC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=78265049;WS=78265031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	78317413	rs731124	C	T	7929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=77;PP=2965;SC=CAGGTTTTGACAAGAACACGA;SOR=0.986;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=116;TCR=77;TR=193;WE=78317421;WS=78317403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr5	78324352	rs1805074	A	G	8155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=122;NR=82;PP=2965;SC=AGATCTTCAGAGGTCAGTTTC;SOR=0.991;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=205;TCF=123;TCR=82;TR=204;WE=78324360;WS=78324342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr5	78324482	rs2303129	T	C	7064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=121;PP=2965;SC=ATCTGCGTTTTAGTCATGAAC;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=72;TCR=121;TR=192;WE=78324490;WS=78324472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr5	78326750	rs1805073	G	C	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	78326922	rs140713637	CGGGCAGCGGGGAGTG	C	1597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=2933;SC=GAAAATCCTACGGGCAGCGGG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=78326944;WS=78326912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	78328560	rs1805072	G	A	11985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=115;NR=133;PP=2965;SC=GCTGCTCCCAGCCAGCATGGA;SOR=0.780;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=115;TCR=134;TR=248;WE=78328568;WS=78328550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr5	78373251	rs11375024	G	GA	547.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.560;QD=12.74;ReadPosRankSum=-2.055;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr5	78373514	rs7732821	A	T	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=20;PP=531;SC=CAAGAAAAAAATAACAACTGT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=78373522;WS=78373504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	78421780	rs694290	G	A	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=16;PP=1040;SC=AATGAAAAAAGAACTTCCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=49;WE=78421788;WS=78421770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	78421959	rs3733890	G	A	6166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=89;PP=2965;SC=GAGGCTGCCCGACTGAAAGCT;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=83;TCR=89;TR=172;WE=78421967;WS=78421949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr5	78573790	rs13182512	A	T	6550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr5	78573970	rs16876598	T	C	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	78573993	.	TAA	T	590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.37;ReadPosRankSum=-1.596;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,25:0.86:29
chr5	78586914	rs10043008	G	T	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=21;PP=1193;SC=GTATTAAGTTGTTATTTGTCT;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=78586922;WS=78586904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	78587135	rs17234734	A	T	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=54;PP=1518;SC=AACAAAAATCATCAGAAATAT;SOR=1.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=82;WE=78587143;WS=78587125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	78596044	rs10514159	T	C	4892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=61;PP=2197;SC=ATTATTATGATCTGCAACTTC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=111;WE=78596052;WS=78596034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	78608354	.	CTT	C	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=-1.657;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr5	79054468	rs144578287	CTATG	C	1403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=6;PP=1463;SC=TACTTTTATACTATGTATTTC;SOR=2.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=26;WE=79054479;WS=79054466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	79086649	rs259096	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=7;PP=786;SC=CATGAGTGAAGTTTTCAGCTG;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=79086657;WS=79086639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	79172136	rs265005	A	G	9247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr5	79368016	rs256437	T	C	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=26;PP=1120;SC=CAGGCAGAAGTGACTCACCAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=79368024;WS=79368006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	79369014	rs150002497	T	C	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=23;PP=1358;SC=CCAAATCCAATGATGATGGGT;SOR=1.335;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=73;WE=79369022;WS=79369004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	79369213	.	G	GT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.919;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr5	79375575	rs17885983	T	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=413;SC=GTCACCTCCATAGAAATGACA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=79375583;WS=79375565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	79443169	rs7712447	A	G	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=63;PP=1943;SC=CCTCAGCAAGACAACAGTAAC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=101;WE=79443177;WS=79443159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	79473059	rs11429938	C	CT	2276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=14;PP=2089;SC=ATCAGAGGTACTTGGACTGCG;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=79473067;WS=79473049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	79551867	rs1966470	A	G	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=34;PP=1086;SC=AGCCTCGGCGAAGCGCCTAGG;SOR=1.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=79551875;WS=79551857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	79734409	rs259029	G	A	8058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=68;PP=2965;SC=ATCAATTATCGGTCTCTGATA;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=110;TCR=69;TR=178;WE=79734417;WS=79734399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr5	79773021	.	A	AT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=1.746;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr5	79809658	rs249011	A	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=27;PP=712;SC=TATTTTTTTTAATGTTATCCA;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=79809666;WS=79809648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	79815658	rs369998	T	C	8728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=108;PP=2965;SC=GACACCGTGATATCCTTCTTT;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=207;TCF=98;TCR=109;TR=206;WE=79815666;WS=79815648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr5	79855372	rs32857	A	G	6333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=83;PP=2781;SC=CCCACAGGGCAACTTTGCTGT;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=53;TCR=83;TR=135;WE=79855380;WS=79855362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	79855876	rs187262	T	C	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=51;PP=1343;SC=TTATCAAAGATGGCAAAGACC;SOR=1.099;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=80;WE=79855884;WS=79855866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	79950781	rs1650697	A	G	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=87;PP=2185;SC=GCCGCCGCACATAGTAGGTTC;SOR=2.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=22;TCR=88;TR=109;WE=79950789;WS=79950771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	79974646	rs836807	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=308;SC=TACATACTCCTGAGTGTATCA;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=79974654;WS=79974636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	80021168	rs32951	A	C	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=12;PP=850;SC=AAGAATAAGGAATAAATCTTT;SOR=1.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=80021201;WS=80021158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	80021193	rs245016	C	T	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.22;SOR=1.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	80021445	rs32952	A	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=389;SC=TAAAGGTATTAGTATGATTCT;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=80021453;WS=80021435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	80057227	.	T	A	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=15;PP=868;SC=CCTTCCCACATGACTATCTCA;SOR=1.201;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=80057235;WS=80057217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	80149981	rs184967	A	G	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=20;PP=1365;SC=TATAAAGGACAGAGTACATTT;SOR=1.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=76;WE=80149989;WS=80149971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	80160596	rs3991216	AAATG	A	4626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=44.06;SOR=1.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	80168937	rs26279	G	A	6984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=68;PP=2858;SC=TTTCACAGGCGCAGCAGAACA;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=94;TCR=68;TR=162;WE=80168945;WS=80168927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr5	80382806	rs7733625	G	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=31;PP=1113;SC=GCGACCTGATGCGCTGTGCGG;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=80382814;WS=80382796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	80388554	rs2592094	C	T	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=4;PP=664;SC=TGTTTATTGCCGTGGACATGG;SOR=2.694;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=80388562;WS=80388544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	80390225	rs505748	C	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=14;PP=344;SC=GAATTAGAGGCGGGAGAGAGA;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=80390233;WS=80390215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	80390290	rs498119	C	T	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=167;SC=AACCATTTAGCCCATGAGCCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=80390298;WS=80390280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	80409229	rs26422	C	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=603;SC=TTTAGATTAACGGAAGTCCAG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=80409237;WS=80409224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	80504353	.	CTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	C	1433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;QD=28.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,42:0.82:51
chr5	80512974	rs6868762	G	T	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=30;PP=1026;SC=TAGTAAAGCAGGGGCTGTCAT;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=80512982;WS=80512964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	80552960	.	AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	A,AGT	137	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;FR=0.4998,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=20;MQ=59.76;NF=1,1;NR=4,4;PP=33,137;QD=7.2;SC=CTACTTGGAAAGTGTGTGTGT;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5,5;WE=80552987;WS=80552950;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.33:15
chr5	80600619	rs16878594	C	G	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=14;PP=684;SC=TAACAAGAGACCCTTGCCTGC;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=80600627;WS=80600609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	80604733	rs10514218	G	A	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=15;PP=985;SC=CATATGTATTGTCAACTGAAT;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=80604741;WS=80604723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	80640844	rs147070236	G	A	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	80733146	rs184472015	T	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=6;PP=319;SC=ACTTTCAAACTCTTGTTCAAG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=80733154;WS=80733136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	81006377	rs13156146	G	T	148.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=101;SC=TAATATGAGGGGCTGATAGGT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=81006385;WS=81006367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	81572184	rs226200	G	C	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=28;PP=1015;SC=GCCACCCCAAGAACAGAAGGT;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=81572192;WS=81572174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	81572464	rs226199	G	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=15;PP=449;SC=CTGAGCTGAAGTCCTGTGATG;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=81572472;WS=81572454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	81573992	rs226198	C	T	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=59;PP=2965;SC=CGCCGGACCACGTGCCTCCTG;SOR=2.833;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=180;TCF=121;TCR=59;TR=178;WE=81574000;WS=81573982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	82135819	rs139917914	T	TA	646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.04;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	82135830	rs10667157	C	CAA	748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=5.166;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.55;ReadPosRankSum=1.207;SOR=1.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr5	82136064	rs113309601	T	TTCTTC	1888.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=1171;SC=TTTTTGCTTCTTCTTTGCCTT;SOR=1.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=19;WE=82136072;WS=82136054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	82789647	rs4470745	A	G	6985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=73;NR=77;PP=2965;SC=CTCCCAGAGTAGGCTGTTATG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=150;WE=82789655;WS=82789637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr5	82833145	rs2548541	G	A	9897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=119;PP=2965;SC=CACCTTCTCAGAATTTCTCGG;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=120;TCR=119;TR=239;WE=82833153;WS=82833135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr5	82833369	rs309559	A	G	8228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=0.807;SC=GGAACAGCCAAAAAAGGGGCA;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=87;TCR=101;TR=187;WE=82833377;WS=82833359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,309:0.99:311
chr5	82834299	rs188703	G	A	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=47;PP=2299;SC=ACTCTCCCACGTAGTCCTGCC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=123;WE=82834307;WS=82834289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	82834630	rs309557	T	C	11215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=134;NR=154;PP=2965;SC=ATTTCAGTGGTGACTTTAGAG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=291;TCF=136;TCR=155;TR=288;WE=82834638;WS=82834620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr5	82835545	rs160279	A	G	7563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=81;PP=2965;SC=AAGGCATGAGACCAACAATTC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=84;TCR=83;TR=165;WE=82835553;WS=82835535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr5	82835724	rs160278	T	A	6201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=77;PP=2965;SC=ATTGAAGACTTTAACAGAATG;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=162;WE=82835732;WS=82835714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr5	82837631	rs160277	G	T	10438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr5	82843711	rs3842065	T	TATC	1001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=693;SC=TCTTGTATGTTATCTTGCAAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=82843719;WS=82843701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	82849120	rs6873404	T	A	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=23;PP=1052;SC=TAACACTTGGTTGGGGGTGCC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=82849128;WS=82849110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	82850631	rs2290673	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=376;SC=AAGGTAGACTAGGAGAGATTT;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=82850639;WS=82850630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	82875800	rs308365	C	T	5192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=40;PP=2090;SC=TTCCTTTAGTCGCTTGCGGCC;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=112;WE=82875808;WS=82875790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr5	82940273	rs2242128	C	G	7964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=85;PP=2965;SC=CTGTGTTCTGCCCCCCACAGG;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=93;TCR=85;TR=178;WE=82940281;WS=82940263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr5	82940510	rs1457081	T	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=545;SC=AGCAAGGAGTTGTTAGAAGCC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=82940518;WS=82940500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	83402456	rs55742505	C	T	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=7;PP=517;SC=TTGTCCCATCCCATCTGTTAC;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=83402464;WS=83402446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	83433002	.	TACACACAC	T,TAC	5197.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.343;NF=23,23;NR=33,33;PP=2299,274;ReadPosRankSum=1.332;SC=TGTGTATACATACACACACAC;SOR=1.870;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=56,56;WE=83433021;WS=83432992;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.27,0.71:142
chr5	83433010	rs202139909	C	T	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=3.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=1.557;QD=19.96;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,101:0.72:140
chr5	83433012	.	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=-1.050;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,24:0.15:157
chr5	83476194	rs163715	G	A	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=14;PP=859;SC=AAAGTACAATGACTATGAATA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=83476202;WS=83476184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	85582712	rs2964837	T	C	8702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.67;QD=25.67;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr5	85586579	rs10066606	T	C	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=5;PP=598;SC=CAGGGATGGGTGTTCCGGGAT;SOR=2.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=27;WE=85586587;WS=85586569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	86564995	rs3734000	T	A	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=35;PP=1914;SC=ACCTGGCGTCTTCCTACATTT;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=84;WE=86565003;WS=86564985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	86633973	rs3752862	G	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=273;SC=GATCTTGTCCGTAATCAGAGA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=86633981;WS=86633963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	86637164	rs35694079	G	GA	43.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr5	86667856	rs35014912	G	GA	933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.238;HP=10;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=296;ReadPosRankSum=1.235;SC=TGTTGAATTTGAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=25;WE=86667864;WS=86667846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,46:0.92:50
chr5	86697387	rs3093816	A	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	87497977	rs358289	C	T	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=13;NR=19;PP=618;SC=AGTTAAATAACCTGCCTCAAA;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=87497985;WS=87497967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	87498027	rs3099436	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=16;PP=442;SC=GTTTGAACCAGTTCTGTCTGA;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=87498035;WS=87498017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	87498069	rs3098676	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=10;PP=255;SC=TTCTACAAGGCTAACAGATCA;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=87498077;WS=87498059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	87498128	rs3099435	T	A	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=120;SC=CCTCACCATCTTCTTCTGCTA;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=87498136;WS=87498118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	87498849	rs3097146	G	A	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	87502325	rs357515	G	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	87503087	rs34534189	GACT	G	1209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=851;SC=AATAAAATTTGACTACAACAT;SOR=0.997;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=87503097;WS=87503077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	87968912	.	CA	C	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=4.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.291;QD=2.57;ReadPosRankSum=1.162;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,70:0.37:188
chr5	88025845	rs34297769	CA	C	378.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.548;NF=19;NR=2;PP=265;ReadPosRankSum=0.319;SC=AATATTGAAACAAAAAAAAAA;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=21;WE=88025853;WS=88025835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr5	89705390	rs10041922	T	A	5853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=105;NR=46;PP=2882;SC=CCAAACGTCCTCCCTTCCACA;SOR=1.326;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=106;TCR=47;TR=151;WE=89705398;WS=89705380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	89705752	rs11315430	GC	G	515.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=10;PP=537;SC=ACCTCCTAACGCCCCCCCGCC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=89705760;WS=89705745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	89769647	rs3763072	G	A	10363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=117;PP=2965;SC=GCCCGCGGGGGCCCATTACCA;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=121;TCR=117;TR=238;WE=89769655;WS=89769637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr5	89769728	rs2162986	T	C	8238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=107;PP=2965;SC=GGGCTGGGCGTCCGCACCACC;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=90;TCR=108;TR=197;WE=89769736;WS=89769718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr5	89781594	rs2115500	C	T	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=37;PP=988;SC=ATGATTATAGCATCCTCAAGT;SOR=1.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=89781602;WS=89781584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	89786388	.	AT	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=2.125;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr5	89923208	rs200197273	C	G	7581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=97;NR=87;PP=2965;SC=TCCAGTAGTTCGTGGAAAGGA;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=97;TCR=88;TR=184;WE=89923216;WS=89923198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr5	89924976	rs2366771	C	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=325;SC=AGAGTTTGATCATCTCAGATG;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=89924984;WS=89924966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	89938587	rs2366773	C	T	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=42;PP=1574;SC=AAAGTAAGTACGAAAAAAACT;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=92;WE=89938595;WS=89938577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	89943571	rs2366777	G	T	1463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=34;PP=878;SC=TAATCCTCTTGAATTCAACAG;SOR=2.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=89943579;WS=89943561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	89954184	rs11958484	T	C	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=131;SC=TTGGTAAGATTGGTTGCGCAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=89954192;WS=89954174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	89968626	rs1028191	A	T	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=36;PP=981;SC=GCAGCTTTTGATTGAAGTGTC;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=89968634;WS=89968616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	89979380	rs4916683	T	C	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	89979589	rs4916684	G	A	5852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=67;PP=2423;SC=CTCTGTGTCAGTCCTCAGTGT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=130;WE=89979597;WS=89979579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	89979698	rs4916685	C	T	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=58;PP=2457;SC=AAAAACAGACCTGTTAAAGTT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=57;TCR=58;TR=114;WE=89979706;WS=89979688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	89985882	rs10037067	A	G	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	89988412	rs10040165	G	A	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=790;SC=AGTTTTCACTGTATTTTTAGG;SOR=1.692;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=89988420;WS=89988402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	89988504	rs2366926	A	G	5560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=48;PP=2190;SC=ATTCCTGCCAATGATGATCCT;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=116;WE=89988512;WS=89988494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr5	89989779	rs16876822	G	A	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=29;PP=1281;SC=TGGCAATGGAGGAAGGTCAAG;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=67;WE=89989787;WS=89989769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	89990324	rs1878878	A	G	10196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=119;NR=126;PP=2965;SC=GTGATCTACAATATTAGTCCC;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=248;TCF=120;TCR=128;TR=245;WE=89990332;WS=89990314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr5	89990545	rs10068473	C	A	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=46;PP=1405;SC=AATGAATTTCCGTTGCCCCAG;SOR=1.315;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=65;WE=89990553;WS=89990535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	89993045	rs10942604	T	C	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=35;PP=1063;SC=AACTTGATAGTTTTTCCCTTT;SOR=1.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=49;WE=89993053;WS=89993035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	90001988	rs1160121	G	T	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=12;PP=1189;SC=AAATTCACAAGGGGATATTAT;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=56;WE=90001996;WS=90001978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	90002220	rs60522638	C	CT	914.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.322;HP=13;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.686;NF=1;NR=40;PP=425;ReadPosRankSum=-0.955;SC=AGGTAAAACTCTTTTTTTTTT;SOR=1.091;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=67;TCF=6;TCR=61;TR=41;WE=90002228;WS=90002210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,58:0.71:82
chr5	90007196	rs7732169	C	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=426;SC=AATCATTATTCCTTGAGAATT;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=90007204;WS=90007186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	90012614	rs10067181	A	T	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=145;SC=TTTCTCTTAGATGAGCACTCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=90012622;WS=90012604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	90015792	rs6881412	C	T	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=17;PP=1271;SC=CAGAAATGTTCAGTAGATTTC;SOR=1.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=90015800;WS=90015782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	90016129	rs6452906	A	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=10;PP=257;SC=GGAAATTGATATCTGATTATT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=90016137;WS=90016119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	90020868	rs7723259	A	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=10;PP=307;SC=TTAGATGTATAATGAATAACT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=90020876;WS=90020858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	90020923	rs16869042	T	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=10;PP=425;SC=TAGAAAATCCTAAAACTTGTG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=90020931;WS=90020913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	90021499	rs4916815	G	T	301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=15;PP=388;SC=AATGAAGTGGGTTTTTTTTTG;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=90021507;WS=90021489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr5	90052289	rs10062026	G	A	6251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=54;PP=2295;SC=TCCTGAATTGGAGGAAGGATT;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=120;WE=90052297;WS=90052279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr5	90052372	rs2438349	C	T	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=63;PP=1832;SC=TGCGGAGGCCCGGAATGGAAA;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=102;WE=90052380;WS=90052362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	90053056	rs2443065	A	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=287;SC=ATGAATGTACATTGGTGATTG;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=90053064;WS=90053046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	90059001	rs881289	T	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=0;PP=391;SC=ACATGATAATTACATGTAACA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=90059009;WS=90058991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	90059406	rs2049009	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=352;SC=ATATTGCATAATGCTGGGGTT;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=90059414;WS=90059396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	90107108	rs2438374	A	G	5057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=63;PP=2062;SC=ATTGTGGAGGAGAAGGATGAT;SOR=0.786;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=116;WE=90107116;WS=90107098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr5	90119324	rs2438378	G	A	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=39;PP=1393;SC=GGTAAACCTGGTGGAGGAACT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=90119332;WS=90119314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	90151589	rs2247870	G	A	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=53;PP=2028;SC=TTGCAAAGTGGTTGAGGAAAC;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=114;WE=90151597;WS=90151579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	90669400	rs6452952	A	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=241;SC=TGTTCTGTTAACATGATAATC;SOR=2.833;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=90669408;WS=90669392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	90672711	rs62376564	T	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.24;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	93388777	rs148770534	T	TATAG	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=506;SC=TTGCATATACTATAGATAGAT;SOR=1.426;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=9;WE=93388785;WS=93388767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	93410244	rs7732578	C	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=3;PP=357;SC=ACTTTAGGTACTTATATTCTT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=93410252;WS=93410234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	93731985	rs308207	A	G	9803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=98;NR=114;PP=2965;SC=ATCTGTCAAGAGAGGCACCTG;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=98;TCR=114;TR=212;WE=93731993;WS=93731975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr5	93732334	rs308206	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=340;SC=GATCAAGTGCCTGACATATTC;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=93732342;WS=93732324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	93743323	rs76515709	T	C	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=31;PP=1574;SC=TGATTCCATTTATACAGAAGT;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=82;WE=93743331;WS=93743313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	93752765	rs1990767	T	C	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	93798033	.	T	A	52.80	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,2:1.00:2
chr5	93798034	.	A	T	52.80	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr5	94046387	rs306573	A	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=493;SC=ATTTTTAACCAACCTGTCTCT;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=94046395;WS=94046377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	94050388	rs62365699	C	T	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=15;PP=1258;SC=AAGGAGTGTCCCCTGCCAAAA;SOR=1.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=94050396;WS=94050378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	94050447	rs2638	C	T	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	94050487	rs2636	T	A	6696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=68;PP=2448;SC=CTCACTTCTTTATCCTTTCGC;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=134;WE=94050495;WS=94050477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr5	94114594	rs255372	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=445;SC=TTGTTTGTTCTTGGCAGAAAA;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=94114602;WS=94114584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	94203211	rs159034	G	A	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=329;SC=TAATAAAGTCGTATTCTGCTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=94203219;WS=94203201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	94206202	rs159032	C	T	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=25;PP=747;SC=TTCACCTATACATCAACATAT;SOR=1.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=94206210;WS=94206192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	94206390	rs293058	C	T	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=188;SC=AGAACACAACCGCAGCAGCAT;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=94206398;WS=94206380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr5	94230572	rs34628738	C	CT	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=-2.087;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr5	94278129	rs293035	T	C	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=48;PP=1588;SC=CATAGTCAAATACCTGAGATG;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=94278137;WS=94278119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	94278154	rs159351	C	T	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=36;PP=1096;SC=AGAGAAAAAGCCTTGTTATAA;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=94278162;WS=94278144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	94288790	rs6892227	C	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=104;SC=TCATATTATCCATAGATTAGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=94288798;WS=94288780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	94353240	rs139116758	T	TTCTCTAAAGGGGGACCA	2060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=21;PP=2967;SC=CTGTTCTATTTTCTCTAAAGG;SOR=2.935;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=21;WE=94353248;WS=94353230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr5	94654187	rs255983	C	T	5661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=74;PP=2252;SC=ATGACCCAAGCACTCATCTAA;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=60;TCR=74;TR=134;WE=94654195;WS=94654177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	94670706	rs148964669	T	TTTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCC	715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.70;QD=42.10;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	94728631	rs2546097	G	T	3086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.521;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=57;PP=1621;ReadPosRankSum=-0.504;SC=CACATTAAAAGTAGAATACTT;SOR=1.245;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=83;WE=94728639;WS=94728621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,121:0.97:125
chr5	94756261	rs62365043	C	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=29;PP=815;SC=ATAGAACTTTCAATGCCTCAC;SOR=2.409;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=94756269;WS=94756251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	94756278	rs62365044	G	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=460;SC=TCACGCTAGCGGTGAGATTCA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=94756286;WS=94756268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	94759802	rs17084711	G	A	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	94772540	rs6878669	C	T	7661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=71;NR=79;PP=2699;SC=AACTGCCAGTCCTGAGCAAAC;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=71;TCR=79;TR=150;WE=94772548;WS=94772530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr5	94784397	.	AT	A	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.192;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr5	94834331	.	C	CT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=2.411;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr5	94956619	rs113272282	G	C	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=49;PP=2003;SC=CTGGCCGGGGGAGCGTCGCTG;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=107;WE=94956627;WS=94956609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr5	94994339	rs10705	A	G	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=37;PP=1887;SC=AGATTTGCTCATTCATTTCAG;SOR=1.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=111;WE=94994347;WS=94994329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	95011426	rs2548125	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=616;SC=ACTGACTACTATATAACTACA;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=95011434;WS=95011416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	95018382	rs34895	G	T	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=36;PP=2502;SC=TGTTTCAAAAGAACATGAAAC;SOR=1.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=87;TCR=36;TR=123;WE=95018390;WS=95018372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	95192736	rs3079945	CT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=7.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.959;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr5	95226655	rs6556893	A	G	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=8;PP=466;SC=TTCAAGAACTATTTCAAATAT;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=95226663;WS=95226645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	95227061	rs41276259	G	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=239;SC=AATATTTAGAGATTAGATCCA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=95227069;WS=95227051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	95234350	rs3777204	A	G	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.37;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	95234377	rs3777203	C	T	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=29;PP=1193;SC=CAGGGGGCAGCGGGAGGCCTG;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=95234385;WS=95234367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	95234392	rs3777202	A	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=34;PP=1185;SC=GGCCTGCAGCAGATTTTTCAC;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=69;WE=95234400;WS=95234382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	95234630	rs3777201	G	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	95236415	rs17085249	G	A	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=26;PP=936;SC=AAGATACAGCGTCTCTACTAG;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=95236423;WS=95236405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	95236459	rs3815768	C	T	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=31;PP=1132;SC=CTGGTGCCTGCAGCATTCTGA;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=95236467;WS=95236449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	95255379	rs4642392	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=284;SC=ATACATCCTCGCAGCATTTAA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=95255387;WS=95255369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	95278679	rs3734131	G	A	1932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	95414786	rs5869706	T	TTAAAA	1231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=931;SC=ACCCATGCACTTAAAGTTAAA;SOR=1.893;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=95414801;WS=95414776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	95728898	rs6235	C	G	11685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=128;PP=2965;SC=GAGCTTTGCACTTGGGGACTT;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=114;TCR=129;TR=242;WE=95728906;WS=95728888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
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chr5	95747963	rs35364611	TCTC	T	4652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=26;PP=2688;SC=GTTCTTTCCTTCTCCTCATAT;SOR=1.522;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=57;WE=95747973;WS=95747953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr5	96101031	.	TAAAAA	T,TA	2189.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.18;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,26,35:0.39,0.53:66
chr5	96101066	rs11399505	T	TA	2852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=87;PP=2957;SC=AATTCACTAATAGTGAAATTT;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=4;TCR=90;TR=91;WE=96101074;WS=96101056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	96101944	rs27524	A	G	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=83;PP=2199;SC=CTCCTTTACAATAGCATAAAA;SOR=1.921;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=110;WE=96101952;WS=96101934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	96107202	rs27689	G	T	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=7;PP=720;SC=TCACAATATTGTGGCCAGATG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=37;WE=96107210;WS=96107192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	96116031	rs71978924	AACTC	A	654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=513;SC=ATCCATTTCTAACTCACCACA;SOR=2.584;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=9;WE=96116042;WS=96116024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	96116112	rs35237285	AT	A	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-1.141;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr5	96116940	rs27042	G	A	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=41;PP=1155;SC=GCAATGAATAGGTGATGAAAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=53;WE=96116948;WS=96116930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	96117300	rs27043	G	A	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=18;PP=1387;SC=AGCAGGATAGGCAATTCCTGG;SOR=1.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=68;WE=96117308;WS=96117290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	96118852	rs27044	G	C	5141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=59;PP=2276;SC=AGTAGTAGTTGACTCCGCAGC;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=107;WE=96118860;WS=96118842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	96119579	rs70981840	A	ACT	558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=113;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=2;PP=574;SC=AATGATTAACACTTTTTAACA;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=96119587;WS=96119569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	96121370	rs11386832	T	TA	1488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=11;PP=1671;SC=TAGAAGAACTTAAAGGAAAAC;SOR=2.437;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=40;WE=96121378;WS=96121360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	96121406	rs469876	A	G	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=24;PP=1686;SC=GTTATCAATCAATCATTTTTG;SOR=1.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=65;TCR=24;TR=89;WE=96121414;WS=96121396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	96121524	rs469783	C	T	10576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=149;NR=118;PP=2965;SC=TAATGAGACTCGCCCGATCAT;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=149;TCR=119;TR=267;WE=96121532;WS=96121514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr5	96121715	rs469758	C	T	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=80;PP=2293;SC=ATTTGCTCCCCTGCCTGAAGA;SOR=2.001;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=28;TCR=80;TR=108;WE=96121723;WS=96121705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	96122260	rs30379	T	G	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	96122281	rs30380	A	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=15;PP=466;SC=TGGATTGTTCATTTGTTGATT;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=96122289;WS=96122271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	96124330	rs30187	T	C	5821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	96124447	rs30186	G	C	6660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=61;NR=89;PP=2900;SC=TAAGAAAAGAGAGAACACCAG;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=61;TCR=89;TR=150;WE=96124455;WS=96124437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr5	96125910	rs26510	C	T	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=28;PP=1898;SC=TAATCAAGGACCTCAGAAAGT;SOR=1.590;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=95;WE=96125918;WS=96125900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	96126197	rs27710	A	G	8397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=100;PP=2965;SC=ATGCAGAGATATTCAAAAACA;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=90;TCR=100;TR=189;WE=96126205;WS=96126187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr5	96126308	rs27529	A	G	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=69;PP=1978;SC=ATGCGTCAGCACTAAGATACT;SOR=1.345;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=29;TCR=69;TR=97;WE=96126316;WS=96126298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	96127905	rs27640	T	C	5372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=85;PP=2642;SC=CCTATTGAGATAGAAAAAAGA;SOR=1.202;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=43;TCR=85;TR=128;WE=96127913;WS=96127895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr5	96129512	rs27434	A	G	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=25;PP=1504;SC=ATACCTGGTGAGCCAGTTCAT;SOR=1.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=79;WE=96129520;WS=96129502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	96130836	rs26618	T	C	8027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=91;PP=2965;SC=CTGCTTGATTTATCTTGTCTG;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=82;TCR=91;TR=173;WE=96130844;WS=96130826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr5	96139250	rs26653	C	G	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;PP=1959;ReadPosRankSum=-0.769;SC=TTGCTCCTGACGGGGGTGTTC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=93;WE=96139258;WS=96139239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,134:0.99:136
chr5	96253104	rs1363908	T	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=11;PP=341;SC=GGATTACAGGTGTGAACCACC;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=96253112;WS=96253094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	96322419	rs38034	C	T	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=65;PP=2125;ReadPosRankSum=-0.932;SC=TCACAAGAGGCTCAGAGGACC;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=112;WE=96322427;WS=96322409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,182:0.99:184
chr5	96329857	rs27304	G	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=255;SC=GATGTTTGACGTTACAGGTTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=96329865;WS=96329847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	96341750	.	TTA	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr5	96507204	rs2432090	T	C	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=234;SC=ATGCTGTGTATCCCCAGCAGC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=96507212;WS=96507194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	96512865	rs2548319	T	A	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	96512871	rs2544772	T	A	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.94;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	98109838	rs2662263	A	C	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	98109985	rs2545730	G	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=199;SC=AGGTCTCGAAGGCGCTCGCCG;SOR=0.892;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=10;WE=98109993;WS=98109975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	98205326	.	G	GCACA,GCA	542.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2,2;NR=5,5;PP=276,91;ReadPosRankSum=1.619;SC=ACGTGCGCGCGCACACACACA;SOR=0.693;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=7,7;WE=98205334;WS=98205316;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.76:17
chr5	98232155	rs137871949	T	A	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=212;SC=CTCTACAAAGTTAAAAAAAAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=98232163;WS=98232145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	99921841	rs2370612	G	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=171;SC=TTTTAAAATTGTTCTAGAAAG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=99921849;WS=99921831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	99922081	rs13876	G	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=10;PP=227;SC=GAAGTACTCTGTTAATGGGCT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=99922089;WS=99922071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	101574897	.	AT	A	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr5	101585209	rs10067502	G	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=1;PP=735;SC=TTCAGCTGGAGACATCATGGG;SOR=4.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=101585217;WS=101585199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	101592809	rs261101	T	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=21;PP=1404;ReadPosRankSum=0.712;SC=AAGCACTGAATTGTATTTACC;SOR=1.478;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=73;WE=101592817;WS=101592799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr5	101593486	rs398228	C	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	101593486	.	CT	AG	125	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=125;QD=59.4892916207;SC=CTATGCTCGGCTAATTTTTAT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=101593495;WS=101593476;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	101593487	rs416734	T	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	101595885	rs148885155	T	TGA	3331.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=24;PP=1191;SC=TGTATGAGACTGAGAGAGAGA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=101595893;WS=101595875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	101606518	rs33922930	G	GA	1009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=28;PP=386;SC=TGTCTTTGTGGAAAAAAAAAT;SOR=1.900;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=28;WE=101606526;WS=101606508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	101627027	rs841929	T	C	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=23;PP=1531;SC=AAAACAAACATAAACACAATA;SOR=1.586;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=79;WE=101627035;WS=101627017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	101627411	rs2600824	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	101627414	rs2548726	A	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	101627435	rs841928	C	G	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=217;SC=GTTTTCAAAGCCTCAAAGTTT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=101627443;WS=101627425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	101631518	rs76523033	A	C	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.62;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	101631526	rs3114660	C	G	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.06;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	101631592	rs3114659	A	G	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=40;PP=2131;SC=CCCGAGCCTCAAGCGGGCGCT;SOR=1.151;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=114;WE=101631600;WS=101631582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr5	101726648	rs6874612	C	A	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=11;PP=831;SC=TATCAAAAAACATTTTGATGT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=101726656;WS=101726638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	101726851	rs1452065	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=795;SC=TGGTGCATCAATTGTACTAAG;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=101726859;WS=101726841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	101748741	rs10073333	G	C	148.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=1;PP=40;SC=GCAAAGCAGGGAGAAAAATAT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=101748749;WS=101748731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	101774455	rs17150488	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	101794063	rs10045929	T	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=9;PP=407;SC=GTTGGATTGTTCAAGTAAAAT;SOR=1.148;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=26;WE=101794071;WS=101794053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	101795490	rs11746217	A	G	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	101811346	rs4703232	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=8;PP=579;SC=CTATGGTAGCTATTTAGTAAG;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=101811354;WS=101811336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	101816169	rs17151033	C	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=38;PP=1076;SC=GAGAAAACAACGATATGCATT;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=101816177;WS=101816159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	101834596	rs10038730	T	A	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.21;NF=12;NR=35;PP=1030;SC=TGCTCTCGGCTGCCCGTCCTG;SOR=2.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=101834604;WS=101834586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	102363858	rs26433	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	102364542	rs2067133	A	AAT	3194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=21;PP=1990;SC=AAGGTAACAGACATTGCTGCA;SOR=1.226;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=40;WE=102364550;WS=102364532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr5	102512570	rs11408825	C	CA	1630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=13;PP=970;SC=GTTTAAAGACCATGATTCTCA;SOR=0.829;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=102512578;WS=102512560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	102890560	rs11373550	G	GA	1300.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=339;ReadPosRankSum=-1.902;SC=TGGATCTGTTGAAAAAAAAAA;SOR=0.793;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=26;WE=102890568;WS=102890550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,64:0.91:70
chr5	102891695	rs10045774	A	G	5963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr5	102894447	rs3734087	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=2;PP=380;SC=AACTTTAAGAAGTTTCTGATG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=102894455;WS=102894437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	103978775	rs66521127	AGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG	A	318.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.84;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	103978969	rs33818	T	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=13;PP=841;SC=AGTGGGGATGTCTTAATCAGA;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=36;WE=103978977;WS=103978959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	107006446	rs35553	T	G	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=56;PP=1433;ReadPosRankSum=-0.825;SC=AAAATGAAAGTGGGCGAGAAA;SOR=1.923;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=64;WE=107006454;WS=107006436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr5	107684324	rs1862195	C	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=34;PP=934;SC=AAAATAACCACGTCAGAGTTA;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=107684332;WS=107684314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	108168451	rs376837075	CT	C	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,40:0.36:112
chr5	108203451	rs34195313	G	GT	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,57:0.34:167
chr5	108290403	.	G	GT	819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.39;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,45:0.90:50
chr5	108386985	rs2416195	A	T	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=16;PP=1144;SC=CACAAGTGAGAGGAATCTTGA;SOR=1.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=58;WE=108386993;WS=108386975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	108387169	rs115715653	G	A	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=80;PP=2965;SC=AAGGCTGTGCGTGGGAGTTAG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=157;WE=108387177;WS=108387159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	108387229	rs113844089	AG	A	7485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=79;PP=2957;SC=CACTGTAATTAGCCCAGTTTT;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=26;TCR=80;TR=105;WE=108387237;WS=108387219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	108436014	rs3816024	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=318;SC=TGCTCTGTCAAATATTCCTAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=108436022;WS=108436004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	108516629	rs6594349	A	G	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=30;PP=1045;SC=TTTTTTTTTTAATGGTAAAAA;SOR=0.972;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=48;WE=108516637;WS=108516608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	108679870	rs142828555	T	TTTAA	2527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.61;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	108680647	rs441798	C	A	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=181;SC=TGCTTTAGTCCTTTGCTCCTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=108680655;WS=108680637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	108691738	rs2431253	A	T	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=70;PP=1956;SC=CTGAAAAAAAAAAAAAATAAC;SOR=1.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=37;TCR=70;TR=107;WE=108691746;WS=108691728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	108713970	rs10042721	C	T	7568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=74;PP=2965;SC=TGTTATCCACCTCTTGCCTTC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=93;TCR=75;TR=167;WE=108713990;WS=108713960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr5	108713982	rs12523186	T	C	7578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=80;PP=2965;SC=CTTGCCTTCCTGCTGTGGCTC;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=176;WE=108713990;WS=108713960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr5	108714298	rs1045706	T	C	11017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=140;PP=2965;SC=ATTGGTATTTTGTTCACTACA;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=121;TCR=141;TR=261;WE=108714306;WS=108714288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr5	108717157	rs2288531	T	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=320;SC=ATAAGATCAATTCCTATATAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=108717165;WS=108717151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	108719151	rs1045704	G	A	6496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=72;PP=2534;SC=CAGCGTCTGTGTGACCAGTTC;SOR=0.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=51;TCR=73;TR=123;WE=108719159;WS=108719141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr5	109049507	.	CT	C	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.093;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr5	110407273	rs368718795	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr5	110409148	rs2289278	C	G	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=20;PP=1220;SC=TCAATTCTCACCAACTCTTTC;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=110409156;WS=110409138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	110434307	rs13153937	G	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=2;PP=198;SC=AAAAGTTGGGGTACATTTCTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=110434315;WS=110434297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	110436450	rs10038177	C	T	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=12;PP=361;SC=AATAATATAGCTGTCACCTTA;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=110436458;WS=110436440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	110438000	.	C	CAA	246.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	110439509	rs11241095	A	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=22;PP=787;SC=TGTTGTTGCTATTGGTCTTAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=110439517;WS=110439499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	110443228	rs10043631	C	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=16;PP=418;SC=ATAATATTGACTGAAAAAACG;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=110443236;WS=110443218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	110446091	rs34962120	G	A	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=529;SC=TAAGTGCTGGGCATTTTGCTA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=110446099;WS=110446081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	110446741	rs13161853	C	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=6;PP=709;SC=AAATCAGACTCTTTAATAAAG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=110446749;WS=110446731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	110454681	rs17553936	A	G	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=38;PP=1981;SC=TAGAGTTCAAATACTTTTAAC;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=108;WE=110454689;WS=110454671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	110456704	rs13186912	A	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=427;SC=ATGTAGAAGTATCAGAAGAAA;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=110456712;WS=110456694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	110679657	rs446176	C	G	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=12;PP=893;SC=CACTTATTTTCAAGCTTTCCC;SOR=1.385;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=43;WE=110679665;WS=110679647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	110710360	rs306067	G	C	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=800;SC=CTGGCTGTATGTTACGTCAGA;SOR=4.235;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=31;WE=110710368;WS=110710350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	110710699	rs5870446	A	AG	3249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=41;PP=2043;SC=GATAATGAGAAGGGATTCTCC;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=47;WE=110710707;WS=110710689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	110712491	rs306129	A	G	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=5;PP=868;SC=TAGCCATAGTATTAGCTATTT;SOR=3.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=110712499;WS=110712481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	110712773	rs3797754	C	T	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=814;SC=TAAAAAAAGTCTTAAGAAGAA;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=110712781;WS=110712763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	110730557	rs523389	C	T	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=33;PP=905;SC=AAGAAATGCGCATCTGTGATA;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=110730565;WS=110730547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	110782634	rs34007984	T	G	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=18;PP=467;SC=TTGGAAGTTTTTGCTCTTTCC;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=110782642;WS=110782624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	110784822	rs2116824	A	G	4186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=44;PP=1604;SC=TTCTTGTGTTATTAGCTGATT;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=92;WE=110784830;WS=110784812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	110819753	rs25925	G	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=8;PP=714;SC=TGGCCTCTTCGCGCCTGGGAA;SOR=1.562;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=110819761;WS=110819743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	110840744	rs11454826	G	GA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=10.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.969;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,29:0.17:167
chr5	111013858	rs26042	G	A	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=45;PP=1256;SC=ACATACACATGCTACAAAATC;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=111013866;WS=111013848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	111479750	rs62372418	T	C	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=42;PP=1213;SC=ATAAACTGCCTTCAGAAACAG;SOR=2.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=111479758;WS=111479740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	111497358	rs3816657	T	G	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=98;PP=2965;SC=CTGCTAGCCTTAAGTGTATGG;SOR=1.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=63;TCR=99;TR=161;WE=111497366;WS=111497348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr5	111500816	.	C	CTAAAA	1750	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=59.67;NF=2;NR=27;PP=1750;QD=61.8275862069;SC=CATTTCTTCTCTAAAATATAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=29;WE=111500832;WS=111500806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,29:0.74:39
chr5	111500822	.	T	TAAA	2539.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.79;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	111500824	.	T	C	838	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=21;MQ=59.56;NF=11;NR=29;PP=838;QD=21.8192803137;SC=CTCTAAAATATATTTGAAAAA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=40;WE=111500832;WS=111500806;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr5	111500824	rs33929905	T	TAC	2539.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.35;SOR=1.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	111504479	rs7703522	C	T	10620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=135;PP=2965;SC=ATCCGAAGAACGGGTCACCGG;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=113;TCR=135;TR=248;WE=111504487;WS=111504469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr5	111505885	rs1560052	T	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=297;SC=CCTAGTTTTGTTTAAAATGTA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=111505893;WS=111505875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	111506069	rs10040749	G	A	4251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=44;PP=1636;SC=GTTCTTTTCTGTAAAGGAATA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=91;WE=111506077;WS=111506059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr5	111519740	rs1560058	T	C	5410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=46;PP=2127;SC=GGATCGCCTGTTGTTGGGGTC;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=103;WE=111519748;WS=111519730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr5	111530284	rs7719346	A	G	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=45;PP=1280;SC=TTTTTCCGGTATTCTCTATTA;SOR=1.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=68;WE=111530292;WS=111530274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	111545670	rs890757	C	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=14;PP=444;SC=CCTACTGATGCTGTTTGATTC;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=111545678;WS=111545660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	111611076	rs12521830	A	G	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	112176756	rs459552	T	A	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=52;PP=2238;SC=AATTCCAAGGTCTTCAATGAT;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=111;WE=112176764;WS=112176746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	112217737	rs35726351	G	A	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=17;PP=525;SC=TGGAAGTGCTGTGATTACAGG;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=112217745;WS=112217727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	112222694	rs712662	C	G	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=20;PP=905;SC=GTGGGGCCATCTTGTTCCTGA;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=112222702;WS=112222684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	112227799	rs712665	A	G	8702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=25.98;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr5	112227939	rs712666	T	C	7228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=81;PP=2965;SC=TCCCAACATCTAGTCCTACCC;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=93;TCR=81;TR=173;WE=112227947;WS=112227929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr5	112228667	rs430665	G	A	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=33;PP=874;SC=CGGAGCCAGAGCCGCAGGAGC;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=55;WE=112228675;WS=112228657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	112228765	rs459102	C	A	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=27.88;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	112238039	rs153546	A	C	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=48;PP=2664;SC=CTATACAGGTACTGAGATGGA;SOR=1.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=90;TCR=48;TR=137;WE=112238047;WS=112238029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr5	112256814	rs149190	A	G	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	112257242	rs33570	G	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	112257251	rs153558	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	112257366	rs153557	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=170;SC=CCCACCCGAGAGGCGCCCTCT;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=112257374;WS=112257356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	112257591	rs151980	C	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=8;PP=363;SC=GGGCAGCCCCCGCGGGGTCCT;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=112257599;WS=112257581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	112257908	rs153556	T	C	6324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=91;PP=2957;SC=GTCTCGCCGCTCGGGGCTGTT;SOR=0.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=159;WE=112257916;WS=112257898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	112312676	rs33555	T	C	13172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=147;PP=2965;SC=CCTGGACGATTTCTGCAGGTA;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=113;TCR=148;TR=260;WE=112312684;WS=112312666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr5	112312736	rs33554	G	C	6666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=95;PP=2624;ReadPosRankSum=1.481;SC=TCAGTTTCGCGGACCCCCAGA;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=156;TCF=60;TCR=96;TR=155;WE=112312744;WS=112312726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
chr5	112328267	rs3733968	C	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=558;SC=AAATTATTGGCGATAACAGTT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=112328275;WS=112328257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	112328377	rs3733969	A	G	3785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=36;PP=1179;SC=AGGTACTACTAGTTCAGGGGT;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=69;WE=112328385;WS=112328367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	112343544	rs2052484	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=6;PP=592;SC=TAAAAACTTGGTTCAACCAGC;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=112343552;WS=112343534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	112346432	rs61417979	GTT	G	518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr5	112349070	rs9326869	T	C	5687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=59;PP=2077;SC=TAGAACATGCTGAGGGACAGC;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=71;TCR=61;TR=128;WE=112349078;WS=112349060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr5	112379083	rs4627978	A	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=14;PP=821;SC=TGGCACCAACAGGCCTTCTCC;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=112379103;WS=112379073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	112379095	rs4277906	T	C	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=18;PP=942;SC=GCCTTCTCCATTTCTGGCTTC;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=112379103;WS=112379073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	112379289	rs2227948	G	A	6858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=68;PP=2652;SC=TCCTGAGTTCGGCTAGGGACA;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=142;WE=112379297;WS=112379279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	112379434	rs4705755	T	A	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=51;PP=1542;SC=GGCAGCAGTGTGGGCACCGGG;SOR=1.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=74;WE=112379442;WS=112379424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	112384802	rs6594664	G	A	3749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=33;PP=1526;SC=TGCCAGGTTTGTCTTTGCTGC;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=112384810;WS=112384792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	112385004	rs7726296	CA	GC	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=44;PP=2947;SC=CTCCTACAGACAAAGGAGCAC;SOR=0.848;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=74;WE=112385013;WS=112384994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	112385035	rs7708603	T	G	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	112389747	rs4705536	C	G	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=25;PP=684;SC=TCCACATTCCCTCTCCCCAGT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=41;WE=112389755;WS=112389737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	112399791	rs2227947	G	A	4663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=50;PP=2222;SC=CCTTGGCAGCGTTCTCAGCTG;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=117;WE=112399799;WS=112399781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	112406718	rs4705771	A	G	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	112439941	rs6594681	T	C	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=30;PP=1352;SC=CTCAATGTGCTTGTCCACCTC;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=70;WE=112439949;WS=112439931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	112479004	rs2227949	T	C	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=59;PP=1718;SC=CATAGCGAAGTGTCGTTCGCT;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=116;WE=112479012;WS=112478994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	112487137	rs1947026	A	C	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=66;PP=1608;SC=GACAGAAAGGAGGAGATTAGA;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=97;WE=112487145;WS=112487127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	112720648	rs17327526	C	A	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=16;PP=1302;SC=ATAAAACTGCCACCTGGTTAT;SOR=1.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=62;WE=112720656;WS=112720638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	112823998	rs348943	C	T	9576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=24.94;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr5	112824039	rs348942	T	C	7209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.251;NF=86;NR=85;PP=2804;ReadPosRankSum=0.878;SC=CTGCTGCTGCTGCTGCCGCTG;SOR=0.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=88;TCR=86;TR=171;WE=112824056;WS=112824029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,285:1.00:286
chr5	112824048	.	T	TGCC	4066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.74;MQRankSum=0.831;NF=9;NR=71;PP=2988;ReadPosRankSum=0.835;SC=CTGCTGCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=1.186;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=12;TCR=91;TR=80;WE=112824056;WS=112824029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,166:0.97:172
chr5	112862492	rs192586306	T	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.83;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	112888854	.	CTTT	C,CTT	475.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,12,14:0.39,0.45:31
chr5	113698544	rs40179	G	C	10021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=107;PP=2965;SC=GCCGGAACCTGCACGAGATGG;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=115;TCR=108;TR=222;WE=113698552;WS=113698534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr5	113698631	rs111266015	T	TGCC	4387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.467;NF=15;NR=83;PP=2739;ReadPosRankSum=0.234;SC=CTGCAGCCGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.942;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=124;TCF=29;TCR=95;TR=98;WE=113698643;WS=113698618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,193:0.94:206
chr5	113798960	rs188470933	A	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=24;PP=635;SC=GTCCACGTGCATAAGTAATTG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=113798968;WS=113798950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	113822197	rs72801872	G	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	113822205	rs12719181	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.34;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	113829121	rs1841251	A	G	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=57;PP=2106;SC=TAAAAATGGAACAGAGGAAAC;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=113829129;WS=113829111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	114462355	rs2974617	C	T	6563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=89;PP=2965;SC=TCATAGAAATCTACTTTGCCT;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=77;TCR=90;TR=165;WE=114462363;WS=114462345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr5	114462589	rs2921623	A	C	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=66;PP=1873;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TATCTTCAACAATAGATCTAA;SOR=1.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=97;WE=114462597;WS=114462579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr5	114462630	rs2974528	T	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=50;PP=1403;SC=CAGGATAATATACATTGATGT;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=64;WE=114462638;WS=114462620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	114515588	rs2278695	A	G	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=6;PP=1167;SC=AGGCGCTGGAATGGACACGGA;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=41;TCR=6;TR=47;WE=114515596;WS=114515578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	114557727	rs265428	C	T	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=19;PP=616;SC=AACCACACAACGTTTTAAACT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=114557735;WS=114557717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	114605498	.	T	TA	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.451;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr5	114611356	rs267295	A	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=514;SC=ATTAACCCTTAATTTTCCATC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=114611364;WS=114611346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	114632423	rs3111171	C	T	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	115176589	rs26536	A	G	3839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=43;PP=1681;SC=TTCATTCTGCATAAGAATTTG;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=102;WE=115176597;WS=115176579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	115177668	rs144226661	G	GAGGC	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=2.093;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,10:0.14:71
chr5	115188660	rs152368	A	G	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=21;PP=784;SC=GTGACCATATATTCTCATTTC;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=115188668;WS=115188650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	115298232	rs9326980	G	C	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=35;PP=1323;SC=GGCAGGGGTCGCAGCACTGAA;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=65;WE=115298240;WS=115298222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	115298378	rs10062297	C	T	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=38;PP=1627;SC=GCTGGCTGGGCTGGTAGCCGC;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=87;WE=115298386;WS=115298368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	115298475	rs12520255	T	C	5297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=52;PP=2056;SC=CTCAGGGACTTGGAAGCCGAG;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=117;WE=115298483;WS=115298465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr5	115298518	rs12522632	A	G	7331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=66;PP=2729;SC=AGCCGACGCCAACCCCGAAAC;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=149;WE=115298526;WS=115298508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr5	115298977	rs1445708	C	T	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	115338704	rs1346479	T	C	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=1;PP=22;SC=AGCCATTTCATTTCAAACTAA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=115338712;WS=115338694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	115338732	rs1560080	G	A	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	115339086	rs6594929	A	G	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=174;SC=AGGTAAGGTTACTTTTGATAC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=115339094;WS=115339076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	115341611	rs10078748	G	T	5824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=60;PP=2292;SC=TTCTGCAGGCGATTCCTGTTA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=122;WE=115341619;WS=115341601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr5	115341638	rs10078759	G	C	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=62;PP=2161;SC=GACTGCAGTTGATTGATGATG;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=112;WE=115341658;WS=115341628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	115346632	rs75884633	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=15;PP=366;SC=AATAAATCCTCTCTTCTTCTT;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=115346640;WS=115346622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	115351150	rs10214076	T	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=11;PP=381;SC=AAAGTTTCTGTTATAGGAATT;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=115351158;WS=115351140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	115351241	rs17138668	C	A	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=833;SC=TACCTTAGAACCATGGGATTT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=115351249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	115351498	rs17485148	C	T	5299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=84;PP=2650;SC=TTCATTTAGGCCACTGGTTTG;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=44;TCR=84;TR=128;WE=115351506;WS=115351488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr5	115387421	rs1541801	A	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=397;SC=CCCACTGCTCACTGCGGGCTG;SOR=4.294;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=115387429;WS=115387411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	115389626	rs954763	A	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=471;SC=TTTATGGTGAAAGTTACAGAA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=115389634;WS=115389616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	115389946	rs2662472	A	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.25;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	115394357	rs6860908	T	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=263;SC=TGATTGTACATTAATTTATTC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=115394365;WS=115394352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	115394396	rs6880121	C	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=4;PP=460;SC=GCACTGTCATCTTAATGTCAT;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=115394404;WS=115394386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	115394626	rs6880759	G	A	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=44;PP=1397;SC=GCACGCTGCCGTTTAATGTTC;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=115394634;WS=115394616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	115426746	rs10065554	T	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=4;PP=225;SC=GAATATGTGCTAATATAATAG;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=115426754;WS=115426736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	115428334	rs1129494	G	T	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=71;PP=2601;SC=TTGTCAATACGTGGTCTTCTA;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=146;WE=115428342;WS=115428324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr5	115428439	rs6894046	T	A	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=51;PP=1569;SC=CAATAACATATGGCATAAATT;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=115428447;WS=115428429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	115469773	rs1129496	C	T	8671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=85;PP=2965;SC=AGCTAGAGACCGTTGGATGGC;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=85;TCR=86;TR=170;WE=115469781;WS=115469763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr5	115628120	rs11337562	CT	C	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,28:0.29:96
chr5	115803578	rs10551961	AGTG	A	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=3.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=2.373;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.810;SOR=0.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,14:0.10:141
chr5	115813726	rs34966	A	G	9268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=93;PP=2965;SC=CACTTCCCATATCGTTCACAC;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=115;TCR=93;TR=207;WE=115813734;WS=115813716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr5	115814496	rs40102	C	G	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=65;PP=2023;SC=ACAGCTGCGACATAGCCTTCT;SOR=1.650;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=88;WE=115814504;WS=115814486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	115827356	rs154599	C	T	3971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=40;PP=1986;SC=TGTGACTCCACGAATCCTCTA;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=103;WE=115827364;WS=115827346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	115827407	rs154600	G	A	6163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=68;PP=2540;SC=GCAAAAGCAAGTGCAACGAGG;SOR=0.806;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=79;TCR=68;TR=147;WE=115827415;WS=115827397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr5	115831092	rs32972	C	T	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=44;PP=1645;SC=TGGTTCCAACCGACAAATAGC;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=88;WE=115831100;WS=115831082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	115831305	rs32973	G	A	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=150;SC=TAAGGTTAAAGTGGAGGTGGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=115831313;WS=115831295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	115837772	rs154466	G	A	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=16;PP=914;SC=TGCTTGATAAGTTAAAGGAGG;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=115837780;WS=115837762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	115837789	rs6885854	G	T	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=18;PP=1066;SC=GAGGCTTTAAGTTAAATAACA;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=115837797;WS=115837779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	115838117	rs54100	C	G	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=192;SC=ACAAAAGAAACCCGTGTTTAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=115838125;WS=115838107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	117329051	rs5870786	T	TAGAC,TAGACAC	7247.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=2,2;NR=67,67;PP=2410,239;SC=ATATTATATATACACACACAC;SOR=1.238;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=70;TCF=2;TCR=68;TR=69,69;WE=117329059;WS=117329041;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.11,0.89:162
chr5	117896563	.	T	TATAG	93	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=93;QD=59.0;SC=TAGATACATATATAATCTATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=117896571;WS=117896553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	117896625	.	GTA	G	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=112;ReadPosRankSum=0.464;SC=ATATGTGTGTGTATATATATA;SOR=0.368;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=3;WE=117896634;WS=117896615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr5	117938632	.	CACACAT	C	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.123;NF=11;NR=9;PP=899;ReadPosRankSum=1.364;SC=CACACACACACACACATATAT;SOR=0.481;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=20;WE=117938645;WS=117938622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr5	118500981	rs11301800	TA	T	95.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-1.483;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr5	118556350	rs2271059	C	T	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=33;PP=923;SC=ATTTACTGAACTAAAACTTTC;SOR=1.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=118556358;WS=118556340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	118576096	rs377456338	CT	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr5	118669304	rs56329027	C	T	3920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=49;PP=1708;SC=TGATTGCACACGGGGAGAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=98;WE=118669312;WS=118669294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	118690998	rs3813309	A	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=13;PP=657;SC=AACTGCAGCAATGAGTGCCCG;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=118691006;WS=118690988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	118691121	rs73237297	G	T	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=36;PP=1168;SC=TTCTTCAAAAGGCCCCGCTCT;SOR=0.755;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=71;WE=118691129;WS=118691111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	118691737	rs3797340	C	G	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=17;PP=670;SC=GCGGCTCGTCCGAGTACATGT;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=118691745;WS=118691727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	118691784	rs3797341	T	C	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=26;PP=819;SC=TATCCTGACATTATGCACTCC;SOR=0.815;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=47;WE=118691792;WS=118691774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	118691832	rs3797342	C	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=20;PP=561;SC=ATTCTGGTTTCTCCTGGGGGC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=118691840;WS=118691822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	118691888	rs3797343	A	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=297;SC=GTGGTAGAAGAGGATGGGAGT;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=118691896;WS=118691878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	118691929	rs6595185	A	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=98;SC=CTTTGTCCGCATGCCCTGCGC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=118691937;WS=118691919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	118727224	rs3733855	A	G	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=29;PP=835;SC=GGAGGCTGAGATGGGCAGATC;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=118727232;WS=118727214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	118728495	.	CT	C	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.571;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,32:0.26:121
chr5	118728953	rs3203922	G	C	11899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=113;NR=174;PP=2965;SC=TTAATAATGTGTTTGATCATT;SOR=0.997;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=291;TCF=113;TCR=178;TR=287;WE=118728961;WS=118728943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr5	118809533	rs10601221	CCA	C	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,12:0.17:69
chr5	118965609	rs2431372	C	A	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=36;PP=1054;SC=TTTTTTGAGACGGAGTCTCGC;SOR=1.903;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=46;WE=118965631;WS=118965599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	118965623	rs2434599	A	G	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=29;PP=771;SC=GTCTCGCTCTATCGCCCAGGC;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=118965631;WS=118965599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	118968423	rs328698	T	G	5394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=52;PP=2344;SC=ATATCTCTGTTCCCTTCATAC;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=122;WE=118968431;WS=118968413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	118969594	rs2431369	C	G	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	118969960	rs328694	C	T	8226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=104;NR=79;PP=2965;SC=AGGTACTCCCCCCTCTGATGT;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=105;TCR=80;TR=183;WE=118969968;WS=118969950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr5	118970770	rs2434600	C	T	6716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=85;PP=2932;SC=GTGTGGCCTTCTCTTGCAAGA;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=151;WE=118970778;WS=118970760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr5	118971454	rs149919564	A	T	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=32;PP=895;SC=GAAGCAGATGAGGGACCAGCA;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=52;WE=118971462;WS=118971444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	120021819	rs1158194	G	A	8726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=92;PP=2965;SC=CAGCACACCCGTCTGCTATCC;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=204;WE=120021827;WS=120021809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr5	121330223	rs6595336	C	T	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=413;SC=TCTTAAGATACGGAAAGGAAC;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=121330231;WS=121330213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	121406076	rs3835066	G	GT	250.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=323;SC=TTTATAAATAGTTTGAGGATG;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=121406084;WS=121406070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	121488506	rs35262183	C	G	16456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.146;SC=AATGCACAGTCCAGCCAAGCG;SOR=0.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=394;TCF=198;TCR=196;TR=392;WE=121488514;WS=121488496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,619:1.00:620
chr5	121726714	rs1946649	G	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=7;PP=737;SC=TTGTTTAAATGTAGACATTAT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=121726722;WS=121726704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	122131082	rs2161391	A	G	7185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=132;PP=2965;SC=TTTGCAGGTAATTGTCATGTA;SOR=1.195;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=211;TCF=79;TCR=132;TR=207;WE=122131090;WS=122131072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr5	122137708	rs965821	A	G	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=19;PP=772;SC=TCATACATCAATATAGTATTA;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=122137716;WS=122137698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	122152520	rs148883473	A	AG	780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=0;PP=833;SC=TGTGGGGGGGAGGGGGGAGGA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=25;WE=122152528;WS=122152510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	122161638	rs3213794	A	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=233;SC=ATTAGAATAGAACTTAAATAC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=122161646;WS=122161628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	122161961	rs3217227	A	AT	161.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=219;SC=ATTTTTCATAATTTTTTGTAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=122161969;WS=122161951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	122165209	rs6885464	T	G	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=11;PP=1098;SC=TTATGTAGATTTTTTTTTAAT;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=122165217;WS=122165199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	122165470	rs56262450	TACACAC	T,TACAC	641.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.433;QD=24.68;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,5,19:0.19,0.73:26
chr5	122189640	rs7713253	C	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=658;ReadPosRankSum=-0.766;SC=TTTAAGAATTCTTAAAAAACT;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=29;WE=122189648;WS=122189630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr5	122267456	rs246314	C	T	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=113;SC=ATAGAACCCCCGTCTGTATTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=122267464;WS=122267446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	122272641	rs30042	A	G	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=30;PP=936;SC=CTTTTATCATAAAGTAAATTT;SOR=2.200;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=39;WE=122272649;WS=122272631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	122281709	rs5871017	G	GT	479.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.386;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.48;ReadPosRankSum=-1.388;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,27:0.87:31
chr5	122301079	rs30055	T	G	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=28;PP=991;SC=GTTTAAAGAGTCAGGGACTTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=122301087;WS=122301069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	122359502	rs70988555	A	AAC	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.029;QD=13.39;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr5	122359839	rs144851383	G	GAC	908.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=483;SC=TGACTACTAAGCGTTTTTTAT;SOR=2.200;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=122359854;WS=122359829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	122359840	rs374638812	CGTTTTTT	C	907.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=593;SC=GACTACTAAGCGTTTTTTATG;SOR=2.200;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=122359854;WS=122359829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	122372402	rs28373879	G	C	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=42;PP=1188;SC=TGACGGGACTGCCGGCCGGCT;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=122372410;WS=122372392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	122425578	rs62375306	C	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=2;PP=546;SC=GCCGCGGAACCGGGCGGCCGC;SOR=3.690;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=25;WE=122425586;WS=122425570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	122425832	rs13182369	G	T	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=70;PP=2167;SC=GCGGCGCCGCGGGTCTCCTGA;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=127;WE=122425840;WS=122425822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr5	122425971	rs199942027	A	ACCTCCGCCT	1168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=8;PP=2984;SC=TTCCTCTTCCACCTCCGCCTC;SOR=1.022;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=9;WE=122425979;WS=122425961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	122426334	rs72373561	GGGCGCC	G	2378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=1181;SC=CTCTCTCCCGGGGCGCCGGCG;SOR=0.796;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=17;WE=122426354;WS=122426324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	122426346	.	C	T	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=40.44;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	122682154	rs2303719	T	G	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=8;PP=1441;SC=ACTTTTGAGGTTTTTACAAAG;SOR=2.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=59;WE=122682162;WS=122682144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	122682348	rs1047438	A	G	14727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=199;NR=193;PP=2965;SC=TCAAATAATCATCCAAACCTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=394;TCF=201;TCR=193;TR=392;WE=122682356;WS=122682338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,576:1.00:576
chr5	122685801	rs485847	G	A	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=62;PP=1838;SC=GAAACAAAGAGACAAGTCATA;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=97;WE=122685809;WS=122685791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	122685906	rs35423173	CT	C	282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=231;SC=ACTGCCAATTCTTTTTTTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=122685914;WS=122685896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	122713989	rs79535450	C	T	6021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr5	122714134	.	TA	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=3.198;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr5	122718341	rs56006955	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=4;PP=395;SC=AAGGTACCTACAGAACATAGA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=122718349;WS=122718331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	122726783	rs17408604	T	C	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=12;PP=816;SC=GCCAGGGGAATGAAGGAGGGC;SOR=1.121;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=42;WE=122726791;WS=122726773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	122729230	rs17408694	T	A	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=36;PP=1037;SC=TATTACTTTCTAAACTACTGA;SOR=3.417;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=41;WE=122729238;WS=122729220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	122751561	.	CA	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr5	122909345	rs7712330	G	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=233;SC=AGCGTTTGACGTAATACAAAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=122909353;WS=122909335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	123966143	rs375097374	AGTGTGTGTGT	AGT,A	936.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=2,2;NR=18,18;PP=155,811;SC=TGAAGAGCAGAGTGTGTGTGT;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=20,20;WE=123966162;WS=123966133;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:23
chr5	123973735	rs12655148	C	G	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=48;PP=1339;SC=CCTCTGCCTCCTGGGTTCAAG;SOR=2.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=62;WE=123973743;WS=123973725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	123974608	rs4371750	T	C	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=25;PP=884;SC=TCTAAAAAACTAATCAGTTAA;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=123974616;WS=123974598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	123974673	rs62370761	T	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=513;SC=AAGTTGCATGTGAAGCAACTT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=123974681;WS=123974663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	123983915	rs6862252	G	T	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=43;PP=1829;SC=TTTGCAGTTGGTAGCTTTTTT;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=123983923;WS=123983905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr5	123984763	rs7708070	C	T	9906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=117;PP=2965;SC=CAGCAGACCTCGCTCTCTTCC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=95;TCR=118;TR=210;WE=123984771;WS=123984753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr5	123985484	rs11422549	C	CA	752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=640;SC=TTTTTGCCAGCAAGTTCTATT;SOR=1.893;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=16;WE=123985492;WS=123985460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	125696140	rs11241887	G	A	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=49;PP=1544;SC=CAGTGGGTCCGGACCTGGAAC;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=68;WE=125696148;WS=125696130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	125820276	.	C	CT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.637;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr5	125828803	rs4358517	A	G	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=502;SC=CAGGAAAGTGAGGAGGGAAAT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=125828811;WS=125828793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	125885803	rs1038380	T	G	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=4;PP=152;SC=ACTGAAAAACTGATTTTAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=125885811;WS=125885793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	125887856	rs2306619	A	G	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	125890269	rs57637772	G	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=104;SC=GAGGACATACGTGATCTCCAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=125890277;WS=125890259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	125895126	.	G	GT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.399;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr5	125896918	rs4836276	C	A	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=194;SC=ATAGCCTGTCCAATTATTTTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=125896926;WS=125896908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	125929000	rs375060692	AAC	A	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=3;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.722;NF=3;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ATTTGAATTAAACACACACAC;SOR=0.275;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=4;WE=125929009;WS=125928990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr5	125930970	.	A	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=65;PP=2517;SC=GGGAGAACCCATTGGGCAGAC;SOR=5.549;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=1;TCR=65;TR=66;WE=125930978;WS=125930960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	125944219	rs112502491	G	GTGTTTT	2008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=44.64;SOR=2.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	126156531	.	G	GT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=0.054;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr5	126206303	rs34150806	C	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	126250459	.	A	AACAC,AACACAC	1549.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.390;QD=40.78;ReadPosRankSum=-0.082;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,15,20:0.39,0.53:38
chr5	126253538	rs36120055	CT	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.518;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr5	126387694	rs2240800	A	G	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=56;PP=1893;SC=TGATGTAACAACTGCAGTGAT;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=95;WE=126387702;WS=126387684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	126746277	rs31483	C	T	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=31;PP=929;SC=TCCCTGCCACCTGGAAAACAC;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=126746285;WS=126746267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	126859406	rs31187	G	A	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=153;SC=AAAGGAAATAGCCTTTTTAAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=126859414;WS=126859396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	126869270	rs233039	T	G	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=6;PP=492;SC=TATGAGAATTTCATTATTTTA;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=126869278;WS=126869260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	126887569	rs7522	G	A	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=40;PP=1219;SC=GAGCGATAGCGGGCATGTATA;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=126887577;WS=126887559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	126889370	rs435795	C	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=341;SC=ATAAGGAAATCTTACAGATTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=126889378;WS=126889360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	126889640	rs418657	A	G	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=49;PP=1467;SC=TGGAAGAGAGAAATACATGAA;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=68;WE=126889648;WS=126889630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	127469859	rs2228112	A	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=7;PP=339;SC=TTTTCTAGGAACATTCCATAC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=127469867;WS=127469849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	127477418	rs3805607	T	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=5;PP=797;SC=GGAGTAGATATGTAGTCACTA;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=127477426;WS=127477408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	127485599	rs2617618	C	T	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=8;PP=546;SC=TGGGGTGTTACGTTGTTATCT;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=127485607;WS=127485589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	127493679	rs17164310	A	G	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=11;PP=1090;SC=TAGGGAAACAACTTAAAATCT;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=49;WE=127493687;WS=127493669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	127507316	rs3214907	A	AT	453.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=1.882;HP=10;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=196;ReadPosRankSum=-0.409;SC=AATTTTTGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.438;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=17;WE=127507324;WS=127507306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr5	127512873	rs1559263	A	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	127514436	rs17764954	A	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=21;PP=606;SC=TTGTGAGAATAGTAAGAAATG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=127514444;WS=127514426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	127522153	rs11382084	G	GT,GTT	1053.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.603;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.152;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,41,15:0.63,0.23:65
chr5	127613791	rs426987	C	G	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	127614472	rs190450	A	G	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=66;PP=2279;SC=GATTGCGACTACTGGATGCCA;SOR=1.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=110;WE=127614480;WS=127614462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr5	127622983	rs2042327	C	T	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=43;PP=1773;SC=GAACTACTCCCGAGTCTGAGG;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=101;WE=127622991;WS=127622973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	127640783	rs27713	G	A	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.488;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=55;PP=1255;ReadPosRankSum=-0.015;SC=ATCTAAAACAGAAAAAAATAA;SOR=0.358;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=87;WE=127640791;WS=127640771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,122:0.94:130
chr5	127640861	rs27855	A	G	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=27;PP=741;SC=CTAATCTGCTATTAATTATTA;SOR=4.407;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=28;WE=127640869;WS=127640851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	127648188	rs461146	G	A	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=8;PP=714;SC=GTTTCAGAGTGATCACTGAAA;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=127648196;WS=127648178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	127671924	rs32221	A	G	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=36;PP=1151;SC=GAGGAAGTAAAATGTTCTCCT;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=127671932;WS=127671914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	127685135	rs154001	C	T	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=37;PP=1244;SC=TTTGGACAAACGCCAGGGAAC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=127685143;WS=127685125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	128359247	rs31271	T	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.18;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	128363836	rs2438187	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	128430757	rs1127827	T	C	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=45;PP=1300;SC=CCTCGTGCCGTTGCAGATCCA;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=54;WE=128430765;WS=128430747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	128441119	rs2287751	T	C	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=41;PP=1164;SC=ACAATATTATTTATAGAAAAC;SOR=1.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=128441127;WS=128441109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	128732672	rs13171514	A	G	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	128863471	rs6595908	A	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=16;PP=482;SC=CAAGAGTCTGAGTGTGCAGGT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=128863479;WS=128863461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	128990138	.	C	CA	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,25:0.14:175
chr5	129015452	rs30645	T	C	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=18;PP=817;SC=TGAACCTCTTTATAGCTCTCC;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=129015460;WS=129015442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	129015668	rs246443	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=20;PP=580;SC=TGGCAAGGAATATTCCCAGTG;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=129015676;WS=129015658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	129040056	rs11749126	A	T	3736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.348;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=50;PP=1609;ReadPosRankSum=0.905;SC=TCAAAATGCTATGTGTGGCGA;SOR=0.491;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=86;WE=129040064;WS=129040046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr5	129072943	rs1465686	G	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=32;PP=876;SC=CACAGCTCTTGGCAATTACAT;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=129072951;WS=129072933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	129100819	rs35674869	AC	A	812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=397;SC=AACATTTGAAACCCCCCCCAC;SOR=1.460;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=129100827;WS=129100809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	129240972	rs33917	G	C	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=26;PP=1283;SC=ACGGCCGGCCGGGGAGTAGCC;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=129240980;WS=129240962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	129244122	rs32234	C	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=413;SC=TCTAGGGCAGCGATTCTATTC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=129244141;WS=129244112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	129244133	rs2431206	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=14;PP=368;SC=GATTCTATTCATTCTCTCTGT;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=129244141;WS=129244112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	129519874	rs10066410	G	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=384;SC=TTTCTTTTTAGATAAATCTTT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=129519882;WS=129519864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	129521126	rs2015018	A	G	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=70;PP=2885;SC=CCCACTGATGATTACTTCATA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=139;WE=129521134;WS=129521116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr5	130498011	rs58181774	C	CA	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr5	130766662	rs1291602	T	C	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=77;PP=2851;SC=CAATACTCTCTGTTTAACTGT;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=82;TCR=77;TR=159;WE=130766670;WS=130766652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr5	130808198	rs31241	T	C	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=21;PP=1322;SC=CAAGTAACTCTAGCACTTGCT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=63;WE=130808206;WS=130808188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	130831365	rs40400	T	C	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=39;PP=1211;SC=TGTGGAAACATAAAAGAGGCA;SOR=1.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=130831373;WS=130831355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	130867733	rs1029472	G	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.49;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	130982768	rs26006	A	G	8420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr5	131006082	rs27450	A	G	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=7;PP=674;SC=GACCAAAAATATAAGGCAATT;SOR=2.147;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=33;WE=131006090;WS=131006072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	131006356	rs26007	T	A	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	131008194	rs26008	T	C	10024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=145;PP=2965;SC=AGAAATCATCTGGCACTCATC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=262;TCF=117;TCR=145;TR=261;WE=131008202;WS=131008184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr5	131066577	rs7729787	A	C	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.174;SC=TGAATAAATAAATGACATCAA;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=65;WE=131066585;WS=131066567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr5	131066725	rs7730228	C	A	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=49;PP=1626;SC=GCATCACTGCCGAGTTTCTGA;SOR=0.912;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=82;WE=131066733;WS=131066715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	131312238	rs11743803	A	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.259;HP=12;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=9;PP=527;ReadPosRankSum=2.154;SC=TTATATCAAGAAAAAAAAAAA;SOR=2.253;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=56;WE=131312246;WS=131312226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,77:0.92:84
chr5	131312327	rs370652	G	T	8767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=94;PP=2965;SC=CAACAGTAATGCTACTTTATT;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=98;TCR=96;TR=192;WE=131312335;WS=131312317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr5	131321159	rs11740791	G	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=644;SC=GGGCTGCAGGGGTGAGAAGAG;SOR=1.562;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=131321167;WS=131321149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	131322494	rs77938	C	T	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=23;PP=828;SC=TCAATAAAGACCTGCAGGTGA;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=43;WE=131322502;WS=131322484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	131322666	rs67212057	CCACACACTCACA	C	359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=1715;SC=ACACACATACCCACACACTCA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=131322685;WS=131322656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	131324119	rs71970	T	G	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=34;PP=2109;SC=CAGAAGGCCATGGAACCTCCT;SOR=1.570;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=106;WE=131324127;WS=131324109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	131324250	rs3043838	C	CTG	13506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=92;PP=2969;SC=GGGCTGTACCCTGTGTGGAGG;SOR=0.829;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=139;TCF=26;TCR=113;TR=116;WE=131324258;WS=131324240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr5	131325888	rs422130	A	G	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=33;PP=1228;SC=CTTGTGTCAGAGAGGGGTCAG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=131325896;WS=131325878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	131326522	rs5871439	AC	A	4569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;MQRankSum=0.185;QD=27.36;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,164:0.98:167
chr5	131330054	rs253944	C	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=268;SC=GGCAGGCCCTCGGGGAGTTGG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=131330062;WS=131330044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	131347520	rs4705908	G	A	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=13;PP=971;SC=TGACCGCGGTGTCGGAACCGC;SOR=1.893;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=46;WE=131347528;WS=131347510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	131534499	rs3749756	C	T	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=12;PP=601;SC=GGCTGAAATGCTCCTAGAAGC;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=36;WE=131534507;WS=131534489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	131546280	rs154483	A	G	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=57;PP=1695;SC=AGAGATTCCCACTTCAAGGAA;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=72;WE=131546288;WS=131546270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	131553340	rs2301579	C	A	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=5;PP=391;SC=CCCCACATCACCCTCTCAAAG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=131553348;WS=131553330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	131553428	rs3214098	T	TA	3595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=23;PP=2149;SC=CTAAGGATGGTTGGGGACTTA;SOR=1.434;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=131553436;WS=131553418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	131553665	rs154485	A	G	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=543;SC=CAGCTCTCTGAGGATTATGGG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=131553673;WS=131553655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	131593336	rs70974026	C	CG	615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.41;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	131593363	.	GGCT	G	1822.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.71;QD=44.46;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	131593373	.	GCGGCGGCTC	G	1913.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.93;QD=42.53;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	131602166	rs1007602	T	C	7541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=93;PP=2965;SC=GGCCTGAGGGTAGGAGCTGGC;SOR=0.849;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=165;WE=131602174;WS=131602156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr5	131607300	rs55722650	C	T	25761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=1004;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=289;NR=265;PP=2965;SC=TTGCTACAACCTTGCTACGCC;SOR=0.741;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=559;TCF=294;TCR=265;TR=554;WE=131607308;WS=131607290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,983:1.00:983
chr5	131607402	rs10479000	T	C	25524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=986;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=277;NR=291;PP=2965;SC=CGATGGCCCGTCTGGCGCCCA;SOR=0.960;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=568;TCF=277;TCR=291;TR=568;WE=131607410;WS=131607392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,967:1.00:967
chr5	131630852	rs35260072	A	C	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=32;PP=1588;SC=TGTGCACCCCAAGAAAGAATA;SOR=0.825;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=71;WE=131630860;WS=131630842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	131649186	rs270607	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=437;SC=GATGTGACAGAGAAAAAAGTC;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=131649194;WS=131649176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	131658085	rs270600	T	C	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=44;PP=1330;SC=CCCTCTGCTGTGGGTCAGCAC;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=131658093;WS=131658075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	131660119	rs273915	G	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=175;SC=CCTGCTCACTGTGCCCTAAGG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=131660127;WS=131660109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	131660431	rs273914	A	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=104;SC=TCAGTATGAGACAAGCTCTCC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=131660439;WS=131660421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	131663062	rs272893	T	C	6225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr5	131670546	rs272879	C	G	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=45;PP=1419;SC=TATTGCGAACCCTGCCCAGGC;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=131670554;WS=131670536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	131671769	rs272878	T	C	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	131676320	rs1050152	C	T	6533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=75;PP=2475;SC=GATTGGAATCCTCACCCTTTT;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=132;WE=131676328;WS=131676310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr5	131701279	rs367805	T	C	4144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	131701358	.	CT	C	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.397;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr5	131719999	rs4551059	A	G	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=57;PP=1826;SC=CCTGGGTATGACCATCAGGTT;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=95;WE=131720007;WS=131719989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	131730052	rs60522531	CA	C	3179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=57;PP=2330;SC=CCTTCAGTGACAAAAGGCCTT;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=4;TCR=61;TR=61;WE=131730060;WS=131730042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	131755477	rs4451042	G	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=3;PP=210;SC=CGGATGATTGGGGCCGTTGCT;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=131755485;WS=131755467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	131792639	rs3214157	A	AT	1973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.468;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=960;ReadPosRankSum=2.495;SC=ACCTGTAGGGATTTTTTTTTA;SOR=1.295;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=45;WE=131792647;WS=131792629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,91:0.95:96
chr5	131796498	rs2522048	T	C	8613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=110;PP=2965;SC=AACAAAACCATCAGCCCTGCT;SOR=0.860;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=85;TCR=111;TR=195;WE=131796506;WS=131796488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr5	131796573	rs2522049	T	C	4595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=91;PP=2262;SC=CCTGTAATGGTGGTTGTGAGG;SOR=1.623;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=32;TCR=91;TR=122;WE=131796581;WS=131796563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	131821520	rs142244361	G	GAC	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=237;ReadPosRankSum=1.083;SC=CTGTCTCTCTGACACACACAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=131821528;WS=131821510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr5	131892357	rs2706335	C	T	6794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=64;PP=2531;SC=AGTTTTGACACGAACTGACCC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=141;WE=131892365;WS=131892347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr5	131892979	rs4526098	G	A	4600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=46;PP=2487;SC=GCCTTTGTGGGCTCCAGGTCC;SOR=1.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=86;TCR=46;TR=132;WE=131892987;WS=131892969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr5	131995843	rs1295686	T	C	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=20;PP=1441;SC=GTTCTACTCATGTGCTGACCT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=77;WE=131995851;WS=131995833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	131995964	rs20541	A	G	7906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=108;PP=2965;SC=CGCGAGGGACAGTTCAACTGA;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=198;TCF=90;TCR=108;TR=198;WE=131995972;WS=131995954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr5	132036252	rs1468216	T	C	9159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=89;PP=2946;SC=TACTGGACCATGTTCCTCCCC;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=105;TCR=90;TR=194;WE=132036260;WS=132036242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr5	132036489	rs1468215	A	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=360;SC=TGAGTAATAAAAGTCTCAAAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=132036497;WS=132036479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	132038199	rs3213639	C	T	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=24;PP=1738;SC=AAAGAACTCCCTTTTAAAAAA;SOR=1.467;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=86;WE=132038207;WS=132038189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	132039132	rs2285700	C	A	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	132046789	rs11740584	G	C	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=102;PP=2965;SC=TATCCTGTACGAAGTCATTAG;SOR=1.432;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=153;TCF=51;TCR=102;TR=150;WE=132046797;WS=132046779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	132056147	rs2074529	C	A	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=27;PP=2018;SC=TTTCATTCATCTATGCTCTCT;SOR=2.079;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=76;TCR=27;TR=102;WE=132056155;WS=132056137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	132070242	rs7732520	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	132098242	rs30510	A	G	8007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=83;PP=2821;SC=TCTGGACCCCATTGCTGACCA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=85;TCR=85;TR=168;WE=132098250;WS=132098232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr5	132149322	.	G	GGCCGCCGCC,GGCCGCC	1092.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.42;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=11,11;NR=2,2;PP=486,42;SC=CCATGGCGCTGGCCGCCGCCG;SOR=1.721;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=13,13;WE=132149330;WS=132149312;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:21
chr5	132149684	rs40274	G	C	4543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=49;PP=2445;SC=CCCTTGGTCCGGGTGCCGCGG;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=119;WE=132149692;WS=132149674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	132150024	rs4266393	C	G	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=422;SC=CGGAGGAGCCCGGCCTGCGCC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=132150032;WS=132150014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	132150132	rs115553646	C	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=4;PP=126;SC=TGGGCCCGGGCCGCTCCCCGC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=132150140;WS=132150122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	132150948	rs40470	T	G	6934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=1.427;SC=TGCCCAGTTTTCCTCCAACAA;SOR=0.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=66;TCR=86;TR=150;WE=132150956;WS=132150938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,264:1.00:265
chr5	132198100	rs10491279	C	T	9146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=124;PP=2965;SC=AAGACTTTGGCTCCTTTATCA;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=111;TCR=126;TR=235;WE=132198108;WS=132198090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr5	132198287	rs254285	C	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=29;PP=832;SC=GCTTGAAAATCAGTCAACACA;SOR=6.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=132198295;WS=132198277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	132220748	rs45441396	C	T	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	132220941	rs142786008	CGTGT	C	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=3;PP=188;SC=CACCAAAATACGTGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=132220952;WS=132220931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	132227677	rs6596093	A	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=9;PP=603;SC=CTGACTTACCACCTTCACAGT;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=132227685;WS=132227667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	132228133	rs11739417	A	G	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=32;PP=876;SC=TTCTCCACACAGTAATACAGG;SOR=2.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=132228141;WS=132228123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	132234152	rs34099243	C	CG	336.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=427;SC=ACATCCAAATCGACAACCAAC;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=132234160;WS=132234142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	132239920	.	G	GA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.704;QD=1.24;ReadPosRankSum=1.729;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr5	132270663	rs10039125	T	A	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=33;PP=956;SC=AATAAAATTATAAAATGAGCA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=132270671;WS=132270653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	132273031	rs2288387	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=225;SC=AGCTGGGTTTTGGTAATGGTT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=132273039;WS=132273021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	132334252	rs3087646	A	G	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TCAGTCCATCAGTCCAATATG;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=132334260;WS=132334242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,150:0.99:152
chr5	132335951	rs2059783	A	G	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr5	132362336	.	A	AG	827	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=26;MQ=60.37;NF=2;NR=12;PP=827;QD=61.5;SC=CAGGCTTCTAAGGGGAGGTAT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=132362344;WS=132362326;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr5	132405931	.	CT	C	160.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=1.204;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr5	132424046	rs11749966	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=6;PP=589;SC=GGTAAGATGTTATTGTTCTTT;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=132424054;WS=132424036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	132425415	.	GA	G	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.317;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,21:0.23:92
chr5	132433049	rs55643445	G	T	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.21;ReadPosRankSum=-0.823;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr5	132546059	rs3828692	G	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=13;PP=393;SC=GTATGCATGGGCATCACTCCT;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=22;WE=132546067;WS=132546049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	132559950	rs2303671	T	G	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=26;PP=986;SC=TGTGATGGAGTCAAGGAAAAA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=47;WE=132559958;WS=132559940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	132561468	rs61741674	C	A	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=53;PP=1603;SC=CCACTCCAGGCTCCTGTGCCT;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=82;WE=132561476;WS=132561458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	132569260	rs35758896	GCCT	G	4521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=33;PP=2326;SC=GATGAGACTGGCCTCTTTATT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=132569270;WS=132569250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	132918994	rs256266	G	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=36;PP=1199;SC=GAGCCAAGATGGCCGAATAGG;SOR=0.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=63;WE=132919002;WS=132918984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	133311842	rs34017723	G	C	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=50;PP=1545;SC=ATTAAGGGAAGTCAGAAGTTC;SOR=1.198;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=76;WE=133311850;WS=133311832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	133316325	.	TA	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=7.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.334;QD=1.83;ReadPosRankSum=-1.279;SOR=2.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr5	133537438	rs2302598	T	A	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=11;PP=797;SC=TTAAAAAATATCCCCAAAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=133537446;WS=133537428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	133537479	rs2302599	T	G	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=25;PP=1115;SC=CATAAGCACCTGAACACTAAA;SOR=1.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=67;WE=133537487;WS=133537469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	133541548	rs2239543	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=10;PP=644;SC=TAACTGGGGGAAAAAAAACTT;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=133541556;WS=133541538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	133561589	rs3863186	G	C	11277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=100;NR=133;PP=2965;SC=GCTCCGCGCTGCTCCCGCGCC;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=101;TCR=134;TR=233;WE=133561597;WS=133561579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr5	133657610	rs139337657	G	GA	3813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=67;PP=1003;ReadPosRankSum=1.805;SC=ACAGATCAGGGAAAAAAAAAT;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=6;TCR=81;TR=72;WE=133657618;WS=133657600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,174:0.95:184
chr5	133707192	rs34553375	C	T	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=48;NR=10;PP=866;SC=GCGGCGGCGGCGGCGATCCAC;SOR=2.185;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=58;WE=133707200;WS=133707182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	133896744	rs2589404	A	G	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=773;SC=TGTGGACAGAAGCCCTTAAGA;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=133896752;WS=133896734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	133897829	rs329304	C	T	7438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=60;PP=2932;SC=ATGCAGCTGACTGCTGACCAG;SOR=1.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=157;WE=133897837;WS=133897819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr5	133900111	rs329311	A	C	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=35;PP=1626;SC=CAGCAGACAAACCCCCATTTT;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=83;WE=133900119;WS=133900101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	133909475	rs329322	G	A	6638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=90;PP=2882;SC=CCCACCTGCCGCCGCCACCTC;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=82;TCR=92;TR=172;WE=133909483;WS=133909465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr5	133944043	rs201249311	AT	A	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.915;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr5	134011834	.	C	CT	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.192;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,26:0.22:118
chr5	134015276	.	G	GT	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,22:0.16:134
chr5	134015523	rs10042142	C	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=19;PP=478;SC=TTATTTACCTCTAGTCAATCC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=134015531;WS=134015513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	134033777	rs246341	G	A	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=45;PP=1260;SC=GCGTAGGACTGAATAATATTT;SOR=1.819;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=63;WE=134033785;WS=134033767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	134113558	rs254713	G	A	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	134164284	rs34675300	GT	G	265.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.544;QD=12.63;ReadPosRankSum=-1.812;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr5	134343661	rs10044000	C	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.232;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=811;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TGATCACCGCCGTGGGGCAGA;SOR=1.144;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=39;WE=134343669;WS=134343651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr5	134344497	rs299376	T	C	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=17;PP=928;SC=CCACTGGGTCTGGGCCCTCAG;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=134344505;WS=134344487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	134344929	rs299378	C	G	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=11;PP=744;SC=GCTTGAGTGGCGGCTGGCCCT;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=134344937;WS=134344919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	134670656	rs73789312	A	G	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=14;PP=501;SC=TGGTTCTGTCATTGCTCAGCC;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=134670664;WS=134670646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	134670741	rs3733728	C	T	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=26;PP=913;SC=CGAAGTACACCGTTTTGATGG;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=134670749;WS=134670731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	134670765	rs3210047	A	G	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=25;PP=959;SC=AGGACATTGTAGACACGAAGT;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=134670773;WS=134670755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	134782414	rs12518053	G	T	6743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=91;PP=2965;SC=AGATGTTTCCGGGCTCCCTCC;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=102;TCR=93;TR=193;WE=134782422;WS=134782404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr5	134782450	rs12520799	T	A	6827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=99;PP=2965;SC=GTCTTCCTTCTGCTGCTATGC;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=102;TCR=99;TR=201;WE=134782458;WS=134782440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr5	134782510	rs12520809	T	C	6812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=94;PP=2815;ReadPosRankSum=2.087;SC=CTCGAAAGATTGGAGTTGCAG;SOR=0.619;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=76;TCR=95;TR=167;WE=134782518;WS=134782500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,265:0.99:268
chr5	134782576	rs1031844	T	G	6245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=70;PP=2533;ReadPosRankSum=-1.580;SC=GCTGGCAAGGTTTTGTTCCTC;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=58;TCR=72;TR=127;WE=134782584;WS=134782566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,238:0.99:240
chr5	134986006	rs801560	G	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=10;PP=462;SC=TCCTTGACTGGTACACTCCAA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=134986014;WS=134985996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	134986196	rs10045717	C	T	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	134986256	rs149152270	A	AAAC	2510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.85;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	135138782	rs11738183	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	135178124	rs2304075	T	C	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=35;PP=1086;SC=GTGTCATCGTTGGCCACCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=135178132;WS=135178114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	135186075	rs2304077	A	G	7640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr5	135188214	rs2304078	G	C	8313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=77;PP=2965;SC=ACGGCAGCCCGGGGTCCTCAC;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=118;TCR=77;TR=195;WE=135188222;WS=135188204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr5	135207382	rs2304080	C	T	6093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=72;PP=2564;SC=GCCCCTGTGCCGTGTGGCTGG;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=136;WE=135207390;WS=135207372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr5	135215575	rs2269926	A	T	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=7;PP=1164;SC=AGGCAGCACCACTAGCTATTC;SOR=3.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=46;WE=135215583;WS=135215565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	135365006	rs4976361	A	G	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=217;SC=ACCTTGCAGCATGGAGCGCTC;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=135365014;WS=135364996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	135379612	rs4976464	A	G	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=11;PP=954;SC=CTTAGCAAATAACTCCTAAGA;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=135379620;WS=135379602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	135396452	rs13168506	A	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=235;SC=CACTTGCTGAATGAATAAAAT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=135396460;WS=135396442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	135396468	rs13188659	T	A	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	135396669	rs6880837	T	C	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	135469527	rs3764941	T	G	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=20;PP=1001;SC=CCAAAACAGATTTTTGGTTGC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=135469535;WS=135469517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	135469726	rs10544057	TGGG	T	380.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.07;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	135469737	.	G	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	135489891	rs10479111	A	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	135496820	rs11437885	C	CA	781.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.741;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,52:0.80:65
chr5	135496895	rs10563477	TATA	T	957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=22;PP=879;SC=CATGCCAAGGTATAATAGCTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=135496905;WS=135496885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	135498944	rs11318760	AT	A	5122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.05;NF=27;NR=61;PP=1996;SC=TTTAATTATTATTTTTTTTCC;SOR=0.786;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=88;WE=135498952;WS=135498934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	135508381	rs4585442	A	G	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=27;PP=983;SC=ATCGAATTCAATCATTTGTTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=54;WE=135508389;WS=135508371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	135510033	rs4146185	T	A	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=34;PP=2202;SC=ATGATTCTTTTAGCTGACTCT;SOR=1.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=82;TCR=34;TR=116;WE=135510041;WS=135510023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	135512916	rs10078857	C	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=300;SC=CTTTATGTAACTTCTACATAT;SOR=3.126;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=135512924;WS=135512906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	135513085	rs55765823	T	TC	5581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=41;PP=2239;SC=GGATTGAGATTATCTTCATGG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=135513093;WS=135513075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	135522877	rs66932414	AG	A	7150.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=39;PP=2617;SC=TAATAACTGAAGTGTTACACA;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=57;WE=135522887;WS=135522867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	135522879	rs58669675	T	TAATATA	7150.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=2965;SC=ATAACTGAAGTGTTACACAGG;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=57;WE=135522887;WS=135522867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	135527905	rs2287963	A	G	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=9;PP=657;SC=CCCAAGCTACACCGGCCGCGT;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=135527913;WS=135527895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	135528316	rs6868337	C	G	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=3;PP=76;SC=CCTGCCGCGCCCAACTGACCG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=135528324;WS=135528306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	135561058	rs3734124	A	G	5369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=1.443;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,210:0.99:212
chr5	135587747	rs59268520	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=562;SC=ACCCAGGAGACTCAGAGACTT;SOR=6.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=135587755;WS=135587737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	136315200	rs3217011	AT	A	5158.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=54;PP=2418;SC=AGACATGCAGATGATACTCGG;SOR=1.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=54;WE=136315208;WS=136315190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	136328367	rs3777224	C	T	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=22;PP=571;SC=GGCAAAGCCACGTTCAAAGCA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=136328375;WS=136328357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	136448333	rs146759088	CAAAT	C	2050.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=19;PP=880;SC=AATAAAAGGCCAAATAAATAA;SOR=1.378;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=19;WE=136448344;WS=136448323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	136833955	rs372446202	CCA	C	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr5	136997803	.	A	AAG,AAAG	1228.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.71;QD=24.57;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,23,25:0.46,0.50:50
chr5	137013350	.	CA	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-1.640;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr5	137027953	rs2301710	A	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=220;SC=GAGGAGGTGCAGCAGTCCGGC;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=137027961;WS=137027943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	137028029	rs2905608	T	C	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	137034169	rs41298968	C	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=21;PP=553;SC=AGATGGTCTCCTGCCCTGTCT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=137034177;WS=137034159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	137056006	rs11741787	A	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.36;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	137056027	rs6887727	T	C	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=14;PP=1076;SC=GGAACTCAAGTGACTAAGAAT;SOR=1.647;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=51;WE=137056035;WS=137056017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	137206560	rs6890689	A	C	10751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.844;SC=TGCTTCTCCCAAGCAGCATGC;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=124;TCR=138;TR=259;WE=137206568;WS=137206550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,409:1.00:411
chr5	137226022	rs140645968	C	T	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	137230299	.	G	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=17;PP=469;SC=TTAATACTGAGTAAGTAGCAT;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=137230307;WS=137230289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	137257288	rs4304074	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	137259179	rs12187140	T	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=15;PP=493;SC=GGCAGAAGGCTAGATTTTGAA;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=137259187;WS=137259169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	137259251	rs13188503	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	137271968	rs7701617	T	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=4;PP=287;SC=ACATGAAAGTTTATTACTGAC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=137271976;WS=137271958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	137347498	rs10064910	G	A	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	137354851	rs57706343	C	CA	554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=208;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AAATGAAAGACAAAAAAAAAA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=19;WE=137354859;WS=137354841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr5	137372207	rs6596419	A	T	8431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.106;SC=CTCTGAGCAGATCCATTGAAG;SOR=0.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=94;TCR=92;TR=185;WE=137372215;WS=137372197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,329:1.00:330
chr5	137420376	rs4835762	T	C	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=38;PP=908;SC=GTGAATGGAGTGGGGCTTGCA;SOR=1.158;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=137420384;WS=137420366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	137454358	rs6878575	C	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=279;SC=ATTTTTAGTACAGACGGGGTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=137454366;WS=137454348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	137476416	rs412051	T	C	8962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=90;PP=2965;SC=CAGGACTTCTTGCCGCATCTC;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=112;TCR=92;TR=202;WE=137476424;WS=137476406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr5	137485292	rs217270	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=3;PP=345;SC=AACAGAAGTACGAATCTTAAC;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=137485300;WS=137485282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	137507104	rs200476181	TAA	T	2252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=3.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.93;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,94:0.79:119
chr5	137513369	rs10671440	G	GA,GAA	2923.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=6.695;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.253;QD=24.57;ReadPosRankSum=0.622;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,24,93:0.20,0.78:119
chr5	137527917	rs2231478	C	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	137622388	rs10515500	C	G	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=23;PP=687;SC=TTAGAAATGACTGAGACGCCA;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=137622396;WS=137622378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	137626151	rs201492070	TAAGA	T	1326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=1251;SC=CCCAGAAGAATAAGAAATACT;SOR=3.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=25;WE=137626162;WS=137626141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	137665415	.	CT	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.841;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr5	137673972	.	G	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=549;ReadPosRankSum=0.411;SC=CTCCGGCCGCGGCCCTGGGAG;SOR=0.823;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=31;WE=137673980;WS=137673962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr5	137717265	rs6865472	G	A	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	137774814	.	TGCC	T	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr5	137780336	rs4835794	T	C	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=52;PP=2721;SC=CCAAAGTGACTTGGCAGGGCT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=79;TCR=54;TR=131;WE=137780344;WS=137780326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr5	137846155	rs4835685	A	G	8181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=84;PP=2965;SC=CAATTAGTATAAGGTTTGGTT;SOR=0.825;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=103;TCR=86;TR=183;WE=137846163;WS=137846145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr5	137847082	rs35404194	C	T	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.56;QD=43.11;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	137847092	rs11738208	T	C	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;MQRankSum=0.000;QD=38.47;ReadPosRankSum=1.712;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr5	137893307	.	G	A	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=221;SC=ATGAAGAGGAGAAATACCCTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=137893315;WS=137893297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	137896597	.	AT	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.732;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr5	138117938	rs700626	A	G	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr5	138456815	rs3088052	T	C	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=25;PP=985;SC=CTTTTCTCTCTGTTTCTTTGG;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=61;WE=138456823;WS=138456805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	138463538	rs11555154	G	C	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=23;PP=836;SC=GCCATAGTCAGGGACCTGCAG;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=54;WE=138463546;WS=138463528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	138473077	rs11431215	C	CA	3691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=50;PP=2400;SC=AGTTTGGCCCCAAAGCCATGC;SOR=0.895;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=8;TCR=53;TR=57;WE=138473085;WS=138473067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	138642997	rs112107315	A	AT	736.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=866;SC=TGGCGTTACCATTTTTGAAGC;SOR=2.910;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=138643005;WS=138642987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	138643062	rs12153162	T	A	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.31;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,80:0.94:85
chr5	138713959	rs6596474	A	C	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=41;PP=1213;SC=GGGAGCGAGGAGAAGAGGGCC;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=138713967;WS=138713949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	138714474	rs11950646	G	A	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=84;PP=2400;SC=TGTGGGGGCTGCAGCTATCAG;SOR=1.246;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=43;TCR=84;TR=127;WE=138714482;WS=138714464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr5	138718476	rs11242461	T	C	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=130;SC=TCTCCCACTTTGCATTGCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=138718484;WS=138718466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	138718878	rs59914331	C	CA	142.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=28.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	138720156	rs12515989	C	T	13439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=167;NR=136;PP=2965;SC=GCCCGCCTGCCGGTGTCCACA;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=304;TCF=168;TCR=136;TR=303;WE=138720164;WS=138720146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr5	138720336	rs6596476	T	C	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=63;PP=1897;SC=CCCCTGCAGATACGGCTCCAT;SOR=2.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=12;TCR=63;TR=75;WE=138720344;WS=138720326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	138724126	rs33937093	TG	T	1692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=10;PP=682;SC=AGGAGGGAGGTGGGGGGCAGG;SOR=1.371;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=22;WE=138724134;WS=138724116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	138724457	rs9327846	A	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=331;SC=TGGGATGGGGATGGGGGATGG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=138724465;WS=138724447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	138728483	rs10078623	A	G	4156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=53;NR=32;PP=1935;SC=CTGGGCCTCTACATCCCTGTT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=85;WE=138728491;WS=138728473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	138732579	rs10900862	C	T	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=56;PP=2259;SC=CCATGTAGCTCTCCTGCTGCT;SOR=0.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=107;WE=138732587;WS=138732569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr5	138738178	rs4074032	C	T	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=12;NR=6;PP=299;SC=GTGATTTGCCCGCCTTGGCCT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=138738186;WS=138738168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	138754741	rs4835728	T	C	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=30;PP=931;SC=GCACTGTGACTGAAGAGCTAA;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=53;WE=138754749;WS=138754731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	138773090	rs10900864	A	G	7104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=86;PP=2785;SC=GTTCCTCACTATACGTGGAGT;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=70;TCR=87;TR=156;WE=138773098;WS=138773080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr5	138775173	rs3923059	T	C	6326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=109;PP=2850;SC=GCCTCCCCCGTGCCCGAGGCT;SOR=1.245;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=59;TCR=109;TR=168;WE=138775181;WS=138775163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr5	138852369	rs13153461	G	A	9028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=96;PP=2965;SC=GCCAGATGGTGGCATCTACCT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=88;TCR=96;TR=183;WE=138852377;WS=138852359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr5	138857919	rs1131769	T	C	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=27;PP=1225;SC=GATGCCAGCATGGTCACCGGT;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=138857927;WS=138857909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	138861146	rs7447927	C	G	6080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=76;PP=2965;SC=CTAGGTGGAGCACCAGGTACC;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=91;TCR=76;TR=167;WE=138861154;WS=138861136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	138942117	rs75037374	G	A	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=12;PP=285;SC=CTGTACATTGGCAAAGGTAGA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=138942125;WS=138942107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	139003216	rs112754032	A	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=27;PP=752;SC=TTATAAGTAGATGATGCCAGT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=139003224;WS=139003206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	139061148	rs57638253	CT	C	446.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=538;ReadPosRankSum=0.120;SC=GGGATGCCCCCTCCCAGTCCT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=139061156;WS=139061138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr5	139213452	rs4912884	A	G	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=39;PP=1119;SC=TGTGCCTCGTAAAATCCTGGC;SOR=3.171;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=139213460;WS=139213442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	139216901	rs11440487	A	AG	4352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=45;PP=2150;SC=GGCACCCCGAAGCCCCAGGCA;SOR=1.028;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=48;WE=139216909;WS=139216891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	139244531	rs148691470	G	A	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=166;SC=TGCCCAGGAGGTACAGCCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=139244539;WS=139244521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	139741370	rs717097	C	A	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=42;PP=1854;SC=TGGTCTTAATCACTGCATAAT;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=98;WE=139741378;WS=139741360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	139741471	rs148468134	CCCTTT	C	6636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=55;PP=2946;SC=TCCTTGGGGTCCCTTTCCAGT;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=92;WE=139741483;WS=139741461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	139745154	rs6860077	T	C	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=41;PP=1097;SC=GAGACGACATTGTAAGCATGG;SOR=1.076;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=65;WE=139745162;WS=139745144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr5	139912224	rs62384164	A	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=2;PP=384;SC=ATGTTCTAAAATTGATGTGGT;SOR=3.500;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=139912232;WS=139912215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	139921961	rs9324644	G	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=17;PP=482;SC=TGCAAGAGAGGACCATCCTTA;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=23;WE=139921969;WS=139921951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	139931628	rs3085220	A	AGT,AGTC	5601.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=32;PP=2874;SC=ATCCTCCATCACAGCCTCAGA;SOR=0.991;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=51;WE=139931637;WS=139931618;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:120
chr5	139931629	.	C	G	1371	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=20;MQ=59.92;NF=47;NR=33;PP=1371;QD=17.5721401568;SC=TCCTCCATCACAGCCTCAGAC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=80;WE=139931637;WS=139931618;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,80:0.93:86
chr5	139931629	rs5871740	C	CG	5601.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.54;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	139931776	rs60236323	AGG	A	3401.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=1633;SC=GGGACTGAAAAGGTACAGCAG;SOR=1.463;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=36;WE=139931787;WS=139931766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	139931779	rs10589076	T	A	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=34;PP=1062;SC=ACTGAAAAGGTACAGCAGGAT;SOR=1.463;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=50;WE=139931787;WS=139931766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	139936680	rs368729292	ACC	A,AC	1992.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=22.64;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,40,44:0.45,0.50:88
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chr5	139937146	rs2249213	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=439;SC=ATCCGTGGAGGATGGATGCTG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=139937154;WS=139937136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	139940233	rs250431	G	A	15999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=170;NR=206;PP=2965;SC=CCTGAATGGGGTGTGCAGTCA;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=378;TCF=170;TCR=208;TR=376;WE=139940241;WS=139940223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,617:1.00:617
chr5	139941228	rs250430	A	G	8614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=119;PP=2965;SC=ACATCACAGCAAAACACATGG;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=221;TCF=102;TCR=119;TR=221;WE=139941236;WS=139941218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr5	139941318	rs171632	A	G	7278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=96;NR=99;PP=2965;SC=CTGGGGTAGAAGCTGGTTAGA;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=97;TCR=100;TR=195;WE=139941326;WS=139941308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr5	140023818	rs753279	C	T	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=46;PP=1307;SC=ATCTGGTAGTCGGATTGTATG;SOR=1.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=59;WE=140023826;WS=140023808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	140027592	.	G	GGTGT,GGTGTGT	841.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.28;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=6,6;NR=9,9;PP=330,398;SC=GCTTAAGCCGGGTGTGTGTGT;SOR=1.508;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=15,15;WE=140027600;WS=140027582;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.67:21
chr5	140048267	rs2530245	T	C	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=54;PP=2085;SC=AGGTGGTATCTGTCTCTGGGA;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=116;WE=140048275;WS=140048257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	140057535	rs2230361	G	A	5876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=60;PP=2360;SC=TCAGGATCTCGCACATGATCT;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=123;WE=140057543;WS=140057525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr5	140077699	rs2530234	A	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=46;PP=1268;SC=GGGACGAAGTATTTCTGCCTT;SOR=3.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=5;TCR=46;TR=51;WE=140077707;WS=140077689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	140167463	rs3733710	C	T	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=1150;ReadPosRankSum=0.898;SC=GGAGCTGGAGCTGCTGCAGTT;SOR=0.327;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=64;WE=140167471;WS=140167453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr5	140168070	rs2240696	A	G	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=40;PP=1979;SC=GAGGGTGCGTATGTGCCGGGC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=100;WE=140168078;WS=140168060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	140168151	rs2240695	G	T	6948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=82;PP=2965;SC=CAGAGGGTGTGCTCTAGCGAG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=85;TCR=82;TR=167;WE=140168159;WS=140168141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr5	140174622	rs9686540	G	A	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=37;PP=1264;SC=CGCAGCCTGGGAGGTGGGGAG;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=69;WE=140174630;WS=140174612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	140174865	rs11167600	G	C	5320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=55;PP=2965;SC=TAGCATCCACGTGGAGGTGAT;SOR=1.040;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=88;TCR=55;TR=142;WE=140174873;WS=140174855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	140180737	rs3806845	C	T	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=15;PP=595;SC=TATTTTTAAACTTTGGATCAA;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=140180745;WS=140180727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	140181734	rs3733708	A	G	13966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=172;NR=167;PP=2965;SC=GTCATATGAAATCCAGGTAGA;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=172;TCR=169;TR=339;WE=140181742;WS=140181724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr5	140181892	rs3733707	T	C	6741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=110;PP=2965;SC=CAGTCATCGCTCTGATCAGCG;SOR=1.067;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=66;TCR=111;TR=176;WE=140181900;WS=140181882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr5	140182101	rs7701755	G	T	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=33;PP=1574;SC=GCCACGGCCAGCGTGTCCGTG;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=140182109;WS=140182091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	140183058	rs2240694	G	A	8376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=115;PP=2965;SC=CAGAGGGTGTGCTCTGGAGAG;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=200;TCF=85;TCR=115;TR=200;WE=140183066;WS=140183048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr5	140186438	rs3756337	G	C	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=24;PP=1386;SC=CAATCAATCAGTGGTACAATG;SOR=1.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=74;WE=140186446;WS=140186428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	140186657	rs4151680	A	G	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=46;PP=1714;SC=GGAACCATATACACTCTTTGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=72;WE=140186665;WS=140186647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	140186937	rs11167605	G	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=474;SC=TGGGACTGGAGCTGGCGGAGC;SOR=1.051;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=140186945;WS=140186927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	140187048	rs3822349	G	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=7;PP=832;SC=GGATCGACCGGGAGGAGCTGT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=140187056;WS=140187038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	140187102	rs3822347	A	G	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=31;PP=1945;SC=AGGTGATCGTAGACAGGCCGC;SOR=1.069;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=91;WE=140187110;WS=140187092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	140187322	rs3822346	C	T	5888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=64;PP=2875;SC=GGAAAAACCACCTGATGACGA;SOR=0.740;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=132;WE=140187330;WS=140187312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr5	140188383	rs2337987	T	G	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.181;NF=29;NR=22;PP=909;ReadPosRankSum=1.069;SC=AGGTGACCGCTCGCGATGCCG;SOR=0.297;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=51;WE=140188391;WS=140188373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr5	140188401	rs2879086	A	G	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=29;PP=1260;SC=CCGGCGTGCCACCTCTGGGCA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=140188409;WS=140188391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	140188575	rs2879087	G	C	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=32;PP=1721;SC=ATGCTGACTCGGGCTACAACG;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=82;WE=140188583;WS=140188565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	140201264	rs4151682	C	T	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=23;PP=1750;SC=CTCAGAAAGGCGATAATATAA;SOR=1.931;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=67;TCR=23;TR=89;WE=140201272;WS=140201254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	140201420	rs11958868	T	C	6945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=99;PP=2866;SC=GGCTTCTCCTTGCCTACTGGA;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=171;WE=140201428;WS=140201410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr5	140203432	rs4141841	C	T	5142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=83;PP=2756;SC=CCCGAGGCTGCCCTGGTGGAT;SOR=1.142;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=49;TCR=83;TR=132;WE=140203440;WS=140203422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	140209467	rs7710794	T	G	7036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=78;PP=2965;SC=TGCGCGCAGTTGACGCCGACT;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=90;TCR=78;TR=168;WE=140209475;WS=140209457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	140214381	rs10067182	G	A	4842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=74;PP=2513;SC=GCGACACAAAGGAATCTGTTC;SOR=1.009;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=122;WE=140214389;WS=140214371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr5	140221195	rs199713478	G	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=12.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.17;MQRankSum=-5.138;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.850;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,23:0.24:97
chr5	140222157	rs3733705	A	C	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=100;PP=2720;SC=ACCGCGAGAGAGTGTCGGCCT;SOR=1.543;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=45;TCR=100;TR=145;WE=140222165;WS=140222147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	140222641	rs6580012	A	G	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.94;NF=73;NR=52;PP=2240;SC=CGCAGCGAGCAAGCTGGTGCC;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=73;TCR=52;TR=125;WE=140222649;WS=140222631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	140307284	rs155361	G	A	6019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=77;PP=2965;SC=GGGAAGTCCAGTACTCCCTAA;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=72;TCR=77;TR=149;WE=140307292;WS=140307274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	140307746	rs155820	C	G	6415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=75;PP=2885;SC=GTGGCTCACCCCCACTTAGCA;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=72;TCR=76;TR=146;WE=140307754;WS=140307736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr5	140307969	rs246074	C	G	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=48;PP=2287;SC=CTCTAGCTTGCTGGCAGTGGA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=108;WE=140307977;WS=140307959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	140309016	rs155360	C	T	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=32;PP=864;SC=ATCAATTGAACTAAACACTCC;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=140309024;WS=140309006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	140346468	rs155364	T	A	5073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.188;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=48;PP=1877;ReadPosRankSum=-0.808;SC=TACCTGGCCCTGCGGCCTCCC;SOR=0.369;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=104;WE=140346476;WS=140346458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,199:1.00:200
chr5	140346712	rs155808	T	C	5911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=63;PP=2965;SC=CCTGCTCAGCTTGGAAGTGCT;SOR=0.984;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=92;TCR=63;TR=154;WE=140346720;WS=140346702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr5	140347053	rs155807	C	T	12544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=148;NR=158;PP=2965;SC=ATGGGGGCATCCCAGCCCGCT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=148;TCR=158;TR=306;WE=140347061;WS=140347043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr5	140482483	rs31848	G	A	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.30;QD=31.65;SOR=3.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	140502177	rs3776100	G	A	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=76;PP=2965;SC=ACAAACCACTGGATCGAGAGG;SOR=0.882;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=139;WE=140502185;WS=140502167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr5	140517174	rs400562	T	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=15;PP=641;SC=CAGGGCGGCCTCGGTCGGTCG;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=140517182;WS=140517164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	140529711	rs4151693	C	T	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=205;SC=TCCGGGAAGGCAGTCGTCGCC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=140529719;WS=140529701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	140529778	rs4151694	C	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.71;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	140530529	rs3776096	G	A	9627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=135;PP=2965;SC=TCAGATCCAGGTTTTGGACAT;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=274;TCF=139;TCR=135;TR=274;WE=140530537;WS=140530519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr5	140553581	rs2910313	G	C	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=60;PP=1975;SC=CCAGGACGATGTCCCCTTCAT;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=100;WE=140553589;WS=140553571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	140554606	rs11741863	T	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=14;PP=1093;SC=AGGGCCCCTTTCCACGACATC;SOR=1.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=140554614;WS=140554596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	140554808	rs6892507	T	A	4999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=91;PP=2611;SC=ATAAAGAATGTAAACTAAATC;SOR=1.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=52;TCR=91;TR=143;WE=140554816;WS=140554798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	140558308	rs2910316	T	C	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.68;QD=50.13;SOR=4.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	140558313	.	T	TCC	2437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.85;QD=62.51;SOR=5.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	140558315	.	GTC	G	2709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.84;QD=49.27;SOR=3.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	140558326	rs2910317	T	C	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.58;QD=38.83;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	140564048	rs17844664	G	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=6;PP=418;SC=CAGCCAAGCAGAGGCTGGTGG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=140564056;WS=140564038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	140564088	rs13176519	C	T	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=13;PP=512;SC=CGAGCCTCCGCGCTCGGCCAC;SOR=0.994;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=33;WE=140564096;WS=140564078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	140564263	rs17844666	C	T	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=17;PP=916;SC=CTGTTCGTGGCGGTGCGGCTG;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=140564271;WS=140564253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	140567264	rs2740588	G	T	6577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=89;PP=2965;SC=TGAGAGTCAGGGATATAAATG;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=92;TR=181;WE=140567272;WS=140567254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr5	140567445	rs17844512	A	G	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=49;PP=1904;SC=AATTAGTGGCAGTGATGAAGG;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=100;WE=140567453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	140568026	rs2697531	T	C	11721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=102;PP=2965;SC=CCGGAGAAAATGGAAAGACAT;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=88;TCR=102;TR=190;WE=140568042;WS=140568016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr5	140568034	rs33974901	C	CA	11371.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=96;PP=2957;SC=AATGGAAAGACATTTGCTATG;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=29;TCR=100;TR=124;WE=140568042;WS=140568016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr5	140569353	rs3733691	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=14;PP=384;SC=AATTGTGTATGCCCACCACAA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=140569361;WS=140569343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	140572668	rs597064	C	T	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=77;PP=2602;SC=TCCATATTAACATTAGTGGCG;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=129;WE=140572676;WS=140572658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	140581510	rs638054	G	T	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=19;PP=1598;SC=GGGCGGCCTCGGTGGGAAGCT;SOR=1.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=73;WE=140581518;WS=140581500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	140594442	rs17844607	A	G	3248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.445;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-12.842;NF=31;NR=67;PP=1397;ReadPosRankSum=-3.116;SC=CTTTCTATAGAGTGCAGATCT;SOR=0.926;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=332;TCF=143;TCR=189;TR=98;WE=140594450;WS=140594432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:381,193:0.34:574
chr5	140594466	rs17844608	GG	AA	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=15.032;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-17.447;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.544;SOR=1.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,85:0.21:412
chr5	140594470	rs17844610	G	A	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=25.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-18.389;QD=5.91;ReadPosRankSum=-1.060;SOR=1.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,74:0.19:400
chr5	140615600	.	C	T	3663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=33;PP=1580;SC=CTCGCTGCTGCCGCCCCAGGA;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=89;WE=140615608;WS=140615590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	140626566	rs618506	A	C	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.30;QD=45.07;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	140626571	rs652104	C	A	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.67;QD=42.58;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	140626627	rs618096	G	A	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=45;PP=1833;SC=CTGCCGCCCCGGGACCCGCAC;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=96;WE=140626635;WS=140626617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	140699679	rs17602721	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=497;SC=GCTACTGCAATAGTTTAAAAC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=140699687;WS=140699669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	140710705	rs2472647	G	A	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=36;PP=1454;SC=AGGTACCAGAGTCTCATTGCC;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=81;WE=140710713;WS=140710695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	140725828	rs7736541	C	T	4838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=60;PP=2380;SC=TTTGTGGGCGCGGACGGGGTT;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=65;TCR=60;TR=125;WE=140725836;WS=140725818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr5	140739779	rs17097231	C	G	7026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr5	140750044	rs6860609	T	C	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=34;PP=1877;SC=TTAGACCAGGTTCTCTCCGAA;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=87;WE=140750052;WS=140750034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	140751128	rs2240697	C	G	7598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.14;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr5	140763029	rs2072315	A	G	7761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GGAGACGATGAAACTAAGTAC;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=153;WE=140763037;WS=140763019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,299:0.99:301
chr5	140765000	rs2024141	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=649;SC=ACTTTATAGAGGTAAAAATGA;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=140765008;WS=140764990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	140772898	rs3214276	GC	G	5090.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=38;PP=2966;SC=TACCAGCTCAGCCCCAATCAC;SOR=1.329;Source=Platypus;TCF=51;TR=88;WE=140772906;WS=140772888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	140773388	rs2240700	G	T	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=57;PP=2515;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TGCTCATTTCGGTGGAAGATG;SOR=0.287;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=127;WE=140773396;WS=140773378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr5	140774288	rs4912749	T	C	4051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=30;PP=2619;SC=TGGACAGAGATGCGCTCAAGC;SOR=2.286;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=100;TCR=30;TR=129;WE=140774296;WS=140774287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	140778256	rs6867460	G	A	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=68;PP=2965;SC=GAAACAGGATGGTAGTAAATA;SOR=1.128;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=111;TCR=69;TR=178;WE=140778264;WS=140778246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	140780321	rs6880273	C	A	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=76;SC=TTAGCTTCCTCTCTAGCAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=140780329;WS=140780311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	140783596	rs1363448	C	T	8763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=99;PP=2965;SC=TGAGAGAAGACGCACCTCAGG;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=115;TCR=99;TR=214;WE=140783604;WS=140783586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr5	140784055	rs3749770	T	C	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=59;PP=2746;SC=CAGACACTGGTGTGCTGTATG;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=145;WE=140784063;WS=140784045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	140784427	rs3749769	T	C	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=73;PP=2667;SC=TAGATAGAGATGCGCTCAAAC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=74;TCR=73;TR=147;WE=140784435;WS=140784417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr5	140788264	rs58047392	C	T	6461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=106;PP=2965;SC=TAAACATAAACTCAATTAAAG;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=78;TCR=107;TR=182;WE=140788272;WS=140788254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr5	140789933	rs3749767	G	A	17021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=671;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=184;NR=222;PP=2965;SC=TCTCAGCCCTGCTACTTGGGA;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=407;TCF=184;TCR=223;TR=406;WE=140789941;WS=140789923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,664:1.00:664
chr5	140793007	rs4912751	A	G	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=48;PP=2157;SC=CGGCAGCTTGATCACCGCGGG;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=114;WE=140793015;WS=140792997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	140797339	rs2240701	C	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=368;SC=GGGACTCCTCCTGTCCTGGGC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=140797347;WS=140797329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	140797630	rs2015825	G	T	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=73;SC=AGCTGCGAGTGAGCGCGGAGA;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=118;WE=140797638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	140801104	rs11167744	T	C	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	140801298	rs73792198	C	A	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.393;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=1124;ReadPosRankSum=1.177;SC=TGAACTCCCTCCAGAGCTACC;SOR=0.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=140801306;WS=140801288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr5	140803241	rs57195665	C	A	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=52;PP=2146;ReadPosRankSum=-1.432;SC=AGATTTATTTCTCTGCCTCCT;SOR=0.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=80;WE=140803249;WS=140803231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr5	140807036	rs116302471	C	T	9185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=105;PP=2965;SC=TCGAATCTTCCGCCAATAATG;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=233;TCF=126;TCR=107;TR=231;WE=140807044;WS=140807026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr5	140807256	rs3749765	A	C	15720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=170;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.083;SC=CGGAGCCTCCATCCCACAAGT;SOR=0.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=329;TCF=158;TCR=171;TR=328;WE=140807264;WS=140807246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,603:1.00:604
chr5	140812775	.	CT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,29:0.20:143
chr5	140857798	rs1423148	T	C	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=114;PP=2965;SC=CTGTGGGGTTTGTGGTCACAG;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=103;TCR=115;TR=217;WE=140857806;WS=140857788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr5	140858245	rs3805695	C	T	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=50;PP=1564;SC=TTCAACTGGCCCTTCCTAGAT;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=140858253;WS=140858235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	140867488	rs17097340	A	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=312;SC=AGGAGGCTACAGTGCACAGGG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=140867496;WS=140867478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	140868658	rs148910315	T	TAAG	1016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	140890770	rs2233613	G	A	4357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=90;PP=2804;SC=GCCACAGGGCGGCCTCTCCCC;SOR=1.965;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=30;TCR=90;TR=118;WE=140890778;WS=140890760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr5	140907266	.	T	TA	105.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=-0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=-0.000;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr5	140930162	rs11748064	C	T	5110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr5	140940449	rs144507799	G	GT	1305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=23.74;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	140953563	rs35249023	TGGA	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=6.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=3.207;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.750;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,7:0.09:77
chr5	140955777	rs2302103	C	T	5360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=56;PP=2428;SC=AAACACATGTCTTTGGTCTCT;SOR=0.814;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=126;WE=140955785;WS=140955767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	140957189	rs143356915	A	AAT	2511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=33;PP=1631;SC=AAGGAAAGCAAATATGCAGAA;SOR=1.571;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=34;WE=140957197;WS=140957179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	140963901	rs138815890	TAAGTA	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=108;SC=GTAAAATGCTTAAGTAAATAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=140963913;WS=140963891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	141014494	rs2530223	T	C	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=40;PP=1170;SC=ACATGTCATGTTGGGAGGCCT;SOR=1.289;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=141014502;WS=141014484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr5	141016276	rs32954	T	C	24562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=161;PP=2965;SC=GTGTCCCAACTCCTCATGCAT;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=149;TCR=162;TR=310;WE=141016296;WS=141016266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,568:1.00:568
chr5	141016288	rs1421896	T	G	23701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=136;NR=158;PP=2965;SC=CTCATGCATATCCCTGTTTCC;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=136;TCR=158;TR=294;WE=141016296;WS=141016266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr5	141018454	rs11741647	C	G	7999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=104;PP=2965;SC=CCCTTGCTCCCTCTTCTCCAA;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=98;TCR=105;TR=200;WE=141018462;WS=141018444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr5	141019110	rs14251	C	A	6499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=73;NR=110;PP=2965;SC=AGCCCCTTGCCTCCATTGCAG;SOR=1.039;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=73;TCR=112;TR=183;WE=141019118;WS=141019100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr5	141019569	rs17855844	G	C	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=14;PP=1587;SC=CTGGGGCTCTGGTGGGGGACA;SOR=2.326;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=61;TCR=16;TR=75;WE=141019577;WS=141019559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	141019830	rs11742646	C	G	13839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=188;PP=2965;SC=GGCAAATGGGCAGCCAAGCAA;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=319;TCF=129;TCR=190;TR=317;WE=141019838;WS=141019820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr5	141029072	rs11739451	G	A	8066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=157;PP=2965;SC=GCATCCAGCAGGCAGCGCCAG;SOR=1.634;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=220;TCF=62;TCR=158;TR=215;WE=141029080;WS=141029062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr5	141034123	rs6580194	T	A	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=633;SC=CATGTATGATTCTGGAACAAC;SOR=3.321;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=141034131;WS=141034113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	141034792	rs10537938	TAC	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.18;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr5	141035955	rs2306339	G	A	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=57;PP=2241;SC=AGAAGTCGGGGGCAGGGAAGC;SOR=1.117;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=95;WE=141035963;WS=141035945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	141041435	rs3749759	G	A	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=16;PP=752;SC=GGATTTTTAGGCACAAATGCA;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=30;WE=141041443;WS=141041425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	141052870	rs440279	G	C	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=25;PP=1565;SC=TCACTGCCCCGCCCACACACA;SOR=1.150;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=73;WE=141052878;WS=141052859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr5	141059158	rs1031904	C	G	15426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,600:1.00:600
chr5	141059649	rs417503	A	G	5064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=54;PP=2306;SC=GGAGAGGAGGAGGCCTTGGGC;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=115;WE=141059657;WS=141059639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr5	141243646	rs3797054	A	G	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=57;PP=2141;SC=AGATCAGCTCAGCATTGACAC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=119;WE=141243654;WS=141243636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	141247181	.	TA	T	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,40:0.36:112
chr5	141309824	rs351260	G	A	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=49;PP=1269;SC=TGTTTCCATCGCTTTCAACTT;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=75;WE=141309832;WS=141309814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	141325249	rs105633	T	C	7434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=94;PP=2816;SC=GGAAGGTCCTTGGCTCCTCCG;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=74;TCR=94;TR=168;WE=141325257;WS=141325239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr5	141335498	rs164515	C	T	13133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr5	141337177	rs138689340	G	C	10282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=133;PP=2965;SC=CTTCCTCAGAGTCCACCTGAA;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=116;TCR=134;TR=247;WE=141337185;WS=141337167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr5	141337225	rs164077	A	G	9234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=120;PP=2965;SC=CCTGGAAGGCAGCCCCAGCTT;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=238;TCF=118;TCR=120;TR=238;WE=141337233;WS=141337215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr5	141371557	rs143763915	CTTT	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr5	141391532	rs164080	G	A	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=88;PP=2692;SC=ACTGGATGATGCGGTTCCTGA;SOR=0.966;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=148;TCF=59;TCR=89;TR=147;WE=141391540;WS=141391522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr5	141975067	rs34003	A	C	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr5	142393562	rs3822397	G	A	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=28;PP=1163;SC=ACTAGGGAAAGTGAGGAAGAT;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=60;WE=142393570;WS=142393552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	142416741	rs192194	T	C	3658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=33;PP=2044;SC=AACTTGACTGTCCTTCTCTTG;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=67;TCR=33;TR=100;WE=142416749;WS=142416731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr5	142421287	rs59126415	GA	G	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.789;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.169;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,46:0.68:68
chr5	142421415	rs2270068	T	G	6096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=82;PP=2656;SC=GAATTGTGGGTGTCAACTCCA;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=70;TCR=82;TR=152;WE=142421423;WS=142421405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr5	142513686	rs246607	A	G	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=65;PP=1898;SC=TCTTTGCTGCATAGGGCCAGC;SOR=1.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=95;WE=142513694;WS=142513676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	142593652	rs258819	C	T	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=14;PP=980;SC=TCTTCGATAACGGTGAGTTTC;SOR=0.859;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=34;WE=142593660;WS=142593642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	142595995	rs258821	C	T	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=14;PP=360;SC=GGGCCCAGTTCCTGCCCCTCT;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=142596003;WS=142595985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	142596013	rs258822	C	T	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=9;PP=202;SC=TCTGACCTCACGCCCTCACTT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=142596021;WS=142596003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	142601811	.	TACACACACACACAC	T,TAC	1176.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=17;NF=10,10;NR=8,8;PP=685,131;SC=GCTTCCTTCATACACACACAC;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=18,18;WE=142601832;WS=142601801;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.68:31
chr5	142671092	rs150299999	A	ATTACTTTTCTTTAGCCTAAG	2276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=61.53;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	142693846	rs4986593	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=255;SC=TCTGGCTTCAAGTGCTAGCAG;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=142693854;WS=142693836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	142779979	.	T	G	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=1198;ReadPosRankSum=0.638;SC=CAGTGGATGCTGAACTCTTGG;SOR=0.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=77;WE=142779987;WS=142779969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,100:0.60:166
chr5	145144419	rs338887	G	T	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=13;PP=885;SC=CAGGGAGGCTGCTGTAGAATA;SOR=1.077;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=43;WE=145144427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	145176221	rs338898	C	T	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=14;PP=344;SC=AAAATAATATCCTTAATAATT;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=145176229;WS=145176211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	145246085	rs2569006	T	G	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=25;PP=1873;SC=GGTTTTGGGGTAATGTGCTTT;SOR=1.587;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=86;WE=145246093;WS=145246075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	145252574	rs10037373	C	T	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=33;PP=876;SC=TCCGTGCAGCCGGTGAAACTT;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=39;WE=145252582;WS=145252564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	145427527	rs1859895	T	A	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=96;PP=2409;SC=AAACATCCCATCCAGAGACAA;SOR=1.702;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=134;TCF=35;TCR=99;TR=131;WE=145427535;WS=145427517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	145439647	rs2962525	T	C	8407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.117;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=2.171;SC=CAGTGAGGCCTGGATCCACTC;SOR=0.311;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=104;TR=200;WE=145439655;WS=145439637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,329:1.00:330
chr5	145477855	rs6877277	T	C	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=31;PP=1106;SC=GTACATGGCCTCTGGAGAGTC;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=54;WE=145477863;WS=145477845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	145478009	rs6892928	C	T	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=220;SC=TCCCTCCTCCCCCTCCATCAT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=145478017;WS=145477999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	145483679	rs12188066	T	C	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=767;SC=TTTTCCCTGGTTCCTTATAAG;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=145483687;WS=145483669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	145483713	rs12187128	C	T	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=10;PP=919;SC=GATAGTCCAACTAAAGAGCAA;SOR=1.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=40;WE=145483721;WS=145483703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	145483844	rs12187913	A	T	5437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=61;PP=2129;SC=TCCTCAGGACACCTGAAGAAG;SOR=0.722;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=119;WE=145483852;WS=145483834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	145499996	rs10988	C	T	6561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=50;PP=2296;SC=ATCTCCTTGCCTGATTTCAAT;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=120;WE=145500004;WS=145499986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr5	145500157	rs11167931	A	G	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=53;PP=1547;SC=AATGAAAGACAGATCTAATTC;SOR=1.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=145500165;WS=145500147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	145508340	rs2895647	A	G	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=62;PP=1881;SC=GTTGTTTGTCAGTCTTCTAGA;SOR=1.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=101;WE=145508348;WS=145508330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	145508457	rs2895648	T	C	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=18;PP=823;SC=TGAAAATCTTTTTAACTTTCA;SOR=0.902;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=33;WE=145508479;WS=145508447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	145508471	rs2895649	T	C	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=15;PP=763;SC=ACTTTCATTATTGTTAAATGT;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=33;WE=145508479;WS=145508447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	145508636	rs61732383	T	C	5799.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=44.61;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr5	145508637	rs61732382	A	C	5799.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=44.61;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr5	145508688	rs142298525	AAAAAAG	A	2510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=32;PP=1626;SC=CAGGCTTTTAAAAAAAGAAAA;SOR=1.197;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=33;WE=145508701;WS=145508678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	145509573	rs11953517	G	A	4528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=34;PP=2288;SC=TTAAATGCATGAAGGTACCTT;SOR=1.325;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=81;TCR=37;TR=115;WE=145509581;WS=145509563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr5	145512378	rs202210415	AAG	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.35;MQRankSum=-0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.121;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr5	145512390	rs35869904	G	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.40;QD=39.02;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	145515346	rs12153109	C	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	145519603	rs67598659	C	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=330;SC=CTCCTGGCCTCAAGTGATCCT;SOR=1.528;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=145519611;WS=145519597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	145519821	rs17493851	G	A	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=57;PP=1782;SC=TAGGCCATTTGTCACTTCACA;SOR=0.926;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=45;TCR=57;TR=101;WE=145519829;WS=145519811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	145519948	rs11951553	C	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=274;SC=CAAGGATATACACTATAGTCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=145519956;WS=145519938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	145522674	rs146274608	T	TTATATA,TTATATATA	495.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0,0;NR=14,14;PP=56,392;SC=ACAAACTATTTTATATATATA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=14,14;WE=145522682;WS=145522664;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:13
chr5	145522912	rs2962504	A	G	4768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=48;PP=2370;SC=ATTTAAATACATAAATCAAAT;SOR=1.253;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=88;TCR=49;TR=135;WE=145522920;WS=145522902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr5	145523105	rs11540217	G	A	5327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=94;PP=2921;SC=TCCCAAGGCAGGTGAGTGCCT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=45;TCR=94;TR=139;WE=145523113;WS=145523095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	145532859	rs17500483	T	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=27;PP=810;SC=AGAGAAGCAATCTCCAAAGTT;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=145532867;WS=145532849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	145532876	rs17500504	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=23;PP=667;SC=AGTTTCTTAAAAGTTTCTTTA;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=145532884;WS=145532866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	145532927	rs17428465	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=294;SC=AGCAATTTTCTAACTTTGCCA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=145532935;WS=145532917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	145533128	rs34090359	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=245;SC=TCTGTGAACATATTTAAAATT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=145533136;WS=145533125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	145533418	rs34342344	T	A	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1231;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CCAAAATGTGTTTATCAAAAT;SOR=0.285;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=73;WE=145533426;WS=145533408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr5	145538924	rs13178516	T	A	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=9;PP=491;SC=CTCTATAGTCTTATTAAGGAT;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=145538932;WS=145538914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	145539123	rs13182567	T	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=19;PP=642;SC=ATTTCTTACATGTCTTGCAAC;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=32;WE=145539131;WS=145539113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	145539996	rs11540214	T	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	145543972	rs3763373	G	A	7739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=60;PP=2704;SC=CATCAGACAGGCCAAGGGATT;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=149;WE=145543980;WS=145543962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr5	145557028	.	C	CAAA	80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=19;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=22;MQ=59.27;NF=2;NR=1;PP=80;QD=27.6666666667;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=145557036;WS=145557018;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,3:0.43:7
chr5	145557388	rs11949351	C	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=28;PP=874;SC=ATCAGCCAGGCGCGGTGGCTC;SOR=1.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=145557396;WS=145557378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	145559173	rs13157279	T	C	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=18;PP=515;SC=TGTGTGTCTGTGTGAGAGAGA;SOR=0.791;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=40;WE=145559181;WS=145559163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	145559214	rs13171596	C	T	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=18;PP=516;SC=CAGGCTGGAGCATAATGGTGC;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=145559222;WS=145559204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	145562143	rs11540215	G	A	6269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=88;PP=2837;SC=TCCCTCTCGGGGATGCCAGGC;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=144;WE=145562151;WS=145562133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr5	145643048	rs7729098	G	A	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=35;PP=1731;SC=CATTTTGTATGTGCAGATGAT;SOR=1.188;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=99;WE=145643056;WS=145643038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	145665354	.	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr5	145851184	rs111857100	C	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.53;QD=32.12;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	145863223	rs139255630	T	TATATCTCTTGC	995.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=2967;SC=ACTAAGAATGTATATCTCTTG;SOR=1.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=145863231;WS=145863213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	145887453	rs12186370	G	A	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=22;PP=1099;SC=TAACATCCACGTGGAAAGAAG;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=145887461;WS=145887443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr5	145890028	rs4705103	A	G	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=25;PP=1226;SC=TCCAAGAATCAGATCAGCACC;SOR=1.234;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=72;WE=145890036;WS=145890018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	145890228	rs1802027	G	A	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=42;PP=1116;SC=TTCCATAGGGGCATCTATTCA;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=145890236;WS=145890218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	145895558	rs17104742	G	A	6619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.062;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.288;SC=CAAGAGAGCCGGGATGATGGT;SOR=0.273;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=83;TCR=85;TR=167;WE=145895566;WS=145895548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr5	146420371	.	T	TA	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr5	146434047	rs5872003	TA	T	960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=561;ReadPosRankSum=1.659;SC=TGTCCAACTGTAAAAAAAAAG;SOR=1.739;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=30;WE=146434068;WS=146434037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr5	146434060	rs2400241	C	T	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=12;PP=1214;SC=AAAAAAAGTCCATGAGATATC;SOR=2.448;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=58;WE=146434068;WS=146434037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	146619206	rs4705132	G	C	4746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr5	146657584	rs6580458	T	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=314;SC=TCTGAGATCATGTTTTAGACA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=146657592;WS=146657574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	146657838	rs6580459	G	A	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=45;PP=1277;SC=TGCTGGGACCGCAAGGAAAGA;SOR=1.146;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=70;WE=146657846;WS=146657828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	146971253	rs7449194	C	T	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=48;PP=1291;SC=GGTTACTCTGCAAAACAGAGG;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=146971261;WS=146971243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	146981164	rs111740872	TCAAAACAAAACAAAA	T	641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	147261812	rs3843496	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=600;SC=GTATCCAGATTAGTTTTCCCT;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=147261820;WS=147261802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	147286054	rs2250145	G	A	6093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=87;PP=2751;SC=GCGAAGTACTGAGACAGCCAT;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=57;TCR=88;TR=144;WE=147286062;WS=147286044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr5	147444785	rs2287772	A	G	98.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.78;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	147444989	rs9325061	G	A	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=23;PP=761;SC=CCAAAGAAAAGTGGTTTGTGG;SOR=0.822;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=147444997;WS=147444979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	147445023	rs1609851	C	G	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=19;PP=543;SC=GTTAATAATACAAACATATTA;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=147445031;WS=147445013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	147445108	rs3036741	TCACACA	T	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=8;PP=541;SC=AGCCTCTCTCTCACACACACA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=8;WE=147445132;WS=147445098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	147445124	rs1007979	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.11;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	147449855	rs1423001	A	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=408;SC=ATGTACTTTTAGCTAACACAA;SOR=1.942;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=147449863;WS=147449845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	147450085	rs3752676	C	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=20;PP=523;SC=TAAATGTATTCTTTTTCTTTC;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=147450093;WS=147450075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	147468234	rs7711953	C	G	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=45;PP=1303;SC=AGTAGGTGCTCTCCTCTTCCT;SOR=1.040;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=76;WE=147468242;WS=147468224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	147468614	rs10038561	A	G	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr5	147468971	rs4529181	G	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=10;PP=772;SC=CAATGTCAGAGGGACTGAGTT;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=147468979;WS=147468961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	147475386	rs6892205	A	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=297;SC=TCCAGCAAGCAGCGTTTTTCA;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=147475394;WS=147475376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	147475488	rs11958432	A	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=13;PP=359;SC=AGTTTGATCAATCTAGTTACA;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=147475496;WS=147475478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	147475513	rs76839946	G	GT	1202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.59;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	147475590	rs11948406	G	A	140.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=72;SC=CACACTACTAGTAGGTTTGCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=147475598;WS=147475580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	147475609	rs62388363	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=48;SC=CTGGAAACTAATTTCTAGTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=147475617;WS=147475599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	147477351	rs140268040	T	TTTTAA	1019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=962;SC=AATTTCTCTTTTTTCTTTGTA;SOR=4.712;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=18;WE=147477359;WS=147477341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	147477551	rs34482796	C	T	7943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=88;PP=2965;SC=ATGTGTCAAGCCTACTTGTGA;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=72;TCR=88;TR=160;WE=147477559;WS=147477541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr5	147478785	rs1422991	C	T	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=58;PP=1916;SC=CTTCTTTTTCCCTCTTATTCA;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=108;WE=147478793;WS=147478775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	147478981	rs11168021	C	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=282;SC=CCCAGAATATCTTAACTCTTC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=147478989;WS=147478971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	147479991	rs2303061	C	T	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1698;ReadPosRankSum=-0.931;SC=AAATATATGGCCAACTTACTT;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=96;WE=147479999;WS=147479981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chr5	147480007	rs2303062	A	G	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=42;PP=1894;ReadPosRankSum=-1.407;SC=TACTTCTTCTATCTCGGCAGG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=101;WE=147480015;WS=147479997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr5	147480027	rs2303063	G	A	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.71;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
chr5	147480112	rs2303065	T	C	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=51;PP=1295;SC=GGAAAGTGCATGGCAACACCT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=88;WE=147480120;WS=147480102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	147480868	rs2303066	G	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	147480955	rs2303067	A	G	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=25;PP=1220;SC=GAAGGAAGGTAAATCAAGAAA;SOR=1.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=147480963;WS=147480945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	147481018	rs2303068	G	A	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	147481430	rs6896303	A	G	6971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr5	147484465	rs34473560	GA	G	757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=197;SC=TCTCAAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=13;WE=147484473;WS=147484455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	147486677	rs880687	C	A	8478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.17;NF=125;NR=93;PP=2965;SC=CTGTCCGTGGCCCAGATGGCA;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=125;TCR=93;TR=218;WE=147486685;WS=147486667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr5	147486818	rs3036740	CGT	C	8794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=99;PP=2950;SC=GAGTATAGACCGTGAGTTATA;SOR=1.405;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=6;TCR=103;TR=105;WE=147486827;WS=147486808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr5	147488367	rs2303071	C	T	2608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=24;PP=1015;SC=AAGGGAAAGTCGAGGCTGAAA;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=62;WE=147488375;WS=147488357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr5	147491532	rs2287768	T	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=24;PP=667;SC=AGGGGTGACATTGGAAGTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=147491540;WS=147491522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	147493831	.	C	CT	588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=36.80;ReadPosRankSum=1.642;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr5	147493833	rs35043219	C	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.36;ReadPosRankSum=1.741;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr5	147493871	rs3815735	G	A	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	147497871	rs6891892	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=6;PP=308;SC=TGAGCCACCGTACCCGGCAAT;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=147497879;WS=147497861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	147497932	rs3777135	T	C	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	147498019	rs3777134	G	A	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=34;PP=1437;SC=GCTGAGTATCGGGAACAAATG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=79;WE=147498027;WS=147498009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	147498523	rs3764926	T	C	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=15;PP=965;SC=GTTAACAAGATGAATATTCAC;SOR=1.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=53;WE=147498531;WS=147498513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	147498652	rs9325073	C	G	5050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=59;PP=1868;SC=TGGCAAGAATCGTCTTTCTGT;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=109;WE=147498660;WS=147498642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	147498669	rs9325074	G	A	7564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.48;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	147498672	rs12518996	G	A	7564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr5	147498763	rs9325075	C	A	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=30;PP=784;SC=ATCAGTGACTCTCACTGATAA;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=147498771;WS=147498753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	147499616	rs17704908	C	T	4813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=47;PP=1938;SC=ATGGAAAACTCATCTGCACTC;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=63;TCR=47;TR=109;WE=147499624;WS=147499606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr5	147499670	rs33920397	C	T	5373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=64;PP=2151;SC=AGACACATGGCAATAAGTGTA;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=117;WE=147499678;WS=147499660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	147504305	rs3036731	C	CT	734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=6;PP=161;SC=ATTACCCTATCTTTTTTTTTA;SOR=1.179;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=9;WE=147504323;WS=147504295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	147504315	rs2052537	A	T	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=6;PP=324;SC=CTTTTTTTTTAATTATTCTGC;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=147504323;WS=147504295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	147504557	rs2052536	T	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=6;PP=136;SC=ACAAGATTTTTGGGGGTTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=147504565;WS=147504547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	147505116	rs3764930	G	A	4259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=44;PP=2130;SC=AGAATGAAGCGGAGGATGCAA;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=109;WE=147505124;WS=147505106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr5	147505227	rs2112767	G	A	6935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=70;PP=2965;SC=CAAGTTTGAAGAAATCACTAA;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=106;TCR=70;TR=176;WE=147505235;WS=147505217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr5	147510776	rs6895434	T	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=13;PP=1615;SC=CCACCCCTCTTCTTGAATGCC;SOR=1.931;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=76;TCF=59;TCR=17;TR=71;WE=147510784;WS=147510766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	147510866	rs2400478	T	C	8204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=103;NR=77;PP=2965;SC=CCAGGATAGGTTATCTTTGTC;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=103;TCR=78;TR=180;WE=147510874;WS=147510856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr5	147549163	rs4269285	T	C	4104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=32;PP=2356;SC=ATACAATGGGTGGAGTAGAGA;SOR=1.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=88;TCR=33;TR=120;WE=147549171;WS=147549153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr5	147554889	rs10052031	A	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=356;SC=TTACTAAATGAAATGTTTATT;SOR=1.426;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=22;WE=147554897;WS=147554879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	147554997	rs147123556	TTTTTTCC	T	3377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=44.44;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	147555029	rs10074328	C	T	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=25.64;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	147585797	.	C	CTCATT	948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=765;SC=TTTAAAAGAACCTAACCACAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=12;WE=147585814;WS=147585787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	147585799	.	TAAC	T	1309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.25;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	147585805	.	C	T	959.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	147585806	.	AC	A	950.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.47;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=12;PP=425;SC=ACCTAACCACACATTCTCATA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=147585814;WS=147585787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	147593497	rs12186491	C	A	6196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=80;PP=2593;SC=GTTCCAGGACCCCAAGGTCTA;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=153;WE=147593505;WS=147593487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr5	147795697	.	A	AT	430.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,28:0.82:34
chr5	148207659	rs372621803	AC	A	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.287;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr5	148407708	rs1432794	A	C	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=82;PP=2917;ReadPosRankSum=0.632;SC=GGAAGCAGAGACGGGCATGGG;SOR=0.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=62;TCR=83;TR=144;WE=148407716;WS=148407698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr5	148562890	rs6886262	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=592;SC=ATGAATTGAAGATACTTTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=148562898;WS=148562880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	148562981	rs6887628	C	A	5032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=43;PP=1725;SC=AGAATCAGGGCCTCTGGATAG;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=103;WE=148562989;WS=148562971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr5	148586451	rs5872113	A	AG	1015.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=8;PP=728;SC=TTCCAGTGTCAGGTGGGAGCA;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=18;WE=148586459;WS=148586441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	148590271	rs368920117	G	A	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=23;PP=1282;SC=CTCATCCTATGTGAACTTCTT;SOR=1.125;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=67;WE=148590279;WS=148590261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	148590423	rs2918281	T	C	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=47;PP=1621;SC=GGCAGGGTGATCTGTGCCTCC;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=148590431;WS=148590413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	148596693	rs3839234	TG	T	6627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=72;PP=2951;SC=AGTGTTATCTTGGCTTCAGGT;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=9;TCR=73;TR=81;WE=148596701;WS=148596683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr5	148610276	rs2918265	C	A	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.089;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;PP=1781;ReadPosRankSum=-1.108;SC=TAAAGGTAAGCAAGCTAGTAG;SOR=0.300;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=93;WE=148610284;WS=148610266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr5	148618708	rs58203769	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=5;PP=572;SC=ACTGCTGCAAACCCTCTCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=148618716;WS=148618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	148618749	rs59032271	C	T	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	148618752	rs59757169	G	A	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	148618964	rs34180939	G	A	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=32;PP=910;SC=AAGCAGGGAAGTGCTGGAGAG;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=148618972;WS=148618954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	148619189	rs11326264	AG	A	3963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=22;PP=2898;SC=CTCAGGGAGGAGGGGGGTCTC;SOR=2.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=78;TCR=25;TR=92;WE=148619197;WS=148619179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	148620224	rs3797315	T	G	10665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=108;PP=2965;SC=GGCGACCACTTCCTGCGTGCT;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=136;TCR=111;TR=242;WE=148620232;WS=148620214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr5	148625972	rs34340554	TA	T	773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=20.36;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	148627054	rs10035236	G	A	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=149;SC=GTGGCTATCTGCCCATTGTTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=148627062;WS=148627048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	148627252	rs9325136	G	A	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=54;PP=2965;SC=AGGCTGCTATGGAGGATGTGA;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=89;TCR=54;TR=143;WE=148627260;WS=148627242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr5	148627503	rs2304609	C	T	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=41;PP=1133;SC=GTAAGCATGGCTCTGGAAGCC;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=148627511;WS=148627493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	148630191	rs1808828	C	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=302;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GGTTAACTGACACAACTGTAT;SOR=0.180;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=20;WE=148630199;WS=148630181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr5	148639062	rs1438688	C	T	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=12;PP=925;SC=CATACCATACCCCCGCCAGTC;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=148639070;WS=148639052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	148651711	rs12054749	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=318;SC=AAAGGTGCCTTCGGCTGCCGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=148651719;WS=148651701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	148678994	rs7715371	G	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=5;PP=976;SC=CCCAACTCTAGGTGGTGGGGG;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=148679002;WS=148678985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	148680020	rs77005424	A	T	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=41;PP=1241;SC=ACATCGCATCATTAAGTCGCT;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=148680028;WS=148680010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	148745379	.	C	G	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=201;SC=CCAGCCTCTTCTGCCACCACT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=148745387;WS=148745374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	148909077	rs12163992	G	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=464;SC=AACTAAATCTGTCTAAAGAGG;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=148909085;WS=148909067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	148930660	rs11556830	G	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	148989122	rs2400891	C	T	1849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=23;PP=708;SC=TAACATATTTCTGGAATTCCA;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=148989130;WS=148989112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	148989312	rs7443869	A	G	325.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.20;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	148989320	rs7447560	T	C	325.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.54;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	148997686	rs6579750	A	G	13729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=0.470;SC=CGTGACATCCACTTTCCTGAG;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=189;TCR=142;TR=328;WE=148997694;WS=148997676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,541:1.00:543
chr5	149006518	rs147615867	TCAGTGG	T	818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=4;PP=725;SC=GGTGGGCCCTTCAGTGGCAGA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=13;WE=149006531;WS=149006508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	149006640	rs9324624	C	T	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=50;PP=2775;SC=CTCTCCCAGCCGCTCCTTCCA;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=89;TCR=51;TR=139;WE=149006648;WS=149006630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr5	149006837	rs7732873	A	G	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=66;PP=1999;SC=CACCGGGGGTACGTGAGCCTT;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=97;WE=149006845;WS=149006827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	149006879	rs7733002	A	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=35;PP=1023;SC=GGGGAAAACCACCCCACAGAA;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=149006887;WS=149006869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	149008403	rs1056993	A	G	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=19;PP=800;SC=CTGGGAAACTACAGCTGTACC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=149008411;WS=149008393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	149008521	rs1135093	A	G	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=16;PP=405;SC=TATTCCCACCATGAACCAGGT;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=149008529;WS=149008511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	149112300	rs41287082	T	G	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.56;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr5	149276373	rs2244836	T	C	7542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=91;PP=2965;SC=GGAAAAAAAATAGGTTACAAC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=93;TCR=91;TR=182;WE=149276381;WS=149276354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr5	149276567	rs30818	T	G	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=30;PP=827;SC=ATGCTTCTGATCTTCAGTTTC;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=149276575;WS=149276557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	149278258	rs30819	A	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=255;SC=CACACTGTACATAAAGCACTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=149278266;WS=149278248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	149283406	rs251346	C	G	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=36;PP=1082;SC=AGACAGTTTTCAATTATTCAC;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=149283414;WS=149283396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	149294595	rs3077235	CT	C	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.349;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr5	149360877	rs30832	T	C	7263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=101;PP=2965;SC=AACCTTCAGATTAAGCCAGGC;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=87;TCR=102;TR=188;WE=149360885;WS=149360867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr5	149384610	rs17712097	C	T	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=616;SC=GCTTGGAGAGCTGCATTGAGG;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=149384618;WS=149384600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	149427387	rs2043284	T	G	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=36;PP=1055;SC=ACTTTTTAGGTCAGGGATATG;SOR=1.122;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=54;WE=149427395;WS=149427377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	149447628	rs216150	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=439;SC=CCAGCAGCTGACTCATGTTGG;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=149447636;WS=149447618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	149456771	rs2855781	CT	AA	33591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=249;NR=172;PP=2947;SC=CAGCTTCCTCCTCAAAACCCT;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=444;TCF=260;TCR=184;TR=421;WE=149456780;WS=149456761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,754:1.00:754
chr5	149457678	rs2228422	G	A	7304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=73;PP=2878;SC=GACTGACCTTGGTGTTGTTGT;SOR=0.794;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=88;TCR=74;TR=161;WE=149457686;WS=149457668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr5	149460553	rs216123	A	G	5908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=68;PP=2377;SC=CGACCAGCTCAGGGACACTGG;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=138;WE=149460561;WS=149460543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr5	149497105	.	G	GCA	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.470;NF=8;NR=4;PP=467;ReadPosRankSum=0.847;SC=GCGCGCGCGCGCGCACACACA;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=12;WE=149497116;WS=149497080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr5	149497107	rs28368814	G	A	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=36.61;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	149513072	rs2240780	A	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=7;PP=452;SC=TCTCACCATCACTCTGCACCC;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=149513080;WS=149513062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	149513626	rs11740355	T	G	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=62;PP=1705;SC=CCACTAGCACTTCAGCTTGGG;SOR=2.435;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=15;TCR=62;TR=77;WE=149513634;WS=149513616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	149515074	rs740750	G	A	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=10;PP=963;SC=GCCTCCAGTTGACAAGAGGGG;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=149515082;WS=149515064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	149516480	rs2240781	C	T	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=12;PP=1058;SC=TGGTGCTTCACGCCCTGCCAC;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=149516488;WS=149516470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	149576233	rs2270145	G	A	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=34;PP=2164;SC=TGGGCTTTTGGGGGAGCTGCC;SOR=1.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=104;WE=149576241;WS=149576223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr5	149576273	rs2270146	C	T	7836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=67;PP=2905;SC=ACCCCGCTCCCGGCAGGCGCC;SOR=0.923;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=100;TCR=70;TR=167;WE=149576281;WS=149576263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr5	149578999	rs731376	T	A	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=38;PP=1075;SC=AAGGCAGGGCTTGGACTGAGC;SOR=2.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=149579007;WS=149578989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	149580819	rs3733680	G	A	5198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=95;PP=2921;SC=CAGAGGGAGGGGCCAGGCCTG;SOR=1.325;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=51;TCR=95;TR=145;WE=149580827;WS=149580809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	149582069	rs10875556	T	C	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=61;PP=2354;SC=GGAGAGTGGCTGGCCAGGGAG;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=137;WE=149582077;WS=149582059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr5	149583175	rs11749558	G	A	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=25;PP=2074;SC=CTGAGTGTGCGTATGGGAGCC;SOR=2.086;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=74;TCR=25;TR=99;WE=149583183;WS=149583165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr5	149583300	rs2240793	T	C	14628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.03;QD=36.94;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr5	149583336	rs2240794	T	C	11937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=42.63;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr5	149583383	rs35380195	G	GGT	870.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=1.560;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.708;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr5	149584197	rs17652561	G	A	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=55;PP=1666;SC=GGTGTATGGTGAGAAGAGCCG;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=89;WE=149584205;WS=149584187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	149584341	rs6878880	T	C	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=17;PP=900;SC=GCTGCTGGCGTTTGTGGGGCC;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=149584349;WS=149584331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	149584863	rs2342283	A	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=59.22;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	149584870	rs4423986	C	A	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	149584881	rs5024534	G	T	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.14;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	149584881	.	GTT	TTC	1351	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=99;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=22;NR=3;PP=1351;QD=56.1787149945;SC=CCACTTCAGGGTTCGGTACAG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=25;WE=149584891;WS=149584853;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr5	149584883	rs5024533	T	C	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.27;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	149584969	rs11428067	A	AG	5762.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=38;PP=2898;SC=TCGGGCCTTAAGCAGTTTAGA;SOR=0.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=64;WE=149584977;WS=149584959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr5	149585025	rs4705426	A	C	7016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=60;PP=2535;SC=GCAGGCCCTCATGGTGTATAG;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=128;WE=149585033;WS=149585015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr5	149602608	rs2241694	A	G	9450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr5	149602824	rs2241695	C	T	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=34;PP=989;SC=CAACCGGGGGCCTCCTGTCTC;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=149602832;WS=149602814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	149610967	rs139987809	AAATAAT	A,AAAT	1401.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.284;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.340;QD=34.19;ReadPosRankSum=0.606;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,9,30:0.22,0.73:41
chr5	149624901	rs377736621	GCCT	G	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,10:0.14:70
chr5	149644597	rs891938	T	G	10581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=103;PP=2965;SC=CAGAGGCTCATGTGAGTCCCC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=118;TCR=103;TR=220;WE=149644605;WS=149644587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr5	149677851	rs6579784	A	G	5774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=73;PP=2965;SC=CGCGCTGGGCATAAAGCATAG;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=94;TCR=73;TR=166;WE=149677859;WS=149677841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	149737221	rs4565199	T	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=2;PP=331;SC=GCCGGAAGTGTGGCGCGCGAG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=149737229;WS=149737211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	149743976	rs891941	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=390;SC=GCCCTTCCTCCGTGCCAGGCA;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=149743984;WS=149743966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	149753988	rs56113366	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=16;PP=528;SC=AGCCAGGCCCGTCCCCAGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=149753996;WS=149753978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	149754991	rs2071238	C	T	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=16;PP=650;SC=CAGTGCCACCCGGGAAGGTGG;SOR=0.826;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=38;WE=149754999;WS=149754981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	149755421	rs2071239	A	G	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=93;PP=2695;SC=GCGAGGAGTCATCGGACAGTG;SOR=1.572;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=34;TCR=93;TR=127;WE=149755429;WS=149755411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	149755744	rs2071240	G	C	9085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.036;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=1.472;SC=GGGCACCCAAGCCCCCCGGAA;SOR=0.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=102;TCR=96;TR=198;WE=149755752;WS=149755734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,343:1.00:344
chr5	149759065	rs151182547	TCTCTC	T	27254.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.15;NF=50;NR=173;PP=2973;SC=CCCTCCAGGCTCTCTCCTCTC;SOR=0.723;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=238;TCF=56;TCR=182;TR=223;WE=149759077;WS=149759055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
chr5	149759096	rs7713638	T	C	15805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=187;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=2.326;SC=TCCCTCCAGGTGAAGCCTTCA;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=386;TCF=189;TCR=197;TR=384;WE=149759104;WS=149759086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,614:1.00:616
chr5	149762739	rs75194147	C	T	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=84;PP=2265;SC=GACCCAGGTGCGCCATGCCTT;SOR=2.218;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=22;TCR=85;TR=106;WE=149762747;WS=149762729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	149763305	rs7715100	A	G	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=43;PP=1350;ReadPosRankSum=-0.560;SC=GTTTAGGACCAGGAGTCTTCT;SOR=0.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=81;WE=149763313;WS=149763295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr5	149776146	.	CAAG	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.584;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,7:0.10:69
chr5	149786925	rs78441286	A	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=8;PP=253;SC=AGGAGGATCCACAGTGGTGGC;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=13;WE=149786933;WS=149786915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	149823785	rs2070844	G	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=7;PP=659;SC=AGGAGAGAAGGCTGGAGTTGA;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=149823793;WS=149823783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	149824067	rs2073472	T	C	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=45;NR=50;PP=1701;SC=GAACATGAAGTGGCCCCATCT;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=149824075;WS=149824057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	149824223	rs2070842	T	C	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=49;NR=58;PP=2053;SC=AAAAACCCTTTTAGACAGGGT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=107;WE=149824231;WS=149824213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	149824308	rs36146597	G	GC	2232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=29;PP=1531;SC=AAGGCTGGGCGCGGTGGCTCA;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=149824316;WS=149824298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	149824355	rs13171800	G	A	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=544;SC=TTGGGAGACTGAGGCTGGTGG;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=149824363;WS=149824345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	149826526	rs4841	C	T	11531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=133;PP=2965;SC=AGATGGTTTCCCTGGGGACAA;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=247;TCF=113;TCR=134;TR=245;WE=149826534;WS=149826516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr5	149826572	rs13183077	G	A	8219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=123;PP=2965;SC=CCAACAAGGAGTGCTTACGAT;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=79;TCR=124;TR=201;WE=149826580;WS=149826562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr5	149901373	rs10075355	G	C	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=35;PP=999;SC=AGCCCCCTCTGCAGCTCAGTG;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=149901381;WS=149901363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	149907533	rs2273235	T	G	7725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=87;PP=2965;SC=ACTGGACGGTTTTCCAGTCAA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=185;WE=149907541;WS=149907523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr5	149907602	rs2273234	A	G	7597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=84;PP=2965;SC=AGTCCATCCCACACCTGGGCG;SOR=1.037;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=210;TCF=126;TCR=84;TR=209;WE=149907610;WS=149907592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr5	149914401	rs2545341	T	C	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=30;PP=2032;SC=GCCCAGTGGGTGGTTCTGAGC;SOR=1.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=104;WE=149914409;WS=149914391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr5	149919739	rs1290147	G	C	8272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=119;PP=2965;SC=ACTCCTGGACGAACCTCCGGC;SOR=0.959;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=200;TCF=80;TCR=120;TR=199;WE=149919747;WS=149919729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr5	149921251	rs2304063	G	C	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=83;PP=2642;SC=GCTCTTGACCGAGCTTCCCCA;SOR=1.344;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=42;TCR=83;TR=125;WE=149921259;WS=149921241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	149931222	rs6579792	T	G	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=2;PP=114;SC=GATTCCCTGGTCTCTGCCATT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=149931230;WS=149931216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	150311622	rs12656542	A	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=13;PP=1353;SC=TATTTTTCCAAATATATTATA;SOR=2.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=62;WE=150311630;WS=150311612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	150311678	rs11167525	A	G	5357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=55;PP=2570;SC=TGATGACTACAACTTGCCTGA;SOR=1.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=88;TCR=56;TR=143;WE=150311686;WS=150311668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr5	150311773	rs7727919	T	C	8740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=110;PP=2965;SC=GAATGACCCCTTGTAATACTT;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=97;TCR=110;TR=205;WE=150311781;WS=150311763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr5	150311857	rs10719367	CT	C	3538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=59;PP=2711;SC=CTCTCTCTGTCTGAAAAAAAA;SOR=1.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=3;TCR=64;TR=62;WE=150311865;WS=150311847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	150323530	rs112582282	GTGGGAGAAGGTCGTGA	G	2444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=29;PP=2965;SC=AGGCCATCCTGTGGGAGAAGG;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=29;WE=150323553;WS=150323520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	150407456	rs8177447	T	C	7069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=60;PP=2728;SC=ACACTCCTCTTATCCCTGCTC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=86;TCR=60;TR=146;WE=150407464;WS=150407446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr5	150410135	rs3924	G	A	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=387;SC=AGGGACTGGTGTACAAGCTGG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=150410143;WS=150410125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	150413406	rs2233305	A	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=634;SC=ACAGGCTGCAAAGGACACCCA;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=150413414;WS=150413396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	150415338	rs2287720	C	T	2512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=59;PP=1581;SC=CAGGCCCAGACTCCCATGCCT;SOR=2.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=75;WE=150415346;WS=150415328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	150489390	rs1133202	A	G	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=19;PP=806;SC=TGTCTCCACTAGGTGTGTCTG;SOR=0.829;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=44;WE=150489398;WS=150489380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	150496853	rs11747529	C	T	7799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=117;PP=2965;SC=TCCTCATCAGCTACACAGGGA;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=68;TCR=117;TR=185;WE=150496861;WS=150496843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr5	150504097	rs373180208	TGA	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=216;ReadPosRankSum=-0.804;SC=GCACGAGAGCTGAGAGAGAGA;SOR=0.917;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=8;WE=150504108;WS=150504087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr5	150506104	rs3079845	A	AAC	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.271;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr5	150509258	rs144537590	T	TTTTG	459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.79;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	150510757	rs2303032	C	T	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=26;PP=1128;SC=ATAGTCCTCTCCCCAAACCCC;SOR=0.946;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=65;WE=150510765;WS=150510747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	150511910	rs2303033	G	A	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=51;PP=2811;SC=TAGAATTCACGGCCCACATGG;SOR=1.204;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=143;WE=150511918;WS=150511900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	150512459	rs62379668	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=350;SC=AAGTAATTGCGGTTTTTGCCA;SOR=3.500;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=150512467;WS=150512452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	150518358	rs3213802	A	G	10727.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=43.97;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr5	150518358	.	AG	GA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=22;MQ=60.17;NF=56;NR=87;PP=2947;QD=20;SC=AGGTCCTGGCAGGTGGGGAAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=60;TCR=91;TR=143;WE=150518367;WS=150518348;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,143:0.95:151
chr5	150518359	rs3213803	G	A	10727.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=45.07;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr5	150518392	rs144973641	G	GGAA	5303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=70;PP=2976;SC=AGAGGAAAGAGGAAGAGTAGT;SOR=1.951;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=1;TCR=78;TR=71;WE=150518400;WS=150518382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr5	150518435	rs3213804	T	G	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=40;PP=1141;SC=AATGAGCACTTACTCTGGCAG;SOR=2.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=45;WE=150518443;WS=150518425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	150518725	rs45534934	C	T	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=1;PP=90;SC=GCCCAGCATACAGCAGGTGCT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=150518733;WS=150518719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	150518892	rs3214444	GC	G	10041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=53;PP=2951;SC=CACCCCATGGGCCCTCCGGTT;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=84;WE=150518906;WS=150518882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	150518898	rs181564475	C	T	10114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=54;PP=2404;SC=ATGGGCCCTCCGGTTGCTGTG;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=81;TCR=55;TR=135;WE=150518906;WS=150518882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr5	150518988	rs2228458	G	A	6963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;MQRankSum=0.172;QD=24.78;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,279:0.99:281
chr5	150562526	rs13184280	A	C	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=18;PP=1369;SC=TCCTTTGACCAGTCCCCCCAC;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=69;WE=150562534;WS=150562516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	150603444	rs248461	C	G	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=35;PP=1455;SC=CCGCACTCCCCTCTCCTCTGA;SOR=0.868;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=83;WE=150603452;WS=150603434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr5	150632832	rs1048719	G	A	6994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=76;PP=2697;SC=GCTTCTCGCGGCCCCTGCGCA;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=76;TCR=76;TR=152;WE=150632840;WS=150632822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr5	150639439	rs153478	A	G	10710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=113;NR=121;PP=2965;SC=CCTCAGTGTCATGGGCAGCAC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=113;TCR=122;TR=234;WE=150639447;WS=150639429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr5	150639621	rs2277029	C	G	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=25;PP=654;SC=TTCAGACACTCTTTCACAGGT;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=26;WE=150639629;WS=150639611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	150647040	rs9324685	C	T	5396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=85;PP=2907;SC=CAGAATGGAGCGGTGTGAGGA;SOR=0.907;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=65;TCR=85;TR=150;WE=150647048;WS=150647030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr5	150647156	rs9324686	T	C	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=35;NR=50;PP=1622;SC=TGAAAATCATTTTGTACCACT;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=85;WE=150647164;WS=150647146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	150660769	rs1368393	A	G	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=40;PP=1184;SC=ATTGGATGTGAAAGGTGATGT;SOR=1.166;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=150660777;WS=150660759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	150660794	rs1368394	G	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=31;PP=822;SC=CCCCGGAAGGGCCATTGAGGA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=150660802;WS=150660784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	150663561	rs10043175	T	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	150663565	rs1347147	A	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.96;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	150664343	rs10476766	G	C	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=41;PP=1422;SC=TTGCCTGGTAGAAAGCTGGGT;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=75;WE=150664351;WS=150664333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr5	150666843	rs6579846	A	C	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=37;PP=1938;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CCATGCTCCCAAGGGTGGTGA;SOR=0.311;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=91;WE=150666851;WS=150666833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr5	150666962	rs12520516	G	A	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=51;PP=1612;SC=TCCAGGATGGGGGTCAGCGTC;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=150666970;WS=150666952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	150667016	rs978012	T	C	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=33;PP=946;SC=ACGTGGGCTTTTTCCACCATC;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=150667024;WS=150667006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	150667771	rs246499	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	150667775	rs6579847	A	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.10;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	150668620	rs72105756	C	CA	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=37.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	150668649	rs10071719	T	C	245.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=35.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	150677976	rs2431072	T	C	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=5;PP=996;SC=TGTGCCCCCTTCAGGGATGCT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=150677984;WS=150677966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	150682975	rs6887412	T	C	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=47;PP=1225;SC=GAGCCTCTGATGGGTCTTTCT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=70;WE=150682983;WS=150682965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	150683005	rs28481793	T	C	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=41;PP=968;SC=CCATGGCTGCTGACCTGAGAT;SOR=2.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=150683013;WS=150682995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	150683055	rs6866481	G	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=20;PP=474;SC=GCTGGCTGAAGCCTGAAGTGC;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=150683063;WS=150683045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	150696447	rs369907	C	T	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=37;PP=1467;SC=CGTCCAGGGCCTGGTAGGTCC;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=75;WE=150696455;WS=150696437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	150696498	rs428064	G	A	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=33;PP=1187;SC=TGATCAGGGCGTCCTTGAAGA;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=150696506;WS=150696488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	150696540	rs431240	C	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=29;PP=1108;SC=CTGAGTAGAACGTGGTGACCT;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=150696548;WS=150696530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr5	150704758	rs246496	A	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=289;SC=TCTAGACCTCAGTTTCCCAGC;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=150704766;WS=150704748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	150722675	rs2431079	G	A	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=31;PP=968;SC=CAGAGACCTCGGGCTTTGACA;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=150722683;WS=150722665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	150723806	rs192192	G	A	6264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=70;PP=2572;SC=CCTTTCACCAGGTGAATCAAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=73;TCR=71;TR=143;WE=150723814;WS=150723796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr5	150838284	rs35256722	C	G	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.98;SOR=1.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	150838293	rs35074529	T	C	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.21;SOR=1.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	150843996	rs415426	T	C	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	150848653	rs10709981	TA	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=0.802;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,17:0.19:88
chr5	150886616	rs7723079	G	A	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=20;PP=1600;SC=GGTTGGATGCGTGGTAGCTAA;SOR=1.847;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=78;WE=150886624;WS=150886606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	150886725	rs7723266	G	A	8590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr5	150886882	rs1105168	G	A	5660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=69;PP=2965;SC=GCTGGGTTCCGGTTGGTTGAG;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=148;TCF=77;TCR=71;TR=145;WE=150886890;WS=150886872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr5	150887184	rs75548276	G	GAGA	4856.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=62;PP=2967;SC=TGCGGAGACAGAGTAGTCAGG;SOR=1.652;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=6;TCR=67;TR=68;WE=150887192;WS=150887174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr5	150907753	rs41290581	C	T	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=28;PP=775;SC=CCTGGGAGTACAGGGGGAAAC;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=150907761;WS=150907743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	150917545	rs3816007	G	A	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=51;PP=1467;SC=AGACTGTGGGGACTGCATTCA;SOR=1.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=83;WE=150917553;WS=150917535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr5	150923405	rs6892335	A	G	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=45;PP=1875;SC=GCTGTTAATGAAGAAGTGCCT;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=84;WE=150923413;WS=150923395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	150925144	rs3797875	A	G	4446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=55;PP=2126;SC=CAAATAATACAGGGCTTCCTT;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=113;WE=150925152;WS=150925134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr5	150931082	rs55719915	C	G	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=30;PP=1475;SC=AGTTATAGTTCGACCTTCTCC;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=79;WE=150931090;WS=150931072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr5	150942919	rs6872614	A	G	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=29;PP=1770;SC=AATCCCATGTAGTTCCCACTG;SOR=1.239;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=89;WE=150942927;WS=150942909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	150946966	rs1465690	G	A	6357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=66;PP=2781;SC=TCCCCAGGTAGGGGTCAATAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=134;WE=150946974;WS=150946956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr5	150948537	rs1469680	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	151167457	rs150650549	C	CGT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr5	151169791	.	CAA	C	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=1.536;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr5	151180451	rs200261823	AT	A	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=4.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,29:0.26:111
chr5	151771817	rs1363422	C	T	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=18;PP=912;SC=GAGAGGGCTGCTGGGAGGTGA;SOR=1.013;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=49;WE=151771825;WS=151771807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	151784183	rs3749787	G	A	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=48;PP=1668;SC=CGAGGATCCTGAGGGCCCGGC;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=85;WE=151784191;WS=151784173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	151784731	.	GA	G	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=2.747;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr5	153029852	rs35033669	ACTGT	A	3252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=19;PP=1820;SC=ACAAATCCTGACTGTCTGTCA;SOR=1.134;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=34;WE=153029863;WS=153029842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	153029960	rs707176	T	C	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=35;PP=1364;SC=CAGTCAACATTTTGACAACCA;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=71;WE=153029968;WS=153029950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	153035525	rs2963944	A	G	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=51;PP=1508;SC=TGAACTGAGTAGGTGGAAGGG;SOR=1.460;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=75;WE=153035533;WS=153035515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	153085668	rs140268951	T	TTTTGTTTGTTTG	1165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=11;PP=2992;SC=AATGCTATGGTTTTGTTTGTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=11;WE=153085676;WS=153085658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	153144216	rs3813470	A	G	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=44;PP=1391;SC=TTGTCCCAAGACACTTTCACA;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=77;WE=153144224;WS=153144206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	153677361	.	TGA	T,TTCCCCGA	892.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.36;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=813;SC=CTCTTTGTACTGAGCAAAAAC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=13;WE=153677371;WS=153677351;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:20
chr5	153677362	.	GA	CT	653	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=12;NR=0;PP=653;QD=58.8723229052;SC=TCTTTGTACTGAGCAAAAACT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=12;WE=153677371;WS=153677351;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,12:0.57:21
chr5	153677363	.	A	ATCCCCCT	892.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=44.64;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	153709043	rs1004976	G	A	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=23;PP=1868;SC=AGGAAGTGGGGTTTGCAGTTA;SOR=1.991;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=96;TCF=73;TCR=23;TR=94;WE=153709051;WS=153709033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	153726929	.	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.706;QD=0.65;ReadPosRankSum=-1.502;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
chr5	153783587	rs4958733	A	G	5381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=55;PP=2375;SC=TGCTGAGTGCACTAAGGGATG;SOR=0.977;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=80;TCR=55;TR=135;WE=153783595;WS=153783577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr5	153788991	rs2112605	G	C	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=57;PP=2542;SC=ATTTTTGATGGAACATAAAAT;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=133;WE=153788999;WS=153788981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	153835378	rs1007404	C	G	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=1.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr5	153856974	rs1846966	C	G	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=43;PP=2177;SC=TGGCCTGAGGCTGCTCACCGC;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=118;WE=153856982;WS=153856964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	153857407	rs138460675	C	T	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=49;PP=1578;SC=CAGGGAAGTCCGGGGCAGCGT;SOR=1.064;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=81;WE=153857415;WS=153857397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr5	153975576	rs936581	G	A	8192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=99;NR=78;PP=2965;SC=AGCATCTCCCGTCCCAGTGAA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=177;WE=153975584;WS=153975566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr5	154065382	rs33982250	TA	T	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.482;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr5	154065496	rs4958759	G	C	6639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr5	154193735	rs863649	A	G	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=40;PP=1182;SC=AGTCCCAGGAAAGGGGACAAT;SOR=1.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=51;WE=154193743;WS=154193725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	154268902	rs816739	C	T	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	154271391	rs702743	A	C	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=26;PP=787;SC=TTTCTTATCAACCAAGAAGCA;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=154271399;WS=154271381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	154271948	rs816736	G	A	7766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=122;NR=79;PP=2965;SC=GTCACTTACCGTCAGGGAGAA;SOR=1.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=122;TCR=79;TR=201;WE=154271956;WS=154271938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr5	154275962	rs816747	G	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=311;SC=GGATGATCTCGAGAGCTCTCC;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=154275970;WS=154275952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr5	154287016	rs76813157	T	TGAAAAAAAA	1201.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.07;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	154287115	rs6580119	T	C	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=31;PP=1577;SC=GACACGACCATGAAATCCTAG;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=83;WE=154287123;WS=154287105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	154291219	rs6580121	A	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=12;PP=1037;SC=TTCCTTGCTCAATCCTGATCA;SOR=1.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=52;WE=154291227;WS=154291209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	154291409	rs1974777	C	T	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=66;PP=2141;SC=CAGTCGACCTCGATGTCCTCG;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=115;WE=154291417;WS=154291399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr5	154291496	rs1974776	G	A	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=1004;SC=GACATTTTCTGGTTATTCTAT;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=154291504;WS=154291486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	154300940	rs348739	A	C	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=36;PP=1124;SC=CCCAGGCTAAAGTATATACAG;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=69;WE=154300948;WS=154300930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	154306972	rs2258437	T	C	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=15;PP=1134;SC=TAGAAAGTAATAGCTGTTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=154306980;WS=154306962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	154308282	rs2644743	C	T	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=28;PP=777;SC=ATGAAGTCACCGGTGGTTCAT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=42;WE=154308290;WS=154308272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	154308307	rs1035368	G	A	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=23;PP=622;SC=CACAGTCTGCGCTGTAAAAGC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=154308315;WS=154308297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	154311235	rs2644744	T	C	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=30;PP=888;SC=AGCTATCTCTTTCATAGGTCT;SOR=2.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=36;WE=154311243;WS=154311225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	154311576	rs2544866	T	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	156074654	rs141437738	TAAATTGA	T	1789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=1772;SC=CGTGAATACATAAATTGAAAG;SOR=2.038;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=30;WE=156074668;WS=156074644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	156376703	rs6873053	A	G	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=19;PP=677;SC=AGTAGACTCAACACTACTCCA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=156376711;WS=156376693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	156381370	rs7724832	G	A	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=15;PP=1124;SC=TGATCCCATTGTCCATTAACC;SOR=1.926;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=156381378;WS=156381360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr5	156381895	.	C	CT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chr5	156390297	rs6882076	T	C	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=89;PP=2767;SC=GGTGGGACTCTTTAGTTTCAT;SOR=1.248;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=51;TCR=89;TR=138;WE=156390305;WS=156390287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	156464212	rs4704837	T	G	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=25;PP=1683;SC=CAGGCAATTTTGCTGTACATC;SOR=1.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=84;WE=156464220;WS=156464202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	156469452	rs70984428	CA	C	94.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=11.84;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	156479323	rs1553318	G	C	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=12;PP=1562;SC=TGGATGGTCCGCAGCTCCTCA;SOR=2.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=66;WE=156479331;WS=156479313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	156479424	rs1553317	A	C	10582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=158;NR=112;PP=2965;SC=AGGTAGAGACAGTTGTTGTCA;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=272;TCF=158;TCR=114;TR=270;WE=156479432;WS=156479414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr5	156479509	rs1553316	A	G	14182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=97;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=214;NR=214;PP=2965;SC=CATTGTCGTCAGAACAGTCGT;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=432;TCF=215;TCR=217;TR=428;WE=156479517;WS=156479499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr5	156479557	rs141023871	GTTGGAACAGTCGTCA	G	11948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.818;NF=36;NR=173;PP=2933;ReadPosRankSum=2.009;SC=AACAGTTGTCGTTGGAACAGT;SOR=0.689;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=232;TCF=37;TCR=195;TR=209;WE=156479579;WS=156479547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,459:0.99:464
chr5	156482099	rs2270925	T	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.22;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	156482099	.	TTA	CTT	848	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=16;NR=6;PP=848;QD=40.9758124937;SC=GAACAAGAGTTTATTTAAAAA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=156482109;WS=156482089;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	156482101	rs2270924	A	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.22;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	156482459	rs1809941	G	T	5719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=62;PP=1811;SC=TCCAGCACATGGATGTGACAG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=108;WE=156482467;WS=156482449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	156525920	rs371359315	AAG	A	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=209;ReadPosRankSum=1.802;SC=CTGCTATAAAAAGAGAGAGAG;SOR=1.422;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=9;WE=156525931;WS=156525910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr5	156531561	rs2902306	C	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=12;PP=464;SC=TTCAGGTGCACGGAGATATCC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=156531569;WS=156531551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	156531736	rs1036199	C	A	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=24;PP=774;SC=GTCTCTCTGCCGAGTCGGTGC;SOR=0.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=43;WE=156531744;WS=156531726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	156531865	rs1036200	A	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=12;PP=327;SC=CAATTAAGAAAGAGAAATACA;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=156531873;WS=156531855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	156640563	rs143962660	C	CT	1016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.160;HP=15;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=247;ReadPosRankSum=0.945;SC=TAACTTTTTTCTTTTTTTTTG;SOR=1.109;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=20;WE=156640571;WS=156640553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,52:0.91:57
chr5	156644775	rs5872504	T	TC	3483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=22;PP=1539;SC=TCTGTTGTTTTCCTGGGCCCT;SOR=0.856;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=156644783;WS=156644765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	156644939	rs246747	G	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=27;PP=787;SC=CGCTAGCTCCGGGTGCAGGTG;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=156644947;WS=156644929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	156670950	rs113512645	A	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=533;SC=ATACAATCAAACTCTTCACAG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=156670958;WS=156670940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	156721863	rs5872508	T	TC	5487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=48;PP=2266;SC=CCCGGGCCATTCCCAGGTGAG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=80;WE=156721871;WS=156721853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr5	156721986	rs7724099	C	A	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.282;NF=32;NR=59;PP=1692;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TAAAGCAGGTCCTCTTATCCA;SOR=1.170;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=91;WE=156721994;WS=156721976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,130:0.98:132
chr5	156723913	rs1600014	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=234;SC=GCCCTACACATCCCTGGGTGA;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=156723921;WS=156723903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	156741583	rs895309	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=347;SC=CAATTCACGTACCATACGATT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=156741591;WS=156741573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	156742186	rs6897056	G	A	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=447;SC=CAAGAAAACAGCATCGGTTGC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=156742194;WS=156742176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	156747584	rs7730231	C	T	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=17;PP=1429;SC=TGGGACACCACGGGCCCTAGA;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=76;WE=156747592;WS=156747574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr5	156747614	rs6555939	G	T	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=38;PP=2306;ReadPosRankSum=1.063;SC=TTGTAGTGACGTTTTCCCATG;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=85;TCR=39;TR=123;WE=156747622;WS=156747604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr5	156747632	rs2863198	C	G	6558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=93;NR=60;PP=2457;SC=ATGGTGAAACCTGGTCTAAGT;SOR=0.939;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=93;TCR=60;TR=153;WE=156747640;WS=156747622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr5	156747669	rs1823035	A	G	9928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=83;PP=2965;SC=CCAGCGTCCTACAGGCAATTC;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=115;TCR=84;TR=198;WE=156747677;WS=156747659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr5	156749860	rs143886830	TTC	T	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.583;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,19:0.24:80
chr5	156750834	rs34143712	G	GA	1056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,59:0.89:66
chr5	156760214	rs13181919	C	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=484;SC=CCAGGAAACCCCTCCCACCTG;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=156760222;WS=156760204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	156760799	rs1900158	G	A	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=8;PP=1173;SC=TCACAGGTGTGCAGTAGTATA;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=156760807;WS=156760789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr5	156761070	rs12656549	C	T	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=54;PP=1564;SC=ATTTCAGTGCCTTCAAAAGCG;SOR=1.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=72;WE=156761078;WS=156761060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr5	156762071	rs10077387	A	G	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=15;PP=1141;SC=TGGACAAAGTATAAAAATAAA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=59;WE=156762079;WS=156762061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	156762245	rs9313545	A	G	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=71;PP=2062;SC=GGTTACTATAAGGATAAAATG;SOR=1.219;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=36;TCR=71;TR=107;WE=156762253;WS=156762235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr5	156763650	rs10036098	T	C	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=14;PP=927;SC=CTTTCGTTGATGAGCTCTTTC;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=156763658;WS=156763640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr5	156763684	rs10043769	C	T	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=25;PP=1192;SC=AAGTTGCCCACTGGGGTGTTT;SOR=1.046;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=64;WE=156763692;WS=156763674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	156763823	rs10038052	G	A	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=45;PP=1442;SC=GCTTTGGTGCGTTGAGCCCTG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=77;WE=156763831;WS=156763813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	156763921	rs11134699	C	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=21;PP=602;SC=GGGTTACATACTGTGCAGGGA;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=156763929;WS=156763911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	156765981	rs3734026	G	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=567;SC=TGTCACTTGCGTGAACAGAAG;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=156765989;WS=156765971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	156766037	rs3734027	A	G	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=16;PP=1143;SC=GCAAGTCCTCAGCAGTTGTGG;SOR=1.450;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=59;WE=156766045;WS=156766027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	156766273	rs3734028	G	A	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	156770133	rs10037485	C	T	8800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=104;PP=2965;SC=TGGCAACGGACACACCAGAAC;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=103;TCR=105;TR=207;WE=156770141;WS=156770123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr5	156770653	rs13182147	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=15;PP=411;SC=GGGCACTCATGTTGCCCTCAT;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=156770661;WS=156770643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	156770688	rs10061992	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=341;SC=AATGGAGGCCGAGAGGTTCTG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=156770696;WS=156770678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	156811673	rs112263751	C	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=11;PP=273;SC=TGGGGCCGGGCGCGGTGGCTC;SOR=1.828;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=156811681;WS=156811663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	156887473	rs77243217	G	A	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=20;PP=935;SC=CAAAGCTGGGGAGGGGCAGGG;SOR=0.779;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=46;WE=156887481;WS=156887463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	156898899	rs4704869	G	A	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=25;PP=760;SC=AAAAGGTCAGGTTGGGTTCTG;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=156898907;WS=156898889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	156899290	rs9313607	T	C	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=4;PP=639;SC=GCCCTAGACATTGCCTGCACC;SOR=2.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=156899298;WS=156899280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	156899869	rs4704870	T	C	11808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=220;PP=2965;SC=AACCCACTGTTATTAGACTGG;SOR=2.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=330;TCF=108;TCR=222;TR=321;WE=156899877;WS=156899859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr5	156916279	rs11466796	GC	G	1197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=707;SC=CCCAAGCACGGCCAGCAAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=156916287;WS=156916269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	156926534	rs11466776	C	T	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=12;PP=823;SC=GTCCTGTGGTCCCACTGTCAG;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=156926542;WS=156926524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	156926777	rs12522418	A	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.10;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	156932859	rs11466770	T	A	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=77;PP=2273;ReadPosRankSum=-0.789;SC=AGGGGACAGATCTGCCTCTGC;SOR=0.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=128;WE=156932867;WS=156932849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr5	156936364	rs1422795	T	C	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1568;ReadPosRankSum=-0.924;SC=CGCCTCCAACTGAGAAAGGAC;SOR=0.832;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=87;WE=156936372;WS=156936354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr5	156936549	rs1422794	G	T	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	156946049	rs2042247	A	G	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=41;PP=1216;SC=TGTGGTGGCCATCACTCATAT;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=156946057;WS=156946039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	156946803	rs11465284	C	A	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=8;PP=895;SC=AGGGGACAAGCCTGTCCCCAG;SOR=2.511;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=43;WE=156946811;WS=156946793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	156957741	rs3822696	C	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=450;SC=GTCCTTGCCTCAGCCTTGTCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=156957749;WS=156957731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	156957784	rs3734032	C	A	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=11;PP=1050;SC=GGAGAGTGCCCGGTGCCACCT;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=156957792;WS=156957774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	157002552	rs6556092	A	G	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	157065306	rs35793864	G	A	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=15;PP=952;SC=GTGGTGTCCCGAACAGTGTGG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=157065314;WS=157065296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	157075943	rs72284585	TAC	T	2287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=38;PP=1960;SC=TAATGTGCCATACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=41;WE=157075952;WS=157075933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	157094771	rs36105993	TAC	T	1843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=2.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=2.462;SOR=1.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,68:0.64:106
chr5	157106794	rs34600005	C	T	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=27;PP=1172;SC=GCGAAGTAATCCTAATCTCAC;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=63;WE=157106802;WS=157106784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr5	157158326	rs2270821	G	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=1;PP=623;SC=CATCCTCTTTGCCTGGGAGGT;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=157158334;WS=157158318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	157158372	rs2270820	T	C	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=11;PP=1121;SC=AGACTATGACTGCCCTACGGC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=157158380;WS=157158362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	157158393	rs35260937	G	A	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=23;PP=1486;SC=TAGAGTAGCCGCGAAGAGAAC;SOR=1.480;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=80;WE=157158401;WS=157158383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	157164889	rs2270813	T	C	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=12;PP=850;SC=ATTTTTATTTTCTCAGGGAAC;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=157164897;WS=157164879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	157164962	rs2270812	T	C	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=54;NR=37;PP=1405;SC=AATAATGAGCTGCCGATGTAT;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=91;WE=157164970;WS=157164952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr5	157165597	.	G	GT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=4.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-1.400;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr5	157178592	rs56398160	TA	T	3169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=48;PP=2042;SC=ATATCTTCTATAATATTTAAA;SOR=1.455;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=49;WE=157178600;WS=157178582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	157180930	.	C	CT	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr5	157236505	rs61251519	T	TA	293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=-1.225;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr5	157246972	rs17054956	G	T	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=5;PP=397;SC=CTGTGTGAGTGCTGTGTTTAG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=157246980;WS=157246962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	157247160	rs254673	G	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=12;PP=333;SC=AGATCTATTAGAAGTTATTTT;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=157247168;WS=157247150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	158140222	rs3734105	G	A	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=35;PP=1028;SC=CCATTTTTTCGGTGCCAGGTA;SOR=1.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=158140230;WS=158140212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	158511579	rs58969283	C	CA	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr5	158523522	rs7442701	C	T	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=47;PP=1438;SC=CCCCCGCTGGCGAGCCAGGCA;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=158523530;WS=158523512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr5	158523584	rs6556385	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=606;SC=CTCCGCCCCCTGTTCCTGACT;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=158523592;WS=158523574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	158526534	.	T	TA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=-1.307;SOR=1.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,18:0.19:97
chr5	158588633	rs139682876	GAAAAA	G	1611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.344;NF=5;NR=17;PP=315;SC=CCCAGAACCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.914;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=22;WE=158588645;WS=158588623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr5	158697481	rs3734104	C	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=16;PP=606;SC=TAGAAGTAATCAGTTGTCATG;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=158697489;WS=158697471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	158705370	rs12520035	A	G	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=39;PP=1190;SC=AAGGTAAGACATACTTTTACT;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=158705378;WS=158705360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	158710419	rs1433046	C	T	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=110;SC=CATCAGTGACCCCAGTATATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=158710427;WS=158710409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	158743846	rs11574790	G	A	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=31;PP=1070;SC=AAGGAAAGCTGTGAAGACCCC;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=158743854;WS=158743836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr5	158747564	rs919766	A	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=417;SC=TGTGTTACACATTGGGGAGAG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=158747572;WS=158747554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	159478089	rs5872626	GT	G	317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.625;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,23:0.85:27
chr5	159505208	rs4360078	C	A	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	159516404	rs4590210	C	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=6;PP=436;SC=GAGATGGCAGCGGGGACGGGG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=159516412;WS=159516403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	159516431	rs4441910	G	C	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=8;PP=399;SC=GTTGCCCAGAGTGGTCTCGAA;SOR=1.148;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=159516439;WS=159516421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	159665523	rs10071756	C	T	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.43;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	159665527	rs10056227	G	A	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.83;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	159665534	rs10079413	A	G	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.02;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	159665599	rs2277954	G	A	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=30;PP=1385;SC=CTCTGTCCCGGCTGCTTCTTT;SOR=1.028;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=77;WE=159665607;WS=159665589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	159665726	rs10071871	C	T	6388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.59;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	159665733	rs2277953	C	T	6062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.24;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	159707554	rs372269963	G	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=7;PP=319;SC=GGCAGGAGACGGCCACGGTGT;SOR=0.968;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=19;WE=159707562;WS=159707544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	159707993	rs59603436	T	C	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=41;PP=937;SC=TTCCTTCCCATGGGAAAGGTT;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=159708001;WS=159707983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	159766379	rs13360090	C	A	707.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=29.49;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,21:0.88:24
chr5	159766380	rs61666605	A	AC	263.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=13.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr5	159776637	rs10053189	C	T	10660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=137;PP=2965;SC=CTGGCTCCCCCTTCTTGCCCT;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=291;TCF=153;TCR=138;TR=288;WE=159776645;WS=159776627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr5	159835658	rs2961944	A	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=14;PP=333;SC=ATGTATTACCATCTGAGAATT;SOR=1.075;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=159835666;WS=159835648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	159839317	rs1579074	T	C	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=131;SC=ATGAACTGTATACAAAGTATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=159839325;WS=159839307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr5	159840688	rs2961949	T	C	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=35;PP=1127;SC=GAAAACTTCATACAACTTTTA;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=43;WE=159840708;WS=159840678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	159840700	rs12522744	A	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=32;PP=810;SC=CAACTTTTACAGAGTGGGCAC;SOR=3.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=159840708;WS=159840678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	159842465	rs2910190	A	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=209;SC=CCCCCTCCTCAAGGTCTCTAC;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=159842473;WS=159842455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	159851211	rs2910203	G	C	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=173;SC=GACTTCCACTGTCACTAACCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=159851219;WS=159851201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	159912418	rs2910164	C	G	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=25;PP=923;SC=TGTCAGACCTCTGAAATTCAG;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=159912426;WS=159912408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	160043071	rs4921308	C	A	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=29;PP=797;SC=CCTGTTTGAACTTCCCTACAT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=160043079;WS=160043061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	160043108	rs113179038	A	AT	894.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=38.90;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	160043109	rs17052845	C	T	952.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;QD=41.42;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	160044855	rs1363199	G	A	5938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=63;PP=2712;SC=AGCACGCTTGGAGGAATTGTT;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=146;WE=160044863;WS=160044845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr5	160047265	rs6862674	C	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=768;SC=CCAGGTGACACTACAACTTGA;SOR=4.548;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=29;WE=160047273;WS=160047261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	160049355	rs2032804	C	T	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=7;PP=394;SC=GCCTTCTACTCCTCTACCTCC;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=160049363;WS=160049345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	160063134	rs34471074	G	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=5;PP=321;SC=TTACAAAGTTGTAGGAGTTTT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=160063142;WS=160063124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	160097429	rs3828604	T	C	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=25;PP=1173;SC=CTTGCATCCTTTCTATGACTT;SOR=0.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=40;TCR=26;TR=65;WE=160097437;WS=160097419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	160097453	rs1990888	A	C	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=36;PP=1608;ReadPosRankSum=0.154;SC=CATTGAAGATATTAGAAAGAG;SOR=0.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=85;WE=160097461;WS=160097443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr5	160097496	rs958912	A	G	4410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=49;PP=1539;SC=TTCACGACACATCTTTGCTTG;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=160097504;WS=160097486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	160097632	rs958911	G	A	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=18;PP=488;SC=AGTCTCCCACGCGCACATCCT;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=160097640;WS=160097622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	160763821	.	C	CA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.236;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,40:0.18:218
chr5	160972443	rs70990788	T	TA	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr5	161115889	rs12515485	C	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=231;SC=GGTGTATAGGCTAGTGAATAA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=161115897;WS=161115882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	161116903	rs4921402	C	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=32;PP=851;SC=TGCTGTTTTGCAGTGATGAGT;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=161116911;WS=161116893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	161119071	rs12522663	G	T	9154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=121;NR=115;PP=2965;SC=TCTTCTCTGCGCTTATCGAGT;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=237;TCF=121;TCR=116;TR=236;WE=161119079;WS=161119061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr5	161128761	rs4277944	C	G	7168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=88;PP=2965;SC=CAATGGAAGTCAGTAGCAGTG;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=69;TCR=89;TR=157;WE=161128769;WS=161128751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr5	161281245	rs1129647	T	C	6492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=62;PP=2338;SC=TCCTAGATGGTTATGACAATC;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=130;WE=161281253;WS=161281235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	161292685	rs41304896	C	T	8182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=111;NR=88;PP=2965;SC=CTAATAAGGACGGTTGACAGA;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=111;TCR=88;TR=199;WE=161292693;WS=161292675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr5	161302728	rs4260711	G	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=40;PP=1044;SC=AGAAAAACGCGTAGATAAGGG;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=161302736;WS=161302718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	161309752	rs11135172	T	G	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=59;PP=1659;ReadPosRankSum=1.699;SC=AGAAGAAGAATAATATTTTGT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=81;WE=161309760;WS=161309742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr5	161322652	.	G	GT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.942;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,17:0.18:95
chr5	161524944	rs373227825	GA	G	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.391;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr5	161529571	rs211035	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=7;PP=305;SC=GTCTCGTTCTATTGCCCAGGC;SOR=0.880;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=161529579;WS=161529561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	161576418	rs211014	C	A	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=24;PP=1072;SC=GCAGTTTGGGCTCCAAGATGA;SOR=1.036;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=42;WE=161576426;WS=161576408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	161579441	rs211013	A	G	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	162890953	rs380101	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=208;SC=GATTTAAACAGCAAAAAGGTA;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=162890961;WS=162890943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	162891894	rs3756648	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=251;SC=AATGGGTTAAGTGTATGAATC;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=162891902;WS=162891884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	162940739	rs964945	G	A	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=37;PP=1184;SC=TAGAAATTAAGGTTTTGTAGA;SOR=2.348;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=49;WE=162940747;WS=162940729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	162945387	rs200442777	CT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=3.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.258;QD=0.26;ReadPosRankSum=0.035;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,27:0.19:139
chr5	167182055	rs1862875	G	A	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=19;PP=1050;SC=CCCAGCTTACGCCGATGGTGA;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=58;WE=167182063;WS=167182045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	167182362	rs77397415	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=392;SC=TTAACAGTAGTTGTGAATTCT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=167182370;WS=167182352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	167303317	rs1862198	G	A	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=33;PP=949;SC=GGGAGCATCAGGGTGAAATGC;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=167303325;WS=167303307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	167489049	rs11411759	C	CT	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr5	167553880	rs10055910	C	T	5418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=74;NR=51;PP=2203;SC=GCATTGAGCACGGGACCTGTA;SOR=0.913;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=125;WE=167553888;WS=167553870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	167576239	rs10040595	A	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=371;SC=CCGCGTCTCCACTCTCAGCCA;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=167576247;WS=167576229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	167576513	rs35438448	T	TG	4120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=34;PP=1721;SC=CCGAGGCATGTTAGGAAAACA;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=42;WE=167576521;WS=167576503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	167589932	rs1560649	G	C	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=499;SC=TGCCAGGGGGGATCTCTGGGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=167589940;WS=167589922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	167625771	rs1874460	G	C	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=14;PP=1336;SC=TCTGCCCATCGCATGGCCATC;SOR=1.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=59;WE=167625779;WS=167625761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr5	167626142	rs2291784	G	A	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=54;PP=1589;SC=GTGCCAGGGCGGGACTCTCAG;SOR=1.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=73;WE=167626150;WS=167626132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	167631278	rs74878072	A	C	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=17;PP=1601;SC=CGAGCACTGAAGATTCCTAAT;SOR=1.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=78;WE=167631286;WS=167631268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	167645888	rs1363560	T	C	3605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=44;PP=1344;SC=TGGGCACCAATGGAGGCCTCA;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=81;WE=167645896;WS=167645878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	167653364	rs3733985	T	C	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=55;PP=1778;SC=TGGGAGGACTTCCAGAGACCC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=87;WE=167653372;WS=167653354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	167653394	rs3733986	A	G	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=43;PP=1224;SC=CTAGCTTTCTATTTTATTCAA;SOR=2.265;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=57;WE=167653402;WS=167653384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	167674370	rs3733988	C	T	6080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=79;PP=2895;SC=TCAACCAGATCATCACCACTG;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=144;WE=167674378;WS=167674360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr5	167674472	rs17070023	G	A	7329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=85;PP=2965;SC=ACTGGATGACGGTGCAATATG;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=99;TCR=85;TR=183;WE=167674480;WS=167674462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr5	167675392	rs12189266	C	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=22;PP=670;SC=GATTCTGCCACCAAAGGTGGG;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=167675400;WS=167675382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	167689296	rs17632540	C	T	5789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=76;PP=2374;SC=TGCTGAACAACGCCTACTACC;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=144;WE=167689304;WS=167689286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr5	167824840	rs10064053	T	C	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	167835766	rs6887919	T	C	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=942;SC=TGGCCAGGGGTTCTCTGCAGG;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=167835774;WS=167835756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	167837202	rs888888	C	T	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=281;SC=CTTCACAAGACAGAGAGTGAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=167837210;WS=167837192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	167850748	rs12054944	A	G	10535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=134;PP=2965;SC=TCCGGCCCTCAGGCTGCATCA;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=144;TCR=134;TR=278;WE=167850756;WS=167850738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr5	167851168	rs4976606	A	G	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=26;PP=787;SC=GTCGATATTTACTGACTGCTT;SOR=1.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=167851176;WS=167851158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	167855568	rs3733982	T	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.38;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	167858371	rs3822660	GT	TG	16218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=106;NR=95;PP=2947;SC=GGGTATCCATGTCCTATCCAG;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=113;TCR=100;TR=201;WE=167858380;WS=167858361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr5	167891668	rs62384143	G	A	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	167891830	rs3203960	T	C	6410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=77;PP=2800;SC=GCACAGCCAATTGACCCAGGA;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=80;TCR=77;TR=157;WE=167891838;WS=167891820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr5	167913510	rs244903	G	A	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=47;PP=1747;SC=GAGGATGGACGTACTGGTGTC;SOR=0.704;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=97;WE=167913518;WS=167913500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	167913603	rs193466	C	T	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=32;PP=838;SC=CAGGCTCTGACTCCTGCCCAA;SOR=1.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=167913611;WS=167913593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	167913661	rs35439881	CAG	C	933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=953;SC=CTGGTCCTCTCAGAGTGGAGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=167913670;WS=167913651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	167919623	rs184957	T	A	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=4;PP=640;SC=TGATGATGGTTTTACGTACAT;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=30;WE=167919631;WS=167919613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr5	167921047	rs2432642	C	G	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=438;SC=TTGTATTGAACATGAGTCCTT;SOR=1.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=167921055;WS=167921037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	167933673	rs34318878	C	CT	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=1.986;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr5	167943827	rs653568	G	A	6085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=66;PP=2322;SC=CATCCGTTGCGTATGGCTGCA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=125;WE=167943835;WS=167943817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr5	167956362	rs1870053	C	G	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=20;PP=825;SC=CGGTAGAGCCCGTCCTGCCCC;SOR=0.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=48;WE=167956370;WS=167956352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	168098463	rs292486	A	G	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=84;PP=2716;SC=GGCGCAAGGCAGAGAGGCCGG;SOR=0.913;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=66;TCR=84;TR=150;WE=168098471;WS=168098453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr5	168112927	rs35305517	G	C	2743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=44;PP=1243;SC=TTCACAGAAGGGTCCACTGGA;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=168112935;WS=168112917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	168175205	rs11748347	C	G	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=23;PP=1553;SC=CTCCCCCCGGCAGTTTCGCCA;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=77;WE=168175213;WS=168175195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr5	168176517	rs2304035	A	G	7543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=64;PP=2965;SC=CCTGGATGGGAATCTCCTTGA;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=91;TCR=64;TR=155;WE=168176525;WS=168176507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr5	168180081	rs10036727	C	T	7131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=81;PP=2710;SC=CTCACACAGCCGATCAAGTTA;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=75;TCR=82;TR=156;WE=168180089;WS=168180071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr5	168181066	rs76476428	G	A	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=35;PP=1036;SC=TGGTCTTGATGCCGGGAGGGG;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=168181074;WS=168181056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	168181168	rs870723	T	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=440;SC=CTCCCTGAACTTTGGTCTTCA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=168181176;WS=168181158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	168187760	rs2288797	G	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=642;SC=CTGGGAGGGAGTGGAGCAGAG;SOR=2.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=168187768;WS=168187750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	168188048	rs7725649	A	T	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=370;SC=TCGGTGAAGGACCACAGAGCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=168188056;WS=168188038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	168189501	rs2288796	C	T	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	168195356	rs11134527	G	A	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.07;NF=42;NR=84;PP=2439;SC=CCCACTGAGCGTGATTAGTAT;SOR=1.373;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=126;WE=168195364;WS=168195346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	168212951	rs891921	A	G	4466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=57;PP=1831;SC=CAGTCCCTTGACAATCTCGGT;SOR=0.957;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=93;WE=168212959;WS=168212941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr5	168216489	rs2247645	G	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=7;PP=677;SC=CACCTCCTGAGAAATATGGTT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=168216497;WS=168216479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	168216767	rs891928	C	T	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=45;PP=1255;SC=AATTCATTTACTCATAGTGCA;SOR=1.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=168216775;WS=168216757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr5	168233413	rs3797716	G	A	10443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=163;NR=117;PP=2965;SC=TGAATTCTCCGGCGACAGTTG;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=280;TCF=163;TCR=117;TR=280;WE=168233421;WS=168233403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr5	168244256	rs67968410	G	C	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=44;PP=2562;ReadPosRankSum=0.908;SC=GGAGCTCATGGGTGGGTGGGT;SOR=1.087;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=93;TCR=45;TR=137;WE=168244264;WS=168244246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,186:0.99:187
chr5	168244506	rs35712765	G	GA	2326.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=45;PP=1926;SC=CATGGTCACAGGTGAAGTGTG;SOR=3.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=46;WE=168244514;WS=168244496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	168250429	rs1875977	C	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=301;SC=TGGTTGTGACCGCAAGACCAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=168250437;WS=168250419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	169021610	rs4493692	C	T	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=55;PP=1815;SC=AACGTCAGCTCATCAGTATGA;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=95;WE=169021618;WS=169021600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr5	169028481	rs3797713	T	C	10397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=108;PP=2965;SC=AGTTTCTATATACACACCAGT;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=122;TCR=110;TR=230;WE=169028489;WS=169028471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr5	169031150	rs3777084	T	C	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=27;PP=1010;SC=TGTAAGAAATTACACCCTATT;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=169031158;WS=169031140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	169031218	rs2042248	G	T	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=17;PP=559;SC=GTAAAGACTTGTCTTTAATAA;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=169031226;WS=169031208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	169097474	rs2306564	G	C	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	169097940	rs2306565	G	A	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=15;PP=1033;SC=GCATAATGTAGTTGGTGTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=169097948;WS=169097930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	169098265	rs12656761	C	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=27;PP=687;SC=TTGAGTCAGGCAGGTGGAGGT;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=169098273;WS=169098255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	169101599	rs2244445	C	T	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=65;PP=1781;SC=GCTTGCGTGCCGTTGTTACCA;SOR=1.445;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=100;WE=169101607;WS=169101589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	169129422	rs2306559	A	G	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=52;PP=1815;SC=AGGATGGCAAAACGCTGCCTG;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=39;TCR=52;TR=91;WE=169129430;WS=169129412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	169138909	rs2306558	G	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=10;PP=655;SC=TTAACTCATTGTGTTCTGAGC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=169138917;WS=169138899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	169267589	rs72231023	CGAT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=0.059;SC=GGAGATATGGCGATGATGATG;SOR=0.527;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=3;WE=169267599;WS=169267585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr5	169310213	rs17646221	A	C	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=29;PP=1419;SC=GTATGGAGTTACTTACTTCAG;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=169310221;WS=169310203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr5	169422920	rs2059110	A	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=316;SC=AACAGCCCCGAGTCTAGAGTG;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=169422928;WS=169422910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	169468243	rs2270895	A	G	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=30;PP=777;SC=AAGAAAAAGAATCCAAATATT;SOR=2.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=169468251;WS=169468233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	169468929	rs2270897	A	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=457;SC=GTGTGTTGGCAGGGTGGTTCC;SOR=2.584;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=169468937;WS=169468922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	169472765	rs6884561	C	G	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=25;PP=1799;SC=CCTCAGCAAGCGCTCTGCAAA;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=85;WE=169472773;WS=169472755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr5	169474325	rs905155	A	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=6;PP=517;SC=AGAGTGATTAACACAGTCCCT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=169474333;WS=169474315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	169483630	rs188806164	T	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=10;PP=734;SC=CAGGGTCAGATCGGGTGTCAG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=169483638;WS=169483620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	169507067	rs9885452	A	G	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=40;PP=2337;SC=CATAGAAACCATGCCACGCCC;SOR=1.439;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=91;TCR=41;TR=128;WE=169507075;WS=169507057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr5	169509929	rs55803405	G	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=754;SC=AAAGCCATGCGTGGAACATCG;SOR=1.436;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=39;WE=169509937;WS=169509919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr5	169535522	rs10063424	T	C	11722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=146;PP=2965;SC=TGCTCAGCTATGGAGGATCTG;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=290;TCF=143;TCR=147;TR=288;WE=169535530;WS=169535512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr5	169661994	rs957998	G	C	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr5	169678814	rs56860754	G	C	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=68;PP=1712;SC=CCCAGGAATCGGGATTTTTCA;SOR=1.479;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=28;TCR=68;TR=96;WE=169678822;WS=169678804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr5	169680306	rs141527769	C	CA	507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=466;ReadPosRankSum=0.795;SC=CCCACTCCCCCAAAAAAATAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=17;WE=169680314;WS=169680296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr5	169685163	rs315717	C	T	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=36;PP=1050;SC=GCAAAGGTCTCTGATGCACTG;SOR=1.195;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=54;WE=169685171;WS=169685153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	169685708	rs1702380	G	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=4;PP=432;SC=TCCATTTTACGATAGTTATGC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=169685716;WS=169685698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	169686007	rs432621	T	C	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=294;SC=CAGTTATACATCTTCATAATA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=169686015;WS=169685997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	169695446	rs2292254	C	T	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	169695611	rs366122	C	A	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=12;PP=283;SC=CCCACATGAGCCCCAGCCACG;SOR=1.981;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=169695619;WS=169695601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	169697707	rs315745	G	A	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=6;PP=903;SC=CAGAAAATCCGGAAACGGGCC;SOR=3.202;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=38;WE=169697715;WS=169697697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	169698028	rs315744	A	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=37;PP=1112;SC=ATAACCCGGGACCAGGCAGCC;SOR=2.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=169698036;WS=169698018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	169715038	rs315721	A	G	4463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=60;PP=1900;SC=GAAGACACATATGGCAGGCAG;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=117;WE=169715046;WS=169715028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr5	169910084	rs4867968	G	T	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=19;PP=759;SC=AAGTGGAACTGGGGCCCGCAG;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=44;WE=169910092;WS=169910074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr5	170145584	rs6555913	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=213;SC=GGTGTTTGACGCAGAGGCTGA;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=170145592;WS=170145578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	170149573	rs2277952	C	T	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=4;PP=826;SC=GAGCTCTTCACAGAGCATAGC;SOR=3.556;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=170149581;WS=170149564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	170149674	rs12514966	A	T	5887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=70;PP=2683;SC=ACACTGTCTGATGGCTTGATG;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=152;WE=170149682;WS=170149664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr5	170159997	rs17650650	C	T	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=536;SC=TGTGTCCAACCCTGTACTAAG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=170160005;WS=170159987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	170160749	rs4868018	G	A	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=28;PP=1207;SC=GCTCCAGCTCGTTACTCTGAG;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=170160757;WS=170160739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	170162666	rs1363712	T	C	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=24;PP=1698;ReadPosRankSum=-0.814;SC=GTTTTCTCCATATAGGAAACC;SOR=1.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=80;WE=170162674;WS=170162656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,102:0.98:104
chr5	170395885	rs2446049	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=201;SC=TTAGCATCAGTAAGTTAAGAT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=170395893;WS=170395875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	170610273	rs6555936	G	A	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=49;PP=2927;SC=AACATTTTACGAATAGTTGAG;SOR=1.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=145;WE=170610281;WS=170610263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	170640827	rs4867648	C	A	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=66;PP=1860;SC=TGGTTTGTGTCTTTCCAAGGT;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=84;WE=170640835;WS=170640817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	170720755	rs2914330	T	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=419;SC=CAGAGTCTAGTCCGTTTGTCC;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=19;WE=170720763;WS=170720745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	170813951	rs28411383	C	CT	367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=501;SC=GCTGGGGTGCCTCGGAGTTTG;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=170813959;WS=170813941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	170815125	rs2071276	G	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	170818897	rs3830032	A	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.73;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr5	170818906	rs3830033	T	A	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.14;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	170818964	rs138910433	G	GGT	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	170818969	rs3830034	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.92;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	170819887	rs3830035	G	A	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=50;PP=1422;SC=AACAGCTCTTGTTCATGAGTA;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=80;WE=170819895;WS=170819877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	170827115	rs6555952	C	A	7321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.58;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr5	170827118	rs6555953	A	G	7291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr5	170847555	rs6555955	T	C	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=36;PP=808;SC=TCCTGGGCGCTGAGCCCAGTG;SOR=5.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=40;WE=170847563;WS=170847545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr5	171200659	rs27947	T	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=6;PP=490;SC=TCAAGCCAGATGCCCTCAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=171200667;WS=171200649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	171200997	rs26400	C	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=21;PP=529;SC=TTGTGCATTTCTTGTGTGTGC;SOR=1.552;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=30;WE=171201005;WS=171200987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	171201499	rs12153230	G	C	7966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=88;PP=2965;SC=ACCTCGGATGGCCGAGGGGAT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=98;TCR=89;TR=186;WE=171201507;WS=171201489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr5	171217371	rs11950253	G	A	8258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=100;PP=2965;SC=ATGTTAAGGGGACCTCCATAA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=96;TCR=100;TR=196;WE=171217379;WS=171217361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr5	171532887	rs3111482	C	T	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=49;PP=1342;SC=GCCTACACGACGCCCTTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=70;WE=171532895;WS=171532877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr5	171533782	rs2306961	T	C	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=51;PP=1821;SC=AGGGCGTGTCTTTCATGGTCT;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=171533790;WS=171533772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	171534682	rs3836825	T	TGCCCACAGGCTGACCGGGC	1068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=1708;SC=GCAGGGCGTGTAGCCCTTGTC;SOR=3.383;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=171534690;WS=171534672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	171554516	rs2029523	A	G	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=43;PP=1183;SC=GGGTCCACCCATGCCCAATGC;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=171554524;WS=171554506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	171760544	rs35951290	TA	T	834.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	171760546	rs3204110	A	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	171760569	rs12033	A	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=4;PP=693;SC=GAAAGAAGTCAAATGGTAAAG;SOR=2.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=34;WE=171760577;WS=171760559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr5	171785892	rs2569232	A	G	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=40;PP=1375;SC=CTGGGGAAGCAAGAGTGCAGA;SOR=0.757;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=77;WE=171785900;WS=171785882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	171800897	rs2731717	A	G	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=50;PP=1559;SC=TTCTGCCGGGAAACTGAGATT;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=82;WE=171800905;WS=171800887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	171808930	rs2731722	C	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=252;SC=CACAGGGGCTCAGCCGACGAA;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=171808938;WS=171808924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	171849289	rs6873315	A	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=551;SC=GTGAGCCACCACGCCCAGCCA;SOR=1.880;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=30;WE=171849297;WS=171849279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	171849471	rs17074773	G	A	6718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr5	172196711	rs2431663	G	T	5964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=71;PP=2516;SC=TCAAGGCAGTGATGCCCAAGG;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=135;WE=172196719;WS=172196701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr5	172261583	.	G	GC	611.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.78;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	172261593	rs63376061	T	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.28;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	172294194	rs793027	G	T	8481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.942;SC=GACCTTTATCGTGCTACCTGG;SOR=0.064;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=201;TCF=95;TCR=106;TR=195;WE=172294202;WS=172294184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,332:0.99:335
chr5	172336616	rs2302957	C	T	7233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=82;PP=2965;SC=TCCCCCGCAGCTGAGATCTTT;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=87;TCR=82;TR=168;WE=172336624;WS=172336606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr5	172347440	rs13187960	G	A	13371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=167;PP=2965;SC=GAGACCCCACGGTGACCTCGT;SOR=0.850;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=299;TCF=126;TCR=173;TR=292;WE=172347448;WS=172347430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,520:1.00:520
chr5	172381973	rs80167678	A	AGGT	7680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=61;PP=2974;SC=TTCCCTGGGAAGTTGCGGAAG;SOR=0.827;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=77;WE=172381981;WS=172381963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr5	172384088	rs72814121	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=1;PP=365;SC=TCCAAACCCAAGCGATTTGGG;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=172384096;WS=172384078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	172396394	rs505788	C	T	7436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=87;PP=2965;SC=GAAATAAAGACCTGTTTTCTC;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=100;TCR=90;TR=186;WE=172396402;WS=172396384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr5	172421760	rs11296906	AT	A	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr5	172494981	rs582067	C	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=25.09;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	172512686	rs671387	C	T	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=11;PP=502;SC=TCCCAAAGTGCTGGGATTACA;SOR=1.036;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=172512694;WS=172512676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr5	172578549	rs374928255	AT	A	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-1.411;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr5	172585927	rs5745160	TC	T	8512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=103;PP=2966;SC=CCTCTTGTTTTCAGCTTGGTG;SOR=1.066;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=121;TCF=14;TCR=107;TR=117;WE=172585935;WS=172585917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr5	172588027	rs255303	G	T	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=9;PP=212;SC=TGGACAAAAGGAGAAAGCATG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=172588035;WS=172588017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	172745269	rs4041247	A	AAG	515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.72;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr5	172753089	rs10076089	A	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=51;PP=1435;SC=CATTTGAAATAAAAGTTAACA;SOR=2.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=61;WE=172753097;WS=172753079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr5	173376506	rs12652907	A	G	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=35;PP=1709;SC=TTTGTTGTTTATTAGATGAGA;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=89;WE=173376514;WS=173376496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr5	173382761	rs13168379	G	A	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=1;PP=608;SC=CTTAAAAGATGAACTATCCAT;SOR=5.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=173382769;WS=173382753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	174152100	rs2048152	G	A	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=31;PP=1060;SC=GGAGCGGGGGGCGGGTGTTCC;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=174152108;WS=174152090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	174156168	rs4242182	T	C	9306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=70;PP=2965;SC=CTAGGACATATGAGCCCTACC;SOR=1.228;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=221;TCF=150;TCR=71;TR=218;WE=174156176;WS=174156158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr5	174178774	rs7709117	G	A	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=48;PP=1644;SC=GCTCTTGGGCGGCCGCGTTTC;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=82;WE=174178782;WS=174178764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr5	174178900	rs80254234	C	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=28;PP=871;SC=CCCCTCTGTTCGGCAGGAGAT;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=174178908;WS=174178890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	174868840	rs155417	T	C	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=62;PP=2140;SC=CCAATATGACTGATAGGGCTG;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=127;WE=174868848;WS=174868830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	174943551	rs3215174	GA	G	815.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=9;PP=346;SC=TCAAATGGTTGAAAAAAAAAG;SOR=1.493;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=18;WE=174943559;WS=174943541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	175530166	rs146119027	G	C	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-4.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.503;NF=67;NR=21;PP=1294;ReadPosRankSum=-1.296;SC=ACCTCAAGCAGTGTTACTGAA;SOR=0.580;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=235;TCF=172;TCR=63;TR=88;WE=175530174;WS=175530156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,82:0.43:189
chr5	175665427	rs70991519	G	GC	94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.12;QD=23.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	175717216	rs72645798	C	T	50486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1895;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.046;NF=504;NR=487;PP=2965;ReadPosRankSum=1.156;SC=CCATGCCCACCGAGAGCCTCA;SOR=0.266;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=999;TCF=505;TCR=494;TR=991;WE=175717224;WS=175717206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1881:1.00:1882
chr5	175717627	rs151017862	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=721;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQRankSum=-8.371;QD=0.47;ReadPosRankSum=4.649;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:610,102:0.14:712
chr5	175721896	rs72645800	A	T	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=372;SC=TGAACTCGGGAGGCAGAGCTT;SOR=1.179;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=19;WE=175721904;WS=175721886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	175721962	rs113772037	C	T	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.93;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	175763596	rs67874748	G	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=334;SC=GATTCTGTGGGCTTCCATGGT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=175763604;WS=175763586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	175772208	rs17622467	C	T	11109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=110;PP=2965;SC=GTTCCGTGATCGACCGAAAGG;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=135;TCR=110;TR=243;WE=175772216;WS=175772198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr5	175774865	rs2241577	G	T	8238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.065;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.315;SC=ACAGCTCCCGGTATACAATAT;SOR=0.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=84;TCR=90;TR=174;WE=175774873;WS=175774855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,323:0.99:326
chr5	175786437	rs78874879	CATT	C	2064.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=10;PP=1405;SC=TAGCTTAAAACATTAATAAGG;SOR=2.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=175786447;WS=175786427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	175793532	rs2303666	C	T	9149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=86;PP=2965;SC=CCACCTGGGGCTTCAACTCCG;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=122;TCR=86;TR=208;WE=175793540;WS=175793522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr5	175793717	rs3815898	C	T	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=56;PP=1602;SC=CACCGCTCTCCGGGGCACAGG;SOR=2.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=72;WE=175793725;WS=175793707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr5	175811094	rs56989856	C	CGT	15789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.125;NF=63;NR=109;PP=2974;ReadPosRankSum=0.632;SC=GGAGTGTGCACGTGTGTGTAA;SOR=0.809;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=203;TCF=70;TCR=133;TR=172;WE=175811102;WS=175811084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,400:1.00:402
chr5	175813564	rs17078187	A	T	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=483;SC=TACCCATGCCAGAGATTTACT;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=20;WE=175813572;WS=175813554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	175843461	rs33956988	CG	C	1527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=39;PP=1444;SC=ACCCGAGCCGCGGGGGAGCCG;SOR=2.256;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=40;WE=175843469;WS=175843451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	175915835	rs2963667	C	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	175916083	rs10054778	T	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=228;SC=GGAGCTGAAATTTAGGCCAAA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=175916091;WS=175916073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr5	175927262	rs377249587	CAG	C	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=1.444;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,18:0.19:96
chr5	175933691	rs113700453	TGTGTGTGC	T	1437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=5;PP=904;SC=ACTTCAGAGTTGTGTGTGCGT;SOR=2.049;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=17;WE=175933716;WS=175933681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	175934026	rs71713898	G	GA	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,25:0.28:90
chr5	175934069	rs143846032	T	A	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	175956177	rs2241584	G	A	9985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=102;PP=2965;SC=TTGGTCCGCTGGAGCCAGAAC;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=209;TCF=106;TCR=103;TR=207;WE=175956185;WS=175956167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr5	175956271	rs890835	A	C	6942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=103;PP=2965;SC=ACCCAGGAGCAGACCTGGGCA;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=79;TCR=103;TR=181;WE=175956279;WS=175956261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr5	175957241	rs61430626	A	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=233;SC=TCAGCCCAGCAGGCCTGCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=14;WE=175957249;WS=175957231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	175959334	rs73341026	C	T	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=30;PP=1165;SC=GGCCCCCATGCCCCAGCACCA;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=175959342;WS=175959324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr5	175992258	rs6556275	A	G	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=26;PP=1107;SC=GGGTGGGCTCAGGTCAGACCC;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=64;WE=175992266;WS=175992248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr5	175992519	rs4523018	T	A	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=25;PP=1602;SC=GGGCCAGCCCTGTGCTTGGCT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=175992527;WS=175992509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	175994173	rs11392917	C	CT	1171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.487;QD=13.17;ReadPosRankSum=-1.345;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,73:0.82:89
chr5	175995935	rs10056130	C	T	8044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=0.920;SC=GGCTCACCACCGGCCCCTTCT;SOR=0.359;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=87;TCR=78;TR=163;WE=175995943;WS=175995925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,309:1.00:310
chr5	176001975	rs1078450	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=528;SC=CTGGTGCCAGTGGCGTGACTG;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=176001983;WS=176001965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	176002144	rs4242200	A	C	7446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=60;PP=2965;SC=ATGGCTCCATAGTCCTCAATG;SOR=1.032;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=100;TCR=60;TR=160;WE=176002152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr5	176002873	rs3762969	C	T	6263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=49;PP=2965;SC=CTGTCAGAACCCTGCTCTCTA;SOR=1.297;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=99;TCR=50;TR=148;WE=176002881;WS=176002863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	176002926	rs3762968	C	A	8313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=83;PP=2965;SC=TGGCTCTCTGCCCTCTGCCCT;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=126;TCR=83;TR=209;WE=176002934;WS=176002916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr5	176004312	rs11749537	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=8;PP=400;SC=CGGGCGGGGCATCCAGAGATA;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=176004320;WS=176004302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr5	176004476	rs11134982	T	C	5618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=56;PP=2233;ReadPosRankSum=1.435;SC=GAGCGGGCAGTGGGCTCAGCC;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=136;WE=176004484;WS=176004466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,220:0.98:224
chr5	176004846	rs1565149	C	T	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=99;PP=2869;SC=AGCAAGCGGGCGTGCATGTGT;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=43;TCR=99;TR=142;WE=176004854;WS=176004836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr5	176004866	rs35146200	A	AGT	2837.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.430;NF=11;NR=50;PP=2803;ReadPosRankSum=-1.994;SC=TGAGTGTGAGAGTGTGTGTGT;SOR=0.477;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=93;TCF=13;TCR=80;TR=61;WE=176004874;WS=176004856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,85:0.86:99
chr5	176004903	rs11747451	T	C	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=48;PP=1264;SC=GGGGTGGCCATGAGTGAATCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=176004911;WS=176004893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	176005175	rs1565150	A	C	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.43;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
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chr5	176005477	rs2358747	C	T	7350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr5	176008238	rs4867840	G	T	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=12;PP=1107;SC=CAGGCCTGATGACTGCCTGCG;SOR=2.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=51;WE=176008246;WS=176008228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	176011264	rs752139	T	C	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=36;PP=1323;SC=GATCCAGGTATGTGCTCCCTG;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=176011272;WS=176011254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr5	176011889	rs4868660	G	A	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=84;PP=2946;SC=TCTCAGTGGCGGCCAACGGCT;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=57;TCR=84;TR=141;WE=176011897;WS=176011879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr5	176017549	rs4868662	C	T	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=38;PP=1171;SC=TTCCCTCACACTCATCTTTCT;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=176017557;WS=176017539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr5	176018545	rs11134984	G	A	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=75;PP=2089;SC=AGTGACGGTGGTGGTGGTGAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=31;TCR=75;TR=106;WE=176018553;WS=176018535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr5	176024880	rs4868663	C	T	6293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=52;PP=2965;SC=CCCCTGCTTCCCCTGGTGCTG;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=104;TCR=52;TR=156;WE=176024888;WS=176024870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr5	176025938	rs6556276	T	C	5339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=73;PP=2203;SC=TCCAAGGGCATGGGATCTGCC;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=139;WE=176025946;WS=176025928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr5	176053336	rs72322414	GGTGT	G	1679.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;QD=40.97;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	176053645	rs2291441	C	G	5359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=59;PP=2533;SC=GAGTCTCCCCCGCCCCCGCCC;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=140;WE=176053653;WS=176053635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	176056529	rs4868669	A	G	13965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=135;NR=154;PP=2965;SC=CCCGCCCCTTACCCACCGACG;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=295;TCF=139;TCR=156;TR=289;WE=176056537;WS=176056519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr5	176069831	rs901740	G	A	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=23.55;SOR=1.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr5	176069862	.	C	CT,CCTCCCCG,CTCCCCG	477.73	.	AC=1,0,0;AF=0.500,0.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=7.782;HP=13;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.238;NF=3,3;NR=62,62;PP=701,82;ReadPosRankSum=0.532;SC=TCCCCCCCCCCCCCCGCCCCA;SOR=0.136;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=4;TCR=68;TR=65,65;WE=176069874;WS=176069852;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.39:80
chr5	176069863	.	C	CT	958.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=11.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.441;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.128;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr5	176069866	.	C	G	1578	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=13;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=21;MQ=59.97;NF=7;NR=56;PP=1578;QD=25.5995430563;SC=CCCCCCCCCCCGCCCCAGGTG;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=73;TCF=12;TCR=61;TR=63;WE=176069874;WS=176069852;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,63:0.86:73
chr5	176069866	rs56115420	C	CGCCCG,CCGCCCG	3183.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.27;QD=41.35;SOR=3.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,31,46:0.40,0.60:77
chr5	176081856	rs13183320	A	G	6383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=88;PP=2965;SC=GGCTCCTGGGATGGGCCTGGC;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=78;TCR=88;TR=165;WE=176081864;WS=176081846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr5	176083175	rs6878977	T	G	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=63;PP=1796;SC=GGGTACTGGGTTGGGTATGAG;SOR=1.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=94;WE=176083183;WS=176083165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr5	176083997	rs4868677	G	A	9069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=173;PP=2965;SC=CCTGGCCTACGCAGGCCTCTG;SOR=1.331;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=91;TCR=174;TR=264;WE=176084020;WS=176083987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr5	176308870	rs61042413	C	CAG	23501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=130;PP=2930;SC=TGTGTGCACTCGGCAGAAGGC;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=82;TCR=135;TR=210;WE=176308878;WS=176308860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
chr5	176516537	rs3135918	C	G	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=19;PP=843;SC=AGCTCTTTTCCCTCCCTATTT;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=176516545;WS=176516527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr5	176516953	rs434434	A	G	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=25;PP=1055;SC=TGAGCTCCTTACCTGGGTGTG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=57;WE=176516961;WS=176516943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr5	176517136	.	CGT	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.269;NF=4;NR=5;PP=181;ReadPosRankSum=-1.781;SC=TGTGTGTATGCGTGTGTGTGT;SOR=0.490;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=9;WE=176517147;WS=176517126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr5	176517292	rs442856	A	G	5390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=58;PP=2464;SC=CATGCGTTGCAAAGTGCTTGT;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=129;WE=176517300;WS=176517282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	176517326	rs422421	T	C	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=61;PP=2207;SC=GGTGTGTTCTTTGTACACAGG;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=120;WE=176517334;WS=176517316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr5	176517461	rs446382	T	G	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=34;PP=1829;SC=AGCCTGTGCGTCTGTGCTGTG;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=176517469;WS=176517451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	176519287	rs393923	G	A	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=7;PP=1068;SC=TATGGGTGCCGGTGGTCAGGG;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=176519295;WS=176519277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	176523562	rs31777	C	A	8250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=77;PP=2965;SC=CCCCGGTCGTCGGGAGGGCGC;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=95;TCR=77;TR=172;WE=176523570;WS=176523552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr5	176523597	rs31776	A	G	9854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.929;SC=CCCTGGCCCTACCTCCAGGTG;SOR=0.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=203;TCF=106;TCR=97;TR=200;WE=176523605;WS=176523587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,378:1.00:379
chr5	176563079	rs79928962	A	G	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=35;PP=1125;SC=ATGTATATATACAGGCCACTT;SOR=1.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=46;WE=176563087;WS=176563069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	176630984	rs7721671	T	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=49;SC=GTATGATCTATTCTAGGTTGT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=176630992;WS=176630974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr5	176636882	rs1363405	C	T	8465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=106;PP=2965;SC=AAAAGCCTTGCGCTAAATCTC;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=88;TCR=107;TR=194;WE=176636890;WS=176636872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr5	176637471	rs28932177	G	A	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=63;PP=2852;SC=TAGGTTTGCTGCCACAAACAC;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=140;WE=176637479;WS=176637461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr5	176637576	rs28932178	T	C	9293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=92;PP=2965;SC=AACCGAGACGTCTCAGGTTAA;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=126;TCR=92;TR=218;WE=176637584;WS=176637566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr5	176638506	rs28932179	G	C	9946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=103;NR=116;PP=2965;SC=TGCTTTTTCAGCCCAAATGGT;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=105;TCR=116;TR=219;WE=176638514;WS=176638496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr5	176639217	rs35159794	T	TA	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr5	176639304	rs6556305	C	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=17;PP=489;SC=TATAAACTAGCGGGGAAGAAT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=176639312;WS=176639294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	176675166	rs200890017	AT	A	1474.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=11;PP=839;SC=GTGGGACATTATTTTTTCTTT;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=27;WE=176675174;WS=176675156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr5	176684225	.	C	CTTTT	733.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	176684229	.	C	T	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.87;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	176686830	rs76796411	T	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=55;SC=CATCTGAGTTTTCTTGATGGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=176686838;WS=176686829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr5	176707544	rs79098301	G	A	5394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=76;NR=47;PP=2240;SC=TTTATGCGGTGTACTTTGTGT;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=123;WE=176707552;WS=176707534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr5	176710684	rs77309295	G	A	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=18;PP=1000;SC=GAGAGGTTCAGTCTTTACAAA;SOR=1.574;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=176710692;WS=176710674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	176721119	rs35848863	G	A	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=53;PP=2131;SC=CACCCAAAATGTCAGATAAAC;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=109;WE=176721127;WS=176721109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	176721151	rs34165241	T	C	4750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=50;PP=2162;SC=ACCAACCAGATGCTGTCGCTC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=115;WE=176721172;WS=176721141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr5	176721198	rs28580074	T	C	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=52;PP=2633;SC=TCAGAGGCCATTGCTACCTGA;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=82;TCR=53;TR=133;WE=176721206;WS=176721188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	176729736	.	ACC	A,AC	5335.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6,6;NR=167,167;PP=2992,33;ReadPosRankSum=0.956;SC=GACAGCCCAAACCCCCCCCCC;SOR=0.754;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=219;TCF=17;TCR=202;TR=173,173;WE=176729746;WS=176729719;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.63:226
chr5	176731452	rs28362590	G	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=5;PP=679;SC=TGGCGGGAGTGGGAATTTGCC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=176731460;WS=176731442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	176733116	rs4631	A	G	5708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=63;PP=2194;SC=GTCTTGCCCGATTCAAAAGCA;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=119;WE=176733124;WS=176733106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr5	176733616	rs9834	T	C	8429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=94;PP=2965;SC=AGGCTTAGCCTCTCTGCCCTC;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=174;WE=176733624;WS=176733606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr5	176737720	rs13190036	A	G	3629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=43;PP=1527;SC=AGAGAGGATGAGGTGAAGGGG;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=75;WE=176737728;WS=176737710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr5	176798070	.	CGGGCCGGGGCCG	C	424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=38.61;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	176831826	rs17876030	C	G	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=23;PP=1154;SC=TCGCAGAAGGCTCCGGTGTAG;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=176831834;WS=176831816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr5	176831980	rs17876029	T	C	11710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.815;SC=CTCTCCTTCCTGGCACACCAC;SOR=0.534;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=137;TCR=90;TR=226;WE=176831988;WS=176831970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,450:0.99:453
chr5	176885178	rs28538572	A	G	4188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=49;NR=57;PP=2420;SC=GCAGCCAGGGACTCCCCTTCC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=106;WE=176885186;WS=176885168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr5	176895817	rs446104	GC	AA	8419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=41;PP=2947;SC=GGTGGAGAAGGCGGCGAGGGA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=115;TCF=67;TCR=48;TR=107;WE=176895826;WS=176895807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	176916516	rs335462	C	T	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=64;PP=2230;SC=TGGGCGTGGCCGGCTGGCTGT;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=119;WE=176916524;WS=176916506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	176917078	rs734825	T	C	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr5	176930032	rs137913832	C	T	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=2;PP=825;SC=GTGTGTCCGTCATGAAAATGA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=176930040;WS=176930022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	176930135	rs28376231	G	A	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=42;PP=2399;SC=GCTTGCGTGCGTGGCTGGCTC;SOR=1.319;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=81;TCR=43;TR=123;WE=176930143;WS=176930125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr5	176930171	rs138153794	AGAG	A	9901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=68;PP=2978;SC=GAGCAGGAGCAGAGGAGGGAA;SOR=0.986;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=113;WE=176930181;WS=176930161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr5	176935215	rs55761704	GC	G	1264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=5;PP=967;SC=CAGCCCAATCGCCCCCCTGCT;SOR=2.726;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=31;WE=176935223;WS=176935205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	176936650	rs28565502	T	C	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=55;PP=2042;SC=TCCCTCCGTCTAGAGACAGCT;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=97;WE=176936658;WS=176936640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	176938681	rs28695578	C	T	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=22;PP=1314;SC=CCTGGCCCATCCCAGGCCAGC;SOR=1.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=67;WE=176938689;WS=176938671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	176939688	rs28544348	C	T	7652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=87;PP=2965;SC=CACCATGGGACAGGGGAGTGG;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=184;WE=176939696;WS=176939678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr5	176939735	rs335436	A	G	8589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=98;PP=2965;SC=TAGGTAAAGCACTGCTACTGC;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=104;TCR=98;TR=202;WE=176939743;WS=176939725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr5	176940190	rs114021969	G	A	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=38;PP=1265;SC=GCCTCTGGCCGCCAAGGGCTG;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=176940198;WS=176940180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	176940274	rs335437	C	T	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=19;PP=2161;SC=GGTGGACCCCCGGCTCCAATC;SOR=2.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=75;TCR=19;TR=94;WE=176940282;WS=176940264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	176940384	rs335438	G	A	14423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=162;NR=139;PP=2965;SC=CAGCCCCAGCGCGCCCCACAT;SOR=0.786;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=303;TCF=162;TCR=141;TR=301;WE=176940392;WS=176940374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,563:1.00:563
chr5	176940871	rs335439	G	C	6245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=72;NR=91;PP=2965;SC=GAGAGACCCTGAGGTTGGGGC;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=72;TCR=92;TR=163;WE=176940879;WS=176940861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr5	176942371	rs372373486	CAG	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=1.691;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,13:0.11:120
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chr5	176950794	rs28723606	A	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=6;PP=935;SC=GTGGGTTTTCAGCAGGCAGGC;SOR=2.712;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=39;TCR=7;TR=45;WE=176950802;WS=176950784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	176950879	rs28688891	T	C	5889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=62;PP=2965;SC=TTTCTGAGGCTTGAGGCACAA;SOR=1.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=102;TCR=62;TR=164;WE=176950887;WS=176950869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr5	176951276	rs337382	A	G	7529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=85;PP=2965;SC=GCTGGGCCTGAGGGCTGCACA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=109;TCR=86;TR=194;WE=176951284;WS=176951266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr5	176963349	rs335460	G	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=28;PP=964;SC=CCTTCATGCAGCACACTTACC;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=176963357;WS=176963339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr5	176981490	.	A	ACGCCG	1477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=367;SC=CTCGCTCCACACGCCGCCGCC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=176981501;WS=176981480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	177019688	rs4607363	G	C	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.060;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=63;PP=2070;ReadPosRankSum=0.657;SC=TGAGCCAACCGCCCCCCTCCT;SOR=0.473;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=137;WE=177019696;WS=177019675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,200:0.93:214
chr5	177027405	rs2306760	T	C	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=25;PP=692;SC=TGTGGGTCCCTGGCGCTCTGT;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=177027413;WS=177027395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	177031348	rs11537644	T	C	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=56;PP=1939;SC=GCCCTCCCCGTGCCTGCCCCC;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=113;WE=177031356;WS=177031338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr5	177031602	rs28499092	C	G	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=45;PP=1391;SC=GCTTCTCAGGCCCTGTGAGAG;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=65;WE=177031610;WS=177031592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr5	177031954	rs28742937	A	G	10668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=46;PP=2965;SC=GTCTGGCGTTATCCTAAAATC;SOR=1.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=129;TCR=46;TR=175;WE=177031975;WS=177031944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr5	177031967	rs28698736	T	C	12086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=149;NR=65;PP=2965;SC=CTAAAATCCCTGCCCTTACCA;SOR=1.470;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=215;TCF=150;TCR=65;TR=214;WE=177031975;WS=177031944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr5	177035488	rs142034531	GCCC	G	5598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=31;PP=887;SC=GAGACCAAAGGCCCCCCCCCC;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=46;WE=177035498;WS=177035478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	177035964	rs729459	T	C	11844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.189;SC=GCCACCTGCATGACCCAGCCT;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=230;TCF=119;TCR=111;TR=226;WE=177035972;WS=177035954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,469:1.00:471
chr5	177036043	rs6600953	A	G	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=89;PP=2813;SC=CATTGGGGACAGATAGGTGGT;SOR=0.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=63;TCR=89;TR=152;WE=177036051;WS=177036033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr5	177053334	rs5013573	T	C	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=8;PP=1070;SC=CCTCGGCCTCTGAAAATGCTG;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=177053342;WS=177053324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr5	177054649	rs10585103	AT	A	497.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.011;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,46:0.78:59
chr5	177054672	rs7728458	T	C	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=37;PP=894;SC=TTTTTTGAGATGGAGTCTCGC;SOR=2.215;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=44;WE=177054680;WS=177054662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	177058655	rs6876792	A	G	12023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=182;NR=151;PP=2965;SC=GGCATGTCACAGTTCTGTACA;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCR=151;TR=333;WE=177058663;WS=177058645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr5	177058696	rs149329643	G	A	10726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=172;NR=162;PP=2965;SC=CCTGTCTCCTGGTAAGTGAGG;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=337;TCF=174;TCR=163;TR=334;WE=177058704;WS=177058686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr5	177099274	.	C	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQRankSum=-3.637;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.779;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr5	177161891	rs140979906	A	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.97;MQRankSum=-1.690;QD=29.19;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=1.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr5	177161998	rs200182580	C	G	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.08;QD=28.69;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	177180012	rs199881665	G	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.50;QD=31.81;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr5	177180236	rs76556918	G	A	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=65;PP=1774;SC=ACTAAGCTGCGTTTACTGCCA;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=83;WE=177180244;WS=177180226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr5	177302646	.	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.38;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr5	177305797	rs201185054	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.30;QD=31.99;SOR=6.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	177309472	rs199793923	A	G	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.83;MQRankSum=-3.772;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,68:0.45:151
chr5	177310717	rs139876295	A	G	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.28;QD=27.65;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	177344152	rs76284623	G	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.26;QD=25.86;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	177348037	.	C	CTTTG	1681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.54;QD=44.26;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr5	177348098	rs4958970	G	A	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.72;QD=42.01;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	177348106	rs4958971	A	C	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.98;QD=42.42;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	177348150	rs4958972	C	T	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.13;QD=42.59;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	177348155	rs4958973	A	G	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.40;QD=44.31;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr5	177422823	rs4072924	C	T	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=20;PP=1962;SC=GACGGTCACTCACCCACCGTG;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=87;WE=177422831;WS=177422813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	177422876	rs7445271	T	C	6791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=67;PP=2965;SC=AGGCAACAGGTTGCTGCCGAC;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=113;TCR=68;TR=179;WE=177422884;WS=177422866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr5	177482472	rs3088218	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=209;SC=GGACCAGCACTGGCACCGGCC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=177482480;WS=177482464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	177482694	rs11953084	T	C	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=10.388;NF=52;NR=48;PP=1524;ReadPosRankSum=1.887;SC=GTGAGACCAATGAAATCGCCA;SOR=0.507;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=100;WE=177482702;WS=177482684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,148:0.97:153
chr5	177483118	rs11953798	T	C	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=57;PP=1411;SC=AGCAGGCAAGTGCCCTGAAGA;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=177483126;WS=177483108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	177483154	rs9687038	T	A	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=42;PP=1234;SC=GAAGGAGGAGTTCATCAAGAC;SOR=1.356;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=61;WE=177483162;WS=177483144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	177483184	rs11953029	A	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=30;PP=848;SC=GGAGGAAGAGACCAAGAAATA;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=177483192;WS=177483174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	177483267	rs34145160	T	TA	119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	177547247	rs7719667	T	C	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=59;PP=2405;SC=CCATGCAAAGTCTGGCGTCCC;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=123;WE=177547255;WS=177547237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr5	177548085	rs7712666	C	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr5	177562183	rs72536798	C	CTG	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=6;PP=483;SC=GGGTCTCACTCTTGCTCAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=13;WE=177562191;WS=177562173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	177562251	rs10060446	G	A	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=513;SC=GGCTCAAGCAGTCCTCCGTCC;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=177562259;WS=177562241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr5	177565520	rs10657977	T	TTGTG	411.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.17;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	177570759	rs6601218	T	C	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=58;PP=2054;SC=GCCAGCAGCATTCTGCTTCGA;SOR=1.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=86;WE=177570767;WS=177570749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	177574901	rs7380934	C	G	15247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=158;NR=173;PP=2965;SC=TCCCCGTGCTCTACTCCACCT;SOR=0.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=335;TCF=158;TCR=177;TR=331;WE=177574909;WS=177574891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,575:1.00:575
chr5	177612634	rs7715618	A	C	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=104;SC=TTGTTAGTCAACTTAGATGTG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=177612642;WS=177612628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	177612734	rs7720480	T	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.09;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	177612744	rs7715796	A	G	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.93;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr5	177612983	rs13169133	G	A	12923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=157;NR=138;PP=2965;SC=GACCCGCTGCGTGGCTGATTC;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=296;TCF=158;TCR=138;TR=295;WE=177612991;WS=177612973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,496:1.00:496
chr5	177613123	rs10479619	T	C	12965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr5	177613168	rs13184406	C	T	8786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=137;PP=2965;SC=CCCTACCTCACGGTCTTGTTC;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=86;TCR=137;TR=223;WE=177613176;WS=177613158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr5	177614387	rs6886332	A	G	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=25.58;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	177633116	rs3812089	A	G	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=205;SC=CATGTGATTTAAGTGCTTTGG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=177633124;WS=177633106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr5	177634401	rs7705458	T	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=330;SC=GAAAGACTTCTCAGGCTGGGA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=177634409;WS=177634391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	177656900	rs75990575	C	T	12066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=148;NR=135;PP=2965;SC=TCTTTGTTACCGTCTCACCCT;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=284;TCF=149;TCR=135;TR=283;WE=177656908;WS=177656890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr5	177658625	rs3833653	CG	C	1382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=21;PP=901;SC=TTTCTGGTGGCGGGGGGGAAA;SOR=0.874;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=30;WE=177658633;WS=177658615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	177658883	rs2973729	C	A	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=27;PP=676;SC=ATGGGATGGGCCAGGGCACCA;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=177658904;WS=177658873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	177658896	rs3749810	A	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=25;PP=739;SC=GGGCACCAACATTAGGTGCCT;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=177658904;WS=177658873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	177669413	rs2241579	T	G	11656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=138;NR=115;PP=2965;SC=AAGGATTAGATGCTAAACCCG;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=138;TCR=115;TR=253;WE=177669421;WS=177669390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr5	177676946	rs75614562	C	T	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=501;SC=TTGATTTTCTCACACATGGTG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=177676954;WS=177676936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	177676986	.	GCA	G	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=59.68;NF=1;NR=3;PP=100;QD=26.0;SC=ACATGCACACGCACACACACA;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=4;WE=177676995;WS=177676974;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr5	177679680	rs2973751	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=13;PP=366;SC=CCACCTGGAATCAAGTCCCCG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=177679688;WS=177679670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	177679728	rs12652833	T	C	227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=140;SC=CCTTGGGGACTGCTTCTTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=177679736;WS=177679718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr5	177715291	rs890801	G	A	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr5	177715477	rs2913833	G	T	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=32;PP=945;SC=TTCCTCTGCAGCGGGAGGACT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=177715485;WS=177715467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	177715555	rs115564454	C	T	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=17;PP=721;SC=CTGGAGGGACCAAGAGCCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=177715563;WS=177715545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	177715581	rs2913832	T	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=17;PP=600;SC=TCATCGGGGCTCCGGGCACAG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=177715589;WS=177715571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	177987740	rs34594012	C	T	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	177987780	rs34884264	G	A	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr5	177987896	rs71611445	C	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=13;PP=363;SC=CTCAAAAGATCCTTAAACTCT;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=177987904;WS=177987886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	177989103	rs11249552	C	A	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=26;PP=853;SC=GAAGCCACAGCGTGGTGGCAG;SOR=0.960;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=44;WE=177989111;WS=177989093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	178030941	.	G	GA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.529;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr5	178040919	rs560842	G	A	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=47;PP=1287;SC=CTAAAGCATAGTCTTAATTAC;SOR=2.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=62;WE=178040927;WS=178040909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr5	178288214	rs112879314	C	G	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=158;SC=GCCCTCATGACTGGTGGATTC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=178288222;WS=178288204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	178369673	rs10060764	T	C	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=15;PP=716;SC=TTGACCCAGTTCTCTCCTAAT;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=38;WE=178369681;WS=178369663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	178391902	rs12719860	A	C	5493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=55;PP=2243;ReadPosRankSum=1.014;SC=CTTCACAGTGATCAAAGTCAG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=114;WE=178391910;WS=178391892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,209:0.99:211
chr5	178395850	rs11741688	G	C	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=60;PP=2059;SC=GGACCAAGGCGTGCAGCCACT;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=33;TCR=60;TR=93;WE=178395858;WS=178395840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr5	178396742	rs4700759	G	C	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=52;PP=1533;SC=ACCTCGGAGCGTTCCGAGACC;SOR=2.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=69;WE=178396750;WS=178396732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr5	178401552	rs4700991	C	T	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=14;PP=789;SC=ATCTCCTGACCTCGTGATCCA;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=44;WE=178401560;WS=178401542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr5	178404573	rs146228548	CT	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.953;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr5	178407292	rs2856351	C	T	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=45;PP=2507;SC=GGACATAAAACTCCATAACTT;SOR=1.380;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=94;TCR=47;TR=137;WE=178407300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr5	178409950	rs17078875	G	A	6720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=123;NR=52;PP=2965;SC=AGATGGGCACGAATGCCAGCC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=177;TCF=123;TCR=54;TR=175;WE=178409958;WS=178409940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr5	178410738	rs903988	C	T	4922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=49;PP=2159;SC=CCGAGGAGTACTGGAGTCTGT;SOR=0.890;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=114;WE=178410746;WS=178410728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	178411290	rs11279361	AGCACGCCTC	A	4990.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=41;PP=2977;SC=GGAGCGAGCGAGCACGCCTCA;SOR=0.956;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=55;WE=178411306;WS=178411280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr5	178411315	rs2645341	C	T	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=41.81;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr5	178412273	rs35715923	T	C	4631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=58;PP=1903;SC=TTCACTGTTGTACAGAAAGAT;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=102;WE=178412281;WS=178412263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr5	178412592	rs6880010	T	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=2;PP=274;SC=TAGTCCCAGCTACTCGGGAGG;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=178412600;WS=178412586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	178412702	.	T	TC	978	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=14.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.37;ReadPosRankSum=-2.322;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr5	178412703	.	A	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=12.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=2.308;SOR=0.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,8:0.16:51
chr5	178412714	.	AAC	A	72.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=11.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.965;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,8:0.15:53
chr5	178412716	rs11950921	C	A	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=11.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.35;ReadPosRankSum=-1.878;SOR=2.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,45:0.85:53
chr5	178413266	.	G	T	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=220;ReadPosRankSum=-0.708;SC=CAGAGTAGCTGAGGGTCGTGC;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=22;WE=178413274;WS=178413256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,30:0.26:117
chr5	178413816	rs2256966	T	C	12234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=138;NR=147;PP=2965;SC=CATGCCCACCTGGGGCTCGGT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=286;TCF=138;TCR=148;TR=285;WE=178413824;WS=178413806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,473:1.00:473
chr5	178413947	rs11746675	T	C	6485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr5	178414565	rs2645340	C	T	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=26;PP=743;SC=GTCACACATGCGCAAATACCG;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=178414573;WS=178414555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	178415937	rs2067011	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=1;PP=518;SC=CCCACTCACCATTGAAGCGGA;SOR=6.184;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=178415945;WS=178415927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	178415982	rs4701014	A	G	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=6;PP=1050;SC=TCCGCCCATCAGTGGGTTCCA;SOR=3.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=46;TCR=6;TR=52;WE=178415990;WS=178415972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr5	178416063	rs2645339	G	A	6919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=72;PP=2818;SC=GGGCAATGGCGTACACCGCAT;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=161;WE=178416071;WS=178416053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr5	178416203	rs143495088	CCCCTCCCCA	C	3337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.653;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.875;NF=1;NR=66;PP=2974;ReadPosRankSum=1.457;SC=TCCCGCCTTCCCCCTCCCCAC;SOR=3.724;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=68;TCF=2;TCR=66;TR=67;WE=178416219;WS=178416193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr5	178416288	rs2071246	G	A	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=133;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=40;PP=1481;SC=GGGTGGAATCGTCTGACTGGG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=178416296;WS=178416278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr5	178419279	rs11283410	G	GGGCAAGGTCT	5215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=27;PP=2967;SC=TGGAAGCTGTGGTGTTTTGCG;SOR=0.811;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=39;WE=178419296;WS=178419269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr5	178419288	rs2645335	C	T	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=32;PP=1295;SC=TGGTGTTTTGCGAGTGGGCCT;SOR=0.960;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=75;WE=178419296;WS=178419269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr5	178419396	rs11449973	A	AC	4368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=42;PP=1475;ReadPosRankSum=0.473;SC=CTGAACAAGGACCCCCAGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=57;WE=178419404;WS=178419386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,172:0.99:174
chr5	178421351	rs2645330	T	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=55;SC=GGAGACTCTTTCAGAAGAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=178421359;WS=178421341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr5	178421770	rs2645329	T	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=16;PP=450;SC=CTTCTTCAGCTGCCCGCACGC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=178421778;WS=178421760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr5	178507069	rs1445846	T	C	3741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=66;PP=2057;SC=TCAGAGATTTTTTAAAGGAGA;SOR=1.163;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=105;WE=178507077;WS=178507059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr5	178507090	rs1445845	G	A	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=58;PP=1697;SC=TAAAGCCTATGAGGTTTAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=88;WE=178507098;WS=178507080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	178540975	rs1054480	G	A	5569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=61;PP=2418;SC=ATTAGGTTGGGTGGCTGGACT;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=121;WE=178540983;WS=178540965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr5	178548514	rs2303640	G	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=1;PP=492;SC=CGAGCTCAGAGGCCCGGGAGA;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=178548522;WS=178548504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr5	178549791	rs2303641	G	A	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=57;PP=1982;SC=GGGGAGAGTCGCCAGGCAGGG;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=178549799;WS=178549781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	178557142	rs2251105	A	G	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=54;PP=1718;SC=GTCACCCAAGAGCAGGACCCA;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=83;WE=178557150;WS=178557132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr5	178567054	rs2303638	A	G	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=60;PP=2173;SC=ACAGGAAGCCAGTCCCTCCAC;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=121;WE=178567062;WS=178567044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr5	178567082	rs34369919	C	T	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=60;PP=2006;SC=CACACCGGGCCGTGGGGACAG;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=109;WE=178567090;WS=178567072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr5	178581797	rs2278222	C	T	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr5	178581859	rs2278221	G	A	5034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=49;PP=1826;SC=AGGAGAAGCCGTCCTCATGGT;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=108;WE=178581867;WS=178581849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr5	178634619	rs423552	C	T	15655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=134;NR=139;PP=2965;SC=AGTCATCGTCCGCAGCATGCC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=273;TCF=134;TCR=139;TR=273;WE=178634627;WS=178634609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,601:1.00:601
chr5	178634672	rs398829	C	T	8352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=85;NR=126;PP=2965;SC=TCCTCTAGGACGCCCAGGGCG;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=85;TCR=126;TR=211;WE=178634680;WS=178634662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr5	178768312	rs33897	C	T	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=24.54;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	178949580	rs71596435	C	T	10889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=144;NR=96;PP=2965;SC=GTGCCCCAGCCCCATTCCCCA;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=144;TCR=98;TR=240;WE=178949588;WS=178949570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr5	178949612	rs28550616	CA	TG	20961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=144;NR=124;PP=2947;SC=TCGTCCTCTTCATTGTGTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=275;TCF=145;TCR=130;TR=268;WE=178949621;WS=178949602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr5	178949781	rs28420183	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.45;QD=30.85;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr5	178951598	rs4701188	G	A	38632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=1241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NR=382;PP=2965;SC=GGCCACCTGCGAGCACCCTAT;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCR=388;WE=178951606;WS=178951588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1223:1.00:1223
chr5	178951618	rs189583930	C	T	8494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1457;ExcessHet=3.0103;FS=4.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQRankSum=0.412;QD=5.95;ReadPosRankSum=1.017;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:941,487:0.34:1428
chr5	178951831	rs201884149	G	A	2530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=24.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.035;NF=17;NR=93;PP=1847;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GCCCCTGAGCGCTCCTGTCCA;SOR=1.953;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=257;TCF=63;TCR=194;TR=110;WE=178951839;WS=178951821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,113:0.43:261
chr5	178986978	rs7704349	C	G	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=19;PP=1358;SC=AGTCTGACCTCCCCACGCTCA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=178986986;WS=178986968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	178989386	rs28611242	A	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=7;PP=290;SC=TAGCCTGGGCAGTAGAGTAAG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=178989394;WS=178989376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	178989473	rs28510162	T	G	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	178996435	rs11743261	A	G	3772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=41;PP=1579;SC=AGGTAAAATGAAATTTTGGCT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=82;WE=178996443;WS=178996425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr5	179012968	rs13361148	A	G	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.744;SC=GCTGGTAGGAAGGGGACTTGC;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=54;WE=179012976;WS=179012958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr5	179020622	rs4701135	T	C	6633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=96;PP=2965;SC=AAGCGATTAATTTACAGATGT;SOR=1.013;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=62;TCR=96;TR=158;WE=179020630;WS=179020612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	179021761	.	C	CAA	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=1.104;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr5	179025550	rs4701136	A	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=472;SC=GTGACCCTGGAGGAGAGGGAA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=179025558;WS=179025540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	179025789	rs72824522	G	A	3075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=36;PP=1289;SC=CTCTACTCAGGATGGAGCTGC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=179025797;WS=179025779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr5	179032755	rs6877888	C	T	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=9;PP=783;SC=TAACAACTCACGTTCTGGGTC;SOR=1.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=179032763;WS=179032745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr5	179034368	rs72824531	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=307;SC=GAGGCCAAGAGGTGGAGCACG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=179034376;WS=179034360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	179034707	rs72824532	C	T	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=420;SC=AGTCGTTGCCCGCTGGATTCC;SOR=4.091;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=18;WE=179034715;WS=179034697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr5	179036608	rs8087	T	A	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=37;PP=980;SC=TTCCCAAGAGTATCAAAGGAA;SOR=2.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=179036616;WS=179036598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr5	179041785	.	GAAAAA	G,GAA	610.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.836;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.74;MQRankSum=0.463;QD=26.55;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,8,14:0.35,0.61:23
chr5	179043075	rs4515257	T	C	6444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=59;PP=2616;SC=AGTACAGTAATGAACAGGCTT;SOR=1.116;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=101;TCR=59;TR=160;WE=179043083;WS=179043065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr5	179048205	rs4701144	T	C	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=47;PP=1802;SC=TATTGTTTAATGCTTTATTTA;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=110;WE=179048213;WS=179048195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr5	179049138	rs4301193	C	A	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=479;SC=ACTGCAAAAACACTTCCCTGG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=179049146;WS=179049128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr5	179069309	rs6887611	G	C	6718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=71;PP=2965;SC=TGTGGGGTGCGCAGATGAGGG;SOR=1.165;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=122;TCR=71;TR=191;WE=179069317;WS=179069299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr5	179069468	rs62405726	A	G	14096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=244;NR=214;PP=2965;SC=CCCTGCCTCCACCTGCCTGCA;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=460;TCF=245;TCR=215;TR=458;WE=179069476;WS=179069446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
chr5	179071866	rs4990390	A	G	17790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=192;NR=177;PP=2965;SC=GGCGTAAGATAATCAGGATCA;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=370;TCF=192;TCR=178;TR=369;WE=179071874;WS=179071856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,685:1.00:685
chr5	179078871	rs186964459	G	A	6560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.00;QD=25.63;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr5	179079104	rs113370076	G	A	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.12;QD=31.08;SOR=7.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr5	179105523	rs62406695	C	G	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=30;PP=1748;SC=GCCAGTCCCGCGCTGGGGCAG;SOR=1.108;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=56;TCR=31;TR=86;WE=179105531;WS=179105513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr5	179125398	rs4701195	C	G	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=6;PP=835;SC=ACTGCGGCGCCGGCTCACACA;SOR=3.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=42;WE=179125406;WS=179125395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	179125935	rs4701196	C	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=108;SC=GGCACAGGGCCGGGCTTCGTG;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=179125943;WS=179125925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr5	179132612	rs7735702	T	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=5;PP=975;SC=AATGAGAGAGTGGTTAGTGAT;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=42;WE=179132620;WS=179132602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr5	179136137	rs72809766	CA	TG	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=44;PP=2639;SC=GGGCCGGGTGCAGTGGCTCAC;SOR=1.146;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=71;WE=179136146;WS=179136127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr5	179142825	.	G	GT	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.343;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr5	179153797	rs7734102	C	T	4143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=63;PP=1806;SC=TTTTACCAAGCTGAAGGTACA;SOR=1.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=96;WE=179153805;WS=179153787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr5	179193598	rs3797776	C	T	10280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=140;PP=2965;SC=GGCAAGGCAGCCCGGGGTCTG;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=121;TCR=140;TR=261;WE=179193606;WS=179193588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr5	179201847	rs6895902	G	A	4352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=66;PP=2143;SC=GAGTGGATGAGTGATTTGGAC;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=116;WE=179201855;WS=179201837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr5	179218842	rs55654737	G	A	9959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=115;PP=2965;SC=TGGTTCTGCCGGCCTTTCTGC;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=111;TCR=115;TR=226;WE=179218850;WS=179218832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr5	179223238	rs2306795	T	C	243.53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=118;ReadPosRankSum=-0.517;SC=ACCTCCCCGCTGACCGCCGCC;SOR=0.477;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=9;WE=179223246;WS=179223228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr5	179227154	rs72807339	G	A	6687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=77;PP=2965;SC=GCGCAGGGCAGGGCAGGGCAA;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=141;WE=179227162;WS=179227144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr5	179267949	rs248248	T	C	4516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=84;PP=2183;SC=ACGGTGCTCCTGCTCCACTTC;SOR=1.083;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=137;WE=179267957;WS=179267939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr5	179498595	rs3749821	C	T	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	179498658	rs3828698	G	T	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=38;PP=989;SC=TCAGCAGGGCGAGCGCGGCGA;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=179498666;WS=179498648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	179528351	rs67139455	TG	T	1068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=0;PP=701;SC=ATGGCCACTGTGGGGGGGGGG;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=23;WE=179528367;WS=179528348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	179528359	rs113499659	G	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.25;SOR=6.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr5	179529124	rs7725201	G	A	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr5	179542289	.	T	TA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,34:0.21:161
chr5	179542290	rs4700873	T	A	2700.92	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=3.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.78;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,136:0.84:161
chr5	179542473	rs35177368	TCACTC	T	4291.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=54;PP=2957;SC=CCCAGACTCTTCACTCCTGAC;SOR=1.945;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=55;WE=179542485;WS=179542463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr5	179548343	rs13160214	C	T	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=519;SC=AGACGGAGTCCCGCTCTGTCG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=179548351;WS=179548333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	179563359	rs55638756	C	T	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=40;PP=1760;SC=GGTGACGCGACCCCCGCCCAG;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=100;WE=179563367;WS=179563349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr5	179563532	rs2890346	G	C	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=62;PP=1566;SC=GCAAGCGAGGGGCACCGCGCT;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=179563540;WS=179563522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr5	179565071	rs4700878	G	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=21;PP=616;SC=GCAATGGCAAGGAGCAGTGAG;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=179565079;WS=179565061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr5	179565136	rs4700715	C	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=14;PP=371;SC=GCTGCTGGTCCCGGGGCTCCT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=179565144;WS=179565126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	179665201	rs56333381	C	T	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=112;SC=ACCCAGGAGGCGGAGGTTGCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=179665209;WS=179665191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	179665269	.	C	CA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-2.386;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr5	179686352	rs139637573	T	G	7777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=5.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-0.181;NF=112;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=2.225;SC=ATGAAAGAACTCACACTGGAG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=116;TCR=104;TR=212;WE=179686360;WS=179686342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,308:0.98:314
chr5	179707194	rs7715540	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr5	179763398	rs6891083	T	G	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=14;PP=1835;SC=AGAATCTCCATTCTCCGGCGC;SOR=2.557;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=63;TCR=14;TR=77;WE=179763406;WS=179763388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr5	179765467	rs55946431	C	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=426;SC=GGTCCCCAGCCACGAGGCGGG;SOR=2.636;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=179765475;WS=179765457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr5	179779339	.	GAAAA	G	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.226;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr5	179780292	rs199818683	CCTCCGTGGG	C	1506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=2987;SC=TCCGTGGGCTCCTCCGTGGGC;SOR=0.927;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=12;WE=179780308;WS=179780282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr5	179780340	rs5873687	GT	G	1285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=135;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=787;SC=TCCAGCTCCCGTCCGCTCGGC;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=179780348;WS=179780330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	179780382	rs11452117	A	AG	229.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=28.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr5	179956197	.	CA	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr5	179980302	rs10516143	T	A	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=4;PP=535;SC=CTTAGGTGCTTATGTTCCTAG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=179980310;WS=179980292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	179980527	rs11738129	A	G	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=42;PP=1256;SC=TTGAATCTAAAGAAGCCAAGA;SOR=1.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=179980535;WS=179980517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	179991841	rs6874985	A	G	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=112;SC=CATTAAGACAAAATGTTTAAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=179991849;WS=179991831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr5	179994815	rs146190811	CTG	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=0.784;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,10:0.12:83
chr5	179996111	rs6877400	C	T	5092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=44;PP=1999;SC=CTAATGTAGCCGGAAAGCCAC;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=114;WE=179996119;WS=179996101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	179998454	rs13164597	C	T	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=102;PP=2849;SC=GACTGATAAGCTTTTCAAACC;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=51;TCR=102;TR=153;WE=179998462;WS=179998444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr5	180038248	rs35683852	T	TC	10789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.277;NF=44;NR=90;PP=2966;ReadPosRankSum=-1.357;SC=GATTTGCTTTTCCCCGATGAC;SOR=0.459;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=151;TCF=54;TCR=97;TR=134;WE=180038257;WS=180038238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,427:0.99:430
chr5	180041001	rs421662	G	C	15538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.97;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr5	180041008	rs366388	T	C	16289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.42;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr5	180041208	rs659268	T	C	7251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=25.72;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr5	180045700	rs3214903	G	GGGTTACCCTA	2829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=9;PP=2966;SC=ACCCCAGGCTGGGGTGCCTGA;SOR=1.654;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=27;WE=180045708;WS=180045690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr5	180046209	rs446003	C	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr5	180046344	rs448012	G	C	5000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr5	180046426	rs70973949	C	CTGGCCGCTTAGCTAAGGCACAG	3433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=2900;SC=TTCCCCGCCACCCGGCGCTTT;SOR=1.946;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=24;WE=180046434;WS=180046416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr5	180046492	rs201407038	CAG	C	5328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=28;PP=2781;SC=CCCACTGAGGCAGAGGGGGTT;SOR=1.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=62;WE=180046501;WS=180046482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr5	180047412	rs382266	T	C	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=55;PP=1704;SC=TCCTGCGGGGTTCTCAGTCAA;SOR=1.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=73;WE=180047420;WS=180047402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr5	180047863	rs423086	C	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=20;PP=854;SC=AGGGGTGCAGCCTGAGGCCAG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=180047871;WS=180047853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	180048986	rs10635355	G	GCCTC	497.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.038;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.463;NF=0;NR=11;PP=700;ReadPosRankSum=0.114;SC=GTCTCCTCCTGCCTCCCTCCC;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=11;WE=180048994;WS=180048976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr5	180049927	rs60877472	CA	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr5	180049928	rs307828	A	C	255.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5167;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=133;ReadPosRankSum=1.716;SC=GCTGTGCACCACCCCCCCCAA;SOR=1.078;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=16;WE=180049936;WS=180049917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr5	180053307	rs402647	A	G	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=59;PP=1791;SC=AGATCCCACCACAGCCCCAAC;SOR=1.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=80;WE=180053315;WS=180053297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr5	180053387	rs4700964	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=512;SC=CAGGGTAGGACGGGGAACACT;SOR=3.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=180053395;WS=180053377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr5	180055862	rs383985	T	G	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr5	180055862	.	TGG	GGA	1184	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=42;NR=16;PP=1184;QD=21.3356530149;SC=GCGGGGTCGGTGGGGAGCCAG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=58;WE=180055872;WS=180055852;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,58:0.92:63
chr5	180055864	rs438464	G	A	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.89;SOR=2.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr5	180056192	rs399108	T	C	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=39;PP=1453;SC=TCCTGAGTGCTCAAGGGCACC;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=180056200;WS=180056182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr5	180056620	rs414348	G	A	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=1;PP=1066;SC=CATCCTCCACGCGGAGGCCCA;SOR=4.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=42;WE=180056628;WS=180056610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr5	180165983	rs2054696	G	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=5;PP=793;SC=TGTTCCCCCCGCCACCAAAAA;SOR=2.613;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=180165991;WS=180165967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr5	180166461	rs10464105	C	G	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=57;PP=2665;SC=ACTCGGGCCACAAACATCTTG;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=126;WE=180166469;WS=180166451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr5	180218668	rs634501	A	G	13217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=186;NR=114;PP=2965;SC=CTCCCACGTCAGTGGGGGCGC;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=301;TCF=187;TCR=114;TR=300;WE=180218676;WS=180218658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr5	180278533	rs112485824	T	TA	1633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=51;PP=750;ReadPosRankSum=1.149;SC=TTCACTCTCTTAAAAAAAAAC;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=52;WE=180278541;WS=180278523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr5	180326571	rs2619738	T	A	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=527;SC=CCGTGATCGTTGACGGGGACA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=180326579;WS=180326561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	180329517	rs111618652	GT	G	2905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.362;NF=1;NR=78;PP=1149;ReadPosRankSum=0.412;SC=ACTATAAAGGGTTTTTTTTTT;SOR=1.077;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=97;TCF=2;TCR=95;TR=79;WE=180329536;WS=180329507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:23,166:0.88:189
chr5	180335476	rs149686683	T	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=384;SC=ATGTTCTGCGTCGCTCACTCT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=180335484;WS=180335466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr5	180338649	rs148293230	T	C	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=72;PP=1810;SC=GAAGGAGGGGTGGATGCTTCG;SOR=1.437;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=33;TCR=73;TR=105;WE=180338657;WS=180338639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr5	180374523	rs7724813	G	A	4675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr5	180374534	rs3733756	G	A	5224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=50;PP=2036;SC=AGCCTATATCGTGGCACCTGG;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=115;WE=180374542;WS=180374513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr5	180374898	rs7711990	A	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=16;PP=404;SC=ATAATTTTCCATGAACACCAC;SOR=3.500;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=180374906;WS=180374888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr5	180375375	rs10541574	GGTAA	G	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.72;QD=42.13;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	180430797	rs72494581	T	C	6650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=57;PP=2918;SC=GGAGCCAGCGTCGTGTTTGTA;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=95;TCR=57;TR=152;WE=180430805;WS=180430787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr5	180430996	rs114244788	G	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.28;QD=30.38;SOR=2.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	180431009	rs200820251	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.52;QD=32.19;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr5	180431618	rs2962301	A	G	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.24;QD=21.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr5	180432416	rs7726150	C	T	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=10;PP=802;SC=GAAAAGCTCCCCAGGAGGTGC;SOR=2.247;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=41;WE=180432424;WS=180432406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr5	180432564	rs73815153	G	T	4497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=47;PP=2010;SC=CGTAGACAGGGGGAAGAACAA;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=108;WE=180432572;WS=180432554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr5	180432662	rs7726604	C	G	7270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.07;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr5	180432666	rs7726607	C	G	7403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.07;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr5	180432747	rs59220426	C	G	6114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=78;PP=2819;SC=TACAAATGACCAGTCCCTTAT;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=71;TCR=78;TR=148;WE=180432755;WS=180432737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr5	180472498	rs28677846	C	T	11889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=1.686;SC=AGATGGTGGACCTCTCAGTCT;SOR=0.285;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=240;TCF=133;TCR=107;TR=231;WE=180472506;WS=180472488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,462:1.00:463
chr5	180472513	rs6894087	A	G	12770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.614;SC=CAGTCTCCCCAGACTCCTTGA;SOR=0.271;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=136;TCR=111;TR=246;WE=180472521;WS=180472503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,510:1.00:511
chr5	180474815	rs3822409	A	G	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr5	180480187	rs74429842	G	T	8809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.68;ReadPosRankSum=-1.014;SOR=0.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,356:1.00:357
chr5	180480213	rs145061568	C	T	10514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.739;SC=TGTTCGTACCCGGAGCCTCTG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=104;TCR=105;TR=209;WE=180480221;WS=180480203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,409:1.00:411
chr5	180480363	rs7709523	A	G	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.87;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	180480365	rs7727802	C	T	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr5	180480421	rs148177643	A	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=16;PP=577;SC=GCGGCCTGGAAGGGGCGGGGG;SOR=0.880;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=27;WE=180480429;WS=180480411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr5	180481297	rs199923246	GC	G	448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=287;SC=CTGCCTGTCAGCCGGACCCTG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=180481305;WS=180481287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr5	180482303	rs112262574	T	TA	1108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.359;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,82:0.73:113
chr5	180483505	rs150414771	G	C	6096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=62;PP=2312;SC=TGCCACTCGTGTGCATTCAGT;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=123;WE=180483513;WS=180483495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr5	180486224	rs7379015	T	G	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=3;PP=529;SC=ACTAACGCTGTGGCTCTGCGC;SOR=2.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=180486232;WS=180486214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr5	180486247	rs6601166	G	T	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=596;SC=TGGATGTGACGCTGGACCCGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=180486255;WS=180486237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr5	180486785	rs10068763	G	C	11396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;MQRankSum=0.151;QD=25.33;ReadPosRankSum=-0.362;SOR=0.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,449:1.00:450
chr5	180486841	rs10054109	C	T	7267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=23.91;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr5	180486891	rs33927456	C	CG	3275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.557;NF=2;NR=62;PP=2069;ReadPosRankSum=-0.281;SC=GGACTGGCCCCGGGGGGCCCC;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=2;TCR=71;TR=64;WE=180486899;WS=180486881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,112:0.97:115
chr5	180552412	rs7724668	G	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=422;SC=TGCTCTGAGAGATGCAGGAGG;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=180552420;WS=180552402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr5	180582604	rs2546423	A	G	7310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=107;PP=2965;SC=TCCTATGCTCACATTCTAGGG;SOR=0.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=82;TCR=107;TR=189;WE=180582612;WS=180582594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr5	180582980	rs7380309	G	A	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=56;PP=1534;SC=TGGTTTCCTCGTGAATTATGA;SOR=1.161;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=88;WE=180582988;WS=180582970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr5	180583039	.	G	GTTCTCTTTCTTTCTTTCT	2042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=32;PP=825;SC=CACTACATCAGTTCTTTCTTT;SOR=2.208;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=32;WE=180583047;WS=180583029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr5	180626242	rs76492548	G	A	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr5	180663941	.	G	GT	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=39;QD=12.75;SC=AGAAAAGCCAGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=180663949;WS=180663931;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr5	180668426	.	CA	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.001;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr5	180687907	rs114579724	C	A	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=40;PP=1124;SC=TCTGGTGACCCGAGGCTGTCC;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=180687915;WS=180687897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	292658	rs860102	T	C	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.469;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,133:0.48:275
chr6	292694	rs3832447	GC	G	3406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-4.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.994;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.16;MQRankSum=0.833;NF=3;NR=59;PP=2515;ReadPosRankSum=-2.673;SC=GGGAGGGGCGGCGCGCCTGGG;SOR=0.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=4;TCR=84;TR=62;WE=292702;WS=292684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,96:0.75:128
chr6	311797	.	G	GT	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.029;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,35:0.26:135
chr6	312023	rs1342789	C	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=0.864;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,43:0.32:136
chr6	312029	rs150517961	TAATG	T	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,20:0.18:109
chr6	335175	rs2671431	A	T	2206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	335251	rs3757305	T	C	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.761;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,29:0.24:121
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chr6	367352	rs7764099	C	T	6567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=1.932;SC=CATGCACATACACACATGTAC;SOR=0.672;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=280;TCF=161;TCR=119;TR=208;WE=367360;WS=367342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,296:0.72:411
chr6	367481	rs7738368	T	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:279,78:0.22:357
chr6	367552	rs12527701	C	T	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.051;NF=16;NR=48;PP=986;ReadPosRankSum=0.236;SC=ACACAATACACGCATACCCAC;SOR=0.553;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=115;TCF=25;TCR=90;TR=64;WE=367560;WS=367542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,66:0.53:124
chr6	406552	rs56116020	C	CA	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-1.308;SOR=1.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
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chr6	407656	rs1131442	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.418;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=27;PP=608;ReadPosRankSum=0.845;SC=TTTGATACGGGGATACGGGGT;SOR=1.574;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=29;WE=407664;WS=407646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr6	497261	.	G	A	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=7.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=457;ReadPosRankSum=1.447;SC=TCAATCAGTAGATCCATTAAA;SOR=3.014;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=23;WE=497269;WS=497254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr6	554045	rs11399543	C	CT	407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=1.159;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr6	556147	rs2476844	C	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=11;PP=273;SC=AGGAGGCGTGCGAAGAGTGGG;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=556155;WS=556137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	564515	rs2277096	G	T	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=19;PP=1058;SC=ACAGAAGTACGCCTTTCTCTG;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=564523;WS=564505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	572480	rs2073009	G	A	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=15;PP=860;SC=AGAAATGCACGGTGACTCAGC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=572488;WS=572470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	572714	rs12154040	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=290;SC=AGCATATTGGCGCACCCCCCT;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=572722;WS=572704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	597871	rs4960092	G	A	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=3;PP=542;SC=GATGTCCTACGCCAGATAACC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=597879;WS=597861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	599042	rs2294664	T	A	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=24;PP=933;SC=ATGTATGACATCTACAACCAT;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=599050;WS=599032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	601244	rs1766844	A	G	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=20;PP=607;SC=CACCCCGTGTACGAATCCACA;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=601252;WS=601234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	656143	rs1211554	C	A	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=40;PP=1935;SC=AGAGAGACATCTTCTTGAACC;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=107;WE=656151;WS=656133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr6	657025	rs192719314	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=-0.202;SC=GGGGTCCGTGGCGCTGCCCTC;SOR=0.250;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=12;WE=657033;WS=657015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr6	1101323	rs2076494	T	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.596;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=371;ReadPosRankSum=-0.161;SC=GATGGCTTTGTCCCGTTGCAG;SOR=2.655;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=19;WE=1101331;WS=1101313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr6	1102488	rs7749569	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=-1.294;SC=ATCAAACACAGACTTACAGCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=1102496;WS=1102478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr6	1313078	rs78460560	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=101;ReadPosRankSum=1.316;SC=TGGGGACTGCGCGGCCAACAG;SOR=0.668;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=9;WE=1313086;WS=1313068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr6	1313117	rs9502889	A	C	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.18;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	1313121	rs9502890	A	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	1313470	rs4435985	C	T	3466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=71;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.669;SC=ACGACTGCTTCGTCAAGGTGC;SOR=0.847;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=317;TCF=130;TCR=187;TR=117;WE=1313478;WS=1313460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,202:0.34:592
chr6	1313952	rs992327	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=21;PP=592;SC=GGCGCGCGCGAGGCCGAGGTG;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=1313960;WS=1313942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	1313980	rs147255181	C	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	1390276	.	CCCG	C	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=1.952;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,12:0.12:103
chr6	1391085	rs147426137	G	GGGC	1961.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.875;QD=22.29;ReadPosRankSum=-2.027;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
chr6	1395043	rs2293783	T	C	3526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=68;PP=1966;ReadPosRankSum=-0.763;SC=GGTCGTATTATCACCATCACC;SOR=0.589;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=170;TCF=71;TCR=99;TR=120;WE=1395051;WS=1395033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,167:0.70:238
chr6	1611802	.	G	GGGC	1023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.016;NF=2;NR=12;PP=637;ReadPosRankSum=-1.327;SC=CGGGCAGCTCGGGCGGCGGCG;SOR=0.646;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=14;WE=1611812;WS=1611792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr6	1612017	.	A	ACGG	1388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.111;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=1236;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TCCCTGAGTCACGGCGGCGGC;SOR=1.045;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=29;WE=1612027;WS=1612007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,70:0.53:133
chr6	1612141	.	CGCG	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,13:0.09:146
chr6	1612447	rs116336796	C	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=201;ReadPosRankSum=-0.194;SC=TTAAAAAAAACCCCTGAGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=17;WE=1612455;WS=1612428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr6	1726623	rs960295	C	T	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=16;PP=1708;SC=AATGTGGCCACGCACTGGGTG;SOR=2.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=81;WE=1726631;WS=1726613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	1960335	rs1323632	C	G	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=25;PP=710;SC=GTATCAAAACCCAAAGACGAA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=1960343;WS=1960325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	2623820	rs6902511	G	A	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,107:0.69:155
chr6	2675271	rs9328114	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=272;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GAGCAAGAAGCCGTGGTCACC;SOR=0.677;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=17;WE=2675279;WS=2675261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr6	2683439	rs898772	T	A	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=58;PP=1682;SC=CCGATTTCCTTACCACCATGT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=17;TCR=58;TR=75;WE=2683447;WS=2683429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	2685677	rs966232	T	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,39:0.28:139
chr6	2685904	rs10498657	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=276;ReadPosRankSum=1.206;SC=CTGCTGAGTCTGGATGAGCAG;SOR=2.115;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=19;WE=2685912;WS=2685894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr6	2749381	rs2296356	C	T	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.052;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=1483;ReadPosRankSum=0.926;SC=TCATTATGTCCAGATCTTGAA;SOR=0.884;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=86;WE=2749389;WS=2749371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,110:0.65:169
chr6	2749661	rs2296355	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=363;ReadPosRankSum=-0.488;SC=AGGAAACACAAAAAGTTCTCA;SOR=0.380;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=17;WE=2749669;WS=2749651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr6	2768816	rs12527929	G	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=335;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TTCTTCCGAGGTCAAGTTGCT;SOR=0.866;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=24;WE=2768824;WS=2768806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr6	2768905	rs3734500	A	G	2328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=781;ReadPosRankSum=0.737;SC=TTCAAACTCCATGTATGTCAT;SOR=0.827;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=64;WE=2768913;WS=2768895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,119:0.59:202
chr6	2784797	rs3734499	T	C	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=51;PP=1283;ReadPosRankSum=1.336;SC=CTTAGACTCCTAGAGAGGGAA;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=28;TCR=69;TR=72;WE=2784805;WS=2784787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,101:0.67:151
chr6	2834265	rs386915	C	T	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.487;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.607;SC=AAAAATGAGGCGAAAGAGGAA;SOR=0.344;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=111;TCF=39;TCR=72;TR=76;WE=2834273;WS=2834255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,100:0.65:153
chr6	2838046	rs316339	A	G	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=758;ReadPosRankSum=-1.867;SC=AACTGCAGGTAGGGAAGGCGG;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=43;WE=2838054;WS=2838036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,59:0.77:77
chr6	2838248	rs316341	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=576;ReadPosRankSum=2.831;SC=TAAAAAAAAGGAAAAGGAAAT;SOR=0.443;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=33;WE=2838256;WS=2838238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr6	2948965	rs318426	C	T	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=77;PP=2363;ReadPosRankSum=-0.753;SC=CTTTAAGACCCAGGGTGCTGC;SOR=0.338;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=57;TCR=78;TR=134;WE=2948973;WS=2948955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr6	2953294	.	A	C	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=451;ReadPosRankSum=0.473;SC=GACTTTAAACAGTCTCTCCTC;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=44;WE=2953302;WS=2953284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,64:0.30:210
chr6	2953445	rs3818276	A	G	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=65;PP=1876;SC=TCAAGACCGCATTAGATAGGG;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=101;WE=2953453;WS=2953435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	2953496	rs12209811	C	G	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=42;PP=1067;SC=CGGCTGGGGCCTTCTCCTTCA;SOR=1.926;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=57;WE=2953504;WS=2953486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr6	2966463	rs7775025	T	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=294;SC=ATTACTGAATTCTTTTGTGCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=2966471;WS=2966453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr6	3255340	rs9503498	A	C	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=1922;ReadPosRankSum=-0.390;SC=GCATAGGAGCACAACATCACC;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=59;WE=3255348;WS=3255317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,121:0.68:177
chr6	3259463	rs9501962	G	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.576;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
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chr6	3264101	rs4959785	A	G	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=892;ReadPosRankSum=0.874;SC=GCTAAGAACCATCACCTCATT;SOR=0.576;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=55;WE=3264109;WS=3264091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,87:0.64:136
chr6	3264487	rs4959786	T	C	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=734;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TGGCGTAGAGTGGGGATTAAG;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=55;WE=3264495;WS=3264477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,96:0.61:158
chr6	3264502	rs4959787	G	C	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=32;PP=813;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ATTAAGCAAAGGTCATGAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=63;WE=3264510;WS=3264492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,104:0.63:164
chr6	3264526	rs4959788	CT	TC	4960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=2153;ReadPosRankSum=-1.535;SC=ATGCTCCACTCTTCCCACACC;SOR=0.588;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=58;WE=3264535;WS=3264516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,124:0.70:178
chr6	3264582	rs11757564	G	A	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=780;ReadPosRankSum=0.415;SC=TGTGCTCTGCGACCCCCAGCC;SOR=0.411;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=50;WE=3264590;WS=3264572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,88:0.72:123
chr6	3264671	rs13193012	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=232;ReadPosRankSum=0.940;SC=CAGCTGCTTCTGCTCTGGAGT;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=19;WE=3264679;WS=3264661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr6	3285286	rs10793841	A	G	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.955;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=1073;ReadPosRankSum=-1.422;SC=GAGACGAGGAAGCACAGCCCA;SOR=0.828;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=77;WE=3285294;WS=3285276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,132:0.73:182
chr6	3287118	rs6910086	T	C	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=19.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.740;SOR=1.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,117:0.62:188
chr6	3289983	rs4959230	T	C	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=2.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.752;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,112:0.40:280
chr6	3290215	.	CTTT	C	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=5.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.501;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr6	3410247	rs2277076	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=1.394;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr6	3438650	rs13208786	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=574;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GATCCATCAGGCTTGCTGCCT;SOR=0.874;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=28;WE=3438658;WS=3438640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
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chr6	3439510	rs9503595	T	C	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr6	3727811	rs226959	C	G	2580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1248;ReadPosRankSum=-1.549;SC=CCACGCCCAGCTGCTGGTCTC;SOR=0.901;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=77;WE=3727819;WS=3727801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,121:0.58:210
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chr6	4020540	rs78628853	AT	A	1712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.591;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,113:0.89:127
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chr6	4037458	rs7744603	A	G	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=111;SC=TTTGCCTGCAATAACACCAAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=4037466;WS=4037454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	4037582	rs7763233	C	A	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=9;PP=719;SC=AGAAAAAAATCATTTACTTTG;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=4037590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	4052167	rs3747761	C	A	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=9;PP=1064;SC=TTCAATTTTACCCCAATTTTT;SOR=2.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=4052180;WS=4052157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	4052383	rs3747762	G	A	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.11;NF=59;NR=93;PP=2832;SC=TCATCTTTACGATCTCATTTT;SOR=1.110;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=154;TCF=59;TCR=95;TR=152;WE=4052391;WS=4052373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr6	4052458	rs3833454	G	GT	1003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=35;PP=1351;SC=TCTGGTTTTTGTTTTTAACTT;SOR=3.556;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=36;WE=4052466;WS=4052448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	4057233	rs853407	C	T	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=182;SC=TCAGTTTTCTCTATCCTCGTA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=4057241;WS=4057223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	4057429	rs853408	A	G	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=34;PP=1129;SC=AAGGTAAGACATTAGCATGAG;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=64;WE=4057437;WS=4057419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	4058782	rs12198921	C	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=1;PP=199;SC=GTTTTAGGTACAGCATTGGTA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=4058790;WS=4058772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	4069166	rs595413	C	T	10216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=118;PP=2965;SC=CTTGTGGAGACCATTTTAACC;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=107;TCR=118;TR=224;WE=4069174;WS=4069156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr6	4069437	rs149145074	A	C	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.645;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=614;ReadPosRankSum=1.518;SC=GTATCTGAAGACTCAAAGAGT;SOR=0.455;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=44;WE=4069445;WS=4069427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,58:0.30:195
chr6	4070079	rs17853927	G	A	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=513;ReadPosRankSum=0.622;SC=TTGTTAATGGGTGGTTCAGAG;SOR=0.849;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=37;WE=4070087;WS=4070069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,67:0.58:115
chr6	4115980	rs6920490	A	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,40:0.27:149
chr6	4119553	rs57858259	AT	A	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.795;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr6	4128075	rs116302350	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=368;ReadPosRankSum=1.269;SC=TCTGTGTAATGGGAAGACAAG;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=29;WE=4128083;WS=4128065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,40:0.31:127
chr6	4135342	rs3804317	C	T	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=453;ReadPosRankSum=-0.645;SC=TAACGGCTTGCGTTTACCTCG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=39;WE=4135350;WS=4135332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,64:0.42:154
chr6	4936074	rs1539004	T	G	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=31;PP=865;SC=CCTGCCTGGCTGAACTGGCTC;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=4936082;WS=4936064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	4937662	rs9502253	A	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=259;SC=CCCAGGAGTTAGAGAGCACAG;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=4937670;WS=4937652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr6	4937742	rs61406305	C	CT	1277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.79;ReadPosRankSum=1.276;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
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chr6	5148729	rs200872	T	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-0.600;QD=10.31;ReadPosRankSum=-2.893;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
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chr6	5260812	rs7752203	C	G	409.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.553;SC=GGATATTCCGCGTCAGCCCGC;SOR=0.859;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=38;WE=5260843;WS=5260802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
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chr6	6003513	rs3792947	A	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.897;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,45:0.33:136
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chr6	6167558	rs199591949	ATTTTT	A	1426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=32.43;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr6	6589165	rs2233120	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.625;NF=1;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=0.725;SC=AGATGTGAGCCGCTAGTGCTC;SOR=0.876;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=7;WE=6589173;WS=6589155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
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chr6	6649974	rs3062400	A	AAGG	811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=771;SC=AGAAGGCTAGAAGGAGGGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=15;WE=6649982;WS=6649964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	7181993	rs9392862	T	C	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=358;ReadPosRankSum=-1.434;SC=AAAGACAGCGTTGGATGTTTT;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=16;WE=7182001;WS=7181986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr6	7211751	rs1334577	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=172;ReadPosRankSum=-0.683;SC=CCTCTCTTCCGAAGCCATCCC;SOR=1.058;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=14;WE=7211759;WS=7211741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr6	7211818	rs1334576	G	A	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=553;ReadPosRankSum=2.017;SC=GGTAGAAGACGGGCAGTCAGG;SOR=0.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=72;TCR=39;TR=39;WE=7211826;WS=7211808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,61:0.29:210
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chr6	7240577	rs2714337	A	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
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chr6	7247248	rs2256596	T	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.006;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,50:0.32:155
chr6	7295240	rs2714360	A	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.546;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
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chr6	7330194	rs11381590	T	TG	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=0.627;SC=GGTGAGCAAGTTGCCATTATT;SOR=0.534;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=3;WE=7330202;WS=7330184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr6	7390369	rs2296358	T	C	5957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=81;PP=2532;SC=CCCCTTGGGGTGTGGACTCTT;SOR=0.822;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=68;TCR=83;TR=149;WE=7390377;WS=7390359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr6	7393452	rs2274212	C	T	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.478;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.17;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,136:0.95:143
chr6	7395497	rs6899625	G	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=611;SC=CTGTAATCCCGGCACTTTGGG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=7395505;WS=7395487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	7396836	rs12212766	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=6;PP=215;SC=TTTAGAAAGTGTAGAAGAGAA;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=7396844;WS=7396826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	7396887	rs12212772	G	A	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=11;PP=385;SC=CTCTGTTAATGTCTTTTCGTC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=7396895;WS=7396877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	7397125	rs150425917	G	GGTGT,GGT	648.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=3,3;NR=9,9;PP=291,157;SC=TCATTATTTTGGTGTGTGTGT;SOR=1.329;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=12,12;WE=7397133;WS=7397115;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.93:15
chr6	7398832	rs2296359	A	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=7;PP=616;SC=TAGAGAAACTACCTACTTAGG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=7398840;WS=7398822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	7401382	rs147185967	AAAAC	A	399.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=373;SC=AGAAGAAAGAAAAACAAAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=7401393;WS=7401372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	7414382	rs2245533	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=443;SC=GAGCCTAAAATCTGAATTCTG;SOR=3.716;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=7414390;WS=7414372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	7414657	rs4960314	T	C	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=43;PP=1001;SC=TTTTCTTTAGTGTGGGAGCAC;SOR=1.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=7414665;WS=7414647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	7563983	rs2806234	T	G	4096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=41;PP=1760;SC=AGAAATCTGCTATCTACCAGT;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=102;WE=7563991;WS=7563973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	7564139	rs1358903	C	G	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=49;PP=1413;SC=AATGTTGTTGCTGCTGCTGAG;SOR=1.169;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=75;WE=7564147;WS=7564129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	7567970	rs2076296	C	T	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	7571874	rs926411	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=16;PP=630;SC=TTAAAAAGAAGGGAGTTTGCA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=7571882;WS=7571864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	7572026	rs2076303	T	A	6274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=54;PP=2716;SC=CCTAGCACCTTGATACCTAGG;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=90;TCR=54;TR=143;WE=7572034;WS=7572016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr6	7572262	rs2076304	A	G	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=58;PP=1713;SC=CAGACCAGGGATCTTCTCACC;SOR=1.135;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=87;WE=7572270;WS=7572252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	7576527	rs1016835	G	A	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=23;PP=1562;SC=TTCCCCCCAGGTTATGGGACC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=77;WE=7576535;WS=7576517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	7578189	rs6942260	G	A	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=56;PP=1517;SC=CCTGTCTCCTGCCTCTTCCCT;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=28;TCR=56;TR=84;WE=7578206;WS=7578179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	7578819	rs2806229	T	G	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=4.011;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.57;ReadPosRankSum=1.748;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,67:0.99:68
chr6	7578823	rs2842691	G	A	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	7579363	rs2806227	A	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=262;SC=TTTCTTGAATATTTGCCTAGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=7579371;WS=7579353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	7579393	rs2744379	CA	TG	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=990;SC=CATGTATGTCCATGTGTGTAA;SOR=3.014;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=7579402;WS=7579383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	7579412	rs2806225	A	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.10;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	7585670	rs11558731	C	A	3560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=58;PP=1739;ReadPosRankSum=-2.483;SC=CTGGCCAGCGCTTCCTGGAGT;SOR=0.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=85;TCR=83;TR=118;WE=7585678;WS=7585660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,165:0.69:239
chr6	7585967	rs2744380	G	C	5043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=58;PP=2865;SC=CGGCTCCGGGGTCCCGCTCCG;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=80;TCR=59;TR=137;WE=7585975;WS=7585957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr6	7606411	rs139179081	G	C	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=949;ReadPosRankSum=1.949;SC=ACTGTGAGTCGAGAAGAAGGA;SOR=0.580;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=55;WE=7606419;WS=7606401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,57:0.70:82
chr6	7727271	rs111588693	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=342;ReadPosRankSum=-0.255;SC=CCGCCGCTGCGGCCGCCCTTG;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=21;WE=7727279;WS=7727261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr6	7879407	rs267172	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.800;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=-2.209;SC=ACACGGGGGATAAAGGTCCTT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=25;WE=7879415;WS=7879397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,33:0.34:97
chr6	7986654	rs197128	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=380;SC=AGGCGGCGGGAAGGTGGCCCG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=7986662;WS=7986647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	7986847	rs197129	G	A	9900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=130;NR=109;PP=2965;SC=CCTGTACCGCGTCCTCAGCAT;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=136;TCR=109;TR=239;WE=7986855;WS=7986837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr6	7988189	rs4959464	T	C	6463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=84;PP=2965;SC=TTACCAGCCATTGGTCTCTGA;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=147;WE=7988197;WS=7988179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr6	8016089	rs2057185	C	T	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=49;PP=1344;SC=GAAAGTCACACGACATTTTCC;SOR=1.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=8016097;WS=8016079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	8026577	rs9328452	T	C	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=25;PP=1501;SC=ATTATATGCCTCATTATCTAA;SOR=1.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=80;WE=8026585;WS=8026567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	8041545	.	C	CTT	129.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.22;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	8054413	rs2743993	T	C	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=16;PP=1759;SC=CCCTCCTTTTTGGGATCCAAT;SOR=1.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=64;TCR=17;TR=79;WE=8054421;WS=8054403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	8073858	rs67471655	CAG	C	1839.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=28;PP=1280;SC=AAAGTTTTAACAGATATTTTA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=8073867;WS=8073848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr6	8413890	rs3757099	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=0.432;SC=TGTAAACATTAAGAAATATAC;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=21;WE=8413898;WS=8413880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr6	8417521	rs6905235	G	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=313;SC=GGCATGTTATGTTAAAGGAGG;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=8417529;WS=8417511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	8419242	rs1360854	G	T	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=422;SC=CCACACAAGAGTGTGATATGA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=8419250;WS=8419232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	8428071	rs3831263	CAT	C	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr6	8428137	rs3215958	A	AAGT	5789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=25;PP=2973;SC=CAACTAATATAGAAATATCAA;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=75;WE=8428145;WS=8428127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	8430049	rs6918877	G	A	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=4;PP=357;SC=CATACTGACCGCAATTATTAT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=8430057;WS=8430039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	8435454	rs6597317	T	C	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=29;PP=1561;SC=GTTTCTTCCATCCCGACCTCA;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=83;WE=8435462;WS=8435444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	9616214	.	CAAG	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=8.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,9:0.09:100
chr6	9750730	rs71546885	G	GTAATAATAA	178.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=6;PP=2098;SC=CCTCCTCTATGTAATAATAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=9750738;WS=9750720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	9776194	rs9370818	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=2.575;SC=GTAAGCTTACACTGCTGAAAT;SOR=0.973;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=10;WE=9776202;WS=9776184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr6	9795507	rs141334431	AGAG	A	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.822;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr6	9860514	rs150538680	C	CA	181.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.203;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr6	9900599	rs59046538	T	TGAG	4037.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=2667;ReadPosRankSum=1.493;SC=TATAGTTTTCTGAGATCTTTG;SOR=1.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=51;WE=9900607;WS=9900589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,95:0.63:150
chr6	9921906	rs1925773	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TGCTATTGCATACTTTATAGG;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=9921914;WS=9921896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr6	9921922	rs1925774	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.86;ReadPosRankSum=2.148;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr6	9921965	rs35153317	CATT	C	337.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=159;ReadPosRankSum=-0.126;SC=GAAACCAATACATTTACATGA;SOR=0.525;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=4;WE=9921975;WS=9921955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr6	9922006	rs1925775	A	G	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=5;PP=169;SC=ATGTTATTGTAGTGGTCTAGA;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=9922014;WS=9921996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	9933492	rs9477310	G	A	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,98:0.62:157
chr6	10430171	rs303061	T	C	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.240;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=545;ReadPosRankSum=-0.206;SC=TGGTAGAAAGTACCAGAGACA;SOR=0.278;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=35;WE=10430179;WS=10430161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,60:0.75:80
chr6	10439968	rs9295535	T	C	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=1.341;SC=AGCATACACCTGTAGTCCTAG;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=10439976;WS=10439958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr6	10509542	.	T	TA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=3.573;QD=0.75;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,20:0.20:98
chr6	10587038	rs539351	C	G	9076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=111;PP=2965;SC=TTACCAGAGACTTTGTCGACT;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=89;TCR=111;TR=200;WE=10587046;WS=10587028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
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chr6	10671667	rs41271785	G	A	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=778;ReadPosRankSum=0.170;SC=TGATAATTGCGGAGTTTAATG;SOR=0.882;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=57;WE=10671675;WS=10671657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,86:0.32:269
chr6	10687616	rs144292063	TA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.211;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,15:0.21:73
chr6	10724943	rs4711068	T	C	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.585;NF=22;NR=20;PP=805;ReadPosRankSum=0.296;SC=GAAAAGAACCTTAAGAGTAGA;SOR=0.542;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=42;WE=10724951;WS=10724933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr6	10729020	rs2153073	C	T	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.885;NF=42;NR=45;PP=1348;ReadPosRankSum=0.121;SC=CCCAGGATACCTTATGCATTC;SOR=0.661;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=87;WE=10729028;WS=10729010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,141:0.63:223
chr6	10730699	rs185217363	T	C	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.431;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=7;PP=891;ReadPosRankSum=1.221;SC=CTCTGGTTCCTCCAGGGATGG;SOR=1.645;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=45;WE=10730707;WS=10730697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,59:0.72:82
chr6	10764727	rs126405	A	G	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,82:0.54:153
chr6	10775446	rs478791	T	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=663;ReadPosRankSum=-0.006;SC=TGGAAAACCTTTGTGTATCTC;SOR=1.096;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=36;WE=10775454;WS=10775436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,47:0.61:77
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chr6	10802045	rs569418	C	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=474;ReadPosRankSum=1.063;SC=TGAGAATAGACCTGCCTTTGT;SOR=0.754;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=28;WE=10802053;WS=10802035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr6	10819094	rs2272883	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.177;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
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chr6	10876036	rs2076258	C	T	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=186;ReadPosRankSum=-0.656;SC=TTGTAATTAACGTATGACCTT;SOR=0.265;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=17;WE=10876044;WS=10876026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr6	10882100	rs2153156	G	A	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=54;PP=1512;SC=CGCCAGGTGGGTTTTTTTTCT;SOR=1.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=75;WE=10882108;WS=10882090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	10887251	rs9366663	T	C	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.01;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	10887251	.	TCG	CCC	1725	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=32;NR=12;PP=1725;QD=40.4197244287;SC=CAGGGCTCTTTCGGCAGCGCC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=44;WE=10887261;WS=10887241;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr6	10887253	rs9358956	G	C	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=1.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	10887276	rs9348724	C	G	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=29;PP=1378;SC=GCGGGCGGGGCTCTTGGGCGG;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=73;WE=10887284;WS=10887266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	10891781	rs1538441	C	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.96;QD=24.64;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	10891838	rs78570106	ATCTC	A	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.02;QD=40.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	10894255	rs9368453	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-2.667;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,22:0.21:104
chr6	10894268	rs6456745	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-2.209;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,26:0.23:113
chr6	10898820	rs12190074	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=1.368;SC=CATATATAACCGATGTTAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=10898828;WS=10898810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr6	10898981	rs9357018	A	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr6	10906154	rs9357021	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=0.674;SC=AAATAGTTTCAGAAACATATA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=10906162;WS=10906144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr6	10911282	rs4713044	G	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=30;PP=786;SC=ACCAGAATGCGTTACCAGTAA;SOR=2.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=10911290;WS=10911272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	10924992	rs1225764	A	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=385;SC=CTGGTCTTTCAAATGCCATGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=10925000;WS=10924982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	10931587	rs1225729	T	C	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=16;PP=1270;SC=TTGCTTTTAGTGTTAGCATAT;SOR=1.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=63;WE=10931595;WS=10931577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	10942994	.	CTT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr6	10955408	rs1225746	C	T	6954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=57;PP=2951;SC=AGAGGTTGCTCCGGGATCCCC;SOR=1.013;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=158;TCF=98;TCR=60;TR=154;WE=10955416;WS=10955398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr6	10955594	rs1225747	T	C	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=55;PP=1326;SC=TTTGTGCTTTTGGAGACAAAT;SOR=2.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=13;TCR=55;TR=68;WE=10955602;WS=10955584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	10961649	rs9791208	T	C	5578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=72;PP=2543;ReadPosRankSum=2.200;SC=TAAGTTCTTTTTGTGTGGAAC;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=114;TCR=113;TR=147;WE=10961657;WS=10961639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,252:0.67:378
chr6	10964194	rs200660369	A	AT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.184;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr6	10983971	rs4532436	C	G	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=602;ReadPosRankSum=-2.457;SC=TAAAACAAGCCAATCTGTTAG;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=42;WE=10983979;WS=10983961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,65:0.72:90
chr6	10989873	.	CA	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-1.679;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr6	10990493	rs2281591	A	G	4728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=54;PP=2036;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TAAGATTTCTATTTCCTTTCC;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=109;TCR=76;TR=131;WE=10990501;WS=10990483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,217:0.66:329
chr6	11005686	rs2295601	G	A	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.618;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=958;ReadPosRankSum=-1.749;SC=GAGCAGGTCTGTTCTTCATAT;SOR=0.728;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=62;WE=11005694;WS=11005676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,159:0.65:243
chr6	11005842	rs2295602	T	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=672;ReadPosRankSum=-0.443;SC=TGCTCCTGTTTAGTCATCAGT;SOR=1.828;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=35;WE=11005850;WS=11005832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr6	11010800	rs9295752	T	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=1.221;SC=GGTTAAGCAGTAGGAGAAATG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=4;WE=11010808;WS=11010790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr6	11011074	rs9380025	T	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=0.592;SC=GATTTAAGTGTTTTTTTCTTC;SOR=0.846;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=15;WE=11011082;WS=11011064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr6	11094681	rs2273884	G	T	1757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=28;PP=840;SC=ATCTGCTGGGGTTTTTTTTGT;SOR=1.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=41;WE=11094689;WS=11094670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	11103888	rs9393931	T	C	8075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=79;PP=2965;SC=GGATTTCGCCTCTGTCGTGTT;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=93;TCR=79;TR=172;WE=11103896;WS=11103878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr6	11185257	rs10601	A	T	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=8;PP=936;SC=CTGAAAGTTGACTGACCCATA;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=11185265;WS=11185247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	11185533	rs1050775	G	A	5608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=85;PP=2965;SC=CCATGACTATGGTCTTGAGCT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=75;TCR=85;TR=160;WE=11185541;WS=11185523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr6	11185967	rs6456968	T	C	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=399;SC=GGAAATTCACTAGGCCTTGGA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=11185975;WS=11185957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	11190626	rs941982	A	G	4524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=60;PP=2453;SC=GGGAGTCTTCAACTCGTTGCA;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=122;WE=11190634;WS=11190616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	11192522	rs5874310	C	CT	2232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=31;PP=2594;SC=CTGCACCCCCCGACACACAGA;SOR=1.217;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=41;WE=11192540;WS=11192512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	11192575	rs1465131	C	T	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=64;PP=2965;SC=GTCACTCACTCACCCCTTTTG;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=115;WE=11192583;WS=11192565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	11192829	rs112090949	C	CTT	981.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=23;PP=308;SC=GATTTATTGCCTTTTTTTTTA;SOR=2.694;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=25;WE=11192837;WS=11192819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	11193793	.	TCTC	T	1083.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=462;ReadPosRankSum=1.399;SC=TAGAAGCGCTTCTCCTCTTGT;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=13;WE=11193803;WS=11193783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,33:0.27:121
chr6	11193860	rs16871074	G	A	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=31;PP=1249;SC=TATCATAGACGTCCTTTTGGT;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=11193868;WS=11193850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	11200421	rs2078599	C	T	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=15;PP=946;SC=CTCACCAAGGCAGGGACCCCA;SOR=1.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=11200429;WS=11200411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	11201437	rs9368610	C	T	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=47;PP=1290;SC=GGCAGAGCAGCGGCAGCAGAG;SOR=2.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=56;WE=11201445;WS=11201427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	11213832	rs3734404	T	C	17643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=206;NR=174;PP=2965;SC=GACCGTGTAATGAGCACAGCC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=380;TCF=206;TCR=174;TR=380;WE=11213840;WS=11213822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,676:1.00:676
chr6	11214705	rs1009667	G	A	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=59;PP=1890;SC=CTCCCCTTTCGTCACCTACTT;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=117;WE=11214713;WS=11214695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr6	11232588	rs3215815	G	GC	1224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.671;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.848;NF=16;NR=9;PP=1006;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TTGCTTGTCTGCTTGCATGTC;SOR=1.284;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=25;WE=11232596;WS=11232578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr6	11717573	rs3765253	G	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=2.173;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,59:0.27:222
chr6	11723538	rs210905	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=263;ReadPosRankSum=-0.099;SC=GGAGAGGCAGACACGGAAGAA;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=21;WE=11723546;WS=11723528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr6	11723832	rs2076184	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr6	11766363	rs4713873	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=245;ReadPosRankSum=-0.260;SC=ATTTCATACCTTCAATATGCC;SOR=0.830;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=17;WE=11766371;WS=11766353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr6	12016009	rs6916066	G	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=45;ReadPosRankSum=-1.456;SC=TGCCTGGTGAGGAGCGCTATT;SOR=0.693;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=7;WE=12016017;WS=12015999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr6	12038110	.	CT	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr6	12120090	rs3800499	C	T	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=0.656;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,10:0.14:74
chr6	12120445	rs2228215	A	G	4374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=59;PP=2175;ReadPosRankSum=-1.355;SC=TTCTGCAGCAACCATCTGAAC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=205;TCF=109;TCR=96;TR=128;WE=12120453;WS=12120435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,199:0.65:305
chr6	12120588	rs2228209	C	T	6330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,303:0.65:467
chr6	12122174	rs2228210	A	G	4219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=68;PP=2068;ReadPosRankSum=-0.285;SC=TCTTGTCACCACGTCAACACC;SOR=0.700;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=200;TCF=100;TCR=100;TR=134;WE=12122182;WS=12122164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,202:0.62:324
chr6	12122645	rs6900196	A	G	9752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
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chr6	12123232	rs114781166	C	T	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=38;PP=1105;ReadPosRankSum=0.401;SC=GCTGTAATCCCAGTTTGCCTA;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=274;TCF=152;TCR=122;TR=87;WE=12123240;WS=12123222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,144:0.33:433
chr6	12124855	rs2228213	G	A	7334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=0.821;SC=TTGACAGCATGTCTAATTCGC;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=300;TCF=143;TCR=157;TR=195;WE=12124863;WS=12124845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,340:0.62:545
chr6	12165363	rs219950	C	T	7356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,348:0.65:532
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chr6	12292772	rs2070699	G	T	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1144;ReadPosRankSum=0.465;SC=TGTAACCCTAGTCATTCATTA;SOR=0.571;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=73;WE=12292780;WS=12292762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,93:0.69:134
chr6	12294258	rs5369	A	G	6251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=77;PP=2965;SC=CAGACCGTGAAAATAGATGCC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=160;WE=12294266;WS=12294248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr6	12296217	rs6413478	G	A	4588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,217:0.67:324
chr6	13182685	rs3778646	G	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=108;ReadPosRankSum=-1.052;SC=CAGCAGGCGGGAAGTGCCACT;SOR=0.701;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=14;WE=13182693;WS=13182675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr6	13273318	rs202054	A	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=542;SC=ACCTCCCCAAAGAGAAGGCAA;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=13273326;WS=13273308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	13278648	rs3817735	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-1.213;SC=CAGTGGCCTCACCGCTGCCTG;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=13278656;WS=13278638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr6	13281412	rs3846903	A	G	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.123;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=64;PP=1761;ReadPosRankSum=1.853;SC=GACATTAGTAAAATCCAGGTC;SOR=1.037;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=142;TCF=53;TCR=89;TR=93;WE=13281420;WS=13281402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,146:0.68:216
chr6	13286202	rs368590	G	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr6	13286517	rs617580	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.627;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=158;ReadPosRankSum=0.112;SC=ATCTCCAAATAAAGCTCTCCC;SOR=0.153;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=11;WE=13286525;WS=13286507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr6	13288535	rs202040	C	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=9;PP=698;SC=GGGAGCGTGACTGTGGGTGTG;SOR=1.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=13288543;WS=13288525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	13288578	rs202039	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.100;NF=21;NR=11;PP=474;ReadPosRankSum=-0.953;SC=TAGGGTGTGCGATGAGGCCAG;SOR=0.634;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=32;WE=13288586;WS=13288568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr6	13288648	rs202038	A	G	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=24.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	13288669	rs202037	C	T	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.221;NF=20;NR=19;PP=504;ReadPosRankSum=-1.276;SC=CGCAGGCCCTCAGTTGCAGAG;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=39;WE=13288688;WS=13288659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,61:0.41:150
chr6	13288679	rs67298859	GCT	G	5384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=41;PP=1629;SC=CAGTTGCAGAGCTCTCTCACC;SOR=0.840;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=49;WE=13288688;WS=13288659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	13288737	rs202036	T	A	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=36;PP=1074;SC=GTGGTGGAACTCTCCACCACA;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=13288745;WS=13288727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	13294866	rs6910418	G	A	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=475;ReadPosRankSum=1.025;SC=CTGACGTGTCGTGGCTTTCCC;SOR=0.346;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=32;WE=13294874;WS=13294856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr6	13295502	rs4602719	T	C	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=24;PP=1103;SC=TTAAGATGCATCTACCCTGAG;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=58;WE=13295523;WS=13295492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	13295515	rs1550526	A	C	4881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.49;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	13295536	rs454563	C	T	4975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.45;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	13295752	rs35194435	AG	A	565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=295;SC=CCAGTGTGGCAGGGGGGTCCC;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=13295760;WS=13295742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	13307824	rs2439537	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=270;ReadPosRankSum=-0.943;SC=TTCGAAAGACCTACTTGCCTC;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=24;WE=13307832;WS=13307814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,38:0.30:128
chr6	13316658	rs860266	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=1.011;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr6	13316780	rs56980190	CA	C	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-3.389;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,59:0.35:168
chr6	13361088	rs2496162	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=-0.871;SC=CCTGGCAAGAACAGGAGGTGC;SOR=0.641;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=22;WE=13361096;WS=13361078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr6	13365913	rs9367440	C	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,42:0.30:142
chr6	13470113	rs766773	A	T	10336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=140;NR=101;PP=2965;SC=TATGTCTCACACCAAATCTGG;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=140;TCR=102;TR=241;WE=13470121;WS=13470103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr6	13470424	rs142692489	G	A	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=885;ReadPosRankSum=0.538;SC=CGCGATGAACGCATCTATCTG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=50;WE=13470432;WS=13470414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,71:0.61:117
chr6	13584583	rs2804918	A	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=52;PP=1515;SC=CCACTCTGTCATCTTCTCTTT;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=13584598;WS=13584573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	13588719	rs34942769	TA	T	2156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=1196;ReadPosRankSum=1.964;SC=TCCAGAACATTAAAAGCCTCT;SOR=0.990;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=35;WE=13588727;WS=13588709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,88:0.70:125
chr6	13592135	rs3734674	C	T	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=2.411;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,111:0.23:487
chr6	13597295	.	C	CA	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,40:0.19:215
chr6	13612078	rs34162626	A	G	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.096;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=728;ReadPosRankSum=0.392;SC=GCCTGTCATGAAAATGAAACT;SOR=0.560;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=161;TCF=69;TCR=92;TR=58;WE=13612086;WS=13612068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,104:0.38:274
chr6	13638243	rs2071836	T	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=499;SC=ATTAATACGGTTGTAAACAAG;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=13638251;WS=13638233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	13639700	rs6915775	G	A	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=365;SC=GTGAGCCACCGTGCCCAGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=13639708;WS=13639690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	13659079	rs204232	T	G	6636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.72;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
chr6	13794044	rs6922822	T	C	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=435;ReadPosRankSum=0.180;SC=TGTAACTTCCTATTATCATTA;SOR=0.919;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=29;WE=13794052;WS=13794034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr6	13794110	rs4715568	C	A	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.638;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=641;ReadPosRankSum=-0.196;SC=AGAAAAATCACAGTCTTGTTT;SOR=0.832;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=44;WE=13794118;WS=13794100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,61:0.55:111
chr6	13814338	rs12206286	G	A	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.59;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
chr6	13814338	.	GCT	ACC	1459	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=16;NR=29;PP=1459;QD=33.6103972192;SC=ACCTCCACGCGCTGCTGCGCC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=45;WE=13814348;WS=13814328;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,45:0.73:62
chr6	13814340	rs1204145	T	C	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.97;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr6	14118034	rs111804875	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=213;ReadPosRankSum=1.290;SC=GCGGCGCAGCGCTCCAGCCAT;SOR=0.467;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=18;WE=14118042;WS=14118024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr6	15374508	rs9383050	A	G	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=29;PP=846;SC=GGAATATCTCATTGGAATGTA;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=15374516;WS=15374498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	15374544	rs2072820	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-1.340;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr6	15401385	rs140011539	CTA	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-0.113;SC=TGGCAAGGTGCTATATATATA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=6;WE=15401396;WS=15401375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr6	15468722	rs147212247	AGGGTGAG	A	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.909;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CCTTCTGGAAAGGGTGAGGGT;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=4;WE=15468736;WS=15468712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr6	15497422	rs9349979	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=376;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GCGGGGGGTCAGGGGGTGGTG;SOR=0.852;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=28;WE=15497430;WS=15497412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr6	15504589	rs760659	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.018;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr6	15511429	rs55742636	C	CCCAT	864.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=516;ReadPosRankSum=-0.802;SC=CAGAGCCTCTCGTGTGCTCGG;SOR=0.582;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=10;WE=15511437;WS=15511419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr6	15513482	rs2235258	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr6	15513744	rs9396589	G	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=0.426;SC=GGCGCTCTCTGCCCAGGAGAC;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=17;WE=15513752;WS=15513734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr6	15533951	rs4236167	C	T	8579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=1.077;SC=CTTCTCAGGTCGTCCTTCTAC;SOR=0.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=86;TCR=112;TR=196;WE=15533959;WS=15533941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,334:0.99:336
chr6	15586009	rs6926401	G	T	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=62;PP=1961;SC=GAGACCTGAAGGAGTGAACAG;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=107;WE=15586017;WS=15585999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr6	15593240	rs7758659	T	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=13;PP=632;SC=GAACATCTGATACCAATGAAC;SOR=1.010;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=33;WE=15593248;WS=15593230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	16142121	rs143656216	T	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.497;NF=2;NR=16;PP=332;ReadPosRankSum=0.539;SC=GGTAAACTAATCACACATAAT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=18;WE=16142129;WS=16142111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr6	16145325	rs9370867	A	G	4144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.064;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1785;ReadPosRankSum=-1.176;SC=GTTTCAAGAAACAACCAGAGC;SOR=0.502;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=171;TCF=90;TCR=81;TR=114;WE=16145333;WS=16145315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,194:0.66:295
chr6	16246905	rs2274152	G	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=490;ReadPosRankSum=-0.292;SC=TCTTGACGGCGGAATTTCCGC;SOR=0.277;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=35;WE=16246913;WS=16246895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr6	16274626	rs10484359	C	G	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=373;ReadPosRankSum=1.059;SC=TGATCATCAGCTGTATTCTTT;SOR=0.784;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=29;WE=16274634;WS=16274616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,56:0.33:170
chr6	16274791	rs9396661	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GGGGCTTGCGGGGACTGCAGA;SOR=0.800;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=20;WE=16274799;WS=16274781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr6	16290761	rs1042391	T	A	5367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=69;PP=2372;SC=TGGAGAAGTGTTTGAGAGGAA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=129;WE=16290769;WS=16290751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr6	16290862	rs6926552	T	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=38;PP=936;SC=GGTGAGGAGGTGACCCCGGGG;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=16290870;WS=16290852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	16306751	rs16885	G	A	11523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=153;NR=127;PP=2965;SC=GGCGCTGCAGGCAATCCCATT;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=280;TCF=153;TCR=127;TR=280;WE=16306759;WS=16306741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr6	16326587	rs78115249	G	A	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=646;ReadPosRankSum=0.236;SC=GCATCACGGTGTGGTGTCCCA;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=66;TCR=17;TR=39;WE=16326595;WS=16326577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,47:0.39:119
chr6	16327615	rs179990	A	G	8246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=97;NR=113;PP=2965;SC=GGCTGCTCTCAGCTTTCTTGG;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=97;TCR=113;TR=210;WE=16327623;WS=16327605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr6	16327864	.	G	GTGC	2821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=46;PP=2648;ReadPosRankSum=-0.545;SC=CCCTGCTGAGGTGCTGCTGCT;SOR=0.889;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=99;TCF=5;TCR=94;TR=50;WE=16327874;WS=16327854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,132:0.79:168
chr6	16753373	.	CAACA	C	442.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.14;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr6	16753374	.	AAC	A	728	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6;NR=3;PP=728;QD=83.8888888889;SC=TTCAACAGCCAACAAAGTAAG;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=16753386;WS=16753364;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr6	16753377	.	AA	GG	701	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=7;NR=3;PP=701;QD=75.4467874862;SC=AACAGCCAACAAAGTAAGGGA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=10;WE=16753386;WS=16753364;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr6	16753378	.	A	AGG	442.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.14;ReadPosRankSum=-0.849;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr6	17115478	rs17621526	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=220;ReadPosRankSum=0.149;SC=TTCTGGGCCATGAAGTACATT;SOR=1.402;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=15;WE=17115486;WS=17115468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr6	17282415	rs1108512	G	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=16;PP=791;SC=TGGGGCTGTTGCCCTTGTGTC;SOR=1.107;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=43;WE=17282423;WS=17282405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	17290459	rs11403725	G	GT	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=2.070;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr6	17493690	rs751502	C	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.252;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,39:0.21:182
chr6	17513954	rs4716146	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=0.101;SC=GGTGCCTGGGTTGCAAGGACG;SOR=0.362;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=11;WE=17513962;WS=17513952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr6	17541484	rs4716155	G	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,26:0.31:83
chr6	17541490	rs4716156	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr6	17543036	rs2296249	A	G	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=-1.311;SC=ATATATGCTGATGTTTAATAT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=5;WE=17543044;WS=17543026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr6	17543302	rs9256	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=2.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,46:0.21:219
chr6	17606413	rs1969830	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	17616493	rs7765156	C	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.30;SOR=2.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	17616556	rs3777712	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=35;PP=911;SC=TTTTCTGCTACACCTAACACA;SOR=3.352;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=52;WE=17616564;WS=17616546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	17628841	rs11422297	T	TA	281.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.61;ReadPosRankSum=-1.195;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr6	17629616	rs942467	G	A	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=48;PP=1770;SC=ACCCAGAATCGGATGACACAC;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=93;WE=17629624;WS=17629606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	17633061	rs2274136	C	T	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr6	17669262	rs201122253	GA	G	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr6	17675386	rs11418400	G	GA	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=6.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr6	17688693	rs16879902	C	T	3870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=38;PP=1397;ReadPosRankSum=0.143;SC=CTCTCCTCATCGGCATATACC;SOR=0.805;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=175;TCF=106;TCR=69;TR=106;WE=17688701;WS=17688683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,186:0.67:277
chr6	17706404	rs13219815	G	A	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.317;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=872;ReadPosRankSum=1.232;SC=CTTTCCTCAGGCCCTCCTGTC;SOR=0.420;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=46;WE=17706412;WS=17706394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,62:0.75:83
chr6	17706493	rs13219933	G	A	5269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=59;PP=1846;ReadPosRankSum=-1.411;SC=CCACCGCGGCGTCGGGGTCCC;SOR=0.581;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=102;TCR=85;TR=126;WE=17706501;WS=17706483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,248:0.70:352
chr6	17764530	rs9371018	C	T	4790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=50;PP=2414;SC=AATCTTTTCCCTCTGACACTC;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=114;WE=17764538;WS=17764520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr6	17764896	rs41267712	G	C	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=994;ReadPosRankSum=0.894;SC=TGGCCAGCTGGTCTGAGCTGT;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=210;TCF=106;TCR=104;TR=73;WE=17764904;WS=17764886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,99:0.33:300
chr6	17777614	rs11396690	C	CT	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.013;QD=1.39;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,31:0.21:146
chr6	17779474	rs67458581	ATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTT	A	258.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=32.28;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr6	17779731	rs9477524	G	A	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=442;SC=TCGAACTCCCGACCTCAGGTG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=17779739;WS=17779721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	17779973	rs9477525	A	T	108.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.14;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	17785948	rs4716186	A	G	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=35;PP=1078;SC=AATAGATTTCAGCCTGGGCAA;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=17785956;WS=17785938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	17794494	rs3734234	G	A	4374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=41;PP=1776;SC=TAACTGTCCAGCCCTCTTTGG;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=102;WE=17794502;WS=17794484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	17796774	.	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr6	17799766	rs6459573	T	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=271;SC=TGAAACAAATTGGTCATCCAT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=17799774;WS=17799756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	17800131	rs41267716	G	T	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.487;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,95:0.42:227
chr6	17809199	rs6913612	G	A	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=42;PP=1298;SC=AAAATCTAAAGGAAAACTGCA;SOR=1.169;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=17809207;WS=17809189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	17815716	rs6920106	C	T	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=14;PP=1048;SC=AGGTAATGGGCGCCTTCTCAG;SOR=1.903;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=54;WE=17815724;WS=17815706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	17817235	rs9383327	C	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=310;SC=TGGGCTGCCCCCGCTGCAGTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=17817243;WS=17817225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	17855864	rs624105	G	C	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=37;PP=1181;SC=GAACAGCAAGGAAAAAGAAGA;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=56;WE=17855872;WS=17855854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	17873560	rs41267728	A	C	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,72:0.34:209
chr6	17882140	rs7757737	A	T	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=132;SC=GGCATGAGAAATGCTTGAACC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=17882148;WS=17882130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	17951668	rs112683346	T	TA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-1.525;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr6	18122506	rs10949483	G	A	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=114;PP=2965;SC=GAGGGCTCCGGGGGCGCTGGG;SOR=2.274;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=35;TCR=118;TR=147;WE=18122514;WS=18122496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	18134008	rs113956700	G	GA	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr6	18134021	rs2842949	C	A	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.28;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	18139214	rs2842934	G	A	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=26;PP=904;SC=CACCTGGATTGATGGCAACTA;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=18139222;WS=18139204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	18139964	rs375276814	GA	G	326.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=141;ReadPosRankSum=-1.136;SC=ATGAAATAATGAAAAAAAAAT;SOR=1.201;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=14;WE=18139981;WS=18139954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,21:0.88:24
chr6	18148019	rs4449636	G	A	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=2;PP=205;SC=CATCATTAAGGCAAGATAATT;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=18148027;WS=18148009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	18148155	rs368770445	GA	G	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.944;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr6	18148247	rs12529220	T	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=214;SC=TAATAAGCAGTTACTATTAAT;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=18148255;WS=18148237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	18149526	rs3930696	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=25;PP=704;SC=TTTTTTATTTCTGGTTTTATT;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=18149534;WS=18149516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	18166802	rs912528	T	G	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=14;PP=415;SC=TAGGCTGGGTTTGGTGGCTCA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=18166810;WS=18166792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	18171477	rs1011620	G	A	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=11;PP=1742;SC=ATGCAAGGAGGAGAAAAAATA;SOR=2.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=61;TCR=11;TR=72;WE=18171485;WS=18171467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	18187916	rs372534	C	T	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=14;PP=1062;SC=AAAAGCATAGCGGGTTAAGGA;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=18187924;WS=18187906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	18201961	rs214612	T	C	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=43;PP=982;SC=GCAGTGGCATTGTTCATTTGC;SOR=1.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=56;WE=18201969;WS=18201951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	18213988	rs6903583	C	T	2279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=50;PP=1301;ReadPosRankSum=1.122;SC=GGCTTTTTGCCGTGTTCTATG;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=90;WE=18213996;WS=18213978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,105:0.66:158
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chr6	18264658	rs9383352	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
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chr6	18387953	rs9371052	A	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=287;ReadPosRankSum=1.292;SC=ACTCACTGTGACACCACAATT;SOR=0.715;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=22;WE=18387961;WS=18387943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,36:0.32:114
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chr6	18406387	rs6925570	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=158;ReadPosRankSum=0.145;SC=TCAACTTTTCGTATGAGACAT;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=16;WE=18406395;WS=18406377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,18:0.24:76
chr6	18427753	rs17627311	T	C	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,76:0.67:114
chr6	18463633	rs9371061	C	T	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=50;PP=1305;ReadPosRankSum=0.609;SC=TTATAGGGAGCGTGACATAAA;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=91;WE=18463641;WS=18463623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,134:0.61:219
chr6	18572233	rs9396886	A	C	5374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=79;PP=2616;SC=CACTATGCAGAAGCTAAGAGC;SOR=1.025;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=130;WE=18572241;WS=18572223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr6	19837966	rs1047316	T	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.17;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr6	19837969	rs12662234	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.17;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
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chr6	20144637	rs1202195	G	A	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=101;SC=CATCCTTCACGTGCAGTTGGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=20144645;WS=20144627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	20212200	.	A	AACAC	541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.55;ReadPosRankSum=1.943;SOR=1.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr6	20481678	rs4134938	G	C	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.854;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=51;PP=1292;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TCCTCCCCATGCCCCGGCTCT;SOR=0.474;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=44;TCR=78;TR=81;WE=20481686;WS=20481668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,138:0.71:194
chr6	20548763	rs370920469	CA	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.794;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
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chr6	20758760	rs10946406	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.23;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
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chr6	20781290	rs12199265	G	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.720;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr6	21065450	rs56087852	A	G	3841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=58;PP=1608;ReadPosRankSum=-0.096;SC=AACAAGTTCCAGCACAAGTGG;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=107;WE=21065458;WS=21065440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,177:0.69:257
chr6	21201493	rs9465994	G	A	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=506;ReadPosRankSum=1.130;SC=GAGAAGTCTCGGGTTTGACAA;SOR=0.525;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=36;WE=21201501;WS=21201483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,43:0.28:155
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chr6	22136938	rs6900792	T	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=429;ReadPosRankSum=-1.901;SC=AGAGTTGTTATAACAATTAGA;SOR=0.617;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=135;TCF=47;TCR=88;TR=38;WE=22136946;WS=22136928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,55:0.28:196
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chr6	24418348	rs2793422	G	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.831;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,37:0.35:107
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chr6	24437204	rs115456891	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=1.271;SC=GGTCTTGCCTCATTCAAGATC;SOR=0.330;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=6;WE=24437212;WS=24437197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr6	24437445	rs1772256	G	A	7389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
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chr6	24437611	rs12194966	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=459;ReadPosRankSum=0.988;SC=CTGATCACTCGGGATCCTACA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=24;WE=24437619;WS=24437601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr6	24445718	rs793714	A	G	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=480;SC=CCAATACGACATGTACAAGCA;SOR=3.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=24445726;WS=24445708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	24448061	rs796985	A	C	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=0;PP=387;SC=TGTCGTAGACACACAGAGCAG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=24448069;WS=24448051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	24448091	.	C	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr6	24448459	rs13191455	T	C	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AAACAGCAGATAGACATGAGG;SOR=0.718;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=58;WE=24448467;WS=24448449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,102:0.63:162
chr6	24448554	rs140486588	TCCCAGTGCTTTGGGAGGCCCAAGTGGGAACATTGCTTGAGG	T	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.442;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=2898;ReadPosRankSum=-0.118;SC=ATGTCTATAATCCCAGTGCTT;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=24448602;WS=24448544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr6	24454196	rs9393558	G	T	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=761;ReadPosRankSum=2.335;SC=CAAAATGCAAGAGTAGCTACT;SOR=0.827;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=60;WE=24454204;WS=24454186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,88:0.59:150
chr6	24456907	rs116287860	A	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.191;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=0.243;SC=GACACGTAGCATAATCAACAA;SOR=1.828;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=16;WE=24456915;WS=24456897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr6	24463055	rs2793442	A	G	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=660;ReadPosRankSum=0.856;SC=TTAGCCATTTATCTACTTCTT;SOR=0.658;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=52;WE=24463063;WS=24463045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,81:0.38:214
chr6	24467060	rs35276216	GA	G	1790.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=1046;ReadPosRankSum=1.102;SC=ATGGCAGAGAGAAAGAAAAAA;SOR=0.873;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=30;WE=24467068;WS=24467050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr6	24467633	rs2793445	C	T	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=35;PP=947;SC=TTACATGCACCAGTTATTTAA;SOR=1.364;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=24467641;WS=24467623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	24474018	rs35864956	G	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=-0.950;SC=ACGCATAATAGACTCAATTTT;SOR=0.601;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=12;WE=24474026;WS=24474008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr6	24475517	rs66707391	TATTA	T	1904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=1129;ReadPosRankSum=0.416;SC=ATAACAATCCTATTAAAAGTT;SOR=0.858;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=3;TCR=65;TR=27;WE=24475528;WS=24475507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,52:0.40:130
chr6	24476553	rs760904	G	A	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=42;PP=1428;SC=AAAAGTTGGAGAGTCTCAATC;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=71;WE=24476561;WS=24476543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
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chr6	24505354	rs2744584	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=303;ReadPosRankSum=-0.409;SC=ATCTACTGGTGATTACTTTAA;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=20;WE=24505362;WS=24505344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr6	24520861	.	A	AGT	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.549;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=55;ReadPosRankSum=1.816;SC=TGTGCATGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.039;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=2;WE=24520869;WS=24520851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr6	24528131	rs4646848	GA	G	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr6	24532412	rs12211574	G	A	3810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.859;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=60;PP=1639;ReadPosRankSum=0.107;SC=GCAGGTAGGTGTTTGTCCTTG;SOR=0.644;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=104;TCR=97;TR=123;WE=24532420;WS=24532402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,197:0.61:325
chr6	24556675	rs807538	A	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=12;PP=639;SC=GACTACAGGCATGCATCACCA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=24556683;WS=24556665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	24559281	rs807541	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=186;ReadPosRankSum=-0.028;SC=GCAAGAAGTCAGCCTTCTCCT;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=13;WE=24559289;WS=24559271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr6	24581253	.	A	G	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=724;ReadPosRankSum=-1.391;SC=TGTAACATAAAGAAAAGTTGT;SOR=0.733;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=152;TCF=72;TCR=80;TR=53;WE=24581261;WS=24581243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,91:0.37:247
chr6	24588884	rs4504469	C	T	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr6	24651320	rs3181245	C	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr6	24806594	rs9358799	C	T	8169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=77;PP=2965;SC=AGGCAGTTAACCTGTAATTAA;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=104;TCR=78;TR=181;WE=24806602;WS=24806584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr6	24806739	rs5875006	C	CTT	5764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=66;PP=2967;SC=CCAATTCAAACAACGTTTTTA;SOR=1.452;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=4;TCR=68;TR=70;WE=24806760;WS=24806729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	24806752	rs4074420	A	C	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.099;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=63;PP=1926;ReadPosRankSum=0.614;SC=CGTTTTTATTAATTACTCAAA;SOR=1.682;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=21;TCR=63;TR=83;WE=24806760;WS=24806729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr6	24806777	rs9379689	T	A	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=45;PP=1152;SC=CATAGTGCCATTTGTTTAGGG;SOR=2.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=24806785;WS=24806767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	24809771	rs9379692	A	G	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=9;PP=926;SC=GGGGTGAGATAGACACTGATC;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=24809779;WS=24809761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	24809853	rs9393587	C	T	4917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=43;PP=2578;SC=CATGAAACTTCTCCTTACTGG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=89;TCR=43;TR=132;WE=24809861;WS=24809843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr6	24809881	rs9358801	T	A	6851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.47;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,268:1.00:269
chr6	24825511	rs9358804	A	G	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=5;PP=929;SC=TCACAGCCTCACTAACTTCGT;SOR=2.269;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=24825519;WS=24825501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	24828318	rs35374726	C	T	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=10;PP=659;SC=GCAGAGATAACGCCAAATTGA;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=24828326;WS=24828308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	24828560	rs45437991	A	G	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=49;PP=1517;SC=AGCTTTAGATAGATGACCATT;SOR=1.440;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=74;WE=24828577;WS=24828550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	24828566	rs72205632	CCATT	C	3355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=35;PP=1842;SC=AGATAGATGACCATTCATTCA;SOR=1.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=35;WE=24828577;WS=24828550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr6	24839746	rs72839911	G	A	2486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=-2.355;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,118:0.63:187
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chr6	25106783	rs1923195	G	A	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.830;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=45;PP=977;ReadPosRankSum=0.845;SC=AAAAACACATGTTCTAGCAGA;SOR=1.347;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=57;WE=25106791;WS=25106773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,66:0.74:89
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chr6	25108991	rs79916468	C	T	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.678;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=1883;ReadPosRankSum=-0.511;SC=TCTTGAACACCCATAGTTTGA;SOR=0.336;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=38;WE=25108999;WS=25108979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr6	25110097	rs302990	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=2.032;SC=TGACCCATTTTTTCCTTAATC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=6;WE=25110105;WS=25110087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
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chr6	25115397	rs302982	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.896;SC=ACTGAAATAGGAATGCATGGT;SOR=1.402;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=7;WE=25115405;WS=25115387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
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chr6	25279839	rs377675604	CT	C	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.145;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr6	25280119	rs6914799	C	A	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.766;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.16;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,119:0.98:121
chr6	25420344	rs913455	C	G	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=62;PP=2803;SC=TCTTACAGGTCCTTACATCAT;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=83;TCR=62;TR=145;WE=25420352;WS=25420334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr6	25426640	rs5875038	AT	A	991.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.106;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,96:0.71:136
chr6	25435654	rs34314506	AT	A	1398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.828;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.700;NF=12;NR=15;PP=829;ReadPosRankSum=0.004;SC=ATTTAAAATAATTAAAAACGG;SOR=0.965;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=27;WE=25435662;WS=25435644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,56:0.29:190
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chr6	25450026	rs9295661	C	A	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=72;SC=TTGAAGTGACCCTCATCTTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=25450034;WS=25450016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr6	25653566	rs34327841	T	TA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=1.502;SC=TGTCATGTGTTTTTTATATGT;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=4;WE=25653574;WS=25653556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr6	25653842	rs1406927	T	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=187;ReadPosRankSum=0.325;SC=ATTTAGGCAGTTTTTATAAAA;SOR=0.576;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=12;WE=25653850;WS=25653832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr6	25661887	rs2072847	A	T	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.113;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,65:0.29:227
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chr6	25669833	rs2272825	T	C	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=575;ReadPosRankSum=1.765;SC=TTGTTTATCATTGGGAATTTG;SOR=0.755;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=40;WE=25669841;WS=25669823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,69:0.38:183
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chr6	25726213	rs9379785	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=0.483;SC=GCGCTTAAACGGGCATTTGTG;SOR=1.347;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=10;WE=25726221;WS=25726203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr6	25726329	rs112943240	C	CTT	2144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=1179;ReadPosRankSum=0.867;SC=TTTTCTGACACAGAAGTCTTT;SOR=0.761;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=28;WE=25726351;WS=25726319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,61:0.33:187
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chr6	25727334	rs4712961	C	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=714;ReadPosRankSum=2.328;SC=TTATGAATTCCTTCGTCACTG;SOR=0.589;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=49;WE=25727342;WS=25727324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,82:0.40:207
chr6	25727517	rs9358872	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,43:0.31:140
chr6	25769349	rs1892251	T	C	5679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=62;PP=2337;SC=AGCCCAATGCTTCCACAGAAC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=61;TCR=63;TR=123;WE=25769357;WS=25769339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr6	25770239	rs2328893	A	G	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=18;PP=1242;SC=AGTCCTCACAATGAAAACTGT;SOR=1.198;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=63;WE=25770247;WS=25770229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	25770707	rs4712970	G	A	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=5.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=2.072;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,49:0.30:162
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chr6	25778055	rs12201071	C	T	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,90:0.68:132
chr6	25798932	rs1165215	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=349;ReadPosRankSum=-1.060;SC=ATTCCTTCTCGTCTGAGGAGT;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=31;WE=25798940;WS=25798922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,42:0.31:137
chr6	25801057	rs1165210	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	25813150	rs1165196	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=440;ReadPosRankSum=-3.188;SC=AAAACTACCAGTGGAAATAGC;SOR=1.000;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=147;TCF=83;TCR=64;TR=41;WE=25813158;WS=25813140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,64:0.28:225
chr6	25849620	rs942379	A	G	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=397;ReadPosRankSum=1.442;SC=GAAGAAATCCACTGACAGTGG;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=41;WE=25849628;WS=25849610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,65:0.33:198
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chr6	25914901	rs2071298	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=331;ReadPosRankSum=-1.231;SC=TTGCATATCTGTGGGAAGATG;SOR=1.068;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=27;WE=25914909;WS=25914891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,40:0.35:114
chr6	25916979	rs1865760	C	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=456;ReadPosRankSum=1.241;SC=TGATGGTGCACAACCAGAAAT;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=40;WE=25916987;WS=25916969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,69:0.28:249
chr6	25918688	rs3752421	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.418;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=370;ReadPosRankSum=-1.166;SC=AAATGGAGGCGTTAGGATTTA;SOR=1.289;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=27;WE=25918696;WS=25918678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr6	25924158	rs1540273	T	C	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=657;ReadPosRankSum=0.783;SC=CAGATGTATGTAGTGAGCATC;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=43;WE=25924166;WS=25924148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,54:0.46:117
chr6	25925823	rs7770139	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=287;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TTAATTTCTCACAGATGATTT;SOR=0.737;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=26;WE=25925831;WS=25925813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr6	25967068	rs2009610	C	T	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=833;ReadPosRankSum=0.077;SC=TCTGCGAAGACGAGGGGCAGC;SOR=0.792;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=229;TCF=113;TCR=116;TR=68;WE=25967076;WS=25967058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,118:0.30:387
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chr6	26027135	rs3752420	G	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=3.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,72:0.26:282
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chr6	26108282	rs198844	C	G	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=46;PP=1411;SC=ATAGCGGCTACACCAGCACTG;SOR=1.414;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=65;WE=26108290;WS=26108272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr6	26124243	rs198820	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=650;ReadPosRankSum=1.525;SC=AAGACAAACTGCACAGTTGTC;SOR=1.559;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=34;WE=26124251;WS=26124233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr6	26124430	rs198819	C	T	3827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.679;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=30;PP=1985;ReadPosRankSum=-1.076;SC=GAGCTTAGGCCGCTGGTTTTG;SOR=0.947;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=181;TCF=129;TCR=52;TR=114;WE=26124452;WS=26124420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,166:0.62:266
chr6	26199524	rs438534	A	G	2271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=57;PP=1596;SC=GTAAAAGTGAATTTTGTTAGC;SOR=2.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=77;WE=26199532;WS=26199514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	26200080	rs421153	C	T	7919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.509;NF=126;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.611;SC=TCCAGACGGCCGTACGCCTGC;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=376;TCF=179;TCR=197;TR=264;WE=26200088;WS=26200070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,342:0.69:493
chr6	26271241	rs2223591	G	A	5108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=70;PP=2376;ReadPosRankSum=-1.142;SC=CGAGCTGAATGTCCTTGGGCA;SOR=0.593;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=230;TCF=131;TCR=99;TR=155;WE=26271249;WS=26271231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,241:0.65:371
chr6	26365702	.	C	CTGTGTG	346.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=38.53;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	26373465	.	CTTT	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=-1.192;QD=5.03;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr6	26383929	.	T	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.337;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=98.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.770;QD=0.31;ReadPosRankSum=1.446;SOR=7.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,45:0.22:201
chr6	26411228	.	TA	T	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.839;QD=5.29;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr6	26428842	rs1741740	A	G	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr6	26458747	.	T	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.081;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=77.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.16;MQRankSum=-1.125;QD=0.45;ReadPosRankSum=1.448;SOR=6.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,37:0.23:160
chr6	26463321	rs3734540	A	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=4;PP=382;SC=TTTCTTCCTTACCCTCATCCT;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=26463329;WS=26463317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	26466225	rs1977198	A	C	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=41;PP=1676;SC=TTCCTTAACTACATGTACAAT;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=83;WE=26466233;WS=26466215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	26501471	rs3215660	AG	A	2197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=18;PP=1493;SC=GAAGCTCCTGAGGGGACTCAC;SOR=1.539;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=40;WE=26501479;WS=26501461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr6	26505135	rs3736780	C	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr6	26505403	rs3736782	C	A	6061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=77;PP=2539;SC=TCCTTCTTGGCCAGGAGAAGA;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=145;WE=26505411;WS=26505393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr6	26509330	rs9393728	C	G	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=28;PP=1113;SC=TGGGGGAGGACTCTGCCCCTA;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=26509338;WS=26509320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	26545308	rs1884946	C	G	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=11;PP=1194;SC=CGTTTACATTCGTCAGTCTTT;SOR=2.187;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=52;WE=26545316;WS=26545298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	26545632	rs4871	G	A	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=44;PP=1407;SC=GAAAGGATGGGAACAACCCTG;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=78;WE=26545640;WS=26545622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	26597333	rs3800302	A	G	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=28;PP=1531;SC=GCAGCAAGAAACGGGTAGTGC;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=72;WE=26597341;WS=26597323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	26598188	rs3800303	A	G	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=59;PP=2902;ReadPosRankSum=-0.446;SC=CTGCCGGAGGAAAAAAGCGGT;SOR=0.549;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=132;WE=26598196;WS=26598177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,197:0.98:202
chr6	26637796	rs145346169	C	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=8.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.37;MQRankSum=-2.854;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr6	27216848	rs1234145	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=984;SC=GCATCTCACCTCCCCACCCCC;SOR=4.003;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=23;WE=27216856;WS=27216838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	27277402	rs6456773	C	T	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=49;PP=1627;SC=GCTGGAATGCCGCCAATGCCT;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=85;WE=27277410;WS=27277392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	27327607	.	G	GT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.745;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.068;QD=0.36;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,18:0.19:93
chr6	27356527	rs13220817	T	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=438;SC=GCTGATACGTTGCTCAGTCTC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=27356535;WS=27356519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	27356867	rs4713091	A	G	9074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GGGTGCTCTTAGAGGTTCTGG;SOR=0.228;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=97;TCR=95;TR=191;WE=27356875;WS=27356857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,344:1.00:345
chr6	27356902	rs10807020	A	G	9444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=107;PP=2965;SC=GGTTCTTCGAAGGAAACGGGC;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=88;TCR=107;TR=195;WE=27356910;WS=27356892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr6	27356925	rs10807021	T	G	8431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.389;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.608;SC=AAGGGTCGCGTGTGGTTTGGC;SOR=0.509;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=78;TCR=104;TR=182;WE=27356933;WS=27356915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,322:1.00:323
chr6	27357308	rs6904883	T	C	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=25;PP=616;SC=AGTACTTGCTTGGCCGGGCGC;SOR=1.118;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=40;WE=27357316;WS=27357298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	27424443	rs764461	T	A	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=613;SC=ATTAGTGACATAACAAAGCAT;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=27424451;WS=27424433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	27424960	rs10484398	G	C	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=0;PP=433;SC=TAGAAATTTAGAAATGGTTGG;SOR=4.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=27424968;WS=27424959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	27425185	rs1883216	C	A	6347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=83;PP=2642;SC=AAAGTCACCGCTTCCTGAAAT;SOR=0.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=64;TCR=84;TR=147;WE=27425193;WS=27425175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr6	27435707	rs2272814	G	A	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	27440004	rs7750795	A	C	13094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=0.266;SC=AGTATTTGATACTCCAGTCAT;SOR=0.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=142;TCR=130;TR=269;WE=27440012;WS=27439994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,502:1.00:503
chr6	27792221	rs200499	C	T	12864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.66;QD=44.67;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr6	27792228	rs200498	T	C	13017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.01;QD=44.13;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr6	27861670	rs13219787	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,49:0.23:209
chr6	28104878	rs181958398	C	T	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=863;ReadPosRankSum=0.338;SC=TGCCGCTACCCGCAATTTCCT;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=58;WE=28104886;WS=28104868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,69:0.56:123
chr6	28228342	rs1679709	A	G	6099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr6	28239932	rs61622742	T	TG	5568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=40;PP=2957;SC=CTGTCAACAGTGCTACAGCCC;SOR=1.097;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=84;WE=28239940;WS=28239922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
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chr6	31133663	rs45438402	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=298;SC=GGATACTCCTTAGAGGGGAGA;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=31133671;WS=31133653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr6	32489883	rs142793258	G	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr6	32489927	rs1136760	T	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr6	32489940	rs1071747	G	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	32497870	rs71549218	A	G	95.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.57;QD=19.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr6	32497917	rs71549220	C	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.99;QD=31.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	32546670	rs34981130	C	T	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=24.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	32546818	rs36217730	C	T	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr6	32546832	rs36217728	G	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.49;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	32546838	rs1064694	A	G	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	32546940	rs72847691	C	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=24.13;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	32546978	rs72847693	A	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=39.98;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	32546986	rs9269698	G	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=42.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	32547029	rs9281864	A	AGC	220.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=89;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.53;NF=0;NR=5;PP=227;SC=CGCAGAGCACACCTTTTCTAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=32547037;WS=32547019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	32548068	rs4498414	T	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.82;QD=25.46;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	32548122	rs4448132	C	G	1345.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=138;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=4.035;NF=12;NR=16;PP=543;ReadPosRankSum=1.565;SC=TGTCCCAGCCCCAGATCTCCC;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=32548130;WS=32548112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,59:0.94:63
chr6	32548161	rs112461335	A	G	862.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.46;MQRankSum=3.418;QD=21.04;ReadPosRankSum=2.484;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
chr6	32548170	.	A	AGGGCAGAAAG	993.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=2900;SC=CACACCAACCAGGGCAGAAAG;SOR=1.220;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=32548178;WS=32548151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	32548188	rs113128041	A	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.00;QD=29.05;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	32549475	.	T	C	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.09;QD=25.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	32549501	rs78466762	A	C	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.95;QD=28.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	32549596	rs2308759	T	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.92;QD=23.99;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	32549611	rs1071752	T	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.00;QD=44.86;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr6	32549627	rs199927008	AC	CA	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.42;QD=42.90;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	32549631	rs72500538	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.73;QD=43.72;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr6	32552188	rs112353158	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.05;QD=43.12;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr6	32606658	rs28375776	C	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQRankSum=-3.225;QD=22.71;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
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chr6	32606701	rs28636516	A	G	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQRankSum=-4.946;QD=22.28;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr6	32606721	rs75983419	G	T	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.81;MQRankSum=-4.301;QD=21.94;ReadPosRankSum=-1.140;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr6	32606742	rs74379225	A	G	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.476;NF=15;NR=11;PP=350;ReadPosRankSum=-1.675;SC=GGTTTGTAAAACAAAAGTTGA;SOR=0.866;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=26;WE=32606750;WS=32606732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr6	32606793	rs28437906	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=2;HapScore=4;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.511;NF=6;NR=10;PP=536;ReadPosRankSum=-1.993;SC=TGGAAGGTACTTTAAACTTTC;SOR=0.883;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=16;WE=32606802;WS=32606783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr6	32606794	rs28383359	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.914;HP=2;HapScore=4;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.269;NF=10;NR=13;PP=675;ReadPosRankSum=2.335;SC=GGAAGGTACTTTAAACTTTCA;SOR=0.500;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=23;WE=32606802;WS=32606783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr6	32606878	rs9272544	G	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.12;QD=35.49;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	32606885	.	G	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.606;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-0.566;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr6	32609061	rs28654242	T	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=217;ReadPosRankSum=-0.937;SC=TTCTCCGCCTTCCTGCTTGTC;SOR=0.375;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=18;WE=32609069;WS=32609051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr6	32609094	.	C	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=586;ReadPosRankSum=-1.022;SC=CAGCTGACCACGTTGCCTCTT;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=40;WE=32609102;WS=32609084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr6	32609147	rs12722051	A	T	2595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.238;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.085;NF=52;NR=25;PP=1272;ReadPosRankSum=0.957;SC=TCTGGCCAGTACACCCATGAA;SOR=0.928;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=77;WE=32609155;WS=32609137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,118:0.58:204
chr6	32609173	rs10093	C	G	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.901;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.281;NF=34;NR=25;PP=844;ReadPosRankSum=-0.628;SC=TGGAGATGAGCAGTTCTACGT;SOR=0.517;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=152;TCF=93;TCR=59;TR=59;WE=32609181;WS=32609163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,104:0.43:242
chr6	32609195	rs36219699	G	A	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=44;PP=1820;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GACCTGGAGAGGAAGGAGACT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=171;TCF=99;TCR=72;TR=109;WE=32609203;WS=32609185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,161:0.59:273
chr6	32609371	rs4467816	T	C	11931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.60;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr6	32609371	.	TTATCCCTC	CTATCCCTC,CTATCCCTT	1628	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=19;MQ=59.97;NF=83,48;NR=102,59;PP=746,1628;QD=4.22038493269;SC=TTTACTTAAGTTATCCCTCCA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=83;TCR=102;TR=185,107;WE=32609387;WS=32609361;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:185
chr6	32609379	rs9272718	C	T	3936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,188:0.65:291
chr6	32609607	rs28383461	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.171;NF=24;NR=9;PP=576;ReadPosRankSum=0.114;SC=GCAATGTGTCGTTGCTCCCAA;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=33;WE=32609615;WS=32609597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr6	32609813	rs707951	T	C	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=4.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.183;NF=28;NR=68;PP=1740;ReadPosRankSum=-3.113;SC=ACACCCTCATTTGTCTTGTGG;SOR=1.287;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=161;TCF=53;TCR=108;TR=96;WE=32609821;WS=32609803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,114:0.48:239
chr6	32609873	rs707950	GT	CG	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.164;NF=10;NR=22;ReadPosRankSum=1.946;SC=GCAATGGGCAGTCAGTCACAG;SOR=0.735;Source=Platypus;TC=79;TR=32;WE=32609882;WS=32609863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr6	32610075	rs35975014	A	G	2043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.977;NF=23;NR=35;PP=862;ReadPosRankSum=0.420;SC=TTGTCTGTCAAGTTCAGAACT;SOR=0.829;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=58;WE=32610083;WS=32610065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,96:0.66:146
chr6	32610151	rs62404092	T	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=0.160;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr6	32610152	rs202014999	C	CTT	93.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.121;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr6	32610436	rs1048372	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.043;NF=25;NR=10;PP=535;ReadPosRankSum=-1.555;SC=CTGTGGTCTGTGCCCTGGGGT;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=35;WE=32610444;WS=32610426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,35:0.38:91
chr6	32610461	rs9260	A	G	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=38;PP=1996;SC=TGTGGGCCTCATGGGCATTGT;SOR=1.360;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=109;WE=32610469;WS=32610451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr6	32610535	rs1130116	A	C	3543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-2.411;QD=12.01;ReadPosRankSum=-2.321;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,173:0.59:295
chr6	32610643	rs36027005	G	T	3273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=3.466;NF=51;NR=55;PP=1548;ReadPosRankSum=1.277;SC=GAATGTGGTTGAAAGTTGTAG;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=79;TCR=88;TR=106;WE=32610651;WS=32610633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,152:0.63:243
chr6	32610688	rs35444025	G	C	5019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=2.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=4.206;QD=26.01;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,126:0.65:193
chr6	32610689	rs9272843	C	G	2152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=2.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-4.166;QD=11.27;ReadPosRankSum=-1.157;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,67:0.35:191
chr6	32610696	rs62404094	G	A	5013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=4.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=4.307;QD=27.25;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,122:0.66:184
chr6	32610704	rs9272851	T	C	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=4.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-4.473;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,56:0.32:175
chr6	32610749	rs7708	G	A	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.594;NF=45;NR=41;PP=2962;ReadPosRankSum=0.218;SC=ATCTACAGGAGCAGAAGAATG;SOR=0.561;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=86;WE=32610777;WS=32610739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,101:0.64:159
chr6	32610757	rs8227	A	G	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.470;NF=22;NR=18;PP=2415;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GAGCAGAAGAATGGACTTGCT;SOR=0.598;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=40;WE=32610777;WS=32610739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,59:0.38:156
chr6	32610769	rs7600	A	C	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.503;NF=24;NR=21;PP=2415;ReadPosRankSum=-0.207;SC=GGACTTGCTAAATGACCTAGC;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=45;WE=32610777;WS=32610739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,65:0.37:174
chr6	32610825	rs7142	A	G	5212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=1.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-0.641;QD=15.56;ReadPosRankSum=-2.058;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,236:0.70:335
chr6	32610887	rs7143	C	T	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.649;NF=38;NR=41;PP=908;ReadPosRankSum=0.771;SC=CTCACAAATGCCTTTACATTC;SOR=0.758;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=258;TCF=127;TCR=131;TR=79;WE=32610895;WS=32610877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,136:0.29:464
chr6	32610976	rs9492	A	C	3844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=76;PP=2076;ReadPosRankSum=-0.113;SC=CCACCCGGCTACCTAATTCCT;SOR=0.871;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=177;TCF=70;TCR=107;TR=122;WE=32610984;WS=32610966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,168:0.73:231
chr6	32611054	rs28376734	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=229;ReadPosRankSum=1.635;SC=GTCAAATTTTTCCATCTTTCA;SOR=0.608;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=18;WE=32611062;WS=32611044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr6	32611094	rs36216730	A	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=393;ReadPosRankSum=-0.247;SC=ATGGCTAATAATTGGGGTACT;SOR=1.092;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=20;WE=32611102;WS=32611084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr6	32627956	rs1063347	C	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-2.287;QD=0.66;ReadPosRankSum=1.461;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,13:0.16:83
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chr6	32627988	rs1049178	A	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,14:0.15:93
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chr6	32629859	rs1049130	A	G	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-12.227;QD=3.12;ReadPosRankSum=1.974;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,57:0.23:250
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chr6	32629963	rs1049100	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-8.216;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,46:0.27:172
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chr6	32630055	rs9274045	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=5.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-13.351;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=1.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,28:0.11:247
chr6	32630066	rs71542429	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=5.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-14.315;QD=1.14;ReadPosRankSum=-1.168;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,25:0.10:250
chr6	32630073	rs9274050	A	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=7.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-15.359;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=1.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:231,20:0.08:251
chr6	32630080	rs9274053	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=10.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-15.472;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,19:0.08:241
chr6	32632426	rs70996721	GC	G	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.40;MQRankSum=-1.981;QD=12.53;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr6	33630846	rs9366827	A	G	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=35;PP=1182;SC=GTGTGCGGGAACATGTGTGCA;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=33630854;WS=33630836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr6	33631163	rs3068491	T	C	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.423;NF=21;NR=9;PP=1458;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CCTGGGAGGGTGCAGCCTGCC;SOR=0.729;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=30;WE=33631171;WS=33631145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr6	33631732	rs2894348	G	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=-2.715;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
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chr6	33636660	rs2296336	C	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
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chr6	33638002	rs17585520	C	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=239;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TAACCTAATCCCTTTGCCACT;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=72;TCR=13;TR=26;WE=33638010;WS=33637992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr6	33638180	rs2229634	C	T	3568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=56;PP=1476;ReadPosRankSum=-1.446;SC=AGCAGCTGGGCGTGGACCTGA;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=165;TCR=165;TR=113;WE=33638188;WS=33638170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,200:0.36:557
chr6	33638300	rs17526232	G	A	2910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=46;PP=1339;ReadPosRankSum=0.453;SC=TGGTCACGCCGGTCAAGTTTG;SOR=0.628;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=292;TCF=139;TCR=153;TR=101;WE=33638308;WS=33638290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,157:0.37:424
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chr6	33641956	rs7769838	T	C	1765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=0.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-2.167;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,118:0.30:399
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chr6	33654897	rs942642	T	C	3292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=40;PP=1427;ReadPosRankSum=0.281;SC=GCTGGGCAGGTGGGCAGGCGG;SOR=0.916;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=150;TCF=88;TCR=62;TR=103;WE=33654905;WS=33654887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,150:0.71:212
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chr6	33660411	rs653536	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=4;PP=635;SC=GGCTGGGTCCTCAATATCACA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=33660419;WS=33660404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	33662667	rs684119	C	T	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,57:0.35:161
chr6	33696131	rs13204162	C	T	2042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.261;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=48;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.553;SC=AGCCTCCACACGGACATGCAG;SOR=1.174;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=67;WE=33696139;WS=33696121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,92:0.61:152
chr6	33703089	rs623813	C	T	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=2.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,86:0.31:276
chr6	33703230	rs545787	G	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=227;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TGTCCCCGGCGTCTGCGCTGT;SOR=0.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=24;WE=33703238;WS=33703220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,35:0.28:124
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chr6	33740382	rs2296744	G	A	4306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=48;PP=2072;ReadPosRankSum=-0.707;SC=CAGGCTGACCGGGAACAAGTC;SOR=0.817;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=194;TCF=121;TCR=73;TR=131;WE=33740390;WS=33740372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,199:0.66:300
chr6	33740592	rs4711349	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=32;PP=737;ReadPosRankSum=0.523;SC=CTGGCACTGCCGAGGTGAGCC;SOR=0.600;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=36;WE=33740600;WS=33740582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr6	33748831	rs2182658	T	G	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=27;PP=1605;ReadPosRankSum=0.560;SC=CCCAGGAATGTATAAGCACTG;SOR=1.154;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=78;WE=33748839;WS=33748821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,139:0.99:141
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chr6	33752013	rs943479	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=209;ReadPosRankSum=-0.040;SC=ATGCCTTCTGAGAGACAACCA;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=14;WE=33752021;WS=33752003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
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chr6	33756532	rs13213889	G	A	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=1.306;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr6	33762625	rs11758463	A	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=204;ReadPosRankSum=-1.969;SC=GGAGAAAAGCAGAGGTTTGCG;SOR=0.872;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=21;WE=33762633;WS=33762615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,34:0.25:135
chr6	33768726	rs34884883	A	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.986;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=598;ReadPosRankSum=1.505;SC=ACTGGGGGTTATCTTGGGTCC;SOR=0.390;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=44;WE=33768734;WS=33768716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,64:0.67:96
chr6	33768897	rs2281820	A	G	5248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=65;PP=2409;ReadPosRankSum=0.621;SC=CATGGCAGCTACATGCACCAC;SOR=0.660;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=232;TCF=127;TCR=105;TR=141;WE=33768905;WS=33768887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,242:0.59:407
chr6	34008006	rs2229900	A	G	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=429;ReadPosRankSum=-1.316;SC=ACTCGGCAGAATCGTTGCGCA;SOR=0.523;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=41;WE=34008014;WS=34007996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,56:0.29:193
chr6	34008106	rs13207952	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=0.644;SC=AAGGGTGGGCGGGTGTCTTTG;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=33;WE=34008114;WS=34008096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,53:0.30:175
chr6	34008227	rs13208066	G	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr6	34026938	rs2451359	C	T	12471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=138;NR=134;PP=2965;SC=AGCCCAGCCGCGTCTGTCCAC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=138;TCR=134;TR=272;WE=34026946;WS=34026928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr6	34211341	rs35381162	GT	G	5383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=36;PP=2235;SC=GCTCTTTTGAGTTGAGGGTGT;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=55;WE=34211349;WS=34211331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	34212743	rs2780219	A	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=1186;SC=CACCGCCCCCACCCCTTCCCC;SOR=2.833;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=24;WE=34212751;WS=34212724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	34213296	rs1150783	T	C	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=71;PP=2289;SC=CCCCCTTCGGTTACAGGAAGG;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=49;TCR=72;TR=120;WE=34213304;WS=34213286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	34214322	rs1150781	C	G	8954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=110;NR=106;PP=2965;SC=ACCAGCCGCCCCCATCCCAGA;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=110;TCR=106;TR=216;WE=34214330;WS=34214312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr6	34214994	rs3997805	G	GTC	2408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=31;PP=1729;SC=TGGCTGCCTCGTCTCCTCCCT;SOR=1.412;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=35;WE=34215002;WS=34214984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	34389796	rs34411335	GA	G	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.377;QD=3.51;ReadPosRankSum=-1.894;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr6	34664207	rs3800456	T	G	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	34735652	.	CTT	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.138;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr6	34838577	rs3734262	C	T	3069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=34;PP=1375;ReadPosRankSum=0.781;SC=TATAAGGTGCCTAGAAGACTC;SOR=0.535;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=83;WE=34838585;WS=34838567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,140:0.65:214
chr6	34857302	.	G	GGGCGGC	1415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.010;NF=4;NR=12;PP=912;ReadPosRankSum=2.173;SC=GTGGCTCTGGGGGCGGCGGCG;SOR=0.723;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=16;WE=34857310;WS=34857292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr6	34949451	rs3817473	C	T	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=13;PP=641;ReadPosRankSum=0.538;SC=ATGTGATCTGCTTGTTAACCC;SOR=0.848;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=126;TCF=88;TCR=38;TR=48;WE=34949459;WS=34949441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,74:0.33:221
chr6	34949607	rs2293242	C	T	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=3.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=612;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.02;MQRankSum=-0.671;NF=49;NR=52;PP=1241;ReadPosRankSum=2.168;SC=CAGCACTGTACGGGCGACTGG;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=160;TCR=175;TR=101;WE=34949615;WS=34949597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:413,188:0.31:601
chr6	34962019	rs11755713	G	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,22:0.37:59
chr6	34962060	rs3823438	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=451;ReadPosRankSum=-1.569;SC=AAGATACACTGGATGTTTCTC;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=33;WE=34962068;WS=34962050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,40:0.39:102
chr6	34977663	rs9380481	C	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-1.080;QD=9.53;ReadPosRankSum=-3.470;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr6	34977813	rs12661991	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-0.231;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,43:0.27:158
chr6	35027927	rs820085	T	C	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=21;PP=866;SC=TCATCAGGTTTACGGACGCTG;SOR=0.828;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=48;WE=35027935;WS=35027917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	35047579	rs2762338	G	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=-0.982;SC=CTGTCACCTCGCTGCTCCTCA;SOR=0.830;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=18;WE=35047587;WS=35047569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr6	35047732	rs2689094	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=3.115;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,34:0.39:88
chr6	35050506	rs2177382	G	A	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=761;ReadPosRankSum=-0.132;SC=TGCGGCCCCCGAGCCTGGCAG;SOR=0.672;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=128;TCR=86;TR=63;WE=35050514;WS=35050496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,109:0.29:373
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chr6	35054983	rs71650764	GGCAGCGTAGACGCT	G	1251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.913;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,40:0.26:151
chr6	35056443	rs2005	A	G	11217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=177;PP=2965;ReadPosRankSum=1.452;SC=ATAGGCTCCCACTGCCACCAC;SOR=0.946;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=121;TCR=178;TR=297;WE=35056451;WS=35056433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,431:1.00:433
chr6	35058117	rs707968	A	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=586;SC=GCCACTGCGCACATGCTGGTG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=35058125;WS=35058107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	35085104	rs16871728	C	T	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=1378;ReadPosRankSum=-2.889;SC=AGCCCAAATCCTTCCTAGAAC;SOR=0.721;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=81;WE=35085112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,125:0.66:189
chr6	35086394	rs41270050	C	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.237;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=360;ReadPosRankSum=0.356;SC=CAACCTGCCCCCCTACCTAGA;SOR=0.492;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=27;WE=35086402;WS=35086384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr6	35088381	rs2234045	C	G	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=1348;ReadPosRankSum=-0.892;SC=GGTGAGGTCTCCTGCTGCTTG;SOR=0.613;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=72;WE=35088389;WS=35088371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,111:0.66:167
chr6	35088608	rs35106671	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=462;ReadPosRankSum=-0.218;SC=TAAAAAGAGATAGAGTACTCT;SOR=0.283;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=24;WE=35088616;WS=35088598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr6	35088855	rs13203612	C	G	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=53;PP=1274;ReadPosRankSum=0.251;SC=ATTTATACTACTAAGCTAGAA;SOR=0.850;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=54;TCR=92;TR=81;WE=35088863;WS=35088845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,115:0.58:197
chr6	35088949	rs13206654	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
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chr6	35090097	rs2234044	T	C	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.702;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=50;PP=1305;ReadPosRankSum=-1.242;SC=GGCGTGGTAATAGCAGTGATA;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=74;WE=35090105;WS=35090087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,90:0.67:134
chr6	35104018	rs12661389	C	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=434;ReadPosRankSum=-1.010;SC=AACAATGAGCCCATGCAAGTC;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=36;WE=35104026;WS=35104008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,57:0.36:160
chr6	35107682	rs3777748	T	A	994.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=3;PP=1049;SC=CAAATTTTTTTAAAAAGGAAT;SOR=4.294;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=41;WE=35107690;WS=35107672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	35107774	rs34103100	A	T	6068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=2.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.59;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,148:0.67:220
chr6	35107781	rs34715060	G	A	6256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.75;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,163:0.67:243
chr6	35108553	rs35693439	T	G	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.39;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,100:0.66:151
chr6	35109032	rs142118879	CGCGGCCTG	C	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.003;NF=2;NR=4;PP=369;ReadPosRankSum=0.872;SC=CGGTGGGCCTCGCGGCCTGGC;SOR=0.412;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=35109047;WS=35109022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr6	35109095	rs78614904	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.884;NF=3;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=0.121;SC=TCGCACGGTGAGAAAGGCCGG;SOR=0.512;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=6;WE=35109103;WS=35109085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr6	35109157	rs111624231	C	A	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=108;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GGGGCACGTGCCCCCCCCGCC;SOR=0.507;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=8;WE=35109165;WS=35109147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr6	35182249	rs113302940	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=0.367;SC=TGGTCCACGCCCGCGCCGCCC;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=17;WE=35182257;WS=35182239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr6	35203203	rs13214290	T	G	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=21;PP=691;SC=CCTAAACAGCTTTTTTACAAT;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=35203211;WS=35203193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	35205541	rs1929849	T	C	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=9;PP=1016;SC=GAGCCTCCCTTGGCTTAATGC;SOR=2.093;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=49;WE=35205549;WS=35205531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	35205881	rs734538	G	A	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=56;PP=1573;SC=ATTAGGGGATGACACCTCCTC;SOR=1.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=69;WE=35205889;WS=35205871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	35216296	rs2071920	C	T	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=23;PP=1194;SC=CCACCCCCGACGGTGAGGCTG;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=65;WE=35216304;WS=35216286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	35258539	rs763157	C	A	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=45;PP=1383;SC=GGAGGGTTCTCGTTCTGTTTG;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=35258547;WS=35258529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	35259261	rs1894650	C	G	6661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=71;PP=2965;SC=GACCTGGAGCCCAGTGCCATC;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=116;TCR=71;TR=187;WE=35259269;WS=35259251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	35259646	rs9366883	G	C	6577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=135;PP=2965;SC=GCTGGTCTGGGGGTAGGGTAT;SOR=1.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=74;TCR=136;TR=209;WE=35259654;WS=35259636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr6	35260503	rs1557567	C	T	12918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=174;NR=171;PP=2965;SC=GCAGTGCCCACGGCGAGCTGG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=346;TCF=174;TCR=172;TR=345;WE=35260511;WS=35260493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr6	35260530	rs1557568	C	T	12097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=159;PP=2965;SC=CGGAGGAGAGCGAGCAGGCCC;SOR=0.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=322;TCF=163;TCR=159;TR=321;WE=35260538;WS=35260520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr6	35285720	rs2395617	A	C	10488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=115;PP=2965;SC=AAGACAGCCAACCGCACGTAT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=112;TCR=115;TR=226;WE=35285728;WS=35285710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr6	35378778	rs2016520	C	T	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	35391787	rs2076167	C	T	4549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=53;PP=2372;SC=TGACTGCAAACGAGGGGAGCC;SOR=1.083;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=86;TCR=54;TR=139;WE=35391795;WS=35391777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	35423489	rs7757405	A	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=526;ReadPosRankSum=1.624;SC=CCTTCAGCCAAACACTTAACT;SOR=0.741;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=32;WE=35423497;WS=35423479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr6	35423662	rs4713867	A	C	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,107:0.46:234
chr6	35424188	rs3800377	A	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.009;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=240;ReadPosRankSum=0.680;SC=GGCTTTATCCATGGGGAAGGC;SOR=0.377;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=23;WE=35424196;WS=35424178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,37:0.36:102
chr6	35424268	rs4713868	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=0.269;SC=GGTAGGGTTGAGGGAATGTAG;SOR=0.205;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=9;WE=35424276;WS=35424258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr6	35425416	rs13214239	A	G	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,144:0.31:468
chr6	35443573	rs2076170	T	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=303;ReadPosRankSum=0.351;SC=AGGATCCATCTCTGGCACTCT;SOR=1.406;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=18;WE=35443581;WS=35443563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr6	35448189	rs760782	T	C	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=58;PP=1456;ReadPosRankSum=-0.052;SC=GAGGAAAACATAGACAGTGAG;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=118;TCR=149;TR=105;WE=35448197;WS=35448179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,162:0.38:422
chr6	35471246	rs2067997	T	C	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-1.822;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr6	35477025	rs2064318	C	G	5965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=59;PP=2844;SC=TTTGATTGCTCTTCTTTATCA;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=91;TCR=59;TR=150;WE=35477033;WS=35477015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr6	35477152	rs7752728	C	T	11049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=123;PP=2965;SC=GTGCTTCCAACACCCATGTCT;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=115;TCR=124;TR=238;WE=35477160;WS=35477142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr6	35477303	rs9296155	T	C	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=48;PP=1572;SC=ACTCTAGACCTGGCAAACTCC;SOR=1.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=69;WE=35477311;WS=35477293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	35478612	rs2273001	G	A	9277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=94;PP=2965;SC=TTCCCTGTGAGCTCTCTCAGC;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=120;TCR=94;TR=213;WE=35478620;WS=35478602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr6	35479574	rs7764472	G	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=40;PP=1288;SC=CGGCCTCCCCGTCCGCCCAGC;SOR=2.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=35479582;WS=35479564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	35480262	rs1540910	T	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.741;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=265;ReadPosRankSum=1.250;SC=AAACCCCAAGTCCCCAAACAG;SOR=0.230;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=13;WE=35480270;WS=35480252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr6	35610681	rs2143404	T	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=34;PP=983;SC=ATCTTGAATGTCCCTGGGAAC;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=35610689;WS=35610671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	35705892	rs2817041	T	C	3651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=38;PP=1115;SC=AGGATGAGTATGCCAAGAGCA;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=35705900;WS=35705882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr6	35706123	rs112640777	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=207;ReadPosRankSum=-0.939;SC=CAGAACACCCGCTTCTCCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=16;WE=35706131;WS=35706113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr6	35715303	rs2252881	G	C	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=755;ReadPosRankSum=0.954;SC=CTTCCTTGCTGAGGCCCAGAC;SOR=0.876;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=195;TCF=83;TCR=112;TR=58;WE=35715311;WS=35715293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,85:0.27:310
chr6	35715335	rs376912466	ACT	A	5435.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=59;PP=2962;ReadPosRankSum=0.631;SC=CTCATGCTTTACTCTTTCCTT;SOR=0.715;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=16;TCR=91;TR=70;WE=35715344;WS=35715325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,146:0.70:210
chr6	35745655	rs2478467	C	T	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=25;PP=885;SC=GGGCAGGGATCGCATCATATT;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=35745663;WS=35745645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	35747108	rs6910332	G	A	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=461;ReadPosRankSum=0.839;SC=GGTGACTCCCGATTCTCATAC;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=32;WE=35747116;WS=35747098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,54:0.73:74
chr6	35748931	rs34109614	T	C	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-1.530;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,85:0.59:143
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chr6	35755658	rs12211728	A	G	8486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=0.472;SC=TCTTTGGCCAATATAGAGCGT;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=121;TCR=90;TR=209;WE=35755666;WS=35755648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,324:0.99:328
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chr6	35950075	rs9470186	G	C	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=850;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CCTCTGGCAGGACAGAAAATG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=52;WE=35950083;WS=35950065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr6	35980121	rs743923	C	T	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,88:0.34:258
chr6	36041431	rs851010	A	G	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=282;ReadPosRankSum=-0.968;SC=TGACAATAGAAGGTTGGAGGT;SOR=0.392;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=19;WE=36041439;WS=36041421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
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chr6	36098333	rs12191295	T	C	2430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1058;ReadPosRankSum=1.298;SC=GCCGCCACGCTGGGGCCGCCG;SOR=0.582;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=78;WE=36098341;WS=36098323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,110:0.83:133
chr6	36098410	rs1059227	A	C	3452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=2.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,166:0.68:245
chr6	36103921	rs2252430	G	A	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=680;ReadPosRankSum=0.438;SC=TTGGAGGGAGGGGACACTGCC;SOR=0.660;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=45;WE=36103929;WS=36103911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,69:0.61:113
chr6	36104803	rs2815812	T	C	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=35;PP=864;ReadPosRankSum=0.715;SC=AATAACTGTCTTTTTTTTCTT;SOR=0.487;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=47;WE=36104811;WS=36104793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr6	36107172	rs2071863	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=540;ReadPosRankSum=2.457;SC=GCATGGCACCGCCGGCCAGAC;SOR=0.552;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=36;WE=36107180;WS=36107162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr6	36177857	rs2239798	T	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.090;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=361;ReadPosRankSum=-1.691;SC=CAGGCCAGGGTGGGCCAGGAC;SOR=0.464;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=26;WE=36177865;WS=36177847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr6	36189887	rs2301422	C	G	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=-0.426;SC=GAAGGGGAGTCGGCGTTTTAG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=24;WE=36189895;WS=36189877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,52:0.76:68
chr6	36193258	rs199593691	GA	G	510.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=1.682;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr6	36193259	rs41270094	A	G	359.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=38.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=3.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,26:0.30:86
chr6	36193303	rs59200830	C	T	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=1030;ReadPosRankSum=-2.616;SC=TAGCAAGGCTCCCAGCTTGGA;SOR=0.856;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=58;WE=36193311;WS=36193293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr6	36198396	rs3833482	TG	T	3083.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.700;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.884;NF=12;NR=32;PP=1532;ReadPosRankSum=0.687;SC=AGGGCAGGGCTGGGCCTGCAT;SOR=0.506;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=44;WE=36198404;WS=36198386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,103:0.59:174
chr6	36198421	rs9470234	T	C	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.159;NF=20;NR=30;PP=950;ReadPosRankSum=1.728;SC=TTGCCCTGCCTCCATCCCGCA;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=50;WE=36198429;WS=36198411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,81:0.60:134
chr6	36259369	.	C	G	368	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=59.66;NF=0;NR=20;PP=368;QD=20.1385606274;SC=ACGGAGGGGGCGGGGGAGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=20;WE=36259377;WS=36259359;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr6	36260914	rs2239796	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=2.740;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,46:0.31:147
chr6	36261885	rs4713949	A	G	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=7;PP=1302;SC=CTGGTGCCATATCCCATGGGC;SOR=2.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=48;TCR=7;TR=55;WE=36261893;WS=36261875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	36262991	rs4713951	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=419;SC=TCTTAGCAGACAGTGAGGGAT;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=36262999;WS=36262988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	36269603	rs10947600	G	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=509;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CTGCTGCCAGGGCTGAGTAAC;SOR=0.561;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=38;WE=36269611;WS=36269593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
chr6	36270130	rs12199580	C	A	3680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=78;PP=1606;ReadPosRankSum=-2.084;SC=CCCACTTCACCCAGGCCATCC;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=423;TCF=194;TCR=229;TR=145;WE=36270138;WS=36270120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:412,217:0.34:629
chr6	36275458	rs4713956	T	C	4054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=69;PP=1897;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CCCAAGACATTCGGGATCCAA;SOR=0.799;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=76;TCR=101;TR=118;WE=36275466;WS=36275448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,185:0.66:280
chr6	36288879	rs112374394	G	GGTCTCAGCT	621.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=2897;ReadPosRankSum=0.362;SC=ATGGAACCCAGGTGGGTAGAT;SOR=0.776;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=11;WE=36288887;WS=36288869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr6	36289145	rs763018	A	C	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=631;ReadPosRankSum=0.278;SC=TGATGGACCCAGACAATTCTT;SOR=0.935;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=45;WE=36289153;WS=36289135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr6	36291432	rs114568928	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=1.611;SC=GGTTGATGCTCAGTGCTGGGG;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=36291440;WS=36291422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr6	36292007	rs7751928	G	A	3650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,179:0.60:297
chr6	36294915	rs6923009	T	A	5986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=92;PP=2797;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CTAAATGCACTGACAACTCCT;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=272;TCF=124;TCR=148;TR=170;WE=36294923;WS=36294905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,277:0.62:445
chr6	36353169	rs6901513	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=410;SC=CTTGAACCCAGGAGCTGGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=36353177;WS=36353159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	36359695	rs147244815	TTTA	T	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=9.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.302;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr6	36368169	rs6917489	G	A	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	36393582	.	A	AC	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	36393583	.	ATATAT	A	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.28;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	36393590	rs113872867	T	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	36393592	.	T	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	36393594	rs201851804	T	A	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	36393816	rs664370	A	G	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=54;PP=1657;SC=TGGATTGAGAACTTCTTTAGT;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=91;WE=36393824;WS=36393806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	36446975	rs2239808	G	C	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=59;PP=2432;SC=GAAGGCATCAGTGCAACTGTA;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=123;WE=36446983;WS=36446965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	36447287	rs2239807	A	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=724;SC=TGCTTTAACAAAACCAGGAAT;SOR=3.056;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=36447295;WS=36447279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	36447556	rs368554277	ATTTT	A	191.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=-1.020;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.183;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr6	36452603	rs11450552	T	TA	626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr6	36463820	rs34301019	AT	A	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-1.538;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr6	36465715	rs147832342	CTT	C	1825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.450;QD=18.44;ReadPosRankSum=-2.352;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:19,80:0.81:99
chr6	36467791	rs659726	C	G	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=64;PP=1825;SC=CACACATCAGCGAGGCCCAGC;SOR=1.652;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=89;WE=36467799;WS=36467781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	36475200	rs16888690	T	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=441;SC=TCCTATCTGTTCTAATTTGGT;SOR=3.056;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=36475208;WS=36475190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	36483295	rs150740806	CCACA	C,CCA	916.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.42;QD=23.51;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,26,13:0.67,0.33:39
chr6	36492269	rs3752479	C	G	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=65;PP=1972;SC=AGGGAGGAGACGGGAAGGAAC;SOR=5.023;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=15;TCR=66;TR=79;WE=36492277;WS=36492259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	36492375	rs3752478	T	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=469;SC=ACATATGAAATCACCCCAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=36492383;WS=36492365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	36493265	rs605684	T	C	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=32;PP=1421;SC=TCCTCTGTTATTGAGCCAAAA;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=76;WE=36493273;WS=36493255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	36493330	rs6927896	C	T	5540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=46;PP=1610;SC=CAACCTGCCACGCTGGGTTTT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=89;WE=36493338;WS=36493320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr6	36508036	rs6913714	G	T	3983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=66;PP=1957;SC=AATCCACCCAGTGTGCACTCT;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=105;WE=36508044;WS=36508026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	36568980	.	CT	C	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,33:0.30:111
chr6	36686272	rs236487	C	T	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=11;PP=509;SC=CTCCACAGAGCGACTCTCGGG;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=36686280;WS=36686262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	36686407	rs236486	C	T	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=25.00;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	36689030	rs236478	A	C	7558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.315;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.678;SC=GGGACCAGCTACTGAGCAACT;SOR=1.155;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=124;TCR=110;TR=231;WE=36689038;WS=36689020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,288:1.00:289
chr6	36689596	rs189776467	G	A	4589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=66;PP=1965;ReadPosRankSum=0.965;SC=ATGACTGAGCGGGAAACCCAG;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=78;TCR=86;TR=123;WE=36689604;WS=36689586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,206:0.75:273
chr6	36689630	rs236477	C	T	6619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=79;PP=2937;SC=CCACAACTGCCCTCACAGGAG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=83;TCR=81;TR=161;WE=36689638;WS=36689620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	36689961	rs183541	A	C	13037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=171;NR=123;PP=2965;SC=ACAAGAGGGCAGAGGTGGGCA;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=172;TCR=123;TR=294;WE=36689969;WS=36689951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr6	36695519	rs236472	T	C	3919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=57;PP=1807;SC=TCAAGAGGGATCTTATATCCT;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=36695527;WS=36695509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr6	36695661	rs236471	A	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=228;SC=CATAGTACAGACTTCAAACCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=36695669;WS=36695651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	36696330	rs236470	G	A	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=3;PP=477;SC=GAAGGATGGGGGAAAGGGTCC;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=36696338;WS=36696320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	36698285	rs190201	G	C	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.80;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	36698294	rs236462	G	A	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.78;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	36698556	rs57522248	AC	A	1252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=22.974;HP=14;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.442;NF=1;NR=32;PP=1377;ReadPosRankSum=2.099;SC=CGCCGCCCCCACCCCCCCCCT;SOR=5.607;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=33;WE=36698569;WS=36698546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr6	36698561	rs13199451	C	A	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=23.222;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.435;NF=0;NR=33;PP=994;ReadPosRankSum=2.178;SC=CCCCCACCCCCCCCCTTGCAG;SOR=5.667;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=33;WE=36698569;WS=36698546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr6	36700202	rs374852059	G	GGGT	511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=10;PP=384;SC=AATGTGGGGGGGGGGTGTTAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=36700210;WS=36700192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	36711406	rs3213534	G	A	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=26;PP=1837;SC=GGGGTGTGAGGTCCGCCTGGC;SOR=1.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=93;WE=36711414;WS=36711396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	36711643	rs141023219	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=588;ReadPosRankSum=0.390;SC=ATCCAGGGCCGAGACCACTGG;SOR=0.438;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=144;TCF=45;TCR=99;TR=48;WE=36711651;WS=36711633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,72:0.36:201
chr6	36712962	rs743870	C	T	4969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=88;PP=2667;SC=GGTCTGTCTGCGGGACCTCTG;SOR=1.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=43;TCR=88;TR=130;WE=36712970;WS=36712952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr6	36713263	rs763046	A	G	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CGTCGATGCCACAGCATGAGG;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=61;WE=36713271;WS=36713253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr6	36714139	rs3213535	A	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=1;PP=524;SC=CCCCAGCCTGATCAGTCCTCT;SOR=2.584;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=36714147;WS=36714129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	36715833	rs1010790	A	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=10;PP=1039;SC=TGGGGATACTACTGCCATCTT;SOR=1.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=36715841;WS=36715823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	36723884	.	C	G	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5019;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MMLQ=22;MQ=59.61;NF=3;NR=3;PP=45;QD=13.2952020912;SC=CACCCCTCCCCACCCCATCTC;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=36723892;WS=36723874;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr6	36733070	rs3752482	A	G	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=5.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,107:0.40:269
chr6	36733132	rs763048	G	A	7926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=78;PP=2717;ReadPosRankSum=0.123;SC=GATCCCAGTCGTACACCTCCA;SOR=0.764;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=287;TCF=159;TCR=128;TR=181;WE=36733140;WS=36733122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,374:0.64:582
chr6	36766292	rs6940728	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=441;ReadPosRankSum=-0.378;SC=CACAGAGAAACGATGAAGGCA;SOR=0.968;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=35;WE=36766300;WS=36766282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,45:0.31:143
chr6	36767920	rs11419511	T	TG	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=596;SC=GGGAGAGCACTGGCTCAGAGC;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=15;WE=36767928;WS=36767910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	36853685	rs11461876	G	GC	764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=8;PP=581;SC=ACAAGGCCTCGCCCAGGAGTG;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=36853693;WS=36853675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	36853786	rs11461877	A	AG	1481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=15;PP=1241;SC=GAGGAGCCCGAGGGGCGCGAG;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=36853794;WS=36853776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	36853857	rs5875560	T	TCGC	5536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=34;PP=1389;SC=TGTGACAGCCTCGCCGCGCCC;SOR=0.968;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=53;WE=36853865;WS=36853847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	36922385	rs1405070	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=0.040;SC=GACCCAAAGCGCCCAGCCCTC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=5;WE=36922393;WS=36922375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr6	36922684	rs1405069	A	C	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=364;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GGTATCCCCGACGGCCTCAGA;SOR=0.756;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=24;WE=36922692;WS=36922674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
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chr6	36931491	rs34165286	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=457;ReadPosRankSum=-0.708;SC=CACCCTCTGAGTAGGAGCTTC;SOR=0.755;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=36;WE=36931499;WS=36931481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,46:0.38:122
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chr6	36989391	rs831502	G	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=4.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-2.152;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,61:0.28:221
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chr6	37180355	rs1150789	G	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=370;ReadPosRankSum=-0.037;SC=AAGTGCAGGAGCATGTGTGAG;SOR=0.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=35;WE=37180363;WS=37180345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,64:0.33:196
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chr6	37249913	rs41272216	C	A	3075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=16;PP=1169;ReadPosRankSum=-0.161;SC=TTCTCAGAATCCATACTCCTC;SOR=0.796;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=115;TCF=83;TCR=32;TR=69;WE=37249921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,135:0.68:200
chr6	37250112	rs195753	A	G	2724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=45;PP=1131;ReadPosRankSum=0.248;SC=AATTCCGTCAACTTCTCTCCA;SOR=0.639;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=248;TCF=111;TCR=137;TR=84;WE=37250120;WS=37250102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,150:0.37:409
chr6	37252210	rs3818136	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=-0.477;SC=ACTCTCGAAACGAGGAACATC;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=33;WE=37252218;WS=37252200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,50:0.27:184
chr6	37280844	rs149708	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CTAGGTCCAGAGGCTCCCAGC;SOR=0.818;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=10;WE=37280852;WS=37280834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr6	37292044	rs12208370	T	C	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=2.738;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,67:0.33:206
chr6	37328399	rs34469147	CT	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.884;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr6	37418263	rs2270687	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=0.060;SC=CTGTGTCAAGAGGGAGTGTCA;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=11;WE=37418271;WS=37418253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr6	37446061	rs3830396	TCA	T	1168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.326;NF=9;NR=8;PP=661;ReadPosRankSum=0.906;SC=GCTGTGTGCCTCAGTTTCATC;SOR=0.841;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=17;WE=37446070;WS=37446051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr6	37447075	rs2797790	G	A	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	37447994	rs1874736	C	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=0.566;SC=GCCCACAGTGCTGGCTTCTTC;SOR=0.193;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=9;WE=37448002;WS=37447984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr6	37450914	rs10692	T	C	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=41;PP=1785;SC=TTGATCCTGATCAAGGGGCCA;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=99;WE=37450922;WS=37450904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	37475499	.	T	TGGGGGTAGGTGGTGGTGGGGGGTG	609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.28;QD=35.87;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	37501967	rs2797786	A	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=329;ReadPosRankSum=-0.456;SC=TTGAGTTACCAAGAGGTGTCC;SOR=0.892;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=29;WE=37501975;WS=37501957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr6	37502585	rs1317487	C	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=-1.025;SC=TTAAATTATGCAAGTAATACA;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=7;WE=37502593;WS=37502575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr6	37611796	rs45511994	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=0.692;SC=TCTCTGCCTAGGCCTCTGCGG;SOR=0.446;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=37611804;WS=37611786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr6	37626142	rs2273110	C	T	2429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:371,156:0.30:527
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chr6	38084569	rs2295791	C	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=473;SC=CACCTTGGCCCAGCTTTGGAA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=38084577;WS=38084559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	38119942	rs16890395	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=356;ReadPosRankSum=0.135;SC=GACAAAGGCAATTGTGAGGCT;SOR=0.856;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=23;WE=38119950;WS=38119932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr6	38147245	rs72853675	G	C	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=762;ReadPosRankSum=-1.031;SC=GCAGGTCCCAGGGCTCCAGTT;SOR=0.644;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=254;TCF=141;TCR=113;TR=76;WE=38147253;WS=38147235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,123:0.30:409
chr6	38147355	rs6458044	A	G	9339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=131;PP=2965;SC=CCCACAGCGCAGCTCCTGCCC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=118;TCR=131;TR=248;WE=38147363;WS=38147345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr6	38455368	rs200340198	CGAGAGA	C,CGAGA	543.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.42;MQRankSum=0.000;QD=36.25;ReadPosRankSum=1.771;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,9,5:0.60,0.33:15
chr6	38472125	rs9380754	GG	CT	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=3;PP=1418;SC=AACTGATGATGGGCTATTATT;SOR=3.841;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=28;WE=38472134;WS=38472115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	38472176	rs73426901	A	G	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=22;PP=1419;SC=CACTACCCAAACTACAAAATT;SOR=1.449;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=75;WE=38472184;WS=38472166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	38560215	rs2180106	T	G	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=591;ReadPosRankSum=0.663;SC=GGAAAGACATTCCATAGGCTA;SOR=1.552;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=30;WE=38560223;WS=38560205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr6	38560242	rs73733941	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=2.773;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr6	38650628	rs4746	T	G	5764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=82;PP=2280;ReadPosRankSum=0.722;SC=ACTCTGGGTCTCATCATCTTC;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=247;TCF=121;TCR=126;TR=159;WE=38650636;WS=38650618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,286:0.63:451
chr6	38697839	rs56284095	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=-2.039;SC=TCTCTTATACATAGATAATCC;SOR=0.358;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=11;WE=38697847;WS=38697829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr6	38702111	rs70981586	C	CCA	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.981;SOR=2.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
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chr6	38718186	rs56323406	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=195;ReadPosRankSum=0.948;SC=CTGAATTTCCCGAGTAAACTT;SOR=0.223;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=16;WE=38718194;WS=38718176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr6	38718402	rs56148146	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=194;ReadPosRankSum=0.020;SC=TAAACTGAGGGCAGTGGCTCG;SOR=0.986;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=20;WE=38718410;WS=38718392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,25:0.22:112
chr6	38723670	rs7773138	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr6	38729458	rs2448401	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.12;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr6	38729511	rs61748600	T	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr6	38746090	rs1033526	A	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr6	38746098	rs1033525	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
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chr6	38746263	rs1738260	A	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=1.009;SC=CTTTAAGCAGAGTAGTTTCTG;SOR=0.594;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=16;WE=38746271;WS=38746253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
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chr6	38771168	rs55939633	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-1.577;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,30:0.24:126
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chr6	38773172	rs1678682	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=1.709;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
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chr6	38775336	rs1738229	T	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=99;ReadPosRankSum=1.402;SC=GGGGATGCTCTAGGTTTTTTG;SOR=0.824;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=12;WE=38775344;WS=38775326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,22:0.26:84
chr6	38781683	rs12526772	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=0.431;SC=CTCTGCAATTTAGGGTTCTGT;SOR=0.515;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=9;WE=38781691;WS=38781673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
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chr6	38781866	rs1678690	C	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=1.653;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr6	38781931	rs1738221	A	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
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chr6	38820451	rs9369085	G	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=2.431;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,69:0.33:211
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chr6	38825329	rs2061907	C	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=609;ReadPosRankSum=0.652;SC=TGTGGACACACGATTCAGAAG;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=171;TCF=94;TCR=77;TR=52;WE=38825337;WS=38825319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,89:0.29:309
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chr6	38828453	rs6458073	A	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=0.525;SC=TAAAATGTGCATAACATTATT;SOR=0.483;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=8;WE=38828461;WS=38828443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr6	38841101	rs9380795	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=409;ReadPosRankSum=-0.997;SC=CATATATGAAGCTAAATCTCA;SOR=0.492;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=43;WE=38841109;WS=38841091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,66:0.34:197
chr6	38843279	rs77031115	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=1.761;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr6	38843280	rs62396413	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.761;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr6	38843283	rs35696175	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.856;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr6	38843426	rs6458080	C	T	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=539;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TTTCCTGTGTCGAACATCTTC;SOR=0.824;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=39;WE=38843434;WS=38843416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,59:0.35:169
chr6	38891068	rs4714199	T	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=1.941;SC=ATGACAGTGCTTGCAACTTAA;SOR=0.307;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=38891076;WS=38891058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr6	38899485	rs9296268	G	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=-1.718;SC=CCAATTTATTGAAGCGTCACA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=38899493;WS=38899481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr6	38913177	rs522327	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,48:0.31:156
chr6	38952246	rs34819199	GCACA	G,GCACACA	434.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.74;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,7,10:0.35,0.50:20
chr6	38952287	rs35676616	G	T	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=11;PP=249;SC=CCAGCAATTGGGCCAGGCATG;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=38952295;WS=38952277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr6	39033778	rs3765466	T	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=258;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TGTATTCACCTCTCTGGCCTT;SOR=0.631;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=17;WE=39033786;WS=39033768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
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chr6	39034072	rs6923761	G	A	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=49;PP=1473;ReadPosRankSum=-1.298;SC=GATCCTCCTCGGCTTCAGGTA;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=98;WE=39034080;WS=39034062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,166:0.62:268
chr6	39034210	rs4711572	A	G	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=549;ReadPosRankSum=0.581;SC=CTCTCTACAGAGCCCTGACCG;SOR=0.518;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=34;WE=39034218;WS=39034200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,54:0.72:75
chr6	39034248	rs9296277	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=315;ReadPosRankSum=-0.360;SC=AACACAGGATGTGATACTGTG;SOR=1.002;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=24;WE=39034256;WS=39034238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,31:0.72:43
chr6	39040654	rs2235868	A	C	6525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=71;PP=2226;ReadPosRankSum=0.752;SC=GCACTGCACCAGGAACTACAT;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=254;TCF=147;TCR=107;TR=167;WE=39040662;WS=39040644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,314:0.66:475
chr6	39041502	rs1042044	A	C	3875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.006;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=45;PP=1628;ReadPosRankSum=1.438;SC=TCTCGGTCTTATCTGAGCAAT;SOR=0.522;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=159;TCF=94;TCR=65;TR=106;WE=39041510;WS=39041492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,178:0.69:258
chr6	39047035	rs5875654	CAG	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.424;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,20:0.15:135
chr6	39048491	rs1126476	A	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=318;ReadPosRankSum=1.370;SC=TGGTGGCCATATTATACTGCT;SOR=0.672;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=24;WE=39048499;WS=39048481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr6	39162206	rs2815098	A	G	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=28;PP=1825;SC=CTAGAGGAGAAGCTAGCTGGG;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=39162214;WS=39162196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	39162227	rs1541816	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=473;ReadPosRankSum=1.506;SC=TACCCAGCCTGACCCGGGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=30;WE=39162235;WS=39162217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,31:0.33:94
chr6	39271656	rs7451024	G	A	1436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=569;ReadPosRankSum=0.854;SC=CAGCAGGTGCGCCAGCTGCGG;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=40;WE=39271664;WS=39271646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,67:0.72:93
chr6	39278694	.	AAAG	A	4066.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.385;NF=13;NR=45;PP=2482;ReadPosRankSum=0.329;SC=TGGACACAGAAAAGAAGAAGG;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=21;TCR=71;TR=58;WE=39278704;WS=39278684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,104:0.62:169
chr6	39278848	rs72125468	GCACACACACACACACACA	G	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=8.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.46;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=2.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr6	39282036	rs10947804	T	C	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=52;PP=1012;ReadPosRankSum=2.628;SC=AGCACGGTGCTGGGCACCGCG;SOR=0.491;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=123;TCF=42;TCR=81;TR=83;WE=39282044;WS=39282026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,105:0.67:156
chr6	39282119	rs62397171	C	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=1.075;SC=GGGGAGCCGGCGCCGGGAGCG;SOR=1.061;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=10;WE=39282127;WS=39282109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr6	39282748	rs11756070	G	A	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=765;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TGGAGGAAGCGTCTAGGCTGT;SOR=0.717;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=46;WE=39282756;WS=39282738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,69:0.71:97
chr6	39282806	rs11756091	G	T	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.549;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=29;PP=1236;ReadPosRankSum=-1.346;SC=CTTGGATATGGGGAAGTCCTG;SOR=0.401;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=77;WE=39282814;WS=39282796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,97:0.70:139
chr6	39283083	rs11753141	G	A	5175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=66;PP=2119;ReadPosRankSum=0.797;SC=GAGGCCAGACGTTCATGGAGC;SOR=0.636;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=210;TCF=106;TCR=104;TR=138;WE=39283091;WS=39283073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,255:0.66:384
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chr6	39290200	rs3734619	C	T	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=46;PP=954;ReadPosRankSum=-1.654;SC=ACTGAGCCTCCGCCTGCCTCT;SOR=0.740;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=187;TCF=71;TCR=116;TR=72;WE=39290208;WS=39290190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,121:0.40:301
chr6	39313618	rs34799567	G	GA	4737.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=45;PP=2223;ReadPosRankSum=-3.492;SC=ATTTATAGAAGGAAATTCAGG;SOR=0.926;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=87;TCF=15;TCR=72;TR=56;WE=39313626;WS=39313608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,134:0.66:204
chr6	39314191	.	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=294;ReadPosRankSum=1.176;SC=CCTTGCCCCTTCCACCATGTG;SOR=0.873;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=22;WE=39314199;WS=39314181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,46:0.33:138
chr6	39325078	rs20455	A	G	3554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=48;PP=1465;ReadPosRankSum=1.444;SC=AGTTGGGACCATTCATGCTGG;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=77;TCR=72;TR=99;WE=39325086;WS=39325068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,169:0.66:255
chr6	39328450	rs56731267	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=1.481;SC=ATAGGAGCTTCGGAGGCCAGG;SOR=0.638;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=17;WE=39328458;WS=39328440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr6	39330135	rs56003110	C	T	439.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5012;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=297;ReadPosRankSum=-1.509;SC=TAGCTGCAGCCCTGGGAAGCT;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=16;WE=39330143;WS=39330125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr6	39545689	rs12697946	T	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=298;ReadPosRankSum=-0.538;SC=AAGCCGCCACTCTTAACTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=19;WE=39545697;WS=39545679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
chr6	39563863	rs7738892	C	T	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=574;ReadPosRankSum=-0.971;SC=AGTTGATATACTTGGCCTCTG;SOR=1.176;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=36;WE=39563871;WS=39563853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr6	39585399	rs2466406	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=-0.373;SC=ATCACGACAAATGTCTGTCAT;SOR=0.120;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=39585407;WS=39585389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr6	39682367	rs303701	G	A	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=37;PP=2501;SC=TGCAGCCTAAGTATATAATTG;SOR=1.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=92;TCR=37;TR=129;WE=39682375;WS=39682357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr6	39688367	rs10947834	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=205;SC=AAGAGCTGCGTTGCATTTTCC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=39688375;WS=39688357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	39693271	rs10947835	C	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=22;PP=632;SC=GAGGCCACTACGGGGCGGGGC;SOR=0.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=39693279;WS=39693261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	39828593	rs2504099	A	T	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=6;PP=1096;SC=GGAGGAAGATAGTAGTAGCCT;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=46;WE=39828601;WS=39828583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	39828862	rs2504098	A	C	5678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=89;PP=2965;SC=CTGCCTTGGCATGCTCATGCA;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=70;TCR=89;TR=159;WE=39828870;WS=39828852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr6	39832111	rs2504787	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr6	39832363	rs2504094	C	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.259;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr6	39832964	rs2504093	T	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=3.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr6	39839164	rs2504088	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr6	39846137	rs2504086	A	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=-0.128;SC=CATTACTCACATTCTCTCCTT;SOR=0.536;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=35;WE=39846145;WS=39846127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,49:0.30:161
chr6	39851679	rs2504082	A	G	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=454;ReadPosRankSum=0.011;SC=GGAGGCATGGAGCATCTTCAT;SOR=0.674;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=28;WE=39851687;WS=39851669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr6	39851818	rs3003929	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.883;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,48:0.29:168
chr6	39855112	rs3003945	T	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=78;ReadPosRankSum=2.096;SC=TTAGCTATTATCCACCCTCCT;SOR=0.132;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=6;WE=39855120;WS=39855111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr6	39855427	rs3008810	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.379;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr6	39855490	rs5875688	C	CTGGA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=160;ReadPosRankSum=0.699;SC=AGGCATTGATCTGGAACTGTC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=39855498;WS=39855480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr6	39864730	rs3008815	C	T	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=781;ReadPosRankSum=-1.536;SC=TCAACAAGATCGCTGACACCA;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=202;TCF=111;TCR=91;TR=65;WE=39864738;WS=39864720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,103:0.31:337
chr6	39865047	rs3004067	T	C	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.226;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,75:0.30:248
chr6	39866805	rs3830992	A	AACAATGGGC	1422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=5.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.854;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.597;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,45:0.27:165
chr6	39869066	rs882559	G	C	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,72:0.32:224
chr6	39895410	rs3008822	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=217;ReadPosRankSum=-1.145;SC=GTATTCAGCTTGGGGGTCGGG;SOR=0.704;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=22;WE=39895418;WS=39895400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,26:0.29:90
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chr6	40400288	rs61731040	C	T	3204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=47;PP=1670;ReadPosRankSum=-2.430;SC=GTGCCCTCGGCGATGTGATCC;SOR=0.763;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=102;WE=40400296;WS=40400278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,145:0.68:214
chr6	41052002	rs6908595	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=497;SC=ATTACAACCTATTTGATAATT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=41052010;WS=41051992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	41057862	rs202114917	A	AT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.917;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,19:0.25:76
chr6	41162060	rs13216201	G	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=3;PP=79;SC=GCCACATTGGGTTCCTGGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=41162068;WS=41162056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	41162518	rs3747742	T	C	6272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=72;PP=2696;SC=ACAGTTCCACTCTTGAGGATG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=136;WE=41162526;WS=41162508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr6	41162715	rs4711657	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=374;SC=CTAGGATTCTGGCTGCTGAGT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=41162723;WS=41162705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	41169021	rs5875743	C	CA	1280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=29;PP=1254;SC=GGCCCCAAGCCGGGAGGACTC;SOR=3.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=41169029;WS=41169011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	41196034	rs6458202	T	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=6.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.93;ReadPosRankSum=-1.469;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr6	41196040	rs6458203	T	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=6.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.93;ReadPosRankSum=-1.490;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr6	41196041	rs6458204	C	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=6.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.31;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr6	41196095	rs6458205	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=1.692;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr6	41196104	rs10700462	C	CCTT	3141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=14;PP=1301;SC=GCGTCTGACTCCTCCTGAGAG;SOR=1.085;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=26;WE=41196112;WS=41196085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	41196156	rs2803496	C	T	4620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=26;PP=1032;SC=AGAAACAGATCTGGGCTGGAA;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=41196177;WS=41196146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	41196169	rs112680060	G	T	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.498;NF=23;NR=27;PP=785;ReadPosRankSum=0.514;SC=GGCTGGAATGGCCTGGGGTGG;SOR=0.494;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=50;WE=41196177;WS=41196146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,97:0.82:119
chr6	41196605	rs9369265	T	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.647;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.853;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,52:0.29:181
chr6	41196727	rs2101269	C	T	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=533;ReadPosRankSum=1.956;SC=GAATCTACAACGCTTCCGAAA;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=150;TCF=65;TCR=85;TR=47;WE=41196735;WS=41196717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,86:0.31:278
chr6	41197785	rs9296357	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,56:0.25:227
chr6	41197857	rs7769759	C	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=345;ReadPosRankSum=0.511;SC=GGCTCTGAGACCAGGTAGGTC;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=33;WE=41197865;WS=41197847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,47:0.32:145
chr6	41197912	rs112416906	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr6	41198909	rs4337930	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.196;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=69;ReadPosRankSum=1.312;SC=TATTACAACATGATAATAATA;SOR=1.714;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=8;WE=41198917;WS=41198899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr6	41199973	rs1825409	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.641;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,32:0.30:105
chr6	41200245	rs7746632	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=0.800;SC=ACTTGGAGGTAGGGGATGGTT;SOR=1.031;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=18;WE=41200253;WS=41200235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr6	41204005	rs9394775	C	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CCCTGGCCAGCTTTTTCCTCC;SOR=1.480;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=7;WE=41204013;WS=41203995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr6	41204049	rs9394776	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=-1.572;SC=TGACTAGGTCCCCTCTCAGTC;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=17;WE=41204057;WS=41204039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,25:0.32:79
chr6	41204092	rs9349185	C	T	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=2.868;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,36:0.28:127
chr6	41204092	.	CTC	TTG	742	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=16;NR=8;PP=742;QD=33.1444947859;SC=CCCCACACCCCTCTGTCATCG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=60;TCR=27;TR=24;WE=41204102;WS=41204082;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:63,24:0.28:87
chr6	41204094	rs9394777	C	G	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=2.747;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,37:0.29:128
chr6	41204329	rs9349186	A	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.754;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=250;ReadPosRankSum=-0.413;SC=GAGTCCTGTTAGTGCTCCTGA;SOR=0.403;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=24;WE=41204337;WS=41204319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,39:0.35:111
chr6	41244020	rs2234242	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=169;ReadPosRankSum=-0.365;SC=TCTCCCACACGCACATGTTCC;SOR=1.321;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=13;WE=41244028;WS=41244010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
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chr6	41318438	rs2273962	A	G	3050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=32;PP=1734;SC=GTGGAAAACCATGATGGAGCT;SOR=1.297;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=91;WE=41318446;WS=41318414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr6	41486990	rs2496647	G	A	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=14;PP=1145;SC=ATGCAAAATTGGGATAATTAT;SOR=1.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=58;WE=41486998;WS=41486980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr6	41537817	.	G	GACACACAC	365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.38;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr6	41552429	rs4714489	G	A	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=28;PP=1345;ReadPosRankSum=-2.325;SC=ACTCTGCCACGCTGAGAGTGG;SOR=0.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=86;WE=41552437;WS=41552419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,98:0.77:128
chr6	41554993	rs11758591	G	C	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.346;NF=47;NR=54;PP=1400;ReadPosRankSum=0.558;SC=GTAGAAAGCCGAGTGTTCGTG;SOR=1.009;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=233;TCF=118;TCR=115;TR=101;WE=41555001;WS=41554983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,122:0.36:341
chr6	41562530	rs9367109	A	G	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.030;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=937;ReadPosRankSum=-1.522;SC=TGCGTGGGACATGGGATGGGA;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=66;WE=41562538;WS=41562520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,102:0.66:155
chr6	41617626	rs2073159	G	C	3802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,176:0.72:246
chr6	41617658	rs2281326	G	A	2260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.800;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=56;PP=1400;ReadPosRankSum=0.305;SC=TGGGCCCACTGGAGCACCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=78;WE=41617666;WS=41617648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,100:0.71:140
chr6	41620938	rs12199887	A	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=11;PP=625;ReadPosRankSum=1.341;SC=TCAGGCACACAGTGAACACTC;SOR=0.590;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=126;TCR=32;TR=52;WE=41620946;WS=41620928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,49:0.37:133
chr6	41620975	rs2842657	A	G	8212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=168;NR=92;PP=2965;SC=CCGCTGCCGCAGGCCCCCACA;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=170;TCR=94;TR=260;WE=41620983;WS=41620965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr6	41652604	rs1062966	T	C	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr6	41654110	rs1076727	G	A	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=647;ReadPosRankSum=0.984;SC=GGTGGAGGTGGCTGATCTCAG;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=37;WE=41654118;WS=41654100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr6	41655005	rs2073157	G	A	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=25;PP=657;SC=CTTCAGGGCAGCCTGCAGCTT;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=41655013;WS=41654995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	41655340	rs9462736	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=340;ReadPosRankSum=1.170;SC=CACCACTGAGCGACAGCAATG;SOR=1.034;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=25;WE=41655348;WS=41655330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr6	41655814	rs9471626	G	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=0.353;SC=CCCTCTCCACGGGGAGCCCCC;SOR=1.022;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=12;WE=41655822;WS=41655804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr6	41657673	rs115794288	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=300;ReadPosRankSum=-2.341;SC=ACTTATCTGGGGAAAGAGGAA;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=21;WE=41657681;WS=41657663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr6	41658889	rs1015149	C	T	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=58;PP=1851;SC=TGCGCTCCCGCTGCTCCTCCT;SOR=0.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=103;WE=41658897;WS=41658879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr6	41708664	rs1316979	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
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chr6	41753380	rs3747753	G	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=442;ReadPosRankSum=-0.021;SC=GTATCAGGGAGTGGGGAGAAG;SOR=2.252;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=21;WE=41753388;WS=41753370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr6	41754370	rs10947987	C	T	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=768;ReadPosRankSum=-1.348;SC=CGAGGACTCTCGGCGGCGGCG;SOR=0.324;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=46;WE=41754378;WS=41754360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,64:0.74:87
chr6	41754573	rs140326303	C	CCTT	15794.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.944;NF=36;NR=92;PP=2964;ReadPosRankSum=0.376;SC=CCCGAACACTCCTCGCTGCTG;SOR=0.612;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=210;TCF=63;TCR=147;TR=128;WE=41754584;WS=41754563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,389:0.69:563
chr6	41754576	rs9381093	C	T	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.950;NF=53;NR=46;PP=2676;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GAACACTCCTCGCTGCTGCCG;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=309;TCF=165;TCR=144;TR=99;WE=41754584;WS=41754563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,176:0.31:569
chr6	41755410	rs9471653	C	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=478;ReadPosRankSum=-0.927;SC=GGTTCCTCCACCGAGGCCCAT;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=78;TCR=37;TR=35;WE=41755418;WS=41755400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,47:0.28:170
chr6	41755708	rs41273794	C	T	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=524;ReadPosRankSum=-0.665;SC=GGCTGTGCCTCACTGAGATCC;SOR=0.566;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=30;WE=41755716;WS=41755698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr6	41773576	rs2185798	G	C	5884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=0.366;SC=ACACTGAGTGGAGCATGGCGA;SOR=0.792;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=267;TCF=154;TCR=113;TR=186;WE=41773584;WS=41773566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,265:0.67:393
chr6	41888827	rs2274578	C	G	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=1.003;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,86:0.32:269
chr6	41898096	rs2479726	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=160;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TGCCTGCATCACATACTAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=11;WE=41898104;WS=41898086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr6	41903782	rs1051130	A	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=-1.486;SC=CTGGTCTGAGAGGCTTCCCTG;SOR=0.608;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=17;WE=41903790;WS=41903772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,23:0.19:119
chr6	41905174	rs2479717	T	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=362;ReadPosRankSum=-1.278;SC=GCTGGAGAAGTGAAGAGGAGG;SOR=0.620;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=24;WE=41905182;WS=41905164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr6	41908717	.	G	C	3682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=65;PP=1643;ReadPosRankSum=1.912;SC=GGCTCCTGCCGCTGCCTCCTG;SOR=0.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=150;TCR=180;TR=121;WE=41908725;WS=41908707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:358,207:0.37:565
chr6	42016246	rs10456506	T	C	33509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=1289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=322;NR=350;PP=2965;SC=TACCTCCTCGTCAGGTGACCT;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=674;TCF=323;TCR=351;TR=672;WE=42016254;WS=42016236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1286:1.00:1286
chr6	42023618	rs142602868	A	ATAC	4059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=2180;ReadPosRankSum=-0.193;SC=CCATTTGTCCATACTACTACT;SOR=0.762;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=41;WE=42023626;WS=42023608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr6	42025318	rs12208813	G	A	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=40;PP=1207;SC=TGACTGTCACGTGGCAGAGTC;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=70;WE=42025326;WS=42025308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	42036395	rs2492926	A	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=23;PP=644;SC=ACTGTCGCACACTGCCCTCAG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=42036403;WS=42036385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	42044945	rs3800286	G	A	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=67;PP=2183;SC=CTTATCTGCGGCCGGTGAAGA;SOR=1.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=110;WE=42044953;WS=42044935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	42054380	rs2492938	G	T	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=2.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,153:0.63:242
chr6	42072692	rs74901308	G	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.419;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,27:0.25:106
chr6	42074106	rs9394866	A	G	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=640;ReadPosRankSum=0.980;SC=CAGGCTCAGGAGAGTCTCCTT;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=45;WE=42074114;WS=42074096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,75:0.40:187
chr6	42094614	rs9471776	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=122;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TATTTCAAACAATTTTATCTG;SOR=0.728;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=11;WE=42094622;WS=42094604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr6	42094699	rs6940849	G	T	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=19;PP=651;SC=GACTCATTTGGTTTTTTTCTT;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=42094707;WS=42094689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr6	42110263	rs6911399	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=201;SC=TCAGCACGGTTTCCCCAGGGG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=42110271;WS=42110253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr6	42176743	rs57369579	TG	T	755.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.57;MQRankSum=1.935;QD=24.38;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
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chr6	42541802	rs16895843	G	C	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=467;ReadPosRankSum=-0.965;SC=TGGAACTTTTGAGTTTTTGTT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=23;WE=42541810;WS=42541792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
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chr6	42583625	rs9381203	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.622;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=219;ReadPosRankSum=0.987;SC=GCAAGACACTGTCTCAAAAGT;SOR=0.915;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=24;WE=42583633;WS=42583615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,45:0.37:122
chr6	42600319	rs5014584	A	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=13;PP=710;SC=AAGAAAACTTAATGAGCATTA;SOR=1.160;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=42600327;WS=42600309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	42600698	rs112421447	T	C	95.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr6	42607841	rs12204274	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GATAGGTTCCCAAAGAGAAAA;SOR=0.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=6;WE=42607849;WS=42607831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr6	42611872	rs12198323	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=400;ReadPosRankSum=0.223;SC=AAGCCAAACTATCTCTCACTA;SOR=1.371;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=19;WE=42611880;WS=42611862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr6	42612312	rs7767888	C	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=18;PP=480;SC=ATAAATTACACTGACGTTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=42612320;WS=42612302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr6	42617961	rs3763234	T	G	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=284;ReadPosRankSum=-1.148;SC=TATCCAAGACTATCTCTCATA;SOR=0.404;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=71;TCR=22;TR=29;WE=42617969;WS=42617951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,40:0.37:109
chr6	42626147	rs3830862	TACTC	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=-1.068;SC=AGTTGCCAGTTACTCACAACA;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=42626158;WS=42626137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr6	42626564	rs35713624	T	TA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=4.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.688;QD=1.24;ReadPosRankSum=0.522;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr6	42627258	rs67388762	TACACAC	T	603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.73;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	42630107	rs3736745	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=157;ReadPosRankSum=-1.079;SC=AAAAAAGGAAAAGAACTAAAA;SOR=0.632;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=13;WE=42630115;WS=42630097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,17:0.29:58
chr6	42638354	rs3835247	TACATA	T	1256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=1207;ReadPosRankSum=1.424;SC=TATTAAAATATACATAACATA;SOR=0.784;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=24;WE=42638366;WS=42638344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr6	42641704	rs761537	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GCTTCTCTCAGTAATGAATTA;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=6;WE=42641712;WS=42641694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr6	42650766	rs34240626	G	GT	538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	42652667	rs434505	G	A	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
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chr6	42666061	rs434102	T	C	4787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=34;PP=2830;SC=CTGGCCTGCGTCTGCGCCCTC;SOR=1.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=95;TCR=34;TR=128;WE=42666069;WS=42666051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	42666145	rs425876	C	T	21019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=170;NR=132;PP=2965;SC=CGGCACGCTCCTCTCCAGCAG;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=305;TCF=170;TCR=135;TR=302;WE=42666153;WS=42666135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr6	42666164	rs390659	G	C	22145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=147;PP=2965;SC=AGCCAGCCCTGGCTCTCGCTC;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=173;TCR=150;TR=320;WE=42666172;WS=42666154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,530:1.00:530
chr6	42666293	rs41273820	G	A	3522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=70;PP=1756;ReadPosRankSum=0.137;SC=GAATCGCTGGGAGCTGGACCA;SOR=0.617;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=159;TCF=50;TCR=109;TR=100;WE=42666301;WS=42666283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,155:0.69:226
chr6	42666365	rs389999	G	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=42;PP=1207;SC=GAGCACTGTGGAGTGTGGGTT;SOR=4.271;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=46;WE=42666373;WS=42666355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	42672416	rs3818086	A	T	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=66;PP=1898;SC=CTTCCTCCCAACCCCTGCCTC;SOR=1.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=97;WE=42672424;WS=42672406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	42689755	rs7764439	A	G	9623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=111;PP=2965;SC=TGTTGAAGAGAACACAGATAG;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=131;TCR=111;TR=242;WE=42689763;WS=42689745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr6	42713618	rs2234026	A	G	13623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=173;NR=152;PP=2965;ReadPosRankSum=0.472;SC=TCGCTCCCGAACAAAGGTGGC;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=328;TCF=175;TCR=153;TR=325;WE=42713626;WS=42713608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,521:1.00:523
chr6	42824756	rs9462840	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=349;ReadPosRankSum=-1.008;SC=TTTTATTTGCATGCAAATAAA;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=32;WE=42824764;WS=42824746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,40:0.38:104
chr6	42830484	rs10456518	G	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.432;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=-0.818;SC=AGCTGGGCACGGTGGCTCACA;SOR=2.621;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=7;WE=42830492;WS=42830474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr6	42851396	rs2395939	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=353;ReadPosRankSum=0.329;SC=CTGGGGCAAAGTGTTGCTTAA;SOR=0.856;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=31;WE=42851404;WS=42851386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,52:0.30:176
chr6	42851450	rs75937754	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=169;ReadPosRankSum=0.629;SC=CCAAGCCACTCAGGCAAATTG;SOR=0.910;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=17;WE=42851458;WS=42851440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
chr6	42853842	rs2179719	A	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=13;PP=415;SC=CAGCTTAGGGATCAGCTGGGG;SOR=0.866;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=42853850;WS=42853832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	42883911	rs2235831	G	C	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=775;ReadPosRankSum=-1.667;SC=TCAGTCTGCCGAAGCCCATCC;SOR=0.694;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=175;TCF=78;TCR=97;TR=59;WE=42883919;WS=42883901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,123:0.39:317
chr6	42890602	rs9462851	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=6.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.294;SOR=1.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,19:0.23:81
chr6	42891022	rs9471966	G	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=637;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GGAGCCTTTGGTCTGCCACAC;SOR=1.003;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=122;TCF=44;TCR=78;TR=47;WE=42891030;WS=42891012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,62:0.32:192
chr6	42897357	.	TTGC	T	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,18:0.10:189
chr6	42906241	rs116255295	GCT	ATA	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=647;ReadPosRankSum=0.453;SC=CCTGCTCAGTGCTCCTTGCCC;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=14;WE=42906251;WS=42906231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr6	42906384	rs9471969	G	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,23:0.17:133
chr6	42928461	rs10948059	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.521;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr6	42928758	rs2296805	T	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.233;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr6	42929839	rs7760250	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=0.191;SC=AGGAGGCAGAGGAACGGACTC;SOR=0.392;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=19;WE=42929847;WS=42929829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr6	42931224	rs4987173	G	A	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=939;ReadPosRankSum=2.341;SC=GCGGTAGTTGGGGGAGCTGAG;SOR=0.713;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=107;TCR=87;TR=70;WE=42931232;WS=42931214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,101:0.35:288
chr6	42931261	rs2296804	C	G	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1063;ReadPosRankSum=-2.156;SC=GTTGCTGGGGCCTCTGTTACA;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=238;TCF=131;TCR=107;TR=77;WE=42931269;WS=42931251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,125:0.35:360
chr6	42932200	rs1129187	G	T	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr6	42932200	.	GGC	TGT	373	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=6;NR=7;PP=373;QD=32.8052211432;SC=TGAGCTACCTGGCTCCAGCCC;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=13;WE=42932210;WS=42932190;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr6	42932202	rs1129186	C	T	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.63;ReadPosRankSum=1.250;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,27:0.36:76
chr6	42932715	rs2274517	C	T	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.403;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,70:0.27:260
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chr6	42934620	rs3818554	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,24:0.25:95
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chr6	42946943	rs9462859	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr6	43019654	.	TAC	T	105	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=105;QD=30.0;SC=CTTATACACATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=4;WE=43019663;WS=43019644;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
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chr6	43100537	rs78422682	T	G	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=1.596;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,76:0.34:226
chr6	43106417	rs76733341	A	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
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chr6	43110240	rs368318333	GGT	G	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=6.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=0.330;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr6	43112267	rs34764696	C	T	3280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=46;PP=1306;ReadPosRankSum=2.076;SC=TCCGGCCCCGCGGCCACCAAC;SOR=0.758;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=337;TCF=193;TCR=144;TR=112;WE=43112275;WS=43112257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:436,201:0.32:637
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chr6	43128434	rs61021888	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=338;ReadPosRankSum=0.120;SC=TTTGGCCAACACTGCACCTGC;SOR=0.888;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=27;WE=43128442;WS=43128424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,50:0.31:161
chr6	43146387	rs6914964	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr6	43152573	rs9472022	A	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=2.113;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,75:0.25:301
chr6	43154091	rs941849	C	G	9114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.99;NF=98;NR=141;PP=2965;SC=AGCAGACACTCCAGCCAGGGA;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=239;TCF=98;TCR=141;TR=239;WE=43154099;WS=43154081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr6	43156160	rs10498754	T	A	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.186;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=728;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TAGCCGATAATGTGTTTAAAT;SOR=1.602;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=40;WE=43156168;WS=43156150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,55:0.71:77
chr6	43168117	rs9462875	A	G	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=565;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GTTTCTGGGCATTTCTCTGTG;SOR=0.645;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=98;TCF=83;TCR=15;TR=39;WE=43168125;WS=43168107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,39:0.39:101
chr6	43172430	rs16896344	G	A	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=632;ReadPosRankSum=1.456;SC=CCCAAGACCGGTGTACTCACC;SOR=0.440;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=60;WE=43172438;WS=43172420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,87:0.37:237
chr6	43181379	rs56046707	A	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=0.118;SC=GGACTGTGAGAATGGGGTCAT;SOR=0.223;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=13;WE=43181387;WS=43181369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr6	43182657	rs1214714	G	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=231;SC=TGAGGGTGCAGTGAGCTGTGA;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=43182665;WS=43182647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	43184132	rs2273709	A	C	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=728;ReadPosRankSum=-0.387;SC=CTGTGCGTACACCAGGCTCAG;SOR=0.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=93;TCR=88;TR=56;WE=43184140;WS=43184122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,76:0.29:261
chr6	43184275	rs111577855	C	A	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,62:0.32:193
chr6	43188173	rs75187159	A	G	3279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=62;PP=1467;ReadPosRankSum=2.267;SC=GTCTGTGAGCAGCCCCTCCTT;SOR=0.539;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=380;TCF=210;TCR=170;TR=125;WE=43188181;WS=43188163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:474,210:0.31:684
chr6	43188716	rs2756178	A	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=6.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,55:0.28:193
chr6	43188940	rs6917902	C	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=328;ReadPosRankSum=0.651;SC=AGTGGGTCGACGACGGTGGCT;SOR=0.799;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=33;WE=43188948;WS=43188930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,70:0.31:225
chr6	43189375	rs6918623	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=6.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
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chr6	43190230	rs112422722	G	A	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=-1.926;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,71:0.28:255
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chr6	43267330	rs370319616	C	T	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=865;ReadPosRankSum=-1.639;SC=GAACCTCCTTCCACAGGGAAC;SOR=0.760;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=167;TCF=75;TCR=92;TR=57;WE=43267338;WS=43267320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,109:0.35:311
chr6	43269029	rs1574430	A	C	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=42;PP=1405;SC=GCATGCATATATGTGTGTGGT;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=65;WE=43269037;WS=43269019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	43269179	rs2841648	CC	AA	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=12;PP=848;SC=CATTCGAGACCCACTCGTCTC;SOR=1.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=39;WE=43269188;WS=43269169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	43270097	rs2651184	T	C	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=39;PP=922;SC=TCACGCAAGCTGGGACACTGC;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=43270105;WS=43270087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr6	43276390	rs2254303	G	A	5876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=55;PP=2692;SC=GGTGAAAAGGGTGTCTGGGAC;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=86;TCR=55;TR=141;WE=43276398;WS=43276380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr6	43306346	rs1459675	A	G	15320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=144;NR=185;PP=2965;SC=GCTGGTACTTACTCCCTCATC;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=330;TCF=144;TCR=186;TR=329;WE=43306354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr6	43323159	.	C	T	4267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=61;PP=2110;ReadPosRankSum=-0.056;SC=TGAAAAGTATCGGTCAACTGA;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=182;TCF=97;TCR=85;TR=127;WE=43323167;WS=43323149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,195:0.68:287
chr6	43336771	rs9381238	C	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=255;SC=GGGACTCCCCCCGGCTGCTGC;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=43336779;WS=43336761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	43399837	rs700008	A	G	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=48;PP=2680;SC=CTGGCTCCTGAGTCAGCCACG;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=88;TCR=49;TR=135;WE=43399845;WS=43399827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	43401105	rs9394952	G	A	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=512;ReadPosRankSum=0.674;SC=TAAGGTGAGCGGGTACTTGGG;SOR=0.699;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=40;WE=43401113;WS=43401095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,78:0.39:199
chr6	43412865	rs2125739	T	C	6179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=67;PP=2673;ReadPosRankSum=-0.574;SC=CCACCCAGCATCCCAGTGTTC;SOR=0.602;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=254;TCF=153;TCR=101;TR=164;WE=43412873;WS=43412855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,284:0.67:427
chr6	43413081	rs9381242	G	T	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.810;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=44;PP=1037;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GGGGGTAGGGGAGTGCAGTCC;SOR=0.188;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=83;TCF=13;TCR=70;TR=55;WE=43413089;WS=43413071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,65:0.68:95
chr6	43414216	rs1214746	T	C	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=473;SC=CCCTACCTCATCCACAAGTTA;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=43414224;WS=43414206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	43414234	rs1214747	G	C	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=380;SC=TTAGTCCACCGCTCTCCCAGA;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=43414242;WS=43414224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	43418691	rs1214748	G	A	4030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=64;PP=2247;ReadPosRankSum=1.068;SC=CAAGCTCACAGGTCTTGCCAC;SOR=0.691;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=181;TCF=85;TCR=96;TR=118;WE=43418699;WS=43418681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,177:0.64:275
chr6	43418733	rs1214749	G	A	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=52;PP=1696;ReadPosRankSum=0.529;SC=AGTCGAAGTCGTGGACACGGT;SOR=0.631;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=100;WE=43418741;WS=43418723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,135:0.58:231
chr6	43422698	rs72857275	C	T	271.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr6	43469445	rs371295342	GACACAC	G,GAC	739.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=36.99;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,11:0.45,0.55:20
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chr6	43469519	rs111549887	C	G	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
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chr6	43533305	rs11362688	TA	T	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.159;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
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chr6	43738350	rs2010963	C	G	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=29;PP=1706;SC=GCAGCGAAAGCGACAGGGGCA;SOR=1.266;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=86;WE=43738358;WS=43738340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	43745095	rs2146323	C	A	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=238;SC=TTTGGAAGGACTTGCCTGATT;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=43745103;WS=43745094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	43747371	rs3025007	C	T	5591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=46;PP=2449;SC=TGTCTGCCTCCAGTGCTGTGC;SOR=1.126;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=90;TCR=50;TR=135;WE=43747379;WS=43747361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr6	43747450	rs3025009	G	A	11507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=139;NR=105;PP=2965;SC=CCAGAGCGAGGGGATGCGGAA;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=140;TCR=106;TR=244;WE=43747458;WS=43747440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr6	43747577	rs3025010	T	C	9125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=0.248;SC=TCTCTTGGGCTTGGCAGGCAT;SOR=0.891;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=86;TCR=116;TR=201;WE=43747585;WS=43747567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,352:0.99:354
chr6	43748643	rs3025052	T	C	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=15;PP=436;SC=CCCCTGGTCCTTCCCTGGCTC;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=43748651;WS=43748633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	44081718	rs6883	G	A	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=44;PP=1012;ReadPosRankSum=0.784;SC=TGTTGGAGTCGAATCTGGGGG;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=90;TCR=106;TR=81;WE=44081726;WS=44081708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,103:0.35:293
chr6	44081987	rs4711767	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=336;ReadPosRankSum=0.145;SC=CTGTATCTCTTATGGTCAGGG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=25;WE=44081995;WS=44081977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr6	44102572	rs3841315	C	CT	4934.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=4.521;NF=13;NR=66;PP=2963;ReadPosRankSum=0.331;SC=CCACCTGCCCCGGTTTCCCAG;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=37;TCR=182;TR=79;WE=44102580;WS=44102562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,161:0.38:428
chr6	44108937	rs4628095	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,16:0.18:91
chr6	44115169	rs4714759	G	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=783;ReadPosRankSum=0.052;SC=CAAGGAGAACGTGCCTACCAT;SOR=0.677;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=226;TCF=106;TCR=120;TR=74;WE=44115177;WS=44115159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,131:0.29:456
chr6	44117664	rs4714762	C	T	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=855;ReadPosRankSum=0.410;SC=TTCCCACCATCGTCTACTACT;SOR=0.682;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=225;TCF=117;TCR=108;TR=72;WE=44117672;WS=44117654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:325,151:0.32:476
chr6	44117727	rs4711768	A	G	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.395;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=772;ReadPosRankSum=-0.578;SC=CTCACACCACACCTCGCTGTG;SOR=0.659;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=215;TCF=101;TCR=114;TR=66;WE=44117735;WS=44117717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,123:0.32:386
chr6	44119528	rs111427660	G	T	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=29;PP=2908;ReadPosRankSum=-1.847;SC=GGCAGTGGGCGGGCGGCCACC;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=86;WE=44119540;WS=44119518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,121:0.61:200
chr6	44119532	rs3734696	G	A	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=1612;ReadPosRankSum=1.844;SC=GTGGGCGGGCGGCCACCGGGT;SOR=0.652;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=95;TCR=52;TR=57;WE=44119540;WS=44119518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,81:0.39:208
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chr6	44134581	rs914503	C	T	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=455;ReadPosRankSum=0.603;SC=GACTGCAGACCCGTCGTGGCT;SOR=0.664;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=128;TCF=40;TCR=88;TR=37;WE=44134589;WS=44134571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,66:0.32:205
chr6	44134610	rs34901210	TTCC	T	562.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.497;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,18:0.26:70
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chr6	44136691	rs62401794	G	T	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=340;ReadPosRankSum=-0.164;SC=ACAAGGTCTTGCTCTGTCACC;SOR=0.648;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=25;WE=44136699;WS=44136681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
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chr6	44136911	rs112447145	T	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=262;ReadPosRankSum=0.279;SC=GCTGAAGAGATCCTCCCACCT;SOR=0.404;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=8;WE=44136919;WS=44136889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr6	44140275	rs1418487	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=112;ReadPosRankSum=0.257;SC=TGGGTTTTGGACTAATTATCA;SOR=0.896;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=9;WE=44140283;WS=44140265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr6	44140320	rs1418488	C	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=50;ReadPosRankSum=0.329;SC=ATCATGTAAGCTAATTTTTTA;SOR=0.770;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=6;WE=44140328;WS=44140310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr6	44140818	rs3813500	C	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=6.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.362;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,39:0.28:137
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chr6	44144861	rs62401127	T	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=17;PP=704;SC=GTTAGTCAGATTTCACAGCCC;SOR=1.143;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=44144869;WS=44144851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	44145212	.	C	CCTTT	666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.30;QD=39.22;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	44147337	rs56277421	C	T	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=39;PP=1645;SC=TCTGACTCTCCTCTTTCTTCC;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=44147345;WS=44147327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	44149113	rs67257607	A	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	44149153	.	CCA	C	472	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=23;MQ=56.08;NF=0;NR=10;PP=472;QD=48.1;SC=CAAGCCCTAACCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=44149162;WS=44149143;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,10:0.71:14
chr6	44149211	.	TACAG	T	119	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=84;MMLQ=22;MQ=42.76;NF=0;NR=3;PP=119;QD=54.0;SC=CACACTCACATACAGACACAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=44149222;WS=44149201;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	44151765	rs13209117	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,24:0.23:106
chr6	44185254	rs3734701	T	C	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=567;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GCTGCTGTCCTGCCTGCTGCT;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=143;TCF=89;TCR=54;TR=52;WE=44185262;WS=44185244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,82:0.35:235
chr6	44187386	rs66872347	C	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=1.885;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,48:0.38:126
chr6	44216544	rs112518852	GT	G	1993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.655;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,153:0.39:394
chr6	44217374	rs34083426	T	G	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.399;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=52;PP=1536;ReadPosRankSum=-0.379;SC=GTTTTTTGCTTCTTTAAAACT;SOR=0.775;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=271;TCF=133;TCR=138;TR=98;WE=44217382;WS=44217354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,127:0.37:341
chr6	44218120	rs13296	A	G	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.932;NF=29;NR=31;PP=753;ReadPosRankSum=0.121;SC=ATGAAGAAAAACCCAAGATCG;SOR=0.650;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=180;TCF=96;TCR=84;TR=60;WE=44218128;WS=44218110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,85:0.34:250
chr6	44220076	rs504697	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=447;ReadPosRankSum=-0.343;SC=CATGTTTCTATACAATTAGTG;SOR=1.012;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=33;WE=44220084;WS=44220066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,35:0.26:136
chr6	44222161	rs35131506	C	CTG	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=87;ReadPosRankSum=0.461;SC=GGAAGAGTAACTGGAACCTAC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=4;WE=44222169;WS=44222151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr6	44228162	rs2233437	G	A	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1277;ReadPosRankSum=-2.995;SC=GCCCTGGGCCGGGCAGTGCTT;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=75;WE=44228170;WS=44228152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,98:0.74:133
chr6	44240193	rs571770	C	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=255;SC=ATCCAAAGGACGTGTTAGGCT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=44240201;WS=44240183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	44240559	rs524533	C	T	9873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=113;PP=2965;SC=TCTCTGCACTCTCCTGTACTG;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=137;TCR=114;TR=250;WE=44240567;WS=44240549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr6	44243559	rs3734710	A	G	5405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=75;PP=2574;SC=TGGAGAAGCTATTTGGCCTGG;SOR=1.029;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=120;WE=44243567;WS=44243549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr6	44245930	rs325018	C	T	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=54;PP=1939;SC=GCGGGGAGTGCGAGGGGCCCA;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=115;WE=44245938;WS=44245920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr6	44246049	rs325017	A	G	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=39;PP=1209;SC=AGGCTTGGGCAGGGGAAACAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=44246057;WS=44246039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	44247951	rs484757	T	G	10659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=105;PP=2965;ReadPosRankSum=1.600;SC=CATTGGCAGTTATGGTTGACA;SOR=0.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=224;TCF=118;TCR=106;TR=223;WE=44247959;WS=44247941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,415:1.00:416
chr6	44250165	rs516582	A	G	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=73;PP=2965;SC=GCTTGGCAGCACCTCGTGCAC;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=95;TCR=74;TR=168;WE=44250173;WS=44250155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr6	44253617	rs324142	C	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=4;PP=505;SC=AGGAAGAAGGCAATAATAGAG;SOR=2.985;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=28;WE=44253625;WS=44253607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	44253749	rs324143	A	G	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=52;PP=2122;SC=AGAGGCAGTCACGGTAGGTGA;SOR=0.922;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=117;WE=44253757;WS=44253739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	44255459	rs324146	G	A	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=91;PP=2965;SC=TGAGAGCTGTGGGCTTGTGCT;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=57;TCR=91;TR=148;WE=44255467;WS=44255449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr6	44268135	rs325009	C	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=5;PP=665;SC=CCTTGTGTCACGTAGGCCCTG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=44268143;WS=44268128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	44268371	rs325008	T	C	6536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=79;PP=2296;ReadPosRankSum=1.963;SC=CCACCACTCGTGAGCCCCACG;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=139;WE=44268379;WS=44268361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,258:0.99:260
chr6	44269023	rs325007	T	C	17750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=200;NR=162;PP=2965;SC=GAAAGACAGATGGTGAGCCCA;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=364;TCF=202;TCR=162;TR=362;WE=44269031;WS=44269013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,690:1.00:690
chr6	44269193	rs498512	C	T	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=110;PP=2965;SC=CCTGAGTTTTCTTTGCAGCCT;SOR=1.407;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=49;TCR=110;TR=159;WE=44269201;WS=44269183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr6	44269640	rs325006	G	A	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=3;PP=885;SC=TGGGGGAATGGCCTGGGTGAT;SOR=4.351;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=44269648;WS=44269631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	44269680	rs325005	C	G	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=16;PP=1755;SC=AAGGAAGCTGCCACCACCCCG;SOR=2.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=60;TCR=16;TR=76;WE=44269688;WS=44269670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	44270365	rs325004	C	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=450;ReadPosRankSum=0.844;SC=AATCAAGGCACCAGCACCAAA;SOR=0.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=28;WE=44270373;WS=44270355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr6	44270768	rs325002	G	T	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=48;PP=1768;SC=AGGATCCGGGGCCCCTGGGCC;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=83;WE=44270776;WS=44270758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	44270936	rs325001	C	T	4294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=43;PP=1682;ReadPosRankSum=1.385;SC=GGGACAGGCCCGTTAACTGCC;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=90;TCR=63;TR=105;WE=44270944;WS=44270926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,189:0.73:259
chr6	44273546	rs324137	A	C	3542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-1.475;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,168:0.69:243
chr6	44274797	rs7740535	T	C	7389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=87;PP=2965;SC=CAGACATGAATCCCCAGCGGC;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=87;TCR=87;TR=174;WE=44274805;WS=44274787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr6	44275011	rs324136	T	C	14738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=168;PP=2965;SC=CCAGGGAAGATGCCATCAGAG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=326;TCF=158;TCR=168;TR=326;WE=44275019;WS=44275001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,578:1.00:578
chr6	44279111	rs9688508	A	G	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,45:0.30:150
chr6	44279302	rs139386463	G	GA	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.761;HP=7;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=643;ReadPosRankSum=2.162;SC=GGGGTGGGGGGGGAAGACGGG;SOR=1.901;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=11;WE=44279317;WS=44279292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr6	44279309	rs41282672	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.911;HP=3;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=625;ReadPosRankSum=1.864;SC=GGGGGGAAGACGGGTGAGAGG;SOR=1.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=12;WE=44279317;WS=44279292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr6	44280812	rs167772	C	T	4519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.930;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=48;PP=1660;ReadPosRankSum=-0.811;SC=ATGGTTCGGCCCTCACCTGGT;SOR=0.626;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=174;TCF=96;TCR=78;TR=104;WE=44280820;WS=44280802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,203:0.67:303
chr6	44320548	rs4714783	T	A	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=82;PP=2650;SC=CCTCATCTTCTGTGGAAACAG;SOR=0.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=66;TCR=83;TR=148;WE=44320556;WS=44320538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr6	44355423	rs2297333	C	T	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=18;PP=1637;SC=CGCCCCCTCCCACCTTGCGCT;SOR=2.215;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=87;TCF=67;TCR=20;TR=84;WE=44355431;WS=44355413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	44355682	rs34753552	G	A	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=41;PP=1229;SC=GAGGTCGGGGGGGCGACGAGG;SOR=1.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=56;WE=44355690;WS=44355672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	44355699	rs2297331	T	C	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=35;PP=804;SC=GAGGAGACCCTGTGGGGTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=44355707;WS=44355689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	44357884	rs6908640	T	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=307;SC=TTAACCTAGGTGGTGTGTATG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=44357892;WS=44357874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	44360680	rs6942323	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=322;SC=AGTAAACCCAAAGCTAAAGCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=44360688;WS=44360670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	44900253	rs3799986	A	G	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=115;SC=CAAGAGAATTATGCCACTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=44900261;WS=44900248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	44921320	rs10948187	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=305;SC=GTGAATGGACCTAGTCATGAT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=44921328;WS=44921310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	44988149	rs1475534	C	T	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=55;SC=TCGTCCAAACCATGAAGACTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=44988157;WS=44988143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	45922849	rs3734206	C	T	7037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr6	46107752	rs7451713	C	G	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.227;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=1136;ReadPosRankSum=0.596;SC=TACCCATTCACGATACCATCT;SOR=0.635;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=299;TCF=153;TCR=146;TR=90;WE=46107760;WS=46107742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,122:0.29:423
chr6	46129345	rs2235881	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=598;ReadPosRankSum=0.454;SC=GTGGCATGGCGGTGATATTGA;SOR=0.659;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=48;WE=46129353;WS=46129335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,64:0.34:191
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chr6	46563817	rs7761731	A	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=539;ReadPosRankSum=-0.528;SC=TTAGAAGGAGATTCTCCAGGT;SOR=0.839;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=147;TCF=64;TCR=83;TR=44;WE=46563825;WS=46563807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,66:0.29:224
chr6	46593321	rs3799869	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=35;ReadPosRankSum=0.247;SC=ATTAGCCATACATATATTTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=46593329;WS=46593311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr6	46609905	rs2277119	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=352;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TTTACCTGTACGATAAACGAT;SOR=0.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=26;WE=46609913;WS=46609895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr6	46620252	rs12192544	C	G	3482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=48;PP=1475;ReadPosRankSum=0.435;SC=CAAATTCTTCCGCTGAAGGAG;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=93;TCR=77;TR=105;WE=46620260;WS=46620242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,169:0.68:250
chr6	46621097	rs8427	T	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=461;ReadPosRankSum=0.015;SC=TGGGGGAGGGTGCGCGGGCGG;SOR=1.093;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=81;TCF=13;TCR=68;TR=26;WE=46621105;WS=46621087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr6	46623698	rs3757241	T	C	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=60;PP=2120;SC=TGCGCACAGCTCTAGGGATCA;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=112;WE=46623706;WS=46623688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	46626353	rs953062	A	G	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.065;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=627;ReadPosRankSum=-1.748;SC=GATAAGCAAGAAGAGTTAATT;SOR=1.062;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=36;WE=46626361;WS=46626343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr6	46630068	rs9381469	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=156;ReadPosRankSum=0.423;SC=TATAAAATTCGTGAAATTAAT;SOR=1.238;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=12;WE=46630076;WS=46630058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr6	46649231	rs7740677	C	T	8397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=84;PP=2965;SC=GAATACATTACTTTCTTCTCT;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=100;TCR=85;TR=184;WE=46649239;WS=46649221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr6	46657057	rs3799277	A	G	4206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=54;PP=2310;SC=TGACCTGAAGACACTGATACT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=108;WE=46657065;WS=46657047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	46657722	rs151229253	T	G	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=979;ReadPosRankSum=-1.754;SC=CAGTTTCCTTTTTTAAAAAGA;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=67;WE=46657730;WS=46657712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,93:0.70:133
chr6	46658905	rs9381472	C	G	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1416;ReadPosRankSum=-1.705;SC=TATTTTAGAACAGTTGTCATG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=88;WE=46658913;WS=46658895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,106:0.70:152
chr6	46672215	rs71712514	TCACACA	T	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.69;MQRankSum=-0.000;QD=20.57;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr6	46672452	rs148052037	TAATC	T	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=220;ReadPosRankSum=1.647;SC=TATAAAGTGTTAATCAACATA;SOR=0.789;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=7;WE=46672463;WS=46672442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,18:0.25:71
chr6	46672943	rs1051931	A	G	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=17;PP=926;SC=ATCAATAGCTACATTTGAATC;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=46672951;WS=46672933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	46676019	rs2216465	C	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=330;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGGGTTATCTCATTGGAATAA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=18;WE=46676027;WS=46676009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr6	46682079	rs1362931	A	C	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=10;PP=1258;SC=TATTGAGGAAACCCAACTCCT;SOR=2.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=57;WE=46682087;WS=46682069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	46684222	rs1805017	C	T	3015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1160;ReadPosRankSum=0.400;SC=GGTGTCAAGGCGATCATTATC;SOR=0.660;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=79;WE=46684230;WS=46684212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,140:0.68:207
chr6	46714466	rs9367255	C	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.18;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr6	46714598	rs9349374	C	T	3710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=50;PP=1828;ReadPosRankSum=-1.199;SC=CACCAGACACCTAGGGAAGCT;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=115;WE=46714606;WS=46714588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,169:0.71:237
chr6	46726441	rs9395212	G	C	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=79;SC=AGTTCAGAAGGCTCTCTCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=46726449;WS=46726431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	46766467	rs872018	GG	CC	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.85;ReadPosRankSum=1.347;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,57:0.70:82
chr6	46803018	rs2297020	A	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.870;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr6	46803102	rs2297019	A	G	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=379;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GGGAAAGGCCATGTTAGAGGA;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=26;WE=46803110;WS=46803092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,60:0.64:94
chr6	46826508	rs613870	G	A	12069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=132;PP=2965;SC=AAGAAGTCCGGTTCTTGGTCA;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=144;TCR=132;TR=276;WE=46826516;WS=46826498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr6	46826715	rs572248	T	A	20278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=789;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=250;NR=206;PP=2965;SC=CACCTTCTTCTACATAGCACC;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=463;TCF=252;TCR=211;TR=456;WE=46826723;WS=46826705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,779:1.00:779
chr6	46826844	rs571247	T	C	12659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;PP=2965;SC=ATGGCATAGTTGTATTGTGGC;SOR=0.890;Source=Platypus;TCF=156;WE=46826852;WS=46826834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr6	46826910	rs611779	G	A	9740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=133;PP=2965;SC=GGATATCCTGGGCAAGGATGG;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=244;TCF=111;TCR=133;TR=244;WE=46826918;WS=46826900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr6	46826979	rs9381487	A	G	4383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.989;NF=56;NR=68;PP=1961;ReadPosRankSum=0.970;SC=AGTTTTCTAGATAGCTCTTGT;SOR=0.791;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=196;TCF=92;TCR=104;TR=124;WE=46826987;WS=46826969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,201:0.65:308
chr6	46827073	rs547499	A	G	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.189;NF=28;NR=34;PP=722;ReadPosRankSum=1.597;SC=CTTGATTACCATGCTGCTCAT;SOR=0.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=82;TCR=105;TR=62;WE=46827081;WS=46827063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,90:0.33:275
chr6	46827126	rs610856	C	T	6604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=87;PP=2965;SC=GGCTATCTCCCGACTGTAATG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=74;TCR=87;TR=161;WE=46827134;WS=46827116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr6	46827239	rs9395218	C	T	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.586;NF=24;NR=33;PP=867;ReadPosRankSum=1.043;SC=CCAAGGATGACATTAACCGTA;SOR=0.608;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=57;WE=46827247;WS=46827229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,99:0.63:156
chr6	46828670	rs540727	A	G	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=31;PP=833;SC=AAATTTACCAATCAATTCAGC;SOR=2.554;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=38;WE=46828678;WS=46828660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	46831060	rs476374	C	T	9447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=145;PP=2965;SC=CTTTTCCTAACAGAATTTTAT;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=237;TCF=92;TCR=145;TR=236;WE=46831068;WS=46831050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr6	46832741	rs529201	T	C	4773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=51;PP=2716;SC=GTCCCTGCCCTGACTATAACA;SOR=1.278;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=101;TCR=52;TR=150;WE=46832749;WS=46832731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr6	46832813	rs614826	G	A	2624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=44;PP=1311;ReadPosRankSum=-0.333;SC=ATGGGCTCCAGACTGAATTAT;SOR=0.734;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=282;TCF=154;TCR=128;TR=102;WE=46832821;WS=46832803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,152:0.34:443
chr6	46832968	rs1234128	A	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=514;ReadPosRankSum=-0.180;SC=ATTAAGTCACAACATGAGTCT;SOR=0.515;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=29;WE=46832976;WS=46832958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,32:0.37:87
chr6	46834685	rs586024	G	A	5734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr6	46834906	rs5875987	TG	T	1851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=41;PP=1670;SC=TGAGATGGAATGGAAATAATC;SOR=3.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=41;WE=46834914;WS=46834896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	46836995	rs515866	T	C	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=203;SC=TTGCTGCTCCTGGGCTTTACT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=46837003;WS=46836985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	46838659	rs10668775	T	TTG	368.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=224;SC=ACACAACTCTTTGTTAAAACT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=46838667;WS=46838649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	46847501	rs2273265	T	G	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=1;PP=450;ReadPosRankSum=1.032;SC=CATATTTGCTTCTTTATAAGC;SOR=0.582;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=23;WE=46847509;WS=46847498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr6	46856100	rs678312	G	A	5802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=84;NR=57;PP=2676;SC=TCAAAATGTCGGTAATTTGGT;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=84;TCR=57;TR=141;WE=46856108;WS=46856090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr6	46856263	rs677439	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=2.101;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,50:0.36:139
chr6	46867717	rs220702	C	T	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr6	46867898	rs3215601	TA	T	2231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=32;PP=1153;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TAGATACCCCTAAATGTTGGA;SOR=0.838;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=33;WE=46867906;WS=46867888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,73:0.72:102
chr6	46968168	rs819500	C	T	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=122;SC=GACAAAAAGACTGTGGTTGGT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=46968176;WS=46968158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	46988238	rs11433059	C	CA	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr6	46995508	rs3842121	G	GA	2050.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=27;PP=598;SC=CTGTTAAAAAGAAAAAAAATA;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=43;WE=46995516;WS=46995498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	46996218	rs1226485	C	G	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=28;PP=1052;SC=AATGAAGTTCCGAGGTCCGCT;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=46996226;WS=46996208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	47253631	rs11758366	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=191;ReadPosRankSum=1.454;SC=TGGTACCTCCACTGGGCTCAA;SOR=0.223;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=15;WE=47253639;WS=47253621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
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chr6	47678678	rs944056	C	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=612;SC=AGAAAGTAGACACATTTTTAA;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=47678686;WS=47678668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	47681494	rs6916562	T	C	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=5;PP=1231;SC=TACAACAATGTGTAAATCCTT;SOR=3.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=49;WE=47681502;WS=47681484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr6	47686101	rs6914013	T	C	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=18;PP=1058;SC=TCATTACCACTACTGTTATTT;SOR=1.167;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=56;WE=47686109;WS=47686091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr6	47754498	rs1329543	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=-0.555;SC=CGCTTCACAAATCAACTTTCA;SOR=0.533;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=18;WE=47754506;WS=47754488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr6	47754538	rs6900985	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TGGGGTGCTGTCCGGCTGACA;SOR=0.173;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=11;WE=47754546;WS=47754528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr6	47759446	rs9463355	C	T	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.827;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=487;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CATGTGTCCCCGTGCTTTAGG;SOR=2.007;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=24;WE=47759454;WS=47759436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr6	47762938	rs28625759	C	T	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1262;ReadPosRankSum=-1.721;SC=AGATTACATCCGGGTAATGCT;SOR=0.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=85;TCR=50;TR=81;WE=47762946;WS=47762928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,138:0.66:209
chr6	47847179	rs3799276	A	G	11075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=123;NR=152;PP=2965;SC=AGAGGATGACAACAAATGGCT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=123;TCR=152;TR=275;WE=47847187;WS=47847169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr6	47847401	rs2068006	A	G	8410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=121;PP=2965;SC=CTAGTTGGCCAGCAAAGACCA;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=96;TCR=123;TR=217;WE=47847409;WS=47847391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr6	47847683	rs9367307	A	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=25;PP=739;SC=CTAATGTTTTAAAAAAAGAAA;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=47847691;WS=47847673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	49456545	rs2501965	G	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=25;PP=625;SC=TTATGTTTACGCTATACTGTA;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=49456553;WS=49456535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	49459978	rs2501968	A	G	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=237;SC=AAGAAACTGGATGCATCTTAA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=49459986;WS=49459968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	49479750	rs13193063	T	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=9;PP=247;SC=CTGGAGAAAATGTTGAAGAGT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=49479758;WS=49479740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	49479775	rs1480615	A	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=7;PP=249;SC=TTCCTGAATCACTCAAGGTAC;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=49479783;WS=49479765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	49489397	rs9369905	C	A	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=29;PP=1207;SC=AAAGCGGTTGCCAATTCAAAG;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=49489405;WS=49489387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	49494241	rs9367359	A	G	8396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=81;PP=2965;SC=GAGTGTTGCCAATGCGGATCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=161;WE=49494249;WS=49494231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr6	49518914	rs6919674	C	G	5308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=54;PP=2614;SC=CTTTCAACGACAAAAGCGAAT;SOR=0.905;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=73;TCR=54;TR=126;WE=49518922;WS=49518904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr6	49575063	.	A	T	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	49660418	rs12624	A	C	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=13;PP=1223;SC=TACAATTTCCACTGGTATGTC;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=49660426;WS=49660408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr6	49931783	rs73737276	A	G	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr6	50016198	rs1237639	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=4;PP=202;SC=CATTTCAGTCAAAAAGTATTG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=50016206;WS=50016188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	50016384	rs73739915	T	G	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=12;PP=385;SC=AAGAGGTTGTTAAGAGCTCAC;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=50016392;WS=50016374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr6	51523739	rs115072237	T	C	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=30;PP=2023;SC=GTGAATATAATTAGTACTTAC;SOR=1.481;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=100;WE=51523747;WS=51523729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	51695570	rs1571083	T	A	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr6	51701058	rs9474104	C	T	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=7;PP=1052;SC=AGTTACAGGGCAACACAATAG;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=48;WE=51701066;WS=51701048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	51712492	rs9370067	A	T	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.81;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	51720838	rs9349603	T	C	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=44;PP=1327;SC=CAGTCATGGTTAAATCATAAG;SOR=1.378;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=62;WE=51720846;WS=51720828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	51720872	rs7452724	A	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=30;PP=879;SC=ATTCGCTCTAAGGTGATTTTA;SOR=2.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=51720880;WS=51720862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	51732598	rs9382043	G	A	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=17;PP=1310;SC=TATAAGCCTCGACAGCCAGAA;SOR=1.559;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=62;WE=51732606;WS=51732588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	51732628	rs9382044	G	A	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=27;PP=1556;SC=CATGCCCATCGGCAAGCTAAA;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=78;WE=51732636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	51735261	rs982874	G	T	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=16;PP=1112;SC=ACTTGAATATGGGCCTTATTT;SOR=1.416;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=51735269;WS=51735251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	51750563	rs4711985	A	T	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=10;PP=697;SC=GGGCAAGTCAATCCCATTTAA;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=51750571;WS=51750553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	51875250	rs2435322	A	C	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=34;PP=1038;SC=TCTCTTTCCAATTTAGGGCTG;SOR=1.275;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=51875258;WS=51875240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	51910735	rs58370838	A	AT,ATT	477.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.885;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.06;ReadPosRankSum=-1.785;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,16,9:0.57,0.32:28
chr6	51914898	rs9395759	T	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=3;PP=676;SC=CCTGTGTCCCTCAAGGCCAAC;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=51914906;WS=51914888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	51917968	rs4715271	T	G	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=59;PP=1840;SC=GAACCAGCACTGGGGAGTTTG;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=101;WE=51917976;WS=51917958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr6	51923409	rs4715272	A	T	4772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=79;PP=2313;SC=CCTATGCCCAAATAAGCATAT;SOR=1.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=34;TCR=79;TR=113;WE=51923417;WS=51923399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
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chr6	51930886	rs3062574	TA	T	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.768;QD=1.18;ReadPosRankSum=-1.606;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
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chr6	52141670	rs3765446	A	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=126;SC=TAATCCTTTAAATCGAAAACA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=52141678;WS=52141668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr6	52147692	rs2307322	T	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=442;SC=AAAATTAGACTGGGCAGAACT;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=52147700;WS=52147682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	52303399	rs9349626	A	G	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=60;PP=1793;SC=GGTATAGCATATATTTTTGAA;SOR=1.171;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=92;WE=52303407;WS=52303389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	52334371	rs62407897	T	C	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=82;SC=CTGTCAGAGTTATGTGTTGAC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=52334379;WS=52334361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	52370775	rs45523335	G	A	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=19;PP=957;SC=TCCGGGCCTCGGGGGAACCCC;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=52370783;WS=52370765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	52441754	rs113436339	G	T	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=39;PP=1105;SC=CGCACCCTGCGCTCACGAACC;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=52441762;WS=52441744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	52541811	rs13211066	G	A	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=1.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	52546789	rs2281484	C	T	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=30;PP=842;SC=GCTAGATATACTAGAACATAT;SOR=2.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=52546797;WS=52546779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	52617731	rs2180314	C	G	8936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=123;PP=2965;SC=CTCAGGTTGACTAAAGGGCAG;SOR=0.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=83;TCR=123;TR=206;WE=52617739;WS=52617721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr6	52620013	rs10626189	C	CT	162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;MQRankSum=0.612;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.184;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr6	52622814	rs2254050	C	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=40;PP=1082;SC=ATAATTGAAACGATAGAATCA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=46;WE=52622822;WS=52622804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	52657552	rs4715326	C	T	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=8;PP=757;SC=CACTGAAGGCCTGGAGAAGAC;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=52657560;WS=52657542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	52661253	rs70977384	CTATATATATATATATATATA	C	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.46;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	52662263	rs2397106	C	T	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=25;PP=1246;SC=TAACCACTTTCTCCCTCTGCA;SOR=1.313;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=52662271;WS=52662253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	52697576	rs4715344	C	T	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=16;PP=1174;SC=GGGGTCAAAACATGGTCAGTC;SOR=1.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=52697584;WS=52697566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	52697825	rs4715345	A	C	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.77;QD=41.77;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr6	52697834	rs4715346	C	A	5337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.60;QD=45.24;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	52701143	rs2397118	C	T	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	52702324	rs4715350	T	C	9980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr6	52843131	rs367836	G	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=2;PP=935;SC=AGATGATCTCGTTGACACAAA;SOR=4.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=52843139;WS=52843121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	52843477	rs375887	A	G	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=29;PP=766;SC=GCCCACCAAAATTTGTTCAAT;SOR=5.486;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=52843485;WS=52843467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	52847551	rs316133	G	C	5231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=89;PP=2679;SC=CATGGAGAGAGTGATGAGGCT;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=50;TCR=89;TR=139;WE=52847559;WS=52847541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr6	52849146	rs316128	G	T	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=7;PP=865;SC=TTAGCGCTTAGGTTAGTTCAA;SOR=2.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=40;WE=52849154;WS=52849136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	52849481	rs11444456	C	CT	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.312;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.829;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr6	52905841	.	G	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=466;ReadPosRankSum=0.585;SC=TCTTCTCTAGGCATCCTACCC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=82;TCR=46;TR=39;WE=52905849;WS=52905831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,67:0.34:198
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chr6	52943841	rs35757290	TA	T	870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=697;SC=AGAAATTTTTTAATTAGGGAA;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=52943849;WS=52943831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr6	52998856	rs2518573	T	G	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=27;PP=1678;SC=CTGGTGCCACTAAGCTCTACT;SOR=1.568;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=67;TCR=27;TR=94;WE=52998864;WS=52998846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	53134104	rs3830806	C	CACAG	4596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=37;PP=2965;SC=ACCAAATGACCACAGTTTTCT;SOR=1.051;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=45;WE=53134112;WS=53134094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	53134164	rs70980834	C	CCTTTT	1897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=27;PP=2804;SC=GGCCTAGTTTCAAGATCAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=53134172;WS=53134154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	53138203	rs35189966	TAA	TA,T	569.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5109,0.4891;FS=3.033;HP=14;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.582;NF=0,0;NR=23,23;PP=255,9;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GAACAGGTGGTAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=23,23;WE=53138212;WS=53138193;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.94:36
chr6	53138260	rs9463895	G	A	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=316;SC=GACTTCCAACGGAGCTGACAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=53138268;WS=53138250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	53140161	rs2294862	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=54;SC=ATGTCAACTCGGAGAAGCCCG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=53140169;WS=53140151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	53140928	rs2294864	T	A	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=382;SC=AATTTATTTTTAAAAACTCAA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=53140936;WS=53140918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	53152642	rs6458913	G	A	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=11;PP=781;SC=AAAGCCATGTGCACTGCACAA;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=53152650;WS=53152632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	53152758	rs6907982	A	G	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	53152845	rs3817960	T	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=726;SC=GGACAGAGCATCTGCCTAAGA;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=53152853;WS=53152835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	53160383	rs3736732	G	T	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=37;PP=1697;SC=TATTTACAAGGGACTATAGGC;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=95;WE=53160391;WS=53160373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	53365019	rs661346	G	C	6158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=58;PP=2522;SC=CACAGTGAGGGGTACTGTACA;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=132;WE=53365027;WS=53365009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr6	53409451	rs146955698	C	CCCTCCT	3421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5181;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=44;PP=1973;SC=CATGGCCGCCCCCTCCTCCTC;SOR=2.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=3;TCR=79;TR=46;WE=53409459;WS=53409441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	53516876	rs6928338	T	G	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=56;PP=2284;SC=AGGCGTTGGCTATGTAGCCTC;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=113;WE=53516884;WS=53516866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	53519062	rs10948758	A	G	7798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=110;PP=2965;SC=TCTCTATACAAGATGTCTCTG;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=109;TCR=110;TR=219;WE=53519070;WS=53519052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr6	53519605	rs3799260	C	T	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=32;PP=1223;SC=CACATCTTTACAAGAGTATGG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=53519613;WS=53519595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	53519857	rs12210809	G	A	6126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=65;PP=2677;SC=AAGTCACATAGGAAGTTCTCC;SOR=0.785;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=118;WE=53519865;WS=53519847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr6	53520088	rs2038939	T	C	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=21;PP=587;SC=AATACACTGTTACAGGCAAGA;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=28;WE=53520096;WS=53520078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	53520124	rs2038940	A	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=324;SC=AAAAAAAAAAACATGGTTTTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=53520132;WS=53520114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr6	53707098	rs4286781	C	T	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=51;PP=1354;SC=AATATAGCTACGAGTGAGAAC;SOR=1.241;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=76;WE=53707106;WS=53707088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	53762092	rs9349688	A	G	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=16;PP=861;SC=GCCAGAATCAATTGGAGCCCT;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=53762100;WS=53762082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	53764818	.	GTTTTTTTTTTTT	G	375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.75;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	53784268	rs59246960	C	CT	496	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=2.254;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr6	53785276	rs2294789	C	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=3;PP=300;SC=TGTTTTAAAGCCAAACTTGCA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=53785284;WS=53785266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	53847528	rs9370250	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.35;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	53989526	rs4712056	G	A	5238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=81;PP=2677;SC=CACCGCAGCTGTCCGGCCCAA;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=141;WE=53989534;WS=53989516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr6	54054686	rs6934690	T	A	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	54054837	rs9296739	A	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	54067088	rs67016420	AT	A	786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	54079968	rs11757700	G	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	54095423	rs816384	T	C	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=10;PP=1089;SC=GGTAAGAGATTCTGACCTATG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=54095431;WS=54095413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	54186024	rs2297986	T	C	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=13;PP=803;SC=TAACAATGTATAACTCTTTTT;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=54186032;WS=54186014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	54186147	rs1058768	T	C	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=48;PP=2013;SC=CCTTGTTCGTTCAGAATTAAT;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=106;WE=54186155;WS=54186137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr6	54191970	rs1848440	T	A	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=47;PP=1387;SC=AGATGGCCGATCAAGAACAGC;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=72;WE=54191978;WS=54191960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	54208240	rs3777644	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.10;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	54245503	rs3777636	G	A	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=126;SC=CAGTGTTTTCGCCAGCACAAA;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=54245511;WS=54245493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	54254580	rs3736353	T	G	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	54254589	rs3736352	A	C	5860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.57;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	54734941	rs7765721	C	A	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=14;PP=1044;SC=CATTCTGTTACCGAATTTTAA;SOR=1.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=54734949;WS=54734931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	54735122	rs1472679	A	G	6966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=74;PP=2965;SC=ACTACAAGGAATGGTATCGAG;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=82;TCR=74;TR=155;WE=54735130;WS=54735112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr6	55105701	rs9357853	T	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=16;PP=440;SC=TTTCACGTTCTCTTATTTATA;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=55105709;WS=55105691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	55113347	rs62416818	T	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.45;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	55113350	rs62416819	G	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	55113411	rs3122169	C	A	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=13;PP=1049;SC=TTGTTGAGTGCCTATTCCTTT;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=49;WE=55113419;WS=55113401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	55113664	rs9396073	C	T	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=31;PP=855;SC=AATGTTCAGCCATAGCGATGG;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=55113672;WS=55113654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	55142337	rs2653349	A	G	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=31;PP=920;SC=GATGTTGATGATTGTGCTTTT;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=55142345;WS=55142327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	55215079	rs1032767	G	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.84;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	55264362	rs6936510	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=15;PP=432;SC=TTAAGACATATTAAATCAAGT;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=55264370;WS=55264352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	55266625	rs9370418	T	C	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	55266722	rs12529201	C	T	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=25.69;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	55266796	rs10948913	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=355;SC=TTTTTTGTGGCGGAGTTTTGC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=55266804;WS=55266786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	55381262	rs6459082	G	A	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=19;PP=1003;SC=TCTTTAAAACGATAAGAGGCC;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=55381270;WS=55381252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	55406399	.	C	T	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=23;QD=28.8856062736;SC=ATATCACAGTCCACAGGTTAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=55406407;WS=55406389;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	55428658	rs4398737	A	C	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=15;PP=767;SC=TATGATGGGGATCAGGGCTTC;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=55428666;WS=55428648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	55623944	rs202201755	A	C	235.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=-1.406;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,16:0.94:17
chr6	55623946	.	A	C	235.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.84;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,16:0.94:17
chr6	55639028	rs41271330	G	A	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=26;PP=799;SC=CAGATTTTACGTTGATACTGC;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=55639036;WS=55639018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	55929347	rs2235735	T	C	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=35;PP=1421;SC=TGTTATTTCATTTTTTATCAG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=55929355;WS=55929337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	55966418	rs4379279	A	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=24;PP=724;SC=AAGAACATTAAATACAAACAG;SOR=2.584;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=31;WE=55966426;WS=55966408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	56006843	rs2076473	T	C	139.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=3;PP=37;SC=GAGAAGTTCTTCGTTTCAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=56006851;WS=56006833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	56021870	rs111577315	T	TAAA	785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=31.43;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr6	56044578	rs2038149	T	C	9726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=115;PP=2965;SC=CATCTTGGGATTTGCCATCCG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=118;TCR=115;TR=233;WE=56044586;WS=56044568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr6	56045043	rs2038150	C	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=263;SC=TTTAAATTGTCTGTGAAATAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=56045051;WS=56045033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	56365814	rs4283892	A	G	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=28;PP=1434;SC=AAATATATCCAAGAAATCTGA;SOR=1.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=82;WE=56365822;WS=56365804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	56374754	rs9296849	C	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=423;SC=ACATTTTTTACAATTTAATGT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=56374762;WS=56374744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	56381912	rs4715626	G	A	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=22;PP=1355;SC=TGTGGATAACGGAGAAGTGTT;SOR=1.337;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=69;WE=56381920;WS=56381902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	56394173	rs9357922	T	C	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=2;PP=366;SC=CATAAAATTGTACAGAAATAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=56394181;WS=56394163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	56395051	rs6939305	C	A	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=22;PP=591;SC=TCTAAGGTTACAATTTAAATC;SOR=2.093;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=29;WE=56395059;WS=56395041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	56417282	rs4715630	C	T	5939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=92;PP=2965;SC=CATTGCTTGCCATGAGGGCTT;SOR=1.087;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=59;TCR=92;TR=151;WE=56417290;WS=56417272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr6	56417545	rs4715631	T	C	6860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=65;PP=2965;SC=ACATCAGAGGTTCCCTTTGAG;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=93;TCR=65;TR=157;WE=56417553;WS=56417535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr6	56437081	rs41271868	T	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=246;ReadPosRankSum=-0.504;SC=AGCATTAAGATATTCAGTCAA;SOR=0.365;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=18;WE=56437089;WS=56437071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr6	56818706	rs986245	T	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=457;SC=AGACCAGGGTTGGGAAAGCAC;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=56818714;WS=56818696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	56873069	rs6925819	T	C	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=60;PP=1664;SC=CGGGTCCTGGTGCTAGGAATC;SOR=0.841;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=106;WE=56873077;WS=56873059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr6	57191021	rs11381745	A	AG	341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=200;SC=CTAGAAGAAAAGGACTCCTTA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=57191029;WS=57191011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	57244672	rs5011404	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=-1.879;SC=TCAAATTTTTGTAACAGCTTA;SOR=0.481;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=10;WE=57244680;WS=57244662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr6	57244780	rs5011403	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=355;ReadPosRankSum=-1.058;SC=GTTGGGGTTCGAGTCCATTTA;SOR=0.793;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=27;WE=57244788;WS=57244770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,40:0.59:68
chr6	57244830	rs5011402	T	A	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TAGGTTTTGTTAAATATGTCG;SOR=0.387;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=21;WE=57244838;WS=57244820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr6	57244893	rs5011401	T	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=218;ReadPosRankSum=0.639;SC=CCTCTCATCATCACAGCTACT;SOR=1.802;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=57244901;WS=57244883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr6	57246708	rs6913779	G	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=284;ReadPosRankSum=1.521;SC=TAATCATTTTGATATTCTTTT;SOR=0.420;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=15;WE=57246716;WS=57246698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr6	57246773	rs113849959	T	TAGG	2449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=2921;ReadPosRankSum=-0.618;SC=TATGAAGACTTAGGATTTCTT;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=39;WE=57246793;WS=57246763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,62:0.48:128
chr6	57246785	rs62415470	A	C	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=2962;ReadPosRankSum=0.845;SC=GGATTTCTTAATGACAGGTGC;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=86;TCR=45;TR=66;WE=57246793;WS=57246763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,77:0.47:165
chr6	57246815	rs6936571	T	C	2449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=38;PP=1385;ReadPosRankSum=1.233;SC=TTGCCTGTTTTACTCTTAATT;SOR=0.661;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=192;TCF=121;TCR=71;TR=97;WE=57246823;WS=57246805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,125:0.46:274
chr6	57246884	rs6913546	A	G	4055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=1774;ReadPosRankSum=-0.920;SC=TATTTGGAAGATGGCTTTGCT;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=124;TCR=124;TR=123;WE=57246892;WS=57246874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,206:0.47:441
chr6	57246969	rs4256440	G	A	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=42;PP=2169;ReadPosRankSum=-1.678;SC=CTTTGGCAGTGAGTATTTTAC;SOR=0.623;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=43;TCR=94;TR=62;WE=57246990;WS=57246959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,96:0.46:207
chr6	57246982	rs4585567	G	T	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=2169;ReadPosRankSum=-0.773;SC=TATTTTACTTGATTTCTGTAT;SOR=0.779;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=29;TCR=86;TR=50;WE=57246990;WS=57246959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,67:0.43:157
chr6	57247022	rs4382263	C	T	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=586;ReadPosRankSum=-1.172;SC=AGTTATATACCCCTGGTAGTT;SOR=0.443;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=33;WE=57247030;WS=57247012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr6	57254789	rs2397264	A	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=579;ReadPosRankSum=-0.558;SC=CAGCAAATCCATCAATATGCA;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=53;WE=57254797;WS=57254779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,64:0.45:143
chr6	57254811	rs941685	A	G	5518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=25.32;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr6	57254839	rs2397265	T	C	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.846;NF=52;NR=38;PP=1253;ReadPosRankSum=0.115;SC=ATGCTTTCACTTCCACCATTA;SOR=0.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=208;TCF=119;TCR=89;TR=90;WE=57254847;WS=57254829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,152:0.47:323
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chr6	57254939	rs4994089	G	T	3027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.907;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.266;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,140:0.45:308
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chr6	57255016	rs5876555	A	AC	869.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=7;HapScore=3;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=1327;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CTAATAACAGAAAAAAAATCA;SOR=1.036;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=18;WE=57255024;WS=57254991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr6	57255032	rs7769711	C	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=5.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.155;HP=5;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=230;ReadPosRankSum=-0.447;SC=AATCATTTTTCGGGGGAAAAT;SOR=2.813;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=13;WE=57255040;WS=57255022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr6	57372104	rs2024986	T	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=329;ReadPosRankSum=-1.699;SC=ACCATGTAGCTAGCTTTGATC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=8;WE=57372134;WS=57372099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr6	57372116	rs9382768	T	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.70;ReadPosRankSum=0.112;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr6	57372116	.	TGTAATGTGTC	CGTAATGTGTC,CGTAATGTGTG	310	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=23;MQ=59.64;NF=23,9;NR=2,0;PP=304,310;QD=13.5508485019;SC=GCTTTGATCATGTAATGTGTC;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=25,9;WE=57372134;WS=57372099;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.69:36
chr6	57372126	rs9396314	C	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.157;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr6	57372199	rs9382769	T	C	3766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=34;PP=2000;ReadPosRankSum=1.351;SC=GCCTCCCTATTTGCCCTTCAG;SOR=0.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=160;TCF=109;TCR=51;TR=113;WE=57372207;WS=57372189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,168:0.69:243
chr6	57372361	rs9382770	C	A	5908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.488;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=85;PP=2182;ReadPosRankSum=1.350;SC=CTCAGGTAATCTAAAGGCACA;SOR=1.039;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=198;TCF=74;TCR=124;TR=132;WE=57372382;WS=57372351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,188:0.63:297
chr6	57372365	rs9396315	A	G	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=1.164;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,90:0.32:284
chr6	57372374	rs68090917	CT	C	2315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=55;PP=1604;ReadPosRankSum=-0.810;SC=AAGGCACAGCCTTGTTATGCT;SOR=1.070;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=121;TCF=6;TCR=115;TR=57;WE=57372382;WS=57372351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,84:0.32:260
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chr6	57372436	.	GC	CT	334	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=47;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=22;PP=334;QD=16.1444947859;SC=TGGTGAAACCGCTTCAATTAC;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=24;WE=57372445;WS=57372426;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:56,24:0.30:80
chr6	57372437	rs79221898	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=21.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.246;SOR=2.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,27:0.27:99
chr6	57372456	rs35141035	AT	A	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.874;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr6	57372480	rs79601039	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=103;ReadPosRankSum=0.240;SC=CTTTCATTCCATTATTCAAAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=8;WE=57372488;WS=57372470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr6	57372502	rs9349872	G	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.21;ReadPosRankSum=-1.956;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
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chr6	57372514	rs77868044	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr6	57392963	rs927193	T	C	43.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=1;PP=27;SC=TCATTAAATATGTTTAAAACA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=57392971;WS=57392953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr6	57393160	rs76686926	G	A	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.586;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,30:0.28:107
chr6	57393199	rs2397502	C	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=195;ReadPosRankSum=0.803;SC=GTAGAACATTCTTTTAAACTT;SOR=0.725;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=20;WE=57393207;WS=57393189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,24:0.28:87
chr6	57393216	rs2397503	G	T	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
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chr6	57393228	rs112156516	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
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chr6	57433501	rs201029322	AAAAAAAG	A	1005.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=714;ReadPosRankSum=0.616;SC=GGATTAGAAAAAAAAAAGAAA;SOR=0.687;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=18;WE=57433515;WS=57433487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
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chr6	57467317	rs4637646	G	T	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,63:0.32:198
chr6	57467323	rs4424069	G	C	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,61:0.33:187
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chr6	57472299	rs9396358	A	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.724;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,56:0.25:228
chr6	57472315	rs9296901	AG	GA	5288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.11;ReadPosRankSum=-1.462;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,175:0.60:292
chr6	57472344	rs111230027	A	AT	2232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=1239;ReadPosRankSum=0.198;SC=GTGCTGGCTTATTTTTTGTTG;SOR=0.728;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=161;TCF=55;TCR=106;TR=50;WE=57472352;WS=57472334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,136:0.32:420
chr6	57472476	rs9382819	T	C	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.578;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,77:0.31:248
chr6	57472488	rs9382820	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,64:0.29:219
chr6	57472495	rs62400219	C	G	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,64:0.34:190
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chr6	57472534	rs74369127	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.995;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,26:0.28:93
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chr6	57499171	rs3846936	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=0.441;SC=ATTAAGTAACTTACAGCATTT;SOR=0.283;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=57499179;WS=57499161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr6	57499188	rs2151627	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=361;ReadPosRankSum=2.585;SC=ATTTATTGAACGACCAGACAA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=57499204;WS=57499178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr6	57499196	rs11423601	C	CA	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=332;ReadPosRankSum=2.336;SC=AACGACCAGACAACTAAGCTT;SOR=0.892;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=57499204;WS=57499178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr6	57512340	rs4364484	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=312;ReadPosRankSum=-0.363;SC=GCTGATTAAGCGTTAGAATGC;SOR=0.257;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=14;WE=57512360;WS=57512330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr6	57512352	rs5001077	A	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=-1.003;SC=TTAGAATGCAAACAGCTAGAA;SOR=0.412;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=10;WE=57512360;WS=57512330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr6	57512439	rs4294006	T	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=9;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.450;SC=CTTTGCCATGTATTAATGCAA;SOR=0.915;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=131;TCR=22;TR=60;WE=57512447;WS=57512429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,63:0.38:167
chr6	57512476	rs4307164	G	A	4878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=42;PP=2962;ReadPosRankSum=0.718;SC=TTACAGGTGGGTGATTGTGGC;SOR=0.875;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=258;TCF=200;TCR=58;TR=180;WE=57512484;WS=57512466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,203:0.67:305
chr6	57512510	rs4294007	T	G	17049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=251;NR=136;PP=2965;SC=ATCCTAATCATTTCTTTTGTG;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=388;TCF=251;TCR=137;TR=387;WE=57512518;WS=57512500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr6	57512529	rs5001076	C	A	3358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=58;PP=1917;ReadPosRankSum=-0.946;SC=TGAGAGCCAACGTATTCTAAA;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=470;TCF=281;TCR=189;TR=145;WE=57512537;WS=57512519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:510,204:0.29:714
chr6	57512565	rs4294008	T	C	15672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1080;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=231;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.077;SC=AAAGAAGGAATCTATCCAACC;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=599;TCF=328;TCR=271;TR=423;WE=57512573;WS=57512555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:338,724:0.68:1062
chr6	57512678	rs4398719	G	A	9865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.583;SC=AAGGACTAGAGGATTACTTTA;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=447;TCF=168;TCR=279;TR=300;WE=57512686;WS=57512668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,441:0.68:652
chr6	57512711	rs5001484	G	A,C	3948.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.943;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:108,135,99:0.39,0.29:342
chr6	57512711	.	GTAACCCT	ATAACCCT,CTAACCCA	2037	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=35,21;NR=82,56;PP=1133,2037;QD=9.98095053459;SC=AGGCAGTTTTGTAACCCTTTT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=88;TCR=203;TR=117,77;WE=57512726;WS=57512701;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.40:291
chr6	57512718	rs5001483	T	A	2954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=4.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,87:0.28:311
chr6	57512775	rs7773110	T	G	3157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.46;ReadPosRankSum=0.686;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,81:0.70:115
chr6	57512779	rs76296076	G	T	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.21;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,76:0.72:106
chr6	57512787	.	T	TCACCAAGGC	2566.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=4.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.56;ReadPosRankSum=1.115;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr6	57512788	.	T	TTA	2487.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.865;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.10;ReadPosRankSum=-2.056;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr6	57512792	rs372064495	T	C	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.66;ReadPosRankSum=-3.395;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,46:0.67:69
chr6	62442604	rs10484690	A	G	8498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=75;PP=2842;SC=TTTGGGTCGCATAGCTGTTAT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=177;TCF=100;TCR=77;TR=175;WE=62442612;WS=62442594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr6	62526443	rs1005815	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=7;PP=343;SC=AAAAGGAGCACGACCCTGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=62526451;WS=62526433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	62757987	rs9346001	C	T	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=416;SC=TATAGGTTTTCCAAACTTTAC;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=62757995;WS=62757977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	62887031	rs9346218	C	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=163;SC=AATTAAAATACCGTCTTCTTT;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=62887039;WS=62887021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	62887099	rs6921170	C	T	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=9;PP=305;SC=CCTTTGGATACTGCTTGACAG;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=62887107;WS=62887089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	63921361	rs4710420	A	G	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=150;SC=ATGGGCAGGCAACGCGCTGAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=63921369;WS=63921357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	63921442	rs76273486	G	A	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=13;PP=609;SC=CTGCCCGCCCGCTCGGCGTCG;SOR=1.364;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=37;WE=63921464;WS=63921432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	63921456	rs79100944	G	A	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=14;PP=797;SC=GGCGTCGGCCGCCGCCATGGG;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=63921464;WS=63921432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	64289938	.	ATT	A	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr6	64419024	.	CT	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr6	64708907	rs66502009	A	C	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=721;ReadPosRankSum=-0.615;SC=AACATAAAAAATACTTATCTG;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=33;WE=64708915;WS=64708897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,47:0.98:48
chr6	65016977	rs35395170	TGA	T	782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=32.61;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	65098768	rs587278	A	G	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=48;PP=1463;SC=GTTTTAGTATAAGTCATATAA;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=65098776;WS=65098758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	65301504	rs624851	A	G	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=55;PP=2429;SC=GGTAGCAGATAAAGCAACAGT;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=120;WE=65301512;WS=65301494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr6	65302915	rs11331907	GA	G	136.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=121;SC=ATGTATCTCAGAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=65302923;WS=65302907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	65525121	rs1390272	C	T	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=34;PP=992;SC=TTGCTGAAAACGTGAACTTGT;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=64;WE=65525129;WS=65525111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	65596759	rs7743515	G	A	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=36;PP=1019;SC=GAGAAATGAGGAATAGCCATG;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=65596767;WS=65596749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	65611952	rs59518422	T	TATTA	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=455;SC=GTGCTCACTTTCTTGTTGAAT;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=65611960;WS=65611942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	65622463	rs9294631	A	G	6448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=60;PP=2692;SC=TAGGTCACAAAGGTTATAGCG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=84;TCR=61;TR=143;WE=65622471;WS=65622453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr6	65622662	rs9445437	G	C	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=42;PP=1255;SC=AAAATTTTTAGAAGTGTGAAC;SOR=2.381;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=56;WE=65622670;WS=65622652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	65655883	rs9453115	C	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=414;SC=TACTCCTGGCCATTTTGATAT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=65655891;WS=65655873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	65767633	rs142590049	G	GA	660.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5453;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=394;ReadPosRankSum=0.815;SC=TTGGAAAATAGGAAAAAAAAA;SOR=0.582;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=28;WE=65767642;WS=65767623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr6	65767634	rs45628235	G	A	1572.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=1070;ReadPosRankSum=0.252;SC=TGGAAAATAGGAAAAAAAAAT;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=52;WE=65767642;WS=65767623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,52:0.96:54
chr6	66045077	rs1502965	C	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=16;PP=424;SC=TATGAATTCCCATCACTTACT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=66045085;WS=66045067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	66045118	rs1502964	T	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=148;SC=TGAGAGATCATGATAGATGCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=66045126;WS=66045108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	66053835	rs1502963	T	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=103;SC=TTTGAATATTTAAGAATCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=66053843;WS=66053825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	66063248	rs9453265	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=609;SC=TTTATATTACGTTTTGAGATA;SOR=3.690;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=28;WE=66063256;WS=66063244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	66063513	rs1936439	G	A	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=57;PP=1705;SC=CATACATACTGCAAAAAGGAA;SOR=1.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=88;WE=66063521;WS=66063503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	66112409	rs974110	A	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=9;PP=385;SC=TACATGTAGCATTATTCCTCA;SOR=0.902;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=66112417;WS=66112399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	66115281	rs34154043	G	GAA	1929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.18;ReadPosRankSum=-1.497;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr6	69666193	.	ATG	A	1121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	69666197	rs116993255	G	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	69666197	.	GTG	ATA	869	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=21;MQ=59.34;NF=4;NR=11;PP=869;QD=61.4978583241;SC=ATATATATGTGTGTGTGTGTG;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=15;WE=69666207;WS=69666183;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,15:0.62:24
chr6	69666199	rs140847862	G	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	69666684	rs1932618	A	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=8;PP=247;SC=AGAAGATGCAATGAGCAGCGA;SOR=0.811;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=69666692;WS=69666674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	69684850	rs2275209	T	G	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=71;PP=2197;SC=TTGTCTTATATCCATAAATAA;SOR=1.248;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=108;WE=69684858;WS=69684840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	69684916	rs45602231	G	A	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=29;PP=993;SC=CATAAATGAAGCCAATGAAGA;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=69684924;WS=69684906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	69759148	rs618372	A	T	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=8;PP=336;SC=ATACTTCAAAATTTATTCTTT;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=69759156;WS=69759138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	69772817	rs2793459	C	G	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=21;PP=1436;SC=TATAATTACTCTGTTGCAGAA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=69772825;WS=69772807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	69785765	rs3757050	C	G	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	69786046	rs35445308	G	GA,GAA	574.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.4979,0.5021;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0,0;NR=14,14;PP=5,128;SC=TGCATTCAGAGAAAAAAAAAT;SOR=1.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=14,14;WE=69786054;WS=69786036;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:27
chr6	70071173	rs913543	G	A	7334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=91;PP=2965;SC=AAACCTTGCCGCATGAAAGGC;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=116;TCR=92;TR=207;WE=70071181;WS=70071163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr6	70411157	rs2445969	G	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	70778378	rs2224513	GC	CT	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=13;PP=752;SC=GGTAAGTAAAGCTGGAACAAC;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=70778387;WS=70778368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	70812123	rs7772672	A	G	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=39;PP=1332;SC=CTGTGAGTAAACAATACAATG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=73;WE=70812131;WS=70812113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	70852493	rs9342783	A	G	107.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=0;PP=68;SC=CTTGGTAATCACAAAGCACAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=70852501;WS=70852491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	70852607	rs3831024	C	CT	1037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=17;PP=520;SC=TACAATCTATCTTTTTTTTTC;SOR=1.038;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=24;WE=70852615;WS=70852597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,47:0.94:50
chr6	70852841	rs2296013	A	T	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	70854183	rs9364074	A	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=10;PP=347;SC=CTCATTTTATATGTTAAGTAG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=70854191;WS=70854173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	70854208	rs58591338	CAG	C	1523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=619;SC=GAGGAAGAGACAGAGGATCAT;SOR=0.869;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=13;WE=70854217;WS=70854198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	70854818	rs34837646	G	A	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=16;PP=636;SC=AGGGAGATCCGGGTGGGATCA;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=70854826;WS=70854808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	70854924	rs3841703	A	AT	781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=542;SC=TTTTGTTAATATTTTTCTTGC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=70854932;WS=70854914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	70856536	rs7762409	C	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=249;SC=TGTATTCATACTTTTTTTCTT;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=70856544;WS=70856526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	70859487	rs2346211	A	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=267;SC=ACGGTGGCAAACCCTGTTGTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=70859495;WS=70859477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	70861135	rs3818327	T	G	171.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=166;SC=CACATTTCTTTATACGAAACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=70861143;WS=70861125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	70866421	rs3736843	T	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=238;SC=GATGTAAAAGTCACTTGCAAA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=70866429;WS=70866411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	70866609	rs2229799	C	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=15;PP=547;SC=GGGAGAAAGGCGATGAGGTAA;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=70866617;WS=70866599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	70873331	rs2296010	G	A	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=48;PP=1473;SC=CTGGGGCTTGGAGTGGGAGCA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=79;WE=70873339;WS=70873321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	70875976	rs802174	T	G	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=35;PP=953;SC=AAAGATAAAATTCTTCTGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=70875984;WS=70875966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	70876046	rs802175	T	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=344;SC=TTTGTTCTCCTTTTGGTTCAG;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=70876054;WS=70876036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	70894909	rs2296005	A	T	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=14;PP=356;SC=CAAATCACCAAATCTATAAAG;SOR=2.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=19;WE=70894917;WS=70894899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	70897698	rs3749913	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=325;SC=AATAAGTGCCAGTATGAATCC;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=70897706;WS=70897688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	70909252	rs5877242	AT	A	372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=327;SC=GTATTTTGAAATTTTTTGACA;SOR=2.712;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=11;WE=70909260;WS=70909242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	70909763	rs3806064	T	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=3;PP=51;SC=TCTAGGAATCTTAGAATTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=70909771;WS=70909753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	70909779	rs3806065	T	C	66.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	70916830	rs3215860	AT	A	936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=555;ReadPosRankSum=-1.593;SC=CTGCATTGTAATTTTTTTTTT;SOR=0.735;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=31;WE=70916838;WS=70916820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr6	70916888	rs1200576	A	C	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=24;PP=981;SC=CCCCAGGCCCACAGGGCCCCC;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=48;WE=70916896;WS=70916878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	70916998	rs1736	G	A	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	70926898	rs1200569	G	A	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=41;PP=1217;SC=GCTTTTGGAAGCGATGGATGA;SOR=1.237;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=61;WE=70926906;WS=70926888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	70926933	rs2881343	G	C	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=973;SC=TGGTGATGATGATGATGATGA;SOR=1.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=70926941;WS=70926923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	70963124	rs9346373	A	C	5726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr6	70965125	rs633762	A	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=274;SC=TTAATACAAGAAAAAGTTACT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=70965133;WS=70965115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	70979125	rs551470	A	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=145;SC=AAAGATCATAAAAGAACAAAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=70979133;WS=70979115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	71137884	rs13202450	G	A	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=94;SC=TAAGTACACTGAAATAATTTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=71137892;WS=71137874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	71246206	rs34238069	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=217;SC=GAACCAGTTTGTCACATACTG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=71246214;WS=71246196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	71569090	rs576516	T	C	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=37;PP=1080;SC=TACTGGCCAATGACAAGGTGG;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=60;WE=71569098;WS=71569080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	71571694	.	TA	T	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-1.511;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr6	71666146	rs1320315	T	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=15;PP=336;SC=GCACGCTCCCTGGCCTCTCGG;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=71666154;WS=71666136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	72836421	rs2463696	A	C	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	72858416	rs151080929	GTT	G,GT	3019.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.329;QD=21.57;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,103,31:0.74,0.22:140
chr6	72889472	rs2249021	A	G	7653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=83;PP=2965;SC=AGACACCCCTAAGCACAGCAG;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=167;WE=72889480;WS=72889462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr6	72892257	rs2463730	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=228;SC=ACCCGAACCTAGCTCGGTACC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=72892265;WS=72892247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	72945492	rs2807519	C	T	3221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.08;NF=31;NR=39;PP=1207;SC=CTGCATTCATCGGAGTTTCTG;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=72945500;WS=72945482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	72945603	rs138366781	A	ATTTTC	479.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=323;SC=AAACTAATGTATTCTGACTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=72945611;WS=72945593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	72947774	rs2807525	C	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=244;SC=TTTTAATGCACGAATAAAGAC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=72947782;WS=72947764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	72962352	rs9351902	A	G	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=8;PP=663;SC=ATTAGTCTTCATAAGTTTTCA;SOR=2.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=72962360;WS=72962342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	72968609	rs6923891	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=2;PP=627;SC=ATATTACTCTCAGTTCCTTCA;SOR=4.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=25;WE=72968617;WS=72968599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	72984277	rs4504440	G	A	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=309;SC=AGCCAACTCTGGTAAAGCACC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=72984285;WS=72984267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	73108872	rs67994138	AAG	A	1204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=19;PP=927;SC=GTCAAACACAAAGAGAATAAA;SOR=1.942;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=20;WE=73108881;WS=73108862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	73332040	rs3734212	C	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=7;PP=449;SC=ATGTGGAGTCCGGCCGGGGCA;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=73332048;WS=73332030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	73332121	rs34821312	C	T	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=15;PP=1371;SC=CGGCCACGCTCGGTGGCGGCG;SOR=2.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=52;TCR=15;TR=66;WE=73332129;WS=73332111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	73516397	rs9446758	A	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=3;PP=387;SC=TTGGCCCAATATTCCTATTAT;SOR=2.531;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=73516405;WS=73516387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	73821239	rs2000205	T	C	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=53;PP=1526;SC=TGTTCCTTTTTATAAAATGAA;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=76;WE=73821247;WS=73821229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	73830423	rs1891404	A	G	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=49;PP=1462;SC=GTTGCTCCTAAAGAGATTCAA;SOR=1.361;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=73;WE=73830431;WS=73830413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	74072937	rs564533	G	C	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=28;PP=874;SC=TTCTTACCAGGAGGACACAAT;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=74072945;WS=74072927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	74073531	rs561930	C	G	5350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=56;PP=2108;SC=GCCAGCAAGGCAGTGACCCAG;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=104;WE=74073539;WS=74073521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr6	74079024	rs496530	A	G	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=40;PP=1694;ReadPosRankSum=2.307;SC=GGTGATTTCGACTAGGTTCCC;SOR=0.814;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=89;WE=74079032;WS=74079014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,155:0.99:157
chr6	74079041	rs497243	A	C	3970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=44;PP=1687;SC=TCCCTGAGTCAACTATGTCCA;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=92;WE=74079049;WS=74079031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	74104557	rs558198	C	G	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=15;PP=884;SC=TGGCACGCTACTCTTACGACG;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=74104565;WS=74104547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	74115935	rs57549301	C	CGG	626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=401;SC=TTAGTAGAGACGGTTTCTCTA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=74115943;WS=74115934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	74119084	rs4708053	T	C	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=21;PP=662;SC=ACGTATATGCTTAATTACTGT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=74119092;WS=74119074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	74125875	rs311686	A	G	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=24;PP=1038;SC=TGAGAGGTTTAAGGCACATCA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=74125896;WS=74125865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	74125888	rs311685	A	G	4558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=25;PP=969;SC=GCACATCAACAGAAAAGGGAA;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=74125896;WS=74125865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	74126084	rs311684	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=325;SC=ACATAATAAACTAGGTGTTAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=74126092;WS=74126074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	74134849	rs311679	T	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=8;PP=260;SC=GAGCTGGGATTACAGGTGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=74134857;WS=74134839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	74135016	rs311678	C	T	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=17;PP=741;SC=TCAGAAATTCCTTACTTCTTT;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=74135024;WS=74135006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	74155346	rs610913	G	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=157;SC=CTGACTCAGAGGATTTTCTTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=74155354;WS=74155336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	74155491	rs2985419	T	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=10;PP=289;SC=GTAAAAATAGTACTGAAATAT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=17;WE=74155499;WS=74155481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	74161503	rs9446904	A	G	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=51;PP=1599;SC=GCCCGGGCGGAGGTCTTGGCT;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=84;WE=74161511;WS=74161493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	74161740	rs34985291	C	T	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=14;PP=567;SC=ATCCCGACTTCCTGGCGGGGC;SOR=0.871;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=74161748;WS=74161730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	74161801	rs9352000	G	T	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=15;PP=592;SC=CGGAGACTCGGTGGGATCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=74161809;WS=74161791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	74171467	rs1713862	C	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=9;PP=685;SC=GACGTCCTACCCCGTGATATT;SOR=2.432;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=38;WE=74171475;WS=74171457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	74189574	rs7766570	G	A	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=32;PP=1268;SC=CTCGGTAAGGGCAAAATGTCA;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=73;WE=74189582;WS=74189564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	74201826	rs200573083	CAA	C	211.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.17;ReadPosRankSum=1.036;SOR=1.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr6	74228006	rs1874229	A	G	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=26;PP=868;SC=AAAGATTTGCATTCAGTGCAA;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=48;WE=74228014;WS=74227996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	74228049	rs1874230	A	G	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=24;PP=702;SC=AGCCTCTGCAATAAGTTAATG;SOR=1.160;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=37;WE=74228057;WS=74228039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	74229258	rs2073466	G	T	4471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=40;PP=1703;SC=ATTAAGAGTCGTTACTTGGTT;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=74229266;WS=74229248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	74229405	rs4708060	C	A	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=780;SC=TTTTATAAGTCGGATCTTAAC;SOR=2.368;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=35;WE=74229413;WS=74229395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	74521947	rs2917862	C	T	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=45;PP=1433;SC=GTACAGCCAACGGCAGTTAAT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=85;WE=74521955;WS=74521937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	74528293	rs3005506	A	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=503;SC=TGTTGACAAAACCACTGTGTT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=74528301;WS=74528283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	74530421	rs3005537	A	G	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=41;PP=1136;SC=GGAGGCGGGGAGGCAGGAAGT;SOR=1.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=74530429;WS=74530411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	74533192	rs2917887	T	G	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=14;PP=669;SC=GGAGACAGGCTGTGAGAAGTT;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=74533200;WS=74533182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	75795122	rs112607771	G	GCA,GCACA	1931.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1,1;NR=19,19;PP=828,82;ReadPosRankSum=-0.179;SC=GATTTGGAAGGCACACACACA;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=20,20;WE=75795131;WS=75795112;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.19,0.69:64
chr6	75796364	.	GTATA	G	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr6	75797302	rs970547	C	T	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=645;SC=CCTGGATAGCCTTGCCCGTTG;SOR=1.121;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=32;WE=75797310;WS=75797292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	75798722	rs672648	C	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.275;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr6	75811880	rs556674	G	A	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=27;PP=868;SC=CAGTGTAAGCGTTCAGAATGA;SOR=1.057;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=75811888;WS=75811870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	75827028	rs17186509	T	C	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=684;SC=ACAAAGGATATAGAATTGTCT;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=75827036;WS=75827018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	75830974	rs499018	G	C	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=31;PP=1737;SC=CAAAGGAAAGGCAAGACATCA;SOR=1.170;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=88;WE=75830982;WS=75830964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	75833876	rs240722	C	A	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=45;PP=1628;SC=AATTTTATATCGCATTGTTAT;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=82;WE=75833884;WS=75833866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	75841722	rs594012	A	T	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=50;PP=1804;SC=CAGGTCCTGGAGCAGGGTCCC;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=108;WE=75841730;WS=75841712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr6	75843845	rs1332778	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=274;SC=AAGTAGTGAATAAACGACACA;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=75843853;WS=75843835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	75847036	rs240734	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=161;SC=CATCCAATGCGATAAATCTTA;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=75847044;WS=75847026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	75848181	rs240736	A	G	4844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=44;PP=1787;SC=CTCACTGCCAATCAGGTCATC;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=99;WE=75848189;WS=75848171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
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chr6	75951719	rs240419	A	C	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=17;PP=553;SC=GAGTTCGAGAACAGCCTGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=75951727;WS=75951709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	75953705	rs9360898	T	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=263;SC=TTCAGTAGGCTGGTCCCTGGA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=75953713;WS=75953695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	75966269	rs418485	A	G	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=202;SC=GTAGTTTCTCAGGTGCTTTTG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=75966277;WS=75966259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	75968720	rs147523	G	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=414;SC=GGAGTGGGGAGGGGATAAGGA;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=75968728;WS=75968710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	75977591	rs240395	T	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=382;SC=ACAAAAACTGTTTTTAAGGTC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=75977599;WS=75977581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	76022082	rs9352202	A	G	8417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.01;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	76022090	rs9343281	G	C	9123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.05;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr6	76063133	rs6913979	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=252;SC=TCAAAAATTGACATTAGACCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=76063141;WS=76063125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	76124792	rs2808201	G	A	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=21;PP=559;SC=TTACCACATCGCCAATAAGGA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=76124800;WS=76124782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	76138146	rs5877455	C	CAG	2338.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=13;PP=1517;SC=TCACCACCTCCAGTTTCTGAA;SOR=1.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=31;WE=76138154;WS=76138136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	76333486	rs655471	G	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	76344431	rs17414086	C	T	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=36;PP=1711;SC=AGTGAAAATACGCAAAATACG;SOR=1.075;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=95;WE=76344439;WS=76344421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	76369054	rs507662	A	G	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr6	76376552	rs17414687	G	A	8454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=98;PP=2965;SC=TAGAAGCAGCGCTAAATGAAA;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=196;TCF=97;TCR=99;TR=194;WE=76376560;WS=76376542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr6	76385330	rs17792195	G	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=321;SC=ATATATCTTGGTGTAATTTCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=76385338;WS=76385320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	76386712	rs35745959	GT	G	73.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.77;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	76387102	rs11752694	A	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=52;SC=ACTTACTTTTATGTGTGATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=76387110;WS=76387092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	76421003	rs3765140	A	G	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=6;PP=370;SC=AGTTATTTAGATTATATATTT;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=76421011;WS=76420993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	76425288	rs9250	A	G	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr6	76554593	rs7760587	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=8;PP=301;SC=TGTTAATTATGTTTAATTTGT;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=18;WE=76554601;WS=76554583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	76566696	rs7758439	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=214;SC=CTATTCTCACATGACCTTTGG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=76566704;WS=76566686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	76566734	rs3798439	T	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=10;PP=797;SC=CTTCTCTGTGTGTATGTTTAG;SOR=1.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=37;WE=76566742;WS=76566724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	76576527	rs6453845	G	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=249;SC=TAGTGGTGACGGCGTTGGACA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=76576535;WS=76576517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	76596728	rs2295936	C	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=430;SC=AATTTCAACCCGAATGACTTT;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=76596736;WS=76596718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	76604573	rs3798429	T	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=7;PP=188;SC=AATTGTTTTCTATGTATGTCA;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=76604581;WS=76604563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	76604797	rs3798427	A	G	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	76617511	rs141652215	A	ATGTGTGTG	696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=34.84;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	76617535	.	A	G	162	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=23;MQ=58.49;NF=2;NR=9;PP=162;QD=17.8882920497;SC=GTGTGTGTGTATGTGTGTATG;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=11;WE=76617543;WS=76617525;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
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chr6	76720990	rs2274349	A	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=18;PP=677;SC=CTGCTGGGTCAGTTCTTGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=37;WE=76720998;WS=76720980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	76735065	rs1341568	A	G	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=142;SC=ATACTGAGTAAACCTAAAAGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=76735073;WS=76735055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	76744298	rs2274348	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=4;PP=274;SC=GGGAACTGTTCGTGCAGTGTT;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=76744306;WS=76744288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	76782049	rs1320537	C	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=4;PP=193;SC=CCCGTGAGATCAATTGGTAGC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=76782057;WS=76782039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	78171941	rs6297	C	T	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	79424556	.	AATATATATATAT	A	57.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.68;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	79577644	rs9350789	A	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=31;PP=703;SC=AAGAGCCGGAAGACACAAAAG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=79577652;WS=79577634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	79595097	rs6908105	A	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=12;PP=543;SC=TGTTTCAGGCAGAAAATATAA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=33;WE=79595105;WS=79595087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	79595167	rs146020132	A	ACTTAT	3247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=1736;SC=AGAGGTATGTACTTAACAAAT;SOR=1.002;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=28;WE=79595175;WS=79595157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	79612744	rs35533616	CA	C	13758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=95;PP=2972;SC=TCCCAACCAACAATTACTCCC;SOR=0.803;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=40;TCR=97;TR=135;WE=79612752;WS=79612734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr6	79656562	rs2275291	A	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.55;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	79656570	rs2275290	G	A	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	79675701	rs9350797	A	G	5571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=53;PP=2310;SC=AGGGTACTCAAGTTGAAGAGG;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=78;TCR=54;TR=130;WE=79675709;WS=79675691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr6	79708000	rs7747479	A	C	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=40;PP=1665;SC=ATTACTGATAACTGCTTCACC;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=95;WE=79708008;WS=79707990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	79912189	rs2236543	A	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=562;SC=CTGTCCAAACACAAGGTGAAG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=79912197;WS=79912179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	79913379	rs67281239	GA	G	224.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=6.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.331;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr6	79918087	rs75574837	C	G	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=574;SC=CACATTTGATCAAGTGAATTG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=79918095;WS=79918077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	79918309	rs9341761	G	A	4543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=62;PP=1927;SC=AAGGGAATGGGAAAATATACA;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=104;WE=79918317;WS=79918299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	79944096	rs3076135	C	CAG	865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=585;SC=GTAGGGGGGACAGAGAGAGGA;SOR=1.931;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=13;WE=79944104;WS=79944086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	79944355	rs9361504	T	G	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1755;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TGCCTCTGCCTCTGCAGCTGC;SOR=0.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=88;WE=79944363;WS=79944345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr6	80196848	rs1875845	C	T	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
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chr6	80222804	rs11757993	G	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=49;SC=TCCCAAAACAGTACTAAAAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=80222812;WS=80222794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr6	80228541	rs2655655	A	G	9876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
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chr6	80341320	rs6926093	CG	GC	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=632;SC=TGCGCTCAGCCGGTCCGCCCG;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=14;WE=80341329;WS=80341310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	80382916	rs1883878	G	T	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	80580038	rs9361569	T	G	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
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chr6	80631539	rs700483	T	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=618;SC=GCGTGTTATATACACCAAAAT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=80631547;WS=80631529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	80774236	rs7771228	C	T	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=35;PP=1548;SC=TGGCTATTTCCCGTGTGCTTG;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=77;WE=80774244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
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chr6	80777467	rs3828761	C	T	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=36;PP=1334;SC=ATAAATGGGACGGAAGCCAAA;SOR=0.857;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=82;WE=80777475;WS=80777457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr6	80777608	rs3967160	G	A	3441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=41;PP=1362;SC=CTGCCAAGATGTAAGACTGAT;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=80777616;WS=80777598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	80777904	rs187624065	T	C	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=40;PP=1375;SC=CAGACTGTTCTGATGCAAGTG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=80777912;WS=80777894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	80778853	rs6923330	G	C	3915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=53;PP=2213;SC=ATTCCAGAAGGTTCCAATGAT;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=52;TR=105;WE=80778861;WS=80778843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	80837239	rs9448893	A	G	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=26;PP=2097;SC=AACACACGAAATGATTTTTTT;SOR=1.646;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=100;TCF=71;TCR=29;TR=97;WE=80837261;WS=80837229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	80837252	rs200609312	TG	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,25:0.18:142
chr6	80837253	rs9448894	G	T	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,113:0.80:142
chr6	80878508	rs139630496	A	AAGGAAGGGAGGGAGGGAGGG	1069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=59.43;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	80912746	rs3828753	C	T	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=14;PP=924;SC=CTAATAGTGACATCAGCATTC;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=80912754;WS=80912736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	81053642	rs926733	G	A	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=49;PP=1393;SC=GGTAAAGTTGGTAAAAGGCAA;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=63;WE=81053650;WS=81053632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	82459345	.	CTT	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr6	82882980	rs10214788	G	A	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=740;SC=CAGTCTCCCAGAGTGCTGGGA;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=82882988;WS=82882970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	82898759	rs9361897	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	82900811	rs9449444	G	A	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	82901078	rs9350944	C	G	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=174;SC=CTATTTATTTCATGTTATTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=82901086;WS=82901068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	82914460	rs9361899	G	A	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	82921339	rs9341913	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=375;SC=TACATATTTAGTGAAAAAGAT;SOR=1.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=82921347;WS=82921329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	82922388	rs9353057	C	T	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=13;PP=833;SC=TGCCAAAATCCAGACATGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=40;WE=82922396;WS=82922378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	82922571	rs6900750	A	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=427;SC=ACATACAACAAAAAATCCAAC;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=82922579;WS=82922561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	82924645	rs6912968	A	G	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=205;SC=TTTTTTAACAATATTTAGAAA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=82924653;WS=82924635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	82930437	rs34032511	G	GA	1607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.561;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,99:0.76:131
chr6	82933309	rs9361904	C	T	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=65;PP=2126;SC=CAGTTACACACTTTTCTCCAT;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=40;TCR=66;TR=103;WE=82933317;WS=82933298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr6	82936824	rs372581069	G	GA	453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=275;ReadPosRankSum=0.079;SC=CCTTACAGTTGAAAAAAAAAT;SOR=1.445;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=14;WE=82936832;WS=82936814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr6	82941656	rs9449451	C	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=189;SC=ACGCTCTTCTCTGAATGAATA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=82941664;WS=82941646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	83075914	rs700494	G	A	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=42;PP=1661;SC=CCAGATTAACGAACCTCAGTT;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=88;WE=83075922;WS=83075904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr6	83666936	rs293531	T	C	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.44;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	83666943	rs293532	G	T	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.06;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	83733785	rs4235816	C	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=6;PP=160;SC=AATTAAGACTCTCCCCAATAC;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=83733793;WS=83733775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	83752057	rs4612135	C	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	83754094	rs4455637	T	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=6;PP=537;SC=ATTGAAGAAGTCAGTATCTAA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=83754102;WS=83754084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	83754481	rs2027282	T	C	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=13;PP=338;SC=AACCACAAGGTTTGCAATGCT;SOR=3.126;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=83754489;WS=83754471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	83775201	rs6915334	C	G	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=11;PP=1271;SC=AGTGGCGGAGCCGACTACAGG;SOR=2.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=53;WE=83775209;WS=83775191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr6	83828724	rs2148010	G	A	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=40;PP=1410;SC=TTTGATGTCTGTGGTCATGAT;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=82;WE=83828732;WS=83828714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	84233831	rs504593	G	A	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=45;PP=1595;SC=GAGCATCTGCGGGAGAGAGCG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=83;WE=84233839;WS=84233821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	84234144	rs3812141	C	T	5016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=64;PP=2320;SC=GCAGTGTGTCCGACGAATCCA;SOR=0.725;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=126;TCF=60;TCR=66;TR=124;WE=84234152;WS=84234134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	84266041	rs4706182	A	G	145.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr6	84284880	rs2022269	T	A	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	84290087	rs147891842	TGA	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=1.074;SC=ACATATGAGATGAGAGAGAGA;SOR=0.551;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=84290096;WS=84290077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr6	84290137	rs147751300	TAAAG	T	227.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-2.488;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr6	84292139	rs1033653	T	A	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	84300997	rs2273363	A	G	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=41;PP=1525;SC=GTTCAGAAGCACTACTTCCAA;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=88;WE=84301005;WS=84300987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	84303295	rs200557175	G	T	3321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=41;PP=1626;SC=AGTGGCAGCAGCAGCAGCTGC;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=84303303;WS=84303285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	84303342	rs1033655	T	C	4392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=45;PP=1557;SC=TTGCGGGAACTGGAGGGGCTG;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=101;WE=84303350;WS=84303332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	84350767	rs78796405	G	A	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=242;SC=AGATACATGAGCAAATATTTA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=84350775;WS=84350757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	84366385	rs3037027	C	CAAG	3502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=20;PP=1909;SC=TATTGCCCACCAAGTGAGACA;SOR=1.252;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=37;WE=84366393;WS=84366375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	84368819	rs11368249	TA	T	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr6	84375103	rs13192685	C	A	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=11;PP=1390;SC=CATCACCATGCTCTTCCTAAA;SOR=2.271;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=60;WE=84375111;WS=84375093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	84375327	.	T	C	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=62;PP=1447;SC=TATTAATCAATGATATTAACA;SOR=1.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=86;WE=84375335;WS=84375317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	84375377	rs217302	G	A	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=33;PP=860;SC=GAACATATAAGCCTGTTTACT;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=84375385;WS=84375367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	86180926	rs10944129	A	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=427;SC=TTGTTAATAAATATCCATTTT;SOR=2.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=86180934;WS=86180916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	86199233	rs2229523	A	G	6318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=66;PP=2307;SC=CCTGAGACACACGGATGAAAT;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=127;WE=86199241;WS=86199223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr6	86199329	rs9450284	G	C	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=46;PP=1072;SC=TATGCTCCCAGGCCCAGCTCC;SOR=1.384;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=86199337;WS=86199319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	86215766	rs62443330	G	A	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=32;PP=911;SC=CAAGACACAGGTTCATTTGTA;SOR=1.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=86215774;WS=86215756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	86224053	rs6454472	T	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=897;SC=CAATATTTTATTTGTAAACAC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=86224061;WS=86224043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	86240147	rs4640862	G	A	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=326;SC=TGGATCATTTGAGGTCAGGAG;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=86240155;WS=86240137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	86246709	rs12193777	C	A	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=50;PP=1323;SC=TTATTGAAAACCATTATTAAA;SOR=2.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=7;TCR=50;TR=57;WE=86246724;WS=86246699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	86246716	rs59514276	T	TA	922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=38;PP=905;ReadPosRankSum=-0.719;SC=AAACCATTATTAAAAAAAAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=38;WE=86246724;WS=86246699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr6	86248460	rs9294337	T	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=128;SC=AATACCACAGTGTTCCATTTT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=86248468;WS=86248450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	86387220	.	G	GA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.808;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr6	87796233	rs2011192	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=9;PP=309;SC=AGTAGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=87796241;WS=87796223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	87797952	rs202107896	AAAAC	A	369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr6	87879217	rs9351117	C	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=2;PP=220;SC=TCAGCTATTTCATATAAATAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=87879225;WS=87879207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	87879376	rs9444480	T	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	87879378	rs9359738	C	T	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	87925824	.	TAGACACACACACACACACACACACAC	T,TAC	3223.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=16;NF=2;NR=47;PP=1839;SC=TAAAAATACATAGACACACAC;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=49;WE=87925857;WS=87925814;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.18,0.82:60
chr6	87965528	rs6908834	T	C	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=45;PP=1953;ReadPosRankSum=-0.789;SC=GCCAGTACTGTAGGCGGCATT;SOR=0.357;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=93;WE=87965536;WS=87965518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,144:0.99:145
chr6	87968565	rs9362415	A	G	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=44;PP=1404;SC=CACAACTTCAATAAATTCTGA;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=77;WE=87968573;WS=87968555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	87969737	rs3734187	C	T	7145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TACAGCAAAACTTGATTCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=87;TCR=87;TR=174;WE=87969745;WS=87969727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr6	87970301	rs3812132	C	G	6890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.298;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.770;SC=ATCGGGGGACCAAGCACAGCA;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=72;TCR=93;TR=164;WE=87970309;WS=87970291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,264:1.00:265
chr6	87994015	rs6934603	A	G	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=38;PP=1739;SC=CACTTAATAAAGCACTTGAGA;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=87;WE=87994023;WS=87994005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	87994572	rs4707358	G	A	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=59;PP=1802;ReadPosRankSum=2.302;SC=AATCCATCCAGTCCCAGTGGA;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=95;WE=87994580;WS=87994562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr6	88119528	rs11350856	TA	T	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=15;PP=558;SC=ACGGTTTTTTTAAAAAAAATT;SOR=1.071;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=25;WE=88119536;WS=88119518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	88119693	rs6454616	G	A	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=33;PP=879;SC=TGTGATTACTGTTTTATTAAG;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=88119701;WS=88119683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	88119736	rs6915562	T	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=517;SC=CATTTTCCCCTTTAAATTCTG;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=88119744;WS=88119726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	88120512	rs6909168	A	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	88182704	rs9450704	G	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=8;PP=272;SC=CAGTTCCGCGGGGGGCTGTCG;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=88182712;WS=88182694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	88216252	rs13216482	T	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=277;SC=TATCTTGCTTTCTCAGTTTTA;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=88216260;WS=88216242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	88219037	rs2273130	C	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=138;SC=TCCACCAGTACAGCTGTTCAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=88219045;WS=88219027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	88226641	rs9450723	A	G	3844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=52;PP=1479;SC=GACTGTACACATTACACTAAG;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=88226649;WS=88226631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr6	88228524	rs3734908	G	A	4639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=60;PP=2234;SC=GGCCTCACAGGTAGGAGTCTT;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=120;WE=88228532;WS=88228514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr6	88229263	rs13203056	C	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=152;SC=AAAAGTGGCACGTAAGTTATG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=88229271;WS=88229253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	88231285	rs3757371	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=311;SC=TAAGCAGATCCGGGTAATAAT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=88231293;WS=88231275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	88234185	rs2273131	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=4;PP=552;SC=CAGCTGTGGAATCCGATAATG;SOR=3.180;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=27;WE=88234193;WS=88234175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	88251869	rs7773906	T	A	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=521;SC=GACCCCATAATCTGACACAAG;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=88251877;WS=88251859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	88255203	rs112789867	GA	G	244	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.11;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr6	88255205	.	A	G	253.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.11;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr6	88255274	rs35056836	A	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=11;PP=547;SC=TGTCCAGATCAAAGTTTTTAC;SOR=1.432;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=33;WE=88255282;WS=88255264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	88255438	rs4707374	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=23;PP=626;SC=ATAAAGTATATAGTTTCTCAT;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=88255446;WS=88255428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	88255499	rs11405796	A	AG	446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=493;SC=CTATTATCAAACATAAGTAGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=88255507;WS=88255489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	88273969	rs6900057	A	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=17;PP=583;SC=AGACATCGAAACGAGATAGAA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=88273977;WS=88273959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	88274253	rs35610797	G	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=5;PP=134;SC=CAGGCATGGTGGTGTGTACCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=88274261;WS=88274243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	88294297	rs6927826	C	T	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=14;PP=943;SC=GAGTTAGTTACACAAATAGTG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=88294317;WS=88294287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	88294309	rs6927654	A	T	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=16;PP=899;SC=CAAATAGTGAAGCTAGAATTC;SOR=1.116;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=47;WE=88294317;WS=88294287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	88294535	rs34008333	A	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=20;PP=500;SC=CCCAAGACCCAGGGCTTCTCT;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=88294543;WS=88294525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	88300013	rs9450752	A	G	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=68;PP=1956;SC=CTGGCTGGAGAGGAGGGAGGG;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=98;WE=88300021;WS=88300003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	88303967	rs7750207	A	C	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	88311457	rs13208201	C	A	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=137;SC=ATAACTTATACTATTATATGA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=88311465;WS=88311447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	88315741	rs2307391	TA	T	876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=330;SC=ATTGTCCAGGTAAAAATATAA;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=88315749;WS=88315731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	88317288	rs41273295	C	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=160;SC=AAAACACATTCTACCAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=88317300;WS=88317278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	88317292	rs10706424	CA	C	300.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=146;SC=CACATTCTACCAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=88317300;WS=88317278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	88317628	rs13203649	C	G	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=10;PP=253;SC=CTGTTTTGATCTAACAAGGAT;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=88317636;WS=88317618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	88317675	rs4706294	G	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=9;PP=223;SC=TTAAAAGTAGGTATTTATTTT;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=88317683;WS=88317665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	88318883	rs2307389	G	A	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=23;PP=853;SC=TCCTGTTGTCGTTATCTTGAA;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=52;WE=88318891;WS=88318873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	88331299	rs7772561	A	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=23;PP=674;SC=GTAGGGAAAGAAATAGTAACC;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=88331307;WS=88331289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	88331334	rs34542681	TC	T	477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=402;SC=TTGTGGGATTTCCCTTGTTGG;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=88331342;WS=88331324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	88361055	rs36090981	C	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=665;SC=AAGTCAGTGCCGGTGATTCCT;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=88361063;WS=88361045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	88362943	rs2307393	C	T	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=41;PP=2104;SC=AGAGGAGTTCCTGGCCCAGTT;SOR=0.977;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=107;WE=88362951;WS=88362933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	88366771	rs2307379	A	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=18;PP=487;SC=CTCTAGATTAACTCTGCCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=88366779;WS=88366761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	88366868	rs13198372	T	C	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=201;SC=TTAGTCCCATTGCCATCATTA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=88366876;WS=88366858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	88367560	rs2307383	T	C	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	88773961	rs17262755	A	G	6227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=59;PP=2224;SC=GGAATGCATCATCACCCTTGA;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=72;TCR=59;TR=131;WE=88773969;WS=88773951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr6	89388023	rs11753513	T	C	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=14;PP=663;SC=TGATGGATTCTAGATAAGAGA;SOR=1.123;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=89388031;WS=89388013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	89858851	rs6926895	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=2;PP=468;SC=TTGCGTAAGCGTCATAGAACA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=89858859;WS=89858841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	89864679	rs4053639	A	G	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=24;PP=742;SC=GTGGGCTAGCACTGTTAGATT;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=89864687;WS=89864669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	89867980	rs9344910	T	C	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=115;SC=CAATCACTGGTTTGAAAATTA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=89867988;WS=89867970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	89868190	rs3831213	G	GT	685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=399;ReadPosRankSum=0.257;SC=GTAATTAAGTGTTTTTTTATA;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=16;WE=89868198;WS=89868180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr6	89868287	rs2297308	G	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=129;SC=TACTACTGACGTTTTTAATAT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=89868295;WS=89868277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	89871759	rs2297309	G	A	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=45;PP=2036;SC=TGAGATACGGGTAGCTAACCT;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=96;WE=89871767;WS=89871749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	89888443	rs3734201	T	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	89895202	rs406462	G	A	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.26;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	89895207	rs364936	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	89907873	rs422751	G	A	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=43;PP=1288;SC=CCAGCCGGCCGTCAAACGTCA;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=65;WE=89907881;WS=89907863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr6	89913108	rs4590241	C	G	4492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=1.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	89913112	rs4457139	G	A	4645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	89913209	rs4590242	C	T	10991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.97;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr6	89913218	rs4445034	T	A	11181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr6	89913286	rs4386788	T	C	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=77;PP=2388;SC=CCCTCCAGATTTGCTTCAAAT;SOR=1.071;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=125;TCF=46;TCR=79;TR=123;WE=89913294;WS=89913276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr6	89914477	rs1556432	G	A	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=32;PP=994;SC=AATATTATTAGATAACTTTTT;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=89914485;WS=89914467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr6	89974063	rs723041	T	C	5611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=46;PP=2163;ReadPosRankSum=-0.127;SC=CTCTGCCCCCTGGCCCAGAAG;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=116;WE=89974071;WS=89974052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,221:0.99:223
chr6	89975569	rs6454746	T	A	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=42;PP=1267;SC=TTTCACTGACTTGGCTCTCCT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=89975577;WS=89975559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	89977322	rs58233945	C	CT	2471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=13;PP=1246;SC=ACATATTTTCCTGGGGTTAAG;SOR=1.211;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=89977330;WS=89977312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	89977906	rs4707535	T	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=320;SC=CACAACTGAGTAGCTGCCTCC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=89977914;WS=89977896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	90039670	rs10502	G	C	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=45;PP=1533;SC=GAATTCTGGAGTCCGTACTAG;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=78;WE=90039678;WS=90039660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	90048376	.	GTT	G	606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.93;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr6	90323624	rs1179906	T	C	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=49;PP=1905;SC=GTGCATGTATTCTCTTCATGG;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=89;WE=90323632;WS=90323614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	90323663	rs72913908	G	A	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=44;PP=1369;SC=CAAGGCTACCGGACAGGTCTG;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=70;WE=90323671;WS=90323653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	90333058	rs10944455	T	A	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	90333599	rs17292811	A	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=20;PP=900;SC=AGGTGTCAGCATTTTCTGACC;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=90333607;WS=90333589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	90334101	rs4487551	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=410;SC=ACACCCAAAATTTGGCCTATA;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=90334109;WS=90334091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	90338816	rs200010448	G	GT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.903;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
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chr6	90360406	rs56396054	C	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=4;PP=449;SC=ATGAAGCTGCCGTCTTCTCAG;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=90360414;WS=90360396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	90360757	rs9359858	A	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=18;PP=482;SC=CTTCCAGCTGAGGGTGGTGGC;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=90360765;WS=90360747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	90361811	rs761729	G	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=3;PP=226;SC=GGTCCTTTTTGTTAAGGTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=90361819;WS=90361801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	90366329	rs202054662	CT	C	541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;QD=16.93;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	90368380	rs34732313	G	A	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=35;PP=2021;SC=CTTCTTCATCGGCTTCCTTGT;SOR=1.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=104;WE=90368388;WS=90368370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	90371704	rs9294443	G	A	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=10;PP=889;SC=GAGAGCAGTCGACGAACAGGG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=90371712;WS=90371694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	90372574	rs36040566	A	C	11921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=107;PP=2965;SC=CTTCCTCCTCATCATCATCAC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=232;TCF=125;TCR=107;TR=232;WE=90372582;WS=90372564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr6	90381849	rs7764076	A	G	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=171;SC=CGTGGAGGGAAGTAAAGCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=90381857;WS=90381839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	90385754	rs9451261	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=435;SC=CTGAGAATACAGCCCTGGGAT;SOR=2.670;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=90385762;WS=90385744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	90387233	rs6454769	C	T	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=16;PP=1019;SC=ACAAGGAGTTCTAAATTACTT;SOR=1.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=90387241;WS=90387223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	90390233	rs72913976	T	C	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=628;SC=AGGACACAGTTGCCACATTCT;SOR=2.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=90390241;WS=90390223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	90393483	rs41273329	G	A	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=467;SC=TAACTATGTCGTTTTGCTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=90393491;WS=90393473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	90397132	rs34766278	G	C	6677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=81;PP=2588;SC=CAAAGACAAAGCTCGACTTGC;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=140;WE=90397140;WS=90397122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr6	90402840	rs9351212	C	G	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=38;PP=1348;SC=TTAAATTATCCAGCCGATCCA;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=71;WE=90402848;WS=90402830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	90405306	rs9294446	T	A	5814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=60;PP=2656;SC=CCATGCTCCATACTCTTGCCT;SOR=0.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=85;TCR=61;TR=145;WE=90405314;WS=90405296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr6	90408589	rs3736984	A	G	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=19;PP=1083;SC=CAAACCTTCAATGTGGAGTCC;SOR=1.240;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=56;WE=90408597;WS=90408579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	90415764	rs7743484	A	G	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=24;PP=1443;SC=ATAAAACAAGATGCAGTTCCT;SOR=1.161;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=71;WE=90415772;WS=90415754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	90418262	rs2026634	C	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=25;PP=1012;SC=CAGGCTGGTCCGTTTGTGGGT;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=90418270;WS=90418252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	90422627	rs2013736	G	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.65;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	90426270	rs9342205	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=328;SC=TTAAGAAAAACAGTAGCTTCA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=90426278;WS=90426260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	90428968	rs6454774	G	A	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=31;PP=870;SC=ATAATGCAATGAAAACACAAA;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=90428976;WS=90428958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	90432584	rs2016744	A	T	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	90432662	rs756363	C	T	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=27;PP=1658;SC=AAATACCAAGCGTGAAACTCA;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=84;WE=90432670;WS=90432652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	90437699	rs7767196	G	A	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.412;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=65;PP=2139;ReadPosRankSum=1.657;SC=GAAATGGAAAGAAGCCATTAT;SOR=0.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=108;WE=90437707;WS=90437689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,214:1.00:215
chr6	90447924	rs72915946	C	T	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	90448092	rs4140446	C	T	7109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=79;PP=2866;SC=AAGATTATGACTGATGATCTG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=153;WE=90448100;WS=90448082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr6	90453256	rs3215598	G	GT	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=883;SC=GCTAACTGCAGTTTTTTAAAA;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=90453271;WS=90453246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	90453263	rs2273246	A	G	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=7;PP=784;SC=GCAGTTTTTTAAAATAACAGG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=90453271;WS=90453246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	90453492	rs11358713	AC	A	6609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=75;PP=2522;SC=ATCCATAAACACCCCCCCTCA;SOR=0.819;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=15;TCR=79;TR=90;WE=90453500;WS=90453482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr6	90455084	rs9359861	A	G	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=62;PP=1974;SC=TCCACACGATATGGCCAAAGT;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=106;WE=90455092;WS=90455074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	90457322	rs138390895	A	AT	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=630;SC=AATAAGATTAATTTTTTGGCC;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=20;WE=90457330;WS=90457312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	90482250	rs11961825	T	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=11;PP=454;SC=AAGTAGTCAGTGTGAAATATC;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=90482258;WS=90482240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	90489773	rs72919916	G	A	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=1;PP=161;SC=GGACAAGAGCGAGAGACTTCG;SOR=2.584;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=90489795;WS=90489769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	90497814	rs4707570	G	A	62.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=21;SC=ACTGGGGTCAGTATGCAGGTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=90497822;WS=90497804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	90499502	rs1036853	G	A	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=12;PP=655;SC=GACATACCACGTCTAAGGGGG;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=90499510;WS=90499492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	90513303	rs71027903	C	CT	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr6	90529343	rs28372875	C	T	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	90565242	rs369328	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=5;PP=193;SC=TGATGAAAAAATTTAAAGAAA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=90565250;WS=90565232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	90577706	.	TGACATCTTTGCCCAG	TACATCTTTGCCCAG,T	7352.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.43;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=60;PP=2967;SC=GATGAATTATTGACATCTTTG;SOR=1.144;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=75;WE=90577735;WS=90577696;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:163
chr6	90577711	.	TCTTTGCCCAGACATGGA	T	7283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.24;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	90577725	.	TGGA	T	2948	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=14;NR=57;PP=2948;QD=20;SC=TGCCCAGACATGGAAAGGAAG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=71;WE=90577735;WS=90577696;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr6	90605664	rs76342031	C	T	7111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=96;PP=2965;SC=GGAACTATCACAAGAGCTGTT;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=83;TCR=96;TR=177;WE=90605672;WS=90605654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr6	90660319	rs9451298	T	C	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=31;PP=1739;SC=CTTTGATTGGTACCGGGCAGC;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=90660327;WS=90660309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	90661576	rs2236181	T	C	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=49;PP=1296;SC=AGCCCCTGGCTGTGACCTGCA;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=90661584;WS=90661566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	91246267	.	G	GA	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5081;HP=14;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=31;QD=12.3333333333;SC=TTATTGCTAAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=91246275;WS=91246257;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr6	93982124	rs345713	A	G	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	94067981	rs164544	C	T	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=30;PP=1179;SC=CACTTGTGCACGCAACGTATG;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=61;WE=94067989;WS=94067971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr6	96651740	rs3811069	A	G	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=28;PP=1255;SC=TACCATATCTACTTGTAAATT;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=59;WE=96651748;WS=96651730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	96974386	rs9320194	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=18;PP=463;SC=TGGAAGGGGGAAAAAAAAATG;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=96974394;WS=96974376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	96999220	rs2475024	G	C	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=144;SC=TTCCACTCAGGAACTTGTTAC;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=96999228;WS=96999210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	97051593	rs35157931	G	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=9;PP=382;SC=TGTTATGATCGTGTATTTTCT;SOR=0.880;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=97051601;WS=97051583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	97058574	rs2252816	G	A	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=51;PP=1743;SC=TCCATTCTGCGTGGACTGCTA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=102;WE=97058582;WS=97058564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	97339078	rs6684	A	G	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr6	97339275	rs34213186	C	CA	544	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.681;QD=14.70;ReadPosRankSum=2.389;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,32:0.86:37
chr6	97575196	rs2206094	C	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=4;PP=310;SC=GTAGCTAATTCTCCTTTAATT;SOR=1.096;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=97575204;WS=97575186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	97575423	rs1612775	G	C	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=387;SC=AATGCCAAGTGTACACACACA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=97575431;WS=97575413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	97578888	rs2387931	A	G	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=23;PP=628;SC=AACTTGTTTCATAGACATCTT;SOR=2.133;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=97578896;WS=97578878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	97613163	rs1209290	T	C	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=22;PP=1644;SC=ATGATATTGGTGGAATAGTGG;SOR=1.360;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=97613171;WS=97613153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr6	97626374	rs1737145	A	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=22;PP=788;SC=TAAATATTCAACTTGGGCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=97626382;WS=97626364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	97627519	rs12202912	C	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=179;SC=AACATTCTAACATCCCTGCAA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=97627527;WS=97627509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	97630016	rs199987050	G	GT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=2.196;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr6	97677118	rs9481410	G	A	6455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=74;PP=2907;SC=TCTCTGAGACGTTACAAAAGC;SOR=0.810;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=85;TCR=74;TR=159;WE=97677126;WS=97677108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr6	97679540	rs34952523	GA	G	1039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.60;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	97694582	rs113639235	A	ATAG	2167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=983;SC=AAGGGAGAAAATAGTGCATCA;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=97694590;WS=97694572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	97702313	rs67917473	AATTT	A	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=1;PP=370;SC=ATACATAAATAATTTATCTCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=97702324;WS=97702303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	99771540	rs221527	T	C	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=42;PP=1298;SC=AATAAGCTAATGTCCTGGAAT;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=99771548;WS=99771530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr6	99781218	rs11757364	G	A	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=9;PP=672;SC=CACCCCAGAGGGGACTCACCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=99781226;WS=99781208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	99796886	rs2388906	T	G	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.50;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	99796886	.	TTG	GTC	2569	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=59.74;NF=44;NR=6;PP=2569;QD=20;SC=TCTGGGCAGCTTGACCGAGGG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=50;WE=99796896;WS=99796876;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,50:0.91:55
chr6	99796888	rs75411978	G	C	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.21;SOR=3.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	99817419	rs11437017	T	TC	713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=644;SC=ATTGTACATTTTTGTATTTGA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=99817427;WS=99817409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	99817601	rs4144164	A	G	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=22;PP=737;SC=TTCACAGCATAAGCTGCATAG;SOR=1.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=99817609;WS=99817591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	99819379	rs6925344	T	C	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=24;PP=847;SC=GGTACAATACTTGCAATTTGC;SOR=0.718;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=50;WE=99819387;WS=99819369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	99819482	rs75377761	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=18;PP=481;SC=AATGAAATTATATAGAAGTAA;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=99819490;WS=99819472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	99825348	rs11548336	T	C	6432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=98;PP=2965;SC=GGAATTGTTTTCAGAAGATTG;SOR=1.142;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=54;TCR=99;TR=152;WE=99825356;WS=99825338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr6	99841907	rs9389317	T	G	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=20;PP=1474;SC=ACGCCAGCGCTCGCAATTGAC;SOR=1.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=79;WE=99841915;WS=99841897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	99842056	rs9376137	C	A	6656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.22;ReadPosRankSum=-1.245;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,262:0.99:264
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chr6	99883842	rs7745005	C	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=6;PP=116;SC=ACCTGAGAAGCCTGTTTTTTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=99883850;WS=99883832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	99893938	rs4504482	T	C	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=40;PP=1732;SC=AATCTTGATCTCCAGTTACAG;SOR=0.892;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=92;WE=99893946;WS=99893928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr6	99894360	rs66817403	CAAAGA	C	1407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=18;PP=865;SC=ACAGTGTTTTCAAAGAAAAGA;SOR=3.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=18;WE=99894372;WS=99894350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	99935975	rs2181687	G	A	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=31;PP=1143;SC=AAGCCCCCTGGCTACTATCTT;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=99935983;WS=99935965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	99951750	rs6934692	G	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr6	99993188	rs330806	C	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=128;SC=ACTACACAACCCTCAGAAAAC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=99993196;WS=99993178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	100006295	.	TA	T	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr6	100016240	rs330872	A	G	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=11;PP=1159;SC=CTTGATTCTGACCGCTGCGGT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=52;WE=100016248;WS=100016230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	100060761	rs330843	C	T	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=209;SC=TCGGGGTCCTCGATACAGTAG;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=100060769;WS=100060751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	100368759	rs4839764	G	A	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=4;PP=328;SC=TGCCCTTTCTGATAATACCAG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=100368767;WS=100368749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	100369284	rs13206575	T	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=472;SC=CATTGTGATATATTCTTTTTT;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=100369292;WS=100369274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	101037718	rs1006398	T	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=9;PP=486;SC=TTCAGACAGGTGCTTTTGAAA;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=101037726;WS=101037708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	101053726	rs7452753	C	T	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=13;PP=323;SC=GCTACTACTACGTTGAGTTCC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=101053734;WS=101053716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	101054999	rs395521	C	T	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=36;PP=987;SC=GATGTAGATGCATAACTTTAA;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=101055007;WS=101054989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	101090377	rs239245	C	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=0;PP=482;SC=AACTTTATTACGGTGTAGACA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=101090385;WS=101090367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	101094554	rs239239	A	G	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=35;PP=1451;SC=TCCTTGTGATAGGCTGAATGG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=101094562;WS=101094544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr6	101100528	rs239235	A	G	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=599;SC=TCATTATTTTACATTAATAAT;SOR=3.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=25;WE=101100536;WS=101100518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	101100783	rs9399641	T	C	3717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=59;PP=1729;SC=AAAAAATATATAAACAGTTGA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=98;WE=101100791;WS=101100773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr6	101163433	rs9403997	A	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=449;SC=AAACATAAAAAAAATCATGTG;SOR=1.151;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=101163441;WS=101163423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	101215223	rs11345864	TA	T	1922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.533;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.241;NF=3;NR=47;PP=880;ReadPosRankSum=1.363;SC=CTGTCCGATCTAAAAAAAAAA;SOR=1.112;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=56;TCF=4;TCR=52;TR=50;WE=101215232;WS=101215213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,95:0.97:98
chr6	101248173	rs41288435	T	C	5778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=55;PP=2444;SC=TGGCTTTTATTACCTTTGTAT;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=128;WE=101248181;WS=101248163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr6	101296389	rs9390698	G	A	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=36;PP=1625;SC=AGAGCAGTAAGATCATCTTGA;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=101296397;WS=101296379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr6	101312097	rs846791	C	T	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.37;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	101312104	rs705600	T	C	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.68;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	102337480	.	CT	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
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chr6	105300070	rs201776642	C	CTG	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5097;FS=1.854;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=550;ReadPosRankSum=0.675;SC=TATGTCCAAACTGTCTGTGTG;SOR=1.358;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=16;WE=105300082;WS=105300060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
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chr6	105307435	rs2499655	G	A	6310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=93;PP=2924;SC=CCCGCGACCCGGCTCACCCTC;SOR=0.982;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=64;TCR=93;TR=157;WE=105307443;WS=105307425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr6	105388405	rs7766336	T	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.52;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr6	105577172	rs9404603	A	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=405;SC=TATGCTAGATACTTACTCTTA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=105577180;WS=105577162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	105577224	rs9404604	A	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=11;PP=941;SC=CTTTAAAATCACTTCCTTATT;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=105577232;WS=105577214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	105577401	rs4946656	C	T	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=35;PP=962;SC=AAAGTTAACACGTTAGATAAT;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=105577409;WS=105577391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	105595261	rs1190274	G	A	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=39;PP=1061;SC=TAAAGGTACTGTTTTATTTAG;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=105595269;WS=105595251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	105602108	rs1190280	T	G	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=6;PP=402;SC=TATTTATGGCTTTTGTCAAAC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=105602116;WS=105602098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	105614712	rs1190292	T	G	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=23;PP=603;SC=GGGTTACATATTCAAGCATTT;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=105614720;WS=105614702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	105614743	rs67687316	TTG	T	190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=144;SC=ACATAGATGGTTGTGTGTGTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=105614752;WS=105614733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	106899793	rs7763469	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=266;SC=CTAAGAAACACATACTTAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=106899801;WS=106899783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	106959961	rs4946759	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=22;PP=1147;SC=GTGCCGAAGAAGGCTCCCTGG;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=106959969;WS=106959951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	106959999	rs1340623	C	G	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=31;PP=1513;SC=AGCCAGCCCCCCAAGGGCGCG;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=106960007;WS=106959989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	106967778	rs3747787	T	C	6972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=86;PP=2790;SC=CAGTTTCCCATGCACTGATCT;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=85;TCR=87;TR=171;WE=106967786;WS=106967768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr6	106987161	rs783397	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=7;PP=427;SC=ACCATTCATTATGTAGGTCCG;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=106987169;WS=106987151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	106987370	rs783396	A	C	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=45;PP=1940;SC=GATACAGAAGAAGCGTACATT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=99;WE=106987378;WS=106987360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	106989212	rs783392	G	A	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=33;PP=1165;SC=AAAAAAACTTGCTAGGTCAAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=106989220;WS=106989202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	106992464	rs1799693	A	G	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=19;PP=753;SC=CATATGAGAAACCTGGATTTA;SOR=0.831;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=42;WE=106992472;WS=106992454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	106992592	rs2247335	A	T	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=23;PP=845;SC=GGACAAGCTAATGGCTAATAC;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=106992600;WS=106992582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	106992844	rs2066201	C	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=7;PP=195;SC=TTTAAACATGCGTTTTACCTT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=106992852;WS=106992834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	106999658	rs1676010	A	T	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=462;SC=TGATACATAGATATCCAAATA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=106999666;WS=106999648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	107001456	rs1770731	A	T	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=35;PP=1204;SC=AGTGAAACAAAGGCCTGGCAG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=107001464;WS=107001446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	107001581	rs1770732	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=453;SC=TGCTTCGTGATATCTGAGTAC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=107001589;WS=107001571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	107003810	rs2066202	T	C	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=34;PP=857;SC=CAGAAATGTATGCCTCATATA;SOR=1.366;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=107003818;WS=107003800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	107006347	rs4946763	T	C	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=9;PP=1174;SC=AACATTGTTTTTGTTCCTCAA;SOR=2.448;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=51;WE=107006355;WS=107006337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	107050867	rs6568446	A	T	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=17;PP=466;SC=GTTTTCAACAAATAACTGGTT;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=107050875;WS=107050857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	107069232	rs1870868	G	A	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=17;PP=1082;SC=AAAAACACCAGTTATTTCAGA;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=107069240;WS=107069222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	107351195	.	G	GT	297.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.539;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=261;ReadPosRankSum=0.853;SC=TTTACAGGGTGTTTTTTTTTT;SOR=1.981;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=15;WE=107351203;WS=107351185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr6	107351457	rs1665924	G	T	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=12;PP=313;SC=AGACTTTGCTGTTCTCTGAGT;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=107351465;WS=107351447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	107361476	rs311207	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=448;SC=GCTCGTAGTCATGTTATTTTA;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=107361484;WS=107361466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	107365376	rs7767291	C	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	107365411	rs311249	G	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=7;PP=347;SC=GTCTGGGCTTGAGTGTACCCA;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=107365419;WS=107365401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	107372242	rs3833659	GTTTTC	G	2143.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=11;PP=1313;SC=CCAAGCCTCTGTTTTCTTTTA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=26;WE=107372254;WS=107372232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	107391396	rs3814073	G	A	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=35;PP=1263;SC=TGAAGAAGTCGTTCAGCTGGG;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=65;WE=107391404;WS=107391386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	107420516	rs4946811	A	C	5100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=56;PP=2517;SC=TAAAAAGACAAAGACAATGTG;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=79;TCR=56;TR=135;WE=107420524;WS=107420506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr6	107566946	.	A	G	25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=25;QD=29.8856062736;SC=AAAAAATGGGACTATGCACCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=107566954;WS=107566936;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	107956095	rs9486659	A	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=13;PP=334;SC=GCGCGAGCCGAGCGCCGCGGA;SOR=0.902;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=107956103;WS=107956085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	108026317	rs1546962	G	T	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	108026402	rs1546961	A	C	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.048;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.18;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr6	108026455	rs1546960	A	G	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=47;PP=1447;SC=GTTTCAGTGCAGGTCCCAGCT;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=108026463;WS=108026445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	108029020	rs3734752	T	C	9194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr6	108029109	rs3734754	T	C	10980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=102;NR=106;PP=2965;SC=CCAGAGCCTGTGGGTCGGCGT;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=103;TCR=106;TR=208;WE=108029117;WS=108029099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr6	108042213	rs846977	G	A	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=40;PP=1420;SC=CAATAAGGCAGTACAGAGAAG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=108042221;WS=108042203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	108042334	rs846978	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=592;SC=GAAATGAACCTCACAACATAA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=108042342;WS=108042324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	108066144	rs6922304	A	G	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=18;PP=993;SC=GAAGCAGGACAAGGCCTACCT;SOR=1.204;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=108066152;WS=108066134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	108068003	rs6934505	C	T	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=41;PP=1316;SC=CGCCGATGGCCGCTCGGGCCC;SOR=0.969;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=108068011;WS=108067993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	108071204	rs150723162	C	CAG	178.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=165;SC=GGGTCACACTCAGATCACCTC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=108071212;WS=108071194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	108076672	rs7750796	C	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=195;SC=AGGGAGTCACCCATGATTTTG;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=108076680;WS=108076662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	108093328	rs9480798	G	A	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=295;SC=CCAAGTACCCGTGCCCCAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=108093336;WS=108093318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	108093657	rs17528372	A	G	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=100;SC=CAAGGCAAACATGATCCTGTC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=108093665;WS=108093647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	108193148	rs642954	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=188;SC=ACAGCAATTACAAAGAAATAG;SOR=1.244;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=108193156;WS=108193138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	108194241	rs579120	T	C	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=821;SC=AAAGTCCTAATAAATGTTACT;SOR=2.133;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=35;WE=108194249;WS=108194231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	108197998	rs570558	A	G	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=161;SC=CAAAATAGGTATTCAAATGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=108198006;WS=108197988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	108224422	rs2272886	A	C	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=27;PP=2374;SC=TAAAAGAAAAATTATTTGCCT;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=84;TCR=28;TR=111;WE=108224430;WS=108224412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr6	108224599	.	CA	C	614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=6.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.326;QD=2.26;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,81:0.30:272
chr6	108224643	rs78009588	G	A	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=96;PP=2758;SC=TGTGGCTCATGACTGTAATCC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=34;TCR=96;TR=129;WE=108224651;WS=108224633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	108227523	rs6906940	T	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=705;ReadPosRankSum=-0.715;SC=CCTCTTTTGTTTATATATTAC;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=108227531;WS=108227513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr6	108230346	rs617920	A	T	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=13;PP=304;SC=CTGAGGTGAGAGGACTGCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=108230354;WS=108230336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr6	108243115	rs142388422	T	TGGG	1607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,83:0.82:101
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chr6	110106234	rs10499054	A	G	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr6	110644112	rs112341783	A	AG	1955.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=25;PP=1195;SC=TGTGTAAGGAAGAGGAACTGG;SOR=1.101;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=110644120;WS=110644102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	110679062	rs4945854	T	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr6	110778323	rs717567	G	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=11;PP=281;SC=ACATATACACGAATGGATAAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=110778331;WS=110778313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr6	110797563	rs2494551	A	C	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=10;PP=933;SC=AAGCCCAGCTAGGGGCCGGCG;SOR=2.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=110797571;WS=110797553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	110797605	rs2494552	G	A	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.67;SOR=2.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	110797612	rs6920997	A	G	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.94;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	110797703	rs150666553	CCGCGGG	C	13079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr6	110797713	.	C	CCACCCCT	13347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=71;PP=2275;SC=CCGCGGGGCCCCTCCCCCATA;SOR=1.340;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=21;TCR=71;TR=91;WE=110797721;WS=110797693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr6	110797821	rs11153236	A	G	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=54;PP=1646;SC=AGCTCCGGGGACTGCGGGTAG;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=77;WE=110797829;WS=110797811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	110797905	rs6922017	G	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=26;PP=577;SC=ACCAGCGCGAGGCTGTATTCT;SOR=5.058;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=110797913;WS=110797895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	111213927	rs34637914	T	TC	420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=3;PP=283;SC=TCGGTCTTTTTCCCCCCCCAG;SOR=2.584;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=12;WE=111213935;WS=111213917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	111499394	rs12213248	G	C	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=196;SC=TCAACCGAAGGGTGTAGGTAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=111499402;WS=111499384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	111527988	rs402940	G	A	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.96;NF=24;NR=49;PP=1478;SC=CTCATCACCCGATGTCTCATT;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=111527996;WS=111527978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	111528041	rs12191266	T	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=30;PP=932;SC=TCTTTCCTTTTTCTTTTTGAG;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=111528049;WS=111528031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	111543513	rs118149501	G	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=153;SC=TATACAAATTGCAAATTTCAT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=111543521;WS=111543503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	111587266	rs11153279	T	C	7019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=73;PP=2215;SC=AATCATCTGATGCTGACTCAG;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=142;WE=111587274;WS=111587256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr6	111628597	rs3204954	C	G	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=19;PP=1032;SC=GTTCCAACTCCCGGATTTCTT;SOR=1.166;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=55;WE=111628605;WS=111628587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	111628626	rs3204953	C	T	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=32;PP=1431;SC=ATGACTGCAACATGCTGAGGT;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=78;WE=111628634;WS=111628616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	111628999	rs113742829	AT	A	1290.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=18;PP=985;SC=TATCAGATACATTTTTTTTTT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=18;WE=111629009;WS=111628989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	111629001	.	T	C	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.45;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=18;PP=647;SC=TCAGATACATTTTTTTTTTAT;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=25;WE=111629009;WS=111628989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	111654680	rs5879102	CT	C	160.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr6	111665023	rs240990	G	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=445;SC=GTAAGCCACCGCAACTGGCCT;SOR=1.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=111665031;WS=111665013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	111685193	rs3218588	A	C	2495.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.224;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=1090;ReadPosRankSum=0.909;SC=TATAAAAAAAAACACACACAC;SOR=0.722;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=60;WE=111685201;WS=111685175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,115:0.91:126
chr6	111688927	rs3218587	G	A	7572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GTTTTAGGCAGTTTCTTGGAA;SOR=0.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=90;TCR=93;TR=181;WE=111688935;WS=111688917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr6	111695073	rs455645	C	T	5802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=71;PP=2680;SC=CTTCTGATAACGACCTCGGTT;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=137;WE=111695081;WS=111695063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr6	111695887	rs462779	G	A	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=38;PP=1224;SC=CTTAAGTGTTGTATGCTTTCT;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=111695895;WS=111695877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	111696129	rs3218591	T	A	5817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=61;PP=2350;SC=CCTCTTTTTCTGCAGCAGCCA;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=117;WE=111696137;WS=111696119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr6	111696257	rs461646	G	A	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=48;PP=1538;SC=CTATAATTCAGGTCACAATCT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=73;WE=111696265;WS=111696247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	111711232	rs11376056	C	CG	631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=415;SC=CCACCACACCCGCCGGTCATT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=111711240;WS=111711222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	111793561	rs7772141	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=55;SC=GTTATACTTCTTTGTAATCGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=111793569;WS=111793551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	111915564	rs174388	C	G	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=112;SC=AGGACTAATTCCTGTCCTCTC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=111915572;WS=111915554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	111918865	rs174393	G	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	111918869	rs11153302	A	G	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.71;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	111919108	rs6941014	T	C	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=37;PP=940;SC=CAGAGGGCGGTGCCTGGATTG;SOR=1.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=111919116;WS=111919098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	112375644	rs2280153	G	A	2714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	112382313	rs1230345	G	T	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=36;PP=1425;SC=AATGCCCTCAGCAGAAGCCCC;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=82;WE=112382321;WS=112382303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	112407590	rs9766630	G	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=9;PP=725;SC=TCTTCTTCGGGAAAATGATAT;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=112407598;WS=112407580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	112408610	rs6568714	T	C	5026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=52;PP=1979;SC=CGGCGTAGCTTACCCTGTACG;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=109;WE=112408618;WS=112408600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr6	112420685	rs17073343	T	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=566;SC=CTGATATTCATTATTAGCAAG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=112420693;WS=112420675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	112420703	rs12154150	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=17;PP=479;SC=AAGAAAAAACTCTCAGCAATT;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=112420711;WS=112420693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	112430886	rs3734291	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=383;SC=ATATCATCAATATGATTTACA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=112430894;WS=112430876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	112435264	rs3734290	T	G	6508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.20;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	112435273	rs3734289	A	C	7208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.50;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr6	112435444	rs111835795	G	GAAT	1870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=24;PP=1192;SC=CTGGAGTGATGAATTTTTAAC;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=24;WE=112435452;WS=112435434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	112435682	rs6916947	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=0;PP=201;SC=ATTTTGCAGCGTTCATATTTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=112435690;WS=112435672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	112435796	rs6917142	G	C	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=25;PP=1124;SC=ATAAGTGATAGCCTAAGTTCT;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=64;WE=112435815;WS=112435786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	112435807	rs11969913	G	T	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=26;PP=1275;SC=CCTAAGTTCTGCCAGATCATA;SOR=1.132;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=71;WE=112435815;WS=112435786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	112435912	rs1050353	A	T	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=54;PP=1659;SC=GCTTGGGTGTAACTGAGGTGG;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=101;WE=112435920;WS=112435902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	112443134	rs4945897	G	A	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	112450351	rs2157550	G	C	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=118;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=19;PP=506;SC=TTATGGAAGTGAAAGAGCTTT;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=112450359;WS=112450341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	112450374	rs66482680	GTGTGTGTGTGTGTGCA	G	698.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5743;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.219;NF=1;NR=8;PP=623;ReadPosRankSum=-1.201;SC=CAATTAAAATGTGTGTGTGTG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=9;WE=112450397;WS=112450361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr6	112457383	rs1050349	G	C	11177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.53;ReadPosRankSum=1.868;SOR=0.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr6	112457390	rs2032567	C	T	11360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr6	112457471	rs2032568	G	A	4806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=69;PP=2091;SC=GGAGAGAAAGGAATTGTAAGA;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=111;WE=112457479;WS=112457461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	112460541	rs2072019	G	A	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=31;PP=790;SC=TTTCTGTTATGCTTTTCAAGT;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=112460549;WS=112460531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	112462470	rs149046391	ATG	A	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.750;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,14:0.15:92
chr6	112471621	rs3832396	GACAA	G	4868.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=40;PP=2672;SC=TAAAATCATTGACAAACAAAG;SOR=0.912;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=53;WE=112471632;WS=112471611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	112471688	rs3734286	G	C	6270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr6	112476210	rs2277084	T	C	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=948;SC=CTATTCATAGTTGAAGGATTT;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=112476218;WS=112476200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	112493872	rs1050348	A	G	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=11;PP=551;SC=TCCCTGACATAGTTAAGGGCC;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=28;WE=112493880;WS=112493862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	112506375	rs9374309	G	A	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=26;PP=1302;SC=TGACCAGCCAGCCTCACATCA;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=112506383;WS=112506365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr6	112506583	rs6908219	G	T	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=28;PP=813;SC=ATAGTCAATGGGCACACCAGG;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=112506591;WS=112506573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr6	112508035	rs9400521	C	T	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	112508769	rs9387061	TG	GT	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=33;PP=1966;SC=CTAACCGCAGTGCATCAGTCA;SOR=0.961;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=56;WE=112508778;WS=112508759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	114178831	rs113531174	C	CGCT	1306.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.17;MQRankSum=0.645;QD=37.33;ReadPosRankSum=0.676;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr6	114181209	.	G	GA	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,34:0.17:200
chr6	114181914	rs45449896	GTT	G	608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.516;NF=0;NR=20;PP=344;ReadPosRankSum=-1.679;SC=AAATTTTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=20;WE=114181923;WS=114181904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr6	114265587	rs13204445	T	C	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=60;PP=1541;SC=AAATTACACATGCAAAGTTTA;SOR=1.151;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=94;WE=114265595;WS=114265577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr6	114279783	rs2243356	A	T	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=459;SC=CATTTATCAAAGCAAAACTAC;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=114279791;WS=114279773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	114292109	.	CCTG	C	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=4.399;QD=2.27;ReadPosRankSum=-2.334;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,21:0.14:154
chr6	116263524	rs12208531	G	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	116325142	rs3756772	C	T	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=36;PP=1022;SC=TCTGATCTTCCGATTGCTCCA;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=116325150;WS=116325132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	116427506	rs56295720	CT	C	143.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr6	116429623	rs517352	T	A	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=11;PP=451;SC=TTGTGAAGTCTAAACTTTACC;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=116429631;WS=116429613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	116441229	rs111661664	T	TGGG	1428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=573;SC=ATTAGCTCTGTGTGTACTCAC;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=116441237;WS=116441219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	116574455	rs2232472	G	A	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=32;PP=1874;SC=TGCGCTGCATGTGGAGCCTTC;SOR=1.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=89;WE=116574463;WS=116574445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	116575083	rs2232470	C	A	8547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.946;SC=GCACTGGTCTCGGTCCGGATC;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=86;TCR=111;TR=194;WE=116575091;WS=116575073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,325:0.99:327
chr6	116575344	rs910391	T	G	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=31;PP=1623;SC=CTCTGCGCGGTTGACTACGCT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=81;WE=116575352;WS=116575334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	116579501	rs11153601	C	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=286;SC=TTATAACGTGCTTTATAACTC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=116579509;WS=116579491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	116599665	rs9400897	T	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=285;SC=GCAGGAGTATTCCCAAGGGCA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=116599673;WS=116599655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	116600465	rs78371471	T	TCAC	12971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=84;PP=2972;SC=AGGCCTTCCTTCACCACCTCA;SOR=0.896;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=25;TCR=98;TR=104;WE=116600473;WS=116600455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr6	116600774	rs3749895	C	G	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=50;PP=2200;SC=CGGCCCGCGGCATCCTGGGGT;SOR=0.821;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=112;WE=116600782;WS=116600764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr6	116600810	rs3828743	G	A	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=54;PP=2168;SC=GAAGGCGGTGGAGGCGGGAGC;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=115;WE=116600818;WS=116600800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr6	116720487	rs10485183	C	T	10127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=100;PP=2965;SC=GCCTACATCACCGACGAGAAC;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=117;TCR=100;TR=216;WE=116720495;WS=116720477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr6	116757557	rs560644	T	C	6236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=64;PP=2674;SC=ATCCCTACAATGGGACAAACT;SOR=0.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=96;TCR=64;TR=160;WE=116757565;WS=116757547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr6	116782488	rs2858833	T	C	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=17;PP=726;SC=GGTAGGGAGATGGAAAGGGTG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=46;WE=116782496;WS=116782478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	116783390	rs10784	A	G	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=18;PP=670;SC=CCTGGTGTGCACGCAAATCAG;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=116783398;WS=116783380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	116938232	rs13213314	C	G	7707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=89;PP=2965;SC=GAAGGAAACACCTTTCAACAG;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=79;TCR=90;TR=168;WE=116938240;WS=116938222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr6	116950833	rs784133	T	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	117037616	rs2243367	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=25;SC=TTGCACATATACAGTATTCAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=117037624;WS=117037606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	117045674	rs1150108	A	G	100.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=85;SC=CTGTGTCTTGAAGGATGGTGA;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=117045682;WS=117045664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	117073874	.	A	AAT	340.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.72;ReadPosRankSum=-0.600;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr6	117073918	rs141678188	T	TATATAC	293.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.72;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	117086265	rs641338	C	A	4614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.874;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.22;ReadPosRankSum=0.695;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr6	117113653	rs615199	T	C	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=21;PP=731;SC=TCTCCACAGCTGGTACATATT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=117113661;WS=117113643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	117114025	rs6901250	G	A	5989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr6	117114223	rs6924002	T	A	8024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=100;PP=2965;SC=TCACAACAGGTGTGTTCAGGT;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=72;TCR=101;TR=170;WE=117114231;WS=117114213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr6	117114403	rs6901971	G	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=21;PP=615;SC=ATAAAAGGCAGTGAGGCATAT;SOR=2.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=27;WE=117114411;WS=117114393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	117121894	rs6917467	G	A	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=39;PP=1129;SC=TTAAATCCCCGTGAGCATCAA;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=117121902;WS=117121884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	117130704	rs2274911	G	A	4482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=57;PP=1699;SC=TTGACTCCAGGTAAGAGTGTT;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=96;WE=117130712;WS=117130694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	117237584	rs2184343	T	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=538;SC=TATGGCTGGATATACACTGTC;SOR=2.833;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=117237592;WS=117237574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	117243181	.	CT	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=2.019;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr6	117246576	rs67292089	G	GA	2339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=28;PP=1301;SC=AGGAATGTGAGAAAAAATCTC;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=40;WE=117246584;WS=117246566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	117587054	rs433425	T	C	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=38;PP=1183;SC=GCGCCCCCCGTTTGCGGCGGC;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=68;WE=117587062;WS=117587044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	117587074	rs439418	A	G	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=37;PP=1194;SC=CATGGCCTGTACGCCAAGGTC;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=117587082;WS=117587064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	117631431	rs552183	T	G	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=16;PP=538;SC=AGGCAATTTCTAGCTGCCAGA;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=117631439;WS=117631421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	117639266	rs498251	A	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=17;PP=1252;SC=TGATCCGTTAAGTCATGTCAT;SOR=1.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=117639274;WS=117639256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	117639419	rs497186	T	C	5555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=71;PP=2301;SC=TCAAAGTCTATACAACATAAA;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=123;WE=117639427;WS=117639409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr6	117641246	rs2243386	C	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=443;SC=ATAGGGTGTACAAGTTTGTGT;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=117641254;WS=117641236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	117641330	rs75236299	C	T	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=49;SC=TTATGTGACACGGTGATGTGG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=117641338;WS=117641320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	117649988	rs581235	T	C	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=41;PP=1571;SC=TGGGAACACATTGCAAACTGT;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=117649996;WS=117649978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr6	117650131	rs574664	A	T	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=556;SC=ACCTTGCTAAAGCAAATTATC;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=117650139;WS=117650121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	117658193	rs17079053	G	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=25;SC=TATATTTTCTGAATTTCTTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=117658201;WS=117658187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	117662944	rs17632578	C	T	262.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=233;SC=CTTCTATAATCGTAGGTTAAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=117662952;WS=117662934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	117663499	rs2243385	A	G	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=18;PP=775;SC=AATAAACATCAACATACACAG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=43;WE=117663507;WS=117663489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	117678083	rs2243384	A	G	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=54;PP=1630;SC=AAGCGACTATAGAGGAAAAAA;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=85;WE=117678091;WS=117678073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	117681436	rs150963992	G	GAC,GACAC	1470.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=10,10;NR=3,3;PP=504,52;SC=ACACCAATGGGACACACACAC;SOR=1.863;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=13,13;WE=117681444;WS=117681426;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.32,0.68:38
chr6	117725383	.	C	CA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.953;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr6	117864144	rs210619	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=479;SC=TTGCTTTCCAATATCAGTAAA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=117864152;WS=117864134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	117865928	rs9320608	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=10;PP=263;SC=TTAATGGCCACTTTACTTTTG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=117865936;WS=117865918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	117868564	rs35633153	G	A	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=12;PP=883;SC=TTGGAATAGCGCCTGGCAAAG;SOR=1.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=117868572;WS=117868554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	117869491	rs210621	G	A	15543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=171;PP=2965;SC=CCGAAAGCGGGCACCCTGACT;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=337;TCF=165;TCR=172;TR=336;WE=117869499;WS=117869481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,588:1.00:588
chr6	117996818	rs9767451	T	C	99.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.80;QD=19.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	118475798	rs205966	G	A	1773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=24;PP=727;SC=GCTCACAAAAGCACCAGGAAT;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=118475806;WS=118475788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	118556628	rs9489326	T	C	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=7;PP=585;SC=CAATTTATTCTATTTCAGGAA;SOR=1.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=30;WE=118556636;WS=118556618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	118786486	rs3798420	T	C	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=30;PP=1610;SC=GCAAGTCATGTCACTTGCAAC;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=83;WE=118786494;WS=118786476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	118801232	rs67283653	TCA	T	419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=307;SC=ATGATTTGGGTCACACACGTA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=118801241;WS=118801222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	118832320	rs9489424	T	C	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=196;SC=AGTTGGACACTCTTTGCCACA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=118832328;WS=118832313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	118886615	rs763254	T	C	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=25;PP=1597;SC=GAACACTTGTTATATGCTTAC;SOR=1.306;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=79;WE=118886623;WS=118886605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	118886961	rs3734382	G	T	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=39;PP=1910;SC=ATGTCTACAGGCTGTCTCCTA;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=93;WE=118886969;WS=118886951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	118887303	rs3734381	T	C	4620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=72;PP=2299;SC=TCCCCCCTACTGTGGTTTCCC;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=135;WE=118887311;WS=118887293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr6	118973953	rs9489486	A	G	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	118974042	rs9489487	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	119149149	rs284921	C	G	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	119177480	rs36160966	T	G	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=609;SC=CATTTTCCCCTAAGCATATAT;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=119177488;WS=119177470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	119344020	rs9481880	C	T	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=9;PP=566;SC=CCCGTCTGGGCGACAGAGCAA;SOR=1.455;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=119344028;WS=119344010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	119346010	rs1775613	T	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=355;SC=GGGAGAAGGATTGTGAATCCA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=119346018;WS=119346000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	119509870	rs2142888	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=425;SC=AGGACCCTCCGAGGATAACAA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=119509878;WS=119509860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	119510739	rs2072888	C	T	158.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=150;SC=ATAGGCAGAGCGGATAGTCTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=119510747;WS=119510735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	119510777	rs2072889	T	G	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=7;PP=414;SC=AAAACTGCATTAAATCAAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=119510785;WS=119510767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	119510941	rs2072890	C	A	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=29;PP=1046;SC=ACATGCCCCCCGCGAAGCAGG;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=119510949;WS=119510931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	119522252	rs3822996	G	T	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=2;PP=462;SC=ACAATCCAGTGTCCTAATAAC;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=119522260;WS=119522242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	119522306	rs9387641	T	C	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=13;PP=900;SC=AGCCATGCCCTTTTCTCCTTT;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=45;WE=119522314;WS=119522296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	119531907	rs2267676	T	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=260;SC=CAGACAAAAATGTCTACAAAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=119531915;WS=119531897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	121412114	rs118077502	G	A	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.02;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	121412191	.	T	TA	607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.87;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chr6	121436420	rs7772283	C	T	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.11;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	121436420	.	CAG	TAT	805	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=8;NR=14;PP=805;QD=39.0212670392;SC=TTATAAAGTGCAGAAAAGTTT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=121436430;WS=121436410;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	121436422	rs7772508	G	T	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.11;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	121451095	rs1273728	C	T	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=413;SC=AAGGGGACAACAGGATTAAAT;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=23;WE=121451103;WS=121451085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	121491472	rs1273749	G	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=567;SC=CATTAAACAAGCTATATCAAA;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=121491480;WS=121491462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	121526459	rs35328788	G	T	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.78;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	121526465	rs35549991	G	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	121615826	rs6941332	T	C	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	121620608	rs9387944	G	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=398;SC=CTTATATTTCGTTTCAAGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=21;WE=121620616;WS=121620598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	121620804	rs17083393	T	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=355;SC=ATGTGTGCATTGTATTAGGAG;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=121620812;WS=121620794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	121625832	rs10499105	T	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=11;PP=376;SC=CTGAAAAAAATTATTTCCTAT;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=121625840;WS=121625822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	121632008	rs9372653	T	A	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=18;PP=505;SC=AACACAATTGTCAGGACATTC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=121632016;WS=121631998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	121769144	rs67678923	T	TA	2661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=35;PP=1775;ReadPosRankSum=-0.416;SC=GAGATCTAGATACAGGCTTGA;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=38;WE=121769152;WS=121769134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,74:0.99:75
chr6	122772903	rs71732069	C	CA	55.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.524;QD=5.57;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr6	122775180	.	AAC	A	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=2.056;SC=CAACTGGGGAAACACACACAC;SOR=0.674;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=3;WE=122775189;WS=122775170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr6	122793046	rs117851388	G	T	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=46;PP=1129;SC=ATAAAACACGGAGCGCGCAGC;SOR=2.644;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=57;WE=122793054;WS=122793036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	123022496	rs4382328	A	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=8;PP=821;SC=CAGGCTAGACATGGTGATCAG;SOR=2.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=123022504;WS=123022486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	123038887	rs6920792	CT	GC	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=3;PP=751;SC=TGAACATTTACTTCTGAATAG;SOR=2.215;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=16;WE=123038896;WS=123038877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	123101348	rs2171068	G	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=278;SC=ACTTTAGAACGTGGATTCCAG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=123101356;WS=123101342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	123101647	rs2243372	A	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=17;PP=427;SC=GGATGGGGAGAGGGGAATAAA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=21;WE=123101655;WS=123101637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	123369910	rs6900862	T	C	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=46;PP=1472;SC=ATCCTTTCTCTTCCGCCATCC;SOR=1.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=62;WE=123369918;WS=123369900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	123539684	rs361508	C	T	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	123819847	rs9320940	T	C	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=33;PP=750;SC=TTTCTAGACATGAGATTGTTT;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=123819855;WS=123819837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	123833457	rs6902416	G	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=7;PP=331;SC=CCTTTCGCCAGTGTCTTTGTT;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=123833465;WS=123833447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	123851610	rs12198167	G	A	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr6	124979689	rs1479039	T	C	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=37;PP=1121;SC=CAGGTTAAACTAAACCATCCT;SOR=1.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=124979697;WS=124979679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	125230075	rs781735	A	C	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr6	125366289	rs34249175	CA	C	1605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=592;ReadPosRankSum=1.181;SC=ATACTGTATACAAAAAAAAAA;SOR=1.131;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=39;WE=125366297;WS=125366279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,85:0.94:90
chr6	125402711	rs492800	C	T	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=38;PP=1048;SC=AGAGAGAATACGAGTGTAAAT;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=125402719;WS=125402701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	125475139	rs2277111	G	A	7087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=63;PP=2965;SC=CGATCGCCCCGAGAGTCAGGT;SOR=1.071;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=98;TCR=63;TR=160;WE=125475147;WS=125475129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr6	125573194	rs3799734	A	G	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=59;PP=1933;SC=TAAGCGCCACAGGGCTGCGTG;SOR=0.792;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=110;WE=125573202;WS=125573184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	125573312	rs3799733	C	A	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=36;PP=1134;SC=AGACAGTTCCCGTGACCAGGA;SOR=1.286;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=125573320;WS=125573302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	125597247	rs113530993	GA	G	1826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.15;NF=12;NR=20;PP=1190;SC=CAATGAAATGGAAAAATAATG;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=32;WE=125597255;WS=125597237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr6	125597433	rs113374738	AAG	A	1551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=881;SC=CCATATTGACAAGAGAGTATA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=125597442;WS=125597423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	125598199	rs2243392	TG	CA	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=4;PP=825;SC=GTCACTACACTGAGTAAGCCA;SOR=2.124;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=20;WE=125598208;WS=125598189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	125614100	rs1417701	C	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=11;PP=484;SC=ACATTTATCACAGTTAACAAC;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=125614108;WS=125614090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	125614121	rs1417700	C	A	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=12;PP=420;SC=CACTCTGCAACAGACAAATAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=125614129;WS=125614111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	125620878	rs987168	T	C	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1514;ReadPosRankSum=1.437;SC=ATCTGCTGAGTAACAGAGGAC;SOR=0.241;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=83;WE=125620886;WS=125620868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr6	125621618	rs2243390	A	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=12;PP=646;SC=GGGTCTCAGTAGTAAAAACGG;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=125621626;WS=125621608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	125621645	rs2243389	C	T	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=13;PP=978;SC=ACCCATAGACCAGAATCTCTC;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=125621653;WS=125621635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	125621920	rs9491377	C	T	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=139;SC=AATTTCAGAACCTATTACAAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=125621928;WS=125621910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	125623185	rs73581683	A	T	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=36;PP=1011;SC=TTACTCTTCTATCTCTTTCTC;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=38;WE=125623193;WS=125623175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	125623247	rs73581685	C	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.59;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	125623268	.	C	CTCCTCT	817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.94;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	125623289	rs145065587	C	CTCCTCT	681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=42.61;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	126075709	.	A	AT	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr6	126242004	rs4563736	CG	GC	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=10;PP=417;SC=TTTTCAAGCACGGGTGTCCCT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=28;WE=126242013;WS=126241994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	126249755	.	CT	C	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr6	126669479	rs9401876	C	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	127640190	rs9285460	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=8;PP=333;SC=TTTAGATTACATAAAATTCCA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=127640198;WS=127640180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	127663703	rs13207650	C	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=339;SC=CTTGTCTGTTCCAAGAGAATG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=127663711;WS=127663693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	127768762	rs6902288	G	A	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=30;PP=1073;SC=GATTCTTCCTGTTTTTCTGTT;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=127768770;WS=127768752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	127768950	rs2236027	A	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=380;SC=TCAAAAGCAAACATAGCTAAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=127768958;WS=127768940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	127770923	rs3818135	A	C	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.63;SOR=2.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	127771452	rs3734447	T	G	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=24;PP=673;SC=ATCTTAGCACTTTCATTGATA;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=127771460;WS=127771442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	127794289	rs41285272	T	G	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=1;PP=80;SC=TTGTATCTTTTTAAAGAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=127794297;WS=127794279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	127796326	rs12194762	G	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=2;PP=234;SC=GCCCTGAGCGGGGGCTTCCCT;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=127796334;WS=127796316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	128030957	rs490008	G	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=9;PP=640;SC=TATATCATAGGTTTCTGTAAG;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=128030965;WS=128030947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	128040839	rs675531	T	C	5410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=56;PP=2487;SC=GTACCTGCTATTGCTGTGGCC;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=118;WE=128040847;WS=128040829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr6	128176383	rs270032	A	G	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=494;SC=AAACAGTGAAAAACAAAGTAG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=128176391;WS=128176373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	128297950	.	G	GA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.260;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr6	128297986	rs4321844	G	T	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=26;PP=1263;SC=CTAGTTAGGAGAGTATAAAGC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=128297994;WS=128297976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	128307118	rs4341027	T	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=370;SC=CTGACAATGATAACAATAAAA;SOR=1.697;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=128307126;WS=128307108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	128324241	rs717851	T	C	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=11;PP=806;SC=ATTTTCAAAATCAAGCTGCCT;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=128324249;WS=128324231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	128330249	rs9321104	T	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=10;PP=968;SC=GGTAAGTGAGTGGGACAGGAC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=128330257;WS=128330239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	128385998	rs4897241	A	G	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=33;PP=884;SC=TTCCTGTTTCATAAACTATAA;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=128386006;WS=128385988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	128388990	rs4897242	A	G	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=40;PP=1041;SC=ATATTTAGAGATTTAAGATAC;SOR=2.231;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=49;WE=128388998;WS=128388980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	128389074	rs4897243	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=292;SC=TAACCTGGTATACTCTTTTCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=128389082;WS=128389064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	128812869	rs76361302	CTT	C	5813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=36;PP=1805;SC=TTTTTTTTCTCTTGTTACCTT;SOR=1.323;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=71;WE=128812879;WS=128812859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	128813085	rs17460940	C	T	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=61;PP=1734;SC=AATTGATTCACTACTGTTCAC;SOR=2.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=79;WE=128813093;WS=128813075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	129204675	rs35108091	G	A	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=40;PP=1061;SC=CCATGAGAGCGTAGTGTAGGG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=129204683;WS=129204665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	129380843	rs143205326	C	CG	949.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=2;PP=795;SC=TTGTTTTAACCATTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=129380852;WS=129380833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	129380844	rs74936600	A	G	958.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=2;PP=531;SC=TGTTTTAACCATTTTTTTTTA;SOR=3.258;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=24;WE=129380852;WS=129380833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	129381026	rs4404787	C	A	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=35;PP=1060;SC=TGACAATTACCCTGGATTTAC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=60;WE=129381034;WS=129381016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	129486913	rs3778137	T	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=25;PP=752;SC=CAGTAAATGTTATTCATGTAA;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=129486921;WS=129486903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	129612624	rs1015846	C	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=2;PP=447;SC=CCTAACAGGGCACTTAACAAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=129612632;WS=129612614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	129622055	rs902373	A	G	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=35;PP=1008;SC=AATTTTTTGGAGAGATTTTTG;SOR=1.349;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=129622063;WS=129622045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	129762112	rs2297738	G	A	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=26.52;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr6	129763197	rs7738519	C	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=310;SC=CTTGGGTAATCTGTGCTTTTC;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=129763205;WS=129763187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	129799682	rs2784895	C	T	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=19;PP=1156;SC=AACCAGTAGACAATGGAAACC;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=129799690;WS=129799672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	129802302	rs2275214	G	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=1;PP=409;SC=AACCTATGATGTATTTCATAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=129802310;WS=129802295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	129807483	rs6569604	C	G	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=177;SC=TTTTCAAAACCGTTTGAGAAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=129807491;WS=129807473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	129807629	rs2229848	C	T	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	129807699	rs2229849	G	C	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=51;PP=1805;SC=GGAAAATTGTGATCAGACCAG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=95;WE=129807707;WS=129807689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr6	129807869	rs6938825	C	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=296;SC=GTGTGTGGACCTACTATGCAT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=129807877;WS=129807859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	129823645	rs7754167	A	G	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=0;PP=218;SC=CTGAGCACTCAATAATAAGTA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=129823653;WS=129823642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	129927014	rs3813366	A	G	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=40;PP=1654;SC=TAAATTAACCAAGCTGACCTT;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=91;WE=129927022;WS=129927004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	129929209	.	GAAAAAA	G	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=1.596;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr6	129932894	rs7753754	T	C	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=5;PP=115;SC=AATGCTATTTTACTACCACTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=129932902;WS=129932884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	129950392	rs371859952	CTA	C	253.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.709;NF=4;NR=4;PP=234;ReadPosRankSum=0.676;SC=CTCTCTCTCTCTATATATATA;SOR=0.283;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=129950401;WS=129950387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr6	129955117	rs9375645	A	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=27.24;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	129955151	rs113829468	G	GA	697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.78;MQRankSum=1.115;QD=12.92;ReadPosRankSum=2.838;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,45:0.83:54
chr6	129955327	rs12664247	T	C	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=29;PP=908;SC=AATTTTGTTATTAATCTTTAG;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=129955335;WS=129955317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	130031215	rs3752536	T	C	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=22;PP=713;SC=TTCCCGACGGTCTGGTCCTTG;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=39;WE=130031223;WS=130031205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	130164856	rs9402185	C	T	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=434;SC=CTATGCGATTCACCCACATTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=130164864;WS=130164846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	130370404	rs75575024	C	CCT	4156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=17;PP=1806;SC=TTAAATTTTGCCTTTCTGCTG;SOR=1.227;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=40;WE=130370412;WS=130370394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	130370731	rs142539365	TTG	T	1721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=8;PP=1459;SC=ACTGTCTTCTTTGTCCTAATG;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=32;WE=130370740;WS=130370721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	130371055	rs3890746	C	T	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=631;SC=CTCTTTCTTCCCTAACCCATA;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=130371063;WS=130371045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	130374102	rs9388768	C	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	130378833	rs12661188	T	C	106.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=60;SC=ACATGTGCCATGTGTGGGTGC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=130378841;WS=130378823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	130381246	rs7451021	T	C	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=37;PP=1281;SC=GCGTGGATCCTGAGCATCAGT;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=82;WE=130381254;WS=130381236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr6	130387431	rs148263906	G	GTATATATATATA,GTATATATATATATATA	422.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.4999;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=18;NF=5,5;NR=4,4;PP=84,29;SC=TTATTTTTGTGTATATATATA;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=9,9;WE=130387439;WS=130387421;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.56,0.44:9
chr6	130387773	rs9402214	T	C	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=108;SC=GATGAAACCATGTTTATTAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=130387781;WS=130387763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	130466413	rs4897369	G	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	130483222	rs9321214	G	A	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=243;SC=AGGAATCAGCGTAAATTAACC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=130483230;WS=130483212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	130504481	rs370056383	CA	C	171.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=1.347;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr6	130505374	rs41285310	A	C	3118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=44;PP=1506;SC=CTTCAAGCAAACCACATTCCT;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=78;WE=130505382;WS=130505364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	130530815	rs1932100	C	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=15;PP=427;SC=GATCTCACAGCAGCTCTGAAG;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=130530823;WS=130530805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	130535420	rs4897377	G	A	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=11;PP=497;SC=CAAACGTCACGCTCTAGCCAT;SOR=1.270;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=30;WE=130535428;WS=130535410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	130536494	rs34071457	AT	A	2189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.704;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.346;NF=0;NR=67;PP=1239;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TTGTGCCTTAATTTTTTTTTT;SOR=1.725;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=75;TCF=0;TCR=75;TR=67;WE=130536502;WS=130536484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr6	130761804	rs12200105	C	T	5816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=70;PP=2834;SC=TTGCTATGGCCGTTCTTGGAT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=146;WE=130761812;WS=130761794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr6	131148382	rs9402288	A	T	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=181;SC=CAGCTTCCCAAGGTCATTCCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=131148390;WS=131148373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	131148486	rs9402289	C	T	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=11;PP=929;SC=AGTAACCTGCCAGCAATCCTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=131148494;WS=131148476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	131148541	rs4895897	A	G	3973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=33;PP=1965;SC=TCCACAAAAAATTCCACTGAG;SOR=1.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=97;WE=131148549;WS=131148531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	131148737	rs1044303	G	A	6359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=88;PP=2806;SC=CTTCCTCCCCGTGACTTTGCT;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=62;TCR=88;TR=149;WE=131148745;WS=131148727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr6	131148863	rs9388856	A	T	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=31;PP=935;SC=ATACCGATGCACTGTCAGTGT;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=131148871;WS=131148853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	131148891	rs113795427	C	CAT	198.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=287;ReadPosRankSum=2.200;SC=CCAGGAGAAACATATATATAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=131148899;WS=131148881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr6	131156102	rs6975	G	T	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=63;NR=59;PP=1944;SC=GTGAAGTTGGGGACTTTCCAA;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=122;WE=131156110;WS=131156092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr6	131184770	rs915172	T	G	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=24;PP=1070;SC=AGAACTTAACTTATTTACCTG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=131184778;WS=131184760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	131184914	rs915171	C	T	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=57;PP=1663;SC=CACGTTTACACAGTCAGAGCA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=108;WE=131184922;WS=131184904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr6	131184975	rs867707	C	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=49;PP=1514;SC=AGGCCACACACAACAAGCAGC;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=74;WE=131184983;WS=131184965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	131197990	rs7741462	T	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=263;SC=AAACACAAAATACTGACCCAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=131197998;WS=131197980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	131211616	rs140909070	GA	G	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chr6	131276466	rs34763200	GA	G	2332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=31;PP=1112;SC=GGCTGTTGAGGAAAAAAAAAT;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=33;WE=131276481;WS=131276456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	131276473	rs45550834	A	G	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=30;PP=961;SC=GAGGAAAAAAAAATAAATTCA;SOR=2.066;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=42;WE=131276481;WS=131276456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	131481394	rs67922791	CA	C	398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=287;SC=ATTTAAAGTACAACTAAATGC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=131481402;WS=131481384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	131485761	rs56041062	A	G	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=144;SC=TCACAGACACATTCACTTGGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=131485769;WS=131485751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	131490472	rs1408027	T	C	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=40;PP=1118;SC=TTTTTTTCAATTTTGTAACAG;SOR=1.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=56;WE=131490480;WS=131490462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	131900144	rs56325116	GC	AT	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=443;SC=TTTTTCCTTTGCTTATACTTG;SOR=2.448;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=11;WE=131900153;WS=131900135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	131903954	rs142782396	G	GAC	1333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5042;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=1143;ReadPosRankSum=0.946;SC=TAAACATCAAGACACACACAC;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=24;WE=131903962;WS=131903944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr6	131904704	rs60712846	G	GA	768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.69;NF=2;NR=18;PP=762;SC=TCCTTGACCTGAAACCAAGTC;SOR=1.863;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=20;WE=131904712;WS=131904694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	131904719	rs17599586	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=489;SC=CAAGTCCCAGCTGACACTTTC;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=131904727;WS=131904709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	131926259	rs59558743	CT	C	173.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=213;SC=ATAAAGCTAACTTTTTTTTCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=131926267;WS=131926251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	131948816	rs369598986	T	TA,TAA	1533.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.04;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,49,29:0.54,0.32:90
chr6	131958485	rs9375819	A	C	5914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=62;PP=2451;SC=AGGAGCACTAATTTATTCTGA;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=129;WE=131958493;WS=131958475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr6	131998001	.	G	GT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.626;QD=2.05;ReadPosRankSum=1.297;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,16:0.28:58
chr6	132043349	rs378697	A	T	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=24;PP=1332;SC=ACTTTGAACTAATTTTTTCAA;SOR=1.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=69;WE=132043357;WS=132043339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	132113403	rs9493099	T	C	4758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=44;PP=1516;SC=CTTCCAGCTATGTCTGCTGCA;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=93;WE=132113411;WS=132113393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr6	132129166	.	C	T	113.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	132168996	rs59956343	GGTGTGT	G,GGT	760.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;NF=1,1;NR=7,7;PP=114,249;SC=AAGGTAATTAGGTGTGTGTGT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8,8;WE=132169009;WS=132168986;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.43,0.57:23
chr6	132189067	rs71804740	CT	C	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.432;QD=3.53;ReadPosRankSum=2.676;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr6	132270728	rs59140114	GA	G	253.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;MQRankSum=0.530;QD=14.11;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr6	132271952	rs7451102	G	C	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.26;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	132271959	rs12206231	T	G	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.62;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	132271980	rs6934749	T	G	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=23;PP=780;SC=GCGGGTCGCATGGGTCGCGCT;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=132271988;WS=132271970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	132641675	rs599660	T	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=136;SC=CTTTTCTTTCTAAATGGAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=132641683;WS=132641665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	132641888	rs598762	C	T	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=19;PP=541;SC=TTATCAAATACATTTGTACGT;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=132641896;WS=132641878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	132644035	rs604196	G	A	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=48;PP=1538;SC=AGGAAGACCCGATTAGCCCAC;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=80;WE=132644043;WS=132644025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr6	132713607	rs56336490	A	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=269;SC=CTTGCCTCAAATGGGCACTCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=132713615;WS=132713597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	132722527	rs77906164	G	A	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=45;PP=1471;SC=CCGTCCCGGGGAGCAGCCCCC;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=132722535;WS=132722517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	132722637	rs111499244	A	G	624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=389;SC=GAGGAGCGGCAGCGGCGGCGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=132722645;WS=132722627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	132785022	rs72998815	A	C	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=5;PP=1009;SC=TTTAAATTTTAACATCTTCAG;SOR=3.417;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=37;TCR=5;TR=42;WE=132785030;WS=132785012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	132859437	rs9402420	C	T	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=12;PP=916;SC=CAATGGTGAACAATTTCTCCC;SOR=1.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=132859445;WS=132859427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	132859609	rs2842899	T	A	5583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=61;PP=2420;SC=CCTTCACTTCTAACAACTGCA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=129;WE=132859617;WS=132859599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr6	132860522	rs2842898	C	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=322;SC=TTAAGGTCAACTGCAAAAATA;SOR=2.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=132860530;WS=132860512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	132860575	rs6930707	T	G	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=64;SC=TATGCCAAGTTGTAGGACAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=132860583;WS=132860565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	132874814	rs8192627	A	C	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=30;PP=868;SC=TTAAGTGGAGATGTTTTAAAG;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=132874822;WS=132874804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	132910612	rs3813355	G	A	6217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=74;PP=2965;SC=GAGAGCAGCAGGAAGTTGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=153;TCF=79;TCR=74;TR=148;WE=132910620;WS=132910602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr6	132966279	rs8192620	T	C	3737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr6	133015271	rs2272996	T	C	4477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr6	133070995	rs4895944	G	T	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=62;PP=1999;SC=CACTTCAGCAGTGTGCAGACC;SOR=1.088;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=133071003;WS=133070985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	133136985	.	C	CT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=2.381;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr6	133138067	rs111916606	AT	A	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.747;QD=0.53;ReadPosRankSum=1.609;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,19:0.22:87
chr6	133703325	rs2235485	A	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	133769120	rs3736704	A	G	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=235;SC=ATAAACTAAAATGTTGAAGTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=133769128;WS=133769110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	133789728	rs9493627	G	A	5890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=55;PP=2510;SC=TACAGCCTTTGGCCAAAACCA;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=76;TCR=55;TR=131;WE=133789736;WS=133789718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr6	133827148	rs6929656	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	133827354	rs2277083	A	G	436.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TACAAGGTACAAATAGTTGTA;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=17;WE=133827362;WS=133827344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr6	133836330	rs3777887	C	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=9;PP=620;SC=GGACATAAATCTGTATCTCTC;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=133836338;WS=133836320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	133844137	rs41286206	C	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	133849789	rs3822939	A	G	4310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr6	133852127	rs17053542	A	T	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=44;SC=ATAAAAACAAATTATCTTTAC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=133852135;WS=133852117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	134304023	rs2076583	C	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=21;PP=631;SC=TTTCAGGTAACGTTTTCAAAT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=134304031;WS=134304013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	134349722	.	T	C	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=40;PP=1621;SC=GCTTCTGCTATGGGAAGAAAT;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=94;WE=134349730;WS=134349712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr6	134494548	rs1743965	C	T	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=54;PP=1820;SC=AGGGAGAATACAAAAGAGGAC;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=90;WE=134494556;WS=134494538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	134494708	rs199505223	G	GA	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr6	134536309	rs4896026	G	A	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=171;SC=TGCCCAGGCTGGAGTACAGTG;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=134536317;WS=134536299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	135286438	rs35078158	CAA	CA,C	270.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5237,0.4763;FS=2.884;HP=16;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=12,12;PP=127,5;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TCTGTTAAAACAAAAAAAAAA;SOR=1.665;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=12,12;WE=135286447;WS=135286428;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.86:22
chr6	135286505	rs13199205	T	C	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=105;SC=GGGAAAATTATGGTGAAAGAA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=135286513;WS=135286495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	135287533	rs13064	A	G	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr6	135290355	rs35571217	T	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=440;SC=TTGTTTATCATTTCTGTATTA;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=135290363;WS=135290345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	135299713	rs9376077	C	G	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=174;SC=GATGTTAATTCAAAATAAATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=135299721;WS=135299706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	135299959	rs13214669	T	C	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=40;PP=1036;SC=GAAAGGTAATTGGGGGACAAA;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=135299967;WS=135299949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr6	135314265	rs7761964	T	C	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	135318854	rs4895439	A	T	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=23;PP=635;SC=TCCTACAATGACAGAAGGGCA;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=135318862;WS=135318844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	135324051	rs45544135	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=15;PP=414;SC=TTACATAGTATTTTAAATTAT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=135324064;WS=135324041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	135324052	rs140431690	TTTAAA	T	779.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=550;SC=TACATAGTATTTTAAATTATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=12;WE=135324064;WS=135324041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	135358567	rs7742542	T	G	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=31;PP=1042;SC=AACTTCAGTTTCTTTACTAGC;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=135358575;WS=135358557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	135375762	rs2297338	G	A	9412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=101;PP=2965;SC=GGAAAAGAACGTCCCGGCATG;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=104;TCR=102;TR=205;WE=135375770;WS=135375752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr6	135424179	rs35959442	C	G	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=30;PP=1120;SC=CTTCCTGAAGCCTGCTGTAGA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=60;WE=135424187;WS=135424169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr6	135424203	rs6930223	G	T	3199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=918;ReadPosRankSum=1.418;SC=CTATAAGAGCGGCCCTCTCTC;SOR=0.245;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=56;WE=135424225;WS=135424193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr6	135508853	rs17720864	C	T	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=25;SC=TTAATATCTCCTGTATTCGGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=135508861;WS=135508843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	135623833	rs2207000	C	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=1;PP=671;SC=ATTTGACTTCCAAACACCTTT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=135623841;WS=135623823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	135748200	rs2757639	A	G	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=53;SC=GGGCACAATTATTATGTGTAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=135748208;WS=135748190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	135752608	rs2614270	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=175;SC=AATCAAAATGTAACTCACAAA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=135752616;WS=135752598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	135754471	rs737561	C	T	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=171;SC=AGAACCAACACAGCCAATGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=135754479;WS=135754461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	135763585	rs2614274	T	C	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=143;SC=ACTTTCTTTGTTTGAAGAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=135763593;WS=135763575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	135763866	rs2757645	G	A	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=19;PP=460;SC=AAAAACATACGTTTAAAAAAT;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=135763874;WS=135763856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	135813251	rs9402709	G	T	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	135818897	rs13197384	C	A	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=82;SC=GCGGACAGCGCGCCGCCTGCT;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=135818905;WS=135818887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	136172996	.	CT	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.562;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr6	136430001	rs111919004	GA	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.606;QD=1.90;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr6	136582417	rs62431283	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.061;NF=19;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=-3.636;SC=TCTTCCTTGCGTCTGTCCTTC;SOR=1.622;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=20;WE=136582425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr6	136582497	rs62431284	G	T	3838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=0.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-7.634;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.184;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,190:0.51:371
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chr6	136590698	rs62431287	C	T	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=5.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-5.528;QD=3.08;ReadPosRankSum=-2.767;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,61:0.25:248
chr6	136590712	rs62431288	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=5.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-5.740;QD=1.90;ReadPosRankSum=-3.935;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,47:0.20:241
chr6	136595439	rs5880289	T	TA	97.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=125;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=0.887;SC=ACAGTTCTTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=136595447;WS=136595429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr6	136597262	rs1967444	T	C	3957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.277;NF=75;NR=48;PP=1891;ReadPosRankSum=-0.336;SC=GCCTTTCCACTACATATCCAG;SOR=0.932;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=260;TCF=149;TCR=111;TR=123;WE=136597270;WS=136597252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,195:0.50:391
chr6	136597281	rs1967445	A	T	7048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=8.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=17.89;ReadPosRankSum=2.316;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,190:0.48:394
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chr6	136598895	rs58951987	T	TA	96.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=125;SC=AAGTCAAGAGTAAAAACCGCT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=136598903;WS=136598885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr6	136683837	.	G	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=18;PP=685;SC=CATGGCTGGAGCAGCTGCACA;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=136683845;WS=136683827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	136698697	rs2076192	C	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=315;SC=GCCTGCCTGGCGTCTGGTGTC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=136698705;WS=136698689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	136710669	rs58458173	TA	T	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.536;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr6	136847116	rs5880298	GT	G	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.844;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr6	136878751	rs34705939	GT	G	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.701;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,21:0.20:103
chr6	136932603	.	TA	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr6	136990283	rs3765259	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=267;SC=AACAAGGAGATATAATAAGTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=136990291;WS=136990273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	137041833	rs1321477	C	T	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=73;PP=2164;SC=AATAAGGAAACGATAGGGATT;SOR=1.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=117;WE=137041841;WS=137041823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr6	137166682	rs927181	G	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=9;PP=746;SC=TCATTGTTATGTAACAAGAGA;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=137166690;WS=137166672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	137193320	.	C	CT	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr6	137325847	rs1555498	C	T	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	137325901	.	TAA	T	1008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.59;ReadPosRankSum=1.673;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,39:0.80:49
chr6	137338276	rs433243	A	G	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=56;PP=1990;SC=AGGTCTTAGTAGCAGAAAAGG;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=106;WE=137338284;WS=137338266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	137338352	rs451371	G	T	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	137338357	rs442663	A	G	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=1.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	137477823	rs2064501	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=355;SC=GAAATTTATACAATCTTGGTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=137477831;WS=137477813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	137482982	rs11154915	C	T	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=55;PP=1734;SC=CAATCACTCCCGGGTTTAAGG;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=86;WE=137482990;WS=137482972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	137519780	rs3799488	T	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=612;SC=CAGAGATCTATGGGGAGAAAA;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=137519788;WS=137519770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	137524870	rs201076254	G	GA	720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.396;QD=16.38;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,41:0.93:44
chr6	137539423	rs150776768	AAAAAG	A	1547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=9;PP=1001;SC=TCATAATAAAAAAAAGAAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=22;WE=137539435;WS=137539413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	137539505	rs9376269	C	G	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=38;PP=1543;SC=AAAAGCCACCCTCAACATTTG;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=92;WE=137539513;WS=137539495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr6	137540335	rs11754268	C	T	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	137540370	rs7749390	A	G	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=23;PP=1053;SC=CCTGCCGCGAACGACGGTACC;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=137540378;WS=137540360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr6	137540520	rs2234711	A	G	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=31;PP=1009;SC=CCAGCCCAGCACTGCCCTCCA;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=59;WE=137540528;WS=137540510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	137540536	rs17181457	G	A	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=29;PP=930;SC=CTCCAGCCCCGGCCTTACGTC;SOR=0.881;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=51;WE=137540544;WS=137540526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	138413269	rs648396	A	G	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=38;PP=1846;SC=AGGCACAGCCAATCAGGATAA;SOR=1.072;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=99;WE=138413277;WS=138413259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr6	138413333	rs648802	G	C	5231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=53;PP=2029;SC=AGTGACAGCAGGGTTGGCATG;SOR=0.815;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=67;TCR=54;TR=120;WE=138413341;WS=138413323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr6	138417415	rs2484067	T	C	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=5;PP=735;SC=TCACGGGTCTTCTTTGTGGAA;SOR=2.476;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=138417423;WS=138417405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr6	138753337	rs2039121	C	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=24;PP=877;SC=AGCTGCCACTCTTGCCTGGGA;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=47;WE=138753345;WS=138753327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr6	138820289	rs57483336	CACACACAG	C	330.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.03;MQRankSum=1.899;QD=16.54;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr6	138820324	rs10457670	A	G	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=100;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=13;PP=513;SC=ACACATATGGAAACATATGCA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=37;WE=138820332;WS=138820314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	139085450	rs4243458	C	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	139114113	rs6570282	A	G	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=3;PP=78;SC=GCTGTAATTCACCATAACTGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=139114121;WS=139114103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	139184044	rs1188827	C	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=321;SC=TTGCTTAGAACAGGATTATTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=139184052;WS=139184034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	139189153	.	A	AG	1024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.99;QD=26.28;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr6	139197609	rs1529151	G	A	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=31;PP=1134;SC=CAATCTTCAGGAAAGAAATGT;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=139197617;WS=139197599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr6	139206582	rs59052100	TG	T	1409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=10;PP=929;SC=GCTTGCTCAGTGGAACAGTGG;SOR=1.387;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=23;WE=139206590;WS=139206572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	139207910	rs1188831	C	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=1;PP=237;SC=CTGTATCAAGCGCCATAAAAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=139207918;WS=139207900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	139208118	rs7764840	T	G	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=38;PP=1165;SC=TCCAGTCTTTTGCAAAAGGAG;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=68;WE=139208126;WS=139208108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr6	139229695	rs1188867	A	G	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=606;SC=GCCTCCCAAAATGCTGGGATT;SOR=1.839;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=27;WE=139229703;WS=139229685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	139229743	rs1188868	C	T	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=21;PP=1073;SC=AGTTTGATTACTTTTAATTGT;SOR=1.121;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=53;WE=139229751;WS=139229733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	139229872	rs1044418	C	T	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=43;PP=1628;SC=TGTTCATCAACTTCTGGCCTT;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=139229880;WS=139229862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr6	139232579	rs3765191	C	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=338;SC=AGAATATGTACCAAATCAGAA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=139232587;WS=139232569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	139241332	rs9495285	A	G	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	139264930	rs6899737	T	G	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=230;SC=ATGTCTTTGATATTATGAAAT;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=139264938;WS=139264920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	139265882	rs1188897	T	A	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=293;SC=TTTTCTGTTCTATTAGAAATT;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=139265890;WS=139265872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	139456761	rs185694700	T	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	139487394	rs7768941	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=562;SC=AAATCTGAAATCTGTTCTCTC;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=139487402;WS=139487384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	139487836	rs3173082	T	C	7037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=80;PP=2965;SC=GGCCCCCAAATAAGCCCCAGA;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=84;TCR=80;TR=164;WE=139487844;WS=139487826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr6	139563914	rs9495391	C	G	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=30;PP=1220;SC=TTCCAGGACGCCTGATCAGCC;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=139563922;WS=139563904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	139576544	rs41289819	G	A	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=29;PP=1558;SC=ATTTTTACTTGAAAATATGAA;SOR=1.188;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=84;WE=139576552;WS=139576534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	139576736	rs17068451	C	T	4441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=63;PP=2170;SC=TCCTTCAGCACTTTCGCCTGA;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=45;TCR=63;TR=107;WE=139576744;WS=139576726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	139581461	rs6904970	C	T	5602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=57;PP=2169;SC=ATACATATTCCTTTTCTCGTT;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=123;WE=139581469;WS=139581451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr6	141004964	rs5880480	G	GT	1615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=14;PP=735;SC=GTGTCCCCTGGCACGCTATTT;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=141004972;WS=141004954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	141005059	rs4535568	G	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	142384082	rs6907175	G	A	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=8;PP=595;SC=ACGTCAGTGAGGAAGAGAGAA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=142384090;WS=142384072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	142396790	rs7453944	G	T	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.294;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=48;PP=1877;ReadPosRankSum=2.274;SC=CAAAATCACAGTGCCATTTCC;SOR=0.451;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=108;WE=142396798;WS=142396780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr6	142487263	.	T	C	25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=25;QD=29.8856062736;SC=TTTCTAAATTTACTTGAATTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=142487271;WS=142487255;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	142487469	rs225656	C	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=15;PP=600;SC=TGTAAGTTAACCACTGATCAT;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=34;WE=142487477;WS=142487459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	142490107	rs225661	T	C	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	142491463	rs11446143	C	CG	1044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=406;SC=TAAACTAGACCGCTCTCTTTT;SOR=0.906;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=142491471;WS=142491453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	142491584	rs225663	A	G	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=134;SC=TTATTGTCTTATTAGCTGAAG;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=142491592;WS=142491574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	142691549	rs11155242	A	C	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=50;PP=1667;SC=TTCTGATTCAAAATGTTTGTT;SOR=1.011;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=34;TCR=51;TR=84;WE=142691557;WS=142691539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	142691950	rs71643377	CT	C	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=4.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr6	142715195	rs17071756	T	C	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=15;PP=392;SC=AAGAAAAACTTAATCACATAG;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=142715203;WS=142715185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	142718801	rs989946	G	A	6076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=85;PP=2661;SC=ATACTAATTTGGAAGGAAAAA;SOR=0.996;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=56;TCR=86;TR=138;WE=142718809;WS=142718791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr6	142724918	rs9496369	C	T	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=18;PP=1336;SC=TTAATAGTGGCATTTTTTGTC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=142724926;WS=142724908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	142738314	rs67174921	CTTCTT	C	2168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=11;PP=1364;SC=TTGCATTTCTCTTCTTTTCAT;SOR=1.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=27;WE=142738326;WS=142738304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	142758631	rs1262686	A	G	4144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=45;PP=1534;SC=CAGTGGCGGCAGCATCTCTGC;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=86;WE=142758639;WS=142758621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr6	143074700	rs169098	T	C	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=47;PP=1361;SC=GAGTGCTAGGTGGACCAGATG;SOR=0.955;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=143074708;WS=143074690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	143081847	rs197462	A	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=27;PP=737;SC=AGATCCAAATATCAAGGTTAG;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=143081855;WS=143081837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	143091263	rs109836	A	G	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=47;PP=1926;SC=CTTGCTGGGCAGGAATGGCTC;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=101;WE=143091271;WS=143091253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	143092754	rs34875559	G	A	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=43;PP=1649;SC=TGGGACTTCCGCTGGGTGAGG;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=84;WE=143092762;WS=143092744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	143382254	rs138059311	CGT	C	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr6	143605472	rs9403480	G	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=9;PP=224;SC=GCTGTGTGCCGCATTTGGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=143605480;WS=143605462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	143654625	rs2303386	C	T	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=32;PP=1116;SC=GAATTACTGCCGGCAACAGTC;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=143654633;WS=143654615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	144032317	rs2488101	A	G	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	144032822	rs2488102	A	T	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=16;PP=1245;SC=TACTTAGAATACTCTATTCCT;SOR=1.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=144032830;WS=144032812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	144104469	rs1012753	A	T	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.81;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	144178419	rs3818089	T	C	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=747;ReadPosRankSum=1.720;SC=AATTACTGCTTAATTTTTGTT;SOR=0.906;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=36;WE=144178427;WS=144178409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr6	144184134	rs17073138	T	C	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=27;PP=996;SC=TAGAGTGATATTAGAAAAAGC;SOR=0.804;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=48;WE=144184142;WS=144184124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	144258619	rs1884087	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=187;SC=TTATTTGTCTGTAGCTACCCC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=144258627;WS=144258609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	144258650	rs1884088	C	A	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	144258670	rs3215583	C	CA	217.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.79;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	144758647	.	C	CT	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=5.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,19:0.19:100
chr6	144794785	rs4259269	C	T	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	144796045	rs73780588	A	G	720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=25;PP=649;SC=CCAAAAAAAAAGGCATCATTT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=144796053;WS=144796035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	144803544	rs200742072	G	GTTA	586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=477;SC=TATTATTATTGTTGTTATTAT;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=10;WE=144803555;WS=144803534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	144803547	rs4310077	G	A	590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=13;PP=309;SC=TATTATTGTTGTTATTATTAT;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=144803555;WS=144803534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	144806691	rs9496982	C	T	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=820;SC=TTTCTCTTTGCTGTGATGAGG;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=144806699;WS=144806681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	144843089	rs200015334	A	AT	355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=22.23;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr6	144843091	rs13208386	A	T	570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.67;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr6	145823642	rs370653	G	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=5;PP=305;SC=CTGGGAGGAGGTGCATACTCA;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=145823650;WS=145823632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	145823844	rs391524	A	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=217;SC=TGTAATATACATAGTATTTAG;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=145823852;WS=145823834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	145947080	rs1045820	C	T	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=31;PP=757;SC=GAATCAAACCCAGCTTTGTAT;SOR=3.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=33;WE=145947088;WS=145947070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr6	146207465	rs1062068	A	G	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=95;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=7;PP=318;SC=ATACCAGGTCATATAAAACTA;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=146207473;WS=146207455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	146207502	rs11421576	G	GT	1097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr6	146216184	rs2247206	C	T	2867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=56;PP=1521;SC=AAAAGCAATACAAAGTACTTT;SOR=1.343;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=146216192;WS=146216174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	146720887	rs71706077	TTC	T	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-2.317;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr6	146755140	rs2942	G	A	5570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=57;PP=2491;SC=CCGTCATCAAGCCCCTCACTA;SOR=1.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=140;WE=146755148;WS=146755130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr6	146755842	rs9373491	C	A	6298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=85;PP=2772;SC=CCAGCTCCCCCGTGTCCGAGT;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=147;WE=146755850;WS=146755832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr6	146920271	rs74468352	C	T	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=67;PP=2328;SC=TCTGCCTGTCCGTCCCTCCCC;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=123;WE=146920279;WS=146920261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr6	146921421	rs75395649	C	A	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=20;PP=1012;SC=CTTCTGTGTACCAAAGTCAGG;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=146921429;WS=146921411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	146975204	rs12205484	T	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=371;SC=GGATTAAAACTATTTCATTAA;SOR=4.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=14;WE=146975212;WS=146975194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	146975456	rs71778473	TTA	T	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,9:0.16:58
chr6	147038790	rs12213083	C	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=219;SC=GAATTGCACCCGTAGAAAACA;SOR=0.990;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=147038798;WS=147038780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	147042695	rs11273150	A	AGGGAACATGCAATAATAAGATTTTTAGAGGC	2310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=2900;SC=TGTTCAGGCTAGGGCGTGGTG;SOR=3.080;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=9;WE=147042703;WS=147042685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	147047341	rs3747754	T	C	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	147049641	rs11155480	T	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=7;PP=272;SC=TTTTAACAGATATTAATTTGT;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=147049649;WS=147049631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	147049899	rs1327669	T	C	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=37;PP=942;SC=TGGGATACAATGTTCAGAAGA;SOR=1.095;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=59;WE=147049907;WS=147049889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	147054241	rs146394886	A	ATTAATGTAC	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=1979;SC=TATAAAAAAAATTTATGTGTT;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=147054249;WS=147054231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	147054410	rs67991595	T	TA	1145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=721;SC=GAATTGTATATATTTAATCAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=147054418;WS=147054400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	147054450	rs3761782	A	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=8;PP=201;SC=AAGGTAAATAATTTAAGAAAT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=147054458;WS=147054440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	147054498	rs3761783	G	C	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=145;SC=TGTGTGGACTGTCATGGAGTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=147054506;WS=147054488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	147062220	rs1327666	C	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=4;PP=216;SC=TAAGAATTCACATCAAGGGAA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=147062228;WS=147062210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	147066954	rs9647636	G	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=296;SC=CTTGGGACCTGTAGGTATATC;SOR=2.531;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=147066962;WS=147066944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	147067093	rs9647637	C	T	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=33;PP=1202;SC=CATTTACAGGCGACACATATG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=73;WE=147067101;WS=147067083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr6	147073639	rs140827988	TATA	T	2527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=13;PP=1405;SC=CATACTTGCTTATAATGTTAA;SOR=1.453;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=147073649;WS=147073629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	147084985	rs7752601	T	C	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=230;SC=TAGTCAGTAATAACTATGTAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=147084993;WS=147084975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	147103358	rs1325701	A	G	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=1009;ReadPosRankSum=0.434;SC=TATTTGAGTGACTTAATGATT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=52;WE=147103366;WS=147103348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr6	147103416	rs259405	C	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=496;SC=AGGACAAAACCGTGAAACATT;SOR=2.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=147103424;WS=147103406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	147106841	rs259391	A	G	4334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=53;PP=1714;SC=CTAAACCAAAAGAAGAAGGTG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=103;WE=147106849;WS=147106831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr6	147136244	rs259370	A	G	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=25.24;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr6	147635318	rs5880705	T	TAC	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=684;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CTGGATTATTTACACACACAC;SOR=0.385;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=15;WE=147635326;WS=147635308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr6	148051210	.	CAA	C	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr6	148701197	rs4897000	A	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=634;SC=ACCAAGAAACAGTTGCTTCAA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=148701205;WS=148701187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr6	148710092	.	TA	T	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr6	148808624	rs2294778	G	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.41;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	148808631	rs2294779	G	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.92;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	148829952	rs1147863	G	C	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=37;PP=1379;SC=GAGTGGGGAGGGGGGTGGGAG;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=83;WE=148829960;WS=148829942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr6	148835436	rs145246370	CT	C	1638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=15;PP=746;SC=ACCTGATTAACTTTTTCCTTT;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=148835444;WS=148835426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	148848919	rs2110198	C	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=307;SC=CTTTGGGCTGCTCAGCACCGT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=148848927;WS=148848909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	148853867	rs1465307	T	C	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=17;PP=1466;SC=ATACCTTCAATACCTTTCTGC;SOR=1.586;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=66;WE=148853875;WS=148853857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr6	148854870	rs41288415	G	C	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=172;SC=TTCATGGAATGTACCTAATGG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=148854878;WS=148854860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	148861716	rs6909677	G	A	5040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=58;PP=2153;SC=GAGTCGCTGGGAACCTGCTTT;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=119;WE=148861724;WS=148861706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr6	149340187	rs142963363	C	A	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=24;PP=1428;SC=CTGTGTAATTCAATCATGAAT;SOR=1.469;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=149340195;WS=149340177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	149539773	rs2272901	G	A	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=19;PP=1328;SC=GAAGACTAATGCTCAGTGAGG;SOR=1.313;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=63;WE=149539781;WS=149539763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	149691291	rs35974009	AT	A	1026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=818;SC=TTTTTTAAACATTGGAAGAAA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=149691299;WS=149691281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	149700491	rs3734296	G	A	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=60;PP=2660;SC=CACCAGGGGTGGTGTCCCCTA;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=78;TCR=60;TR=136;WE=149700499;WS=149700481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr6	149700805	rs2031450	G	A	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=189;SC=AGTATTATATGTATATACATT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=149700813;WS=149700795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	149718650	rs237028	C	T	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=15;PP=751;SC=TTTGGGATTTCTGACAAATTC;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=149718658;WS=149718640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	149719400	rs628488	G	A	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=76;SC=ATAGAAGATAGTAAAAATAAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=149719408;WS=149719390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	149721690	rs237025	G	A	8316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=90;NR=92;PP=2965;SC=GGGATTGTCAGTGAAGCAGAT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=90;TCR=92;TR=182;WE=149721698;WS=149721680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr6	149730846	rs652921	G	A	3658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=53;PP=1682;SC=AGATGCCAAGGCATTTCTGAG;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=94;WE=149730854;WS=149730836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	149772190	rs112722576	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=318;SC=CCGGGCGGAGGCGGGAGGTCG;SOR=1.136;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=149772198;WS=149772180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	149772645	rs415434	A	G	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=40;PP=1305;SC=AGAGGGCGCGACGTGAGGCCC;SOR=1.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=67;WE=149772653;WS=149772635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	149773721	rs1001242	C	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=15;NR=1;PP=403;SC=AGGCCCTGAACAGGGCCTGCG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=149773729;WS=149773711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	149795692	rs556775	G	A	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=57;PP=1803;SC=TGTGCCCAGCGGCCACTGGCG;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=94;WE=149795700;WS=149795682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr6	149846306	rs17710991	G	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	149846372	.	TA	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=2.716;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr6	149855742	rs761617	C	T	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=133;SC=TTAACTTTAACAGATGAAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=149855750;WS=149855732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	149862453	rs201357465	GTAAA	G	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=64;ReadPosRankSum=1.620;SC=GAGGTTAAAAGTAAATAAATA;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=2;WE=149862464;WS=149862443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr6	149893214	rs140440002	A	AAAAT	84.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=131;SC=AGACTCTCAAAAAATAAATAA;SOR=0.693;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=149893222;WS=149893207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	149953835	rs9322202	A	G	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=18;PP=989;SC=CCTCCTCCTAAATATAATCAA;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=149953843;WS=149953825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr6	149953981	rs9800580	C	T	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=45;PP=1449;SC=GAGTGCTGTCCAGTTTAAAGC;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=82;WE=149953989;WS=149953971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	149983216	rs3924871	G	A	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=47;PP=1808;SC=CACTGGAGAAGTCAATTGTTT;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=149983224;WS=149983206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr6	149997657	rs62439843	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=13;PP=510;SC=GGTCTAAAGGTCTACTGAGAA;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=24;WE=149997665;WS=149997647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	150004779	rs3798761	A	G	6757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=67;NR=69;PP=2397;SC=CTGTTGTAGCAGAAGGCTGAG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=67;TCR=70;TR=136;WE=150004787;WS=150004769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr6	150023348	rs4870509	C	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=18;PP=560;SC=TGAAAATGATCCTTCAAGGAA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=150023356;WS=150023338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	150039148	rs12174349	G	A	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=40;PP=1277;SC=CAGGGGTCGTGAGGACCTGGC;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=150039156;WS=150039138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	150064733	rs34447002	CA	C	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=1.086;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr6	150064968	rs58509133	C	CT	460.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.94;NF=3;NR=5;PP=273;SC=AGCAAAGAGCCATGAGTGCTA;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=8;WE=150064985;WS=150064958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	150064977	rs1572229	T	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=164;SC=CCATGAGTGCTAAGGAAATAA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=8;WE=150064985;WS=150064958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	150067675	rs10872646	A	G	6438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=89;PP=2965;SC=CAAGCACAGTACGCGCCTCTC;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=63;TCR=89;TR=152;WE=150067683;WS=150067665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr6	150093678	rs3805748	C	T	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=45.16;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	150093682	rs3805749	C	T	6369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=43.93;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr6	150114606	rs12182220	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=1;PP=337;SC=ATATGACTTTCGATAAGGAAA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=150114614;WS=150114596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	150114745	rs4816	G	A	2586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=29;PP=984;SC=AGATGACTCAGTAAATAATGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=58;WE=150114753;WS=150114735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr6	150210802	rs6933882	A	G	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=37;PP=1075;SC=CTCTTTGAGAAGTCCATCATC;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=150210810;WS=150210792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	150210994	rs6939761	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr6	150211123	rs2151910	A	T	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=860;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CTGGTGGCATATACCTTCTTC;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=46;WE=150211131;WS=150211113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
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chr6	150266578	rs149454018	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.860;NF=34;NR=7;PP=599;ReadPosRankSum=-1.039;SC=CAGTCACACCTGTCAGTCCCC;SOR=0.076;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=98;TCF=87;TCR=11;TR=41;WE=150266586;WS=150266568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr6	150266740	rs62439758	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=14.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.19;MQRankSum=-11.646;QD=0.62;ReadPosRankSum=-8.051;SOR=1.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,46:0.13:358
chr6	150267527	rs2282235	A	C	9846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=1.317;NF=154;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.012;SC=CCCTGCAGGCAAGGATGTCTT;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=259;TCF=154;TCR=105;TR=258;WE=150267535;WS=150267517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,374:0.99:376
chr6	150269761	rs181105068	A	G	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=12;PP=629;SC=CCCTTAGTGCAGGGGGCTCTG;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=150269769;WS=150269751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	150322211	rs9397541	C	T	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=46;PP=1705;SC=GATCCTCTGCCGTGTCCGTGG;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=96;WE=150322219;WS=150322201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr6	150322381	rs9384023	T	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=28;PP=906;SC=CTCCTCAACCTCTTGGGTGAC;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=150322389;WS=150322371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	150341260	rs199848645	C	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	150341990	rs9397120	A	G	8071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.74;QD=45.86;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr6	150341993	rs9384047	C	A	8071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.94;QD=43.40;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr6	150342232	rs61730071	G	A	17173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=215;PP=2965;SC=GAGTAGGAAGGTCTGTCCATC;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=402;TCF=185;TCR=217;TR=396;WE=150342240;WS=150342222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,655:1.00:655
chr6	150343148	rs78563624	A	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.85;MQRankSum=-1.711;QD=23.39;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr6	150343211	rs202055124	A	G	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.20;QD=22.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	150346532	rs1543547	T	C	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	150346740	rs1544123	A	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=17;PP=448;SC=AGTCACCTCGATTCTGAAAAG;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=150346748;WS=150346730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	150385886	rs9478409	C	T	5991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=84;PP=2452;SC=CTCTTGTCCACGCTCCAAATC;SOR=1.111;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=133;WE=150385894;WS=150385876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
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chr6	150390313	rs622317	G	C	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=514;SC=GGCCCCGTCCGGTCCCGTCCC;SOR=1.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=150390321;WS=150390303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	150716696	rs612421	T	C	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=29;PP=704;SC=CTCACAAGGCTGCCCAGGTGC;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=150716704;WS=150716686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr6	151186857	.	C	CCCG	2266.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.77;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,53:0.93:57
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chr6	151220245	rs803419	A	G	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=384;SC=AATATCTTTGATATTTTCTTC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=151220253;WS=151220235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	151247439	rs803455	A	G	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=29;PP=893;SC=TGGGTAAGACACCATCTAACA;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=151247447;WS=151247429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr6	151258127	rs742830	G	A	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=30;PP=875;SC=TGGGGGGAGAGAATTGTAAAA;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=151258135;WS=151258117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	151259770	rs6933598	C	G	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=10;PP=472;SC=TGTCCCTTGGCCTGTGTCCAT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=26;WE=151259778;WS=151259760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	151260002	rs3734416	T	C	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=20;PP=495;SC=ATTAAGGCTCTGAAACCCCAA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=33;WE=151260010;WS=151259992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	151266504	rs803445	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=1;PP=281;SC=CTAAATAGTTCGGTTATAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=151266512;WS=151266494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	151266564	rs2073191	T	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	151281567	rs1771798	T	C	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=28;PP=886;SC=TGTTTCCAACTCGGAAGCTTC;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=151281575;WS=151281557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr6	151281707	rs1771796	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=25;SC=ATGTTTGCCTAACTGCTTCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=151281715;WS=151281697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	151286224	rs1627462	A	C	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=58;PP=1945;SC=GGATTGCCACACAATGTGAAC;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=96;WE=151286232;WS=151286214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr6	151362895	rs140096864	CTTG	C	2058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-9.183;NF=4;NR=31;PP=1649;ReadPosRankSum=-1.236;SC=GAAAGCCCCTCTTGTTGTGTC;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=151362905;WS=151362885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,83:0.97:86
chr6	151362942	rs1983750	T	C	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=27;PP=834;SC=CTGGCTCTAGTTGGAGAATCC;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=151362950;WS=151362932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	151626774	rs9397388	T	G	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=10;PP=661;SC=AACTTCCTTTTCTCTGTATTT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=151626782;WS=151626764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	151627034	rs2294792	A	G	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=32;PP=914;SC=TCATTGTCACAGAGGGTAAGC;SOR=1.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=151627042;WS=151627024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	151627096	rs2294793	C	T	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=18;PP=440;SC=ACTTTGGACTCAGCAGAAAAT;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=151627104;WS=151627086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	151669459	.	CA	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.06;ReadPosRankSum=0.650;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr6	151669875	rs10872670	A	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=22;PP=1571;SC=AGATGTGAGCAAAAGAGACTC;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=151669883;WS=151669865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr6	151670172	rs3734799	A	C	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=31;PP=1511;SC=TGGCGACCACAAGGACCCCAG;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=151670180;WS=151670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	151670897	rs900654	T	C	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=37;PP=1475;SC=CTCAGGAAGCTGAACCTGCCA;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=84;WE=151670905;WS=151670887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr6	151674116	rs3842128	T	TGAG	11062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=82;PP=2924;SC=GTGTAGCAATTGAGGATTTAG;SOR=0.865;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=134;TCF=41;TCR=93;TR=120;WE=151674124;WS=151674106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr6	151674326	rs3823310	A	C	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.91;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	151686905	rs11155787	C	T	7413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GACTCCCTTCCTCAAATGTGC;SOR=0.260;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=90;TCR=100;TR=189;WE=151686913;WS=151686895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,280:1.00:281
chr6	151738627	.	C	CT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=8.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr6	151742541	rs4870017	T	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr6	151894505	rs953767	T	C	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	151894716	rs1807906	G	A	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=13;PP=395;SC=CTATTCTCACGCTGCTATAAG;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=151894724;WS=151894706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	151914113	rs3757318	G	A	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=214;SC=GTCAGAGTCCGTGCTCCGTTC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=151914121;WS=151914105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	151914421	rs9383930	A	G	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=49;PP=1519;SC=GAAAGGTAGGAGATATTGAAA;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=151914429;WS=151914411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr6	151917660	rs34430497	G	A	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=47;PP=1694;SC=AACACGTGTCGAGACTTGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=151917668;WS=151917650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr6	151936677	rs6929137	G	A	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=40;PP=1377;SC=GCTCATGTCTGTCAAGTCAGA;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=75;WE=151936685;WS=151936667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr6	151939181	rs3734804	G	A	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=41;PP=1355;SC=TGAAAGATTGGTCCATTCACA;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=77;WE=151939189;WS=151939171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr6	152129077	rs2077647	T	C	13457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CCAAAGCATCTGGGATGGCCC;SOR=0.822;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=162;TCR=133;TR=291;WE=152129085;WS=152129067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,526:1.00:528
chr6	152163757	rs149308960	G	T	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	152201875	rs4986934	T	C	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=32;PP=1050;SC=GCCGGCTCCGTAAATGCTACG;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=152201883;WS=152201865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	152265282	rs55740371	A	AT	1226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=11;PP=420;SC=AAATAAACTAATTTTTTTTTC;SOR=1.938;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=31;WE=152265290;WS=152265272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	152265522	rs1801132	G	C	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr6	152443744	rs2295190	G	T	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=31;PP=1027;SC=ACTCTGAACAGGAAGCCGCGG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=55;WE=152443752;WS=152443734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	152456098	rs13211987	G	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=2;PP=615;SC=ACCACAGGGAGTTAAAAAAGT;SOR=4.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=26;WE=152456106;WS=152456088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	152458093	rs17082180	G	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=189;SC=CAGAGGGTGCGTACCACTGAG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=152458101;WS=152458083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	152464839	rs2256135	A	G	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=33;PP=1169;SC=GTATCTGAAAACGGCTATCAT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=152464847;WS=152464829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	152489038	rs997769	T	C	8052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=107;PP=2965;SC=TTAACCTTTTTGTCCAGCTCT;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=105;TCR=107;TR=211;WE=152489046;WS=152489028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr6	152489294	rs998147	T	C	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=60;PP=1450;SC=TCCACACAGCTGTCCTCTGCC;SOR=1.505;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=87;WE=152489302;WS=152489284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	152501396	rs200800604	A	G	5923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=68;PP=2415;SC=CATTCATTCAATCTTTCACCT;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=66;TCR=68;TR=134;WE=152501404;WS=152501386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr6	152534946	rs684807	TT	AA	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=20;PP=1101;SC=TTATTCTTACTTCTCTAGCAT;SOR=3.180;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=152534955;WS=152534936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	152539572	rs35809482	TA	T	603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.497;NF=0;NR=16;PP=193;ReadPosRankSum=-1.590;SC=GTATTTCAGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.741;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=16;WE=152539581;WS=152539562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,37:0.88:42
chr6	152540278	rs2147377	A	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=434;SC=TCATGGAGAAAAAAGAGGGAA;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=152540286;WS=152540268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	152546740	rs1998620	G	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=219;SC=AAAAGTACAAGGAGATAATGT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=152546748;WS=152546730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	152552375	rs2274142	G	A	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=4;PP=452;SC=CAGGTTAAAGGAAGTTTAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=152552383;WS=152552365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	152555112	rs2296254	C	T	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=31;PP=820;SC=AAACAAGTAGCGATGTTCAAA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=46;WE=152555120;WS=152555102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	152558111	rs36215566	T	TA	724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.871;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.442;NF=0;NR=24;PP=670;ReadPosRankSum=1.601;SC=GTCTGTGAGCTAAAAAAACCC;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=24;WE=152558119;WS=152558101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr6	152560916	rs9479275	G	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=319;SC=GTTTAGGGCCGGGTGCGGTGG;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=152560924;WS=152560906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	152565897	rs3888239	T	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=525;SC=ATGTAAAACATTCTCAATATA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=152565905;WS=152565887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr6	152647681	rs2306916	A	T	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
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chr6	152653037	rs9478314	T	C	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=48;PP=1392;ReadPosRankSum=1.318;SC=TGAAAATACATGGAAAGGTAT;SOR=0.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=75;WE=152653045;WS=152653027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr6	152658142	rs9479297	T	C	3458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=57;PP=1781;SC=CTGGACAAGCTTTTGTTCAAT;SOR=1.170;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=86;WE=152658150;WS=152658132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr6	152658191	rs9479298	T	C	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=38;PP=950;SC=CAACCATACATGGAAACATTT;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=152658199;WS=152658181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr6	152658216	rs9479299	A	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=742;SC=TTAATGAATCAGAGATGGAAC;SOR=1.201;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=37;WE=152658224;WS=152658206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	152660310	rs4870095	A	G	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.24;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	152665261	rs4645434	C	A	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=25;PP=1028;SC=GAGGACTTGGCTCTAAATCCG;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=53;WE=152665269;WS=152665251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	152665464	rs35003170	TC	T	696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=487;SC=AAATGGATTTTCCCCCCAAGA;SOR=2.124;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=152665472;WS=152665454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	152671475	rs9478320	A	C	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=47;PP=1538;SC=ATGCTCCTGCAAAACCAGGTG;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=77;WE=152671483;WS=152671465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	152671553	rs9478321	A	G	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=29;PP=938;SC=AACCCAGTGCAACTCACAGGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=152671561;WS=152671543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	152671919	rs5880967	G	GA	2609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.9985;FS=6.459;HP=12;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.358;NF=2;NR=54;PP=637;ReadPosRankSum=-1.786;SC=GAATTACAAAGAAAAAAAAAT;SOR=0.972;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=63;TCF=3;TCR=60;TR=56;WE=152671927;WS=152671909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,124:0.95:130
chr6	152671975	rs1387549	A	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=26;PP=740;SC=ACATATTCCCATGGTATGCAA;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=152671983;WS=152671965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	152673147	rs6908392	G	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=476;SC=ATCTGTCAATGAGTAAACACA;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=152673155;WS=152673137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	152673519	rs6932325	A	C	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=26;PP=572;SC=GAGCAAAGGTAGTCTTGTTTC;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=152673527;WS=152673509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	152673543	rs11370219	C	CT	189.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;MQRankSum=0.612;QD=13.52;ReadPosRankSum=0.458;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr6	152675854	rs9397102	A	G	8694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=103;NR=87;PP=2965;SC=TGGTCCTGGGACTAACTTTCT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=190;WE=152675862;WS=152675844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr6	152683183	rs7771657	G	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=236;SC=TATACTAAAAGCCCCAAACGT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=152683191;WS=152683173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	152683199	rs7771662	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=3;PP=242;SC=AACGTAATTTGCTTATGTGCA;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=152683207;WS=152683189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	152683413	rs4407724	G	T	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=31;PP=1088;SC=ACTGTCGAACGCCATCCTGAT;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=152683421;WS=152683403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	152685864	.	G	GAA	314.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.72;QD=39.35;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	152685865	.	G	GGAAGGAAGGAAGGGAGGA	1102.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.52;QD=42.41;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	152688567	rs7775637	C	T	1696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=39;PP=992;SC=CAGAGACAAACTGCAAAGCTA;SOR=2.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=152688575;WS=152688557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	152690559	rs1873176	G	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=271;SC=GACAGAGGACGGACAAAGACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=152690567;WS=152690549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr6	152712302	rs9942542	C	T	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=0;PP=183;SC=TTTGCCCACACAATCCTCATT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=152712310;WS=152712292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr6	152768796	rs502268	T	G	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=35;PP=1097;SC=ACAGTGCAATTGTGAAATCAT;SOR=0.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=152768804;WS=152768786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	152771849	rs17082701	G	A	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=28;PP=827;SC=TGAGAGTCACGTGACAGGTTC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=152771857;WS=152771839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	152772264	rs214976	A	G	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=44;PP=1516;SC=GCATTCTTCTACAGAGGCTAA;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=152772272;WS=152772254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr6	152772411	rs61388700	CA	C	112.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=107;ReadPosRankSum=-0.967;SC=ATTGAAGTGGCAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=152772419;WS=152772401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr6	152774917	rs214973	A	G	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=471;SC=CACCAGGCACAATCAGCCTCT;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=152774925;WS=152774907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	152777095	rs17082709	A	C	4319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.296;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=52;PP=1559;ReadPosRankSum=-0.621;SC=ACGTTGCTCAAGGTCACAAAC;SOR=0.450;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=92;WE=152777103;WS=152777085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr6	152777819	rs214967	G	A	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	152782628	rs506181	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=2;PP=727;SC=ACAAAAGCATCGTTAACAAGT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=152782636;WS=152782618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	152782933	rs579464	G	A	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=679;SC=CTTAACTTCCGGATTCCACAG;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=152782941;WS=152782923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	152793412	rs4523096	C	A	2334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	152793575	rs4343926	A	G	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.21;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr6	152805889	rs9397512	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=4;PP=284;SC=TGTTGCCATACCACTGTGTAG;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=152805897;WS=152805879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	152809527	rs9397106	A	T	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=11;PP=413;SC=TCTCCATACAATACCTGATAT;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=152809535;WS=152809517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	152823627	rs56207224	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=432;SC=AATCATCACCCCATTTGGTGA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=152823635;WS=152823617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	152831248	rs17842543	G	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=6;PP=294;SC=TTCACATTTCGCAATCATTAG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=152831256;WS=152831238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	152832850	.	G	A	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=12;PP=301;SC=GTGGTAATACGTTTTAAAGAA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=152832858;WS=152832840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	152841797	rs17699329	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=362;SC=CAACCAACATTGTTCACTTTC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=152841805;WS=152841787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	152847038	rs75402198	G	T	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=0;PP=529;SC=AACAAGAAGGGAAATATATTC;SOR=3.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=152847046;WS=152847028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr6	153296541	rs2073260	G	C	4767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=51;PP=2199;SC=GTTTCAAGTTGTACAATCCTA;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=117;WE=153296549;WS=153296531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr6	153311001	rs3860814	A	C	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.03;QD=26.27;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	153315921	rs3799133	G	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=17;PP=486;SC=AAAAGGAGATGAACATGGAGA;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=153315929;WS=153315911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	153323594	rs3818123	C	T	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=27;PP=943;SC=CCGCAGCTCCCGCTCCTTCTC;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=51;WE=153323602;WS=153323584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	153323709	rs3818125	T	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.911;NF=9;NR=12;PP=377;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CCGCCCCGGGTGAACAGCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=21;WE=153323717;WS=153323699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr6	153323896	rs3818127	T	C	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	153332926	rs34837755	AATAAT	A	995.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	153344531	rs685449	T	A	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=29;PP=1142;SC=GGAACCTCTATGTTCTCTAAG;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=64;WE=153344539;WS=153344521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	153345309	rs545323	C	T	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=214;SC=CCTCTCCACACCCCATGCCCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=153345317;WS=153345302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	153365100	rs2295230	A	C	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=29;PP=1248;SC=GGTTTCCAGGAGCTTGAGACA;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=71;WE=153365108;WS=153365090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	153365348	rs2295231	G	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=457;SC=TTTTTAGAAGGATATACTAAA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=153365356;WS=153365338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	154412004	rs2075572	G	C	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=2;PP=934;SC=GGCTAAAAATGAATGAGCAAA;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=33;TCR=2;TR=35;WE=154412012;WS=154411997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	154414375	rs9282821	A	C	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=19;SC=AATAATGGCCATTATAAAGTA;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=154414383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	154414446	rs540825	A	T	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=38;NR=31;PP=1298;SC=CTCTAGAGCAAGGCTGCTTGG;SOR=0.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=69;WE=154414454;WS=154414436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	154414563	rs675026	A	G	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.15;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	154414573	rs562859	C	T	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.68;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	154415434	rs660756	G	T	4852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=51;PP=1772;SC=AAGTGGAGTGGCGATTTGGCA;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=98;WE=154415442;WS=154415424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr6	154428702	rs650245	A	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=25;PP=835;SC=AGTCTAGAGCATTAATTTTGA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=154428710;WS=154428692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	154429085	rs71021021	AT	A	441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=4;PP=147;SC=ATAAACACTGATTTTTTTATT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=154429093;WS=154429075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	154431393	rs497332	C	G	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=81;SC=AATCTATGTACCTTTGGGGTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=154431401;WS=154431383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	154567666	rs9479798	T	G	2724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=22;PP=1635;SC=GATCACCTGATGCCTTTAACG;SOR=1.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=81;WE=154567674;WS=154567656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr6	154727825	rs12528985	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=27;PP=690;SC=CAATCCCAGCCGGGCGTGGTG;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=154727833;WS=154727815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	154735973	rs13219628	C	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=8;PP=225;SC=TTGCCTGTTACCCCAGCACTT;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=154735981;WS=154735963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	154743525	rs7771159	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=240;SC=ATAGGATAATTACATACAAAC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=154743533;WS=154743515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	154749225	rs9384217	A	T	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=20;PP=1345;SC=CTGTTTAAACACACAACAGAT;SOR=1.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=68;WE=154749233;WS=154749215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	154751769	rs41292918	C	T	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=61;PP=1881;SC=CAATCATTAACCAAGTTTATC;SOR=1.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=90;WE=154751777;WS=154751759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	154754821	rs9479853	G	A	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=20;PP=478;SC=CAGAGCTGACGTTTGCACCTT;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=26;WE=154754829;WS=154754811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	154762524	rs6916438	G	A	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=37;PP=1176;SC=CTAGAAGGTAGCAACAATCCT;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=154762532;WS=154762514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr6	154763401	rs6557351	G	A	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=32;PP=986;SC=AGTTCTTCATGTTATCAGTTT;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=59;WE=154763409;WS=154763391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	154763522	rs6907693	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=10;PP=194;SC=TTTGGGAGGCTGAAGTGGGCG;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=154763530;WS=154763512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	155094988	rs7762129	G	A	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=0;PP=110;SC=CTTATGGGCAGTGATGTTGAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=155094996;WS=155094978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	155109168	rs370598712	GT	G	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.643;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.604;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,20:0.24:84
chr6	155116285	rs79232250	TTC	T	1823.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=1196;SC=TGAGCGGTTTTTCTGTTATAT;SOR=1.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=155116294;WS=155116275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	155124583	rs3757291	T	G	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	155126695	.	CT	C	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.116;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr6	155129784	rs66499928	CCTTT	C	3384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=1620;SC=TCTCAACCAGCCTTTCTGTTT;SOR=1.432;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=32;WE=155129795;WS=155129774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	155485535	rs1032140	G	A	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=23;PP=1339;ReadPosRankSum=-0.745;SC=AATCACCTCTGTTTTTGCTTT;SOR=0.469;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=72;WE=155485543;WS=155485525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr6	155485554	rs1032141	G	A	3976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=35;PP=1649;SC=TTAAGATCCAGCAATGGGAGC;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=92;WE=155485562;WS=155485544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr6	155561760	rs4259257	T	C	4189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=54;PP=1930;SC=TCCTCCGAGGTCTCTGGCCCG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=104;WE=155561768;WS=155561750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr6	155566889	rs11435976	G	GT,GTT	906.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=4.967;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.497;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,31,22:0.48,0.34:64
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chr6	155572986	rs3011899	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	155577823	rs1571766	C	T	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=64;PP=2449;SC=CAGATTTTGCCGACAATCTCA;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=124;WE=155577831;WS=155577813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr6	155579246	rs3734322	A	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=18;PP=588;SC=ACAGAAAAATAAGAATTTTAC;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=27;WE=155579254;WS=155579236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	155581289	rs4869849	C	A	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=5;PP=382;SC=CCGTCACAGGCCTGAACTAAG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=155581297;WS=155581279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	155581619	rs912721	G	A	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=35;PP=1055;SC=TAAAACAGGAGGATGGGCTGT;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=155581627;WS=155581609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	155596901	rs927718	T	C	4256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=57;PP=1966;ReadPosRankSum=0.758;SC=TGGCCTTATCTGGGGTCTCTG;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=116;WE=155596909;WS=155596891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,169:0.99:171
chr6	155597147	rs1555774	C	T	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=95;NR=85;PP=2965;SC=TCTGCACTTCCACAGTAGGAA;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=180;WE=155597155;WS=155597137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr6	155606325	rs324356	C	T	3276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=31;PP=1138;SC=GTCCTGGAATCGTAAAGATGT;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=64;WE=155606333;WS=155606315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr6	155606531	rs324357	A	G	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=115;SC=ATTTGAAAAGAATGGGCTATC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=155606539;WS=155606521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	155635585	rs162981	A	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=14;PP=404;SC=GCACCATCCAACCCTACCTCA;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=155635593;WS=155635575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	155635624	rs1334688	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=9;PP=215;SC=GCTCCGAAAGAAACGCGCAGG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=155635645;WS=155635614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	155635637	rs1334687	A	C	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=109;SC=CGCGCAGGGGAGGAACCTGCG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=155635645;WS=155635614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	155728232	rs12524299	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=8;PP=491;SC=AGAGAAGAGCCTGGCAGGGAG;SOR=1.751;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=155728240;WS=155728222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	155732616	rs35270935	C	CT	590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=22;PP=575;SC=AAATAACATGCTTTTTTTTGT;SOR=2.387;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=23;WE=155732632;WS=155732606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	156275691	rs4870405	G	T	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=20;PP=983;SC=TCCAGAACTAGTCATTCAATT;SOR=1.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=156275699;WS=156275681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr6	157101072	rs1261893	A	C	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=23;PP=628;SC=GAACTTTCTCACACCTTTAGC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=157101080;WS=157101062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	157405761	rs3734440	G	A	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=14;PP=1105;SC=TCATCCAAACGTGTCACTCTA;SOR=1.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=157405769;WS=157405751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	157405930	rs3734441	G	A	8278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.060;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.901;SC=CCCCACATGCGTCCCCTCATC;SOR=0.083;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=201;TCF=103;TCR=98;TR=199;WE=157405938;WS=157405920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,328:0.99:331
chr6	157495951	rs372586664	AT	A	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.472;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr6	157713777	rs3199374	C	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=3;PP=256;SC=CACACATACTCTCCTGTGATG;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=157713785;WS=157713767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	158049351	.	C	CT	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr6	158068481	rs616538	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=462;SC=CCGCCCGCCCTGGTGGAATGG;SOR=3.180;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=158068489;WS=158068471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr6	158074504	rs636169	A	G	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=25;PP=1062;SC=GTGCTGCTGCATCTCTGGCTT;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=158074512;WS=158074494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	158322886	rs11367433	CT	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=0.034;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr6	158361899	rs912879	C	T	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=21;PP=1269;SC=GATTGATGTTCTGATTTGGGT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=158361907;WS=158361889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	158475941	rs2296510	T	C	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=17;PP=556;SC=GGAAAAACCATGGCCTCCTTG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=158475949;WS=158475931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	158487406	rs1009012	A	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=5;PP=715;SC=AGGCAGCCTCATCTGTCTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=158487414;WS=158487396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	158487734	rs3215807	C	CT	1640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=25;PP=1349;SC=ACGCTTGACCCTTTAGTGGCC;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=158487742;WS=158487724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr6	158490779	rs751873	C	T	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=28;PP=887;SC=TTTGACTTCCCCCTCCTCCCC;SOR=1.453;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=158490787;WS=158490769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr6	158497717	rs2296508	T	C	4922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=70;PP=1842;SC=AGTATGACGTTGGCTCAGCCG;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=127;WE=158497725;WS=158497707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr6	158499097	rs3831094	G	GT	1068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=9;PP=803;SC=ACGTGGGGTGGTTCGTGGCGC;SOR=1.308;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=19;WE=158499105;WS=158499087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	158499302	rs2296507	G	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=26;PP=745;SC=AGCTACAAGCGTCTGATCACA;SOR=0.886;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=158499310;WS=158499292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	158502137	rs2256014	G	T	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=382;SC=TGTTCCTAACGCAGACCTGTG;SOR=2.531;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=158502145;WS=158502127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	158502590	rs173263	C	A	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=21;PP=635;SC=ATCAATCCCTCTTTTTATGTG;SOR=0.804;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=38;WE=158502598;WS=158502580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	158502664	.	TTTTC	T	695	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.9999;HP=23;HapScore=3;MGOF=31;MMLQ=24;MQ=56.43;NF=0;NR=14;PP=695;QD=49.8571428571;SC=TTTTTTTTTTTTTTCTCTGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=158502677;WS=158502654;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	158502669	.	T	C	314	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.9999;HP=2;HapScore=3;MGOF=31;MMLQ=27;MQ=56.43;NF=0;NR=5;PP=314;QD=69.7542425094;SC=TTTTTTTTTCTCTGAGACAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=5;WE=158502677;WS=158502654;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,5:0.33:15
chr6	158504981	rs2236401	C	T	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=42;PP=1729;SC=GAAGACTGAGCCTTTCCCCCT;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=99;WE=158504989;WS=158504971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr6	158505088	rs1744173	A	G	5418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=66;PP=2410;SC=ATCAGCCTGGAGTCTCGGACA;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=125;WE=158505096;WS=158505078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr6	158507981	rs2296506	G	A	6005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=122;PP=2965;SC=TCCCCAACCGGCCTCGGCCAC;SOR=2.333;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=110;TCR=123;TR=231;WE=158507989;WS=158507971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr6	158508076	.	T	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.618;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=38.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=5.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,38:0.27:141
chr6	158509750	rs350289	A	G	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=34;PP=1500;SC=GCACCCATGGACAGTATTCAA;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=81;WE=158509758;WS=158509740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	158517308	rs2502601	A	G	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=49;PP=1510;SC=CCAGATCATGAACACAAAACC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=158517316;WS=158517298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr6	158517451	rs2502600	A	G	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=9;PP=240;SC=CTCCCTCTAGACATCCCTCCA;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=158517459;WS=158517441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	158535720	rs150169784	T	TTATAAAATGAGATAATACATTCAAGGAA	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=118.35;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	158536116	rs2502604	A	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=27;PP=739;SC=CTTTCTTTTTAAAAAAAATGG;SOR=2.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=158536124;WS=158536106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	158538747	rs117813106	C	T	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=64;PP=1909;SC=GGTCTAAAGTCGCCTCTGTTA;SOR=0.995;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=105;WE=158538755;WS=158538737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr6	158734913	rs115104209	T	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=49.23;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	158734913	.	TCA	CTG	297	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=297;QD=90.1169687156;SC=CTAATTAGATTCAGGTCAGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=158734923;WS=158734911;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	158734914	rs59586926	C	T	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	158734915	rs34768693	A	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr6	158735087	rs9364951	C	T	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr6	158735090	rs7756620	T	C	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.66;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	158923434	rs9364968	G	C	10920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=121;PP=2965;SC=CCCAGAACACGTACACCCTCC;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=148;TCR=122;TR=269;WE=158923442;WS=158923424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr6	158924088	rs914690	T	C	7893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=103;PP=2965;SC=TGGGTGAGGATGTTTGGGTTC;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=212;WE=158924096;WS=158924078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr6	158924595	rs3749853	A	G	5621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=90;PP=2965;SC=CCGACCTCCAAAGCCACTTGG;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=63;TCR=90;TR=153;WE=158924603;WS=158924585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr6	158993341	rs34964890	CATA	C	2687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=13;PP=1572;SC=CCAGGCTGAGCATACTATGTC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=31;WE=158993351;WS=158993331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr6	158994577	rs4709217	T	G	4733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr6	159028476	rs3734475	G	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=409;SC=TTGAGAGGCTGGGGCAGGAGG;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=159028496;WS=159028466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr6	159028488	rs3734474	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=15;PP=377;SC=GGCAGGAGGACTGCTTGAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=159028496;WS=159028466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	159029237	.	CAGGTGCTGACCCCGCAGAGGTATGGGGTGCTCTCTGCT	C	1226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=10;PP=2853;SC=TGCTGTCTGCCAGGTGCTGAC;SOR=2.252;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=25;WE=159029282;WS=159029227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,45:0.96:47
chr6	159029342	rs6925091	G	C	4837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=44;PP=2506;SC=TTTCCACATGGATTTCTGCCC;SOR=1.110;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=120;WE=159029350;WS=159029332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr6	159029873	rs189304472	TA	AT	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=14;PP=815;SC=CTCACGCCTGTAATCCCAGCA;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=159029882;WS=159029863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	159046076	rs6905898	T	G	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=8;PP=482;SC=GTGGTGGTGCTGGGAGGAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=159046084;WS=159046066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr6	159047536	rs16900886	C	T	3152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=42;PP=2051;SC=GGGAGGTCAACCCTTGTCCAA;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=104;WE=159047544;WS=159047526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	159049367	rs4708800	T	C	7007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=82;PP=2965;SC=ATGGGGTGAATAGAGAATTCT;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=84;TCR=82;TR=163;WE=159049375;WS=159049357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr6	159050889	rs2278612	C	T	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=30;PP=874;SC=GGCCAGTTAGCGGGCACAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=159050897;WS=159050879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr6	159065758	rs2306751	C	G	6008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=86;PP=2773;SC=CCGGCGCGTCCCCTCCGGCTC;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=65;TCR=86;TR=151;WE=159065766;WS=159065748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr6	159178345	rs901363	C	T	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr6	159181885	rs3127155	G	A	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=381;SC=TCCTTTCTACGTCCCCGTGCC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=159181893;WS=159181875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	159183351	rs9347251	T	C	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=26;PP=763;SC=TAACAACACATATTAAAGACC;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=159183359;WS=159183341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr6	159184462	rs2291387	A	G	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=35;NR=45;PP=1338;SC=TGAGGCAGTCAAGCTTGGAGT;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=80;WE=159184470;WS=159184452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr6	159185427	rs7775997	G	A	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=1;PP=126;SC=ATGTGGACTTGAGGTGAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=159185435;WS=159185417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	159185563	rs3123101	T	A	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=20;PP=909;SC=GCATGCTCACTATCGAAGCTC;SOR=0.953;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=159185571;WS=159185553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr6	159188128	rs2242318	A	G	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=36;PP=1478;SC=ATTAAGCAGCATTGGTCTAGT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=159188136;WS=159188118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	159191788	rs3212308	C	T	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=19;PP=780;SC=AGCCCCAGGGCGCCTGACCTC;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=48;WE=159191796;WS=159191778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	159192045	rs1038537	A	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=281;SC=GGGCCACCCTAGCCTGCTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=159192053;WS=159192035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	159192575	rs3127181	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=489;SC=TCTCGGCACTAGGAATGTGCA;SOR=2.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=24;WE=159192583;WS=159192565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr6	159197371	rs9346767	T	C	3186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=37;PP=1765;SC=ACAGTATAACTTGTCCGTTAC;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=94;WE=159197379;WS=159197361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	159204426	rs7769862	T	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	159204786	rs3123111	C	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=396;SC=TAAATTAAGGCGCCTTGTGTA;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=159204794;WS=159204776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	159205475	rs3127217	T	C	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=2;PP=227;SC=TGAGCTAAACTGCTTCTTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=159205483;WS=159205465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	159205632	rs9364995	C	T	3680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=36;PP=1677;SC=CATGCTGGAGCGCACGGAGAT;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=88;WE=159205640;WS=159205622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr6	159205668	rs3103003	G	A	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=56;PP=1891;SC=GCAGGGCACAGCACTCACTTG;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=115;WE=159205676;WS=159205658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr6	159210662	rs140055516	TTTTC	T	1898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=17;PP=872;SC=AGTTTTTCTCTTTTCTTTGAG;SOR=1.455;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=159210673;WS=159210652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	159291490	rs6455609	G	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=321;SC=AACACATCAGGAAACCTCAAA;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=159291498;WS=159291480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	159590734	rs295332	T	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=198;SC=GGCGGCGGCCTCAGGTACGCG;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=159590742;WS=159590724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	159650722	rs57447691	C	T	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=204;SC=GGTGACTTGGCGTGCATTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=159650730;WS=159650712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	159652931	rs420137	G	C	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=27;PP=1235;SC=GGCGGATGTTGAGCAGAACAC;SOR=0.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=64;WE=159652939;WS=159652921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	159653635	rs381639	C	G	9871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=0.278;SC=CCTCGCCGGCCCGGAGGACCC;SOR=0.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=119;TCR=89;TR=205;WE=159653643;WS=159653625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,377:1.00:378
chr6	159654487	rs404435	G	T	9245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=100;PP=2965;SC=CTGCTCGTCCGCCCGCAGCAC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=95;TCR=100;TR=195;WE=159654495;WS=159654477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr6	159654551	rs370434	C	G	9583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=94;NR=98;PP=2965;SC=CCGGGCCCCACAACAGCAGCC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=95;TCR=98;TR=192;WE=159654559;WS=159654541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr6	159654994	rs402388	A	C	3879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=57;PP=2250;SC=GCGCCCGGGTACCCAGCAGGG;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=96;WE=159655002;WS=159654984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr6	159655084	rs420054	C	G	4420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.034;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=46;PP=1850;ReadPosRankSum=-1.610;SC=CCGAGGACGACGAGGAGGAGG;SOR=0.110;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=94;WE=159655092;WS=159655074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chr6	159655102	rs436743	A	G	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=51;PP=2064;SC=AGGACGCGGGATTTTTTAAAG;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=106;WE=159655110;WS=159655092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr6	159655326	rs3003174	T	C	6520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=46;PP=2626;SC=CCTTCCCGACTGCCGCCTCGC;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=87;TCR=47;TR=133;WE=159655334;WS=159655316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr6	159655383	rs2501176	A	G	19265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=122;NR=99;PP=2965;SC=CCCTGGCCGCAGTACACCACG;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=122;TCR=100;TR=221;WE=159655391;WS=159655373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr6	159655402	rs2932988	A	G	21495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=120;PP=2965;SC=CGCGCGCCCCACCTGGCCACT;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=256;TCF=133;TCR=123;TR=252;WE=159655410;WS=159655392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,543:1.00:543
chr6	159655593	rs2501177	C	T	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=41;PP=1119;SC=TATTCTATTGCATTTAGCACC;SOR=3.037;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=159655601;WS=159655583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr6	159657195	rs420339	G	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=2;PP=760;SC=CCAACTTCCCGGGCATGTTGA;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=159657203;WS=159657185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	159659481	rs419836	C	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=407;SC=ACTCACATTACGGTTTCCTTC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=159659489;WS=159659471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr6	159659523	rs450538	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=7;PP=548;SC=TACATATATAATTGGACTAAT;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=159659531;WS=159659513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	159659747	.	G	A	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=42;PP=1222;SC=ATTAGCCATAGAATTACAGCT;SOR=1.468;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=60;WE=159659755;WS=159659737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	159660779	rs141435210	GCCACCACCCGCCGCACGA	G	1813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=10;PP=2976;SC=GCCCACCACTGCCACCACCCG;SOR=0.843;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=19;WE=159660804;WS=159660769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	159660879	rs386360	C	A	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=1.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	159669953	rs28487880	G	C	535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=360;SC=GTGTGTGTGTGTGTCTGTCTG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=159669961;WS=159669943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	159670276	rs294907	A	G	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=24;PP=676;SC=TTGAAGAAAAACATTACTAAT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=159670284;WS=159670266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	159672419	rs551392	G	C	8427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TGGACAGCCTGGATGAAATCA;SOR=0.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=107;TCR=99;TR=204;WE=159672427;WS=159672409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,326:1.00:327
chr6	159672542	rs550443	C	T	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=72;PP=2065;SC=GGGACAAAGCCACCCCAGGAG;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=39;TCR=73;TR=111;WE=159672550;WS=159672532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	159686177	rs616504	G	A	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=125;SC=CCTTGCACTCGTCATCCTGAT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=159686185;WS=159686167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	159689004	rs560889	C	G	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=31;PP=921;SC=AGGTGGGAGACAAGGATTAAT;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=159689012;WS=159688994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr6	159689049	rs695019	C	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=510;SC=CTGCCTTTGCCTTGTCATTCG;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=159689057;WS=159689039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr6	160114360	.	GC	G	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.414;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr6	160184137	rs112953742	AAC	A	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.773;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
chr6	160224203	rs56130537	A	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=16;PP=1177;SC=CCCACATAGTATCTGTGGGCG;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=160224211;WS=160224193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	160234796	rs41267789	T	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=30;PP=820;SC=CAGTGATGCCTGCTTGGGACT;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=160234804;WS=160234786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr6	160237190	.	C	CA	649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.61;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	160237192	.	C	G	581	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=47;MMLQ=24;MQ=57.67;NF=0;NR=14;PP=581;QD=43.9836580391;SC=TCCCCACCCCCCCACACCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=14;WE=160237200;WS=160237178;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,14:0.74:19
chr6	160237192	.	C	CCG	649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.61;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	160237662	.	C	CT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.489;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr6	160328620	rs220721	C	T	3611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=47;PP=1916;SC=CCATCTTGGTCGTGAAGATCC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=98;WE=160328628;WS=160328610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr6	160390241	rs8191692	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	160450401	rs57359755	CT	C	49.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;MQRankSum=-0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr6	160453561	rs4709390	T	G	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	160453978	rs1570070	A	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=3;PP=619;SC=TTTTAGGTTCATCCTATATTT;SOR=2.964;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=32;WE=160453986;WS=160453968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	160464289	rs894817	G	A	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=39;PP=1206;SC=AGGCACGAGGGTGTCCCGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=66;WE=160464297;WS=160464279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	160465456	rs3822842	C	T	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.09;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	160465486	rs66749494	TTGTC	T	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=3;PP=399;SC=AGTCACTTCTTTGTCTGCGTG;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=160465497;WS=160465476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	160465753	rs609207	T	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=386;SC=ATTCTTCATATCTCTGTTCCT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=160465761;WS=160465743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	160468278	rs998075	A	G	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=57;PP=1887;SC=GAGGCGGCACACCCTATAACA;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=104;WE=160468286;WS=160468268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr6	160468383	rs998074	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=21;PP=605;SC=GAATGTTTGTTCCTCATCGCG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=160468391;WS=160468373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	160468669	rs2282139	G	A	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=7;PP=624;SC=TTACTGGACAGTCTTCTTTTT;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=160468677;WS=160468659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	160479789	rs8191832	A	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=290;SC=TACTAACTGTACTAACATGCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=160479797;WS=160479779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	160479882	rs2274849	G	A	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=12;PP=643;SC=GTTCTTGTCTGTGGTGAGATA;SOR=0.840;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=33;WE=160479890;WS=160479872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	160481537	rs7746102	T	C	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=23;PP=1476;SC=GCGCCATGAATACTGTTCTGT;SOR=1.322;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=72;WE=160481545;WS=160481527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr6	160494409	rs629849	A	G	10037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=127;PP=2965;SC=GCCTGAGGCCAGGCCAACCAA;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=105;TCR=127;TR=232;WE=160494428;WS=160494399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr6	160505199	rs614754	C	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.41;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr6	160505207	rs1805075	A	G	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.95;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	160511250	rs1050026	T	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=20;PP=465;SC=AACAAAAACCTTGGTCTAATT;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=160511258;WS=160511240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	160517481	rs1803989	C	T	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=20;PP=1380;SC=ACGGCGATCTCGATGTCGTGT;SOR=1.188;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=66;WE=160517489;WS=160517471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	160524671	rs2297369	A	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=482;SC=AAATGCAGCCACCACCAGCCC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=160524679;WS=160524661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr6	160524773	rs2297370	T	A	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	160543123	rs1867351	T	C	5701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=61;PP=2538;SC=ACTGCCAGAGTCCTGGGGTGG;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=132;WE=160543131;WS=160543113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr6	160551093	rs4646272	T	G	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=562;SC=TCACACATGGTTCTGTGCTTT;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=160551101;WS=160551083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	160551204	rs683369	G	C	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	160551336	rs4646273	G	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=26.64;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr6	160557154	rs4646276	G	A	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=251;SC=CAGCCCCAACGTGGGGAGGGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=160557162;WS=160557144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	160560845	rs628031	A	G	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=25.17;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	160560897	rs113569197	CTGGTAAGT	C	5059.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=51;PP=2979;SC=TTTATCTCACCTGGTAAGTTG;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=56;WE=160560912;WS=160560887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr6	160579527	rs622591	C	T	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	160668186	rs3219195	CCT	C	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=4;PP=398;SC=TTCTCCATCCCCTGATTTGAT;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=160668195;WS=160668176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr6	160668389	rs2279463	A	G	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=26;PP=715;SC=CCCATCCCCCATTTTTTTATA;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=160668397;WS=160668379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr6	160670282	rs316019	A	C	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=44;PP=2206;SC=TTGGGCAGAGAAACTGTGAAC;SOR=0.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=110;WE=160670290;WS=160670272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr6	160830047	rs71033578	C	CT	95.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=1.221;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr6	160858188	rs2292334	G	A	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=31;PP=1176;SC=TCCCCTTTGCGGCAAGCAATA;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=160858196;WS=160858178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr6	160868668	rs3918286	A	G	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=163;SC=GAGCAACATGATGGCTTCAGA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=160868676;WS=160868658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	160868687	rs3918287	GC	G	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=4;PP=317;SC=GAGTGAGCAGGCCCCATGGGA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=160868695;WS=160868677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	160872151	rs1810126	C	T	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=57;PP=1727;SC=CAAAGCTGTGCCTTGCAGAGA;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=92;WE=160872159;WS=160872141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	160952838	rs3124784	G	A	4845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=10.265;NF=77;NR=72;PP=2830;ReadPosRankSum=2.234;SC=TTATTGGGGCGTGCACAGCCA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=77;TCR=72;TR=149;WE=160952846;WS=160952828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,182:0.98:186
chr6	160953035	rs3127596	A	G	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=32;PP=917;SC=CAAATCAGAAAGGAACTTATG;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=160953043;WS=160953025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr6	160969629	rs1801693	A	G	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=22;PP=741;SC=GCTGGGGTCCATGGTAAAACA;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=160969637;WS=160969619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	160969738	rs10755578	C	G	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=31;PP=1036;SC=GAAGAATATTCAGGGACATCC;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=160969746;WS=160969728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr6	161162406	rs4252170	T	C	6201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=76;PP=2036;SC=ATGTGGTCGCTGACCGGACCG;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=65;TCR=77;TR=141;WE=161162414;WS=161162396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr6	161173946	rs11060	T	G	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=55;PP=2134;SC=ACAGTGGAGGTCCTCTGGTTT;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=120;WE=161173954;WS=161173936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	161469455	rs9346846	T	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=3;PP=73;SC=AAATGGATAATTTTTTTTAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=161469463;WS=161469445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	161469774	rs4559074	G	A	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=44;PP=2101;SC=GAGCGTGATCGTAAAAAAAAT;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=114;WE=161469782;WS=161469764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr6	161502094	rs9347479	C	T	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=548;SC=TGCTTCTGAACGCGACGCTCC;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=28;WE=161502102;WS=161502084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	161509003	rs9355332	T	A	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=456;ReadPosRankSum=-0.581;SC=CTCATCTCCATCTTTGCAGCA;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=21;WE=161509011;WS=161508993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr6	161517964	rs2177587	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr6	161519350	rs5881391	CCTGCTG	CCTG,C	5321.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.252;NF=44,44;NR=47,47;PP=2992,63;ReadPosRankSum=0.351;SC=CCATGGCAGCCCTGCTGCTGC;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=91,91;WE=161519363;WS=161519340;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.98:199
chr6	161523834	rs35527826	TA	T	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=1.615;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr6	161531006	rs4709493	G	C	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=192;SC=GCCCGTGGGAGGTGCTCTGAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=161531014;WS=161530996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	161532855	rs35961625	CT	C	6688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=75;PP=2974;SC=ACAACTACTTCTTTTCTTTTT;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=29;TCR=80;TR=102;WE=161532863;WS=161532845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr6	161557703	rs6455706	A	G	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=48;PP=1460;SC=GGAGTAGCCCAAACAGACTAC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=161557711;WS=161557693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	161771361	rs74497568	T	C	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=36;PP=1025;SC=TCACAAGCAATACAAGGGCAG;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=161771369;WS=161771351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr6	162622304	rs4709583	A	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=24;PP=772;SC=AAAAAGCAGAAGAAGTGGCTA;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=162622312;WS=162622294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr6	163235158	rs111431655	A	AT	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.623;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,22:0.20:108
chr6	163587146	rs1124951	C	G	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=29;PP=1399;SC=GGCTGCAGGGCTTGGCGCGGG;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=163587154;WS=163587136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr6	163587308	rs12198808	A	G	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr6	163611793	rs6907521	C	T	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=11;PP=850;SC=TCTCTTATACCAAAAAGCCCA;SOR=1.758;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=45;WE=163611801;WS=163611783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr6	163612152	rs6908111	C	T	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=9;PP=245;SC=TATGTATTCACCCTTAGTCCA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=163612160;WS=163612142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	163612783	rs6937392	C	A	13292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=1.157;SC=AGAGCCATGACGTCCCTCTGC;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=291;TCF=115;TCR=176;TR=289;WE=163612791;WS=163612773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,503:1.00:504
chr6	163733793	rs56761274	T	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	163836085	.	CGCGGGAGCCAGA	C	309.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=506;SC=CGGGGCTCGGCGCGGGAGCCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=163836104;WS=163836075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	163836175	.	CCGG	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.26;ReadPosRankSum=0.762;SOR=1.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,9:0.10:86
chr6	163837086	rs4055815	TGGGG	T	109	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr6	164962906	rs141835494	CTTCTTTCTTTCCTCT	C	233.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.96;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	165108555	rs79222572	T	G	8616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=4.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.116;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=97;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.919;SC=AATATTCCCCTGATATATGTT;SOR=0.449;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=201;TCF=104;TCR=97;TR=198;WE=165108563;WS=165108545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,344:0.99:347
chr6	165693624	rs1413100	C	T	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=24;PP=639;SC=GAAATGAATACCATAGGTTAG;SOR=1.501;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=165693632;WS=165693614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	165694945	rs1333501	C	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=144;SC=TGCTCTAGTTCTTTTATCATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=165694953;WS=165694935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	165703633	rs5881641	CA	C	112	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=142;SC=GTATTATTAACAATATTATGT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=165703641;WS=165703623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr6	165808605	rs220792	T	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=10;PP=787;SC=GAGGCATATATGTAGAAGGAG;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=165808613;WS=165808595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	165827194	rs220749	A	G	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr6	165832227	rs220740	C	T	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=61;PP=1786;SC=CCTGGAAAAGCGCACAACGAT;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=100;WE=165832235;WS=165832217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr6	165845027	rs148704004	AATATACTATATATC	A	483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=833;SC=TACTATATATAATATACTATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=165845049;WS=165845017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	165863695	rs57550533	C	CA	3976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=30;PP=2250;SC=AATCTTTGCCCATTTTTTCTA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=51;WE=165863703;WS=165863685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr6	165989776	rs1410479	C	T	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=16;PP=1452;SC=AAACAAAGTTCTCATCAATTG;SOR=1.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=66;WE=165989784;WS=165989766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	165989849	rs73022128	T	C	5590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=59;PP=2730;SC=TTCCTGTCTATCTGAATGTCC;SOR=1.001;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=148;WE=165989857;WS=165989839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr6	166075362	rs6456003	G	T	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=17;PP=877;SC=CACCCAGCAGGCCAAGCCCCC;SOR=1.146;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=166075370;WS=166075352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr6	166401464	rs371673740	CGT	C	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=-1.164;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr6	166401512	rs697475	T	A	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.071;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=936;ReadPosRankSum=-1.173;SC=TTGGGGGTGCTTGTGCTCTCA;SOR=0.123;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=44;WE=166401520;WS=166401502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr6	166574246	rs3127334	G	A	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=594;SC=AGGACTAAGGGCCTATGGGAA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=166574254;WS=166574236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	166576229	rs9459597	G	T	228.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	166576233	.	TC	T	219.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.63;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	166576239	.	T	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=76.02;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	166578025	rs9459599	C	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.31;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	166578165	.	G	GA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr6	166579270	rs2305089	C	T	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=24;PP=992;SC=GCGCTGTGGACCCCCAACTCT;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=166579278;WS=166579260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr6	166580188	rs1056048	G	A	10774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=145;NR=106;PP=2965;SC=TGTAGACGCAGCTGGGCGCCT;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=145;TCR=107;TR=251;WE=166580196;WS=166580178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr6	166581147	rs3099266	T	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	166720806	rs911203	G	C	5207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr6	166721211	rs13204594	G	T	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr6	166721224	rs7757150	C	G	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=16;PP=617;SC=GAGATTCAGGCAGAAGCGCGC;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=166721232;WS=166721201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	166721667	rs115389546	A	G	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=23;SC=GCCCCTGGAAAGAGAGGCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=166721675;WS=166721657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr6	166736235	rs35147403	CA	C	258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.90;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr6	166737980	rs4710041	G	A	6523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=70;PP=2965;SC=TGCTCGTCACGTCTCAGGCAA;SOR=0.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=171;TCF=99;TCR=72;TR=169;WE=166737988;WS=166737970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr6	166739684	rs10806847	G	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=9;PP=194;SC=TAGATTATAAGTTTGAGATCC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=166739692;WS=166739674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr6	166743160	rs12214812	A	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=8;PP=179;SC=CAGTAATACAATACCAATATT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=166743168;WS=166743150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	166755975	rs10862	T	C	15134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr6	166755979	rs11168	A	C	15339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr6	166756130	rs2294335	G	C	5696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.87;ReadPosRankSum=1.264;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,211:1.00:212
chr6	166796433	rs1546854	C	A	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=59;PP=1742;ReadPosRankSum=-0.861;SC=AATGACACCCCGGCCAACCCC;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=80;WE=166796441;WS=166796423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr6	166862136	rs7746519	G	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=4;PP=521;SC=CCTATGCTCCGTGCTCCCACA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=166862144;WS=166862126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr6	167271711	rs943687	T	C	10320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
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chr6	167411214	.	G	A	461	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=195;MMLQ=22;MQ=53.41;NF=9;NR=2;PP=461;QD=45.0701102316;SC=CCAGAGACGTGTTTGGAAGCC;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=11;WE=167411222;WS=167411201;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,11:0.29:38
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chr6	167440128	rs2282861	C	T	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=22;PP=927;SC=AGTTTTTGTGCTGATCGTTTT;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=167440136;WS=167440118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	167440244	rs2282860	T	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=28;PP=738;SC=ATGGCTTTTATGTGTTCAGGA;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=167440252;WS=167440234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	167453519	rs368396376	A	AT	708.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=0.978;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.886;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,50:0.77:65
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chr6	167571048	rs6902566	T	C	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.09;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr6	167587493	rs201243713	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.670;NF=16;NR=32;PP=600;ReadPosRankSum=-1.372;SC=TATCATTTGCGTCGTGTAAAA;SOR=0.643;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=146;TCF=59;TCR=87;TR=48;WE=167587501;WS=167587483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,36:0.19:188
chr6	167590454	rs71571482	G	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.80;QD=26.15;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr6	167590541	rs3737098	G	A	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.00;QD=24.58;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	167590574	rs2989541	G	C	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.77;QD=25.22;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr6	167592464	rs60509455	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.25;QD=29.05;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	167592524	rs2989545	T	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=759;SC=TCCCGAAGTCTGCAAAACTCC;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=167592532;WS=167592514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	167592576	rs60976240	G	A	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=25;PP=947;SC=AGGCCGCCACGCTGCAGGAGC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=167592584;WS=167592566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr6	167592656	rs4710193	G	C	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=31;PP=825;SC=CTGTAAAGTGGGGGGCTTTCT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=167592664;WS=167592646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	167622070	rs671511	C	T	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=11;PP=690;SC=TCTAAGAAAACTCTCTGGCTG;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=167622078;WS=167622060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr6	167622205	rs28588506	G	A	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=35;PP=1231;SC=GACTCCACGCGCTCCACAAGC;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=167622213;WS=167622195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr6	167717659	rs2072765	C	T	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=25;PP=682;SC=TCAGGCCATGCGTGGCATCAC;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=167717667;WS=167717649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr6	167721253	rs3817768	C	G	10392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr6	167728756	rs200765194	T	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.89;QD=29.22;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	167728774	rs663606	T	C	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.33;QD=27.55;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr6	167752312	.	G	GTTCCTTCC	720.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.79;QD=42.40;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	167753691	rs877653	C	T	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=36;PP=1324;SC=TGGTGCAAAGCGTCCTCCTGG;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=167753699;WS=167753681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr6	167754661	rs909545	A	G	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=58;PP=2429;SC=AAATGAGGGGAGAGAAGCCAG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=167754669;WS=167754651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr6	167754702	rs909546	C	T	4331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=60;PP=2064;SC=CCAACATCGACGCTGCAAAAA;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=109;WE=167754710;WS=167754692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr6	167771426	rs4616972	G	A	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.87;QD=27.54;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr6	167786551	.	T	G	98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=43.62;NF=6;NR=1;PP=98;QD=18.9673160782;SC=TAGTTTTGGGTTTTTTTTTAA;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=167786559;WS=167786541;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,7:0.41:17
chr6	167786750	rs143094588	C	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQRankSum=-10.357;QD=0.38;ReadPosRankSum=-1.889;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,39:0.12:329
chr6	167786961	rs151165498	G	T	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=9.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-1.647;QD=22.17;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,61:0.59:104
chr6	167786961	.	GGC	TGT	2422	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=54.54;NF=10;NR=47;PP=2422;QD=43.4292609625;SC=TAAGTCAGTGGGCGCGGCTGA;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=105;TCF=14;TCR=91;TR=57;WE=167786971;WS=167786951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
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chr6	167907609	.	T	TAC	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=181;SC=CAAATACACCTACACACATGC;SOR=3.258;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=167907617;WS=167907599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr6	167907677	.	T	TACAC,TACACAC	1740.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.51;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=13,13;NR=10,10;PP=611,162;SC=CACTGATACATACACACACAC;SOR=1.721;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=23,23;WE=167907685;WS=167907667;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.16,0.84:45
chr6	168228026	rs201871553	T	TC	54.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.08;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr6	168265102	rs2301530	A	G	2241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=36;PP=1122;SC=ATCTCTCTACATTAGTCTCAG;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=61;WE=168265110;WS=168265092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr6	168323754	rs639777	G	A	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=42;PP=1169;SC=TTTTAAAATCGCTGTTAAATA;SOR=1.204;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=64;WE=168323762;WS=168323744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	168430555	rs60520213	TA	T	38.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=35;SC=GAACACCTCATAAGGGTCCCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=168430563;WS=168430545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr6	168457801	rs3734898	A	G	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=15;PP=670;SC=CCTGTGGTGGAGCCTCTCCGA;SOR=0.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=168457809;WS=168457791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr6	168459845	rs1548349	G	C	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=23;PP=792;SC=GTCCTGACCTGGGTGCAGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=168459853;WS=168459835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr6	168467624	rs73028331	G	A	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=41;PP=1851;SC=TAAAGTCGAAGCTCAGGTGTC;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=102;WE=168467632;WS=168467614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr6	168467737	rs3816861	G	A	6562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=73;PP=2468;SC=GGCGGGCTTCGGGCGGGCACA;SOR=0.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=137;WE=168467745;WS=168467727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr6	168468186	rs6906979	G	T	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=24;PP=1046;SC=GTGTCACCGTGTGTTCAAAAC;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=168468194;WS=168468176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr6	168475764	rs9364396	G	T	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=7;PP=696;SC=GTACATGTGAGTGGTGTGTAA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=168475772;WS=168475754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	168475822	rs3816859	A	G	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=22;PP=1532;SC=AGAGTGGTGTATAACTGTGTA;SOR=1.532;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=76;WE=168475830;WS=168475812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr6	168476198	rs2306943	A	G	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=477;SC=CCATCAGAGCACCTGTGAGTG;SOR=2.531;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=22;WE=168476206;WS=168476188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	168476532	.	CGTGTCCACATTTCCGGTGCCCGGTGTCCACATTTCCGGCGTCCCGTGTCCACATTTCCGGTGCCCG	C	755	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=60.51;NF=0;NR=4;PP=755;QD=197.5;SC=TCCGGCGTCCCGTGTCCACAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=4;WE=168476605;WS=168476522;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,4:0.20:20
chr6	168479604	rs34054991	G	A	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=37;PP=1798;SC=GCAGCAGCACGAGGACATCCC;SOR=1.138;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=100;WE=168479612;WS=168479594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr6	168479790	rs11750985	C	T	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=52;PP=1693;SC=CGTTACTCGGCCCTCCCCCGC;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=89;WE=168479798;WS=168479780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr6	168482110	rs4708429	C	T	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=26;PP=896;SC=GGGCAGTGGACGGGCAGAGGC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=51;WE=168482118;WS=168482100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr6	168482329	rs4708430	C	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=8;PP=185;SC=AATGCTGTTCCGTGGTGAGAA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=11;WE=168482337;WS=168482319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	168708751	rs10945499	A	G	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=18;PP=1091;SC=GGGTGGACTCAGAACAGGAGC;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=168708759;WS=168708741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr6	168708793	rs10945500	C	G	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=30;PP=1586;SC=GGGCTGGCCTCCGCTGGAGCC;SOR=1.156;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=168708801;WS=168708783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr6	168708816	rs10945501	T	G	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=38;PP=1632;SC=CCCCTCCCTGTGGGCCAGTGG;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=85;WE=168708824;WS=168708806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr6	168709385	rs6925614	T	C	12880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=123;NR=142;PP=2965;SC=CTGTTCTCCCTCGCTACCCTT;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=266;TCF=124;TCR=142;TR=265;WE=168709393;WS=168709375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr6	168927213	rs12111003	G	A	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=203;SC=GAAGGCAGGTGGGGGGAGCCG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=168927221;WS=168927203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	168928225	rs2224209	G	A	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=157;SC=AGCCACTGCCGCAGAAAGCAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=168928233;WS=168928215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	168928251	rs2609287	C	T	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=4;PP=276;SC=GCCTCGCAGCCGTGAGGCGCT;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=168928259;WS=168928241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr6	168928519	rs2609286	C	T	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=17;PP=464;SC=CCAGTTTGGCCGGCATTGTGA;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=168928527;WS=168928509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr6	169055891	rs34108025	C	T	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.87;QD=25.06;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr6	169065126	rs9364271	G	A	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=17;PP=581;SC=TGTTGCCCAGGCTAGTTTCGA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=169065134;WS=169065116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr6	169617840	rs12435	A	G	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=11;PP=384;SC=GAGAGAAGCCACAAGGACCAC;SOR=0.954;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=25;WE=169617848;WS=169617830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	169617934	rs58423957	GA	G	563.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.442;NF=2;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=-1.312;SC=TCTACAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=14;WE=169617942;WS=169617924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,32:0.89:36
chr6	169619687	rs9800623	G	A	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=5;PP=346;SC=GGATCCACCCGCCTTGGCCTC;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=169619695;WS=169619677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr6	169619933	rs113367461	T	TTTCCTTCC	3502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.53;QD=44.34;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr6	169620247	rs9393165	T	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=5;PP=356;SC=TTTCCCTTTCTGGGTGCCACA;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=169620255;WS=169620237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	169620450	rs140725844	AAAG	A	3013.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=26;PP=1510;SC=TGGTGTTTAAAAAGAAGAAGA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=169620460;WS=169620440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr6	169620541	rs36045897	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=275;SC=TGGATACTCCGCCCAGGGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=169620549;WS=169620531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr6	169621536	rs1132742	A	G	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=51;PP=1747;SC=TGATGTAGCCAGTCTTGGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=103;WE=169621544;WS=169621526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr6	169622490	rs9505895	G	A	9580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=119;PP=2965;SC=AGACGAAGCCGGCATAGTCGT;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=101;TCR=119;TR=218;WE=169622498;WS=169622480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr6	169622638	rs59244158	C	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=44;PP=1181;SC=GCCTGTAATCCCAGCACTTTG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=59;WE=169622646;WS=169622628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr6	169626195	rs73238295	C	T	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=236;SC=GCAGTTGTCACAGTGATCCCC;SOR=1.739;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=12;WE=169626203;WS=169626189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr6	169628169	rs11284439	CA	C	293.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.570;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr6	169629783	rs6422747	G	A	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr6	169629861	rs9505891	G	C	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=21;PP=677;SC=CCAGCATGGCGCCGAGGAAGG;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=169629869;WS=169629851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr6	169629910	rs6422748	G	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=17;PP=439;SC=AGCGGGAGCTGAGAGAGGAGC;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=169629918;WS=169629900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr6	169632219	rs35935937	G	A	6402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=70;PP=2233;SC=CGCTGAAGTGGCCCAGGTAGA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=61;TCR=70;TR=131;WE=169632227;WS=169632209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr6	169632608	rs57999146	C	G	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=641;SC=GCGGCCCAGCCGAGCAGGTGC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=169632616;WS=169632598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr6	169632651	rs11755960	C	A	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=857;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TCCCATGCCTCTCCCGGGCCA;SOR=0.412;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=56;WE=169632659;WS=169632641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr6	169633185	rs11756502	C	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=105;SC=CCCTGTGGGCCGTCAAACACT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=169633193;WS=169633175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr6	169637456	rs9283850	G	A	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=54;PP=1746;SC=CACAAGAAGCGGAGAGAGATC;SOR=1.219;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=84;WE=169637464;WS=169637446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr6	169637519	rs9283851	C	T	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=29;PP=886;SC=CCTTATTAACCGAGGAGCATC;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=169637527;WS=169637509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr6	169637763	rs9766671	G	C	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=35;PP=1362;SC=GTGTCTGGATGGAGGGCCCCA;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=169637771;WS=169637753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr6	169637911	rs9766678	G	A	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=54;PP=1806;SC=AAGCAAACACGGTGGCATCAG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=169637919;WS=169637901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr6	169640529	rs6906765	C	T	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=16;PP=1322;SC=CCCCAAGAGCCGTGTTCTGGG;SOR=1.905;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=63;WE=169640537;WS=169640519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr6	170118085	rs7760142	C	T	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=167;SC=AAAACCTTGACTTTTTAAAGT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=170118093;WS=170118075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	170591923	rs1033583	T	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=11;PP=806;SC=ATTTTACTTATTTTAAGAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=170591931;WS=170591913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr6	170594819	rs2255020	T	C	3038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=53;PP=1625;SC=CAGATGGACGTTGACTGTTGC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=87;WE=170594827;WS=170594809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr6	170595430	rs2747757	G	C	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=43;PP=1362;SC=CGCCAAGTACGTCCCAACAGG;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=63;WE=170595438;WS=170595420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr6	170598204	rs2295204	G	A	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=14;PP=705;SC=ATTTTTCTTGGGGGATGGGCA;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=170598212;WS=170598194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr6	170598227	rs2747756	T	G	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=21;PP=958;SC=CTCCGGGTGGTAGCGGTCGCG;SOR=0.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=53;WE=170598235;WS=170598217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr6	170626943	rs3800266	T	C	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=75;PP=2595;SC=CTTTGTGTTCTTTGCAGGAAG;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=59;TCR=76;TR=134;WE=170626951;WS=170626933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr6	170627586	rs6917485	G	T	24185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.58;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,596:1.00:596
chr6	170627614	rs6905356	T	C	24674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=40.25;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,613:1.00:613
chr6	170627695	.	A	ACCCTGAACCCAGGCAAGAAGTTCCCATGTGTACAGG	14919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DP=598;ExcessHet=3.0103;FS=2.127;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.85;MQRankSum=0.449;QD=45.21;ReadPosRankSum=2.241;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,327:0.99:330
chr6	170627761	rs6900199	A	G	18687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.25;MQRankSum=-0.592;QD=39.34;ReadPosRankSum=1.526;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,473:1.00:475
chr6	170627761	.	ATACAGACTCTGAAC	GTACAGACTCTGAAC,GTACAGGCCCTGAAG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=14;MQ=55.55;NF=208,59;NR=217,70;PP=2962,2924;QD=20;SC=GTTCCCATGTATACAGACTCT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=435;TCF=209;TCR=226;TR=425,129;WE=170627783;WS=170627751;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:435
chr6	170627797	rs9366138	A	G	19389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NR=208;PP=2965;SC=GTTCCCATGTATACAGACTCT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;WE=170627805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
chr6	170628009	rs9348266	T	G	11551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=0.791;SC=AGTTCCCATATGTACAGATCC;SOR=0.087;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=268;TCF=114;TCR=154;TR=264;WE=170628017;WS=170627999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,430:0.99:433
chr6	170632383	rs3800267	A	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=31;PP=836;SC=TAAAGGTTCTATTTGGAGTTG;SOR=1.108;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=46;WE=170632391;WS=170632373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr6	170845354	rs9348278	A	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=9;PP=508;SC=TGTATAAACTATATGTAGATA;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=170845362;WS=170845344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr6	170855389	rs17860774	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=24;PP=745;SC=TAATGGGACAAACAGTCACCC;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=35;WE=170855397;WS=170855379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr6	170858045	rs2076319	C	T	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=10;PP=694;SC=CTCACAACATCAAATCATTAC;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=170858053;WS=170858035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr6	170862336	rs10946279	G	A	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=32;PP=1053;SC=AACATCGCACGGCTGCGCCTG;SOR=0.900;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=55;WE=170862344;WS=170862326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr6	170871013	.	A	ACAG	2581	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MMLQ=24;MQ=58.87;NF=36;NR=65;PP=2581;QD=20;SC=AGCAACAACAACAGCAGCAGC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=118;TCF=40;TCR=78;TR=101;WE=170871027;WS=170870994;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,101:0.86:118
chr6	170871037	rs71815788	GCAACAGCAA	GCAGCAA,G	2698.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.634;NF=43;NR=71;PP=2989;ReadPosRankSum=1.513;SC=AGCAGCAGCAGCAACAGCAAC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=48;TCR=80;TR=114;WE=170871068;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.80:100
chr6	170871051	.	AGC	A	2698.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.16;MQRankSum=1.594;QD=27.26;ReadPosRankSum=2.730;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,80:0.81:99
chr6	170871054	.	AGCAG	A	1893.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=3.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.14;MQRankSum=1.838;QD=18.57;ReadPosRankSum=2.761;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr6	170878793	rs1042327	T	C	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=48;PP=1626;SC=AGATTCAGAATATGGTGGGGA;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=88;WE=170878801;WS=170878783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr6	170886531	rs8770	T	C	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=212;SC=GTAAGCAATCTGTCAACATCT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=170886539;WS=170886521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr6	170888208	rs960744	A	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=142;SC=ACCTGGCTGTACCAGTGTGCC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=170888216;WS=170888198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr6	170891444	rs17860836	T	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=22;PP=553;SC=AGTAAGCTGATGTTTTCATTT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=170891452;WS=170891434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr6	170892100	rs9295417	T	C	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr6	170892848	rs4140615	A	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=20;PP=579;SC=AAAAAAGAATACAGAGAAAAG;SOR=1.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=170892856;WS=170892838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr6	170892919	rs113114915	T	TACTC	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=508;SC=AAACTGAAAATAACAACAACA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=170892927;WS=170892909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	286468	.	G	GGACAGGTGAGCCCTTCCTTCCTCCCTCCATCCGC	1099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=19.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=18.96;ReadPosRankSum=1.395;SOR=3.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr7	286534	rs146778412	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=30;ReadPosRankSum=-1.940;SC=CCGGTGAGTGAGGCCGTCCTG;SOR=1.714;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=4;WE=286542;WS=286524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr7	295683	rs36173688	T	TG	2022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=10;PP=2041;SC=CTGGGATTGATGGGGAACTGT;SOR=3.750;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=53;WE=295691;WS=295682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	295734	rs141104417	C	A	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=25;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CAGAGCCCGGCCCGGCCTTGG;SOR=0.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=173;TCF=119;TCR=54;TR=78;WE=295742;WS=295724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,106:0.48:220
chr7	295960	rs144007479	T	A	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=46;PP=855;ReadPosRankSum=-0.277;SC=GGCGGAACCCTTGGCGGCGTT;SOR=0.637;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=48;TCR=122;TR=65;WE=295968;WS=295950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,99:0.40:250
chr7	296557	rs36164325	T	C	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=19;PP=1685;SC=CTGCTCCTCATGGCACGCGCC;SOR=2.277;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=65;TCR=21;TR=84;WE=296565;WS=296547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr7	299987	rs36138803	C	G	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=28;PP=805;SC=GAGACAGAGGCGCCGGACCTC;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=299995;WS=299966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	330822	rs36180337	A	C	4771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=116;PP=2130;ReadPosRankSum=-2.183;SC=CGGGTGTCCCAGCGTGGCGAC;SOR=0.650;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=355;TCF=118;TCR=237;TR=174;WE=330830;WS=330812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,242:0.51:472
chr7	330882	rs4077171	T	G	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=7.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
chr7	330882	.	TCA	GCG	2549	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=7;NR=45;PP=2549;QD=20;SC=CGCGGCGGCTTCAGGGAGGTC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=128;TCF=26;TCR=102;TR=52;WE=330892;WS=330872;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:76,52:0.41:128
chr7	330884	rs4077172	A	G	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=18.06;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,59:0.46:129
chr7	331086	rs36129019	G	A	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=4.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,83:0.60:138
chr7	331219	rs139216305	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=595;ReadPosRankSum=1.568;SC=CCGTCCGAGCCGCCCGCCGCT;SOR=0.499;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=63;TCR=11;TR=35;WE=331227;WS=331209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr7	331427	rs141537626	C	A	5602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=98;PP=2601;ReadPosRankSum=-1.708;SC=GGCTGGAGAACGTGGGACTCC;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=326;TCF=139;TCR=187;TR=165;WE=331435;WS=331417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,272:0.53:510
chr7	538277	rs34223855	G	C	4325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,119:0.44:271
chr7	538284	rs35782510	T	C	4272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.23;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,112:0.45:248
chr7	538348	rs12720025	A	T	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=620;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CAAGTTTTCAAGAAATTTCCA;SOR=0.530;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=39;WE=538356;WS=538338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr7	540518	rs2070958	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=-0.142;SC=GAGACCTGAATCTCCTCTCCT;SOR=0.603;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=12;WE=540526;WS=540508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr7	540741	rs1800814	G	A	8265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=833;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=134;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=0.417;SC=GCCGACGAAGGCAGCCACTCA;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=479;TCF=267;TCR=212;TR=234;WE=540749;WS=540731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:410,408:0.50:818
chr7	550399	rs192632660	A	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.95;QD=41.09;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	550407	.	AGGG	A	529.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.57;MQRankSum=2.166;QD=24.08;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr7	550409	rs183980841	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.57;MQRankSum=-1.816;QD=7.89;ReadPosRankSum=2.479;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr7	550412	.	AGGGGAGG	A	505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.11;MQRankSum=2.875;QD=15.80;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr7	550737	rs62433334	G	C	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=54;PP=1605;SC=ACCAGGGTAAGCCACAGGCCA;SOR=3.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=64;WE=550745;WS=550727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	551946	rs9692018	T	C	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=12;PP=848;SC=GGACTCACCCTGACCCGGCCC;SOR=0.866;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=43;WE=551954;WS=551936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	591125	rs71518309	C	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.716;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr7	618855	rs62431411	T	C	4261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=53;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CCTGCCCCAGTGCACACCCAG;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=146;TCR=100;TR=130;WE=618877;WS=618845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,214:0.51:421
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chr7	618938	rs3211362	A	G	5506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=88;PP=2371;ReadPosRankSum=0.394;SC=CCTGGACCACAATTTTCTCTC;SOR=0.710;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=328;TCF=159;TCR=169;TR=167;WE=618946;WS=618928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,288:0.48:604
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chr7	780687	rs62432212	T	C	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=505;ReadPosRankSum=-1.661;SC=GGTGTCCCTTTGTCCCTGTGC;SOR=0.613;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=97;TCF=22;TCR=75;TR=44;WE=780695;WS=780677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr7	780859	rs6943174	T	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.161;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=140;ReadPosRankSum=0.718;SC=CCACCTTTTCTGGGGTTGGGG;SOR=2.262;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=10;WE=780867;WS=780849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
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chr7	794471	rs34761279	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=-1.896;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,49:0.48:102
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chr7	803342	rs4495324	G	A	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=6;PP=525;ReadPosRankSum=0.533;SC=GGCCCGGCCTGTGTGGTTCTT;SOR=0.579;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=33;WE=803350;WS=803332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr7	808588	rs6973614	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=2.054;SC=GACTCGTGCTCTGGCGGGAGG;SOR=0.724;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=8;WE=808596;WS=808578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr7	808810	rs6946758	C	G	4741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=70;PP=1830;ReadPosRankSum=-2.083;SC=AGGGAGAAGGCTCACATCGCG;SOR=0.633;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=271;TCF=138;TCR=133;TR=135;WE=808818;WS=808800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,240:0.51:474
chr7	810219	rs4720951	T	C	4116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=57;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CTGTCCACCGTGCTGCTCAGA;SOR=0.599;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=223;TCF=93;TCR=130;TR=101;WE=810227;WS=810209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,215:0.50:433
chr7	813618	rs4719279	T	C	6748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.468;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=0.654;SC=CATTCATCCCTAGTCTGAAAC;SOR=0.916;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=410;TCF=245;TCR=165;TR=209;WE=813626;WS=813608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,323:0.51:637
chr7	813650	rs62432869	G	A	10603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=993;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=180;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.680;SC=GCACCTGTCCGGTCTCCTCAT;SOR=0.793;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=561;TCF=321;TCR=240;TR=303;WE=813658;WS=813640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:455,521:0.53:976
chr7	813867	rs6973746	C	G	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=5.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=62;PP=1405;ReadPosRankSum=0.174;SC=CGGTGGACACCGGCCGGGGAC;SOR=0.537;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=125;TCF=12;TCR=113;TR=70;WE=813875;WS=813857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,77:0.57:136
chr7	814612	rs34943122	G	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=297;ReadPosRankSum=0.069;SC=GGACAGATGTGAGTCACGTCG;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=23;WE=814620;WS=814602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr7	814788	rs3922641	G	A	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=983;ReadPosRankSum=0.223;SC=AAACTCATCAGGATTTATCCT;SOR=0.710;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=67;WE=814796;WS=814778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,127:0.51:247
chr7	821798	.	C	CGTGGCCGCCTCCCGACACGCGGCGTCAGAAACTCGGATCTTCCTGGCGTGGCCGCCTCCCGTCGCGCAGCGTCAGAAACTCGGATCTTCGT	7377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;QD=26.16;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,148:0.52:282
chr7	822475	.	G	A	4805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.782;ClippingRankSum=0.000;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.539;NF=95;NR=83;PP=2785;ReadPosRankSum=-0.134;SC=CCCATCCGGCGGCATCAGAAA;SOR=0.656;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=393;TCF=204;TCR=189;TR=178;WE=822483;WS=822465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,242:0.46:529
chr7	822523	rs4719314	A	G	7438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,364:0.51:715
chr7	825114	rs67721251	T	C	3580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=46;PP=1598;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TGGTTTCATGTTTGTTTCTGG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=199;TCF=113;TCR=86;TR=107;WE=825122;WS=825104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,179:0.52:343
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chr7	856320	rs6959154	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
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chr7	897492	rs10950789	A	G	2590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.457;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=37;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.980;SC=TCCTGCCCACAGTCGAGCACC;SOR=0.742;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=151;TCF=76;TCR=75;TR=71;WE=897500;WS=897482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,135:0.50:269
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chr7	925717	rs11543222	G	A	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1272;ReadPosRankSum=1.038;SC=GCAAGCACACGGAGGCCCGGG;SOR=0.740;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=171;TCF=86;TCR=85;TR=88;WE=925725;WS=925707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,136:0.49:277
chr7	925949	rs10226357	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=136;ReadPosRankSum=0.940;SC=CACTCTCAAGACTGGGGCTCT;SOR=0.121;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=925957;WS=925939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
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chr7	933234	rs35157448	T	A	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-0.556;QD=18.06;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr7	933240	rs34784960	C	CGGT	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-0.537;QD=21.16;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
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chr7	940181	rs10256887	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.016;NF=13;NR=13;PP=427;ReadPosRankSum=0.930;SC=TCTGCGTCGCCGGCCCCTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=26;WE=940189;WS=940171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,63:0.50:126
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chr7	940298	rs13224354	C	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=2;HapScore=2;MGOF=105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=227;ReadPosRankSum=-0.935;SC=GAGGCTGCAGCGCTGGGGTCC;SOR=0.914;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=23;WE=940306;WS=940288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr7	940724	rs11765973	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=445;ReadPosRankSum=-1.496;SC=TTGGAGCTGTGGCCCCTACCG;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=25;WE=940732;WS=940714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr7	943998	rs3824077	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=1.928;SC=GTGCTGGCGGCGCACCTGCTG;SOR=0.591;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=16;WE=944006;WS=943988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr7	944683	rs1881121	C	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.478;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=874;ReadPosRankSum=0.767;SC=ACCCCACCCCCGTCTGTGACT;SOR=0.996;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=62;WE=944691;WS=944673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,79:0.43:183
chr7	944993	.	CAGGGAAAGGGAAAGGGAAAGGAGAAA	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr7	1023995	rs34743661	A	AG	1585.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=1079;ReadPosRankSum=0.054;SC=AGGGGACCTAAGGGGGGTCTT;SOR=0.702;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=20;WE=1024010;WS=1023985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,47:0.31:151
chr7	1024002	rs3735689	T	C	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=1071;ReadPosRankSum=1.636;SC=CTAAGGGGGGTCTTGTGGGTG;SOR=0.731;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=28;WE=1024010;WS=1023985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,47:0.29:162
chr7	1024581	rs3824081	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=339;ReadPosRankSum=-1.745;SC=TGTATCTGCCTACAGGCATCT;SOR=0.379;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=22;WE=1024589;WS=1024571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr7	1026520	rs62433130	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=520;ReadPosRankSum=1.923;SC=GGGTCCATACCGGTCCTGCAC;SOR=0.564;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=39;WE=1026528;WS=1026510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,50:0.40:125
chr7	1040037	.	GGACGTGCCTGCCCCGCCGTGCACAGACCTCAGCCCCCAGGA	G	2574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=8.681;NF=10;NR=26;PP=2972;ReadPosRankSum=1.128;SC=GCCCCCGGGGGGACGTGCCTG;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=36;WE=1040085;WS=1040027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,68:0.48:141
chr7	1062527	rs3735686	G	A	4144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,210:0.52:407
chr7	1068186	rs115018039	G	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=3;PP=64;SC=GAGGCTCTCTGGCCGCCCGGG;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=1068194;WS=1068176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	1131356	rs3802141	T	C	5510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=80;PP=2085;ReadPosRankSum=2.045;SC=AGCTGCACGGTGCAGAGACAT;SOR=0.575;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=356;TCF=202;TCR=154;TR=175;WE=1131364;WS=1131346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,281:0.49:573
chr7	1131394	rs34497267	G	A	7550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CCCGGGGCGTGGGCCTGGAGA;SOR=0.572;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=421;TCF=245;TCR=176;TR=202;WE=1131402;WS=1131384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,374:0.49:764
chr7	1132153	rs3808352	G	A	4299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=63;PP=2087;ReadPosRankSum=-1.919;SC=TGATCCTCGCGGTGGTGCTGG;SOR=0.561;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=290;TCF=166;TCR=124;TR=140;WE=1132161;WS=1132143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,207:0.49:424
chr7	1132671	rs4266553	C	G	5637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=83;PP=2435;ReadPosRankSum=0.148;SC=GGAAACCTCACGACTGGTCAC;SOR=0.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=383;TCF=196;TCR=187;TR=166;WE=1132679;WS=1132661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,289:0.44:657
chr7	1133171	rs3808354	G	T	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=1102;ReadPosRankSum=0.229;SC=TCTGTGGAGCGCCCGCCGTCT;SOR=0.730;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=158;TCF=97;TCR=61;TR=78;WE=1133179;WS=1133161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,111:0.50:222
chr7	1133305	rs1133043	C	G	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.726;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,113:0.42:269
chr7	1167117	.	TA	T	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr7	1197994	rs12702435	T	C	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.636;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=43;PP=755;ReadPosRankSum=-0.610;SC=AAACGCACTGTGTGGGGAGCA;SOR=0.761;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=115;TCF=30;TCR=85;TR=59;WE=1198002;WS=1197984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,71:0.46:154
chr7	1473931	rs10266549	C	T	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=9;PP=794;ReadPosRankSum=1.221;SC=GGGAGGCAGGCGAGACCCCAG;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=47;WE=1473939;WS=1473921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,65:0.52:124
chr7	1474342	rs9986863	A	T	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=1215;ReadPosRankSum=-1.356;SC=GCCGTGCTCAACGCCGCAGCC;SOR=0.504;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=161;TCF=57;TCR=104;TR=82;WE=1474350;WS=1474332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,115:0.51:227
chr7	1474414	rs4473929	A	G	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=424;ReadPosRankSum=-1.898;SC=ACTGGCCACAATCCGCCCTGG;SOR=0.864;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=21;WE=1474422;WS=1474404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr7	1474621	rs145154210	GC	G	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.825;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.610;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr7	1474799	rs67046940	A	G	5918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=723;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=82;PP=2088;ReadPosRankSum=1.921;SC=ACGGGACCAGATGGCCATGAG;SOR=0.744;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=368;TCF=181;TCR=187;TR=156;WE=1474807;WS=1474789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:393,318:0.45:711
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chr7	1476596	rs10262345	A	G	4245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=-3.439;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,213:0.50:428
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chr7	1478644	rs4307249	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.045;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=522;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GCCCCCAGGTGGGGAGACAGA;SOR=0.428;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=79;TCF=17;TCR=62;TR=32;WE=1478652;WS=1478634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr7	1479444	rs28718334	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr7	1479449	rs112209154	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr7	1479764	rs59814665	AG	A	692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.918;NF=0;NR=16;PP=457;ReadPosRankSum=1.005;SC=CACCAGCCCCAGGGCCTGGCC;SOR=1.286;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=16;WE=1479772;WS=1479754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr7	1481919	rs4236408	C	A	13631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CTGAGGATTCCGCCAAGTTCC;SOR=0.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=172;TCR=128;TR=296;WE=1481927;WS=1481909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,519:1.00:520
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chr7	1484572	rs10435184	A	G	3023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=54;PP=1781;SC=GGGCTCCCCCACCCTGGGGTG;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=91;WE=1484580;WS=1484562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	1499072	.	A	T	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=376;ReadPosRankSum=-1.577;SC=CGGAACCGCCAGACCCACGGC;SOR=0.608;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=11;TCR=48;TR=25;WE=1499080;WS=1499062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr7	1516129	.	G	GCCTCTCCCGGATGGGCCACCC	3464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DP=416;ExcessHet=3.0103;FS=11.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=4.931;QD=17.24;ReadPosRankSum=0.961;SOR=1.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,70:0.35:201
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chr7	1518336	rs11977356	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.528;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
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chr7	1519361	rs9692164	A	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr7	1519892	rs4546558	C	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=290;ReadPosRankSum=-1.144;SC=GAGGCGGCAGCGAAGGCTGCA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=13;WE=1519900;WS=1519882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr7	1519946	rs7783971	A	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=215;ReadPosRankSum=2.181;SC=TGCAGCAGCAACGCTACCTGG;SOR=0.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=17;WE=1519954;WS=1519936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr7	1522157	rs10227674	T	C	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.704;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=22;PP=1121;ReadPosRankSum=-2.821;SC=CAGCAGCCCCTGCCCAAGCCC;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=145;TCF=99;TCR=46;TR=73;WE=1522165;WS=1522147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,116:0.54:216
chr7	1522175	rs10224038	A	G	8814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=57;PP=2965;ReadPosRankSum=1.385;SC=CCCAGCCTGGACCGTACCGGC;SOR=1.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=108;TCR=58;TR=164;WE=1522183;WS=1522165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,255:0.99:257
chr7	1523559	rs10235180	T	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=410;ReadPosRankSum=1.416;SC=GGTACCCAGCTGGCACCGAGC;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=32;WE=1523567;WS=1523549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr7	1526181	rs6969991	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.664;NF=27;NR=9;PP=591;ReadPosRankSum=1.234;SC=GATGACAGGCGTGAGCCACCG;SOR=0.713;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=36;WE=1526189;WS=1526171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr7	1526456	rs62435333	C	T	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.436;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=971;ReadPosRankSum=2.532;SC=ACAGGCCAGGCGGGTAGGACG;SOR=0.425;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=60;WE=1526464;WS=1526446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,65:0.51:127
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chr7	1527735	rs10267772	G	A	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=381;ReadPosRankSum=1.503;SC=CAGGGCGCCCGGTAGCATCCA;SOR=0.976;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=18;WE=1527743;WS=1527725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
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chr7	1534425	rs752791	A	G	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.747;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=433;ReadPosRankSum=1.028;SC=CCCGGCACACAGGAGCCCCAG;SOR=0.559;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=36;WE=1534433;WS=1534415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,45:0.42:107
chr7	1534593	rs752792	C	A	1900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-1.761;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,101:0.50:202
chr7	1535051	rs892530	A	G	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=508;ReadPosRankSum=-0.823;SC=CAGGGGCTGTACAGGGCCCCA;SOR=0.448;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=30;WE=1535059;WS=1535041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
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chr7	1538539	rs57092311	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=490;ReadPosRankSum=0.877;SC=CGGCAGGAAGACCACGCTGTG;SOR=1.002;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=29;WE=1538547;WS=1538529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr7	1538595	rs2289034	C	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr7	1538614	rs2289035	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.700;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=305;ReadPosRankSum=0.788;SC=CCCGCACCTTGGGGTTCTGCA;SOR=0.362;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=15;WE=1538622;WS=1538604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr7	1538877	rs750005	A	G	4434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=54;PP=1838;ReadPosRankSum=-1.229;SC=GGGACCGGGCAGGCACGCAGC;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=268;TCF=154;TCR=114;TR=131;WE=1538885;WS=1538867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,218:0.52:419
chr7	1539799	rs2304357	C	T	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.327;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=39;PP=1154;ReadPosRankSum=-1.143;SC=AGGGGCCCGGCTCAAACCTCA;SOR=0.421;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=137;TCF=83;TCR=54;TR=86;WE=1539807;WS=1539789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,131:0.56:233
chr7	1540049	rs2304358	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=0.673;SC=GGGCAGGGTCACCCCAAAGCC;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=12;WE=1540057;WS=1540039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr7	1542697	rs3752714	G	A	3174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=62;PP=1746;ReadPosRankSum=0.019;SC=TGGACAACGCGGCCGCCGCAT;SOR=0.734;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=194;TCF=81;TCR=113;TR=105;WE=1542705;WS=1542687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,143:0.57:253
chr7	1542814	rs3752715	T	C	2217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=768;ReadPosRankSum=-1.697;SC=TGAAGTCTCCTGGGGGAGGGT;SOR=0.827;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=64;WE=1542822;WS=1542804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,114:0.58:198
chr7	1543476	rs145605530	T	TCCCCAAAGAC	2289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=47.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.928;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.331;SOR=2.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,130:0.32:406
chr7	1543981	rs1369011	C	A	5447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=1841;ReadPosRankSum=-1.781;SC=GCGACCGGAGCGCCGCCGCCG;SOR=0.596;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=223;TCF=121;TCR=102;TR=116;WE=1543989;WS=1543971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,267:0.54:499
chr7	1544128	rs2278460	G	T	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.375;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=56;PP=1440;ReadPosRankSum=1.867;SC=CCGGCCTGATGCCTGCAGCGC;SOR=0.509;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=157;TCF=55;TCR=102;TR=89;WE=1544136;WS=1544118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,88:0.56:156
chr7	1574403	rs4720833	A	G	6576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=685;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.004;NF=96;NR=90;PP=2487;ReadPosRankSum=-1.403;SC=AGCGAGCGGCAGCCCCGATGC;SOR=0.626;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=377;TCF=183;TCR=194;TR=186;WE=1574411;WS=1574393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,341:0.50:683
chr7	1574562	rs4720834	T	C	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=708;ReadPosRankSum=-1.873;SC=TCCTAAAAGATAAGGTCTTGC;SOR=1.018;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=76;TCF=16;TCR=60;TR=36;WE=1574570;WS=1574552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,35:0.47:74
chr7	1586600	rs751413	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=-0.663;SC=ACAGGTCCTCCGAGGGGATCA;SOR=0.573;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=11;WE=1586608;WS=1586590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,25:0.36:69
chr7	1586653	rs112463195	A	AGCC	943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr7	1586662	rs3779607	T	C	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.238;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.969;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
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chr7	1588391	rs3814481	A	G	3033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=50;PP=1472;ReadPosRankSum=0.575;SC=CCCTAGAGCCACCGCCGCTGC;SOR=0.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=80;TCR=94;TR=93;WE=1588399;WS=1588381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,155:0.50:312
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chr7	1589417	rs10237660	T	G	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=713;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TCCGCCTCGTTGGGCCCCACT;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=71;TCR=59;TR=53;WE=1589425;WS=1589407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,77:0.48:162
chr7	1590368	rs6463921	A	G	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.02;SOR=1.282;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	1590368	.	ACTGGCCAT	GCTGGCCAC,GCTGGCCAT	922	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=20,53;NR=11,28;PP=389,922;QD=14.2731572536;SC=TGCCCTGGGGACTGGCCATGG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=31,81;WE=1590384;WS=1590358;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.38:81
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chr7	1590443	rs2304361	T	C	3371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.376;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=782;ReadPosRankSum=-0.170;SC=TGACGCAGCCTGGCGCCCACC;SOR=0.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=188;TCF=105;TCR=83;TR=76;WE=1590451;WS=1590433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,177:0.48:367
chr7	1627612	rs185988630	A	G	5325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=78;PP=1843;ReadPosRankSum=0.211;SC=GTCTACCCACATCCACACCTC;SOR=0.823;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=277;TCF=126;TCR=151;TR=132;WE=1627620;WS=1627602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,273:0.49:560
chr7	1627632	rs7800178	T	C	4696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=77;PP=1537;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CACAGCCACCTGATGGGGAAG;SOR=0.871;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=251;TCF=109;TCR=142;TR=124;WE=1627640;WS=1627622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,246:0.48:512
chr7	1657769	rs142503986	T	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=270;ReadPosRankSum=-0.144;SC=CAGTGGGGGCTTTGAAGCCTT;SOR=1.099;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=21;WE=1657777;WS=1657759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr7	1657844	rs10225166	A	C	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.112;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=912;ReadPosRankSum=1.431;SC=GGGGAGAGGCACAGGCTGGGA;SOR=0.335;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=1657852;WS=1657834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr7	1657923	rs12702990	T	G	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=594;SC=TATGTAGGGGTGTGTGTGTGC;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=1657931;WS=1657913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	1733102	rs4720922	G	T	7098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.550;SC=GGTGCACCCAGACAGGTGCGT;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=119;TCR=78;TR=195;WE=1733110;WS=1733092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,270:0.99:272
chr7	1785738	rs61236605	G	A	4736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.181;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=76;PP=2224;ReadPosRankSum=1.561;SC=ACCTGCCTGCGGCCGGCGAGG;SOR=0.761;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=250;TCF=117;TCR=133;TR=140;WE=1785746;WS=1785728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,229:0.57:399
chr7	1878377	rs3889573	A	G	6318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=73;PP=2965;SC=ATAGACTGTGATGATGGCTGC;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=111;TCR=73;TR=183;WE=1878385;WS=1878367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	1878453	rs1078112	T	A	3149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.332;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.551;NF=48;NR=59;PP=1490;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GACCACGGGGTGAACGTCCTG;SOR=0.837;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=224;TCF=108;TCR=116;TR=107;WE=1878461;WS=1878443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,161:0.48:335
chr7	1886865	rs6954521	C	A	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.33;ReadPosRankSum=1.736;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,47:0.53:88
chr7	1886872	rs6978048	T	G	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.23;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,56:0.57:99
chr7	1886937	rs6954673	C	T	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=926;ReadPosRankSum=-1.669;SC=CTGCAGGAGCCGCTGGATTAC;SOR=0.442;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=61;WE=1886945;WS=1886927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,99:0.56:177
chr7	1887362	rs6957894	G	A	4907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.265;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=93;PP=2559;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CCATCGCTTCGGCGTCCCTGG;SOR=0.586;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=258;TCF=92;TCR=166;TR=147;WE=1887370;WS=1887352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,221:0.59:373
chr7	1888185	rs59248873	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=4.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=185;ReadPosRankSum=0.304;SC=GGGATTCAAGACCCTACCAGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=10;WE=1888193;WS=1888183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr7	1888294	rs4719320	C	G	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=734;ReadPosRankSum=0.275;SC=GAGAGCCCAGCGCTGAATCCT;SOR=0.659;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=49;WE=1888302;WS=1888284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,72:0.54:134
chr7	1888683	.	TACACACACAC	T	2997	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=51;PP=2997;QD=20;SC=GGTGTACATGTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=106;TCF=3;TCR=103;TR=51;WE=1888702;WS=1888673;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:55,51:0.48:106
chr7	1894022	rs12699404	A	T	4434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=42;PP=1442;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GTATTGGTCCACTCGGCCGCT;SOR=0.708;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=228;TCF=125;TCR=103;TR=97;WE=1894030;WS=1894012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,223:0.48:463
chr7	1894116	rs7810038	T	C	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,120:0.49:245
chr7	1914140	rs112425367	T	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr7	1976263	rs2280552	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=262;ReadPosRankSum=1.333;SC=CAAAGGCGCACGGATGGACCT;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=20;WE=1976271;WS=1976253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
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chr7	1976635	rs2280549	G	A	2835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=63;PP=1566;ReadPosRankSum=1.087;SC=CACACAGCACGGGTCACACAC;SOR=0.671;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=178;TCF=59;TCR=119;TR=92;WE=1976643;WS=1976625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,129:0.56:230
chr7	1997247	rs199637850	G	A	2883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=35;PP=1791;ReadPosRankSum=1.153;SC=CTCACCCAGAGGCTGCCCCGC;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=135;TCR=66;TR=107;WE=1997255;WS=1997237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,131:0.55:237
chr7	2041638	rs1107591	G	A	4366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=48;PP=1865;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GGGGACAGGCGTCCCTGCCCA;SOR=0.604;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=245;TCF=157;TCR=88;TR=130;WE=2041646;WS=2041628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,214:0.56:380
chr7	2041887	rs4721296	A	C	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=40;PP=1166;SC=AGGAGCTGGGAAGTGGGCAGC;SOR=3.564;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=2041895;WS=2041877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	2119174	rs7805774	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=437;ReadPosRankSum=-0.098;SC=ATCTCGTCAACTGGAATCACC;SOR=0.591;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=30;WE=2119182;WS=2119164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr7	2257612	rs6951493	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=523;ReadPosRankSum=-0.402;SC=TCTGCTGCTCGTGGTCTGCTC;SOR=0.921;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=36;WE=2257620;WS=2257602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr7	2258899	rs1639916	G	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=498;ReadPosRankSum=-0.318;SC=CCAGCCACCAGGAGAGAGGTG;SOR=0.287;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=30;WE=2258907;WS=2258889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr7	2260715	rs1639917	G	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=439;ReadPosRankSum=2.569;SC=CCTGAGGAGCGGCCACCTCGG;SOR=0.973;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=29;WE=2260723;WS=2260705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr7	2269552	rs1637728	G	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=0.124;SC=ACAGAAGACTGGAAGAGGTCC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=2269560;WS=2269542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	2278577	rs59385624	AG	A	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=18.59;ReadPosRankSum=-1.373;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr7	2278638	rs60173050	AT	A	435.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.81;ReadPosRankSum=0.275;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr7	2278640	.	ATATATATATATATATATATATAT	A	1648.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.53;ReadPosRankSum=1.737;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr7	2279482	rs11984133	A	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=347;ReadPosRankSum=0.524;SC=TGATAAGGCTACACAGATGGA;SOR=0.402;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=19;WE=2279490;WS=2279472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr7	2279851	rs6962067	T	C	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=37;PP=2231;SC=AGCGAGACTCTGTCTCAAACA;SOR=1.504;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=86;TCR=37;TR=122;WE=2279859;WS=2279841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	2281083	rs11382094	A	AT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr7	2290314	rs12699806	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.50;QD=43.51;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	2290317	rs60298419	T	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.50;QD=45.88;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	2290319	rs373496719	TC	T	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=615;SC=GGTCTCGATCTCCTGACCTCG;SOR=3.056;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=15;WE=2290344;WS=2290304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	2290328	rs10230814	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.69;QD=43.82;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	2290328	.	CGTGATCCT	TGTGATCCA,TGTGATCCG	156	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=25;MQ=55.06;NF=9,9;NR=1,1;PP=156,156;QD=20.9467874862;SC=CTCCTGACCTCGTGATCCTCC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=10,10;WE=2290344;WS=2290304;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:22
chr7	2290336	rs10249180	T	A,G	1031.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.04;QD=39.68;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,15:0.42,0.58:26
chr7	2290372	rs10230822	C	T	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=6;PP=1171;SC=GGATTACAGGCGTGAGCCACC;SOR=2.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=50;WE=2290380;WS=2290362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	2290433	rs10230928	C	T	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.086;NF=44;NR=32;PP=1103;ReadPosRankSum=1.631;SC=TGGGTTGCACCTCAGTGCCTC;SOR=0.572;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=76;WE=2290441;WS=2290423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,103:0.54:192
chr7	2292881	rs3075440	C	CTG	10355.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=83;PP=2957;SC=TCCTTGGGGGCTGTCAGGAGC;SOR=1.022;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=11;TCR=88;TR=94;WE=2292889;WS=2292871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	2296493	rs2302070	A	G	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=17;PP=766;SC=CGGCGGCCGGAGCAGGGCGGA;SOR=0.917;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=2296501;WS=2296483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	2296696	rs2302071	C	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=-1.233;SC=CCCGGCCCAGCCGGCGACGGG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=16;WE=2296704;WS=2296686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr7	2296722	rs3815313	A	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=197;ReadPosRankSum=0.338;SC=CAAGGCCCGAACACCAGCGTG;SOR=0.846;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=14;WE=2296730;WS=2296712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr7	2297006	rs6888	A	G	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=34;PP=1572;SC=CCACCTCCACAATGCGGGACT;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=90;WE=2297014;WS=2296996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
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chr7	2303986	rs2286206	T	C	5368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=62;PP=1794;SC=TGGCCCGCGATGCGATCCGCT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=120;WE=2303994;WS=2303976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	2304191	rs2286205	A	C	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=15;PP=405;SC=CACGGGAGACACAGCAGGTCC;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=2304199;WS=2304181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr7	2314652	rs878534	G	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.183;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.983;NF=22;NR=7;PP=444;ReadPosRankSum=-0.019;SC=CACCTGCCCCGGTCTACAGTG;SOR=0.207;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=29;WE=2314660;WS=2314642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr7	2315008	rs2398667	G	C	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=34;PP=1059;SC=CCCTGTGACGGCTTCGTATAT;SOR=2.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=44;WE=2315016;WS=2314998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	2394746	rs9690787	T	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr7	2395043	rs78680793	G	C	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=388;ReadPosRankSum=0.670;SC=CGTGGACGACGTGAGCGAGGA;SOR=0.749;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=26;WE=2395051;WS=2395033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,60:0.56:107
chr7	2400306	rs953770	T	C	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=983;ReadPosRankSum=-0.813;SC=AATGTTTTTCTTGGTAAAAAT;SOR=0.360;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=113;TCF=78;TCR=35;TR=66;WE=2400314;WS=2400296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,86:0.63:137
chr7	2402584	.	A	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=315;ReadPosRankSum=0.151;SC=CCTCCCTGTTATGCCAGTCAC;SOR=1.061;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=17;WE=2402592;WS=2402579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr7	2405885	rs2286204	C	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=319;ReadPosRankSum=-0.883;SC=CGTGTTCTGGCCGCACAGACA;SOR=0.199;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=17;WE=2405893;WS=2405881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr7	2406737	rs60382761	CA	C	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr7	2409035	rs2301944	C	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr7	2414142	rs886632	A	G	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=636;ReadPosRankSum=-3.246;SC=AGCTCGTGACAGGCGCGCTCT;SOR=0.684;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=46;WE=2414150;WS=2414132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,81:0.57:143
chr7	2414365	rs884565	A	G	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=786;ReadPosRankSum=0.571;SC=GGGTTGCCCCAGTGTCAGTGG;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=42;TCR=72;TR=53;WE=2414373;WS=2414355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,83:0.46:179
chr7	2416822	rs2240347	A	G	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=63;PP=1435;ReadPosRankSum=0.190;SC=TAAAAACGTGACATTTGCAAG;SOR=0.559;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=44;TCR=123;TR=86;WE=2416830;WS=2416812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,110:0.52:212
chr7	2418645	rs6461351	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=191;ReadPosRankSum=-0.824;SC=TGAATGGACTAGCCATTCCTG;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=12;WE=2418653;WS=2418635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr7	2434522	rs1978169	G	A	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.018;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.935;NF=27;NR=55;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.489;SC=AAACACACCCGCCCAGCAAGA;SOR=0.894;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=159;TCF=57;TCR=102;TR=82;WE=2434530;WS=2434512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,120:0.54:223
chr7	2479965	rs145596881	G	GGT	2478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=34;PP=1555;ReadPosRankSum=-0.058;SC=AAGCTGGCGGGGTGTGTGTGT;SOR=0.517;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=90;TCF=5;TCR=85;TR=38;WE=2479973;WS=2479955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,78:0.47:165
chr7	2480040	rs144675889	ATG	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.828;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr7	2515382	rs5881927	G	GC	10581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=90;PP=2969;SC=GGAAGGCATTGCCACCACAGT;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=41;TCR=90;TR=131;WE=2515390;WS=2515372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr7	2517473	rs11767162	C	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.218;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr7	2552881	rs34637446	A	AGATG	3935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.693;NF=7;NR=21;PP=1311;ReadPosRankSum=1.866;SC=ACAGATGGACAGATGGATGGA;SOR=0.805;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=90;TCF=28;TCR=62;TR=28;WE=2552889;WS=2552871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,107:0.41:260
chr7	2559570	.	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.833;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr7	2565268	rs893239	C	A	11132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=131;PP=2965;SC=GGGGTGGGACCGTGAGGGGCA;SOR=0.860;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=100;TCR=132;TR=231;WE=2565276;WS=2565258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr7	2565283	rs893240	C	T	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1639;ReadPosRankSum=0.165;SC=GGGGCAGCAGCGCCTGGGTCT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=94;TCR=122;TR=110;WE=2565291;WS=2565273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,158:0.52:302
chr7	2566484	rs61743870	C	T	4606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=50;PP=1791;ReadPosRankSum=0.680;SC=CGCTGAGCTACGGTATGTTTG;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=219;TCF=127;TCR=92;TR=123;WE=2566492;WS=2566474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,228:0.55:415
chr7	2577781	rs1043291	T	C	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=31;PP=1571;SC=GGGGACTCTTTTCCACGTGGT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=2577789;WS=2577771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
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chr7	2582153	rs138295649	C	CCCCCAGCCTCCCGGGTGT	8421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=25;PP=2969;SC=GGATGGGGTGCCCCCAGGTGT;SOR=1.547;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=76;WE=2582161;WS=2582143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	2582200	rs3735105	C	G	4366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=90;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.303;NF=103;NR=49;PP=2373;ReadPosRankSum=-0.322;SC=CCTGCCCTCACGTCTGGGCCT;SOR=0.626;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=296;TCF=197;TCR=99;TR=152;WE=2582208;WS=2582190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,197:0.52:378
chr7	2582233	rs3735106	A	G	17330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.389;NF=253;NR=155;PP=2965;ReadPosRankSum=1.603;SC=TGTCCCCACAATGCATTCCTG;SOR=0.404;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=409;TCF=254;TCR=155;TR=408;WE=2582241;WS=2582223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,637:1.00:638
chr7	2582381	rs61673178	T	A	26443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1055;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.18;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1047:1.00:1050
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chr7	2582907	rs77213198	C	T	6599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.572;SC=GCTCAGAGCCCGCGCCACTGT;SOR=0.645;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=381;TCF=184;TCR=197;TR=208;WE=2582915;WS=2582897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,309:0.56:556
chr7	2583656	rs11267702	GGCAGAGGGCCTCAGGGAAGATACAAATA	G	806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.265;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.906;NF=0;NR=13;PP=2914;ReadPosRankSum=-0.077;SC=AGCTGGGGGAGGCAGAGGGCC;SOR=1.535;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=13;WE=2583691;WS=2583646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr7	2586817	rs12666641	T	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=399;ReadPosRankSum=-0.100;SC=GTAAAAAACATGCAGTTCTAG;SOR=1.759;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=20;WE=2586825;WS=2586807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr7	2587122	rs2164688	T	C	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=55;PP=1333;SC=TCTGTGGGGATGGCCCAGCCC;SOR=1.505;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=78;WE=2587130;WS=2587112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	2587150	rs6942871	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=523;ReadPosRankSum=-0.059;SC=ACCAGGGGTACGGCACCAGGT;SOR=0.919;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=29;WE=2587158;WS=2587140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr7	2598757	rs6963930	T	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	2598908	rs34580685	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	2604727	rs144717520	T	TGTGC	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=492;ReadPosRankSum=0.229;SC=TGTGCGTGTGTGTGCGTGTGT;SOR=0.776;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=35;WE=2604740;WS=2604717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr7	2604767	.	AGTGT	A,AGTGTGT	3484.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.244;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13,13;NR=28,28;PP=853,1446;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CATGTGTGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.509;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=41,41;WE=2604778;WS=2604757;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.39:119
chr7	2604876	rs7811250	T	C	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.474;NF=15;NR=23;PP=1746;ReadPosRankSum=-0.946;SC=TGTGTGCGTGTGTGTGTGTGC;SOR=0.700;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=38;WE=2604899;WS=2604862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,83:0.52:159
chr7	2604890	rs139694552	CGT	C	1967.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.452;NF=6;NR=28;PP=1798;ReadPosRankSum=1.163;SC=TGTGTGCATGCGTGTGTGTGT;SOR=0.823;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=34;WE=2604899;WS=2604862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,66:0.49:134
chr7	2611878	rs2917751	T	C	16864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=225;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.214;SC=ATGCGTGGACTGGCGTCCCCG;SOR=0.315;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=395;TCF=169;TCR=226;TR=393;WE=2611886;WS=2611868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,661:1.00:662
chr7	2612294	rs2969042	TC	AA	5475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.531;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=2242;ReadPosRankSum=0.513;SC=TGATAAAAAGTCCAAGTCGCA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=95;TCR=62;TR=69;WE=2612303;WS=2612284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,142:0.48:295
chr7	2613042	rs2304540	G	C	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=23;PP=1320;SC=ATTTGTTTATGTTTCTCTAGG;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=68;WE=2613050;WS=2613032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	2618070	rs3214664	C	CA	7148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=65;PP=2962;ReadPosRankSum=1.004;SC=CTGGGGGCTACACCGAAGGCC;SOR=0.656;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=186;TCF=47;TCR=139;TR=81;WE=2618078;WS=2618060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,236:0.46:516
chr7	2619334	rs68086038	GGT	G	1249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=3.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,65:0.46:141
chr7	2619363	rs2917739	G	C,GTGTGTC	4351.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=5.247;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.81;ReadPosRankSum=1.928;SOR=1.299;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,77,44:0.62,0.35:125
chr7	2619381	.	AT	A	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr7	2621567	rs7798469	T	C	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=244;SC=AGGATGGTCTTGATCTCCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=2621575;WS=2621557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr7	2623351	rs13242369	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=298;ReadPosRankSum=-0.076;SC=GAGGTGCGCCGTGCTGGGCGG;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=15;WE=2623359;WS=2623341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr7	2623801	rs73033665	G	T	2793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.439;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,149:0.43:350
chr7	2625838	rs2257285	C	T	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=922;ReadPosRankSum=0.675;SC=TTTGGTTGTTCCAGGCCCCTG;SOR=0.752;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=67;WE=2625846;WS=2625828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,131:0.55:240
chr7	2626038	rs3217437	CCAGGGAATGG	C	1152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=19;PP=2985;SC=AGGAGGGAGGCCAGGGAATGG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=20;WE=2626055;WS=2626028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	2627310	rs2917733	T	A	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=10;PP=901;SC=CAAAATTCTCTGGTAGCCAGG;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=2627318;WS=2627300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	2627578	rs150431779	CAG	C	1130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=858;ReadPosRankSum=0.203;SC=GACGGGCTCACAGGGTGCGGA;SOR=0.802;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=53;TCF=4;TCR=49;TR=22;WE=2627587;WS=2627568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr7	2632477	rs2917730	A	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=436;SC=GGGCAGGCAGAGCCCTGAGGT;SOR=2.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=2632485;WS=2632467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	2636522	rs73033691	T	G	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=576;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GCCAAGCAACTTGTTGCCACA;SOR=0.397;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=46;WE=2636530;WS=2636512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,61:0.48:126
chr7	2640985	rs4506100	G	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=142;ReadPosRankSum=1.611;SC=TTGGCTTGATGGACACCTGTT;SOR=0.321;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=14;WE=2640993;WS=2640975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr7	2641059	.	C	CT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.530;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr7	2644519	rs2293404	C	T	5482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=66;PP=2147;ReadPosRankSum=0.731;SC=TGACAGGCGGCTGTGGTGCTT;SOR=0.695;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=395;TCF=242;TCR=153;TR=167;WE=2644527;WS=2644509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:390,305:0.44:695
chr7	2644607	rs2293405	G	T	6599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=99;PP=2750;ReadPosRankSum=-2.325;SC=CACCCAGCGTGCCAGGCCTCC;SOR=0.654;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=425;TCF=197;TCR=228;TR=190;WE=2644615;WS=2644597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:355,329:0.48:684
chr7	2644679	rs56246161	G	A	3142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=74;PP=1665;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TGCTCGTCTCGCACTCCATCC;SOR=0.539;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=211;TCF=61;TCR=150;TR=109;WE=2644687;WS=2644669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,148:0.52:286
chr7	2645552	rs2293407	A	G	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=739;ReadPosRankSum=-1.696;SC=CGCCCAGGCCACGGGCAGCCC;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=53;WE=2645560;WS=2645542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,115:0.48:238
chr7	2646723	rs1464967	A	G	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=762;ReadPosRankSum=2.942;SC=ACTCTCTAAAAGCAGAATCAG;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=54;WE=2646731;WS=2646713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,80:0.43:186
chr7	2646796	rs61729413	G	A	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=937;ReadPosRankSum=0.497;SC=GCTTCTACCAGGAGGAGATCG;SOR=0.789;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=58;WE=2646804;WS=2646786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,147:0.46:322
chr7	2646950	rs1056568	T	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=351;ReadPosRankSum=1.457;SC=AAGCCCGGGCTGTGTCGGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=24;WE=2646958;WS=2646940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr7	2647007	rs17833498	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=185;ReadPosRankSum=-0.571;SC=ACTAAGCGTCGCCTTATGCCA;SOR=0.368;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=14;WE=2647015;WS=2646997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr7	2649673	rs3735108	T	C	3272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.383;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=39;PP=1530;ReadPosRankSum=-0.533;SC=GGTTCATTTCTGCAGACCCCT;SOR=0.882;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=283;TCF=182;TCR=101;TR=118;WE=2649681;WS=2649663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,164:0.43:378
chr7	2649704	rs3735109	T	G	5264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=67;PP=2208;ReadPosRankSum=0.780;SC=GCCACAGGCCTTGGCACCTCT;SOR=0.808;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=380;TCF=224;TCR=156;TR=173;WE=2649712;WS=2649694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,277:0.45:618
chr7	2649819	rs3735110	C	T	6725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=110;PP=2728;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GTCTCCACGCCGTGATGGCAG;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=444;TCF=198;TCR=246;TR=200;WE=2649827;WS=2649809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:405,352:0.46:757
chr7	2698634	rs12672030	G	A	11851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.335;SC=TTGGGCGCGAGTCCCCGCCGC;SOR=0.635;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=641;TCF=270;TCR=371;TR=346;WE=2698642;WS=2698624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:551,604:0.52:1155
chr7	2699524	rs139527284	ACT	A	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,46:0.20:230
chr7	2699687	rs56409742	C	CG	12293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=121;PP=2936;SC=ACTGACCCACCGGTCCCCCAT;SOR=0.955;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=150;TCF=24;TCR=126;TR=145;WE=2699695;WS=2699675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr7	2749565	rs13224990	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=295;SC=GTCAACTGCCGGGTTCCAGGC;SOR=1.721;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=16;WE=2749573;WS=2749555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	2752152	rs798565	G	A	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=682;ReadPosRankSum=0.429;SC=CCTTCGCCTCGGGGCCAGAGG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=43;WE=2752160;WS=2752142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,69:0.45:152
chr7	2752330	rs111981479	C	T	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=718;ReadPosRankSum=0.742;SC=CGCCCTCGACCGCTGGGAGAT;SOR=0.759;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=70;TCR=54;TR=53;WE=2752338;WS=2752320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,65:0.38:173
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chr7	2802522	rs798488	T	C	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=623;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CGTGGAGCCATTGGTGCTGCG;SOR=0.528;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=70;TCF=23;TCR=47;TR=42;WE=2802530;WS=2802512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr7	2834869	rs2533886	C	T	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=46;PP=1297;SC=ATTGTCATAACGCAGAAAACT;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=54;WE=2834877;WS=2834859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	2854010	rs2644275	G	A	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
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chr7	2962753	rs2527509	G	A	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=24;PP=1300;SC=CTCCCTTGCCGCCATCCCCTC;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=69;WE=2962761;WS=2962743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	2963120	rs17257217	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=1.634;SC=TCCGAGAAGGCCCTTAATGGC;SOR=0.746;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=13;WE=2963128;WS=2963110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr7	2966445	rs1182136	T	G	4270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=81;PP=2096;ReadPosRankSum=0.457;SC=ACAAGGGAGGTGGGGGAAAGC;SOR=0.574;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=283;TCF=109;TCR=174;TR=135;WE=2966453;WS=2966434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,212:0.50:428
chr7	2968486	rs1183431	G	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=347;ReadPosRankSum=1.637;SC=GGCTTGTGCTGAGCCCGGAGC;SOR=0.322;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=20;WE=2968494;WS=2968476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr7	2969680	rs1621509	G	A	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=676;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TAGGGCTGGCGTCCGTGCCTT;SOR=0.845;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=49;WE=2969688;WS=2969670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,97:0.51:189
chr7	2971977	rs5881948	T	TG	910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=3;PP=777;SC=TTTCAGCAGTTGGGCTCCTGC;SOR=2.910;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=20;WE=2971985;WS=2971974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	2972072	rs1636167	A	G	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.920;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.412;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,68:0.47:146
chr7	2976767	rs6945582	G	A	4597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=63;PP=1733;ReadPosRankSum=2.223;SC=TCCTCATCTCGTCGTTCTTCT;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=266;TCF=143;TCR=123;TR=137;WE=2976775;WS=2976757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,240:0.50:484
chr7	2985361	rs3839716	GAC	G	1257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=32.25;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	2985389	.	GAC	G	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-0.384;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.148;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr7	2998044	rs41490647	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.567;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr7	3179968	rs7779230	T	G	14737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.09;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr7	3179973	rs7791857	G	C	14311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.72;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr7	3179991	rs7779245	T	C	6750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=104;PP=2965;SC=GTTCAAACTATCGGCAAGACA;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=64;TCR=104;TR=168;WE=3179999;WS=3179981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr7	3180657	rs6964682	C	T	7554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=71;PP=2965;SC=GAACTCCCCACGATGCACACC;SOR=0.896;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=182;TCF=111;TCR=71;TR=179;WE=3180665;WS=3180647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr7	3180880	.	CTTT	C	488.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=14.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=1.257;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr7	3188513	rs7810868	C	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=283;SC=GAGATGTAGACGTCTTGCTAT;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=3188521;WS=3188510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	3188549	rs10257432	T	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=296;SC=AGTCTGTTCTTGCAGTGCTGT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=3188557;WS=3188539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	3188576	rs10257447	T	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=6;PP=384;SC=CTACCTGAAATCAGGTAATTT;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=3188584;WS=3188566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	3188712	rs10254519	A	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=20;PP=643;SC=TCTTACATGGACAGAGGAGAA;SOR=1.036;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=3188720;WS=3188702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	3188738	rs34925290	G	C	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=20;PP=504;SC=AGAAAGAACGGGGAGATGCTA;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=3188746;WS=3188728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	3205581	rs7782623	C	T	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	3205635	rs7801306	A	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=8;PP=394;SC=ACGGTGGCACACATGGCACGC;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=3205643;WS=3205625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	3205705	rs10951088	T	G	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=16;PP=715;SC=CCCAGGAGTTTGGGCTGTAGT;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=37;WE=3205713;WS=3205695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr7	4107593	rs117385522	A	C	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=665;ReadPosRankSum=-1.256;SC=CCTTCAAAAAAGGAAAAGATA;SOR=0.750;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=55;WE=4107601;WS=4107583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,94:0.42:222
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chr7	4171814	rs35849025	A	G	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=33;PP=2029;ReadPosRankSum=-1.811;SC=TCATCAGTCCAAAACTTTAGG;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=263;TCF=201;TCR=62;TR=138;WE=4171822;WS=4171804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,155:0.51:303
chr7	4185592	rs608271	A	G	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=886;ReadPosRankSum=-0.564;SC=TGTTGTGGGCACAGCTTCCTC;SOR=0.490;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=114;TCF=39;TCR=75;TR=62;WE=4185600;WS=4185582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,110:0.58:191
chr7	4189075	rs659182	G	C	5605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=84;PP=2410;ReadPosRankSum=-0.086;SC=GCCATGAGGCGACAGCATGCG;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=289;TCF=135;TCR=154;TR=156;WE=4189083;WS=4189065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,274:0.53:518
chr7	4189123	rs4720177	G	A	3769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.425;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=75;PP=1859;ReadPosRankSum=0.709;SC=GCACCTCCCCGGGGAACGGGG;SOR=0.733;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=210;TCF=77;TCR=133;TR=116;WE=4189131;WS=4189113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,175:0.57:307
chr7	4213749	rs4723444	T	A	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=354;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CCCACGACTTTCTTCTGTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=23;WE=4213757;WS=4213739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr7	4213877	rs601424	T	C	3105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=38;PP=1038;ReadPosRankSum=-1.530;SC=AAAGCCTGAATGGCCTTCTTC;SOR=0.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=89;TCR=77;TR=82;WE=4213885;WS=4213867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,159:0.53:300
chr7	4213940	rs671756	T	C	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=916;ReadPosRankSum=2.615;SC=GGTCAGGCACTGAGGCCAAGA;SOR=0.581;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=78;WE=4213948;WS=4213930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,143:0.55:262
chr7	4213975	rs671694	A	G	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=838;ReadPosRankSum=-1.180;SC=ATAGCTTTACATGCTGAGCTC;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=58;WE=4213983;WS=4213965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,102:0.57:179
chr7	4214041	rs4723445	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr7	4214046	rs600537	T	C	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.95;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr7	4215298	rs4720185	T	C	3977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.723;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=46;PP=1956;ReadPosRankSum=0.113;SC=GCGTGGGAAGTGGCTGGCATC;SOR=0.900;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=224;TCF=140;TCR=84;TR=130;WE=4215306;WS=4215288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,182:0.57:320
chr7	4217969	rs649494	T	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=463;ReadPosRankSum=-1.195;SC=CCGGTCACAGTGGATGCAGGT;SOR=0.399;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=25;WE=4217977;WS=4217959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
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chr7	4259708	rs11978573	C	T	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=959;ReadPosRankSum=-0.923;SC=CCAGGCTGAACCCCCTTGTTT;SOR=0.718;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=191;TCF=109;TCR=82;TR=74;WE=4259716;WS=4259698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,153:0.39:388
chr7	4259953	rs13224192	G	T	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=28;PP=769;SC=TTAGCCTCCCGCCTCCTGCTT;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=4259961;WS=4259943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr7	4266963	rs80155066	C	T	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=470;ReadPosRankSum=-0.148;SC=GCTTCCCACCCCTTCCTGGGA;SOR=0.821;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=30;WE=4266971;WS=4266953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,42:0.54:78
chr7	4267072	rs597636	T	A	3593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=48;PP=1764;SC=GTCTTTTTTTTAAATCAGATG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=97;WE=4267080;WS=4267062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr7	4272845	rs2880459	G	A	3810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=51;PP=1699;ReadPosRankSum=0.403;SC=CTGGGACTTCGCACTTCTAAC;SOR=0.840;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=321;TCF=188;TCR=133;TR=133;WE=4272853;WS=4272835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,204:0.41:497
chr7	4304727	rs10270413	A	G	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,97:0.53:182
chr7	4308362	rs8514	C	T	7115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=90;PP=2965;SC=TGTGGCTCCCCGTGGGTCAGC;SOR=0.822;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=75;TCR=90;TR=164;WE=4308370;WS=4308352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
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chr7	4802035	rs1053753	A	G	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=2.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
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chr7	4822887	rs77086996	T	C	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=26;PP=571;ReadPosRankSum=0.078;SC=ACTTCCGAAATGGGGGAGCTG;SOR=0.663;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=140;TCF=80;TCR=60;TR=58;WE=4822895;WS=4822877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,94:0.40:234
chr7	4825003	rs116402929	T	C	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=847;ReadPosRankSum=1.958;SC=TGGGCCACTCTAAGGCTGAGA;SOR=0.977;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=50;WE=4825011;WS=4824993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,74:0.45:166
chr7	4825391	.	CTTTTT	C	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.721;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr7	4825945	rs117666541	G	A	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,173:0.48:361
chr7	4827480	rs59441267	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.394;NF=4;NR=14;PP=199;ReadPosRankSum=-1.466;SC=CCCTCCTCGCTGCTCCTGACC;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=18;WE=4827488;WS=4827470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr7	4827859	rs77890266	G	A	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=536;ReadPosRankSum=1.009;SC=GAGGCCTTCCGGGACCCGCAG;SOR=0.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=36;WE=4827867;WS=4827849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,63:0.54:116
chr7	4827954	rs150510697	C	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=416;ReadPosRankSum=1.655;SC=AGGGGGCCACCAGTGGCTCAG;SOR=1.144;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=23;WE=4827962;WS=4827944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
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chr7	4828163	rs73671925	T	C	4566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.43;ReadPosRankSum=0.295;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,120:0.51:235
chr7	4828593	rs3750012	T	C	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,123:0.52:235
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chr7	4829371	rs12155405	C	G	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=508;ReadPosRankSum=0.257;SC=CAGCCCCTCACCTGCCCCCCA;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=36;WE=4829379;WS=4829361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,48:0.36:132
chr7	4829633	rs117029435	C	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=7.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.30;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr7	4829741	rs749404	T	C	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.065;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=2818;ReadPosRankSum=1.073;SC=TTCTCTCTGCTTCTCAAGAAC;SOR=1.193;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=43;WE=4829765;WS=4829731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,80:0.52:153
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chr7	4829955	rs749405	C	T	2964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=43;PP=1098;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TGGCAGTCTTCTGTGTTCCTC;SOR=0.599;SbPval=0.61;Source=Platypus;TCR=104;TR=104;WE=4829963;WS=4829945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,155:0.43:357
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chr7	4830971	rs77393809	G	T	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=55;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.095;SC=CCCTGCGCACGGTCAGCCGGC;SOR=0.573;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=173;TCF=60;TCR=113;TR=86;WE=4830979;WS=4830961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,139:0.52:266
chr7	4831061	rs12154545	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=387;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GAGCCTGGGCAGCCAGCTTGC;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=23;WE=4831069;WS=4831051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr7	4839163	rs3736241	A	C	5221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.085;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,252:0.51:493
chr7	4839777	rs148833448	G	A	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=632;ReadPosRankSum=-0.770;SC=GTATGGGGGTGCGGCGAGGGT;SOR=0.843;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=55;TCR=44;TR=53;WE=4839785;WS=4839767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,83:0.51:162
chr7	4841313	rs6966329	A	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=289;ReadPosRankSum=1.452;SC=GAGGCCGCTGAGTCCGTTCCT;SOR=0.283;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=22;WE=4841321;WS=4841303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr7	4841470	rs414035	T	C	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=42;PP=1173;SC=CCCCCACGGCTGGGTTGCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=4841478;WS=4841460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	4841614	rs117943885	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr7	4841655	rs58207166	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=-0.316;SC=ACAGCTCAGGTAGAGGAGTGG;SOR=0.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=21;WE=4841663;WS=4841645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,40:0.42:96
chr7	4841735	rs146439883	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=0.358;SC=CGGGGCAGAGGTCAGCAAAGG;SOR=0.587;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=10;WE=4841743;WS=4841725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr7	4843171	rs138344435	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.650;QD=3.53;ReadPosRankSum=1.209;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr7	4843213	.	C	CCTGCCAGGG	791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.376;NF=4;NR=3;PP=1229;ReadPosRankSum=-2.317;SC=CACTGCCAGGCCTGCCAGGGC;SOR=0.897;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=7;WE=4843221;WS=4843203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr7	4843307	rs187128776	T	C	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.033;NF=23;NR=21;PP=635;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GTCCAGGCAGTTGGCTTCCAA;SOR=0.724;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=44;WE=4843315;WS=4843297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr7	4843543	rs117455509	T	C	3367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1143;ReadPosRankSum=0.760;SC=CCACAGTGACTGGCCCCACCC;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=92;TCR=94;TR=94;WE=4843551;WS=4843533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,176:0.52:339
chr7	4843581	rs79438451	C	T	5984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=51;PP=1300;ReadPosRankSum=0.642;SC=GAATTCCCGCCGACCACCCGG;SOR=0.620;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=178;TCF=75;TCR=103;TR=90;WE=4843589;WS=4843571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,169:0.54:314
chr7	4843601	rs117176565	C	T	5490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=1154;ReadPosRankSum=-0.571;SC=GTGTGACATCCGAGCAGTTCA;SOR=0.667;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=60;TCR=94;TR=80;WE=4843609;WS=4843591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,143:0.55:261
chr7	4843662	rs118072475	G	A	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=614;ReadPosRankSum=0.200;SC=CCACTGAGCCGCTCTGCACTG;SOR=0.512;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=43;WE=4843670;WS=4843652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,60:0.57:105
chr7	4845312	rs2306919	T	G	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,76:0.40:190
chr7	4855846	rs139411177	A	C	3968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=58;PP=1645;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TCAACCCTGCACGAGGCCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=265;TCF=131;TCR=134;TR=113;WE=4855854;WS=4855836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,205:0.44:463
chr7	4861980	rs118129802	G	A	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=-0.718;SC=ACACTCCCCTGCCTGGGGTGC;SOR=0.141;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=11;WE=4861988;WS=4861970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr7	4862259	rs3816852	A	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr7	4862269	rs74630631	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr7	4871879	rs3830494	C	CAT	4291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.01;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,118:0.44:268
chr7	4874729	rs144507770	C	G	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=916;ReadPosRankSum=1.992;SC=GCGGCCTGGCCGCTGTCCGGG;SOR=0.657;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=64;WE=4874737;WS=4874719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,111:0.51:216
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chr7	4876100	rs138811640	G	A	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=618;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CGGGCAGGGCGTTCACTGGGC;SOR=0.628;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=44;WE=4876108;WS=4876090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,73:0.48:151
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chr7	5105133	rs12334144	C	T	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=44;PP=1158;ReadPosRankSum=0.958;SC=ATGAATGTAACGAGTGTGGGA;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=68;TCR=83;TR=81;WE=5105150;WS=5105123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,131:0.52:251
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chr7	5112530	rs3801055	T	C	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=274;ReadPosRankSum=0.751;SC=CACCAGGAAGTCCCCCTTTAT;SOR=0.349;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=16;WE=5112538;WS=5112520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr7	5112554	rs1130329	A	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=387;ReadPosRankSum=0.384;SC=CTTCCCCAGGAGTCGGGGCTG;SOR=0.495;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=22;WE=5112562;WS=5112544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr7	5161512	rs117992329	G	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQRankSum=-3.570;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,40:0.43:94
chr7	5161858	.	G	GA	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-0.029;QD=2.22;ReadPosRankSum=2.091;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,30:0.27:110
chr7	5172011	rs73057804	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-3.836;QD=1.38;ReadPosRankSum=-2.245;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr7	5172088	rs80233906	A	G	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=5.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-9.983;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,28:0.20:139
chr7	5172095	.	CTT	C	843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQRankSum=-9.881;QD=6.25;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,29:0.21:135
chr7	5172099	.	T	TTG	923.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-9.995;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,29:0.21:138
chr7	5172102	rs77898154	A	G	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-9.578;QD=6.76;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,31:0.22:138
chr7	5172115	rs73057805	A	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-8.721;NF=18;NR=12;PP=1351;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CTGGAAAAGCAGACACCTGTG;SOR=0.921;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=30;WE=5172123;WS=5172078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,39:0.25:153
chr7	5172176	rs67170096	T	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=3;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.295;NF=21;NR=20;PP=545;ReadPosRankSum=-0.760;SC=ACGCTTGCCCTTGGGCTCCCA;SOR=0.677;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=41;WE=5172184;WS=5172166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,55:0.34:162
chr7	5172208	rs74491186	C	T	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.096;HP=4;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.295;NF=17;NR=20;PP=2119;ReadPosRankSum=0.465;SC=GGACCACCCCCGCCCTCTCCC;SOR=0.402;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=37;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,56:0.38:146
chr7	5172213	rs72125963	TCTCCCA	T	1937.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.147;HP=4;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.355;NF=5;NR=19;PP=2461;ReadPosRankSum=0.907;SC=ACCCCCGCCCTCTCCCAGGCG;SOR=0.414;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=24;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,53:0.37:144
chr7	5172223	rs77639783	G	A	1845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.322;HP=2;HapScore=4;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.946;NF=13;NR=18;PP=1759;ReadPosRankSum=0.681;SC=TCTCCCAGGCGCAGGTGGGAG;SOR=0.504;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=31;WE=5172231;WS=5172198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,50:0.40:125
chr7	5172282	rs73057807	A	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=2;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.059;NF=9;NR=15;PP=743;ReadPosRankSum=1.848;SC=CCCTCACCTTACAAATGTCAT;SOR=0.506;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=24;WE=5172303;WS=5172272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr7	5172295	rs73057808	A	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=2;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.953;NF=9;NR=15;PP=743;ReadPosRankSum=1.126;SC=AATGTCATAGAGACTCAATCT;SOR=0.567;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=24;WE=5172303;WS=5172272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr7	5172316	rs66755282	T	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.035;NF=7;NR=15;PP=356;ReadPosRankSum=0.757;SC=TGTGAGGCCTTACTTGGATTT;SOR=0.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=22;WE=5172324;WS=5172306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
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chr7	5257490	rs7791896	T	C	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=12;PP=1036;SC=GGACCAAGTGTCAGCCCTGGG;SOR=1.733;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=49;WE=5257498;WS=5257480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr7	5267585	rs77694525	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=217;ReadPosRankSum=-0.359;SC=CCGTGTGAGCCGAGGTCAGTG;SOR=1.885;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=15;WE=5267593;WS=5267575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr7	5269424	rs7785898	A	C	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=44;PP=1363;SC=CCCGAGTGCTACTGCCTTCTG;SOR=2.507;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=52;WE=5269432;WS=5269414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr7	5334469	rs4724524	G	T	2263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=2455;ReadPosRankSum=-0.014;SC=CCTCTGGGTTGTTCCTCTCTC;SOR=0.717;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=75;TCR=46;TR=63;WE=5334481;WS=5334459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,106:0.55:192
chr7	5334472	rs10623123	C	CCT	2931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=2479;ReadPosRankSum=0.836;SC=CTGGGTTGTTCCTCTCTCTCT;SOR=0.589;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=40;WE=5334481;WS=5334459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,99:0.52:192
chr7	5347295	rs7794563	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-1.920;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr7	5347749	rs9639976	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.132;SC=AGCAGAGCACGGGCACGCCGT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=5347757;WS=5347739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr7	5348725	rs186045924	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=-2.093;SC=GCCCTACACCGCCTAGGACTG;SOR=1.095;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=6;WE=5348733;WS=5348715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr7	5352659	rs138591330	G	T	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-0.619;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,53:0.45:117
chr7	5352665	.	T	TGAGGAG	1518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-1.125;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.644;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
chr7	5352949	rs76882791	G	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=273;ReadPosRankSum=-1.625;SC=TCCTGGGCGAGGTCCCCGTCG;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=18;WE=5352957;WS=5352939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
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chr7	5353344	rs12532973	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.903;NF=3;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=-0.550;SC=GGGCTGCGGCGGTGCCGGGCG;SOR=0.626;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=7;WE=5353352;WS=5353334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr7	5353600	rs11292393	GT	G	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.56;MQRankSum=0.538;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
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chr7	5364041	rs1056173	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=388;ReadPosRankSum=1.642;SC=GGGTCCTGCCGGGTTGGGGAC;SOR=0.979;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=25;WE=5364049;WS=5364031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr7	5372406	rs13238738	G	T	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=15;PP=606;SC=TGCGCTCGCTGCGGCGCCGCG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=30;WE=5372414;WS=5372396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	5396715	rs35508364	T	C	6951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GCCTTCCTGTTCTTCCCCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=466;TCF=241;TCR=225;TR=223;WE=5396723;WS=5396705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:399,344:0.46:743
chr7	5396955	rs7805732	A	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=347;ReadPosRankSum=0.061;SC=ACAAAACAGTATAGTGGGTTT;SOR=0.485;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=26;WE=5396963;WS=5396945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,37:0.44:85
chr7	5399044	rs12531309	C	G	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.513;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=30;PP=1276;ReadPosRankSum=-1.208;SC=TGATGAAGTCCGACGAGGCCT;SOR=0.843;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=213;TCF=140;TCR=73;TR=96;WE=5399052;WS=5399034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,142:0.46:309
chr7	5401458	.	G	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=1.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,18:0.20:89
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chr7	5409937	rs58182076	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=393;ReadPosRankSum=1.170;SC=CTGGGCAACACAGCAAGACCC;SOR=1.130;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=21;WE=5409945;WS=5409931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr7	5410425	rs12671708	G	C	4999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=50;PP=1851;ReadPosRankSum=1.653;SC=CACGGGCACCGCCACAGGCAC;SOR=0.647;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=205;TCF=116;TCR=89;TR=113;WE=5410433;WS=5410415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,242:0.56:432
chr7	5427517	rs34693947	G	A	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=31;PP=1221;ReadPosRankSum=2.062;SC=GCCGGCCGCCGCCCGCTGCAG;SOR=0.901;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=75;WE=5427525;WS=5427507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,97:0.65:149
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chr7	5429989	.	CAA	C,CA	660.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.524;QD=13.21;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,21,24:0.42,0.48:50
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chr7	5760971	rs4720636	A	T	2047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=58;PP=1558;SC=TCTTACCATTAGCCAACCTAC;SOR=3.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=70;WE=5760979;WS=5760961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	5770330	rs35732993	T	C	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQRankSum=0.354;QD=4.80;ReadPosRankSum=1.302;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,75:0.32:237
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chr7	5922056	rs13236282	T	C	2605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.931;NF=67;NR=28;PP=1469;ReadPosRankSum=-1.129;SC=TCTGTGTTTTTAGTACCTTGG;SOR=0.521;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=222;TCF=161;TCR=61;TR=95;WE=5922064;WS=5922046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,125:0.45:280
chr7	5922100	rs35069590	A	AT	7808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.904;NF=40;NR=55;PP=2933;ReadPosRankSum=0.589;SC=CAAGCGTCAGAATAACCAATT;SOR=0.831;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=236;TCF=91;TCR=145;TR=95;WE=5922108;WS=5922090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,233:0.45:514
chr7	5923738	rs3890913	A	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.05;QD=27.81;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr7	5944913	rs150061010	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.90;SOR=5.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr7	6065914	rs10253000	T	C	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=5.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.390;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.358;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,73:0.51:142
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chr7	6071060	rs4724769	G	A	3577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.292;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=52;PP=1817;ReadPosRankSum=0.808;SC=ACAGTGCCAAGTCCCTGGAAG;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=237;TCF=135;TCR=102;TR=122;WE=6071068;WS=6071050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,173:0.51:336
chr7	6071277	rs4724770	A	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=551;ReadPosRankSum=1.918;SC=GCTTAGAAAGAAGCATGATCT;SOR=1.153;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=32;WE=6071285;WS=6071267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,35:0.45:78
chr7	6075823	rs2302334	A	T	5158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=95;PP=2689;ReadPosRankSum=-0.391;SC=TGCAGGAATCATGCTACCAGA;SOR=0.812;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=377;TCF=180;TCR=197;TR=178;WE=6075831;WS=6075813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:305,255:0.46:560
chr7	6078376	rs2302331	A	C	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=52;PP=1285;ReadPosRankSum=-1.334;SC=AACAAATATTAATCTGCCTAT;SOR=0.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=40;TCR=105;TR=72;WE=6078384;WS=6078366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,98:0.50:197
chr7	6080853	rs34743814	GA	G	791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-1.367;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,57:0.63:90
chr7	6084310	rs511969	G	T	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=3.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.958;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,100:0.48:209
chr7	6088339	rs523254	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.99;ReadPosRankSum=-1.140;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	6088349	rs523276	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.93;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	6088533	rs525090	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=165;ReadPosRankSum=-0.083;SC=GAATAAAGAACCTATCAAAAT;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=13;WE=6088541;WS=6088523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr7	6097667	rs558030	T	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=-1.378;SC=TTCACCTAGTTAGAGTCAATG;SOR=1.150;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=13;WE=6097675;WS=6097657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr7	6097868	rs559842	A	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=-1.035;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr7	6175526	rs61757573	C	T	4212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.947;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,229:0.48:482
chr7	6189108	rs111659932	G	GA	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr7	6193521	rs61729726	G	C	2500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.532;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1302;ReadPosRankSum=-1.153;SC=CCGCCGCCCCGCGATCCCGGC;SOR=0.814;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=166;TCF=103;TCR=63;TR=77;WE=6193529;WS=6193511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,119:0.46:256
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chr7	6487293	rs3750037	G	C	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=32;PP=2351;SC=TGCTTGGGAAGCCACTTCTGT;SOR=1.857;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=85;TCR=32;TR=117;WE=6487301;WS=6487283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	6505901	rs2230263	T	C	4180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=75;PP=2361;SC=TGATCATAAATAGCTGCGGAA;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=41;TCR=75;TR=116;WE=6505909;WS=6505891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	6513779	rs17777087	T	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=2.371;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr7	6522129	rs55841143	G	A	4783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.087;NF=89;NR=62;PP=2228;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CTGGCACATGGACTTTGTAAC;SOR=0.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=313;TCF=186;TCR=127;TR=151;WE=6522137;WS=6522119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,243:0.46:532
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chr7	6537913	rs79970150	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=215;ReadPosRankSum=0.131;SC=CCAGGGTCTCAGGTGGTGGCC;SOR=0.354;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=13;WE=6537921;WS=6537903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr7	6541347	rs7791451	C	T	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=15;PP=1285;SC=ACTGGAGCCACAGCCAGCTCT;SOR=1.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=6541355;WS=6541337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	6544630	rs78696194	G	A	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=816;ReadPosRankSum=0.029;SC=TCAGCTACACGTCCATAGTCC;SOR=0.943;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=117;TCF=36;TCR=81;TR=54;WE=6544638;WS=6544620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,89:0.44:200
chr7	6544691	rs2881698	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=438;ReadPosRankSum=1.145;SC=ACCTCCCCCGCCCCGTGTCCT;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=28;WE=6544699;WS=6544681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr7	6545335	rs9640023	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=405;ReadPosRankSum=1.484;SC=GGGACTGAAGGCTTGAGGACG;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=24;WE=6545343;WS=6545325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr7	6545619	rs11980487	T	C	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=159;ReadPosRankSum=0.415;SC=CTCTGAGGGCTGCCATAGGGG;SOR=0.269;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=16;WE=6545627;WS=6545609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr7	6547908	rs184043502	G	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=5.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr7	6549867	rs74487555	G	A	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=254;ReadPosRankSum=-1.214;SC=TGAGCCTGGGGTGGAGGGAAA;SOR=0.770;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=14;WE=6549875;WS=6549857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr7	6550403	rs34411495	A	G	3236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=51;PP=1622;ReadPosRankSum=1.478;SC=CAGAACCAACATGCCCCGCAG;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=279;TCF=168;TCR=111;TR=127;WE=6550411;WS=6550393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,172:0.44:392
chr7	6550494	rs12702520	G	A	15943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=171;NR=196;PP=2965;SC=TTGCAGGTGGGAAAACTGAGC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=370;TCF=174;TCR=196;TR=367;WE=6550502;WS=6550484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,612:1.00:612
chr7	6566322	rs2881723	T	G	6391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=59;PP=2542;SC=GGGCCCGGCGTGCGCGGCACA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=132;WE=6566330;WS=6566312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr7	6570618	rs11772639	G	C	6417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr7	6579668	rs67706273	CTCTT	C	642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.132;QD=16.48;ReadPosRankSum=-1.319;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
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chr7	6591008	rs73059373	C	T	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=55;PP=1409;ReadPosRankSum=1.084;SC=AGCCACCTAGCCGGAAGCCAA;SOR=0.995;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=174;TCF=78;TCR=96;TR=91;WE=6591016;WS=6590998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,133:0.51:260
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chr7	6662086	rs9770042	G	C	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.537;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=-0.952;NF=36;NR=12;PP=842;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CCATCTGCGGGGAGTGCGGCA;SOR=0.870;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=48;WE=6662094;WS=6662076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,64:0.52:124
chr7	6713985	rs2243620	A	G	5182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=85;PP=2274;ReadPosRankSum=-2.167;SC=AAATCCTTCCATGTGAAACCA;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=314;TCF=143;TCR=171;TR=159;WE=6713993;WS=6713975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,263:0.50:523
chr7	6777418	rs201014194	A	G	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.679;NF=26;NR=48;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.558;SC=TGTGCCCCTGAACTTTTCTGA;SOR=0.607;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=130;TCF=43;TCR=87;TR=74;WE=6777426;WS=6777408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,116:0.56:208
chr7	6790900	rs200453156	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.84;MQRankSum=-0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=-1.691;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	6854272	rs11769113	A	T	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=128;NR=24;PP=2965;SC=GACATAAATAACACACTAAGA;SOR=3.093;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=128;TCR=24;TR=152;WE=6854280;WS=6854262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	7106600	rs6943868	T	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=562;ReadPosRankSum=-3.423;SC=GCAGGGGGTGTACACCTTCTG;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=37;WE=7106608;WS=7106590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr7	7106636	rs6977967	A	G	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,98:0.48:203
chr7	7136061	rs35367486	G	GA	8180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=69;PP=952;SC=ATGGTGTCTGGAAAAAAAAAC;SOR=0.837;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=22;TCR=77;TR=86;WE=7136069;WS=7136051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr7	7136077	rs17163287	C	A	9256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=73;PP=2864;SC=AAAACTGCAACGAATATAAGA;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=143;WE=7136085;WS=7136067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	7277807	rs3807862	G	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=1.294;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	7398457	rs2348042	T	G	3274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=84;PP=2036;ReadPosRankSum=-0.696;SC=AAAAGGAAAATGTGTCACGGA;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=197;TCF=54;TCR=143;TR=117;WE=7398465;WS=7398442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,144:0.58:248
chr7	7400239	rs7786515	A	G	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=0.267;SC=GAACATATAAAGACTAGTTCA;SOR=1.356;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=15;WE=7400247;WS=7400229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr7	7415217	rs1294651	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=-1.226;SC=ACAATCAGCACTGGACCATTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=7415225;WS=7415207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr7	7421019	rs1294626	C	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=145;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TATAGGTAGACAAAGCAATGC;SOR=0.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=12;WE=7421027;WS=7421009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr7	7421310	rs1294627	A	G	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=33;PP=791;ReadPosRankSum=0.907;SC=TCTTTGGGTCAGAAACACACT;SOR=0.482;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=112;TCF=37;TCR=75;TR=52;WE=7421318;WS=7421300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,90:0.51:175
chr7	7480376	rs33937466	C	CA	4167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.164;NF=31;NR=41;PP=2576;ReadPosRankSum=-1.455;SC=AAACCAGACACAATACAAACT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=56;TCR=74;TR=72;WE=7480384;WS=7480366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,157:0.57:277
chr7	7491873	rs4720735	AG	CT	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=1.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	7528880	rs12671912	G	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=412;SC=CAGCCTGGGTGACAGTGAGAT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=7528888;WS=7528870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	7528951	rs6463696	C	T	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=23;PP=1190;SC=GACCATTTATCCTAAACAGAA;SOR=1.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=63;WE=7528959;WS=7528941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	7557297	rs1016028	T	C	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=110;NR=45;PP=2965;SC=GATTGCCTTCTTGAGCCATCA;SOR=1.520;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=111;TCR=46;TR=155;WE=7557305;WS=7557287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr7	7557618	.	CAA	C	106.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,6:0.55:11
chr7	7571094	rs7804532	G	C	9914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=120;NR=114;PP=2965;SC=CGTAGAAAGTGCAATGGTGAT;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=235;TCF=120;TCR=115;TR=234;WE=7571102;WS=7571084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr7	7622696	rs4720741	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=5;PP=298;SC=AACTGACTTACTTTCCAAATA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=7622704;WS=7622686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	7627994	rs6463702	T	C	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=319;SC=TTAATGGCTCTGCAAGATAAA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=7628002;WS=7627984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	7628275	rs7801367	C	T	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=17;PP=429;SC=TTTATAATTACATATGTATGA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=7628283;WS=7628265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	7645535	rs10276434	A	G	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=15;PP=1575;SC=ATAAAATATTATGATATAGTT;SOR=2.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=71;WE=7645543;WS=7645525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	7645806	rs2286209	A	G	5512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=107;PP=2965;SC=CCAAAGTATGAATTTTATTTT;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=59;TCR=109;TR=164;WE=7645814;WS=7645796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr7	7646651	rs7806046	G	T	6507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=60;PP=2671;SC=GCCCTGTGTCGGCATGCACGT;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=88;TCR=62;TR=147;WE=7646659;WS=7646641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr7	7646687	rs4222	A	G	7599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=81;PP=2897;SC=TGGATACAACAGGGAATCTGG;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=89;TCR=83;TR=169;WE=7646695;WS=7646677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr7	7712941	rs10527750	TAGCAGCAGC	T,TAGCAGCAGCAGC	5443.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.262;NF=8,8;NR=47,47;PP=2813,2997;ReadPosRankSum=-0.738;SC=CTATTTCAGGTAGCAGCAGCA;SOR=0.929;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=14;TCR=76;TR=55,55;WE=7712960;WS=7712931;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.45:185
chr7	7841561	rs2348558	C	T	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=219;ReadPosRankSum=0.448;SC=TGCTAAACTCCTTTAGTGCTA;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=15;WE=7841569;WS=7841551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr7	7916817	rs73043329	A	G	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.32;ReadPosRankSum=-1.667;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr7	7916824	rs73043332	A	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.14;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr7	8043504	rs38013	A	G	5408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=38;PP=2596;SC=TATTTTATTCACTAATGACTA;SOR=1.469;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=100;TCR=40;TR=136;WE=8043512;WS=8043494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr7	8110475	rs10253861	G	A	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=16;PP=1476;SC=ATGAAATCAAGGGAAATACTA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=70;WE=8110483;WS=8110465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	8110780	rs10486207	A	G	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=32;PP=721;ReadPosRankSum=-1.012;SC=GGAATTGTCCACTTAGAGGGT;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=20;TCR=78;TR=40;WE=8110788;WS=8110770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,48:0.44:109
chr7	8125964	rs929509	C	T	17760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=202;NR=231;PP=2965;SC=TCAAGAACTCCCCTAACTCTG;SOR=0.790;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=435;TCF=202;TCR=233;TR=433;WE=8125972;WS=8125954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,665:1.00:665
chr7	8126194	rs12847	A	G	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=50;PP=1347;SC=CCTCCACCCTATGTTCCATGG;SOR=1.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=64;WE=8126202;WS=8126184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	8132252	rs4725069	T	C	5445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=74;PP=2636;SC=TAGCTGACTCTCTGTTCACCT;SOR=0.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=68;TCR=75;TR=142;WE=8132260;WS=8132242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	8153521	rs3213702	G	A	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=895;ReadPosRankSum=0.951;SC=TGCTGGGGGCGGCATGTGAGT;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=54;WE=8153529;WS=8153511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,77:0.57:136
chr7	8181555	rs80350640	C	CCA	40229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1086;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.048;NF=87;NR=255;PP=2974;ReadPosRankSum=-1.316;SC=AACACATACACCACACACACG;SOR=0.451;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=375;TCF=90;TCR=285;TR=342;WE=8181571;WS=8181544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,1036:0.99:1046
chr7	8196529	rs10282493	A	T	13136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=26.01;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr7	8196567	rs200840693	AAAAAAAAAAAAAAAAAAG	A	2555.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.02;MQRankSum=2.281;QD=11.56;ReadPosRankSum=4.086;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,157:0.71:221
chr7	8475147	rs6949787	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GTCCCCCACTCCCCGCTACGA;SOR=0.473;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=8475155;WS=8475137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr7	8790549	rs10225984	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=421;ReadPosRankSum=1.849;SC=ATTATTTAATCCTGAGACTCA;SOR=1.027;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=22;WE=8790557;WS=8790539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr7	10973362	rs7789764	C	T	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=29;PP=900;SC=CTCAAATACACAGAGACGGTA;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=10973370;WS=10973352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	10979436	rs73061490	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=434;ReadPosRankSum=0.410;SC=CCGTCTCCTTCCTCCTGTCAG;SOR=0.806;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=51;TCR=11;TR=25;WE=10979444;WS=10979426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,27:0.42:65
chr7	11022230	rs218966	A	G	3406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.47;ReadPosRankSum=1.896;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,123:0.99:124
chr7	11022564	rs218965	G	A	7206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=92;PP=2965;SC=GGAGATCTGCGTCTCAGAAAG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=188;WE=11022572;WS=11022554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr7	11075263	rs2353340	A	G	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=673;ReadPosRankSum=0.577;SC=CTTTCTTTGTATAGGATATAG;SOR=0.420;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=99;TCF=78;TCR=21;TR=44;WE=11075271;WS=11075253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
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chr7	11418670	rs2189352	C	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.324;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=443;ReadPosRankSum=1.797;SC=AAAGGTTTCTCTTTCAACACT;SOR=1.675;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=41;TCR=7;TR=25;WE=11418678;WS=11418660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
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chr7	11581134	rs2074603	T	C	3964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=72;PP=1475;ReadPosRankSum=1.257;SC=CCAGTCTCACTGCTTTCCAGT;SOR=0.624;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=258;TCF=118;TCR=140;TR=136;WE=11581142;WS=11581111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,208:0.51:409
chr7	11676107	rs61996270	G	A	3827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=66;PP=2024;ReadPosRankSum=-1.540;SC=CGAACTGCGGGGGCGCCACCA;SOR=0.672;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=252;TCF=108;TCR=144;TR=117;WE=11676115;WS=11676097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,181:0.45:406
chr7	11676377	rs2074598	G	A	6326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=98;PP=2953;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TTGAAATCACGGGCTGACACT;SOR=0.683;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=360;TCF=176;TCR=184;TR=192;WE=11676385;WS=11676367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,305:0.53:573
chr7	11676694	rs2074597	C	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.507;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=578;ReadPosRankSum=1.230;SC=AACTTCCCTGCGGTGTTACAA;SOR=1.186;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=33;WE=11676702;WS=11676684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr7	12255434	rs6460901	C	T	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=387;ReadPosRankSum=0.744;SC=AGGGATGGTACGTGAAAATGA;SOR=1.137;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=27;WE=12255442;WS=12255424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,35:0.35:99
chr7	12257938	rs6415232	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CTTCTGCTGGATACTTTCTGA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=3;WE=12257946;WS=12257928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr7	12263799	rs11509137	TG	CA	2909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=33;PP=2944;ReadPosRankSum=0.526;SC=TCTAATGTTGTGTTATATAAT;SOR=0.674;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=196;TCF=134;TCR=62;TR=100;WE=12263808;WS=12263789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,137:0.50:273
chr7	12269260	rs3839691	A	ATGTT	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.614;NF=5;NR=1;PP=196;ReadPosRankSum=-1.191;SC=ACATATTTGTATATTTTTAGC;SOR=1.022;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=6;WE=12269268;WS=12269250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr7	12269417	rs3173615	C	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=264;ReadPosRankSum=-2.336;SC=AACAACATAACCATTATTGGT;SOR=0.479;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=22;WE=12269425;WS=12269407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,38:0.37:102
chr7	12270565	rs3214372	A	AT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=-1.383;SC=AGTATAGAAAATTCTCAACCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=12270573;WS=12270555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr7	12270583	rs3217132	CTTA	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-1.645;SC=CCAACAAATGCTTATTATATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=12270593;WS=12270573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr7	12270625	rs2302635	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=49;ReadPosRankSum=0.263;SC=TAAGATAGGAGGGAGAATTTT;SOR=0.426;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=7;WE=12270633;WS=12270615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr7	12270770	rs2302634	T	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=238;ReadPosRankSum=-0.572;SC=TGAAAGAGATTTTGCTTGTTA;SOR=0.901;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=18;WE=12270778;WS=12270760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr7	12270815	rs2302633	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TTATAATATACACAACATCTT;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=24;WE=12270823;WS=12270805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr7	12270967	rs2302632	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.875;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr7	12271452	rs3800842	A	G	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1054;ReadPosRankSum=-0.481;SC=CCTCACTTACATTATTTTTAG;SOR=0.959;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=178;TCF=112;TCR=66;TR=74;WE=12271460;WS=12271442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,102:0.39:262
chr7	12370657	rs2253353	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=-0.944;SC=TATGATTACAACAGAGATCAT;SOR=0.055;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=12370665;WS=12370647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	12370702	rs3217131	AT	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.862;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=1.866;SC=TCTTTAAGATATTTTTTGAAT;SOR=0.330;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=3;WE=12370710;WS=12370692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr7	12370794	rs1059002	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=267;ReadPosRankSum=-1.799;SC=TTGTAATTCATATACTTGATG;SOR=0.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=23;WE=12370802;WS=12370784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr7	12370952	rs6954265	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
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chr7	12371019	rs3815534	A	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.45;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
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chr7	12373082	rs6460929	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=570;ReadPosRankSum=-0.059;SC=TCTTTAAACTCTGAAATACCT;SOR=0.676;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=43;WE=12373090;WS=12373072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,65:0.44:147
chr7	12373353	rs6460930	TG	CA	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=1036;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TATGTACTCTTGTCTTTCAGA;SOR=0.628;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=23;WE=12373362;WS=12373343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr7	12375667	rs35608044	G	GA	753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=676;ReadPosRankSum=-0.970;SC=GCATGCTGGAGTTTTTTCCCC;SOR=0.873;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=19;WE=12375675;WS=12375657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr7	12376811	rs2192828	A	C	4965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=86;PP=2555;ReadPosRankSum=0.962;SC=ACTTTTTTGGAATCTCCTACC;SOR=0.735;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=342;TCF=169;TCR=173;TR=165;WE=12376819;WS=12376801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,254:0.46:557
chr7	12382637	rs1440030	C	T	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=568;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GTTCATTTCACGTAGCATTAA;SOR=0.651;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=63;TCR=20;TR=38;WE=12382645;WS=12382627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr7	12383967	rs1440032	T	A	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1138;ReadPosRankSum=-1.114;SC=CAAATACAATTTATCATGCAA;SOR=0.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=72;TCR=80;TR=75;WE=12383975;WS=12383957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,122:0.54:224
chr7	12391319	rs6967385	G	T	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=448;ReadPosRankSum=0.601;SC=GTAGTAAATTGATTTACAAAC;SOR=0.858;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=38;WE=12391327;WS=12391309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,52:0.48:109
chr7	12393966	rs6944618	A	G	17736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.71;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr7	12393974	rs6944626	A	C	19271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.00;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr7	12394053	rs6945167	G	T	19248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=739;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=198;NR=219;PP=2965;SC=ATTCAGGCATGCTACTCCCTC;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=419;TCF=200;TCR=219;TR=417;WE=12394061;WS=12394043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,736:1.00:736
chr7	12394202	rs10267441	A	T	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.859;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=527;ReadPosRankSum=0.464;SC=TCTACTTTTTATGTCTGTCCT;SOR=0.178;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=28;WE=12394210;WS=12394192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr7	12395813	rs2119141	T	C	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=43;PP=2086;SC=AAGGGTTGGATTGGCACCCAC;SOR=1.030;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=110;WE=12395821;WS=12395803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	12396040	rs4719307	A	G	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=1.112;SC=ACAGTCATGTATGTTTATGTA;SOR=0.636;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=15;WE=12396048;WS=12396030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr7	12400837	rs2053380	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.248;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,30:0.42:71
chr7	12406989	rs6460939	C	G	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr7	12407167	.	G	GA	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=34;QD=12.0;SC=CTTAATTTCAGAAAAAAAAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=12407175;WS=12407157;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr7	12410112	rs963323	G	A	5736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=86;PP=2664;SC=CAGTGTGTCAGACATGCTTTT;SOR=1.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=44;TCR=86;TR=130;WE=12410120;WS=12410102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	12417407	rs7793993	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=1.098;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr7	12418938	rs10499421	G	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.225;NF=18;NR=7;PP=408;ReadPosRankSum=0.100;SC=AAACTTTGTTGCGCATTAGAA;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=25;WE=12418946;WS=12418928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr7	12418964	rs10270931	T	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.175;NF=21;NR=12;PP=539;ReadPosRankSum=-0.245;SC=GGGGCTTTTCTTCAAATATGG;SOR=0.642;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=56;TCR=28;TR=33;WE=12418972;WS=12418954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,50:0.43:117
chr7	12419039	rs10570724	TCA	T	5408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=1770;ReadPosRankSum=3.435;SC=CATGGACAGATCACAGTTTGG;SOR=0.742;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=106;TCF=31;TCR=75;TR=44;WE=12419048;WS=12419029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,141:0.48:295
chr7	12419108	rs6967241	A	T	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=975;ReadPosRankSum=-3.012;SC=CGTACCTTAAAGCCTGCAAAA;SOR=0.599;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=166;TCF=77;TCR=89;TR=75;WE=12419116;WS=12419098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,142:0.48:296
chr7	12420092	rs1025787	G	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=379;ReadPosRankSum=-2.658;SC=AAAATAAAATGCAACTGTTTT;SOR=0.487;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=24;WE=12420100;WS=12420082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr7	12420447	rs6959370	T	G	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=365;ReadPosRankSum=1.336;SC=TATAACTCTGTGGTTTATCTT;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=23;WE=12420455;WS=12420437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr7	12420517	rs6460941	T	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.895;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=1.033;SC=AAAGTAATACTTTCATATTCT;SOR=0.105;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=12420525;WS=12420507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr7	12428608	rs6954047	C	A	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.248;SC=CCAATGTAAACAGAAATTTAG;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=77;WE=12428616;WS=12428598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,116:0.52:225
chr7	12428803	rs848016	G	A	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=1126;ReadPosRankSum=-0.725;SC=TAAGTATACAGAAAAGTTCCC;SOR=0.729;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=197;TCF=103;TCR=94;TR=79;WE=12428811;WS=12428793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,142:0.42:338
chr7	12433195	rs12669558	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GAAAATAACATGCAGTACTTA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=12433203;WS=12433185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr7	12609988	rs2240571	G	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=8;PP=1039;SC=CCAGAAATAAGAGGATTAGCG;SOR=2.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=12609996;WS=12609978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	12610594	rs2240572	A	G	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=49;PP=1569;SC=TTCACCTACCACCTGCACTTC;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=74;WE=12610602;WS=12610584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	12611252	rs6460967	T	C	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=52;PP=1651;SC=CAGATAGAAGTAAGAAAAAAA;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=12611260;WS=12611242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	12617224	rs55829483	C	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=472;SC=ACCTGTAATCCCCAACAATTT;SOR=1.075;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=12617232;WS=12617214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	12620804	rs17283717	C	T	3470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=50;PP=1550;SC=TTAGCTGGGACAGTTTCAACA;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=87;WE=12620812;WS=12620794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	12636026	rs758111	T	C	7438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr7	12644334	rs849778	G	T	8011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.865;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.311;SC=ACTCCAACTCGTATGTGTCTG;SOR=0.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=72;TCR=104;TR=173;WE=12644357;WS=12644324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,306:0.99:308
chr7	12644348	rs78612532	G	GGT	5615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=4.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.00;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,178:0.86:208
chr7	12675546	rs2708655	A	G	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=4.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.855;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=2;PP=739;ReadPosRankSum=0.950;SC=AACAGCTTGTATCATGTTAAA;SOR=1.559;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=32;WE=12675554;WS=12675536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr7	12684340	rs2691810	C	T	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=39;PP=1235;SC=TGTAAGTGTCCTTAAAAATAG;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=12684348;WS=12684330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	13946316	rs17167633	C	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.551;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=300;ReadPosRankSum=1.423;SC=TATGGTTAAACCACAATCAAC;SOR=1.802;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=15;WE=13946324;WS=13946306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr7	13947289	rs10950497	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.027;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr7	13978645	rs3801098	C	T	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.31;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr7	13978648	rs3801099	T	A	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.67;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr7	13978809	rs9639168	T	C	3836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.375;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=1084;ReadPosRankSum=-1.603;SC=CAGGCAGAGCTGATTTCTGAA;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=98;TCR=99;TR=97;WE=13978817;WS=13978799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,198:0.53:372
chr7	14016939	rs2074670	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr7	14017007	rs2066977	CC	TG	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.089;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr7	14017126	rs5882424	T	TA	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr7	14025640	rs3801110	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=142;ReadPosRankSum=1.119;SC=GTCAATTTCAGCAAACATAAC;SOR=0.242;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=29;TCR=0;TR=9;WE=14025648;WS=14025630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr7	14025727	rs3823704	C	T	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=889;ReadPosRankSum=1.336;SC=ATTTCCTAAGCATTAGATACA;SOR=0.755;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=118;TCR=50;TR=71;WE=14025735;WS=14025717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,91:0.43:212
chr7	14025766	rs10215655	T	A	4074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=43;PP=1809;ReadPosRankSum=-1.805;SC=GTGAACAAGGTGGAAAGAAGA;SOR=0.705;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=250;TCF=154;TCR=96;TR=116;WE=14025774;WS=14025756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,197:0.50:395
chr7	14026357	rs3213661	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=434;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CAAATCTTTAATCTTCATTAA;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=28;WE=14026365;WS=14026347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr7	14027867	rs59844225	G	GCA	1007.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,42:0.35:119
chr7	14028707	rs140879246	TA	T	4498.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.922;NF=10;NR=57;PP=2570;ReadPosRankSum=0.710;SC=CTCAGCTCAGTATTTTATATT;SOR=0.639;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=136;TCF=24;TCR=112;TR=67;WE=14028715;WS=14028697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,163:0.49:333
chr7	14028794	rs10622991	T	TAA	1393.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.452;HP=9;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=40;PP=694;ReadPosRankSum=1.557;SC=CTTTTAGGCTTAAAAAAAAAT;SOR=1.023;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=82;TCF=3;TCR=79;TR=40;WE=14028802;WS=14028784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,61:0.45:136
chr7	14028860	rs11328804	CA	C	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=479;ReadPosRankSum=-0.853;SC=GTCCCATTCACAAAAATAACC;SOR=0.269;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=18;WE=14028868;WS=14028850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr7	14384832	rs2271267	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=117;ReadPosRankSum=-1.394;SC=ATTGCTAATATATATTTCATT;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=7;WE=14384840;WS=14384822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
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chr7	14622870	rs3795245	A	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-4.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=548;ReadPosRankSum=0.703;SC=TATTTTATAAAAACTGTAAAA;SOR=0.510;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=6;TCR=66;TR=32;WE=14622878;WS=14622860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr7	14712793	rs34768816	AG	A	1963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=44;PP=1770;SC=AGAGTCATAAAGGAATTCATA;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=44;WE=14712801;WS=14712783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	14737622	rs145306944	AAAAG	A	398.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.80;MQRankSum=1.561;QD=15.95;ReadPosRankSum=-3.055;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
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chr7	14775821	rs139628753	TG	T	3118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=46;PP=2159;SC=ATCTATTGTCTGGAAAAAAAA;SOR=1.893;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=46;WE=14775832;WS=14775811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	14775824	rs80024169	A	C	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=45;PP=1460;SC=TATTGTCTGGAAAAAAAAAAT;SOR=1.893;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=56;WE=14775832;WS=14775811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	14881079	rs74902981	CAA	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.289;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr7	15346196	rs5882493	T	TA	903.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.49;ReadPosRankSum=1.040;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,55:0.82:67
chr7	15405005	.	T	TAAAAAAAAAAAAA	1419	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=15;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=22;MQ=56.17;NF=4;NR=0;PP=1419;QD=355.5;SC=TACTGGTAAGTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=4;WE=15405013;WS=15404995;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:16,4:0.20:20
chr7	15426956	rs4541808	G	A	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=33;PP=1476;SC=TGAAAACAGCGTATGTACAGG;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=84;WE=15426964;WS=15426946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	15430259	rs6942879	A	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=618;SC=TTATGAAATGATATAAATGAA;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=15430267;WS=15430249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	15430599	rs35830831	GT	G	112.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=135;SC=CTTCCATCTTGTTTTTTAGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=15430607;WS=15430589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	15458033	rs4469360	C	G	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=225;SC=TATATATTCACTAAAAACGAA;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=15458041;WS=15458023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	15470543	rs372391223	G	GTTTTTT	676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	15584604	rs2189445	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=-0.091;SC=AAAAAATTACGCTAAAATGTT;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=15584612;WS=15584594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr7	15666230	rs3779406	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-1.503;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr7	15725797	rs113582077	ATGG	A	2678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=26.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.414;QD=11.80;ReadPosRankSum=3.292;SOR=0.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,76:0.33:227
chr7	15726066	rs1050290	G	A	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FS=1.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.699;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:482,199:0.29:681
chr7	15726117	rs33970897	A	ATT	1333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=10;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=49;PP=1203;ReadPosRankSum=1.409;SC=AAACCGTGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.879;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=173;TCF=7;TCR=166;TR=52;WE=15726137;WS=15726107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,95:0.31:305
chr7	15726129	rs11975534	A	C	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=4.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=1.759;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,88:0.28:309
chr7	16129153	rs28379235	C	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=1;PP=349;SC=TATATATGTACGTACATACAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=16129161;WS=16129143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	16129172	rs9691136	A	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.08;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	16129214	rs11773533	G	A	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr7	16131260	rs1528137	C	T	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=18;PP=898;SC=AGCGGGGGCACAAAGCACAAT;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=16131268;WS=16131250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	16255602	rs4389828	A	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=77;SC=TCACTTATCAATAATATCCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=16255610;WS=16255592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	16298434	rs1295153	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.48;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr7	16298438	rs7799150	T	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	16348059	rs62441885	T	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=578;ReadPosRankSum=1.375;SC=CCTTAACTCCTACTCAATGCA;SOR=0.555;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=44;WE=16348067;WS=16348049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,47:0.33:144
chr7	16445673	rs6461252	A	T	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=535;ReadPosRankSum=0.772;SC=TAGACTCAAGAAAAAAGACTT;SOR=0.622;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=48;WE=16445681;WS=16445663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,72:0.34:210
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chr7	16505341	rs6945425	T	C	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=38;PP=1264;SC=ATTCTTTTGCTTCTGCTTCTG;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=16505349;WS=16505331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr7	16571973	rs1404173	A	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.47;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr7	16571976	rs1404172	C	G	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.85;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr7	16572051	rs1404171	C	T	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=877;ReadPosRankSum=-0.523;SC=GTTATTGTTACTGACTGCAAG;SOR=0.525;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=55;WE=16572059;WS=16572041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,88:0.70:125
chr7	16572317	rs28558187	T	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.349;SC=ACTCCAATTATTTTACCACTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=16572325;WS=16572307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr7	16577376	rs6961390	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=6.929;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=158;ReadPosRankSum=-1.781;SC=TCTTAATTTTGTATTCCTAAT;SOR=2.245;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=11;WE=16577384;WS=16577366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr7	16597114	rs6951596	T	C	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=1.352;SC=AATTAAGTAATAACTTTCAAC;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=10;WE=16597122;WS=16597104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr7	16597174	rs6969347	A	G	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=57;ReadPosRankSum=-1.264;SC=ATTTCTGTTGAAAATATATTA;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=16597182;WS=16597164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	16598655	rs6979816	G	A	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	16605861	rs11463350	A	AT	1181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=4;PP=1046;SC=GAATCTCTTAATTTTTTGTAT;SOR=2.786;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=32;WE=16605869;WS=16605851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	16607177	rs11379958	T	TA	827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.812;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.225;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,65:0.71:92
chr7	16620928	rs562687	A	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.375;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,49:0.42:118
chr7	16640358	rs543387	T	C	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=10;PP=1020;SC=AGGGTGAGGATCATCCACACT;SOR=2.256;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=46;WE=16640366;WS=16640348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	16650427	rs572570	C	G	3113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=56;PP=1432;ReadPosRankSum=1.398;SC=TTAAAGGAGACACTTGTTCAT;SOR=0.490;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=128;TCF=40;TCR=88;TR=84;WE=16650435;WS=16650417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,140:0.68:207
chr7	16655632	rs9638734	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=-0.380;SC=AAACATGCACCAATATCTTTA;SOR=0.275;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=16655640;WS=16655622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr7	16676082	rs34755603	T	TA	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.44;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr7	16684247	rs3807505	G	C	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=674;ReadPosRankSum=-0.954;SC=GCCCGGAGTCGCACGCATCAC;SOR=0.429;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=43;WE=16684255;WS=16684237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,83:0.70:118
chr7	16705132	.	TTG	T	461.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.215;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,33:0.17:196
chr7	16713933	rs11465103	A	AT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=1.906;SC=TGCTCTGTGGATTTTTTTTTC;SOR=0.616;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=7;WE=16713941;WS=16713928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr7	16725501	.	CT	C	199.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.586;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.433;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr7	16736479	rs7796792	C	G	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=29;PP=1655;SC=GGGCAGCTAGCGGGGAGATGG;SOR=1.197;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=83;WE=16736487;WS=16736469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	16736738	rs112462717	T	TTTTG	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr7	16745589	rs1149510	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=165;ReadPosRankSum=-0.236;SC=AGTATGCTGGTGCAATGGCAG;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=10;WE=16745597;WS=16745579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	16793779	rs11405941	G	GC	4406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=77;PP=2957;SC=GGCTTCCCACGTCTGCGCGCC;SOR=2.390;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=1;TCR=80;TR=78;WE=16793787;WS=16793769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	16823095	rs11491	G	A	6055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=77;PP=2242;ReadPosRankSum=2.480;SC=ACCCCCGCGCGAATCCTAGTG;SOR=0.772;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=235;TCF=112;TCR=123;TR=142;WE=16823103;WS=16823085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,287:0.63:459
chr7	16834444	rs2272246	C	T	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=16;PP=1290;SC=AAACTGAGTCCGAGGCGTCCC;SOR=1.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=16834452;WS=16834434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	16834551	rs4719480	C	A	9731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=78;PP=2965;SC=AATTGAAGGTCACACTTACAC;SOR=0.913;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=201;TCF=120;TCR=81;TR=198;WE=16834559;WS=16834541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr7	16834597	rs6842	A	G	5532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=-1.820;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,263:0.68:387
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chr7	16839501	rs2272245	A	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=-2.018;SC=AGCTTTGTTCAATTTTCAGTT;SOR=1.106;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=17;WE=16839509;WS=16839491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr7	16872913	rs4719482	G	A	1804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=23;PP=892;ReadPosRankSum=0.512;SC=GCTTGACTCAGCATCAGTGTA;SOR=1.139;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=62;WE=16872921;WS=16872903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,84:0.63:134
chr7	16899197	rs11798	C	T	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=20;PP=695;SC=GGCTTTTTTCCATCATCTCTT;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=16899205;WS=16899187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	16901185	rs4236289	C	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=19;PP=521;SC=TAATTCCATACAACTTTCTGT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=16901193;WS=16901175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	16913394	rs10249749	A	G	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=21;PP=1159;SC=TGAGCTGAGAAGCATGTTACC;SOR=1.375;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=65;WE=16913402;WS=16913384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	16913520	rs4472406	G	A	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=62;PP=1984;SC=AGAAGAGCTCGGAAATGGGTA;SOR=0.875;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=108;WE=16913528;WS=16913510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	16913557	rs2892833	A	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=397;ReadPosRankSum=0.735;SC=CTACCTACAGATATTTAACTA;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=34;WE=16913565;WS=16913547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,42:0.37:114
chr7	16913617	rs4389824	A	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=602;SC=CACAATTTTCACAAGATATGG;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=16913625;WS=16913607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	17854575	.	GA	G	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=5.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.110;SOR=1.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,30:0.25:119
chr7	17874271	rs4721660	T	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=115;SC=ATTGCCATAGTTTATCTTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=17874279;WS=17874261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	17913083	rs5882635	A	AC	2266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=17;PP=1302;SC=GGGTCTTAAGACAAAAATTTT;SOR=1.010;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=29;WE=17913091;WS=17913073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	17922486	.	A	G	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.62;ReadPosRankSum=-1.671;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,66:0.79:84
chr7	17979793	rs3800963	G	A	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=7;PP=1203;SC=CTCGGGCCCTGGAGCCCACGG;SOR=3.422;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=47;TCR=7;TR=54;WE=17979801;WS=17979783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	18066569	rs3800962	C	A	7579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=86;PP=2965;SC=GCTTCATCTTCTCATCTTGAG;SOR=0.873;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=112;TCR=86;TR=198;WE=18066577;WS=18066559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr7	18067479	rs35708479	ACT	A	5375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=57;PP=1623;SC=TGAAGCACAGACTCTAATGGC;SOR=1.441;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=60;WE=18067491;WS=18067469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr7	18624800	rs2073974	T	C	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=547;ReadPosRankSum=-1.014;SC=TAAAATTTGTTGTACAGGGTC;SOR=0.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=97;TCR=59;TR=54;WE=18624808;WS=18624790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,71:0.35:203
chr7	18630208	rs1726610	A	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=29;PP=839;SC=AGACTCGTCAAAATTATCTGT;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=18630216;WS=18630198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	18631098	.	A	ATG	505.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=2.320;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr7	18674435	rs2285431	T	C	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=45;PP=1317;SC=CAAAGTGATATTTCTGAGTTG;SOR=2.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=18674443;WS=18674425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	18688033	rs145105320	A	ATGTG	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,21:0.27:78
chr7	18767343	rs1178127	A	G	13320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=169;PP=2965;SC=TACCTCACCCAGCAATGGACC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=302;TCF=132;TCR=170;TR=301;WE=18767351;WS=18767333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,518:1.00:518
chr7	18788589	rs1178164	T	C	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=35;PP=2115;SC=TATCTTGTACTGTTACTCAAT;SOR=1.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=80;TCR=35;TR=115;WE=18788597;WS=18788579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	18806822	rs56084250	C	CA	590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.689;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=270;ReadPosRankSum=0.100;SC=CATAAAATTACAAAAAAAAAT;SOR=1.183;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=16;WE=18806830;WS=18806812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr7	18993870	rs2389998	C	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=255;SC=CTTTAAAGTTCTCTTAAAAAT;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=18993878;WS=18993860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	19738359	rs199908969	TA	T	1726.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.638;NF=1;NR=26;PP=980;ReadPosRankSum=-1.392;SC=AACTATAAATTAACAGTTAAA;SOR=0.283;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=27;WE=19738367;WS=19738349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,55:0.85:65
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chr7	19744417	rs11543308	T	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.63;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
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chr7	20444532	rs2074424	C	T	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=55;PP=1604;SC=TGTCCTTTTTCGTTCTGACTT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=87;WE=20444540;WS=20444522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	20668236	rs3033483	T	TTG	1245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.478;QD=26.50;ReadPosRankSum=0.434;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
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chr7	20739672	rs12700230	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=487;ReadPosRankSum=0.207;SC=TTGTTTGTTTGCTTTTCAGGG;SOR=0.308;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=35;WE=20739680;WS=20739662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,53:0.65:81
chr7	20739774	rs5882753	AT	A	424.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=210;ReadPosRankSum=0.702;SC=TGATAAGTTGATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=14;WE=20739782;WS=20739764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr7	20739839	rs13229035	A	C	212.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=3.979;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=6;PP=145;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TCTCAAGTCAATTTTTGACAT;SOR=1.198;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=20739847;WS=20739829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr7	20744543	rs2158855	A	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=18;PP=559;SC=CACATCATTAATGAGGCCAGG;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=20744551;WS=20744533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	20744563	rs2158854	C	T	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=14;PP=380;SC=GTAAGTCTCACGGTTAACAGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=20744571;WS=20744553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	20766943	rs11976861	C	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=5.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=-2.851;SOR=0.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr7	20768013	rs10254317	G	A	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=542;ReadPosRankSum=1.362;SC=TTGCCTATGCGGCAGGGTTTC;SOR=0.727;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=149;TCF=74;TCR=75;TR=48;WE=20768021;WS=20768003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,89:0.33:272
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chr7	20778773	rs6461516	C	G	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr7	20782474	rs12669866	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr7	20802789	rs77333366	T	C	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=126;ReadPosRankSum=-1.526;SC=ATTGATACTATCTATTTTTAA;SOR=0.175;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=12;WE=20802797;WS=20802779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr7	20803107	rs55827389	T	TC	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=17;PP=699;SC=AGTCTGTTTTTCTTTAGTGTT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=20803115;WS=20803097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr7	21470536	rs40245	A	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
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chr7	21603678	rs5008148	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr7	21603750	.	G	GA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=9.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.528;SOR=2.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr7	21603886	rs4392792	A	G	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.233;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,36:0.28:127
chr7	21627909	rs3810897	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=-1.129;SC=ATATCTAAAGATTAGATATAG;SOR=0.349;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=8;WE=21627917;WS=21627899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr7	21628237	rs6963535	C	T	7978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=98;PP=2965;SC=GGTCAAACTTCGCATCTCTCC;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=83;TCR=99;TR=181;WE=21628245;WS=21628227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr7	21630982	rs4615458	A	G	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.712;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=583;ReadPosRankSum=1.660;SC=GGGTGAGGGCAGCCACGTCCG;SOR=0.557;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=141;TCF=82;TCR=59;TR=51;WE=21630990;WS=21630972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,81:0.36:222
chr7	21639818	rs6461586	T	C	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=366;SC=TAGCTCATGCTGGGAATCCCA;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=21639826;WS=21639808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	21640361	rs10269582	T	C	5404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=45;PP=2606;SC=GTGGTGAATGTCATCAACAAA;SOR=1.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=87;TCR=45;TR=131;WE=21640369;WS=21640351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr7	21640405	rs10224537	A	G	8743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=80;PP=2965;SC=GGAGACCCACACTTACCTCTG;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=110;TCR=80;TR=189;WE=21640413;WS=21640395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr7	21641218	rs3827657	G	A	4723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=65;PP=2004;SC=TGCCTGAGCAGGTCTATATTC;SOR=0.932;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=106;WE=21641226;WS=21641208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr7	21646233	.	CT	C	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,52:0.34:154
chr7	21657130	rs12539987	C	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=0.651;SC=AATGCTTTCACTCTTTTCTAA;SOR=0.446;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=21657138;WS=21657120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr7	21658855	rs57208694	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=319;ReadPosRankSum=2.144;SC=TGTCCTCGGGACTGGGTCATT;SOR=0.589;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=25;WE=21658863;WS=21658845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,37:0.28:134
chr7	21678643	rs17144835	A	G	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=797;ReadPosRankSum=1.323;SC=TCTTCTGCTGATTTACTTGAC;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=86;TCR=119;TR=69;WE=21678651;WS=21678633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,123:0.33:370
chr7	21695416	rs11769118	A	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=676;ReadPosRankSum=1.559;SC=TACAGTAAGAAATGTTCTTAT;SOR=1.015;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=40;WE=21695424;WS=21695406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
chr7	21695649	rs4385378	G	A	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=69;PP=2009;SC=TTTTCAGCATGCTCTTAGAAG;SOR=1.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=107;WE=21695657;WS=21695639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	21757287	rs2965409	T	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5349;FS=2.567;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=320;ReadPosRankSum=-0.741;SC=AAACGTGTCCTTGAAGTGTTG;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=18;WE=21757295;WS=21757282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr7	21757636	rs2074760	G	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.073;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=486;ReadPosRankSum=0.718;SC=GCCCAAGAAAGTGAGAAGATT;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=33;WE=21757644;WS=21757626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr7	21765452	rs12536928	C	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=779;ReadPosRankSum=0.795;SC=AAGCTGACTTCAGTCGGTGGT;SOR=1.079;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=49;WE=21765460;WS=21765442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,90:0.60:150
chr7	21765636	rs2965424	T	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=433;ReadPosRankSum=0.822;SC=TGTATTAGTCTGTTTTCATAT;SOR=0.807;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=31;WE=21765644;WS=21765626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr7	21775153	rs2072219	A	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=4;PP=625;SC=GATTTCAATTATAAAGTGACT;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=21775161;WS=21775143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	21775210	rs2270022	A	G	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=16;PP=1164;SC=TCTCGCACGCACTCTCTCTCT;SOR=1.540;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=64;WE=21775218;WS=21775200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	21775443	rs2072221	G	A	9907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=119;PP=2965;SC=ACTACTACACGACATCCACAG;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=213;TCF=94;TCR=119;TR=213;WE=21775451;WS=21775433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr7	21778449	rs1109806	C	T	3571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1272;ReadPosRankSum=0.564;SC=TTCAGCCTCACACCCTGATCC;SOR=0.623;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=66;TCR=73;TR=93;WE=21778457;WS=21778439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,172:0.68:254
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chr7	21779104	rs933353	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AGGTAATCTGCGATGAAGACC;SOR=0.163;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=6;WE=21779112;WS=21779094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
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chr7	21818486	rs4273751	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.414;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr7	21901566	rs4722067	T	C	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=27;PP=788;ReadPosRankSum=0.785;SC=GCATCACCCATGCTGTCTTCC;SOR=0.561;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=58;WE=21901574;WS=21901556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,89:0.77:116
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chr7	21907452	rs5882827	G	GT	1159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.747;HP=6;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.747;SC=CACTGATCATGTTTTTATATT;SOR=1.368;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=19;WE=21907466;WS=21907442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr7	21907458	rs4995598	A	G	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.019;HP=6;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=1275;ReadPosRankSum=-1.553;SC=TCATGTTTTTATATTCTTGTT;SOR=1.005;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=30;WE=21907466;WS=21907442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr7	21907696	rs11773744	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-1.318;SC=CCTGCCCTTCTTTTCAGTTCA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=11;WE=21907704;WS=21907686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr7	21924014	rs6461613	A	G	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=12;PP=464;SC=AGAAGAATTCATGAATCCATC;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=21924022;WS=21924004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	21932044	rs12537531	C	T	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=19;PP=1124;SC=TGGTTCAAGACTGAAGATGAA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=21932052;WS=21932034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	21932317	rs9639401	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=0.757;SC=TTCTTTTTCATTGAAGTATAA;SOR=0.399;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=11;WE=21932325;WS=21932307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr7	21940465	rs62445900	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=0.852;SC=GTAACCTACCTTTCAAAGCTC;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=3;WE=21940473;WS=21940462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	21940557	rs10555456	AACTT	A	3202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=20;PP=2163;SC=TGCATCAAACAACTTACTTGA;SOR=1.394;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=41;WE=21940568;WS=21940547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	21941861	rs60370798	ATCTT	A	3003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=44.17;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	21943722	rs35898649	T	C	4210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=49;PP=2056;ReadPosRankSum=0.446;SC=CAAACACTGTTCCTACCGGGT;SOR=0.462;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=186;TCF=119;TCR=67;TR=123;WE=21943730;WS=21943712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,188:0.67:281
chr7	21945840	rs4445125	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=191;ReadPosRankSum=-0.784;SC=GTGACAGTGACGTGCGTTCAC;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=13;WE=21945848;WS=21945830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr7	21956405	rs1128250	G	A	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.698;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=426;ReadPosRankSum=0.584;SC=CAAAACTATCGCAGCTCTCCT;SOR=0.797;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=45;WE=21956413;WS=21956395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,72:0.29:245
chr7	21985338	rs3823667	G	A	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	21985347	rs1406706	G	A	4937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.20;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	22190131	rs11321630	GA	G	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.78;MQRankSum=1.708;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr7	22197507	rs7809342	A	G	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=59;PP=1819;SC=TACAGTGCTGAAAGGAAAAAT;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=97;WE=22197515;WS=22197497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	22202117	rs12592	G	A	5778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr7	22202196	rs1981600	T	A	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=43;PP=1241;SC=TTGTTGAAAATTTTAAAATAT;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=22202204;WS=22202186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	22202485	rs1981601	T	C	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=38;PP=1653;SC=ACAGTGACTCTAAGAAGAGAG;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=82;WE=22202493;WS=22202475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	22242370	rs4722110	G	T	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=9;PP=705;SC=CAAATTAAACGGATATCCACC;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=22242378;WS=22242360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	22242535	rs4719687	T	C	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=35;PP=1391;SC=CCTCAGTAAATAGAGGGCAGA;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=71;WE=22242543;WS=22242525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	22330862	rs367948789	TA	T	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,26:0.25:102
chr7	22349761	rs55757213	CA	C	732.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=23;PP=400;ReadPosRankSum=-1.120;SC=ATCCGTTTGCCAAAAAAACAA;SOR=0.887;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=78;TCF=6;TCR=72;TR=23;WE=22349769;WS=22349751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,52:0.33:159
chr7	22355166	.	CTA	C	68	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=68;QD=24.6666666667;SC=CAATAGCATACTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=3;WE=22355177;WS=22355156;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,3:0.15:20
chr7	22357488	rs62447095	A	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr7	22357716	rs10950897	T	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=-2.193;SC=TACCAAAAAATGAAAACATAA;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=22357724;WS=22357706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr7	22459324	rs2177142	G	A	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=515;ReadPosRankSum=1.453;SC=GTTCATTGTGGCAGAGGGAAA;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=34;WE=22459332;WS=22459314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr7	22459353	rs118185055	T	C	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=326;ReadPosRankSum=-1.401;SC=GGTGGTGTTCTGCATGAGCAA;SOR=0.572;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=32;WE=22459361;WS=22459343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,53:0.39:135
chr7	22478207	rs2528843	G	T	2939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=30;PP=1227;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TTGAAGGGCTGGCTGCTGATA;SOR=0.701;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=82;WE=22478215;WS=22478197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,138:0.64:215
chr7	22532260	rs62447564	A	G	11245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.776;NF=153;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=0.844;SC=CAGAGCCAGTATTGCCAGTCC;SOR=0.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=471;TCF=240;TCR=231;TR=303;WE=22532268;WS=22532250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,528:0.66:801
chr7	22532321	rs192189247	T	C	3296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.280;NF=69;NR=85;PP=1968;ReadPosRankSum=1.945;SC=TCATGCTCAATCCAGGCATCT;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=445;TCF=198;TCR=247;TR=154;WE=22532329;WS=22532311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:419,195:0.32:614
chr7	22533452	rs201338533	C	T	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=33.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-11.592;NF=19;NR=92;PP=2062;ReadPosRankSum=-1.868;SC=CCCGTGTCCTCATGCTACAAA;SOR=2.423;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=195;TCF=46;TCR=149;TR=111;WE=22533460;WS=22533442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,110:0.50:220
chr7	22533518	rs145105713	A	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=6.179;NF=9;NR=26;PP=578;ReadPosRankSum=0.130;SC=CTCTTGAACTAATTACTTATT;SOR=0.016;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=35;WE=22533526;WS=22533508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr7	22857477	rs2286499	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=2.176;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr7	22857504	rs2286498	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=1.196;SC=CCCAAAACTATACTGACTGAT;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=10;WE=22857512;WS=22857494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr7	22857589	rs7782015	T	C	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=-0.937;SC=TGAACATTTGTCCTGAAATGT;SOR=0.675;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=9;WE=22857597;WS=22857579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,23:0.28:82
chr7	22861639	rs981792	C	A	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr7	22861978	rs4354222	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=196;ReadPosRankSum=1.014;SC=CCTAGTGCTAGAGAGTGAATT;SOR=0.443;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=14;WE=22861986;WS=22861968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr7	22862131	rs2270108	A	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=7.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.449;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=472;ReadPosRankSum=1.491;SC=ATAGAACGGGAACTCGAACTC;SOR=2.100;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=96;TCF=87;TCR=9;TR=26;WE=22862139;WS=22862121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,26:0.25:106
chr7	22862183	rs2270107	G	A	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.467;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,78:0.29:269
chr7	22862192	rs2270106	A	G	2932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=-2.674;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,98:0.31:314
chr7	22896231	rs1608553	G	C	3987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=45;PP=2025;SC=AATTGAAATTGTGGCCAAGGA;SOR=0.988;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=107;WE=22896239;WS=22896221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	22896340	rs5882865	AC	A	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=52.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.570;SOR=0.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr7	22985868	rs2286491	T	C	119.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=0.792;SC=AGTTATGCTTTACATAAATTA;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=22985876;WS=22985858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr7	23000783	rs35493358	G	GCTCT	756.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=347;ReadPosRankSum=-1.197;SC=ACTATGAATGGCTCTCAATTT;SOR=0.269;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=7;WE=23000791;WS=23000773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr7	23145837	rs1005786	G	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.821;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,18:0.24:76
chr7	23163270	rs11982002	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-0.058;SC=AGAAATTCTGCGCTGGAAAAA;SOR=0.663;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=5;WE=23163278;WS=23163260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr7	23164526	rs2058275	C	G	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=27;SC=GGAAGAGTTTCAGTATCCTAT;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=23164534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr7	23195555	rs141774430	CTTTAT	C	3748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=28;PP=1827;SC=ACTCTTAGCACTTTATTTTTA;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=23195567;WS=23195545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	23221870	rs7808488	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=308;ReadPosRankSum=-0.307;SC=CCGGGAAGGGTCCGCCGGCGG;SOR=0.390;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=21;WE=23221878;WS=23221860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr7	23240263	rs13243961	G	A	4786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=85;PP=2237;ReadPosRankSum=0.130;SC=CACACCCAGAGATAAACTAAC;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=83;TCR=114;TR=146;WE=23240271;WS=23240253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,225:0.72:313
chr7	23286315	rs858239	G	A	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.985;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
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chr7	23293746	rs199347	A	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=316;ReadPosRankSum=0.122;SC=AACGAAAGGAAAAAGATGCTG;SOR=0.829;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=26;WE=23293754;WS=23293736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,48:0.30:162
chr7	23296533	rs199355	G	A	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=709;ReadPosRankSum=0.394;SC=CTGCTGATCCGTATGTTTACA;SOR=0.598;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=197;TCF=112;TCR=85;TR=64;WE=23296541;WS=23296523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,106:0.35:303
chr7	23300049	rs199351	A	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,49:0.30:165
chr7	23306020	rs156429	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=0.423;SC=CATAGTATAGTGTTCCTGATA;SOR=1.501;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=8;WE=23306028;WS=23306010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr7	23307634	rs2307783	ATGGG	A	1248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=831;ReadPosRankSum=1.526;SC=CGACAGAGGCATGGGTGGGTC;SOR=0.936;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=19;WE=23307645;WS=23307624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,35:0.36:96
chr7	23352512	rs199653	C	A	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=33;PP=949;SC=AGTTTTAAAACCTTACTTCCT;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=23352520;WS=23352502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	23562175	rs35027244	TA	T	223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.126;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
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chr7	23624570	rs227933	G	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=4;PP=225;SC=ATATAGAGAAGCAGCAGGAAG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=23624578;WS=23624560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	23719766	rs56391241	G	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.22;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	23719779	rs56359038	G	A	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	23727944	rs7802834	T	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=121;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=23727952;WS=23727934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	23727960	rs13237857	C	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=4;PP=137;SC=CCACCGCAACCGGCCTTTAAT;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=23727968;WS=23727950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	23731172	rs148660873	C	T	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.30;ReadPosRankSum=-2.336;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,60:0.29:207
chr7	23737795	rs5029444	T	C	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	23757162	rs6945306	G	C	3470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.05;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,166:0.62:266
chr7	23768907	rs12176610	A	G	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TAATGAAAGTAAAACTATGTG;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=23768915;WS=23768897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	23794029	rs4722266	G	A	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.873;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.03;MQRankSum=1.430;NF=36;NR=41;PP=1035;ReadPosRankSum=0.176;SC=TCTTTGAATGGATTAGAGATA;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=201;TCF=99;TCR=102;TR=77;WE=23794037;WS=23794019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,112:0.33:339
chr7	23794139	rs34664371	TA	T	713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.453;NF=0;NR=18;PP=580;ReadPosRankSum=0.395;SC=CTGTTGAACATAAGGAAGTGT;SOR=0.815;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=0;TCR=56;TR=18;WE=23794147;WS=23794129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
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chr7	23808604	rs61564984	C	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=-0.750;SC=AGAAGTATATCTCTCTGCAGG;SOR=1.814;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=19;WE=23808612;WS=23808594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
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chr7	23854838	rs5882915	G	GA	819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.470;NF=4;NR=8;PP=393;ReadPosRankSum=-2.564;SC=TCTGGTATGTGACCTTTTTGA;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=12;WE=23854846;WS=23854828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,31:0.32:96
chr7	23872024	.	C	CTTTG	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.83;NF=0;NR=2;PP=66;QD=46.0;SC=TTTTTAAAAACTTTGGTTTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=23872032;WS=23872014;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,2:0.18:11
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chr7	24324808	rs16140	C	G	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=1.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,138:0.69:201
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chr7	24329001	rs113179092	AT	A	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=-1.411;SC=CTTGTTACAGATGAACACCTG;SOR=0.399;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=6;WE=24329009;WS=24328991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
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chr7	24718710	rs722218	A	C	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.00;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,59:0.70:84
chr7	24719074	rs713571	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=419;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GACTCCCTCCATTACCTTTGG;SOR=1.700;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=22;WE=24719082;WS=24719064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr7	24742553	rs2240005	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.262;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=86;ReadPosRankSum=0.711;SC=GTACTTTCCCGCCAGCCAGGC;SOR=1.730;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=8;WE=24742561;WS=24742543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr7	24742576	rs66851582	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=282;ReadPosRankSum=0.838;SC=GGGAGGTACTCAGCAGTTGCT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=6;WE=24742593;WS=24742566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr7	24742585	rs2074142	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=469;ReadPosRankSum=0.722;SC=TCAGCAGTTGCTGAGTTAGTG;SOR=0.160;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=24742593;WS=24742566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr7	24747910	rs2721809	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=211;ReadPosRankSum=0.547;SC=TCATGACTGCGATGCACATCT;SOR=0.395;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=15;WE=24747918;WS=24747900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr7	24749755	rs35529766	TC	T	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=-0.832;SC=CACTGAGGGGTCACTGATGCT;SOR=0.124;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=3;WE=24749763;WS=24749746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr7	24756643	rs73082019	A	G	4860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=66;PP=2424;ReadPosRankSum=-0.622;SC=CCCCACACCAATGTTGGAGGA;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=241;TCF=138;TCR=103;TR=151;WE=24756651;WS=24756633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,218:0.64:342
chr7	24756951	rs12540919	C	T	5050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=83;PP=2380;ReadPosRankSum=0.035;SC=TCCAGCACCACGTTGGAGTCC;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=210;TCF=83;TCR=127;TR=135;WE=24756959;WS=24756941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,229:0.67:343
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chr7	24758753	rs754555	C	T	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=612;ReadPosRankSum=0.203;SC=TCTGCATCGTCGTGATCTTCT;SOR=0.534;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=43;WE=24758761;WS=24758743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,78:0.64:122
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chr7	24860000	rs6979174	G	C	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=29;PP=902;SC=CTCATCAAGTGTGTCCTCAAG;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=42;WE=24860008;WS=24859990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr7	24874459	rs2285688	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=-1.326;SC=CAATGTTACTATTAAACTCAG;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=6;WE=24874467;WS=24874449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr7	24874499	rs2285689	C	T	256.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9784;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=0.486;SC=AGTCAGAAAACCGGCAAAAGA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=24874507;WS=24874489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,10:0.91:11
chr7	24888620	rs757156	T	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=329;SC=GGTCGTGCAATGGGACAGATG;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=24888628;WS=24888610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	24891947	rs6461822	C	T	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=702;SC=GCTATTAAGACTTGGATAGGT;SOR=3.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=33;WE=24891955;WS=24891937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	24911189	rs142705324	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=180;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CACCTTGACCTGGTGGAAGAA;SOR=0.339;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=16;WE=24911197;WS=24911179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,16:0.23:70
chr7	25181912	rs2285738	T	C	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.420;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,64:0.26:246
chr7	25182001	rs2285737	C	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,26:0.28:93
chr7	25182172	rs2285736	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=2.321;SC=AAAAGGCAAAAACATGAGAAG;SOR=0.307;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=5;WE=25182180;WS=25182162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr7	25218661	.	AAAAC	A	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=52;QD=30.5;SC=CACCGTCTCAAAAACAAACAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=2;WE=25218672;WS=25218653;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,2:0.15:13
chr7	25264847	rs2717854	T	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=396;ReadPosRankSum=0.434;SC=AGCATGCAAGTGTGTATACAA;SOR=1.429;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=20;WE=25264855;WS=25264837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr7	25266400	rs2717851	G	A	3144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.319;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=49;PP=1849;ReadPosRankSum=-0.484;SC=CAAACCTTTGGGGCAGGTTAG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=164;TCF=87;TCR=77;TR=108;WE=25266408;WS=25266390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,141:0.62:227
chr7	25267934	rs877834	T	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.249;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=85;ReadPosRankSum=0.168;SC=AGAATATTTGTCATAATTTTC;SOR=1.489;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=11;WE=25267942;WS=25267924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr7	25267963	rs886354	G	C	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=16;PP=671;SC=GAAGATTGGAGATCACTAATT;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=25267971;WS=25267953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	25268094	rs877835	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=-1.664;SC=CTATGTGCAGCCCAATGTTTA;SOR=0.801;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=8;WE=25268102;WS=25268084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr7	25268157	.	G	GT	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5208;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=21;QD=19.0;SC=ACAAAGGAAAGTTTTTTTTAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=25268165;WS=25268147;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr7	26224250	rs148235978	A	G	6501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.356;NF=117;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=2.624;SC=GCTATAAGTCAGGATGTGAAT;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=170;TCR=130;TR=206;WE=26224258;WS=26224240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,307:0.69:448
chr7	26235344	rs17796710	C	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-4.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=2;PP=674;ReadPosRankSum=1.798;SC=GGACCACTATCACCCAAGCCA;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=55;TCR=3;TR=35;WE=26235352;WS=26235334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr7	26247984	.	CT	C	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.209;QD=1.98;ReadPosRankSum=-1.565;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,29:0.26:112
chr7	26386122	rs3801891	T	A	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1291;ReadPosRankSum=1.037;SC=AATAACCCACTTATTTTGATT;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=61;TCR=50;TR=84;WE=26386130;WS=26386112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,124:0.72:172
chr7	26386154	rs3801890	T	C	2431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1146;ReadPosRankSum=-1.020;SC=GTTCTTCATTTGCGAACCATA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=85;WE=26386162;WS=26386144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,114:0.71:161
chr7	26576535	rs740182	T	C	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=63;PP=1850;ReadPosRankSum=0.461;SC=CTTCAAAGTATTTCTCGGTCC;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=113;WE=26576543;WS=26576525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,162:0.65:248
chr7	26724279	rs212850	T	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=14;PP=633;ReadPosRankSum=-0.704;SC=CTTCCCTAGCTCTGTAAATCC;SOR=0.425;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=46;WE=26724287;WS=26724269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr7	26778406	rs10951145	A	G	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=982;ReadPosRankSum=-1.955;SC=ATTGAACACCAACATTACCTT;SOR=0.634;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=66;WE=26778414;WS=26778396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,93:0.67:139
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chr7	27135319	rs2074398	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=8.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.40;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:375,32:0.08:407
chr7	27141267	rs706016	C	T	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=17;PP=1230;SC=AGACCCCGTCCCCTCCATCTC;SOR=1.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=61;WE=27141275;WS=27141257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	27141657	rs2428431	C	G	2441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:536,187:0.26:723
chr7	27169093	rs2158218	T	G	9072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=130;NR=96;PP=2965;SC=GGGTCAGGTATCGATTGAAGT;SOR=0.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=131;TCR=97;TR=226;WE=27169101;WS=27169083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr7	27169617	rs6943542	T	C	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=19;PP=1110;SC=GCAGCCCGGGTCAGATGGGGG;SOR=1.034;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=27169625;WS=27169607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	27169934	rs10251056	A	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=38;PP=1110;SC=GGGCGGCGGCAGCTGGGGCTG;SOR=2.970;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=46;WE=27169942;WS=27169924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	27170145	rs6944345	T	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=558;SC=TAGGAGGCAGTGGGCTCTCGG;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=27170153;WS=27170135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	27192088	rs145281130	A	AGGCCT	1276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.795;NF=3;NR=18;PP=1060;ReadPosRankSum=0.951;SC=GGGAGCCGCCAGGCCTGGCCT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=12;TCR=67;TR=21;WE=27192096;WS=27192078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr7	27196069	rs2301720	A	C	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=75;NR=66;PP=2310;SC=GTGAGTTGGGAGCAAAGGAGC;SOR=0.786;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=76;TCR=66;TR=141;WE=27196077;WS=27196059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr7	27196113	rs2301721	C	T	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=70;PP=2536;SC=AACAGAGAAGCCCCCGCCGTA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=139;WE=27196121;WS=27196103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr7	27203139	rs7810502	G	A	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.65;SOR=4.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	27238691	rs2071265	C	G	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=17;PP=1082;SC=AGAACAGAAACGCACCCGGGA;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=27238699;WS=27238681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	27279191	rs3801321	T	G	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=46;PP=1462;SC=TGGGGGCCTATGCCCGGCTTC;SOR=0.961;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=72;WE=27279199;WS=27279181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	27566053	rs12700813	G	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.948;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=360;ReadPosRankSum=-0.313;SC=TGGAACTGTGGTTCCTTATGT;SOR=1.255;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=19;WE=27566061;WS=27566043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr7	27571058	rs1014372	C	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CATCTTCTCTCTCCATTTATT;SOR=0.784;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=27571066;WS=27571048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr7	27578068	rs17607303	T	C	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.957;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,55:0.30:183
chr7	27578167	rs9639553	C	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=36;PP=994;SC=TTCTCGAGTGCGGAAGAGAAC;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=27578175;WS=27578157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	27581495	rs6462029	T	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	27582783	rs978447	G	A	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=40;PP=1171;SC=GTTTAGGCAGGTAATAAAATT;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=27582791;WS=27582773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	27668860	rs6415252	C	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=1;PP=483;SC=ATCAGTTTGGCTTTATTTTTA;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=27668868;WS=27668850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	27671899	rs7779990	T	C	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=13;PP=1038;SC=AGTTCTAACATGTGAAATTCA;SOR=1.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=27671907;WS=27671889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	27672199	rs143191859	CA	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr7	27702390	rs11550134	C	A	219.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CTCCGAGGAGCCGTAAGGAGG;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=27702398;WS=27702380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr7	27788354	rs73078762	C	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.320;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=354;ReadPosRankSum=1.662;SC=TTAAAATTTTCTTTTAAAACA;SOR=1.368;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=74;TCF=12;TCR=62;TR=23;WE=27788362;WS=27788344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr7	27807441	rs7807729	G	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=180;SC=TATAAAGAATGTGAAAATTGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=27807449;WS=27807431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr7	27807650	rs7808062	G	A	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=16;PP=713;SC=CCTTGATTGTGTCCTAGATTT;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=27807668;WS=27807640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr7	28450028	.	G	A	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=768;ReadPosRankSum=0.607;SC=GCAGATTCTCGGCAGAATCAC;SOR=0.692;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=60;WE=28450036;WS=28450018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,107:0.36:295
chr7	28534501	rs3216916	C	CT	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.364;QD=4.97;ReadPosRankSum=2.035;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr7	28662583	rs41289	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr7	28676906	rs41309	A	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=332;SC=TTTCTATTCAATCATTCATTT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=28676914;WS=28676896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	28758638	rs879593	T	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.60;ReadPosRankSum=-1.810;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr7	28758648	rs879592	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.37;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr7	28857606	rs12531253	G	A	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=15;PP=942;SC=GAGTTTGCCAGTTTTGTTGTT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=51;WE=28857614;WS=28857596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	28858456	rs10951205	A	G	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	28995800	rs61742220	G	A	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=39;PP=1113;ReadPosRankSum=0.375;SC=CAAAGAGCAGGCGGAAGCGCG;SOR=0.584;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=212;TCF=117;TCR=95;TR=84;WE=28995808;WS=28995790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,91:0.34:269
chr7	28996220	rs1006521	G	A	3703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=44;PP=1497;ReadPosRankSum=0.365;SC=TCAGCCTTAGGGCGCTGCGGT;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=90;WE=28996228;WS=28996210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,167:0.67:249
chr7	28996557	rs3735562	C	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=0.299;SC=GCGCTTCAGGCCTCGCAGCCG;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=28;WE=28996565;WS=28996547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,47:0.31:150
chr7	28996944	rs740250	T	C	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=36;PP=1887;SC=GTGCTGCAGGTTGTTGGCCGA;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=28996952;WS=28996934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	28997141	rs6950750	G	C	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.228;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=876;ReadPosRankSum=0.273;SC=AGGGAGCGAAGACCGCGTCCG;SOR=0.768;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=63;WE=28997149;WS=28997131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,89:0.34:261
chr7	28997497	rs67010340	GC	G	5402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-8.185;NF=20;NR=76;PP=2951;ReadPosRankSum=1.406;SC=TGGGGGCTCGGCCAGCGAGCT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=21;TCR=76;TR=96;WE=28997505;WS=28997487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,205:0.99:207
chr7	28997596	rs5883174	G	GC	2364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=42;PP=1846;SC=CACGGGCTCGGCAGCGGCGGG;SOR=2.129;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=42;WE=28997604;WS=28997586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	29070209	rs7313	G	A	6819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr7	29103867	rs644763	T	C	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=35.24;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	29103867	.	TGGAAAGACAT	CGGAAAGACAC,CGGAAAGACAT	814	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=60.08;NF=17,34;NR=29,53;PP=814,378;QD=18.8579972796;SC=GAAGGGGCATTGGAAAGACAT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=46,87;WE=29103885;WS=29103857;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.52:88
chr7	29103877	rs2074783	T	C	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.787;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,63:0.63:100
chr7	29103944	rs34641639	A	AT	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=1029;SC=AACATACAACATGGAGAAACG;SOR=2.621;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=22;WE=29103952;WS=29103934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	29105776	rs2270027	A	G	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=-1.619;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,68:0.65:105
chr7	29111578	rs2074784	A	C	5019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=90;PP=2347;ReadPosRankSum=0.163;SC=GACCTTAAGGAAGCCCATTTG;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=241;TCF=93;TCR=148;TR=150;WE=29111586;WS=29111568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,239:0.65:365
chr7	29111620	rs317719	A	C	6034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=106;PP=2962;SC=AATTGTTAATATTGTGCTGGT;SOR=1.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=38;TCR=106;TR=144;WE=29111642;WS=29111610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	29111634	rs2074785	C	A	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=59;PP=1285;ReadPosRankSum=0.598;SC=TGCTGGTTAGCCAAGTAGGAT;SOR=0.432;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=117;TCF=23;TCR=94;TR=75;WE=29111642;WS=29111610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,91:0.67:136
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chr7	29394048	rs757327	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=304;ReadPosRankSum=1.402;SC=CTGAAGAAAGTGGTGCTGAGT;SOR=0.506;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=19;WE=29394056;WS=29394038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
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chr7	29394435	rs10215545	C	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=321;ReadPosRankSum=-1.027;SC=TAGTCAGAGACGATTAACAGA;SOR=0.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=22;WE=29394443;WS=29394425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr7	29437867	rs7799981	T	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=566;SC=GTCACCCCCCTTCTTCACTCA;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=29437875;WS=29437865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	29438109	rs12112301	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=1.051;SC=TCAGGTGAGGCGCATTTCATT;SOR=0.638;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=30;WE=29438117;WS=29438099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr7	29439641	rs12669481	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=39;ReadPosRankSum=-1.255;SC=CAACTAGGGCGGAAGGCATGG;SOR=0.495;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=29439649;WS=29439631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr7	29520042	rs1476991	G	A	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.889;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=675;ReadPosRankSum=1.066;SC=TATAGTTTCCGTCTGGTTTCT;SOR=0.544;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=158;TCF=53;TCR=105;TR=53;WE=29520050;WS=29520032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,72:0.36:200
chr7	29523563	rs12665897	G	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=2.230;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,50:0.28:178
chr7	29544298	.	C	CT,CTT	856.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.737;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,24,25:0.39,0.41:61
chr7	29544337	.	GTC	G	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.326;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,15:0.11:138
chr7	29544468	rs73684725	A	G	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=985;ReadPosRankSum=-0.224;SC=ATGCCATCTGACATCCTAACA;SOR=0.666;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=58;WE=29544476;WS=29544458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,92:0.70:131
chr7	29546763	rs11388362	A	AT	673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,41:0.87:47
chr7	29552463	rs1420145	C	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=12;PP=323;SC=GCTAGAATTTCCTGGACTGCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=29552471;WS=29552453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	29605975	rs2302618	C	G	13078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=123;PP=2965;SC=CTGGCAGCTCCGGCCCCTGGT;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=165;TCR=123;TR=288;WE=29605983;WS=29605965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr7	29771546	rs112712037	CT	C	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=5.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.916;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,41:0.31:134
chr7	29771597	rs850084	A	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-0.556;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,42:0.21:204
chr7	29781927	rs850098	T	A	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.621;NF=35;NR=40;PP=800;ReadPosRankSum=0.322;SC=AAACTACCCATTACACTATGG;SOR=0.510;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=241;TCF=96;TCR=145;TR=75;WE=29781935;WS=29781917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:280,106:0.27:386
chr7	29924221	rs13310795	T	C	17534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=189;NR=236;PP=2965;SC=TAAGGAGCGCTGCCTGGCCCA;SOR=0.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=428;TCF=189;TCR=239;TR=425;WE=29924229;WS=29924211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,672:1.00:672
chr7	29944062	rs4722959	A	T	4319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=78;PP=2389;SC=GCTTTCTCCTAAACAGCTTTA;SOR=1.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=39;TCR=79;TR=116;WE=29944070;WS=29944052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	29966294	rs17158502	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=-1.956;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr7	29980471	rs35960711	C	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.608;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=38;PP=911;ReadPosRankSum=1.524;SC=CGAAAGCTGACTGCAAATGCA;SOR=1.606;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=53;WE=29980479;WS=29980461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,69:0.62:112
chr7	29986744	rs17158546	A	G	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-4.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.394;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=271;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TTAGAGTTCCACTGTAACATC;SOR=0.057;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=21;WE=29986752;WS=29986734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr7	30009362	rs17158555	T	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=-0.623;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,50:0.69:72
chr7	30029714	rs62446663	T	C	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=414;ReadPosRankSum=0.289;SC=AGCATCCTTTTGGCGCCTCTT;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=27;WE=30029722;WS=30029704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr7	30054624	rs57981260	C	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=-0.235;SC=AAATATAATACCTTCTAAACA;SOR=1.473;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=13;WE=30054632;WS=30054614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
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chr7	30065905	rs17150688	A	G	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.074;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=759;ReadPosRankSum=-1.477;SC=TTACTATTTTACCTGCGGGGC;SOR=0.358;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=47;WE=30065913;WS=30065895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,69:0.64:107
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chr7	30113706	rs11977829	A	G	4718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.548;NF=81;NR=58;PP=1892;ReadPosRankSum=-1.555;SC=ATGGTAAAACATTGCGGCAAC;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=247;TCF=138;TCR=109;TR=139;WE=30113714;WS=30113696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,241:0.56:432
chr7	30113862	rs149548208	T	TTG	1467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.822;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.624;NF=0;NR=42;PP=1688;ReadPosRankSum=1.959;SC=AGAAACAAAGTTGTGTGTGTG;SOR=2.129;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=42;WE=30113870;WS=30113852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,54:0.76:71
chr7	30118508	rs1109208	C	T	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.006;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=61;PP=1510;ReadPosRankSum=0.729;SC=ACCCCTTCACCTGGGGGGATG;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=24;TCR=78;TR=80;WE=30118516;WS=30118498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,87:0.79:110
chr7	30157472	rs147327175	C	CAGATT	615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.651;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=614;ReadPosRankSum=0.279;SC=ATATTAGAAACAGAAGTATAA;SOR=2.448;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=30157480;WS=30157462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr7	30174773	rs73689406	C	G	6779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.884;SC=AGCAGCTGGCCGACGTTGCGG;SOR=0.817;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=307;TCF=183;TCR=124;TR=209;WE=30174781;WS=30174763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,321:0.67:478
chr7	30177095	rs6954451	G	T	182.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.85;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	30329598	rs151056013	CTATT	C	4863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.559;NF=2;NR=62;PP=2888;ReadPosRankSum=-0.499;SC=AACTTTTAAACTATTTATTAT;SOR=0.766;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=92;TCF=3;TCR=89;TR=64;WE=30329609;WS=30329588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,123:0.72:171
chr7	30485703	rs55996014	G	GC	1412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=44.891;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=1988;ReadPosRankSum=-0.666;SC=AGCAAGGCCCGCCCCCCACAC;SOR=3.126;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=32;WE=30485718;WS=30485693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,38:0.36:106
chr7	30485710	rs6958571	A	C	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=41.278;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=1978;ReadPosRankSum=0.050;SC=CCCGCCCCCCACACACACAGC;SOR=2.987;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=51;WE=30485718;WS=30485693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,41:0.36:114
chr7	30485741	rs2907749	A	G	1969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.262;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=1145;ReadPosRankSum=-2.659;SC=ACATACATCCATCCCCTTCTA;SOR=1.084;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=72;WE=30485749;WS=30485731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,100:0.53:188
chr7	30490760	rs2075822	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=352;ReadPosRankSum=0.115;SC=CTGGTCCATGATGCCATTCCC;SOR=0.760;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=20;WE=30490768;WS=30490750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr7	30538651	rs38409	T	C	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=42;PP=1096;ReadPosRankSum=-0.012;SC=GTGTATGGGATTAAACATTTA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=68;WE=30538659;WS=30538641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,93:0.61:153
chr7	30540399	rs38410	G	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr7	30544360	rs38414	G	A	7062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=112;PP=2911;ReadPosRankSum=-2.051;SC=GCCTGAAGCAGAGTGTAAGGA;SOR=0.676;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=295;TCF=127;TCR=168;TR=200;WE=30544368;WS=30544350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,342:0.69:496
chr7	30634661	rs1049402	C	G	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=795;ReadPosRankSum=0.928;SC=GGCCTCCTGCCCCCCGATCTC;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=53;WE=30634669;WS=30634651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,69:0.57:120
chr7	30635600	rs10265589	C	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=541;ReadPosRankSum=2.881;SC=ATATAGACCTCCTTTTCCTAG;SOR=0.866;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=36;WE=30635608;WS=30635590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,61:0.59:103
chr7	30643069	rs1558064	C	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=-1.288;SC=AGTGCATTGTCCTTTTTCCCA;SOR=0.619;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=12;WE=30643077;WS=30643059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr7	30651938	rs1986756	G	A	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=47;PP=986;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CTGTTTTGAAGCAATTCTGCT;SOR=0.727;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=98;TCF=21;TCR=77;TR=58;WE=30651946;WS=30651928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,71:0.62:114
chr7	30660938	rs10951271	A	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=575;ReadPosRankSum=1.806;SC=TATAATCTGCATGCATTTGTG;SOR=0.253;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=37;WE=30660946;WS=30660928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr7	30662237	rs10249885	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=465;ReadPosRankSum=0.440;SC=TGGCATTATAGCCTGAAAAAA;SOR=0.619;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=27;WE=30662245;WS=30662227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,29:0.76:38
chr7	30666596	.	CAA	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.091;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr7	30705105	rs8192496	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=378;ReadPosRankSum=-3.062;SC=GTGCTGTAGGGGGAGGGATGA;SOR=0.495;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=24;WE=30705113;WS=30705095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr7	30728452	rs917195	C	T	6622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=39;PP=1309;ReadPosRankSum=1.448;SC=CCTGTAGCCACGGCAACCAGA;SOR=0.781;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=95;TCR=72;TR=95;WE=30728460;WS=30728442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,175:0.56:310
chr7	30728472	rs917196	C	G	6914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=46;PP=1473;ReadPosRankSum=1.893;SC=AGAATGTTTACCACCTTCTGC;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=96;TCR=82;TR=99;WE=30728480;WS=30728462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,189:0.55:343
chr7	30728557	rs58682124	A	G	2487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=1017;ReadPosRankSum=-1.935;SC=GCTGACTTCCATCGTGGGAGC;SOR=0.632;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=54;TCR=84;TR=73;WE=30728565;WS=30728547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,120:0.54:221
chr7	30791848	rs4723010	G	A	2737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.099;SC=CTACAGCTTCGATGGCAGCCC;SOR=0.721;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=70;WE=30791856;WS=30791838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,128:0.62:205
chr7	30793228	rs2075005	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=209;ReadPosRankSum=-1.226;SC=CTGCCAATCCGTGATAACCAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=12;WE=30793236;WS=30793218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr7	30795436	rs4720015	T	G	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1431;ReadPosRankSum=-0.983;SC=GGGGTCTGCTTCATTGTGGCT;SOR=0.415;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=74;WE=30795444;WS=30795426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,110:0.99:111
chr7	30805811	rs2013200	T	A	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=11;PP=990;SC=ATATGATTTCTCACACACACA;SOR=1.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=48;WE=30805819;WS=30805801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	30805849	.	A	ACACC	3505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.49;QD=31.87;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	30805913	rs3901848	G	A	7522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.89;QD=32.43;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr7	30805913	.	GTGTAAAG	ATGTAAAC,ATGTAAAG	1559	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=20;MQ=62.79;NF=25,85;NR=18,57;PP=623,1559;QD=15.7318110433;SC=TGTCCTTCCAGTGTAAAGTCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=85;TCR=60;TR=43,142;WE=30805928;WS=30805903;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.30:145
chr7	30805920	rs73085896	G	C	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.63;MQRankSum=-2.004;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,90:0.36:247
chr7	30817998	rs11762566	G	A	4163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,203:0.60:339
chr7	30825229	rs2269921	C	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=32;ReadPosRankSum=-0.385;SC=TTCATGATAACGCACTGGCTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=30825237;WS=30825219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	30831082	rs12701034	C	T	5279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FS=1.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=2.565;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,255:0.60:422
chr7	30876432	rs10258097	A	G	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=571;ReadPosRankSum=-0.949;SC=GAATGGATATAGATGGCGTGA;SOR=0.321;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=33;WE=30876440;WS=30876422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
chr7	31014039	.	T	C	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,85:0.33:259
chr7	31015565	rs2741	T	G	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=553;ReadPosRankSum=0.712;SC=CAATAAGCACTCATGACCTCA;SOR=0.323;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=42;WE=31015573;WS=31015555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,69:0.70:99
chr7	31016018	rs4988504	G	A	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1185;ReadPosRankSum=1.786;SC=CCAGTCTTGGGAGCCTAGGAT;SOR=0.745;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=77;WE=31016026;WS=31016008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,98:0.65:151
chr7	31121501	rs2302475	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	31125082	rs11410563	A	AG	1701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=25;PP=1124;SC=CAGACCCATTAGGCTCTGCCG;SOR=1.225;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=27;WE=31125090;WS=31125072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	31132235	.	C	CT	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,36:0.20:177
chr7	31135471	rs2267734	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=350;SC=GGGCCTCTGCGGGGGGACGGT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=31135479;WS=31135461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	31569547	rs12701110	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=102;ReadPosRankSum=2.087;SC=GGCAGCGATGGCGTGTTCTGA;SOR=0.466;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=11;WE=31569555;WS=31569537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr7	31569579	rs2067727	G	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=-1.765;SC=CTGCAGCTGTGTGACTGGGTG;SOR=0.627;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=10;WE=31569587;WS=31569569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr7	31592491	rs7793859	T	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=-2.257;SC=CAGGTTCATGTATGACTGTGA;SOR=0.280;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=8;WE=31592499;WS=31592481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr7	31592733	rs7811042	C	A	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=53;PP=1580;SC=AGCGCGTGGGCTCCGCTGGAT;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=83;WE=31592741;WS=31592723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	31594166	rs2286710	C	T	6015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=73;PP=2501;SC=GTGTGCCTTACATGTTTCTCT;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=137;WE=31594174;WS=31594156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr7	31594258	rs12155214	G	T	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=54;PP=1543;SC=TTAATTGTACGTGAAGTATTA;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=31594266;WS=31594248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	31617733	rs6945679	T	C	9163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=123;NR=112;PP=2965;SC=AAGTTTTTGTTCCCTTTACAA;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=236;TCF=123;TCR=113;TR=235;WE=31617741;WS=31617723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr7	31618008	rs10252720	A	G	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=45;PP=1471;SC=AGCTTGTCTCATCTTGCAGGC;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=31618016;WS=31617998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	31681765	rs10239388	C	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	31682453	rs4141001	C	T	5168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=56;PP=2392;SC=AGCCAAGAAGCGAATGCCTTG;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=123;WE=31682461;WS=31682443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr7	31683410	rs10247620	G	A	23767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=919;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=267;NR=283;PP=2965;SC=TGCATCTGCTGTCATCACCAC;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=556;TCF=269;TCR=287;TR=550;WE=31683418;WS=31683400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,907:1.00:907
chr7	31683610	rs38398	G	A	6426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=123;PP=2965;SC=AGATGCACCCGTGATAAACAC;SOR=1.385;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=180;TCF=53;TCR=127;TR=176;WE=31683618;WS=31683600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	31691697	rs3735424	T	C	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=21;PP=661;SC=TTTGACTATATCCAGCCTACC;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=31691705;WS=31691687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	31697913	rs35589779	C	CT	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr7	31735263	rs34173	G	C	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=72;PP=2206;SC=CTGCACAGCTGTAAAGGAGAG;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=108;WE=31735271;WS=31735253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	31735297	rs34174	T	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.80;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,22:0.22:101
chr7	31735315	rs79503171	T	C	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,17:0.22:79
chr7	31848763	rs113385926	T	C	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=360;ReadPosRankSum=-0.810;SC=TGTATGCAGCTGAGGGGGTTG;SOR=0.758;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=29;WE=31848771;WS=31848753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,72:0.69:105
chr7	31855420	rs1860789	A	G	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=18;PP=1640;SC=AAGGAACTGGATGAGCAGGGA;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=77;WE=31855428;WS=31855410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	31855578	rs1860790	G	A	12710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=149;NR=148;PP=2965;SC=CGGCTTTGGAGTTTTTCCCAC;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=150;TCR=150;TR=297;WE=31855586;WS=31855568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr7	31862574	rs59187276	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=138;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TCTAATATTCGGCAATTTGAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=8;WE=31862582;WS=31862571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr7	31862901	rs191145475	T	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=420;ReadPosRankSum=-1.880;SC=AGAGAGTTAGTGTTTGGAAAA;SOR=0.511;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=33;WE=31862909;WS=31862891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chr7	31876766	rs2270218	T	C	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=45;PP=2019;SC=ATGATGACAGTCCTGATGGAG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=105;WE=31876774;WS=31876756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	31887438	rs200188922	GGTGAGA	G	506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.719;NF=12;NR=2;PP=700;ReadPosRankSum=0.319;SC=ACAAAGAGAGGGTGAGAGTGA;SOR=1.356;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=14;WE=31887451;WS=31887436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr7	31890106	rs917756	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=609;SC=TTGAAGCTGATCAGACTGATC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=31890114;WS=31890096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	32091215	rs2072182	A	T	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,71:0.33:213
chr7	32110079	rs2301933	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.672;SC=CCTCGCCCAGCTCGCGATGCC;SOR=0.495;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=12;WE=32110087;WS=32110069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr7	32110115	rs30598	C	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=263;SC=CGCGTTTGCCCGGCACTTTCT;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=32110123;WS=32110105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	32209227	rs977623	A	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=295;ReadPosRankSum=-0.540;SC=TTCAGGAAATACAGCCAGAAG;SOR=0.132;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=16;WE=32209235;WS=32209223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr7	32209283	rs977624	T	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=465;ReadPosRankSum=-0.737;SC=TTTTAATTTATTCAGTGCAAA;SOR=0.737;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=31;WE=32209291;WS=32209273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr7	32209425	rs977625	A	G	8588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=101;PP=2965;SC=AAGACTTCTGAGCTATCCAGC;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=101;TCR=101;TR=202;WE=32209433;WS=32209415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr7	32209459	rs977626	C	T	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=485;ReadPosRankSum=0.213;SC=CAGCTAGGATCTCCTCTGGGG;SOR=1.107;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=167;TCF=74;TCR=93;TR=47;WE=32209467;WS=32209449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,75:0.29:263
chr7	32338337	rs215607	G	A	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=69;PP=1921;SC=CCTGTTGCCGGCGTCCGTCAT;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=111;WE=32338345;WS=32338327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	32527009	rs7800049	G	A	10659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr7	32528796	rs41276006	T	G	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=348;ReadPosRankSum=0.810;SC=ATATACTGATTGTCTATAGTT;SOR=0.521;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=20;WE=32528804;WS=32528786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr7	32529622	rs12532994	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5958;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=149;ReadPosRankSum=1.139;SC=CCAGGCTGAGAAGTAGGCCTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=32529630;WS=32529616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr7	32529936	rs1584614	G	C	10340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=147;PP=2965;SC=GATTACCTAAGGGCAGCAGCT;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=105;TCR=147;TR=251;WE=32529944;WS=32529926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr7	32591135	rs3213972	G	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.401;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=-1.246;SC=ATTACCTTAAGAAAGACATTC;SOR=1.148;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=19;WE=32591143;WS=32591125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,31:0.56:55
chr7	32591158	rs3213973	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=-2.378;SC=ATGTGAAAACGCATTTGCATT;SOR=1.627;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=12;WE=32591166;WS=32591148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr7	32593234	rs10717407	CT	C	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.761;QD=8.23;ReadPosRankSum=2.340;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr7	32593271	rs6961786	G	A	1706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.452;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.772;NF=34;NR=17;PP=800;ReadPosRankSum=1.880;SC=TGTTAAGGGGGAAATAACCTT;SOR=1.079;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=51;WE=32593279;WS=32593261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,79:0.64:124
chr7	32594278	rs2290210	A	G	284.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=189;ReadPosRankSum=1.981;SC=ACATTATTTCATAAAATTGAA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=32594286;WS=32594268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr7	32598087	rs12673921	G	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr7	32598138	rs12673881	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=386;ReadPosRankSum=-1.450;SC=CTTCATGGGTCTTCTAATTTG;SOR=0.643;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=26;WE=32598146;WS=32598128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr7	32598359	rs1562828	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.99;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr7	32598524	rs1466144	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.88;ReadPosRankSum=-1.563;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr7	32599204	rs34973430	A	AT	183.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=214;ReadPosRankSum=0.792;SC=TGTAAAGTACAACCAAATACA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=32599212;WS=32599194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr7	32609565	rs2305320	A	G	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-4.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=7;PP=566;ReadPosRankSum=0.902;SC=CTGTTAGCTCACTAAGTTTAA;SOR=0.466;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=40;WE=32609573;WS=32609555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr7	32613020	rs1993050	A	G	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=47;PP=1263;ReadPosRankSum=0.240;SC=TGGCTGCCACACTGCAATTAG;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=68;WE=32613028;WS=32613010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,91:0.86:106
chr7	32615553	rs6462381	C	T	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.985;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=27;PP=1405;ReadPosRankSum=-0.247;SC=TTCTTTCAAACATTTACTTGA;SOR=0.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=99;TCR=41;TR=91;WE=32615561;WS=32615543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,118:0.63:186
chr7	32619653	rs6462383	T	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=149;ReadPosRankSum=0.898;SC=TAATCTTTTCTGGATGTCGTC;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=11;WE=32619661;WS=32619643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr7	32620325	rs35499747	T	TTG	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=615;ReadPosRankSum=0.282;SC=AGAGTGACTATTGTGTGTGTG;SOR=0.892;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=15;WE=32620333;WS=32620315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr7	32623250	rs1817046	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=165;ReadPosRankSum=0.633;SC=GTGACCACTGCACTGCACTCC;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=9;WE=32623258;WS=32623245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr7	32660758	rs2302066	C	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.597;NF=6;NR=20;PP=427;ReadPosRankSum=-1.922;SC=AAAAATTCTTCTAAATGATAA;SOR=1.295;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=26;WE=32660766;WS=32660748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr7	32909182	rs752730	G	A	4607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.796;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=72;PP=2068;ReadPosRankSum=-0.055;SC=GGTAGGTGACGTATTTAGCTC;SOR=0.650;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=187;TCF=93;TCR=94;TR=136;WE=32909190;WS=32909172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,209:0.74:283
chr7	32956941	rs139835645	C	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.117;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.38;MQRankSum=2.284;QD=22.26;ReadPosRankSum=2.871;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr7	33014404	rs62467431	G	A	1480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-8.860;NF=11;NR=39;PP=866;ReadPosRankSum=-0.217;SC=TTATAAACACGTCAGCAGAAA;SOR=0.808;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=50;WE=33014412;WS=33014394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,66:0.60:110
chr7	33016120	rs3750116	G	T	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=58;PP=1738;SC=TGGTAAGTCCGTCTCCTTCTT;SOR=1.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=86;WE=33016128;WS=33016110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	33028487	rs35727868	C	T	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=-0.220;SC=ACTACAGGCACGCACCACCAC;SOR=0.502;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=22;WE=33028495;WS=33028477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr7	33059407	rs2392209	A	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=11;PP=324;SC=TTATTACAAAACATTCTTCCA;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=33059415;WS=33059397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	33060946	rs3750117	A	G	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	33063492	rs6955792	A	G	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=285;SC=ATAATATGGGAAAAAAAACCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=33063500;WS=33063482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	33102462	rs13228639	C	T	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=729;SC=CCGCGCAGCTCCGCCCCCACG;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=33102470;WS=33102452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	33102514	rs13228827	G	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=17;PP=457;SC=GCCAGGACGCGGCGGGAGGGG;SOR=3.160;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=33102522;WS=33102504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	33136983	rs6462460	G	A	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=63;PP=2032;SC=ACCTAAAAACGAAAAGAGAAA;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=110;WE=33136991;WS=33136973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr7	33139147	rs17472556	G	A	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=40;PP=1188;SC=CTGGGCTTCCGGTGCCAACAT;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=60;WE=33139155;WS=33139137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	33186065	rs77462109	TT	GA	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.711;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,37:0.24:152
chr7	33186082	rs1969575	C	G	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=60;PP=1827;SC=GGGAGGCCGACGTGGGCAGAT;SOR=1.588;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=86;WE=33186090;WS=33186072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	33192502	rs17169881	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=342;ReadPosRankSum=-0.701;SC=TACTTGGAGTATGTCAATCCT;SOR=0.295;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=27;WE=33192510;WS=33192492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,36:0.44:81
chr7	33282577	rs7793096	G	A	4195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=63;PP=1721;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TAAATCATTTGAACTTTCTTG;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=172;TCF=79;TCR=93;TR=112;WE=33282585;WS=33282567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,194:0.69:280
chr7	33380598	rs11981364	G	T	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1051;ReadPosRankSum=-1.000;SC=AGGTGTACTTGCAGATTTTAA;SOR=0.507;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=74;WE=33380606;WS=33380588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,113:0.65:173
chr7	33380673	rs10486527	T	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=460;ReadPosRankSum=-0.036;SC=TAAAGTTTGGTCCTCCAAGTA;SOR=0.313;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=32;WE=33380681;WS=33380662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr7	33384197	rs138072724	C	T	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=852;ReadPosRankSum=-0.686;SC=TTACAGCAAGCGACCGATGTT;SOR=0.694;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=123;TCR=116;TR=79;WE=33384205;WS=33384187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,137:0.33:421
chr7	33385852	rs6974593	C	T	4643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=67;NR=44;PP=1889;SC=CCAAGATATACAACCATGCAA;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=67;TCR=44;TR=111;WE=33385860;WS=33385842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr7	33388618	rs9785054	C	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=161;SC=TAAGTAGTTACGATAGTCTAT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=33388626;WS=33388608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	33388713	rs11773504	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr7	33388829	rs73101660	T	A	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=525;ReadPosRankSum=0.846;SC=GTGAATTTTTTAAAAATACTA;SOR=0.740;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=37;WE=33388837;WS=33388819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,53:0.70:76
chr7	33392380	rs11769616	A	G	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=377;ReadPosRankSum=2.023;SC=TTTTAAGCAGATATGTGTCAA;SOR=0.520;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=33;WE=33392388;WS=33392370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,52:0.34:151
chr7	33977125	.	GGTGT	G	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr7	34009946	rs10265207	C	T	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=19;PP=712;SC=TTCAGGAGGGCGTTGTCACAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=34009954;WS=34009936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	34192762	rs6968741	G	C	6352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=66;PP=2552;SC=GTATCAAGACGTGTGACAACT;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=129;WE=34192770;WS=34192752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr7	34685772	rs1582277	A	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=341;ReadPosRankSum=-1.018;SC=TGGAAAAACTAAAACGCTCAT;SOR=0.654;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=24;WE=34685780;WS=34685762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr7	34697982	rs887020	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=2.393;SOR=0.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr7	34698210	rs2530548	A	G	2350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=863;ReadPosRankSum=0.258;SC=CTGACTTATAACAATGAGACT;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=55;WE=34698218;WS=34698200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,112:0.67:167
chr7	34698234	rs2530549	A	C	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=584;ReadPosRankSum=-0.722;SC=GGAACTTAAGAGTGTCAATTG;SOR=0.882;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=50;WE=34698242;WS=34698224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,92:0.67:137
chr7	34698251	rs2530550	C	G	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=670;ReadPosRankSum=-0.704;SC=ATTGAAGTATCATAGCCAGTA;SOR=0.823;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=44;WE=34698259;WS=34698241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,70:0.67:105
chr7	34698321	rs2530551	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.46;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=0.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr7	34698331	rs401256	G	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.98;ReadPosRankSum=-1.860;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr7	34724373	rs11290993	CA	C	668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.645;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr7	34725322	rs740623	T	A	1224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=470;ReadPosRankSum=-1.470;SC=TAGCCATACATTGTTAGTAAC;SOR=0.699;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=32;WE=34725330;WS=34725312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,58:0.57:102
chr7	34818113	rs324981	A	T	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.365;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=33;PP=854;ReadPosRankSum=-0.340;SC=ACAGATATTAATTGGCGATTC;SOR=0.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=124;TCR=109;TR=71;WE=34818121;WS=34818103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,101:0.26:393
chr7	34851393	rs9655357	C	G	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=471;ReadPosRankSum=-0.791;SC=TTGTGCTGCTCTACGCCTCTA;SOR=0.599;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=48;WE=34851401;WS=34851383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,87:0.36:241
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chr7	34867255	rs5883474	C	CA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.88;MQRankSum=2.205;QD=6.41;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	34874038	rs727162	C	G	8586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=91;PP=2965;SC=GGATTAAAAGCAAAACCTACG;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=112;TCR=91;TR=203;WE=34874046;WS=34874028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr7	34979082	rs3735410	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-2.442;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
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chr7	34979748	.	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=3.451;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr7	34979905	rs1637696	C	A	98.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.674;SC=CACAATAGCACCAGGATGTAC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=34979913;WS=34979895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr7	34981591	rs35242437	G	GT	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.620;NF=0;NR=4;PP=94;ReadPosRankSum=-1.081;SC=GTTCTCCTTAGTAACAAAAAA;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=4;WE=34981599;WS=34981581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr7	34989337	rs2021390	T	G	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.776;SC=GAGTCTGATATAAGAGGAGCA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=75;TCR=42;TR=70;WE=34989345;WS=34989327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,98:0.58:170
chr7	34989364	rs2021391	T	C	2984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.396;NF=49;NR=35;PP=1392;ReadPosRankSum=0.120;SC=ATGAAAAATGTATGGGCCAAA;SOR=0.619;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=140;TCF=83;TCR=57;TR=84;WE=34989379;WS=34989354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,137:0.59:231
chr7	34995075	rs1637670	A	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=278;ReadPosRankSum=-2.281;SC=ATTCTCAAGTATCTAAAATTT;SOR=0.628;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=17;WE=34995083;WS=34995065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr7	35050217	rs7782779	A	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.99;MQRankSum=7.260;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,58:0.36:159
chr7	35050227	rs328939	C	T	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQRankSum=-7.434;QD=12.57;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,94:0.63:149
chr7	35053484	rs76882258	CTA	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=0.071;SC=TGTGAAAAAACTATGTATTTT;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=35053493;WS=35053474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr7	35057721	rs66718921	AT	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-1.480;SC=TAGTATCTATATTTTTTTCAC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=35057729;WS=35057711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr7	35058177	rs10282006	A	G	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr7	35058349	rs6963995	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	35144422	rs1207905	T	G	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=731;ReadPosRankSum=0.933;SC=CTTTTCATATTTTTAAATTAA;SOR=0.817;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=129;TCF=37;TCR=92;TR=50;WE=35144430;WS=35144412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,61:0.39:158
chr7	35225518	rs10262841	C	A	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.37;MQRankSum=0.968;NF=35;NR=29;PP=1025;ReadPosRankSum=0.068;SC=CTCCTGGCGCCCCCTGGCAGT;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=64;WE=35225526;WS=35225508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,101:0.73:138
chr7	35270988	rs2109090	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.198;NF=7;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=-1.510;SC=AAGGAATGGGGTGCAGAGAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=35270996;WS=35270981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr7	35280693	rs2072434	C	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=674;ReadPosRankSum=0.185;SC=CATACTTATACTGCTAAACAG;SOR=0.259;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=73;TCF=17;TCR=56;TR=45;WE=35280701;WS=35280683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,59:0.63:93
chr7	35288276	rs17675148	T	C	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=10;PP=759;ReadPosRankSum=-2.389;SC=GTGAAAAATCTGGAGGCACGA;SOR=0.734;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=53;TCR=13;TR=47;WE=35288284;WS=35288266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,51:0.66:77
chr7	35288458	rs147314121	CAG	C	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=1.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.726;QD=0.98;ReadPosRankSum=-1.331;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,36:0.13:278
chr7	35289889	rs5883498	C	CA	2332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=30;PP=1375;SC=ACAGCATAACCAAATGGTCAC;SOR=1.367;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=34;WE=35289897;WS=35289879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	35289941	rs5883499	C	CA	1414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=865;SC=AAACTCCAGGCAGGCTGTAGG;SOR=1.236;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=35289949;WS=35289931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	35293193	rs336283	A	G	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=25;PP=801;SC=CGTTGGCCCGAGAGGAGAGTT;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=35293201;WS=35293183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	35414453	rs17608167	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=348;ReadPosRankSum=0.481;SC=TCCTCTTCAATCCCAGTCTTC;SOR=0.412;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=26;WE=35414461;WS=35414443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,30:0.32:95
chr7	35414769	rs2553113	C	T	3581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=6.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,101:0.34:293
chr7	35414772	rs2553114	C	T	3590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=5.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=1.023;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,100:0.35:288
chr7	35673799	rs2305333	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=0;PP=503;SC=TATATGTTAGTTTTCTTTCAT;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=18;WE=35673807;WS=35673794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	35678214	rs3816422	C	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=294;SC=AAAATACTTACTTTCAACGAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=35678222;WS=35678204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	35709772	rs3779235	G	A	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	35709842	rs3779234	C	T	4598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=55;PP=1975;SC=CTGCTGGATGCCAATGCTTCA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=109;WE=35709850;WS=35709832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr7	35840898	rs59008252	G	GC	2017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=780;SC=TCAGCTTCGGGTGCCGCGACT;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=35840906;WS=35840888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	35928551	rs6945909	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=0.116;SC=AGTGTTTATCATATCTCAGCT;SOR=0.402;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=18;WE=35928559;WS=35928541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr7	35928678	rs58918750	T	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AGATATGATGTCACCTGTGAC;SOR=0.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=35928686;WS=35928668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr7	36012134	rs370737698	T	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.83;MQRankSum=-4.820;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,8:0.12:64
chr7	36124231	rs5883531	G	GT	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.070;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,37:0.25:151
chr7	36124292	rs1986593	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.301;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,31:0.24:128
chr7	36320821	rs196586	G	A	6594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=86;PP=2796;SC=AAGCCCTCGAGTCAGCTCCAG;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=63;TCR=86;TR=149;WE=36320829;WS=36320811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr7	36324436	rs13232200	G	A	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=28;PP=812;SC=CAAGGTACCCGCTCCACGCCG;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=36324444;WS=36324426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	36338564	rs2241141	G	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=823;ReadPosRankSum=-1.183;SC=AGGACCTCCCGCACCCAACCC;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=44;WE=36338572;WS=36338554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,52:0.76:68
chr7	36338749	rs196613	T	C	9954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=123;PP=2965;SC=GCAAGAAGGATGCCCCTCGGA;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=102;TCR=123;TR=225;WE=36338757;WS=36338739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr7	36338841	rs196614	T	C	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.997;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=56;PP=1104;ReadPosRankSum=-2.037;SC=GTGTCCACCCTGGGACCCAGG;SOR=0.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=119;TCF=37;TCR=82;TR=79;WE=36338860;WS=36338831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,116:0.64:180
chr7	36366569	rs196655	A	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=204;ReadPosRankSum=0.083;SC=ATGTAACTACAATGTACATTT;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=18;WE=36366577;WS=36366559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,20:0.29:70
chr7	36370499	rs196659	C	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=8;PP=629;SC=ACTAAAAATACTGTGAAGCTA;SOR=1.262;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=36370507;WS=36370489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	36370555	rs196660	G	T	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	36396480	rs3735401	A	G	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=36;PP=1456;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GTACATAAAAATGAACTACCA;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=151;TCF=92;TCR=59;TR=95;WE=36396488;WS=36396470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,146:0.65:225
chr7	36429541	.	G	T	1800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=824;ReadPosRankSum=-1.540;SC=CAGACTCCTGGTTTTTTCCAG;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=58;WE=36429549;WS=36429531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,86:0.61:140
chr7	36445856	rs197367	G	A	8331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.48;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,326:1.00:327
chr7	36447287	rs10227127	A	G	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.907;NF=21;NR=3;PP=491;ReadPosRankSum=1.180;SC=GTTTTGTTATAGGACTATTTT;SOR=0.765;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=24;WE=36447295;WS=36447277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr7	36447349	rs143969069	A	ACTT	3757.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.913;NF=30;NR=20;PP=2426;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TCAGAAAGCTACTTCTCCAGT;SOR=0.709;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=50;WE=36447357;WS=36447339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,92:0.71:129
chr7	36447600	rs3801315	T	C	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=911;ReadPosRankSum=-0.084;SC=TTATTGCTGATTATATTCAGG;SOR=0.586;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=53;WE=36447608;WS=36447590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,76:0.73:104
chr7	36456614	rs3779226	C	A	75.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.02;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	36459076	rs17213431	G	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,74:0.30:244
chr7	36463335	rs2302527	A	G	202.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=163;SC=AATCAGTTCAATATTCCTTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=36463343;WS=36463325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	36465570	rs6957214	T	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=10;PP=377;SC=ATCTTTGTATTAAATAAGGGA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=36465578;WS=36465560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	36465606	rs375398580	CT	C	126	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=5.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr7	36552656	rs7986	G	A	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=24;PP=942;ReadPosRankSum=1.168;SC=CAGGAACAGCGGAAGGGTTAC;SOR=0.681;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=61;WE=36552664;WS=36552646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,108:0.65:166
chr7	36552729	rs59476355	A	AT	5361.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=51;PP=2936;SC=AGAGAAAGACATTTGCAAAGA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=83;WE=36552737;WS=36552719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr7	36552790	rs57543920	G	GT	6283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=70;PP=2936;SC=CCCCCATAGGGTTGTGGAATG;SOR=0.786;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=106;TCF=35;TCR=71;TR=101;WE=36552798;WS=36552780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
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chr7	36588405	rs5883561	A	AC	1939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=37;PP=1688;SC=CCTCTTGGCAACTTTTTGCTA;SOR=1.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=36588413;WS=36588395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	36588955	rs3735397	G	A	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=195;SC=TTTATGCTCAGTAAAAATGAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=36588963;WS=36588945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr7	36656147	rs2727818	A	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GACTGGGTAGATATAAGAGCG;SOR=0.665;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=28;WE=36656155;WS=36656137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
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chr7	36726476	rs58947801	CGTGT	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.352;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
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chr7	36729822	rs11427708	C	CA	520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.519;NF=0;NR=10;PP=101;ReadPosRankSum=0.052;SC=TAAAAAGAAGCAAAAAAAATT;SOR=0.801;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=10;WE=36729830;WS=36729812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,39:0.31:127
chr7	36729951	rs6462691	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=-1.769;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr7	36763560	rs6462703	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr7	36763646	rs2228412	C	T	2520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=1108;ReadPosRankSum=-1.015;SC=TGTGCCCATTCGAGAGGCTGG;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=70;WE=36763654;WS=36763636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,118:0.67:177
chr7	36763688	rs2228411	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=390;ReadPosRankSum=0.982;SC=CTGGAGAGGCCGAGGACTGAA;SOR=0.661;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=35;WE=36763696;WS=36763678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,54:0.31:176
chr7	36934448	rs6462722	A	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	37252929	rs7809365	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=-1.761;SC=TGCTGTCCAATGAGCACTCAC;SOR=0.634;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=13;WE=37252937;WS=37252919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr7	37253093	rs7809548	T	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=82;ReadPosRankSum=0.417;SC=TGAAATTTTTTAAAAAAGAAA;SOR=0.608;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=7;WE=37253101;WS=37253083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr7	37256392	rs7806425	G	A	3461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=64;PP=1564;ReadPosRankSum=-0.548;SC=GGTGTGCTTCGTAACTGTATA;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=51;TCR=93;TR=98;WE=37256400;WS=37256382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,157:0.65:240
chr7	37257580	rs6462745	C	A	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=325;ReadPosRankSum=0.845;SC=AACAAGAAAGCAGGAGCAATG;SOR=2.187;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=15;WE=37257588;WS=37257570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr7	37262140	rs2302668	C	T	2173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.298;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=934;ReadPosRankSum=-0.132;SC=AATGAGTCCCCGAATAGAAGG;SOR=1.008;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=61;WE=37262148;WS=37262130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,98:0.69:142
chr7	37298800	rs2717968	C	T	2378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1204;ReadPosRankSum=0.821;SC=TGCCGCTCTCCACCATCTGCG;SOR=0.886;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=70;WE=37298808;WS=37298790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,105:0.67:157
chr7	37299056	rs2717969	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=392;ReadPosRankSum=0.818;SC=AAGCCAAAAGCGCAAGACTAT;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=24;WE=37299064;WS=37299046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr7	37355590	rs11383031	C	CT	2620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=37;PP=1546;SC=AAAGGAAATACTTGTTAGTTT;SOR=1.075;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=37;WE=37355598;WS=37355580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	37889786	rs10271309	A	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=446;ReadPosRankSum=0.126;SC=GTTTTAAAAGATGTTATTTGC;SOR=0.340;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=27;WE=37889794;WS=37889776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr7	37889838	rs141149150	TTTTC	T	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,18:0.19:94
chr7	37890081	rs2722371	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=289;ReadPosRankSum=0.968;SC=GGTTTGACCCGGAGCTCCTCC;SOR=0.505;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=20;WE=37890089;WS=37890071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr7	37890267	rs2722372	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=296;ReadPosRankSum=-0.383;SC=GGACCTTGCAGAGCAATGCAA;SOR=0.790;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=27;WE=37890275;WS=37890257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
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chr7	37901581	rs2249451	G	A	4285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
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chr7	37904065	rs3841582	TAAC	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=63;SC=AATTGCAAAATAACAACCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=37904075;WS=37904055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	37904099	.	G	A	21	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=21;QD=27.8856062736;SC=AAAGACAAGCGTACCATTTAG;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=37904107;WS=37904089;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	37907304	rs10250905	T	C	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=28;PP=1907;SC=TATTTTGTAGTGTGACTTCGA;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=98;WE=37907312;WS=37907294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	37923849	rs1993052	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	37924737	rs1530822	T	G	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.765;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=655;ReadPosRankSum=-0.576;SC=TTTGTTTTCTTTTCTAATAGT;SOR=0.457;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=45;WE=37924745;WS=37924727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr7	37924879	rs2242027	A	G	3496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=50;PP=1503;ReadPosRankSum=-0.424;SC=ATGGGTCACTATCTGTTTTCG;SOR=0.641;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=76;TCR=75;TR=102;WE=37924887;WS=37924869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,165:0.65:252
chr7	37927779	rs2251179	T	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=435;ReadPosRankSum=0.604;SC=GATCTGGAATTATTTGCTGTT;SOR=0.298;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=22;WE=37927787;WS=37927769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr7	37933983	rs10260487	C	G	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=292;SC=ATTAAACTATCATTTTCCTTA;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=37933991;WS=37933973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	37934146	rs56128139	TA	CT	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.088;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=879;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CCTGAGCAAATAGAGAAAATT;SOR=1.156;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=22;WE=37934155;WS=37934136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr7	37934234	rs10261071	G	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=8;PP=240;SC=ATACATAATTGTTTGCATTAT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=37934242;WS=37934224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	37946958	rs17236975	A	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=2.189;SC=AGATGTGTCTATGAAGAGCAC;SOR=0.793;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=7;WE=37946966;WS=37946948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr7	37947103	rs1802074	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=292;ReadPosRankSum=0.686;SC=CGGGTTTGTTCTCTTCTGGGC;SOR=0.723;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=26;WE=37947111;WS=37947093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,44:0.32:139
chr7	37947164	rs1802073	G	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=131;ReadPosRankSum=1.524;SC=GGAGCAGGAGGCTTTCCCTTT;SOR=0.682;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=16;WE=37947172;WS=37947154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,28:0.29:98
chr7	37951726	rs1132553	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=483;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CCTACCTTGAGCGCCACTCGT;SOR=0.858;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=32;WE=37951734;WS=37951716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr7	37953720	rs2248554	C	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.303;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=299;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GTTTTCTTTACTTTGTGACTA;SOR=1.528;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=18;WE=37953728;WS=37953710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr7	37953840	rs1132552	C	T	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=38;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.753;SC=TGCTGAGATACGTTGCCAAAG;SOR=0.734;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=238;TCF=141;TCR=97;TR=89;WE=37953848;WS=37953830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,121:0.34:355
chr7	37960262	rs201513905	AAGGCAGTGGCAGC	A	4310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.416;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.716;NF=12;NR=84;PP=2970;ReadPosRankSum=-1.348;SC=GAAGCGGCAGAAGGCAGTGGC;SOR=0.733;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=234;TCF=22;TCR=212;TR=96;WE=37960282;WS=37960252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,192:0.58:332
chr7	37960955	rs4723716	T	G	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	37966201	rs12666164	T	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=501;ReadPosRankSum=-1.331;SC=CTTTTAAAGATTGCAGGCCAG;SOR=0.195;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=29;WE=37966209;WS=37966191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr7	37988589	rs2044831	C	T	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=59;PP=1702;SC=AGTACTCCATCGGGGGGCCTC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=100;WE=37988597;WS=37988579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	37989775	rs1450851	T	C	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=22;PP=1559;SC=CTTCTTTATTTAAAAGTCAAC;SOR=1.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=37989783;WS=37989765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	38254140	rs3778893	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=1.085;SC=CTCTTTTGAACACTGACCATA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=38254148;WS=38254130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr7	38256938	rs6959603	C	T	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=933;ReadPosRankSum=1.920;SC=CCTCCTGAGGCGGACTGGATA;SOR=0.667;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=61;WE=38256946;WS=38256928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,84:0.62:135
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chr7	38282130	rs35917252	G	GGT	1194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=35;PP=736;ReadPosRankSum=1.104;SC=TATTTGTCAAGGTGTGTGTGT;SOR=0.916;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=11;TCR=125;TR=38;WE=38282141;WS=38282120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,56:0.24:237
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chr7	38284902	rs200052170	A	G	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-3.259;QD=14.12;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
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chr7	38292853	rs55734725	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.71;MQRankSum=-1.194;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
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chr7	38295958	rs34053049	C	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=0.426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.891;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,102:0.29:357
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chr7	38304926	rs3901405	C	T	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=17;PP=2087;SC=AGTGTTCTGACAGATGATATG;SOR=2.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=78;TCR=17;TR=95;WE=38304934;WS=38304916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	38305043	rs1053760	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.68;MQRankSum=-11.304;QD=0.84;ReadPosRankSum=-2.785;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,58:0.13:448
chr7	38305142	rs113809137	G	C	5141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.439;NF=85;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.086;SC=TTCTTTTCTTGCCAATGTATC;SOR=0.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=272;TCF=130;TCR=142;TR=184;WE=38305150;WS=38305132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,234:0.70:334
chr7	38305340	rs2302343	A	G	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.44;QD=31.20;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	38309102	rs2075010	A	C	5658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.85;QD=26.32;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	38315971	rs35130602	C	T	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.689;NF=23;NR=31;PP=542;ReadPosRankSum=1.418;SC=CCTCGGGACACGACTAGCAAT;SOR=0.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=186;TCF=80;TCR=106;TR=54;WE=38315979;WS=38315961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,82:0.32:259
chr7	38331416	rs76807453	C	T	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=713;ReadPosRankSum=0.237;SC=CTGCCAGTACCAGTGTATGAT;SOR=0.555;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=203;TCF=92;TCR=111;TR=62;WE=38331424;WS=38331406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,102:0.32:314
chr7	38356832	.	G	A	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=-0.924;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,143:0.30:476
chr7	38356943	rs34482025	G	GA	3021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.686;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.920;NF=9;NR=73;PP=2131;ReadPosRankSum=2.158;SC=ACACACTGGGGAAAAAAATGG;SOR=0.469;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=125;TCF=12;TCR=113;TR=82;WE=38356951;WS=38356933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,148:0.71:208
chr7	38357075	rs11769443	T	C	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.13;MQRankSum=0.907;NF=9;NR=23;PP=397;ReadPosRankSum=-0.561;SC=AGCGTTGATGTGTGGAGCAGT;SOR=1.626;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=32;WE=38357083;WS=38357065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr7	38388661	.	C	T	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=28;MQ=43.24;NF=4;NR=0;PP=58;QD=23.1928031368;SC=TGGGCCTCCCCCATGTCCTAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=38388669;WS=38388651;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr7	38388773	rs13227721	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.937;NF=8;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GGGGAACAGGGTGCGGCTGCT;SOR=1.371;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=10;WE=38388781;WS=38388763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr7	38388910	rs113354949	C	G	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.519;NF=53;NR=25;PP=1408;ReadPosRankSum=0.122;SC=GAGGCAGCCACAAGGCAGATT;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=113;TCF=78;TCR=35;TR=78;WE=38388918;WS=38388900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,88:0.69:127
chr7	38393712	rs2215951	CA	TG	5736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=2.181;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-0.632;QD=22.95;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,151:0.60:250
chr7	38398564	rs1810377	AG	GC	6555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.237;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.667;NF=36;NR=83;PP=2944;ReadPosRankSum=0.362;SC=TAGAAGCACCAGTAGGGCCCA;SOR=1.002;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=205;TCF=66;TCR=139;TR=119;WE=38398573;WS=38398554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,166:0.61:270
chr7	38402496	rs2735118	A	G	6473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.481;NF=102;NR=75;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.649;SC=ATAGACCCCAAAGTCATTTTC;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=270;TCF=157;TCR=113;TR=177;WE=38402504;WS=38402486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,291:0.65:450
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chr7	38402943	rs11495989	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.272;NF=5;NR=19;PP=367;ReadPosRankSum=1.423;SC=TTCCTCTCTGGGGCCTTGGAA;SOR=0.587;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=24;WE=38402951;WS=38402933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr7	38407580	rs112349801	A	G	3359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=0.635;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,162:0.61:265
chr7	38424539	rs76851151	G	A	5070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=71;PP=2126;ReadPosRankSum=0.523;SC=GAAAAACAATGACAGAACTTT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=86;TCR=115;TR=125;WE=38424547;WS=38424529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,229:0.64:357
chr7	38429370	rs6977263	C	T	4033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=4.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.339;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,189:0.66:285
chr7	38431511	rs2229922	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=430;ReadPosRankSum=0.386;SC=CCGGAGGAGCCGCGTCCTCGG;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=25;WE=38431519;WS=38431501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr7	38431644	rs79759611	G	GC	1228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=17;PP=684;SC=CCGTGGCGATGCCGGCAGGGC;SOR=1.209;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=38431652;WS=38431634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	38457688	rs10247761	C	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.767;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=2.118;SC=TGGAGAAAAGCCCCCATTTGC;SOR=0.057;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=10;WE=38457696;WS=38457678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr7	38460546	rs1019287	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=495;ReadPosRankSum=1.430;SC=AAACACTGGGGCGTTTTCTTG;SOR=0.606;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=36;WE=38460554;WS=38460536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr7	38462154	rs375704567	GTATC	G	897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=946;SC=GTCTGCCTACGTATCTATCTA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=18;WE=38462165;WS=38462144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	38467842	rs1544636	A	G	11405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=136;NR=129;PP=2965;SC=GCTGAATCCAAGCTTGGCTGC;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=265;TCF=136;TCR=129;TR=265;WE=38467850;WS=38467832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr7	38467923	rs6958300	A	G	8778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=126;PP=2965;SC=GTATGACTACAGTTCTCAGTT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=101;TCR=127;TR=225;WE=38467931;WS=38467913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr7	38468463	rs2267808	C	T	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=59;PP=2104;SC=TTTTCATTGGCGTTTGTACTT;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=111;WE=38468471;WS=38468453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr7	38468695	rs2392572	C	T	8090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=98;PP=2965;SC=GAGAATCTTCCATCTTCTGTT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=93;TCR=99;TR=191;WE=38468703;WS=38468685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr7	38469039	rs2215955	C	A	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=577;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TCTTGGCTGACCCTGTCTGTA;SOR=0.882;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=140;TCF=76;TCR=64;TR=46;WE=38469047;WS=38469029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,66:0.30:223
chr7	38469636	rs10253674	G	T	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=196;SC=TTCCAAAATTGTTTAAGACCA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=38469644;WS=38469626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	38500782	rs12670885	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=-1.001;SC=TTAAAATTATGTTGTTGGTTC;SOR=0.200;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=7;WE=38500790;WS=38500772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr7	38505014	rs722335	A	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.704;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=411;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CCACAGATTGAAGAAATTTTA;SOR=1.308;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=11;WE=38505033;WS=38505004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr7	38505025	rs722334	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.095;SOR=1.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr7	38514868	rs41279585	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.887;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=-1.171;SC=ACAAGATAAGGGATATTCACT;SOR=0.134;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=12;WE=38514876;WS=38514858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr7	38530568	rs2043786	G	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.886;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=629;ReadPosRankSum=1.040;SC=TTGAGGACTTGTAATAATTCT;SOR=1.104;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=58;TCR=25;TR=39;WE=38530576;WS=38530558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,42:0.39:107
chr7	38530807	rs3837078	T	TA	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.182;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=25;PP=530;ReadPosRankSum=0.522;SC=ACCAAACTTCTAAAAAAATCT;SOR=1.380;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=1;TCR=70;TR=25;WE=38530815;WS=38530797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr7	38533972	rs3735089	A	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=0.112;SC=AGAGCAAGTCAGGGGACAGGT;SOR=0.895;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=11;WE=38533980;WS=38533962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr7	38543103	rs10225047	T	G	1300.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.43;ReadPosRankSum=0.485;SOR=2.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,52:0.90:58
chr7	38543103	.	TG	GC,GG	922	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000,0.5000;HP=10;HapScore=3;MGOF=41;MMLQ=23;MQ=59.71;NF=36,49;NR=8,9;PP=922,274;QD=22.1697244287;SC=GGCGGGGGGGTGGGTGGTGGA;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=44,58;WE=38543112;WS=38543085;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.52:84
chr7	38543104	rs10268443	G	C	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.16;ReadPosRankSum=0.948;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,52:0.84:62
chr7	38543371	rs6946268	C	T	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=74;PP=2080;SC=GTAAGAAGTGCTAAGTCTCAA;SOR=1.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=100;WE=38543379;WS=38543361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	38574786	.	C	CAA	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr7	38725804	rs11980087	C	T	7945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=0.869;SC=GAAAAAGGCTCGCCATCAACT;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=365;TCF=173;TCR=192;TR=251;WE=38725812;WS=38725794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,353:0.66:536
chr7	38726473	rs17508140	T	C	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=620;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GGCAGGAAGTTTGAGGAGTAA;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=35;WE=38726481;WS=38726463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,49:0.69:71
chr7	38780883	rs6951429	C	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	38780924	rs6975410	T	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=19;PP=524;SC=TCTATAGAAGTTACCAGCATC;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=38780932;WS=38780914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	38781018	rs3779128	T	C	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=110;SC=ATGAAAATAATGAGTTCCACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=38781026;WS=38781008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	38782951	rs10254567	G	A	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=23;PP=1748;SC=GACATAACTGGTTACACTGAG;SOR=1.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=85;WE=38782959;WS=38782941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	38785062	rs28520398	G	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=7;PP=475;SC=TCTGTGTTACGTTGGTCTAAA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=38785070;WS=38785052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	38796748	rs2392599	C	T	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=245;SC=TAACTATACACGACCAATAAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=38796756;WS=38796738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	38813711	rs976350	C	T	4128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr7	38860983	rs116876251	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.399;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=197;ReadPosRankSum=-1.337;SC=TTAAGGCCCCGTGACCTCTAT;SOR=1.228;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=18;WE=38860991;WS=38860973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,26:0.31:84
chr7	38869708	rs7790054	C	T	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=12;PP=1592;SC=TATTTTACTTCAATTATGACC;SOR=2.330;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=57;TCR=12;TR=69;WE=38869716;WS=38869698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	38908876	rs3735346	T	C	6169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr7	39125413	rs1950001	T	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=386;ReadPosRankSum=0.143;SC=GCACTCTAAATCTGCCACTTT;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=31;WE=39125428;WS=39125403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,48:0.29:166
chr7	39243750	rs4507668	A	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=-1.442;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,48:0.35:137
chr7	39243963	rs35792719	T	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=223;ReadPosRankSum=1.225;SC=GGGCTGCATTTAGGATGGTTT;SOR=0.560;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=24;WE=39243971;WS=39243953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,42:0.31:136
chr7	39243978	rs35489214	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=169;ReadPosRankSum=-0.267;SC=TGGTTTAACCATATAAATCAC;SOR=0.586;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=19;WE=39243986;WS=39243968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
chr7	39379287	.	CCAG	C	604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DP=494;ExcessHet=3.0103;FS=9.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.833;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.621;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,38:0.11:341
chr7	39472669	rs2302125	C	T	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=2304;ReadPosRankSum=-2.132;SC=TTGGCCCTCTCTTGCAGATTA;SOR=0.706;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=215;TCF=139;TCR=76;TR=65;WE=39472689;WS=39472659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,84:0.30:282
chr7	39472681	rs2302124	C	T	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=27;PP=2304;ReadPosRankSum=-2.416;SC=TGCAGATTATCGGGACCATTC;SOR=0.809;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=238;TCF=150;TCR=88;TR=76;WE=39472689;WS=39472659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,104:0.31:335
chr7	39472708	rs2302123	A	G	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=36;PP=1001;ReadPosRankSum=0.016;SC=TGCCTAATCCAGGGCCATCGA;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=287;TCF=166;TCR=121;TR=87;WE=39472716;WS=39472698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:318,140:0.31:458
chr7	39472846	rs2302122	G	A	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=58;PP=1373;ReadPosRankSum=0.289;SC=TCAACACCCAGGGCATCACGC;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=289;TCF=117;TCR=172;TR=98;WE=39472854;WS=39472836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,152:0.33:466
chr7	39490982	.	A	C	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=58;QD=23.1928031368;SC=AAAAAAAATGACTGCCTGCTG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=4;WE=39490990;WS=39490974;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr7	39500352	rs885689	C	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=247;SC=CTTCTAGCCGCCCTGGGCCTC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=39500360;WS=39500342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	39873126	.	A	AGCG	2571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=1845;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCGGAGCGGTAGCGGCGGCGG;SOR=0.859;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=35;WE=39873134;WS=39873116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr7	40314243	rs4637704	A	G	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=105;PP=2965;SC=ATTGTAACCTACTGTCATCCC;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=49;TCR=105;TR=154;WE=40314251;WS=40314233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	40356315	rs10245165	A	T	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=19;PP=1691;SC=GAGTATAGATAAACTAGCTGT;SOR=1.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=63;TCR=19;TR=82;WE=40356323;WS=40356305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr7	40356554	.	G	GTTTTTTTT	494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.10;QD=32.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	41368666	.	T	TGAAAGAAAGAAA,TGAAA	354.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6,6;NR=0,0;PP=106,203;ReadPosRankSum=-0.608;SC=GAAGCTCAATTGAAAGAAAGA;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6,6;WE=41368674;WS=41368656;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.60:10
chr7	41730289	rs80087315	G	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.291;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=1.037;SC=GGCTGAAACTGTTTCTGTACT;SOR=0.269;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=41730297;WS=41730279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr7	42005678	rs929387	G	A	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=21;PP=1228;SC=GCCGTGGCCCGGCGCATCGTG;SOR=0.864;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=50;WE=42005686;WS=42005668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	42007071	rs4724083	C	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=4;PP=159;SC=TAAACATTAACGGATGGTTAC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=42007079;WS=42007061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr7	42084829	rs699493	A	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.449;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr7	42088222	rs846266	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.180;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=159;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GAAGCAGCAGTGGGGTTCCGG;SOR=1.085;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=14;WE=42088230;WS=42088212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr7	42187734	rs373203694	GCACA	G	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.791;QD=23.62;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr7	42262668	rs2286291	G	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.454;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr7	42950640	rs643138	C	T	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=55;PP=1781;SC=TCTATGAACCCGGGCTTGTGT;SOR=1.105;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=87;WE=42950648;WS=42950630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	42957446	rs55912267	A	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=1.267;SC=TGAAGAATTTAAAAAAAATTA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=13;WE=42957454;WS=42957436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr7	42957465	rs71008875	ATT	A	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=43;ReadPosRankSum=0.290;SC=TACTTATATCATTGTTTATAT;SOR=0.155;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=3;WE=42957474;WS=42957455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr7	42962719	rs56333364	T	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr7	42970733	rs619664	C	T	5129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=52;PP=2092;SC=GTACAAGCTGCGGTTAGTTCA;SOR=0.861;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=69;TCR=54;TR=121;WE=42970741;WS=42970723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr7	42974827	rs601057	A	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=297;ReadPosRankSum=0.972;SC=ATAAATTATTATCAGATTATA;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=22;WE=42974835;WS=42974817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,29:0.38:76
chr7	42976789	rs630191	A	G	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=949;ReadPosRankSum=1.272;SC=AGGTGGAACTAGATGGTGTAT;SOR=0.655;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=197;TCF=100;TCR=97;TR=79;WE=42976797;WS=42976779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,128:0.39:332
chr7	42977091	rs631132	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,48:0.38:127
chr7	43190479	rs12702015	T	G	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=29;PP=1211;SC=TTCAGCATCTTTATCAGCGCC;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=67;WE=43190487;WS=43190469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	43400656	rs368684213	CGTGT	C	539.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=16.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.596;QD=17.97;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=2.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr7	43481974	rs11763383	C	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.67;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr7	43484310	rs73098706	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=461;ReadPosRankSum=0.698;SC=GAGATGTGTCTACCCTGGAGC;SOR=0.524;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=33;WE=43484318;WS=43484300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,49:0.34:145
chr7	43485248	rs6960889	A	G	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	43495878	rs3214631	C	CT	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.729;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.694;NF=11;NR=4;PP=370;ReadPosRankSum=1.325;SC=TTCTTTTTGCCTTTTTATTAA;SOR=1.622;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=15;WE=43495886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,23:0.26:87
chr7	43496138	rs2304331	T	C	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=138;ReadPosRankSum=-0.872;SC=CTGCTCAGACTGTATGAGGAG;SOR=0.838;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=17;WE=43496146;WS=43496128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr7	43506015	rs2304330	C	A	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=0.371;SC=TTTCCCAATGCATTCTGTTGC;SOR=0.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=23;WE=43506023;WS=43506005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,35:0.24:148
chr7	43506059	rs2304329	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=3.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,35:0.21:164
chr7	43506158	rs2304328	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.966;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,19:0.22:88
chr7	43506193	rs34399842	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.055;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=-1.685;SC=TGCAGAGGGGGCGGCCTGGCT;SOR=1.418;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=27;WE=43506201;WS=43506183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr7	43548832	rs74368380	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=145;ReadPosRankSum=-3.192;SC=CCAGATGTTATGAGGGATGAG;SOR=0.316;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=16;WE=43548840;WS=43548822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
chr7	43591955	rs4724220	A	G	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=411;ReadPosRankSum=1.320;SC=CAGGAGCTGTAATGATGCAAT;SOR=0.430;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=24;WE=43591963;WS=43591945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr7	43594471	rs9638972	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.037;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=464;ReadPosRankSum=0.635;SC=AGTGACCATCCTTTGGGATGG;SOR=0.319;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=27;WE=43594479;WS=43594461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr7	43622806	rs10251937	T	C	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,46:0.31:148
chr7	43623123	rs2241738	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=1.242;SC=TAAGTGCCGGCGCCGCGGCGG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=43623131;WS=43623113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr7	43659182	rs6950861	G	A	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TTGCGGGGGTGTATTTTCTTT;SOR=0.580;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=70;WE=43659190;WS=43659172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,96:0.78:123
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chr7	43684803	rs2302031	C	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.452;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
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chr7	43827414	rs849165	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=322;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CATCTTGCTCGTCGGGACCCT;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=24;WE=43827422;WS=43827404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,38:0.37:103
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chr7	43843423	rs1131372	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=-0.096;SC=AAATGACAGTGTGTCTGGAGA;SOR=0.883;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=19;WE=43843431;WS=43843413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr7	43945982	rs200939452	G	GC	446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.23;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr7	44081569	rs10254823	G	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=539;ReadPosRankSum=-2.404;SC=GCGTTCTGTTGCCTGCTTCCA;SOR=0.397;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=34;WE=44081577;WS=44081559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr7	44084210	rs17553434	A	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=1.571;SC=GCTGGCCCCTACCATTTCCGC;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=44084218;WS=44084200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr7	44089904	rs3812251	A	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=432;ReadPosRankSum=-1.405;SC=AAATGGACTCAGGGACACCAG;SOR=0.943;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=29;WE=44089912;WS=44089894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,35:0.32:109
chr7	44091343	rs17172569	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=102;ReadPosRankSum=-0.171;SC=CTGGTTTAGAAGCAGCTCGGC;SOR=0.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=7;WE=44091351;WS=44091342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr7	44097696	rs6968228	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr7	44098142	rs11773481	C	T	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=660;ReadPosRankSum=-0.940;SC=TCCCTGATCTCGGATTGAGGG;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=89;TCR=107;TR=59;WE=44098150;WS=44098132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,84:0.31:273
chr7	44099664	rs11552797	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=390;ReadPosRankSum=1.306;SC=AGCAAGGTGCTGGCTCTGAGC;SOR=0.611;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=30;WE=44099672;WS=44099654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,44:0.36:123
chr7	44112694	rs7779139	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr7	44112873	rs3218660	G	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=1.206;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chr7	44113656	rs3218661	T	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=1.059;SC=GCTGAGACCATCCGGTGGTGT;SOR=0.478;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=25;WE=44113664;WS=44113646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr7	44121936	rs3218655	C	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=0.822;SC=GAGGCTCGACCAGGTAGATGG;SOR=0.669;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=18;WE=44121944;WS=44121926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,29:0.28:102
chr7	44147193	rs36040343	G	A	4805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=69;PP=2016;ReadPosRankSum=-0.143;SC=GGCCTGGGTGGGGTTGTCAGG;SOR=0.757;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=229;TCF=112;TCR=117;TR=128;WE=44147201;WS=44147183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,223:0.61:367
chr7	44147567	rs58863562	C	CG	4364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=58;PP=2936;SC=GCCATGGCCACGGCGCTCTGG;SOR=1.590;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=72;WE=44147575;WS=44147557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	44148553	rs2595701	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.259;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=433;ReadPosRankSum=-1.108;SC=AGCGCCAGACAGACGAAGAGA;SOR=1.091;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=39;WE=44148561;WS=44148543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,63:0.27:236
chr7	44148696	rs117188338	C	T	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=749;ReadPosRankSum=-1.462;SC=TCCTACCTTGCACCTTCCAGA;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=207;TCF=102;TCR=105;TR=67;WE=44148704;WS=44148682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,107:0.32:336
chr7	44152119	rs11377645	A	AG	2338.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=21;PP=1561;SC=TAGTGGCCGGAGCTGCAGCCC;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=35;WE=44152127;WS=44152109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	44153082	rs67670401	G	GC	2105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=18;PP=1982;SC=GGAGGGCGGTGCTGGGGGCGG;SOR=1.278;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=38;WE=44153090;WS=44153072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	44153115	rs34515254	G	GC	1031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=0;PP=1312;SC=GGAGGGCGGGGCTGGGGGCAG;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=25;WE=44153123;WS=44153105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	44154865	rs5883885	A	AG	5316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=41;PP=1863;SC=TCAGCAAATCAGCCTGGGCCC;SOR=0.987;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=68;WE=44154873;WS=44154855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
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chr7	44190468	rs2268573	T	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=0.448;SC=TCTGAGCACATGGTATGGGGG;SOR=0.025;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=8;WE=44190476;WS=44190458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr7	44197583	rs2070971	G	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CTTGGTGAAAGCGATAAGAGT;SOR=0.518;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=16;WE=44197591;WS=44197573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr7	44247258	rs3824065	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=-1.485;SC=TACGTTCAGACCGGGGAACCC;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=10;WE=44247266;WS=44247248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr7	44250279	rs3837149	GCA	G	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=-0.352;SC=ACATGTGCGTGCACACACACA;SOR=0.512;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=7;WE=44250290;WS=44250269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr7	44250826	rs2072439	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.144;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-0.671;SC=TTCTTAGACTGTTGAATCATG;SOR=1.227;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=14;WE=44250834;WS=44250816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr7	44259554	rs149624128	T	TG	1889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=1037;SC=TTCCCAGGCATGGCTCTGCAC;SOR=1.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=44259569;WS=44259544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	44259561	rs138799733	G	GC	2000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=5;PP=1222;SC=GCATGGCTCTGCACAGGCCCC;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=27;WE=44259569;WS=44259544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr7	44259871	rs1127065	C	T	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=833;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TCGTGTGGATCGGCTTGCTGT;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=192;TCF=78;TCR=114;TR=63;WE=44259879;WS=44259861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,118:0.34:344
chr7	44266077	rs10951758	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,39:0.30:130
chr7	44268785	rs917791	A	G	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5458;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=560;ReadPosRankSum=-0.180;SC=CTTGAGCAGGAAAGTGGTCCA;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=32;WE=44268793;WS=44268775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,47:0.85:55
chr7	44272314	rs5883896	G	GC	287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=218;SC=GGCGGCCAGGGCATGGGACAT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=44272322;WS=44272304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	44280562	rs73095923	C	G	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=139;ReadPosRankSum=1.243;SC=CACCCTGGGCCTAAACCTGTT;SOR=1.179;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=10;WE=44280570;WS=44280552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr7	44281475	rs2075073	T	A	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=924;ReadPosRankSum=0.949;SC=GGGTCCCCACTTGCCAAGAGC;SOR=0.417;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=54;WE=44281483;WS=44281465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,58:0.69:84
chr7	44281702	rs35663812	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=326;ReadPosRankSum=-0.194;SC=AGGGGACCCAAGGGAGCTCTT;SOR=0.616;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=18;WE=44281710;WS=44281693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr7	44282369	rs35452037	T	C	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.765;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=40;PP=1009;ReadPosRankSum=-1.343;SC=ATTGGGGTCCTCAGCATTCCT;SOR=0.512;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=59;WE=44282377;WS=44282359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,82:0.72:114
chr7	44282868	rs11542228	A	G	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=927;ReadPosRankSum=0.920;SC=AGATGTCCACAGGCTTGCCAT;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=67;WE=44282876;WS=44282858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,98:0.74:133
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chr7	44364862	rs111242776	C	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=2;PP=233;SC=GGCGCGCGGGCCCGCAGTGCG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=44364870;WS=44364852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr7	44606217	rs217381	C	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=-0.368;SC=CAATTCTGACCCAACTGGCAG;SOR=0.073;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=7;WE=44606225;WS=44606207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr7	44610229	rs2289054	C	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.616;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=350;ReadPosRankSum=-0.218;SC=GTGGGGCTCTCTGGGCTACAC;SOR=1.402;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=20;WE=44610237;WS=44610219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
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chr7	44611077	rs217375	T	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=278;ReadPosRankSum=-1.391;SC=ACCAAGATGTTGGCTGTGGCA;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=26;WE=44611085;WS=44611067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,42:0.29:146
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chr7	44612454	rs217373	C	A	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=653;ReadPosRankSum=-2.541;SC=CACTGTGTAGCTTCATTCAGG;SOR=0.579;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=199;TCF=87;TCR=112;TR=60;WE=44612462;WS=44612444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,98:0.36:271
chr7	44612753	rs217372	T	C	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=37;PP=1110;SC=CAACACTACTTAGCAGTACTT;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=44612761;WS=44612743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	44613103	rs217371	A	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=0.093;SC=CCAAGAGAAAACCTCAGACAA;SOR=2.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=11;WE=44613111;WS=44613093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
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chr7	44619302	rs217361	T	C	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=67;PP=2258;SC=CTGCGTGTAATTACTCAACTC;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=108;WE=44619310;WS=44619292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	44620836	rs8580	C	A	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=38;PP=1193;SC=CGAGATGCACCCGCTACAAGG;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=44620844;WS=44620826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	44695725	rs2268314	T	C	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.756;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=699;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CCATGTTTAATAAAATTGACC;SOR=0.089;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=53;TCF=49;TCR=4;TR=36;WE=44695733;WS=44695716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr7	44713264	rs3735474	A	G	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=0.261;SC=ACTTGATTGGAGTACATTTCA;SOR=2.030;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=12;WE=44713272;WS=44713254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr7	44714694	rs3832521	AG	A	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=12;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.862;NF=7;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=0.554;SC=GGGGAGGGGGAGGGGGGGATT;SOR=1.609;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=9;WE=44714702;WS=44714684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr7	44715453	rs138295473	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=1.746;SC=TCCAACCTGGGCAACAAGAGC;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=14;WE=44715461;WS=44715443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr7	44715476	.	C	CA	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=7.835;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-1.535;SOR=2.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr7	44736236	rs144097169	CCCCA	C	1324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.933;NF=1;NR=16;PP=754;ReadPosRankSum=1.660;SC=TGACCTTGGCCCCCACCCATC;SOR=0.748;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=17;WE=44736247;WS=44736226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr7	44737679	rs17133935	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=235;ReadPosRankSum=0.880;SC=GAACCCTGCCATCAAGAAAAA;SOR=0.566;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=20;WE=44737687;WS=44737669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr7	44737716	rs3216978	T	TAAG	1749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=1021;ReadPosRankSum=0.096;SC=GCTAGTTGGTTGAGGAGGAAC;SOR=0.676;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=21;WE=44737724;WS=44737706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr7	44737922	rs3213662	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=550;ReadPosRankSum=-0.830;SC=GGAAACCTGGGGAAGAGCAAT;SOR=0.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=29;WE=44737930;WS=44737912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr7	44747514	rs61756583	C	T	3963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=62;PP=1668;ReadPosRankSum=1.242;SC=CTCCAGCCACCGGCAACAAGA;SOR=0.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=206;TCF=92;TCR=114;TR=108;WE=44747522;WS=44747504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,190:0.58:328
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chr7	44797043	rs201480461	G	A	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=1.607;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,143:0.64:224
chr7	44802401	rs4720479	A	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=11;PP=833;SC=CTGACACACAACCCCCAGCAC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=44802409;WS=44802391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	44839616	rs6463247	C	T	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=38;PP=994;SC=CATACATAAACGACAAATATA;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=44839624;WS=44839606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	44839997	rs57466816	CT	C	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
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chr7	44869537	rs1297837	C	T	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=13;PP=1227;SC=CAAGGAAAAGCGCTCTGAAAT;SOR=2.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=61;WE=44869545;WS=44869527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	44880684	rs138616116	CA	C	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.567;NF=0;NR=15;PP=413;ReadPosRankSum=-0.468;SC=AAAGGCTGAACAATGTAAGCA;SOR=0.544;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=15;WE=44880692;WS=44880674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr7	44924627	rs6966024	A	C	13877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=177;NR=161;PP=2965;SC=CCTCGGCGCCAGCCGCCAGCT;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=338;TCF=177;TCR=161;TR=338;WE=44924635;WS=44924617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,520:1.00:520
chr7	45004063	rs7792760	T	C	5456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=70;PP=1944;ReadPosRankSum=1.070;SC=ATCTTTGTCCTGAAGTGTCTT;SOR=0.267;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=61;TCR=70;TR=131;WE=45004071;WS=45004053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr7	45009325	rs3735484	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=216;ReadPosRankSum=-0.835;SC=TGTAGTGTAGGTGATGGCGGT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=16;WE=45009333;WS=45009315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr7	45009341	rs3735485	A	G	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=12;PP=807;SC=GCGGTGGTGCATGTCCAGGGT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=45009349;WS=45009331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	45009723	rs11555636	G	A	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	45010734	rs7789375	G	A	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=44;PP=1342;SC=CAAGAAGGAGGAAGGAAAGCA;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=45010742;WS=45010724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	45023503	rs12108	T	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=1;PP=319;ReadPosRankSum=1.602;SC=TCCAGCATCTTGGGATTGCTG;SOR=0.356;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=18;WE=45023511;WS=45023493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr7	45040063	.	G	GT	118.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.71;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr7	45067267	rs2289365	G	C	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=646;ReadPosRankSum=0.886;SC=GCTAACATCTGGCCATATTTT;SOR=0.694;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=52;WE=45067275;WS=45067257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,76:0.64:119
chr7	45103481	rs2304689	A	G	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,106:0.83:127
chr7	45111482	rs1001349	A	T	4950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=83;PP=1933;ReadPosRankSum=1.036;SC=GTCAGCTGATAAGCATCCTTT;SOR=0.855;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=181;TCF=71;TCR=110;TR=131;WE=45111490;WS=45111472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,233:0.73:318
chr7	45112902	rs10272243	T	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=357;SC=CCACCCTGCATGCCCAGTCAG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=45112910;WS=45112892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	45113170	rs2289367	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=572;ReadPosRankSum=-0.658;SC=ACATGCTGACGGTAGGCCTCC;SOR=0.814;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=35;WE=45113178;WS=45113160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,68:0.57:120
chr7	45119946	rs35199312	T	G	519.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=345;ReadPosRankSum=-0.098;SC=GGACACCAGATGGTGGTGAAG;SOR=0.283;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=20;WE=45119954;WS=45119936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr7	45120453	rs10264280	C	T	4988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=71;PP=2371;ReadPosRankSum=1.976;SC=CCCTGCGAGGCCCTGGAGCCC;SOR=0.714;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=211;TCF=107;TCR=104;TR=137;WE=45120461;WS=45120443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,224:0.67:334
chr7	45120704	rs2304692	C	T	6630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.537;SC=CCACCACAGCCGCCACCCAGA;SOR=0.835;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=365;TCF=168;TCR=197;TR=208;WE=45120712;WS=45120694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,344:0.62:554
chr7	45122464	rs10243185	A	C	2351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=30;PP=1400;ReadPosRankSum=1.692;SC=CAGGAGGCGCATCGGGGACCT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=94;TCR=53;TR=83;WE=45122472;WS=45122454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,106:0.54:198
chr7	45122723	rs61740895	G	A	4281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=66;PP=1880;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AGTGGAATCCGCATCTTCCTG;SOR=0.565;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=184;TCF=79;TCR=105;TR=120;WE=45122731;WS=45122713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,199:0.61:327
chr7	45123906	.	T	G	95	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=21;MQ=51.5;NF=6;NR=1;PP=95;QD=18.5387446496;SC=TGGGACACAATCGTGGCTGCA;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=7;WE=45123914;WS=45123896;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,7:0.32:22
chr7	45123925	.	C	T	379	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=17;MMLQ=21;MQ=54.5;NF=8;NR=3;PP=379;QD=37.615564777;SC=CAGCCACAGGCTTTGGGGCTG;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=11;WE=45123945;WS=45123915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr7	45123937	.	T	C	379	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MMLQ=22;MQ=55.5;NF=9;NR=7;PP=379;QD=25.8607007842;SC=TTGGGGCTGATGAGAGATCTG;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=16;WE=45123945;WS=45123915;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr7	45124008	rs7777835	T	C	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.357;NF=34;NR=21;PP=935;ReadPosRankSum=-0.318;SC=AGGTCCTCTTTAGCCTGCCTG;SOR=0.829;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=55;WE=45124016;WS=45123998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,80:0.62:129
chr7	45124286	rs3735494	A	G	3868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=69;PP=2048;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TCTGGTAGCCACCTCCACCTG;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=70;TCR=97;TR=119;WE=45124294;WS=45124276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,173:0.68:255
chr7	45124465	rs3735495	A	T	2626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1275;ReadPosRankSum=-0.967;SC=ACACAGTCCCATCCTGAGCCT;SOR=0.763;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=88;WE=45124473;WS=45124455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,123:0.69:178
chr7	45125775	rs9791417	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GGCCAGGCCCGGGGAGATGAA;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=10;WE=45125783;WS=45125765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr7	45142834	rs2289374	G	C	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=725;ReadPosRankSum=-1.968;SC=GGCCCCTCCCGCCTCCACCTA;SOR=0.420;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=39;WE=45142842;WS=45142824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr7	45143108	rs2119056	T	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=366;ReadPosRankSum=0.072;SC=TCCTCCTGCCTGGCTCTGAGT;SOR=1.267;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=28;WE=45143116;WS=45143098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr7	45143892	rs6973982	A	G	3833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=46;PP=1703;ReadPosRankSum=-1.310;SC=TTAGCTGGAGAGAGTCAGCAA;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=103;WE=45143900;WS=45143882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,175:0.67:260
chr7	45144113	rs41280672	C	T	8757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,427:0.64:665
chr7	45144494	rs2289376	T	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=642;ReadPosRankSum=0.079;SC=AGGGAACCCCTGGACCTGGAG;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=36;WE=45144502;WS=45144484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr7	45148667	rs2304693	G	A	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=37;PP=1176;ReadPosRankSum=1.924;SC=CTTCTCCACCGGCTCCATCAA;SOR=0.717;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=65;WE=45148675;WS=45148657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,115:0.65:177
chr7	45148773	rs2304694	C	A	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1227;ReadPosRankSum=0.289;SC=GGAGCCATGGCAGGGGCCTGA;SOR=0.588;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=77;WE=45148781;WS=45148763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,113:0.57:197
chr7	45197433	rs67477213	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=399;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CAGCCATGGAGACTGGAGCGC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=20;WE=45197441;WS=45197423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,52:0.32:165
chr7	45216761	rs1294940	G	A	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=15;PP=977;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GGTCAGGGTGGAGGGTGAAGG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=65;TCR=23;TR=59;WE=45216769;WS=45216751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,66:0.70:94
chr7	45223018	rs11982639	C	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=45;PP=880;ReadPosRankSum=-0.685;SC=GTGAGGGTCCCGGTGAGATGG;SOR=0.867;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=206;TCF=71;TCR=135;TR=67;WE=45223026;WS=45223008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,76:0.30:254
chr7	45225609	rs66534022	GGTGTATGT	G	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.418;NF=2;NR=5;PP=358;ReadPosRankSum=0.427;SC=TGCTTGTGTGGGTGTATGTGT;SOR=0.584;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=7;WE=45225624;WS=45225599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr7	45225708	rs13222185	A	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.965;NF=15;NR=12;PP=298;ReadPosRankSum=1.406;SC=TGGAGGCAGCAATAGTGTGTG;SOR=0.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=27;WE=45225716;WS=45225698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,63:0.34:183
chr7	45225883	rs12702124	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=236;ReadPosRankSum=-0.418;SC=CTACTGAATCCAGCCCTGAGA;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=27;WE=45225891;WS=45225873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,39:0.28:140
chr7	45688233	rs3735672	G	A	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.468;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=13;PP=900;ReadPosRankSum=0.507;SC=CCTCTGTAGCGCTGTCTCTTA;SOR=1.240;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=53;WE=45688241;WS=45688223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,65:0.78:83
chr7	45697295	rs2461131	C	G	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=7.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.58;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=1.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,77:0.64:121
chr7	45697295	.	CCT	GCC	1873	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=38;NR=12;PP=1873;QD=38.5293574972;SC=CAAGGTGGGCCCTAGCCCCAC;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=86;TCF=58;TCR=28;TR=50;WE=45697305;WS=45697285;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:36,50:0.58:86
chr7	45697297	rs2471231	T	C	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=7.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.97;ReadPosRankSum=-0.344;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,80:0.65:124
chr7	45703971	rs1042009	G	A	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.92;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,114:0.74:154
chr7	45743128	rs2247685	T	G	8440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.111;SC=GCACTAGCCCTACACTGCTCT;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=334;TCF=202;TCR=132;TR=219;WE=45743136;WS=45743118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,399:0.66:602
chr7	45743403	rs2461114	G	A	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=83;PP=2311;SC=ATCCTGTTGCGTGGGCAGAGC;SOR=1.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=31;TCR=83;TR=114;WE=45743411;WS=45743393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	45744055	rs2272036	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
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chr7	45954679	rs34091405	AAC	A	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=926;ReadPosRankSum=0.236;SC=CAGCTAAGGCAACACAAGAGC;SOR=0.551;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=15;WE=45954700;WS=45954669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr7	45954692	rs10255707	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=924;ReadPosRankSum=1.166;SC=ACAAGAGCCATGCGTGCCTAG;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=18;WE=45954700;WS=45954669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr7	45957055	rs2471551	G	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-0.563;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.514;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr7	45957161	rs143703989	GT	G	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.775;NF=0;NR=12;PP=129;ReadPosRankSum=0.317;SC=ATCCAAGTGAGTTTTTTTTTT;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=12;WE=45957169;WS=45957151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr7	45960323	rs6950868	C	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr7	46732428	rs700747	A	G	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=33;PP=1724;SC=AGGAAGCAAAACAAGCAAGTC;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=89;WE=46732436;WS=46732418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	46732627	rs1917602	A	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=32;PP=802;SC=CCCTTCTATGAAGTAAATAGG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=46732635;WS=46732617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr7	46736788	rs144623777	T	TA	387	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=-0.418;SC=GAGCATTTTTTTAAAAAAATC;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=46736797;WS=46736778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr7	46736789	rs115328936	T	A	820.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=10;PP=372;SC=AGCATTTTTTTAAAAAAATCA;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=18;WE=46736797;WS=46736778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	47242897	rs2728465	A	G	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=-1.425;SC=CTTTTAAAAAACTTTTAATTG;SOR=0.941;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=6;WE=47242905;WS=47242887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr7	47319723	rs4720590	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.513;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr7	47323456	rs3750164	A	G	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=4.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,95:0.33:289
chr7	47408029	rs2255744	A	G	3785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=35;PP=1482;SC=CCCGGAGCCCACCTCCCACGC;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=47408037;WS=47408019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	47408974	rs1534136	T	A	7827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=120;PP=2965;SC=GGTCCAACTCTGCCTTCTCCT;SOR=1.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=81;TCR=122;TR=200;WE=47408982;WS=47408964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr7	47436558	rs2177795	A	C	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=31;PP=939;SC=CCTCCATCCAACCGACTCCAC;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=47436566;WS=47436548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	47451295	rs834607	A	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=16;PP=959;SC=TGGGGACACCAACCCATCTGC;SOR=1.451;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=55;WE=47451303;WS=47451285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	47451572	rs17544073	C	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=443;SC=GTAAAGAAAGCTCCCAGGCCA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=47451580;WS=47451562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	47453540	rs148426711	C	T	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.736;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.684;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,118:0.36:332
chr7	47481602	rs11763044	G	A	9480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=101;NR=112;PP=2965;SC=GACACTCACCGCAGAGGTTTA;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=101;TCR=113;TR=213;WE=47481610;WS=47481592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr7	47546375	rs334496	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=3;PP=236;SC=ATACACCGTACCCCAGCCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=47546383;WS=47546365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	47546466	rs73095186	G	A	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=11;PP=517;SC=GGCCAAGTCAGCTATAAAAAG;SOR=1.094;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=47546474;WS=47546456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	47546547	rs334497	G	A	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,73:0.82:89
chr7	47578772	rs334506	T	C	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=40;PP=1143;SC=CCAGGATTCATACTCTCTGGG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=47578780;WS=47578762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr7	47814529	rs17545279	G	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=0;PP=827;SC=TGAACTCTCCGAATGGTGATT;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=31;TCR=0;TR=31;WE=47814537;WS=47814519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	47835027	rs9719534	A	G	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=35;PP=1012;SC=GAGGCCTCCCAAGTCATGTGG;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=47835035;WS=47835017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	47840510	rs1466203	T	C	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=43;PP=996;SC=GCACTGACCTTGTCACCTCTT;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=47840518;WS=47840500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	47847679	rs1074780	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=78;SC=AAGCTCTTCAGGCCCTTCACT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=47847687;WS=47847669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	47851623	rs73692834	C	T	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=51;PP=1426;SC=GGCCCTGAGTCGGGACAGGGC;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=74;WE=47851631;WS=47851613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	47852837	rs2290386	C	T	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=26;PP=989;SC=CCTCCAACTTCGGGACTACAT;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=47852845;WS=47852827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	47853498	rs6463449	C	T	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=88;PP=2842;SC=TCCATTTATTCTTGGAAGCAA;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=72;TCR=88;TR=160;WE=47853506;WS=47853488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	47854956	rs17545564	C	T	8015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=118;NR=73;PP=2965;SC=CACGGGCTGACGGGGTGCCTC;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=119;TCR=73;TR=191;WE=47854964;WS=47854946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr7	47872601	rs17659868	T	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=408;SC=TTTGGCCCAATTGTGACTCTG;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=47872609;WS=47872591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	47872845	rs921634	A	G	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=42;PP=1321;SC=TGGCTGATGCAGGTTGCTAGA;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=73;WE=47872853;WS=47872835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	47874065	rs17710874	G	A	3078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=61;PP=1851;SC=GATTAGCGGGGACACTACTTT;SOR=1.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=87;WE=47874073;WS=47874055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	47876787	rs17710880	A	G	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=33;PP=1065;SC=AGCAGAGACCACGAGCTTTCT;SOR=0.979;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=47876795;WS=47876777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	47879049	rs76100363	G	A	4799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=45;PP=2693;SC=CCTACCTTCCGGAAGCCGAGT;SOR=1.291;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=89;TCR=45;TR=133;WE=47879057;WS=47879039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	47884476	rs9639988	T	C	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=0;PP=182;SC=ATTTCAAAAATGCAATGATAG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=47884484;WS=47884466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	47884829	rs1980279	C	A	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=525;SC=ATTCACCTGACACCTAAGTTA;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=47884837;WS=47884819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	47913459	rs62447062	T	C	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=11;PP=1306;SC=GAAATACAAATAATGGCTAGG;SOR=2.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=47913467;WS=47913449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	47913579	rs1470859	TG	CA	13333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=75;PP=2947;SC=TTGGAGCCTTTGCCATCTGTG;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=147;WE=47913588;WS=47913569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr7	47913615	rs17131867	G	A	6575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=82;PP=2731;SC=ATGACTGTGAGGGAACATGTC;SOR=0.932;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=54;TCR=84;TR=135;WE=47913623;WS=47913605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr7	47913737	rs73105163	A	G	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=548;SC=CCAGGCTCCGAGCCACAGGGA;SOR=2.694;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=47913745;WS=47913727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	47915543	rs12113549	T	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=416;SC=CTTTCTGCACTAAAAGGTAGA;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=47915551;WS=47915533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	47915651	rs4724654	G	C	4790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=41;PP=2346;SC=GTTTAGAACTGTAGGTTGGCA;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=118;WE=47915659;WS=47915641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	47915677	rs4724655	A	G	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=55;PP=2600;SC=AGTGACTCCAACTGGCACCAT;SOR=0.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=132;WE=47915685;WS=47915667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr7	47915890	rs4724656	C	T	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=24;PP=614;SC=CATACACACACAGCTGAGCCT;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=47915898;WS=47915880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	47916995	rs2348662	T	C	235.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=124;SC=GGAAGGACATTGCTGTCCATT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=47917003;WS=47916988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	47920225	rs17131893	G	C	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=125;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=11;PP=817;SC=TAGCCTTTACGCTGATGTAGA;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=47920233;WS=47920215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	47920298	rs17131896	G	C	3721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=33;PP=1650;SC=CTCATCCTCTGATAAATGCAA;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=47920306;WS=47920288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr7	47920345	rs62447081	G	A	5086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=44;PP=1764;SC=CTTGCAGGACGTACGTCTCTC;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=93;WE=47920353;WS=47920335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
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chr7	47920482	rs78574665	AG	GT	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=22;PP=621;SC=CTTGGAAATGAGTTCCACTCT;SOR=1.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=26;WE=47920491;WS=47920471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr7	47970961	rs11763361	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=245;ReadPosRankSum=1.639;SC=GAATGGCCTCGTCTGGCATCA;SOR=0.740;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=22;WE=47970969;WS=47970951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr7	47971575	rs885337	A	G	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=653;ReadPosRankSum=-0.623;SC=TCCCAGTAGCACACAGCCGCC;SOR=0.831;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=42;WE=47971583;WS=47971565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,71:0.73:97
chr7	47976287	rs2708878	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=264;ReadPosRankSum=-1.482;SC=TCAGAACACCATTCTTTTTTC;SOR=1.151;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=20;WE=47976295;WS=47976277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr7	47979922	rs2708913	A	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=532;ReadPosRankSum=3.494;SC=CCTCTAGAGAAAAAAAAAAAA;SOR=0.679;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=39;WE=47979930;WS=47979910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,55:0.66:83
chr7	48004962	rs1056663	C	T	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=776;ReadPosRankSum=0.326;SC=GCTAGGACAGCGCAGGGATGA;SOR=0.595;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=60;WE=48004970;WS=48004952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,79:0.58:136
chr7	48005122	rs2037483	G	A	2045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=850;ReadPosRankSum=1.758;SC=TTCCCAGCCTGCACCTCCTGT;SOR=0.491;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=65;WE=48005130;WS=48005112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,102:0.61:166
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chr7	48017965	rs2242477	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.575;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=386;ReadPosRankSum=-0.212;SC=TATGTCTATTCCTTCGAGGCC;SOR=0.247;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=24;WE=48017973;WS=48017955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr7	48017989	rs2242478	T	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=8;PP=686;ReadPosRankSum=-0.778;SC=ACTTCTGTGTTAGAAACCCTG;SOR=0.521;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=37;WE=48017997;WS=48017979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,44:0.60:73
chr7	48018455	rs2242479	T	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=793;ReadPosRankSum=-0.102;SC=AAATGCACATTATGTATCCTA;SOR=0.414;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=48;WE=48018463;WS=48018445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,60:0.61:99
chr7	48035893	rs2708899	T	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=181;SC=AGGAAAAGTATGACAGTTTTC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=48035901;WS=48035883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	48045416	.	C	T	59	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=17;MQ=58.55;NF=7;NR=1;PP=59;QD=11.7214015684;SC=ACTATTTCTACTCTCTTCTTT;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=8;WE=48045424;WS=48045406;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr7	48046714	rs1574242	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=0.971;SC=GGACATCCGCGCTAACCACCA;SOR=0.693;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=8;WE=48046722;WS=48046704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr7	48068258	rs7357251	G	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.474;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=87;ReadPosRankSum=-1.044;SC=AGACTGTGATGAAGAGAAACC;SOR=0.105;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=8;WE=48068266;WS=48068253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr7	48074984	rs1915971	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=78;ReadPosRankSum=-0.684;SC=AGTTGACAGGCGGCGCCCGCG;SOR=0.951;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=8;WE=48074992;WS=48074974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr7	48075030	rs1915972	C	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=1.108;SC=ACCGCTCCCCCTCAGGCTTCC;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=10;WE=48075038;WS=48075020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr7	48081095	rs10951942	G	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=429;ReadPosRankSum=0.494;SC=TGTGAAGCTCGCGAAACAAGG;SOR=0.595;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=36;WE=48081103;WS=48081085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,44:0.30:147
chr7	48083339	rs6978838	A	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=0.162;SC=TCTTTGAGGGATGTAGCCTAA;SOR=1.251;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=9;WE=48083347;WS=48083329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr7	48086077	rs2708912	C	T	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=31;PP=1771;SC=GTCTCCATGCCGGATTACATG;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=89;WE=48086085;WS=48086067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr7	48285485	rs1880738	C	T	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=-1.055;SC=GCTGTCTGCCCGAATGGTCGT;SOR=0.745;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=42;WE=48285493;WS=48285475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,71:0.31:230
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chr7	48311563	rs17712293	T	G	5356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.026;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=69;PP=2047;ReadPosRankSum=-1.336;SC=ACAGAGGATATTCTGAATATA;SOR=0.531;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=220;TCF=116;TCR=104;TR=135;WE=48311571;WS=48311553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,251:0.66:383
chr7	48312084	rs78575608	G	C	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=483;ReadPosRankSum=2.058;SC=AAAACAAGAAGTTGATAAAAT;SOR=0.635;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=138;TCF=63;TCR=75;TR=40;WE=48312092;WS=48312074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,64:0.29:221
chr7	48312674	rs1358066	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.596;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,55:0.32:173
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chr7	48313949	rs6583483	C	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=287;ReadPosRankSum=1.923;SC=AAGGTATTTACTTTAACATCC;SOR=0.631;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=19;WE=48313957;WS=48313939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr7	48314279	rs6955212	G	A	6611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=1.329;SC=CCCTTAAGAAGGCAGACATAG;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=318;TCF=152;TCR=166;TR=195;WE=48314287;WS=48314269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,311:0.61:509
chr7	48315796	rs1880736	C	A	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=17;PP=636;SC=ATATCTAGAGCAGGCAATTTT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=48315804;WS=48315786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	48318118	.	C	G	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=820;ReadPosRankSum=0.848;SC=TGCTTTGTATCCTACCCTCCA;SOR=0.717;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=51;WE=48318126;WS=48318108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,60:0.38:156
chr7	48318811	rs2222648	C	T	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=28;PP=1144;SC=TGTCAACTTACGGGAAGAAAT;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=48318819;WS=48318801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	48335265	rs10280046	C	T	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=12;PP=728;SC=AGTATGTGTGCTTCTAACCTA;SOR=1.480;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=40;WE=48335273;WS=48335255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	48336844	rs6583546	C	T	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=54;PP=1995;SC=CCAAAAGCCTCGAGGAAACTT;SOR=0.736;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=113;WE=48336852;WS=48336834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
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chr7	48352570	rs56322731	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=549;ReadPosRankSum=0.457;SC=AATAAAATCAGATAAACAAGT;SOR=1.276;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=29;WE=48352578;WS=48352560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
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chr7	48412112	rs11357239	TA	T	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
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chr7	48427610	rs61605643	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=261;ReadPosRankSum=2.669;SC=GATCCATTTTGATTTTTTTTT;SOR=0.622;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=17;WE=48427618;WS=48427600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr7	48431389	rs113609560	T	TA	536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.302;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=566;ReadPosRankSum=1.538;SC=ACTGATTGTGTAAAAACCAGG;SOR=0.164;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=19;WE=48431397;WS=48431379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr7	48431762	rs7780299	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=0.157;SC=TCTCTCTGCTCCTCCTGCCTC;SOR=1.863;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=15;WE=48431770;WS=48431752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr7	48450157	rs17548783	T	C	7929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=99;PP=2760;ReadPosRankSum=1.669;SC=TGGATGAAGCTGAAGCGCTGA;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=322;TCF=161;TCR=161;TR=202;WE=48450165;WS=48450147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,369:0.64:578
chr7	48506416	rs4917151	G	C	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=53;SC=AAAATTAGCTGTATCTCACTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=48506424;WS=48506406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	48506566	rs4917152	A	G	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=712;ReadPosRankSum=0.819;SC=TGGGGGCGACAACTTGGACCT;SOR=0.598;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=51;WE=48506574;WS=48506556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,67:0.64:104
chr7	48506642	rs4917153	A	G	2783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1171;ReadPosRankSum=-0.471;SC=AACCCACGCCAGTAAGTGTCA;SOR=0.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=83;WE=48506650;WS=48506632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,134:0.69:193
chr7	48506707	rs4917154	A	G	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,85:0.70:121
chr7	48506727	rs4917155	G	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=708;ReadPosRankSum=1.123;SC=TTCATGATTGGTTATTTCATG;SOR=0.420;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=52;WE=48506735;WS=48506717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,67:0.72:93
chr7	48506770	rs73105599	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=0.799;SC=ATGAAAATTAGCCTAATGACT;SOR=0.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=25;WE=48506778;WS=48506760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr7	48511297	rs7810026	T	C	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=605;ReadPosRankSum=1.796;SC=AACTGTGTCTTTATAACTTTT;SOR=0.553;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=35;WE=48511305;WS=48511287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr7	48511343	rs10251517	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9969;FS=6.990;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=288;ReadPosRankSum=1.054;SC=GGAAAAGTTTTGTCACATAAA;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=16;WE=48511351;WS=48511333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr7	48520780	rs4472462	A	T	6006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=106;PP=2965;SC=TTGGGTCTTTACTTGTTTGGA;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=52;TCR=106;TR=158;WE=48520788;WS=48520770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr7	48522845	rs1918584	C	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=6.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.96;ReadPosRankSum=0.742;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr7	48522845	.	CA	GG	826	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=16;PP=826;QD=51.7334044037;SC=GCACAGGGTTCAGAAGGACCA;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=17;WE=48522854;WS=48522835;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr7	48522846	rs1918585	A	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.69;ReadPosRankSum=0.064;SOR=2.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr7	48528732	rs17730186	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=0;PP=191;ReadPosRankSum=1.602;SC=AGGTGCCTTGGAAGTTAATTG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=10;WE=48528740;WS=48528729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr7	48545879	rs6583447	A	T	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=440;ReadPosRankSum=1.507;SC=ATGAGCTGCGATTCACCATGC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=27;WE=48545887;WS=48545869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr7	48545976	rs6583448	A	G	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=47;PP=2094;SC=CTTGCTGAACAAGGACAAGAT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=114;WE=48545984;WS=48545966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	48559580	rs62447308	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=-1.918;SC=ATTGGTATATATTATGAAAAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=7;WE=48559588;WS=48559570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr7	48559666	rs62447309	G	A	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=259;ReadPosRankSum=-1.773;SC=ATGTCCTCAAGTGGGTCTTTA;SOR=0.747;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=28;WE=48559674;WS=48559656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,53:0.34:155
chr7	48559696	rs61378229	T	C	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=2.133;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,77:0.31:247
chr7	48559905	rs34364517	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=244;ReadPosRankSum=0.655;SC=GTTCTGAAGGACTCATCCTCG;SOR=0.756;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=15;WE=48559913;WS=48559895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr7	48560010	rs34768692	C	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
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chr7	48560012	rs34335910	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
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chr7	50436033	rs10899750	A	G	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=533;ReadPosRankSum=-0.101;SC=GTTACTTCGCAGATGCTGCTG;SOR=0.815;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=35;WE=50436041;WS=50436023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,48:0.38:127
chr7	50454939	rs148213614	A	AT	782.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=10;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=272;ReadPosRankSum=0.513;SC=CAAGGGTAGAATTTTTTTTTT;SOR=0.929;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=24;WE=50454947;WS=50454929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,48:0.64:75
chr7	50467767	rs61731355	C	A	6612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=102;PP=2865;ReadPosRankSum=-1.611;SC=TGCAGACGCCCCCGGGCGGTT;SOR=0.615;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=326;TCF=167;TCR=159;TR=200;WE=50467775;WS=50467757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,318:0.60:532
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chr7	50512929	rs10230343	C	A	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=17;PP=962;SC=GAAGACTGTACTACAGAGATG;SOR=1.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=50512937;WS=50512919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr7	50545191	rs4992502	C	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=4.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,25:0.20:125
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chr7	50547661	rs11575456	AGCCCT	A	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=483;ReadPosRankSum=1.348;SC=ACCTGCTCCCAGCCCTGCCCT;SOR=1.214;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=10;WE=50547673;WS=50547651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
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chr7	50566671	rs3807562	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=104;ReadPosRankSum=-0.286;SC=AGGACAGGCTGTATGGCTGGG;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=9;WE=50566679;WS=50566661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr7	50566762	rs2876829	C	T	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=17;PP=885;SC=TAGCAAGAGACTGGACGTCAG;SOR=1.116;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=50566770;WS=50566752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	50571779	rs11575375	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=5.606;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=763;ReadPosRankSum=0.899;SC=AAAGCAGACAGCCTTTTATTC;SOR=1.497;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=46;WE=50571787;WS=50571769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,53:0.73:73
chr7	50571830	rs62445940	T	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=0.583;SC=CACAAGCAACTGCTGCCCCAT;SOR=1.552;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=17;WE=50571838;WS=50571820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr7	50611735	rs6264	T	C	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=56;PP=1618;SC=TAGTTGGCCATGTAATCCACC;SOR=0.985;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=91;WE=50611743;WS=50611725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	50671481	rs7456867	C	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=0;PP=346;SC=TACAGATACACTCTGGGCAGA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=50671489;WS=50671475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	50672907	rs4947709	T	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=2;PP=999;SC=CGCATAGAGCTGTTCCTCTGG;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=50672915;WS=50672899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	50673029	rs4947710	T	C	6478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=70;PP=2570;SC=TCTGGGCCTCTGCCGGATTCT;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=90;TCR=70;TR=160;WE=50673037;WS=50673019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	50685602	rs11770199	T	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=188;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTTAATTTCTGGTTACTCTA;SOR=0.136;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=16;WE=50685610;WS=50685592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr7	50685625	rs2240498	A	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.64;ReadPosRankSum=1.331;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr7	50694457	rs1468450	A	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-5.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=1;PP=453;ReadPosRankSum=-0.324;SC=TGGCAGCAGCAGTCTTCATTC;SOR=0.238;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=41;TCR=1;TR=27;WE=50694465;WS=50694454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr7	50742118	rs2715128	A	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=214;SC=CTCTGCCCATAAGGCCTGGAC;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=50742126;WS=50742108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	50742180	rs1800504	C	T	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=471;SC=CCCTCTGCCTCGGGGACACCT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=50742188;WS=50742170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	50799889	rs2074777	C	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=485;SC=AGAAACGATCCATGGCTGCTG;SOR=2.303;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=50799897;WS=50799879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	50800100	.	G	GA	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.569;QD=1.97;ReadPosRankSum=-1.912;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,26:0.25:105
chr7	50800169	rs2108350	T	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=32;PP=920;SC=CAGCTCTTGGTCTTAGCTTGT;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=50800177;WS=50800159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	51085127	rs3214180	A	AT	826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.164;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=595;ReadPosRankSum=0.859;SC=AACTGTGCGCATTTGGCCTGT;SOR=0.991;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=21;WE=51085135;WS=51085117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,46:0.29:157
chr7	51093013	rs2240087	A	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr7	51096974	rs2240090	C	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=847;ReadPosRankSum=0.053;SC=CCTTTTCCGACGTCATGGGAA;SOR=0.935;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=191;TCF=87;TCR=104;TR=62;WE=51096982;WS=51096964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,98:0.31:315
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chr7	51098567	rs142060269	GTCT	G	2552.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.236;NF=6;NR=29;PP=1288;ReadPosRankSum=0.983;SC=CAATTAATAGGTCTTCTTCAT;SOR=0.645;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=110;TCF=15;TCR=95;TR=35;WE=51098577;WS=51098557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,76:0.33:232
chr7	51153024	rs59837144	GT	G	642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.774;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,23:0.19:119
chr7	51153027	.	CAATCAAAGTACTTTGTACCTATGAAGTACAAAGA	C	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,23:0.19:121
chr7	51287470	rs801142	A	G	4217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.084;NF=60;NR=56;PP=1695;ReadPosRankSum=-0.936;SC=TCTCCAGCCCACTAGGCAGGA;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=175;TCF=88;TCR=87;TR=116;WE=51287478;WS=51287460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,203:0.63:323
chr7	53103554	rs11238247	C	G	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=928;ReadPosRankSum=0.619;SC=GAGCCATATTCAGTACTTCCA;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=75;TCR=102;TR=64;WE=53103562;WS=53103544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,95:0.32:298
chr7	53103571	rs11238248	G	A	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=746;ReadPosRankSum=-0.717;SC=TCCAGTGGGGGCGCCCGGTGC;SOR=0.865;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=159;TCF=67;TCR=92;TR=57;WE=53103579;WS=53103561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,84:0.34:248
chr7	53103673	rs1184320	C	A	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.508;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=1125;ReadPosRankSum=0.533;SC=CTGCCCTTCCCGGGGAGACCG;SOR=0.588;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=69;WE=53103681;WS=53103663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,124:0.62:200
chr7	53103946	rs12113170	G	C	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=856;ReadPosRankSum=1.085;SC=GGTTCGACGGGCCGTTGTGGT;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=124;TCR=100;TR=68;WE=53103954;WS=53103936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,124:0.30:409
chr7	54610293	rs513529	A	G	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=144;SC=AGCCCTCGCCAAGCAAGCAGC;SOR=2.448;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=54610301;WS=54610283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	54610654	rs538207	T	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=211;ReadPosRankSum=-0.211;SC=CGATTTTTTTTAAAGTTTATT;SOR=0.718;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=18;WE=54610662;WS=54610644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr7	54612367	.	GG	TT	2333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.181;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,66:0.35:191
chr7	54614510	rs140369297	G	GCCCCTGGTCGCTCCCCTGT	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.956;NF=6;NR=1;PP=2963;ReadPosRankSum=0.636;SC=GGGTGGCCACGCCCCTGGTCG;SOR=1.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=7;WE=54614518;WS=54614500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr7	54614582	rs485006	G	T	5603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	54614585	rs657449	A	G	5682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.73;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	54621692	rs68106607	G	A	6768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ACTGTGAAGCGGCTTCCTGCT;SOR=0.815;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=260;TCF=104;TCR=156;TR=180;WE=54621700;WS=54621682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,304:0.69:440
chr7	54820186	rs6952793	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr7	55002836	rs35747839	G	GA	1421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.203;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.138;NF=10;NR=10;PP=1288;ReadPosRankSum=2.422;SC=ATAAATAGTTGAAAATCCAAA;SOR=0.360;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=20;WE=55002849;WS=55002826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr7	55002841	rs2330916	T	G	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.056;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.518;NF=18;NR=10;PP=1280;ReadPosRankSum=2.499;SC=TAGTTGAAAATCCAAAGAAAA;SOR=0.387;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=28;WE=55002849;WS=55002826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr7	55004546	rs2005868	C	T	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.731;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,68:0.34:199
chr7	55086780	rs712830	A	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=1.756;SC=TGAGCGCCCGACGCGGCCGAG;SOR=1.214;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=8;WE=55086788;WS=55086770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr7	55087139	rs17335738	G	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.235;SC=GCGCACCGGCGCACCGGCTCG;SOR=0.712;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=11;WE=55087147;WS=55087129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr7	55214348	rs2072454	C	T	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=841;ReadPosRankSum=1.297;SC=CCCTGTGCAACGTGGAGAGCA;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=177;TCF=95;TCR=82;TR=64;WE=55214356;WS=55214338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,102:0.33:305
chr7	55218903	rs2075109	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,28:0.27:104
chr7	55218930	.	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.894;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,37:0.27:137
chr7	55219159	rs2075110	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CAAAGAGTTACTTTATTACAG;SOR=0.269;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=7;WE=55219167;WS=55219149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr7	55219903	rs17289809	TG	T	2850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.447;SC=AGCTGAATTGTGGGGGGGCTG;SOR=0.674;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=25;WE=55219917;WS=55219893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,72:0.63:114
chr7	55219909	rs41364648	G	T	2880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=1218;ReadPosRankSum=-0.003;SC=ATTGTGGGGGGGCTGTTAGGC;SOR=0.699;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=43;WE=55219917;WS=55219893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,73:0.62:118
chr7	55220177	rs11506105	A	G	5524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=71;PP=2801;SC=GCTCTGCGACATCCCTGGGAA;SOR=0.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=83;TCR=71;TR=153;WE=55220185;WS=55220167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
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chr7	55238253	rs17290225	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=378;ReadPosRankSum=-2.039;SC=ATGCCTTCACGTGTCTGTTCC;SOR=0.946;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=23;WE=55238261;WS=55238243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr7	55238268	rs10228436	G	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr7	55239040	rs17290253	T	G	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=506;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CAGCCTACCCTCAGCCAGGGT;SOR=0.892;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=15;TCR=56;TR=31;WE=55239048;WS=55239030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr7	55240461	rs2241055	G	C	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.674;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=9;PP=724;ReadPosRankSum=2.172;SC=ATGAGGAAAAGTGTGCCTGGT;SOR=1.279;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=40;WE=55240469;WS=55240451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr7	55241510	rs17337100	C	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=320;ReadPosRankSum=-0.128;SC=GCACCCAAGCCCATGCCGTGG;SOR=1.101;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=21;WE=55241518;WS=55241500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr7	55241836	rs17290336	C	T	232.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5640;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.223;SC=CCATCATCTACTTTACTCTTT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=55241844;WS=55241826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr7	55242582	rs17337135	G	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.883;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=801;ReadPosRankSum=0.333;SC=CTCATGTCTGGCAGCTGCTCT;SOR=1.346;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=46;WE=55242590;WS=55242572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,58:0.67:86
chr7	55249063	rs1050171	G	A	9144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=91;PP=2965;SC=CCACCGTGCAGCTCATCACGC;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=122;TCR=92;TR=213;WE=55249071;WS=55249053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr7	55266417	rs1140475	T	C	8390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=108;NR=89;PP=2965;SC=CAGGGGTGACTGTTTGGGAGT;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=108;TCR=89;TR=197;WE=55266425;WS=55266407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr7	55272826	rs2692456	G	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=2;PP=679;SC=GGGCCCTCCCGAGGCTCCTGC;SOR=4.091;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=55272834;WS=55272816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	55459563	rs2049497	A	G	6313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=62;PP=2214;SC=GGCTGAAGACAGCTGATCCCC;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=133;WE=55459571;WS=55459553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr7	55468773	rs815929	C	A	453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.69;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	55495987	rs2272227	T	C	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=19;PP=1346;SC=CCCTGATGCCTGTGAAGACAT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=51;TCR=19;TR=70;WE=55495995;WS=55495977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	55498755	rs2293322	G	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	55499058	rs815988	A	G	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=26;PP=887;SC=ACCAAAAGCCACCAGATTGCT;SOR=1.143;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=42;WE=55499066;WS=55499048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	55540707	rs815957	G	A	7160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=81;PP=2965;SC=CTCCTGGGTCGGTGTAATAGG;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=88;TCR=82;TR=168;WE=55540715;WS=55540697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr7	55540791	rs712819	G	C	4847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=76;PP=2405;SC=CCATCACACCGCAAGTATGTG;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=125;WE=55540799;WS=55540781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr7	55560207	rs815951	C	T	5964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=0.289;SC=CTCGGGGGTCCGGGACCAATG;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=70;TCR=100;TR=167;WE=55560215;WS=55560195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,232:0.99:234
chr7	55750390	rs11238374	A	G	5924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=100;PP=2965;SC=TAAATTCCTCAGCTGTGACCT;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=93;TCR=100;TR=193;WE=55750398;WS=55750380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr7	55774755	rs112151645	A	G	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.082;NF=21;NR=5;PP=541;ReadPosRankSum=1.419;SC=GAAAATGCCAACTATAAATCA;SOR=0.679;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=26;WE=55774763;WS=55774752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr7	55774888	rs12666519	C	T	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.656;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.701;NF=40;NR=20;PP=665;ReadPosRankSum=0.065;SC=CATCCAGAAGCGTGCCATTGT;SOR=0.954;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=199;TCF=120;TCR=79;TR=60;WE=55774896;WS=55774878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,88:0.33:270
chr7	55779103	rs28695422	C	T	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.361;NF=27;NR=25;PP=549;ReadPosRankSum=2.613;SC=GGTGATGATGCGCTTCTCACC;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=142;TCF=72;TCR=70;TR=52;WE=55779111;WS=55779093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,67:0.32:211
chr7	55779220	rs12536949	A	G	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.660;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.94;MQRankSum=-2.436;QD=25.84;ReadPosRankSum=3.220;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
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chr7	55780845	rs77949648	T	C	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.13;QD=25.81;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
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chr7	55991293	rs2174459	T	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-2.151;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,27:0.32:84
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chr7	56059441	.	CA	C	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
chr7	56059458	rs11562101	A	T	1211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,63:0.57:111
chr7	56059591	rs10435504	G	C	5424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=59.99;MQRankSum=-0.721;NF=60;NR=63;PP=1897;ReadPosRankSum=1.212;SC=AGTATGTTTTGTTTGCCTACC;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=90;TCR=98;TR=123;WE=56059599;WS=56059581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,254:0.65:388
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chr7	56088789	rs199851385	G	A	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FS=0.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:508,109:0.18:617
chr7	56088811	rs78599516	T	C	1440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FS=1.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:441,109:0.20:550
chr7	56088825	rs74445297	T	A	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-1.992;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.956;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:399,100:0.20:499
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chr7	56088907	rs201445503	GC	CT	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=4.307;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-1.879;QD=6.81;ReadPosRankSum=0.937;SOR=1.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,34:0.22:156
chr7	56088928	rs200942360	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.809;QD=6.31;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,22:0.23:96
chr7	56088931	.	G	GA	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.718;QD=6.77;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
chr7	56119730	rs3735665	T	A	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.82;ReadPosRankSum=2.076;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,54:0.75:72
chr7	56119836	rs7780755	C	T	275.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=4.027;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=-0.563;SC=TAAGCCCCACCGTCCCGGCCA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=56119844;WS=56119826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr7	56122058	rs6593297	A	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.80;MQRankSum=-0.566;QD=10.78;ReadPosRankSum=1.501;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr7	56126360	rs2230197	T	C	4750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=69;PP=1521;ReadPosRankSum=-2.580;SC=AAGGCATAGTTGCTCTGCGCA;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=197;TCF=96;TCR=101;TR=132;WE=56126368;WS=56126350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,231:0.68:341
chr7	56136260	rs4245575	C	A	6509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=69;PP=2459;SC=GAGATGGTGACGGGCCTGTGC;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=133;WE=56136268;WS=56136250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr7	56141707	.	CAAAA	C	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.72;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr7	56142519	rs4948104	A	G	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.001;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=737;ReadPosRankSum=-1.090;SC=GGCTGGGCGCAGTGGCTTATG;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=45;WE=56142527;WS=56142509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr7	56145718	.	T	G	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=182;ReadPosRankSum=1.921;SC=AAGACGACCTTGGTTTTCCTC;SOR=0.872;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=18;WE=56145726;WS=56145708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,25:0.28:90
chr7	56149847	rs17172508	C	T	8499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.137;NF=91;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.942;SC=CCTTTCCCGGCGCACTCACAT;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=324;TCF=135;TCR=189;TR=222;WE=56149855;WS=56149837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,400:0.69:576
chr7	56151242	rs73126333	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=0.393;SC=GCACACACGCCCAGCCCAGAC;SOR=0.184;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=12;WE=56151250;WS=56151232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr7	56151489	rs2242508	A	G	8513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=103;PP=2965;SC=GCTGCCTTCCACCCTGATACC;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=85;TCR=105;TR=188;WE=56151497;WS=56151479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr7	56155519	rs72499804	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=665;ReadPosRankSum=-0.168;SC=ACCCCATGGGGGGTCCCAGAT;SOR=0.586;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=136;TCF=41;TCR=95;TR=47;WE=56155527;WS=56155509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,57:0.35:164
chr7	56171760	rs6593298	A	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=482;ReadPosRankSum=-1.846;SC=GGCCTAAGGCAGTAACTCAAC;SOR=0.968;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=24;WE=56171768;WS=56171750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr7	56174115	rs10043	A	C	4779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.59;QD=25.84;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr7	56174140	rs816407	G	T	6309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=59;PP=2431;SC=TCCGGACGTGGGACAACCACC;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=78;TCR=59;TR=137;WE=56174148;WS=56174130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr7	56717637	rs1906630	T	A	2790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.708;NF=58;NR=41;PP=1524;ReadPosRankSum=-1.971;SC=GGGATCCGTCTTTTGTGTCAT;SOR=0.872;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=169;TCF=96;TCR=73;TR=99;WE=56717645;WS=56717627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,134:0.58:231
chr7	56717788	rs1849659	A	G	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=59;PP=1455;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GAAAAAAATAACATGACTCTT;SOR=0.974;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=120;TCF=43;TCR=77;TR=90;WE=56717796;WS=56717778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,107:0.67:160
chr7	57069669	rs1467279	T	C	336.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.38;MQRankSum=-1.808;QD=22.41;ReadPosRankSum=0.172;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr7	57069935	rs1966122	G	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=48;PP=1068;SC=GGGCGGTGGGGGGAGCTCCTT;SOR=2.157;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=57069943;WS=57069925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	57071540	rs28370313	A	G	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	57071650	.	G	GAGCAGCAGC,GAGCAGCAGCAGC	909.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.65;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;NF=1;NR=2;PP=484;SC=AAGAGTCCGAGAGCAGCAGCA;SOR=4.407;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=3;WE=57071658;WS=57071640;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.50:8
chr7	57071671	rs187876791	T	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.90;QD=35.72;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	57071671	.	TGG	CGA,CGG	381	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=71;MMLQ=23;MQ=53.41;NF=3,16;NR=2,8;PP=39,381;QD=18.4935749724;SC=GCAGCAGCAGTGGCTCGGAGA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=5,24;WE=57071681;WS=57071661;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.21:24
chr7	57071673	rs370075038	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.29;MQRankSum=0.091;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
chr7	57071725	rs62463099	C	T	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.95;QD=24.93;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	57188016	rs78588121	A	G	4697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.860;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.543;NF=79;NR=71;PP=2216;ReadPosRankSum=0.447;SC=CCTATGTCTCATAAGGTTCGA;SOR=0.719;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=238;TCF=117;TCR=121;TR=150;WE=57188024;WS=57188006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,231:0.62:371
chr7	57188718	rs62464802	T	C	9001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.574;NF=107;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=1.761;SC=GTGCACCTCATATTCACCCAC;SOR=0.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=338;TCF=162;TCR=176;TR=228;WE=57188726;WS=57188708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,419:0.68:613
chr7	57233554	rs34820155	G	C	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1115;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GATTAACATTGGTTAAGTCCA;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=83;WE=57233562;WS=57233544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,149:0.61:245
chr7	57245247	rs11763159	A	G	3392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1248;ReadPosRankSum=-0.024;SC=TAGGGTGTGAAGATTGTGGTT;SOR=0.717;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=80;WE=57245255;WS=57245237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,157:0.71:222
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chr7	63032896	.	G	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.228;NF=2;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-1.135;SC=GGCGCCTGGGGCTGGGGCGCG;SOR=0.982;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=6;WE=63032904;WS=63032886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr7	63033167	.	T	TGAGGAG	1260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=5.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQRankSum=-0.152;QD=13.56;ReadPosRankSum=1.512;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr7	63033229	.	T	TACGGCCCCCGGCGCC	3113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.73;QD=53.69;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr7	63033298	.	C	CGCT	3389.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.691;NF=9;NR=22;PP=1177;ReadPosRankSum=0.690;SC=GTCTCCGAGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=31;WE=63033308;WS=63033287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,94:0.42:226
chr7	63033332	rs62473979	G	A	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.059;NF=34;NR=35;PP=1073;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TGCTGCTCTCGGACTCTTCGG;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=69;WE=63033340;WS=63033322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,110:0.43:257
chr7	63033440	rs59639281	G	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.330;NF=16;NR=18;PP=490;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GGTCCCGGTCGGTGGCCTTGG;SOR=0.602;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=34;WE=63033448;WS=63033430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,43:0.39:111
chr7	63033753	rs11296161	GC	G	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.68;MQRankSum=-1.363;QD=10.27;ReadPosRankSum=-2.111;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr7	63529450	.	C	CT	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.944;QD=1.45;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,20:0.22:90
chr7	63529956	rs4349869	G	A	6798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=79;PP=2828;SC=CTTGGAATGCGAGGAGACAGA;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=75;TCR=79;TR=154;WE=63529964;WS=63529946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr7	63537638	rs34875861	CT	C	1034.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=4.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.730;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.829;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,66:0.81:81
chr7	63537849	rs4717170	G	A	14654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=184;PP=2965;SC=TCAGCTACCCGTAGCAAAACC;SOR=0.737;Source=Platypus;TCF=184;WE=63537857;WS=63537839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,556:1.00:556
chr7	63667670	rs117296995	C	A	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=752;ReadPosRankSum=0.437;SC=TGGTTGGAACCGGCTGAAAGT;SOR=0.682;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=47;WE=63667678;WS=63667660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,73:0.57:127
chr7	63673481	rs117854459	A	G	3318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.341;NF=77;NR=55;PP=1762;ReadPosRankSum=1.190;SC=GACTGTTGACATTCAGAGACA;SOR=0.658;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=199;TCF=120;TCR=79;TR=132;WE=63673489;WS=63673471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,162:0.63:259
chr7	63673603	rs113133873	T	G	9807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-3.377;QD=22.49;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,257:0.59:436
chr7	63673608	rs10252019	C	T	9701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-3.999;QD=23.32;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,246:0.59:416
chr7	63679733	rs10270226	A	G	3680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=2.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-1.476;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,170:0.65:262
chr7	63721420	rs17767341	A	G	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.011;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=862;ReadPosRankSum=-0.986;SC=AAGAGTTTCTAAGAAGCCCGA;SOR=0.340;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=53;WE=63721442;WS=63721410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr7	63726370	rs17139320	A	G	5144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=105;NR=67;PP=2493;ReadPosRankSum=1.193;SC=AAAAGTGGACATGACAATTTA;SOR=0.724;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=255;TCF=157;TCR=98;TR=172;WE=63726378;WS=63726360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,248:0.65:384
chr7	63726797	rs61738469	T	C	5410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=91;PP=2737;ReadPosRankSum=1.545;SC=GGAGAATTCATACTGGAGAAA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=108;TCR=134;TR=164;WE=63726805;WS=63726787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,246:0.67:368
chr7	63796822	rs60337982	AT	A	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.747;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,38:0.25:152
chr7	63797256	rs2086168	A	C	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.918;NF=32;NR=21;PP=747;ReadPosRankSum=0.424;SC=TTTTTTTCTAATAAAACAGGT;SOR=0.807;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=53;WE=63797264;WS=63797233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,72:0.40:180
chr7	63981559	rs17852813	T	C	2804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=1.193;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,132:0.63:208
chr7	63981563	rs10243954	A	G	8178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=36.19;SOR=1.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr7	63986829	rs73128772	G	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-2.639;SC=CATCTTTAGGGAGGCCAAGGC;SOR=1.036;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=14;WE=63986837;WS=63986819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr7	64023371	rs6969879	T	C	2059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=987;ReadPosRankSum=1.544;SC=GATAACGGAGTCACAGAGGCT;SOR=0.639;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=228;TCF=95;TCR=133;TR=79;WE=64023379;WS=64023361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,118:0.33:359
chr7	64023437	rs6965883	A	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.779;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=33;PP=621;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GAGCTCCCGCAGCAGCTAGAG;SOR=1.070;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=122;TCF=38;TCR=84;TR=45;WE=64023445;WS=64023427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,62:0.35:179
chr7	64152353	rs4718101	A	G	11283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.560;NF=129;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=0.986;SC=GTGAGAGTGAAAGTGAATACA;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=422;TCF=202;TCR=220;TR=275;WE=64152361;WS=64152343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,530:0.67:787
chr7	64166642	rs35661712	T	TG	2068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=9;PP=1536;SC=AGATTAGATTTTAAAGTACAT;SOR=2.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=38;WE=64166650;WS=64166638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	64169019	rs4717205	G	A	7504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=94;PP=2965;SC=ACAAATGTGAGTATGGCAAAA;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=64;TCR=94;TR=158;WE=64169027;WS=64169009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr7	64169061	rs4717206	G	A	6152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=91;PP=2853;SC=ACTACACATAGGAAAATTCAT;SOR=1.011;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=49;TCR=91;TR=137;WE=64169069;WS=64169051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr7	64254791	rs10949938	G	T	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=38;PP=1744;ReadPosRankSum=1.481;SC=TCTTCCGGGAGGCGGCGGGGT;SOR=0.661;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=103;TCR=57;TR=108;WE=64254799;WS=64254781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,128:0.66:195
chr7	64254901	rs11983033	T	C	8553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.613;SC=ATCTGGTTATTGGGAGATTCA;SOR=0.600;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=369;TCF=199;TCR=170;TR=242;WE=64254909;WS=64254891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,404:0.65:617
chr7	64275284	rs7809431	C	T	12274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=198;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=4.024;SC=TTTGTGTGTGCGTGTTTTTCA;SOR=0.555;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=361;TCF=209;TCR=152;TR=343;WE=64275292;WS=64275276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:18,493:0.96:511
chr7	64275470	.	A	AT	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.643;QD=1.71;ReadPosRankSum=1.257;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,63:0.24:262
chr7	64275548	rs10236928	A	G	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=68;PP=2006;SC=CTGTTTTCAAAAGAATCTTTG;SOR=4.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=6;TCR=68;TR=74;WE=64275556;WS=64275538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr7	64276089	rs9654821	A	G	10754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=158;PP=2965;SC=CAAGGAGAAGACCACTCCTTT;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=82;TCR=158;TR=239;WE=64276097;WS=64276079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr7	64291225	rs6460193	G	T	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=11;PP=894;SC=GGATGTGTCAGGTCTGAAATT;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=64291233;WS=64291215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	64291244	rs7787287	T	C	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=751;ReadPosRankSum=-1.138;SC=TTTTTTAGGGTTTTTTTAGTT;SOR=0.722;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=43;WE=64291252;WS=64291234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,54:0.73:74
chr7	64291267	rs6460194	A	T	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=30;PP=1451;SC=TTCTTGTTTCATCTTAATAGT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=83;WE=64291275;WS=64291257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	64291333	rs4483043	T	A	5997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=58;PP=2183;SC=GCATTTACCTTTGATCTCAGT;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=128;WE=64291341;WS=64291323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr7	64291976	rs10949946	G	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,101:0.41:246
chr7	64291991	rs4236203	T	A	5692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=79;PP=2548;SC=CAAGGAGGTTTTAATGGACTT;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=132;WE=64291999;WS=64291981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr7	64312707	rs7804955	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=279;ReadPosRankSum=0.160;SC=TAGTCTTTAATTGAAGCGATG;SOR=1.565;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=16;WE=64312715;WS=64312697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr7	64378806	rs7796966	C	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=35;PP=704;ReadPosRankSum=1.438;SC=TTTGGGAGGCCGAGGCGGGCG;SOR=0.704;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=17;TCR=86;TR=41;WE=64378814;WS=64378796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr7	64389089	rs2017252	A	C	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.470;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=498;ReadPosRankSum=0.686;SC=ACAAATGTGAAGAATGTGGCA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=86;TCR=73;TR=48;WE=64389097;WS=64389079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,90:0.33:271
chr7	64437406	rs4607487	A	G	11620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.98;NF=121;NR=146;PP=2965;SC=GTTTGAGGATAAGTTAAAAGC;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=270;TCF=124;TCR=146;TR=267;WE=64437414;WS=64437396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr7	64437648	rs10949955	G	A	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=884;ReadPosRankSum=0.167;SC=GGTCTGTAAGGTTTGAAGATC;SOR=0.689;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=53;WE=64437656;WS=64437638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,102:0.68:151
chr7	64438403	rs4718175	G	A	6325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=98;PP=2965;SC=TGTTTAGTAAGGGTTGAGAAA;SOR=0.800;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=181;TCF=83;TCR=98;TR=179;WE=64438411;WS=64438393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr7	64438667	rs1404453	G	A	15769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.029;NF=177;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.990;SC=GTTGAAGATCGGTTAAAGGCT;SOR=0.245;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=179;TR=351;WE=64438675;WS=64438657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,596:1.00:597
chr7	64439613	rs3807068	T	G	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.638;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=725;ReadPosRankSum=-0.662;SC=TGCGACATTCTTTACATTTAA;SOR=1.195;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=43;WE=64439621;WS=64439603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,48:0.69:70
chr7	64439701	rs3807069	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.437;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=534;ReadPosRankSum=1.622;SC=ATATTTATTACATTGAAATAT;SOR=1.110;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=35;WE=64439709;WS=64439691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr7	64439938	rs1852016	C	T	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=23;PP=567;SC=AAGTAACAAACTACTTCACTT;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=64439946;WS=64439928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	64451558	rs11771269	G	A	3853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,174:0.73:239
chr7	64451656	rs4718177	G	A	4008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=63;PP=1907;ReadPosRankSum=0.649;SC=TTTCTTTGATGACCTTTCCTT;SOR=0.775;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=180;TCF=84;TCR=96;TR=116;WE=64451664;WS=64451646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,183:0.66:278
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chr7	64453136	rs6460219	G	A	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=48;PP=2002;SC=TTCAAACCAGGTCCCAGGTGA;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=98;WE=64453144;WS=64453126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	64498782	rs34438629	G	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.722;HP=2;HapScore=2;MGOF=94;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=132;ReadPosRankSum=1.260;SC=GCGTGTCGGTGCCGCGGTGGG;SOR=0.395;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=8;WE=64498790;WS=64498776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr7	64535312	rs71533998	C	T	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.37;QD=24.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr7	64535529	rs5001356	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.828;NF=10;NR=12;PP=251;ReadPosRankSum=0.276;SC=TGGGGCCCTCCGCCCTGGCGG;SOR=0.409;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=22;WE=64535537;WS=64535519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr7	64639915	rs368760026	AC	A	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.08;MQRankSum=-4.702;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr7	64639920	rs73699606	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-4.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=4.624;NF=3;NR=49;PP=655;ReadPosRankSum=2.287;SC=CCCTCACCCCCCCCCCCCCCG;SOR=1.031;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=108;TCF=18;TCR=90;TR=52;WE=64639934;WS=64639904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr7	64639926	rs80126668	C	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.62;MQRankSum=-3.856;QD=5.01;ReadPosRankSum=-1.088;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
chr7	64639965	rs113933022	G	A	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=2.286;NF=1;NR=36;PP=914;ReadPosRankSum=2.014;SC=ACAGTATATCGGGCAGCACAG;SOR=4.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=37;WE=64639973;WS=64639955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr7	64670116	rs141830477	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.316;NF=23;NR=13;PP=505;ReadPosRankSum=1.682;SC=AATTATTTTACGTTTCTTTTC;SOR=0.713;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=36;WE=64670124;WS=64670106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
chr7	64852790	.	TTG	T	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=1.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=2.981;QD=1.06;ReadPosRankSum=-2.084;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:350,53:0.13:403
chr7	65084152	rs6978207	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.940;NF=0;NR=15;PP=276;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TCTATATGGACAATGATGAAT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=15;WE=65084160;WS=65084142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr7	65150819	rs191717442	C	G	2114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=57;PP=1682;SC=ATCCCTCACCCCCCCCCCCGT;SOR=2.613;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=82;WE=65150832;WS=65150809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	65157864	rs2671990	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQRankSum=1.079;QD=1.61;ReadPosRankSum=-2.204;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,15:0.19:78
chr7	65220463	rs4718275	T	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.00;MQRankSum=1.435;QD=9.76;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr7	65220697	rs4718276	G	A	5003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=65;PP=2443;SC=TCCAAGAATTGTCTGAACTTT;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=66;TCR=65;TR=131;WE=65220705;WS=65220687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr7	65229721	rs6966573	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.725;NF=4;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=0.913;SC=CTGGGGAGGTCGCTCTCGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=15;WE=65229729;WS=65229711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr7	65338241	.	CGGTGGT	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQRankSum=-6.435;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr7	65338259	.	CGGAGG	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-7.582;QD=0.93;ReadPosRankSum=-1.950;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,6:0.10:59
chr7	65338265	.	CG	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.06;MQRankSum=-7.582;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,6:0.10:59
chr7	65338284	.	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.616;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=10.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-7.892;QD=0.53;ReadPosRankSum=-1.898;SOR=2.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,3:0.05:64
chr7	65425894	rs9530	A	G	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=724;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TCAAGTAAACAGGCTGTTTTC;SOR=1.025;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=52;WE=65425902;WS=65425884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,81:0.73:111
chr7	65426054	.	CA	C	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.766;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr7	65439879	rs781143	G	C	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=517;ReadPosRankSum=-0.815;SC=AAGCAGCCCCGACAAGGACCC;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=34;WE=65439887;WS=65439869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr7	65440835	rs112120049	CA	C	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=4.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.983;QD=4.96;ReadPosRankSum=-0.660;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,39:0.53:73
chr7	65444359	rs139791587	T	TGA	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TGGGCCCCGCTGAGAGGATCC;SOR=0.293;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=4;WE=65444367;WS=65444349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr7	65541185	rs1183245	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=332;ReadPosRankSum=-1.182;SC=CTCCAGGAAGCAATTTTGAAA;SOR=0.675;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=33;WE=65541193;WS=65541175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,47:0.25:189
chr7	65541307	rs1144895	C	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GGCAAACCCACCAACCCACAC;SOR=0.387;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=10;WE=65541315;WS=65541297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
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chr7	65552230	rs60878697	CGT	C	882.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.016;NF=9;NR=17;PP=625;ReadPosRankSum=0.947;SC=TGTGTGCGTTCGTGTGTGTGT;SOR=0.743;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=26;WE=65552243;WS=65552220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,48:0.56:86
chr7	65552497	rs313829	A	G	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=234;ReadPosRankSum=0.321;SC=TTCATTGCCTATGGGCACTGA;SOR=0.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=21;WE=65552505;WS=65552487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,25:0.30:83
chr7	65552614	rs313828	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=298;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CCCCCAGCTGTTGCCCCACCC;SOR=0.906;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=21;WE=65552622;WS=65552604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
chr7	65554352	rs160647	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=2.904;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,29:0.30:96
chr7	65554385	rs2460432	C	T	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=-0.599;SC=CACACTCAGGCAGGGCCCCAC;SOR=0.919;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=16;WE=65554393;WS=65554375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr7	65556936	rs1167406	G	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=352;ReadPosRankSum=1.735;SC=TCCTGGGCCTGGCAGCTTCAG;SOR=0.953;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=33;WE=65556944;WS=65556926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,43:0.29:147
chr7	65599246	rs5884583	CT	C	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.844;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr7	65599446	rs6958484	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr7	65751460	rs4291144	T	A	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
chr7	65817333	rs709595	G	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.104;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=226;ReadPosRankSum=-0.784;SC=TTCCCTCAGTGCTGCCCACTG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=11;WE=65817341;WS=65817323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr7	65824768	rs111696430	C	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.334;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=536;ReadPosRankSum=0.948;SC=TCTGCAGGAACCTCCCCAACC;SOR=0.125;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=36;WE=65824776;WS=65824758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr7	65841981	.	A	G	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=31;QD=21.9237375157;SC=GGCCTAGAGAAGCCTTCGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=3;WE=65841989;WS=65841971;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr7	65842128	rs11769079	G	A	85.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CGTGAGGCAGGCGGAAACGTG;SOR=1.447;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=65842136;WS=65842118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr7	65842221	rs11765965	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.931;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr7	65842543	rs112115083	C	CAT	6509.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.081;NF=12;NR=45;PP=2966;ReadPosRankSum=0.918;SC=ATCCAACACACGTGCTGTTCC;SOR=0.651;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=93;TCF=17;TCR=76;TR=57;WE=65842553;WS=65842533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,164:0.66:250
chr7	65842545	rs3815685	T	C	6518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.036;NF=42;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=1.204;SC=CCAACACACGTGCTGTTCCTG;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=138;TCF=65;TCR=73;TR=86;WE=65842553;WS=65842533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,159:0.65:243
chr7	66094008	rs35526611	C	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.33;ReadPosRankSum=1.690;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr7	66098482	rs3764903	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=280;ReadPosRankSum=1.013;SC=GGTGATTAGCGTAGGCTTGAG;SOR=0.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=28;WE=66098490;WS=66098472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,51:0.34:148
chr7	66147057	rs1882655	T	C	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	66147101	rs2420827	G	A	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.04;ReadPosRankSum=2.257;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr7	66147110	rs3800823	C	A	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.18;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr7	66147149	rs3800822	A	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=21;PP=647;SC=GGACTGGGGAACCCAGACCTG;SOR=0.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=66147157;WS=66147139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	66147178	rs3800820	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=182;ReadPosRankSum=3.994;SC=CGTGGGCGAGCGGTGACCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=14;WE=66147186;WS=66147168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr7	66147656	rs2003301	G	C	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=453;ReadPosRankSum=0.513;SC=AACGCGCCGGGATGGGACGCT;SOR=0.581;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=35;WE=66147664;WS=66147646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,70:0.40:174
chr7	66147697	rs5884599	A	AG	3125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.25;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	66147746	rs2003300	C	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=-1.559;SC=AGAAGCGTCCCGGAGTTGGGA;SOR=0.798;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=12;WE=66147754;WS=66147736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr7	66261884	.	G	GT	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=27;QD=13.0;SC=CAGCTGGTAAGTTTTTTTTTT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=66261892;WS=66261874;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr7	66273850	rs77283486	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=0.274;SC=TAATATGACTGTATTAACGTC;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=21;WE=66273858;WS=66273840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr7	66413694	rs145349557	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=209;ReadPosRankSum=-1.945;SC=AAGTGTACCCGGCACCTGATG;SOR=1.127;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=15;WE=66413702;WS=66413684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
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chr7	66648157	rs4145350	C	T	4582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.369;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.100;NF=69;NR=59;PP=1890;ReadPosRankSum=0.024;SC=AAGCATGGAACGTGGACGAGC;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=227;TCF=121;TCR=106;TR=128;WE=66648165;WS=66648147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,221:0.57:388
chr7	66648199	rs55756354	G	A	4972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=2.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQRankSum=-2.182;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,236:0.64:368
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chr7	66660078	rs56035776	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.676;NF=28;NR=8;PP=638;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CTCAAGAAGGTTTTCCGGCTC;SOR=0.770;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=36;WE=66660086;WS=66660068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr7	66660242	rs2949097	A	G	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=2.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQRankSum=-13.195;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.953;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,42:0.22:189
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chr7	66660360	rs34574768	C	T	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQRankSum=-7.303;QD=9.84;ReadPosRankSum=2.415;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,61:0.47:129
chr7	66660377	rs35290283	C	A	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.663;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.626;NF=25;NR=34;PP=819;ReadPosRankSum=1.342;SC=GCTGTTCTTTCCTTCTCTTCT;SOR=0.441;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=59;WE=66660385;WS=66660367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,54:0.54:100
chr7	66703238	rs201456718	A	AT	719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.33;MQRankSum=-0.487;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.316;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr7	66703328	rs139935023	G	A	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.96;MQRankSum=-0.908;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,125:0.60:209
chr7	66762050	rs10245535	A	T	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.48;MQRankSum=-1.001;QD=15.80;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,130:0.73:179
chr7	66773745	rs7791853	G	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.859;NF=6;NR=30;PP=672;ReadPosRankSum=0.305;SC=TTAGAAGGTGGAGTTCAGTCT;SOR=1.035;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=36;WE=66773753;WS=66773735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr7	66774157	rs2041575	T	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=1.088;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr7	66774604	rs1045513	G	C	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.446;NF=46;NR=44;PP=1440;ReadPosRankSum=0.015;SC=GAGTCTGCACGAAGATATCAA;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=90;WE=66774612;WS=66774594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,157:0.64:245
chr7	66785029	rs2537522	G	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-3.087;NF=22;NR=13;PP=491;ReadPosRankSum=0.161;SC=CGGGTTCTTAGAATAGCAATG;SOR=0.843;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=35;WE=66785037;WS=66785019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr7	66785137	rs9443	C	A	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-3.430;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.699;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,110:0.62:176
chr7	70229595	rs1983487	T	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=266;SC=GAAAGTGTGCTCGTACAGGGA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=70229603;WS=70229585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	70238858	rs55838430	G	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.895;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=390;ReadPosRankSum=0.128;SC=CCTTGAGAAAGAGCATGTGTG;SOR=0.379;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=21;WE=70238866;WS=70238848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr7	70252185	rs2293500	A	G	12628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=163;NR=108;PP=2965;SC=TCTCCACTTCACCATTTCAGC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=164;TCR=111;TR=271;WE=70252193;WS=70252175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr7	70254674	rs941346	G	T	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=27;PP=1043;ReadPosRankSum=1.196;SC=GCAGCCCCTGGCCCGGCCGAC;SOR=0.659;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=122;TCF=82;TCR=40;TR=77;WE=70254682;WS=70254664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,104:0.62:167
chr7	70597675	rs6957446	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=286;ReadPosRankSum=-2.505;SC=GAGCAGGGGCTTGGATCCCTG;SOR=0.560;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=17;WE=70597683;WS=70597665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr7	70598059	rs2903458	A	G	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=20;PP=679;SC=CCGGGGCTCGACGCGGGCGGG;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=70598067;WS=70598049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr7	70886107	rs11455716	G	GC	2107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=42;PP=1828;SC=TGGCTGGTGAGCCTGGCGGCC;SOR=2.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=1;TCR=48;TR=43;WE=70886115;WS=70886097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr7	71571436	rs10950296	G	C	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.93;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr7	72081634	rs200419457	T	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=5.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-9.484;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.143;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,54:0.17:311
chr7	72081774	rs3015854	A	G	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=3.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-21.064;QD=0.87;ReadPosRankSum=-5.442;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:418,73:0.15:491
chr7	72093957	rs28535321	A	G	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.821;NF=43;NR=54;PP=1493;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TTTCACGAGCATCAGTCTGTA;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=74;TCR=89;TR=97;WE=72093965;WS=72093947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,93:0.50:187
chr7	72094075	rs2298399	C	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.845;NF=11;NR=29;PP=623;ReadPosRankSum=-1.317;SC=CCCAGAGAACCCAGGGCAGGC;SOR=0.489;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=40;WE=72094083;WS=72094065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,48:0.62:77
chr7	72193854	rs181240185	G	T	8185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-2.803;QD=24.44;ReadPosRankSum=-1.717;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,217:0.65:335
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chr7	72193868	rs2960999	G	A	9079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=2.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-2.387;QD=26.24;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,228:0.66:346
chr7	72209527	rs11354897	CA	C	11801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.411;NF=27;NR=119;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.833;SC=CGATGGCTCTCAATTCCATAG;SOR=0.740;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=228;TCF=41;TCR=187;TR=146;WE=72209535;WS=72209517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,368:0.63:580
chr7	72267637	rs200906243	C	CT	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.073;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.078;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr7	72277630	rs67852668	C	A	4222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=50;PP=1966;ReadPosRankSum=0.502;SC=GGGGGAAAGCCTCAAGAGATG;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=108;TCR=71;TR=125;WE=72277638;WS=72277620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,192:0.67:285
chr7	72277981	rs2286317	T	C	3965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-8.519;NF=47;NR=79;PP=1600;ReadPosRankSum=0.911;SC=GCTAAAAGCATGGTTCTCTAA;SOR=0.918;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=170;TCF=67;TCR=103;TR=126;WE=72277989;WS=72277971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,190:0.71:266
chr7	72280978	rs11281952	G	GTGTGTT	3829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.543;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.290;NF=43;NR=16;PP=2982;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GTGTGTGCACGTGTGTGTGTG;SOR=1.312;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=92;TCF=61;TCR=31;TR=59;WE=72281010;WS=72280968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,88:0.65:136
chr7	72281355	rs35534997	C	T	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.337;NF=1;NR=14;PP=247;ReadPosRankSum=0.627;SC=GAACAAAGGGCACCTTCATAA;SOR=1.101;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=15;WE=72281363;WS=72281345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr7	72304470	rs5884895	GT	G	1506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.732;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.204;NF=2;NR=25;PP=847;ReadPosRankSum=-0.190;SC=ACTGATCAAGGTCATAGAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=85;TCF=10;TCR=75;TR=27;WE=72304478;WS=72304460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,55:0.25:221
chr7	72413443	rs62463429	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-3.176;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,35:0.14:242
chr7	72413723	.	T	TCTC	860.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.589;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=74.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-5.531;QD=4.89;ReadPosRankSum=-2.626;SOR=6.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,33:0.19:176
chr7	72416333	rs237934	C	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=605;SC=TCTGAGGCCCCGTGAAGATCA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=72416341;WS=72416323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	72418963	rs7056	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.452;NF=27;NR=24;PP=613;ReadPosRankSum=-0.167;SC=GCCCAGGGTCTTCCACGGAGA;SOR=0.631;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=168;TCF=97;TCR=71;TR=51;WE=72418971;WS=72418953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,55:0.26:212
chr7	72425626	.	G	GTATATATA	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5603;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=23;MQ=53.22;NF=0;NR=6;PP=100;QD=18.1666666667;SC=GTGTATGTGTGTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=72425634;WS=72425616;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,6:0.60:10
chr7	72711867	rs62465076	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.37;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	72711986	rs62465077	G	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.60;QD=41.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	72711991	rs62465078	C	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.41;QD=43.07;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	72712121	rs62465079	T	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.87;QD=25.29;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	72717933	rs11544043	C	T	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.237;NF=38;NR=25;PP=954;ReadPosRankSum=0.480;SC=GGAAAGTGAGCGCGTGGCACA;SOR=0.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=63;WE=72717941;WS=72717923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,78:0.74:106
chr7	72738350	rs55963844	C	CG	3638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=34.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	72738749	rs28626137	A	G	7621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=69;PP=2059;SC=CACTGAAGCCAGTCCTCCAGC;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=45;TCR=69;TR=114;WE=72738771;WS=72738739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr7	72738762	rs6980258	CA	TG	6741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=57;PP=2947;SC=CCTCCAGCTCCAGCAGGCTCA;SOR=1.132;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=89;WE=72738771;WS=72738739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	72750627	rs4717751	G	A	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	72861849	rs2237279	T	C	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=227;SC=GGAGGGAACCTGAATGTAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=72861857;WS=72861839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	72891754	rs2074754	C	T	9905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=125;NR=128;PP=2965;SC=AGGGGATTTCCGACAGCTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=126;TCR=129;TR=253;WE=72891762;WS=72891744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr7	72984780	rs14415	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=0.874;SC=ATGGCAGCAGTGCCATGAGGA;SOR=0.132;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=72984788;WS=72984770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr7	72987354	rs2286276	C	T	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=566;ReadPosRankSum=0.819;SC=CCAACTGTCACTCTCCAAAGA;SOR=0.461;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=34;WE=72987362;WS=72987344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr7	73011060	rs41271232	C	T	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.221;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,70:0.69:101
chr7	73012051	rs73702541	G	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,46:0.63:73
chr7	73019975	rs61010704	A	G	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=584;ReadPosRankSum=-0.509;SC=TTCCTCACACAGACCCTGCCC;SOR=1.059;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=42;WE=73019983;WS=73019965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr7	73020210	rs6967107	C	A	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=54;PP=1557;ReadPosRankSum=2.384;SC=GGCCTTCACCCCTCTCCCCTG;SOR=0.652;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=95;WE=73020218;WS=73020200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,146:0.70:210
chr7	73020301	rs799157	T	C	5296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=66;PP=2243;SC=AGAGAGTGTCTGAGATGTCGG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=65;TCR=67;TR=131;WE=73020309;WS=73020291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr7	73022183	.	C	CTTTTTT	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=-0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr7	73022211	.	G	A	334	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=23;MQ=48.01;NF=2;NR=17;PP=334;QD=19.4090111867;SC=TTGGAGATAGGGTTTCACTCT;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=19;WE=73022219;WS=73022201;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,19:0.68:28
chr7	73084175	rs36067105	A	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=-1.563;SC=TAGGACGAGGAGCAGAAACTT;SOR=0.361;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=5;WE=73084183;WS=73084165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr7	73084309	rs7795181	G	C	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=369;ReadPosRankSum=-2.181;SC=CAAGCCCGGGGCCCTGGCCTG;SOR=0.940;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=27;WE=73084317;WS=73084299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,50:0.29:175
chr7	73096993	rs8891	T	C	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,42:0.65:65
chr7	73097238	rs1569062	G	A	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=513;ReadPosRankSum=-0.342;SC=GTTGTTCCCCGTAGTGGGCCT;SOR=0.906;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=40;WE=73097246;WS=73097228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,63:0.39:163
chr7	73097654	rs1128349	C	T	4576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=76;PP=1951;ReadPosRankSum=-0.965;SC=GTCCTCGCTCCTAGGCCCAGG;SOR=0.705;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=186;TCF=73;TCR=113;TR=123;WE=73097662;WS=73097644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,210:0.68:311
chr7	73101137	rs11769825	A	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=329;ReadPosRankSum=1.270;SC=GTGTCTGGTCATGTCTTCCAG;SOR=0.726;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=30;WE=73101145;WS=73101127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,38:0.29:133
chr7	73105144	rs34951011	GT	G	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=61.19;MQRankSum=1.833;NF=6;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=0.103;SC=GGGAGGAGGGGTTTCTCTTGG;SOR=0.399;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=73105152;WS=73105134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr7	73107003	rs2293490	C	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=420;ReadPosRankSum=0.668;SC=CTGGGTGTGCCGGGGAGTTGG;SOR=0.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=37;WE=73107011;WS=73106993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,60:0.31:194
chr7	73108205	rs2293488	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=117;ReadPosRankSum=0.122;SC=GTTCCTTCTCGTGGGACTGGA;SOR=0.355;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=8;WE=73108213;WS=73108195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr7	73108310	rs2293487	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
chr7	73112057	rs369894399	TG	T	1798.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.716;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,73:0.51:143
chr7	73117420	rs12539475	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=25;PP=399;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GAAGGGGGCCTGAGGCTTCCT;SOR=0.668;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=27;WE=73117428;WS=73117410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr7	73118033	rs35459363	G	A	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=991;ReadPosRankSum=-0.904;SC=GGTCATGGACGTAGGGAACAT;SOR=0.580;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=63;WE=73118041;WS=73118023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,98:0.67:146
chr7	73118196	rs4363087	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=168;ReadPosRankSum=-1.152;SC=CCAGCCCTCTTCGGGGAGTTC;SOR=0.708;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=14;WE=73118204;WS=73118186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr7	73118398	rs7807316	T	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=12;PP=958;SC=GCAGCAGCCTTGAGCCACGCA;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=73118406;WS=73118388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	73122923	rs2228607	A	G	2888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.172;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=27;PP=1173;ReadPosRankSum=-0.156;SC=ACTCACTCTCATCGGGGTTGG;SOR=0.936;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=84;WE=73122931;WS=73122913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,137:0.74:184
chr7	73243786	rs4717822	T	G	6857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=92;PP=2965;SC=CCCAGCATGGTTGGGAAGAGA;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=71;TCR=92;TR=163;WE=73243794;WS=73243776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr7	73245519	rs8629	T	C	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=73;PP=2601;SC=TCAACTCCCGTGGACGCTGAA;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=152;WE=73245527;WS=73245509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr7	73249165	rs13246460	T	A	8340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=108;PP=2965;SC=GGATACCACCTCCAGCTCGGA;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=106;TCR=109;TR=214;WE=73249173;WS=73249155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr7	73249299	rs13232463	G	C	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=47;PP=1411;SC=AAGGTTGGACGAGTTGGTCCT;SOR=1.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=73249307;WS=73249289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	73254462	.	TG	T	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr7	73254812	rs13241921	T	C	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=38;PP=1130;SC=GCCGGGGGCCTGGGCCTGTTC;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=65;WE=73254820;WS=73254802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	73254910	rs13242043	T	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=349;SC=TCAGTCATGGTTCACACCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=73254918;WS=73254900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	73255647	rs4717823	G	C	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=43;PP=1082;SC=AAGCCTGGCTGGGGCTAGCGT;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=73255655;WS=73255637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	73275396	rs4324825	G	A	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=479;SC=GCAGTGGAGCGGCAGGAGCCA;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=73275404;WS=73275386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	73275501	rs11770024	T	C	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=24;PP=1081;SC=TTCTCCCAGCTGGAGTAGGTG;SOR=1.044;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=63;WE=73275509;WS=73275491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	73275565	rs11770052	T	A	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=25.30;SOR=1.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	73275769	rs11767129	C	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=14;PP=479;SC=AACTACAGTGCTGACATTTTC;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=73275777;WS=73275759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	73279233	rs10675041	C	CAA	489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.84;ReadPosRankSum=0.862;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,23:0.88:26
chr7	73279482	rs13227841	T	C	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=50;PP=1958;SC=CCAGGCTCTCTGGGCTGGGCT;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=99;WE=73279490;WS=73279472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	73280020	rs1136647	C	T	8010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr7	73456850	rs13239907	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-0.052;SC=CCTCCAATGTGCTTCCTGAGT;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=73456858;WS=73456847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr7	73467650	rs66498390	CTGTG	C,CTGTGTGTG	486.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.535;NF=1,1;NR=18,18;PP=778,371;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GTGAGCTGGGCTGTGTGTGTG;SOR=1.739;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=19,19;WE=73467663;WS=73467640;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.47,0.47:17
chr7	73470782	rs2856728	C	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;ReadPosRankSum=-1.609;SC=CTTAGTCACACCTGGGGACAT;SOR=0.418;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=17;WE=73470790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr7	73472050	rs28763986	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=268;ReadPosRankSum=-0.600;SC=ACCCCCGCCACTGGCTCACGG;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=20;WE=73472058;WS=73472040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr7	73474693	rs41362346	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=638;ReadPosRankSum=0.937;SC=CCACCACTGCCCTCTGTCTGC;SOR=0.830;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=28;WE=73474701;WS=73474683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,41:0.71:58
chr7	73479946	.	G	GA	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=2.851;QD=1.80;ReadPosRankSum=0.893;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr7	73481028	rs3757587	C	T	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.677;SC=GTTTCCACCCCTACCAACCCA;SOR=0.699;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=309;TCF=167;TCR=142;TR=97;WE=73481036;WS=73481018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,163:0.28:592
chr7	73510891	rs2527839	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=172;ReadPosRankSum=0.715;SC=GCCGAGGCAGGGGCCCAGGTG;SOR=0.875;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=12;WE=73510899;WS=73510881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr7	73530046	rs149618	A	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=17;PP=1048;SC=GGCTGTCTACAGGTTGGCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=73530054;WS=73530036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	73530404	rs2285026	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=399;ReadPosRankSum=1.921;SC=CTTCAGTTACCCTGTGGGTCC;SOR=1.034;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=25;WE=73530412;WS=73530394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,29:0.30:96
chr7	73588949	rs12536906	C	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=2.714;SOR=0.459;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr7	73609315	rs17146094	A	G	2954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=47;PP=1611;ReadPosRankSum=-1.772;SC=AGTTGTCGGCATAGATCCCCA;SOR=0.616;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=142;TCF=72;TCR=70;TR=97;WE=73609323;WS=73609305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,134:0.67:200
chr7	73630155	rs2293757	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.130;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=398;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GTGCAGGAGCGGGGAGGGGAG;SOR=0.293;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=22;WE=73630163;WS=73630145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,28:0.61:46
chr7	73638035	rs112055519	A	G	5115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=53;PP=1768;ReadPosRankSum=0.597;SC=CCCCGTGCCCACTCCTCTCTC;SOR=0.634;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=210;TCF=116;TCR=94;TR=119;WE=73638043;WS=73638025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,247:0.63:392
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chr7	73753250	rs539518	T	C	10984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=116;PP=2965;SC=CCGTGAAGACTGGCAACGAGT;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=90;TCR=116;TR=206;WE=73753258;WS=73753240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr7	73768065	rs504854	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=10;PP=883;SC=CAATCATCCTTAGGTGTCTCT;SOR=1.828;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=40;WE=73768073;WS=73768055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	73787153	.	CCT	C	86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=86;QD=31.3333333333;SC=GATGACGCCTCCTCTCTCTCT;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=3;WE=73787162;WS=73787152;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr7	73800711	rs10156213	C	T	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=8;PP=1047;SC=CCCAGCGAGACGGCTGGAGTG;SOR=2.507;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=49;WE=73800719;WS=73800701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	73803644	rs35415684	T	A	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=209;SC=CCCTTGCTCCTCTTCTTGACA;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=73803652;WS=73803634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	73814749	rs2522943	G	C	12269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CTCATCGACCGGTCCTCGGCG;SOR=0.251;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=287;TCF=136;TCR=151;TR=285;WE=73814757;WS=73814739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,484:1.00:485
chr7	73818316	.	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.814;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=414;ReadPosRankSum=-1.301;SC=TACTCACCGCCGCGGACAATC;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=28;WE=73818324;WS=73818306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,34:0.32:107
chr7	73950361	rs41272924	C	T	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=690;ReadPosRankSum=1.061;SC=CTGGACGTGGCGCCCACAAGG;SOR=0.453;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=124;TCF=92;TCR=32;TR=52;WE=73950369;WS=73950351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,57:0.39:148
chr7	73959331	rs2074665	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=312;ReadPosRankSum=0.412;SC=AGAACCAGGAAGTTCCTGGTC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=17;WE=73959339;WS=73959321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr7	73969541	rs2301895	A	G	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=425;ReadPosRankSum=0.365;SC=AGAGCCCATCATGGATAGTCA;SOR=0.400;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=28;WE=73969549;WS=73969531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr7	73973438	rs141132786	GA	G	1353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=36;PP=1300;ReadPosRankSum=0.008;SC=TTGCACCTGCGAATCCTTAGC;SOR=0.749;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=54;TCF=0;TCR=54;TR=36;WE=73973446;WS=73973428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr7	74016623	rs80354921	A	G	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=6.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=-1.649;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,67:0.32:210
chr7	74119336	.	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CATTCAAGGAGGTTGTGGTTG;SOR=0.446;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=74119344;WS=74119328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	74119475	.	A	AT	587.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.089;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.401;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr7	74167356	rs116428284	A	T	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.12;QD=24.87;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	74193668	rs17295741	G	A	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=39;PP=1312;SC=CGAGTACTGCGGCACGCTCAT;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=77;WE=74193676;WS=74193658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	74197598	.	T	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.83;QD=25.22;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	74524986	rs142604065	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.515;NF=16;NR=45;PP=898;ReadPosRankSum=0.556;SC=TCACTCTGTCGCCCAGGCTGG;SOR=0.522;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=106;TCF=26;TCR=80;TR=61;WE=74524994;WS=74524976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr7	74536839	rs370302219	AT	A	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.60;MQRankSum=-1.375;QD=2.17;ReadPosRankSum=0.171;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr7	74608740	.	CT	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.24;MQRankSum=-7.596;QD=0.30;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,47:0.20:233
chr7	75044385	rs236649	C	T	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=26;PP=1192;SC=GGCCCCTGTGCTCTGCCTGCC;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=75044393;WS=75044375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	75051375	rs398016	T	C	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.260;NF=26;NR=44;PP=822;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GGGTAAGGGCTGGCTTGGCGG;SOR=0.851;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=70;WE=75051383;WS=75051365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,99:0.71:140
chr7	75071783	rs62477662	G	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.40;MQRankSum=-0.358;QD=15.30;ReadPosRankSum=0.571;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr7	75115226	rs55838432	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.00;QD=27.46;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	75185985	rs794368	A	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.71;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	75190751	rs142494022	CCT	C	3002.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.597;NF=1;NR=40;PP=1695;ReadPosRankSum=0.441;SC=TGCTTCTATCCCTCTGTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=41;WE=75190760;WS=75190741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,78:0.67:116
chr7	75210763	rs237239	TG	CA	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.606;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=267;ReadPosRankSum=-0.388;SC=GTCTTAGCCTTGTGGGTATTA;SOR=0.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=75210772;WS=75210753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr7	75216202	rs1167787	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=0.703;SC=CATAACAGTCAAGAGATCTGC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=17;WE=75216210;WS=75216192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr7	75398975	rs117832963	G	A	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=905;ReadPosRankSum=0.844;SC=AGCCAAGAGCGGGGTCCAAGC;SOR=0.636;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=60;WE=75398983;WS=75398965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,78:0.61:128
chr7	75441108	rs11465315	C	T	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.33;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	75441111	rs11465314	G	T	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.37;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	75510561	rs7807392	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=3;PP=541;SC=GTTTACCTGTGAGATCGGATA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=75510569;WS=75510551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	75511134	rs10255642	A	G	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=29;PP=1508;SC=CTCTAACCCGACTCCCTCTGC;SOR=1.105;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=80;WE=75511142;WS=75511124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	75511667	rs77273947	C	T	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=59;PP=1469;SC=TTTTTCGAAACAGAGTCTCTG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=86;WE=75511675;WS=75511657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	75513062	rs42183	A	G	9495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr7	75513216	rs4728517	T	A	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.85;ReadPosRankSum=2.442;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,49:0.88:56
chr7	75544455	rs3823884	A	C	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=23;PP=659;SC=TGTGGGCCTGAGCCCTGCCCA;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=75544463;WS=75544445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	75597545	rs10954724	C	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=11;PP=272;SC=TTCCTCCTGGCGGGGACCTGC;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=75597553;WS=75597535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	75608674	rs10225188	G	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=0.819;SC=GGGCGGCCTGGAGGGCCCCCG;SOR=0.688;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=15;WE=75608682;WS=75608664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr7	75608986	rs10239977	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=96;ReadPosRankSum=0.896;SC=AGGGGGAGGCCGGCAGGGAGT;SOR=0.345;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=11;WE=75608994;WS=75608976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr7	75609677	rs1135612	A	G	4542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=61;PP=2014;ReadPosRankSum=0.624;SC=GCAGCCTGCCAGAGATCGACA;SOR=0.639;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=232;TCF=135;TCR=97;TR=142;WE=75609685;WS=75609667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,224:0.62:360
chr7	75610763	rs2286819	G	A	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=28;PP=1216;SC=GGGTCGGGGCGTGCCTGGCAC;SOR=1.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=70;WE=75610771;WS=75610753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	75612770	rs13223707	C	G	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=16;PP=1745;SC=CAACCAGAAGCGTCCTTGGAG;SOR=2.461;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=62;TCR=16;TR=78;WE=75612791;WS=75612760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	75612783	rs13240147	G	A	4810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=27;PP=2018;SC=CCTTGGAGACGGAGACTCAGA;SOR=1.903;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=98;WE=75612791;WS=75612760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr7	75613998	rs4732514	C	T	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=8;PP=1369;SC=CACCTGTTGCCGCAGAGCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=57;WE=75614006;WS=75613988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	75614029	rs4732515	T	C	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=21;PP=2059;SC=CACCCCCTCCTGCCGCAGCCA;SOR=2.107;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=76;TCR=21;TR=97;WE=75614037;WS=75614019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	75614082	rs4732516	C	G	9068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr7	75614288	rs2286822	C	T	21837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=811;ExcessHet=3.0103;FS=1.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.85;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,566:0.72:784
chr7	75614296	rs2286823	G	A	22405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=862;ExcessHet=3.0103;FS=1.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.83;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,599:0.72:835
chr7	75614863	rs2302431	TG	CT	5278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=26;PP=1557;SC=AGGGCCTCGGTGTGGCGGTGG;SOR=1.258;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=74;WE=75614872;WS=75614853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr7	75614953	rs2228104	T	C	8119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=88;PP=2965;SC=AGACCAAGGCTGGCCGCATCA;SOR=0.827;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=111;TCR=89;TR=199;WE=75614961;WS=75614943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr7	75615287	rs1057870	G	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=447;ReadPosRankSum=-1.170;SC=GCCGCCGCTCGGATGAGGACT;SOR=0.676;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=32;WE=75615295;WS=75615277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,48:0.32:149
chr7	75616778	rs11767816	A	T	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=-1.003;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,67:0.32:211
chr7	75616778	.	AC	TA	1288	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=22;MQ=60.45;NF=23;NR=23;PP=1288;QD=29.1623451057;SC=TACTCAGAAGACCCAGTCCCT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=46;WE=75616787;WS=75616768;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr7	75616779	rs11766464	C	A	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=-1.050;QD=11.13;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,69:0.33:211
chr7	75616817	rs201142190	GGACA	G	7579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=59;PP=2979;SC=CGCAGAGGACGGACAGACAGA;SOR=0.812;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=76;WE=75616828;WS=75616807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	75621661	rs2286826	G	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=461;SC=AGGGCAAACAGGGCCCAGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=75621669;WS=75621651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	75621827	rs4732519	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=20;PP=768;SC=CAATTGTTCTAAAGTTTGGTC;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=42;WE=75621835;WS=75621817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	75621979	rs6467956	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=200;SC=CTGGGAGGGTTTCGCTCAGCG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=75621987;WS=75621969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	75628457	.	A	AAAAT	124	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=8;HapScore=4;MGOF=1;MMLQ=25;MQ=59.75;NF=1;NR=3;PP=124;QD=34.5;SC=CTCCGTCTCAAAAAAAAATAA;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=4;WE=75628469;WS=75628447;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr7	75628461	rs4728538	A	T,AAAT	814.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=26;NF=12;NR=5;PP=286;SC=GTCTCAAAAAAAAATAAATAA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=75628469;WS=75628447;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.50:22
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chr7	75630274	rs8565	T	C	6105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
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chr7	75634687	rs1044484	G	A	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=868;ReadPosRankSum=-0.350;SC=TCCCTGGCACGATTTCAATGG;SOR=0.633;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=63;WE=75634695;WS=75634677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,117:0.57:205
chr7	75643313	rs7798794	C	T	1676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=31;PP=918;SC=TATTTATTTTCTGAGACAGAG;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=75643321;WS=75643303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	75658197	rs13240967	C	T	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=65;PP=1893;SC=AACCCCAGCACTTTGGAAGGC;SOR=2.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=83;WE=75658205;WS=75658187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	75659815	rs1044483	T	C	5860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=104;PP=2665;SC=AAAGCTCTGTTGGTTCACATA;SOR=1.438;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=43;TCR=104;TR=147;WE=75659823;WS=75659805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr7	75677430	rs10231092	C	G	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=42;PP=1516;SC=AGTCACTTCCCCGTCACCAGC;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=75677438;WS=75677420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr7	75694345	rs3214335	TC	T	1740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=32;PP=1264;SC=TCAGGAGCTCTCCCTGGCCCT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=32;WE=75694353;WS=75694335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	75806299	rs12538908	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.325;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.940;NF=16;NR=3;PP=250;ReadPosRankSum=0.522;SC=TCAAGGTGCCATACTCCAAGT;SOR=2.277;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=19;WE=75806307;WS=75806289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr7	75889572	rs141486193	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.63;ReadPosRankSum=1.697;SOR=1.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr7	75912536	rs3839766	TG	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr7	75914934	rs75544239	G	GC	3718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=26;PP=2230;SC=TCCCGGCAGCGCCGCAAGCGT;SOR=1.300;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=52;WE=75914942;WS=75914924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	76023029	rs10261314	T	C	3079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1361;ReadPosRankSum=2.995;SC=GTCGCAGCCGTCCACCTGCGG;SOR=0.654;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=84;WE=76023037;WS=76023019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,136:0.70:195
chr7	76023084	rs62476799	C	T	3133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1165;ReadPosRankSum=-0.702;SC=GGGCTGCCGGCTCCCGGCAGA;SOR=0.677;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=88;WE=76023096;WS=76023074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,159:0.70:226
chr7	76023088	rs140509712	C	CG	9540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=70;PP=2970;SC=TGCCGGCTCCCGGCAGAGCCC;SOR=0.931;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=99;TCF=27;TCR=72;TR=97;WE=76023096;WS=76023074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr7	76023131	rs35508921	A	AG	9840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=76;PP=2879;SC=CCGCAGACCCAGGCACCGCCA;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=22;TCR=76;TR=98;WE=76023141;WS=76023121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr7	76024633	rs138570741	T	C	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=745;ReadPosRankSum=-0.436;SC=GCTGTGAGCGTTGGGGGACCC;SOR=0.551;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=48;WE=76024641;WS=76024623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,74:0.70:106
chr7	76027235	rs6963070	T	C	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=732;ReadPosRankSum=0.854;SC=TGTCCCAGGATCTACAACCCT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=38;WE=76027243;WS=76027225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr7	76029695	rs4728712	C	T	6356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=101;PP=2819;ReadPosRankSum=-3.063;SC=TTCCTGCCCGCGGCACTCCAC;SOR=0.566;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=334;TCF=158;TCR=176;TR=199;WE=76029703;WS=76029685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,299:0.63:477
chr7	76033906	rs11760779	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=0.141;SC=CCCAGGGGTTTGAGATCAGCC;SOR=0.892;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=9;WE=76033914;WS=76033896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr7	76058767	rs6465128	G	T	3661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=45;PP=1848;ReadPosRankSum=-1.114;SC=TGAGCACTCAGGTATGGCTTG;SOR=0.864;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=184;TCF=113;TCR=71;TR=121;WE=76058775;WS=76058757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,169:0.65:262
chr7	76062441	.	T	TTTGGTTTTGG	965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.29;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	76069486	rs80209248	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.69;MQRankSum=-2.420;QD=11.14;ReadPosRankSum=-1.418;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr7	76069811	rs2906999	T	C	3452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.408;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.925;NF=66;NR=64;PP=2056;ReadPosRankSum=-0.214;SC=AGTGGAAGGCTCGGCTGACAT;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=234;TCF=118;TCR=116;TR=130;WE=76069819;WS=76069801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,163:0.52:315
chr7	76111835	rs4236506	G	A	2404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.502;NF=36;NR=26;PP=1115;ReadPosRankSum=1.358;SC=GCACCATGCGGGCTGTGCGGA;SOR=0.556;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=62;WE=76111843;WS=76111825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,106:0.69:153
chr7	76112060	rs1638074	C	T	5815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.416;NF=91;NR=87;PP=2953;ReadPosRankSum=-0.394;SC=CTTCCAGCTTCTGCCGCAGCG;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=121;TCR=111;TR=178;WE=76112068;WS=76112050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,262:0.70:372
chr7	76126681	rs150299899	T	C	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.95;MQRankSum=-2.642;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.015;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,75:0.37:205
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chr7	76129364	rs78474289	G	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.96;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr7	76131586	rs2690683	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.939;NF=13;NR=2;PP=216;ReadPosRankSum=0.487;SC=CACTGTTGGCGAGCATGACCC;SOR=0.743;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=15;WE=76131594;WS=76131576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr7	76131645	rs6979487	A	G	3113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.46;QD=32.44;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	76131645	.	ACAGCG	GCAGCA,GCAGCG	652	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=21;MQ=51.71;NF=12,36;NR=11,28;PP=289,652;QD=14.8899076027;SC=GAAGCTGTCCACAGCGTCTGG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=23,64;WE=76131658;WS=76131635;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.35:65
chr7	76131650	rs6958774	G	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQRankSum=-0.165;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,38:0.35:109
chr7	76131695	rs4728775	A	G	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=39;PP=1415;SC=TCGGGTCCCTAGCTGTGGGCC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=76131703;WS=76131685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	76131812	rs6963784	C	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=0.664;SC=GGTGGCCCGCCCCCACAGTCC;SOR=0.320;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=6;WE=76131820;WS=76131802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr7	76132898	rs17855260	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-9.007;NF=13;NR=18;PP=429;ReadPosRankSum=-1.757;SC=TTCCCCATGGTATCCAGGTGA;SOR=0.921;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=31;WE=76132906;WS=76132888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,28:0.24:117
chr7	76132962	rs2690526	A	G	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=30;PP=841;SC=CCCCGCCCACATCCCAGCAGT;SOR=1.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=43;WE=76132970;WS=76132952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	76134673	rs73140090	C	G	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=2.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,85:0.32:265
chr7	76135134	rs7398	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,44:0.25:174
chr7	76140449	rs145740550	C	T	336.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.75;MQRankSum=-0.717;QD=24.06;ReadPosRankSum=-0.203;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr7	76140451	rs140660810	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.75;MQRankSum=0.498;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	76141300	rs138814406	T	TC	91	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.51;QD=22.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	76142536	rs2286988	G	A	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,63:0.27:232
chr7	76144228	rs7455241	A	G	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=1.891;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr7	76144455	rs1799125	A	C	18121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=3.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=711;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=153;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=0.353;SC=TCCCACCCAGAGAGGCCGCCA;SOR=0.794;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=337;TCF=155;TCR=182;TR=335;WE=76144463;WS=76144445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,708:1.00:710
chr7	76144483	rs1636632	A	G	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=59;PP=1295;ReadPosRankSum=-0.213;SC=GGTGGGCTGCAAGCCTGGCCT;SOR=0.661;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=301;TCF=123;TCR=178;TR=104;WE=76144491;WS=76144473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:372,156:0.30:528
chr7	76144560	rs1799126	T	C	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=88;PP=2046;SC=GATGGGGCGCTGGGAGTGAGT;SOR=2.419;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=25;TCR=88;TR=113;WE=76144568;WS=76144550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr7	76239480	rs200882024	C	A	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.61;MQRankSum=-5.884;QD=15.12;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,75:0.68:110
chr7	76239503	rs140446540	G	GC	1914.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.18;MQRankSum=-6.098;QD=12.12;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,94:0.59:158
chr7	76239703	rs150952334	T	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.412;NF=5;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=0.537;SC=TGTGATGGCTTATGCCTGTAA;SOR=0.667;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=17;WE=76239711;WS=76239693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr7	76240677	rs1799211	T	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.395;NF=14;NR=0;PP=291;ReadPosRankSum=-0.336;SC=TTTTAATGGATGACAAGGGAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=14;WE=76240685;WS=76240667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr7	76240785	rs71819724	CA	C	3830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.756;NF=27;NR=30;PP=2177;ReadPosRankSum=0.133;SC=CCTGCGGTTACAGGGAAGCAG;SOR=0.743;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=57;WE=76240793;WS=76240775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,111:0.61:183
chr7	76240888	rs1134609	A	G	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.882;NF=67;NR=61;PP=1942;ReadPosRankSum=-0.062;SC=GATGTCAGCCAGGCCTTCCAC;SOR=0.630;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=202;TCF=109;TCR=93;TR=128;WE=76240896;WS=76240878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,133:0.48:277
chr7	76255019	rs56046726	T	C	5982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.687;NF=72;NR=119;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.440;SC=AAAGACAGGATTCTAGCAGTA;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=281;TCF=107;TCR=174;TR=191;WE=76255027;WS=76255009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,272:0.67:409
chr7	76255061	rs41278779	T	C	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.206;NF=26;NR=64;PP=1253;ReadPosRankSum=-1.335;SC=ATATCAGAAATGGAAATCAGA;SOR=1.101;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=143;TCF=44;TCR=99;TR=90;WE=76255069;WS=76255051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,85:0.57:149
chr7	76255084	rs1754228	A	G	1695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.236;NF=8;NR=45;PP=1019;ReadPosRankSum=-2.160;SC=CTAACCAACAAGCCAAAGTAT;SOR=1.601;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=53;WE=76255092;WS=76255074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
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chr7	76255452	rs62476699	G	A	4884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-10.260;NF=83;NR=76;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.435;SC=AAGTACCCCCGGACAGGAATA;SOR=0.718;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=236;TCF=124;TCR=112;TR=159;WE=76255460;WS=76255430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,230:0.64:360
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chr7	76610095	rs62473742	C	T	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.168;NF=27;NR=25;PP=694;ReadPosRankSum=-2.059;SC=GCAACCAGCTCGTGGACTTGG;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=79;TCR=75;TR=52;WE=76610103;WS=76610085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,81:0.35:234
chr7	76610299	rs62473743	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.243;NF=29;NR=27;PP=698;ReadPosRankSum=0.588;SC=CTGGCCCTGTATCAGGCCGCT;SOR=0.523;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=193;TCF=107;TCR=86;TR=56;WE=76610307;WS=76610289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,50:0.31:163
chr7	76610407	rs62473744	A	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQRankSum=-7.614;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,43:0.22:197
chr7	76610621	rs6956966	T	C	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.106;NF=2;NR=9;PP=132;ReadPosRankSum=-0.795;SC=CCTGTGTTTCTGCTCTTAGCT;SOR=1.284;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=11;WE=76610629;WS=76610611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr7	76619625	rs202046470	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.28;MQRankSum=-0.212;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
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chr7	76624959	rs55895615	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.74;MQRankSum=-1.498;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.917;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,29:0.33:89
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chr7	76632736	rs3748126	C	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=1.864;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.990;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,56:0.33:170
chr7	76633640	rs79277119	C	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.85;MQRankSum=-2.630;QD=0.79;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
chr7	76634237	rs377009367	G	A	99.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.50;MQRankSum=-0.366;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr7	76634269	rs77501390	G	A	221.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.24;QD=36.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	76634274	rs67390349	CTGCTGT	C	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.24;QD=35.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	76635003	rs76696965	A	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=6.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-1.809;QD=19.64;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr7	76635006	rs200111237	C	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=4.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.27;MQRankSum=-2.021;QD=19.18;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr7	76635139	rs62474189	C	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQRankSum=-1.282;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr7	76635139	.	CG	TA	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=24;MQ=43.55;NF=0;NR=2;PP=44;QD=48.7339374311;SC=GTGCTTGGGGCGGACGCATTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=2;WE=76635148;WS=76635129;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr7	76635140	rs62474190	G	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQRankSum=-1.282;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr7	76723361	rs202136286	A	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=11.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQRankSum=-3.109;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.845;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,6:0.15:39
chr7	76742649	rs142960161	A	G	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.94;QD=25.39;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	76751068	rs71555938	G	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.53;ReadPosRankSum=-0.282;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr7	76751252	rs3864642	C	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=2.807;NF=10;NR=11;PP=430;ReadPosRankSum=-0.673;SC=CAGAGTTCGGCGCGCCGGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=76751260;WS=76751242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,32:0.94:34
chr7	76751543	rs4412304	G	A	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.40;QD=25.50;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr7	76751658	rs6962194	C	A	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=63;PP=1596;SC=CTGACCTGGACCCCTTGCCTA;SOR=1.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=85;WE=76751666;WS=76751648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	76796958	rs28431858	T	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=29.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQRankSum=-7.379;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=4.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,20:0.11:180
chr7	76883685	rs3114318	T	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=6;PP=315;SC=TCAGGAAAGGTGTCATAAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=76883693;WS=76883675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	76883717	rs2056709	C	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=495;SC=GTTGCCTGGCCGACAAGCATG;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=76883725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	76883989	rs3114319	C	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=189;SC=ATTTTAAAGACTCTAAAGTCT;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=76883997;WS=76883979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr7	76908199	rs3828947	A	C	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=304;ReadPosRankSum=-0.556;SC=AGGTGAGGGGAAAAAAACCTG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=20;WE=76908207;WS=76908189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,42:0.55:76
chr7	76908488	rs11976501	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
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chr7	76911827	rs11769500	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=145;ReadPosRankSum=0.375;SC=CTAGTAAAACGGTGGTCTCAA;SOR=0.693;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=76911835;WS=76911817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr7	76916046	rs6949008	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=6.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr7	76916819	rs3763402	G	A	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=262;ReadPosRankSum=1.479;SC=TCTATGAGCAGGTCTCCAGGC;SOR=0.643;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=21;WE=76916827;WS=76916809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr7	76922490	rs17151219	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=5.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.515;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,53:0.25:210
chr7	76922547	rs17151224	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,29:0.25:117
chr7	76922575	rs113826533	GCAA	G	3415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=39;PP=1874;SC=TTGCATTCAGGCAACCCACAG;SOR=1.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=40;WE=76922590;WS=76922565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	76922581	rs55803623	C	G	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.05;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	76922581	.	CA	GT	2171	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=13;NR=39;PP=2171;QD=42.7782283627;SC=TCAGGCAACCCACAGTTATCC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=52;WE=76922590;WS=76922565;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr7	76922582	rs59657581	A	T	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.65;SOR=1.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	76924216	rs1133045	A	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.422;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=65;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CTCAAGGAAAAGACTTCAACC;SOR=2.872;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=6;WE=76924224;WS=76924206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr7	76940613	rs1139802	A	G	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.603;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=1132;ReadPosRankSum=1.447;SC=AGAATTCTCAAAGGAGTAAGG;SOR=0.788;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=57;WE=76940621;WS=76940603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,89:0.57:157
chr7	76941289	rs17805805	A	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=758;ReadPosRankSum=0.673;SC=GTGTAAGCTGATTCTCCACAA;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=60;WE=76941297;WS=76941279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,79:0.33:237
chr7	76941547	rs35791980	C	A	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=49;PP=1481;SC=AAAAATGTAGCGAATACCACA;SOR=1.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=66;WE=76941557;WS=76941537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	76941549	rs148017002	A	AAT	3653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=43;PP=2074;SC=AAATGTAGCGAATACCACACA;SOR=1.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=44;WE=76941557;WS=76941537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	76942644	rs7790123	A	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=0.156;SC=GGAAACAGCTAACAGAGGGCT;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=4;WE=76942652;WS=76942634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr7	76950065	.	CTGTT	C	4777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.044;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.948;NF=15;NR=40;PP=2561;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TAAAAACAAACTGTTTGTAGC;SOR=0.541;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=55;WE=76950076;WS=76950055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,121:0.70:174
chr7	76950590	rs17151683	T	C	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=675;ReadPosRankSum=-0.101;SC=AGGGTTTTGCTACAACAGAGT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=43;WE=76950598;WS=76950580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,63:0.60:105
chr7	76950699	rs17151692	C	T	2342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,115:0.67:172
chr7	76952866	rs12155404	T	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.29;ReadPosRankSum=0.592;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr7	76956000	rs11980285	A	G	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=24;PP=647;SC=GTAGTTCAGTAGCCTTGGGAG;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=76956008;WS=76955990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	76957751	rs112281656	A	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=119;ReadPosRankSum=0.707;SC=TGGTGCCTAGACAGACATGGG;SOR=1.009;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=10;WE=76957759;WS=76957741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr7	76958557	rs11520975	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=233;SC=TATGCAACAAAAGTAAACTAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=76958565;WS=76958547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	76958730	rs10274222	A	G	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	76982109	rs10714796	AC	A	1729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.823;NF=20;NR=13;PP=1270;ReadPosRankSum=2.001;SC=ATTTGCTATTACTTTTCTGCC;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=33;WE=76982127;WS=76982099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,51:0.76:67
chr7	76982480	rs4729347	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=1.463;SC=CGGTAACCATCATGATTTTAT;SOR=2.517;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=9;WE=76982488;WS=76982470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
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chr7	76984449	rs2037752	C	A	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=455;ReadPosRankSum=-0.187;SC=ATAAAAATAACTCCTGACCAT;SOR=0.638;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=33;WE=76984457;WS=76984439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
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chr7	77261820	rs12666778	T	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=1.924;SC=TTTTAATCTATTAGCTATTGT;SOR=1.230;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=20;WE=77261828;WS=77261810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
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chr7	77365770	rs3764824	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.40;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
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chr7	77423574	rs7953	G	A	6280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=92;PP=2697;ReadPosRankSum=1.252;SC=AGACTGGAATGAATATGAGGA;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=290;TCF=136;TCR=154;TR=171;WE=77423582;WS=77423564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,291:0.63:463
chr7	77469472	rs117427153	T	C	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=1.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,66:0.32:204
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chr7	77523521	rs10267180	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=-0.038;SC=ATGTAATCATATCTCTTATGC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=14;WE=77523529;WS=77523511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr7	77531113	rs78163487	T	C	3020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=803;ReadPosRankSum=-1.763;SC=CTGAAAGTCCTTGGACTTCTC;SOR=0.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=58;WE=77531121;WS=77531103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,147:0.60:245
chr7	77539744	rs711309	G	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=581;ReadPosRankSum=1.686;SC=TTTATTTAAGGTTTTATATGG;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=42;WE=77539752;WS=77539734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,64:0.43:148
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chr7	77552127	rs848486	G	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=477;SC=GTATACATACGTATCTATTTT;SOR=2.546;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=77552135;WS=77552117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr7	77756580	rs2074641	T	C	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=15;PP=933;SC=TGTAGTCCAGTAGGGGAGGCT;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=46;WE=77756588;WS=77756570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	77756724	rs7812015	C	T	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=46;PP=1689;SC=CTTTCACTTCCGACCTGTAAC;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=89;WE=77756732;WS=77756714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr7	77756815	rs9656109	G	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=33;PP=914;SC=CCAGAGGTGGGCCAGCCATGA;SOR=1.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=77756823;WS=77756805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	77756849	rs2074642	C	T	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=628;SC=CCACTCCTCTCGGTGGTCCTG;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=77756857;WS=77756839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	77764253	rs1465221	G	A	171.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=104;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GGTGCACTCCGCGACCCTGGC;SOR=0.473;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=8;WE=77764261;WS=77764248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr7	77764591	rs767682	C	A	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1737;ReadPosRankSum=1.154;SC=GTCCCAGCCCCAAAGGAAACA;SOR=1.151;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=89;WE=77764599;WS=77764577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr7	77797475	rs113437537	CT	C	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.500;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
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chr7	78119221	rs3086374	G	GAA	2394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=30.31;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	78130801	rs10641091	C	CT	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=2.290;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr7	78256643	rs38117	G	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=125;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TGAATATTCAGTGCCACTTGT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=13;WE=78256651;WS=78256633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr7	79840212	rs3801356	T	C	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.687;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=588;ReadPosRankSum=1.286;SC=GAGCTTTTTTTGTTAGCATTA;SOR=1.225;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=36;WE=79840220;WS=79840202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr7	80087981	rs2074673	A	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	80088041	rs2074674	G	A	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	80091981	rs799936	G	A	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=64;PP=1704;SC=AATAAATCTTGCAAATATCCT;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=88;WE=80091989;WS=80091971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	80141069	rs10230573	A	G	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=34;PP=2280;SC=AAAAGTAAATATATCACAATT;SOR=1.661;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=82;TCR=34;TR=114;WE=80141077;WS=80141059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr7	80290369	rs3211892	A	G	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=42;PP=2405;SC=GTTTACTGCTATTTCTTTAGA;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=125;WE=80290377;WS=80290359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr7	80374342	rs1949971	A	G	5417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=53;PP=2166;SC=TGTCTTTGCAATATTGGTTAA;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=115;WE=80374350;WS=80374332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr7	80374438	rs1949972	T	C	4919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=60;PP=2508;ReadPosRankSum=-2.023;SC=CCCAGGTCCATGGGGACCATT;SOR=0.443;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=130;WE=80374446;WS=80374427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,193:0.98:196
chr7	80378148	rs1405743	T	C	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=11;PP=776;SC=TGAGCCTCGCTGAGGGACAGT;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=80378156;WS=80378138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	80378175	rs2886793	T	C	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=18;PP=964;SC=ATGTTCTCTCTGAAGCCCTGA;SOR=1.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=56;WE=80378183;WS=80378165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	80378319	rs2272351	G	C	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=53;PP=1696;SC=CTCCATACTGGACAATTTCAG;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=91;WE=80378327;WS=80378309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	80418689	rs17275986	A	G	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=682;ReadPosRankSum=1.192;SC=CTATCTTTGTATACTTGTAGT;SOR=0.731;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=149;TCF=76;TCR=73;TR=53;WE=80418697;WS=80418679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,109:0.37:295
chr7	80433260	rs140929995	AATG	A	295.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=347;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTCAATATAAAATGATGAATA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=80433270;WS=80433254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr7	80434918	rs2030924	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-2.255;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr7	80434944	rs2272348	T	C	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=621;ReadPosRankSum=1.361;SC=ATGCATCAAATGCTTTCTTAC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=46;WE=80434952;WS=80434934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,68:0.65:105
chr7	80456708	.	GTTTT	G	588.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.99;ReadPosRankSum=0.221;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
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chr7	80804928	rs1509912	G	T	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=213;ReadPosRankSum=-0.280;SC=TCCACAGACTGCTTCCTCCTT;SOR=0.837;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=17;WE=80804936;WS=80804918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
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chr7	80817269	rs327695	T	C	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=46;PP=1443;SC=GTGACAATTGTTAATATGCTT;SOR=1.356;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=73;WE=80817277;WS=80817259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr7	81346685	rs1800793	T	C	8140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.695;SC=GATATGACTGTGGAAACAACA;SOR=0.295;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=88;TCR=117;TR=203;WE=81346693;WS=81346675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,326:1.00:327
chr7	81350208	rs12536657	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=765;ReadPosRankSum=-0.633;SC=ATATCAAGGCAGATAAAACAA;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=81350216;WS=81350198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr7	81350223	rs10272030	G	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=622;SC=AAACAAAAAGGTTTTTTACAA;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=81350231;WS=81350213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	81355066	rs2887069	G	A	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=12;PP=1246;SC=GAAAAATCCAGCTTCAAACTT;SOR=2.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=59;WE=81355074;WS=81355056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	81355449	rs2286194	T	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.476;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=472;ReadPosRankSum=-0.612;SC=GAGTTCTAACTTTTTGGACTC;SOR=0.180;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=25;WE=81355457;WS=81355439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr7	81359116	rs5745686	CA	C	1712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=22.24;SOR=1.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	81366210	.	G	GGTGTGTGT	741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.92;QD=39.04;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	81372156	rs5745676	A	G	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=11;PP=709;SC=ATCAGCTATAAAGATTAGAGA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=35;WE=81372164;WS=81372146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	81372452	rs2214826	A	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=440;SC=AATGTTTTCTATGGATGTGTG;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=81372460;WS=81372442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	81374500	rs4732406	G	C	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=39;PP=1104;SC=CACCACTGTTGCATTTAAAGA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=81374508;WS=81374490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	81381326	rs5745646	C	T	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=14;PP=1462;SC=TGCATTTGCACGAACAACATA;SOR=2.019;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=67;WE=81381334;WS=81381316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	81641570	.	GA	G	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.195;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,21:0.24:86
chr7	81695857	.	AAG	A	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr7	81746275	rs147099559	C	T	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,125:0.67:187
chr7	81964578	rs5885290	G	GA	733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=13;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=398;ReadPosRankSum=-0.343;SC=CTGTGTGAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.837;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=31;WE=81964586;WS=81964568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr7	82453708	rs2522833	A	C	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.609;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=879;ReadPosRankSum=0.274;SC=TCGAGGTGAGATGTGCTAGAT;SOR=1.081;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=49;WE=82453716;WS=82453698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,74:0.63:118
chr7	82455895	rs2715150	A	G	3769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=1342;ReadPosRankSum=2.703;SC=AAAGGAAGTCAGAGGCTTACC;SOR=0.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=95;WE=82455903;WS=82455885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,187:0.59:319
chr7	82475786	rs67293081	TTA	T	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=-0.352;SC=ATATCTGTGTTTATGTCTACA;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=82475795;WS=82475776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr7	82497343	rs4628206	T	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=694;ReadPosRankSum=-1.046;SC=ATCAACATGATATGTGGTCTG;SOR=0.709;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=52;WE=82497351;WS=82497333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,74:0.35:210
chr7	82531887	rs150270529	TATA	T	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=-0.099;SC=AAACTGAAAGTATAATAATAA;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=3;WE=82531897;WS=82531877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr7	82544987	rs17156844	A	G	3287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.683;SC=TCACATAACTATGCAATCTAG;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=88;WE=82544995;WS=82544977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,147:0.68:216
chr7	82546282	rs12707531	C	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.377;SC=AAAATGATTTCATGTATGATT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=82546290;WS=82546272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr7	82581488	rs10630259	T	TTCA	15938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=89;PP=2969;SC=CAACGGGTTTTTCATCTTCTA;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=57;TCR=99;TR=139;WE=82581496;WS=82581478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr7	82581859	rs976714	C	T	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=59;PP=2317;SC=GTGTAACTTGCACTAGCTGTG;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=116;WE=82581867;WS=82581849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	82582846	rs10954696	C	T	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=71;PP=2188;SC=ATTCTTGTAACAGGTAATCCA;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=119;WE=82582854;WS=82582836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	82583609	rs10487648	A	C	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.642;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,98:0.29:338
chr7	82763534	.	AAT	A	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=73;QD=38.5;SC=CTCCATATGTAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=2;WE=82763543;WS=82763524;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr7	82764425	rs2877	C	G	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=907;ReadPosRankSum=0.768;SC=ATCAAATGGGCTGACTTTTTC;SOR=0.689;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=230;TCF=120;TCR=110;TR=74;WE=82764433;WS=82764415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,103:0.31:330
chr7	82784017	rs6951239	G	T	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=11;PP=1185;SC=TTGTATAAGAGGATGATATGG;SOR=2.372;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=82784025;WS=82784007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	82784456	rs6972461	A	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=376;ReadPosRankSum=-2.264;SC=GGCTGTTGAGATGGGGGCTTT;SOR=0.341;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=18;WE=82784464;WS=82784446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr7	82784833	.	T	TGCTGAGCTGGAGGCTTAGCAGGACCAAGAG	1409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=8.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.770;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.287;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,38:0.25:155
chr7	82785719	rs59705796	TA	T,TAA	239.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,13,12:0.42,0.39:31
chr7	82791595	rs7457218	G	C	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.946;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=265;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GCACATACAGGCTGGCACATA;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=21;WE=82791603;WS=82791585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr7	83021799	rs375518443	TAAAA	T	2047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.57;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,59:0.97:61
chr7	83023587	.	TAC	T	8648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;MQRankSum=0.241;QD=33.39;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,255:0.98:259
chr7	83026100	rs150931802	C	CAA	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=7;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.332;NF=0;NR=6;PP=132;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GTACGGTTTTCAAAAAAACCA;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=83026108;WS=83026090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr7	83029280	rs2255906	T	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=7.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.422;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr7	83029438	rs2722974	C	T	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=555;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CTGTTTTTACCAATATTGGTT;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=40;WE=83029446;WS=83029428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,49:0.37:133
chr7	83029639	rs2255820	A	T	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr7	83031907	rs2709930	T	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=15;PP=1082;SC=ACCAAAAGTATACTTAAAAAT;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=83031915;WS=83031897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	83032187	rs2722976	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.382;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chr7	83034754	rs2245441	T	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-2.630;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr7	83034899	rs2709935	T	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=0.035;SC=CAAAGAAAATTTATTCACCTA;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=6;WE=83034907;WS=83034889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr7	83035177	rs3735512	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-3.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=122;ReadPosRankSum=-1.155;SC=TACACAGAAAGCAAGTTTCTA;SOR=0.090;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=9;WE=83035185;WS=83035167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr7	83036367	rs2245312	C	G	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,73:0.41:179
chr7	83036602	rs2709941	T	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.967;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=34;ReadPosRankSum=-1.690;SC=ATATTACAACTAAATGCTAAC;SOR=0.059;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=6;WE=83036610;WS=83036592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr7	83037751	rs2722985	C	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=616;ReadPosRankSum=0.525;SC=TGCGGAAGATCGCAGCGTCTC;SOR=0.993;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=54;WE=83037759;WS=83037741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,67:0.33:203
chr7	83047583	rs2723033	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr7	83047583	.	TCA	CCC	123	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=123;QD=44.1169687156;SC=GCTTCGAGCATCAGAAAATAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=4;WE=83047593;WS=83047573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,4:0.25:16
chr7	83047585	rs2713146	A	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.159;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr7	83047666	rs2713145	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=0.822;SC=TTTTAAAATCCTTATGACTAC;SOR=0.606;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=12;WE=83047674;WS=83047656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,26:0.30:88
chr7	83095955	rs7806439	A	G	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=56;PP=2729;ReadPosRankSum=1.107;SC=CTATCAGTATAATAAACATGT;SOR=1.136;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=122;TCF=37;TCR=85;TR=76;WE=83095976;WS=83095945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,101:0.64:158
chr7	83095968	rs2713180	C	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=1481;ReadPosRankSum=1.970;SC=AAACATGTTTCGTCCTTTTTG;SOR=0.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=30;TCR=78;TR=36;WE=83095976;WS=83095945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,48:0.35:138
chr7	83098428	.	A	AT	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=60.67;NF=4;NR=0;PP=67;QD=23.25;SC=ATGCCTATATATTTTTTCTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=4;WE=83098436;WS=83098418;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr7	83098696	rs12534772	T	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=-1.401;SC=CACTTTCTTCTACAGTTCAAA;SOR=0.454;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=11;WE=83098704;WS=83098686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
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chr7	83610497	rs7789094	C	A	196.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AAACAAAACGCAACAATCCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=83610505;WS=83610492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr7	83631376	rs3735513	T	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=359;ReadPosRankSum=0.376;SC=TGAAAGAAAGTGGGGAGAAGA;SOR=0.630;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=37;WE=83631384;WS=83631366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,56:0.35:160
chr7	83631414	rs10250165	A	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=334;ReadPosRankSum=0.345;SC=CTGAACAGAGATTAGTGTTAA;SOR=0.741;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=26;WE=83631422;WS=83631404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,32:0.38:85
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chr7	83634713	rs7804122	A	G	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=681;ReadPosRankSum=-1.910;SC=GGTCTACGACAATTTGTGTAA;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=169;TCF=109;TCR=60;TR=57;WE=83634721;WS=83634703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,86:0.33:261
chr7	83643681	rs2272222	A	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr7	83643687	rs2272221	G	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.646;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
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chr7	83740030	rs13243696	C	T	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=651;ReadPosRankSum=0.585;SC=TTTGGCATCCCTTTCACAACA;SOR=0.346;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=38;WE=83740038;WS=83740020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr7	83764309	rs17241389	C	G	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=44;PP=1015;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TAATGTGAAGCACTATATAAG;SOR=0.640;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=34;TCR=78;TR=64;WE=83764317;WS=83764299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,79:0.59:134
chr7	83823737	rs67227861	AG	A	1241.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=4.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.477;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.964;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
chr7	83823739	rs191868182	G	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=4.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=-1.634;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,36:0.40:91
chr7	86274196	rs274623	T	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=40;PP=1356;SC=GAGGTAAGGGTCCCAGAGGAG;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=86274204;WS=86274186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	86536849	.	CAA	C,CA	497.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.634;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,17,10:0.55,0.32:31
chr7	86542455	rs35895874	C	T	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.925;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=42;PP=1103;ReadPosRankSum=1.454;SC=AGGACGCCACCCCATCAACTG;SOR=0.415;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=60;WE=86542463;WS=86542445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,79:0.71:112
chr7	86544248	rs1029367	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GTATATATTACAAATGTATTC;SOR=1.244;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=11;WE=86544256;WS=86544238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr7	86571235	rs2373361	C	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.053;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=647;ReadPosRankSum=-2.698;SC=TTTCTTAAAACGTTATGAAAG;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=38;WE=86571243;WS=86571225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr7	86577346	rs1557665	A	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=413;ReadPosRankSum=-1.510;SC=TGCCACACTCAAACGAAAGCC;SOR=0.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=27;WE=86577354;WS=86577336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr7	86594379	rs6976741	G	A	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.09;ReadPosRankSum=1.513;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,89:0.65:136
chr7	86594383	rs6958716	T	C	3409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.18;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,83:0.69:121
chr7	86594423	rs6976877	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=649;ReadPosRankSum=1.277;SC=CCAAGCCCCTGTTTCCAAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=39;WE=86594431;WS=86594413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr7	86781423	rs2286267	G	A	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=2;PP=949;SC=CGGCTCCCTCGGCTCGGAGCC;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=37;TCR=2;TR=39;WE=86781431;WS=86781413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	86795947	rs3058402	TAG	T	6516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=61;PP=1648;SC=TTAAGAGCCATAGAGTTCCCT;SOR=0.967;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=5;TCR=66;TR=65;WE=86795959;WS=86795937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	86800351	rs3747807	A	G	8082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=90;PP=2965;SC=CCATGACTGCAACCACAGAAG;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=95;TCR=90;TR=185;WE=86800359;WS=86800341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr7	86814122	.	C	CT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=3.264;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,28:0.18:152
chr7	86820459	rs1558050	G	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=35;PP=929;SC=ATGAATGGTAGACTAAATCAG;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=86820467;WS=86820449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	86823977	.	A	AT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.416;SOR=0.243;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr7	86827147	rs75771893	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-1.621;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr7	86978347	rs802037	C	A	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=9;PP=516;SC=TGTGAGGGCTCTCTCTCTTTT;SOR=1.244;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=31;WE=86978355;WS=86978337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	86983715	rs7808249	A	G	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	86998842	rs6966140	G	A	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.07;NF=26;NR=53;PP=1467;SC=GTCTTATGGTGTTGCTTGAAT;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=79;WE=86998850;WS=86998832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	86998936	rs35374737	AT	A	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=730;SC=TTAAAAAAAAATCTATTTGTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=86998944;WS=86998926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	87005287	rs59190666	C	CT	847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.87;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,49:0.86:57
chr7	87006567	rs802042	G	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=110;SC=TTTGGTTGACGTGAAGAGGAA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=87006575;WS=87006557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	87011349	rs31630	G	A	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=28;PP=1323;SC=TCTCCTAATAGTTCTATAGAT;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=74;WE=87011357;WS=87011339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	87022024	rs31644	G	C	5945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=72;PP=2965;SC=TTTCTAACCTGAGATTTGGGG;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=95;TCR=74;TR=166;WE=87022032;WS=87022014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr7	87027419	rs5885580	C	CT	187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.07;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	87032613	rs31653	A	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=587;SC=AGTTAACCAAATTATAAATAT;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=87032621;WS=87032603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	87053150	rs31667	A	G	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=12;PP=938;SC=GGAGCCAGTCAGTGAGGTTGG;SOR=1.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=87053158;WS=87053140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	87053206	rs31668	G	A	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=33;PP=1960;SC=CTGTTATGTGGTGTTTGCAAA;SOR=1.246;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=69;TCR=34;TR=102;WE=87053214;WS=87053196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr7	87056260	rs111542896	A	AGTGT	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.523;QD=27.69;ReadPosRankSum=0.595;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr7	87069758	rs31675	T	C	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=66;PP=1847;SC=ATTTAACCATTTAATAGCTGA;SOR=2.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=14;TCR=68;TR=80;WE=87069766;WS=87069748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	87082292	rs1202283	G	A	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=30;PP=1882;SC=CAGTGGTGTCGTTGATGTCAA;SOR=1.390;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=96;WE=87082300;WS=87082282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	87144816	rs7779562	G	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=0.090;SC=TAACTCTCTCGATTACCAGGT;SOR=0.616;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=15;WE=87144824;WS=87144806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr7	87160618	rs2032582	A	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr7	87168749	rs4728699	C	T	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=715;SC=AGCAGGAGATCAGACAAAGTC;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=38;WE=87168757;WS=87168739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	87174066	rs2235046	T	C	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=261;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CCACTCCTACTGTAGCCCTAG;SOR=0.576;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=27;WE=87174074;WS=87174056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,45:0.36:124
chr7	87178626	rs2235013	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=336;ReadPosRankSum=2.202;SC=TGTTCTTATGCTTATAAATCA;SOR=1.008;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=27;WE=87178634;WS=87178616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,31:0.29:107
chr7	87179086	rs2235035	G	A	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=375;ReadPosRankSum=0.155;SC=CCGATTTATAGTAGTTTCCTA;SOR=0.575;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=33;WE=87179094;WS=87179076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,51:0.30:168
chr7	87179143	rs2235033	A	G	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.582;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=23;PP=922;ReadPosRankSum=-1.153;SC=ACCTCTAGAAAGGCAAAGGGC;SOR=0.849;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=193;TCF=118;TCR=75;TR=65;WE=87179151;WS=87179133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,104:0.31:331
chr7	87179601	rs1128503	A	G	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=39;PP=878;ReadPosRankSum=-0.003;SC=TCAGGTTCAGACCCTTCAAGA;SOR=0.959;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=133;TCF=43;TCR=90;TR=54;WE=87179609;WS=87179591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,72:0.40:182
chr7	87180198	rs10276036	C	T	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=440;ReadPosRankSum=-1.483;SC=GAGATAGTGACAGCAATTTTT;SOR=0.745;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=134;TCF=51;TCR=83;TR=42;WE=87180211;WS=87180188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,66:0.35:189
chr7	87192731	rs11975994	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=-2.357;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,17:0.21:82
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chr7	88847452	.	TG	T	1316	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=27;MQ=65.06;NF=7;NR=13;PP=1316;QD=67.95;SC=CCAACATTTATGTATTTTTTC;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=20;WE=88847460;WS=88847441;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr7	88847453	rs4140974	G	T	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.47;MQRankSum=7.113;QD=23.30;ReadPosRankSum=1.734;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr7	88964000	rs801839	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.616;NF=27;NR=16;PP=486;ReadPosRankSum=-1.071;SC=AATATACTTTCAGTGCAAATG;SOR=0.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=149;TCF=91;TCR=58;TR=43;WE=88964008;WS=88963990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,54:0.28:191
chr7	88964196	rs801840	T	A	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=5.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-1.034;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,78:0.27:290
chr7	88965021	rs10487075	G	A	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=857;ReadPosRankSum=0.428;SC=TGGCCCTTCAGAAACCACAGA;SOR=0.633;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=92;TCR=90;TR=65;WE=88965029;WS=88965011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,94:0.33:284
chr7	89792250	rs39286	A	C	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=13;PP=1190;SC=AATTTTAAAAATATCTCAGAT;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=60;WE=89792258;WS=89792240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	89792351	rs11563328	G	A	4358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=55;PP=2052;ReadPosRankSum=1.431;SC=AAGATTCAAAGGACTAAATTT;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=210;TCF=122;TCR=88;TR=133;WE=89792359;WS=89792341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,205:0.61:337
chr7	89797144	rs259136	G	T	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=14;PP=527;SC=TATGGCCTATGAAGTGTGGAA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=89797152;WS=89797134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	89854446	rs194520	T	G	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=543;ReadPosRankSum=0.371;SC=AGTGAAACTTTTTTACCTAAT;SOR=0.779;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=151;TCF=78;TCR=73;TR=46;WE=89854454;WS=89854436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,91:0.34:265
chr7	89856608	rs110360	C	T	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.677;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=34;PP=725;ReadPosRankSum=-0.698;SC=TAGTATACCTCGCAGGTCTTC;SOR=0.858;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=59;WE=89856616;WS=89856598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,97:0.32:302
chr7	89856644	rs2016903	C	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=565;ReadPosRankSum=-1.203;SC=AACTTTATTACGGCACCAAGT;SOR=0.674;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=159;TCF=62;TCR=97;TR=50;WE=89856652;WS=89856634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,69:0.28:243
chr7	89861832	rs194524	G	A	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=323;ReadPosRankSum=-1.830;SC=TGTATAAGCCGAAAGCTAAAA;SOR=0.628;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=26;WE=89861840;WS=89861822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,42:0.40:105
chr7	89861890	rs194525	G	T	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=39;PP=1259;SC=AAGAAGGTATGGGAGGAACAA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=89861898;WS=89861880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr7	89861942	rs194526	C	T	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=32;PP=903;SC=AATGTGATGACAAATGGTGTT;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=89861950;WS=89861932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	89861957	rs17621350	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr7	89867369	rs2013992	C	G	2722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=1085;ReadPosRankSum=0.154;SC=TGCAGCCATGCCTACATCCTC;SOR=0.580;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=75;WE=89867377;WS=89867359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,134:0.59:228
chr7	89867446	rs35403811	T	TCTG	1846.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=1214;ReadPosRankSum=1.244;SC=CTAAAGAGTTTCTGCTGCTGC;SOR=0.845;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=70;TCF=8;TCR=62;TR=28;WE=89867454;WS=89867436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,52:0.35:148
chr7	89897829	rs17867605	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=318;ReadPosRankSum=1.117;SC=TTTTTTGTAGTCTTGAGCTCT;SOR=0.643;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=17;WE=89897837;WS=89897819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr7	89901039	rs10280053	A	C	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=838;ReadPosRankSum=-0.779;SC=ACTTTTGTTTATGTCTAAAAA;SOR=0.311;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=41;WE=89901047;WS=89901029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
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chr7	89912301	rs1029365	G	A	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=56;PP=1720;SC=CCTGAGAGCCGTGGTCTACCT;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=102;WE=89912309;WS=89912291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
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chr7	89933957	rs146962282	GTAGATAGATAGATAGATAGA	G	399.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5507;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.108;NF=2;NR=4;PP=914;ReadPosRankSum=0.580;SC=TTTTAGATAGGTAGATAGATA;SOR=0.250;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=89933984;WS=89933947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr7	89937210	rs4728881	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=266;ReadPosRankSum=-0.596;SC=ACAAATAGCCAACTCTTACAG;SOR=0.502;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=21;WE=89937218;WS=89937200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr7	89938588	rs7803620	C	G	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=1.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	89938680	rs1134956	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,25:0.29:87
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chr7	89969831	rs42637	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=5.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-2.638;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,30:0.23:133
chr7	89969878	rs2285399	A	G	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TGCTGCTGAAAGAAATCAAGG;SOR=0.819;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=18;WE=89969886;WS=89969868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,27:0.28:96
chr7	89971556	rs1557650	A	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=-0.463;SC=TATTTATTTAAAGACAGTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=10;WE=89971564;WS=89971546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr7	89976028	.	CAAG	C	6040.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=2964;ReadPosRankSum=2.258;SC=GCCGCTTCCGCAAGAAGGTTT;SOR=0.708;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=80;WE=89976038;WS=89976018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,150:0.68:222
chr7	89976137	rs68057103	GTTC	G	12999.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.190;NF=30;NR=86;PP=2968;ReadPosRankSum=-1.848;SC=GACAGCTCTGGTTCTTCTTTG;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=184;TCF=46;TCR=138;TR=116;WE=89976147;WS=89976127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,327:0.68:480
chr7	89982132	rs6972561	T	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.052;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=400;ReadPosRankSum=-0.386;SC=TTTTTAAGTATGGAAATTTCA;SOR=1.501;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=22;WE=89982140;WS=89982122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,32:0.70:46
chr7	89983808	rs42663	T	G	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=17;PP=625;SC=GAAAAGACTGTGAAATCCCTG;SOR=0.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=37;WE=89983816;WS=89983798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr7	89984409	rs42664	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr7	90014111	rs9886362	G	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=0;PP=296;SC=AAATGCTGGTGTTGGTTCCCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=90014119;WS=90014101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	90225830	rs11760706	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=245;ReadPosRankSum=-0.354;SC=CCGGCCCGCCGAGGAGGTGGT;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=16;WE=90225838;WS=90225820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr7	90225928	rs7782773	T	C	2838.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=15.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.19;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,132:0.85:156
chr7	90356175	rs10240049	T	C	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=35;PP=905;ReadPosRankSum=1.760;SC=AGGAATAGCCTTCTTATGATA;SOR=0.904;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=45;WE=90356183;WS=90356165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr7	90584944	rs73227071	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.511;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,34:0.27:126
chr7	90742137	rs376151415	GGT	G	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=184;ReadPosRankSum=0.496;SC=GTGCATTACAGGTGTGTGTGT;SOR=2.704;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=6;WE=90742146;WS=90742127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr7	90742168	rs373491068	GGA	G	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=56;ReadPosRankSum=-0.996;SC=GTGTATGTGTGGAGAGAGAGA;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=90742177;WS=90742158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr7	90747315	rs803167	A	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=6;PP=829;ReadPosRankSum=-0.466;SC=CCATTTTTTTAAAAAAAAAAC;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=38;WE=90747323;WS=90747305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr7	91599825	rs2188155	A	C	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=22;PP=1967;SC=TCAGACAGGTATGTGTTAGTG;SOR=1.690;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=89;WE=91599833;WS=91599815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr7	91630620	rs6964587	G	T	8800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=103;PP=2965;SC=TGGAGGAAATGAAAACACGGC;SOR=0.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=78;TCR=103;TR=181;WE=91630628;WS=91630610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr7	91630913	.	C	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,26:0.24:109
chr7	91632306	rs1989779	C	T	3440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=43;PP=1530;SC=GAGTTGTGACCATGACAAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=89;WE=91632314;WS=91632296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	91641928	rs13245393	A	G	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=28;PP=883;SC=ACCAGTTAGAACTACAGACTA;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=91641936;WS=91641918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	91645265	rs10263309	A	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=61;SC=ATTTCATGCCAGAGAGATAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=91645273;WS=91645255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	91652178	rs10644111	A	AAAC	3926.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=25;PP=2738;SC=TGAAAAAACTAAACTTGAAGA;SOR=1.809;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=53;WE=91652186;WS=91652168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	91659150	rs17164315	C	G	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=17;PP=715;SC=GTAGATTTTGCATGAACACTA;SOR=0.914;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=43;WE=91659158;WS=91659140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr7	91669960	rs71292989	G	GT	144.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr7	91670318	rs112533094	A	AT	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.529;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr7	91671853	rs926192	C	A	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=183;SC=ATTATACCAACCAGTATCAAT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=91671861;WS=91671843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	91674302	rs9785013	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=454;SC=ATTTTAATCAGTGCTTCTTTA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=91674310;WS=91674292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	91687351	rs1544377	A	G	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=456;SC=ATTTTATAACATTTATTTGAT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=91687359;WS=91687341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	91690457	rs56072181	A	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=423;SC=CTAAATGACTACAATTCAGTA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=91690465;WS=91690453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	91691601	rs10236397	C	T	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=6;PP=775;SC=TCATTGATGGCTATGCAGATG;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=91691609;WS=91691591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	91700120	.	CAA	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr7	91707197	rs733957	C	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	91711791	rs2079082	A	G	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=3;PP=436;SC=ATTTAGCTATATTTTTTTTAA;SOR=1.556;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=91711799;WS=91711781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	91712698	rs6960867	A	G	6944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=87;PP=2706;SC=AGTAGCAGCAATCAGACTCCA;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=60;TCR=87;TR=147;WE=91712706;WS=91712688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr7	91713016	rs34688691	TA	T	1301.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=0;NR=25;PP=422;SC=TGTGGTTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=3.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=25;WE=91713027;WS=91713006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	91713018	rs114399745	A	T	472.84	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.368;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=653;ReadPosRankSum=-1.254;SC=TGGTTTTTTAAAAAAAAAAAA;SOR=2.975;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=23;WE=91713027;WS=91713006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr7	91713972	rs10228334	C	T	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=756;SC=AATTCCTGAGCTAGCACATTC;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=91713980;WS=91713962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	91714092	.	AT	A	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=8.309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.782;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.018;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,25:0.22:113
chr7	91714911	rs1063242	C	T	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=54;PP=1703;SC=GGTTTCAGAACCTTGGCTAGA;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=91714919;WS=91714901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	91715662	rs28927678	C	T	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=51;PP=1572;SC=TCGGACGGAGCTGACAGCTCT;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=93;WE=91715670;WS=91715652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr7	91726927	rs1063243	A	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=10;PP=350;SC=AACCAGTGATAGAACTAGAAA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=91726935;WS=91726917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	91727385	rs6946356	G	A	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=62;PP=2111;SC=ACCCCCAATTGAGAAGGTATG;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=53;TCR=63;TR=115;WE=91727393;WS=91727375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr7	91736794	rs7785971	T	A	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=46;PP=1309;SC=TTAACAGAGATAAATGGACAT;SOR=1.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=62;WE=91736802;WS=91736784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	91743150	rs7797834	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=24.41;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	91752690	rs2269727	C	A	8031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.42;ReadPosRankSum=1.285;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,315:1.00:316
chr7	91758422	rs4729021	C	A	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=24;PP=769;SC=TGCAACACTACGACAGTAACT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=37;WE=91758430;WS=91758412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	91761050	rs71292987	G	GT	40.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr7	91761305	rs66673218	CA	C	670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=19;PP=381;SC=AAAAAGTTACCAAAAAAAAAG;SOR=1.536;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=91761313;WS=91761281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	91779242	rs1978061	G	A	7496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=81;PP=2965;SC=TTTTGAGTCTGGCCACAATCT;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=89;TCR=82;TR=168;WE=91779250;WS=91779232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr7	91779971	rs6465353	T	G	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=71;PP=2193;SC=AGTGAAAAAATATTGTAGATA;SOR=1.292;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=108;WE=91779979;WS=91779961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr7	91788428	rs61740629	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=198;ReadPosRankSum=-0.578;SC=ATTCTCCTATATTTCTTGGAA;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=15;WE=91788436;WS=91788418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr7	91863700	rs2027950	G	C	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=7;PP=796;SC=TGAAAAGAAGGACTAACATTT;SOR=2.362;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=91863708;WS=91863690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr7	92077203	rs10281879	G	A	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=361;ReadPosRankSum=0.094;SC=AGGGACTGGGGGCAGCGGCGG;SOR=0.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=27;WE=92077211;WS=92077193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
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chr7	93091488	rs3802051	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.209;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr7	93098135	rs139734304	T	TAAACAAACAAAC	1016.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.438;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr7	93107093	rs2074120	A	C	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.37;ReadPosRankSum=-2.541;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,25:0.29:87
chr7	93116138	rs9691220	G	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=228;ReadPosRankSum=0.208;SC=GGCTTCTGGAGACCAATGCCT;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=17;WE=93116146;WS=93116128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,36:0.33:110
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chr7	94040133	rs389328	T	A	303.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5106;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=258;ReadPosRankSum=0.288;SC=TGCTATTTTTTACAAACTCTA;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=16;WE=94040141;WS=94040123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr7	94040345	.	G	GT	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,26:0.25:103
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chr7	94043274	rs421587	A	G	2758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=1203;ReadPosRankSum=0.336;SC=GTCAACTCAAACATATACAAT;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=74;WE=94043282;WS=94043264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,129:0.63:204
chr7	94047903	rs3216182	AT	A	717.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=21;PP=333;ReadPosRankSum=0.613;SC=TCGTACTTGGATTTTTTTTTT;SOR=0.592;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=24;WE=94047911;WS=94047893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr7	94051084	rs143308704	CCTACCTCCTACTCCTTGGTCTATTCCTGGTCACATGTA	C	1610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=2970;ReadPosRankSum=1.400;SC=TATGAAGCTGCCTACCTCCTA;SOR=2.511;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=12;WE=94051129;WS=94051074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr7	94052495	rs42530	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=-0.603;SC=CCCCTACACAAATCTTCAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=9;WE=94052503;WS=94052485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr7	94056006	rs400218	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=-0.265;SC=GCTATTTCATACCAACATGAA;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=94056014;WS=94055996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr7	94056244	rs413826	C	G	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.46;ReadPosRankSum=-1.529;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr7	94056251	rs199900944	GAA	G	659.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.62;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr7	94178761	rs7801436	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=178;ReadPosRankSum=-0.042;SC=ATCCAAACTTCAGAAAACTAT;SOR=0.277;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=13;WE=94178769;WS=94178751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr7	94227276	rs10247562	T	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=5;PP=259;SC=CCAAGATCGCTCCATTGCACT;SOR=1.302;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=16;WE=94227284;WS=94227266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	94227319	.	TA	T	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr7	94227509	rs10232398	G	A	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=15;PP=402;SC=CCTCACCCTTGTCTACTCCTT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=94227517;WS=94227499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	94247971	rs6465421	C	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=3;PP=550;SC=CTTATTAAAACGAAAAATGCA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=94247979;WS=94247961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	94257449	rs138881114	T	TAC	1202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=778;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CAAATTACAATACACACACAC;SOR=1.292;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=20;WE=94257458;WS=94257439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr7	94285566	.	AC	A	1186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.363;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.743;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.391;NF=0;NR=44;PP=1175;ReadPosRankSum=0.396;SC=CACCGCCCCCACCCCCATCCC;SOR=1.588;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=138;TCF=4;TCR=134;TR=44;WE=94285574;WS=94285556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,53:0.35:152
chr7	94897801	rs854522	T	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=7;PP=498;SC=TCAGTGTCTGTGGTCTCTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=94897809;WS=94897791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	94898811	rs854524	G	A	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=56;PP=1677;SC=AAAATATTACGAGAAAAAGGT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=88;WE=94898819;WS=94898801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
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chr7	94944923	rs854556	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=16;PP=402;SC=GCCAGATGGCCACATAGGAAG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=94944931;WS=94944913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr7	95616309	rs17705339	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=178;ReadPosRankSum=0.860;SC=TCAGTGCTTCTATATGAGCAG;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=9;WE=95616317;WS=95616299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr7	95709602	rs42083	C	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=132;SC=TCCAGTTAAACGTATTATTGT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=95709610;WS=95709592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr7	95727014	rs7794344	T	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=21;PP=575;SC=ATTGCTGTGATATTTTGGGTG;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=95727022;WS=95727004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	95775848	.	T	TA	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,25:0.27:93
chr7	95818475	rs6957286	G	T	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=9;PP=570;SC=AAAATTTATCGAGAGTTTTGG;SOR=1.390;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=95818483;WS=95818465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr7	95822281	rs143747068	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.915;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr7	95838331	rs62467759	A	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=-0.483;SC=AAAGTAAATGAAGTTCTTTCT;SOR=0.598;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=18;WE=95838339;WS=95838321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr7	95864108	rs6957975	T	C	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	96116813	rs10250692	T	C	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
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chr7	96279996	rs56144616	G	A	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.428;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,18:0.22:83
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chr7	96338929	rs10250534	A	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.665;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=583;ReadPosRankSum=-1.625;SC=GGGCCCGAGCACCCAAGCTAC;SOR=0.829;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=166;TCF=100;TCR=66;TR=50;WE=96338937;WS=96338919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,74:0.27:277
chr7	97361784	rs2072100	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=467;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GGTGAGACTTCAGTCCTTATG;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=21;WE=97361792;WS=97361774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr7	97369341	rs62499562	G	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=-1.512;SC=ACAATTGTTTGGGGTTGAAAA;SOR=0.593;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=16;WE=97369349;WS=97369331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
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chr7	97487730	rs41278830	G	A	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQ=59.92;MQRankSum=-0.733;NF=17;NR=21;PP=437;ReadPosRankSum=0.607;SC=ACATGCAAAAGAGGAAGTGGA;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=38;WE=97487738;WS=97487720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,75:0.33:226
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chr7	97493437	rs2302088	A	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=58;ReadPosRankSum=1.696;SC=CTGTTTTTTTAAAAAAAGGTA;SOR=0.169;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=7;WE=97493445;WS=97493427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
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chr7	97788764	rs10499944	C	T	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=620;ReadPosRankSum=1.701;SC=AATTCAAGTTCGAGTATTCCA;SOR=0.614;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=151;TCF=64;TCR=87;TR=55;WE=97788772;WS=97788754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,82:0.33:249
chr7	97788809	rs17169406	T	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=2.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,58:0.35:166
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chr7	97816327	rs6465657	C	T	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=81;PP=2417;SC=ATTGGCTTACCGTTTTATTAG;SOR=1.000;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=136;WE=97816335;WS=97816317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr7	97820868	rs11451148	C	CA	1373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.723;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.905;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,111:0.66:168
chr7	97822115	rs11765552	T	A	10225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=98;PP=2965;SC=TAAGCCAGGCTTGTCTTTGTT;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=130;TCR=98;TR=227;WE=97822123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr7	97822210	rs3801294	G	A	11562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=141;PP=2965;SC=AGTCTTCCCCGGAAGTGCAGG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=303;TCF=161;TCR=142;TR=298;WE=97822218;WS=97822200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr7	97846856	rs11471393	CGAG	C	707.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.764;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.16;MQRankSum=1.431;NF=0;NR=12;PP=476;ReadPosRankSum=-1.177;SC=CTCGGGGACTCGAGGATCCTG;SOR=1.797;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=12;WE=97846866;WS=97846846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
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chr7	97852899	rs2270595	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=326;ReadPosRankSum=-0.812;SC=CCCGGGGTGCAGGGAACCAGA;SOR=0.569;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=28;WE=97852907;WS=97852889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,42:0.36:118
chr7	97862097	rs139511001	GA	G	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,24:0.24:99
chr7	97874143	rs3816944	C	A	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=647;ReadPosRankSum=-2.192;SC=CAGGGACAGGCGGGAGGCACC;SOR=0.662;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=146;TCF=77;TCR=69;TR=47;WE=97874151;WS=97874133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,66:0.36:185
chr7	97911618	rs111849767	G	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=571;ReadPosRankSum=-1.083;SC=GTGGCGGTCCGATTTCTCCTC;SOR=0.583;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=99;TCR=51;TR=50;WE=97911626;WS=97911608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,74:0.37:201
chr7	97920270	rs7778015	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr7	97921834	rs6465664	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TTGGCAGCCAAAGATGATTTC;SOR=0.399;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=8;WE=97921842;WS=97921824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	97922773	rs12873	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=-0.399;SC=GCAGACAGGATGCGCCCATCA;SOR=0.307;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=97922781;WS=97922763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr7	97922851	rs12728	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=2.594;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
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chr7	97933601	rs1045916	C	T	5492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,220:1.00:221
chr7	97935671	rs13232181	C	G	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=684;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GCCTGCGACACAGCTAGATGG;SOR=1.147;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=44;WE=97935679;WS=97935661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,48:0.32:150
chr7	97937258	rs6465666	T	C	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=920;ReadPosRankSum=1.528;SC=TGAGAATCAATAGGCACATTC;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=121;TCR=111;TR=73;WE=97937266;WS=97937248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,124:0.33:374
chr7	97939998	rs139666268	C	CTATTTATT	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-1.231;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr7	97944744	rs2107716	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.176;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,66:0.40:165
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chr7	97944933	rs11385557	A	AT	840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.177;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
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chr7	98655224	rs34014072	T	TG	3566.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=42.46;SOR=1.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	98655231	rs71537231	T	TG	1074.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.553;QD=18.53;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,46:0.79:58
chr7	98655235	.	T	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.624;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
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chr7	98659761	rs192717727	A	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.944;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-0.079;SC=TCTCTTGCCCAGGCTGGAGTG;SOR=0.750;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=9;WE=98659769;WS=98659751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
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chr7	98995724	rs75944999	G	A	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.519;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,28:0.26:109
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chr7	99032517	rs34943973	G	A	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=254;ReadPosRankSum=-2.795;SC=TCATCTCTCCGTTCCCCAAAC;SOR=0.629;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=26;WE=99032525;WS=99032507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,48:0.33:145
chr7	99047978	rs883403	T	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,60:0.32:186
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chr7	99050039	rs17854665	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=602;ReadPosRankSum=0.600;SC=CCCCACTGCCGCAGCAGACAC;SOR=0.729;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=145;TCF=66;TCR=79;TR=50;WE=99050047;WS=99050029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,98:0.35:284
chr7	99055940	rs3528	T	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,31:0.34:90
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chr7	99057701	rs2293256	G	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=220;ReadPosRankSum=2.400;SC=CATCCACAAGGCTCTGACCTC;SOR=0.639;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=17;WE=99057709;WS=99057691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr7	99063725	rs116894034	C	T	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=-1.311;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:303,114:0.27:417
chr7	99081595	rs73711293	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=352;ReadPosRankSum=0.194;SC=CACTGAGCCCCGGGCCATGTC;SOR=0.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=34;WE=99081603;WS=99081585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,49:0.26:192
chr7	99081730	rs6962772	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=374;ReadPosRankSum=2.822;SC=TCTACCGAGAACTGGGAATAG;SOR=0.570;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=31;WE=99081738;WS=99081720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,41:0.27:150
chr7	99082928	rs79878591	C	T	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.171;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=645;ReadPosRankSum=-0.252;SC=ATGTCCTGTGCATTTTAGGAT;SOR=0.792;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=133;TCF=48;TCR=85;TR=48;WE=99082936;WS=99082918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,72:0.37:193
chr7	99091172	rs138491865	G	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.361;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,45:0.24:189
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chr7	99217424	rs10282706	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=805;ReadPosRankSum=0.170;SC=AGCTCCAGGAGCTCTGTCGTC;SOR=0.853;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=60;WE=99217432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,78:0.34:232
chr7	99220083	rs7808022	A	C	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,45:0.28:159
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chr7	99269397	rs6977165	T	C	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=-0.925;SC=ATAGAACCTGTCAGAGAAAAA;SOR=0.623;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=29;WE=99269405;WS=99269387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,46:0.30:154
chr7	99272310	rs28365067	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	99293475	rs2740565	T	A	3850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=58;PP=1844;ReadPosRankSum=-0.270;SC=ACAAACTGAATCAGAAATCAG;SOR=0.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=90;TCR=82;TR=120;WE=99293483;WS=99293465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,177:0.71:248
chr7	99293859	rs11401860	C	CT	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=6.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.576;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
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chr7	99297804	rs2177180	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.795;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=-0.897;SC=GAGAAGGAGGCGGGGCTGCAG;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=21;WE=99297812;WS=99297794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr7	99302994	rs10211	C	T	2654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,124:0.71:174
chr7	99303094	rs12360	G	A	3718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=58;PP=1557;ReadPosRankSum=1.472;SC=CAGCTTTCTTGAAGAGCAAAC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=104;WE=99303102;WS=99303084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,176:0.66:267
chr7	99306566	rs2687077	C	T	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=11;PP=1165;ReadPosRankSum=0.432;SC=GACAAGCAAACGATTGTACAA;SOR=0.245;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=74;TCR=13;TR=66;WE=99306574;WS=99306556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,77:0.75:103
chr7	99306685	rs2257401	C	G	7962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-1.904;QD=15.40;ReadPosRankSum=1.454;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,370:0.72:517
chr7	99314986	rs2687075	A	G	4760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=83;PP=2304;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GTGACATTGTATAATGAATTT;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=98;TCR=134;TR=145;WE=99314994;WS=99314976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,216:0.65:331
chr7	99361466	rs2242480	C	T	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=339;ReadPosRankSum=-1.998;SC=TCTCCATGTACCATCCACTCA;SOR=0.927;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=28;WE=99361474;WS=99361456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,48:0.30:162
chr7	99365943	rs2687116	C	A	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=-2.244;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr7	99370493	rs2738258	T	C	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=43;PP=1286;SC=CAGGAGCCACTCAAGTCTTCA;SOR=2.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=99370501;WS=99370483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	99436198	rs800672	G	A	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=510;SC=TTCATAGACAGAAGTAAGTCA;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=99436206;WS=99436188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	99447046	rs678040	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GATGCAGCAGATTGTTCTGAT;SOR=1.916;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=9;WE=99447054;WS=99447036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr7	99447123	rs568859	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=232;ReadPosRankSum=1.859;SC=GCAGAAGGAAGGTAAAGAGGT;SOR=0.529;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=19;WE=99447131;WS=99447113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,33:0.27:124
chr7	99447241	rs800667	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=-1.667;SC=CTCTCAACAATCCACAAGATC;SOR=1.061;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=18;WE=99447249;WS=99447231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr7	99447339	.	TTCTC	T	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=73;QD=26.3333333333;SC=TTTATGTTATTTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=99447350;WS=99447329;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,3:0.30:10
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chr7	99474161	.	A	G	5467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=80;PP=2496;ReadPosRankSum=0.421;SC=CAGAAAGGGAAGTGCATCAAG;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=258;TCF=128;TCR=130;TR=161;WE=99474169;WS=99474151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,256:0.63:409
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chr7	99578535	rs137865884	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=3.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-4.372;QD=0.92;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,45:0.16:286
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chr7	99691740	rs1527423	G	A	3690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=41;PP=1703;ReadPosRankSum=-0.844;SC=AGCACGGTAAGGAGCTACCCC;SOR=0.986;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=96;TCR=71;TR=102;WE=99691748;WS=99691730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,170:0.65:261
chr7	99693337	rs7799115	T	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=444;SC=GATTCACCTCTCCTCCTCCCT;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=99693345;WS=99693327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr7	99696797	rs2070215	T	C	5349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=77;PP=2604;ReadPosRankSum=1.274;SC=ACGAGGCTTGTTGCTGCTAGG;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=251;TCF=119;TCR=132;TR=142;WE=99696805;WS=99696787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,243:0.59:415
chr7	99699626	rs2293481	T	C	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=857;ReadPosRankSum=1.691;SC=AGGAGCGGGGTCCCGTCGGGC;SOR=0.910;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=54;WE=99699634;WS=99699616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,90:0.71:127
chr7	99701176	rs999885	G	A	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.986;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=899;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TGAGGAAAGAGAAGAGGGGTT;SOR=0.389;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=58;WE=99701184;WS=99701166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,81:0.75:108
chr7	99701640	rs4729577	T	C	2413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=1101;ReadPosRankSum=0.344;SC=ACTGTCCTGTTCTTTCTCCCT;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=65;WE=99701648;WS=99701630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,112:0.66:169
chr7	99703958	rs2293479	T	C	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=32;PP=1098;ReadPosRankSum=1.834;SC=GGGGAGAGAGTGAGCTCAGCA;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=79;WE=99703966;WS=99703948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,125:0.62:200
chr7	99704827	rs1050542	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr7	99706303	rs4134923	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=0.992;SC=GCCCCTGTTGAAGGCCAAATT;SOR=0.352;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=99706311;WS=99706293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
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chr7	99707950	rs4134917	C	T	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=686;ReadPosRankSum=0.864;SC=GGATGATTGACAGGGACCTAA;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=37;WE=99707958;WS=99707940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,54:0.61:89
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chr7	99746444	rs58185311	CG	C	1459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=1181;ReadPosRankSum=0.467;SC=GGTCTGACGACGTGGCCACTG;SOR=1.305;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=30;WE=99746452;WS=99746434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr7	99747130	rs12878	G	A	8830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=85;PP=2965;SC=AGACTTCTGCGCTGACCCAGG;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=105;TCR=85;TR=190;WE=99747138;WS=99747120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr7	99747378	rs7785392	G	T	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=24;PP=659;SC=TGGAATCTTAGTCTCCTAACG;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=99747386;WS=99747368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	99751017	rs3736591	A	G	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=24;PP=1336;SC=CTCCGTCTGCATGCAGTCATC;SOR=1.262;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=78;WE=99751025;WS=99751007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr7	99751281	rs3736590	G	T	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=71;PP=2439;SC=GGGACTCCCTGGTATCAGAAT;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=126;WE=99751289;WS=99751271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr7	99752566	rs55839153	G	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.730;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=693;ReadPosRankSum=0.974;SC=GGCACAGCCCGGGAGCAGGGA;SOR=0.508;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=54;WE=99752574;WS=99752556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,68:0.38:178
chr7	99753121	rs2272337	A	G	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=44;PP=1563;SC=GGCTTCCAGGACCCAGGCCTC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=83;WE=99753129;WS=99753111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr7	99757612	rs3823646	G	A	3633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=39;PP=2073;SC=GAACTGCTTGGCATCCAGCTT;SOR=1.222;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=104;WE=99757620;WS=99757602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	99758136	rs3800951	T	G	12649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AGTCCAGCCATGCCAGACCCC;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=290;TCF=125;TCR=165;TR=289;WE=99758144;WS=99758126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,481:1.00:483
chr7	99768957	rs75779608	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=138;ReadPosRankSum=0.085;SC=GGAGCTGTAGCCGACGCCGCC;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=12;WE=99768965;WS=99768947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,15:0.26:58
chr7	99771305	rs71126309	C	CTCTT	1557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.17;MQRankSum=0.722;QD=39.94;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr7	99772298	rs10252037	A	C	7540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=78;PP=2965;SC=ATACTCAGGCACCCTCCAACC;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=91;TCR=78;TR=169;WE=99772306;WS=99772288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr7	99774122	rs12705073	T	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.05;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	99778227	rs11531577	G	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,64:0.29:224
chr7	99778285	rs2272343	A	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=3.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.763;QD=2.72;ReadPosRankSum=3.317;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,41:0.22:186
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chr7	99780283	rs2056726	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=1298;ReadPosRankSum=0.411;SC=GAAACCAAGCGTTAATGTCAC;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=87;TCR=44;TR=41;WE=99780291;WS=99780272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,55:0.35:158
chr7	99796072	rs3823642	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=331;ReadPosRankSum=0.879;SC=CCTATTCACATACTCTTTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=22;WE=99796080;WS=99796062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr7	99796146	rs3735241	A	C	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=15;PP=396;SC=GCGTCTACCCAGTTGTGTATG;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=99796154;WS=99796136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	99797031	rs2272345	C	G	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=669;ReadPosRankSum=-1.072;SC=CCTTCCACCCCCTAGGGTGAA;SOR=0.336;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=36;WE=99797039;WS=99797021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,55:0.71:78
chr7	99799845	rs1043915	T	A	3138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=52;PP=1678;ReadPosRankSum=0.609;SC=CTCAGATGATTGTTGGGGGCC;SOR=0.588;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=151;TCF=76;TCR=75;TR=108;WE=99799853;WS=99799835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,146:0.70:208
chr7	99809032	rs80044214	C	T	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=2.494;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,159:0.32:501
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chr7	99810643	rs1618851	T	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=268;ReadPosRankSum=2.091;SC=ACTGGTGTCTTACAAACAGCA;SOR=0.636;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=22;WE=99810651;WS=99810633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
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chr7	99816179	rs1727142	T	C	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.88;MQRankSum=-2.653;NF=24;NR=16;PP=476;ReadPosRankSum=0.791;SC=TGAGCTCTGCTGGAAGTGACT;SOR=0.674;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=40;WE=99816187;WS=99816169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,94:0.36:258
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chr7	99816275	rs1636987	G	C	1680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-4.590;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,52:0.28:184
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chr7	99817859	rs2906645	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.825;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.354;NF=12;NR=6;PP=202;ReadPosRankSum=1.772;SC=GGGGGGCCCCAACGGTGCTGG;SOR=1.122;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=18;WE=99817867;WS=99817849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr7	99819004	rs141918023	CTCTG	C	852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=826;ReadPosRankSum=0.798;SC=CGGATGTGGTCTCTGTGTGTG;SOR=0.944;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=18;WE=99819015;WS=99818994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr7	99821381	rs858508	C	G	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.423;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=545;ReadPosRankSum=-1.250;SC=AACCTCTCACCCTGAGACTCT;SOR=0.959;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=126;TCF=44;TCR=82;TR=40;WE=99821389;WS=99821371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,45:0.34:134
chr7	99821470	rs858509	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQRankSum=-7.719;QD=3.97;ReadPosRankSum=-2.068;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,32:0.26:124
chr7	99821685	rs863450	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=361;ReadPosRankSum=0.018;SC=TCAGGTGCTCCGAGGAGGGCA;SOR=1.713;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=110;TCF=34;TCR=76;TR=30;WE=99821693;WS=99821675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,31:0.27:114
chr7	99917416	rs112622797	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=1.803;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.323;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,40:0.28:144
chr7	99950297	rs7795656	A	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.174;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=207;ReadPosRankSum=0.846;SC=GACTGTGAGCAGGGGGGGCCC;SOR=1.683;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=13;WE=99950305;WS=99950292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr7	99950408	rs7795805	A	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQRankSum=0.294;QD=20.16;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
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chr7	99950418	.	T	TGC	1276.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.801;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQRankSum=0.125;QD=20.27;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr7	99950427	rs7799894	G	T	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.56;MQRankSum=0.076;QD=18.43;ReadPosRankSum=1.188;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr7	99950450	rs7799901	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.44;MQRankSum=-1.178;QD=9.96;ReadPosRankSum=2.007;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,40:0.46:87
chr7	99950508	rs7799932	G	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.928;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.969;NF=9;NR=15;PP=303;ReadPosRankSum=-1.179;SC=TGGGAGGCCTGTGGGAGCCTC;SOR=1.094;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=24;WE=99950516;WS=99950498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr7	99954393	rs6946768	G	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.230;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=533;ReadPosRankSum=0.194;SC=TCAGGATCTCGAACCTGCGGA;SOR=0.853;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=176;TCF=81;TCR=95;TR=52;WE=99954401;WS=99954383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,83:0.31:269
chr7	99954457	rs41280971	G	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=410;ReadPosRankSum=-0.698;SC=ACAGATCAGGGAGGCTGTCGT;SOR=0.630;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=41;WE=99954465;WS=99954447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,59:0.34:174
chr7	99955866	rs61735533	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.965;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr7	99956436	rs11771799	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=12.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-11.213;QD=2.02;ReadPosRankSum=-1.106;SOR=1.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,19:0.11:172
chr7	99956439	rs35986051	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=12.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQRankSum=-11.516;QD=2.22;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,20:0.12:168
chr7	99956444	rs11761306	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=10.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQRankSum=-11.604;QD=3.03;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,25:0.15:171
chr7	99957128	rs5886120	GCCT	G	1375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.236;NF=1;NR=17;PP=680;ReadPosRankSum=-2.405;SC=GGACTGCTGTGCCTCCTCCTC;SOR=0.910;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=18;WE=99957138;WS=99957118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,38:0.40:94
chr7	99964789	rs11765869	T	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.786;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=267;ReadPosRankSum=-1.019;SC=GGAGTACAGGTGCGGGCAGGG;SOR=1.214;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=18;WE=99964797;WS=99964779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr7	99971313	rs2405442	T	C	3862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=50;PP=1558;ReadPosRankSum=-0.381;SC=CCTACTGCCCTTGCTGCTGCC;SOR=0.605;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=314;TCF=186;TCR=128;TR=115;WE=99971321;WS=99971303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:349,213:0.38:562
chr7	99971834	rs1859788	A	G	2255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.918;NF=43;NR=59;PP=1448;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CCACTTCCACAGGCAGTCCTT;SOR=0.978;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=211;TCF=99;TCR=112;TR=102;WE=99971842;WS=99971824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,113:0.47:240
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chr7	99987805	rs7783550	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.040;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
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chr7	100091215	rs73405353	G	A	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=238;ReadPosRankSum=0.308;SC=GTCCGGTCATGCTGAGGTCCC;SOR=1.692;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=16;WE=100091223;WS=100091205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr7	100147928	.	CAA	C	113.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=1.286;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr7	100175473	rs909152	T	C	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.852;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=55;PP=1375;ReadPosRankSum=0.254;SC=GTTCTCTGGGTCCCCGGGGCT;SOR=1.012;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=229;TCF=100;TCR=129;TR=88;WE=100175481;WS=100175463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,140:0.35:398
chr7	100201230	rs112882557	AC	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr7	100227188	rs7457868	A	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,18:0.28:65
chr7	100240771	rs1052897	A	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=251;ReadPosRankSum=0.294;SC=CATCACCATTAATGAGGACAA;SOR=1.022;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=20;WE=100240779;WS=100240761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr7	100280896	rs221793	A	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=14;PP=560;ReadPosRankSum=2.198;SC=AGGGTTGTCCACCCAGCCAGC;SOR=0.817;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=38;WE=100280904;WS=100280886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,62:0.31:202
chr7	100281768	rs221794	T	C	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=255;ReadPosRankSum=-2.361;SC=GCGCGCACTGTGGGAGCTGGC;SOR=0.682;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=27;WE=100281776;WS=100281758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,56:0.43:131
chr7	100284510	rs35436931	TG	T	1567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.699;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.316;NF=21;NR=22;PP=788;ReadPosRankSum=1.817;SC=CAAGAAACGTTGGGGGGGCCA;SOR=0.493;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=43;WE=100284518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,71:0.37:192
chr7	100284913	rs221796	C	G	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=693;ReadPosRankSum=-0.425;SC=GCCCCCTCCCCGCCCCACCTG;SOR=0.853;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=188;TCF=108;TCR=80;TR=63;WE=100284921;WS=100284903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,81:0.36:227
chr7	100285974	rs221797	A	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=1.981;SC=ACGAAGGAGAACTTTAAAGCG;SOR=1.017;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=17;WE=100285982;WS=100285964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
chr7	100319680	.	C	CT	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.213;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr7	100320495	rs145666650	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=287;ReadPosRankSum=0.684;SC=TTCTGCTTGCCCTTTCTGTAA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=26;WE=100320503;WS=100320485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,45:0.28:160
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chr7	100348890	rs200690150	G	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=81;ReadPosRankSum=0.658;SC=ACTTGTCCAGGTAAGACCAAA;SOR=0.387;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=11;WE=100348898;WS=100348880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr7	100355708	.	CAAAT	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
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chr7	100371114	rs314298	C	T	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=66;PP=2010;SC=CTCCTACCACCCGGTGAGAGG;SOR=1.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=91;WE=100371122;WS=100371090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	100371473	rs314299	C	T	10176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=143;PP=2965;SC=TGGGCTGCTCCGTTTCGGGCC;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=107;TCR=144;TR=250;WE=100371481;WS=100371463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr7	100374087	rs314300	A	G	10262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr7	100374265	rs149853621	TCCCTC	T	1302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.66;QD=42.02;SOR=6.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	100376978	rs314303	T	C	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=14;PP=1046;SC=CCAGCCTGGGTGACAGAGCAA;SOR=1.670;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=54;WE=100376986;WS=100376968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	100383605	rs160602	T	A	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=28;PP=1955;ReadPosRankSum=1.330;SC=TTTCTCTTCCTGTAACTTCTA;SOR=1.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=95;WE=100383613;WS=100383595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr7	100385561	rs72364644	GGCTTCAGCTACCGCTTGCAAGGCCGCATGACCTAT	G	9768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=63;PP=2908;SC=CACATTTGACGGCTTCAGCTA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=79;WE=100385603;WS=100385551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr7	100386900	rs191137	T	C	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=46;PP=1748;SC=GGTCACCCTGTGGGGCCAACG;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=106;WE=100386908;WS=100386890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr7	100391581	rs314339	T	C	6108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.251;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=87;PP=2625;ReadPosRankSum=-0.976;SC=ATGCCTACAGTGGCACCCAGA;SOR=0.413;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=164;TCF=77;TCR=87;TR=162;WE=100391589;WS=100391571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr7	100391644	rs314340	T	C	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=75;PP=2452;SC=CTACCAGGTCTGAGCTGGCAG;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=65;TCR=75;TR=140;WE=100391652;WS=100391634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	100395003	rs314344	G	C	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=27;PP=1550;SC=AACCTGGTGGGCGTCCTACTG;SOR=1.168;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=75;WE=100395011;WS=100394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	100401270	rs314348	T	G	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=1132;ReadPosRankSum=-0.692;SC=CGCTCTCCTCTCTTGGCTCCT;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=58;WE=100401278;WS=100401260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr7	100410657	rs314358	A	G	14437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=1.523;SC=CTCCCGCTCCAGTGTGGCCCT;SOR=0.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=166;TCR=192;TR=354;WE=100410665;WS=100410647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,555:1.00:556
chr7	100411278	rs314359	T	C	5075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr7	100414704	rs35304729	C	CA	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.046;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr7	100416250	rs144173	A	G	9985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=127;PP=2965;SC=CCCGGATGTCAGACACTGCAG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=86;TCR=127;TR=213;WE=100416258;WS=100416240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr7	100416332	rs314364	T	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.50;ReadPosRankSum=1.305;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,79:0.93:85
chr7	100416354	rs314365	G	C	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=32;PP=1115;SC=AGACGGAGTCGTGCTCTATCA;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=100416362;WS=100416344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	100417621	.	C	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr7	100424577	rs141919245	G	GC	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.865;SOR=1.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,16:0.16:101
chr7	100424586	rs35907339	CG	C	1508.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.855;HP=8;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=475;ReadPosRankSum=-0.309;SC=CGCCCCCCCCCGCAAGGAAAC;SOR=0.277;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=41;WE=100424595;WS=100424567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,68:0.67:102
chr7	100424587	rs2304374	G	C	641.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=8.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=0.062;SOR=1.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr7	100424776	rs2571606	C	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=-0.622;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr7	100453208	rs314370	T	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=17;PP=1076;ReadPosRankSum=-0.959;SC=ATGAGTGACTTGGGCAAAGCC;SOR=0.709;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=80;TCR=26;TR=67;WE=100453216;WS=100453198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
chr7	100456595	rs314373	G	A	2644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1260;ReadPosRankSum=0.310;SC=CCTCCTGGGGGTTTGGGGCTG;SOR=0.514;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=121;TCF=64;TCR=57;TR=83;WE=100456603;WS=100456585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,120:0.69:173
chr7	100456611	rs314374	G	C	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=64;PP=2687;SC=GGCTGCCACCGTGAGGGACCC;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=125;WE=100456619;WS=100456601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr7	100458795	rs314378	T	C	10183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=128;NR=119;PP=2965;SC=ACACACTGGCTGCTGTGGTCA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=248;TCF=128;TCR=120;TR=247;WE=100458803;WS=100458785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
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chr7	100466441	rs2075756	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=50;ReadPosRankSum=1.252;SC=AGCTGCTGGGGTCTCTGGCCC;SOR=0.914;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=8;WE=100466449;WS=100466431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr7	100467975	rs10627414	C	CCT	2937.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=16;PP=1585;SC=GGACCGAGCCCGATTCCCACC;SOR=1.078;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=31;WE=100467983;WS=100467965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	100468103	rs7800241	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=29.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.173;QD=8.03;ReadPosRankSum=-1.610;SOR=0.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
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chr7	100468398	rs7783543	T	C	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=50;PP=1139;SC=AGGGAGTCAGTGGCTGGATGC;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=66;WE=100468406;WS=100468388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	100481658	rs11310439	GT	G	7267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=58;PP=2966;SC=TCCAATAACTGTTTTGTCTTT;SOR=1.010;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=98;WE=100481666;WS=100481648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr7	100482026	rs15624	T	C	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=45;PP=1769;SC=AGAATGATCTTCGCATCCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=88;WE=100482049;WS=100482016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr7	100482720	rs3757868	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.462;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=731;ReadPosRankSum=1.185;SC=GAGGTGAGAGGTTGGCGACAT;SOR=1.270;Source=Platypus;TCF=47;TR=46;WE=100482728;WS=100482710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr7	100484381	rs12705095	T	G	2899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=28;PP=1220;ReadPosRankSum=0.539;SC=TCTGAAGGTCTTCTCTGCCTT;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=136;TCF=91;TCR=45;TR=87;WE=100484389;WS=100484371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,136:0.69:198
chr7	100484917	rs6954151	C	T	18661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=717;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,713:1.00:713
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chr7	100486656	rs13241786	T	G	8546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=96;PP=2965;SC=TGCCTGACCCTACGCAGACTC;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=85;TCR=96;TR=181;WE=100486664;WS=100486646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr7	100486754	rs12666989	G	C	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1137;ReadPosRankSum=0.099;SC=AGCCTCTCCAGCTCCCCGTGC;SOR=0.505;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=136;TCF=57;TCR=79;TR=71;WE=100486762;WS=100486744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,121:0.57:214
chr7	100494222	rs66793456	G	GC	6072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=40;PP=2965;SC=GCTGGGCGAGGCGCACTCCGC;SOR=1.172;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=74;WE=100494230;WS=100494212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	100547148	.	GCAA	G	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.79;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
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chr7	100547183	.	GC	G	118.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr7	100547185	.	C	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	100547189	.	GGGCCAC	G	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr7	100547225	rs77066311	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.228;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr7	100547227	rs76736259	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=0.655;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr7	100547231	rs77939975	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.69;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr7	100547238	rs79636720	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
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chr7	100549697	rs77036391	A	G	26292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1504;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:801,696:0.46:1497
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chr7	100549787	rs73714227	CA	TG	15984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=247;PP=2944;ReadPosRankSum=2.083;SC=TTGGTCTATTCAGCCACCACT;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=1002;TCF=502;TCR=500;TR=505;WE=100549796;WS=100549777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:795,793:0.50:1588
chr7	100549873	rs74193966	G	A	28110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=209;NR=243;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.608;SC=GACGCAGGTGGCCTTCACCAG;SOR=0.748;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=921;TCF=446;TCR=475;TR=452;WE=100549922;WS=100549863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:688,739:0.52:1427
chr7	100549884	rs73163752	C	T	28719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1414;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.34;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:693,719:0.51:1412
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chr7	100551842	rs75365561	CT	TC	18962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1114;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:621,486:0.44:1107
chr7	100551849	rs77242346	A	T	18630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1135;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=1.004;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:633,493:0.44:1126
chr7	100552017	rs9691167	C	T	14261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=214;NR=222;PP=2962;ReadPosRankSum=0.208;SC=CTCCAGTGTTCTCCACTACCA;SOR=0.579;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=802;TCF=382;TCR=420;TR=436;WE=100552028;WS=100552007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:568,688:0.55:1256
chr7	100552018	rs76249962	T	G	20914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1249;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=1.202;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:688,545:0.44:1233
chr7	100552018	.	TCC	GCT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=21;MQ=59.99;NF=156;NR=181;PP=2944;QD=20;SC=TCCAGTGTTCTCCACTACCAT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=781;TCF=370;TCR=411;TR=337;WE=100552028;WS=100552007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:444,337:0.43:781
chr7	100552020	rs78680358	C	T	21122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1240;ExcessHet=3.0103;FS=1.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.24;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:678,547:0.45:1225
chr7	100552044	rs73714250	T	G	17107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1096;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=169;NR=189;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.978;SC=CTGTTCCTTCTTCACCATACA;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=782;TCF=370;TCR=412;TR=358;WE=100552052;WS=100552034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:592,494:0.45:1086
chr7	100552094	rs62483698	G	C	14831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=970;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=1.450;SC=TCTATCACAGGCTTTCCTAGT;SOR=0.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=698;TCF=325;TCR=373;TR=312;WE=100552102;WS=100552084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:549,410:0.43:959
chr7	100552117	rs62483699	G	T	17106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=957;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=155;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CTCTTCCTCTGCAACTACCAG;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=646;TCF=309;TCR=337;TR=303;WE=100552125;WS=100552107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:499,440:0.47:939
chr7	100552135	rs62483700	T	C	17250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=997;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=1.204;SC=CAGCACTTCTTCAACCAGCTC;SOR=0.637;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=626;TCF=301;TCR=325;TR=302;WE=100552143;WS=100552125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:507,470:0.48:977
chr7	100552251	rs9691900	T	C	24915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=964;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=257;NR=276;PP=2965;SC=TCCCTGCCTCTCCCACTGATC;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=537;TCF=258;TCR=279;TR=533;WE=100552259;WS=100552241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,942:1.00:942
chr7	100552311	rs12535515	C	T	7582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=829;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.485;SC=CTCCCACCACCCCATTAACAG;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=503;TCF=228;TCR=275;TR=228;WE=100552319;WS=100552301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:452,372:0.45:824
chr7	100552338	rs73398798	C	T	10116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=113;PP=2958;ReadPosRankSum=-0.697;SC=CCTTTACTACCGAAATGGTCA;SOR=0.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=458;TCF=210;TCR=248;TR=202;WE=100552346;WS=100552328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,294:0.43:689
chr7	100552358	rs73714254	C	G	10102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.290;SC=ACCTGTCCTACCTCCATCAGT;SOR=0.845;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=428;TCF=184;TCR=244;TR=192;WE=100552398;WS=100552348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,262:0.41:635
chr7	100552371	rs73714255	C	G	9806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.083;SC=CCATCAGTATCCAAACTACTC;SOR=0.849;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=432;TCF=198;TCR=234;TR=188;WE=100552398;WS=100552348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:354,252:0.42:606
chr7	100552384	rs75597914	A	G	9481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FS=3.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,246:0.43:578
chr7	100552390	rs73714257	T	C	9388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=4.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,245:0.43:574
chr7	100552412	rs73714259	T	C	9238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.136;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=92;PP=2274;ReadPosRankSum=1.198;SC=TCTTCCATGATGCCAGAAAGT;SOR=0.523;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=403;TCF=215;TCR=188;TR=173;WE=100552420;WS=100552402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,239:0.41:576
chr7	100552435	rs76244845	TC	AT	9179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=4.166;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=0.814;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,226:0.41:556
chr7	100552440	rs80290400	C	T	8718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FS=2.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.57;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:327,233:0.42:560
chr7	100552535	rs73163758	GT	AC	21237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=213;NR=121;PP=2944;ReadPosRankSum=1.475;SC=CTGAGCAACAGTTCTGTGATC;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=840;TCF=526;TCR=314;TR=334;WE=100552558;WS=100552525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:789,567:0.42:1356
chr7	100552549	rs73163760	CT	AC	24740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-5.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=228;NR=148;PP=2944;ReadPosRankSum=0.741;SC=TGTGATCCCCCTACCTCTTCC;SOR=0.657;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=922;TCF=566;TCR=356;TR=376;WE=100552558;WS=100552525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:880,649:0.42:1529
chr7	100552644	rs2904850	C	A	36610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2653;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1617,1032:0.39:2649
chr7	100552657	rs75471530	A	G	38094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2684;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.21;ReadPosRankSum=3.036;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1679,1002:0.37:2681
chr7	100552657	.	ACT	GCC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=21;MQ=59.97;NF=291;NR=280;PP=2944;QD=20;SC=CCCACCCACCACTAGGACTTC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1527;TCF=766;TCR=761;TR=571;WE=100552667;WS=100552634;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:956,571:0.37:1527
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chr7	100552738	rs79874934	CA	TG	32240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=277;PP=2944;ReadPosRankSum=0.990;SC=CATCACTTCTCAGATGACCAC;SOR=0.640;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=1349;TCF=623;TCR=726;TR=515;WE=100552747;WS=100552695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1368,847:0.38:2215
chr7	100552788	rs73398800	C	T	14235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1863;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=189;NR=262;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GGACCTTCTGCCTCTCTGTTC;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=1117;TCF=479;TCR=638;TR=451;WE=100552796;WS=100552778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1111,740:0.40:1851
chr7	100552837	rs73714264	G	A	19152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=214;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.291;SC=TGTCACTGAGGTCAGGCTTTA;SOR=0.694;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=878;TCF=361;TCR=517;TR=356;WE=100552845;WS=100552827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:790,561:0.42:1351
chr7	100552854	rs73714265	G	A	18513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=192;PP=2962;ReadPosRankSum=0.673;SC=TTTATCCTGAGCTTCCCTTTC;SOR=0.679;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=753;TCF=301;TCR=452;TR=314;WE=100552875;WS=100552844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:651,481:0.42:1132
chr7	100552867	rs73714266	T	C	16288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1003;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=2.099;SC=TCCCTTTCTTTCTGTGTTTTC;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=671;TCF=267;TCR=404;TR=285;WE=100552875;WS=100552844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:566,425:0.43:991
chr7	100552915	rs2904852	A	C	25354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=186;NR=298;PP=2965;SC=GGGAACAGGGACAGTGTGCTT;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=488;TCF=188;TCR=300;TR=484;WE=100552923;WS=100552905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,689:1.00:689
chr7	100552978	rs73163765	T	C	9550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.40;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,252:0.46:549
chr7	100552984	rs73163766	T	C	9749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FS=2.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.60;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,250:0.45:554
chr7	100553002	rs68094465	A	G	8524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=91;PP=2536;ReadPosRankSum=0.781;SC=ATGGCCTCAAATGCCAGTGCC;SOR=0.599;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=346;TCF=156;TCR=190;TR=172;WE=100553010;WS=100552992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,236:0.45:529
chr7	100553073	rs73714269	T	A	6653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.47;ReadPosRankSum=0.119;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,181:0.42:430
chr7	100553077	rs73714270	A	C	3179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,176:0.42:417
chr7	100553117	rs73400705	G	A	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=55;PP=1270;ReadPosRankSum=-1.429;SC=GGGTGTCACTGACTCTCCCCA;SOR=0.891;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=169;TCF=55;TCR=114;TR=78;WE=100553125;WS=100553107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,108:0.44:247
chr7	100555116	.	A	ATT	1984.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.681;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQRankSum=0.015;QD=18.55;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=1.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,93:0.87:107
chr7	100606141	rs117601013	G	A	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.006;NF=35;NR=14;PP=774;ReadPosRankSum=0.282;SC=TGGTGTCGGTGGCTTCAGACA;SOR=0.879;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=117;TCF=80;TCR=37;TR=49;WE=100606149;WS=100606131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,62:0.34:185
chr7	100607640	.	G	GCT	2539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.54;ReadPosRankSum=1.637;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,62:0.48:130
chr7	100607642	.	C	T	2732	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=20;MQ=59.91;NF=36;NR=11;PP=2732;QD=20;SC=TGACCTCTGCCCTCTTTCCCC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=84;TCR=29;TR=47;WE=100607654;WS=100607632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr7	100607643	.	CTCT	C,CCT	2524.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=2740;ReadPosRankSum=1.574;SC=GACCTCTGCCCTCTTTCCCCC;SOR=0.663;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=31;WE=100607654;WS=100607632;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.47:144
chr7	100607851	rs6960854	C	G	2526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=50;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.167;SC=AGGAGGGGCTCCAGAACGCCA;SOR=0.587;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=157;TCF=60;TCR=97;TR=83;WE=100607859;WS=100607841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,121:0.52:233
chr7	100607871	rs6960868	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=700;ReadPosRankSum=-0.813;SC=AGCCAGGATGCGAACAGCTGC;SOR=0.484;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=125;TCF=38;TCR=87;TR=52;WE=100607879;WS=100607861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,69:0.39:176
chr7	100607903	rs6961167	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=767;ReadPosRankSum=1.098;SC=GAGTGAGCCCGGGCTGGAGGG;SOR=0.495;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=85;TCF=21;TCR=64;TR=46;WE=100607911;WS=100607893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,55:0.50:109
chr7	100608154	rs10250885	G	A	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=29.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=2.193;SOR=3.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,37:0.21:174
chr7	100608158	rs79221376	A	G	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=31.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.00;ReadPosRankSum=2.107;SOR=3.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,39:0.21:188
chr7	100608162	rs79761591	G	C	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=36.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=2.477;SOR=4.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,40:0.20:205
chr7	100608165	rs76431635	A	G	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=38.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=2.266;SOR=4.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,42:0.19:216
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chr7	100608180	rs77646533	C	G	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=63.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=1.070;SOR=5.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,55:0.20:282
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chr7	100608884	rs73163797	G	A	4508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=4;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=59;PP=1204;ReadPosRankSum=0.023;SC=GAGCGGTCCCGCGTGTCGGTA;SOR=0.832;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=185;TCF=60;TCR=125;TR=83;WE=100608892;WS=100608874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,113:0.46:248
chr7	100608912	rs73163798	A	G	2572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.59;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,74:0.45:165
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chr7	100608953	rs78404383	TA	CT	1034.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=18.769;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=4.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr7	100608958	rs76888130	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=7.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr7	100608961	rs74773493	C	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=6.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
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chr7	100609486	rs62483707	C	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-1.669;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
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chr7	100613018	rs78041688	A	C	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.206;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,31:0.25:123
chr7	100613027	rs73168330	T	C	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,28:0.26:108
chr7	100613059	rs66842488	GCCT	G	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.322;HP=2;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=655;ReadPosRankSum=-1.672;SC=GCTGCAGGTGGCCTCCTCCCC;SOR=1.106;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=18;WE=100613069;WS=100613049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr7	100613107	rs73168333	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr7	100613112	rs75250895	G	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr7	100613127	rs73168334	T	C	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.632;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr7	100615281	rs73400789	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-0.268;SC=AGTCAGAAAAACATCTATCTA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=5;WE=100615289;WS=100615271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr7	100615311	rs79784813	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr7	100615313	rs79548447	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr7	100615321	rs75376427	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr7	100615353	rs73168339	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr7	100615359	rs73168341	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr7	100615377	rs33957279	AC	A	441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=5;HapScore=3;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=473;ReadPosRankSum=-0.762;SC=AGATCCAGAGACCCCCTGCCC;SOR=0.395;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=11;WE=100615395;WS=100615367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
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chr7	100615630	.	CTCTCCTTCCCTAGAGGATCCCAGTTCTCTCCACCAGCGCT	C	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-2.575;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
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chr7	100616195	rs77180957	G	C	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,24:0.23:104
chr7	100616196	rs77369062	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.923;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,24:0.23:105
chr7	100616199	rs78022349	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=1.113;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,24:0.23:106
chr7	100616227	rs75588135	A	T	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.194;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,31:0.27:113
chr7	100616229	rs78091742	G	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.344;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,28:0.25:113
chr7	100616245	rs79948354	C	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=4;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=689;ReadPosRankSum=-0.604;SC=AGGGGAGCTACGGTGCAGGAA;SOR=0.866;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=20;WE=100616266;WS=100616235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,21:0.22:97
chr7	100616258	rs73168346	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=2;HapScore=4;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=689;ReadPosRankSum=0.887;SC=TGCAGGAATGCCCTGAAAGAT;SOR=1.044;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=20;WE=100616266;WS=100616235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,15:0.16:91
chr7	100616277	rs117288840	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,15:0.17:89
chr7	100616279	.	C	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,14:0.16:88
chr7	100616288	rs201235128	G	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,11:0.14:80
chr7	100616293	rs202012524	G	A	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.811;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,10:0.13:75
chr7	100616310	rs199943216	G	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,6:0.09:64
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chr7	100624718	rs4363124	G	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,19:0.29:65
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chr7	100635205	rs4729631	C	T	3489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=70;PP=1580;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GTCTTACCTGCCGGCTCTACA;SOR=0.929;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=393;TCF=181;TCR=212;TR=116;WE=100635213;WS=100635195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:405,191:0.32:596
chr7	100635661	rs10953313	T	C	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.699;NF=44;NR=25;PP=755;ReadPosRankSum=1.034;SC=GAAGCATCTATGCCCGTCCAC;SOR=0.712;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=228;TCF=140;TCR=88;TR=69;WE=100635669;WS=100635651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,110:0.32:339
chr7	100648029	rs10953315	G	A	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=993;ReadPosRankSum=-0.968;SC=AGCCAGCACTGCCACAACACC;SOR=0.658;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=266;TCF=124;TCR=142;TR=84;WE=100648037;WS=100648019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,130:0.33:397
chr7	100663606	rs13242391	T	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=1.471;SC=CCAATAGGGGTGTGCCCTCTG;SOR=1.194;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=14;WE=100663614;WS=100663596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr7	100678370	rs79819548	C	T	9564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=153;PP=2962;ReadPosRankSum=0.070;SC=AACAAGTATGCCTGTCAGACA;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=922;TCF=473;TCR=449;TR=315;WE=100678378;WS=100678360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1005,537:0.35:1542
chr7	100681414	rs151191369	C	T	21915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1558;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.280;NF=342;NR=316;PP=2962;ReadPosRankSum=0.320;SC=AGGCTAGCACCCTTTCAGCAA;SOR=0.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=1038;TCF=524;TCR=514;TR=658;WE=100681422;WS=100681404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:546,979:0.64:1525
chr7	100731505	rs4524722	C	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=323;ReadPosRankSum=0.293;SC=TGGCCAGGGCCGCAGCCGCCT;SOR=0.718;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=22;WE=100731513;WS=100731495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr7	100731829	rs6948536	T	C	4268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=54;PP=1683;ReadPosRankSum=-0.337;SC=AGCCCCAGGCTGGAGATGGAG;SOR=0.564;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=183;TCF=108;TCR=75;TR=125;WE=100731837;WS=100731819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,199:0.65:308
chr7	100775087	rs143613360	A	AAAC	1671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	100776931	rs2227684	G	A	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=33;PP=2132;SC=TGCCATCAGCGAGAGCTGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=106;WE=100776939;WS=100776921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	100780176	rs2227694	A	G	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=6;PP=1286;SC=CTGCACTCCCACCTGGGCGAC;SOR=6.244;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=71;WE=100780184;WS=100780166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	100781413	rs7241	T	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=342;ReadPosRankSum=1.212;SC=GATTTCTGCTTCCTTTTATTT;SOR=0.842;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=24;WE=100781421;WS=100781403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,38:0.29:133
chr7	100781445	rs7242	T	G	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=43;PP=1408;SC=GAGGAAGAAATGTCAGATGCG;SOR=0.879;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=77;WE=100781453;WS=100781435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	100800131	rs4727481	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=18;PP=402;SC=ATGGTCGTCCTGTAGGTCAGG;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=100800139;WS=100800121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	100800635	rs2074686	G	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=0.534;SC=TTGTAGCGATGTCTCATGCGC;SOR=0.856;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=16;WE=100800643;WS=100800625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr7	100802316	rs6954408	C	T	2239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=967;ReadPosRankSum=1.775;SC=CCATGCTCAACTTAGCCTCTC;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=65;WE=100802324;WS=100802306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,106:0.68:155
chr7	100802786	rs11983381	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=5.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.520;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr7	100803614	rs2074683	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.184;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=241;ReadPosRankSum=0.242;SC=CTGGGGCTGGCCCTGGGAGGC;SOR=0.155;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=21;WE=100803622;WS=100803604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr7	100803689	rs35208462	C	T	4632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.958;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=41;PP=2075;ReadPosRankSum=-0.519;SC=CTCTCCCCCTCCCCCGTGTCT;SOR=1.176;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=186;TCF=118;TCR=68;TR=128;WE=100803697;WS=100803679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,208:0.70:299
chr7	100803729	rs73183986	A	G	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.054;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:361,158:0.30:519
chr7	100804140	rs1048303	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,33:0.20:161
chr7	100804240	rs113505007	T	TACCTCC	333.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TCCCATAACCTACCTCCACCC;SOR=0.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=4;WE=100804248;WS=100804230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr7	100815279	rs740103	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=267;ReadPosRankSum=1.665;SC=ACGCAGCGTCGGAAATGGCAG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=19;WE=100815287;WS=100815269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,25:0.26:97
chr7	100816527	rs2009973	A	G	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=10;PP=840;SC=GGGTCTCCCCATATGCCCCAG;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=100816535;WS=100816517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr7	100818193	rs2015923	G	C	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.64;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr7	100852084	rs77698195	TG	CA	10625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=64;PP=2944;ReadPosRankSum=-1.603;SC=TACCAGATCCTGCACCTCCTC;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=210;TCF=113;TCR=97;TR=134;WE=100852093;WS=100852074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,265:0.68:388
chr7	100853173	rs1468358	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=313;ReadPosRankSum=0.245;SC=ATACCCAATATACAGGAGAAG;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=100853189;WS=100853163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr7	100853181	rs145021050	A	AAG	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=313;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TATACAGGAGAAGAGGCTGTC;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=5;WE=100853189;WS=100853163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr7	100853714	rs79729122	G	A	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.061;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1548;ReadPosRankSum=0.603;SC=TGCTCAGATGGAGGAAGATGC;SOR=0.785;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=91;TCR=67;TR=100;WE=100853722;WS=100853704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,134:0.60:222
chr7	100853807	rs77805300	G	A	5163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=67;PP=1786;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GTGCACCCGCGCTCACCTTGT;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=98;TCR=110;TR=128;WE=100853815;WS=100853797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,244:0.63:386
chr7	100855031	rs2301904	G	C	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=844;ReadPosRankSum=-1.050;SC=CTGGGCAGACGGGAGCAGGCC;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=74;WE=100855039;WS=100855021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,108:0.71:152
chr7	100855107	rs79137018	G	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=302;ReadPosRankSum=0.709;SC=CTCCGGCTGCGGGGAGAGGGG;SOR=0.582;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=24;WE=100855115;WS=100855097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,34:0.33:102
chr7	100855724	rs2107803	A	G	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=7.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr7	100855823	rs1546841	G	A	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,78:0.61:127
chr7	100855877	rs1546840	G	A	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=760;ReadPosRankSum=-0.849;SC=GCTGCAGGAAGCGGGGCAGAA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=48;WE=100855885;WS=100855867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,83:0.58:144
chr7	100856294	rs2286120	A	C	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.83;ReadPosRankSum=-0.867;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr7	100856294	.	ATA	CTC	660	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=20;MQ=59.39;NF=14;NR=5;PP=660;QD=37.5509407822;SC=GGCACCTCTGATATGGGGGCT;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=19;WE=100856304;WS=100856284;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr7	100856296	.	A	C	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.430;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.88;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr7	100858557	rs77196583	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=0.202;SC=TGCAATGGCACGATCTCAGCT;SOR=1.828;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=14;WE=100858565;WS=100858547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
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chr7	100877456	rs2302428	T	C	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,23:0.25:93
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chr7	100962202	rs3757464	T	A	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=789;ReadPosRankSum=0.693;SC=CCGAGCCAGTTGGACACTCTG;SOR=0.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=50;WE=100962210;WS=100962192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,66:0.66:100
chr7	100965096	rs11369267	A	AG	3740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=56;PP=2586;SC=AGAGGCCCGCAGGGCCGACGG;SOR=1.149;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=6;TCR=60;TR=62;WE=100965104;WS=100965086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	101006216	rs4989271	G	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.99;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr7	101006376	rs4989267	C	T	3684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr7	101006488	rs4989265	C	G	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=250;SC=AGCTCGGGGCCGAGGGGCCGG;SOR=0.892;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=10;WE=101006496;WS=101006478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	101090831	rs17135418	G	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=0;PP=637;SC=CACGGACCCCGGCAGTGGTTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=31;WE=101090839;WS=101090821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	101188852	rs9886175	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr7	101199257	rs4729728	G	A	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=32;PP=921;SC=TCCCTCCCTTGCCCCTAGTCT;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=52;WE=101199265;WS=101199247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	101200669	rs36008849	A	AG	12224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=123;PP=2969;SC=GCCTCCCCAGAGGAGGTTCTG;SOR=0.811;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=162;TCF=35;TCR=127;TR=158;WE=101200677;WS=101200659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr7	101200727	rs17393069	G	A	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.400;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=705;ReadPosRankSum=0.100;SC=GAGGGGTGGCGCCCAACCCGA;SOR=1.008;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=157;TCF=54;TCR=103;TR=51;WE=101200735;WS=101200717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,67:0.33:203
chr7	101200835	rs7809926	A	G	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=48;PP=1348;SC=AGGACACCCTATCCTGGCTAG;SOR=1.440;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=67;WE=101200843;WS=101200825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	101256833	rs2240389	T	C	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,80:0.37:218
chr7	101257075	rs2240390	T	C	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr7	101265350	rs4263675	T	C	4247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=43;PP=2179;SC=CTGCTGCCCCTCCAGGACTCC;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=110;WE=101265358;WS=101265340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	101272465	rs848644	T	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=8;PP=187;SC=AGTGGTGAAGTGAAAAAGTTC;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=101272473;WS=101272455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	101459161	rs28650922	T	C	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=12;PP=934;SC=GCTGCGGCGGTGCCGTGAGGA;SOR=1.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=101459169;WS=101459151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	101671585	rs448877	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=24;PP=700;SC=TCTGTGATGTAATTTTCCATT;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=40;WE=101671593;WS=101671575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	101740606	rs1637257	T	G	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.58;ReadPosRankSum=1.665;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,57:0.71:80
chr7	101740610	rs1734879	C	A	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.36;ReadPosRankSum=1.849;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
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chr7	101755060	rs9655774	A	G	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=38;PP=985;ReadPosRankSum=0.323;SC=AACAGGTTTGATACTCTCCTT;SOR=0.643;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=67;WE=101755068;WS=101755050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,93:0.66:141
chr7	101758564	rs78218172	C	T	3442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=52;PP=1391;ReadPosRankSum=-0.590;SC=GTAAGTCTCTCTGCTTGGCCT;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=181;TCF=87;TCR=94;TR=103;WE=101758572;WS=101758554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,176:0.57:309
chr7	101758584	rs201501	G	A	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1262;ReadPosRankSum=-2.598;SC=TCCCTTATCCGTACACATTTC;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=72;TCR=90;TR=91;WE=101758592;WS=101758574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,152:0.56:273
chr7	101837149	rs11540899	G	A	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=437;ReadPosRankSum=-0.455;SC=AGTTTGCACCGTCCGAGGGCG;SOR=0.651;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=34;WE=101837157;WS=101837139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,70:0.54:129
chr7	101843536	rs34285499	A	AT	749.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.172;NF=2;NR=34;PP=556;ReadPosRankSum=-1.162;SC=GTAATTAACTATTTTTTTTTT;SOR=0.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=3;TCR=57;TR=36;WE=101843544;WS=101843526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr7	101844851	rs60987662	A	G	11502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=917;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=1.516;SC=CCAGCTACCCACCTCTCGCCA;SOR=0.593;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=459;TCF=208;TCR=251;TR=278;WE=101844859;WS=101844841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,552:0.60:913
chr7	101870599	rs430841	A	G	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=17;PP=1365;SC=TGGTCGTGGTAAAAGACAGCT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=101870607;WS=101870589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	101882503	rs62484935	T	C	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=9;PP=724;ReadPosRankSum=0.018;SC=TGCAAAGTCCTGCAAGCCGGC;SOR=0.598;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=43;WE=101882511;WS=101882493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,52:0.64:81
chr7	101892121	rs410825	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.033;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr7	101892328	rs368214	C	T	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=470;ReadPosRankSum=0.967;SC=TCTGAGGGGCCGCGGCCCTGG;SOR=0.488;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=42;WE=101892336;WS=101892318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,53:0.48:111
chr7	101916647	rs813000	A	G	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=28;PP=1223;ReadPosRankSum=0.086;SC=GACGCTGTGCAGAGCTGCAAG;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=82;WE=101916655;WS=101916637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,107:0.70:153
chr7	101917521	rs803064	G	A	2666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=-1.242;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,124:0.69:179
chr7	101917647	rs712839	A	G	3423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=57;PP=1652;ReadPosRankSum=-0.961;SC=GATACCGCCTAAGAACACAGA;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=94;WE=101917655;WS=101917637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,151:0.65:231
chr7	101917772	rs712840	A	G	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=0.636;SC=CTATAGTCCCAGCTACTTTGG;SOR=0.313;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=17;WE=101917780;WS=101917762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr7	101923315	rs57030737	T	TC	5366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.412;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.853;NF=18;NR=51;PP=2617;ReadPosRankSum=-0.784;SC=TCTCTTCCCCTCCTGTCTGTG;SOR=0.728;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=118;TCF=28;TCR=90;TR=69;WE=101923323;WS=101923305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,184:0.58:316
chr7	101925065	rs803069	G	T	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.603;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=860;ReadPosRankSum=-1.156;SC=TTTCTGTGAAGCCCAGGCAGC;SOR=1.272;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=51;WE=101925073;WS=101925055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,59:0.65:91
chr7	101925338	rs2257738	A	G	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=36;PP=907;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CTAGCTTGCGACCATGCCTCT;SOR=0.368;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=45;WE=101925346;WS=101925328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,50:0.71:70
chr7	101926087	rs73712454	G	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=1.430;QD=13.79;ReadPosRankSum=-1.754;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr7	101926228	rs803070	T	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=967;ReadPosRankSum=-2.320;SC=ATCCACTACCTCCTAGCCCCA;SOR=0.806;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=37;WE=101926236;WS=101926218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr7	101928495	rs803074	G	C	6153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=0.616;SC=ATCTCAGGACGCTCTCTGGCC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=296;TCF=169;TCR=127;TR=189;WE=101928503;WS=101928485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,284:0.60:471
chr7	101928585	rs803075	G	A	6170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=102;PP=2867;ReadPosRankSum=-0.788;SC=CCCCTCTCCCGGGAGGGTGGA;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=300;TCF=131;TCR=169;TR=179;WE=101928593;WS=101928575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,292:0.60:488
chr7	101936464	.	CT	C	174.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.642;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr7	101936555	.	CCTA	C	110	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=1;NR=6;PP=110;QD=23.0756678003;SC=GCCGGCTGGACCTACTGTCTA;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=101936565;WS=101936545;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr7	101953534	rs809120	T	G	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.36;QD=26.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr7	101954412	rs4729780	A	G	436.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.8496;FS=5.684;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=363;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TTGCTCTGTCACCCAGGCTGG;SOR=1.637;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=18;WE=101954420;WS=101954402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr7	101961132	rs75126175	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=192;ReadPosRankSum=1.656;SC=AAGCAGTCACGTCATAAGGAA;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=11;WE=101961140;WS=101961122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr7	101962247	rs2960257	C	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.196;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=34;PP=681;ReadPosRankSum=-0.363;SC=TCTCAGAGACCCCCGTCCATC;SOR=1.487;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=41;WE=101962255;WS=101962237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr7	102036396	rs28366045	AC	A	1415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=713;ReadPosRankSum=-0.265;SC=AAGCTCAGTGACATGTTTGCG;SOR=0.941;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=19;WE=102036404;WS=102036386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr7	102036545	rs6968325	C	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=0.494;SC=CTCGGTGGCACGAAGACGCCC;SOR=0.602;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=7;WE=102036553;WS=102036535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr7	102036769	rs56992893	CGGAGACTGCGTATGCG	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=681;ReadPosRankSum=-1.834;SC=TTCCCCTCTGCGGAGACTGCG;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=102036792;WS=102036759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	102036877	rs6951185	T	G	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=66;ReadPosRankSum=-1.397;SC=CCCAGCCGCCTCCTCGGTGCG;SOR=0.839;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=7;WE=102036885;WS=102036867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr7	102038153	rs67961431	CTGTG	C,CTG	5336.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.197;QD=33.78;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,120,35:0.76,0.22:158
chr7	102046070	rs6971258	T	A	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=7;PP=639;SC=AATTTTTTTTTAAAAAGCACC;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=102046078;WS=102046060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	102046328	rs10243209	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=471;ReadPosRankSum=1.752;SC=ATTTCTATAACGTAAAAATCC;SOR=0.774;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=36;WE=102046336;WS=102046318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,51:0.36:143
chr7	102046359	rs6955864	G	C	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=40;PP=1170;SC=ATTTGAAGAAGTCTTGGAAAG;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=102046367;WS=102046349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	102063363	rs143532608	GGAAACATCC	G	3594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=21;PP=2983;SC=TCCAAAGTCTGGAAACATCCG;SOR=2.191;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=54;WE=102063379;WS=102063353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	102063527	rs7384395	G	C	7589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr7	102065322	rs1983476	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=344;ReadPosRankSum=0.948;SC=GGACTGGTGGACGTGAGGCAT;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=19;WE=102065330;WS=102065312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr7	102065651	rs1047998	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.465;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=253;ReadPosRankSum=0.350;SC=CGCAAGGACCCGCTGACCCGC;SOR=0.193;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=17;WE=102065659;WS=102065641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr7	102086891	rs12672132	C	T	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=298;ReadPosRankSum=-2.000;SC=CTCTGCCTGGCAGGTGGCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=17;WE=102086899;WS=102086881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr7	102105566	rs79978502	G	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.794;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr7	102105984	rs10953368	T	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=10;PP=547;SC=TTAAGTGGTGTGGAGTCGGGA;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=102105992;WS=102105974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	102106306	rs11538919	A	G	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=1.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:245,98:0.29:343
chr7	102106857	rs140459331	CTTTA	C	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=258;ReadPosRankSum=0.435;SC=TGATGTGCTACTTTATTTATT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=102106868;WS=102106847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr7	102107697	rs11761361	G	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.375;NF=16;NR=6;PP=292;ReadPosRankSum=-2.297;SC=GCTTCCAGCAGGTGGCGGGAT;SOR=0.465;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=22;WE=102107705;WS=102107687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr7	102108013	rs111931759	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=1.685;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,32:0.28:116
chr7	102108263	rs35310665	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=1.059;SC=GCTGCCCACAAGCCCAGGGTG;SOR=0.613;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=19;WE=102108271;WS=102108253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr7	102108446	rs78815001	C	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=1.992;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr7	102108686	rs113296404	T	C	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=501;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GCTGGGCAGCTGTGACCCTTC;SOR=0.839;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=43;WE=102108694;WS=102108676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,73:0.38:190
chr7	102111936	rs60871950	G	A	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=798;ReadPosRankSum=0.728;SC=GGTAGTTATGGGCTTCTCTTT;SOR=0.642;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=47;WE=102111944;WS=102111926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,92:0.62:148
chr7	102112100	rs75312819	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=318;ReadPosRankSum=1.347;SC=GCTAGCCTCCGAGAGTCAGGT;SOR=1.022;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=22;WE=102112108;WS=102112090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
chr7	102112980	rs3800987	G	A	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=1732;ReadPosRankSum=0.561;SC=GCCAGTCCACGGTGGCAGTGG;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=105;WE=102112988;WS=102112970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,159:0.69:231
chr7	102113093	rs3800988	T	C	16705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=195;NR=152;PP=2965;SC=TCCCGCGGGCTTCCGGGAGCT;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=347;TCF=195;TCR=152;TR=347;WE=102113101;WS=102113083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,633:1.00:633
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chr7	102120834	rs200864556	A	G	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-3.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.570;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.599;NF=4;NR=7;PP=419;ReadPosRankSum=-1.321;SC=CCAAGTTGAGAGTGCAGAGGA;SOR=0.056;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=11;WE=102120842;WS=102120811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr7	102136550	rs77782294	G	A	4299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.16;QD=26.87;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
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chr7	102235692	.	G	GCT	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=5.972;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=30.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.125;NF=24;NR=2;PP=902;ReadPosRankSum=-2.170;SC=CCCCTCTGTCGCTCTCTGAAG;SOR=4.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=26;WE=102235700;WS=102235682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,15:0.16:95
chr7	102235708	rs200503327	T	G	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=9.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQRankSum=-1.950;QD=11.22;ReadPosRankSum=7.158;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,83:0.58:144
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chr7	102246500	rs144574884	A	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=7.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.01;MQRankSum=2.205;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.666;SOR=1.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr7	102257215	.	GT	G	107.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.00;QD=26.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr7	102319015	rs138714346	G	T	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.298;NF=57;NR=88;PP=1950;ReadPosRankSum=0.412;SC=GCAGAAGCCAGCAAGGCTTGG;SOR=0.667;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=378;TCF=145;TCR=233;TR=145;WE=102319023;WS=102319005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,170:0.36:470
chr7	102343967	rs4729850	A	G	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=81;PP=2345;SC=ATTTAGGAGTATCTTCACCTA;SOR=1.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=29;TCR=82;TR=110;WE=102343975;WS=102343957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr7	102389833	rs28695887	G	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=288;SC=CCTGGCCCGGGGCGCCGAACT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=102389841;WS=102389823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	102390107	.	CAAGTG	C	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.05;MQRankSum=-1.000;QD=17.41;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr7	102398410	rs199537059	C	CT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQRankSum=-4.858;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr7	102401989	rs199674245	TA	T	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.594;NF=0;NR=9;PP=83;ReadPosRankSum=-2.777;SC=ACCATCTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=9;WE=102401997;WS=102401979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr7	102417753	rs201667800	T	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=5.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.20;MQRankSum=-1.683;QD=1.19;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,18:0.18:100
chr7	102518909	rs72580510	A	AGT	919.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.678;NF=2;NR=15;PP=685;ReadPosRankSum=-1.365;SC=TGTAGGAAAGAGAGAAAAATT;SOR=0.706;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=17;WE=102518917;WS=102518899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr7	102553603	rs17135923	C	G	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=307;ReadPosRankSum=0.394;SC=GTACTGTAAGCCTTTGTCTGT;SOR=0.733;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=32;WE=102553611;WS=102553593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,72:0.35:205
chr7	102574920	rs1057066	G	C	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.249;NF=49;NR=57;PP=1125;ReadPosRankSum=0.570;SC=CGGAATTTGGGGAACTACGCC;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=271;TCF=129;TCR=142;TR=106;WE=102574928;WS=102574910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,142:0.34:415
chr7	102574999	rs3832497	TGAA	T	9007.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.726;NF=24;NR=72;PP=2970;ReadPosRankSum=0.334;SC=AGTTGTGTAATGAAGAAGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=172;TCF=45;TCR=127;TR=96;WE=102575009;WS=102574989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,228:0.63:362
chr7	102616469	rs2228687	G	A	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=52;PP=2537;SC=GTAAACCCACGAGGCCATGCC;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=85;TCR=53;TR=137;WE=102616477;WS=102616459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr7	102616515	rs2228686	G	A	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.945;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.997;NF=36;NR=29;PP=887;ReadPosRankSum=1.456;SC=GTTGGACTGTGAGCGGCCCCT;SOR=0.810;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=203;TCF=106;TCR=97;TR=65;WE=102616523;WS=102616505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,107:0.33:325
chr7	102668001	rs7805950	A	C	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=22;PP=694;SC=TCCGCAATAGAATATCTGAAG;SOR=1.162;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=102668009;WS=102667991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	102722505	rs4729868	G	A	5534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=82;PP=2371;SC=AATTCTTTCCGTTCTAAAAAG;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=41;TCR=82;TR=123;WE=102722524;WS=102722495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr7	102722516	rs4729869	T	C	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=75;PP=2293;SC=TTCTAAAAAGTTGTGTTTTTA;SOR=1.218;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=34;TCR=75;TR=109;WE=102722524;WS=102722495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	102724372	rs4729871	A	T	6892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=99;PP=2965;SC=TCAGACCCTCAATTTCCTCAT;SOR=0.867;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=77;TCR=102;TR=176;WE=102724380;WS=102724362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr7	102739043	rs4729879	C	T	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.66;MQRankSum=2.326;QD=22.64;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr7	102743893	rs3181009	C	T	159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=105;SC=TTTTCATCATCATTATTTAGG;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=102743901;WS=102743883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	102755330	rs4729882	A	G	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=3;PP=451;SC=TTCTGACTGTATATGTGTGTA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=102755338;WS=102755320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	102760511	rs12540583	A	C	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=628;ReadPosRankSum=-2.001;SC=GAAGCACGAGAGCTAAAGATG;SOR=0.766;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=193;TCF=81;TCR=112;TR=58;WE=102760519;WS=102760501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,102:0.33:313
chr7	102760722	rs1974715	A	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=658;SC=AAAAAGTATTATATCATCATA;SOR=3.193;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=102760730;WS=102760712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	102825871	rs4317507	T	C	3939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=44;PP=2054;SC=AAGAAATACTTATCAGCTGCC;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=110;WE=102825879;WS=102825861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	102874366	rs3987883	C	T	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=42;PP=1086;SC=ATTTTATGGTCATTACATATA;SOR=5.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=45;WE=102874374;WS=102874356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	102916119	.	AAACT	A	1174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.176;NF=2;NR=24;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.503;SC=ACAAGTTTCAAAACTAACAGT;SOR=0.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=3;TCR=43;TR=26;WE=102916130;WS=102916109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr7	102948040	rs11489600	T	C	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=26;PP=1380;ReadPosRankSum=0.033;SC=TCTTTCAATTTAGGTGTTTCC;SOR=0.506;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=109;TCF=74;TCR=35;TR=78;WE=102948048;WS=102948030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,128:0.77:167
chr7	102967731	.	GA	G	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.045;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr7	103007949	rs4520097	A	C	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=22;PP=1037;SC=TTTTGATCCTAGAGGCAATAT;SOR=1.141;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=103007957;WS=103007939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	103018016	rs10273883	A	G	3406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=26;PP=1412;SC=GCATAGAGGTATTAAATGACT;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=77;WE=103018024;WS=103018006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	103019613	rs12705120	A	G	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=15;PP=831;SC=GTATATACAAAGGTATACTAG;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=43;WE=103019621;WS=103019603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr7	103033573	rs13240456	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=13;PP=352;SC=AAAAAAAACCTTGCGACTGCA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=103033581;WS=103033563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	103053435	rs7779997	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=310;ReadPosRankSum=0.452;SC=AGAATATCAAATGTAAGCTTT;SOR=0.757;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=28;WE=103053443;WS=103053425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,36:0.30:119
chr7	103130403	rs736707	A	G	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=48;PP=1044;ReadPosRankSum=0.689;SC=CCATGGCTGCATCCTGCCTCC;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=66;WE=103130411;WS=103130393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,80:0.75:107
chr7	103132303	.	T	TCACACACACA	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.93;MQRankSum=0.319;QD=27.93;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr7	103136102	rs2528873	C	A	3342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=30;PP=1372;ReadPosRankSum=-0.478;SC=AGTTGTCTGACTAACCATTCT;SOR=0.608;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=124;TCF=84;TCR=40;TR=85;WE=103136110;WS=103136092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,150:0.67:223
chr7	103138517	rs2711885	C	G	6507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=108;NR=69;PP=2965;SC=ACAAAAAATTCACTTACTTTG;SOR=1.065;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=108;TCR=69;TR=177;WE=103138525;WS=103138507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr7	103141147	rs13232021	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=-2.027;SC=CCTAGGCATGACCCATGATGT;SOR=0.929;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=14;WE=103141155;WS=103141137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr7	103141437	rs13235135	A	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=683;ReadPosRankSum=0.447;SC=ATTGTCCTGCATGTGTATTCA;SOR=0.519;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=42;WE=103141445;WS=103141427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,51:0.80:64
chr7	103155705	rs2229864	A	G	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=820;ReadPosRankSum=-1.604;SC=GGGAGCGCTCATGCTGGGGTA;SOR=0.835;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=56;WE=103155713;WS=103155695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,100:0.64:157
chr7	103155864	rs56345626	A	G	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=712;ReadPosRankSum=-1.249;SC=CTTTAGCATCAGGAGGGAGAA;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=41;WE=103155872;WS=103155854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,70:0.65:108
chr7	103155944	rs2528862	C	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=500;ReadPosRankSum=0.159;SC=AATATCTTCTCTGAGTAAAAG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=17;WE=103155959;WS=103155934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr7	103155951	rs78832383	A	AAAG	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=703;ReadPosRankSum=0.352;SC=TCTCTGAGTAAAAGATTTACA;SOR=1.314;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=11;WE=103155959;WS=103155934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
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chr7	103162370	rs10282605	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=119;ReadPosRankSum=-2.023;SC=GGTAACTAACCCTGCATCTTG;SOR=0.828;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=9;WE=103162378;WS=103162360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
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chr7	103417139	rs13243284	A	C	2244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.41;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,56:0.66:85
chr7	103417557	rs11496125	C	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=243;ReadPosRankSum=-0.149;SC=CTATTCAAAGCTTTCATAATA;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=17;WE=103417565;WS=103417547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr7	103557697	rs711443	A	G	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=47;PP=1255;SC=TATTTCTGAAATGTTAGACAT;SOR=2.985;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=55;WE=103557705;WS=103557687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	103629803	.	T	TGCCGCC	3305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=45;PP=1672;ReadPosRankSum=0.122;SC=CTGCGCTCCATGCCGCCGCCG;SOR=1.481;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=48;WE=103629834;WS=103629793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,89:0.92:97
chr7	103807202	rs2307405	G	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=1.605;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr7	103824722	rs34556202	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.842;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=177;ReadPosRankSum=0.000;SC=GGAAATTTTACTTAACACATT;SOR=2.494;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=5;WE=103824732;WS=103824712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr7	103824724	rs11384924	T	TA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=148;ReadPosRankSum=-0.367;SC=AAATTTTACTTAACACATTTG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=103824732;WS=103824712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr7	103835732	rs2307400	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=80;ReadPosRankSum=1.096;SC=AAAGTAACTTCGCATTTAAAA;SOR=0.769;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=11;WE=103835740;WS=103835722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr7	103838120	rs13238183	A	C	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr7	103848094	rs2075217	T	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.94;ReadPosRankSum=-1.893;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr7	103848102	rs971813	C	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.83;ReadPosRankSum=0.216;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr7	103848133	rs10953406	C	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=494;ReadPosRankSum=1.008;SC=GTGGGTGAAGCTGCAGTACAG;SOR=0.552;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=28;WE=103848141;WS=103848123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr7	103848413	rs2075218	G	C	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=738;ReadPosRankSum=1.278;SC=GCACAAGACGGAGCCTCTCCC;SOR=0.208;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=42;WE=103848421;WS=103848403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr7	103969194	.	CAGG	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.508;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.681;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,7:0.14:49
chr7	104110392	rs4727601	C	T	5436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=30;PP=1864;SC=ATAGCACAATCATAGAAAACT;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=89;WE=104110414;WS=104110382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	104110406	rs6949376	C	G	2714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,121:0.72:167
chr7	104110492	rs6949536	C	T	3995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=2.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.309;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,196:0.68:289
chr7	104110657	rs6949602	A	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=392;ReadPosRankSum=1.427;SC=AAATGGAAAAAAATGATCAGT;SOR=0.557;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=18;WE=104110665;WS=104110647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr7	104263404	rs1113933	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=1.718;HP=6;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=248;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TTTTATTTTTATCTGTCATTT;SOR=1.244;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=14;WE=104263412;WS=104263394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr7	104263425	rs1073012	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	104377453	rs4236573	A	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=299;ReadPosRankSum=-1.681;SC=GCTTCCCCTGAGGTTCTAATT;SOR=0.815;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=24;WE=104377461;WS=104377443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
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chr7	104748407	rs34102092	GT	G	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.112;QD=6.74;ReadPosRankSum=-2.196;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
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chr7	104800939	rs4730071	C	T	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	104808386	rs143276009	G	GA	671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=8;PP=647;SC=GTATTACCCAGAAAAATCTTT;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=17;WE=104808394;WS=104808376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	104844416	rs34581245	CA	C	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.020;QD=12.00;ReadPosRankSum=2.155;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,79:0.84:94
chr7	104845124	rs2237611	A	C	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=46;PP=1598;SC=GCATTTCTGCAACGGCAGCCC;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=104845132;WS=104845114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	104845962	.	TCTCACACACACACA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr7	104845964	.	TCACACACACACA	T	267.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.820;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr7	104846173	rs55712418	A	G	7625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=109;PP=2965;SC=AGGAGAGGCAAGTAAGGAACT;SOR=0.930;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=74;TCR=111;TR=182;WE=104846181;WS=104846163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr7	104846375	rs139433699	A	AAC	7251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.622;NF=29;NR=93;PP=2991;ReadPosRankSum=-0.614;SC=ATTCTCTGAAAACACACACAC;SOR=0.758;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=167;TCF=42;TCR=125;TR=122;WE=104846384;WS=104846362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,326:0.82:398
chr7	104846394	.	A	ACC	2088	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.15;NF=29;NR=93;PP=2088;QD=17.1721311475;SC=ACACACACACATTGAGTTTGC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=43;TCR=137;TR=122;WE=104846402;WS=104846384;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:58,122:0.68:180
chr7	105122891	rs57080279	TA	T	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr7	105131849	rs73190120	C	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=0.881;SC=AAGAAAAAAACAGAATGAAAA;SOR=0.910;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=19;WE=105131857;WS=105131839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
chr7	105146359	rs818471	C	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
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chr7	105148460	rs55700120	G	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=1.597;SC=GTATAAACAAGCCTTGGAGAT;SOR=0.665;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=7;WE=105148468;WS=105148453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr7	105172685	rs818620	G	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=166;ReadPosRankSum=0.976;SC=GCTGGGTAGTGAGTGTGTCGC;SOR=0.346;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=11;WE=105172693;WS=105172675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr7	105173029	rs818621	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=0.338;SC=GGGAGGTGGCTCTAGTGAGCA;SOR=0.387;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=14;WE=105173037;WS=105173019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr7	105177041	rs11556986	A	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=273;ReadPosRankSum=-1.029;SC=TCTTATTGGAAGTAAACAAGT;SOR=0.735;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=25;WE=105177049;WS=105177031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,44:0.39:114
chr7	105192060	rs373723018	C	T	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.30;ReadPosRankSum=3.181;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,55:0.24:226
chr7	105222581	rs58194204	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=4.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.707;NF=6;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=1.656;SC=TCTGGTCAACGGGCAAAAAGC;SOR=0.323;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=7;WE=105222589;WS=105222571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr7	105222738	rs57492756	A	G	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-5.558;NF=21;NR=24;PP=461;ReadPosRankSum=1.469;SC=CCTCGGGAGCAGACGAATTCT;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=65;TCR=75;TR=45;WE=105222746;WS=105222728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,84:0.32:260
chr7	105250824	rs10216257	G	C	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr7	105250904	rs10215543	A	G	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=7.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.001;SOR=1.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
chr7	105250904	.	AG	GA	663	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=27;NR=20;PP=663;QD=15.2439973375;SC=GTCTGACCCCAGTGTCCAAAC;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=47;WE=105250913;WS=105250894;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr7	105250905	rs940370	G	A	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.60;SOR=1.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	105254085	rs57819574	T	C	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=17;PP=1166;SC=AGTGAGGTAATAACCGTAAAG;SOR=1.379;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=56;WE=105254093;WS=105254075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	105429087	rs28927677	G	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=17;PP=627;ReadPosRankSum=1.266;SC=TGACGACCTGGTTACAGGCAC;SOR=0.827;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=46;WE=105429095;WS=105429077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,55:0.27:205
chr7	105621512	rs193795	G	T	3012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.171;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1237;ReadPosRankSum=-2.857;SC=TCACAGACCTGCAAGTCCTGA;SOR=0.546;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=84;WE=105621520;WS=105621502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,145:0.58:249
chr7	105661079	.	G	A	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.365;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=46;PP=1160;ReadPosRankSum=0.701;SC=ACACTGATCTGGGCAAAGTGG;SOR=1.202;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=82;TCF=15;TCR=67;TR=55;WE=105661087;WS=105661069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,65:0.66:99
chr7	105733037	rs4434555	T	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=153;SC=GAGAATCACTTGAACCCAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=105733045;WS=105733027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	105733619	rs176486	G	A	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=53;PP=1540;SC=ATAATGAACAGTTAATTTTAA;SOR=1.322;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=78;WE=105733627;WS=105733609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	105738368	rs12705333	T	C	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=44;PP=1335;SC=GTATGAATTATTGGACTTTCC;SOR=3.113;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=105738376;WS=105738358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	105903904	rs2302559	T	C	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=2.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-5.939;QD=3.51;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,84:0.25:336
chr7	105904150	rs4730153	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=265;ReadPosRankSum=-2.199;SC=CATGTTTACTATACCAAACCA;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=28;WE=105904158;WS=105904140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,32:0.30:108
chr7	105909828	rs35479106	C	CT	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.522;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr7	105909890	rs2072457	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=1.319;SC=ACAGAACTGCGCAGCAGGATG;SOR=0.260;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=105909898;WS=105909880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr7	106508978	rs849389	A	G	14912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr7	106508987	rs849390	T	C	14841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr7	106510076	rs1526083	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=325;ReadPosRankSum=-0.347;SC=CACTCCATTCAGTTGTCATCA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=21;WE=106510084;WS=106510066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr7	106519943	rs849370	T	C	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=46;PP=2680;SC=GTGTGGGGAATATGTGACTGC;SOR=1.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=90;TCR=47;TR=136;WE=106519951;WS=106519933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr7	106522592	rs28763991	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=-1.391;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,36:0.24:153
chr7	106768839	rs34736852	G	GAC	762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=351;ReadPosRankSum=-0.659;SC=TTTGTAAGCTGATCACCCTGG;SOR=0.706;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=10;WE=106768847;WS=106768829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,24:0.26:93
chr7	106781445	rs2302453	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=-1.329;SC=AACCTTTTGTGTAAAATCTCA;SOR=0.547;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=16;WE=106781453;WS=106781435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chr7	106786952	rs3729876	T	C	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=52;PP=1644;SC=TTTGTAGCAATTGCTATGACG;SOR=1.466;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=75;WE=106786960;WS=106786942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr7	106787065	rs3729877	T	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=305;SC=CACTAAGACTTCACTAAGTCA;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=106787073;WS=106787055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	106829995	rs150797034	A	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=0.213;SC=TTTGAGGGGAAAACGTCTTTC;SOR=0.576;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=16;WE=106830003;WS=106829985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr7	106877214	rs76649359	C	A	2342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.56;ReadPosRankSum=-3.074;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr7	106877214	.	CTG	ATA	1783	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=9;NR=37;PP=1783;QD=39.9232146709;SC=CCCACCAATGCTGCTATTTCA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=46;WE=106877224;WS=106877204;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:26,46:0.64:72
chr7	106877216	rs77706294	G	A	2342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.28;ReadPosRankSum=-2.745;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,56:0.70:80
chr7	106888946	.	TA	T	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=2.064;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,43:0.20:220
chr7	106898870	rs373558918	TTC	T	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,16:0.17:94
chr7	106898908	rs200066090	T	TAC	899.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=1.775;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr7	106965039	rs6466164	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-1.551;SC=ATGGGTAACACGTAACCTTGA;SOR=0.627;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=106965047;WS=106965029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr7	107002806	rs2269970	A	G	3545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=47;PP=1454;ReadPosRankSum=-1.267;SC=TTGGTCCAGAATGAGGCACGC;SOR=0.650;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=137;TCF=73;TCR=64;TR=97;WE=107002814;WS=107002796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,163:0.69:236
chr7	107114400	rs11453718	A	AT	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=1;PP=283;SC=CAATTGAAAGATTTTTTTTCT;SOR=3.716;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=12;WE=107114408;WS=107114390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	107167661	rs201626701	T	TA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,16:0.19:86
chr7	107194911	rs2520270	C	A	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=460;ReadPosRankSum=-0.815;SC=AAAGAAAAAACCACAGGTTTT;SOR=1.398;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=27;WE=107194919;WS=107194901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr7	107208118	rs1468335	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=195;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TACCTCTCGATCATTTTTAAG;SOR=0.368;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=18;WE=107208126;WS=107208108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
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chr7	107392891	rs10594774	CTG	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,11:0.10:107
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chr7	107420354	rs10247487	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=375;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TGCGATGCCACGCAAGACACA;SOR=0.151;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=19;WE=107420362;WS=107420344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr7	107423254	rs3735605	C	T	2765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=35;PP=1480;ReadPosRankSum=1.246;SC=TTTGTAGAGGCGCCAGGAGAA;SOR=0.526;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=150;TCF=97;TCR=53;TR=94;WE=107423262;WS=107423244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,125:0.63:198
chr7	107531832	rs11373214	G	GC	1360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=1433;SC=GCTGGCGGAGGCGGGCGCCTG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=34;WE=107531840;WS=107531822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	107542662	rs10250718	T	C	150.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=105;SC=TGTGAAAACATAGCCCGAATA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=107542670;WS=107542659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	107545586	rs17412104	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=0.123;SC=TTTGAACTTGGTTACAGGGGA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=5;WE=107545594;WS=107545576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	107545799	rs10263341	T	C	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=33;PP=1827;SC=AAGATTATTTTGTAAAGGTTG;SOR=1.304;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=70;TCR=34;TR=103;WE=107545807;WS=107545789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	107546937	rs10281520	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=374;ReadPosRankSum=0.153;SC=AAACACTTCTAGTAATAAAGA;SOR=0.910;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=21;WE=107546945;WS=107546927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr7	107559722	rs8721	A	T	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-2.034;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr7	107564366	rs7561	T	G	4231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=41;PP=2005;SC=TTTTACCTTGTTCACCTCAGC;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=103;WE=107564374;WS=107564356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	107564539	rs3213673	G	A	2521.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.66;ReadPosRankSum=0.224;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,78:0.92:85
chr7	107564542	rs3213674	G	T	2850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.400;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.77;ReadPosRankSum=0.626;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,84:0.97:87
chr7	107569517	rs1131398	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=200;ReadPosRankSum=-0.713;SC=ACCGAAGTTAACAGGTTCTGG;SOR=0.664;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=19;WE=107569525;WS=107569507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,29:0.38:77
chr7	107575792	.	GTTTTTTTTTTTT	G	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.96;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	107577448	rs34337564	CT	C	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.970;HP=10;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=631;ReadPosRankSum=-0.208;SC=TATTAGAAAACTTTTTTTTTT;SOR=2.108;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=15;WE=107577464;WS=107577438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr7	107577456	rs56285692	T	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.447;HP=9;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=608;ReadPosRankSum=-2.753;SC=AACTTTTTTTTTTCCCCAAAA;SOR=1.838;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=20;WE=107577464;WS=107577438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr7	107580839	rs2158836	A	G	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=36;PP=999;SC=TGATCTACTTAATCATGAACC;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=43;WE=107580847;WS=107580829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	107593989	rs20556	T	C	3785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=27;PP=1661;SC=ACAGTCCTGCTGGAGGGCATC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=88;WE=107593997;WS=107593979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr7	107603431	rs2230156	A	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,36:0.27:133
chr7	107749451	.	G	GT	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr7	107791018	rs443552	G	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=9;PP=510;SC=TGTGAATGGAGCATGATTTTG;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=107791026;WS=107791008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr7	107800953	rs12670313	A	G	5559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=92;PP=2592;SC=AAACAAATCAATGGTGTTGGT;SOR=1.071;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=54;TCR=92;TR=146;WE=107800961;WS=107800943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr7	107808639	rs12537654	A	G	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=10;PP=935;SC=AAGATGATCCATAGTAAATTC;SOR=2.265;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=48;WE=107808647;WS=107808629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	107815858	rs11983886	T	A	7031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=95;PP=2965;SC=AACACACCCATGAGCATGTAT;SOR=0.878;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=70;TCR=95;TR=165;WE=107815866;WS=107815843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr7	107818851	rs428459	T	C	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=29;PP=1645;SC=CAGTACTTGTTTGACGCATGA;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=87;WE=107818859;WS=107818841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr7	107820911	rs414077	G	T	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=53;PP=1598;SC=GCAGAAAGGAGCAAACAAGAT;SOR=1.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=81;WE=107820919;WS=107820901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	107822198	rs2839850	A	G	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=16;PP=1169;SC=CTCCTGTGGTATGCATGACAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=107822206;WS=107822188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	107822396	rs2142325	G	A	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=67;PP=2069;SC=GAAAAGGACAGGGAAGTGGTA;SOR=1.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=101;WE=107822404;WS=107822386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr7	107824556	rs10561815	TTA	T	445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=2;PP=506;SC=ATATGTATCTTTATATATATA;SOR=2.985;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=12;WE=107824565;WS=107824550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	107824678	rs6970656	A	G	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=35;PP=2134;SC=AAGGCATCATAGCTCACCTTC;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=104;WE=107824686;WS=107824668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	107824889	rs401433	C	G	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=55;PP=2011;SC=ACTGCTCAGACGCCTCGCTGG;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=99;WE=107824897;WS=107824879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	107825108	rs427909	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=346;SC=TTCAGTCAACTCAGGGGTAGC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=107825116;WS=107825098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	107831520	rs6962066	T	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=25;SC=GAAAAATCTGTGGTTATGATG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=107831528;WS=107831519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr7	107834613	rs6958498	G	C	10456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=137;NR=128;PP=2965;SC=ATCCATGTAGGATCTGAAATG;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=267;TCF=137;TCR=130;TR=265;WE=107834632;WS=107834603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr7	107834624	rs6978315	T	C	10138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=126;NR=134;PP=2965;SC=ATCTGAAATGTAGAGTCATCG;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=127;TCR=135;TR=260;WE=107834632;WS=107834603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr7	107834734	rs404287	C	T	9504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=124;PP=2965;SC=CTTCATTCTTCGCCATCCCTA;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=225;TCF=101;TCR=124;TR=224;WE=107834742;WS=107834724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr7	107836062	rs34038577	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=2.174;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr7	107836064	rs34680676	G	GAA	295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	107836117	rs35825013	GT	G	1098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=8;PP=679;SC=TTCCCTGTTTGTTTTTTGAAT;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=22;WE=107836125;WS=107836107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr7	107838464	rs381318	G	T	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=31;PP=991;SC=TGCACTGATAGACTGCACTTG;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=107838472;WS=107838454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr7	107838637	rs388557	C	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=288;SC=ATAAAGACTGCTCTAAGTACA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=107838645;WS=107838627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	107849908	rs1269621	G	A	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,101:0.70:144
chr7	107872816	rs2072546	G	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=400;ReadPosRankSum=0.799;SC=CTCCGCGTTCGTTCCTTGCTG;SOR=0.317;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=26;WE=107872824;WS=107872806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr7	107874906	rs1269632	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=468;SC=ATATCCAACTGAAAAAGGAAG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=107874914;WS=107874896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	107875170	rs1269633	T	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=34;PP=1055;SC=AAAAACAAATTATTTAAAATC;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=107875178;WS=107875160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	108137253	rs11448779	G	GA	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=423;ReadPosRankSum=-1.723;SC=CCCTTATGATGTAAGATTTCC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=12;WE=108137261;WS=108137243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,23:0.29:79
chr7	108212353	rs1043615	G	A	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=505;ReadPosRankSum=-0.405;SC=ATAAGAGCCCGGATGCTGAAG;SOR=0.650;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=45;WE=108212361;WS=108212343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,86:0.37:232
chr7	108213926	rs3763457	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-1.508;SC=TAGCTATTAAATATATTTAAG;SOR=0.301;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=108213934;WS=108213916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr7	108524444	rs11397223	C	CA	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.987;QD=5.67;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr7	110603012	rs17158195	A	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=311;ReadPosRankSum=0.730;SC=TTGATTTATCAGCAAGTACAA;SOR=0.859;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=18;WE=110603020;WS=110603002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr7	110603427	rs10225614	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=1.152;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr7	111372095	rs10953696	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=25;SC=TGGCTGCGTTTGTGCAGGAGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=111372103;WS=111372089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	111372244	rs12705796	G	T	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=18;PP=982;SC=AAGAAAACTGGGCCAGTCTCT;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=56;WE=111372252;WS=111372234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	111376840	rs2301678	T	C	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=26;PP=1247;SC=CATTAATCCCTTAAAGAGCAT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=70;WE=111376848;WS=111376830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr7	111379582	rs2074115	A	G	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=59;PP=1753;SC=AAGGCTTCCCACGACACTGAC;SOR=1.407;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=82;WE=111379590;WS=111379572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	111379634	rs10246451	C	A	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=786;ReadPosRankSum=-0.739;SC=AAATTAGCAACAAAAAGTCCG;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=111379642;WS=111379624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr7	111382324	rs3757648	C	T	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=58;PP=1704;SC=GTAGGAACAGCTGTCACTTTA;SOR=1.546;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=81;WE=111382332;WS=111382314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	111386511	rs3832524	G	GT	5852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=74;PP=2957;SC=CTTTAGTGGAGTACAAGGCAA;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=8;TCR=75;TR=82;WE=111386519;WS=111386501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr7	111400501	rs17158794	T	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=39;PP=1031;SC=ATAACAAAAATTACGCTGGAA;SOR=3.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=44;WE=111400509;WS=111400491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr7	111407283	rs372483378	CT	C	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.851;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr7	111474749	rs3214145	TA	T	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=1.656;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,17:0.28:60
chr7	111628970	rs2074128	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=1.503;SC=AAAAAGCCCATAGGATTGCTT;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=14;WE=111628978;WS=111628960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr7	111634067	rs566714	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=20;ReadPosRankSum=1.807;SC=GTTAATATCTATATCCCCAAG;SOR=0.048;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=4;WE=111634075;WS=111634057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	111634368	rs847541	A	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=290;SC=AGATAACTAGAAAAGAAAGCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=111634376;WS=111634358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	111634389	rs847542	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr7	111926896	rs10710470	CT	C	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=3.071;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr7	112101909	rs2708609	T	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	112130128	rs10225870	C	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=239;ReadPosRankSum=0.006;SC=AGGCAACCCACCCCTGGGGCC;SOR=0.657;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=24;WE=112130136;WS=112130118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,24:0.29:82
chr7	112555294	.	GA	G	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.717;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,20:0.19:104
chr7	112575149	rs10231221	A	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=250;SC=ATTTATTTCAATGATCAGGCA;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=112575157;WS=112575139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	112724417	rs2256044	A	G	8110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=87;PP=2965;SC=CGATAGCTAAATATCTGGTGA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=104;TCR=87;TR=191;WE=112724425;WS=112724407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr7	112724525	rs1608890	A	G	11348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=134;NR=125;PP=2965;SC=TCCAGGTAGAACCATTTTTGA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=134;TCR=127;TR=259;WE=112724533;WS=112724515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr7	112724795	rs1575012	G	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=486;ReadPosRankSum=-0.820;SC=GGAGGATAAGGATACAGCCTC;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=27;TCR=72;TR=36;WE=112724803;WS=112724785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,47:0.33:142
chr7	113518502	rs2974938	A	T	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=52;PP=2708;SC=AACCTGCCTAAGATCTCTGTT;SOR=1.120;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=81;TCR=53;TR=133;WE=113518510;WS=113518492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	113519719	rs2974944	A	T	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=60;PP=2569;SC=TTACTTCAATATTTTTAGCTC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=124;WE=113519727;WS=113519709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr7	113519796	rs2974942	C	T	7279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=88;PP=2965;SC=GGTATTTGCACTGTGCCATTG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=90;TCR=90;TR=178;WE=113519804;WS=113519786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr7	114138751	rs2040658	G	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=377;SC=CCAAAAGAAAGATTTTAGTTA;SOR=3.816;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=114138759;WS=114138749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	114178279	rs78027924	T	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.033;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr7	114210814	rs17137124	T	C	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=14;PP=1053;ReadPosRankSum=1.579;SC=AGCACAAGCCTTAAGATTGAA;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=61;WE=114210822;WS=114210804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,72:0.73:98
chr7	114270077	rs10227893	T	G	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=35;PP=668;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TCCGGTTATCTCATTGATACA;SOR=0.911;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=170;TCF=56;TCR=114;TR=49;WE=114270085;WS=114270067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,72:0.29:246
chr7	114271579	.	CCAG	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.22;ReadPosRankSum=2.744;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,16:0.08:212
chr7	114293859	rs11765385	G	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=4.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=239;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TCCTCCTGACGCAGACTTTTA;SOR=1.006;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=17;WE=114293867;WS=114293849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr7	114296545	rs881732	A	C	3645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.501;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=32;PP=1474;ReadPosRankSum=1.430;SC=TGCGTTTCTCAAACTATGCAG;SOR=0.639;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=83;TCR=53;TR=85;WE=114296553;WS=114296535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,166:0.67:246
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chr7	114562833	rs35262508	G	GTT	243.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5435;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=196;ReadPosRankSum=1.534;SC=AACTTGCGCTGTAACAGTTTT;SOR=0.330;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=114562841;WS=114562823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr7	114562947	.	AT	A	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.65;ReadPosRankSum=1.344;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr7	114619598	rs2594449	C	A	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=42;PP=1807;ReadPosRankSum=-0.937;SC=AGACTTCAGCCCAGGTGCCAA;SOR=0.581;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=104;WE=114619606;WS=114619588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr7	115580929	rs77901105	C	T	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.980;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=47;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.605;SC=CTAAATCAACCGTGCCAAGTG;SOR=1.020;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=77;WE=115580937;WS=115580919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,110:0.68:161
chr7	115624288	rs4730703	T	C	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=412;ReadPosRankSum=-2.097;SC=ACTGATGATATATTTTTATAA;SOR=0.530;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=34;WE=115624296;WS=115624278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,56:0.37:152
chr7	115850675	rs11549785	C	T	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=878;ReadPosRankSum=-0.024;SC=CGCAGGTTTCCCGTGTTCGCA;SOR=0.570;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=54;WE=115850683;WS=115850665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,84:0.70:120
chr7	115850937	rs1866961	T	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=499;SC=CCCAGGGACCTGGCCCCCTGG;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=115850945;WS=115850927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	115874560	rs2030978	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
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chr7	115890157	rs57512222	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=-0.119;SC=TGTGTGTTATGAAACATCACA;SOR=0.711;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=19;WE=115890165;WS=115890147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr7	115892650	rs1048508	T	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=0.217;SC=GAAAGCAAATTATTCCTACCA;SOR=0.582;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=19;WE=115892658;WS=115892640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr7	115897222	rs2402058	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr7	115897242	rs2402059	T	G	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=0.162;SC=TCTGAGGTTGTCATTATGAGT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=10;WE=115897250;WS=115897232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr7	115897287	rs2402060	T	G	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,27:0.31:86
chr7	115897392	rs4710	G	C	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,66:0.38:175
chr7	116140076	rs2535220	T	C	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=55;PP=1724;SC=CCACCATTGCTACCGGGTCGG;SOR=2.391;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=14;TCR=55;TR=69;WE=116140084;WS=116140066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	116140275	rs11767363	T	C	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=24;PP=1284;SC=GGCGTCAGGTTGGCTGACAGT;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=71;WE=116140283;WS=116140265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	116140524	rs2270188	G	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=26;PP=696;SC=ACACCGGGTGGACCGGCTTTC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=116140532;WS=116140514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	116145957	rs4730743	A	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=6;PP=645;SC=ATCTTTTCATACATGTACAAG;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=116145965;WS=116145947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	116165360	rs1997623	A	C	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=36;PP=1150;SC=GAGGGGGCCTAGGGAGCCCCT;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=116165368;WS=116165350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	116165463	rs2742125	T	C	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=17;PP=558;SC=GGATGCTCCCTTGTCGCGGGA;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=116165471;WS=116165453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	116166858	rs138907327	GCA	G	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.465;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.006;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,13:0.14:90
chr7	116336013	rs62469056	G	A	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr7	116364823	rs34822187	CA	C	770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.528;NF=4;NR=11;PP=518;ReadPosRankSum=0.693;SC=TCTCCCTTTACAGGCAGAAAA;SOR=0.667;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=15;WE=116364831;WS=116364813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr7	116397572	rs13223756	A	G	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.078;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=584;ReadPosRankSum=-0.995;SC=GGACAACACAATACAGTACAT;SOR=1.148;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=34;WE=116397580;WS=116397562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr7	116409675	rs72220100	CT	C	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
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chr7	116533204	rs12706110	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=351;ReadPosRankSum=-0.352;SC=TTTTGTTTTGAGATGGAGTCT;SOR=0.346;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=19;WE=116533212;WS=116533194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
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chr7	116557939	rs3173936	C	T	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=61;PP=1530;ReadPosRankSum=-2.002;SC=ATTGCATGACCGGATCATTTT;SOR=0.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=53;TCR=102;TR=93;WE=116557947;WS=116557929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,148:0.65:227
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chr7	116596697	rs6960131	A	G	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=69;PP=1975;SC=TTCTGGAGTCATTCTTGGATA;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=34;TCR=69;TR=103;WE=116596705;WS=116596687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	116598735	rs6466595	A	G	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=66;PP=1820;SC=GGCCACTGCAATAAAGTGAGT;SOR=3.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=8;TCR=66;TR=74;WE=116598743;WS=116598725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	116600049	rs10262671	A	T	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=11;PP=1520;SC=GACTCTTAATACTTAGTGAAT;SOR=2.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=58;TCR=11;TR=69;WE=116600057;WS=116600039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	116607172	.	CTTTT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr7	116607501	rs10259502	T	C	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=29;PP=878;SC=GTCAGGCAGCTTGTGCAGGTC;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=116607509;WS=116607491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	116660464	rs5886844	AC	A	3301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=27;PP=2108;SC=TTTCAATCACACCGGGAGAAA;SOR=1.240;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=52;WE=116660472;WS=116660454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	116660803	rs7788320	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=26;PP=758;SC=TTTTGGCTCTAATTACAAAGG;SOR=1.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=35;WE=116660811;WS=116660793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	116769814	rs116961120	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=4.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=1.809;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,40:0.26:154
chr7	116778443	.	AT	A	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=2.379;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr7	116811037	rs193562	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=433;ReadPosRankSum=0.403;SC=GATGGTAAGTTCTTGGGTATT;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=31;WE=116811045;WS=116811027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,38:0.27:143
chr7	116838311	rs193573	G	A	5249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.728;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=65;PP=1912;ReadPosRankSum=-1.321;SC=TACCTGCTCAGTACATGTTGG;SOR=0.634;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=188;TCF=97;TCR=91;TR=127;WE=116838319;WS=116838301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,252:0.70:362
chr7	116918060	rs6972479	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.241;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=13;PP=625;ReadPosRankSum=-0.584;SC=CCATCCTGGGGCCCCCAGGGA;SOR=1.103;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=133;TCF=90;TCR=43;TR=47;WE=116918068;WS=116918050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,55:0.36:154
chr7	116918085	rs2228946	C	T	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=3.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,81:0.38:214
chr7	117188660	.	ATG	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr7	117188736	rs4727853	C	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.67;MQRankSum=-4.892;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,29:0.24:120
chr7	117417559	rs75322384	A	G	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=0.856;SC=CTGCTACCAGACACACCTTAA;SOR=0.220;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=17;WE=117417567;WS=117417549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr7	117450792	rs2111204	A	C	238.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.7362;FS=3.424;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=175;ReadPosRankSum=1.838;SC=TGTTGTGGGGAAAATGACCAT;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=117450800;WS=117450786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr7	117824239	rs2896242	G	C	11298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=147;NR=107;PP=2965;SC=GCTTGCTGTCGGCACCGCTGC;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=149;TCR=107;TR=254;WE=117824247;WS=117824229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr7	117825549	rs9655829	T	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=322;SC=CCTTGGCGTCTAAGAAACTTT;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=117825557;WS=117825541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	117825681	rs45604739	A	G	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=15;PP=700;SC=ATTCCCTAAGAAACACTTTCT;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=36;WE=117825689;WS=117825671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	117825834	rs2041527	A	G	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=18;PP=588;SC=TCTAATGCCTAGACAGCACAT;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=117825842;WS=117825824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	117832138	rs1061731	G	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=24;PP=615;SC=GTTTTTATGAGTGTGTCACTG;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=117832146;WS=117832128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr7	117867960	rs60066163	C	CT	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=1.735;SOR=0.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr7	117876264	.	ATGTGTGTG	A	545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=0;NR=7;PP=1011;SC=GTGTGTGCGTATGTGTGTGTG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=117876279;WS=117876254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	120428607	rs41622	G	A	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=12;PP=1299;SC=CACAAGTCCAGTAAAACAAGT;SOR=2.566;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=120428615;WS=120428597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	120428799	rs41623	C	A	5338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=77;PP=2803;SC=GGTCTGTCCCCGGCTCCCTTC;SOR=0.775;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=147;WE=120428807;WS=120428789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr7	120450658	rs7805733	G	A	5209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=25.41;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr7	120450678	rs112555207	T	TCA	1515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=19.43;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,60:0.77:78
chr7	120590786	rs11408222	C	CG	204.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=5;PP=1373;SC=AGGCAAGCGCCTCAGGCGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=31;WE=120590794;WS=120590776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr7	120613419	rs2721369	A	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=114;SC=TATTAGTTATATTATGCTAAT;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=120613427;WS=120613409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	120633917	rs79499160	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=306;ReadPosRankSum=0.442;SC=TCCTCTCCTGCCTTTTGTTGA;SOR=2.115;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=16;WE=120633925;WS=120633907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr7	120655676	rs4730984	G	T	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=741;ReadPosRankSum=-0.573;SC=CAAGGGAAATGTACTACTTTT;SOR=0.793;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=44;WE=120655684;WS=120655666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr7	120704289	rs2721375	C	T	9428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=126;NR=106;PP=2965;SC=TCATTCCTTTCAGGCAAACAG;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=126;TCR=106;TR=232;WE=120704297;WS=120704279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr7	120739962	rs199844199	GTT	G,GT	3381.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=4.455;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.303;QD=21.00;ReadPosRankSum=0.185;SOR=1.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,123,33:0.76,0.20:161
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chr7	120764477	rs1524498	G	C	6995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr7	120764573	rs798948	C	A	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.44;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr7	120765954	rs798949	T	C	7594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=91;PP=2728;SC=CAGGTCAGTATGCCAAAGGCC;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=182;WE=120765962;WS=120765944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr7	120773954	rs61128227	A	G	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=533;SC=AAAGGTAAAAATATAGATATT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=120773962;WS=120773944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	120776097	rs41281692	C	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.80;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	120781884	rs11979314	G	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=0;PP=430;SC=TATTTTCATAGTTTAGGTTTC;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=120781892;WS=120781882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	121080929	rs6961822	A	G	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=16;PP=713;SC=CCTCTGGCATACTCGAACTTC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=121080937;WS=121080919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	121081052	rs6962156	C	T	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=31;PP=1164;SC=AGGACGGTGCCGCAGACCTTG;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=60;WE=121081060;WS=121081042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr7	121081115	rs6466786	A	C	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=22;PP=798;SC=CCCACCCTGAAGATGTGGCTG;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=121081123;WS=121081105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	121081314	rs12706346	A	G	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=742;ReadPosRankSum=-0.849;SC=CCTCTTCAGCACTATTACTTT;SOR=0.821;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=46;WE=121081322;WS=121081304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,92:0.60:153
chr7	121164363	rs2896305	C	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=22;PP=1537;SC=GAAAAGTCAACACCTGAGGGT;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=121164371;WS=121164353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	121513382	rs3069073	T	TCA	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.616;NF=4;NR=5;PP=165;ReadPosRankSum=2.352;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SOR=0.910;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=9;WE=121513390;WS=121513359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr7	121548780	rs10236018	A	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=195;ReadPosRankSum=-1.571;SC=AAATGTTTTCAATAAGTACAT;SOR=1.045;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=16;WE=121548788;WS=121548770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr7	121636647	rs7795588	T	C	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=39;PP=923;ReadPosRankSum=-1.737;SC=TTGTTTTACATAGGGTAACAT;SOR=1.678;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=67;TCF=11;TCR=56;TR=45;WE=121636655;WS=121636637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr7	121653177	rs61732006	A	G	3723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=50;PP=1666;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CTTCTGATACATTTGTATCTA;SOR=0.761;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=184;TCF=99;TCR=85;TR=115;WE=121653185;WS=121653167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,177:0.66:269
chr7	121653250	rs61732005	G	A	4334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=55;PP=1917;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TCCCCACAGAGATGGTTCTGT;SOR=0.787;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=194;TCF=101;TCR=93;TR=121;WE=121653258;WS=121653240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,204:0.64:320
chr7	121653374	rs35947407	GTGA	G	3592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=2.350;NF=9;NR=34;PP=1847;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GATGATGATGGTGATGATGAT;SOR=0.645;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=29;TCR=111;TR=43;WE=121653384;WS=121653364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,101:0.35:285
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chr7	121684718	rs1147487	A	G	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=55;PP=1604;SC=AGTGGGCAGTATGGGTACAAT;SOR=1.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=77;WE=121684726;WS=121684708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	121698827	rs1206381	A	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=5;PP=689;SC=TCACTAACTAACATTACTTTG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=121698835;WS=121698817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	121699151	.	ATT	A	490.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
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chr7	121719586	rs1206368	C	T	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=10;PP=816;SC=TTAACTTTTTCTGAGTAGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=121719594;WS=121719576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	121719823	rs1206369	G	A	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=23;PP=708;SC=TTTTTTAATTGACTGAAAAAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=121719831;WS=121719799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr7	121732778	rs60690049	C	CA	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.65;ReadPosRankSum=1.573;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr7	121738926	.	TA	T	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=2.66;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr7	121758290	rs279677	G	C	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=19;PP=1439;SC=CCACAAAATGGCTGCCCACAT;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=66;WE=121758298;WS=121758280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	121942832	rs10685687	G	GACA	10733.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=58;PP=2969;SC=AACCATGAGAGACATTTCCTG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=93;WE=121942840;WS=121942822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr7	121942847	rs6968786	G	C	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.502;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.786;NF=29;NR=24;PP=609;ReadPosRankSum=1.418;SC=TTCCTGGTTTGCATACCTTTT;SOR=0.596;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=165;TCF=96;TCR=69;TR=53;WE=121942855;WS=121942837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,94:0.32:295
chr7	121944527	rs11761299	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=0.414;SC=CGGGGCTGGGTTGCGCCGTCC;SOR=1.123;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=16;WE=121944535;WS=121944517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
chr7	121985541	rs798685	T	C	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=617;SC=AAGGAGACTATGCTTTGCAAA;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=121985549;WS=121985531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	121985556	rs798684	C	G	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=9;PP=897;SC=TGCAAACATACCATCAAAATT;SOR=1.503;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=35;WE=121985564;WS=121985546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	122049844	rs71573096	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.003;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,39:0.29:134
chr7	122056001	rs11973627	C	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=2.047;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,40:0.34:116
chr7	122255164	rs34208874	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.633;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=324;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TGCACATAAACAGAGCATGTT;SOR=0.500;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=27;WE=122255172;WS=122255154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,45:0.40:112
chr7	122303321	rs2251761	C	T	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=19;PP=1214;ReadPosRankSum=0.265;SC=GCTGGTGTTCCAGTTTTTTAA;SOR=0.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=69;WE=122303329;WS=122303311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,103:0.63:164
chr7	122338970	rs71574716	C	T	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=722;ReadPosRankSum=-1.960;SC=TGAGTAGATGCATCTCTCTCT;SOR=0.754;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=138;TCF=38;TCR=100;TR=52;WE=122338978;WS=122338960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,65:0.35:186
chr7	122635024	rs860170	C	T	4074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=61;PP=1843;ReadPosRankSum=-1.308;SC=GGCAGTGAAGCGCGCTTTCAT;SOR=0.569;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=195;TCF=90;TCR=105;TR=117;WE=122635032;WS=122635014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,187:0.62:301
chr7	122757719	.	TA	T	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.122;SOR=0.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr7	122769378	rs72164434	CTGTGTGTGTGTGTGTG	C,CTGTGTGTGTGTG	3474.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.22;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,62,51:0.54,0.44:115
chr7	122769396	rs201876307	G	C	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,46:0.32:146
chr7	122769616	rs13243580	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=617;ReadPosRankSum=1.161;SC=TGTAAAACGTTGTCATCTTCA;SOR=0.467;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=20;WE=122769636;WS=122769606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr7	122769628	rs13229376	G	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-5.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.579;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=617;ReadPosRankSum=0.594;SC=TCATCTTCACGCAATATGAAT;SOR=0.031;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=17;WE=122769636;WS=122769606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr7	122788665	rs12706498	G	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=520;ReadPosRankSum=-0.938;SC=TAACTTTTCCGGTCATTTCAT;SOR=0.802;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=133;TCF=49;TCR=84;TR=37;WE=122788673;WS=122788655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,73:0.32:226
chr7	122809111	rs1880178	T	C	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=20;PP=915;SC=CATGTATAGATGGTTAATTCA;SOR=1.392;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=54;WE=122809119;WS=122809101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	122809234	rs2140516	T	C	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=580;ReadPosRankSum=-1.299;SC=GGTTGATCCGTTGAAGTAAGT;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=44;WE=122809242;WS=122809224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,76:0.40:190
chr7	123102829	rs34691578	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=419;ReadPosRankSum=3.154;SC=GTTAGCACACGTCTCCATTAT;SOR=0.664;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=30;WE=123102837;WS=123102819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr7	123142588	rs11770523	A	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr7	123150236	rs4276609	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=-1.731;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr7	123256427	rs6962756	C	T	6219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=104;PP=2965;SC=GGTCACATTCCTGAGCTCCAG;SOR=1.130;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=61;TCR=104;TR=165;WE=123256435;WS=123256417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr7	123264804	rs11769381	C	T	7018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=92;PP=2965;SC=GATTTGGAGTCACACCACTAG;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=74;TCR=92;TR=166;WE=123264812;WS=123264794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr7	123269118	rs4731112	G	C	12748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=173;PP=2965;SC=CTGTATTTTGGCGTTTCTAAT;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=317;TCF=141;TCR=176;TR=314;WE=123269126;WS=123269108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr7	123269976	rs3993666	G	GGC	1381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=6;PP=745;SC=TTATGTATATGATATTAAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=123269984;WS=123269966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	123295964	rs7779099	C	T	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=25;PP=1116;SC=TGCTTCTGGCCGCCTTGAATG;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=64;WE=123295972;WS=123295954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	123296320	rs12538876	C	A	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=138;SC=CCTTGGCTAACCCCACCTCCC;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=123296328;WS=123296310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	123301940	rs7809453	A	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=13;PP=1008;SC=AGGAAAGTGAAGAAGAGCTTA;SOR=1.498;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=46;WE=123301948;WS=123301930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	123324546	rs5887151	AAT	A	700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.37;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	123324745	rs147291543	CCAG	C	1374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=792;SC=AATGTGACTCCCAGAAGAATC;SOR=1.681;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=123324755;WS=123324735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	123329060	rs3035629	GTCTC	G	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.47;ReadPosRankSum=0.253;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr7	123334696	rs35280100	GT	G	2027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=14;PP=1194;SC=ATGTATGAATGTTAACTGGTT;SOR=1.342;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=30;WE=123334704;WS=123334686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	123388732	rs1054706	G	A	5886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=69;PP=2620;SC=TGAGCAACAGGGACCCCACGT;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=138;WE=123388740;WS=123388722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr7	123594206	rs2285996	G	A	6364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=68;NR=83;PP=2965;SC=AATTTGAAAAGGCAGGGAAGG;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=68;TCR=83;TR=151;WE=123594214;WS=123594196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr7	123594903	rs6972388	A	T	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=2;PP=465;SC=TTTTATAGTAAGGCAATGGCT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=123594911;WS=123594893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	124387374	rs724356	A	G	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=39;PP=1162;SC=ATAAGGTGAAAGTGGTGACTC;SOR=1.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=124387382;WS=124387364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	124417513	rs117089416	C	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,49:0.31:159
chr7	124469267	rs10263573	A	T	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=16;PP=666;SC=TAACCTTGTAAACAAACAGTT;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=124469275;WS=124469257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	124475296	rs142780416	TAAACA	T	3103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.34;SOR=1.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	124477182	rs7787804	A	G	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=11;PP=495;SC=ACATTTATTAAGTCTTTAACC;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=124477190;WS=124477172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	124481245	rs3815221	G	A	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=33;PP=1075;SC=AAAATTATTGGCAATGAAATG;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=124481253;WS=124481235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	124486980	rs7794637	T	C	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=22;PP=684;SC=ATCTCAAAAATGATACATAGT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=43;WE=124486988;WS=124486970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	125588504	rs200819440	CAAGAAAGA	C	729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=1.968;QD=30.41;ReadPosRankSum=0.663;SOR=1.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr7	125588728	rs17149089	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GCATTCTAAACTGAATCAAAA;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=8;WE=125588736;WS=125588718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr7	125753485	rs1419526	C	A	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=477;SC=AGGCTCTGTTCATGAATTTCA;SOR=2.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=125753493;WS=125753475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	125753551	rs1419527	A	G	5551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.51;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	125753556	rs5887285	A	AG	5788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	125753603	rs1419528	A	G	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=24.10;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr7	125753636	rs1419529	A	G	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.04;NF=69;NR=62;PP=2477;SC=AGAGTTACAAACATGAACCAA;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=131;WE=125753644;WS=125753626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr7	125753737	rs4395830	A	C	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=50;PP=1513;SC=TGGGCATGACAAAGGTTTTGA;SOR=1.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=71;WE=125753745;WS=125753727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	126079144	rs712723	A	G	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,89:0.68:130
chr7	126410171	rs35648111	G	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=0.367;SC=TCCAATAAAAGACAGCATTAG;SOR=0.368;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=16;WE=126410179;WS=126410161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
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chr7	126716306	rs1419447	G	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.647;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=461;ReadPosRankSum=-0.254;SC=GACAAGGAAAGAAAAATGAGG;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=35;WE=126716314;WS=126716292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,47:0.28:165
chr7	127017391	rs17862368	A	C	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.659;SC=TTCCTGAGAGAAAAAAGAAAA;SOR=1.075;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=3;WE=127017399;WS=127017381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr7	127224193	rs3735643	A	G	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=507;ReadPosRankSum=0.278;SC=TGAAAGAGATATGGATAATTA;SOR=0.990;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=26;WE=127224201;WS=127224183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr7	127236338	rs3735640	C	G	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.7709;FS=9.472;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=472;ReadPosRankSum=-0.358;SC=GAGGAGGGGCCGAGACTGAGG;SOR=2.129;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=30;WE=127236346;WS=127236328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr7	127250907	rs712700	T	C	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=21;PP=996;SC=CTCTTAAGGCTAGTGTGAGAA;SOR=1.108;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=53;WE=127250915;WS=127250897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	127251188	rs712701	T	G	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=22;PP=821;SC=ACTGGCCAGGTGACAGTGGGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=127251196;WS=127251178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	127251792	rs327518	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=234;ReadPosRankSum=0.287;SC=AGAGAACGCCGGGACCCCAGA;SOR=1.270;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=19;WE=127251800;WS=127251782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr7	127253714	rs3835004	A	AG	1208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=16;PP=1148;SC=GGCCACTCACACCTGCACCTC;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=127253722;WS=127253704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	127254457	rs594141	G	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=14;PP=795;SC=ATCCAAGAAAGAACGAGAAAG;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=127254465;WS=127254447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	127255285	rs698406	C	G	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=32;SC=TCCAGCCTCACCTTTGAGGGC;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=52;WE=127255293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	127255795	rs327516	C	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=9;PP=951;SC=TTGCCCATACCCGCCAACTCT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=127255803;WS=127255785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	127347733	rs11972774	G	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.886;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.691;NF=19;NR=29;PP=584;ReadPosRankSum=0.712;SC=GATATGCATAGTGGACATTGC;SOR=0.885;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=48;WE=127347741;WS=127347723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,78:0.33:237
chr7	127347820	rs60701262	A	AGTGT	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.000;QD=40.57;ReadPosRankSum=0.765;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr7	127361269	rs918793	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=-2.456;SC=CTGTGAGGGTGGTGGGCCTTG;SOR=0.686;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=15;WE=127361277;WS=127361259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr7	127447499	rs325440	A	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TTCATTTGATATTGTTCATTC;SOR=0.404;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=12;WE=127447507;WS=127447489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr7	127637816	rs17151639	A	G	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=1.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,138:0.30:459
chr7	127669857	rs3823994	A	T	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=1523;ReadPosRankSum=1.530;SC=GGGGCAAAGAAGAGAGGTTAT;SOR=0.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=68;TCR=83;TR=98;WE=127669865;WS=127669847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,131:0.63:209
chr7	127714491	rs225241	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=309;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TCCTCCCCACGGGCACAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=18;WE=127714499;WS=127714488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr7	127721507	rs322825	T	C	6510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=85;PP=2403;SC=TGTTTGTGACTGAGATCACTG;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=64;TCR=85;TR=149;WE=127721515;WS=127721497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr7	127950725	rs12850	G	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=780;ReadPosRankSum=-0.315;SC=GGGCACCTCCGAGCACAGTGG;SOR=0.684;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=45;WE=127950733;WS=127950715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr7	127957602	rs2290225	A	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.586;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr7	127957893	rs2290226	T	C	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.140;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=39;PP=785;ReadPosRankSum=-1.429;SC=CTTTTTTTTGTCCACTTGCCA;SOR=0.861;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=194;TCF=71;TCR=123;TR=58;WE=127957901;WS=127957873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,93:0.31:300
chr7	127973133	rs359650	T	C	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=1.359;SC=GAAATCTAAATGAAAACGTGA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=10;WE=127973141;WS=127973123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr7	127976119	rs359651	G	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,56:0.33:169
chr7	127977304	rs11496082	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=308;ReadPosRankSum=-0.692;SC=TTTAAAAACCCTACCTCTGTA;SOR=1.033;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=26;WE=127977312;WS=127977294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,31:0.27:113
chr7	127979529	rs150043872	TA	T	1134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.178;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=1366;ReadPosRankSum=0.957;SC=TCCAAAGAACTAAAATGAGTA;SOR=1.391;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=39;WE=127979537;WS=127979519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr7	127991133	rs891215	G	A	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=458;ReadPosRankSum=1.194;SC=AGGGCAGCGCGGGGGCCTGTC;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=33;WE=127991141;WS=127991123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,63:0.64:98
chr7	127992437	rs1651945	C	G	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=52;PP=2057;SC=CGGGCGGGCACCGCCAGGGCA;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=127992445;WS=127992427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr7	128000091	rs359642	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=0.514;SC=GGACTCAGTTGTTCAGCAGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10;WE=128000099;WS=128000081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr7	128034629	rs2228075	C	T	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=23;PP=890;SC=AGACACCCTGCGCGATCTTCA;SOR=0.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=128034637;WS=128034619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	128037205	rs200212855	GTT	G	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr7	128040699	rs2278294	C	T	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=17;PP=561;SC=GAAGCCAGGACCCTCAGTGGG;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=128040707;WS=128040689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	128095876	rs2732393	A	G	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=12;PP=1095;SC=GCGTGCGCGTACCCTCCTGGG;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=128095884;WS=128095866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	128102508	rs10647404	C	CTCTT	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.23;QD=40.34;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	128117227	rs2288557	G	A	3833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.407;NF=42;NR=61;PP=1748;ReadPosRankSum=-1.243;SC=GGAGAAACAAGGTGCGCTTAA;SOR=0.840;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=103;WE=128117235;WS=128117217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,172:0.68:253
chr7	128120810	rs139670586	G	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.49;MQRankSum=0.524;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr7	128128133	rs2732429	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.60;QD=32.06;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	128133984	rs2562741	G	A	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=86;PP=2793;SC=TCTTTCAGCAGTTGTTCCAGA;SOR=1.163;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=55;TCR=87;TR=141;WE=128133992;WS=128133974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	128140982	rs10257897	T	C	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.420;NF=40;NR=26;PP=737;ReadPosRankSum=-1.950;SC=GAAATTTCTATGTGAGAGGTG;SOR=0.878;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=210;TCF=114;TCR=96;TR=66;WE=128140990;WS=128140972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,100:0.31:323
chr7	128141865	rs1053124	T	C	13101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=194;NR=129;PP=2965;SC=AAGTTCAGAATCTGGTGGACC;SOR=0.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=326;TCF=197;TCR=129;TR=323;WE=128141873;WS=128141855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr7	128142023	rs12539729	A	T	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.004;NF=35;NR=60;PP=1091;ReadPosRankSum=2.196;SC=GAGCTTTTTTAAAAAAAAATT;SOR=0.673;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=253;TCF=89;TCR=164;TR=95;WE=128142031;WS=128142012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,116:0.35:330
chr7	128219015	rs150732231	CAAA	C	726.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=1.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.83;MQRankSum=-5.950;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,25:0.23:109
chr7	128220111	rs139965573	G	T	2424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQRankSum=-2.019;QD=14.61;ReadPosRankSum=1.294;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,115:0.69:166
chr7	128248269	rs77554651	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.91;MQRankSum=-1.720;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,43:0.26:164
chr7	128298973	rs58211466	G	GT	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=4.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=0.074;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr7	128312704	rs10265601	G	A	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr7	128315588	rs13308199	T	A,C	1858.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=25;NF=28,21;NR=8,10;PP=642,355;SC=GGGAGGCCAATGAAAAGGATC;SOR=2.082;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=36,31;WE=128315596;WS=128315578;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.58,0.42:71
chr7	128315672	rs78302479	A	ATTC	7603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=2921;ReadPosRankSum=0.965;SC=CAGCATCTGTATTCCACCCCT;SOR=0.751;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=45;TCR=78;TR=74;WE=128315680;WS=128315662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,189:0.64:295
chr7	128315791	rs61738927	C	G	5163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=75;PP=2235;ReadPosRankSum=-1.155;SC=TCCTCGGGGTCACCTCCTCGG;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=206;TCF=91;TCR=115;TR=131;WE=128315799;WS=128315781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,236:0.66:359
chr7	128315882	rs17169357	C	A	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr7	128315889	rs6971819	A	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr7	128317558	rs10659136	C	CAAA	158.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr7	128317658	rs6467210	C	T	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=794;ReadPosRankSum=-0.274;SC=AATCTACGACCGGCTCCAGCG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=49;WE=128317666;WS=128317648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,78:0.78:100
chr7	128317882	rs7797745	T	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.385;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=730;ReadPosRankSum=2.367;SC=GTGGGCCTCCTTCCGGGACCT;SOR=0.418;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=41;WE=128317890;WS=128317872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,57:0.76:75
chr7	128318006	rs67602452	G	T	92.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5479;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=0.210;SC=TTTCTATTCAGTAGTATGAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=128318014;WS=128317996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr7	128319982	rs2290229	A	T	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=852;ReadPosRankSum=1.189;SC=TTAGGGTGTGAAACTCAACTG;SOR=0.460;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=55;WE=128319990;WS=128319972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,82:0.78:105
chr7	128322918	rs4554406	A	G	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=333;ReadPosRankSum=-2.137;SC=GGTGTGAGCCACTGCACCCAG;SOR=0.855;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=23;WE=128322926;WS=128322908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
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chr7	128369870	rs12667612	G	A	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=29;PP=1357;ReadPosRankSum=0.217;SC=CTGGCACATCGTAAGCACCCC;SOR=0.256;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=124;TCF=86;TCR=38;TR=83;WE=128369878;WS=128369860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,102:0.68:149
chr7	128371206	rs339066	G	A	6217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=86;PP=2525;ReadPosRankSum=0.464;SC=TGCAAGCCTCGTCAACACCAC;SOR=0.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=122;TCR=125;TR=170;WE=128371214;WS=128371196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,296:0.65:457
chr7	128388541	rs12538139	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.251;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=1.879;SC=CAAATTAATAGTTTAACTCGG;SOR=0.093;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=7;WE=128388549;WS=128388531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr7	128394606	rs2307040	C	T	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-4.144;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,70:0.33:215
chr7	128399231	rs41274152	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.374;SC=TATATAAGTATTGGCCAGATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=3;WE=128399239;WS=128399221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr7	128409225	rs1043550	A	G	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=654;ReadPosRankSum=0.690;SC=GTTCTGAGCTACGGAGGAACC;SOR=0.684;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=39;WE=128409233;WS=128409215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,70:0.36:193
chr7	128414484	rs17397588	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=238;ReadPosRankSum=0.350;SC=ATCTTATGTTTCAGAGCACTC;SOR=0.911;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=16;WE=128414492;WS=128414474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr7	128415195	rs1799922	T	G	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.456;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,66:0.40:165
chr7	128415290	rs17476081	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=0.326;SC=TCGGGTGGAGCAAGCACAGAG;SOR=1.234;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=17;WE=128415298;WS=128415280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr7	128415860	rs3807128	C	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=326;ReadPosRankSum=1.163;SC=CCCCACACCCCCCTCTGAGTC;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=28;WE=128415868;WS=128415850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,71:0.33:215
chr7	128450532	rs7799186	G	A	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=42;PP=1217;SC=CCAGGGGTAAGGATAAGGCAA;SOR=2.457;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=51;WE=128450540;WS=128450522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	128451353	rs111409895	C	CAGAGAGCCTGGGA	2521.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=15;PP=2974;SC=AAGCCAGGCCCAACATGCCCA;SOR=0.818;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=21;WE=128451361;WS=128451343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	128455767	rs4728137	C	G	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	128487866	rs2249128	T	C	2822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=20;PP=997;SC=TCACAGTGGATTGCAGTCAAG;SOR=1.002;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=51;WE=128487874;WS=128487856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	128492825	rs12530507	G	A	2871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=53;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GGGGCCTCACGGGGACCTCAG;SOR=0.598;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=305;TCF=156;TCR=149;TR=103;WE=128492833;WS=128492815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,164:0.36:461
chr7	128498630	rs113516962	TAC	T	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=2.063;QD=2.54;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr7	128525021	.	T	A	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=759;ReadPosRankSum=0.131;SC=TCCCAGGGAGTGGAGTGTGCA;SOR=0.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=123;TCF=44;TCR=79;TR=48;WE=128525029;WS=128525011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,59:0.41:145
chr7	128533421	rs142712949	G	C	2280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=900;ReadPosRankSum=0.504;SC=GGCAGATCTGGGTGTGAGCGG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=70;WE=128533429;WS=128533411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,111:0.65:170
chr7	128533514	rs34061445	T	TC	4505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=40;PP=2041;SC=GATACTGGTGTCCTGGTACTC;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=47;WE=128533522;WS=128533504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr7	128533818	rs12706859	C	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=5;PP=631;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TCTCTGCAGCCAAGGCCTGCC;SOR=2.064;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=32;WE=128533826;WS=128533808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr7	128548304	.	GAAGAAAGAAAGA	G,GAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGA	3638.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.40;QD=37.51;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,68,29:0.70,0.30:97
chr7	128550680	rs11335250	GC	G	2293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=957;SC=CAGCGCCAGGGCCCCCGAGGT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=128550688;WS=128550670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr7	128553100	rs142966946	T	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-5.124;NF=21;NR=18;PP=450;ReadPosRankSum=-1.563;SC=GTCACCACCTTGCTGGCATCT;SOR=0.728;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=39;WE=128553108;WS=128553090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,44:0.32:139
chr7	128587351	rs199508964	CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT	C	7258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=49;PP=2957;SC=AGTGGCCGCCCACTCTGCAGC;SOR=0.786;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=73;WE=128587388;WS=128587341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr7	128607384	rs8043	G	A	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=47;PP=1878;SC=TCACTGTGACGGCTCCCACGG;SOR=0.720;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=101;WE=128607392;WS=128607374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	128610481	rs145139124	T	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr7	128610484	rs1691779	A	G	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=40;PP=637;SC=GTGTGTGTGCACGCGTGGCTG;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=128610492;WS=128610457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	128630227	rs1154329	C	T	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=74;PP=2473;SC=CAGGCTGTGACGACACACAGC;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=132;WE=128630235;WS=128630217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr7	128630313	rs6969930	T	C	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=44;PP=1256;SC=TTTTCAAATCTTCAAAAAAGA;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=128630321;WS=128630303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	128640334	rs4728144	A	T	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=4.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr7	128641226	rs2305324	G	C	6820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=97;PP=2965;SC=CAATGGCATAGAGAGCTGAGC;SOR=0.908;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=68;TCR=97;TR=163;WE=128641234;WS=128641216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr7	128645292	rs11768572	A	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=1.949;SC=TTACAAGTATAATAATGAGAA;SOR=0.569;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=128645300;WS=128645282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr7	128694976	rs2242028	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=36;PP=928;SC=GGGCAGAAGGCTCTCCGTGGA;SOR=3.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=41;WE=128694984;WS=128694966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	128766505	rs6952057	A	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=241;SC=TAGGCGCCGAACGCTCCCGGC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=128766513;WS=128766495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	128766528	rs10464697	G	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.51;QD=43.43;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr7	128766553	rs6952077	A	G	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.17;QD=26.04;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	128766939	rs61747603	A	C	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.154;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:430,176:0.29:606
chr7	128767410	rs10247566	A	G	16526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=636;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=186;NR=213;PP=2965;SC=ATCTTTGGCCAGCCCGTGGTC;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=401;TCF=187;TCR=214;TR=399;WE=128767418;WS=128767400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,634:1.00:634
chr7	128767490	rs7809681	T	C	9714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=132;PP=2965;SC=CAACAGCGGTTACGGGATGGA;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=109;TCR=132;TR=240;WE=128767498;WS=128767480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr7	128767506	rs7809687	T	G	8892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=129;PP=2965;SC=ATGGACAGCCTGCCCGCCATG;SOR=0.868;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=235;TCF=106;TCR=129;TR=232;WE=128767514;WS=128767496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr7	128784723	rs13309419	A	G	31.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=139;SC=GGGCTCCTGCACGGCGCGGCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=128784731;WS=128784713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr7	128785008	rs13243618	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=260;ReadPosRankSum=0.345;SC=GCGCGGGAGCCGCACTGCCGA;SOR=0.551;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=19;WE=128785016;WS=128784998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr7	128802526	rs2177950	C	T	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1357;ReadPosRankSum=-0.890;SC=GGGTGGCCACCCCCAAGACAG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=85;WE=128802534;WS=128802516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,94:0.69:136
chr7	128802936	rs919551	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=0.234;SC=TTTAAGATCATAAGGTGCTTT;SOR=0.708;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=20;WE=128802944;WS=128802926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr7	128804193	rs71583815	C	T	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=413;ReadPosRankSum=0.465;SC=CATTAGGACTCGGTTCTGATT;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=25;WE=128804201;WS=128804183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr7	128804218	rs2566892	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.489;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr7	128804474	rs71583817	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=0.124;SC=AAGAGATGCCTCACCCTCTAT;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=18;WE=128804482;WS=128804464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,26:0.57:46
chr7	128807732	rs35331287	T	G	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=918;ReadPosRankSum=1.613;SC=ATCCTGCACCTCCTCACCATG;SOR=0.926;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=60;WE=128807740;WS=128807722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,103:0.67:154
chr7	128807786	rs3173902	G	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=502;ReadPosRankSum=0.775;SC=GGTGCTGAAAGCAGCACCAAA;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=37;WE=128807794;WS=128807776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr7	128829039	.	G	GGCT	1326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.460;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.242;NF=3;NR=6;PP=295;ReadPosRankSum=1.667;SC=CCGCTCCTGGGGCTGCTGCTG;SOR=0.660;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=9;WE=128829047;WS=128829029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr7	128829066	rs41304185	A	G	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.801;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.265;NF=19;NR=15;PP=559;ReadPosRankSum=0.702;SC=CTGCTGGGGGACCCGGGCCGG;SOR=0.707;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=34;WE=128829074;WS=128829056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr7	128843169	rs2566871	C	T	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	128845018	rs2703091	C	T	7251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr7	128845277	rs2075777	G	C	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=42;PP=1658;SC=GGGCAGGCCCGGGGGGCCCTC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=128845285;WS=128845267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr7	128845325	rs2566872	G	A	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=27;PP=2043;SC=GGGAAGGGGGGCAAAGAGGTC;SOR=1.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=88;WE=128845333;WS=128845315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr7	128845907	rs2075779	T	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=14;PP=1090;SC=CCTCAGCAGCTGAGGGTCTGG;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=128845915;WS=128845897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	128846328	rs2228617	G	C	8214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=108;PP=2965;SC=CTGTGAGTGGGATTTGTTTTG;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=78;TCR=108;TR=186;WE=128846336;WS=128846318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr7	128846469	rs2735842	A	G	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=43;PP=1181;SC=GCAACAAAATATACTGGGCAC;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=55;WE=128846477;WS=128846459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	129015799	rs145067276	C	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=0.384;SC=CCAGTCTTGCCGCTGCTATAG;SOR=0.662;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=29;WE=129015807;WS=129015789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,56:0.31:180
chr7	129029093	rs10954231	A	G	2150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=57;PP=1529;SC=CTTTTTGTCCATATTAATCCC;SOR=3.026;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=10;TCR=57;TR=67;WE=129029101;WS=129029083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	129040018	rs17552411	T	C	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=408;SC=ATCCAAGGAGTATAGCAGAAT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=129040026;WS=129040008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	129049507	rs6467244	A	G	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=32;PP=950;SC=ATAGTAGCCCACAAAGCCAGC;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=129049515;WS=129049497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	129094195	rs581829	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=9;PP=496;SC=AGAGACCATCTCTGAGGTCTG;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=20;WE=129094203;WS=129094185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	129102743	rs34275118	A	G	8012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=74;PP=2965;SC=CCTCACAACCAAGAAAAAAAA;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=103;TCR=76;TR=177;WE=129102753;WS=129102733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr7	129125750	rs692625	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=207;SC=CCATACAGGCGCTGTTACCAG;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=129125758;WS=129125740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	129142694	rs691332	C	G	7832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr7	129142775	rs610591	G	A	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=58;PP=1664;SC=CCCTGGGGTCGACCTCAACGC;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=80;WE=129142783;WS=129142765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	129297332	rs1882094	T	G	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=694;ReadPosRankSum=-0.737;SC=CGCCTTCTTCTCCCGAGGACA;SOR=0.691;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=54;TCR=88;TR=53;WE=129297340;WS=129297322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,79:0.37:216
chr7	129297447	rs11446444	A	AT	78.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr7	129349101	rs11769146	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=1.653;SC=TGAGTTGCCTGGTTGCTTTTC;SOR=1.432;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=17;WE=129349109;WS=129349091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr7	129350170	rs3736626	A	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=637;ReadPosRankSum=0.862;SC=AAATAACCAAAGTTCTTTGTG;SOR=1.119;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=34;WE=129350178;WS=129350160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr7	129351444	rs1962038	C	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.166;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=694;ReadPosRankSum=-0.433;SC=TCTGCATCTTCTTAAATACTT;SOR=1.621;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=35;WE=129351452;WS=129351434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr7	129356939	rs12154342	T	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=300;ReadPosRankSum=-0.492;SC=ATATTGCAGGTCATGTTAATT;SOR=0.148;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=16;WE=129356947;WS=129356929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr7	129383970	.	CT	C	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr7	129410144	rs4467881	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=1;PP=261;SC=CCAGCAGTCCGGGACCTGAGT;SOR=1.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=129410152;WS=129410134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	129410195	rs4541843	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr7	129474828	rs61734603	C	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=527;ReadPosRankSum=-0.019;SC=ACATAGAGCTCTCCGATGAGC;SOR=0.506;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=36;WE=129474836;WS=129474818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr7	129504928	rs17639487	A	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5135;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=447;ReadPosRankSum=0.486;SC=TCCAAATCACACTTAATGTAA;SOR=0.872;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=28;WE=129504936;WS=129504918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr7	129592510	rs1045897	G	T	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.669;NF=5;NR=50;PP=995;ReadPosRankSum=-0.334;SC=ACACCCCCGCGGTCCCGGCGG;SOR=0.687;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=8;TCR=71;TR=55;WE=129592518;WS=129592500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,56:0.71:79
chr7	129668931	rs11974220	C	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=1.633;SC=AAAAACACGGCTGGGCATGGT;SOR=1.508;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=129668939;WS=129668921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr7	129680984	rs201103095	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=1.467;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,9:0.13:68
chr7	129680994	rs112881994	A	G	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=-2.057;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,11:0.18:62
chr7	129736880	rs12531444	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=551;ReadPosRankSum=-0.450;SC=TCTGTGCTTCGTATGGGTTAA;SOR=0.631;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=45;WE=129736888;WS=129736870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,65:0.32:204
chr7	129806363	rs6467284	A	T	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=219;ReadPosRankSum=0.690;SC=GAGAAAAAAAATTTTTATTAG;SOR=0.516;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=15;WE=129806371;WS=129806353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
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chr7	129940561	rs12538292	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGAAAGGGCCGCCATCTTGGC;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=6;WE=129940569;WS=129940551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
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chr7	129950879	rs901800	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
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chr7	129987764	rs12532645	C	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=0.429;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
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chr7	130002317	rs1544705	T	C	7065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=74;PP=2277;SC=CCATCTGGATTGACACTGGAA;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=72;TCR=75;TR=146;WE=130002325;WS=130002307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr7	130003458	rs17164847	A	G	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.130;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.628;NF=30;NR=48;PP=1293;ReadPosRankSum=-1.648;SC=GGCATGGGACAATGTAGTCAG;SOR=0.349;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=106;TCF=37;TCR=69;TR=78;WE=130003466;WS=130003448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,94:0.73:129
chr7	130003487	rs17164851	G	A	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=37;PP=894;ReadPosRankSum=0.014;SC=CATGAGTCACGGCCAGGGACA;SOR=1.207;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=47;WE=130003495;WS=130003477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,52:0.71:73
chr7	130007381	rs11761888	T	C	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.37;ReadPosRankSum=3.286;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
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chr7	130007459	rs4537231	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=-2.002;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr7	130007901	rs2241272	A	T	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.223;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=63;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GGCAGTGCCAAGGATCTAGCT;SOR=0.455;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=135;TCF=48;TCR=87;TR=103;WE=130007921;WS=130007891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,124:0.73:169
chr7	130007913	rs2241273	T	G	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GATCTAGCTGTGCTGGCCCAA;SOR=0.411;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=122;TCF=43;TCR=79;TR=91;WE=130007921;WS=130007891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,107:0.73:146
chr7	130008180	rs60493599	A	G	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=779;ReadPosRankSum=1.574;SC=TCCACCCAGGATGCCTCTGTA;SOR=0.938;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=49;WE=130008188;WS=130008170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,65:0.56:117
chr7	130008219	rs17164865	T	G	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.722;SC=TTCTTCCTTTTGTGGGGCACA;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=79;WE=130008227;WS=130008209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,118:0.57:206
chr7	130008285	rs17164867	T	C	4245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=47;PP=1342;ReadPosRankSum=-2.362;SC=ACTGGGCCTATGACAGTGGCA;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=98;WE=130008293;WS=130008275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,202:0.62:328
chr7	130022041	rs968404	C	T	2969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1149;ReadPosRankSum=1.452;SC=GTCCCATTTACGTGCTGAAGG;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=79;WE=130022049;WS=130022031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,141:0.69:205
chr7	130080812	rs2287371	T	G	11326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=147;NR=105;PP=2965;SC=GGACATATTTTCTCCAACCGA;SOR=0.882;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=252;TCF=147;TCR=105;TR=252;WE=130080820;WS=130080802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr7	130136902	rs2072573	G	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=7;PP=714;SC=GGTCACAGTTGCTTGTTCTTT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=130136910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	130138155	rs6968284	A	G	9488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=107;PP=2965;SC=GATGCTAGGAAAGTACATTGT;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=222;TCF=112;TCR=110;TR=219;WE=130138163;WS=130138145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr7	130139660	.	T	TA	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=3.031;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,20:0.24:85
chr7	130140766	rs765205	C	A	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.143;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=1198;ReadPosRankSum=2.321;SC=TTTCCAGAGACGTGTTTTTGT;SOR=1.052;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=55;WE=130140774;WS=130140756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr7	130147307	rs2302826	T	G	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=62;PP=1790;SC=GGTGGAAGGGTTTGTTGGTGA;SOR=1.656;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=87;WE=130147315;WS=130147297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	130147427	.	G	GT	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr7	130148507	rs2072575	G	A	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=109;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.35;NF=15;NR=36;PP=1019;SC=GCAACTGGAGGAGAAGGGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=130148515;WS=130148497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	130148562	rs58927323	T	TTCTTAGGAAGTG	1408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=12;PP=2976;SC=TTTCCATCATTCCATCTGTAC;SOR=0.760;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=19;WE=130148570;WS=130148552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	130148903	rs12706941	A	G	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=66;PP=2402;SC=CTGTGGTAAAAAGCATACAGA;SOR=1.130;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=101;WE=130148911;WS=130148893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	130149061	rs12706942	G	C	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=54;PP=1813;SC=TGAGTTTCTAGTATTGGTAAA;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=44;TCR=54;TR=98;WE=130149069;WS=130149051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	130150705	rs12706944	G	A	4240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	130292531	rs12706946	T	C	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=46;PP=2467;SC=GTGATTTTTGTAGAGTTTAAA;SOR=1.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=114;WE=130292539;WS=130292521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	130297119	rs34699820	GA	G	3036.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.122;HP=12;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.986;NF=7;NR=94;PP=1454;ReadPosRankSum=-0.054;SC=GCTAAATACAGAAAAAAAAAA;SOR=1.231;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=8;TCR=112;TR=101;WE=130297128;WS=130297109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,173:0.87:200
chr7	130298550	rs4731696	C	T	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=63;PP=1725;SC=GAAAAACATGCTTATGCAAAA;SOR=1.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=86;WE=130298558;WS=130298540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr7	130354106	rs10232683	G	C	5109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=82;PP=2600;SC=TAAAGGAGACGCACTTGGAGG;SOR=1.097;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=49;TCR=82;TR=131;WE=130354114;WS=130354096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr7	130356691	.	CTTTAT	C	690	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=690;QD=99.8571428571;SC=GAACTATTCACTTTATTTTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=7;WE=130356703;WS=130356681;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,7:0.54:13
chr7	130418525	rs76603546	G	A	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=35;PP=1140;SC=CGGAGAAGCCGGACGAGGCGC;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=62;WE=130418533;WS=130418515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr7	130418720	rs111359117	A	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=14;PP=572;SC=CGGACTCCGGATGCGCCGCAC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=130418728;WS=130418710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	130418883	.	C	CGAGCGCCGTCCGAACGCGGCCGGCCGCGGGCGACGGAGTTCCCGGGAGCGTCCGTCCCGCAGCCTCG	404.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.59;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr7	131060277	rs3823557	G	A	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=718;ReadPosRankSum=-0.725;SC=ATCCCTTAATGCTGTTTAGAA;SOR=0.904;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=51;WE=131060285;WS=131060267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,81:0.65:124
chr7	131060383	rs117033484	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=0.367;SC=TTTTTATTCTCTCTATTTTTG;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=131060391;WS=131060373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr7	131155586	rs3213820	G	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr7	131155588	rs1733861	G	T	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.33;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	131155764	rs1684172	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=113;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TCCTAACTTATATTTAATGAT;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=131155772;WS=131155754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr7	131190554	rs7799613	C	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.043;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=0.147;SC=TTCTGCAACTCGGGAATCACG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=7;WE=131190562;WS=131190544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr7	131193863	rs56123664	G	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.848;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr7	131193885	rs56165616	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr7	131194392	rs3212295	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=320;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GTGCACCCTTGCGAGAAGAGG;SOR=0.594;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=27;WE=131194400;WS=131194382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,31:0.33:94
chr7	131195535	rs3847113	G	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=312;ReadPosRankSum=1.315;SC=GAGCCATCACGCCTGGCCCTG;SOR=1.106;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=21;WE=131195543;WS=131195525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr7	131195712	rs12670788	G	A	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=17;PP=1319;ReadPosRankSum=0.665;SC=AGGATGCGTCGAAGTGGGTTG;SOR=0.541;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=105;TCF=81;TCR=24;TR=72;WE=131195720;WS=131195702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,78:0.69:113
chr7	131195959	rs3735035	C	T	4617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.210;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=70;PP=2045;ReadPosRankSum=-0.510;SC=TTGCCTGAGCCGCCTCCTCTA;SOR=0.458;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=197;TCF=88;TCR=109;TR=132;WE=131195967;WS=131195949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,207:0.71:291
chr7	131196062	rs17744792	C	T	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=557;ReadPosRankSum=1.634;SC=TCGCCTTGACCGAGGCCAAGA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=53;TCR=75;TR=41;WE=131196070;WS=131196052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,67:0.39:172
chr7	131196206	rs73157523	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.179;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=-0.868;SC=TTTGTAAAGATAACAGAGAAT;SOR=1.024;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=17;WE=131196214;WS=131196196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr7	131815310	rs2671103	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.010;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,49:0.33:149
chr7	131815343	rs10954361	G	A	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.258;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=-0.762;SC=TCTGCGGAAGGGCCAAGAACA;SOR=0.930;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=28;WE=131815351;WS=131815333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,46:0.33:139
chr7	131817726	rs6467422	T	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.147;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr7	131817735	rs6467423	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr7	131830080	rs2671100	G	A	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=1.352;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,63:0.34:185
chr7	131830086	rs2598198	C	T	2017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=1.608;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,57:0.34:170
chr7	131832627	rs1450882	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.022;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=215;ReadPosRankSum=-0.882;SC=CAGGACACCCAGGCCTCCCTA;SOR=1.402;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=15;WE=131832635;WS=131832616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr7	131833425	rs10256987	G	A	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,43:0.26:168
chr7	131833425	.	GTT	ATC	960	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=10;NR=21;PP=960;QD=32.6925120923;SC=GAGCGGTGGCGTTTCAGAGAG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=31;WE=131833435;WS=131833415;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:78,31:0.28:109
chr7	131833427	rs2671108	T	C	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,41:0.25:163
chr7	131833465	rs2598199	A	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=286;ReadPosRankSum=-1.147;SC=GGGGAAGCTGAGGACCCTGTG;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=23;WE=131833473;WS=131833455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr7	131849204	rs896167	T	A	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=1.509;SC=CTTCTCTCCATCTCCTCATCC;SOR=0.330;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=13;WE=131849212;WS=131849194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr7	131849981	rs17166207	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=560;ReadPosRankSum=1.088;SC=CACCGAGGGAACCAACGGAAC;SOR=0.791;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=35;WE=131849989;WS=131849971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,48:0.34:143
chr7	131852984	rs7777156	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.18;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr7	131852989	rs59200081	G	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr7	131859496	rs7808586	G	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=495;ReadPosRankSum=2.489;SC=TTGCCAACACGCTCCCCTGCT;SOR=1.189;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=36;WE=131859504;WS=131859486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,49:0.39:126
chr7	131864591	rs3734989	T	C	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,70:0.36:194
chr7	131866972	rs3734983	A	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=474;ReadPosRankSum=2.218;SC=AAAGAAGGAGATGTGTAAATG;SOR=0.850;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=40;WE=131866980;WS=131866962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,62:0.29:212
chr7	132192231	rs156960	A	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=252;ReadPosRankSum=-0.808;SC=CTACACTCCCAACCATCCCAG;SOR=0.648;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=28;WE=132192239;WS=132192221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,43:0.33:131
chr7	132192295	rs156961	G	A	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=526;ReadPosRankSum=2.085;SC=CCTTCACCTTGAGCCAGGCCA;SOR=0.669;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=86;TCR=73;TR=47;WE=132192303;WS=132192285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,92:0.34:272
chr7	132192949	rs156962	T	C	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,99:0.28:355
chr7	132193225	rs78248128	G	A	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.00;ReadPosRankSum=1.400;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,181:0.31:575
chr7	132409606	rs594208	T	C	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=601;ReadPosRankSum=0.914;SC=CAGGGGTGACTCCAACAGCAC;SOR=0.901;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=43;WE=132409614;WS=132409596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,48:0.36:132
chr7	132720116	rs10263004	G	A	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1066;ReadPosRankSum=0.550;SC=AGGAACCAGCGGTTGGTATTG;SOR=0.778;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=239;TCF=134;TCR=105;TR=79;WE=132720124;WS=132720106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,107:0.33:320
chr7	132766584	rs11769814	C	G	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=1070;ReadPosRankSum=2.432;SC=CCGAGTCCAACCACTGGCCCT;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=68;WE=132766592;WS=132766574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,124:0.60:208
chr7	132938039	rs10641096	C	CCCTT	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=1031;SC=ACCCTGCTCTCCCCTTTCCTC;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=132938047;WS=132938029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr7	132990536	rs5887620	C	CT	742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=3;PP=717;SC=CGTAAGCTCCCTTTGTTAGTA;SOR=2.753;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=132990544;WS=132990526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	133261358	rs56138358	G	T	3630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.928;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=58;PP=2060;ReadPosRankSum=0.308;SC=TTTCTCAAGGGGGTAGAGATA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=126;WE=133261366;WS=133261348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,167:0.60:279
chr7	133580447	rs2042456	G	A	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=92;PP=2835;SC=TGGTGTGCGTGAAGCTCCAGG;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=49;TCR=92;TR=141;WE=133580455;WS=133580437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr7	133580545	rs2042455	A	G	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=35;PP=930;SC=GGTGGTTCCAATTGGTGAAAT;SOR=4.021;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=133580553;WS=133580535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	133682181	rs3735050	T	C	4971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=42;PP=2411;SC=CAAAATAATATGTCATTTCAG;SOR=1.511;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=93;TCR=42;TR=135;WE=133682189;WS=133682171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr7	133749164	rs6953296	G	A	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=64;PP=1781;ReadPosRankSum=-0.939;SC=ACCGCAGCCAGACTGGGGTGG;SOR=0.751;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=181;TCF=87;TCR=94;TR=116;WE=133749172;WS=133749154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,156:0.65:240
chr7	133821619	rs13246630	A	G	176.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=140;SC=TAATATGTATATGTTATCAAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=133821627;WS=133821616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	133868368	rs1222420	C	T	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=11;PP=1244;SC=TATTCTTCTACGCAGGGTCTT;SOR=2.155;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=133868376;WS=133868358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	133868507	rs1222419	C	T	8917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=91;NR=95;PP=2965;SC=GCCTGGATGCCCCTTATCCCA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=91;TCR=95;TR=186;WE=133868515;WS=133868497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr7	133881919	rs10611703	ATG	A	642.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=6.435;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;MQRankSum=0.474;QD=29.22;ReadPosRankSum=-1.722;SOR=2.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr7	133886356	rs369598961	AT	A	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=-1.277;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,42:0.26:163
chr7	133933671	rs34245697	G	GT	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.480;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.189;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,25:0.31:80
chr7	133979545	rs2504	A	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.56;ReadPosRankSum=1.484;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr7	133979552	rs2505	C	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.93;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr7	133979578	rs2241336	A	G	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=389;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CGTACTCCAGACAGGCCTCAG;SOR=0.755;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=23;WE=133979586;WS=133979568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr7	133979795	rs1421484	T	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=355;ReadPosRankSum=-0.480;SC=AGGCGCATTCTGTGGTGAGGA;SOR=0.850;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=30;WE=133979803;WS=133979785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,46:0.48:95
chr7	133980999	rs1862050	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=327;ReadPosRankSum=-0.951;SC=TTCCCTGAATTGGTCTCTGTC;SOR=0.577;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=19;WE=133981007;WS=133980989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr7	133981021	rs1862051	G	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=472;ReadPosRankSum=0.320;SC=CCAGCTTACCGCAGAATAAAT;SOR=0.678;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=30;WE=133981029;WS=133981011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr7	133981227	rs1862052	G	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=756;ReadPosRankSum=0.924;SC=CTCTGTAGAGGTTACAAGAGG;SOR=0.887;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=47;WE=133981235;WS=133981217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,66:0.68:97
chr7	133984127	rs2075371	A	G	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.068;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=661;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TTGCTGCTGCAATGACTGGAA;SOR=1.039;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=69;TCF=56;TCR=13;TR=42;WE=133984135;WS=133984117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr7	133984432	rs2075372	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=715;ReadPosRankSum=0.369;SC=GATTAAAAGTCGTACAGGTTG;SOR=1.301;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=34;WE=133984440;WS=133984422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr7	133984878	rs34664116	G	A	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=28;PP=1167;ReadPosRankSum=2.033;SC=GAATTTTCACGTTCCCAGGTT;SOR=0.620;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=76;TCR=42;TR=76;WE=133984886;WS=133984868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,114:0.66:174
chr7	133989543	rs447266	A	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.058;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=485;ReadPosRankSum=-0.059;SC=AAAATACAGAAGTGTATTGTT;SOR=1.347;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=27;WE=133989551;WS=133989533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,47:0.72:65
chr7	133989816	rs2544217	G	A	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=1.689;SC=GCTCACGCCCGTAATCCCAGC;SOR=1.092;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=16;WE=133989824;WS=133989806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr7	134133291	rs2734653	G	A	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=27;PP=849;SC=GTGGCTACACGCTGATGGGAC;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=49;WE=134133299;WS=134133281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	134134338	rs71531826	CA	C	723.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,50:0.86:58
chr7	134135751	rs2734649	C	T	8908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr7	134136584	rs1732035	A	C	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=64;PP=2070;SC=AGCCACCGATACCTGCTGACC;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=44;TCR=65;TR=108;WE=134136592;WS=134136574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr7	134217729	rs3735041	A	G	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=25;PP=1119;SC=TGCAGATTCCAGTAAACTTTT;SOR=1.099;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=134217737;WS=134217719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	134223127	rs4732035	T	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=48;PP=1075;SC=CATTGTCTTTTGCCCCCTCCC;SOR=3.113;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=134223135;WS=134223117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr7	134225788	rs4732036	C	T	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=66;PP=2043;SC=GTTTTTTGTTCTTTCCTGCAG;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=103;WE=134225796;WS=134225778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	134225827	rs4728329	A	G	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=44;PP=1367;SC=CTATCCCTTCAATGCAGAATA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=63;WE=134225835;WS=134225817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr7	134250354	rs113585572	T	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TTGGGTGTTTTCTCTTTCTAC;SOR=0.728;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=21;WE=134250362;WS=134250344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,35:0.26:134
chr7	134254427	rs782538	G	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.522;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=47;ReadPosRankSum=-1.189;SC=CCACATTAATGTTTTTATAAT;SOR=0.016;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=7;WE=134254435;WS=134254417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr7	134552634	rs1452911	G	A	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=42;PP=1076;ReadPosRankSum=2.309;SC=ATCCTTTTGAGAGGCCAAATG;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=70;WE=134552642;WS=134552624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,86:0.74:117
chr7	134576441	rs6953822	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	134576496	.	TAAAAA	T	132.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=26.50;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr7	134576547	rs12531510	A	G	71.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AGAGGAGGAGACACCAGGCAG;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=134576555;WS=134576537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr7	134612759	rs11438725	G	GT	1912.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=806;SC=CAAAGTCCCGGTTGGTAGTGT;SOR=1.234;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=134612767;WS=134612749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	134618710	rs6973420	A	G	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=30;PP=1997;SC=GAGAAAAAACATGCCATGCAA;SOR=1.452;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=97;WE=134618718;WS=134618700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	134626034	.	G	GA	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.507;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr7	134635040	rs7797991	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr7	134678463	rs12540686	T	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,27:0.26:103
chr7	134678523	rs2252826	C	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=-1.030;SC=TAGAAAACAGCACATTCCAAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=7;WE=134678531;WS=134678513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr7	134694773	rs34139471	CT	C	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr7	134694939	rs6958457	T	C	139.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	134701856	rs4236655	G	C	10368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=110;NR=112;PP=2965;SC=CTTAGAAACGGAACCCCTTTA;SOR=0.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=224;TCF=112;TCR=112;TR=222;WE=134701864;WS=134701846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr7	134719551	rs9656447	C	G	7453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=96;PP=2965;SC=TACCCATGCTCAATCCAGATG;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=170;WE=134719559;WS=134719541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr7	134730151	rs2348054	G	C	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=4;PP=1022;SC=TTTGTTTATAGTGTTTTGCAA;SOR=3.486;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=134730159;WS=134730141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	134730441	rs2348055	A	G	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=71;SC=TTGGGGTTTTAGCACTTAATT;SOR=1.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=30;TCR=71;TR=101;WE=134730449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr7	134744060	rs146909058	CA	C	624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.545;NF=0;NR=18;PP=271;ReadPosRankSum=0.956;SC=AATAATCAGGCAAAAAAAATT;SOR=0.663;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=1;TCR=45;TR=18;WE=134744068;WS=134744050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr7	134765148	rs10215144	G	A	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=1.301;SC=TTTCTTCCCTGCAGGACCTCA;SOR=1.270;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=11;WE=134765156;WS=134765138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr7	134813853	rs2348282	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=579;ReadPosRankSum=0.462;SC=CTACTGGTCAGGTCAAAGAGC;SOR=0.615;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=49;WE=134813861;WS=134813843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,76:0.37:208
chr7	134833056	rs3735002	C	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.738;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,16:0.22:72
chr7	134849213	rs3800592	G	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=559;ReadPosRankSum=-0.629;SC=CCAAGGCCTCGGTGGCGCGAC;SOR=0.726;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=85;TCR=35;TR=41;WE=134849221;WS=134849203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,55:0.37:149
chr7	134849280	rs292501	T	A	10649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=105;PP=2965;SC=GCCTGATGTTTTACGCTCTTC;SOR=1.023;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=160;TCR=105;TR=265;WE=134849288;WS=134849270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr7	134849577	rs2288237	A	C	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,65:0.30:219
chr7	134852399	rs2288238	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr7	134852432	rs292505	C	T	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=11;PP=533;SC=AGGGTCTAGCCTCTGCCCATG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=134852440;WS=134852422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	134871775	rs292557	C	T	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=33;NR=24;PP=963;SC=AATTTCCCTCCGAGTCAAAAG;SOR=0.870;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=57;WE=134871783;WS=134871765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	134872003	rs292558	C	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=13;PP=345;SC=ACCCACCCCACAGCAGAGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=134872011;WS=134871993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr7	134877935	rs292573	A	G	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=11;PP=823;SC=CCAGGGGAATACAGAGTGTGT;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=134877943;WS=134877925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	134879830	rs292575	G	A	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr7	134882592	rs292581	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=341;ReadPosRankSum=-1.650;SC=AATGATGAACCCAAATAACCA;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=19;WE=134882600;WS=134882582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr7	134882680	rs292582	A	G	5305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=91;NR=55;PP=2649;SC=AGAAGAGAAGACCCCCCACAG;SOR=1.072;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=93;TCR=57;TR=146;WE=134882701;WS=134882670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr7	134882693	rs292583	T	C	6293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=60;PP=2965;SC=CCCCACAGTGTTCCTCAGTAG;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=102;TCR=61;TR=161;WE=134882701;WS=134882670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr7	134889141	rs292592	G	A	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=77;PP=2659;SC=GCCCACACGAGGTGACTGGGA;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=139;WE=134889149;WS=134889131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr7	134889264	rs17233604	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=364;ReadPosRankSum=-0.823;SC=TCCCGGGCTATGGATGACGTT;SOR=1.311;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=30;WE=134889272;WS=134889254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr7	134890855	rs292593	T	G	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=824;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TCACCTAACCTTCCCTCTGCG;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=134890863;WS=134890845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr7	134895532	rs292601	T	C	8199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=93;PP=2965;SC=CTGCCTCTCATTGAAGTCAGT;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=93;TCR=93;TR=186;WE=134895540;WS=134895522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr7	134896383	rs292602	T	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=338;SC=CCGCACGCACTGGGCGACCAG;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=134896391;WS=134896373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	134925241	rs34330846	C	CA	909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=443;ReadPosRankSum=-1.004;SC=TTATCTAGGGCAAAAAAAAAA;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=43;WE=134925249;WS=134925231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,68:0.35:197
chr7	134925411	rs7805859	G	A	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,127:0.29:442
chr7	134928033	rs62481958	G	T	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=380;ReadPosRankSum=1.397;SC=CTCAACAGAGGCCTGACTTTT;SOR=0.820;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=37;WE=134928041;WS=134928023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,49:0.26:188
chr7	134930169	rs113633449	A	AGAG	3513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;MQRankSum=0.703;QD=26.42;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,130:0.98:133
chr7	134961821	rs13235457	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=189;ReadPosRankSum=-0.386;SC=AATTATGGGTAACAACTTTGA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=10;WE=134961829;WS=134961811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr7	134962043	rs10239950	C	G	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=55;PP=2153;SC=GGCCACTAGGCAGTTAGTTGG;SOR=0.757;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=101;WE=134962051;WS=134962033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr7	134968479	rs11762990	A	C	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=732;ReadPosRankSum=0.361;SC=TGAAGGTGGAACTCAATTAAC;SOR=0.588;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=190;TCF=69;TCR=121;TR=60;WE=134968487;WS=134968469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,85:0.29:293
chr7	135047703	rs6969632	T	C	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=27;PP=818;SC=GTCTGAAGGCTGTCTGAAAGC;SOR=1.003;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=44;WE=135047711;WS=135047693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr7	135048033	rs2059367	G	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CAAAAGGAAAGACAGAAGAGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=135048041;WS=135048023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr7	135048804	rs3812265	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,53:0.30:175
chr7	135082751	rs3812281	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5260;FS=6.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=306;ReadPosRankSum=-1.049;SC=TAAACTATGCTCTATATATTC;SOR=2.833;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=17;WE=135082759;WS=135082741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr7	135082953	rs77841106	G	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr7	135083052	.	G	GA	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=14;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=24;QD=12.0;SC=CTCCTCAAAAGAAAAAAAAAA;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=3;WE=135083060;WS=135083042;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,3:0.33:9
chr7	135095270	rs2696877	A	G	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=11;PP=653;SC=CTTACGTATCATACCTCTGCA;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=135095278;WS=135095260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr7	135099901	rs73158933	G	A	3018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1014;ReadPosRankSum=-2.359;SC=GGGAGGAAAAGCAAAAATCCC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=74;WE=135099909;WS=135099891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,145:0.67:215
chr7	135242747	rs117892953	T	C	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=778;ReadPosRankSum=0.614;SC=AGAAAGACGATTGAGCTGAGC;SOR=0.688;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=81;TCR=86;TR=64;WE=135242755;WS=135242737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,118:0.37:322
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chr7	135272535	rs35616673	C	CT	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=294;ReadPosRankSum=1.026;SC=TTTAAATGTCCTTTTTTTTAT;SOR=0.523;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=10;TCR=63;TR=21;WE=135272543;WS=135272525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr7	135285788	rs4296989	T	C	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=171;SC=CTATGTTATATATAAATTAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=135285796;WS=135285778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr7	135301521	rs35690290	TA	T	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr7	135311120	rs7810260	G	A	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.663;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=926;ReadPosRankSum=-0.568;SC=GTAAGTGTCTGTATAGATTAA;SOR=0.598;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=66;WE=135311128;WS=135311110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,92:0.65:141
chr7	135311167	rs10234309	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.240;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=554;ReadPosRankSum=0.246;SC=ATTAAGGGAAGAAAAAATTCC;SOR=1.102;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=32;WE=135311175;WS=135311157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr7	135357476	rs3110823	A	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=216;ReadPosRankSum=0.120;SC=CATGCACTATAACTCTTACTG;SOR=0.490;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=15;WE=135357484;WS=135357466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr7	135369002	rs141643096	G	A	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,72:0.28:259
chr7	135375909	rs10659389	C	CA	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.818;QD=1.55;ReadPosRankSum=2.097;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,41:0.21:194
chr7	135406176	rs4596594	A	G	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=42;PP=1350;ReadPosRankSum=1.948;SC=AGAACGGGTAAAGGAAGGCCG;SOR=0.619;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=81;WE=135406184;WS=135406166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,127:0.62:206
chr7	135412273	rs3112369	T	C	3440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=39;PP=1166;ReadPosRankSum=-1.376;SC=AGCTCGTCCTTGGACCCCGCT;SOR=0.566;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=86;WE=135412281;WS=135412263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,160:0.66:243
chr7	135413626	rs3807338	C	T	1273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=588;ReadPosRankSum=1.372;SC=AAAAGGAAACCGAAGACCTTC;SOR=0.986;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=42;WE=135413634;WS=135413616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr7	135421790	rs4338044	A	G	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=589;ReadPosRankSum=-1.198;SC=CAAAAAAGATAGAGAAAGTGC;SOR=0.759;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=39;WE=135421798;WS=135421780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr7	136588109	rs6963819	G	A	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=198;ReadPosRankSum=2.140;SC=TCAAAAGGAAGTCTTACTCTT;SOR=0.270;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=20;WE=136588117;WS=136588099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr7	136912903	rs11505752	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=-1.934;SC=AAATAGCCACATTTCTTATAA;SOR=0.988;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=15;WE=136912911;WS=136912893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr7	136921034	.	A	G	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=4.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,96:0.61:157
chr7	136921062	rs322295	C	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=3.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,52:0.40:129
chr7	136939582	rs1162122	G	T	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=40;PP=1692;SC=TGAAGCATCTGGCCTTCAGAA;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=94;WE=136939590;WS=136939572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	137076100	.	G	GA	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=4.151;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,26:0.17:150
chr7	137092745	rs3217275	CA	C	1370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.829;NF=3;NR=30;PP=1058;ReadPosRankSum=0.673;SC=CTATTAGCTGCAAAGAGAGAC;SOR=0.881;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=7;TCR=68;TR=33;WE=137092753;WS=137092735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,53:0.38:140
chr7	137092781	rs7800454	T	C	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=642;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CAGGCAGAATTCGGAACAAGG;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=18;TCR=57;TR=34;WE=137092789;WS=137092771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr7	137097086	rs1731959	G	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=24;PP=710;SC=ATATCTTGGTGAAGCAGACCG;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=137097094;WS=137097076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	137154572	rs2293546	T	C	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=28;PP=607;SC=AAAATTAGCATGAGGTTTTTA;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=137154580;WS=137154562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	137304765	rs374600717	GCA	G	362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.23;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	137531147	rs71815938	GT	G	12721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=37;NR=92;PP=2951;SC=CCCTTGCTGGGTAGAAGAGTG;SOR=0.837;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=40;TCR=93;TR=129;WE=137531155;WS=137531137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr7	137563914	.	T	TA	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,24:0.23:106
chr7	137590369	rs273968	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr7	137600690	rs273957	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=-0.109;SC=TCGTCTGTAACTGGCTCTGTC;SOR=1.041;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=12;WE=137600698;WS=137600680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr7	137607217	.	C	T	246	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MMLQ=19;MQ=58.73;NF=12;NR=1;PP=246;QD=21.5977855806;SC=TATATATATACACACATATAT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=137607225;WS=137607207;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	137607233	.	C	T	271	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=25;MQ=59.28;NF=14;NR=3;PP=271;QD=17.9865419145;SC=TATATATATACACACACACAC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=17;WE=137607241;WS=137607223;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,17:0.85:20
chr7	137612913	rs66593747	CTGG	C	1105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.35;ReadPosRankSum=1.675;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr7	137641123	rs274003	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=-2.009;SC=CCAACTACCACTCTTGCCAGA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=10;WE=137641131;WS=137641122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr7	137642759	.	T	A	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=21;QD=18.5904041824;SC=GCTGTTCAACTGAATCAGTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=3;WE=137642767;WS=137642749;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr7	137773291	rs2120846	T	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=3.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,56:0.28:197
chr7	137773563	rs2166188	T	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.024;SC=AAGGTTTCAGTTGTTCATTTT;SOR=0.770;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=6;WE=137773571;WS=137773553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr7	137773587	rs35802315	C	CGTGT	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=1.314;SC=ATTCATCTTCCGTGTGTGTGT;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=3;WE=137773595;WS=137773577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr7	137776411	rs202194493	C	CA	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.609;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
chr7	137782593	rs35402657	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr7	137798593	rs2306847	A	T	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=563;ReadPosRankSum=-0.905;SC=AAGGCTCATAAGAACCCTGAC;SOR=0.533;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=110;TCF=39;TCR=71;TR=43;WE=137798601;WS=137798583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,53:0.35:152
chr7	137801413	rs1872929	A	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=2.532;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr7	137801444	rs1872930	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,40:0.39:103
chr7	138145778	rs112619223	C	T	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=14;PP=1074;SC=GGGGGAGGGGCGAGCAGGAGG;SOR=1.453;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=46;WE=138145786;WS=138145768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	138188932	rs10488642	A	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=9;PP=1006;SC=TGAATTTAAAAAGAATGGACA;SOR=2.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=138188940;WS=138188930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	138200117	rs3757381	A	T	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=40;PP=1181;SC=AATAAATGAGATCTTTGCATT;SOR=1.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=138200125;WS=138200107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr7	138229990	rs6959574	G	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=6;PP=425;SC=TCTTCCTGGCGTGGAGGCACC;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=138229998;WS=138229980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr7	138261319	rs59147816	TAAC	T	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=24;PP=1033;SC=AAAATTTTAATAACTACTATA;SOR=6.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=138261329;WS=138261309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	138268563	rs3213902	A	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=305;SC=GAATTTAGCTATTTGTATTAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=138268571;WS=138268553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	138270744	rs199725947	A	AT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=2.223;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr7	138279228	rs1439793	A	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=4;PP=338;SC=ATATGCCTTTAAAAAAAAAAT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=138279236;WS=138279218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	138281355	rs1659832	A	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=10;PP=297;SC=GAGAAAATACAGATTCACTTC;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=138281363;WS=138281345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	138281906	rs1659831	T	C	6663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=85;PP=2965;SC=TCTCATACTTTAGTTTCTCTT;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=63;TCR=85;TR=148;WE=138281914;WS=138281896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr7	138312122	rs2305816	A	C	2854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=34;PP=1370;ReadPosRankSum=-1.974;SC=GAGGAGAAGGAAGAATAAAGC;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=82;TCR=54;TR=86;WE=138312130;WS=138312112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,133:0.64:209
chr7	138312216	rs2305817	A	G	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=566;ReadPosRankSum=-2.920;SC=ACTAGAAAGCAAACAGTAAAG;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=73;TCR=91;TR=52;WE=138312224;WS=138312206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,81:0.33:245
chr7	138313189	rs4728437	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=1.914;SC=CCAAGTGGAACGTGTAGCATG;SOR=1.210;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=17;WE=138313197;WS=138313179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr7	138314780	rs1659808	C	A	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=792;ReadPosRankSum=-3.029;SC=GCTTTGAAATCATTACACTCT;SOR=0.634;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=98;TCR=44;TR=56;WE=138314788;WS=138314770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,77:0.44:177
chr7	138333933	rs58569190	GA	G	799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.575;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.58;MQRankSum=0.340;QD=17.77;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr7	138356659	rs5887893	AG	A	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	138356662	rs5011821	G	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	138356663	rs5011820	G	C	984.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.89;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	138356664	rs5887894	C	CA	975.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.35;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr7	138417596	rs148944306	T	TA	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.481;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr7	138417718	rs3807154	A	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=4.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=2.480;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,70:0.31:223
chr7	138418910	rs1026435	G	A	12219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr7	138419085	rs1037692	A	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=37;PP=1054;SC=AACTTTCCCTAAGCAAACCGC;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=39;WE=138419093;WS=138419075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	138429851	rs6467797	T	C	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=18;PP=1195;SC=CTACACCATCTCTGTCTGTCA;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=60;WE=138429859;WS=138429841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	138441124	rs296910	A	G	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=104;NR=70;PP=2936;SC=AGCCACAGTCATGTGCATTTG;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=104;TCR=71;TR=174;WE=138441132;WS=138441114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr7	138453892	rs71689312	GA	G	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.755;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.824;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,48:0.84:57
chr7	138455988	rs10258719	A	G	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=47;PP=1591;SC=AAACACAGACACCATCTTGGC;SOR=0.878;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=82;WE=138455996;WS=138455978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr7	138485954	rs6945259	G	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=608;ReadPosRankSum=0.183;SC=ATGCCCATGCGGGAGCTTCTA;SOR=0.458;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=39;WE=138485962;WS=138485944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,48:0.56:85
chr7	138486096	rs61729750	G	C	6437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=88;PP=2697;ReadPosRankSum=-0.127;SC=AACAGCTCAAGCTTGACCGCT;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=140;TCR=133;TR=181;WE=138486104;WS=138486086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,310:0.63:493
chr7	138583840	rs7802841	C	A	5565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=62;PP=2240;SC=TGAGCTGTACCGGATTGTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=124;WE=138583848;WS=138583830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr7	138707177	rs10249949	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr7	138713715	rs11767739	G	C	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=534;ReadPosRankSum=-1.268;SC=ACCTGGTACAGAAATGAGGGA;SOR=0.597;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=39;TCR=66;TR=38;WE=138713723;WS=138713705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,72:0.42:173
chr7	138719194	rs10713373	AG	A	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=248;ReadPosRankSum=0.663;SC=GTTGCTTCGAAGGCAATTAAA;SOR=0.553;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=9;WE=138719202;WS=138719184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr7	138719231	rs7810237	T	C	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=2.397;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr7	138732274	rs3087999	C	G	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=26;PP=1394;SC=CTCCTGTCTGCGGCAATTTAG;SOR=1.005;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=69;WE=138732282;WS=138732264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	138732457	rs3735008	G	A	10505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=120;NR=123;PP=2965;SC=CACAGCTGTCGAACTGTGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=121;TCR=123;TR=243;WE=138732465;WS=138732447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr7	138732497	rs3735007	G	A	9194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=90;NR=114;PP=2965;SC=ATTTCCTTCAGTAAACTTTCC;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=90;TCR=114;TR=204;WE=138732505;WS=138732473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr7	138739816	rs10261597	C	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=552;SC=GATTACAGGGCTGAGCCACTG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=138739824;WS=138739815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	138740037	rs2297236	G	C	5963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=84;PP=2965;SC=TTTGCTGGCTGATGGCTACAA;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=75;TCR=84;TR=159;WE=138740045;WS=138740027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr7	138740186	rs2297237	A	G	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.64;SOR=2.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	138740195	rs2297238	T	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr7	138740224	rs2297239	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=324;SC=ATCATGTCTTTTAAAAATGCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=138740232;WS=138740214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	138740240	rs2297240	T	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=173;SC=ATGCTGCAACTATTCATAATC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=138740248;WS=138740230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr7	138758583	rs66770423	A	G	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=965;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AGCCCCCTACAAGGAGGAACA;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=64;WE=138758591;WS=138758573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,103:0.62:165
chr7	138761034	rs2297241	G	C	3628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=56;PP=1628;ReadPosRankSum=0.470;SC=CAACTTACAGGTGGATTCCGG;SOR=0.657;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=76;TCR=84;TR=107;WE=138761042;WS=138761024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,174:0.65:267
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chr7	138768472	rs34732980	C	CA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.518;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.015;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
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chr7	138957240	rs142378700	T	TTATG	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.987;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
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chr7	139167934	rs1860150	T	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.272;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr7	139168063	rs12707447	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.088;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=314;ReadPosRankSum=3.109;SC=AGCCCCGGGCGCCTCGCCATT;SOR=0.880;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=26;WE=139168071;WS=139168053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,42:0.37:113
chr7	139653196	rs5768	A	C	9248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.005;SC=AAGCCTGCGAACTTCTCCTGG;SOR=0.247;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=93;TCR=103;TR=194;WE=139653204;WS=139653186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,356:1.00:357
chr7	139724169	rs13760	A	G	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.6103;FS=2.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=0.171;SC=CTTCTGGTTAATCCACTAGTG;SOR=2.147;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=139724177;WS=139724159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr7	139724358	rs2269996	G	A	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=1016;ReadPosRankSum=-1.160;SC=ACTCCTGTGCGCTCACTGTCG;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=64;WE=139724366;WS=139724348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,85:0.58:147
chr7	139724555	rs3735352	C	T	3233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1417;ReadPosRankSum=-0.766;SC=CCTTGGCCGGCGGACGGACAA;SOR=0.588;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=65;TCR=80;TR=93;WE=139724563;WS=139724545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,151:0.66:228
chr7	139724742	rs3735351	G	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=416;ReadPosRankSum=0.568;SC=GGAAGGGTCAGCACACTGCGA;SOR=0.968;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=25;WE=139724750;WS=139724732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr7	139726121	rs79970126	G	A	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=550;ReadPosRankSum=0.527;SC=CCTTCCCTCCGTTCTGCTTCT;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=43;WE=139726129;WS=139726111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,83:0.40:208
chr7	139726207	rs2286198	G	A	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.797;NF=11;NR=28;PP=650;ReadPosRankSum=-0.127;SC=AAATACAGCCGGCCTGATGCA;SOR=0.676;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=39;WE=139726215;WS=139726197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
chr7	139727135	rs2286196	G	A	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1132;ReadPosRankSum=0.464;SC=GAACAAAGTAGAAAGGCAGCG;SOR=0.548;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=76;WE=139727143;WS=139727125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,125:0.68:183
chr7	139728584	rs2286195	A	C	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=2.610;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr7	139746633	.	T	TGTGTGTCA	2273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.227;NF=16;NR=27;PP=1094;ReadPosRankSum=3.534;SC=TGTGTGTGTGTCACACACAGA;SOR=0.989;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=43;WE=139746641;WS=139746623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,63:0.61:104
chr7	139754451	rs2362460	T	C	4297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=45;PP=2078;ReadPosRankSum=-0.945;SC=AAGGAGCCTCTTCCAACTTAC;SOR=0.834;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=183;TCF=115;TCR=68;TR=128;WE=139754459;WS=139754441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,194:0.70:277
chr7	139757980	rs11979771	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=254;ReadPosRankSum=-1.029;SC=AAGAGGTCCATAGGGTGGGCC;SOR=1.189;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=15;WE=139757988;WS=139757970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr7	139762273	rs737321	A	G	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr7	139762282	rs6945590	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.791;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr7	140036999	rs4332050	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=-1.015;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr7	140037053	rs11331602	CT	C	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.682;NF=3;NR=12;PP=175;ReadPosRankSum=-0.199;SC=AGAAAAATGACTTTTTTTTTT;SOR=0.598;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=15;WE=140037073;WS=140037043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr7	140043373	rs11772729	T	C	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CCTGAAGTCATAAACAGGTTC;SOR=0.800;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=18;WE=140043381;WS=140043363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,32:0.32:101
chr7	140044979	rs6974016	C	T	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=39;PP=1468;SC=ATTTACAGAGCAACAGAAGCA;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=140044987;WS=140044969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr7	140069361	rs4448174	G	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=436;ReadPosRankSum=-1.301;SC=TTTTTCTTTAGCTTTAAGCCC;SOR=0.878;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=35;WE=140069369;WS=140069351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,49:0.34:144
chr7	140082363	rs6968618	G	A	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=452;ReadPosRankSum=-1.516;SC=TTGACCTTAAGGTTTGGATGA;SOR=0.757;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=125;TCF=45;TCR=80;TR=34;WE=140082371;WS=140082353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,68:0.30:229
chr7	140107679	.	CCTTTT	C	109	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=24;MQ=59.73;NF=1;NR=13;PP=109;QD=11.6448892382;SC=ACTGGTTCCACCTTTTTTTTT;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=14;WE=140107691;WS=140107669;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr7	140107680	.	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.19;MQRankSum=4.256;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=1.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr7	140110677	rs2971690	G	A	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=857;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GTGAGAGGCTGTGTGAATTGG;SOR=0.502;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=54;WE=140110685;WS=140110667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,73:0.60:121
chr7	140110781	rs2971689	G	C	4480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=64;PP=1502;ReadPosRankSum=-0.623;SC=AGAACAGTTCGGCCAGTATTA;SOR=0.641;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=201;TCF=104;TCR=97;TR=127;WE=140110789;WS=140110771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,224:0.61:367
chr7	140111486	rs2948389	A	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.847;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr7	140111509	rs2971688	G	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=-0.259;SC=AGTCATCCAGGGAGCAACTGA;SOR=0.293;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=140111517;WS=140111499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr7	140125750	rs2948386	T	C	4863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=74;PP=2435;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GGCTGAGAAGTACGGCCTCCT;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=222;TCF=111;TCR=111;TR=148;WE=140125758;WS=140125740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,223:0.66:337
chr7	140125839	rs4726807	G	A	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=818;ReadPosRankSum=-1.152;SC=AGCTGATCGCGCGCAACAGCC;SOR=0.774;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=245;TCF=116;TCR=129;TR=71;WE=140125847;WS=140125829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,107:0.26:419
chr7	140159798	rs11763850	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=0.311;SC=TGTAATCCCAACAGTTTGGGA;SOR=1.276;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=17;WE=140159806;WS=140159788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr7	140173010	.	CA	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=1.966;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,24:0.32:75
chr7	140225750	rs2252397	G	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=26;PP=748;SC=GTAGCCACAGGTAATGAAGAG;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=140225758;WS=140225740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	140244560	rs2293177	C	T	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=42;PP=1138;SC=CGGCACAGTTCGATCACCTGC;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=140244568;WS=140244550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	140244627	rs2293176	G	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=322;SC=GGCCTCTCACGGGTGTCGCAG;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=140244635;WS=140244617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	140255657	rs11763409	C	T	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	140257841	rs10252031	A	G	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=9;PP=917;SC=GTGCCTCATCAGGGAATCTCA;SOR=2.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=49;WE=140257849;WS=140257831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	140269625	rs587373	C	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=448;SC=TCTCCTAGGACGATGGAGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=140269633;WS=140269615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	140301731	rs269243	G	T	15457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NR=183;PP=2965;SC=CACGGAGAGGGGATCGTTCTG;SOR=0.731;Source=Platypus;TCR=183;WE=140301739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,591:1.00:591
chr7	140396472	rs57717083	C	CG	1119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=7;PP=1055;SC=ACGGGAGGCGCGGGCGGAGCG;SOR=2.368;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=25;WE=140396480;WS=140396462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	140426257	rs3829814	A	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.322;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=1.297;SC=CGAACACAAGACTTAAGAAAT;SOR=0.402;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=33;WE=140426265;WS=140426247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,48:0.35:138
chr7	140434597	rs60814637	G	GA	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.636;QD=3.49;ReadPosRankSum=2.181;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr7	140434620	.	A	AG	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.049;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr7	140774467	rs477223	C	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=286;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GCTTCGACCCCGAGATCGCCG;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=23;WE=140774475;WS=140774457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,46:0.37:125
chr7	141137554	rs1727491	A	G	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=42;PP=1421;SC=AGGTAAGGCTACGGGCTCGGC;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=79;WE=141137562;WS=141137544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr7	141321395	rs150053901	GGA	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=7.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=2.082;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,7:0.17:41
chr7	141336974	rs80336838	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=1.960;SC=AATATAGAACGCATTCCTGTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=141336982;WS=141336964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr7	141362431	rs6949729	T	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.938;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=645;ReadPosRankSum=0.690;SC=CCACGTGAAGTGGCTCCCAGT;SOR=2.554;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=30;WE=141362439;WS=141362421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr7	141374030	.	A	AAC	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=1.228;SC=CCTGCAGAAAAACACACACAC;SOR=1.140;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=9;WE=141374039;WS=141374020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr7	141420707	rs6971275	T	C	4653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=38;PP=2001;SC=TTGATGTTTTTATTCCTCAAT;SOR=0.969;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=100;WE=141420715;WS=141420697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr7	141420768	rs6967301	A	G	6136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=68;PP=2428;SC=ATGCTCACGCAGTGCTTGGGC;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=72;TCR=68;TR=140;WE=141420776;WS=141420758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr7	141429224	rs35399772	TC	T	1482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=9;PP=1497;SC=GCTTTTCGTTTCTGTAAATAC;SOR=2.608;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=37;WE=141429232;WS=141429214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	141429515	rs6962507	G	A	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=39;PP=1067;SC=GCAGCCGGGCGTGGTGGCTCA;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=49;WE=141429523;WS=141429505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	141536351	rs370442337	CAG	C	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=5.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.910;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,19:0.13:144
chr7	141538812	rs36029840	TA	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr7	141635538	rs5888023	C	CA	2230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=11;PP=1552;SC=CCCCACTCCCCCAAGTTTCTA;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=141635546;WS=141635528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	141672705	rs1726866	G	A	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=80;PP=2574;SC=GATGAAGGCAGCACAGGATGA;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=66;TCR=80;TR=144;WE=141672713;WS=141672695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr7	141705515	rs1285964	A	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=307;ReadPosRankSum=1.923;SC=CAAACCTTCAACAATGTCAGG;SOR=0.918;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=20;WE=141705523;WS=141705505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr7	141705540	rs1285965	A	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=283;ReadPosRankSum=0.242;SC=TAATGCTTTCATGCTCATGTG;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=19;WE=141705548;WS=141705530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr7	141708625	rs1465093	A	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=314;ReadPosRankSum=-0.097;SC=TTTATGTTGCAGCCATTAGTG;SOR=0.871;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=23;WE=141708633;WS=141708615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr7	141720643	rs1852508	T	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=795;ReadPosRankSum=-2.138;SC=CCACCTGCCTTGGCCTCCCAA;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=42;WE=141720651;WS=141720633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr7	141727679	rs34441915	AT	A	57.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr7	141730618	rs111279755	CTG	C	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=437;ReadPosRankSum=-1.546;SC=TTGAATGTGTCTGTGTGTGTG;SOR=0.896;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=17;WE=141730631;WS=141730608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,19:0.34:56
chr7	141733994	rs10693852	T	TTG	483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=289;ReadPosRankSum=0.480;SC=TCATTTCGGATTGTGATAGTC;SOR=0.543;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=9;WE=141734002;WS=141733984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr7	141738504	rs8180874	C	T	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=688;ReadPosRankSum=-1.082;SC=TCCAAACTCACTTCTGACATC;SOR=0.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=52;WE=141738512;WS=141738494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,84:0.60:139
chr7	141740077	rs2960753	G	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=609;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CTGAGGAGTAGTTTTTAGTGT;SOR=0.562;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=36;WE=141740085;WS=141740067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr7	141740409	rs10215116	A	G	545.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5120;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=348;ReadPosRankSum=1.258;SC=TGGCTAGACCATAATTCAGCT;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=23;WE=141740417;WS=141740399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,25:0.89:28
chr7	141747658	rs2960746	A	G	11994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=147;PP=2965;SC=TTTCTGGGATAATGGGGAAAC;SOR=0.802;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=123;TCR=148;TR=270;WE=141747666;WS=141747648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr7	141750316	rs6948116	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=-1.368;SC=TTTTTATGATCGTTTTAAATT;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=141750324;WS=141750307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr7	141750472	rs62477572	A	G	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=602;ReadPosRankSum=-0.884;SC=ACCTTTATGCATACTTGGACT;SOR=0.813;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=47;WE=141750480;WS=141750462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,89:0.65:136
chr7	141752006	rs71166554	AT	A	890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr7	141752213	rs2961085	C	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=283;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GTGCTTCTGCCGAAAACTGCA;SOR=0.730;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=15;WE=141752221;WS=141752203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr7	141755795	rs2961081	C	T	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.376;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.959;NF=55;NR=15;PP=1222;ReadPosRankSum=1.051;SC=CCCATGACTCCCCAGTACAAG;SOR=1.248;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=100;TCF=74;TCR=26;TR=70;WE=141755803;WS=141755785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,79:0.68:116
chr7	141755987	rs2961080	G	T	4316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.017;NF=45;NR=87;PP=2126;ReadPosRankSum=-2.148;SC=TTCCTTGAAGGCAAAATCTTC;SOR=0.890;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=202;TCF=74;TCR=128;TR=132;WE=141755995;WS=141755977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,198:0.66:301
chr7	141759274	rs2960758	T	C	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=13.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.22;MQRankSum=-1.454;QD=18.88;ReadPosRankSum=0.296;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr7	141759340	rs2961074	T	C	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.432;NF=37;NR=24;PP=948;ReadPosRankSum=-2.779;SC=CCAAGTTTGCTGGGTTTCCAG;SOR=0.708;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=61;WE=141759348;WS=141759330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,70:0.53:132
chr7	141760228	rs6959057	T	C	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=5.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-1.633;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,75:0.25:295
chr7	141760293	rs2961073	T	G	5410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=38.93;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr7	141760293	.	TG	GC,GG	1176	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=59.79;NF=19,33;NR=49,70;PP=1176,426;QD=18.0804099244;SC=AACACTTAGGTGATGTGTCTT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=68,103;WE=141760302;WS=141760283;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.66:103
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chr7	141762625	rs62477625	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TGGACATAGCAGACACTTCTT;SOR=0.542;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=11;WE=141762633;WS=141762615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr7	141765753	rs77524472	G	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.054;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr7	141776782	rs10259247	A	G	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=296;ReadPosRankSum=0.229;SC=TTTTTTGGGGAAAAAAATGAG;SOR=0.823;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=24;WE=141776790;WS=141776772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,31:0.31:101
chr7	141784326	rs10952514	G	C	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=4.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQRankSum=0.659;QD=5.64;ReadPosRankSum=-2.703;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,98:0.33:299
chr7	141785567	.	C	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.096;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.38;MQRankSum=-2.950;QD=0.98;ReadPosRankSum=-2.226;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,7:0.13:54
chr7	141785635	rs117653698	C	T	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=5.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.504;NF=38;NR=21;PP=901;ReadPosRankSum=1.422;SC=TCCCGCAGGACGTGCAGTACT;SOR=1.014;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=86;TCR=49;TR=59;WE=141785643;WS=141785625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,42:0.26:163
chr7	141794763	rs138070479	ATT	A	1325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;MQRankSum=0.302;QD=24.10;ReadPosRankSum=1.156;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,50:0.91:55
chr7	141794790	rs4259331	A	G	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=33;PP=864;SC=TTTGAGACAAAGACTCATTCT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=141794798;WS=141794780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr7	141796131	rs6975672	G	A	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.74;QD=27.78;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr7	141796250	rs6976953	C	T	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=52;PP=1274;SC=GGGAGGATCCCAGCTGTGAGG;SOR=1.339;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=75;WE=141796258;WS=141796240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	141840581	rs73158439	T	C	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.305;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=24;PP=975;ReadPosRankSum=0.674;SC=TAGGTTCTGATTGACCAGAGC;SOR=0.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=67;TCR=42;TR=61;WE=141840589;WS=141840571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,104:0.64:162
chr7	141844888	rs12154456	C	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=355;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GCCGAAGTCTCTGCAGCAGTG;SOR=0.687;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=29;WE=141844896;WS=141844878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,32:0.34:93
chr7	141854436	rs61281471	A	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.147;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=0.224;SC=ATGATGTGACAAAGAGGTTCT;SOR=0.086;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=7;WE=141854444;WS=141854426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr7	141854659	rs11770705	A	G	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.099;SC=AGGTCACCAAAAGAAGTGATG;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=71;WE=141854667;WS=141854649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,114:0.66:172
chr7	141857846	rs7811706	A	G	5123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=60;PP=2163;SC=CTTTTCTACCATGCTCACACC;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=68;TCR=60;TR=128;WE=141857854;WS=141857836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr7	141860199	rs60403744	A	G	60.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5120;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TCCTTTCAAAATTGATCCAAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=141860207;WS=141860189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr7	141860861	rs34106041	T	C	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.788;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=390;ReadPosRankSum=2.310;SC=GGGATGAAGGTGGCTGGTTTC;SOR=0.905;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=29;WE=141860869;WS=141860851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr7	141861072	rs12703440	C	A	661.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=361;ReadPosRankSum=1.114;SC=GAAAATTAGTCATCATAGGCT;SOR=0.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=21;WE=141861080;WS=141861062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr7	141870134	rs56365887	G	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=107;ReadPosRankSum=-1.020;SC=TATGGAAATAGGTGTGCATTT;SOR=0.680;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=10;WE=141870142;WS=141870124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr7	141871251	rs7779634	A	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=468;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GTAGGGACAAAGGAATAAGTT;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=39;WE=141871259;WS=141871241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,63:0.30:212
chr7	141872996	rs73158454	A	G	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.42;ReadPosRankSum=-1.033;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr7	141873000	rs9986803	T	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=-2.361;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr7	141875431	rs12532575	C	T	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.551;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr7	141875594	rs6958066	C	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,41:0.32:128
chr7	141875671	rs6958102	C	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=84;ReadPosRankSum=-0.752;SC=TGAAGGGTACCAGAAATGTTC;SOR=0.465;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=8;WE=141875679;WS=141875661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr7	141884682	rs76031018	CAT	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=1.216;SC=ATTTTGAAAACATAGAATGAA;SOR=0.432;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=5;WE=141884691;WS=141884672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr7	141885944	rs111646116	CT	C	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=1.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,33:0.28:117
chr7	141896059	rs4236467	A	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=352;ReadPosRankSum=1.786;SC=ACACAGCTGCATGGGACCAGC;SOR=0.451;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=28;WE=141896067;WS=141896049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,39:0.42:92
chr7	141897595	rs3110843	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.520;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=0.076;SC=AAAAGCATTTTAAAGATCATC;SOR=0.330;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=23;WE=141897603;WS=141897585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr7	141898023	rs4260813	C	A	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=1.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.795;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,83:0.35:235
chr7	141898522	rs2960768	T	A	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=82;PP=2551;ReadPosRankSum=-0.685;SC=AAGAGCCTGCTATGAACACTC;SOR=0.405;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=51;TCR=83;TR=133;WE=141898530;WS=141898512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr7	141899660	.	CT	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-0.588;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,21:0.28:76
chr7	141901322	rs6963175	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=2.000;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,27:0.25:108
chr7	141957504	rs7786497	A	G	2924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.225;SC=GATTCAAGAGAGCCCAGAGGA;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=77;WE=141957512;WS=141957494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,140:0.67:208
chr7	141957653	rs35443843	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=64;ReadPosRankSum=-1.389;SC=TATTTTAGTAGCAGGATTCAG;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=141957661;WS=141957643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr7	142001030	rs56095598	A	G	4445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=51;PP=1738;SC=GTGATCTTGCACTGTGTCCCC;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=95;WE=142001038;WS=142001020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	142013384	rs361401	G	C	10847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=123;PP=2965;SC=GAAAGTGTGCGAAGTCGCTTC;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=243;TCF=119;TCR=124;TR=239;WE=142013392;WS=142013374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr7	142021521	rs72430962	TCA	T	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,8:0.15:54
chr7	142028108	rs361428	A	C	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=32.11;SOR=2.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	142028108	.	ACTTGAGAGTC	CCTTGAGAGTA,CCTTGAGAGTC	662	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=58.92;NF=9,33;NR=4,8;PP=160,662;QD=16.4206057586;SC=AGAATGACCCACTTGAGAGTC;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=13,41;WE=142028126;WS=142028098;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.32:41
chr7	142028118	rs361429	C	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.947;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr7	142028542	.	G	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DP=593;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-21.353;QD=1.13;ReadPosRankSum=3.033;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:529,55:0.09:584
chr7	142028546	.	TC	CT	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.123;ClippingRankSum=0.000;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-21.463;QD=0.96;ReadPosRankSum=3.117;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:517,52:0.09:569
chr7	142028551	.	CA	GG	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.557;ClippingRankSum=0.000;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=0.980;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=-21.479;QD=0.97;ReadPosRankSum=3.319;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:510,50:0.09:560
chr7	142028555	.	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.907;ClippingRankSum=0.000;DP=544;ExcessHet=3.0103;FS=0.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-21.003;QD=1.06;ReadPosRankSum=2.670;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:486,50:0.09:536
chr7	142032115	rs10567930	CTG	C	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=381;ReadPosRankSum=-1.315;SC=AAGCAGTCTCCTGTGTGTGTG;SOR=1.101;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=12;WE=142032124;WS=142032105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr7	142032610	.	A	G	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=2.461;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,31:0.14:225
chr7	142032613	.	TG	CA	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=3.003;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,30:0.14:219
chr7	142032646	rs78118526	G	A	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.77;SOR=1.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	142032646	.	GTGTACATAGTGCAA	ATGTACATAGTGCAA,ATGTACATGGTGAAG	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=22;MQ=60.11;NF=30,12;NR=81,17;PP=2962,1271;QD=20;SC=TTAAAAATGTGTGTACATAGT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=30;TCR=81;TR=111,29;WE=142032668;WS=142032623;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:111
chr7	142032654	rs190649630	A	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=1.451;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,24:0.18:133
chr7	142032658	.	C	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.989;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,23:0.19:122
chr7	142032660	.	A	G	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=3.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=0.612;SOR=0.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,23:0.19:118
chr7	142032677	rs375896144	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.343;HP=2;HapScore=1;MGOF=87;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=310;ReadPosRankSum=-2.047;SC=AATCTAGCTAGTTAACATATG;SOR=0.400;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=27;WE=142032685;WS=142032667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,19:0.21:90
chr7	142032713	.	A	T	200	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=90;MMLQ=21;MQ=60.39;NF=3;NR=13;PP=200;QD=14.6732007842;SC=TATCCTTTCCAGTGGTGAGAA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=16;WE=142032721;WS=142032703;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr7	142032729	.	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=3.347;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=1.664;SC=GAGAATACTTAAAATGTACTC;SOR=1.005;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=12;WE=142032737;WS=142032719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,4:0.15:26
chr7	142045848	rs17225	T	C	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.055;NF=47;NR=71;PP=2514;ReadPosRankSum=1.352;SC=CTTTCCTGTGTAGAAACCTTA;SOR=0.359;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=47;TCR=72;TR=118;WE=142045856;WS=142045838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr7	142045924	rs1811089	A	G	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=57;PP=1973;SC=AAGAGCCCCGACAGAAGATTC;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=100;WE=142045932;WS=142045914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr7	142099425	.	A	G	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-7.260;QD=9.26;ReadPosRankSum=2.602;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,57:0.30:193
chr7	142099438	.	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=9.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-8.282;QD=3.13;ReadPosRankSum=3.742;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,63:0.25:253
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chr7	142120168	rs57417024	T	TCA	861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=778;ReadPosRankSum=-0.105;SC=TGTAGTCATCTCACACACACA;SOR=0.606;Source=Platypus;TCF=31;TR=30;WE=142120177;WS=142120158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,49:0.29:171
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chr7	142139334	.	CG	C	506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=8.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=-15.077;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.110;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:427,44:0.09:471
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chr7	142143804	rs73742281	A	C	14767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=201;PP=2965;ReadPosRankSum=0.634;SC=AGTAGTAAATAAGCCTCAGCC;SOR=0.509;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=351;TCF=150;TCR=201;TR=350;WE=142143812;WS=142143794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,554:1.00:555
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chr7	142143953	rs371156869	G	A	2570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=10.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-14.339;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=1.221;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,102:0.23:446
chr7	142143993	rs374220425	C	A	3405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=3.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-14.658;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,145:0.29:496
chr7	142144004	rs368631399	T	A	3684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FS=2.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-14.651;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,145:0.29:508
chr7	142144022	rs371600923	T	C	3597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-12.552;QD=7.62;ReadPosRankSum=2.090;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,142:0.30:472
chr7	142144059	.	A	C	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-11.521;NF=26;NR=40;PP=781;ReadPosRankSum=0.949;SC=AGAAAAGGCCACACAGCACAG;SOR=0.708;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=204;TCF=75;TCR=129;TR=66;WE=142144067;WS=142144049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,105:0.29:360
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chr7	142144101	.	C	T	2079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.934;ClippingRankSum=0.000;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=6.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=-9.861;QD=11.12;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,56:0.30:187
chr7	142144111	.	T	C	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=3.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-9.700;QD=11.22;ReadPosRankSum=-2.561;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,49:0.32:155
chr7	142144129	.	A	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=17.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-9.094;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.615;SOR=2.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,24:0.24:101
chr7	142144135	.	G	A	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.821;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=15.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-8.411;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=2.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr7	142144142	.	T	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=12.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-7.283;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.682;SOR=2.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr7	142148850	.	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.373;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQRankSum=-9.917;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,25:0.25:102
chr7	142148878	rs370978147	T	C	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=7.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQRankSum=-13.463;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,53:0.27:193
chr7	142148881	rs374566766	C	A	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=8.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQRankSum=-13.397;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,57:0.28:205
chr7	142148919	rs376682174	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=2.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-18.259;QD=1.86;ReadPosRankSum=6.132;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:335,82:0.20:417
chr7	142148963	rs371195527	C	T	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FS=1.751;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-19.922;QD=2.65;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:525,78:0.13:603
chr7	142148969	.	AA	TC	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DP=631;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-20.297;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:555,76:0.12:631
chr7	142149349	rs140504979	A	C	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=51;PP=1688;SC=CTCACCTGCTACCAGGAGACA;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=87;WE=142149357;WS=142149339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr7	142162001	rs73742263	A	C	15912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.183;NF=203;NR=168;PP=2965;ReadPosRankSum=2.172;SC=AGCGGGAAATACTCTGTGGTT;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=373;TCF=204;TCR=169;TR=371;WE=142162009;WS=142161991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,606:1.00:608
chr7	142162050	rs71878	A	G	17464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=668;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=191;NR=209;PP=2965;SC=CTTCTCCTTTATCAGTGATAC;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=400;TCF=191;TCR=209;TR=400;WE=142162058;WS=142162040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,664:1.00:664
chr7	142168348	.	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.137;ClippingRankSum=0.000;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=41.047;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-13.720;QD=2.85;ReadPosRankSum=-3.356;SOR=5.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,24:0.13:190
chr7	142168351	.	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.875;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=32.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=-14.339;QD=2.73;ReadPosRankSum=-3.756;SOR=3.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,30:0.14:208
chr7	142168362	.	A	T	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;ClippingRankSum=0.000;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=25.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-15.071;QD=5.73;ReadPosRankSum=-3.203;SOR=2.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,48:0.18:270
chr7	142168365	.	C	T	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.465;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=22.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-15.038;QD=6.45;ReadPosRankSum=-3.950;SOR=1.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,56:0.20:284
chr7	142168371	.	C	T	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.560;ClippingRankSum=0.000;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=20.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-15.120;QD=6.07;ReadPosRankSum=-4.345;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,73:0.23:323
chr7	142168414	rs374005717	G	C	4121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-13.970;QD=6.85;ReadPosRankSum=-3.596;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:378,224:0.37:602
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chr7	142168452	rs361355	C	A	32108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=736;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=148;NR=146;PP=2965;SC=TCAGAGCTATCATTAGGGAAC;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=148;TCR=147;TR=294;WE=142168482;WS=142168442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,735:1.00:735
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chr7	142168862	.	A	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.743;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQRankSum=-5.104;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,17:0.18:93
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chr7	142180618	.	TG	CA	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.671;ClippingRankSum=0.000;DP=1014;ExcessHet=3.0103;FS=4.726;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-27.096;QD=1.42;ReadPosRankSum=-1.555;SOR=1.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:903,98:0.10:1001
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chr7	142180640	.	GA	TG	2961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.694;ClippingRankSum=0.000;DP=998;ExcessHet=3.0103;FS=10.639;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-22.434;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.283;SOR=1.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:858,132:0.13:990
chr7	142180646	.	AG	CT	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.636;ClippingRankSum=0.000;DP=980;ExcessHet=3.0103;FS=10.155;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-21.466;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=1.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:840,135:0.14:975
chr7	142180704	rs368420989	G	T	3330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-15.230;QD=4.42;ReadPosRankSum=2.986;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:542,212:0.28:754
chr7	142180737	rs372013265	T	A	3148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FS=1.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-13.201;QD=5.37;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:410,176:0.30:586
chr7	142180770	rs375278683	T	C	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQRankSum=-16.901;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,165:0.32:523
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chr7	142180849	.	T	C	3625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=3.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQRankSum=-22.181;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,119:0.23:515
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chr7	142197813	rs369221441	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=2.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-8.197;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.912;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,30:0.12:247
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chr7	142197835	.	CGGGAGACTGGGCA	TGGGAGACTGAACC,TGGGAGACTGGGCA	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=28;MQ=58.81;NF=6,79;NR=5,84;PP=344,2962;QD=37.9516249875;SC=ATCTTATATCCGGGAGACTGG;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=163;TCF=79;TCR=84;TR=11,163;WE=142197856;WS=142197825;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.07:163
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chr7	142197846	rs375613822	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-8.333;QD=1.16;ReadPosRankSum=-1.907;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,22:0.09:235
chr7	142197848	rs368955078	A	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-8.491;QD=1.03;ReadPosRankSum=-2.081;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,21:0.09:232
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chr7	142197910	.	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.889;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=17.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-7.569;QD=0.66;ReadPosRankSum=-2.120;SOR=2.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,16:0.08:196
chr7	142197912	.	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.801;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=17.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-7.569;QD=0.46;ReadPosRankSum=-2.136;SOR=2.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,16:0.08:196
chr7	142197913	.	A	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.803;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=17.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-7.507;QD=0.47;ReadPosRankSum=-2.271;SOR=2.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,16:0.08:193
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chr7	142197923	.	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.921;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=15.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-7.730;QD=1.20;ReadPosRankSum=-2.553;SOR=2.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,18:0.09:193
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chr7	142197935	.	T	TGAG	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.431;ClippingRankSum=0.000;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=15.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-7.545;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.941;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,19:0.10:195
chr7	142197961	.	TGC	T	827.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=2.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-8.608;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,32:0.16:204
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chr7	142197978	.	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=2.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-8.093;QD=4.67;ReadPosRankSum=2.059;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,32:0.17:183
chr7	142197983	rs369385273	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-7.783;QD=5.07;ReadPosRankSum=2.293;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,32:0.19:171
chr7	142197986	rs148941368	T	C	5216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=57;PP=1921;SC=GAGGGCCGCCTAGCAGAGGAG;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=142197994;WS=142197976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr7	142198003	rs377018956	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=2.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-8.095;QD=6.02;ReadPosRankSum=1.974;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,32:0.20:160
chr7	142198022	.	A	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.136;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-7.519;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.818;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,26:0.20:129
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chr7	142231806	.	C	G	2885.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=17.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=-8.679;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,76:0.37:205
chr7	142231808	.	GCC	G	2759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=23.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-8.868;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.059;SOR=1.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,73:0.36:202
chr7	142231826	.	T	C	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.393;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.156;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-9.263;NF=5;NR=33;PP=667;ReadPosRankSum=0.129;SC=GTCTCTGTGATCTTGTGTCTT;SOR=1.793;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=114;TCF=38;TCR=76;TR=38;WE=142231834;WS=142231816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,56:0.34:167
chr7	142231852	.	T	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.674;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=55.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQRankSum=-9.935;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.626;SOR=6.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,25:0.22:112
chr7	142231861	.	C	A	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=43.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQRankSum=-10.143;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.445;SOR=5.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,20:0.19:105
chr7	142231878	.	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=28.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-9.771;QD=2.61;ReadPosRankSum=-0.971;SOR=4.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,13:0.13:97
chr7	142231888	.	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.244;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=20.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-9.980;QD=1.26;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=4.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,9:0.09:101
chr7	142231889	.	G	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=20.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-9.980;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.098;SOR=4.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,9:0.09:101
chr7	142231896	.	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=21.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-10.374;QD=0.36;ReadPosRankSum=-1.529;SOR=4.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,8:0.07:109
chr7	142232163	rs144354683	T	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=166;SC=TTCTCTTCCCTGCAGGAACAA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=142232171;WS=142232153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr7	142239679	rs17208	C	G	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=39;PP=1310;SC=CATTATAATACTGAATGAGGA;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=142239687;WS=142239669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	142239946	rs17209	T	C	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=32;PP=1005;SC=GACTTTCAAGTTGTGCCCAGG;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=57;WE=142239954;WS=142239936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	142242352	rs2734112	C	T	10041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=116;NR=119;PP=2965;SC=CTCAGAGCAACAGTCATGGAA;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=116;TCR=120;TR=235;WE=142242360;WS=142242342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr7	142242670	rs17219	T	G	10004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=99;NR=112;PP=2965;SC=ATCTGAGAATTGGGCTGCTGT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=99;TCR=112;TR=211;WE=142242678;WS=142242660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr7	142247125	rs361365	A	G	8711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=44.91;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr7	142247133	rs361364	AT	GC	9098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=45.04;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr7	142247148	rs361361	C	T	6344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=57;PP=2468;SC=TGAGTCCCCCCGCTCTGTGCG;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=131;WE=142247156;WS=142247115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	142247213	rs361360	G	T	7279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=62;PP=2965;SC=AGAACCGATCGTTGGGCAGCC;SOR=0.833;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=154;TCF=89;TCR=65;TR=144;WE=142247221;WS=142247203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr7	142247263	.	G	A	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=7.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-8.921;QD=3.53;ReadPosRankSum=-4.298;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,44:0.15:303
chr7	142247270	rs375846702	TG	CA	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=3.638;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-8.910;QD=3.82;ReadPosRankSum=-2.691;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,48:0.16:309
chr7	142247285	.	G	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.309;ClippingRankSum=0.000;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=1.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-7.103;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.803;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,38:0.12:309
chr7	142247288	.	T	C	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.453;ClippingRankSum=0.000;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=9.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-7.243;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,59:0.19:308
chr7	142247347	rs361359	A	C	10089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=33.41;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr7	142247348	rs371674308	T	C	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=6.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-4.785;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.677;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,107:0.35:304
chr7	142247380	rs374995027	T	A	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=5.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-2.893;QD=10.40;ReadPosRankSum=2.401;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,82:0.33:252
chr7	142247396	.	A	T	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=8.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-2.181;QD=10.22;ReadPosRankSum=1.367;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,68:0.30:230
chr7	142247410	rs56172210	C	T	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=10.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-3.199;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=1.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,62:0.28:219
chr7	142247417	rs370449003	AC	A	2057.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.115;HP=2;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.190;NF=12;NR=39;PP=2918;ReadPosRankSum=-3.053;SC=CTGCGGAGACACAAGTTGAGA;SOR=1.311;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=84;TCF=15;TCR=69;TR=51;WE=142247441;WS=142247386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,60:0.28:211
chr7	142247425	.	A	G	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=11.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-3.381;QD=9.44;ReadPosRankSum=-3.700;SOR=1.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,51:0.26:195
chr7	142247432	.	G	A	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=10.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-3.487;QD=8.25;ReadPosRankSum=-4.820;SOR=1.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,45:0.25:180
chr7	142247443	.	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.067;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=28.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-5.205;QD=6.80;ReadPosRankSum=-2.987;SOR=3.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,24:0.16:153
chr7	142247445	.	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.134;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=28.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-5.338;QD=3.89;ReadPosRankSum=-2.903;SOR=3.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,23:0.15:151
chr7	142247448	.	G	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.531;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=27.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-5.479;QD=3.81;ReadPosRankSum=-3.011;SOR=3.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,21:0.15:144
chr7	142247451	.	C	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.298;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=20.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-5.920;QD=3.39;ReadPosRankSum=-2.260;SOR=2.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,18:0.13:141
chr7	142247455	rs57923366	T	TCACACA,TCACA	3172.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-5.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=14.339;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=4.434;NF=8,8;NR=33,33;PP=1335,395;ReadPosRankSum=3.379;SC=GTTGTACTCATCACACACACA;SOR=0.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=41,41;WE=142247463;WS=142247445;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.84:118
chr7	142247456	.	C	CACACGAATGCACACAGCCCACCCCT	564.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.236;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=20.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-6.044;QD=4.09;ReadPosRankSum=-2.781;SOR=2.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,17:0.12:138
chr7	142247503	.	G	GT	2755	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=78;MMLQ=26;MQ=54.2;NF=5;NR=28;PP=2755;QD=20;SC=ACTGGTTGGTGTCTGAGGACT;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=33;WE=142247562;WS=142247464;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:31,33:0.52:64
chr7	142247529	.	GGC	G	153.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=11.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-6.569;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.119;SOR=1.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,11:0.10:115
chr7	142247530	.	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-3.424;QD=4.55;ReadPosRankSum=-3.577;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,20:0.17:115
chr7	142247535	.	G	GAA	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=8.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=-6.855;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=1.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,12:0.10:117
chr7	142247538	.	CTG	C	795.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-3.468;QD=6.17;ReadPosRankSum=-2.177;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,23:0.18:129
chr7	142247539	.	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=12.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-6.475;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=1.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,14:0.11:123
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chr7	142247571	rs376050671	A	G	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-7.549;QD=18.75;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,67:0.49:138
chr7	142247605	rs370122363	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=1;MGOF=137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.937;NF=14;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=-0.195;SC=CCAGATCAGGGTCACTGTGAG;SOR=0.600;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=32;WE=142247613;WS=142247595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,35:0.25:141
chr7	142326607	rs17260	C	T	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=9;PP=920;SC=GGTCCTTTGTCTCCTGGGAGC;SOR=1.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=45;WE=142326615;WS=142326597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	142326909	rs76454382	C	G	5941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=91;PP=2965;SC=ACTACTCACACATAGTAAATG;SOR=0.924;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=70;TCR=91;TR=158;WE=142326917;WS=142326899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr7	142334648	rs17210	A	T	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=18;PP=1691;SC=ACATCCGAGCAGGGTTATCTG;SOR=1.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=76;WE=142334656;WS=142334638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr7	142378633	rs17243	G	A	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.96;NF=96;NR=40;PP=2699;SC=CCTCTGCTACGTGGGCTTTTA;SOR=1.435;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=97;TCR=40;TR=136;WE=142378641;WS=142378623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr7	142378831	rs76429157	C	G	13187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=167;PP=2965;SC=TTGTTATAGGCACAGGAAAGA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=334;TCF=164;TCR=170;TR=330;WE=142378839;WS=142378821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
chr7	142423161	rs112325538	A	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=443;SC=AGGTGGAGACATTACAGAAAC;SOR=2.670;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=142423169;WS=142423151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr7	142423562	rs62001054	C	T	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=60;PP=2449;SC=AATGTTGAGGCGACTGATAAG;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=122;WE=142423570;WS=142423552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr7	142428611	rs361326	C	T	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=60;PP=2516;SC=CCTACTATTTCGAGGTCTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=122;WE=142428619;WS=142428601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	142428626	rs361327	A	C	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.174;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=62;PP=2731;ReadPosRankSum=-1.109;SC=TCTTTTATACAAAGCTCTTTT;SOR=0.363;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=131;WE=142428634;WS=142428616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,161:0.99:162
chr7	142429001	rs17213	C	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=17;PP=439;SC=GCAGCACAGCCGCATCCTCTC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=142429009;WS=142428991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr7	142448199	rs112413030	GGGTGGAAA	G	1896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=14;PP=2978;SC=TGTTAACACTGGGTGGAAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=142448214;WS=142448189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	142458304	.	T	A	1364	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=55;MMLQ=17;MQ=52.5;NF=27;NR=15;PP=1364;QD=33.3040764892;SC=AGCCTCACTGTGCTTGTTAAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=42;WE=142458324;WS=142458294;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:52,42:0.45:94
chr7	142458316	.	A	T	1364	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=55;MMLQ=22;MQ=51.74;NF=32;NR=17;PP=1364;QD=28.5463512765;SC=CTTGTTAAGGATTTCTAATTA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=49;WE=142458324;WS=142458294;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:53,49:0.48:102
chr7	142458331	.	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-8.137;QD=1.33;ReadPosRankSum=-3.382;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,17:0.18:93
chr7	142458371	rs367779270	T	C	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=4.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-13.057;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.865;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,55:0.27:205
chr7	142458409	rs200665515	C	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=8.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.38;MQRankSum=-3.739;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=1.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,35:0.12:283
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chr7	142458414	.	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=4.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-4.437;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.065;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,38:0.13:285
chr7	142458437	rs372637371	C	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-7.300;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,63:0.20:320
chr7	142458511	rs138464021	G	T	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-14.099;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,75:0.18:413
chr7	142458523	rs149246646	T	A	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=6.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-15.324;QD=3.17;ReadPosRankSum=1.157;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,59:0.14:422
chr7	142458526	rs144422014	AC	GG	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=5.226;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-15.459;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.378;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,58:0.14:421
chr7	142458531	rs147366981	C	T	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=3.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-15.577;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,55:0.13:415
chr7	142458542	.	A	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=6.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-16.676;QD=1.85;ReadPosRankSum=-2.258;SOR=1.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,46:0.12:388
chr7	142458550	rs149455681	GC	CT	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=9.248;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-17.217;QD=2.01;ReadPosRankSum=-3.623;SOR=1.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:311,38:0.11:349
chr7	142458566	rs143909348	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=5.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-16.975;QD=1.09;ReadPosRankSum=-5.085;SOR=1.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,26:0.09:290
chr7	142458661	.	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=25.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-7.195;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.010;SOR=3.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,6:0.08:76
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chr7	142460428	rs370303567	CCAA	C	976.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=11.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=68.040;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-18.262;NF=5;NR=48;PP=2945;ReadPosRankSum=-3.727;SC=GGTGATTTGACCAACCCTTCC;SOR=3.912;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=177;TCF=41;TCR=136;TR=53;WE=142460438;WS=142460402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,46:0.12:377
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chr7	142460569	rs377684105	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.07;MQRankSum=-8.970;QD=2.36;ReadPosRankSum=2.250;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,9:0.11:82
chr7	142460603	rs370565903	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-6.255;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,8:0.20:41
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chr7	142468213	.	A	G	4129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.609;ClippingRankSum=0.000;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=1.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-17.461;QD=10.32;ReadPosRankSum=6.045;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,118:0.29:400
chr7	142468218	.	G	A	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.989;ClippingRankSum=0.000;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.22;MQRankSum=-13.381;QD=6.25;ReadPosRankSum=4.905;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:326,86:0.21:412
chr7	142468221	.	T	A	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.194;ClippingRankSum=0.000;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=0.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-13.459;QD=6.07;ReadPosRankSum=4.622;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,85:0.20:418
chr7	142468228	.	A	G	3837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.733;ClippingRankSum=0.000;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-18.485;QD=8.55;ReadPosRankSum=3.176;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:334,115:0.26:449
chr7	142470290	rs11769872	T	C	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=33;PP=1595;SC=GGAAGGAGGGTTAAGGAGCAT;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=85;WE=142470298;WS=142470280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	142470364	rs11770572	T	C	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=45;PP=1758;SC=AACAGAAAGGTCCTGGGTCTC;SOR=0.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=87;WE=142470372;WS=142470354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr7	142470544	rs377545759	C	T	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=2.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.45;MQRankSum=-3.313;QD=3.53;ReadPosRankSum=-4.716;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:388,113:0.23:501
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chr7	142470585	.	G	A	3621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.405;ClippingRankSum=0.000;DP=990;ExcessHet=3.0103;FS=6.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-2.841;QD=3.75;ReadPosRankSum=6.319;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:820,146:0.15:966
chr7	142470597	.	G	A	17760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.341;ClippingRankSum=0.000;DP=1165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQRankSum=-14.005;QD=15.57;ReadPosRankSum=4.689;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:632,509:0.45:1141
chr7	142470607	.	A	T	3746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DP=1337;ExcessHet=3.0103;FS=6.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.83;MQRankSum=-1.896;QD=2.85;ReadPosRankSum=8.219;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1139,174:0.13:1313
chr7	142470612	rs367807406	A	G	3711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1398;ExcessHet=3.0103;FS=6.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=-1.812;QD=2.70;ReadPosRankSum=7.953;SOR=1.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1198,176:0.13:1374
chr7	142470614	.	C	T	3730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DP=1423;ExcessHet=3.0103;FS=7.002;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-1.821;QD=2.67;ReadPosRankSum=7.605;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1221,178:0.13:1399
chr7	142470645	rs368963025	T	C	19025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1625;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.25;MQRankSum=-17.918;QD=11.91;ReadPosRankSum=2.047;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:975,622:0.39:1597
chr7	142470646	rs375588069	T	C	5683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1635;ExcessHet=3.0103;FS=2.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-18.280;QD=3.53;ReadPosRankSum=5.442;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1185,424:0.26:1609
chr7	142470683	.	C	CCT	6910.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DP=1355;ExcessHet=3.0103;FS=20.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-21.003;QD=5.63;ReadPosRankSum=-8.668;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:979,249:0.20:1228
chr7	142470685	.	ATG	A	6853.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.373;ClippingRankSum=0.000;DP=1248;ExcessHet=3.0103;FS=21.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-21.822;QD=5.56;ReadPosRankSum=-9.602;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:997,235:0.19:1232
chr7	142470691	rs10952531	G	C	21267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-11.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1159;ExcessHet=3.0103;FS=18.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=22.637;QD=18.41;ReadPosRankSum=10.665;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,945:0.82:1155
chr7	142470693	.	T	C	5839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.709;ClippingRankSum=0.000;DP=1130;ExcessHet=3.0103;FS=19.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-23.262;QD=5.19;ReadPosRankSum=-10.523;SOR=2.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:935,191:0.17:1126
chr7	142470703	.	G	T	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.095;ClippingRankSum=0.000;DP=983;ExcessHet=3.0103;FS=26.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-28.400;QD=2.55;ReadPosRankSum=-7.517;SOR=3.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:877,106:0.11:983
chr7	142470707	.	A	G	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=16.680;ClippingRankSum=0.000;DP=943;ExcessHet=3.0103;FS=29.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-29.602;QD=1.45;ReadPosRankSum=-5.395;SOR=4.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:863,80:0.08:943
chr7	142470709	.	A	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.169;ClippingRankSum=0.000;DP=930;ExcessHet=3.0103;FS=26.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-30.002;QD=0.90;ReadPosRankSum=-5.044;SOR=4.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:856,74:0.08:930
chr7	142470715	.	A	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=13.664;ClippingRankSum=0.000;DP=871;ExcessHet=3.0103;FS=16.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-29.481;QD=0.16;ReadPosRankSum=-3.619;SOR=3.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:817,54:0.06:871
chr7	142478608	rs73742439	G	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=665;SC=TGCAGGAAAGGGCCGCTCTCC;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=142478616;WS=142478598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr7	142478755	rs73742441	T	C	7056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=54;PP=2965;SC=GGAATGGTGATCCTCACCTCA;SOR=1.344;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=114;TCR=54;TR=167;WE=142478763;WS=142478745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr7	142478771	rs201689354	A	AC	10145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=93;NR=56;PP=2967;SC=CCTCACAGACACTCCTCTCTG;SOR=1.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=95;TCR=58;TR=149;WE=142478779;WS=142478761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
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chr7	142478881	.	T	TAG	1034.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=740;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-19.442;QD=1.40;ReadPosRankSum=-3.552;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:672,68:0.09:740
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chr7	142478913	.	CC	TA	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.124;ClippingRankSum=0.000;DP=877;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-23.065;QD=2.09;ReadPosRankSum=2.604;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:775,99:0.11:874
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chr7	142480083	.	A	C	3243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=3.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-14.746;QD=12.92;ReadPosRankSum=-4.621;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,87:0.35:251
chr7	142480095	rs374574556	G	A	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=11.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-13.719;QD=5.57;ReadPosRankSum=-4.695;SOR=1.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,59:0.30:197
chr7	142480137	rs57353422	A	G	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.23;QD=43.02;SOR=2.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	142480137	.	AGAACTACTGAG	GGAAGTACTGAC,GGAAGTACTGAG	1734	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MMLQ=28;MQ=54.22;NF=7,14;NR=46,54;PP=1734,263;QD=33.9144882049;SC=TTCAGCCCAGAGAACTACTGA;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=53,68;WE=142480156;WS=142480116;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.70:76
chr7	142480141	rs55775033	C	G	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.39;QD=45.80;SOR=2.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	142480148	rs10808021	G	C	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.26;MQRankSum=7.417;QD=41.85;ReadPosRankSum=2.371;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
chr7	142481234	rs57725689	T	C	32311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=1210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=331;NR=275;PP=2965;SC=AACAGGATTATTCTGAACAAT;SOR=0.812;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=606;TCF=331;TCR=275;TR=606;WE=142481242;WS=142481224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1208:1.00:1208
chr7	142481376	rs73740310	T	A	9230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=204;PP=2965;SC=CCCTGAGCTCTGGGGGTGAGT;SOR=2.015;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=276;TCF=70;TCR=206;TR=270;WE=142481384;WS=142481366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr7	142481807	rs4726591	C	T	7825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=99;PP=2965;SC=AGTGCCTGGACGCTCCTGTGC;SOR=0.889;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=224;TCF=125;TCR=99;TR=223;WE=142481815;WS=142481797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr7	142481867	rs59320698	C	G	12130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=159;NR=135;PP=2965;SC=TTACCAGCAACATGTTCTGTG;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=162;TCR=138;TR=294;WE=142481875;WS=142481857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr7	142482184	rs73740312	A	C	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=19;PP=1509;SC=TCCATCTCTCAATAAAACTTG;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=142482192;WS=142482174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr7	142494307	rs12534335	T	C	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=410;ReadPosRankSum=0.793;SC=AAGGAGGCGGTTGGGGCTCCG;SOR=0.841;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=30;WE=142494315;WS=142494297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,56:0.76:74
chr7	142494606	rs2071361	C	G	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=19;PP=712;SC=GCTGAAGCCCCGGAACTGGGG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=142494614;WS=142494596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr7	142495126	rs12532977	GG	AT	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,58:0.33:175
chr7	142495156	rs17163733	T	G	3616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=46;PP=1385;ReadPosRankSum=-0.460;SC=CGAGCAGTACTTCGGGCCGGG;SOR=0.639;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=96;WE=142495164;WS=142495146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,171:0.67:256
chr7	142495238	rs55900806	A	G	3268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=52;PP=1405;ReadPosRankSum=0.334;SC=CCGGAGTCGGAGGGTGGACCG;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=88;WE=142495246;WS=142495228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,151:0.70:217
chr7	142495308	rs56352733	G	A	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=40;PP=1216;SC=CGCTCCTGGGGAAAGACTGGG;SOR=1.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=56;WE=142495316;WS=142495298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	142498630	rs372653085	T	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=7.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-3.609;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,7:0.08:85
chr7	142498635	.	C	CAG	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=14.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=-4.532;SOR=3.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,11:0.12:91
chr7	142498638	rs372878243	CCT	C	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=17.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-4.288;SOR=3.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,14:0.14:99
chr7	142498652	rs377324607	CAT	C	832.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.932;NF=20;NR=9;PP=1182;ReadPosRankSum=-4.381;SC=CTCTCTCACACATACACAGAG;SOR=0.903;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=29;WE=142498661;WS=142498625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,34:0.23:146
chr7	142498673	rs376425724	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.108;NF=40;NR=16;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.081;SC=CCCCTACCAGGACCAGACAGC;SOR=0.336;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=161;TCF=109;TCR=52;TR=56;WE=142498716;WS=142498663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,46:0.22:210
chr7	142498687	rs1799887	T	C	8234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=118;NR=63;PP=2962;SC=AGACAGCTCTTAGAGCAACCC;SOR=1.125;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=184;TCF=121;TCR=63;TR=181;WE=142498716;WS=142498663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr7	142498699	.	A	G	3208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.225;ClippingRankSum=0.000;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=10.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=4.889;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,89:0.30:295
chr7	142498702	.	C	T	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.998;ClippingRankSum=0.000;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=12.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=4.808;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.042;SOR=1.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,92:0.31:298
chr7	142498705	.	ATT	A	3504.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.955;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=13.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=4.812;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.388;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,97:0.31:315
chr7	142498708	.	A	ACC	3504.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.403;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=13.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=4.777;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.237;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,98:0.31:315
chr7	142498735	rs377360215	A	C	7206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=3.802;QD=15.70;ReadPosRankSum=-1.227;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,190:0.41:459
chr7	142498738	rs370415932	C	G	7292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=1.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=3.679;QD=15.52;ReadPosRankSum=-1.759;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,202:0.43:470
chr7	142498813	rs1042955	G	A	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:485,119:0.20:604
chr7	142498833	.	A	T	5769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=75;PP=2589;ReadPosRankSum=0.489;SC=ACAGGCTTCTACCCCGACCAC;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=402;TCF=224;TCR=178;TR=171;WE=142498845;WS=142498823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,270:0.44:609
chr7	142498837	rs1042957	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=621;ExcessHet=3.0103;FS=0.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:539,80:0.13:619
chr7	142498897	rs1042959	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-2.321;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:616,96:0.13:712
chr7	142499071	rs1042960	T	C	4657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=111;PP=2068;ReadPosRankSum=1.332;SC=GGGCCAAACCTGTCACCCAGA;SOR=0.687;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=78;TCR=177;TR=158;WE=142499079;WS=142499061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,218:0.64:343
chr7	142499729	rs3114480	T	C	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=39;PP=1329;SC=GACACAGGGGTGTGAGGGAGG;SOR=0.906;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=68;WE=142499737;WS=142499719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	142499762	rs706	A	G	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=33;PP=1260;SC=GTGCACAGGTACCTACATGCT;SOR=0.776;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=61;WE=142499770;WS=142499752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr7	142500409	rs11327	T	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=23;PP=617;SC=AATAAAAAATTGTGTGTTGGG;SOR=4.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=142500417;WS=142500399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr7	142510174	rs17270	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=424;ReadPosRankSum=1.347;SC=AAATATCCTCCACCCAGTCCC;SOR=1.410;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=23;WE=142510182;WS=142510164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr7	142510309	rs17269	A	G	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=29;PP=1288;ReadPosRankSum=-1.086;SC=AGTCACTGAGAAGGAGCTTCT;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=72;WE=142510317;WS=142510299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,112:0.59:189
chr7	142510350	rs17268	G	A	3630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.650;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=46;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.785;SC=CGGTCCTGGGGTCTGGAGGCT;SOR=0.670;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=155;TCF=79;TCR=76;TR=102;WE=142510358;WS=142510340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,165:0.67:246
chr7	142510446	rs17267	G	A	3994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=63;PP=1815;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GCAGCCTGTCGGTACCAGTAT;SOR=0.748;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=153;TCF=67;TCR=86;TR=110;WE=142510454;WS=142510436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,178:0.74:240
chr7	142511035	rs12540839	G	A	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=661;ReadPosRankSum=-0.795;SC=CTGGGCCAGTGATGTGGTCAG;SOR=0.320;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=38;WE=142511043;WS=142511025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
chr7	142566163	rs6944571	C	G	8221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.177;SC=CTCCCTTGTGCCCTCCGCTGG;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=397;TCF=196;TCR=201;TR=264;WE=142566171;WS=142566153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,364:0.65:559
chr7	142572304	rs4987704	G	A	3986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,192:0.65:297
chr7	142583330	rs17881456	A	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=38;PP=1136;SC=AGCCTTGGGGACACATCAGCC;SOR=1.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=59;WE=142583338;WS=142583320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	142610003	rs199884521	GATCT	G	212.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTCTATCTCTGATCTATCTAT;SOR=2.225;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=3;WE=142610014;WS=142609993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr7	142625417	rs4252416	A	C	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.524;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=1006;ReadPosRankSum=1.629;SC=CAGTTGCCCAACCCTTGAGAC;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=62;WE=142625425;WS=142625407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,90:0.70:129
chr7	142626549	rs4236480	C	T	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.442;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=29;PP=1428;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GCGGGGACTACGGCGGAAGGC;SOR=0.536;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=137;TCF=97;TCR=40;TR=94;WE=142626557;WS=142626539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,109:0.68:161
chr7	142626773	rs4236481	A	C	2968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.348;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=55;PP=1316;ReadPosRankSum=-1.567;SC=TGCTAGACTTATGCCCTGGGC;SOR=0.538;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=157;TCF=54;TCR=103;TR=85;WE=142626781;WS=142626763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,139:0.59:234
chr7	142627138	rs4252402	G	A	4744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,238:0.64:372
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chr7	142639321	rs8176044	T	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=205;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GGGTGCTGAATTAGGTAGAAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=13;WE=142639329;WS=142639319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr7	142881540	rs4726600	G	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=25;PP=736;SC=CAGCACCCAAGAAGACCACAG;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=142881548;WS=142881530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr7	143028536	rs2242493	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=256;ReadPosRankSum=-0.028;SC=GGGGATGTGGGCAGATAGGAA;SOR=1.174;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=17;WE=143028544;WS=143028526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr7	143029371	rs2367941	G	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=4;PP=206;SC=TCAAATATTGGTTTTTTGTGT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=143029379;WS=143029361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	143029983	rs7794560	T	C	5805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=72;PP=2071;ReadPosRankSum=-1.028;SC=CTCCTGACACTAGCAACACCC;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=201;TCF=94;TCR=107;TR=131;WE=143029991;WS=143029973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,278:0.65:429
chr7	143036318	rs2272253	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=191;ReadPosRankSum=1.612;SC=GAGTTGAAAGGGTATTCCAAC;SOR=0.633;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=15;WE=143036326;WS=143036308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,19:0.21:92
chr7	143036337	rs2272252	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=213;ReadPosRankSum=1.236;SC=ACGCTTCTTTCTACTCCAGTT;SOR=0.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=16;WE=143036345;WS=143036327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,23:0.19:122
chr7	143036548	rs6464542	T	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=496;ReadPosRankSum=-0.985;SC=TTCTGAAAACTGAGAGCAAGG;SOR=0.798;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=32;WE=143036556;WS=143036538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,52:0.38:138
chr7	143039311	rs940864	A	G	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=637;ReadPosRankSum=-1.776;SC=CTGAGCTTAGAGTTAAAGTTT;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=35;WE=143039319;WS=143039301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,48:0.40:120
chr7	143042837	rs2272251	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=343;ReadPosRankSum=-1.468;SC=AGGACGAAGACCTCTCTGGCA;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=22;WE=143042845;WS=143042827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,43:0.61:70
chr7	143042983	rs45554138	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GAGGGAGGGGAGAGTCTGGTA;SOR=0.654;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=9;WE=143042991;WS=143042973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr7	143043240	rs13438232	C	T	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=1.225;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:428,179:0.29:607
chr7	143043377	rs56680997	C	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.234;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=245;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CCCAACTCACCCCTTGTGGGT;SOR=0.326;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=26;WE=143043385;WS=143043367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,41:0.33:124
chr7	143043607	rs2242492	G	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=373;ReadPosRankSum=0.300;SC=TTAGGCACTGGGTGGGGCCCC;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=27;WE=143043615;WS=143043597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,29:0.31:94
chr7	143043890	rs2242491	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.790;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=658;ReadPosRankSum=0.221;SC=ATGATGAATGAAAAGGAGGCA;SOR=0.675;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=22;WE=143043910;WS=143043880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr7	143043902	rs2242490	C	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.462;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=658;ReadPosRankSum=1.164;SC=AAGGAGGCATCGGTGGTCCTG;SOR=1.040;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=22;WE=143043910;WS=143043880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,27:0.31:86
chr7	143043939	rs2242489	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=0.946;SC=TATTGTTTCATTGGGAGCCAT;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=20;WE=143043947;WS=143043929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr7	143054585	rs6958357	A	G	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	143057268	rs13244040	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,49:0.33:149
chr7	143078928	rs10808025	C	G	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=54;PP=1501;SC=GGGGGGCAGTCGTTTCGGGAA;SOR=4.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=4;TCR=54;TR=58;WE=143078936;WS=143078918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	143079195	rs71931732	GGCGCCCT	G	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr7	143079806	rs6464546	G	A	3198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=40;PP=1774;ReadPosRankSum=-0.478;SC=AGGAAAAGCAGGGCTCAGGGC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=92;TCR=60;TR=101;WE=143079814;WS=143079796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,146:0.68:215
chr7	143088531	rs1131883	C	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.682;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=423;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CCTGATTGGGCATGGGGTGAG;SOR=0.600;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=36;WE=143088539;WS=143088521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,52:0.39:132
chr7	143088823	rs1804527	T	C	10118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=126;PP=2965;SC=CGGTTCGATATGGGATCCCAT;SOR=0.930;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=90;TCR=127;TR=215;WE=143088831;WS=143088813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr7	143088867	rs6967117	T	C	6805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=104;PP=2965;SC=CGAAGAGTCATCCTGTGGGAC;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=58;TCR=104;TR=162;WE=143088875;WS=143088857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr7	143093538	rs10952549	G	A	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	143097100	rs4725617	A	G	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=52;PP=1729;SC=GGAGCCAGACACAAGGTCTCG;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=143097108;WS=143097090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	143141475	rs4595035	T	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.19;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,25:0.83:30
chr7	143554451	rs200166862	G	A	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.49;QD=26.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr7	143632833	rs13229174	A	G	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=494;ReadPosRankSum=-0.948;SC=GCCCATGTGCACTAACAAGTT;SOR=0.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=40;WE=143632841;WS=143632823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,60:0.35:171
chr7	143633157	rs13235235	T	C	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,133:0.29:451
chr7	143633297	rs984764	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.986;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=348;ReadPosRankSum=0.223;SC=ACATTACTTTAAGAAGAAGCT;SOR=0.441;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=25;WE=143633305;WS=143633287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr7	143657801	rs2072166	A	G	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=1.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=-1.772;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,140:0.30:464
chr7	143701884	rs728275	C	T	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FS=0.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.658;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:372,130:0.26:502
chr7	143747481	rs79781351	AC	A	1565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.217;NF=11;NR=19;PP=1035;ReadPosRankSum=1.858;SC=CAACGCAGGTACTGTCACAAG;SOR=0.803;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=30;WE=143747489;WS=143747471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,54:0.29:185
chr7	143747789	.	A	G	4047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=699;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.163;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=74;PP=1649;ReadPosRankSum=0.761;SC=CCCATGCACAATGCAGACCTT;SOR=0.803;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=407;TCF=196;TCR=211;TR=135;WE=143747797;WS=143747779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:443,237:0.35:680
chr7	143748364	rs4407791	T	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=713;ReadPosRankSum=1.084;SC=CCTTGATCTATAGCCTGAGGA;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=52;WE=143748372;WS=143748354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,83:0.34:243
chr7	143771408	rs59319753	G	C	1831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.040;NF=27;NR=41;PP=798;ReadPosRankSum=-1.439;SC=TCTTCTCCCTGTTCTACATCT;SOR=0.624;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=232;TCF=86;TCR=146;TR=68;WE=143771416;WS=143771398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,107:0.32:330
chr7	143771536	rs6951485	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=600;ReadPosRankSum=-0.767;SC=TGTGCTTGCAGCACGGTGCCC;SOR=0.727;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=168;TCF=107;TCR=61;TR=49;WE=143771544;WS=143771526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,65:0.30:217
chr7	143771937	rs2961135	G	C	1665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=987;ReadPosRankSum=0.248;SC=GCTGGTGGGAGCCTTCTTTTC;SOR=0.891;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=188;TCF=80;TCR=108;TR=67;WE=143771945;WS=143771927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,93:0.33:282
chr7	143807515	rs2961149	T	G	4853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-7.048;QD=12.45;ReadPosRankSum=1.381;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,136:0.35:390
chr7	143807518	rs2951315	T	C	4850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-7.154;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.699;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,136:0.34:398
chr7	143807674	rs2961150	T	C	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=475;ReadPosRankSum=-0.816;SC=ATATATTTTGTAGAAGAAGTT;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=87;TCF=21;TCR=66;TR=34;WE=143807682;WS=143807664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr7	143826603	rs2961160	G	T	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=891;ReadPosRankSum=2.090;SC=CGTTACAATAGCCTCATGAGC;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=241;TCF=121;TCR=120;TR=73;WE=143826611;WS=143826593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,105:0.29:358
chr7	143826697	rs2961161	C	G	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-2.357;NF=24;NR=39;PP=801;ReadPosRankSum=-0.811;SC=TCATCCTGAGCCTGCCCTTCT;SOR=0.748;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=180;TCF=71;TCR=109;TR=63;WE=143826705;WS=143826687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,83:0.35:236
chr7	143826729	rs66549240	ACTT	A	1911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.434;NF=0;NR=31;PP=1164;ReadPosRankSum=2.077;SC=GAAATCAACCACTTCTTCTGT;SOR=0.705;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=101;TCF=8;TCR=93;TR=31;WE=143826739;WS=143826719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,54:0.34:160
chr7	143827198	rs34308692	CT	C	360.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=0.486;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr7	143839408	rs1919954	C	T	3403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=67;PP=1589;ReadPosRankSum=-1.328;SC=GACCTATTTGCATTTCTCTTT;SOR=0.601;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=302;TCF=128;TCR=174;TR=124;WE=143839416;WS=143839398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,190:0.37:514
chr7	143839605	rs1919953	T	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.765;NF=27;NR=15;PP=514;ReadPosRankSum=-0.491;SC=TGCCGTTCTGTGGGCCCCGGG;SOR=0.610;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=122;TCF=83;TCR=39;TR=42;WE=143839613;WS=143839595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,51:0.35:147
chr7	143884103	rs4726676	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-0.179;QD=4.72;ReadPosRankSum=-0.113;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,66:0.33:202
chr7	143955884	rs201738556	A	C	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.28;MQRankSum=-1.157;QD=2.44;ReadPosRankSum=1.188;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:418,60:0.13:478
chr7	143955885	.	GAGGCTGTGAAACAGC	G	732.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DP=647;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.36;MQRankSum=-3.163;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.827;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:583,62:0.10:645
chr7	144015434	rs141871720	A	G	9197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.20;QD=45.99;SOR=1.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr7	144015437	rs150229766	C	T	9422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.32;QD=43.22;SOR=1.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr7	144068163	rs146660641	T	C	1727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.11;MQRankSum=-4.735;QD=18.99;ReadPosRankSum=2.033;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,70:0.77:91
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chr7	144095730	rs11979528	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.616;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=-1.807;SC=GGGAGCTCCCCGTTCCTACCA;SOR=1.863;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=144095738;WS=144095720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr7	144096456	rs11769787	C	T	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=947;ReadPosRankSum=0.296;SC=TCTTTAGTTGCCATTTTCCCC;SOR=0.965;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=59;WE=144096464;WS=144096446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,104:0.68:153
chr7	144096598	rs11769847	C	T	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=0.086;SC=AGAATGAAGACTGTAGCTTTG;SOR=0.798;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=16;WE=144096606;WS=144096588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,31:0.52:60
chr7	144096839	rs757388	A	G	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=2.081;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr7	144098896	rs727712	T	C	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=1074;ReadPosRankSum=2.180;SC=TTGAAAAATGTAGACAAATTT;SOR=0.987;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=64;TCR=48;TR=73;WE=144098904;WS=144098886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,106:0.65:164
chr7	144098992	rs727714	G	A	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=45;PP=1375;ReadPosRankSum=-1.379;SC=CCAGACACCAGGGGTATGAGT;SOR=0.816;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=54;TCR=67;TR=80;WE=144099000;WS=144098982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,138:0.65:211
chr7	144100874	rs375024030	ACGGGC	A	1518.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=1144;ReadPosRankSum=0.222;SC=TGCAGCCCGCACGGGCCGGGC;SOR=0.734;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=21;WE=144100886;WS=144100864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,39:0.72:54
chr7	144228295	.	GA	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.621;QD=1.15;ReadPosRankSum=2.052;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr7	144245543	rs111498606	GA	G	1784.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=8.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.985;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.145;SOR=0.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,110:0.68:162
chr7	144462951	rs3779087	C	T	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=20;PP=826;SC=AGCAAAGAAACAGAAATGCTA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=144462959;WS=144462941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	144703163	rs35986454	T	G	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=640;ReadPosRankSum=1.797;SC=ACCTGCAGTCTGCCCTGAGCA;SOR=0.706;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=66;TCR=69;TR=50;WE=144703171;WS=144703153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,70:0.34:207
chr7	144703301	rs7778697	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=667;ReadPosRankSum=0.056;SC=CAGGGAAGGCGGAACCCACTC;SOR=1.214;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=33;WE=144703309;WS=144703291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr7	144708145	rs79359669	G	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=304;ReadPosRankSum=0.230;SC=TTTGGTATAAGTTTGTGTTGC;SOR=1.037;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=22;WE=144708153;WS=144708135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,36:0.31:118
chr7	144708192	rs75385443	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=176;ReadPosRankSum=0.517;SC=AATGTGGTTTGTTATTGTAGC;SOR=0.241;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=10;WE=144708200;WS=144708182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr7	145692004	rs4726777	C	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.15;ReadPosRankSum=-2.209;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr7	146997203	rs2692185	T	A	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=37;PP=1940;SC=AATTTTAAGATAAAAATGACT;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=103;WE=146997211;WS=146997193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr7	147074998	rs6945709	G	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=222;ReadPosRankSum=0.508;SC=TTATAAAAATGTTTAATTGGG;SOR=0.723;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=19;WE=147075006;WS=147074988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr7	147092861	rs34592169	G	A	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=527;ReadPosRankSum=0.035;SC=ACATGTGTGCGATCATAGACA;SOR=0.649;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=110;TCF=43;TCR=67;TR=39;WE=147092869;WS=147092851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,61:0.34:179
chr7	147183143	rs2286127	A	G	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=38;PP=1155;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TGTGAGTGCCAATTTATCTCA;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=72;WE=147183151;WS=147183133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,131:0.69:191
chr7	147183278	rs4015951	CAAA	C	717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5856;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=0;NR=20;PP=210;SC=GTCATTTCTCCAAAAAAAAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=20;WE=147183288;WS=147183268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	147259105	rs4425670	G	A	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=628;ReadPosRankSum=0.516;SC=GACAAAGAACGCTCTTTCCAG;SOR=1.562;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=35;WE=147259113;WS=147259095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr7	147259374	rs2074715	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.179;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=379;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTATGTTTTATGAAGATGCT;SOR=1.927;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=21;WE=147259382;WS=147259364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr7	147674912	rs2373284	T	C	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=11;PP=816;SC=ATATGTCTAATGCAGCCTCCT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=147674920;WS=147674902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr7	147963925	rs3801974	C	G	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=405;SC=CACTTACCATCCTCAGATTTT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=147963933;WS=147963915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr7	147963983	rs10248273	G	C	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=11;PP=860;SC=TTTTCTCGGGGTGGTGTTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=42;WE=147963991;WS=147963973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	147964016	rs3801975	A	G	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=16;PP=1209;SC=ATGAAATAAGATATCAGAAAA;SOR=1.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=59;WE=147964024;WS=147964006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	147964091	rs3801976	G	A	6285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=60;PP=2688;SC=GTAGAGACGTGCTTCTAAAAG;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=92;TCR=60;TR=152;WE=147964099;WS=147964081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	148080647	rs1637841	T	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=6;PP=735;SC=GAAACCTAAATGTAAGCTTTG;SOR=2.517;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=148080655;WS=148080637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	148106465	.	C	CTCTT	2977	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.14;NF=40;NR=48;PP=2977;QD=20;SC=TGACACTTGACTCTTTCTTTC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=88;WE=148106498;WS=148106455;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:20,88:0.81:108
chr7	148106475	rs72268642	C	CTT	11547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=47.92;SOR=1.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr7	148106477	.	C	G	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.09;NF=105;NR=68;PP=2965;QD=20;SC=CTTTCTTTCTCTACAGCCAGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=173;WE=148106498;WS=148106455;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr7	148106477	.	C	CTG	12169.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=47.35;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr7	148106490	rs9648691	G	A	13368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=85;PP=2965;SC=CAGCCAGTGCGGATTTTCCAT;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=110;TCR=85;TR=193;WE=148106498;WS=148106455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr7	148106651	rs117098826	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=411;ReadPosRankSum=0.617;SC=AGGAAAAAAAGTTTTCTAGGT;SOR=0.804;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=23;TCR=68;TR=31;WE=148106659;WS=148106641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,36:0.32:111
chr7	148143136	rs2530301	A	G	6646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=70;PP=2697;SC=CCTGGGCCTCACGCCAGGGTC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=143;WE=148143144;WS=148143126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr7	148311115	rs11434056	G	GT	2524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=19;PP=1646;SC=CAATTTGTTTGTTTGTTTGTT;SOR=1.218;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=39;WE=148311123;WS=148311105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr7	148312382	rs6962115	T	G	6256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=70;PP=2884;SC=AGGTAAATCATCCTGAGATAA;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=153;WE=148312390;WS=148312372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr7	148312520	rs6962292	T	C	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=65;PP=1974;SC=AAGAGTCACATCTCTAAATTT;SOR=1.360;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=33;TCR=65;TR=97;WE=148312528;WS=148312510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	148504906	rs373055440	TA	T	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-2.200;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr7	148506064	rs740949	A	G	3695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=38;PP=1307;ReadPosRankSum=-0.188;SC=AAAGTGACCCATCAAAAGAAG;SOR=0.565;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=96;WE=148506072;WS=148506054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,178:0.67:266
chr7	148700083	rs11414114	T	TC	2266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.883;NF=13;NR=20;PP=1250;ReadPosRankSum=-1.013;SC=CTGCAGGGCTTAGCTACATCC;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=33;WE=148700091;WS=148700073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,68:0.57:119
chr7	148700849	rs9065	C	T	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.131;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=517;ReadPosRankSum=-1.396;SC=CCACGCAGGGCGTCTGCCTCC;SOR=1.150;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=38;WE=148700857;WS=148700839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr7	148702157	rs28532077	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=523;ReadPosRankSum=1.352;SC=GAGCACCAGACGCCCCTGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=28;WE=148702165;WS=148702147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr7	148702486	rs7795577	A	G	5580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=5.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.78;ReadPosRankSum=0.297;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,150:0.61:245
chr7	148702496	rs7777113	C	T	5305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=4.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.45;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,132:0.61:217
chr7	148702958	rs150408680	AC	A	2008.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=1172;ReadPosRankSum=0.923;SC=CCCACCCCCCACCCCCGCAGG;SOR=0.716;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=37;WE=148702966;WS=148702948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,73:0.68:108
chr7	148703243	rs11315544	AG	A	1218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.741;NF=2;NR=21;PP=758;ReadPosRankSum=-2.160;SC=GCGACTTTGAAGGGGATCAGT;SOR=1.167;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=23;WE=148703251;WS=148703233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
chr7	148705221	rs2306172	A	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=18;PP=1022;SC=CGGGGTGTCCAGGGCTGGCAT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=60;WE=148705229;WS=148705211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	148705490	rs10272564	G	A	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=534;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CAAAGCAAATGTTCTGAAAAT;SOR=1.075;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=31;WE=148705498;WS=148705480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr7	148716320	rs56932055	G	A	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=773;ReadPosRankSum=-0.340;SC=GGCAAAAAACGTTAACTGTAC;SOR=0.861;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=53;WE=148716328;WS=148716310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,83:0.69:121
chr7	148724945	rs6952916	T	C	9736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=91;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.200;SC=ACAGACCACATTTTGAAAAGG;SOR=0.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=336;TCF=191;TCR=145;TR=216;WE=148724957;WS=148724935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,448:0.70:641
chr7	148725601	rs11546289	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr7	148725690	rs13243678	A	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr7	148778355	rs34939910	C	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=-2.039;SC=TGGTGAAACCCCACCTCTACT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=5;WE=148778363;WS=148778345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	148801091	rs11525060	G	A	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=53;PP=1341;ReadPosRankSum=2.230;SC=GGCTTTTCAGGTTTCCCTTGA;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=259;TCF=118;TCR=141;TR=96;WE=148801099;WS=148801081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,121:0.34:355
chr7	148801170	rs150412959	G	A	5111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=68;PP=2264;ReadPosRankSum=1.563;SC=CAGGTGCTCGGTGAGCTGAGA;SOR=0.608;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=203;TCF=96;TCR=107;TR=134;WE=148801178;WS=148801160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,225:0.69:328
chr7	148801658	rs1137432	C	T	2030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.636;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,112:0.42:264
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chr7	148823366	rs10251621	A	G	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.876;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=727;ReadPosRankSum=-1.062;SC=GCCCCAACCCAACTCCCAGGT;SOR=0.757;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=199;TCF=80;TCR=119;TR=62;WE=148823374;WS=148823356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,109:0.31:355
chr7	148844884	rs2693317	G	A	4301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=46;PP=1435;ReadPosRankSum=-1.611;SC=CGCGAGTGTTGTGAGCCCCCG;SOR=0.729;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=91;TCR=76;TR=104;WE=148844892;WS=148844874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,205:0.65:314
chr7	148848257	rs917122	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,48:0.22:219
chr7	148848358	rs917123	G	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.923;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,55:0.26:213
chr7	148851027	rs1202440	C	T	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=25;PP=1095;ReadPosRankSum=0.399;SC=CATCTTTCCACTGCATGCAGA;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=74;WE=148851035;WS=148851017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,129:0.61:213
chr7	148851213	rs917124	G	A	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=815;ReadPosRankSum=2.669;SC=TCCTACACCTGGAAGGTCGGA;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=160;TCF=65;TCR=95;TR=54;WE=148851221;WS=148851203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,96:0.32:304
chr7	148863414	rs71990250	CAGCTCCA	C	1227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=3.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.902;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,42:0.22:192
chr7	148873497	rs1568944	T	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=-0.863;SC=GCAAACCAACTTGATTATCTT;SOR=0.861;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=18;WE=148873505;WS=148873487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr7	148875632	rs1202461	T	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=504;SC=CCTTCTGCTGTATTTCTGATC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=148875640;WS=148875627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	148903984	rs12537763	G	A	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=30;PP=850;SC=ATTTGTCCACGTTAGCACCGC;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=148903992;WS=148903974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr7	148904293	rs147860582	C	CAAGGTTCTTCATAAG	1787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=169;SC=GACTCGTTTTCAGATTACCCG;SOR=3.442;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=11;WE=148904301;WS=148904283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	148904343	rs6464946	A	T	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=31;PP=1291;SC=GACACCCAGGAGGAGAGGGGG;SOR=1.257;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=84;WE=148904351;WS=148904333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr7	148904624	rs7784122	C	T	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=32;PP=1064;SC=GCCGGCTTTCCGCACACTGCT;SOR=1.117;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=148904632;WS=148904614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr7	148907849	rs10952805	G	A	7193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=97;PP=2965;SC=AGGGGAGAGGGTTAGCATGGT;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=66;TCR=97;TR=163;WE=148907857;WS=148907839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr7	148909687	rs1202425	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=134;SC=ATTTTTTGTTCTTTGAGACGG;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=148909695;WS=148909677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	148921732	rs11547158	G	A	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,121:0.66:182
chr7	148936762	rs111428978	A	ACGG	2824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.282;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=983;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TGGCATCAACACGGCGGCGGC;SOR=0.469;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=20;WE=148936770;WS=148936758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr7	148936878	rs11548535	G	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=294;ReadPosRankSum=0.321;SC=CCATGGCGGAGTCGGCGCCTG;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=19;WE=148936886;WS=148936868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr7	148937136	rs1202427	C	A	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=36;PP=1194;SC=ACTTCTCTGACGCTTGCTTTA;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=62;WE=148937144;WS=148937126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr7	148947698	rs4725801	A	G	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=739;ReadPosRankSum=0.046;SC=TTTAATATGTAAGCACCTCAG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=46;WE=148947706;WS=148947688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,64:0.42:151
chr7	148950023	rs10487889	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=-0.588;SC=CTTTATGATTGTCGTTAGTTC;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=14;WE=148950031;WS=148950013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr7	148979323	rs61735518	C	T	9591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=669;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.852;SC=ACCACCTGGCCGTGCACATGC;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=357;TCF=149;TCR=208;TR=228;WE=148979331;WS=148979313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,441:0.67:661
chr7	148982455	rs34979431	G	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=271;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GTCCGTGCGGGGAAAGCAGGG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=14;WE=148982463;WS=148982445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr7	148985897	rs17630156	C	T	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=1.498;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,103:0.70:147
chr7	148991132	rs12530775	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=169;ReadPosRankSum=-0.141;SC=AATGTCACCACGCTGGTCTTG;SOR=0.976;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=15;WE=148991140;WS=148991122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr7	148991712	rs13236978	A	G	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=47;PP=1673;ReadPosRankSum=0.454;SC=AGCTTCGGCCAGAAGGAGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=95;WE=148991720;WS=148991702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,198:0.99:200
chr7	149133916	rs11762125	C	T	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=524;ReadPosRankSum=-1.174;SC=TCCCATCGTGCGCTGAGAGAG;SOR=0.660;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=42;WE=149133924;WS=149133906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,88:0.37:235
chr7	149174265	rs4725816	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=1.376;SC=TGGGCACGAGGACCCAACCTC;SOR=0.616;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=149174273;WS=149174255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr7	149256086	rs1978186	C	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=24;PP=652;SC=GGCCAGGAGTCTGAGAGCAGC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=149256094;WS=149256076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	149317062	rs1808231	C	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.708;NF=23;NR=13;PP=560;ReadPosRankSum=1.272;SC=GTCAGGGCGGCGCCAGTTGCA;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=36;WE=149317070;WS=149317052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr7	149317216	rs354056	A	G	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=32;PP=1001;SC=GTCTAGAAACAAAATCTCCTG;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=55;WE=149317224;WS=149317206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	149318409	rs62490571	T	C	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.389;NF=28;NR=43;PP=1135;ReadPosRankSum=0.366;SC=GTTCCTGTTGTGCAGCAGGTT;SOR=1.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=41;TCR=62;TR=71;WE=149318417;WS=149318399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,82:0.69:119
chr7	149318703	rs1723716	C	T	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.489;NF=6;NR=27;PP=625;ReadPosRankSum=-2.066;SC=ACTGTCTTCACTGAGCCCCTC;SOR=2.090;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=33;WE=149318711;WS=149318693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr7	149321505	rs11766297	G	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=-0.737;SC=CCCGGCAGACGCCGCGGCCCT;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=4;WE=149321513;WS=149321495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr7	149321643	rs71532786	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=138;ReadPosRankSum=1.798;SC=CGGAGCTGCGGCCGCCTCCTC;SOR=0.595;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=13;WE=149321651;WS=149321633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr7	149321734	rs62490575	G	A	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.051;SC=CCCGCCTCCCGGTGCTCTCCG;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=11;WE=149321742;WS=149321724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr7	149321803	rs13236202	T	G	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr7	149420820	rs11462346	C	CT	2041.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.413;SC=TTCCTTTTTCCTTAGTGAAGA;SOR=0.686;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=30;WE=149420828;WS=149420810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,77:0.63:123
chr7	149426232	rs855757	C	T	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=261;ReadPosRankSum=0.397;SC=TGTGGCAGCACGAGGCCCCGT;SOR=0.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=18;WE=149426240;WS=149426222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr7	149426305	rs11424737	G	GC	5250.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=25;PP=2884;SC=CTGCGAGTCAGCCGTCTCGGG;SOR=1.426;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=65;WE=149426313;WS=149426295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr7	149427409	rs709065	T	G	5721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.423;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=99;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.503;SC=CAGAGCCTGATCTCTGGAAGC;SOR=0.663;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=134;TCR=144;TR=192;WE=149427417;WS=149427399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,258:0.72:360
chr7	149462337	rs855667	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=198;ReadPosRankSum=1.353;SC=GGGGCACCACGGGATCGGATC;SOR=0.782;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=14;WE=149462345;WS=149462327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr7	149462381	rs112589121	C	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.784;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=-0.450;SC=GGCGCGCTGGCCAGGGGCTTG;SOR=0.834;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=16;WE=149462389;WS=149462371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr7	149462523	rs855668	C	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=2.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,30:0.19:162
chr7	149474393	rs709061	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.284;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.292;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr7	149476666	rs57553723	G	GC	5395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.154;NF=21;NR=53;PP=2875;ReadPosRankSum=0.591;SC=GGCTGTGACAGCCCCTGGGGC;SOR=0.248;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=74;WE=149476674;WS=149476656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr7	149477602	rs73727607	G	C	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr7	149479335	rs855680	G	C	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=737;ReadPosRankSum=0.165;SC=GGAGCTGCCTGCACGCCATCT;SOR=0.598;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=204;TCF=115;TCR=89;TR=68;WE=149479343;WS=149479325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,117:0.35:333
chr7	149479922	rs112980933	C	A	4270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=60;PP=1469;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CACCATCAGACCCCCTGTTCC;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=336;TCF=171;TCR=165;TR=121;WE=149479930;WS=149479912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:437,249:0.36:686
chr7	149482880	rs12703048	G	A	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.829;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=702;ReadPosRankSum=2.223;SC=CACCTGTATGGCTTCCCAGCT;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=42;WE=149482888;WS=149482870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,68:0.82:83
chr7	149483018	rs855683	C	G	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=1.237;SC=ATACCAGAAGCCTCCCAGAAA;SOR=0.719;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=6;WE=149483026;WS=149483008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr7	149483053	rs855684	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr7	149483098	rs855685	A	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.257;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=0.464;SC=AGGGCTGGACAGGGGAGCTAG;SOR=0.399;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=14;WE=149483106;WS=149483088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr7	149483237	rs77510079	G	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-2.195;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,26:0.21:122
chr7	149483373	rs855686	A	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,29:0.30:97
chr7	149484891	rs855688	A	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.221;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=444;ReadPosRankSum=0.493;SC=GGGTAAGGAGAGGCCAACCTG;SOR=0.638;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=36;WE=149484899;WS=149484881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,61:0.33:185
chr7	149484906	rs855689	G	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=442;ReadPosRankSum=1.081;SC=AACCTGGAGTGGGGTAGAGGT;SOR=0.668;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=38;WE=149484914;WS=149484896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,64:0.35:184
chr7	149485059	rs709060	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.459;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=150;ReadPosRankSum=-0.947;SC=GGAGCTCTGCTGTGAGTGTGC;SOR=1.467;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=16;WE=149485067;WS=149485049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr7	149486246	rs855690	A	G	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=307;ReadPosRankSum=0.333;SC=TGTTTGCCCCATGCTAGGTTG;SOR=0.779;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=28;WE=149486254;WS=149486236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,61:0.33:186
chr7	149486294	rs855691	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=408;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GATGACTTGCAGCTCCGGCCA;SOR=0.902;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=30;WE=149486302;WS=149486284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,48:0.29:165
chr7	149486382	rs2074704	C	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,45:0.31:147
chr7	149486574	rs855694	G	C	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=13;PP=712;SC=TCACCTCCCCGCTCCTTTGCC;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=149486582;WS=149486564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	149487319	rs2579591	C	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=2.863;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr7	149487608	rs1635798	T	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.380;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr7	149488336	rs2301905	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=205;ReadPosRankSum=1.757;SC=GGCTGGGCCCGGGACACAGCT;SOR=0.467;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=20;WE=149488344;WS=149488326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr7	149489491	rs1076277	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=5.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.447;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,94:0.28:340
chr7	149489860	rs732402	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=-1.610;SC=AGGGACCTTGGCCCGCACCCC;SOR=0.618;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=24;WE=149489868;WS=149489850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,31:0.27:114
chr7	149498893	rs77858430	A	G	3349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=4.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,98:0.28:347
chr7	149498903	rs2074689	T	C	3377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=3.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.430;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,101:0.28:356
chr7	149499284	rs56163742	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.842;SC=TTTGTGCAGGCCTGCCCAGGT;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=4;WE=149499292;WS=149499274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr7	149500013	rs2074693	C	G	5918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=53;PP=2097;SC=CTGGTGGACCCACATGCTACC;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=119;WE=149500021;WS=149500003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr7	149500472	rs10952229	A	G	6375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.235;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=1.315;SC=GGACTGTGGGATGCCCACACA;SOR=0.401;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=85;TCR=99;TR=183;WE=149500480;WS=149500462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,237:1.00:238
chr7	149503696	rs112796553	C	T	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=21;PP=1247;ReadPosRankSum=-0.071;SC=CTGGCACAGTCCTGCCCAGTA;SOR=0.433;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=80;TCR=29;TR=76;WE=149503704;WS=149503686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,92:0.71:129
chr7	149505894	rs74399846	G	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=651;ReadPosRankSum=2.316;SC=GACTCCTTGAGGGTCCATTCC;SOR=1.262;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=37;WE=149505902;WS=149505884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr7	149506211	rs71194663	G	GC	8237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=52;PP=2974;SC=CGAGGCAGCAGCTGCGCAGCC;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=43;TCR=53;TR=94;WE=149506219;WS=149506201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr7	149511985	rs10952230	A	G	4300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=55;PP=1758;ReadPosRankSum=0.680;SC=TGCCCTGGGAACCACACGCAG;SOR=0.553;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=155;TCF=59;TCR=96;TR=96;WE=149511993;WS=149511975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,194:0.61:320
chr7	149543219	rs139634052	CT	C	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=3.103;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,44:0.26:171
chr7	149588429	rs4725317	G	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.73;QD=27.60;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	149589343	rs2626759	G	A	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=33;PP=2230;SC=TAGAGAAGCAGACACCTGTCG;SOR=1.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=74;TCR=33;TR=106;WE=149589351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr7	149589496	rs11428600	A	AC	4622.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=8.960;NF=8;NR=104;PP=2987;ReadPosRankSum=0.343;SC=ACCTTAAAAAAACACACACAC;SOR=0.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=8;TCR=104;TR=112;WE=149589505;WS=149589480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,202:0.90:225
chr7	149589599	rs4725318	C	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=753;SC=TGTTAGGGCTCCATGTGGGGT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=149589607;WS=149589589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	149606918	rs200320073	T	TA	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQRankSum=-1.207;QD=5.41;ReadPosRankSum=3.283;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr7	149981830	rs4725334	T	G	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=9.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.60;MQRankSum=-9.574;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,60:0.17:352
chr7	149983683	rs150693647	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.321;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.980;NF=8;NR=21;PP=394;ReadPosRankSum=1.138;SC=CAGTGTCTCTGCCCTCAGACA;SOR=0.427;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=29;WE=149983691;WS=149983673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr7	149990080	rs149246619	C	T	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.91;MQRankSum=-6.364;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.407;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,63:0.34:188
chr7	149990318	.	GT	G	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.57;MQRankSum=-7.646;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,27:0.24:113
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chr7	150035500	rs1047575	C	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=300;ReadPosRankSum=-1.268;SC=GGTTACCACCCGCAGCGGTCC;SOR=0.810;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=28;WE=150035508;WS=150035490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,48:0.30:160
chr7	150035526	rs4721	T	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=-1.016;SC=GCACCACGCATCTCTAGACAA;SOR=0.981;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=20;WE=150035534;WS=150035516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,33:0.25:134
chr7	150037660	rs1047207	A	G	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=0.396;SC=CGCCCACCGCACCCAGCCACA;SOR=0.797;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=19;WE=150037668;WS=150037650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,43:0.28:154
chr7	150068371	rs3735165	T	C	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=45;PP=865;ReadPosRankSum=0.514;SC=GCCATGGGCCTGGCCCAGCCC;SOR=0.728;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=223;TCF=109;TCR=114;TR=82;WE=150068379;WS=150068361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,126:0.34:370
chr7	150068605	rs17173702	G	A	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=745;ReadPosRankSum=0.627;SC=GAGTGTGGCCGTCGCTTTCGC;SOR=0.807;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=204;TCF=107;TCR=97;TR=59;WE=150068613;WS=150068595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,79:0.24:331
chr7	150068620	rs17173703	C	T	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=2.075;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,74:0.21:349
chr7	150068933	rs6722	T	C	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=627;ReadPosRankSum=1.478;SC=TGCACGTAGCTGAGGCCCTGG;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=54;WE=150068941;WS=150068923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,69:0.33:208
chr7	150093701	rs940453	A	C	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr7	150094851	rs13225910	A	G	4225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=51;PP=2490;SC=GGCCCGGGACACGCTGTGGGG;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=140;WE=150094859;WS=150094841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	150095271	rs7393	T	C	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=64;PP=1943;SC=TTGCTGGCTCTTAGAACCCCT;SOR=1.959;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=81;WE=150095279;WS=150095261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	150163837	rs2140595	A	G	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,64:0.59:109
chr7	150167856	.	TCA	T	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.567;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr7	150168058	rs111800874	A	AGAAT	3697.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.061;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.936;NF=0;NR=49;PP=2464;ReadPosRankSum=-1.738;SC=CATATAAACCAGAAAATTCAC;SOR=1.259;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=76;TCF=1;TCR=75;TR=49;WE=150168066;WS=150168048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,92:0.70:131
chr7	150171710	rs60114833	T	C	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=482;ReadPosRankSum=0.220;SC=ACAAGCATTGTGTTTTCAGAG;SOR=0.926;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=32;WE=150171718;WS=150171700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,59:0.71:83
chr7	150171815	.	C	CT	39.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr7	150217248	rs3735081	A	G	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=646;ReadPosRankSum=2.268;SC=TTCTTGTTGTAGACACTCCAG;SOR=0.662;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=157;TCF=89;TCR=68;TR=50;WE=150217256;WS=150217238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,72:0.32:225
chr7	150217335	rs3735079	G	T	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=853;ReadPosRankSum=0.970;SC=CCTGCCCAGGGCCCCATGCTA;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=82;TCR=91;TR=60;WE=150217343;WS=150217325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,89:0.32:280
chr7	150269087	rs13242186	G	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=0.364;SC=ATCTCTGAGTGCAGCAGTAAC;SOR=1.781;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=10;WE=150269095;WS=150269077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr7	150269542	rs2293172	G	T	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=36;PP=1093;ReadPosRankSum=-1.998;SC=GTTACACTGAGGAAGAGCACA;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=188;TCF=98;TCR=90;TR=76;WE=150269550;WS=150269532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,103:0.41:252
chr7	150384048	.	A	AAG,AAAAG	522.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=62.24;QD=40.21;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,6:0.54,0.46:13
chr7	150389593	rs1860871	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=311;ReadPosRankSum=-0.192;SC=ATAGAGAGATTGTCATTATTG;SOR=0.753;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=32;WE=150389601;WS=150389583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,52:0.29:179
chr7	150389856	rs2075078	A	G	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.652;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=22;PP=630;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GATTACATGCACGACTCAGAT;SOR=0.502;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=186;TCF=116;TCR=70;TR=54;WE=150389864;WS=150389846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,88:0.32:272
chr7	150416050	rs72264755	GGTGGTTATGCCTATTT	G	752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,22:0.33:67
chr7	150418045	rs2286900	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr7	150488616	rs2302479	A	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=9;PP=521;SC=GGTCTTTGGCAGCTCACAGGA;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=150488624;WS=150488606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr7	150488840	rs141812679	C	CA	337.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.89;ReadPosRankSum=-0.947;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr7	150490376	rs2072443	C	T	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=34;PP=1151;SC=GCAAAGCCTGCCAGGGTGAGC;SOR=0.999;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=150490384;WS=150490366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	150490431	rs2072442	C	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=16;PP=548;SC=TCATGACACACGCTCCTTCAA;SOR=1.075;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=25;WE=150490439;WS=150490421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr7	150490797	rs72471023	GGACA	G	1853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=1212;SC=AGGATCCCAGGGACAGACAAA;SOR=1.556;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=23;WE=150490808;WS=150490787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	150491084	rs3173833	T	G	19344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=258;NR=187;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.425;SC=CCTGAGGCACTCAGCACAGTC;SOR=0.475;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=448;TCF=258;TCR=190;TR=445;WE=150491092;WS=150491074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,763:1.00:766
chr7	150491851	rs61057705	T	G	7635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr7	150491995	rs142186540	CCACACA	C	2285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;QD=43.13;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	150498836	rs2075079	C	G	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=42;PP=1193;SC=CCTGCCTCGTCGGGCGGCGGG;SOR=3.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=150498844;WS=150498826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	150499164	.	T	TTTCTCTTCTC	503.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.49;ReadPosRankSum=0.080;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr7	150499267	rs12668797	C	A	5781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=50;PP=2477;SC=GGCAGGTCCACCTAGGAGCCG;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=79;TCR=50;TR=128;WE=150499275;WS=150499257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr7	150500356	rs741068	T	C	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr7	150500455	rs741067	A	G	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=45;PP=1718;SC=CATTTCCTGTACTAAGCCTGC;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88;WE=150500463;WS=150500445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr7	150500729	rs741064	A	G	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=21;PP=1375;SC=GACTCTGCTAACGCTGGCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=150500737;WS=150500719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr7	150501455	rs10378	G	T	3477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=24;PP=1462;SC=CCCAGGCCTTGTTCAGAACCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=73;WE=150501463;WS=150501445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr7	150501516	rs9088	A	G	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=45;PP=1820;SC=GGCATCTCTGACCCCTCTGTG;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=99;WE=150501524;WS=150501506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr7	150555810	rs45455308	G	A	4910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=43;PP=2608;SC=TTCAGTTCTGGCAGCTTGATT;SOR=1.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=84;TCR=43;TR=127;WE=150555818;WS=150555800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr7	150556002	rs1049748	T	C	8009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=107;PP=2965;SC=GGAAGCTGCCTAAGTACCTGC;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=81;TCR=109;TR=188;WE=150556010;WS=150555992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr7	150556055	rs6943147	CG	GC	11527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=84;PP=2947;SC=CACAAGCGCACGTACCGCCTG;SOR=0.902;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=139;WE=150556064;WS=150556045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr7	150556803	.	AA	GA	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.4998,0.5002;HP=18;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=29;MQ=59.05;NF=0,10;NR=3,7;PP=27,9;QD=10.0;SC=AAAAAAAAAAAAAAAAATCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=3,17;WE=150556811;WS=150556793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr7	150556803	.	AA	AGA	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.4998,0.5002;HP=18;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=29;MQ=59.05;NF=0,10;NR=3,7;PP=27,9;QD=10.0;SC=AAAAAAAAAAAAAAAAATCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=3,17;WE=150556811;WS=150556793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,3:0.19:16
chr7	150556803	rs55671932	A	G,AG	975.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=46.46;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,9:0.57,0.43:21
chr7	150557390	rs45615934	G	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr7	150558366	rs12539	C	T	8543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=137;PP=2965;SC=GACAATAAACCCTCAGAGCCT;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=86;TCR=137;TR=223;WE=150558374;WS=150558356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr7	150558444	rs34090933	G	GCA	2650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.059;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.386;NF=2;NR=45;PP=2310;ReadPosRankSum=0.694;SC=GAACAGACGTGCACACACACA;SOR=2.617;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=47;WE=150558452;WS=150558434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,71:0.97:73
chr7	150645534	rs1805123	T	G	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=58;PP=2262;SC=CGCCTCACCCTTGTCCGTGCG;SOR=0.998;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=95;WE=150645542;WS=150645524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr7	150645682	rs2968860	G	A	7145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=87;PP=2965;SC=CTGCCCCACCGGGGTCAGGCC;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=81;TCR=90;TR=166;WE=150645690;WS=150645672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr7	150647969	rs2072413	CC	TG	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=8;PP=2032;SC=CCCCACTCTTCCCAGCCTGCC;SOR=2.448;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=48;WE=150647978;WS=150647965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	150648198	rs1137617	A	G	6409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=93;PP=2783;SC=AGATGCTAGCATACATGAGGG;SOR=1.109;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=49;TCR=93;TR=141;WE=150648206;WS=150648188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr7	150648986	rs2072411	G	C	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=24;PP=742;SC=AGGAGGGGAGGTGCTGCGGCC;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=150648994;WS=150648976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	150652286	rs887586	C	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=6;PP=615;SC=GTCCCAGCAACGGAAACTCTG;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=150652294;WS=150652276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	150654622	rs11462566	A	AG	585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=15;PP=635;SC=TCAGGCCAGCAGCCCAGGGCC;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=150654630;WS=150654612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	150672162	rs11410979	T	TC	661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=710;SC=GGGACTGGGGTCCCAGCAGGG;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=18;WE=150672170;WS=150672152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr7	150708089	rs891512	A	G	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=51;PP=1669;SC=GTGAGATGGAAGACTTGGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=150708097;WS=150708079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
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chr7	150713740	rs3800788	T	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=8;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=2.070;SC=CCCACCCCCCTCCACATGCCC;SOR=3.215;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=11;WE=150713748;WS=150713730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr7	150713902	rs11393607	G	GC	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=8;PP=819;SC=GGCCAGGAAGGCTCAGGCTGG;SOR=1.308;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=18;WE=150713910;WS=150713892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	150715817	rs1835428	A	G	7715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=164;PP=2965;SC=CGAAGAGTGCACCCGCGAAGA;SOR=1.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=58;TCR=164;TR=222;WE=150715825;WS=150715807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr7	150715947	rs7804893	T	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=579;ReadPosRankSum=0.535;SC=CGGCAGCTCGTTGAAGTGGCG;SOR=0.590;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=127;TCF=68;TCR=59;TR=39;WE=150715955;WS=150715937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,45:0.26:175
chr7	150720308	rs12666075	G	T	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=1022;ReadPosRankSum=1.628;SC=CGGGAGGAAGGGGGGGTGCCG;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=62;WE=150720316;WS=150720298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,78:0.72:108
chr7	150720902	rs13307588	A	G	20670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=223;NR=230;PP=2965;SC=CCAGCCTGGGATAAGTACTGG;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=455;TCF=224;TCR=231;TR=453;WE=150720910;WS=150720892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,797:1.00:797
chr7	150725722	rs2303922	A	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr7	150731338	rs2303923	G	C	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=13;PP=1527;SC=AAACATTTGTGCCCTCTGTCT;SOR=2.406;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=64;WE=150731346;WS=150731328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	150732630	rs41282730	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=137;ReadPosRankSum=1.829;SC=GTCATGGTGCGGACGCCGTAG;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=10;WE=150732638;WS=150732620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr7	150732812	rs17545756	C	T	4555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=58;PP=2105;ReadPosRankSum=-0.960;SC=AAAATTGTCTCGCCAGTGTCA;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=496;TCF=303;TCR=193;TR=157;WE=150732820;WS=150732802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:531,262:0.33:793
chr7	150733115	rs76225344	G	A	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.379;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=941;ReadPosRankSum=-0.320;SC=CCAACCCTTCGTGCCAGCCCA;SOR=0.735;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=223;TCF=98;TCR=125;TR=79;WE=150733123;WS=150733105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,151:0.40:382
chr7	150733271	rs76802349	T	C	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=463;ReadPosRankSum=-1.250;SC=AGTGAGCCATTTGGGGGCTGG;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=33;WE=150733279;WS=150733261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,50:0.36:137
chr7	150734196	rs77329175	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.006;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=260;ReadPosRankSum=0.013;SC=CCCATTTGCCCTCCCCCAGCC;SOR=0.283;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=16;WE=150734204;WS=150734186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
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chr7	150748869	rs10255526	C	G	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=495;ReadPosRankSum=-2.722;SC=GGTGGCCAGCCCACATTTGAG;SOR=0.781;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=32;WE=150748877;WS=150748859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,48:0.68:71
chr7	150752066	rs891507	T	C	19781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=777;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.49;ReadPosRankSum=0.624;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,775:1.00:776
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chr7	150760076	rs34403003	G	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.81;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	150761150	rs6464122	C	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=336;SC=CTGCTGGGGGCATATAGAGCC;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=150761158;WS=150761140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	150761314	rs2303929	G	A	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=27;PP=1076;SC=TTGGGCCCTGGGACGCCTGGG;SOR=0.735;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=56;WE=150761322;WS=150761304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr7	150761880	rs2303931	C	A	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=54;PP=2638;SC=GCTCCTAGGGCATGTCGGCAG;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=120;WE=150761888;WS=150761870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr7	150763655	rs2229549	T	A	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=7;PP=430;SC=CCAGTGGCACTGCAGGGGGTG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=150763663;WS=150763645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	150765065	rs2229550	T	C	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=42;PP=1436;SC=AGGAGGAGACTGAGCGCTGGG;SOR=0.723;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=89;WE=150765073;WS=150765055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr7	150768786	rs2303937	G	A	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=60;PP=2414;SC=GAGAGAAGACGCAGGACCTGA;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=67;TCR=61;TR=126;WE=150768794;WS=150768776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr7	150773072	rs2303939	G	C	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=31;PP=2756;SC=TAGGGAGGAAGCTGGGCTCAC;SOR=1.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=97;TCR=31;TR=127;WE=150773080;WS=150773062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr7	150773807	rs7262	A	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=5;PP=336;SC=CCCCACATCAACCCCTCAGCC;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=150773815;WS=150773797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	150775306	rs2303942	G	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=13;PP=337;SC=CAGTCCCTCCGGCCTCACAGT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=150775314;WS=150775296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	150779119	.	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.789;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=324;ReadPosRankSum=-0.131;SC=CCGTCTGCCAGGGGAACAAGT;SOR=0.377;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=20;WE=150779127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr7	150783756	.	TGCC	T	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	150783900	.	C	CG	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.00;QD=42.27;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	150783903	.	T	G	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.44;QD=42.91;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	150783906	.	C	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.44;QD=49.41;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	150783908	.	C	CG	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.71;QD=42.67;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	150783911	.	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.78;QD=53.93;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	150783917	.	T	G	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.99;QD=56.51;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	150783919	.	GTCT	G	1221.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.11;QD=50.91;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	150783922	.	T	TGGGG	1176.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.11;QD=49.03;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr7	150784407	rs13239507	T	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr7	150812493	rs6971966	G	C	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	150825567	rs2288650	C	T	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.61;SOR=8.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr7	150825839	rs7808252	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=19;PP=605;SC=AACAGAATGCGGGTAGCAGAC;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=150825847;WS=150825829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	150864057	rs58304055	G	T	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=498;ReadPosRankSum=-1.208;SC=ATTTCCAGGTGAACCGGCCTC;SOR=0.495;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=33;WE=150864065;WS=150864047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr7	150873608	rs310598	A	G	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=28;PP=1111;ReadPosRankSum=1.252;SC=GAGTCTTGGGACCAGGATGAG;SOR=0.935;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=70;WE=150873616;WS=150873598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,96:0.74:130
chr7	150873754	rs62489646	G	A	1680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.747;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=886;ReadPosRankSum=1.089;SC=GTGCTCCAGCGCTCCAGCACC;SOR=0.933;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=57;WE=150873762;WS=150873744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,78:0.67:117
chr7	150878260	rs2253592	C	G	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.390;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=1105;ReadPosRankSum=-1.106;SC=TGTCCTGGTCCGCAGCATCAG;SOR=0.939;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=72;WE=150878268;WS=150878250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,85:0.66:129
chr7	150878332	rs61743170	G	A	3360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.177;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=47;PP=1940;ReadPosRankSum=-0.790;SC=TGGTGGCCTCGGCATCGGTGA;SOR=0.435;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=163;TCF=99;TCR=64;TR=112;WE=150878340;WS=150878322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,146:0.68:215
chr7	150883821	rs10275219	G	A	3362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=50;PP=1846;ReadPosRankSum=-1.279;SC=GAGGTGGGCAGAGGCAGGAAG;SOR=0.623;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=82;TCR=67;TR=110;WE=150883829;WS=150883811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,150:0.72:209
chr7	150883892	rs10275136	C	T	5222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.435;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=65;PP=1917;ReadPosRankSum=2.473;SC=CCCAGTGCCCCGGCCCGTACT;SOR=0.515;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=128;WE=150883900;WS=150883882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,243:0.71:343
chr7	150884266	rs372716545	CAG	C	682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=3.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=2.242;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,46:0.18:261
chr7	150916114	rs35656219	CAGG	C	1137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.501;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,35:0.26:133
chr7	150916228	rs6949587	G	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=386;ReadPosRankSum=-0.915;SC=GCGTCTTCACGTACTGATCAT;SOR=0.595;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=33;WE=150916236;WS=150916218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,57:0.31:186
chr7	150918586	rs376711339	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr7	150918914	rs4726007	G	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=0.141;SC=CCTAAGCCACGACTCGACAAT;SOR=1.034;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=10;WE=150918922;WS=150918904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr7	150921296	.	A	AT	953.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,77:0.39:197
chr7	150921950	rs6464133	A	G	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=500;ReadPosRankSum=0.345;SC=CATGAAAGGTAAGTGAGAGGT;SOR=0.915;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=35;WE=150921958;WS=150921940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,74:0.32:231
chr7	150931268	rs2608293	C	G	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.262;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=41;PP=962;ReadPosRankSum=-1.122;SC=ATCCAGATTCCAGAGCTCGGC;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=229;TCF=111;TCR=118;TR=76;WE=150931276;WS=150931258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,131:0.33:398
chr7	150934162	rs2446065	G	C	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=1.186;SC=GAGTCCTTTGGGTGTAGGAGA;SOR=0.148;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=10;WE=150934170;WS=150934152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr7	150934975	rs2487154	C	G	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.525;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=659;ReadPosRankSum=0.718;SC=TCCTCGAGGCCTTTGCAGCCA;SOR=0.547;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=189;TCF=103;TCR=86;TR=59;WE=150934983;WS=150934965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,116:0.37:316
chr7	150937377	rs61667463	C	CG	2104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=36;PP=1878;SC=TGCCCCCATACGGCCCCAGGG;SOR=1.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=44;WE=150937385;WS=150937367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	150939193	rs4725398	A	G	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=218;ReadPosRankSum=-0.709;SC=GAGGGTGGCAATTCAAGGGCG;SOR=0.945;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=22;WE=150939201;WS=150939183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,32:0.30:107
chr7	150939359	rs219227	C	T	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=44;PP=1345;SC=AGAACAGGGACGAGGTGGGAG;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=150939367;WS=150939349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr7	150939396	rs219228	C	A	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=37;PP=1162;SC=AGTTGGCAGCCGACAGGGCAG;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=150939404;WS=150939386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr7	150940657	rs122815	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=0;PP=384;SC=GTGACTGTGATGCTGAAGCTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=150940665;WS=150940647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	150940867	rs219229	G	A	1938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.71;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,90:0.78:116
chr7	150972189	rs2072298	G	A	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=17;PP=893;SC=GGCAGGGGAGGAAGCACCTAC;SOR=1.092;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=150972197;WS=150972179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr7	151038958	rs2142172	T	C	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=-1.595;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,65:0.72:90
chr7	151039021	rs10085614	T	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=356;ReadPosRankSum=-0.235;SC=GCACCTCTCCTGGCCAGGGGT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=31;WE=151039029;WS=151039011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,43:0.64:67
chr7	151048484	rs449081	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=0.224;SC=ATTCAAGTACGTTTTACTTTG;SOR=0.480;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=9;WE=151048492;WS=151048474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr7	151049002	rs3838706	A	AAC,AACACAC	685.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.793;HP=3;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9,9;NR=4,4;PP=35,469;ReadPosRankSum=0.275;SC=CCATCTGTAAAACACACACAC;SOR=1.828;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=13,13;WE=151049010;WS=151048992;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.78,0.13:23
chr7	151049025	rs379931	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-0.598;QD=5.86;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr7	151049231	rs366355	C	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=362;ReadPosRankSum=1.792;SC=GCGTAGAAGACCCTGTGGATC;SOR=0.580;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=31;WE=151049239;WS=151049221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,50:0.34:148
chr7	151049337	rs394259	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=136;ReadPosRankSum=0.063;SC=ATGGATCTACAGCACTGTGGT;SOR=1.009;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=14;WE=151049345;WS=151049327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
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chr7	151064305	rs367191	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=0.514;SC=GCCAGAAGGTAATTTCATTTT;SOR=0.399;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=11;WE=151064313;WS=151064295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr7	151074015	rs2240629	G	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=19;PP=1203;SC=ACGTCACCGGGCCGGCCACCT;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=44;WE=151074023;WS=151074005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr7	151074296	rs2159158	A	G	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=30;PP=832;SC=GGAAGTCAGCAACAAAGAAAA;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=151074304;WS=151074286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	151078735	rs4141455	A	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=6;PP=347;SC=GAGGCTGCGCATGGGCGGAGG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=151078743;WS=151078725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr7	151078845	rs4141454	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=15.611;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=37;NR=13;PP=990;ReadPosRankSum=-1.314;SC=GCGGGCGCAGGGGCGGGCGTC;SOR=0.581;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=50;WE=151078853;WS=151078835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	151097323	rs11767693	A	G	4754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=48;NR=51;PP=1629;SC=CATAGCTTTCATGTCCTGCAG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=99;WE=151097331;WS=151097313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr7	151106066	rs12533730	C	T	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=1000;ReadPosRankSum=-1.054;SC=CAAGCGTCTACTGTTGCTGTG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=70;WE=151106074;WS=151106056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,105:0.71:148
chr7	151108411	rs917613	T	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=208;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GAGGACAGACTCGGTATAGTG;SOR=1.042;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=16;WE=151108419;WS=151108401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr7	151164348	rs17635434	G	A	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=51;PP=1830;SC=GCCGAACTCCGAGAGTATTTT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=96;WE=151164356;WS=151164338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr7	151168415	rs35526149	CAAT	C	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=927;SC=GACATCAGAACAATAATTAAA;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=151168425;WS=151168405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	151168534	rs6956899	G	A	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr7	151195328	rs11772458	G	C	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=44;PP=1294;SC=GGAAGAGGAAGAGAAGCAGCT;SOR=1.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=151195336;WS=151195318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr7	151216353	rs6948477	G	A	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=12;PP=416;SC=CAGCTACCGCGGCTCCTCCAC;SOR=0.746;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=22;WE=151216361;WS=151216343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	151254175	rs8961	T	C	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=472;ReadPosRankSum=1.121;SC=AAATACCTATTGTTAAACCCT;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=88;TCR=59;TR=46;WE=151254183;WS=151254165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,76:0.32:240
chr7	151254445	rs764801	T	C	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.886;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=60;ReadPosRankSum=1.994;SC=AGGAGGGCGATGTGGGAAGGA;SOR=0.053;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=8;WE=151254453;WS=151254435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr7	151254462	rs764800	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=-0.084;SC=AGGAGCAGGTGGCCCAAGCTC;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=151254470;WS=151254452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr7	151262305	rs2302532	A	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=40;ReadPosRankSum=-2.298;SC=AAATTCTGATAATATCCTCAC;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=6;WE=151262313;WS=151262295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr7	151292395	rs35348247	A	AT	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.880;NF=4;NR=5;PP=250;ReadPosRankSum=1.777;SC=CCATCCAAAAAATACCAAAAA;SOR=0.895;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=9;WE=151292403;WS=151292385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
chr7	151432869	rs1547470	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=341;ReadPosRankSum=0.036;SC=TGATGTTATATCCCAGTTGGA;SOR=0.758;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=21;WE=151432877;WS=151432867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr7	151483445	rs12671980	A	G	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=47;PP=2165;SC=GTGCAAGCGGACATGCGGGTG;SOR=0.988;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=115;WE=151483453;WS=151483435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	151504499	rs10257529	G	A	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=763;ReadPosRankSum=-0.730;SC=TGTGGGTGACGGTCATACTTT;SOR=0.691;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=53;WE=151504507;WS=151504489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,74:0.61:122
chr7	151573549	rs75750979	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=589;ReadPosRankSum=-0.221;SC=GGACGGGAGCGACAGGAGGGC;SOR=0.390;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=32;WE=151573557;WS=151573539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr7	151668180	.	C	CTAGATAGA	197	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=197;QD=40.4;SC=CTCTCATTCTCTAGATAGATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=151668188;WS=151668170;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr7	151668221	rs71884562	TAGAA	T	46.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.126;SC=GATAGATAGATAGAAAGAAAA;SOR=0.382;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=151668233;WS=151668211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr7	151668224	rs58859718	A	AT	144.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=2.697;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr7	151668225	.	A	AGATAGAT	152.70	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.465;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr7	151818777	rs967093	T	C	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=55;PP=1272;SC=GATGCTGTGGTGGGAACGTTG;SOR=1.557;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=80;WE=151818785;WS=151818767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	151877127	rs13231116	G	T	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1134;ReadPosRankSum=-1.039;SC=GGCACTGCGGGTGAGTCCTGT;SOR=0.679;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=73;WE=151877135;WS=151877117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,117:0.74:158
chr7	151879409	rs61730537	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.587;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,48:0.26:183
chr7	151933333	rs148887101	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=0.114;SC=CCTGATCCAGATATTTCGAAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=151933341;WS=151933323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr7	151945007	rs137949498	C	T	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=0.353;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.609;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,107:0.23:456
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chr7	151945204	rs4024453	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=57.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.24;MQRankSum=-11.584;QD=0.54;ReadPosRankSum=-1.193;SOR=6.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,46:0.11:422
chr7	151962176	rs62478356	T	A	6613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1425;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.05;MQRankSum=-11.526;QD=4.65;ReadPosRankSum=2.145;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:976,446:0.31:1422
chr7	151970705	.	A	C	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.327;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-3.974;QD=5.37;ReadPosRankSum=-0.856;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr7	151970775	rs201635031	C	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQRankSum=-14.291;QD=0.67;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:339,55:0.14:394
chr7	151970777	rs201753635	G	A	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.43;MQRankSum=1.200;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.395;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,96:0.23:416
chr7	151970856	rs10454320	T	A	9129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-3.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=882;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-16.492;NF=128;NR=161;PP=2962;ReadPosRankSum=0.579;SC=TCCTGAAAGGTGCCGGCTCCT;SOR=0.774;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=527;TCF=249;TCR=278;TR=289;WE=151970864;WS=151970846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:417,463:0.53:880
chr7	151970931	rs56850341	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=9.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=46.152;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-12.217;NF=8;NR=81;PP=1851;ReadPosRankSum=-2.898;SC=GTGGCTCCAAGGTGCTTACAA;SOR=3.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=292;TCF=95;TCR=197;TR=89;WE=151970939;WS=151970921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,48:0.13:364
chr7	151970977	rs200020144	C	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.27;MQRankSum=2.478;QD=4.93;ReadPosRankSum=-1.580;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,56:0.29:192
chr7	152055766	.	G	GA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.633;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr7	152143744	rs6953943	A	G	2083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.602;NF=44;NR=51;PP=1311;ReadPosRankSum=2.043;SC=CGTCTACCACAGCATTGATGC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=256;TCF=120;TCR=136;TR=95;WE=152143752;WS=152143734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,120:0.32:378
chr7	152144203	rs35765496	G	GA	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=9.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.326;QD=0.32;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=1.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,50:0.16:318
chr7	152511598	rs112910296	C	T	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.649;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.919;NF=47;NR=9;PP=1029;ReadPosRankSum=-0.281;SC=ACATGAAATTCGGGTAAACAC;SOR=1.718;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=93;TCF=75;TCR=18;TR=56;WE=152511606;WS=152511588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr7	152513769	rs116164729	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.778;NF=10;NR=33;PP=720;ReadPosRankSum=-1.107;SC=TTCTGTAATGGAAATACAATT;SOR=2.564;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=19;TCR=59;TR=43;WE=152513777;WS=152513759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr7	152520731	rs3864524	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.624;NF=1;NR=23;PP=395;ReadPosRankSum=-0.625;SC=CTGCATCCCCTGTGCAGTTTG;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=24;WE=152520739;WS=152520721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr7	152549107	rs6944646	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.389;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=616;ReadPosRankSum=1.603;SC=GCCGATGTGTCGTGCCCACAA;SOR=1.483;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=33;WE=152549115;WS=152549097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr7	152550499	rs4726215	T	C	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=570;ReadPosRankSum=-0.628;SC=TGGGTGCAGCTGTGGTCTCGT;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=35;WE=152550507;WS=152550489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,49:0.77:64
chr7	153749753	rs1974615	C	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=9;PP=611;SC=GAGGAGCGGCCGCCGGCGCTG;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=153749761;WS=153749751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	153749772	rs374262699	TTGC	T	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.889;NF=4;NR=9;PP=433;ReadPosRankSum=0.197;SC=TGGGCTTGCCTTGCTGCTGCT;SOR=0.569;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=13;WE=153749782;WS=153749762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr7	153749805	rs4015718	CT	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
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chr7	153750319	.	G	GC	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=200;SC=CGCGGTCACCGCGTCCCGGAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=153750327;WS=153750309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	154143443	rs2291538	C	T	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.604;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,47:0.30:156
chr7	154237842	rs28645456	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=0.389;SC=TACTACAGGCTGAGCAACCAA;SOR=1.230;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8;WE=154237850;WS=154237832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr7	154429560	rs11243339	C	T	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=25;PP=1084;SC=CTGGATATTACGTCCTGAGCA;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=59;WE=154429568;WS=154429550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr7	154429657	rs6972501	T	C	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=37;PP=1334;SC=GGACGAGCTGTTTAACCCTTA;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=154429665;WS=154429647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	154461112	rs3807218	A	G	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr7	154461248	rs35719981	TTGTG	T,TTG	1267.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=4.667;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.316;QD=29.48;ReadPosRankSum=1.269;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,12,30:0.28,0.70:43
chr7	154564677	rs11291131	CA	C	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.019;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr7	154587507	rs3778731	G	A	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,52:0.74:70
chr7	154596517	rs2280659	G	A	5976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=63;PP=2965;SC=ACTCCCTGCAGGCCATGGGCG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=88;TCR=63;TR=150;WE=154596525;WS=154596507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr7	154598669	rs369060438	G	A	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=795;ReadPosRankSum=1.006;SC=GCTCCTCTCCGCCCACATTCA;SOR=0.845;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=59;WE=154598677;WS=154598659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,81:0.37:219
chr7	154598908	rs2293357	A	G	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.07;SOR=1.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr7	154645406	rs6962284	A	G	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=24;PP=1310;SC=TCTACGTGGCATAAGAAAAGC;SOR=1.156;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=73;WE=154645427;WS=154645396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	154645419	rs145928686	G	GTTTTC	6111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=28;PP=2966;SC=AGAAAAGCCTGTTTTCTTGTT;SOR=1.323;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=62;WE=154645427;WS=154645396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr7	154659566	rs56243497	TT	GG	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=225;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CCAGTTTCTTTTTCTGTACAC;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=5;WE=154659575;WS=154659556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	154664510	rs2293356	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=7.999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,41:0.28:146
chr7	154664534	rs2293355	C	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=5.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.238;SOR=0.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr7	154667628	rs2293353	A	G	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	154667643	rs2230064	G	A	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=755;ReadPosRankSum=-1.157;SC=GCCAGAGTGTGGCTGAGAAGT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=47;WE=154667651;WS=154667633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,75:0.70:107
chr7	154672551	rs4960632	G	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,46:0.23:201
chr7	154672662	rs3817521	C	T	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.719;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=405;ReadPosRankSum=-1.682;SC=GGTGAGTCTGCGCCACCCTGG;SOR=0.486;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=40;WE=154672670;WS=154672652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,66:0.36:181
chr7	154672679	rs3817520	A	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.886;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,53:0.32:164
chr7	154672717	rs3817519	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=407;ReadPosRankSum=0.725;SC=CATTACCCACGTCTAATCCTG;SOR=0.499;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=36;WE=154672725;WS=154672707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr7	154672809	rs3817518	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=1.753;SC=GATTCCAGCCGTGGGAGGTTT;SOR=0.745;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=22;WE=154672817;WS=154672799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr7	154672839	rs3817517	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-1.604;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr7	154679447	rs940378	G	A	11373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=118;PP=2965;SC=CATACGAGGTGTGTATGGGCA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=115;TCR=118;TR=232;WE=154679455;WS=154679437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr7	154679610	rs2316537	GA	CC	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.975;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=865;ReadPosRankSum=-0.990;SC=TTCCACCAGAGAGTGGATTGA;SOR=0.173;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=23;WE=154679619;WS=154679600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr7	154681050	rs1129300	C	T	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=475;ReadPosRankSum=-0.006;SC=ATCCCACTGCCGATGGTAAGG;SOR=0.535;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=44;WE=154681058;WS=154681040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,85:0.31:272
chr7	154681142	rs11335725	CT	C	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,51:0.38:133
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chr7	154738409	rs3501	T	C	3247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=62;PP=1285;ReadPosRankSum=0.217;SC=TTGTGCTCCATGAGCTTCCGG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=105;WE=154738417;WS=154738399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,155:0.76:205
chr7	154748908	rs3817480	G	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=21;PP=708;SC=AGCCAGCAATGAAAAATTTAA;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=39;WE=154748916;WS=154748898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr7	154751774	rs2272174	G	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr7	154755628	rs748811	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=-0.439;SC=TTCTATTTACGGACTTTTCTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=154755636;WS=154755618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr7	154759671	rs893942	T	C	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=28;PP=810;SC=ATGAATATGCTTGCACAAAAG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=154759679;WS=154759661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	154760369	rs935037	A	G	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=31;SC=GGAGCTGGGCAAGCTGCTGCT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WS=154760359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr7	154760666	rs61752011	C	T	3422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=39;PP=1322;ReadPosRankSum=-0.335;SC=GGTGTAAAACCGGGTGCTGCT;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=80;WE=154760679;WS=154760656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,155:0.68:229
chr7	154760889	rs3800580	A	C	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=39;ReadPosRankSum=-1.246;SC=AAACAGATGAATGATAATTTC;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=5;WE=154760897;WS=154760879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr7	154785362	rs306281	A	G	9301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=145;NR=100;PP=2965;SC=TTTTCACTCCATTAACTATCA;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=145;TCR=101;TR=245;WE=154785370;WS=154785352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr7	154862621	rs6320	T	A	26690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=1028;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=299;NR=255;PP=2965;SC=TGGATTTACCTGTGAACCTAA;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=558;TCF=302;TCR=256;TR=554;WE=154862629;WS=154862611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1025:1.00:1025
chr7	154876342	rs980442	T	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=20;PP=555;SC=TGCACTGGCCTCTTTTCCACC;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=154876350;WS=154876332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	154988584	rs12530990	C	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=8;PP=390;SC=CAGGGATTCACCCCACTCCAT;SOR=1.121;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=154988592;WS=154988574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr7	154988908	rs7458114	C	A	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=17;PP=650;SC=AGGCAAAACTCACCCCCATTT;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=154988916;WS=154988898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr7	154989054	rs2317164	C	T	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=20;PP=710;SC=CGGAAGTGCACGTATTCCACC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=154989062;WS=154989044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr7	154989807	rs73176654	T	C	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=11;PP=1562;SC=CAACCCACAATATCTCCAAGG;SOR=2.690;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=69;WE=154989815;WS=154989797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr7	154990003	rs12532373	C	T	11537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=112;NR=159;PP=2965;SC=TGCTGTGTCACGTGTCATCCG;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=114;TCR=160;TR=271;WE=154990011;WS=154989993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr7	155094592	rs9768652	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.951;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=1206;ReadPosRankSum=0.722;SC=CTAAAACTTGCGTCTCTTTAC;SOR=0.458;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=34;WE=155094601;WS=155094582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,51:0.62:82
chr7	155094593	rs11772189	G	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.378;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=857;ReadPosRankSum=-0.438;SC=TAAAACTTGCGTCTCTTTACC;SOR=1.184;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=24;WE=155094601;WS=155094582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr7	155095436	rs9768687	C	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.468;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr7	155095686	.	CTTT	C	1927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.12;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr7	155099855	rs9769506	C	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=-0.817;SC=AAGTGTCAATCTTTCCCATGT;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=12;WE=155099863;WS=155099845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr7	155150472	rs3922604	G	A	6264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=79;PP=2965;SC=CTGTTTCCCCGCAGGGCTGCC;SOR=0.809;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=175;TCF=93;TCR=82;TR=171;WE=155150480;WS=155150462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
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chr7	155150602	rs6605562	T	C	10726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=148;NR=113;PP=2965;SC=GTGTACTTCCTCCGGGGCTGC;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=263;TCF=148;TCR=115;TR=261;WE=155150610;WS=155150592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
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chr7	155150870	rs67400545	A	G	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=650;ReadPosRankSum=-0.458;SC=GATGTCTTTCATCATTCGCAG;SOR=0.290;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=118;TCF=18;TCR=100;TR=46;WE=155150878;WS=155150860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,51:0.38:136
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chr7	155301781	rs6947243	A	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=275;ReadPosRankSum=-1.003;SC=CCTCCGACTGAGCTAGGGGGA;SOR=0.667;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=26;WE=155301789;WS=155301771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,36:0.31:116
chr7	155437475	rs7786826	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr7	155503844	rs200646328	G	GT	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.302;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,40:0.22:186
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chr7	155593438	rs1233560	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=337;ReadPosRankSum=-0.093;SC=GAGGCCCTGCGCCATCCACCT;SOR=0.629;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=38;TCR=78;TR=34;WE=155593446;WS=155593428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,44:0.32:138
chr7	155598879	rs1233554	A	C	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=6;PP=1255;SC=TCGCCCAGCGACCCTGCTCCT;SOR=2.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=43;TCR=6;TR=49;WE=155598887;WS=155598869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	155599300	rs1233555	C	T	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=54;PP=1828;SC=GCCTGGGCAACCGCCACCCCT;SOR=1.169;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=87;WE=155599308;WS=155599290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr7	155599382	rs9333618	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.525;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=361;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GGGGAGACGGGGGTTGGAATG;SOR=1.445;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=18;WE=155599390;WS=155599372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr7	155747865	rs7798508	C	G	3755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=29;PP=2165;SC=TGACCATTCTCAGGCTGTCAG;SOR=1.592;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=102;WE=155747873;WS=155747855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr7	155747907	rs7810074	T	C	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=947;ReadPosRankSum=-0.729;SC=CACAGGGGAGTATGAAGCCGG;SOR=0.617;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=110;TCR=65;TR=66;WE=155747915;WS=155747897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,94:0.37:253
chr7	155749951	rs35655547	C	T	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.010;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,65:0.21:306
chr7	155749974	rs10440919	GC	AA	8746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=59;PP=2944;ReadPosRankSum=1.266;SC=GGGCAGTGCAGCCAGCTCCAC;SOR=0.618;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=152;TCF=74;TCR=78;TR=120;WE=155749983;WS=155749964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,217:0.80:272
chr7	155750033	rs10256182	A	G	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=68;PP=1917;SC=TGGCCACCTCAGATTTTAAAA;SOR=1.202;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=106;WE=155750041;WS=155750023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr7	155755336	rs7807731	C	T	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.015;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=579;ReadPosRankSum=1.438;SC=TTTAGGAGCACGGGTACTACT;SOR=0.397;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=42;WE=155755344;WS=155755326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,58:0.65:89
chr7	155755826	rs2007015	A	G	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=26;PP=882;SC=CCAGATTCTCATGTAGGCTGG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=155755834;WS=155755816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr7	155757502	rs1551630	T	C	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=49;PP=1676;SC=TCGCTTGCTGTCACTGCCTGG;SOR=1.559;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=69;WE=155757510;WS=155757492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr7	156433243	rs7788200	C	G	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=41;PP=1511;SC=CGTCTAGACGCTGACGCCGTG;SOR=0.803;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=32;TCR=43;TR=73;WE=156433251;WS=156433233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	156436769	rs7804211	C	T	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=28;PP=985;SC=CAATCTCTGGCGATATTTACT;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=156436777;WS=156436759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr7	156468377	rs2886380	G	C	7031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.36;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr7	156468377	.	GC	CA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=62;NR=45;PP=2947;QD=20;SC=ACCCGCCCCCGCCTCCTCCTC;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=115;TCF=70;TCR=45;TR=107;WE=156468386;WS=156468367;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,107:0.93:115
chr7	156468378	rs2886381	C	A	7031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.65;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	156468656	rs2365513	G	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=665;SC=TCACTTTGGGGAGCCTAGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=156468664;WS=156468646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr7	156468939	rs140092411	G	GTGTA	1776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.612;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.706;NF=25;NR=14;PP=1394;ReadPosRankSum=-0.816;SC=ATATGTGTGTGTATATATATA;SOR=0.259;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=39;WE=156468947;WS=156468921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,52:0.95:55
chr7	156469096	rs2302149	C	T	12121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
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chr7	156469179	rs2302146	C	T	14613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=128;PP=2965;SC=TGGCGGTCAGCGCGTGGGTGC;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=109;TCR=128;TR=237;WE=156469198;WS=156469169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr7	156469190	rs2302145	A	G	13920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=120;PP=2965;SC=GCGTGGGTGCAGGCAGGCGTT;SOR=0.847;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=96;TCR=120;TR=216;WE=156469198;WS=156469169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr7	156473779	rs71838136	T	TA	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.098;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,12:0.21:58
chr7	156476683	rs3735186	T	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=393;SC=GGGGCCACGGTTGAATGGAAA;SOR=2.200;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=156476691;WS=156476673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr7	156529062	rs10640672	C	CAGT	2077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=3;PP=1990;SC=AGCTTGCATTCATTATTTAGT;SOR=3.564;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=37;WE=156529070;WS=156529052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr7	156549195	rs17571054	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=1.682;SC=ATAATTCAACGTTATAAAACG;SOR=0.082;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=20;WE=156549203;WS=156549185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr7	156626273	.	ATTG	A,AGAACCAGTGTTG	187.87	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.11;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=1662;SC=CCAATAGGAGATTGGATTATC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=156626285;WS=156626263;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:5
chr7	156626277	.	G	GAACCAGTGCTAA	186.87	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr7	156685519	rs200299453	G	GC	962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=3;PP=1055;SC=GGCGCGAGGCGAGGCCCGGAG;SOR=5.058;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=156685527;WS=156685509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	156685540	.	C	CG	1545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.16;SOR=3.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	156685545	.	A	C	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=40.52;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr7	156685590	rs117769123	G	A	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=44;PP=1801;SC=CGGGCACGCGGGACTGTCAGG;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=94;WE=156685598;WS=156685580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr7	156742501	rs6969990	C	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr7	156742749	rs6969196	G	A	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=29;PP=1604;SC=GCCCCGAACAGGGTCCCGGCC;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=156742757;WS=156742739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr7	156742796	rs6952214	A	C	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=49;PP=2318;SC=GCCAGCGGTCACCGGCAGGAC;SOR=0.972;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=68;TCR=49;TR=117;WE=156742804;WS=156742786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr7	156742965	rs61734937	G	C	9359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=101;PP=2965;SC=TTTTAGCGGCGAACGAGGAGG;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=228;TCF=126;TCR=102;TR=227;WE=156742973;WS=156742955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr7	156743264	rs61747373	C	A	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=55;PP=2054;SC=GAAGCAGAAGCGCAGAGCGAG;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=103;WE=156743272;WS=156743254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr7	156746701	rs61122657	T	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=6;PP=777;SC=AAATAGAATATATTGTTGGTA;SOR=2.024;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=156746709;WS=156746691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr7	156746727	rs58846177	T	C	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=11;PP=1103;SC=AACTCTTTAATTTTTTAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=53;WE=156746735;WS=156746717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr7	156754981	rs3750131	T	C	4477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=82;PP=2828;SC=TTCAATTCTGTTTTGCTCAGA;SOR=1.096;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=57;TCR=83;TR=139;WE=156754989;WS=156754971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr7	156755350	rs12672076	T	C	4461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=45;PP=1651;SC=GCCTCCCTGTTGGAGTGAGTC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=100;WE=156755358;WS=156755340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr7	156802643	.	A	AGCGGCG	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=1.180;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr7	156932094	rs200844106	G	GGGACTCGGGGTT	655.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr7	156932105	rs59178327	C	T	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=2.291;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr7	156961716	rs35192251	C	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.03;ReadPosRankSum=1.390;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,78:0.72:108
chr7	156962874	rs6956046	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=216;ReadPosRankSum=-0.395;SC=AGCAAGGACCGATAATGGTGT;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=14;WE=156962882;WS=156962864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr7	156971581	rs870745	T	C	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=47;PP=1060;ReadPosRankSum=-1.041;SC=CTCAGCATCCTGATGGGGAGT;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=80;WE=156971589;WS=156971571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,142:0.71:201
chr7	156974354	rs17646047	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr7	156994544	rs75125615	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=610;ReadPosRankSum=0.128;SC=AAGGGCACAGGAAGTGGCAGC;SOR=0.500;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=35;WE=156994552;WS=156994534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
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chr7	157161924	rs117644856	C	T	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=401;ReadPosRankSum=-0.588;SC=TGTTTACATCCGTCCTTCATC;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=26;WE=157161932;WS=157161914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
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chr7	157208617	rs1009135	C	T	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=22;PP=1007;SC=GCTTTTTGTTCTTAACATGGG;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=157208625;WS=157208607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr7	157234112	rs11977865	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.620;NF=15;NR=19;PP=359;ReadPosRankSum=-1.544;SC=GGCTGTTCTGGGCGGCGCCTG;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=34;WE=157234120;WS=157234102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,43:0.27:160
chr7	157234787	rs12698061	G	T	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=1.020;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr7	157234816	rs12698062	A	G	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-0.692;QD=15.28;ReadPosRankSum=1.119;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr7	157234912	rs12669046	A	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.080;NF=5;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=1.185;SC=GTGGTGGGCTATTCCACGCGG;SOR=0.709;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=11;WE=157234920;WS=157234902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr7	157234963	rs184288042	G	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=192;ReadPosRankSum=-0.676;SC=TCGGGGCGGCGCCTGGCGTAG;SOR=0.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=15;WE=157234971;WS=157234953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,33:0.80:41
chr7	157235034	.	T	G	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=22;MQ=55.78;NF=2;NR=2;PP=22;QD=14.1928031368;SC=GCTCTTCCGGTCGGCGCCTGA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=4;WE=157235042;WS=157235024;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,4:0.24:17
chr7	157235099	.	G	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.312;NF=4;NR=3;PP=42;ReadPosRankSum=-1.009;SC=GTCTGTGGTGGGCTCTTCCGG;SOR=0.527;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=7;WE=157235107;WS=157235089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr7	157235229	rs6974109	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-1.143;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.349;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr7	157261201	rs4716743	T	G	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=30;PP=1691;SC=CACCGTCACCTTCACGGGAGA;SOR=1.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=96;WE=157261209;WS=157261191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr7	157261258	rs4716744	C	T	13288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=74;PP=2965;SC=GGGACCATCCCTCACCTTTGG;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=104;TCR=75;TR=176;WE=157261266;WS=157261248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr7	157261275	rs4716745	C	T	15142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=83;PP=2965;SC=TTGGTTTGCCCGCGTTCTCAC;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=103;TCR=85;TR=186;WE=157261283;WS=157261265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr7	157261292	rs4716746	A	G	15856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=98;PP=2965;SC=TCACACGGGGACAGCTGTTTA;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=102;TCR=98;TR=200;WE=157261300;WS=157261282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr7	157261945	rs2109830	A	G	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=16;PP=1031;SC=CAGCAGGGGCAGGACCCTCGG;SOR=1.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=157261961;WS=157261935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr7	157261953	rs11449038	C	CG	3509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=23;PP=1790;SC=GCAGGACCCTCGGCCTGGCCA;SOR=1.281;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=157261961;WS=157261935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr7	157262170	rs7801907	T	C	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=58;PP=1401;SC=GAGTAGGGGGTGCAGACCCGG;SOR=1.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=101;WE=157262178;WS=157262160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr7	157262226	rs7778458	G	A	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=39;PP=1117;SC=AGGACATGCCGGCATCGGAGG;SOR=4.215;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=42;WE=157262234;WS=157262216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr7	157262920	rs7806450	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=6;PP=273;SC=GCACTGGGTCTGCTCCCTGCA;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=157262928;WS=157262910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	157262962	rs111860953	C	T	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5104;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=205;SC=CGCCACTCCCCGGACACACCT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=12;WE=157262970;WS=157262952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr7	157263015	rs7784276	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.68;QD=43.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr7	157263025	rs7783247	G	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.52;QD=43.12;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	157263026	rs7802775	A	G	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.52;QD=43.12;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr7	157263050	rs7802789	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.13;QD=42.83;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	157263093	rs7783385	G	C	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.58;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr7	157263370	.	T	C	876	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=77;MMLQ=20;MQ=57.88;NF=29;NR=21;PP=876;QD=18.2154242509;SC=TGGGTGTGTCTGTGTGTCCGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=50;WE=157263378;WS=157263360;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr7	157263391	.	G	T	854	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=66;MMLQ=15;MQ=59.01;NF=27;NR=21;PP=854;QD=18.5160669281;SC=CGCTGGCCTGGGTTGGGTGTG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=48;WE=157263399;WS=157263381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr7	157263410	.	C	T	996	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MMLQ=22;MQ=59.36;NF=28;NR=21;PP=996;QD=21.0361471948;SC=TGTCCGTGTGCCCGGTGCTGG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=157263418;WS=157263400;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr7	157263532	rs7785035	C	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=633;SC=TTGAATCTCCCAACATCCAAC;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=35;WE=157263540;WS=157263522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr7	157318407	.	TACTGTCGG	CACCGTCTG,CAGTGTCGC	914	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=56.14;NF=12,2;NR=0,2;PP=914,582;QD=81.4556562385;SC=GGGCCGTGTGTACTGTCGGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12,4;WE=157318423;WS=157318397;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.55:22
chr7	157318438	.	G	C	653	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5017;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=24;MQ=57.96;NF=25;NR=9;PP=653;QD=20.2285650749;SC=GCCGTGTGCAGTGTCGCAGGG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=34;WE=157318446;WS=157318428;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,34:0.94:36
chr7	157333542	rs1124400	C	T	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=31;PP=940;SC=CCTGCCACAGCGTCGGCTCCC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=157333550;WS=157333532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr7	157341556	rs3214337	GC	G	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=1.089;SC=ATTAAACCAGGCCCTCCCCGT;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=4;WE=157341564;WS=157341546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr7	157361564	rs7789467	C	T	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=29;PP=1463;ReadPosRankSum=-0.395;SC=AGCTCTGAGCCGCAACAAAGC;SOR=0.462;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=132;TCF=90;TCR=42;TR=87;WE=157361572;WS=157361554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,123:0.69:178
chr7	157361734	rs221294	T	C	11688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr7	157367205	rs146248159	T	TGA	693.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.52;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr7	157369564	rs221301	C	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=48;PP=1395;SC=CACGTCTGACCAGAGAAGGGG;SOR=3.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=6;TCR=48;TR=54;WE=157369572;WS=157369554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr7	157370645	rs736940	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=303;ReadPosRankSum=0.248;SC=AATCCCATTCGGAGGAGGAGC;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=19;WE=157370653;WS=157370635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr7	157370688	rs122004	C	G	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=15;PP=894;SC=GTGGGTCCTGCCCTGGGTGGC;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=157370696;WS=157370678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr7	157396697	rs17853260	G	A	4577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.889;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=70;PP=2014;ReadPosRankSum=1.226;SC=CACTTACGATGGGGCTAGCGT;SOR=0.508;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=192;TCF=83;TCR=109;TR=129;WE=157396705;WS=157396687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,220:0.67:327
chr7	157406819	rs10247739	A	C	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr7	157414064	.	G	A	1089	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=46;NR=20;PP=1089;QD=17.0268365537;SC=AGGTCAGCACGGCCAGGGAGC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=72;TCR=33;TR=66;WE=157414072;WS=157414054;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:39,66:0.63:105
chr7	157414283	rs71538031	T	C	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.185;SC=CGGAGGCCTTTGCACTCGCCG;SOR=0.793;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=37;WE=157414303;WS=157414273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,54:0.39:139
chr7	157414295	rs34179692	G	A	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=1041;ReadPosRankSum=-1.996;SC=CACTCGCCGCGTGGGCCATGC;SOR=0.922;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=33;WE=157414303;WS=157414273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,43:0.39:110
chr7	157800838	rs143545915	AGT	A	3710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=28;PP=2930;SC=CACATGTGTGAGTGTGTGTGG;SOR=1.420;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=62;WE=157800847;WS=157800828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr7	157800899	rs12666418	C	T	6968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.12;NF=100;NR=80;PP=2965;SC=TGGGCATGTGCATACACACTG;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=180;WE=157800907;WS=157800889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr7	157873975	rs3800863	T	C	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=17;PP=649;SC=TACGTGTGTGTGGAAACAGCC;SOR=1.057;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=157873983;WS=157873965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr7	157903478	rs3800861	A	G	13347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=140;PP=2965;ReadPosRankSum=1.323;SC=CTCTGCGACCAAGCAACAGGA;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=305;TCF=163;TCR=142;TR=302;WE=157903486;WS=157903468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,528:1.00:530
chr7	157903504	rs3800860	C	T	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=58;PP=1055;ReadPosRankSum=1.537;SC=ACAGAAACCCCAGGGCCCCGT;SOR=0.754;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=313;TCF=154;TCR=159;TR=108;WE=157903512;WS=157903494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:378,161:0.30:539
chr7	157903538	rs1130501	A	G	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=59;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.540;SC=CAGCGAACGCACTGCTGGGCA;SOR=0.908;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=269;TCF=110;TCR=159;TR=94;WE=157903546;WS=157903528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,125:0.29:428
chr7	157929223	rs3800858	G	A	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.765;NF=56;NR=18;PP=1304;ReadPosRankSum=0.529;SC=GAGATTATGAGGGGTTTCTCC;SOR=0.863;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=112;TCF=82;TCR=30;TR=74;WE=157929231;WS=157929213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,77:0.64:120
chr7	157929246	rs3839696	G	GA	1884.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.235;NF=33;NR=30;PP=1526;ReadPosRankSum=2.909;SC=AATTTTCTGGGAAAAAAACTT;SOR=0.899;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=63;WE=157929254;WS=157929236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,95:0.57:166
chr7	157929294	rs3800857	G	A	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.748;NF=49;NR=39;PP=1081;ReadPosRankSum=2.798;SC=TGAACAAAAAGATCACCAACT;SOR=0.602;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=264;TCF=157;TCR=107;TR=88;WE=157929302;WS=157929284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,131:0.34:391
chr7	157930974	rs3752366	C	T	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-0.867;QD=21.86;ReadPosRankSum=2.140;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr7	157930979	rs3752367	C	G	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-0.859;QD=21.33;ReadPosRankSum=1.644;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr7	157931119	rs1130500	A	G	5440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1371;ReadPosRankSum=-0.902;SC=CCATCAGCTCAGCCATGCCGT;SOR=0.745;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=74;TCR=72;TR=95;WE=157931127;WS=157931109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,153:0.65:235
chr7	157931144	rs1130499	C	T	5215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.135;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=48;PP=1401;ReadPosRankSum=-0.288;SC=CTCCAGGCCACTCAGGCCCCT;SOR=0.555;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=146;TCF=68;TCR=78;TR=96;WE=157931152;WS=157931134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,138:0.63:220
chr7	157931263	rs3752371	G	C	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=854;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GCAAAGGTGAGGGCCTCCAGA;SOR=0.898;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=36;TCR=50;TR=62;WE=157931271;WS=157931253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,102:0.70:145
chr7	157959620	rs10277232	C	T	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=0.106;SC=GGGGCTGGCTCACCATCGCCT;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=157959628;WS=157959610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr7	157959636	rs1130498	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=0.459;SC=CGCCTGTGCTGGAGGGGTCTT;SOR=0.818;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=7;WE=157959644;WS=157959626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr7	157959879	rs1130497	C	T	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,62:0.37:166
chr7	157959895	rs1130496	C	T	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=329;ReadPosRankSum=0.507;SC=GAGGTCCTCGCGGAGCTGGGT;SOR=0.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=34;WE=157959903;WS=157959885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,62:0.35:179
chr7	157959911	rs1130495	A	G	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,66:0.34:192
chr7	157984992	rs3800856	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=300;ReadPosRankSum=0.535;SC=AGCCAACCCCGGCCCGGGGAG;SOR=1.284;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=19;WE=157985000;WS=157984982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr7	157985149	rs3800855	C	G	5911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=61;PP=2049;ReadPosRankSum=0.560;SC=GCCCTCCCGACTGTACCTCCT;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=109;TCR=87;TR=137;WE=157985157;WS=157985139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,276:0.70:392
chr7	158055796	.	ACACACACACTG	A	2982	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=21;MQ=59.78;NF=43;NR=58;PP=2982;QD=20;SC=CACACACTGCACACACACACT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=101;WE=158055822;WS=158055786;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,101:0.91:111
chr7	158055802	.	ACAC	A	8217.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.71;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr7	158055806	.	TGCACACAC	T	8218.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.51;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr7	158055850	rs77811094	TCA	T	10925.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=76;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=84;PP=2973;ReadPosRankSum=-1.394;SC=CTGCACACAGTCACACATTCA;SOR=0.835;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=189;TCF=80;TCR=109;TR=140;WE=158055859;WS=158055840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,294:0.62:473
chr7	158380436	rs183488561	G	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=48;ReadPosRankSum=-1.683;SC=TCCGGGCCCAGGGAGGCGCGC;SOR=0.743;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=7;WE=158380444;WS=158380426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr7	158436924	rs35309808	T	C	9016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=92;PP=2965;SC=CTCATGCAGATCCAAAGAAGA;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=112;TCR=93;TR=204;WE=158436932;WS=158436914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr7	158455089	rs4484634	G	A	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=513;ReadPosRankSum=-0.431;SC=ATTGTGAAAGGATCTAATCAT;SOR=0.917;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=36;WE=158455097;WS=158455079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,56:0.69:81
chr7	158456710	rs10227735	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=196;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CTACAAAGGACATATAGCAAT;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=13;WE=158456718;WS=158456700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr7	158457458	rs3816466	A	G	3466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=75;PP=1846;ReadPosRankSum=1.834;SC=CAAAAAGCACATATGCAGAAG;SOR=1.013;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=169;TCF=61;TCR=108;TR=113;WE=158457466;WS=158457448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,164:0.60:275
chr7	158468437	rs1530967	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=259;ReadPosRankSum=-0.542;SC=TCAGGGATTCGTAACTTAGAG;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=13;WE=158468445;WS=158468427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr7	158473339	rs2305470	G	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=575;ReadPosRankSum=2.123;SC=ATTGTAATTTGGACTTAGAGT;SOR=0.449;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=32;WE=158473347;WS=158473329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr7	158476106	rs6970374	C	T	4031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.081;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=62;PP=1918;ReadPosRankSum=1.237;SC=ATGCAAAGCACTTGGTGTGTG;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=173;TCF=87;TCR=86;TR=120;WE=158476114;WS=158476096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,191:0.66:289
chr7	158476148	rs6969248	G	A	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.278;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=68;PP=1858;ReadPosRankSum=0.778;SC=CAAGCAGTGCGGCATTTGAGT;SOR=1.034;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=152;TCF=60;TCR=92;TR=107;WE=158476156;WS=158476138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,174:0.66:264
chr7	158476271	rs6956496	T	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=405;ReadPosRankSum=-1.807;SC=GGTTTTCTTATAGCAAGGAGA;SOR=0.869;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=20;WE=158476279;WS=158476261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr7	158480274	rs41271193	T	C	101.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr7	158527051	rs3750052	T	C	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CACTACCCACTGGGCGGGGAA;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=33;WE=158527059;WS=158527041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,67:0.42:159
chr7	158527260	rs3763413	T	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.803;SC=TGGGAGGATCTCTTAAGCCCA;SOR=0.418;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=7;WE=158527268;WS=158527250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr7	158528158	rs3816461	C	G	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=37;PP=1659;SC=ATTTTACAAACTGCAGGAACT;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=85;WE=158528178;WS=158528148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr7	158528170	rs7787974	G	A	3659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=40;PP=1758;SC=GCAGGAACTGGTTGAGGATTC;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=93;WE=158528178;WS=158528148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr7	158528233	rs3816462	A	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=430;ReadPosRankSum=1.398;SC=GGAAGCCGCCACTGTTCTTCA;SOR=0.958;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=38;WE=158528241;WS=158528223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,46:0.25:181
chr7	158528254	rs34974906	G	A	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=517;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CGGCAACGTCGAGCGTTCTCC;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=42;WE=158528262;WS=158528244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,65:0.30:215
chr7	158528269	rs35914882	C	G	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=569;ReadPosRankSum=1.035;SC=TTCTCCTCTGCACTTCTGGTA;SOR=0.824;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=41;WE=158528277;WS=158528259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,65:0.30:215
chr7	158528357	rs35865957	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=228;ReadPosRankSum=0.641;SC=TTTCTTATAACTAAAAATGGC;SOR=0.605;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=21;WE=158528365;WS=158528347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,32:0.35:91
chr7	158528443	rs3816463	T	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-0.444;SC=CCTAATGTTTTAATCTGGCAT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=158528451;WS=158528433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr7	158529560	rs6961811	C	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=211;ReadPosRankSum=0.786;SC=TTTAGAGCTTCTACATGAAGG;SOR=0.412;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=15;WE=158529568;WS=158529552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr7	158529704	rs6960873	G	A	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.039;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=781;ReadPosRankSum=-0.449;SC=CACTTCAACCGGGCAGTCTAT;SOR=0.750;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=208;TCF=105;TCR=103;TR=64;WE=158529712;WS=158529694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,112:0.31:366
chr7	158529889	rs2305467	T	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=7.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,21:0.27:78
chr7	158531641	rs7803766	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=123;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TCCTAAAGGCGGTGTCTACAT;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=10;WE=158531649;WS=158531631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr7	158531692	rs7804970	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.347;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=293;ReadPosRankSum=2.579;SC=CAGCAGCGGGCGCGTGGGACC;SOR=1.103;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=19;WE=158531700;WS=158531682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr7	158531807	rs35964789	G	A	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=665;ReadPosRankSum=2.522;SC=TCCCAGGGTCGTCCCGCTGTG;SOR=0.579;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=151;TCF=81;TCR=70;TR=56;WE=158531815;WS=158531797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,85:0.34:249
chr7	158531888	rs7780879	G	A	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,50:0.34:148
chr7	158531893	rs7800556	A	G	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=-1.212;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,47:0.34:137
chr7	158532007	rs7804422	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr7	158534163	rs66689505	T	TG	359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=278;SC=CAGCGTGGGGTGGGGGGCGCT;SOR=2.833;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=158534171;WS=158534153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr7	158534372	rs57686648	G	A	4688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,132:0.38:349
chr7	158534381	rs59980573	G	C	4700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.50;ReadPosRankSum=1.936;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,136:0.36:376
chr7	158534690	rs34849374	CTT	C	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=0.638;SC=TTCTTTAAAACTTAGCTCAAA;SOR=0.936;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=158534699;WS=158534680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr7	158536154	rs2305472	A	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CCCGGGGCCCATGAGTATCCC;SOR=0.323;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=5;WE=158536162;WS=158536144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr7	158536267	rs2305473	T	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,37:0.24:156
chr7	158536345	rs2305475	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,27:0.16:164
chr7	158536376	rs2305476	A	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,25:0.15:172
chr7	158536388	rs2305477	A	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.884;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,26:0.16:166
chr7	158536402	rs71547563	C	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,27:0.16:167
chr7	158536408	rs71547564	T	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,27:0.16:167
chr7	158536411	rs71547565	T	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.02;ReadPosRankSum=-0.964;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,27:0.16:169
chr7	158536422	rs71547566	C	G	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.688;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,27:0.16:168
chr7	158536429	rs61362305	A	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,25:0.16:159
chr7	158536465	rs66795622	T	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,25:0.19:133
chr7	158552072	rs34089418	CAAG	C	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.306;NF=5;NR=3;PP=272;ReadPosRankSum=1.558;SC=GAAAACACAACAAGAAGAGAA;SOR=0.321;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=8;WE=158552082;WS=158552062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr7	158552331	rs896859	C	G	1860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=872;ReadPosRankSum=-0.499;SC=GATACTATTTCTATCTGATTG;SOR=1.035;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=55;WE=158552339;WS=158552321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,87:0.66:132
chr7	158552398	rs896860	C	T	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=27;PP=763;SC=ATCCATGCAACAGAGACAGAA;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=158552406;WS=158552388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr7	158555706	rs844521	C	T	3936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=39;PP=1889;SC=TTAAAACATACTTTTGATTAT;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=68;TCR=40;TR=107;WE=158555714;WS=158555696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr7	158557692	rs35421678	G	A	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=92;ReadPosRankSum=-0.556;SC=TCCCAGCAGCGGGGAAATGCA;SOR=0.922;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=9;WE=158557700;WS=158557682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr7	158560621	rs2602542	A	C	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=701;ReadPosRankSum=-0.408;SC=TACAACCTGCATTTCAATTCT;SOR=0.898;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=40;WE=158560629;WS=158560611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,54:0.73:74
chr7	158566138	rs842447	T	C	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=59;PP=1767;SC=TTCCAATTATTGAATCAGGTG;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=116;WE=158566146;WS=158566128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr7	158566217	rs842448	C	T	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=45;PP=1249;SC=CTTCATCCTTCGTAATATACC;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=158566225;WS=158566207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr7	158586138	rs2602552	T	C	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=0;PP=415;SC=TTATTTAACATATTTTATGAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=18;WE=158586146;WS=158586136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr7	158590512	rs2788501	T	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=8;PP=778;SC=GCCACTGCACTCCAGCCTGGG;SOR=1.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=36;WE=158590520;WS=158590502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr7	158590547	rs11404991	G	GA	890.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.738;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.425;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,55:0.82:67
chr7	158590740	rs13233513	A	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr7	158591589	rs13222407	G	C	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=525;ReadPosRankSum=-1.409;SC=GAGGTCTTTGGGGACCAGAAG;SOR=0.820;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=138;TCF=81;TCR=57;TR=45;WE=158591597;WS=158591579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,81:0.32:256
chr7	158591842	rs13223424	C	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.008;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	158591851	rs2709855	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=103;SC=TCTCATCATACGTCCTATGTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=158591859;WS=158591832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr7	158621637	rs4599756	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=-2.257;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr7	158649260	rs2657386	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=32;ReadPosRankSum=-1.545;SC=GGAGAGGCCGCAGGGCACGCT;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=5;WE=158649268;WS=158649250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr7	158649280	rs2788473	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=5;PP=202;SC=TGGGCAGTGCTTCTGGGCCCT;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=158649288;WS=158649270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	158649304	rs2788472	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=203;SC=CTGCTCCTGCTTGTCGGTTGC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=158649312;WS=158649294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr7	158649373	rs2657385	A	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=205;SC=TTCGGGGTGGACCGCGCCTGG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=158649381;WS=158649363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr7	158662182	rs842695	G	A	3637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=38;PP=1213;ReadPosRankSum=1.108;SC=CATTTGGGACGTGAGTCTGTT;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=84;WE=158662190;WS=158662172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,171:0.73:235
chr7	158662250	rs712199	T	C	3426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=42;PP=1051;ReadPosRankSum=-0.258;SC=ACAGAATATTTGTCCTTCCTC;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=82;WE=158662258;WS=158662240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,163:0.69:237
chr7	158662511	rs3057377	T	TTTTAAAC	1824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=52.14;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr7	158662689	rs2308132	CTT	C	3148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.945;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.122;NF=2;NR=25;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.876;SC=CACTGTATAACTTTGGTTATG;SOR=1.214;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=27;WE=158662706;WS=158662679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,80:0.62:129
chr7	158662698	rs842696	T	C	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=39;PP=1444;SC=ACTTTGGTTATGTGTGCCTCA;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=158662706;WS=158662679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr7	158664074	rs145233696	TGAA	T	5551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.759;NF=18;NR=31;PP=2089;ReadPosRankSum=-0.510;SC=AAAGAAAAGCTGAAGGAGAAA;SOR=0.766;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=49;WE=158664084;WS=158664064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,139:0.64:217
chr7	158672476	rs2709859	C	G	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=3.772;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.68;ReadPosRankSum=1.888;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr7	158672619	rs2788478	A	G	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=52;PP=1843;SC=GAGAGGCACCAAAGCAACGTG;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=101;WE=158672627;WS=158672609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr7	158679943	rs35814547	AATTG	A	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=0.951;SC=AGAAGATGCAAATTGATTGAA;SOR=0.495;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=6;WE=158679954;WS=158679933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr7	158684152	rs12672574	A	G	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=498;ReadPosRankSum=-0.800;SC=GAACATGAGCATGAAGGGACA;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=45;TCR=83;TR=42;WE=158684160;WS=158684142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,76:0.35:217
chr7	158694530	rs842703	T	C	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=-1.447;SC=GTTAAAACTTTCCTTAGCTTA;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=158694538;WS=158694520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
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chr7	158726798	rs34181207	T	TC	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.083;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
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chr7	158829285	rs2730223	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=141;ReadPosRankSum=0.463;SC=ATGTGTTGTTTGTAGGAGCCT;SOR=0.120;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=158829293;WS=158829275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr7	158835631	rs2540353	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=116;ReadPosRankSum=1.975;SC=CCCTGACAGGAACCCTGCACC;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=12;WE=158835639;WS=158835621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
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chr7	158851804	rs2730257	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=241;ReadPosRankSum=1.416;SC=TTAGCAAGGTCCATGGCTTGA;SOR=1.371;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=18;WE=158851812;WS=158851794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,20:0.31:64
chr7	158935333	rs439204	G	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=504;SC=AACCTCACAGGTTTAAACTGC;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=158935341;WS=158935323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	183002	rs74482409	G	A	6419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.837;NF=132;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.692;SC=TGAGAAGCGGGCTCTTCCTTG;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=402;TCF=257;TCR=145;TR=206;WE=183023;WS=182992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,298:0.53:562
chr8	191076	rs10488369	G	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=345;ReadPosRankSum=1.624;SC=TCATCAAGAAGTAATGTCCTT;SOR=0.350;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=25;WE=191084;WS=191066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
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chr8	194884	rs2906331	C	T	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=37;PP=1010;SC=GACAGGACAACTGTACAAACT;SOR=5.892;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=38;WE=194892;WS=194874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	195254	rs2074718	C	A	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=879;ReadPosRankSum=0.854;SC=TACATGAGAACGAAACACTTT;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=74;TCR=43;TR=55;WE=195262;WS=195244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,80:0.47:170
chr8	196274	rs2072174	T	G	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.447;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,91:0.57:159
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chr8	280241	rs7388619	A	G	5846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=25.42;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr8	328251	rs144179040	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.30;MQRankSum=0.279;QD=7.80;ReadPosRankSum=-2.050;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr8	362999	rs71223333	T	TAATG	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.986;NF=5;NR=0;PP=184;ReadPosRankSum=1.053;SC=TCTTTAAAATTAATAAATGTT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=5;WE=363007;WS=362989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr8	363185	rs17665340	A	G	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=9.880;NF=42;NR=32;PP=2401;ReadPosRankSum=-4.865;SC=TGAAAGAGAGAATAACCGTTG;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=75;TCR=58;TR=74;WE=363200;WS=363175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,144:0.63:230
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chr8	400168	rs2290073	C	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr8	608034	rs10090260	T	C	3610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=-1.677;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,184:0.52:353
chr8	608279	rs1703925	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-1.352;SC=CTGGGGAGAGAGGCTGGTTCC;SOR=1.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=608287;WS=608269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr8	609833	.	C	G	524	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=21;MQ=55.36;NF=25;NR=10;PP=524;QD=15.9648917871;SC=TGTGCACTGACCATCCTGGGG;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=96;TCF=72;TCR=24;TR=35;WE=609841;WS=609823;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:61,35:0.36:96
chr8	609867	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=22;MQ=58.51;NF=55;NR=24;PP=2962;QD=20;SC=CGAGATCTCCAGTGTGCACTG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=173;TCF=122;TCR=51;TR=79;WE=609888;WS=609857;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:94,79:0.46:173
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chr8	618728	rs2271263	A	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=39;PP=912;ReadPosRankSum=0.478;SC=TGTGTGACGCAAGGCGGTCCA;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=25;TCR=78;TR=51;WE=618736;WS=618718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
chr8	623156	rs6559065	G	C	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=-0.911;SC=ACTTATATTAGTTGCCTTACA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=623164;WS=623146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr8	642357	rs1703896	A	G	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=603;ReadPosRankSum=0.686;SC=TATACAGTGTAACAACATGCT;SOR=0.324;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=69;TCF=55;TCR=14;TR=39;WE=642365;WS=642347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr8	681206	rs11781283	G	C	10959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=152;NR=127;PP=2965;SC=GCGGTCCTGAGCTGAGCGCCG;SOR=0.888;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=154;TCR=128;TR=279;WE=681214;WS=681196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr8	960303	rs35654511	T	TCA	12958.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.418;NF=49;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.585;SC=CACTCAGATATCAGTTTTATA;SOR=0.599;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=300;TCF=95;TCR=205;TR=147;WE=960311;WS=960293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,334:0.53:626
chr8	1449656	rs139927509	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.327;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=-1.116;SC=GGCATGCTCCGGGCACCTCCC;SOR=0.281;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=10;WE=1449664;WS=1449646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr8	1496767	rs2906568	C	G	4205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=50;PP=1808;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TCCGGGTGTTCAATGCCGTTT;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=166;TCR=122;TR=119;WE=1496775;WS=1496757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,209:0.47:447
chr8	1513814	rs3815235	A	G	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=510;ReadPosRankSum=-0.062;SC=CTCAGTGACAAAGTTGATGCG;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=32;WE=1513822;WS=1513804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr8	1574836	rs73671260	T	C	4373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.217;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=0.469;SC=GTGGGTTGGATGGTCATTCCC;SOR=0.628;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=254;TCF=165;TCR=89;TR=139;WE=1574856;WS=1574826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,209:0.54:388
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chr8	1581226	rs6995760	A	G	3656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=80;PP=1838;ReadPosRankSum=-0.102;SC=AGGGGACGCCATTTTCAGCCT;SOR=0.695;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=234;TCF=76;TCR=158;TR=123;WE=1581234;WS=1581216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,175:0.51:342
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chr8	1791638	rs11136432	T	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=-1.518;SC=GTGGGTCAGGTTGTGCTGCTG;SOR=0.473;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=25;WE=1791646;WS=1791628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr8	1791663	rs11136433	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.44;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr8	1791672	rs11136434	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.64;ReadPosRankSum=1.696;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr8	1791685	rs11136435	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=1022;ReadPosRankSum=1.666;SC=GAACCACTGAATTGCTGGTCA;SOR=1.445;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=16;WE=1791693;WS=1791653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr8	1806041	.	G	GATCT	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=1.732;SC=AACATAGATCGATCGATCTAT;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=4;WE=1806053;WS=1806031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr8	1806045	rs28650492	G	T	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=2.726;SC=TAGATCGATCGATCTATCTAT;SOR=0.204;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=1806053;WS=1806031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr8	1806333	rs56203106	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.683;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=178;ReadPosRankSum=1.750;SC=TCCCCAGGTGAGTCCCCAGGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=11;WE=1806341;WS=1806323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr8	1814588	rs67268874	GACAC	G	729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=389;ReadPosRankSum=-0.063;SC=TATATATTCTGACACACACAC;SOR=0.910;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=14;WE=1814601;WS=1814578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr8	1817314	rs7003839	G	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=625;ReadPosRankSum=-0.545;SC=AATTGCACTAGGTTTTGTTGG;SOR=1.036;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=42;WE=1817322;WS=1817304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr8	1817367	rs7003969	G	A	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1191;ReadPosRankSum=0.017;SC=CAGATCCAGAGGAAGCAATTT;SOR=0.805;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=164;TCF=99;TCR=65;TR=80;WE=1817375;WS=1817357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,133:0.48:276
chr8	1824596	rs4875944	G	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=-1.427;SC=GAGCAAGCCCGGGGCTCCGCA;SOR=0.330;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=11;WE=1824604;WS=1824586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr8	1830928	rs4543586	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=195;ReadPosRankSum=1.489;SC=CCGTGCCTGCAGGTCTTCTTG;SOR=0.529;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=16;WE=1830936;WS=1830918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr8	1830956	rs34599746	TG	T	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.474;HP=8;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=96;ReadPosRankSum=-0.041;SC=GACACGGGGTTGGGGGGGGCG;SOR=1.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=6;WE=1830964;WS=1830946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr8	1833990	rs2294032	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=354;ReadPosRankSum=-0.078;SC=TGCATCCACTCGGGCCCTCCA;SOR=0.434;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=23;WE=1833998;WS=1833980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr8	1846562	rs755543	C	T	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=26;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GGCATGGCAGCCCTGCAGGGA;SOR=0.672;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=200;TCF=137;TCR=63;TR=85;WE=1846570;WS=1846552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,122:0.45:273
chr8	1870956	rs4242549	G	A	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=71;SC=TTCCAAATAAGTGTTAGAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=1870964;WS=1870946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	1882252	rs3758021	A	T	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TGTAATGCCAACACTCTGGGA;SOR=1.112;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=11;WE=1882260;WS=1882242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr8	1900855	rs7832438	A	G	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=34;PP=1766;SC=GAAGCCACTCATGTCTTTCCG;SOR=1.210;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=97;WE=1900863;WS=1900845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr8	1901110	rs74808197	G	C	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=714;SC=ATTATCTGTGGTTTTTCAGTG;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=1901118;WS=1901100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr8	2020377	rs150521018	G	GATGCTCTCTGCCCTTCGGCCATGAAAGCCTCCATCGTTTC,GATGCTCTCTGCCCTTCGGCCCTGAAAGCCTCCATCGTTTC	3817.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.67;QD=109.08;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,21:0.40,0.60:35
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chr8	2024207	rs7822836	A	C	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=32;PP=2140;ReadPosRankSum=1.533;SC=TGCCTTTTCTATCCCTGCCCC;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=102;WE=2024215;WS=2024197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr8	2024437	rs3817699	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,27:0.30:89
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chr8	2033600	.	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.364;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.410;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=25;PP=439;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GTGGCCCACCGCTGTCGTGAT;SOR=0.362;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=32;WE=2033608;WS=2033590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr8	2033653	rs77385556	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=5;HapScore=3;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.117;NF=1;NR=5;PP=297;ReadPosRankSum=2.875;SC=CGTGGCCCCCCACTGTTGTGA;SOR=1.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=6;WE=2033676;WS=2033631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr8	2037747	rs3817703	C	G	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=421;ReadPosRankSum=-0.321;SC=GGGATAGCGACAACAGAGCAT;SOR=1.109;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=22;WE=2037755;WS=2037737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr8	2037833	rs2294061	G	C	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=7.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=1.197;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,119:0.44:270
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chr8	2040104	rs2235121	C	T	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=15;PP=757;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TGAAAAGGGCCGGAAGATCTC;SOR=1.176;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=114;TCF=68;TCR=46;TR=50;WE=2040112;WS=2040094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,99:0.49:204
chr8	2040337	rs6420202	T	C	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=58;PP=1329;SC=ACAAGCCCATTGGATACAACA;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=80;WE=2040345;WS=2040327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	2040401	rs2235123	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=301;ReadPosRankSum=0.346;SC=TAGCAAGACCGTTGAGGTCCC;SOR=0.392;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=2040423;WS=2040391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr8	2040415	rs893877	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=301;ReadPosRankSum=0.199;SC=AGGTCCCTGTGGCCCTGGCAC;SOR=0.340;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=2040423;WS=2040391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr8	2042070	rs7828132	T	C	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=47;PP=1100;SC=TGAAGCCTCTTGGTTGGCTGC;SOR=1.981;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=63;WE=2042078;WS=2042060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr8	2046880	rs2294067	G	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=-2.295;SC=GCCTCTGTGGGTGCGACTCTG;SOR=0.193;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=10;WE=2046888;WS=2046870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr8	2048640	rs3779838	C	A	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=1071;ReadPosRankSum=1.769;SC=ATGCGCGCAGCAACAAGGTGG;SOR=0.443;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=119;TCF=84;TCR=35;TR=67;WE=2048648;WS=2048630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,89:0.58:153
chr8	2048811	rs4876227	A	C	12574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=0.384;SC=GGATCACTGTAAATCAGACGA;SOR=0.379;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=203;TCF=75;TCR=128;TR=201;WE=2048819;WS=2048801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,380:1.00:381
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chr8	2112041	rs1036688	A	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=-0.739;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,38:0.37:104
chr8	2112080	rs33945248	G	GTT,GTTT	3556.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=29.89;ReadPosRankSum=-1.851;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,88,29:0.74,0.24:119
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chr8	2806920	rs5741961	G	GAAAGA	1988.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=987;ReadPosRankSum=-0.917;SC=TGACACATAGGAAAGAAAAGA;SOR=0.754;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=20;WE=2806928;WS=2806910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr8	2807066	rs72288499	ATAGT	A	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.912;NF=0;NR=7;PP=279;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGACACATTTATAGTTAAAGA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=2807077;WS=2807056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr8	2910020	rs6558703	A	G	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=43;PP=2604;SC=TTACTCCACAACCCATCTTCT;SOR=1.334;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=87;TCR=43;TR=130;WE=2910028;WS=2910010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
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chr8	2965209	rs1531351	A	G	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=27;PP=1409;SC=GTCGTGCTGAATTCATGGTAT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=2965217;WS=2965199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr8	2965244	rs3824271	T	C	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=46;PP=1965;SC=TATTACCTATTTCGAAATCAT;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=106;WE=2965252;WS=2965234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr8	2966072	rs3802291	G	T	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	2966328	rs3802292	T	C	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=230;SC=GTGAGATTTATGGAAACTTTG;SOR=1.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=2966336;WS=2966318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr8	3045230	rs17319192	G	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=270;SC=CCTGTTTCTTGATGGTCTTAC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=3045238;WS=3045220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	3046635	rs898501	G	T	4198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=68;PP=1804;SC=AAGAGAAAATGTACATGAACA;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=105;WE=3046643;WS=3046625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr8	3059365	rs5888954	TA	T	667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=23;PP=616;SC=AAGAATTTGGTAAAAAAATAA;SOR=3.841;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=23;WE=3059373;WS=3059355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	3076667	rs28377033	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=0.080;SC=GGAGACACATATCAGCATTTA;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=9;WE=3076675;WS=3076657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
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chr8	3141555	rs10099968	A	G	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=216;ReadPosRankSum=0.924;SC=AATTAGGCTCAATAAATTGCA;SOR=0.250;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=16;WE=3141563;WS=3141545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
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chr8	3166082	rs6558762	A	C	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=423;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TCTGCCTTAAAACAGAGATGA;SOR=0.759;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=23;WE=3166090;WS=3166072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr8	3200877	rs2161752	C	T	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=2.035;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,147:0.41:362
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chr8	3205378	.	G	A	117	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=37;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=117;QD=75.8856062736;SC=AACTCATTGTGTAAATAAATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=2;WE=3205397;WS=3205368;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,2:0.22:9
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chr8	3205423	rs75454001	G	T	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.246;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
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chr8	3253997	rs3802306	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=2.187;SC=AGAAACCCATGTACGTTAACA;SOR=0.235;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=12;WE=3254005;WS=3253987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr8	3263528	rs1161518	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.944;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=314;ReadPosRankSum=-0.743;SC=GGAGAAGAGCGGGGGGTGGCA;SOR=0.177;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=22;WE=3263536;WS=3263518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr8	3263758	rs12543118	A	G	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=7.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-1.738;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,87:0.63:138
chr8	3265590	rs10088378	C	T	4714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=68;PP=1989;ReadPosRankSum=-0.047;SC=GAAAGTCAAACTGAGGCTCAA;SOR=0.664;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=337;TCF=181;TCR=156;TR=142;WE=3265598;WS=3265580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,251:0.44:566
chr8	3265845	rs11775235	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-3.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=279;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CAATTCATGCCTGCAAATAGC;SOR=0.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=16;WE=3265853;WS=3265835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr8	3351264	rs9314495	G	A	3286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=62;PP=1621;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TACAAGGTACGAAACAGTGAC;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=70;TCR=108;TR=103;WE=3351272;WS=3351254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,154:0.57:268
chr8	3432692	rs11136643	TA	T	247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.632;QD=14.57;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr8	3443799	rs370358989	G	GA	684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=2.423;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
chr8	3443840	rs11463049	G	GA	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=-0.517;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr8	3470949	rs76489524	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=-0.868;SC=ATTTTTACTCTGACAGGAACA;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=3470957;WS=3470939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr8	3565900	rs12674750	C	T	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=23;PP=1100;ReadPosRankSum=0.461;SC=CTTACAAGGGCGTATCAATCC;SOR=0.851;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=95;TCR=46;TR=73;WE=3565908;WS=3565890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,95:0.48:197
chr8	3566106	rs10105577	T	C	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=89;PP=2731;SC=ATAACTGCTTTCTATCAACCC;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=45;TCR=89;TR=134;WE=3566114;WS=3566096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr8	3566161	rs10105599	T	G	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=55;PP=1470;SC=ACCAAGTCAATGAAGTCAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=66;WE=3566169;WS=3566151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	3611697	rs2720860	T	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=54;SC=CATGTATTAATTGACTTTGAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=3611705;WS=3611687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr8	3807319	rs2740867	C	G	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=5;PP=613;SC=GCCTCTAACACATGGAAAGCT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=3807327;WS=3807309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr8	3807667	rs2627515	C	T	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=31;PP=934;SC=CATTTATACACCAGCTGACTT;SOR=1.421;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=47;WE=3807675;WS=3807657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr8	6264358	.	CCTCCCCCGCTGCCTGTCCCACCAAAACCCCCTGCTCCTGCTCT	C	910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.99;QD=32.53;SOR=6.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr8	6272399	rs2305022	G	T	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.15;NF=38;NR=62;PP=1778;SC=TGCTCTGGGTGGAAAAGTAAG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=6272407;WS=6272389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	6272477	rs2515415	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.55;QD=42.86;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr8	6272532	rs2515417	T	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=42.63;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr8	6272543	rs55687318	A	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.25;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr8	6296550	rs2442513	G	T	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=28;PP=1057;SC=TTAATAGTAGGCACCACAGCG;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=63;WE=6296558;WS=6296540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	6299532	rs2053618	A	G	6105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=97;NR=57;PP=2471;SC=TGCTGGCTTCATCTGCTAAGA;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=98;TCR=59;TR=154;WE=6299540;WS=6299522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr8	6302183	rs930557	G	C	9217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=121;NR=93;PP=2965;SC=AGTCACCCCTGACCAAAAGCA;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=121;TCR=95;TR=214;WE=6302191;WS=6302173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr8	6302418	rs2515569	A	G	6068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=87;PP=2965;SC=AGGTCGGAAGACAGGCTGCAG;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=73;TCR=88;TR=160;WE=6302426;WS=6302408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr8	6303025	rs2584	G	A	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=64;PP=1472;ReadPosRankSum=0.431;SC=ACATGGAGACGTCTACAGAAG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=84;TCR=119;TR=108;WE=6303033;WS=6303015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,161:0.53:305
chr8	6312880	rs2515575	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=395;SC=GTCTTTTATTCTAAAAAATTG;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=6312888;WS=6312870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr8	6390079	rs2515482	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=326;ReadPosRankSum=0.976;SC=AATGTTTGTCGTCTCCTCCCT;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=22;WE=6390087;WS=6390069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
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chr8	6478986	rs2912010	C	T	9816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=85;PP=2965;SC=TGTGCCGAAGCGAGTGCCACT;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=145;TCR=85;TR=230;WE=6478994;WS=6478976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
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chr8	6692968	rs2977806	C	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=331;ReadPosRankSum=-0.995;SC=GCGCGCTCTGCTCGGCCGCCT;SOR=0.414;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=21;WE=6692976;WS=6692958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
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chr8	6735423	rs1800972	C	G	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=721;ReadPosRankSum=-0.939;SC=ACTGGGGAGACGCTGGCTCCT;SOR=0.878;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=48;WE=6735431;WS=6735413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,91:0.46:196
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chr8	6913125	rs45613133	C	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=347;ReadPosRankSum=1.333;SC=ACAAGCACAGCCAGACTAACT;SOR=0.186;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=23;WE=6913133;WS=6913115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
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chr8	7718187	rs3177011	T	G	5745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.134;NF=72;NR=76;PP=2551;ReadPosRankSum=3.553;SC=CACTGGGAATTAGAAATACCA;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=72;TCR=77;TR=148;WE=7718195;WS=7718177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chr8	7718266	rs3860876	A	T	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=4.582;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.16;MQRankSum=-2.057;QD=26.56;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=1.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,111:0.99:112
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chr8	10388826	rs4841367	G	A	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=974;ReadPosRankSum=1.815;SC=TGAGTGTCGTGCTGGGGACCA;SOR=0.871;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=79;WE=10388834;WS=10388816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,120:0.43:282
chr8	10388874	rs144205813	C	T	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=40;PP=1297;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TAAAGGAGGTCGCCAGCATCA;SOR=0.889;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=191;TCF=102;TCR=89;TR=94;WE=10388882;WS=10388864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,150:0.48:312
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chr8	10390452	rs4406360	C	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=605;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CTGATGAAAGCGCCAATGGTC;SOR=0.748;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=50;WE=10390460;WS=10390442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,81:0.47:173
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chr8	10396056	rs61743179	G	C	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,73:0.53:137
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chr8	10465012	rs75797924	G	A	6782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=1.931;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:357,365:0.51:722
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chr8	10465771	rs11785822	G	T	40811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=984;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=287;NR=301;PP=2965;ReadPosRankSum=1.239;SC=CTCCTGGGCCGCCTCTTCTGC;SOR=0.231;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=596;TCF=288;TCR=308;TR=588;WE=10465779;WS=10465761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,982:1.00:983
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chr8	10467124	rs4841399	G	C	2507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=57;PP=1427;ReadPosRankSum=0.748;SC=CCCCTGGGTGGGTTGGGCCTG;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=203;TCF=98;TCR=105;TR=105;WE=10467132;WS=10467114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,124:0.50:248
chr8	10467160	rs62490855	G	A	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=48;PP=1519;ReadPosRankSum=0.337;SC=CATCATGGTGGCTCCGGGCGG;SOR=0.858;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=102;WE=10467168;WS=10467150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,123:0.51:241
chr8	10467207	rs4840498	C	A	8577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=121;NR=102;PP=2965;SC=AGCCACTCTGCCTCTCGCTGG;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=121;TCR=103;TR=223;WE=10467215;WS=10467197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr8	10467589	rs9657518	T	C	24053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=959;ExcessHet=3.0103;FS=19.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=9.184;QD=25.53;ReadPosRankSum=18.411;SOR=0.181;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,649:0.69:942
chr8	10467604	rs74366179	C	A	23360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1132;ExcessHet=3.0103;FS=7.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=7.592;QD=20.91;ReadPosRankSum=15.025;SOR=0.359;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:485,632:0.57:1117
chr8	10467652	rs4840501	G	C	14962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1301;ExcessHet=3.0103;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-5.800;QD=11.56;ReadPosRankSum=-4.986;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:561,733:0.57:1294
chr8	10468172	rs4840502	G	A	13328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=171;NR=162;PP=2965;SC=TCCTGGTACCGAGGGGAGTCT;SOR=0.725;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=336;TCF=174;TCR=162;TR=333;WE=10468180;WS=10468162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr8	10469030	rs62490856	G	A	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=999;ReadPosRankSum=-1.310;SC=GGGCAGGGCCGCCCCCTGGGC;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=51;WE=10469038;WS=10469020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,67:0.60:112
chr8	10469292	rs62490857	C	T	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=32;PP=802;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TGGGGGCCGGCGAGCATGTCC;SOR=0.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=145;TCF=66;TCR=79;TR=61;WE=10469300;WS=10469282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,105:0.49:215
chr8	10469340	rs57819090	G	A	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=920;ReadPosRankSum=-0.511;SC=CAGAGGGAGCGTTGTGCGGGG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=60;WE=10469348;WS=10469330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,87:0.55:157
chr8	10469817	rs6996950	G	A	13143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr8	10470915	rs11773913	A	G	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=694;ReadPosRankSum=-0.433;SC=TGGGGGCAGCATCAGGATAAA;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=51;WE=10470923;WS=10470905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,106:0.54:198
chr8	10470941	rs4840503	C	T	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=53;PP=1632;SC=AAAACAGTCACGAGCCTCCCA;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=87;WE=10470949;WS=10470931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr8	10474110	rs62490859	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=463;ReadPosRankSum=0.590;SC=GAGGGAGGAGCGGGCGGGGTC;SOR=0.998;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=31;WE=10474118;WS=10474100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr8	10530037	rs11250057	G	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=299;SC=CAGGCCCAGCGCATCGCAGGA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=10530045;WS=10530035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	10530218	rs11250058	C	T	4798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=58;PP=2034;SC=AGTCTTCCAACTTCAGGTGAA;SOR=0.725;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=115;WE=10530226;WS=10530208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr8	10532355	rs4841419	T	C	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=73;PP=1868;SC=AAAGGTATGGTGTGTCCAGGG;SOR=1.066;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=116;WE=10532363;WS=10532345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr8	10532401	rs4840505	A	G	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=40;PP=1214;SC=TGGGGTGGGTACACATAGAAC;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=10532409;WS=10532391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	10583203	rs10110624	A	G	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=639;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TCAAGGCACAAGAAGGAGAGG;SOR=0.837;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=44;WE=10583211;WS=10583193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,80:0.62:128
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chr8	10584212	rs10100209	C	T	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=841;ReadPosRankSum=-0.917;SC=ATGCTCAGTGCTGTGCCCCGC;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=47;TCR=72;TR=64;WE=10584220;WS=10584202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,111:0.55:202
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chr8	10689142	rs7004998	G	T	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.041;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=23;PP=1315;ReadPosRankSum=-1.023;SC=AAACATATTTGCATTGAGAAC;SOR=1.243;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=80;WE=10689150;WS=10689132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,111:0.52:215
chr8	10690244	rs2292371	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=266;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CTCTGAGTTATAGTGCCATGC;SOR=0.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=18;WE=10690252;WS=10690235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr8	10690319	rs2292370	G	A	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=896;ReadPosRankSum=-0.676;SC=ATGGTCAGAAGCAGATGAACC;SOR=0.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=98;TCR=53;TR=68;WE=10690327;WS=10690309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,106:0.50:213
chr8	10690543	rs3062483	CAGA	C	2574.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.798;NF=0;NR=41;PP=1753;ReadPosRankSum=1.529;SC=CACTGATACTCAGAAGCAGAG;SOR=0.630;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=72;TCF=1;TCR=71;TR=41;WE=10690553;WS=10690533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,66:0.62:106
chr8	10691199	.	G	C	71	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=23;MQ=54.19;NF=6;NR=1;PP=71;QD=15.110173221;SC=ACTGGGGTGCGGGAGGCTGGA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=7;WE=10691207;WS=10691197;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,7:0.25:28
chr8	10691214	.	AAT	A	373	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=24;MQ=56.76;NF=10;NR=2;PP=373;QD=33.6666666667;SC=GCTGGAGAAGAATGACGACTG;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=12;WE=10691223;WS=10691204;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr8	10691277	.	A	C	518	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=59.84;NF=22;NR=13;PP=518;QD=15.7934632156;SC=AGGCTGGAGAAAAACGACGAC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=35;WE=10691285;WS=10691267;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:71,35:0.33:106
chr8	10691334	.	G	C	1828	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=22;MQ=60.07;NF=31;NR=30;PP=1828;QD=30.5372329926;SC=ATGACTGTCAGGTTTCTGGCT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=83;TCR=80;TR=61;WE=10691356;WS=10691324;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:102,61:0.37:163
chr8	10691410	.	G	A	788	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=26;NR=31;PP=788;QD=14.4345826763;SC=ATATTTGGGGGAATCAAGAGT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=57;WE=10691418;WS=10691400;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:77,57:0.43:134
chr8	10691489	rs11996727	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.420;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=292;ReadPosRankSum=-0.085;SC=ATTGAATTTACAAATCTAGAG;SOR=0.376;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=22;WE=10691497;WS=10691479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr8	10692158	rs2271355	C	T	4150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=45;PP=2065;ReadPosRankSum=2.249;SC=GATTTTTTTCCGCTTTTCTCC;SOR=0.810;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=244;TCF=160;TCR=84;TR=130;WE=10692166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,198:0.49:407
chr8	10692359	rs1549796	C	T	3251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=67;PP=1560;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TACACATGCACAACTTTGTGT;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=219;TCF=78;TCR=141;TR=102;WE=10692367;WS=10692349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,164:0.47:348
chr8	10697276	rs72549111	C	G	4835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=63;PP=2094;ReadPosRankSum=2.229;SC=TGTCGGAGAGCCTGTGATACC;SOR=0.718;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=277;TCF=142;TCR=135;TR=135;WE=10697284;WS=10697266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,243:0.46:528
chr8	10782415	rs35097633	T	C	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.312;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=-1.687;SC=GCCATCCCCCTAAAACCAAGA;SOR=0.409;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=16;WE=10782423;WS=10782405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr8	10782442	rs4841459	A	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr8	10782445	rs36033512	T	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr8	10920326	rs6601555	C	T	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=725;ReadPosRankSum=-1.890;SC=CCAGCCTCCTCGGCAATCAGC;SOR=0.530;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=120;TCF=54;TCR=66;TR=51;WE=10920334;WS=10920316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,111:0.54:204
chr8	11058892	.	CG	C	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr8	11105077	.	C	T	62	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=60.63;NF=4;NR=1;PP=62;QD=19.3542425094;SC=TCTCTGCAGACATGATGGCAT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=5;WE=11105085;WS=11105067;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr8	11105304	rs2572430	T	G	2853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,147:0.49:300
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chr8	11142625	rs2272594	T	C	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=29;PP=705;ReadPosRankSum=1.262;SC=CGGGGGTCCCTTGTGGGCGCC;SOR=0.517;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=38;WE=11142633;WS=11142615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
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chr8	11174484	rs11784572	G	C	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=76;PP=2189;SC=CCTAGGAGACGACGATTTGGA;SOR=1.543;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=33;TCR=77;TR=109;WE=11174492;WS=11174474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr8	11177447	rs2293856	C	T	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=6.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,58:0.54:107
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chr8	11204755	rs11777746	T	C	21903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=840;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=264;NR=175;PP=2965;SC=CTCAAGGTCTTCCAACACCCG;SOR=0.925;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=448;TCF=265;TCR=183;TR=439;WE=11204763;WS=11204745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,831:1.00:831
chr8	11292542	rs2280803	C	T	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1188;ReadPosRankSum=0.813;SC=CTGCCTCCCCCCCTCACTCAA;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=78;WE=11292550;WS=11292532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,152:0.47:322
chr8	11295511	rs2001463	A	G	5523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=61;PP=2133;SC=TTGTCACACCATGCCACTGTG;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=71;TCR=62;TR=131;WE=11295519;WS=11295501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr8	11295747	rs79145090	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=285;ReadPosRankSum=-1.218;SC=GGATCCTCCAACTCCCTTCTC;SOR=0.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=17;WE=11295755;WS=11295737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr8	11295925	rs3021517	T	C	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.432;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,70:0.52:134
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chr8	11296091	rs1057750	G	A	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=34;PP=1070;SC=TTCCTATTTTGGAAACTTCGA;SOR=1.355;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=52;WE=11296099;WS=11296081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr8	11400628	rs12386974	C	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=273;ReadPosRankSum=-0.203;SC=CACTTCCACCCCACCTTTCTA;SOR=0.357;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=17;WE=11400636;WS=11400618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr8	11400680	rs2245250	G	A	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=881;ReadPosRankSum=0.081;SC=TCTGTGCAGAGGATCTGAGGC;SOR=0.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=74;TCR=36;TR=58;WE=11400688;WS=11400670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,80:0.52:155
chr8	11400944	rs2245232	G	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=3.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.008;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,75:0.41:183
chr8	11403769	rs2244931	C	G	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=42;PP=1239;SC=CCTCTTGGGGCGTCTCTTCAG;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=11403777;WS=11403759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	11405437	rs6994605	G	A	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=21;PP=1305;SC=CATTTCCATCGTGGGCAAGCA;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=66;WE=11405445;WS=11405427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr8	11414013	rs11250147	G	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.74;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
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chr8	11418385	rs2898289	G	A	5007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=68;PP=1917;ReadPosRankSum=-1.516;SC=CTTCCCGAGGGCCTCCAGCTC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=295;TCF=161;TCR=134;TR=153;WE=11418393;WS=11418375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,251:0.54:466
chr8	11418773	rs4841561	C	T	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=72;PP=2033;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GGCGTGGAGGCCCCCAGGCTG;SOR=0.788;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=262;TCF=128;TCR=134;TR=135;WE=11418781;WS=11418763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,179:0.49:366
chr8	11421358	rs10097005	C	A	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.865;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=23;PP=1009;ReadPosRankSum=1.114;SC=CAGGGCCCCCCACCCACCGAG;SOR=1.345;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=160;TCF=104;TCR=56;TR=74;WE=11421366;WS=11421348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,88:0.52:168
chr8	11421384	rs10097015	C	T	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.555;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=41;PP=1390;ReadPosRankSum=0.526;SC=CAGCCCCTCACCCCCGCTTGC;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=126;TCR=84;TR=104;WE=11421392;WS=11421374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,145:0.53:273
chr8	11421793	rs1042689	C	T	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=21;PP=960;ReadPosRankSum=-1.436;SC=TCACCGACTGCACCCCCGGGC;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=95;TCR=41;TR=69;WE=11421801;WS=11421783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,86:0.51:168
chr8	11422045	rs1042701	G	A	6384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.701;SC=AGCAGGGGCAGCCCCAGCCTA;SOR=0.671;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=389;TCF=192;TCR=197;TR=200;WE=11422053;WS=11422035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,303:0.52:587
chr8	11422130	rs7843987	T	C	5738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=108;PP=2336;ReadPosRankSum=-1.512;SC=TCGTTACCTGTGACAAGCTGG;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=358;TCF=149;TCR=209;TR=184;WE=11422138;WS=11422120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,294:0.48:610
chr8	11422170	rs7840433	A	G	3754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=86;PP=2028;ReadPosRankSum=1.730;SC=CACGGGGCGCAGGCGTGGCGC;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=254;TCF=87;TCR=167;TR=129;WE=11422178;WS=11422160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,179:0.48:375
chr8	11606312	rs3735819	T	C	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=4;PP=1109;SC=TGGTCTTCTCTTTCCAAGGAA;SOR=3.745;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=47;WE=11606320;WS=11606308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	11612698	rs804280	C	A	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=37;PP=1078;SC=CTCAGAGTGCCTAAGAATCAT;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=11612706;WS=11612688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	11614316	rs3729853	T	C	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=8;PP=1275;SC=GATAAGGACCTCTGCTGCTGT;SOR=2.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=46;TCR=8;TR=54;WE=11614337;WS=11614306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	11614329	rs3729854	C	T	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=12;PP=1642;SC=GCTGCTGTCCCCGGCAAATGT;SOR=2.484;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=58;TCR=12;TR=70;WE=11614337;WS=11614306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	11618998	rs804285	G	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	11619163	rs809204	A	G	4452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=41;PP=2159;SC=GGTGGGGAGTATTAGGACAAG;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=73;TCR=41;TR=114;WE=11619171;WS=11619153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr8	11619261	rs2740431	T	A	9105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;PP=2965;SC=TTGGAGTGGGTCTGGGTGTTC;SOR=0.762;Source=Platypus;TCF=108;WE=11619269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr8	11619334	rs811966	C	T	9202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=122;NR=103;PP=2965;SC=GTTTGCATCCCTGCCTTGCTT;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=123;TCR=104;TR=225;WE=11619342;WS=11619324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr8	11619504	rs809203	T	A	9230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=104;NR=118;PP=2965;SC=TGAGGCCCTGTCCCTTATCCT;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=223;TCF=104;TCR=119;TR=222;WE=11619512;WS=11619494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr8	11619635	rs2645455	T	A	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=60;PP=1813;SC=AGAAAAAATCTTCAAAGCGAA;SOR=1.295;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=88;WE=11619643;WS=11619625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	11629119	rs804269	T	C	8518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.21;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr8	11629119	.	TTGGCTCTGTC	CTGGCTCTGTC,CTGGCTCTGTG	1187	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=65,28;NR=72,34;PP=724,1187;QD=5.53847600399;SC=CTCTGAAGGGTTGGCTCTGTC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=66;TCR=72;TR=137,62;WE=11629137;WS=11629109;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:138
chr8	11629129	rs804268	C	G	2489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.976;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,120:0.49:245
chr8	11629241	rs804267	G	A	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=50;PP=1348;SC=TCAGTCTCACGTGTCTCAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=70;WE=11629249;WS=11629231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	11643915	rs804292	G	A	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=160;SC=TATAATATTCGTCTCCCTGGA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=11643923;WS=11643905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	11660051	rs2645429	A	G	8071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=123;PP=2965;SC=GAGCTTCTAGAGTGTTATCAC;SOR=1.084;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=197;TCF=71;TCR=126;TR=194;WE=11660059;WS=11660041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr8	11660764	rs2280922	G	C	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.02;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
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chr8	11660916	rs2252567	C	T	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=27;PP=810;SC=CGCCTTGCTGCCTTCCATCGC;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=11660924;WS=11660906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	11665959	rs1032577	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=98;ReadPosRankSum=0.672;SC=CCGTCCCGCCCCTCGTCGGGC;SOR=1.402;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=7;WE=11665967;WS=11665949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr8	11666218	rs71711801	GTCCCAC	G	23692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.595;NF=93;NR=285;PP=2990;ReadPosRankSum=-0.668;SC=GCCTGCCCCAGTCCCACTCCC;SOR=0.796;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=420;TCF=113;TCR=307;TR=378;WE=11666231;WS=11666208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,1016:0.99:1028
chr8	11666252	.	CACTCCT	C	2987	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=60.63;NF=91;NR=285;PP=2987;QD=20;SC=CTCCCACTCCCACTCCTGCTC;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=524;TCF=153;TCR=371;TR=376;WE=11666265;WS=11666242;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:148,376:0.72:524
chr8	11666451	rs1616534	C	T	2975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.754;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=89;PP=2185;ReadPosRankSum=2.744;SC=TGTCCGGGACCTTTGAGTGTG;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=52;TCR=156;TR=118;WE=11666459;WS=11666441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,131:0.52:251
chr8	11667179	rs8417	C	T	2189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.241;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,110:0.55:201
chr8	11683653	rs904011	T	C	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=76;PP=2539;SC=GGGCCTGTTTTTGCAGAAAAC;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=131;WE=11683661;WS=11683643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr8	11687923	rs73207296	T	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=1.565;SC=TCTGTGCTATTCCACAGGTAG;SOR=0.520;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=21;WE=11687931;WS=11687913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,29:0.47:62
chr8	11687938	rs1293313	G	C	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=26;PP=611;SC=AGGTAGGGAAGGGGGCTCCTC;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=11687946;WS=11687928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	11687959	rs2294137	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=-1.189;SC=TGGGTGGATACGGGGCTAAAG;SOR=0.818;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=11;WE=11687967;WS=11687949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr8	11689119	rs9205	G	C	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1377;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CAGTGACCCTGATGATGGATG;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=154;TCF=66;TCR=88;TR=92;WE=11689127;WS=11689109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,134:0.51:265
chr8	11689228	rs2409836	T	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=438;ReadPosRankSum=0.485;SC=CTTTTATGATTTAGTAATGTC;SOR=1.277;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=27;WE=11689236;WS=11689218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr8	11695872	rs10903343	T	C	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=17;PP=889;ReadPosRankSum=-1.655;SC=ATAGCACTTATCATTTTTTCC;SOR=0.739;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=145;TCF=108;TCR=37;TR=63;WE=11695880;WS=11695862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,73:0.41:180
chr8	11702594	rs709821	G	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=519;ReadPosRankSum=0.112;SC=TTTCTACCCCGATCTCGCCCC;SOR=0.465;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=33;WE=11702602;WS=11702584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr8	11702840	rs1736081	T	G	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=738;ReadPosRankSum=1.082;SC=CTCCTGCTGTTGGCCCACTAG;SOR=0.688;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=50;WE=11702848;WS=11702830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,76:0.55:138
chr8	11703048	rs1692811	C	G	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=7;PP=717;ReadPosRankSum=-0.590;SC=AGGAGGAGCTCACAGCCTGGC;SOR=0.743;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=36;WE=11703056;WS=11703038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr8	11704457	rs1692816	A	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=11;PP=1257;SC=CCAGCCCCTCACCTGCCTGCC;SOR=1.390;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=54;WE=11704465;WS=11704447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	11704719	rs1692817	C	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=424;ReadPosRankSum=0.603;SC=GGGCAGTGACCGTGCCTCGTG;SOR=0.410;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=27;WE=11704727;WS=11704709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr8	11705139	rs2294138	C	T	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=432;ReadPosRankSum=-1.837;SC=AGGGATGCAGCAGCTCCCCAG;SOR=0.527;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=37;WE=11705147;WS=11705129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr8	11705342	rs1736088	G	C	5501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=125;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=58;PP=1997;SC=CTGATGGGACGCGGGAGAAAG;SOR=0.801;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=112;WE=11705350;WS=11705332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr8	11705380	rs149445749	A	AAGCCCCAGCTGGGCGAGGC	5925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=26;PP=2967;SC=CCCCACGGAGAAGACCTGGGG;SOR=1.798;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=33;WE=11705388;WS=11705370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr8	11705442	rs2294139	G	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=724;ReadPosRankSum=0.954;SC=CCTGCCAGAGGCCTGTGCACC;SOR=0.876;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=19;WE=11705456;WS=11705432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
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chr8	11705677	rs2294140	C	G	4436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=44;PP=1815;ReadPosRankSum=0.227;SC=AAGACAGCCTCTAATGAAAAC;SOR=0.794;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=282;TCF=172;TCR=110;TR=125;WE=11705685;WS=11705667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,225:0.46:494
chr8	11705870	rs1736089	G	A	4974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=2.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,248:0.54:457
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chr8	11706581	rs13332	T	G	11641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=93;NR=121;PP=2965;SC=TGCCACAGCATGTGAGCAGGT;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=94;TCR=123;TR=214;WE=11706589;WS=11706571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr8	11708355	rs2272766	G	A	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr8	11710301	rs1293291	A	G	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=77;PP=2319;SC=AAAACCAGAGACCCTACCCAA;SOR=1.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=27;TCR=77;TR=104;WE=11710309;WS=11710291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	11710888	rs12338	G	C	3583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,196:0.43:457
chr8	11710974	rs1137063	G	A	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=43;PP=979;ReadPosRankSum=1.544;SC=GTTGGAAGCCGGATCCTAGAT;SOR=0.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=138;TCF=42;TCR=96;TR=60;WE=11710982;WS=11710964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,68:0.42:161
chr8	11711059	rs2272767	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=-0.501;SC=ACAGGGGCACCGTCTCGGGCA;SOR=1.508;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=11;WE=11711067;WS=11711049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr8	11831948	rs7461062	T	C	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.314;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=25;PP=1022;ReadPosRankSum=1.846;SC=GGTGGCCCATTTGATATTGGT;SOR=0.484;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=126;TCF=85;TCR=41;TR=67;WE=11831956;WS=11831938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,107:0.54:198
chr8	11832079	rs10108075	A	G	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=42;PP=1126;ReadPosRankSum=1.625;SC=TCACCAGGAAAAAGAGTAATG;SOR=0.702;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=158;TCF=66;TCR=92;TR=71;WE=11832087;WS=11832069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,131:0.45:290
chr8	11851461	rs199834051	G	T	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=41;PP=1179;ReadPosRankSum=1.748;SC=GGGCCTACAGGATAGTGGCCA;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=84;WE=11851469;WS=11851451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,145:0.45:324
chr8	11853596	rs11250186	A	G	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.163;NF=42;NR=24;PP=955;ReadPosRankSum=-0.731;SC=GCTTTTTTCTAGCTTGAAAAT;SOR=0.510;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=86;TCR=48;TR=66;WE=11853604;WS=11853586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,103:0.56:184
chr8	11872723	rs11784716	A	G	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.92;QD=36.89;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	11872723	.	ACGCCCTCTGCC	GCGCCCTCTCCT,GCGCCCTCTGCC	146	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=58.97;NF=3,3;NR=3,5;PP=146,105;QD=34.911312477;SC=TGGCTCTCTGACGCCCTCTGC;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6,8;WE=11872742;WS=11872713;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.75:8
chr8	11872732	rs56279307	G	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=1.868;QD=24.82;ReadPosRankSum=0.593;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr8	11872734	rs55907235	C	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=1.985;QD=22.83;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr8	11872844	rs56408045	G	A	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.580;NF=3;NR=3;PP=63;ReadPosRankSum=-1.225;SC=GCTCTGGCCAGGCCCTGCACC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=11872852;WS=11872834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr8	12516857	rs1808161	T	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-0.917;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr8	12584628	.	C	CT	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=2.047;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr8	12584659	rs10095845	C	T	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	12589179	rs3802269	C	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.999;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr8	12592956	rs13251315	C	A	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=56;PP=1681;SC=AAACTATCCACTGAAAAGCTT;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=89;WE=12592964;WS=12592946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr8	12593045	rs13272425	A	G	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.96;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	12598608	rs4831354	C	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=691;SC=AGTGCCGATTCTGGGCCGGGT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=12598616;WS=12598598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	12600622	rs7837242	C	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=12;PP=639;SC=AATGCATGTCCCTTATAGTTA;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=12600630;WS=12600612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	12870160	rs2460338	G	C	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=1.414;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,100:0.50:201
chr8	12878637	rs528255	A	G	7275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=72;PP=2965;SC=AAGAACCGTCACTTTGAGAAG;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=92;TCR=72;TR=163;WE=12878645;WS=12878627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr8	12878677	rs622106	T	C	6362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr8	12878807	rs3739310	T	G	6313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=2.602;SC=TAAAGAGCAGTGTGGTTCAAA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=89;TCR=80;TR=168;WE=12878815;WS=12878797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr8	12878830	rs3739309	C	T	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=41;PP=1442;ReadPosRankSum=-2.457;SC=GGTCCCACAGCGTGGGCTATG;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=178;TCF=97;TCR=81;TR=94;WE=12878838;WS=12878820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,154:0.57:269
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chr8	12879539	rs608052	A	G	5149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=91;PP=2965;SC=AGAGAAAAAGAGAGGTTGTGA;SOR=1.367;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=45;TCR=92;TR=136;WE=12879547;WS=12879529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr8	12879600	rs498852	C	T	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=46;PP=1546;SC=CACATTCTTTCCTCTTGGTTT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=12879608;WS=12879590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr8	12888743	rs13281744	A	G	4850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=67;PP=2315;ReadPosRankSum=-1.226;SC=CCAGAAACAAACAATCATTTG;SOR=0.737;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=274;TCF=141;TCR=133;TR=144;WE=12888751;WS=12888733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:249,240:0.49:489
chr8	12888908	rs7826836	T	G	8471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=130;PP=2965;SC=GGGTCATGTCTCGGCTTCATT;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=101;TCR=130;TR=231;WE=12888916;WS=12888898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr8	12888997	rs573652	T	C	5841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=92;PP=2793;SC=CTCTCTCAGCTTTCTCTGAGA;SOR=1.143;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=56;TCR=93;TR=148;WE=12889005;WS=12888987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr8	12950088	rs34094992	CCT	C	2451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=9;PP=1749;SC=TAGGCTGCCCCCTGTGTGCAT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=12950097;WS=12950078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	12952116	rs965672	A	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=3;PP=872;SC=CAGAGGTTGCAGTGAGCCGAG;SOR=3.564;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=41;WE=12952124;WS=12952106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	12952174	rs5889417	CA	C	2553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.417;NF=50;NR=24;PP=1023;ReadPosRankSum=2.077;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=0.948;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=112;TCF=69;TCR=43;TR=74;WE=12952183;WS=12952164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,139:0.93:149
chr8	12958025	rs3739298	C	A	3822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=2170;ReadPosRankSum=-0.656;SC=CGCTGGGGGGCGCGTGGCTGG;SOR=0.319;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=92;WE=12958033;WS=12958015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr8	12990422	rs10107321	A	G	6815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=94;PP=2704;ReadPosRankSum=0.408;SC=TCCCGCGGCCAGCCCGACGGC;SOR=0.647;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=364;TCF=197;TCR=167;TR=201;WE=12990430;WS=12990412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,345:0.54:643
chr8	12990518	rs13275331	T	A	5131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=99;PP=2467;ReadPosRankSum=-1.939;SC=GCGGAAGCGCTGTGGGGAAGT;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=118;TCR=177;TR=163;WE=12990526;WS=12990508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,247:0.54:455
chr8	13072066	rs34727279	C	CT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=8.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=1.466;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr8	13072177	rs3739300	C	T	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.180;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=747;ReadPosRankSum=-3.009;SC=AAAGCCTCTTCTGGGGAAAGG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=54;WE=13072185;WS=13072167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,79:0.44:178
chr8	13133881	rs144792804	G	T	3419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=69;PP=1822;ReadPosRankSum=-0.963;SC=CAGGGGGCGCGCCATCACGTG;SOR=0.720;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=74;TCR=113;TR=116;WE=13133889;WS=13133862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,157:0.55:284
chr8	13258927	rs2306484	G	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr8	13258936	rs289583	T	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.91;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	13356424	rs3736135	G	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=2;PP=528;SC=GTGGGTAGTCGTTGAATTACA;SOR=4.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=13356432;WS=13356421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	13356802	rs3816747	G	A	12027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=160;PP=2965;SC=TGTGCAAGGAGTATCCAAGAA;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=145;TCR=160;TR=305;WE=13356810;WS=13356792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr8	13356818	rs11203494	TT	CG	20531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=142;PP=2947;SC=AAGAACTCATTTTGTACTACA;SOR=0.808;SbPval=0.43;Source=Platypus;TCF=137;TR=274;WE=13356827;WS=13356808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr8	13357587	rs1383942	G	A	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=86;PP=2396;SC=ACATGTCATCGTAGTTTAACA;SOR=1.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=29;TCR=86;TR=115;WE=13357595;WS=13357577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr8	13424583	rs13273355	C	T	3793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=48;PP=1359;ReadPosRankSum=-0.085;SC=TTGAAGAACTCTACTGATGAG;SOR=0.588;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=201;TCF=106;TCR=95;TR=95;WE=13424591;WS=13424573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,190:0.49:390
chr8	13425353	rs11203497	T	A	9945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=134;PP=2965;ReadPosRankSum=0.533;SC=AGAGCAGAAGTTGCAGCGAGA;SOR=0.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=101;TCR=134;TR=233;WE=13425361;WS=13425343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,378:1.00:379
chr8	13965581	rs11336839	AT	A	2580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=21;PP=1919;SC=TGGGAGAAACATTTGTCTAGT;SOR=1.519;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=48;WE=13965589;WS=13965571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	14095008	rs144265627	C	CAACA	4422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=9.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.24;MQRankSum=6.867;QD=16.02;ReadPosRankSum=1.284;SOR=1.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,122:0.44:276
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chr8	15095085	rs4831331	C	G	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=28;PP=867;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CGCCCGGACCCGCACGTACCT;SOR=0.967;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=70;WE=15095093;WS=15095075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,108:0.39:275
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chr8	16884721	.	A	ACC	68.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.79;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr8	16942849	rs2285265	C	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,68:0.42:162
chr8	17042129	rs75130109	C	CCT	1895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=1399;SC=TTTCCTGCACCCTCTCCACAC;SOR=1.911;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=30;WE=17042137;WS=17042119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr8	17074640	rs3213600	C	G	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.713;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=379;ReadPosRankSum=1.682;SC=CCTATTTGTTCAAAAGCAACC;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=26;WE=17074648;WS=17074630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr8	17089788	rs77250415	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=186;ReadPosRankSum=1.829;SC=TTTTTGAATACTTTTAAGTGT;SOR=1.781;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=11;WE=17089796;WS=17089778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
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chr8	17100357	rs2904701	C	T	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=25.84;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	17100456	rs150002154	G	GA	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.161;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.288;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,33:0.30:111
chr8	17105771	rs2959614	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.891;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
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chr8	17137687	rs3213601	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=315;ReadPosRankSum=-0.258;SC=TCTCCTGAGCGCACATTTCCT;SOR=0.749;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=23;WE=17137695;WS=17137677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr8	17143830	rs3793427	G	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=322;ReadPosRankSum=0.618;SC=AAAAGTGACTGGTATTTTCAA;SOR=0.444;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=32;WE=17143838;WS=17143820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,44:0.39:112
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chr8	17157414	rs199741724	C	T	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.710;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=31;PP=1260;ReadPosRankSum=-0.197;SC=CCGGTCCTTGCCACTATCTTC;SOR=0.938;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=167;TCF=103;TCR=64;TR=85;WE=17157422;WS=17157404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,116:0.51:229
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chr8	17218629	rs1024355	G	A	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=1470;ReadPosRankSum=0.407;SC=CACTCACTCTGTAGTCTCTAT;SOR=0.543;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=208;TCF=120;TCR=88;TR=107;WE=17218637;WS=17218619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,170:0.53:321
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chr8	17270787	rs67972978	A	G	10657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=127;PP=2965;SC=CCTTGGGCGTACGGATGTGCT;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=215;TCF=88;TCR=127;TR=215;WE=17270795;WS=17270777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr8	17270818	rs146438584	C	T	3762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=63;PP=1547;ReadPosRankSum=1.208;SC=CCCACGTCTGCAGGGTCCCGG;SOR=0.630;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=182;TCF=70;TCR=112;TR=105;WE=17270826;WS=17270808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,191:0.58:328
chr8	17401364	rs368416506	CCTT	C	1808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=27;PP=1306;SC=GAAAATGTCTCCTTCTAATTA;SOR=2.247;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=28;WE=17401374;WS=17401354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	17401878	rs2517252	G	A	4600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=39;PP=2451;SC=GTGAACTCATGTTTATCCTAT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=91;TCR=40;TR=129;WE=17401886;WS=17401868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr8	17406183	rs737039	A	G	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
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chr8	17406413	rs2245183	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=480;ReadPosRankSum=-0.096;SC=TTAAGTGGGTGTATTAGTTCA;SOR=1.288;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=27;WE=17406421;WS=17406403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr8	17419689	.	ATTTTTTTTTTTTTTTTTTT	A	2748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;QD=31.24;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,82:0.93:88
chr8	17421279	rs2588173	T	C	11167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=166;PP=2965;SC=GAGAGAAACATGCCCTCTCCC;SOR=1.011;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=273;TCF=107;TCR=166;TR=273;WE=17421287;WS=17421269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr8	17486282	rs2229084	T	C	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=89;PP=2166;SC=AGCTGCTCTATGTGGCGGGTA;SOR=2.161;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=29;TCR=90;TR=118;WE=17486290;WS=17486272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr8	17500223	rs4705	T	C	3087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=44;PP=1123;ReadPosRankSum=-0.726;SC=TGGAAGACTTTGAGACGATTG;SOR=0.570;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=208;TCF=117;TCR=91;TR=95;WE=17500231;WS=17500213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,158:0.49:321
chr8	17503431	rs1043883	G	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	17510889	rs139704300	A	G	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.108;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,71:0.50:142
chr8	17532573	rs2269698	T	C	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=5;PP=896;SC=GCCCAGATACTAGACAGGGAG;SOR=3.611;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=17532581;WS=17532563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	17532619	rs2269699	C	T	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=22;PP=1588;SC=CCAGCCACAACGCAGACAGGA;SOR=1.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=17532627;WS=17532609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	17533568	rs2301541	A	T	465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=0;PP=353;SC=TAAAAAAAAAATGAAGAATTT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=17533576;WS=17533563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	17533633	rs2301542	A	G	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=17;PP=1069;SC=AGCTCCCACCACATCCTGATC;SOR=1.577;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=17533641;WS=17533623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	17539206	rs2410495	C	T	11457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=108;NR=138;PP=2965;SC=TCTTTATGTACGGCTACAGCA;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=109;TCR=138;TR=246;WE=17539214;WS=17539196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr8	17539303	rs2410496	A	C	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=77;PP=2252;SC=AGACTCCCCAAAACAAAATAA;SOR=2.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=23;TCR=77;TR=100;WE=17539337;WS=17539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr8	17539315	rs2410497	A	G	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=62;PP=1630;SC=ACAAAATAACATGAGTTACGT;SOR=2.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=76;WE=17539337;WS=17539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	17539329	rs2410498	T	C	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=52;PP=1506;SC=GTTACGTAATTATAAATTTCC;SOR=3.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=61;WE=17539337;WS=17539293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr8	17579135	rs6982255	C	T	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=9;PP=1056;SC=GTTACAAAAACAGAAGTCAAG;SOR=2.655;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=48;WE=17579143;WS=17579125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	17611886	rs2979788	G	A	11959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=123;PP=2965;SC=TTCCTAAACTGGGTTTACACA;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=153;TCR=124;TR=275;WE=17611894;WS=17611876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr8	17612456	rs11203910	C	T	19473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=247;NR=253;PP=2965;SC=CTTGTGTCTCCTTTTCTCCAA;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=505;TCF=251;TCR=254;TR=500;WE=17612464;WS=17612446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,734:1.00:734
chr8	17612875	rs3739407	A	G	14220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=190;NR=151;PP=2965;SC=TAGCCTGCACAGTTCAAATTG;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=344;TCF=191;TCR=153;TR=341;WE=17612883;WS=17612865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr8	17722082	rs369953264	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=1.494;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr8	17726019	rs10112643	A	G	7507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=60;PP=2965;SC=GTGAGATATCATCAACTCCAT;SOR=1.130;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=119;TCR=60;TR=178;WE=17726027;WS=17726009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr8	17732084	rs2517294	GC	CA	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=49;PP=2657;SC=TTCTCCCCCCGCCTTAGGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=61;WE=17732093;WS=17732074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	17739538	rs3739406	T	C	7939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=82;PP=2599;SC=CCAAGATCAATGACAGTATTC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=81;TCR=83;TR=163;WE=17739546;WS=17739528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr8	17742929	rs2073562	A	G	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.84;SOR=1.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr8	17743020	rs484373	G	A	10181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr8	17743256	rs369898	G	C	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=32;PP=865;SC=GAATGACACTGAGTGTTAACT;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=17743264;WS=17743246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	17753657	rs500282	G	A	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=27;PP=1398;SC=TCCATTAATCGTATTGTGTAA;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=17753665;WS=17753647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	17753873	rs3896063	C	T	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=1250;ReadPosRankSum=-1.783;SC=TCTTCCTGTCCTTCACGTGGA;SOR=1.512;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=54;WE=17753881;WS=17753861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr8	17796382	rs412750	AC	GT	19764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=114;PP=2947;SC=GCATCTACAAACCCCCCAAAC;SOR=0.806;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=272;TCF=147;TCR=125;TR=255;WE=17796391;WS=17796372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr8	17797409	rs2285303	A	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=19;PP=806;SC=TTATTTTTGTAGTATCTCAGT;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=17797417;WS=17797399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	17804665	rs28655174	G	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=2;PP=789;SC=TTAATAGTCAGATACAAGTAT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=30;WE=17804673;WS=17804655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	17814680	rs11777618	G	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=7;PP=405;SC=AATGTGCTTGGTTTGGTGTTA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=17814688;WS=17814670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr8	17818042	.	C	CTTTTTTTTTTTT	1012.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.64;QD=44.03;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	17819572	rs3780103	C	T	11909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=137;NR=118;PP=2965;SC=GTAACTGTCCCACCAAAAAAT;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=257;TCF=137;TCR=120;TR=255;WE=17819583;WS=17819562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr8	17819761	rs208060	A	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=30;PP=819;SC=GCACATCTCAAGAAAGGAAAC;SOR=4.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=32;WE=17819769;WS=17819751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	17827260	rs3214087	A	AC	7394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=89;PP=2957;SC=AAACCAAGGTACTGATTGTAA;SOR=1.167;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=9;TCR=92;TR=97;WE=17827268;WS=17827250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
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chr8	17916224	rs420610	A	C	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=358;SC=TTAATAAAAAATCAGTCCTAA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=17916232;WS=17916214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	17916598	rs33985304	CT	C	1851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=61;PP=1949;SC=TCTCCTTCCCCTTTTTTAAAT;SOR=2.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=71;TCF=0;TCR=71;TR=61;WE=17916606;WS=17916588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr8	17920820	rs7824650	A	T	1271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,64:0.48:134
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chr8	17924609	.	T	TGCACCTGTGCTGTATATCTAAGACATACA	1020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=63.80;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	17927248	rs4921567	A	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=387;ReadPosRankSum=-0.029;SC=TAAATAAATAACAGCGCATTT;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=23;WE=17927256;WS=17927238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,32:0.40:81
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chr8	17928811	rs1071645	C	T	2785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=1.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.366;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,143:0.52:275
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chr8	17928999	rs12549594	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=278;ReadPosRankSum=-0.371;SC=AGTCTTAACAGCAGTGTAGAA;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=18;WE=17929007;WS=17928989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr8	17930605	rs6586686	A	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=0.330;SC=TGCACTAATTAGAATTTGAGA;SOR=0.582;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=17930613;WS=17930595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr8	17930727	rs6586687	G	A	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=-2.906;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
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chr8	17930772	rs3753115	C	T	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.874;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,60:0.43:139
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chr8	18393159	rs5889802	C	CT	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=-1.100;SC=TTGTCACAGACTTTTTTTTTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=13;WE=18393167;WS=18393149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr8	18413875	rs2260920	A	G	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=57;PP=1650;SC=GCAGGAAATCATGATGCCATT;SOR=1.586;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=79;WE=18413883;WS=18413865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	18414870	rs2717725	T	A	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=ATTTTTTACATAAACAGAAAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=18414878;WS=18414860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	18415081	rs2634454	G	T	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=26;PP=820;SC=AAAAGCAGAGGACACGAATGG;SOR=0.738;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=18415089;WS=18415071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	18430201	rs2277137	T	A	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.253;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=635;ReadPosRankSum=1.202;SC=AATAGATATGTTTATATCAGG;SOR=1.176;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=44;WE=18430209;WS=18430191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,65:0.45:145
chr8	18432578	rs2248559	C	G	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=26;PP=2017;SC=TTGTTCCTTGCAATAAAGTAG;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=70;TCR=26;TR=95;WE=18432586;WS=18432568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	18432924	rs1546002	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=185;ReadPosRankSum=0.532;SC=ATGAAACAAACGGTGAGTAAA;SOR=0.352;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=14;WE=18432932;WS=18432914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr8	18457957	rs2932001	A	G	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	18632327	rs7822288	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.07;ReadPosRankSum=0.041;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr8	18632333	rs7841096	A	T	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.60;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr8	18656601	rs2248631	G	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=6;PP=702;SC=CCAGACACCAGGACGATGGAT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=18656609;WS=18656591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	18658929	rs1386691	C	A	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=19;PP=555;SC=GTGAAATTTTCGAAAATGCTA;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=18658937;WS=18658919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	18658950	rs11774165	T	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=502;SC=TCACACTCTTTCATAGTTAAA;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=18658958;WS=18658940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	18659019	rs1386690	C	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=214;SC=ATGAAGTTATCTCCCCCCAAA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=18659027;WS=18659009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	18659765	rs2638646	A	G	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=15;PP=1028;SC=TAGGAAGTGTATCAAAAACCA;SOR=1.450;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=51;WE=18659773;WS=18659755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	18659928	rs2632847	A	G	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=45;PP=1372;SC=ACTATGGTAAAAAACATACCA;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=64;WE=18659936;WS=18659918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	18660007	rs2638647	A	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=362;SC=AACAAACTATATATTGACAAA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=18660015;WS=18659997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	18661932	rs60951997	TAA	T	1422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=451;ReadPosRankSum=1.557;SC=CATGGAGGTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=23;WE=18661941;WS=18661922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr8	18666210	rs2638653	G	A	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=58;PP=2179;SC=ACAAGAACCGGAATTGCTCCT;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=120;WE=18666218;WS=18666200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr8	18793697	rs10092681	T	A	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr8	18870837	rs73594632	T	G	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=12;PP=1165;ReadPosRankSum=-1.341;SC=AAAGCCGAGGTATGAACTAAA;SOR=0.656;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=117;TCF=96;TCR=21;TR=60;WE=18870845;WS=18870827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,69:0.53:131
chr8	18941583	rs59435769	G	C	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=3;PP=872;SC=GCGGCTCGTGGGTACCTCTGC;SOR=4.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=18941591;WS=18941573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr8	19190692	rs1574287	A	G	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TTGCAAACACACCTCTTGCTC;SOR=1.270;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=16;WE=19190700;WS=19190682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
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chr8	19682592	rs7018076	A	G	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=685;ReadPosRankSum=1.330;SC=ACTGTGGGGCAGTACCAGTCC;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=8;TCR=50;TR=34;WE=19682600;WS=19682582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
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chr8	19689821	rs4615593	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=0.586;SC=CGTGGCTTACGCCTGTAATCC;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=12;WE=19689829;WS=19689811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
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chr8	19811901	rs255	T	C	3748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=3.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.30;ReadPosRankSum=-0.013;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,95:0.54:176
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chr8	20028474	rs7841346	C	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=435;ReadPosRankSum=0.248;SC=GTAACCCTATCCTGGAATCCA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=11;WE=20028482;WS=20028462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
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chr8	20035809	rs1532446	G	A	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=6;PP=378;SC=AAACAGCAGAGCATTTAAACC;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=20035817;WS=20035799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr8	20036521	rs1390937	A	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=6;PP=857;SC=GACTCCCCTGAGGAATCATAC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=20036529;WS=20036511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	20036713	rs1390938	A	G	5417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=69;PP=2439;SC=GACCCGGGTAATCTCTTCCTC;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=123;WE=20036721;WS=20036703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr8	20036827	rs2270637	C	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr8	20038466	rs2270641	T	G	3384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=74;PP=1844;ReadPosRankSum=3.078;SC=TCCAGAATGGTCCGGAGCATG;SOR=0.575;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=222;TCF=77;TCR=145;TR=119;WE=20038474;WS=20038456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,162:0.52:313
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chr8	20068619	rs9325865	A	G	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=25;PP=1596;SC=TTAATTTGATATGATATCTAA;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=80;WE=20068627;WS=20068609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	20072192	rs62498257	A	G	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=291;SC=ATTTTTCTAAATCATTCTTAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=20072200;WS=20072187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr8	20107143	rs904003	A	G	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=23;PP=1939;SC=GCGTCTCTCAAAGGGGTCTGA;SOR=1.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=62;TCR=23;TR=85;WE=20107151;WS=20107133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	20107215	.	G	A	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.095;ClippingRankSum=0.000;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=31;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.763;SC=CCCCAGACTCGCCTTCCCAGG;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=162;TCF=100;TCR=62;TR=84;WE=20107223;WS=20107205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,162:0.55:297
chr8	20110641	rs2645386	C	T	8701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
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chr8	21550800	rs1128397	A	T	3859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=41;PP=1810;ReadPosRankSum=-0.335;SC=CTACAAGGCCAGTTTCAGCAT;SOR=0.862;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=240;TCF=148;TCR=92;TR=119;WE=21550808;WS=21550790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,186:0.50:374
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chr8	21827880	rs140784168	A	AACAC,AAC	1084.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.4938,0.5062;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=28,28;PP=10,1122;ReadPosRankSum=0.343;SC=CATATATATAAACACACACAC;SOR=2.226;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=28,28;WE=21827888;WS=21827870;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.96:27
chr8	21833965	rs2306641	C	T	6186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=82;PP=2671;SC=TTGACTTCATCGGCACTTCCA;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=58;TCR=82;TR=140;WE=21833973;WS=21833955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
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chr8	21842023	rs1872220	TT	GA	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=4;PP=500;SC=TCTTCCTTGGTTAAAAGTAAT;SOR=2.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=22;WE=21842032;WS=21842013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr8	21845428	rs2306645	T	C	6911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=109;PP=2878;SC=AACTGTAAAATGTGATCTTGG;SOR=1.027;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=184;TCF=74;TCR=110;TR=180;WE=21845436;WS=21845418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr8	21846586	rs2306646	G	C	13372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=139;NR=119;PP=2965;SC=TCAATGACCTGTCCATTGGAT;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=140;TCR=121;TR=258;WE=21846594;WS=21846576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr8	21849566	rs17296501	C	T	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=622;ReadPosRankSum=0.221;SC=TGACTGTAAACTATCCACTGC;SOR=0.579;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=47;WE=21849574;WS=21849556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,91:0.46:196
chr8	21857267	rs17616085	G	A	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=59;PP=1699;SC=TCTTGCCCCAGTGTCCAAAAA;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=84;WE=21857275;WS=21857257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr8	21859485	rs11785657	G	A	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=4;PP=348;SC=GAGGTTAAGAGGTTAACAGGA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=21859493;WS=21859475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	21861663	rs10866837	G	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=37;PP=1058;SC=GCAATGCAATGCAATAGAAAA;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=21861671;WS=21861653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr8	21890581	rs1947985	T	C	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=23;PP=1506;SC=TGCCTGAGGCTAGTCCCCGAG;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=75;WE=21890589;WS=21890571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
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chr8	21895146	rs11992609	A	G	2447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1047;ReadPosRankSum=0.826;SC=CACACAGATGAGCCCTACACT;SOR=0.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=70;WE=21895154;WS=21895136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,123:0.54:228
chr8	21900757	rs900779	A	G	4618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=86;PP=2168;ReadPosRankSum=-0.040;SC=GGCGGGTGCAAGGGACCGGCT;SOR=0.872;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=299;TCF=124;TCR=175;TR=139;WE=21900765;WS=21900747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,226:0.49:460
chr8	21904212	rs1078363	T	C	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=47;PP=1217;SC=TAGGGCATCATGCTCCCCTCT;SOR=0.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=81;WE=21904220;WS=21904202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chr8	21924743	rs11135821	G	A	6741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=115;PP=2965;SC=GGCTGCTAGCGTGCCTTCCCG;SOR=1.126;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=66;TCR=117;TR=181;WE=21924751;WS=21924733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
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chr8	21955116	rs11352	C	T	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=500;ReadPosRankSum=-1.170;SC=ACCTCAGCGTCCACAGGCCTG;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=33;WE=21955124;WS=21955106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr8	21955552	rs1973254	T	C	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=647;ReadPosRankSum=-1.377;SC=CCCCACCAGGTCTGGCCTCAT;SOR=0.933;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=39;WE=21955560;WS=21955542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr8	21956108	rs35497596	A	G	3056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=2.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.438;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,157:0.48:326
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chr8	21958843	rs71544853	C	CTCTT	2056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=2;PP=1170;SC=CTGAGTTTTACTCTTTGGCCA;SOR=2.833;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=21;WE=21958851;WS=21958828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr8	21959191	rs6557810	A	G	10010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=194;NR=122;PP=2965;SC=CCCCAGGCCCACTGCCTCTAC;SOR=1.157;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=318;TCF=196;TCR=122;TR=316;WE=21959199;WS=21959181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
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chr8	21966700	rs57316099	GC	G	3894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=1246;SC=TTCTTCCGCAGCCCGCACGGG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=21966715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	21966707	rs58343576	CG	C	3928.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=1137;SC=GCAGCCCGCACGGGGCGCCGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=21966715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	21966891	rs149177341	C	CCCGCTCCCAGTCCCTGCGGAGA	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.382;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.384;NF=1;NR=2;PP=1322;ReadPosRankSum=-0.497;SC=CGCTGCGGAGCCCGCTCCCAG;SOR=2.269;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=3;WE=21966899;WS=21966881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,14:0.27:52
chr8	21967075	rs7830885	G	T	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.767;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=16;PP=866;ReadPosRankSum=-0.935;SC=TGGAACTGGGGGGGCACGGGT;SOR=1.324;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=100;TCF=66;TCR=34;TR=56;WE=21967083;WS=21967065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,78:0.53:148
chr8	21967304	rs7844781	C	T	11512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.27;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,301:0.48:630
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chr8	21973970	rs6557829	C	A	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=474;ReadPosRankSum=1.377;SC=GACAGTGAGGCTCAAGATCAC;SOR=1.447;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=36;WE=21973978;WS=21973960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,66:0.40:167
chr8	21974032	rs6557830	A	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=29.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-1.503;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,31:0.24:128
chr8	21976872	rs12677278	G	A	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=560;ReadPosRankSum=0.132;SC=CTGTAATCCTGGCACTTTGGG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=26;TCR=63;TR=36;WE=21976880;WS=21976862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,52:0.41:127
chr8	21978072	rs11135859	A	G	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=46;PP=1234;SC=GGTGCCCGCCATGGCCAGGCA;SOR=1.429;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=21978080;WS=21978062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr8	21978088	rs11779694	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=362;ReadPosRankSum=1.161;SC=AGGCAAGGGCGTGTTGTAAGG;SOR=0.569;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=30;WE=21978096;WS=21978078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,34:0.48:71
chr8	21982991	rs74596676	T	C	4761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.46;ReadPosRankSum=-3.297;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,131:0.51:258
chr8	21982997	rs56140348	A	G	4518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.75;ReadPosRankSum=-1.881;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,117:0.49:241
chr8	21984650	rs12675745	A	G	11178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=103;PP=2965;SC=CAGTGCCTGGAAAAGGGTCCG;SOR=0.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=243;TCF=140;TCR=103;TR=243;WE=21984658;WS=21984640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr8	21984765	rs73549523	C	T	4528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=63;PP=1813;ReadPosRankSum=-1.463;SC=GACCTCAGGGCAGCCGCGTGG;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=275;TCF=132;TCR=143;TR=126;WE=21984773;WS=21984755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,227:0.47:478
chr8	21997738	rs35574275	A	T	4401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=78;PP=2014;ReadPosRankSum=1.332;SC=GTGCAAAAACAATCCAGTACA;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=293;TCF=129;TCR=164;TR=140;WE=21997746;WS=21997728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,225:0.45:501
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chr8	22021037	rs4715	C	A	7768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=96;PP=2965;SC=GAGGCTCTCACTAGAAAAGTC;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=74;TCR=96;TR=170;WE=22021045;WS=22021027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr8	22021517	rs1124	G	A	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=25;PP=707;SC=ATGGCCGTGAGCACCCTGTGT;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=22021525;WS=22021507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
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chr8	22021883	rs7592	G	A	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.05;NF=55;NR=94;PP=2562;SC=GCAGGGACAAGCCCTGGAGAA;SOR=1.144;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=55;TCR=95;TR=149;WE=22021891;WS=22021873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
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chr8	22064277	rs34328929	AG	A	2080.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.040;QD=11.76;ReadPosRankSum=1.875;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,86:0.49:177
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chr8	22066941	rs3892579	C	A	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=23;PP=919;ReadPosRankSum=1.436;SC=CTGGTTGGCCCCTCTTGTCCC;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=141;TCF=92;TCR=49;TR=63;WE=22066949;WS=22066931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,100:0.46:216
chr8	22079355	rs4872422	A	G	6130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=78;PP=2730;ReadPosRankSum=-1.277;SC=CGTGGCTGCCACTGTTGTCCT;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=61;TCR=78;TR=138;WE=22079363;WS=22079345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
chr8	22081708	rs4075536	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=21;PP=1004;ReadPosRankSum=1.184;SC=GGAGAGGCCCGGCGGGTCCAG;SOR=0.689;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=63;WE=22081716;WS=22081698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,79:0.60:132
chr8	22084503	rs11547656	C	T	3721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=62;PP=1474;ReadPosRankSum=-1.212;SC=TCATGGGCAGCGGCACTGCCT;SOR=0.795;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=193;TCF=81;TCR=112;TR=105;WE=22084511;WS=22084493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,181:0.58:314
chr8	22084993	rs74723594	G	A	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=2;PP=631;ReadPosRankSum=0.607;SC=CACCCAGATCGGGAGAGCCGG;SOR=0.628;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=86;TCF=78;TCR=8;TR=37;WE=22085001;WS=22084984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr8	22085260	rs10100426	T	C	3676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=86;PP=2264;ReadPosRankSum=0.778;SC=GCAAAAGGGCTCCGCCCCGAC;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=262;TCF=103;TCR=159;TR=143;WE=22085268;WS=22085250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,174:0.51:340
chr8	22102683	rs79812935	T	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=356;ReadPosRankSum=0.934;SC=GGCTGGCGGCTGGTCGCGTTG;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=22;WE=22102691;WS=22102673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr8	22104629	rs75308786	G	A	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=774;ReadPosRankSum=2.124;SC=AACGAGAGCCGTGGTGGCCTT;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=50;WE=22104637;WS=22104619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,73:0.54:134
chr8	22104944	rs149905010	A	AAAAT	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr8	22105283	rs74473573	T	C	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=99;ReadPosRankSum=1.236;SC=TCTCCACTGTTTTGGAGTGAA;SOR=1.584;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=22105291;WS=22105273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr8	22105502	rs1126677	T	C	4378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=51;PP=1678;SC=AGGGCCCAGCTGAAATGATGA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=107;WE=22105510;WS=22105492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr8	22107986	rs75142930	A	G	1569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-1.200;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,78:0.57:137
chr8	22138506	rs80293649	G	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=267;ReadPosRankSum=1.512;SC=TTTATAAAATGTTTCCCTTTA;SOR=0.770;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=13;WE=22138514;WS=22138496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr8	22140763	rs77142846	G	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=503;ReadPosRankSum=-0.005;SC=AGTAAGTCAGGAGCACTGCCT;SOR=0.749;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=30;WE=22140771;WS=22140753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr8	22163331	rs12543697	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=263;ReadPosRankSum=0.623;SC=CTCCTTAGTGCGCAAGGTATA;SOR=1.688;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=16;WE=22163339;WS=22163321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr8	22163619	rs76050285	A	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=-0.657;SC=CCACGTTCCAACTCTGATGTT;SOR=0.996;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=15;WE=22163627;WS=22163609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr8	22165438	rs75567888	C	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
chr8	22165595	rs80273500	A	G	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=2.313;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,105:0.43:245
chr8	22165710	.	G	GT	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.798;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr8	22167667	rs74853495	T	G	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=1.961;SC=TGATCTAGAGTCTTCTTTTTT;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=6;WE=22167675;WS=22167657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
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chr8	22171967	rs71513878	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=0.883;SC=GGGCAGGAGGCGCAGATGGCA;SOR=1.130;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=24;WE=22171975;WS=22171957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
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chr8	22424244	rs2272716	T	C	3947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=69;PP=1348;ReadPosRankSum=2.121;SC=GGGGACCAGGTGTGGGGGACC;SOR=0.784;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=258;TCF=116;TCR=142;TR=120;WE=22424252;WS=22424234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,207:0.47:442
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chr8	22675196	rs34057411	T	C	2851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=52;PP=1371;ReadPosRankSum=1.682;SC=CTGTCTGGGTTCTGCTCTGCT;SOR=0.645;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=87;TCR=101;TR=96;WE=22675204;WS=22675186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,138:0.51:269
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chr8	22785361	rs2466224	C	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=25;PP=671;SC=GGGAGAAGGACAGGCAGCTTC;SOR=4.548;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=22785369;WS=22785351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	22857088	.	T	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=-0.777;SC=TCGTCTTGGGTGCGATTTTTT;SOR=0.714;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=6;WE=22857096;WS=22857078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
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chr8	22863191	rs2430812	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=15;PP=407;SC=GATTGAGTTCCAGCTCTGTGC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=22863199;WS=22863181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr8	22881852	rs6557609	T	C	14050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=156;PP=2965;SC=ACCAGCCAGCTCTGAGACCTG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=289;TCF=133;TCR=156;TR=289;WE=22881860;WS=22881842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
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chr8	22885154	rs1105945	G	A	5155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=68;PP=2436;ReadPosRankSum=-1.257;SC=GGACAATGGGGACCCACCCAC;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=343;TCF=213;TCR=130;TR=174;WE=22885162;WS=22885144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,250:0.54:467
chr8	22885331	rs2293400	A	T	4100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=81;PP=1850;ReadPosRankSum=0.406;SC=CTCCCAGAGGACAGTGGGGCG;SOR=0.583;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=260;TCF=92;TCR=168;TR=124;WE=22885339;WS=22885321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,205:0.50:407
chr8	22886020	rs13265018	A	G	8518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr8	22886130	rs2293399	A	G	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=57;PP=1650;SC=GTACACACACAGAGGGAGAGG;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=20;TCR=57;TR=76;WE=22886138;WS=22886120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	22887013	rs6420148	C	G	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=21;PP=1146;SC=GCAGCCACAGCCTCAAGGATG;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=22887021;WS=22887003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	22888407	rs10866818	G	A	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=27;PP=967;SC=GAGAAAAGCCGGTGAATGAAA;SOR=1.140;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=43;WE=22888415;WS=22888397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	22926498	rs11135695	G	A	3338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=57;PP=1737;SC=TGTGGGCGCAGAGATTGCGGG;SOR=1.281;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=84;WE=22926506;WS=22926488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr8	22960704	rs6557616	G	C	20613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.88;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,627:1.00:627
chr8	22960704	.	GGCCGCGG	CGCCGCGG,CGCCGCGT	2825	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=21;MQ=59.98;NF=159,67;NR=223,89;PP=2825,1800;QD=20;SC=AGTGAGTCCCGGCCGCGGTCC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=383;TCF=159;TCR=224;TR=382,156;WE=22960719;WS=22960694;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:383
chr8	22960711	rs144215650	G	T	4513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.529;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,269:0.48:566
chr8	22969091	rs10111172	T	C	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr8	22974325	.	G	A	1984	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=25;MQ=42.85;NF=39;NR=55;PP=1984;QD=21.4762894952;SC=ACACCAGCCCGGGGACTCCTG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=94;WE=22974333;WS=22974315;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,94:0.94:100
chr8	22989735	rs5890091	C	CAA	69.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.34;MQRankSum=0.366;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr8	22990193	rs36229757	TTGTGTGTG	T,TTG	1682.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;QD=35.80;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,33:0.30,0.70:47
chr8	23001988	rs1133782	A	G	3218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=44;PP=1601;ReadPosRankSum=-0.985;SC=CTCCTCTGGCAACTCTACAGT;SOR=0.774;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=203;TCF=125;TCR=78;TR=112;WE=23001996;WS=23001978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,164:0.51:323
chr8	23004629	rs3924519	T	C	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.713;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=290;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TTCCCTGACATGTCTGTCCAC;SOR=0.244;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=27;WE=23004637;WS=23004619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr8	23049136	rs34127830	T	TA	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=0.699;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr8	23049292	rs2230229	C	T	8423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=94;PP=2965;SC=AATCTTCTCTCTTGCATGTCT;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=211;TCF=116;TCR=95;TR=208;WE=23049300;WS=23049282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr8	23054779	rs3824218	T	C	6541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=95;PP=2696;ReadPosRankSum=0.526;SC=TAGTACTGACTCTGACCATCA;SOR=0.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=397;TCF=195;TCR=202;TR=188;WE=23054787;WS=23054769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,337:0.47:710
chr8	23069574	rs13274366	T	C	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=27;PP=1556;SC=TTGTATATAGTATAGGGTAAG;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=85;WE=23069582;WS=23069564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	23104195	rs2294123	G	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=384;ReadPosRankSum=0.617;SC=AGCCTTGCCGGGGCTGGGGTT;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=29;WE=23104203;WS=23104185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr8	23106665	rs2280934	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=1.279;SC=GGAGCTAGAGACTGGAATGGG;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=5;WE=23106673;WS=23106655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr8	23112662	rs3736025	C	T	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=361;ReadPosRankSum=-0.243;SC=TTCCCGGGTGCTTGCCTTGTG;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=22;WE=23112670;WS=23112652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr8	23113908	rs4439140	G	A	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=3;PP=543;SC=CACCACCAGCGCTCCTGGTTG;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=23113916;WS=23113898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	23114203	rs368357831	G	GTTT	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.287;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
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chr8	23116392	rs4581063	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=555;ReadPosRankSum=-1.074;SC=GGTGACAGAGGACAGATTTGA;SOR=1.942;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=27;WE=23116400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr8	23116429	rs4478582	A	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=5.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr8	23116429	.	ACC	CCT	501	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=24;NR=4;PP=501;QD=19.8024241022;SC=CTTTAACGAAACCTGACTTGT;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=28;WE=23116439;WS=23116419;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr8	23116431	rs4872098	C	T	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=17;PP=754;SC=TTAACGAAACCTGACTTGTGA;SOR=2.362;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=73;WE=23116439;WS=23116419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	23116674	.	C	CTT	379.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=0.434;QD=9.26;ReadPosRankSum=-2.700;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
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chr8	23117643	rs2294125	T	C	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=22;PP=972;ReadPosRankSum=1.166;SC=CTTTATGTTGTCTTTTCTTTC;SOR=0.623;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=61;WE=23117651;WS=23117633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,90:0.49:184
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chr8	23167353	rs1063582	T	G	2412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=40;PP=1263;ReadPosRankSum=0.614;SC=CACTGCAGCATGAACATGGGC;SOR=0.667;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=204;TCF=114;TCR=90;TR=88;WE=23167361;WS=23167343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,131:0.37:356
chr8	23167560	rs12548642	T	C	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.474;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=490;ReadPosRankSum=0.995;SC=TCCTCAAGGTTACCTTCTTGT;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=26;TCR=68;TR=34;WE=23167568;WS=23167550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,55:0.42:131
chr8	23174425	rs3824213	T	C	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=1;PP=814;ReadPosRankSum=-0.416;SC=CTGGTCCCCTTGGGAGCCCGG;SOR=0.818;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=65;TCF=62;TCR=3;TR=37;WE=23174433;WS=23174415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
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chr8	23425654	rs13261	A	G	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=255;ReadPosRankSum=0.019;SC=AACCATCCCCATTTTTATCAT;SOR=0.752;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=18;WE=23425662;WS=23425644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr8	23429329	rs1047384	T	C	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=60.07;MQRankSum=0.167;NF=26;NR=58;PP=1427;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TCAAGTACTTTCTCACCAAGC;SOR=0.780;Source=Platypus;TCF=68;TR=84;WE=23429337;WS=23429319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,132:0.44:298
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chr8	23431045	rs1810193	T	C	3107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=26;PP=1887;SC=TGGTGCATCTTACCGAGGAGG;SOR=1.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=91;WE=23431053;WS=23431035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr8	23432326	.	TTTGCAC	ATTGCAC,ATTGCAT	1860	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2,0;NR=78,37;PP=1714,1860;QD=21.8596401568;SC=CAGTGTAACCTTTGCACGTAC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=81;TCF=3;TCR=78;TR=80,37;WE=23432340;WS=23432304;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:81
chr8	23432332	rs8534	C	T	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.041;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
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chr8	23560648	rs35373423	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=143;ReadPosRankSum=0.704;SC=TCACCTGAGCGGTTCCTACTT;SOR=0.960;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=10;WE=23560656;WS=23560638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr8	23563815	rs2228697	G	A	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.088;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1451;ReadPosRankSum=-0.159;SC=CCCGTAGGAGGCAAGACCTGA;SOR=0.902;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=232;TCF=140;TCR=92;TR=92;WE=23563823;WS=23563805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,171:0.49:348
chr8	23563908	rs61732911	A	G	9032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=926;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.109;SC=GCTCCGAACCATCCAGCTTTC;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=506;TCF=264;TCR=242;TR=231;WE=23563916;WS=23563898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:446,465:0.51:911
chr8	23702587	rs1992053	C	T	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=457;ReadPosRankSum=-0.404;SC=ATGGTGGTCACCCAGTGAGAG;SOR=0.418;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=32;WE=23702595;WS=23702577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr8	23708863	.	A	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=676;ReadPosRankSum=0.855;SC=CAGCTGGACGACCTCAGTGAT;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=49;WE=23708871;WS=23708853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,79:0.41:192
chr8	23712066	rs5890129	G	GT	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.315;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:431,105:0.20:536
chr8	24177942	rs17736657	A	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=470;SC=CTATGGTTACATGTTCTTCTA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=24177950;WS=24177932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	24187360	rs148363179	CTG	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=5.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=0.681;QD=1.18;ReadPosRankSum=1.411;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,5:0.16:32
chr8	24187397	.	T	TGA	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=9.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.291;SOR=0.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr8	24187399	rs11994377	T	A	924.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.02;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr8	24187399	.	TG	AG	458	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=7,24;NR=10,8;PP=458,141;QD=27.1176470588;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=17,32;WE=24187408;WS=24187372;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr8	24187399	.	TG	TGAGAG	458	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=7,24;NR=10,8;PP=458,141;QD=27.1176470588;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=17,32;WE=24187408;WS=24187372;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr8	24193264	rs4872222	T	C	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=44;PP=1082;SC=TTAGAAGCTTTGAACTCAAAA;SOR=1.168;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=24193272;WS=24193254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	24208649	rs10092862	C	T	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=1;PP=552;SC=AAGAAAGACACAATGGGAAAA;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=24208657;WS=24208639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	24208847	rs7009516	G	A	6573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=76;PP=2635;SC=TCTGGGCTGTGATTACCATGG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=149;WE=24208855;WS=24208837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr8	24211278	rs7815643	C	T	5749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=52;PP=1990;SC=TTATAATTAACGTAGCATAAA;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=116;WE=24211286;WS=24211268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr8	24211331	rs7814768	G	A	6543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=65;PP=2175;SC=GGATAATCCAGTGTCTACACC;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=63;TCR=66;TR=128;WE=24211339;WS=24211321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr8	24211884	rs10694022	A	ATGTC	3434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=21;PP=1679;SC=TTTAGAAGTTATGTCTTTTTT;SOR=1.379;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=39;WE=24211892;WS=24211874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	24211993	rs10610134	ACTAT	A	6113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=45;PP=2692;SC=AGAGAAATATACTATCTATCT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=8;TCR=45;TR=53;WE=24212004;WS=24211983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr8	24253182	.	TAC	T	82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=82;QD=22.75;SC=CACACTCACATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=4;WE=24253191;WS=24253172;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr8	24257137	rs17799264	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=422;ReadPosRankSum=-0.031;SC=GCACTGAAGATCCCTTGGGTT;SOR=0.798;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=20;WE=24257145;WS=24257127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr8	24261547	rs147608974	C	T	4630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FS=1.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.138;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,232:0.54:432
chr8	24333601	rs10100176	G	A	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=33;PP=977;SC=AGCTTTAATAGGTTTGTTTCA;SOR=1.255;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=49;WE=24333609;WS=24333591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	24339896	rs11348969	GA	G	1206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=28;PP=673;SC=AAAATTAACAGAAAAAAAACA;SOR=1.402;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=30;WE=24339904;WS=24339886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr8	24348221	rs1492401	T	A	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=20;PP=2096;SC=TTTAACTCTATCAGAATCCAC;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=73;TCR=20;TR=93;WE=24348229;WS=24348211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr8	24349395	rs12542421	C	G	5190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=31;PP=2222;SC=AGGATTTAGTCTCTTTGTTTT;SOR=1.121;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=100;WE=24349403;WS=24349385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr8	24350188	rs1352952	C	T	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=49;PP=1671;SC=TGTCCCCAGACCTGTTAATCT;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=91;WE=24350196;WS=24350178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr8	24350715	rs12547971	G	A	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=49;PP=1450;SC=GCCTGGTGGCGTCAGGAACAA;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=77;WE=24350723;WS=24350705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	24363792	rs6982442	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=25;PP=759;SC=ATAGCTCTCTGATCGGAGGTA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=24363800;WS=24363782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	24365157	rs34338646	TCA	T	3735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=50;PP=2392;SC=TCTGTACTTATCACAACAGAT;SOR=1.637;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=51;WE=24365166;WS=24365147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	24365181	rs11307556	AT	A	382.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr8	24774683	rs196864	C	A	8776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr8	24811064	rs11300136	AG	A	4007.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=35;PP=1603;SC=TCTCCTTCAGAGGGGGGGCTC;SOR=1.102;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=58;WE=24811072;WS=24811054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr8	25132735	rs4478580	T	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=9;PP=507;SC=CACCATGCTTTTGTGGAGGTA;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=25132743;WS=25132725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	25156296	rs2956656	T	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=7;PP=1033;SC=GCCCAGGCTGTTCTCAAATTC;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=25156304;WS=25156291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	25158026	rs2709639	G	A	6211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=44;PP=2683;SC=AGTCTATACTGAGGGTAGCCT;SOR=1.150;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=143;TCF=96;TCR=47;TR=140;WE=25158034;WS=25158016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr8	25158072	rs5890219	AT	A	7306.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=91;PP=2762;SC=ATTAAGAGCAATTTTTTTTTC;SOR=0.794;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=47;TCR=95;TR=137;WE=25158080;WS=25158062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr8	25159665	rs868335	T	C	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=3;PP=840;SC=AAGTCATGTTTTCTGATGCCA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=25159673;WS=25159655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	25159885	rs907157	G	A	6612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=71;PP=2713;SC=TCAGCCTTGTGTGCCAGATTG;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=75;TCR=71;TR=146;WE=25159893;WS=25159875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr8	25160084	rs2709638	CA	TG	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=23;PP=1276;SC=TGCCCTGCTTCAAAACAATCA;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=25160093;WS=25160074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	25174495	rs2666169	C	T	8625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=77;PP=2965;SC=CTCTCAGCAACACTCACAGCA;SOR=0.901;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=108;TCR=77;TR=185;WE=25174503;WS=25174485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr8	25174710	rs2709627	C	T	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=41;PP=1187;SC=ACGATAGAATCTTGGCCGTAT;SOR=2.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=25174731;WS=25174700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr8	25174723	rs2666168	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=32;PP=927;SC=GGCCGTATTTTAATTCTTCTT;SOR=3.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=35;WE=25174731;WS=25174700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	25181356	rs2666174	C	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=16;PP=1089;SC=GTCTTTCTGCCTTTTCAGCCA;SOR=1.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=25181364;WS=25181346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr8	25182969	rs2666172	C	T	5970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=73;PP=2804;SC=TTCAAGCATCCAAAAACCTGG;SOR=0.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=153;TCF=78;TCR=75;TR=151;WE=25182977;WS=25182959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr8	25200148	rs10110351	A	G	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=24;PP=747;SC=TGCATGCTGAAATGACAGCCC;SOR=2.432;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=30;WE=25200156;WS=25200138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	25202915	rs2468901	A	G	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=25;PP=1641;SC=CTGGTCGAGGAAGAGTTGCAG;SOR=1.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=80;WE=25202923;WS=25202905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	25203022	rs2468902	A	G	8469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=91;PP=2965;SC=CACTGCTGACAGACCAGCTCA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=94;TCR=91;TR=184;WE=25203030;WS=25203012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr8	25216620	rs17053446	A	T	3759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.709;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,192:0.50:385
chr8	25222165	rs2271111	A	G	3768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=1.509;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,203:0.47:429
chr8	25225804	rs2257081	C	T	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=56;PP=1293;ReadPosRankSum=1.235;SC=ATCACAACCTCTGAGTGATAA;SOR=0.764;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=181;TCF=70;TCR=111;TR=89;WE=25225812;WS=25225794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,149:0.51:290
chr8	25227226	rs2048084	G	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=1156;ReadPosRankSum=0.815;SC=CAGGGGTCCTGTTTCACCAAT;SOR=0.665;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=20;WE=25227242;WS=25227216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
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chr8	25227234	rs2048082	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.988;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
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chr8	25231117	rs3215159	C	CT	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.159;HP=8;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=409;ReadPosRankSum=0.819;SC=TTCTGTGATCCTTTTTTTTCC;SOR=1.356;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=24;WE=25231125;WS=25231107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
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chr8	25234858	rs2659585	A	G	6133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.047;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=75;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.484;SC=TTGCTTCAGAAGGACAGTTAC;SOR=0.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=89;TCR=76;TR=163;WE=25234866;WS=25234848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr8	25246481	rs2709602	G	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	25247821	rs113940021	TA	T	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.592;QD=1.45;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,30:0.25:122
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chr8	25265651	rs34067851	C	A	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=42;PP=1106;ReadPosRankSum=-1.333;SC=GCAGAGAAAGCACCAGAACCC;SOR=0.733;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=159;TCF=78;TCR=81;TR=77;WE=25265659;WS=25265641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,122:0.42:290
chr8	25267622	rs2709618	A	G	19947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=789;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=236;NR=190;PP=2965;SC=TAGGCTCCCCATCGTTGCAGA;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=429;TCF=237;TCR=192;TR=426;WE=25267630;WS=25267612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,781:1.00:781
chr8	25280666	rs2709608	A	C	3222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=22;PP=1647;SC=TAAATTGAATAAAATCACTAT;SOR=1.515;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=81;WE=25280674;WS=25280656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	25280800	rs6185	C	G	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=40;PP=1088;ReadPosRankSum=0.388;SC=TTCCACGCACCAAGTCAGTAG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=192;TCF=99;TCR=93;TR=83;WE=25280808;WS=25280790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,134:0.44:307
chr8	25287556	rs965130	A	G	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=47;PP=1550;SC=TTTCTGCTCAAAATGATTTCT;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=84;WE=25287564;WS=25287546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr8	25317691	rs6987936	A	T	5876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=126;NR=50;PP=2965;SC=TGAATAAGGTACGTGATCGAA;SOR=1.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=126;TCR=50;TR=176;WE=25317699;WS=25317681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr8	25323777	rs10108752	T	C	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=52;PP=1347;SC=TAAAGGAAAATGAGAAAATGA;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=88;WE=25323785;WS=25323767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr8	25325634	.	C	CAA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.674;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr8	25327571	rs62502024	A	G	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=577;ReadPosRankSum=-0.989;SC=CTATTTGCTAAAATTTGGGGG;SOR=0.335;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=35;WE=25327579;WS=25327561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,56:0.50:112
chr8	25364331	rs4872318	G	A	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.862;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1234;ReadPosRankSum=1.365;SC=TTGTGCTTCTGTAACTGAAGA;SOR=0.744;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=214;TCF=109;TCR=105;TR=94;WE=25364339;WS=25364321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,151:0.44:346
chr8	25365278	rs8537	G	A	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=42;PP=1268;SC=CAGAGTCTGTGGCAAGAGGGA;SOR=1.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=25365286;WS=25365268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	25708267	rs10866845	T	C	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,63:0.49:129
chr8	25744257	rs6557865	G	A	7906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=1.919;SC=TCTTGGAATCGTTTTCTCACC;SOR=0.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=106;TCR=82;TR=188;WE=25744265;WS=25744247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,306:1.00:307
chr8	25766097	rs34200265	A	AT	1049.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.534;NF=3;NR=37;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.136;SC=GATGTGTTACATTTTTCAGTA;SOR=0.999;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=82;TCF=7;TCR=75;TR=40;WE=25766105;WS=25766087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr8	25890478	rs1872497	G	C	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=18;PP=1665;SC=TGTTGGATGAGCTTAGTGACT;SOR=1.956;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=76;WE=25890486;WS=25890468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	25897958	.	GA	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr8	25898565	rs1982768	A	C	3297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=47;PP=1642;ReadPosRankSum=-0.032;SC=CAGCCCCCCAAAATGAGGGAA;SOR=0.799;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=186;TCF=96;TCR=90;TR=104;WE=25898573;WS=25898555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,161:0.50:320
chr8	25902513	rs11449842	G	GA	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-2.943;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,27:0.22:124
chr8	26149472	.	C	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=7.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.145;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
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chr8	26441275	rs415524	A	G	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=18;PP=919;SC=TTGAGTCCACATTTCATTTAC;SOR=1.051;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=51;WE=26441283;WS=26441265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	26441477	rs11786691	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=0.044;SC=AGGCGGCCCTGGCTGGGGGAA;SOR=0.725;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=30;WE=26441485;WS=26441467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,64:0.44:147
chr8	26441562	rs408753	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=409;ReadPosRankSum=-0.469;SC=AAATAAGTCTATTGTTTGATT;SOR=0.998;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=24;WE=26441570;WS=26441552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr8	26481771	rs327222	T	C	5942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=84;PP=2306;SC=TGGACATCAGTGAGTGGCATA;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=64;TCR=84;TR=148;WE=26481779;WS=26481761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr8	26483998	rs71553811	AACACACACACACAC	A,AACACACAC	1640.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.38;MQRankSum=0.335;QD=34.18;ReadPosRankSum=0.167;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,25,22:0.52,0.46:48
chr8	26484064	rs4872457	T	G	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-1.032;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.298;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,101:0.52:194
chr8	26484613	rs17322275	G	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=0.751;SC=CAGGCTAATAGAATCGCCTAG;SOR=0.418;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=14;WE=26484621;WS=26484603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr8	26510792	rs708621	T	C	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.319;SC=ATGACGGACCTGTGTGTGAAG;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=110;TCR=97;TR=104;WE=26510800;WS=26510782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,183:0.53:344
chr8	26716472	rs536401	A	G	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=16;PP=1761;SC=CCTTAGTGGAAAGAAGCTTGG;SOR=2.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=60;TCR=17;TR=76;WE=26716480;WS=26716462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	26906433	rs150141473	TTAAAG	T	4972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=18;PP=1484;SC=CGTAAAGTAATTAAAGTAATG;SOR=1.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=44;WE=26906449;WS=26906423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr8	26943929	rs1814489	T	C	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=38;PP=1114;SC=CGCGGAGGCTTACCCCTGTAA;SOR=2.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=26943937;WS=26943919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	26944600	rs2028908	A	G	3920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	27094548	rs10217008	A	G	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=46;PP=1535;SC=CTCTGTCTGCAAAGGCATCCC;SOR=1.046;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=27094556;WS=27094538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	27099879	rs3739212	C	T	3025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=24;PP=1827;SC=CAGGGCCCCCCCGCCCCTCAC;SOR=1.654;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=63;TCR=26;TR=87;WE=27099887;WS=27099869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	27101204	rs4733040	T	A	8279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr8	27101204	.	TTA	ATC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=70;NR=43;PP=2947;QD=20;SC=CCTACGCCCCTTAACACATGG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=74;TCR=46;TR=113;WE=27101214;WS=27101194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,113:0.94:120
chr8	27101206	rs7830662	A	C	8279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.28;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr8	27146595	rs148666973	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=-1.742;SC=GAGGTGGGCCCGGCAGAGACC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=27146603;WS=27146593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr8	27147716	rs12386801	A	C	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=12.684;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.98;ReadPosRankSum=2.160;SOR=1.083;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,133:0.98:136
chr8	27204598	rs4534095	A	G	7008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.841;SC=TGCCATCTTAAAAAGTCATGG;SOR=1.070;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=66;TCR=111;TR=175;WE=27204606;WS=27204588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,265:0.99:267
chr8	27204663	rs2874826	A	G	2976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=69;PP=2073;SC=GGAGGCCAAAACGGGTGGATC;SOR=2.212;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=17;TCR=69;TR=86;WE=27204671;WS=27204653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	27204857	rs4629818	A	G	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=29;PP=1267;SC=AGATCCACCCACCTCGGCCTC;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=75;WE=27204865;WS=27204847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr8	27255080	rs1128433	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=0;PP=551;SC=CAATGTGCCGATCTTAGCTGC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=27255088;WS=27255070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	27255128	rs1045510	T	C	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=7;PP=1019;SC=AGCCCCTGAGTCGAGTAAAGT;SOR=2.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=43;WE=27255136;WS=27255118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	27255146	rs1045511	G	A	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=17;PP=1184;SC=AGTTGGGCACGTTACGCCGGC;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=27255154;WS=27255136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	27255263	rs1045512	A	G	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.05;NF=48;NR=56;PP=2302;SC=ATCCTGGGAAAAACTTCAAAC;SOR=0.776;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=104;WE=27255271;WS=27255253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr8	27255325	rs2241650	C	T	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5044;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=169;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=42;PP=1026;SC=AAGTGTCTGCCCTGTCCATCT;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=69;WE=27255333;WS=27255315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr8	27255368	rs11267627	AGCAGCTCTCCTGCAGCCTC	A	2088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=23;PP=2974;SC=TGGGCAGCTGAGCAGCTCTCC;SOR=2.030;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=24;WE=27255394;WS=27255358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	27279705	rs2241652	G	A	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.86;SOR=1.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr8	27291557	rs919493	T	C	4915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=46;PP=2129;SC=CAGTCACCCATCCAGGTCCCT;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=109;WE=27291565;WS=27291547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr8	27292287	rs1896959	A	G	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=64;PP=1736;SC=GGGAGGCCAAAGTGGATGGAT;SOR=2.256;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=80;WE=27292295;WS=27292277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	27293335	rs11774417	G	T	10214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=113;PP=2965;SC=CCGCCACAGCGACCGTAGTCA;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=106;TCR=114;TR=219;WE=27293343;WS=27293325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr8	27294532	rs2163176	C	G	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.04;SOR=1.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr8	27294823	rs6996922	T	C	9788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=149;NR=124;PP=2965;SC=GAGGAGGGGTTCCCGTCCTCC;SOR=0.852;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=273;TCF=149;TCR=124;TR=273;WE=27294831;WS=27294813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr8	27295109	rs2288617	A	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=31;PP=1067;SC=TCTGTGTTCCACTGAAATAAG;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=27295117;WS=27295099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	27297696	rs2241657	T	C	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=22;PP=1368;SC=CGATGGTGCTTCTGGGTGGGA;SOR=1.259;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=65;WE=27297704;WS=27297686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	27301725	rs1128435	C	G	5567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=60;PP=2253;SC=CTCTCCAGCCCAGCCGACCTA;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=127;WE=27301733;WS=27301715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr8	27303126	rs4733064	A	G	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=479;SC=GAGAGGCTGCACTGCTCCACC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=27303134;WS=27303116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	27308585	rs751019	A	C	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr8	27308961	rs2278319	C	T	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=40;PP=2322;SC=TCTCCACAGCCGCATGAGTGA;SOR=1.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=117;WE=27308969;WS=27308951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr8	27310546	rs3735758	A	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=3;PP=473;SC=GTAGAGGGGAAGGGGCTCATT;SOR=2.737;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=23;WE=27310554;WS=27310536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	27311703	rs1879184	T	C	8141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=101;PP=2875;SC=TGGACCGGACTGATGACCTGG;SOR=0.817;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=85;TCR=102;TR=186;WE=27311711;WS=27311693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr8	27315726	rs1879183	T	C	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=20;PP=1003;SC=TTGGCCAGCATGCAGGTGGAC;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=27315734;WS=27315716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	27315876	rs1879182	A	G	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=56;PP=2006;SC=TGCGGCTGGCACAGCAGAACG;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=105;WE=27315884;WS=27315866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr8	27315900	rs1879181	A	G	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=59;PP=2006;SC=TGACCTCCCTAAGTGAGGAGT;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=102;WE=27315908;WS=27315890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr8	27319292	rs735421	A	G	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=61;PP=1829;SC=GACAGCACACAGTGACAGGGG;SOR=1.001;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=103;WE=27319300;WS=27319282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr8	27321597	rs3735757	G	C	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=957;SC=AGGGGAACCCGAAGAACCAAG;SOR=3.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=36;WE=27321605;WS=27321587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr8	27324822	rs891398	T	C	4718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=60;PP=1686;SC=CCAAAATCAGTGGGGTTCCAG;SOR=0.918;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=101;WE=27324830;WS=27324812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr8	27326838	rs139680977	AGG	A	17230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=115;PP=2975;SC=GGACTGGAGGAGGGGGGCCCT;SOR=0.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=67;TCR=119;TR=177;WE=27326847;WS=27326828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr8	27328354	rs2472554	G	C	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=15;PP=1066;SC=CTCCACCTCTGCCAGTGGAAA;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=27328362;WS=27328344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	27436236	rs140683899	GTTTGT	G	783.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.431;QD=17.42;ReadPosRankSum=-0.966;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr8	27456253	rs2279590	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=334;ReadPosRankSum=-0.622;SC=TCCTCCTGCTTCTCCAAGGAA;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=20;WE=27456261;WS=27456243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr8	27457477	rs9331939	G	A	3874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=70;PP=1578;ReadPosRankSum=-0.196;SC=GGAGGGATTCGTCGAGCTCCC;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=110;TCR=168;TR=116;WE=27457485;WS=27457467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,200:0.45:441
chr8	27462481	rs7982	A	G	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=671;ReadPosRankSum=-0.474;SC=AGGCCGGGCTATGGAAGTGGA;SOR=0.694;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=47;WE=27462489;WS=27462471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,118:0.54:217
chr8	27467821	rs2070926	C	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=2;PP=521;ReadPosRankSum=0.362;SC=CCAGGGGCCTCGGAGCTGAGG;SOR=0.656;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=58;TCF=51;TCR=7;TR=27;WE=27467829;WS=27467813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
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chr8	27507374	rs482078	C	T	6033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=88;PP=2655;SC=TCCCTGTCTCCATCCCCAGGC;SOR=0.867;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=156;WE=27507382;WS=27507364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
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chr8	27650428	rs4732754	C	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=20;PP=495;SC=ATTAATGACACTCTTCCTACT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=27650436;WS=27650418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	27661066	rs144484866	T	TAC,TACAC	1325.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=45.71;SOR=3.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,19:0.34,0.66:29
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chr8	27667793	rs1052873	C	T	6606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=64;PP=2965;SC=CAGTTATTTACGCAAGCCACA;SOR=1.125;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=111;TCR=64;TR=175;WE=27667801;WS=27667783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr8	27667969	rs2294092	C	G	5292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=88;PP=2655;SC=TAGTTCCCAACGCTGCATAGT;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=48;TCR=89;TR=136;WE=27667977;WS=27667959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr8	27668726	rs17479454	C	T	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=85;PP=2463;SC=GGGAAACAGGCGAACGATTTG;SOR=2.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=21;TCR=85;TR=106;WE=27668734;WS=27668716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr8	27678341	rs71553893	A	AT	204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.720;NF=1;NR=7;PP=87;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GCGTTTCAAAATTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=27678349;WS=27678331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr8	27680576	rs727813	G	T	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
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chr8	27729713	rs11776426	G	A	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.787;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=545;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GCTTCCAGCTGCCCTCTCCAC;SOR=0.234;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=86;TCF=23;TCR=63;TR=40;WE=27729721;WS=27729703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr8	27737198	rs4732610	A	G	19567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=194;NR=211;PP=2965;SC=CGGTGCCCCAACGCCGGTCGT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=407;TCF=196;TCR=211;TR=405;WE=27737206;WS=27737188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,736:1.00:736
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chr8	27764627	rs2726987	T	C	13434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=177;NR=130;PP=2965;SC=TGCCTGGGACTGGTGGTGAGG;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=310;TCF=178;TCR=132;TR=307;WE=27764635;WS=27764617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
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chr8	27767171	rs2726991	G	A	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=612;ReadPosRankSum=-0.958;SC=CCAGGGGCACGCTCATTACCT;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=49;WE=27767179;WS=27767161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,91:0.40:225
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chr8	27957313	rs2290371	A	G	5985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=56;PP=2965;SC=AAATAACCGTAATCTTGATAA;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=150;WE=27957321;WS=27957303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
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chr8	29005128	rs13263819	A	G	5564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=94;PP=2749;SC=ATCTAAACACATTTTTAAAAA;SOR=1.173;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=52;TCR=95;TR=146;WE=29005136;WS=29005118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr8	29023421	.	T	TTCGATTGTAGATCGAAGTACC	1330.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=12;PP=2900;SC=TGACATCTACTTCGATTGTAG;SOR=5.486;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=12;WE=29023429;WS=29023411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	29033422	rs6558098	C	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=5;PP=789;SC=AAAAAACCTACGTTTATTCCA;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=29033430;WS=29033412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	29053761	rs10547393	TA	T	2321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.723;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,182:0.81:225
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chr8	29194441	rs55882088	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=93;ReadPosRankSum=0.802;SC=GAAGGAGCTCGGTCGCCTGCT;SOR=0.582;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=29194449;WS=29194431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr8	29197672	rs583034	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.269;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
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chr8	29923732	rs2271367	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.882;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr8	29927300	rs6468093	C	G	6561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=83;PP=2965;SC=AGACTACAAACGCGATCCCAA;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=87;TCR=83;TR=170;WE=29927308;WS=29927290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr8	29927321	rs6468094	A	G	6406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=81;PP=2965;SC=GGAGTACCACAATGGTAATCA;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=93;TCR=82;TR=173;WE=29927329;WS=29927311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr8	29931375	rs986636	T	C	4882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=50;PP=2551;SC=AGACTGCCATTACTGTAGTGG;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=127;WE=29931383;WS=29931365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr8	29935696	rs71204259	GA	G	466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=1.508;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr8	29940271	rs13279112	A	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=694;SC=AGGCTCCGGGAAGACGGCGCA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=29940279;WS=29940261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	29940505	rs3824207	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.959;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=487;ReadPosRankSum=0.320;SC=CAGACGCCTACGGGCCGAACC;SOR=1.363;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=32;WE=29940513;WS=29940495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr8	29940525	rs113716580	T	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=468;ReadPosRankSum=0.236;SC=CTGGGTGCGGTAGCGCGCGCG;SOR=1.716;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=26;WE=29940533;WS=29940515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr8	29953256	rs56969689	C	T	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=18;PP=1308;SC=GGCTTCGCCCCGCAGCCCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=29953264;WS=29953246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	29989399	rs13272159	G	A	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=14;PP=1211;SC=TTATCGATGCGTCATCTGGCA;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=45;TCR=14;TR=59;WE=29989407;WS=29989389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	29989564	rs7844812	A	G	9359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=129;NR=99;PP=2965;SC=GAGAGGAGAGACTCCTGACCT;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=130;TCR=99;TR=228;WE=29989572;WS=29989554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr8	29996158	rs4733141	A	G	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=44;PP=1359;SC=CTTGCTGAGGAGCCAGGGAAC;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=29996166;WS=29996148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr8	29996256	rs7813902	T	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=20;PP=547;SC=CCTCCTCCAGTCAGGAGAAAG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=29996264;WS=29996246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	30001915	rs12546113	T	G	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=17;PP=1309;SC=GCCTCCCAAATTGCAGGGATT;SOR=1.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=30001923;WS=30001905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr8	30469805	rs7815625	A	C	877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=351;ReadPosRankSum=1.804;SC=TAGAAAGAAAAGAGAGATTAC;SOR=0.681;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=28;WE=30469813;WS=30469795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr8	30494374	.	TA	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.596;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=10.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.545;QD=2.66;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=2.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
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chr8	30537223	rs10715710	CT	C	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=7.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.826;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.486;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr8	30539623	rs2250192	T	G	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=62;PP=1788;SC=CTGTCTGTTTTAACATAGCTA;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=88;WE=30539631;WS=30539613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr8	30541915	rs1465477	C	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=40;PP=1125;SC=ACACCTGTAACCCCAGAACTT;SOR=2.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=30541923;WS=30541905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	30546636	rs2551715	T	C	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.072;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=479;ReadPosRankSum=0.523;SC=ATAAGACTCCTAGTAGATTCA;SOR=0.323;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=31;WE=30546644;WS=30546626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,59:0.46:127
chr8	30554006	rs8190996	G	A	7117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=103;PP=2965;SC=GCTGAGACGCGAGCAGAGGGT;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=71;TCR=103;TR=174;WE=30554014;WS=30553996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr8	30560887	rs3779647	C	T	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=50;PP=1459;SC=CACAATTCTCCGTTTTTCAAG;SOR=1.833;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=67;WE=30560895;WS=30560877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	30567423	.	TA	T	792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=1.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.154;QD=4.99;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,87:0.55:159
chr8	30569609	.	GA	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.071;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.748;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,16:0.20:81
chr8	30601610	rs3217273	TC	T	1307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=4;PP=1279;SC=ATTGACCCTCTCCCAGCCGGC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=32;WE=30601618;WS=30601605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	30601805	rs2278092	C	T	9177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=115;PP=2965;SC=GTAAGTGTGACTTTTTCCCTT;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=95;TCR=115;TR=210;WE=30601813;WS=30601795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr8	30608773	rs1991111	A	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=203;SC=GCTCATGCCTATAATCCTAGC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=30608781;WS=30608763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	30608976	rs2911690	C	T	4651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr8	30609061	rs2911689	T	G	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=46;PP=1256;SC=ATTCTACCCTTTTATACCATT;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=61;WE=30609069;WS=30609051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	30609078	rs2911688	A	T	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=35;PP=955;SC=CATTCTACTCAAATTTATTTA;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=30609086;WS=30609068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr8	30620840	rs11388922	G	GT	5189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=50;PP=2030;SC=TGAGGAGAAGGTTTTGAAGTC;SOR=0.924;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=78;WE=30620848;WS=30620828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr8	30620964	rs2956010	T	C	5045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=73;PP=2373;SC=GTCATCTGCATCTCCCATCAG;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=46;TCR=73;TR=119;WE=30620972;WS=30620954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr8	30623996	rs2956016	T	C	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=28;PP=831;SC=CAAATCACACTATACCTTGAT;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=30624004;WS=30623986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	30643538	rs3832549	C	CCTAT	2130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.238;NF=0;NR=18;PP=799;ReadPosRankSum=-0.415;SC=GTTAGACTGACCTAGAACATA;SOR=0.623;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=2;TCR=43;TR=18;WE=30643546;WS=30643528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr8	30695226	rs2720593	C	T	11031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=141;NR=165;PP=2965;SC=TCTGCAAAAGCGTCCCATGGT;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=141;TCR=165;TR=306;WE=30695234;WS=30695216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
chr8	30700598	rs61740968	T	C	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.968;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=621;ReadPosRankSum=-0.344;SC=TGCAAGCAAATTACTGTTAAA;SOR=0.545;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=41;WE=30700606;WS=30700588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,75:0.47:159
chr8	30701995	rs61732457	A	C	2671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=57;PP=1665;ReadPosRankSum=1.697;SC=TCAGATGGGAATCAATCAAGT;SOR=0.842;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=50;TCR=91;TR=87;WE=30702003;WS=30701985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,114:0.59:192
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chr8	30916085	rs2737316	T	C	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=23;PP=559;SC=ACTATTCTTTTGGGTGAGAAA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=30916093;WS=30916075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr8	33313421	rs11337905	GA	G	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=5.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr8	33318891	rs144327642	T	C	2219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.928;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,107:0.50:215
chr8	33347907	rs2732274	T	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=2.163;SC=TTTCTGGGGGTCTCTTATAGA;SOR=1.197;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=19;WE=33347915;WS=33347897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
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chr8	36675017	.	CAAAAA	C	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.37;ReadPosRankSum=-1.025;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
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chr8	36767145	rs13257544	C	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=-2.369;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
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chr8	36780209	rs1010669	A	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=-0.453;SC=GTGAACAGGTAGTATAAGGCT;SOR=2.235;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=13;WE=36780217;WS=36780199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr8	36786379	rs17400167	C	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.353;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr8	36786396	rs10089755	C	T	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=-0.416;SC=ATTCTGATTCCCATTCCTGTC;SOR=0.653;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=13;WE=36786404;WS=36786386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
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chr8	37455990	rs1008547	G	C	5135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=65;PP=2235;ReadPosRankSum=0.321;SC=CCCACACACAGAGGAGCCACA;SOR=0.855;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=317;TCF=171;TCR=146;TR=149;WE=37455998;WS=37455971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,264:0.48:552
chr8	37611414	.	CT	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.582;QD=1.57;ReadPosRankSum=0.269;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,20:0.26:78
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chr8	37686749	rs6468442	A	G	7747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.75;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,310:0.99:313
chr8	37693302	rs10101560	T	C	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=49;PP=1496;SC=AGGGACTGAATTCCCCGCCCC;SOR=2.537;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=60;WE=37693310;WS=37693292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	37699195	rs4976898	C	G	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.046;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.703;SC=TCGGGGAGGGCCCCCCCTCCC;SOR=0.276;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=57;WE=37699203;WS=37699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
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chr8	37706057	rs11777510	A	T	1982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=1053;ReadPosRankSum=0.599;SC=GAGCCACAGCACCTGGCCTAG;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=147;TCF=90;TCR=57;TR=70;WE=37706065;WS=37706047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,92:0.52:178
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chr8	37728017	rs7817179	A	G	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.30;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr8	37728019	rs7820872	T	G	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	37730368	rs12541651	G	A	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=50;PP=2079;SC=TGATCCCAGGGCAGAAGAACC;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=102;WE=37730376;WS=37730358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr8	37730456	rs7341564	G	T	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.293;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=872;ReadPosRankSum=-1.774;SC=GACTTGGCCTGGCCCCTGTCT;SOR=0.843;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=59;WE=37730464;WS=37730446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,84:0.56:150
chr8	37796644	rs28723477	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=0.875;SC=GGTTAAAAATTATACAAGCCC;SOR=0.368;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=7;WE=37796652;WS=37796634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr8	37888017	rs3750243	C	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.451;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GGCGGGGCGGCACGGGGCGAG;SOR=2.170;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=6;WE=37888025;WS=37887994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr8	37964024	.	CT	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=8.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.580;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr8	37985897	rs2843740	A	G	6890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=74;PP=2965;SC=GAGTACGGAAAGGTGCCTGGT;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=107;TCR=75;TR=181;WE=37985905;WS=37985887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr8	37986561	rs2517394	G	C	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=58;PP=1697;SC=TAGGAACTGAGCCACAGCTCA;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=84;WE=37986569;WS=37986551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	38003787	rs2720050	T	C	20067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=234;NR=241;PP=2965;SC=CCCTGCCACCTGCACCTGGAC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=476;TCF=234;TCR=242;TR=475;WE=38003795;WS=38003777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,769:1.00:769
chr8	38005835	rs2229620	T	C	6414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=55;NR=101;PP=2965;SC=GAGTCTCTTCTAGCCGAGAAC;SOR=1.127;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=157;TCF=55;TCR=102;TR=156;WE=38005843;WS=38005825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr8	38006330	rs35520501	TC	T	9100.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=91;PP=2951;SC=GATGGACCACTCCCACCCCCT;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=13;TCR=97;TR=103;WE=38006338;WS=38006320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr8	38027483	rs3015656	G	C	2384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,122:0.50:244
chr8	38027519	rs16887236	A	G	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=54;PP=1321;ReadPosRankSum=0.643;SC=GTTATTTTGAAAAGATTTAGG;SOR=0.579;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=108;TCF=12;TCR=96;TR=60;WE=38027527;WS=38027509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,65:0.56:117
chr8	38028726	rs2843739	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr8	38029694	rs200558035	AGC	A	146.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr8	38029696	.	C	CAAA	401.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.32;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr8	38029708	rs2843738	G	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.21;ReadPosRankSum=-1.366;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr8	38034342	rs143677476	C	T	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=172;ReadPosRankSum=-1.562;SC=CGCGATGGGTCGGCCGTGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=13;WE=38034350;WS=38034332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr8	38122161	rs80081744	G	C	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=821;ReadPosRankSum=-0.066;SC=TTAATATTAGGCTCCTAAATC;SOR=0.616;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=90;TCF=18;TCR=72;TR=44;WE=38122169;WS=38122151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr8	38125396	rs3215009	GT	G	2656.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.667;NF=10;NR=29;PP=1341;ReadPosRankSum=-1.079;SC=TGCTGGGGTGGTTAGCTGTTG;SOR=0.636;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=39;WE=38125404;WS=38125386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,86:0.52:164
chr8	38138963	.	C	CA	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=-1.856;SOR=0.482;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
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chr8	38254696	.	C	CT	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,25:0.26:97
chr8	38369831	rs4733951	A	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=566;ReadPosRankSum=2.190;SC=GAGAGGAATAAGAAGGAATTC;SOR=0.723;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=38;WE=38369839;WS=38369821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr8	38370200	rs146268311	GAGACACAGAC	G	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.579;NF=0;NR=6;PP=2447;ReadPosRankSum=-0.367;SC=ACATGCAGTGGAGACACAGAC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=38370217;WS=38370190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr8	38373924	rs2461327	T	G	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=230;ReadPosRankSum=-0.355;SC=GCCTGGTACATACCTGAATGT;SOR=0.354;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=18;WE=38373932;WS=38373914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
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chr8	38458371	rs3802323	G	T	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.390;NF=61;NR=43;PP=1504;ReadPosRankSum=0.177;SC=GGAAGCCCCCGGTATCACCAA;SOR=0.919;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=205;TCF=114;TCR=91;TR=104;WE=38458379;WS=38458361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,140:0.48:290
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chr8	38458802	rs327935	A	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=-0.393;SC=TATTACCAAGACGCTCCCACT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=10;WE=38458810;WS=38458792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr8	38599748	rs78981097	G	A	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=8;PP=803;SC=CACACAGAGTGGCTGGTAGAA;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=38599756;WS=38599738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	38599893	rs7814409	G	A	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=68;PP=2425;SC=AGGCCAGAGAGAGGTCCTGGT;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=141;WE=38599901;WS=38599883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr8	38677932	rs2013586	A	G	5596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=76;PP=2403;ReadPosRankSum=-2.340;SC=GTCAGTGGGAAAGCCCCAGCT;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=380;TCF=195;TCR=185;TR=160;WE=38677940;WS=38677922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,284:0.43:654
chr8	38684853	rs2037204	T	C	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=3.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=-1.454;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,96:0.47:206
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chr8	38705639	rs71721705	G	GA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.444;QD=0.23;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,42:0.16:270
chr8	38709451	rs112953621	TTGAC	T	1743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=904;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CCAAAAAGGTTTGACTGGCCT;SOR=0.532;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=19;WE=38709462;WS=38709441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr8	38709553	rs1135990	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=422;ReadPosRankSum=-2.012;SC=ACAGACTCTCCTCTCAAAGGA;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=32;WE=38709561;WS=38709543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,53:0.40:132
chr8	38809663	rs6984871	A	C	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=29;PP=1734;SC=AGGCGCTGATACTGACACTGT;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=87;WE=38809671;WS=38809653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr8	38826290	rs6996274	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=247;ReadPosRankSum=1.299;SC=TGGTCCCGAGGTGCAGCTGAA;SOR=0.602;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=18;WE=38826298;WS=38826280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr8	38827185	rs5891050	GC	G	6974.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=93;PP=2967;SC=GGAGGGCAGCGCCTCCTGGGG;SOR=1.253;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=5;TCR=94;TR=98;WE=38827193;WS=38827175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr8	38835456	rs4733960	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=275;ReadPosRankSum=0.940;SC=CCCCATCCCTTTTTGGGCACG;SOR=1.085;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=14;WE=38835464;WS=38835446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr8	38835666	rs4733961	T	C	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=290;ReadPosRankSum=1.599;SC=CCACAATTAATGTAAGTCACT;SOR=0.737;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=27;WE=38835674;WS=38835656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr8	38839302	.	A	AT	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.877;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,44:0.19:236
chr8	38840591	rs7814264	C	T	3575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=62;PP=1770;ReadPosRankSum=-0.633;SC=AGGCCTTTGTCATCTACCTTT;SOR=0.640;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=261;TCF=127;TCR=134;TR=126;WE=38840599;WS=38840581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,183:0.43:425
chr8	38840738	rs56252379	G	A	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.382;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=632;ReadPosRankSum=-1.842;SC=ACTGAATTTTGAATTAAAGTA;SOR=1.211;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=10;TCR=51;TR=34;WE=38840746;WS=38840728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,42:0.49:85
chr8	38845638	rs66513029	A	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=4.528;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr8	38845644	rs202203479	T	TAA	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=3.435;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,25:0.47:53
chr8	38845716	rs7823125	A	G	302.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5348;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=0.093;SC=AAGTTTTTGGATCTTTTTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=14;WE=38845724;WS=38845706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr8	38848850	rs4733895	C	T	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=480;ReadPosRankSum=-0.614;SC=GGCAGCTCTTCTTAGTAAACA;SOR=0.591;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=33;WE=38848858;WS=38848840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr8	38853620	rs6991968	G	A	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=30;PP=1431;ReadPosRankSum=2.019;SC=AACGACCTCAGAGAGGCAGGG;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=177;TCF=120;TCR=57;TR=96;WE=38853628;WS=38853610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,130:0.52:251
chr8	38853983	rs7840270	C	A	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.986;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=60;PP=1406;ReadPosRankSum=0.107;SC=GAGCGGAGACCCGGCCTCAAC;SOR=0.986;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=142;TCF=42;TCR=100;TR=83;WE=38853991;WS=38853973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,123:0.55:222
chr8	38872186	rs7833611	C	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=249;ReadPosRankSum=-0.893;SC=GGTATTATACCTTTTTTTCTT;SOR=0.665;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=18;WE=38872194;WS=38872176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
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chr8	38876468	rs6474519	C	T	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.61;ReadPosRankSum=1.877;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,89:0.55:163
chr8	38884342	rs10652213	G	GTTCT	1353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.654;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.729;NF=1;NR=41;PP=2192;ReadPosRankSum=0.661;SC=GAGTACCTGGGTTCTTCTTCT;SOR=1.112;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=111;TCF=1;TCR=110;TR=42;WE=38884350;WS=38884332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,69:0.35:195
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chr8	38928984	.	CTTT	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.526;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr8	38964647	rs4517088	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=44;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TCTTTGGAATGTTCACACATC;SOR=0.943;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=5;WE=38964655;WS=38964637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr8	38965271	rs59118660	C	T	5653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=766;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=72;PP=1888;ReadPosRankSum=1.202;SC=AACGGCTTCCCGCTGGCAGCC;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=394;TCF=207;TCR=187;TR=147;WE=38965279;WS=38965261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:454,307:0.40:761
chr8	38987347	rs9650316	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.231;NF=6;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=0.499;SC=TTTATAATTATGAGTGTAATC;SOR=0.859;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=11;WE=38987355;WS=38987337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr8	38988463	rs10101239	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr8	38991720	rs6997278	A	G	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=858;ReadPosRankSum=0.632;SC=TCAGGATGTAATCTGTTGGGG;SOR=0.731;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=55;WE=38991728;WS=38991710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,92:0.53:174
chr8	39022522	rs10088854	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=393;ReadPosRankSum=1.274;SC=TATTAATTATGCATGTATTTA;SOR=0.554;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=26;WE=39022530;WS=39022512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,33:0.55:60
chr8	39068890	rs11786404	A	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=370;ReadPosRankSum=0.168;SC=TATTGTTTTAATTTATCTTTT;SOR=0.760;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=26;WE=39068898;WS=39068880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,35:0.67:52
chr8	39080632	rs7845771	C	G	8229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=93;PP=2965;SC=TGTAATGGAACCTCACCAGAA;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=101;TCR=93;TR=192;WE=39080640;WS=39080622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr8	39080824	rs4476978	T	A	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=739;SC=GATAATGGGGTATATTTTCAT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=39080832;WS=39080814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	39091526	rs4515515	T	C	4071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=2.815;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:236,220:0.48:456
chr8	39114676	rs200807312	GT	G	304.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-1.872;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr8	39114949	rs73608630	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=382;ReadPosRankSum=0.930;SC=AGTAGCAATACTTTACATATC;SOR=0.760;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=21;WE=39114957;WS=39114939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr8	39128387	rs4733994	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr8	39128510	rs11347842	AT	A	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.463;HP=9;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=149;ReadPosRankSum=-1.659;SC=TTTATTTCCAATTTTTTTTTG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=13;WE=39128518;WS=39128500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr8	39133206	rs4733913	C	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=413;ReadPosRankSum=2.667;SC=ATTTAGTAGTCTTTTGAAATT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=27;WE=39133214;WS=39133196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr8	39142264	rs7008808	A	G	2953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=38;PP=1624;ReadPosRankSum=-1.101;SC=GTGGGAGGGAATTTGCTGTCA;SOR=0.671;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=213;TCF=137;TCR=76;TR=104;WE=39142272;WS=39142254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,138:0.48:288
chr8	39142550	rs4551318	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=1.188;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr8	39311600	rs7813010	C	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=8;PP=335;SC=CTGTTACTACCGCTGTCTTCT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=39311608;WS=39311590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	39311677	rs7834545	T	C	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	39312886	rs10097769	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr8	39442292	rs7007924	T	G	7253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=119;PP=2965;SC=ACCCTCCCCCTCTCCCTTCTG;SOR=1.183;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=70;TCR=120;TR=189;WE=39442300;WS=39442282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr8	39463134	rs75770246	G	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr8	39463823	rs13268577	T	C	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=735;ReadPosRankSum=-1.226;SC=TGTTTTATTTTAGATGATTTA;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=47;WE=39463831;WS=39463813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr8	39487022	rs3735881	C	T	7836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr8	39495325	rs3824144	G	A	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=39;PP=1109;SC=AGCCCCTTTGGAAGTGTTTAA;SOR=3.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=39495333;WS=39495315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr8	39496029	rs12708194	T	C	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr8	39503079	rs6474161	G	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=396;SC=TTTATATTCGGCACCACATCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=39503087;WS=39503069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr8	39842443	rs140841420	C	CTTAT	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=146;ReadPosRankSum=-0.759;SC=AGTGAAATAACTTATTTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=6;WE=39842454;WS=39842433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr8	39843139	rs2729472	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr8	39843147	rs187323746	T	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.77;ReadPosRankSum=-0.280;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr8	39862881	rs10109853	C	T	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1253;ReadPosRankSum=1.920;SC=TGCAGGCATCCGGATCTTTCT;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=67;TCR=87;TR=87;WE=39862889;WS=39862871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,128:0.55:233
chr8	39871036	rs2955897	A	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=6;PP=793;SC=AAAATATACCATTACCTCCCT;SOR=2.670;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=40;WE=39871044;WS=39871026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	39871220	.	A	C	3004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.973;NF=42;NR=48;PP=889;ReadPosRankSum=-1.787;SC=CATTCGTCATAGCAAGGAAAG;SOR=0.616;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=200;TCF=87;TCR=113;TR=90;WE=39871228;WS=39871210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,159:0.49:325
chr8	39871298	rs5891075	T	TTTAA,TTTTAA	3012.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;QD=35.87;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,45,39:0.54,0.46:84
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chr8	39872676	rs5891076	GA	G	2066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.001;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.480;NF=45;NR=20;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.495;SC=CTCATCTAGAGAAAAAAAAAA;SOR=2.266;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=65;WE=39872685;WS=39872658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,105:0.94:112
chr8	39872866	rs2981161	A	C	13924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=165;NR=180;PP=2965;SC=ACATCCTGTCATCTGGACAGG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=165;TCR=181;TR=345;WE=39872874;WS=39872856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,516:1.00:516
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chr8	39873188	rs2981162	C	T	192.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=165;SC=GAATGAGGGTCAGGGTTCTGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=39873196;WS=39873178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr8	40389823	rs1429965	C	A	10583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.905;HP=6;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-3.728;NF=74;NR=182;PP=2965;ReadPosRankSum=1.319;SC=ACCTCTTTCTCCCCCCCACCC;SOR=1.604;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=274;TCF=89;TCR=185;TR=256;WE=40389831;WS=40389813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,463:0.99:468
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chr8	40389933	rs4038741	TAA	T	3916.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=87;PP=2973;SC=CCTGTATATATAAAATATCTC;SOR=4.035;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=89;TCF=0;TCR=89;TR=87;WE=40389942;WS=40389923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr8	41478361	rs890220	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=102;ReadPosRankSum=1.512;SC=TGGTGTGAGCGTGGCTGGGAG;SOR=1.700;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=8;WE=41478369;WS=41478351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
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chr8	41517958	rs59908561	A	AG	3457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=23;PP=2050;SC=TCCCACCCCGAGTATCCTGTA;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=46;WE=41517966;WS=41517948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr8	41553928	rs504574	C	G	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=26;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TCCTGCTGGCCAGGCCCTCCT;SOR=0.660;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=152;TCF=108;TCR=44;TR=83;WE=41553936;WS=41553918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,112:0.51:218
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chr8	41555473	rs2241896	T	C	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=2.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,115:0.51:225
chr8	41555740	rs492008	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=583;ReadPosRankSum=0.090;SC=TTTCCACTCCAGAGCCTGACT;SOR=0.900;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=38;WE=41555748;WS=41555730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
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chr8	42163669	rs3817717	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=167;ReadPosRankSum=-0.687;SC=TTTACAATATGCCTTTTCTTT;SOR=0.527;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=14;WE=42163677;WS=42163659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
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chr8	42229059	rs2307163	G	GT	683.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=748;ReadPosRankSum=0.558;SC=CTTACAATAAGTTTTTCTCTC;SOR=0.883;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=24;WE=42229067;WS=42229049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
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chr8	42232160	rs2073663	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.375;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=253;ReadPosRankSum=0.733;SC=ACAAACAGCACATGCTTCCTA;SOR=1.942;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=17;WE=42232168;WS=42232150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr8	42232489	rs2073665	A	G	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=50;PP=1075;ReadPosRankSum=-0.181;SC=AACCACAGACACACTAATTAT;SOR=0.619;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=161;TCF=61;TCR=100;TR=82;WE=42232497;WS=42232479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,106:0.50:212
chr8	42233448	rs10096210	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=745;ReadPosRankSum=-0.119;SC=AAAGGACAGTGGCGCTGTGAC;SOR=0.806;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=42;WE=42233456;WS=42233438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr8	42323207	rs376182049	CA	C	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=1.184;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,34:0.34:101
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chr8	42552633	rs4950	G	A	8286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr8	42587796	rs4954	G	A	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=351;SC=TAAATGTGACGTTATATAAGA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=42587804;WS=42587786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr8	42711606	rs7014595	A	G	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=814;ReadPosRankSum=-0.750;SC=ATGATTCAGCACCTAATGTGT;SOR=0.754;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=158;TCF=60;TCR=98;TR=58;WE=42711614;WS=42711596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,98:0.42:235
chr8	42761230	.	CAAAAA	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=6.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr8	42761288	.	TC	T	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr8	42780832	rs34821062	A	AT	473.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.462;NF=2;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=0.298;SC=ATATCTGTTGATTTTTTTTTG;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=15;WE=42780840;WS=42780822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr8	42798394	.	G	GT	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.677;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr8	42823480	rs6999489	G	T	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=42;PP=1219;SC=TTATTGTATTGATTCATTTAG;SOR=2.019;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=56;WE=42823488;WS=42823470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	42849423	rs76810499	T	TTATAACTG	2202.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=1845;SC=CCTCCCAAAGTGCTGGGGTTA;SOR=2.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=42849431;WS=42849413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	42868455	rs5891200	CT	C	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr8	42882555	rs111931018	A	ATTTGT	7594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=36;PP=2974;SC=ACATTCTGTCATTTGTTCTGT;SOR=1.301;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=69;WE=42882563;WS=42882545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr8	42919458	rs35209691	AT	A	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.156;NF=1;NR=11;PP=181;ReadPosRankSum=0.231;SC=ACTGTACTTTATTTTTTTTGG;SOR=0.622;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=12;WE=42919466;WS=42919448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr8	42932643	rs58729413	G	C	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-6.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=40;PP=661;ReadPosRankSum=-1.538;SC=GTGGAACATAGGATGATAGAT;SOR=0.211;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=100;TCF=18;TCR=82;TR=52;WE=42932651;WS=42932633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,63:0.55:115
chr8	42938190	rs200228166	G	GA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr8	42959007	rs5024011	C	A	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=82;PP=2354;SC=TGCTGTCATCCTGTTATTTCG;SOR=1.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=33;TCR=82;TR=115;WE=42959015;WS=42958997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr8	47759712	rs3849804	T	G	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=68;NR=93;PP=2965;SC=ACTATTTGAGTCTATACCCAG;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=68;TCR=93;TR=161;WE=47759720;WS=47759702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr8	47842316	rs884920	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GTTGTTTAACGAAGTAAGAAG;SOR=0.307;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=47842324;WS=47842306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr8	47842901	rs6995866	A	G	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=9;PP=570;ReadPosRankSum=0.844;SC=AAACAAGGGCATGGACATGGA;SOR=0.490;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=89;TCF=72;TCR=17;TR=42;WE=47842909;WS=47842891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,65:0.47:138
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chr8	48173607	rs58299877	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=-2.314;SC=CGGGAGTGGGCGCCGCGCCGT;SOR=0.654;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=7;WE=48173615;WS=48173597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr8	48320563	rs34569190	AT	A	705.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.439;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=370;ReadPosRankSum=2.186;SC=GTGTAAAAAAATATTTTAGTT;SOR=0.403;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=11;WE=48320571;WS=48320553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr8	48614642	rs34156562	CTCTCTCTCTCTCTCTCTT	C	341.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-0.249;QD=9.49;ReadPosRankSum=2.792;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr8	48614647	rs369245708	TCTCTCTCTCTCTTACACACA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.540;QD=1.39;ReadPosRankSum=2.552;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,7:0.18:38
chr8	48696150	.	C	CA	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr8	48805816	rs11411516	A	AG	11132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=87;PP=2936;SC=TGGCCCCCGAAGTACAAGAGG;SOR=0.864;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=42;TCR=87;TR=127;WE=48805824;WS=48805806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr8	48846519	rs1231202	T	C	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=17;PP=1050;SC=CAATGGTAAATGTTACCATCA;SOR=1.418;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=56;WE=48846527;WS=48846509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	48866788	rs1231203	T	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr8	49641784	rs1482261	A	G	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.117;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=297;ReadPosRankSum=-0.393;SC=TCAAGTGTTAATTTAAAAAAA;SOR=0.432;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=21;WE=49641792;WS=49641774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr8	49643243	rs966703	A	G	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=43;PP=1018;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TGTCCTGCATAATAACTCTCA;SOR=0.546;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=132;TCF=46;TCR=86;TR=69;WE=49643251;WS=49643233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,90:0.51:176
chr8	49985188	rs3735973	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=1.005;SC=TTTTTATTGCAGTATATTTGG;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=9;WE=49985196;WS=49985186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
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chr8	49987910	rs6984804	G	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=40;PP=1116;SC=TAAGAAGACAGAAATGTGTCT;SOR=4.271;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=43;WE=49987918;WS=49987900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	51306704	rs7015950	A	G	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=27;PP=1430;SC=GATTTCCTCCACTATATTAGT;SOR=1.074;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=76;WE=51306712;WS=51306694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
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chr8	51314678	rs75805189	T	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=212;ReadPosRankSum=-0.661;SC=TTAAATGTTATTCACCATGTT;SOR=1.609;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=13;WE=51314686;WS=51314668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr8	51362462	rs1481475	A	G	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=770;ReadPosRankSum=-0.038;SC=CTCCTGTGGGAGAGGACTTCT;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=25;TCR=67;TR=47;WE=51362470;WS=51362452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
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chr8	51415207	rs2623206	C	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=1.677;SC=CTCCCTCTATCTTTTATAAAA;SOR=0.193;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=6;WE=51415215;WS=51415197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
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chr8	52339311	rs184738185	T	C	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=975;ReadPosRankSum=1.646;SC=GAGTAAACACTGCAAGAGCTG;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=65;TCR=85;TR=84;WE=52339319;WS=52339301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,131:0.49:270
chr8	52359454	rs151149131	CTA	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,10:0.12:85
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chr8	52396048	rs1431632	C	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=9;PP=465;SC=GGTTCTCTATCGCTCTGCAGT;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=52396056;WS=52396038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	52412226	rs755311	G	T	12940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=133;PP=2965;SC=ATGTAAAGCAGAAGCAAAGGA;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=145;TCR=134;TR=277;WE=52412234;WS=52412216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr8	52567361	rs17277222	A	T	1435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.234;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=941;ReadPosRankSum=0.289;SC=TAATATGTTGACTGCATTCTG;SOR=1.239;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=56;WE=52567369;WS=52567351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,69:0.45:154
chr8	52721958	rs13252785	T	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=253;SC=GAGCAGCAGCTGCAGCTGCAG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=52721966;WS=52721948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	52730521	rs4401853	C	T	11175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=207;PP=2965;SC=ATGATACTTACTGTTTTAACT;SOR=1.383;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=301;TCF=94;TCR=207;TR=301;WE=52730529;WS=52730511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr8	52733050	rs12335014	T	A	6223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.638;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=15.119;NF=73;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=3.384;SC=CTCTTCTTTGTTATCCTCTTC;SOR=0.159;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=147;WE=52733084;WS=52733040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,250:0.97:259
chr8	52733076	rs77409139	T	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=2.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-15.526;QD=2.16;ReadPosRankSum=-8.434;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,44:0.14:311
chr8	52733128	rs62506083	T	G	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.61;MQRankSum=-11.819;QD=9.06;ReadPosRankSum=5.838;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,113:0.39:293
chr8	52733340	rs35006940	A	AT	794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=17;PP=489;SC=TCTATTGTTTATTTTTTTCAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=17;WE=52733348;WS=52733330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	52746153	rs9298462	C	T	7360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=84;PP=2965;SC=GGTCTTTCTGCACTCCAGCTC;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=96;TCR=86;TR=180;WE=52746161;WS=52746143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr8	52811681	rs10106734	A	G	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=29;PP=909;SC=TGCGCAGAGAACCACGGGCAC;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=52811689;WS=52811671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	52811758	rs13263909	C	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=13;PP=362;SC=GCCCCGCCCCCCTCAGGGCTC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=52811766;WS=52811748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	53055353	rs7006725	C	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=321;ReadPosRankSum=-0.985;SC=AGGTTAGATGCGTGTTTAACG;SOR=0.468;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=22;WE=53055361;WS=53055343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr8	53055483	rs7010548	C	T	3633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1236;ReadPosRankSum=1.977;SC=CATTGGGCACCACTTACGTGA;SOR=0.857;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=183;TCF=98;TCR=85;TR=90;WE=53055491;WS=53055473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,181:0.52:348
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chr8	53447256	rs1440798	C	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=193;ReadPosRankSum=0.829;SC=TGCTTAAAGACTCTGTGGACT;SOR=0.541;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=16;WE=53447264;WS=53447246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
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chr8	55592336	rs405226	A	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=14;PP=991;SC=TGGTGTTTTCATTTGTTTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=55592344;WS=55592326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr8	59343282	rs11989326	T	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=568;ReadPosRankSum=0.436;SC=ACCTCCTCTTTCATTTTTCTA;SOR=0.374;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=37;WE=59343290;WS=59343272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr8	59347184	rs1993453	A	G	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=24;PP=1079;SC=TATTAAATAAATGGTTGCTGG;SOR=0.729;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=48;WE=59347192;WS=59347174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	59352506	rs71557723	TATTA	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TATATCATAATATTAATTGTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=59352517;WS=59352496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr8	59484899	rs7827910	T	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=1.034;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
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chr8	59508076	rs16923588	A	G	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=29;PP=1336;ReadPosRankSum=0.487;SC=CCTAACTTTTACCAGGACTAT;SOR=0.663;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=101;TCR=52;TR=85;WE=59508084;WS=59508066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,110:0.56:195
chr8	59508244	rs55965030	CT	C	4558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.857;NF=7;NR=56;PP=2375;ReadPosRankSum=0.931;SC=TAAATTTTTGCTAAGTCAACT;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=14;TCR=110;TR=63;WE=59508252;WS=59508234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,139:0.47:297
chr8	59511756	rs10111180	C	T	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=23;PP=1482;ReadPosRankSum=0.692;SC=AATATTCACCCAATGCTAAAT;SOR=0.924;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=171;TCF=122;TCR=49;TR=87;WE=59511764;WS=59511746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,124:0.52:240
chr8	59512334	rs2680903	G	A	4728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=66;PP=2283;ReadPosRankSum=-1.597;SC=GAAGCTCCACGTCGTCAACCA;SOR=0.817;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=310;TCF=177;TCR=133;TR=161;WE=59512342;WS=59512324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,232:0.51:458
chr8	59514105	rs33942423	G	GA	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.414;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,29:0.29:101
chr8	59518439	.	CA	C	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.782;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,43:0.33:130
chr8	59518611	rs144708345	A	AAAATAATAAAAT	974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.462;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.452;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,29:0.33:89
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chr8	59535861	.	T	TCGAA	578.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=-2.442;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr8	59547804	rs10113830	C	A	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.863;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr8	59548110	rs76597186	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr8	59555731	rs1387222	T	A	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=499;ReadPosRankSum=0.853;SC=TTTTCCATTCTTGAATTTAAC;SOR=0.696;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=13;TCR=53;TR=34;WE=59555739;WS=59555721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr8	59720604	rs2726600	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.281;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=617;ReadPosRankSum=0.768;SC=GGAAACAAGAGAACGATCAAC;SOR=0.287;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=30;WE=59720612;WS=59720594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr8	61139280	rs12549573	C	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	61139319	rs12549574	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=395;ReadPosRankSum=-0.311;SC=ACCACAAGGACAGCAGCTTTT;SOR=0.412;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=28;WE=61139327;WS=61139309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr8	61178676	rs5891756	CT	C	440.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.765;HP=11;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.224;NF=0;NR=23;PP=239;ReadPosRankSum=-0.623;SC=ACATTAGAGACTTTTTTTTTT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=23;WE=61178684;WS=61178666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr8	61192542	rs55948763	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=0.626;SC=ATCATGAAGAGAGTAATGATA;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=8;WE=61192550;WS=61192532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr8	61193453	rs7002846	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=166;ReadPosRankSum=1.457;SC=CCCGAAACGCACCAGGGGAGT;SOR=0.061;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=13;WE=61193461;WS=61193452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr8	61193522	rs7002871	A	G	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-2.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.412;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=699;ReadPosRankSum=0.822;SC=CGGAGCGCGCAGCGGCAGCAG;SOR=0.486;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=129;TCF=89;TCR=40;TR=58;WE=61193530;WS=61193512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,88:0.46:190
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chr8	61193760	rs10101374	T	G	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=54;PP=1124;ReadPosRankSum=-0.410;SC=GCGCCTTCGCTGGGCGCGGGG;SOR=0.794;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=44;TCR=124;TR=73;WE=61193768;WS=61193750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,78:0.44:179
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chr8	61707725	rs4540437	G	A	4782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=87;PP=2707;SC=TTGGTTATTTGGCATGGGTAA;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=58;TCR=87;TR=144;WE=61707733;WS=61707715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr8	61713126	rs5891777	A	ATGGACT	6917.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=45;PP=2957;SC=CATTTTAAAGATGGACTAGAA;SOR=1.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=51;WE=61713134;WS=61713116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr8	61713231	rs3890803	C	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.603;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=0.372;SC=ATGGGAAATTCGTTGTTTAGC;SOR=0.223;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=16;WE=61713239;WS=61713221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr8	61714245	rs10448027	A	G	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	61732521	rs6471902	A	G	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=17;PP=1352;SC=ATTTCATCTTAGGAAATAAGT;SOR=1.923;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=67;WE=61732529;WS=61732511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	61734295	rs4509369	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=1.001;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr8	61748893	rs7005873	C	A	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=24;PP=575;SC=AATTACCTTCCCAGGGGTCCA;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=61748901;WS=61748883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	61750860	rs7844902	A	G	5429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=82;PP=2424;SC=GAAGCATGACAGAGTTCATGT;SOR=1.129;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=129;WE=61750868;WS=61750850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr8	61764076	rs4342642	A	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=406;SC=TAGGATAACTATTTCTTTGAT;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=61764084;WS=61764066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	62003453	rs1367972	A	G	3900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.446;NF=61;NR=41;PP=1569;ReadPosRankSum=2.437;SC=TGAAGCTGTAATGAGTTAAGA;SOR=0.841;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=219;TCF=123;TCR=96;TR=102;WE=62003461;WS=62003443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,190:0.49:387
chr8	62003547	rs35220668	G	GC	3192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.318;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=64;PP=1737;ReadPosRankSum=2.634;SC=AATGACCCATGCCCCCCCACC;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=12;TCR=115;TR=71;WE=62003555;WS=62003537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,138:0.49:281
chr8	62289060	rs10957192	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=0.324;SC=ACCCTCCAGGCGGGGTTCATG;SOR=0.693;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=9;WE=62289068;WS=62289053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr8	62371260	rs2291607	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=173;ReadPosRankSum=0.222;SC=AAACTGAAAACAAATGGGGCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=11;WE=62371268;WS=62371250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr8	62411925	rs71559334	G	GAAAT	3601.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=2095;ReadPosRankSum=-1.034;SC=ATTAAAAAGAGAAATATAAAA;SOR=0.784;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=42;WE=62411933;WS=62411915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,92:0.47:194
chr8	62416074	rs7005617	G	A	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=43;PP=1363;SC=AGGTCCTGCAGCAGAAAGACA;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=62416082;WS=62416064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr8	62430291	rs138659032	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=422;ReadPosRankSum=-0.383;SC=TTAAGGTGACAGTACAAAATT;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=28;WE=62430299;WS=62430281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,34:0.57:60
chr8	62438530	rs4738904	A	G	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=18;PP=1526;SC=GAAGTCAGAAACTCACCTTGC;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=61;WE=62438538;WS=62438520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	62460886	rs10113272	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.29;SOR=4.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	62460894	rs16927479	G	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	62465580	rs4289805	T	C	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=45;PP=1535;ReadPosRankSum=0.631;SC=GAAATTCATATACCCATTACC;SOR=0.684;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=107;TCR=84;TR=101;WE=62465588;WS=62465570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,169:0.50:341
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chr8	62475276	rs3802286	C	T	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=25;PP=1292;SC=CTTAATTTGACGTAGTTAATA;SOR=1.158;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=69;WE=62475284;WS=62475266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
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chr8	63161462	rs2272014	G	A	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=6;PP=651;SC=CCGCCCCGCCGGGAAACTAAC;SOR=1.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=30;WE=63161470;WS=63161453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	63161829	rs5020321	C	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=28;PP=769;SC=CTCCCCACCGCCTGGCTGGGC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=63161837;WS=63161819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	63257441	rs4442138	T	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=352;SC=CATTAAATTGTTAGATAACTT;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=63257449;WS=63257431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	63502151	rs2306401	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.537;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=202;ReadPosRankSum=-0.313;SC=CTTTTCTGAGCGCTCCGTCAG;SOR=0.180;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=14;WE=63502159;WS=63502141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr8	63502434	rs72423486	TTGTGTGTGTGTGTG	T,TTGTGTGTGTGTGTGTGTG	692.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=0,0;NR=14,14;PP=639,480;SC=TATAGGTATATTGTGTGTGTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=14,14;WE=63502457;WS=63502424;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.62:24
chr8	63659610	rs1319275	G	A	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=749;ReadPosRankSum=-0.033;SC=ACGATTACACGTACGTCTCTG;SOR=0.722;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=54;WE=63659618;WS=63659600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,85:0.50:169
chr8	63942717	rs4617146	C	T	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=573;ReadPosRankSum=0.342;SC=ACCAATGCTGCCAACTTACCC;SOR=0.797;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=47;WE=63942725;WS=63942707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,76:0.52:146
chr8	63948073	rs12682204	C	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=322;ReadPosRankSum=1.902;SC=CCAGGTTGGCCTGGCTGGTCT;SOR=1.416;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=20;WE=63948081;WS=63948063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
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chr8	63948185	rs199816014	TAA	T	2542.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.56;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,71:0.52:137
chr8	63948198	rs34099334	A	C	2864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=4.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.75;ReadPosRankSum=-1.141;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,88:0.51:171
chr8	63951237	rs11545077	C	T	6118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=92;PP=2401;ReadPosRankSum=-1.617;SC=GGCTTCTTGGCGGTGTCGCCG;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=156;TCR=190;TR=168;WE=63951245;WS=63951227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,310:0.49:633
chr8	63951312	rs1800909	A	G	3415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=65;PP=1498;ReadPosRankSum=0.247;SC=CACAGCAGGCAGCCCGGACTG;SOR=0.591;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=243;TCF=103;TCR=140;TR=116;WE=63951320;WS=63951302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,168:0.47:358
chr8	63976677	rs4606052	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
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chr8	66753844	.	G	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=0.607;SC=GGCCGAGACGGGGGCAGGGCG;SOR=0.148;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=66753852;WS=66753834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
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chr8	67403288	rs72652768	T	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=1.114;SC=GTTCTGTTTGTTTCAAAACAA;SOR=0.917;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=12;WE=67403296;WS=67403278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
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chr8	67680194	rs6472285	A	G	5382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.02;MQRankSum=0.859;NF=63;NR=100;PP=2408;ReadPosRankSum=0.420;SC=AGCCACAAGGATGCCTGGTTC;SOR=0.558;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=287;TCF=106;TCR=181;TR=163;WE=67680202;WS=67680184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,260:0.58:450
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chr8	67748231	rs35809374	G	A	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,61:0.46:134
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chr8	67786897	rs77569237	A	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-0.277;SC=TTTTATATTCATAGACTTTTT;SOR=1.675;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=67786905;WS=67786887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr8	67970243	rs6997490	A	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.726;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=422;ReadPosRankSum=-0.984;SC=TTACTACACTATTCTTATTTC;SOR=0.343;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=29;WE=67970251;WS=67970233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
chr8	67973984	rs7812572	C	A	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=908;ReadPosRankSum=0.407;SC=CTGTCCCCCTCCCAGTCGGTG;SOR=0.703;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=141;TCF=96;TCR=45;TR=71;WE=67973992;WS=67973974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,96:0.52:186
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chr8	68864557	rs10093734	G	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=292;ReadPosRankSum=-0.595;SC=GCCGCCGGGGGCCGGGCAGCA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=16;WE=68864565;WS=68864547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr8	68929993	rs12549702	T	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=564;ReadPosRankSum=-0.012;SC=CTTTGGTTTGTTGTAAAGAAA;SOR=0.409;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=30;WE=68930001;WS=68929983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr8	68950289	rs6986739	C	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=266;ReadPosRankSum=0.711;SC=CTGTGCATAGCTTGCTTCTTA;SOR=1.002;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=18;WE=68950297;WS=68950279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr8	68965521	rs10504417	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=397;ReadPosRankSum=2.164;SC=TTTGTGAAGACTCTAACTTAG;SOR=0.723;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=26;WE=68965529;WS=68965511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,40:0.38:106
chr8	68968166	rs1434774	C	A	6802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,185:0.42:441
chr8	68968171	rs1434775	G	A	6762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,184:0.42:438
chr8	68981979	rs6990381	T	C	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=13;PP=562;SC=TTCTAAAATATTGACAGTGAA;SOR=1.214;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=32;WE=68981987;WS=68981969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	68984675	rs6985922	C	T	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=13;PP=1060;SC=TGCTTACCTACCCTCTTGCTT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=68984683;WS=68984665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	68993013	rs12682458	AT	GC	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=38;PP=1394;SC=ATGGCTTTGGATTAGAAGACA;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=77;WE=68993022;WS=68993003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	68993188	rs12682493	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=259;SC=TATCTTTATCAAACATAATGT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=68993196;WS=68993178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr8	68995404	rs1030751	C	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=5;PP=470;SC=TTTCATATTCCAATTTTGTGA;SOR=2.066;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=68995418;WS=68995394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	68995410	rs79583091	TG	T	1311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=7;PP=878;SC=ATTCCAATTTTGTGAAAAACT;SOR=1.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=68995418;WS=68995394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr8	68995468	rs1030752	C	T	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=24;PP=1126;SC=TGTAATTTCTCTCTTAGATGG;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=68995476;WS=68995458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	68995633	rs1030753	A	G	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=34;PP=999;SC=AGTAAGTTGTATGATTTATGT;SOR=1.281;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=68995641;WS=68995623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	68999938	rs4382459	C	T	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=610;ReadPosRankSum=-1.575;SC=TTCATCTTACCTTATTTTCTG;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=37;WE=68999946;WS=68999928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr8	69002965	rs12544121	A	G	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=34;PP=970;SC=GTGGCCCTTCAGATAATCTGG;SOR=1.079;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=56;WE=69002973;WS=69002955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr8	69003009	rs34882769	GT	G	1239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=19;PP=764;SC=GACCTAAGGGGTTGAGGTGGG;SOR=1.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=19;WE=69003017;WS=69002999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	69009268	rs3812458	C	T	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=40;PP=1925;SC=TTGACAAATTCAACACTATGG;SOR=0.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=96;WE=69009276;WS=69009258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr8	69012364	rs1529819	G	A	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=31;PP=898;SC=TGGGCATTGAGTGCAGACCAC;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=69012372;WS=69012354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	69013818	rs10097733	C	T	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=43;PP=1247;SC=AAAACATGACCGTGCTTTGAA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=16;TCR=43;TR=59;WE=69013826;WS=69013808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr8	69013865	rs10098030	G	A	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=22;PP=585;SC=AAATGCAAACGAAAATGCTAA;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=69013873;WS=69013855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	69015242	rs1014663	T	C	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=57;PP=1425;SC=GTTTTACATTTGTTCTTCTGC;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=69015250;WS=69015232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
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chr8	69016055	rs13262734	A	G	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=40;PP=1164;SC=TCCTATGCTGACTCCGCCTTT;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=69016063;WS=69016045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr8	69021138	rs1434761	A	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=273;SC=TGACAACATAAATGAACCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=69021146;WS=69021135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr8	69143589	rs2280637	A	G	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.366;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=709;ReadPosRankSum=-1.433;SC=TGTGCGAGCCACCTCCCCCAG;SOR=1.298;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=52;WE=69143597;WS=69143579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,83:0.38:216
chr8	69143712	rs10581964	CTT	C	775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=6.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.856;QD=11.41;ReadPosRankSum=1.926;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
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chr8	69351982	rs2591004	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.02;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.641;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=486;ReadPosRankSum=1.274;SC=TAGATAGTTACCAAAGGTTTC;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=22;WE=69351990;WS=69351972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr8	69688772	rs7833828	G	T	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=456;SC=CCATCTACTTGTAGGGTTTCT;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=69688780;WS=69688762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr8	69699756	rs16935065	G	A	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=539;ReadPosRankSum=-1.588;SC=AGGAGTGGAAGCAGAACAAGA;SOR=0.779;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=184;TCF=83;TCR=101;TR=54;WE=69699764;WS=69699746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,132:0.38:344
chr8	69728008	rs16935099	A	G	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=523;ReadPosRankSum=0.519;SC=ATGTAGTTTTAATATTAATTT;SOR=0.518;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=89;TCF=66;TCR=23;TR=34;WE=69728016;WS=69727998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr8	69730432	rs16935106	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=1.461;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr8	69730488	rs16935109	G	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=97;ReadPosRankSum=0.864;SC=GTGAAACAGAGAGAAGAAGTT;SOR=0.822;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=12;WE=69730496;WS=69730478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr8	70498501	rs2241882	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
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chr8	70571531	rs6990375	G	A	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.292;SC=AGAAGGCAGCGCCTCCTCTTC;SOR=0.588;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=161;TCF=63;TCR=98;TR=77;WE=70571539;WS=70571521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,117:0.47:251
chr8	70588741	rs10448033	T	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=13;PP=640;ReadPosRankSum=0.587;SC=TAAAATCTTATTCATGGTAAT;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=71;TCR=30;TR=45;WE=70588749;WS=70588731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr8	70588878	rs10448034	T	C	3910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=58;PP=1518;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GCATTCCCAGTGCAAAAGGTC;SOR=0.615;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=228;TCF=118;TCR=110;TR=116;WE=70588886;WS=70588868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,200:0.51:396
chr8	70744812	rs3750266	G	A	4180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=65;PP=1838;ReadPosRankSum=-1.533;SC=TTAGACCTGAGGGTCTCCGGC;SOR=0.755;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=291;TCF=140;TCR=151;TR=122;WE=70744820;WS=70744802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,215:0.46:470
chr8	70964399	rs10089937	A	G	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.066;NF=19;NR=15;PP=490;ReadPosRankSum=0.155;SC=AGCAGCCATCATCCTCCTTGT;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=34;WE=70964407;WS=70964389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr8	70967607	rs3750225	T	C	3820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=55;PP=1445;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GGCTGGAAGATTGAGAGAAAC;SOR=0.620;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=225;TCF=100;TCR=125;TR=104;WE=70967615;WS=70967597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,192:0.51:377
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chr8	71037103	.	T	TA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,20:0.18:109
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chr8	72755549	rs76480365	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=430;ReadPosRankSum=0.957;SC=CTGGATTAAGTTGGGCAAGGG;SOR=0.286;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=54;TCF=45;TCR=9;TR=27;WE=72755557;WS=72755539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
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chr8	72938357	rs2305018	A	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=0.326;SC=TAGTATATGGAATTTTTATAT;SOR=0.245;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=26;WE=72938365;WS=72938347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,35:0.58:60
chr8	72942210	rs3824151	G	T	14829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=129;NR=166;PP=2965;SC=CCAATCTGAAGTATGACACAA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=295;TCF=129;TCR=166;TR=295;WE=72942218;WS=72942200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
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chr8	72963258	rs1025928	T	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=19;PP=455;SC=GGAACCAACATGTAAAGCAAG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=72963266;WS=72963248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr8	72966002	rs3735943	G	A	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=26;PP=1054;SC=TCTTCATCCAGGCGATCTGTG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=72966010;WS=72965992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr8	72966124	rs3735944	A	G	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	72969263	rs3779752	A	C	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=231;ReadPosRankSum=-0.428;SC=CTAAAAAAAAACACTATGTAA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=19;WE=72969271;WS=72969253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
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chr8	74332207	rs6998213	A	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=448;ReadPosRankSum=1.185;SC=AATCATTAAAAACAACCCTAG;SOR=0.856;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=32;WE=74332215;WS=74332197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,36:0.38:95
chr8	74334947	rs150343947	AAAAC	A	2051.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.257;NF=2;NR=22;PP=950;ReadPosRankSum=2.150;SC=CCTAAAAATGAAAACAAACAG;SOR=0.831;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=58;TCF=7;TCR=51;TR=24;WE=74334958;WS=74334937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,57:0.39:145
chr8	74335014	rs60338415	T	TAGAAAGAC	584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=522;ReadPosRankSum=0.436;SC=AAAGCTGAGATAGAAAGACTC;SOR=0.871;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=12;WE=74335022;WS=74335004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
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chr8	74463089	rs3088139	T	G	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.65;ReadPosRankSum=1.518;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,94:0.96:98
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chr8	75275312	rs4463412	C	T	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=25;PP=915;SC=TATATTCTTTCTCTCTTTTCA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=75275320;WS=75275302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr8	75737770	.	CT	C	725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=2.199;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,61:0.59:104
chr8	75924820	rs12115090	A	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.697;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=703;ReadPosRankSum=0.682;SC=TTTATGAAAAAATAAGTGTTT;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=21;TCR=51;TR=40;WE=75924828;WS=75924810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,52:0.53:98
chr8	75944409	rs10714892	AT	A	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=1.310;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
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chr8	76468139	rs2941468	C	G	88.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=22;SC=AAAGAACACTCTAAGTTAACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=76468147;WS=76468129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr8	76468309	rs61003427	GTT	G	397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.41;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	76472485	rs2941472	G	A	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=17;PP=1719;SC=CAAAAATAGCGATATTTAAGC;SOR=2.359;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=78;WE=76472493;WS=76472475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	76472560	rs2941473	A	T	8537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=133;NR=93;PP=2965;SC=CTAACACAGCATCTTTTTATC;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=133;TCR=93;TR=226;WE=76472568;WS=76472550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
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chr8	76476457	rs2272669	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=44;PP=1182;SC=ATAAGATGGTGTCCTATTTTC;SOR=4.174;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=4;TCR=44;TR=48;WE=76476465;WS=76476447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr8	77755152	rs2248913	T	C	7294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=159;PP=2965;SC=CTACTATTCATTGCATGTGCA;SOR=2.199;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=222;TCF=62;TCR=160;TR=217;WE=77755160;WS=77755142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr8	77765865	rs2728455	C	T	14049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=189;NR=161;PP=2965;SC=TTACTGACTACCAGCTTAGGG;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=190;TCR=161;TR=350;WE=77765873;WS=77765855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr8	77879257	rs7000529	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=18;PP=481;SC=CCATTGCCTTTTCCTTTGGTA;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=77879265;WS=77879247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr8	79598666	rs142222654	GTTTA	G,GTTTATTTA	4766.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=17,17;NR=37,37;PP=2991,1674;SC=GATACTGTTTGTTTATTTATT;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=54,54;WE=79598681;WS=79598656;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.61,0.39:120
chr8	79601420	rs1872072	T	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=240;ReadPosRankSum=0.043;SC=TTTCAAGTACTATGCTATTAA;SOR=0.495;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=13;WE=79601428;WS=79601410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr8	79610710	rs1054283	A	G	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1027;ReadPosRankSum=0.751;SC=TTCAGACCTTATCTCCCTCTC;SOR=0.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=160;TCF=80;TCR=80;TR=76;WE=79610718;WS=79610700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,145:0.45:324
chr8	79629738	rs5892663	C	CA	436.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr8	79659182	rs16906062	T	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=298;ReadPosRankSum=-3.400;SC=TTTTTTCATATTTTTCTTTTC;SOR=0.846;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=21;WE=79659190;WS=79659172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,36:0.40:90
chr8	79710584	rs41308447	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=-0.154;SC=AAGAACCTCAAAAGTTGAACT;SOR=0.523;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=17;WE=79710592;WS=79710574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chr8	80523667	rs35479042	G	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=64;ReadPosRankSum=-0.569;SC=AGGTAGAAGCGGGTAAGTTGC;SOR=0.252;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=9;WE=80523675;WS=80523657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr8	80553512	rs13269060	G	A	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.641;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=5;PP=781;ReadPosRankSum=0.527;SC=CCTATCTCCCGGAATAACAAC;SOR=1.256;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=83;TCF=70;TCR=13;TR=43;WE=80553520;WS=80553502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr8	80567402	rs151249962	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=605;ReadPosRankSum=0.562;SC=TTTGCTGCAGGTGTGAGGACA;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=34;WE=80567410;WS=80567392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr8	80575745	rs13263753	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr8	80576923	rs375568053	C	CCTCT	673.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=480;ReadPosRankSum=-1.039;SC=CCCATATTTTCCTTCTGAAAT;SOR=0.941;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=11;WE=80576931;WS=80576913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr8	80576942	rs34059899	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.127;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=263;ReadPosRankSum=1.366;SC=ATGGGAAAAATTCATAAAAGT;SOR=1.382;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=19;WE=80576950;WS=80576932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr8	80577224	rs71756967	T	TA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=2.270;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,17:0.26:65
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chr8	80965039	rs3824267	T	A	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=60;PP=1566;SC=TGAGAATCTTTTGATACCTAC;SOR=1.807;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=79;WE=80965047;WS=80965029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr8	80965070	rs3780010	C	A	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.24;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	80965739	rs2303446	C	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=29;PP=817;SC=CACAGAACTACATCCAAAATT;SOR=3.855;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=80965747;WS=80965729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	81032301	rs4740118	A	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=6;PP=223;SC=AAGTTAAAAGACAAGTGACAG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=81032309;WS=81032291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr8	86135096	rs2132589	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=514;ReadPosRankSum=1.338;SC=CAATGAGAGCAACACACACAA;SOR=1.099;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=27;WE=86135104;WS=86135086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
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chr8	86158217	rs34150174	TTAAAC	T	1539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.230;NF=1;NR=23;PP=1043;ReadPosRankSum=-1.548;SC=CGGTTCCTCTTTAAACTAAGC;SOR=1.554;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=65;TCF=5;TCR=60;TR=24;WE=86158229;WS=86158207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,43:0.41:106
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chr8	86253982	rs1496532	C	T	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=536;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TAGAAACTTACTTGCTTTTAA;SOR=0.744;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=35;WE=86253990;WS=86253972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr8	86254062	rs1496531	T	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=98;ReadPosRankSum=1.957;SC=TTGTAAAAAATTCTACAAGGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=7;WE=86254070;WS=86254052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr8	86351051	rs2072696	G	C	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GTGTGCGGGGGAGCTACATAA;SOR=0.955;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=13;WE=86351059;WS=86351041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr8	86351997	rs20571	G	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=623;ReadPosRankSum=0.103;SC=CCAGTCGCCCGTTGAGCTGCA;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=49;WE=86352005;WS=86351987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,85:0.50:170
chr8	86360458	rs11340759	TC	T	821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=299;ReadPosRankSum=-1.424;SC=CTTCTGGTGCTCCTTACTCCA;SOR=0.705;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=11;WE=86360466;WS=86360448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr8	86376375	.	GCCCCGAT	G	4014.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=3.585;NF=8;NR=81;PP=2987;ReadPosRankSum=0.087;SC=GCGCGGGGGCGCCCCGATCCC;SOR=0.700;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=202;TCF=20;TCR=182;TR=89;WE=86376389;WS=86376365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,214:0.48:447
chr8	86388228	rs2307075	A	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=412;ReadPosRankSum=-0.520;SC=GTAGAATATTACTTAAATATT;SOR=1.536;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=20;WE=86388236;WS=86388218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr8	86389195	rs11780942	C	T	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=13;PP=888;SC=GTTAATTTCTCTTTATTTTGT;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=49;WE=86389203;WS=86389185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	86389403	rs703	T	C	4665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=78;PP=2251;ReadPosRankSum=-0.003;SC=TCCTGAATCCTTGGATTACTG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=133;TCR=140;TR=151;WE=86389411;WS=86389393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,235:0.51:465
chr8	87076150	rs981711	C	G	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=3;PP=841;SC=TGGAGAAGCCCCACTCTAAAC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=38;WE=87076158;WS=87076140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	87076452	rs16879396	C	T	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.156;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=87;PP=2143;ReadPosRankSum=-1.366;SC=TTAAAATTTTCGACTCTTCAC;SOR=0.942;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=263;TCF=109;TCR=154;TR=141;WE=87076460;WS=87076442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,195:0.51:386
chr8	87111368	rs11382900	G	GA	1252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.04;ReadPosRankSum=1.358;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,92:0.52:178
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chr8	87226634	rs56993779	TCCGACATC	T	2365.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.906;NF=20;NR=16;PP=2939;ReadPosRankSum=0.327;SC=AGTTTGCACTTCCGACATCTA;SOR=0.723;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=36;WE=87226649;WS=87226624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,61:0.56:109
chr8	87229702	rs4546639	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr8	87229739	rs4419794	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=185;ReadPosRankSum=0.756;SC=GTATCTCCGCCTTAGTATTCC;SOR=1.207;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=13;WE=87229747;WS=87229729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr8	87229890	rs72688509	G	A	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=2.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,108:0.47:230
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chr8	87241797	rs11413051	A	AT	2143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.643;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=1250;ReadPosRankSum=0.978;SC=ATGATTTTAGATTTTTTTCCT;SOR=0.485;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=54;WE=87241807;WS=87241787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,117:0.48:244
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chr8	87484640	rs72690413	T	C	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=1134;ReadPosRankSum=1.138;SC=TAAAAAGCCATCCAGCAGAAT;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=67;WE=87484648;WS=87484630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,127:0.57:223
chr8	87484669	rs13282351	C	T	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=491;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCTAGAAAGACCCACTTCCTG;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=41;WE=87484677;WS=87484659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,103:0.42:247
chr8	87489562	rs66648775	AAC	A	1695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.953;NF=2;NR=21;PP=966;ReadPosRankSum=0.416;SC=GCCTGTCAAAAACACAAAGAG;SOR=0.749;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=23;WE=87489571;WS=87489552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr8	87497176	rs11539113	G	A	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=424;ReadPosRankSum=-0.048;SC=CATCACTAAGGCAGATTGCAT;SOR=0.769;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=37;WE=87497184;WS=87497166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr8	87507345	.	C	T	59.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.99;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr8	87507366	rs7837569	C	T	30.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=10.14;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr8	87517700	rs35592191	C	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.560;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=597;ReadPosRankSum=0.716;SC=GGAAGGCAGACGGGGTTTATG;SOR=1.106;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=35;WE=87517708;WS=87517690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,46:0.38:121
chr8	87519315	rs6980476	T	G	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.537;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=756;ReadPosRankSum=2.090;SC=AAAGGCCTCTTTTGAAAGTTC;SOR=0.923;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=56;WE=87519323;WS=87519305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,107:0.43:250
chr8	87520894	rs68008113	C	A	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.510;NF=11;NR=21;PP=495;ReadPosRankSum=0.601;SC=CAGGCAGCTACGGAGGCGGGC;SOR=0.591;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=32;WE=87520902;WS=87520884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,59:0.58:102
chr8	87520948	.	C	CCCGCCTCCTGCACAGCACCTCTT	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.90;MQRankSum=2.306;QD=26.03;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr8	87540872	rs10956871	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=520;ReadPosRankSum=-1.242;SC=TATGTGTGTTGTTTTTGAATA;SOR=0.872;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=36;WE=87540880;WS=87540862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,63:0.48:132
chr8	87543280	rs72690455	C	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=4;PP=555;ReadPosRankSum=1.098;SC=TTTCTAATGACTTTAAGTGAA;SOR=0.567;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=32;WE=87543288;WS=87543270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr8	87544832	rs72690457	A	G	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=526;ReadPosRankSum=-0.236;SC=GCAGATTTCAAAAAGGTTGTC;SOR=0.555;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=36;WE=87544840;WS=87544822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,64:0.50:129
chr8	87552426	rs16915389	T	C	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.01;ReadPosRankSum=2.345;SOR=0.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr8	87557153	rs17609515	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=509;ReadPosRankSum=-1.349;SC=TAGCATCAAACGGTTTACTAT;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=36;WE=87557161;WS=87557143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr8	87567031	rs2304790	G	A	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=38;PP=1877;SC=TAAACACATTGTGCTTGAGAA;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=103;WE=87567039;WS=87567021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	87567305	rs3816240	A	C	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=36;PP=824;SC=CATAATACAAAGTCAGGGCAA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=87567313;WS=87567295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr8	87570665	rs1062850	A	C	13871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=194;PP=2965;SC=CTTTTGTGTTATGTGGAGCAA;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=135;TCR=194;TR=329;WE=87570673;WS=87570655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
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chr8	87680406	rs36008065	G	GA	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=35;PP=380;ReadPosRankSum=-1.160;SC=GCTTCATAGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.569;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=2;TCR=74;TR=36;WE=87680414;WS=87680396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
chr8	87751848	rs78198409	GT	G	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.829;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.898;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,61:0.65:94
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chr8	87899960	rs67958512	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=209;ReadPosRankSum=-0.158;SC=TATCACACAGATAAAAACAGT;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=18;WE=87899968;WS=87899950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr8	87917236	rs10504828	T	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=246;ReadPosRankSum=-0.688;SC=ACGTATATATTGAGTTAAAAA;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=12;WE=87917244;WS=87917226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr8	87951714	rs4644279	A	C	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=320;SC=TCTGAAAATGACAAATTTTCT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=87951722;WS=87951704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr8	88218202	.	AT	A	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr8	88440715	.	C	CTATCTTTT	487	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=6;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=22;MQ=59.65;NF=11;NR=7;PP=487;QD=28.7777777778;SC=AGCAATTGCTCTTTTTATGAA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=18;WE=88440725;WS=88440705;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,18:0.82:22
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chr8	88440717	.	TT	AT	483	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=59.66;NF=11,10;NR=6,7;PP=483,392;QD=30.4571301498;SC=CAATTGCTCTTTTTATGAAGA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=17,17;WE=88440725;WS=88440705;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr8	88440717	rs34224018	TT	TCTTTTTAT,TTTTAT	1349.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=11,10;NR=6,7;PP=483,392;SC=CAATTGCTCTTTTTATGAAGA;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=17,17;WE=88440725;WS=88440705;set=Intersection	GT:AF:DP	2/1:0.45,0.55:31
chr8	88622001	rs9692781	C	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=17;PP=680;SC=TCTTCAACACCGAAAATTCTA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=88622009;WS=88621991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	88622043	rs9694259	T	G	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr8	88622592	rs72670872	A	G	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=10;PP=641;SC=CATGAATTTCAGAAGCCTTTG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=88622600;WS=88622582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	89081541	rs2664347	A	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=180;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TTTGGTGTTTACGAATGCAAT;SOR=2.007;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=10;WE=89081549;WS=89081531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr8	89081734	rs144762406	T	TA	4121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=41;PP=1909;ReadPosRankSum=0.158;SC=GGATTATAGATAGAGTGTCTC;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=14;TCR=91;TR=47;WE=89081742;WS=89081724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,135:0.49:277
chr8	89198831	.	CAAA	C,CA	1479.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=4.754;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.66;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,39,17:0.65,0.28:60
chr8	89340034	rs72340679	GAC	G	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,14:0.13:104
chr8	90770609	rs39499	A	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=889;SC=CAAGCTTGGGAGATAGGGAGC;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=90770617;WS=90770599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	90777510	rs431264	G	A	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=83;NR=23;PP=2287;SC=CTTTCTAAGTGTGAAACATAG;SOR=2.453;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=84;TCR=23;TR=106;WE=90777518;WS=90777500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr8	90781953	rs40377	C	T	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=18;PP=1489;SC=GACTTTTGGACTTTTTAAAGA;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=73;WE=90781961;WS=90781943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr8	90782226	rs28565967	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=116;ReadPosRankSum=-1.228;SC=CCAGAATTTTGAAGCTACATT;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=11;WE=90782234;WS=90782216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
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chr8	90796369	.	TAA	T	168.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;MQRankSum=-2.132;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.099;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
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chr8	91967658	rs2677572	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=0.205;SC=GCACCTTGAATGTTCTTTGCC;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=17;WE=91967666;WS=91967648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
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chr8	91973099	rs2740780	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=335;ReadPosRankSum=1.022;SC=AACATCAAATATAATGTTAGG;SOR=1.088;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=24;WE=91973107;WS=91973089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr8	91992746	rs2740774	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=2.774;SC=AGATGCTTTACATGTATACAA;SOR=0.207;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=19;WE=91992754;WS=91992736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
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chr8	92083230	rs28429767	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=-2.650;SC=TCTGTAGCTGCCTGTTACGTG;SOR=0.512;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=10;WE=92083238;WS=92083220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr8	92083424	rs11557571	A	G	4532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.731;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=67;PP=1992;ReadPosRankSum=-1.958;SC=GGAGGAAGCAACTCACCGAAG;SOR=0.765;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=280;TCF=138;TCR=142;TR=138;WE=92083432;WS=92083414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,235:0.45:519
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chr8	92352553	rs16912284	G	A	2410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=33;PP=1551;ReadPosRankSum=2.197;SC=CAGAGTCATTGCCACAGTTAA;SOR=1.011;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=185;TCF=120;TCR=65;TR=101;WE=92352561;WS=92352543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,112:0.51:218
chr8	92352887	rs7012287	C	T	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
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chr8	92365116	rs16912443	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.360;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,34:0.47:73
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chr8	94752754	rs3813853	G	A	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=49;PP=1079;ReadPosRankSum=1.463;SC=ACTGCCCCCAGATCTAACTGA;SOR=0.655;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=45;TCR=97;TR=72;WE=94752762;WS=94752744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,97:0.54:180
chr8	94767979	.	CT	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=0.786;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr8	95143172	rs1051624	T	G	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=53;PP=1360;ReadPosRankSum=-0.564;SC=GACGACATACTCCCTCTCCTC;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=62;TCR=97;TR=86;WE=95143194;WS=95143162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,126:0.56:227
chr8	95143186	rs1051623	C	G	7190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.42;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
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chr8	95158382	rs1131830	C	T	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=827;ReadPosRankSum=1.323;SC=ACACAGAGCTCAAGGAAGACC;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=30;TCR=65;TR=51;WE=95158390;WS=95158372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,75:0.52:144
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chr8	95160958	rs76453018	T	G	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=9.263;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.261;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,76:0.56:135
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chr8	95206799	rs56129387	G	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=502;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TCCCTGGTGTGGGGTAGAAAG;SOR=0.786;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=39;WE=95206807;WS=95206789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,66:0.54:122
chr8	95262820	rs75334292	G	C	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,97:0.49:200
chr8	95507237	rs112365062	A	AT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=2.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.096;QD=0.46;ReadPosRankSum=1.162;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,28:0.17:167
chr8	95521853	.	TAC	T	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,33:0.20:165
chr8	95651239	rs7824334	T	G	10368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=104;PP=2965;SC=GCGCTATCTGTTCCACCCGGC;SOR=0.755;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=227;TCF=118;TCR=109;TR=221;WE=95651247;WS=95651229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr8	95651590	rs5893292	C	CT	12964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=103;PP=2957;SC=GCACCCACCTCTGGAACTCAA;SOR=1.002;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=17;TCR=112;TR=119;WE=95651607;WS=95651580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr8	95651599	rs2162237	A	C	12572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=107;PP=2965;SC=TCTGGAACTCAAGCAGTGGAC;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=65;TCR=107;TR=172;WE=95651607;WS=95651580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr8	95654043	rs62523409	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=0.463;SC=GCACCGGAACCGATGGCGAGT;SOR=0.257;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=10;WE=95654051;WS=95654042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr8	95655415	rs2303451	T	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=433;ReadPosRankSum=0.115;SC=CCAGCACCGGTGTCACCCATC;SOR=1.041;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=22;WE=95655423;WS=95655408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr8	95658287	.	A	AT	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=64;QD=29.0;SC=TAAATTTTAAATTTTTCCATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=3;WE=95658295;WS=95658278;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr8	95658526	rs60139063	T	C	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=756;ReadPosRankSum=-2.277;SC=CTTTAAATCATTACTCAAGAA;SOR=0.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=49;WE=95658534;WS=95658516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,89:0.61:145
chr8	95658562	rs57602858	A	AAAAT	1734.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=1136;ReadPosRankSum=-1.333;SC=GTTCCAGAAAAGGTAATTCAA;SOR=0.735;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=21;WE=95658570;WS=95658552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr8	95673674	rs6471455	A	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=314;ReadPosRankSum=-1.376;SC=AGTGGGAAACACAAAAAATTG;SOR=0.212;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=24;WE=95673682;WS=95673664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr8	95673945	rs7820441	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=0.568;SC=GTCTAGAACTAGCATCTGCTG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=5;WE=95673953;WS=95673935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr8	95674432	rs2303453	G	C	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr8	95674823	rs11404889	G	GT	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.953;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr8	95677132	rs1426171	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.478;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=418;ReadPosRankSum=-1.430;SC=TTCTACCTGCTGTCTGTTTTA;SOR=1.209;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=30;WE=95677140;WS=95677122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr8	95680229	rs1549466	C	T	3095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=39;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.271;SC=AAGTCATTGTCCGCATGCGGG;SOR=0.657;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=88;TCR=77;TR=82;WE=95680237;WS=95680219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,153:0.49:311
chr8	95690579	rs12677519	T	C	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=64;PP=1641;ReadPosRankSum=1.799;SC=TCTTCATGAATTACACAGCGT;SOR=0.922;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=177;TCF=61;TCR=116;TR=94;WE=95690587;WS=95690569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,141:0.51:277
chr8	95718131	rs55760931	CTTT	C	444.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr8	95718314	rs11785	T	C	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=188;ReadPosRankSum=0.659;SC=AAATTTGAGCTAGTGAAGCCA;SOR=1.061;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=13;WE=95718322;WS=95718304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
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chr8	95738717	rs7816645	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=-0.406;SC=AATAGTTTACACTAGAAAGTA;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=10;WE=95738725;WS=95738707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
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chr8	96281480	rs142455613	A	AGGGGACCTGGC	2251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.25;MQRankSum=2.083;NF=1;NR=32;PP=2963;ReadPosRankSum=-1.292;SC=AGGAGTAACGAGGGGACCTGG;SOR=0.794;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=105;TCF=6;TCR=99;TR=33;WE=96281488;WS=96281470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
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chr8	97243720	rs2292835	G	A	4357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.439;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=70;PP=2048;ReadPosRankSum=0.214;SC=AGGAAGCAGAGTGCAGAGCTG;SOR=0.752;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=233;TCF=114;TCR=119;TR=131;WE=97243728;WS=97243710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,201:0.57:354
chr8	97245322	.	C	CA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr8	97246978	rs2643339	C	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-1.316;SC=CCAGCCTGGGCGACAAAGCAA;SOR=1.071;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=7;WE=97246986;WS=97246968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
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chr8	97257982	rs871798	T	C	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=556;ReadPosRankSum=0.696;SC=AATAACTTATTTTAAAGTCTA;SOR=0.475;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=54;TCR=6;TR=28;WE=97257990;WS=97257972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr8	97258719	rs1878638	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=239;ReadPosRankSum=0.374;SC=GTGATAAACACTTACATTCTT;SOR=1.110;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=16;WE=97258727;WS=97258709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr8	97270991	rs2319603	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=635;ReadPosRankSum=-0.654;SC=TGTTTAAAACGGTATTCAAAC;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=30;WE=97270999;WS=97270981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
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chr8	97342536	rs2280263	A	G	7187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=120;PP=2965;SC=AGGCATGGCCATTGTTTAAAA;SOR=1.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=64;TCR=120;TR=184;WE=97342544;WS=97342526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
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chr8	98289986	rs28669903	C	T	9209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=95;PP=2965;SC=GGGCGTCGTCCGGAGCAGGGC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=91;TCR=95;TR=186;WE=98289994;WS=98289976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr8	98656966	rs17854373	G	T	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,83:0.47:175
chr8	98673139	rs35824023	G	GATA	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=164;ReadPosRankSum=0.869;SC=AAACACTAGGGATAATCTATC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=98673147;WS=98673129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr8	98673250	rs16896067	C	T	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=776;ReadPosRankSum=1.176;SC=AATCTTTGCACTGATCTGCTA;SOR=0.888;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=103;TCF=70;TCR=33;TR=56;WE=98673258;WS=98673240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,94:0.48:197
chr8	98703317	rs17854374	A	G	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=908;ReadPosRankSum=0.029;SC=AAAGAGGAAAACTGAGCCATC;SOR=0.703;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=143;TCF=72;TCR=71;TR=61;WE=98703325;WS=98703307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,113:0.47:239
chr8	98711884	rs150495888	TA	T	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.608;NF=15;NR=8;PP=685;ReadPosRankSum=0.463;SC=GGAGAAATTTTAAAAATAAAG;SOR=0.567;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=23;WE=98711892;WS=98711874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr8	98712107	rs76537339	AT	A	847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=495;ReadPosRankSum=1.339;SC=ATTATCAGTTATTTTTTTTCA;SOR=0.810;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=1;TCR=61;TR=28;WE=98712115;WS=98712097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,53:0.47:113
chr8	98787739	rs2002451	C	T	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=0.785;QD=11.55;ReadPosRankSum=2.022;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr8	98787994	rs2449510	A	G	3508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=61;PP=2180;SC=TCACATGGCCAAGTCCGCCCC;SOR=2.416;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=98788002;WS=98787984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr8	98788033	rs2449509	G	C	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=45;PP=1443;SC=CCGCTGCAGCGGTCGCCTTCG;SOR=2.232;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=65;WE=98788041;WS=98788023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr8	98788165	.	C	CGGCGGGCTCCAGGCGA	763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=1.778;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr8	98788261	rs2449508	G	T	2722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.024;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.04;MQRankSum=1.019;NF=30;NR=21;PP=827;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CGCCCTGGACGCGGTTCTACT;SOR=0.805;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=51;WE=98788269;WS=98788251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,134:0.49:271
chr8	98817432	rs4735496	C	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=-1.231;SC=CTGCTCCCTCCATGGGTGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=15;WE=98817440;WS=98817422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr8	98817559	rs112813626	T	TG	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=10.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=1.145;SOR=1.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr8	98817833	rs112339716	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=-1.221;SC=ATTTGTGTGCGTCTAACATTC;SOR=0.177;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=12;WE=98817841;WS=98817823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr8	98827531	rs7818775	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=421;ReadPosRankSum=-0.804;SC=CTTTTTTAAAGAAATTCTTTT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=30;WE=98827539;WS=98827521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,41:0.49:84
chr8	98827636	rs7818662	C	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=475;ReadPosRankSum=1.122;SC=CAAGGTAAGCCGCTTGCAGTA;SOR=0.794;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=29;WE=98827644;WS=98827626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,57:0.61:93
chr8	98828215	rs3073521	A	ACTT	2277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=1231;ReadPosRankSum=0.115;SC=TTAATAAAATACTTTGAATTT;SOR=0.563;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=30;WE=98828223;WS=98828205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,61:0.48:128
chr8	98828529	rs2331656	A	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.89;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr8	98828532	rs2331657	C	G	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.89;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr8	98828551	rs2331658	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.489;HP=14;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=0.171;SC=TTTCTTTTTTCTTTTTTTTGA;SOR=0.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=10;WE=98828559;WS=98828541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
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chr8	99045454	rs6985709	G	A	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=1.114;SC=TCAGCCTTTCGGCTTGCCAAC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=4;WE=99045462;WS=99045444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
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chr8	99152170	rs28549107	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=2.639;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr8	99152183	rs28645170	T	C	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.27;ReadPosRankSum=3.713;SOR=0.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,51:0.58:88
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chr8	101117734	rs1471293	A	G	4503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=67;PP=1815;ReadPosRankSum=0.039;SC=ACACAGGCAAACGTAGCACAT;SOR=0.686;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=297;TCF=145;TCR=152;TR=128;WE=101117742;WS=101117724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,229:0.48:481
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chr8	101225241	rs11280812	C	CCCGCGGCCT	1517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=652;ReadPosRankSum=0.583;SC=GTCCTGCACCCCCGCGGCCTC;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=12;WE=101225249;WS=101225231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
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chr8	101225894	rs62532740	G	A	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=428;ReadPosRankSum=1.044;SC=TTCCCTTGGTGGCTGTTGCGG;SOR=0.293;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=31;WE=101225902;WS=101225884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr8	101232421	rs141450399	TCAGTACTG	T	852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=1346;ReadPosRankSum=-1.053;SC=ATTTGAGAGTTCAGTACTGCA;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=13;WE=101232436;WS=101232411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr8	101232701	rs2919471	T	C	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.513;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=27;PP=622;ReadPosRankSum=-1.482;SC=AGTTGTTTTATACTGTTTTTC;SOR=1.287;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=35;WE=101232709;WS=101232691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,46:0.55:84
chr8	101252680	rs6511	T	C	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=714;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GAGGTCTCCATGGGATGCCTT;SOR=0.456;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=54;WE=101252688;WS=101252670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,79:0.60:132
chr8	101253092	.	G	GT	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.136;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=5.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.127;QD=1.45;ReadPosRankSum=-1.082;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr8	101280911	.	TA	T	456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=-0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=12.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=-0.000;QD=13.05;ReadPosRankSum=-0.230;SOR=3.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,31:0.89:35
chr8	101281238	rs7014862	C	A	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=44;PP=1178;SC=AATTAGTGCACTATATTAAAA;SOR=1.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=54;WE=101281246;WS=101281228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	101281271	rs1660324	C	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=0.513;SC=TTAAAAACTTCTCATAGTTAG;SOR=1.402;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=14;WE=101281279;WS=101281261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr8	101540233	.	TAA	T	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr8	101542205	rs2469652	G	T	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=37;PP=953;SC=ATAAATAAATGACCAAACAGA;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=101542213;WS=101542195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	101586133	rs2022923	T	C	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr8	101608919	rs2248609	T	C	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.257;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=619;ReadPosRankSum=0.843;SC=AACGATGTCCTGGGTCTGGCT;SOR=0.708;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=55;WE=101608927;WS=101608909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,87:0.44:196
chr8	101620557	rs11418392	A	AC	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=249;ReadPosRankSum=0.284;SC=CTTCTTCTCCACCCCCCACAG;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=10;WE=101620565;WS=101620547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr8	101625336	rs7001509	A	G	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.242;SC=ACAAGCAGAAAGGGAAAAAGT;SOR=0.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=82;TCR=83;TR=69;WE=101625344;WS=101625326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,124:0.46:270
chr8	101629995	.	C	CT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.193;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr8	101661603	rs7016136	T	G	3305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.950;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=88;PP=2230;ReadPosRankSum=-0.451;SC=ACCCCGTCCCTGGTGAGCCGA;SOR=0.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=277;TCF=118;TCR=159;TR=153;WE=101661611;WS=101661593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,161:0.50:320
chr8	101661634	rs12681977	C	T	2604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=79;PP=1913;ReadPosRankSum=0.603;SC=AGCATTGCCACCGGCCCCCTC;SOR=0.731;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=236;TCF=88;TCR=148;TR=122;WE=101661642;WS=101661624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,124:0.51:244
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chr8	103297707	rs2293982	T	C	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.891;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=687;ReadPosRankSum=0.126;SC=CAAAAAAAAATAGTGGAATGG;SOR=1.581;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=66;TCF=52;TCR=14;TR=35;WE=103297715;WS=103297697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,35:0.51:68
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chr8	103316228	rs71268561	G	GT	1733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.739;NF=21;NR=21;PP=1145;ReadPosRankSum=-1.459;SC=TCTGTACTTGGTTTTTTCCTC;SOR=0.910;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=86;TCF=37;TCR=49;TR=42;WE=103316236;WS=103316218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,91:0.50:181
chr8	103316437	rs2925786	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.020;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=400;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TTAAGTTTTAGAACTAATACA;SOR=0.302;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=25;WE=103316445;WS=103316427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
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chr8	103317265	rs3018537	A	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.131;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-1.978;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
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chr8	103572551	rs57773710	T	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=-1.510;SC=TGTGTAAAGTTTATTTTCACA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=8;WE=103572559;WS=103572549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr8	103572992	rs3018444	C	G	33808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=896;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.55;QD=43.96;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,769:1.00:769
chr8	103572992	.	CTGCAGCCCCTGCAG	GTGCAGCCCCTGCAG,GTGCAGCCCGTGCAA	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=61.2;NF=307,151;NR=265,124;PP=2962,2934;QD=20;SC=CTTGCAGCCCCTGCAGCCCCT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=608;TCF=323;TCR=285;TR=572,275;WE=103573044;WS=103572982;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.94:608
chr8	103573001	rs3018445	C	G	19383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1060;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.38;MQRankSum=-11.325;QD=20.78;ReadPosRankSum=-3.367;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,519:0.56:933
chr8	103573006	rs2916569	G	A	19159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=909;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.61;MQRankSum=-13.997;QD=21.15;ReadPosRankSum=-1.157;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,497:0.55:906
chr8	103573010	.	CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG	C	11337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DP=1017;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=12.838;NF=33;NR=138;PP=2984;ReadPosRankSum=5.310;SC=CCTGCAGCCCCTGCAACCCCT;SOR=0.706;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=425;TCF=105;TCR=320;TR=171;WE=103573044;WS=103572982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:611,324:0.35:935
chr8	103846823	rs71303443	A	AAAC	611.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=414;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CACAGGCAGAAAATACTTAGT;SOR=0.653;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=11;WE=103846831;WS=103846813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr8	103851052	rs1062048	T	C	2568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=822;ReadPosRankSum=-1.712;SC=CAACTTTTGCTGCATACTTTA;SOR=0.767;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=62;WE=103851060;WS=103851042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,129:0.54:239
chr8	103852064	rs3217408	TA	T	946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.889;NF=4;NR=30;PP=486;ReadPosRankSum=1.303;SC=ATTATGGTTATAAAAAAAAAG;SOR=0.643;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=71;TCF=5;TCR=66;TR=34;WE=103852072;WS=103852054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,57:0.57:100
chr8	103876780	rs2247355	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=-0.548;SC=TCGAGCTCCACGCTGGCAGCG;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=14;WE=103876788;WS=103876770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr8	104053304	.	C	G	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=37;PP=809;ReadPosRankSum=1.987;SC=AGAAAACCTCCTCTCCAGCCA;SOR=0.807;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=32;TCR=67;TR=54;WE=104053312;WS=104053294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,62:0.53:117
chr8	104081085	rs9992	G	C	5877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=104;PP=2965;SC=TGCTTCTTACGCCCTTTCCTA;SOR=1.365;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=44;TCR=105;TR=148;WE=104081093;WS=104081075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr8	104145625	rs2515189	A	G	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=45;PP=1303;SC=GGACAGAAAGAAGACCCAAAG;SOR=1.450;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=65;WE=104145633;WS=104145615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr8	104166902	rs35605502	G	GC	4020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=38;PP=2216;ReadPosRankSum=1.847;SC=TGATCCCACAGCCCACCTGTC;SOR=0.416;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=53;WE=104166910;WS=104166892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,160:0.98:163
chr8	104195486	rs16870235	G	C	2261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=25;PP=1428;ReadPosRankSum=0.286;SC=AGAGTCCTTTGTCAGAATCCC;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=182;TCF=126;TCR=56;TR=90;WE=104195494;WS=104195476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,104:0.50:208
chr8	104210367	rs62528474	A	G	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=40;PP=919;ReadPosRankSum=-0.286;SC=CCCTACAGAAAGTTGGGCATC;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=125;TCF=48;TCR=77;TR=63;WE=104210375;WS=104210357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,117:0.49:239
chr8	104312341	rs3736047	A	G	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.003;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=24;PP=1358;ReadPosRankSum=0.005;SC=AGAAAATGGAAATGTTTACAT;SOR=0.910;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=162;TCF=108;TCR=54;TR=82;WE=104312349;WS=104312331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,119:0.51:234
chr8	104319947	rs11312808	GT	G	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
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chr8	104337096	rs3808554	A	G	4120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=77;PP=2399;ReadPosRankSum=-0.926;SC=GATTTTTGCTAGGCGATAGCA;SOR=0.632;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=331;TCF=178;TCR=153;TR=162;WE=104337104;WS=104337086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,207:0.44:466
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chr8	104439612	rs187210651	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=180;ReadPosRankSum=0.843;SC=GTTTTCCCGATTGTAAATGAG;SOR=0.269;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=104439620;WS=104439602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr8	104709594	rs1176674	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=460;ReadPosRankSum=0.020;SC=GTTAGAGAGTATGTTAATTCA;SOR=1.075;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=27;WE=104709602;WS=104709584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr8	104934028	rs6468897	G	A	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=59;PP=1362;ReadPosRankSum=-1.247;SC=TAGTCATTACGTTTACTCTTC;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=53;TCR=114;TR=84;WE=104934036;WS=104934018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,117:0.46:254
chr8	104973378	rs35964420	T	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=371;ReadPosRankSum=0.517;SC=ATTTTAGAATTATTTTATAGT;SOR=1.124;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=21;WE=104973386;WS=104973368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr8	105025934	rs34555846	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=568;ReadPosRankSum=0.644;SC=TGGTCTCTTCTATCATCTTTG;SOR=0.632;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=32;WE=105025942;WS=105025924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr8	105053356	rs10086112	A	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=3.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=5;PP=824;ReadPosRankSum=-0.550;SC=ACCTATAGTAACAAAATCAAC;SOR=0.288;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=69;TCF=62;TCR=7;TR=40;WE=105053364;WS=105053346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr8	105053383	rs10086223	C	T	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=12;PP=994;ReadPosRankSum=0.617;SC=TCAGTTCTTACGTATTTTTTG;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=96;TCR=24;TR=59;WE=105053391;WS=105053373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,69:0.50:137
chr8	105105846	rs55788818	C	T	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,131:0.43:302
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chr8	105106882	rs9969594	T	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.565;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr8	105261119	.	T	TTCTCTCTCTCTCTCTCTC	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=1519;ReadPosRankSum=0.581;SC=TCATAGAATCTTCTCTCTCTC;SOR=1.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=12;WE=105261128;WS=105261109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr8	105261161	rs3072636	A	ATTTT	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr8	105261175	rs2340767	A	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=5.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.37;ReadPosRankSum=1.865;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr8	105261946	rs1447063	C	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=15;PP=308;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TATGACTGGTCTGGTGCTGGA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=15;WE=105261954;WS=105261936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr8	105263248	rs1374519	C	T	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=1118;ReadPosRankSum=0.831;SC=TTTTCTTTCCCAAGCACCGTA;SOR=0.731;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=173;TCF=90;TCR=83;TR=79;WE=105263256;WS=105263238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,155:0.45:348
chr8	105263751	rs2252152	T	A	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=346;ReadPosRankSum=0.371;SC=GAATGTACTTTAGTATTTTAA;SOR=0.527;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=26;WE=105263759;WS=105263750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr8	105264087	rs34085789	C	CAA	758.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.173;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.713;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,60:0.56:107
chr8	105367096	rs2458431	T	C	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=15;PP=871;SC=TTTTATTCTTTCATTTTAGAA;SOR=1.453;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=47;WE=105367104;WS=105367086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	105393687	rs2253336	G	A	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=616;SC=GGCCTTTCACGGAAATTCCTG;SOR=3.180;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=105393695;WS=105393677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	105440462	rs2246815	A	G	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=34;PP=819;SC=AGTCAGAAAAATCCAATGGAG;SOR=3.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=105440470;WS=105440452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr8	105459431	rs76239895	C	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=453;ReadPosRankSum=0.549;SC=ACGGAAAATCCATTTCTGGAT;SOR=0.506;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=31;WE=105459439;WS=105459421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,43:0.52:82
chr8	105459793	rs7821992	C	A	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=675;SC=TAATTTCAACCTTCTCTAAAA;SOR=4.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=105459801;WS=105459783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	105463690	rs2669429	A	G	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=27;PP=802;SC=TAAGTCATTTATCATCTTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=105463698;WS=105463680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr8	105845706	rs145596017	T	TTTTTTTTC	2119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=13;PP=904;SC=AATTTTTTCCTTTTTTTTCTA;SOR=0.866;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=105845714;WS=105845696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr8	105845812	rs1380688	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.379;SC=GGATTACAGGCGTGAGCCACG;SOR=1.426;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=6;WE=105845820;WS=105845802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr8	105907461	rs2290865	G	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=0;PP=532;SC=CAAAAGAAAAGTAGCTGCAGG;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=105907469;WS=105907454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	105907786	rs3214884	GT	G	5220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=82;PP=2951;SC=ATGGAAAACAGTTAATTTTAA;SOR=1.545;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=8;TCR=83;TR=90;WE=105907794;WS=105907776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr8	105907833	rs2290866	C	T	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=55;PP=1548;SC=AAATAAAAGACCCAGAAATCA;SOR=2.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=16;TCR=55;TR=71;WE=105907841;WS=105907823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	106331073	.	AGCG	A	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.106;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=-0.173;QD=2.77;ReadPosRankSum=-1.469;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr8	106331094	.	G	GGCGGCGGGA	1058.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=4.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.654;QD=12.03;ReadPosRankSum=3.319;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr8	106573578	rs3735953	C	T	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=48;PP=2932;SC=CACTTCTGTTCCTTTGTCTGC;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=93;TCR=48;TR=140;WE=106573586;WS=106573568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr8	107277717	rs2938306	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=0.696;SC=TTTTGAATCCGTTATAATAAA;SOR=0.616;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=8;WE=107277725;WS=107277707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr8	107371924	rs2022982	C	A	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.132;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=899;ReadPosRankSum=0.184;SC=GCAGTATTTTCTGAGGGAGTC;SOR=0.509;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=129;TCF=34;TCR=95;TR=62;WE=107371932;WS=107371914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,83:0.50:165
chr8	107630536	rs3134136	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=359;ReadPosRankSum=1.137;SC=GGATCTGTGACGATGCAGTTG;SOR=1.675;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=20;WE=107630544;WS=107630526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr8	107670141	rs2282510	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=254;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GCCGGTGGGCGCGCTAGTGGT;SOR=0.410;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=21;WE=107670149;WS=107670131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr8	107691271	rs28921395	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=0.799;SC=GTAGGAAGTTCAGTTCCTTTT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=107691279;WS=107691261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr8	107704940	.	TA	T	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.816;QD=2.86;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr8	107751966	rs34123736	GTTAA	G	1199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.383;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.784;NF=0;NR=20;PP=851;ReadPosRankSum=-2.310;SC=AGCAACTAGTGTTAATTAAGA;SOR=0.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=20;WE=107751977;WS=107751956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr8	107754583	rs1784468	T	G	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=652;ReadPosRankSum=0.173;SC=TTATAAAGAGTTGACATAACA;SOR=0.678;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=141;TCF=56;TCR=85;TR=57;WE=107754591;WS=107754573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,93:0.45:206
chr8	107782065	rs13259080	A	G	5535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=103;PP=2482;ReadPosRankSum=0.595;SC=CTCCTCTCTCATAAGTCTTGC;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=375;TCF=159;TCR=216;TR=179;WE=107782073;WS=107782055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,288:0.46:624
chr8	107782395	rs11996466	G	A	1835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=1.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-1.289;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,93:0.55:168
chr8	108315277	rs4472483	T	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.083;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr8	108970264	rs3039298	T	TCA	5513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.927;NF=45;NR=35;PP=2927;ReadPosRankSum=-2.022;SC=GCGGGAGAATTCAGGAAGCAC;SOR=0.880;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=148;TCF=79;TCR=69;TR=80;WE=108970272;WS=108970254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,142:0.54:262
chr8	108970367	rs601558	A	G	6289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=619;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.950;NF=100;NR=98;PP=2651;ReadPosRankSum=-2.001;SC=GGTTGGACACAGTATTGTGTC;SOR=0.658;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=383;TCF=197;TCR=186;TR=198;WE=108970375;WS=108970357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,319:0.53:605
chr8	109009081	rs1369068	T	C	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=13;PP=1441;SC=AAAAGCATTGTTTTATTTACT;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=63;WE=109009089;WS=109009071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	109009180	rs716149	G	A	2801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,164:0.50:327
chr8	109094747	rs10955475	C	T	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=33;PP=1391;SC=AAGCCCACCACGCACCTTTGG;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=79;WE=109094755;WS=109094737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr8	109215368	rs630492	T	C	8908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=147;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=91;PP=2965;SC=CACAGGGAAATTGATCCTATA;SOR=0.728;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=189;TCF=94;TCR=95;TR=185;WE=109215376;WS=109215358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr8	109215441	rs72205512	TGCACTGTATAGAGATGACAATA	T	6958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=63;PP=2957;SC=CATATTTTAATGCACTGTATA;SOR=1.451;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=4;TCR=63;TR=67;WE=109215470;WS=109215431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr8	109229529	rs11358208	TA	T	147.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=3.424;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=1.136;SC=CTTAGGTATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=7;WE=109229537;WS=109229519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr8	109245991	rs612744	G	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	109246032	rs587340	C	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	109247189	.	CAAA	C	266.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	109252471	rs16877534	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GTCCCCGATCCCTAATTTCTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=109252479;WS=109252461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr8	109254262	rs615233	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=459;SC=TACGATAAACCATTAACATTC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=109254270;WS=109254252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	109254677	rs627392	C	T	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=81;PP=2227;SC=CAAATAGATACATATACACAA;SOR=2.187;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=23;TCR=81;TR=104;WE=109254685;WS=109254667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr8	109260776	rs4735053	A	G	32793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=399;NR=322;PP=2965;SC=TACAGACACCACCTTTCGGCC;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=724;TCF=400;TCR=324;TR=721;WE=109260784;WS=109260766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1293:1.00:1293
chr8	109455802	rs3737501	G	A	4889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=70;NR=52;PP=2085;SC=ATGAGAAAAAGCTACGTAACT;SOR=0.952;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=71;TCR=52;TR=122;WE=109455810;WS=109455792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr8	109455863	rs3737502	C	T	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=-1.568;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,145:0.52:277
chr8	109462791	rs4540386	A	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=753;SC=GACTTAATGTATGGCTTATAT;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=109462799;WS=109462781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr8	109465432	.	AT	A	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=2.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.552;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,31:0.17:185
chr8	109468230	rs10646253	T	TAGAA	354.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=217;SC=GAGGAAATAATAGATACATAA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=109468238;WS=109468220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	109488937	rs1871685	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=409;SC=CTGAATGCCTATGGTATGATG;SOR=1.942;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=109488945;WS=109488927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr8	109491399	rs2252767	A	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=14;PP=395;SC=TAGTTTTGTTACTACAAACTA;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=109491407;WS=109491389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	109498656	rs10111934	T	G	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=0;PP=401;SC=CAATGTTAAGTTTCATTAACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=19;WE=109498664;WS=109498646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	109498717	.	C	CTT	642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.72;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr8	110575806	.	CT	C	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr8	110620037	.	T	TCACACA	652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-1.771;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr8	110657514	rs3108849	G	A	2855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1186;ReadPosRankSum=-1.180;SC=GATCCCTCTCGTACCGGAGCC;SOR=0.661;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=159;TCF=72;TCR=87;TR=83;WE=110657522;WS=110657504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,137:0.54:255
chr8	110984472	rs746596	G	A	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1142;ReadPosRankSum=1.095;SC=AAAGGCATCAGTGAAATGTGA;SOR=0.458;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=157;TCF=98;TCR=59;TR=79;WE=110984480;WS=110984462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,118:0.51:233
chr8	113254085	.	ACG	A	58.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,7:0.15:46
chr8	113254087	rs28698529	G	A	868.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.89;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,39:0.85:46
chr8	113301530	.	GCTA	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=11.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.496;SOR=0.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,4:0.13:31
chr8	113420495	rs35988509	TG	T	3556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=27;PP=2005;SC=GAATACATCATGGGAAAATTA;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=48;WE=113420503;WS=113420485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr8	113516209	rs10955625	G	A	695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.313;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.821;NF=15;NR=37;PP=860;ReadPosRankSum=0.381;SC=TGCTAAAACTGAAAAAAAAAA;SOR=1.181;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=34;TCR=85;TR=52;WE=113516217;WS=113516198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,45:0.40:112
chr8	113529233	rs2853244	A	G	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=2.557;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr8	113529553	rs67362344	T	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=1.054;SC=AATTTTGGGGTCAATTTTTAA;SOR=0.368;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=9;WE=113529561;WS=113529543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr8	113563045	rs150159258	G	A	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=907;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CTGGTGGACCGTCCCAGACTC;SOR=0.618;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=173;TCF=84;TCR=89;TR=71;WE=113563053;WS=113563035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,144:0.45:320
chr8	113599184	rs16892598	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.494;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr8	113599196	rs7463547	T	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.80;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	113842039	rs10106945	G	A	7630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=144;PP=2965;SC=ACAGAAACATGCACCTTAAAT;SOR=1.335;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=213;TCF=65;TCR=148;TR=209;WE=113842047;WS=113842029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
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chr8	116632409	rs10589819	GAA	G	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
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chr8	117709453	rs7004565	A	G	2953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=60;PP=1295;ReadPosRankSum=0.810;SC=GGGTTGACAGATCACCCCAAA;SOR=0.860;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=186;TCF=71;TCR=115;TR=94;WE=117709461;WS=117709443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,152:0.47:320
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chr8	117768128	rs28649280	G	A	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=50;PP=1328;ReadPosRankSum=-0.374;SC=CGGCGTTCGAGGGGCGGAGAC;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=230;TCF=109;TCR=121;TR=92;WE=117768136;WS=117768118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,145:0.46:315
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chr8	117783975	rs16888728	C	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=302;ReadPosRankSum=-0.213;SC=AAAAAGGCACCGGACACACAA;SOR=0.631;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=22;WE=117783983;WS=117783965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
chr8	117791733	rs979866	T	C	6196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=65;PP=2449;ReadPosRankSum=0.275;SC=GGATCTCTGCTAGCTTACTAA;SOR=0.642;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=332;TCF=206;TCR=126;TR=163;WE=117791741;WS=117791723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,314:0.49:642
chr8	117799012	rs1867840	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=0.308;SC=TTTTTACTTGAATTATTTTAT;SOR=0.458;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=9;WE=117799020;WS=117799002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr8	117864217	rs1050838	A	G	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=14;PP=889;SC=CAATTTGTCCAGCTTTTCGCT;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=117864225;WS=117864207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
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chr8	117868531	rs35902828	TA	T	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
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chr8	117950768	rs16889283	G	C	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=2.464;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr8	117955005	rs4629901	C	T	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=35;PP=715;ReadPosRankSum=0.792;SC=TTTGGGAGGCCGAGGCGGGCG;SOR=0.976;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=99;TCF=21;TCR=78;TR=43;WE=117955013;WS=117954995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,54:0.43:127
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chr8	119451983	rs34337924	ATGT	A	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.714;NF=5;NR=2;PP=268;ReadPosRankSum=-1.642;SC=CAGCAGGAAGATGTTGTTTCA;SOR=0.129;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=119451993;WS=119451973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
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chr8	119964283	rs2073617	G	A	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr8	120220775	rs71302978	CG	C	3962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=26;PP=1374;SC=CCCGCCGCCCCGGGGTCACCC;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=36;WE=120220783;WS=120220765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr8	120580546	rs200158900	T	TA	316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=18.63;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr8	120583148	rs2305125	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.432;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=325;ReadPosRankSum=1.486;SC=TTAAAGAAATGTTGGAAGAGT;SOR=1.410;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=21;WE=120583156;WS=120583138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr8	120583185	rs2305126	T	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.392;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
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chr8	120602908	rs935359	C	T	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.43;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr8	120602908	.	CTAAAAC	TTAAAAC,TTAAAAT	535	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=12;MQ=60.0;NF=34,18;NR=45,26;PP=343,535;QD=4.78191408288;SC=TCAGGCAAGACTAAAACGAAA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79,44;WE=120602922;WS=120602898;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:79
chr8	120602914	rs935360	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,59:0.53:111
chr8	120613747	rs2289888	C	T	5458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=83;PP=2333;ReadPosRankSum=1.397;SC=GTTTCATTTCCGCAAACTCAA;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=343;TCF=177;TCR=166;TR=175;WE=120613755;WS=120613737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,274:0.49:564
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chr8	121226143	rs71571669	C	CT	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.972;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=285;ReadPosRankSum=0.150;SC=AATTATATTGCTTTTTTTTCT;SOR=0.420;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=17;WE=121226151;WS=121226133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr8	121228679	rs4870723	A	C	6225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=98;PP=2772;ReadPosRankSum=0.834;SC=AAGACAGATCAATGGTTATCG;SOR=0.666;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=357;TCF=152;TCR=205;TR=178;WE=121228687;WS=121228669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:350,317:0.48:667
chr8	121259843	rs2305604	T	C	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=23;PP=952;ReadPosRankSum=1.383;SC=CCTTTTCTTTTCTACTCAGTA;SOR=0.691;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=59;WE=121259851;WS=121259833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,86:0.46:186
chr8	121267617	rs993823	C	T	4480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=70;PP=2212;SC=CCATCACTTACGTTTTTGTCA;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=107;WE=121267625;WS=121267607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr8	121290573	rs2305609	T	A	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=14;PP=1030;SC=TTTAAAGATTTTTTTTTTCAT;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=121290588;WS=121290563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr8	121292407	rs1869831	G	A	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=37;PP=946;SC=TGGTTAAATAGTGAGTCCGAT;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=121292415;WS=121292397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	121293142	rs3054972	CTT	C	1559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.426;QD=21.08;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:12,62:0.84:74
chr8	121293331	rs1563388	G	A	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=34;PP=965;SC=TAAAGTCATCGTATGTTTATT;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=121293339;WS=121293321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr8	121295744	rs17237080	T	C	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=1;PP=1337;SC=AACAGTGATCTAGTTGGTGTT;SOR=5.747;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=52;TCR=1;TR=52;WE=121295752;WS=121295738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr8	121309862	rs2219241	A	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=12;PP=406;SC=TTGATTTTTTAAATTGTATTT;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=121309870;WS=121309852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	121326122	rs3217653	CAG	C	3085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=20;PP=2013;SC=TTCTAGATGTCAGAGAGTCTA;SOR=1.483;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=43;WE=121326131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr8	121326427	rs10505379	G	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=387;SC=AGCCATTTTTGTGTCCAATGA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=121326435;WS=121326417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	121327608	.	TAAA	T	188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr8	121327673	rs7844334	C	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=7;PP=685;SC=AGTGCAAACGCGATTTACTGT;SOR=2.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=121327681;WS=121327663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr8	121328383	rs78746650	A	AT	2223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=26;PP=1192;SC=CCTATCCTGCACTATTTCCCT;SOR=1.342;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=27;WE=121328391;WS=121328373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	121353416	rs1563390	G	A	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=0;PP=404;SC=ACTGGTTGCTGTTTATTTTCT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=121353424;WS=121353406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr8	121353651	rs1563391	A	G	10145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=117;PP=2965;SC=CACCCCTTCCATTGCATAAGC;SOR=0.787;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=218;TCF=99;TCR=119;TR=216;WE=121353659;WS=121353636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr8	121353692	rs1563392	A	T	7059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=97;PP=2965;SC=AATACCATTAATATTCATTGC;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=69;TCR=97;TR=166;WE=121353700;WS=121353682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr8	121354505	rs63246862	GG	AA	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=929;SC=CTGTTGCTAGGGGCCAAAGAT;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=121354514;WS=121354495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	121354851	rs2290523	G	A	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=205;SC=AGAGATCACTGCAGATTACCC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=121354859;WS=121354841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr8	121383082	rs6469922	A	T	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=38;PP=1123;SC=GAGATTTTTTAAAAAAATTTC;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=55;WE=121383090;WS=121383072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr8	121408195	rs6650	T	C	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=46;PP=2256;SC=TGAAGGACTATACCTTCCTGA;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=114;WE=121408203;WS=121408185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr8	121426425	rs68086071	AGT	A	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=390;SC=ATACTTCATAAGTGTTAAAAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=121426434;WS=121426415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	121455558	rs5894521	G	GA	1610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=1.310;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,113:0.68:166
chr8	121471361	rs6984090	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.89;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	121483196	rs13248998	G	A	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=46;PP=1285;SC=TACATGTTTCGGTTGTTTTAA;SOR=1.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=63;WE=121483204;WS=121483186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	121509825	rs35918868	C	CTTT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=438;SC=AATTTTAGTTCGTGTGTGTGT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=121509833;WS=121509815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr8	121518868	rs369783487	CT	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.69;ReadPosRankSum=-1.906;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr8	121530061	rs13258768	C	T	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=26;PP=2313;SC=GCTTAATCTACGTTCTTGATT;SOR=1.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=86;TCR=27;TR=111;WE=121530069;WS=121530051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr8	121530190	rs13258848	A	G	17264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=213;NR=181;PP=2965;SC=CACAAACAGAACGGTCCTTAC;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=398;TCF=216;TCR=182;TR=394;WE=121530198;WS=121530180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,666:1.00:666
chr8	121530384	rs34340354	CTT	C	2524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=46;PP=1809;SC=CATAGGAAGACTTTTTAAATT;SOR=3.750;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=46;WE=121530393;WS=121530374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	121531154	rs13269481	G	A	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=56;PP=1517;SC=TACTGAGAGCGTATACTTGCT;SOR=3.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=62;WE=121531162;WS=121531144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	121583488	rs72680558	T	C	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=317;ReadPosRankSum=1.956;SC=CATTTCAAGATGCTTGGGTCC;SOR=0.639;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=110;TCF=78;TCR=32;TR=35;WE=121583496;WS=121583478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,36:0.29:125
chr8	121583533	rs72680559	G	A	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=557;ReadPosRankSum=0.025;SC=TCCAGTGACTGTGGTCTAATC;SOR=0.692;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=181;TCF=112;TCR=69;TR=56;WE=121583541;WS=121583523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,83:0.31:270
chr8	121583562	rs72680560	C	T	4038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=685;ReadPosRankSum=0.612;SC=GTTTCTGTTGCGGGAATGTCT;SOR=0.664;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=214;TCF=120;TCR=94;TR=65;WE=121583570;WS=121583552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,113:0.30:375
chr8	121583603	rs72680561	G	A	4333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,123:0.30:409
chr8	121583635	rs73707305	G	T	3295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=31;PP=526;ReadPosRankSum=-1.258;SC=AAGCAATAGCGATTGGGCCGA;SOR=0.701;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=190;TCF=78;TCR=112;TR=54;WE=121583643;WS=121583625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,94:0.31:304
chr8	121583719	rs200630168	G	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=6.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=0.840;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.879;SOR=1.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr8	121583725	rs201354068	T	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=9.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=1.035;QD=16.65;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=2.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr8	121583730	.	T	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=6.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=0.967;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr8	121587165	rs6984991	G	T	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=241;ReadPosRankSum=-0.178;SC=GGCCATAAATGATCATTAATC;SOR=1.463;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=16;WE=121587173;WS=121587155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr8	122626131	rs77874424	C	T	808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=471;ReadPosRankSum=-0.312;SC=AGAATTCATCCCATTTTCATA;SOR=1.031;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=29;WE=122626139;WS=122626121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr8	123683642	.	GA	G	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.273;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.768;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr8	123966159	rs3802265	G	C	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=57;PP=1953;SC=AGGAGGATGCGATCTCAGATA;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=123966167;WS=123966149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr8	124096315	rs4871346	C	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.472;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=467;ReadPosRankSum=-0.143;SC=CCACCCATTGCATCAGTTCAT;SOR=2.833;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=21;WE=124096323;WS=124096305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr8	124096721	rs4870845	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=393;ReadPosRankSum=-0.861;SC=CAAAGTGGCCAACACAAAGAT;SOR=0.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=20;WE=124096729;WS=124096711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr8	124114333	rs10956116	G	T	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.115;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=7;PP=772;ReadPosRankSum=1.355;SC=TCCATTTCACGAAAATGCATG;SOR=1.182;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=85;TCF=66;TCR=19;TR=39;WE=124114341;WS=124114323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr8	124114560	rs10956117	T	C	3877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=1;HapScore=2;MGOF=76;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=71;PP=1567;ReadPosRankSum=-0.365;SC=CTTCCAAGATTACATGAGATT;SOR=0.572;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=234;TCF=87;TCR=147;TR=115;WE=124114568;WS=124114550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,187:0.51:369
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chr8	124114589	.	G	A	2743	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MMLQ=22;MQ=59.98;NF=25;NR=59;PP=2743;QD=20;SC=TTGGAGTGGCGTTTGCCACCT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=50;TCR=120;TR=84;WE=124114618;WS=124114573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:86,84:0.49:170
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chr8	124194301	rs117923613	G	A	5718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=90;PP=2046;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CTCGTGGGCCGCCGGCAGCCT;SOR=0.777;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=295;TCF=126;TCR=169;TR=149;WE=124194309;WS=124194291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,285:0.52:543
chr8	124206137	rs117401161	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=127;ReadPosRankSum=0.760;SC=CCTTCTAGTACCGTCACCCTG;SOR=0.904;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=10;WE=124206145;WS=124206127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr8	124228190	.	TA	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=-2.630;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,25:0.18:139
chr8	124232550	.	G	GA	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,27:0.22:121
chr8	124238771	rs61752957	A	G	3743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=-2.057;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,192:0.48:401
chr8	124359749	rs9297666	C	G	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=56;PP=1495;SC=AAAAATCAGCCTCGGAATATA;SOR=1.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=75;WE=124359757;WS=124359739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr8	124440336	rs10628888	A	AAAG	2073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;QD=36.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	124448689	rs9297669	T	C	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=26;PP=2133;SC=ACTTTTACTTTTAGGATTACC;SOR=1.345;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=68;TCR=27;TR=94;WE=124448697;WS=124448679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr8	124448907	.	C	CT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=9.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.500;SOR=0.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,16:0.16:101
chr8	124448947	rs6470148	A	G	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=50;PP=1455;SC=ATCTCGTCTGACATCACCATT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=62;WE=124448955;WS=124448937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	124515560	rs181727480	C	T	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,116:0.54:216
chr8	124525377	rs3739288	T	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=4.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.861;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=554;ReadPosRankSum=1.221;SC=TCTTGGCGAGTCTGTCCAGTA;SOR=1.545;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=27;WE=124525385;WS=124525367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr8	124526607	rs2294088	G	A	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=529;ReadPosRankSum=0.127;SC=CAGGCTTAGAGTACAGAGATA;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=39;WE=124526615;WS=124526597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,56:0.42:132
chr8	124553384	rs143512586	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGAACGGCGCGGGGCACCCTG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=8;WE=124553392;WS=124553374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr8	124658214	rs11779866	C	T	4291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=1.791;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,221:0.44:503
chr8	124658404	rs11786734	A	G	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=58;PP=1638;SC=TGGGATGTTGAGCTAACCTGC;SOR=2.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=72;WE=124658412;WS=124658394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr8	124659121	rs1122389	C	T	2914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=41;PP=1458;ReadPosRankSum=1.622;SC=GTTTGTGTCACGCCCAGTGAT;SOR=0.860;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=206;TCF=123;TCR=83;TR=106;WE=124659129;WS=124659111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,149:0.45:331
chr8	124659329	rs11991744	C	A	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=53;PP=1791;SC=GTAGTAATTACGAGGGTGAAC;SOR=1.109;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=84;WE=124659337;WS=124659319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	124663769	rs10109736	A	T	4806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=41;PP=2422;SC=GGTGTGTCCAAGCACACATAC;SOR=1.334;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=89;TCR=41;TR=130;WE=124663777;WS=124663759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr8	124664130	rs11780509	C	T	10977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=128;PP=2965;SC=GACCAGACTCCTCCCTGAGCT;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=277;TCF=147;TCR=130;TR=272;WE=124664138;WS=124664120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr8	124664167	rs11784192	T	C	11319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=153;NR=137;PP=2965;SC=AGCACATAGATGCTGCGGTGC;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=154;TCR=137;TR=290;WE=124664175;WS=124664157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,438:1.00:438
chr8	124664792	rs7387544	C	T	8972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=148;PP=2965;SC=TCTGCAAGTACGAGGAGCAGG;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=236;TCF=88;TCR=148;TR=235;WE=124664800;WS=124664782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr8	124664873	rs7387792	AT	GC	11455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=82;PP=2947;SC=CAGTGGCAATATGTGCCTCCC;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=148;WE=124664882;WS=124664863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr8	124665211	rs7387855	C	T	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=46;PP=1270;SC=AAGAGTCAAACCTTTCTCAGC;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=59;WE=124665219;WS=124665201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr8	124799893	rs150475046	C	CT	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=538;ReadPosRankSum=-1.490;SC=TATTTTGTTTCTTTTTTTCAG;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=24;WE=124799901;WS=124799883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,46:0.44:105
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chr8	124985780	rs10102622	A	C	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=37;PP=914;ReadPosRankSum=-0.196;SC=CCCCATCTGTATCTCACTTGT;SOR=0.902;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=116;TCF=39;TCR=77;TR=53;WE=124985788;WS=124985770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,94:0.47:199
chr8	124987478	rs7465584	T	C	5811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=50;PP=1981;SC=GTGACATCAGTGTCATGGGAA;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=119;TCF=66;TCR=53;TR=116;WE=124987486;WS=124987468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr8	125047370	rs4871451	T	C	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=188;SC=GGGGCCATTGTCTTTATTTTG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=125047378;WS=125047360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr8	125061895	rs4870887	G	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=-2.249;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,58:0.49:119
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chr8	125076589	rs7012186	T	G	4586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=28;PP=2461;SC=TCATTTCAGATATTTCAGATT;SOR=1.581;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=82;TCR=28;TR=110;WE=125076597;WS=125076579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr8	125076988	rs4871460	T	C	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=678;SC=AGCTTTGTTATAGGATCAGAA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=125076996;WS=125076978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	125088636	rs9643188	A	G	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=82;PP=2660;SC=CTGTGGGGATAGTGCGTGTAT;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=133;WE=125088644;WS=125088626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr8	125094847	rs10956163	C	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=450;SC=ATCAGCAGAGCTGGCTTGGGG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=125094855;WS=125094837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	125107201	rs6470219	G	A	10875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr8	125107207	rs6470220	C	T	11022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr8	125109337	.	C	T	201	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=92;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=5;NR=6;PP=201;QD=21.4337465952;SC=TATATATATACATACATACAT;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=11;WE=125109345;WS=125109333;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr8	125110258	rs10956164	C	T	6247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=104;PP=2965;SC=TTAAGGCCACCTTCTTTGTCT;SOR=1.131;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=63;TCR=105;TR=167;WE=125110266;WS=125110248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr8	125130966	rs13438814	G	C	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1108;ReadPosRankSum=1.834;SC=TCAAAATAAAGCAGCGGGATA;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=75;WE=125130974;WS=125130956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,95:0.57:167
chr8	125332344	.	G	A	3410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=862;ReadPosRankSum=1.220;SC=GTACTAAGACGTGTTTGCCAC;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=92;TCR=75;TR=71;WE=125332352;WS=125332334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,179:0.48:374
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chr8	125463001	rs79997881	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=178;ReadPosRankSum=0.094;SC=TCCACAGCAACGGCAACGCCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=125463009;WS=125462996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
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chr8	125551364	rs34681068	A	G	4803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=94;PP=2563;ReadPosRankSum=-0.779;SC=GGCCCCGCTCAGTCACCCGCA;SOR=0.687;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=380;TCF=190;TCR=190;TR=181;WE=125551372;WS=125551354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,243:0.47:514
chr8	125551567	rs7010411	C	T	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.544;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=48;PP=999;ReadPosRankSum=1.429;SC=AGGTGACCCTCGGGGCCCCAT;SOR=0.436;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=147;TCF=43;TCR=104;TR=70;WE=125551575;WS=125551557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,94:0.51:186
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chr8	125565978	rs13269215	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=326;ReadPosRankSum=-1.079;SC=AGCAGCTGTGCTTTTTTGATT;SOR=1.186;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=20;WE=125565986;WS=125565968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr8	125568162	rs12375359	A	G	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.887;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=45;PP=1711;ReadPosRankSum=0.298;SC=GTTGGAGGAGAGAAATACACA;SOR=0.956;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=261;TCF=139;TCR=122;TR=114;WE=125568170;WS=125568152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,173:0.46:380
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chr8	125568761	rs60522958	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=-0.169;SC=GGGAACCTCCGGCTGGGACAA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=15;WE=125568769;WS=125568751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr8	125570144	rs4870903	G	A	701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=23.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.24;ReadPosRankSum=-1.926;SOR=0.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
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chr8	125711670	rs11358821	TG	T	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.197;NF=12;NR=1;PP=418;ReadPosRankSum=-0.552;SC=AGCTCAGCTCTGATAACTTAA;SOR=0.127;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=13;WE=125711678;WS=125711660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr8	125739749	rs891542	A	G	2776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=2.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,130:0.60:218
chr8	125877563	rs13282575	T	C	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;MQRankSum=-0.123;QD=27.09;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr8	125877616	rs188912898	T	C	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.77;MQRankSum=-0.264;QD=44.44;ReadPosRankSum=0.947;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr8	125877622	rs193093189	T	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.22;QD=41.71;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	125877628	rs71510322	T	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.75;QD=44.38;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr8	125877646	rs13282863	T	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.05;QD=39.30;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr8	126023638	rs3750234	C	T	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=1;PP=1284;SC=ATAATTAGTTCTTGATTTATC;SOR=6.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=47;TCR=1;TR=48;WE=126023646;WS=126023628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	126030809	rs966946	T	C	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=5;PP=457;SC=TTTGAGGGGATTATAAACATC;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=126030817;WS=126030799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr8	126033195	rs9297709	T	C	5384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=92;PP=2898;SC=CAAATCTTTCTTCCTTACACA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=41;TCR=92;TR=132;WE=126033203;WS=126033185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr8	126056215	rs11370883	G	GC	8897.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=65;PP=2974;SC=CCCGCCTCAGGTAGTTTCAGG;SOR=0.748;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=23;TCR=67;TR=88;WE=126056223;WS=126056205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr8	126068873	rs2303523	T	G	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=29;PP=1463;SC=ATTTCATGACTGTTAGTTTTT;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=82;WE=126068894;WS=126068863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr8	126068886	rs2303522	T	C	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=37;PP=1740;SC=TAGTTTTTAATATGAAAAGGC;SOR=0.980;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=93;WE=126068894;WS=126068863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr8	126085363	rs10102230	T	C	5027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=35;PP=2965;SC=TTATGTGGAGTAATATAAACG;SOR=1.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=109;TCR=36;TR=143;WE=126085371;WS=126085353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr8	126085586	rs12546285	G	A	6371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=127;PP=2965;SC=TAAGAAACTTGAATTACATTT;SOR=1.558;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=51;TCR=127;TR=178;WE=126085594;WS=126085576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr8	126369898	rs2293890	G	C	6038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=52;PP=2746;SC=GGACGAAACAGCTACTGGAAG;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=86;TCR=53;TR=138;WE=126369906;WS=126369888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr8	126443348	rs2385113	C	T	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=801;ReadPosRankSum=0.573;SC=CGCCCTGCAGCCCGCAGCCCC;SOR=0.596;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=62;WE=126443356;WS=126443338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,101:0.54:186
chr8	126445505	rs13277396	G	C	4849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=40;PP=2860;SC=CAGGGGTTTGGGAGGCTGCCT;SOR=1.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=106;TCR=40;TR=146;WE=126445513;WS=126445495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr8	128099242	rs13257371	C	A	15687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-0.297;NF=231;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.403;SC=AGGTGAACGTCTCTTGGTGAC;SOR=0.546;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=401;TCF=232;TCR=169;TR=400;WE=128099250;WS=128099232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,605:1.00:606
chr8	128099269	rs4571699	A	G	18380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=254;NR=207;PP=2965;SC=GCTTCTTTGGAAGGTGGAGAA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=461;TCF=254;TCR=207;TR=461;WE=128099277;WS=128099259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,694:1.00:694
chr8	128099455	rs1840709	G	C	7806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=105;PP=2965;SC=GGAGTCCTTCGTCGTGGTGGT;SOR=1.597;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=42;TCR=109;TR=146;WE=128099467;WS=128099445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr8	128099457	rs61262194	CGTG	C	7797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=79;PP=2983;SC=AGTCCTTCGTCGTGGTGGTGG;SOR=1.584;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=115;TCF=12;TCR=103;TR=90;WE=128099467;WS=128099445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr8	128428061	rs4871789	A	G	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=0.820;SC=ATGAAAAGTAACATAATTGCT;SOR=0.859;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=7;WE=128428069;WS=128428051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr8	128428795	rs6998254	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.541;NF=26;NR=14;PP=654;ReadPosRankSum=-1.283;SC=CCCTCATGCAGGCCCGAAAGA;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=40;WE=128428803;WS=128428785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr8	128428823	rs7002225	G	C	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.576;NF=43;NR=16;PP=1051;ReadPosRankSum=-1.738;SC=AACCAGTATCGAGAACCGAGT;SOR=0.662;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=139;TCF=98;TCR=41;TR=59;WE=128428831;WS=128428813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,77:0.47:165
chr8	128429262	rs9297754	G	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-3.283;NF=7;NR=19;PP=388;ReadPosRankSum=0.723;SC=GGAGTTTGTGGCAGGGCTTTT;SOR=1.011;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=26;WE=128429270;WS=128429252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr8	128972721	rs9649959	A	G	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=14;PP=825;ReadPosRankSum=0.332;SC=GATCACCGAGAGAAGTTAGGA;SOR=0.717;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=69;TCR=25;TR=49;WE=128972729;WS=128972711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,62:0.47:132
chr8	129021000	rs1863562	A	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.73;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr8	129021000	.	AAG	GAA	449	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=9;NR=0;PP=449;QD=55.8297638736;SC=GCACAATGCTAAGCATGTGCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=9;WE=129021010;WS=129020990;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr8	129021002	rs2033102	G	A	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=-1.970;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr8	129021179	rs2114358	G	A	2890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1305;ReadPosRankSum=-1.086;SC=CTTGCAGTAGGTTTTTGCAAG;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=93;TCR=95;TR=93;WE=129021187;WS=129021169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,148:0.47:315
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chr8	129061242	rs2720660	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=7;PP=561;SC=TCTCCACTGGACTCTGTGTTC;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=129061250;WS=129061232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr8	131124559	rs966185	T	C	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=69;PP=2234;SC=TCTTTCTTGATAGGGCTTGGC;SOR=1.264;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=30;TCR=69;TR=99;WE=131124567;WS=131124549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr8	131127831	rs2305513	T	C	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=40;PP=2436;SC=ACTAGAAAAGTTGGGGTAGTT;SOR=1.418;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=81;TCR=40;TR=119;WE=131127839;WS=131127821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
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chr8	131130594	rs10956511	C	T	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=50;PP=2096;SC=GAGCACACCTCTTCACTCTCA;SOR=1.119;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=84;WE=131130602;WS=131130584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr8	131136173	rs34680836	C	CA	191.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.874;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
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chr8	131165086	rs3935174	A	T	2129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,108:0.47:231
chr8	131172791	rs34161158	GT	G	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.921;NF=4;NR=1;PP=127;ReadPosRankSum=-0.044;SC=AGTGAAAAGTGTTATGATGTC;SOR=0.631;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=131172799;WS=131172781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr8	131172968	rs10089819	C	T	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=32;PP=1017;SC=AACTGCAGAACGAGAACATGG;SOR=0.802;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=59;WE=131172976;WS=131172958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	131173145	rs75636474	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TTTATATAATGTACACAGAAA;SOR=0.293;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=8;WE=131173153;WS=131173135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
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chr8	131192905	rs28495072	G	C	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=13;PP=1608;SC=TAATCAAACAGAGTCTGCCTT;SOR=2.229;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=70;WE=131192913;WS=131192895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr8	131193153	rs71572332	T	TA	1021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=12;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=35;PP=445;ReadPosRankSum=-1.790;SC=TGTCATTATTTAAAAAAAAAA;SOR=1.125;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=0;TCR=60;TR=35;WE=131193161;WS=131193143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,60:0.80:75
chr8	131193223	rs72722367	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=0.518;SC=TTTGGGGTGACGATGTGTCTA;SOR=0.086;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=6;WE=131193231;WS=131193213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr8	131199416	rs72722371	T	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=10;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=-0.317;SC=AGTTTTTTTTTTTGTTGTCCA;SOR=0.255;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=8;WE=131199424;WS=131199397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr8	131200298	rs113293903	G	GA	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.680;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
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chr8	131373887	rs10091130	C	G	5408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=70;PP=2484;ReadPosRankSum=-0.961;SC=TCTGCAATTACAATTTCAAAG;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=319;TCF=182;TCR=137;TR=164;WE=131373895;WS=131373877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,262:0.53:496
chr8	131792607	rs11382893	C	CA	228.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr8	131796001	rs56260939	G	A	4983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=55;PP=1985;ReadPosRankSum=-1.062;SC=CTGTCAGGGCGAGTGAGAAGT;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=278;TCF=155;TCR=123;TR=132;WE=131796009;WS=131795991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,248:0.48:512
chr8	131812577	rs3067432	C	CAA	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.73;ReadPosRankSum=0.804;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
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chr8	131812916	rs112136391	T	G	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.058;HP=1;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=1274;ReadPosRankSum=0.838;SC=ACGTGCACAGTCACCCACAGA;SOR=1.431;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=30;WE=131812935;WS=131812906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
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chr8	131921956	rs12547243	A	G	14786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,587:1.00:587
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chr8	132958959	rs146850507	C	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=308;ReadPosRankSum=2.158;SC=ATGACTTTACCTGGTAAAGGC;SOR=0.625;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=18;WE=132958967;WS=132958949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
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chr8	133048619	rs7461611	T	C	10469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=122;NR=103;PP=2965;SC=TCTGCTTACTTTTCTTGGAGA;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=124;TCR=107;TR=225;WE=133048627;WS=133048609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
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chr8	133053714	rs1466884	G	A	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=14;PP=1046;SC=CAAGGTATCAGCCAGGCCTCC;SOR=1.439;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=133053722;WS=133053704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr8	133058325	rs6998359	A	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=606;SC=GGCTGAGGTAACCCTGATGTC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=133058333;WS=133058315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr8	133067315	rs4736538	G	A	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=79;PP=2619;SC=CAACTGGAACGGACTCCTGGG;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=48;TCR=80;TR=126;WE=133067323;WS=133067305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
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chr8	133101576	rs17571649	T	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.572;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=-0.975;SC=ATATGAAGACTTAAATATTGG;SOR=1.745;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=10;WE=133101584;WS=133101566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
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chr8	133111181	rs72715366	G	A	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=1.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=2.137;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,123:0.45:275
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chr8	133116251	rs6998880	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=329;ReadPosRankSum=-1.732;SC=GTGTTAGATGCGGATATAATC;SOR=0.781;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=26;WE=133116259;WS=133116241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr8	133117362	rs9642906	T	A	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=976;ReadPosRankSum=0.488;SC=GCTGCTGAGGTTCTCTAAAGC;SOR=0.610;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=80;TCR=39;TR=65;WE=133117370;WS=133117352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,85:0.56:152
chr8	133117603	rs71526236	G	A	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=60;PP=1378;ReadPosRankSum=1.354;SC=AGAACAGTGCGTGAGGAATCA;SOR=0.879;Source=Platypus;TCF=64;TR=86;WE=133117611;WS=133117593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,132:0.48:277
chr8	133175805	rs17653354	G	A	2963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1184;ReadPosRankSum=0.328;SC=ATCCTTCCTCGAAAGATTGCT;SOR=0.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=84;TCR=82;TR=83;WE=133175813;WS=133175795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,146:0.51:286
chr8	133175971	rs893391	G	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=977;SC=TTTTCAGCCAGTCATTCATTC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=133175979;WS=133175961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr8	133177179	rs16904613	C	T	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,94:0.48:197
chr8	133184644	rs3049340	TAC	T	231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr8	133184914	rs17575754	G	C	4565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=85;PP=2431;ReadPosRankSum=0.998;SC=CCTGCACCTTGAGGGCCAGCC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=116;TCR=158;TR=147;WE=133184922;WS=133184904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,214:0.51:416
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chr8	133186749	rs41272377	C	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.931;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=0.529;SC=CAAGTACCTACTAACTTATAT;SOR=2.303;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=10;WE=133186757;WS=133186739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
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chr8	133192521	rs41272389	A	G	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=6.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.944;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,108:0.49:222
chr8	133198529	rs62519602	T	C	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.228;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=219;ReadPosRankSum=2.021;SC=CTGCAACTTCTGCTGGACATT;SOR=0.361;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=23;WE=133198537;WS=133198519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr8	133198672	rs62519603	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr8	133199221	rs59081807	G	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=0.799;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr8	133199557	rs62519605	C	T	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=764;ReadPosRankSum=-1.951;SC=CACGAGCTCACAGTCCAGATA;SOR=0.797;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=64;WE=133199565;WS=133199547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,95:0.44:217
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chr8	133740322	.	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=2.599;SC=GCACAGTTAGTTCCTAATAAT;SOR=0.387;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=133740330;WS=133740312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
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chr8	133764263	rs2467986	G	A	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
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chr8	133790260	.	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.753;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.287;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
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chr8	133844442	rs200500205	C	G	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=818;ReadPosRankSum=-0.724;SC=AATTATCTGACACTTTATTAA;SOR=1.168;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=111;TCF=80;TCR=31;TR=50;WE=133844450;WS=133844432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,61:0.48:126
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chr8	133844711	rs112196551	C	T	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.645;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=539;ReadPosRankSum=1.041;SC=GAGAATAAAACGTACTCTGTT;SOR=0.153;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=35;WE=133844719;WS=133844701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr8	133854714	rs71276510	A	AT	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,27:0.21:129
chr8	133858009	rs756201	C	T	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=25;PP=1489;ReadPosRankSum=-0.998;SC=ATTTGTTTATCTTCTTCTCTC;SOR=0.834;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=180;TCF=123;TCR=57;TR=87;WE=133858017;WS=133857999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,124:0.49:251
chr8	133880334	rs180203	T	C	4506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=36;PP=1936;SC=ACACTCTTCTTTGATGAACCA;SOR=1.075;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=102;WE=133880342;WS=133880324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr8	133885554	rs180210	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=177;ReadPosRankSum=2.013;SC=ATGTGTCATATGTGCAGCATG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=14;WE=133885562;WS=133885544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
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chr8	133925209	rs2687824	T	G	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-4.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=574;ReadPosRankSum=-2.146;SC=CTGGATATTCTAGGCATCTCT;SOR=0.121;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=40;WE=133925217;WS=133925199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,50:0.60:83
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chr8	133947859	rs2739062	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=12;PP=522;SC=CTGCTTACACATCTGTCTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=133947867;WS=133947849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr8	133960991	rs2246624	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=292;ReadPosRankSum=0.472;SC=CTCCATCACACTGACCTCTCC;SOR=1.112;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=15;WE=133960999;WS=133960981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
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chr8	133961299	rs144296671	GAA	G	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.268;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.143;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr8	133975283	rs2069561	G	A	1895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=827;ReadPosRankSum=0.182;SC=ATGTAGAAAAGACACAGTGCC;SOR=0.564;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=77;TCR=46;TR=58;WE=133975291;WS=133975273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,93:0.51:184
chr8	133975406	rs2687814	C	T	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=37;PP=762;ReadPosRankSum=-0.618;SC=AATGAACGGACGTATTGACAT;SOR=0.907;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=127;TCF=50;TCR=77;TR=55;WE=133975414;WS=133975396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,118:0.48:247
chr8	133978709	rs138876980	C	CTG	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=923;ReadPosRankSum=2.372;SC=CTGTCTCTCTCTCTGTGTGTG;SOR=1.593;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=20;WE=133978720;WS=133978699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,21:0.26:82
chr8	133978711	rs28452373	C	G	1013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.473;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=906;ReadPosRankSum=1.780;SC=GTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.685;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=25;WE=133978720;WS=133978699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,33:0.38:87
chr8	133979872	rs2249869	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=229;ReadPosRankSum=-0.163;SC=AGAACCCCAGCGTTTTTGCAT;SOR=0.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=15;WE=133979880;WS=133979866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr8	133984058	rs2076740	C	T	9688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=137;NR=92;PP=2965;SC=ATGTGAACGACGGTGCGATGC;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=137;TCR=92;TR=229;WE=133984066;WS=133984048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
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chr8	133984821	rs1554541	G	T	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.19;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	133985115	rs1403486	A	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=461;SC=CAACAGAAATAGATTCTGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=133985123;WS=133985105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	133995475	rs10105779	A	G	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=9;PP=953;SC=GGTTGGGACAATCTGTCTGCC;SOR=2.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=133995483;WS=133995465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr8	134024278	rs61741457	C	T	1051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=561;ReadPosRankSum=0.824;SC=CTCTGTTTGTCGGGTAAGGGG;SOR=0.815;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=41;WE=134024286;WS=134024268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,58:0.36:163
chr8	134025781	rs10105991	A	T	3649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.80;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,93:0.45:205
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chr8	134025783	rs10105992	A	G	3649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.30;ReadPosRankSum=-1.955;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,100:0.47:211
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chr8	134107618	rs10103453	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=315;SC=CTGTGCATGCGCCACAGCCTG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=134107626;WS=134107608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr8	134225396	rs55733525	T	TC	12701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.141;NF=24;NR=159;PP=2967;ReadPosRankSum=-1.541;SC=CGTAAGTGAGTCCTCCATACC;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=194;TCF=27;TCR=167;TR=183;WE=134225406;WS=134225386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,506:0.98:514
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chr8	134267762	rs3824240	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.658;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=0.101;SC=CCCCAGACCTTCGAGTCTCAC;SOR=0.067;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=9;WE=134267770;WS=134267752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr8	134270457	rs10113567	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
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chr8	134270548	rs2272651	T	C	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,101:0.47:215
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chr8	134308600	rs4236901	T	C	5724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=39;PP=2965;SC=CTCGCCCAGGTCACTTCTCCC;SOR=2.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=131;TCR=40;TR=169;WE=134308608;WS=134308590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr8	134314037	rs112386359	CCAT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.75;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,4:0.14:29
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chr8	135521741	rs17688265	T	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=435;ReadPosRankSum=-1.097;SC=GGTATGAGACTAGACCAATTT;SOR=1.112;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=57;TCF=45;TCR=12;TR=28;WE=135521749;WS=135521731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,30:0.48:63
chr8	135522364	rs2289547	A	G	5277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=82;PP=2581;SC=TCCTGGGAGCACCCAGCAAGC;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=60;TCR=82;TR=142;WE=135522372;WS=135522354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr8	135522463	rs2289548	G	C	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=1.468;SC=ATTATTCAACGAGTAGGCTTT;SOR=0.804;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=14;WE=135522471;WS=135522453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr8	135524797	rs3739429	G	T	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=663;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CGGCCTCTGTGATGTGGAGAT;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=46;WE=135524805;WS=135524787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,70:0.62:113
chr8	135524933	rs3739428	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=-1.408;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr8	135577533	rs6988653	T	A	2721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.921;HP=5;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1325;ReadPosRankSum=1.342;SC=AAGCAACGCCTTTTTTGTCTG;SOR=0.514;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=85;WE=135577541;WS=135577523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,126:0.54:234
chr8	135600716	rs894358	C	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=325;ReadPosRankSum=0.089;SC=CATTGCTAAGCAGCACCCACA;SOR=0.375;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=18;WE=135600724;WS=135600706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr8	135602794	rs35087145	TCAC	T	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=358;ReadPosRankSum=-0.445;SC=TCAACAGTCATCACCACCATC;SOR=0.919;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=135602804;WS=135602784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr8	135612595	rs894343	A	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=447;ReadPosRankSum=-1.972;SC=GACCTGCAGCAGAGACACCTA;SOR=0.563;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=38;WE=135612603;WS=135612585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,46:0.44:104
chr8	135612745	rs894344	A	G	5422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=71;PP=1916;ReadPosRankSum=-0.615;SC=AGTCACAGCCATCGGTGGGAC;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=364;TCF=197;TCR=167;TR=153;WE=135612753;WS=135612735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,283:0.48:589
chr8	135613624	rs894347	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=171;ReadPosRankSum=-1.185;SC=CTTAGAAGGTATTCTTTGCAA;SOR=0.430;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=11;WE=135613632;WS=135613614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr8	135614705	rs3739423	A	G	5352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=88;PP=2735;ReadPosRankSum=1.200;SC=TATGGCGGTCACGGTCCAGCT;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=341;TCF=175;TCR=166;TR=179;WE=135614713;WS=135614695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,263:0.51:520
chr8	135620894	rs3739421	T	C	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=521;ReadPosRankSum=-0.768;SC=CGAACAAGCATGCTGATCCTT;SOR=0.586;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=57;TCR=24;TR=39;WE=135620902;WS=135620884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,59:0.52:114
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chr8	135649848	rs12541381	G	A	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=1012;ReadPosRankSum=0.463;SC=GGAGCCAGCGGGCTGTCCTCA;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=66;WE=135649856;WS=135649838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,104:0.47:222
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chr8	136659426	rs3184618	G	A	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=27.60;SOR=1.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr8	139158317	rs7006664	T	C	3653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=45;PP=1355;ReadPosRankSum=0.024;SC=ATAACCCCCATCCCAGTCCCG;SOR=0.621;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=198;TCF=96;TCR=102;TR=96;WE=139158325;WS=139158307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,189:0.51:368
chr8	139164192	rs3750306	G	A	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1363;ReadPosRankSum=0.779;SC=CTATGTATCCGGGGCCCTGCT;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=99;TCR=113;TR=92;WE=139164200;WS=139164182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,137:0.45:303
chr8	139165068	rs3763590	C	T	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=886;ReadPosRankSum=1.122;SC=TGTAGGTCAGCACTGGGGCCT;SOR=0.846;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=153;TCF=85;TCR=68;TR=63;WE=139165076;WS=139165058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,87:0.40:218
chr8	139165272	rs7835712	TG	CA	11964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=91;PP=2944;ReadPosRankSum=-0.391;SC=CATTCTCACCTGGCTCTGGAC;SOR=0.596;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=367;TCF=171;TCR=196;TR=182;WE=139165281;WS=139165262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,310:0.51:607
chr8	139165289	rs7835830	T	C	5644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=98;PP=2620;ReadPosRankSum=-0.137;SC=GGACACCTTATAACTTCTTCA;SOR=0.661;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=338;TCF=144;TCR=194;TR=177;WE=139165297;WS=139165279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,279:0.51:552
chr8	139165463	rs11311519	CA	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=11;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=146;ReadPosRankSum=0.186;SC=TTATGCCCTACAAAAAAAAAA;SOR=0.264;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=14;WE=139165471;WS=139165453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr8	139189502	rs6985633	T	A	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=477;ReadPosRankSum=0.114;SC=TCTCCTTCACTTCCAGTGAGA;SOR=0.612;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=40;WE=139189510;WS=139189492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,67:0.45:148
chr8	139190943	rs66488273	C	CA	1231.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.663;HP=6;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=1387;ReadPosRankSum=-2.147;SC=TCTGGAGAGGCAAAAAAGGTG;SOR=0.529;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=25;WE=139190965;WS=139190933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,59:0.60:98
chr8	139190957	rs4909747	T	G	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=1377;ReadPosRankSum=-2.924;SC=AAAGGTGGTATTCAAGGCTCC;SOR=0.669;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=38;WE=139190965;WS=139190933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,54:0.57:94
chr8	139263328	rs4909765	A	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.238;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=250;ReadPosRankSum=0.969;SC=GCATGTCTGTATTAAGCCTCT;SOR=0.045;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=16;WE=139263336;WS=139263318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr8	139277934	rs61703386	T	C	2047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=680;ReadPosRankSum=-1.275;SC=TGGTGGTAGATTCATGACTTA;SOR=0.619;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=50;WE=139277942;WS=139277924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,102:0.57:178
chr8	139321179	rs6577909	A	G	9689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
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chr8	139380103	rs370836089	AAC	A	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.475;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.893;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,18:0.16:114
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chr8	139618754	rs4471041	T	C	3935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=76;PP=1546;ReadPosRankSum=0.635;SC=CAAGCAGATTTGGAAACCTTG;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=224;TCF=94;TCR=130;TR=128;WE=139618762;WS=139618744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,199:0.56:357
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chr8	139620267	rs11166829	G	A	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.548;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=58;PP=1463;ReadPosRankSum=1.520;SC=ATCCTGCCAGGGCATCAAAGA;SOR=0.929;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=183;TCF=75;TCR=108;TR=88;WE=139620275;WS=139620257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,123:0.50:247
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chr8	139635883	rs7836250	A	C	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=514;ReadPosRankSum=-2.914;SC=TATCTTCGAGACTGGTTCAAA;SOR=0.357;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=39;WE=139635891;WS=139635873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,58:0.59:99
chr8	139635920	rs7839790	T	A	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=1.757;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,81:0.53:153
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chr8	139642974	rs4131277	T	C	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=432;ReadPosRankSum=0.210;SC=CAGCAGCTCCTGCAATTCCAT;SOR=0.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=39;WE=139642982;WS=139642964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,81:0.48:168
chr8	139647262	rs10091563	A	G	2507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.107;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,131:0.48:272
chr8	139648892	rs11166830	G	A	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=51;PP=2965;SC=AGGCAAAGAAGAGACAAGGAA;SOR=1.479;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=107;TCR=53;TR=158;WE=139648900;WS=139648882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr8	139658747	rs4909439	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=353;ReadPosRankSum=-0.902;SC=TGCTTAGACCCAGAACAGGGG;SOR=0.446;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=26;WE=139658755;WS=139658737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr8	139668032	rs11166832	T	C	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=245;ReadPosRankSum=-2.216;SC=GCTGTTATCGTTAATACTACC;SOR=0.505;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=17;WE=139668040;WS=139668022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr8	139668300	rs12675091	C	T	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=974;ReadPosRankSum=1.401;SC=TGACACACTGCGCCGTGCGTG;SOR=0.564;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=143;TCF=58;TCR=85;TR=69;WE=139668308;WS=139668290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,94:0.45:208
chr8	139672602	rs4072506	T	C	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=16;PP=1284;SC=CCTCTTGAACTTTCTGAGTTG;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=139672610;WS=139672592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr8	139672671	rs3935045	T	C	2535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=29;PP=958;ReadPosRankSum=-3.605;SC=AACCATAAGATGACATACCGG;SOR=0.710;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=156;TCF=94;TCR=62;TR=78;WE=139672679;WS=139672661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,126:0.54:232
chr8	139674213	rs11780732	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.031;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=0;PP=371;ReadPosRankSum=1.181;SC=TGGTGGAGGGCGGGCTTTCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=20;WE=139674221;WS=139674203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr8	139675869	rs11166835	G	T	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=635;ReadPosRankSum=0.224;SC=AGTTTTTGGTGCTTCCCATTT;SOR=0.645;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=40;WE=139675877;WS=139675859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,39:0.47:83
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chr8	139749638	rs4409435	T	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
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chr8	139767349	rs2318338	T	C	3315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=26;PP=2026;SC=CCAAACCCATTGGTAAGAGAA;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=76;TCR=26;TR=102;WE=139767357;WS=139767339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr8	139774852	rs149851445	C	CACACA,CACACACA	3798.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.221;NF=2,2;NR=56,56;PP=420,1680;ReadPosRankSum=1.316;SC=CACACACACACAACAGCCCTA;SOR=0.872;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=65;TCF=3;TCR=62;TR=58,58;WE=139774874;WS=139774842;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.70:87
chr8	139774866	rs12550638	G	A	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=52;PP=2004;SC=AGCCCTAGACGGGATGTGTCT;SOR=2.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=61;WE=139774874;WS=139774842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr8	139823922	rs2318332	C	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=245;ReadPosRankSum=1.654;SC=AGGGTGCTGTCAGCTGACAGC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=17;WE=139823930;WS=139823912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr8	139824057	rs10101430	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
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chr8	139838912	rs2292927	T	C	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=645;ReadPosRankSum=0.725;SC=TGTGGGATGCTGTACTGGTCG;SOR=0.579;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=53;WE=139838920;WS=139838902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,78:0.52:150
chr8	139845520	rs6993839	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr8	139889972	rs4736255	A	G	2643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=30;PP=1241;SC=GAGGGGCCGCATGGGGCCCGG;SOR=1.015;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=74;WE=139889980;WS=139889962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr8	141310644	rs12549048	G	A	4060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=60;PP=1674;ReadPosRankSum=1.607;SC=TGGTTGACACGTTCTGACCCA;SOR=0.663;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=263;TCF=141;TCR=122;TR=124;WE=141310652;WS=141310620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,208:0.48:434
chr8	141381250	rs148976893	G	A	2402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=1193;ReadPosRankSum=0.654;SC=AGAGGATGCTGTAGCGCTGAA;SOR=0.898;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=164;TCF=64;TCR=100;TR=82;WE=141381258;WS=141381240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,127:0.50:252
chr8	141407698	rs3779658	T	C	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=33;PP=2550;SC=CTCTTCCACTTACAGGTAGAC;SOR=1.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=81;TCR=33;TR=114;WE=141407706;WS=141407688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr8	141436826	rs6998221	C	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=19;PP=510;SC=TCATAATTCACATAGCCTAGA;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=141436834;WS=141436816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr8	141445349	rs11267571	AAGAAAACAAAAAACAAAAACC	A	10141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=44.87;SOR=1.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr8	141461062	rs3735803	G	A	10256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=129;NR=106;PP=2965;SC=AGTCCTCGTAGTTGGGGTAGA;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=132;TCR=106;TR=235;WE=141461070;WS=141461052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr8	141461185	rs3735802	A	G	10459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=130;PP=2965;SC=GGAACTTCTCAAAGGTCTGTG;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=247;TCF=116;TCR=131;TR=245;WE=141461193;WS=141461175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr8	141461266	rs3735801	A	G	7940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=0.777;SC=TCTGGAAGTCACCCCACTCGT;SOR=0.282;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=119;TCR=101;TR=219;WE=141461274;WS=141461256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,302:1.00:303
chr8	141525465	rs2231527	T	C	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=32;PP=777;SC=AGTTCCAGTGTGTGGTATTCT;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=47;WE=141525473;WS=141525455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	141549346	rs35387146	CT	C	2389.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=17;PP=1773;SC=AGCAGGTTCTCTTGTGAGTGT;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=141549354;WS=141549336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	141549383	rs13252337	A	G	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=36;PP=1794;SC=TGAGGGGAGAACCGTGCCCCC;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=88;WE=141549391;WS=141549373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr8	141551407	rs2293939	G	A	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=82;PP=2306;SC=GCTGCTGCACGCGCACGGTGG;SOR=1.304;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=122;WE=141551415;WS=141551397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr8	141572497	rs2292774	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.46;ReadPosRankSum=1.202;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr8	141572497	.	GG	AA	344	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=8;NR=0;PP=344;QD=49.6834843578;SC=CCCTGCGGGGGGCCCTCGGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=8;WE=141572506;WS=141572488;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,8:0.47:17
chr8	141572498	rs2292773	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.46;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr8	141669818	rs3835176	AT	A	1227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.928;NF=3;NR=37;PP=451;ReadPosRankSum=0.946;SC=GTTTTCAGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.831;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=6;TCR=69;TR=40;WE=141669826;WS=141669808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,81:0.55:147
chr8	141670907	rs9324530	C	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=0.051;SC=CTACAGGGTTCGAATGCTTTG;SOR=0.217;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=19;WE=141670915;WS=141670897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr8	141679817	rs10283368	T	C	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=555;ReadPosRankSum=0.592;SC=AAAGACACGATGTGCTTACCC;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=44;WE=141679825;WS=141679807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,77:0.56:138
chr8	141682128	.	TATTC	T	1062.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.032;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=820;ReadPosRankSum=-0.323;SC=TAATTGTATGTATTCATTATG;SOR=1.008;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=16;WE=141682139;WS=141682118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr8	141685506	rs13249806	T	C	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=759;ReadPosRankSum=-0.921;SC=ATTCAAAACCTGCTTTCATCA;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=64;WE=141685514;WS=141685496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,99:0.48:208
chr8	141685641	rs6998337	C	A	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=831;ReadPosRankSum=2.399;SC=GGTATATACACTTGGGCAATG;SOR=0.821;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=146;TCF=64;TCR=82;TR=64;WE=141685649;WS=141685631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,130:0.50:258
chr8	141685774	rs13278258	A	G	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=0.089;SC=CAGGCAAATAAGCAAATGATG;SOR=0.763;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=9;WE=141685782;WS=141685764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr8	141744917	rs45613837	G	A	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,74:0.49:152
chr8	141749052	rs11464275	A	AT	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-0.630;SC=AAAAGAGATAATTTTTTTTTG;SOR=0.903;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=6;WE=141749060;WS=141749042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr8	141754888	rs372806706	GA	G	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=1.791;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr8	141762558	rs6578132	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=288;ReadPosRankSum=0.678;SC=GAATGAGAGGGATACTTAAAA;SOR=1.390;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=16;WE=141762566;WS=141762548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr8	141774282	rs7840381	A	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr8	141779826	rs10875458	C	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.406;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=1.724;SC=AAATAAAAAACAATTACCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=14;WE=141779834;WS=141779816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
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chr8	141799379	rs201077713	TA	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.680;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
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chr8	142173356	rs428300	C	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=508;SC=CTAACCATTTCTCTGCTACTA;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=142173364;WS=142173346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr8	142185718	rs307733	T	C	2943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=55;PP=1469;ReadPosRankSum=0.575;SC=ATCTGTAAAGTAGGAATAAGG;SOR=0.834;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=172;TCF=64;TCR=108;TR=85;WE=142185726;WS=142185708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,145:0.47:311
chr8	142186573	rs307732	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=421;ReadPosRankSum=2.727;SC=TGCCAGCAGGATGCGTGCCTG;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=25;WE=142186581;WS=142186563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr8	142191032	rs2278448	T	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=469;ReadPosRankSum=0.054;SC=GGGTCAGCCCTGAAGTGAAAG;SOR=0.929;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=28;WE=142191040;WS=142191022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr8	142198993	rs186577560	C	T	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=19;PP=1103;ReadPosRankSum=-0.241;SC=GTTCCATATCCGCTAATTCAG;SOR=0.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=64;WE=142199001;WS=142198983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,94:0.56:167
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chr8	142200467	rs1045303	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.07;MQRankSum=1.000;NF=18;NR=30;PP=647;ReadPosRankSum=1.550;SC=TCCAGCTGCCGCGAGGTGGCC;SOR=0.627;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=48;WE=142200475;WS=142200457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr8	142202856	rs6990186	C	T	3539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.208;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=66;PP=1916;ReadPosRankSum=-1.601;SC=CGCACGCCCTCGTGCCCTCCT;SOR=0.736;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=288;TCF=143;TCR=145;TR=139;WE=142202864;WS=142202846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,178:0.46:388
chr8	142202884	rs7014062	T	C	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=71;PP=2223;ReadPosRankSum=1.301;SC=CCTCTCAGGGTTCCCCTCCTA;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=284;TCF=133;TCR=151;TR=138;WE=142202892;WS=142202874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,164:0.42:388
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chr8	142222261	rs3824235	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=225;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CCACCCGCCCACTGGAATGTG;SOR=0.446;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=6;WE=142222269;WS=142222251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr8	142228077	rs3842198	AGAGCGGCCCCGCTCCGGT	A	1593.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=2970;ReadPosRankSum=0.067;SC=GTGGGCAGAGAGAGCGGCCCC;SOR=0.865;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=18;WE=142228102;WS=142228067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,45:0.34:131
chr8	142228809	rs753779	T	C	4164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.289;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=59;PP=1759;ReadPosRankSum=0.216;SC=GCACGTGCAATGCCGAGTCGC;SOR=0.572;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=236;TCF=130;TCR=106;TR=134;WE=142228817;WS=142228799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,203:0.58:353
chr8	142228909	rs753778	G	A	4347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.461;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=81;PP=2441;ReadPosRankSum=-0.833;SC=GACGCCGTGCGGCTCGCCCCC;SOR=0.900;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=308;TCF=151;TCR=157;TR=149;WE=142228917;WS=142228899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,210:0.50:416
chr8	142229145	rs3739235	A	G	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=38;PP=874;ReadPosRankSum=0.240;SC=GGGAGGAAGCAGCAGCCGGTG;SOR=0.476;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=114;TCF=37;TCR=77;TR=59;WE=142229153;WS=142229135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,80:0.51:156
chr8	142229178	rs3739234	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=662;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CAGGCCACAGGGGGGGAAGCT;SOR=0.925;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=36;WE=142229186;WS=142229168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr8	142229891	rs2304279	A	G	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=720;ReadPosRankSum=1.109;SC=GCACGATGCCAATGGGCTGCC;SOR=0.768;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=136;TCF=48;TCR=88;TR=47;WE=142229899;WS=142229881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,107:0.43:249
chr8	142229946	rs4961256	G	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=315;ReadPosRankSum=-0.427;SC=GAGCACACGGGAGGGCGGTCA;SOR=0.807;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=23;WE=142229954;WS=142229936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,38:0.38:99
chr8	142231944	rs6983780	GC	AG	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.734;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=870;ReadPosRankSum=1.806;SC=CCCGCGACAGGCAGGTGCCTC;SOR=2.097;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=20;WE=142231953;WS=142231934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr8	142266691	rs7002500	A	C	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=3.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,120:0.43:277
chr8	142266958	rs71504829	CT	C	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr8	142367335	rs10875472	T	C	8034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=97;PP=2965;SC=GCGACCCTGGTGGAGCAGACC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=208;TCF=111;TCR=97;TR=208;WE=142367343;WS=142367325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr8	142367400	rs11167054	G	A	11207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=132;NR=110;PP=2965;SC=TGACCAGCAGGGGCAGCAGGA;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=134;TCR=110;TR=242;WE=142367408;WS=142367390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr8	142367559	rs11785629	G	A	10308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=147;PP=2965;SC=GGGAGCCTTCGGGCCGCACGA;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=267;TCF=120;TCR=147;TR=266;WE=142367567;WS=142367549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr8	142368150	rs7388121	T	G	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.78;QD=41.91;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	142368156	rs7388122	T	A	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=43.65;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr8	142437815	rs7465455	G	A	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=844;ReadPosRankSum=-1.155;SC=GGGTGCGCAGGCTCCGATGAC;SOR=0.854;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=55;WE=142437823;WS=142437805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,96:0.56:170
chr8	142437934	rs7465654	C	T	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,107:0.54:200
chr8	142444234	rs371671775	GGGGT	G	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=8.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.84;ReadPosRankSum=1.960;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr8	142444240	rs28490954	G	C,T	1054.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=36.37;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,18,11:0.62,0.38:29
chr8	142444254	rs28372340	T	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.76;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	142444257	rs28454386	T	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=11.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=-1.266;SOR=0.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr8	142444322	.	A	C	183	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=27;MQ=59.62;NF=2;NR=10;PP=183;QD=18.1476010456;SC=CTCCACCACTAACCCACCACC;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=12;WE=142444330;WS=142444312;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr8	142444526	rs10104447	G	C	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=6;PP=651;SC=ATGCTGGGTAGGGGGGGCAGG;SOR=2.419;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=32;WE=142444534;WS=142444516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr8	142444780	rs10104806	G	C	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.569;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=1331;ReadPosRankSum=0.547;SC=CTGGGGGGCTGTAGCCCACCC;SOR=1.039;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=39;WE=142444796;WS=142444770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,44:0.38:116
chr8	142444788	rs78724274	C	A	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.913;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=1729;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CTGTAGCCCACCCCTGCCCCT;SOR=0.385;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=48;WE=142444796;WS=142444770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,62:0.61:102
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chr8	142445062	rs35650977	T	TG	1237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=22;PP=990;SC=TGGGACGGGCTGGGGGCCCTG;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=26;WE=142445070;WS=142445052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr8	142476529	rs7816228	G	A	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=697;ReadPosRankSum=0.750;SC=GGATGGAGATGTTCAGGAAGG;SOR=0.583;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=55;WE=142476537;WS=142476519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,96:0.52:185
chr8	142477752	rs11775650	T	C	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=66;PP=1644;SC=CCCAGGATCTTGCAAGTCTCT;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=97;WE=142477760;WS=142477742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr8	142480610	rs4907398	C	T	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=38;PP=2035;SC=AGTGAGCGAGCGCATTTACCC;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=107;WE=142480618;WS=142480600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr8	142483063	rs4442176	C	T	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=-1.884;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,93:0.57:163
chr8	142483145	rs60130313	ACC	A	174.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.90;ReadPosRankSum=0.792;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr8	142484144	rs2126099	T	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=411;ReadPosRankSum=2.065;SC=AGGTCCCGCCTTGTCTCCTCT;SOR=0.534;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=23;WE=142484152;WS=142484134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr8	142484366	rs33975024	A	AG	8332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.05;NF=10;NR=74;PP=2957;SC=TGCCACGCCCAGTGGACGCAG;SOR=0.970;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=10;TCR=76;TR=84;WE=142484374;WS=142484356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr8	142487333	rs2247440	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-2.210;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr8	142487856	rs11779508	A	G	3607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=1411;ReadPosRankSum=-0.709;SC=TGCCCGCCTCACCCAGGGCCT;SOR=0.665;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=214;TCF=106;TCR=108;TR=101;WE=142487864;WS=142487846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,186:0.50:375
chr8	142488662	rs2613643	C	T	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr8	142488837	rs12547980	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.440;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GGTGCTGCTGGCCCATTTCCA;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=29;WE=142488845;WS=142488827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr8	142489410	rs2748418	A	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.800;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=595;ReadPosRankSum=-1.170;SC=CGCCAGCCCCAAGGTCAGAGC;SOR=1.247;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=39;WE=142489418;WS=142489400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,50:0.38:130
chr8	142489981	rs2748417	C	T	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=31;PP=1806;SC=CAGGTGGTGGCGGGGACAGGG;SOR=1.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=95;WE=142489989;WS=142489971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr8	142490079	rs2613641	G	A	8608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.112;SC=CCGTGGCACCGTTTTTTTCAG;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=197;TCF=101;TCR=96;TR=193;WE=142490087;WS=142490068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,351:0.99:353
chr8	142490120	rs2748416	G	T	8508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=0.282;SC=TAGGTAAACAGGAAGGCCTGT;SOR=0.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=96;TCR=97;TR=190;WE=142490128;WS=142490110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,325:1.00:326
chr8	142490166	rs7838192	C	T	2625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=7;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=52;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CTTGACCCCCCCCAAGGTGGC;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=61;TCR=89;TR=88;WE=142490174;WS=142490156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,125:0.58:215
chr8	142490214	rs58431362	G	C	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=478;ReadPosRankSum=-0.440;SC=TGACCACACTGGCTTGGCCTC;SOR=0.341;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=43;WE=142490222;WS=142490204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,56:0.49:115
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chr8	142524759	rs72685453	A	G	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=39;PP=1442;SC=TCTCCTGGGCAGCCTAGTAAA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=91;WE=142524767;WS=142524749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
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chr8	143559431	rs10481394	T	C	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=18;PP=1576;SC=GGTGTTCTCATCTATGTCCCA;SOR=1.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=55;TCR=18;TR=73;WE=143559439;WS=143559421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr8	143560504	rs13279697	A	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=10;PP=1013;SC=CTGATGACTGATTTCTCCTCT;SOR=2.494;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=48;WE=143560512;WS=143560503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	143560555	rs13252518	T	C	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=28;PP=1790;SC=TGCCCCACATTCCTGGGTCCC;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=88;WE=143560563;WS=143560545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr8	143560895	rs12682337	G	A	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.80;QD=45.27;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr8	143560898	rs12680973	T	C	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=44.15;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr8	143560996	rs66517676	AGCCAGCT	A	12808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=78;PP=2965;SC=CACCTTCCAGAGCCAGCTGCC;SOR=1.053;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=130;TCF=52;TCR=78;TR=121;WE=143561010;WS=143560986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr8	143561206	rs4509377	G	A	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=74;PP=2172;SC=CTGTCCTCACGGTGATGCCCA;SOR=1.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=24;TCR=74;TR=98;WE=143561214;WS=143561196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr8	143563087	rs11782438	C	G	5316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=72;PP=2347;SC=GCTCCCCGAGCGGCATTTTGG;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=125;WE=143563095;WS=143563077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr8	143563161	rs11776057	G	A	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=38;PP=1117;SC=CCCCAACCCTGGCCACAGCCC;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=143563169;WS=143563151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr8	143569759	rs368149001	C	T	6273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=84;PP=2641;ReadPosRankSum=-0.795;SC=CCAGCGGAGCCACTGACATCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=161;TCR=162;TR=167;WE=143569767;WS=143569749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,307:0.51:598
chr8	143570281	rs73714305	G	A	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=27;PP=2200;SC=GGCCCTGGACGCGACCTTGAA;SOR=2.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=85;TCR=27;TR=111;WE=143570289;WS=143570271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr8	143570921	rs7825551	A	G	12224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.99;NF=102;NR=196;PP=2965;SC=TTCGAGAGCTACTTTTATCCC;SOR=1.235;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=298;TCF=102;TCR=196;TR=298;WE=143570929;WS=143570911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
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chr8	143599634	rs13254098	T	G	17626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
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chr8	143603318	rs7462471	C	T	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=21;PP=1019;SC=GCCCTGGGCCCCACACAGGTG;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=143603326;WS=143603308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr8	143605650	rs112471383	C	T	3947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=84;PP=2026;ReadPosRankSum=1.988;SC=TGGGACCTGCCGCTGCCGTTG;SOR=0.783;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=240;TCF=78;TCR=162;TR=122;WE=143605658;WS=143605640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,185:0.50:373
chr8	143614600	rs10095825	A	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=1.303;SC=GGTTCAGGGCAGGGTGTCCCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=10;WE=143614608;WS=143614598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
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chr8	143614641	rs13272804	A	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=267;ReadPosRankSum=-0.453;SC=CAGCGCTGACACCCTCCATCC;SOR=1.329;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=20;WE=143614649;WS=143614631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr8	143620570	rs7387853	A	G	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=527;ReadPosRankSum=0.348;SC=ACAGGCAGGTACATGGGGAGG;SOR=0.506;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=27;WE=143620578;WS=143620560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
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chr8	143695144	rs2234911	G	A	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=39;PP=1430;ReadPosRankSum=0.580;SC=AGTCGTAGCCGTCTGCCTCGT;SOR=0.589;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=91;TCR=70;TR=87;WE=143695152;WS=143695134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,130:0.51:257
chr8	143695678	rs28403912	A	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.245;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr8	143695681	rs28641083	G	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.038;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr8	143696749	rs28660666	G	A	4584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr8	143740167	rs1056012	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=10;NR=1;PP=244;ReadPosRankSum=0.842;SC=TCGTCATGGAAATGGAGGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=143740175;WS=143740157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr8	143746050	rs2976399	C	T	8324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=60.02;MQRankSum=-0.960;NF=84;NR=66;PP=2043;ReadPosRankSum=1.557;SC=GGATCTCCTCCGCCGTCCTGG;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=293;TCF=164;TCR=129;TR=150;WE=143746058;WS=143746040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,225:0.48:467
chr8	143746069	rs3735999	T	C	8977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.02;MQRankSum=-0.996;NF=95;NR=71;PP=2120;ReadPosRankSum=0.508;SC=GGTCAGCTTTTGGAGTCTTTT;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=316;TCF=181;TCR=135;TR=166;WE=143746077;WS=143746059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,252:0.50:504
chr8	143746087	rs33951456	CCA	C	22779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=154;PP=2973;SC=TTTCTGAACTCCACACACAAC;SOR=0.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=249;TCF=78;TCR=171;TR=221;WE=143746096;WS=143746076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,537:1.00:537
chr8	143746416	rs754957	A	G	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=55;PP=1428;ReadPosRankSum=0.359;SC=TGTAGCGGGCATGGGGGCCCT;SOR=0.690;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=233;TCF=115;TCR=118;TR=112;WE=143746424;WS=143746406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,168:0.44:383
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chr8	143747271	rs2978973	C	G	3520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=71;PP=2059;ReadPosRankSum=0.854;SC=TGTTGGAGTCCGAGCTGGCGA;SOR=0.672;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=105;TCR=121;TR=132;WE=143747279;WS=143747261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,169:0.54:314
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chr8	143781858	rs1048831	G	A	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=7;PP=1356;SC=GGCCAGACCCGGGGAGAGGCG;SOR=3.360;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=53;TCR=7;TR=60;WE=143781866;WS=143781848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	143782044	rs2585174	A	G	11593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=118;PP=2965;SC=ACTCCCAGCGAACGGGTGAGC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=86;TCR=118;TR=204;WE=143782052;WS=143782034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr8	143783240	rs10564411	CT	C	135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.9995;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=0;NR=10;PP=134;SC=AGAAAGTAGCCTTTTTTTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=143783249;WS=143783230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr8	143808667	rs2257796	T	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=246;SC=GCTGCGCTCGTGAGTTCCCAG;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=143808675;WS=143808657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	143808951	rs2585138	C	T	10214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=98;NR=110;PP=2965;SC=GGACCTGCTGCTGCACATGAA;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=99;TCR=110;TR=208;WE=143808959;WS=143808941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr8	143809193	rs2257840	C	T	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=24;PP=951;SC=TGCGGGACGGCTTCGTGTGCG;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=143809201;WS=143809183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	143845950	rs2585187	A	G	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	143845953	rs2717554	T	C	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.95;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr8	143849626	rs7006366	T	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=31.49;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr8	143850987	rs13277233	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.919;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr8	143857265	rs2585125	G	T	11955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=125;NR=107;PP=2965;SC=CTTCCCTACTGTCAGCCCATC;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=233;TCF=126;TCR=107;TR=232;WE=143857273;WS=143857255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr8	143857441	rs3214637	A	AGG	2983.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=50;PP=1397;SC=GATCCAACTCAGGTGGCGCAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=51;WE=143857449;WS=143857431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr8	143867157	rs60714144	C	T	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=58;PP=1535;SC=CCTGGTGACTCAGCAGGGCCT;SOR=3.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=67;WE=143867165;WS=143867147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr8	143867841	rs2717607	C	G	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=92;PP=2965;SC=ACACAGGCCACAGCCGCCCAC;SOR=2.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=88;TCR=93;TR=178;WE=143867853;WS=143867831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr8	143867905	rs2572925	C	T	3720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=88;PP=2878;SC=ACAGCCAGGGCTGCAAGGAGC;SOR=2.176;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=15;TCR=89;TR=103;WE=143867913;WS=143867895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr8	143921804	rs3750246	C	T	3696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=3.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.36;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,97:0.46:213
chr8	143921812	rs3750247	A	G	3790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.70;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,104:0.46:227
chr8	143922724	rs117884561	C	T	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.529;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=883;ReadPosRankSum=-0.582;SC=AGTCTGCTTTCTTCTCTGCAC;SOR=0.411;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=54;WE=143922732;WS=143922714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,76:0.61:124
chr8	143922788	rs3802226	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=404;ReadPosRankSum=1.076;SC=CGTTTCTGCACGCTTTGGTCT;SOR=0.065;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=22;WE=143922796;WS=143922778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr8	143955657	rs5297	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=0.428;SC=CGGGAGTTCCATTTGTGCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=143955665;WS=143955647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr8	143955916	rs5295	C	G	2875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=1052;ReadPosRankSum=-1.452;SC=GGACAGAAGCCGGGTTTCCAT;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=72;WE=143955924;WS=143955906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,144:0.53:272
chr8	143956808	rs6395	A	C	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=16;PP=803;SC=CTACCGAAGAACCCGCAGAGG;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=143956816;WS=143956798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	143956854	rs61752788	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.76;MQRankSum=-1.957;QD=10.36;ReadPosRankSum=2.500;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr8	143956925	rs6392	T	C	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=18;PP=531;SC=AAGGACATGCTCCACGTTAAT;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=143956933;WS=143956915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr8	143956965	rs6391	A	G	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=380;SC=GATTCCAGAGAAAGAAGAGCT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=143956973;WS=143956955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr8	143957405	rs6471570	A	C	12794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=161;PP=2965;SC=ATACCCTGAGAACGACAGAGC;SOR=0.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=268;TCF=107;TCR=161;TR=267;WE=143957413;WS=143957395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr8	143957856	rs7822986	G	A	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=65;PP=2062;SC=GGTGCTGGGAGACATCCTTCA;SOR=1.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=42;TCR=65;TR=107;WE=143957864;WS=143957846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
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chr8	143958342	rs113759408	G	A	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.258;NF=33;NR=45;PP=1067;ReadPosRankSum=0.708;SC=GCAGCCCCGGGCCTCCTGGCT;SOR=0.874;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=78;WE=143958350;WS=143958332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,136:0.45:299
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chr8	143994321	rs6435	T	C	1337.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.9996;FS=1.831;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.423;NF=13;NR=31;PP=803;ReadPosRankSum=0.853;SC=GGGGCATCCATAGAAAGGGTC;SOR=1.524;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=44;WE=143994329;WS=143994311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,53:0.90:59
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chr8	143994361	rs4736320	T	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.69;MQRankSum=-0.831;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.983;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
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chr8	143994399	rs74838461	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.73;MQRankSum=1.676;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr8	143994419	rs5895735	T	TG	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=4;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.845;NF=0;NR=7;PP=435;ReadPosRankSum=1.958;SC=GCCCAGGTCGTAGGAAGTACT;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=7;WE=143994435;WS=143994409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr8	143994427	rs6394	A	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.88;MQRankSum=0.859;QD=21.41;ReadPosRankSum=2.234;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr8	143994450	.	A	G	55	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=97;MMLQ=24;MQ=51.64;NF=0;NR=5;PP=55;QD=17.9542425094;SC=TGCTGAGCCCAGCCAAACCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=143994458;WS=143994440;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr8	143994702	rs4538	G	T	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=22;PP=2127;SC=AGCACCCACCGCAAGGTCTCC;SOR=2.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=78;TCR=23;TR=98;WE=143994710;WS=143994692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr8	143994944	rs13252628	T	G	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.982;NF=63;NR=89;PP=2204;ReadPosRankSum=1.338;SC=CAGGACAACCTCCCTCTGAGG;SOR=0.658;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=303;TCF=122;TCR=181;TR=152;WE=143994952;WS=143994934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,194:0.47:415
chr8	143994978	.	CAAA	C,CAA	11586.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.4;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=123;PP=2969;SC=ATGCCCTGAGCAAAAACAGAG;SOR=1.350;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=11;TCR=124;TR=134;WE=143994990;WS=143994967;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:259
chr8	143994981	.	AA	CG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=62;NR=121;PP=2947;QD=20;SC=CCCTGAGCAAAAACAGAGCCC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=188;TCF=62;TCR=126;TR=183;WE=143994990;WS=143994967;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,183:0.97:188
chr8	143994982	.	A	ACG	11586.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.74;SOR=1.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr8	143995743	rs4543	C	T	2937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1094;ReadPosRankSum=0.563;SC=GTGACAGTTCCGCCTTCAACA;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=155;TCF=86;TCR=69;TR=75;WE=143995751;WS=143995733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,144:0.52:276
chr8	143995761	rs4536	C	T	7412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=74;PP=2825;SC=ACAGGAGCTCCGCCACGATGC;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=157;WE=143995769;WS=143995751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr8	143996059	rs6434	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.312;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.956;NF=6;NR=4;PP=148;ReadPosRankSum=-1.860;SC=GTGGTGGAGAAGGAGAAATTG;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=10;WE=143996067;WS=143996049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr8	143996363	rs6418	A	G	4776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-5.670;QD=19.34;ReadPosRankSum=2.458;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,124:0.50:247
chr8	143996363	.	AGG	GGA	2730	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;NF=39;NR=41;PP=2730;QD=20;SC=AGGCAGCCCCAGGCCTCCTGG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=80;WE=143996373;WS=143996353;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:74,80:0.52:154
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chr8	143996539	rs4539	T	C	3876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.080;NF=42;NR=36;PP=2858;ReadPosRankSum=-2.258;SC=CACCTTCTTCTTCAGGGCCTG;SOR=0.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=88;TCR=71;TR=78;WE=143996561;WS=143996529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,110:0.47:234
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chr8	144097377	rs62525087	C	G	5270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=48;PP=1646;SC=GGCATTCGGCCCGGTCAGGAC;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=81;WE=144097385;WS=144097367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
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chr8	144162613	rs75235876	G	C	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.788;SC=ACAGCGCCCCGCTTGCTGCCC;SOR=0.548;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=73;WE=144162621;WS=144162603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,100:0.56:178
chr8	144162639	rs117342075	A	G	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=741;ReadPosRankSum=1.082;SC=TCGCAACCTGAGCTGCTACCA;SOR=1.124;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=50;WE=144162647;WS=144162629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,72:0.40:178
chr8	144239660	rs7007949	G	A	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-4.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=26;PP=1331;ReadPosRankSum=-0.050;SC=GTGGGAAGGAGGAGACATCAG;SOR=0.512;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=203;TCF=152;TCR=51;TR=95;WE=144239668;WS=144239650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,112:0.46:245
chr8	144239859	rs10109061	A	G	4576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=98;PP=2395;ReadPosRankSum=-1.711;SC=TAACGAAGTCACAGGAGGAGG;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=324;TCF=119;TCR=205;TR=152;WE=144239867;WS=144239849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,232:0.45:513
chr8	144240257	rs9694368	C	G	5650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=89;PP=2483;ReadPosRankSum=1.213;SC=TGGCACACACCGTGTCGGACG;SOR=0.585;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=327;TCF=154;TCR=173;TR=174;WE=144240265;WS=144240247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,290:0.53:549
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chr8	144295782	rs11538388	G	T	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=727;ReadPosRankSum=2.512;SC=AGGATGAGGTGGAAGAGGAGG;SOR=0.737;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=50;WE=144295790;WS=144295772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,86:0.51:168
chr8	144332012	rs6558339	T	C	7877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=94;NR=77;PP=2965;SC=AGGAACAGAATGATGGAGAAG;SOR=0.860;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=171;WE=144332020;WS=144332002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr8	144332082	rs11136275	T	C	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.839;SC=TGCAGAAGAGTGCGCTCAGAG;SOR=0.706;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=191;TCF=94;TCR=97;TR=93;WE=144332090;WS=144332072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,144:0.46:310
chr8	144351394	rs7819483	A	G	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=7;PP=681;ReadPosRankSum=1.321;SC=CTGTGGGTTCATCCTCCATCC;SOR=1.122;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=92;TCF=74;TCR=18;TR=46;WE=144351402;WS=144351384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,59:0.50:117
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chr8	144357213	rs3817675	G	C	7421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=822;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=0.198;SC=GTGGCCCCACGTGGACTCCTG;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=504;TCF=294;TCR=210;TR=249;WE=144357221;WS=144357203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:433,374:0.46:807
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chr8	144391728	rs7386475	A	G	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=73;PP=1642;ReadPosRankSum=2.131;SC=GGGAGGCAGCATCAGCCCAGG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=56;TCR=128;TR=105;WE=144391736;WS=144391718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,127:0.55:231
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chr8	144391873	rs10105378	A	G	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=8;PP=668;ReadPosRankSum=0.766;SC=CACCCCACGCATGCCGCCACC;SOR=1.715;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=42;WE=144391881;WS=144391863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr8	144391924	rs10099789	CT	TC	4698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=1.084;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.65;ReadPosRankSum=-1.451;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,115:0.53:217
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chr8	144397798	rs35506042	G	GGA	2483.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=1610;ReadPosRankSum=2.638;SC=CTCCGCACAAGGAGACAACAA;SOR=0.628;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=38;WE=144397806;WS=144397788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,68:0.54:127
chr8	144398029	rs13275896	A	G	1725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=970;ReadPosRankSum=2.666;SC=GCCCCTCCCCATCCCGCACCA;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=66;WE=144398037;WS=144398019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,85:0.49:173
chr8	144398123	rs2293928	G	C	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=3.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=-1.326;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,64:0.42:153
chr8	144398132	rs2293927	T	C	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.24;ReadPosRankSum=-1.737;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,74:0.43:172
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chr8	144399856	rs3215410	TC	T	1271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=7;PP=743;SC=GGGGCCGTGCTCCCCCCGCGC;SOR=2.038;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=23;WE=144399864;WS=144399846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
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chr8	144399885	.	AG	CT	903	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=18;NR=9;PP=903;QD=35.424736106;SC=GGTGTGGGGCAGGCTCACCGC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=27;WE=144399894;WS=144399875;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr8	144399886	rs2272636	G	T	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.15;ReadPosRankSum=0.892;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr8	144400036	rs11780593	C	T	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=638;ReadPosRankSum=-0.271;SC=TCTATAATTACGTGGTTTTGC;SOR=0.560;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=118;TCF=71;TCR=47;TR=45;WE=144400044;WS=144400026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,84:0.41:203
chr8	144400065	rs2272635	C	T	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=-1.643;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,117:0.59:197
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chr8	144403292	rs12680237	C	T	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=925;ReadPosRankSum=-1.065;SC=ACAGACCCCACGGCAGCTCCG;SOR=0.441;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=113;TCF=81;TCR=32;TR=60;WE=144403300;WS=144403282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,80:0.52:155
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chr8	144409938	rs11424162	A	AG	8976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=50;PP=2969;SC=ATCAGGCCAAAGAAGAGGGTC;SOR=1.540;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=114;WE=144409946;WS=144409924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr8	144411759	rs3812436	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=-0.209;SC=AGCAAGAAGCTAGGCCTTCTT;SOR=1.314;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=9;WE=144411767;WS=144411749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr8	144417051	rs2956274	A	G	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=51;PP=1551;SC=TCCGGGAAAGAGCGACAAGCT;SOR=2.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=60;WE=144417059;WS=144417041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr8	144425247	rs7837655	C	A	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=97;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=402;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CTTATTTCACCATAAAATCTT;SOR=1.009;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=23;WE=144425255;WS=144425237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr8	144425286	.	GTGTTGTCATA	G	736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.403;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,25:0.21:117
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chr8	144459231	.	C	CGT	2176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=13;PP=1228;SC=TCTGTGTGTGCGCGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=25;WE=144459241;WS=144459224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	144459233	rs3889112	C	T	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=20;PP=827;SC=TGTGTGTGCGCGTGTGTGTGT;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=39;WE=144459241;WS=144459224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr8	144459329	rs901760	C	T	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr8	144460569	rs901762	G	A	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=57;PP=1681;SC=AGACACATGCGGAGGCTGAAG;SOR=6.666;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=58;WE=144460577;WS=144460559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr8	144462169	rs3812440	A	G	7893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1020;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.503;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:585,426:0.42:1011
chr8	144463267	rs13275994	C	T	2722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=5;PP=2131;SC=CAGAGGGGGCCGTGTGTTCAG;SOR=4.332;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=83;TCF=77;TCR=6;TR=81;WE=144463275;WS=144463257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr8	144463686	rs3817720	C	T	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=24;PP=1521;SC=GCTAGTCAGGCGGGGTCTCCT;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=144463694;WS=144463676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr8	144511389	rs7386685	C	G	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	144511953	rs141816879	ATGG	A	6840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.66;QD=43.02;SOR=2.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr8	144511995	rs1872900	A	G	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=71;PP=2619;SC=CGGCGTGGTGATGGTGGGCGG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=135;WE=144512003;WS=144511985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr8	144520147	rs2294117	G	A	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=2.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,98:0.58:169
chr8	144522185	rs117239159	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=-1.167;SC=GGGCCCTGGGGGCCCGAGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=144522193;WS=144522175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr8	144522387	rs2272754	G	T	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,43:0.41:105
chr8	144522388	rs2272753	A	T	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,43:0.41:104
chr8	144523018	rs2294115	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=0.524;SC=TGGAGTTGGCGGGAGCTCAAC;SOR=0.132;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=144523026;WS=144523008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr8	144523323	rs2294114	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=364;ReadPosRankSum=0.573;SC=TGGGTGGGCCGGCTGGAGGCT;SOR=0.899;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=24;WE=144523331;WS=144523313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr8	144618379	rs11774857	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=361;SC=AGCATATCCCATCAGGCAGGC;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=144618387;WS=144618369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr8	144641161	rs4292703	A	G	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=59;PP=1894;SC=GGGTCCCTGCACCACGCTCAG;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=88;WE=144641169;WS=144641151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
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chr8	144642596	rs7835865	T	C	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.200;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=31;PP=954;ReadPosRankSum=-1.011;SC=AGTCCACCTTTCCTCATGGGG;SOR=0.564;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=61;WE=144642604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,116:0.46:253
chr8	144642626	rs7831485	A	G	6718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=68;PP=2745;SC=CGTGGGGAGCACACGGAGAGG;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=73;TCR=68;TR=140;WE=144642634;WS=144642616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr8	144642815	rs11551200	C	T	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=746;ReadPosRankSum=-1.303;SC=AGCAGCTGCGCAGCCGCGGGG;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=58;WE=144642823;WS=144642805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,104:0.48:217
chr8	144642986	rs11136298	T	C	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=32;PP=1473;SC=CACGTGGGCATGCGGCGGCGG;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=70;WE=144642994;WS=144642976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr8	144643169	rs1545536	C	T	7589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=871;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=106;PP=2588;ReadPosRankSum=1.354;SC=CTCCATGCCTCAGGGTGAGGG;SOR=0.718;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=467;TCF=235;TCR=232;TR=205;WE=144643177;WS=144643159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:451,414:0.48:865
chr8	144643321	rs12541790	A	G	3515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.312;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=76;PP=2037;ReadPosRankSum=2.006;SC=TGGCAGAGAAACAGGGAGGCC;SOR=0.464;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=248;TCF=93;TCR=155;TR=129;WE=144643329;WS=144643311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,166:0.54:309
chr8	144643603	rs2290414	G	A	3667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=50;PP=1283;ReadPosRankSum=0.626;SC=GGTGAGAGCCGAGAGCCCCCA;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=101;WE=144643611;WS=144643593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,195:0.47:419
chr8	144644405	rs11551198	G	A	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=1139;ReadPosRankSum=0.171;SC=GCCTTGGGCCGGTGGAGCCCC;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=68;WE=144644413;WS=144644395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,104:0.51:204
chr8	144644583	rs1349806	G	C	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.840;NF=43;NR=41;PP=1429;ReadPosRankSum=2.047;SC=CCCGGTGGGCGTTCAGAAACC;SOR=0.965;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=84;WE=144644591;WS=144644573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,114:0.50:226
chr8	144644787	rs1377663	T	A	3392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.237;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=49;PP=1509;ReadPosRankSum=2.264;SC=AGGCACAAGATGCCCAGATTT;SOR=0.500;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=205;TCF=110;TCR=95;TR=98;WE=144644795;WS=144644777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,170:0.46:372
chr8	144645265	rs55851711	T	TCTGG	618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.203;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr8	144649541	rs34071446	G	GC	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5131;FS=1.840;HP=4;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.815;NF=1;NR=6;PP=206;ReadPosRankSum=-0.592;SC=CGCGGGGGCAGCCCCGGGCAC;SOR=0.307;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=7;WE=144649558;WS=144649531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr8	144649550	rs7010602	A	G	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=6;PP=250;SC=AGCCCCGGGCACGGGCCAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=144649558;WS=144649531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr8	144649601	rs13268196	A	G	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=438;SC=CCGCGGCCACAGCCGGCTTGG;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=144649609;WS=144649591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	144649625	rs10097556	T	C	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=11;PP=624;SC=CGCTCTGCAGTCGCCCTAGGT;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=144649633;WS=144649615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr8	144649650	rs13254352	C	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=207;ReadPosRankSum=-0.023;SC=GAGGAGATCGCGGCTCAGGCT;SOR=0.745;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=14;WE=144649658;WS=144649640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr8	144649690	rs13254590	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.267;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=218;ReadPosRankSum=-0.682;SC=AGTGCCCGGGCCCCTGGCCCT;SOR=0.392;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=16;WE=144649698;WS=144649680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr8	144649968	rs13255489	C	T	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=632;ReadPosRankSum=0.295;SC=ATAAGCACGGCGGCTGCCCGG;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=51;WE=144649976;WS=144649958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,83:0.50:167
chr8	144650503	rs13271361	G	A	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=523;ReadPosRankSum=1.588;SC=GGGAAGAGGGGGAGCAAGGGC;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=36;WE=144650511;WS=144650493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,56:0.54:103
chr8	144650550	rs10101426	T	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=29;PP=817;SC=GGCAGGAGACTGGATTGATTC;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=144650558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr8	144650925	rs13279011	A	T	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=27.16;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr8	144651554	rs6983410	A	G	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.32;QD=28.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr8	144651576	.	C	G	203	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8;NR=0;PP=203;QD=29.7214015684;SC=GTGACAGCGGCAGGGGCGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=144651584;WS=144651566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,8:0.73:11
chr8	144652393	rs11280720	C	CCCCTCCTCA	4626.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.046;NF=16;NR=49;PP=2978;ReadPosRankSum=2.242;SC=CACCCTGGGGCCCCTCCTCAC;SOR=0.860;Source=Platypus;TR=65;WS=144652383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,201:0.48:419
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chr8	144654582	rs4874154	C	A	23363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.00;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr8	144654586	rs4874155	G	C	23440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.81;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,535:1.00:535
chr8	144654851	.	G	A	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=695;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GGAGCCTCCCGGGCCCGGCTC;SOR=0.543;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=48;WE=144654859;WS=144654841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,60:0.57:106
chr8	144657269	rs2290417	G	C	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=78;PP=2073;ReadPosRankSum=-0.645;SC=CACAGCTGCAGGGAGGAGGTA;SOR=0.315;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=56;TCR=81;TR=133;WE=144657277;WS=144657259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr8	144657969	.	TGGG	T	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=21;MQ=51.57;NF=0;NR=3;PP=76;QD=35.3333333333;SC=CTGCCCTGGGTGGGGAAGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=3;WE=144657979;WS=144657959;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr8	144658370	rs896955	C	T	3291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.032;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=74;PP=1595;ReadPosRankSum=-1.312;SC=GGCCACCCCTCGGGTCTTCCT;SOR=0.939;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=203;TCF=72;TCR=131;TR=109;WE=144658378;WS=144658360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,160:0.56:286
chr8	144658711	rs872935	G	A	3738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=65;PP=2000;ReadPosRankSum=0.513;SC=CCCAGGGCCAGGGCGACTGCT;SOR=0.761;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=208;TCF=97;TCR=111;TR=120;WE=144658719;WS=144658701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,179:0.51:354
chr8	144659608	rs12678314	A	G	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=38;PP=990;SC=CAGGGTGAGGATCACTAGGCC;SOR=2.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=144659616;WS=144659598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr8	144659949	rs2305496	C	A	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=44;PP=1377;ReadPosRankSum=1.204;SC=GGCCCAGCACCCCGTGGCCGC;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=138;TCR=89;TR=114;WE=144659957;WS=144659939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,202:0.50:402
chr8	144660189	rs896953	A	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=25;NR=29;PP=1097;SC=CCACGGGGGGACAAGGACTTC;SOR=0.776;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=54;WE=144660197;WS=144660179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr8	144660257	rs2015562	G	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=365;ReadPosRankSum=-1.769;SC=GCGGACGGGGGACTACCGGCG;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=23;WE=144660265;WS=144660247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr8	144660509	.	T	TCCGGC	729	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=9;PP=729;QD=83.6666666667;SC=ACGTCCGGACTCCGCCCCGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=9;WE=144660531;WS=144660499;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr8	144660511	rs201754569	C	CG	1047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.76;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr8	144660513	.	C	CCCGA	1070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.970;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr8	144660523	rs4475500	A	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=1161;SC=CCCCGCCCCGACCCCGTGACG;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=33;WE=144660531;WS=144660499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr8	144662353	rs1062391	G	A	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.99;MQRankSum=1.179;NF=17;NR=23;PP=579;ReadPosRankSum=0.243;SC=CCTCCAGCTGGGCCATGTCCG;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=40;WE=144662361;WS=144662343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,73:0.57:127
chr8	144663019	rs150016304	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=542;ReadPosRankSum=2.237;SC=CCTGTGTACCGCAGCTGTGTA;SOR=0.431;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=30;WE=144663027;WS=144663009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr8	144663075	rs1809148	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=329;ReadPosRankSum=0.231;SC=ACCTGCCCAGGGCTAACTGTA;SOR=1.101;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=15;WE=144663083;WS=144663065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr8	144668590	rs11780087	T	C	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=37;SC=AACGAGAGCTTGGCGGGCCAG;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=144668598;WS=144668580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr8	144671244	rs4874160	C	A	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=38;PP=2056;SC=ACCAGGCCACCCGCAGGGCCT;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=72;TCR=38;TR=110;WE=144671252;WS=144671234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr8	144671685	rs6985081	G	C	11273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=144;NR=107;PP=2965;SC=TGCGGCTGCCGTCGGGGGCCA;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=144;TCR=107;TR=251;WE=144671693;WS=144671675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr8	144671922	rs3812448	G	A	11036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=152;PP=2965;SC=CCAGCCACACGCGTTCGGCCG;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=107;TCR=152;TR=259;WE=144671930;WS=144671912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr8	144672541	rs751932	T	C	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=20;PP=542;SC=ATGAACAATATATAATTTTGT;SOR=1.270;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=31;WE=144672549;WS=144672531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr8	144681777	rs10282929	G	T	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=901;ReadPosRankSum=0.088;SC=CCTCTGCCATGGGGGGCGGAG;SOR=0.702;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=141;TCF=73;TCR=68;TR=64;WE=144681785;WS=144681767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,84:0.42:198
chr8	144686998	rs114073802	T	C	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=410;ReadPosRankSum=-2.837;SC=GCCAGTGTGGTGGTGCCAGAG;SOR=0.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=31;WE=144687006;WS=144686988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
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chr8	144688348	rs118119099	G	T	2022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.164;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=794;ReadPosRankSum=-0.074;SC=ATGGTGGTTGGGGGGGATAGG;SOR=0.622;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=64;WE=144688356;WS=144688338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,105:0.56:187
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chr8	144774089	rs11136314	A	C	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr8	144774233	rs11785723	T	C	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1122;ReadPosRankSum=2.374;SC=GTGATGGCCATGTGGGGTCCC;SOR=0.652;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=96;TCR=65;TR=88;WE=144774241;WS=144774223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,132:0.56:237
chr8	144775871	rs6987308	C	A	5803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=80;PP=2519;ReadPosRankSum=0.512;SC=CCCAAGAGACCTTGTGATCAT;SOR=0.798;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=336;TCF=185;TCR=151;TR=182;WE=144775879;WS=144775861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,300:0.48:624
chr8	144776109	rs11786757	A	G	6294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=96;PP=2965;SC=TAGAGCTGTCATTCATCTGCG;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=74;TCR=96;TR=170;WE=144776117;WS=144776099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr8	144776713	rs7464270	A	C	3260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=75;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GCGCCCGAAGAGTGGGGTGCT;SOR=0.777;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=236;TCF=82;TCR=154;TR=113;WE=144776721;WS=144776703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,171:0.49:346
chr8	144789973	rs61731375	C	A	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=35;PP=1180;ReadPosRankSum=1.183;SC=TGGATCTGCGCTAGGTCCACG;SOR=0.572;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=181;TCF=107;TCR=74;TR=79;WE=144789981;WS=144789963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,128:0.44:289
chr8	144800004	rs12543136	G	A	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=29;PP=673;ReadPosRankSum=0.057;SC=TGGGGGCAGGGAGGGGCAGCC;SOR=0.601;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=46;WE=144800012;WS=144799994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,77:0.57:134
chr8	144800552	rs6997797	C	T	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=95;PP=2767;SC=TGCGTGTCCCCCTGCGTGTCC;SOR=2.021;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=29;TCR=96;TR=124;WE=144800560;WS=144800542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr8	144801243	rs12678428	C	T	3865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.076;NF=54;NR=73;PP=1843;ReadPosRankSum=1.168;SC=GCGACCTCCCCGAGGGGCCTG;SOR=0.595;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=268;TCF=107;TCR=161;TR=127;WE=144801251;WS=144801233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,194:0.47:409
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chr8	144801681	rs11778657	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=0.181;SC=GCTGGGCACCGGGAATGCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=10;WE=144801689;WS=144801671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
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chr8	144810322	rs28573699	G	A	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1058;ReadPosRankSum=0.421;SC=TCGTCGCCGTGGCTGAGGAAC;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=67;TCR=78;TR=70;WE=144810330;WS=144810312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,133:0.53:249
chr8	144810970	rs11136322	C	G	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=631;ReadPosRankSum=0.785;SC=GGGTGGGGCGCGGAGGACGCA;SOR=0.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=35;WE=144810978;WS=144810960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,40:0.38:105
chr8	144811278	rs9969456	G	A	4371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=98;PP=2475;ReadPosRankSum=-1.383;SC=AGGGAGGGGAGTCAGATCTCT;SOR=0.900;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=345;TCF=155;TCR=190;TR=165;WE=144811286;WS=144811268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,230:0.51:454
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chr8	144825290	rs4074640	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=414;ReadPosRankSum=-1.184;SC=GGCACGGCCTTGCCAGGCTGA;SOR=0.343;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=27;WE=144825298;WS=144825280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr8	144873666	rs9314416	G	C	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=535;ReadPosRankSum=-1.099;SC=AAACCACCCAGGTGGACGGGT;SOR=0.907;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=39;WE=144873674;WS=144873656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,70:0.39:179
chr8	144873779	rs9314417	G	A	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=33;PP=1704;SC=GAGCGGATGGGGGCGGTGGCA;SOR=0.900;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=78;WE=144873787;WS=144873769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr8	144873997	rs6982642	A	C	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.49;SOR=3.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr8	144873997	.	ACCC	CCCC,CCCT	773	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=24;MQ=59.24;NF=30,14;NR=41,22;PP=773,458;QD=11.3770593317;SC=GCCAGACCCCACCCCCATGCC;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=71,36;WE=144874008;WS=144873986;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.87:82
chr8	144874000	.	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=2.376;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr8	144874078	rs117338714	C	T	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=199;ReadPosRankSum=0.623;SC=GTCTGGGGGCCGAGGTCTGGG;SOR=1.697;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=16;WE=144874086;WS=144874068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr8	144874366	rs7461245	T	C	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=60;PP=1956;SC=CAGGGCGGGGTGGCGACCCCA;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=111;WE=144874374;WS=144874356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr8	144877546	rs115359803	C	T	2639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1142;ReadPosRankSum=-0.522;SC=CCACCGGCCTCGGGCTCCCTG;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=79;WE=144877554;WS=144877536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,130:0.56:234
chr8	144877812	.	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-0.620;SC=CCAGGAGCCGCGTCCCTGGGC;SOR=1.520;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=11;WE=144877820;WS=144877802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr8	144885580	rs13281371	A	G	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=724;ReadPosRankSum=-1.235;SC=TGCTGGCCTCAAAGCCGTCAC;SOR=0.775;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=75;TCR=33;TR=51;WE=144885588;WS=144885570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,80:0.51:156
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chr8	144886628	rs34099611	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=1.605;SC=GGCGAGCAGGCCGGCTTCCCA;SOR=0.105;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=10;WE=144886636;WS=144886625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
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chr8	144895553	rs13251492	G	A	4722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=54;PP=1762;ReadPosRankSum=0.919;SC=ACCTGCAGAGGAAGCAGGGTG;SOR=0.763;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=241;TCF=124;TCR=117;TR=117;WE=144895561;WS=144895543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,234:0.51:460
chr8	144895669	rs56748182	G	A	3297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=51;PP=1736;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GGTTCTCCCGGAGCTCCAGGG;SOR=0.776;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=219;TCF=109;TCR=110;TR=105;WE=144895677;WS=144895659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,153:0.51:302
chr8	144900756	rs7833632	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=1.261;SC=GGCGGCAGGAAGCTGGGCAGC;SOR=0.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=19;WE=144900764;WS=144900746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
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chr8	144917880	rs72693365	G	A	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=995;ReadPosRankSum=-0.159;SC=CCAGGAAGGCGGCCAGCTTCA;SOR=0.788;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=60;WE=144917888;WS=144917870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,109:0.46:236
chr8	144917952	rs117961018	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=844;ReadPosRankSum=-1.974;SC=TGCCCCGTGCGCCCCCTCCGC;SOR=0.531;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=59;WE=144917960;WS=144917942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,75:0.51:147
chr8	144940069	rs35186960	C	CA	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.97;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr8	144940117	rs4977192	C	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=672;ReadPosRankSum=-2.190;SC=AGTATGCCTCCACTTCTCCAG;SOR=0.823;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=38;WE=144940130;WS=144940107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr8	144940300	rs4977191	G	A	19077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1054;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.706;NF=316;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=1.286;SC=CGGCCAGGACGCGGTTCATCT;SOR=0.739;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=637;TCF=396;TCR=241;TR=488;WE=144940308;WS=144940290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,804:0.76:1052
chr8	144940779	rs11781942	G	A	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=39;PP=1631;ReadPosRankSum=-0.159;SC=CGCTTGACGCGGTCGTCCTCC;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=187;TCF=98;TCR=89;TR=82;WE=144940787;WS=144940769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,131:0.43:304
chr8	144941419	rs12681478	C	T	4891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=93;PP=2540;ReadPosRankSum=0.562;SC=TCAGTGCCTCCGCCTTCTCGA;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=302;TCF=111;TCR=191;TR=148;WE=144941427;WS=144941409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,231:0.49:471
chr8	144942903	rs6558399	T	C	11897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=171;NR=132;PP=2965;SC=TCGACCAGGGTGGTGACTGCG;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=171;TCR=133;TR=303;WE=144942911;WS=144942893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr8	144944176	rs12542653	T	C	6072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=67;PP=2962;SC=TGGGGAAGGTTTCGGAGGAGC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=138;WE=144944184;WS=144944166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr8	144944226	rs116925616	G	A	3004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1409;ReadPosRankSum=0.676;SC=ACATAGCCACGCTGAATGGCC;SOR=0.775;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=90;WE=144944234;WS=144944216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,143:0.57:250
chr8	144944638	rs56118826	G	A	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=57;PP=2440;SC=CAGCTCCCAGGCCGCACAGGT;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=120;WE=144944646;WS=144944628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr8	144945191	rs12543389	T	C	7305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.311;NF=100;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=0.024;SC=GCCGCGCCGGTAGGCCACGTC;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=101;TCR=86;TR=185;WE=144945199;WS=144945181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,262:0.99:264
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chr8	144946252	rs11136330	C	T	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=32;PP=1877;SC=GCCGCAGTGCCAGTGGCCTGT;SOR=1.197;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=87;WE=144946260;WS=144946242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chr8	145066886	rs13277282	A	G	14169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=151;NR=195;PP=2965;SC=CCCAGCTGCTACTGGGGAACA;SOR=0.863;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=350;TCF=152;TCR=198;TR=346;WE=145066894;WS=145066876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr8	145106383	.	C	CG	35	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=24;MQ=58.98;NF=2;NR=0;PP=35;QD=24.5;SC=CCTGTTGGCGCGGGGGGGGGC;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=2;WE=145106391;WS=145106373;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,2:0.18:11
chr8	145106938	rs60949781	GCC	G	9316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=75;PP=2976;SC=TGCCCCCCGAGCCCCCCGCCG;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=114;WE=145106947;WS=145106928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr8	145107795	rs11136253	G	A	10892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr8	145108151	rs61732533	G	A	5499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=68;PP=1782;ReadPosRankSum=-1.441;SC=CGTCCAGGCCGTACTGCCCAA;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=121;TCR=155;TR=122;WE=145108159;WS=145108141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,275:0.49:558
chr8	145110901	rs7459752	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=328;ReadPosRankSum=0.106;SC=TCCAACCAGAGATGCCACGGC;SOR=1.776;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=19;WE=145110909;WS=145110891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr8	145112398	rs117057524	G	A	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.512;SC=TTGGCCACGCGCACGAACCCC;SOR=0.889;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=75;WE=145112406;WS=145112388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,136:0.52:261
chr8	145149823	rs13256214	G	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=314;SC=GCGTGGGGAGGCAGGCGGTGC;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=145149831;WS=145149822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr8	145149860	rs6984764	A	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=7;PP=531;SC=CGCGACCGGGACCAGCGCGCT;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=145149868;WS=145149850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr8	145150101	rs11541475	T	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=11;PP=388;SC=GCAGCGCGCGTCCCGGGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=145150109;WS=145150091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr8	145150832	rs7820984	A	G	7336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=66;PP=2748;ReadPosRankSum=0.595;SC=GGGGCTGGCCATGGCTCTGCA;SOR=0.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=93;TCR=67;TR=158;WE=145150840;WS=145150822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,281:1.00:282
chr8	145151665	rs200379271	TGGCAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCC	TCAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCC,T	13680.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=98;PP=2918;SC=GCCTCCAGTCTGGCAGTGGGC;SOR=1.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=10;TCR=101;TR=108;WE=145151704;WS=145151655;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:304
chr8	145151668	.	CAGTGGGCATGTGGAATACTTCTCCA	C	13632.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr8	145154222	rs34674752	G	A	4943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=69;PP=2527;ReadPosRankSum=1.064;SC=AGGAAAGCAGGGTCCCCATCC;SOR=0.810;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=277;TCF=151;TCR=126;TR=159;WE=145154230;WS=145154212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,236:0.53:449
chr8	145158446	rs12549149	C	T	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=41;PP=1626;SC=CGCCCTCCGCCCCCACTCACC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=81;WE=145158454;WS=145158436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr8	145158503	rs11136254	G	T	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=44;PP=1347;SC=CGCCCAGGCCGCTCAGGGTCC;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=145158511;WS=145158493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr8	145160646	rs11136256	T	C	8596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=104;PP=2965;SC=CTGTGGAGACTGGAGATGCCC;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=116;TCR=104;TR=220;WE=145160654;WS=145160636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr8	145161823	rs11546144	G	A	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=28;PP=1394;SC=AAGCAGAAGCGGGGGCAGTGG;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=72;WE=145161831;WS=145161813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr8	145161896	rs13263342	T	C	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=42;PP=1704;SC=ACCCGGGTCCTTGAAGCCTGG;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=87;WE=145161904;WS=145161886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr8	145162598	rs10091401	G	C	5199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=48;PP=2778;SC=CTGCCGCTGCGGGCCGTGACC;SOR=1.440;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=101;TCR=48;TR=149;WE=145162606;WS=145162588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr8	145163414	rs4977196	C	G	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=46;PP=1633;SC=GGCGCCTGTCCGGCTTACGGG;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=84;WE=145163422;WS=145163404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr8	145163647	rs4977195	T	C	7147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=49;PP=2834;SC=GGCAGTTCCGTTCAGGTGGTC;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=90;TCR=49;TR=138;WE=145163655;WS=145163637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr8	145164617	rs13281660	G	T	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=24;PP=1396;SC=TCCTGTCGGCGGCCACCGGGC;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=145164625;WS=145164607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr8	145166134	rs55908964	C	G	3962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=72;PP=2119;ReadPosRankSum=-1.227;SC=AGGTCCCATGCAGGCCTGCTC;SOR=0.789;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=260;TCF=117;TCR=143;TR=128;WE=145166142;WS=145166124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,183:0.49:374
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chr8	145223191	rs6982878	G	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=239;SC=AGGCTTTGTCGCTGCAGAGCT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=145223199;WS=145223181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr8	145223288	rs34819224	C	T	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=21;PP=888;SC=CTCGGGGAGGCGCGGCCGGTG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=145223296;WS=145223278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr8	145223499	rs6558308	G	A	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=17;PP=499;SC=CTATGTCAGGGTGGGTAACCT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=145223507;WS=145223489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr8	145234508	rs7842771	G	C	10692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=141;PP=2965;SC=CAGGCCCTCTGGCCTCGCAGA;SOR=0.830;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=110;TCR=141;TR=251;WE=145234516;WS=145234498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr8	145245631	rs6558318	T	C	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=9;PP=1255;SC=ACATAGGTGCTGAGGATCGTC;SOR=2.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=48;TCR=9;TR=56;WE=145245639;WS=145245621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr8	145245944	rs10108542	A	G	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=63;PP=1885;SC=TTGCATTGGCAAGCAGAGGTG;SOR=2.350;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=10;TCR=63;TR=73;WE=145245952;WS=145245934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr8	145247168	rs6988451	G	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr8	145254159	rs7464776	T	C	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=83;PP=2091;SC=ACAGGGTCACTGCCTGCTGTA;SOR=1.398;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=39;TCR=83;TR=122;WE=145254167;WS=145254149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr8	145255553	rs6558320	C	G	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=40;PP=1146;SC=GCTTTGAATTCTCTAGAAAGA;SOR=1.206;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=145255561;WS=145255543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	145550338	rs6599571	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr8	145557390	.	G	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,37:0.35:105
chr8	145557497	rs7013127	A	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-1.648;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr8	145577824	rs880701	C	G	4462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.189;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,212:0.50:424
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chr8	145578296	rs2272663	A	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=952;ReadPosRankSum=-2.451;SC=CCTGCTGCACAAATGGGTAGA;SOR=0.743;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=40;WE=145578304;WS=145578286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,75:0.53:142
chr8	145579949	.	G	GGCCGCT	2535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=6.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.277;QD=10.52;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,67:0.28:241
chr8	145579951	.	A	ACC	2618.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.258;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.273;QD=10.73;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,68:0.28:244
chr8	145579954	.	G	GGCACGGCACAAGGGCCCCCACACCTCACGTGCCTGGCCACAACCCAGAACAA	4926.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.025;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.325;QD=20.44;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,65:0.27:241
chr8	145580984	rs2272666	A	G	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.043;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=955;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CAGGCAGGCAAGCAGACATCC;SOR=0.271;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=92;TCF=67;TCR=25;TR=56;WE=145580992;WS=145580974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,77:0.64:120
chr8	145581557	rs2280840	G	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.980;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=496;ReadPosRankSum=0.226;SC=CCAACTGGGCGCCTAAGGGGC;SOR=0.214;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=60;TCF=47;TCR=13;TR=28;WE=145581565;WS=145581548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
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chr8	145603114	rs6599528	A	C	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.374;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=60;PP=1712;ReadPosRankSum=0.216;SC=TGCTGCACAGAAGGCAGAAGC;SOR=0.533;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=225;TCF=99;TCR=126;TR=116;WE=145603122;WS=145603104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,179:0.50:360
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chr8	145622923	rs2977835	T	C	3519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=54;PP=1841;ReadPosRankSum=1.760;SC=CCCCAGGGACTCAAGCCCCTA;SOR=0.620;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=209;TCF=105;TCR=104;TR=119;WE=145622931;WS=145622913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,175:0.49:358
chr8	145623098	rs2977834	T	C	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.024;NF=40;NR=45;PP=1084;ReadPosRankSum=0.273;SC=TGGACTGCTGTGGGGAGAGGG;SOR=0.643;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=158;TCF=77;TCR=81;TR=85;WE=145623106;WS=145623088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,112:0.52:217
chr8	145623378	.	CCCCACCACCGTCCCCACCCACCTACCTCCTTCCAGCAGGCGGATG	C	1210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=3.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.090;QD=17.80;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
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chr8	145623622	.	C	A	121	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=50.82;NF=5;NR=4;PP=121;QD=17.3079125052;SC=CCACCTCCCCCCCACCGTCCC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=9;WE=145623630;WS=145623612;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,9:0.41:22
chr8	145623881	rs141269368	C	CCCCAGGT	5922.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=3.959;NF=23;NR=88;PP=2979;ReadPosRankSum=1.541;SC=GGGACCCCAGCCCCAGGTCCC;SOR=0.713;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=336;TCF=79;TCR=257;TR=111;WE=145623889;WS=145623869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:421,297:0.41:718
chr8	145623963	rs4317614	G	A	8724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=915;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.573;SC=GTCTGCGGCCGTCGTCGTCTG;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=517;TCF=233;TCR=284;TR=237;WE=145623971;WS=145623953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:471,440:0.48:911
chr8	145624640	rs2293963	C	T	3471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=57;PP=1857;ReadPosRankSum=-1.087;SC=CTGGCTGGGACGGGGGCCCTG;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=260;TCF=149;TCR=111;TR=130;WE=145624648;WS=145624630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,179:0.47:377
chr8	145625283	rs2291135	T	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.929;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=470;ReadPosRankSum=-1.613;SC=AATTCTGAGTTGGGGATGGGG;SOR=1.122;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=33;WE=145625291;WS=145625273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr8	145625524	rs145341443	GCC	G	808.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=18.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.49;ReadPosRankSum=2.601;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,26:0.79:33
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chr8	145639726	rs2272662	T	C	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=667;ReadPosRankSum=-0.959;SC=ATGTAGTGGGTGACCCCCCTG;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=65;TCR=59;TR=62;WE=145639734;WS=145639716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,94:0.43:218
chr8	145640411	rs2977838	A	G	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=45;PP=1177;ReadPosRankSum=2.060;SC=ACAGGGTCCCAGCTGCTGGCT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=66;TCR=99;TR=74;WE=145640419;WS=145640401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,108:0.46:237
chr8	145661320	rs2721140	G	A	4919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=90;PP=2946;SC=GCCAGTCCCCGGCCAGGCACT;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=50;TCR=90;TR=139;WE=145661328;WS=145661310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr8	145661675	rs7830832	G	A	4267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=50;PP=2361;SC=CCTGACATGGGCCTGAGAGGC;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=117;WE=145661683;WS=145661665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr8	145662113	rs55665465	C	T	4969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=74;PP=2279;ReadPosRankSum=-0.986;SC=ATAACCTCGCCCTTGCCCTCT;SOR=0.633;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=330;TCF=175;TCR=155;TR=151;WE=145662121;WS=145662103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,246:0.45:552
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chr8	145665516	rs2306383	T	C	10072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=109;PP=2965;SC=TGAGCTCCCGTAGTCTGGTTT;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=204;TCF=95;TCR=109;TR=204;WE=145665524;WS=145665506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr8	145665637	rs2620650	A	G	4038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=54;PP=2074;SC=GGGGCTGTGGACGCAGAGAAA;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=95;WE=145665645;WS=145665627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr8	145665699	rs2721188	C	T	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=36;PP=1372;SC=CTGGGCTCACCGGGGAGCCAG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=145665707;WS=145665689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr8	145667405	rs2242264	C	G	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=4;PP=1589;SC=GCCCCATTCGCACCCCCAGGC;SOR=4.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=56;TCR=4;TR=60;WE=145667413;WS=145667395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr8	145668443	rs760477	G	A	7241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=49;PP=2965;SC=GATTGCCCAAGGAGGCTGCGG;SOR=1.930;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=157;TCR=49;TR=206;WE=145668451;WS=145668433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr8	145668481	rs2242263	C	T	12187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=207;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=0.392;SC=CTCTTCGGCCCGAAGTTCAGG;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=325;TCF=208;TCR=117;TR=321;WE=145668489;WS=145668471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,456:1.00:458
chr8	145677469	rs2245052	A	G	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=31;PP=2290;SC=CCTTGCAGGGATGGTGAAGCC;SOR=1.837;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=80;TCR=31;TR=108;WE=145677477;WS=145677459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr8	145677973	rs2256094	C	T	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=103;PP=2965;SC=GCAGGTACATCACTCACAGAC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=38;TCR=103;TR=141;WE=145677981;WS=145677963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr8	145678020	rs1871538	C	T	2546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=57;PP=1638;SC=AGCTGTCCTCCCATATGGCTT;SOR=1.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=74;WE=145678028;WS=145678010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr8	145687750	.	GGCC	G	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.443;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,12:0.18:68
chr8	145689915	rs2721167	G	A	8440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=105;PP=2965;SC=GGCAGTCTTCGTGTGTGCTCA;SOR=0.833;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=189;TCF=82;TCR=107;TR=187;WE=145689923;WS=145689905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr8	145690111	rs3832555	CCTCT	C	724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.910;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.523;NF=5;NR=10;PP=620;ReadPosRankSum=0.006;SC=TTCCCACCAACCTCTCTCTAA;SOR=1.210;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=15;WE=145690122;WS=145690101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr8	145690308	rs2721166	C	T	10125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=114;NR=102;PP=2965;SC=GCAGTATGTACGAGGACACAG;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=114;TCR=102;TR=216;WE=145690316;WS=145690298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr8	145690348	rs2620644	G	A	12294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.302;SC=GGAGAGGAAGGAAGCGCAGAA;SOR=0.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=123;TCR=121;TR=241;WE=145690356;WS=145690338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,470:1.00:471
chr8	145690396	rs2620645	A	C	9160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=92;NR=111;PP=2965;SC=CACTCTAGTAAGCCCAGGTTC;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=92;TCR=113;TR=203;WE=145690404;WS=145690386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr8	145691915	rs112422823	G	C	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.889;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,108:0.48:227
chr8	145692110	rs2306388	C	T	182.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=1;PP=117;SC=CTGCCTGCCCCCCTCCTCAGG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=145692118;WS=145692100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr8	145692296	rs2250895	A	C	6234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=59;PP=2578;ReadPosRankSum=-0.849;SC=GGCCTGGCTCAAGCACGTGAC;SOR=0.290;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=80;TCR=59;TR=138;WE=145692304;WS=145692286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr8	145692385	rs2250891	C	T	6573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=80;NR=71;PP=2965;SC=CAGCCGAGGGCCGCGCGGCCG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=80;TCR=71;TR=151;WE=145692393;WS=145692375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr8	145692762	rs2291133	G	T	5546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=93;PP=2926;ReadPosRankSum=0.251;SC=GAACTCTGGAGGGAGCAAATC;SOR=0.537;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=386;TCF=210;TCR=176;TR=190;WE=145692770;WS=145692752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,260:0.49:527
chr8	145692812	rs2250779	C	T	19718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=750;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=255;NR=219;PP=2965;SC=GGGTCATGTTCCGGAAGATTT;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=475;TCF=256;TCR=219;TR=474;WE=145692820;WS=145692802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,734:1.00:734
chr8	145693720	rs2250657	A	G	7426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=87;PP=2750;SC=AGGAGGAGGCAGAGGCATTGC;SOR=0.822;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=70;TCR=88;TR=157;WE=145693728;WS=145693710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr8	145697244	rs4925823	G	A	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=26;PP=1791;SC=ACCTGCCTTCGTGGCACTCCC;SOR=1.342;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=87;WE=145697252;WS=145697234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr8	145699601	rs2721176	T	C	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=30;PP=1429;SC=GAGGGAGGAGTGGCCCCTGTC;SOR=1.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=78;WE=145699609;WS=145699591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr8	145723419	rs2721149	T	G	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.249;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=575;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TCTGGAGTCTTGGGGGAAGAG;SOR=0.950;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=40;WE=145723427;WS=145723409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,59:0.46:129
chr8	145724275	rs3816732	T	C	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=82;PP=2129;ReadPosRankSum=-1.079;SC=CGTGCTCTGGTCGCTCACGTG;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=248;TCF=88;TCR=160;TR=125;WE=145724283;WS=145724265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,162:0.48:341
chr8	145729727	rs1063739	C	A	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=636;ReadPosRankSum=-1.109;SC=GGCGGTGAGGCATGGACTGAG;SOR=0.655;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=46;WE=145729735;WS=145729717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,86:0.55:155
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chr8	145732071	rs56010190	A	G	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
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chr8	145738581	rs71320828	TGG	T	715.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.69;ReadPosRankSum=-0.540;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
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chr8	145739133	.	AGGAGGG	A	1575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.229;QD=12.12;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,51:0.39:130
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chr8	145739205	rs4925829	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.447;QD=0.77;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,5:0.12:41
chr8	145739218	rs13267993	A	T	1291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;QD=43.06;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
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chr8	145741130	rs4251689	C	T	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=1137;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GACCCACCCTCCAGGGCAGAT;SOR=0.523;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=109;TCR=50;TR=77;WE=145741138;WS=145741120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,101:0.51:197
chr8	145741702	rs4244612	C	G	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1120;ReadPosRankSum=-2.093;SC=TCTCCCAGGGCTCCTCGTTCC;SOR=0.868;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=76;WE=145741710;WS=145741692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,122:0.50:244
chr8	145741765	rs4244613	G	A	3359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=3.089;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,169:0.50:335
chr8	145742514	rs2721190	A	G	6120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=92;PP=2965;SC=CCTGGCGTAGACTGTGGACTC;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=48;TCR=92;TR=140;WE=145742522;WS=145742504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr8	145742716	rs2721189	C	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=8;PP=377;SC=TGCCCCACGGCGGCCTGGCCG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=145742724;WS=145742706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr8	145742879	rs2306386	T	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=429;ReadPosRankSum=1.355;SC=GAGTGCGGTATTCCCGGTAGA;SOR=0.594;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=28;WE=145742887;WS=145742869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr8	145743205	rs35667555	G	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=-1.618;SC=GCTTGCGATCGTCCAGCGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=145743213;WS=145743195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr8	145745182	rs2721172	T	C	16991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=232;NR=178;PP=2965;SC=GGCCCTGCCCTTGCTGCCACG;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=413;TCF=233;TCR=180;TR=410;WE=145745190;WS=145745172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,649:1.00:649
chr8	145747920	rs13277542	T	G	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.075;SC=CGCCCCCTGTTCCGGGCCGCA;SOR=0.666;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=146;TCF=93;TCR=53;TR=73;WE=145747928;WS=145747910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,114:0.51:225
chr8	145750138	rs2721138	T	C	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=373;ReadPosRankSum=1.332;SC=GCTTACCCCGTTGCGGGGGTC;SOR=1.033;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=26;WE=145750146;WS=145750128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,50:0.39:127
chr8	145752900	rs11557085	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr8	145754073	.	GCC	G	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=29.46;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr8	145756170	rs873884	G	A	2275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.05;MQRankSum=0.914;NF=31;NR=37;PP=847;ReadPosRankSum=-0.250;SC=CCTCGGGGCTGTCGTAGTGCG;SOR=0.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=57;TCR=73;TR=68;WE=145756178;WS=145756160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,121:0.55:220
chr8	145771211	rs2721161	C	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr8	145806681	rs2620647	A	G	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=30;PP=981;SC=GACAGGGTTAAGGCGGCTGGA;SOR=1.013;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=145806689;WS=145806671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr8	145830757	rs4541972	A	G	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=18;PP=1203;SC=TGAGGGCTGCACTGTGCACAG;SOR=1.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=67;WE=145830765;WS=145830747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr8	145979138	rs35571769	C	T	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,78:0.40:196
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chr8	146036012	rs2953882	C	T	2606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=44;PP=979;ReadPosRankSum=-1.504;SC=CGATCCCTTCCACCTGGGGCA;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=174;TCF=77;TCR=97;TR=77;WE=146036020;WS=146036002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,131:0.49:268
chr8	146036234	rs2958511	A	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=463;SC=TCCAGACGTCAGCACCCAAGG;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=146036242;WS=146036224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr8	146067054	rs1735169	G	A	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=40;PP=1684;ReadPosRankSum=-0.055;SC=TGAAAGTCAGGGAGAGAGTGC;SOR=1.037;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=172;TCF=96;TCR=76;TR=100;WE=146067062;WS=146067044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,135:0.54:250
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chr8	146076708	rs1209879	C	T	5639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=95;PP=2327;ReadPosRankSum=1.016;SC=GGAGTTGCAGCCCCCACAGCA;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=326;TCF=130;TCR=196;TR=155;WE=146076716;WS=146076698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,280:0.48:578
chr8	146105917	rs1209850	A	T	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=850;ReadPosRankSum=1.172;SC=AGTTAGCATAACCTTTCTGAT;SOR=0.531;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=99;TCF=27;TCR=72;TR=57;WE=146105925;WS=146105907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr8	146115367	rs2735906	A	G	12072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.262;SC=TTCTGTAGAGACCCCTCTGAG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=309;TCF=157;TCR=152;TR=307;WE=146115375;WS=146115356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,461:1.00:463
chr8	146202386	rs3866997	A	C	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.468;SC=GAAGAAAGCAAACTGAAGGCT;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=186;TCF=95;TCR=91;TR=91;WE=146202394;WS=146202376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,136:0.49:275
chr8	146202422	rs3866998	A	G	2081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=32;PP=1332;ReadPosRankSum=0.819;SC=CATTCATAGGACTTCTCACCA;SOR=0.844;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=159;TCF=87;TCR=72;TR=75;WE=146202430;WS=146202412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,95:0.46:208
chr8	146202846	rs72499143	T	C	2140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.676;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=24;PP=951;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CATAGGGCTTTTCTCCTGTAT;SOR=0.868;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=57;WE=146202854;WS=146202836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,98:0.60:164
chr8	146203346	rs12678688	T	G	4211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=53;PP=2065;ReadPosRankSum=0.302;SC=TGCTCATAGGTCTTCTCTCCA;SOR=0.845;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=278;TCF=157;TCR=121;TR=130;WE=146203354;WS=146203336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,201:0.49:408
chr8	146203412	rs2979109	A	G	5083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=82;PP=2483;ReadPosRankSum=1.542;SC=GTTTTTCCACACCCAGTACTC;SOR=0.738;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=373;TCF=197;TCR=176;TR=178;WE=146203420;WS=146203402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,267:0.45:590
chr8	146218441	rs6599548	C	T	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=653;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GAGAACGTCTCTCTAATTGGT;SOR=0.715;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=43;WE=146218449;WS=146218431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,61:0.48:126
chr8	146218509	rs6599549	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=287;ReadPosRankSum=2.419;SC=GTGTGAAATACATATTTGGTC;SOR=0.446;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=19;WE=146218517;WS=146218499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr8	146219931	rs13438994	C	G	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=837;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TATGGTTCGTCCCCCCGCTCC;SOR=0.719;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=58;WE=146219939;WS=146219921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,103:0.45:229
chr8	146220011	rs13439873	G	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,59:0.43:136
chr8	146220446	rs4489360	G	A	4080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=85;PP=2090;ReadPosRankSum=2.392;SC=TGGCACATACGAGATCTCTGA;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=287;TCF=122;TCR=165;TR=146;WE=146220454;WS=146220436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,206:0.50:413
chr8	146221823	rs2978409	A	T	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=11;PP=1227;SC=AGTTGTTGCAAGTATCTTCTT;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=146221831;WS=146221813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr8	146221893	rs4302882	A	G	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=59.98;MQRankSum=0.865;NF=39;NR=32;PP=868;ReadPosRankSum=0.305;SC=GATTTCTTACATGCATATATT;SOR=0.537;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=155;TCF=92;TCR=63;TR=71;WE=146221901;WS=146221883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,99:0.42:234
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chr8	146228622	rs2294043	C	A	6649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=803;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:437,357:0.45:794
chr8	146228779	rs77308683	T	A	4310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.759;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=80;PP=2095;ReadPosRankSum=1.051;SC=CCTATTGCGGTGGAGCTGGAG;SOR=0.592;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=302;TCF=114;TCR=188;TR=130;WE=146228787;WS=146228769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,205:0.48:431
chr9	154795	rs2785333	T	C	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.91;QD=25.56;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	215086	rs147359731	A	C	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=38;PP=1021;SC=GCTGGTGTGAAGCGGAGCTTC;SOR=1.121;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=58;WE=215094;WS=215076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	289481	rs34722895	C	CAT	6709.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=42;PP=2877;SC=CCAGTAATAACGTGTTTATTT;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=289489;WS=289471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	304478	rs17664919	C	G	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=143;SC=AAAGCTCTCTCAGCACCATGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=304486;WS=304469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	316998	rs2296824	C	T	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=22;PP=1268;SC=TTGGAGCTCCCCACAGAATTC;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=317006;WS=316988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	317195	rs10813355	G	A	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=29;PP=787;SC=CAAATGTTGTGTTTATTATCA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=317203;WS=317185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	325817	rs2360277	T	C	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=37;PP=869;SC=TAAATTTCTTTGCAGCAAGAA;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=325825;WS=325807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	327996	rs2296827	T	C	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=9;PP=676;SC=GTCTAACTTATATTTCACTTT;SOR=1.392;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=328004;WS=327986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	365574	rs35000707	CT	C	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,19:0.25:76
chr9	376929	rs7020921	A	G	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=26;PP=1646;SC=TCCACTGGTGAACATTGATGG;SOR=1.309;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=53;TCR=26;TR=79;WE=376937;WS=376919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	379965	rs10758420	T	C	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=51;PP=1211;SC=GGGACTCTGGTGGGCGGGGCA;SOR=1.636;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=71;WE=379973;WS=379955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	399255	rs34627722	G	A	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=99;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=36;PP=1433;SC=CATTATTGCAGCCAGGTGAGT;SOR=2.093;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=53;WE=399263;WS=399245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	399275	rs3831174	A	AC	713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=30;PP=2113;SC=TGTCCCCCCCACCCCCACCCC;SOR=6.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=30;WE=399283;WS=399265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	406805	rs35423045	G	GC	527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=435;SC=TCTGGCACCAGAGTACCTACC;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=406813;WS=406799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	407227	rs4741867	A	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.21;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	415044	rs55709009	A	C	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=114;SC=TCCAGTGCTGATATGTTCATA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=415052;WS=415034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	417918	rs7024113	A	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	417990	rs7027996	T	C	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=17;PP=952;SC=GACTGAGAAGTATCAGTCTCT;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=417998;WS=417980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	418272	rs7031432	T	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	429719	rs7854035	T	C	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=21;PP=1009;SC=ACTTACTCTTTGAAGAGGAGG;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=429727;WS=429709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	432081	rs1329377	T	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=384;SC=GAGGAGTTGTTTGTGTCTGGC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=432089;WS=432071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	432140	rs34439675	CTT	C	1344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.37;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,48:0.94:51
chr9	432330	rs7036567	C	G	6087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=60;PP=2145;SC=CCCAGGTACACCGAAGCACAT;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=106;WE=432338;WS=432320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr9	432470	rs10974403	C	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=405;SC=GTGCTCTCAGCACTCTGAGAG;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=432478;WS=432460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	432503	rs7046598	T	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=321;SC=AATACATCCATCACTGTCCCC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=432511;WS=432493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	433697	rs7020380	T	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=266;SC=TCTCATAAACTCCTGGGCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=433716;WS=433687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr9	441952	rs1887957	G	A	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=29;PP=856;SC=ATGAACAGGAGTTTGTCTACA;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=441960;WS=441942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	442030	rs1887958	C	T	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=36;PP=1081;SC=TGATTCTGTGCGCCTGACCTG;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=442038;WS=442020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr9	446352	rs10814952	G	C	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=33;PP=1629;SC=TTCTCCCTCCGTGCCTTTTCC;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=83;WE=446360;WS=446342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	449700	rs2031946	G	T	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr9	451906	.	C	T	190	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=111;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=190;QD=56.1928031368;SC=TATACATATACATATGCATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=4;WE=451914;WS=451898;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,4:0.40:10
chr9	451957	rs181571163	A	G	394.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.22;ReadPosRankSum=1.120;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr9	712599	rs11789987	C	T	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=28;PP=1130;SC=AGTCTGTGAACGACCTCACAC;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=712607;WS=712589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	732302	rs10815562	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=310;SC=AATTAGCAAATCCCTTCATAG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=732310;WS=732292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	732779	rs10815563	A	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=321;SC=GCAGAGTATTACAACTCTTAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=732787;WS=732769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	734665	rs142267604	C	CA	543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=272;ReadPosRankSum=1.201;SC=GACCCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=15;WE=734687;WS=734655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr9	734679	rs10429625	G	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=4;SC=AAAAAAATTAGATATTTGGGT;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=734687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	735654	rs7872783	C	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=7;PP=269;SC=AACTATGCATCTACTTTAAAT;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=735662;WS=735644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	738227	rs149320111	A	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=5;PP=582;SC=TGTGCTTTCAACTAGGTCTCA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=738246;WS=738217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	738238	rs2296052	G	A	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=688;SC=CTAGGTCTCAGAAAGTCTATA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=738246;WS=738217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	738587	rs147578734	C	T	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=60;PP=1748;SC=TGAGCCACTCCTGAATTCTCT;SOR=1.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=78;WE=738595;WS=738577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	740769	rs368007873	CTTTTTT	C	11675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=3.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.138;QD=37.18;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,308:0.98:314
chr9	740972	rs7032867	G	C	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=56;PP=1680;SC=GAATGCACCCGTAACCAGCAG;SOR=2.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=69;WE=740980;WS=740962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	741001	rs7027152	T	C	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=30;PP=878;SC=GCGGTGGCCATTCTGGCAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=38;WE=741009;WS=740991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	742342	rs10733535	A	G	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=40;PP=1248;SC=GCGAGCACGGACACGTGGAGA;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=742350;WS=742332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	745289	rs17369029	C	T	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=43;PP=1303;SC=CTAATTGTTCCTGTTGGGGTG;SOR=1.145;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=66;WE=745297;WS=745279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	967951	rs138244811	C	CCTTTCTCT	4469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.86;QD=44.25;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	967981	rs279895	G	C	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.744;NF=41;NR=36;PP=1539;ReadPosRankSum=1.777;SC=ACCTCACTTCGCAGTATTCTC;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=77;WE=967989;WS=967971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr9	2039776	rs376509101	ACAG	A	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=3.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.554;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,18:0.13:143
chr9	2160660	rs148894349	GGATT	G	5949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=44;PP=2622;SC=CTACGAGAAAGGATTGATTAT;SOR=0.870;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=52;WE=2160671;WS=2160650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr9	2170512	rs3793511	G	C	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=17;PP=950;SC=CTAAATACAGGTATCCCTCGT;SOR=1.013;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=2170520;WS=2170502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr9	2622146	.	A	ACGG	1843.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=18.44;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,82:0.82:100
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chr9	3898509	rs10758532	A	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=343;SC=TTATGAGAAAAAACAATCTGC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=3898517;WS=3898499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	3932521	rs587571	T	C	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=57;PP=1756;SC=ATAAAGGTAATTGGGGAATGT;SOR=1.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=78;WE=3932529;WS=3932511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	3937255	rs676935	T	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.53;ReadPosRankSum=0.237;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr9	3937288	rs10974212	G	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=18;PP=493;SC=GTACTTTGCCGAAAATGATAA;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=3937296;WS=3937278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	3937351	rs570820	A	G	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=156;SC=ATATCCGAATATTTATGTGAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=3937359;WS=3937341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	4117713	rs927315	C	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=6;PP=851;SC=AACACACGTACGCAAAGCAAG;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=4117721;WS=4117703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	4118208	rs806052	A	G	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=3.121;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;MQRankSum=0.196;QD=26.77;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
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chr9	4285986	rs10758591	G	C	4562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=68;PP=2044;SC=AATGGGATGGGGGAGAAAAAA;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=127;WE=4285994;WS=4285976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	4490880	rs12002726	T	C	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=543;SC=GCAGGGTCCCTCGATGCCCCC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=4490888;WS=4490870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	4572480	rs3780412	T	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=42;PP=960;SC=TGTCAACTGATGAAGCTAGAG;SOR=2.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=49;WE=4572488;WS=4572470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	4576451	rs2072657	T	G	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=5;PP=485;SC=TTTACTTTTCTCGACAAGATT;SOR=2.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=4576459;WS=4576441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	4646363	rs301469	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=244;SC=TATAAACTTACAGACACATAA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=4646371;WS=4646353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	4655915	rs7869353	G	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=3;PP=187;SC=ATTTTACGTAGGCTGTCTTGA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=4655923;WS=4655905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	4661749	rs143968076	T	TCCGACTGCGGTTTTGCTTCAAGG	319.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=63.95;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	4662369	rs301487	A	C	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=391;SC=CCGGGCCGCCAGCTGCGATGC;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=4662377;WS=4662359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	4662394	rs34250374	A	G	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=7;PP=417;SC=TCCCCGGAGGAGCATGGAGGG;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=4662402;WS=4662384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	4701841	rs71497545	GT	G	155.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.30;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	4722685	rs10758645	C	G	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=41;PP=1232;SC=TTCCAGGCACCTCGGAACGAG;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=4722693;WS=4722675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	4834034	rs466547	A	G	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=139;SC=TGGAAGAGCTATGCCTTGTAA;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=4834042;WS=4834024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	4834299	rs2296769	T	G	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.09;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	4844459	rs159432	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=7;PP=431;SC=TTCTCTTTCCGTTTGCTGGTG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=4844467;WS=4844449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	4844507	rs295259	G	T	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.655;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=514;ReadPosRankSum=1.457;SC=CTCAGTGTTTGTGCCTTTGTA;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=4844515;WS=4844497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
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chr9	4850421	rs455864	C	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.68;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr9	5738545	.	CTTT	C	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.169;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
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chr9	5754988	rs7038447	A	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=220;SC=TTAAGCATGAATTAATTTTAT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=5754996;WS=5754978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	5755022	rs12685557	T	A	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=172;SC=GATTGAAAACTGAACAAAACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=5755030;WS=5755012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	5762533	rs1543526	A	C	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CTTTTTCTTAAATTTCAGGCT;SOR=0.269;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=76;WE=5762541;WS=5762523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr9	5769494	rs1323273	A	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=183;SC=ATCTAATCATACTTGGATTAT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=5769502;WS=5769484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	5769998	rs734548	A	G	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=454;SC=GTAGGCAGGTAGGGGAAGCTA;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=5770006;WS=5769988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	5770047	rs734549	A	G	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=15;PP=900;SC=TGCATCTTCAATTTCTTCCTC;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=5770055;WS=5770037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	5774225	rs3739648	T	G	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=41;PP=1104;SC=AGGATGGGACTTACGACTGTT;SOR=1.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=10;TCR=41;TR=51;WE=5774233;WS=5774215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	5791151	rs1342854	G	A	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=15;PP=581;SC=CATTCTCCAGGGAAACCAACA;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=5791159;WS=5791141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	5801071	rs10815283	A	G	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=12;PP=1179;SC=ATGACTAAATAGGTCAACAGC;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=5801079;WS=5801061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	5801121	rs3824444	A	G	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=35;PP=1860;SC=ACTGAAGCTCAAAACACACAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=65;TCR=36;TR=100;WE=5801129;WS=5801111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	5805001	rs10975289	A	G	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.28;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	5810288	rs7856883	A	G	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=38;PP=1092;SC=CAGTTATATAACCAGTCAGTA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=5;TCR=38;TR=43;WE=5810296;WS=5810278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	5811337	.	C	CA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.795;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,18:0.20:89
chr9	5813077	rs35748220	A	AT	1354.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.177;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.301;NF=1;NR=31;PP=726;ReadPosRankSum=0.427;SC=TATTCCGGCAATTTTTTTTAA;SOR=1.674;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=32;WE=5813085;WS=5813067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,61:0.95:64
chr9	5832728	rs1131727	G	C	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=10;PP=422;SC=GGTGTCCAGCGGCCCCGCGTA;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=5832736;WS=5832718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	5921844	rs117286418	G	T	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=66;PP=2546;SC=TATCTATCACGTGGCCCAAAT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=141;WE=5921852;WS=5921834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr9	5923326	rs7045445	C	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=30;PP=844;SC=ATTATAAAAACGGGCATTTTG;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=5923334;WS=5923316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	5929167	rs7029054	T	C	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	5968416	rs3739649	A	G	5139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=56;PP=2353;SC=CACCTGGACTAAGAGGCTCTC;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=115;WE=5968424;WS=5968400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	5969249	rs10739080	A	G	3628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=49;PP=1771;SC=CAACGTTCCAATTCGTAAAAG;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=96;WE=5969257;WS=5969239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	5969517	rs7030731	C	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=19;PP=537;SC=TTATCTTTAGCCAAAAAGGCA;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=5969525;WS=5969507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	5988333	rs2291055	C	T	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=22;PP=1550;SC=GAATTTTTTTCTTAACATTTA;SOR=1.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=68;WE=5988341;WS=5988315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr9	6553514	rs3215923	A	AT	2119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;MQRankSum=0.245;QD=21.85;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,94:0.97:97
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chr9	6849405	rs10975854	A	G	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=235;SC=GTTAGAATATACAATGTAATA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=6849413;WS=6849400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	6874931	.	TA	T	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.135;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr9	6984236	rs2296067	G	A	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=32;PP=1233;SC=AGATGAAGTCGATGGGGCAGA;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=63;WE=6984244;WS=6984226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	6984479	rs2296068	A	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=350;SC=ATGGATGTTCACTATGACAAG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=6984487;WS=6984469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	6986267	rs912207	T	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=186;SC=TACAGAATCATTTGGGAATAG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=6986275;WS=6986257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	6990548	rs35634202	ATT	A	820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.09;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,33:0.77:43
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chr9	7046901	rs1407856	C	G	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=42;PP=1499;SC=TGCTCTTAAGCAAACGAAGAA;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=84;WE=7046909;WS=7046891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	7076371	rs1570511	T	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	7076463	rs1570512	G	A	5301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr9	7076586	rs1570513	G	A	3462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=60;PP=1729;SC=AGCCAGCATCGTGTTTAGGAT;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=96;WE=7076594;WS=7076576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	7105548	rs10758825	G	C	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.08;NF=41;NR=46;PP=1640;SC=TAAGTTCAGAGAGGTTTAATT;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=87;WE=7105556;WS=7105538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr9	7105651	rs1407863	C	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=586;SC=ATTCCAAACCCCAAACCTCAA;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=7105659;WS=7105641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	7798435	rs1254	C	T	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=10;PP=712;SC=CGATTTTCTTCTCAGTCTTGT;SOR=1.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=38;WE=7798443;WS=7798425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	7798518	rs4742410	G	C	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=44;PP=1800;SC=CATGCCTGCTGTGTGTGTCAC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=97;WE=7798526;WS=7798508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	8331574	rs146237556	A	AAACTTACCATTCTTGAACTGT	2737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=8;PP=2900;SC=TCACAAATGGAAACTTACCTG;SOR=2.093;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=16;WE=8331582;WS=8331564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	8338847	rs4016543	CAG	C	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.351;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,13:0.18:72
chr9	8341280	.	G	GA	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.125;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr9	8376477	rs1566447	C	T	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=179;SC=AATGGAAGATCTATTTCATTC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=8376485;WS=8376467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	8389364	rs2279776	C	G	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=63;PP=2452;SC=GCTTCCTATACCCATCTATGT;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=128;WE=8389372;WS=8389354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	8454413	rs10977121	A	G	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=14;PP=1023;SC=TTTTCCCCAGAATCATCTTAA;SOR=1.576;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=8454421;WS=8454403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	8497359	rs189977116	A	T	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=210;SC=TTGTTAGATTAAAAAAATCAA;SOR=2.494;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=8497367;WS=8497349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	8518052	rs10977171	G	C	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=40;PP=2365;SC=CCTTGGATCTGTCCATTTGGC;SOR=1.117;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=103;WE=8518060;WS=8518042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	12775861	rs139315731	T	TGGCGGCGGC	4017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=22;PP=2986;SC=GCGGTGGTGGTGGCGGCGGCG;SOR=0.898;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=33;WE=12775869;WS=12775851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	12775889	rs3750501	A	G	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=149;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=30;PP=653;SC=CTGCAGTAGCAGCAGCAGCTA;SOR=0.824;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=62;WE=12775897;WS=12775879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	13109111	rs10732331	C	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=11;PP=272;SC=AAAAACTATACATATATGTTA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=13109119;WS=13109101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	13112116	rs10809904	A	G	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=43;PP=1447;SC=CTCCTCCAGCAATGCTGATTC;SOR=1.055;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=72;WE=13112124;WS=13112106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	13125201	rs2297003	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=259;SC=CTCTCATGAGTCCAGAGGCCT;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=13125209;WS=13125191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	13126470	rs10738323	C	G	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=350;ReadPosRankSum=1.751;SC=TAATCATGCCCAAGGATGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=13126478;WS=13126460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr9	13165218	rs10960959	C	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=375;SC=TATGTTCTTACTTAAACAAAG;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=15;WE=13165226;WS=13165208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	13175715	rs3831219	TGAG	T	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=2;PP=645;SC=TCAAGGGGGTTGAGGAGTAGG;SOR=2.985;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=14;WE=13175725;WS=13175705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	13192320	rs1331676	C	G	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=49;PP=1426;SC=CATTGTCCAACAAACAACACT;SOR=1.639;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=68;WE=13192328;WS=13192310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	13206106	rs368811859	TA	T	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,26:0.31:85
chr9	14102598	rs143415375	C	T	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=84;PP=2366;SC=TAGTACTGTACATGGCATTAA;SOR=1.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=31;TCR=85;TR=115;WE=14102606;WS=14102588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	14120655	rs6474818	A	G	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=24;PP=726;SC=AGATTGACTCATCAGCTGGTT;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=14120663;WS=14120645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	14149993	rs76457858	A	C	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=162;SC=CAGCCAAATAAATTTAACCAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=14150001;WS=14149986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	14155769	rs12349255	T	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=201;SC=GTTCAAAATATAAAGTATTTT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=14155777;WS=14155759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	14306944	rs4741362	A	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=7;PP=285;SC=GGAGATTTGTAGGCGGTGTTT;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=17;WE=14306952;WS=14306934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	14313712	rs2273933	T	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=22;PP=569;SC=GCGTGCTAGATTTCCAGGGGT;SOR=3.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=14313720;WS=14313702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	14640055	rs6474849	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	14690419	rs10961672	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=17;PP=531;SC=AATCAGAAGCTTGGTTGACAT;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=14690427;WS=14690409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	14690447	rs2382477	G	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=12;PP=300;SC=GAGCATTTTAGGTTAGATTTA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=14690455;WS=14690437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	14693270	rs71476227	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=259;SC=TCTCCCGACCGCCAGCAGCTC;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=14693278;WS=14693260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	14737506	rs10961689	T	G	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=33;PP=1061;SC=CTTGGAGCGTTGAGAGGGCCC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=59;WE=14737514;WS=14737496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	14737616	rs10961690	A	G	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=23;PP=692;SC=AAAAGAATGTACCAATTACTT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=14737624;WS=14737606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	14737743	rs10511596	C	A	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=162;SC=CTCTAAGACACAAACGGTCAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=14737751;WS=14737733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	14740300	rs2270528	A	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=12;PP=315;SC=CGAAATGCATAACAGAAATAA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=14740308;WS=14740290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	14756318	rs57793294	C	CA	2883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=10.715;HP=10;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.374;NF=33;NR=43;PP=991;ReadPosRankSum=2.042;SC=GACATGCCTACAAAAAAAAAC;SOR=1.459;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=76;WE=14756326;WS=14756308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,143:0.91:158
chr9	14756483	rs10810233	A	G	4437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=82;PP=2514;SC=GATAAAAATAAATATTCTACA;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=42;TCR=83;TR=123;WE=14756491;WS=14756473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	14759725	rs7045154	A	G	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=16;PP=1216;SC=ACACCAAAGAACAACATAAGT;SOR=1.389;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=14759733;WS=14759715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	14770580	rs1874109	G	A	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=15;PP=516;SC=AATGGCAATTGTAAGGATTAA;SOR=0.883;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=14770588;WS=14770570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	14774329	rs7018782	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=22;PP=639;SC=AGTTGTAGGCTTTAAGAGAAA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=14774337;WS=14774319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	14775779	rs1874108	A	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=272;SC=TGTGTTTTTCATACTTGCCTG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=14775787;WS=14775769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	14775853	rs1032474	A	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=18;PP=949;SC=GGTTTGTCCCATCTGTGGCCA;SOR=1.209;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=55;WE=14775861;WS=14775843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
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chr9	14806848	rs10810249	C	A	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=50;PP=1762;SC=ACGGGACCTGCATACAAATAA;SOR=0.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=84;WE=14806856;WS=14806838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr9	14819370	rs7023244	G	T	4119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=48;PP=1775;SC=ATCTGCATCAGAAATTAGAAT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=99;WE=14819378;WS=14819360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr9	14846036	rs2779500	C	G	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=44;PP=1401;SC=TTGTCGACAACCTGAAACTGT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=82;WE=14846044;WS=14846026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	14846122	rs2642404	C	G	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=24;PP=700;SC=GTGTTGGTATCATAGACTGGA;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=14846130;WS=14846112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	14851617	rs2818940	T	C	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=56;PP=1792;SC=TTTTGAAGGATAGAGAAAATA;SOR=1.072;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=92;WE=14851625;WS=14851607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	14851703	rs729492	G	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=24;PP=629;SC=CCACAGCCTAGCGTCTAGCAG;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=14851711;WS=14851693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	14868653	rs7856810	A	T	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=15;PP=1057;SC=GAGGGGAGACATTTTACATCT;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=14868661;WS=14868643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	15000551	rs7029527	T	C	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=23;PP=836;SC=TAAAGGATCTTTTCTTTGCCT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=46;WE=15000559;WS=15000541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	15000684	rs1829852	A	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr9	15017273	rs10961831	C	G	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	15190494	rs475932	A	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=8;PP=589;SC=CAGGTGTAACACACCATGTCT;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=15190502;WS=15190484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	15214313	.	AGT	A	965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.436;QD=31.15;ReadPosRankSum=0.319;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr9	15267981	rs552693	G	C	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=21;PP=758;SC=AGTTTCTCAAGAATTCTCAAT;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=15267989;WS=15267971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	15447361	rs3830477	A	AACT	867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=17;PP=815;SC=GATTCCATCAAACTACACTAT;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=17;WE=15447369;WS=15447351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	15457853	rs10756669	G	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=1;PP=532;SC=AAAATTGAAAGTATCTATTTT;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=15457861;WS=15457843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	15458080	rs35960449	A	AT,ATT	1631.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=40;PP=430;ReadPosRankSum=1.127;SC=GTGATAATGTATTTTTTTTTT;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=2;TCR=48;TR=42;WE=15458099;WS=15458070;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.70,0.23:88
chr9	15468414	rs34331255	CCTT	C	3463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=39;PP=2090;SC=ATGGTTTCTGCCTTAGAAGTC;SOR=1.439;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=3;TCR=39;TR=42;WE=15468424;WS=15468404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	15468480	rs4741507	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=14;PP=592;SC=AGTCCTTCAATAGGCCCATCA;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=22;WE=15468488;WS=15468470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr9	15695418	rs1355172	G	A	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=58;PP=1771;SC=GATGCCTCTTGTAGTCCCTCA;SOR=1.281;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=89;WE=15695426;WS=15695408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
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chr9	15784631	rs1539172	A	G	4144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=59;PP=1910;SC=TTGAATTATAAACTTGAATTG;SOR=0.958;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=100;WE=15784639;WS=15784621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	15864506	rs770196	C	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=263;SC=TCCACTTCTTCTGTCCAAGTG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=15864514;WS=15864496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	15882977	.	A	AGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCT	51.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	15883263	rs809493	G	A	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	15922137	rs1328285	A	G	5551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=53;PP=2600;SC=TTTAGAAGAGATGGTTCACCC;SOR=1.029;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=85;TCR=53;TR=138;WE=15922145;WS=15922127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr9	15922325	rs2225181	A	T	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.19;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr9	16431230	rs9298764	A	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=6;PP=575;SC=CAATGATAAGAAATATTAGGA;SOR=2.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=16431238;WS=16431220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr9	16738338	rs35475650	GA	G	2465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.107;HP=10;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.466;NF=22;NR=33;PP=989;ReadPosRankSum=1.893;SC=CTTAAAGGGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.917;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=55;WE=16738356;WS=16738328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,130:0.91:143
chr9	16738556	rs4007684	C	CTTTT	1283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=904;SC=TACATCAAAACTTTAAGAAAT;SOR=2.019;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=17;WE=16738564;WS=16738546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	16870501	rs62541923	C	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=277;SC=GTCCCCGGCCCGCCCTCCTCA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=16870509;WS=16870491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	17135115	rs41306071	C	T	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=3;PP=151;SC=AGCGCGACAGCTGGGCCCCAG;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=17135123;WS=17135105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	17135434	rs12003380	G	C	4267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.43;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	17135443	rs111496959	T	C	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr9	17143511	rs36086880	A	AG	562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=566;SC=TAAAAATTAAATTGTTGGATT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=17143519;WS=17143501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	17166686	rs60503811	T	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=79;SC=GCAATGCTTTTGTAATTCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=17166694;WS=17166684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	17166843	rs57907512	A	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	17235642	rs67017076	AT	A	586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=9;PP=396;SC=AGTAATTTAAATTTTTTTCCA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=15;WE=17235650;WS=17235632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	17273731	rs3808795	A	G	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	17273878	rs12376938	A	G	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=21;PP=691;SC=AGTATATTCAATTTTTAATTT;SOR=1.022;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=36;WE=17273886;WS=17273868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	17273926	rs12379655	C	G	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=15;PP=426;SC=CAGAATGATACCATTTATACT;SOR=0.927;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=25;WE=17273934;WS=17273916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	17309283	rs189450145	G	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=320;SC=GTTATTCAGTGTAATATTAAA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=17309291;WS=17309273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	17309374	rs6475126	T	A	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=55;SC=GTGTGCAGATTGTTTTGCATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=17309382;WS=17309364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	17332484	.	ATTT	A,AT	1343.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.43;QD=28.59;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,32:0.32,0.68:47
chr9	17342383	rs1442527	C	T	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	17394465	rs7035357	G	A	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=62.65;NF=4;NR=0;PP=79;SC=TCATAAGTTAGAAATGGTAAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=17394473;WS=17394455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	17394536	rs7035276	C	T	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=218;SC=CTTTAGGTCACTGAGTTGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=17394544;WS=17394526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	17394996	rs3739489	T	C	6406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=72;PP=2544;SC=TTCTCAATCATTCCATCAAGG;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=60;TCR=72;TR=132;WE=17395004;WS=17394986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr9	17395108	rs3739488	C	T	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=45;PP=1296;SC=GGGGACACTGCGCATATGTAA;SOR=1.504;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=17395116;WS=17395098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	17409366	rs2780211	G	A	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr9	17409556	rs2584549	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=190;SC=AATGTTACTACTGATTTAATT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=17409564;WS=17409546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	17457512	rs35399020	TA	T	567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=305;SC=TTTCTTTTTTTAAAAAAAAGA;SOR=1.528;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=14;WE=17457520;WS=17457502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	17464402	rs1442532	G	C	176.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=132;SC=CATTTAAAAAGTAACAGTAGG;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=17464410;WS=17464392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	17579190	rs4961573	C	G	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	17579198	rs4961574	T	G	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
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chr9	17761379	rs1886589	C	T	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=27;PP=1473;SC=AACCAAAAACCGGTATTCTAA;SOR=1.224;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=83;WE=17761387;WS=17761369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	17775367	rs2209429	C	T	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=14;PP=417;SC=AGTGGGAAAACAGAGAAAAAA;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=17775375;WS=17775357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	17781818	rs2224955	C	G	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=56;PP=2114;SC=AAGCCCAGCTCGAGCATCATC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=112;WE=17781826;WS=17781808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	17781935	rs2209431	G	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=944;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CTGCCTCACAGCAGTGAGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=47;WE=17781943;WS=17781925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr9	18573360	rs13299349	G	A	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=39;PP=1827;SC=TGTTAGAATAGGGGCAATAAC;SOR=0.886;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=92;WE=18573368;WS=18573350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	18573918	rs13300372	G	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	18574406	rs1341069	G	C	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=308;SC=GAAAATTAAGGTATGATTTCA;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=18574414;WS=18574396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	18657558	rs776776	A	G	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=321;SC=GCACTACCATATACTCTTGTT;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=18657566;WS=18657548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	18661848	rs41268977	T	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=345;SC=ATAATTTCCATTGATGTGAGC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=18661856;WS=18661838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	18681695	.	TG	T	30.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=0.319;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr9	18770943	rs16937047	C	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=186;SC=TAGCTTTTAACGAGGCTGCAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=18770951;WS=18770933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	18775810	rs934472	C	A	6790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.06;ReadPosRankSum=-1.996;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,268:0.99:271
chr9	18776840	rs1549986	A	C	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=45;PP=2399;SC=AGGTCTACATACAGACTCGCA;SOR=1.029;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=74;TCR=45;TR=119;WE=18776848;WS=18776830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr9	18777368	rs7033684	T	C	5783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=70;PP=2578;SC=CGCAGGACTCTGCGGAAAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=140;WE=18777376;WS=18777358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr9	18817246	rs1433809	A	C	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=28;PP=1004;SC=GTGAGAAATTAATGTTCATTT;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=48;WE=18817254;WS=18817236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	18817372	rs7873880	C	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=397;SC=ACCTCAGTCGCTCTGAAAGTA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=18817380;WS=18817362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	18826261	rs35525189	GT	G	1897.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.411;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,113:0.87:130
chr9	18826500	rs934469	T	C	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=30;PP=925;SC=CTGCACCCTGTTGGGAGTGAC;SOR=1.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=40;WE=18826508;WS=18826490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	18829952	rs41304755	A	G	5268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=61;PP=2134;SC=CTGGTCCTGGATCCTGGGAAT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=119;WE=18829960;WS=18829942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr9	18830087	rs7026429	G	A	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=665;SC=GGCCAACAGGGAATCACTAAA;SOR=2.554;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=18830095;WS=18830077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	18950787	rs6475273	G	A	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	18950895	rs7021572	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=11;PP=384;SC=TTCTCTGTTTTATCATAAATC;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=18950903;WS=18950885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	18950980	rs6475274	A	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=77;SC=TTGGGAGAAAAAAACCCAATT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=18950988;WS=18950970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	19033058	rs10963922	C	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=19;PP=548;SC=GGCCCTTTTGCAATGTCCTGT;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=19033066;WS=19033048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	19063108	rs13302748	T	C	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=5;PP=529;SC=CAACATCTGATAATGGAGAAT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=19063116;WS=19063098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	19076673	rs13286328	G	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=5;PP=92;SC=CAAACGAAAGGGGAGACATTG;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=19076681;WS=19076663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	19123745	rs10963972	A	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=32;PP=967;SC=TGGGCTGGGCACGGTGGCTCA;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=19123753;WS=19123735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	19126476	rs3802335	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=260;SC=TTCAGAACACCGGGATAAGAC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=19126484;WS=19126466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	19290794	rs41269019	A	C	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=29;PP=1417;SC=GGGAGCTACTATTGAGTGCTG;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=19290802;WS=19290784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	19295941	rs10757051	A	G	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=6;PP=771;SC=TGTAATAAGAAAAAAAGAGAA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=19295949;WS=19295931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	19296275	rs11788720	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=355;SC=GATGGCTGGTGGAAAACTGGG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=19296283;WS=19296265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	19336169	rs10683145	G	GTA	304.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	19357276	rs10667709	C	CTTA	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=993;SC=TACATCTTAACTTATTACCAC;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=19357284;WS=19357266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	19409206	rs11792865	G	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=18;PP=649;SC=GGGCGCGGGAGCGGGGAAGGC;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=38;WE=19409214;WS=19409196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	19435162	rs10964137	T	C	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=40;PP=1285;SC=TGCTGTCCTGTAGCAGAAGAG;SOR=1.167;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=62;WE=19435170;WS=19435152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	19550308	rs4977555	A	T	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	19573483	rs149743267	AACACACACACACACACACACACACAC	A	977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=14;PP=3000;SC=ATATAATTTAAACACACACAC;SOR=2.400;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=14;WE=19573516;WS=19573473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	19576815	rs2247818	C	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=3;PP=298;SC=TGTGCTGCAGCGGTGTGTGTG;SOR=2.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=15;WE=19576825;WS=19576805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	19576816	rs56172301	GGT	G	698.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=3;PP=519;SC=GTGCTGCAGCGGTGTGTGTGT;SOR=2.712;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=12;WE=19576825;WS=19576805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	19576949	rs2383101	T	G	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=25.26;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	19619509	rs1885220	C	T	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=26;PP=989;SC=AGCACAAACACGTTTTATGCA;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=58;WE=19619517;WS=19619499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	19622072	rs4977307	A	G	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=298;SC=GCATGTGTCCATGAATGCCAG;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=19622080;WS=19622062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	19622268	rs4977308	T	C	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=36;PP=1074;SC=CCGGTAGAGTTGGTTCATCCT;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=19622276;WS=19622258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	20414310	.	ACTG	A	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.718;QD=0.50;ReadPosRankSum=-1.717;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,15:0.11:138
chr9	20621901	rs376536186	CGT	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,14:0.13:111
chr9	20720599	rs4977898	A	C	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=28;PP=868;SC=TCACTAAATCACTATTAAGAG;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=20720607;WS=20720589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	20778631	rs7875153	A	G	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	20789721	.	ATTT	A	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-0.313;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr9	20862515	rs4977780	A	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=27;PP=1439;SC=AGTACTCTTAATTAATGGCTT;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=76;WE=20862523;WS=20862505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	20866974	rs7875872	C	G	5140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=67;PP=2516;SC=GCCAACTTTACTGCAGGAGAA;SOR=1.011;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=107;WE=20866982;WS=20866964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr9	20882117	rs7026225	T	C	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=442;SC=ACTTCCACTTTCAAGTAGGAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=20882125;WS=20882107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	20923518	rs7044425	C	G	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=21;SC=TGGCCTAACACAACAAACAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=20923526;WS=20923514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	20923579	rs7044452	C	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=272;SC=TTTGACTTCACCTGCCCTCCT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=20923587;WS=20923569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	20953049	rs3206852	A	G	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=68;PP=2338;SC=CTTCTTCATTACAGGAGGAAA;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=115;WE=20953057;WS=20953039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	20978306	rs10811445	A	G	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	20978312	rs4977616	A	G	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.94;SOR=1.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	20982328	rs10964782	T	G	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.900;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.30;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr9	20982503	rs4304410	T	G	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=36;PP=1128;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TACGATTGAATAATTGATTTC;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=48;WE=20982511;WS=20982493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr9	20988426	rs4977881	A	G	3984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=50;PP=1645;SC=GGCTCTTGACAAGGTAAAATC;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=86;WE=20988434;WS=20988416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	20993461	rs4497056	T	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=675;ReadPosRankSum=0.277;SC=TGTTTTGGATTTTGGATGTTT;SOR=3.767;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=25;WE=20993469;WS=20993451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr9	21007935	rs7041474	A	G	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=2;PP=228;SC=TCCCATGTTTACCAACCTGTA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=21007943;WS=21007925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	21026540	rs2275889	G	T	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=10;PP=1183;SC=AAGCTTTAAAGAGAAAAAATG;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=54;WE=21026548;WS=21026530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	21026800	rs2275890	G	A	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=36;PP=1000;SC=GCACTTTGAAGTCAAATGGAG;SOR=1.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=21026808;WS=21026790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	21077716	rs1051922	G	A	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=29;PP=1220;SC=CCTTGAGGCAGTATTCAAGCC;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=59;WE=21077724;WS=21077706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	21166004	rs2939	A	G	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=22;PP=1126;SC=GGACTGGTGTATTAGTCAATA;SOR=1.164;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=59;WE=21166012;WS=21165994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	21304803	rs10757212	G	A	6195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=54;PP=2965;SC=TCAGATAGAGGGTGATTCTTT;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=97;TCR=54;TR=151;WE=21304811;WS=21304793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr9	21350620	rs2988573	G	A	6215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=84;PP=2965;SC=TGCTGAAGAGGTTGAAGGTCT;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=147;WE=21350628;WS=21350610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	21368097	rs653778	T	A	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=73;PP=2120;SC=TTCCTGCAGATGCCTTAAATA;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=17;TCR=73;TR=90;WE=21368105;WS=21368087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	21815589	rs59294842	T	TAAA	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=34.39;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	21861902	.	G	GT	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,27:0.16:164
chr9	21968199	rs11515	C	G	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	25677953	rs34498078	T	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=25;PP=925;SC=GGCGTCCCGTTGCCGCCTTCG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=25677961;WS=25677943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	26982270	rs57511456	CT	C	95.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=2;PP=83;SC=AGCTTTTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=26982278;WS=26982260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	27047246	rs10812520	T	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=7;PP=390;SC=TCAGCAGTAATCTCTCTTATG;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=27047254;WS=27047236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	27061142	rs34615635	GGT	G	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=13;PP=631;SC=GTAGTTAAGAGGTGTGTGTGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=27061151;WS=27061132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	27168315	rs10511802	G	A	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=281;SC=CAGATTCTTAGAAAGGTACAT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=27168323;WS=27168305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	27172838	rs3739542	C	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=8;PP=200;SC=TGGGAATGGACGCTAAATGGC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=27172846;WS=27172828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	27183463	rs682632	A	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=9;PP=350;SC=TCAGGCATACAGAGGATGACC;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=22;WE=27183471;WS=27183453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	27192330	rs2252883	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=5;PP=457;SC=TCCTCATATTGGGAAGGATGA;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=27192338;WS=27192320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	27202870	rs639225	A	G	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=19;PP=866;SC=CACACTCCTCAGCTGTGATTT;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=52;WE=27202878;WS=27202860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	27203134	rs638203	A	G	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=22;PP=774;SC=TGAATGGACAAGTATTTACAT;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=37;WE=27203142;WS=27203124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	27205021	rs542913	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=14;PP=489;SC=AATTGAAGAGGGCAAATGTGC;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=27205029;WS=27205011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	27205235	rs541065	T	A	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=127;SC=GTATGACTTTTTAATTTCTTA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=27205243;WS=27205225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	27213612	rs41272847	G	C	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=27;PP=945;SC=GCCAGACACAGACACTGATCG;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=27213620;WS=27213602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	27217516	rs5897224	CTGTT	C	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=4;PP=357;SC=AGGACTTATACTGTTTGTTTG;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=27217530;WS=27217506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	27217522	rs5004610	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=147;SC=TATACTGTTTGTTTGCATGTT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=27217530;WS=27217506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	27217791	rs1923331	T	TC	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=224;SC=GGATTTTTTTTCCCTCCCAGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=27217799;WS=27217781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	27217822	rs681754	G	A	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	27217851	rs681707	G	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	27218726	rs667250	C	T	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=375;SC=GGAAAATGAGCGGTGACTCTG;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=27218734;WS=27218716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	27228022	rs2273717	A	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=204;SC=TAAATCTATGAGGAGTTGAAA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=27228030;WS=27228014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	27284708	rs1057524	T	A	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	27289812	rs1980661	T	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.65;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	27289832	rs1980660	G	T	318.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=123;SC=TGTGTGTACAGTCTGTTCTCA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=27289840;WS=27289822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	27290984	rs2383724	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=230;SC=AAAACCAAAATGTTTCCCAAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=27290992;WS=27290974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	27296705	rs3824406	A	G	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.71;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	27297260	rs7875090	A	T	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=139;SC=GTTTTTAGTTATTTTTTAAAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=27297268;WS=27297250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	27330514	rs3739530	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=217;SC=AGCCAGGGTGGTCCACCTCCT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=27330522;WS=27330504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	27330772	rs10555560	CTGTT	C	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=16;PP=770;SC=TATGTTCCATCTGTTTGTTCT;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=27330783;WS=27330762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	27358958	rs185076212	A	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	27378301	rs1330920	A	G	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=7;PP=247;SC=GAATGAGGTCATAAGGATGGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=27378309;WS=27378291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	27455095	rs12379154	G	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=255;SC=AGATTGTGCAGGTGACAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=27455103;WS=27455085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	27455585	rs10757661	G	A	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=10;PP=251;SC=TGCAGGAAGCGAAAAGGCACC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=27455593;WS=27455575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	27524731	rs700785	A	G	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=36;PP=1262;SC=GGAGGAAGACAAGAATGAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=66;WE=27524739;WS=27524721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	27556780	rs10122902	G	A	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	27561465	rs3063748	A	ATGT	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=1;PP=95;SC=CAAATACGTAATGTCCCTAGA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=27561473;WS=27561455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	27562352	rs2589050	T	C	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=159;SC=ACTCATAAAGTGTATAATTGC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=27562360;WS=27562342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	32384843	rs913762	A	C	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=23;PP=729;SC=CAGTGGCGGCACGGGGGACAC;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=32384851;WS=32384833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	32418237	rs2026739	G	T	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=17;PP=1130;SC=TTTCTTTGTAGGCAGGGTACG;SOR=1.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=32418245;WS=32418227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	32424675	rs45450994	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=19;PP=513;SC=TAGGGGCCTGCGGGAAGAGGT;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=32424683;WS=32424665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	32425910	rs3780473	A	G	7347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=73;PP=2965;SC=ATAACACTGAATTCACCCTTG;SOR=0.862;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=96;TCR=74;TR=169;WE=32425918;WS=32425900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr9	32427600	rs2375965	A	G	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=11;PP=309;SC=ATCTAAAGAGAGCCCTCTTGC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=32427608;WS=32427590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	32431931	rs10970975	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=290;SC=AGGCTAACGGAAGTATAAACT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=32431939;WS=32431921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	32435978	rs2068116	C	T	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=27;PP=1709;SC=CTTTTTTAGACTTCCTTCTTA;SOR=1.309;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=86;WE=32435986;WS=32435968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	32436014	rs7022554	A	G	6028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=63;PP=2762;SC=TTGAAAGACAATTAACCCAGG;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=90;TCR=63;TR=152;WE=32436022;WS=32436004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	32436107	rs113309164	T	G	8044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=2.179;SC=TTTTCTGCCATGGAGAACAAT;SOR=0.228;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=93;TCR=96;TR=188;WE=32436115;WS=32436097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,306:1.00:307
chr9	32448745	rs10813817	T	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=219;SC=CAGAAATCACTCGCCTTCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=32448753;WS=32448735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	32450187	rs12985	T	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	32459450	rs3205166	T	G	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=35;PP=1099;SC=CCTTATCAGGTACAGGTTTTG;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=32459458;WS=32459440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	32466184	rs2274864	G	A	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=22;PP=940;SC=ACTTTTTGTTGTAATATAACA;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=32466192;WS=32466174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	32485288	rs71302893	C	CA	2466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;MQRankSum=0.590;QD=16.02;ReadPosRankSum=-0.329;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:19,135:0.88:154
chr9	32488237	rs10813825	G	C	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=653;SC=TACTAACCACGATGTGGATAA;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=32488245;WS=32488227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	32491240	rs6476363	C	T	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	32498291	rs2777725	A	G	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=22;PP=974;SC=TGGGTCCCATAGAAAGGCATG;SOR=1.039;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=57;WE=32498299;WS=32498281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	32525969	rs2777729	C	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=605;SC=CTGGCAGGCTCTCTGCATTGA;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=32525977;WS=32525959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	32526146	rs10813831	G	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=16;PP=468;SC=TGCAGGCTGCGTCGCTGCTCG;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=32526154;WS=32526136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	32526233	rs3739674	G	C	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	32541532	rs12348918	A	G	4157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=54;PP=2120;SC=CTTCTCTTACATCGAGAGTTT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=115;WE=32541540;WS=32541522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr9	32552164	rs35002468	T	TCTC	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	32559114	rs10813835	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=49;SC=AGCTATCAAACAGGCATCTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=32559122;WS=32559104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr9	32974372	rs4878522	C	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=7;PP=297;SC=TGAGGTCAGACTGTTATTCAG;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=32974380;WS=32974362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	32986032	rs200922655	AAAAAAAAACAAAAAAAAAAAC	A	514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=36.77;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	32986248	rs7869475	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=291;SC=TCTCACTCTGTCTCACCCAAG;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=11;WE=32986256;WS=32986238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	32989548	rs3780476	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=412;SC=TGCTCCCAACCTTCACCCACC;SOR=3.500;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=32989556;WS=32989538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	33001449	rs1197774	C	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=564;SC=GAGAGCAGCGCATGAAAGCAG;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=33001457;WS=33001439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	33026572	rs20583	T	C	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=44;PP=1500;SC=GGAAACTGGCTTTGAAGTACC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=85;WE=33026580;WS=33026562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	33026638	rs2274769	G	A	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=32;PP=999;SC=ACTCTTAAACGTATCTGAATA;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=54;WE=33026646;WS=33026628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	33034336	rs3832625	C	CT	2540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=29;PP=1475;SC=TCGGTAAAGACTTTTATCAAC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=38;WE=33034344;WS=33034326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	33039024	rs7296	T	A	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=49;PP=1402;SC=TAGTAGTGTTTTAAAAAGTTA;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=71;WE=33039032;WS=33039014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	33047398	rs2274767	T	C	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=15;PP=552;SC=ACCTGGAACATGTAAAGCACA;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=33047406;WS=33047388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	33053430	rs7041702	A	G	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=49;SC=TTTAGGTCCAATCAAATACCC;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=33053438;WS=33053420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	33056971	rs35445781	GA	G	630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.429;NF=3;NR=18;PP=313;ReadPosRankSum=1.452;SC=ACCTTTATTTGAAAAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=21;WE=33056981;WS=33056961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,40:0.91:44
chr9	33062291	rs13290323	A	G	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=46;PP=1563;SC=GAGCCATCTAAACCCCAACTA;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=80;WE=33062299;WS=33062281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	33116238	rs34433922	AT	A	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.79;ReadPosRankSum=1.178;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr9	33135085	rs913214	G	A	4436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=49;PP=2081;SC=AGTGCCAGGTGTCTGTGAAAT;SOR=0.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=69;TCR=49;TR=117;WE=33135093;WS=33135075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr9	33135238	rs1065765	G	A	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=74;PP=2431;SC=GCAGGACTGGGTGCAAATAAT;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=61;TCR=74;TR=135;WE=33135246;WS=33135228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr9	33240165	rs555445	G	C	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=25;PP=1019;SC=TTCCTCAGGCGCAGGCCCCAG;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=33240173;WS=33240155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	33240225	rs706107	G	A	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=28;PP=964;SC=CCGCCAGTGGGTAATCGCCCT;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=33240233;WS=33240215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr9	33245076	rs480583	G	A	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=5;PP=307;SC=GTCTAGAGCCGGCATAATCTA;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=33245084;WS=33245066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	33255743	rs706117	A	G	6517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=57;PP=2965;SC=GCTGATAAATATAACCAAAAC;SOR=1.183;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=102;TCR=58;TR=159;WE=33255751;WS=33255733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr9	33264540	rs1071545	C	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=29;PP=823;SC=GGTGGACGCCCAGAGGGAGGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=33264548;WS=33264530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	33303326	rs41274033	G	A	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=18;PP=480;SC=CTCAGTTCAGGAAAGGTGGTC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=33303334;WS=33303316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	33385863	rs62542746	G	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-4.310;NF=4;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=2.651;SC=GGTCAGCCACGCCTGAGGAGC;SOR=0.465;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=9;WE=33385871;WS=33385842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr9	33386144	.	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.884;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=9.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.09;MQRankSum=-8.738;QD=6.30;ReadPosRankSum=-2.808;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,20:0.22:93
chr9	33386146	rs76608797	C	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=9.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.15;MQRankSum=-8.838;QD=6.17;ReadPosRankSum=-2.412;SOR=1.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,20:0.21:95
chr9	33386167	rs79172651	G	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.000;NF=19;NR=6;PP=348;ReadPosRankSum=-2.548;SC=ACCATCAGCTGTCCACCCGAA;SOR=1.379;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=25;WE=33386175;WS=33386157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,40:0.27:146
chr9	33386211	rs80148578	G	A	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.287;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-7.005;NF=34;NR=20;PP=1833;ReadPosRankSum=0.438;SC=GACACAGACTGTCATGCGAAC;SOR=0.990;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=54;WE=33386234;WS=33386201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,102:0.43:239
chr9	33386226	rs78244036	T	C	2685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.168;HP=4;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.168;NF=33;NR=21;PP=1833;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GCGAACCTGCTCCCAACTAAG;SOR=0.838;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=54;WE=33386234;WS=33386201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,115:0.48:240
chr9	33386243	rs76705820	C	T	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=2.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-3.627;QD=8.57;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,104:0.44:234
chr9	33386284	rs73478964	T	G	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.867;NF=27;NR=35;PP=919;ReadPosRankSum=0.282;SC=GGGTGGGGGATCTCCAAGGCT;SOR=0.885;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=62;WE=33386292;WS=33386274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,80:0.54:147
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chr9	33386393	rs77837642	G	C	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=13.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.79;MQRankSum=-4.788;QD=9.05;ReadPosRankSum=-1.714;SOR=1.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,22:0.28:79
chr9	33386395	rs2484931	T	C	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=30;PP=2859;SC=CCGGGCAGGATACTCACTGTA;SOR=0.743;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=63;WE=33386408;WS=33386368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	33386399	.	CA	TG	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=16.266;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.93;MQRankSum=-5.136;QD=8.82;ReadPosRankSum=-1.941;SOR=1.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,21:0.26:81
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chr9	33386465	rs74668961	A	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQRankSum=-11.351;QD=5.47;ReadPosRankSum=-3.398;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,29:0.19:149
chr9	33386469	rs78695486	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQRankSum=-11.540;QD=5.68;ReadPosRankSum=-3.597;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,31:0.21:151
chr9	33386510	rs77962308	CA	TG	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.576;NF=13;NR=9;PP=633;ReadPosRankSum=2.555;SC=GCACAGTTAGCAAAGGTCACA;SOR=0.675;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=22;WE=33386519;WS=33386500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,31:0.24:131
chr9	33386526	rs79202054	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-10.009;NF=12;NR=10;PP=239;ReadPosRankSum=4.178;SC=TCACAGCTGCGTTCATGTGGG;SOR=0.680;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=22;WE=33386534;WS=33386516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,32:0.26:122
chr9	33395031	rs72707429	G	A	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=20.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-4.614;QD=11.04;ReadPosRankSum=2.365;SOR=2.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,21:0.32:65
chr9	33395039	rs72707431	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=20.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=-4.848;QD=10.04;ReadPosRankSum=2.133;SOR=2.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr9	33395196	rs642636	A	G	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=54;PP=1786;SC=GGGTGGACCTAAGACAGTGGC;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=93;WE=33395204;WS=33395186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	33442952	rs2228332	G	A	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=47;PP=1387;SC=GGTTGTCGGCGAAGTGCCAGA;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=72;WE=33442960;WS=33442942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	33442986	rs2231231	A	C	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=31;PP=914;SC=CAGATTAGACACACAGTGAGT;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=33442994;WS=33442976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	33444000	rs2227285	G	C	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=254;SC=AGGACTAGAGGCGCTTCCTGG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=33444008;WS=33443990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	33447306	rs517210	C	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=18;PP=1025;SC=GTGGGGGTCACAGCTGGGGAG;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=33447314;WS=33447296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	33447424	rs591810	C	G	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=51;PP=1699;SC=CACTCACCACCAGGATGAGGG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=94;WE=33447432;WS=33447414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	33465182	rs2785210	G	A	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=20;PP=1249;SC=CTTCTCAGCTGGGGAAAAAGT;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=33465190;WS=33465172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	33465651	rs560833	T	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=284;SC=ATCTGGCCCCTGGAGAGACAG;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=33465659;WS=33465641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	33467983	rs679644	G	A	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=28;PP=1194;SC=CTGTAGCCCCGAAGAGACAGG;SOR=1.003;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=67;WE=33467991;WS=33467973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	33469406	rs2777746	C	T	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	33473893	rs2777744	T	G	6659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=93;PP=2942;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GGTCTATACCTCATAGCTTCC;SOR=0.331;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=162;TCF=67;TCR=95;TR=160;WE=33473901;WS=33473883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
chr9	33524684	rs3843933	G	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=20;PP=607;SC=GTCCGCGACAGAAAAGACAGG;SOR=1.077;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=33524692;WS=33524674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	33524725	rs3843934	G	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=11;PP=321;SC=GTGGGAGGGGGCCCCCAGGCC;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=33524733;WS=33524715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	33568659	rs187543216	C	G	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	33573160	rs1807130	C	T	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=9;PP=640;SC=ATTTTCTCTGCGGCAACCCTA;SOR=1.662;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=35;WE=33573168;WS=33573150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	33573212	rs12378940	G	A	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=25;PP=1073;SC=GAGCCACCGAGGAAGCACAGG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=33573220;WS=33573202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	33573377	rs597219	T	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=332;SC=GATTAGTCTCTCTGCAGCCTC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=33573385;WS=33573367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	33617691	rs147881110	TGGATGTAACACG	T	1223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;PP=2937;SC=GGCAGAGAGATGGATGTAACA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=33617710;WS=33617681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	33618028	rs855511	A	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=22;PP=584;SC=GAGAGCCGCCAGTCAGAGGAG;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=33618036;WS=33618018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	33618358	rs855512	A	G	6334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=64;PP=2410;SC=GCTGATGGCAACTTCCAATGA;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=122;WE=33618366;WS=33618348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
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chr9	33618497	rs2380835	G	A	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=29;PP=762;SC=TACATCTGCAGTGCTAGAGAC;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=33618505;WS=33618487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	33625185	rs36079164	C	T	7225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=88;PP=2965;SC=AAAATTAGGTCTGAATTCAAG;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=167;WE=33625193;WS=33625175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
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chr9	33794736	.	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQRankSum=-12.436;QD=4.14;ReadPosRankSum=-2.451;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,23:0.15:157
chr9	33794749	.	C	A	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.222;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=3.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQRankSum=-13.151;QD=5.47;ReadPosRankSum=-3.295;SOR=1.062;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,36:0.19:189
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chr9	33794797	.	TGA	T	1092.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=3.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=-8.535;QD=4.02;ReadPosRankSum=0.375;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,43:0.16:272
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chr9	33794840	rs10117993	G	A	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=2.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.75;MQRankSum=-10.565;QD=1.72;ReadPosRankSum=-2.009;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,69:0.19:366
chr9	33794877	.	C	T	2057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=2.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQRankSum=-12.114;QD=5.65;ReadPosRankSum=2.673;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,92:0.25:364
chr9	33794890	.	T	A	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=2.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-12.032;QD=8.72;ReadPosRankSum=4.254;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,88:0.26:338
chr9	33794894	.	T	C	4279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=10.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.39;MQRankSum=-12.259;QD=13.67;ReadPosRankSum=-2.044;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,138:0.44:313
chr9	33794903	.	TCTTTGAAACA	T	2954	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;MMLQ=24;NF=1;PP=2954;QD=20;SC=GTCCCCTCCTTCTTTGAAACA;SbPval=0.81;Source=Platypus;TCF=5;WS=33794867;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:66,33:0.33:99
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chr9	33795415	.	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=5.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-7.067;QD=4.98;ReadPosRankSum=2.825;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
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chr9	33795437	rs372175402	C	A	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-9.309;QD=1.72;ReadPosRankSum=2.471;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,11:0.11:98
chr9	33795439	.	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-9.358;QD=1.58;ReadPosRankSum=2.290;SOR=0.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,11:0.11:99
chr9	33795441	.	C	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-9.551;QD=1.52;ReadPosRankSum=2.212;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,11:0.11:103
chr9	33795579	.	C	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=9.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-18.057;QD=0.48;ReadPosRankSum=-5.408;SOR=1.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,27:0.08:356
chr9	33795581	.	T	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.871;ClippingRankSum=0.000;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=12.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-18.233;QD=0.53;ReadPosRankSum=-5.223;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,29:0.08:361
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chr9	33795593	rs201140357	G	A	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FS=1.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-19.525;QD=4.45;ReadPosRankSum=-6.869;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,65:0.15:423
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chr9	33797917	.	T	C	16074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=9.016;ClippingRankSum=0.000;DP=928;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.128;HP=3;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-28.317;NF=231;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-7.327;SC=TCCGCCACCCTAAATACAACA;SOR=1.499;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=637;TCF=427;TCR=210;TR=303;WE=33797940;WS=33797907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:534,394:0.42:928
chr9	33797928	.	G	GCC	13524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.873;ClippingRankSum=0.000;DP=1068;ExcessHet=3.0103;FS=3.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQRankSum=-25.905;QD=12.68;ReadPosRankSum=-2.766;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:577,490:0.46:1067
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chr9	33799251	.	C	T	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQRankSum=-9.013;QD=8.65;ReadPosRankSum=2.000;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,43:0.26:163
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chr9	33952629	rs16935299	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=209;SC=AAACAAGAAATTGAATATACT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=33952637;WS=33952619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	33960778	.	C	CA	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,30:0.24:123
chr9	33969352	rs307675	T	C	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=23;PP=926;SC=TAAGACCAGCTTCCACAACAA;SOR=0.758;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=51;WE=33969360;WS=33969342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	33971740	rs3739690	A	G	7253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=116;PP=2965;SC=AATAGTCTGCAGGATTAAATG;SOR=1.076;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=68;TCR=116;TR=184;WE=33971748;WS=33971730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr9	34011803	rs7029112	C	G	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=32;PP=919;SC=AAGAAAAGTACCATCACTACA;SOR=2.531;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=39;WE=34011811;WS=34011793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	34011835	rs7029122	C	T	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=538;SC=GGATCTCTTACCCATTCATAT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=34011843;WS=34011825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	34017015	rs11432780	G	GA	828.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.008;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,60:0.71:84
chr9	34017106	rs1785506	C	T	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=62;PP=2100;SC=TGGTTTTTCCCGAGCACCTCG;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=117;WE=34017114;WS=34017096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr9	34096597	rs7857551	G	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=323;SC=GCGAGACTCTGCCTCAAAAAT;SOR=2.948;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=34096605;WS=34096587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	34178974	rs9650705	G	A	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=5;PP=162;SC=CCATTGGTCCGGGCGTGTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=34178982;WS=34178964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	34211942	rs1556439	T	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	34220855	rs41313794	G	A	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=15;PP=467;SC=AATTTTCTTCGTACTACCTTC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=34220863;WS=34220845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	34242192	rs10972015	C	T	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=66;PP=1911;ReadPosRankSum=0.819;SC=TGATTTTTTTCGAGACAGGGT;SOR=0.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=105;WE=34242200;WS=34242182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,157:0.98:160
chr9	34269386	rs141274403	ACTT	A	7632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=57;PP=1796;SC=AGCAGGAGTGACTTCTGTGAA;SOR=1.192;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=7;TCR=63;TR=64;WE=34269399;WS=34269376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	34286486	rs6476442	G	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=232;SC=TTTACAGATGGGAAGTGGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=34286494;WS=34286476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	34310927	rs10972048	T	C	6223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=84;PP=2600;SC=TCTGGTAGCATGTGTTCTAGC;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=74;TCR=86;TR=158;WE=34310935;WS=34310917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr9	34343033	rs143309441	G	GA	579.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=6.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.593;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.640;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,35:0.83:42
chr9	34370701	rs58832809	TG	T	1261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=1082;SC=GGTATAGAGGTGGGAGGTTCC;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=27;WE=34370709;WS=34370691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	34372783	rs4879781	G	C	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=44;PP=1587;SC=GCGGCTTCAGGTCTTTGGAAG;SOR=0.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=77;WE=34372791;WS=34372773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	34372873	rs4879782	C	G	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=24;PP=965;SC=GGTTCTGACGCTATGCGTAGC;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=34372881;WS=34372863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	34373041	rs10972084	C	T	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=9;PP=172;SC=TGAGCTATCTCATCCCATGAT;SOR=4.615;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=34373049;WS=34373031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	34382726	rs3808876	A	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=12;PP=595;SC=CAGTCCCCAGACGTCTGTGCT;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=34382734;WS=34382716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	34402173	rs10738926	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=379;SC=ACAGCAGACAACGCAGGCCCC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=34402181;WS=34402163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	34402663	rs41274849	C	T	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=17;PP=694;SC=GAAATAGGTCCTGGCTGGCAG;SOR=0.968;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=44;WE=34402671;WS=34402653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	34406801	rs72019483	C	CT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=1.596;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr9	34407041	rs12376650	C	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.59;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr9	34407331	rs10972095	G	A	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=24;PP=945;SC=TTTGGTTGGAGAAAAGGTTCT;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=34407339;WS=34407321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	34407423	rs10116555	C	T	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=31;PP=1365;SC=GTAGAGAAAACAGTATAGTGA;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=34407431;WS=34407413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
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chr9	34552437	rs2274592	C	T	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=110;SC=GTACTGCCTCCCCCATCAGGC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=34552445;WS=34552427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	34569010	rs9695558	T	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	34615896	rs144108229	C	CA	366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.417;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,23:0.77:30
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chr9	34635598	rs4879809	T	C	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=19;PP=1002;SC=CGCTCCTGTCTATCCGCAGGT;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=34635606;WS=34635588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr9	34655436	rs2812357	T	C	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=263;SC=ACCTGGGTCCTCTCTCTACCC;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=34655444;WS=34655426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	34655734	rs11575576	G	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr9	34725368	rs151104708	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.09;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	34726671	rs1854574	G	A	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=10;PP=568;SC=ATCTGCATACGTTGACTGGGC;SOR=1.352;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=29;WE=34726679;WS=34726661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	35043291	rs615474	G	T	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=50;PP=1800;SC=CCTCTGAAGTGGTCTGTTTGT;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=100;WE=35043299;WS=35043281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr9	35060302	rs684562	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=21;PP=872;SC=CAGCCTATTGTAGCTCACCTT;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=35060310;WS=35060292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	35060746	rs562381	A	G	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	35060955	rs2258240	T	C	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=34;PP=1263;SC=ATGAGACTTATCAAGGGAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=63;WE=35060963;WS=35060945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	35061693	rs11272867	G	GACAGTACACAA	3962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=30;PP=2900;SC=CGACCTGTGGGACAGTACACA;SOR=1.141;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=47;TCF=4;TCR=43;TR=34;WE=35061701;WS=35061683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	35062972	rs514492	C	T	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=27;PP=989;SC=CCAAATATCTCACCATTGATC;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=35062992;WS=35062962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	35066579	rs35504855	T	TA	212.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr9	35074917	rs587118	T	C	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=30;PP=1357;SC=CATGCAAGTATACATACCTGG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=70;WE=35074925;WS=35074907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr9	35077441	rs554098	T	C	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=36;PP=1138;SC=TACAACCTCCTCGTCTTCTCC;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=35077449;WS=35077431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	35079361	rs504082	G	T	9930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CCTCCCCATCGGTTGGGGTAA;SOR=0.254;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=106;TCR=93;TR=196;WE=35079369;WS=35079351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,380:1.00:381
chr9	35089048	rs556766	A	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=449;SC=CACTGTTCTCAAGCACTCTCT;SOR=1.942;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=35089056;WS=35089038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	35090782	rs505297	A	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=396;SC=TACACACTCAAATGCCTATCA;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=35090790;WS=35090772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	35093020	rs568300	T	C	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=10;PP=623;SC=CCAGCCCGCTTACCTACCTGC;SOR=1.209;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=28;WE=35093028;WS=35093010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	35100002	rs664357	T	C	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=32;PP=1358;SC=GCTTCCTTGTTCCCAGACTCC;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=35100010;WS=35099992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	35100569	rs586017	A	G	233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=125;SC=CCAGTGCTCTATGCTGGGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=35100577;WS=35100559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	35101383	rs34240345	GCA	G	4301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=42;PP=2294;SC=TGGTACTGGAGCACCCTGAGG;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=49;WE=35101392;WS=35101373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	35101870	rs693325	C	G	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	35107765	rs13287211	C	A	6670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=92;PP=2965;SC=CCCCCAGGGACCCCTGTCCCC;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=81;TCR=93;TR=173;WE=35107773;WS=35107755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr9	35107858	rs7039828	C	T	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=60;PP=2154;SC=TCCAGGCCCCCGAAGTCCAAG;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=104;WE=35107866;WS=35107848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr9	35295984	rs661712	T	C	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=19;PP=574;SC=CATGATGCAATTGGCAAGAAG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=35295992;WS=35295974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	35382559	.	A	AT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.509;QD=1.18;ReadPosRankSum=1.276;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr9	35546735	rs1535422	A	G	8849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=83;PP=2965;SC=CCTGCACTCTACTCCAGGAGG;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=90;TCR=83;TR=172;WE=35546743;WS=35546725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr9	35555823	rs946483	T	C	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=503;SC=CATCCCTCCCTCAGCATCTGT;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=35555831;WS=35555813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	35556250	rs870978	G	C	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=14;PP=744;SC=CACTGAACTGGCCTGGAACTC;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=35556258;WS=35556240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	35556527	rs150786704	A	ACCTCTAAGTGCTGGCTGGGC	493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=5;PP=2900;SC=CCAGTCTGAAACCTCTAAGTG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=5;WE=35556535;WS=35556517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	35559369	rs4879906	G	A	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=17;PP=502;SC=GGTGGGGAGGGGGACCACACA;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=35559377;WS=35559359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	35559905	rs12338773	T	C	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=5;PP=1001;SC=TACATGCAAGTTGACTAGTGC;SOR=3.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=35559913;WS=35559895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	35562328	rs5897609	TACAA	T	1717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	35562549	rs755774	G	A	5079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=45;PP=2134;SC=GGAAGCGGGCGCAGGGCACAT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=120;WE=35562557;WS=35562539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr9	35610523	rs71940749	CCCCTGCTCTGAGT	C	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=622;SC=GGCCCCTGGGCCCCTGCTCTG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=35610543;WS=35610513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	35610912	rs4879913	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=24;PP=740;SC=ACTAAAACAGACTTTAGAACC;SOR=3.126;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=35610920;WS=35610902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	35616583	rs2095858	A	T	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=29;PP=1006;SC=GGAAGTAGGGACAGCCTTACT;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=35616591;WS=35616573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	35618053	rs35185125	C	A	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=18;PP=667;SC=CTTGAGGGCACCCCTAGGACT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=35618061;WS=35618043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	35660990	rs1339374	A	G	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=36;PP=1334;SC=CGAGGAGGAGATTGGTGACAG;SOR=0.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=35660998;WS=35660980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	35661243	rs35234337	C	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	35662251	rs2297879	T	C	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=37;PP=1434;SC=TAGCTTCTCATGAGGGAAGGA;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=85;WE=35662259;WS=35662241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr9	35664624	rs1361338	C	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=16;PP=503;SC=ATGCTAAGGCCCTGGGCCAAG;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=35664632;WS=35664614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	35677702	rs2857801	T	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=8;PP=569;SC=ATGGGAGAGGTCTATGGGAAC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=35677710;WS=35677692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	35679061	rs2857802	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=287;SC=CTGCACTTAGCGAAGAAGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=35679069;WS=35679051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	35681122	rs1048638	C	A	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=195;SC=TTTTAACTGCCAAGAAATTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=35681130;WS=35681112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	35682255	rs10972558	G	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=13;PP=261;SC=GACATGGAGTGGGTCAAGGAA;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=35682263;WS=35682245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	35682296	rs11998	T	A	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=6;PP=146;SC=TCAGGGCCCCTTGGCAGGGAC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=35682304;WS=35682286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	35684822	rs3215700	C	CG	1281.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=25.13;ReadPosRankSum=0.449;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr9	35700527	rs151212820	A	AGTTT	636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=12;PP=737;SC=GCAACTGGGGAGTTTGTTTGT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=35700535;WS=35700517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	35704898	rs3215701	GA	G	940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=15;PP=455;SC=TAAGGACATAGAAAAAAACAT;SOR=1.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=17;WE=35704906;WS=35704888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	35704964	rs112059600	G	A	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=162;SC=GACGTTTCCGGTTGCATATCC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=35704972;WS=35704954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	35707054	rs741917	C	T	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=49;PP=2066;SC=ACACTGGTTCCCCATCCCTCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=102;WE=35707062;WS=35707044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr9	35711806	rs2249250	G	T	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=28;PP=799;SC=GGTGAGAGGGGAAGTCAGACA;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=35711814;WS=35711796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	35712823	rs2249133	G	A	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=16;PP=783;SC=CCCTTTCCCAGTATCTGACCT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=35712831;WS=35712813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	35739115	rs3833700	G	GC	3008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=1453;SC=AGCTGGGGGAGAGACACAGAA;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=35739123;WS=35739105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	35739876	rs3750434	G	A	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=12;PP=897;SC=TCAGCAGAGTGGGATCATCAA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=35739884;WS=35739866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	35751221	rs1570248	C	T	4045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=28;PP=1411;SC=CTCTCATCTCCGTTCCCTCTC;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=76;WE=35751229;WS=35751211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	35752252	rs1570249	G	A	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=7;PP=129;SC=ACATACCCACGTCTAGCCTCT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=35752260;WS=35752242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	35819837	.	A	ACATACTTCTCTCTCATACTTCCCAAGACAT	2797.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.58;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=2813;SC=GACATGACAGAGTACAGTTAT;SOR=1.547;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=20;WE=35819846;WS=35819822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	35819838	.	GT	G	2796.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.58;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=335;SC=ACATGACAGAGTACAGTTATT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=19;WE=35819846;WS=35819822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	35825413	rs4879930	C	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=35;PP=1073;SC=AGTGAGAAGGCCCTAAAACTA;SOR=1.217;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=35825421;WS=35825403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	35841444	rs72727082	C	T	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=27;PP=923;SC=TATGCCCCCTCCTTCCTAGTG;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=35841452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	35845929	rs7848557	A	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=4;PP=200;SC=GTGGGTGGAGATGGAGGATGT;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=35845937;WS=35845919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	35853443	rs201182305	G	GC	485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=576;SC=AGAGTGACCAGCTCTGGCTTG;SOR=3.912;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=35853451;WS=35853441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	35870001	rs7044405	T	C	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=57;PP=2226;ReadPosRankSum=1.276;SC=CATGAGCACGTGGTACCTGAG;SOR=0.285;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=128;WE=35870009;WS=35869991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr9	35870225	rs72727089	G	A	5194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=79;PP=2965;SC=AGAAGTACACGGGCGTGTGCA;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=65;TCR=79;TR=144;WE=35870233;WS=35870215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr9	35906347	rs370606246	CCTG	C	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.336;QD=3.33;ReadPosRankSum=-1.162;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,11:0.16:69
chr9	35906519	rs79284865	G	A	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=25.35;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	36063743	rs942478	C	G	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=13;PP=821;SC=CATGCTATCTCTTTTTATTGC;SOR=1.567;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=44;WE=36063751;WS=36063733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	36141817	.	AT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.798;QD=0.86;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr9	36148722	rs3739613	G	A	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=35;PP=929;SC=ATGCCTCCTGGCCCCAGCACC;SOR=1.207;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=36148730;WS=36148712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr9	36148793	rs74854939	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=13;PP=341;SC=TGAATCTGCTCCCAGGCTGAC;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=36148801;WS=36148783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	36151164	rs2277172	G	A	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=55;SC=TCCCTCTGAGGGCCACCAGCT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=36151172;WS=36151154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	36216324	.	A	ATGTGTGTGTGTGTGTGTG,ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	753.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=62.81;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,6:0.50,0.50:12
chr9	36276857	rs7875447	A	G	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	36369646	rs34904529	CA	C	966.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.283;QD=18.96;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,50:0.98:51
chr9	36372737	rs12001805	C	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TTTCAAAGAACTCAAAGCTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=36372745;WS=36372727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	36378853	rs12379930	G	A	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=25.30;ReadPosRankSum=1.343;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr9	36378901	rs35905528	C	CT	232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=15.52;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	36630415	rs10973007	C	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=11;PP=312;SC=TTTGGTTCAACTTTTAAGATA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=36630423;WS=36630405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	36669228	rs3780133	C	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=6;PP=364;SC=AATGTGATACCTGCATTATTA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=36669236;WS=36669218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	36674842	rs2274473	C	T	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=21;PP=903;SC=TTCACTATAACGTGACTACAA;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=52;WE=36674850;WS=36674832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	36840623	rs3780135	G	A	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr9	36882264	.	TACAC	T,TAC	987.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=6.606;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.369;QD=28.22;ReadPosRankSum=0.924;SOR=4.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,8,25:0.23,0.71:35
chr9	36882291	.	ACT	A	403	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=22;MQ=60.51;NF=0;NR=34;PP=403;QD=11.9411764706;SC=ACACACACACACTCATGCACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=34;WE=36882300;WS=36882281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,34:0.89:38
chr9	37020622	rs2297105	A	C	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=27;PP=1165;SC=GCCTCGAGCTACTGCCTTTAC;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=37020630;WS=37020612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	37302186	rs78605169	A	G	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=11;PP=381;SC=GTTTTGTAGGAGAAGATGGTA;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=23;WE=37302194;WS=37302176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	37304168	rs11422051	A	AT	2781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=20;PP=709;SC=TTAATTCTTGATTTTTTTTTC;SOR=1.342;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=50;WE=37304176;WS=37304158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	37305829	rs3837244	GATAT	G	1106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;QD=40.99;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	37426524	rs2736664	C	T	6370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr9	37429661	rs309459	A	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	37429814	rs309458	A	G	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=21;PP=712;SC=AGGAAGCAGCAGAATTCCAGG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=37429822;WS=37429804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	37432264	rs309455	T	C	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=33;PP=948;SC=ACACCAGGGATCGTAAATGTT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=35;WE=37432272;WS=37432254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	37436632	.	CCT	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=6.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=-1.266;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,24:0.12:200
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chr9	37486916	rs913278	G	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	37489378	rs11542231	C	T	5277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=61;PP=1974;SC=AATTGTTCAACATGCAGCCAC;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=118;WE=37489386;WS=37489368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr9	37503124	rs7047823	G	A	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=456;SC=AAGATCACAAGCTGGGCACCC;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=37503132;WS=37503114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	37536998	rs927930	C	T	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=6;PP=326;SC=GTCAAGCGTGCGTGAATAAGT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=37537006;WS=37536988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	37537557	rs7044153	G	A	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=57;PP=1892;SC=GGGAGCTAGAGGCTGGGCTGG;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=91;WE=37537573;WS=37537547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	37708307	rs2296555	A	C	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=0;PP=129;SC=TGGGAACTGGATCAGGGTGCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=37708315;WS=37708304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	37715574	rs1952126	G	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=279;SC=CTGCTGCTTTGTGATGAATTA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=37715582;WS=37715564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	37715724	rs1952125	T	G	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=31;PP=1002;SC=AAGATATTCATGGTAGCAGAG;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=60;WE=37715732;WS=37715714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr9	37719011	rs2013458	T	C	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=24;PP=1250;SC=AAGATAGATATACCTGGCTTT;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=37719019;WS=37719001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	37724195	rs10814609	A	G	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=30;PP=1660;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AAAGACAGGGATACAACAATA;SOR=0.384;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=88;WE=37724203;WS=37724185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,159:0.99:160
chr9	37731007	rs2274324	C	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=13;PP=556;SC=AGTCACATGACTACCGCTGCC;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=37731015;WS=37730997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	37731177	rs2274323	T	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=279;SC=GAACGTGAGCTCGAGGCCATT;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=37731185;WS=37731167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	37769811	rs10973531	T	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=486;SC=TGTTGCCCAGTCTGGTCTCGA;SOR=2.737;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=37769819;WS=37769801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	37800406	rs34106593	GA	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=17.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.469;QD=0.92;ReadPosRankSum=1.075;SOR=4.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr9	37887570	.	T	TAA	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr9	37948724	rs3827519	T	C	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr9	37974743	rs1138374	T	C	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=34;PP=1030;SC=TCTCCGAGTCTGAGTCAACAC;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=70;WE=37974751;WS=37974733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	38015646	rs7047952	C	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=593;SC=CTGCCTACTACGAAGCTCTAA;SOR=2.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=38015654;WS=38015636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	38068532	rs3750444	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=15;PP=458;SC=GGGGCTGCGAAGGCCGCTCGC;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=38068540;WS=38068522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	38395940	rs2228094	T	C	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=46;PP=1679;SC=GGGAGGTCATTGGGCACGTGG;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=90;WE=38395948;WS=38395930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	38396065	rs2073478	G	T	4953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=48;PP=1940;SC=CTGCTGAACCGCCTGGCAGAC;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=38396073;WS=38396055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	38396502	rs4878199	G	A	4300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=68;PP=2273;SC=CGCCCAGCACGTGGATGTTGA;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=124;WE=38396510;WS=38396492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	38397355	rs3043	G	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=21;PP=595;SC=CCACCTTGACGAATGCTTGCC;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=38397363;WS=38397345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	38413159	rs7018644	T	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	38414030	rs5897733	T	TCA,TCACA	3466.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.434;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.52;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,22,78:0.20,0.71:110
chr9	38423826	rs7039990	T	A	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=10;PP=1612;SC=AGGAGAGATATGAAATACTGC;SOR=3.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=57;TCR=10;TR=67;WE=38423834;WS=38423816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	38424344	rs35134904	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr9	40503105	rs201003096	G	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=16;PP=761;SC=ACCTGCGTGTGGAGGAGCTCG;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=40503113;WS=40503095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr9	66457151	rs78939328	G	C	2866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-5.367;QD=12.46;ReadPosRankSum=-1.743;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,79:0.34:230
chr9	66457169	rs138400587	AGAG	A	2303.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQRankSum=-4.936;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.607;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,65:0.34:193
chr9	66457173	rs199759715	GGAGAGAGAGAGACAGCGATAGAGAGA	G	110.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=1.135;QD=0.65;ReadPosRankSum=3.256;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,15:0.09:171
chr9	66457189	rs2874584	C	T	1553.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQRankSum=-2.643;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.232;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,44:0.28:155
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chr9	66457209	.	AG	A	531.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQRankSum=-5.501;QD=4.32;ReadPosRankSum=2.809;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,21:0.17:123
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chr9	66457216	rs150998016	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.97;MQRankSum=0.127;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,9:0.10:92
chr9	66457228	.	A	C	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.67;MQRankSum=-5.128;QD=7.08;ReadPosRankSum=3.021;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,21:0.23:90
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chr9	66457233	.	G	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.87;MQRankSum=-4.427;QD=7.24;ReadPosRankSum=3.244;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,20:0.24:83
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chr9	66457626	.	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=9.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.95;MQRankSum=-1.165;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=1.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,23:0.09:262
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chr9	68427818	rs111699417	G	GA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.45;MQRankSum=-6.688;QD=0.21;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,37:0.13:275
chr9	68427877	rs4568707	G	A	3057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-7.624;NF=54;NR=79;PP=2198;ReadPosRankSum=-0.894;SC=AGTATCTGTCGGCTTTCAATT;SOR=0.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=240;TCF=103;TCR=137;TR=133;WE=68427885;WS=68427867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,145:0.50:288
chr9	68427956	rs4316243	T	C	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.339;NF=23;NR=55;PP=1432;ReadPosRankSum=-0.438;SC=ATATATTCAATTGCTACTAAA;SOR=1.087;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=33;TCR=77;TR=78;WE=68427964;WS=68427928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr9	68433462	rs111392331	T	C	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQRankSum=-1.800;QD=2.49;ReadPosRankSum=3.088;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:614,170:0.22:784
chr9	68433464	rs79004307	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=795;ExcessHet=3.0103;FS=3.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQRankSum=-2.253;QD=0.58;ReadPosRankSum=0.539;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:711,77:0.10:788
chr9	68433468	rs75281072	G	C	5311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=4.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.296;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-11.444;NF=105;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=-4.830;SC=TCATTACCTTGATCATTTCTT;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=616;TCF=318;TCR=298;TR=205;WE=68433489;WS=68433444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:574,196:0.25:770
chr9	68433481	rs112175502	T	TCTC	1126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=9.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.284;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-16.562;NF=33;NR=94;PP=2971;ReadPosRankSum=-5.670;SC=CATTTCTTCTTCTGCTGTTTT;SOR=1.603;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=415;TCF=114;TCR=301;TR=127;WE=68433489;WS=68433444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:632,80:0.11:712
chr9	68433523	rs62543350	T	C	3595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=9.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-19.040;NF=139;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.582;SC=TGCTTCATTGTATCTAATAAA;SOR=0.864;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=526;TCF=275;TCR=251;TR=260;WE=68433545;WS=68433500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:404,172:0.30:576
chr9	68433537	rs74819687	T	G	6514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=6.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-18.205;NF=161;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-5.331;SC=TAATAAAGCATCTATTTGAGG;SOR=0.916;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=538;TCF=269;TCR=269;TR=305;WE=68433545;WS=68433500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,249:0.40:618
chr9	68433556	rs76632075	G	T	4210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FS=3.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.35;MQRankSum=-4.725;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:495,216:0.30:711
chr9	68433612	rs76007226	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.55;MQRankSum=-12.911;QD=0.92;ReadPosRankSum=3.205;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:604,59:0.09:663
chr9	68433620	rs62543351	C	T	4612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.540;HP=4;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.983;NF=78;NR=101;PP=2530;ReadPosRankSum=0.954;SC=GTAGAAGAAACATTAAGTGTT;SOR=0.506;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=483;TCF=189;TCR=294;TR=179;WE=68433633;WS=68433602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:379,255:0.40:634
chr9	68433625	rs139088975	A	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FS=3.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQRankSum=-6.444;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.931;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:524,87:0.14:611
chr9	68433635	rs192109483	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FS=2.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.65;MQRankSum=-11.193;QD=0.27;ReadPosRankSum=7.317;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:510,42:0.08:552
chr9	68433641	rs78330154	G	T	4148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-14.951;NF=46;NR=97;PP=1726;ReadPosRankSum=6.733;SC=TAGACTGAATGAATTTTTCCT;SOR=0.986;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=419;TCF=151;TCR=268;TR=143;WE=68433649;WS=68433631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,142:0.29:483
chr9	68433657	rs141211711	A	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=9.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQRankSum=-11.398;QD=1.58;ReadPosRankSum=4.748;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,42:0.11:397
chr9	68433673	rs150998881	A	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=20.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.29;MQRankSum=-3.536;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.002;SOR=2.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,47:0.16:303
chr9	68433701	rs62543352	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.047;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=5.507;NF=3;NR=43;PP=987;ReadPosRankSum=0.799;SC=CCTGAAAAATATAATACAAGA;SOR=1.284;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=155;TCF=15;TCR=140;TR=46;WE=68433709;WS=68433691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,44:0.30:147
chr9	69002193	rs75969422	T	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.846;HP=1;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=1113;ReadPosRankSum=1.045;SC=AATGATTGTCTGTCAAACAGG;SOR=1.819;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=23;WE=69002208;WS=69002187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,28:0.38:74
chr9	69002200	rs10908046	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=4;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=1160;ReadPosRankSum=0.222;SC=GTCTGTCAAACAGGATTCCAG;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=53;TCR=16;TR=31;WE=69002208;WS=69002187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr9	69002294	rs79965448	C	T	5762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=3.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.40;ReadPosRankSum=-2.777;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,149:0.50:297
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chr9	69002413	rs62555122	T	C	2859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,82:0.46:177
chr9	69002423	rs62555123	G	A	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.67;ReadPosRankSum=-1.778;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,71:0.48:148
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chr9	71081186	.	GT	G	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr9	71114312	rs12685375	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.688;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr9	71395013	rs3750377	C	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr9	71509238	rs142645474	C	CT	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=240;ReadPosRankSum=0.398;SC=ATATATTTTTCTTTTTTTGGT;SOR=0.576;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=14;WE=71509246;WS=71509228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr9	71538069	rs2027208	A	G	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=18;PP=937;SC=CCTGGGCCCCACGGGCTACAG;SOR=1.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=51;WE=71538077;WS=71538059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	71555492	rs10746973	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=241;ReadPosRankSum=1.392;SC=GACTCATTTCAATTATTATAG;SOR=0.261;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=23;WE=71555500;WS=71555482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
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chr9	71629038	.	C	CGCGGCG	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.847;QD=9.31;ReadPosRankSum=2.123;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr9	71629053	.	G	GGCGGCGGCGGCGGCGGCA	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-1.730;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr9	71650752	rs2481598	A	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=13;PP=437;SC=CACCCAGCCCAGCCCAGGCCC;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=71650760;WS=71650742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	71667986	rs7865353	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=4.242;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=144;ReadPosRankSum=1.332;SC=AATAACAAATGTATAAATTTG;SOR=1.802;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=11;WE=71667994;WS=71667976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr9	71668197	rs3829062	T	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=2.557;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr9	71714693	rs10121021	C	T	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	71789156	rs13301644	C	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=409;SC=GGGGTGGGTCCCCGCGGGTCG;SOR=1.893;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=71789164;WS=71789146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	71789386	rs144607139	T	TCGTGAG	1758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=17;PP=1339;SC=GGGAGGAGGGTCGTGAGCGTG;SOR=1.151;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=20;WE=71789394;WS=71789376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	71820008	rs2498440	A	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=6;PP=394;SC=ACGTAACCACATGGAGTGATG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=71820016;WS=71819998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	71827618	rs34883177	T	C	1103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=33;PP=903;SC=GCTTTTTTTTTCCCTTGAGGT;SOR=2.303;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=42;WE=71827626;WS=71827608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	71831398	rs2498417	T	C	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=29;PP=866;SC=CCTCCCTCGCTCCGCAGCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=71831406;WS=71831388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	71843023	rs2309428	C	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.206;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=607;ReadPosRankSum=1.887;SC=ACCAAGAGGACCCCCCAGGTG;SOR=0.525;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=45;WE=71843031;WS=71843013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,83:0.61:136
chr9	71849314	rs202100183	CT	C	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=1.380;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr9	71850853	rs2275431	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=8;PP=801;SC=GAAGGTAAAGGGGAGATCAGA;SOR=2.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=37;WE=71850861;WS=71850843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	71854737	rs72187140	TAAAC	T	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=5;PP=1084;SC=CCCAAATAAGTAAACAAACAA;SOR=2.753;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=22;WE=71854748;WS=71854727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	71854769	rs2993823	C	G	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=10;PP=1141;SC=ATATCTCATACAGCCTTTACT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=71854777;WS=71854759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	71865932	rs2282335	G	A	4531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=44;PP=1795;SC=GGGTGAAAACGTGTCATTGCT;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=100;WE=71865940;WS=71865922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	71986315	rs1034239	TG	CA	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=306;ReadPosRankSum=-0.776;SC=TTTAAAAAAATGTTCTCTTGG;SOR=0.586;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=11;WE=71986324;WS=71986305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr9	71990645	rs4351475	C	T	1880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=919;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ACCTTTCCTCCGTTAAGGTGG;SOR=0.802;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=107;TCF=70;TCR=37;TR=52;WE=71990653;WS=71990635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,88:0.53:166
chr9	72003036	rs867366	T	C	2364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1303;ReadPosRankSum=-1.898;SC=TCAAAAGGGGTTGGCCAATGG;SOR=0.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=75;WE=72003044;WS=72003026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,106:0.61:174
chr9	72046040	rs1105307	G	A	131.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.77;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
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chr9	72338180	rs11139996	T	C	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=8;PP=846;SC=TAACTAACACTTTCTGCAGCT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=72338188;WS=72338170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	72338610	rs11139997	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=231;ReadPosRankSum=0.776;SC=TCTCCATTATTGCCTCTGATT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=14;WE=72338618;WS=72338600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr9	72373624	rs10735564	A	G	4709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	72373716	rs10780612	G	C	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=290;ReadPosRankSum=-1.206;SC=AAAAAATCATGAGCTCCAGTC;SOR=0.399;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=19;WE=72373724;WS=72373706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr9	72373752	rs10780613	A	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
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chr9	72374677	rs2274745	T	G	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5172;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=91;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=21;PP=771;SC=CAGGACCCGCTGTCCGCCCGC;SOR=1.339;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=72374685;WS=72374667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr9	72740974	rs1927112	A	G	4446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
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chr9	72741298	rs2296773	G	A	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.177;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=180;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GGAACCTTGCGGAGGTCGAGT;SOR=1.068;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=16;WE=72741320;WS=72741288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr9	72741312	rs1998972	G	A	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=21;PP=701;SC=GTCGAGTTCAGTGCTCCTTAC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=72741320;WS=72741288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	72755128	rs61609258	TAAA	T	2530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.265;NF=7;NR=21;PP=1033;ReadPosRankSum=0.626;SC=TTTACCAAGATAAAGAAGGTC;SOR=0.750;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=74;TCF=16;TCR=58;TR=28;WE=72755138;WS=72755118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,70:0.39:180
chr9	72758742	rs12683706	C	T	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-0.067;SC=CAAGGTACAGCAGAGCCAATT;SOR=0.194;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=16;WE=72758750;WS=72758732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr9	72758785	rs12684987	T	A	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=0.587;SC=GCTGGACTAGTTTTGTGAATG;SOR=0.238;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=72758793;WS=72758775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr9	72783608	rs10780871	T	C	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=24;PP=1085;SC=TTTATTTTTATGAATTTCAGG;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=72783616;WS=72783598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	72783732	.	GCT	G	1873.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.051;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.202;NF=1;NR=19;PP=795;ReadPosRankSum=1.261;SC=AATCATTTTAGCTCTCTGTCT;SOR=1.032;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=20;WE=72783741;WS=72783722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,55:0.39:142
chr9	72785653	rs4744587	T	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=344;SC=CTTGTGTCTATAATGAAATGC;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=72785661;WS=72785643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	72879475	rs1180101	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=0.161;SC=TGCATGAATACAAGGAATAAA;SOR=0.287;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=8;WE=72879483;WS=72879465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr9	72897434	rs1180116	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.310;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
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chr9	72929769	rs11142363	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=130;ReadPosRankSum=-2.427;SC=CTTGAAAATACTAAGATTTAT;SOR=1.209;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=8;WE=72929777;WS=72929759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr9	72933958	rs7025228	G	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=17;PP=452;SC=AATAACAACAGCATTTCCACA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=72933966;WS=72933948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	72939073	rs186651790	C	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr9	72965438	rs1536957	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=247;SC=ATCTCCTGTGACATAATCATA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=72965446;WS=72965428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	73002648	rs7020167	C	G	3299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=28;PP=1252;SC=GAGTACTTTTCTCCTTTCGGG;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=69;WE=73002656;WS=73002638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chr9	73151715	rs7033976	C	T	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=51;PP=1828;SC=TTGGCTCGCCCAGCCCAAGGA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=97;WE=73151723;WS=73151705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
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chr9	73164712	rs1889915	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=422;SC=AGATTCCTTGTTAAGTCTCAA;SOR=2.124;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=73164720;WS=73164702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	73213610	rs4744605	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=257;ReadPosRankSum=-0.138;SC=AGGAGAGCAGAGTTAGGTCTG;SOR=0.756;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=19;WE=73213618;WS=73213600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr9	73213644	rs4744606	A	C	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
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chr9	73234884	rs3829095	G	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=500;ReadPosRankSum=1.575;SC=GCATCACTGGGGTGATACTGA;SOR=0.579;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=35;WE=73234892;WS=73234874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr9	73240312	rs7035025	C	G	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=41;PP=1327;SC=AGGGATTCTACTTCACGTATT;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=68;WE=73240320;WS=73240302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr9	73250037	rs4322073	C	T	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.306;NF=11;NR=5;PP=263;ReadPosRankSum=0.512;SC=GACAGGAATACTCTGGCAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=16;WE=73250045;WS=73250027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr9	73250096	rs117745369	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.987;NF=17;NR=12;PP=359;ReadPosRankSum=0.392;SC=TCAAGACAGGGCCTCCGACCT;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=29;WE=73250104;WS=73250086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr9	73255337	rs1538670	A	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=257;ReadPosRankSum=-1.565;SC=GGAGCTCAGGATACAGACTTT;SOR=0.169;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=19;WE=73255345;WS=73255327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr9	73255426	rs201153287	C	T	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=5.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.309;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,71:0.58:123
chr9	73255432	rs1538669	G	C	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.86;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
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chr9	73376414	rs4745036	G	T	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=739;ReadPosRankSum=-1.008;SC=CTGTAAGCTCGGCCAGAAAGA;SOR=1.096;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=52;WE=73376422;WS=73376404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,79:0.52:152
chr9	73391369	rs11142587	T	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr9	73391409	rs34030044	C	CA	743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=550;SC=TTGAGCTAGTCAAAAAATGAT;SOR=0.976;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=17;WE=73391417;WS=73391399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	73408518	rs10868890	T	G	3741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=33;PP=1585;SC=TGATCAAACATTCCTCTTCCC;SOR=0.991;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=84;WE=73408526;WS=73408508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	73424784	rs7861254	C	T	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-2.029;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr9	73442724	rs1034538	C	T	1547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=613;ReadPosRankSum=0.185;SC=TTCAGCATACCTCCTACGAGC;SOR=0.602;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=48;WE=73442732;WS=73442714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,82:0.43:191
chr9	73457832	rs1337031	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
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chr9	73458045	rs3833697	T	TA	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.456;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr9	73461337	rs7862440	T	A	3107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.167;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1218;ReadPosRankSum=2.418;SC=CAGTTGTCATTGCTGCTTTGA;SOR=0.763;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=236;TCF=119;TCR=117;TR=97;WE=73461345;WS=73461327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,167:0.44:382
chr9	73461558	rs10868907	G	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-1.029;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr9	74300311	rs36080695	T	TA	226.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=6.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.942;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr9	74300640	rs2310021	A	G	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr9	74326961	rs3739781	A	G	2251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	74331376	rs4745117	A	C	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	74349917	rs71353514	CAA	C	2653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;QD=24.80;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,98:0.92:107
chr9	74477617	rs10573097	TAAGA	T	1042.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=661;SC=AAATCACTCTTAAGATTTTGT;SOR=1.270;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=74477628;WS=74477607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr9	74526540	rs4744647	T	A	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=14;PP=1176;SC=AGGCTGCGTTTGTTTCTTCCG;SOR=2.035;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=56;WE=74526548;WS=74526530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr9	75369533	rs13285034	A	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=216;ReadPosRankSum=-0.753;SC=CTTTGTTCTTACCTCTGGATT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=12;WE=75369541;WS=75369532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr9	75420448	rs71359524	C	CT	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.481;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
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chr9	75541942	rs2303317	G	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=0.312;SC=AAATACATAAGCATCCATCTG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=75541950;WS=75541932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
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chr9	75544038	rs2288087	A	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=-0.831;SC=AATTTTTGAAATAGAAGAAAT;SOR=0.065;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=75544046;WS=75544028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
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chr9	77376633	rs2274925	A	G	2082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=2184;ReadPosRankSum=0.324;SC=GTCCTTGAGTATTCTTCTTTT;SOR=0.640;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=158;TCF=93;TCR=65;TR=72;WE=77376655;WS=77376623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,110:0.47:235
chr9	77376647	rs2274924	T	C	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=30;PP=2184;ReadPosRankSum=-0.914;SC=TTCTTTTTCTTTGACAGTCTC;SOR=0.727;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=169;TCF=96;TCR=73;TR=73;WE=77376655;WS=77376623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,114:0.46:250
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chr9	77397519	rs12339024	T	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=526;ReadPosRankSum=-0.482;SC=ATTTAGATGATTGTTTTTCAG;SOR=0.441;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=34;WE=77397527;WS=77397509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,41:0.41:101
chr9	77415284	rs7859201	A	C	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=1009;ReadPosRankSum=-1.682;SC=CGGCCAGTTTAAGGCAGGTCG;SOR=0.675;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=64;WE=77415292;WS=77415274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,114:0.61:188
chr9	77416972	rs11144089	C	T	4128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=69;PP=1717;ReadPosRankSum=0.215;SC=GCCTTTTCATCAGCACAGCCC;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=92;TCR=109;TR=128;WE=77416980;WS=77416962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,204:0.61:336
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chr9	77502160	rs1333342	G	A	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=569;ReadPosRankSum=-1.007;SC=AACCGGCGCTGTCATCGCTCC;SOR=0.600;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=38;WE=77502168;WS=77502150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,47:0.64:74
chr9	77599683	rs10869465	G	A	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=3;PP=345;SC=ATTTTGAATAGGGGATACTCA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=77599691;WS=77599673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr9	79003440	rs2501924	G	A	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=6;PP=282;SC=AGCAGTAGTAGTATTTAAGAA;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=79003448;WS=79003435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr9	79009106	rs2490582	A	C	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
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chr9	79318375	rs11267615	GGTGACAGCCTGCAAC	G	1748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.489;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,51:0.31:162
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chr9	79318677	rs561970	T	C	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=1059;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CTCGTATCGCTTTTAGAAGAC;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=80;TCR=89;TR=77;WE=79318685;WS=79318667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,117:0.42:280
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chr9	79319050	rs620476	A	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=1.759;SC=AAGAGGAGAAAAAGGTTTAAT;SOR=0.963;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=13;WE=79319058;WS=79319040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr9	79320640	rs512110	C	T	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.513;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=777;ReadPosRankSum=0.416;SC=TTATGAGAGGCGGGCTGAGAG;SOR=0.470;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=129;TCF=48;TCR=81;TR=55;WE=79320648;WS=79320630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,81:0.46:178
chr9	79321276	rs517634	T	C	2461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=929;ReadPosRankSum=-0.642;SC=GTAAAGGCTGTGTCCGGATGA;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=78;WE=79321284;WS=79321266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,129:0.47:274
chr9	79321871	rs577993	C	T	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=505;ReadPosRankSum=0.958;SC=TTTCAGTCTCCGTTAATGGTG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=35;WE=79321879;WS=79321861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,56:0.43:130
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chr9	79322720	rs680729	A	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.328;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=0.503;SC=CGTCCCCAAAATCAAGACTTC;SOR=0.876;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=29;WE=79322728;WS=79322710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,42:0.30:139
chr9	79324135	rs11267622	A	ATGACTGTTGCAG	1679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=2.717;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,42:0.26:161
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chr9	79324741	rs557352	T	C	1309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.568;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=686;ReadPosRankSum=-0.190;SC=GGGTGCAAATTCCAGGTATTT;SOR=0.799;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=46;WE=79324749;WS=79324731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,71:0.37:194
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chr9	79983206	rs10491841	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-1.559;SC=ATAAAAAGAAATTAAGCTCAA;SOR=0.160;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=79983214;WS=79983196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr9	79986057	rs3737289	A	G	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=440;ReadPosRankSum=0.099;SC=CATTTCAGGGAATAAAAAGGT;SOR=0.723;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=30;WE=79986065;WS=79986047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,59:0.61:97
chr9	79997124	rs62571465	T	C	141.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=1.732;SC=ATTCCACTTATAAGTTTCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=7;WE=79997132;WS=79997114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
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chr9	84202837	.	G	GTGTGTCATCCCGCC	855.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.08;MQRankSum=-1.736;QD=8.82;ReadPosRankSum=4.211;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,36:0.37:97
chr9	84202884	rs11792087	T	C	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.857;NF=0;NR=16;PP=144;ReadPosRankSum=-1.237;SC=TCTGCTGATGTGCAAGATCAA;SOR=2.249;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=16;WE=84202892;WS=84202874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,10:0.20:51
chr9	84214974	rs7039820	T	G	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.977;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr9	84235798	rs11139343	G	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=816;ReadPosRankSum=1.887;SC=TTCCCACTGCGACTTCCTGGT;SOR=0.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=52;WE=84235806;WS=84235788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,78:0.53:146
chr9	84248203	rs113273526	CGTGTGTGTGTGT	C,CGTGTGTGTGTGTGT	333.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=2,2;NR=5,5;PP=318,318;ReadPosRankSum=0.862;SC=AGAAGGGGACCGTGTGTGTGT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7,7;WE=84248224;WS=84248193;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.56:16
chr9	84267021	rs149671487	T	TACACAC	1195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.21;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr9	84267147	rs2228173	T	C	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=34;PP=1390;SC=TGGCATTCAATTCTGCCATGG;SOR=0.709;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=73;WE=84267155;WS=84267137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	84268878	rs2796447	A	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=185;ReadPosRankSum=-0.954;SC=CAGCTGAACAATTTTACTTAC;SOR=0.411;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=14;WE=84268886;WS=84268868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr9	84275014	rs2627002	C	A	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=659;SC=AGCTTTCTACCTAAAAGCCTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=84275022;WS=84275004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	84275095	rs2796450	C	T	4497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=39;PP=2200;SC=ATTTCTTTGCCGTACCTCCCC;SOR=1.172;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=110;WE=84275103;WS=84275085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	84275256	rs36108203	C	CA	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.646;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.853;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
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chr9	84607758	rs10867826	T	A	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.384;NF=26;NR=29;PP=672;ReadPosRankSum=0.670;SC=GTCCGGAGACTTCTTCAGACA;SOR=0.595;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=133;TCF=60;TCR=73;TR=55;WE=84607766;WS=84607748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,98:0.42:236
chr9	85597720	rs66792515	CAGAG	C	1487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.346;NF=6;NR=43;PP=2117;ReadPosRankSum=-1.306;SC=TAGAGAGAGACAGAGAGAGAG;SOR=0.159;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=93;TCF=7;TCR=86;TR=49;WE=85597735;WS=85597710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,52:0.60:86
chr9	85619330	.	T	TTTTATTCTATTA	998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=10;PP=1078;SC=TATTCTATTATTTTAATCCAC;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=85619338;WS=85619319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	85619351	rs141850659	ATTTAC	A	1493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=602;SC=CTCCAAGGAAATTTACTTTCC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=85619363;WS=85619341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	85627408	rs4146960	G	A	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	85627540	rs10121395	A	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=16;PP=480;SC=CCAATTTTCAACATTATGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=85627562;WS=85627530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	85627554	rs4146961	C	T	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=354;SC=TATGCAACTTCATAAATCATT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=85627562;WS=85627530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	85630621	rs1976455	C	T	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=18;PP=1536;SC=CTGATCTATCCGCCACTTCAA;SOR=1.656;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=73;WE=85630629;WS=85630611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr9	85677254	rs142099428	AGG	A	4603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=30;PP=1138;SC=AGAGAAGACTAGGGGGGGGGG;SOR=1.797;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=63;WE=85677263;WS=85677244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	85862792	rs11292389	CT	C	573.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=272;ReadPosRankSum=0.228;SC=AAAGAAATCACTAGCATTGAA;SOR=0.382;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=8;WE=85862800;WS=85862782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr9	85862819	rs78846594	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=262;ReadPosRankSum=0.784;SC=CCTTAGTCACGTGAGAGATTA;SOR=0.935;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=17;WE=85862827;WS=85862809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr9	85863091	rs10114696	A	G	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=567;ReadPosRankSum=1.409;SC=TCAGAATGTCATAGCTCCACG;SOR=0.559;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=48;WE=85863099;WS=85863081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,71:0.46:153
chr9	85905666	rs942283	A	G	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=294;ReadPosRankSum=-0.710;SC=CAAGCCAGACAGAGTTGGTTT;SOR=0.627;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=20;WE=85905674;WS=85905656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr9	85905737	rs942282	C	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TTTGTGTCTACAGGGAACTAC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=10;WE=85905745;WS=85905727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr9	85905786	rs942281	G	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=9;PP=199;SC=TAAAGATGACGTAACATTCAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=85905794;WS=85905776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	85913481	rs12683854	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GAGCACATAACTCAAAGTGGA;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=10;WE=85913489;WS=85913471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr9	85913590	rs11140011	A	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.964;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=406;ReadPosRankSum=0.143;SC=TCACTACACAAAGGGATGTTA;SOR=1.188;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=27;WE=85913598;WS=85913580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,38:0.39:97
chr9	85914243	rs1359168	A	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=0.207;SC=TGTGCACACAAAATATAAGAA;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=9;WE=85914251;WS=85914233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr9	85926893	rs200178795	GA	G	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=0.419;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr9	85964450	rs4877253	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=295;ReadPosRankSum=1.100;SC=GTGTAAGAGAAGCATTCCAAG;SOR=0.582;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=22;WE=85964458;WS=85964440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr9	85987879	rs57558822	GA	G	665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.733;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.276;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,59:0.39:151
chr9	85987935	rs3739657	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.914;QD=4.56;ReadPosRankSum=-0.816;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,27:0.30:90
chr9	86004415	rs72745024	C	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GCCCAATAATCTATGAGAACA;SOR=0.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=86004423;WS=86004405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr9	86004436	rs3739655	T	C	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=1.195;SC=AGGGCATCACTAGGGCTTTGA;SOR=0.473;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=11;WE=86004444;WS=86004426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
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chr9	86004993	rs7853850	C	T	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.262;SC=ACACATACAACGGCCTAACTG;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=34;WE=86005001;WS=86004976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,61:0.66:92
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chr9	86292938	rs79851293	CT	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.39;MQRankSum=-1.741;QD=2.26;ReadPosRankSum=1.992;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
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chr9	86368105	rs10868053	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=9;PP=312;SC=ATATTTACATATAAGAAAAAC;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=86368113;WS=86368095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	86399815	rs7021357	C	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=24;PP=621;SC=AACTCACCAACAGGTAATATG;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=86399823;WS=86399805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	86465131	rs58077086	T	C	7229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=100;PP=2965;SC=TCACGAACCATATTATCCCGT;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=78;TCR=100;TR=178;WE=86465139;WS=86465121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr9	86468715	rs295274	A	T	6050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=101;PP=2965;SC=CCAAAGCTTCAATCCCTTCTT;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=52;TCR=101;TR=153;WE=86468723;WS=86468705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr9	86517854	rs4269618	G	T	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=147;SC=AATAAATTTAGTCCTTAAAAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=86517862;WS=86517850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	86591857	rs2274915	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	86592928	rs3737134	A	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.559;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=299;ReadPosRankSum=0.784;SC=AAAATTCTTTATATGCAAATC;SOR=1.447;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=86592936;WS=86592918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr9	86593077	rs3737135	A	T	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	86617265	rs1982151	A	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=22;PP=894;SC=CAGAAAAGGAATTCACAAATT;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=86617273;WS=86617255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	86893071	rs7858075	T	C	950.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=2.612;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr9	86893313	rs11140490	A	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=395;ReadPosRankSum=0.128;SC=CAGAAACAGTAGGTGAGCAGA;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=19;WE=86893321;WS=86893303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr9	86895853	rs10868135	T	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=521;ReadPosRankSum=0.157;SC=TTAACAAATCTGACATCCAAC;SOR=1.101;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=41;WE=86895861;WS=86895843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr9	86900926	rs7853758	G	A	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr9	86909082	rs10868137	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=406;ReadPosRankSum=0.107;SC=CTCTACACCTATAACCCAGTC;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=26;WE=86909090;WS=86909072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr9	86914709	rs200253055	AT	A	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=0.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr9	86917088	rs4877836	T	C	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,97:0.64:152
chr9	86920117	rs36082472	GA	G	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr9	86920236	rs7867504	T	C	3178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.185;NF=55;NR=50;PP=1358;ReadPosRankSum=0.291;SC=AACCACATACTGTGTCATACC;SOR=0.586;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=105;WE=86920244;WS=86920226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,155:0.59:264
chr9	86924820	rs41307444	C	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=0.191;SC=ACAAAAAATGCCAGGTTCATA;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=86924828;WS=86924810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr9	86928497	rs7863627	C	T	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=156;SC=ATGAAGCATCCGATTCAACAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=86928505;WS=86928487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	87285915	rs1187326	C	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=36;PP=995;SC=CTCCTTGCCCCTAGGGCCCGA;SOR=1.451;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=52;WE=87285923;WS=87285905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	87285992	rs1211166	G	A	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=357;SC=CAAAGACAAGGGATGCAGGAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=87286000;WS=87285982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	87360106	rs144586764	ACACCT	A	1881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=1929;SC=TAGGGTGTTAACACCTAGGTT;SOR=3.109;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=87360118;WS=87360096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	87475806	rs200976732	GTTTATTTATTTA	G,GTTTA	986.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=2,2;NR=10,10;PP=379,260;SC=CAAGTGGTTTGTTTATTTATT;SOR=1.136;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12,12;WE=87475825;WS=87475796;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.52,0.48:25
chr9	87563252	rs1078947	T	C	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=15;PP=988;SC=TTAGCACAAATGTTATTTCCT;SOR=1.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=52;WE=87563260;WS=87563242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr9	88272611	rs4531129	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=241;ReadPosRankSum=-1.050;SC=GAGAGTGAGTGGTAGAATAAT;SOR=0.404;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=16;WE=88272619;WS=88272601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
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chr9	88924057	rs4520250	A	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr9	88925774	rs11792804	A	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=-0.864;SC=CTGGGGATATAAGTAACTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=88925782;WS=88925764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr9	89763851	rs458983	C	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=507;ReadPosRankSum=-0.480;SC=TCATGGGCCCCGGCTTTACAA;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=32;WE=89763859;WS=89763841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,50:0.62:81
chr9	90062823	rs12682834	A	G	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=37;PP=1837;SC=GAAACGCTCCATAGTCCTATT;SOR=1.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=105;WE=90062831;WS=90062813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	90258262	rs10630837	C	CTT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.305;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr9	90258412	rs10561388	CTT	C	2986.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=31;PP=2339;ReadPosRankSum=2.273;SC=CCTGGTGCTCCTTTCTTAGCA;SOR=0.551;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=84;TCF=6;TCR=78;TR=37;WE=90258423;WS=90258402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,78:0.48:161
chr9	90258415	rs62576207	T	C	2995.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.61;ReadPosRankSum=2.423;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,78:0.48:161
chr9	90262393	rs2274607	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.578;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=447;ReadPosRankSum=1.714;SC=CTGGCCTACCGTGTGCATCGG;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=35;WE=90262401;WS=90262383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,38:0.31:124
chr9	90296193	rs72033969	C	CAAAAAAAA	752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=1.347;QD=15.36;ReadPosRankSum=2.480;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
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chr9	90315286	rs7044579	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=0.911;SC=TAGTGCCCTGGGAAAAGAAAG;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=10;WE=90315294;WS=90315276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr9	90316605	rs12056997	T	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.978;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=299;ReadPosRankSum=0.953;SC=CCTGTCTCCCTCTCTTACCTT;SOR=1.349;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=18;WE=90316613;WS=90316595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr9	90316635	rs148030008	ATT	A,AT	947.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.514;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.071;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,33,31:0.45,0.42:73
chr9	90316710	rs3118858	T	C	6813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=75;PP=2582;SC=TGGTTCTAGATGTGCTTCCAG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=88;TCR=75;TR=163;WE=90316718;WS=90316700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr9	90320954	rs1927973	G	A	841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=512;ReadPosRankSum=-1.045;SC=CTCAGCCTCTGTTGCCGGCAT;SOR=0.473;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=35;WE=90320962;WS=90320944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,40:0.63:63
chr9	90321583	rs3118863	C	T	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.708;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1223;ReadPosRankSum=1.605;SC=TCCAGGTCCGCGGCCTGGAGA;SOR=0.679;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=77;WE=90321591;WS=90321573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,108:0.64:169
chr9	90322023	rs1056719	G	A	15429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=606;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=171;NR=194;PP=2965;SC=TACAACACCAGTAACGGGGCT;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=367;TCF=171;TCR=196;TR=365;WE=90322031;WS=90322013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr9	90343456	.	A	AT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.963;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
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chr9	90387805	rs9410955	A	C	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=53;PP=2212;SC=ATGAAGAAGGATGGAGGAGAG;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=110;WE=90387813;WS=90387795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
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chr9	90586043	rs622418	G	A	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=796;ReadPosRankSum=1.962;SC=CCCCATGCCCGGCCTATGCTG;SOR=0.734;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=55;WE=90586051;WS=90586033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,82:0.55:148
chr9	90588814	rs570184	C	G	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr9	90588903	rs665983	C	T	6410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=81;PP=2723;SC=GGAAGCCGTCCTCCAACCGCC;SOR=0.822;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=68;TCR=81;TR=149;WE=90588911;WS=90588893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr9	90589016	rs666459	A	G	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=29;PP=975;SC=AAGGTGGGTGAGGGGAAGGTG;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=90589024;WS=90589006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	90589502	rs576555	G	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=24;PP=682;SC=TCCTGTAGGCGACGTCACCAG;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=90589510;WS=90589492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	90744936	rs200880066	T	C	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=19.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.64;MQRankSum=-3.019;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr9	90748449	.	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.823;NF=10;NR=1;PP=165;ReadPosRankSum=0.388;SC=TCTTCAGAGTCAGTTCCCTCC;SOR=1.877;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=11;WE=90748457;WS=90748439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr9	90748837	rs10868714	T	C	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=123;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCAGGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=90748845;WS=90748827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr9	91262343	rs5899049	A	ATGG	5133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=34;PP=2904;SC=CTCTGGACACATGGAGAAGAT;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=55;WE=91262351;WS=91262333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	91262493	rs72751473	AG	CT	2505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.302;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.09;MQRankSum=-1.070;NF=21;NR=20;PP=1490;ReadPosRankSum=-0.091;SC=ACACATTTCCAGGTCTCAGCA;SOR=0.514;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=41;WE=91262502;WS=91262483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,65:0.54:120
chr9	91262597	rs7862585	A	G	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=27;PP=775;SC=AGGAGAGAGAATAAGTGTCTA;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=91262605;WS=91262587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	91360612	rs28624420	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=1.852;SC=CCATAAAAGATGTCTATGTTG;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=9;WE=91360620;WS=91360602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr9	91606203	rs4877039	C	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=314;ReadPosRankSum=-0.391;SC=GCGGGGCGCACGGAGACCAGG;SOR=1.265;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=13;WE=91606211;WS=91606193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr9	91628546	rs944483	A	C	3518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=47;PP=1614;SC=AAAAAGAGAAAATGGTTTGCT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=74;WE=91628554;WS=91628536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	91652414	rs2282125	A	T	5673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=80;PP=2562;SC=AGTGCCAGGGATGGCCAACAT;SOR=0.890;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=141;WE=91652422;WS=91652404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
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chr9	91653257	rs144228410	TAAA	T	1211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;QD=31.89;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr9	91940743	rs56400724	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=-0.536;SC=AATACTTAATATTTTGCTGCT;SOR=0.959;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=8;WE=91940751;WS=91940735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
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chr9	91954848	rs45452691	C	G	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=506;ReadPosRankSum=0.443;SC=ACCGAAATTTCAATCTAAGCA;SOR=0.585;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=38;WE=91954856;WS=91954838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,67:0.45:150
chr9	91977443	rs45440499	C	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=0.552;SC=GCAGAGCACTCAAGGCCTCAG;SOR=0.685;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=15;WE=91977451;WS=91977433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
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chr9	91978932	rs45544232	G	T	1582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=552;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CCCCATGAGGGTGCAGGGGGG;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=37;WE=91978940;WS=91978922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,78:0.61:128
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chr9	92003679	rs11526468	C	T	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.105;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=557;ReadPosRankSum=1.215;SC=AGGTTGTAGGCGCACACTGCC;SOR=0.460;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=46;WE=92003687;WS=92003669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,81:0.40:203
chr9	92003749	rs7465881	A	G	2759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=31;PP=1210;ReadPosRankSum=1.329;SC=TGGCGGCATCAAGGGAGCAAG;SOR=0.932;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=120;TCF=69;TCR=51;TR=79;WE=92003757;WS=92003739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,130:0.67:195
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chr9	92219921	rs3138499	A	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=-0.653;SC=GCAGCGTAGTAGGGGCGCACT;SOR=0.544;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=17;WE=92219929;WS=92219911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr9	92220288	rs3138503	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=91;ReadPosRankSum=0.228;SC=GTGGCCGGGGCTGGGGTCTCC;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=9;WE=92220296;WS=92220278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr9	92785610	rs586750	G	C	200.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=1.602;SC=AGTGATACCTGGACTCACTCT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=92785618;WS=92785600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr9	93624755	rs914928	T	C	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=26;PP=750;SC=AGGCCAGCAGTAGCTCTGGAG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=93624763;WS=93624745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr9	94499618	rs7855522	G	A	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=25;PP=1404;SC=CCATCTGTGCGACAGATGGCT;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=94499626;WS=94499608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
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chr9	94797040	rs16908102	T	C	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=7;PP=608;ReadPosRankSum=-1.853;SC=ACGTATTTCATAGAGCTCAGA;SOR=1.440;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=35;WE=94797048;WS=94797030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr9	94830232	rs73512337	C	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=258;ReadPosRankSum=-0.118;SC=TAGAAAACTACGTAAAGTTTA;SOR=0.427;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=22;WE=94830240;WS=94830222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,42:0.38:110
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chr9	94877836	rs10992234	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=156;ReadPosRankSum=1.334;SC=AGTTTTTCCAAGAATTGTTTA;SOR=0.446;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=10;WE=94877844;WS=94877826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
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chr9	95222563	rs112870954	G	A	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=390;ReadPosRankSum=1.064;SC=GGATCTGCCCGCCTTGGCCTC;SOR=0.586;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=29;WE=95222571;WS=95222553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr9	95237024	rs3078372	CTCA	C,CTCATCA	3090.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.264;QD=32.88;ReadPosRankSum=1.667;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,42,48:0.45,0.51:94
chr9	95256519	rs331380	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=465;ReadPosRankSum=1.434;SC=TGCTGACTCACCTTATTCAGT;SOR=0.556;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=33;WE=95256527;WS=95256509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,66:0.44:151
chr9	95274338	rs2296667	A	G	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=28;PP=1156;ReadPosRankSum=0.807;SC=TATTATTTTTACTCAGATCAA;SOR=0.896;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=73;WE=95274346;WS=95274328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,105:0.51:206
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chr9	95780465	rs7048975	A	G	6147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
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chr9	95840043	rs145123877	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.668;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=422;ReadPosRankSum=-0.134;SC=AGGCCCTACCCGTACCACCCC;SOR=1.142;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=22;WE=95840051;WS=95840033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr9	95858555	.	GGCGGCTGACCGAGGGGCGGACGC	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.824;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=552;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TGGTGGACCGGGCGGCTGACC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=2;WE=95858585;WS=95858545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr9	95872744	rs3819011	C	T	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=13;PP=1243;SC=GGTGTCCTGACACCCAACAGG;SOR=2.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=58;WE=95872752;WS=95872737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr9	95874070	rs2027585	G	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=19;PP=702;SC=GGCCCCAGGAGGCAGCAGCAA;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=95874078;WS=95874060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr9	95947478	rs141292063	C	T	43.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr9	95992213	rs7871272	A	G	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=34;PP=1036;SC=ACCATAGCTGAGGGTGAGGTC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=60;WE=95992221;WS=95992203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	95993326	rs11787888	T	C	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=714;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CAACTGGGTCTGTGAAGATTG;SOR=0.654;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=64;WE=95993334;WS=95993316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,101:0.52:196
chr9	96000622	rs1539670	C	T	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=24;PP=839;SC=CCCTGAAGGGCTGGGTTCTGG;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=96000630;WS=96000612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	96015256	rs4744201	C	T	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=63;PP=1465;ReadPosRankSum=0.401;SC=CCCTTGCCGACGCAGCGCCGT;SOR=0.839;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=200;TCF=79;TCR=121;TR=102;WE=96015264;WS=96015246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,146:0.45:328
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chr9	96015398	rs4744203	A	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=4;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=0.859;SC=CCCCTTCCCCATCCCCATTAC;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=10;WE=96015406;WS=96015388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr9	96019118	rs10122466	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=8;PP=496;SC=GAATGTGAGCATGTGCGTGTG;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=96019126;WS=96019108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	96021312	rs10761203	G	A	10135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=168;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.423;SC=TGTGCCTCCCGTGCCACCACC;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=691;TCF=362;TCR=329;TR=311;WE=96021320;WS=96021302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:733,559:0.43:1292
chr9	96024794	rs7854000	T	C	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=298;SC=TGACGCCCCCTGGGTCGTACC;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=96024802;WS=96024784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	96024859	rs1936403	A	G	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=23;PP=1020;SC=GGGCTGAGGAAGTGGGGAGGG;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=96024867;WS=96024849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	96025717	rs10649709	C	CAG	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=1284;SC=TCGCACAGGACGGGCTGCCTC;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=27;WE=96025725;WS=96025707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	96025771	rs6479467	G	A	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=29;PP=1513;SC=GACTGTTCCAGATAAGCTGAC;SOR=1.211;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=52;TCR=29;TR=80;WE=96025779;WS=96025761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	96026122	rs147436035	T	TG	322.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=0;PP=409;SC=GGGGGAGGGGTACTTGGGGGT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=96026130;WS=96026112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr9	96030392	rs10761205	G	T	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=541;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GGCGTTTGATGAAAGTCCCCA;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=38;WE=96030400;WS=96030382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,57:0.56:101
chr9	96031262	rs1936401	T	C	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=39;PP=1297;SC=CCCCACCAAGTAGGTGGCTCG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=96031270;WS=96031252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	96051521	rs2169756	A	G	5365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=56;PP=2525;SC=CCTTGGGTCAACCTGCTCCCC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=117;WE=96051529;WS=96051511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr9	96052179	rs2306183	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
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chr9	96061681	.	T	TA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=8.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
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chr9	96339178	.	TCGGCCCGGCC	T	2160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=5.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.79;ReadPosRankSum=-2.360;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,60:0.36:169
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chr9	96426049	rs112327078	T	TCACA	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.47;ReadPosRankSum=0.439;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr9	96429439	rs41297181	G	A	3462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=46;PP=1161;ReadPosRankSum=0.303;SC=GAGTCAAGAAGGAGAGTGGGA;SOR=0.550;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=222;TCF=97;TCR=125;TR=86;WE=96429447;WS=96429429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,186:0.44:422
chr9	96439004	rs149736720	C	CCCTGCCTCCACCACA	1694.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.828;NF=7;NR=15;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CCTCTACCACCCCGGCCTCCA;SOR=0.713;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=22;WE=96439012;WS=96438994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,45:0.36:124
chr9	96441555	rs1132027	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.69;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
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chr9	96717287	rs191789925	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=24;ReadPosRankSum=-2.658;SC=GCAGCGGCGGCTGCGGGCGCG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=4;WE=96717295;WS=96717277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr9	96827123	rs10993039	C	G	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.716;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=533;ReadPosRankSum=-1.477;SC=CTTTAATACACTTTTTGTCTC;SOR=0.502;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=44;WE=96827131;WS=96827113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,69:0.39:175
chr9	97054889	rs368816646	TTG	T	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=211;ReadPosRankSum=-0.997;SC=CACAGTGCAGTTGTGTGTGTG;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=8;WE=97054898;WS=97054879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr9	97054922	.	TG	CG	395	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1,0;NR=15,8;PP=395,77;QD=26.8607007842;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGTGCAC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=16,8;WE=97054930;WS=97054912;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr9	97054922	.	TG	TGCG	395	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1,0;NR=15,8;PP=395,77;QD=26.8607007842;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGTGCAC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=16,8;WE=97054930;WS=97054912;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr9	97054922	rs74578608	T	C,TGC	423.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,5:0.71,0.29:17
chr9	97209066	rs9409546	T	C	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=12;PP=825;SC=CATTAATGTGTATTGGCATTT;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=97209074;WS=97209056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr9	97365642	rs9695	G	A	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=18;PP=919;SC=GCAATTCTCCGGATGCAGGCA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=97365650;WS=97365632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr9	97365985	rs3780554	G	A	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=159;SC=TTTCCTTCCTGTGAGGCTGTA;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=97365993;WS=97365975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	97369083	rs2297084	G	A	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=8;PP=513;SC=CACCCTCCCCGGGCCCTCACT;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=97369091;WS=97369073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr9	97426330	.	TA	T	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.413;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
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chr9	97822941	.	TG	CA,CG	1030	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=19,58;NR=18,52;PP=385,1030;QD=11.8504831044;SC=ATCAACTGAATGGCATTTTCA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=37,110;WE=97822950;WS=97822931;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.33:113
chr9	97822942	rs78266830	G	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.079;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,72:0.38:188
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chr9	97885616	rs881791	T	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.302;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.532;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=20;ReadPosRankSum=0.535;SC=AATATATTTATTGTTGCTTTA;SOR=0.022;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=97885624;WS=97885606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
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chr9	98229297	rs2274693	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=0.782;SC=ACACGTCAGTGTTACATTCTA;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=6;WE=98229305;WS=98229287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr9	98229389	rs2066829	C	G	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=9;PP=614;ReadPosRankSum=-0.969;SC=GCCTCCCACGCCGTCTTACCC;SOR=0.949;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=38;WE=98229397;WS=98229379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
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chr9	98238358	rs2066836	G	A	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=609;ReadPosRankSum=-0.269;SC=GGATTAACGCGGCCATGAAGA;SOR=0.626;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=41;WE=98238366;WS=98238348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,64:0.55:116
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chr9	98242925	rs2297087	A	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=344;ReadPosRankSum=-0.553;SC=AACGCATCGTAAAGTAACACG;SOR=0.418;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=24;WE=98242933;WS=98242915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr9	98242984	rs2297088	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=1.037;SC=CAATGCTGCAGTTCTGGGACT;SOR=0.368;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=11;WE=98242992;WS=98242974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr9	98270320	rs148507954	AGTGAGTGT	A	764.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.61;ReadPosRankSum=1.029;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr9	98270646	.	T	TGCC	977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.408;NF=1;NR=5;PP=290;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GAGGCCATGTTGCCGCCGCCG;SOR=0.293;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=98270654;WS=98270636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr9	98278644	rs28591501	C	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=147;ReadPosRankSum=-1.092;SC=GCTCGCTCCTCCGTCCGCCGC;SOR=0.299;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=13;WE=98278652;WS=98278634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr9	98668846	rs75504620	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=198;ReadPosRankSum=0.239;SC=AGGAAGTTTTCTTCTGATTGC;SOR=0.866;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=14;WE=98668854;WS=98668836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr9	98678164	rs683829	G	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=544;SC=AGCTGAATACGGTCTTGTTTG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=98678172;WS=98678154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	98683352	rs2018478	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=233;ReadPosRankSum=1.014;SC=CCTCTGCGCCCGGCCAGTTTT;SOR=0.622;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=11;WE=98683360;WS=98683344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr9	98685797	rs3824492	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=0.363;SC=AAGTGGTGCAATTGTATCAGC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=6;WE=98685805;WS=98685787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr9	98691137	rs2274654	T	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=518;ReadPosRankSum=-0.903;SC=ATTTGCCTTGTCTCTACAATG;SOR=0.260;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=37;WE=98691145;WS=98691127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr9	98694641	rs10760675	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.044;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr9	98734670	rs3088294	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=453;ReadPosRankSum=-0.894;SC=CCAAGTCTGACGAGAAAAAAA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=30;WE=98734678;WS=98734660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,39:0.37:106
chr9	98734891	rs3780574	A	T	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=534;ReadPosRankSum=-0.497;SC=GACAAAAGAAATGGAATAATT;SOR=0.714;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=33;WE=98734899;WS=98734881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,50:0.40:124
chr9	98766861	rs12683634	G	T	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=703;ReadPosRankSum=-1.587;SC=GCCAGCAACCGAGTGAAGGCA;SOR=0.677;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=56;WE=98766869;WS=98766851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,95:0.37:256
chr9	98997810	rs2066479	C	T	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-1.287;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,64:0.36:180
chr9	98997910	rs8190570	ATCTTTGTGG	A	2090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.342;NF=0;NR=21;PP=2971;ReadPosRankSum=-1.975;SC=ACCTCAGTTCATCTTTGTGGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=21;WE=98997926;WS=98997900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,55:0.53:103
chr9	99003264	rs2066485	C	T	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=40;PP=1168;SC=AACACTCAAGCCCCCATCCCA;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=99003272;WS=99003254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	99013663	rs408876	A	G	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=23;PP=1182;SC=CAGAACCTGGATAAGAGGAAT;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=63;WE=99013671;WS=99013653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	99064202	rs8190483	C	CA	6677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.08;MQRankSum=0.192;NF=34;NR=60;PP=1813;ReadPosRankSum=0.037;SC=ACAACAGCAGCAAAAAAACAT;SOR=0.898;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=94;WE=99064210;WS=99064192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,276:0.99:280
chr9	99084471	rs16910750	G	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=471;SC=ATAGAGACTTGTACATAGGGA;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=99084479;WS=99084461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	99150779	rs7861768	A	G	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	99212909	rs754559	G	C	99.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	99212930	rs754560	T	G	70.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	99233176	rs34151859	CA	C	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
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chr9	99247012	rs10512239	G	A	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=35;PP=914;SC=TGGAACATTAGTAGTTGGCAG;SOR=4.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=99247020;WS=99247002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr9	100092515	rs7026893	C	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=586;ReadPosRankSum=1.096;SC=TCCCAGACTTCACTCTTACGC;SOR=0.730;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=41;WE=100092523;WS=100092505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,59:0.41:143
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chr9	100105735	rs1947717	T	C	6600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=75;PP=2760;SC=AAGAGCATTGTAGGAAGTCCC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=71;TCR=76;TR=145;WE=100105743;WS=100105725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
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chr9	100107884	rs10122063	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr9	100132194	rs2169456	C	A	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=4;PP=202;SC=CTTACCCGCACTTCTGGCAGA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=100132202;WS=100132184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	100132829	rs2306090	T	C	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=278;ReadPosRankSum=-1.651;SC=TCAGAGGACATGAGTCTGGCC;SOR=0.765;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=23;WE=100132837;WS=100132819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr9	100132964	.	C	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,36:0.18:196
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chr9	100139161	rs11581	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-2.116;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
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chr9	100194406	rs2045732	T	C	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=708;ReadPosRankSum=0.607;SC=GGAAACTCTGTTGGAGTTAAG;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=180;TCF=101;TCR=79;TR=54;WE=100194414;WS=100194396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,94:0.33:286
chr9	100222957	rs146047308	C	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=39;PP=847;ReadPosRankSum=0.449;SC=TTATGGAGGACATAACAGTTC;SOR=0.719;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=175;TCF=76;TCR=99;TR=67;WE=100222965;WS=100222947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,90:0.38:234
chr9	100227423	rs4743099	G	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=59;ReadPosRankSum=1.235;SC=ATAATTAAATGTAGTTTTCAA;SOR=0.593;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=6;WE=100227431;WS=100227413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr9	100286431	rs41274244	C	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=382;ReadPosRankSum=1.035;SC=AGGTATTACTCAGCACAGAAA;SOR=0.489;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=33;WE=100286439;WS=100286421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,87:0.43:204
chr9	100388119	rs10817858	G	T	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=990;ReadPosRankSum=1.753;SC=TAAAATAGAAGCTGTCTGGTG;SOR=0.902;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=64;WE=100388127;WS=100388109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,92:0.52:177
chr9	100616583	rs3021523	T	C	10725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=173;PP=2965;SC=ACTGGGCGCTTGACCCCAACG;SOR=1.135;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=91;TCR=174;TR=264;WE=100616591;WS=100616573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr9	100616700	rs71369530	AGCCGCC	A	954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.81;QD=47.74;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	100617021	rs3021526	C	T	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	100617375	rs7046645	T	C	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=22;PP=650;SC=TTCCCCGCAATCTGAGAACGA;SOR=1.238;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=100617383;WS=100617365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	100672338	rs2282192	C	T	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1206;ReadPosRankSum=0.980;SC=GCAGGAACCACGCTGCGGGGA;SOR=0.613;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=83;WE=100672346;WS=100672328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,112:0.56:201
chr9	100675816	rs1127703	A	G	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr9	100675944	rs2120263	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.278;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=125;ReadPosRankSum=2.208;SC=CACAAATTAACAGAAATCATG;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=9;WE=100675952;WS=100675934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr9	100684645	rs3824496	C	T	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=649;ReadPosRankSum=3.118;SC=CAACGAAGTCCGCTGCCTGGG;SOR=0.682;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=49;WE=100684653;WS=100684635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,92:0.44:211
chr9	100684719	rs3183928	A	C	1001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=563;ReadPosRankSum=-2.027;SC=GAGCCGGCTTAACGCAGCCGC;SOR=0.704;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=42;WE=100684727;WS=100684709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,58:0.32:180
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chr9	100692237	rs79474766	T	TA	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=182;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TAACAGGGAATACCCAGGATT;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=6;WE=100692245;WS=100692227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr9	100983566	rs7855855	C	G	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=396;ReadPosRankSum=1.281;SC=CTGGGCGCCACAGTGGGGTAT;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=27;WE=100983574;WS=100983556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
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chr9	101006443	rs10818669	T	C	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.587;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
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chr9	101056122	rs10985765	T	C	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=34;PP=918;ReadPosRankSum=1.737;SC=GAGGGCTCTGTTGTGTTCCAC;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=77;TCR=73;TR=69;WE=101056130;WS=101056112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,122:0.47:258
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chr9	101065807	rs10985795	T	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-1.736;SC=CTGGAGGCGATAAGAGGCCCC;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=8;WE=101065815;WS=101065797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr9	101068649	rs2304390	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=568;ReadPosRankSum=0.306;SC=AACAGAAAGGGGAGAGATGAT;SOR=0.970;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=26;WE=101068657;WS=101068639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr9	101243021	rs2779547	T	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=3;PP=451;SC=TCCTCGATGATGGTATTGTTC;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=101243029;WS=101243012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	101243364	rs2808557	T	G	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=38;PP=1123;SC=CAACATTCCTTCACCTCTGGC;SOR=2.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=48;WE=101243372;WS=101243354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	101258803	rs16916507	G	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=461;ReadPosRankSum=-0.391;SC=GCACCTGTCAGCAAAGAGAAA;SOR=0.729;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=30;WE=101258811;WS=101258793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr9	101258881	rs1000440	T	C	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=432;SC=GGGAAGTCAATTGGGCAAAGC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=101258889;WS=101258871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	101340301	rs2808536	A	C	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=52;PP=1648;SC=TCAAGTGGTTAGGCCCGTATT;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=50;TCR=52;TR=102;WE=101340309;WS=101340291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr9	101340425	rs3750343	A	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=37;PP=1163;SC=GAGCCCAACAAACAAATCTTT;SOR=1.095;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=59;WE=101340433;WS=101340415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr9	101340440	rs2808537	A	G	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=35;PP=967;SC=ATCTTTCCTCATGGAAACCTT;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=101340448;WS=101340430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	101533220	rs6415847	C	T	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=23;PP=996;SC=CTCACACCTACCCCACTGGAG;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=101533228;WS=101533210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	101539601	rs4742741	G	A	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=10;PP=835;SC=TACAAAGACAGACAAACACCT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=101539609;WS=101539591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	101544627	rs7020056	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=-0.904;SC=GACACTTGAGAGTGACTTTCC;SOR=1.061;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=9;WE=101544635;WS=101544617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr9	101552955	rs7027771	T	C	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=506;ReadPosRankSum=1.700;SC=TATGTCATCCTTAATTGGCAT;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=36;WE=101552963;WS=101552945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,61:0.37:163
chr9	101553014	rs7038640	G	T	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=-0.222;SC=TTATTCTGGCGCCAGGCACTG;SOR=0.352;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=18;WE=101553022;WS=101553004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr9	101558609	rs138948716	G	A	823.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.9993;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=436;ReadPosRankSum=2.108;SC=CCCCGGGCCCGGCCACCTCGG;SOR=0.404;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=27;WE=101558617;WS=101558599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,33:0.92:36
chr9	101570336	rs1137654	A	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=-1.693;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr9	101585444	rs2295922	G	C	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=7;PP=446;SC=GTCCCCTTCCGCAGGGGACCA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=101585452;WS=101585434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	101599558	rs10119864	A	T	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=17;PP=451;SC=GATACGAGTAAGGGGAGAATT;SOR=1.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=24;WE=101599566;WS=101599548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	101602171	rs2277189	C	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=612;SC=TGGCATGCGACGAATGCTCCA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=101602179;WS=101602161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	101606549	rs1885608	G	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=24;PP=651;SC=AAATTAAATAGTTGAATTTTT;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=101606557;WS=101606539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	101748234	rs2075662	G	A	2003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=860;ReadPosRankSum=-1.047;SC=AGGTGGAACCGCTTCGCCATG;SOR=0.567;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=54;WE=101748242;WS=101748224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,97:0.55:177
chr9	101748356	rs2075663	A	G	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=394;ReadPosRankSum=-1.156;SC=TGGAATCTTCATGGGCAATGC;SOR=0.813;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=28;WE=101748364;WS=101748346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr9	101749498	rs2075664	C	A	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,117:0.42:280
chr9	101751410	rs368534623	T	C	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=229;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CCAACTCTTATGGGCCCTGCC;SOR=0.567;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=18;WE=101751418;WS=101751400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr9	101759428	rs74337034	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.504;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=273;ReadPosRankSum=-0.612;SC=TGTCCAGCCGGGGCCATGTAT;SOR=2.066;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=15;WE=101759436;WS=101759418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr9	101763294	rs3831245	C	CT	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=266;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TTATTTCAAACTTGGTGATGA;SOR=0.763;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=9;WE=101763302;WS=101763284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr9	101778346	rs35529307	C	G	1735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=957;ReadPosRankSum=1.929;SC=AGCCCTCCCCCTGATGGGCCA;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=67;WE=101778354;WS=101778336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,85:0.52:163
chr9	101796906	rs11281933	T	TCTCCCTC	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=15;PP=901;SC=AGAACTTTCTTCTCCCTCCTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=15;WE=101796914;WS=101796896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr9	102690883	rs6478987	A	G	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=114;SC=TTTGTATGCAACATTCTTAAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=102690891;WS=102690873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr9	102713580	rs1997368	G	A	6388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=67;PP=2542;SC=AATGTATTGTGCTAAGTCTTA;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=134;WE=102713599;WS=102713570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
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chr9	102780721	rs4743375	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-0.259;SC=CCAAGAAAAGTATACATTTAA;SOR=0.631;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=8;WE=102780729;WS=102780711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr9	102820002	rs942163	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=450;ReadPosRankSum=-1.417;SC=TGGAATACTGTCTTGAAATAG;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=25;WE=102820010;WS=102819992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr9	102860928	rs6479001	G	A	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=767;ReadPosRankSum=-0.726;SC=GCGAGAGTGAGGGCAGCGGGG;SOR=0.953;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=47;WE=102860936;WS=102860918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,67:0.56:119
chr9	103015184	rs2245216	T	C	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=608;ReadPosRankSum=0.572;SC=TTTGTGCTTTTCCAGGTGGAG;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=43;WE=103015192;WS=103015174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,80:0.41:197
chr9	103054951	rs2787374	T	C	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=644;ReadPosRankSum=-2.303;SC=GAAGGTGCTCTCCGGCTGGTT;SOR=0.911;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=42;WE=103054959;WS=103054941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,64:0.43:150
chr9	103059476	rs7864494	A	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=-0.997;SC=CCCCCAGAGTACCACATCAGA;SOR=0.409;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=28;WE=103059484;WS=103059466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,37:0.62:60
chr9	103060386	rs3813712	T	G	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=858;ReadPosRankSum=0.284;SC=TTAGAACAGATATGGCCAGGG;SOR=0.819;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=52;WE=103060394;WS=103060376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,79:0.61:129
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chr9	103065884	rs3923501	C	T	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=736;ReadPosRankSum=0.363;SC=TATGCTAATACTGCAAAGCCT;SOR=0.881;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=53;WE=103065892;WS=103065874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,76:0.56:135
chr9	103091630	rs10819759	A	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=332;ReadPosRankSum=-1.737;SC=CTCTGAATGCACCGAAGTACT;SOR=0.601;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=25;WE=103091638;WS=103091620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr9	103108941	rs2151131	C	G	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=37;PP=2247;SC=TTCAATACAGCAAAACTGTGT;SOR=1.406;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=116;WE=103108949;WS=103108931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr9	103340369	rs1226590	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.028;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=203;ReadPosRankSum=1.339;SC=CTGACTTTTTGCTCCAAGTGC;SOR=0.147;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=20;WE=103340377;WS=103340359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,27:0.41:66
chr9	103340875	rs1226589	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=287;ReadPosRankSum=1.047;SC=TCTAATCTCTTGCATCTTTTA;SOR=0.635;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=27;WE=103340883;WS=103340865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
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chr9	104048643	rs186807037	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-3.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=302;ReadPosRankSum=0.402;SC=GGGATTTTCCTGATCCTACTG;SOR=1.044;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=18;WE=104048651;WS=104048633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr9	104124664	rs2229594	C	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=15;PP=817;SC=GAGAAGGTCCCGGTAAAGAGA;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=104124672;WS=104124654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	104130292	rs79172147	C	A	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=238;ReadPosRankSum=-0.824;SC=TCAGATCATGCCACTGCACTC;SOR=0.452;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=16;WE=104130300;WS=104130282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr9	104130338	rs73657933	C	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=3.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr9	104130469	rs41281027	C	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,58:0.56:103
chr9	104133628	rs1572983	C	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-0.795;SC=GCCTGTAGCTCGGATATGCAC;SOR=0.638;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=17;WE=104133636;WS=104133618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr9	104153155	rs10989486	G	C	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=709;ReadPosRankSum=-1.835;SC=AAAACAAACAGACAAATCCAT;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=45;WE=104153163;WS=104153145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,59:0.59:100
chr9	104170350	rs1047968	A	G	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=37;PP=2055;SC=GTAGAGAAACATTTGAACTTG;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=78;TCR=37;TR=115;WE=104170358;WS=104170340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr9	104171523	rs45455902	A	G	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=-0.714;SC=TCTGTGGGAAAAGCTTCAGCC;SOR=0.667;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=34;WE=104171531;WS=104171513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,62:0.31:197
chr9	104171856	rs17772514	C	T	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.651;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=840;ReadPosRankSum=-0.214;SC=ATGAATGTGACGCTTGTGGTG;SOR=0.543;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=180;TCF=73;TCR=107;TR=71;WE=104171864;WS=104171846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,108:0.37:295
chr9	104171995	rs79645744	G	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=32;PP=793;SC=TTTTAGTATGGCTCAACATGG;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=104172003;WS=104171985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	104183969	rs41310087	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
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chr9	104239321	rs11546567	G	C	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=-0.179;SC=TGCCCCAGGAGAGTCGCCGCA;SOR=0.330;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=10;WE=104239329;WS=104239311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr9	104309186	.	AT	A	2452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.230;NF=7;NR=23;PP=935;ReadPosRankSum=-0.004;SC=GCAGTGGGATATTGACAAAAT;SOR=0.647;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=30;WE=104309194;WS=104309176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,84:0.40:209
chr9	104449063	rs2506354	C	T	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=47;PP=1990;SC=GAGCAATGAGCCCTAAGGGCA;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=49;TCR=47;TR=96;WE=104449071;WS=104449053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
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chr9	105405415	rs10820216	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=301;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TTTGTCAGAGGCTTTTACACC;SOR=0.545;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=26;WE=105405423;WS=105405405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
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chr9	105757756	rs1341205	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=266;ReadPosRankSum=-2.205;SC=ATGAAGAGATATTTATTATAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=14;WE=105757764;WS=105757746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
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chr9	106878318	rs35784229	TCTC	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AATGGCAGCATCTCCTTTTTC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=2;WE=106878328;WS=106878313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr9	106888838	rs146077014	ATTAT	A	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr9	106894211	rs3780535	A	C	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=0.313;SC=AATAATGAAAACTGTTTATTT;SOR=0.160;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=106894219;WS=106894201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr9	106896809	rs7872034	G	A	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.531;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,98:0.57:173
chr9	106896874	rs11281153	T	TATATTATAA	1054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.629;NF=1;NR=11;PP=2964;ReadPosRankSum=1.430;SC=ATCACTTTGCTATATTATAAT;SOR=1.204;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=12;WE=106896882;WS=106896864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr9	107457823	rs72730695	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=-1.204;SC=CCTACTGTCACGAGAGCTTGT;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=107457831;WS=107457813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr9	107548493	rs2740485	G	T	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=643;SC=TTCCCTTTATGTTAGAGGCAC;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=107548501;WS=107548483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	107556793	rs34484490	T	TAAA	359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.16;ReadPosRankSum=1.777;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,14:0.82:17
chr9	107562804	rs2230808	T	C	5267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=57;PP=2488;SC=GACATTATTTTTGGTGTCCAG;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=125;WE=107562812;WS=107562794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr9	107566877	rs2777801	C	A	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=22;PP=1537;SC=AGTAATAATACGGCAGGGGCC;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=73;WE=107566885;WS=107566867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	107582454	rs150150005	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=270;ReadPosRankSum=1.013;SC=TTCTCTCCCCGTGCTTTTTAA;SOR=0.492;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=19;WE=107582462;WS=107582444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr9	107593430	rs34121951	TA	T	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.862;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr9	108059561	rs327993	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-0.670;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr9	108059598	rs5899653	GT	G	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=131;ReadPosRankSum=0.953;SC=TTAAAGTTGTGTTTTTTCATC;SOR=0.593;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=6;WE=108059606;WS=108059588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr9	108059694	rs2089807	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.884;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr9	108060392	.	G	GA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.194;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.54;ReadPosRankSum=-0.238;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,13:0.18:73
chr9	108060515	rs2036876	G	A	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=291;SC=CTAGGAACAAGATGAAAATGC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=108060523;WS=108060505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	108120818	rs7024985	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=-1.358;SC=AAGCTATATCCTCAAGGAAGA;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=9;WE=108120826;WS=108120808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr9	108147627	rs2771034	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=-0.988;SC=CAAAAATGTAGATGTTCTTTA;SOR=0.976;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=10;WE=108147635;WS=108147617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr9	108152199	rs2771040	G	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=463;ReadPosRankSum=1.058;SC=AGTAATGCTGGGAGGAATAAA;SOR=0.675;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=33;WE=108152207;WS=108152189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,57:0.44:131
chr9	108268656	.	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.535;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,16:0.20:79
chr9	108275777	rs10739910	T	C	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=77;SC=CAGTAATGAATCCCCAAAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=108275785;WS=108275767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	108366734	rs34787999	G	A	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=51;PP=1701;SC=GTTCCCTTCCGAAAGTTACAG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=90;WE=108366742;WS=108366724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	108380355	rs17309806	C	A	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	108456888	rs2271247	A	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=11.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr9	108483741	rs7859253	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr9	109687403	rs17723637	A	G	2270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=970;ReadPosRankSum=0.739;SC=TTTAAGTGCTATGGATCACCA;SOR=0.612;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=68;TCR=74;TR=69;WE=109687411;WS=109687393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,115:0.46:250
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chr9	110047316	rs10739234	A	G	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=79;SC=TACATCTTTAATTTTTTAAGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=110047324;WS=110047306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	110080967	rs1805332	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=293;SC=ACATGAATCAATAAATGTATA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=110080975;WS=110080957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	110081018	rs1805335	A	G	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr9	110093970	rs3056494	CA	C	1689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.607;HP=15;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=524;ReadPosRankSum=1.727;SC=AAACTGGAAACAAAAAAAAAA;SOR=0.340;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=45;WE=110093979;WS=110093960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,108:0.83:130
chr9	111616796	rs189827631	G	T	62.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr9	111616818	rs3750466	T	C	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	111617341	rs3750467	A	G	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=1083;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CCTGGCCAATAGTGATGAGTT;SOR=1.115;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=61;WE=111617349;WS=111617331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,92:0.58:159
chr9	111625913	rs4978370	A	G	6273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=94;PP=2809;SC=GCTTCTGAACAGCGACGAGGA;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=60;TCR=95;TR=154;WE=111625921;WS=111625903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr9	111631647	rs3763644	C	T	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=169;ReadPosRankSum=0.713;SC=CTGGAGGCCCCGCCCTGAGAG;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=14;WE=111631655;WS=111631637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr9	111637304	rs2027433	G	T	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-1.043;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,92:0.55:168
chr9	111637331	rs1981268	CC	AG	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=47;PP=1474;SC=AATCCCTACCCCCAGAAAACA;SOR=0.968;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=79;WE=111637340;WS=111637321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	111641627	rs2275496	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr9	111641825	rs1538660	G	A	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.852;NF=25;NR=33;PP=946;ReadPosRankSum=-1.182;SC=TTGCCCGTGGGGTACCTCATC;SOR=0.815;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=58;WE=111641833;WS=111641815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,95:0.59:162
chr9	111641911	rs140965249	GAACT	G	2156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.877;NF=2;NR=21;PP=1048;ReadPosRankSum=-1.531;SC=GGCGGTAAATGAACTAACTAG;SOR=1.172;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=23;WE=111641922;WS=111641901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,56:0.58:97
chr9	111643875	rs7873793	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=-1.482;SC=TTTTGATTGAGTCTACATGAC;SOR=2.093;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=111643883;WS=111643865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr9	111651620	rs3204145	A	T	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=954;ReadPosRankSum=0.884;SC=ACCTGGGCACACTCTTCCAAA;SOR=0.678;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=62;WE=111651628;WS=111651610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,126:0.63:201
chr9	111653460	rs3737309	A	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.344;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=535;ReadPosRankSum=-1.234;SC=TGTAGATGTAAACATATAAAT;SOR=1.119;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=33;WE=111653468;WS=111653450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,41:0.66:62
chr9	111653574	rs1063110	C	G	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,54:0.35:155
chr9	111659021	rs2275626	T	C	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.391;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=41;PP=1075;ReadPosRankSum=0.720;SC=TTTTTCTCAATAGAACTGGAC;SOR=0.381;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=78;TCF=16;TCR=62;TR=54;WE=111659029;WS=111659011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,68:0.70:97
chr9	111659483	rs2230793	T	G	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=810;ReadPosRankSum=-0.584;SC=ACAAGGTCTATTTTATTCCCG;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=52;WE=111659491;WS=111659473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,101:0.53:190
chr9	111660851	rs2230792	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=68;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTCCACATTTCCAAGAAACAC;SOR=0.395;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=5;WE=111660859;WS=111660841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr9	111661127	rs12237534	G	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.264;SOR=1.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr9	111661150	rs4978760	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=0.600;SC=ATGCCAAGCTGCTATCACTGG;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=111661158;WS=111661140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
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chr9	111661947	.	T	TA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
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chr9	111678428	rs1772046	T	A	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.237;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=471;ReadPosRankSum=0.926;SC=CCCATACCTGTCTACTTTCAA;SOR=0.454;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=28;WE=111678436;WS=111678418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,52:0.70:74
chr9	111701793	rs41278361	A	G	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=761;ReadPosRankSum=0.348;SC=TTTTTTTTTCATCGTTTGACA;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=53;WE=111701801;WS=111701772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,65:0.58:112
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chr9	111712924	rs2289481	G	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=1.156;SC=CCTCACTTCTGTCTGCTGCCT;SOR=0.918;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=18;WE=111712932;WS=111712900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,39:0.41:95
chr9	111718053	.	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=0.567;SC=TGCAATGTACATAATTCTTCT;SOR=0.807;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=9;WE=111718061;WS=111718043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr9	111727670	rs7021366	C	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.849;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=302;ReadPosRankSum=0.673;SC=CGTCTTCCTTCAAACACGTCA;SOR=0.493;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=21;WE=111727678;WS=111727660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr9	111752949	rs28361119	A	G	116.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=45;SC=TCATACCTCCATCCAAACTAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=111752957;WS=111752939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	111754288	rs838836	T	C	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=21;PP=696;SC=AATTTTGTAGTTGTGGATAAT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=111754296;WS=111754278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	111755008	rs2297581	C	T	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.446;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=846;ReadPosRankSum=1.814;SC=CAGCCTTTATCACTCCTGTTT;SOR=0.759;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=159;TCF=78;TCR=81;TR=71;WE=111755016;WS=111754998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,117:0.42:281
chr9	111798423	rs34730476	TA	T	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr9	111798751	rs2256253	C	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=30;PP=831;SC=TCCTCAACAACTTCCAACAAA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=111798759;WS=111798741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	111800234	rs534286	G	A	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=13;PP=958;SC=TTTCCTAGATGTATGTAAAAT;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=111800242;WS=111800224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	111812825	rs614253	C	T	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.86;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr9	111843055	rs497196	A	T	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=9;PP=342;SC=GCTAGCTTTTAATCCAGACTA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=111843063;WS=111843045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr9	111882355	rs10710804	GA	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr9	111899928	rs10759329	A	G	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr9	111903890	rs11421991	G	GA	605.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.938;NF=1;NR=22;PP=317;ReadPosRankSum=-0.573;SC=AAATGATTGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.864;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=23;WE=111903898;WS=111903880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr9	111911775	rs1533641	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=221;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CGGGATGGCCGTTACGAAACT;SOR=0.136;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=16;WE=111911783;WS=111911765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr9	111929420	rs10979723	CG	GC	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=329;SC=CCGCGCCATCCGTGCGCACAG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=111929429;WS=111929410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	111936732	rs10733569	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=263;ReadPosRankSum=-0.121;SC=TGGGCGAACAGAGCACACACT;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=23;WE=111936740;WS=111936722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr9	111936788	rs10979727	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=283;ReadPosRankSum=1.859;SC=AGAAAGAAGACGGACAGAAGG;SOR=0.662;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=26;WE=111936796;WS=111936778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,40:0.31:127
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chr9	111945166	rs10122682	A	G	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=30;PP=936;SC=AAATGGAACCAAAGGATTCAG;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=50;WE=111945174;WS=111945156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr9	112184972	rs111591001	C	CA	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
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chr9	112199408	rs10979864	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=21;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CTACTAAAGCAAGTTTTTATT;SOR=0.086;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=112199416;WS=112199398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr9	112219474	rs3793524	C	G	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.316;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1271;ReadPosRankSum=1.757;SC=TTCCTGATGGCTTTGCTTGCT;SOR=0.829;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=77;WE=112219482;WS=112219464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,131:0.65:203
chr9	112225531	rs62576448	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=319;ReadPosRankSum=1.685;SC=CTATTTGTTAGGAGCATTAAT;SOR=1.426;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=18;WE=112225539;WS=112225521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr9	112225552	rs200343380	TA	T	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.376;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr9	112225774	rs2274786	T	C	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=709;ReadPosRankSum=-0.675;SC=ATATGCGAATTGTCAGTTACT;SOR=1.047;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=56;WE=112225782;WS=112225764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,82:0.55:149
chr9	112225832	rs3808877	C	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=443;ReadPosRankSum=1.530;SC=TACTGTCTGACGGACTCACAG;SOR=0.809;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=30;WE=112225840;WS=112225822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr9	112273733	rs61358126	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-1.909;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr9	112629397	rs7044189	G	A	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.76;QD=25.88;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	112629440	.	T	TTC	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=66.60;MQRankSum=-0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr9	112629446	.	G	C	66	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MMLQ=28;MQ=66.01;NF=3;NR=6;PP=66;QD=11.1968013941;SC=ATGGTTCTCTGTGTGTGTGTG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=9;WE=112629454;WS=112629430;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,9:0.31:29
chr9	112629858	rs2769154	A	G	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=26;PP=741;SC=CAAGGTAAGCAGCTGATCCCA;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=112629866;WS=112629848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	112687381	rs41278409	G	T	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,81:0.61:132
chr9	112778426	rs723706	A	G	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=0.383;SC=CCACCTTGCTAGAGTTCTCTC;SOR=0.156;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=7;WE=112778434;WS=112778416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr9	112778444	rs10116779	A	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=1.527;SC=CTCTCTACTCACTGAGGTCTT;SOR=0.116;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=112778452;WS=112778434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr9	112852530	rs10759388	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=1.068;SC=CCCCTGAAATCCTGTGACCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=112852538;WS=112852523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr9	112899361	rs4978872	A	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=235;ReadPosRankSum=0.266;SC=GCTGCTGCAGAAGCAGTTACA;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=19;WE=112899369;WS=112899351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
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chr9	113163085	rs34048899	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=431;ReadPosRankSum=-0.127;SC=GTATCCCCAAGTATATTGGAA;SOR=0.351;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=26;WE=113163093;WS=113163075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
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chr9	113209195	rs1889323	T	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=240;ReadPosRankSum=-0.982;SC=TCACACCTTTTGCCTGAAAAT;SOR=0.624;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=17;WE=113209203;WS=113209185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr9	113209424	rs10980390	A	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5214;FS=1.822;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=306;ReadPosRankSum=1.199;SC=GACTTTGAAAATTGAAATGCT;SOR=1.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=17;WE=113209432;WS=113209414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
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chr9	113212454	rs10817021	A	T	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=797;ReadPosRankSum=0.435;SC=CATTTGCACAAGAATCCCCCA;SOR=0.833;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=162;TCF=69;TCR=93;TR=59;WE=113212462;WS=113212444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,96:0.39:248
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chr9	113218098	rs112071235	T	TAAAGA	1649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=1477;SC=TGGGTAGTGGTAAAGGGTAAT;SOR=2.073;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=24;WE=113218106;WS=113218088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	113219727	rs10980397	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=154;ReadPosRankSum=0.608;SC=TTAGACAGCTCGTTCCTCCTG;SOR=0.719;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=113219735;WS=113219717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr9	113219778	rs151226072	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=0.566;SC=CTTGCTGCCTGAATAACACTG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=113219787;WS=113219768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr9	113220277	rs11405869	T	TG	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=115;ReadPosRankSum=-1.217;SC=ATAAAGCATTTGGTTTAGCTA;SOR=0.061;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=113220285;WS=113220267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
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chr9	113251951	rs13286541	T	C	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.22;ReadPosRankSum=1.947;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,112:0.61:184
chr9	113275444	rs371135144	CT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=2.192;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.212;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
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chr9	113308525	rs41305611	T	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=801;ReadPosRankSum=0.109;SC=CACAAAGATATGAGCAGTGGA;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=45;TCR=90;TR=52;WE=113308533;WS=113308515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,81:0.40:205
chr9	113449271	rs7869057	G	C	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=144;SC=TTATTCAGAAGTCACTCAAGT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=113449279;WS=113449269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	113449622	rs111875117	A	AT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-0.437;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr9	113457726	rs10980531	G	A	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=400;ReadPosRankSum=-1.995;SC=AAATAATAGAGGGATTAAAAG;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=29;WE=113457734;WS=113457716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,61:0.59:103
chr9	113490776	rs10817087	C	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=313;SC=TGTCATTTAACAGTTTGCTTT;SOR=1.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=18;WE=113490784;WS=113490766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	113524511	rs147974075	AT	A	3141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=1569;SC=TATTGTAACAATTGTTTCCAA;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=38;WE=113524519;WS=113524501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	113530024	rs113978287	C	CA	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.240;NF=4;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=-0.964;SC=ATGTGAAAACCAAAAAAAAAA;SOR=0.497;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=7;WE=113530032;WS=113530014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr9	113547001	rs572189	A	C	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=5;PP=737;SC=TAAATATATTATTATCATGAA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=113547009;WS=113546991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	113547322	rs484010	T	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=27;PP=663;SC=CAGCTAACCATGTGTAGTAAT;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=113547330;WS=113547312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	113550168	rs2766999	T	C	6070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=74;PP=2704;ReadPosRankSum=-1.232;SC=ACAGAGGCTTTCCAAGTTTTT;SOR=0.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=139;WE=113550176;WS=113550158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr9	113637662	rs955888	C	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.11;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr9	114090279	rs314452	A	G	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.379;SC=AGGAGACCGTAGCCATCCGTG;SOR=0.885;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=172;TCF=90;TCR=82;TR=74;WE=114090287;WS=114090269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,123:0.42:295
chr9	114124456	rs3837272	GA	G	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.026;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,41:0.38:107
chr9	114125835	rs2297524	A	G	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=188;ReadPosRankSum=1.724;SC=ACATGGCTTTATGGTCCCCCA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=11;WE=114125843;WS=114125825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr9	114173447	rs192241396	T	C	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=40;PP=901;ReadPosRankSum=0.557;SC=AACAATAGCATATCTCTGGCT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=36;TCR=75;TR=59;WE=114173455;WS=114173437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,99:0.52:191
chr9	114293036	.	AATATATATATATATATATATATATATAT	A	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	114326557	rs199591989	TTTA	T,TTTATTATTA	239.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=34.25;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,3:0.57,0.43:7
chr9	114341376	rs17320055	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=148;ReadPosRankSum=1.064;SC=CATAATGGGCCAACAGATCCC;SOR=0.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=13;WE=114341384;WS=114341366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr9	114356659	rs3739703	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.638;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=91;ReadPosRankSum=0.208;SC=GTTGAGAAACCACCCATGAGG;SOR=0.346;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=11;WE=114356667;WS=114356649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr9	114359624	rs1053959	C	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=161;ReadPosRankSum=0.566;SC=GGGAGCTCAGCTGTCTTCAAC;SOR=0.963;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=14;WE=114359632;WS=114359614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
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chr9	114394177	rs10980986	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=1.866;SC=TCCCACGTGGCCCTGTGAAAG;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=114394185;WS=114394167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
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chr9	114411945	rs7019332	G	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.163;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=269;ReadPosRankSum=1.147;SC=ATATAAAGGGGGGCTATCAGA;SOR=0.297;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=21;WE=114411953;WS=114411935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr9	114424119	rs199499183	C	CG	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr9	114449219	rs35475871	C	CT	120.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;MQRankSum=0.588;QD=8.01;ReadPosRankSum=1.105;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
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chr9	114454580	rs1475110	A	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=19;PP=627;SC=GTCATTCAAAATGGTGGTTTT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=114454588;WS=114454570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	114456322	rs113054343	T	TTAAG	865.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=806;SC=AGAAAAGAGTTTAATAGTCAG;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=114456330;WS=114456312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	114462322	rs6477845	A	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	114464487	rs1407390	T	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	114467446	.	T	TACACAC	559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=62.19;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	114467448	rs4993590	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.20;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	114467450	rs28406980	T	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	114467478	rs28545063	T	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.63;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr9	114469078	rs10125413	T	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=368;SC=GTTATTATTTTGTTGAACTAT;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=114469086;WS=114469068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	114475262	rs6477846	T	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	114480602	rs2418174	C	A	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=31;PP=768;SC=AAAACATAGACTATACATTAC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=114480610;WS=114480592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	114484682	rs1337581	T	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=9;PP=710;SC=CTTTTATTTGTACTCACCTTG;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=114484690;WS=114484672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	114489887	rs953536	C	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=8;PP=591;SC=ACCATATCTACGGCAAAATAT;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=114489895;WS=114489877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	114490308	rs7470491	T	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=25;PP=672;SC=AGGTGAAGAATGACTTTTATG;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=114490316;WS=114490298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	114537978	rs440164	A	T	383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.32;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	114543400	rs2786632	A	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=630;SC=ATCTTTATTTATTCACAAATG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=114543408;WS=114543390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	114677046	rs140717465	TTTTTG	T	2972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=37;PP=1903;SC=GTGTTACGGTTTTTTGTTTTG;SOR=1.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=1;TCR=52;TR=38;WE=114677058;WS=114677036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	114686929	rs35471909	TTAAA	T	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	114694486	rs7850023	A	G	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	114811154	rs1980739	C	T	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=20;PP=866;SC=GAGGAGAAAGCATGGGCCATA;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=114811162;WS=114811144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	114861016	rs3739697	T	C	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.893;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=401;ReadPosRankSum=0.958;SC=ATTAGCAAAATGGAGTTAAAA;SOR=1.230;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=27;WE=114861024;WS=114861006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
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chr9	115060205	rs10981348	C	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=-0.467;SC=CGCTGAAAAGCAAAACCAATG;SOR=0.671;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=19;WE=115060213;WS=115060195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr9	115060682	rs3808881	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GATCTTTAATGCAGACTATTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=4;WE=115060690;WS=115060672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr9	115092624	rs2900539	T	A	71.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ATTAAAGACTTTTACACAATA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=115092632;WS=115092614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr9	115216222	rs10538330	GATTA	G	1564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.243;NF=13;NR=9;PP=946;ReadPosRankSum=-0.571;SC=CTGTCCTGCTGATTAATTAAT;SOR=0.765;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=22;WE=115216233;WS=115216212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr9	115249262	rs6477940	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=225;ReadPosRankSum=-0.073;SC=CACTTACCTTTGGTGCCCGGC;SOR=0.871;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=16;WE=115249270;WS=115249252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr9	115249433	rs7031191	T	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=366;ReadPosRankSum=-0.720;SC=CGGGGACGAGTGCGCCGACGC;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=29;WE=115249441;WS=115249423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr9	115450093	rs786970	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=9;PP=187;SC=TGGCTGGGCGCGGTGGCTCAC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=115450101;WS=115450083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	115567015	rs139599865	A	ATG	997.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.019;NF=9;NR=10;PP=724;ReadPosRankSum=0.089;SC=ACTCTCCAGTATGTTTTCATT;SOR=0.482;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=19;WE=115567023;WS=115567005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr9	115567184	rs1891402	T	C	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=589;ReadPosRankSum=-1.727;SC=TCGTTATAGTTGATGATCCCA;SOR=0.685;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=44;WE=115567192;WS=115567174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,91:0.66:137
chr9	115580008	rs10117709	G	C	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,58:0.50:116
chr9	115598447	rs6477961	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TAGTCCTGCCCATGTGAGTGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=115598455;WS=115598442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr9	115600848	rs7023478	T	C	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.143;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=11;PP=300;ReadPosRankSum=-0.461;SC=GTGAGCTGGCTGAACCCCTGG;SOR=0.768;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=28;WE=115600856;WS=115600838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,56:0.62:90
chr9	115652836	rs3802492	G	A	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=685;ReadPosRankSum=-0.101;SC=CCTTCACCACGAGGAGTAGCC;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=48;WE=115652844;WS=115652826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,82:0.55:150
chr9	115759519	rs10981589	G	A	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=533;ReadPosRankSum=-1.685;SC=GTATGTATTCGCTTATGTTTA;SOR=0.549;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=43;WE=115759527;WS=115759509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,82:0.57:144
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chr9	115760610	rs11971	T	A	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=49;PP=1321;SC=TGTTGGCTTTTCATTTATTTC;SOR=3.296;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=57;WE=115760618;WS=115760600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	115811835	rs2274761	G	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.234;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=509;ReadPosRankSum=1.180;SC=AAATGAAGCCGCAGCATTTGT;SOR=1.000;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=32;WE=115811843;WS=115811825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,55:0.41:135
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chr9	115918144	rs11791765	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=3;PP=126;ReadPosRankSum=-2.034;SC=AGCTCCCCTCGGAGGAAACTG;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=115918152;WS=115918134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
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chr9	115933885	rs1128118	A	C	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.871;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.896;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,84:0.44:192
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chr9	115938750	rs17762224	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ACTATTGTAATTTGTAAAAGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=115938758;WS=115938740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
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chr9	115946500	rs10817454	A	G	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=13;PP=690;ReadPosRankSum=-1.123;SC=GAGGTGTTAAAGAGTAGTACC;SOR=0.670;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=40;WE=115946508;WS=115946490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
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chr9	115950706	rs10435864	A	C	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=715;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GATGGGCCGGATGAAGAGAGG;SOR=0.619;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=46;WE=115950714;WS=115950696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,86:0.63:136
chr9	115952895	rs12684417	T	C	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=523;ReadPosRankSum=-0.142;SC=TCACTGTGATTAAAGCTCATC;SOR=0.837;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=36;WE=115952903;WS=115952885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr9	115968609	rs4281172	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=1.668;SC=TTTGTTTTAACGCACAATAGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=115968617;WS=115968599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr9	115969433	rs5900043	T	TAGA	747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.920;NF=12;NR=4;PP=649;ReadPosRankSum=0.601;SC=CGAGAAAAAGTAGCTTAACTG;SOR=0.760;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=16;WE=115969441;WS=115969423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
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chr9	116091342	rs3810921	T	C	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.694;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=44;PP=882;ReadPosRankSum=1.748;SC=ACTCCCTCTCTGCTCAGGAAC;SOR=0.574;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=146;TCF=60;TCR=86;TR=78;WE=116091350;WS=116091332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,133:0.61:219
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chr9	116153066	rs8177805	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.944;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=1.936;SC=TGGTGGGAGGGAGGGAACTCA;SOR=0.521;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=22;WE=116153074;WS=116153056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr9	116153352	rs2761016	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=74;ReadPosRankSum=0.673;SC=CACAGAGGACTGACCCTACAT;SOR=1.230;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=8;WE=116153360;WS=116153342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
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chr9	116731483	.	C	A	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=2.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,90:0.25:357
chr9	116764283	rs4978561	C	T	2423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-1.387;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,136:0.39:349
chr9	116764832	rs148995274	TTTTGCAC	T	6646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.085;NF=22;NR=76;PP=2964;ReadPosRankSum=1.816;SC=CCATGTTCTCTTTTGCACTTG;SOR=0.751;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=112;TCF=24;TCR=88;TR=98;WE=116764849;WS=116764822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,174:0.54:323
chr9	116764883	rs3034072	C	CCT	3327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=84;PP=1446;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CACCCCCATCCCTCTCTCTCT;SOR=0.710;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=125;TCF=16;TCR=109;TR=98;WE=116764894;WS=116764873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,117:0.39:303
chr9	116765062	rs942286	G	T	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-1.106;SC=ACACAGTGCTGGGGTCCAAGC;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=116765070;WS=116765052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr9	116769515	rs4979321	C	T	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=31;PP=1897;SC=TTCCTCCCTCCGCTAGCCAGA;SOR=1.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=94;WE=116769523;WS=116769505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	116770776	rs3748183	C	T	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,100:0.47:215
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chr9	116778269	rs4979324	A	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=9;PP=416;SC=AAGAGTGGGGACCAGGGCACC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=116778277;WS=116778259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	116791161	rs7030167	T	C	5401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=89;PP=2304;ReadPosRankSum=-0.235;SC=TGGTCCGATGTGCCACCCTCT;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=162;TCR=153;TR=183;WE=116791169;WS=116791151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,265:0.55:478
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chr9	116822610	rs2269456	A	G	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.67;ReadPosRankSum=-0.104;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
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chr9	116822650	rs2269454	T	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=330;ReadPosRankSum=-3.336;SC=GCTTGCTGAATCATTTATCTC;SOR=0.595;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=23;WE=116822658;WS=116822640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr9	116856889	rs1465660	A	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=306;SC=TCTGCCTGGAAGGGGCACCTT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=116856897;WS=116856879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr9	116860741	.	T	TCTGGAGGAGGGCGGGGCACC	411.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.27;ReadPosRankSum=1.723;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,11:0.92:12
chr9	116860767	.	G	GGA	125	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=125;QD=38.5;SC=GCACCCTGGAGGGGCGGGGCA;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=116860775;WS=116860757;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,4:0.44:9
chr9	116860785	.	GGA	G	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=76;QD=35.0;SC=GCACCGTGGAGGAGGGCGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=116860794;WS=116860775;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr9	116931666	rs2567705	A	T	1555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=848;ReadPosRankSum=-0.099;SC=TGGCTATTCGATCTTCCACCT;SOR=0.928;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=165;TCF=76;TCR=89;TR=66;WE=116931674;WS=116931656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,92:0.34:270
chr9	116945381	rs41306500	A	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=1.758;SC=AGATGTGGCCATGGAGTGGGT;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=7;WE=116945389;WS=116945371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr9	116945454	rs10759688	A	C	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=143;SC=GCTTCAGGGGAACTGAGGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=116945462;WS=116945444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	116958216	rs2567711	C	T	5589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=61;PP=2225;SC=TCCTGCCTCACCCACCTTGTC;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=129;WE=116958224;WS=116958206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr9	116967263	rs2567719	T	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=257;ReadPosRankSum=2.108;SC=GAGTGCACACTCCATCCCGGA;SOR=0.600;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=25;WE=116967271;WS=116967253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,42:0.35:119
chr9	116967952	rs2567720	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=254;ReadPosRankSum=-2.013;SC=TCTTTATTCATTGTCAGCCCC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=18;WE=116967960;WS=116967942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,30:0.37:81
chr9	116971622	rs2060133	G	C	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=57;ReadPosRankSum=0.723;SC=GCTTGGTGCCGTGCTAGCATC;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=116971630;WS=116971612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr9	116973361	rs10982109	C	T	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=41;PP=885;ReadPosRankSum=1.596;SC=CCACCTCCCACGGCCACGCTG;SOR=0.734;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=143;TCF=59;TCR=84;TR=68;WE=116973369;WS=116973351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,130:0.53:244
chr9	116980052	rs10982110	C	T	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=420;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CCTACCAGGTCCTTCTACCCC;SOR=0.579;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=37;WE=116980060;WS=116980042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,59:0.39:153
chr9	116997994	rs2015408	T	C	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=63;PP=2090;SC=TCCCCTGGTCTTGGCTTCCTT;SOR=2.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=113;WE=116998002;WS=116997984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr9	117002517	rs2014134	C	T	5532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=88;PP=2270;ReadPosRankSum=1.162;SC=CAGGAGACATCGGCCCCCCTG;SOR=0.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=279;TCF=133;TCR=146;TR=163;WE=117002525;WS=117002507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,274:0.57:480
chr9	117015310	rs187599885	G	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=1.522;SC=CAGCACTTCGGGAGGCCGATC;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=16;WE=117015318;WS=117015291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr9	117026581	rs4978576	C	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=282;ReadPosRankSum=-1.403;SC=CCTGGTTCTCCGCCCGAGGGA;SOR=1.092;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=18;WE=117026589;WS=117026571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr9	117027165	rs41312228	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=400;ReadPosRankSum=-0.387;SC=GGTCCTCCCAAGCACCCTCTC;SOR=0.404;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=26;WE=117027173;WS=117027155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr9	117033096	rs2636866	C	T	6095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
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chr9	117037820	rs10513241	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=156;ReadPosRankSum=0.078;SC=GGAACTATCGAGAATCTAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=12;WE=117037828;WS=117037810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
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chr9	117106190	rs3748179	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=409;ReadPosRankSum=-0.201;SC=TTTTAATAGTCTCTGTCTCTC;SOR=0.475;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=32;WE=117106198;WS=117106180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr9	117108122	rs3762054	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=338;ReadPosRankSum=1.122;SC=GCACCCATCCCGGCCCTCCCT;SOR=0.749;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=29;WE=117108130;WS=117108112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr9	117121840	rs2787348	A	C	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=2005;ReadPosRankSum=1.109;SC=TAGGGTGGAAACAAACATTCT;SOR=0.280;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=107;WE=117121848;WS=117121830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr9	117122202	rs3748177	C	T	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.584;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=867;ReadPosRankSum=-1.838;SC=GGTAAACTTGCTCCATCTGCA;SOR=0.860;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=187;TCF=103;TCR=84;TR=72;WE=117122210;WS=117122192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,124:0.43:287
chr9	117124519	rs2636901	A	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.187;SC=GACTCAAATCACAGCTTTTGA;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=6;WE=117124527;WS=117124509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
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chr9	117127034	rs2787351	C	G	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=167;SC=AGCATGGAGACGTGGGTGCTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=117127042;WS=117127024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	117138278	rs4979371	C	T	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=10.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=2.002;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,65:0.57:115
chr9	117145609	rs10982190	G	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=656;ReadPosRankSum=0.875;SC=TCCTTCTGACGCTCCTGCTAT;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=51;WE=117145617;WS=117145599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,75:0.49:154
chr9	117150070	rs1324632	G	A	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=762;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GGACTGTCCCGGAGAGTCTGT;SOR=0.635;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=52;WE=117150078;WS=117150060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,60:0.64:94
chr9	117166311	rs34963246	G	A	3871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=46;PP=1302;ReadPosRankSum=0.248;SC=CACTGTCCTCGCTTAGAGTCT;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=84;WE=117166319;WS=117166301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,187:0.58:322
chr9	117166338	rs6478078	G	C	6207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=78;PP=2717;SC=TGTCCGAGAGGTGGGAGAGCG;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=132;WE=117166346;WS=117166328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr9	117170310	rs2274160	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.171;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,42:0.36:118
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chr9	117188566	rs10817610	C	T	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=20;PP=833;SC=GGTGCGGGCACGGGGCAGCCT;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=117188574;WS=117188556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr9	117433811	rs3215861	C	CA	3509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=23;PP=1975;SC=GAATGAGGGGCATGGGTTCCG;SOR=1.029;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=44;WE=117433819;WS=117433801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr9	117553249	rs4246905	T	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=291;ReadPosRankSum=-1.557;SC=GCTTAAAAAGTGTCTCATATC;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=18;WE=117553257;WS=117553239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
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chr9	117656633	rs3833492	C	CCTG	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.145;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=321;ReadPosRankSum=1.108;SC=TCTAATTTAGCGGAATGGTTC;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=117656641;WS=117656623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr9	117666678	rs3181367	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=193;ReadPosRankSum=0.072;SC=CTAAGTCTTTGTTCAAAGTTT;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=9;WE=117666686;WS=117666668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr9	117668142	rs3181195	C	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=597;ReadPosRankSum=1.502;SC=TGAATGGAGCCCTTTTCAGGA;SOR=1.063;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=40;WE=117668150;WS=117668132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,60:0.59:101
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chr9	117783551	rs5900112	TA	T	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.659;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr9	117791617	rs12346540	T	C	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,70:0.53:131
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chr9	117825604	rs72758647	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=-1.774;SC=TTTACAGCAGGTGTTGAGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=18;WE=117825612;WS=117825594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr9	117836188	rs2210108	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=-1.471;SC=AGGCTGCAAGACAGGGCTGCT;SOR=1.244;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=9;WE=117836196;WS=117836178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr9	117840061	rs2988577	A	G	68.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.253;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
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chr9	117846450	rs1755639	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=259;ReadPosRankSum=1.481;SC=GTGGGCTGACATCAGGTGAGG;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=22;WE=117846458;WS=117846440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
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chr9	119106881	rs7020782	C	A	5225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=59;NR=68;PP=2085;SC=GAGAATGCTTCTCTCAATTGC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=127;WE=119106889;WS=119106871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr9	119158814	rs8456	T	C	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=55;PP=1925;SC=TGTCCTGTGATCTACAAGGTG;SOR=0.807;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=103;WE=119158822;WS=119158804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	119160748	rs8653	T	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
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chr9	119199820	rs7018569	C	G	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=32;PP=1038;SC=GCGGCCCGGCCGCCTTTCCAG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=59;WE=119199828;WS=119199810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	119202879	rs74790727	C	A	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=223;SC=CACACAAATACGCCCATACCT;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=119202887;WS=119202869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	119382768	rs2295741	A	G	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=47;PP=1112;ReadPosRankSum=1.259;SC=ACAACAGGGGAGAGATTGAGA;SOR=0.828;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=137;TCF=49;TCR=88;TR=69;WE=119382776;WS=119382758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,107:0.55:194
chr9	119449156	rs41308922	G	A	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CCCTTCCTAGGGAGTCCCGGT;SOR=0.896;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=17;WE=119449164;WS=119449146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr9	119462112	rs3019	C	T	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=594;SC=TCTAGAACTTCAGAAGCTCCA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=119462120;WS=119462102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	119495697	rs7863560	T	C	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=19;PP=773;SC=GTTGGAGGTCTGGAAGGGGCT;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=119495705;WS=119495687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	119739015	rs10983437	G	A	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=24;PP=1179;SC=GCACACACAGGTGTCTGTGAA;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=119739023;WS=119739005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	119770480	rs3761845	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=488;ReadPosRankSum=0.615;SC=AAAGCTTGGCCGGGTTTAACC;SOR=0.675;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=33;WE=119770488;WS=119770470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,53:0.37:145
chr9	119770551	rs7036098	G	A	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=39;PP=1364;SC=ATGGGTGAACGGAGAGACAGA;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=119770559;WS=119770541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	119903807	rs57782747	A	C	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=30;PP=830;SC=CACCCTCAGCACCTAGAGCAC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=119903815;WS=119903797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	119903827	rs13291457	A	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=627;SC=CTGGGGCTGAAGTTAGGGCTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=119903835;WS=119903817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr9	120466929	rs5900307	CA	C	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.922;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.070;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
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chr9	121930307	rs1043379	G	A	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=474;ReadPosRankSum=0.665;SC=TGCAGGAGCCGCAGAGGGAGA;SOR=0.668;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=31;WE=121930315;WS=121930297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,40:0.39:103
chr9	122001000	rs2274157	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=254;ReadPosRankSum=-2.490;SC=GATTGTCATAGCTGTTACAGC;SOR=0.924;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=21;WE=122001008;WS=122000990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,39:0.56:70
chr9	122004545	rs3831067	GAGGACAGGGAT	G	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=2.776;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr9	122257627	rs10984560	C	T	155.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=0.489;SC=CACAGAAACGCGGGCTACAGC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=122257635;WS=122257617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr9	123151679	rs4836820	A	G	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=35;PP=1087;SC=TGCTTTCAAAAACATAGTTTG;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=123151687;WS=123151669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	123152099	rs2297457	C	G	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	123152241	rs2297456	A	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=363;SC=ACCCATCACAAACCCCAGGGC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=123152249;WS=123152231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	123156742	rs10984902	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=136;ReadPosRankSum=0.463;SC=GGGAGCCCTCGGAGGCAGGAA;SOR=0.304;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=11;WE=123156750;WS=123156732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr9	123156761	rs4410972	G	C	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=10;PP=788;SC=AAGTGGTCAGGCATAGCGGCC;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=123156769;WS=123156751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	123170733	rs4837768	C	G	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=29;PP=1061;SC=CTCAACTTCACCTCCTCCTGC;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=54;WE=123170741;WS=123170723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	123280950	rs2095064	T	C	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=30;PP=772;SC=AGAAGCAAGATGAGCTAATTT;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=51;WE=123280958;WS=123280940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	123291036	rs4836822	C	G	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=21;PP=947;SC=ATCCTCTCTTCAAAGCTGTTT;SOR=0.888;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=52;WE=123291044;WS=123291026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	123307957	.	C	T	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.496;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,37:0.26:140
chr9	123313246	rs954214	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=435;SC=AGATAGTACATACATTAGTCG;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=123313254;WS=123313236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	123330813	rs4837782	T	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=769;SC=GATTTACTGATTTTGCTCCAG;SOR=2.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=123330821;WS=123330803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	123334445	rs2147381	T	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=147;ReadPosRankSum=0.325;SC=GGGCTACCTATGTGGCATGAA;SOR=0.363;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=15;WE=123334453;WS=123334435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr9	123342259	rs932975	C	A	5157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=87;PP=2539;SC=TCCATCATGGCTACAGAGGTG;SOR=1.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=33;TCR=87;TR=120;WE=123342267;WS=123342249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr9	123342275	rs932974	A	G	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=74;PP=2178;SC=AGGTGGCGACAGCGTTGGTGT;SOR=1.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=28;TCR=74;TR=102;WE=123342283;WS=123342265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	123367681	rs56019987	C	G	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=1.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,114:0.48:239
chr9	123550027	rs7026635	G	A	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=18;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.530;SC=AACCCAAAAAGCAGTTTCAAC;SOR=0.616;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=90;TCR=37;TR=65;WE=123550035;WS=123550017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,87:0.55:157
chr9	123586581	rs35903891	CA	C	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=5.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.164;QD=5.08;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr9	123622246	rs72758134	T	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=256;ReadPosRankSum=-0.080;SC=GAAGGCCAGGTACTCCCCGCC;SOR=0.446;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=18;WE=123622254;WS=123622236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr9	123625149	rs72758135	T	C	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=120;ReadPosRankSum=-1.092;SC=ATCCGGATGGTCTCTGCAGAT;SOR=1.426;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=8;WE=123625157;WS=123625139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
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chr9	123632045	rs1056567	A	G	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=815;ReadPosRankSum=0.832;SC=TGGAGCTCAGACTCTGTGATG;SOR=0.668;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=45;WE=123632053;WS=123632035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
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chr9	123676699	rs758959	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=1.068;SC=ACTTTGCACACTGCTGTTCCC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=123676707;WS=123676689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr9	123751800	rs3764912	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=124;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TAAAAATATTAGTTTAGAATC;SOR=0.293;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=10;WE=123751808;WS=123751790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
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chr9	123758425	rs10760134	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=194;ReadPosRankSum=0.757;SC=TTTTAGACAATTCACTTTCTG;SOR=0.307;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=14;WE=123758433;WS=123758415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr9	123758632	rs12683026	A	G	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
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chr9	123769200	rs17611	C	T	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=349;ReadPosRankSum=1.127;SC=GAAATGCCAACGCCTTGAATT;SOR=0.843;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=26;WE=123769208;WS=123769190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,41:0.53:77
chr9	123776390	rs41309856	G	C	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=458;ReadPosRankSum=0.390;SC=GACGCAGAGTGATAACATCTC;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=28;WE=123776398;WS=123776380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr9	123778688	rs41309850	A	C	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=554;ReadPosRankSum=0.796;SC=AATGTTGAGCACATTGAGATG;SOR=0.748;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=90;TCF=32;TCR=58;TR=40;WE=123778696;WS=123778678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,75:0.46:164
chr9	123780005	rs25681	G	A	3103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=40;PP=1192;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CTGTGACGATGTAATAGACCA;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=71;TCR=73;TR=78;WE=123780013;WS=123779995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,149:0.58:258
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chr9	123783934	rs10985126	T	C	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.620;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=1102;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TTACTGGGACTCCTCCTACCA;SOR=0.878;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=176;TCF=75;TCR=101;TR=73;WE=123783942;WS=123783924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,122:0.43:284
chr9	123783993	rs10985127	A	G	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=735;ReadPosRankSum=-0.942;SC=AAACAATCCAAATCTATTTCA;SOR=1.082;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=45;WE=123784001;WS=123783983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,63:0.43:146
chr9	123785545	rs28426093	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=-1.154;SC=GTGTCCACCAGGAGGGGCAGG;SOR=0.260;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=6;WE=123785553;WS=123785535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr9	123787697	rs140753263	T	TACACACAC	878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=48.82;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	123792906	rs3815467	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
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chr9	123850770	rs10818503	G	A	6067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=88;PP=2775;SC=GTGTGAGCAAGTTGAGATTGC;SOR=0.856;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=70;TCR=88;TR=158;WE=123850778;WS=123850760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
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chr9	123860689	rs10818504	C	T	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=591;ReadPosRankSum=0.030;SC=AAGTTGAAACCGCTTCAAGAT;SOR=0.913;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=37;WE=123860697;WS=123860679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,66:0.49:136
chr9	123876029	rs3831035	TA	T	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.592;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
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chr9	123888242	rs10760150	G	T	2544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=45;PP=1249;SC=CCTATTTTCCGTAGCTTCATA;SOR=1.313;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=67;WE=123888250;WS=123888232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	123908345	rs7023214	G	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=4;PP=794;SC=AAGGAAGTAAGTGATTTCATA;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=123908353;WS=123908335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	123917020	rs3736855	T	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=203;ReadPosRankSum=0.931;SC=ATGGAAATGTTGAGAGTCTTA;SOR=0.269;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=15;WE=123917028;WS=123917010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr9	123917355	rs10818512	A	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=471;SC=GTGAGAATTTATGCAAGTCAT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=123917363;WS=123917345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	123922729	rs35562325	A	ATGT	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=40.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	123923359	rs202002770	AG	A	424.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.54;MQRankSum=-1.418;NF=13;NR=3;PP=385;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GAAAAAAAGTAGGTAAAAAAT;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=123923367;WS=123923349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr9	123923411	rs139754979	A	AGT	2239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.544;NF=14;NR=18;PP=926;ReadPosRankSum=-0.691;SC=AATGTGTGAGAGTGTGTGTGT;SOR=0.341;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=32;WE=123923424;WS=123923401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,64:0.94:68
chr9	123924667	rs10586591	CAT	C	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.39;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr9	123927477	rs4836841	T	A	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=52;PP=1549;ReadPosRankSum=-0.693;SC=ATGAGCATGGTGTTTCTTTCT;SOR=1.203;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=64;WE=123927485;WS=123927467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr9	123928486	rs2273988	T	C	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=24;PP=935;SC=AATATTCTAGTAGTATACTGA;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=123928494;WS=123928476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr9	123928569	rs1535655	G	A	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=23;PP=632;SC=AGCAGATACCGTAGGGCCATT;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=123928577;WS=123928559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	123929686	rs72760251	T	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.884;NF=18;NR=7;PP=323;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TCTGTCAGACTTAGTAGATAC;SOR=0.560;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=25;WE=123929694;WS=123929676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr9	123929710	rs10818513	A	G	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=25;PP=1584;SC=ATTGGCACTGACCACCTCTAG;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=123929718;WS=123929700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr9	123937240	rs72760256	G	A	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=435;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GAAGCTGAGCGGCAGTTCTGG;SOR=0.585;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=29;WE=123937248;WS=123937230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
chr9	123937601	rs3789310	T	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.280;NF=9;NR=10;PP=266;ReadPosRankSum=-0.408;SC=CTGGAGTGCATTGGTACCATC;SOR=0.498;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=19;WE=123937609;WS=123937591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr9	123939336	rs3838267	T	TA	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=234;ReadPosRankSum=-0.286;SC=TCCAAAGAGGTACTCAAATAT;SOR=0.269;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=7;WE=123939344;WS=123939326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr9	123943884	rs2296078	C	T	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=696;ReadPosRankSum=-0.731;SC=ATTGGAGAACCACAGTTTTCT;SOR=0.479;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=44;WE=123943892;WS=123943874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,62:0.67:93
chr9	123945505	rs3215744	C	CA	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=4.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
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chr9	124043867	rs10985200	C	T	3991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=49;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.011;SC=AGACACCTGTCGTCCTCTTAA;SOR=0.788;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=164;TCF=78;TCR=86;TR=89;WE=124043875;WS=124043857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,192:0.59:323
chr9	124048298	rs12683459	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.809;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
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chr9	124088768	rs306769	T	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=15;PP=806;SC=GTCCCTGACTTGCTCTCCTGT;SOR=1.567;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=46;WE=124088776;WS=124088758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr9	124091135	rs306771	G	A	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=13;PP=742;SC=GGGTGATGGCGTCCCTTGGCA;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=40;WE=124091143;WS=124091125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr9	124633096	rs4370602	G	A	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=412;ReadPosRankSum=-0.558;SC=GAGATTTACAGCCTCCTCGGG;SOR=0.722;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=32;WE=124633104;WS=124633086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
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chr9	124855330	rs201653732	G	GTGGCCT	1021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.461;NF=4;NR=10;PP=721;ReadPosRankSum=-0.796;SC=CGTCTCCGCTGTGGCCTCGGC;SOR=0.826;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=14;WE=124855338;WS=124855320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
chr9	124882474	rs6478557	A	C	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=532;ReadPosRankSum=0.491;SC=CTAAGCCCAGAGACCCAGCTC;SOR=0.711;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=42;WE=124882482;WS=124882464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,57:0.71:80
chr9	124906723	rs3818638	T	C	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=348;SC=TAACCATCAATGCGCCTCCTG;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=124906731;WS=124906713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	124910687	rs3793615	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=1.787;SC=CATATTCTTATCTCACTTACA;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=124910695;WS=124910677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr9	124914613	rs4679	C	T	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.394;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,97:0.45:216
chr9	124976475	rs62574050	C	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	124990773	rs113188211	C	CG	1096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.23;ReadPosRankSum=0.434;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr9	125028211	rs3763649	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=-1.726;SC=CCTGGTACTGCATTTAGAGAA;SOR=0.258;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=18;WE=125028219;WS=125028201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr9	125084641	.	CA	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.68;ReadPosRankSum=0.258;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr9	125133479	rs1236913	T	C	6371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=71;PP=2341;SC=TCTCTTGCTCTGGTTCTTGCT;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=135;WE=125133487;WS=125133469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr9	125133507	rs3842787	C	T	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=718;ReadPosRankSum=-0.211;SC=CTCCTGCTCCCGCCGCTCCCC;SOR=0.673;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=60;WE=125133515;WS=125133497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,103:0.45:231
chr9	125144145	rs1238420	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=450;SC=GGGAGTGGGAAGCTTGTGCCA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=125144153;WS=125144135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	125282393	rs1318392	C	T	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=289;ReadPosRankSum=-1.612;SC=GACATATGTACTGACCTATTT;SOR=2.368;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=16;WE=125282401;WS=125282383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr9	125289521	rs10818708	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=524;ReadPosRankSum=1.170;SC=TGCTCTGGAGGCGCTGATATT;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=32;WE=125289529;WS=125289511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr9	125315376	rs11412445	C	CT	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.17;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
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chr9	125317485	rs10760239	G	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=1.569;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,41:0.39:105
chr9	125317661	rs1041355	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
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chr9	125330678	rs10985704	T	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=552;ReadPosRankSum=-0.290;SC=ACAAAGAGTGTCTTTTGGTCC;SOR=0.235;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=33;WE=125330686;WS=125330668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
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chr9	125330859	rs1999183	G	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-0.731;SC=CTTCTGTTTGGTCACAATTAG;SOR=2.584;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=7;WE=125330867;WS=125330849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr9	125377087	rs972925	A	G	7100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=70;PP=2965;SC=CCAGAAGAGCAAATCCCACTC;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=100;TCR=70;TR=169;WE=125377095;WS=125377077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr9	125377505	rs1329957	A	G	6560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=76;PP=2785;SC=CCTTTCTCATAGGCCAACTAA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=68;TCR=76;TR=144;WE=125377513;WS=125377495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr9	125378014	rs7470572	T	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=416;ReadPosRankSum=1.007;SC=AATAATGTTGTGCCTCACAGA;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=21;TCR=55;TR=29;WE=125378022;WS=125378004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr9	125390874	rs1556189	A	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	125391026	rs1476858	A	C	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=68;NR=49;PP=2135;SC=GGAAGTAGACACAAATGATGG;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=117;WE=125391034;WS=125391016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	125391127	rs1476859	C	T	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=1275;ReadPosRankSum=-1.211;SC=CGTAGAATAGCGGCCCCAATT;SOR=0.502;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=86;WE=125391135;WS=125391117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,147:0.59:251
chr9	125391241	rs1476860	G	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=889;ReadPosRankSum=0.082;SC=CAAGAGGCTCGCAGAAGTGGC;SOR=0.815;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=51;WE=125391249;WS=125391231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,71:0.59:121
chr9	125391369	rs1536929	A	G	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=39;PP=1553;SC=CACCCAGCTCAAGGCTAGTAA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=125391377;WS=125391359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	125391409	rs1536928	A	G	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=479;ReadPosRankSum=2.243;SC=TTCATTACCAAAGCATAGTGC;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=35;WE=125391417;WS=125391399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,51:0.42:121
chr9	125391677	rs12347681	T	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.098;NF=19;NR=23;PP=509;ReadPosRankSum=1.798;SC=GCAGCACCAGTGTCACATTCC;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=42;WE=125391685;WS=125391667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr9	125391770	rs11421222	C	CA	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.373;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr9	125391917	rs1329951	A	G	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=232;SC=TTACGTTACTAAAGATCGTTA;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=125391925;WS=125391907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	125438390	.	GGT	G	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=75;QD=39.0;SC=CTGATTACAAGGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=2;WE=125438399;WS=125438380;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,2:0.17:12
chr9	125486968	rs2215530	G	A	6542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=97;PP=2965;SC=CTCTGCAGCCGGGAAGTGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=151;TCF=54;TCR=97;TR=149;WE=125486976;WS=125486958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr9	125512193	rs10760252	C	A	11055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.144;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=-0.572;NF=142;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=0.205;SC=TTCCAACCCTCAGCTGCAGAA;SOR=0.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=144;TCR=147;TR=288;WE=125512201;WS=125512183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,442:0.99:446
chr9	125512575	rs4838012	G	A	14940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.596;NF=165;NR=209;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TTGGGTTCTTGCAGCATCTCC;SOR=0.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=377;TCF=166;TCR=211;TR=374;WE=125512583;WS=125512565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,572:1.00:573
chr9	125512770	rs10985760	T	C	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=15;PP=809;SC=TTCCTGTGTATCATCTTCTCC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=125512778;WS=125512760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	125512788	rs10818740	G	A	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.87;QD=46.44;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	125512795	rs10818741	G	C	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.13;QD=42.41;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	125512826	rs28670025	G	A	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=29;PP=1215;SC=CTCTGCAGCCGGGAAGTGGAA;SOR=0.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=64;WE=125512834;WS=125512816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	125612129	rs3049156	CAA	C	970.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=460;ReadPosRankSum=-0.108;SC=ACATTAAAAACAAATTAGCTT;SOR=0.425;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=14;WE=125612138;WS=125612119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr9	125617391	rs1823448	C	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr9	125617395	rs5900548	TA	T	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.920;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr9	125620105	rs5900549	C	CA	310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=264;SC=CAAACCACTGCAAATATCCAA;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=125620113;WS=125620095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	125637471	rs2596699	A	T	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=33;PP=1747;ReadPosRankSum=2.068;SC=TTCTCTAGGCACTTCAAGTGG;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=92;WE=125637479;WS=125637461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr9	125637648	rs2596698	T	C	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=44;PP=1504;SC=GGGGTTACACTTATGTAAGAT;SOR=1.145;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=71;WE=125637656;WS=125637638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr9	125652757	rs10818759	G	A	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=0.619;SC=CCAGTTGACAGTTTACAAGTG;SOR=0.751;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=29;WE=125652765;WS=125652747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
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chr9	125673051	rs1147321	T	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=3.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
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chr9	125797918	rs61634863	CGTGTGTGTGTGT	C,CGT	679.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=9,9;PP=166,193;SC=ACGGGGTTCCCGTGTGTGTGT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=9,9;WE=125797937;WS=125797908;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:19
chr9	125832879	rs803733	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=-0.728;SC=GGAGGAGATATATGATGAGAA;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=10;WE=125832887;WS=125832869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr9	125861741	rs2302590	A	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=109;ReadPosRankSum=0.701;SC=TTGTTGTTTTATATTTGTTTC;SOR=0.437;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10;WE=125861749;WS=125861731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr9	125861888	rs700081	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
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chr9	125884719	rs66492320	TA	T	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
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chr9	125922854	rs11437080	C	CA	476.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=526;ReadPosRankSum=-0.536;SC=ATCAGGCAAACAAAAAAATCA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=19;WE=125922862;WS=125922844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr9	125932152	.	CAT	C	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,17:0.22:79
chr9	126028395	rs7863265	C	G	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=11;PP=1255;SC=CTGGTCTCTTCCAGTTTCACA;SOR=1.718;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=54;WE=126028403;WS=126028385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	126118517	rs72433015	AGCAGAGC	A	2882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=16;PP=1568;SC=ACAGCAGCCGAGCAGAGCGCA;SOR=1.162;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=25;WE=126118531;WS=126118507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	126125318	rs2808415	C	A	5953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.047;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=59;PP=2091;ReadPosRankSum=2.083;SC=CCAGATCCCACCGGCTTCCGC;SOR=0.264;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=114;WE=126125326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chr9	126128211	rs1105223	T	C	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=350;ReadPosRankSum=1.480;SC=ACCTGCGAGATGGAGGTGGAC;SOR=0.560;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=36;WE=126128219;WS=126128201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,60:0.42:142
chr9	126128253	rs1105222	G	C	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=385;ReadPosRankSum=-0.027;SC=CTGCACGGGGGCTCGTGCCTG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=34;WE=126128261;WS=126128243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,36:0.33:108
chr9	126128679	rs11790447	G	C	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=362;ReadPosRankSum=-1.432;SC=CTGGCGGGGGGAGGGGTAGGT;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=24;WE=126128687;WS=126128669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,34:0.59:58
chr9	126129351	rs10760281	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.667;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr9	126129904	rs10818812	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=1.019;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr9	126131110	rs2488603	T	C	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=9;PP=403;SC=GAGCTCTGCCTCCTCCCCACT;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=126131118;WS=126131100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	126131161	rs10760282	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=111;ReadPosRankSum=0.756;SC=CAACCTGTCTGGAGGGCATGG;SOR=0.639;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=9;WE=126131169;WS=126131151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr9	126133547	rs2488602	T	C	5496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=90;PP=2953;SC=CGGGCTGAGGTGCCGGGCAGT;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=158;WE=126133555;WS=126133537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	126134542	rs61740213	G	A	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=48;PP=1087;ReadPosRankSum=-3.117;SC=CGGGGCCTACGTGTGCCCAGC;SOR=0.816;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=162;TCF=65;TCR=97;TR=78;WE=126134550;WS=126134532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,135:0.44:305
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chr9	126136247	rs2488599	A	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=433;ReadPosRankSum=0.378;SC=CCCTGGGGCTATGGTGGGGCA;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=29;WE=126136255;WS=126136237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr9	126144746	rs2491348	T	C	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
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chr9	126145907	rs2797946	C	A	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=20;PP=1314;SC=GGCCCCCGGCCGATACCCTCC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=126145915;WS=126145897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	126146197	rs2808411	C	G	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.230;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=521;ReadPosRankSum=1.150;SC=TGCGGCCTGTCGGGGACAGAG;SOR=0.578;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=46;WE=126146205;WS=126146187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,73:0.44:165
chr9	126201672	rs7872778	G	A	2659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=1317;ReadPosRankSum=3.364;SC=GTAACCTGGAGCAAGAATTTT;SOR=0.637;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=92;WE=126201680;WS=126201662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,131:0.62:210
chr9	126202551	rs10739633	A	C	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=0.442;SC=AACTGAAATGAAAAACCGTCT;SOR=0.490;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=9;WE=126202559;WS=126202541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr9	126217128	.	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr9	126220063	rs188339485	G	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr9	126220283	rs71390436	C	CT	97.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.791;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr9	126520068	rs9785285	T	C	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=659;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TGAGCACGAATGTGAAGTTCT;SOR=0.594;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=51;WE=126520076;WS=126520058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,97:0.61:159
chr9	126531755	rs1778890	T	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.713;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-0.929;SC=GGTTTATTGATACTTTTTTTC;SOR=1.207;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=7;WE=126531763;WS=126531745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr9	126555072	rs7861905	G	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=234;ReadPosRankSum=0.643;SC=ACTCGGCAAGGCACTCCCATT;SOR=0.772;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=12;WE=126555080;WS=126555062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr9	126641091	rs670028	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=267;ReadPosRankSum=-1.027;SC=GGATAATGTGAGCATGAATAA;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=13;WE=126641113;WS=126641082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr9	126770250	rs10818907	C	G	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.192;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,59:0.35:169
chr9	126776514	.	TCTCCTTTCCGTTTAGTCCCA	T	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=2964;ReadPosRankSum=-0.838;SC=AGTTTGGCCCTCTCCTTTCCG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=7;WE=126776541;WS=126776504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr9	126783433	rs1042486	G	C	5467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=62;PP=2240;ReadPosRankSum=0.934;SC=AGCCATACCCGAGCAGCCAGA;SOR=0.840;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=332;TCF=185;TCR=147;TR=150;WE=126783441;WS=126783423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,275:0.48:576
chr9	126794642	rs143803976	C	CG	698.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=544;ReadPosRankSum=-0.563;SC=GTGAAGCAGTCGGGGGGATGC;SOR=0.724;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=21;WE=126794650;WS=126794632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr9	127101924	rs10760354	C	T	9359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=109;PP=2965;SC=CATCTGGTCCCTGGGCTGTCT;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=200;TCF=91;TCR=109;TR=199;WE=127101932;WS=127101914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr9	127177736	rs2236386	G	C	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=59;PP=1469;SC=GGTCGGAGGCGGGTGCAAACA;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=93;WE=127177744;WS=127177726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	127215167	rs59108500	C	T	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GACTCTTGGGCAGGGGAACTC;SOR=0.593;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=13;WE=127215175;WS=127215157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr9	127215344	rs7861556	A	G	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	127215772	rs72616654	C	G	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	127215778	rs67997410	C	T	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	127220952	rs12347840	T	C	7523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=76;PP=2965;SC=GGGACGTCACTGGAGAGGTCA;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=103;TCR=76;TR=179;WE=127220960;WS=127220942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr9	127228596	rs4838184	A	G	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=33;PP=1286;SC=GGGCCACCACAGGCTGCTCCG;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=79;WE=127228604;WS=127228586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	127228824	rs4838185	T	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=16;PP=372;SC=CAGGGCTGCATGCAGTAGTTC;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=127228832;WS=127228814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	127230118	rs10818977	C	T	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=18;PP=597;SC=GGAGAGTTCACCACTGTAGCC;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=127230126;WS=127230108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	127230891	rs10760365	G	A	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=44;PP=1249;SC=GTGGAGGAAGGTGGTAGCTGT;SOR=0.955;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=74;WE=127230899;WS=127230881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	127231774	rs1570580	C	G	6679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=74;PP=2709;SC=CCGCCGTGCCCGCATGTTGAG;SOR=0.782;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=138;WE=127231782;WS=127231764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr9	127244955	rs915034	G	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=6;PP=423;SC=TGAACCATGCGGAGCCAGCGG;SOR=1.302;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=19;WE=127244963;WS=127244945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	127255448	rs2297605	G	A	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=51;PP=2096;SC=AGAGGCACGCGGGGGGCCGGG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=103;WE=127255456;WS=127255438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr9	127495508	rs10760374	C	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=9;PP=700;SC=TTATCAATGACACCTTAAGTT;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=127495516;WS=127495498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	127557152	rs7856071	G	T	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=25;PP=1360;SC=CCACCCGCCTGGGCCTCCCAA;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=127557160;WS=127557142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	127561559	rs2281923	C	T	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=33;PP=1442;SC=CTGCCCCCTCCGCAGAGCATC;SOR=0.949;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=82;WE=127561567;WS=127561549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	127563364	rs913231	G	A	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=54;PP=1696;SC=GTGAGCAGGTGGAGGAGGCTG;SOR=0.917;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=89;WE=127563372;WS=127563354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	127566378	rs7874348	A	G	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=52;PP=2100;SC=TGCAGACAACACCCTCCAGGG;SOR=0.774;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=110;WE=127566386;WS=127566368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	127572710	rs7020260	C	G	3940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=81;PP=2366;SC=CTGTGCTCCCCGGAGAGGGGC;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=28;TCR=81;TR=109;WE=127572718;WS=127572700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr9	127615976	rs3814132	G	A	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=402;ReadPosRankSum=0.691;SC=TCTGGGCAGTGGCTCAGGACA;SOR=0.881;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=28;WE=127615984;WS=127615966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr9	127615995	rs3814131	A	G	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=244;ReadPosRankSum=1.081;SC=CATTGAGTCCAGAGTAGACTT;SOR=0.696;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=23;WE=127616003;WS=127615985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,41:0.41:100
chr9	127616323	rs10760380	G	C	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=418;ReadPosRankSum=-0.632;SC=TACGGGACTCGAGAGAGGGCC;SOR=0.354;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=56;TCF=48;TCR=8;TR=27;WE=127616331;WS=127616321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr9	127616537	rs12375547	A	G	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=745;ReadPosRankSum=-1.295;SC=CAGGCTCAGAAGATGGCTGCG;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=74;TCR=95;TR=54;WE=127616545;WS=127616527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,131:0.39:339
chr9	127618776	rs2274970	A	G	3968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=53;PP=2037;ReadPosRankSum=-0.730;SC=TCCACCGTACACATCTGGGAC;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=115;WE=127618784;WS=127618766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr9	127618839	rs10760381	C	G	5599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=65;PP=2902;SC=GGACACAGTGCCAACATCAGC;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=135;WE=127618847;WS=127618829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr9	127619553	rs10819000	C	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.481;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.123;NF=9;NR=3;PP=176;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAAGACTCATCTCATATTTTG;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=12;WE=127619561;WS=127619543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr9	127619625	rs35041146	G	GC	1652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=11;PP=872;SC=TTCCTGACATGCCCCCCTCCT;SOR=1.567;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=33;WE=127619634;WS=127619615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	127619922	rs944952	T	C	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	127620480	rs10593927	CAT	C	1132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=737;SC=GCAGGCCACACATGTCACTAA;SOR=1.220;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=127620489;WS=127620470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	127637215	rs581558	T	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=3;PP=441;SC=GGCGGTGCCTTCGCAGCTCTG;SOR=2.400;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=127637223;WS=127637205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	127643456	rs687434	T	C	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,117:0.48:243
chr9	127644882	rs596231	G	A	8721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=94;PP=2965;SC=AAAGCCAATCGTTAGATGCAT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=84;TCR=94;TR=178;WE=127644890;WS=127644872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr9	127652621	rs622280	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr9	127661521	rs750884	T	C	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	127661526	rs750883	A	C	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.39;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	127661645	rs634710	G	A	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=551;ReadPosRankSum=-0.009;SC=AGCTGCCCGCGTTCTCTCCAG;SOR=0.572;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=40;WE=127661653;WS=127661635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,55:0.36:154
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chr9	127733926	rs2289631	C	T	1304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=557;ReadPosRankSum=0.942;SC=TTCTGTTAAACGTGCAGTTAG;SOR=0.728;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=38;WE=127733934;WS=127733916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,64:0.50:129
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chr9	127969785	rs420423	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=114;ReadPosRankSum=-3.307;SC=AATGGAAAGAGCACACTACTG;SOR=0.560;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=12;WE=127969793;WS=127969775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr9	127975583	rs359588	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.137;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=235;ReadPosRankSum=-0.129;SC=ATGACCCTCCTCAAGTGTGCC;SOR=0.072;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=18;WE=127975591;WS=127975573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr9	127982775	rs35811664	CT	C	6563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.731;NF=49;NR=58;PP=2963;ReadPosRankSum=1.047;SC=TCAGAAGCCCCTCTACCTGGA;SOR=0.787;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=183;TCF=77;TCR=106;TR=107;WE=127982783;WS=127982765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,199:0.55:360
chr9	128074807	rs432757	T	C	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=761;ReadPosRankSum=-1.779;SC=AAGAAACCATTCAGGAGGTGC;SOR=0.639;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=50;WE=128074815;WS=128074797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,98:0.54:180
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chr9	128206717	rs907501	C	G	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.705;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=501;ReadPosRankSum=0.491;SC=GGCCATGCCGCAAACAGCCTG;SOR=1.096;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=31;WE=128206725;WS=128206707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,45:0.42:106
chr9	128327891	rs545320	A	C	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.485;SC=AGAAGCTGATATCTCTGAAAT;SOR=0.303;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=59;WE=128327899;WS=128327881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr9	128328020	rs71374275	CA	C	41.15	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
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chr9	128724304	rs888230	A	C	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=722;ReadPosRankSum=0.264;SC=ACTTTTTCTCATCTCCCTGCC;SOR=0.426;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=47;WE=128724312;WS=128724294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
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chr9	129102994	rs10987251	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=1.438;SC=TGGCCCTTGCGTGTAAGATGT;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=7;WE=129103002;WS=129102984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr9	129143242	rs917778	A	G	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=1.426;SC=GGAGATCCCAAGCTGGTGTTA;SOR=0.283;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=8;WE=129143250;WS=129143232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr9	129143315	rs917777	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.725;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=367;ReadPosRankSum=-0.135;SC=CCTTACCTGCAATCCTTTTCT;SOR=0.897;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=32;WE=129143323;WS=129143305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,36:0.37:97
chr9	129143435	rs2286889	A	G	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.700;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=444;ReadPosRankSum=3.013;SC=TCACAAGATCATTTTCCAAAG;SOR=0.575;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=35;WE=129143443;WS=129143425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,57:0.49:116
chr9	129184091	rs2286888	T	C	3440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=49;PP=1503;ReadPosRankSum=1.005;SC=TCTTGGGGAATGCTCCTTGTA;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=101;TCR=80;TR=113;WE=129184099;WS=129184081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,165:0.59:279
chr9	129246177	rs2286886	T	C	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=25;PP=1336;SC=GGTGTTACCATTGTCATGCAT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=69;WE=129246185;WS=129246167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
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chr9	129265334	rs28641758	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=653;ReadPosRankSum=-1.305;SC=CCAGCTGCGCCATGTCAAGAT;SOR=0.942;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=130;TCF=89;TCR=41;TR=45;WE=129265342;WS=129265324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,51:0.36:143
chr9	129265397	rs45520335	G	A	2999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=42;PP=1403;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GGCTGTGGAGGGGTTTCCCTA;SOR=0.606;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=265;TCF=152;TCR=113;TR=92;WE=129265405;WS=129265387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,162:0.36:447
chr9	129453229	rs2277158	A	G	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=786;ReadPosRankSum=2.092;SC=GCGTGTGTGAACGGCAGCTAC;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=62;WE=129453237;WS=129453219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,99:0.42:234
chr9	129455372	rs34682917	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.290;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr9	129455587	rs13295990	G	C	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.33;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr9	129458092	rs3737048	G	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=0.080;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,27:0.30:91
chr9	129595895	rs3118994	T	C	4198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=50;PP=2048;SC=TCTCAGCCACTGACAAGCTGT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=104;WE=129595903;WS=129595885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr9	129728336	rs480796	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=339;ReadPosRankSum=-0.820;SC=TATATGCCCAGCAAGAGGGGA;SOR=0.922;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=22;WE=129728344;WS=129728326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr9	129740101	rs10819259	G	T	2444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=1070;ReadPosRankSum=-0.451;SC=CTGTTAGAGTGTCTCAGTTTC;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=52;TCR=60;TR=71;WE=129740109;WS=129740091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,118:0.63:188
chr9	129831455	rs3832609	AC	A	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=359;ReadPosRankSum=0.170;SC=ACAGTTATCCACTCTTTAGCT;SOR=1.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=10;WE=129831463;WS=129831445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr9	129831659	rs1281158	T	A	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=78;PP=2213;SC=TTGGCTTATTTTTTTTTAAGA;SOR=1.087;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=47;TCR=78;TR=125;WE=129831667;WS=129831649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr9	129854199	rs2297866	G	A	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=477;ReadPosRankSum=1.115;SC=AGTATTCGCCGTCAATGTTCC;SOR=0.683;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=39;WE=129854207;WS=129854189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,71:0.53:134
chr9	129928600	rs946430	A	C	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=323;SC=ATTTTAATATATCGAGCATCA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=129928608;WS=129928590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	129930892	rs2297865	A	G	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.367;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=917;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TGATTTCTATACTTCTCATCT;SOR=0.823;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=58;WE=129930900;WS=129930882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,95:0.65:146
chr9	129940379	rs3739556	T	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=360;ReadPosRankSum=0.603;SC=GTGTTACCAATCCCAGGGATG;SOR=0.275;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=18;WE=129940387;WS=129940369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr9	129961387	rs41297207	C	T	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=338;ReadPosRankSum=-3.804;SC=AGGGGCGGTGCTCAGGGCTGA;SOR=0.562;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=25;TCR=49;TR=29;WE=129961395;WS=129961377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,39:0.42:93
chr9	130075672	rs2779714	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=379;ReadPosRankSum=-0.031;SC=CCATCTGTGGCTGGCAGGATC;SOR=0.397;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=24;WE=130075680;WS=130075662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr9	130116658	rs75324173	C	G	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=5.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=1.652;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr9	130149418	rs143550093	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=287;ReadPosRankSum=0.379;SC=AGGGCCAGTGGATGCAAGGCC;SOR=0.473;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=18;WE=130149426;WS=130149408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr9	130164993	rs1138739	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr9	130165995	rs1138740	C	T	2385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=34;PP=1113;ReadPosRankSum=-1.515;SC=TCATCATCGGCGTCTCCCTGA;SOR=0.819;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=170;TCF=97;TCR=73;TR=83;WE=130166003;WS=130165985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,125:0.48:261
chr9	130166382	rs10819287	CG	GT	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.442;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,48:0.37:131
chr9	130191186	rs13292096	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.35;ReadPosRankSum=-2.980;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr9	130197414	rs4504745	A	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=451;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TGCACAGGAAAGGTGGAGGTG;SOR=0.922;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=36;WE=130197422;WS=130197404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,56:0.38:148
chr9	130198100	rs7853047	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=132;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TGAACAGTCCAACTGGCCTAC;SOR=1.292;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=11;WE=130198108;WS=130198090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
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chr9	130206669	rs2298182	C	T	3377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=62;PP=1580;ReadPosRankSum=0.865;SC=GGAAGGCCTTCAGCCAGAGCT;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=345;TCF=182;TCR=163;TR=133;WE=130206677;WS=130206659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:287,186:0.39:473
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chr9	130219669	rs2243906	C	T	3978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.707;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:277,216:0.44:493
chr9	130219743	rs2243903	T	C	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.418;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=43;PP=978;ReadPosRankSum=0.253;SC=CGCCTGCTCCTTTTGGGCTGC;SOR=1.197;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=120;TCF=29;TCR=91;TR=53;WE=130219751;WS=130219733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,68:0.44:153
chr9	130219806	rs145947414	T	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=319;ReadPosRankSum=-0.488;SC=ATTTGATCAGTATGGTTTACT;SOR=0.976;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=16;WE=130219814;WS=130219796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr9	130221388	rs2243767	T	C	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=935;ReadPosRankSum=0.193;SC=TCGGATGGCCTTAGTGAGACC;SOR=0.742;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=155;TCF=59;TCR=96;TR=67;WE=130221396;WS=130221378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,95:0.44:218
chr9	130241374	rs56957982	G	GCA	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=401;ReadPosRankSum=-1.714;SC=CCTCTTACACGCAGTCTGCTG;SOR=0.749;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=11;WE=130241384;WS=130241364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr9	130241822	rs1539569	T	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=136;ReadPosRankSum=0.699;SC=CCTGGCTGCATCCCCCAGCCA;SOR=0.730;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=14;WE=130241830;WS=130241812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr9	130242166	rs1539567	A	G	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=685;ReadPosRankSum=0.326;SC=GCGCCACCTCAACGCAGAGCG;SOR=0.571;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=154;TCF=94;TCR=60;TR=61;WE=130242174;WS=130242156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,83:0.36:228
chr9	130243464	rs200595164	A	G	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.290;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=410;ReadPosRankSum=-1.014;SC=CTCCACAGACAAAAGAAAAGC;SOR=0.526;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=33;WE=130243472;WS=130243454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,77:0.60:129
chr9	130243620	rs10819297	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=110;ReadPosRankSum=1.337;SC=CAACCCCCGCCGCCCAGGTCC;SOR=0.976;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=10;WE=130243628;WS=130243610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr9	130251615	rs10987668	C	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=0.567;SC=TCAGAAAAAACCCATCCATTA;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=11;WE=130251623;WS=130251605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr9	130251835	rs68012879	CAG	C	1289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=622;ReadPosRankSum=1.490;SC=CCTGCTCTCTCAGAGACTTGC;SOR=0.736;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=15;WE=130251844;WS=130251825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
chr9	130253286	rs5900748	G	GA	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.397;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=308;ReadPosRankSum=-0.916;SC=GCACGTCCATGCCCCAGGAAC;SOR=0.061;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=9;WE=130253294;WS=130253280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr9	130259618	rs2248822	A	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=0.058;SC=AGCCAGGTACAAGCACAGCTC;SOR=0.809;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=32;WE=130259626;WS=130259608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,47:0.28:166
chr9	130259656	rs3802358	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=268;ReadPosRankSum=-1.682;SC=GGCTCCAGCCGTATGTGTGGG;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=29;WE=130259664;WS=130259646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,44:0.30:147
chr9	130269786	rs2245051	A	G	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=494;ReadPosRankSum=1.171;SC=CTGCTCAAAGAAGACCCGTCT;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=31;WE=130269794;WS=130269776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr9	130270683	rs2277194	G	C	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.69;ReadPosRankSum=1.735;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr9	130270686	rs3824524	C	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=2.367;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr9	130272417	rs11788951	G	A	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,88:0.37:240
chr9	130286150	rs2251409	A	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=196;ReadPosRankSum=1.339;SC=CCTGATGAGCAGCTGCCCTCT;SOR=1.038;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=18;WE=130286158;WS=130286140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,22:0.25:87
chr9	130289615	rs2243558	C	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-2.182;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,40:0.30:135
chr9	130331257	rs151147273	CCCGCTCCCG	C	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=5;PP=1571;SC=CCCTGCTTCCCCCGCTCCCGC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=130331273;WS=130331247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr9	130341253	rs4240420	A	G	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=49;PP=1485;SC=AGGGACCGGAACTGGCCCAGT;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=85;WE=130341261;WS=130341243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
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chr9	130475442	rs497632	A	C	6268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr9	130477160	rs550045	G	A	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=28;PP=781;SC=AGGTGAACCCGCGGATCTGTC;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=130477168;WS=130477150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	130477768	rs504434	G	A	9361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=106;PP=2965;SC=GGACATAATGGCCGAACTGAA;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=129;TCR=106;TR=235;WE=130477776;WS=130477758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr9	130485618	rs537881	G	A	7877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=89;PP=2881;SC=TTCCGGTACTGCATGGGAAGG;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=75;TCR=90;TR=164;WE=130485626;WS=130485608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr9	130486384	rs836333	C	T	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=7;PP=545;SC=CCGTCTCCCACGCCCCCCCCG;SOR=1.556;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=130486393;WS=130486374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	130486385	rs35761147	G	GC	1800.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=463;SC=CGTCTCCCACGCCCCCCCCGA;SOR=1.556;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=20;WE=130486393;WS=130486374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	130486915	rs2256139	T	C	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=8;PP=707;SC=GGACGGAGACTGCGGCGGGGG;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=130486923;WS=130486905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	130488494	rs538927	C	T	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=29;PP=1236;SC=CTCATAGCAGCTTGGGACCCA;SOR=0.962;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=130488502;WS=130488484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr9	130489189	rs578997	C	T	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=26.50;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr9	130489558	rs472144	A	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=16;PP=637;SC=GGATGCTTAAACGGCACGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=130489566;WS=130489548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	130489743	rs13298768	A	G	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	130491726	rs555022	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=309;SC=CCCACCCCACTCTAACCTGGC;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=130491734;WS=130491716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	130491998	rs557630	A	G	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=18;PP=571;SC=GCAGCAGGGTAGTCAAAGCTC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=130492006;WS=130491988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	130492039	rs557749	G	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=17;PP=444;SC=CTAGGTGTGCGTTCGGCCCCG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=130492047;WS=130492029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	130493513	rs482095	A	G	4198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=55;PP=2331;SC=GCCTCAGCAAAACTGAGTATG;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=100;WE=130493521;WS=130493503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	130493724	rs505268	C	T	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=37;PP=1116;SC=GGGGAGGGGACGAGTTCTACC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=130493732;WS=130493714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	130494667	rs534652	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=14;PP=452;SC=TCCCTCAGCCGCCTTCTGGGT;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=130494675;WS=130494657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	130494811	rs515182	T	C	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=7;PP=948;SC=GGGGTGAAGCTGCCCGGGAGG;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=130494819;WS=130494801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	130494957	rs538066	T	C	6948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=64;PP=2217;SC=TTGATCTGCTTGCCACCCGTG;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=129;WE=130494965;WS=130494947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr9	130495633	rs564754	C	G	4293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=44;PP=1848;SC=AGTGGCCCCCCCACTGTGCCC;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=95;WE=130495641;WS=130495623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
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chr9	130496415	rs482712	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=441;SC=TCCCTGCCAGGTAGAATGACA;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=130496423;WS=130496410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	130504070	rs514024	G	A	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=45;PP=1942;SC=TCAGTACCTGGGCCATGTCCA;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=102;WE=130504078;WS=130504060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	130524817	rs3962613	C	T	5372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=1.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr9	130571225	.	AT	A	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr9	130616621	rs35400405	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=412;ReadPosRankSum=0.631;SC=CAGAGGGAGCGTGCCGCGGTC;SOR=1.048;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=26;WE=130616629;WS=130616611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr9	130630233	rs4226	G	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.159;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr9	130630639	rs913986	A	G	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=20;PP=894;SC=AGGCGATGACAGGTTCTGTGG;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=130630647;WS=130630629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	130635540	rs2767398	A	G	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=28;PP=1779;SC=GTCAGGGAAGAGAGGGTGCTC;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=77;WE=130635548;WS=130635530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	130635742	rs61743914	G	A	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=51;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.110;SC=CCGTCCTGCCGTGTCTCCTGT;SOR=0.724;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=234;TCF=99;TCR=135;TR=86;WE=130635750;WS=130635732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,161:0.40:406
chr9	130648680	rs913983	G	A	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	130649111	rs4837202	G	A	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=35;PP=994;SC=GGTGAGCGCTGGCAGGGTCCT;SOR=2.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=130649119;WS=130649101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr9	130657020	rs5900777	GC	G	1370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=25;PP=968;SC=CAGGCTCAGCGCCCCCACCTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=27;WE=130657028;WS=130657010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr9	130670903	rs10760511	C	A	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=39;PP=1184;SC=AGAACCCACTCGCCTCCGGCC;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=64;WE=130670911;WS=130670893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr9	130672106	rs7026378	A	G	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=9;PP=1492;SC=TATCTGTGCTATGGTCACCCA;SOR=2.524;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=54;TCR=9;TR=62;WE=130672114;WS=130672096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	130672221	rs10739700	C	T	11460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=114;NR=99;PP=2965;SC=CCGGCCTGGCCGGTCTGACCT;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=114;TCR=102;TR=213;WE=130672229;WS=130672211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr9	130690412	rs10760515	G	C	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=331;ReadPosRankSum=0.245;SC=CGGGGCCCAGGGCAGCCTGAT;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=26;WE=130690420;WS=130690402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr9	130693072	rs56016009	G	A	2133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,109:0.54:201
chr9	130698029	rs7997	G	C	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=-3.330;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,76:0.44:173
chr9	130698043	rs6781	A	G	1771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=1142;ReadPosRankSum=-1.602;SC=TCAGCATCACATAGGAGATGA;SOR=0.659;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=45;WE=130698051;WS=130698019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,97:0.46:212
chr9	130699917	rs2274424	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=534;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AGATGGTAGAGGGCTGACTAG;SOR=2.511;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=27;WE=130699925;WS=130699907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,33:0.40:82
chr9	130700251	rs6478802	T	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=343;ReadPosRankSum=-0.228;SC=CGCCTCCTCTTCTTTGCATAT;SOR=1.159;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=18;WE=130700259;WS=130700241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr9	130707081	rs2274426	A	G	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=830;ReadPosRankSum=1.535;SC=CATCTGTGAAATCCTGGCTCT;SOR=0.880;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=143;TCF=83;TCR=60;TR=56;WE=130707089;WS=130707071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,94:0.35:269
chr9	130710647	.	G	A	4900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=64;PP=1638;ReadPosRankSum=-1.012;SC=CAGCACTCACGTCTTGAAGCA;SOR=0.689;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=218;TCF=101;TCR=117;TR=116;WE=130710655;WS=130710637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,246:0.57:433
chr9	130710726	rs4837212	A	G	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=77;PP=2427;SC=CTATGCCCTGACCACCCACAG;SOR=1.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=46;TCR=77;TR=122;WE=130710734;WS=130710716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	130710791	rs4837213	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=376;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CAGAAGGGCTTGGATTCCAAT;SOR=1.410;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=26;WE=130710799;WS=130710781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr9	130715922	rs2417062	A	G	8370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.117;NF=98;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.425;SC=AGTTGACTGCAGAATCCCAGG;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=98;TCR=113;TR=211;WE=130715930;WS=130715912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,328:0.99:330
chr9	130829039	rs1539350	A	G	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=43;PP=1826;SC=GGCCACCGCCACCACTGCCAC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=100;WE=130829047;WS=130829029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr9	130854127	rs10739712	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=315;SC=AGTCGCCATCAGAGGCGTTTG;SOR=2.448;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=130854135;WS=130854117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	130860866	rs947624	T	C	4507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=42;PP=2028;SC=TGTGCCTGTATGTGCCGGTCA;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=69;TCR=43;TR=110;WE=130860874;WS=130860856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	130861039	rs947623	A	G	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=62;PP=1864;SC=GGAGAGGCGCATTCAACCGGT;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=95;WE=130861047;WS=130861029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	130864676	rs7859709	T	C	7532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=67;PP=2653;SC=CGATGACCATTGACTGGAACG;SOR=0.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=90;TCR=67;TR=157;WE=130864684;WS=130864666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr9	130868291	rs11792369	C	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=368;ReadPosRankSum=-0.928;SC=CAGGGCGAGGCAGGAGGCCCA;SOR=0.232;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=20;WE=130868299;WS=130868281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr9	130868312	rs7864867	G	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=18;PP=828;SC=GGCTCACCACGAGTTCCTTAC;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=130868320;WS=130868302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	130868831	rs1418420	T	C	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=454;SC=TTTAGAAACCTCCTCCCAGCA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=130868839;WS=130868821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr9	130883511	rs2040004	C	T	5715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=55;PP=2421;SC=GGTCATCGAACGCATCCAGCC;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=79;TCR=55;TR=134;WE=130883519;WS=130883501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
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chr9	130932396	rs144699223	AAC	A	3190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.085;NF=9;NR=28;PP=1541;ReadPosRankSum=0.812;SC=CCTGAATGACAACAGTCAAAG;SOR=0.676;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=37;WE=130932405;WS=130932386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,85:0.46:183
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chr9	130940121	rs4075428	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=25;PP=605;SC=ATCTGCCAACGTTGTCTCATC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=130940129;WS=130940111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr9	130942972	rs45585631	T	C	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=19;PP=1088;SC=CATGTCCCTCTGAAGGGCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=130942980;WS=130942962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr9	130984755	rs3003609	C	T	4822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=83;PP=2226;ReadPosRankSum=1.590;SC=TCCAGCAGTTCGCCGTAGACT;SOR=0.717;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=264;TCF=127;TCR=137;TR=155;WE=130984763;WS=130984745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,232:0.57:410
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chr9	130994179	rs3003578	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=91;ReadPosRankSum=1.872;SC=GCTCCAGGGGCTGTGTCCCTG;SOR=0.368;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=130994187;WS=130994169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr9	131001692	rs10987942	G	C	2789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.876;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=39;PP=1343;ReadPosRankSum=0.265;SC=GGTGTCTTTTGCGCTTGCCCA;SOR=0.854;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=291;TCF=165;TCR=126;TR=98;WE=131001700;WS=131001682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,168:0.33:511
chr9	131001846	rs57607566	CGTGT	C,CGT	1248.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;QD=32.02;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,26,13:0.67,0.33:39
chr9	131015279	rs2267958	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=1.320;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
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chr9	131019738	rs2240961	T	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.280;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=274;ReadPosRankSum=-0.551;SC=GCCAGGAATCTGCCATGCCAC;SOR=0.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=21;WE=131019746;WS=131019728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
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chr9	131030182	rs55671723	A	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.586;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr9	131038401	rs16930333	T	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.264;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
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chr9	131085373	rs3003601	G	C	8199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
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chr9	131218213	rs10819384	G	A	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=95;SC=GGCGAGACCCGGCCAGGCCCG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=131218221;WS=131218203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	131222541	rs6478832	A	G	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=36;PP=1173;SC=CAGCCCTAAGAACCCTGGGGC;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=131222549;WS=131222531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr9	131235321	rs4512487	A	G	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=24;PP=698;SC=AGCTGAAAACAGTAGGTGGCA;SOR=1.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=131235329;WS=131235311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	131243750	rs111998298	TA	T	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.397;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr9	131245175	.	CTT	C,CT	1750.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.951;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:20,78,30:0.61,0.23:128
chr9	131250084	rs372216616	AC	A	1590.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.103;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.92;ReadPosRankSum=-1.265;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,51:0.93:55
chr9	131250086	.	ACAC	A,AAC	1413.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.065;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.18;ReadPosRankSum=-1.256;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,9,41:0.17,0.76:54
chr9	131287352	rs10988014	C	T	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=12;PP=946;SC=AGTATCAATTCGTTGAATGTG;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=131287360;WS=131287342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	131300143	rs7048583	G	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=5;PP=554;SC=CTGCCCTGTGGCAGGTGCTAG;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=131300151;WS=131300133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	131331320	rs2152833	C	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=230;SC=AGAAGTTACCCGAATCCTGCC;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=131331328;WS=131331310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	131337389	rs2297768	C	T	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=8;PP=834;SC=AACATGGCTCCGTCCCTAATG;SOR=1.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=131337397;WS=131337379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	131337661	rs2297769	A	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=581;SC=TCACAACATTATTATGTTAAC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=28;WE=131337669;WS=131337651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	131340306	rs4837280	A	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=4;PP=564;SC=ATTTGAGAACATAGAATTCAG;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=131340314;WS=131340296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	131340639	rs1890103	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=28;PP=841;SC=TCACAGGTGTTTCTCATCATG;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=131340647;WS=131340629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	131344607	rs5900808	GA	G	540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=1;PP=551;SC=AAAGTTATGAGAAAAAATGTC;SOR=3.352;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=18;WE=131344615;WS=131344601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	131346218	rs10760566	A	C	5105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=74;PP=2383;SC=AGAAACATGCACTGCTAGAGG;SOR=1.026;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=48;TCR=75;TR=122;WE=131346226;WS=131346208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr9	131346479	rs4240431	A	G	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.97;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr9	131347165	rs4836615	G	A	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.25;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	131347169	rs4837284	C	T	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=1.835;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	131350112	rs4837286	A	G	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=15;PP=422;SC=CAGAGTTTAAAATAAGATTTA;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=131350120;WS=131350102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	131360750	rs2227864	C	T	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=19;PP=817;SC=CTGAAGGTCTCATGGCAGAGG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=131360758;WS=131360740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	131374165	rs7024498	C	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=60;PP=1791;SC=AGGAAGATGACCACCGTCACT;SOR=2.625;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=74;WE=131374173;WS=131374155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	131375701	rs1415568	A	G	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr9	131379967	rs2227862	C	T	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=34;PP=1033;SC=GGGACCTAACCGGCGTGCAGA;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=131379975;WS=131379957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	131379998	rs3750333	C	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=194;ReadPosRankSum=-0.578;SC=GAAGCACAAGCGGCTGGAAGC;SOR=0.772;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=19;WE=131380006;WS=131379988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,37:0.33:112
chr9	131380149	rs3750332	C	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=19;PP=601;SC=GTTCATGACCCCTCAGTCCAA;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=131380157;WS=131380139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	131380994	rs4837290	T	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=264;SC=GATCTCCTGATCTCGTGATCT;SOR=1.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=131381002;WS=131380986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr9	131383591	rs181397898	G	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-0.917;SC=CCACGTGTTGGTACCACAGAG;SOR=1.201;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=9;WE=131383599;WS=131383581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr9	131388643	rs3737308	C	T	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=12;PP=1180;SC=CTGGCGACTCCGCCAACTCAG;SOR=2.303;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=54;WE=131388651;WS=131388633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	131389060	rs10694437	C	CAA	1690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=28;PP=1463;SC=CACGACAAGACGAGCAGGATG;SOR=2.191;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=29;WE=131389068;WS=131389050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	131392553	rs7866175	G	A	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=25;PP=898;SC=CTGAGCTCTCGGCCAGCTGGG;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=131392561;WS=131392543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr9	131397479	rs4837291	G	A	5763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=75;PP=2612;SC=CCTTCCCGTCGGTGGCCACAC;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=142;WE=131397487;WS=131397469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr9	131398189	rs117258756	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=260;ReadPosRankSum=-1.149;SC=CCCCACAGAGGGAGAGTCCTA;SOR=1.030;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=17;WE=131398197;WS=131398179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr9	131398343	rs947182	T	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=6;PP=364;SC=CACAGCCCCCTGTCCTGGCCC;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=131398351;WS=131398333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	131398636	rs10760570	C	T	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=42;PP=1499;SC=CGGCCGACGGCTGCTGGGGAC;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=81;WE=131398644;WS=131398626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	131403096	rs2298045	A	G	8880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=127;PP=2965;SC=TGGGTATGTCATACTGGGACG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=85;TCR=127;TR=212;WE=131403104;WS=131403086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr9	131418828	rs4837292	A	C	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=9;PP=655;SC=ACCGTCTCCCAGCGGATGCCC;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=131418836;WS=131418818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	131452137	.	C	CG	38.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.35;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr9	131453331	rs4837293	G	A	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=11;PP=359;SC=TGGAACGCTTGCCTTTGTACT;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=131453339;WS=131453321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	131455760	rs10739728	C	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=9;PP=647;SC=CTACCTGCTGCACAGTTTTAT;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=131455768;WS=131455750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	131455903	rs4836618	C	T	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=39;PP=1324;SC=AAAGCTCTTCCGGTATTCATT;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=131455911;WS=131455893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr9	131456159	rs140324291	CT	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-1.026;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr9	131456385	rs10637043	G	GTA	1134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.16;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,37:0.76:49
chr9	131465167	rs1572915	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=6;PP=220;SC=TGGCTGAGAGAAGGGCCCCAA;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=131465175;WS=131465157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	131465284	rs3750321	G	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr9	131468251	rs1572916	T	C	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=59;PP=1723;SC=GAGACACCATTCCAGCCTGCA;SOR=1.142;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=35;TCR=59;TR=94;WE=131468259;WS=131468241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	131475951	rs4837297	T	C	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=58;PP=1338;SC=TCTGACTTGGTGGGACCCTGG;SOR=1.387;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=82;WE=131475959;WS=131475941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr9	131476236	rs72758842	G	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.843;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=161;ReadPosRankSum=0.361;SC=GACCCTGGGGGCTTGGGCTGT;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=9;WE=131476244;WS=131476226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr9	131477544	rs7854055	G	A	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=40;PP=1494;SC=GGTATGGGACGGGATTGGGGG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=131477552;WS=131477534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	131479023	rs10739729	T	C	6931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=72;PP=2965;SC=CTCTCTCCTGTAGCCTGTACT;SOR=1.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=114;TCR=72;TR=186;WE=131479031;WS=131479013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr9	131482467	rs3750325	T	C	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=48;PP=1792;SC=AGTGAGCGCCTGTCCTATTGC;SOR=0.870;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=105;WE=131482475;WS=131482457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
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chr9	131502112	rs2298044	A	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=381;SC=GACCAGAAGGAAGGTGGGAGC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=131502120;WS=131502111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	131502440	rs3818931	G	C	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	131502460	rs7027146	G	T	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=38;PP=1192;SC=AGATACCAGCGGCAGGACCCC;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=131502468;WS=131502450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	131505092	rs10739731	A	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=34;PP=1011;SC=TCTAGGAACTATCTAGAGGTA;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=131505100;WS=131505082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	131515547	rs8507	G	T	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr9	131550722	rs1891076	C	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=26;PP=739;SC=GGTTTCCCTACAGCAGCCCTG;SOR=1.480;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=36;WE=131550730;WS=131550712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	131553768	rs10760577	A	G	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=41;PP=1445;SC=TGCATGTGACAGAGCCAGTAC;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=73;WE=131553776;WS=131553758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	131568363	rs2417127	A	G	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=536;ReadPosRankSum=2.786;SC=AGACAGGAGGACCCTCCGCCC;SOR=0.596;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=36;WE=131568371;WS=131568353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr9	131570178	rs45609236	T	C	7098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.02;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	131570183	rs7862546	C	G	6815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.44;SOR=1.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr9	131580998	rs2293969	C	T	137.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=57;SC=ACCCTGGCGTCGGGCGCGGGG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=131581006;WS=131580988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr9	131583170	rs2280845	T	C	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=51;PP=1229;SC=CCCACTCACCTGAGGCCCCTA;SOR=1.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=73;WE=131583178;WS=131583160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	131585069	rs2280843	A	G	2988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=49;PP=1514;SC=ACCCGCCTGGATGAGGCCAGG;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=77;WE=131585077;WS=131585059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	131585205	rs2997919	T	C	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=160;SC=GCCCGAGACCTGGCCCACTGG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=131585224;WS=131585195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	131585216	rs2977994	G	T	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=125;SC=GGCCCACTGGGGTCCCCTGTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=131585224;WS=131585195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	131585994	rs2997918	T	C	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=22;PP=1031;SC=AAGGCCCCAGTGGCTGGCAGT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=131586002;WS=131585984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr9	131586913	rs4836630	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.077;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr9	131586918	rs2997917	G	A	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.19;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	131587240	rs2293968	G	A	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=47;PP=1389;SC=CAGGGGTTGGGGAACCTTCCA;SOR=1.584;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=65;WE=131587248;WS=131587230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	131588652	rs2997914	T	C	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=45;PP=2354;SC=GGCGGGCCCATACAGCGTTAC;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=125;WE=131588660;WS=131588642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr9	131589234	rs2977991	C	G	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=23;PP=2481;SC=GTGGACGGGGCCATGGTGAAG;SOR=2.152;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=89;TCR=23;TR=112;WE=131589242;WS=131589224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr9	131592193	rs2997906	T	C	5622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=109;PP=2965;SC=GCTGCAGGGGTACGCGGGCTG;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=52;TCR=109;TR=161;WE=131592201;WS=131592183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr9	131599008	rs2759009	C	T	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=9;PP=604;SC=ACCAGGCCTGCGCTGACTCTC;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=131599016;WS=131598998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	131600111	rs2280841	T	C	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=53;PP=1459;SC=GCAGGTGGCATGGGGTGGTAC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=97;WE=131600119;WS=131600101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr9	131602897	.	AT	A	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=6.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=-1.817;SOR=1.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr9	131670919	rs3750319	T	C	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=781;ReadPosRankSum=1.423;SC=CCTTCCTGCGTGAGAACCTGC;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=103;TCR=105;TR=76;WE=131670927;WS=131670909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,107:0.37:289
chr9	131689361	rs751340	G	A	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=56;PP=1861;SC=TCTTGTCTGCGGAAGAGTGTG;SOR=0.829;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=100;WE=131689369;WS=131689351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	131699847	rs12686860	G	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=6;PP=321;SC=TTGTTGGGCAGGGGTGGGGGT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=131699855;WS=131699837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	131700209	rs10113912	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	131702891	rs2273866	A	G	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=43;PP=1484;SC=GTGTGTCAAGAAGGATGGTCC;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=131702899;WS=131702881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr9	131715001	rs371313511	CA	C	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-1.567;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,36:0.28:128
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chr9	131743701	.	CT	C	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.338;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=2.768;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,31:0.29:108
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chr9	131761437	rs2004632	A	G	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=21;PP=866;SC=TGGCCCACCCAGTATTCTTTC;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=51;WE=131761445;WS=131761427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	131761659	rs2302813	A	G	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=30;PP=987;SC=ACAGCCAGGCAGGGCTTCCTT;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=131761667;WS=131761649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	131761899	rs2302811	A	G	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=51;PP=2310;SC=TGTCTATTCTACAGTAAGTGA;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=67;TCR=52;TR=118;WE=131761907;WS=131761889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr9	131764969	rs12683155	A	G	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=17;PP=1267;SC=TGGTGGCCAGACAGTGGCTGT;SOR=1.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=131764977;WS=131764959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	131765987	rs10739740	T	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=23;PP=689;SC=AAGAATACACTTGGGGCCGGG;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=131765995;WS=131765977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr9	131767668	rs2287363	A	C	6686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=76;PP=2965;SC=CCTCCTCCTCAAAGCAGCCCG;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=92;TCR=76;TR=168;WE=131767676;WS=131767658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr9	131771505	rs1129098	C	T	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr9	131772389	rs3750340	T	G	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=48;PP=1676;SC=GGGTGGGCAGTGGGACTCACG;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=94;WE=131772397;WS=131772379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	131778172	.	A	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=134;ReadPosRankSum=0.088;SC=AAAAGAAAAAACATGGTTTGA;SOR=0.593;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=10;WE=131778180;WS=131778162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr9	131790531	rs11537529	C	T	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=319;SC=TGCTGCGGGGCACCAGCCCTC;SOR=1.893;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=131790539;WS=131790521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	131846774	rs10988199	G	A	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=9;PP=850;SC=ATCACGTATGGCTGTGACTGA;SOR=2.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=131846782;WS=131846764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	131846957	rs11541836	T	C	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=62;PP=1801;SC=GTGATCTCTCTGGCCACCTCC;SOR=0.857;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=108;WE=131846965;WS=131846947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr9	131848382	rs7859344	T	A	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=13;PP=1070;SC=TGTGTCTGACTGGCTCTCACA;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=53;WE=131848390;WS=131848372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	131860901	rs3118635	G	T	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=53;PP=1739;SC=AGGGGCACCAGGGGAGACCGC;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=88;WE=131860909;WS=131860891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	131862073	rs3118638	G	A	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=29;PP=1419;SC=TTCTCTATAAGCTGGTCTATC;SOR=1.046;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=131862081;WS=131862063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr9	131862730	rs10819462	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=1;PP=854;SC=CAGGAAGTCCCGAGGCTGCAG;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=31;WE=131862738;WS=131862720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	131862781	rs10988204	G	A	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=24;PP=1570;SC=AAGCCCTGCCGGGCCTCACCT;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=78;WE=131862789;WS=131862771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	131863079	rs7866897	T	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=34;PP=997;SC=CATTTGTACCTCTCTGGGATG;SOR=2.687;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=131863087;WS=131863069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	131871144	rs2768629	A	G	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=21;PP=796;SC=CTACAAAGTGAGTGAGCAGAA;SOR=0.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=38;WE=131871152;WS=131871134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	131871249	rs2541163	A	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=16;PP=530;SC=GCTGTGGTGGAATCGGGGGTT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=131871257;WS=131871239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	131871435	rs2541162	A	C	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr9	131873222	rs3814492	G	A	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=15;PP=805;SC=AGGGCCGAGGGCGAGTCATTG;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=131873230;WS=131873212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	131881492	rs10819466	G	C	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=177;SC=TGGCCAGCCTGGTCTTGAACC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=131881500;WS=131881482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr9	131882705	rs200158794	AG	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr9	131882761	rs9409311	T	C	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr9	131891152	rs7023900	C	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=378;SC=GGGGAGAGTTCCCAGTAGGGG;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=19;WE=131891160;WS=131891142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr9	132084885	rs913771	A	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=10;NR=40;PP=1092;SC=GGGTGAGGGAAGCAGAGAGAA;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=132084893;WS=132084875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr9	132381749	rs4240434	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=403;ReadPosRankSum=-1.689;SC=AAGAAGGAAAGAAATGCCCCT;SOR=0.945;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=23;WE=132381757;WS=132381739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
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chr9	132382596	rs111606531	C	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=-0.156;SC=CCCGCCGGGTCGCGGTGAGCA;SOR=0.787;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=3;WE=132382604;WS=132382586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr9	132396281	rs10819551	G	C	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr9	132401027	rs147281908	C	CA	606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.327;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.001;NF=0;NR=12;PP=473;ReadPosRankSum=0.773;SC=TCCAGACACTCAGAGGATCAG;SOR=1.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=12;WE=132401035;WS=132401017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr9	132401824	rs2302780	G	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=29;PP=990;SC=GGTCCTATCTGTCCGCATTCT;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=132401832;WS=132401814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
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chr9	132515081	rs2241271	T	C	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=324;ReadPosRankSum=1.130;SC=ACCTTGGCCATGTTTCCCTAT;SOR=0.559;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=21;WE=132515089;WS=132515071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr9	132569553	rs1043178	C	T	5692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr9	132572629	rs1220509	T	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.282;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr9	132615077	rs2296786	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=290;ReadPosRankSum=-1.247;SC=GGCCGCCTTCCGGAGGCTCTG;SOR=1.139;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=16;WE=132615085;WS=132615067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr9	132618578	rs4836674	T	C	5144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=64;NR=49;PP=2256;SC=TCCTCTCAACTCACACAGGGA;SOR=0.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=113;WE=132618586;WS=132618568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr9	132618807	rs7862315	G	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=26;PP=749;SC=CAAAGTCAGCGAATCCTGGGC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=132618815;WS=132618797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	132620224	rs2417150	A	G	4377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=39;PP=2230;SC=TGTGGCCCCTATTCAGGAGAG;SOR=1.273;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=79;TCR=39;TR=118;WE=132620232;WS=132620214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr9	132620364	rs10819568	T	C	6592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=83;PP=2253;SC=GAGAATCCTTTGCTGACCACA;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=56;TCR=83;TR=139;WE=132620372;WS=132620354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr9	132620458	rs10819569	C	A	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.30;SOR=2.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	132620464	rs10760638	C	T	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=2.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	132620620	rs2174156	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=719;SC=AAGCAAAATTTGAGCTTCCGG;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=28;WE=132620628;WS=132620610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	132620707	rs2134601	T	C	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=39;PP=1608;SC=CTTGTTAGGCTAGAGTGCCCT;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=92;WE=132620715;WS=132620697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	132620990	rs2174157	T	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=355;SC=GGTGTCTGTTTCTGGGTCAGT;SOR=1.460;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=132620998;WS=132620980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	132623293	rs1503375	C	T	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=80;PP=2585;SC=AGTCAGAGGACGATGACCTGA;SOR=2.108;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=120;TCF=39;TCR=81;TR=116;WE=132623301;WS=132623283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	132623868	rs10115249	T	C	6299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=91;PP=2596;SC=ACATGAACGCTGCCCTGCAGG;SOR=1.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=54;TCR=91;TR=145;WE=132623876;WS=132623858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr9	132623917	rs10124224	C	A	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=62;PP=1986;SC=GTCCGAGGGCCGAGAGCTGTC;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=32;TCR=62;TR=94;WE=132623925;WS=132623907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr9	132625417	rs4837419	C	T	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	132625417	.	CA	TG	150	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=1.0000;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8;NR=1;PP=150;QD=22.6075416514;SC=TAAACTGCCGCATGCCTCATT;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=9;WE=132625426;WS=132625407;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,9:0.75:12
chr9	132625418	rs4836676	A	G	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	132625602	rs2900279	T	C	5068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=45;PP=1517;SC=TCCCTAGCCTTGGGCGGTGTG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=90;WE=132625610;WS=132625592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr9	132627480	rs913319	C	T	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=7;PP=1039;SC=TGTCAGGAAACGCCACACTCT;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=45;WE=132627488;WS=132627470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	132627723	rs913320	G	A	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=61;PP=1604;SC=TGACTTTGACGCCAAAACCAG;SOR=1.462;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=89;WE=132627731;WS=132627713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	132630231	rs913325	A	G	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=9;PP=816;SC=GGCGCTGGAGACTGGTTCCTC;SOR=1.649;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=39;WE=132630239;WS=132630221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr9	132630664	rs10602985	TGAC	T	4967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=43;PP=2415;SC=TGGCTGCCCTTGACGACCAGC;SOR=0.946;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=48;WE=132630674;WS=132630654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	132631680	rs6478920	T	C	8291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=97;PP=2965;SC=TTCTCAGCCTTGTGCAGTGTC;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=89;TCR=101;TR=186;WE=132631688;WS=132631670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr9	132632162	rs5900871	G	GC	699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=684;SC=CATGGGCTGGGCCTGTCCTGG;SOR=2.200;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=17;WE=132632170;WS=132632152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	132635653	rs1809959	A	G	3948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=48;PP=2047;SC=ATGAGCCACCATGCCCAGCCA;SOR=1.164;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=77;TCR=48;TR=125;WE=132635661;WS=132635643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	132635944	rs2296787	C	G	4176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.037;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=57;PP=2065;ReadPosRankSum=0.670;SC=GCCCTGATGCCGGACACTGAT;SOR=0.262;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=108;WE=132635952;WS=132635934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
chr9	132636031	rs4332226	A	G	6655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr9	132636031	.	AGT	GGC	1168	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=29;NR=44;PP=1168;QD=16.7324366419;SC=GAGGTGAGCCAGTGGCCTCGG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=73;WE=132636041;WS=132636021;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,73:0.94:78
chr9	132636033	rs4415421	T	C	6655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.97;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	132637712	rs735115	G	A	7921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=82;PP=2965;SC=ACACCTTCGCGGAGCCAGGCC;SOR=0.898;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=201;TCF=119;TCR=82;TR=196;WE=132637720;WS=132637702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr9	132640726	rs2296788	T	G	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=28;PP=813;SC=AACGGTGAGCTGAGGGGGGAC;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=132640734;WS=132640716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	132658044	rs2047837	T	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=5;PP=784;SC=GTAACAGTCATGGTTGTGGGG;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=132658052;WS=132658034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	132658078	rs71738364	G	GT	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.552;QD=2.58;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr9	132665321	.	A	AT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=6.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.333;SOR=0.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr9	132671359	rs3215850	T	TG	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.468;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=273;ReadPosRankSum=0.061;SC=CCTGCAGCCATGGGGGGTGCA;SOR=2.303;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=132671367;WS=132671349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr9	132672289	rs76629631	C	A	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,47:0.43:109
chr9	132672319	rs7855720	G	A	4944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=42;PP=1896;SC=TCCCTTTTCAGAAGCAGCTGC;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=100;WE=132672327;WS=132672309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr9	132677036	.	CTATATATATA	C	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	132677070	.	A	ATATATATG	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=20;MQ=57.97;NF=0;NR=3;PP=52;QD=18.3333333333;SC=ATATATATATATATCTCACCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=3;WE=132677078;WS=132677060;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,3:0.30:10
chr9	132678195	rs7867211	G	A	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=28;PP=1008;ReadPosRankSum=2.329;SC=TAAAAGACACGCCAGAAAACC;SOR=0.695;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=69;WE=132678203;WS=132678185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,126:0.61:207
chr9	132681277	rs5900875	C	CT	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
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chr9	132720911	rs113504493	TAAAC	T	1383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.582;QD=16.47;ReadPosRankSum=0.508;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
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chr9	132720987	rs77998122	C	T	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.471;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr9	132816398	rs5900882	T	TC	4622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=44;PP=2244;SC=CCGAGGCCACTCCCCGGGTTT;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=56;WE=132816406;WS=132816388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr9	132838063	rs11446412	C	CT	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
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chr9	132845723	rs7855078	T	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.165;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=295;ReadPosRankSum=1.315;SC=GTCCCCAAGATTATTTTGTTT;SOR=3.745;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=14;WE=132845731;WS=132845713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr9	132845986	rs10819597	T	C	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=38;PP=703;ReadPosRankSum=-0.123;SC=CATACATGCATGCACAGACAC;SOR=0.672;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=54;WE=132845994;WS=132845976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,72:0.60:120
chr9	132848653	rs11399718	C	CT	1105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=816;SC=AATTAGCATGCTTCTATGCCG;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=132848661;WS=132848643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	132848857	rs144751936	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=207;ReadPosRankSum=0.494;SC=AACAACTTAGGTATGCCCTGT;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=16;WE=132848865;WS=132848847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr9	132861672	rs2286792	G	T	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=0.458;SC=CTAATGTCTGGAGCTTTGGCT;SOR=0.439;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=18;WE=132861680;WS=132861662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr9	132862830	rs10081664	AA	TC	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	132863035	rs2277196	G	C	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=319;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CAAGACAAGGGGGGTGGGCAA;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=27;WE=132863043;WS=132863025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr9	132866883	rs7868997	T	C	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=643;SC=TCAAGCCCAATAGCTGAACTG;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=132866891;WS=132866873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	132866906	rs887536	C	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=325;SC=CATTCCCAAACTGATCTCAGT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=132866914;WS=132866896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	132871091	rs146664980	TAGGTTCTTTTCAGTGGCTTTAAGC	T	1043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.533;NF=3;NR=28;PP=2954;ReadPosRankSum=2.158;SC=CCTCTTGTGATAGGTTCTTTT;SOR=0.974;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=95;TCF=6;TCR=89;TR=31;WE=132871122;WS=132871081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,66:0.30:219
chr9	132872686	rs4837460	A	G	3833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=42;PP=1821;ReadPosRankSum=1.774;SC=GAGCGAATCTAAGAGCAGGAA;SOR=0.290;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=95;WE=132872694;WS=132872676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr9	132887249	rs11316087	TA	T	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.385;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.235;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr9	132887285	rs72759148	C	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=0.700;SC=TAAATAAAATCAATTCAAGGA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=132887293;WS=132887275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr9	132891113	rs2286794	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.91;ReadPosRankSum=-1.711;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr9	132891113	.	GGT	AGC	305	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=3;NR=14;PP=305;QD=21.0863455801;SC=GTGTGAATCGGGTCGGCTGCT;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=17;WE=132891123;WS=132891103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,17:0.74:23
chr9	132891115	rs7853219	T	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.70;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	132897231	rs1003416	G	A	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=40;PP=1718;SC=CCTAATCACCGTGCTGTGGCA;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=58;TCR=41;TR=98;WE=132897239;WS=132897221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr9	132962801	rs7037407	A	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=630;ReadPosRankSum=-0.847;SC=AGCTCCCCCCACCCCCCCACA;SOR=0.418;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=37;WE=132962809;WS=132962791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr9	132962816	rs7022964	T	C	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr9	132963129	rs887535	G	A	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.85;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr9	132985262	rs112503385	C	G	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=216;SC=AGGGGGGCGGCCCTCATCTGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=12;WE=132985270;WS=132985248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	133061233	.	G	A	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=586;ReadPosRankSum=-0.106;SC=TGGTTCGAGGGCCCCTACTTG;SOR=1.070;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=34;WE=133061241;WS=133061223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr9	133233324	.	C	T	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=735;ReadPosRankSum=1.745;SC=CCCCAAGCCTCCGTTGGTGGA;SOR=0.532;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=133;TCF=48;TCR=85;TR=58;WE=133233332;WS=133233314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,88:0.41:214
chr9	133260316	rs7858563	T	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=33;PP=675;ReadPosRankSum=-2.629;SC=CCCGCACAGATCAGCTCTGAG;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=113;TCF=32;TCR=81;TR=47;WE=133260324;WS=133260306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,53:0.37:144
chr9	133260353	rs11244109	G	A	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=52;PP=1410;SC=ACGGGCCCCAGGAGCCTGGCT;SOR=3.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=59;WE=133260361;WS=133260343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	133263923	rs7849839	T	C	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=70;PP=1821;SC=ACAGGATGCCTGTGGGTGAGC;SOR=1.122;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=43;TCR=71;TR=113;WE=133263931;WS=133263913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	133264059	.	GCC	G,GC	249.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=31.22;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,4,3:0.50,0.38:8
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chr9	133264096	rs11244127	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=146;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GTGAAGCGTTGTTTATTGGCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=8;WE=133264104;WS=133264086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr9	133270337	rs883982	A	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=74;ReadPosRankSum=-0.931;SC=GGGTCCCTCGATGCATGAGAA;SOR=0.646;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=9;WE=133270345;WS=133270327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr9	133270740	rs6597641	T	C	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=51;PP=1279;SC=TGCAGGTGGGTGCCAGGCAGG;SOR=1.161;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=79;WE=133270748;WS=133270730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	133274806	rs11244165	G	A	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.372;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=663;ReadPosRankSum=1.494;SC=GATACAGGAAGGGGAAATGGG;SOR=1.764;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=31;WE=133274814;WS=133274796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,40:0.62:65
chr9	133278771	rs143926040	A	AG	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.425;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=1.012;SC=GGGTCTGGGCAGGGGGGGAGT;SOR=0.277;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=11;WE=133278779;WS=133278761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr9	133280580	rs1475732	C	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=619;SC=CGGGTACAGACAGCCAGAACT;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=133280588;WS=133280570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	133281691	rs11244201	C	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=21;PP=539;SC=GGTCTTCCAACGTGGCCCTAT;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=133281699;WS=133281681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	133283255	rs10736862	A	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=356;SC=CTGAAGTCCAAGTTCTACTTC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=133283263;WS=133283245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr9	133307004	rs11244312	G	A	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=479;SC=GTGGGGCGGGGAGGCAGGCTC;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=133307012;WS=133306994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	133308780	rs1006615	C	T	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=26;PP=1190;SC=CGGGCGGCCCCTCTACGCTGC;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=133308788;WS=133308770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr9	133324400	rs11243372	A	G	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=135;ReadPosRankSum=-1.186;SC=CATGGAGCTCATAGTGGGGGA;SOR=0.538;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=15;WE=133324408;WS=133324390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr9	133324502	rs10123082	A	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=254;SC=CAGATCGCTTAAGTCCAGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=133324510;WS=133324492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	133325472	rs4740158	T	C	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	133327439	rs1760275	T	C	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=37;PP=1088;SC=AGGTCAGGGTTCCCGGGGGTG;SOR=1.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=133327447;WS=133327429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr9	133327835	rs1615006	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=388;ReadPosRankSum=0.504;SC=ACTCATTCAAGCCTGGCCTCT;SOR=0.536;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=32;WE=133327843;WS=133327825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,61:0.45:137
chr9	133346920	rs652313	A	G	6077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=66;PP=2042;SC=CCCAAACCCCATCTCCTCCCA;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=115;WE=133346928;WS=133346910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr9	133346983	rs641510	A	G	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=51;PP=1455;SC=TGATGTATTTATAGCCTAATT;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=83;WE=133346991;WS=133346973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr9	133347080	rs486889	G	A	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=328;SC=TCTGCCCACCGTCTCCTCGCT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=133347088;WS=133347070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	133355371	rs540140	G	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=204;ReadPosRankSum=1.764;SC=AGGCTCCGTGGTCCTTAGCCT;SOR=0.976;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=18;WE=133355379;WS=133355361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr9	133376153	rs2282219	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=442;ReadPosRankSum=-1.876;SC=ATGACAAACAATGTTTTCCCC;SOR=0.581;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=26;WE=133376161;WS=133376143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr9	133472120	rs74743353	G	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,73:0.56:131
chr9	133488447	rs2304812	G	A	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=31;PP=907;SC=TATCAATTTTGTAGAAATCAG;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=133488455;WS=133488437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	133498017	rs35428077	CA	C	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.791;QD=14.24;ReadPosRankSum=0.920;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr9	133501996	rs11333376	AG	A	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.793;NF=3;NR=9;PP=420;ReadPosRankSum=-0.746;SC=TTGCTGCTGCAGGCTGGGGCT;SOR=0.026;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=12;WE=133502004;WS=133501986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr9	133505952	rs2304810	C	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=154;ReadPosRankSum=0.772;SC=GCCAAGTGCCCCAGAGCCTCA;SOR=0.752;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=16;WE=133505960;WS=133505942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr9	133510021	rs2304808	T	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=7;PP=488;SC=GAGGAGCCCGTAAGGCCTGAC;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=133510029;WS=133510011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	133511393	rs76482042	C	T	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=668;ReadPosRankSum=1.135;SC=CAGGTCACGCCGCCAGCGCTG;SOR=0.615;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=44;WE=133511401;WS=133511383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,96:0.41:232
chr9	133556992	.	T	TCGC	173.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.77;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	133573185	.	GT	G	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.227;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr9	133710722	rs11433465	G	GC	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=209;SC=GGTGAGGGCGGCTGGCGGGGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=133710730;WS=133710712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr9	133710740	rs11433464	G	GC	266.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr9	133710804	rs7866590	T	C	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=376;SC=GGGAGAGGGGTTCCGGCCCCC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=133710812;WS=133710794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	133710819	rs11433463	T	TC	2760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=11;PP=967;SC=GCCCCCGACGTGCTGGCGCGG;SOR=0.933;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=133710827;WS=133710809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	133911598	rs2275132	A	G	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=604;ReadPosRankSum=0.330;SC=CCGACGTGGCAGGCCAGTTGG;SOR=0.619;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=45;WE=133911606;WS=133911588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,87:0.41:210
chr9	133911706	rs2275131	C	T	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=700;ReadPosRankSum=0.215;SC=CCGAGGCTGCCCACGAGTGTC;SOR=0.696;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=55;WE=133911714;WS=133911696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,123:0.45:272
chr9	133911821	rs2275130	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=142;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CTCCTGGGTACGCCCCGGGGG;SOR=0.461;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=13;WE=133911829;WS=133911811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr9	133914570	rs2293518	G	A	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=1029;ReadPosRankSum=0.497;SC=GCAAGCCCACGGTGACTGGCT;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=163;TCF=66;TCR=97;TR=68;WE=133914578;WS=133914560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,117:0.43:269
chr9	133924451	rs869457	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=404;ReadPosRankSum=-0.764;SC=CTCTGAGCACCCCCCACAATG;SOR=1.005;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=32;WE=133924459;WS=133924441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,42:0.49:86
chr9	133927878	rs10901333	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=1.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,49:0.35:142
chr9	133928345	rs12349966	C	T	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.962;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=48;PP=1102;ReadPosRankSum=0.221;SC=CCGGCCCCAGCCCTGCCGGTC;SOR=0.901;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=205;TCF=92;TCR=113;TR=79;WE=133928353;WS=133928335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,155:0.41:377
chr9	133936381	rs3824398	G	A	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=28;PP=1241;SC=CCATCTCTGGGCATTCTGGGT;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=73;WE=133936389;WS=133936371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr9	133936571	rs3739510	C	G	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=43;PP=1423;SC=CCCAGAGAGCCGGGAGGTGGT;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=74;WE=133936579;WS=133936561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr9	133942624	rs3765569	A	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=24;PP=676;SC=CCAGGGTGGCACATGGTGGGC;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=133942632;WS=133942614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr9	133944522	rs2275142	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	133944525	rs2275141	A	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	133948049	rs2275140	A	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=4;PP=365;SC=GCAGATGATGAGCCTCGAGGG;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=133948057;WS=133948039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr9	133951230	rs3818800	C	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=362;ReadPosRankSum=-1.058;SC=ACAGAGACACCGCCACCAAGA;SOR=0.796;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=31;WE=133951238;WS=133951220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,66:0.46:143
chr9	133962930	rs7024108	C	T	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=58;PP=1627;ReadPosRankSum=-1.086;SC=ACCAGCCAGACGCAAGCCACG;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=77;TCR=107;TR=100;WE=133962938;WS=133962920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,140:0.52:270
chr9	133963058	rs6597675	C	A	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.267;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=2182;ReadPosRankSum=-0.742;SC=CCTGGCAGCCCGGGTGGGGAC;SOR=0.429;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=114;WE=133963066;WS=133963048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr9	133967240	rs818056	T	C	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=800;ReadPosRankSum=0.820;SC=GGGTGCACACTACCCCACAGG;SOR=0.569;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=60;WE=133967248;WS=133967230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,112:0.42:268
chr9	133967295	rs710074	C	A	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=711;ReadPosRankSum=0.967;SC=TGTGAACTCGCCCCCGTGTGG;SOR=0.613;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=47;WE=133967303;WS=133967285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,56:0.58:96
chr9	133967310	rs10696088	T	TCA	1561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=1217;ReadPosRankSum=0.438;SC=GTGTGGATAGTCACTCCCTGC;SOR=0.415;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=0;TCR=48;TR=27;WE=133967318;WS=133967300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr9	133986836	rs353528	C	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=343;SC=CTCCAAGGGGCGACAGGAAGC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=133986856;WS=133986826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	133986848	rs353527	G	A	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=365;SC=ACAGGAAGCCGGGGTGAACAA;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=133986856;WS=133986826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr9	133986980	rs353526	T	G	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=37;PP=1287;SC=TCTCACCTCTTTAGGAGTTTC;SOR=0.738;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=74;WE=133986988;WS=133986970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	133987060	rs353525	G	A	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=34;PP=1086;SC=GGTAAGCTGGGGCGGGCTGCC;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=133987068;WS=133987050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	133996439	rs2281906	C	T	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=8;PP=557;SC=GCTTCGGAGGCAGAAGTGAGG;SOR=1.464;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=30;WE=133996447;WS=133996429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	133996460	rs111758824	T	TG	1755.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=11;PP=1014;SC=CCTGGGGTTTTGGGGGAAAGG;SOR=1.342;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=27;WE=133996468;WS=133996450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr9	134003900	rs967174	A	G	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=59;PP=1637;SC=TGATGTCAACATGAGAACCCT;SOR=1.993;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=18;TCR=59;TR=77;WE=134003908;WS=134003890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	134004912	rs3736957	A	C	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=33;PP=932;SC=ATGGTCATCTACTTAAGAATT;SOR=1.573;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=44;WE=134004920;WS=134004902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	134008691	.	G	GTTT	167.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-0.000;QD=18.65;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr9	134008720	rs10901353	C	G	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=433;SC=GAGACAAGATCTCACTCTGTC;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=134008728;WS=134008710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	134010236	rs16922	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=5;PP=502;SC=CTGTGGGATCTGAGAAAAATT;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=134010244;WS=134010226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	134015781	rs2281903	A	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=232;SC=CTGGTGCACGAAAGGCTGTTC;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=134015789;WS=134015771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	134015899	rs2281902	C	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	134016121	rs2281901	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=281;ReadPosRankSum=0.816;SC=CCTGCTTTATCAGTAAGGGAA;SOR=1.112;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=17;WE=134016129;WS=134016111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr9	134021630	rs2296710	A	G	15261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=166;NR=192;PP=2965;SC=GCCACCCCACACCTCTCTCAG;SOR=0.809;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=360;TCF=166;TCR=194;TR=358;WE=134021638;WS=134021620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,599:1.00:599
chr9	134025595	rs11244305	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=125;ReadPosRankSum=-0.467;SC=ATTCGTTACAATGAGTGAAGA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=7;WE=134025603;WS=134025585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr9	134027081	rs181279268	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=75;ReadPosRankSum=-0.448;SC=AGATTTGGACGTAACAACTTT;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=134027089;WS=134027071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr9	134067795	rs4602942	G	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=30;PP=769;SC=AGTTCTTACCGTGGCAGTAAT;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=134067803;WS=134067785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	134076950	rs56349054	C	CA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=1.602;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr9	134103759	rs11244329	G	A	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=230;ReadPosRankSum=-0.694;SC=CCACACGCCAGCCAAAAAGCA;SOR=0.512;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=17;WE=134103767;WS=134103749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr9	134136515	rs352952	A	G	6243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=74;PP=2828;SC=CCCGGTAGATATTGGTGAGCT;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=145;WE=134136523;WS=134136505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr9	134136677	rs352951	A	G	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=48;PP=1444;SC=AGTTCACCCCATCCGAGTCGC;SOR=1.241;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=134136685;WS=134136667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
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chr9	134165899	rs11244357	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=325;SC=GGCCTGCCCAACCCCACCCTG;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=134165907;WS=134165878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr9	134323240	rs2994064	A	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=256;SC=CAAAGTCCATATGTACTTACC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=134323248;WS=134323230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	134330349	rs112882060	T	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GTCCTCATGATCCGCCCACCT;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=7;WE=134330357;WS=134330339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr9	134342939	rs17458249	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=-1.141;SC=CTCTGCTGGTATATTCTCTAG;SOR=0.984;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=9;WE=134342947;WS=134342929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr9	134346315	rs4310250	T	C	15169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=159;PP=2965;SC=TGGACCCACGTATCACGCCCA;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=288;TCF=128;TCR=160;TR=286;WE=134346323;WS=134346305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,583:1.00:583
chr9	134348807	rs4276727	G	A	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=8;PP=1031;SC=CAGGGTAACTGTTAACTTCTT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=38;TCR=8;TR=46;WE=134348826;WS=134348797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	134348818	rs5900941	TG	T	1602.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=10;PP=1704;SC=TTAACTTCTTTGGGCCTTTGG;SOR=2.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=44;WE=134348826;WS=134348797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr9	134350323	rs10736851	C	G	2596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=49;PP=1458;ReadPosRankSum=-0.672;SC=ACGGGCAGGACCCGGAGGTCG;SOR=0.784;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=160;TCF=67;TCR=93;TR=82;WE=134350331;WS=134350313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,116:0.55:211
chr9	134350458	rs10751478	C	T	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=905;ReadPosRankSum=-0.162;SC=GAGCAGAGCCCCACGGCAGAA;SOR=0.614;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=103;TCF=49;TCR=54;TR=56;WE=134350466;WS=134350448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,85:0.55:155
chr9	134350647	rs10793873	T	C	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr9	134351065	rs7858488	G	T	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.877;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=54;PP=2468;ReadPosRankSum=-0.029;SC=CCAACAAGGGGTGCTCTGAGG;SOR=0.479;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=130;WE=134351073;WS=134351055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chr9	134351343	rs11243403	C	T	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=61;PP=1522;ReadPosRankSum=2.146;SC=GACAGCCGCGCGGAGGACAAG;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=274;TCF=126;TCR=148;TR=111;WE=134351351;WS=134351333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,165:0.38:437
chr9	134351770	rs78591540	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=237;ReadPosRankSum=1.265;SC=AGCTGGCCAAGAGGAGCTTCT;SOR=0.854;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=21;WE=134351778;WS=134351760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,39:0.36:109
chr9	134353724	rs4076428	C	T	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=138;ReadPosRankSum=-1.225;SC=AGATCAGAGGCGGCCTGAGAA;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=12;WE=134353732;WS=134353714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr9	134357039	rs45536539	G	A	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.721;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,81:0.41:197
chr9	134358657	rs10901061	G	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=254;SC=TTTTGAGTCGGGGAAACTGCA;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=134358665;WS=134358647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	134358719	rs41317004	G	A	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=-3.722;SC=ATCTCAGTGGGCTGTGTGGCC;SOR=0.874;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=11;WE=134358727;WS=134358709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr9	134359918	rs10751480	G	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=7;PP=568;SC=ACACGGAGCTGTAGGTGCTTT;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=134359926;WS=134359908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	134360015	rs10793874	G	T	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=23;PP=1045;SC=GGATGGGTTTGGGCAAAGCCA;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=134360023;WS=134360005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr9	134361318	rs3808829	C	A	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=13;PP=1109;SC=CGTGTGCTTCCGGCACACAGG;SOR=1.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=134361326;WS=134361308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	134361581	rs10793875	T	A	6522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=94;PP=2926;SC=TGACAGCAGCTAGCCAGGTGG;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=54;TCR=94;TR=148;WE=134361589;WS=134361571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
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chr9	134381487	rs148086540	G	GT	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
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chr9	134385435	.	CA	TG	504	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=25;MQ=59.95;NF=20;NR=15;PP=504;QD=15.9276535675;SC=GGGGCAGATGCAGATGTCACA;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=35;WE=134385444;WS=134385425;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:53,35:0.40:88
chr9	134385436	rs2296949	A	G	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.29;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	134385552	rs5900942	GT	G	1741.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.141;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=1101;ReadPosRankSum=1.757;SC=GGAGGCCAGAGTTTCTGTCAC;SOR=0.777;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=76;TCF=19;TCR=57;TR=33;WE=134385560;WS=134385542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,61:0.47:131
chr9	134385599	rs2018621	A	G	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=53;PP=2071;SC=AGAGGTGGGTACGCTTTTCCA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=108;WE=134385607;WS=134385589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr9	134386675	rs4740163	T	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=13;PP=664;SC=TGGCTTAGGGTCATTTTTCTT;SOR=1.136;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=37;WE=134386683;WS=134386665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	134386744	rs10901065	T	C	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=20;PP=1043;SC=CTCGGATCACTCAGGGTCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=134386752;WS=134386734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	134386903	rs10901066	G	A	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=34;PP=943;SC=TTATTTGCTCGTAGATTTGCT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=134386911;WS=134386893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr9	134387315	rs10901068	C	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=7;PP=1178;SC=CCAGGCTGGTCTCAAACTCCT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=134387334;WS=134387305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	134387326	rs116150532	G	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=292;ReadPosRankSum=-0.573;SC=TCAAACTCCTGGGCTCAAGCA;SOR=1.277;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=20;WE=134387334;WS=134387305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr9	134387488	rs3739494	T	C	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=53;PP=1650;SC=CCTTCAAAGATGTCAATAACT;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=94;WE=134387496;WS=134387478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr9	134387539	rs59515295	G	A	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=465;ReadPosRankSum=1.100;SC=TGCAGGTCCTGTGACTCCAGA;SOR=1.234;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=29;WE=134387547;WS=134387529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr9	134388562	rs77176471	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=287;ReadPosRankSum=1.357;SC=TGTGCCCCTCCGGTGCAGCTG;SOR=1.106;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=22;WE=134388570;WS=134388552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr9	134394163	rs1547768	A	G	7217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=76;PP=2836;SC=CTTCCAACCCAAGTGGACACG;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=162;WE=134394171;WS=134394153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr9	134394646	rs2010635	A	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=10;PP=936;SC=GCTAAGTGGAATGATGCGGTT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=134394654;WS=134394636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	134395628	rs2277152	C	G	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=47;PP=1417;SC=CATCCTGTTTCTTGAGAATTC;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=134395636;WS=134395618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr9	134395687	rs2277153	C	A	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=31;PP=877;SC=GGGTTTCTCCCAAGCTTTTCC;SOR=2.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=38;WE=134395695;WS=134395677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	134397624	rs4740165	C	T	6342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=109;PP=2965;SC=ACGGGGGCTGCGGAGACAGTG;SOR=1.113;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=64;TCR=109;TR=173;WE=134397632;WS=134397614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr9	134398534	rs3739495	T	C	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=21;PP=590;SC=GGGGTCGGGATGAGGTTGAAG;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=134398542;WS=134398524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr9	134401335	rs2296957	C	T	2926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	134401976	rs146748232	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-0.382;SC=GGGGTTGGGGGGTGGCTTTAG;SOR=0.730;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=13;WE=134401984;WS=134401966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr9	134404199	rs4740260	A	G	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=6;PP=706;SC=GTATGTGGCCATAATGAGCCA;SOR=2.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=134404207;WS=134404189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	134406071	rs7867616	C	G	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=457;ReadPosRankSum=-1.314;SC=TGGAACCGCTCGTCCTGTGAC;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=30;WE=134406079;WS=134406061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,43:0.57:76
chr9	134406131	rs3904960	G	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=1.809;SC=CCCCTGGGGGGTATGCTCGGA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=16;WE=134406139;WS=134406121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr9	134406647	rs4740261	A	G	138.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	134406650	rs7041225	C	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr9	134433463	rs4740167	T	C	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.730;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=230;ReadPosRankSum=-1.230;SC=TGGGCAGGGGTGACCTGGCCC;SOR=0.245;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=19;WE=134433471;WS=134433453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr9	134463039	rs11794453	A	T	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=165;SC=CCTACCATTCAAGCTCCCTGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=134463047;WS=134463029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	134465398	rs3818581	T	C	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=31;PP=943;SC=AGCCATGTGGTCGGCTGAGGG;SOR=1.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=134465418;WS=134465388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	134465410	rs3818580	G	C	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=29;PP=702;SC=GGCTGAGGGTGGTGGAGTGGA;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=134465418;WS=134465388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	134467578	rs3215862	GA	G	2083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=22;PP=903;SC=AATCTAGAGGGAAAAAACAAT;SOR=0.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=29;WE=134467586;WS=134467568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	134467754	rs11794623	T	A	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=127;SC=CCCAGAGAAGTCACACGTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=134467762;WS=134467744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	134477579	rs13301422	T	C	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=28;PP=843;SC=AGGGGCCCTCTGCGGGGCTGC;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=134477587;WS=134477569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr9	134479293	rs7037668	A	G	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=13;PP=1486;SC=GGGAGGGCAGAGCCCAAGCCC;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=63;WE=134479301;WS=134479283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	134480272	.	GGT	G	80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=4;NR=2;PP=80;QD=13.8333333333;SC=CATGTGCAGGGGTGTGTGTGT;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=6;WE=134480285;WS=134480262;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:17,6:0.26:23
chr9	134497450	rs7023385	C	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=30;PP=845;SC=CCCCTCCCCCCATTCTTCCCA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=38;WE=134497458;WS=134497440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	134505545	rs11243457	A	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=4;PP=257;SC=TGCCCACCCCACCGGGCCCTA;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=134505553;WS=134505535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	134518575	rs7854489	T	C	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=223;SC=ACCAAGATGCTTCTAAGGCTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=134518583;WS=134518569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	134612965	rs7034382	C	A	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=42;PP=1130;SC=GGCCTCAGGTCTTTCTCCCAA;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=134612973;WS=134612955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	135073877	rs3824574	C	T	4186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=68;PP=2002;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TCAAGGAGTTCTTCACCCTCA;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=103;TCR=114;TR=130;WE=135073885;WS=135073867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,195:0.61:318
chr9	135074103	rs3739928	G	A	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.884;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=934;ReadPosRankSum=0.294;SC=GAACATGACCGGGTTCTTGGG;SOR=1.318;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=45;WE=135074111;WS=135074093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,54:0.68:79
chr9	135102254	rs2149171	C	T	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.697;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=532;ReadPosRankSum=-1.172;SC=GCAACCTGCACGCCAACCTGT;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=40;WE=135102262;WS=135102244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,72:0.60:120
chr9	135105964	rs4962173	A	G	4301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.191;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=36;PP=2171;ReadPosRankSum=-0.591;SC=CACAGGTGCCACTGCAGGTTC;SOR=1.079;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=114;TCF=76;TCR=38;TR=111;WE=135105972;WS=135105954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,167:0.99:168
chr9	135106054	rs2274854	T	A	3442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=54;PP=1712;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TGGAAAAAGCTGGAGAGAAAA;SOR=0.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=112;TCR=100;TR=114;WE=135106062;WS=135106036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,169:0.51:330
chr9	135117178	rs12342966	T	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=246;ReadPosRankSum=-0.503;SC=GCCCCCGGGATCTCGCACACC;SOR=0.653;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=19;WE=135117186;WS=135117168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr9	135158547	rs374507994	C	CA	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr9	135158690	rs34073320	C	T	1707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=816;ReadPosRankSum=0.103;SC=CACCCCCTTGCCCACGGAAAG;SOR=0.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=58;WE=135158698;WS=135158680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,82:0.50:165
chr9	135202829	rs543573	T	C	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=59;PP=1953;SC=GGTACAAATATGTCAGAATTC;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=103;WE=135202837;WS=135202819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr9	135203231	rs1183768	C	T	7327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=98;PP=2965;SC=CTATTCTGTCCTTTTTTGGCA;SOR=0.832;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=186;TCF=86;TCR=100;TR=184;WE=135203239;WS=135203221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr9	135203409	rs1185193	A	C	4322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=56;PP=2466;SC=TTCCCACAAGATCTCTCTTAT;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=115;WE=135203417;WS=135203399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr9	135206460	rs9411449	A	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=10;PP=639;SC=TTTCAGGATTATAATTGTATA;SOR=1.455;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=32;WE=135206468;WS=135206450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	135211609	rs111938515	AAC	A	1167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=779;SC=CAGCCTGGGCAACAGAGTGAG;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=135211618;WS=135211599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	135221597	rs497650	G	A	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=6;PP=409;SC=AATTCTTATGGTACTAAAATA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=135221605;WS=135221587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr9	135263573	rs556386	G	T	6095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=92;PP=2701;SC=TGCCATAGTAGATACGCCGAC;SOR=1.144;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=48;TCR=92;TR=140;WE=135263581;WS=135263563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr9	135265876	rs471890	T	C	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=475;SC=CTAGACACGATTGTTCTTGAC;SOR=1.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=135265884;WS=135265866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr9	135271987	rs1166321	T	C	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr9	135272061	rs5900975	GT	G	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.421;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr9	135273507	rs569288	G	A	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=14;PP=1292;SC=ATGGTCAAAGGGTGATTGTTT;SOR=1.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=57;WE=135273515;WS=135273497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr9	135273607	rs504525	C	G	5703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=53;PP=2446;SC=CCGTGTACAGCAGCTTGTCTG;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=120;WE=135273615;WS=135273597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr9	135273759	rs5900976	G	GA	2083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=36;PP=1675;SC=TGTTAATAATGACAAAAGCAA;SOR=2.387;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=37;WE=135273767;WS=135273749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	135276710	rs553323	C	T	294.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=186;SC=CAAATCTCCACCTCAAAAATA;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=135276726;WS=135276700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	135276715	.	AAAAT	A	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr9	135374898	rs562350	T	C	11916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=1.417;SC=GTCAGCTCAATGACATCCGCA;SOR=0.422;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=135;TCR=164;TR=294;WE=135374906;WS=135374888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,475:1.00:476
chr9	135375023	rs61001416	G	A	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=66;PP=2009;SC=CATCCCTTGAGGGGGTGGAGG;SOR=1.456;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=31;TCR=67;TR=96;WE=135375031;WS=135375013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	135388799	rs577416	G	A	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=71;PP=2035;SC=CACAATCTGAGGCCCCTGTGC;SOR=2.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=25;TCR=71;TR=96;WE=135388807;WS=135388789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	135412913	rs13286286	G	A	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=125;SC=GGAGGCTCCCGGGGGCGGGCG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=135412921;WS=135412903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr9	135470176	rs306549	C	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TTTTCACAAGCCTCCTCTGAC;SOR=0.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=8;WE=135470184;WS=135470166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr9	135470414	rs306547	T	C	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,72:0.56:128
chr9	135507624	rs35126244	CGT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=10.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-1.591;SOR=3.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr9	135537573	rs3739900	G	T	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=16;PP=754;ReadPosRankSum=1.945;SC=CTCCTAGAGCGGCCATTTCAC;SOR=0.572;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=49;WE=135537581;WS=135537563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,87:0.70:124
chr9	135538050	rs35918594	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=369;ReadPosRankSum=1.347;SC=CCTCACTGGACGCTTGGTATT;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=26;WE=135538058;WS=135538040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr9	135538807	rs2583805	G	C	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.458;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=202;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GCCTGATTGCGGATTACAGGC;SOR=0.169;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=21;WE=135538815;WS=135538797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr9	135544772	rs11243872	G	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=1.188;SC=AGTAAGTCACGATATATAGGG;SOR=0.330;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=135544780;WS=135544762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr9	135554566	rs371169	G	A	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CCTTTGAAGAGGCAGCTGCTC;SOR=0.579;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=58;WE=135554574;WS=135554556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,79:0.67:118
chr9	135562800	rs456396	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.269;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=374;ReadPosRankSum=-0.421;SC=TTCTAGTCACGCTCTACACTT;SOR=0.160;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=24;WE=135562808;WS=135562790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr9	135602727	rs1999121	T	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=234;SC=ATAATCGTCCTTCAGTGGTCA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=135602735;WS=135602722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	135603108	rs139398120	TCC	T	468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=185;SC=AGAGCCTGTGTCCCCCCAACC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=135603117;WS=135603098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr9	135765261	rs2231410	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=189;ReadPosRankSum=-0.667;SC=ACAGCGTAGTCGAACCCCAAA;SOR=0.818;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=14;WE=135765269;WS=135765251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr9	135863485	rs615667	A	G	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=13;PP=1376;SC=CACTTGCCTCAGCCTCCCAAA;SOR=2.476;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=71;WE=135863493;WS=135863475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	135863502	rs62579580	G	A	2931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=15;PP=1964;SC=CAAAGTGCTGGAATTGCAGGC;SOR=2.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=70;TCR=15;TR=85;WE=135863510;WS=135863492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr9	135930735	rs645841	T	C	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=296;ReadPosRankSum=0.267;SC=AATCACCTGCTGAGGGAGTGG;SOR=0.700;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=24;WE=135930743;WS=135930725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr9	135946954	.	GC	G	128	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=8;NR=1;PP=128;QD=16.1111111111;SC=TGACTCCGGCGCCCCCCCCGT;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=135946962;WS=135946944;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr9	135961809	rs679779	T	C	6873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=140;PP=2965;SC=TCTCTAAGGCTATGACCGCCT;SOR=1.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=56;TCR=140;TR=196;WE=135961817;WS=135961799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr9	135974079	rs1062356	G	C	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr9	135974100	rs886017	G	A	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=44;PP=1558;SC=CATAGTTGGCGGTAGAGTTCA;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=83;WE=135974108;WS=135974090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
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chr9	135976698	rs35108384	G	A	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=1402;ReadPosRankSum=-1.337;SC=AGCTCCTGGGGGCTTTGCACG;SOR=0.617;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=181;TCF=111;TCR=70;TR=90;WE=135976706;WS=135976688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,134:0.47:284
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chr9	136081391	rs6597608	G	A	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=3.795;NF=42;NR=50;PP=1510;ReadPosRankSum=0.687;SC=AGACCCCATCGCAGCCCAGAG;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=92;WE=136081399;WS=136081381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,128:0.98:130
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chr9	136081598	rs28507496	C	T	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=28;PP=1371;SC=TCGGGGCACACGGGGAATGCG;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=77;WE=136081606;WS=136081588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	136083580	rs2073870	T	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=16;PP=517;SC=TGGATGCACCTATCCTCCCTC;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=136083588;WS=136083570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr9	136083801	rs4310274	A	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=21;PP=1078;SC=CACCAGGTGGATCTGGGGAGG;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=136083809;WS=136083791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr9	136131289	rs8176748	C	T	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1060;ReadPosRankSum=0.905;SC=AGCCGCTGCACCTCTTGCACC;SOR=0.673;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=184;TCF=88;TCR=96;TR=74;WE=136131297;WS=136131279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,106:0.39:269
chr9	136131347	rs8176745	G	A	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.283;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.757;SC=CCTCGTCCTTGGGGATGTAGG;SOR=0.967;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=72;WE=136131355;WS=136131337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,105:0.41:255
chr9	136131437	rs8176742	C	T	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=782;ReadPosRankSum=-1.860;SC=TGCCGAACAGCGGAGTCAGGA;SOR=0.846;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=58;WE=136131445;WS=136131427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,81:0.33:242
chr9	136131472	rs8176740	A	T	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=794;ReadPosRankSum=-1.760;SC=TGGTCGCGGAACTCCATGTCC;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=55;WE=136131480;WS=136131462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,99:0.34:293
chr9	136131783	rs8176737	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr9	136131783	.	CGT	TGC	493	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=13;PP=493;QD=36.4311916575;SC=AGCCGCCGGCCGTGCACCCCT;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=15;WE=136131793;WS=136131773;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr9	136131785	rs8176736	T	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,19:0.27:70
chr9	136131846	rs7873416	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=97;ReadPosRankSum=-2.764;SC=TTGGAAGGCTTAGAGCAGCAG;SOR=0.518;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=7;WE=136131854;WS=136131836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
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chr9	136132633	rs2073824	A	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.262;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=101;ReadPosRankSum=1.676;SC=ACGAGCCCACATGAGCTCAGT;SOR=1.730;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=10;WE=136132641;WS=136132623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr9	136132707	rs2073825	A	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=384;ReadPosRankSum=-1.626;SC=CCGCCACCCCACTCTGTCTTG;SOR=0.735;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=32;WE=136132715;WS=136132692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,34:0.31:109
chr9	136132873	rs8176720	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=166;ReadPosRankSum=-1.269;SC=CGATGTTGAATGTGCCCTCCC;SOR=0.864;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=19;WE=136132881;WS=136132863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,43:0.44:98
chr9	136132908	rs8176719	T	TC	813.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.126;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=229;ReadPosRankSum=-0.320;SC=AGCCAAGGGGTACCACGAGGA;SOR=0.512;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=7;WE=136132916;WS=136132898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr9	136132957	rs8176718	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.698;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-0.174;SC=CGTGCGGTCACATGGAGCTGG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=136132965;WS=136132947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr9	136133506	rs512770	A	G	1774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=723;ReadPosRankSum=0.040;SC=AGCACCTTTGACTGGGGGTAG;SOR=0.857;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=45;WE=136133514;WS=136133496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,84:0.60:141
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chr9	136136770	rs688976	A	C	2938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=40;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.863;SC=GGGCTTAGGAACCCGTAACTG;SOR=0.699;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=174;TCF=85;TCR=89;TR=77;WE=136136778;WS=136136760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,150:0.47:318
chr9	136137646	rs8176694	T	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.774;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,38:0.31:122
chr9	136150466	rs616154	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.661;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr9	136150484	rs559723	A	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=121;ReadPosRankSum=-0.372;SC=CGCAGCCCTGAGCGCCCCCAC;SOR=0.741;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=13;WE=136150492;WS=136150474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr9	136185077	rs9411507	T	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=5;PP=309;SC=TCTCCAGCCTTTGGGGTGCGG;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=136185085;WS=136185067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr9	136185324	rs11789139	C	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.902;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.40;MQRankSum=-1.465;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.180;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr9	136185358	rs544622	T	C	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.84;QD=22.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr9	136199466	rs886089	G	A	4294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.806;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=59;PP=1564;ReadPosRankSum=1.424;SC=CTGGGCCTCCGTGGCCTCCTC;SOR=0.656;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=195;TCF=100;TCR=95;TR=115;WE=136199474;WS=136199456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,215:0.59:364
chr9	136199503	rs886090	G	A	4119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.656;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=57;PP=1308;ReadPosRankSum=-2.317;SC=TCTTTCGCCCGCAGCTCCTTT;SOR=0.872;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=181;TCF=82;TCR=99;TR=97;WE=136199511;WS=136199493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,207:0.57:365
chr9	136201470	rs563666	C	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=537;SC=GTTAAGTCCCCATCTCATGGC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=136201478;WS=136201460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	136211248	rs9645009	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=437;ReadPosRankSum=-0.369;SC=CTTGCCTACAAGTAGCTGATG;SOR=0.601;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=27;WE=136211256;WS=136211238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr9	136213521	rs616836	T	C	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.864;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=322;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GGGCCATGGCTGAGCCTCAAG;SOR=0.428;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=32;WE=136213529;WS=136213511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr9	136214955	rs553877	A	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=276;ReadPosRankSum=0.835;SC=GCAGCCTCTCAGCCCCGCCTC;SOR=0.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=22;WE=136214963;WS=136214945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr9	136219062	rs183853102	T	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=1.136;SC=CACTTCCTAGTGGCTGTCATT;SOR=1.432;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=11;WE=136219070;WS=136219052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr9	136223043	rs59358281	C	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=0.390;SC=TCAATCCCCACGACAACCCTT;SOR=0.760;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=6;WE=136223051;WS=136223033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr9	136223221	.	GCCCCGCACCCCGCACCCCGCA	GCCCCGCACCCCGCA,G	131	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0,0;NR=5,5;PP=497,734;SC=CCCTCCCCGCGCCCCGCACCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5,5;WE=136223249;WS=136223211;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:4
chr9	136223366	rs523304	G	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.569;NF=5;NR=2;PP=95;ReadPosRankSum=0.380;SC=GGACGCAGGAGGCATCTGCAT;SOR=0.956;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=7;WE=136223374;WS=136223356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr9	136227260	rs12763	A	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=171;ReadPosRankSum=1.088;SC=CACTGATGAGAGCAGGAGAGA;SOR=0.984;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=17;WE=136227268;WS=136227250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr9	136232758	rs2269894	T	C	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=400;ReadPosRankSum=-0.719;SC=AGCGTCATGTTGGTGCCCAAG;SOR=0.503;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=28;WE=136232766;WS=136232748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr9	136234124	rs1179033	A	G	3712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=27;PP=1420;SC=ACCACCCGCAAAGCCACTCAC;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=136234132;WS=136234114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
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chr9	136259340	rs28394600	C	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=510;ReadPosRankSum=2.075;SC=GGATACAGTGCTGGGCAGGGT;SOR=0.612;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=84;TCF=61;TCR=23;TR=33;WE=136259348;WS=136259330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,44:0.37:118
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chr9	136268084	rs3124747	A	G	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=695;ReadPosRankSum=0.091;SC=CAGCTCCCTCAAAAGCAGGGA;SOR=0.537;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=50;WE=136268092;WS=136268074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,61:0.54:114
chr9	136268912	rs28510482	A	G	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,73:0.42:172
chr9	136268962	rs28714280	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=450;ReadPosRankSum=0.408;SC=GGTGAGCTGGGTGGGCGCCCT;SOR=0.759;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=30;WE=136268970;WS=136268952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr9	136274058	rs7030175	G	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.696;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
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chr9	136291063	rs3118667	C	T	1751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=21;PP=751;ReadPosRankSum=-1.277;SC=CGCAGGGTGCCCCAAATATCA;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=92;TCR=55;TR=56;WE=136291071;WS=136291053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,92:0.40:231
chr9	136291539	rs3118668	A	G	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr9	136291594	rs28515121	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=4;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=0.437;SC=CCCTCACCCCGACAGACTCAG;SOR=2.030;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=9;WE=136291602;WS=136291584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr9	136291621	rs28757785	A	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=53;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGACAGGGGAACCTGATACTG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=136291629;WS=136291611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr9	136295290	rs3124773	A	C	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=53;PP=1553;ReadPosRankSum=-1.791;SC=CACGTCCCCCAAAACGTGCAT;SOR=1.360;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=76;WE=136295298;WS=136295280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,125:0.98:127
chr9	136298729	rs739469	G	C	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.039;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=510;ReadPosRankSum=-0.492;SC=TCACCCTGCTGTCTCACCCTC;SOR=0.743;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=39;WE=136298737;WS=136298719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,66:0.43:154
chr9	136301982	rs2301612	C	G	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr9	136303253	rs2028002	T	C	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=5.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.70;ReadPosRankSum=1.745;SOR=0.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr9	136304497	rs3124768	A	G	1752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=634;ReadPosRankSum=-1.381;SC=AATATGTCACATTTCTGACAG;SOR=0.666;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=57;WE=136304505;WS=136304487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,99:0.42:237
chr9	136305439	rs2073932	G	A	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=941;ReadPosRankSum=-2.674;SC=AGCTCCACACGGCTAACAGGG;SOR=0.536;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=158;TCF=90;TCR=68;TR=68;WE=136305447;WS=136305429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,101:0.42:239
chr9	136308542	rs3124767	C	T	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=0.306;SC=CCTGTGGGGGCGGCCTGCGGG;SOR=0.537;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=13;WE=136308550;WS=136308532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr9	136311017	rs652600	G	A	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=558;ReadPosRankSum=-1.917;SC=GCCTCGTTCTGAAAAGCATTT;SOR=0.757;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=42;WE=136311025;WS=136311007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,89:0.47:190
chr9	136330428	rs41302667	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.554;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr9	136384162	rs11523307	A	G	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=744;ReadPosRankSum=-1.202;SC=GGCCAGGGAGACACAGGGGGA;SOR=0.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=41;WE=136384170;WS=136384152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,69:0.52:132
chr9	136385437	rs9802272	A	G	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=91;PP=2902;SC=AGGTGGTCACAGCACAAAGAG;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=64;TCR=91;TR=155;WE=136385445;WS=136385427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr9	136385453	rs9802273	A	G	5309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=87;PP=2804;SC=AAGAGGCCAGAGCTGGTCCCC;SOR=1.156;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=51;TCR=87;TR=138;WE=136385461;WS=136385443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr9	136401606	rs11507717	A	C	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=11;PP=888;ReadPosRankSum=-0.307;SC=GTCTTGCCTGAAGCAGGCATT;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=70;TCR=19;TR=53;WE=136401614;WS=136401596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,70:0.63:111
chr9	136402345	rs11516156	T	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.141;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCCTTGGGAGTTCCCCCCAGC;SOR=0.205;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=136402353;WS=136402336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr9	136404775	.	A	ACGGCTGTCCCGGCTGTCC,ACGGCTGTCCCGGCTGTCCCGGCTGTCCCGGCTGTCCCGGCTGTCC	1103.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=64.93;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,9:0.47,0.53:17
chr9	136405965	rs28504582	C	A	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.302;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=71;PP=2032;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GCCACAGCGCCCTCCCAGCAG;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=243;TCF=119;TCR=124;TR=138;WE=136405973;WS=136405955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,182:0.54:334
chr9	136406209	rs28675164	T	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=-1.099;SC=CAGCCTCCTGTGTACCACTGG;SOR=0.321;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=10;WE=136406217;WS=136406199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr9	136409529	rs11522325	C	T	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=10;PP=853;SC=GTGGAGTGGGCGAGTGCCACC;SOR=1.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=136409537;WS=136409519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr9	136409580	rs9802778	T	G	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=33;PP=1372;SC=ACTGTCATCCTTTTGCCTCCA;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=136409588;WS=136409570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	136412041	rs11507719	C	T	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=8;PP=863;SC=TTTCCTGTCTCGGGAGCATTT;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=136412049;WS=136412031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr9	136412170	rs2073874	C	T	6975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=72;PP=2965;SC=CTCTTGCAGACGAAGCTGGCT;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=156;WE=136412178;WS=136412160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr9	136412236	rs2073875	A	T	7936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=79;NR=91;PP=2933;SC=TCAACATCGCAGGCACGGTGG;SOR=0.782;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=80;TCR=92;TR=170;WE=136412244;WS=136412226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr9	136412255	rs2073876	A	C	6959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=86;PP=2522;SC=GGTCAAGTACAGGCGGCCCAT;SOR=0.837;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=71;TCR=87;TR=156;WE=136412263;WS=136412245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr9	136412346	rs2073878	C	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=44;PP=1247;SC=GTACGTGTGCCGCAGGCCTTG;SOR=2.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=136412354;WS=136412336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	136412382	rs2073879	T	C	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=23;PP=695;SC=CTGGGCACTGTTTCCCCAGAA;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=136412390;WS=136412372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	136501941	rs2797849	G	C	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.291;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=554;ReadPosRankSum=-2.856;SC=TCTGTCACCTGTCAGTGTTTG;SOR=0.262;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=33;WE=136501949;WS=136501931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr9	136505114	rs1108580	A	G	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr9	136505241	rs1108581	A	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=-1.474;SC=CAGCTATGACAGAGAGAAAGC;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=14;WE=136505249;WS=136505231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr9	136507301	rs1611120	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=0.493;SC=CTGAGAGGGCGACCAGCTGAA;SOR=0.409;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=9;WE=136507309;WS=136507291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr9	136507473	rs5320	G	A	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=616;ReadPosRankSum=2.498;SC=GCCCTCAGACGCGTGCACCAT;SOR=0.634;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=146;TCF=75;TCR=71;TR=55;WE=136507481;WS=136507463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,96:0.37:259
chr9	136509312	rs1611125	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=19;PP=904;ReadPosRankSum=0.151;SC=AGGACACACCCGTCTGTCTGA;SOR=1.040;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=155;TCF=99;TCR=56;TR=62;WE=136509320;WS=136509302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,79:0.38:209
chr9	136518097	rs77905	A	G	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=37;PP=1647;SC=CGTACAACACAGAAGACCGGG;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=136518105;WS=136518087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	136522187	rs1611131	A	G	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=490;ReadPosRankSum=0.712;SC=CCTTGTCCCCACCAGGTTCAA;SOR=0.736;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=173;TCF=110;TCR=63;TR=52;WE=136522195;WS=136522177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,93:0.32:293
chr9	136523669	rs129882	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=40;ReadPosRankSum=-1.981;SC=CAGCCCTGCACGCCCAGGATG;SOR=0.055;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=136523677;WS=136523659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr9	136532107	rs7854480	G	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=32;PP=754;SC=CGTGGCTCCAGGCAGATAGGG;SOR=4.461;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=33;WE=136532115;WS=136532097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr9	136536633	rs2797840	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=10;PP=516;SC=CCCCCGCCCCGTGCTGTCCAG;SOR=1.230;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=22;WE=136536641;WS=136536623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	136536679	rs129932	G	A	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=21;PP=1155;SC=TCAGGGAGTCGATGGCGCGGT;SOR=0.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=51;WE=136536687;WS=136536669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	136536793	rs2519123	C	G	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=49;PP=1700;SC=CCAGCTCCCCCACAAAGGACA;SOR=0.753;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=94;WE=136536801;WS=136536783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr9	136555629	rs886016	T	C	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=494;ReadPosRankSum=0.020;SC=GCCCCGCCCATGGCCAGGTAG;SOR=0.814;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=39;WE=136555637;WS=136555619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,68:0.42:162
chr9	136559460	rs2073817	C	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,28:0.29:98
chr9	136561303	rs2502739	A	T	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=13;PP=1652;SC=GGCTGTGCCCATGGAGTGACA;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=57;TCR=13;TR=70;WE=136561311;WS=136561293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	136561567	rs2427998	G	T	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=34;PP=884;SC=CGGGGGCTGTGTCCAACACAC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=40;WE=136561575;WS=136561557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	136569974	rs2510248	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=291;ReadPosRankSum=0.389;SC=CTGGGGAGGCGGGGCACACGG;SOR=1.714;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=17;WE=136569982;WS=136569964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr9	136570004	rs2502747	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=-0.910;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
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chr9	136570005	rs2510247	T	C	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.75;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr9	136599315	rs2488553	G	A	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=20;PP=611;SC=AGGCCTCAGCGAAACAGGGAG;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=136599323;WS=136599305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr9	136629256	rs66574029	CTG	C	1993.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.906;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=32;PP=1221;ReadPosRankSum=0.926;SC=AAGATCGTGTCTGTGTGTGTG;SOR=1.135;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=6;TCR=57;TR=35;WE=136629269;WS=136629246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,74:0.63:117
chr9	136629298	rs2797825	A	G	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=546;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GTGCATGTCTATGTTGGGGTG;SOR=1.050;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=38;WE=136629306;WS=136629288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,53:0.62:86
chr9	136629399	rs2797826	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr9	136635409	rs590614	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=0.169;SC=TCCTGGTCTGGGTCTGTGAGG;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=8;WE=136635417;WS=136635399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr9	136637177	.	A	ACACACGGCCCCGGCGGTCACTGCGTGAGGGC	2351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=2.908;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.205;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,83:0.54:154
chr9	136637198	.	C	T	618	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=12;NR=31;PP=618;QD=15.1807258732;SC=CGGCGGTCACCGCGTGAGGGC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=30;TCR=66;TR=43;WE=136637206;WS=136637188;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:53,43:0.45:96
chr9	136637242	rs2510244	A	G	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.220;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=141;ReadPosRankSum=-0.666;SC=AGCCAGGCTCATTCTGTGTTT;SOR=1.721;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=11;WE=136637250;WS=136637232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr9	136640226	rs2488559	G	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=19;PP=518;SC=CAGTGTCTGAGGGGTGCCCAG;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=136640234;WS=136640216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	136641235	rs667183	C	T	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=618;ReadPosRankSum=1.342;SC=TTAACGGCCCCCCAGGGCCAC;SOR=0.459;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=68;TCF=41;TCR=27;TR=38;WE=136641243;WS=136641225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,64:0.55:116
chr9	136641313	rs2077065	G	C	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=35;PP=950;SC=CTGCCCTGGAGGGGACTGTCT;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=60;WE=136641321;WS=136641303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	136643994	rs602990	T	C	3995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=51;PP=1514;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TAATTCTGCATGGCCACCATC;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=88;TCR=77;TR=111;WE=136644002;WS=136643984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,188:0.67:282
chr9	136645079	rs540626	G	C	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=536;ReadPosRankSum=-0.908;SC=GACAAGGACAGAACACAGAGA;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=38;WE=136645087;WS=136645069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,100:0.49:203
chr9	136648535	rs2488563	T	C	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	136648565	rs680458	G	A	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	136648606	rs1468128	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.529;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr9	136648611	rs56145872	A	AG	1224.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.62;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	136648746	rs13283160	G	C	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.609;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=198;ReadPosRankSum=1.776;SC=TGAGGTCGAGGCTGGGGTCGG;SOR=0.758;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=23;WE=136648754;WS=136648736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,53:0.32:168
chr9	136651125	rs56072078	GGTGCCT	G	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=392;ReadPosRankSum=-0.881;SC=TATGTGCACAGGTGCCTGTGC;SOR=1.022;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=136651138;WS=136651115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr9	136651185	rs2023664	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=1.309;SC=TGCCCATGCTGTACGTGCACA;SOR=0.941;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=5;WE=136651193;WS=136651175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr9	136652465	rs2258889	A	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=276;ReadPosRankSum=-0.905;SC=CGCAGTGTGGAGGCGCCAGGA;SOR=0.474;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=20;WE=136652473;WS=136652455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr9	136653551	rs56296048	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=439;ReadPosRankSum=-1.469;SC=CCTTGAGCTCGTAGCTGTAGC;SOR=0.583;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=36;WE=136653559;WS=136653541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr9	136654497	rs2072059	G	A	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=633;ReadPosRankSum=0.884;SC=GTCAGCCGGGGCTGGAGCAGC;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=49;WE=136654505;WS=136654487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,70:0.44:160
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chr9	136675302	rs41302915	G	A	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.093;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=930;ReadPosRankSum=-1.286;SC=CTCCCCTTCCGGGCCACTCAC;SOR=0.575;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=65;WE=136675310;WS=136675292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,138:0.62:221
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chr9	137007711	rs117739003	G	A	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=472;ReadPosRankSum=-1.818;SC=GGGGAGGTTTGTCCCCTCTCC;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=35;WE=137007719;WS=137007701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
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chr9	137017126	rs34523253	A	G	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.406;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=581;ReadPosRankSum=0.536;SC=ACACCGCCTCAGGCCAGTGCC;SOR=0.845;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=43;WE=137017134;WS=137017116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,79:0.65:122
chr9	137019439	rs35420166	G	A	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.709;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=7;PP=1144;ReadPosRankSum=0.803;SC=GCCACCCTTCGGGGCGGCGAG;SOR=0.239;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=84;TCF=76;TCR=8;TR=57;WE=137019447;WS=137019429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,60:0.70:86
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chr9	137019542	rs34169579	T	C	6826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=89;PP=2569;ReadPosRankSum=-0.759;SC=TGTCCCTGCCTGGCTGTCAGC;SOR=0.630;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=333;TCF=191;TCR=142;TR=204;WE=137019550;WS=137019532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,327:0.62:530
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chr9	137020431	rs28620999	A	G	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=637;ReadPosRankSum=0.711;SC=GCCTCCAGACATGCCGCCTCA;SOR=0.747;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=45;WE=137020439;WS=137020421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,82:0.53:155
chr9	137020612	rs78468899	C	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;ReadPosRankSum=1.012;SC=GCCATCTCCGCTGGGTTTGGT;SOR=0.534;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=29;WE=137020620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,44:0.62:71
chr9	137021803	rs28522840	C	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=354;SC=CGTAGGGTGCCGTCGTCTTCC;SOR=1.528;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=20;WE=137021811;WS=137021793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr9	137271318	rs35196866	C	A	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=34;PP=1067;SC=TGGAGGAGGGCCCCCAGGACC;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=137271326;WS=137271308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr9	137271408	rs34133915	G	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=401;SC=TCGGCCTCATGGGGGGCTTGC;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=137271416;WS=137271398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr9	137271454	rs34189335	A	G	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=254;SC=GCTCCCTGACAGCCGCAGGGT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=137271462;WS=137271444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	137293761	rs2234753	G	A	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=108;PP=2723;SC=GGGAGGGGGTGGGGCCTGGGG;SOR=3.154;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=152;TCF=28;TCR=124;TR=134;WE=137293769;WS=137293751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr9	137299949	rs1805352	C	A	5910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=51;PP=2630;SC=GACATAGGGACAAACCTGGTG;SOR=0.960;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=87;TCR=51;TR=138;WE=137299957;WS=137299939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr9	137320855	rs3118570	G	T	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=10;PP=1402;SC=AGGATGGGTCGGTGACATGCT;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=52;TCR=10;TR=62;WE=137320863;WS=137320845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	137321156	rs1536475	A	G	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=56;PP=1633;SC=GAGTTCAGCCACCTTGGCCCC;SOR=3.458;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=7;TCR=56;TR=63;WE=137321164;WS=137321146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr9	137325822	rs3132293	T	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=196;SC=CCAGCGGCATTCCTCCACCAC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=137325830;WS=137325815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr9	137328286	rs1805343	G	A	4847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=49;PP=2270;SC=CCCCTTGCCCGGCCCTCACCA;SOR=1.097;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=128;WE=137328294;WS=137328276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr9	137591755	rs41306397	C	T	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=641;ReadPosRankSum=0.823;SC=TCTGTTCCAGCGTCTGCATTT;SOR=0.741;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=47;WE=137591763;WS=137591745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,92:0.57:162
chr9	137592961	rs4341231	T	C	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=1.583;SC=GCAGCAAAATTGCTTGAGCTG;SOR=0.375;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=14;WE=137592969;WS=137592951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr9	137600268	rs116312634	G	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.51;ReadPosRankSum=-0.932;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,29:0.83:35
chr9	137600268	.	GGT	CGG	319	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=19;NR=4;PP=319;QD=16.1942554288;SC=CAACTCCCGGGGTGGGGGCTC;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=23;WE=137600278;WS=137600258;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,23:0.74:31
chr9	137600270	rs4841925	T	G	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.22;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	137600467	rs55960630	C	T	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=37;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.068;SC=CCCCTGGCAGCGGAACACCAG;SOR=0.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=193;TCF=114;TCR=79;TR=89;WE=137600475;WS=137600457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,129:0.46:278
chr9	137600687	rs3128588	C	T	4597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=77;PP=2358;ReadPosRankSum=1.142;SC=TGGGCGGGGCCGTGCTCCCTC;SOR=0.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=128;TCR=133;TR=152;WE=137600695;WS=137600677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,211:0.57:373
chr9	137619195	rs3124299	C	T	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.355;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=554;ReadPosRankSum=1.179;SC=ACTGTGACACCGCAGTACCTG;SOR=0.828;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=37;WE=137619203;WS=137619185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,74:0.55:135
chr9	137620474	rs3124302	C	T	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=18;PP=865;ReadPosRankSum=0.545;SC=GGTCGCTCTGCGGGCTCCGCT;SOR=0.927;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=57;WE=137620482;WS=137620464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,86:0.50:171
chr9	137622033	rs3124308	A	G	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.48;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr9	137622039	rs3128598	G	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.33;ReadPosRankSum=0.754;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr9	137622455	rs3128600	A	C	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.319;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=608;ReadPosRankSum=0.279;SC=GTTCCACCACACCCTGGCCCT;SOR=0.318;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=29;WE=137622463;WS=137622445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr9	137623534	rs56385965	C	T	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.526;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,58:0.28:209
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chr9	137623601	rs3124310	C	G	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=45;PP=1242;SC=CAGGGGTGGGCCTCTACGGGC;SOR=4.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=48;WE=137623609;WS=137623591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr9	137645974	rs183083175	C	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.317;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=578;ReadPosRankSum=0.412;SC=GGCAGCAGATCCGTGTCCCGT;SOR=0.369;Source=Platypus;TCR=27;TR=39;WE=137645982;WS=137645964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr9	137646046	rs11103501	A	G	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=569;ReadPosRankSum=-0.435;SC=CGATGAGCACAGGGACAAGGC;SOR=0.841;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=43;WE=137646054;WS=137646036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,72:0.41:175
chr9	137646217	rs11103502	G	A	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=380;ReadPosRankSum=0.074;SC=CAGCTTGGGCGCTGGAGGAGC;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=25;WE=137646225;WS=137646207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr9	137650033	rs77607202	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=84;ReadPosRankSum=-2.199;SC=ACACCAAGGCGGGGTGTCCAC;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=10;WE=137650041;WS=137650023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr9	137653750	rs77716946	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=419;ReadPosRankSum=0.068;SC=AGAGGCTGACGTTGACCCTTT;SOR=0.821;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=36;WE=137653758;WS=137653740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,67:0.42:161
chr9	137658730	rs4842159	T	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=12;PP=649;SC=CCGCTGGCATTAGGCAGTGGG;SOR=1.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=137658738;WS=137658720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr9	137659000	rs72774432	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.433;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr9	137659005	rs4842160	A	T	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.90;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
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chr9	137660194	rs4842162	G	T	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=13;PP=891;SC=CTTGGTGGCCGACGGAGAGGT;SOR=1.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=137660202;WS=137660184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr9	137672012	rs3124932	C	T	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=36;PP=1063;SC=TCCTTGCAGCCACGGGGCCCC;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=137672020;WS=137672002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	137674341	rs59126004	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=0.716;SC=GCAGAGCTCATGGGAAAGCCA;SOR=0.425;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=8;WE=137674349;WS=137674331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr9	137674391	rs34489567	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=267;ReadPosRankSum=-1.163;SC=CGTCCGGGCCATGTGCTGCCC;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=21;WE=137674399;WS=137674381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,21:0.51:41
chr9	137674488	rs41310213	G	A	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=671;ReadPosRankSum=0.467;SC=GCCTAGACTAGGGCACTCTCT;SOR=0.887;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=47;WE=137674496;WS=137674478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,88:0.49:178
chr9	137676795	rs76391270	C	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.19;ReadPosRankSum=1.443;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr9	137676796	.	G	GT	532.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=2.283;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chr9	137676801	.	G	GGGGGCA,GGGGGGCA	480.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=1228;ReadPosRankSum=2.810;SC=TGTGCGGGGGGTGGTCTTCTC;SOR=0.808;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=9;WE=137676810;WS=137676785;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.21:82
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chr9	137677017	rs71506921	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=141;ReadPosRankSum=-1.964;SC=TCGGGCTCCCGTTGGCTGTGG;SOR=0.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=15;WE=137677025;WS=137677007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,32:0.39:82
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chr9	137681100	rs34636935	C	T	1946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=790;ReadPosRankSum=0.610;SC=TCGGCTGCCTCGGTGCCTAGC;SOR=0.625;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=69;TCR=76;TR=58;WE=137681108;WS=137681090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,100:0.44:225
chr9	137686906	rs4072883	C	T	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=34;PP=1869;SC=GAGTGACTGACCAGCCCCTTC;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=95;WE=137686914;WS=137686896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	137686987	rs79481146	A	T	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,108:0.36:297
chr9	137687038	rs4072882	A	G	6830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=79;PP=2796;SC=AGCACGTGCCAGGGGCTGGGG;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=81;TCR=79;TR=160;WE=137687046;WS=137687028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr9	137688048	rs10776902	T	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=7;PP=1031;SC=CAGGCTTTGATAGCCACAGAT;SOR=3.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=44;WE=137688056;WS=137688038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr9	137688577	rs3811161	A	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.848;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=6;PP=558;ReadPosRankSum=-0.428;SC=AGGAAAGGCCATGGGGGTGGG;SOR=1.562;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=36;WE=137688585;WS=137688567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr9	137688624	rs3811160	A	G	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=929;ReadPosRankSum=0.277;SC=CCACCGGCACAGGCAGGTCAG;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=70;WE=137688632;WS=137688614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,97:0.60:162
chr9	137688657	rs3811159	A	G	3236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1430;ReadPosRankSum=-0.022;SC=CTCGGGAGAGACCTCTTGTCC;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=178;TCF=103;TCR=75;TR=102;WE=137688665;WS=137688647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,153:0.62:247
chr9	137688780	rs142676375	GCCTGTCCCCTCCAAAACCCA	G	7516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.089;NF=9;NR=81;PP=2927;ReadPosRankSum=0.174;SC=GGCCAGCACTGCCTGTCCCCT;SOR=0.735;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=120;TCF=11;TCR=109;TR=90;WE=137688808;WS=137688770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,288:0.99:290
chr9	137688863	rs72774465	G	A	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=5.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=1.860;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr9	137688910	rs7851810	G	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.926;HP=4;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=329;ReadPosRankSum=0.451;SC=GTCAGATGAGGGGGAGACCCC;SOR=2.049;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=22;WE=137688918;WS=137688900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr9	137690318	rs4240707	A	T	2997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.744;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.765;NF=43;NR=54;PP=1298;ReadPosRankSum=0.416;SC=GTGAGTATCGAGGGTGCTGGG;SOR=0.458;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=146;TCF=59;TCR=87;TR=97;WE=137690326;WS=137690308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,147:0.64:231
chr9	137694032	rs10858281	C	A	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=42;PP=1162;SC=GGAGCAAGCACAGATGTGTTT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=137694040;WS=137694022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr9	137701893	rs13293484	G	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.256;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=0.247;SC=AAAGCCTGTCGAGCATCAGAT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=6;WE=137701901;WS=137701883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr9	137701922	rs13297349	A	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.348;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=-0.562;SC=CGTCCCTTTTAGCCCTTGTAT;SOR=2.088;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=12;WE=137701930;WS=137701912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr9	137702035	rs13289529	C	T	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,100:0.42:239
chr9	137702065	rs13297647	A	C	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=1015;ReadPosRankSum=0.589;SC=AACGGTTGTCAAGCTTTCTAA;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=84;TCR=78;TR=76;WE=137702073;WS=137702055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,125:0.43:293
chr9	137702197	rs41306395	G	A	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=5;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=1080;ReadPosRankSum=-1.322;SC=CCAGGTCCCGGGGGGCCTCGT;SOR=0.968;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=29;WE=137702217;WS=137702187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,36:0.38:96
chr9	137702200	rs3827850	G	C	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,59:0.64:92
chr9	137702209	rs3827849	G	A	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=47;PP=1080;SC=GGGCCTCGTCGCAGGCTGTAG;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=67;WE=137702217;WS=137702187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr9	137702226	rs34963836	T	A	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=213;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GTAGGCCGTGTGCCATGCACG;SOR=0.444;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=16;WE=137702234;WS=137702216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr9	137702249	rs34571096	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr9	137707942	rs4841934	T	C	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=1.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr9	137708803	rs3811149	A	G	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=24;PP=943;SC=TGAAATCGCCATGTGTTTTGC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=137708811;WS=137708793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr9	137708934	rs10858282	T	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=514;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GGGTAAATAATCCTGCAGGCA;SOR=0.309;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=32;WE=137708942;WS=137708924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr9	137708960	rs10776910	A	C	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=753;ReadPosRankSum=0.818;SC=TTGCTGTCAAATCCCTGCATG;SOR=0.511;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=22;WE=137708981;WS=137708950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
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chr9	137711997	rs2228560	G	A,C	6438.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=40,45;NR=37,52;PP=1044,1145;SC=TCGGTCCTCCGGGTGAACAGG;SOR=0.758;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=85;TCR=89;TR=77,97;WE=137712005;WS=137711987;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.48,0.52:285
chr9	137714027	rs9697186	T	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.82;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr9	137715150	rs3128599	AT	TG	6640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=49;PP=2947;SC=GCTGTGGCTGATAGGGCCACC;SOR=1.012;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=75;TCR=54;TR=121;WE=137715159;WS=137715140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr9	137717610	rs7868111	T	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.271;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=417;ReadPosRankSum=-1.450;SC=TGACTCTGCCTGCCTCCCTCC;SOR=0.466;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=33;WE=137717618;WS=137717600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,55:0.45:121
chr9	137721933	rs76804528	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=0.234;SC=ACTTTAAACCCGCCCATCTCG;SOR=0.624;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=22;WE=137721941;WS=137721923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,28:0.34:82
chr9	137772792	rs3128627	C	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.244;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=387;ReadPosRankSum=-0.121;SC=GGGCCTCCTCCTGGAAACTTC;SOR=1.453;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=23;WE=137772800;WS=137772782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr9	137801314	rs2989734	A	G	6077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=65;PP=2664;SC=TCTGCTAAATAAGGGTCCTGA;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=68;TCR=65;TR=133;WE=137801322;WS=137801304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr9	137801416	rs2989735	T	C	5713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=68;PP=2503;SC=GAAACACACATTGAAACTGGT;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=130;WE=137801424;WS=137801406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr9	137801800	rs1071583	T	C	7380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=76;PP=2786;SC=ACCAGGCTCCTTGGAACTTCT;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=160;WE=137801808;WS=137801790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr9	137804360	rs2274845	A	G	6070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr9	137804830	rs2070622	G	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=463;SC=GGGACTCCCAGGCTGACCGCC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=137804838;WS=137804821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	137806329	rs11421281	T	TC	9727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.188;NF=13;NR=72;PP=2936;ReadPosRankSum=1.698;SC=GAAAGGCTGGTCCAGAGTGGG;SOR=0.868;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=93;TCF=13;TCR=80;TR=85;WE=137806352;WS=137806319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,233:0.99:235
chr9	137806334	rs2989721	A	G	10312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.03;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr9	137806344	rs3012788	C	T	9002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.79;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr9	137806487	rs2989722	G	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=483;SC=CTCTGTTGCCGTGTCTCTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=137806495;WS=137806485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	137806783	rs3012789	G	A	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr9	137808427	rs2382714	T	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=649;SC=GAGGCGGAGATGTGATGGGGG;SOR=3.258;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=25;WE=137808435;WS=137808417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	137967701	rs730539	T	C	7309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=96;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.150;SC=GCCCGGCCCCTCGGGAGCCCC;SOR=0.833;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=174;TCF=73;TCR=101;TR=168;WE=137967709;WS=137967690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,287:0.99:291
chr9	137968919	rs61043559	G	GAA	8149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=53;PP=2062;SC=CTCTAGGAGAGGTTTTCTTGG;SOR=0.785;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=78;WE=137968927;WS=137968909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr9	137968951	rs56222438	G	A	5120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=51;PP=2077;SC=CCTGGTGGAGGGTGGTGGTTG;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=99;WE=137968959;WS=137968941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr9	137982127	rs500461	T	C	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.16;NF=41;NR=40;PP=1471;SC=CAGTGGTCGCTCCACAGCAGA;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=81;WE=137982135;WS=137982117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr9	137982220	rs10628208	A	ATGTG	1080.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=0.979;QD=20.39;ReadPosRankSum=0.888;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr9	137982232	rs56337838	T	G	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.68;MQRankSum=-0.814;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr9	137982234	rs10672761	G	GTT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.62;MQRankSum=-0.814;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,10:0.17:58
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chr9	138236212	rs914397	T	G	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=54;PP=1666;SC=ACCGCCCCAATGGGGTTGGTT;SOR=1.343;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=82;WE=138236220;WS=138236202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr9	138236305	rs4842254	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=100;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TGCAGGTTTGTGTGCATTTGG;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=9;WE=138236313;WS=138236295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr9	138376533	rs61731943	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr9	138378856	rs2078266	A	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=21;PP=720;SC=AGTGGACAGCAACGACAGCAT;SOR=1.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=138378864;WS=138378846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	138379002	rs1975518	T	G	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=25;PP=939;SC=GGAAGGAGCCTGCCCCACCGC;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=53;WE=138379010;WS=138378992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	138387483	rs2274650	G	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=827;ReadPosRankSum=2.207;SC=AAAGGAACACGGATTAATGAC;SOR=0.427;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=48;WE=138387491;WS=138387473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,59:0.69:85
chr9	138391299	rs7037251	T	A	3018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=-2.714;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,146:0.58:251
chr9	138391517	rs2274651	A	C	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=27;PP=741;ReadPosRankSum=0.388;SC=GCTATCGAGCAGTGGACGCCA;SOR=0.660;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=53;WE=138391525;WS=138391507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,71:0.70:102
chr9	138391774	rs2274652	C	T	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=1.215;SC=GGGGAGCGAGCGGAGGGGCCT;SOR=0.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=18;WE=138391782;WS=138391764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr9	138393914	rs117542222	G	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr9	138415201	rs56239374	C	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.561;HP=6;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=437;ReadPosRankSum=0.851;SC=GCTGGATGTGCGGGGGCAGCC;SOR=0.666;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=24;WE=138415209;WS=138415191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr9	138415238	rs56120410	C	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=344;ReadPosRankSum=-0.208;SC=GGCCTTTTGGCCTGGGAAGCC;SOR=0.478;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=20;WE=138415246;WS=138415221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr9	138438189	rs141004230	G	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.93;MQRankSum=-0.586;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr9	138438190	rs200992384	AAGGCTGGCTTCTGACCCCGTGCTCCC	A	181.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.93;MQRankSum=-0.895;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr9	138439005	rs504061	A	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-3.487;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,31:0.42:74
chr9	138439668	rs76634579	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=1.857;SC=CCTGAGTGCTCTCTCCGGGAA;SOR=0.438;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=10;WE=138439676;WS=138439658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr9	138440525	rs2590500	C	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=-5.764;QD=12.18;ReadPosRankSum=1.452;SOR=1.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr9	138440525	.	CTT	GTC	828	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=58.62;NF=19;NR=5;PP=828;QD=36.7278281193;SC=CTGTCCCCACCTTGGCTCACC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=24;WE=138440535;WS=138440515;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr9	138440527	rs2590501	T	C	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-5.717;QD=12.33;ReadPosRankSum=1.335;SOR=1.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr9	138440641	rs2853652	T	C	2751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.927;NF=43;NR=29;PP=969;ReadPosRankSum=-0.483;SC=GACATTTTCATGCCCCTGCAG;SOR=0.842;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=170;TCF=93;TCR=77;TR=72;WE=138440649;WS=138440631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,145:0.41:353
chr9	138440726	rs3827838	C	T	3461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=2.315;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,93:0.41:229
chr9	138440726	.	CCA	TCG	1827	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=21;MQ=59.76;NF=19;NR=35;PP=1827;QD=34.8234791641;SC=CCCATGACCCCCATGTCCTCC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=139;TCF=56;TCR=83;TR=54;WE=138440736;WS=138440716;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:85,54:0.39:139
chr9	138440728	rs3827839	A	G	3461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.45;ReadPosRankSum=1.859;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,93:0.42:224
chr9	138440756	rs3827841	G	A	2732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.883;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=633;ReadPosRankSum=-1.706;SC=CGCATTCCCCGTGTGCCCCGA;SOR=0.939;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=44;WE=138440764;WS=138440746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,72:0.47:153
chr9	138441081	rs2590502	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.507;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.820;NF=27;NR=14;PP=550;ReadPosRankSum=2.157;SC=GGCTCTGAGCCCTGGGCTGCG;SOR=1.247;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=41;WE=138441089;WS=138441071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,27:0.30:89
chr9	138453641	rs3748205	C	T	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,85:0.54:157
chr9	138453811	rs697448	A	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr9	138454301	rs3748206	C	T	2445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.926;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=49;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.060;SC=ATCATTGAGACGGGCTGGGCG;SOR=0.984;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=148;TCF=57;TCR=91;TR=73;WE=138454318;WS=138454291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,125:0.48:262
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chr9	138457482	rs783774	C	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.186;NF=19;NR=20;ReadPosRankSum=0.085;SC=CCCCTGTTCTCCCCTGGCCTT;SOR=0.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=39;WE=138457490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,47:0.42:113
chr9	138458462	rs3748211	C	T	6924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=104;PP=2880;ReadPosRankSum=1.789;SC=AGTGGGACTTCCTCCTGCCCT;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=318;TCF=153;TCR=165;TR=197;WE=138458470;WS=138458452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,336:0.59:568
chr9	138458570	rs3748212	C	T	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=55;PP=1113;ReadPosRankSum=-1.459;SC=GGGGAGGCTGCTCCCTGGGGG;SOR=0.978;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=146;TCF=45;TCR=101;TR=76;WE=138458578;WS=138458560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,119:0.51:235
chr9	138516346	rs34217442	CA	C	4131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.572;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.248;NF=8;NR=46;PP=2147;ReadPosRankSum=-1.079;SC=GCCATCGAGCCACCACCTCTC;SOR=0.762;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=54;WE=138516354;WS=138516336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,122:0.66:184
chr9	138516531	rs7466817	G	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=294;ReadPosRankSum=1.241;SC=GAAACACACAGTGGGGAAGAA;SOR=0.169;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=18;WE=138516539;WS=138516521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr9	138517853	rs1333241	G	C	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=6;PP=382;SC=GAGGTTAAAGGCTCGTGAATG;SOR=1.244;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=138517861;WS=138517843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	138518010	rs1333240	A	G	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=30;PP=954;SC=CCCATAGGACAGGAGCGAGCC;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=55;WE=138518018;WS=138518000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr9	138518114	rs11103106	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=142;ReadPosRankSum=0.549;SC=AGCAGGTGCCGAGCAGTAATG;SOR=0.941;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=8;WE=138518122;WS=138518104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr9	138523332	rs1333234	C	A	4596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=56;NR=47;PP=1904;SC=TTCCTGGATACAAAGAGAAAA;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=103;WE=138523340;WS=138523322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr9	138523411	rs1333233	C	T	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=41;PP=1269;SC=TTTGGTGTTTCGTCAACATGC;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=138523419;WS=138523401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr9	138555161	rs10776838	G	A	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=728;ReadPosRankSum=-0.258;SC=AGGCGTCCACGGCAAAGATGG;SOR=1.008;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=48;WE=138555169;WS=138555151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr9	138557256	rs492708	C	T	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=61;PP=1786;SC=CTCTGAAGTCCGGCCCAACCC;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=92;WE=138557264;WS=138557246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr9	138586198	rs572335	G	A	5558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=42;PP=2539;SC=GTGCTTACGCGGGGGGACCAG;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=127;WE=138586206;WS=138586188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr9	138586309	rs484524	A	G	9907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=109;NR=118;PP=2965;SC=CAGACCTGGAAGCGACAAGCT;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=109;TCR=119;TR=227;WE=138586317;WS=138586299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
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chr9	138586966	rs3119932	GC	AA	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=14;PP=533;SC=ATGGCCAGGGGCCCAGCCTGG;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=36;WE=138586975;WS=138586956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr9	138587203	rs2769033	A	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=277;SC=GTCCACTCACACTGACCGAGC;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=138587211;WS=138587193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr9	138587220	rs2483364	T	C	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=201;SC=GAGCACCTGCTCTGCTGCCTG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=138587228;WS=138587210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr9	138588660	rs117658212	A	G	3000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=44;PP=1216;ReadPosRankSum=0.457;SC=TTCTAGAAGGAGCAACATGAC;SOR=0.813;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=130;TCF=52;TCR=78;TR=71;WE=138588668;WS=138588650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,139:0.62:226
chr9	138589311	rs7036532	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=0.196;SC=CTGCTCCCAGGGTCACCCAGC;SOR=0.404;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=4;WE=138589319;WS=138589301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
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chr9	138590101	rs112147649	A	G	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=351;ReadPosRankSum=-0.535;SC=CAGGGGACACACTGCCTGCAA;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=27;WE=138590109;WS=138590091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
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chr9	138591230	rs558113	C	T	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=-2.782;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,104:0.39:268
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chr9	138594266	rs5901089	A	AC	1448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=18;PP=695;SC=CTAACCTAAGACCCCCAAGTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=138594274;WS=138594256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr9	138634454	rs60345996	CCCCCAG	C	2334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=6;PP=1945;SC=AGGTCCGGGCCCCCCAGAGCC;SOR=3.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=37;WE=138634467;WS=138634444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	138651482	rs58690674	A	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.121;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=6;PP=676;ReadPosRankSum=-1.230;SC=ACGGCCCCCCAGCTCCTGGGC;SOR=2.105;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=42;WE=138651490;WS=138651465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr9	138656783	rs55816769	T	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=161;ReadPosRankSum=0.275;SC=CCCAGGCCCCTAACAGACAGT;SOR=1.534;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=12;WE=138656791;WS=138656773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr9	138656838	rs41298365	A	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.362;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=299;ReadPosRankSum=-0.704;SC=CTCGCTCCCCAGGCCTGGTCG;SOR=1.265;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=25;WE=138656846;WS=138656828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
chr9	138657053	rs58604946	T	G	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=796;ReadPosRankSum=-1.133;SC=TGAGGCCCCTTACCGTGGCCC;SOR=1.154;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=46;WE=138657061;WS=138657043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,61:0.49:125
chr9	138657687	rs10120407	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=0.676;SC=GGCATTGACCGTCGCTCTCCT;SOR=0.798;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=6;WE=138657695;WS=138657677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr9	138657727	rs62583545	A	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-0.520;SC=AGCATTATAGACTATCCCCAG;SOR=0.160;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=138657735;WS=138657717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr9	138660879	rs11103179	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr9	138660946	rs11103180	T	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.242;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.163;NF=1;NR=7;PP=88;ReadPosRankSum=1.680;SC=TGGGGCAGGATGCGTGTGCAC;SOR=1.802;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=8;WE=138660954;WS=138660936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr9	138662309	rs10776844	A	G	6172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=85;PP=2583;SC=GCCGGGCTGCATCCACAGGGC;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=60;TCR=85;TR=144;WE=138662317;WS=138662299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr9	138662360	rs56157148	T	G	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.680;HP=6;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=415;ReadPosRankSum=-0.386;SC=CTCCCCACCCTCCCGGTCAGG;SOR=0.247;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=29;WE=138662368;WS=138662350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr9	138662661	rs10858172	G	A	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=476;ReadPosRankSum=0.635;SC=GGGACAGGGCGGGTGAGCGGC;SOR=0.699;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=35;WE=138662669;WS=138662651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,40:0.56:72
chr9	138662962	rs7869884	G	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=378;ReadPosRankSum=3.069;SC=ACAGGCGCGCGGGACTCCCTG;SOR=0.139;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=23;WE=138662970;WS=138662952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr9	138669261	rs914428	G	A	7050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.494;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.128;NF=59;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.297;SC=CGGCAGAGACGGCCGGCAATG;SOR=0.586;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=60;TCR=89;TR=148;WE=138669269;WS=138669251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,274:1.00:275
chr9	138675790	rs10776847	C	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.791;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=950;ReadPosRankSum=0.287;SC=GGTGCACACACAGTGCCCTCG;SOR=1.866;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=19;WE=138675809;WS=138675780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr9	138675801	rs10776848	A	C	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.887;HP=4;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=950;ReadPosRankSum=0.268;SC=AGTGCCCTCGACCCCGTGGCT;SOR=1.870;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=25;WE=138675809;WS=138675780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr9	138676328	.	GCTCC	G	135	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=59.24;NF=0;NR=4;PP=135;QD=35.0;SC=CCTCACTGTGGCTCCCTCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=138676339;WS=138676318;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr9	138678016	rs36221684	CGCCCT	C	1714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=4.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.17;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr9	138678467	rs145338757	GTCC	G	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=-2.345;SC=GGCCCGGGCCGTCCTCCTGTC;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=138678477;WS=138678457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
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chr9	138679895	rs11103190	T	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,62:0.42:149
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chr9	138825117	rs6569	A	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=226;ReadPosRankSum=0.576;SC=GAGCAGGAGCAGCTGCAGCAC;SOR=1.845;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=15;WE=138825125;WS=138825107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr9	138831567	rs1044193	T	C	7581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.767;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.028;SC=CTATCACCTCTTTCTCGTCGA;SOR=0.827;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=294;TCF=159;TCR=135;TR=194;WE=138831575;WS=138831557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,358:0.59:605
chr9	138837113	rs10776856	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=117;ReadPosRankSum=0.524;SC=GGCAAGAGACTCTTTCCAACA;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=9;WE=138837121;WS=138837103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr9	138837958	rs2297691	C	T	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=58;PP=1643;SC=CCCTCAGGCACATCAACAGGA;SOR=1.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=83;WE=138837966;WS=138837948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr9	138838140	rs7028495	T	C	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=27;PP=1146;SC=ACAATTCCACTGCATCTGGGT;SOR=1.037;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=69;WE=138838148;WS=138838130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr9	138838305	rs2297690	G	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=605;ReadPosRankSum=-0.717;SC=TAGAACTCTTGATTCTGAGAG;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=40;WE=138838313;WS=138838295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr9	138839888	rs2297689	C	T	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=823;SC=CCTTGATGAGCTGGGGGAGCC;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=138839896;WS=138839878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr9	138898893	rs4842070	C	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=9;PP=685;SC=CCATCCAAATCTTCAAGTCAA;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=138898901;WS=138898883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr9	138899253	rs56162840	G	GCA	6047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=75;PP=2554;SC=ACACGCACGTGCACACAGACG;SOR=1.673;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=5;TCR=86;TR=80;WE=138899287;WS=138899243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr9	138899276	rs71759303	TACAC	T	1975.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=65;PP=1591;ReadPosRankSum=0.387;SC=CGTGCACACATACACACAGAC;SOR=0.529;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=2;TCR=65;TR=67;WE=138899287;WS=138899243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,52:0.56:93
chr9	138899297	.	ACG	A	1771	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=92;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=52;PP=1771;QD=32.6545454545;SC=GCGCACACACACGCGCACACA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=3;TCR=52;TR=55;WE=138899320;WS=138899287;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,55:1.00:55
chr9	138899300	.	CG	C	922.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.747;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr9	138899302	.	CA	C	925.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr9	138899303	.	A	C	1543	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=92;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=16;PP=1543;QD=92.8100713263;SC=ACACACGCGCACACAGACGCA;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=17;WE=138899320;WS=138899287;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:34,17:0.33:51
chr9	138899311	rs56102761	GCA	G	879.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=92;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=40;PP=1681;ReadPosRankSum=0.376;SC=GCACACAGACGCACACACACA;SOR=0.344;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=42;WE=138899320;WS=138899287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr9	138903671	rs9626	A	G	8457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=109;PP=2965;SC=GTGCCGCGGCAGGCGGGAACT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=102;TCR=111;TR=211;WE=138903679;WS=138903661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
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chr9	138905136	rs2280486	C	T	2035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TGTTGGCCAGCGTGTTCCTGG;SOR=0.522;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=54;WE=138905144;WS=138905126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,93:0.69:134
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chr9	139094773	rs2274115	A	G	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr9	139221808	rs144733220	ACCCCCTC	A	99.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=5;PP=362;SC=TGGGGCCCACACCCCCTCCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=5;WE=139221822;WS=139221788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr9	139230355	rs28407752	A	G	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=467;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CCCCATGCTCAGCCTCCCCCC;SOR=0.553;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=30;WE=139230363;WS=139230345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,36:0.49:73
chr9	139235481	rs145729152	TC	T	1268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.152;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=851;ReadPosRankSum=-1.458;SC=GGGGTCTTGCTCCCCACAGGC;SOR=0.221;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=27;WE=139235489;WS=139235471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr9	139235526	rs59873903	C	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=635;ReadPosRankSum=0.742;SC=GGGGTGGGATCGAGGCCAGGC;SOR=0.520;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=41;WE=139235534;WS=139235516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr9	139243226	rs78298678	C	T	2720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=33;PP=1201;ReadPosRankSum=1.584;SC=GCGGGTGAGCCAGGGACACGG;SOR=0.659;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=80;WE=139243234;WS=139243216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,126:0.64:196
chr9	139243334	rs28429551	T	A	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=64;PP=1876;SC=TGGGAGATAATTGTGCCCTCC;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=111;WE=139243342;WS=139243324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr9	139249991	rs28603210	T	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=295;SC=GGTGACACGTTCTGGGGGAGG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=139249999;WS=139249987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	139250046	rs78503878	T	C	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=3;PP=626;ReadPosRankSum=1.133;SC=TTGGCCAGGGTCTCAGAAGTG;SOR=0.490;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=40;TCF=37;TCR=3;TR=29;WE=139250054;WS=139250036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr9	139251006	rs11145776	G	A	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=37;PP=1005;ReadPosRankSum=0.012;SC=GTACCAGGTGGGCTGCGGCCC;SOR=0.646;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=58;WE=139251014;WS=139250996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,70:0.58:121
chr9	139252495	rs3812547	G	A	9230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=85;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.945;SC=AGCGCTGCCCGCCACCTGACG;SOR=0.248;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=181;TCF=95;TCR=86;TR=177;WE=139252503;WS=139252485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,369:1.00:370
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chr9	139257411	rs10870202	T	C	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.118;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=30;PP=2349;ReadPosRankSum=-0.711;SC=TGGGTGGCCTTCTGGCCCAGC;SOR=0.786;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=69;TCR=58;TR=68;WE=139257430;WS=139257401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,103:0.54:191
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chr9	139272058	rs10781507	A	G	3052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=46;PP=1350;ReadPosRankSum=1.145;SC=GTTCCAGCTCACTCAGGAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=89;WE=139272066;WS=139272048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,152:0.54:280
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chr9	139275767	.	A	T	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=793;ReadPosRankSum=0.034;SC=CTGCCCAAGTAGCTTACCTGG;SOR=0.748;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=56;WE=139275775;WS=139275757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,100:0.46:219
chr9	139276675	rs3812572	G	A	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.56;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr9	139276680	rs3812573	C	T	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.06;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr9	139277994	rs147271628	CGCT	C	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,19:0.12:163
chr9	139278972	rs146297590	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.358;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.364;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr9	139279173	rs10781510	G	A	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=753;ReadPosRankSum=-0.835;SC=GCAACTTACCGACACCATATT;SOR=0.635;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=52;WE=139279181;WS=139279163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,78:0.54:145
chr9	139279310	rs74836839	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=324;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GATGCCGAGACGCCGCCCGCT;SOR=0.210;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=25;WE=139279318;WS=139279300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr9	139281847	rs78428995	T	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=3;PP=519;ReadPosRankSum=-0.986;SC=CGCTGGCCGCTGTCCCCCAGC;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=28;WE=139281855;WS=139281837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr9	139288682	rs141530587	C	CT	1713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=1147;ReadPosRankSum=0.814;SC=CCGTTTTTGACTTATGGTTTT;SOR=0.850;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=19;WE=139288696;WS=139288672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
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chr9	139289825	rs4266763	A	G	3884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=46;PP=1584;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GGCTTTTGCCATCTTTCACCT;SOR=0.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=178;TCF=100;TCR=78;TR=111;WE=139289833;WS=139289815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,191:0.61:313
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chr9	139303580	rs117970634	T	C	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.146;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=584;ReadPosRankSum=0.212;SC=TCACATTTGGTTTTTTTCTTT;SOR=1.105;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=35;WE=139303588;WS=139303570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
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chr9	139311471	rs3812581	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.250;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=296;ReadPosRankSum=-1.210;SC=CAAAGATCAACCGAGAGGTGC;SOR=1.051;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=20;WE=139311479;WS=139311461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr9	139312996	rs10870160	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=424;ReadPosRankSum=-1.383;SC=CTCTGCCCTCCGTCCCTGCAG;SOR=0.541;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=30;WE=139313004;WS=139312986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,37:0.61:61
chr9	139316459	rs11145972	C	T	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=651;ReadPosRankSum=0.631;SC=GAGGGGCTGCCGCAGGCCTCG;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=44;WE=139316467;WS=139316449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,63:0.54:117
chr9	139316601	rs10870165	C	T	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=939;ReadPosRankSum=0.898;SC=GTCGTGGGGTCGCAGACCTGG;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=66;WE=139316609;WS=139316591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,99:0.52:190
chr9	139326253	.	T	C	229	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=19;MQ=55.31;NF=11;NR=2;PP=229;QD=20.2900932729;SC=TCTCCCTCCATGCCCGCCCCC;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=13;WE=139326261;WS=139326243;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,13:0.59:22
chr9	139327599	rs71269007	G	GCGCCCACCCCTCCAGCCA	3615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-3.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=65.833;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.782;NF=9;NR=37;PP=2964;ReadPosRankSum=2.441;SC=CCCTCCAGCCGCGCCCACCTG;SOR=3.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=105;TCF=18;TCR=87;TR=46;WE=139327607;WS=139327589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,125:0.50:252
chr9	139333049	rs5901103	GCCCT	G	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.45;NF=8;NR=5;PP=597;SC=CACCCGCCAGGCCCTCCCTAC;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=139333060;WS=139333039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr9	139351869	rs139966063	C	G	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=406;ReadPosRankSum=-1.187;SC=AGCACAGCATCCCGAGGACAG;SOR=0.557;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=23;WE=139351877;WS=139351859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr9	139354595	rs373897639	G	T	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.459;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=556;ReadPosRankSum=0.173;SC=CATAAACACAGAAAGACCCCA;SOR=0.532;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=139;TCF=54;TCR=85;TR=44;WE=139354603;WS=139354585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,80:0.38:209
chr9	139360354	rs3124590	A	G	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=6;PP=398;SC=TTCAGATGCCAGGCTGGGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=139360362;WS=139360344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	139391458	rs201613894	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=-1.282;SC=TTCAGGTGCCCGATGCCCAGG;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=19;WE=139391466;WS=139391448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,23:0.33:69
chr9	139391636	rs2229974	G	A	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=3.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,102:0.52:197
chr9	139396408	rs3124594	A	G	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=790;ReadPosRankSum=-1.044;SC=GCAGCCCGGCAGCAGGTGCCC;SOR=0.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=56;WE=139396416;WS=139396398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,83:0.57:145
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chr9	139400904	rs4880098	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=-1.259;SC=CCGGTCTGCGCCCCGAGGCCC;SOR=0.097;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=139400912;WS=139400894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
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chr9	139410589	rs4880099	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=5.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-2.643;SOR=1.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr9	139411714	rs11145767	T	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=194;ReadPosRankSum=-3.159;SC=GGGGCGGGGGTGGCCCTCACC;SOR=0.608;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=20;WE=139411722;WS=139411704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,37:0.33:111
chr9	139411880	rs9411254	G	A	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=366;ReadPosRankSum=-2.013;SC=CGCGGCCCCAGTGCCCCACTG;SOR=0.723;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=25;WE=139411888;WS=139411870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr9	139412197	rs9411208	G	A	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=827;ReadPosRankSum=1.349;SC=GGCCCCGGCCGACGCACCGGG;SOR=0.576;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=155;TCF=93;TCR=62;TR=65;WE=139412205;WS=139412187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,84:0.42:202
chr9	139418260	rs4489420	A	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=240;ReadPosRankSum=-1.646;SC=TGAGGCAGGCATTGTCCAGGG;SOR=0.608;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=20;WE=139418268;WS=139418250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,31:0.35:88
chr9	139440845	rs3013306	G	A	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=-1.182;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr9	139440852	rs3013307	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr9	139562981	rs113610188	T	A	1843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=863;ReadPosRankSum=0.302;SC=CTGGGACTCCTGGGCTGACCC;SOR=0.635;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=157;TCF=92;TCR=65;TR=67;WE=139562989;WS=139562971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,98:0.39:251
chr9	139564474	rs2297537	C	G	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=22;PP=937;SC=GAGGCTGGCTCTACCCTGGGG;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=52;WE=139564482;WS=139564464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr9	139565150	rs4636297	A	G	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=76;PP=2572;SC=CGCATCGAAAACGCCGCTGAG;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=54;TCR=76;TR=130;WE=139565158;WS=139565140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr9	139565487	rs34271855	G	C	89.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr9	139566823	rs1051828	A	G	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=57;PP=1769;SC=GGGTCCAGAAACCACCTCGGG;SOR=1.316;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=86;WE=139566831;WS=139566813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr9	139569066	rs9411215	A	G	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=8;PP=680;SC=CATTCGCCACATGGTCACCGT;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=139569074;WS=139569056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	139572068	rs2236514	C	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.08;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr9	139616742	rs945384	A	G	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=55;PP=1598;SC=GATGACCCTCAGCTTCCTCAA;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=88;WE=139616750;WS=139616732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr9	139616840	rs3739939	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=272;ReadPosRankSum=1.705;SC=CATGCCCAGCGCAAAGGCACA;SOR=0.515;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=22;WE=139616848;WS=139616830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr9	139617379	rs11793962	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=321;ReadPosRankSum=0.315;SC=CATCAAATCAGCTGGCTTTTC;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=25;WE=139617387;WS=139617369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr9	139617626	rs7038042	G	A	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=916;ReadPosRankSum=1.879;SC=ACCTCACCGAGGGCGTGCCGC;SOR=0.642;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=66;WE=139617634;WS=139617616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,103:0.43:240
chr9	139617662	rs11849	T	C	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=978;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CGGCCGCCCTTCCACCCCTGT;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=66;TCR=65;TR=68;WE=139617670;WS=139617652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,91:0.44:205
chr9	139618283	rs6873	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=1.844;SC=CCAGGGTCCAACCCTCCCTCA;SOR=0.476;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=139618291;WS=139618273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr9	139620695	rs2275161	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.132;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GGACAGCATCCGCAGGGCAGC;SOR=0.973;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=15;WE=139620703;WS=139620685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr9	139621120	rs10781513	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=210;ReadPosRankSum=1.774;SC=CCAGCGCGAGAGTTAGAAAGC;SOR=0.420;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=15;WE=139621128;WS=139621110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr9	139621168	rs2275160	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=350;ReadPosRankSum=0.259;SC=AGATACCAGCGAAGGAAAACA;SOR=0.724;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=25;WE=139621176;WS=139621158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr9	139639532	rs145717467	CGGCCCACGCACCACACAGCTCCCAACGTGGGCCCCGAGT	C	1637.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.41;MQRankSum=7.413;QD=16.88;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr9	139642961	rs2811728	G	A	3010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.437;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1268;ReadPosRankSum=0.391;SC=CTGCGCCGCAGGCCCAGGATG;SOR=0.552;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=78;WE=139642969;WS=139642951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,144:0.61:235
chr9	139642999	rs111432548	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.849;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=437;ReadPosRankSum=1.505;SC=CTGGAGACCCGTTTATATGGC;SOR=0.972;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=38;WE=139643007;WS=139642989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,57:0.32:179
chr9	139649580	rs879467	G	A	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=804;ReadPosRankSum=1.275;SC=TCGGGGGTCAGGCTCACCTCC;SOR=1.062;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=47;WE=139649588;WS=139649570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr9	139650060	rs2784068	C	A	3145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=43;PP=1729;ReadPosRankSum=0.480;SC=ATCCTGCCCCCACCCAGTCCC;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=162;TCF=89;TCR=73;TR=98;WE=139650068;WS=139650050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,140:0.57:246
chr9	139650167	.	G	GAACAGCATGGGGAACAGTGCAGGGAACCCTGCAGGGAACAGCATGGGGAACGGTGCAGGA	7228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=20.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=50.20;ReadPosRankSum=0.627;SOR=2.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,72:0.50:144
chr9	139650595	rs35874639	T	G	9909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FS=1.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-3.595;QD=18.88;ReadPosRankSum=1.612;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,273:0.52:525
chr9	139650619	rs35341952	A	G	11432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-3.538;QD=19.58;ReadPosRankSum=-2.509;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,337:0.58:584
chr9	139651163	rs57411373	A	AG	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.959;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.850;NF=1;NR=8;PP=247;ReadPosRankSum=0.137;SC=GGAGTATCCCAGGCCTGGAGC;SOR=0.058;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=9;WE=139651171;WS=139651153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr9	139652338	rs9411272	C	G	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=1.055;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr9	139653055	rs11145867	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=0.557;SC=GCTTGCAGCCCGCCTGGCCTC;SOR=0.347;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=24;WE=139653063;WS=139653045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr9	139656618	rs2484658	T	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.24;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	139656670	rs2297722	T	C	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.062;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=646;ReadPosRankSum=1.916;SC=ATCATGTCCTTGGGGAGCCCC;SOR=0.215;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=52;WE=139656678;WS=139656660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,71:0.72:99
chr9	139656706	rs2297723	A	C	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=939;ReadPosRankSum=1.330;SC=TCCTGGAAGGACTTCAGAGCC;SOR=0.688;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=59;WE=139656714;WS=139656696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,105:0.74:141
chr9	139657834	rs9987876	G	C	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=414;ReadPosRankSum=2.149;SC=TGGTGCTGAGGGCCCCCTCCA;SOR=0.570;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=35;WE=139657842;WS=139657824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,67:0.58:115
chr9	139658051	rs4880070	G	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.990;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GGGAGGGCGGGCAGGGGGCTG;SOR=0.610;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=13;WE=139658059;WS=139658041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr9	139658576	rs4880140	G	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=367;ReadPosRankSum=-0.372;SC=GAGTGGCCATGTCTTGGGTGT;SOR=0.385;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=19;WE=139658584;WS=139658566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr9	139685672	rs2784044	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr9	139685722	rs2784043	T	C	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,48:0.40:119
chr9	139686289	rs2811788	A	G	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=21.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=594;ReadPosRankSum=0.217;SC=CCCTGCCCTGACTCCCCAGCA;SOR=0.301;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=42;WE=139686297;WS=139686279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,61:0.54:114
chr9	139686357	rs2784042	T	C	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=631;ReadPosRankSum=-1.520;SC=GGGCCCTGGCTATCCCCGGGT;SOR=0.509;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=38;WE=139686365;WS=139686347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,66:0.50:133
chr9	139686556	rs2784041	G	A	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=181;ReadPosRankSum=1.705;SC=GTGGTTCTGCGTCCCTGACTC;SOR=0.557;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=15;WE=139686564;WS=139686546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr9	139686949	rs2784040	G	C	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr9	139690738	rs2784034	C	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=-0.371;SC=AATCCTGGCTCTCATCATAAT;SOR=0.631;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=9;WE=139690746;WS=139690728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr9	139690840	rs1055995	G	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=303;ReadPosRankSum=0.830;SC=TGGGGGGCCTGAGAGCAGCCA;SOR=0.646;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=13;WE=139690848;WS=139690830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr9	139697061	rs2784100	C	T	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=433;ReadPosRankSum=0.808;SC=GATAAAAGCTCGGGGCAACTG;SOR=0.620;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=33;WE=139697069;WS=139697051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr9	139697272	rs113072784	G	A	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.329;NF=5;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=-0.532;SC=GGGCCCCCCAGGGCCAGCCCT;SOR=0.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=19;WE=139697280;WS=139697262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
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chr9	139702908	rs7864908	C	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=226;SC=GCCCGCCGGGCGCTCCGGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=139702916;WS=139702898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr9	139731969	rs2811742	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=27;PP=780;SC=CCCTCAATGCCGCCCCACCAT;SOR=2.964;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=36;WE=139731977;WS=139731959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	139732331	rs2811741	G	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=166;SC=CCCGGCCGCAGAGGGCCCAGC;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=139732339;WS=139732321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr9	139732462	rs2811740	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=-0.495;SC=AGCAGGACAGCGACAGGTGAG;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=12;WE=139732470;WS=139732452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr9	139739643	rs10870132	T	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=437;SC=GGCCCCTGCCTGGGCCCCGGG;SOR=1.483;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=139739651;WS=139739633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	139744807	rs872463	A	G	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=15;PP=1794;SC=ACACCCCCAGACATGGCCGGC;SOR=2.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=68;WE=139744815;WS=139744797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr9	139746992	rs10123375	G	A	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=42;PP=1383;SC=GGCAGTGACGGACACCAGGGC;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=139747000;WS=139746982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr9	139748483	rs45449193	G	A	4222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=55;PP=1528;ReadPosRankSum=-2.560;SC=CCACAGGGGCGCTGTGGCTCT;SOR=0.589;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=188;TCF=98;TCR=90;TR=108;WE=139748491;WS=139748473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,209:0.61:341
chr9	139749067	rs7869864	C	T	3920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=24;PP=1906;SC=GGAACCACCGCGCTGGTGGTC;SOR=1.318;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=84;WE=139749075;WS=139749057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr9	139752899	rs2275156	T	G	10008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NR=141;PP=2965;SC=CCACCTGGCCTGGCCCGGCCT;SOR=0.894;Source=Platypus;TCR=141;WE=139752907;WS=139752889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr9	139760830	rs76229681	CG	C	1920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=47;PP=1449;SC=TGGCTGCACGCGGGGGGCGGG;SOR=3.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=48;WE=139760838;WS=139760820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	139804274	rs4567138	G	A	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=7;PP=907;SC=GTGCTCCTGCGGCCCCTCGGC;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=139804282;WS=139804264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr9	139804346	rs4448378	C	T	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=44;PP=2022;SC=CGTCCACCCTCACACTCCTGA;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=113;WE=139804354;WS=139804336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr9	139815053	rs10781522	G	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=694;SC=AGCAGGTCCTGGAGCTTTAGA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=139815061;WS=139815043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr9	139820421	rs7852970	G	A	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;ReadPosRankSum=0.067;SC=GGGCCACCACGCTGGGCCAGG;SOR=0.827;Source=Platypus;TC=90;TR=57;WE=139820429;WS=139820411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,69:0.60:115
chr9	139836374	rs112168453	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=-0.239;SC=CTTGTGACCCCAGGGGCGAGT;SOR=2.303;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=6;WE=139836382;WS=139836364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr9	139837709	rs12346933	C	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=6.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=2.186;SOR=2.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
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chr9	139839974	rs10602532	TAGA	T	1320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=2.167;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr9	139840521	rs41307442	T	C	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=2.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.902;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,78:0.42:185
chr9	139840543	rs7850844	A	G	7830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=61;PP=2821;SC=CCAGCCCGAGACGCCCGAGGG;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=141;WE=139840551;WS=139840533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr9	139840560	rs17613	C	A	3966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=832;ReadPosRankSum=0.912;SC=AGGGGCTGTGCACGTGGTTGT;SOR=0.814;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=60;WE=139840568;WS=139840550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,108:0.43:253
chr9	139840580	rs20574	C	T	4107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;ReadPosRankSum=1.122;SC=TCGCTGAGACCGACTACCAGA;SOR=0.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=66;WE=139840588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,118:0.44:271
chr9	139840859	rs908830	T	C	9062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=101;NR=89;PP=2965;SC=AGACCCCGTTTCCAGAGCCCT;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=101;TCR=90;TR=190;WE=139840867;WS=139840849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
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chr9	139847500	rs34635210	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.174;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,90:0.43:210
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chr9	139848688	rs4880175	C	T	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,61:0.32:188
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chr9	139863732	rs908829	G	C	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=6;PP=435;SC=CAGCGCTCTGGAGCCTGCCCC;SOR=1.382;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=139863740;WS=139863722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr9	139863777	rs11793934	G	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.360;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=1.577;SC=TCCTGCTGACGCCTCAGGGCA;SOR=1.802;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=9;WE=139863785;WS=139863767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr9	139863841	rs11787585	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.99;ReadPosRankSum=-2.281;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr9	139863909	rs11787588	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=0.333;SC=GCGACAGCTCCGAGGATGGAC;SOR=0.739;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=69;TCF=36;TCR=33;TR=19;WE=139863917;WS=139863899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,46:0.35:132
chr9	139864033	rs2386137	G	A	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.91;ReadPosRankSum=0.040;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr9	139864087	rs11788014	C	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-0.344;SC=GGAAGGCACGCTCCTCAATCT;SOR=0.787;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=139864095;WS=139864077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr9	139864107	rs11789276	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr9	139864341	rs2386136	A	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=214;SC=CTGCCAGGCCAGCTGCTGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=139864349;WS=139864331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr9	139864438	rs12351283	G	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=263;ReadPosRankSum=-1.917;SC=CAGCCACAGCGCCAGGGCCCC;SOR=0.612;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=22;WE=139864446;WS=139864428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,43:0.35:124
chr9	139864593	rs13301523	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=100;ReadPosRankSum=0.260;SC=AGCATGGCCCTCATGGCCCTG;SOR=0.741;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=11;WE=139864601;WS=139864583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr9	139865825	rs7033713	A	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr9	139866247	rs11790360	T	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=46;PP=1500;SC=CGGCAGGCCTTGGGGGTGTGG;SOR=0.956;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=139866255;WS=139866237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr9	139872048	rs4880179	A	G	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=26;PP=1069;SC=CTCATCACACACTGTGGATGG;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=139872056;WS=139872038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr9	139872291	rs71897337	AAGGAGGCTGGGTAGCCGCCCG	A	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=1274;ReadPosRankSum=1.543;SC=GGCGCGCAGGAAGGAGGCTGG;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=139872319;WS=139872281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr9	139875318	rs146717258	C	CCATT	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=7.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr9	139877698	rs968516	A	C	11368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=121;NR=113;PP=2965;SC=TCCCCCAACAATCCCCAGGGC;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=121;TCR=113;TR=234;WE=139877706;WS=139877688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr9	139878828	rs4880082	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=232;ReadPosRankSum=1.361;SC=CCATGTCCTCTAAGGATTGTG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=18;WE=139878836;WS=139878818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr9	139879067	rs2049042	T	C	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=16;PP=1016;SC=GGAGGCTGCATGGACTGCTGG;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=139879075;WS=139879057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr9	139879113	rs2049041	G	A	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=1.391;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr9	139879170	rs17578859	G	A	2797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=1133;ReadPosRankSum=-0.142;SC=TCCAGCCATGGCCCTGAGTGA;SOR=0.811;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=77;WE=139879178;WS=139879160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,135:0.58:234
chr9	139887042	rs10870159	G	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=110;ReadPosRankSum=1.026;SC=GGGAGGTAGGGGTGCAGGGAG;SOR=0.777;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=12;WE=139887050;WS=139887032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,20:0.26:77
chr9	139902214	rs10870161	A	G	155.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=1;PP=63;SC=CGCAGTGACCACAGGGCATGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=139902222;WS=139902204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr9	139902786	rs4880186	G	C	9484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=1.477;SC=GTTCTCCCCCGACCCCACCCG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=115;TCR=113;TR=228;WE=139902805;WS=139902776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,375:0.99:377
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chr9	139908139	rs10870162	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=79;ReadPosRankSum=0.115;SC=AGGAGACAGGACTCCCGGATG;SOR=1.085;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=6;WE=139908147;WS=139908129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr9	139908265	rs10781531	T	C	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=50;PP=1865;SC=CCAGCACCCCTGTCCAGCCGG;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=118;WE=139908273;WS=139908255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr9	139909206	rs148980220	C	T	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=1.129;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,139:0.53:260
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chr9	139912178	rs879854	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=611;ReadPosRankSum=-2.424;SC=GGCAGGCCCCGGGGAGGACGC;SOR=0.558;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=40;WE=139912186;WS=139912168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,67:0.40:168
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chr9	139916471	rs142576618	A	ATGGCTCAGATGGGGGTG	2175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.05;SOR=1.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr9	139923265	rs4880189	A	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,43:0.41:104
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chr9	139929015	rs9411293	C	G	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=441;ReadPosRankSum=1.240;SC=TAATCCCACCCCAGCGTTCCT;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=30;WE=139929023;WS=139929005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr9	139929080	rs41317014	C	T	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,79:0.59:135
chr9	139932419	rs113594406	C	CT	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.535;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr9	139934020	rs6605	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=72;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GGTCTAAACCGAACAGGAGAG;SOR=0.446;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=6;WE=139934028;WS=139934017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr9	139934107	rs6604	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=-1.340;SC=CCTGGAGCCCGAGGCCCAGCC;SOR=0.772;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=22;WE=139934115;WS=139934097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr9	139934907	rs9411298	G	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=341;ReadPosRankSum=1.764;SC=AGGAGGAGGCGAGGGTCAGTT;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=22;WE=139934915;WS=139934897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr9	139937795	rs10781535	T	C	7593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr9	139937799	rs10781536	G	A	7549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.67;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr9	139943549	rs7390981	G	A	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=54;PP=2085;SC=GCGGGACACCGTCAGGCAGGC;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=115;WE=139943557;WS=139943539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr9	139944509	.	T	C	633	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=21;MQ=53.83;NF=15;NR=21;PP=633;QD=18.5492003485;SC=CACCCGCCTGTCCCTACTCAC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=139944517;WS=139944486;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr9	139944548	.	T	C	336	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=59;MMLQ=27;MQ=44.7;NF=4;NR=12;PP=336;QD=23.1732007842;SC=CCGCCTGCCCTTACCCACGAC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=139944556;WS=139944538;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr9	139945051	rs7869520	A	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=29;PP=986;SC=CCAGCCTGACAAACCTCCCAC;SOR=1.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=139945059;WS=139945041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr9	139946905	rs34679600	C	CA	738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=598;SC=CTCCCCCCCCCACCCAGTCAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=139946924;WS=139946895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr9	139973186	rs7390974	T	C	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=47;PP=1314;SC=GGGAGCGTAGTTGGGGGTCCA;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=9;TCR=47;TR=56;WE=139973194;WS=139973176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr9	139973582	rs75127829	C	G	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.100;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1113;ReadPosRankSum=0.095;SC=TGTTGCAGGGCGCAGACTGTG;SOR=1.033;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=78;WE=139973590;WS=139973572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,114:0.48:238
chr9	139973629	rs7390710	A	C	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=13.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,75:0.51:148
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chr9	139973820	rs7037849	C	T	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.669;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=923;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CAGCTACGTGCCTCCGACGGG;SOR=0.930;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=64;WE=139973828;WS=139973810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,101:0.43:233
chr9	139975108	rs9314874	T	C	5643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=57;PP=2082;ReadPosRankSum=1.981;SC=GCCTCTGTGCTGGGACGTGGG;SOR=0.306;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=131;WE=139975116;WS=139975098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,222:1.00:223
chr9	139977195	rs4390039	T	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=17;PP=472;SC=GCCCAGACTGTCCCCAGACTC;SOR=1.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=139977203;WS=139977185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr9	139981241	rs968732	GT	CG	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=32;PP=1661;SC=AGCTACGCTCGTAGCACACCT;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=43;WE=139981250;WS=139981231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr9	139981627	rs968733	A	G	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=38;PP=1283;SC=TTTGGCGAGAACTATGACAAC;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=139981635;WS=139981617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	139982868	rs3750518	C	T	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=482;ReadPosRankSum=-0.762;SC=CTGATATGTCCAGCCTCCCTT;SOR=0.443;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=38;WE=139982876;WS=139982858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,64:0.50:127
chr9	139990530	rs7871579	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GGAGCTGTCTTCTGAAGCTGC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=7;WE=139990538;WS=139990520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr9	139990906	rs4880199	T	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=363;SC=AAAACAAGATTGCGGAAACGC;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=139990914;WS=139990896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr9	139992479	rs12554429	G	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=398;SC=GGTGGGTGGCGCCCCCGCCCT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=139992487;WS=139992469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	139994102	rs4880200	G	A	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=11;PP=874;SC=CTGTGCCGACGCCAGGACCAC;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=139994110;WS=139994092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr9	139995361	rs11425109	C	CA	646.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=390;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CATGAGCCACCACGCCCAGCC;SOR=0.483;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=11;WE=139995369;WS=139995351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr9	139996193	.	CTG	C	363.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=3.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,28:0.14:205
chr9	139996376	rs72382842	TACAC	T	23460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.397;NF=69;NR=169;PP=2968;ReadPosRankSum=0.380;SC=TCGGTGGTGTTACACACATTT;SOR=0.686;Source=Platypus;TR=238;WS=139996365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:487,600:0.55:1087
chr9	139996641	rs13298199	C	A	5255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=804;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=2.276;QD=6.79;ReadPosRankSum=1.568;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:478,296:0.38:774
chr9	139996933	rs10118812	T	G	28978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.59;QD=26.30;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1102:1.00:1102
chr9	139997001	rs72108373	TACAC	T	22151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1066;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.656;NF=63;NR=180;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TCGGTGGTGTTACACACATTC;SOR=0.691;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=463;TCF=118;TCR=345;TR=243;WE=139997012;WS=139996990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:445,569:0.56:1014
chr9	139997293	rs142818580	C	T	20716.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1358;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=10.572;QD=15.59;ReadPosRankSum=-2.198;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:758,571:0.43:1329
chr9	139997294	rs62584555	A	G	20716.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQRankSum=10.559;QD=15.66;ReadPosRankSum=-2.531;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:752,571:0.43:1323
chr9	139997295	.	C	G	20716.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.982;ClippingRankSum=0.000;DP=1375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=10.566;QD=15.77;ReadPosRankSum=-2.659;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:747,567:0.43:1314
chr9	139997719	rs111877141	A	G	11057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1025;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-1.564;QD=11.05;ReadPosRankSum=-1.500;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:436,565:0.56:1001
chr9	140001341	rs5901117	G	GAAC	2136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=43.61;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr9	140002187	rs12000517	C	T	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=33;PP=906;ReadPosRankSum=-2.176;SC=GGGGCTCAGGCTGGCTCCGCT;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=57;WE=140002195;WS=140002177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,75:0.55:136
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chr9	140006425	rs10747048	C	G	6970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=79;PP=2965;SC=AGGGCAGGTCCGGGAACATAT;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=71;TCR=79;TR=150;WE=140006433;WS=140006415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
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chr9	140055703	rs41290007	G	A	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.655;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=1054;ReadPosRankSum=-1.394;SC=GGCGTGGGGCGGTCTGGAGCC;SOR=0.573;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=174;TCF=94;TCR=80;TR=75;WE=140055711;WS=140055693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,91:0.41:224
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chr9	140064315	rs7019671	C	A	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,60:0.60:100
chr9	140064376	rs77712801	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.896;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=331;ReadPosRankSum=0.592;SC=CCGAGGCCGCGACCAGGAAGG;SOR=0.553;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=25;WE=140064384;WS=140064366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr9	140069650	rs148909756	C	G	3782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=53;PP=1947;ReadPosRankSum=-1.287;SC=GCAGGCCTCGCCCCCGCCCCC;SOR=0.607;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=198;TCF=116;TCR=82;TR=122;WE=140069671;WS=140069640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,171:0.58:294
chr9	140100224	rs7032361	A	G	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.303;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=666;ReadPosRankSum=0.940;SC=CACCGGGCGCACCCCGATGCC;SOR=0.574;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=43;WE=140100232;WS=140100214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,68:0.47:145
chr9	140108915	rs149701237	CTG	C	1752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.111;NF=2;NR=26;PP=1103;ReadPosRankSum=-1.175;SC=GGCCGTGGGTCTGGGGTTCGG;SOR=0.633;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=67;TCF=3;TCR=64;TR=28;WE=140108924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr9	140110274	rs7390663	T	C	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=950;ReadPosRankSum=-0.627;SC=ACCCAGGGTCTCCGGGCAGGG;SOR=0.631;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=150;TCF=70;TCR=80;TR=62;WE=140110282;WS=140110264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,92:0.42:221
chr9	140120396	rs6606566	C	T	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=4.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.058;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,78:0.43:182
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chr9	140130882	rs28591989	A	C	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=-1.186;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,95:0.41:233
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chr9	140142299	rs9330201	C	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=311;ReadPosRankSum=1.864;SC=CAGGCCACCTCGCTAACCCTG;SOR=0.661;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=25;WE=140142307;WS=140142289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr9	140147094	rs71387813	C	CCT	2597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.002;NF=9;NR=21;PP=1066;ReadPosRankSum=1.556;SC=CCCTGCAGCCCGTCTCCTACC;SOR=0.597;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=30;WE=140147102;WS=140147084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,71:0.43:164
chr9	140147152	rs28376526	C	G	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.117;NF=34;NR=26;PP=811;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TCAGCCGGCCCGCCTTCCCCG;SOR=0.771;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=136;TCF=75;TCR=61;TR=60;WE=140147160;WS=140147142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,109:0.40:270
chr9	140148051	rs28631372	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=413;ReadPosRankSum=-0.044;SC=TGCCCCTGAAAGGTGCTCTCT;SOR=0.389;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=25;WE=140148059;WS=140148041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr9	140157429	rs13294457	G	A	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=253;ReadPosRankSum=-1.413;SC=CGGGCGTGACGTCCCTGTGTC;SOR=0.498;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=23;WE=140157437;WS=140157419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr9	140157460	rs13296455	T	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.406;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.887;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr9	140157701	rs56368095	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr9	140158650	rs9695897	C	T	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=353;ReadPosRankSum=-1.318;SC=GGTCTCTGGTCATCCTGGGAG;SOR=0.608;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=32;WE=140158658;WS=140158640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,56:0.43:130
chr9	140158871	rs13295537	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=38;ReadPosRankSum=1.345;SC=GGTCTGCGCTTGCTGTGTTTT;SOR=1.501;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=7;WE=140158879;WS=140158861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr9	140161334	rs9330192	C	T	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=1.431;SC=GTGTGTGTCACGTCAGGGTGG;SOR=1.071;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=9;WE=140161342;WS=140161324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr9	140161631	.	TGTGGGGCTGAG	T	2122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=2122;QD=304.571428571;SC=CAGGGGTCGGTGTGGGGCTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TCF=4;TR=7;WE=140161655;WS=140161621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,7:0.26:27
chr9	140161634	.	GGGGCT	G	1180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.262;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.096;QD=15.74;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=0.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr9	140161641	.	AGGTGGG	A	1174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=7.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.131;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.246;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr9	140161647	.	G	A	798	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=20;NF=8;NR=8;PP=798;QD=52.0482007842;SC=GCTGAGGTGGGGCTGAGGTGG;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=16;WE=140161655;WS=140161621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:40,16:0.29:56
chr9	140161871	rs9802270	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=157;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GCCCAGGGTGCGGGCCCCAGG;SOR=0.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=11;WE=140161879;WS=140161861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr9	140161909	rs9802698	G	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=6.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.749;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr9	140167022	rs3204123	G	A	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=375;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GGGTGGCCCCGTCTAAGCTGG;SOR=0.592;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=33;WE=140167030;WS=140167012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,52:0.32:162
chr9	140202194	rs13288421	T	C	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=21;PP=584;SC=CTGAGCACAGTCACCTCATGG;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=140202202;WS=140202184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr9	140218025	.	C	T	550	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MMLQ=24;MQ=57.63;NF=27;NR=4;PP=550;QD=18.8635875015;SC=GAGGGATGCTCTGCCGACACC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=31;WE=140218033;WS=140218015;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,31:0.94:33
chr9	140218025	.	C	CTGCCGACACCTCACCCCGGACCACGAGGGATGCTT	1332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.77;QD=74.04;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	140243844	rs28545754	C	T	6792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=75;PP=2676;SC=CTGCTCCTCGCAGAGCGGCCT;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=77;TCR=76;TR=152;WE=140243852;WS=140243834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr9	140246050	rs11534416	T	G	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=54;PP=1631;SC=AGCCTGGAGGTCCTGAGCAGC;SOR=2.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=70;WE=140246058;WS=140246040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr9	140247143	rs7020732	T	G	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=25;PP=925;SC=GCAGCAAGAGTTCCATGGCAC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=140247151;WS=140247133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr9	140247365	rs28688712	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5266;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.481;SC=GAGGGGCAGCCGTCCACCTGA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=140247373;WS=140247355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr9	140248702	rs187689012	C	T	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=565;ReadPosRankSum=-1.476;SC=CTCAGCTCTGCGCACTTCCAC;SOR=0.426;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=69;TCF=52;TCR=17;TR=41;WE=140248710;WS=140248692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chr9	140249253	rs11537108	AG	CA	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=20;PP=596;SC=CTCAGCACTGAGGGCTCAGGG;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=30;WE=140249262;WS=140249243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr9	140250633	rs13293922	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=512;SC=CCTGAACAACGGGCAGCCCCA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=140250641;WS=140250625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr9	140250818	rs7389423	C	T	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=46;PP=1468;SC=CTCAGGGTACCGTCTGTGGGG;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=71;WE=140250826;WS=140250808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr9	140262218	rs11533157	T	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=11;PP=626;SC=GGTCAGCCCATGAGGAGGATG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=140262226;WS=140262208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr9	140262426	rs11533158	C	T	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=43;PP=1306;SC=TTCAACGTCGCGCCCAGCGTG;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=73;WE=140262434;WS=140262416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr9	140267650	rs28688091	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr9	140268129	rs34481427	GTTT	G	1945.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.334;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.291;NF=1;NR=26;PP=808;ReadPosRankSum=0.591;SC=CCGCAGAGAGGTTTTTTAAAA;SOR=1.184;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=2;TCR=64;TR=27;WE=140268139;WS=140268119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,54:0.38:142
chr9	140268183	rs6606585	T	C	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=32;PP=734;SC=AGCCGCCATCTGCGCCTCCGT;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=41;WE=140268191;WS=140268173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr9	140277826	rs13291830	C	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=250;ReadPosRankSum=0.988;SC=GAGGGGGTCCCGGCCTGTGGA;SOR=0.858;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=20;WE=140277834;WS=140277816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,44:0.39:113
chr9	140289696	rs9695232	A	C	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.518;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=430;ReadPosRankSum=-0.122;SC=CCCCATGCACACCCACGCACC;SOR=1.798;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=24;WE=140289704;WS=140289686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr9	140317979	rs117554356	G	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=-1.387;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr9	140320617	rs9414734	C	T	1935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=952;ReadPosRankSum=-1.346;SC=AATTCCGTGGCCCTGTCACCC;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=60;WE=140320625;WS=140320607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,90:0.59:152
chr9	140322645	rs35406628	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.998;SC=GTCCACGGGCGGTGGCACTGT;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=140322653;WS=140322635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr9	140327663	rs34155071	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=-0.456;SC=ACAGGGCTGCCGGCAATGGGG;SOR=0.684;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=21;WE=140327671;WS=140327653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr9	140329618	rs28589413	A	G	3758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.460;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=75;PP=2034;ReadPosRankSum=2.670;SC=CGACCTGCCCACGCCCACGCC;SOR=0.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=69;TCR=115;TR=119;WE=140329626;WS=140329608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,170:0.62:274
chr9	140330884	rs114856175	C	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=4;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=381;ReadPosRankSum=1.132;SC=TACCCTGTGCCCCCTCCCCGG;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10;WE=140330903;WS=140330874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr9	140330895	.	G	T	381	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=10;NR=2;PP=381;QD=34.6476010456;SC=CCCTCCCCGGGGCCGGATGAC;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=12;WE=140330903;WS=140330874;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr9	140330976	rs13297080	T	C	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=14;PP=1196;SC=AGCTGACCTGTACCAGCCCCA;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=140330984;WS=140330966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr9	140331833	rs9414731	A	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=20;PP=520;SC=CCCCAAAGACATGACCACCTC;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=140331841;WS=140331823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr9	140332478	rs6606582	A	G	10467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=100;PP=2965;SC=CTTGTTCGCCAGCCACTGATA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=108;TCR=100;TR=207;WE=140332486;WS=140332468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr9	140332830	.	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr9	140344204	rs41309970	C	T	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.918;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=309;ReadPosRankSum=-1.091;SC=GGAGCAGGGCCCACCCTCTTT;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=24;WE=140344212;WS=140344194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr9	140348401	rs9410194	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=1.424;SC=CTAAGGCACATGAAGCAGACA;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=6;WE=140348409;WS=140348391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr9	140356374	rs4962240	C	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=427;ReadPosRankSum=-1.298;SC=TCCGGACGCCCGTACTCACCG;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=28;WE=140356382;WS=140356364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr9	140356422	rs28452008	G	C	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=586;ReadPosRankSum=-0.487;SC=GCTGGTCGCGGAGCATCTTCT;SOR=0.448;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=43;WE=140356430;WS=140356412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,73:0.52:141
chr9	140356503	rs41307436	C	A	2877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CCTGTGCACACCCCCAGGGCC;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=157;TCF=95;TCR=62;TR=88;WE=140356511;WS=140356493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,137:0.58:235
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chr9	140374861	rs1891630	A	G	3735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=47;PP=1758;SC=CGTGCCATCTACCTGGTAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=140374869;WS=140374851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
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chr9	140693181	rs4876947	G	A	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.833;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=0.500;SC=GGTAGACACCGGGTTCTCCTG;SOR=1.230;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=6;WE=140693189;WS=140693171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr9	140695576	rs7871917	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=385;ReadPosRankSum=0.278;SC=TCGGCCCGGCACTGTGCTGTG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=19;WE=140695584;WS=140695566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr9	140706127	rs11789684	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=414;ReadPosRankSum=-1.299;SC=CGCCCAGAGAGACCGCTTGAC;SOR=0.736;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=30;WE=140706135;WS=140706117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,39:0.41:94
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chr9	140710603	rs4876902	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=445;ReadPosRankSum=-0.377;SC=AAGAACTTAACGTGTTTGGAT;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=25;WE=140710611;WS=140710593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr9	140740856	.	A	C	421	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=50.9;NF=16;NR=2;PP=421;QD=25.3206229193;SC=CTGTGCGCGCACCCACTGGAG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=140740864;WS=140740846;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr9	140740886	.	A	T	575	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=15;MQ=57.16;NF=22;NR=10;PP=575;QD=19.0553503921;SC=TCCCCCAGGAATCCTCCTAAG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=140740894;WS=140740876;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr9	140777306	rs4422842	C	G	4743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=10.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=2.395;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,209:0.57:369
chr9	140777370	rs1110146	A	C	2233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.680;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=58;PP=1458;ReadPosRankSum=-0.915;SC=CCAGCGTGTGAGGCCCGGGCG;SOR=1.958;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=105;TCF=34;TCR=71;TR=81;WE=140777378;WS=140777360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,98:0.79:124
chr9	140786918	rs4076712	T	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=329;SC=TTAGATGGTTTGATGTCTGCA;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=140786926;WS=140786908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr9	140865989	rs2229951	A	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=4.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,51:0.39:132
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chr9	140901146	rs2290580	A	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=280;ReadPosRankSum=0.787;SC=ACATGCACTCATGTGGGTGGG;SOR=0.487;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=19;WE=140901154;WS=140901136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr9	140904640	rs7040050	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=-1.628;SC=GCGTTGCCTTGGGTCCTGGCG;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=17;WE=140904648;WS=140904630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr9	140911670	rs7028989	C	T	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=1.072;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,86:0.64:134
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chr9	140917779	rs7873074	G	T	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=4.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,42:0.61:69
chr9	140918170	rs145816559	TGGAGAAGGAGACCAC	T	1185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=2.778;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.378;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr9	140918300	rs6559259	G	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr9	140938183	rs3750506	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
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chr9	140946701	rs140068697	C	CGTGTGTGCGTGTGT	702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.22;MQRankSum=3.096;QD=17.14;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr9	141008876	rs2229948	C	T	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=500;ReadPosRankSum=0.124;SC=TGATGATATTCGACTTCTACA;SOR=0.689;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=37;WE=141008884;WS=141008866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,76:0.52:146
chr9	141014814	.	T	C	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=3.257;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=565;ReadPosRankSum=2.101;SC=TGTCTGCCGATATGGATGGCG;SOR=0.847;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=32;WE=141014822;WS=141014804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,59:0.46:128
chr9	141015869	.	CTT	C	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.954;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr9	141069905	rs71485051	C	T	3504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.618;NF=21;NR=19;PP=452;ReadPosRankSum=-1.885;SC=CATCAACGTGCACCACCACGA;SOR=0.661;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=40;WE=141069913;WS=141069895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,92:0.58:158
chr9	141069927	rs71485052	C	A	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.031;NF=18;NR=20;PP=547;ReadPosRankSum=0.047;SC=GCCAGCGGTGCGACCCCCGTC;SOR=0.658;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=38;WE=141069935;WS=141069917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,93:0.57:162
chr9	141069952	rs9410185	T	C	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=3.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.670;NF=15;NR=21;PP=443;ReadPosRankSum=0.832;SC=CCCCACCCAATGTGCACCACC;SOR=0.665;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=36;WE=141069960;WS=141069942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,101:0.55:184
chr9	141070125	rs10867114	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.433;NF=10;NR=8;PP=303;ReadPosRankSum=-1.364;SC=CGCTCGGGGCCCTTCGGGCAG;SOR=0.839;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=18;WE=141070133;WS=141070115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr9	141070283	rs7868693	T	C	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQRankSum=-6.408;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,67:0.32:212
chr9	141070335	rs7868705	T	G	2357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-7.759;NF=21;NR=31;PP=820;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CGGGAGGAAGTCCCGGGTGTC;SOR=0.528;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=52;WE=141070355;WS=141070325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,85:0.63:135
chr9	141070347	rs189844666	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQRankSum=-6.104;QD=3.01;ReadPosRankSum=-1.292;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,30:0.25:121
chr10	95096	rs11251929	A	G	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=12;PP=599;SC=GGCCCGGGCTAGGCCCTCAGA;SOR=1.094;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=35;WE=95104;WS=95086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	95226	rs6560829	A	T	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.74;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	95229	rs6560830	C	T	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	282897	rs4600135	C	T	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=39;PP=1116;SC=TCCCAAAACACATTTTACTAT;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=282905;WS=282887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	285200	rs7919436	T	G	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=1;PP=558;SC=TATACTATATTATTAAAACCG;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=285208;WS=285190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	285479	rs10655220	G	GTGTT	2373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=44;PP=490;SC=GAATATTTTTGTTTTTTTTGT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=48;WE=285487;WS=285469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	292927	rs2303990	C	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=293;SC=AGTGTGTCTCCGGAAGGAAGT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=292935;WS=292917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	294953	rs1017361	A	G	2798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=41;PP=1307;SC=AGTGTAAGGAAGAATTTGTAG;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=294961;WS=294943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	323283	rs3740304	A	G	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=55;PP=2150;SC=TGTAGGCCACATAGATGGGGT;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=128;WE=323291;WS=323273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr10	329188	rs45445697	G	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=543;SC=CTGTTGGGGGGGGGCCGCCAG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=329199;WS=329178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	329191	rs371065533	GC	G	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=874;SC=TTGGGGGGGGGCCGCCAGCCT;SOR=2.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=329199;WS=329178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	370977	rs3123241	A	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=526;SC=AGGCAAAGGAAGGCGGATCAT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=370985;WS=370967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	387060	rs7904155	G	A	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=14;PP=480;SC=GCAGTGCTTAGGTTGCCTGGC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=387068;WS=387050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	394714	rs4880610	G	A	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=36;PP=1319;SC=TACACAAGGAGAGAAACATCA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=394722;WS=394704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	395266	rs4880611	T	C	3345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=37;PP=1670;SC=ACCCTGCGCCTGTACCTGGGG;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=92;WE=395274;WS=395256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	395463	rs4242754	G	A	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=65;PP=1868;SC=GAGCGCGCACGCGTCATACAA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=103;WE=395471;WS=395453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	402317	rs12358220	C	T	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=30;PP=1544;SC=AGGAACCAGGCTAGGCCCCTT;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=84;WE=402325;WS=402307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	410825	rs10795053	G	A	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=3;PP=254;SC=CCAATCAGCAGTAACTGATTA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=410833;WS=410815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	428503	rs4881200	A	G	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=20;PP=1013;SC=CCTCAGCATCAACTGTTAGGA;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=428511;WS=428493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	429932	rs7092412	C	T	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=423;SC=CTCCACAGCCCGCCTGCCTCA;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=429940;WS=429922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	429977	rs10904083	G	A	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=10;PP=641;SC=AGGGGTTCGCGCCGTCCGCCA;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=429985;WS=429967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	435880	rs4881219	G	C	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=7;PP=327;SC=CTTCGTGTCAGGTGTCCCGGT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=435888;WS=435870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	444997	rs6560836	C	T	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=33;PP=1761;SC=ATACAGCCACCGTGAAAGCCA;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=88;WE=445005;WS=444987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	445061	rs6560837	C	T	5980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=60;PP=2266;SC=TCCTGGTGAGCGGCACCTCGA;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=129;WE=445069;WS=445051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr10	459940	rs4881274	G	A	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	468748	rs4881290	C	T	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=166;SC=AGAAAGACACCGTGAAGCGTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=468756;WS=468738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	518547	rs10610683	ACT	A	6330.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=52;PP=2653;SC=GAGTCAGCAGACTCTAACAAA;SOR=0.907;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=56;WE=518556;WS=518537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	530644	rs1539231	G	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=3;PP=355;SC=ACGTCTGTACGGGATGGCACT;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=530652;WS=530634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	687569	rs1631975	C	T	2201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=26;PP=972;SC=CACTGCCAGGCTACCCATGAG;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=687577;WS=687559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	696237	rs10904535	G	A	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=32;PP=1840;SC=TCAGGGCCAGGGACCATGGTG;SOR=1.196;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=93;WE=696245;WS=696227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	708192	rs3853289	A	G	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=56;PP=1636;SC=TCCTGAAGGTACTGTATGAGG;SOR=3.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=62;WE=708200;WS=708182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	859270	rs3763722	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=9;PP=225;SC=TCCATCTTCACTAGTGTTTTT;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=859278;WS=859260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	1018585	rs4880745	T	G	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=41;PP=1994;SC=TCCATTTCTATGTAAGCCGTT;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=94;WE=1018593;WS=1018575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	1042023	rs10665098	A	AAAC	3567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=31;PP=2390;SC=AGTGGAAAAAATAATATTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=45;WE=1042031;WS=1042013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	1043058	rs1250887	T	C	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=5;PP=953;SC=AATATCACCATAGGCCTGGAC;SOR=2.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=1043066;WS=1043048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	1046712	rs2306409	G	A	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=53;PP=2461;SC=TCCGTGCTGCGGTCCTGTATG;SOR=0.950;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=129;WE=1046720;WS=1046702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr10	1054276	rs10904595	T	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=430;SC=ACCTGGGAGGTGGAGGTTGCA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=1054284;WS=1054266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	1061625	.	GCTGAGCA	G	808	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=23;MQ=58.17;NF=8;NR=6;PP=808;QD=59.5714285714;SC=GGTCCTGAGCGCTGAGCACTG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=1061639;WS=1061615;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr10	1081944	rs11396609	G	GT	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.529;QD=1.47;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,23:0.23:98
chr10	1087551	rs12768746	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=265;SC=GCAGTATAGTTTTAGGATTAG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=1087559;WS=1087541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	1089616	rs11250238	T	C	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=46;PP=1289;SC=TGAAGGCACATGCTTCCCTGC;SOR=1.008;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=1089624;WS=1089606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	1093992	rs4880759	A	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=3;PP=345;SC=GGGTCTTGCTATGTCTGTCGC;SOR=1.460;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=1094000;WS=1093982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	1142208	rs10794716	T	C	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	1262872	rs34113348	AG	A	4061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=35;PP=1997;SC=CATCCTCGAGAGGAAGCCGTG;SOR=0.865;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=49;WE=1262880;WS=1262862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	1421516	rs10794748	A	G	4142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=52;PP=2301;SC=AATATCTGACAGCATTTTATC;SOR=1.017;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=73;TCR=53;TR=125;WE=1421524;WS=1421506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	1779349	rs3750684	G	A	6470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=76;PP=2430;SC=GGCCATGGCCGAGACCCAGGC;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=56;TCR=76;TR=132;WE=1779357;WS=1779339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr10	3124516	rs4881074	G	A	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=1260;ReadPosRankSum=-0.656;SC=GTCATGGGTAGTTAGTGGCAG;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=68;WE=3124524;WS=3124506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr10	3143054	.	C	CAAAATAAAA	63.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=21.12;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	3143643	rs4881080	A	C	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=27;PP=959;SC=TGCTGCAGCGAGGCATCACCA;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=55;WE=3143651;WS=3143633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	3145885	rs10903966	T	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=7;PP=503;SC=TCTCTACCCATGGCCATTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=3145893;WS=3145875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	3145906	rs11251719	A	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=11;PP=953;SC=CCTCACCCCTAGTGGGGCACC;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=3145914;WS=3145896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	3146180	rs2306294	C	T	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=69;PP=2045;SC=TGGGGCCCGACGTGTGCCCAG;SOR=1.043;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=43;TCR=69;TR=112;WE=3146188;WS=3146170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	3147508	rs4881082	C	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.63;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	3147518	rs2388576	GG	CC	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.36;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	3149402	rs10903967	A	G	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=27;PP=1061;SC=TTCTGTCTCCACAGAACCGTG;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=60;WE=3149410;WS=3149392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr10	3154267	rs2306299	G	A	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=799;SC=GCGGCCGGTCGTCTAGACCAT;SOR=2.200;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=3154275;WS=3154257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	3154339	rs2306301	C	T	3955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=34;PP=1507;SC=AGGACCGAGCCAGTCTCTACC;SOR=0.852;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=76;WE=3154347;WS=3154329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	3154534	rs2306304	A	G	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=38;PP=1054;SC=CCTCAGGCCCAGCCACTGCAA;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=3154542;WS=3154524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	3155173	rs7896691	C	T	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=12;PP=1139;SC=GCACATGGAACCCTGGGGCCT;SOR=2.035;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=3155181;WS=3155163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	3155217	rs6602023	T	C	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=31;PP=1631;SC=GCAGACACATTGAGTGCTGGC;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=89;WE=3155225;WS=3155207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	3155237	rs6602024	A	G	4297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=42;PP=2012;SC=CAGATAAGCCACCTTTTCTCC;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=112;WE=3155245;WS=3155227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	3155263	rs7906901	T	C	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=83;NR=63;PP=2365;SC=AGCCCTGAGTTGTGTCCGGTA;SOR=0.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=83;TCR=63;TR=146;WE=3155271;WS=3155253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr10	3155408	rs3816700	C	T	4633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=64;PP=2471;SC=CGCGATGCCCCGACCTCTCCT;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=127;WE=3155416;WS=3155398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	3155428	rs3816701	C	T	3672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=58;PP=2338;SC=TGCGGGCCTCCCCTCATGGCC;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=3155436;WS=3155418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	3155540	rs4881085	A	G	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=58;PP=2076;SC=GTGACCCAGCACTCACCTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=59;TCR=58;TR=117;WE=3155548;WS=3155530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr10	3155620	rs1052309	A	G	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=48;PP=1683;SC=GGATGAACGCAGCCGTACGCT;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=92;WE=3155628;WS=3155610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	3155753	rs4881087	G	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=514;SC=CACCCTGGCTGTGAGCACAGT;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=3155761;WS=3155743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	3158848	rs7086902	C	T	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=7;PP=680;SC=CTGTCTCATACGCCTCTCAAA;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=3158856;WS=3158838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	3160913	rs3829912	G	A	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	3160917	rs3829913	T	C	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.13;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	3161131	rs3829914	C	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=21;PP=583;SC=AAACATTAAGCTACTTGTTGG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=3161139;WS=3161121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	3161148	rs3829915	G	C	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	3162033	rs6602025	T	C	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=8;PP=962;SC=AGCGAGACCCTCTCCTCCCCA;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=41;WE=3162041;WS=3162023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	3167465	rs3816703	A	G	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=66;PP=1905;SC=GTTTCCTCTCATTGCTTTTCC;SOR=0.962;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=107;WE=3167473;WS=3167455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr10	3174499	rs3830217	G	GC	988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=6;PP=502;SC=GCACTTCCCAGCCTGCAGTGC;SOR=0.906;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=12;WE=3174507;WS=3174489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	3178905	rs7673	T	A	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=398;SC=CTGCCCCACCTGCTCCAGTGC;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=3178913;WS=3178895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	3179738	rs79334726	G	A	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1618;ReadPosRankSum=-0.883;SC=TTCTCAGGACGGTTTCCATGC;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=3179746;WS=3179728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,135:0.99:137
chr10	3180298	rs10175	C	T	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=33;PP=1520;SC=CGTGTGTGCTCTTCCCAGTGC;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=3180306;WS=3180288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	3180316	rs11414	T	C	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	4867313	rs2961562	A	T	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=26;PP=683;SC=GCTCACATTGAGGAGATGGAT;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=4867321;WS=4867303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	4868445	rs2924275	G	T	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	4873106	rs1005907	T	C	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=194;SC=CTACTTTCTTTATGGGAGTTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=4873114;WS=4873096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	4877814	rs150127444	T	TTTTTG	2618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=12;PP=854;SC=CACATGGTTTTTTTTGTTTTG;SOR=1.085;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=16;WE=4877822;WS=4877804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	4879465	rs2961584	T	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=191;SC=CCCAGCATCCTCTAGCCAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=4879473;WS=4879455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	4884784	rs2924269	T	C	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=41;PP=1152;SC=GCCTCAGGGTTGCGGAGCTTG;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=4884792;WS=4884774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	4888028	rs202045971	C	T	6155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=84;PP=2594;SC=ACCAGGCTGACGTGAGACCTG;SOR=0.903;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=146;WE=4888036;WS=4888018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr10	4889525	rs2961597	T	C	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=57;PP=1771;SC=TTAATTAAACTTTCTCATTAT;SOR=2.120;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=72;WE=4889533;WS=4889515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	5005549	rs7069696	G	C	2877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=26;PP=1598;SC=CCAGCAGACAGTGTGCTCAGG;SOR=1.502;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=5005557;WS=5005539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	5008987	rs10562538	GAAGA	G	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=173;SC=GGCATCACAAGAAGAGAGAGA;SOR=2.584;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=5008998;WS=5008977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	5009364	rs2904802	T	C	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	5010367	rs12250190	C	T	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.67;QD=21.34;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	5010390	rs200246244	A	G	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.91;QD=21.09;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	5010572	rs1138600	A	G	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.60;QD=24.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	5014545	rs67671072	T	TA	3441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.553;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.528;NF=4;NR=63;PP=1299;ReadPosRankSum=-2.065;SC=ACCGGTTTGATAAAAAAAATT;SOR=1.052;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=4;TCR=70;TR=67;WE=5014553;WS=5014535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,151:0.96:157
chr10	5038105	rs200022607	T	C	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.42;QD=25.69;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	5041398	rs56259037	T	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=11.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.93;MQRankSum=-0.458;QD=6.93;ReadPosRankSum=-0.122;SOR=3.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr10	5042664	rs2275929	C	T	2035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=22;PP=1252;SC=TAAGAAAAAGCTTAGTTCAAA;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=5042672;WS=5042654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	5045862	rs67165977	A	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.20;QD=32.68;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	5120157	rs4881396	G	T	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	5120332	rs7894134	T	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	5136651	rs12529	C	G	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	5139685	rs12387	G	A	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=51;PP=1773;SC=ACTCACTGAAGAAAGCTCAAT;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=100;WE=5139693;WS=5139675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr10	5141137	rs10508293	A	G	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=31;PP=976;SC=TCCCAGGTTCAATAGGAAAGA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=5141145;WS=5141127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	5144523	rs3750566	A	G	137.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	5196273	rs1781930	A	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=316;SC=ATCAAATACTAAAATCCTCTC;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=5196281;WS=5196263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	5199934	rs1781935	G	C	5026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=52;PP=2257;SC=CCTGGGCTTCGACTGTGTTTC;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=112;WE=5199942;WS=5199924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	5200059	rs1761601	T	C	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=42;PP=1038;SC=ATCTACAGTGTGCTGCTCCTT;SOR=1.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=5200067;WS=5200049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	5200638	rs1781937	G	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=77;SC=TGTTGGTGACGTTTAAGCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=5200646;WS=5200628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	5200739	rs5782810	T	TAGG	1667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=668;SC=TTCGCTTTAATAGTTTTTCAG;SOR=1.432;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=13;WE=5200747;WS=5200729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	5202060	rs1781940	C	T	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.90;QD=22.80;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	5202104	rs2801889	C	T	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.10;QD=22.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	5202241	rs1761599	C	T	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=26.49;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	5242346	rs7099651	G	A	8053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=81;NR=86;PP=2965;SC=ATGCACATGTGTTTAATGGGA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=81;TCR=87;TR=167;WE=5242354;WS=5242336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr10	5244295	rs7083869	G	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=148;SC=GAATAGCAGTGCTACTAATTT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=5244303;WS=5244285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	5246584	rs11253042	C	A	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=65;PP=2189;SC=AAGTATAATGCCTAAGCCATT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=112;WE=5246592;WS=5246574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	5246670	rs1413781	A	C	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=44;PP=1290;SC=AAAGCCTCTGATTCAAAAATT;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=72;WE=5246678;WS=5246660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	5255025	rs4880718	A	G	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	5258571	rs2050308	G	A	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=80;SC=AACTTATCAAGTATTTTACAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=5258579;WS=5258567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	5258955	rs2050309	C	G	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=76;SC=GGGTCAGCATCGGTCAACCTG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=5258963;WS=5258945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	5260505	rs5782814	GAA	G	212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=11.139;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=-2.697;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,9:0.69:13
chr10	5260611	rs72003850	TTCAC	T	3022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=24;PP=1891;SC=TTCATATAAATTCACTTTGCT;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=5260622;WS=5260601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	5260812	rs2398157	A	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=192;SC=CTGGACACACAGCCTCTGGTT;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=5260820;WS=5260802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	5415856	rs374554339	G	A	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=53;PP=1816;SC=AGCAAGAGGAGCTTCCACTAC;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=102;WE=5415864;WS=5415846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	5415954	rs10904481	A	G	6160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=63;PP=2891;SC=GGGTGGAGCCAGAGGCACCCG;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=153;WE=5415962;WS=5415944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr10	5416202	rs10904482	G	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=497;SC=CAGCGGGGTGGGGAGGGGGAG;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=5416210;WS=5416192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	5435918	rs7097775	G	A	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=42;PP=1473;SC=ACTCAAAGCAGGCAGTGGTGA;SOR=0.812;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=76;WE=5435926;WS=5435908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	5436260	rs7910290	A	G	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=34;PP=1495;SC=GCTCTACCACAGCAGTGGAGA;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=5436268;WS=5436250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	5436487	rs6601957	A	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=25;PP=681;SC=TGAATTGGACAGTAGTGGCAG;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=5436495;WS=5436477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	5437365	rs11253156	A	G	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=39;PP=1313;SC=CGTAATTGTTAGCAGCATCCT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=74;WE=5437373;WS=5437355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	5446632	rs10904491	G	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=8;PP=441;SC=AGAAACAAATGTTTCTTTACA;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=5446640;WS=5446622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	5446794	rs7477466	C	T	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=30;PP=943;SC=GTAGTAATGACTGAGGAGCCT;SOR=1.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=5446802;WS=5446784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	5446942	rs4881435	C	T	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=132;SC=CTGAACAACCCGGGATAAAGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=5446950;WS=5446932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	5446965	rs4881436	G	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=4;PP=73;SC=GTACACAGCTGCAGATGAACT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=5446973;WS=5446955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	5471200	rs4604777	C	T	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=11;PP=431;SC=AAGGTAAGCCCTGCTGCCCTG;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=5471208;WS=5471190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	5495218	rs4567355	T	C	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	5498248	rs4242790	G	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=14;PP=375;SC=TAAAATGCAGGCCTTCAATAA;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=20;WE=5498256;WS=5498238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	5541181	rs10904516	T	C	6172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	5541181	.	TTC	CTT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=43;NR=46;PP=2947;QD=20;SC=CCTGGCCTTCTTCGCCGCCGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=89;WE=5541191;WS=5541171;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,89:0.96:93
chr10	5541183	rs10904517	C	T	6172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.47;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	5558349	rs4072067	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=23;PP=569;SC=GAGGCTTGACGGGGAAAGAAG;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=5558357;WS=5558339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	5567366	rs1142825	G	A	5201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=67;PP=2165;SC=CCGCCGAGCTGCGACACGTCA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=61;TCR=68;TR=128;WE=5567374;WS=5567356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr10	5682641	rs7896492	C	T	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=13;PP=682;SC=ACGGGGGCAGCCACGGTCCGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=5682649;WS=5682631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	5682855	rs4427479	T	C	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	5684342	rs6602421	C	G	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=109;SC=TCTTGCGGGCCCAGGACGGAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=5684350;WS=5684332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	5684534	rs61006671	T	TA	639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=22.06;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	5684616	.	G	GTTT	51.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=1.150;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr10	5693379	rs6602483	A	G	5061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	5708311	rs6602610	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=4;PP=243;SC=CGGCACCACTGGGACCCTGCT;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=5708319;WS=5708301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	5708420	rs6602613	T	C	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=15;PP=428;SC=GCGGCCGGCCTCAGGAGCCGG;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=5708428;WS=5708410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	5766337	rs10737018	G	A	64.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	5781628	rs2254067	T	G	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=31;PP=2021;SC=TTCAAGAGGTTGTCAAGAAGA;SOR=1.437;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=67;TCR=31;TR=98;WE=5781636;WS=5781618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	5781969	rs2797486	A	T	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=48;PP=2085;SC=CAGACTTAACAGTTAGCCAAG;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=102;WE=5781977;WS=5781959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	5784509	rs2797488	G	A	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=22;PP=570;SC=GCTGAATACCGTTAAATGTTG;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=26;WE=5784517;WS=5784499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	5788110	rs200661404	A	AT	192.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.219;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr10	5788608	rs2797491	G	C	5850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=67;PP=2876;SC=GCTGATGAACGTACAACCTTT;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=133;WE=5788616;WS=5788598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr10	5790420	rs2669142	T	C	6975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=83;PP=2647;ReadPosRankSum=1.232;SC=GCAGAGCCAGTGTTTCAAGCA;SOR=0.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=153;WE=5790428;WS=5790410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,271:1.00:272
chr10	5804455	rs3736462	A	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	5804471	rs148906161	G	GTTTT	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.13;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	5804474	rs59569509	G	T	266.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	5804531	rs2797501	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=13;PP=371;SC=TTTGAAAATAGTGGAATCCTT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=5804539;WS=5804521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	5837038	rs10752110	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=22;PP=635;SC=ATAAAGAACATTTACTAATAC;SOR=1.298;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=32;WE=5837046;WS=5837028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	5919947	rs2985043	C	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=2;PP=424;SC=AACTCCTCAGCAGGAGTGGAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=5919955;WS=5919937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	5920121	rs1052420	T	C	5218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=51;PP=1597;SC=GCCAGAGCCCTGAAGGACATC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=105;WE=5920129;WS=5920111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr10	5922186	rs811561	T	A	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=198;SC=ATTAAAATCATTGTTTTAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=5922194;WS=5922176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	5924942	rs617165	C	G	4190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=55;NR=42;PP=1707;SC=CAGGGAAGCTCGGACAACGTT;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=97;WE=5924950;WS=5924932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr10	5925971	rs631947	C	A	5272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=64;PP=2399;SC=CGTCGATGTGCCCACACTGGA;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=134;WE=5925979;WS=5925961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr10	5926079	rs3750657	AT	CC	5137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=47;PP=2947;SC=AGAAAATTCAATACCTCAAAC;SOR=1.227;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=72;WE=5926088;WS=5926069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	5926131	rs7919785	G	A	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=34;PP=994;SC=GGTGAACTGCGTGTGTGCAAA;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=5926139;WS=5926121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	5926154	rs7907053	A	G	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=21;PP=568;SC=ACCTGTGAGCATGGAGCTCTC;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=5926162;WS=5926144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	5936425	rs12781700	C	G	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=26;PP=907;SC=GTCAGGAGACCCGGGTTCTTG;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=5936433;WS=5936415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	5948638	rs7082434	C	T	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=24;PP=622;SC=TCTAAAAGCACGTAACTTTGC;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=5948646;WS=5948628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	5952854	rs7067928	C	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=497;SC=TTCGTATTAACCATGGCCTGT;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=5952862;WS=5952844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	5952874	rs45595531	C	T	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=558;SC=TGGGCTGTCCCTCCCTCCCTG;SOR=2.226;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=5952882;WS=5952864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	5957270	rs10508298	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=2;PP=366;SC=GCTCTCAAGACAGAGGTGTGA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=5957278;WS=5957260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	5960209	rs2387092	C	T	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=11;PP=878;SC=TCCAGTGTGCCCTGGCTTAGC;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=5960217;WS=5960199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	5966192	rs2274030	A	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=353;SC=GCTCTTGCGCAGCTGCTTAGG;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=5966200;WS=5966182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	5967176	rs11255971	C	T	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=338;SC=TGTCTGTTCCCGACAGTTGTT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=5967184;WS=5967166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	5978411	rs646406	T	C	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=15;PP=765;SC=TCGCTCTTTCTTTCTCAGGAG;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=5978419;WS=5978401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	6041873	rs11596136	C	T	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=36;PP=1170;SC=AGGACTTGTACTCCTGGCTGC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=70;WE=6041881;WS=6041863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	6041923	rs10905599	T	C	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	6042034	rs10795731	C	T	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	6061277	rs7069976	G	A	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=4;PP=291;SC=CAACCTACCAGTCAACCAACT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=6061285;WS=6061267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	6061781	rs10752175	T	C	4466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=47;PP=1933;SC=CCTGGTCACCTCTGCCCTTTT;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=99;WE=6061789;WS=6061771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	6062051	rs9804284	T	A	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=205;SC=ATGCCACCCCTCATGGTTCCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=6062059;WS=6062041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	6063674	rs942200	T	C	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=38;PP=932;SC=ATGGAAGGAATGCTCTGAAGG;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=6063682;WS=6063664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	6066462	rs12722574	G	A	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=30;PP=1026;SC=TTACAAATACGAAACCAGAGT;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=6066470;WS=6066452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	6150828	rs374720400	GCTCTGTC	G	483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	6150837	.	C	T	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.98;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	6150843	.	G	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	6150844	.	C	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.52;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	6150845	.	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.52;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	6150848	rs75593307	ACCTG	A	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.89;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	6156118	rs10795823	T	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.85;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	6187115	rs11256972	A	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=135;SC=GCCCGGGGCCAAGCGAGACGC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=6187123;WS=6187105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	6188591	rs7074372	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=23;PP=674;SC=TTGTCGATGTAGGCTCTGGTT;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=6188599;WS=6188581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	6255817	rs2073629	T	C	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=47;PP=1121;SC=CTCTGTCCCCTGGTCGGGGAG;SOR=1.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=66;WE=6255825;WS=6255807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	6258015	rs2148293	T	C	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=17;PP=1044;SC=TGTCGGGGCGTGTCGGGAGTT;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=55;WE=6258023;WS=6258005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	6258052	rs2148294	G	A	2867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=35;PP=1624;SC=CGGATGCACCGGCGCTGACAT;SOR=1.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=87;WE=6258060;WS=6258042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	6258300	rs2516622	A	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=219;SC=CTCAGGAAGGAGGATGTGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=6258319;WS=6258290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	6258311	rs2516623	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=216;SC=GGATGTGGGGTGGACTCAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=6258319;WS=6258290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	6258796	rs2182412	T	C	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=30;PP=883;SC=AGGAAAAGGCTTCAGGAAGCG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=6258804;WS=6258786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	6258840	rs5782881	GC	G	890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=584;SC=CCCTCCTGCTGCCCATGTTCC;SOR=1.697;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=15;WE=6258848;WS=6258830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	6258937	rs2765827	A	G	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=587;SC=CTTGGGGGCCATGGGGCGTTC;SOR=2.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=28;WE=6258945;WS=6258927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	6259239	rs2516624	G	A	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=675;SC=GACCGGGTCCGGCTCGGAAGC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=6259247;WS=6259229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	6261704	rs1557111	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=317;SC=TGAGGGTTCTTACTGAATTCT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=6261712;WS=6261694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	6266956	rs4747951	G	T	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=138;SC=GGGGTGGCGGGTGGGGAGGCG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=6266964;WS=6266952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	6319884	.	G	GT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=1.108;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr10	6368721	rs7074209	G	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	6368724	rs7074211	G	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	6472962	rs601150	T	G	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=39;PP=1155;SC=CATCAGGAGGTCGTGGTGCTT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=50;WE=6472970;WS=6472952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	6498799	rs2296123	C	G	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	6527344	rs661891	A	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=231;SC=CATAGGGTCAACAAAGATCTC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=6527352;WS=6527334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	6533625	rs527611	T	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=594;SC=CGGGCCATGCTCATCCCCCAC;SOR=2.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=6533633;WS=6533615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	7285632	rs2248474	A	G	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=38;PP=1092;SC=GTCTTAGGTCATCAATAGTCA;SOR=0.872;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=66;WE=7285640;WS=7285622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	7318724	rs7075434	G	A	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=11;PP=604;SC=TCCTGATGTCGTGATCCGCCC;SOR=1.292;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=31;WE=7318732;WS=7318714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	7318803	rs7097601	T	C	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=23;PP=1115;SC=ACTTTGTAGATGATTTTATTC;SOR=1.264;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=7318811;WS=7318793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	7319078	rs4338435	C	G	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.81;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	7319088	rs4611096	A	G	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.71;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	7423960	rs2254756	T	C	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=24;PP=727;SC=ATCATATTGATTATATTCACT;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=7423968;WS=7423950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	7423984	rs2254760	G	T	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.79;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	7605067	rs3824658	C	T	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=19;PP=1086;SC=GGACATTCCCCGGCCAAGTGT;SOR=0.997;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=54;WE=7605085;WS=7605057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	7605077	rs61199416	TC	T	3363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=23;PP=1519;SC=CGGCCAAGTGTCCATCCCTGT;SOR=0.901;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=37;WE=7605085;WS=7605057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	7605101	rs10795551	A	G	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=31;PP=1456;SC=AAATGGATGGAATGCCAGGTA;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=73;WE=7605109;WS=7605091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	7605457	rs10737022	G	A	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=277;SC=GCCACAGCCCGAGACTGGACT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=7605465;WS=7605447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	7614936	rs10737023	T	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=2;PP=377;SC=AGACGAGGTTTCACCATGTTG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=7614944;WS=7614926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	7614959	rs12254204	T	C	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=8;PP=619;SC=CAGGCTGGTCTTGAACTCCTG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=7614967;WS=7614949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	7615195	rs4747517	C	A	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=44;PP=1153;SC=ATGGTCATTCCTTAAAGAAGA;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=7615203;WS=7615185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	7621771	rs17431370	A	G	11168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=129;PP=2965;SC=GTGTGAGGCCACAGTTCTCCA;SOR=0.856;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=104;TCR=130;TR=233;WE=7621779;WS=7621761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr10	7622047	rs12256183	A	G	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=299;SC=ACCAACACGGAACAGCTCAAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=7622055;WS=7622037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	7622075	rs12262854	G	C	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=114;SC=ACTCACCTCCGCACTCTGATT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=7622083;WS=7622065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	7629168	rs945149	C	A	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=300;SC=CAGGGATGCTCAGTGATAACA;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=7629176;WS=7629158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	7658041	rs72779162	C	T	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=34;PP=1033;SC=CAAAGTAGTGCACAAAATAGC;SOR=0.809;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=63;WE=7658049;WS=7658031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	7679393	rs6602256	C	T	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=36;PP=1257;SC=CGGCTTTGTCCTTGCTGGGAA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=7679401;WS=7679383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	7682870	rs17142884	C	G	7037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=90;PP=2965;SC=AAGACAAATTCAGACATGGAT;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=61;TCR=90;TR=151;WE=7682878;WS=7682860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr10	7684120	.	CT	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.922;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr10	7755088	.	GA	G	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.37;ReadPosRankSum=2.339;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,23:0.19:122
chr10	7763661	rs7075296	A	G	6439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=49;PP=2186;SC=ATATGCCCTAACTGCCGGGAG;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=105;WE=7763669;WS=7763651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr10	7804308	rs1980856	C	T	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=6;PP=444;SC=GCAGTTAATGCCGCCAAGACA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=7804316;WS=7804298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	7838208	rs1244418	A	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=19;PP=632;SC=GCTTTAGCCCATTGTGTATTT;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=36;WE=7838216;WS=7838198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	7844195	rs932971	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=9;PP=500;SC=CTATTCCTTCCATATAACTTG;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=28;WE=7844203;WS=7844185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	7844906	rs1244431	T	G	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=890;ReadPosRankSum=0.317;SC=TTTCGTTTTTTTCTTTTGAAG;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=7844914;WS=7844896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
chr10	7846152	rs914609	T	C	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	7849688	rs4655	T	C	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=15;PP=354;SC=CCGAAGAAACTGTTCCTCCAT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=7849696;WS=7849678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	7866263	.	CT	C	2966	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.1;NF=41;NR=46;PP=2966;QD=20;SC=ATTTGATTTGCTTTTCACTTT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=87;WE=7866277;WS=7866253;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,87:0.95:92
chr10	7866266	.	TTCA	T	9230.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=46.62;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	7866268	.	CA	GG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=60.07;NF=85;NR=46;PP=2947;QD=20;SC=ATTTGCTTTTCACTTTGTTTC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=145;TCF=90;TCR=55;TR=131;WE=7866277;WS=7866253;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,131:0.90:145
chr10	7866269	.	A	AGG	9230.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=46.62;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	7866557	rs1244471	T	C	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=44;PP=1247;SC=ATGTTAGTGATTATTTTAATG;SOR=2.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=7866565;WS=7866547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	7866576	rs1244472	A	T	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=35;PP=919;SC=TGGATTTTTAATCCTCTTAGC;SOR=2.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=7866584;WS=7866566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	8093034	rs501764	G	T	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=12;PP=956;SC=CCGCGCCTCCGCTCTGCGCCA;SOR=1.312;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=42;WE=8093042;WS=8093024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	8093185	rs485411	T	C	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=33;PP=885;SC=CCCTACCGAGTGGAGAAAGTC;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=8093193;WS=8093175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	8097570	rs11567942	C	T	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=687;SC=CCTCCCTCCCCGCGCGCGGGT;SOR=1.547;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=32;WE=8097578;WS=8097560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	8106231	rs59622436	GT	G	48	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.00;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	8111345	rs35348503	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.840;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr10	8111409	rs422628	C	T	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=50;PP=1938;SC=GTTTTGATTTCACCCTCTCCT;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=115;WE=8111417;WS=8111399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	8115668	rs373223232	TA	T	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.869;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr10	9449465	rs61843465	A	G	21015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.87;MQRankSum=3.716;QD=40.03;ReadPosRankSum=-0.161;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,524:1.00:525
chr10	9449482	.	C	CACACAGAGCGCCCCAGCGGGGTCCTAGACACAGAGCGCCTCAGCGGGATCCTACACACAGAGCGCCTCAGCGGGGTCCTAG	24892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.33;MQRankSum=7.056;QD=52.19;ReadPosRankSum=0.300;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,473:0.99:477
chr10	11047207	rs2773499	C	G	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=553;SC=AGTGGGAAGACAGAGAGAGAG;SOR=2.546;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=21;WE=11047229;WS=11047195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	11047218	.	GGA	G	402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.355;QD=11.51;ReadPosRankSum=2.442;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr10	11299607	rs56183744	A	G	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=17;PP=607;SC=TTGGTCTCACATGGCTGGGGC;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=11299615;WS=11299597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	11308790	rs72051267	TTC	T	1081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;QD=32.78;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	11316813	rs67013685	TAGTG	T	670.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=1;PP=677;SC=GCAGCAGTGTTAGTGAGTTTC;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=14;WE=11316824;WS=11316803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	11316909	rs2244576	G	C	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=18;PP=1036;SC=CATCAGTAGGGAGTAGCAACC;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=11316917;WS=11316899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	11316987	rs2244573	G	A	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=34;PP=1411;SC=TGCTCTCACCGTCTCCACTTT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=72;WE=11316995;WS=11316977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	11330525	rs2277214	G	A	5091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=81;PP=2533;SC=GGTGAGTGTGGGGGGTGCTCT;SOR=1.185;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=39;TCR=81;TR=120;WE=11330533;WS=11330515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr10	11356093	rs5783207	T	TTTTG	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=757;SC=TCTGTTTTCCTTTTTTCAGTG;SOR=1.352;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=16;WE=11356101;WS=11356083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	11362789	rs35548374	GT	G	1139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,96:0.74:130
chr10	11532758	rs882206	C	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=26;PP=900;SC=GAAATGTGCCCACAGGGCCCT;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=11532766;WS=11532748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	11784978	rs7076220	C	T	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=50;SC=GGTCACTGGGCCTCCAGTCGC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=11784986;WS=11784968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	11789290	rs4750089	G	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=515;SC=GGAATCGCAGGGGTCCTCACT;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=11789298;WS=11789280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	11789382	rs4750090	G	A	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=22;PP=1100;SC=GAAGAGGAACGCGTTGTCACT;SOR=1.049;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=60;WE=11789390;WS=11789372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	11789405	rs4750091	G	A	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=29;PP=1307;SC=CAATGCTGAAGTCTCTCCAAA;SOR=0.883;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=70;WE=11789413;WS=11789395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	11789511	rs4750092	C	G	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=37;PP=1181;SC=GCAGTGCCCACAAGAGCTTTC;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=11789519;WS=11789501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	11789637	rs4750093	G	A	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=206;SC=TGGTCCTAACGCTATTAACTG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=11789645;WS=11789627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	11791741	rs58243400	CCCAGCAAT	C	940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=12;PP=2019;SC=GATCCTTTATCCCAGCAATCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=13;WE=11791756;WS=11791731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	11797322	.	CAA	C	1274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;QD=22.36;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,51:0.89:57
chr10	11797436	rs7899215	T	C	10780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=92;PP=2965;SC=ACCACCCCGTTCCCGTCATTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=108;TCR=92;TR=200;WE=11797444;WS=11797426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr10	11797467	rs7910140	G	A	8398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.03;NF=97;NR=87;PP=2965;SC=TGGCCTGGCCGCGGCTGCCGG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=184;WE=11797475;WS=11797457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr10	11797500	rs35986488	G	A	7255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=92;PP=2965;SC=TGCCAGCTGCGACATTGCCGT;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=177;WE=11797508;WS=11797490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr10	11797619	rs902892	C	G	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=48;PP=1597;SC=TAATTTAACTCCCCCCACCCA;SOR=1.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=11797627;WS=11797609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	11805354	rs12258196	A	G	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	11805357	rs10906011	G	A	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	11894221	rs142313031	GAC	G	3323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=28;PP=1485;SC=TTTGGTGAGTGACAGTTTTTC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=11894230;WS=11894211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	11911425	rs72775915	G	C	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=13;PP=1012;SC=TTCAGCGAGAGGGAACTTCAT;SOR=2.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=52;WE=11911433;WS=11911415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	11911764	rs117789748	G	A	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=59;PP=2061;SC=GGGCCGGCCCGGGGAGTGGAG;SOR=1.188;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=96;WE=11911772;WS=11911754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	11912228	rs74657303	G	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=13;PP=461;SC=TGCCCAGCACGCGGGCCCGTC;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=11912236;WS=11912218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	11912431	rs12253600	C	T	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=22;PP=677;SC=CAGTCCACCCCGTTTCTCCCC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=11912439;WS=11912421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	12046546	rs7079388	T	C	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=825;SC=ATCATCTTTGTTGGACTCTTT;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=12046554;WS=12046536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	12068445	rs72777744	A	C	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=9;PP=990;SC=GGAGGTATTTAACATGGAGAC;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=12068453;WS=12068435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	12111090	rs1279138	T	C	3079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr10	12131218	rs3740016	C	T	3663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=61;PP=1759;SC=CTCCAGACAACTCAGCCCAGC;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=97;WE=12131226;WS=12131208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	12140030	rs10906076	C	G	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=45;PP=1385;SC=TATTGCTTCTCCTTCCTGCTC;SOR=1.216;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=70;WE=12140038;WS=12140020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	12142286	.	G	GTTTTTTTT	281.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	12143105	rs2062988	C	G	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	12148119	rs72779649	A	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=456;SC=AACAAACAAAAAGAATGTGGT;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=12148127;WS=12148109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	12148259	rs1701472	A	C	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.044;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1421;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GCAACAGCCCACTGTCAGAAG;SOR=0.272;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=76;WE=12148267;WS=12148249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr10	12148286	rs1615510	T	C	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=40;PP=1271;SC=TCCTGGGATTTGAATATGGGA;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=12148294;WS=12148276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	12149808	rs72779653	G	T	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=552;SC=GTTTTGGGGGGCCAGGCAGAA;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=12149816;WS=12149798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	12159647	rs2399771	A	G	4293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=47;PP=1771;SC=TGCTTGCTGGATGTGTGGCCT;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=61;TCR=49;TR=107;WE=12159655;WS=12159637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	12159668	rs12416681	G	A	4837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	12159844	.	GATCTCCCCTCTCCT	G	2209	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=2209;QD=375.333333333;SC=AGGTGATGCAGATCTCCCCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=12159869;WS=12159834;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,6:0.67:9
chr10	12159845	rs34396265	ATCTCCCCTCTCC	A	581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.55;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	12159859	rs376672314	ATT	A	580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.48;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	12159861	.	T	A	110	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=110;QD=28.9542425094;SC=CCTCTCCTATTTTTATTTATT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=12159869;WS=12159834;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr10	12160623	rs11257545	C	T	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.93;QD=45.03;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	12160632	rs112318056	T	C	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=42.59;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	12171889	rs118060991	G	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=7;PP=175;SC=GAGTCGTGGGGGCCAGGGATG;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=12171897;WS=12171879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	12203197	rs2399784	C	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=244;SC=AGCACTTTGGCAGGCTGAGGC;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=12203205;WS=12203187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	12209752	rs6686	T	C	5377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=61;PP=2273;SC=CATGTTTCAGTGCTAGAGCGT;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=75;TCR=61;TR=136;WE=12209760;WS=12209742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr10	12211970	rs11257576	T	G	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=23;PP=1599;SC=AGTGTCTGCTTCTTTCTAGAT;SOR=1.525;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=73;WE=12211978;WS=12211960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	12215870	rs35088067	CT	C	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=2.161;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=127;ReadPosRankSum=0.574;SC=TTAAACCCTCCTTTTTTTTTT;SOR=1.508;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=13;WE=12215878;WS=12215860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr10	12227067	rs2140660	C	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=161;SC=CAATAATCATCTTTCCTTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=12227075;WS=12227057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	12228298	rs2272207	C	T	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=38;PP=1251;SC=CATTTTCAAACGAGTCTTTAC;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=12228306;WS=12228288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	12240640	rs11257591	G	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=7;PP=342;SC=CAAGTGTAGAGATTTTTCTCT;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=12240648;WS=12240630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	12240691	rs150891932	GT	G	746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;MQRankSum=0.365;QD=17.37;ReadPosRankSum=1.265;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,40:0.93:43
chr10	12595037	rs2815629	G	C	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=4;PP=174;SC=CCACTGCGCCGGGCTGCCCCT;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=12595045;WS=12595028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	12595427	rs1077745	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	12695177	rs7896283	A	G	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=21;PP=889;SC=CTTCCTCTTAAAAAACCACCA;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=12695185;WS=12695167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	12856057	rs10795984	G	A	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=8;PP=961;SC=CAAATTGCTGGGATTACCTGC;SOR=2.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=12856065;WS=12856047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	12866356	rs2482023	A	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=307;SC=CACCCTGTCCACGACTGAGCC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=12866364;WS=12866355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	12867598	rs1757051	C	G	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	12870714	rs2482075	A	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=10;PP=529;SC=AGTGGGAAGCAGGGTGAGAAT;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=12870722;WS=12870704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	12940377	rs10752280	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=1;PP=161;SC=TCAATTACCGTCAGGATTGGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=12940385;WS=12940367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	12940455	rs10906249	A	G	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=6;PP=676;SC=GCCCCCGGGCATTGATGTGCG;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=12940463;WS=12940445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	13152504	rs34617995	GT	G	163.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr10	13158262	rs2244380	C	T	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	13166076	rs523747	A	G	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=48;PP=1435;SC=AAAACTCAGCAAAGCTGAGCT;SOR=0.962;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=81;WE=13166084;WS=13166066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	13167860	rs676302	G	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=7;PP=219;SC=TTTTTCTACTGGAGTGTTCAG;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=13167868;WS=13167850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	13206233	rs7090944	A	T	5557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=69;PP=2540;SC=GTTTTCTGTTACTCTGTTTCA;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=130;WE=13206241;WS=13206223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr10	13212884	rs2147279	C	T	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=18;PP=787;SC=TGGAATTAGCCGTGCTTATTC;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=13212892;WS=13212874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	13214812	rs6602637	A	G	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	13224886	rs3765520	G	T	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	13225119	rs11258235	G	A	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=25;PP=850;SC=CTGTTTCTGGGATTTGATTGA;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=13225127;WS=13225109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	13233471	rs7916762	C	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=26;PP=687;SC=AAAGACTACACATTGGGTACA;SOR=3.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=13233479;WS=13233461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	13237015	rs10796036	G	A	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=14;PP=868;SC=CCCTGTTTGCGTATTTTGACT;SOR=1.196;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=13237023;WS=13237005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	13239917	rs35803060	AT	A	103.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr10	13264280	rs2281797	C	A	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=316;SC=TCAGCCGAACCCCTGCCCTGT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=13264288;WS=13264270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	13271513	rs112352250	GA	G	939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.504;HP=20;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=0.930;SC=CTCAAAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.159;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=24;WE=13271523;WS=13271503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,60:0.88:68
chr10	13275514	rs4750327	A	G	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=632;SC=TGGACGCGGGATGGGGTCCCT;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=13275522;WS=13275504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	13275553	rs3829925	T	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=19;PP=860;SC=ACCTCATCTCTGGACTTGGGG;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=13275561;WS=13275543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	13275676	rs3829926	T	C	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=46;PP=2019;SC=GTGGGGGTGCTGGGGCTGCTG;SOR=0.926;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=112;WE=13275684;WS=13275666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr10	13275691	rs10796042	G	T	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=52;PP=2276;SC=CTGCTGCTTCGCTGGCTGCAC;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=121;WE=13275699;WS=13275681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr10	13276179	rs942418	A	G	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=36;PP=1123;SC=AACACCCTCCACCTTGACCCT;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=61;WE=13276187;WS=13276169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	13320411	rs825625	A	T	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=24;PP=631;SC=GCCCTCCATTAACCTTCAATT;SOR=1.002;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=36;WE=13320419;WS=13320401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	13325946	rs648173	C	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=458;SC=AAGCATTTCTCTCTCCCAAGA;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=13325954;WS=13325936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	13330291	rs7900830	G	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=243;SC=AAACTCTTTAGAGGTACTGAT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=13330299;WS=13330283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	13334058	rs1408364	A	G	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=121;SC=TTGCAAACAAAGCATGAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=13334066;WS=13334048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	13337319	rs654536	A	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=7;PP=312;SC=CAGAGTGAGAACCTTTCTCTA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=13337338;WS=13337309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	13337330	rs654553	T	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	13337588	rs1747682	G	A	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=469;SC=GGGTTAGAACGTTATTATCCA;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=13337596;WS=13337578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	13341836	rs511959	G	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	13341889	rs732704	C	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=257;SC=CCCGAGGCCTCCACCCGGACC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=13341908;WS=13341879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	13341900	rs512109	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=187;SC=CACCCGGACCAGGGCCACCAC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=13341908;WS=13341879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	13344169	rs3758423	G	A	205.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=5;PP=111;SC=AGCATCACCAGCCCCTTCCTG;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=13344177;WS=13344159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	13350590	rs148418925	ATT	A	129.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	13364143	rs149378948	CT	C	161.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr10	13483868	rs7902755	C	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=20;PP=606;SC=TGTAGCCCCCCAAAAGAAGAA;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=13483876;WS=13483858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	13489148	rs10675399	T	TGCAGA	1581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=1301;SC=CCTGGTCCACTGCAGAAGCAG;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=13489156;WS=13489138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	13489201	rs11408564	A	AT	4037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=24;PP=2061;SC=ATCGTTTTCAATGCAAATAGT;SOR=1.386;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=48;WE=13489209;WS=13489191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	13534851	rs2251555	A	G	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=50;PP=1582;SC=GGGAAATTGGAGGTTGTTGTC;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=81;WE=13534859;WS=13534841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	13538928	.	CAA	C,CA	639.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:14,27,21:0.44,0.34:62
chr10	13541724	rs113234105	T	TAAAAC	1649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=10;PP=833;SC=TATTTAGAAATAGAACAGTAC;SOR=1.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=27;WE=13541732;WS=13541714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	13541789	rs144387509	G	A	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=22;PP=1039;SC=ATTGGAGCTCGTGGTAGGGTG;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=13541797;WS=13541779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	13570569	.	GGCGGCAGCGGCGGCA	G	1550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.46;QD=41.91;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	13570673	rs10906401	A	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=109;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=8;PP=196;SC=GGAGTCGGCGAGGGGAGGCCG;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=13570681;WS=13570663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	13633928	.	GT	G	207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=2.230;QD=2.00;ReadPosRankSum=-2.693;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr10	13653490	rs2478121	C	A	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=325;SC=AAATTCCATCCGATTTTTAAG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=13653498;WS=13653480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	13653653	rs1135102	A	G	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=44;PP=1643;SC=ATGATCATAAAGACATGGACA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=95;WE=13653661;WS=13653643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	13658335	rs2253308	G	A	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=26;PP=1741;SC=AATACTTTCAGTAAGAATTTG;SOR=1.476;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=86;WE=13658343;WS=13658325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	13696570	rs10906442	A	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=33;PP=965;SC=CACAGGTGAAAGAGCTTGCGA;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=13696578;WS=13696560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	13702668	rs10796105	T	C	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=129;SC=AACCCACACCTTCACCCCTGT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=13702676;WS=13702658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	13705298	rs10796108	G	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=1;PP=524;SC=CCCAACCAAAGAGGTGAATAC;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=13705316;WS=13705288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	13705307	rs55876188	ACT	A	1209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=2;PP=1089;SC=AGAGGTGAATACTGGGAAATG;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=13705316;WS=13705288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	13717076	rs3814663	C	G	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=50;PP=1415;SC=ACTTGGCCAGCTGACAGGGGA;SOR=1.561;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=69;WE=13717084;WS=13717066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	13735603	rs943090	G	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=2;PP=553;SC=TTGCCATGGGGATTGTGAAAC;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=13735611;WS=13735593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	13735685	.	CTT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=1.499;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,12:0.17:69
chr10	13735887	rs41291333	C	A	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=54;PP=1846;SC=CTCCAGCTGGCCTCTGCCTAC;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=13735895;WS=13735877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	13735947	rs2296596	A	G	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=48;PP=1821;SC=TCCCCTTGCTACCCATGTTGG;SOR=0.792;SbPval=0.49;Source=Platypus;TCF=45;TR=93;WE=13735955;WS=13735937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	13743646	rs1541005	G	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.20;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	13749257	rs377738435	GAC	G	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr10	13782124	rs10906462	A	G	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=15;PP=1035;SC=AGAAGAAAACATATAACGAGA;SOR=1.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=13782132;WS=13782114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	13782605	rs6602679	G	A	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=49;PP=1968;SC=GAATGCTGTTGTTGGAGTCTC;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=107;WE=13782613;WS=13782595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	13838604	rs3740121	A	G	3312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=57;PP=1720;SC=GAAAATAGAGACAAATTGGTT;SOR=1.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=88;WE=13838612;WS=13838594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	14372306	rs35432616	G	GA	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.276;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr10	14425204	rs12780876	T	A	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=24;PP=752;SC=CTTGCTTCAGTCAGGCTGTTC;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=14425212;WS=14425194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	14572644	rs7922221	G	A	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=15;PP=378;SC=CTGGGGCATCGCTGATAAATA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=14572652;WS=14572634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	14976326	.	CAAA	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.039;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr10	15008493	rs4750568	A	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=10;PP=484;SC=GTAAAACCAAAATCAGTAAGT;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=15008501;WS=15008483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	15014369	rs1935401	C	A	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=467;SC=TTGTGGGTATCATACTTTAAA;SOR=4.294;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=15014377;WS=15014359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	15014418	rs1935400	C	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=11;PP=1221;SC=TACTTTGTTTCTGTAAGTCAT;SOR=2.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=15014426;WS=15014408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	15014440	rs1935399	A	G	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=22;PP=1589;SC=CTTTTTAACTATTTGATAGTA;SOR=1.675;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=84;WE=15014448;WS=15014430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	15014698	rs4418687	C	T	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=3.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	15014702	rs4295952	A	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.12;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	15057310	rs10906795	A	G	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	15106441	rs10906818	A	G	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=42;PP=1490;SC=CACTAGGTCTAAAAGAAAACA;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=78;WE=15106449;WS=15106431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	15154974	rs7072269	A	G	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=30;PP=975;SC=TAGGAGCAAAAGTGCTGTCAG;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=15154982;WS=15154964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	15177191	.	TTTG	T	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.457;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
chr10	15296572	rs3824620	A	T	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=488;SC=ACAGTTTCAAAGCACTTGAAC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=15296580;WS=15296564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	15573050	rs1041135	A	G	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	15590372	rs9333229	G	T	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=5;PP=290;SC=ATTAGAAATCGCTATGAAAAG;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=15590380;WS=15590362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	15658596	rs7099530	G	A	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=36;PP=954;SC=TGCGTGAATCGTATAGAAACA;SOR=1.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=15658604;WS=15658586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	15658659	rs7083600	T	C	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=230;SC=TACATGCTGATGGTACGAGAG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=15658667;WS=15658649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	15685983	rs4748191	A	T	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=8;PP=778;SC=AATGGACTCTATTTCAGGACG;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=15685991;WS=15685973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	15729923	rs1954181	C	T	7641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=77;PP=2580;SC=CACAAGCCCACGGCTCATACT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=161;WE=15729931;WS=15729913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr10	15761527	rs9333070	T	C	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=26;PP=1411;SC=AGCGCCTTCGTCCCCGCGCGC;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=72;WE=15761535;WS=15761517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	15902303	rs2297882	A	G	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	16526840	rs2275731	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=514;SC=TTCTTTGACAGTATTTGTTCA;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=16526848;WS=16526830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	16547058	rs7904014	A	G	5697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=50;PP=2537;SC=AGTTTGCTCAACTTGGCTGCT;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=124;WE=16547066;WS=16547048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr10	16556710	rs7909832	T	C	7059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=109;PP=2945;ReadPosRankSum=2.069;SC=CACGCACCTATGTGAAACAGA;SOR=0.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=71;TCR=110;TR=180;WE=16556718;WS=16556700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,279:1.00:280
chr10	16562461	.	G	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.35;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	16737156	.	T	TG	53.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr10	16866840	rs780636	C	T	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=11;PP=630;SC=TGATTCTATCCATGGTTTGGT;SOR=1.314;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=34;WE=16866848;WS=16866830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	16876922	rs703060	A	G	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=245;SC=GAATCATATAATATTAGCAGC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=16876930;WS=16876918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	16878204	rs703062	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=10;PP=626;SC=GGCAGCTTTTTTGAATAAAAG;SOR=1.455;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=32;WE=16878212;WS=16878194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	16882518	rs703064	T	C	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=22;PP=555;SC=TTGCATTGTATGTTCCACCAC;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=16882526;WS=16882508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	16943371	rs2796835	G	C	4643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=67;PP=2235;SC=CTCCAACAGCGAAGAGCAGTG;SOR=0.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=111;WE=16943379;WS=16943361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	16967401	rs1276712	C	T	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=72;PP=2130;SC=GGGTGGAGAACAGATATCAGG;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=119;WE=16967409;WS=16967391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	16979566	rs2356589	G	T	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=6;PP=324;SC=GTCCTAAAAAGAACTTCATTT;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=16979574;WS=16979556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	16979606	rs2356590	G	T	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=14;PP=648;SC=GCAATGGTAGGTAAAACACCA;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=38;WE=16979614;WS=16979596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	16979661	rs1801234	T	C	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	16980925	rs3817218	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=319;SC=AGCAATTCACCAATATTTATG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=16980933;WS=16980915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	16982061	rs2271462	C	T	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=25;PP=903;SC=AAGCCCGTGCCGCTGCCAGAA;SOR=0.714;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=53;WE=16982069;WS=16982051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	16989427	rs2271466	T	C	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	16989486	rs2271467	T	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=406;SC=TATTTCCATCTCACATTTTAA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=16989494;WS=16989476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	16990552	rs2271468	G	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=13;PP=498;SC=CTCAGCGTCAGGGCGCTGCTG;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=16990560;WS=16990542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	17065378	.	G	GA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr10	17109974	rs79364985	AAC	A	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=207;SC=TGGTTTTCATAACACAACGTG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=17109983;WS=17109964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	17110474	rs4747297	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=307;SC=AGAAAATATACATTCTTTGTC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=17110482;WS=17110464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	17110595	rs10795440	G	A	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	17146590	rs12571671	A	G	5457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=84;PP=2566;SC=TACAAAAATAACCAGAGACAG;SOR=1.184;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=44;TCR=84;TR=128;WE=17146598;WS=17146580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr10	17146652	rs7068549	C	A	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=42;PP=1187;SC=TGGATAGACACTAAACTTTAA;SOR=2.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=51;WE=17146660;WS=17146642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	17146667	rs4748353	C	T	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=844;SC=CTTTAATCAACCCAAATAATA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=17146675;WS=17146657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	17152855	rs12242395	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=341;SC=ACTAGATTCCGTATTCCTATG;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=17152863;WS=17152845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	17152994	rs1801223	G	A	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=34;PP=1328;SC=AACAGCCGCCGTTATTTATCT;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=74;WE=17153002;WS=17152984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	17156151	rs1801222	A	G	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=28;PP=1023;SC=GTTGGGTGAAAACATCCACCC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=17156159;WS=17156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	17157630	rs2295813	C	T	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=27;PP=831;SC=TGTCAGGGCACGCGCTTTGGG;SOR=1.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=17157638;WS=17157620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	17164760	rs11409967	A	AC	980.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=920;SC=TCAAAAATATACTGATATTTA;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=22;WE=17164780;WS=17164750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	17171265	rs2281648	G	C	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=33;PP=1101;SC=TAATTCAAACGAGAGAATGCA;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=54;WE=17171273;WS=17171255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	17194026	rs17139991	A	G	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=37;PP=1197;SC=AGCACTGAAGAAAAGCTGAGG;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=17194034;WS=17194016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	17196670	rs3736820	T	C	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=20;PP=1464;SC=AAAACATGCATAGTACCTGCA;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=17196678;WS=17196660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	17199419	rs2295810	C	G	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	17199778	rs11254408	C	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=9;PP=224;SC=GGAACTCCATCAGTACCTGGC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=17199786;WS=17199768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	17201247	rs17140049	A	G	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=35;PP=1353;SC=AAAGCAAAGCAGTTAGTTACT;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=17201255;WS=17201237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	17202226	rs11254412	T	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=50;SC=GCCATTCTGCTTATCGAATCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=17202234;WS=17202216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	17204187	rs11254413	G	A	5263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr10	17204246	rs111781208	TA	T	1147.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.53;ReadPosRankSum=2.269;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,69:0.87:79
chr10	17204258	rs11254414	A	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.60;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr10	17210881	rs7096233	A	G	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	17216212	rs74772084	T	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=569;ReadPosRankSum=-0.757;SC=TTGTTCTTACTGCATGCTATA;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=33;WE=17216220;WS=17216202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr10	17216419	rs2273735	T	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=5;PP=338;SC=AATGTTAATCTCCTTCTCCTG;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=17216427;WS=17216409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	17216556	rs2273734	C	T	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr10	17272091	rs148498270	C	CG	385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=410;SC=GGGATGTGGCCGGGGGGAGGC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=17272099;WS=17272081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	17278171	rs165531	C	G	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=338;SC=AATTATTTGGCGAGTAGTACT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=17278179;WS=17278161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	17645790	rs17378371	T	C	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=27;PP=1017;SC=TAGAAAACATTAAATAAACCA;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=17645798;WS=17645780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	17659131	rs11254692	C	A	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=37;PP=1075;SC=GTGGCCAAGACCCCCAGGCGC;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=70;WE=17659139;WS=17659121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	17659149	rs7895850	C	T	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=38;PP=1132;SC=CGCCTCCGCTCGCCGGGAGCC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=17659157;WS=17659139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	17726648	rs11254724	A	G	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=18;PP=1255;SC=ATTATTAAGTAATTTTTACTT;SOR=1.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=17726656;WS=17726638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	17891705	rs1926736	A	G	8328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=126;PP=2965;SC=GAAGGAAGGCAGTGACCTCGC;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=92;TCR=126;TR=217;WE=17891713;WS=17891695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr10	18087629	rs199734634	CTG	C	14938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=134;PP=2967;SC=TTTTCTCACACTGTAAAAGAA;SOR=0.982;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=22;TCR=135;TR=156;WE=18087638;WS=18087619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr10	18242304	rs691112	T	C	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=56;PP=2257;SC=CAGCCCAGGATAGCAGAAGCC;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=115;WE=18242312;WS=18242294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	18276682	rs10508555	G	C	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=336;SC=TTCAAAGAGAGAGTATCGTGG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=18276690;WS=18276672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	18550450	rs951046	G	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=6;PP=129;SC=GTTTTTATCTGTCTTTTGTGC;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=18550458;WS=18550440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	18551120	rs192688083	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=209;SC=CTTAAAGTATTGAAGGTAAAG;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=18551128;WS=18551110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	18691018	rs3750592	G	A	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=28;PP=708;SC=GTTGTGCTGTGCCCCTGATAG;SOR=1.136;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=18691026;WS=18691008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	18834797	rs375322555	TA	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.940;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr10	18903281	rs11405681	C	CA	509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.37;MQRankSum=0.400;NF=14;NR=4;PP=283;ReadPosRankSum=0.133;SC=GGATTTATACCAAAAAAAAAA;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=18;WE=18903289;WS=18903271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr10	18940185	rs140572895	G	GT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr10	19376734	rs112293611	G	GT	1884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=18;NR=21;PP=583;SC=ATTCTTTCTGGTTTTTTTTTG;SOR=1.061;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=39;WE=19376742;WS=19376724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	19392857	rs10159517	T	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	19492566	rs7902704	A	T	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=6;PP=639;SC=ATACAGAAGCATAATAAGGTG;SOR=2.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=19492574;WS=19492556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	19492832	rs7476259	A	C	3394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=45;PP=1559;SC=CAGGGACTCTACAACCACTGC;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=19492840;WS=19492822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	19493210	rs71387054	G	GT	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.81;ReadPosRankSum=1.712;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr10	19493415	rs2358348	C	G	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=17;PP=417;SC=AGGCATACCTCTGCACTTATT;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=19493423;WS=19493405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	19498278	rs2358355	G	A	4798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=47;PP=2296;SC=TGGACCAGGAGCCAGGGTCCA;SOR=1.102;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=81;TCR=48;TR=127;WE=19498286;WS=19498268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr10	19498722	rs2245136	A	G	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=12;PP=294;SC=TCAAAGTTACATTGAGACACA;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=19498730;WS=19498712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	19546796	rs10763903	T	C	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=33;PP=851;SC=AAATTTCCAATATGACCTTGC;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=19546804;WS=19546786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	19571941	rs2499066	A	G	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=25;PP=1127;SC=GTTCTACCCCATCCAAGTTAT;SOR=1.132;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=19571949;WS=19571931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	19572136	rs2484099	C	G	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=27;PP=753;SC=TTTTGAATATCTCTCTTGGGA;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=39;WE=19572144;WS=19572126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	19572207	rs4748570	C	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=271;SC=GCCAATGCTACTGTAAAGACA;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=19572215;WS=19572197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	19616735	rs1577289	T	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=580;SC=GTGGACACCATGCTTAACACT;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=19616743;WS=19616725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	19620407	rs7100382	A	C	4482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=63;NR=64;PP=2201;SC=AAGTGTACTGATCATGAATTC;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=127;WE=19620415;WS=19620397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	19620559	rs7082205	G	A	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=493;SC=AACTCCCACAGCCTTACTCAA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=19620567;WS=19620549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	19637020	rs16918539	G	A	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=34;PP=1059;SC=ATTGACATACGGAAAACAGAG;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=19637028;WS=19637010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	19637088	rs1577307	G	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=438;SC=TATGTGAAGGGGGGAAAAAAT;SOR=3.383;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=19637096;WS=19637078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	19641231	rs7092566	A	G	7169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=81;PP=2254;SC=CAACAGGTACATTCTAATCTG;SOR=1.231;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=121;WE=19641261;WS=19641221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	19641239	rs10616221	CTG	C	6847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=73;PP=1947;SC=ACATTCTAATCTGTGTGTGTG;SOR=1.448;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=2;TCR=82;TR=75;WE=19641261;WS=19641221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	19676820	rs73593897	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=248;SC=ATTGCAAGGCGATCAAACATT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=19676828;WS=19676810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	19678286	rs10763974	C	T	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=34;PP=1359;SC=TCAGATCATACGAATTGTAAT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=19678294;WS=19678276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	19678497	rs10763975	G	A	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=32;PP=906;SC=CTGGTATTTCGTATCTGCAAA;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=19678505;WS=19678487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	19678602	rs7896087	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=258;SC=AGGGTCTTGCTCTGTCACTCA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=19678610;WS=19678592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	19739459	rs6415957	T	G	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=21;PP=599;SC=AAGCACATTTTTAATCTAGCC;SOR=1.118;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=19739467;WS=19739449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	19778056	rs2151234	G	A	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=65;PP=2152;SC=CTCTGCTGAAGGGGCCGCCAC;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=47;TCR=65;TR=112;WE=19778064;WS=19778046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	19778072	rs2184035	A	G	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=61;PP=1978;SC=GCCACAGGAAAAGCCTAACAG;SOR=1.417;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=93;WE=19778080;WS=19778062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	19884264	rs10827628	G	A	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=34;PP=1611;SC=TGTCCTCTCAGCCCCACCCCT;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=82;WE=19884272;WS=19884254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	19896830	rs7909976	C	A	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=40;PP=1330;SC=CCAGCTGCTCCGGTACCCCAT;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=19896838;WS=19896820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	19904870	rs10580913	ATT	A	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=362;SC=GCATTGTTTAATTTTTTTTTT;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=19904887;WS=19904860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	19904879	rs62881061	T	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	20336112	rs10740961	G	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=105;SC=AATTTAGATTGATTACTGCAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=20336120;WS=20336102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	20357183	rs7072650	A	G	3518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=47;PP=1643;SC=GTGGTTTTCTACCCATTCACC;SOR=0.886;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=20357191;WS=20357173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr10	20506326	rs12783379	T	C	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	20506418	rs3817405	G	A	5851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=70;PP=2369;SC=CACCACAACCGTAGGAGCGAC;SOR=0.720;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=135;WE=20506426;WS=20506408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr10	20507790	rs11011879	A	G	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=0;PP=187;SC=AAATCTTGACATTACAATCTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=20507798;WS=20507789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	20534333	rs2778979	A	G	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=625;SC=TGGCCTCATCATTGGAATCCT;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=20534341;WS=20534323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	20568524	rs2681949	T	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=6;PP=387;SC=GATAATTTAATGTGTTAATTA;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=20568532;WS=20568514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	21108377	rs1006363	C	T	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=21;PP=810;SC=CCTGGTTTCGCCTCACTCTCT;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=48;WE=21108385;WS=21108367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	21141469	rs703089	T	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=9;PP=202;SC=CGGGCAAGTGTGTACCTGACT;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=21141477;WS=21141459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	21148584	rs4748729	C	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.40;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	21157492	rs2296609	T	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=8;PP=583;SC=CTCTGTTTATTCTTGCAATTA;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=21157500;WS=21157482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	21176945	rs703100	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=439;SC=TGATGAAAACGTTTTATTAAA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=21176953;WS=21176935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	21177156	rs67288319	GA	G	1032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=26;PP=785;SC=AAAAAAACAGGAAAAAAATAA;SOR=1.347;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=29;WE=21177164;WS=21177133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	21185821	rs788971	A	C	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=17;PP=1248;SC=CAGCTCTATGACTCTATAACA;SOR=1.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=21185829;WS=21185811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	21414892	rs625223	C	G	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=60;PP=2354;SC=TTGCCTGGATCTGGTTCAGGA;SOR=0.704;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=125;WE=21414900;WS=21414882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	21415006	rs11591355	T	C	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=62;PP=1827;SC=ACCAGCTTCCTGGGAGGCCTC;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=116;WE=21415014;WS=21414996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	21435340	rs72102767	ACACT	A	11910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=91;PP=2965;SC=TAAAGCACAAACACTCTCTCT;SOR=0.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=29;TCR=92;TR=118;WE=21435351;WS=21435330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr10	21461232	rs35856892	G	A	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=10;PP=729;SC=CAGTGAGTCAGTTCTTCAAAA;SOR=1.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=21461240;WS=21461222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	21461410	rs11413698	G	GA,GAA	1676.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.117;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.561;QD=15.24;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,72,22:0.65,0.20:110
chr10	21805466	rs112207161	C	CCCTCCT	2094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=599;SC=CCCGCTGCCCCCCTCCTCCTC;SOR=0.741;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=24;WE=21805491;WS=21805456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr10	21805720	.	ATGG	A	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,10:0.09:106
chr10	22048330	rs9045	C	T	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=65;PP=2738;SC=GCTCCGGCTTCGCTGTAGCCT;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=79;TCR=65;TR=144;WE=22048338;WS=22048320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr10	22193422	rs792455	T	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	22208630	rs2807978	T	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=TGGCACATTATTAGTCTTTTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=22208638;WS=22208622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	22498749	rs2478476	A	T	6577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=88;PP=2965;SC=TTTTTCAATGACCTTAACATC;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=170;WE=22498757;WS=22498739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr10	22828841	rs150482394	GGA	G	752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.51;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr10	22830719	rs943192	G	C	6841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=57;PP=2829;SC=AGGGTCCACAGTAATCAAACT;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=83;TCR=58;TR=140;WE=22830727;WS=22830709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr10	22839628	rs2230469	T	C	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=17;PP=1078;SC=GACCTTCTTGTTGTTGTCATC;SOR=1.065;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=22839636;WS=22839618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	22856946	rs2296624	C	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	22862487	rs11013052	C	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=471;SC=AAAGTGAAAACCTCCAGCCAT;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=22862495;WS=22862477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	23003226	rs1132816	A	G	6480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=79;PP=2383;SC=TCGCCAGGACAGAGGACCCTA;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=128;WE=23003234;WS=23003216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr10	23290952	rs12259839	C	T	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=18;PP=530;SC=GTGCTGGTGACGAGCTGACGG;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=34;WE=23290960;WS=23290942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	23408139	rs2296468	A	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=710;SC=GAGTGGGAACAGATCCTGCTG;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=23408147;WS=23408129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	23408278	rs7427	C	T	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=19;PP=877;SC=CTTCGTTTTCCGAGGCTCATG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=23408286;WS=23408268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	24498289	rs11451939	G	GA	287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.671;QD=15.99;ReadPosRankSum=-1.620;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr10	24544276	rs67303587	GCTGA	G	761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=0;PP=894;SC=ATCCTGAGCGGCTGACTGTCA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=18;WE=24544287;WS=24544266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	24564831	rs10764458	C	T	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=30;PP=932;SC=CCTTCTGGTCCTGATATTCCT;SOR=1.436;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=45;WE=24564839;WS=24564821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	24564859	rs17583862	A	G	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=24;PP=653;SC=CTGTCTTTCCATACCCCTCCC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=24564867;WS=24564849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	24669877	rs17506606	C	G	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=40;PP=1320;SC=GAGACGTCCGCTGATTCTTTG;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=74;WE=24669885;WS=24669867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	24721946	rs2274831	A	C	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=19;PP=868;SC=TCCAGTATGGAGATGAAACCA;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=24721954;WS=24721936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	24722200	rs3215904	G	GT	163.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr10	24878129	rs7478260	G	A	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=15;PP=709;SC=ATGCATTTGTGTATCAACCAT;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=24878137;WS=24878119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	24879281	rs10734053	A	G	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=44;PP=1823;SC=AGAATCGGGGATTTCTGCAGA;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=97;WE=24879289;WS=24879271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	25140411	rs1326192	G	C	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.20;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	25273988	rs2279547	G	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=15;PP=408;SC=ACTTGGCCACGGTAACCAAAA;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=25273996;WS=25273978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	25312689	rs4748997	A	G	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=28;PP=1325;SC=AGAATTCTGGAACATCTATGA;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=25312697;WS=25312679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	25313818	rs7086282	C	T	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=29;PP=1188;SC=GGAAAGAAAACTAGCACAAAC;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=25313826;WS=25313808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	25465327	rs11014433	G	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=18;PP=479;SC=GTGCACGTGTGAGGAAGGAAC;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=25465335;WS=25465317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	25701341	rs2480345	C	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=34;PP=1068;SC=TCCTTCCAAGCCCTGTGTATG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=25701349;WS=25701331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	25877859	rs144466352	TAAAC	T	1692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.25;QD=41.29;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	25888180	rs10828833	A	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=25;PP=817;SC=GAAAGAAGAGATCTGGGATAG;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=25888188;WS=25888170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	26286367	rs7911700	G	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=104;SC=AGAAGAAAGGGTAACTTCTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=26286375;WS=26286357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	26310410	rs3737275	T	C	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	26310679	rs17666079	A	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=498;SC=GATATATTCCAACAAGTTGGG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=26310687;WS=26310669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	26312824	rs1339814	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=12;PP=1151;SC=TCTTGGAATTGGGAAAAGATG;SOR=1.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=54;WE=26312832;WS=26312814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	26355771	rs3824703	C	A	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=203;SC=ATATATTAGGCTATTTTCTGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=26355779;WS=26355761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	26355862	rs3824702	G	T	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.85;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	26355872	rs3824701	A	G	3215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.20;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	26355906	rs3824700	G	A	3450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=30;PP=1527;SC=CTCCACAGACGTGAACGTATT;SOR=1.095;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=83;WE=26355914;WS=26355896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	26355992	rs3824699	A	G	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	26356014	rs3824698	CA	TG	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=40;PP=2526;SC=GTAAGAATTTCAGTTTAATTA;SOR=1.115;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=67;WE=26356023;WS=26356004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	26356037	rs3824696	C	T	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=86;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=41;PP=1161;SC=CTTAGACATTCCAGATGTTTT;SOR=1.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=26356045;WS=26356027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	26356066	rs3824695	C	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=86;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=667;SC=ATAGAAGACACGGGTATTGGT;SOR=2.964;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=26356074;WS=26356056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	26357625	rs3817421	T	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=759;SC=CTGTTTATTATTGTTTACTTT;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=26357633;WS=26357615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	26357747	rs35379457	CG	TA	7641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=51;PP=1701;SC=ATCAGATCTACGTCTATGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=95;WE=26357756;WS=26357737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	26357820	rs3817419	C	T	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=45;PP=1469;SC=AAAGGTATGTCGTATGGGGTG;SOR=0.803;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=26357828;WS=26357810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	26359180	rs3758441	T	G	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.331;NF=14;NR=16;PP=536;ReadPosRankSum=0.364;SC=AATTTACCTCTTAGTTACTTA;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=30;WE=26359188;WS=26359170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr10	26359200	rs3834403	T	TA	1325.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=18;PP=1055;SC=AAATGTCACTTAATTTTGAGG;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=26359208;WS=26359190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	26417531	rs17739425	T	G	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=52;SC=CTTGTACAAATGAAGCAGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=26417539;WS=26417521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	26436287	rs2368158	G	T	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=3;PP=898;SC=TGTTGTTGATGATGATGATGG;SOR=3.556;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=34;WE=26436295;WS=26436277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	26443646	rs3818956	G	A	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=33;PP=1311;SC=TAGATACCAAGGCATCACTGT;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=73;WE=26443654;WS=26443636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	26446312	rs3758449	G	A	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=42;PP=1479;SC=AAACCAAATAGTGAGCGTCAG;SOR=0.764;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=93;WE=26446320;WS=26446302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	26457536	rs1342320	C	T	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=25;SC=CAGTGATTTCCAAAATCTCAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=26457544;WS=26457526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	26462790	rs3740232	G	A	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=15;PP=678;SC=ATGAGGAAGAGGTTAAGCAAG;SOR=0.853;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=33;WE=26462798;WS=26462780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	26463043	rs3740231	A	T	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=49;PP=1947;SC=CTTTAAAAAAACTTTGGAACC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=99;WE=26463051;WS=26463033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	26463130	rs1999240	C	A	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=45;PP=2287;SC=AGTTACCCAGCGTGCACCGAT;SOR=0.934;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=108;WE=26463138;WS=26463120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr10	26463569	rs3758448	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=230;SC=ATTAATAACTGGTAGATTGTT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=26463577;WS=26463559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	26463587	rs3758447	C	G	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=133;SC=GTTTTATCTGCGTTGATGGGC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=26463595;WS=26463577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr10	26991037	rs1677725	A	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr10	26991179	rs1780185	G	A	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=AAGACTTTTGGGGACTGTTCG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=26991187;WS=26991169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	27009334	rs1780196	A	G	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=22;PP=702;SC=TGAATCACACACTTTTCGGAC;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=27009342;WS=27009324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	27326014	rs11015469	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=250;SC=TAAAAATCCTCGACACTTTCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=27326022;WS=27326004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	27326999	rs7096505	T	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=241;SC=GTTAAATATGTTTATCTTAAA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=27327007;WS=27326989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	27368126	rs3737055	A	C	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.20;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr10	27371623	rs10829173	G	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=12;PP=362;SC=CTGTTGGGACGACTATATGGA;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=27371631;WS=27371613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	27371647	rs10829174	T	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=308;SC=GCACATAATATGGTGTCTACC;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=27371655;WS=27371637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	27375377	rs10443987	A	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=9;PP=380;SC=ACTGATTTTTAAAACTGCTTT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=27375385;WS=27375367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	27382240	rs2297147	T	C	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=769;SC=AACAAACGCATTTCAAATACT;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=27382248;WS=27382230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	27389197	rs7897309	T	C	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=27;PP=704;SC=GCTGCTCCTCTGCCGCCGCGC;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=39;WE=27389205;WS=27389187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	27400861	rs9833	G	A	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=28;PP=1098;SC=AATGCTACTTGTATTCTTGCA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=60;WE=27400869;WS=27400851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	27405310	rs2480718	C	G	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=30;PP=836;SC=AAAAAATAAGCAAAGAGGCTG;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=27405318;WS=27405300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	27405331	rs7901976	C	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=26;PP=772;SC=GGTGCGGTGGCTCACGCCTGA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=27405339;WS=27405321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	27409555	rs10829190	G	A	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	27436295	rs3780926	A	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=7;PP=504;SC=ACAAACAAAGAAACTAGACTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=27436303;WS=27436285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	27444303	rs3824593	G	A	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=73;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=156;SC=GTTGGCGGGAGTGGCTGCTCG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=27444311;WS=27444301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	27444328	rs7919803	CT	AC	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=339;SC=GGGGCAGTGTCTGCGGGGCCG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=27444337;WS=27444318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	27444344	rs7907988	T	G	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=260;SC=GGCCGCTGTATGCTGTCCAGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=27444352;WS=27444334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	27454111	rs7068375	A	T	5101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=72;PP=2397;SC=TAAGTACTTGAGAAGAAAATT;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=129;WE=27454119;WS=27454101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	27455984	.	A	C	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.11;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	27456003	rs788238	G	A	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.86;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	27459670	rs1981296	C	T	2818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=32;PP=1624;SC=ATAGAAGCATCAAAGAATCCT;SOR=1.072;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=83;WE=27459678;WS=27459660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	27461953	rs6482600	T	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=7;PP=320;SC=TAGTAGCCTATGAGCTAGTTA;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=27461961;WS=27461943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	27475444	rs10741130	T	C	6929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=91;PP=2554;SC=AGCACCTGACTGTATCTGGAT;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=67;TCR=91;TR=158;WE=27475452;WS=27475434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr10	27475494	rs10764686	T	C	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=56;PP=1568;SC=AGTCTAGCCTTGTGTTATAGA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=27475502;WS=27475484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	27497074	rs7919523	C	T	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=8;PP=710;SC=CTAAAAAAATCAGTAAAATAC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=27497082;WS=27497064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	27506854	rs1775355	C	T	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	27508837	rs788213	T	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=25;PP=681;SC=TACAATAATGTCATAATTTCC;SOR=2.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=27508845;WS=27508827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	27529549	rs2797078	C	A	8257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=98;NR=90;PP=2965;SC=CCTCCTCCCCCGGGGCGTGAC;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=98;TCR=90;TR=188;WE=27529557;WS=27529539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr10	27529565	rs2489372	T	C	10106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr10	27539507	rs7896532	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=5;PP=202;SC=GTTCACGCTCCGTAGGATGAC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=27539515;WS=27539497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	27570130	rs1252880	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr10	27577615	rs11015640	T	G	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=29;PP=911;SC=GGAAGAGTGCTGAAAAGATTG;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=56;WE=27577623;WS=27577605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	27577640	rs3818746	G	T	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.25;QD=26.72;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	27595356	rs7085523	C	T	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=21;PP=712;SC=GACAAATTTTCGCAGTAAAAA;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=27595364;WS=27595346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	27687225	rs2505323	A	G	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=17;PP=726;SC=CGTCGTAATTAGAATAACAAT;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=27687233;WS=27687215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	27687775	rs1638630	T	C	5083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=52;PP=2898;SC=AAAACAAACTTATTGGATGGA;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=132;WE=27687783;WS=27687765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr10	27687965	rs2505327	A	G	4457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=72;PP=2386;SC=TAACAGGGTCATTCCTGTATA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=126;WE=27687973;WS=27687955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	27687994	rs2484173	A	G	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=70;PP=2278;SC=AACATTGTACAGACCTAAAAG;SOR=0.929;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=121;WE=27688002;WS=27687984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	27688109	rs2429485	T	C	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=38;PP=1486;SC=TCGTATGTCATCTGCAAGGTT;SOR=0.822;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=75;WE=27688117;WS=27688099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	27688188	rs368432311	AG	A	67.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr10	27688189	rs2484174	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr10	27692062	rs2429491	T	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.20;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	27692099	rs2484179	A	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=15;PP=654;SC=CCCCTACCCCACCACATACAC;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=27692107;WS=27692089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	27692279	rs2484180	A	C	2813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=33;PP=935;SC=TTTCGTATGCAGTCAAACCTG;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=27692287;WS=27692269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	27692371	rs2484181	T	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=471;ReadPosRankSum=1.661;SC=CACCTAGTCATAAATCTCTAA;SOR=0.804;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=26;WE=27692379;WS=27692361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr10	27692403	rs2505307	C	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=14;PP=346;SC=CCACACATATCTGCTGGAGAC;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=27692411;WS=27692393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	27700887	rs2429499	G	A	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	27702256	rs112067123	G	GC	9623.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=104;PP=2975;SC=TTCCTAGGCTGCCCCCCAAGA;SOR=0.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=26;TCR=110;TR=129;WE=27702268;WS=27702246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr10	28032136	rs2252651	C	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.869;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.15;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr10	28142245	rs7898085	A	G	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.24;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	28151604	rs34181914	AT	A	722.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=21;PP=673;SC=ACATTTAGGCATTTTTTAAGA;SOR=1.536;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=28151612;WS=28151594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	28225897	rs2297646	G	T	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=34;PP=864;SC=CTAGTAGCTAGGAAACTTCTT;SOR=1.457;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=28225905;WS=28225887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	28228865	rs7893462	A	G	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=24;PP=784;SC=GCAGCTGCTCATTCTCACTAT;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=47;WE=28228873;WS=28228855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	28233120	rs3824590	A	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=324;SC=GGCTGGCACTAGATGACGATG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=28233128;WS=28233110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	28233469	rs3802517	T	A	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=105;SC=TAAGAAATCATTTCCATTCCC;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=28233477;WS=28233459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	28233931	rs34717952	G	A	7708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.07;SOR=1.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr10	28233931	.	GCA	ACG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=39;NR=72;PP=2947;QD=20;SC=AAGGAACACCGCATTCCCATA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=111;WE=28233941;WS=28233921;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,111:0.97:114
chr10	28233933	rs34084011	A	G	7708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.89;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	28247957	rs34350686	A	C	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=18;PP=502;SC=GGACTCTCTTAATTCATCTTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=28247965;WS=28247947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	28258034	rs71489604	G	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.68;QD=21.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	28259936	rs139300652	TAAACAAAC	T	1030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=9;PP=760;SC=AATAAATAAATAAACAAACAA;SOR=1.051;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=14;WE=28259951;WS=28259926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	28276273	rs3808909	G	A	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=34;PP=1731;SC=CAGCAAGATTGTTTCTAAAAG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=97;WE=28276281;WS=28276263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	28348815	rs1361922	C	T	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=48;SC=TAATAAAATACAGTAAGCTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=28348823;WS=28348805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	28358548	rs2763318	CA	AC	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.92;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	28378758	rs2997211	T	C	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=30;PP=915;SC=ACGAAAACTTTTTCTAAAACC;SOR=1.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=42;WE=28378766;WS=28378748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	28822373	rs12767429	A	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=5;PP=1187;SC=CTGGGAGCTGATGAGAGTCGC;SOR=3.967;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=46;WE=28822381;WS=28822363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	28822423	.	CCCG	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.28;ReadPosRankSum=-1.466;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,11:0.08:136
chr10	28899841	rs11371837	A	AT	629.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=11.838;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.73;ReadPosRankSum=1.106;SOR=2.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,35:0.88:40
chr10	28903400	rs71391055	G	GTCTTCTTTAAAACA	1445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=7;PP=2900;SC=GAACTTGACTGCCACATTTTA;SOR=0.880;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=28903408;WS=28903390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	28905079	rs332176	A	G	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=12;PP=1051;SC=TAAACATACTACACATTCAAT;SOR=1.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=46;WE=28905087;WS=28905069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	29136129	rs813935	A	G	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=30;PP=1128;SC=CTGAGCTCAAATAGTCCTCCT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=67;WE=29136137;WS=29136119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	29137085	rs787323	C	T	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=234;SC=CTCTTGTGCACGGGATGGGGA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=29137093;WS=29137075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	29162295	.	GTA	G	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.211;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr10	29162324	rs35236571	TAC	T	585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.61;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	29169046	rs199740171	AT	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.806;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr10	29578346	.	CTTTT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=-0.319;QD=4.09;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr10	29581309	rs1751955	C	T	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=1;PP=615;SC=GCCCCCTGGGCGCATGCCCGC;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=26;WE=29581317;WS=29581299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	29598896	rs2796293	A	G	4729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	29779847	rs199726033	A	C	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=3.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-5.191;QD=2.50;ReadPosRankSum=-3.136;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,49:0.22:224
chr10	29779977	rs61848920	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.277;NF=5;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=-2.237;SC=CCGCGGTCCCAGTCTGTGACA;SOR=0.274;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=14;WE=29779985;WS=29779967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr10	29783908	rs78773460	A	G	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.058;NF=25;NR=15;PP=435;ReadPosRankSum=-2.747;SC=TTCTAACTGCATATCTGGTCT;SOR=0.701;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=40;WE=29783916;WS=29783898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,60:0.31:193
chr10	29783984	rs3031505	GAAACT	G	1527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.216;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.471;NF=9;NR=19;PP=1237;ReadPosRankSum=-2.856;SC=CTTCTGATCAGAAACTGCTTG;SOR=1.057;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=62;TCF=12;TCR=50;TR=28;WE=29783996;WS=29783974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,45:0.29:153
chr10	29784004	rs28427082	G	A	1967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.305;NF=21;NR=32;PP=787;ReadPosRankSum=3.376;SC=GGCGTGGCCGGGGCCTTGGCG;SOR=0.560;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=53;WE=29784012;WS=29783994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,89:0.74:120
chr10	29784072	rs2368406	G	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=25;PP=789;SC=CCGCAAATGGGTGAGGCTACT;SOR=1.670;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=29784080;WS=29784062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	29784114	rs6481601	T	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=407;SC=GCCAAACCTGTGGAACACACA;SOR=2.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=21;WE=29784122;WS=29784104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	29822032	rs1247696	C	T	3225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=29;PP=1431;SC=GACTCGCAGACATGGAGAACT;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=69;WE=29822040;WS=29822022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	29834095	rs4463752	G	A	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.10;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	29834105	rs1410472	C	T	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	29834114	rs1410473	C	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.45;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	29891321	rs2505901	T	C	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=26;PP=758;SC=CCCTCCCTTCTCTGCTGTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=36;WE=29891329;WS=29891311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	30306804	rs2478839	G	A	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=24;PP=779;SC=AGCTCCACCGGCATTTCATCA;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=45;WE=30306812;WS=30306794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	30316072	rs3739998	C	G	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=55;PP=2562;SC=GATTTTCGGACTTTCCTGGGG;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=118;WE=30316080;WS=30316062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	30317949	rs2478835	C	T	6523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=86;PP=2965;SC=CCTTCTCGGTCGGAGACTGCT;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=72;TCR=86;TR=158;WE=30317957;WS=30317939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr10	30318423	.	T	C	11015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=111;PP=2965;SC=TCAACACATGTTCTCCTTGAA;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=272;TCF=160;TCR=112;TR=269;WE=30318431;WS=30318413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr10	30611614	rs2484284	C	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=383;SC=AAATTAAACTCAAACCAAGAA;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=30611622;WS=30611604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	30615638	rs1029172	A	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=380;SC=TTTGTAAAAGAATGCTCTAAA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=30615646;WS=30615628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	30626003	rs12221163	C	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=376;SC=AAGTACAGGTCGCATAAAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=30626011;WS=30625993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	30629082	rs2689215	C	T	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=283;SC=GTAGCTTGAACATTTTACAGG;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=30629090;WS=30629072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	30637995	rs10826783	C	G	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=11;PP=1263;SC=CCCGTGATCCCAGACTCCTCG;SOR=2.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=63;WE=30638003;WS=30637985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	30653561	rs7094285	C	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=8;PP=313;SC=TTGGAGAGAGCGGGGCGGGGA;SOR=1.044;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=30653569;WS=30653551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	30739058	rs303428	A	G	174.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=121;SC=TGGGCAGTCCATTTTCACACA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=30739066;WS=30739048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	30747197	rs146674517	C	CGG	196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	30749895	rs3034	G	A	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=146;SC=CCTGTGACCCGTGAATGTGCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=30749903;WS=30749885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	30915618	rs3852488	G	A	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-5.034;NF=20;NR=2;PP=420;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GGTAGTTGGGGAGACACAGCA;SOR=1.532;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=22;WE=30915626;WS=30915608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr10	30915637	rs3864847	A	G	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.967;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.203;NF=26;NR=10;PP=545;ReadPosRankSum=0.788;SC=CAGGGAGTGTAGCCAGGACCT;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=52;TCR=20;TR=36;WE=30915645;WS=30915627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr10	30915882	rs7079108	C	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.834;NF=10;NR=25;PP=504;ReadPosRankSum=-0.329;SC=GCCAAAGAGCCGGAGAACAGG;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=25;TCR=64;TR=35;WE=30915890;WS=30915872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr10	30915930	rs2370118	T	G	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-1.096;NF=5;NR=16;PP=618;ReadPosRankSum=-0.056;SC=AAATCCAGCATCGGTGACTGT;SOR=0.437;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=21;WE=30915952;WS=30915920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr10	30915944	rs7079130	C	T	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.107;NF=3;NR=11;PP=618;ReadPosRankSum=0.153;SC=TGACTGTGCACAGCCCTGCCT;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=14;WE=30915952;WS=30915920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr10	30915984	rs7097135	T	A	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.23;MQRankSum=-1.476;NF=0;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=0.967;SC=GGTCATTCAGTGCCACCATCA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=6;WE=30915992;WS=30915974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr10	30978164	rs28363791	A	G	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=10;PP=583;SC=TGTGTGTTCCACAGGTTTGGC;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=34;WE=30978172;WS=30978154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	30978274	rs4988769	T	C	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.48;MQRankSum=3.062;QD=18.23;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,90:0.83:108
chr10	30978288	rs71023602	C	CAGTTT	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=8.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.83;MQRankSum=-5.306;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.009;SOR=1.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,14:0.13:105
chr10	30982453	rs7068641	T	C	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=23.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	30982475	rs7084628	A	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.57;QD=26.56;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	30982526	rs7068784	T	G	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=24;PP=1087;SC=AGAGAAGATCTCCTTCAGGAA;SOR=1.234;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=59;WE=30982534;WS=30982516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	30985070	rs11008186	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=277;SC=CACGTAAGGAGTCCTGACTGT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=30985089;WS=30985060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	30985081	rs10826846	G	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=246;SC=TCCTGACTGTGTAATTCATCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=30985089;WS=30985060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	30986240	rs138927815	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	30986242	rs11008188	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	30986244	rs11007616	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	30986253	rs4747726	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.99;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	30986296	rs4749587	C	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=8;PP=450;SC=GTGTCTGCCTCGTGTTCAGGA;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=30986304;WS=30986286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	30986364	rs7078530	G	A	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.177;NF=22;NR=23;PP=737;ReadPosRankSum=2.187;SC=CAATAGTGGGGACTGCTTCCT;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=30986372;WS=30986354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr10	30989188	rs10740829	G	C	7344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=102;PP=2965;SC=CCGCTTATCCGCAGGTACTAC;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=69;TCR=103;TR=171;WE=30989196;WS=30989178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr10	30993404	rs11008192	G	A	6181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=64;PP=2398;SC=TGCCCCAGACGACAGCAGGTG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=127;WE=30993412;WS=30993394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr10	30993448	rs10826848	G	A	5758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=67;PP=2211;SC=GGCTGTGGCTGTGGCCTGGTG;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=123;WE=30993456;WS=30993438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr10	31001494	rs1826619	A	C	8511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=75;PP=2730;SC=CAGGAAAAAAATCTCAAGAAG;SOR=0.699;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=75;TCR=75;TR=150;WE=31001502;WS=31001484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr10	31803516	rs220060	G	A	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	32103077	rs2799012	C	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=288;SC=CTGCACAGCCCTTTTGTAACA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=32103085;WS=32103067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	32106851	rs2778650	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=18;PP=478;SC=GAGTATGGTCAGTTTGTGCTT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=32106859;WS=32106841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	32115133	rs2255544	A	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=407;SC=CACACTAGCTATAACTATAAG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=32115141;WS=32115129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	32143208	rs2808090	A	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=31;PP=904;SC=TCTAATAAATAAATTTTACTT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=32143216;WS=32143198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	32306872	rs211376	G	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=5;PP=510;SC=AAATGGCTCAGGGTATAAAAA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=32306880;WS=32306862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	32307534	rs11428920	T	TA	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=403;SC=TTTTATTCTGTATATTGTACT;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=10;WE=32307544;WS=32307524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	32307536	rs55938482	T	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=260;SC=TTATTCTGTATATTGTACTTA;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=32307544;WS=32307524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	32311969	rs176924	A	G	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=51;PP=1696;SC=AGGCTGCTGTAAGGAAAAAGT;SOR=1.169;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=32311977;WS=32311959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	32321495	rs398686	C	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=0;PP=329;SC=TAAAAATTCACTTTATCCATG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=32321503;WS=32321485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	32323591	rs211277	G	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=11;PP=503;SC=TTAACAAACTGAAGATGACAA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=32323599;WS=32323581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	32327779	rs45615333	C	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=15;PP=561;SC=TAAAAAAACACCGATCAACTA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=32327787;WS=32327769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	32328389	rs41289023	A	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	32329482	.	TA	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=31;ReadPosRankSum=0.639;SC=GAGAAAAGGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=4;WE=32329490;WS=32329472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr10	32337283	rs887492	A	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=1;PP=453;SC=TCTGCAATTAACTTAGAAGAA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=32337291;WS=32337273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	32575793	rs2986931	A	G	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	32742234	rs2505335	A	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=5;PP=289;SC=ATTTTAAACTATTAAAGTATC;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=17;WE=32742242;WS=32742224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	32742256	rs2490505	T	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=7;PP=481;SC=AATTGGCTTTTATTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=32742264;WS=32742246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	32745396	rs2244153	A	G	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=7;PP=170;SC=GCATTGGAAAACATTATTTAT;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=32745404;WS=32745386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	32751901	rs2505380	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=11;PP=416;SC=TGCAATTTAAGTAGTCACTAT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=32751909;WS=32751891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	32759918	rs2460710	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=52;SC=TAATAAAGGAGATAATGAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=32759926;WS=32759912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	32974969	rs1762526	A	G	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	32978136	rs1763784	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=215;SC=TTAAAAGTAAGTTCATCCGAA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=32978144;WS=32978126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	33015782	rs928701	G	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	33015855	rs4145863	G	A	52.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	33018351	rs1414548	G	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	33093858	rs35054696	TAC	T	1528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=903;SC=ATTAATTTAATACACACACAC;SOR=1.179;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=19;WE=33093867;WS=33093848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	33103205	.	AAC	A	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=48;QD=33.0;SC=TTAAGTTAGTAACACACACAC;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=2;WE=33103214;WS=33103195;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,2:0.18:11
chr10	33123774	rs11009107	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	33123824	rs4448627	G	C	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=8;PP=320;SC=AAGAGTCATGGAGGTAAGAAC;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=33123832;WS=33123814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	33134064	rs41276070	A	G	110.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=84;SC=AGTATTATATAGGTGAAATTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=33134072;WS=33134054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	33134696	rs145287806	T	TAC	62.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=2;PP=156;SC=CTTCCATAATTACACACACAC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=33134704;WS=33134686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	33137515	rs2488294	T	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.123;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.15;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr10	33137551	rs2504011	T	C	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=17;PP=535;SC=AACAAAGATATGTCCGTACAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=33137559;WS=33137541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	33143396	rs1418538	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	33144132	rs34544892	GT	G	176.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.468;HP=14;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=109;ReadPosRankSum=0.398;SC=AAAAATGTAAGTTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=10;WE=33144140;WS=33144122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr10	33165226	rs2488305	G	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=241;SC=TATATCAACTGGAGTAAAATT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=33165234;WS=33165216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	33190567	rs2153875	C	A	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=7;PP=224;SC=TTTCACCCTACAACAAAAAAA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=33190575;WS=33190557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	33201128	rs2504020	C	G	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=31;PP=954;SC=CAAACAGGAACAGCTCTAGTC;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=33201136;WS=33201118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	33209266	rs2230396	G	T	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=46;PP=1692;SC=TTATTGTTACGCCTTCTGACA;SOR=0.764;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=97;WE=33209274;WS=33209256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	33211440	rs2252752	T	C	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=6;PP=212;SC=TAAAAATTAATATAAACCACT;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=33211448;WS=33211430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	33219008	rs2256455	T	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=189;SC=TAAATGAAAATTGTAATGGTC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=33219016;WS=33218998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	33469181	rs1048804	A	G	6755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=1.171;SC=CCCCCAGGGCACTCATGGCTA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=158;TCF=72;TCR=86;TR=158;WE=33469189;WS=33469171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,253:0.99:255
chr10	33471761	rs148435065	GCA	G	414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=342;SC=TTAGGTACATGCACACACACA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=33471770;WS=33471751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	33481478	rs2243920	A	G	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=209;SC=TGAAAATTCCAGGAAAGCCAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=33481486;WS=33481468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	33483561	rs2474726	T	A	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=6;PP=687;SC=CCGCTCTAAGTTTTTGTATTT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=33483569;WS=33483551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	33483837	rs149169549	CAT	C	1319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=22;PP=1001;SC=ATGAAACAAACATATAGGACT;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=22;WE=33483846;WS=33483827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	33484577	rs2474724	C	T	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=32;PP=875;SC=TAGACCTGACCCCTGGCTTGA;SOR=1.835;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=43;WE=33484585;WS=33484567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	33486667	rs10827208	A	G	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=17;PP=446;SC=ACATGCAAAAATAAGAAAACA;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=33486675;WS=33486657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	33491552	rs11009288	G	A	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=4;PP=744;SC=TTAGCCATGGGGAAATTCTTA;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=31;WE=33491560;WS=33491542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	33495267	rs11812166	C	T	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	33495304	rs11815912	A	G	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.45;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	33495304	.	ACA	GCG	2306	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=29;NR=31;PP=2306;QD=39.324464581;SC=GGGGTTTGGGACATGACTACA;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=60;WE=33495314;WS=33495294;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,60:0.95:63
chr10	33495306	rs2474715	A	G	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.45;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	33495333	rs11812181	C	A	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.641;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=1141;ReadPosRankSum=-0.628;SC=AACAACCACACGGTGAAGAAT;SOR=0.721;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=55;WE=33495341;WS=33495323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr10	33502240	rs2070303	C	T	3927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=45;PP=2137;SC=AGCCCTTCCTCGGGAGAATGC;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=102;WE=33502248;WS=33502230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	33510614	rs4934837	G	A	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=21;PP=1262;SC=TCTTCGACTTGGAAGATTCAG;SOR=1.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=65;WE=33510622;WS=33510604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	33510663	rs2229935	G	A	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	33510768	rs2229934	G	A	3994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=49;PP=1682;SC=CAACATCTGTGGGGTTGGTGT;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=86;WE=33510776;WS=33510758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	33542835	rs7074620	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=148;SC=TTATACCTGATGGCCGTGAAC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=33542843;WS=33542825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	33552407	rs2070299	G	A	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=0;PP=96;SC=AGGTCTTCTTGAGCTCAAATA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=33552415;WS=33552397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	33552518	rs2070298	A	C	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.11;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	33552522	rs2070297	G	A	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	33552696	rs7079053	A	G	5075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=65;PP=2179;SC=CATCTTTGGCACAAAGACAAT;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=121;WE=33552704;WS=33552686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	33619562	rs1411924	C	T	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=2;PP=425;SC=TTGTACACACCGACTTCCCCC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=33619570;WS=33619552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	33623444	rs61758234	A	T	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=21;PP=675;SC=CCCGTCTTGGAGAAAAGAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=33623452;WS=33623434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	34408745	rs3004928	A	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=22;PP=746;SC=CTCCATTTCGATTCTTATGAA;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=34408753;WS=34408735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	34688287	rs2796011	G	A	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=40;PP=1271;SC=AAGGCACTACGTGGATTCCCA;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=75;WE=34688295;WS=34688277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr10	34985197	rs5784425	C	CA,CAA	1878.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.92;ReadPosRankSum=1.042;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:16,72,30:0.61,0.25:118
chr10	35300981	rs5784438	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.100;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.605;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr10	35302705	rs12830	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=6;PP=213;SC=TTAATGAAAACGAAGATTCTG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=35302713;WS=35302695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	35320383	rs3740083	C	T	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=35;PP=1467;SC=TAAAGTTGACCAAAATACAAA;SOR=0.951;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=82;WE=35320391;WS=35320373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	35321414	rs16935840	C	T	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=50;PP=2211;SC=TTACAACTGACGTAAGGGCCT;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=119;WE=35321422;WS=35321404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr10	35322024	rs12261654	G	A	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=2;PP=442;SC=CTAGAATTCTGATCTTGAAAC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=35322032;WS=35322014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	35324076	rs2244174	A	G	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	35328088	rs11010077	A	G	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=124;SC=CAAGTAACTCAGCCAAATTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=35328096;WS=35328078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	35338604	rs145366778	C	G	3448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=29;PP=1801;SC=TAAATGTCAGCACTCACTTTT;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=87;WE=35338612;WS=35338594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	35338699	rs7900480	G	A	5740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=70;PP=2512;SC=GCTAGCTGCCGGGAAAAACGA;SOR=0.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=63;TCR=70;TR=132;WE=35338707;WS=35338689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr10	35343525	rs2384289	G	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=252;SC=GAAAGCAAATGACTTGCAACT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=35343533;WS=35343515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	35360310	rs4934711	G	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=26;PP=698;SC=ATAATTCCATGAGCTTAGTTT;SOR=1.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=32;WE=35360318;WS=35360300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	35362977	rs12248333	A	G	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=871;SC=CAACCATGCTACCTCACTAAC;SOR=1.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=35362985;WS=35362967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	35426614	rs35808464	T	C	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=3;PP=180;SC=TTCCTGGCCTTGTTTTGAGAG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=35426622;WS=35426604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	35426755	rs17499247	A	G	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=15;PP=488;SC=GATTACAAATATCTTAACAAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=35426763;WS=35426745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	35437239	rs34879823	A	AT	1078.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=839;SC=TTCAACCTGTATTTCCAAATA;SOR=2.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=35437247;WS=35437229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	35464778	rs1531550	C	T	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=42;PP=1508;SC=ATCATTTTGGCAGGTTTCTGT;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=82;WE=35464786;WS=35464768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	35467671	rs12260130	C	T	117.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	35484949	rs1057108	T	G	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=14;PP=740;SC=TTTGAAGTGGTTGTCTGCTTG;SOR=1.054;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=39;WE=35484957;WS=35484939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	35625845	rs59114674	C	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=144;SC=GGCCGGCCGCCGTTCCGCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=35625854;WS=35625838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	35625846	.	G	GC	502.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.43;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=308;SC=GCCGGCCGCCGTTCCGCCCCC;SOR=3.611;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=35625854;WS=35625838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	35894666	rs627267	A	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=25;PP=719;SC=TCAGTGTGCAAGCACCAAGCT;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=35894674;WS=35894656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	35894761	rs637881	G	A	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	35928224	rs625858	C	G	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=40;PP=1588;SC=CTGCACTTGGCTCTCCTCGCC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=35928240;WS=35928214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	36813198	rs2503082	A	G	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=36;PP=1047;SC=GGGCTGGCCCAGCAGGGAAAG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=36813206;WS=36813188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	37425757	.	GTGTA	G	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=20;MQ=61.34;NF=1;NR=2;PP=52;QD=19.6666666667;SC=GTGTGTGTGTGTGTATATATA;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=37425768;WS=37425747;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr10	37433975	rs200315308	T	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=-5.857;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,5:0.14:36
chr10	37433982	rs200974283	C	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-5.771;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.031;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,4:0.11:35
chr10	37433983	rs200164455	G	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-5.683;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,4:0.12:34
chr10	37433988	rs200031600	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-5.683;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,4:0.12:34
chr10	37508450	rs1148259	A	C	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=11.315;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=53;PP=1496;ReadPosRankSum=-1.023;SC=TCAATTATGCAGGAGATGCTC;SOR=0.752;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=85;WE=37508458;WS=37508440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,110:0.97:113
chr10	38245843	rs9299755	C	CA	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
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chr10	38260558	.	A	AAC,AACAC	2079.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.96;MQRankSum=-0.093;QD=31.04;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,22,43:0.33,0.64:67
chr10	38301353	.	GTT	G	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=7.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-0.629;QD=3.14;ReadPosRankSum=1.295;SOR=2.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr10	38306128	rs2738208	A	G	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=6;PP=816;SC=TTCCACTGGCAACTCGAAGCA;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=38306136;WS=38306118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	38536882	rs111396337	G	A	4593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=49;PP=2029;SC=TGTTTGCCCTGGTGTGCTGCT;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=104;WE=38536890;WS=38536872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	42379941	rs375679095	TTCCGC	T	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=7.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.87;MQRankSum=-0.953;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.868;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr10	42379948	.	C	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.80;MQRankSum=-2.347;QD=17.56;ReadPosRankSum=-1.668;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	42905431	rs3004228	A	T	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.12;QD=25.70;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	42905510	rs2419684	A	C	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=20;PP=867;SC=TCAGATGTTAAATTACTCCTC;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=42905518;WS=42905500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	42907201	rs2505860	G	A	7144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr10	42907260	rs2505861	T	C	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=59.94;NF=53;NR=79;PP=1925;SC=CTGTTAGTAATGCTGTTATTA;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=132;WE=42907268;WS=42907250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr10	42920832	rs2505872	G	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=10;PP=480;SC=CAAATCTGAAGATCAATTTGT;SOR=0.780;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=42920840;WS=42920822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	42920884	rs2489720	C	T	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	42922568	rs2489723	A	G	285.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.31;QD=40.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	42922579	rs80120306	C	T	285.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.31;QD=40.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	42922595	rs2489725	A	G	264.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;QD=37.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	42922618	rs61096506	C	CAAA	47.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr10	42924560	rs6143878	TCACCTTTGCTTGATATGATAATATAGTGCCAAGG	T	1352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=10;PP=2957;SC=TTAAAAAAGCTCACCTTTGCT;SOR=1.044;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=42924601;WS=42924550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	42928605	rs2000380	T	G	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=14;PP=771;SC=TATAGTTGACTCCAATTTCTT;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=42928613;WS=42928595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	42941685	rs11455507	T	TA	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=9;PP=365;SC=TCACTTCTGATAAAAATACCA;SOR=0.914;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=42941693;WS=42941675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	42949664	rs2490085	A	T	6823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=60;PP=2400;SC=CTCACCAGCTACAAAAGTCAC;SOR=0.778;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=142;TCF=73;TCR=69;TR=133;WE=42949672;WS=42949654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr10	43089965	rs210280	G	A	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=30;PP=936;SC=CTCATTCCACGTGAGTCATAC;SOR=1.031;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=43089973;WS=43089955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	43119123	rs158377	G	T	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=10;PP=401;SC=CTGTTGGGAGGGGGGAATGAG;SOR=0.841;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=43119131;WS=43119113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	43119159	rs158378	T	C	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=12;PP=414;SC=GGCAATACAGTTTCTGTTTGA;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=43119167;WS=43119149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	43128395	rs209391	C	G	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=24;PP=635;SC=AAATGGCCTGCTGCTGTCTTG;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=43128403;WS=43128385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	43132232	rs209387	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=10;PP=825;SC=ACAGAGATGGAGACACTGCGC;SOR=2.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=43132240;WS=43132222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	43280057	rs55869085	CTT	C	6612.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=68;PP=2366;SC=TCCATTGATTCTTTTTTTAAA;SOR=1.073;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=8;TCR=72;TR=76;WE=43280066;WS=43280047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr10	43288626	rs9422671	T	G	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	43294148	rs191399851	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=513;SC=TGATGTCAATATTGCTTACCT;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=43294156;WS=43294138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	43572832	rs12267460	G	A	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=536;SC=AGTTGGCGCCGAGCAGCGGAG;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=43572840;WS=43572822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	43572949	.	GAA	G	326.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.30;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	43572951	.	A	AGCGGGCGGC	326.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.30;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	43595836	rs57003029	AT	A	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.859;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr10	43606687	rs1800860	A	G	7811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=73;PP=2888;SC=ACTGCCAGGCATTCAGTGGCA;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=94;TCR=73;TR=167;WE=43606695;WS=43606677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr10	43671378	.	G	GT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr10	43691691	rs1254968	C	T	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=58;PP=1873;SC=CTGCATCCGCCTCAGGCTCTG;SOR=0.882;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=101;WE=43691699;WS=43691681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	43694363	rs35825252	C	CA	3063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=16;PP=1564;SC=GCAGCTGTGACGGGGCTCAGG;SOR=1.281;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=43694371;WS=43694353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	43695049	rs1254964	T	C	4311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=29;PP=1651;SC=CATCATCTAATTCCTGGGGCA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=87;WE=43695057;WS=43695039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr10	43696086	rs1254963	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=3;PP=433;SC=CAGCCCCCACCCCCAGTCAGG;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=43696094;WS=43696076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	43698240	rs1270015	G	T	6812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=9.112;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.02;ReadPosRankSum=2.564;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,294:0.99:296
chr10	43698980	rs1254961	C	G	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=360;SC=CCGCCGGTCCCGAGGCCATGC;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=43698988;WS=43698970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	43883342	rs1126487	T	A	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	43883388	.	G	GA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr10	43883425	.	G	GA	285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=345;SC=GTATGCAACAGAAATTTTCCC;SOR=1.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=43883433;WS=43883415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	43932479	rs2244396	A	G	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=371;SC=GGGAGCAGCAAGGCTTCCGGA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=43932487;WS=43932469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	43976983	rs12359980	T	C	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=32;PP=922;SC=TGGACAGAAATGGTGTATTAG;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=62;WE=43976991;WS=43976973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	43991255	rs9422519	C	T	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=2;PP=123;SC=AGATTTTTTTCCCACAAATCA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=43991263;WS=43991245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	44052903	rs2230661	A	C	4105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=61;PP=2275;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CACTGACTACATTCGTATTGT;SOR=0.615;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=106;WE=44052911;WS=44052893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr10	44053013	rs2230660	G	C	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=70;PP=2819;SC=CTCTGTATGAGCTCTCTGCTG;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=151;WE=44053021;WS=44053003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr10	44053585	rs2999278	C	T	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=57;PP=1606;SC=GTGTTTTCTGCTGAAGATTCT;SOR=1.449;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=83;WE=44053593;WS=44053575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	44103923	rs3128239	G	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=8;PP=510;SC=CACATCCCCTGAGCCCTCAGC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=44103931;WS=44103913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	44793355	rs56043323	G	A	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=55;PP=1842;SC=ACTCCAAGGAGGAAAGAGAGA;SOR=1.027;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=87;WE=44793363;WS=44793345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	44868856	rs266091	A	C	8372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=108;PP=2965;SC=CCAGCTCCAGAAGGACAGCGG;SOR=0.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=80;TCR=109;TR=187;WE=44868864;WS=44868846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr10	44871548	rs2297630	G	A	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=34;PP=1092;SC=GTCTGCATAAGATTTAACACT;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=44871556;WS=44871538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	44873992	rs2839694	C	CCT	2957.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.305;NF=21;NR=38;PP=2473;ReadPosRankSum=1.914;SC=GTTAAGGCCCCCTCCCCCACG;SOR=1.109;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=59;WE=44874000;WS=44873982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr10	44874216	rs2236533	G	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=917;SC=ACAGGAGGAAGGCGCGGCTGC;SOR=2.362;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=37;WE=44874224;WS=44874206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	45423282	rs10900131	C	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=215;SC=AGGAAGAAGACTCACTCCACA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=45423290;WS=45423272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	45427548	rs12414447	G	T	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.655;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=45;PP=1446;ReadPosRankSum=0.625;SC=CCCCTCCATTGTCCACCCCAG;SOR=1.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=60;WE=45427556;WS=45427537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr10	45478092	rs870957	A	G	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=37;PP=1071;SC=ATGGATGCCCAGACGGCCTAG;SOR=1.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=45478100;WS=45478082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	45479434	rs871043	G	A	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=28;PP=1367;SC=TTTCTCTGCCGGCAGCCATCT;SOR=0.933;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=70;WE=45479442;WS=45479424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	45891484	rs2029253	A	G	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=58;PP=1757;SC=ATGGCCTGTCACTGCTGGAAA;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=97;WE=45891492;WS=45891474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	45924023	rs1565096	G	A	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=11;PP=609;SC=TTTTTGGTCCGTCTGCTGAGC;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=45924031;WS=45924013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	45924256	rs1565097	T	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	45939083	.	CG	C	3528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=38;PP=2799;SC=GGGTGCCCTCCGGCCTTGGGG;SOR=1.076;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=68;WE=45939091;WS=45939073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	45939136	rs7900977	T	C	5915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQ=60.14;NF=87;NR=68;PP=2913;SC=CCTGGGGTCCTCAGGGACTGG;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=87;TCR=69;TR=155;WE=45939144;WS=45939126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr10	45939617	rs2229136	A	G	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr10	45939818	rs2288619	C	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=462;SC=GACTCGGGCCCCAAGGCTCAC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=45939826;WS=45939808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	45953767	rs7908745	A	G	4556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=48;PP=2460;SC=CAGATTCCATATCCATGTTTA;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=119;WE=45953775;WS=45953757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr10	45954807	rs2279433	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=28;PP=766;SC=TTGGCTTTCCACCCCACTTCT;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=45954815;WS=45954797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	45956828	rs3764990	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=13;PP=379;SC=GTGATCAGGGGGCTCTCATCA;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=45956836;WS=45956818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	45958881	rs2291429	A	G	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=58;PP=2217;SC=GCTGGCGCTCAAGCCGTGCGA;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=119;WE=45958889;WS=45958871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr10	45959385	rs12769244	G	A	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=52;PP=1755;SC=AGGAGCTTTCGAGACAACAGC;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=95;WE=45959393;WS=45959375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	45959652	rs12771275	C	A	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TCTGGCTGCACACTGATCATG;SOR=0.530;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=76;WE=45959660;WS=45959642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr10	46028826	rs113286525	AT	A	197.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=235;SC=ACTTATATTCATATGTATATT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=46028834;WS=46028816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	46960084	rs9422009	G	A	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.788;NF=24;NR=42;PP=1012;ReadPosRankSum=1.263;SC=ACAGCTTTGCGGACTACTTTG;SOR=0.571;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=132;TCF=44;TCR=88;TR=66;WE=46960092;WS=46960074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,87:0.49:176
chr10	46961964	rs138447966	G	A	416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.129;NF=16;NR=6;PP=315;ReadPosRankSum=-1.360;SC=GGTGCTGGGCGAAGGGTCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=22;WE=46961972;WS=46961954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr10	46963738	rs3127783	A	G	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=10;PP=1647;SC=GAGCTCGTACAGCTCCTTCTG;SOR=3.482;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=70;TCR=10;TR=79;WE=46963746;WS=46963729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	46965018	rs3127785	C	G	9561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=107;NR=101;PP=2965;SC=TGCCTCTGTCCTCCTGGAGCC;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=107;TCR=101;TR=208;WE=46965026;WS=46965008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr10	46965640	rs3737223	G	A	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=340;ReadPosRankSum=-0.375;SC=GGCTGATGCCGCCAGCAGGTG;SOR=0.830;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=26;WE=46965648;WS=46965630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr10	46965727	rs1889849	G	A	7226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=65;PP=2905;SC=CCAGGCTCTCGGCCTCCAGGT;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=148;WE=46965735;WS=46965717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr10	46967672	rs2152530	C	T	12003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=149;PP=2965;SC=TTTTGTCCTCCGGGAACTTGT;SOR=0.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=264;TCF=113;TCR=151;TR=260;WE=46967680;WS=46967662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr10	46967809	.	T	C	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=404;ReadPosRankSum=-0.545;SC=ATCCCCATCCTGGCCCATCCG;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=31;WE=46967817;WS=46967799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr10	46968665	rs200814731	G	A	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=710;ReadPosRankSum=1.405;SC=CCACTGTGCAGGGGCACCCAA;SOR=0.708;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=54;WE=46968673;WS=46968655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,89:0.54:165
chr10	46968762	rs3127790	C	G	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=49;PP=1712;SC=GGTGGCAAGTCAATGGTGTGG;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=89;WE=46968770;WS=46968752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	46968879	rs10588658	AAC	A	587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=32.65;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	46969496	rs3127792	A	G	7865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=115;PP=2965;SC=TGCCTGGGAAAGCCACTCTCC;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=83;TCR=115;TR=198;WE=46969504;WS=46969486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr10	46970654	rs915449	C	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=148;ReadPosRankSum=0.000;SC=CGCCCCAGCCCGTCCCTGGCC;SOR=0.804;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=11;WE=46970662;WS=46970644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr10	46970792	rs915450	G	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.951;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr10	46970815	rs915451	C	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.294;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr10	46998719	rs201733825	GTCAC	G	1454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.070;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.889;NF=19;NR=7;PP=1258;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CTGGTGTCTTGTCACTCACTG;SOR=1.850;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=26;WE=46998730;WS=46998711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr10	46998795	rs3127677	A	G	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=2.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.829;QD=12.35;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,131:0.60:219
chr10	46998894	rs3127817	G	A	4757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=72;PP=2045;ReadPosRankSum=-0.944;SC=AGCTCCAGCCGCCCCGAGCCG;SOR=0.610;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=253;TCF=130;TCR=123;TR=142;WE=46998902;WS=46998884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,234:0.53:439
chr10	46998999	rs3127818	G	A	4625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=71;PP=2158;ReadPosRankSum=1.221;SC=CCAGAGCTCCGCAAGACTGCC;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=288;TCF=145;TCR=143;TR=140;WE=46999007;WS=46998989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,228:0.48:479
chr10	46999019	rs3127819	G	A	4336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=68;PP=1879;ReadPosRankSum=0.857;SC=CAGCAGCACCGTGTGGCAGGC;SOR=0.684;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=296;TCF=152;TCR=144;TR=143;WE=46999027;WS=46999009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,232:0.46:506
chr10	46999151	rs3127820	T	C	2788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=65;PP=1342;ReadPosRankSum=-0.707;SC=AGGCCACTGGTGGAGCAGCAC;SOR=0.650;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=212;TCF=81;TCR=131;TR=108;WE=46999159;WS=46999141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,140:0.51:274
chr10	46999189	rs3127678	CA	TG	4763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.53;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,120:0.52:232
chr10	46999198	rs3127680	G	T	4688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.75;ReadPosRankSum=1.284;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,120:0.53:226
chr10	46999465	rs3127682	A	G	2099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.528;NF=25;NR=32;PP=857;ReadPosRankSum=-3.200;SC=GTCAGTTGTCAGTGCCACCAC;SOR=0.784;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=57;WE=46999473;WS=46999455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,101:0.53:190
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chr10	46999747	rs3127821	T	C	2903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1259;ReadPosRankSum=0.526;SC=TCCCTGGGCATTCCCATTGCT;SOR=0.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=190;TCF=89;TCR=101;TR=87;WE=46999755;WS=46999737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,147:0.46:319
chr10	47000004	rs3127822	T	C	6107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.029;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=73;PP=2568;ReadPosRankSum=-0.564;SC=CTGGAGGAGGTGCCGTCCCCT;SOR=0.251;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=77;TCR=74;TR=150;WE=47000012;WS=46999994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,232:1.00:233
chr10	47000079	rs3127823	T	C	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=52;PP=1040;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GCGGTGGACCTGGAGGTGCTC;SOR=0.830;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=164;TCF=69;TCR=95;TR=86;WE=47000087;WS=47000069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,148:0.55:271
chr10	47000146	rs3127684	C	T	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=754;ReadPosRankSum=0.694;SC=AGCGGGCGCCCGCCAGCGAGG;SOR=0.813;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=51;WE=47000154;WS=47000136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,76:0.49:154
chr10	47000188	rs3127824	A	G	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=41;PP=1282;SC=GGAGGGGGCCACTGCGGGCTG;SOR=1.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=47000196;WS=47000178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	47000217	rs72780221	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=5;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=274;ReadPosRankSum=-0.738;SC=TCCCTGCGGCGCCCCAGCTGC;SOR=0.479;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=20;WE=47000225;WS=47000207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr10	47000239	rs7912299	C	T	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=0.529;SC=GCGGCTGCTCCGGCGCGGCCC;SOR=0.813;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=13;WE=47000247;WS=47000229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr10	47087474	rs1129838	C	T	11974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.074;SC=GGGCTTCATCCTGGTCTGTTA;SOR=0.323;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=309;TCF=163;TCR=146;TR=304;WE=47087482;WS=47087464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,450:1.00:451
chr10	47087608	rs1936339	T	C	11529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=161;PP=2965;SC=TGGCCTTTGCTGTGCTCTGGC;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=309;TCF=148;TCR=161;TR=309;WE=47087616;WS=47087598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr10	47087680	rs1048157	C	T	11949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=156;NR=155;PP=2965;SC=CCATCTGCCACGGGAACCTCA;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=156;TCR=155;TR=311;WE=47087688;WS=47087670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr10	47087731	rs1048158	C	T	14267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=185;NR=166;PP=2965;SC=CCTCCACCTGCGTCAACCCAT;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=351;TCF=185;TCR=166;TR=351;WE=47087739;WS=47087721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr10	47087830	rs1129839	G	A	12307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=121;NR=167;PP=2965;SC=TGGAGGAGTCGGAGCATCTGC;SOR=0.935;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=291;TCF=124;TCR=167;TR=288;WE=47087838;WS=47087820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr10	47416860	rs28377449	G	C	5192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.095;NF=78;NR=78;PP=1754;ReadPosRankSum=3.041;SC=CTCTTCTGTAGGCCAGCGTTA;SOR=0.719;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=384;TCF=198;TCR=186;TR=156;WE=47416868;WS=47416850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,291:0.41:702
chr10	47674009	rs148597284	G	A	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=30;PP=881;SC=CTAAAGAAACGGGATGAAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=42;WE=47674017;WS=47673999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	47677955	rs6602879	A	G	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=11;PP=827;SC=CCACAGGGTCAGCCCTGCATG;SOR=2.208;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=46;WE=47677963;WS=47677945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	47680257	rs11596494	G	C	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=11;PP=1285;SC=GGCCAGCTAGGGAGAGTGAGG;SOR=2.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=47;TCR=11;TR=58;WE=47680265;WS=47680247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	47680513	rs10572939	GCC	G	1278.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=745;SC=ACATGTGACTGCCCCCCGTGA;SOR=2.694;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=22;WE=47680522;WS=47680503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	47682811	rs2999446	G	A	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=59;PP=1761;SC=CTCCACTCCCGCCTCCGCCCC;SOR=1.379;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=99;WE=47682819;WS=47682801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr10	47701275	rs10906952	G	A	8054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=145;PP=2965;SC=TCAGGCACACGGCAGAACCCC;SOR=2.878;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=49;TCR=146;TR=191;WE=47701283;WS=47701265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr10	47701302	rs7091749	G	C	4537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=121;PP=2965;SC=CACTCCCCCCGTCAGAGCCCA;SOR=4.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=8;TCR=122;TR=129;WE=47701310;WS=47701292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	47756004	rs3013885	T	C	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=2.459;NF=28;NR=17;PP=768;ReadPosRankSum=0.585;SC=AGCTGGCCTGTCTTACAGAGC;SOR=1.033;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=47756012;WS=47755994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,66:0.97:68
chr10	47756145	rs200192962	T	C	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=27;PP=646;SC=ATCTGGACTCTGGCTCCTCTG;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=47756153;WS=47756135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	48370595	rs11204210	G	A	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	48370747	rs35618062	C	T	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=39;PP=1500;SC=GTGGGCAGTGCGGAGCTGGCA;SOR=0.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=81;WE=48370755;WS=48370737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	48371277	rs3814160	C	T	9232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=133;NR=107;PP=2965;SC=GGCCCAGGTGCCCCCACCCTC;SOR=0.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=243;TCF=136;TCR=107;TR=240;WE=48371285;WS=48371267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr10	48387980	rs41284960	G	A	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=58;PP=2361;SC=TCTGCAGACCGCTCAGTTTGG;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=65;TCR=58;TR=123;WE=48387988;WS=48387970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr10	48389737	rs139299230	C	G	6446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=74;PP=2965;SC=CTGGGATCCTCAGACGCAGCC;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=75;TCR=76;TR=149;WE=48389745;WS=48389727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr10	48390041	rs2376635	C	T	12125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.236;SC=ACACGGGCACCGTGAAGAAGA;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=264;TCF=140;TCR=124;TR=261;WE=48390049;WS=48390031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,474:1.00:476
chr10	48414549	rs9971293	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=25;PP=780;SC=GTGGTGGGCATCTGCTGGAGG;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=48414557;WS=48414539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	48414570	rs7923671	A	G	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=535;SC=GTCTGTTTCCATGACACTGAA;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=48414578;WS=48414560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	48416274	rs12252199	C	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.960;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=8;PP=771;ReadPosRankSum=0.814;SC=TGGCCAGTGGCCTCCACCCTG;SOR=1.911;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=38;WE=48416282;WS=48416264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr10	48429650	rs2236723	G	A	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=391;SC=AGGAGCAAACGCCCACCGATC;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=48429658;WS=48429640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	49392575	rs931743	C	G	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=1045;ReadPosRankSum=0.599;SC=AACAGGGGAGCCTCTTAAGCT;SOR=0.491;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=47;WE=49392583;WS=49392565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr10	49393643	rs141722516	C	T	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=34;PP=1390;SC=TACAATTTCTCGGCCCGGTTC;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=80;WE=49393651;WS=49393633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	49420008	rs1864345	T	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=336;SC=CTCAAGAACTTCAGCTCAGCA;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=49420016;WS=49419998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	49420205	rs72792229	C	T	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=22;PP=622;SC=GGCCGGGGGACTCTGAGAGGA;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=49420213;WS=49420195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	49440346	rs6537556	C	T	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=30;PP=840;SC=AAAACAACAACAGTATCAATT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=49440354;WS=49440336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	49446204	rs905184	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=291;SC=CACTTAGCAATGGCAAGGGCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=49446212;WS=49446194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	49450443	rs280612	A	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=768;SC=CAGAGCTGCCACTACGAGGCC;SOR=3.202;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=49450451;WS=49450433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	49609578	rs3730154	C	A	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=149;SC=ACTATCAGTACGTAAACAGTA;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=49609586;WS=49609568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	49632498	.	C	CTT	978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	49633873	.	T	TAC,TACAAGAATACATTCTTGTAA	592.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.38;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=0;PP=2076;SC=GTAATATGAATATGACTAATG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=49633886;WS=49633863;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:13
chr10	49633875	.	T	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	49633876	.	GACT	G	235	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=235;QD=52.2;SC=ATATGAATATGACTAATGTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=49633886;WS=49633863;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	49633877	.	A	AATACATT	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.55;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	49633879	.	T	TTGTAAATG	761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.78;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	49654342	rs1051508	C	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=454;SC=GGCTCCAGAGCGCCTGGCTGC;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=49654350;WS=49654332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	49654403	rs1051507	C	T	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=15;PP=1078;SC=GACCAGCAGACGTGGTACAGA;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=49654411;WS=49654393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	49658248	rs1867585	G	A	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=24;PP=1005;SC=CCAAGAGCACGGCTCTCCCTG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=57;WE=49658256;WS=49658238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	49659559	rs10776601	C	T	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=78;PP=2965;SC=GGCTGCCCCACGTCACCCCTC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=78;TCR=78;TR=156;WE=49659567;WS=49659549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr10	49659637	rs3827681	T	C	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=63;PP=2228;SC=GGACAGGGAATAGAGCCATCT;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=109;WE=49659645;WS=49659627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	49661341	rs7092959	A	G	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=13;PP=666;SC=TACACCTCCCACTTACCTTCC;SOR=1.217;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=49661349;WS=49661331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	49662884	rs11101327	A	G	205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=5;PP=170;SC=TCCCCCACCCAAGCAGGATGC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=49662892;WS=49662874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	49667713	rs1867575	G	A	8300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=76;PP=2965;SC=CCTTACCCCCGATCACAAGCT;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=110;TCR=77;TR=186;WE=49667721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr10	49667795	rs3853761	T	C	7668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=111;PP=2965;SC=TGGCCTGGCCTGGCATGCGGA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=202;TCF=91;TCR=111;TR=201;WE=49667803;WS=49667785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr10	49687556	rs4240511	A	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=6;PP=287;SC=CTGCTGTGAGAAGCACAGGAT;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=49687564;WS=49687546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	49687594	rs4838601	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=8;PP=294;SC=AGTGAGCAGGGTCTTTGGGGC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=49687602;WS=49687584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	49687964	rs4240513	A	C	8554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	49687971	rs4240514	T	C	8560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.13;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	49688014	rs4838602	C	A	4873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr10	49690351	rs1445157	T	C	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=45;PP=2305;SC=GTTCATTCTTTTGCATATGCA;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=116;WE=49690359;WS=49690341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr10	49701317	rs140151734	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=8;PP=528;SC=CCAGATGTACCAGGCTGAACC;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=49701325;WS=49701307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	49701445	rs9663545	C	T	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=34;PP=1288;SC=CCAGCCTGGTCCTCACAGCCT;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=69;WE=49701453;WS=49701435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	49804554	rs10776627	A	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=16;PP=803;SC=CCTCACTGAGAGGTGGAGTGT;SOR=1.036;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=49804562;WS=49804544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	49804785	rs10745280	T	G	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=62;PP=1847;SC=CCCATTCTGGTGTCTCTCTCG;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=49804793;WS=49804775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	49812917	rs17010948	T	C	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=74;PP=2284;ReadPosRankSum=-1.595;SC=TCCTCGCGCCTAGTCGCCCCT;SOR=1.505;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=108;WE=49812925;WS=49812907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,133:0.99:135
chr10	49860130	rs2377612	G	C	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=347;SC=CCATTTCCAGGAGCTGAAGGA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=49860138;WS=49860120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	49860153	rs2377613	G	A	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=415;SC=TCAGAACCCTGACCACAGATG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=49860161;WS=49860143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	49860258	rs2377614	A	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=19;PP=1010;SC=TTTCCCACATAGAACATAAAA;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=50;WE=49860266;WS=49860248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	49934020	rs34731704	G	A	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=16;PP=656;SC=ACCTGCCTTCGGGAGCACAGC;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=32;WE=49934028;WS=49934010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	49939077	rs2377628	T	A	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=9.678;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=870;ReadPosRankSum=0.327;SC=TGGCATGCCCTCTTAGTAATG;SOR=1.548;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=44;WE=49939085;WS=49939067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr10	49939139	rs1993986	T	A	4167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=31;PP=1664;SC=AAGATCATTCTTGTTTTCCTC;SOR=1.036;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=55;TCR=31;TR=85;WE=49939147;WS=49939129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	49944249	rs4838645	C	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=32;PP=923;SC=TATTAGGTAGCGTCAGGTGCT;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=49944257;WS=49944239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	49944268	rs41282001	T	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=753;SC=CTGTAACAAATAAATCCCATA;SOR=2.133;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=49944276;WS=49944258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	49983890	rs1871604	G	T	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=51;PP=1711;SC=TTAATGGGAAGTAAAAGATGA;SOR=1.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=82;WE=49983898;WS=49983880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	50013402	rs2170132	T	C	6752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=61;NR=74;PP=2739;SC=CTCCAAGATCTCCACCATCAT;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=135;WE=50013410;WS=50013392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr10	50025396	rs7097397	G	A	7956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=85;PP=2965;SC=CCAGCGTGGCGAGCCCCGGAG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=87;TCR=85;TR=172;WE=50025404;WS=50025386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr10	50030730	rs10857651	G	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=292;SC=TTAGTCCCAGGTAATACCTGG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=50030738;WS=50030720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	50031212	rs113439641	CT	C	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=2.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.459;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,47:0.24:194
chr10	50038720	rs3747875	G	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=219;SC=GCCATCCTGAGTGTGCCATGT;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=50038728;WS=50038710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	50038800	rs3747874	A	G	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=12;PP=586;SC=TGGTGGCACAAAGGCAGCAGA;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=50038808;WS=50038790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	50040562	rs3747873	A	G	6170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=47;PP=2965;SC=AGCTAGCTATAAAAATAGTGT;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=140;WE=50040570;WS=50040552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr10	50040610	rs3747872	T	G	10050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=89;PP=2965;SC=TTGCTTCCCTTCCCTCAGCAT;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=124;TCR=89;TR=213;WE=50040618;WS=50040600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr10	50075461	rs2663019	G	A	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TAATTGGAAGGGCCTTTGGTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=50075469;WS=50075451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	50083111	rs2620881	T	C	3287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=40;PP=1150;SC=ATTTAATTTTTCTTTTCAATG;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=50083119;WS=50083101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	50085267	rs1904595	C	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	50108145	rs2671693	G	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=288;SC=TCAAAAGGACGACCCAGGAAG;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=50108153;WS=50108135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	50109902	rs2663046	G	A	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.595;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=1337;ReadPosRankSum=1.841;SC=GACACCCTCAGTCTAAGGTAA;SOR=0.669;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=72;WE=50109910;WS=50109892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr10	50110015	rs7068839	A	T	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=301;SC=CATGCCCAACAGTTTCCCTCA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=50110023;WS=50110005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	50121784	rs10776653	T	C	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=47;PP=1401;SC=GGGCCCCCAGTGTGGTGGGCA;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=86;WE=50121792;WS=50121774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	50122181	rs7094610	C	A	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=36;PP=1245;SC=GCCCTTGGGGCCTTTCTCACC;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=50122189;WS=50122171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	50149674	rs2671717	A	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=693;SC=GGGTGGGGCAAGAAGAGCTGG;SOR=2.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=50149682;WS=50149664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	50154768	rs2663066	A	T	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=12;PP=1034;SC=TGAATGTTTTACTTTAGGTCT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=50154776;WS=50154758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	50165411	rs3750867	T	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=32;PP=727;SC=CAACATCATCTGGACCTTTGC;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=50165419;WS=50165401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	50167621	rs10776660	A	G	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	50171949	rs41283297	C	T	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=20;PP=970;SC=TTTTTGGGTACAAGCAGCAGG;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=50171957;WS=50171939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	50182822	rs73298969	A	G	3318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=24;PP=1455;SC=CTCATCCAGCACCCAGCTTTA;SOR=1.353;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=83;WE=50182830;WS=50182812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	50183042	rs61733240	G	A	10704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=113;PP=2965;SC=CCGCCTGCCCGCCCATCGGGA;SOR=0.829;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=203;TCF=90;TCR=113;TR=203;WE=50183050;WS=50183032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr10	50186317	rs2292585	G	A	5097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	50190799	rs1054553	C	T	3350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	50190923	rs61366126	G	GA	250.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=-1.866;SC=CTATTGCACTGAAAAAAAAAA;SOR=0.776;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=12;WE=50190931;WS=50190913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr10	50227785	rs1913525	T	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=19;PP=571;SC=TCAGCTCCAGTTCGGCATAGG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=27;WE=50227793;WS=50227775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	50227870	rs1913524	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=221;SC=ACCACAGGAGCTCTACATCAC;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=12;WE=50227878;WS=50227860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	50227927	rs1913523	C	A	78.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=40;SC=TGGGATTCAGCGAGGGATAAG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=50227935;WS=50227917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	50373738	rs77059741	G	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=14;PP=591;SC=GGGGATGACAGGCAAGGGAGT;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=50373746;WS=50373728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	50531604	rs7093235	T	C	3626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=45;PP=1380;SC=AGAACAGACTTGCAGCAGGGG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=84;WE=50531612;WS=50531594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	50532683	rs7921186	T	C	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	50533617	rs2377940	T	C	8946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=1.364;SC=TACCCGAGGGTGACATAGAAG;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=212;TCF=109;TCR=103;TR=212;WE=50533625;WS=50533607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,348:0.99:350
chr10	50533776	rs10857471	C	G	5935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.160;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=2.229;SC=CCGGCTCCCCCGGGGAGAGCA;SOR=0.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=167;TCF=78;TCR=89;TR=166;WE=50533784;WS=50533766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,235:0.99:238
chr10	50534599	rs10857472	G	A	7152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=77;PP=2965;SC=GCTGTACCCCGGCTTCCAGCC;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=84;TCR=77;TR=159;WE=50534607;WS=50534589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr10	50534969	.	A	AACACACACAC	672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=61.16;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	50681033	rs2229760	G	A	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=35;PP=1269;SC=CACCTAAGCCGCCCACCCGCG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=72;WE=50681041;WS=50681023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	50691009	rs4240506	C	T	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=160;SC=CACATTTACTCATCATTCTTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=50691017;WS=50690999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	50691360	rs4253162	T	C	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=33;PP=1482;SC=TCTTCTCCACTTGGAAATCTC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=83;WE=50691368;WS=50691350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	50701156	rs4253132	G	A	2658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=25;PP=1390;SC=CTGAAATATTGTGTTACCTTT;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=50701164;WS=50701146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	50723684	rs4253073	G	A	6184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=77;PP=2965;SC=TGTAAGACCAGTTCGAAACAG;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=82;TCR=77;TR=159;WE=50723692;WS=50723674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr10	50724016	rs4253072	C	T	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=78;PP=2344;SC=CAGTGGAACTCTGTCAATGTG;SOR=1.072;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=49;TCR=78;TR=125;WE=50724024;WS=50724006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr10	50740876	rs2228524	G	C	8885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=109;PP=2965;SC=AACGAAAGGAGAGGTACTCCT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=102;TCR=109;TR=211;WE=50740884;WS=50740866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr10	50818762	rs1880675	C	T	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=759;SC=CGGAGGCGTCCTCGGAAGAGC;SOR=3.321;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=29;WE=50818770;WS=50818752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	50820345	rs8187730	C	A	9503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=113;PP=2965;SC=CCTTTTGATGCGTGCGAGGAC;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=112;TCR=113;TR=225;WE=50820353;WS=50820335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr10	50820424	rs2269338	G	T	6283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=92;PP=2834;SC=ACCGCCTTGGGTCAAGGGGGC;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=65;TCR=92;TR=157;WE=50820432;WS=50820414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr10	50822226	rs7923716	T	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	50823981	rs8178987	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=2;PP=399;SC=AGGCCAGGCTCCCAATTAGCC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=50823989;WS=50823971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	50824038	rs8178988	C	T	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=12;PP=690;SC=CATTCACCCACGCATGCATTC;SOR=1.426;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=38;WE=50824046;WS=50824028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	50824244	rs11101182	C	A	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=32;PP=840;SC=CTGCCAGCAACCCCTGGTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=50824252;WS=50824234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	50828064	rs10857519	A	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	50828506	rs1880677	G	A	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=59;PP=2702;SC=GACTGTTTGGGGGGATGTGAC;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=136;WE=50828514;WS=50828496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr10	50856652	rs4838544	G	A	3209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=45;PP=1326;SC=GCTCAAGCACGTGTGAGTCTG;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=50856660;WS=50856642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	50856772	rs10580502	TAC	T	248.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	50857835	rs1917813	T	C	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=51;PP=1472;SC=TGTAGTCAAATTAAAGGAGAG;SOR=3.007;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=59;WE=50857843;WS=50857825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	50863083	rs12264845	A	C	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	50863147	rs8178992	T	C	6560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=70;PP=2844;SC=GCAGGCTCCATCGAAGACTGG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=152;WE=50863155;WS=50863137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr10	50863565	rs7076926	C	T	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=42;PP=1144;SC=ATGGGCACCACGGCATAAGAC;SOR=2.494;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=50863573;WS=50863555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	50887651	rs1153781	G	C	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	50901809	rs1153797	T	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=6;PP=472;SC=CTCCTTTTCTTTCCTTCCCAG;SOR=1.418;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=50901817;WS=50901799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	50901938	rs1133837	C	T	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=30;PP=992;SC=ACTTGGAGTTCGGTAAGCCCT;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=50901946;WS=50901928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	50902469	rs2278561	T	G	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=1.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	50902684	rs1055421	C	T	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=38;PP=975;SC=GTCGGCACAACAGCAGCTGCC;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=50902692;WS=50902674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	50916484	rs1258236	A	G	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=29;PP=1206;SC=CAGCCCGTGTAGGATGAAAGT;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=50916492;WS=50916474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	50916542	rs4838554	C	T	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	50916834	rs6537550	G	A	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=88;SC=CAAACCCAACGTGATTCTCCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=50916842;WS=50916824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	50944009	rs1258257	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=454;SC=ATGGGACAGATGGAGCCAGGA;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=50944017;WS=50943999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	50947918	rs1258259	A	G	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=21;PP=655;SC=CTTGCTGCACACAGTCACCAA;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=50947926;WS=50947908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	51051526	rs146508219	TGA	T	2788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=15;PP=808;SC=GTAGACAGAATGAGAGTGTGT;SOR=1.341;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=51051539;WS=51051516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	51537292	rs4131357	C	A	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=21;PP=561;SC=ACAATAGAGTCTTTTAATCTA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=51537300;WS=51537282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	51539745	rs35494443	AC	A	1004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=8;PP=848;SC=TGAACTTGCTACCCCCAATAG;SOR=2.165;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=24;WE=51539753;WS=51539735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	51539762	rs10763588	G	T	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=12;PP=813;SC=ATAGAGAATTGACTCCCTCAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=51539770;WS=51539752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	51540291	rs11006274	T	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=26;PP=962;SC=CTGTGGGATCTCCCGCATGAA;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=51540299;WS=51540281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	51549496	rs10993994	T	C	4663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=43;PP=1533;SC=TTCCCAATGATGTCGAATGCG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=95;WE=51549504;WS=51549486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr10	51549545	rs4935176	G	T	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=48;PP=1591;SC=ATGCAGCTTTGCCTGGATGTA;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=86;WE=51549553;WS=51549535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
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chr10	51620317	rs200147310	A	G	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.31;MQRankSum=-0.278;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
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chr10	51633027	rs115081809	T	C	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-6.975;NF=55;NR=84;PP=1567;ReadPosRankSum=0.202;SC=AGTAACTATTTGGGTAGGTAG;SOR=0.675;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=305;TCF=118;TCR=187;TR=139;WE=51633035;WS=51633017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,170:0.45:382
chr10	51827934	rs55875820	G	A	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=25.40;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	52569637	rs10994563	G	A	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=6;PP=637;SC=GCCATTTCTGGCACAATTTTC;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=52569645;WS=52569627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	52576068	rs4245008	G	A	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=39;PP=989;SC=AAATATCAACGCGAGATGATA;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=52576076;WS=52576058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	52751070	rs79957958	A	AGCC	1475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.609;NF=4;NR=10;PP=606;ReadPosRankSum=0.114;SC=CTGCCGTCCCAGCCGCCGCCG;SOR=0.610;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=14;WE=52751078;WS=52751060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr10	53667136	rs78869987	AT	A	255.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=146;ReadPosRankSum=-0.952;SC=TGGCTAATGCATTTTTTTTTT;SOR=1.402;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=12;WE=53667144;WS=53667126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr10	53667443	rs10823860	C	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=594;SC=TAAAAAATTTCTAAGCTCTGG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=53667451;WS=53667433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	53667476	rs7081919	G	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=335;SC=ATTTGGCTTCGTATAGAAAGC;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=53667484;WS=53667466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	53814229	rs1904010	G	T	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	53814383	rs12778630	C	T	2510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=40;PP=1112;SC=TTAGTAACTCCAGTAGGAACA;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=53814391;WS=53814373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	53841337	rs1904024	A	G	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=9;PP=539;SC=AATACTTACCATATGCCATGT;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=53841345;WS=53841327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	53893539	rs17642863	A	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	53921754	rs10824173	C	A	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=157;SC=ATTTTGATTGCAAAATGATTT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=53921762;WS=53921744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	54528266	rs930507	G	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	54528298	rs930508	G	C	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=42;PP=1301;SC=GGGTGAAACTGACTCATCCTT;SOR=1.457;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=61;WE=54528306;WS=54528288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	54528353	rs930509	C	G	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=25;PP=695;SC=TTCTAGAGTACAGTTGCCGGA;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=54528361;WS=54528343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	54530636	rs1982266	A	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=256;SC=CTCAGGAGAAAGGAGACCTTG;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=54530644;WS=54530626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	54530694	rs1982267	G	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=4;PP=91;SC=CTGTATGGTGGGCACCTGAGA;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=54530702;WS=54530684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	55568972	rs11003863	T	G	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=27;PP=1124;SC=GAACTCAGACTCTTCTTCACT;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=55568980;WS=55568962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	55587034	rs10740555	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=6;PP=431;SC=TCTTGAAAATAATAGAATAAA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=55587042;WS=55587024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	55588137	rs4570494	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=178;SC=TTTCACATTTGTGCAAGTTAC;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=55588145;WS=55588127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	55588484	rs4935096	G	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=49;SC=GAAAACTAAGGATATCAATTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=55588492;WS=55588474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	55590850	rs10825117	G	A	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=17;PP=884;SC=GAAAGAGACCGAATTAGAATC;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=55590858;WS=55590840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	55590942	rs66893390	TAGAC	T	5657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=40;PP=2841;SC=TGGTACGAGATAGACAGACAG;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=51;WE=55590958;WS=55590932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	55590950	rs77597438	C	T	5805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=42;PP=1495;SC=GATAGACAGACAGATAAAGCA;SOR=0.755;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=85;WE=55590958;WS=55590932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	55591313	rs7089209	G	A	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=29;PP=767;SC=TAGATAAATAGTAAAATTAAT;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=55591321;WS=55591303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	55617177	rs7083307	T	C	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=130;SC=TTTAATTATATGATCTACACA;SOR=2.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=55617185;WS=55617167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	55626630	rs5785023	G	GA	677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,37:0.90:41
chr10	55663198	rs10740559	A	C	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=43.33;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	55663202	rs2593124	T	C	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=45.13;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	55719652	rs2593107	C	T	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=44;PP=1205;SC=GTAAGAACAGCGTAACAGCAC;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=55719660;WS=55719642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	55755491	rs2135720	C	T	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=71;PP=2171;SC=TTTGTATATTCGTTTACTAAA;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=121;WE=55755499;WS=55755481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	55892600	.	TAC	T	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=3.221;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.143;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr10	56287689	rs10825347	A	C	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=31;PP=1030;SC=GGCACACACAATGAGAAAAAA;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=56287697;WS=56287679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	56335031	rs7070334	A	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	56335067	rs7070440	A	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=109;SC=TAATAAAAAAAAAAACTGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=56335075;WS=56335057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	56335099	rs10825362	C	T	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=4;PP=105;SC=TATTATTTCTCGTCAGTTCTT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=56335107;WS=56335089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	56345303	rs4570492	T	C	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.84;QD=26.04;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	56345335	rs2026413	T	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=29;PP=1268;SC=AAATAATTCATTCATTTCATT;SOR=0.961;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=68;WE=56345343;WS=56345325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	56345378	rs11396767	T	TG	1570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.377;NF=9;NR=35;PP=826;ReadPosRankSum=-0.732;SC=ATATGTGTTTTTTTTTTTTTT;SOR=0.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=44;WE=56345386;WS=56345368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,80:0.96:83
chr10	56345425	rs2026412	G	A	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=33;PP=957;SC=TGAGGACTGTGCAATTACTAG;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=56345433;WS=56345415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	56345491	rs2026411	C	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=471;SC=CCACAGATAACAGCCGCAATC;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=56345499;WS=56345481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	56345511	rs2026410	A	G	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=310;SC=CAACTTCAGCAGGTTCCCAGA;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=56345519;WS=56345501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	58118630	rs2241666	T	C	9046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=101;PP=2925;SC=TGAAACACCCTGTCAAGCTCC;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=87;TCR=102;TR=187;WE=58118638;WS=58118620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr10	58119976	rs3861049	G	A	5008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=52;PP=2582;SC=CTCTCTGCCAGTGCTGCCCTG;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=129;WE=58119984;WS=58119966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr10	59064371	rs1275284	C	G	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=140;SC=ACATGTATCTCTCTGTGTGTA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=59064379;WS=59064361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	60095143	rs1905456	T	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=301;SC=CCAGCGGGCATCGGACAGGTG;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=60095151;WS=60095133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	60145842	rs3830273	GTC	G	139	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=63;SC=GTTTTAATAAGTCTCTAGCAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=60145851;WS=60145832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	60154186	rs41283688	G	A	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	60160312	rs7077225	G	T	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.92;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	60273121	rs7100474	T	C	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=71;PP=2467;SC=TCTCGGACTCTCCGACTGAGC;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=129;WE=60273129;WS=60273111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr10	60273155	rs7079648	C	A	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=58;PP=1782;SC=TCGGACATCCCCACCGCGCGC;SOR=0.978;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=101;WE=60273163;WS=60273145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	60273189	rs10571555	ACGGC	A	3973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=45;PP=1428;SC=ACTCCAGCCTACGGCCGGCCG;SOR=1.828;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=1;TCR=49;TR=46;WE=60273200;WS=60273178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	60548276	rs11812567	G	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=226;SC=TTTTATAACCGAATCATGTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=60548284;WS=60548266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	60558125	rs2393503	A	T	3111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=29;PP=1800;SC=TCTTAAATTTATGTGAATTGA;SOR=1.490;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=93;WE=60558133;WS=60558115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	60559047	rs2893789	G	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=27;PP=747;SC=TGTGTGATCTGTACTGTTTGT;SOR=3.981;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=60559055;WS=60559037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	60563062	rs4245600	G	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	60566137	rs3740451	G	A	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=1;PP=290;SC=CAGAAGTGGTGATTTATTATT;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=60566145;WS=60566127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	60573753	rs9416746	G	T	7631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=73;PP=2862;SC=TCAAGTGAGCGTTGTGTTTTA;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=80;TCR=73;TR=153;WE=60573761;WS=60573743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr10	60577393	rs4344442	T	C	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=50;NR=28;PP=1497;SC=TGGCTGTAACTTAAATAGCTC;SOR=1.041;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=78;WE=60577401;WS=60577383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	60588553	rs4948550	T	C	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=24;PP=1119;SC=GCTTTTTGAATCGCCAAATGC;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=60588561;WS=60588543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	60996453	rs10763600	G	A	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=26;PP=673;SC=AAAAGCTTTAGTTGTTCTGGG;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=60996461;WS=60996443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	61005244	rs2452505	G	C	5942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=85;PP=2965;SC=GGATCTTTCTGTGGGCACCGT;SOR=0.749;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=81;TCR=89;TR=166;WE=61005252;WS=61005234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr10	61007534	rs1459996	A	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=36;PP=955;SC=TTCACAATGAATCAAGTCATT;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=61007542;WS=61007524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	61007592	rs2446724	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=527;SC=ATACTGTAACGGCCTCCACTT;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=61007600;WS=61007582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	61014056	rs1903252	C	A	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=8;PP=513;SC=ATGTGACATCCTGTTAACTAC;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=61014064;WS=61014046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	61111975	rs284606	G	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=2;PP=159;SC=GAACCGTGTGGCCTAGCCTAA;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=61111983;WS=61111965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	61122268	rs3078330	T	TTA	1399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=17;PP=737;SC=TCTCCGGGAGTGAGCACATAC;SOR=1.819;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=61122276;WS=61122257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	61552692	rs1053266	G	T	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=39;PP=1288;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TGGGAGGAGGGGTGCGCCGAA;SOR=0.313;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=69;WE=61552700;WS=61552682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr10	61552774	rs1053265	C	T	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=20;PP=730;SC=GAGGTGGAGGCGGAGGTGGCT;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=61552782;WS=61552764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	61566806	.	TC	T	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.779;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.376;NF=2;NR=16;PP=582;ReadPosRankSum=-1.148;SC=GTGACGTTCCTCCTCCAGATA;SOR=0.825;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=18;WE=61566814;WS=61566796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,37:0.35:105
chr10	61574357	.	AAC	A	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,20:0.16:122
chr10	61802342	rs2393603	C	A	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=29;PP=1647;SC=AAGGAAAGGACGGGGAAAATC;SOR=1.308;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=85;WE=61802361;WS=61802332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	61802353	rs2393604	A	T	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=35;PP=1708;SC=GGGGAAAATCAGAATCACTTA;SOR=1.102;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=94;WE=61802361;WS=61802332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	61802374	rs2393605	AA	TT	7666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=42;PP=2947;SC=TTTAGTGAAAAATATAAGTTT;SOR=0.983;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=102;WE=61802383;WS=61802364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	61802550	rs9888033	A	T	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.331;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.182;NF=34;NR=65;PP=1761;ReadPosRankSum=0.966;SC=AAGATTTCACAGTGAAACAGT;SOR=1.180;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=99;WE=61802569;WS=61802540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr10	61802561	rs2393607	G	T	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=61;PP=1716;SC=GTGAAACAGTGTTAGTTATAA;SOR=1.407;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=93;WE=61802569;WS=61802540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	61802577	rs5785427	T	TC	2583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=47;PP=2004;SC=TATAAAGCAGTCCATTCTGAT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=47;WE=61802585;WS=61802567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	61819049	rs10733757	T	G	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=30;PP=1828;SC=TAAGATAAACTATTAACAAGT;SOR=1.249;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=89;WE=61819057;WS=61819039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	61823109	rs4568956	A	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=9;PP=261;SC=AGCCCTGCTGACATTTTAGCT;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=61823117;WS=61823099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	61871430	rs10821675	C	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.29;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	61871598	rs4369346	A	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=10;PP=368;SC=GAAAATGTCAATGACAAGCAA;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=61871606;WS=61871588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	61893898	rs3213829	T	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=1;PP=351;SC=TTTAACTGGCTAGTACCAGAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=61893906;WS=61893889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	61900356	rs6479694	A	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=27;PP=714;SC=TCAGGCCCCCAAAAAAATCTT;SOR=4.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=29;WE=61900364;WS=61900346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	61941023	rs78684076	T	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=8;PP=575;SC=AATTATAGTTTCTTCCTTACT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=61941031;WS=61941013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	61962651	rs6479699	C	T	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=336;SC=GGAGACAGAGCGATACTCCAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=61962659;WS=61962641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	61965625	rs2297979	A	G	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=42;PP=1540;SC=TCTTGCAGGCAATATGAAGAG;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=81;WE=61965633;WS=61965615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	62039654	rs1380451	G	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=705;ReadPosRankSum=-0.794;SC=TAAAGTATAGGCACCTTAAAT;SOR=1.230;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=29;WE=62039662;WS=62039644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr10	62548098	rs2456772	G	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=17;PP=478;SC=CTACTCTGTGGCAGTATCAAT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=62548106;WS=62548088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	62551815	rs3212319	GC	G	3132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=31;PP=2098;SC=TTTTCAGGTAGCTATTAAAAA;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=48;WE=62551823;WS=62551805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	62551889	rs2456777	AA	GT	4922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=24;PP=2947;SC=AGAAATTTTTAATTTCCTGTT;SOR=1.386;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=78;WE=62551898;WS=62551879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	62553763	rs1871446	A	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=13;PP=303;SC=CATATGTTATATCAACAGATA;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=62553771;WS=62553753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	62631110	rs61853326	G	A	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=419;SC=CACAAAAGTGGAGGAAGATCA;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=62631118;WS=62631100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	62634621	rs2279942	C	T	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=16;PP=1126;SC=GTGACATCTTCATTTAGACAG;SOR=1.734;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=61;WE=62634629;WS=62634611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	62652863	rs11304357	TA	T	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5211;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=77;ReadPosRankSum=-2.100;SC=ATGTCACAATTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=62652871;WS=62652853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	63422706	.	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=3.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=-0.310;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr10	63422754	rs151189963	G	GGGGCCGACCCCGGCA	2446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=2969;ReadPosRankSum=-0.522;SC=CGACTCCCTGGGGGCCGACCC;SOR=0.693;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=31;WE=63422762;WS=63422744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr10	63759692	rs72833380	G	A	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=1;PP=302;SC=CTGGATGGGTGAAGTGGGGCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=63759700;WS=63759682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	63760087	.	CT	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.790;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.422;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr10	63818920	.	G	GA	27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=27;QD=13.0;SC=CTTTCTCGTTGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=63818928;WS=63818910;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,3:0.43:7
chr10	63944176	rs3125730	A	C	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=14;PP=463;SC=ACCTTTAGTCACCCACAGAGG;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=63944184;WS=63944166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	63958112	rs3125734	T	C	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=52;PP=1445;SC=GGATTCTTCATGCTGACCAAT;SOR=0.801;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=97;WE=63958120;WS=63958102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	63974950	rs4559572	C	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=CATTTTTACTCCTCAGCTATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=63974958;WS=63974940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	63977011	.	GAAAAAA	G,GA	5255.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;QD=37.27;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,41,100:0.29,0.71:141
chr10	63977069	rs1432414	A	T	1497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=40;PP=1135;SC=CACTTTAAATACATCAAAATA;SOR=1.528;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=56;WE=63977077;WS=63977059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	63978077	rs11355398	GA	G	310.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=18.28;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	63982984	rs10740069	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=8;PP=349;SC=AGTAAAATATATACTGTACTT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=63982992;WS=63982974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	63995983	rs3852448	C	T	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=19;PP=508;SC=AGCAACTATACACTTCCACCT;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=63995991;WS=63995973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	64000878	rs1368158	T	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.96;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	64001114	rs1368157	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	64005582	rs34205992	T	TA	77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=137;SC=TCTTAAACTCTAAAGTTCTAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=64005590;WS=64005572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	64005711	rs3815999	C	T	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=14;PP=570;SC=CATGTAGTTACGTTATAGAAT;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=64005719;WS=64005701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	64019037	rs10675790	A	ATAAAT	982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=4;PP=597;SC=CTTTTTCTTAATACTCAGTCT;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=64019045;WS=64019027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	64136751	rs1873686	G	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=115;SC=CACCCCAATCGCCTTACAAGC;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=64136759;WS=64136741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	64148125	rs3852424	C	A	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.432;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.61;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr10	64148369	rs2893897	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=287;SC=CGAGTGTAAGATCCCTGTGGT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=64148377;WS=64148359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	64159333	rs3758490	G	T	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	64415184	rs7076156	A	G	6582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=66;PP=2965;SC=AGACCATCTCACCTTCCAACC;SOR=0.905;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=161;WE=64415192;WS=64415174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr10	64415413	rs7094595	T	A	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=54;PP=1503;SC=TTCCTTTCAGTAGCAGACTCA;SOR=2.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=11;TCR=54;TR=65;WE=64415421;WS=64415403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	64416290	rs12776269	A	G	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=25;PP=920;SC=TTCCACTCAAAGCAGAATCCA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=64416298;WS=64416280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	64573771	rs224083	C	T	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	64893433	rs2175197	T	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=23;PP=731;SC=GGCTCCAGGCTAGCCACTTCA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=64893441;WS=64893423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	64937314	rs35854283	G	A	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	64944317	rs10740107	T	A	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=34;PP=1504;SC=GCAAAAATTTTAAAAAATCCA;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=85;WE=64944325;WS=64944307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	64945364	rs3211105	G	A	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=43;PP=1300;SC=CTGAAGGCCAGTCTTTCAATT;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=64945372;WS=64945354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	64953311	rs4747098	G	A	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=5;PP=130;SC=ACAATATTTTGTATTATAATT;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=64953319;WS=64953301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	64953959	rs2306264	C	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=453;SC=TCTCTCCACCCTGTTATATTT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=64953967;WS=64953949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	64960536	rs10465990	G	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=287;SC=GTGATGATACGGTAAGACTTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=64960544;WS=64960526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	64967445	rs1904294	A	T	9122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=106;NR=108;PP=2965;SC=TTTCACTAACACGATCTTTAG;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=106;TCR=109;TR=214;WE=64967453;WS=64967435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr10	64974537	rs10761725	A	T	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=26;PP=1032;SC=TGTTCTGACGAATGAATAATC;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=60;WE=64974545;WS=64974527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	65139945	rs7477425	T	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=422;SC=TTCAAGCAATTGTCCTGCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=65139953;WS=65139935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	65225244	rs1061259	GA	CG	5478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=28;PP=2947;SC=GGGGGGCGCTGACTCTCTTAC;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=83;WE=65225253;WS=65225234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	65225450	rs1054693	C	T	10307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CGGCCGCTGCCTCCTCCAGTG;SOR=0.237;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=127;TCR=119;TR=245;WE=65225458;WS=65225440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,405:1.00:406
chr10	65322464	rs36027145	A	ATCAG	4901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=57;PP=2977;SC=CTCTGCAGCAATCAATCAATT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=61;WE=65322472;WS=65322454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	65379304	rs35995927	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=14;PP=693;SC=TGCAAAAAGAGTAACTGGGGG;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=65379312;WS=65379294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	65383515	rs71463535	A	ATG	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.862;NF=1;NR=1;PP=47;ReadPosRankSum=-0.151;SC=CACAATATATATGTGTGTGTG;SOR=1.072;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=65383523;WS=65383505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr10	65928826	rs10740151	T	C	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=33;PP=1413;SC=CACTCTTTTCTGTATAGCTTG;SOR=0.969;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=83;WE=65928834;WS=65928816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	68535082	rs5785786	C	CT	2734.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.005;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=1722;ReadPosRankSum=-0.403;SC=TATATTTACTCTTTTTTTCCT;SOR=1.928;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=59;WE=68535090;WS=68535072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,111:0.98:113
chr10	68685929	rs7902006	G	C	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=60;PP=2055;SC=AACTGCTGGGGTATGGAATAC;SOR=0.955;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=98;WE=68685937;WS=68685919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	69583206	rs962608	G	A	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=28;PP=761;SC=AGTGACTCACGCCTATAATCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=69583214;WS=69583196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	69647332	rs932657	G	T	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=29;PP=829;SC=TAAATGTACGGTTTTTGGTTT;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=69647340;WS=69647322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	69648569	rs2236318	T	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=9;PP=762;SC=GCTAACTCATTACTTCAGAAA;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=69648577;WS=69648559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	69651125	rs7896005	A	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=22;PP=1158;SC=AAGGTAGAAGATTTAATTTTA;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=69651133;WS=69651115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	69692330	rs3758392	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=13;PP=1241;SC=CATTTAACAATATCAGAGATT;SOR=2.084;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=63;WE=69692338;WS=69692320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	69719074	rs7907843	C	T	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=80;SC=TATATATCTACTAATGTAAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=69719082;WS=69719064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	69750788	rs5785841	GA	G	1887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;MQRankSum=0.565;QD=18.15;ReadPosRankSum=1.986;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,97:0.93:104
chr10	69755112	rs2308195	C	CCTAT	362.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=7;PP=375;SC=TTAGTTTCTCCCTATTATATA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=69755120;WS=69755102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	69902549	rs3814180	T	C	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=171;SC=CTTCTCACTGTTACAAAAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=69902557;WS=69902541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	69926097	rs2673794	T	C	8025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=66;PP=2965;SC=CAGCCAACTCTACCACCAACC;SOR=0.957;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=95;TCR=66;TR=160;WE=69926105;WS=69926087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr10	69926319	rs61854624	C	A	8064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=3.603;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.90;ReadPosRankSum=1.590;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr10	69926325	rs2673793	C	T	8039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr10	69935059	rs7097776	A	G	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=26;PP=1231;SC=TGGGTGTGTCAGGTGTGGATT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=69935067;WS=69935049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	69935235	rs6480306	T	C	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=47;PP=1475;SC=TTGTTGGATTTAGAAGGTTTA;SOR=1.190;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=73;WE=69935243;WS=69935225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	69948844	rs10733838	T	C	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=38;PP=1230;SC=GCTCTCCAGTTACATTCACCT;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=69948852;WS=69948834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	69954301	rs11815154	C	T	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=41;PP=1140;SC=CTGTGCTGCACTCTGAGGAAG;SOR=1.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=58;WE=69954309;WS=69954291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	69955140	rs7069569	T	A	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=15;PP=793;SC=GGTCCAGAAATTTTTATGTAA;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=69955148;WS=69955130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	69956999	rs7477844	C	A	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=2;PP=68;SC=TTTCCCCCTTCAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=69957007;WS=69956989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	69957375	rs7095492	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	69959097	rs7079549	G	T	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=8;PP=916;SC=CATCAGTCATGTGCCTCAGCT;SOR=2.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=69959105;WS=69959087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	69961470	rs7913133	A	G	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=384;SC=GGGTGCAGGCAGAGGTTGCAG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=69961478;WS=69961460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	69961501	rs7913146	A	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=9;PP=556;SC=TCTTGCCACCACACTCCAGCC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=69961509;WS=69961491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	69966392	rs3814185	T	G	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=197;SC=CTGCTCTTCTTTGACGTCTTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=69966400;WS=69966391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	70043916	rs736535	G	A	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=37;PP=1619;SC=AGACAGCAGCGTCACAGCATA;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=91;WE=70043924;WS=70043906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	70044031	rs4142048	T	C	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=51;PP=1389;SC=TCCTCCTCGGTGGGAACACTG;SOR=1.012;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=81;WE=70044039;WS=70044021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	70045201	rs7909365	C	A	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=54;PP=1620;SC=AGACAATCCCCAAGAAAACAG;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=70045209;WS=70045191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr10	70051808	rs11387118	G	GA	1115.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=12;PP=316;SC=TAGATGGGGGGAAAAAAAACA;SOR=1.203;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=25;WE=70051816;WS=70051798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	70099433	rs76636639	A	G	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=7;PP=156;SC=ATAAAAATAGATCTACCTTTA;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=70099441;WS=70099423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	70123243	rs10823183	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	70136566	rs41278508	G	T	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=7;PP=605;SC=AAATGAGGGGGTTATGTTAAC;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=70136574;WS=70136556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	70153014	rs11432212	C	CA	183.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=159;SC=TTATTAAGCACAAAAAAATCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=70153022;WS=70153004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	70166913	rs59831114	T	G	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=28;PP=833;SC=ACTGAGGGCCTAGCGTTCGGT;SOR=3.370;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=37;WE=70166921;WS=70166903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	70167004	rs7098448	T	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=18;PP=475;SC=CAGCAGCTCCTTCCAGGCGCT;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=70167012;WS=70166994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	70174885	rs17460571	A	G	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=6;PP=144;SC=TTAAGGAAGAAATATTTAGCA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=70174893;WS=70174875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	70174962	.	CA	C	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=11;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=26;QD=19.0;SC=TACAGGACCACAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=70174970;WS=70174952;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,2:0.50:4
chr10	70179713	rs7912227	C	G	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=76;PP=2179;SC=AAGTACGCAACTGGCCATAAA;SOR=1.296;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=41;TCR=76;TR=117;WE=70179721;WS=70179703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	70179746	rs7897488	T	G	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=59;PP=1630;ReadPosRankSum=1.843;SC=GACTTGGAGATGAAAAATAGC;SOR=0.679;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=82;WE=70179754;WS=70179736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr10	70190155	rs12221039	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=1;PP=190;SC=GGCTGTGGACATTAACTGTTA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=70190163;WS=70190145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	70191631	rs61855090	C	T	5770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr10	70204516	rs4237318	G	T	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=5;PP=216;SC=AAGTACTGTGGTTTTTTTTCT;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=70204524;WS=70204506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	70205920	rs61316500	C	CA	375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.10;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	70209730	rs57883442	CA	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=13.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.725;SOR=4.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr10	70225504	rs3758626	G	T	6016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=52;PP=2396;SC=TATTATTTATGGCTTTTTGAA;SOR=0.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=79;TCR=52;TR=131;WE=70225512;WS=70225494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr10	70227964	rs10998205	C	T	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=39;PP=1411;SC=TGTCTGGATACAGAATCAAAT;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=84;WE=70227972;WS=70227954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr10	70230475	rs10509302	G	C	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=35;PP=828;SC=GAGATGTTTTGGACACGATCC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=70230483;WS=70230465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	70231701	rs1535539	A	G	9396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=133;NR=82;PP=2965;SC=AAAAGGGAAAAAGGCGCGAGC;SOR=0.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=134;TCR=82;TR=215;WE=70231709;WS=70231691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr10	70263579	rs10823215	C	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=209;SC=TAAATGTGAACGAAATGAGCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=70263587;WS=70263569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	70266523	rs2275715	C	T	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=311;SC=ATTATCTAAACCTAAATTTTC;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=70266531;WS=70266513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	70276728	rs2664412	G	A	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	70332066	rs3814177	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=5;PP=365;SC=CTGTTTCCTGCGCCCTTTCAT;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=70332074;WS=70332056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	70332672	rs12773594	T	A	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=57;PP=1788;SC=TCAGTTTTGGTCCCAAAGAGT;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=70332680;WS=70332662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	70392319	rs10733844	G	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=8;PP=575;SC=TTGGAGTAGGGGGGTTTATCT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=25;WE=70392327;WS=70392309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	70392375	rs1747	G	A	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.59;QD=26.57;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	70405855	rs3998860	A	G	5844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.663;SC=AGGGCACAATACAACAGAAAC;SOR=0.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=83;TCR=62;TR=143;WE=70405863;WS=70405845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr10	70442868	rs11284778	GA	G	285.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=11;PP=236;SC=AAAATAAAGTGAAAAAAAAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=70442876;WS=70442858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	70481547	rs1616158	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=283;SC=CGAGCTCTGGCCCTTGAGGGT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=70481555;WS=70481537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	70497799	rs1149679	C	T	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=104;SC=AAAAAAGGAACGTCTCCAAGG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=70497807;WS=70497789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	70502288	rs1300253	G	A	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=66;PP=1940;SC=TACATGATACGTTTGGATTTG;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=35;TCR=66;TR=101;WE=70502296;WS=70502278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	70502426	rs1300252	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=230;SC=TGGACACAGTTGTGCAATCTC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=70502434;WS=70502416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	70520636	rs58477996	CAAA	C	419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=34.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	70525591	rs1149688	G	A	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=11;PP=578;SC=TCTTGCACATGTATATACATC;SOR=1.414;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=33;WE=70525599;WS=70525581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	70531217	rs10823258	C	T	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	70534744	rs1782323	A	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.54;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	70641860	rs1341667	T	C	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=49;PP=1572;SC=GATGAAACATTACCCAGGTAG;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=82;WE=70641868;WS=70641850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	70673430	rs5030891	G	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=429;SC=TGTCCCCTGCGTTCTAACAAA;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=70673438;WS=70673420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	70696009	rs7084726	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=346;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCGGGCA;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=70696017;WS=70695999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	70696713	rs5030895	C	T	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=155;SC=CCGTTTCTTACGCTGCTGTTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=70696721;WS=70696703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	70696908	rs1539166	G	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=15;PP=412;SC=TTGAACATAGGAAATATTGTA;SOR=1.105;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=70696916;WS=70696898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	70700944	rs5030900	A	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	70716106	rs5030896	A	G	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=63;PP=1885;SC=GGGACGCTGAATGGAGCGGAA;SOR=1.299;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=97;WE=70716114;WS=70716096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	70722939	rs5030897	T	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=447;SC=GAAGGTAGAATTCCTTAATTC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=70722947;WS=70722929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	70723857	.	G	GA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-1.376;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr10	70734599	rs5030902	A	T	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.29;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,65:0.96:68
chr10	70742192	rs2251911	T	G	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=3;PP=262;SC=TAAGCACTTATGTTATCACCT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=70742200;WS=70742182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	70748784	rs2255607	G	A	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=52;PP=2106;SC=GGCCGAGGACGGCCCGGGTGC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=96;WE=70748792;WS=70748774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	70765431	.	GA	G	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr10	70856852	rs2229498	G	A	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	70946101	rs71035072	G	GA	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=0.385;QD=8.27;ReadPosRankSum=1.732;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr10	70951565	.	A	AT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.131;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr10	70962381	rs2279928	C	G	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=57;PP=1489;SC=TGAGAAGTTGCTATTTATAAA;SOR=1.361;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=85;WE=70962389;WS=70962371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	70968199	rs4746821	G	T	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=3;PP=651;SC=CCTCCGATATGTGGGGGCAGA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=70968207;WS=70968189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	70968804	rs35757450	G	GT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=2.257;QD=2.08;ReadPosRankSum=0.033;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr10	70998738	rs4145930	G	A	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=24;PP=1264;SC=AAGTTTCTGCGGCTCAGTTGC;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=70998746;WS=70998728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	71008190	rs148832840	C	T	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	71010026	rs4745978	T	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=9;PP=525;SC=GGAATGCAGCTGCTGCTTTCT;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=71010034;WS=71010016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	71018660	rs1111335	T	C	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=30;PP=750;SC=AGATGACATCTGGACCCGATA;SOR=1.163;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=71018668;WS=71018650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	71027231	rs2611	G	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	71055232	rs2894081	T	C	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=0;PP=49;SC=ATCCAGAGAATTGGTAATCAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=71055240;WS=71055229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	71055459	rs4746837	T	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	71060610	rs906220	A	G	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=31;PP=1007;SC=AGAGCCCTGCATGATTTTGTA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=71060618;WS=71060600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	71060634	rs906221	G	A	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=25;PP=931;SC=AGAAAATCCTGGAATACCCAC;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=71060642;WS=71060624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	71060696	rs906222	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=15;PP=367;SC=AGGATACAAGGTTAATATACA;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=71060715;WS=71060686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	71060707	rs906223	T	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	71098195	rs906216	G	T	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=9;PP=351;SC=GGTTTGAGAGGGAGCATTTGA;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=71098203;WS=71098185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	71098295	rs7912524	T	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=21;PP=700;SC=CAGCTGGAAGTGGTGCTGTGC;SOR=0.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=39;WE=71098303;WS=71098285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	71098436	rs10578071	AGT	A	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=72;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TGGAGATGTGAGTGTGTGTGT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=71098447;WS=71098426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr10	71103597	rs1133189	C	G	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=7;PP=893;SC=ACAAGTATCTCTATGCCATGC;SOR=2.041;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=40;WE=71103605;WS=71103587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	71128545	rs12359036	A	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=161;SC=AATGATGAGGATGGGGATGGT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=71128553;WS=71128535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	71142183	rs4746846	G	A	6933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=98;NR=60;PP=2965;SC=AAGGGTGGCCGGAGGTCCCCA;SOR=1.033;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=161;TCF=101;TCR=60;TR=158;WE=71142191;WS=71142173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr10	71142420	rs748235	G	A	4548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=55;PP=1880;SC=ACCTCACCAAGGACATGCTGC;SOR=1.005;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=93;WE=71142428;WS=71142410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	71144702	rs749105	G	A	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=25;PP=756;SC=CTCAGTGATCGGGCAGCACTG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=71144710;WS=71144692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	71152091	rs2278745	T	C	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=36;PP=1196;SC=GAGAGGACACTCACAGTCAGG;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=71152099;WS=71152081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	71158268	rs1227938	C	T	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=19;PP=1344;SC=TGATTGGGGGCGGGGGGCGTC;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=72;WE=71158276;WS=71158258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	71167119	rs10998762	G	A	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=67;PP=1854;SC=AGGACCCCTTGCACCCACCTG;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=35;TCR=67;TR=102;WE=71167127;WS=71167109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	71168620	.	GCCAGCCCCCCGCCCCCTCCAGGCCCCGCCCCCT	G	1986	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=7;HapScore=1;MGOF=48;MMLQ=20;MQ=64.05;NF=3;NR=8;PP=1986;QD=182.545454545;SC=CCTCGCCCCCGCCAGCCCCCC;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=11;WE=71168660;WS=71168610;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr10	71168685	rs55953810	A	T	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=81;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=12;PP=660;SC=CACCTTCTTCATGGCCTGCAG;SOR=0.746;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=25;WE=71168693;WS=71168675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	71168945	rs1549797	C	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=254;SC=GCGGGCCCACCCTGGGCGCCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=71168953;WS=71168935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	71174636	rs150956058	TAC	T	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=0.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=4.157;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:391,59:0.13:450
chr10	71390392	rs1947741	C	T	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	71391707	rs2262274	C	T	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=681;SC=CTGAAGCCCTCTTTGCAGAGA;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=71391727;WS=71391697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	71391719	rs144716370	C	CTGGGTAAGACT	1615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=635;SC=TTGCAGAGAGCTGGGGAAGAT;SOR=1.552;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=15;WE=71391727;WS=71391697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	71391774	rs10998886	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=400;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=10;PP=220;SC=TTCTCCAGGCGCCTCCCCAGA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=71391782;WS=71391764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	71392483	rs41306516	T	C	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	71392495	rs2616089	T	A	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.27;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	71392501	rs2616088	G	C	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	71392557	rs12020	C	T	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=57;NR=40;PP=1688;SC=GCTTCTTCAACAGGGGCCATG;SOR=0.923;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=97;WE=71392565;WS=71392547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	71392692	rs1052152	T	C	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=54;PP=1925;SC=AGTGGCATCTTGGCAACCATG;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=106;WE=71392700;WS=71392682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	71562437	rs10998973	G	A	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=21;PP=756;SC=AAATGGAGACGGCTATTTTGG;SOR=0.715;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=41;WE=71562445;WS=71562427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	71634969	rs59942449	G	A	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=49;PP=1322;SC=TTGCTTCTCCGTGCTGGCCTG;SOR=1.270;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=77;WE=71634977;WS=71634959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	71634986	rs59126631	A	T	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=40;PP=1081;SC=CCTGTCCTCTAAACCATGGCA;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=71634994;WS=71634976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	71637602	rs4746930	G	C	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=9;PP=802;SC=GCCACATGCTGTGCTTGTTGG;SOR=2.191;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=39;WE=71637610;WS=71637592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	71647196	rs113746607	G	GT	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.899;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr10	71649309	rs2683572	A	G	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=33;PP=1098;SC=ATGGCTGTCCATGCTGGTCAC;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=71649317;WS=71649299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	71657272	rs1227746	A	G	11134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr10	71658512	rs1227747	G	A	10529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr10	71665676	rs2683575	G	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=306;SC=TTCCAACCTAGGTGGCTGTGC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=71665684;WS=71665666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	71684530	rs1228671	A	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=202;SC=GAGGCAGCCCAGAGGGACTCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=71684538;WS=71684520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	71685532	rs1227778	G	C	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=9;PP=786;SC=GGTCCAGGCCGTGGGTTGAGA;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=71685540;WS=71685522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	71689645	rs2763339	T	G	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=6;PP=295;SC=AGAGAGGCAATGCAAATTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=71689653;WS=71689635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	71689966	rs59283631	TG	T	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=13;PP=583;SC=GAAGGGGAGATGGGGGGGGGC;SOR=1.148;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=23;WE=71689976;WS=71689955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	71689968	rs115514231	G	A	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=11;PP=548;SC=AGGGGAGATGGGGGGGGGCAG;SOR=1.148;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=26;WE=71689976;WS=71689955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	71692556	rs7094009	C	G	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=26;PP=725;SC=CACAGAGCACCTCCCATGCTT;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=71692564;WS=71692546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	71695290	rs2244334	T	C	2381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	71703995	rs3750780	A	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=466;ReadPosRankSum=1.704;SC=CTGGGACCCAACACCAGGGGT;SOR=0.593;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=71704003;WS=71703985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr10	71712502	rs3750779	C	T	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=48;SC=CCAAATCCTACTGGGGAGAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=71712510;WS=71712492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	71716639	rs4746939	C	T	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=12;PP=694;SC=AATAGACAAGCGTGGGTGGGC;SOR=1.201;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=36;WE=71716647;WS=71716629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	71849772	rs16927265	A	G	6722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=61;PP=2858;SC=TTTAGCTCAGACCCCATTCTG;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=83;TCR=61;TR=144;WE=71849780;WS=71849762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr10	71851429	rs72075869	CA	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=2.070;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr10	71868763	rs2271698	G	A	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	71876382	rs2394656	C	T	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=698;SC=GCTCACCAAACGCTTTGCGGT;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=71876390;WS=71876372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	71880757	rs4746962	A	C	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=44;PP=2350;SC=GCTCTGAGTAACCCCGTGGCC;SOR=1.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=121;WE=71880765;WS=71880747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr10	71905695	rs10999158	A	G	6405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=60;PP=2965;SC=GCAATGGCGCACCCTTGGGCA;SOR=1.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=118;TCR=60;TR=178;WE=71905703;WS=71905685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr10	71974468	rs7911572	C	T	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=11;PP=246;SC=TCTTTATTCGCATTTAAGAAT;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=71974476;WS=71974458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	71993094	rs7077538	T	G	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=42;PP=1470;SC=AGTGCCGGAGTCCTGCCGCCG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=81;WE=71993102;WS=71993084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	72015409	rs10999212	C	A	4180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=46;PP=1920;SC=AGGAGTAGAGCGGGTAGGAGC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=72015417;WS=72015399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	72043389	rs1889394	T	G	8339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=84;PP=2765;SC=GTCGGTACCCTGCCCCACGGC;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=72;TCR=84;TR=156;WE=72043397;WS=72043379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr10	72061079	rs10740336	C	T	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=14;PP=587;SC=GTGGCCTCTGCCCCTTGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=72061087;WS=72061069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	72061420	rs4746997	A	G	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=21;PP=553;SC=AGCCCTGTGCAAAGGGCCATC;SOR=1.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=31;WE=72061428;WS=72061410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	72195844	rs7909303	T	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=704;SC=TTACCTTATATAGAATTACCT;SOR=2.694;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=30;WE=72195852;WS=72195834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	72207517	rs34717077	AC	A	1603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=11;PP=1329;SC=CCACCAGCCTACCAGATTGTG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=72207525;WS=72207507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	72298631	rs1122918	T	C	5788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=64;PP=2875;SC=GTCCCAGGCTTGGTGCTCTCC;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=95;TCR=64;TR=157;WE=72298639;WS=72298621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr10	72300886	rs61857083	G	A	7222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=74;PP=2838;SC=GAGGCCCTGCGGGCCGCCCTC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=73;TCR=74;TR=146;WE=72300894;WS=72300876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr10	72324143	rs7093516	A	G	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=30;PP=1147;SC=AAGAGGCGCAAGAAATGCGGA;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=63;WE=72324151;WS=72324133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	72326318	rs12412625	G	C	5385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=47;PP=1666;SC=CACTGCTCCTGCCTCTGCTCT;SOR=0.732;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=91;WE=72326326;WS=72326308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr10	72360038	rs10999426	G	A	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=29;PP=1777;SC=TTGATTGGAGGACTCTGCCTT;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=94;WE=72360046;WS=72360028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	72360059	rs10999427	C	T	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=34;PP=1813;SC=TCCAGGGCTCCTAGACCACCC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=70;TCR=36;TR=104;WE=72360067;WS=72360049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	72432498	rs12762780	C	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=16;PP=576;SC=CTAGCCTCGCCGCCCTCAGCC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=72432506;WS=72432488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	72432521	rs12762616	A	C	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=18;PP=607;SC=GGACTTGGGGATCGGGCGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=72432529;WS=72432511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	72492155	rs41277996	G	C	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=52;PP=1569;SC=TGGCAGCTGTGCCGTGAGCTC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=72492163;WS=72492145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	72492212	rs2587478	T	C	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=27;PP=731;SC=TTGGCCTGGTTCCAGTGTCCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=72492220;WS=72492202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	72492244	rs10740357	A	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=412;SC=GAGGAGCTGGACTGCCACTGC;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=72492252;WS=72492234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	72493876	rs10740358	T	C	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=36;PP=849;SC=TTCCCCACGTTGCCCCTGGCT;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=72493884;WS=72493866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	72493896	rs117768208	C	T	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=717;SC=TTGACTCTTCCGTGACTCATC;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=72493904;WS=72493886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	72494778	rs12765664	G	A	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=14;PP=983;SC=AAGGCAGCCCGTCCTCCCTGG;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=72494786;WS=72494768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	72496375	rs1861517	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=10;PP=641;SC=CTCCATCACTACCCTTTGTTC;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=72496383;WS=72496365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	72500763	rs10823607	T	C	4881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=46;PP=1599;SC=GGAGGCCGCCTGTGCTTAGGG;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=99;WE=72500771;WS=72500753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr10	72504920	rs10999505	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=235;SC=GAGTGGGGGACGCTGGGCAGT;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=72504928;WS=72504910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	72505208	rs7907248	A	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.72;ReadPosRankSum=-0.839;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,56:0.97:58
chr10	72505243	rs7923892	T	C	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.19;ReadPosRankSum=2.168;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr10	72513635	rs12774070	C	A	2786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=26;PP=955;SC=ACAGTGCCTGCTGCCCCTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=72513643;WS=72513625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	72513682	rs2587475	C	T	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=24;PP=698;SC=CCAAAGCCTGCGCCGGGGACC;SOR=0.892;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=45;WE=72513690;WS=72513672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	72517837	rs6480463	C	T	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=24;PP=1283;SC=GCAGCCTGCCCGCCTGTGGAG;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=72517845;WS=72517827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	72520330	rs10823615	A	G	15362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=175;NR=162;PP=2965;SC=CAGATGCTGCAGAGCCTCCTG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=339;TCF=177;TCR=162;TR=337;WE=72520338;WS=72520320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,594:1.00:594
chr10	72520567	rs10823616	A	G	7304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=105;PP=2965;SC=AAGACCTGAGACATCCCGGCA;SOR=1.116;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=63;TCR=105;TR=168;WE=72520575;WS=72520557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
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chr10	72535065	rs10823619	A	G	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=52;PP=1573;ReadPosRankSum=-0.931;SC=CCAGGAGTACAGGCAAGGAGT;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=72535073;WS=72535055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,147:0.99:149
chr10	72536779	rs2254422	A	C	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=512;SC=TGCTGACTCCACAGGGCTGGA;SOR=2.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=72536787;WS=72536769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	72536849	rs10999537	C	T	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=24;PP=1284;SC=TGCCCTAAAGCGGTTTGTAAG;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=72536857;WS=72536839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	72537450	rs2254445	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=3;PP=508;SC=TAGGTCCTCCTTGCTGCTCCT;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=72537458;WS=72537440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	72604263	rs12770335	G	T	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	72619205	rs827255	C	T	5563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=68;PP=2151;SC=AGGCAGAAATCGTGAGGATAG;SOR=0.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=125;WE=72619213;WS=72619195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr10	72631626	rs865832	C	T	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	72648086	rs827239	A	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=9;PP=599;SC=GTGGGATTCGAACCCGCCACC;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=72648094;WS=72648076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	72648134	rs827238	A	G	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	72813306	rs10762420	G	A	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	72813361	rs10740361	A	G	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=42;PP=1418;SC=ATCTAATTGCAGGGTCACCCA;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=72813369;WS=72813351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	73078862	rs7924115	C	G	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=257;SC=AATGGGCGCACGCAGGCCCCA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=73078870;WS=73078852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	73079147	rs17525188	G	A	113.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	73082563	rs2277257	A	G	3700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=42;PP=1531;SC=CTCCACCTACAGAACCACAAG;SOR=0.764;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=81;WE=73082571;WS=73082553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	73104056	rs2243540	A	G	8070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=88;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.386;SC=CAGGTAGGCGACTCTCTTCCC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=91;TCR=89;TR=178;WE=73104064;WS=73104046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,312:0.99:316
chr10	73104178	rs883764	G	A	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=63;PP=1841;SC=CAGCAGCTCAGATTTATGCAT;SOR=1.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=91;WE=73104186;WS=73104168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	73111258	rs780667	G	T	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=10;PP=1309;SC=TGGCTCACCAGCCCCAGCCCA;SOR=2.372;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=57;WE=73111266;WS=73111248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	73111408	rs780668	C	T	8521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=99;PP=2965;SC=GTGGACACTTCCTCCTGGACC;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=97;TCR=99;TR=196;WE=73111416;WS=73111398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr10	73115941	rs2252997	TG	CA	6896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=41;PP=2947;SC=TGACGGCCACTGTCTTCCTCG;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=91;WE=73115950;WS=73115931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr10	73121645	rs2487067	C	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=599;SC=TGAGTGCCCACCCCTGGCTGT;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=73121653;WS=73121635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	73121913	rs2487068	A	G	12705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=152;NR=126;PP=2965;SC=CTACCCCGCCATCTGCACCAA;SOR=0.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=280;TCF=154;TCR=126;TR=278;WE=73121921;WS=73121903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr10	73121945	rs1084004	T	C	13931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=159;NR=141;PP=2965;SC=TCAACAAGGGTTCGGGCTCAC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=159;TCR=141;TR=300;WE=73121953;WS=73121935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr10	73157033	rs147915565	C	CCGAGG	2695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=44.93;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	73269714	rs2297953	T	C	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=6;PP=1177;SC=TGTGATGATCTGTGGCCTGCT;SOR=3.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=50;WE=73269722;WS=73269704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	73270906	rs3802720	T	C	5990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=79;PP=2196;SC=ACATCCAGGTTGGGGATGTGA;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=58;TCR=80;TR=135;WE=73270914;WS=73270896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr10	73270982	rs3802719	G	A	5992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=52;PP=1576;SC=AGGAGCCACTGGGGTTACCCT;SOR=1.110;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=76;WE=73271003;WS=73270972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	73270995	rs3802718	A	G	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=44;PP=1280;SC=GTTACCCTTGAGGGTATCAGA;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=73271003;WS=73270972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	73337850	rs6480531	G	A	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=56;PP=1693;SC=AGAGGTCTGCGGGCATGTGGG;SOR=1.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=20;TCR=58;TR=75;WE=73337858;WS=73337840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	73377314	rs7903772	C	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=22;PP=641;SC=AATCACTAGTCTCTACTTTTG;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=34;WE=73377322;WS=73377304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	73434888	rs1227049	G	C	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=27;PP=1001;SC=AATGATGCAGGCACCTTTGGG;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=73434896;WS=73434878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	73439101	rs1227042	T	C	6878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=43;NR=110;PP=2965;SC=TGGCCCCCAGTCTCCTGCAGG;SOR=1.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=43;TCR=110;TR=153;WE=73439109;WS=73439091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr10	73455201	rs3752752	T	C	11838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=128;NR=124;PP=2965;SC=TGGACATCAATGACAACCACC;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=253;TCF=129;TCR=124;TR=252;WE=73455209;WS=73455191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,467:1.00:467
chr10	73455273	rs3752751	T	C	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=106;PP=2867;SC=CAGACTCTGATGTGACCACGG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=70;TCR=107;TR=175;WE=73455281;WS=73455263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr10	73455308	rs3752750	T	C	4224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=86;PP=2160;SC=GCAGCAGAACTGCCAGGCGGC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=128;WE=73455316;WS=73455298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	73492079	rs1227065	A	G	8056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=99;PP=2965;SC=GTACCGCTTCAACGCCTACAC;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=189;TCF=90;TCR=99;TR=188;WE=73492087;WS=73492069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr10	73494159	rs1227062	T	A	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=18;PP=752;SC=TGACACTTCCTAACCCATGTC;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=73494167;WS=73494149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	73494229	rs1227061	T	C	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=10;PP=858;SC=AGCCTGAGGCTTCGCCATGTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=73494237;WS=73494219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	73499561	rs10762474	C	G	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	73501374	rs1227052	C	T	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=16;PP=1263;SC=GGGGAGCCTTCGGGCTACAGG;SOR=1.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=73501382;WS=73501364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	73501556	rs1227051	G	A	9713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=110;PP=2965;SC=CAAGGACATGGCCTTCCGCAT;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=102;TCR=110;TR=212;WE=73501564;WS=73501546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr10	73511823	rs183300613	G	A	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=54;PP=1815;SC=TGAGCTGAGGGCATCAGGGCC;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=113;WE=73511831;WS=73511813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	73514911	rs9415993	G	C	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=49;PP=1496;SC=AAAGGGGCTGGTGGGCACTTG;SOR=1.673;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=20;TCR=50;TR=69;WE=73514919;WS=73514901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	73515103	rs3747858	G	T	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=980;ReadPosRankSum=1.850;SC=CCCAGGCAGGGAGGAATACTC;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=73515111;WS=73515093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr10	73520632	rs3747869	A	C	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=623;SC=TACTTTCACTATCCTGGGAGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=73520640;WS=73520622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	73521578	rs3747866	G	A	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=41;PP=1513;SC=GCAGGTGAAGGTCCTGGAACG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=81;WE=73521586;WS=73521568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	73538896	rs6480555	T	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=6;PP=796;SC=CATATCCGACTTCCCATATGA;SOR=3.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=73538904;WS=73538886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	73544689	rs142131750	C	T	6584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=63;PP=2962;SC=ACGACAACGACCCTGTGCTGC;SOR=0.978;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=98;TCR=63;TR=161;WE=73544697;WS=73544679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr10	73545185	rs7089309	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=434;SC=GGGGTCCTCCGAGGGCCATCT;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=73545193;WS=73545179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	73545236	rs3802709	G	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=10;PP=1090;SC=GGTCACTCTCGCCCCGGCGAG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=73545244;WS=73545226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	73566232	.	GA	G	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=-1.348;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr10	73569749	rs11000009	C	T	5916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=75;PP=2459;ReadPosRankSum=-1.025;SC=ACGAGATCCCCGACCGTGTGC;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=56;TCR=76;TR=130;WE=73569757;WS=73569739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr10	73571521	rs11000013	G	A	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=39;PP=1784;SC=GTAAGTGAGGGCCATAGTGGG;SOR=0.750;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=78;WE=73571529;WS=73571511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	73581601	rs41307569	C	A	5267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=76;NR=44;PP=2373;SC=CATTGCACAGCCCTGACCAGG;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=120;WE=73581609;WS=73581591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	73591797	rs183753777	C	T	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=33;PP=819;SC=CATGACCGCGCTCCTGTCACA;SOR=1.409;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=45;WE=73591805;WS=73591787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	73591829	rs41306532	G	A	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=25;PP=697;SC=CACCCTGCATGAGCAGCGCTG;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=73591837;WS=73591819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	73594358	rs3878001	C	T	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=396;SC=TGTCCTTGAGCTGGACTCTGC;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=73594366;WS=73594348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	73767859	rs3740129	G	A	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=4;PP=308;SC=CTGGGGCTGCGGCAGCCCGCC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=73767867;WS=73767849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	73822507	rs1530803	C	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=11;PP=941;SC=GCAGCCGGCTCCTGAGGGCGT;SOR=1.835;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=47;WE=73822515;WS=73822497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	73822957	rs1530802	G	A	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=34;PP=996;SC=CAGAGCAGGGGCCCAGGCTGT;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=58;WE=73822965;WS=73822947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	73823019	rs1668172	A	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=17;PP=502;SC=AGAAGTCTATACACCCCCAGA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=73823027;WS=73823009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	73824170	rs2242250	G	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	73824181	rs2242251	C	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.30;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	73824203	rs2242252	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=168;SC=GGGAGCTCATTCCACAGCTGT;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=73824211;WS=73824193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	73827292	rs1530804	A	G	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=152;SC=ACAAGGGCAGACTGGCCCAGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=73827300;WS=73827285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	73832859	rs896074	C	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=25;PP=625;SC=AGTATTCTTACGTCTTCATCA;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=27;WE=73832867;WS=73832849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	73846826	rs1245546	C	T	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=307;SC=CACCAGGTCGCCAGGAGCAGC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=73846834;WS=73846816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	73848105	rs10713496	TG	T	366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=254;SC=GGGTTCGACCTGGGGGGGTCT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=73848113;WS=73848095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	73856984	rs3312	A	G	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=22;PP=1718;SC=ACCACCCAGGAAAGTCACCAT;SOR=1.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=82;WE=73856992;WS=73856974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	73862032	rs1668154	C	T	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=55;PP=1950;SC=TGAAAGGGAGCTACTTCATGG;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=116;WE=73862040;WS=73862022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	73964004	rs4237336	C	T	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	73970451	rs7069703	G	T	4408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=41;PP=1737;SC=GAGTTTCCTGGAAGTGTCTTC;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=98;WE=73970459;WS=73970441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	74100642	rs9416018	G	A	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	74139200	rs11000276	T	G	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	74182917	rs10823922	T	C	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	74183251	rs7069357	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=272;SC=TATTTTTGAGGTACAATTCTC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=74183259;WS=74183241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	74234817	rs915432	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=9;PP=466;SC=TGCCCATCAGTTCCACATGTG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=74234825;WS=74234807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	74235192	rs5786077	A	AT	35.93	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9748;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCTTACAACAATTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=74235200;WS=74235182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr10	74235771	rs11000322	G	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=29;PP=828;SC=GATCACCTGCGGTCAGGAGTT;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=74235779;WS=74235761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	74268031	rs3793927	T	C	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=15;PP=508;SC=AAATTTTCTATAGAATGTATG;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=74268039;WS=74268021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	74293584	rs10509343	A	T	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=11;PP=293;SC=AGCTACTGATAATAACTCAAG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=74293592;WS=74293574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	74293601	rs11818304	T	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=9;PP=238;SC=CAAGTGAAATTTATAAAATGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=74293609;WS=74293591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	74695287	rs2461917	T	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=3;PP=152;SC=GTTGGAAGAATGAATGAGTCA;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=74695295;WS=74695277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	74769729	.	CT	C	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.445;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=5.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.132;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,25:0.44:57
chr10	74906122	.	TA	T	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.375;QD=2.52;ReadPosRankSum=1.298;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,27:0.27:101
chr10	74928066	.	TGAG	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,5:0.10:50
chr10	75135833	.	TA	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=1.696;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,19:0.19:102
chr10	75214137	rs61458056	TA	T	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr10	75234873	.	C	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=9;PP=245;SC=TCCTCTACTACCCTTACCATC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=75234881;WS=75234863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	75283631	rs141803742	T	TTTA	45.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	75305340	rs144497064	G	C	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	75490217	rs11814282	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=279;SC=GGCACCGAACTTGCTCACAAC;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=75490225;WS=75490207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	75506499	rs41280408	C	T	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=20;PP=994;SC=ATCTCTACTTCCTGCCCTGAA;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=75506507;WS=75506489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	75519322	rs10740418	T	C	5987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=45;PP=2299;SC=GACACTTCTGTAGACTTCAAA;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=71;TCR=45;TR=116;WE=75519330;WS=75519312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr10	75525999	rs3849969	A	G	2664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;SC=GTGTTTCCTGAGGTTAATGAT;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=20;WE=75526007;WS=75525989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	75527544	rs183726209	C	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=17;PP=750;SC=TCAAATAGGGCGGAGCTGAGA;SOR=1.092;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=75527552;WS=75527534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	75532848	rs145929404	GCCAGGACTCCAGGTGTCCAGGACTCCAGGTGT	G	1046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=2973;SC=GCGGGTTGAGGCCAGGACTCC;SOR=1.519;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=10;WE=75532887;WS=75532838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	75545251	rs12256103	A	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=4;PP=993;SC=TTAAATAAAAATGTCCCCTAC;SOR=5.421;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=48;WE=75545259;WS=75545241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	75558867	rs2271271	G	A	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	75559662	rs141230821	C	CTCTA	3594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=9;PP=2238;SC=CAGAGCGAGACTCTATCTCAA;SOR=2.774;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=38;WE=75559670;WS=75559652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	75562161	rs13013	C	A	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=186;SC=TCTGGACCTGCCCCTTAGGGA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=75562169;WS=75562151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	75566323	rs41305012	G	A	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=32;PP=1203;SC=AAAGAAAAACGCAAAGGATAG;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=59;WE=75566331;WS=75566313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	75607696	rs67135801	CA	C	961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=921;SC=GCCCGAGGAGCAAGGACATCT;SOR=3.690;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=24;WE=75607704;WS=75607686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	75612881	rs2250140	T	C	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=21;PP=1081;SC=TGTTTAGGCCTCTTCCTGAGC;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=75612889;WS=75612871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	75620757	rs2664282	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=40;PP=1209;SC=TTGTGATGATTTGCTGAAGTA;SOR=1.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=57;WE=75620765;WS=75620747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	75632760	rs2675671	C	T	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.68;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	75672607	rs61567551	C	CA,CAA	783.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.12;ReadPosRankSum=0.818;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,24,14:0.59,0.34:41
chr10	75673101	rs2227564	T	C	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=61;PP=1808;SC=GGCCTAAAGCTGCTTGTCCAA;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=53;TCR=61;TR=114;WE=75673109;WS=75673091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	75673731	rs2227566	C	T	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=17;PP=969;SC=GGTATCTTCTCCCACAGTGAT;SOR=1.065;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=50;WE=75673739;WS=75673721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	75674740	rs2227571	C	T	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=47;PP=1405;SC=ATGAGCCCAGCGTGATCAAGG;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=75674748;WS=75674730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	75842152	rs2270548	G	A	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=857;ReadPosRankSum=2.105;SC=TCTGTCTTACGTTCTATCATG;SOR=1.418;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=43;WE=75842160;WS=75842142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr10	75843100	rs1908339	T	A	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	75871735	rs2131956	C	G	4834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=42;PP=1937;SC=ATGCTGCTGGCTTCCCTGTCC;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=101;WE=75871743;WS=75871725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	75874197	.	G	GTGCA	754.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.86;QD=37.74;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	75889760	rs35456205	GA	G	1550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.231;NF=5;NR=38;PP=766;ReadPosRankSum=1.277;SC=CCTGAAGAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=43;WE=75889768;WS=75889750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr10	75896601	rs10762576	A	C	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=679;SC=ATGGAAGGCAAAAAGAAAGGC;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=75896609;WS=75896591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	75936611	rs10824095	C	T	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=26;PP=1270;SC=CGCCGTGGCGCTGGGCAGGAG;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=75936619;WS=75936601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	76158177	rs2126763	C	T	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=133;SC=TCTATTGAAACATATGCTAAG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=76158185;WS=76158167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	76429870	rs10740443	T	C	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=37;PP=1562;SC=GAGCTTCAGATGTTACTGGGT;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=89;WE=76429878;WS=76429860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	76790935	rs3832681	TA	T	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=7.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.798;SOR=0.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr10	76854564	rs3088142	C	T	6804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=61;PP=2242;SC=CATGTTCTCACAGATCATGAG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=133;WE=76854572;WS=76854554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr10	76855326	rs3740318	A	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=8;PP=788;SC=CTGATCCAGAAGTGCACCTTG;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=76855334;WS=76855316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	76855412	rs3740317	G	A	4294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=35;PP=1555;SC=AGGGGTTGTCGTCCGCCTCGA;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=85;WE=76855420;WS=76855402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr10	76857364	rs3824742	C	G	4584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=38;PP=2409;SC=GGGAGGCAAGCGTGCCACCTC;SOR=1.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=85;TCR=38;TR=122;WE=76857372;WS=76857354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr10	76861599	rs113478061	C	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=295;SC=CATCCTACCCCCCCCAAATTA;SOR=1.244;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=14;WE=76861607;WS=76861589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	76861680	rs6480771	T	C	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=17;PP=656;SC=TTCGTGCTGCTGGCTTTCAGC;SOR=0.900;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=39;WE=76861688;WS=76861670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	76867899	rs7912300	T	C	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=769;SC=GTAGAGGCCCTTGTGGGCGGC;SOR=1.453;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=76867907;WS=76867889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	76971844	rs2804535	C	T	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	77191441	rs55922628	C	A	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=131;SC=TGCCGCCGCGCCCCCGCGCTC;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=77191449;WS=77191431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	77795995	rs4745806	C	T	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=181;SC=ATGAGTTTTACGTGTCAGCTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=77796003;WS=77795985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	77807027	rs1898071	T	C	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=19;PP=653;SC=GCTGGTCAGCTTGGAAAAGGA;SOR=0.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=77807035;WS=77807017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	77807092	rs1898070	A	C	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=434;SC=CCATGGTGGGAAAAGGGAAAA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=77807100;WS=77807082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	78729669	rs2288837	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=2;PP=232;SC=GGGTGAGGAGAGGGCGAGGGG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=78729677;WS=78729659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	78778734	rs16934182	G	A	2006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=21;PP=926;SC=GTCTACAGCCGGGCCAGAAAG;SOR=0.887;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=47;WE=78778742;WS=78778724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	78782876	rs7078109	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=24;PP=734;SC=TCACATTTCATTGGGTATCTC;SOR=1.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=78782884;WS=78782866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	78839127	rs139730603	A	AGTGT,AGT	82.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=0.126;SC=GGCATGTGAGAGTGTGTGTGT;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=2;WE=78839135;WS=78839117;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.60:5
chr10	78868165	rs138226779	CAAA	C	3339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.21;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chr10	78880943	rs7907270	A	G	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	79163867	rs596832	G	C	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=663;SC=AGAGCCAGAAGGGGTCCCCAG;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=79163875;WS=79163857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	79396463	rs12217221	C	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=309;SC=CCTGTTATCTCGGGCCATGCT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=79396471;WS=79396453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	79492200	rs117430417	T	C	4272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=55;PP=1738;SC=CCAAAGACTGTGCACCTTGCC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=111;WE=79492208;WS=79492190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	79552107	rs1058203	G	A	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=158;SC=GTTCATAGACGGACAGACTTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=79552115;WS=79552097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	79552151	rs1058202	T	C	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=541;SC=CTGAGTCTGGTGTCCCCTCAG;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=79552159;WS=79552141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	79553673	rs2812425	T	C	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=36;PP=2073;SC=ATGTAGAAAGTGCGGGCTTCT;SOR=1.324;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=109;WE=79553681;WS=79553663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	79553688	rs2579150	G	A	4886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=38;PP=2356;SC=GCTTCTCCACGGCTAAGAAAA;SOR=1.235;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=78;TCR=38;TR=115;WE=79553696;WS=79553678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr10	79571893	rs1248625	C	G	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=33;PP=1434;SC=CTTGGGAGCACTGCTGTTCCC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=39;TCR=33;TR=72;WE=79571901;WS=79571883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	79575879	rs1248638	A	G	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	79579047	rs1248635	A	G	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=42;PP=1620;ReadPosRankSum=1.833;SC=GGGCAGCTGGAGTACAGAGAA;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=90;WE=79579055;WS=79579037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,178:0.99:180
chr10	79579222	rs1248634	G	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=21;PP=550;SC=GGGGAACAGTGCCTAGAAATG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=79579230;WS=79579212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	79584178	rs1248629	G	C	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=18;PP=1027;SC=CCTGGCAGCTGCGCAGCAGAG;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=52;WE=79584186;WS=79584168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	79588534	rs2801822	C	G	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.624;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.216;NF=49;NR=20;PP=1526;ReadPosRankSum=-0.978;SC=ACAATGCCCACAACAAGGAAA;SOR=1.383;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=69;WE=79588542;WS=79588524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr10	79588620	rs66642452	GCTCCAGC	G	7943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=62;PP=2943;SC=GATGACCCTGGCTCCAGCCTT;SOR=0.762;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=20;TCR=64;TR=82;WE=79588634;WS=79588610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	79590726	rs1248663	C	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=383;SC=CCATTTGAAACAGCTAAAATG;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=79590734;WS=79590716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	79595417	rs1248661	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=232;SC=TAAATGATTCCGACCCTCCCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=79595425;WS=79595414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	79595473	rs1781797	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=10;PP=634;SC=GCAAGCCCACGCCAGCTTGAG;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=79595481;WS=79595463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	79606441	rs1248676	A	C	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.38;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	79614189	rs1248692	A	G	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=50;PP=1604;SC=GGATAGAGGAACCAGGTCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=79;WE=79614197;WS=79614179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	79616605	rs1248696	T	C	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=14;PP=290;SC=ATTCACTTGCTGGTCAGTGAG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=79616613;WS=79616595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	79628875	rs1248655	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=14;PP=610;SC=CTCCCCAGACAGTGGTACTCA;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=36;WE=79628883;WS=79628865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	79629085	rs1248656	G	A	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=18;PP=540;SC=CCACATCCACGGGCCAAGCAG;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=79629093;WS=79629075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	79629127	rs1248657	T	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=15;PP=384;SC=TGGACTTCGGTGTTTCTGCCA;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=79629135;WS=79629117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	79779150	rs1863898	G	A	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=393;SC=ATCCTGGGCAGCCTGCTGCCT;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=79779158;WS=79779140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	79793688	rs3740253	C	T	9827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=122;PP=2965;SC=CCCGTGCAGTCATCTGCCGCG;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=222;TCF=100;TCR=122;TR=221;WE=79793696;WS=79793678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr10	80288406	rs1865706	T	G	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=18;PP=1079;SC=TGAATATTTGTGTTGTTTCCA;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=80288414;WS=80288396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	80310465	rs2670191	T	C	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=16;PP=797;SC=TGGGTGTTGTTGGAACCTACT;SOR=1.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=45;WE=80310473;WS=80310455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	81073763	rs2997468	GG	CA	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=1508;SC=CTGCAGGCATGGGGGGGAGGG;SOR=4.863;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=29;WE=81073772;WS=81073757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	81074125	rs1782652	T	A	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=290;ReadPosRankSum=1.876;SC=GGTCCCCAGCTCTCCTCTGTG;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=81074133;WS=81074115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr10	81111140	rs11599161	G	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=2;PP=659;SC=CCTGAGGGGCGCCAACTGGGT;SOR=4.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=34;WE=81111148;WS=81111130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	81266411	rs1010929	T	C	8525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=114;PP=2965;SC=AGACCTACAGTTGCAGAAGGT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=226;TCF=111;TCR=115;TR=224;WE=81266419;WS=81266401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr10	81267249	rs11516648	G	A	10136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=116;PP=2965;SC=GACTGACAGCGGCAGGTAGAT;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=127;TCR=117;TR=240;WE=81267257;WS=81267239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr10	81267401	rs11510994	A	G	9609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=117;PP=2965;SC=GGTAGATGAGATCCGGGAGGA;SOR=0.715;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=240;TCF=117;TCR=123;TR=233;WE=81267409;WS=81267391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr10	81267463	rs11516649	T	G	8112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=123;PP=2965;SC=AGCTGCAGGTTGATGAGGTCT;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=84;TCR=124;TR=207;WE=81267471;WS=81267453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr10	81267591	rs1250778	C	T	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=50;PP=1435;SC=GGGGACTCTCCAGTGCAAGAG;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=68;WE=81267599;WS=81267581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	81270255	.	C	A	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.51;QD=25.33;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	81284783	rs148834254	C	G	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.69;QD=25.68;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	81284847	rs61860492	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.89;QD=43.66;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	81284852	rs61860493	C	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.45;QD=42.81;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	81286427	rs1250961	G	C	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.11;QD=38.53;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	81286437	rs1250960	T	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.48;QD=46.49;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	81317045	rs1965708	G	T	8266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=75;PP=2965;SC=TCCACACACTGCTCTTTTCCC;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=165;WE=81317053;WS=81317035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr10	81317292	rs1965707	G	A	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.89;QD=25.78;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	81317652	rs17886197	T	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=342;SC=TGTCTCCTCTTGGCCATTCAA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=81317660;WS=81317642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	81318545	rs2217231	A	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=5;PP=687;SC=GCCCTTGGGGAACCTGCAGGG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=81318553;WS=81318535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	81318621	rs17884396	C	T	4371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	81318930	rs1250943	C	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	81319092	rs192907309	C	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.23;QD=27.03;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	81319267	rs1650232	C	T	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=37;PP=1049;SC=CTGCTCCTGCCGGAGGGATGG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=81319275;WS=81319257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	81319423	rs1975008	C	T	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=19;PP=731;SC=CCAAGCATCACCTGGCACCTG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=81319431;WS=81319413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	81319483	rs1975007	A	G	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.05;QD=25.68;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	81342290	rs61861056	T	C	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=23;PP=749;SC=TTATTCTCCTTGGCATTCTTG;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=44;WE=81342298;WS=81342280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	81342369	rs34032311	G	T	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.73;QD=24.78;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	81342469	rs2678654	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.90;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	81343036	rs3855862	G	A	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=17;PP=784;SC=CCAAATCTAGGGTGCGCTGAA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=81343044;WS=81343026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	81343103	rs74456805	G	A	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=21;PP=644;SC=ACACTTCTTCGTGTGGTCCAG;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=81343111;WS=81343093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	81370949	rs4253596	C	T	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=2;PP=290;SC=TCCATCCCTACAGGGTTCAGC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=81370957;WS=81370939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	81372231	rs4253514	CG	C	3118.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=39;PP=1802;SC=ATGGGCACAGCGACCCTGAAG;SOR=1.339;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=41;WE=81372239;WS=81372221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	81374651	rs1250991	C	T	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=23;PP=1374;SC=GGCATTCACACCACCCCCCAC;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=70;WE=81374659;WS=81374641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	81681454	rs2257414	A	G	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=53.48;NF=0;NR=8;PP=169;SC=TATGCAAGCCATATGTGGAGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=81681462;WS=81681444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	81682645	rs1054053	A	G	4930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=56;PP=2385;SC=CTTGACGGGCAGGAGGCTGAC;SOR=0.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=132;TCF=73;TCR=59;TR=129;WE=81682653;WS=81682635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	81698097	rs2819098	G	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=334;SC=AACAGGCACCGCATCAGGATG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=81698105;WS=81698087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	81701722	rs2243639	T	C	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=19;PP=1081;SC=GCTGCCCCTGTGTTTCCAGGG;SOR=1.408;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=62;WE=81701730;WS=81701712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	81706324	rs721917	A	G	4927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=59;PP=1604;SC=AGCACTGGGCATTGTTCTGTG;SOR=1.007;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=94;WE=81706332;WS=81706314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	81841692	rs1932574	G	T	2197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=40;PP=1213;SC=ACACCCTCCTGTGCAATGGGT;SOR=1.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=81841700;WS=81841682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	81901722	rs745182	C	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=379;SC=GGCCGTCCTCCGCTTGCTCCT;SOR=4.174;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=81901730;WS=81901720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	81904638	rs2819874	G	A	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=9;PP=804;SC=CTCACTGGGGGCCTCTGCTTT;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=81904646;WS=81904628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	81915790	rs2789687	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=722;SC=GGGAATTTTCTCCCACTGCAG;SOR=2.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=81915798;WS=81915780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	81916276	.	C	CT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.243;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.751;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr10	81917708	rs1079242	A	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=13;PP=491;SC=CAACCTGCACATGGAAGTTAC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=81917716;WS=81917698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	81918776	rs112550067	C	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=247;SC=CACCCATCAGCTGGAGGACAG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=81918784;WS=81918766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	81921918	rs2245168	T	C	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=22;PP=516;SC=CTGAACTAGATGGCCTCTAAA;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=81921926;WS=81921908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	81923961	rs2236557	G	A	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=28;PP=871;SC=CAGCACTCGGGAAGAAGGGTG;SOR=1.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=81923979;WS=81923951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	81925785	rs2573348	C	T	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=44.92;SOR=1.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	81925795	rs9421228	C	T	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=44.36;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	81925796	.	GCGCACACACACACA	G,GCA	3890.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.58;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=13,12;NR=24,24;PP=663,54;SC=GCACACACGCGCGCACACACA;SOR=1.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=37,36;WE=81925817;WS=81925775;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.19,0.79:102
chr10	81926702	rs1049550	G	A	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	81994988	.	G	T	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.74;MQRankSum=-7.607;QD=13.46;ReadPosRankSum=-2.404;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,61:0.36:169
chr10	81994993	.	G	A	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.32;MQRankSum=-7.780;QD=13.17;ReadPosRankSum=-2.763;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,69:0.38:180
chr10	81995240	rs61862376	G	T	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.139;NF=12;NR=32;PP=611;ReadPosRankSum=0.496;SC=GCATCAGGAGGGCCACAATTC;SOR=0.765;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=89;TCF=22;TCR=67;TR=44;WE=81995248;WS=81995230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,37:0.49:75
chr10	82049251	.	TTTC	T	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=1.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,8:0.15:54
chr10	82331347	rs59617064	A	G	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=508;SC=GGGCCAGCGCATGGGGCCCCT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=82331355;WS=82331337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	84625107	rs478010	C	T	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=56;PP=2029;SC=ATGTATAGAGCTTTTTCTAAC;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=62;TCR=56;TR=118;WE=84625115;WS=84625097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr10	84711147	rs4933861	C	T	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=18;PP=797;SC=CTCCTACCAGCTCAGAAGTAC;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=45;WE=84711155;WS=84711137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	84745256	rs2295933	C	T	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=58;PP=2123;SC=ACAGTGCAAGCGAAAACACAG;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=63;TCR=58;TR=121;WE=84745264;WS=84745246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr10	85902394	rs3816716	G	C	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.029;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	85908688	rs7069909	G	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=22;PP=585;SC=TGGAATTTAAGCCTCATGTTT;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=85908696;WS=85908678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	85944313	rs12250279	A	T	2018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=967;ReadPosRankSum=0.605;SC=TTGCTTTGAAATTTTTTTTTA;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=71;WE=85944321;WS=85944300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,92:0.97:95
chr10	85958658	rs369464330	AAG	A	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr10	85993836	rs4933986	A	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.72;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	86004736	rs2279228	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=4;PP=175;SC=CCAAGGTCCAACATAATAACC;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=86004744;WS=86004726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	86004873	rs2279227	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=5;PP=201;SC=CCCTGCCCACTGGCTTCGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=86004881;WS=86004863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	86012713	rs1042454	C	T	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=40;PP=1201;SC=GGGGTCACTACGACTATGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=86012721;WS=86012703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	86185654	rs1336202	T	G	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=41;PP=1181;SC=GAGCAGGTAATTACTGTTCTG;SOR=1.382;Source=Platypus;TCF=17;TR=58;WE=86185662;WS=86185644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	87361961	rs1054979	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=0;PP=405;SC=TTGTGTTGTTGTTTTCTTGTA;SOR=6.273;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=20;WE=87361969;WS=87361951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	87362371	.	A	G	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=36;PP=1289;SC=AGCTCAATCGACGCTGGGGAA;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=64;WE=87362379;WS=87362361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	87898729	rs17106320	G	A	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=29;PP=990;SC=GTAAAGAGACGTCAAGGCCCA;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=87898737;WS=87898719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	87898839	rs34013482	G	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=559;SC=GAATGCACCCGGGAGGGTGTC;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=87898847;WS=87898829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	88024443	rs2607863	T	C	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=25;PP=1572;SC=CCATGTCCCATGCAGGAGCCG;SOR=1.377;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=84;WE=88024451;WS=88024433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	88123951	rs7089364	G	A	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=19;PP=507;SC=GATGATTGCCGGGTGGTGGGA;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=88123959;WS=88123941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	88125912	rs61856637	G	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=0;PP=267;SC=CGGCGCGGCCGGTGCACAGCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=88125920;WS=88125902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	88126056	rs11202000	T	G	7339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=35;PP=1194;SC=CGGCCCGGCCTCCAGCCGCGC;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=88126064;WS=88126046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr10	88126072	rs61856638	G	A	7965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.44;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	88203068	rs7094132	T	C	4403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1276;ReadPosRankSum=2.076;SC=GAAGTAGTGCTGTGTAGGAGG;SOR=0.228;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=42;TCR=46;TR=85;WE=88203076;WS=88203058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr10	88203208	rs7094269	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=531;SC=ATCTTTACTTTAAAACTGCTA;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=88203216;WS=88203198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	88220866	rs7922658	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=435;SC=TTTTGAAGTACGTCAATGGAG;SOR=2.636;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=23;WE=88220874;WS=88220856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	88230874	rs2288362	G	A	3540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=66;PP=1879;SC=CAAGAAAATAGAGCAGGTTAG;SOR=1.213;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=103;WE=88230882;WS=88230864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	88233628	rs3758520	C	G	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=22;PP=1478;SC=AAGTACAGTTCACTTACTGTG;SOR=1.250;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=88233636;WS=88233618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	88256943	rs4934215	C	T	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=21;PP=1068;SC=AAATCACTGACAGTGCTTTAC;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=88256951;WS=88256933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	88281346	rs4934218	A	G	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=23;PP=958;SC=GGCCGGGCCCAGGCCTAGCTC;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=88281354;WS=88281336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	88414570	rs11202106	G	A	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=54;PP=1553;SC=CAAGAGTCCCGCCCAGCCCAA;SOR=5.211;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=62;WE=88414578;WS=88414556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	88417724	rs10788521	C	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=353;SC=CTGAGGGGTGCGGGAAGCTCT;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=88417732;WS=88417714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	88420871	rs61612272	C	CA	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.915;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.042;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr10	88422116	rs1079610	C	T	6015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=59;PP=2229;SC=TCCACGCTGACCAGCCACACC;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=59;TCR=59;TR=118;WE=88422124;WS=88422106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr10	88422151	rs3740337	C	A	4839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=9.110;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.32;ReadPosRankSum=-1.664;SOR=0.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,195:0.98:199
chr10	88423773	rs141974957	ATG	A	352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.205;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,22:0.17:127
chr10	88426350	rs17425484	C	T	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=13;PP=784;SC=CCACCTCAAACTGCAAGGAGT;SOR=1.524;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=44;WE=88426358;WS=88426340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	88428335	rs2803558	T	C	3378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	88439005	rs4468255	G	A	2893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=25;PP=1784;SC=TGGCCGTAGCGAATGAAAAAC;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=62;TCR=25;TR=87;WE=88439013;WS=88438995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	88445385	rs3740345	G	C	4074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=36;PP=1872;SC=ACTGCCCCTGGTGGAGCCTCT;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=98;WE=88445393;WS=88445375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	88446811	rs113445294	G	A	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=12;PP=1727;SC=CCGTACTCCCGCACCCCTCCC;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=67;TCR=12;TR=78;WE=88446819;WS=88446801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	88446985	rs76615432	T	C	8721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=98;PP=2752;SC=CCATCATGGATGCCATCGCTG;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=73;TCR=98;TR=171;WE=88446993;WS=88446975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr10	88447082	rs111941601	A	C	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=43;PP=1244;SC=CCCGAGGGGTATGGGCCATTG;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=88447090;WS=88447072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	88458996	rs139252694	TTCTCTCTC	TTC,T	2733.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=5,5;NR=19,19;PP=819,83;SC=CTGTCTCTGTTTCTCTCTCTC;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=24,24;WE=88459013;WS=88458986;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:65
chr10	88469837	rs11597201	C	G	5993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=95;PP=2873;SC=GGGAGGCTGTCGAAAGCCATG;SOR=1.184;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=53;TCR=95;TR=148;WE=88469845;WS=88469827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr10	88486102	rs34647099	CT	C	2420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=23;PP=974;SC=CCTTGCCACGCTAGCTTTCTG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=23;WE=88486110;WS=88486092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	88492235	rs7916248	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.00;QD=25.62;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	88492253	rs71487280	CTGTTTGTT	C	1752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=12;PP=2842;SC=TGGGGCAAGGCTGTTTGTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=88492268;WS=88492243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	88492362	rs7899324	G	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=194;SC=GGGTTCAAGAGATTCTTCTGC;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=88492370;WS=88492352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	88492409	rs7899337	G	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=293;SC=CAGGCACATGGCAACATGCCC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=88492417;WS=88492399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	88696622	rs34587013	C	G	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=31;PP=1958;SC=ATGGCAAAGACCGTTGCTGTG;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=93;WE=88696630;WS=88696612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	88702350	rs4934281	G	C	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=40;PP=1216;SC=TGGAGGCCGTGAAGGGAGGCG;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=88702358;WS=88702340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	88717140	rs4244973	T	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=9;PP=694;SC=CTTACCGTCCTACGGGGTCCT;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=88717148;WS=88717130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	88768253	rs2641563	A	G	11035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.130;NF=95;NR=135;PP=2965;ReadPosRankSum=1.453;SC=ACCCACGCCCATTTGCAAGCA;SOR=0.523;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=97;TCR=136;TR=230;WE=88768261;WS=88768243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,429:1.00:430
chr10	88768657	rs1745901	C	T	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=92;PP=2965;SC=CCAATTCAGACATCGGGCTGG;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=192;TCF=98;TCR=94;TR=190;WE=88768665;WS=88768647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr10	88930249	rs11202365	A	T	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=34;PP=1808;SC=CAGTGTAGTTAGTGAAGTTGT;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=89;WE=88930257;WS=88930239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	88935590	rs11202370	C	G	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=264;SC=TAATCTGATACTAAGCCTAGA;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=88935598;WS=88935580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	88939962	rs7081609	T	C	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=43;PP=1402;SC=TATATACTGGTTGTGCAAAAT;SOR=1.051;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=71;WE=88939970;WS=88939952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	89420789	rs2762528	A	G	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=60.08;NF=37;NR=47;PP=1362;SC=TCTCTAGTAGATAGACGTGCA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=84;WE=89420797;WS=89420779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	89420898	rs112752254	TA	T	194.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.6737;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.588;NF=1;NR=10;PP=138;ReadPosRankSum=0.683;SC=GGGAGAGGTTTAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=11;WE=89420906;WS=89420888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr10	89463460	rs7923151	G	C	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	89469083	rs72025574	CATAT	C	1757.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	89472721	rs148721342	CT	C	454.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.779;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr10	89475617	rs2302405	G	A	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=726;SC=TTTTGTTGTTGTTTCTTACTC;SOR=1.078;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=89475625;WS=89475607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	89475640	rs3214322	GA	G	814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=270;ReadPosRankSum=0.041;SC=TGTTGTTAAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.538;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=19;WE=89475648;WS=89475630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr10	89475692	rs2302406	A	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=289;SC=GTTAGTCTTTAGTTTGCAAAT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=89475700;WS=89475682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	89475717	rs2302407	G	A	308.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=161;SC=TTGCAAAACTGTTTGGATCAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=89475725;WS=89475707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	89720633	.	CT	C	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.319;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.410;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr10	90069353	rs12572813	C	T	3658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=62;PP=1845;SC=CCTGAAGGAGCCAAATGGAAA;SOR=1.114;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=101;WE=90069361;WS=90069343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	90122512	rs3740279	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=310;SC=AGGCATCAAACTTAAAAATAC;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=90122520;WS=90122502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	90305177	rs11202769	C	T	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	90350888	rs10694823	G	GGTTT	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.55;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	90354589	rs11202781	A	G	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=17;PP=443;SC=AAGGTTGTGCATATACTTCTT;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=90354597;WS=90354579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	90356598	rs1409136	A	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	90425327	rs814624	T	C	7757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=82;PP=2886;SC=GTAGGTTAAGTGTCCTCACTT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=175;WE=90425335;WS=90425317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr10	90425494	rs68081693	A	AT	57.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr10	90429652	rs814628	A	G	5012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=53;PP=2276;SC=TGTAAAGAAAACTGGACAGAA;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=113;WE=90429660;WS=90429642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	90438207	rs1228187	A	G	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=66;PP=2682;SC=TCTAGTCCCAACCTCCCTACT;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=80;TCR=66;TR=145;WE=90438215;WS=90438197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr10	90484243	rs376036	C	T	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=12;PP=778;SC=AATTTCACTTCGTAGAATTTA;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=90484251;WS=90484233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	90484420	rs56390975	C	A	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=29;PP=813;SC=GTCATTTATTCAGAAAAAAAT;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=44;WE=90484430;WS=90484410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	90484422	rs11358016	GA	G	2584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=28;PP=792;SC=CATTTATTCAGAAAAAAATGC;SOR=1.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=90484430;WS=90484410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	90486793	rs407433	T	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=7;PP=166;SC=GGAGAAAAATTATCGCCCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=90486801;WS=90486783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	90490728	rs392430	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=303;SC=TCTTGTTGCCTGTGTTTTGCA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=90490736;WS=90490718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	90490921	rs412227	G	A	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=37;PP=1126;SC=CGAAATCACCGGAATACTGGG;SOR=1.059;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=58;WE=90490929;WS=90490911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	90497588	rs444764	A	G	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=45;PP=1326;SC=GTTGCACAGAAGTGATGAAAG;SOR=1.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=90497596;WS=90497578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	90497655	rs405147	T	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=349;SC=ATTTGGAATGTAATTAGTACA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=90497663;WS=90497645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	90499608	rs403572	A	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=3;PP=504;SC=CGAGACTCCAACTCAAAAATA;SOR=2.925;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=23;WE=90499616;WS=90499601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	90499850	.	TGCACACATATCTCTGCAAGACCCTCAAGAAGTGCTCTCAGAGAGCTCACTGCAGGGTTCTGCTGGCACCTGCCACTGCCACATTGATGTTTTTGGAATCA	T	961.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=-3.771;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr10	90499894	rs443886	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.259;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=1.943;SC=CTCTCAGAGAGCTCACTGCAG;SOR=0.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=90499902;WS=90499884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr10	90499928	rs419014	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=255;ReadPosRankSum=0.146;SC=CCTGCCACTGCCACATTGATG;SOR=0.393;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=12;WE=90499936;WS=90499918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr10	90502999	rs118108584	T	G	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	90503075	rs390152	T	C	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	90512306	rs1214464	G	C	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=20;PP=647;SC=TTACTAAGATGGAAGTTCCAA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=42;WE=90512314;WS=90512296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	90522182	rs843782	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=380;SC=ATTGGATTAGTCTTTAAATAG;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=90522190;WS=90522172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	90524237	rs430517	T	C	4861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	90524412	rs398126	A	T	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=46;PP=1304;SC=GAGGCAATTTAAAAAAAATAA;SOR=1.395;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=90524420;WS=90524402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	90528499	rs450011	C	T	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=35;PP=1477;SC=GTTAGAAACACTGCGTAAGTA;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=86;WE=90528507;WS=90528489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	90534085	rs303470	A	T	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=193;SC=GTATTGACCTAAATGGTATAT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=90534093;WS=90534075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	90534698	.	G	A	49	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=49;QD=27.9237375157;SC=GTTGAGCCCCGTTTGTCATAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=90534706;WS=90534688;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	90534787	rs303472	T	G	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=164;SC=TTTCTAAAATTTGCTGTTAGC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=90534795;WS=90534777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	90535040	rs303473	T	C	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=205;SC=GAACTTTTTTTTAAAAAAATT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=90535048;WS=90535030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	90537732	rs303484	C	T	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=14;PP=925;SC=TGAGGAGCTTCCTCTCATGAA;SOR=1.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=90537740;WS=90537722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	90538020	rs303485	A	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	90565671	rs303534	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	90565864	rs303533	T	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=472;ReadPosRankSum=-0.815;SC=GGTGATCTGTTGACAGCACTT;SOR=1.096;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=24;WE=90565872;WS=90565854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,39:0.95:41
chr10	90574222	rs303524	C	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=659;SC=AACCTGGTGTCGGGGGGAGCT;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=28;WE=90574230;WS=90574212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	90588154	rs1977537	A	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.85;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	90588161	rs1029025	C	T	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.35;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	90749256	rs2234767	G	A	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=41;PP=1320;SC=AGGCTGGCACGCCCAGGGTCT;SOR=0.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=90749264;WS=90749246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	90767395	rs2031611	G	C	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=243;SC=TCCCTCTATAGTTCCCACCCT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=90767403;WS=90767385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	90767640	rs2296601	C	T	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=30;PP=919;SC=CTTGGAATTTCATGTAGAACC;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=90767648;WS=90767630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	90771829	rs2234978	T	C	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=25;PP=807;SC=AATCTCCAACTTTAAATCCTG;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=41;WE=90771837;WS=90771819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	90773363	rs9658769	C	A	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=77;SC=GCTTAAGAAACTTTTCCTTCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=90773371;WS=90773353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	90988250	rs2071509	C	G	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=185;SC=GATCCATAAGCAAATAATGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=90988258;WS=90988240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	91007470	rs2250781	C	A	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=30;PP=788;SC=ATTCTGGTAACTTAATGCTCC;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=91007478;WS=91007460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	91065949	rs17468739	A	C	5047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=69;PP=2527;SC=AAAGCTGAAGAGTTAATCCAG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=147;WE=91065957;WS=91065939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr10	91066075	rs2070845	A	G	6478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=87;PP=2965;SC=GACAAGGTGAAACATGTCTGT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=85;TCR=87;TR=172;WE=91066083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr10	91066460	rs954439	T	A	3635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=49;PP=1946;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TAACAGATGTTCTTCGCAGTG;SOR=0.229;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=101;WE=91066468;WS=91066450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr10	91066769	rs1727	C	A	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=59;PP=2562;SC=AGTATGAAGACGCAGAGTATT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=122;WE=91066777;WS=91066759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr10	91092189	rs12255504	C	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=12;PP=789;SC=CTCACAGATTCTGTTTCAGTT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=91092197;WS=91092179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	91099630	rs3780878	T	C	5722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=76;PP=2407;SC=AGAATGTATCTGAAAATCTGC;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=68;TCR=76;TR=143;WE=91099638;WS=91099620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr10	91099943	rs10749607	C	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=10;PP=305;SC=ACGGGTAGGACGATAGGAAGA;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=91099951;WS=91099933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	91137826	rs304504	T	C	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	91143529	rs304494	T	A	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=47;PP=2091;SC=CGAAGTGTGGTGGAAAGAATT;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=101;WE=91143537;WS=91143519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr10	91162497	rs303211	A	G	3603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=38;NR=45;PP=1788;SC=GTGGAGGAAAAAATTATGAAC;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=83;WE=91162505;WS=91162487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr10	91172663	rs304439	C	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=10;PP=315;SC=CTTGAAGTCACCAAGACCAAA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=91172671;WS=91172653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	91178000	rs304448	C	T	9087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=121;NR=107;PP=2965;SC=CCAACATGTACGCTGAAGGAG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=229;TCF=121;TCR=108;TR=228;WE=91178008;WS=91177990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr10	91352966	rs2296616	G	A	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=37;PP=1184;SC=CATTCAACGCGCACATCCGAG;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=91352974;WS=91352956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	92638707	rs75192201	C	CAGT	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=2;PP=343;SC=GCAGAAATGTCAGTATATTAG;SOR=1.765;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=92638715;WS=92638697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	92662860	rs4568910	A	G	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=83;SC=CAAATTAGATATGAGAAGGAT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=92662868;WS=92662850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	92663108	rs7089472	C	T	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=18;PP=447;SC=TTTTTTGCGACGTCCCACCTT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=92663116;WS=92663098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	92676127	rs4933200	T	C	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	92678742	.	TAA	T	644.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=3.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.49;ReadPosRankSum=-1.406;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr10	92678744	rs11595794	A	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=7.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.591;SOR=2.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr10	92678746	.	TAA	T	161.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.623;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=1.220;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr10	92678748	rs10881854	A	T	536.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.34;ReadPosRankSum=-1.743;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr10	93170250	rs7081569	C	G	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=7;PP=298;SC=GGTGGCGGCGCCCGCGCCTGA;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=93170258;WS=93170240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	93170365	rs71025355	CG	C	860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=512;SC=TCTGGCGCCCCGGACGGCGGG;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=93170373;WS=93170355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	93272233	rs140079267	T	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=334;SC=CTCAAAACACTTTGACAAAGC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=93272241;WS=93272223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	93392776	rs62620038	A	G	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=55;PP=1897;SC=TGCCTGCACAAATTCGAACCA;SOR=1.290;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=83;WE=93392784;WS=93392766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	93577141	rs1539041	T	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=18;PP=528;SC=GCTGACATTTTATTCTCCTCT;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=93577149;WS=93577131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	93579117	.	CT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=8.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.332;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.195;SOR=1.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr10	93668110	rs1107947	T	A	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1252;ReadPosRankSum=-0.585;SC=CCTCTTGCCCTCGTTGGTCTT;SOR=0.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=93668118;WS=93668100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr10	93702405	rs3814640	C	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=684;SC=GTTCATTAGTCACACGTAAAC;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=93702413;WS=93702395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	93702443	rs3814639	G	A	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=425;SC=TAAATTAACTGAAGTTTGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=93702451;WS=93702433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	93713405	rs12571564	T	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=350;SC=ATACTGAAATTTATAGACTTG;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=93713413;WS=93713395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	93713758	rs11186768	T	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=473;SC=ATTCTCTTACTCAATTGTCAG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=93713766;WS=93713748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	93716899	rs7894570	G	C	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=135;SC=ACTAGACCTAGAAATAAAATT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=93716907;WS=93716889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	93719495	.	GTGTATATATA	GTA,G	474.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=6.067;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.544;NF=8,8;NR=11,11;PP=424,51;ReadPosRankSum=2.768;SC=GTGTGTGTGTGTGTATATATA;SOR=1.773;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=19,19;WE=93719512;WS=93719485;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.83:23
chr10	93740429	rs2792022	T	C	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=334;SC=TTGAAAAGTCTGGAGATCTGC;SOR=3.716;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=19;WE=93740437;WS=93740419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	93752074	rs112721454	GT	G	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr10	93767797	rs1711842	G	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=188;SC=TCTTTTTTCTGTGTGTTTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=93767805;WS=93767787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	93771192	rs2676802	T	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	93776240	rs11400019	C	CT	226.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=131;ReadPosRankSum=-1.511;SC=TTACATTCTACTTTTTTTTTT;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=10;WE=93776248;WS=93776230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr10	93784490	.	T	TTTTTTTG	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=1.068;QD=20.82;ReadPosRankSum=1.981;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr10	93784504	rs75241022	C	T	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=1.097;QD=6.71;ReadPosRankSum=2.093;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr10	93788516	.	A	AT	554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.49;ReadPosRankSum=2.338;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr10	93812334	rs1711841	G	A	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=37;PP=1044;SC=ACTGGATGGTGGTTGAGAGCA;SOR=3.664;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=43;WE=93812342;WS=93812324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	93841227	rs2676811	A	G	3457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	94238929	rs35864975	T	TA	260.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=13.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.961;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.520;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr10	94268316	rs33917554	G	GA	108	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;MQRankSum=0.126;QD=10.80;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr10	94353278	rs12256435	G	T	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.724;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=636;ReadPosRankSum=-0.679;SC=GCGCGGTCCAGGGAGAGGGAT;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=38;WE=94353286;WS=94353268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr10	94366861	rs113442397	AAG	A	1041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=349;SC=GTCTATCACTAAGAGTCATAT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=94366870;WS=94366851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	94369060	.	AGTGTGTGTGT	TGTGTGTGTGT	160	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000,0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=10;MQ=57.07;NF=6,6,0;NR=6,6,2;PP=160,108,73;QD=13.5833333333;SC=AGAGAGAGAGAGTGTGTGTGT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=12,12,2;WE=94369077;WS=94369058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,2:0.10:21
chr10	94369060	rs71895826	AGTGTGTGTGT	A,AGT	660.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=10;NF=6,6,0;NR=6,6,2;PP=160,108,73;SC=AGAGAGAGAGAGTGTGTGTGT;SOR=1.061;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=12,12,2;WE=94369077;WS=94369058;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.35,0.65:17
chr10	94392513	rs113828479	A	ATAATT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=201;SC=TTCAAAACTGATAATTTTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=94392521;WS=94392503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	94407865	rs34357393	CA	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-2.979;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr10	94409800	rs6583833	C	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=28;PP=776;SC=CTTGATGTGGCTGACTTCATG;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=94409808;WS=94409790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	94452430	rs2275729	T	G	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=26;PP=1280;SC=GCGGGCTCGTTGCAAGTTTTC;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=94452438;WS=94452420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	94507612	rs2488066	A	G	8235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=102;NR=85;PP=2965;SC=CACCACTACCACTGTCAGCCC;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=102;TCR=85;TR=187;WE=94507620;WS=94507602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr10	94511683	rs2096177	G	T	8138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr10	94594416	rs11408607	A	AT	1069	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=1.348;HP=12;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=0.473;SC=GGAAAACGGTATTTTTTTTTT;SOR=0.386;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=31;WE=94594424;WS=94594406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,63:0.85:74
chr10	94594565	rs2490741	G	A	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=70;PP=2152;SC=CGAACTGCCTGTTGAAGCTAC;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=49;TCR=71;TR=119;WE=94594573;WS=94594555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr10	94695555	rs1326330	G	A	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=16;PP=906;SC=TTTTGTTTGTGTGTTTCCACC;SOR=1.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=94695563;WS=94695545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	94695617	rs1326331	C	T	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=27;PP=852;SC=AAGAATCTTACTGTAATATTT;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=53;WE=94695625;WS=94695607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	94759055	.	A	T	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=131;SC=CCTGGCCTCAAGTCATCCTCC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=94759063;WS=94759045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	94816807	rs60582805	G	GA	1887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=33;PP=1396;SC=AGTATATTCTGAAACTTTTTT;SOR=1.681;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=34;WE=94816815;WS=94816797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	94820860	rs1538648	A	G	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=35;PP=1802;SC=GTCTGTTTTTAGAACAGAGTT;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=89;WE=94820868;WS=94820850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	94822686	rs55843714	C	T	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=52;PP=1968;SC=TGGCCCGGACCTTCGAGCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=107;WE=94822694;WS=94822676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr10	94822895	rs12263200	G	T	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=19;PP=644;SC=GGTGGGAGGCGTTGTGGCGGT;SOR=0.909;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=94822903;WS=94822885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	95070037	rs2761286	A	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=31;PP=938;SC=GTCAAGAAAAAATACTGTTCC;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=95070045;WS=95070027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	95070080	rs2797581	C	T	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=17;PP=453;SC=CTTTAACCTACGACAGCTTCC;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=95070088;WS=95070070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	95070526	rs787661	G	A	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=17;PP=411;SC=ATTGCCTTCAGTTTTCCTCAA;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=95070534;WS=95070516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	95072906	rs787666	T	C	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=43;PP=1902;SC=TCATGTCCAATCTGCATTTCT;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=99;WE=95072919;WS=95072896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	95073046	rs787667	A	G	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=41;PP=1187;SC=GAACGTTCTTATCAGGAGAGA;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=95073054;WS=95073036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	95083204	rs148815470	ATTTC	A	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=227;SC=AGATGAAACTATTTCTTTCTT;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=95083215;WS=95083194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	95095600	rs787689	G	C	5317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=50;PP=2921;SC=CCTCCCTAGAGCCTGGTTGTC;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=104;TCR=50;TR=154;WE=95095608;WS=95095590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr10	95097537	rs1614065	T	C	5330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=50;PP=1997;SC=CAAAGGATGTTGATTCTCCAC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=121;WE=95097545;WS=95097527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr10	95099822	rs2761330	G	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=298;SC=GGGTGAAAGAGCGAGACTCCT;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=95099830;WS=95099812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	95099849	rs2761329	G	A	434.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-0.515;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.711;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr10	95107324	.	A	AAAAAAAAG	523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.14;QD=37.41;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	95111716	rs787624	C	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=282;SC=GGGCTCTGACCACCTGCCTGG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=95111724;WS=95111706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	95113491	rs787625	A	G	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=174;SC=AAATGACAAAAAGCATTCACT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=95113499;WS=95113481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	95115339	rs5787054	A	AAAAAT	1689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=8;PP=968;SC=TCAGTCTTGAAAAAATAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=19;WE=95115347;WS=95115329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	95119919	rs787634	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=406;SC=TCATTCCCATTCAGCTCCTCA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=95119927;WS=95119909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	95121135	rs151121728	CCA	C	752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=2;PP=627;SC=CCCCTCCCTCCCAAGGAAACT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=95121144;WS=95121125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	95136950	rs787622	A	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=336;SC=AGGACTTTTTACGAAGTTTGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=95136958;WS=95136940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	95162496	rs701875	A	T	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=2;PP=192;SC=AATATTTTTTAAAAAATTCCT;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=95162504;WS=95162486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	95162525	rs3841653	TC	T	737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=3;PP=287;SC=AATTCTTTGATCCCCCCCAAA;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=11;WE=95162533;WS=95162515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	95164040	rs788088	A	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=17;PP=462;SC=GGAATCTGATACTATAATTTT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=95164048;WS=95164030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	95216623	rs701882	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	95237861	rs2096181	C	T	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=326;SC=GGTTGTTTATCTTATGTCTAC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=95237869;WS=95237851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	95237899	rs58873758	ATAT	A	1196.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	95237963	rs3938769	A	G	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=21;PP=778;SC=ACTGTTTGGAAGAATCATCAA;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=95237971;WS=95237953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	95238050	rs6583893	C	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=20;PP=522;SC=CCTGGCTGTCCGCATGGAACT;SOR=0.994;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=34;WE=95238058;WS=95238040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	95241999	rs947597	A	C	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=33;PP=847;SC=AGTGGAGACTAGGGCGCTGGA;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=95242007;WS=95241989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	95262981	rs7080916	A	G	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=41;PP=1737;SC=TAGTACTACCACATTGCTTGA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=98;WE=95262989;WS=95262971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	95266683	rs947599	A	G	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=45;PP=1746;SC=ATTATGGTGAATGTAATGAGG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=95;WE=95266691;WS=95266673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr10	95276673	rs4919224	G	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=520;SC=GAGTTGTGCCGTAATGTTGTT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=95276681;WS=95276663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	95278829	rs2280605	A	G	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=41;PP=998;SC=AAAGACTTCAATAAAAGTCTT;SOR=2.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=95278849;WS=95278819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	95278841	rs2280606	C	T	1811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=29;PP=792;SC=AAAAGTCTTTCTTCTTCAATA;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=95278849;WS=95278819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	95279506	rs2293277	A	T	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=47;PP=1563;SC=CATCAATTGCATGTAATTCTT;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=95279514;WS=95279496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr10	95279653	rs7068719	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=232;SC=ACAGCTTAACACACAGCTAGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=95279661;WS=95279643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	95287643	rs34668129	G	GA	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.314;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr10	95353817	rs12265684	C	G	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=45;PP=1318;SC=GCCACCATGCCGATCAATGCC;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=81;WE=95353825;WS=95353807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr10	95360027	rs36014035	A	C	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=24;PP=1261;SC=CGGGTTCCTGACACTTCCAGA;SOR=1.067;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=95360035;WS=95360017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	95380790	rs1223306	G	A	774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	95394455	rs1856563	T	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=671;SC=TCCTGTGAATTTATGATTATT;SOR=2.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=28;WE=95394463;WS=95394445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	95395247	rs616522	A	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=13;PP=781;SC=CCTTTTATCCATTTCAGACTC;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=95395255;WS=95395237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	95421683	rs2422324	G	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=0;PP=668;SC=CTTTTTAAAAGTTAAGAGCAT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=26;TCR=0;TR=26;WE=95421691;WS=95421678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	95432968	rs1572773	T	C	4360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=40;PP=2324;SC=AAAAATCTGTTTTTGGGCAGT;SOR=1.398;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=124;TCF=82;TCR=42;TR=122;WE=95432976;WS=95432958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	95459817	rs726817	C	T	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr10	95549836	rs368174638	C	CTT	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr10	95552653	rs1111820	T	C	7116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=101;PP=2692;SC=CGAAGGATTTTGATTGCATCA;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=73;TCR=102;TR=174;WE=95552661;WS=95552643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr10	95718474	rs829225	A	G	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=20;PP=1385;SC=TATTTAGGCTATAATGATTAC;SOR=1.078;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=68;WE=95718482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	96044734	rs3736901	C	A	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=13;PP=375;SC=TAAGATTAGGCAATATCATCT;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=96044742;WS=96044724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	96076495	rs942676	C	G	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	96163039	rs2477534	C	G	383.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9776;FS=4.102;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=119;ReadPosRankSum=0.426;SC=GGGACAGCCCCGCCAGCAGCT;SOR=1.160;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=96163047;WS=96163029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr10	96201615	rs10882455	A	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=10;PP=717;SC=CTCTCTGGTTACAAAAAACAC;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=96201623;WS=96201605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	96271298	rs2860761	A	C	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=14;PP=501;SC=AACTTAGAGAAAATTATTTGT;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=96271306;WS=96271288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	96343623	rs962234	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=53;SC=TCCCATTGTCTTGTTCTACTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=96343631;WS=96343613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	96348254	rs11188036	G	A	223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=138;SC=AGGCTGTGGTGCAGTGGCACA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=96348262;WS=96348244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	96466824	rs7904929	C	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=139;SC=TATGTACTTACCATGTGTATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=96466832;WS=96466814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	96495232	rs2860840	C	T	3558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=54;PP=1637;SC=TGCTCCTGTGCTGTCACCTGC;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=94;WE=96495240;WS=96495222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr10	96954511	rs681838	T	A	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=650;SC=ATGAGATTCATATCCCATCTA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=96954519;WS=96954501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	96997589	rs1049961	A	G	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=588;SC=AACCAAAGTAAGCAGAGAACT;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=96997597;WS=96997579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	96997670	rs1049921	A	G	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=23;PP=1077;SC=AACAGTGGTCAGATCTGCTGG;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=96997678;WS=96997660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	96997820	rs1049814	A	G	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=41;PP=1172;SC=CAGTGCACACATAACACTCAG;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=96997828;WS=96997810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	96998519	rs2860998	T	C	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=58;PP=1902;SC=CAGAACCACTTATAAATATAT;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=102;WE=96998527;WS=96998509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr10	96998591	rs2901833	G	A	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=35;PP=861;SC=AAGTAACTTAGCCTCTCTGGT;SOR=2.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=47;WE=96998599;WS=96998581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	96998625	rs12778613	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=432;SC=TTCTATAAAATAGGAGATTAA;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=96998633;WS=96998615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	96998648	rs2860999	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=10;PP=249;SC=CCTGGCCAAAGAAAAGCCCAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=96998656;WS=96998638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	97023552	rs4917682	G	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=460;SC=ACCTGCCTGGGCAGCCCTGGT;SOR=2.124;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=22;WE=97023560;WS=97023542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	97181855	rs17849163	T	C	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=14;PP=599;SC=GGAAAAAATCTCTCACTCACA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=28;WE=97181863;WS=97181845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	97192324	rs943542	A	G	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=39;PP=1507;SC=GATTTTTGTAAGATCCATGTC;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=86;WE=97192332;WS=97192314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	97366746	rs7099284	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=424;SC=CCAGCCTCTGCTTCCTGTCCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=97366754;WS=97366736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	97369939	rs10882640	C	T	4078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=54;NR=41;PP=1666;SC=TCTTCCCAACCAGAGTCTTTC;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=95;WE=97369947;WS=97369929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	97371317	rs11188399	A	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=198;SC=CTGTAGCCTCAACAACTGAAC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=97371325;WS=97371307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	97373966	rs2296692	A	C	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=28;PP=815;SC=TGACCACACAAAATATAAAAA;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=97373974;WS=97373956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	97385014	rs57670810	T	C	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=21;PP=1295;SC=ATTTCTTTTATAAAAATCCTT;SOR=1.528;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=67;WE=97385022;WS=97385004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	97388162	rs2275272	G	A	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=37;PP=1566;SC=TCTAGACTTGGTTCCAAATGT;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=82;WE=97388170;WS=97388152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	97412921	rs9787589	T	G	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=8;PP=516;SC=CTCCAGCCTGTGTGACAAAAT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=97412929;WS=97412911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	97440159	rs11595248	G	A	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=470;SC=AAATTATTTGGTTAACAAATG;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=97440167;WS=97440149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	97440394	rs12784530	T	C	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=27;PP=643;SC=AGCATCTGCTTGAATTGCCTG;SOR=1.567;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=97440402;WS=97440384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	97447110	rs41299157	A	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=21;PP=671;SC=TGGGGTCCCCAGCCTGAATAA;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=97447118;WS=97447100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	97604406	rs3176886	A	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=15;PP=472;SC=AATATCTCACAGCATCCATGG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=97604414;WS=97604396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	97681714	rs11594853	T	C	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	97684234	rs34963139	G	A	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=152;SC=CAAAAGAGCCGAAATTCAGTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=97684242;WS=97684224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	97698338	rs35298116	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=8;PP=737;SC=GTTAACCAGCGCAAACTGCCA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=97698346;WS=97698328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	97748040	rs7900838	G	A	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	97769856	rs4145209	G	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=440;SC=TGTCTCTGGAGAGTTCTTTAG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=97769864;WS=97769846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	97772253	rs3748224	C	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=10;PP=551;SC=GAGAACAATACAGTACAATTC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=97772261;WS=97772243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	97772358	rs17383738	A	G	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=35;PP=1268;SC=AATGTTTCCCAACCGAAGAAT;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=97772366;WS=97772348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	97772496	rs10748652	T	A	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=18;PP=484;SC=TGTAAGTTATTATTATTTTTA;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=97772504;WS=97772486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	97778853	rs1414922	C	T	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=108;SC=TATAAGCCACCACACTCCACT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=97778861;WS=97778849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	97779219	rs1414921	G	A	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=85;SC=ATGGGGCCGGGGCAATCTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=97779227;WS=97779209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	97920099	rs67530050	T	TC	9308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=75;PP=2957;SC=TTGTGAAATGTCTAGGAGAAA;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=31;TCR=75;TR=105;WE=97920107;WS=97920089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr10	97964154	rs10748665	C	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=477;SC=CCTTTTAACACGTAACTGCAA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=97964162;WS=97964144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	97975167	.	GTATA	G,GTA	642.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=33.83;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,13:0.32,0.68:19
chr10	97987378	rs34233512	G	A	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=41;PP=1254;SC=CTGCCTGGCCGTCAGGACCAT;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=97987386;WS=97987368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	97990583	rs727852	A	G	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=28;PP=918;SC=CTTCGTCAGCAGGGCTCTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=97990591;WS=97990573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	98006857	rs2168732	A	T	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=6;PP=172;SC=CTGACTTTTTAAAAAAAGTCT;SOR=0.846;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=98006865;WS=98006847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	98007727	rs10882762	A	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=5;PP=524;SC=CAGTAAATCTATGCTTTCATT;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=24;WE=98007735;WS=98007717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	98007933	rs9663433	G	A	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.17;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	98007943	rs9664029	T	A	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	98078127	rs7081385	C	T	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=5;PP=919;SC=TCACCCACATCGTAGCAGAGA;SOR=2.655;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=98078135;WS=98078117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	98078239	rs6584066	A	G	5307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=53;PP=2116;SC=CGAATGCATAAGAGCAGGGAA;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=113;WE=98078247;WS=98078229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr10	98082517	rs7097016	T	G	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=311;SC=TATTGAAAATTGTTTTTCAGT;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=98082525;WS=98082507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	98084231	rs2181320	A	G	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=30;PP=809;SC=TGCAACTCCAATCTGGGAGAG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=98084239;WS=98084221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	98088387	rs10882773	A	C	66.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=45;SC=CTATGTTGCAAATCTTAAGCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=98088395;WS=98088377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	98095794	rs10736102	T	C	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=41;PP=1222;SC=CCCCCGAGCTTTTTTCATGGA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=98095802;WS=98095784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	98111279	rs2146392	C	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	98116076	rs2861575	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=0;PP=321;SC=ACAATGCATTCATTAAGTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=98116084;WS=98116066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	98144312	rs7085022	G	A	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=353;SC=CCTCACTCGCGCTGCATCAGC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=98144320;WS=98144302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	98240035	rs2281801	A	T	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.74;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	98240045	rs2281800	C	T	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.86;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	98287094	rs10786298	T	A	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=11;PP=449;SC=TACTTTCAACTTAAGGCCTTA;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=98287102;WS=98287084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	98287261	rs3789957	G	C	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=17;PP=460;SC=TGCCTGGTGGGGGGAGGGGGA;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=98287269;WS=98287251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	98312891	rs10736113	C	T	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=21;PP=563;SC=TGAGGACAACCGGATGTTAAT;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=98312899;WS=98312881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	98319236	rs10128106	G	T	147.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=21.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	98319367	rs3818389	A	T	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=12;PP=454;SC=ATGTTTGTTGAACGAATTGGT;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=98319375;WS=98319357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	98319503	rs3818390	A	T	468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=11;PP=302;SC=CCTAAAAAAAATTTTTTCATT;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=98319511;WS=98319493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	98321928	rs7094142	A	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=8;PP=210;SC=TACAAGGTAAAACCACTTAAT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=13;WE=98321936;WS=98321918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	98336613	rs35616822	T	TA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=6.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.685;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr10	98346411	rs11188836	A	C	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=253;SC=GCCGCCGGGCACTCCAGGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=98346419;WS=98346401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	98380277	rs3748234	C	T	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=401;SC=CATATATACTCGACTGGGGCC;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=98380285;WS=98380267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	98380363	rs7910630	A	G	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=166;SC=ACTGGGGACCACTCACCAGAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=98380371;WS=98380353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	98383329	rs4917745	G	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=28;PP=803;SC=TACTGAAAAAGTATCAAAATC;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=98383337;WS=98383319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	98386433	rs1469847	C	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=3;PP=708;SC=GCTCCAAAGACCCAGTTGGAC;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=98386441;WS=98386423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	98386558	rs4344416	G	A	6183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=84;NR=63;PP=2772;SC=CTGCTGGCCAGGTCCACAGAA;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=84;TCR=63;TR=147;WE=98386566;WS=98386548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr10	98392872	rs6584092	A	C	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=200;SC=TTCCAGGGTCACCATGAGAGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=98392880;WS=98392862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	98408714	rs912483	A	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=441;SC=GGCAACAGAAAGCACTCAGCC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=98408722;WS=98408704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr10	98808866	rs2805588	C	G	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=49;PP=1603;SC=AAGGGTTCTGCGCCAGGTGCC;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=38;TCR=49;TR=87;WE=98808874;WS=98808856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	98816786	rs2817675	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=141;SC=CTCTACCTCCTTCTCTAGCCT;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=98816794;WS=98816776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	98819317	rs2817676	A	G	4466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr10	98825940	rs1106375	G	A	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=33;PP=1058;SC=AGGTGGGCTGGAGGGCACTGA;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=98825948;WS=98825930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	98923361	rs2636772	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=31;PP=663;SC=CACAGGCCTATGCCTGGCCTG;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=98923369;WS=98923351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	98979111	rs10714841	AT	A	334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=191;SC=TTATATGTGGATTTTTCGACT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=98979119;WS=98979101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	98988759	rs1468069	A	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=462;SC=CTGGTGAATGAACTCAAGGGC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=98988767;WS=98988753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	98989454	rs2297987	A	G	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=17;PP=1137;SC=AGATGACAGTATATCAATTTT;SOR=1.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=57;WE=98989462;WS=98989444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	99003613	rs793528	A	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=142;SC=GACAAGCCTGATTTCTCAGCT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=99003621;WS=99003603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	99019144	rs3740522	C	T	3334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
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chr10	99025611	rs10882884	T	A	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=7;PP=937;SC=CAAACACATCTCCTACCCTTT;SOR=2.480;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=44;WE=99025619;WS=99025601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	99079023	rs11189127	G	A	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=138;SC=GAGCCGGCAGGATTCCGGCTC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=99079031;WS=99079017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	99079558	rs186819363	G	C	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr10	99125949	rs2275580	C	T	5445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=69;PP=1998;SC=ACCTTGAAGCCGTGGTCCTTC;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=111;WE=99125957;WS=99125939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr10	99126719	rs2297989	C	T	13932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=164;NR=182;PP=2965;SC=CAGCACGACCCAGATGTAGTG;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=346;TCF=164;TCR=182;TR=346;WE=99126727;WS=99126709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,527:1.00:527
chr10	99160965	rs2275091	A	G	6203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=54;PP=2123;ReadPosRankSum=-0.711;SC=AGACACCAGAAGGCAACTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=111;WE=99160973;WS=99160955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,244:0.99:246
chr10	99205686	rs2297666	A	G	6035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=81;PP=2857;SC=CCTATCCAGGACTCTGTACGG;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=59;TCR=81;TR=140;WE=99205694;WS=99205676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr10	99220707	rs3740526	C	T	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=57;PP=1984;SC=GGGCCCAGAGCCCAGGCCAGC;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=107;WE=99220715;WS=99220697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	99225738	rs2236575	T	A	6489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr10	99229853	rs2275585	T	C	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=19;PP=826;SC=TGTCAAAAGGTAGCTGGGTCC;SOR=0.880;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=45;WE=99229861;WS=99229843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	99240758	rs2275586	G	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	99337473	rs10786357	T	C	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=7;PP=343;SC=GGAGGATGTCTCTGTGGGGTG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=99337481;WS=99337463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr10	99371147	rs1124116	A	G	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=11;PP=746;SC=TAGAGTTGGCAGTTACTTTCC;SOR=1.730;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=40;WE=99371155;WS=99371137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr10	99376843	rs4919121	A	C	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=855;ReadPosRankSum=0.399;SC=ACTACTTATTACTCATCTGTG;SOR=0.641;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=40;WE=99376851;WS=99376833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,53:0.98:54
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chr10	99642731	rs588061	C	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=34;PP=889;ReadPosRankSum=-0.754;SC=AGCCCCCTCCCTTGTAAGACC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=47;WE=99642739;WS=99642721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr10	99682981	rs894375	T	C	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=28;PP=1559;SC=CTGGCTCTCATGTGGCTTCTC;SOR=1.633;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=89;WE=99682989;WS=99682971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	99991408	rs1952061	A	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=39;PP=1072;SC=CAAGAATTTCATACTGAAGAC;SOR=1.423;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=99991416;WS=99991398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	100003785	rs1359508	T	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=8;PP=582;SC=GTAATTTGGATTAAGGGAAAG;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=100003793;WS=100003775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	100011970	rs3750598	G	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=7;PP=402;SC=GTAAGAAATTGCCTTGAATGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=100011978;WS=100011960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	100012011	rs10748722	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=14;PP=736;SC=TCCAGGTGCCCTGGGCTGCTG;SOR=1.203;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=100012019;WS=100012001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	100013244	rs3750599	A	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=562;ReadPosRankSum=1.546;SC=GGAAGGGCCAAACTGCTCCCT;SOR=0.460;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=28;WE=100013252;WS=100013234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr10	100017453	rs1983864	T	G	13788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=140;NR=163;PP=2965;SC=GACAGCAGCATCATTCTCATG;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=304;TCF=141;TCR=163;TR=303;WE=100017461;WS=100017443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr10	100018844	rs7077073	G	A	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=13;PP=438;SC=TGACCACAGCGTGCATGCCAC;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=100018852;WS=100018834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	100022446	rs10736125	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=409;SC=AGCCCAGCCCAAGAAGACTGT;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=100022454;WS=100022436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	100022917	rs112780536	A	ATG	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.319;QD=21.06;ReadPosRankSum=-0.265;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr10	100146895	rs2296438	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=388;SC=AGAGAGGTCATAGCCAGGAAG;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=100146903;WS=100146885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	100147060	rs4345897	A	G	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=39;PP=1264;SC=CGATGCAATCAAACACTGGGG;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=100147068;WS=100147050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	100148004	rs2182169	T	C	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=845;SC=CCCTTTGGAATGGCACCTGCA;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=100148012;WS=100147994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	100148058	rs4539242	T	C	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=25;PP=1285;SC=CAGGCCCAGTTGGGTCGCATG;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=69;WE=100148066;WS=100148048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	100148176	rs2147896	A	G	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=66;PP=2392;SC=CGTATAGGGCATGTACTGAGT;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=65;TCR=66;TR=131;WE=100148184;WS=100148166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr10	100148308	rs2147895	T	G	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=36;PP=987;SC=AGAGCAGCAGTGCGGAGGGTA;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=100148316;WS=100148298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	100148353	rs2182168	C	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=496;SC=CAGTGGAGGCCCTGAGATGAC;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=100148361;WS=100148343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	100150938	rs17109620	G	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	100152177	rs41290480	C	T	2689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=20;PP=1529;SC=ACCCTCCTGCCCACAGCCTCA;SOR=1.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=56;TCR=20;TR=76;WE=100152185;WS=100152167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	100152373	rs6584192	T	G	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=63;PP=1861;SC=GGGAAATCCATGTTAGATCTT;SOR=1.098;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=96;WE=100152381;WS=100152363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr10	100152560	rs60153449	C	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=579;SC=GACTGCATGACCTTAATCTCT;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=100152568;WS=100152550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	100155296	rs11189591	T	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=15;PP=538;SC=GCATGGAGGATGCTGAGACTT;SOR=0.906;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=25;WE=100155304;WS=100155286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	100157329	rs61159293	AC	A	2719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=42;PP=1183;SC=ATGGCCTGTCACCCCCCCACA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=42;WE=100157337;WS=100157319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	100157368	rs10786418	C	T	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=33;PP=852;SC=CCTCATTCCCCGCTGTGGCCC;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=100157376;WS=100157358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	100167860	rs942810	G	C	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=42;PP=1269;SC=GCCAGTATGGGCCACACCCCA;SOR=1.395;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=62;WE=100167868;WS=100167850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	100167951	rs17109675	T	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=385;SC=TCGCCTTTTCTAGATGTCCTC;SOR=2.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=18;WE=100167959;WS=100167941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	100170507	rs7896828	A	T	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=15;PP=1005;SC=TGTGATGTCCACAGCTGGCTG;SOR=1.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=100170515;WS=100170497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	100179851	rs2296436	T	C	8510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=85;PP=2965;SC=ATCCCCCTCCTGGAACAGCAG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=88;TCR=85;TR=173;WE=100179859;WS=100179841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr10	100183570	rs2296434	G	C	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=35;PP=1041;SC=TCCCCTGCTGGGGGCTGTGGT;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=100183578;WS=100183560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	100183774	rs10883093	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=9;PP=234;SC=GGACCACCCCACTCTTGTACC;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=100183782;WS=100183764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	100185250	rs41317034	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=9;PP=353;SC=ACCCTGCTGCCAGCCCTGCCT;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=100185258;WS=100185240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	100189138	rs1061135	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=310;SC=GGTCTTAACAATCCTTGAGTT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=100189146;WS=100189128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	100189242	rs34533614	G	A	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.70;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	100189252	rs1061134	G	A	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	100195130	rs11539873	G	A	5397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=46;PP=2041;SC=CCTCGCTCTCGGTGTGGTCAC;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=104;WE=100195138;WS=100195120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr10	100219314	rs10883099	G	A	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=30;PP=1021;SC=ACTGGTAGCCGTGAGTGTGAG;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=66;WE=100219322;WS=100219304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	100219374	rs10883100	T	A	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=42;PP=1623;SC=CTTGACCACATAAAAGCCCAT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=85;WE=100219382;WS=100219364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr10	100219519	rs11189618	G	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=29;PP=912;SC=AAAACAGTATGGGACTCATTA;SOR=1.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=42;WE=100219527;WS=100219509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	100250019	.	GACACACACACAC	G,GAC	773.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.23;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=13,13;PP=616,87;SC=GAGTAAACATGACACACACAC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=13,13;WE=100250038;WS=100250009;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.71:21
chr10	100991971	.	TACACAC	T,TAC	2023.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,32:0.30,0.70:46
chr10	100991976	.	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.97;ReadPosRankSum=0.378;SOR=1.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr10	100991978	.	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr10	100991979	.	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.64;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=1.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,34:0.71:48
chr10	100991981	.	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr10	101090428	rs2862600	T	G	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=33;PP=2011;SC=GCACCAAAGTTGTGGAGGAGG;SOR=1.187;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=93;WE=101090436;WS=101090418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	101120787	rs3763792	C	T	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=29;PP=809;SC=GGGTGGGACCCAGGCACCAAT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=101120795;WS=101120777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	101137063	rs3829211	G	A	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=542;SC=CCATTCCTAGGAGGGATGTGT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=101137071;WS=101137053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	101163194	rs2275952	C	T	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=35;PP=1660;SC=GCACTCCCCACCCCCCGGCCC;SOR=0.857;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=85;WE=101163202;WS=101163184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	101293035	rs41290504	C	A	5409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=90;PP=2924;SC=TGCTGGCCGCCGCTGAGGGGA;SOR=1.150;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=52;TCR=90;TR=142;WE=101293043;WS=101293025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	101295274	.	GGGC	G	64	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.57;NF=2;NR=1;PP=64;QD=24.6666666667;SC=CGTACCCGGCGGGCGGCGGCG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=3;WE=101295284;WS=101295264;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr10	101372411	rs880568	T	C	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=31;PP=960;SC=GACCAACTCATTGAGGTCCCC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=101372419;WS=101372401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	101420283	rs71933840	GCACACACA	G,GCA	566.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=1,1;NR=6,6;PP=50,165;SC=GAATGGATACGCACACACACA;SOR=1.329;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7,7;WE=101420298;WS=101420273;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.81:16
chr10	101420316	rs7093631	C	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	101420316	.	CAC	GAG	609	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=88;MMLQ=21;MQ=59.12;NF=5;NR=9;PP=609;QD=47.3191339187;SC=CACACACACACACAGAGATAT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=101420326;WS=101420306;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr10	101420318	rs28529459	C	G	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	101439252	rs3740079	G	A	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=28;PP=799;SC=TTTGTTGTCAGTCTCTTTTAA;SOR=1.382;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=42;WE=101439260;WS=101439242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	101445591	rs3740078	A	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=24;PP=1049;SC=AAGATTTACCACTGGAGTTTG;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=101445599;WS=101445581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	101451259	rs11190245	T	C	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	101455594	.	T	C	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=278;SC=GATGAAAGAATGCTTAAGATG;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=101455602;WS=101455584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	101462193	rs10748790	C	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=5;PP=362;SC=TGTGGGAATACGGAGTGGCTT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=101462201;WS=101462183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	101473218	rs2231687	A	G	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=21;PP=739;SC=TTAAAAGTAAAGTTGAATAAG;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=39;WE=101473226;WS=101473208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	101474499	rs11190255	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=204;SC=AAGAAGGCAATAGGAAAGGCA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=101474507;WS=101474489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	101480549	rs56288771	T	TG	592.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=428;SC=TGTTCAATATTTTTGTTCAAT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=101480558;WS=101480539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	101480550	rs3740077	T	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=260;SC=GTTCAATATTTTTGTTCAATT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=101480558;WS=101480539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	101480604	rs3832650	C	CAG	1395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=9;PP=728;SC=GAACAGGAAACAGGGTGAAGA;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=101480612;WS=101480594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	101489216	rs145861614	CAAA	C	351.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.13;MQRankSum=0.671;QD=20.69;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr10	101515316	rs3184991	T	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=3;PP=168;SC=GTCTATAAAATGAAGCGGCAG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=101515324;WS=101515306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	101544447	rs927344	A	T	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=78;NR=53;PP=2394;SC=CCCTTGGGCTACCTATGGCTC;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=78;TCR=53;TR=131;WE=101544455;WS=101544437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr10	101551902	rs2756108	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=360;SC=CTGCATACCGCTTTTCCTATC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=101551910;WS=101551892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	101571528	rs3740074	C	T	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=590;SC=AGCAAAGGTTCTCAGCCCCTT;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=101571536;WS=101571518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	101576960	rs3740073	T	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=454;SC=CACAGTTATTTAAATTTAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=101576968;WS=101576950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	101591944	rs4148396	T	C	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=22;PP=598;SC=ATCTTTCTGATAGGGAGGAAT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=101591952;WS=101591934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	101690379	rs10883428	A	G	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=58;PP=2228;SC=CTGGGATCCAAGTCATTTTCT;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=118;WE=101690387;WS=101690369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr10	101808389	rs113808831	G	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=8;PP=513;SC=CCAGGAGATCGAGGCTGCAGT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=101808397;WS=101808379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	101841153	rs10883439	A	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=3;PP=379;SC=AGCTGTTCAGAACTTACAGGG;SOR=1.893;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=101841161;WS=101841143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	101980459	rs986266	A	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=43;PP=1202;SC=AATATACTTTAAAGTAACAGA;SOR=2.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=11;TCR=43;TR=54;WE=101980467;WS=101980449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	102020060	rs181474751	A	G	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=53;PP=1419;SC=CACCAAGCACATATGTCTGAA;SOR=0.862;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=94;WE=102020068;WS=102020050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr10	102054452	rs11597005	A	G	6188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=69;PP=2421;SC=AGCCTAACAAACACCCCCCAT;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=126;WE=102054460;WS=102054442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr10	102056970	rs2278841	A	G	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.24;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	102056970	.	AGG	GGT	969	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=16;NR=35;PP=969;QD=20.0483897032;SC=ACCAGCCTATAGGGGGAGGGG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=51;WE=102056980;WS=102056960;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr10	102056972	rs2278840	G	T	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.30;SOR=1.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	102057005	rs2278839	G	A	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=25;SC=TGGAGCCTTCGCTGGGACGGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=102057013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	102088906	rs3829159	C	T	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	102104521	rs735877	C	T	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	102104600	rs373775876	AT	A	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=0.777;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr10	102114463	rs3071	A	C	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=57;PP=1502;SC=TTTTCTCCTGAGACTTTCAAA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=82;WE=102114471;WS=102114453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	102238789	.	G	GT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.25;ReadPosRankSum=-1.258;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr10	102259918	.	TGAA	T	3821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=1297;SC=TCTGGCGGGCTGAAGAAGAGA;SOR=0.947;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=27;WE=102259928;WS=102259908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	102265056	rs140191147	AAC	A	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr10	102268356	rs146685663	C	G	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=21;PP=610;SC=ACAGGGAGAACAAAGCTGACC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=102268364;WS=102268346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	102295645	.	G	GT	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=4.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.579;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.225;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,37:0.26:142
chr10	102506070	rs4472867	G	C	7745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=87;PP=2425;SC=CGTGAGTACCGGCGCCCGGCT;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=75;TCR=87;TR=162;WE=102506078;WS=102506060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr10	102506103	rs4405241	C	A	5293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=74;PP=2369;SC=CGGGGCTCTCCGTCCCAACCC;SOR=1.139;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=42;TCR=74;TR=114;WE=102506111;WS=102506093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr10	102587162	rs117499168	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=605;SC=CAACTGGCTCCACTGCCCAGC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=102587170;WS=102587152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	102672718	rs3802724	T	C	7734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=57;PP=2895;ReadPosRankSum=-0.794;SC=CACGCCGGAGTCACTTCCGAA;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=83;TCR=58;TR=139;WE=102672726;WS=102672708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,294:0.99:296
chr10	102743599	rs145330425	A	G	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	102775221	rs10579208	ATGTG	A	676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5015;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=6;PP=411;SC=GAGCTGGCAGATGTGTGTGTG;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=102775232;WS=102775217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	102780312	rs7075685	G	T	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=18;PP=857;SC=TCTTCAGAGAGCCGGGCCCCA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=102780320;WS=102780302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	102780638	rs1998249	A	C	133.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=60;SC=GCCTGGAGGCAGCCCTGACCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=102780646;WS=102780628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	102783678	rs6584410	T	C	6304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr10	102792295	rs807014	G	A	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=15;PP=501;SC=CAGAGAAGGAGGCCTGCCTTG;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=102792303;WS=102792285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	102796774	rs2275383	C	T	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=8;PP=407;SC=GCTGCTCATTCGGGCATTGCA;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=102796793;WS=102796764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	102796785	.	G	A	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=9;PP=491;SC=GGGCATTGCAGGTGGGATCCG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=102796793;WS=102796764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	102824349	rs807037	G	C	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=34;PP=1158;SC=CGCTGCCTTGGCCGCAATGCC;SOR=0.995;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=58;WE=102824357;WS=102824339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr10	102827228	rs2295715	G	A	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=29;PP=846;SC=CTCCCAAGCCGAGGCTTCCAG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=102827236;WS=102827218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	102827757	rs60001046	G	GT	3105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=26;PP=1414;SC=TCTCTGGCAAGTTGGGAGTAC;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=33;WE=102827765;WS=102827747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	102895312	rs1416361	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=15;PP=453;SC=TGGCCTAGGGGAGGAGAGGCA;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=24;WE=102895320;WS=102895302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	103221870	rs5787432	CAGG	C	2982.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=43.86;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	103281634	rs6584429	C	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=839;SC=CCAGGTATGTCTACAAGTGTT;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=103281642;WS=103281624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	103281676	rs6584430	G	A	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=12;PP=339;SC=GATGATAAGAGAACTAGATCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=103281684;WS=103281666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	103345774	.	C	T	2622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=25;PP=1003;SC=TGCCTTCATCCACCACAATGT;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=103345782;WS=103345764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr10	103550604	rs1124714	T	C	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	103560186	rs2305194	A	C	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=28;PP=864;SC=AAAAGCACAAAAATAGTTTTG;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=103560194;WS=103560176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	103567665	rs372242564	GA	G	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.559;QD=1.80;ReadPosRankSum=-1.212;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr10	103587552	rs2305189	G	A	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=54;PP=2063;SC=GGGATGGCAAGAGAGAGGCAG;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=106;WE=103587560;WS=103587542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	103588734	rs1562364	A	G	4928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=45;PP=2150;SC=CCTTCCGCCCACACCTCAAGC;SOR=1.060;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=117;WE=103588742;WS=103588724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr10	103599325	rs874885	A	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=4;PP=592;SC=CCTCCTGCTCAGTAAGGAGGC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=103599333;WS=103599315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	103609704	rs7918620	G	T	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=36;PP=1028;SC=CCACAACCCTGAGCCCCATTC;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=46;WE=103609712;WS=103609694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	103717493	rs376923161	T	TA	203.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.000;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.524;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr10	103793181	.	C	CT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.434;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,13:0.18:72
chr10	103799758	rs11191190	C	T	3356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=26;PP=1239;SC=ACAACAAGGCCGCAGGCCTTA;SOR=1.016;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=70;WE=103799766;WS=103799748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	103991381	rs2281983	G	A	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=18;PP=703;SC=TCCACACGGCGATCTCCTCGC;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=103991389;WS=103991371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	104120743	rs200328809	A	C	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.968;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.22;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,98:0.98:100
chr10	104127171	rs2273555	G	A	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=34;PP=1784;SC=TGAAAACCCAGGAGTTCCTTA;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=91;WE=104127179;WS=104127161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	104128954	rs7902882	T	A	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=30;PP=1482;SC=GTCTGTTCTCTTCCTCTTTTC;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=81;WE=104128962;WS=104128944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr10	104136469	rs2180707	T	C	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=68;PP=2017;SC=TGTCCTTCATTGTGCGTGATG;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=121;WE=104136477;WS=104136459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr10	104157711	rs7897947	T	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=521;SC=TTGCATCATCTCAACTAATCC;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=104157719;WS=104157701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	104157727	rs4919632	C	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=11;PP=606;SC=AATCCATATCCCACTCCATAG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=104157735;WS=104157717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	104159196	rs4919633	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=21;PP=674;SC=CCGCGGAGCCAAGCGCCCCCT;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=104159204;WS=104159186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	104160434	rs4919634	A	G	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=21;PP=600;SC=TACACCTGGCAGTCCGAGCCC;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=104160442;WS=104160424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	104161967	rs7077329	T	C	9043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=103;PP=2965;SC=GCCGGAGGCCTGAGGCTTTGA;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=105;TCR=105;TR=207;WE=104161975;WS=104161957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr10	104163489	rs7068416	G	A	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=12;PP=670;SC=TGAGGCTTAGGTTAAGCAACC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=104163497;WS=104163479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	104174895	rs2282295	G	A	6798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=66;PP=2554;SC=CTGTCTCGGAGTACTTGGCTG;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=71;TCR=67;TR=137;WE=104174903;WS=104174885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr10	104196465	rs2224374	T	C	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=139;SC=TAACTTTGACTCGGGCTACTC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=104196473;WS=104196455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	104210735	rs2281878	C	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	104214048	rs1571003	A	T	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=24.59;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr10	104214080	rs148334455	CT	C	1321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;MQRankSum=0.367;QD=16.95;ReadPosRankSum=1.440;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,71:0.91:78
chr10	104230437	rs3740416	C	G	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=9;PP=1056;SC=GCGCCGGGCTCTCCTCAAGGG;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=104230445;WS=104230427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	104231234	rs913028	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=234;SC=GCTGGGAACTTGGCCACGCAT;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=12;WE=104231242;WS=104231224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	104235809	rs7923675	G	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.75;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	104268858	rs139516830	AG	A	457.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=466;SC=TACAAAGTAGAGCGCCTTAGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=104268868;WS=104268850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	104268860	rs185072800	C	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=290;SC=CAAAGTAGAGCGCCTTAGCTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=104268868;WS=104268850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	104356822	rs10786690	A	G	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=698;SC=CTGTAAGAGCAGTGGCTGAAA;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=104356830;WS=104356812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	104359350	rs3824756	T	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=41;PP=1075;SC=GACTTTTTTCTGAAGGGCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=63;WE=104359358;WS=104359340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	104375258	rs2001389	G	A	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=22;PP=591;SC=CCCAGCAGGCGTCCTCCAGGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=104375266;WS=104375248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	104378688	.	C	CGTGTGT	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	104378750	rs10786698	G	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	104386934	rs17114803	T	C	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=38;PP=1816;SC=CTTCACAGATTCTGTTGACCG;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=91;WE=104386942;WS=104386924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	104387019	rs12414407	T	C	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=46;PP=1632;SC=GTTTGACTTTTCCTGACAACA;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=84;WE=104387027;WS=104387009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr10	104389932	rs4917980	T	G	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=45;PP=1244;SC=GGCCCTGCAGTGGCCAGCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=104389940;WS=104389922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	104404968	rs144444424	GCA	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=2.335;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,7:0.11:66
chr10	104415720	rs4274160	T	C	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=2;PP=1053;SC=TGGCCACCCCTACCCCTGCCA;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=39;TCR=2;TR=41;WE=104415728;WS=104415719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	104436641	rs8354	C	T	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	104436724	.	G	A	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=46;PP=1515;SC=GCAGAGAAAGGCAGTGTTAGT;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=104436732;WS=104436714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	104445545	rs3832710	AG	A	261.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=287;SC=TCATGTTGCCAGGTGGCCAAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=104445553;WS=104445535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	104459079	rs59504153	TAA	T	1852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=835;SC=TCCATGTTTCTAACACATGGC;SOR=1.005;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=19;WE=104459088;WS=104459069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	104473813	rs2248684	C	A	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=13;PP=929;SC=GCCTCGGACCCGCTGCAAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=47;WE=104473829;WS=104473803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	104474046	rs71019606	CCCT	C	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=4.162;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,21:0.10:201
chr10	104474107	rs2248679	G	A	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=53;PP=1437;SC=CTGCGGCGCCGCCCCCGACGT;SOR=0.967;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=85;WE=104474115;WS=104474097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	104486304	rs2244647	G	C	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=9;PP=831;SC=ACAGTGGGACGTGCTCAGGTC;SOR=2.007;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=37;WE=104486312;WS=104486294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	104486974	rs2244524	C	T	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=860;SC=GGTCAGGGAGCCATACTATGA;SOR=1.316;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=104486982;WS=104486964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	104487072	rs2244518	G	T	131.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=4;PP=57;SC=TTTAACCCTCGCAACAACCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=104487080;WS=104487062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	104489011	rs2244254	G	C	2656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=25;PP=1475;SC=CTTTCTCCCTGAAGCCCGTGG;SOR=1.298;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=73;WE=104489019;WS=104489001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	104492707	rs2778037	G	C	3666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=47;PP=1662;SC=CCCAGAGTGCGTCCAGCCACA;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=85;WE=104492715;WS=104492697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr10	104536360	rs4147157	G	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=312;SC=CAGAGCCACCGTGTTCTTAAC;SOR=2.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=104536368;WS=104536350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	104591152	rs10883783	T	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	104594507	rs1004467	A	G	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=13;PP=732;SC=GTCAGGGTCTACTAGAACCTG;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=104594515;WS=104594497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	104596924	rs6163	C	A	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=639;ReadPosRankSum=1.076;SC=CCATACGAACCGAATAGATGG;SOR=0.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=104596932;WS=104596914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,75:0.99:76
chr10	104596981	rs6162	G	A	2434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	104597152	rs743572	A	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=31;PP=910;SC=GATAGACAGCAGTGGAGTAGA;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=104597160;WS=104597142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	104629254	.	TCCTGAGTCGCAGGCCGAGGAGACAGTGAGTGCGCGC	T	190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	104629465	rs3740400	T	G	5240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=72;PP=2965;SC=TGTCCTCCCCTCACCCCTCGG;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=141;WE=104629473;WS=104629455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr10	104629793	rs3832685	G	GCTC	2216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=11;PP=2017;SC=TGCAGTCACAGCTCTTCTCCC;SOR=2.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=36;WE=104629801;WS=104629783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	104636855	rs3740392	T	C	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=58;PP=1448;SC=AACTCCTTTCTGCTAATAGCC;SOR=1.343;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=89;WE=104636863;WS=104636845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	104637992	rs10786719	A	G	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=1;PP=202;SC=TAGACCTTGGAGGGATGCTCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=104638000;WS=104637985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	104638053	rs143379056	TTAATTA	T	1175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=7;PP=738;SC=CATGTCCTAATTAATTATATA;SOR=1.528;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=13;WE=104638066;WS=104638043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	104660256	rs10748835	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=160;SC=TCTCTGTTCTGTGTAAGTCAA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=104660264;WS=104660246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	104679371	rs2297785	C	T	9768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=1.464;SC=CCATCTTCCTCACCAAGTTTT;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=242;TCF=113;TCR=129;TR=238;WE=104679379;WS=104679361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,384:0.99:386
chr10	104814162	rs2275271	T	C	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=70;PP=1873;SC=AGACAGACAGTGAGATGAAGG;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=52;TCR=70;TR=122;WE=104814170;WS=104814152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr10	104850568	rs3736924	TC	GT	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=22;PP=2213;SC=CAAGATTGATTCTTGGCTCAT;SOR=0.850;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=45;WE=104850577;WS=104850558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	104850632	rs3736922	G	A	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=33;PP=1602;SC=AATAAATCAGGAATGTGAAAA;SOR=0.973;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=77;WE=104850640;WS=104850622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	104855593	rs79927334	T	C	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=18;PP=1068;SC=AAGTAGGACTTTTCTGGGTGG;SOR=1.286;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=54;WE=104855601;WS=104855583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	104855656	rs1926030	T	C	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	104857956	rs117396605	T	C	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=53;SC=AGTTCCCATATATTCTTCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=104857964;WS=104857946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	104860395	rs2863727	T	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=9;PP=365;SC=AAATCTTGCCTGGCCTGGGAA;SOR=1.075;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=27;WE=104860403;WS=104860385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	105063636	rs59709249	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=11;PP=589;SC=TCCTTTGTTTCCCTCCTCATA;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=105063644;WS=105063626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	105108455	rs4917387	T	C	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=2;PP=107;SC=ACAATTGTAATTTATATATTC;SOR=1.329;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=105108463;WS=105108445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	105110740	rs113359610	A	AGGAGGC	3398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=1876;SC=GCGGGGAGACAGGAGGCGGAG;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=29;WE=105110748;WS=105110730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	105127708	rs10883858	G	A	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=1;PP=201;SC=TGGCGAAAATGCAATCACGCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=105127716;WS=105127698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	105139888	.	C	CT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=-1.388;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr10	105144986	rs7069667	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=406;SC=ATAGTCAAATATATATAAAAT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=105144994;WS=105144976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	105146825	rs58575527	GAACT	G	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=276;SC=GGCCCACTCAGAACTAACTTT;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=105146836;WS=105146824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	105165615	rs7919031	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	105174869	rs2271750	G	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=13;PP=411;SC=TGAAGAATCCGGAGAAGAAGT;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=105174877;WS=105174859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	105184688	rs2296512	G	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=473;SC=GGCCATGAGTGAGTGACCATG;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=105184696;WS=105184678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	105194086	rs2986014	C	T	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=48;PP=1395;SC=CTCCAAGACCCTCTTATGTCT;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=105194094;WS=105194076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	105215016	rs2986016	A	G	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=15;PP=929;SC=AGCTGGCCACACCTCACACTT;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=105215024;WS=105215006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	105218252	rs2986017	A	G	7862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=80;PP=2965;SC=CCGGCGGCCCAGCGGCCGCTT;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=97;TCR=80;TR=176;WE=105218260;WS=105218242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr10	105218359	rs2986018	T	C	6604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=93;PP=2851;SC=CGCTGTAGGCTGCATTGTAGC;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=77;TCR=93;TR=170;WE=105218367;WS=105218349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr10	105233174	rs143800079	T	TGGGGGCTCAGGCACTGCG	3831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.294;NF=10;NR=20;PP=2969;ReadPosRankSum=-1.001;SC=CCAGGCCTTCTGGGGGCTCAG;SOR=0.928;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=30;WE=105233182;WS=105233164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr10	105254090	rs2986041	G	T	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=26;PP=1199;SC=GCACCTCAGCGCCTGCCCGGC;SOR=1.046;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=68;WE=105254098;WS=105254080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	105361816	rs4918031	T	G	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=59;PP=2119;SC=GGGACACGGGTATGCTGTTGC;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=107;WE=105361824;WS=105361806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	105362179	rs3740473	G	A	6386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=70;PP=2965;SC=GTGCTTGGACGCGCCTCTCGA;SOR=0.955;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=95;TCR=71;TR=165;WE=105362187;WS=105362169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr10	105362209	rs4917396	T	C	6854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=72;PP=2965;SC=GGCTGTCTGATTTGCCTTCGT;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=107;TCR=72;TR=179;WE=105362217;WS=105362199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr10	105362287	rs3740472	C	G	11480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=114;PP=2965;SC=CGTTCTCATCCAGCACCAAAT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=159;TCR=114;TR=273;WE=105362295;WS=105362277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr10	105365386	rs7088714	A	G	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	105428453	rs10533306	CAG	C	11906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=96;PP=2982;SC=AGAGGAGAACCAGAGAGAGAG;SOR=0.902;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=120;TCF=16;TCR=104;TR=112;WE=105428462;WS=105428443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr10	105561300	rs148335179	T	TACACACAC,TACACAC	320.75	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=64.03;NF=0;NR=6;PP=214;SC=TATGTCTAAATACACACACAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=105561308;WS=105561290;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:8
chr10	105614884	rs4918064	A	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=12;PP=1583;SC=TGGGAGGGGCAAGGGGCCATC;SOR=2.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=66;TCR=12;TR=78;WE=105614892;WS=105614874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	105615074	rs10883928	C	T	10286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=91;NR=125;PP=2965;SC=CTTCTCATCCCGGCCGGGCTC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=91;TCR=126;TR=216;WE=105615082;WS=105615064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr10	105615105	rs10883929	G	C	6412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr10	105657316	rs10786775	G	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=9;PP=939;SC=TTGGTCGGAGGAGGCACTGTG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=105657324;WS=105657306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	105659826	rs2487999	T	C	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=21;PP=671;SC=TTACAGTAAGTGGTGGCATGA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=44;WE=105659834;WS=105659816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	105752229	rs2476952	C	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=0;PP=52;SC=TTTAGTATATCGTTTCCATAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=105752237;WS=105752219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	105752331	rs35624310	CT	C	270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=-1.440;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,19:0.83:23
chr10	105752503	.	C	T	21	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=21;QD=27.8856062736;SC=ATGTAAGTATCGAGTAAAGTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=105752511;WS=105752493;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	105759018	rs55977639	G	A	5205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=68;PP=2054;SC=CAATGCGAGTGCTGCTAAAAA;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=122;WE=105759026;WS=105759008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr10	105759749	rs112226841	A	ATCTC	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=453;SC=TTATTTTAACATCTAAGAATG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=105759757;WS=105759739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	105762591	rs805657	G	A	6159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=76;PP=2560;SC=ATAGGAACATGTGAGGCAGCA;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=144;WE=105762599;WS=105762581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr10	105768048	rs150068060	C	T	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=55;PP=1730;SC=AAGCCAAACGCATCAAAGGAG;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=102;WE=105768056;WS=105768038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr10	105768158	rs805664	A	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=30;PP=815;ReadPosRankSum=0.325;SC=CTTTTTTTTTAAAAAAATTGT;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=39;WE=105768166;WS=105768148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr10	105778129	rs10786782	A	G	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=290;SC=TATAACCCTTAAAATTTCTTC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=105778137;WS=105778119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	105791929	rs805687	C	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=517;SC=CCTCTGGAGACCTTGGACCTA;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=105791937;WS=105791919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	105792077	rs805688	A	G	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	105792205	rs813943	A	C	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=22;PP=845;SC=GCCCCATTTCAACACCAGCTT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=105792213;WS=105792195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	105792539	rs41302703	A	G	1674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=25;PP=1034;SC=GGCGTAACTAAGTAATACATG;SOR=0.986;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=45;WE=105792547;WS=105792529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	105793173	rs1747675	T	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.990;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=525;ReadPosRankSum=1.379;SC=AGCAGGGATCTCCCAGTACCC;SOR=2.884;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=22;WE=105793181;WS=105793163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr10	105796449	rs2476957	A	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=17;PP=433;SC=CGCAGCCATGATCCAGCCACA;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=105796457;WS=105796439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	105796738	rs805714	A	C	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	105796819	rs2476958	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=6;PP=319;SC=GCACAGCCAGAATGTCTTCAG;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=105796827;WS=105796809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	105797045	rs112023412	AT	A	208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=16.06;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	105797693	rs61382109	TA	T	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=11;PP=402;SC=GTCCTTCCCCTAAATTACAGA;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=105797701;WS=105797683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	105797989	rs34114426	TACACACAC	T	604.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.94;QD=37.80;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	105799524	.	C	CCA	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.891;QD=14.87;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr10	105803080	rs2147269	A	G	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=371;SC=GTGAAGTAGGATAACTGATCT;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=105803088;WS=105803070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	105805436	rs805720	G	A	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=21;PP=901;SC=TGGCCAGAGAGAGGCCTCCTC;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=105805444;WS=105805426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr10	105810400	rs805722	T	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=304;SC=GGTGGTCCCATTGGTCCTTTG;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=105810408;WS=105810390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	105810879	rs805723	C	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=595;SC=AACACATTGTCGAGTCTTGGC;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=105810887;WS=105810869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	105814826	rs805691	C	A	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=41;PP=1351;SC=CCATACTCTGCCTTGTATTTT;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=78;WE=105814834;WS=105814816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr10	105814937	rs805692	C	T	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=25;SC=CATTGCTGGGCTTCTCTTAGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=105814945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	105815202	.	T	TCTCACACA	1247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=23;PP=444;SC=ACATCTCCTGTCACACACACA;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=25;WE=105815210;WS=105815192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	105815241	rs1747677	A	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;QD=39.20;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	105816685	rs805696	T	C	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=162;SC=GCAGTGGGGCTGGCCTGCCTC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=105816693;WS=105816675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	105816916	rs805698	C	T	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=53;PP=1765;SC=CCACTGCTGCCGTAGCTGTGG;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=49;TCR=53;TR=102;WE=105816924;WS=105816906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr10	105817043	rs805699	C	T	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=586;SC=TGGGGGCTTTCAAGTTCCTGT;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=105817051;WS=105817033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	105819956	rs805701	G	A	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=25;PP=1082;SC=TCTCCTTCTTGGCAGGTGTGT;SOR=0.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=59;WE=105819964;WS=105819946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	105821136	rs805704	A	T	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=16;PP=642;SC=ACCAGCCTGAACCCTGGCAGC;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=36;WE=105821144;WS=105821126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	105821294	rs805705	A	G	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=18;PP=529;SC=GAGAAGCCTGATCAGCCCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=105821302;WS=105821284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	105821836	rs805706	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=270;SC=ACAGCCTTCCCTGTGTGCTTG;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=105821844;WS=105821826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	105824333	rs805708	G	A	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=21;PP=885;SC=ATCCAGGATCGTTGCATCGTA;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=105824341;WS=105824323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	105831714	.	GCACA	G	78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=78;QD=28.0;SC=ACACACGCATGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=3;WE=105831725;WS=105831704;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
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chr10	105990647	.	C	CT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr10	105991884	rs789577	T	G	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	106057339	rs34145840	C	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=6;PP=657;SC=TTTTTAGATTCTTGAGTATCA;SOR=1.828;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=32;WE=106057347;WS=106057329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	106116433	rs111813538	A	AT	127.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TTTTTCTGAGATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=106116441;WS=106116423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr10	106159305	rs10509772	G	A	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=25;PP=710;SC=AACAGACACGGGTATTTAATT;SOR=1.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=106159313;WS=106159295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	106163533	rs41291850	C	T	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=13;PP=634;SC=GGAGAGGACACGCTGCCGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=106163541;WS=106163523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	106163753	rs7087640	T	C	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=13;PP=355;SC=AAATTGAGTTTTCTCAGAACC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=106163761;WS=106163743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	106974123	.	AAC	A	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DP=360;ExcessHet=3.0103;FS=1.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=4.200;QD=0.28;ReadPosRankSum=1.626;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,34:0.10:348
chr10	108371571	rs137930414	A	AGTTT	1663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=10;PP=703;SC=CTGCTGGGTTAGTTTGTTTGT;SOR=1.040;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=14;WE=108371579;WS=108371561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	108380006	.	CAG	C	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=52;QD=19.6666666667;SC=GGAGAGGGGCCAGAGAGAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=3;WE=108380015;WS=108379998;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,3:0.17:18
chr10	108389249	rs1322004	T	C	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=128;SC=TCAGGCATGATGGCAGCCCTG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=108389257;WS=108389239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	108427682	rs66783381	CA	C	167.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	108432828	rs11193010	C	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=23;PP=602;SC=GGGGCGTTCACCCTGAGCTAA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=108432836;WS=108432818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	108439103	rs821929	A	C	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=38;PP=966;SC=AGAAAGAGAAAGGTGCCATTA;SOR=0.999;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=61;WE=108439111;WS=108439093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr10	108447836	rs821935	C	T	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=12;PP=849;SC=CCCTTCCCCACTCCCTTTTGT;SOR=1.685;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=46;WE=108447844;WS=108447826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	108466412	rs2756231	C	T	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=50;PP=1427;SC=AAAAACAAGACTGTAAGAAGC;SOR=1.251;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=108466420;WS=108466402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	108469161	rs2756232	C	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	111440605	rs7898586	A	G	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=24;PP=1283;SC=TTCATTACAGAAAGAGATTAG;SOR=0.979;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=59;WE=111440613;WS=111440595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	111440719	rs7915504	T	A	4267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=49;PP=1925;SC=TCTAGTCACTTGTAAACAATG;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=102;WE=111440727;WS=111440709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr10	111625108	rs483072	T	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=17;PP=494;SC=TATTCACCACTACATCTTTAA;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=111625116;WS=111625098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	111630731	rs612155	G	C	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=46;PP=1309;SC=ATTATGTGTGGCTCCAGAACG;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=66;WE=111630739;WS=111630721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	111633025	rs642938	A	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=226;SC=TTACTACCCCACATGTAATTT;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=111633033;WS=111633015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	111646147	rs623980	A	G	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=49;PP=1698;SC=CCCAGAAAGCAGTAGGAACCC;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=111646155;WS=111646137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr10	111647738	rs472049	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=4;PP=281;SC=GAGGACGAGGCTGGAGACAAT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=111647746;WS=111647728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	111667702	rs686155	T	C	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=85;SC=TTCAAATTGATCACTCCACCA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=111667710;WS=111667692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	111683280	rs145751207	CGGCG	C	1043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=585;SC=GCGCGAGAGCCGGCGGGCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=111683291;WS=111683270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	112004562	rs199913141	CT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr10	112266822	rs1889566	GC	AT	14350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=92;PP=2947;SC=CGAGGCCTGCGCGACCCACCT;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=171;WE=112266831;WS=112266812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr10	112327678	rs55750861	C	CA	2452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=28;PP=1241;SC=CGCAGCCTCTCCCCTGTCTCC;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=32;WE=112327686;WS=112327668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	112328838	rs4917577	C	G	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=329;SC=CTGTCCATTTCTATATTGGCT;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=112328846;WS=112328828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	112349204	rs2419572	A	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=7;PP=201;SC=TTAAGACAATAAACACGTTTA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=112349212;WS=112349194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	112356331	rs7075340	G	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=14;PP=337;SC=TTTGTGCATAGTGATAGATAT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=112356339;WS=112356321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	112360315	.	G	GT	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;ClippingRankSum=0.000;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=4.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.430;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr10	112361665	rs61861700	T	C	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=27;PP=666;SC=TTTGAAGTCTTGTTACAAATT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=112361673;WS=112361655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	112361870	rs2419565	A	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.57;QD=24.18;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	112362019	rs2039874	G	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=213;SC=TTTTAAAGCTGTTTTCCTCAT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=112362027;WS=112362009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	112541676	rs61862866	T	C	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.61;SOR=1.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	112541676	.	TAG	CAA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=24;NR=53;PP=2947;QD=20;SC=GAGCCACAGCTAGAAGCCTGG;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=25;TCR=56;TR=77;WE=112541686;WS=112541666;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,77:0.95:81
chr10	112541678	rs61862867	G	A	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.24;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	112543217	rs6585012	G	A	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=16;PP=461;SC=AGGCTCATGCGTAGGCTCAAC;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=112543225;WS=112543207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	112544063	rs7898438	A	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=7;PP=388;SC=TGTTTAACTTATTAAGGAGCC;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=112544071;WS=112544053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	112572458	rs1417635	G	C	8626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=121;PP=2965;SC=AAAGCCAAGTGGGACAAGTAT;SOR=0.887;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=90;TCR=123;TR=211;WE=112572466;WS=112572448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr10	112579663	rs11195343	C	T	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=292;SC=ATCTATAAAACGAAGATGCTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=112579671;WS=112579657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	112580880	rs10787283	C	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=6;PP=327;SC=GAGTTGGTGCCGTGGGACTTG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=112580888;WS=112580870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	112583189	rs201149204	CTTTTTTTTTTTTTT	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr10	112590810	rs7070640	G	C	6673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr10	112595719	rs942077	G	C	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=33;PP=949;SC=GCCACGCTTCGAAAGGAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=112595727;WS=112595709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	112641053	rs7081726	A	G	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	112667273	.	G	GAA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.850;QD=3.51;ReadPosRankSum=1.342;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr10	112764594	rs1980869	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=17;PP=458;SC=ATTGCTTTAATTGGTACTTCC;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=112764602;WS=112764584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	113913222	rs2297991	T	C	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=21;PP=858;SC=GACCCTGCGATGGCACCTTCA;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=113913230;WS=113913212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	113917085	rs2254537	T	A	5728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=81;PP=2623;SC=ACAAAGGTTCTGGAAGCTTCT;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=58;TCR=81;TR=139;WE=113917093;WS=113917075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	113917982	rs6585140	C	G	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=22;PP=1341;SC=TGCCACCATGCCTGGCCAATT;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=113917990;WS=113917972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	113920465	rs2277207	G	A	6434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=83;NR=69;PP=2904;SC=AAAACTCATCGTTCCTGCTAG;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=84;TCR=69;TR=152;WE=113920473;WS=113920455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr10	113920652	rs3824626	T	C	2142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=55;PP=1265;SC=AACGGTATCATGATGGTGGAA;SOR=1.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=24;TCR=55;TR=79;WE=113920660;WS=113920642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	113921354	rs2250802	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=5;PP=499;SC=CTGCCCCTGAGTATGTATCTG;SOR=1.562;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=27;WE=113921362;WS=113921344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	113923595	rs10736219	C	G	7692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=95;PP=2965;SC=TTTCAAAAATCAACACACAAC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=79;TCR=98;TR=172;WE=113923603;WS=113923585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr10	113926012	rs10749108	G	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=472;SC=AAAAATTTAGGCAACACCACC;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=113926020;WS=113926002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	113928487	rs2251579	A	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=4;PP=575;SC=TACCAAACTCAAGCAATAATC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=113928495;WS=113928477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	113935379	rs10787428	T	C	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=34;PP=1388;SC=CAGCACATTTTCAGTCACATT;SOR=0.791;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=67;WE=113935387;WS=113935369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr10	113937941	rs2487294	G	T	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=265;SC=AAAATCTTAGGGAAGAAAAAA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=113937949;WS=113937931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	113940329	rs2792751	T	C	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=66;PP=1829;SC=GATCTGAAGATGGTGGGTCTA;SOR=0.892;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=112;WE=113940337;WS=113940319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	114053492	.	AAAG	A	971.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=1661;ReadPosRankSum=1.484;SC=ATTTCCTTCCAAAGAATGCCA;SOR=0.669;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=12;WE=114053530;WS=114053482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr10	114053499	.	GC	G	995.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.534;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,29:0.35:82
chr10	114053506	.	TCTCCATCAAGAAAGAAG	T	1022.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.600;SC=AATGCCAAGTTCTCCATCAAG;SOR=0.724;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=12;WE=114053530;WS=114053482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,29:0.37:78
chr10	114061979	rs10749114	G	A	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=23;PP=679;SC=CTTTGGCCCCGGCAAAACTTT;SOR=1.234;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=33;WE=114061987;WS=114061969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr10	114168056	.	CA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.031;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.190;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,14:0.23:62
chr10	114197982	rs3736059	A	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=137;SC=TTTCACTTTTAGGCACTTTTC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=114197990;WS=114197972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	114200355	rs2306159	G	A	4884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr10	114202219	rs11195961	C	T	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=350;SC=CCATGAGCTACGAGAGAATTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=114202227;WS=114202209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	114710869	rs72101402	AC	A	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=28.62;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	114724473	rs11196171	A	G	3763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.90;QD=36.90;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr10	114724498	.	A	ATGATGG	1934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.52;MQRankSum=0.478;QD=36.50;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr10	114889837	rs34096467	TC	T	227.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=121;SC=CTATGCTTTTTCCCCCCCCTT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=114889845;WS=114889827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	114903859	.	C	CTG	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=-0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.66;MQRankSum=1.050;QD=12.59;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr10	114910667	rs113579124	G	GT,GTT	2699.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.77;ReadPosRankSum=-2.126;SOR=0.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,82,43:0.63,0.33:130
chr10	115334124	rs3740530	C	T	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=64;PP=1969;SC=CACTTACCCACGCTGAGAATC;SOR=0.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=105;WE=115334132;WS=115334114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	115335843	rs911709	A	G	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=31;PP=875;SC=AGCACTGCGCAATGCCATGGA;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=115335851;WS=115335833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	115336758	rs2302374	A	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=5;PP=903;SC=AATTAGACAGAAGCCTTGTCC;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=115336766;WS=115336748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	115338615	rs11575684	A	G	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=31;PP=800;SC=AAAACAGATCATTGAAATTCA;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=115338623;WS=115338605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	115340492	rs2286742	G	A	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	115341545	rs2181082	G	C	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=6;PP=766;SC=CTGCTCAGCTGTTGGGCTCAG;SOR=2.613;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=36;WE=115341553;WS=115341535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	115343803	rs911703	C	T	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=3;PP=496;SC=ATGGTGGGGGCAGGTGGGGCT;SOR=2.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=115343811;WS=115343793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	115343831	rs911701	A	T	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=721;SC=GGCCACCTTCATGAGCAAGTT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=115343839;WS=115343821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	115343852	rs911700	C	G	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=13;PP=858;SC=GGAGCTGGTGCTTCTCTGACA;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=115343860;WS=115343842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	115345850	rs3781378	T	C	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=379;SC=CCCCTGGCCCTCTGGTGCATC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=115345858;WS=115345840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	115349397	rs11196388	AG	A	1668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=10;PP=1138;SC=CTTGCAAGCCAGGGGTGGCTT;SOR=1.958;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=31;WE=115349405;WS=115349387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	115357078	rs12241995	G	A	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=34;PP=1010;SC=CTTCTTGGTAGGTACCTAACA;SOR=2.428;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=39;WE=115357086;WS=115357068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	115357131	rs113389465	CA	C	456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=533;SC=TGATATGGAACATTTTACAGG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=115357139;WS=115357121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	115370254	rs12243176	A	G	9846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=56;PP=2201;SC=TCCTCCCTTCAATCTCTAACG;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=121;WE=115370262;WS=115370244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr10	115370274	rs10749138	T	C	10242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=63;PP=1970;SC=GTGCCTGGAATGACACATGCA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=128;WE=115370282;WS=115370264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr10	115371873	rs1539588	G	T	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=0;PP=133;SC=TTCAAAATAAGACTTGGGTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=115371881;WS=115371868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	115373851	rs2419850	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=563;SC=CCAATACCCATGTCCAGAAGG;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=115373859;WS=115373841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	115375528	rs11196397	C	A	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=24;PP=863;SC=GGTCAGCAGTCGGTGTGTAAT;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=115375536;WS=115375518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	115393929	rs3189030	G	A	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	115400958	rs1539592	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=2;PP=341;SC=TCTTACCTAGCCTTGGTTGTA;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=115400980;WS=115400948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr10	115401081	rs3127105	T	C	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=30;PP=1305;SC=CTTCATGCCCTGCCCCACTCC;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=73;WE=115401089;WS=115401071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	115401264	rs3121465	A	G	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	115405615	rs3127106	T	C	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=25.12;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	115405664	rs3121478	C	T	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=23.90;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	115405703	rs35741231	G	GAA,GAAA	2264.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;QD=29.80;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,58,18:0.76,0.24:76
chr10	115405791	rs3121479	A	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=21;PP=551;SC=CTTAATGTCAACATTTACTTA;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=115405799;WS=115405781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	115406485	rs3121483	C	T	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=263;SC=GCTATGCTGGCTGTCCGTGTC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=115406493;WS=115406479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	115410234	rs2185913	T	C	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=22;PP=1641;SC=GGCTATCTGATAGGCGGGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=78;WE=115410242;WS=115410224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	115411614	rs2154028	A	G	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.56;ReadPosRankSum=-0.795;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr10	115412686	rs3121488	G	A	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=21;PP=1152;SC=AAGCACCCAGGCACTCACTTG;SOR=1.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=115412694;WS=115412676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	115417289	rs1891762	G	A	6381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=69;PP=2387;SC=TCATGTCCCAGTGAAAAACTG;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=132;WE=115417297;WS=115417279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr10	115423094	rs12770981	G	C	6207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr10	115439530	rs28411397	G	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.65;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	115439569	rs7921977	C	T	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	115481018	rs3814231	C	T	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=18;PP=527;SC=CTGCACCTACCTACTGTGGCA;SOR=0.850;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=32;WE=115481026;WS=115481008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	115489152	rs2227310	C	G	6041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=56;PP=2619;SC=ACGGAAAAGACCTGGAAATCA;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=130;WE=115489160;WS=115489142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr10	115489167	rs2227309	G	A	6237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=62;PP=2603;SC=AAATCATGCAGATCCTCACCA;SOR=0.856;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=81;TCR=62;TR=141;WE=115489175;WS=115489157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr10	115525175	rs4631835	T	C	5274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr10	115529576	rs41292632	T	A	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=19;PP=1258;ReadPosRankSum=-1.036;SC=AAGAACCCTCTTCTACTCCAG;SOR=1.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=65;WE=115529584;WS=115529566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,112:0.98:114
chr10	115533975	rs3750903	T	C	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.86;SOR=2.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	115535426	rs7899829	G	A	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=1;PP=249;SC=CCTGGACAATGTCATCTCAGA;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=115535434;WS=115535416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	115535599	rs3750901	T	C	5191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=53;PP=1874;SC=ACTATCTTGCTCTCACAGAAG;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=108;WE=115535607;WS=115535589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr10	115537960	rs2900990	C	T	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=65;PP=1938;SC=AAGTGAGAGGCTGGTTTTCAA;SOR=1.358;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=99;WE=115537968;WS=115537950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	115540311	rs11196482	T	G	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=18;PP=1016;SC=GAAGCAACAATCTTAAAGATA;SOR=1.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=56;WE=115540319;WS=115540301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	115540411	rs11196483	T	C	4887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,191:0.99:193
chr10	115805056	rs1801253	G	C	9885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=107;NR=136;PP=2965;SC=GGCCTTCCAGGGACTGCTCTG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=243;TCF=107;TCR=136;TR=243;WE=115805064;WS=115805046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr10	115889872	rs606682	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=686;SC=GCAGAGGGCTATGTCATTCAT;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=115889880;WS=115889862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	115962953	rs17091414	A	G	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=632;SC=TTTTTCTTCAATCTCCATAGA;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=115962961;WS=115962943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	115978429	rs642602	C	T	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=214;SC=GTTAACATTTCGTGTGAGTTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=115978437;WS=115978419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	116013367	rs59164459	CT	C	10094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=75;PP=2967;SC=GCCTCCTCCCCTCTCAGCATT;SOR=0.701;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=26;TCR=75;TR=100;WE=116013375;WS=116013357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr10	116073801	rs621375	T	C	5678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=91;PP=2948;SC=CCTTGGAGGATTTGTAGCACT;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=60;TCR=92;TR=151;WE=116073809;WS=116073791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr10	116075228	rs694883	A	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	116075271	rs377755078	T	TCC	1383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.294;NF=12;NR=18;PP=728;ReadPosRankSum=-2.223;SC=CCCTGCCCCTTCCCCAAGGAG;SOR=1.244;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=30;WE=116075280;WS=116075261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr10	116079505	rs10885547	G	A	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=32;PP=814;SC=AGACCCAGATGTGGCAACTCG;SOR=1.318;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=48;WE=116079513;WS=116079495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr10	116079535	rs17586071	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=20;PP=619;SC=CCACCAGAGGTTAGTGCTTGC;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=116079543;WS=116079525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	116085744	rs66638979	G	C	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=37;PP=1653;SC=CGTCAGGTGGGTCCCATCTGG;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=116085752;WS=116085734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr10	116085782	rs111594798	G	GCCC	8572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=40;PP=2760;SC=CCGAGATCTGGCCCAAGGTCA;SOR=0.704;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=53;WE=116085790;WS=116085772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr10	116091555	rs10787524	T	C	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=24;PP=724;SC=CCTGAACTGATGCTTACCATC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=116091563;WS=116091545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	116100320	rs4752395	T	G	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=19;PP=1187;SC=AACCATCTCTTTTGGCGTGGA;SOR=1.288;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=58;WE=116100328;WS=116100310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	116196143	.	G	GA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=-1.785;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,17:0.19:91
chr10	116304958	rs10885579	C	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=20;PP=526;SC=AAGGGCAGGACATATTTCTCC;SOR=3.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=116304979;WS=116304948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	116304971	rs2483595	T	C	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=252;SC=ATTTCTCCCCTGCCCAGTGTT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=116304979;WS=116304948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	116307504	rs2247528	A	G	4878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=58;PP=1985;SC=GCGCCTGCCCATTCTTGATAT;SOR=0.725;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=115;WE=116307512;WS=116307494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr10	116443940	.	T	A	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=18;PP=1302;SC=TTATCATAAGTGTAAAACAAT;SOR=1.431;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=116443948;WS=116443930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	116856543	rs1264777	T	C	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=174;SC=TCTTCTGTTTTCATTTGAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=116856551;WS=116856533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	116931101	rs3086141	C	CTT	1894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=1269;SC=ATGTTTTTCTCTAATAAAATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=26;WE=116931109;WS=116931091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	117075175	rs1953758	G	A	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=25;PP=758;SC=ATGCACCACAGTGAGATGGTT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=43;WE=117075183;WS=117075165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	117226880	rs17723399	T	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=278;SC=GACAGGATTATTTTGCTGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=117226888;WS=117226870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	117228946	rs12770375	C	T	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=6;PP=114;SC=TTGACTAATACAAAAACATGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=117228954;WS=117228936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	117278988	rs6421370	G	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=10;PP=261;SC=TCCCACAGAGGAGAGGTAACA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=117278996;WS=117278978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	117308880	rs1336109	A	G	251.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=171;SC=ACTTATATATATATGTATTTG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=117308888;WS=117308870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	117309098	rs1336108	G	A	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=168;SC=CAAATATATGGATCTCTATTG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=117309106;WS=117309088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	117357169	rs11197326	G	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=235;SC=TGCAACCTCCGCATCCTGGGT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=117357177;WS=117357159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	117856379	rs66851912	TGCACAC	T	539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=806;ReadPosRankSum=0.403;SC=TGCCTTTTTCTGCACACGCAC;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=19;WE=117856401;WS=117856369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr10	117986207	rs7094346	G	T	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	118031349	rs1362216	G	T	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.017;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.24;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr10	118031376	rs2532691	C	A	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	118031647	rs8192661	C	T	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=131;SC=AGCTGTGCTGCTCTGGCCGCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=118031655;WS=118031637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	118084468	rs41386650	A	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=20;PP=944;SC=GGATCCTCAGAGTTGGTTATA;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=118084476;WS=118084458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	118084657	rs2286630	T	C	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=32;PP=1055;SC=TGCTGGGTGCTTGGAGCAGAA;SOR=1.194;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=118084665;WS=118084647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr10	118187528	rs10885929	C	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	118196141	rs11197681	T	G	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=7;PP=625;SC=CAAAATTAAATTCTACTTTAA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=118196149;WS=118196131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	118202761	rs7896568	T	C	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=662;SC=TTGCAAGGTATTGATGTATAT;SOR=1.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=31;WE=118202769;WS=118202751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	118204039	rs5788162	AT	A	1638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=43;PP=886;SC=AGAAGAGTTGATTTTTTTTTA;SOR=1.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=2;TCR=47;TR=45;WE=118204047;WS=118204029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr10	118310802	rs200851172	CAA	C,CA	533.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.106;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,13,20:0.37,0.57:35
chr10	118313116	rs2915749	T	C	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=24;PP=1160;SC=TATGTAAATATACTTTATGAT;SOR=1.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=118313124;WS=118313106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr10	118313265	rs2915748	T	C	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=50;PP=1777;SC=CACCTTCCAATGTGCATGTCA;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=100;WE=118313273;WS=118313255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr10	118327091	rs45482192	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=398;SC=CAGTCCTTTATGTAGAAGAGG;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=118327099;WS=118327081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	118327140	rs45523539	C	T	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=8;PP=721;SC=GCACAGGGTGCGCCCTTCCCT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=118327148;WS=118327130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	118327175	rs45604937	A	G	3255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.00;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	118327185	rs45441691	C	T	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.90;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	118351182	rs7904117	G	T	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=340;SC=ATTGTCTTCAGACTGTCCCTG;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=118351190;WS=118351172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	118351905	rs1867991	A	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=546;SC=CGAAAACATGAAGCACTTCTG;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=118351913;WS=118351895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	118355695	rs2915765	A	T	8248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=74;PP=2965;SC=ACAGCAAAAAATGTCCTGAAA;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=127;TCR=74;TR=200;WE=118355703;WS=118355685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr10	118357490	rs2915764	C	T	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=57;PP=2198;SC=GCTGTGAGCACGCACAACTGT;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=120;WE=118357498;WS=118357480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr10	118363642	rs3010501	T	C	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=50;PP=1574;SC=ACCAGTACAGTATCTTCAGGT;SOR=1.077;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=83;WE=118363650;WS=118363632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	118364818	rs2915754	G	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=289;SC=TAATCTAGAAGAGAAAACAGC;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=118364826;WS=118364814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	118364842	rs2915753	A	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=405;SC=CTGGCATTGTATGGTAATTAG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=118364850;WS=118364832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	118380511	rs3010502	A	G	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=16;PP=505;SC=GCCCCATGTGAGCAGGGGATT;SOR=1.201;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=118380519;WS=118380501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	118383463	rs56189579	A	AG	5467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=43;PP=2712;SC=CTAGGAAAAGAGTCTGCTACG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=118383471;WS=118383453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr10	118451699	rs740595	T	C	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=5;PP=561;SC=AGGAAAGGGATGGCTCCTTGT;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=118451707;WS=118451689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	118451810	rs733216	A	G	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=38;PP=1958;ReadPosRankSum=-0.904;SC=ACCACCCTGGACATCTTGAGT;SOR=0.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=103;WE=118451818;WS=118451800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr10	118452044	rs2240711	G	T	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=48;PP=1507;SC=GCCTCCTGTGGCTTCACTGAA;SOR=1.346;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=118452052;WS=118452034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	118452099	rs2240710	C	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=663;SC=GTTTCAGGGTCCCCCAAACTT;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=118452107;WS=118452089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	118466662	rs144733258	GCGCACA	G,GCA	869.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=4,4;NR=10,10;PP=64,328;SC=GCACCCATGCGCGCACACACA;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14,14;WE=118466677;WS=118466652;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:22
chr10	118501765	rs3095121	A	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.23;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	118620459	rs11197835	A	C	6363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=72;PP=2955;SC=ATATCGCTCTACTGAAGCACA;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=160;TCF=87;TCR=73;TR=159;WE=118620467;WS=118620449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr10	118620732	rs56177931	TAA	T	259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.35;QD=23.61;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	118628036	rs1637571	G	A	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=2;PP=700;SC=GTGTGTGTGCGTGTATGTGTG;SOR=3.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=28;WE=118628044;WS=118628026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	118633548	rs1637574	A	G	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=21;PP=1497;SC=TGAATTCATTATTTATCCCTT;SOR=1.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=76;WE=118633556;WS=118633538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr10	118643670	rs2257791	G	A	2962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=30;PP=1257;SC=TAAGCAGGACGTATGTAAGTT;SOR=0.820;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=118643678;WS=118643660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr10	118646129	rs2531685	G	C	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=42;PP=1200;SC=AGAGAAAATAGTTGTCTCTGA;SOR=1.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=59;WE=118646137;WS=118646119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	118667346	rs2531690	A	C	7198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr10	118708315	rs10595325	GAGA	G	1318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=7;PP=551;SC=CACAATATAGGAGAAGATTTT;SOR=1.044;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=118708325;WS=118708305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	119001151	rs2619094	A	C	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=140;SC=TGGGGGGTCCACGGCCGCCTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=119001159;WS=119001141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	119014023	rs2072362	C	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=25;PP=661;SC=GTAAGGCCCCCGTGTAGGCAA;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=119014031;WS=119014013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	119014931	rs363420	C	T	6939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=60;PP=2035;SC=TGCTGGCACGCGCTTGGGCCA;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=45;TCR=60;TR=105;WE=119014939;WS=119014921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr10	119014948	rs363343	C	A	6834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=60;PP=1983;SC=GCCACACCTGCTTTCTGAAGA;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=102;WE=119014956;WS=119014938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	119026401	rs363266	T	C	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=632;SC=TTTCTGCCTTTGCTGTTACAA;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=119026409;WS=119026391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	119026566	rs363227	T	C	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=18;PP=556;SC=AGATGGCATTTGACAAGTGGG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=119026574;WS=119026556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr10	119027123	rs363228	C	A	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=130;SC=TCAAGACTTTCCGAGATGATT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=119027131;WS=119027113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	119027411	rs363271	G	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=333;SC=TCCGTGTAAAGACACCTGCTT;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=119027419;WS=119027401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	119029744	rs363272	G	A	5303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=71;PP=2620;SC=ACCTCAATACGTAATGGATAA;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=141;WE=119029752;WS=119029734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	119042761	rs363293	C	T	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=32;PP=1447;SC=CATTTGAAAGCTTAAATAGAC;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=75;WE=119042769;WS=119042751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	119307524	rs2240776	T	A	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=197;SC=AGGCACTTGATAGAAGGGTGC;SOR=2.147;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=10;WE=119307532;WS=119307514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	119768551	rs7923321	C	T	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=39;PP=1771;SC=ATGGTTCATACGGCACTCTGA;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=88;WE=119768559;WS=119768541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	119793629	rs2928118	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=257;SC=ACGCTACCACCGTACACAATT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=119793637;WS=119793619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	120070427	rs4751651	G	T	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	120070709	rs3213691	G	A	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	120070843	rs34120011	G	GA	490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=20.45;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	120081948	rs853911	C	T	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	120353910	rs1613448	T	C	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=29;PP=1423;SC=ACCACCACGATCACCACCAGC;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=67;WE=120353918;WS=120353900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	120445794	rs752483	G	A	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=47;PP=1261;SC=CCCAAAAAAGGCTTAAAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=12;TCR=47;TR=59;WE=120445802;WS=120445784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	120460715	rs2274314	G	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=10;PP=555;SC=TTCAGAAGATGTTAACATTGG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=31;WE=120460723;WS=120460705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	120803746	rs3740553	T	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=20;PP=565;SC=TTTGTACTTATAACAATATGA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=120803754;WS=120803736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	120817450	rs10886375	A	G	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=32;PP=1649;SC=ATTTTTTAATAACTAAGATGC;SOR=1.297;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=89;WE=120817458;WS=120817440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	120818609	rs6585524	C	T	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=305;SC=CTATAGGAAACATATCATAAA;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=120818617;WS=120818599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	120819453	rs10787901	A	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.43;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	120819458	rs10787902	T	C	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.06;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	120820224	rs3740555	C	A	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=9;PP=398;SC=GAGCACATAACATCACAAAAC;SOR=1.214;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=26;WE=120820232;WS=120820214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	120828969	rs7908387	A	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	120832872	rs1397616	T	C	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=102;SC=AAACATCTACTTCAAAAGGAA;SOR=1.863;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=8;WE=120832880;WS=120832862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	120864868	rs1511033	T	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=306;SC=AGCGCAATCATCGCTCTCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=120864876;WS=120864858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	120883117	rs372448900	CT	C	1245.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.969;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.481;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,115:0.75:154
chr10	120896027	rs11198799	G	A	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=33;PP=1161;SC=ACCTAGCACCGTTTTCAGAAG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=66;WE=120896035;WS=120896017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	120905972	rs141608372	T	TGC,TGTGC	2135.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=0,0;NR=26,26;PP=347,839;SC=TGTGTGTGTGTGCACGTGTGT;SOR=2.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=26,26;WE=120905983;WS=120905962;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.35,0.65:48
chr10	120905975	rs61874341	A	G	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=34;PP=1253;SC=GTGTGTGTGCACGTGTGTGTG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=120905983;WS=120905962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr10	120914692	rs17668734	G	A	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=60;PP=1800;SC=GGCTTGCACTGTAGATGTAAA;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=107;WE=120914700;WS=120914682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr10	120916467	rs2297696	A	G	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=238;SC=GCTTAGAGAGAGGTATGGAAG;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=120916475;WS=120916457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	120917269	rs2420494	A	T	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=20;PP=1489;SC=AAAGTACTTAATTAGCAAATA;SOR=1.630;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=57;TCR=20;TR=77;WE=120917277;WS=120917259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	120917616	rs2275112	G	A	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=56;PP=1994;SC=GTGTTGCTGTGGAAGGAGAAC;SOR=0.988;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=91;WE=120917624;WS=120917606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr10	120919246	rs2181118	T	C	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=50;PP=1649;SC=TCACCGTGGGTGCCATGAAAG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=51;TCR=50;TR=101;WE=120919254;WS=120919236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr10	120922017	rs12413842	T	C	6215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=68;PP=1987;SC=CTCACCAGCATGCACTGGACT;SOR=0.805;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=123;WE=120922025;WS=120922007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr10	120922075	rs35233430	T	C	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=47;PP=1544;SC=AGGCTCTCTATCCATTAGGAT;SOR=1.149;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=120922083;WS=120922065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	120923780	rs59832388	C	CT	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr10	120924874	rs933092	G	C	3204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=30;PP=1242;SC=TGCGTCCCCTGCCGCGCCCTA;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=120924882;WS=120924864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr10	120933324	rs3758609	G	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=8;PP=468;SC=CACAGTTCACGTCGTGAAATT;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=120933332;WS=120933314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	121093160	rs10886461	A	C	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=703;SC=CAGGGAGACTACTTAGGTGCT;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=121093168;WS=121093150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	121140511	rs4751714	A	G	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=27;PP=827;SC=CAAAGGAAAAAATAGATCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=121140519;WS=121140501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	121140534	rs2275037	C	G	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=21;PP=633;SC=GGTTAGAAGACTGAGGAATAA;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=121140542;WS=121140524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	121156151	rs41284420	C	T	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=12;PP=626;SC=GGTTCTGTAACTATAAGAAGC;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=121156159;WS=121156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	121184780	.	T	TACACACACACAC	96.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=32.12;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	121190113	rs915120	T	C	229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=9;PP=152;SC=TCAGTGGCCTTGGGGCTATCA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=121190121;WS=121190103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	121199189	rs2245364	T	C	5757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=57;PP=2513;SC=GATGCCAGTGTATCCTACCTG;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=136;WE=121199197;WS=121199179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr10	121199437	rs915116	T	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=27;PP=575;SC=AAGCTGTGAGTGTGAACAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=121199445;WS=121199427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	121201626	rs2275044	T	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=694;SC=CCTGTGTCAATGCACCTTGAG;SOR=1.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=121201634;WS=121201616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	121287019	rs3009921	G	A	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=436;SC=CAGCACTGCCGTCACCATCAC;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=121287027;WS=121287009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	121302244	rs77190301	G	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.09;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	121338401	rs4752334	T	A	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.71;ReadPosRankSum=1.873;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr10	121347839	rs146020828	TTTTC	T	1098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=18;PP=823;SC=ATTCATCACCTTTTCTTTCTT;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=18;WE=121347850;WS=121347829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	121429256	rs2240777	A	G	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=14;PP=641;SC=TTTGAGGCCCAAGTCACTCGG;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=38;WE=121429264;WS=121429246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	121435955	rs196294	A	C	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=29;PP=1343;SC=TTAAAAATATATTTTTGTGTC;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=121435963;WS=121435945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	121436068	rs3858339	T	G	5006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=64;PP=2493;ReadPosRankSum=-0.646;SC=AACTCCCTCCTGGACACATCC;SOR=0.253;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=72;TCR=64;TR=136;WE=121436076;WS=121436058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr10	121436286	rs3858340	C	T	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=53;PP=1972;SC=GAAGCTACACCTCCAAAACCA;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=121436294;WS=121436276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	121436362	rs196295	A	G	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=43;PP=1767;SC=TGGAGAAGGTACAGGGGCTGG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=121436370;WS=121436352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr10	121485569	.	C	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=377;SC=GGGGAGAGGCCTCTACGGCCG;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=121485577;WS=121485559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	121551581	rs2289306	A	C	6180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=91;PP=2965;SC=CAGGGTTTGCACTTGGGAAGA;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=66;TCR=92;TR=157;WE=121551589;WS=121551571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr10	121557940	rs35547475	CTT	C	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=355;SC=TTTAGACAATCTTAGTTCATT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=121557949;WS=121557930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	121571507	rs3781503	T	C	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=510;SC=CTTGCTTAACTGATGTTGGGA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=121571515;WS=121571497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	121582556	rs2289307	T	C	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=48;NR=26;PP=1382;SC=AACATTTAACTTTATACGTAT;SOR=1.082;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=74;WE=121582564;WS=121582546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	121586882	rs3188055	A	G	9243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=108;PP=2965;SC=TCAAGTTTCAAATGAAACCCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=214;TCF=106;TCR=108;TR=212;WE=121586890;WS=121586872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr10	121717932	rs11199132	G	A	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=18;PP=803;SC=CCAAGGGAATGTGAGCCTCTG;SOR=1.107;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=121717940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	121717956	rs34665773	GT	G	985.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.553;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,59:0.79:75
chr10	121718112	rs11199134	C	T	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=22;PP=790;SC=GCAGAAGTCACGAGCAGGGTG;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=121718120;WS=121718102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	122216790	rs10886691	A	T	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=16;PP=843;SC=GCACCAGCTGACGCCGCGGGA;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=49;WE=122216798;WS=122216780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	122334561	rs4751791	C	T	1520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=19;PP=948;SC=GTGTGCAAGACGGCAGACGGA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=122334569;WS=122334551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	122348969	rs1047369	C	T	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=24;PP=687;SC=CAGCTGACAGCGCACCCAGCT;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=122348977;WS=122348959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr10	122619466	rs3217470	TAC	T	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=1.268;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr10	122630877	rs111818084	CT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.868;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,15:0.18:84
chr10	122665285	rs1652726	A	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=6;PP=356;SC=CAAGCAGAGCATAGCCTGTAT;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=122665293;WS=122665275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	123241794	rs2556537	C	T	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=43;PP=1203;SC=TTGGTTTCTTCCCCCCCTTGA;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=123241802;WS=123241784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	123247751	rs4647914	T	TA	111	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.75;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	123277666	rs60468962	G	GTA	712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=15;PP=729;SC=GTAGCGTCCAGTAGTACATTC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=15;WE=123277674;WS=123277656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	123277742	rs2420942	C	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=49;SC=AAGGATCAACCATGCAACCAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=123277750;WS=123277732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	123279745	rs2981448	C	T	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=277;SC=AATAAATAAGCTGTGTTGTCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=123279753;WS=123279735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	123596254	rs4237536	T	C	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	123600590	rs10886994	A	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=14;PP=607;SC=GCAAAAAGCAATCTTACCGTA;SOR=0.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=34;WE=123600598;WS=123600580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	123658595	rs3750837	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.21;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	123658602	rs3750836	G	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	123673339	rs10749435	T	C	7749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr10	123721071	rs12247367	G	A	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	123721624	rs374541666	TAA	T	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=2.244;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr10	123722906	rs12240306	C	T	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.02;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	123722922	rs12240308	C	A	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	123722951	rs59415272	CT	C	236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.73;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	123724767	rs4752626	T	G	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=24;PP=1163;SC=TTAACTTTAATGTGTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=123724775;WS=123724757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	123724925	rs76497370	AT	A	2359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=40;PP=972;SC=GCTTTCATTTATTTTTTTTGC;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=3;TCR=44;TR=43;WE=123724933;WS=123724915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	123724948	rs12259144	A	G	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=36;PP=1044;SC=GTTGTTTGTTAAACAAACTAA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=123724956;WS=123724938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	123733511	rs10887034	C	G	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=7;PP=616;SC=TATAAAATAACAAATTACCTT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=123733519;WS=123733501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	123781339	rs2461221	A	G	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=1;PP=367;SC=ATGTGACCGTAGAGATAAACA;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=123781347;WS=123781329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	123842065	rs2459103	A	G	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.43;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	123845322	rs7073433	T	C	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=70;PP=2078;SC=AATGGAGTGCTGGGCCACTTC;SOR=0.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=120;WE=123845330;WS=123845312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	123902994	.	G	GAATGGGT	1613.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.58;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=0;PP=797;SC=TCCATGTGTGGGCGGGTGGGT;SOR=6.736;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=11;WE=123903003;WS=123902984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	123902995	.	GC	G	1613.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.58;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=0;PP=470;SC=CCATGTGTGGGCGGGTGGGTT;SOR=7.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=123903003;WS=123902984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	123976029	rs2281670	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=384;SC=AAGAGCATGCAGAGGATTGTG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=123976037;WS=123976019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	123976391	rs10444046	C	A	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=117;PP=2965;SC=CTCGGAGAATCCTGCCCCTAG;SOR=1.080;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=78;TCR=117;TR=195;WE=123976399;WS=123976381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr10	123986119	rs61312157	AT	A	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=0.184;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr10	123996978	.	T	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.732;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,52:0.33:157
chr10	124009261	rs10887111	G	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=11;PP=304;SC=GACAGGCTGGGCTTCCCTGGC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=124009269;WS=124009251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	124034528	rs7096744	G	T	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=22;PP=1025;SC=TATGGAAAATGTCACCTTTAC;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=52;WE=124034536;WS=124034518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	124034703	rs7080859	T	C	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=57;PP=1769;SC=GGGGCTGGGTTCTGCACCACC;SOR=1.104;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=124034711;WS=124034693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	124036141	rs6585808	T	C	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=3;PP=196;SC=TGGAATACAGTGTCTTTGCCT;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=124036149;WS=124036131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	124036190	rs7086389	T	C	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=9;PP=522;SC=TGTTCAAAAATTAACCAGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=124036198;WS=124036180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	124036226	rs7086403	T	C	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.59;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	124036328	rs11200524	G	A	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1213;ReadPosRankSum=0.433;SC=CTGGAACGCCGGGTCACTGGC;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=74;WE=124036336;WS=124036318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr10	124036494	rs7090214	T	C	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=10;PP=294;SC=AATGGCCCATTATTCCTGGGA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=124036502;WS=124036484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	124043596	rs10887119	G	A	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.33;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	124043629	rs7098436	T	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=28;PP=814;SC=GTGAGTGAAGTCAAGCTTGGT;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=124043637;WS=124043619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	124057459	rs141784125	T	C	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=9;PP=216;SC=GAATATCTATTTGAAGTCATC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=124057467;WS=124057449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	124066652	rs7082865	G	A	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=19;PP=965;SC=TACAAGCAGCGTGATTTTGTG;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=124066660;WS=124066642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	124066731	rs7100442	T	G	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=33;PP=1164;SC=AATTCCATCTTCTGAAAACAA;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=124066739;WS=124066721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr10	124089036	rs2421013	G	A	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=41;PP=1479;SC=GACATAGGACGGAGCTTGAGG;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=78;WE=124089044;WS=124089026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr10	124089129	rs10887130	G	A	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=718;SC=GAAAGCTGCTGGGCACCTGCC;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=124089137;WS=124089119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	124094283	rs10788282	C	T	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=18;PP=912;SC=ATGATCTGCCCGCCTCAGCCT;SOR=1.118;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=46;WE=124094291;WS=124094273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	124094467	rs10887135	T	C	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=38;PP=1240;SC=TCAAACATGATACTACCTCTT;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=124094475;WS=124094457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	124095982	rs3817280	A	G	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=19;PP=1175;SC=TTGCAGTTCCACCTAAGGTGA;SOR=1.514;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=64;WE=124095990;WS=124095972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr10	124096035	rs3817281	T	C	8087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr10	124096041	rs1129973	T	C	8493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.47;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr10	124096061	rs1048347	A	C	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=47;PP=2246;ReadPosRankSum=-2.152;SC=GAGCACAACCACGTCAGCCTG;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=70;TCR=48;TR=117;WE=124096069;WS=124096051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,219:0.99:221
chr10	124096209	rs3817284	C	T	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=53;PP=1567;SC=CAAGTGTTCACGTTGTCTTTT;SOR=1.335;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=75;WE=124096217;WS=124096199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr10	124096306	rs3817285	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=303;SC=TGAAGATCCCTGGAAAATCTG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=124096314;WS=124096296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	124152936	rs3838776	G	GA	324.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=313;SC=ACAGGCTTTAGATTTGTCTTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=124152944;WS=124152926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	124175273	rs4751892	G	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=105;SC=ATCTGTTTCTGACTAATCTAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=124175281;WS=124175263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	124176452	rs4612730	G	A	1348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	124183690	.	T	TC	251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.88;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	124183732	rs4405249	T	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	124186714	rs2292626	C	T	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=408;SC=TTTAATGCTTCCTTGTAGTAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=124186722;WS=124186704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	124189010	rs10591719	TTGTGTG	T	1316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.48;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	124189197	rs1045216	A	G	5496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=55;PP=2130;ReadPosRankSum=-0.809;SC=CAACGCAGCCACCGCCACCTC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=121;WE=124189205;WS=124189187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,218:0.99:220
chr10	124249185	rs145573878	C	T	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=161;SC=TCAGATGCCCCGGAACACCCT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=124249193;WS=124249175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	124271589	rs2672586	G	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	124320194	rs2981745	T	C	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=24;PP=1179;SC=ATAGCAGCAGTAGAAATATAC;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=124320202;WS=124320184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr10	124325409	rs3019515	T	G	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=38;PP=1373;SC=ACGGTGAAGCTAAAGCCAATT;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=84;WE=124325417;WS=124325399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	124325569	rs3019516	A	G	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=27;PP=800;SC=CTCCTCTGCTACTGTTGGCTA;SOR=1.498;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=37;WE=124325577;WS=124325559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	124325631	rs2981768	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=15;PP=292;SC=CCTTGTCGAATGCAGGAATGC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=124325639;WS=124325621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	124329580	rs11524819	C	A	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	124329583	rs11524820	G	A	2519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.71;SOR=1.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	124329672	rs3740220	TC	CT	6494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=32;PP=2710;SC=CTTTTCCACCTCGCAGCTTCA;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=73;WE=124329681;WS=124329662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	124329710	rs11523871	C	A	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=40;PP=1166;SC=GCCCTTGGATCCAACTGTAGC;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=124329718;WS=124329700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr10	124329746	rs3740222	A	T	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=35;PP=1110;SC=TTATGGGGGAACCCTGTGGGC;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=124329754;WS=124329736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	124329801	rs3740223	G	A	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=25;PP=712;SC=ATCCAGAAGAGATGCAGAAGC;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=124329809;WS=124329791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	124330240	rs2981790	A	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=16;PP=973;SC=CCCAGCCTGGAGCCAGTACGG;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=124330260;WS=124330230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	124330252	rs2981791	A	G	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=18;PP=1066;SC=CCAGTACGGTAACACAGTGAT;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=124330260;WS=124330230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	124330427	rs3013236	C	T	4838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=67;PP=2281;SC=CCCTCGGAGTCGACCCTGGAG;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=48;TCR=67;TR=115;WE=124330435;WS=124330417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr10	124331867	rs7084792	C	T	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr10	124331944	rs2277229	C	T	4875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=51;PP=1784;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TCATCTCTGACCCAGATGAGG;SOR=0.383;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=82;WE=124331971;WS=124331934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr10	124331957	rs2277230	T	C	4473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.74;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr10	124331963	rs2277231	A	G	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.49;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr10	124332035	rs2277232	T	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=530;SC=TATGTGCAACTCTGAGTCCAT;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=124332043;WS=124332025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	124333308	rs2277235	G	A	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=31;PP=1001;SC=ATCCCTGTAGGCTCATTACCC;SOR=0.815;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=57;WE=124333316;WS=124333298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr10	124335866	rs1985025	C	T	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=1181;ReadPosRankSum=1.841;SC=GCCCTGAGACCTTGTGCCTCA;SOR=0.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=60;WE=124335874;WS=124335856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr10	124436287	rs28700010	G	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=17;PP=748;SC=AGTGACTGTGGGGGCCACTAC;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=124436295;WS=124436277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	124436530	rs3019500	G	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=323;SC=ACAATTTGACGACATTTTCAC;SOR=1.536;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=124436538;WS=124436520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	124457452	rs2947594	C	T	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=72;PP=2791;SC=GGTTTCTTTGCGGGGAGGAAT;SOR=0.798;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=138;TCF=66;TCR=72;TR=136;WE=124457460;WS=124457442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr10	124654345	.	C	CT	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=1.516;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr10	124810746	.	C	CT	125	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=10;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=22;MQ=60.47;NF=0;NR=12;PP=125;QD=11.4166666667;SC=GTAATTCAGCCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=124810754;WS=124810736;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,12:0.80:15
chr10	124812487	rs2421166	A	G	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=5;PP=891;SC=CACTAACAGTAAATCCATGTT;SOR=3.086;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=32;TCR=5;TR=37;WE=124812495;WS=124812477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	124812685	rs11307362	AT	A	1646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.873;HP=12;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.283;NF=4;NR=42;PP=684;ReadPosRankSum=0.107;SC=TGGTAAATAGATTTTTTTTTT;SOR=0.211;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=5;TCR=52;TR=46;WE=124812695;WS=124812675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,88:0.98:90
chr10	124920171	.	C	CT	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.264;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr10	125425822	rs10902974	T	G	223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=83;SC=CTGGGGCCGGTGGTCGCCGGG;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=125425830;WS=125425819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	125426412	rs12263344	A	G	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=38;PP=1633;SC=GCCGGCGGCCAGACGAGCGCC;SOR=0.932;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=87;WE=125426420;WS=125426402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	125426565	rs4980313	G	C	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=55;PP=1679;SC=TGCAGACGCTGGTGCTGCTGG;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=97;WE=125426573;WS=125426555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	125426627	rs3808964	G	T	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=34;PP=1274;SC=GGGAACAGCCGCGCGGGATCT;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=125426635;WS=125426617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr10	125473208	rs12256385	G	A	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.61;QD=23.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	125506302	rs7088479	T	C	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=29;PP=1562;SC=TCGTCTCTTCTGCCCCCGCAG;SOR=1.456;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=61;TCR=30;TR=90;WE=125506310;WS=125506292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr10	125521533	rs10794566	G	A	4145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr10	125521590	rs10794567	G	A	4793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=66;PP=2230;SC=GGTCGTAGGGGTACGCCACCA;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=119;WE=125521598;WS=125521580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr10	125521721	rs10751743	G	A	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=29;PP=877;SC=AAAATAAGCAGGAAGTCATTT;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=125521729;WS=125521711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr10	125521751	rs10794568	C	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=687;SC=AGCTGTCAAACAGGGACATAG;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=125521759;WS=125521741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	125526689	rs1896392	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=16;PP=411;SC=GTGAGAGTGTGAAGAATGCAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=125526697;WS=125526679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	125602021	rs10794571	C	T	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=798;ReadPosRankSum=-0.623;SC=AGAAAGAAAGCGGTGTTCTTC;SOR=1.410;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=39;WE=125602029;WS=125602011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr10	125602943	rs6599625	G	A	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.11;SOR=1.194;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	125602948	rs5788632	A	AT	557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.233;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr10	125622250	rs11299200	CA	C	5938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.18;NF=10;NR=65;PP=2951;SC=CTGGAAAGGACAAATGCTTGT;SOR=0.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=10;TCR=67;TR=75;WE=125622258;WS=125622240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	125673492	rs7893288	A	G	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=41;PP=1332;SC=AGTGAGCACCAGAGTCAGGCC;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=79;WE=125673500;WS=125673482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr10	125673547	rs4329614	T	G	2533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=34;PP=1179;SC=AATCCAACCTTAAAGGCAGGA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=125673555;WS=125673537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	125780752	rs5788645	CG	C	1820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.58;SOR=2.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	125780759	rs4072194	G	C	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.40;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr10	125780958	rs9422312	C	T	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=51;PP=1661;SC=ATATTTTTACCACCCATGAAC;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=99;WE=125780966;WS=125780948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr10	126086730	rs2459217	G	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=21;PP=656;SC=ATCCCTTGCCGTATGTATGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=126086738;WS=126086720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	126089656	rs2459215	T	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	126089703	rs2491158	G	A	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	126091814	rs2240882	A	C	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=51;PP=1409;SC=CTCACCAACTATTTCCTTTGT;SOR=3.477;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=59;WE=126091822;WS=126091804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	126093991	rs9422807	T	C	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=15;PP=721;SC=AGCACTATGATGCTAGTGAAA;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=126093999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	126097716	rs7923012	G	A	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=75;SC=GAATTACTAAGAATTGTATTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=126097724;WS=126097706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr10	126100523	rs10794058	G	A	3889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=40;PP=1712;SC=GGGAAAAGACGGATTAATTTG;SOR=0.848;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=91;WE=126100531;WS=126100513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr10	126150338	rs2459213	C	T	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=131;SC=CCTGCCCCGCCCGCGGGACTA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=126150346;WS=126150328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	126150388	rs2491156	C	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=4;PP=236;SC=GCGCCGGCGCCGGCGTCGGTT;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=126150396;WS=126150378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	126172863	rs6597801	A	G	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=27;PP=1100;SC=CTGAAGGAGCAAGGCCTGCGA;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=59;WE=126172871;WS=126172853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr10	126185451	rs10794134	T	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=597;SC=ACAGGCCCGGTGCTCAGCTCC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=126185459;WS=126185441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	126185618	rs3824810	A	G	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=44;PP=1438;SC=TCTGTCCCAAACTCTCTTCAG;SOR=0.810;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=80;WE=126185626;WS=126185608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr10	126185707	rs3824809	C	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=24;PP=676;SC=GCCTTTTGGGCTTCCACAAAG;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=126185715;WS=126185697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	126186771	rs17620824	A	G	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=16;PP=939;SC=GGAATGGATTACAGGACTCAG;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=126186779;WS=126186761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	126395123	rs7897256	T	C	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=30;PP=1672;SC=TTTGCTAAGCTTAGGTGCTCA;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=82;WE=126395131;WS=126395113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	126471382	rs35267378	C	CA	56.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.611;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr10	126480556	rs10901821	T	C	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=275;SC=CGACGCCCTCTGCTCTACCCC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=126480564;WS=126480546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	126505062	rs11451694	T	TA	198.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=22.08;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	126517989	rs2303611	G	A	4795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=59;PP=2144;SC=AGGATGGAGTGATGAAAGACA;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=115;WE=126517997;WS=126517979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr10	126629204	rs7074163	G	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=19;PP=573;SC=CACTATAAATGGTGTATGGAC;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=126629212;WS=126629194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	126660781	rs3802700	A	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=433;SC=GAAAGCACATAACATAGCTAC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=126660789;WS=126660771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	126662451	rs3740534	C	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=284;SC=TTCACTGTTACAGAGTGAACA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=126662459;WS=126662441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	126686827	rs1982225	T	A	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=48;PP=1236;SC=CTCCTGAGACTCGGTTGTTGG;SOR=1.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=62;WE=126686835;WS=126686817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr10	126692193	rs750599	C	T	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=137;SC=GAGGGCACCGCCTCCACCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=126692201;WS=126692183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	126715075	rs3781413	T	C	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=79;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=26;PP=655;SC=AATAGGTGGCTGCCGTCTCCA;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=126715083;WS=126715065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	126715154	rs3781412	A	G	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=469;SC=TGCTGTCTGCAGAGGAGCCGC;SOR=0.818;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=22;WE=126715167;WS=126715144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	126715159	.	A	AGCCGCAGGCTGGGGCTGCAGG	1512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=2967;SC=TCTGCAGAGGAGCCGCAGCGC;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=10;WE=126715167;WS=126715144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	126715436	rs3781411	C	T	4817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=52;PP=2485;SC=CCCCTCCGCCCGCAGAAAGGC;SOR=1.009;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=129;WE=126715444;WS=126715426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr10	127265374	rs11244568	T	C	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=19;PP=757;SC=ATGGACTGGGTCCTCACCGGC;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=127265382;WS=127265364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr10	127426430	rs3740181	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=9;PP=888;SC=AACAAAAACAATATGTTGACC;SOR=1.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=127426438;WS=127426420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	127426588	rs3740180	C	A	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=26;PP=851;SC=TCACTTTTTTCGTAAAGTTTG;SOR=1.493;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=36;WE=127426596;WS=127426578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr10	127426835	rs3943225	G	T	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=12;PP=974;ReadPosRankSum=-0.642;SC=AAGTTAGATAGATAGTGAATG;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=47;WE=127426843;WS=127426825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr10	127431865	rs150202645	C	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=13;PP=392;SC=TCTTTAGATTCCTCTCTATTG;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=127431873;WS=127431855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	127436411	rs2296832	T	C	6532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=61;PP=2926;SC=ATTTTTTTCTTCCCCCTCAAA;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=85;TCR=62;TR=146;WE=127436419;WS=127436401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr10	127441573	rs10751530	G	T	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=46;PP=1263;SC=TATGTGTGTGGGTATATATAC;SOR=1.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=62;WE=127441581;WS=127441563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr10	127445408	rs4962313	G	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=17;PP=524;SC=TTGAGACAAGGTCTCACTCTG;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=127445416;WS=127445398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	127460952	rs10901424	G	T	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=544;SC=CACACCATGGGTGCTGGGTGA;SOR=1.819;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=28;WE=127460960;WS=127460942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	127462525	rs10901425	A	G	7373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=77;PP=2829;SC=CTGGTCGGCCACGGACAGTTG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=153;WE=127462533;WS=127462515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr10	127462833	rs28381281	C	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	127462934	rs61753106	G	A	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=13;PP=535;SC=GACAGGAACCGCTGTGGGAGA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=127462942;WS=127462924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	127483573	rs3740179	G	A	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=42;PP=1325;SC=AACAAGATCAGTCCTTGCCAT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=127483581;WS=127483563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr10	127484617	rs2281955	C	G	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=307;SC=CCTTCACCCTCTGCTTCCCCA;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=127484625;WS=127484607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	127484653	rs2281954	G	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=560;SC=TGCCAGAACCGCCCCCAAACG;SOR=1.739;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=127484661;WS=127484643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	127491732	rs74366862	CT	C	1406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=19;PP=775;SC=AGCTCTGTTCCTTATGGACAA;SOR=0.968;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=19;WE=127491740;WS=127491722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	127500718	rs10901444	C	G	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=14;PP=1012;SC=CTGAGTTAAACTGTTTTTTAA;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=127500726;WS=127500708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	127504660	rs2366044	A	G	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=20;PP=1291;SC=ATAAAATAAGAAGACAGTAAA;SOR=1.364;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=127504668;WS=127504650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr10	127515069	rs10159992	C	T	162.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=156;SC=TTGTATTCTTCACAGATGGCA;SOR=1.329;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=127515077;WS=127515059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	127520313	rs11596442	A	G	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=198;SC=AGGGGAGTGGAAGAAACATCC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=127520321;WS=127520303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	127522572	rs3740206	T	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=10;PP=240;SC=TGAAAATGATTTATCAAGATT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=127522580;WS=127522562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	127524612	rs4075326	C	T	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=11;PP=1112;SC=TGCCGTAGATCAAATGGGTTT;SOR=1.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=53;WE=127524620;WS=127524602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	127530325	rs3208565	T	C	5111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=46;PP=2175;SC=TTACCATGGCTGCGATTGTTA;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=125;WE=127530333;WS=127530315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr10	127548587	rs1539315	C	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=16;PP=386;SC=CTTATGCTAACTCATGCAAAA;SOR=1.352;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=24;WE=127548595;WS=127548577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	127584978	rs5006357	A	G	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.928;NF=29;NR=6;PP=654;ReadPosRankSum=1.982;SC=GGGCTTCAGGAGCAGTGTCCT;SOR=0.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=47;TCR=10;TR=35;WE=127584991;WS=127584968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr10	127585015	rs79042596	G	T	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.523;NF=23;NR=11;PP=470;ReadPosRankSum=3.596;SC=CGCTACCCTCGCTCAGTGTCC;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=34;WE=127585023;WS=127585005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,37:0.36:102
chr10	127585035	rs113524015	C	G	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-7.471;QD=10.69;ReadPosRankSum=1.109;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,42:0.33:128
chr10	127585040	rs5006358	G	A	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQRankSum=-7.816;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,47:0.35:134
chr10	127585090	rs74635147	C	A	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQRankSum=-13.549;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.405;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,57:0.25:227
chr10	127585097	rs78188902	T	C	1788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-14.192;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.519;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,54:0.24:228
chr10	127585099	rs79920605	A	G	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=-13.983;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,54:0.24:227
chr10	127585112	rs72832617	T	C	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=4.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQRankSum=-13.210;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,54:0.24:225
chr10	127585120	rs80288044	G	C	1877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=5.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQRankSum=-12.143;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.148;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,60:0.27:225
chr10	127585150	rs74162870	C	A	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.953;NF=26;NR=33;PP=759;ReadPosRankSum=1.852;SC=GCGACGCCGGCCCTGGCTGAG;SOR=0.610;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=147;TCF=67;TCR=80;TR=59;WE=127585158;WS=127585140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,63:0.31:206
chr10	127585179	rs74162871	G	C	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=4;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-7.519;NF=27;NR=35;PP=684;ReadPosRankSum=0.335;SC=GGAGTCCGGGGGTTCGCCCGC;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=62;WE=127585187;WS=127585169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,75:0.43:174
chr10	127585240	rs5013161	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-2.298;QD=4.05;ReadPosRankSum=2.405;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,18:0.17:105
chr10	127585260	rs4986789	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-1.854;QD=5.97;ReadPosRankSum=2.099;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,16:0.21:76
chr10	127585263	rs5013162	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.38;MQRankSum=-0.863;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.061;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,16:0.21:75
chr10	127585273	rs5013163	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,15:0.24:63
chr10	127585288	rs5013590	C	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.01;MQRankSum=-2.640;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,9:0.17:53
chr10	127585304	rs5013164	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=1.145;QD=2.84;ReadPosRankSum=-2.402;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr10	127585307	rs74579856	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQRankSum=-0.589;QD=11.33;ReadPosRankSum=1.457;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr10	127585316	rs113284764	G	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=8.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQRankSum=0.162;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr10	127585360	rs78190003	C	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQRankSum=-1.691;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	127585363	rs74162872	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.609;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.11;MQRankSum=-1.691;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.084;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr10	127685091	rs3736477	T	C	7096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=77;PP=2965;SC=ACTGAGCATGTTTATCTCTTT;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=169;TCF=90;TCR=79;TR=166;WE=127685099;WS=127685081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr10	127693432	rs2138283	C	T	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr10	127697165	rs2292690	T	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=290;SC=GTGGAATTAATGTCAGAGCTT;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=127697173;WS=127697155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	127708091	rs2176099	AG	GT	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=541;SC=ATAAGCTCACAGGGACTGCTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=13;WE=127708100;WS=127708088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	127708428	rs2138280	A	T	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=26;PP=736;SC=AGGGTCACTTACCAGGAGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=127708436;WS=127708418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	127708503	rs2292694	G	C	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=13;PP=337;SC=ATATCATCCTGTCACCATACA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=13;WE=127708511;WS=127708493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	127724778	rs1044122	A	G	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.87;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	127727768	rs1278255	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=19;PP=1029;SC=CGCCCGCCTCAGCCTCCCAAA;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=127727776;WS=127727758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	127727808	rs1278256	A	G	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=30;PP=1223;SC=GAGCCACCGCACCCAGCCTCT;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=73;WE=127727816;WS=127727798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	127731012	rs11244780	T	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=18;PP=444;SC=ATTAGGCAAATTACTTAACTT;SOR=4.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=127731020;WS=127731002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	127731811	rs7923954	C	G	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=512;SC=GAGCCCCCCCCCAACACTGAC;SOR=1.802;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=127731819;WS=127731801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	127755544	rs1278280	T	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=23;PP=587;SC=AGCTTCTGCTTTTTATGAACC;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=127755552;WS=127755534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	127759943	rs7903316	T	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=4;PP=893;SC=CTTCCTGAGTTCTAGTACTTT;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=127759951;WS=127759933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	127762512	rs138992213	A	G	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=23;PP=584;SC=TAATTGGTATATTACACAGGG;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=31;WE=127762520;WS=127762502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	127786969	rs2290842	A	G	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=34;PP=1195;SC=ACCAGCTCCCAATGCCCTTGG;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=66;WE=127786977;WS=127786959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	127829012	rs1551678	C	G	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=126;SC=CAACAACTCACTTGAAGTATT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=127829020;WS=127829002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	127829043	rs71490760	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=251;SC=GAGGAGGGGGGTGGATTTCAG;SOR=1.802;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=127829051;WS=127829033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr10	127829304	rs17154306	G	A	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=218;SC=GTCTCATTAAGTGTTTAAACA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=127829312;WS=127829294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	127843641	rs1466358	T	C	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=330;SC=GGATTTATAATAGAACGCCTA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=127843649;WS=127843631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	127843740	rs1466359	G	T	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=38;PP=1838;SC=GGCTACAAAGGTTAAGCACAG;SOR=1.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=107;WE=127843748;WS=127843730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr10	127843756	rs1466360	G	A	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=40;PP=2159;SC=CACAGATCCAGTGGTGTAAGA;SOR=1.156;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=116;WE=127843764;WS=127843746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr10	127843921	rs1466361	T	C	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=56;PP=1675;SC=CAGAATTGCATTGATACATTG;SOR=1.224;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=85;TCF=25;TCR=60;TR=81;WE=127843929;WS=127843911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr10	127843973	rs5788768	C	CT	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr10	128019025	rs3740199	C	G	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=29;PP=1160;SC=TCCCCACTCCCAACAGAGGCA;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=62;WE=128019033;WS=128019015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	128192985	rs11245007	C	T	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=51;PP=2477;SC=TAGATTGAATCTGGACACTGC;SOR=1.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=74;TCR=51;TR=125;WE=128192993;WS=128192975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr10	128193368	rs11245008	C	T	4852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.39;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr10	128193754	rs10901623	A	C	232.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6268;FS=6.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CACTGGGTTCATAACACTCAG;SOR=3.020;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=128193762;WS=128193744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr10	128202435	rs1436803	T	C	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=31;PP=1057;SC=AGTCAGATTTTGCCTCTGTGA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=128202443;WS=128202425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr10	128209769	rs2099552	T	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=332;SC=TGGGGCCTCATACAGTACTGG;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=128209777;WS=128209759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	128209797	rs2099553	C	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=8;PP=337;SC=AGATACTCAGCGTGGACAGAA;SOR=0.997;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=20;WE=128209805;WS=128209787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	128209959	rs4962342	G	T	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=330;SC=TGTATTTGGCGACATGAAAGA;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=128209967;WS=128209949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	128788633	rs3750560	C	A	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=7;PP=835;SC=ATACCTCATGCGTATTTGAAG;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=128788641;WS=128788623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	128806888	rs9418761	G	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=10;PP=420;SC=TGAGAAAACAGCTTTTGCTGT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=128806896;WS=128806878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	128810642	rs9418773	C	T	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=37;PP=1237;SC=GGGCAGGGTACGTATTTTCCT;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=128810650;WS=128810632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	128810669	rs9418691	C	T	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=33;PP=1064;SC=TTTCTATCAGCGTGTATTTGC;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=128810677;WS=128810659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	128822842	rs9418706	G	A	192.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	128830592	rs9418802	C	T	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=16;PP=435;SC=ACGGTGCGTTCGAGAGGAGAA;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=128830600;WS=128830582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	128836112	rs56038046	CT	C	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.971;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
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chr10	128840842	rs880272	A	G	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=14;PP=702;SC=TGTGTGGGGGAAGTCCGGTGG;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=128840850;WS=128840832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr10	128850841	rs9418817	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=6;PP=510;SC=TACTGATAGATGGAAACCAAA;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=128850849;WS=128850831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr10	128859743	rs4751523	C	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=4;PP=384;SC=TGTGGAGGCACGCTGCCTTGG;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=128859751;WS=128859733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	128923954	rs1186355	A	C	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	128925761	rs1153016	A	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=380;SC=ATTAATAAAAACCCCTGAGTT;SOR=2.636;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=128925769;WS=128925751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	128926013	rs1060561	A	G	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=59;PP=1745;SC=CCATGGGACGAGATTCTGAAC;SOR=1.273;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=89;WE=128926021;WS=128926003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	128952265	rs7068954	A	G	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=35;PP=1202;SC=CCTCAAATCAAATGCCTTCCC;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=64;WE=128952273;WS=128952255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr10	128974621	rs2489386	C	T	5908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=69;PP=2351;SC=CACTCTCCGACGTTGTGAGTA;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=62;TCR=69;TR=131;WE=128974629;WS=128974611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr10	128974713	rs2489385	C	T	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr10	128974716	rs2489384	A	G	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.54;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	129207564	rs12774391	C	T	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=53;PP=1829;SC=GATCCTTAACCCCCTCACCTC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=93;WE=129207572;WS=129207554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	129208894	rs6482874	A	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=240;SC=GAGGGTTGGCAGGGACAGGGA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=129208902;WS=129208887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	129208965	rs11017944	A	G	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=18;PP=921;SC=GGGAGAGGACACCAAGGCGAT;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=129208973;WS=129208955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	129209213	rs11017952	C	A	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr10	129209237	rs10830001	G	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=20;PP=496;SC=ATATCATTCCGCCACCAGTAG;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=129209245;WS=129209227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	129209256	rs11017953	C	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=15;PP=415;SC=AGAACTGCCACTGGAGAAGCG;SOR=1.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=129209264;WS=129209246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	129213631	rs3736939	A	G	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=24;PP=584;SC=TACAGTTCCCATAACCACCCC;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=129213639;WS=129213621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	129237580	rs2275052	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=22;PP=556;SC=ACGGTGGGCTCTTATTGAACT;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=129237588;WS=129237570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	129249662	rs2229603	G	A	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=52;PP=2444;SC=TCGCAAGCAGGCATCGGTGGA;SOR=1.015;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=83;TCR=52;TR=135;WE=129249670;WS=129249652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr10	129249701	rs2229606	C	G	7063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=70;PP=2965;SC=ACGTCGCAAGCCTCTCTGGAA;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=169;TCF=99;TCR=70;TR=169;WE=129249709;WS=129249691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr10	129249809	rs41282908	G	T	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=74;PP=2078;SC=CATTTCGTGCGACTGCTTTTT;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=121;WE=129249817;WS=129249799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr10	129534679	rs4751501	T	C	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=18;PP=1001;SC=AGCTTGGCGCTCTCCGCTCTG;SOR=1.248;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=55;WE=129534687;WS=129534669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	129534739	rs4751502	C	G	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=32;PP=1589;SC=CCGGACTCCCCGGCTTGGGAA;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=93;WE=129534747;WS=129534729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	129534864	rs4751503	A	C	7388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=91;NR=81;PP=2755;SC=GGGTTGAGGGAGCGAGGACTC;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=92;TCR=81;TR=172;WE=129534872;WS=129534854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr10	129536642	rs7085541	G	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.04;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	129536648	rs7085544	G	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.36;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	129682249	rs10765177	T	C	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=45;PP=1322;SC=TTGTTGGATGTCAGTTAGAGA;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=59;WE=129682257;WS=129682239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr10	129834422	rs10764738	C	T	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=6;PP=163;SC=TGCCCTCCCCCGAGCCCAGCC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=129834430;WS=129834412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	129845547	rs4262642	A	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.823;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.68;ReadPosRankSum=1.684;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr10	129845903	rs7912703	C	T	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=24;PP=1224;SC=GGCCTTAGCGCGGCTCAGCCA;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=129845911;WS=129845893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr10	129846010	rs7911904	G	A	5454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr10	129854369	rs4424589	T	C	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr10	129854550	rs11016041	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=625;SC=GCAGCTCCCCGTGACTGCAGG;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=129854558;WS=129854540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	129859061	rs28411949	T	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=2.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	129859065	rs11016046	T	C	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	129859992	rs4462251	T	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=13;PP=657;SC=AAGCTTTTTATTAATTTCTCA;SOR=1.036;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=129860000;WS=129859982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	129864515	rs10764743	C	T	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=34;PP=1236;SC=AGCATCATGCCCAGAGTTAAC;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=58;WE=129864523;WS=129864505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr10	129869233	rs10829325	A	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=19;PP=516;SC=TTCATCCTGGAGAAGCCATTG;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=129869241;WS=129869223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	129880911	rs72848780	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr10	129883370	rs1129205	A	G	7215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=78;PP=2732;SC=CCAGGACGCAAGACTCTCCCC;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=64;TCR=79;TR=142;WE=129883378;WS=129883360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr10	129903802	rs11016073	A	G	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=55;SC=TTTGCAGGCTATTTTGGTAGT;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=89;WE=129903810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr10	129904560	rs2853346	C	T	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=51;PP=2123;SC=TCTCATCAGTCGTGGGGTTAT;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=103;WE=129904568;WS=129904550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	129907741	rs2065718	G	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=29;PP=773;SC=CATGTCAATCGAGTATTACAG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=129907749;WS=129907731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	129917560	rs2071498	T	C	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=17;PP=761;SC=CTTCCTTCCATTCTGAAGACT;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=129917568;WS=129917550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr10	131265665	rs16906255	T	G	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=25;PP=829;SC=CCGTCGGGTGTGGGGCCGCCC;SOR=1.238;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=131265673;WS=131265655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	131334789	rs10734087	T	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=156;SC=CTCAAAACAGTGTGCTGCGAC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=131334797;WS=131334779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	131506192	rs1803965	C	T	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=18;PP=728;SC=CTGCGGTTCTCGGAGGTCCGG;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=131506200;WS=131506182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	131506283	rs12917	C	T	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=41;PP=1344;SC=CGTGCCGGCTCTTCACCATCC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=131506291;WS=131506273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr10	131641361	rs35210769	T	TG	1248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=11;NR=12;PP=389;SC=GGTTCTGGCATGGGGGGGAGG;SOR=1.788;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=23;WE=131641369;WS=131641351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	131755652	rs36101167	A	AT	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,30:0.30:100
chr10	131760352	rs573370	A	G	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=14;PP=990;SC=CACGAGATCCATTTGTCAGTG;SOR=1.999;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=56;WE=131760360;WS=131760342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr10	131906096	rs55975328	C	T	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=58;PP=2181;SC=CTGTCACTTCCGAGGGAACAG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=114;WE=131906104;WS=131906086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr10	132944958	rs41282898	C	G	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=59;PP=1932;SC=CAGTCGCTCTCGGAGACACTT;SOR=0.937;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=99;WE=132944966;WS=132944948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr10	132961555	rs11416735	C	CA	1069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=10;PP=607;SC=GAGGAATAAACAAATCTCCTG;SOR=0.798;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=16;WE=132961563;WS=132961545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	133918574	rs112564062	C	T	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=29;PP=774;SC=CTAAAGGCTGCTTGGGACAGA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=133918582;WS=133918564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	133931090	.	GGCAGGGGCGGGCGTGGGCGAGGGT	G	1059	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=17;MQ=58.19;NF=0;NR=3;PP=1059;QD=362.0;SC=TACGTGGGCAGGCAGGGGCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=133931121;WS=133931080;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,3:0.38:8
chr10	133948456	rs2637643	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	133948634	rs2814182	T	C	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=10;PP=228;SC=AGGACCGCAATGCATTGCTGT;SOR=0.902;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=133948642;WS=133948624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	133948689	rs2637644	C	T	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	133951501	rs57086821	CA	C	933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=665;SC=GGTGTGGGGACAAGCCAGCCC;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=133951509;WS=133951491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	133951707	rs2814179	G	A	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=23;PP=640;SC=ACCGGCACGTGCGGAGAGTAC;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=133951726;WS=133951697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	133951718	rs2637646	G	A	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=475;SC=CGGAGAGTACGCCGGGTGTGT;SOR=1.075;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=133951726;WS=133951697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	133954011	rs2818387	C	T	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=27;PP=792;SC=TGGAATCCGACGGCTCCTCCG;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=133954019;WS=133954001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	133955569	rs5789117	C	CCG	3397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=42;PP=2075;SC=GTGACTTCCACCGCGCGTTCC;SOR=1.320;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=44;WE=133955577;WS=133955559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	133958541	rs2637627	C	T	3026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=29;PP=1360;SC=TTCTGACGTCCCACGAGTGTG;SOR=0.946;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=71;WE=133958549;WS=133958531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr10	133958734	rs139018463	TG	T	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=24;PP=956;SC=GGGGCACACGTGGGTGGGAGG;SOR=1.923;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=24;WE=133958742;WS=133958724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	133961494	rs2818384	C	T	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=28;PP=997;SC=GGCTCAGACACGAGGTGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=133961502;WS=133961484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	133961564	rs2818383	T	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=24;PP=558;SC=GGTAGCTGAGTGGATGGCCAG;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=133961572;WS=133961554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr10	133961636	rs111344225	C	CTGAACA	321.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=1;PP=125;SC=ACACAAAGCCCTGAACATGAA;SOR=1.863;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=2;WE=133961644;WS=133961626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	133963499	rs117391524	C	T	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=33;PP=1920;SC=ATTGTGGTTGCGGAGCTGATG;SOR=0.707;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=75;WE=133963507;WS=133963489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr10	133980657	rs141430338	C	T	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=625;SC=ACCTGCCATTCGATCAACTGG;SOR=3.126;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=133980665;WS=133980647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr10	133981414	rs2637651	C	T	6022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	133981422	rs2637650	C	T	6545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.66;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	133981983	rs2814172	T	C	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=665;SC=CCCCGACGCCTCAGGGGCCCC;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=133981991;WS=133981973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	134000501	.	CCCCGCCCG	C	1266.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=53;PP=2992;SC=TCACGCGTCCCCCCGCCCGCC;SOR=6.869;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=57;TCF=0;TCR=57;TR=53;WE=134000516;WS=134000491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr10	134010224	rs1552681	C	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=374;SC=GGGACTGCTCCCAGGGCTGGC;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=134010232;WS=134010214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	134010435	rs78726081	AG	A	8353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.167;NF=10;NR=76;PP=2951;ReadPosRankSum=-1.083;SC=AGGTAAGGGCAGGCGTGGGGA;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=10;TCR=78;TR=86;WE=134010443;WS=134010425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr10	134013990	rs2247705	G	A	11962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=116;PP=2965;SC=CCACCACGGCGGACCACCTCA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=108;TCR=116;TR=223;WE=134013998;WS=134013980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr10	134016115	rs2637629	G	A	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=1;PP=324;SC=GGGCCCCAGCGTGGAGGCACT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=134016123;WS=134016105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	134017295	rs12313	A	G	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=21;PP=1256;SC=TGCCCCGTGGACTGTATGACG;SOR=0.881;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=59;WE=134017303;WS=134017285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr10	134017388	rs1052556	C	G	6433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=57;PP=2443;SC=AGATCTCCGTCCCTCCTGTGC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=124;WE=134017396;WS=134017378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr10	134021740	rs923659	G	A	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=20;PP=561;SC=GGCTCATGGGGTAGGCCATGG;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=134021748;WS=134021730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr10	134021810	rs923660	T	C	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=165;SC=ATGCTCCCGATACACTGGCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=134021818;WS=134021800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	134036053	rs2814197	G	A	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	134036057	rs2637635	C	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	134036073	rs2814196	G	A	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=6;PP=600;SC=GTCCCCACACGCCTTGCTCGG;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=134036081;WS=134036063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr10	134036193	rs2818401	A	G	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=50;NR=42;PP=1783;SC=TCTTGGCCAGACGCTTCTTCT;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=92;WE=134036201;WS=134036183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr10	134036596	rs1994688	G	C	70.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	134038715	rs902629	A	G	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=19;PP=953;SC=AGCCAAGCCCAGGGGCTGCAG;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=55;WE=134038723;WS=134038705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr10	134059366	rs3829920	C	T	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=19;PP=1132;SC=TCTGCCCCTGCCCCCTCAGCC;SOR=1.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=64;WE=134059374;WS=134059356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	134218269	rs11146363	C	T	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;SC=CCCTCCTGCCCGCGGGGTTCA;SOR=1.558;Source=Platypus;TCF=69;WE=134218277;WS=134218259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr10	134218296	rs10747057	C	G	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=20.212;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=56;PP=1761;ReadPosRankSum=2.055;SC=CGAGACCACCCGCCCCGAGCC;SOR=2.751;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=96;WE=134218304;WS=134218286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,97:0.97:100
chr10	134563122	rs3829130	C	T	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=38;SC=GGAAGGTGAGCGGGGCCTGTG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=78;WE=134563130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	134563366	rs3750578	A	G	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=33;PP=1176;SC=TTGTGGTCCAATGTGGCAGCT;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=134563374;WS=134563356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	134591389	rs4880427	T	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=502;SC=GGGCACCCAGTCTGGGGAATG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=134591397;WS=134591379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	134594316	rs3793687	A	G	7318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=67;PP=2425;SC=AGGGTGCCCCACCTCCCCACA;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=140;WE=134594324;WS=134594306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr10	134598628	rs2804003	A	G	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=43;PP=1325;SC=CGCCATCTCCACCGCGTGCCG;SOR=1.232;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=63;WE=134598636;WS=134598618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	134622408	rs2767434	T	C	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr10	134622507	rs2767431	A	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=290;SC=CAGCTGCTCCAACTGAGGGCG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=134622515;WS=134622497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	134623959	rs2254419	T	C	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr10	134626453	rs3750586	C	T	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=41;PP=1129;SC=CTGTACCAGACCCCACCGTGC;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=134626461;WS=134626443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr10	134627593	rs11146529	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=7;PP=384;SC=GGGGGCAGTGGCTCCCCGCTG;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=134627601;WS=134627583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr10	134627882	rs7070307	G	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=329;SC=TGCCATGCCCGGGTGGGGTGA;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=134627890;WS=134627872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr10	134647453	rs3750583	C	T	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=0;PP=145;SC=CTGACCCCCCCTGGCGTTCCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=134647461;WS=134647443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr10	134659626	rs10870341	A	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	134659766	rs12260141	G	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=229;ReadPosRankSum=1.254;SC=CCAGGGGCCCGAGGCCTGGGC;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=13;WE=134659774;WS=134659756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr10	134664875	rs7913626	A	G	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=48;PP=1476;SC=ACATCCCCACAACTTGGATGA;SOR=1.081;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=76;WE=134664883;WS=134664865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr10	134726108	.	CCT	C	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=1.675;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr10	134750604	rs10870211	C	A	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=19;PP=536;SC=TCAAACAATTCGGTAGAGGTT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=134750612;WS=134750594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr10	134884516	rs4271312	G	A	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=32;PP=1304;SC=CACAGATGGCGCACGGTGCAC;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=75;WE=134884524;WS=134884506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr10	134884546	rs4576736	A	G	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1469;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GGGGCCGGACACCACAGTCAC;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=82;WE=134884554;WS=134884536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,128:0.98:130
chr10	134884595	rs4271313	G	A	3237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=40;PP=1743;SC=CCACACCCGGGGCAGATGGAC;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=82;WE=134884603;WS=134884585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	134884610	rs4486541	C	G	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=37;PP=1593;SC=ATGGACGTACCGGCCCATCGA;SOR=0.838;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=82;WE=134884618;WS=134884600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr10	134884755	rs11101751	C	A	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=40;PP=1213;SC=GCCTCGCAGCCAGGGAGGAGA;SOR=1.206;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=134884763;WS=134884745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr10	134885677	rs7069085	A	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=7;PP=163;SC=GGGGAGAGTGAGGCCCAGACA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=134885685;WS=134885667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	134885700	rs7094939	T	C	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=6;PP=117;SC=ACCATGGGCCTGAGAACGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=134885708;WS=134885690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr10	134886618	rs4838684	G	C	3339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=45;PP=1405;SC=GGAGCTGGGTGCCCAGGGCTG;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=64;WE=134886626;WS=134886608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr10	134894004	rs144784996	C	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=8;PP=266;SC=CTTGGTGGTACGGAGACAGGA;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=134894012;WS=134893994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	134895530	rs34883766	C	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=251;SC=ATCCGCTCCCCTCCCCCACTC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=14;WE=134895538;WS=134895520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	134898594	rs4838694	A	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=653;SC=ACCTGCCTCCAAGGGGCAAGC;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=134898602;WS=134898584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr10	134902314	rs10745302	A	G	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=138;SC=TTGACCTTCCAGAGGCCATGG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=134902322;WS=134902304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr10	134902396	rs10776692	C	G	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.97;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr10	134902396	.	CGC	GGT	951	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=17;NR=9;PP=951;QD=38.6333798024;SC=CTCACGCTTCCGCAACTTTGC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=26;WE=134902406;WS=134902386;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr10	134902398	rs10776693	C	T	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr10	134906343	.	G	GGGAGGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA	743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.86;QD=67.61;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	134912314	rs11101916	G	A	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=66;PP=2029;SC=GGGGAACTGCGTGAGCGTCGT;SOR=1.088;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=109;WE=134912322;WS=134912304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr10	134915993	rs7905581	G	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=589;SC=AGAAGGGGAGGAAAGCTGAGC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=134916001;WS=134915983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr10	134916121	rs7918862	T	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=5;PP=651;SC=ATTCTTGAAGTTGCAAGCCCG;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=134916129;WS=134916111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	134942166	rs2806452	A	G	6571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=78;PP=2965;SC=TGGCGGTGTCACAGGGCCACT;SOR=0.781;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=86;TCR=78;TR=164;WE=134942174;WS=134942156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr10	134973995	rs71503783	G	A	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=13;PP=486;SC=ACCCGGCCGCGGCGGATCTTT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=28;WE=134974003;WS=134973985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	134974187	rs56406605	A	T	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=409;SC=GGCGCCCTCCATGGCCGAGGG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=134974195;WS=134974177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	134981690	rs2998152	T	C	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr10	134981837	rs2998151	T	C	6089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=87;PP=2244;SC=GTGGGGGTAATGTGCCACACC;SOR=0.982;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=60;TCR=87;TR=147;WE=134981845;WS=134981827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr10	134981942	rs3008303	C	T	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=706;SC=GGAGCGGAGCCGCTGCTGCCC;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=134981950;WS=134981932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr10	134997480	rs57510763	C	T	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=25.45;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr10	134997514	rs67800134	A	G	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=28;PP=789;SC=GAACCCACACACGTGCATCCT;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=134997532;WS=134997504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	134997524	rs138319019	T	TCTTG	3769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=1723;SC=ACGTGCATCCTCATGCACATA;SOR=0.928;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=29;WE=134997532;WS=134997504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	134999416	.	C	CGGGAGGAGAGGGGAGGGGCGGGAGGGGAGGGGTGGGAGGAGAGGGGAGGGGT	870.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;QD=124.39;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	134999602	rs3008393	G	C	3514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=43;PP=1681;SC=AGTCTGAGACGAGCCGGGGCC;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=82;WE=134999610;WS=134999592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr10	135000148	rs3810965	T	C	8235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=96;PP=2965;SC=CAGAAGGAGCTAGGCAGCTGG;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=165;TCF=69;TCR=96;TR=164;WE=135000167;WS=135000138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr10	135000159	rs3810964	A	G	7023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=91;PP=2958;SC=AGGCAGCTGGAAAGTGCAGCC;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=63;TCR=91;TR=154;WE=135000167;WS=135000138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr10	135012162	rs2998139	T	C	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=47;PP=1484;SC=AAGCTCTCCCTGGAGGCCCAC;SOR=1.274;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=135012170;WS=135012152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr10	135012429	rs3008390	TT	AC	9930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.94;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr10	135012652	rs3008388	T	C	7711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.782;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.903;SC=CCTGCGTGGATGCCTCGCCAC;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=83;TCR=133;TR=215;WE=135012660;WS=135012642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,300:1.00:301
chr10	135015427	rs9418941	C	A	3636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=42;PP=1808;SC=TTGGCACTGCCGGGTGGGGCA;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=52;TCR=42;TR=94;WE=135015435;WS=135015417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	135015667	rs9419023	C	T	7497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr10	135016089	rs3008386	T	C	6153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=66;PP=2965;SC=GAACCTCTCCTACCACCGTCT;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=84;TCR=66;TR=149;WE=135016097;WS=135016079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr10	135016175	rs3008385	T	G	5934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=83;PP=2837;SC=TCCTCCTTGCTCCTCTCCTGC;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=67;TCR=83;TR=150;WE=135016183;WS=135016165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr10	135020315	rs3008375	T	C	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=33;PP=1356;SC=TCCGAGACCCTGGCTGCAGGC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=75;WE=135020323;WS=135020305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr10	135043802	rs7092433	C	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=21;SC=GATGCTGCTCCGGCCCCGCAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=135043810;WS=135043792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr10	135051562	rs2998143	A	G	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=418;SC=TCCCTGGCCCAGGCCAGACAT;SOR=0.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=135051570;WS=135051552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr10	135061112	rs12355840	C	T	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=26;PP=1016;SC=GAACGGCGGGCGGCTCTGAGG;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=135061120;WS=135061102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	135076523	rs2995300	C	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=6;PP=492;SC=TAGATGCATTCCTGAGGTTAG;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=135076531;WS=135076513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	135076596	rs2230576	T	C	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=25;PP=1124;SC=GACCGTGGAATGCTGGAACGC;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=66;WE=135076604;WS=135076586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	135076758	rs3008318	T	C	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=23;PP=770;SC=GAAAAGATAATTGATGTTGAA;SOR=1.508;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=135076766;WS=135076748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr10	135076903	rs3121298	A	G	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=6;PP=127;SC=GGCAGTCACAATATATACAGC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=135076911;WS=135076893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	135077121	.	C	T	204	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.9970;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=9;NR=0;PP=204;QD=26.5301347275;SC=GCAGTGCCACCGTCAGCCCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=135077129;WS=135077111;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr10	135077121	rs3216041	C	CGTCAGCCCCGTGGGGAGGCCGTGCCACT	397.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=56.82;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr10	135077311	rs2995301	C	G	5763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=63;PP=2493;SC=CCCCCAGGCACTCCCGGCTCT;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=75;TCR=63;TR=138;WE=135077319;WS=135077301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr10	135081684	rs2995309	T	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=10;PP=215;SC=CACCACACCCTGAGTCTCTCC;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=135081692;WS=135081674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr10	135081754	rs11101672	G	C	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=7;PP=200;SC=ATGAGAGACAGACAGGCCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=135081762;WS=135081744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	135082346	rs2275720	A	G	9452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=92;NR=113;PP=2965;SC=ACCACCACGAAGACGGGGAGG;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=92;TCR=113;TR=205;WE=135082354;WS=135082336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr10	135082810	rs2995310	C	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=11;PP=662;SC=TCTGCCTATACCTGTGTGTCG;SOR=1.412;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=37;WE=135082818;WS=135082800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	135082874	rs2995311	G	A	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=31;PP=1075;SC=CCGGGCCCGCGGCTTCTGCCT;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=135082882;WS=135082864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr10	135083164	rs2275719	C	T	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=288;SC=CCACATGCGCCGACGGCGAGG;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=135083172;WS=135083154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	135083812	rs885023	C	A	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=9;PP=598;SC=CCACGTGGGGCACATGCCCGG;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=135083820;WS=135083802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	135084232	rs5789159	C	CAGA	3292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=13;PP=1714;SC=AGGGCGGTCTCAGCTCACCTG;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=32;WE=135084240;WS=135084222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr10	135084322	rs3008321	A	G	3570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=33;PP=1381;SC=GTGGGACCAGAAGCGGGTTAG;SOR=0.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=76;WE=135084330;WS=135084312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr10	135084601	rs2995314	T	C	5877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=77;PP=2109;SC=CAGCTCACCATGGGGACAGGT;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=57;TCR=77;TR=134;WE=135084609;WS=135084591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr10	135085321	rs1131720	C	T	3974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr10	135085426	rs1131719	A	G	6749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=77;PP=2965;SC=GGGCCATGGTACAGGCCACGC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=155;WE=135085434;WS=135085416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr10	135085754	rs1131718	G	A	7917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=88;PP=2965;SC=CAAACCCCACGGTAGTCCCGG;SOR=0.891;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=160;TCF=70;TCR=90;TR=153;WE=135085762;WS=135085744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr10	135086380	rs3008324	C	T	5453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=51;PP=2362;SC=ACTGGGGACACGAGACCCTCA;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=135;WE=135086388;WS=135086370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr10	135086766	rs45451297	G	A	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=7;PP=413;SC=ACCCCGGGCCGAGGCCTGAAG;SOR=1.302;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=135086774;WS=135086756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	135087521	rs3008326	G	A	6875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=70;PP=2862;SC=TGTAGCCGGAGCCCAGCAGGT;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=79;TCR=71;TR=147;WE=135087529;WS=135087511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr10	135088633	.	GC	G	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=13.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=-2.188;SOR=0.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr10	135089035	rs2275725	A	G	4108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=56;PP=1796;SC=GGCAGACGCCACGGCAACACG;SOR=0.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=96;WE=135089043;WS=135089025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	135090183	rs2995317	A	G	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=14;PP=609;SC=GCGGGGTGCGAGCAGGCCAGG;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=135090191;WS=135090173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	135096784	rs2995325	A	G	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=36;PP=964;SC=CGGGCCCTGCATGCGCACGTG;SOR=2.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=42;WE=135096792;WS=135096774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr10	135097224	rs56403249	T	G	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	135097227	.	CGCA	C	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.49;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	135097232	.	T	TCG	732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.80;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr10	135097434	rs2995326	A	G	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=28;PP=979;SC=CCATCACTTCAAACATCATGT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=135097442;WS=135097424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr10	135098672	rs3008334	G	A	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=37;PP=1714;SC=CGTGCTTGCAGTAGAACATGT;SOR=1.017;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=62;TCR=38;TR=99;WE=135098680;WS=135098662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr10	135098830	rs3008335	T	C	6403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=72;PP=2965;SC=CGTGAATCTCTCGGACACTGA;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=157;WE=135098838;WS=135098820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr10	135098845	rs2995327	C	T	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=76;PP=2965;SC=CACTGAAGGCCGGGGAGAGCC;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=161;WE=135098853;WS=135098835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr10	135103311	rs141370078	C	CGCCCGCTGCGCCGCGGACGCCAAGTCCCT	1794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=3;PP=2972;SC=CCCAAGTCCCCGCCCGCTGCG;SOR=2.303;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=16;WE=135103319;WS=135103301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr10	135105961	.	T	TC	1160	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=23;MQ=58.5;NF=15;NR=6;PP=1160;QD=56.2857142857;SC=TCCCTCCGTGTCCCCGTGTCC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=21;WE=135105974;WS=135105951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr10	135105966	.	G	A	751	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MMLQ=21;MQ=58.71;NF=23;NR=6;PP=751;QD=27.0955590534;SC=CCGTGTCCCCGTGTCCCTCCG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=135105974;WS=135105951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr10	135105983	.	C	T	1174	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MMLQ=21;MQ=59.09;NF=35;NR=13;PP=1174;QD=25.1827335947;SC=TCCGTGTCCCCGTGTCCCGGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=48;WE=135105991;WS=135105973;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr10	135141572	rs2298122	G	T	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=30;PP=843;SC=GGACCCAAGAGAGCCCTGAAC;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=135141580;WS=135141562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr10	135160950	rs4838721	C	T	8288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=104;PP=2965;SC=CATCCCTGAGCCCCAATCCCC;SOR=0.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=182;TCF=77;TCR=105;TR=181;WE=135160958;WS=135160940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr10	135165790	rs4369319	A	G	4961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=68;PP=2555;SC=ACCCTGGGCCATGTCCTGAGT;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=141;WE=135165798;WS=135165780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr10	135171364	rs1891372	T	C	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=3;PP=107;SC=GGGGTCCCCGTGCAAGCCTCG;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=135171372;WS=135171354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	135178087	rs10745294	A	C	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.73;ReadPosRankSum=1.273;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr10	135179458	rs6537598	G	C	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=25;PP=1364;SC=CCTCTCCAGTGTCTTCCTGGC;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=69;WE=135179466;WS=135179448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr10	135180430	rs2230261	A	G	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=34;PP=1112;SC=TCCGGTCACCAGTGAGGACCA;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=135180438;WS=135180420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr10	135184126	rs1049951	G	A	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=31;PP=1623;SC=CTCCTCGAAGGTCTTCAGGGC;SOR=1.188;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=85;WE=135184134;WS=135184116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr10	135186806	rs10466126	A	G	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=12;PP=381;SC=CGGGCCGCGGACGCAGGACAG;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=135186814;WS=135186796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	135192762	rs12250188	C	G	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr10	135194890	rs10745295	A	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=9;PP=742;SC=GTGGGAACTCAGAGCACGTAT;SOR=1.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=135194898;WS=135194880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr10	135197419	rs4240520	G	A	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=15;PP=790;SC=GGACTTCCGTGGAGGGCTTTA;SOR=1.199;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=135197427;WS=135197409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr10	135202594	rs10776679	T	C	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=53;PP=1395;SC=CCACACACGCTGGTTCCTGCC;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=135202602;WS=135202584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	135207936	rs10160083	T	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=11;PP=346;SC=TCCCGGTCGTTCTGGGCTGGC;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=135207944;WS=135207926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr10	135209105	rs4838742	A	G	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=245;SC=TCCCTCAGATATAGTCTTTTT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=135209113;WS=135209095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	135211892	rs2252852	A	G	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=23;PP=1447;SC=TGACAGAGCCAAGACTCCAGT;SOR=1.554;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=73;WE=135211910;WS=135211882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	135213263	rs2814206	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=31;PP=919;SC=CCAGAGCACATCTTGTCTCGT;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=135213271;WS=135213253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr10	135216331	rs150075790	T	TA	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,24:0.23:105
chr10	135232934	rs2243619	C	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=233;SC=TGGCTGGCCGCGCGGTGTCAG;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=135232942;WS=135232924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr10	135233541	rs2255246	A	G	7772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=74;PP=2737;SC=TAACGTGAACATTATTCAGCC;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=88;TCR=74;TR=162;WE=135233549;WS=135233531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr10	135236958	.	CGCCGCCCCGGCT	C	1186.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.81;QD=42.38;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	135237060	rs2480253	A	G	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=7;PP=239;SC=CCCCGCGCGCACCCCCGCGGA;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=135237068;WS=135237050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr10	135237166	rs2492666	G	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.17;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr10	135237196	rs4838682	C	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=24.35;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr10	135267445	rs2253522	T	C	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=11;PP=777;SC=CTGTGACCTCTGCCATTGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=135267453;WS=135267435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr10	135267738	rs2253529	T	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=26;PP=641;SC=TCCACATGGCTGGATCCCTGT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=135267746;WS=135267728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr10	135271789	rs2480245	C	T	4482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=42;PP=1405;SC=TGAAGCCTTCCGCAGTCTGAG;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=89;WE=135271797;WS=135271779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr10	135272700	rs143722770	C	T	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=32;PP=1285;SC=ATTTTGGGGACGGGGACGCTG;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=135272708;WS=135272690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr10	135272947	rs2257044	CC	AG	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=488;SC=GGTCCTGGGTCCCTCCCGCTG;SOR=2.494;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=9;WE=135272956;WS=135272937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr10	135273463	rs731947	C	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=12;PP=484;SC=ATGCCTGGGACCTGCGGGACG;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=135273471;WS=135273453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr10	135278193	rs2492654	A	G	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr10	135279283	rs2243812	T	C	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=23;PP=1243;SC=TTTTTGGGAATTCCCTTTTGT;SOR=1.320;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=65;WE=135279291;WS=135279273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr10	135279810	rs2243909	T	G	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=41;PP=1994;SC=CGTCCTGGGATCCCTTCTTGG;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=101;WE=135279818;WS=135279800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr10	135280765	rs2246634	C	T	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=33;PP=1122;SC=GAAATGCCGCCAGCAGGACTG;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=62;WE=135280773;WS=135280755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr10	135340866	rs11445593	T	TC	411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=523;SC=CACAGGATTGTCTCCCGGGCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=135340874;WS=135340856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr10	135347397	rs915909	T	C	3541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=39;PP=1218;SC=ACCCTGAGATTGAAGGTAGGC;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=75;WE=135347405;WS=135347387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr10	135347533	rs943976	A	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=351;SC=TGAGATGGCTAGATGCACTGC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=135347541;WS=135347523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr10	135350490	rs147973606	A	AGATGGGTGGAT	1375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.44;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr10	135351137	rs2070676	G	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=337;SC=TCCTTCAACTGGAAATATACT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=135351145;WS=135351127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr10	135351174	rs2070677	T	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=655;SC=TATTCAAAACTACATTCTTCA;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=135351182;WS=135351164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr10	135351362	rs2515641	T	C	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr10	135352153	rs2249694	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=464;SC=TAGGCAGAGAAGGGTGAGTCC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=135352161;WS=135352149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr10	135352168	rs2249695	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=6;PP=499;SC=GAGTCCTGCCTTGTGATGGCC;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=135352176;WS=135352158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr10	135352509	rs2480257	T	A	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.06;SOR=2.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr10	135352514	rs2480256	A	G	2595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.54;SOR=2.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr10	135369054	rs3020514	A	G	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr10	135370060	rs2987791	G	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=25;SC=ACTTGACCTTGGTCTCATCAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=135370068;WS=135370051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr10	135371466	rs2987792	T	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=15;PP=438;SC=TGTCAAGGTATTGGGTTTTGG;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=135371474;WS=135371456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr10	135381215	rs3020499	A	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=189;SC=CTGGGCAGGCATGGGGAGCTG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=135381223;WS=135381205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr10	135381276	rs3020500	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=7;PP=191;SC=GGCTCTGGAGTGTGGCTGGGC;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=135381284;WS=135381266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr10	135381592	rs3020501	C	G	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=32;PP=1634;SC=CGAGCCCAGCCAGGCCTAGGG;SOR=1.197;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=59;TCR=32;TR=90;WE=135381600;WS=135381582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr10	135381623	rs3020502	T	C	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=56;PP=1955;SC=CCCAGGGCACTGAGGGCGCCA;SOR=0.851;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=128;WE=135381631;WS=135381613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr10	135381766	rs3020503	C	T	5802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr10	135381927	rs2987800	T	G	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=808;ReadPosRankSum=-0.496;SC=AGAGGAAGGCTGCCTCCTGTA;SOR=0.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=135381935;WS=135381917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr10	135438888	rs150376644	C	T	2974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-8.494;NF=69;NR=37;PP=1262;ReadPosRankSum=-6.226;SC=GATAAACAGCCTCTGACATAG;SOR=0.614;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=349;TCF=219;TCR=130;TR=106;WE=135438896;WS=135438878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:345,175:0.34:520
chr10	135438929	rs201901202	T	G	4059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.49;MQRankSum=-16.558;QD=5.73;ReadPosRankSum=3.800;SOR=0.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:461,248:0.35:709
chr10	135438951	rs200483318	G	A	9378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FS=1.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQRankSum=-19.489;QD=12.92;ReadPosRankSum=3.930;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:465,261:0.36:726
chr10	135438955	rs201563622	C	T	9276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FS=1.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQRankSum=-19.847;QD=13.07;ReadPosRankSum=3.803;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:455,255:0.36:710
chr10	135438967	rs145018822	C	T	8193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=700;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQRankSum=-21.303;QD=11.71;ReadPosRankSum=3.058;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:457,243:0.35:700
chr10	135438977	rs79631365	G	A	7734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FS=1.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQRankSum=-22.782;QD=11.77;ReadPosRankSum=2.930;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:441,216:0.33:657
chr10	135439300	rs200952781	T	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.02;MQRankSum=-2.507;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,4:0.14:28
chr10	135439305	rs187707655	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.90;MQRankSum=-2.257;QD=2.83;ReadPosRankSum=0.760;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,4:0.16:25
chr10	135439338	rs200878503	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.27;MQRankSum=-0.941;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.462;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr11	193096	rs2280539	T	C	2015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=26;PP=863;ReadPosRankSum=-0.387;SC=CTGAGACTGCTGGCATGAAGG;SOR=0.730;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=61;WE=193104;WS=193086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,99:0.54:185
chr11	193112	rs7951297	C	T	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,98:0.53:184
chr11	193194	rs2686896	T	C	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr11	193863	rs2294081	T	C	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.10;ReadPosRankSum=1.651;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,94:0.44:216
chr11	193863	.	TAT	CAG	1747	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=26;NR=30;PP=1747;QD=32.1512120511;SC=TCAAGTCCTGTATAGATGGCC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=59;TCR=72;TR=56;WE=193873;WS=193853;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:75,56:0.43:131
chr11	193865	rs2686894	T	G	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.17;ReadPosRankSum=2.023;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,92:0.43:215
chr11	194323	rs144736936	A	AC	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=5.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-3.573;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr11	194598	rs79601819	C	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=442;ReadPosRankSum=-0.939;SC=GTCTCTGCCCCCACAGAGGGG;SOR=0.696;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=33;WE=194606;WS=194588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,54:0.48:113
chr11	194640	rs2979429	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=220;ReadPosRankSum=-0.765;SC=AACACACTCGGGGCCACAGCC;SOR=0.610;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=16;WE=194648;WS=194629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr11	197557	rs7103852	A	G	2362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=32;PP=1587;SC=CATTGCGTCCACAGGCTTCAT;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=81;WE=197565;WS=197547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	206089	rs3782120	G	A	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=38;PP=1121;SC=CGGTGAGCACGGCCCCTGACC;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=206097;WS=206079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	207254	rs143657869	CG	C	2910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=791;SC=GCAGCGGCGTCGGTTTCGGCC;SOR=0.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=207262;WS=207244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	207275	rs6598075	C	G	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=18;PP=648;SC=CGGCCCTGCCCCCAACGGCTC;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=207283;WS=207265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	207359	rs375304678	C	CGGCCACAGCCGCCTCAGACGT	2642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=1882;SC=GACACCGACGCGGCCACAGCC;SOR=1.453;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=7;WE=207367;WS=207349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	207400	rs71487219	A	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.06;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	207410	rs58692051	C	T	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	207462	rs11245998	A	G	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=446;ReadPosRankSum=1.737;SC=GCCCCTAGATAGCCCAGCCCC;SOR=1.598;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=18;WE=207470;WS=207452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr11	209002	rs2177173	A	G	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=26.90;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	209894	rs3832797	ACCC	A	5759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=48;PP=2352;SC=CCTGAAGGGAACCCCCCACCC;SOR=0.856;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=62;WE=209904;WS=209884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	214163	rs1533825	G	A	3110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.44;SOR=2.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	214169	rs1533824	T	C	3143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	236343	rs7118852	A	G	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=24;PP=683;SC=CGCGCAGTCCAAGGAGTCCTC;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=236351;WS=236333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	279798	rs4758626	G	A	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	280000	rs4758627	G	A	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=12;PP=519;SC=GCCTGAGCAGGGCCGGGGAGG;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=280008;WS=279990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	280221	rs6421985	A	C	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=49;PP=1659;SC=GGAGGAGGCGATGGGGCCCGC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=97;WE=280229;WS=280211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	280673	rs12807092	C	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=12;PP=512;SC=GGCTGCTGAGCAAGGCGCTGC;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=280681;WS=280663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	280816	rs7482965	AT	TC	8787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.05;NF=83;NR=35;PP=2947;SC=TTCTACAAGTATTTCCGGGAT;SOR=1.381;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=88;TCR=36;TR=118;WE=280825;WS=280806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	284093	rs9734280	A	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=7;PP=537;SC=AGGCTCTGCGAGGTCCAGGGA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=284101;WS=284083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	284257	rs11246050	G	A	4968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=50;PP=1634;SC=TCCCTGACGCGGTCTGCCGAG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=284265;WS=284247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	284538	rs6598047	T	C	7355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=76;PP=2212;SC=GGCAGAGCCCTGCCCTGACCA;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=57;TCR=76;TR=133;WE=284546;WS=284528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr11	284716	rs760059	C	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=18;PP=489;SC=CCTGGGGGCTCCCCCTGGACC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=284724;WS=284706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	290816	rs10902120	A	G	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=29;NR=27;PP=907;SC=TCCTGACAGCAGTGGGCGGCA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=290824;WS=290806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	292798	rs11602423	A	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=250;SC=AGGTGTCTCAATGCCAGGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=292806;WS=292788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	293188	rs12801980	T	C	6301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=59;PP=2392;SC=ACGAGTACCATTCAGGGGTCA;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=128;WE=293196;WS=293178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	293785	rs12418165	C	T	9207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=101;PP=2965;SC=TCTCTGCCCACGCAGTGGGCC;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=100;TCR=101;TR=201;WE=293793;WS=293775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr11	294512	rs149098966	A	ACCCCAGGCTGTCCCTCACCCCCAGACTGCCCTCTCAC	4396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.25;MQRankSum=2.188;QD=55.65;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
chr11	298516	rs144153945	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	299411	rs57285449	C	G	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=39;PP=1274;SC=GTGCGGGGCCCCCAGTGTGAG;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=69;WE=299419;WS=299401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	308065	rs9704108	T	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=6;PP=928;SC=GTTCTGCCCTTATCTGGCCCT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=308073;WS=308055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	308759	rs4141388	G	A	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.867;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.24;MQRankSum=2.801;QD=23.08;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,101:0.95:106
chr11	314207	rs9667990	C	G	10729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=0.910;SC=TGTGCTGGGGCCACCCCCCAG;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=108;TCR=132;TR=238;WE=314215;WS=314196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,416:1.00:418
chr11	320166	rs28655829	T	C	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.38;QD=27.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	320237	rs28688930	C	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.18;QD=27.51;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	320394	rs6421983	C	T	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=57;PP=1670;SC=CCAAGCCACACACACACACAG;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=90;WE=320402;WS=320384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	373408	rs376849299	AC	A	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.51;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr11	375535	rs117222258	C	A	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=30;PP=1719;SC=CAGGTGCGAGCGGACGCCTCT;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=84;WE=375543;WS=375525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	396701	rs11246147	C	T	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=32;PP=1658;SC=AGCGATGGGCCCAGCCCGAGG;SOR=0.983;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=83;WE=396709;WS=396691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	396915	rs12419281	C	T	3370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=48;PP=1558;SC=CAGCCCACAACGGGGGCAGCG;SOR=0.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=90;WE=396923;WS=396905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	397706	rs9795298	T	C	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=30;PP=851;SC=GGTGACCTCCTTCGTGGGCCC;SOR=2.608;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=397714;WS=397696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	397732	rs9795299	T	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=492;SC=CCTCCCACTGTCCTCTGCTCA;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=397740;WS=397722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	400109	rs8858	A	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=525;SC=CCTCGGAGGCAGAGATCTTCT;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=400117;WS=400099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	403939	rs7479832	A	G	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=40;PP=1658;SC=CCGGCCTCCCACAGCCACGAA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=83;WE=403947;WS=403929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	403980	rs11748	G	A	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=46;PP=1880;SC=AGAAGCTGCCGGGCAGCGTGG;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=96;WE=403988;WS=403970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	404317	rs1134578	C	T	5346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=63;PP=2052;SC=ACCGTGACTTCCGGGCGGTAC;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=95;WE=404325;WS=404307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	406043	rs7947	G	A	4684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=48;PP=2034;SC=GCTCTCCAAAGACAGGCCCCC;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=101;WE=406051;WS=406033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	406473	rs3087588	A	C	5834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.28;ReadPosRankSum=1.098;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr11	406483	rs3210908	T	C	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.46;ReadPosRankSum=1.590;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr11	407236	rs7395890	T	C	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=108;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=6;PP=131;SC=TCAGGGGCGGTGCCGGACGCA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=407244;WS=407226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	407364	.	C	CATGGG	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=83;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=506;SC=TGGGACGGAGCATGGGGCGGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=407372;WS=407354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	407708	rs6421977	A	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=387;SC=CGCACAGAGCACCCGGGGGCT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=407716;WS=407698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	409385	rs6421976	C	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=29;PP=822;SC=TGGATGGGCACAGCTGGGAGC;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=409393;WS=409375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	409720	rs6598024	T	G	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.158;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=1140;ReadPosRankSum=-1.111;SC=AAGGGCCCAGTGGGAGGGGTG;SOR=0.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=68;WE=409728;WS=409710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr11	418652	rs76681188	G	A	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=65;PP=2040;SC=GGGGTTCAGGGCCGGGGAGAA;SOR=1.505;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=30;TCR=67;TR=95;WE=418660;WS=418642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	428385	rs10794323	A	G	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=16;PP=990;SC=AGGGCCACGCACCTGTTGATC;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=428393;WS=428375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	428489	rs10794324	T	C	5742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=49;PP=1947;SC=GTCATGATGATGATGGTCACA;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=113;WE=428497;WS=428479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	428668	rs111758610	C	T	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.04;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	429659	rs7111432	C	T	10080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=125;PP=2965;SC=GTGGCTGCGGCGGGGGCAAGG;SOR=0.767;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=120;TCR=127;TR=244;WE=429667;WS=429649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr11	430456	rs11603743	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=28.31;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	431577	.	T	A	44	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=77;MMLQ=20;MQ=48.29;NF=4;NR=0;PP=44;QD=19.6928031368;SC=GTGTGGGGGCTCCCGCGGGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=431585;WS=431573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,4:0.67:6
chr11	431834	rs55914928	A	G	5416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=74;PP=2770;SC=TCTCCAGGCCAGCCCACCCCT;SOR=0.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=159;TCF=85;TCR=74;TR=155;WE=431842;WS=431824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	433387	rs7395065	A	G	6561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=64;PP=2513;SC=TCCAGGAGGAAAGTGCGGTAC;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=132;WE=433395;WS=433377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	433554	.	C	T	594	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=5;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=20;PP=594;QD=28.5805096612;SC=TCAGAACCCTCCCCCCTCTAT;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=22;WE=433576;WS=433544;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr11	433867	rs12575508	G	A	4901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=53;PP=1812;SC=TTGCTGCCGCGCCTGCCGGGG;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=101;WE=433875;WS=433857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	433965	rs7396778	G	A	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=36;PP=1211;SC=GGGGCCAGGCGCAGGTGAAGG;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=433973;WS=433955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr11	474033	rs72851118	C	T	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=60;PP=1839;SC=TCTGAGCGGCCACTCTGTGTC;SOR=1.207;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=94;WE=474041;WS=474023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	486826	rs55653405	C	T	867.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;MQRankSum=-0.158;QD=39.45;ReadPosRankSum=-1.286;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
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chr11	488135	rs11820122	G	A	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.48;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
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chr11	488389	rs11822000	C	A	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=24;SC=CCAGCGCGGCCCCTGGACCCC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=488397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	489386	rs67492572	T	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=7;PP=734;SC=GGCTGCCGGCTCTGTGGTTCC;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=489394;WS=489376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	489829	rs56005321	C	A	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=35;SC=TGGGCAAGTCCGCCTGGAGGA;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=66;WE=489837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	494942	rs7983	G	C	2548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=39;PP=1141;SC=GCAGGATGCCGGCGTCCCCCA;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=494950;WS=494932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	495103	rs11246165	A	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=9;PP=233;SC=CTGGCACCGCACTGACCGGCA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=495111;WS=495093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	498383	rs11825121	C	T	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	499059	rs17584	C	T	12306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.58;SOR=1.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr11	499066	rs17849355	C	T	12159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr11	499547	rs61876345	A	C	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=34;PP=1175;SC=ACTCACGGCCAGGCATCTGTT;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=72;WE=499555;WS=499537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	499583	rs61876346	G	A	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=40;PP=1157;SC=TGGGGCAGCTGTGCCTTGCAA;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=74;WE=499591;WS=499573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	500056	rs12417451	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=583;SC=CACGCCCTTCGCCTGCCAGAG;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=500064;WS=500046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	502013	rs7930593	G	A	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=19;PP=953;SC=GCCGCCACCCGCCAGCCTGCC;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=502021;WS=502003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	502217	rs7944548	C	T	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=30;PP=914;SC=ACGTCTTGGCCGAATCCCCTC;SOR=0.789;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=54;WE=502225;WS=502207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	534242	rs12628	A	G	6076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=50;PP=1814;SC=CGTCCACAAAATGGTTCTGGA;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=99;WE=534250;WS=534232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	534403	rs146677294	GCCCAGGCCCAGC	G	1340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=20;PP=2979;SC=GCTCAGCCAGGCCCAGGCCCA;SOR=2.694;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=20;WE=534422;WS=534393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	540584	rs11246178	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.39;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	540604	rs79948463	A	C	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=10;PP=416;SC=GGGCTGGGCCAGGGTCTCAGC;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=540612;WS=540594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	544827	rs76537666	C	T	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	552547	rs3740652	T	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	552875	rs28575794	A	G	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=28;PP=770;SC=GCTCACGACCAAGGGAGGCCC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=552883;WS=552865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	555157	.	G	GGGAGGGGAGGGGAGCGGCGA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	556121	rs936467	G	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=10;PP=335;SC=CAGACCTGGAGGGGCGTGGAG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=18;WE=556129;WS=556111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	616865	rs3758650	G	A	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=40;PP=1460;SC=CCCCCGGCAGGTGTTTGAGAC;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=71;WE=616873;WS=616855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	616970	rs1610161	A	T	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=26;PP=740;SC=GAGGTCTGAGATGAGCCGGGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=616978;WS=616960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	617967	rs2740379	C	G	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=23;PP=1851;SC=AGCTTTGCCACAGCAGCACTT;SOR=1.490;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=63;TCR=23;TR=84;WE=617975;WS=617957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	624779	rs182123754	C	A	6537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=93;PP=2736;SC=CCCCTGGCTCCCCGCCGCCCG;SOR=0.939;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=66;TCR=93;TR=159;WE=624787;WS=624769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr11	626220	rs12280580	C	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=7;PP=438;SC=GTCAGTCCCTCCTGGGTGGAT;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=25;WE=626228;WS=626217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	636701	rs3842250	CG	C	49.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=1;PP=48;SC=CCAGAGGCTGCGGGGGGGGGG;SOR=1.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=636709;WS=636691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	636784	rs1800955	T	C	79.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=131;SC=GCGTGGAGGGTGCGCACGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=8;WE=636792;WS=636774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	639368	rs140726804	T	TG	913.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5043;FS=22.267;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=2;PP=619;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCATAAGAGTGGGGGCGGGT;SOR=4.461;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=38;WE=639382;WS=639358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr11	639374	rs28540443	C	G	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=15;PP=1652;SC=AGAGTGGGGGCGGGTCACAAG;SOR=3.258;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=80;TCF=61;TCR=19;TR=76;WE=639382;WS=639358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	640119	rs762502	C	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=23.80;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	678561	rs10902190	C	T	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=10;PP=1061;SC=CACACTTTACCAGCCACTGAT;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=678569;WS=678551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	680866	rs7483337	A	G	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=3;PP=170;SC=TGTGCTTTAGAAGTGAGAATC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=680874;WS=680856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	704753	rs7941896	G	A	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=34;PP=872;SC=GGCCCGAGAGGCCAGCCTGGA;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=704761;WS=704743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	709680	rs11605783	T	C	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=35;PP=943;SC=GGGGGACAGCTGCTCCTGCCC;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=709688;WS=709670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	710558	rs7395822	G	A	5325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.59;SOR=1.398;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	710567	rs7396652	A	C	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.97;SOR=1.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	720197	rs3087546	C	T	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=82;PP=2409;SC=CGACCAGTCGCTGCGGCTGCT;SOR=1.134;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=134;TCF=52;TCR=82;TR=131;WE=720205;WS=720187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	720978	rs5789193	G	GC	630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=508;SC=GAGGGGAGGAGCCGGCAGGGG;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=720986;WS=720968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	721570	rs7635	C	T	11500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr11	723429	rs4078520	C	T	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=60;PP=1813;SC=CATATGGGTACGCTGCCACCA;SOR=1.374;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=84;WE=723437;WS=723419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	725877	rs66512023	G	GC	215.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=3;PP=242;SC=TGGGGTCGCAGCCCCCAGCTT;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=7;WE=725885;WS=725867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	726178	rs28498399	G	C	7867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=81;PP=2965;SC=ACGGTGAGAGGTGCTGCTTCG;SOR=0.799;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=174;TCF=91;TCR=83;TR=172;WE=726186;WS=726168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr11	763299	.	TCCCCGCCCTCACCTG	T	2299	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MMLQ=21;MQ=64.27;NF=11;NR=2;PP=2299;QD=179.461538462;SC=CCCTCACCTGTCCCCGCCCTC;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=13;WE=763321;WS=763289;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,13:0.68:19
chr11	771034	rs7930569	A	G	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=49;PP=1937;SC=CGGCCGGGACAGTGGAGCTGG;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=103;WE=771042;WS=771024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	772490	rs12224894	G	A	8735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=99;PP=2965;SC=AGCACAGGGCGGCGACACCGT;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=90;TCR=99;TR=187;WE=772498;WS=772480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr11	774982	rs7952095	C	A	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=697;SC=CCTCCCAGGCCGCGGCGGCAG;SOR=1.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=774990;WS=774972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	775275	rs7942564	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=17;PP=475;SC=TACACCCAAGAACGACTACTT;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=775283;WS=775265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	799670	rs28649421	G	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=463;SC=CTGGGGCCAGGTGCGGCCAGA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=799678;WS=799660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	800485	rs7121646	TC	AT	11777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=79;PP=2947;SC=CAAGGAGGGCTCGGGGAGGAC;SOR=0.897;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=192;TCF=106;TCR=86;TR=182;WE=800494;WS=800475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	801631	rs55974235	T	TG	2492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.326;NF=3;NR=41;PP=1679;ReadPosRankSum=0.042;SC=GCCGCTGGGATGGGGGAGAGA;SOR=0.549;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=44;WE=801639;WS=801621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr11	801776	rs7479183	T	G	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=7;PP=542;SC=GGGGTGGAAGTTGCCAGGGAC;SOR=2.303;Source=Platypus;TCF=21;TR=28;WE=801784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	802115	rs7479101	A	G	9568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	802125	rs28498421	T	C	9640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.85;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	802379	rs10902221	T	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=17;PP=539;SC=TGAGCAGCCTTGAGGGGTCAC;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=802387;WS=802369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	802902	rs28360884	T	G	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=89;SC=CTGCGGGCAGTTGCTGGCTTA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=802910;WS=802892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	804212	rs7104785	C	A	4398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=53;PP=1870;ReadPosRankSum=1.819;SC=GCAGCAGCTGCAGAGGCTGCT;SOR=0.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=44;TCR=53;TR=97;WE=804220;WS=804202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr11	822622	rs7942159	A	G	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=56;PP=1687;SC=CTCTGCTCCGAGGACTGTGGC;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=74;WE=822630;WS=822612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	824789	rs1138693	T	C	7526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=75;PP=2965;SC=CAGCACCAGCTGGCCGGGCCT;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=103;TCR=75;TR=178;WE=824797;WS=824779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	824987	rs66460720	CTGCA	C	6860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=74;PP=2974;SC=CACTCACCAGCTGCATGCACT;SOR=1.364;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=11;TCR=77;TR=85;WE=824998;WS=824977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	825110	rs1138714	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=21;PP=507;SC=TTTACTCCTGAGAACTTTGCA;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=825118;WS=825100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	828784	rs28507876	A	G	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=35;PP=1852;SC=TGAGTCCCCCACCCCAAGAGA;SOR=1.108;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=95;WE=828792;WS=828774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	828916	rs7126805	G	A	6622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=89;NR=80;PP=2965;SC=AGTCTGGACCGGGCTCACACT;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=89;TCR=81;TR=169;WE=828924;WS=828906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr11	829539	rs28558789	A	G	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=355;SC=GGTCCTGGGCAAGTGAGTCGG;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=829547;WS=829529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	830487	rs4075290	C	T	18417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=731;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=161;NR=178;PP=2965;SC=CTGGGCCTCACGTATCACCCC;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=341;TCF=163;TCR=178;TR=339;WE=830501;WS=830477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,726:1.00:726
chr11	830670	rs4075289	G	T	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=44;PP=1278;SC=GAGCTGCAGAGCCGCGAGCAG;SOR=1.888;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=61;WE=830678;WS=830660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	831122	rs7114218	C	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=11;PP=739;SC=TCATCCCCATCTCAAGTCCCA;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=831130;WS=831112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	836008	rs5030778	T	C	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=34;PP=1507;SC=CCTATCCGTCTCCCAGTCAGG;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=81;WE=836016;WS=835998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	836023	rs28475448	C	T	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=37;PP=1599;SC=GTCAGGGGCCCGGTGCTGTGG;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=88;WE=836031;WS=836013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	836227	rs28434354	A	G	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=53;PP=2446;SC=GGCAGATGCGATGACCTTTGT;SOR=1.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=73;WE=836235;WS=836217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	836539	rs56063221	TG	T	2583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.301;NF=5;NR=31;PP=602;ReadPosRankSum=1.389;SC=TGTGCTCACCTGGGGGGGGGG;SOR=0.737;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=36;WE=836548;WS=836529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr11	836971	rs28620453	G	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=547;SC=ATGTGCCACTGGGCCCTGGAG;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=836979;WS=836961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	837121	rs28655651	G	C	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=12;PP=1408;SC=ATGCCGAGGTGTGACCTCAGC;SOR=2.336;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=60;WE=837129;WS=837111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	837582	rs1130663	G	A	2820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=54;PP=1450;SC=CTCTTTGTGGGCAGCGAGACC;SOR=1.522;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=75;WE=837590;WS=837572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	837661	rs56265615	GT	G	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=326;ReadPosRankSum=1.046;SC=CTACGAGGTGGTGGGGGGGCA;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=837669;WS=837650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr11	838110	rs5030780	C	T	8959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=78;PP=2965;SC=CGTCTGCTTACGCCCACCCGG;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=96;TCR=78;TR=174;WE=838118;WS=838100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr11	840319	rs3059	C	T	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	840363	rs6591	C	T	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=32;PP=1397;SC=TGGGTGGGTTCCAGCGTGGTC;SOR=1.039;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=76;WE=840371;WS=840353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	840477	rs4895	A	G	4844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=54;PP=1994;SC=CATCCAGCGCATCCCTGTGTC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=109;WE=840485;WS=840467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	840578	rs34627090	AC	A	3133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=38;PP=1018;SC=TGCTGGCCTCACCCCCCCCGC;SOR=0.905;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=44;WE=840586;WS=840568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	840604	rs28677123	C	G	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=37;PP=1191;SC=GCAAGGCGAACAGATTCACCC;SOR=1.207;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=57;WE=840612;WS=840594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	840639	rs28636471	T	A	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=34;PP=917;SC=GATCTAGCAGTATGATCCTGG;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=840647;WS=840629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	842543	rs28372895	C	G	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=7.247;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.60;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,177:0.99:179
chr11	842627	rs9705236	T	C	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	842630	rs9704020	C	T	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.48;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	842653	rs35249369	C	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=502;SC=ACCGGCCCCGCCACCGCTGGC;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=842661;WS=842643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	849090	rs28402197	C	G	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=442;SC=GGTGGGTGCGCGCGACTGCCC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=849098;WS=849080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	850170	rs28704105	T	G	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=29;PP=2366;SC=CGCCGGGGGCTCCTTCTTCGG;SOR=1.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=94;TCR=29;TR=123;WE=850178;WS=850160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	862652	rs28505621	T	C	3713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=43;PP=1498;SC=GGCTGCCAACTTGCTCATCAT;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=862660;WS=862642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	864626	rs28377158	A	G	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=42;PP=1209;SC=CCTCACGGGCAGCCAGGACAG;SOR=1.946;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=56;WE=864634;WS=864616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	865447	rs28423070	G	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=382;SC=GGGCCGGCGAGGGGGTCTGGA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=865455;WS=865437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	865503	rs28581489	G	A	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=611;SC=GACCCCCCCCGCACCCCCAGA;SOR=1.314;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=865511;WS=865493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	866044	rs28457111	A	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	866183	rs28439203	T	C	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=3;PP=55;SC=GGGCTCCCTCTTAGTGGACAG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=866191;WS=866173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	866498	rs28663055	T	C	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=32;PP=1904;SC=GGACAGGGACTGCTCTGGGCT;SOR=1.385;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=103;WE=866506;WS=866488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	900894	rs28454252	T	G	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=20;PP=975;SC=ACCCCCGCAGTTTGAGCCATC;SOR=1.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=900902;WS=900884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	902939	rs12799186	G	A	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=28;PP=1412;SC=ACCTCCCTCTGCACTGTGAGG;SOR=1.225;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=49;TCR=28;TR=77;WE=902947;WS=902929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	903070	rs28380110	G	C	6225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=77;PP=2824;SC=GGTCCGTCACGACCAAACCCC;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=145;WE=903078;WS=903060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	904911	rs28634117	T	C	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=376;SC=ATGCAGCACATGGGCAACCCC;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=904919;WS=904901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	993745	rs7104956	C	G	4979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=50;PP=2354;SC=TGTGCCTCCCCGTCCCCAGCC;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=87;TCR=50;TR=137;WE=993753;WS=993735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	1016665	rs77438942	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=4.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-7.143;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.426;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,21:0.09:235
chr11	1016715	rs78295717	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-10.853;QD=1.14;ReadPosRankSum=-2.094;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,22:0.09:235
chr11	1016719	.	T	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-9.847;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,24:0.10:246
chr11	1016722	rs144616203	T	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=-10.028;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.572;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,25:0.10:246
chr11	1016724	rs3208810	A	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=80;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.280;NF=76;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=0.136;SC=GTGGGTAGTGATGATGACTGT;SOR=0.649;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=311;TCF=179;TCR=132;TR=124;WE=1016732;WS=1016694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,41:0.16:257
chr11	1016776	rs33988517	C	T	4401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.573;NF=104;NR=80;PP=2624;ReadPosRankSum=0.972;SC=AAAGGTGGAACGTGAGTGGGA;SOR=0.716;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=480;TCF=281;TCR=199;TR=184;WE=1016784;WS=1016766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,209:0.42:494
chr11	1016779	.	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.084;ClippingRankSum=0.000;DP=681;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-4.456;QD=0.20;ReadPosRankSum=2.102;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:610,49:0.07:659
chr11	1016789	rs79968742	T	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-3.223;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:711,65:0.08:776
chr11	1016800	rs199626069	G	A	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-5.094;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:783,84:0.10:867
chr11	1016802	rs77342817	T	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=911;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-1.905;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.685;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:811,73:0.08:884
chr11	1016810	rs75998609	G	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=975;ExcessHet=3.0103;FS=0.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.55;MQRankSum=-0.849;QD=0.71;ReadPosRankSum=-2.347;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:862,82:0.09:944
chr11	1016834	rs34740154	G	A	7579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1018;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=2;HapScore=1;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.013;NF=133;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=0.143;SC=TGGTGGTCTGGAAGGATGTTG;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=722;TCF=411;TCR=311;TR=231;WE=1016842;WS=1016824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:631,382:0.38:1013
chr11	1016869	rs35469308	A	T	14501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=981;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.211;NF=203;NR=175;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.229;SC=GTGGAAGAGAAGGGACTGCTC;SOR=0.667;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=785;TCF=419;TCR=366;TR=378;WE=1016877;WS=1016859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:478,417:0.47:895
chr11	1016890	rs113508205	G	A	9875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=823;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-2.134;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:509,303:0.37:812
chr11	1016894	rs34281988	G	A	11831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=810;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-3.486;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.779;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:487,318:0.40:805
chr11	1016910	rs113559934	G	A	6332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQRankSum=-5.950;QD=8.98;ReadPosRankSum=2.861;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:510,195:0.28:705
chr11	1016914	rs74632841	G	T	9297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=0.499;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:443,252:0.36:695
chr11	1016918	rs34375705	C	T	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FS=0.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=3.304;QD=2.23;ReadPosRankSum=-3.198;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:601,86:0.13:687
chr11	1016928	rs34053383	C	G	21426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=673;ExcessHet=3.0103;FS=4.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQRankSum=-8.095;QD=32.12;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,512:0.77:667
chr11	1016928	.	CTGGCC	GTGGCC,GTGGCT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=113;MMLQ=21;MQ=53.63;NF=259,92;NR=331,130;PP=2962,2944;QD=20;SC=CCTGCTGCTGCTGGCCGAGGT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=711;TCF=321;TCR=390;TR=590,222;WE=1016942;WS=1016900;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.83:711
chr11	1016933	rs199579978	C	T	6927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQRankSum=0.630;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:458,199:0.30:657
chr11	1016957	rs200695483	T	G	4979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FS=3.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQRankSum=-1.453;QD=8.53;ReadPosRankSum=2.154;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:440,144:0.25:584
chr11	1016959	rs201219964	T	C	3349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=3.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQRankSum=0.661;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.449;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:465,109:0.19:574
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chr11	1016976	rs78728217	T	G	4200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FS=7.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=-3.398;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=1.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:445,131:0.23:576
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chr11	1017084	rs34649796	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.92;MQRankSum=2.760;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:421,72:0.15:493
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chr11	1017112	rs77753732	G	C	7642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FS=5.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-5.888;QD=19.60;ReadPosRankSum=4.191;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,199:0.51:390
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chr11	1017135	.	G	A	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.180;ClippingRankSum=0.000;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=2.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-3.093;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.744;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:405,65:0.14:470
chr11	1017154	rs112965257	T	G	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-2.486;QD=1.64;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,44:0.10:430
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chr11	1017161	rs374837441	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=2.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.76;MQRankSum=-1.393;QD=0.86;ReadPosRankSum=-2.696;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,39:0.09:415
chr11	1017169	rs200932890	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=1.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-0.656;QD=0.63;ReadPosRankSum=-3.762;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:367,33:0.08:400
chr11	1017173	rs61869004	G	A	5182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=3.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.13;MQRankSum=-3.577;QD=13.46;ReadPosRankSum=1.409;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,203:0.53:385
chr11	1017183	rs34844844	G	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-0.750;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.385;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,62:0.17:364
chr11	1017220	rs56238842	T	C	8122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.273;NF=90;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.569;SC=GCCATCTGTGTGTGGGTAGGG;SOR=0.568;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=247;TCF=115;TCR=132;TR=190;WE=1017248;WS=1017210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,203:0.73:280
chr11	1017231	rs35840539	A	G	8527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQRankSum=-7.452;QD=30.79;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,203:0.73:277
chr11	1017239	rs56386804	C	T	8024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.59;MQRankSum=-7.855;QD=30.40;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,189:0.72:264
chr11	1017240	rs62891761	G	A	7751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQRankSum=-6.184;QD=29.14;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,185:0.70:266
chr11	1017280	rs199539548	G	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=2.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.32;MQRankSum=-2.679;QD=0.38;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,29:0.08:361
chr11	1017294	rs200241162	A	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=2.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.54;MQRankSum=-2.919;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:358,37:0.09:395
chr11	1017302	rs35330958	G	C	5840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=3.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.40;MQRankSum=-7.484;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,152:0.36:424
chr11	1017317	rs33943903	G	T	7362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.321;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-7.002;NF=71;NR=62;ReadPosRankSum=0.836;SC=GGTGTGATGGGGTTGGATAGG;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=325;TCF=177;TCR=148;TR=133;WS=1017307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:322,193:0.37:515
chr11	1017325	rs55903826	A	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=0.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQRankSum=4.431;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.471;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:486,79:0.14:565
chr11	1017337	rs76686156	TC	CA	9360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-7.207;NF=69;NR=68;PP=2944;ReadPosRankSum=1.969;SC=GTAGTGGTGGTCTGGAAGGAT;SOR=0.724;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=348;TCF=183;TCR=165;TR=137;WE=1017346;WS=1017307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,249:0.40:622
chr11	1017381	rs34912894	G	C	3326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQRankSum=-19.080;QD=5.33;ReadPosRankSum=2.105;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:471,153:0.25:624
chr11	1017384	rs34095361	G	C	6962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQRankSum=-16.404;QD=11.55;ReadPosRankSum=3.394;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:377,226:0.37:603
chr11	1017421	rs35549382	G	T	6425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.35;MQRankSum=-8.242;QD=11.50;ReadPosRankSum=1.114;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,199:0.36:559
chr11	1017440	rs78729877	C	T	7216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQRankSum=-11.349;QD=13.44;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,193:0.36:537
chr11	1017443	rs80266715	C	G	7134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.013;HP=1;HapScore=1;MGOF=100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-12.424;NF=108;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.642;SC=TGGTGGCCGACGTGGTGTGGG;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=428;TCF=235;TCR=193;TR=201;WE=1017451;WS=1017442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,193:0.39:497
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chr11	1017464	rs112874139	T	C	3098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=7.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.89;MQRankSum=-8.634;QD=7.43;ReadPosRankSum=3.197;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,104:0.25:417
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chr11	1017746	rs78848170	T	G	10641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=786;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=94;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-15.195;NF=101;NR=96;PP=2661;ReadPosRankSum=1.213;SC=TGGCTGTGTTTAATGAGCTCA;SOR=0.707;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=512;TCF=255;TCR=257;TR=197;WE=1017754;WS=1017734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:467,308:0.40:775
chr11	1017767	rs75637734	G	C	6604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FS=1.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-0.523;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:560,196:0.26:756
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chr11	1017789	rs78819924	A	C	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FS=0.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=3.764;QD=0.86;ReadPosRankSum=-2.014;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:614,106:0.15:720
chr11	1017793	rs77940304	T	G	4450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQRankSum=-21.088;QD=6.19;ReadPosRankSum=-1.968;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:572,147:0.20:719
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chr11	1017833	rs373775476	C	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FS=1.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=0.549;QD=3.12;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:473,83:0.15:556
chr11	1017844	rs200752571	T	C	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FS=2.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=0.216;QD=2.86;ReadPosRankSum=-3.594;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:474,72:0.13:546
chr11	1017845	rs74610224	C	G	7147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-10.126;NF=106;NR=148;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.807;SC=GTGGAGGAATCGTGCCTGTTG;SOR=0.778;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=461;TCF=203;TCR=258;TR=254;WE=1017866;WS=1017823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,198:0.37:539
chr11	1017858	rs79583615	A	G	5232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=83;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.501;NF=95;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.091;SC=GCCTGTTGGCATTGAGTGGAT;SOR=0.757;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=447;TCF=199;TCR=248;TR=229;WE=1017866;WS=1017823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,161:0.33:493
chr11	1017883	rs79644784	C	A	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-6.599;QD=3.32;ReadPosRankSum=5.245;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,60:0.15:391
chr11	1017900	rs77920671	G	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=3.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-3.301;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.721;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,51:0.15:333
chr11	1017921	.	C	T	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQRankSum=-0.373;QD=3.34;ReadPosRankSum=-2.526;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,40:0.14:278
chr11	1017935	rs138784536	A	G	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.33;MQRankSum=-0.689;QD=4.29;ReadPosRankSum=-3.979;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,35:0.16:223
chr11	1017945	.	A	G	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.71;MQRankSum=1.503;QD=1.26;ReadPosRankSum=-4.052;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,19:0.09:212
chr11	1017988	rs112579249	G	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=3;HapScore=1;MGOF=98;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.847;NF=28;NR=27;PP=640;ReadPosRankSum=0.606;SC=GGGTGTGATGGGGTTGGATAG;SOR=0.477;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=186;TCF=76;TCR=110;TR=55;WE=1017996;WS=1017971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,41:0.28:149
chr11	1018012	rs10751676	T	G	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=17.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.86;MQRankSum=-3.408;QD=13.41;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=1.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,63:0.44:143
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chr11	1018025	rs10751677	C	A	4319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=13.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.34;MQRankSum=-5.510;QD=32.24;ReadPosRankSum=2.119;SOR=1.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,98:0.73:134
chr11	1018031	rs10751678	G	A	3663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=10.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.61;MQRankSum=-6.222;QD=28.40;ReadPosRankSum=2.789;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,86:0.67:129
chr11	1018042	rs200364398	A	G	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=8.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.96;MQRankSum=-0.273;QD=20.79;ReadPosRankSum=3.554;SOR=0.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,64:0.50:128
chr11	1018048	rs12787400	A	G	2656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=7.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQRankSum=-0.907;QD=19.98;ReadPosRankSum=3.258;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,68:0.51:133
chr11	1018059	rs78336072	C	T	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-2.126;QD=18.99;ReadPosRankSum=2.302;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,74:0.52:143
chr11	1018116	rs10902269	T	G	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.425;HP=1;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.851;NF=23;NR=27;PP=680;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GGTGGCTGAGTTGGTGTGGGC;SOR=0.884;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=50;WE=1018124;WS=1018106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,75:0.43:174
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chr11	1018144	rs12807084	G	C	2555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-5.759;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.915;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,68:0.37:182
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chr11	1018186	.	G	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-6.265;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.355;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,41:0.26:157
chr11	1018192	.	C	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.91;MQRankSum=-5.999;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.236;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,39:0.24:160
chr11	1018196	.	A	T	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.930;ClippingRankSum=0.000;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-5.717;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.095;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,37:0.23:160
chr11	1018215	.	G	GCA	944.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.50;MQRankSum=-5.463;QD=6.30;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,32:0.21:150
chr11	1018218	.	T	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.026;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=-5.016;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,23:0.16:140
chr11	1018220	.	T	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.207;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-4.958;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,23:0.17:138
chr11	1018222	.	AAT	A	605.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.544;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-5.511;QD=4.42;ReadPosRankSum=-0.845;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,22:0.16:137
chr11	1018223	.	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.41;MQRankSum=-7.094;QD=0.36;ReadPosRankSum=-1.169;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,11:0.08:137
chr11	1018226	.	T	G	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.334;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQRankSum=-9.166;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,33:0.24:135
chr11	1018229	rs77630889	C	G	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-9.087;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.623;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,33:0.25:133
chr11	1018232	rs113063572	G	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-8.956;QD=8.34;ReadPosRankSum=-1.452;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,32:0.24:131
chr11	1018237	rs79892432	GT	AG	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-9.429;QD=7.66;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,31:0.23:132
chr11	1018245	rs76423553	TT	GC	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-9.765;QD=9.88;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,34:0.26:132
chr11	1018255	.	A	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQRankSum=-5.132;QD=0.84;ReadPosRankSum=2.575;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,13:0.09:140
chr11	1018256	.	T	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=7.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQRankSum=-6.323;QD=2.12;ReadPosRankSum=-1.933;SOR=1.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,17:0.12:142
chr11	1018262	rs78003962	GT	CG	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQRankSum=-3.236;QD=2.41;ReadPosRankSum=-3.792;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,19:0.13:145
chr11	1018266	.	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.430;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=5.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQRankSum=-5.928;QD=1.96;ReadPosRankSum=-1.975;SOR=1.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,17:0.12:147
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chr11	1018289	rs77222781	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.07;MQRankSum=-4.327;QD=1.08;ReadPosRankSum=2.101;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,14:0.10:142
chr11	1018290	.	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.020;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.98;MQRankSum=-4.660;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,12:0.09:139
chr11	1018291	.	G	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=5.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQRankSum=-6.545;QD=5.17;ReadPosRankSum=1.340;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,26:0.19:137
chr11	1018292	.	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.901;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQRankSum=-4.546;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=1.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,12:0.09:135
chr11	1018295	rs73403297	T	C	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=-6.714;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,42:0.32:131
chr11	1018299	rs200809011	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=9.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQRankSum=-6.202;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.983;SOR=1.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,24:0.19:128
chr11	1018312	.	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.48;MQRankSum=-4.018;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,12:0.09:127
chr11	1018313	rs75499910	G	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=13.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.56;MQRankSum=-3.891;QD=1.59;ReadPosRankSum=3.674;SOR=2.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,14:0.11:129
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chr11	1018321	.	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQRankSum=-3.920;QD=1.01;ReadPosRankSum=-1.843;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,12:0.10:125
chr11	1018329	rs75968137	T	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=11.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQRankSum=-3.602;QD=2.40;ReadPosRankSum=3.168;SOR=2.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,16:0.14:118
chr11	1018331	.	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.18;MQRankSum=-2.926;QD=0.53;ReadPosRankSum=-2.412;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,9:0.08:115
chr11	1018340	rs77556339	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=9.224;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.67;MQRankSum=-3.614;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.717;SOR=1.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,18:0.16:111
chr11	1018341	rs79748612	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=9.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.59;MQRankSum=-3.549;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.457;SOR=1.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,18:0.17:107
chr11	1018385	rs7396380	T	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.74;MQRankSum=-7.685;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,17:0.24:70
chr11	1018390	rs111785507	C	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=12.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQRankSum=-5.414;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.001;SOR=2.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,7:0.10:70
chr11	1018456	rs79920422	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-4.047;QD=6.76;ReadPosRankSum=5.178;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
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chr11	1018473	rs112923701	A	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=4.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-3.662;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.576;SOR=1.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,11:0.11:97
chr11	1018483	rs78265558	C	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=1;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.709;NF=11;NR=17;PP=805;ReadPosRankSum=4.512;SC=AGTGTGGTCTCAGGGTGTGAT;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=28;WE=1018504;WS=1018446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr11	1018496	rs67341709	G	T	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=3;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.911;NF=11;NR=17;PP=1384;ReadPosRankSum=2.509;SC=GGTGTGATGGGGTTGGATAGG;SOR=0.997;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=28;WE=1018504;WS=1018446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,28:0.26:106
chr11	1018523	rs73403301	A	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-7.410;NF=11;NR=17;PP=327;ReadPosRankSum=-3.050;SC=TGGCATGGAAAGATGTTGCAG;SOR=0.896;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=28;WE=1018531;WS=1018513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,28:0.24:119
chr11	1019375	rs9704308	C	T	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=38;PP=1229;SC=TGGCGGTCGACGCCGTGGCCC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=1019383;WS=1019365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	1079809	rs10902081	C	T	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=37;PP=1132;SC=GGCCCCGCCCCGGCACTGCCC;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=22;TCR=37;TR=59;WE=1079817;WS=1079799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	1081056	.	C	A	5833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.029;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=69;PP=2170;ReadPosRankSum=-0.605;SC=CCTGAGCAACCTCGGCCTTCC;SOR=0.251;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=139;WE=1081064;WS=1081046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,230:1.00:231
chr11	1090343	rs12221966	T	C	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=22;PP=1039;SC=GCAGCGTGTGTACCAACTCCT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=49;WE=1090351;WS=1090333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	1093430	rs199573018	C	A	5546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1641;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQRankSum=8.629;QD=3.47;ReadPosRankSum=5.162;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1185,414:0.26:1599
chr11	1093512	rs34493663	C	A	12403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1316;ExcessHet=3.0103;FS=1.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-0.291;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.403;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:770,510:0.40:1280
chr11	1093554	.	A	G	5479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DP=1022;ExcessHet=3.0103;FS=4.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-5.467;QD=5.51;ReadPosRankSum=5.294;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:783,211:0.21:994
chr11	1093569	rs72842460	A	C	5514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=991;ExcessHet=3.0103;FS=4.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-4.903;QD=5.68;ReadPosRankSum=-2.475;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:760,211:0.22:971
chr11	1093575	rs201450769	G	C	5452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=998;ExcessHet=3.0103;FS=3.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-5.037;QD=5.47;ReadPosRankSum=-5.842;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:788,208:0.21:996
chr11	1093582	rs55641679	G	C	4942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=954;ExcessHet=3.0103;FS=4.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-5.937;QD=5.19;ReadPosRankSum=-9.384;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:776,176:0.18:952
chr11	1093710	rs7944723	C	G	21005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=834;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=235;NR=237;PP=2965;SC=GCACAGCACCCATTGCTGAGT;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=476;TCF=237;TCR=239;TR=472;WE=1093718;WS=1093700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,819:1.00:819
chr11	1093945	rs7934606	T	C	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=109;PP=2519;SC=TAAGCAGAGCTGCTTGGTTCC;SOR=3.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=14;TCR=109;TR=123;WE=1093953;WS=1093935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	1094629	rs11245950	T	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=4;PP=631;SC=AGATGTGCAATGTCTCAGCCC;SOR=2.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=1094637;WS=1094619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	1094690	rs10794291	C	T	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=28;PP=1860;SC=GTACCACGACCGGGTCATCTT;SOR=1.106;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=104;TCF=71;TCR=33;TR=98;WE=1094698;WS=1094680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	1094753	rs10794292	A	C	6363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	1095082	rs6597999	A	C	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=9;PP=1177;SC=CTGCCTCCGGATAGCCCTGCC;SOR=2.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=1095090;WS=1095072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	1096494	rs6421972	T	C	9618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=124;PP=2965;SC=AGGTGTCCTGTCCCCGCACCC;SOR=0.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=83;TCR=124;TR=207;WE=1096502;WS=1096484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr11	1098637	rs12418069	A	G	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1542;ReadPosRankSum=-0.928;SC=CTCTCCCTGCACAGCCTGTTT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=83;WE=1098645;WS=1098627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr11	1103786	rs9988872	A	G	2406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=1305;ReadPosRankSum=-0.705;SC=GCCCTGCCCTAAGCCGCTGCC;SOR=0.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=64;WE=1103794;WS=1103776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,89:0.98:91
chr11	1158073	rs28691231	T	C	7694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=90;PP=2715;SC=GCTCCCCCTGTGCAGACACCT;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=77;TCR=90;TR=167;WE=1158081;WS=1158063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr11	1158834	rs28433367	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=0;PP=337;SC=GCCCCCGTCCCGGGCCCCTGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=1158842;WS=1158824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	1159133	rs35917282	G	A	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=27;PP=1048;SC=TGGGGGTTGCGACCCAGGCCG;SOR=1.009;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=1159141;WS=1159123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	1159150	rs28542750	A	T	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=21;PP=920;SC=GCCGGCAGGCACCCTCGTCTG;SOR=0.739;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=41;WE=1159158;WS=1159140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	1161315	rs28403537	T	C	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=47;PP=1606;SC=CTGGATGGGGTGCAGACGGTG;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=101;WE=1161323;WS=1161305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	1213115	rs113511365	C	T	13484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1530;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.62;MQRankSum=-19.984;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.809;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1087,436:0.29:1523
chr11	1213125	rs78716500	G	A	12483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1492;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-20.736;QD=8.41;ReadPosRankSum=-3.569;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1099,385:0.26:1484
chr11	1213142	rs200544156	C	G	8554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1446;ExcessHet=3.0103;FS=3.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-23.590;QD=5.97;ReadPosRankSum=-5.265;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1150,284:0.20:1434
chr11	1213155	rs77137100	C	T	5869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1386;ExcessHet=3.0103;FS=1.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.89;MQRankSum=-25.155;QD=4.29;ReadPosRankSum=-8.701;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1152,215:0.16:1367
chr11	1213177	rs74046246	C	T	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1315;ExcessHet=3.0103;FS=1.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-31.541;QD=0.92;ReadPosRankSum=-9.675;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1196,94:0.07:1290
chr11	1213181	.	T	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.116;ClippingRankSum=0.000;DP=1281;ExcessHet=3.0103;FS=1.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-32.907;QD=0.06;ReadPosRankSum=-9.749;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1177,78:0.06:1255
chr11	1213204	rs72479396	C	G	53671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3058;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-6.794;QD=17.93;ReadPosRankSum=4.054;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1068,1925:0.64:2993
chr11	1213209	rs377214284	TG	CA	19199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=3000;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-6.730;QD=6.53;ReadPosRankSum=2.690;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2305,634:0.22:2939
chr11	1213245	rs67624660	T	A	69148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=5.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.659;NF=565;NR=562;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.508;SC=CAGTCACCAGTGACTGTCATC;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=1636;TCF=799;TCR=837;TR=1127;WE=1213325;WS=1213235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:816,1781:0.69:2597
chr11	1213256	rs370028072	C	T	6396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2510;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=1.015;QD=2.59;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1968,506:0.20:2474
chr11	1213257	rs76779582	T	C	71973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2478;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.333;QD=29.43;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:752,1694:0.69:2446
chr11	1213259	rs75991767	T	G	70894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.327;QD=29.43;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:736,1673:0.69:2409
chr11	1213264	rs72846341	G	A	70126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2394;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.303;QD=29.64;ReadPosRankSum=-0.756;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:706,1660:0.70:2366
chr11	1213272	rs78252457	A	C	57102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2374;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-0.566;QD=24.33;ReadPosRankSum=3.757;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:910,1437:0.61:2347
chr11	1213275	rs71251383	G	A	12357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2353;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.808;QD=5.31;ReadPosRankSum=4.399;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1875,453:0.19:2328
chr11	1213281	rs75618268	C	T	56838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2312;ExcessHet=3.0103;FS=0.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-0.579;QD=24.81;ReadPosRankSum=1.985;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:896,1395:0.61:2291
chr11	1213284	rs200981907	C	T	12340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2280;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-2.770;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.771;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1812,448:0.20:2260
chr11	1213287	rs112774721	G	A	11920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.981;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1831,439:0.19:2270
chr11	1213293	rs77207494	C	T	34307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=2;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.423;NF=260;NR=349;PP=2962;ReadPosRankSum=0.514;SC=ACGTGGACTTCCCATCCCCTG;SOR=0.629;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=1417;TCF=648;TCR=769;TR=609;WE=1213325;WS=1213235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1340,899:0.40:2239
chr11	1213296	rs78466479	A	G	8130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.714;QD=3.65;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1907,323:0.14:2230
chr11	1213302	rs371630624	T	C	9499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.752;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1890,355:0.16:2245
chr11	1213311	rs80058880	C	T	10706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.647;QD=4.77;ReadPosRankSum=1.435;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1858,388:0.17:2246
chr11	1213314	rs73395695	C	T	48177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=6;HapScore=1;MGOF=78;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=390;NR=388;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.225;SC=GACCCCACGGCGGGGACAAGG;SOR=0.642;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=1363;TCF=641;TCR=722;TR=778;WE=1213325;WS=1213235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:980,1253:0.56:2233
chr11	1213317	rs76191775	G	A	10872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=2257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=2.319;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1840,402:0.18:2242
chr11	1213405	rs67262263	G	A	21751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1660;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=247;NR=274;PP=2962;ReadPosRankSum=2.685;SC=GTGCCGAGCCGAGAGCCACCC;SOR=0.618;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=1155;TCF=530;TCR=625;TR=521;WE=1213448;WS=1213395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:929,719:0.44:1648
chr11	1213416	rs78511643	G	A	7452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1552;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1092,453:0.29:1545
chr11	1213424	rs61867531	A	G	47392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1455;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.66;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,1152:0.79:1451
chr11	1213428	rs61867532	T	C	30276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1425;ExcessHet=3.0103;FS=0.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.31;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:546,875:0.62:1421
chr11	1213440	rs61867533	T	C	43423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1326;ExcessHet=3.0103;FS=1.353;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.77;ReadPosRankSum=1.393;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,1033:0.78:1325
chr11	1213460	rs200307483	G	A	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1186;ExcessHet=3.0103;FS=1.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.030;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1028,154:0.13:1182
chr11	1213461	rs61867534	T	G	11583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=237;PP=2962;ReadPosRankSum=1.794;SC=AGTGCAGCCGTGAAGAGGGCC;SOR=0.684;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=905;TCF=376;TCR=529;TR=387;WE=1213469;WS=1213450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:481,542:0.53:1023
chr11	1213533	rs73395699	C	T	7421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.214;HP=2;HapScore=1;MGOF=134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=241;PP=2962;ReadPosRankSum=-9.206;SC=ACGAGGTGCGCGTGCTCTGCT;SOR=1.231;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=561;TCF=199;TCR=362;TR=305;WE=1213547;WS=1213523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,373:0.50:749
chr11	1215271	rs71025716	GA	G	1200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=6;PP=1251;SC=CTGTTGGGAGGAAAGCCCCAG;SOR=2.964;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=32;WE=1215279;WS=1215261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	1216316	rs58550179	G	GC	11511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=70;PP=2965;SC=GAGATGTCCGGCTCTGGAACG;SOR=0.798;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=43;TCR=71;TR=113;WE=1216324;WS=1216306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	1216333	rs60138698	TA	T	10896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=68;PP=2957;SC=AACGTGAGCATACCCTGACCA;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=112;WE=1216342;WS=1216322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	1216440	rs28415193	G	C	15282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=104;PP=2965;SC=GGTCTACCACGGTCGGGCCCA;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=208;WE=1216448;WS=1216430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr11	1216491	rs1132434	G	C	15308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=82;NR=112;PP=2965;SC=CCATCTGCCAGCTGATTCTGA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=82;TCR=114;TR=194;WE=1216499;WS=1216481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr11	1218143	rs28515631	A	C	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=60;PP=1867;SC=AGGTGAGTGGAAGGCATGGCC;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=99;WE=1218151;WS=1218133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	1220967	rs1132436	C	T	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=40;PP=2565;SC=TTCTGCCCGCCGCCCCCGCCC;SOR=1.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=92;TCR=41;TR=131;WE=1220976;WS=1220957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	1221592	rs28728088	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=1;PP=257;SC=GCCCAGAGCTTGGCACGGCGC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=1221600;WS=1221582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	1221817	rs1132440	G	C	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=35;PP=1352;SC=TGGGCCGGCGGTGCCCTGCGC;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=73;WE=1221825;WS=1221807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	1246941	rs2672785	A	G	4839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	1247458	rs2075853	C	T	9636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=89;PP=2965;SC=CTCGCCCACCCGGCGCGTGAG;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=196;TCF=104;TCR=92;TR=193;WE=1247466;WS=1247448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr11	1248197	rs908224	G	T	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.70;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	1248491	rs908223	T	G	3637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=48;PP=2002;SC=GTTGCCAGTGTGGGGATCAGA;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=104;WE=1248499;WS=1248481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	1248731	rs2075854	A	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=26;PP=1160;SC=ACCGGGCACCAGGCAGGGAGG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=52;WE=1248739;WS=1248721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	1250068	rs144854459	T	TG	133.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=0;PP=131;SC=TGGGGGCCACTGGGGGTGGGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=1250076;WS=1250058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	1250384	rs2471912	A	G	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=21;PP=1197;SC=GCCCAGCCCCACCTCCTTTTG;SOR=1.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=1250392;WS=1250374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	1250488	rs2075859	C	T	5258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=54;PP=1972;SC=CGCAGCTCTGCGAGGACCACT;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=113;WE=1250496;WS=1250478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	1250603	rs2075860	G	C	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=55;PP=1668;SC=CTCATCAGGCGTGGAAGCAGA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=81;WE=1250611;WS=1250593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	1250696	rs10832955	C	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=18;PP=451;SC=CCTGCCGATGCGTGGAGGGAG;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=1250704;WS=1250686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	1252047	rs2672807	T	C	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=16;PP=879;SC=CAGGTCCAGGTCTGAGCTTCT;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=40;WE=1252055;WS=1252037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	1252708	rs2735709	G	C	10011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=111;PP=2965;SC=AGACAGGCCTGGGGCTGCAGC;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=95;TCR=111;TR=206;WE=1252716;WS=1252698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr11	1253401	rs12421917	C	G	6437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=69;PP=2361;SC=GTACTCCTCGCCCCCACCCCC;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=41;TCR=69;TR=110;WE=1253409;WS=1253391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	1253856	rs1318321	T	C	7240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=117;PP=2919;ReadPosRankSum=2.000;SC=GACGCCCCGATGCCTCCCACC;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=86;TCR=117;TR=202;WE=1253864;WS=1253846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,281:0.99:283
chr11	1253942	rs908229	T	C	5946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	1253969	rs72846370	A	G	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=3.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,46:0.27:171
chr11	1253976	rs76956995	A	G	1483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=8.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-2.412;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,42:0.27:154
chr11	1253980	rs202127660	A	G	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=8.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=-3.988;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,42:0.29:144
chr11	1254038	rs11026355	G	A	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=25;PP=690;SC=TGTCCACACCGCGTGGGGGTG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=1254046;WS=1254028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	1254599	rs2672806	T	C	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=206;SC=TTCTGAGACATGAGGGGCCAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=1254607;WS=1254589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	1254940	rs2735719	G	A	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	1255089	rs147340559	CCCCTG	C	1730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=22;PP=1280;SC=GTAAGTGCCACCCCTGCCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=23;WE=1255101;WS=1255079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	1255773	rs7116614	C	T	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=29;PP=1083;SC=GCACACACTGCGTGTCCGGCT;SOR=0.763;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=62;WE=1255781;WS=1255763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	1257867	rs2672803	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=403;SC=CCAGGTGGGGTCTGTGGGACT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=1257875;WS=1257857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	1258175	rs80092233	C	T	3906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=33.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=-4.968;SOR=2.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:359,115:0.24:474
chr11	1258192	rs76589014	AT	TC	4331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FS=23.538;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.471;SOR=2.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:394,132:0.25:526
chr11	1258197	rs78674028	A	G	4453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FS=21.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.274;SOR=2.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,131:0.25:517
chr11	1258199	rs80200632	C	T	4546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FS=18.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.250;SOR=1.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:392,136:0.26:528
chr11	1258217	rs74648489	T	G	5186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=12.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.412;SOR=1.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,150:0.28:529
chr11	1258226	rs55700357	C	T	5354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FS=9.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.729;SOR=1.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:363,150:0.29:513
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chr11	1258283	rs78669250	G	A	5682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=2.091;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,150:0.41:364
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chr11	1260220	.	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-2.872;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,29:0.20:142
chr11	1260244	rs76590120	T	C	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.56;ReadPosRankSum=-3.088;SOR=1.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,11:0.10:113
chr11	1260248	.	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=8.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=-2.435;SOR=1.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,8:0.07:110
chr11	1261640	rs2735733	C	T	6934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=104;PP=2965;SC=GGCCCAGTACCGTCTGGGTGA;SOR=1.047;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=172;TCF=66;TCR=106;TR=170;WE=1261648;WS=1261630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	1262525	rs55669609	C	T	10860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.714;SC=TGGGTGACCCCGAGCATCCGG;SOR=0.311;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=233;TCF=99;TCR=134;TR=226;WE=1262533;WS=1262515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,422:1.00:423
chr11	1267325	rs55813014	T	C	18858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=714;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=333;NR=257;PP=2965;SC=ATCCCCTCCTTCACCCTTGGG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=594;TCF=334;TCR=260;TR=590;WE=1267333;WS=1267315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,687:1.00:687
chr11	1267502	rs141653894	C	T	13473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=228;PP=2965;SC=ACTCCGGGGACGACCTGGATC;SOR=0.996;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=146;TCR=228;TR=373;WE=1267510;WS=1267492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr11	1267562	rs60268710	C	T	8465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NR=149;PP=2965;SC=ACTGGCCCCACGGCCACCCCG;SOR=1.003;Source=Platypus;TCR=149;WE=1267570;WS=1267552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr11	1271321	rs2943517	C	G	11191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=123;NR=180;PP=2965;SC=ACAACTGCAGCCACTGGCCCC;SOR=1.042;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=306;TCF=123;TCR=183;TR=303;WE=1271329;WS=1271311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr11	1272226	rs2943512	A	C	14650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.297;NF=200;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=0.629;SC=AACACCCATCACCCCAGTGCT;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=340;TCF=200;TCR=140;TR=339;WE=1272234;WS=1272216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,544:1.00:545
chr11	1272858	rs4963059	C	T	11595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.57;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,471:1.00:472
chr11	1279486	rs2249550	A	G	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=4.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	1281134	rs2857476	T	C	8061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=90;PP=2959;SC=TCACCCCCAATGGGGCTCTGC;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=99;TCR=91;TR=189;WE=1281142;WS=1281124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr11	1284227	rs12417955	A	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=15;PP=623;SC=TAGGCATAGCAGGATGCAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=1284235;WS=1284217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	1288792	rs55988415	A	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=619;SC=CGAAAACATGACGTCTTTGTT;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=1288800;WS=1288782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	1411501	rs112066837	C	T	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	1432691	rs61868960	T	C	4420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	1432949	rs112544636	C	T	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=49;SC=ACGGCAGGGACGGGGGACCTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=1432957;WS=1432939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	1457472	rs115584864	G	C	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=10;PP=165;SC=ATGCGGGTGGGGGGGCGGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=1457480;WS=1457462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	1462162	rs61002819	AG	A	2858.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=27;PP=1152;SC=CCATATGGTGAGGCCCCACCC;SOR=1.439;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=29;WE=1462170;WS=1462152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	1462217	rs9651643	C	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=439;SC=CAGTGCGCTACCACAGATGCC;SOR=2.985;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=1462225;WS=1462207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	1464903	rs56896587	CG	C	1317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=31;PP=898;SC=CAGAGCGTGGCGGGGGGGCGC;SOR=2.885;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=33;WE=1464911;WS=1464893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	1471154	rs11028332	C	T	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=54;PP=1521;SC=GGCAGCCTCGCGGACCCTGGG;SOR=2.537;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=78;WE=1471162;WS=1471144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	1472050	rs61869028	A	G	1408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=35;PP=936;SC=GAGGCGCCAGAGTGGGGCTGG;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=1472058;WS=1472040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	1472475	rs3838784	TG	T	2278.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=13;PP=1155;SC=CCAGTGCCCCTGGGGGGGCTG;SOR=1.578;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=42;WE=1472483;WS=1472465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	1475706	rs55744154	A	G	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=17;PP=656;SC=TCTGTCTCCCACTGCCCAGGC;SOR=0.898;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=39;WE=1475714;WS=1475696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	1481690	.	C	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.15;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	1481691	rs35316463	CT	C	819.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.79;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	1481930	rs4963048	A	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	1576235	rs6578504	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=7;PP=340;SC=GGCGGCTGGCTGGGGCGGGAT;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=1576243;WS=1576225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	1576863	rs12576976	A	G	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=81;SC=CTCTCCTGCAATGGTGCCACC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=1576871;WS=1576853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	1579018	rs113161544	T	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=4;PP=322;SC=CTGGGGAAGGTGGTACCTGTA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=1579026;WS=1579015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	1619368	.	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=7.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-5.238;QD=1.58;ReadPosRankSum=-2.488;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,7:0.09:80
chr11	1619378	rs138454470	G	A	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=10.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.73;MQRankSum=-7.062;QD=3.96;ReadPosRankSum=-2.052;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,15:0.15:98
chr11	1619403	.	A	G	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-7.755;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,33:0.22:153
chr11	1619423	.	T	C	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-9.453;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,53:0.29:182
chr11	1619490	.	G	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.293;ClippingRankSum=0.000;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQRankSum=-9.912;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,42:0.25:165
chr11	1619504	.	G	T	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.58;MQRankSum=-10.213;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.827;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,32:0.21:151
chr11	1628844	rs1989592	A	G	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=45;PP=2965;SC=CACAGCTGCAATCATTCCTGG;SOR=1.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=151;TCF=106;TCR=45;TR=149;WE=1628852;WS=1628834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	1628948	rs117085626	G	A	14648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.336;NF=168;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.283;SC=GGACTGGGAGGAGCAGGGCTT;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=334;TCF=169;TCR=165;TR=332;WE=1628956;WS=1628938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,560:1.00:562
chr11	1630342	rs10837527	T	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=15;PP=406;SC=AGTTTTCCTCTATTAATTCTT;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=24;WE=1630350;WS=1630332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	1651226	.	T	TGGAG	2739.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.04;QD=42.15;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	1651228	.	C	CTGTGG	2793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.87;QD=45.80;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	1651232	.	C	CTGTGGCTCCGGCTGTGGGGGCTGTGGCTCTGGCTGTGGGGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGGGGA	4373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.34;QD=87.47;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	1651585	.	CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCTTA	C	9066.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=19;PP=2966;SC=TGTGGGTCATCCTGCTGCCAG;SOR=1.597;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=32;WE=1651630;WS=1651575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	1651652	rs111318317	C	T	12697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=83;PP=2965;SC=CCTACTGCTGCCAGTCCAGCT;SOR=1.020;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=111;TCR=84;TR=192;WE=1651660;WS=1651642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr11	1776024	rs55725229	TC	T	880.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=4;PP=780;SC=CTTGCCCAGCTCCCACTACTC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=1776032;WS=1776014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	1853107	rs616594	C	T	5040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=62;PP=1834;SC=TGGCCGGCCACAGGAAGTGGT;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=110;WE=1853115;WS=1853097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	1855854	rs2063551	G	C	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=27;PP=1069;SC=TGTGGTGCGTGCTGGGGTAGA;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=1855862;WS=1855844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	1857050	rs151145287	G	A	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=16;PP=947;SC=AGGGCTGCCCGGGAGCCCAGG;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=1857058;WS=1857040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	1857173	rs564271	T	C	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=43;PP=1374;SC=GCAATGGGGGTGCCTGCAGCT;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=1857181;WS=1857163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	1861760	rs907610	T	C	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=38;PP=1191;SC=CACCGCAGAGTGTGATGCTGC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=76;WE=1861768;WS=1861750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	1890810	rs501124	G	A	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=12;PP=461;SC=GGGAGGAGGGGTCTCTCCCAC;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=1890818;WS=1890800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	1891035	rs61278563	G	GA	626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=14;PP=518;SC=GGGCGTGGGGGGGGCTGGTTT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=1891043;WS=1891025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	1891319	rs61868778	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=8;PP=650;SC=ATTGTGAGGACGGAGGCGCTG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=1891327;WS=1891309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	1901467	rs2271439	A	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=380;SC=GAGCAGCCCCATAACGCGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=1901475;WS=1901457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	1902635	rs536462	G	T	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=32;PP=1140;SC=AGCCGCCCAGGCCTAAGCTCC;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=1902643;WS=1902625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	1902771	rs147746785	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	1910707	rs613638	T	C	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=30;PP=1048;SC=TCTGTGGGGGTGGGCACCTCT;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=31;TCR=30;TR=61;WE=1910715;WS=1910697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	1911115	rs11041692	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	1944050	rs370860604	CCT	C	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,43:0.16:263
chr11	1944202	rs965912	A	G	5225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=84;PP=2739;ReadPosRankSum=-0.707;SC=AGCATGCGCTATCTTGCACAA;SOR=0.335;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=60;TCR=85;TR=144;WE=1944210;WS=1944192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr11	1944636	rs2734500	A	T	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=8;PP=1054;SC=GCGCCTCCTCAGGGCCCGAGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=48;WE=1944644;WS=1944626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	1947789	rs6578952	G	A	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=49;PP=2525;SC=AACAAGAGGGGCCGCGTAACC;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=112;WE=1947808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	1947800	rs7937265	C	G	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=52;PP=2335;SC=CCGCGTAACCCTGCACAGCCT;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=119;WE=1947808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	1948186	rs7125631	T	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=16;PP=402;SC=AGGCCCTTCCTGGGCTGCCAA;SOR=2.636;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=1948194;WS=1948176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	1950302	rs629990	A	G	7976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=81;PP=2965;SC=CCGCAGCCGCACTGGCTTTTC;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=100;TCR=81;TR=181;WE=1950310;WS=1950292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr11	1950906	rs2292473	T	G	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.39;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	1950925	rs2292471	T	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=13;PP=557;SC=AAAAGGACGGTGGCCTTCAGT;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=1950933;WS=1950915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	1956212	rs513735	T	C	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=81;PP=2421;SC=AGAGCAGCCATCTCCCTGCGT;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=46;TCR=81;TR=126;WE=1956220;WS=1956202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	1961701	rs375322681	TCTCACA	TCA,T	298.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.4997,0.5003;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5,5;NR=3,3;PP=16,213;SC=TCTCTCTCTCTCTCACACACA;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8,8;WE=1961714;WS=1961695;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:11
chr11	1961869	rs11041941	T	C	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=24;PP=841;SC=CATGGCTGTCTATGTAGATTA;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=48;WE=1961877;WS=1961859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	1976988	rs177720	A	G	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=40;PP=1271;SC=TGATTTATCAACTGCCGCACG;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=1976996;WS=1976978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	1983508	rs117979807	C	T	10938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=98;NR=86;PP=2965;SC=TCTCCAGCACCGCTCACAGCT;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=98;TCR=88;TR=184;WE=1983516;WS=1983498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr11	1993975	rs190063	C	A	2833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=30;PP=1119;SC=TCAGGATGGACGTCTTCTACT;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=58;WE=1993983;WS=1993965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	2016619	rs3741219	A	G	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=25;PP=964;SC=CGGGCCCTGCACAGGCACTTG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=50;WE=2016627;WS=2016609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	2016659	rs2839704	T	C	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.65;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	2016662	rs2839703	T	C	4353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	2016924	rs10840159	A	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	2017017	rs2839702	A	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	2017110	rs2839701	C	G	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=38;PP=1681;SC=GCTCACCTTCCAGAGCCGATT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=58;TCR=38;TR=95;WE=2017118;WS=2017100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	2017439	rs3024270	C	G	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=52;PP=1892;SC=AGACAGAGGTCGGGGCAGTGA;SOR=0.879;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=94;WE=2017447;WS=2017429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	2018168	rs2067051	C	T	11683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=146;NR=114;PP=2965;SC=CTCCTGGTGACGTCCTGCTGC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=261;TCF=147;TCR=114;TR=260;WE=2018176;WS=2018158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr11	2018336	rs2075745	A	T	8180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=1.441;SC=GTCCCCTGCCATGTCCCTGTC;SOR=0.412;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=195;TCF=92;TCR=103;TR=193;WE=2018344;WS=2018326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr11	2018449	rs2075744	A	G	13454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.68;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,522:1.00:524
chr11	2018853	rs2839698	G	A	17261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=238;NR=195;PP=2965;SC=ATGCCTGGGCGCCTACTCCAC;SOR=0.834;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=435;TCF=239;TCR=196;TR=433;WE=2018861;WS=2018843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,664:1.00:664
chr11	2167618	rs1003484	A	G	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=59;PP=1758;SC=CCTTGCGCTCACTCCCCTCGC;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=88;WE=2167626;WS=2167608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	2169110	rs3741211	A	G	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=6;PP=207;SC=ATACACCCCAAGCCTGAGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=12;WE=2169118;WS=2169100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	2182004	rs5506	A	G	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	2186335	rs2070762	A	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=0;PP=648;SC=GGCTGCTGCAACCAGGGGTCG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=23;WE=2186343;WS=2186325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	2187071	rs6578990	T	C	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=41;PP=1906;SC=GTGACCAGGATACCACCCCCA;SOR=0.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=92;WE=2187079;WS=2187061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	2187398	rs4072823	T	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.41;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	2187439	rs4072824	C	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=198;SC=ATCCGCACCTCCACCGGGCCT;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=2187447;WS=2187429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	2188566	rs7925924	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	2189185	rs4074905	G	A	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=31;PP=1046;SC=GGGGATGCACGGGTCAGGAGG;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=2189193;WS=2189175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	2194175	rs10743149	T	C	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=24;PP=1150;SC=GGCCAGAGCCTGCCTTGACAA;SOR=1.218;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=66;WE=2194183;WS=2194165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	2321042	.	ATGCACACACATCCACGTCTGCACACGCATCCACGCC	A	305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.33;QD=30.57;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	2322829	rs11022157	C	A	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=25;PP=2226;ReadPosRankSum=-0.755;SC=AAACCAACGACCTTCTCAAAA;SOR=1.778;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=112;TCF=85;TCR=27;TR=108;WE=2322837;WS=2322819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr11	2323022	rs12276847	C	T	16198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=43.31;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr11	2323029	rs756924	T	C	16169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=42.78;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr11	2323528	.	T	C	79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=2;NR=3;PP=79;QD=22.7542425094;SC=ACAGGGATTATCCCTCCCCTG;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=2323536;WS=2323518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	2324041	rs2074022	A	G	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=24;PP=1261;SC=CAGCAGTCCCATGCCCCACAC;SOR=1.232;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=72;WE=2324049;WS=2324031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	2324692	rs1501467	C	T	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=33;PP=1072;SC=AGGGCCAGAGCCTGCTGGGGC;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=2324700;WS=2324682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	2324852	rs2651824	A	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=204;SC=GAGGTCAGGGATACTGCCTTA;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=2324860;WS=2324842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	2329995	rs11554947	C	T	3756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=25;PP=1192;SC=TGGCGTTCTGCGCACAGGTGC;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=67;WE=2330003;WS=2329985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	2330077	rs2234297	C	G	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=38;PP=1353;SC=AGTGGAGGGTCCCCCAGTAAG;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=2330085;WS=2330067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	2330400	rs2521273	G	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=10;PP=600;SC=CTTGGCCTTAGGGGTTGACTA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=2330408;WS=2330390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	2330479	rs2521274	G	A	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=22;PP=1259;SC=TGGGGCAGACGGTACCAGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=62;WE=2330487;WS=2330469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	2330563	rs2521275	C	T	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=40;PP=1356;SC=CCCATCCTTCCGTCCTGGATG;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=77;WE=2330571;WS=2330553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	2334740	rs739546	G	A	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=285;SC=TCCGCTTTGGGGAGATCCACC;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=2334748;WS=2334730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	2337012	rs11022252	G	C	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=6;PP=351;SC=GAACCAGGAAGCTGGGACTGT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=2337020;WS=2337002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	2356603	rs2651795	T	C	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=33;PP=1690;SC=TCCAACTTGTTGAGACTTGGC;SOR=1.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=63;TCR=34;TR=96;WE=2356611;WS=2356593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	2356769	rs2651794	T	C	7028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=83;PP=2965;SC=TACACCTGGATTACCTTGCCA;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=107;TCR=84;TR=190;WE=2356777;WS=2356759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr11	2357108	rs2173888	C	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=18;PP=485;SC=TGTTGGACATCCTCACCAACA;SOR=2.546;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=2357116;WS=2357098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	2400338	rs2651796	C	G	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	2407084	rs71029143	G	GT	9516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=90;PP=2957;SC=TACAAGAAACGTGCTAGAACA;SOR=0.841;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=13;TCR=92;TR=103;WE=2407092;WS=2407074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr11	2424684	rs2234283	A	C	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=33;PP=1390;SC=TGGGGCAGCCACCATGGAGGC;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=63;WE=2424692;WS=2424674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	2426984	rs2301696	G	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=21;PP=593;SC=AGGCTCCCGTGAGGCGTGTAG;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=2426992;WS=2426974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	2427291	rs800342	A	C	9639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=98;PP=2965;SC=GCTCTCTCAGACCCCCGAGGT;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=110;TCR=98;TR=207;WE=2427299;WS=2427281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr11	2427364	rs61873460	T	C	5034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=70;PP=2026;SC=GGCCACGCGGTGCTCTGCGTG;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=132;WE=2427372;WS=2427354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	2432820	rs2651822	A	G	7135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=108;NR=88;PP=2965;SC=CAGGCAGGGGATTGCTGTCCC;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=109;TCR=88;TR=196;WE=2432828;WS=2432810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr11	2432964	rs2074234	T	C	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=64;PP=1774;SC=TGGCGAGGACTGTGCGGCCAG;SOR=1.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=33;TCR=66;TR=96;WE=2432972;WS=2432954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	2542605	rs10400376	TA	GG	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=20;PP=1431;SC=CACTGTGTGTTATCCGGTGTC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=42;WE=2542614;WS=2542595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	2549329	rs145292450	TGG	T	1796.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=29;PP=1025;SC=CCCCATAAGGTGGGGGGCAGA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=30;WE=2549338;WS=2549319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	2683357	rs760419	A	G	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=43;PP=1229;SC=AGGGGACTGGAGCTCAAGGAG;SOR=1.577;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=60;WE=2683365;WS=2683347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	2789856	rs163161	A	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=407;SC=CCACTCACAGATGAGGTGAAA;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=2789864;WS=2789850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	2798448	rs163148	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=30;PP=774;SC=TCCAAAGTACATTTTACAAAG;SOR=3.321;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=35;WE=2798456;WS=2798438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	2868878	rs3852520	T	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=13;PP=1335;SC=GCATACAGCATGCACTTGCAG;SOR=2.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=52;TCR=13;TR=64;WE=2868886;WS=2868868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	2906165	rs191294997	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	2920666	rs365605	C	T	6101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=48;PP=2382;SC=TGAGAAGCCACCTCTCCCAAA;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=124;WE=2920674;WS=2920656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	2930594	rs67769451	CG	C	1043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=487;SC=CAGGTAGGGCCGGGGGGACTG;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=2930602;WS=2930584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	2939392	rs445679	G	A	6191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=81;PP=2572;SC=GCCAGGGCCCGGCCCTTCCTC;SOR=0.984;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=137;WE=2939400;WS=2939382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	2943912	rs2411773	GT	AG	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.94;QD=42.43;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	2943916	rs2411771	A	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.84;QD=46.68;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	2943921	rs1618222	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.84;QD=42.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	2979798	rs7940694	G	T	4528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=52;PP=1686;SC=ACAGCTGTCAGGAACACACAA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=93;WE=2979806;WS=2979788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	3026692	rs4758458	T	G	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=22;PP=739;SC=GTGAGAAGAGTCTGGGCTCTG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=3026700;WS=3026682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	3028270	rs7950766	A	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=28;PP=739;SC=GTGCTGGGGAAGGAGGGGCCG;SOR=3.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=31;WE=3028278;WS=3028260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	3061949	rs2285390	C	A	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=22;PP=628;SC=TTACTTATGGCATTAAAATTT;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=3061957;WS=3061939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	3076018	rs7934892	T	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=128;SC=GAGCAGTGCCTGGCACAGACT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=3076026;WS=3076008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	3076257	rs7945933	C	T	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=365;ReadPosRankSum=-0.340;SC=CCTTCAAGACCGCAAAGGAAA;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=25;WE=3076265;WS=3076247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr11	3109279	rs11553374	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=241;SC=ACCTGGGCCCGCAGCGCCTTG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=13;WE=3109292;WS=3109269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	3109284	rs3217567	G	GC	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=455;SC=GGCCCGCAGCGCCTTGTGGCC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=3109292;WS=3109269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	3109403	rs2289999	A	G	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.58;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	3109408	rs2289998	C	T	3053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	3109426	rs10160757	T	C	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	3110976	rs895563	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=176;SC=TGACAACCCCAGCCGCGGCCT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=3110984;WS=3110966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	3111866	rs2277301	C	T	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=35;PP=1097;SC=CTCTCCGTGGCCTGGCTGTGG;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=3111874;WS=3111856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	3113596	rs113239327	C	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=439;SC=AGGTGAGGAGCGAGGGGTGGT;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=3113604;WS=3113586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	3115354	rs9795009	T	C	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=439;SC=CTGCTCCCCTTATGTGCACTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=3115362;WS=3115344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	3128448	rs3741354	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=443;SC=AACAAGGGGCCGAGGCAGGGG;SOR=3.352;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=3128456;WS=3128446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	3128915	rs3741351	T	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=24;PP=1112;SC=ACCAGAGCAGTGGCTGGGGCT;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=3128923;WS=3128905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	3128945	rs58961916	G	A	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=30;PP=1349;SC=CCTCTTCCTCGCCTACAAGGA;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=3128953;WS=3128935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	3129027	rs3741350	G	A	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=48;PP=1647;SC=CTGGGTGGACGGTGGCTGAGG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=89;WE=3129035;WS=3129017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	3143030	rs6578322	T	C	204.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=165;SC=TTCCTACCACTGGTGTCCTTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=3143038;WS=3143028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	3150482	rs11025526	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=25;SC=GCCCCTGGCTAAGAAGTCCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=3150490;WS=3150472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	3187772	rs72848215	A	G	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=48;PP=2312;SC=GATCACAGGAACCCACGGCTT;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=71;TCR=48;TR=118;WE=3187780;WS=3187762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	3242833	rs7929163	G	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=666;SC=TGATAAGAGAGTTTTTCCTTC;SOR=2.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=3242841;WS=3242823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	3242907	rs11602794	G	A	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=20;PP=1431;SC=CCAGAAATTCGGTCGTAAAGA;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=68;WE=3242915;WS=3242897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	3242933	rs10833491	C	T	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=34;PP=1974;SC=TTTCTCTTCACGTTTCTCAAA;SOR=1.277;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=99;WE=3242941;WS=3242923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	3243346	rs11026004	C	T	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=43;PP=1235;SC=CTGGGTCCCTCCTGGCTGCCT;SOR=2.494;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=51;WE=3243354;WS=3243336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	3243367	rs12280457	G	T	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=33;PP=936;SC=CACCATCAGGGGCGGGATGAG;SOR=2.400;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=3243375;WS=3243357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	3243427	rs12275900	T	C	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.81;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	3243435	rs117350168	C	T	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	3381843	rs2157763	A	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=6;SC=ACAGATGAATACACTTTATGA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=3381851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	3382069	rs6578335	C	G	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=39;PP=1396;SC=CCCACTGCAGCCCCCGCTCCT;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=72;WE=3382077;WS=3382059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	3382215	rs6578336	T	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=187;SC=TTCTGCCCCCTGTGACACGGA;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=3382223;WS=3382205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	3383962	rs10734319	T	C	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	3388293	.	TAAA	T	44	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr11	3390006	rs7943767	T	C	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=23;PP=896;SC=ATTAAACTCATGCATATCCAC;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=3390014;WS=3389996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	3390173	rs1989786	A	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=20;PP=552;SC=AATCAAGCCTAAAATGTAAAA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=3390181;WS=3390163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	3390547	rs7925972	G	C	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=4;PP=424;SC=AAACCAGGGTGGGGGGGCGTT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=3390555;WS=3390537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	3392351	rs2269735	T	C	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.43;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	3392357	rs2269734	T	G	5114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	3392972	rs2269732	G	A	7611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=113;PP=2965;SC=TACTTGATTCGAGGTGAAATG;SOR=1.029;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=68;TCR=113;TR=181;WE=3392980;WS=3392962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr11	3394894	rs10833820	G	A	5038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=104;PP=2917;SC=CACCTGCATCGTGAGAATATG;SOR=1.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=45;TCR=104;TR=148;WE=3394902;WS=3394884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	3394960	rs10833821	A	G	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=51;PP=1424;SC=CCATCAACAGAAAGACCAAGA;SOR=3.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=8;TCR=52;TR=59;WE=3394968;WS=3394950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	3398760	rs7932709	G	T	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=13;PP=752;SC=CCTCTGACAGGGGCATGTGAT;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=3398768;WS=3398750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	3398795	rs7932797	G	A	2386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	3400334	rs7931660	A	G	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	3400422	rs6578342	C	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=272;SC=GGAAGCCGTCCTCTCCTCTCC;SOR=1.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=3400430;WS=3400412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	3661140	rs4910876	T	C	7224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=76;PP=2965;SC=GGACAGAGTCTCCCAGCCTCT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=79;TCR=76;TR=154;WE=3661148;WS=3661130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr11	3661585	rs3062849	A	ATGG	11125.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=84;PP=2957;SC=CAGGGGCAGGATGGGAACAGC;SOR=1.067;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=103;TCF=9;TCR=94;TR=93;WE=3661593;WS=3661575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	3663011	rs932097	G	A	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=27;PP=861;SC=CCCCCTTGGGGCTAGGAGATG;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=3663019;WS=3663001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	3663170	rs7111519	G	C	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=157;SC=TCGAGGGGCTGGAGGCAGATC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=3663178;WS=3663160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	3663201	rs7128137	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	3681519	rs2280134	T	C	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=58;PP=1848;SC=GCCAGCAGACTGGCCCAGGGC;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=105;WE=3681527;WS=3681509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	3704775	rs35532049	CTT	CT,C	202.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.4983,0.5017;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1,1;NR=7,7;PP=14,96;ReadPosRankSum=1.593;SC=AACTGCAGGTCTTTTTTTTTT;SOR=0.223;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=8,8;WE=3704784;WS=3704765;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.93:14
chr11	3829419	rs2278845	G	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=501;SC=TTTCAGAAGGGCGAGGCTGGA;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=3829427;WS=3829409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	3838910	rs7946577	G	C	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=418;ReadPosRankSum=-0.455;SC=GTCAGAGTCAGAGATAATTCA;SOR=0.462;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=20;WE=3838918;WS=3838900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr11	3838953	rs10835147	T	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=257;SC=AGAATCACAGTCCTCCCTGAG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=3838961;WS=3838943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	3839292	.	T	TAAA	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.68;ReadPosRankSum=1.036;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr11	4103524	rs2304891	A	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=12;PP=331;SC=TGGAGGTGCAATATTACAACA;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=4103532;WS=4103514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	4104060	rs2898950	A	C	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=10;PP=829;SC=TTTCTCATTTATTCCATTCTC;SOR=1.714;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=38;WE=4104068;WS=4104050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	4104087	rs10767828	T	C	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=19;PP=914;SC=CTGCTCTTTTTGAGCTGGGGG;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=50;WE=4104095;WS=4104077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	4104319	rs2289571	A	C	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=46;PP=1347;SC=GTGGAGGGACAGCTCTGGTCT;SOR=0.936;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=81;WE=4104327;WS=4104309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	4104355	rs894455	T	C	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=37;PP=1336;SC=ATTTATCTCCTGCCTTGCTCT;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=68;WE=4104363;WS=4104345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	4104745	rs2289570	C	G	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	4116335	rs12801088	A	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=450;SC=TGATGCCCAGACCGCCCGCCC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=4116343;WS=4116325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	4123345	rs1348310	C	G	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=16;PP=585;SC=TGGGTTCCTTCTTTCATGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=4123353;WS=4123335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	4123427	rs232054	C	G	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=13;PP=326;SC=CTATGCCCTTCGATATAAAAT;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=4123435;WS=4123417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	4128845	rs725518	G	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=373;SC=TTTAAACACTGCAAAAGATAC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=4128853;WS=4128835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	4133317	rs56336381	C	A	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=45;PP=1407;SC=TAGGGAAATACGCCTTGACCT;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=76;WE=4133325;WS=4133307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	4141132	rs183484	C	A	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	4153767	rs10835662	A	G	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=26;PP=822;SC=AACTTTGATAAAGACAGTCAT;SOR=1.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=4153775;WS=4153757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	4159457	rs9937	A	G	2899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	4159466	rs1042858	G	A	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.30;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	4159764	rs1042919	A	T	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=140;SC=GTTAATGATGATAATGATTTT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=4159778;WS=4159754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	4159770	rs866902	AT	A	48	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=84;SC=GATGATAATGATTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=4159778;WS=4159754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	4185766	rs7948314	G	A	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=410;SC=CATCTCCTTGGTTCTAGGTCT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=4185774;WS=4185756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	4388905	rs11031960	C	T	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=68;PP=2089;SC=AGACCACCGTCGACATTAGAA;SOR=1.209;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=104;WE=4388913;WS=4388895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	4389587	rs7929171	G	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=302;SC=GATAAAATCTGCAACATTCTT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=4389595;WS=4389577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	4389639	rs4910623	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=77;SC=CATAATCTTCGTCTTCTTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=4389647;WS=4389629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	4562905	rs12420623	C	T	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=15;PP=567;SC=AACAAGGAGACTGATGAAGCC;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=4562913;WS=4562895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	4566377	rs2657168	C	T	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=590;SC=AAACATCCTGCTGCGTTTAGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=4566385;WS=4566367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	4566711	rs2709182	C	T	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=55;PP=1928;SC=TTGGCCTGGACGCCTGCTTGG;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=110;WE=4566719;WS=4566701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	4567335	rs2657167	C	G	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=36;PP=1182;SC=TCCGAGAGAGCCTTCTCCAAA;SOR=1.048;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=4567343;WS=4567325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	4594739	rs919519	C	T	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=161;SC=GCACAGGAGTCTTTTTTACCC;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=4594747;WS=4594729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	4608262	rs12793957	A	C	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.31;QD=29.67;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	4615390	rs2010722	C	T	2925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.03;QD=27.09;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	4615508	rs2010719	C	G	5962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=80;PP=2965;SC=TGGCCTCCTCCGTGGTACCCA;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=106;TCR=80;TR=186;WE=4615516;WS=4615498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	4621485	rs2231978	C	G	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=53;SC=CCAAGCCTCTCTGGTTAGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=4621493;WS=4621475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	4622159	rs2231972	T	C	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=19;PP=1135;SC=GATGAAGGGGTGAGGCTGGAT;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=4622167;WS=4622149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	4623788	rs931811	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=321;SC=CTATTTTTCCTAGCTTCCTGT;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=4623796;WS=4623778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	4674282	rs61746313	A	G	5425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=68;PP=2380;SC=CCGCTCCAATATCCTTTCCCA;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=130;WE=4674290;WS=4674272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	4703165	rs1123991	C	A	5148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=46;PP=2202;SC=AGCGGTGTACCACTGAGAGGC;SOR=0.905;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=111;WE=4703173;WS=4703155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	4730985	rs4619142	C	T	7789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
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chr11	4731468	rs4436535	G	A	5941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=79;PP=2965;SC=TGTTCTGATCGTCCGCTCTGT;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=155;TCF=76;TCR=79;TR=154;WE=4731476;WS=4731458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	4731583	rs4471413	C	T	6075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=83;PP=2965;SC=AGTTTGTCACCAGTGCACAGA;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=84;TCR=85;TR=167;WE=4731591;WS=4731573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
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chr11	4790308	rs1030725	A	G	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=42;PP=1540;SC=GCAGGTATACATTAGCCATCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=83;WE=4790316;WS=4790298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	4790410	rs1030724	A	G	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=44;PP=1570;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CTGCTCCCACATGGGAGACAC;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=92;WE=4790418;WS=4790400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr11	4790471	rs1030723	G	A	7597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.92;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
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chr11	4790671	rs11033795	C	T	4669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=54;PP=2167;SC=AAAGTAGTGGCAATATTAGTA;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=62;TCR=54;TR=116;WE=4790679;WS=4790661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	4790758	rs11033796	G	A	4761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=55;PP=2198;SC=ACCTCAGAGGGTCACAGATGG;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=112;WE=4790766;WS=4790748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	4790857	rs11033797	A	G	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=53;PP=2075;SC=CAATGCAGCTATATAGACTGA;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=98;WE=4790865;WS=4790847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	4790873	rs34672924	CG	C	5914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=48;PP=2957;SC=ACTGATTTCACGTGCCTCAAA;SOR=0.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=67;WE=4790889;WS=4790863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	4790881	rs111736749	A	G	5798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=49;PP=1928;SC=CACGTGCCTCAAACCAGAGGA;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=96;WE=4790889;WS=4790863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	4790948	rs11033800	C	A	6611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=44.37;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	4790951	rs11033801	A	G	6709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=43.85;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	4791178	rs10836609	C	A	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	4791181	rs10836610	T	G	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.70;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	4824878	rs2053116	A	C	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=42;PP=1742;SC=ATATGGGAGGAACGTGTGCTA;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=87;WE=4824886;WS=4824868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	4825010	rs6578533	T	A	6728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr11	4825225	rs7941731	A	G	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=64;PP=2322;SC=TGGGAAGCAGATAGCCACGTA;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=120;WE=4825233;WS=4825215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	4827283	rs919899	A	T	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=42;PP=697;SC=AAAAAAAAAAATCCTGAAAAG;SOR=1.214;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=67;WE=4827291;WS=4827273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	4827322	rs934485	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.08;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	4869906	rs7117260	A	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=16;PP=499;SC=GACCTGTGGGAGGCAGTAGGG;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=4869914;WS=4869896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	4870269	rs12417164	A	T	4072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=35;PP=1513;SC=CTGCAGGGCAATGATCCAGAG;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=4870277;WS=4870259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	4880992	rs7947547	C	G	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	4928866	rs7941509	C	T	6992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=73;PP=2888;SC=TGTTCAATGCCATGGGAATTT;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=85;TCR=73;TR=158;WE=4928874;WS=4928856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	4936613	rs16907312	G	T	4508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=50;PP=2062;SC=AATTTCTCGTGCTCCAACCCA;SOR=0.804;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=107;WE=4936621;WS=4936603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	4964649	rs2595992	G	T	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=7;PP=492;SC=GTGTAGGTGAGCTCAAGGTAA;SOR=1.547;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=28;WE=4964657;WS=4964639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	4964753	rs2605301	A	G	3720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=35;PP=1367;SC=ATTTTGTGCTAGATAATTCTT;SOR=0.735;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=74;WE=4964761;WS=4964743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	4964784	rs2605302	A	T	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=38;PP=1449;SC=GCTATCCTGTACATTAAAGAA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=79;WE=4964792;WS=4964774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	4965239	rs2570581	G	T	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=12;PP=536;SC=CTGCCTATCCGCACACTGGGA;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=4965247;WS=4965229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	4965301	rs2605303	G	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=12;PP=668;SC=ACTACTGCTTGGTTGTACTAC;SOR=1.007;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=4965309;WS=4965291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	4967468	rs28698374	G	A	9851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=87;PP=2965;SC=AATTGGGTTCGTCAGTGGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=229;TCF=141;TCR=88;TR=228;WE=4967476;WS=4967458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr11	4967651	rs76895759	A	G	2419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.12;QD=29.87;SOR=3.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	4968155	rs147733464	T	C	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.900;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.108;NF=29;NR=64;PP=1420;ReadPosRankSum=-1.674;SC=GTACATGGGCTCATGCAAGGA;SOR=1.149;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=233;TCF=92;TCR=141;TR=93;WE=4968173;WS=4968145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,109:0.31:354
chr11	4968198	rs3845246	C	A	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.66;QD=28.39;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	4976086	rs2570572	C	T	8649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=134;NR=89;PP=2965;SC=GTTTCATCAGCGGAGGTACAA;SOR=0.994;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=136;TCR=89;TR=223;WE=4976094;WS=4976076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr11	4976554	rs2595986	A	G	63.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.75;QD=15.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	4976811	rs28482315	C	A	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.63;QD=25.71;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	4977026	rs10837027	C	A	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=23;PP=624;SC=GTAAAATAGGCATATCTGTAA;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=4977034;WS=4977016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	5013421	rs5789346	G	GT	1705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=45;PP=526;ReadPosRankSum=-0.577;SC=ATTTACTGTTGTTTTTTTTTT;SOR=1.043;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=46;WE=5013429;WS=5013408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,84:0.94:89
chr11	5020416	rs2445290	A	G	5118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=54;PP=2453;SC=TTTCCATCTTAGCAGTGAATG;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=125;WE=5020424;WS=5020406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	5067984	rs2500016	A	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=36;PP=1350;SC=GGCCCTTTCTACAACCTCTGT;SOR=0.827;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=68;WE=5067992;WS=5067974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	5068137	rs2500017	G	A	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=49;PP=1862;SC=TTATGTGGCCGTCTGTGCTCC;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=105;WE=5068145;WS=5068127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	5068177	rs2500018	A	T	5917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=55;PP=2328;SC=TTGACATCCCAAGTGTTGGTG;SOR=0.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=70;TCR=57;TR=125;WE=5068185;WS=5068167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr11	5068297	rs58664826	G	A	5739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=72;PP=2694;SC=CATTCCTACTGTGAGCACATG;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=82;TCR=72;TR=154;WE=5068305;WS=5068287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	5068431	rs17350764	G	A	5695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=70;PP=2704;SC=TCTCCGTGCTGTCTTCCGCCT;SOR=0.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=140;WE=5068439;WS=5068421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	5068661	rs2500019	AC	GT	7261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=72;PP=2947;SC=AGATTCGAGAACGAGTGCTCT;SOR=1.124;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=47;TCR=73;TR=119;WE=5068670;WS=5068651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	5079946	rs2445332	C	T	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=25;PP=842;SC=ATATTTTCTTCACACATTTAT;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=24;TCR=25;TR=49;WE=5079954;WS=5079936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	5080068	rs2500052	G	A	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=22;PP=1144;SC=CGGCCAAAGCGATGAGTCATA;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=5080076;WS=5080058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	5080337	rs61746343	T	C	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=45;PP=1644;SC=GGGAATTACATGATTCCCACA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=99;WE=5080345;WS=5080327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	5172786	rs10768611	A	G	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=47;PP=2053;SC=ATATAAGGGGAGATGTGAGAC;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=104;WE=5172803;WS=5172776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	5172795	rs112098990	A	AC	5173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=46;PP=2936;SC=GAGATGTGAGACCCAAACCTA;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=71;WE=5172803;WS=5172776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	5199222	rs7924390	A	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=1;PP=305;SC=TGAAACACTGAGTGAAGGATC;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=5199230;WS=5199215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	5199340	rs113029548	A	AATGCCC	5079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=24;PP=2460;SC=CCAATCTGGCAATGTGCTCAC;SOR=1.081;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=43;WE=5199348;WS=5199330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	5199645	rs6578560	T	C	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=76;PP=2517;SC=GCCAGCACCTTAGGGGCTGCA;SOR=0.879;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=134;WE=5199653;WS=5199635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	5199660	rs6578561	T	C	4378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=70;PP=1870;SC=GCTGCAGCAGTGGCGAGCAGG;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=51;TCR=70;TR=121;WE=5199668;WS=5199650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	5199675	rs6578562	C	T	3913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=71;PP=2093;SC=AGCAGGAAGTCGGCTGAGGCC;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=39;TCR=71;TR=110;WE=5199683;WS=5199665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	5199708	rs6578563	T	A	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=51;PP=1499;SC=AAGAGATACATGGGCTCATGG;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=76;WE=5199716;WS=5199698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	5199817	rs5789371	GC	G	687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=539;SC=AGGTATGCAAGCCTTCCAGCC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=5199825;WS=5199807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	5221645	rs11512276	C	A	6703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=72;PP=2608;SC=CGAATGATCCCCCACAGGATC;SOR=0.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=136;WE=5221653;WS=5221635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	5221825	rs11036212	G	A	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=42;PP=1199;SC=GGGATGGAAAGCCAGGGGTAT;SOR=1.014;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=71;WE=5221833;WS=5221815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	5247141	rs1609812	G	A	269.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=220;SC=TATATGCAGAGATATTGCTAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=5247149;WS=5247131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	5247733	rs7480526	A	C	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=11;PP=975;SC=CCTGTTACTTATCCCCTTCCT;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=5247741;WS=5247723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	5247791	rs10768683	C	G	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=32;PP=1398;SC=AAACATCAAGCGTCCCATAGA;SOR=0.945;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=45;TCR=34;TR=77;WE=5247799;WS=5247781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
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chr11	5263577	rs10128555	C	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=9;PP=230;SC=CATCCTTTTTCACCAGAGTTT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=5263585;WS=5263567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	5269533	rs3841756	GT	G	5089.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=33;PP=2957;SC=TTTATTATTTGTATTGCTTGC;SOR=1.574;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=81;WE=5269541;WS=5269523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
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chr11	5269586	rs371890964	A	AG	10132.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.94;QD=45.64;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
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chr11	5270686	rs1061234	G	A	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.45;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	5274717	rs2070972	A	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.45;QD=29.54;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	5275802	rs141669845	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	5289879	rs117750549	G	T	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	5289896	rs3061750	A	AAAAC	1434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.84;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	5322737	rs10837771	A	G	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=75;PP=2517;SC=AAAACCTCTCATCAGTACCCC;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=148;WE=5322745;WS=5322727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	5323071	rs7118113	C	T	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=47;PP=1584;SC=CCAAAAAGGACGGAGAAGTAG;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=79;WE=5323079;WS=5323061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	5344552	rs7934105	C	T	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	5344561	rs7933257	G	A	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.30;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	5344592	rs11036814	A	C	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=11;PP=722;SC=TCCGAGTTTAACTACTAAACC;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=5344600;WS=5344582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	5344772	rs10742622	T	C	5679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=58;PP=2000;SC=AACCCATCACTGTAACATAGA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=124;WE=5344780;WS=5344762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr11	5344847	rs10768793	A	G	4678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=55;PP=2127;SC=CTTCACCAGAAGCAATGCCTA;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=109;WE=5344855;WS=5344837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	5344902	rs7937237	C	G	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=50;PP=2222;SC=GATGATCAGACAGTCTAGGAA;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=100;WE=5344910;WS=5344892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	5345128	rs10837814	G	A	6585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=85;PP=2965;SC=GTATTGGTGAGAATGGAAGCA;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=73;TCR=86;TR=158;WE=5345136;WS=5345118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	5345170	rs7952293	A	G	5245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=70;PP=2531;SC=GCAATGAAACAATCATATGCC;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=58;TCR=70;TR=128;WE=5345178;WS=5345160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	5345486	rs4910750	G	A	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=30;PP=939;SC=GCCCTGGAAAGCCAGTCAGCA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=5345494;WS=5345476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	5364742	rs11036913	C	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=25;PP=745;SC=TGGGAGCTGCCGCTGGACGAC;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=5364750;WS=5364732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	5364776	rs78253695	T	TGTC	636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=413;SC=ATAGAAGAAATGTCTTTCTGT;SOR=2.448;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=5364784;WS=5364766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	5372863	rs10837882	T	A	6200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=61;PP=2590;SC=GCAATGGCACTCTTCTCTTTC;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=140;WE=5372871;WS=5372853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	5373114	rs5006888	G	A	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=48;PP=2116;SC=ACCATCCGCAGCCCCTTAAGA;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=108;WE=5373122;WS=5373104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	5373646	rs5024041	T	C	5942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=81;PP=2763;SC=GCATACTTCGTTTATTCTCTC;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=68;TCR=81;TR=149;WE=5373654;WS=5373636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	5410934	rs1498467	T	G	6308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=104;PP=2965;SC=TTAACTCCCATAGTATCTACT;SOR=1.074;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=70;TCR=104;TR=173;WE=5410942;WS=5410924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	5411031	rs1498468	C	T	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=60;PP=2356;SC=CTTTGACCGCCTTGTGGCCAT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=111;WE=5411039;WS=5411021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	5411239	rs1498469	T	C	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=63;PP=2380;SC=TGCACAGATATCACCTTCAAT;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=127;WE=5411247;WS=5411229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	5411395	rs9783355	C	A	6057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	5411398	rs2736531	T	G	6106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	5411579	rs10768906	GT	AC	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=38;PP=2499;SC=CCATTATCAAGTTCCTAGGTC;SOR=0.941;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=66;WE=5411588;WS=5411569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	5423775	rs7481498	G	A	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	5423779	rs2736527	G	A	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	5424050	rs1909262	G	A	7003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=99;PP=2965;SC=GCCGAGGTTCGTGTCTCTGCA;SOR=0.922;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=174;TCF=74;TCR=100;TR=173;WE=5424058;WS=5424040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr11	5424838	rs2736525	T	A	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=35;PP=965;SC=TAATAACAGGTGGCCCTAGAT;SOR=3.365;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=5424846;WS=5424828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	5443442	rs2736590	G	C	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=48;PP=2965;ReadPosRankSum=1.975;SC=TGTCCCAGGTGACTAACACCA;SOR=0.467;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=94;TCR=48;TR=140;WE=5443450;WS=5443432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr11	5443700	rs2736588	C	T	7201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=104;PP=2965;SC=TCTGGTTCAACGTTCGTAGAA;SOR=1.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=77;TCR=105;TR=179;WE=5443708;WS=5443690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr11	5443739	rs2736587	T	C	5779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=81;PP=2965;SC=TTGCTCAGTTTTTCTTCCTTC;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=57;TCR=82;TR=137;WE=5443747;WS=5443729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	5443867	rs10838092	C	T	5244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=65;PP=2420;SC=ATTGGTAGAACTGGGTTAGCC;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=121;WE=5443875;WS=5443857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	5443887	rs10838093	T	C	8344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.46;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	5443893	rs10838094	G	A	8416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.39;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	5443963	rs10838095	G	A	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=59;PP=1855;SC=CTTCTCTCTCGCTCCTATTGC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=107;WE=5443971;WS=5443953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	5444061	rs2736586	G	A	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=38;PP=1335;SC=CATTATTATCGTGGATCCTCT;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=5444069;WS=5444051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	5444136	rs2647574	C	T	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=36;PP=1555;SC=CTGGGCTGAGCGACTCCGTGC;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=5444144;WS=5444126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	5444353	rs2647573	T	C	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	5451490	.	T	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-2.442;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr11	5462239	.	G	A	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=40;PP=1850;SC=TTTGCAGAAGGGCAGTCGTTT;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=87;WE=5462247;WS=5462229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	5510284	rs417425	A	G	5288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=64;PP=2798;SC=TGGAGTCCTCAATTCTACTTG;SOR=0.809;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=140;WE=5510292;WS=5510274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	5510497	rs2467219	T	C	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=68;PP=2409;SC=ATATGGGCATTGCCCGACTGG;SOR=0.777;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=127;WE=5510505;WS=5510487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	5510626	rs444878	T	C	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.076;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=71;PP=2820;ReadPosRankSum=-0.604;SC=CAGTCTTTCATCTTCCATCTC;SOR=0.288;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=74;TCR=72;TR=145;WE=5510634;WS=5510616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,198:0.99:199
chr11	5510928	rs392296	G	A	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=32;PP=836;SC=AAAAAAAAGTGTAGGATGGCT;SOR=1.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=43;WE=5510936;WS=5510918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	5511003	rs426886	G	A	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=205;SC=ATGGCAGGAAGCTCTGGAAGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=5511011;WS=5510993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	5529865	rs186434	G	A	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=36;PP=1235;SC=CTCCATGTGTGGAAGTCCAGG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=5529873;WS=5529855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	5536415	rs10769023	C	T	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=30;PP=962;SC=AGCTGCTCTGCTCATCTGACA;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=53;WE=5536423;WS=5536405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	5536537	rs393044	A	C	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=29;PP=1138;SC=GCTGGTATCCAAGCTGGCTGC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=5536545;WS=5536527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	5536852	rs2017434	A	G	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=36;PP=1583;SC=ATATCAGCATAGTTCTGACCC;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=77;WE=5536860;WS=5536842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	5537045	rs872751	T	G	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=60;PP=2152;SC=GGGAAACTTCTGGGTTCTGCT;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=117;WE=5537053;WS=5537035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	5537161	rs2047456	A	G	2666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=48;PP=1643;SC=TGTGCTTTGCACTCTGGGTGG;SOR=1.122;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=79;WE=5537169;WS=5537151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	5537780	rs1809862	C	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=224;SC=GCTCTCAGGCCACAGGATAGT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=5537788;WS=5537770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	5549254	rs1498480	T	C	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=17;PP=834;SC=GCCTTGTCAGTGACCACCAGC;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=5549262;WS=5549244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	5549316	rs1846317	A	G	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=39;PP=1601;SC=CAGGCACACAAGCACAGAGAG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=5549324;WS=5549306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	5549531	rs1560811	T	C	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.122;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=601;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GTGAGGGTGATGCTAGGGCTT;SOR=1.061;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=38;WE=5549539;WS=5549521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr11	5566030	rs1995158	A	G	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=58;PP=2007;SC=GCTTTCTGGCAGGCATCTTGG;SOR=0.867;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=48;TCR=59;TR=106;WE=5566038;WS=5566020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	5566051	rs1995157	C	A	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=54;PP=2028;SC=GAGGGAAGGCCAAAGACAGCA;SOR=0.822;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=101;WE=5566059;WS=5566041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	5566112	rs1995156	C	T	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=50;PP=2083;SC=CTGAGATGACCGTCATGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=100;WE=5566120;WS=5566102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	5566365	rs1566275	T	C	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=49;PP=1655;SC=AGCTACATAGTGATCAAATGC;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=91;WE=5566373;WS=5566355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	5566489	rs10769054	C	T	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=28;PP=1166;SC=ATACTGAGTGCTTTAGGCACA;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=5566497;WS=5566479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	5566830	rs10838299	A	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=113;SC=AACTAATTATAATTATTGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=5566838;WS=5566820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	5617987	rs12272467	G	A	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=13;PP=634;SC=GAGCAGAGTCGTGCGTGGTTG;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=5617995;WS=5617977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	5618298	rs146384026	A	ATTTTAT	395.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=388;SC=GGTTAGAGACATTTTAATCAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=5618306;WS=5618288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	5625603	rs7108470	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=269;SC=TTTTCATCCCATGTATATATA;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=5625611;WS=5625594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	5625847	rs3751006	A	G	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=24;PP=916;SC=GAGAGAAGAAAACATCCTGGA;SOR=0.768;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=44;WE=5625855;WS=5625837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	5629607	rs10769121	G	A	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	5631622	rs7125403	G	T	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.33;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr11	5632212	rs10769124	G	A	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=40;PP=1884;SC=CCTGGATCCTGGGGGTATGCA;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=5632220;WS=5632202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	5653417	rs4287358	AT	GA	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=13;PP=1336;SC=GCCAGTCTTTATTGTCTGTGC;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=5653426;WS=5653407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	5654052	.	CT	C	87.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=8.77;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,8:0.80:10
chr11	5655150	rs7941976	T	A	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	5655233	rs3824951	G	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=19;PP=529;SC=GAGTCCTGAAGCCATTTGATT;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=5655241;WS=5655223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	5655722	.	TACACAC	T	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.36;ReadPosRankSum=0.091;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
chr11	5655756	.	CACACATAT	C	188	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=8;NR=6;PP=188;QD=13.6428571429;SC=CACACACACACACACATATAT;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=14;WE=5655771;WS=5655746;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr11	5662319	rs7108834	C	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	5663920	rs66637086	CT	C	1499.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=17;PP=1190;SC=TCTGGTTTATCTTTTTAATTC;SOR=1.238;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=33;WE=5663928;WS=5663910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	5664356	rs59472811	T	TATATATA	570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.64;QD=43.90;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	5664974	rs7109861	T	C	6785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=107;PP=2706;SC=CCCTTTGTCTTGACTTATCTC;SOR=0.989;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=76;TCR=108;TR=183;WE=5664982;WS=5664964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	5687320	.	TA	T	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.089;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,21:0.36:58
chr11	5691191	rs4309185	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=11;PP=371;SC=GGCAACAGAGCGAGACTTCAT;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=5691199;WS=5691181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	5700340	rs3740995	T	C	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=33;PP=1269;SC=TGTCAGCTTCTAACTCTTCAG;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=72;WE=5700348;WS=5700330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	5701409	rs3824949	G	C	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=63;PP=2076;SC=AGAAGCCATAGTAGCTATTCC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=96;WE=5701417;WS=5701399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	5730248	rs999295	A	G	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=17;PP=994;SC=CACCTATCCCATATCCTTCAC;SOR=1.346;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=58;WE=5730256;WS=5730238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	5755605	rs1498552	A	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=348;SC=ATAGAGGATTAGAGGGCCTTT;SOR=2.093;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=18;WE=5755613;WS=5755595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	5757785	rs12792180	C	T	4634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=30;PP=1811;SC=TCTCCAATAGCTCCAAATTCC;SOR=1.191;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=96;WE=5757793;WS=5757775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	5758118	rs7396766	A	C	7352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=80;PP=2965;SC=CTGGTATCCTACTCTGCATGG;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=159;WE=5758126;WS=5758108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	5776287	rs7936512	C	T	7125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=80;PP=2965;SC=ATGTTCTTCACCCACACCTTC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=83;TCR=80;TR=163;WE=5776295;WS=5776277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	5776470	rs7394584	T	G	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=56;PP=2323;SC=CTCACCAAGCTCCTGCCCTAC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=113;WE=5776478;WS=5776460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	5776623	rs7396938	A	T	5082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.079;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=72;PP=2731;ReadPosRankSum=-0.598;SC=TGTATCACCAACTCCTATACC;SOR=0.290;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=138;WE=5776631;WS=5776613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr11	5777023	rs10742782	C	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=28;PP=716;SC=TTTCTGGAAGCACTGTATTGA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=5777031;WS=5777013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	5777053	rs10742783	A	G	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=352;SC=GGAGTTTGTTAACTGGTGCAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=5777061;WS=5777043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	5809308	rs7934670	A	T	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=62;PP=2451;SC=ATGGCACAGAAGTGGGCAGTG;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=58;TCR=62;TR=120;WE=5809316;WS=5809298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	5809548	rs7948009	G	A	4846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=50;PP=2323;SC=TATGGAAGGCGCTTGGTGAGG;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=118;WE=5809556;WS=5809538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	5810105	rs61619938	TA	T	221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=236;SC=GAGCAGGAAATAAAAAAAAGA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=5810113;WS=5810095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	5842310	rs8181529	T	G	5424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=6.798;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.46;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,203:0.99:205
chr11	5842356	rs8181512	A	G	7816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=77;PP=2965;SC=TTTTTCACTCATCGTTTTGTA;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=103;TCR=79;TR=179;WE=5842364;WS=5842346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr11	5922500	rs17234326	T	C	10487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=117;PP=2965;SC=ACATTTCTCATCCTGAGATTG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=114;TCR=118;TR=231;WE=5922508;WS=5922490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr11	5922707	rs7106300	C	T	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=60;PP=2438;SC=GATGCCCGGCCTAAGGCACTC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=122;WE=5922715;WS=5922697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	5923082	rs10500656	G	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=7;PP=318;SC=CCCCTACAACGTCTCATGATT;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=5923090;WS=5923072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	5923297	rs4601752	A	G	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=25;PP=837;SC=TTACATATCCAAAGCTGAAGT;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=5923305;WS=5923287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	5923378	rs77288710	G	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=326;SC=AAATTAACTAGGAGTCATAAG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=5923386;WS=5923368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	6007396	rs61732631	C	T	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=42;PP=1243;SC=ATGTGCTAAACGCCTTAAGTC;SOR=1.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=6007404;WS=6007386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	6007772	rs61750896	G	A	8191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=91;PP=2965;SC=AAGTACCCCTGACTCCATGGA;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=93;TCR=92;TR=184;WE=6007780;WS=6007762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr11	6008050	rs61738944	A	G	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=35;PP=1169;SC=TTTCCTCTAAACCTGGAATCC;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=6008058;WS=6008040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	6079001	rs4448669	G	A	7685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.98;NF=99;NR=88;PP=2965;SC=AGTAATCCCCGCACCAGCACC;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=99;TCR=88;TR=187;WE=6079009;WS=6078991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	6129837	rs1462983	C	T	6090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=59;PP=2446;SC=TCCCCTTATTCCTGTGTTCCT;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=120;WE=6129845;WS=6129827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	6150738	rs325637	A	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=30;PP=854;SC=AGCTGAGAGCAGGCTTCCAGA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=6150746;WS=6150728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	6173364	rs325695	T	A	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=66;PP=2965;SC=CATTTTTCCATTTACCATAGA;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=85;TCR=67;TR=151;WE=6173372;WS=6173354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	6220376	rs325610	G	C	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=28;PP=1519;SC=GCCACTGTGAGACCCCCAAAA;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=80;WE=6220384;WS=6220366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	6221169	rs10839531	A	G	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=50;PP=2348;ReadPosRankSum=-1.413;SC=CGGGAGGCCCATGCCAAGGCC;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=119;WE=6221177;WS=6221159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr11	6221214	rs11040799	T	A	5845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=58;PP=2897;SC=TGTGTCATTCTGGCCTTCTAC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=82;TCR=58;TR=140;WE=6221222;WS=6221204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	6227083	rs10742968	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=17;PP=425;SC=TGGCACGAACCGCCCCATTTA;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=6227091;WS=6227073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	6231731	rs10769671	C	T	7557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=110;PP=2965;SC=CACATCAGCACCTGCTGATAC;SOR=0.924;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=86;TCR=112;TR=195;WE=6231739;WS=6231721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr11	6238960	rs3750943	C	A	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=137;PP=2965;SC=ACCCCCAGCCCGCCCCCTCCT;SOR=2.882;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=182;TCF=45;TCR=137;TR=171;WE=6238968;WS=6238950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	6239139	rs11040809	A	G	8226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=119;PP=2965;SC=CCACACCACGACGTGCCTCAC;SOR=1.087;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=72;TCR=119;TR=191;WE=6239147;WS=6239129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	6239739	rs3833754	CT	C	142.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=28.57;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	6243804	rs3750945	A	G	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=19;PP=814;SC=AAAGTTCCAGATAGGCGGTAC;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=39;WE=6243812;WS=6243794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	6243843	rs3750946	C	G	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=22;PP=976;SC=CAGAGGTCTGCACAAAAAGAA;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=6243851;WS=6243833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	6243963	rs3750947	G	A	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=22;PP=704;SC=TCTACCCACCGCCTCCTACGT;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=6243971;WS=6243953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	6243982	rs325606	T	G	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=22;PP=844;SC=GTTAGTCCTGTCACTGAGGTT;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=42;WE=6243990;WS=6243972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	6281108	rs2929180	T	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=588;SC=TGGAGCCGCGTTGGGAGCCCG;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=6281116;WS=6281098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	6281400	rs11040819	T	C	7397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=106;PP=2965;SC=CACACTACCTTCTCAAACGTC;SOR=1.577;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=44;TCR=106;TR=149;WE=6281408;WS=6281390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr11	6292837	rs10839535	CG	GA	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=42;PP=1840;SC=TCCAGACATACGAAACACAAA;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=53;WE=6292846;WS=6292826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	6340525	rs12570	A	T	2188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=19;PP=1327;SC=GCTGGGCTTCAGCGCTCCGGC;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=54;WE=6340533;WS=6340515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	6340706	rs1051992	A	G	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=60;PP=2892;SC=TTCGGCCTCCAGCTGCTCTGG;SOR=1.025;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=95;TCR=61;TR=154;WE=6340714;WS=6340696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	6341684	rs2682123	C	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=22;PP=657;SC=CACAGGCCCCCGCTCCAACGC;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=6341692;WS=6341674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	6411935	rs3838786	TGCTGGC	T	7998.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=58;PP=2990;SC=ATGGGCCTGGTGCTGGCGCTG;SOR=1.075;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=107;TCF=37;TCR=70;TR=85;WE=6411948;WS=6411925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	6412931	rs7951904	T	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=42;PP=1954;SC=TGCACTGGGATCATGACTACC;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=6412939;WS=6412921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	6413543	rs67992843	G	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.61;ReadPosRankSum=1.257;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr11	6415392	rs11601088	C	T	4549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.70;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	6415491	rs142787001	A	T	10051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=103;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CTGGACCATGAGACCTACATC;SOR=0.268;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=224;TCF=121;TCR=103;TR=223;WE=6415499;WS=6415481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,386:1.00:387
chr11	6417004	rs1799755	CTAG	C	12483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=79;PP=2967;SC=CACCACCCTACTAGTAGCTTA;SOR=0.767;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=29;TCR=82;TR=108;WE=6417014;WS=6416994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr11	6424856	rs2682093	C	T	6239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	6461277	rs2682099	T	A	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=1;PP=197;SC=GGAGGGCACATGGGAAAGAAA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=6461285;WS=6461267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	6477176	rs139873545	TTAAGGAACGGTACTATCTG	T	323.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	6477455	rs13343175	C	T	6820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=97;NR=69;PP=2965;SC=CAGAGGTCATCTTGAACCTCC;SOR=0.778;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=98;TCR=69;TR=166;WE=6477463;WS=6477445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr11	6477831	rs10606	C	T	4882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=34;PP=1662;SC=CCACTGGCACCGGAAGGCGCG;SOR=0.865;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=85;WE=6477839;WS=6477821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	6478384	rs11605141	C	T	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=16;PP=647;SC=ACACAGATGCCCACAGCACCT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=32;WE=6478392;WS=6478374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	6478619	rs16913748	G	A	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=30;PP=866;SC=ACGCTGCACTGATCTGGGCCA;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=6478627;WS=6478609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	6479228	.	C	A	2281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=51;PP=1530;SC=CCACTCGGCACCCCCCAATGC;SOR=2.542;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=72;WE=6479236;WS=6479218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	6499215	rs2303493	A	G	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=25;PP=979;SC=CTAATGCCCAAATTTCCACCC;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=6499223;WS=6499205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	6500309	rs2253104	A	G	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=23;PP=982;SC=ACGATCACGAAGAAAAGGGAA;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=6500317;WS=6500299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	6503127	rs2303492	G	A	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=27;PP=974;SC=AGAGTTTAGCGGTAGACTGCT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=6503135;WS=6503117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	6519642	rs11604149	G	A	5342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=63;PP=2650;SC=GCTGAGCTCCGAACTCTGTTC;SOR=0.744;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=136;WE=6519650;WS=6519632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	6520015	rs11040899	G	T	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=46;PP=1690;SC=CATTGACACTGCCTGAGCTAC;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=79;WE=6520023;WS=6520005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	6520164	rs2555158	T	A	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.825;SC=AATGCAGAGGTGGAGCCTGTT;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=53;WE=6520172;WS=6520154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr11	6520346	rs10769693	C	G	254.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.31;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	6524240	rs11040900	C	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=15;PP=302;SC=TCTCCACGTGCGCACCCTTCT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=6524248;WS=6524230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	6530278	rs10839568	C	T	7566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=80;PP=2965;SC=TCATTCCATTCTTTAAGTATT;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=95;TCR=81;TR=174;WE=6530286;WS=6530268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr11	6532519	rs4758423	C	T	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=20;PP=1117;SC=GCAGGAGCTACACTCTGTGTC;SOR=1.339;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=61;WE=6532527;WS=6532509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	6541580	rs2555143	T	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=19;PP=561;SC=GCACAAGTACTAATGGCATGG;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=28;WE=6541588;WS=6541570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	6549634	.	GGT	G	588.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.500;QD=25.60;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr11	6554941	rs4282961	C	A	3815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=30;PP=1928;SC=GTACGTCGAGCTGGAGGAGCG;SOR=1.286;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=94;WE=6554949;WS=6554931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	6555365	rs7103810	A	G	8308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=81;PP=2965;SC=ACAGTCAGCGACCTCAGTGAA;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=81;TCR=81;TR=162;WE=6555373;WS=6555355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr11	6560141	rs11040914	A	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.95;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	6561270	rs10839577	A	G	6300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=89;PP=2835;SC=GCAGCCCCCAATGGGAGGTAG;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=60;TCR=89;TR=149;WE=6561278;WS=6561260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	6567895	rs11270441	C	CTGCCCTACTGCA	4124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=23;PP=2957;SC=ATTGAGGAGGCTGCCCTACTG;SOR=0.812;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=29;WE=6567903;WS=6567885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	6568213	rs58186801	T	C	6375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=76;PP=2766;SC=CTGGCAGCCATGGAGGACACC;SOR=0.828;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=95;TCR=76;TR=171;WE=6568221;WS=6568203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	6568667	rs61729699	T	C	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=47;PP=1454;SC=CCCTTCCTTATGAGTACCGCC;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=6568675;WS=6568657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	6579106	rs11040920	C	A	5103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.032;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=67;PP=2570;ReadPosRankSum=-0.985;SC=GTTGAGCCCCCACCTGGCCCG;SOR=0.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=136;WE=6579114;WS=6579096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,197:0.99:199
chr11	6579539	rs10839583	A	G	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=23;PP=840;SC=TGAGGCCAAGAACCCCATATG;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=6579547;WS=6579529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	6585502	rs7107072	T	C	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=14;PP=855;SC=CCCTCTGCCATATCTCTGCCT;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=6585510;WS=6585492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	6587252	rs12292436	C	G	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=55;PP=1478;SC=ACCCTGGCCCCTTTTTGACTT;SOR=8.380;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=55;WE=6587260;WS=6587242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	6588228	rs10769699	G	A	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=33;PP=1287;SC=TGCCAGCTGCGTGCTCATTGT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=72;WE=6588236;WS=6588218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	6621516	rs11040933	G	A	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=31;PP=1227;SC=AAAAGACCCAGTGAGAACCAA;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=62;WE=6621524;WS=6621506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	6622714	rs2288283	G	A	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=34;PP=1222;SC=ATCTTCTCTTGTTCTTTTGCC;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=58;WE=6622722;WS=6622704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	6624617	rs12420389	T	C	3751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	6629530	rs2048092	G	A	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=37;PP=1396;SC=AAGCATGTGTGCTCTTCCCCC;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=6629538;WS=6629520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	6630028	rs11314683	TC	T	16307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=57;NR=128;PP=2974;SC=GAGGTCCATCTCCCCCATCCC;SOR=0.789;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=195;TCF=62;TCR=133;TR=185;WE=6630036;WS=6630018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr11	6630410	rs11826498	T	C	7777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=102;NR=87;PP=2965;SC=CTTCTTGCCCTTCCCTCACTA;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=102;TCR=87;TR=189;WE=6630418;WS=6630400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	6631016	rs2292195	C	T	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=35;PP=1746;SC=GGGGCATGGCCTTCCTACACA;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=53;TCR=37;TR=88;WE=6631024;WS=6631006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	6632450	rs12451	C	T	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=12;PP=921;SC=TGCCGGAGGCCGTGCCCTTCA;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=6632458;WS=6632440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	6636300	rs1800723	A	G	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=16;PP=691;SC=TTAAAGTATCAGACATCTCTA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=6636308;WS=6636290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	6636900	rs1800745	G	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=202;SC=ACTAGACTCTGTGGGGAAGCA;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=6636908;WS=6636890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	6637518	rs7943955	A	G	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=7;PP=276;SC=AGGTGTAAGCATTGTCTAAGT;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=6637526;WS=6637508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	6637739	.	ATT	A	754.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.77;ReadPosRankSum=0.958;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr11	6643976	rs7122587	C	T	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=46;PP=1742;SC=GGGGTGCTGCCTGTGACATTG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=84;WE=6643984;WS=6643966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	6644600	rs72911011	C	T	9488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=109;PP=2965;SC=AGGGCACTCGCGCACGCAACT;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=113;TCR=109;TR=222;WE=6644608;WS=6644590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr11	6647622	rs11827437	T	C	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=39;PP=1405;SC=CTGGGCGAGATAGAATGCATC;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=6647630;WS=6647612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	6647931	rs34782445	C	T	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=40;PP=1646;SC=ACTGTGAGCGCGAGACTGGGA;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=92;WE=6647939;WS=6647921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	6647978	rs4442534	C	T	4559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=55;PP=2052;SC=AACCCCAGCCCATTTGGGAGT;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=111;WE=6647986;WS=6647968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	6648424	rs4758443	G	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=47;PP=1455;SC=ATCGCGCACCGTGATGGTGAC;SOR=1.158;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=79;WE=6648432;WS=6648414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	6648937	rs11040937	C	T	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=24;PP=695;SC=ATACATGTGTCGTGGGGATGG;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=6648945;WS=6648927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	6651810	rs2659872	A	G	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=35;PP=1386;SC=CGCGTACCGTAAGCGCGCGCC;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=66;WE=6651818;WS=6651800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	6652618	rs2659871	C	T	10380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=157;PP=2965;ReadPosRankSum=1.753;SC=CCAGTGTTCCCGGAGGCACGC;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=257;TCF=100;TCR=157;TR=256;WE=6652626;WS=6652608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,394:0.99:396
chr11	6653232	rs2659870	C	G	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=22;PP=937;SC=TAAGGCTATGCGGTCTCAGGA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=6653240;WS=6653222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	6654613	rs11040938	A	G	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=385;SC=TTTGGGTCTGACACCAAGTGG;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=6654621;WS=6654603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	6655332	rs2659869	T	A	10715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=120;PP=2965;SC=CAACCTGCCCTTGGTCTACTG;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=119;TCR=121;TR=239;WE=6655340;WS=6655322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr11	6655433	rs997263	G	A	5714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=94;PP=2804;SC=CATCACCGCTGTGGGCATCAA;SOR=1.168;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=56;TCR=96;TR=149;WE=6655441;WS=6655423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	6703892	rs1567135	T	G	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=17;PP=867;SC=AGTACCCAAGTTTAATTCTGC;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=6703900;WS=6703882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	6735869	rs7937911	A	G	3471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=35;PP=1520;SC=CTTCAAGCACATCTTGCTTTG;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=6735877;WS=6735859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	6738411	rs17262467	A	G	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=73;PP=2604;SC=TGCAAGTCCAATGACAAAAGT;SOR=0.809;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=136;WE=6738419;WS=6738401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	6738728	rs17262495	T	C	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=60;PP=2515;SC=ATGTTAGAGGTACATATGCTG;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=131;WE=6738736;WS=6738718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	6739109	rs7112561	G	A	7317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=93;PP=2965;SC=AATGCTCTTGGAGAAACTGAA;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=164;WE=6739117;WS=6739099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	6739407	rs12284429	A	G	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=36;PP=1750;SC=TTCATCGATAAGAAATCCTTG;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=6739415;WS=6739397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	6739814	rs7114441	C	T	12513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.60;ReadPosRankSum=-1.009;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,286:1.00:287
chr11	6739822	rs7102825	T	C	12704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.92;ReadPosRankSum=-1.185;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,295:1.00:296
chr11	6789929	rs11828782	C	A	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=31;PP=1137;SC=GTTTTCTCTGCGCAGAAAGTC;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=6789937;WS=6789919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	6790106	rs7102536	T	C	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=38;PP=1344;SC=AAATGTAGCATAGAGCAGTTC;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=71;WE=6790114;WS=6790096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	6806181	rs17264523	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=332;SC=ATGTCCTAAGAAGCCTCTGAT;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=6806189;WS=6806171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	6806496	rs11041022	T	C	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=36;PP=1360;SC=TCACATCTGTTGTCACTCCCA;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=67;WE=6806504;WS=6806486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	6806827	rs2659880	G	T	7619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=100;PP=2965;SC=CTTGCTGAAGGTGGCCTGTGC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=88;TCR=101;TR=187;WE=6806835;WS=6806817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr11	6807163	rs2659879	C	G	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=45;PP=1648;SC=GGAGGTCATGCGGGCCTTGAG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=87;WE=6807171;WS=6807153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	6807243	rs497681	G	A	3825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=38;PP=1371;SC=CTAGCTTCCAGAATTCCTTCT;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=69;WE=6807251;WS=6807233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	6816778	rs866347	A	G	6670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=25.96;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr11	6866815	rs2741801	C	T	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	6866834	rs2595439	T	C	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=14;PP=898;SC=TAAGAGAAAATCTGAAAAACA;SOR=1.646;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=6866842;WS=6866824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	6891385	rs2741764	G	A	12520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=132;NR=156;PP=2965;SC=ACTGGCTGCTGCCTCCTGGTT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=132;TCR=156;TR=288;WE=6891393;WS=6891375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,481:1.00:481
chr11	6913127	rs2741804	A	G	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=50;PP=1729;SC=CACAACCCCCATAAGAAAAAT;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=99;WE=6913135;WS=6913117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	6913244	rs1965208	A	G	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=48;PP=1825;SC=TAGCCTCAGTATGAAGGTGGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=94;WE=6913252;WS=6913234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	6942695	rs12806437	C	T	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=56;PP=1992;SC=CATGACACAACGGGTGTGTCT;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=6942703;WS=6942685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	6962971	rs10839663	C	T	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=29;PP=773;SC=GAACTTGTGCCAAACATGGTT;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=6962979;WS=6962961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	6965012	rs2515947	C	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	6976988	rs2239731	A	T	6323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=58;PP=2443;SC=CCGAAAGTGGACACCCTTCTT;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=130;WE=6976996;WS=6976978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	7059960	rs12801277	A	C	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.074;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=866;ReadPosRankSum=-0.784;SC=ACACCCTGGAATGAAGTGAAG;SOR=0.316;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=7059968;WS=7059950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr11	7063755	rs7123944	C	T	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=20;PP=860;SC=AACACTTGTTCGATGTGGATG;SOR=0.987;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=7063763;WS=7063745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	7065289	rs6578821	C	A	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=15;PP=504;SC=AGGGAGGAGGCGTTTAGCTGA;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=7065297;WS=7065279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	7071031	rs1552726	G	A	6381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=67;PP=2362;SC=CATTGTGTGAGGCCTTGAAAC;SOR=0.768;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=123;TCF=56;TCR=67;TR=122;WE=7071039;WS=7071021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	7110237	rs11041169	C	G	3893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.35;SOR=1.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	7110243	rs7119420	G	C	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.92;SOR=1.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	7110548	rs11041170	C	T	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=60;PP=2186;SC=AAGGCCGCCGCCAGAGACATG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=120;WE=7110556;WS=7110538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	7110751	rs11041171	A	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=24;PP=717;SC=CGGCGGCTACACGGCGGATTT;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=7110759;WS=7110741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	7324475	rs4412741	T	C	9044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=102;PP=2965;SC=ACTTCCTAGATCCTCCCACGC;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=81;TCR=103;TR=182;WE=7324483;WS=7324465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr11	7439093	rs4757993	G	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=243;SC=AAGGAGTTCAGCATACCATAG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=7439101;WS=7439083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	7487951	rs10717883	CA	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=1.290;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr11	7570840	.	CTT	C	348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.323;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=1.402;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,28:0.28:101
chr11	7598952	rs6578880	C	G	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	7614282	rs7939893	TG	CA	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=13;PP=746;SC=ACAAATTACATGCATCCCTTA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=42;WE=7614291;WS=7614272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	7614531	rs7129888	C	A	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=781;SC=GAAGGGAAGCCCAAGAGATTT;SOR=1.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=7614539;WS=7614521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	7619518	rs4758206	T	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	7642407	rs10839822	T	C	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=143;SC=GATGGTGCAGTAGACAGACTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=7642415;WS=7642397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	7649640	rs6578886	C	G	4160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=57;PP=1725;SC=TGTTTGGTCCCTGCTGGTCTC;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=45;TCR=57;TR=102;WE=7649648;WS=7649630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	7650607	rs6578887	A	C	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=37;PP=1733;SC=TCCTTGTGCCAAGAACATAGC;SOR=1.016;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=94;WE=7650615;WS=7650597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	7652385	rs4130354	T	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=10;PP=281;SC=TAAATTAATATAGTGCCCCTC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=7652393;WS=7652375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	7660921	rs11041491	C	T	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=69;NR=40;PP=1705;SC=CTGAGGCTGACAGTTAAGTCG;SOR=1.094;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=70;TCR=40;TR=109;WE=7660929;WS=7660911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	7662361	rs10839829	C	T	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=34;PP=990;SC=CCTAACCCTCCCCTTCACCAG;SOR=1.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=7662369;WS=7662351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	7662732	rs4643071	C	T	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=31;PP=1535;SC=GTGGCTGGGACGACACTGCTG;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=80;WE=7662740;WS=7662722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	7663726	rs4402283	T	C	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=31;PP=789;SC=CAAACCTGCATGGGTGAATCT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=7663734;WS=7663716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	7663779	rs3861066	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=456;SC=TATTCTCTTCCCCAGTCAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=7663787;WS=7663769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	7669924	.	TG	T	1377.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=12;PP=1170;SC=GGGCACGGTGTGGAGATACAC;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=7669932;WS=7669914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	7670160	rs4421737	T	C	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=75;PP=2010;SC=TAGGCATATATGTATTAAGAA;SOR=1.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=122;WE=7670168;WS=7670150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	7670249	rs4237757	A	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=26;PP=1045;SC=CCTTGTAAAAAGCAGAGGAAT;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=7670257;WS=7670239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	7670305	rs4758008	C	A	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=13;PP=1147;SC=ATATAATTTGCTCCCCTTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=7670313;WS=7670295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	7670353	rs4758009	A	C	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=30;PP=1744;SC=GAATCCTGACACATCTGGGGT;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=87;WE=7670361;WS=7670343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	7670440	rs4758209	A	G	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=79;PP=2680;SC=TAGAGTTGACAGACGAATGCT;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=74;TCR=79;TR=153;WE=7670448;WS=7670430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr11	7671974	rs11041497	C	T	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=5;PP=256;SC=TGTTGTGATGCGTCTGGGGCA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=7671982;WS=7671964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	7672272	rs3923491	G	A	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=15;PP=416;SC=TAAGGACAAGGCACAAAAGCT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=7672280;WS=7672262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	7673015	rs5864	G	A	5082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=100;PP=2893;ReadPosRankSum=0.225;SC=CTGAACAGGAGAAGCGAGAGA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=48;TCR=102;TR=146;WE=7673023;WS=7673005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,194:0.98:197
chr11	7686596	rs13172	G	A	3780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=45;PP=1415;SC=TGCTGAGCACGTGGAGGTGTT;SOR=0.734;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=90;WE=7686610;WS=7686586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	7686602	rs16411	G	GTGTT	5853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=44;PP=2947;SC=GCACGTGGAGGTGTTAGTAGG;SOR=0.787;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=51;WE=7686610;WS=7686586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	7686674	rs13854	T	C	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=43;PP=1346;SC=CCGTCTGGATTAGTGGTGGCG;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=7686682;WS=7686664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	7687146	rs67173996	G	A	3901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=49;PP=1601;SC=GCTCAGTAGGGTAGCGCCCTC;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=7687154;WS=7687136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	7687265	rs59114959	A	T	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=443;SC=TCTGGGCTGCAGCAGCTGTCT;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=7687273;WS=7687255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	7687669	rs12796110	A	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=6;PP=446;SC=AGTGAGGGCAATGGATGTCGT;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=7687677;WS=7687659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	7687715	rs12801394	T	C	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=15;PP=551;SC=TACCACAGGTTGAACTGGTCT;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=7687723;WS=7687705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	7689633	rs10743030	A	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=676;SC=GTTGTCCCTTAGAGGATCAAA;SOR=2.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=7689641;WS=7689623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	7690685	rs4631871	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=868;SC=CTCTGAATTGTTGTACGCAAT;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=7690693;WS=7690675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	7693853	rs57207415	GCA	G	5231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.072;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;MQRankSum=0.204;QD=31.52;ReadPosRankSum=1.343;SOR=0.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,162:0.98:166
chr11	7710729	rs4505055	C	G	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=6;PP=1021;SC=CCAAGATCAACGTGTCAGCAG;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=7710758;WS=7710719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	7710742	rs4365041	A	T	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=1.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	7710750	rs4277100	G	A	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.39;SOR=1.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	7710877	rs4503519	C	T	6662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr11	7712471	rs4509745	C	T	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=34;PP=1263;SC=GAACTGGGAACCAAAGAGTTG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=70;WE=7712479;WS=7712461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	7716549	rs4287332	C	G	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=41;PP=1313;SC=CAAGAAAAGACGTAGTGCATG;SOR=1.116;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=7716557;WS=7716539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	7716855	rs4528317	T	A	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=18;PP=596;SC=CCAGCTGCATTATCTGTGGCA;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=7716863;WS=7716845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	7716914	.	G	GA	97.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	7716917	.	G	GGAGGCTTTCTCCACAAAATTTT	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	7720426	rs4367936	C	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.32;SOR=1.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	7721743	rs12279973	C	A	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=5;PP=413;SC=AGAGGTAGAGCCTGTTGGTTC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=7721751;WS=7721733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	7721870	rs10839849	G	A	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=30;PP=1240;SC=TGGATCCAGGGAAGCACTTTA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=63;WE=7721878;WS=7721860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	7721974	rs61759818	C	T	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=31;PP=1039;SC=GGAAGTCACACCAGCCAGAGT;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=7721982;WS=7721964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	7723082	rs61888828	A	T	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.704;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.258;NF=22;NR=29;PP=1149;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TGAGTTGAAGATGCATCATTT;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=7723090;WS=7723072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr11	7723171	rs5789540	GA	G	1921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=25;PP=1381;SC=ATGCACAATCGATTTTTAAAA;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=33;WE=7723179;WS=7723161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	7723683	rs4373911	G	A	4343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	7725092	rs3924747	C	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=6;PP=483;SC=CAATGTCACCCAGCCCCATTT;SOR=1.670;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=26;WE=7725100;WS=7725082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	7725173	rs3924748	G	A	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=27;PP=1448;SC=GTTTTAATAGGGTTATTGCTG;SOR=0.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=75;WE=7725181;WS=7725163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	7725454	rs11041539	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=13;PP=326;SC=TGTCAAGAATCGTGGACTGTG;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=7725462;WS=7725444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	7727872	rs12289558	T	C	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=39;PP=1194;SC=AGCGAAAGAGTTGCAGATTTA;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=7727880;WS=7727862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	7749695	rs61890083	C	T	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	7749971	rs61890084	C	A	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=669;ReadPosRankSum=-0.884;SC=TGCAGTGAGCCTATTCCTTCT;SOR=0.600;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=7749979;WS=7749961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr11	7750303	.	C	T	8467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=89;PP=2965;SC=GTCCTACGACCGCTACACGGC;SOR=0.785;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=112;TCR=90;TR=200;WE=7750311;WS=7750293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr11	7794545	rs1482784	C	A	6016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=61;PP=2749;SC=TGTAGGACAGCGATATCAATC;SOR=0.834;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=136;WE=7794553;WS=7794535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	7794724	rs12293183	T	C	7307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;PP=2965;SC=ATGTAGGAGATGGCTATGGCA;SOR=0.736;Source=Platypus;TCF=91;WE=7794732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr11	7794976	rs980145	T	A	11393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.82;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr11	7794980	rs12285181	C	G	11348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	7817379	rs77840152	A	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=3;PP=259;SC=ATTAAGTTCTAGAAACTGTTT;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=7817387;WS=7817369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	7818471	rs1482804	C	T	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=50;PP=1610;SC=GTGTGATTCCCGTCCTTCAGG;SOR=1.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=28;TCR=51;TR=78;WE=7818479;WS=7818461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	7847466	rs1482792	A	G	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=36;PP=1027;SC=TAGTATCCTCAGATAACCCCA;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=7847474;WS=7847456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	7847523	rs1482794	T	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=24;PP=651;SC=TCCCCATCTATATTGGGAATG;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=7847531;WS=7847513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	7871011	rs4758022	A	G	7885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=79;PP=2965;SC=ATGGCACACTATTTTTCATGT;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=89;TCR=79;TR=168;WE=7871019;WS=7871001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr11	7949350	rs4758258	A	G	5861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=86;PP=2673;SC=GTAGATAAGCAGATTCAGCAG;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=73;TCR=87;TR=158;WE=7949358;WS=7949340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	7949791	rs7933807	A	C	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=40;PP=2376;SC=TTTCATAAAAACTCCTTTATT;SOR=1.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=70;TCR=40;TR=110;WE=7949799;WS=7949781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	7949860	rs7928451	G	A	8224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=115;NR=84;PP=2965;SC=ATAAGCCATTGCTCCCAGAAG;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=117;TCR=84;TR=199;WE=7949868;WS=7949850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr11	7960045	rs6578915	G	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=5;PP=661;SC=AAAAAATGCAGTCTGTTTTCA;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=7960053;WS=7960035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	7961146	rs9787855	A	G	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=628;SC=CTGTGAGTTCAAGTCTGGAAT;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=7961154;WS=7961136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	8009420	rs12278319	G	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=243;SC=ACCTTTTGCTGTGACTTATCT;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=8009428;WS=8009410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	8014479	rs4758267	C	T	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=24;PP=1895;SC=TGCTGATCCACGAGTACTACA;SOR=1.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=67;TCR=24;TR=91;WE=8014487;WS=8014469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	8060654	rs17847547	A	G	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	8061100	rs10769865	C	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	8103104	rs11041733	G	T	6180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=62;PP=2303;ReadPosRankSum=-0.613;SC=AGGTACGCGGGCGCCGGGCCG;SOR=0.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=125;WE=8103112;WS=8103094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,247:1.00:248
chr11	8111540	rs2272382	T	C	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=6;PP=485;SC=CAAGGTGGGCTGTGGACCCCC;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=8111548;WS=8111532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	8115762	rs7396690	C	G	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=41;PP=1234;SC=CTACAGCCCTCCCCAGCAGGC;SOR=1.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=8115770;WS=8115752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	8117228	rs11041739	A	G	6474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=60;PP=2189;SC=CCCCATGGGGACCCAGTGATA;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=60;TCR=61;TR=120;WE=8117236;WS=8117218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	8118103	rs2242501	A	G	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=8;PP=475;SC=GATATGGCTAAGAGTGTGTGC;SOR=1.203;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=8118124;WS=8118093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	8118116	rs2242502	A	G	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=613;SC=GTGTGTGCATAAGTTTGTGGG;SOR=1.217;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=8118124;WS=8118093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	8118185	rs10160258	C	G	5308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=21;PP=1048;SC=TCAGGGGCAGCGTAGACTTCT;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=8118193;WS=8118175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	8118200	rs7931842	C	A	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.22;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	8119063	rs7950355	A	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=18;PP=651;SC=CATATCTACCACTGACCTCTC;SOR=1.259;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=28;WE=8119071;WS=8119053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	8122234	rs7394561	G	A	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=36;PP=1157;SC=GCTGATGTGTGTATGTGGAGG;SOR=1.090;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=8122242;WS=8122224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	8123005	rs72093838	CTCTG	C	4357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-4.459;NF=17;NR=58;PP=2972;ReadPosRankSum=0.186;SC=CTGTCCTTTTCTCTGTCTGTG;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=18;TCR=61;TR=75;WE=8123016;WS=8122995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chr11	8132728	rs56271449	CA	C	233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=8.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.61;ReadPosRankSum=1.835;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr11	8159892	rs10839976	G	T	3472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	8161878	rs6578932	C	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=105;SC=TAAAAGGATACAGAGGTATCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=8161886;WS=8161868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	8174966	rs10743052	G	A	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=21;PP=636;SC=CTCACTCTTAGTTTTCTGCAA;SOR=0.854;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=36;WE=8174974;WS=8174956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	8248440	rs2290451	C	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=3;PP=404;SC=GCGTGCACGCCTCCGCCGTGC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=8248448;WS=8248430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	8248482	rs2290450	C	T	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=9;PP=702;SC=CTCAGGCTGGCGTCTGGGGAG;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=8248490;WS=8248472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	8284838	rs204931	A	G	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=36;PP=1300;SC=GCGCCGCGGCAGGGGGCGAGG;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=8284846;WS=8284828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	8284981	rs176083	A	C	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=41;PP=1113;SC=CGCGCTTTGGAGGGGCGGCCG;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=72;WE=8285003;WS=8284971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	8284995	rs204929	T	C	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=39;PP=1294;SC=GCGGCCGGTCTTCGGGCAGCT;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=8285003;WS=8284971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	8285124	rs2071458	A	C	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=199;SC=TTTGTGCCTCAGAATTGGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=8285132;WS=8285114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	8434972	rs3833784	CA	C	1387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=18;PP=729;SC=GACAGATTTGCAAAAAAAATG;SOR=1.647;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=33;WE=8434980;WS=8434962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	8435077	rs3751095	CA	TC	11600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=71;PP=2947;SC=GTGTAATTGGCATCAGGGACA;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=83;TCR=72;TR=153;WE=8435086;WS=8435067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr11	8483335	rs1900273	G	A	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=23;PP=939;SC=AAAATGCAGCGCCTAATAGAG;SOR=0.881;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=54;WE=8483343;WS=8483325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	8486310	rs1446464	C	A	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=26.25;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	8494843	.	T	TA	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,20:0.25:79
chr11	8641501	rs7946508	C	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=3;PP=327;SC=AATTTTGTGACTCTAGAAAAA;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=8641509;WS=8641491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	8641882	rs7943945	G	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=23;PP=1069;SC=GGCATAGGACGAAGAAATGTA;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=8641890;WS=8641872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	8646670	rs7947230	T	G	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=40;PP=1295;SC=GCTGTCAGGTTGCTCACACTC;SOR=0.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=8646678;WS=8646660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	8646763	rs7935453	G	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=14;PP=470;SC=ATGATGCTCAGCGAGGTGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=8646771;WS=8646753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	8660117	rs34655699	C	G	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=13;PP=643;SC=CTCCTCCCCCCACCCTATCCT;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=8660125;WS=8660107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	8662090	rs11042022	T	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.69;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	8669694	rs35319120	C	T	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=42;PP=1155;SC=GCATGCCAACCAAGCGGGAAT;SOR=2.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=8669702;WS=8669684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	8670172	rs7950801	T	C	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=20;PP=526;SC=GCTGCACAGCTCTCAGCCTTC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=8670180;WS=8670162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	8671547	rs10769938	G	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=22;PP=672;SC=CCACCAGTTTGGAGTGTAACC;SOR=1.270;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=35;WE=8671555;WS=8671537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	8693405	rs11517718	G	A	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=48;PP=1799;SC=CAGTCCTTACGGAGCAAATGC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=86;WE=8693413;WS=8693395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	8705480	rs7951084	T	C	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.30;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,65:0.93:70
chr11	8707083	rs2073686	G	A	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=27;PP=1056;SC=GGGGGCAGTCGGTGCCCCCGT;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=55;WE=8707091;WS=8707073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	8707233	rs6735	C	T	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=38;PP=1562;SC=AGGGCTACTACAAAGTTCTGG;SOR=0.845;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=84;WE=8707241;WS=8707223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	8719615	rs10840113	C	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=204;SC=TGAGCCCAGGCAGGTCGAGGC;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=8719623;WS=8719605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	8720615	rs2270958	C	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=551;SC=CCAGGGTCAGCTAACAGGAAG;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=8720623;WS=8720605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	8724279	rs71872129	CGAT	C	2627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=40;PP=2072;SC=TGCAGGAGAGCGATGGGAAAG;SOR=2.226;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=41;WE=8724289;WS=8724269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	8732300	.	GCA	G	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-1.992;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr11	8736046	rs931757	C	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=8;PP=593;SC=CTCCCTCCTACGTGGCCATTT;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=8736054;WS=8736036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	8739951	rs181078214	G	A	5077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	8751640	rs3812762	G	C	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=57;PP=2004;SC=TGGGGTTCTTGTCAGCCTCGT;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=110;WE=8751648;WS=8751630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	8797707	.	GCACACACA	G,GCA	2527.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=5,5;NR=10,10;PP=714,127;SC=GCGCGCGCGCGCACACACACA;SOR=1.708;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=15,15;WE=8797725;WS=8797697;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.23,0.77:48
chr11	8797715	.	A	G	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=22.97;ReadPosRankSum=-1.571;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,37:0.77:48
chr11	8797717	.	A	G	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=43.96;SOR=1.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	8933064	rs1133833	G	A	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=23;PP=822;SC=CGTTCAGCAAGGCTGGCTCTA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=8933072;WS=8933054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	8934101	rs2742518	A	G	6301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=97;PP=2965;SC=GTGAACCAAAACTATGCCCCA;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=67;TCR=98;TR=163;WE=8934109;WS=8934091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	8938934	rs2016844	C	T	4852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=47;PP=1815;SC=GAACTGCTTACGCACTGGGTT;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=102;WE=8938942;WS=8938924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	8942942	rs2653601	C	T	7372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=84;PP=2965;SC=TGGCGGGGTCCGCGGTGGCTT;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=182;TCF=95;TCR=87;TR=179;WE=8942950;WS=8942932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	8942999	rs2568023	G	A	6546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=93;PP=2965;SC=CCCCACTACTGCAGTTTGTGC;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=173;WE=8943007;WS=8942989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	8947021	rs2653588	A	G	5062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=36;PP=1915;SC=TGGCTTCCCAAGGCATGGCTC;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=99;WE=8947029;WS=8947011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr11	8947179	rs2568077	G	A	5113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	8949094	rs2568075	A	G	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=17;PP=1101;SC=TCCTCCTTCCAGCACCCCCAA;SOR=1.464;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=64;WE=8949102;WS=8949084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	8959370	rs2742505	G	A	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=48;PP=1439;ReadPosRankSum=-1.362;SC=GGAGCTGGGCGTAGCCTTCAT;SOR=1.300;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=72;WE=8959378;WS=8959360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,106:0.98:108
chr11	9001289	rs71062805	TA	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.380;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr11	9001290	rs2742475	A	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=0.553;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr11	9001291	rs199678234	A	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=0.033;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr11	9004376	rs35481824	CT	C	658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.563;QD=11.98;ReadPosRankSum=-1.227;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,47:0.85:55
chr11	9005036	rs2568046	T	A	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=16;PP=662;SC=CAGTTTTCTCTATCTGTCAAC;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=9005044;WS=9005026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	9045831	rs72856032	A	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=635;ReadPosRankSum=1.400;SC=AGAGGTTGCCAGTTGGTTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=9045839;WS=9045821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr11	9051385	rs7479998	C	A	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=17;PP=1057;SC=ACCCAGACACCTATCTTCTTA;SOR=1.320;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=9051393;WS=9051375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	9052423	rs7395988	A	C	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=33;PP=1222;SC=GGGCACAGAGATGGCAAGGTG;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=9052431;WS=9052413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	9096189	rs7930311	G	C	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=76;PP=2483;SC=ATTAGCCTTTGCTTTGGTGAC;SOR=1.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=36;TCR=76;TR=112;WE=9096197;WS=9096179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	9112020	.	T	A	68	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.9999;HP=9;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=23;MQ=56.12;NF=1;NR=5;PP=68;QD=17.1285354245;SC=GAGATTTTTTTTTTATTTATT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=9112028;WS=9112010;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr11	9113008	rs142900716	GGCA	G	2037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=901;SC=CAGCAGTGGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=9113018;WS=9112998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	9167399	rs10732517	T	C	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=24;PP=712;SC=TGAGGAGAATTAGGAATCTTT;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=9167407;WS=9167389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	9171775	rs7123970	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	9172432	rs10769995	A	G	225.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=172;SC=GTAACACTTTAATTGATTGTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=9172440;WS=9172422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	9198276	rs7394878	T	C	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=13;PP=1320;SC=GAGAAGGAAATGTATCTGCTA;SOR=2.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=67;WE=9198284;WS=9198266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	9199650	rs60693427	C	T	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=22;PP=1161;SC=TCCAAGAGGCCTGAATGTACA;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=9199658;WS=9199640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	9228785	rs7396439	G	A	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	9309405	rs5014247	A	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=745;SC=TCTTACTCACATTGATTTATT;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=9309413;WS=9309395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	9316937	rs4601780	G	A	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=14;PP=390;SC=TTTCTTCTCTGAAGAAATAAA;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=9316945;WS=9316927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	9321399	rs10743101	A	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=6;PP=144;SC=GGGCACAGTGACTCACGCCTG;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=9321407;WS=9321389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	9321415	rs11042272	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=165;SC=GCCTGTAATCCCAGCACTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=9321423;WS=9321405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	9336093	rs72850544	C	T	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=36;PP=1193;SC=AGAGCCACTTCCGGCGCGACC;SOR=1.385;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=9336101;WS=9336083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	9406349	rs4606477	T	C	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=26;PP=838;SC=TGCGGGGCACTATGGACCCAG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=9406357;WS=9406339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	9442388	rs12418581	C	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=104;SC=GTCTCAGGATCTCTTTATGTT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=9442396;WS=9442378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	9450377	rs2290423	T	G	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=29;PP=1338;SC=TCTGTGTTTTTCATTCAGATC;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=9450385;WS=9450367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	9459592	rs202038310	GTTTTTTTTTTTTTTT	G	505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	9493100	rs7119680	G	T	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	9495961	rs2278900	A	T	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=4;PP=1331;SC=TACTGAACTTACTTAAATGTT;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=49;TCR=4;TR=53;WE=9495969;WS=9495951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	9519375	.	CTT	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=0.908;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr11	9519420	rs10840249	T	C	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=346;SC=CTCTGTCGCCTAGGCTGGAGT;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=9519428;WS=9519410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	9522567	rs2290425	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=481;SC=CTAGGCAGGATTGAAGGATAA;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=9522575;WS=9522557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	9537904	rs10743108	G	C	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=28;PP=950;SC=TACAGAAGGGGAACAGGTAAT;SOR=1.103;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=43;WE=9537912;WS=9537894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	9595732	rs11042428	C	G	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.25;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	9603236	rs4370932	C	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=22;PP=713;SC=GTAAGTATTGCAGATCTTCTG;SOR=0.886;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=40;WE=9603244;WS=9603226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	9734945	rs1390679	A	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=197;SC=TTGTCTTTCTATTTTACTTGC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=9734953;WS=9734935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	9746137	rs419412	A	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=286;SC=AGTGTTTATAACATAAATACA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=9746145;WS=9746127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	9746201	rs1695613	G	A	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=11;PP=855;SC=CATTCTTTATGTAGATTGAAT;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=9746209;WS=9746191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	9746552	rs1960386	A	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=13;PP=354;SC=TCGTTTTTTTATTTTTTGTTT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=9746560;WS=9746542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	9748483	rs2453831	T	C	2644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=28;PP=906;SC=CTTCAGAATATTGAGAGGTCA;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=53;WE=9748491;WS=9748473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	9748620	rs2453832	G	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.07;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	9748624	rs2454612	C	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.25;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	9749552	rs67364105	CT	C	637.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=466;SC=GATGTCAGCTCTTACAAATAA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=9749562;WS=9749542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	9749554	rs56116109	T	G	646.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=4;PP=257;SC=TGTCAGCTCTTACAAATAAAA;SOR=1.473;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=9749562;WS=9749542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	9749645	rs397686	A	C	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=15;PP=525;SC=CTGGACTGAAAGATGGTTTGT;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=9749653;WS=9749635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	9751089	rs12360647	G	A	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=106;SC=TCTGTTGCCCGGGCTGTAGTG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=9751097;WS=9751079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	9754221	rs360157	C	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=493;SC=AGGCCGCCAACGAAAGCAAGC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=9754229;WS=9754211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	9759608	rs93139	T	C	187.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=151;SC=TAGACTGGAATTCTAATGGAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=9759616;WS=9759598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	9759713	rs93138	T	G	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=16;PP=752;SC=TTAATGTACTTCTACTCTAAC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=9759721;WS=9759703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	9759918	rs173396	G	A	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=173;SC=AGCCTGGGTCGGTGGGAACAG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=9759926;WS=9759908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	9769562	rs415895	C	G	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=36;PP=1259;SC=GCAGCTGGAGCAGCTTGAGTT;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=9769570;WS=9769552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	9771687	rs6483656	G	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=8;PP=261;SC=GAGTTCAAGAGCAGCCTGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=9771695;WS=9771677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	9802228	rs360124	G	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=644;SC=CTTTACTTTTGTGGTCTCTAG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=9802236;WS=9802218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	9802952	rs3763862	A	C	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=226;SC=TCTGTCATCCATCTGTAGTCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=9802960;WS=9802942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	9811039	rs11042496	C	A	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=35;PP=993;SC=AAAAATCATACATCAAGATAA;SOR=1.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=9811047;WS=9811029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	9812236	rs2645029	G	A	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=6;PP=195;SC=AGTTCCTGTAGATTAAAAAAA;SOR=0.784;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=9812244;WS=9812226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	9830595	rs11042500	G	A	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	9830732	rs10770066	A	T	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=16;PP=453;SC=GACACTTTTGACTGGATGCAA;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=9830740;WS=9830722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	9833988	rs4910065	A	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=322;SC=GTAGGGGAACAAAGTATTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=9833996;WS=9833978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	9861009	rs7483882	G	A	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=11;PP=1192;SC=AAGAAAGGAAGGAAGACCTCT;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=9861017;WS=9860999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	9875353	rs375686	G	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=484;SC=AGAAACATGAGCAAAGTGATG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=9875361;WS=9875343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	9878332	rs11322743	AT	A	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.231;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr11	9917620	rs4910073	G	C	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=22;PP=658;SC=AAATACATGCGAACTAACATC;SOR=1.098;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=32;WE=9917628;WS=9917610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	10215598	rs4910097	C	T	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=36;PP=995;SC=ACTCATTCTACTCTTACTTAT;SOR=2.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=44;WE=10215606;WS=10215588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	10472492	rs35417007	GC	G	2001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=11;PP=935;SC=TGGCCTCAGTGCCCAGCAGCC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=22;WE=10472500;WS=10472482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	10518289	rs1466426	T	C	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=1;PP=525;SC=AGGAAGTGACTGGGGCTGGTC;SOR=3.477;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=10518297;WS=10518279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	10518518	rs72857486	T	C	4601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.83;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	10518521	rs2071016	C	T	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	10553675	rs4910155	C	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=133;SC=GGCAAAACTTCATACAATAGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=10553683;WS=10553665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	10655609	rs2162044	C	T	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=39;PP=1195;SC=ACTCCTGCGGCAGGAGGACCC;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=70;WE=10655617;WS=10655599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	10673739	rs4909945	T	C	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=1317;ReadPosRankSum=-0.735;SC=GCTGGGGAGATGCCAAAAGGA;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=83;WE=10673747;WS=10673729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,157:0.99:159
chr11	10709194	rs1035694	C	T	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=5;PP=263;SC=CTTCACCAGACACAGATGCCC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=10709202;WS=10709184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	10711918	.	TA	T	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr11	10715124	rs10770136	T	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=17;PP=579;SC=GGCCAGCCTCTCTTCACTCTG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=10715132;WS=10715114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	10786023	rs3830388	A	AAGTTG	2147.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=23;PP=1797;SC=ATACTGAATCAAGTTGCATGC;SOR=0.919;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=34;WE=10786031;WS=10786013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	10786142	rs3736326	C	T	3852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=39;PP=1278;SC=AAGCGGAACACGATGAGCATT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=75;WE=10786150;WS=10786132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	10795431	.	C	CAA	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.434;QD=3.71;ReadPosRankSum=2.300;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr11	10797276	rs72259410	CTTTCTT	C	236.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=212;SC=ATATACTTTTCTTTCTTTTTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=10797289;WS=10797266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	10820663	rs71034785	T	TA	915.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.888;QD=8.72;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,69:0.66:105
chr11	10821055	rs3736327	C	T	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=22;PP=758;SC=GCTTCTTTTCCAGTACATGAA;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=42;WE=10821063;WS=10821045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	10822202	rs4910190	G	A	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=39;PP=1596;SC=TTCCTGTGAAGAACACAAGTA;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=10822210;WS=10822192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	10822350	rs7951708	C	T	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=56;PP=1914;SC=CCTGGATAAGCGGTGGATTAG;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=107;WE=10822358;WS=10822340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	10823079	rs10840492	T	C	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=15;PP=1011;SC=AAAAGAAGTATAGAAAAGAGA;SOR=1.877;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=10823087;WS=10823069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	10823576	.	C	CACACTCCTAAAATAGTTTCATGTTTTAATAGCAAATGAAATCACATATATTGCATAATTTAACATTTGTTGCCTAA	1735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=867.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	10823815	rs7105210	C	T	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=43;PP=1565;SC=TTCAGCTTAACGCAACCATTG;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=77;WE=10823823;WS=10823805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	10824540	rs10743150	G	A	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=220;SC=TACACACACAGAGTCTATGTG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=10824548;WS=10824530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	10824731	rs2270620	C	T	3211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	10826341	rs2242360	A	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=5;PP=592;SC=TCAAAAATACATACCTATCTA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=10826349;WS=10826331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	10827418	rs11042964	T	C	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=37;PP=1904;SC=TAATCCACACTTCCCATCTTT;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=97;WE=10827426;WS=10827408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	10828361	rs10743151	C	A	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;QD=25.27;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	10828490	rs11373962	T	TA	1065.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=493;SC=TCAAAAAGAATAAGCATCTAT;SOR=1.885;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=10828500;WS=10828480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	10830106	rs7127279	A	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	11354393	rs901554	A	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=14;PP=457;SC=ACAGGGACGCAGAAGCAGAGA;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=11354401;WS=11354383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	11373508	rs7948121	T	C	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=7;PP=1055;SC=TGAGCGCCAGTGGCAGCTGGA;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=40;TCR=7;TR=47;WE=11373516;WS=11373498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	11373587	rs7945066	A	G	5952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.61;MQRankSum=-0.302;QD=25.99;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,228:1.00:229
chr11	11373635	rs1056963	C	T	8447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=91;PP=2965;SC=TGCTGACGGGCGTACTGCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=93;TCR=91;TR=183;WE=11373643;WS=11373625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr11	11373808	rs1056951	T	G	5697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=67;PP=2726;SC=TGATTTTCACTGTGGACAAAG;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=66;TCR=68;TR=133;WE=11373816;WS=11373798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	11373925	rs4243927	A	C	10507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=112;PP=2965;SC=GTCCCCAGAAACTTGGCTATC;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=240;TCF=128;TCR=112;TR=239;WE=11373933;WS=11373915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr11	11373960	rs2071461	C	T	10091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=24.86;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr11	11374016	rs2896586	T	A	6782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.155;NF=82;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=1.040;SC=TACAACCCAATCTCCACATAT;SOR=0.356;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=82;TCR=120;TR=201;WE=11374024;WS=11374006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,261:1.00:262
chr11	11374283	rs2896585	T	G	7694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=98;PP=2965;SC=CATAGTCTGTTAACGTCTGGT;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=97;TCR=98;TR=195;WE=11374291;WS=11374273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr11	11398698	rs10444245	G	A	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=185;SC=AGGTCAAAGCGGAGAGACCCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=11398706;WS=11398688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	11905993	rs10765894	C	T	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	11913585	rs11022079	G	T	3080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=30;PP=1087;SC=GAAGGTTCTGGGGGTTCTACC;SOR=0.761;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=61;WE=11913593;WS=11913575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	11944505	rs11822494	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=13;PP=327;SC=ATATAATTCTATAGCTGTTGT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=11944513;WS=11944495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	11954786	rs10741562	G	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	11977505	rs3215040	A	AG	522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=581;SC=ATAGAGGTGGAGGGCTCTACT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=11977513;WS=11977495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	11986061	rs3206824	T	C	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=50;PP=1931;SC=GCAGGCTCCCTCAGCGCCATC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=112;WE=11986069;WS=11986051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	11989899	rs2291599	T	C	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=23;PP=1038;SC=CCCAGGTGCCTGAGACCCTGG;SOR=1.207;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=61;WE=11989907;WS=11989889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	12115630	rs7104830	C	T	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=3;PP=159;SC=AATGCTCAAACGGGGATGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=12115638;WS=12115620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	12225946	rs3763823	T	G	6586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=85;PP=2788;ReadPosRankSum=0.157;SC=ATGACCTTCGTGGCCTGGGAG;SOR=0.271;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=68;TCR=85;TR=153;WE=12225954;WS=12225936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,254:1.00:255
chr11	12262476	rs2641936	C	A	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=33;PP=1725;SC=GCACTTGCAACCTTCGTCTCC;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=90;WE=12262484;WS=12262466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	12264140	rs880963	A	C	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=12;PP=787;SC=TGCCTCCCTCACCCACTTCTT;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=12264148;WS=12264130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	12313887	rs1874043	C	G	1763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=43;PP=1262;SC=AGGAAGCTAACCTACCTGTAC;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=12313895;WS=12313877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	12315186	rs10741578	G	A	9547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr11	12315407	rs10741579	G	C	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=69;PP=2459;SC=GCTGGACAGGGCAAGAGCTAT;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=123;WE=12315415;WS=12315397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	12315716	rs1493951	C	T	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=39;PP=1858;SC=AGAGAGGGGCCCAGGAGAAGA;SOR=0.956;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=94;WE=12315724;WS=12315706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	12315848	rs1493952	C	T	5179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=56;PP=2521;SC=ACTCTGAAGGCGGGAAGAAGG;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=74;TCR=56;TR=129;WE=12315856;WS=12315838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	12315891	rs1493953	G	A	5698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=93;NR=71;PP=2965;SC=AACTTTGCCCGCACAGGCCTG;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=93;TCR=71;TR=164;WE=12315899;WS=12315881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	12315915	rs1493954	A	G	6137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=77;PP=2965;SC=TCGCTCATTCAGCCTTCGGAA;SOR=0.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=173;WE=12315923;WS=12315905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	12316344	.	G	GCTC	921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.317;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=0.000;QD=27.11;ReadPosRankSum=1.044;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr11	12345459	rs903213	C	T	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.20;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	12379792	rs10741583	G	C	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=17;PP=898;SC=CAAGAACTCTGCCGGGGCCCA;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=12379800;WS=12379782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	12495575	rs2288290	C	G	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=35;PP=1057;SC=ACTGACCCACCATGTGTCCAT;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=50;WE=12495583;WS=12495565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	12495607	rs2288291	T	C	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=839;SC=TCTGTGCAGGTACCCCACGAG;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=12495615;WS=12495597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	12495623	rs7109678	G	C	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=23;PP=628;SC=ACGAGCCCCTGAGAGAAGGTA;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=12495631;WS=12495613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	12517892	rs138094049	A	AGAGTGCATGCATGCAT	472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=0;PP=1606;SC=TATTGTTGCAAGAGTGCATGC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=12517900;WS=12517884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	12518237	rs12223547	G	T	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=361;SC=AGCTTGGCAGGCTTCAGGGGA;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=12518245;WS=12518227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	12534808	rs2403631	A	G	8198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=102;PP=2965;SC=GCCAGGGATCAGCTCTTGTGC;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=98;TCR=102;TR=200;WE=12534816;WS=12534798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr11	12535415	rs11022380	A	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=592;SC=TCCTGGGCCCAGGGCTCTTGG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=12535423;WS=12535405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	12535473	rs182542135	T	G	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=25;PP=1315;SC=CTCACGGGAGTCACGGAGCAG;SOR=1.320;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=12535481;WS=12535463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	12900347	rs10543484	CAT	C	384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=280;SC=TATATATACACATATATATAT;SOR=3.442;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=13;WE=12900365;WS=12900337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	12903443	rs2304733	C	T	6113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=45;PP=2033;SC=CTGTTCCCAGCGTCAAGCCTT;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=69;TCR=45;TR=113;WE=12903451;WS=12903433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	12951623	rs2245140	A	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=7;PP=682;SC=AAGATGATTCATGTTGAAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=12951631;WS=12951613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	12951926	rs2727360	A	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=38;PP=1091;SC=GAGGCTTGACAGAAGTGAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=12951934;WS=12951916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	12952015	rs2727361	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=341;SC=GGTCAGTCAGCAGTTGAATTT;SOR=2.948;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=12952023;WS=12952005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	13031288	rs61879069	C	T	5633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=70;PP=2696;SC=TGGGGTCGGCCGGCGACCCGC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=146;WE=13031296;WS=13031278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	13031846	rs12793946	G	A	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=57;PP=1879;SC=CAATTCGCCAGCAGGTGCAGC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=105;WE=13031854;WS=13031836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	13032679	rs10603579	AGG	A	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	13032686	rs11399899	T	TC	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	13398129	rs10741617	T	A	5072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=60;PP=2305;ReadPosRankSum=1.662;SC=CCAAGTTGAATGGTGCACAGT;SOR=0.227;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=120;WE=13398137;WS=13398119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,195:0.99:196
chr11	13399791	rs10832030	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=115;SC=TGAACTGCAAATGGATCATGG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=13399799;WS=13399781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	13514263	rs6254	C	T	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	13514417	rs694	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=271;SC=ACTAAAAGGACAAGCAAAATG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=13514425;WS=13514407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	13716530	rs7130943	A	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=26;PP=763;SC=CACTCAGAACAAAGAAAAAAG;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=13716538;WS=13716520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	13984583	rs3761859	C	T	5897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=65;PP=2173;SC=AGGGCTACTGCAGCCGTATCC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=66;TCR=65;TR=131;WE=13984591;WS=13984573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	13984720	rs10741631	A	C	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=26;PP=700;SC=GCATTAGGAGAGCGGGACCCG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=13984728;WS=13984710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	14101493	rs5789820	G	GC	5335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=42;PP=2603;SC=AGACTGCTGTGCTGCGGAACT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=55;WE=14101501;WS=14101483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	14246296	rs1025412	G	A	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=29;PP=1062;SC=GTGAAAGACTGAGGGAGATAT;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=55;WE=14246304;WS=14246286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	14264916	rs2303973	A	G	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=42;PP=1800;SC=CCAAAGCCCAATGGCCAGCCT;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=96;WE=14264924;WS=14264906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	14303282	rs2303972	T	A	7654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=86;PP=2946;ReadPosRankSum=0.717;SC=ATTCCAACAGTTATGTTTATG;SOR=0.249;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=84;TCR=86;TR=167;WE=14303290;WS=14303272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,295:1.00:296
chr11	14329984	rs2915408	C	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=14;PP=443;SC=CTGGCTCTCACCTATAAATGA;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=14329992;WS=14329974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	14378347	.	C	CT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.605;QD=2.88;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	14385941	rs75033079	G	A	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	14504774	.	CCA	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=-1.960;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr11	14540671	rs1823466	A	G	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=17;PP=1240;SC=ATATGCTTGTATTTCCATTCA;SOR=1.416;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=57;WE=14540679;WS=14540661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	14540827	rs79966935	C	T	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=51;PP=1714;SC=TATTCTAACACCCTCCATATC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=84;WE=14540835;WS=14540817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	14991539	rs5239	T	C	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=13;PP=652;SC=TGCACATAGTTCTGCACCAGT;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=14991547;WS=14991529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	15096419	rs1540139	C	T	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=25;PP=1036;SC=CTCTGTGCCTCTGAAGTCACG;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=15096427;WS=15096409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	15133939	rs11023439	G	T	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	15170644	rs1714354	T	C	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=36;PP=1419;SC=TCTTTTAGGATCTCGTTGTGC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=15170652;WS=15170634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	15197186	rs1792588	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=528;SC=ACACTGCTAAACATATAATAG;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=15197194;WS=15197176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	15198772	rs1624731	G	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.64;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	15199957	rs1714376	T	C	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=25;PP=798;SC=AGCACTTTGGTCAGCTGCTGG;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=15199965;WS=15199947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	15243190	rs61742947	C	T	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.318;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=48;PP=1220;ReadPosRankSum=1.214;SC=TGACAGCCCTCGTCAGTGAGT;SOR=1.176;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=72;WE=15243198;WS=15243180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr11	15247400	rs7113449	A	C	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=41;PP=1267;SC=GGCACTGAGCACAGGGCCCAT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=15247408;WS=15247390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	15262261	rs80167082	A	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=584;SC=TGAAAATTATATGAGGTCATA;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=15262269;WS=15262251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	15267597	rs1054952	C	A	4439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=49;PP=1847;SC=TGAGTGTGGGCGAAGAAATAC;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=92;WE=15267605;WS=15267587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	15267727	rs1945624	A	G	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=638;SC=AATGGAGGACAAAATCTTAGA;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=15267735;WS=15267717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	16117460	rs5789938	T	TA	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr11	16117684	.	GA	G	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=1.733;QD=1.44;ReadPosRankSum=-2.008;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr11	16133413	rs4617548	A	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	16339918	rs34820506	C	CT	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=4.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.648;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,32:0.28:114
chr11	16800438	rs4756863	G	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=7;PP=812;SC=CCTCCGGCCGGATTCCCTGCT;SOR=2.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=38;WE=16800446;WS=16800428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	16810599	rs77525146	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=3;PP=223;SC=GAGGGGCACTCGGCTCCCTGT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=16810607;WS=16810589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	16812397	rs35142528	G	A	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=33;PP=1596;SC=GTCCTAGGGAGGGCTGGGCCA;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=79;WE=16812405;WS=16812387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	16822683	rs75163301	C	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=367;SC=GAAGGCCTCACGAACACCTGT;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=16822691;WS=16822673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	16874067	rs418113	C	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=768;SC=GACATTAGAACTTGGATTAAA;SOR=3.383;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=32;WE=16874075;WS=16874057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	16877227	rs144616815	G	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=242;SC=GTCATTTGGGGAGAACACTTC;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=16877235;WS=16877217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	16877497	rs11024058	C	T	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=23;PP=661;SC=GAGTAAAAGCCGAGCTATAGA;SOR=1.562;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=32;WE=16877505;WS=16877487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	16892477	rs402973	C	G	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=14;PP=1008;SC=TGAAAGAAGTCTGAAGGTTGA;SOR=1.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=16892485;WS=16892467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	17035493	rs71047521	C	CA	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=656;SC=AGGGACCCCCCCCCCGCGGCA;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=17035501;WS=17035483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	17035718	rs61881311	A	G	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=56;PP=2428;SC=CGGTGCGCGGATGCAGCCAGG;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=62;TCR=56;TR=118;WE=17035726;WS=17035708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	17036012	rs113662255	A	G	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=65;PP=1886;SC=GCAGGGGCGGAGGCGGGGGCG;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=29;TCR=65;TR=94;WE=17036020;WS=17036002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	17111197	.	AGT	A	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=42;QD=25.5;SC=AAAATTAACAAGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=2;WE=17111206;WS=17111187;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,2:0.13:15
chr11	17113483	rs7113396	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=136;SC=CCACATTCATCGAGAAGTTAC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=17113491;WS=17113473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	17126670	rs2052188	C	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=3;PP=825;SC=ACCTCTGTAACACATTTTTGA;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=17126678;WS=17126660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	17172133	rs2302511	T	C	6215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=95;PP=2847;SC=TGTTTCTTTGTGCTGTGACTG;SOR=0.878;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=75;TCR=95;TR=170;WE=17172141;WS=17172123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	17191019	rs214936	A	G	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=48;PP=1952;SC=TTTCTACATCAATATCTAATG;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=104;WE=17191027;WS=17191009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	17333663	rs2521998	G	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=20;PP=578;SC=CATGTAATGAGTGAGGTATGT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=17333671;WS=17333653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	17373438	rs34000454	G	C	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=61;PP=2153;SC=ACGCAACAGAGGTCTCCCCCT;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=131;WE=17373446;WS=17373428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	17393644	rs12791318	A	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=9;PP=328;SC=AAGAAAGAGCACCTCATATTC;SOR=0.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=17393652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	17394073	rs10832778	C	G	4822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=79;PP=2456;SC=CCTGATGGACCTGGTGCCACT;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=128;WE=17394081;WS=17394063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	17408404	rs5213	C	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=7;PP=411;SC=AGGCCCTGGCCGGGCTACATA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=17408412;WS=17408394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	17408630	rs5215	C	T	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=43;PP=1885;SC=GGCACTTTGACGGTGTTGCCA;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=100;WE=17408638;WS=17408620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	17409572	rs5219	T	C	6603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=87;PP=2566;SC=TACCTGGGCTTGGCAGGGTCC;SOR=0.887;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=65;TCR=89;TR=152;WE=17409580;WS=17409562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr11	17414715	rs1109591	T	C	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=25.81;SOR=3.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	17415190	rs4148646	C	G	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=38;PP=1655;SC=ACGGCCACAACAGGCCAGTCC;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=91;WE=17415198;WS=17415180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	17417504	rs739689	A	G	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=34;PP=1043;SC=AGGCACCGCCACTGGGACTCT;SOR=1.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=17417512;WS=17417494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	17418477	rs757110	C	A	4136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=37;PP=2435;SC=TGTCCAGGGGCGATGAGGGCA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=79;TCR=37;TR=116;WE=17418485;WS=17418467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	17419279	rs1799859	C	T	5485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	17517235	rs10832795	A	G	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=25.05;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	17517381	rs10530940	CAT	C	443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=367;SC=TTCTCCAAGACATGTGTAGAG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=17517390;WS=17517371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	17517407	rs1859824	G	C	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=221;SC=ATTCTGCTGGGCACGGGGAGC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=17517415;WS=17517397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	17522810	rs2072234	T	C	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=34;PP=1077;SC=AGCCATGGGGTCACCGGCAGT;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=50;WE=17522818;WS=17522800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	17523474	rs17703528	G	A	3137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=27;PP=981;SC=GGAGAGAAGCGTCATCTCTTA;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=51;WE=17523482;WS=17523464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	17531146	rs17776775	G	A	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	17531449	rs2237965	G	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	17532102	rs2237964	C	T	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=429;SC=AAGGAGAGGACAAAGGGCACA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=17532110;WS=17532092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	17533635	rs2190454	G	A	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=60;PP=1809;SC=TATGACAAAGGTTAGAAATAG;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=103;WE=17533643;WS=17533625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	17539212	rs10766408	T	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=372;SC=GCATACAGTGTTTTCAACCTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=17539220;WS=17539202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	17542583	rs2108332	C	T	7821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	17542586	rs2041031	T	C	7821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.95;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	17542649	rs2041032	T	C	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=50;PP=1454;SC=ATGGTTCTAGTCATGATGAAT;SOR=1.949;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=67;WE=17542657;WS=17542639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	17545091	rs4757539	A	G	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=22;PP=650;SC=TCTGCAGGACAGGCTCCCCCA;SOR=0.984;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=35;WE=17545099;WS=17545081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	17548239	rs72870320	C	T	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=28;PP=1075;SC=CCTTCAGGACCGGCCACCCCT;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=17548247;WS=17548229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	17548507	rs41282940	T	C	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=28;PP=1026;SC=CCCAGGGCTGTACCAGGATCC;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=17548515;WS=17548497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	17548737	rs12795083	T	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=19;PP=1047;SC=CTCCCACCGTTATGGAGTACT;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=17548745;WS=17548727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	17554914	rs2240489	G	C	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	17554914	.	GCC	CCA	844	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=17;NR=30;PP=844;QD=19.0950611673;SC=CTCAGCACCCGCCCCCATAGC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=47;WE=17554924;WS=17554904;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr11	17554916	rs2355022	C	A	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	17569885	rs58569858	A	G	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	17574588	rs4757543	T	C	4626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=55;PP=1893;ReadPosRankSum=1.765;SC=CTGGATCCTGTGAAGCCTGAG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=127;WE=17574596;WS=17574578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,178:0.99:180
chr11	17579783	rs61611064	C	A	5338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=52;PP=2117;SC=CAGGAGCAGGCCCCTAACCAG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=126;WE=17579791;WS=17579773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	17580998	rs10832798	TC	CT	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=1;PP=462;SC=CCTCCCATCCTCACTCCACGG;SOR=4.091;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=22;WE=17581007;WS=17580994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	17581317	.	AGGAG	A	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.889;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=16.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.167;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.795;SOR=2.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr11	17582470	rs1990180	T	C	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=19;PP=1086;SC=GGCACTCACTTAGTACCTTTG;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=17582478;WS=17582460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	17591961	rs10832802	C	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=33;PP=974;SC=CCACGGAACCCGAAGAAGAGG;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=17591969;WS=17591951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	17593709	rs7106548	T	C	4461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=57;PP=1976;SC=CCCGCTGGTCTCTGGCTCCCC;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=93;WE=17593717;WS=17593699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	17594513	rs1076312	A	T	1867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=12;PP=1337;SC=ACATCCGTACAGCGTGTGCAC;SOR=2.412;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=61;WE=17594521;WS=17594503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	17596313	rs4757548	G	A	7380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=96;PP=2965;SC=GCGTGGCCCCGTGTGGACGTA;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=184;TCF=88;TCR=96;TR=183;WE=17596321;WS=17596303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr11	17598187	rs4756901	G	A	8279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	17598191	rs4756902	G	A	8218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.41;SOR=0.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	17600033	rs2355466	G	A	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=31;PP=1023;SC=GAGCGTGTCAGCCCGTGGCCC;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=17600041;WS=17600023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	17667439	rs11024357	G	C	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=82;PP=2115;SC=AATGCCACCTGGGTGCCCTAT;SOR=1.217;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=42;TCR=84;TR=124;WE=17667447;WS=17667429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	17742600	rs144067837	TC	T	9077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=100;PP=2973;ReadPosRankSum=0.155;SC=TCTAGGACGCTCCCACCCCCA;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=22;TCR=101;TR=122;WE=17742608;WS=17742589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,267:0.99:269
chr11	17742681	rs10832853	G	C	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	17940200	rs74865487	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	17940204	.	C	CACAT	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=37.25;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	17940211	rs1080246	T	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.16;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	17940213	rs77640161	T	A	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.16;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	17948311	rs1468291	T	C	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=37;PP=1221;SC=AAGACTATCTTGATGCAGAAT;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=76;WE=17948319;WS=17948301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	17948537	rs728639	A	G	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=241;SC=GCCTGTCACCATGTTCTTTGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=17948545;WS=17948527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	18023414	rs211134	C	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=4;PP=323;SC=TTAAGGCTTACCACATTTGTT;SOR=1.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=18023422;WS=18023404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	18034592	rs3741202	G	C	317.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=8;PP=122;SC=CGGGAGGGACGGCACGGGGGC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=18034613;WS=18034582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	18034605	rs3741201	C	G	312.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.10;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	18044304	rs211101	C	T	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	18047255	rs1799913	G	T	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=62;PP=1717;SC=ATCTCTGAAAGAGAGGTACAA;SOR=1.186;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=92;WE=18047263;WS=18047245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	18054777	rs10832874	A	G	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=16;PP=961;SC=TCCAGTCTGGACAGCAGAGCA;SOR=1.453;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=18054785;WS=18054767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	18063977	rs623580	A	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=16;PP=448;SC=CGTTGTCCTAAAGCGTGAAAA;SOR=0.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=28;WE=18063985;WS=18063967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	18111872	.	CA	C	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr11	18159169	rs2468839	A	G	5980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=78;PP=2965;SC=ACCTGTCATCAGTCATGTGTG;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=82;TCR=78;TR=160;WE=18159177;WS=18159159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	18159254	rs4274188	A	G	11368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=114;PP=2965;SC=TAGTGGTGCTAATTCTGTTTG;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=109;TCR=116;TR=223;WE=18159262;WS=18159244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr11	18194827	rs2468774	C	G	10238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=124;NR=118;PP=2965;SC=TCCCAGTCTTCGGTACAAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=242;TCF=124;TCR=118;TR=242;WE=18194835;WS=18194817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr11	18194878	rs2445180	T	G	9878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.263;NF=93;NR=122;PP=2965;ReadPosRankSum=1.002;SC=CTTGCTACAATCAGACCCTGA;SOR=0.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=94;TCR=123;TR=215;WE=18194886;WS=18194868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,372:1.00:373
chr11	18194964	rs1869788	A	G	5446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=76;PP=2965;SC=CTCCTGGGCTACCGCATGCGC;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=142;WE=18194972;WS=18194954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	18195051	rs2445179	T	C	7535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=90;PP=2899;SC=ATTATACGTTTGCCATTACGC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=85;TCR=91;TR=174;WE=18195059;WS=18195041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	18195448	rs4630269	C	T	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=67;PP=2084;SC=CCAGGCTGTACGTGACCATCC;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=33;TCR=67;TR=100;WE=18195456;WS=18195438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	18210480	rs2445150	T	C	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=27;PP=907;SC=CTGACGGCGGTGGCGGGGGGT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=18210488;WS=18210470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	18231289	rs4757627	C	A	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=36;PP=1809;SC=CTAACATCTTCGAAACAAGAT;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=45;TCR=36;TR=81;WE=18231297;WS=18231279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	18231749	rs2468789	T	G	853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=652;SC=TTTATCGAGGTTTGGTGCCCA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=18231757;WS=18231739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	18253176	rs2460827	C	T	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=34;PP=1216;SC=AAATAAATAGCAGTCTATTAA;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=71;WE=18253184;WS=18253166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	18267027	rs2468844	C	T	7010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=67;PP=2582;SC=CTCCGCACCACGGCCTGTGAG;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=81;TCR=67;TR=148;WE=18267035;WS=18267017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	18267135	rs56373142	C	T	4667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	18267188	rs58546509	GA	G	1820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=42;PP=1838;SC=AAGGAGGAGTGAAAACACTGA;SOR=1.802;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=48;WE=18267196;WS=18267178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	18267373	rs1671927	C	T	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=4.477;NF=29;NR=8;PP=768;ReadPosRankSum=2.794;SC=CTAACTTCTCCACAAGGAGCT;SOR=0.551;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=37;WE=18267381;WS=18267363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,34:0.83:41
chr11	18267431	rs76546965	C	T	3935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=1.099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.01;MQRankSum=-9.137;QD=19.68;ReadPosRankSum=-2.665;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,98:0.49:200
chr11	18267434	rs78891342	AA	GG	4007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=1.074;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.99;MQRankSum=-9.240;QD=18.99;ReadPosRankSum=-2.438;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,104:0.49:211
chr11	18267463	rs74872559	A	G	5953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.796;NF=46;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=0.879;SC=TTACCTGATCACTTCTGCAGC;SOR=0.706;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=196;TCF=116;TCR=80;TR=79;WE=18267486;WS=18267453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,155:0.50:309
chr11	18267471	rs1136766	A	G	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=4.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=6.730;NF=69;NR=49;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.119;SC=TCACTTCTGCAGCCCAGGCAC;SOR=0.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=115;TCR=85;TR=118;WE=18267486;WS=18267453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,153:0.50:308
chr11	18267478	rs79620496	G	A	5950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.41;MQRankSum=-6.474;QD=19.20;ReadPosRankSum=2.159;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,155:0.50:310
chr11	18267600	rs200930008	A	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.38;MQRankSum=-1.549;QD=1.71;ReadPosRankSum=-3.617;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr11	18267651	rs80208174	A	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5085;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=455;SC=GACTCCAACAACACCTTAGAG;SOR=2.737;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=22;WE=18267659;WS=18267641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	18267702	rs4757631	T	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=4;PP=77;SC=ACTTCAAGCTTTCAGCCTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=18267710;WS=18267692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	18290737	rs145097411	T	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.38;QD=28.07;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	18290859	rs1136743	C	T	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.60;QD=43.95;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	18290874	rs1136747	T	C	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.93;QD=44.03;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	18290880	rs28720026	C	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.00;QD=47.29;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	18290902	rs34068567	TT	CC	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.75;QD=45.64;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	18290906	rs35474820	G	A	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.72;QD=43.87;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	18291321	rs12218	T	C	4384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.78;NF=53;NR=69;PP=1879;SC=ACTCGCTGGCTGATCAGGCTG;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=122;WE=18291329;WS=18291311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	18301605	rs11024601	T	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=33;PP=909;SC=TTCTGTGCATTAAAAGACACA;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=18301613;WS=18301595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	18303404	rs2271997	C	T	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=503;SC=AGTGATGGGTCGGGACTAAAT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=18303412;WS=18303394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	18312953	rs4757638	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=4;PP=386;SC=TTTTTAATACGAATTTCTATC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=18312961;WS=18312943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	18314579	rs10665418	C	CTT	2187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=34;PP=1162;SC=GGGATCAGAGCTTTTTTTGAG;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=35;WE=18314587;WS=18314569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	18317458	rs2305564	T	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=1;PP=463;SC=TTCCTTTTTCTCATTTTCCAT;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=18317466;WS=18317448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	18317699	rs2305565	C	T	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=38;PP=1059;SC=AAAAAAGAAACAAAATCTAAT;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=18317707;WS=18317689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	18327684	rs1140047	G	T	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=466;ReadPosRankSum=1.217;SC=ATCGTTACCTGAGAGTAATCA;SOR=0.651;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=23;WE=18327692;WS=18327674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr11	18330385	rs35952141	G	GA	1733.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=21;PP=841;SC=AAAAGAAAAAGAAAAAAAATC;SOR=1.276;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=35;WE=18330393;WS=18330375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	18333060	.	T	TA	244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.36;QD=24.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	18354877	rs4150561	T	C	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=5;PP=113;SC=AAAAATCAACTATGTAGAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=18354885;WS=18354867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	18357180	rs4150579	A	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=468;SC=AAGCATCAGTATTGGAATAGG;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=18357188;WS=18357170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	18357270	rs4150581	A	G	3258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=25;PP=1512;SC=TGTGAGTGTCATCATCTAACT;SOR=1.299;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=82;WE=18357278;WS=18357260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	18359983	rs111946613	ATGTT	A	188.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=4;PP=237;SC=TATTATTATTATGTTTGTTTG;SOR=1.981;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=18359994;WS=18359973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	18379446	rs202243676	CA	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.709;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.527;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr11	18379629	rs4150661	C	A	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=52;PP=1593;SC=CTGCCTAAATCAGCTTTAAAA;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=18379637;WS=18379619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	18467821	rs2658565	T	C	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=37;PP=1381;SC=TGTGATGGATTTGGTAGGATC;SOR=0.709;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=76;WE=18467829;WS=18467811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	18487425	rs2658563	A	G	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=35;PP=977;SC=TCATTACATGAGTATACTGTG;SOR=2.124;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=49;WE=18487433;WS=18487415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	18503151	.	T	C	3872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=41;PP=1665;SC=AGTTAAAAAATCTTGGAACGT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=91;WE=18503159;WS=18503141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	18548574	rs1857908	T	C	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=62;PP=1438;SC=AGGGGCCTGGTGGGGTGGGTT;SOR=2.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=17;TCR=62;TR=79;WE=18548582;WS=18548564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	18585550	.	TAAA	T	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.357;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr11	18591992	rs16935557	G	A	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=332;SC=ATAGCTAGGCGGCATTTTAAG;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=18592000;WS=18591982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	18632984	rs10128711	T	C	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	18633971	rs11605097	G	A	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=43;PP=1280;SC=CATCATCATCGTCATCTTCCT;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=76;WE=18633979;WS=18633961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	18720304	rs7946446	C	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=254;ReadPosRankSum=1.249;SC=GACAGAACCCCGGCGCCGGGC;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=18720312;WS=18720294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr11	18728650	rs2289965	T	C	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=47;PP=1388;SC=TTCATGATGATGTAGTGAGCC;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=88;WE=18728658;WS=18728640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	18730895	rs11024768	A	G	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=0;PP=525;SC=TGGAGGTACAATGTTGGGCAT;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=19;WE=18730903;WS=18730890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	18732426	rs4237728	T	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=34;PP=1012;SC=CATGTAGATATTTGCCCACCT;SOR=1.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=46;WE=18732434;WS=18732416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	18733521	rs7128042	C	T	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=339;SC=ATGAGACAGCCAGAGAGATGT;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=18733529;WS=18733515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	18733579	rs10832972	T	C	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=7;PP=878;SC=GCTTAAGGTCTCCATGCTGAC;SOR=1.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=18733587;WS=18733569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	18735321	rs10766493	A	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=344;ReadPosRankSum=-0.446;SC=CTGGCCTCCTACTCAGCCTGC;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=14;WE=18735329;WS=18735311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr11	18735396	rs10741752	G	T	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=11;PP=1084;SC=GCCCTGCCCTGACCCAGCACA;SOR=2.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=18735404;WS=18735386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	18735753	rs7106673	G	A	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=61;PP=2634;SC=CCCATGGGGCGGGGGAGAAGC;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=130;WE=18735761;WS=18735743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	18735947	rs7125943	T	C	7605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=137;NR=85;PP=2965;SC=ACAATCTGCATGCCTGGCAAG;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=137;TCR=85;TR=222;WE=18735955;WS=18735937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	18736247	rs4265581	G	A	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=54;PP=1619;SC=GGCTGGTAGCGATGGTCATGG;SOR=4.047;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=60;WE=18736255;WS=18736237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	18736942	rs3887900	G	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=483;SC=CAGGGTCAGGGGGATTGGTCA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=18736950;WS=18736932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	18737095	rs4424652	C	T	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=39;PP=1513;SC=CAGCTCTGCTCGCTTGCCCTC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=18737103;WS=18737085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	18738281	rs10766494	C	T	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=12;PP=990;SC=TCACGGTCAACAGTGAGCTGG;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=48;WE=18738289;WS=18738271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	18738603	rs10766495	G	A	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=47;PP=1403;SC=GAGGGGTGGAGTGGTGAAGAG;SOR=1.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=66;WE=18738611;WS=18738593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	18751041	rs1550870	C	T	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=16;PP=472;SC=GGATGTCCACCACACCCTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=18751049;WS=18751031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	18763698	rs4757706	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=570;SC=GCTAAGCTATAAGGCCAGCTC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=18763706;WS=18763688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	18793360	rs4075664	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=206;SC=GCTGGTTTCATGGAAAAGGAA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=18793368;WS=18793352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	18956194	rs2014931	T	C	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=60;PP=2516;SC=AGAGCACAACTGCGTTTCCTG;SOR=0.935;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=78;TCR=60;TR=136;WE=18956202;WS=18956184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	18978456	rs7106147	G	A	4607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=87;NR=47;PP=2484;SC=GGGAAACGATGCACGTCAGCC;SOR=1.325;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=134;WE=18978464;WS=18978446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	18994005	rs7114481	T	C	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=42;PP=1461;SC=TGAGGCGGAATGTATAACGTG;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=88;WE=18994013;WS=18993995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	19188122	rs2242458	A	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=11;PP=269;SC=GTTAGTTCTCAGTACTTTAGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=19188130;WS=19188112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	19191922	rs55637113	CT	C	39.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr11	19194141	rs7111850	T	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=276;SC=TTTTTCTTTGTCCCTTTTCAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=19194149;WS=19194131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	19252427	rs793252	G	T	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=42;PP=1154;SC=TGGCTCAGTTGGCTTTTGGGA;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=19252435;WS=19252417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	19256250	rs793269	C	T	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=25;PP=1126;SC=AGACAGAGGACAAATGCCATG;SOR=1.195;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=62;WE=19256258;WS=19256240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	19372616	rs10655705	G	GGA	2442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=33;PP=1604;SC=TTATGGTGCTGATTGCTAAGT;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=35;WE=19372624;WS=19372605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	19798951	.	CT	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.96;ReadPosRankSum=1.982;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr11	19955194	rs16937251	G	C	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=51;PP=2048;SC=GCATTGCCCAGAGGACTTTTA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=101;WE=19955202;WS=19955184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	19955905	rs16937252	A	G	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=59;PP=1725;SC=GTAAGGGCAGAAGCTAGACTG;SOR=1.995;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=80;WE=19955913;WS=19955895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	19955938	rs79416613	G	A	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=33;PP=839;SC=ACTTAAGTCAGTAGCTAAGAA;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=41;WE=19955946;WS=19955928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	19961457	rs11423145	C	CT	271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;NF=0;NR=12;PP=220;SC=AACTTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=12;WE=19961465;WS=19961447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr11	19967872	rs67192906	T	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=17;PP=838;SC=GTTATGGTCATAGACATGGAT;SOR=1.036;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=19967880;WS=19967862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	19970558	rs2585773	T	C	3534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=64;PP=1539;SC=TCAGCATGGATGCCCCCGGCT;SOR=1.510;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=86;WE=19970566;WS=19970548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	19970579	rs2707084	C	T	2715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=47;PP=1307;SC=ACATGAGCGACGGGGATGTTC;SOR=1.563;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=61;WE=19970587;WS=19970569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	20005845	rs35295670	GC	G	1014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=27;PP=1100;SC=TCCCAGGGGGGCCCTGAGAAA;SOR=2.621;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=28;WE=20005853;WS=20005835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	20005870	rs2568116	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=15;PP=415;SC=GGTTATGATATTGGGAGAGTG;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=20005878;WS=20005860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	20057371	rs6483634	T	G	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=27;PP=1258;SC=CACATCTGAGTCAAGAGAGCT;SOR=1.105;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=67;WE=20057379;WS=20057361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	20065779	rs3802800	C	G	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=24;PP=741;SC=AAGGACGAAGCCTTCAGCCCC;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=20065787;WS=20065769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	20067064	rs7125647	C	T	7878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr11	20070225	rs12283929	C	G	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=13;PP=876;SC=CAGTCCGGTGCCCCTTGGCAC;SOR=1.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=20070233;WS=20070215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	20072779	rs6483635	C	T	3671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.61;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	20117232	rs2289566	T	C	7280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=85;PP=2786;SC=CCAGACCACATCTCTTTCTTA;SOR=0.772;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=162;TCF=75;TCR=87;TR=160;WE=20117240;WS=20117222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr11	20122392	rs2245314	C	A	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=9;PP=913;SC=GGAGAGGAATCACCTCAGGTC;SOR=2.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=20122400;WS=20122382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	20124914	rs2243411	A	C	7874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=84;NR=98;PP=2737;SC=GCTCTCTGGGAGAGATCTTCA;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=84;TCR=98;TR=182;WE=20124922;WS=20124904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr11	20127046	rs11025385	C	A	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=13;PP=649;SC=TCACCATCATCAGCTTGAAAA;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=20127054;WS=20127036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	20129075	rs4757890	G	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=105;SC=GTATACCTGCGTTCAGGCCTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=20129083;WS=20129072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	20178551	rs10717537	CG	C	1472.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=8;PP=497;SC=AGGGCGGGGGCGGGGGGGGTG;SOR=3.215;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=27;WE=20178559;WS=20178540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	20398034	rs10741834	T	C	2915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=20;PP=1134;SC=TCCATCCTTCTAGGCCTCCCA;SOR=1.101;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=58;WE=20398042;WS=20398024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	20403825	rs7926967	A	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=14;PP=432;SC=TATGCCACTGATGGTTAATCC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=20403833;WS=20403815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	20404502	.	CTTT	C,CTT	311.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.038;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.504;QD=11.55;ReadPosRankSum=-1.266;SOR=1.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,7,14:0.26,0.52:27
chr11	20411199	.	T	TA	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=1.198;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr11	20417272	rs11025547	G	A	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	20429454	rs10741836	T	C	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=29;PP=1112;SC=TTAATTACCCTAGGTAGTTTT;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=64;WE=20429462;WS=20429444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	20448531	rs12797994	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	20515555	rs6483697	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=11;PP=702;SC=TAATTATTACGGAAGTACATT;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=32;WE=20515563;WS=20515545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	20515644	rs35755532	G	A	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=32;PP=1272;SC=GTTTGATGTCGTAGATTAATG;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=20515652;WS=20515634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	20529886	rs6483700	G	A	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=22;PP=1363;SC=GTTCACAAGAGTAAGAAAGAT;SOR=1.198;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=69;WE=20529894;WS=20529876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	20622975	rs1443547	G	A	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=29;PP=1638;SC=AGAGGCGCAAGGCGCGCAGGC;SOR=1.200;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=20622983;WS=20622965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	20623042	rs1443548	T	C	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=57;PP=2489;SC=AAGATCCCTTTTCTGCGAGGC;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=69;TCR=57;TR=126;WE=20623050;WS=20623032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	20623156	rs1443549	C	G	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=56;PP=1589;SC=GTGGTGCTGGCCACGGATGGA;SOR=1.048;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=89;WE=20623164;WS=20623146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	20628479	rs2278649	T	C	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=9;PP=807;SC=GCTCAGCCCCTAGCCCAGAGG;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=20628487;WS=20628469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	20639400	rs7925597	A	G	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=27;PP=827;SC=TGTATGCATCATTGGCTAAAG;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=51;WE=20639408;WS=20639390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	20639479	rs11827415	G	A	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=15;PP=464;SC=ACCCAGGGGCGGTTGCTTTGG;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=24;WE=20639487;WS=20639469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	20648418	rs4923548	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=15;PP=519;SC=TATAACCAGCCCTGGGGGAGT;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=26;WE=20648426;WS=20648408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	20652148	rs111750026	CAT	C	1253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=963;SC=TGCAGACAAACATGTGGGCAC;SOR=1.942;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=22;WE=20652157;WS=20652138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	20660149	rs72932948	C	T	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=32;PP=942;SC=GCTTGAGTGTCGGTAAGGCAT;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=20660157;WS=20660139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	20673832	rs72932998	C	A	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=25;PP=1032;SC=TTTCTCTTTCCAGTTTATCCT;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=20673840;WS=20673822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	20676417	rs1401793	C	T	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=66;PP=2165;SC=AGTGCTAGTCCAGTGGTGTGG;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=114;WE=20676425;WS=20676407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	20699394	rs1793003	C	G	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=9;PP=771;SC=TCCTTGTATTCCCTGCCACTC;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=20699402;WS=20699384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	20805286	rs8176785	G	A	5751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	20949115	rs2293241	C	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=331;SC=TACCTAGCACCCACTAGCCAT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=20949123;WS=20949105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	20949763	rs4363596	C	T	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=253;SC=TCATTCGGGCCGGAGAAAACA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=20949771;WS=20949753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	20959185	rs1880088	A	T	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=2;PP=417;SC=CCTCCACACAATTCCTTTCAC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=20959193;WS=20959177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	20959429	rs1880087	T	C	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=50;PP=1480;SC=TTATGGTCCCTATCACTTCTG;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=82;WE=20959437;WS=20959419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	20959482	rs1880086	G	C	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=37;PP=1036;SC=TGAGGTTCTTGAGTGGGGCAT;SOR=1.319;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=20959490;WS=20959472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	20959533	rs1880085	G	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=396;SC=ACTCTCTGCGGTGGGTTGGAT;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=20959541;WS=20959523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	21305927	rs4151053	T	C	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=58;PP=1999;SC=CAAGTCTTTGTGCATTGCTGA;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=109;WE=21305935;WS=21305917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	21555780	rs61194030	C	G	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.42;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	21581665	rs7119475	C	T	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=13;PP=710;SC=AATGCTACTGCAAATGATGGT;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=21581673;WS=21581655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	21592503	rs140535909	T	C	961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=24;PP=721;SC=TGGCTTCCTTTATAAGGTGTT;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=21592511;WS=21592493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	22214877	rs139514865	A	AAGGAGGAGGGGAATGAGGAGGAGG	2445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=11;PP=2974;SC=GGAGGAGGAGAAGGAGGCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=15;WE=22214885;WS=22214867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	22214903	rs12792259	G	C	2955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=109;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=30;PP=1172;SC=GGAAGAGCAGGCCCTTAGAAG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=63;WE=22214911;WS=22214893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	22233029	rs4922980	G	A	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=431;SC=TTAGGTGGGGGGAAAACACAT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=22233037;WS=22233019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	22239661	.	T	TCTCACACACACACACA,TCTCACACACACACACACA	593.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=42.41;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,8:0.43,0.57:14
chr11	22242729	rs4312063	T	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=14;PP=463;SC=ACGTTGATGATGTAAAGAAAG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=22242737;WS=22242719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	22271870	rs7481951	A	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	22296094	rs374045760	CT	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=2.798;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,31:0.21:148
chr11	22297606	rs5790245	AT	A	625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.371;QD=17.38;ReadPosRankSum=1.156;SOR=1.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr11	22301410	rs67178076	CTT	C	228.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=0.787;QD=15.25;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr11	22364758	rs2278751	C	T	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	22391534	rs2665677	G	A	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=340;SC=TTCCCACTTAGGTTTGAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=22391542;WS=22391524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	22397739	rs2248436	A	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=345;SC=TCATATATATATTCTATATGT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=22397747;WS=22397729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	22398830	rs1374718	A	G	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=154;SC=CATAATCAGGATATGGATTTT;SOR=2.494;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=22398838;WS=22398820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	22399320	.	G	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=22;PP=628;SC=TTTAGTGTTTGTGATTAAATT;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=22399328;WS=22399310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	22707467	rs395398	A	T	131.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=102;SC=AAGTACAGAGAGTTCTTTTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=22707475;WS=22707457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	22747745	rs337448	A	C	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=174;SC=GGCATGAGGTAATTCCGAAGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=22747753;WS=22747735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	22770585	rs17306209	G	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=2;PP=454;SC=TTACTCCCATGGTGCTCATCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=22770593;WS=22770575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	22770922	rs2270755	G	T	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=18;PP=467;SC=TTCTTGAAATGTATTTTAAGC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=22770930;WS=22770912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	22851409	rs2286810	A	G	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=36;PP=1091;SC=ACCGCCCTCCACTGGCTCGGC;SOR=3.383;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=38;WE=22851417;WS=22851399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	22880918	rs3213707	T	G	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.44;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	24784862	rs2716532	A	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=11;PP=425;SC=GAGGTAAGATATATTTCATCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=24784870;WS=24784852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	26353991	rs56225203	T	TA	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.100;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.303;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr11	26481497	rs12277506	A	G	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=22;PP=1249;SC=CTTTTAGATTATAATTTTAGA;SOR=1.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=26481505;WS=26481487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	26481611	rs2047099	G	A	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=64;PP=2227;SC=TTAGAGATCAGATTTCAACAT;SOR=0.830;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=54;TCR=64;TR=117;WE=26481619;WS=26481601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr11	26547348	rs430563	G	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.38;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	26547353	rs410617	T	G	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.25;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	26552679	rs9988806	T	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=2;PP=564;SC=AGTACTTAAGTGAATTGTAGT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=26552687;WS=26552669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	26552696	rs2131696	T	A	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.70;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	26552702	rs293937	T	C	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.16;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	26558841	rs386635	G	A	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=466;SC=GAAGTCATTTGGGTTATCTTA;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=26558849;WS=26558831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	26559172	rs396863	G	A	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=30;PP=778;SC=CTGTGCACTGGCTCCTCTGCC;SOR=2.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=26559180;WS=26559162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	26563464	rs410036	A	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=9;PP=607;SC=AAAAAATAGAACCAAATGTAT;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=30;WE=26563472;WS=26563454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	26563652	rs420143	T	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=14;PP=445;SC=AGCAAAGTATTCTGTTTTGTG;SOR=1.040;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=26563660;WS=26563642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	26568966	rs2663168	A	G	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	26574740	rs395770	T	C	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=9;PP=805;SC=AAGTGAATTCTTAGTCACAGT;SOR=1.358;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=36;WE=26574748;WS=26574730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	26574782	rs59938249	TG	T	1408.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.6004;FS=2.664;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=355;ReadPosRankSum=-0.277;SC=TTTTTGTTTTTGTTTTTTCTC;SOR=0.402;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=32;WE=26574791;WS=26574771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,83:0.88:94
chr11	26584625	rs444178	C	A	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=22;PP=1390;SC=TTAATTAAAACCACTGTGCCC;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=26584633;WS=26584615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	26586801	rs15783	G	A	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	26587133	rs293980	T	C	6160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=79;PP=2338;SC=GCTCTGCTGATGAGTTACTGG;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=146;WE=26587141;WS=26587123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	26588804	rs293976	C	T	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=515;SC=ACTTTTTTTTCCTCAAGCAAT;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=26588812;WS=26588794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	26645894	rs1012552	A	T	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=72;SC=TTCTATTTAAAGTAAAATGTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=26645902;WS=26645884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	26655624	rs7929611	T	C	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=7;PP=708;SC=GAGACTCCATTTCCAAAAAAA;SOR=2.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=34;WE=26655632;WS=26655614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	26655641	rs71047869	A	AT	150.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr11	26655642	rs79764198	A	ATT,T	1876.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=48.12;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,18,21:0.46,0.54:39
chr11	26655658	rs7943086	G	A	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=16;PP=1184;SC=AAATTAAAAAGACAAACTTGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=59;WE=26655666;WS=26655648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	26655890	rs149131975	C	T	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=39;PP=1064;SC=ACATTATCTTCGCAGAGTGAA;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=57;WE=26655898;WS=26655880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	26656370	rs7933233	T	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=6;PP=613;SC=TCTTGACCCATTAGTTCACGC;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=26656378;WS=26656360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	26656563	rs7946841	C	T	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=50;PP=1779;SC=CTTACAGATTCGTAGGCCACC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=94;WE=26656571;WS=26656553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	26656714	rs10835033	C	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=504;SC=GTTCAGGGAACTTTATGGATA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=25;WE=26656722;WS=26656704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	26663284	rs10835039	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=353;SC=TTCAAAATGTTTTTTTAACTT;SOR=5.283;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=26663312;WS=26663283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	26663298	rs11603910	T	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.91;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	26663304	rs57264690	A	T	653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.32;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	26663394	rs10835040	A	G	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=20;PP=1094;SC=ATTGTTAACCAGATGCTTGAA;SOR=1.204;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=42;TCR=21;TR=60;WE=26663402;WS=26663384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	26677867	rs10835050	T	C	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=58;PP=1738;SC=CAAGAAAATTTGGGCCTCCAC;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=96;WE=26677875;WS=26677857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	26677947	rs10835051	C	T	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=39;PP=1380;SC=GAGGCCCGCCCTGGAGTTCCA;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=26677955;WS=26677937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	26692594	rs149763956	TTG	T	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr11	26694812	rs4278475	C	T	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=0;PP=771;SC=AACTCTGAAGCTGAAACTCAA;SOR=7.054;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=33;TCR=0;TR=32;WE=26694820;WS=26694802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	26694842	rs4551716	C	T	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=15;PP=1246;SC=AGTTCTCACACTCACTGCTTT;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=63;WE=26694850;WS=26694832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	26694979	rs4369354	A	G	7175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=81;PP=2768;SC=GCTGAACTCCACACCAGCATA;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=72;TCR=82;TR=152;WE=26694987;WS=26694969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr11	26702482	rs10767569	T	A	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=4;PP=304;SC=GGTACTTCCCTGAGTGAGTCT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=26702490;WS=26702472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	26702664	rs10734383	C	T	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=22;PP=711;SC=GGTCTGTTGACAGAGGCAAAG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=26702672;WS=26702654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	26705124	rs3924552	C	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	26705310	rs3924551	A	G	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=16;PP=688;SC=TTACCTTCCAATTCACAAAAG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=26705318;WS=26705300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	26734209	rs10742156	C	T	8246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=103;PP=2965;SC=TGTAGATGACCGTGGCAGCAT;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=78;TCR=103;TR=181;WE=26734217;WS=26734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr11	27077118	rs10767598	C	T	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=34;PP=1219;SC=ACCTGGATTCCGCAAAAGCAC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=65;WE=27077126;WS=27077108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	27078611	.	TAAAAA	T	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9825;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=0;PP=165;SC=GACTCCGACTTAAAAAAAAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=27078623;WS=27078609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	27114788	rs3183973	C	T	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=49;PP=1839;SC=ATGATGAACACGCATACAAGT;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=59;TCR=49;TR=107;WE=27114796;WS=27114778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	27147270	rs1044273	G	A	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=31;PP=1478;SC=TATTTGATGTGCCTGTTGAAA;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=81;WE=27147278;WS=27147260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	27390089	rs2447997	T	C	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=65;PP=2248;SC=TGCAGTATAGTTTAGTGTAGA;SOR=0.879;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=115;WE=27390097;WS=27390079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	27398845	rs10835171	G	A	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=8;PP=181;SC=ACTCAGAAGCGTTGAAAGCAG;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=12;WE=27398853;WS=27398835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	27412535	rs12273521	C	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=3;PP=784;SC=CTGTTTTTATCTCAGATGAAA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=27412543;WS=27412525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	27412782	rs61648905	CTT	C	497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.62;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr11	27413855	rs1871251	T	C	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=286;SC=CTCTGGCCTCTCATACTACTC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=27413863;WS=27413845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	27414071	.	G	GA	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=2.576;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.401;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr11	27493630	rs200956245	TC	T	258.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=25.87;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	27523164	rs151336878	T	TGAAGTTAAAATTTCAGGC	1743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=2957;SC=GAGTTCTCTGTGAAGTTAAAA;SOR=0.874;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=14;WE=27523172;WS=27523154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	27523186	rs10835188	G	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.55;QD=28.39;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	27523624	.	CTG	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=1.019;SC=GGGAAGGAGACTGTGTGTGTG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=27523633;WS=27523614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr11	27679662	rs2353512	T	C	6460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=84;PP=2884;SC=TTTTGTCTGCTGCCGTTACCC;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=90;TCR=84;TR=174;WE=27679670;WS=27679640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr11	27695910	rs10835210	C	A	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=131;SC=CAGGAAAGTGCTCATTACTTG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=27695918;WS=27695900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	27910923	rs6484341	T	A	4743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.491;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.269;NF=88;NR=35;PP=2438;ReadPosRankSum=-0.685;SC=CTTTTCTTCATCCTCTGGAAG;SOR=1.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=88;TCR=35;TR=123;WE=27910931;WS=27910913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr11	28045430	rs34088899	AT	A	359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=213;SC=TTAGTTAAGCATTTTTTTTAT;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=28045438;WS=28045420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	28106058	rs997555	C	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=4;PP=636;SC=AAAGACCCTTCTAACCCTCAG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=28106066;WS=28106048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	30926653	rs373547263	A	G	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=65;PP=2174;SC=CCGTAAAGACAATAGACGTGC;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=44;TCR=65;TR=109;WE=30926661;WS=30926643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	31458730	rs7479413	T	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=322;SC=TCAGGTTTCATATATTTAGAT;SOR=1.721;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=16;WE=31458738;WS=31458720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	31648529	rs2273943	G	A	187.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=148;SC=ATATAATACTGTTTTGACATT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=31648537;WS=31648519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	31653956	rs4922872	C	A	5167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=19.539;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=84;PP=2688;ReadPosRankSum=-1.741;SC=GATCCAGGTACGAAATTTCCA;SOR=0.831;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=131;WE=31653964;WS=31653946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,206:0.98:211
chr11	31811460	.	CTT	C	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.556;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr11	31812215	rs3026393	A	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	31812582	rs2071754	C	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=10;PP=247;SC=GCTAGTCCTTCCACTGGCCAC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=31812590;WS=31812572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	31838252	rs5790869	C	CG	327.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=61.07;NF=0;NR=7;PP=265;SC=GAGCAGGGGGCGCCACCGCTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=31838260;WS=31838242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	32113057	rs223045	A	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=472;SC=CGCCTGGGCGAGAGCCACGCG;SOR=1.075;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=32113065;WS=32113047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	32118665	.	C	CTT	1134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,61:0.72:85
chr11	32118925	rs223073	A	G	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=27;PP=778;SC=GGGGGCCCAGATCACAAGCTT;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=32118933;WS=32118915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	32119030	rs223072	T	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=260;SC=CCCTCCTCTGTAAACTCAGAA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=32119038;WS=32119020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	32122268	rs223065	C	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=195;SC=CAAGTCTATACGTCACTCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=32122276;WS=32122258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	32124579	rs223060	C	T	6356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=64;PP=2483;SC=AGTCACTGAACTAAGTCAAAA;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=140;WE=32124587;WS=32124569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	32124685	rs223059	G	A	6031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	32125855	rs223058	A	G	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	32439001	rs5030198	T	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=6;PP=825;SC=CGTTCTAATGTCACAGAGAGC;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=32439009;WS=32438991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	32449799	rs5030166	G	T	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=5;PP=199;SC=CAGTCGCTGCGCTGTGCACCA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=32449807;WS=32449789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	32451920	rs66798575	T	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	32451921	rs72893517	G	C	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	32452001	.	G	GGAGAGA	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.39;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	32456694	rs2234582	C	A	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=25;PP=953;SC=CCATTTGCTGCGGCTCAGACC;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=49;WE=32456702;WS=32456684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	32460575	rs11031784	T	C	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=43;PP=1504;SC=TTCTCAACCCTTACTTTCACC;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=32460583;WS=32460565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	32610726	.	C	CT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.796;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.183;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr11	32615352	rs66536432	A	AT	1483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=11;PP=1400;SC=TCTTAAAAATATTTTAAATGA;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=36;WE=32615360;WS=32615342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	32622213	rs11031888	G	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=12;PP=526;SC=CACTCATCAGGCTTCACTATT;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=32622221;WS=32622203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	32657266	rs201854	T	C	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	32697291	rs7116464	A	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=9;PP=214;SC=TGCAATATATATGTTATTTAA;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=32697299;WS=32697281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	32704946	rs1396995	C	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	32724611	rs4756174	C	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=201;SC=ATTTTGTGTTCCTGGAATGCA;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=32724619;WS=32724601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	32781829	rs11442361	G	GA	107.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=133;SC=GGTCTTAACTGAAAAAAAATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=32781837;WS=32781819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	32949463	rs146740108	A	AT	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=13;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.457;NF=9;NR=2;PP=106;ReadPosRankSum=0.491;SC=ATACAAGTAAATTTTTTTTTT;SOR=1.508;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=11;WE=32949471;WS=32949453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr11	32954344	rs1022586	G	A	4968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=80;PP=2824;SC=ATCTCAGACTGTAACTCCTGA;SOR=1.046;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=55;TCR=81;TR=135;WE=32954352;WS=32954334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	32956244	rs7940077	A	G	4003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=40;PP=1906;SC=AGTGGAGAGAATGCTACATCA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=96;WE=32956252;WS=32956234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	32956620	rs7481878	A	G	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=75;PP=2965;SC=AAAAACAACCAGAAGTCAAAA;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=92;TCR=76;TR=165;WE=32956628;WS=32956610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	32975333	rs7395190	T	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=16;PP=1271;SC=TTAAACTGTTTTGAGTTTTAC;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=60;WE=32975341;WS=32975323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	32990842	rs6416072	G	T	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=51;SC=TAGTTTGTCTGCTTAGTGTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=32990850;WS=32990832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	33014668	rs7941237	G	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=3;PP=222;SC=TCACAGACTGGGTAGCTTATA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=33014676;WS=33014658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	33050100	rs3802790	A	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=164;SC=TGGTGAGCATATAGTAACTAT;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=33050108;WS=33050090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	33053107	rs966191	C	T	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=34;PP=958;SC=ACTTATCTGACGTTCATAATG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=33053115;WS=33053097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	33053737	rs4511261	C	T	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	33054562	rs2273536	G	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=271;SC=CAAATTTCAGGTGTTTTTTGA;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=33054570;WS=33054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	33054596	rs2273537	G	A	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=107;SC=TAAGTAGTTGGACTTTAATTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=33054604;WS=33054586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	33054754	rs2273539	C	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=200;SC=GATTTTTCTGCTTAAATATGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=33054762;WS=33054744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	33054794	rs2273540	T	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=4;PP=203;SC=AACTTTTTACTTTTAAACTTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=33054802;WS=33054784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	33065394	rs1064005	C	T	5594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=59;PP=2475;SC=AGGAAGGCCTCGAAGATGCTG;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=141;WE=33065402;WS=33065384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	33065547	rs7926030	G	A	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=59;PP=1632;SC=GTTTTATGAGGCCTCCTTGTG;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=89;WE=33065555;WS=33065537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	33076191	rs2273544	T	C	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	33078251	rs4471389	A	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=9;PP=369;SC=CGGCCTCCAAAAGTGCTGGGA;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=33078259;WS=33078241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	33078643	rs2273546	T	C	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.900;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.78;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,136:0.97:140
chr11	33079445	rs2273548	G	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=658;SC=TTGATTAAACGTAGCTGTGTT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=33079453;WS=33079435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	33079752	rs7395859	C	T	154.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.373;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr11	33080496	rs11032133	T	C	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=18;PP=1443;SC=AAATCCTTTTTTCTTTCAGAG;SOR=1.639;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=63;WE=33080504;WS=33080486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	33094059	rs118146715	C	T	3499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	33106616	rs3758741	C	T	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=55;PP=1812;SC=GAGTTTTCTGCAGAGGCGTTT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=101;WE=33106624;WS=33106606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	33106908	rs3834432	C	CTTTATAG	1985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=23;PP=1602;SC=ACTGTGGATACTTTATTTCAT;SOR=1.559;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=25;WE=33106916;WS=33106898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	33113653	rs7950763	T	C	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=8;PP=952;SC=TAAAAATAATTTTAAACAGGT;SOR=2.687;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=42;WE=33113661;WS=33113643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	33113910	rs113144162	A	AT	2683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.56;QD=24.40;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	33118274	rs7103953	A	G	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=185;SC=CTGCCTTTACAAAATGGAGCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=33118282;WS=33118264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	33118529	rs11363325	GC	G	1141.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=867;SC=ATATACCTATGCAAAAGAAAG;SOR=2.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=33118537;WS=33118519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	33129997	rs11605353	C	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=6;PP=189;SC=AGAATTAATACTATTTTTTTA;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=33130005;WS=33129987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	33183017	rs3736213	A	G	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=67;PP=1933;SC=CGCCCACTCAAATATGAATTA;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=94;WE=33183025;WS=33183007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	33307937	.	CTT	C,CT	677.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.690;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,20,28:0.35,0.49:57
chr11	33360783	rs3847592	A	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=378;SC=AGATAATTGTAGTTCCCTCTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=33360791;WS=33360773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	33360886	rs5790925	AT	A	2712.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=24;PP=1368;SC=TGAAATTTTGATTTTCTTAGG;SOR=0.924;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=36;WE=33360894;WS=33360876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	33362723	rs266470	G	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	33370884	rs4756641	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=25;PP=652;SC=CTACTAAAAAGCCTACGATTT;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=33370892;WS=33370874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	33564123	rs2076623	T	C	12948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=163;NR=162;PP=2965;SC=ATTCAGCAGGTTCATCCACAC;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=327;TCF=164;TCR=163;TR=325;WE=33564131;WS=33564113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr11	33581153	rs2076627	T	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=586;SC=CGGTTACTCTTGTCTGTTCCT;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=33581161;WS=33581149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	33581262	rs2281381	G	A	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.952;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=45;PP=2114;ReadPosRankSum=-1.362;SC=TATTTGGCCTGTCTCCCTCCC;SOR=0.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=72;TCR=45;TR=117;WE=33581270;WS=33581252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,163:0.99:165
chr11	33581306	rs2281380	G	A	6422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=69;PP=2718;SC=TTGTGAGCACGTCCAATGCCT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=151;WE=33581314;WS=33581296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	33581537	rs3830851	GCCACATACTA	G	1268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=2940;SC=ATAGTGCCAGGCCACATACTA;SOR=3.334;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=33581554;WS=33581527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	33631423	rs2076622	G	A	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	33640104	rs768474	A	C	4327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1572;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CTCTGTCTACAGAAGCCGGCA;SOR=0.335;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=92;WE=33640112;WS=33640094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr11	33667333	rs1033543	A	G	7772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=91;PP=2965;SC=AGACCTCCACACTGAGCTCCC;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=71;TCR=91;TR=162;WE=33667341;WS=33667323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr11	33667596	rs1033542	T	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	33680249	rs11032332	G	A	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=185;SC=TCGGGACGCCGCCTGAGGTCT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=33680271;WS=33680239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	33680263	rs12226271	A	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=4;PP=289;SC=GAGGTCTGGGACAGTGCTAAC;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=33680271;WS=33680239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	33680371	rs12280103	C	T	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=24;PP=1248;SC=TGCACGACAGCGCCTCCTTCA;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=33680379;WS=33680361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	33680613	rs2295064	A	G	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=43;PP=1191;SC=AGAGCTGCTGATTTTCTTTCT;SOR=2.468;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=53;WE=33680621;WS=33680603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	33719821	rs831611	T	C	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=1;PP=259;SC=CCACACAAAGTGGGCACTGTA;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=33719829;WS=33719811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	33719850	rs831612	A	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=4;PP=410;SC=ACATGCTGGTAGCAACAAGAA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=33719858;WS=33719840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	33763682	rs3794200	G	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=32;PP=897;SC=CAGTTTTTTAGTTATTTCATG;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=33763690;WS=33763672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	33768086	rs7120610	T	G	4446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	33773161	rs7479064	G	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	33780163	rs1522086	A	T	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=66;PP=1918;SC=AAGGCACAAAAAAGAGTGAAT;SOR=0.935;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=109;WE=33780171;WS=33780153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	33790268	rs1915894	G	C	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=442;SC=GGCCAAATATGAACAGTAAAT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=33790276;WS=33790258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	33881016	rs3740617	T	C	3962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=45;PP=1623;SC=AGGCGGCGCATTTGAAACATT;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=86;WE=33881024;WS=33881006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	33886294	rs2038602	A	G	4274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=39;PP=1933;SC=AGCGGTCCCCAATGTTCTGCT;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=102;WE=33886302;WS=33886284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	34093349	rs10718447	AT	A	560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=262;SC=AAGATGTTATATTTTTTATTT;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=34093357;WS=34093339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	34098283	.	GT	G	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	34107785	rs4755360	G	A	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=30;PP=1439;SC=ATTTTAGTCAGACTCTGTAAC;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=70;WE=34107793;WS=34107775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	34113717	rs2982592	C	T	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=58;PP=1605;SC=GTTTTAGTAGCAGACCATATG;SOR=1.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=16;TCR=59;TR=74;WE=34113725;WS=34113707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	34149199	rs2957512	T	C	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=513;SC=CTTGCAGATTTAGGGGCATGT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=34149207;WS=34149189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	34152939	rs2957516	T	C	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=42;PP=1592;SC=GCGGACACTGTATGAGGTTTC;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=44;TCR=42;TR=86;WE=34152947;WS=34152929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	34154641	rs2957518	C	T	9950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr11	34158411	rs2982615	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=37;PP=1451;SC=GGTAGCTGGTATCGGTGCTAG;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=34158419;WS=34158401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	34158431	rs2957521	T	C	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=32;PP=1364;SC=GCCTGCTATTTGTGGCGTGCT;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=34158439;WS=34158421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	34163705	rs2982612	T	C	3856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=36;PP=1464;SC=TGCAGGTAGATGGAAGAGAAG;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=88;WE=34163713;WS=34163695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	34176214	rs2957525	A	G	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=13;PP=1176;SC=TGGGCACCCTAGCCCAGGCCC;SOR=1.810;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=55;WE=34176222;WS=34176204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	34188982	rs7120749	A	G	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=33;PP=931;SC=ATGGTGAACCAGAGTTAACAA;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=34188990;WS=34188972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	34189564	rs4756111	A	G	6584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	34226041	rs2955944	A	G	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	34460472	rs7943316	A	T	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=34;PP=1614;SC=GTCGCCACGGACTCGGGGCAA;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=90;WE=34460480;WS=34460462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	34460541	rs1049982	T	C	6696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr11	34502345	rs2231828	T	C	5959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=52;PP=2410;SC=ACTTTTCATATGTCATTCTGT;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=84;TCR=52;TR=135;WE=34502353;WS=34502335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	34511541	rs2231825	C	A	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=44;PP=1748;SC=GGGTGGCTTGCGCTTGGTTAC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=92;WE=34511549;WS=34511531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	34514941	rs737254	T	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=9;PP=512;SC=TGCTGTGCAATTCACACGATG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=34514949;WS=34514931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	34527152	rs2231821	A	G	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=23;PP=1308;SC=CTGCACTCAGATGGGCTCCTT;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=66;WE=34527160;WS=34527142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	34643780	rs286920	A	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=9;PP=807;SC=CTGATTTACCATGCTCCCAGG;SOR=1.839;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=45;WE=34643788;WS=34643770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	34678435	rs435537	C	G	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	34680053	rs3818514	G	A	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=28;PP=1064;SC=TAGATCATTAGTAACCTGCCT;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=34680061;WS=34680043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	34680598	rs11032804	C	A	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=20;PP=542;SC=ATGAGGGGAACAAGAAACTAC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=34680606;WS=34680588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	34938272	rs11539201	C	G	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=15;PP=478;SC=CCCCGGCCGCCGAAGCGTAGG;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=28;WE=34938280;WS=34938262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	35198032	rs4756195	A	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=4;PP=384;SC=GCCTTATTTGACTTTTTAAGG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=35198040;WS=35198022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	35208251	rs3736812	A	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=2;PP=1230;SC=CCAACTTAGGAGTTTCGGAAA;SOR=4.849;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=43;TCR=2;TR=45;WE=35208259;WS=35208242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	35223158	rs11033025	T	C	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=19;PP=1375;SC=AATGGAAGAATAGAATCATTA;SOR=1.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=68;WE=35223166;WS=35223148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	35226155	rs9666607	A	G	5920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=68;PP=2542;ReadPosRankSum=0.051;SC=CAAACACCCAAAGAAGACTCC;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=129;WE=35226163;WS=35226145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,229:0.99:231
chr11	35229673	rs1467558	T	C	7292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=107;NR=65;PP=2965;SC=AGTCATAGTATAACGCTTCAG;SOR=1.046;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=108;TCR=65;TR=172;WE=35229681;WS=35229663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr11	35244044	rs7116739	G	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=27;PP=881;SC=CAGTCACCTCGCTAGAACTGA;SOR=1.003;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=42;WE=35244052;WS=35244034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	35282334	rs1570216	T	C	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=5;PP=665;SC=TAAGTAAACATAGAAATATAC;SOR=2.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=35282342;WS=35282324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	35302668	rs2236273	A	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.81;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	35308369	rs1042113	T	C	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=19;PP=684;SC=AGATGGCGGCTACCGCTTCAT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=35308377;WS=35308359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	35322907	rs11033063	G	A	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=319;SC=TCTAGGGGAAGCTCCAAAAAA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=35322915;WS=35322897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	35322940	rs11033064	A	G	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=5;PP=665;SC=CCTTTCTCAAAGTCTTTCTGG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=35322948;WS=35322930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	35323200	rs2273689	A	G	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=55;PP=1529;SC=GACCTGTTGGATGAATCACAT;SOR=1.285;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=80;WE=35323208;WS=35323190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	35327748	rs752949	C	T	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=37;PP=1209;SC=CCTCCTCGTCCGGCGGTGGTG;SOR=0.820;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=69;WE=35327756;WS=35327738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	35327825	rs3895234	A	G	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=33;PP=994;SC=TAGAGCTGAGATTTGGCCTAT;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=58;WE=35327833;WS=35327815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	35334032	rs56028027	T	C	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=32;PP=947;SC=TTAATTCTATTACGTTTGTGC;SOR=1.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=35334040;WS=35334022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	35338893	rs2273687	G	C	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=37;PP=1657;SC=AGAGAAGAGGGGGCTGGGGGT;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=94;WE=35338901;WS=35338883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	35344345	rs7115450	A	G	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=25;PP=761;SC=AGAACCAGGAAGCAGAGATTT;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=35344353;WS=35344335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	35453796	rs11344760	GC	G	533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=576;SC=CCCTGGCACAGCCCAAGTTCA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=15;WE=35453804;WS=35453786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	35456453	rs675227	G	C	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=483;SC=AAGGTGAACTGTATGGGCATG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=35456461;WS=35456443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	36031593	rs262404	G	A	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=21;PP=991;SC=GGACTGAAGAGTATAACCTAC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=36031601;WS=36031583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	36057626	rs262451	G	A	5693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=56;PP=2554;SC=TTGCTGTGCCGTCTGACCTGT;SOR=0.995;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=91;TCR=58;TR=147;WE=36057634;WS=36057616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	36251046	rs4755444	G	A	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=39;PP=1166;SC=ACCTGTAAGGGTGTCTCAAGT;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=36251054;WS=36251036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	36397655	.	A	AT	1381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.265;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=1.747;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,82:0.86:95
chr11	36422532	rs59943655	T	G	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=4;PP=867;SC=AATAAAAGCTTCCCTCTCTTT;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=36422540;WS=36422522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	36422792	rs330261	G	A	5545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=74;PP=2136;SC=ATTCCAAGCAGCTCGGCAGGC;SOR=1.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=118;WE=36422800;WS=36422782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	36424729	rs7120381	G	A	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=10;PP=553;SC=GATGGAGAGTGTGGCCAGGTT;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=36424737;WS=36424719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	36424967	rs12279091	A	G	1089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=524;ReadPosRankSum=-0.099;SC=TTTCCCCTATAAACCTGAGCA;SOR=1.447;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=28;WE=36424975;WS=36424957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr11	36424988	rs12292430	G	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=369;SC=GGGGCATAGGGGCTACCGCCT;SOR=2.584;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=17;WE=36424996;WS=36424978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	36425013	rs112761249	G	GTTT	193.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=27.71;ReadPosRankSum=0.566;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr11	36459130	rs4756316	T	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=553;SC=AACTTGGAGATTGGGCGCTTG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=36459138;WS=36459120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	36484208	rs514352	T	C	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=34;PP=1026;SC=CCAACATCACTGACAACCCTG;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=58;WE=36484216;WS=36484198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	42209105	rs11416548	G	GA	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.505;HP=12;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.902;NF=18;NR=7;PP=268;ReadPosRankSum=0.563;SC=TACTGAAAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.376;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=25;WE=42209113;WS=42209095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr11	42209292	rs901894	T	G	5749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=92;PP=2798;SC=GATAGCAAATTCTATTGTGTC;SOR=1.049;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=151;TCF=58;TCR=93;TR=150;WE=42209300;WS=42209282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	42262449	rs10837795	G	C	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=602;SC=CTTTATGAAGGAAAAAAACCT;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=42262457;WS=42262446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	43357037	rs5743253	A	G	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=5;PP=115;SC=ATATGACTTAAAATGTAAAAT;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=43357045;WS=43357027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	43413157	rs202071795	TTTGCG	T	114.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=-1.307;QD=3.19;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr11	43413158	rs67884453	TTGCG	T	266.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=1.720;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.476;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr11	43419087	.	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr11	43419451	.	CGT	C	307.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr11	43472895	rs6485426	G	C	3320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=57;PP=1783;SC=CTAAGTGTCTGTAACCTCTTC;SOR=1.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=90;WE=43472903;WS=43472885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	43702581	rs4573669	G	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=26;PP=720;SC=GCGGCGGCCCGGACCAGGCCT;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=43702589;WS=43702571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	43702615	rs4573668	G	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=15;PP=377;SC=TAGTTCTGGGGTCTGCTCCTG;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=43702623;WS=43702605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	43876435	rs3736505	A	G	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1210;ReadPosRankSum=0.202;SC=TTTTTGAATCACAAATCAATA;SOR=0.260;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=70;WE=43876443;WS=43876413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,136:0.99:137
chr11	43876698	rs11555762	C	T	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	43911365	rs2434478	T	C	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=41;PP=1167;SC=AACAGAGGACTGGCATCAGAG;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=43911373;WS=43911355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	43940566	rs7926534	T	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.98;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	43940602	rs1130290	C	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	43948185	rs139721147	G	GT	654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=16;PP=545;SC=GGCAAAATTAGTTTTTTCTCC;SOR=2.066;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=17;WE=43948193;WS=43948175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	43954812	rs2434476	T	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=20;PP=454;SC=TACTAGCTGGTGGATGTCCCT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=43954820;WS=43954802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	43964842	rs7077	G	C	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	44080210	rs2074051	T	C	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	44089161	rs178514	G	A	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	44096238	rs178521	G	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=29;PP=964;SC=GAATGTGAGTGGCCCCCTCCA;SOR=0.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=44096246;WS=44096228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	44096322	.	CTT	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=9.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.10;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=4.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr11	44096330	rs61491891	C	T	241.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=34.54;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=3.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr11	44096334	.	C	T	178.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=29.80;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr11	44097226	rs178523	A	G	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=32;PP=977;SC=AAGGGCTGCAATAGTATGCTT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=44097234;WS=44097216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	44104701	rs79395013	C	CCT	4704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=26;PP=2120;SC=GATCTTCTGGCCTCTTTCACC;SOR=1.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=43;WE=44104709;WS=44104691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	44117898	rs11037860	T	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=26;PP=763;SC=GGGCATGTTATGCCGGGGACT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=44117906;WS=44117888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	44146257	rs10769018	A	G	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=11;PP=619;SC=ACTTACTGTCATAAGTTTAAT;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=44146265;WS=44146247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	44151457	rs7125352	T	C	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=14;PP=1139;SC=GGGAAAGAGATAATACTTACC;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=44151465;WS=44151447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	44151480	rs11037881	G	T	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=26;PP=1378;SC=AAGGGATGTGGGGCTGAAGGA;SOR=1.458;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=80;WE=44151488;WS=44151470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	44151577	rs11037882	T	A	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=62;PP=2232;SC=ATGTAAACTGTTTTGCTGTTG;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=125;WE=44151585;WS=44151567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	44255614	rs11037909	T	C	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=176;SC=ATTTATCAGCTAAAGGGAACT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=44255622;WS=44255604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	44257802	rs3740878	T	C	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=32;PP=1511;SC=TTATTGTCCTTGACACTGACA;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=81;WE=44257810;WS=44257792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	44286566	rs3802805	G	A	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=39;PP=1181;SC=TCTGGCCCACGTGACTGCCAG;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=44286574;WS=44286556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	44289289	rs10742699	A	G	1800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=40;PP=1130;SC=CGTTTGGGAAACGGTGCGGCC;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=45;WE=44289297;WS=44289279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	44289312	rs10769024	C	G	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=28;PP=782;SC=ACATAAATATCAACCTTGGTC;SOR=4.332;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=29;WE=44289320;WS=44289302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	44297054	rs10769028	T	C	10163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=126;PP=2965;SC=TGTTGCTCTCTGAGTCGGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=127;TCR=126;TR=253;WE=44297062;WS=44297044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr11	44297253	rs11037929	A	G	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=38;PP=1149;SC=GTTGAACCAAACAAGAGAAGG;SOR=2.226;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=46;WE=44297261;WS=44297243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	44297343	rs11037930	C	A	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=154;SC=ATGCGAGGTCCGGAGACTTGG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=44297351;WS=44297333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	44331309	rs12421995	G	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=13;PP=612;SC=GGCTGCGGCGGCGGCTGGGGC;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=44331317;WS=44331299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	44331509	rs3824915	C	G	6318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=68;PP=2446;SC=GGGAAATGCCCTAAAAGGCGA;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=139;WE=44331517;WS=44331499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	44608866	rs7930303	T	C	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=7;PP=633;SC=GGAAAGAGGCTACATGAGCCT;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=44608874;WS=44608856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	44609198	rs7102843	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=189;SC=GCCCTCAGGTGTTCAGTCTGA;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=44609206;WS=44609188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	44626461	rs4755851	C	G	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=2;PP=822;SC=ACCTGGTTCCCTGTTGGGCAG;SOR=4.921;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=34;TCR=2;TR=36;WE=44626469;WS=44626451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	44636833	rs2303865	G	A	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=36;PP=1637;SC=TGAAGCAGGAGATGGGCGGCA;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=44636841;WS=44636823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	44640268	rs1139971	A	G	3351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=32;PP=1249;SC=TGTGGCCATCATCGAGGTCTG;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=44640276;WS=44640258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	44919495	rs10838380	C	T	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=22;PP=573;SC=GTGTCTCCTTCGGTCTTTCCC;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=44919503;WS=44919485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	44924950	rs5791652	GC	G	1413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=14;PP=831;SC=GAAAGTCAGGGCAGGAATAAC;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=44924958;WS=44924940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	44928135	rs2306665	G	A	240.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=172;SC=CACAGGGGCCGGCGCTAGAGG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=44928143;WS=44928125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	44940828	rs2291334	G	A	5703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=63;PP=2343;SC=CGACACAGACGTCTTCTCTGC;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=134;WE=44940836;WS=44940818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	44950784	rs835990	G	A	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=38;PP=1050;SC=CCAGCACCCAGTGTCCTCCCG;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=19;TCR=38;TR=57;WE=44950792;WS=44950774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	44952285	rs10838390	C	T	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=10;PP=683;SC=CAGTGGGAGACGGCAGTGCAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=44952293;WS=44952275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	44959213	rs2279363	C	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=7;PP=295;SC=CAGCTCTCAGCGCCCCCACTC;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=44959221;WS=44959203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	44959924	rs2306666	G	A	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=52;PP=1769;SC=AGGGCTGAGGGGAGACACCGG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=85;WE=44959932;WS=44959914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	45204071	rs1078930	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=6;PP=225;SC=GGCTATTGTTAGCCCCATTTT;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=45204079;WS=45204061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	45234877	rs11038356	T	C	5363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=66;PP=2099;SC=TGTCCCGTGGTGGCAGGCCTT;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=126;WE=45234885;WS=45234867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	45235433	rs3781704	G	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=226;SC=GGGAAGAGGAGGCAGGGGGCA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=45235441;WS=45235423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	45672261	rs3802762	A	G	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=33;PP=1140;SC=AGGAGGAGCCACTGCGCGTGG;SOR=0.865;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=60;WE=45672269;WS=45672251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	45793218	rs2666891	G	C	6137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.083;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=62;PP=2158;ReadPosRankSum=1.288;SC=GGAAGGCTCTGGGGCGTTGAC;SOR=0.290;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=128;WE=45793226;WS=45793208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr11	45832935	rs1139266	G	A	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=5;PP=112;SC=GTACACAGGCGGGGCCAGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=45832943;WS=45832925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	45834044	rs4756027	C	T	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.357;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=779;ReadPosRankSum=1.202;SC=GGCTGGGACGCCCAAGATCAA;SOR=1.222;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=45834052;WS=45834034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr11	45834198	rs7943306	T	C	6549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	45834201	rs55758172	C	T	6499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.83;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	45868850	rs11394694	C	CG	3941.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=37;PP=1948;SC=CGTGAGGGGGCGGGCCTGTTC;SOR=0.910;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=45;WE=45868858;WS=45868840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	45877529	rs2292913	A	G	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=39;PP=1339;SC=TGTGGACTCCACAGGTTCCTA;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=77;WE=45877537;WS=45877519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	45877688	rs2292912	C	G	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=22;PP=709;SC=CTGTCCCTGACGGTTTCCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=45877696;WS=45877678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	45883914	rs4755343	T	C	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=262;SC=CTCAGCATTTTTGGGTTAAGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=45883922;WS=45883904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	45891418	rs7123390	G	A	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=33;PP=836;SC=GGTCAGGCCCGTCAAAGGGCA;SOR=4.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=45891426;WS=45891408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	45891508	rs4755345	A	G	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=194;SC=CTTGCCTTCAATGGAAGGGTT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=45891516;WS=45891498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	45926445	rs2271847	T	C	15094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=202;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.268;SC=CCAAGACTTGTGATGAAGAGG;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=350;TCF=146;TCR=204;TR=346;WE=45926453;WS=45926435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,603:0.99:609
chr11	45932246	rs1533613	G	A	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=6;PP=773;SC=CCCCCCACCAGTGGACACCCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=45932254;WS=45932236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	45935384	rs1132349	A	G	4692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=53;PP=1746;SC=AGAAGCGGTCATAGAAAGGAG;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=51;TCR=54;TR=104;WE=45935392;WS=45935374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	45936035	rs3802758	G	A	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=56;PP=2441;SC=ACACAAGGGCGGCAGATGAGC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=116;WE=45936043;WS=45936025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	45937267	rs10742772	C	T	14660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=151;NR=140;PP=2965;SC=GCCAGCTGGACGAGGGCGATG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=152;TCR=142;TR=291;WE=45937275;WS=45937257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr11	45944985	rs113938769	A	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=10;PP=1096;SC=CGCCTAGCGGAGAAGGGGGGC;SOR=2.129;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=50;WE=45945002;WS=45944975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	45944994	rs33927614	G	GC	2549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=16;PP=1658;SC=GAGAAGGGGGGCTGCTGCCGA;SOR=1.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=45945002;WS=45944975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	45945969	rs72902492	C	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=7;PP=530;SC=GGGGGTTTACCCCCTCTCCTC;SOR=1.105;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=45945977;WS=45945959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	45949201	rs884668	C	T	4167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=56;PP=1997;SC=ACGGGGCATGCGTGGGACCCC;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=107;WE=45949209;WS=45949191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	45956853	rs117278384	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=240;SC=TCAGGTGAGGCGCTACACTCC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=45956861;WS=45956843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	45957292	.	TAA	T	463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.41;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr11	45959669	rs10742773	C	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=6;PP=799;SC=GTGTCTTTGTCCTCCTCGGCC;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=34;WE=45959677;WS=45959659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	45975130	rs3736508	C	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=24;PP=709;SC=GGTGATGGTGCGGCTCTCTGT;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=40;WE=45975138;WS=45975120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	46105688	rs2932515	G	A	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	46334239	rs2288249	G	A	4345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=51;PP=2123;SC=GCTTGGGAGGGGTGGGCAATC;SOR=0.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=99;WE=46334247;WS=46334229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	46339011	rs35652107	G	A	4727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=57;PP=1770;SC=CCCCCTGGCCGCAGACGGCGT;SOR=0.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=94;WE=46339019;WS=46338990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	46342081	rs67946579	TG	T	2120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=28;PP=1279;SC=CCACGACAGGTGGGGTGTGTG;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=34;WE=46342089;WS=46342071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	46342259	rs79068197	A	AG	11117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=72;PP=2936;SC=TTCTCTCTCCAGGATCTGGGC;SOR=0.983;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=41;TCR=75;TR=111;WE=46342268;WS=46342249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr11	46369267	rs114974750	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-2.073;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.153;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr11	46387868	rs1317826	A	G	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=30;PP=1021;SC=GAGGGGCAGCAGCGGCCCAGC;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=46387876;WS=46387858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	46391602	rs12575519	T	G	5015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=1.113;SC=GCACCTGCGGTCCTGAGCCCA;SOR=0.587;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=42;TCR=95;TR=136;WE=46391610;WS=46391592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr11	46392825	rs10838601	C	G	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=11;PP=989;SC=TGCTGCTCCACGCCTGCCCTG;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=43;WE=46392833;WS=46392815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	46393958	rs7936413	T	C	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=21;PP=966;SC=GACTGTCTCTTGGCTCCCCAT;SOR=1.091;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=55;WE=46393966;WS=46393948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	46396479	rs2046768	T	C	4929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=72;PP=2322;SC=CGCCCGCCTTTGCAGGTACTG;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=127;WE=46396487;WS=46396469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	46397323	rs3740974	A	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=24;PP=655;SC=TCTCTCGGCAAGTGGTTTGGT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=46397331;WS=46397313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	46398916	rs34406563	T	C	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=102;PP=2486;SC=TTCAGCCCTGTGGTTCTGTGG;SOR=2.527;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=27;TCR=102;TR=129;WE=46398924;WS=46398906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	46399538	rs2279465	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=533;SC=GACTTGTTTGTATCCCTGAAC;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=46399546;WS=46399528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	46404340	.	GCCC	G	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=-0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=2.297;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr11	46406767	rs2067482	G	A	8493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=69;PP=2965;SC=CAGGGTTGATGGTGCTGTTGA;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=174;WE=46406775;WS=46406757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr11	46515902	rs3802888	A	G	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=221;SC=CTAATTAGGCAGCACATTAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=46515910;WS=46515892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	46534546	rs3802890	A	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=592;SC=AAGAGCTGCAAAACTCCCACA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=46534554;WS=46534536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	46567475	rs61882746	C	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=49;SC=AGAAGATCAGCGATCTGGTAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=46567483;WS=46567465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	46569434	rs58268270	CA	C	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=4.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr11	46678462	rs150786219	C	CACACAT	781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=674;SC=TATATATACACACACATACAC;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=10;WE=46678470;WS=46678452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	46681043	rs200746033	G	A	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=16;PP=662;SC=CAGGTAGGGGGAAGCAGGTTC;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=46681051;WS=46681033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	46694313	rs67065551	GTC	G	2130.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=20;PP=1205;SC=TTGGTGTGGAGTCGCAGAAAG;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=46694322;WS=46694303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	46699494	rs34845803	GA	G	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,18:0.24:76
chr11	46702070	rs144801476	G	A	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	46702920	rs4268467	T	C	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	46722731	rs4752928	T	C	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=40;PP=1565;SC=TCCTCAGTCTTCTCTCCTCCG;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=76;WE=46722739;WS=46722721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	46744925	rs2070852	G	C	6981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	46747662	rs5899	C	T	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=65;PP=2337;SC=ATGAGGAGGGCGTGTGGTGCT;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=129;WE=46747670;WS=46747652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	46760466	rs3136515	G	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=184;SC=GGATTGGATGGGTAGGGTGAG;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=46760474;WS=46760456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	46760756	rs3136516	G	A	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=21;PP=862;SC=TGCCTGGCAGGGGAATACTGA;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=46;WE=46760764;WS=46760746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	46776697	rs4237546	A	G	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=49;SC=AAACTTCTCCATAAGAATATT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=46776705;WS=46776687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	46802094	rs6485691	C	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=8;PP=202;SC=TACTCAATAACGTTTTATAAA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=46802102;WS=46802084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	46812227	rs7940578	T	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=232;SC=GTGTCTCATATTGTTGTCGAG;SOR=2.670;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=10;WE=46812235;WS=46812217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	46822686	rs10734549	C	A	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=16;PP=1348;SC=AAGCAAACAGCAAACTAGGCC;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=65;WE=46822694;WS=46822676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	46837625	rs59649961	AC	A	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	46837631	.	CCA	C	790	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=59.7;NF=14;NR=3;PP=790;QD=47.9411764706;SC=AACGACCCCCCCATTCCCCCC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=46837642;WS=46837621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	46837633	rs58152993	AT	A	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	46837634	.	T	A	434	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=59.76;NF=15;NR=3;PP=434;QD=26.0428451415;SC=GACCCCCCCATTCCCCCCAAC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=46837642;WS=46837621;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr11	46840119	rs67178247	TG	T	816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=390;ReadPosRankSum=0.867;SC=ACTATTAATCTGGGGGGGGAG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=19;WE=46840127;WS=46840109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr11	46889713	rs2306026	T	C	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=203;SC=CATAAACATCTACATATGGCC;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=46889721;WS=46889703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	46890165	rs3816614	C	T	4011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=38;PP=1671;SC=GGAGCAGGGCCGGCTATCAGG;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=88;WE=46890173;WS=46890155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	46890388	rs2290884	C	G	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=40;PP=1250;SC=AGGAGAGATACAACCGCGAGG;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=46890396;WS=46890378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	46893108	rs2306029	T	C	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	46897253	rs2306032	G	C	6184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=70;PP=2489;SC=AGGAGAGGGTGGGGGGTGGTG;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=75;TCR=70;TR=144;WE=46897261;WS=46897243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr11	46897995	rs964551	G	T	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=8.593;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.32;ReadPosRankSum=-1.063;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr11	46898771	rs6485702	T	C	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	46907827	rs2306027	C	T	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=43;PP=1555;SC=GAAGCCCTTCCCTGGAGAGGG;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=74;WE=46907835;WS=46907817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	46911781	rs2306037	G	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=12;PP=648;SC=GGGCAGGGACGGGGGCAGGAG;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=46911789;WS=46911771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	46914583	rs10838631	T	C	3836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=18;PP=1096;SC=ACAGCAACACTTTCCGGTGGG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=46914591;WS=46914573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	46914598	rs10769215	A	G	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=23;PP=1059;SC=GGTGGGCCCCATCCAGATTGG;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=46914606;WS=46914588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	46969616	rs2867207	T	C	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=24;PP=1077;SC=GTAAGATATATGAAAGGCCAC;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=46969624;WS=46969606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	47159053	rs4752965	G	A	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=44;PP=1943;SC=CTGGAGGTTAGAGACTAGCAT;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=91;WE=47159061;WS=47159043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	47181040	rs1965952	G	A	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=599;SC=CAGCCTGTGCGACAGAGCAAG;SOR=2.833;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=25;WE=47181048;WS=47181034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	47185510	rs4752969	A	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=1;PP=300;SC=AATATTTCTTAAACTCCACTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=47185518;WS=47185508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	47188314	rs4752820	T	C	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=35;PP=1259;SC=CACTTACCTCTGCATCCACCT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=80;WE=47188322;WS=47188304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	47189416	rs60076400	T	TA	850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.334;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,55:0.66:83
chr11	47193367	rs57323109	T	G	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=31;PP=851;SC=AACAGAATCATGTAAGGGGCC;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=47193375;WS=47193357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	47196982	rs2279439	C	T	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=40;PP=1080;SC=GGATGATACACGCTACTGACA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=47196990;WS=47196972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	47201924	rs11039119	G	A	13850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=171;NR=147;PP=2965;SC=CTGGACCCTGGATGCCACACC;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=171;TCR=148;TR=318;WE=47201932;WS=47201914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr11	47203904	rs10838664	G	A	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	47238522	rs326212	T	C	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=22;PP=721;SC=ACCCCAGCACTGTGGCTGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=47238530;WS=47238512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	47238665	rs326211	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=280;SC=AGTGGTTCGCACCTGTAATCC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=47238673;WS=47238655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	47256708	rs2306353	C	T	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=4;PP=871;SC=TTCCTTTCCGCTCCTGTCTAG;SOR=3.171;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=47256716;WS=47256698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	47260272	rs2013867	T	C	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	47260319	rs901746	A	G	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=27;PP=932;SC=GGTAACAGAAAGTGTAAGTCA;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=47260327;WS=47260309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	47266471	rs75393320	G	C	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=36;PP=950;SC=AGCCTCTCCAGGGGGCAGCTC;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=47266479;WS=47266461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	47266808	rs2242261	T	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=18;PP=1027;SC=GACCTGGGCCTGCTGAGAGGG;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=47266816;WS=47266798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	47267408	.	C	CGTGTGTGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGTGT	1083.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=51.61;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,12:0.43,0.57:21
chr11	47269159	rs4752973	T	C	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	47269936	rs7118396	C	T	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	47270255	rs2167079	C	T	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=60;PP=2129;SC=ACTCCGGGCCCGGGTGGGCGG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=125;WE=47270263;WS=47270245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	47280762	rs11039155	G	A	4356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=38;PP=2262;SC=AGGGCTCCAGGAAGAGATGTC;SOR=1.301;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=77;TCR=38;TR=115;WE=47280770;WS=47280752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	47282024	rs2279238	C	T	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=52;PP=2100;SC=AGCTATGCAGCGTGTGTGGGG;SOR=0.894;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=118;WE=47282032;WS=47282014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	47300429	rs4752977	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=6;PP=432;SC=TGTGCAGTTATATAATGTATA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=47300437;WS=47300419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	47303401	rs67549682	C	CTTTTTTTTTTTT	406.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.67;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	47305669	rs3816725	T	G	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=28;PP=1690;ReadPosRankSum=1.265;SC=TGGTGCTGATTGTAGGTGTTC;SOR=0.487;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=86;WE=47305677;WS=47305659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr11	47306585	rs1051006	G	A	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=28;PP=1124;SC=CAAATCGAACGTGGACAGACG;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=61;WE=47306593;WS=47306575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	47307332	rs148495681	G	GTCATTA	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=578;SC=GGACAGATTAGTCATTATGCC;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=47307340;WS=47307322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	47311367	rs10838686	G	T	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=181;SC=AAGGTGGGGGGTGCTCTGCAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=47311375;WS=47311357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	47312374	rs58023804	A	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=7;PP=191;SC=ATTGGTACGTATCAGTGTGTT;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=47312382;WS=47312364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	47317625	rs5791755	CAAAAG	C	2509.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=1116;SC=TGTTTATTAACAAAAGAAAAC;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=47317637;WS=47317615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	47331116	rs1017594	T	C	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=47;PP=1509;SC=AGATCGCTTGTTGGCCACACT;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=72;WE=47331124;WS=47331106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	47346145	rs2290148	G	A	10960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=1.591;SC=GCGAGCGGCAGCACGAGGCTC;SOR=0.268;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=138;TCR=109;TR=243;WE=47346153;WS=47346135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,424:1.00:425
chr11	47350287	rs2305280	G	A	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=46;PP=1353;SC=GATGGGCCACGGTGCGCAGGG;SOR=1.580;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=68;WE=47350295;WS=47350277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	47350553	rs10838693	G	C	3868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=39;PP=1805;SC=TATGGAGATGGAGGAGTCTCA;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=93;WE=47350561;WS=47350543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	47353498	rs2290146	G	A	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=17;PP=688;SC=CCATCTGGGCGTGGCAGGGTC;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=47353506;WS=47353488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	47354068	rs3729802	G	A	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=9;PP=717;SC=GTCGGGGCCTGTGAGCCCTGC;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=47354076;WS=47354058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	47354787	rs1052373	C	T	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	47361084	rs2856653	T	C	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=13;PP=468;SC=GTCTCTCCCATGGGGTAGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=47361092;WS=47361074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	47362431	rs2697926	A	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=5;PP=637;SC=GGCAAAGCTGAAGCTGGGCCC;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=47362439;WS=47362421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	47362465	rs10769254	G	C	1372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	47364762	rs896818	A	G	4569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=69;PP=2063;SC=AGTGCGCCCCATGATAATCCC;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=39;TCR=69;TR=108;WE=47364770;WS=47364752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	47380061	rs10734557	A	C	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=41;PP=2662;SC=ACACCCACTCACACAGCCACT;SOR=1.594;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=92;TCR=42;TR=133;WE=47380069;WS=47380051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	47380276	rs35282035	G	GCA	3867.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.071;QD=27.05;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,121:0.85:143
chr11	47380340	rs3740688	G	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=57;PP=1928;SC=CTGGGTGGGGGCAGGGCACAG;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=47380348;WS=47380330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	47380688	rs35284836	GGAA	G	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=355;SC=GGAGACTGGAGGAAGAAGACC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=47380698;WS=47380678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	47422503	.	TCTGAAGGGCAGAAGGGAACTGTCCTTCAGCCAGAGCTGGCTGAAGGGCAGAAGGGAACTGTCCTTCAGCCAGAGCTGG	T	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.893;SOR=1.205;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr11	47422772	rs74206205	T	C	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=25;PP=701;SC=TCAAGATAAGTTCTCTGACAA;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=47422780;WS=47422762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	47431728	rs2010519	A	G	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	47431961	rs61000762	G	A	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.92;NF=28;NR=58;PP=1757;SC=GTGACTCTCCGGTGGCGCCCA;SOR=1.277;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=28;TCR=58;TR=86;WE=47431969;WS=47431951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	47432034	rs755554	G	C	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=775;SC=GTCACAGAGTGTCTGAGATGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=47432042;WS=47432024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	47436531	rs11039228	G	T	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=21;PP=954;SC=TGTGGCTACCGCACTGCTGGT;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=47436539;WS=47436521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	47447955	rs7948705	C	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=331;SC=ACTCTTGACCCGACCAGCTCC;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=47447963;WS=47447945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	47462837	rs10716680	AG	A	1749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=48;PP=1322;SC=AGCACAGGGTAGGGGGGGCAG;SOR=3.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=1;TCR=56;TR=49;WE=47462845;WS=47462827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	47469538	.	G	A	4747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=65;PP=2641;SC=CTCCGAGCTGGGCACCTGCCC;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=117;WE=47469546;WS=47469528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	47470345	rs34312154	G	A	8275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=128;NR=79;PP=2965;SC=TCCTTGTAGCGGCCCATCTCC;SOR=1.036;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=209;TCF=128;TCR=81;TR=207;WE=47470353;WS=47470335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr11	47505869	.	C	CA	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.365;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr11	47587577	rs58926533	TC	T	2369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=43;PP=1634;SC=GGGGGCCCGCTCCCCCTCGCC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=45;WE=47587585;WS=47587567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	47597058	.	C	CA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=1.115;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr11	47603984	rs77113494	T	C	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=55;PP=2001;SC=AGGGACATCCTTTCCGGAAAG;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=95;WE=47603992;WS=47603973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	47609867	rs4486587	G	A	7363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=89;PP=2965;SC=GGGCCGCTGGGCCCAGGTCTT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=94;TCR=90;TR=182;WE=47609875;WS=47609857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr11	47611316	rs10769279	C	G	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=155;SC=TTCGAGCCTCCGGCCCGGCCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=47611324;WS=47611306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	47684450	rs6485766	C	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=280;SC=TGTTCACCTGCGCAGAACGAA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=47684458;WS=47684440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr11	47711914	.	C	T	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=19;PP=751;SC=TTTGCAGCTGCCTCTTGAGGG;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=47711922;WS=47711904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	47727590	rs17791016	A	C	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	47736023	rs4752791	T	C	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=8;PP=482;SC=TCCATGCGAATTATTCTATCG;SOR=0.968;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=47736031;WS=47736013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	47736314	rs4752863	C	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=3;NR=9;PP=248;SC=TACAAAGCCACAAGAGGACAA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=47736322;WS=47736304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	47755552	rs147094173	C	CA	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr11	47758152	rs59205786	T	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=272;SC=CAAGTTGCATTAAGTAATATA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=47758160;WS=47758142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	47772401	rs11039366	C	T	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=284;SC=AAGGCTTCCACTCCTGTGCTC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=47772409;WS=47772391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	47776047	rs7928954	G	A	4699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=41;PP=1793;SC=AGTAGCTTCAGTAACTAAAAC;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=102;WE=47776055;WS=47776037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	47786926	rs148666719	A	AAAAAGAAAAG	538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.44;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	47813436	rs10742821	C	T	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=10;PP=589;SC=ACAATAACAACATTACTACTG;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=47813444;WS=47813426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	47825972	rs7124949	A	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	47828404	rs3837374	C	T	150.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=1;PP=43;SC=CACACACACACATATATATAC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=47828412;WS=47828399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	47834592	rs7110289	G	A	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=40;PP=1069;SC=CCCGAGCGATGTCCACATCTA;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=47834600;WS=47834582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	47837638	rs7130715	G	A	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=41;PP=1057;SC=AATGGAAAACGTTTCAGTTTA;SOR=2.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=12;TCR=41;TR=53;WE=47837646;WS=47837628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	47840864	.	CA	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr11	47843133	rs7122182	A	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=571;SC=CCTGGTCTCGAACTCCTGAGC;SOR=3.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=47843141;WS=47843123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	47857168	rs2305982	A	G	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=23;PP=1037;SC=CAGTACACACAGAATAACTTG;SOR=1.264;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=47857176;WS=47857158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	48142528	rs34681195	AT	A	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr11	48145166	rs2270993	G	A	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=220;SC=TTAAAATAGAGCCGATCCCAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=48145174;WS=48145156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	48168287	rs372716237	CTG	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr11	48170870	rs4752908	T	G	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=22;PP=854;SC=TGGTGTCAGCTGTGAACTAAT;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=54;WE=48170878;WS=48170860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	48171793	rs10734565	T	C	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=32;PP=794;SC=AGCTGGGATCTGAGGGGAGTT;SOR=1.195;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=48171801;WS=48171783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	48186104	rs12225986	C	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.468;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;MQRankSum=0.000;QD=23.37;ReadPosRankSum=-1.148;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr11	48238302	rs1566737	G	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=250;SC=TTAGCGTTATGATTGCATGTG;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=48238310;WS=48238292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	48238421	rs10769329	T	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.720;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=708;ReadPosRankSum=-0.634;SC=AGGATCCAGCTGTGCAGAGTG;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=42;WE=48238429;WS=48238411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr11	48238880	rs10838833	C	T	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=33;PP=1685;SC=ATGTGATTGACCACTATTTCT;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=84;WE=48238888;WS=48238870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	48266582	rs7120549	A	C	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=28;PP=1433;SC=GTGAAGAAGTATTTTGTATCA;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=46;TCR=28;TR=73;WE=48266590;WS=48266572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	48266736	rs7120775	C	G	3672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=43;PP=2134;SC=TGTTCTTGTACACAGCAATTG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=93;WE=48266744;WS=48266726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	48267589	rs1503180	A	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=27;PP=761;SC=TTGTATTGATACTTGGGTTTA;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=48267597;WS=48267579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	48285301	rs713325	A	G	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	48285842	rs1503193	A	G	12005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=81;PP=2965;SC=TCTCCTCGTGAGGATAGCATG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=96;TCR=82;TR=177;WE=48285864;WS=48285832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	48285856	rs10838850	C	T	11566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=80;PP=2965;SC=TAGCATGGGGCGGGGGCCTGC;SOR=0.762;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=90;TCR=81;TR=169;WE=48285864;WS=48285832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	48285906	rs16905753	C	T	7014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=97;PP=2965;SC=TTCCAGCTCCCGTTCTGTGGC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=90;TCR=97;TR=186;WE=48285914;WS=48285896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr11	48285981	rs76884411	CCTT	C	13528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=83;PP=2969;SC=TGCGCAGACACCTTCTTCATT;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=33;TCR=89;TR=112;WE=48285996;WS=48285971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr11	48286231	rs10838851	T	A	6239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=74;PP=2475;SC=CTGTATTTTATACAGTGGTCA;SOR=0.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=53;TCR=74;TR=127;WE=48286239;WS=48286221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	48328818	rs11039669	C	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=510;SC=ATCCTCCTAGCTCTTGTTGTT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=48328826;WS=48328808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	48346487	rs33950768	TC	T	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.481;HP=5;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=3.221;NF=12;NR=3;PP=327;ReadPosRankSum=-1.891;SC=GCAATGTTTTTCCCCCATGCA;SOR=0.327;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=15;WE=48346495;WS=48346477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,10:0.17:60
chr11	48346513	rs78206553	T	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=2.375;QD=8.68;ReadPosRankSum=-2.384;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,29:0.27:109
chr11	48346523	rs72911451	C	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.459;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,34:0.25:135
chr11	48346535	rs76964780	G	C	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=2.205;QD=10.23;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,48:0.29:163
chr11	48346541	rs75498992	A	T	2183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.057;QD=12.20;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,58:0.32:179
chr11	48346547	rs79042268	C	T	2282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=1.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.068;QD=11.65;ReadPosRankSum=-1.247;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,63:0.32:196
chr11	48346551	rs77470587	C	A	2354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.012;QD=11.38;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,69:0.33:207
chr11	48346579	rs72911452	C	A	3829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=2.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.874;QD=13.44;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,104:0.36:285
chr11	48346588	rs75900655	A	C	4195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=2.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.839;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,111:0.37:297
chr11	48346604	rs75647397	T	G	4291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.178;HP=4;HapScore=1;MGOF=114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.819;NF=46;NR=36;PP=2682;ReadPosRankSum=1.806;SC=CACAGAATTTTTCATGCTGGG;SOR=0.531;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=220;TCF=129;TCR=91;TR=82;WE=48346623;WS=48346594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,117:0.38:309
chr11	48346615	rs73463988	G	A	4419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.441;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.842;NF=50;NR=37;ReadPosRankSum=2.083;SC=TCATGCTGGGGCTCTCACAGA;SOR=0.568;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=136;TCR=98;TR=87;WE=48346623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,123:0.37:330
chr11	48346660	rs138704181	TTTGCTGATC	T	3743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.994;NF=16;NR=37;PP=2971;ReadPosRankSum=0.055;SC=TTGTGGTCTTTTTGCTGATCT;SOR=0.741;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=152;TCF=42;TCR=110;TR=53;WE=48346689;WS=48346649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,104:0.34:309
chr11	48346681	rs78490540	G	A	3818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.438;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.856;NF=46;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.332;SC=ATGTGGTCACGGTTTGTGGCA;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=219;TCF=109;TCR=110;TR=90;WE=48346689;WS=48346649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,109:0.37:295
chr11	48346729	rs73463990	G	C	2323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=93;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.701;NF=42;NR=50;PP=1146;ReadPosRankSum=0.504;SC=CCAGCCCCACGCTGGCTTCCC;SOR=0.673;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=212;TCF=92;TCR=120;TR=92;WE=48346737;WS=48346719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,120:0.41:292
chr11	48346791	rs73463994	C	T	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=0.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.575;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,127:0.45:283
chr11	48346822	rs73463997	A	C	2941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1425;ReadPosRankSum=-0.427;SC=TTGCTGACTCATTGTATGAGG;SOR=0.649;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=96;TCR=94;TR=93;WE=48346830;WS=48346812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,147:0.47:314
chr11	48346843	rs73463998	C	T	3151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=46;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GGAGAACCATCTCTTATGAGT;SOR=0.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=101;TCR=89;TR=97;WE=48346851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,156:0.47:329
chr11	48346916	rs77069283	G	C	5254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.27;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,143:0.44:323
chr11	48346924	rs72911454	T	C	5399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.61;ReadPosRankSum=1.447;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,139:0.43:325
chr11	48346932	rs80285195	G	A	5481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,151:0.45:335
chr11	48346961	rs75493089	AA	TG	5381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.322;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=51;PP=2944;ReadPosRankSum=0.460;SC=GCCCCTGCACAATACTACCAT;SOR=0.580;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=220;TCF=104;TCR=116;TR=101;WE=48346970;WS=48346951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,144:0.42:342
chr11	48346999	rs72473367	T	G	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=49;PP=1308;ReadPosRankSum=1.880;SC=GTGCCATGCTTGTAGGGGTGG;SOR=0.615;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=222;TCF=105;TCR=117;TR=95;WE=48347007;WS=48346989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,143:0.42:337
chr11	48347014	rs72473368	G	A	5516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.67;ReadPosRankSum=1.651;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,146:0.44:331
chr11	48347023	rs67077733	C	T	5451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.403;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,144:0.44:326
chr11	48347067	rs73464001	C	T	2734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=49;PP=1507;ReadPosRankSum=0.010;SC=CTTTGGTTGCCCTTCTGTGGG;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=205;TCF=97;TCR=108;TR=89;WE=48347075;WS=48347057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,133:0.42:316
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chr11	48347142	rs79891698	C	T	4211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=2.075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,112:0.42:267
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chr11	48347306	rs73465911	G	T	2627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.998;HP=4;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=54;PP=1283;ReadPosRankSum=-1.081;SC=CTTCATTGTTGTTGCCTTGTT;SOR=0.857;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=97;WE=48347314;WS=48347296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,139:0.43:322
chr11	48347342	rs76958755	G	A	3778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=7.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=0.040;SOR=1.021;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,102:0.43:239
chr11	48347346	rs74590631	A	T	3811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=6.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,102:0.43:236
chr11	48347358	rs76274696	C	T	3350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=6.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.788;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,93:0.42:223
chr11	48347363	rs77814753	C	T	3362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=5.623;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.989;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,91:0.41:221
chr11	48347392	rs79127479	T	C	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.067;HP=2;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=43;PP=810;ReadPosRankSum=0.506;SC=CATTATTTTATGGTATTCTGA;SOR=1.368;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=147;TCF=60;TCR=87;TR=63;WE=48347400;WS=48347382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,84:0.44:192
chr11	48347419	rs73465913	A	G	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.016;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=892;ReadPosRankSum=1.357;SC=TGTTGAATCCACTCATTTATA;SOR=1.231;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=53;WE=48347427;WS=48347409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,70:0.43:162
chr11	48347492	rs79775762	G	A	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=5.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.16;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=0.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr11	48347498	rs78309417	A	T	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=5.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.25;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,43:0.50:86
chr11	48347539	rs79172951	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.570;HP=6;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CTTTATTTTTGTAAGTGAAAC;SOR=0.190;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=15;WE=48347547;WS=48347529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr11	48347563	.	CT	C	167	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=52;MMLQ=27;MQ=57.02;NF=1;NR=7;PP=167;QD=23.5;SC=CCAAGCCTTACTTTTTTTGTA;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=8;WE=48347571;WS=48347553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,8:0.38:21
chr11	48347583	.	G	A	150	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MMLQ=24;MQ=57.02;NF=2;NR=7;PP=150;QD=20.5301347275;SC=ATCATGTATAGTTGTATTCCA;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=9;WE=48347591;WS=48347573;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,9:0.43:21
chr11	48349128	rs76530627	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	48349128	.	GTA	ATG	260	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=6;NR=0;PP=260;QD=52.2446458104;SC=TGTCTTTAAAGTAAAAGTAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=48349138;WS=48349118;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,6:0.50:12
chr11	48349130	rs75661263	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.998;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	48349152	rs73465924	A	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=0.086;SC=ATTTTAGATTACAAGTATAAG;SOR=0.648;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=7;WE=48349160;WS=48349142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr11	48349171	rs73465926	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=178;ReadPosRankSum=0.090;SC=AGTGAGGTCATGCAGTATTTG;SOR=2.279;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=11;WE=48349179;WS=48349161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr11	48349209	rs73465927	A	C	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=203;ReadPosRankSum=-0.898;SC=TATTTCACTTAGCATAATGTC;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=21;WE=48349217;WS=48349199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr11	48349230	rs74884553	G	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.662;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr11	48349235	rs10769662	C	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,39:0.38:104
chr11	48349252	rs76041098	G	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=3;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=310;ReadPosRankSum=0.079;SC=GCAAATGACAGAACTTCTTTC;SOR=0.724;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=23;WE=48349260;WS=48349242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,40:0.35:113
chr11	48349312	rs79572913	A	G	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,41:0.39:104
chr11	48349316	rs76607933	T	A	1474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
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chr11	48349329	rs76765071	C	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.602;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
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chr11	48366895	rs72473369	A	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=177;ReadPosRankSum=-1.492;SC=TTTGTGTCACAAGACTTATTT;SOR=0.465;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=14;WE=48366903;WS=48366885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr11	48366958	rs76319939	T	G	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.193;NF=32;NR=13;PP=2540;ReadPosRankSum=2.063;SC=ATTTTTCACTTCTTTATTTTT;SOR=0.990;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=45;WE=48366980;WS=48366948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,66:0.42:158
chr11	48366971	rs75689989	GG	CA	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.188;NF=35;NR=14;PP=2522;ReadPosRankSum=1.823;SC=TTATTTTTGAGGGTGTAGATT;SOR=1.027;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=131;TCF=82;TCR=49;TR=49;WE=48366980;WS=48366948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,78:0.42:186
chr11	48367050	rs113897236	T	TAG	5420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.830;NF=22;NR=33;PP=2068;ReadPosRankSum=1.379;SC=GGAAGGAGGTTAGGTCTTAGA;SOR=0.680;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=166;TCF=61;TCR=105;TR=55;WE=48367058;WS=48367040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,139:0.38:370
chr11	48367073	rs7941588	A	C	5642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=4;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.270;NF=55;NR=42;PP=1265;ReadPosRankSum=-1.497;SC=CAGGTATGAAAAAGGGACAAA;SOR=0.628;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=273;TCF=154;TCR=119;TR=97;WE=48367081;WS=48367063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,170:0.38:442
chr11	48367097	rs73453179	A	G	5782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.336;NF=58;NR=51;PP=1511;ReadPosRankSum=-1.413;SC=TAAGATGACAATGAAGATATG;SOR=0.628;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=295;TCF=161;TCR=134;TR=109;WE=48367105;WS=48367087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:314,177:0.36:491
chr11	48367133	rs79453749	C	A	5523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=1.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.439;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,156:0.33:477
chr11	48367136	rs78927905	C	T	5720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.441;QD=11.89;ReadPosRankSum=1.054;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,157:0.33:481
chr11	48367155	rs75315666	T	A	5279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=1.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.501;QD=11.40;ReadPosRankSum=1.910;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,143:0.31:463
chr11	48367159	rs75667244	C	T	5060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=1.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.489;QD=11.12;ReadPosRankSum=1.597;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,142:0.31:455
chr11	48367163	rs74650698	A	G	5019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.511;QD=11.13;ReadPosRankSum=2.077;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,138:0.31:451
chr11	48367170	rs77876442	G	A	4676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=1.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.489;QD=10.90;ReadPosRankSum=1.818;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,134:0.31:429
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chr11	48367195	rs79063955	C	T	4776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.316;QD=13.12;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,134:0.37:364
chr11	48367249	rs74815769	C	T	5746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=2.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.61;ReadPosRankSum=2.210;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,151:0.44:346
chr11	48367252	rs76287086	G	A	5779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=1.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.61;ReadPosRankSum=1.952;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,155:0.45:348
chr11	48367311	rs73453180	T	C	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=59;PP=1283;ReadPosRankSum=-0.215;SC=ATAAAGTGGTTGATGACATTG;SOR=0.684;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=237;TCF=110;TCR=127;TR=112;WE=48367319;WS=48367301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,154:0.44:352
chr11	48367363	rs73453183	C	T	3315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,142:0.42:340
chr11	48367387	rs78788561	C	T	2858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=2.144;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,120:0.41:296
chr11	48367419	rs77576379	G	A	3645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=0.099;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,100:0.42:239
chr11	48367424	rs77976451	C	G	3548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.56;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,96:0.42:228
chr11	48367455	rs79175163	G	A	2372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=4;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=1.101;SC=AAGGGCTTACGGATGGCCACA;SOR=0.780;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=124;TCF=44;TCR=80;TR=56;WE=48367482;WS=48367445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,71:0.40:178
chr11	48367469	rs79686513	TG	CA	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=2.108;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,62:0.40:154
chr11	48367474	rs75116918	A	G	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.86;ReadPosRankSum=1.039;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,57:0.38:149
chr11	48367499	rs72896822	A	G	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TAATAAGATGATCTCAGCTGC;SOR=0.742;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=26;WE=48367519;WS=48367489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr11	48367511	rs72896823	T	G	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.658;SC=CTCAGCTGCCTCAAAGAAATG;SOR=0.793;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=21;WE=48367519;WS=48367489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr11	48367528	.	G	GAA	702.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.177;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.52;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr11	48367529	.	G	GAGCTGAGTCATGCAGCCATTGAA	702.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.099;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=1.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr11	48367531	.	G	GATATGGTGTTGTTTTCA	513.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.17;ReadPosRankSum=-4.385;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,8:0.17:46
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chr11	48373815	rs74350365	A	G	3650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=2.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.81;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,91:0.44:205
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chr11	48373827	rs80081241	G	A	4163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=3.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.59;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,106:0.47:224
chr11	48373833	rs75965588	GA	AG	4175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=4.399;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.62;ReadPosRankSum=1.289;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,110:0.46:237
chr11	48373885	rs76292854	A	G	2573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.052;QD=9.33;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,132:0.48:276
chr11	48373900	rs77877396	A	G	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.046;NF=34;NR=46;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.958;SC=TTACCTGCCAATGTGATCAAG;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=70;TCR=92;TR=80;WE=48373908;WS=48373890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,128:0.48:266
chr11	48373936	rs76304554	A	G	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.072;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,101:0.47:215
chr11	48373976	rs80225178	T	G	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.203;QD=13.99;ReadPosRankSum=1.367;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,56:0.41:135
chr11	48373986	rs12420054	A	G	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=3.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.123;QD=17.99;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,46:0.45:102
chr11	48374000	rs112772888	C	CT	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.691;HP=6;HapScore=4;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.16;MQRankSum=1.242;NF=0;NR=18;PP=2031;ReadPosRankSum=1.467;SC=CATTGTTCATCTTTTTCATAG;SOR=1.844;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=18;WE=48374008;WS=48373966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr11	48374031	rs72896827	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=1.065;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr11	48374041	rs72896828	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.85;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr11	48386956	.	C	CA	451.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=414;ReadPosRankSum=0.448;SC=CTTAAACTCACTATTCTGACC;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=11;WE=48386964;WS=48386954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr11	48386988	rs10838880	T	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=-1.830;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr11	48387098	rs77594589	A	C	3447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=2.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.851;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,95:0.40:238
chr11	48387107	rs77606603	T	C	3563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.634;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,95:0.41:231
chr11	48387115	rs75003399	G	A	3480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=1.210;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,92:0.41:227
chr11	48387118	rs79339252	G	A	3396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.70;ReadPosRankSum=1.556;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,92:0.40:231
chr11	48387154	rs72473370	A	G	3158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=-1.777;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,94:0.43:221
chr11	48387164	rs72473371	G	A	3005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=4.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-1.867;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,85:0.42:201
chr11	48387201	rs77053100	G	A	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=4.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.46;ReadPosRankSum=1.040;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,53:0.37:142
chr11	48387206	rs76817095	T	C	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=1.905;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,50:0.36:140
chr11	48387210	rs78428763	CC	TG	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.229;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=2.076;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,50:0.35:141
chr11	48387237	rs72898877	C	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=3.027;SC=AAGAATAGGACGACTACAGTG;SOR=0.726;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=59;TCR=49;TR=36;WE=48387245;WS=48387227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,37:0.27:138
chr11	48387254	rs75441735	A	G	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,39:0.28:138
chr11	48387258	rs78030134	C	T	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,39:0.28:137
chr11	48387262	rs75430864	G	A	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=4.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,42:0.29:146
chr11	48387275	rs10838881	T	C	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.538;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=2962;ReadPosRankSum=3.483;SC=AGAGAGAGCCTTCCGCTGTGA;SOR=0.350;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=77;WE=48387292;WS=48387244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,108:0.70:155
chr11	48387278	rs139139147	C	CACTGTCCTTCTGT	1595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=6.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=-2.941;SOR=1.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,44:0.28:156
chr11	48387284	.	G	GAGTCTTTAGTA	1352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.511;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=9.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,35:0.23:153
chr11	48387301	rs76220342	G	A	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=19.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-1.479;SOR=2.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,41:0.25:167
chr11	48387335	rs73460769	C	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.184;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=17;PP=731;ReadPosRankSum=-4.242;SC=AATGAGCATACACATCAGCCC;SOR=1.156;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=48;WE=48387343;WS=48387325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,69:0.30:231
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chr11	48387591	rs75297075	A	G	2507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.647;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,76:0.25:304
chr11	48387604	rs72898886	C	T	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.433;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=2.479;SC=CATAGGCCATCACCACGAGCA;SOR=0.880;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=241;TCF=117;TCR=124;TR=81;WE=48387612;WS=48387570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,62:0.20:306
chr11	48387630	rs73460777	C	T	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.273;HP=4;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=44;PP=1175;ReadPosRankSum=-0.413;SC=ATCTCAACTCCCCCAAAGAAA;SOR=0.873;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=245;TCF=113;TCR=132;TR=80;WE=48387638;WS=48387620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,73:0.23:312
chr11	48387647	rs75615667	A	G	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=45;PP=1296;ReadPosRankSum=-3.762;SC=GAAATGTTCTACAAAGAGCTG;SOR=0.671;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=238;TCF=106;TCR=132;TR=84;WE=48387655;WS=48387637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,79:0.27:297
chr11	48387679	rs76209049	A	G	2027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.895;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=43;PP=2962;ReadPosRankSum=0.653;SC=CACTGAAGGAAATAGTTTTCT;SOR=0.758;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=246;TCF=119;TCR=127;TR=90;WE=48387697;WS=48387669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,67:0.22:311
chr11	48387683	rs67755516	GT	G	2257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.454;HP=4;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.563;NF=20;NR=35;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GAAGGAAATAGTTTTCTTTTC;SOR=0.809;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=177;TCF=48;TCR=129;TR=55;WE=48387697;WS=48387669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,73:0.23:311
chr11	48387689	rs75371569	T	C	2382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.319;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.406;NF=50;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.911;SC=AATAGTTTTCTTTTCAGTGAG;SOR=0.847;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=247;TCF=120;TCR=127;TR=87;WE=48387697;WS=48387669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,78:0.26:302
chr11	48387705	rs34926479	C	T	2712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.139;HP=3;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.227;NF=53;NR=48;PP=1457;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GTGAGTAAGTCAAATATCATT;SOR=0.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=242;TCF=121;TCR=121;TR=101;WE=48387713;WS=48387695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,87:0.29:301
chr11	48387737	rs73460780	G	C	2921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.870;NF=52;NR=50;PP=1637;ReadPosRankSum=0.853;SC=GGTAGAAGAGGAGCAGCCATC;SOR=0.770;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=248;TCF=120;TCR=128;TR=102;WE=48387745;WS=48387727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,125:0.37:342
chr11	48387757	rs74557904	A	C	3604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.246;HP=3;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.06;MQRankSum=1.667;NF=61;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=0.261;SC=CTATGAAGGAAAAGAAAGACA;SOR=0.852;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=251;TCF=127;TCR=124;TR=111;WE=48387797;WS=48387747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,140:0.42:333
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chr11	48387789	rs80222485	C	G	5283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=4.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.659;QD=15.10;ReadPosRankSum=2.119;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,148:0.42:350
chr11	48387825	rs75650204	T	G	5663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=3.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.668;QD=15.35;ReadPosRankSum=1.042;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,155:0.42:369
chr11	48387833	rs79515387	T	C	5632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.690;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,151:0.41:365
chr11	48387850	rs73460781	G	T	4381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=0.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.620;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,147:0.39:377
chr11	48387890	rs74623688	T	C	4255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=5.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,121:0.34:360
chr11	48387894	rs75065468	C	T	4191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=5.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=-1.263;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,118:0.33:353
chr11	48387900	rs74338058	G	A	4137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=5.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.96;ReadPosRankSum=-1.814;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,114:0.33:346
chr11	48387917	rs66829866	AT	A	3091.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.875;HP=1;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=42;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.195;SC=GCCAAGCAAGATGAATTCCGT;SOR=1.155;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=20;TCR=114;TR=49;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,89:0.29:305
chr11	48387919	rs114441034	G	A	3026.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.051;HP=2;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=42;PP=2962;ReadPosRankSum=0.163;SC=CAAGCAAGATGAATTCCGTTA;SOR=1.210;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=189;TCF=76;TCR=113;TR=65;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,88:0.29:305
chr11	48387930	rs75939575	T	C	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.502;HP=1;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=0.765;SC=AATTCCGTTATGTTGTTCACT;SOR=1.340;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=173;TCF=64;TCR=109;TR=66;WE=48387938;WS=48387907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,73:0.27:266
chr11	48387945	rs139770813	C	CCA	2183.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=4.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.783;HP=1;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=38;PP=2954;ReadPosRankSum=0.403;SC=TTCACTTGCTCGAAATCCAGT;SOR=1.458;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=112;TCF=17;TCR=95;TR=42;WE=48387968;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,62:0.29:217
chr11	48387946	rs114053360	G	T	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.610;HP=3;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=0.506;SC=TCACTTGCTCGAAATCCAGTT;SOR=1.779;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=145;TCF=50;TCR=95;TR=48;WE=48387968;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,59:0.28:214
chr11	48387960	rs79688019	T	C	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=5.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=2962;ReadPosRankSum=0.371;SC=TCCAGTTTGGTATTTGGATAA;SOR=1.846;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=132;TCF=44;TCR=88;TR=46;WE=48387968;WS=48387935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,52:0.29:182
chr11	48387978	rs78160589	T	A	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=21.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=2.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,42:0.30:140
chr11	48387983	rs75819836	T	C	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=16.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.105;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,38:0.29:130
chr11	48388047	rs75982328	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.120;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr11	48388047	.	TTA	CTG	379	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=8;PP=379;QD=43.2467874862;SC=TTGGTCAGGATTATTTTCTGT;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=10;WE=48388057;WS=48388037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:22,10:0.31:32
chr11	48388049	rs77697332	A	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr11	48388067	rs73460782	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=76;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TAACACTGATGGAATCCCTAA;SOR=0.180;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=8;WE=48388075;WS=48388057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr11	48388487	rs78414756	C	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=1.478;SC=GGTGAGTTCACTTTGAAATTA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=19;TCR=0;TR=4;WE=48388495;WS=48388477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr11	48388524	rs76789954	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr11	48388524	.	CAA	TAG	279	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=9;NR=0;PP=279;QD=36.9408749847;SC=ATTTCAGAATCAACTGAACTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=9;WE=48388534;WS=48388514;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr11	48388526	rs77473022	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr11	48388542	rs77282201	G	A	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
chr11	48388544	rs74346885	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr11	48388553	rs80082776	C	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=3.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,22:0.32:68
chr11	48388563	rs77148147	CT	AG	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.593;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr11	48388567	rs79767657	A	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr11	48388571	rs79079495	C	T	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,29:0.30:96
chr11	48388583	rs77992774	A	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=5.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.056;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,32:0.28:114
chr11	48388610	rs79108820	T	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=2.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,49:0.29:170
chr11	48388612	rs76366705	T	C	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=3.011;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,50:0.29:174
chr11	48388614	rs146852809	T	C	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,51:0.29:178
chr11	48388621	rs75849499	ACA	GTC	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=5.942;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.028;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,54:0.29:189
chr11	48388641	rs80267937	G	A	2989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-2.159;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,83:0.34:247
chr11	48388657	rs80000751	G	A	3850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=486;ReadPosRankSum=-3.677;SC=CCTGGAAGAGGATAAAACAGC;SOR=0.748;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=47;WE=48388665;WS=48388647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,104:0.37:280
chr11	48388681	rs76712816	G	A	4098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.18;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,110:0.35:311
chr11	48388698	rs77483743	C	T	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,106:0.36:298
chr11	48388717	rs78132200	T	C	3644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,102:0.37:276
chr11	48388782	rs76039310	A	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=207;ReadPosRankSum=-2.007;SC=AAGGATGACTATGAAAAATTA;SOR=0.591;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=21;WE=48388790;WS=48388772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,41:0.37:112
chr11	48388833	.	A	C	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=25;QD=14.9428031368;SC=GGTGAGGGAAAAAAAGCACCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=4;WE=48388841;WS=48388823;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr11	48997592	rs1813231	C	T	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=43;PP=1187;SC=ATGTAATTAACAGAAATTAGA;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=48997600;WS=48997582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	48998688	rs7113308	A	G	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	49000423	rs1965370	C	G	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=2;PP=864;SC=TCAGTCCGTACCTGGAATAGC;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=33;WE=49000431;WS=49000414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	49000522	rs1963629	C	T	5407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=47;PP=2109;SC=GCTTTGCTTTCATTGAGTTGC;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=119;WE=49000542;WS=49000512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	49002343	rs9783302	T	G	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=6;PP=437;SC=CAAGTGTTTTTTCCTTGTTTG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=49002351;WS=49002333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	49056627	rs144534447	CT	C	1013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQRankSum=-3.732;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.308;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,85:0.75:114
chr11	49059362	rs2696914	C	A	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=71;PP=2188;SC=CTCCCCACTTCTGCTGCAATA;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=126;WE=49059370;WS=49059352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	49075605	rs2851535	G	A	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=51;PP=2281;SC=AATGCTTGCCGGAGGTGAATG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=66;TR=116;WE=49075613;WS=49075595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	49075621	rs61886906	G	A	5447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=58;PP=2077;SC=GAATGCTTGCGCACACCACAC;SOR=0.703;Source=Platypus;TCF=61;TR=118;WE=49075629;WS=49075611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr11	49076963	rs34650085	C	CAA	3468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.219;QD=26.48;ReadPosRankSum=1.553;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr11	49077889	rs36015501	AT	A	3236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=33;PP=1225;SC=CAGAAATAGCATTTTTTTTAG;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=53;WE=49077897;WS=49077879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	49138871	rs7948561	T	G	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.229;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.162;NF=84;NR=66;PP=2865;ReadPosRankSum=2.315;SC=TACAAGAGTCTCTCACATCCA;SOR=0.399;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=85;TCR=67;TR=150;WE=49138879;WS=49138861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr11	49140458	rs7941071	C	T	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.42;QD=24.98;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	49141394	rs61885241	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=24;PP=636;SC=AACTTAATGTCTTCCACTTTC;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=49141402;WS=49141384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	49144901	rs6485961	T	G	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=32;PP=1578;SC=TGAGAGAAATTAGCTTACTGC;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=78;WE=49144909;WS=49144891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	49145048	rs6485962	T	G	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=29;PP=786;SC=CACTAGAAAATAAAATATAGT;SOR=2.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=36;WE=49145056;WS=49145038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	49145838	rs7933115	C	T	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=47;PP=2233;SC=TTTCCTGGTGCCTCCTACAGA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=117;WE=49145846;WS=49145828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	49145987	rs61885243	G	T	6255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.141;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.271;NF=73;NR=68;PP=2738;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GGAGTTAGTGGATCTTCCCAC;SOR=0.332;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=73;TCR=69;TR=141;WE=49145995;WS=49145977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,236:1.00:237
chr11	49170334	rs202694	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	49175551	rs61886483	A	G	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=45;PP=1309;SC=ATAGTTCAAGAAAAGGAACAA;SOR=1.321;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=65;WE=49175559;WS=49175541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	49176057	rs2988340	C	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.91;QD=27.34;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	49176178	rs117725371	A	G	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=54.74;NF=0;NR=12;PP=321;SC=TCAATAAGCTACATCCTAAAT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=49176186;WS=49176168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	49178254	rs114798141	T	C	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.48;QD=25.50;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	49186191	rs142158532	C	CATA	3562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=25;PP=1551;SC=CTATGTTTAACATAATACCTC;SOR=0.908;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=30;WE=49186199;WS=49186181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	49186274	rs61886492	G	A	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=497;SC=GTTAGGTTGTGTACCAAGCTG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=49186282;WS=49186264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	49192905	.	G	GA	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=1.631;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=1.325;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr11	49194890	rs61886507	T	A	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=10;PP=812;SC=TTTTTTTTCTTGCTGTTTGTT;SOR=1.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=49194898;WS=49194880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	49195090	rs202718	T	C	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=8.846;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.33;MQRankSum=-0.362;QD=23.91;ReadPosRankSum=0.829;SOR=3.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,45:0.98:46
chr11	49195128	rs67031327	AG	A	94.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.818;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr11	49195129	rs67031328	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr11	49196490	rs202716	T	C	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=35;PP=1345;SC=TGTAAATTCTTGTCACTTCAT;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=74;WE=49196498;WS=49196480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	49196555	.	T	TA	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.25;MQRankSum=-4.867;QD=2.82;ReadPosRankSum=-1.972;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,24:0.28:85
chr11	49196652	rs202715	C	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=18;PP=478;SC=AAACTGAAAACTGATTAACAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=49196660;WS=49196642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	49197548	rs17815807	C	A	3898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=69;PP=1893;SC=CACAAAAAAACCTTGAAGTAA;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=108;WE=49197556;WS=49197538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	49207315	rs182169	A	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.21;QD=27.44;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	49208379	rs61886509	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=8.173;NF=13;NR=26;PP=618;ReadPosRankSum=-1.389;SC=AGGTTTTTCTGCATGGGGACT;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=39;WE=49208387;WS=49208369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,58:0.85:68
chr11	49214499	rs4315497	G	A	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=353;SC=TTTGATTACTGTAATCAAACA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=49214507;WS=49214489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	49221885	rs202680	T	A	5066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=58;PP=2156;SC=CATCATAATGTGCTAGCTCAA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=114;WE=49221893;WS=49221875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	49227488	rs202677	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=57.25;NF=6;NR=1;PP=160;SC=CAGATGAAATGTGATCCAAGA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=49227496;WS=49227478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	49229500	.	C	CAAACA	1758.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=42.90;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	49329552	rs1164670	G	A	6050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=77;PP=2768;SC=TGGAAATCCGGATGGTCAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=153;WE=49329560;WS=49329542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	49356400	rs34397343	GT	G	210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=175;ReadPosRankSum=2.014;SC=AGCTGTTCTGGTTTTTTTTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=49356409;WS=49356390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr11	49372872	rs3915110	G	A	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=63;PP=2048;SC=TGATGAGGCAGTGGGCATAGT;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=114;WE=49372880;WS=49372862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	49400965	rs3974576	T	C	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=38;PP=1391;SC=ATTCACTATCTAAGACTCTTC;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=76;WE=49400973;WS=49400955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	49455021	rs61885359	C	A	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=19;PP=830;SC=AATTTTCCGGCCTGTTACTGA;SOR=0.800;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=43;WE=49455029;WS=49455011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	49597799	rs7131345	C	T	5418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=54;PP=2770;SC=TGTCCTAAAACGGTCCTTCTG;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=94;TCR=54;TR=148;WE=49597807;WS=49597789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	49598178	rs7101761	G	A	5871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=68;PP=2800;SC=AGGGCTTGGTGTGCTCTGTGG;SOR=0.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=139;WE=49598186;WS=49598168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	49598209	rs7939515	T	C	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=70;PP=2604;SC=CTCTTCCTTCTGCTCCAAGAA;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=75;TCR=70;TR=145;WE=49598217;WS=49598199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	49598257	rs7101891	G	T	6032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.33;QD=26.34;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	49637416	rs7125677	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=19;PP=515;SC=ATGCTAAAATACCCTTAATGA;SOR=2.531;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=49637424;WS=49637406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	49813442	rs7943083	A	G	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=4;PP=687;SC=GGACCCTGCGACCTTCCGCAG;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=49813450;WS=49813432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	49813496	.	TC	T	32.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-1.485;QD=0.96;ReadPosRankSum=2.522;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr11	49813498	.	T	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=3.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-1.485;QD=1.23;ReadPosRankSum=2.685;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr11	49813499	.	T	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=0.724;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.168;SOR=1.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr11	49813637	rs11530434	A	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=34;PP=943;SC=CTTGTGAGAGACACAACGGTA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=49813645;WS=49813627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	49829184	rs61905638	C	T	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=37;PP=1328;SC=AAATGTCCTACGTATTTCTAT;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=75;WE=49829201;WS=49829174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	49829193	rs35198519	AT	A	3287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.033;NF=7;NR=41;PP=978;ReadPosRankSum=0.391;SC=ACGTATTTCTATTTTTTTTTA;SOR=0.803;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=48;WE=49829201;WS=49829174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr11	49974169	rs79794374	C	G	8485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=133;PP=2965;SC=CCTATCTCTCCTTTATTGATG;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=238;TCF=104;TCR=134;TR=235;WE=49974177;WS=49974159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr11	49974371	rs28662375	G	A	7343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=83;PP=2965;SC=CTATACCACCGTCATGAAGCA;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=89;TCR=84;TR=172;WE=49974379;WS=49974361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr11	50003191	rs4598671	C	A	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=51;PP=2137;SC=GTGTAGACCACGGGATTTAAC;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=104;WE=50003199;WS=50003181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	51411914	rs61890334	T	C	6186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=75;NR=68;PP=2965;SC=AGGGAGACTGTACACAACAAT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=75;TCR=68;TR=143;WE=51411922;WS=51411904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr11	51459057	rs5009058	G	A	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=83;PP=2965;SC=GTCAGTGCAGGCCAGTTTCAA;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=89;TCR=83;TR=172;WE=51459065;WS=51459047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	51515183	rs61890418	T	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=482;SC=TTTAATAAAATTCAAGCATTT;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=51515191;WS=51515173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	51515460	rs11246606	C	T	12537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=148;NR=147;PP=2965;SC=ATGTACCTTTCCCTGGCCTAT;SOR=0.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=297;TCF=149;TCR=148;TR=295;WE=51515468;WS=51515450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr11	51515546	rs61890419	G	A	10716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=120;NR=132;PP=2965;SC=TGGAAAGAAGGCCATCCTATT;SOR=0.782;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=120;TCR=133;TR=252;WE=51515554;WS=51515536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr11	51515596	rs61890420	C	T	8565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=119;PP=2965;SC=AACATTTCTTCGGAGGTGCAG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=225;TCF=106;TCR=119;TR=224;WE=51515604;WS=51515586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr11	51515830	rs61890421	C	G	14447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.30;QD=45.01;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr11	51515834	rs61890422	C	A	14633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.49;QD=43.81;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr11	51516144	rs11246609	A	G	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.82;QD=28.37;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr11	55110648	rs79599987	T	A	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-4.442;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.453;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,71:0.24:301
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chr11	55110685	rs76977601	A	G	3660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=5.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-5.378;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,106:0.29:368
chr11	55110688	rs79878073	C	T	3661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=5.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-5.352;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.976;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,107:0.29:369
chr11	55110690	rs79323751	G	A	3751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FS=5.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-5.372;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.184;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,107:0.29:371
chr11	55110715	rs77981146	G	A	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=5.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-4.809;QD=10.81;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,100:0.29:340
chr11	55110727	rs75059670	A	G	3455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.035;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-4.461;NF=32;NR=27;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.001;SC=GCCTCACTCAAGATCCTGATG;SOR=0.773;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=201;TCF=101;TCR=100;TR=59;WE=55110754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,97:0.30:321
chr11	55110739	rs78513473	GA	AC	3130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=2.166;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-2.886;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,87:0.30:286
chr11	55110746	rs78377864	A	G	3103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=3.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-2.860;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,82:0.31:266
chr11	55110761	rs76944329	T	G	2202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.523;HP=4;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.007;NF=28;NR=24;PP=754;ReadPosRankSum=0.238;SC=ATTTGTCATGTTTTTACTCAT;SOR=0.866;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=181;TCF=93;TCR=88;TR=52;WE=55110769;WS=55110751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,66:0.29:228
chr11	55110804	rs202202418	T	C	3186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=2.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.957;QD=12.65;ReadPosRankSum=-1.794;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,87:0.35:252
chr11	55110804	.	TTT	CTG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MMLQ=27;MQ=60.04;NF=42;NR=25;PP=2944;QD=20;SC=AACCTCCTCATTTGGGTGACT;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=203;TCF=117;TCR=86;TR=67;WE=55110825;WS=55110794;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:136,67:0.33:203
chr11	55110806	rs200076303	T	G	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=2.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.969;QD=12.48;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,87:0.34:254
chr11	55110817	rs201128700	T	C	3008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.611;HP=1;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.438;NF=46;NR=27;PP=2962;ReadPosRankSum=0.025;SC=GGGTGACTACTATTGGCAGCC;SOR=0.919;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=208;TCF=120;TCR=88;TR=73;WE=55110825;WS=55110794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,88:0.33:268
chr11	55110843	rs199644874	T	C	4032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=3.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=1.642;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:253,114:0.31:367
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chr11	55110845	rs200889979	A	G	4143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=3.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=1.482;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,115:0.31:367
chr11	55110861	rs200705953	C	A	5348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.765;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,146:0.32:458
chr11	55110865	rs187469362	C	T	5519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=0.393;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,153:0.32:474
chr11	55110877	rs200261293	G	A	6046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=544;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.374;SC=TGTCACTTATGGATGCCATAT;SOR=0.650;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=306;TCF=169;TCR=137;TR=110;WE=55110885;WS=55110851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:357,186:0.34:543
chr11	55110903	rs116924453	C	A	8169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=62;PP=1935;ReadPosRankSum=-1.915;SC=ACTGCCATGTCACCCAAATTG;SOR=0.755;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=346;TCF=184;TCR=162;TR=138;WE=55110911;WS=55110893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:402,228:0.36:630
chr11	55110918	rs147641414	T	C	8929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FS=0.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=-1.797;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,237:0.38:626
chr11	55110928	rs150328499	C	A	8916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=14.50;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:380,235:0.38:615
chr11	55110930	rs142852989	G	T	8899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FS=0.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:387,235:0.38:622
chr11	55110934	rs142253044	T	A	8917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:385,234:0.38:619
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chr11	55111013	rs74777917	T	C	3886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.451;HP=3;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.751;NF=61;NR=72;ReadPosRankSum=-0.503;SC=GGTCTTCCTTTTGGTGGTGAT;SOR=0.511;SbPval=0.32;Source=Platypus;TCF=120;TR=133;WE=55111021;WS=55111003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,192:0.49:388
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chr11	55111071	rs76072904	AC	CT	5111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.442;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=-5.152;QD=18.66;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,126:0.46:274
chr11	55111086	rs78354885	T	A	4771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-4.616;QD=18.21;ReadPosRankSum=0.076;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,128:0.49:262
chr11	55111115	rs78540024	A	G	5118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-5.349;QD=19.39;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,132:0.50:264
chr11	55111118	rs77255270	A	G	5109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-5.591;QD=19.14;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,133:0.50:267
chr11	55111157	rs75280282	C	G	4853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=85;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.228;NF=46;NR=51;PP=1532;ReadPosRankSum=1.809;SC=AATTGTCTTTCTGTACAGTCT;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=197;TCF=95;TCR=102;TR=97;WE=55111165;WS=55111147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,132:0.46:286
chr11	55111172	rs80108485	A	T	4808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=89;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-7.233;NF=44;NR=48;PP=1355;ReadPosRankSum=2.173;SC=CAGTCTACCAATCTGTGGCCC;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=95;TCR=100;TR=92;WE=55111180;WS=55111162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,125:0.45:280
chr11	55111189	rs77880899	T	C	5011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=98;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.129;NF=45;NR=54;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GCCCCAATGTTATTGACCACT;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=90;TCR=109;TR=99;WE=55111208;WS=55111179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,131:0.47:279
chr11	55111200	rs75654702	C	T	4633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=2;HapScore=4;MGOF=98;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-8.503;NF=42;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.688;SC=ATTGACCACTCTGTCTGTGAC;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=85;TCR=104;TR=92;WE=55111208;WS=55111179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,119:0.46:257
chr11	55111222	rs7121804	G	A	7010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.27;QD=37.69;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	55111222	.	GTTGGAACTGTTGTGCCT	ATTAGAACTGGCATGCAC,ATTGGAACTGTTGTGCCT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=68;MMLQ=22;MQ=55.64;NF=19,52;NR=34,82;PP=2897,2962;QD=20;SC=TGTACCCATTGTTGGAACTGT;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=138;TCF=55;TCR=83;TR=53,134;WE=55111247;WS=55111212;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.38:138
chr11	55111225	rs78991953	G	A	3182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.23;MQRankSum=-9.588;QD=17.39;ReadPosRankSum=0.874;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,80:0.44:183
chr11	55111231	.	GTT	G	3017.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.918;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQRankSum=-9.369;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.637;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,78:0.45:172
chr11	55111234	.	G	GCA	3050.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-9.010;QD=18.38;ReadPosRankSum=-0.032;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,79:0.48:166
chr11	55111238	rs11229158	CT	AC	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.79;MQRankSum=-9.156;QD=18.54;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,75:0.47:159
chr11	55111258	rs75433926	A	C	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-9.004;NF=22;NR=40;PP=997;ReadPosRankSum=1.070;SC=ACTTTATAGGACTCACTGTGG;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=44;TCR=78;TR=62;WE=55111266;WS=55111248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,67:0.50:135
chr11	55111284	rs149774017	T	C	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.38;MQRankSum=-6.861;QD=20.32;ReadPosRankSum=1.810;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr11	55111293	rs78534550	T	C	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQRankSum=-6.435;QD=22.33;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr11	55111298	rs79376849	A	G	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.62;MQRankSum=-6.391;QD=21.78;ReadPosRankSum=1.506;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr11	55111313	rs200720954	C	T	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.175;HP=1;HapScore=2;MGOF=138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.704;NF=11;NR=28;PP=604;ReadPosRankSum=0.010;SC=TACCTTTCTGCTAATCTCCTG;SOR=1.101;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=39;WE=55111321;WS=55111303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,46:0.56:82
chr11	55111328	.	G	A	1531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.891;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=6.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQRankSum=-5.399;QD=20.98;ReadPosRankSum=-1.852;SOR=1.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr11	55111341	.	T	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.351;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.94;MQRankSum=-4.433;QD=17.65;ReadPosRankSum=0.312;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr11	55111354	rs75076309	C	T	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=3.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.80;MQRankSum=-4.561;QD=17.10;ReadPosRankSum=0.086;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr11	55111365	rs75741638	A	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-4.369;QD=18.17;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr11	55111382	rs78913302	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=91;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.154;NF=6;NR=14;PP=300;ReadPosRankSum=-2.084;SC=TAAAGCCCTGCCTACCTGCAT;SOR=1.429;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=20;WE=55111390;WS=55111372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr11	55111405	rs78131590	TG	CA	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.662;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQRankSum=-5.961;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr11	55111413	rs74668728	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.61;MQRankSum=-6.036;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.455;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr11	55111418	rs141537673	G	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQRankSum=-6.593;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,21:0.38:55
chr11	55111438	rs189929394	T	C	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-7.031;QD=11.08;ReadPosRankSum=2.397;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr11	55111453	rs79231280	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.805;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQRankSum=-6.872;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.499;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr11	55111480	rs78322774	A	C	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-7.290;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.636;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,13:0.19:67
chr11	55111496	rs75584132	T	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-7.241;QD=4.59;ReadPosRankSum=-2.261;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,14:0.19:72
chr11	55111509	rs75872349	T	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.42;MQRankSum=-6.378;QD=3.49;ReadPosRankSum=-3.024;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,10:0.16:63
chr11	55111531	rs78253574	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-5.621;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.164;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,6:0.09:68
chr11	55111532	rs78553002	T	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-5.621;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.233;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,6:0.09:68
chr11	55111534	rs77217348	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQRankSum=-5.621;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.299;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,6:0.09:68
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chr11	55111602	rs78987961	A	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-2.648;QD=2.61;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,3:0.12:26
chr11	55111607	rs77602694	G	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-3.086;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,2:0.09:23
chr11	55135689	rs61916184	T	A	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=6;PP=507;SC=CCAAAATGATTGTTGACTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=55135697;WS=55135679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	55136219	rs7927370	C	T	8974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=109;PP=2965;SC=TTCTTGTATGCAAGGCCCAAT;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=97;TCR=109;TR=206;WE=55136227;WS=55136209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr11	55321823	rs17581532	T	A	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=16;PP=900;SC=AATTTTGCACTTGGATGTACC;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=50;WE=55321831;WS=55321813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	55322099	rs17496724	C	A	5902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=69;PP=2650;SC=AGCAGCCCTGCTCTTCTGGTG;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=140;WE=55322107;WS=55322089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	55322422	rs74331841	C	A	5793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=54;PP=2510;ReadPosRankSum=1.708;SC=GATACAAATTCTTTTTACTTT;SOR=0.331;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=78;TCR=55;TR=131;WE=55322430;WS=55322412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,221:1.00:222
chr11	55322464	rs61919569	A	C	8262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=86;PP=2965;SC=CAATGTCATCAATCACTTTAT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=184;TCF=96;TCR=88;TR=182;WE=55322472;WS=55322454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr11	55322490	rs61919570	G	A	8542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=84;PP=2965;SC=ACTTGTACCCGTTACTGGAGC;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=177;WE=55322498;WS=55322480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr11	55322606	rs17581700	T	C	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=63;PP=2314;SC=GCTGTCATCTTGCTCTCTCTG;SOR=0.739;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=126;TCF=60;TCR=66;TR=123;WE=55322614;WS=55322596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr11	55322902	rs61919571	C	A	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=24;PP=736;SC=TTAAAAAATCCAAAGTTAAGA;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=55322910;WS=55322892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	55322921	rs77650525	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=541;SC=GAGTAAAAAAGGTCAAAATGG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=55322929;WS=55322911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	55339462	rs71488974	G	A	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	55339466	rs80123215	C	A	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	55339704	rs78612916	T	G	9793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	55339712	rs75881957	C	T	9996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.54;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	55339740	rs80210585	G	C	7328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=83;PP=2965;SC=ATCATTATTAGTGTCAAGACC;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=109;TCR=85;TR=190;WE=55339748;WS=55339730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr11	55339829	rs557590	A	G	11332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=128;PP=2965;SC=TACTTCCATAACCCCTAGAAT;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=131;TCR=128;TR=257;WE=55339837;WS=55339819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr11	55340170	rs61916568	A	C	9236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=109;PP=2965;SC=CCTGTTCAGAAACCTATGTGG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=222;TCF=112;TCR=110;TR=220;WE=55340178;WS=55340160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr11	55340379	rs559449	T	C	8783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=114;PP=2965;SC=TACACATGCCTTGCAACCGTA;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=89;TCR=114;TR=202;WE=55340387;WS=55340369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr11	55340466	rs56111016	A	G	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=74;PP=2373;SC=TACACGCTGAAGAATACAGAA;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=118;WE=55340474;WS=55340456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	55340552	rs56352135	C	T	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=24;PP=738;SC=GGTTTCAAATCCTTCTTTATA;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=55340560;WS=55340542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	55371132	rs7114415	A	T	5413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=77;PP=2965;SC=ATTATGTGAGACGTGCAAGCG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=152;WE=55371140;WS=55371122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	55371828	rs491160	G	T	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=57;PP=1759;SC=ATGAATTCAGGCACACTGTTA;SOR=1.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=55371836;WS=55371818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	55371916	rs491375	G	A	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=23;PP=635;SC=AAAAGAAATAGATTCTAAATT;SOR=3.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=55371924;WS=55371906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	55406524	rs61896975	C	T	5646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=72;PP=2758;SC=TGCAGAGAGACGCAGCAAAGC;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=152;WE=55406532;WS=55406514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	55406886	rs7943858	T	C	276.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=256;SC=AGCATATCCCTTCTGTGGTTT;SOR=4.615;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=10;WE=55406894;WS=55406876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	55418963	rs7949664	T	G	7728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=100;PP=2965;SC=ATTGTTGGTGTTGTTGTGACA;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=79;TCR=100;TR=178;WE=55418971;WS=55418953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr11	55541098	rs297118	G	A	5300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=68;PP=2771;SC=ACAATCATGTGCTTTTTCCTT;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=72;TCR=68;TR=140;WE=55541106;WS=55541088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	55541620	rs7124871	G	T	7223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=73;PP=2965;SC=GCAAGTGGGCGCCAGAAAACT;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=97;TCR=74;TR=170;WE=55541628;WS=55541610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	55563761	rs61896309	G	A	6501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=0.826;SC=CTCCACCTGGGCCTCCCACCT;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=159;WE=55563769;WS=55563751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,245:0.99:247
chr11	55563776	rs297054	T	G	6718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=81;PP=2965;SC=CCACCTGACTTCTATCACCAT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=161;WE=55563784;WS=55563766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr11	55563846	rs61896310	C	A	7913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.254;SC=TCTCGGCAAACAGTCAAAGTG;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=87;TCR=94;TR=178;WE=55563854;WS=55563836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,306:0.99:308
chr11	55587117	rs297082	T	A	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=24;PP=1513;SC=TGCTGCTGACTGATAGAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=76;WE=55587125;WS=55587107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	55587212	rs7948629	A	G	5709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=60;PP=2660;SC=CTGGCCATCTACAATGTCACT;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=132;WE=55587220;WS=55587202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	55587511	rs297081	A	G	6509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=83;PP=2965;SC=CTACACAGTTAACATGTCCCA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=78;TCR=83;TR=161;WE=55587519;WS=55587501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	55607057	rs61896326	C	T	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=44;PP=1401;SC=AAAGTGGCCTCTGTGTTTTAC;SOR=1.338;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=66;WE=55607065;WS=55607047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	55656437	.	A	AT,ATT	2881.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-0.489;QD=22.69;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,33,90:0.26,0.71:127
chr11	55681149	rs62639688	G	C	854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=6;PP=450;SC=TTATTTTTCAGTTTTTTCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=55681157;WS=55681139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	55681375	rs17511601	T	G	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=40;PP=1826;SC=CAGCAGAGTGTATCTCCAAGA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=79;WE=55681383;WS=55681365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	55681416	rs17596422	A	G	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=38;PP=1850;SC=TAAGAAATGAAAACTCCTGAA;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=42;TCR=38;TR=80;WE=55681424;WS=55681406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	55681494	rs2457239	G	A	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=61;PP=2464;SC=GTATCTGAGCGAGAGAGTAAT;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=125;WE=55681502;WS=55681484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	55681580	rs17596519	A	G	6594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=77;PP=2519;SC=GGCCAGTGTCATATGTATCAA;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=145;WE=55681588;WS=55681570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr11	55681942	rs17511797	G	T	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=53;PP=1675;SC=GATTTGCTGAGAAATTAATGA;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=55681950;WS=55681932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	55682111	rs2940752	T	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=310;SC=AGAATGACAGTCTAGAACTTG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=55682119;WS=55682101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	55702961	rs9665861	C	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=3;PP=158;SC=GATCTTAGAACTTTCTCAGCT;SOR=0.914;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=55702969;WS=55702951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	55703010	rs9665863	C	A	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=3;PP=391;SC=TATAAATCAACGGATTCAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=55703018;WS=55703000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	55703247	rs4465383	G	A	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=46;PP=1882;SC=TAAAACAAATGATTTCCACTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=94;WE=55703255;WS=55703237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	55703650	rs9666086	A	G	6378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=77;PP=2965;SC=AATGTCTGAGAAATAGCAAAG;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=170;WE=55703658;WS=55703640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr11	55703766	rs17597589	A	G	7360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=91;PP=2965;SC=GAATTATAGCATACAATGTCA;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=83;TCR=92;TR=173;WE=55703774;WS=55703756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	55703861	rs17597625	T	C	4604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=75;PP=2271;SC=GTGTAGTTTCTATCTGTAAAT;SOR=1.159;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=41;TCR=75;TR=116;WE=55703869;WS=55703851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	55703981	rs35841857	T	TA	146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	55734972	rs11231705	A	T	134.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=106;SC=TTAAAAAAAAATTCACTGAAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=55734991;WS=55734962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	55734983	rs61896161	C	T	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=150;SC=TTCACTGAAGCCACATGACAA;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=55734991;WS=55734962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	55735031	rs61896162	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=8;PP=459;SC=TCAAGTCTTCATCTCATGTTA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=55735039;WS=55735021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	55735106	rs61896163	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=19;PP=910;SC=TATATATAATAGGATTCAAAG;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=55735114;WS=55735096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	55735280	rs61896164	T	A	5678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=53;PP=2965;SC=CTCTGGCTGATGACAATTTCA;SOR=1.141;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=89;TCR=53;TR=141;WE=55735288;WS=55735270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	55735518	rs61896165	G	A	5838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=79;PP=2956;SC=AATTGTGATGGTCCAGGAAGC;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=149;WE=55735526;WS=55735508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	55735579	rs61896166	A	G	5447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=77;PP=2965;SC=GGATACTGCAAAGGCTTACAA;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=67;TCR=77;TR=142;WE=55735587;WS=55735569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr11	55735649	rs61896167	C	A	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=73;PP=2467;SC=TGCCTCCAAGCATAAGAAAAA;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=128;WE=55735657;WS=55735639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
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chr11	55747136	rs12099295	G	C	6420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=82;NR=83;PP=2965;SC=ATAAGACACAGAGGTGAGGAT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=82;TCR=83;TR=165;WE=55747144;WS=55747126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr11	55761221	rs2449134	C	T	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.81;QD=26.75;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr11	55761281	rs80272096	G	A	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.31;QD=25.94;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	55761738	rs2128152	T	G	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.637;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.854;NF=32;NR=21;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.519;SC=GCCGCATACCTGTCATAGGCC;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=53;WE=55761746;WS=55761728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr11	55761786	rs61888467	A	C	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=33;PP=1491;SC=GTCGCCAGGGAGATAAAGAAG;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=55761794;WS=55761776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	55762167	.	C	CA	343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;MQRankSum=0.442;QD=13.75;ReadPosRankSum=0.451;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr11	55762215	rs61888468	T	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=13;PP=350;SC=ATATGGCAAATAAATAAACAA;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=55762223;WS=55762205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	55783058	rs7933387	T	C	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.91;QD=45.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	55783061	rs7933389	T	C	2626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.94;QD=43.78;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	55783220	rs61888539	A	T	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=41;PP=1314;SC=GTTGAGTAACAAATGTCCACA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=55783228;WS=55783210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	55798152	rs1482011	G	A	7098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=62;PP=2796;SC=CAAACTTCTTGGCATCCAGGA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=143;WE=55798160;WS=55798142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr11	55798237	rs17528782	C	T	6556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=77;PP=2965;SC=GTGCCTTATCCTGGCAGCAAT;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=171;TCF=93;TCR=78;TR=170;WE=55798245;WS=55798227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	55798533	rs17528803	A	C	6562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.208;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CTTTTGTGGTAATATTTATTT;SOR=0.381;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=79;TCR=94;TR=172;WE=55798541;WS=55798523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,246:1.00:247
chr11	55798761	rs61889974	T	C	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.57;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	55798764	rs61889975	T	C	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	55798823	rs17600939	A	G	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=217;SC=AGAATTGGATATTCAAATGAA;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=55798831;WS=55798813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	55860780	rs1842700	G	A	6891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr11	55861153	rs17603011	A	G	7146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=79;PP=2965;SC=CAATCGCTACATAGCAATCTG;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=97;TCR=80;TR=176;WE=55861161;WS=55861143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	55861277	rs138372442	GT	G	11192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=101;PP=2951;SC=GTGATAAGCAGTTTGGCGTTC;SOR=0.791;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=132;TCF=29;TCR=103;TR=130;WE=55861285;WS=55861267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr11	55861297	rs117967749	A	G	12905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=92;PP=2965;SC=CTGTGATTCCAGCATCAATCA;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=176;TCF=84;TCR=92;TR=175;WE=55861314;WS=55861287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr11	55861306	rs144690814	CA	C	5373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.204;NF=33;NR=94;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CAGCATCAATCATTTTTTTTG;SOR=0.404;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=33;TCR=94;TR=127;WE=55861314;WS=55861287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,249:0.99:252
chr11	55861484	rs61887096	A	C	3329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=50;PP=1421;SC=GCAGGCAGGCAGAAGGCCTTC;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=81;WE=55861492;WS=55861474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	55861650	rs61887097	C	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=12;PP=353;SC=CACTCATCTACAGTCTGAGGA;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=55861658;WS=55861640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	55872424	rs61887144	G	A	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=9;PP=1214;SC=CCGCGTTCAAGCAATTCTCCT;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=53;WE=55872432;WS=55872414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	55872832	rs61750923	C	T	10184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=137;PP=2965;SC=TTCTTTTTTGCCTTCTTGGGT;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=109;TCR=137;TR=246;WE=55872840;WS=55872822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr11	55872980	rs61734406	A	G	13841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.11;QD=44.51;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr11	55872990	rs61734403	G	C	14386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.49;QD=41.82;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr11	55873024	rs2449148	A	G	19589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.45;QD=44.93;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,436:1.00:436
chr11	55873024	.	ACG	GCT	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=21;MQ=57.42;NF=130;NR=118;PP=2947;QD=20;SC=TTGCATTTCTACGACTCAAAC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=136;TCR=123;TR=248;WE=55873034;WS=55873014;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:11,248:0.96:259
chr11	55873026	rs61734396	G	T	19589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.50;QD=44.52;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr11	55873293	rs61731255	T	C	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=33;PP=1530;SC=GATTTTTACTTATTTAAAACC;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=72;WE=55873301;WS=55873283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	55873368	rs1842696	G	A	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.05;QD=25.71;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	55889790	rs2035408	G	T	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=20;PP=1450;SC=GTAGCTGGGAGTACAGGCGCC;SOR=1.890;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=57;TCR=21;TR=77;WE=55889798;WS=55889780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	55889815	rs7112887	A	G	5411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=39;PP=2462;SC=CTACGTATCAACTTTGATTTC;SOR=1.394;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=81;TCR=41;TR=120;WE=55889823;WS=55889805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	55890156	rs61746202	G	T	9734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=6.147;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.30;MQRankSum=-0.131;QD=25.55;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,379:0.99:381
chr11	55890257	rs1842691	C	T	8268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.101;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.189;NF=96;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.023;SC=AGTTATTATGCCCAAAAGGCT;SOR=0.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=179;WE=55890265;WS=55890247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr11	55890273	rs61743852	T	C	8674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.496;HP=3;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.056;NF=110;NR=77;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.325;SC=AGGCTCTGCCTCGCTCTCATC;SOR=0.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=111;TCR=78;TR=187;WE=55890281;WS=55890263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr11	55890320	rs61743838	G	C	9376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.519;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.539;NF=150;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.262;SC=GGACTCCTTTGTCAATGTGGT;SOR=0.601;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=150;TCR=112;TR=259;WE=55890328;WS=55890310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,343:1.00:344
chr11	55890355	rs78856925	TG	CT	20958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.439;NF=165;NR=135;PP=2947;ReadPosRankSum=1.550;SC=TGCATTTCTGTGACTCAAACA;SOR=0.454;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=309;TCF=168;TCR=141;TR=300;WE=55890364;WS=55890345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,469:1.00:470
chr11	55890449	rs17531522	A	G	10136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=155;PP=2965;SC=GCTGATATTCATTATCGCTGG;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=264;TCF=108;TCR=156;TR=263;WE=55890457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr11	55890571	rs61743017	C	T	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=54;PP=2066;SC=TCTCTACTTGCGTCTCTCATC;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=91;WE=55890579;WS=55890561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	55890609	rs61743026	C	T	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	55890726	rs61747871	G	T	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=52;PP=1766;SC=TATAGTCTTAGAAACAGAGAA;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=96;WE=55890734;WS=55890716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	55904751	rs1947923	T	C	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=31;PP=1546;SC=CATAGAGGTATGTGAGGGACA;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=55904759;WS=55904741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	55905025	rs1947924	T	G	10046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=133;PP=2965;SC=GTACATGGGGTTTTGAAGTCG;SOR=0.817;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=115;TCR=134;TR=248;WE=55905033;WS=55905015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr11	55927442	rs61746523	T	C	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=49;PP=2170;SC=TCATAGGCCATGGCTGACAGG;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=72;TCR=49;TR=121;WE=55927450;WS=55927432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	55944048	rs10896103	G	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=2;PP=407;SC=CAAATTATGAGTCTATCTTTT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=55944056;WS=55944038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	55999503	rs12270451	G	A	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=352;SC=ACCCTGGATGGAAACCAACAT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=55999511;WS=55999493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	55999737	rs7121880	G	C	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=42;PP=1754;SC=ATCATGTCATGGTCCGAAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=87;WE=55999745;WS=55999727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	55999897	rs7122000	G	A	7102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.55;ReadPosRankSum=-0.790;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr11	56000288	rs7122514	G	A	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=59;PP=2046;SC=ATTCTTTGTCGTAAAATCTAC;SOR=0.892;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=104;WE=56000296;WS=56000278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	56000403	rs10791893	C	G	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=59;PP=2044;SC=CTAATGACCACTAAAATCAGT;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=120;WE=56000411;WS=56000393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	56000471	rs11227599	G	A	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=57;PP=1855;SC=GAAGAAGATAGTCTGCAGTTC;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=107;WE=56000479;WS=56000461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	56000581	rs76457874	G	A	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=53;PP=1769;SC=TAAAGTTACAGTTCATATTAT;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=99;WE=56000589;WS=56000571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	56015709	rs74657528	T	A	232.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=132;SC=CGTTTTTTTTTAATTTTGCAT;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=56015717;WS=56015699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	56019644	rs17612565	A	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=350;SC=GGAAATTATTATGCCCCAAGA;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=56019652;WS=56019634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	56020244	rs61746551	T	C	10888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=137;PP=2965;SC=ACTATACATATAGTGGCTACA;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=130;TCR=137;TR=267;WE=56020252;WS=56020234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr11	56042980	rs7125690	C	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=132;SC=CCACTTGGACCCAATTTTATC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=56042988;WS=56042970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	56043056	rs74782118	A	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=7;PP=366;SC=TGAGGATATAATTGGATAAAC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=56043064;WS=56043046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	56043702	rs7125697	G	C	11560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=135;NR=122;PP=2965;SC=TGCCTCCTCTGCTTGCTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=262;TCF=137;TCR=125;TR=257;WE=56043710;WS=56043692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,442:1.00:442
chr11	56057898	rs61888286	G	A	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=30;PP=1322;SC=ATAGGATGCAGATATTGTGAT;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=76;WE=56057906;WS=56057888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	56058474	rs17540861	T	A	5544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=82;PP=2562;SC=CATCTGGACCTCTTCAGAATC;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=141;WE=56058482;WS=56058464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	56086147	rs960193	T	G	6471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=74;PP=2718;SC=TCCTACGACCTCTATGTGGCC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=74;TCR=75;TR=148;WE=56086155;WS=56086137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr11	56113516	rs1905055	T	C	4801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=39;PP=2034;SC=GTTACCAAGATGAATCATGTG;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=75;TCR=39;TR=113;WE=56113524;WS=56113506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	56113764	rs17614327	G	A	8852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=114;PP=2965;SC=CACTGTCATTGCCCCGAAGAT;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=112;TCR=114;TR=226;WE=56113772;WS=56113754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr11	56127657	rs7952410	G	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.96;SOR=2.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	56127746	rs7942390	A	G	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=20;PP=1782;SC=ATTTCACCAGAGTCACTGAGT;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=80;WE=56127754;WS=56127736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	56127829	rs7927015	G	T	7086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=128;NR=70;PP=2965;SC=GTGCTCTATGGGCTGACCATG;SOR=1.213;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=129;TCR=70;TR=198;WE=56127837;WS=56127819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	56128062	rs7942730	A	T	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=69;PP=2316;SC=GGAGGTAATCATGCTGGCTTT;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=112;WE=56128070;WS=56128052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	56128406	rs62001032	A	G	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=53;PP=2360;SC=TTTTAAAAATATGTTCATCAG;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=66;TCR=53;TR=119;WE=56128414;WS=56128396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	56128524	rs7928704	C	T	6457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=69;PP=2726;SC=TAACCATTCACTGGATACTGA;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=76;TCR=69;TR=144;WE=56128532;WS=56128514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr11	56142966	rs61903545	T	G	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	56143103	rs200929810	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=6.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=-3.616;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,11:0.07:147
chr11	56143108	rs74639624	C	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=9.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-3.900;SOR=1.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,16:0.10:162
chr11	56143125	rs74467122	C	T	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=2.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-3.797;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,39:0.18:216
chr11	56143156	rs11228165	C	T	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=1.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,56:0.21:261
chr11	56143158	rs11228166	A	G	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=1.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,57:0.22:263
chr11	56143198	rs80034856	C	T	3307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.508;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.654;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,91:0.30:300
chr11	56143204	rs79445223	C	T	3574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.463;QD=11.31;ReadPosRankSum=-1.965;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,100:0.32:316
chr11	56143207	rs75547926	C	T	3667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.448;QD=11.43;ReadPosRankSum=-1.977;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,103:0.32:321
chr11	56143216	rs76044076	G	A	3955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.401;QD=12.17;ReadPosRankSum=-2.327;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,109:0.34:325
chr11	56143225	rs77854836	CT	TC	3786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.488;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.321;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,107:0.31:346
chr11	56143250	rs76390346	G	A	3779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.519;QD=10.24;ReadPosRankSum=3.767;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,111:0.30:369
chr11	56143252	rs75101573	G	A	3818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.549;QD=10.35;ReadPosRankSum=4.660;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,108:0.29:369
chr11	56143255	.	T	TGA	3921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.139;ClippingRankSum=0.000;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.512;QD=10.60;ReadPosRankSum=4.181;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,112:0.30:370
chr11	56143257	rs77515824	C	A	3974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.506;QD=10.80;ReadPosRankSum=4.296;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,112:0.30:368
chr11	56143259	.	AGT	A	3932.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.493;QD=10.72;ReadPosRankSum=4.267;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,113:0.31:367
chr11	56143357	rs76949582	G	A	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=3.573;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,57:0.28:206
chr11	56143360	rs79469149	C	T	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=2.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.261;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,58:0.28:206
chr11	56143370	rs77605888	GT	AG	1910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=4.965;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,48:0.25:189
chr11	56143375	rs75240955	A	T	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,52:0.27:190
chr11	56143378	rs80298942	C	G	1760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,52:0.27:195
chr11	56143381	rs78405432	TG	CA	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,52:0.27:192
chr11	56143394	rs74667177	A	G	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=1.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.144;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,54:0.27:201
chr11	56143399	rs75482598	AC	GT	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=5.814;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.022;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,54:0.26:204
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chr11	56143408	rs79327545	C	T	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=5.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=1.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,57:0.27:210
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chr11	56143816	rs111512467	G	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=6.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-2.442;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,27:0.14:190
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chr11	56143823	rs77614949	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=10.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-2.490;QD=2.95;ReadPosRankSum=-0.215;SOR=1.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,25:0.14:182
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chr11	56143972	.	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.303;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=19.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-2.721;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=4.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,10:0.12:86
chr11	56143976	.	C	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.729;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=16.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-2.829;QD=1.46;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=3.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,9:0.11:83
chr11	56143977	rs12272403	A	G	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=33;PP=863;SC=TATAGCCTCCAGAATAAGGAG;SOR=1.387;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=53;WE=56143985;WS=56143967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	56143981	.	T	C	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.454;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=13.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-2.958;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=3.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,8:0.10:80
chr11	56143984	.	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.960;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=13.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-2.894;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.120;SOR=3.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,8:0.10:77
chr11	56143987	rs199932239	G	T	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=13.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-2.829;QD=1.35;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=3.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,8:0.11:74
chr11	56185345	rs6591324	A	G	8135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	56185345	.	AAT	GAC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=58;NR=57;PP=2947;QD=20;SC=GCGACATAGCAATCGTAGGCC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=115;WE=56185355;WS=56185335;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,115:0.92:125
chr11	56185347	rs7111634	T	C	8135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	56185401	rs7123108	C	T	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=65;PP=2599;SC=GGTGAGAAAACAACCCAGTTG;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=72;TCR=65;TR=136;WE=56185409;WS=56185391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	56185738	rs17627302	G	C	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=48;PP=1412;SC=AGATTTTGTCGCAGTTGAAAA;SOR=1.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=63;WE=56185746;WS=56185728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	56216613	rs374100881	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=11.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-4.880;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=1.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,35:0.31:112
chr11	56216633	.	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=13.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-5.634;QD=1.34;ReadPosRankSum=-1.446;SOR=1.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,19:0.17:113
chr11	56230069	rs1945237	T	C	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=23;PP=1048;SC=AGCCACCATTTTGCCCTGCTC;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=56230077;WS=56230059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	56230120	rs61902868	G	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=18;PP=814;SC=CATGAAGATGGGGGTCCCATA;SOR=1.157;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=56230128;WS=56230110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	56230328	rs61902869	G	T	5140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=60;PP=2586;SC=CAGGCAATCTGGATGAGAGGG;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=124;WE=56230336;WS=56230318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	56230473	rs61902870	A	G	7891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=102;PP=2965;SC=ACACAGTCCTAGACATTTTAC;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=202;TCF=100;TCR=102;TR=202;WE=56230481;WS=56230463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr11	56230611	rs79837116	G	T	4694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	56230678	rs61902871	G	A	5471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=55;PP=2398;SC=GCACACGTCCGCAAAAGACAG;SOR=0.962;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=75;TCR=56;TR=130;WE=56230686;WS=56230668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	56236929	rs61902879	T	C	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=108;SC=TTTGTACCACTTTTATTTTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=56236937;WS=56236919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	56237564	rs61902880	A	T	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.51;QD=29.85;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	56237578	rs61902881	A	G	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.86;QD=28.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	56237592	.	G	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.04;QD=41.65;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	56237599	.	C	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.65;QD=52.29;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	56237604	.	TTGC	T	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.38;QD=57.52;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	56237609	.	A	ACTG	893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.05;QD=44.69;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	56237728	rs79240946	G	A	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.97;QD=26.81;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	56237966	rs77400854	T	C	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=10;PP=292;SC=ATCGGTGAAATTGAGCATTTT;SOR=0.902;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=56237974;WS=56237956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	56257877	rs76575662	G	A	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=3;PP=401;SC=AAAAAGTCTAGGAAGGGCTTT;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=56257885;WS=56257867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	56309751	rs61904072	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=189;SC=TAGGACATGTGAGCCAAAGAT;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=56309759;WS=56309741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	56309896	rs17547207	C	G	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	56310222	rs628524	C	T	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=38;PP=1773;SC=GTTGATGACACTGGATCTACA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=89;WE=56310230;WS=56310212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	56310356	rs17547284	A	T	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=55;PP=2349;SC=GCAGAGGGTCATATATGGCCA;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=117;WE=56310364;WS=56310346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	56310877	rs66945922	C	CTT	344.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=4;PP=217;SC=CTACCATAAACTGGTTTTGGT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=56310885;WS=56310867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	56344843	rs148438199	CCATTGAAG	C	5151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=34;PP=2942;SC=CGATCCAATGCCATTGAAGCA;SOR=0.918;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=57;WE=56344858;WS=56344833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	56380971	rs151301846	G	A	7724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=71;NR=99;PP=2965;SC=GTGGTTTGGGGAGAACATCTT;SOR=0.862;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=170;WE=56380979;WS=56380961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr11	56381067	rs61903268	C	T	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=48;PP=1311;SC=ATTTATCATTCGCTCATTCAT;SOR=2.062;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=63;WE=56381075;WS=56381057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	56431075	rs76645013	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=404;SC=CATATGATTGCTCGTCTTTAG;SOR=2.636;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=20;WE=56431083;WS=56431065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	56431216	rs11228710	C	T	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=49;PP=2270;SC=GGGCATCACCCAGGACCCTCA;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=68;TCR=49;TR=117;WE=56431224;WS=56431206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	56467757	.	CACG	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	56467763	.	A	AGAT	186.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.98;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	56467764	rs78916686	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.80;ReadPosRankSum=-0.275;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr11	56467787	rs74218731	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=63;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=1.038;SC=ATCTTATGTAACATAATTCTA;SOR=0.208;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=7;WE=56467795;WS=56467777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr11	56467810	rs76085479	A	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=-1.973;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr11	56467813	rs77180330	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.91;ReadPosRankSum=-1.861;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr11	56467816	rs78119960	G	T	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=-1.693;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr11	56467819	rs78036340	A	G	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=-1.739;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr11	56467833	rs73474897	T	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=982;ReadPosRankSum=-2.252;SC=GAGCTCATTTTCTTTCCCCAT;SOR=0.495;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=13;WE=56467841;WS=56467800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr11	56467881	rs73474900	T	C	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=402;ReadPosRankSum=-0.401;SC=GGAGCAATCATACAGTGACTG;SOR=0.616;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=29;WE=56467889;WS=56467871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,53:0.46:114
chr11	56467926	rs1704284	A	G	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.094;NF=28;NR=17;PP=620;ReadPosRankSum=1.693;SC=CAGACCCAGGAATGCAGCTGG;SOR=0.711;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=45;WE=56467934;WS=56467916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,77:0.41:189
chr11	56467945	rs36184181	G	T	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-3.330;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,98:0.43:230
chr11	56468020	rs532637	T	C	8089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.48;MQRankSum=-0.607;QD=31.48;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,255:0.99:257
chr11	56468020	.	TG	CA,CG	1156	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=26;MQ=57.97;NF=29,69;NR=29,71;PP=811,1156;QD=14.9046185321;SC=TAATGACTCCTGCCTCCACAC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=58,140;WE=56468029;WS=56468010;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.40:144
chr11	56468021	rs532635	G	A	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-7.898;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.031;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,88:0.35:252
chr11	56468044	rs3975155	T	G	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-9.442;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,67:0.31:219
chr11	56468047	rs2865519	A	G	2180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.98;MQRankSum=-9.073;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,63:0.31:203
chr11	56468048	rs2865520	C	T	6574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=60;PP=2842;SC=TATTTTTTCACTGGAAATCTG;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=126;WE=56468056;WS=56468034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr11	56468198	rs4990194	A	G	13415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=45.32;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	56468200	rs4990195	C	T	13969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=46.88;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr11	56468202	rs4990196	G	A	14075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.66;QD=45.55;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr11	56468212	rs591369	G	A	14466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.70;QD=43.18;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr11	56468259	rs503776	C	T	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.603;NF=52;NR=73;PP=2001;ReadPosRankSum=-0.818;SC=TGCTTTATGCCCAGGCCATGT;SOR=0.960;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=250;TCF=115;TCR=135;TR=125;WE=56468267;WS=56468249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,162:0.46:353
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chr11	56468720	rs66943455	T	C	2948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,156:0.41:383
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chr11	56468819	rs78460796	CC	TT	2374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=2.010;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=2.614;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,63:0.36:174
chr11	56468828	rs530142	G	C	2249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,61:0.40:152
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chr11	56468870	.	GTG	ACA	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=7.397;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=2.217;SOR=2.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr11	56468877	.	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.871;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.25;ReadPosRankSum=1.232;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr11	56468881	.	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.97;ReadPosRankSum=-0.159;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr11	56468883	.	T	C	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.582;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.55;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr11	56468893	rs79757227	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.67;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr11	56468897	.	G	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr11	56468909	rs79696743	TG	CA	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=1294;ReadPosRankSum=-1.367;SC=GTTACAGACATGTACAATAAG;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=56468918;WS=56468860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr11	56510672	rs577576	T	C	6617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=65;PP=2965;SC=ACCCTGGTGTTTGTACAGGAC;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=80;TCR=66;TR=145;WE=56510680;WS=56510662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr11	56756664	rs2853083	G	A	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=56;PP=2212;SC=AGAATTTGATGTTATTTCAGG;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=108;WE=56756672;WS=56756654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	56954846	rs716745	C	T	9606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=107;PP=2965;SC=TCATTGCGTTCGTGGGCTTCG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=100;TCR=107;TR=207;WE=56954854;WS=56954836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr11	57004577	rs11544374	C	T	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=151;SC=TGGCTTGAGCCTCAGAGAGTA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=57004585;WS=57004567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	57077464	rs10896602	T	C	10303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=116;NR=129;PP=2965;SC=TCCCCAAATCTTGGCCCTGCT;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=246;TCF=116;TCR=130;TR=245;WE=57077472;WS=57077454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr11	57094842	.	TA	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.088;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,16:0.20:82
chr11	57100225	rs2230650	A	G	3844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=61;PP=1961;SC=TCCGAATGTCATAACGACCAC;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=105;WE=57100233;WS=57100215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	57135663	rs55655702	A	AG	1452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=18;PP=1382;SC=TCTGGGGGGCAGGGTCTGCTG;SOR=0.737;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=33;WE=57135671;WS=57135653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	57137296	rs2276040	G	A	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=28;PP=2006;SC=GTCAAATGGGGTCACAAAAGA;SOR=1.628;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=97;WE=57137304;WS=57137286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	57137538	rs67821929	A	AG	1906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=46;PP=1824;SC=TGCCTGAGCAAGGGGCATGGG;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=51;TCF=0;TCR=51;TR=46;WE=57137546;WS=57137528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	57144152	rs1867126	G	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	57147016	rs540687	A	G	4461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=46;PP=2195;SC=GTAGCGGCAGATCTTGCACCT;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=64;TCR=46;TR=110;WE=57147024;WS=57147006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	57147353	rs544079	G	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=35;PP=1059;SC=CTCCAGCAACGTCGCTCGAGC;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=57147361;WS=57147343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	57148053	rs571651	G	T	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=4;PP=218;SC=AAATAAAAGCGGGGGGAGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=57148061;WS=57148043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	57148175	rs669661	A	G	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.85;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	57155001	rs536455	G	A	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=1496;ReadPosRankSum=-0.826;SC=CGACGCCAGTGGCCTCCTGTG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=77;WE=57155009;WS=57154991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,138:0.99:140
chr11	57155288	rs630396	T	C	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=47;PP=1365;SC=CAGCCCAGTATGCAAAGTTCC;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=80;WE=57155296;WS=57155278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	57156438	rs3741089	A	G	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=2;PP=188;SC=CATATCCCACACCCGTTCCAT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=57156446;WS=57156428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	57157405	rs490358	A	G	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=48;NR=46;PP=1641;SC=GCCAGAAGTAAGGGGAGTTTC;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=94;WE=57157413;WS=57157395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	57184218	rs4938865	C	T	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	57184224	rs60961847	G	A	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	57193653	rs12422015	A	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=24;PP=687;SC=CATGAGCAGAAGTGGAGTGGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=57193661;WS=57193643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	57258595	.	G	C	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=19;PP=1229;SC=ATCTCCTAGGGTTCTTGGGAG;SOR=1.288;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=54;WE=57258603;WS=57258585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	57379170	rs2511988	A	G	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=492;ReadPosRankSum=0.537;SC=GACTGTTAAGATGCATCTCTT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=24;WE=57379178;WS=57379160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr11	57424389	rs55969690	GA	G	296.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.831;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.258;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr11	57460224	rs12801694	C	T	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=33;PP=972;SC=GAACTTTTATCTTCTTTGGGC;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=57460232;WS=57460214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	57505520	.	C	CT	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.006;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,20:0.21:97
chr11	57509429	rs635663	A	G	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=59;PP=1848;SC=CGGCAGCAGTAAGTGGGGACC;SOR=1.566;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=87;WE=57509437;WS=57509419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	57518392	rs56392705	T	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=263;SC=GTAATTGTCCTAGAAACAAAC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=57518400;WS=57518382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	57563858	.	CA	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.181;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr11	57563991	rs10896644	C	T	6961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=83;NR=74;PP=2736;SC=TGGGACCAGACGGGTTGCCTG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=84;TCR=74;TR=157;WE=57563999;WS=57563981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	57571232	rs11229137	C	T	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	57571336	.	T	TA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr11	57798723	rs921135	A	G	4583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=68;PP=2543;SC=TCTTATGCTGATTGCCTATCC;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=57;TCR=69;TR=125;WE=57798731;WS=57798713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	57798942	rs2513726	A	G	8555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=95;NR=97;PP=2965;SC=CTAACATTTTATGGCCCAAAT;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=95;TCR=97;TR=192;WE=57798950;WS=57798932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr11	57957960	rs61902821	T	C	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=6;PP=651;SC=AACCACTGGATGGATGGCTGA;SOR=1.900;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=31;WE=57957968;WS=57957950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	57958497	rs34337292	T	C	8467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=104;PP=2965;SC=CTTCATTTTCTGTGACCTCCC;SOR=0.718;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=105;TCR=104;TR=206;WE=57958505;WS=57958487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr11	57982229	rs1966836	A	G	5129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=48;PP=2436;SC=GAAGACTTTTAGTTCCTTTCT;SOR=1.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=74;TCR=48;TR=122;WE=57982237;WS=57982219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	57983162	rs7103026	A	G	8162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=111;PP=2965;SC=TGCCCTGAGAAAGCTCATCAA;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=71;TCR=112;TR=182;WE=57983170;WS=57983152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr11	57996084	rs61902844	G	A	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	57996312	rs4245219	C	G	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=39;PP=1116;SC=ACTCAGTGGGCTCAGACTGGT;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=57996320;WS=57996302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	58169996	rs12279895	T	C	4530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=53;PP=2148;SC=GAATGCACTCTTCACTTCCTT;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=108;WE=58170004;WS=58169986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	58170025	rs12271646	C	G	3916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=49;PP=1927;SC=GACTATAGACCAGAGGGTTCA;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=103;WE=58170033;WS=58170015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	58170143	rs11229409	C	G	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=39;PP=1292;SC=ATAGAAGATGCCGACTGCAAT;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=59;WE=58170151;WS=58170133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	58170291	rs11229410	T	C	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=18;PP=945;SC=ACAACATAAATAAGAACAAGC;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=58170299;WS=58170281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	58170342	rs11229411	C	T	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=29;PP=1273;SC=ACCATGACTGCTGGAATATCA;SOR=0.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=58170350;WS=58170332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	58170374	rs12280114	T	C	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=30;PP=1363;SC=ATGGACTTCATTGGACTTACA;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=41;TCR=30;TR=71;WE=58170382;WS=58170364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	58170469	rs11229412	C	A	2591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=39;PP=1563;SC=GACGAGCACACACAGTTGTTG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=58170477;WS=58170459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	58170738	rs11229413	A	G	4212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=58;PP=2185;SC=CAGGAATCCCAGAATATCAAT;SOR=0.731;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=58170746;WS=58170728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	58170927	rs12278966	A	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=538;SC=AATACAAAAAAGAACAGTGTG;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=58170935;WS=58170917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	58190112	rs10466659	A	G	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=22;PP=999;SC=AACTAGAAGAACAAAAAAGAT;SOR=0.762;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=46;WE=58190120;WS=58190102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	58190136	rs4298923	A	G	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=24;PP=949;SC=AAAGCTTGACATAAAAACCAG;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=58190144;WS=58190126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	58190747	rs1893902	A	G	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=18;PP=487;SC=GTATTATCTGAGAAACTTAAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=26;WE=58190755;WS=58190737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	58207203	rs11229457	CA	TG	6426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=43;PP=2947;SC=TATGGCCAGGCAAGCACATAC;SOR=0.735;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=96;WE=58207212;WS=58207193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	58378382	rs2245938	G	C	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=376;SC=AGACATGTTCGCTACAACCAG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=58378390;WS=58378372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	58378424	rs8373	A	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=9;PP=609;SC=TATTTTTAGTAGTGAAGAGGA;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=58378432;WS=58378414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	58379663	rs139680226	CGT	C	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.441;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,26:0.20:132
chr11	58380192	rs35224542	C	CT	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=112;ReadPosRankSum=-0.085;SC=CAGAGTACCACTTTTTTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=58380200;WS=58380182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr11	58381686	rs1938596	A	G	5432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=27.44;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	58386049	rs11426880	A	AT	636.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.677;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,40:0.85:47
chr11	58386177	rs3168135	G	A	3658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=52;PP=1624;SC=AAGAAGCACAGCCAGCCTCTG;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=95;WE=58386185;WS=58386167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	58478026	rs675423	G	A	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=17;PP=1124;SC=TTACTTGAGAGGTGTGAGTGG;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=39;TCR=17;TR=55;WE=58478047;WS=58478016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	58478039	rs675757	T	C	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=19;PP=1248;SC=GTGAGTGGTATAGACTGGATT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=60;WE=58478047;WS=58478016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	58478084	rs675815	T	C	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=35;PP=1590;SC=TTTGCCACCATTGGGAGATAA;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=79;WE=58478092;WS=58478074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	58492073	rs58778620	GTT	G	643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=-0.575;SC=TAATGACCAGGTTTTTTTTTT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=58492082;WS=58492063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr11	58605922	rs10896850	A	G	1248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=25;PP=738;SC=ATAAGACATGACATGAGAAAT;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=58605930;WS=58605912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	58674952	rs35731745	G	GT	820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=502;SC=GCTCTTTTTTGTTTGTTTTGT;SOR=1.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=58674960;WS=58674942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	58715513	rs11229707	T	G	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=27;PP=705;SC=TCAGACACCATGGCTGCTTTT;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=58715521;WS=58715503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	58962910	rs3841744	TA	T	2686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=58;PP=2185;SC=TGTTTGTAGGTAAAAAGTTAC;SOR=1.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=2;TCR=61;TR=60;WE=58962918;WS=58962900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	59056153	rs1894123	C	T	3410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.05;QD=25.64;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	59132798	rs7941190	G	C	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=51;PP=1584;SC=TAAATCCCTTGATTTACAGTT;SOR=1.279;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=77;WE=59132806;WS=59132788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	59132882	rs10896964	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=29;PP=875;SC=ACAGATTCTGAGATTTCTGCC;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=59132890;WS=59132872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	59189405	rs9988824	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=360;SC=TTTAAAATTATGTAAATGTCT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=59189413;WS=59189395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	59210550	rs7947825	G	A	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=282;SC=CTCCCTCTCAGGCATTTTGTA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=59210558;WS=59210540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	59211188	rs6591536	G	A	6201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=79;PP=2713;SC=CTTCTTCTGCGACCTCCCACC;SOR=0.867;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=142;WE=59211196;WS=59211178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	59211265	rs7941591	T	C	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=58;PP=1633;SC=TGGTGGTCACTGTCGGAGGAA;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=104;WE=59211273;WS=59211255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	59224720	rs1453543	A	G	5334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	59368218	.	C	CA	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=4.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=1.515;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,32:0.26:123
chr11	59369401	rs7106463	A	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=29;PP=826;SC=CTTATTCTGGAAACTTTTAAC;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=59369409;WS=59369391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	59406860	rs76129882	C	T	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=77;SC=GGCCAAACTACGAGAAAAGAC;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=59406868;WS=59406850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	59419124	.	C	CA	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.220;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr11	59427010	.	G	GT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.342;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr11	59480951	rs499033	T	C	4104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	59623433	rs1042613	G	A	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=39;PP=1271;SC=CGTTTGGATTGCTGAATGCTC;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=75;WE=59623441;WS=59623423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	59626477	rs370252349	TA	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.762;QD=0.42;ReadPosRankSum=-2.060;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,17:0.21:80
chr11	59629305	rs557564	C	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=132;SC=AATCAGAAAACCTGAGAAATG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=59629313;WS=59629295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	59836961	.	T	A	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=15;PP=980;SC=GGGAGGGAGATGTTGTAGTCT;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=59836969;WS=59836951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	59860178	rs502581	G	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=300;SC=TACCCCAAATGTTACCTATGT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=59860186;WS=59860168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	59940396	rs595718	A	G	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.05;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	59940400	rs2044979	C	T	2986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.17;SOR=1.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	59940403	rs2044978	A	G	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.77;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	59940407	rs592346	A	G	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	59940599	rs7232	T	A	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.34;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,219:0.99:221
chr11	59942815	rs7935829	A	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=214;SC=AAGGAATAACAAGAAATCAAG;SOR=1.911;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=15;WE=59942823;WS=59942805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	59943109	rs2278867	A	T	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=212;SC=TTGGGTAAGGATCATTGCTAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=59943117;WS=59943099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	59945745	rs12453	T	C	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	59946302	rs598862	C	T	7109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=39.28;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	59946310	rs5792172	CA	C	2434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.567;NF=5;NR=62;PP=959;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CTCTAAACATCAAAAAAAAAA;SOR=0.908;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=6;TCR=71;TR=67;WE=59946319;WS=59946292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,134:0.94:143
chr11	59946466	rs587634	T	A	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=231;SC=TGTAGTGTAATGTAGTAGCTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=59946474;WS=59946456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	59997335	rs608659	T	C	5370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	60057525	rs12279983	T	C	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=17;PP=685;SC=CTTGCAGGCTTGTATCAAGGA;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=60057533;WS=60057515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	60059810	rs10750931	A	G	3535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	60070176	rs6591561	A	G	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=71;PP=2168;SC=TCATGGGACTATGTCCATCTT;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=126;WE=60070184;WS=60070166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	60073597	rs4644658	C	T	3142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=27;PP=1377;SC=GGTGCTCCTCCTAAGTGTGCT;SOR=1.066;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=73;WE=60073605;WS=60073587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	60073702	rs3018806	A	T	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=49;PP=1551;SC=TTTGAAGATGACTGTATTAGT;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=82;WE=60073710;WS=60073692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	60102790	rs1443250	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=269;SC=TTTCTTTTACGAAAGTAATGG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=60102798;WS=60102785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	60152482	rs2233243	A	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	60152563	rs950803	T	A	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.786;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=1231;ReadPosRankSum=1.096;SC=TCTTGTAGACTGTCCAGATCC;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=67;WE=60152571;WS=60152553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr11	60152584	rs950802	G	A	3123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=34;PP=1188;SC=TGTGTTGCCTGTTGATTTCAA;SOR=0.776;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=72;WE=60152592;WS=60152574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	60157107	rs2233252	T	G	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.031;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=1819;ReadPosRankSum=2.014;SC=TCATGTGAAATCTCTGTGTCT;SOR=0.254;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=103;WE=60157115;WS=60157097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,206:1.00:207
chr11	60157166	rs2233253	C	T	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=43;PP=1364;SC=TTGGTCGGTCCGAATGCCTGG;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=81;WE=60157174;WS=60157156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	60163958	rs6591579	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=7;PP=647;SC=GCTCATCTCTGAGGGCTCCAT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=60163966;WS=60163948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	60164204	rs2241920	G	A	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=43;PP=1129;SC=GTCCTCTCCAGTCAATAGGTC;SOR=1.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=64;WE=60164212;WS=60164194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	60164302	rs2241921	C	T	250.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=162;SC=GTTAATTCTACTTTTCCCCCT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=60164310;WS=60164292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	60165352	rs3217518	ATT	A	14041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=85;PP=2950;SC=TGCTCTAATCATTGTGGGCTT;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=18;TCR=85;TR=102;WE=60165361;WS=60165342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr11	60172087	rs10750937	C	T	8212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=81;PP=2965;SC=CAAGTATCCACGGCCCCAAGA;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=100;TCR=83;TR=180;WE=60172095;WS=60172077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr11	60172273	rs10897057	A	T	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=20;PP=513;SC=CATAGCTCCCAATCCTTCTTC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=20;WE=60172281;WS=60172263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	60173360	rs4938941	A	G	2180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=19;PP=847;SC=CATTATTTGCAGGGAATTTTG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=49;WE=60173368;WS=60173350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	60173554	rs4939353	A	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=21;PP=654;SC=TTAGTAGGAAAAGCAGCATGC;SOR=1.501;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=31;WE=60173562;WS=60173544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	60182970	rs7131283	A	T	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=11;PP=969;SC=CCCAGAAGAAAATGATCAATT;SOR=1.545;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=60182978;WS=60182960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	60184191	rs3825020	G	A	6820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=97;NR=78;PP=2965;SC=ATCTAAAGATGGACAAGTTAA;SOR=0.869;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=175;WE=60184199;WS=60184181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr11	60198328	rs708229	C	T	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=21;PP=1055;SC=TCCTTTTCACCTTGTTAAAAC;SOR=1.108;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=60198336;WS=60198318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	60202747	rs894590	C	A	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.88;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	60202798	rs11377519	C	CA	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.983;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr11	60264755	rs2298551	G	A	4566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=41;PP=2369;SC=CTGGATAAACGTATCACTTTT;SOR=1.289;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=125;WE=60264763;WS=60264745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	60264947	rs2298552	C	T	7408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=121;PP=2965;SC=CTCAGCCCTACGGCATCACAT;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=87;TCR=121;TR=208;WE=60264955;WS=60264937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr11	60265002	rs2298553	C	T	5174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=87;PP=2687;SC=AGGAAATATACAAATGATAAA;SOR=1.190;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=50;TCR=87;TR=137;WE=60265010;WS=60264992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	60265164	rs2298554	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=432;SC=AGTTCTGAACGTTATTCTGAA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=60265172;WS=60265154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	60268679	rs2186918	G	C	4756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=67;PP=2141;SC=TAGAACACCAGTCCTTCTTGG;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=109;WE=60268687;WS=60268669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	60268736	rs2298555	C	A	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=41;PP=1160;SC=CTATCTCCAGCCAATTCACAA;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=59;WE=60268744;WS=60268726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	60271325	rs2298556	A	T	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=30;PP=1064;SC=TGCCTGCTCTATTTTCAGTCC;SOR=1.010;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=60271333;WS=60271315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	60274393	rs2298558	G	A	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=50;PP=2336;SC=TCCTACTATCGGCTTACCAGA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=60274401;WS=60274383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	60274640	rs2298559	T	C	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=72;PP=2191;SC=GGAGAAAAACTACTTGCAAAA;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=39;TCR=72;TR=111;WE=60274648;WS=60274630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	60285528	rs10897078	T	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=5;PP=301;SC=GGTACTAACATAATTCTCTTC;SOR=1.101;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=60285536;WS=60285518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	60285575	rs10736706	A	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	60291548	rs12284816	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=236;SC=AGTAAATGAAAGAATTAAGAA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=60291556;WS=60291538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	60296879	rs11230364	C	T	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=16;PP=736;SC=TGTTCTTCTACGGTTTGGAAT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=60296887;WS=60296869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	60297090	rs10664717	T	TAGAA	354.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=311;SC=ATTTTATAAATAGCATAAAAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=60297098;WS=60297080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	60309947	rs4939400	A	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=302;SC=GTTGTATAATATTAAGAAACA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=60309955;WS=60309937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	60501102	rs117959266	G	A	3677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=44;PP=1361;SC=CAGGGTACCCGCTCTGGGGAG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=81;WE=60501110;WS=60501092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	60504436	rs2077227	T	C	2189.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.90;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	60508690	rs117669735	A	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=27;PP=795;SC=AGAGGTAACCAGAGATCTGGA;SOR=1.414;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=60508698;WS=60508680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	60511059	rs11821421	A	T	5924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=120;NR=46;PP=2965;SC=GAAGAAAAAAATTATGGCCAT;SOR=1.642;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=168;TCF=122;TCR=46;TR=166;WE=60511067;WS=60511049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	60531269	.	C	T	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=10;PP=389;SC=ACGCCAGTGGCCTCTGCCCAC;SOR=0.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=60531277;WS=60531259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	60531346	rs1032939	T	G	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=15;PP=447;SC=GAGCCACCGCTGGGGGCACAG;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=60531354;WS=60531336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	60534901	rs4939450	G	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=7;PP=579;SC=CTTTCCCAGTGGCCAACAAGC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=60534909;WS=60534891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	60539170	rs11230470	C	G	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=30;PP=854;SC=GGAGAATGCACGGAGGAGTGT;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=60539178;WS=60539160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	60567275	rs579967	G	A	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=60;PP=2156;SC=AGCTGCTGTTGCTATTAATAT;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=130;WE=60567283;WS=60567265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	60610056	rs2074421	G	C	10517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=113;NR=99;PP=2965;SC=CCCAGCATCAGCTACCGCCGG;SOR=0.713;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=113;TCR=99;TR=212;WE=60610064;WS=60610027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr11	60617646	rs495949	T	C	18429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=726;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=199;NR=180;PP=2965;ReadPosRankSum=0.554;SC=AGGCTGCAGCTGCACTAATGT;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=382;TCF=200;TCR=182;TR=379;WE=60617654;WS=60617636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,719:1.00:721
chr11	60620585	rs2467642	A	G	5646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.17;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	60620590	rs2428461	C	G	5746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.89;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	60635091	rs550479	T	C	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=29;PP=1029;SC=TACTGCTGGTTGCCACCCTGG;SOR=0.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=67;WE=60635099;WS=60635081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	60637164	rs489172	C	T	21333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=839;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=274;NR=210;PP=2965;SC=TCTGTCTCAACCCCACAAACC;SOR=0.870;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=484;TCF=274;TCR=210;TR=484;WE=60637172;WS=60637154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,819:1.00:819
chr11	60638470	rs566411	A	G	15409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=220;NR=135;PP=2965;SC=TCGTCCTCGTAGTGTCCCAAG;SOR=1.059;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=359;TCF=221;TCR=138;TR=355;WE=60638478;WS=60638460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr11	60640480	rs2072098	C	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=552;SC=CTGAGCCTGCCTTGGAAATGC;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=60640488;WS=60640470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	60642325	rs2074418	G	A	6072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=53;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.593;SC=GGCCCAGCTCGGGGATTCCAT;SOR=1.209;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=100;TCR=53;TR=153;WE=60642333;WS=60642315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr11	60666116	rs3763841	G	T	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=33;PP=939;SC=GGAGGGAAGAGAGACCTGTGG;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=60666124;WS=60666106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	60666341	rs3763840	G	A	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=21;PP=811;SC=TACAGCAGCCGGAGGTCTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=42;WE=60666349;WS=60666331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	60670846	rs2240045	C	T	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	60673868	rs17155470	T	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	60687572	rs4939478	G	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=253;SC=TTATTTGATTGCTGTCCTAGG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=60687580;WS=60687562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	60689445	rs555835	T	C	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=51;PP=1629;SC=GGTCGGTGCCTGACCCTTCCA;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=93;WE=60689453;WS=60689435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	60695301	rs575123	C	A	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=715;SC=CACACCCTGCCGGCACTGCTC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=60695309;WS=60695291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	60696554	rs112814977	CAAACT	C	2302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=36;PP=1879;SC=ATGTGTCCACCAAACTAAACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=36;WE=60696566;WS=60696544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	60697905	rs4939480	T	C	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=36;PP=1673;SC=TGGCTTTGGCTCCTTGTCTTT;SOR=1.001;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=89;WE=60697913;WS=60697895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	60698054	rs2074416	G	A	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=58;PP=2194;SC=CTGCCAAGCTGGACCGCTTCA;SOR=1.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=99;WE=60698062;WS=60698044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	60700991	rs512233	A	G	196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=58;SC=TAGCCCGCCCACCTGCCCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=60700999;WS=60700981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	60701136	rs9513	C	G	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	60701920	rs2469884	C	T	167.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=139;SC=GCTGGGGCCGCTCAGCGCTGA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=60701928;WS=60701912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	60701987	rs7715	G	A	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=6;PP=697;SC=CAGAGGCGTCGGATGAGGCCG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=60701995;WS=60701977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	60702346	rs555622	GA	TT	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	60703260	rs525574	A	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=137;SC=CATGTGGCCTATCTCTGTGGG;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=60703268;WS=60703250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	60704213	rs2469887	C	T	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	60705454	rs2905692	A	G	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=50;PP=1674;SC=CCATGATGGCACCCTGCATGG;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=87;WE=60705462;WS=60705444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	60707243	rs515587	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	60749991	rs116861684	G	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=10;PP=793;SC=AGGCGGGCGCGGGGAGACAGA;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=38;WE=60749999;WS=60749981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	60775007	rs4939485	C	T	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.61;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	60776334	rs2905518	A	G	6117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=67;PP=2373;ReadPosRankSum=0.105;SC=GGGCGGAGTCACTGAAGCCCG;SOR=0.226;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=132;WE=60776342;WS=60776324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,241:1.00:242
chr11	60776484	rs2074226	T	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=25;PP=695;SC=GAGAAAGTGGTAAATGCCCCC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=60776492;WS=60776474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	60778650	rs10528068	C	CGTGTGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGT	2561.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=3,3;NR=25,25;PP=607,883;SC=GAAGCTTGGACGTGTGTGTGT;SOR=1.880;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=28,28;WE=60778658;WS=60778640;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.49,0.49:53
chr11	60783108	rs2074229	C	T	22129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=179;NR=123;PP=2965;SC=TCACCTCTGCCGTTCATACTC;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=306;TCF=180;TCR=126;TR=302;WE=60783116;WS=60783098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr11	60783126	rs3019556	C	T	25566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,561:1.00:561
chr11	60783135	rs3019557	A	G	26554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.83;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,620:1.00:620
chr11	60892606	rs637186	A	G	9314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=100;PP=2965;SC=AGGAACTCCCACCTGTCAGCT;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=88;TCR=100;TR=188;WE=60892614;WS=60892596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr11	60899767	rs754382	A	G	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	60900098	.	C	T	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=26;PP=764;SC=AGCTGCAGCCCTCCCACCTCA;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=60900106;WS=60900088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	61044021	.	TA	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=1.428;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr11	61100308	rs2512810	G	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.99;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	61106525	rs2512809	C	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=142;SC=CACTCCACTCCTTCCACCTCC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=61106533;WS=61106515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	61106892	rs2513329	G	C	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=43;PP=1082;SC=TGTGCGGCACGGTGCTTATAC;SOR=1.550;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=61106900;WS=61106882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	61108974	rs2260655	G	A	2632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=53;PP=1489;SC=GAACGTGGTCGCCAAGGCCAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=75;WE=61108982;WS=61108964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	61110169	rs4939514	A	C	8430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr11	61111831	.	CTTT	C,CT	1444.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=4.414;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.26;ReadPosRankSum=0.348;SOR=1.253;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,25,38:0.33,0.51:75
chr11	61112802	rs2305465	C	T	4008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=41;PP=1896;SC=AGTTGTCTGTCCTGCTCCTGG;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=91;WE=61112810;WS=61112792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	61123965	rs76030461	A	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=15;PP=637;SC=GTCCAGCCTGAGCCCTATCCC;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=61123973;WS=61123955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	61165280	rs3741265	G	A	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=6;PP=628;SC=GAAAGATGCCGCTCAGTATTA;SOR=2.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=61165288;WS=61165270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	61165731	rs11382548	C	CA	5609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=36;PP=2353;SC=TTTCTGCCATCGTATGGACAG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=61165749;WS=61165721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	61165741	rs10897158	G	C	5696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=40;PP=1158;SC=CGTATGGACAGGATTTGAAGT;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=61165749;WS=61165721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	61179285	rs3019198	G	A	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=701;SC=ACTTGGCTTCGATGCCATGAA;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=61179293;WS=61179275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	61183554	rs80264062	C	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	61197460	rs34378918	GC	G	1362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=32;PP=903;SC=CCCAGGTCCCGCCCCCCCCGC;SOR=2.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=40;WE=61197468;WS=61197450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	61204361	rs896831	A	C	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	61205434	rs879647	G	A	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=3;PP=577;SC=ATTAGACACAGCCTTCTCAAC;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=61205442;WS=61205424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	61205676	rs5792226	C	CT	375.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.195;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr11	61249383	rs3019200	C	A	5047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=46;PP=1644;SC=GCTACTGCACCGCCTACGGTG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=89;WE=61249391;WS=61249373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	61253200	rs3019187	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=9;PP=340;SC=CACCTGCTGGGACACTGAGCC;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=61253208;WS=61253190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	61253973	rs2957858	A	G	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=26;PP=1227;SC=TCCTGGTGCCAGTGGCTGCTT;SOR=1.054;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=61253981;WS=61253963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	61254376	rs3019188	G	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=6;PP=1089;SC=GCTGCCTCAGGCTGGCCACCT;SOR=3.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=61254384;WS=61254373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	61305818	.	G	GGAGAGA	183.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.79;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	61487690	rs198430	G	A	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=42;PP=1434;SC=TCGTCCTACCGGCCATCTTCC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=82;WE=61487698;WS=61487680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	61491097	rs566009	A	G	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=25;PP=678;SC=CTGTCTGGTGAGCAGAGGTCT;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=61491105;WS=61491087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	61496657	rs198417	C	T	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=63;PP=1767;SC=ACGAGAACCACCCACTTCACA;SOR=3.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=10;TCR=63;TR=73;WE=61496665;WS=61496647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	61505168	rs198444	G	A	9166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.683;SC=GTGAGGATGCGATGGAGTATT;SOR=0.521;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=85;TCR=107;TR=189;WE=61505176;WS=61505158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,365:1.00:366
chr11	61505696	rs198443	G	T	12280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=136;PP=2965;SC=CCCCACCTGGGCACCCTGCCT;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=267;TCF=130;TCR=137;TR=266;WE=61505704;WS=61505686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr11	61508522	rs198440	A	G	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=244;SC=GACCCAAGTGACTCCATGAGG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=61508530;WS=61508515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	61534872	rs547589	A	C	7519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.522;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=106;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.281;SC=GGCCACTGCTACCGTCAGGAT;SOR=0.605;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=75;TCR=107;TR=181;WE=61534880;WS=61534862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr11	61536583	rs579383	G	A	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	61553201	rs17762402	G	A	8155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=79;PP=2965;SC=GGACTGCGACGGCCGTGGTGA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=172;WE=61553209;WS=61553191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr11	61624705	rs498793	T	C	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=60;PP=1449;SC=CCTCAGCCTGTGTTACAGGCC;SOR=1.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=83;WE=61624713;WS=61624695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	61624885	rs526126	G	C	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=15;PP=1015;SC=GCACAGGCAGGGTGGAATGGA;SOR=1.519;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=53;WE=61624893;WS=61624875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	61641211	rs6591665	A	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	61645892	rs174452	G	A	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=11;PP=632;SC=CCAGATCAGGGGCTAGGTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=61645900;WS=61645883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	61647427	rs174635	T	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=379;SC=CCGAGGGAGCTGCTCCTGGCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=61647435;WS=61647417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	61658629	rs693672	T	C	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=17;PP=596;SC=GGCTTCCTTATGGCTTCCTTA;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=61658637;WS=61658619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	61658800	rs174465	C	T	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=13;PP=362;SC=TGGGCAGCGGCGCCCCCGGCT;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=61658808;WS=61658790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	61670037	rs174471	C	T	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=22;PP=598;SC=AAATGGGTCACGGGGGCTGGC;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=61670045;WS=61670027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	61674118	rs174476	C	T	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=27;PP=988;SC=TGATGACCAGCGTCTTCAAGG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=61674126;WS=61674108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	61719387	rs1800007	T	C	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	61724292	rs760306	C	T	8877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=81;PP=2965;SC=TCCCACCCACCGCCTTCTTCA;SOR=0.829;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=185;TCF=103;TCR=82;TR=181;WE=61724300;WS=61724282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr11	61724514	rs195162	C	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=29;PP=813;SC=GTGGGAAGGGCTGTGGTCCAC;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=61724522;WS=61724504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	61725599	rs113492158	A	ATCCTCCTCC	2984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=13;PP=1096;SC=TTGCTACCACATCCTCCTCCT;SOR=1.306;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=25;WE=61725607;WS=61725589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	61726871	rs195158	G	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=267;SC=CAGGAAGGGCGTCATGGGGTG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=61726879;WS=61726861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	61730234	rs1800009	T	C	6087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=62;PP=2850;SC=GGAGGAAAACTGTGGAGTTTA;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=99;TCR=62;TR=161;WE=61730242;WS=61730224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	61731534	rs195155	G	T	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	61731727	rs1801621	T	C	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=25;PP=747;SC=AATCAAATGGTTAGCTTAATA;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=61731735;WS=61731717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	61735553	rs11271453	T	TGCTGCAGATTGGGAA	2286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=2974;SC=TGTGACACCTTGCTGCAGATT;SOR=0.874;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=12;WE=61735561;WS=61735543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	61895541	rs1675130	A	G	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=7;PP=630;SC=GTTGTGGGTCAGGTGGGTATT;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=61895549;WS=61895531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	61895741	rs1675131	A	G	3951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=59;PP=1961;SC=GGCTTGAGGAAATCCAAGAGG;SOR=1.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=99;WE=61895749;WS=61895731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	61896215	rs1792946	G	A	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=12;PP=501;SC=AGGCAGCCTCGAGTGACACCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=61896223;WS=61896205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	61897197	rs1792944	C	T	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=270;SC=CTTGGAGAGACTGGGTGCCAC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=61897205;WS=61897187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	61897359	rs1675133	C	T	7984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=118;NR=68;PP=2965;SC=ACGGCTCCGTCCTGCGGCGTG;SOR=1.087;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=118;TCR=68;TR=186;WE=61897367;WS=61897349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	61906299	rs1614060	A	G	7128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=81;PP=2965;SC=GCTCTGCACTACGGCCATCCT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=83;TCR=81;TR=163;WE=61906307;WS=61906289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr11	61906374	rs1675126	T	C	7018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=82;PP=2336;SC=CTGAGAACAATGGAAATAACT;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=68;TCR=83;TR=150;WE=61906382;WS=61906364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr11	61907909	rs1675124	A	G	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=29;PP=765;SC=CCAAGGAGGCAGCTCCATGCT;SOR=3.145;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=61907917;WS=61907899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	61908440	rs2277283	T	C	10260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=116;PP=2965;SC=CAGATGCTCATGACCCCGACC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=230;TCF=113;TCR=117;TR=228;WE=61908448;WS=61908430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr11	61908672	rs1675123	G	A	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=362;SC=TGTGGCCACCGGCTGTCTTGA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=61908680;WS=61908662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	61913196	rs7129085	G	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=275;SC=AGGAAGAGGAGGCACGTAGGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=61913204;WS=61913186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	61914056	rs11230931	G	A	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=19;PP=947;SC=CCTGGGCTTCGGGGGAGTAGG;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=61914064;WS=61914046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	61915823	rs3890102	A	G	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=10;PP=511;SC=CTGGTTGCCCATTCAGCAATC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=61915831;WS=61915813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	61959725	rs3831484	GTC	G	1787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=21;PP=1098;SC=GGTAATTTCTGTCTCTTTCAT;SOR=0.929;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=24;WE=61959734;WS=61959715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	62037583	rs11603383	G	A	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	62105391	rs2513749	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=232;SC=ACCCGCGCGGCTTCCTTGGGC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=62105399;WS=62105386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	62123717	rs2463837	G	A	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.97;NF=35;NR=15;PP=1014;SC=CTGGCCGGGCGGGGGGCTGAC;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=62123725;WS=62123707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	62124696	rs5792255	CTTTTG	C	221.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=36.96;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	62158924	rs2958532	C	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	62186542	rs3741240	G	A	9136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=88;PP=2965;SC=AACCAGAGACGGGCCAGAGCA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=100;TCR=88;TR=188;WE=62186550;WS=62186532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr11	62292882	rs566144	G	T	9376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=100;PP=2965;SC=ATGTCCACTTGGGGACCCCTG;SOR=0.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=125;TCR=100;TR=225;WE=62292890;WS=62292872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr11	62293948	rs486903	G	A	7985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=98;PP=2965;SC=AGCCAGGCATGCTGAACTTTG;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=121;TR=218;WE=62293956;WS=62293938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr11	62343264	.	G	C	6026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	62348534	rs79021925	T	G	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=17;PP=1063;SC=ACATGGCCATTCTCATGGACT;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=53;WE=62348542;WS=62348524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	62365665	rs2849031	G	A	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=11;PP=501;SC=CATAGGCGGCGGGGAGGGAGG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=62365673;WS=62365655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	62370527	rs11231159	C	T	13200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=524;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=191;NR=134;PP=2965;SC=GGTTTCTGGACTCTCACCCAA;SOR=0.974;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=330;TCF=195;TCR=135;TR=325;WE=62370535;WS=62370517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr11	62371773	rs2516633	A	C	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=43;PP=1244;SC=GATGGCAAATAAGAGAAGCTC;SOR=1.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=62371781;WS=62371763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	62375828	rs78222742	G	A	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=22;PP=712;SC=GGGGTTCATGGTCATTAGGTT;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=62375836;WS=62375818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	62380732	rs4387351	T	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=2;PP=505;SC=CACCTCTGCATTCCCTTGGGC;SOR=3.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=62380740;WS=62380722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	62381106	rs1799959	G	C	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=20;PP=841;SC=CTGGTCGTCGGCCTCGGGCTA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=43;WE=62381114;WS=62381096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	62383715	rs12794886	G	C	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;QD=21.76;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	62384869	rs4963224	T	C	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=62;PP=1543;SC=ACCATTTGCCTGCTCCAGCCA;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=96;WE=62384877;WS=62384859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	62397177	rs948683	C	G	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=29;PP=1265;SC=AGAGAAGAGACGGGTAGTGAG;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=70;WE=62397185;WS=62397167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	62401716	rs2957121	A	G	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=10;PP=545;SC=ACCTCCCCCCAAAGGCTAGAG;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=62401724;WS=62401706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	62430659	rs597259	T	A	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=754;ReadPosRankSum=-0.149;SC=GGAAGTATTATCCCAAATAAA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=39;WE=62430667;WS=62430649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr11	62433781	.	CA	C	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.700;QD=1.97;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,33:0.28:119
chr11	62438819	rs693698	G	T	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=17;PP=661;SC=TGTTGAAAACGCGCGGGTGAC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=62438827;WS=62438809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	62439569	rs13941	G	A	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=20;PP=649;SC=AGGCGGCGCCGGCGGGAGGTC;SOR=1.236;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=32;WE=62439577;WS=62439559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	62459994	rs2850597	A	G	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=33;PP=1242;SC=TCCTGCCGCTAGCACTCTTAC;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=62460002;WS=62459984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	62460066	rs2850596	T	C	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=21;PP=903;SC=CCTGGAGGCTTCTCAGGTAGA;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=62460074;WS=62460056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	62474514	rs55710428	GCCC	G	1697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=7;PP=1320;SC=CCATCCCCCCGCCCCCTTCAC;SOR=2.362;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=29;WE=62474524;WS=62474504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	62488916	rs34425182	T	TG	262.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.59;MQRankSum=0.745;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.086;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr11	62488917	rs11449262	G	GGA	34.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.59;MQRankSum=-0.540;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr11	62489267	rs496032	C	T	5501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=59;PP=2601;SC=ATACTGTATCCGACAAATCCC;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=81;TCR=60;TR=139;WE=62489275;WS=62489257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	62546491	.	G	GT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=16.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-2.686;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr11	62555059	rs3087924	G	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=209;SC=ACATGGCGAGGCCACTTTCGC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=62555067;WS=62555049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	62563353	rs539465	G	A	3028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=24;PP=1541;SC=CTACAAACTCGGGACTCTAAA;SOR=1.262;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=71;WE=62563361;WS=62563343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	62564009	rs4693	T	C	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=26;PP=784;SC=GGAGCCCTTGTCGGTCTCCAG;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=62564017;WS=62563999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	62568077	.	CT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=1.349;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr11	62603606	.	G	GA	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=13;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=24;QD=12.0;SC=AATGTTTAAAGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=62603614;WS=62603596;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,3:0.30:10
chr11	62638197	.	A	AT	48.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr11	62652063	rs489381	A	G	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=37;PP=1099;SC=CTAGAGCCTCATAATATTCTC;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=62652071;WS=62652053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	62653194	rs199608498	TAGTC	T	458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=9;PP=487;SC=GTTTGATTCTTAGTCAGTAGC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=62653205;WS=62653184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	62744899	rs3017670	A	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=311;SC=TTAGAGTTCCAGCATGAATGC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=62744907;WS=62744889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	62747145	rs3017671	A	G	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=37;PP=1267;SC=CTTCTGAGATATTGGGTTATG;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=62747153;WS=62747135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	62847453	rs7945121	T	C	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=32;PP=836;SC=TCCTGCTTTATGTTTCTTGAA;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=62847461;WS=62847443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	62847562	rs7926818	G	T	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=216;SC=TGTGCCTGAGGACAAGCTGCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=62847570;WS=62847552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	62848367	rs10897341	A	C	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=2;PP=150;SC=TCCCCACTCAAGTGACAGCTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=62848375;WS=62848357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	62848445	rs11231340	A	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=7;PP=532;SC=TGGTTTCTGGAAGGAGGAGGA;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=62848453;WS=62848435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	62848487	rs11231341	A	C	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=16;PP=674;SC=GGAAGACTCCATAGGAAATCC;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=62848495;WS=62848477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	62848568	rs11231342	C	G	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=22;PP=646;SC=TCCTACCGGACACTGCATTGA;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=62848576;WS=62848558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	62848995	rs6591733	G	C	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=22;PP=1199;SC=TCAGAAATTTGTGTTTTGAAA;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=62849003;WS=62848985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	62850684	rs4963356	C	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=356;SC=GGGGTAACTACTTTCTTTCCT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=62850692;WS=62850678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	62863518	rs7113279	A	G	5980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr11	62871460	rs12283166	C	T	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=278;SC=ATCCACTTCTCCCAGTATATT;SOR=2.303;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=62871468;WS=62871450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	62886319	rs948060	G	C	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=17;PP=818;SC=CCAGGTGTCAGAATTTTCCTT;SOR=0.897;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=62886327;WS=62886309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	62902172	rs1939782	A	C	2944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=32;PP=1396;SC=GACCTCCCAGAAGTGACCCAG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=62902180;WS=62902162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	62910849	rs1939749	T	C	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=33;PP=1861;SC=GGGCCTCTTATCTCAGTCACG;SOR=1.187;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=92;WE=62910857;WS=62910839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	62911079	rs1939748	G	C	5112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=62;PP=2558;SC=GTCAGACACAGTGTCATTGTC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=126;WE=62911087;WS=62911069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	62931484	rs6591771	T	C	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=27;PP=854;SC=AGGATCATCATGAGGGAAGCC;SOR=0.852;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=62931492;WS=62931474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	62951064	rs1525072	C	A	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=36;PP=1898;SC=ACCCATAACTCTACCTGTGTT;SOR=1.164;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=106;TCF=66;TCR=40;TR=102;WE=62951072;WS=62951054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	62951221	rs11231397	C	G	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=83;NR=102;PP=2965;SC=TGCAGCTTTTCTAAGTTCCTT;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=83;TCR=103;TR=185;WE=62951229;WS=62951211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr11	62984697	rs7949840	T	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=9;PP=722;SC=CAAGGCTAGATAGAGGATCAA;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=62984705;WS=62984687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	62984868	rs11231409	T	C	4991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=55;PP=2492;SC=AAAGCCAGGCTTCCCAGGGTT;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=123;WE=62984876;WS=62984858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	62985544	rs12417255	C	T	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=25;PP=754;SC=AAAAGATACACGCACTCACAT;SOR=1.051;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=62985552;WS=62985534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	62987638	rs11336277	CA	C	198.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=167;SC=TTTGCAAAGACAAAAAAAATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=62987646;WS=62987628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	62995875	rs7106186	G	A	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=11;PP=856;SC=TAGATGAAAAGTGTTTCATGA;SOR=1.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=41;WE=62995883;WS=62995865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	62996162	rs7126435	T	C	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=31;PP=727;SC=CTGCATTACCTGATATTCACT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=37;WE=62996170;WS=62996152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	63067181	.	AGT	A	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.575;NF=1;NR=9;PP=122;ReadPosRankSum=-0.592;SC=TTGCAACAGTAGTGTGTGTGT;SOR=0.037;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=10;WE=63067192;WS=63067171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr11	63129876	rs516763	T	G	4206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=37;PP=1662;SC=CTGCTCAATGTCTGCTCATCA;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=93;WE=63129884;WS=63129866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	63138482	rs566456	G	A	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=12;PP=785;SC=GTAATGCTGAGAAAGGAAGCC;SOR=1.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=40;WE=63138490;WS=63138472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	63149670	.	C	CA	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.161;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,50:0.27:184
chr11	63175593	rs61742518	C	T	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=25;PP=1432;SC=GAAATGCAGACGCTGCGTGAG;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=76;WE=63175601;WS=63175583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	63258416	rs10897424	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.52;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	63274120	rs12272556	G	C	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=752;SC=CCCAGCACCTGCCCTGGGTTC;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=63274128;WS=63274110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	63278621	rs2239679	C	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=47;PP=1383;SC=GGGGGCGCAGCCTGGGTGAGC;SOR=2.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=63278629;WS=63278611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	63313644	rs584905	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	63357919	rs593759	C	T	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=67;PP=1796;SC=CCCAGCCGGGCATCTGCCCTT;SOR=1.549;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=96;TCF=28;TCR=68;TR=95;WE=63357927;WS=63357909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	63413962	rs147319344	AAAAT	A	930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=42.31;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	63487386	rs542998	T	C	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=63;PP=2665;SC=GTGAAAGTGGTTTTACCTGAT;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=133;WE=63487394;WS=63487376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	63521193	.	C	G	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=26;PP=1037;SC=AAGCATTTATCTGTTCCAAAT;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=53;WE=63521201;WS=63521183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	63533334	.	TTCC	T	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=3.740;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.937;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,16:0.13:126
chr11	63657494	rs4980528	G	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	63663130	.	CTTTTTTTTTTTT	C	782.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=13.222;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.04;ReadPosRankSum=1.919;SOR=2.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr11	63668557	rs224174	C	T	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=37;PP=1117;SC=TGCTCCCCGCCCCATTCTCTG;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=63668565;WS=63668547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	63670387	rs1486936	C	G	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=5;PP=863;SC=TCGCTCCCAGCAGTAAATGCA;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=35;WE=63670395;WS=63670377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	63673603	.	CTG	C	1390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;MQRankSum=0.365;QD=29.59;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr11	63676313	rs56263226	G	GC	1176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=9;PP=753;SC=GGGTGCCTCAGCCCCCCCGTG;SOR=1.609;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=26;WE=63676321;WS=63676303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	63679369	rs320108	T	C	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.47;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	63680297	rs320110	A	G	9227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=100;PP=2965;SC=CTCTGCCTCCAGAGAGAAACC;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=105;TCR=100;TR=205;WE=63680305;WS=63680287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr11	63681513	rs10897461	T	C	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=39;PP=1427;SC=CCGTGAGGCCTTCAGGGCTCA;SOR=0.969;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=69;WE=63681521;WS=63681503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	63681648	rs4980533	G	A	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=28;PP=1426;SC=GAGGCTGCCAGTGAAAGGAGA;SOR=1.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=71;WE=63681656;WS=63681638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	63682312	rs4375445	G	C	15792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.74;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr11	63682315	rs34212439	C	G	15846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.54;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr11	63682318	rs11231638	G	C	15689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.22;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr11	63682869	rs3802941	A	G	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=15;PP=580;SC=AGACCCAGACAGGAAGGCAGG;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=63682877;WS=63682859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	63706441	rs28683669	G	A	116.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.69;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	63713239	rs3740636	G	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	63720086	rs4980513	T	G	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=61;PP=1899;SC=CCTGGCGATGTTCCAGGCACT;SOR=1.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=95;WE=63720094;WS=63720076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	63885632	rs4379854	A	G	8444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=85;NR=88;PP=2965;SC=GCGCCAAAGAAGAGTACGTGG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=173;WE=63885640;WS=63885622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr11	63885769	rs688241	C	T	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=44;PP=1176;SC=ACATGATGCCCGCCCACCCGG;SOR=1.189;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=63885777;WS=63885759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	63963378	rs2701539	T	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=218;SC=TGATTGACCATGATTATTATG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=63963386;WS=63963368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	63964657	rs2236648	C	T	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=127;SC=ATGTTAGTTGCATTTCAGAAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=63964665;WS=63964653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	63965534	rs35235491	C	CTT	324.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;QD=21.65;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	63967770	rs11231722	C	G	4334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=44;PP=1712;SC=CTCAAGGTGACGAGACCTGTG;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=91;WE=63967778;WS=63967760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	63970625	rs2070232	G	A	4273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=42;PP=2047;SC=AAGCCGCTGCGCTGGAAGCGA;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=71;TCR=43;TR=113;WE=63970633;WS=63970615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	63979162	rs17851033	C	T	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=7;PP=221;SC=GCATCAAGGCCGGGGACGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=16;WE=63979170;WS=63979152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	63986992	rs59250939	C	T	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	63988340	rs1544538	G	A	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=11;PP=995;SC=GCAGCCTGGCGCAGTGCAGAT;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=63988348;WS=63988330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	63990505	rs78324705	C	G	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=28;PP=1683;SC=CTCACTCTCTCTCCCTGGGGG;SOR=1.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=86;WE=63990513;WS=63990495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	63990996	rs5792315	AC	A	1989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=32;PP=1281;SC=CCTGCTCACCACCCTGTCACA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=0;TCR=34;TR=32;WE=63991004;WS=63990986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	63993287	rs11549691	C	T	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr11	63994692	rs1860368	T	C	14398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.30;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr11	63994696	rs2429456	T	C	14453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.20;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr11	63995302	rs2429455	C	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=272;SC=AATTCTAGCCCTCAGTACCCT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=63995310;WS=63995292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	63997329	rs633561	A	G	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	63997338	rs633557	T	C	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.54;SOR=1.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	63997566	rs10708923	GA	G	468.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.58;MQRankSum=1.149;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,44:0.72:61
chr11	63997882	rs11311686	AT	A	1057.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;MQRankSum=0.573;QD=12.74;ReadPosRankSum=-1.799;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:13,70:0.84:83
chr11	63999529	rs3741403	C	T	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=36;PP=1157;SC=GCATCTCTGGCGGGTGCCACA;SOR=1.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=63999537;WS=63999519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	64002238	rs7482791	T	C	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	64004557	rs67110559	AAGAGAGAGAGAGAGAG	A,AAG	805.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.4987,0.5013;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=3,3;NR=5,5;PP=20,313;SC=CACAGTCTCAAAGAGAGAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8,8;WE=64004580;WS=64004547;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:20
chr11	64011441	rs654573	T	C	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=58;PP=1448;SC=CCCCTACAGGTGGTGCAACCC;SOR=0.921;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=96;WE=64011449;WS=64011431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	64012225	rs605187	G	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=8;PP=658;SC=GTCGGGGACCGTCACTTCTTC;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=33;WE=64012233;WS=64012215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	64022459	rs632439	A	G	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=39;PP=1240;SC=GGCCAGACCCAGTGAACACAG;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=69;WE=64022467;WS=64022449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	64023971	rs7943988	G	A	7615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=92;NR=77;PP=2965;SC=AGGCCCGGCTGCTCATCGAAA;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=92;TCR=79;TR=169;WE=64023979;WS=64023961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	64024056	rs588177	C	A	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.030;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=0.031;SC=CAGGTGGGACCCCAGCTGACC;SOR=0.252;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=84;TCR=89;TR=172;WE=64024064;WS=64024046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr11	64026144	rs2244625	G	A	17301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=170;NR=171;PP=2965;SC=TCAAGACCTCGCCCTACCCCG;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=344;TCF=170;TCR=174;TR=341;WE=64026152;WS=64026134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,673:1.00:673
chr11	64026685	rs28395882	C	T	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=31;PP=897;SC=GCGAGAGCTCCGCGGCCACCG;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=64026693;WS=64026675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	64030944	rs2510067	T	C	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=14;PP=705;SC=GTCAGCCCTGTGGCTCAGCTC;SOR=1.159;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=64030952;WS=64030934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	64033555	rs3815362	C	T	4531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=46;PP=2228;SC=TGGATAGACCCGTCGTCAGCC;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=116;WE=64033563;WS=64033545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	64044284	rs72922077	C	A	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.016;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=384;ReadPosRankSum=0.712;SC=CCTGCCCACTCTTGCCATCCG;SOR=3.477;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=17;WE=64044292;WS=64044277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr11	64052306	rs652611	T	G	5950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=142;PP=2965;SC=CTCGTCCGCATCCTTTTTCCT;SOR=3.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=35;TCR=142;TR=176;WE=64052316;WS=64052296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	64066859	rs2232417	G	A	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=9;PP=1790;SC=GGACTGGCACGGTGACAGCGC;SOR=3.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=66;TCR=9;TR=75;WE=64066867;WS=64066849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	64068474	rs142295121	G	GC	2843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=25;PP=1300;SC=GTGTGGCCTCGCCAGGCCGTG;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=31;WE=64068482;WS=64068464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	64070940	rs11231746	T	C	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=31;PP=1467;SC=TAACCCTTTTTTCTCTTCTCC;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=64070948;WS=64070930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	64082437	rs650008	C	T	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=25;PP=822;SC=CTCTGGTGCGCTTGCTCAGCC;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=64082445;WS=64082427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	64083252	rs72924126	T	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-9.889;QD=0.86;ReadPosRankSum=2.162;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,17:0.17:100
chr11	64083269	rs201336331	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-9.030;QD=5.99;ReadPosRankSum=1.337;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,17:0.20:84
chr11	64083276	rs200055490	A	T	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.54;MQRankSum=-8.731;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr11	64083290	rs150848359	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.72;MQRankSum=-7.826;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr11	64083293	rs201971362	G	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-7.366;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.061;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr11	64083295	.	CGGG	C	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-7.241;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr11	64083300	rs199950340	G	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.797;NF=5;NR=4;PP=394;ReadPosRankSum=-1.307;SC=GGCGGCGGGCGGGCAGGCTGC;SOR=0.382;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=9;WE=64083308;WS=64083280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr11	64083318	.	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-6.316;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.488;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr11	64083320	rs201072913	T	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-5.981;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr11	64083328	rs79204587	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-5.827;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.567;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr11	64083331	rs80310817	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.96;MQRankSum=-5.738;QD=7.68;ReadPosRankSum=0.623;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr11	64085074	rs550819	T	A	8515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=0.985;SC=GGGATGCTCCTCTCGATGCTA;SOR=0.307;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=85;TCR=114;TR=198;WE=64085082;WS=64085064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,328:1.00:329
chr11	64085148	rs28364831	A	C	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=62;PP=1439;SC=GTGGGAGCTGAGGTAGGTAGG;SOR=2.642;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=76;WE=64085156;WS=64085138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	64085785	rs7938623	A	G	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	64085938	rs7941847	T	C	5190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	64088435	rs566049	A	G	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=36;PP=1322;SC=GGGGGCCCTTAGCCTCTTCAA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=64088443;WS=64088425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	64108539	rs66493355	C	T	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=31;PP=1621;SC=AGAGGAGCCCCTTCGGGAAGG;SOR=1.027;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=86;WE=64108547;WS=64108529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	64109315	.	GGTTGTGGTCTGAGGTCTTGGGCCATCAGTGATGTCACAACCAGATGGCCCAAGACCCCAGACCACAACCCCATGTCTGGT	G	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.716;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,17:0.24:71
chr11	64110347	rs199606445	GT	G	135.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	64110348	.	T	G	119	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=17;MQ=58.87;NF=1;NR=2;PP=119;QD=51.2570708491;SC=TGTAGGGGAGTGGGGGGGCTG;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=64110356;WS=64110338;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,3:0.43:7
chr11	64111928	rs685870	T	C	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=37;PP=1211;SC=GCCTGAGGCCTGGGGGTTGAG;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=65;WE=64111936;WS=64111918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	64116843	rs1318165	A	C	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	64117284	rs4930155	G	A	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=30;PP=874;SC=GGGCCTGTTGGAGAGAGCACT;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=64117292;WS=64117274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	64118422	rs614047	G	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=3;PP=445;SC=CTGCCGCAGAGAGACAGAAGT;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=64118430;WS=64118420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	64120435	rs489419	T	C	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=15;PP=715;SC=TGGGGTCCTGTCTGGCCTCCC;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=64120443;WS=64120425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	64127881	rs564687	T	G	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=57;PP=2129;SC=CCCAACGGGGTTGGGGTGGCT;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=118;WE=64127889;WS=64127871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	64326795	rs2277312	A	G	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=41;PP=1338;SC=AATGTCAGGCAAACACCCCAT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=64;WE=64326803;WS=64326785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	64332862	rs71456318	A	C	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=11;PP=428;SC=GGCAGGAGGCAGAGCTGGGAC;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=64332870;WS=64332852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	64359286	rs3825016	C	T	4820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=78;PP=2684;SC=AGAGGCCCCACCAGTGCCGCC;SOR=1.068;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=132;TCF=54;TCR=78;TR=129;WE=64359294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	64360274	rs11231825	T	C	10413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=117;PP=2965;SC=GTGACTCTCATGCTCTGAAGC;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=216;TCF=99;TCR=117;TR=215;WE=64360282;WS=64360264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr11	64361384	rs2021860	G	T	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=30;PP=824;SC=TAGAGGCCAGGGGTGCATGGG;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=64361392;WS=64361374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	64365943	rs1529909	T	C	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=105;SC=GGCCAGGCACTGGGGGCCACA;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=64365951;WS=64365933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	64367050	rs1705361	A	G	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	64367325	rs1630320	A	G	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=43;PP=1406;SC=TGTTGCTGGCAGGGCTCTGCA;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=64367333;WS=64367315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	64387932	rs2277311	G	A	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=31;PP=1045;SC=ACGGTGGCACGGGGGATGCCC;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=45;WE=64387940;WS=64387922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	64418900	rs526338	G	A	7004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=84;PP=2965;SC=GATCGGCCACGATGGCACGCA;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=104;TCR=86;TR=188;WE=64418908;WS=64418890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	64480308	rs2666560	C	T	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=50;PP=1353;SC=AGCCCTGGAGCGCTCGCACCC;SOR=4.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=4;TCR=50;TR=54;WE=64480316;WS=64480298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	64480641	rs2518907	G	A	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=20;PP=571;SC=TGGCCAAGAGGCCGCGGAAGG;SOR=0.831;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=34;WE=64480649;WS=64480631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	64496587	rs559977	T	C	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=38;PP=1005;SC=CGCAGGCTTGTGCCCCCCTAC;SOR=0.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=66;WE=64496595;WS=64496577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	64497161	rs534221	C	T	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	64497189	rs533515	A	C	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.407;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.91;ReadPosRankSum=1.196;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,177:0.96:185
chr11	64503179	rs553618	A	G	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=22;PP=751;SC=GAGGCAGGGGAAGCCCAGAGC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=64503187;WS=64503169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	64503496	rs556356	A	G	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=31;PP=956;SC=CCCTGCCCACAGCCACAGAGC;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=64503504;WS=64503486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	64503543	rs33956572	CT	C	1702.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=26;PP=1236;SC=CACAGCTCAGCTCAGAGCTCG;SOR=1.455;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=64503551;WS=64503533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	64507315	rs550930	T	C	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=40;PP=1184;SC=AGCACCTTGCTGGCCTCTCCC;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=69;WE=64507323;WS=64507305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	64507680	rs547280	A	C	12065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=125;NR=132;PP=2965;SC=CATGCGCATGACTCGTGGCCC;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=259;TCF=127;TCR=132;TR=257;WE=64507688;WS=64507670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr11	64507799	rs546323	G	C	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=79;PP=2692;SC=CATCTCCCCCGACCCCGTCAT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=50;TCR=79;TR=129;WE=64507807;WS=64507789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	64510898	rs2904961	C	T	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=31;PP=944;SC=GGCGTCCTGCCCGCCTCGCCC;SOR=1.453;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=64510906;WS=64510888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	64511050	rs2073797	G	C	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=18;PP=1148;SC=CGGGAAGCCTGAGCCTGGGAA;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=55;WE=64511058;WS=64511040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	64520942	rs2959652	G	T	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=3.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	64522066	rs625172	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=7;PP=478;SC=CCCAGTCTCCACTCCCTTATC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=64522074;WS=64522056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	64525216	rs589691	C	T	4608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=38;PP=2104;SC=CCCTCCCCTTCTCTGGGCTCC;SOR=1.291;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=116;WE=64525224;WS=64525206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	64525464	rs490980	C	T	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=40;PP=1172;SC=GGGTGGGGGCCGTGGGCCGGT;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=60;WE=64525472;WS=64525454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	64525644	rs489192	G	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=4;PP=140;SC=TTCGGACCTTGCCAGAGATGA;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=64525652;WS=64525634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	64535357	rs575375	T	C	5057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=67;PP=2177;SC=TGCCTGCGCCTCCTAGTGGCA;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=117;WE=64535365;WS=64535347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	64535849	rs561158	C	T	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=662;SC=ATGGAAAGTTCTGAAGAATTC;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=64535857;WS=64535839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	64536866	rs484886	T	C	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=51;PP=2380;SC=AGGTTTCTGCTAGGAGGCTTC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=111;WE=64536874;WS=64536856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	64563934	rs483544	A	G	7994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=86;PP=2965;SC=GCCCCTGCGGACCCTGCCTCC;SOR=0.769;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=99;TCR=87;TR=185;WE=64563942;WS=64563924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr11	64565175	.	C	CTTT	35.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr11	64572018	rs2959656	T	C	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=52;PP=1728;SC=GGTGATGCTGTGGGTGCTGGC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=99;WE=64572026;WS=64572008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	64572403	rs654440	C	G	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=21;PP=1072;SC=CATCGGCACCCAAGGGGATGG;SOR=1.079;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=64572411;WS=64572393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	64572557	rs540012	A	G	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=47;PP=1370;SC=CCCAGCCCACATGCAGCACAG;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=80;WE=64572565;WS=64572547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	64591972	rs10792447	T	C	4265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=39;PP=1495;SC=ATTCAGGGGATAGGGGGAGGC;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=83;WE=64591980;WS=64591962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	64594490	rs646709	A	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	64596916	rs10897529	C	T	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=18;PP=1497;SC=TGCCTGGCCCCCCTGCCAAGC;SOR=1.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=67;WE=64596924;WS=64596906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	64597506	rs3741395	T	C	6102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=80;PP=2908;SC=CAAGGTCAGCTGCTGCACGCG;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=158;WE=64597514;WS=64597496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	64598944	rs684071	A	G	4919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=49;PP=2103;SC=CGCAGGCCTGAACTGCTTCCT;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=114;WE=64598952;WS=64598934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	64602782	rs11605623	C	T	7206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=98;NR=63;PP=2965;SC=TTGCCTTGTCCGTCTGTTGTA;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=100;TCR=65;TR=161;WE=64602790;WS=64602772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	64603844	rs138577794	A	ACTCACCCAC	7447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=49;PP=2986;SC=GCCCAGGGCCACTCACCCACC;SOR=1.398;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=59;WE=64603852;WS=64603834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	64605689	rs541525	A	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=302;SC=CCCGAGGCCCAAGGCCCAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=64605697;WS=64605679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	64606765	rs676977	T	C	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=38;PP=1219;SC=GACTGCTGGCTCCTCGCGATG;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=64606773;WS=64606755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	64606910	rs142726755	C	CCTGCTCCCA	3853.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=21;PP=2900;SC=GCTTGGCCCGCCTTGTATCCC;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=33;WE=64606918;WS=64606900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	64607024	rs78269641	C	T	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1676;ReadPosRankSum=1.164;SC=TCCAGCAGGACGTTGTCTGGC;SOR=0.762;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=93;WE=64607032;WS=64607014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,149:0.99:151
chr11	64621856	rs3897618	A	G	5604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=54;PP=2671;SC=GCAGGTCGGCAGGCAGCTCGT;SOR=1.091;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=92;TCR=54;TR=146;WE=64621864;WS=64621846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	64622869	rs10897533	G	C	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=25;PP=860;SC=AGATCTCTCCGAGGTTGTTCA;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=64622877;WS=64622859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	64645871	rs1211284	A	G	6014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=78;PP=2433;SC=GCAGCCCCTCAGCCACCGTCT;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=131;WE=64645879;WS=64645861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr11	64664774	rs658006	C	T	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=17;PP=1089;SC=AGAGGAGAAACTGAGGCCCTG;SOR=1.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=57;WE=64664782;WS=64664764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	64669417	rs682673	T	C	2691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=20;PP=1548;SC=AACTGGTCCATCCCTCCCACC;SOR=1.493;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=72;WE=64669425;WS=64669407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	64673882	rs61741548	C	T	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=37;PP=1357;SC=CTGGCCCTTGCGGCCCGAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=64673890;WS=64673872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	64677293	rs656195	G	C	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=37;PP=1199;SC=CCAGGGGTCCGGCTCAGGCCG;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=64677301;WS=64677283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	64678920	rs638583	T	C	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=80;SC=AGACCAGGCCTTCTGCCCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=64678928;WS=64678910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	64680407	rs594820	G	C	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=140;SC=AGTAAATCCCGCACTTGACAT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=64680415;WS=64680397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	64680819	rs618006	G	A	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=213;SC=GCTGATGCACGTCCACCGGCG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=64680827;WS=64680809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	64695185	.	GAA	G	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.036;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chr11	64700767	rs675090	G	A	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=33;PP=886;SC=GCAGGGAGGAGTCAGACCCCC;SOR=2.737;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=36;WE=64700775;WS=64700757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	64702200	rs673995	C	T	7122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=95;NR=67;PP=2941;SC=CCCACCAGAACGTCAAGCCCT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=95;TCR=67;TR=162;WE=64702208;WS=64702190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr11	64702765	rs2307669	C	CTCTG	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=541;SC=CCACCGTCCACTCAGCTCTTT;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=10;WE=64702773;WS=64702755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	64707978	rs586616	A	G	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	64713485	rs596321	T	G	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	64715330	.	CTT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.166;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr11	64717801	rs71049671	C	CAA	647.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=6.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.853;QD=14.08;ReadPosRankSum=1.733;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr11	64718050	rs138174447	TTTTC	T	1252.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.15;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	64721908	rs495330	G	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=7;PP=493;SC=GTTTCCCAGAGCCCTGGAAGG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=64721916;WS=64721898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	64726701	rs602404	A	C	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=9;PP=718;SC=GGTGAAGGTAAAGAAGAGGTG;SOR=1.666;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=35;WE=64726709;WS=64726691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	64757504	rs574381	G	C	12505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;PP=2965;SC=TCCGCCTGCTGTCATCCCACC;SOR=0.898;SbPval=0.52;Source=Platypus;WE=64757512;WS=64757494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr11	64761779	rs626670	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=271;SC=AGCCACAGGATCCTTTTCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=64761787;WS=64761769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	64789194	rs664226	T	C	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=42;NR=14;PP=1295;SC=TCCTCCCAGGTCCTGGAGCTG;SOR=2.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=64789202;WS=64789184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	64794918	rs3832791	T	TG	1740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=10;PP=1425;SC=AGCGCAGGCCTGGCGAGGCGG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=64794926;WS=64794908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	64799789	rs532373	C	T	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=15;PP=1061;SC=TGTCCCTGGGCGAGGGGCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=64799797;WS=64799779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	64799894	rs678614	A	C	5437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.040;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=56;PP=2469;ReadPosRankSum=0.169;SC=AGTCTCATGTACCTCATAGGT;SOR=0.072;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=126;WE=64799902;WS=64799884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,209:0.99:212
chr11	64799998	rs534236	T	C	6592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr11	64802267	rs6591869	G	A	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=44;NR=7;PP=1229;SC=TGGGGCAGAAGCCCCTGTGGG;SOR=2.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=44;TCR=7;TR=51;WE=64802275;WS=64802257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	64807294	rs653111	G	A	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=40;PP=1116;SC=TGGGACTCTCGCTCCTGCACT;SOR=1.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=64807302;WS=64807284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	64808647	rs10160811	A	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=12;PP=676;SC=GCGGGCCCAGACAGGTTCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=64808655;WS=64808637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	64808681	rs34998502	AC	A	1833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=792;SC=GCCGCTCCCCACCCCCCGGCC;SOR=0.726;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=26;WE=64808689;WS=64808671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	64809090	rs12271134	T	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=16;PP=502;SC=CGAGCTGTGCTCCTGGACCTG;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=64809098;WS=64809080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	64809133	rs10792455	T	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=354;SC=CCGAGGCAGCTGTGGTGCTGG;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=64809141;WS=64809123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	64809167	rs10792456	A	G	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=7;PP=377;SC=CACGCTGCTGACCGTAGTGGC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=64809175;WS=64809157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	64809441	rs3862374	C	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=220;SC=TCACCATTAGCCCCCTCCCAG;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=64809449;WS=64809431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	64810771	rs11231929	A	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.64;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	64820654	rs477539	C	T	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=96;SC=CCTCCGGGGGCGAAGGTCCCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=64820662;WS=64820644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	64833935	rs548150	G	A	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=17;PP=734;SC=GCCTTCCGGGGGTTTGGGTCA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=64833943;WS=64833925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	64834432	rs573957	T	A	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=24;PP=691;SC=CACCTCCTGCTTCAGCCACCT;SOR=1.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=64834440;WS=64834422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	64835306	rs492799	C	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=25;PP=662;SC=GGGTGCCCAGCCAAAGGCCCC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=64835314;WS=64835296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	64835463	rs149675910	ACT	A	465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=2.895;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,29:0.25:114
chr11	64851305	rs947799	C	T	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=107;NR=64;PP=2965;SC=TTTAAGGGCGCCTCCTCCGGC;SOR=1.152;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=173;TCF=109;TCR=64;TR=171;WE=64851313;WS=64851295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr11	64851453	rs35819335	CT	C	11850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=127;PP=2951;SC=CCAGACATAACTTAGGCTCCG;SOR=1.024;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=145;TCF=14;TCR=131;TR=141;WE=64851461;WS=64851443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr11	64856500	rs525781	A	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=686;SC=TCTTGCAGCCACATCTTGCCC;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=64856508;WS=64856490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	64878661	rs625004	T	C	10288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=90;PP=2965;SC=TATCCCTCCCTTCTTATCTGG;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=102;TCR=90;TR=191;WE=64878669;WS=64878651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr11	64880090	rs4930284	G	C	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=427;SC=CGTCCCTGCCGGGGCTGGAGG;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=64880098;WS=64880080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	64883864	rs1706937	A	G	4326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=40;PP=1932;SC=CTCAGAAACAAGCAACAGGGC;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=99;WE=64883872;WS=64883854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	64884052	rs1546532	G	A	5121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=66;PP=2645;SC=CGCAGTCTAGGGCCAGGGGTG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=135;WE=64884060;WS=64884042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	64889416	rs769440	G	C	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=13;PP=275;SC=GGCTCACGTGGGGAAGGCCAG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=64889424;WS=64889406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	64897453	rs1206196	C	T	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=33;PP=1356;SC=CAAGAAGAACCCAGAGAGTGG;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=70;WE=64897461;WS=64897443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	64898357	rs11369296	G	GC	7307.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=64;PP=2974;SC=TGGGGCCTGTGCCTGCTGTGC;SOR=1.103;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=106;WE=64898365;WS=64898347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	64937683	rs17743381	C	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	64977644	rs625750	C	T	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=15;PP=1079;SC=AGGCCCTTGTCCCTGGGGTGC;SOR=1.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=64977652;WS=64977634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	64977937	rs542380	A	G	7938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=131;PP=2965;SC=AGTGTCCCCAACTGCCTCCCA;SOR=1.121;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=78;TCR=132;TR=209;WE=64977945;WS=64977927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr11	64981522	rs11605576	C	A	8875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.00;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,354:1.00:355
chr11	64981587	rs11605632	G	A	7895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=123;PP=2965;SC=TGGGGCCCCTGAGCCCTGCCG;SOR=1.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=79;TCR=123;TR=202;WE=64981595;WS=64981577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr11	64981837	rs12420456	C	T	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=22;PP=683;SC=CGAGACCTGGCGCAGTCCGTC;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=64981845;WS=64981827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	64990041	rs514076	G	C	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	64993195	rs10633296	C	CAGTA	2837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=1619;SC=CTTCTGGAAACAGCAAAAGCC;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=27;WE=64993203;WS=64993185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	65000478	rs2904978	C	T	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=331;SC=CTTAGGAGACCGTGAAGGGGT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=65000486;WS=65000468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	65000719	rs2904979	C	T	4295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	65003812	rs625427	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=8;PP=680;SC=GGCTCCACCCTTCTCCACTAC;SOR=2.049;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=32;WE=65003820;WS=65003802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	65004301	rs2904982	G	T	7670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=89;NR=91;PP=2965;SC=GGCCGTCTGCGTCCTGACCGA;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=89;TCR=92;TR=180;WE=65004309;WS=65004291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr11	65004386	rs56657874	C	T	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=58;PP=1734;SC=ACCAAGAGGCCGAAAGTTACA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=84;WE=65004394;WS=65004376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	65118971	rs620888	T	C	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=430;SC=TGATATTTCATAATATTTGAA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=65118979;WS=65118961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	65143701	rs80042162	CT	C	2296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=15;PP=1557;SC=CACAGGCCCCCTGGCTTCCGG;SOR=1.460;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=39;WE=65143709;WS=65143691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	65144075	rs624307	T	C	11224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=144;NR=113;PP=2965;SC=GACTTGATCATGTCTAAGGGC;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=145;TCR=113;TR=257;WE=65144083;WS=65144065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr11	65147294	rs547221	G	A	6154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	65147862	rs573864	C	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=5;PP=385;SC=GGACAAGGGACTAAGACCCCA;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=65147870;WS=65147852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	65161129	rs2073800	C	T	7201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=66;PP=2470;SC=GTGCCCCAGACGATGACGTGG;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=141;WE=65161137;WS=65161119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr11	65178620	rs2957274	G	A	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=9;PP=322;SC=GGAAGGAGCCGTCGCGCTGGA;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=65178628;WS=65178610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	65271779	rs36002528	CT	C	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=9.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.653;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,38:0.29:130
chr11	65308174	rs147365999	C	CGGGCGGGGCCTACAGGAG	1009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.90;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	65325325	.	CCAG	C	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=0.000;QD=2.33;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,14:0.14:102
chr11	65338944	rs2236684	T	G	5502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=58;PP=2516;SC=GCTCTCGACCTGCGCCCCAGC;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=74;TCR=58;TR=132;WE=65338952;WS=65338934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	65340135	rs10896017	C	T	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=139;SC=CGCGCCGGCCCCGGCCATGAA;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=65340143;WS=65340125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	65347636	rs1194100	G	C	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=29;PP=1981;SC=CCAAGTCCCAGTGAGGCTGCG;SOR=1.219;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=85;WE=65347644;WS=65347626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	65349063	rs3741380	G	A	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=52;PP=2040;SC=CCTCGGCTCCGGAAAGGCTCT;SOR=1.001;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=106;WE=65349071;WS=65349053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	65349756	rs6591182	T	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=15;PP=526;SC=AGGCCCCAGGTGAGCAGCTGG;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=27;WE=65349764;WS=65349746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	65349849	rs1194099	A	T	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=18;PP=617;SC=GGTTCAGGGGACCTGGAAACA;SOR=0.770;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=32;WE=65349857;WS=65349839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	65357697	rs1151503	A	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=654;SC=GCATACATCTAGGGATCCCTT;SOR=2.133;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=65357705;WS=65357687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	65359625	rs4261292	C	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=52;PP=1546;SC=CAGAGGGCTGCGTGTGGACCC;SOR=1.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=65359633;WS=65359615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	65373621	rs1151527	A	G	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=17;PP=598;SC=CAGGCTTCAGAGATAAACTTT;SOR=0.994;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=65373629;WS=65373611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	65380916	rs2004649	G	A	8809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=119;PP=2965;SC=GGGGCGGGCCGCCACCCCGAG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=111;TCR=120;TR=229;WE=65380924;WS=65380893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr11	65383896	rs7947140	G	C	8220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr11	65385606	rs1151489	A	G	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=40;PP=2042;SC=ACCCTGACCCAGCCTGACCGG;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=65385614;WS=65385596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	65387378	rs61744384	T	A	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=77;PP=2502;SC=CTGAGGGTGCTGTGCACTATT;SOR=1.039;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=124;WE=65387386;WS=65387368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr11	65389890	rs11227241	G	C	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=38;PP=1225;SC=CTGGACCTTGGCTCCCCAGAC;SOR=1.095;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=64;WE=65389898;WS=65389880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	65415028	rs4930157	T	G	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=32;PP=1043;SC=GCGGCCAGACTCTGCCCAGCC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=62;WE=65415036;WS=65415018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	65423082	rs1144792	G	A	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=15;PP=699;SC=ATGGGGCCCAGGAGTCTTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=65423090;WS=65423072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	65480791	rs551115	A	G	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=29;PP=2220;SC=CCCCGCCCCAAAGGAAGACCC;SOR=1.534;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=102;WE=65480799;WS=65480781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	65548108	rs76925283	C	T	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=451;SC=ACCCTCAGGCCGCAGCCACCG;SOR=3.611;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20;WE=65548116;WS=65548098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	65554823	rs199941275	G	C	5060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=42;PP=1838;SC=AGCGGCCCGTGTCCAGCGACG;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=97;WE=65554831;WS=65554813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	65561468	rs644740	C	T	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=8;PP=871;SC=CTCTCTTCTCCACCAAGCCTC;SOR=2.780;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=43;WE=65561476;WS=65561458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	65562257	rs2276133	G	A	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=47;PP=1383;SC=GCGGCCGTGCGGGAAAAGTCC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=60;WE=65562265;WS=65562247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	65562852	rs72922786	G	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=27;PP=770;SC=AGCCCCAAGAGCATCCAGGAT;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=65562860;WS=65562842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	65601466	rs59416249	C	T	2169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=9;PP=1334;SC=CGGTCAGTTCCTCGGGCGAGT;SOR=2.062;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=54;WE=65601474;WS=65601456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	65617113	rs11327250	AG	A	4894.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=54;PP=2969;SC=GGCCTCCCCCAGGGGGTGGTA;SOR=0.906;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=80;WE=65617121;WS=65617103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	65623739	rs11227332	A	G	9816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=103;NR=107;PP=2965;SC=CGTATACGTCAAGAAAAGGAT;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=104;TCR=108;TR=210;WE=65623747;WS=65623729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,382:1.00:382
chr11	65630098	rs3216088	T	TG	1130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=6.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.559;QD=20.94;ReadPosRankSum=-1.189;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,46:0.85:54
chr11	65632507	rs61754785	G	A	6525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=105;NR=63;PP=2964;SC=CTACGCAGCCGCCCCTGGGGA;SOR=1.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=105;TCR=64;TR=168;WE=65632515;WS=65632497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	65636053	rs601314	T	C	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=46;PP=1348;SC=GGCTCGTTGATGCAGCGGTAC;SOR=0.951;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=78;WE=65636061;WS=65636043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	65637273	rs501630	A	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=7;PP=626;SC=GAGGCACGGCATAGCTAGGGC;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=65637281;WS=65637263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	65639374	rs2234458	C	T	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=15;PP=1089;SC=TGGGGCTGTCCCTTGGAAAGC;SOR=1.416;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=65639382;WS=65639364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	65647260	rs658524	A	G	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=11;PP=721;SC=CTCCAGCCCCACCCTCACACC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=65647268;WS=65647250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	65647796	rs201535604	CT	C	2033.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.175;QD=10.22;ReadPosRankSum=2.002;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,141:0.71:199
chr11	65649774	rs604630	A	G	4792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=44;PP=1883;SC=GAAGGTGGCCAGCGCCATCTC;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=103;WE=65649782;WS=65649764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr11	65649984	rs687672	T	C	6063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=61;PP=2091;SC=ATTTTGTGGATGTCTCCGTGC;SOR=0.789;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=116;WE=65649992;WS=65649974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	65650515	rs35461885	G	T	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1477;ReadPosRankSum=1.885;SC=ACATGCCAAGGGTCTGATGAT;SOR=0.301;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=86;WE=65650523;WS=65650505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,140:0.99:141
chr11	65651830	rs658938	A	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=6;PP=587;SC=GCTGGGGCAAAGCCAAGCTGG;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=65651838;WS=65651820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	65655259	rs2308217	G	GCC	6898.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=20;NR=52;PP=2977;SC=GTCTGGCGGGGCCTAGCAGGG;SOR=0.732;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=72;WE=65655267;WS=65655249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	65664346	rs637571	T	C	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=10;PP=678;SC=CTGGCCGGGGTTGTGGGGGGC;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=36;WE=65664354;WS=65664336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	65667796	rs1058068	G	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=7;PP=321;SC=CGGGTTCCCCGAAGTCTCGGA;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=65667804;WS=65667786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	65684929	rs9667389	C	T	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=2;PP=511;SC=ATTTGGCCCCCCTAGGTCAGT;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=65684937;WS=65684919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	65685225	rs7947504	T	C	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=63;PP=2059;SC=CACCTGAAGCTGGCCTTCAAC;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=118;WE=65685233;WS=65685215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	65713207	rs9795469	T	C	5157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=56;PP=1875;SC=CCCGTCGGTGTGACCAGGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=117;WE=65713215;WS=65713197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	65727301	rs491973	A	G	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=14;PP=574;SC=CCACAGGTCAATGGGGGTGAG;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=65727309;WS=65727291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	65732651	rs550435	G	A	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=23;PP=967;SC=AGAAGCTGGCGGCTGCCAAGG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=53;WE=65732659;WS=65732641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	65732800	rs552130	T	C	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	65733289	rs556643	G	A	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=35;PP=1548;SC=GACACTGGTGGCCTTGCTACC;SOR=0.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=87;WE=65733297;WS=65733279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	65734539	rs1151505	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=500;SC=ACTTAACCTCCCTGTGCCCCA;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=65734547;WS=65734529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	65735174	rs660118	G	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=16;PP=422;SC=CCACCGCCGGGGTCCCCGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=65735182;WS=65735164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	65744275	rs543952	T	C	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=19;PP=508;SC=CGTTTGGGGGTGCTCAAGCTG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=65744283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	65744421	rs542332	C	T	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=18;PP=940;SC=CAGGTGGTGACCAGTGGGTGG;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=65744429;WS=65744411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	65746653	rs679581	A	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=29;PP=712;SC=AGACCTGGCCATCAAATGACA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=65746661;WS=65746643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	65767153	rs507672	A	G	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=10;PP=472;SC=TCCCCTGTAGATAAGAAGAGA;SOR=0.843;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=23;WE=65767161;WS=65767133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	65767215	rs506873	G	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=13;PP=393;SC=CCATAGGAAGGGGTTCTATCT;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=65767223;WS=65767205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	65771050	rs147010511	TCACTGAG	T	1313.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=1078;SC=CTCTTATCTCTCACTGAGCAC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=17;WE=65771064;WS=65771040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	65780702	rs9667817	A	G	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=16;PP=998;SC=GGCCTGGAGCAGCCTGGCAGG;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=47;WE=65780710;WS=65780692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	65788072	rs3814747	C	T	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=40;PP=1431;SC=ATGTAAATTACGAGGATGGGA;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=65788080;WS=65788062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	65790527	rs2845570	G	T	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=24;PP=710;SC=CGCTGGAGCCGGCCGGCTGAA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=65790535;WS=65790517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	65810209	rs61895584	C	T	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=34;PP=879;SC=TGGGCTGCCACGGCTGCAGCT;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=65810217;WS=65810199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	65810749	rs7937692	T	C	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=68;PP=2594;SC=AGGCGTTGGGTACGCGCCGGA;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=119;WE=65810757;WS=65810739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	65811208	rs4930170	G	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=26;PP=760;SC=CTTGACCCCTGCCCTTACCCA;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=65811216;WS=65811198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	65825443	rs60074596	C	CA	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.8060;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=33;ReadPosRankSum=-0.842;SC=AACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=65825451;WS=65825433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr11	65837928	rs149876307	C	G	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=318;SC=GGCGTCGCCTCGGCCTCCGTA;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=65837936;WS=65837918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	65868310	rs475817	T	A	8044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr11	65983522	rs548858	A	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=362;SC=GGTCTTGTGCATTCCTTGGCT;SOR=4.514;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=18;WE=65983530;WS=65983519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	65985000	rs557082	A	C	5447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=57;PP=2343;ReadPosRankSum=-0.796;SC=TAGGGACCAAACCCCTGAGAG;SOR=0.247;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=123;WE=65985008;WS=65984990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr11	65997898	rs561948	A	G	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=285;SC=ACTTGCTTTCAGGAAAAGAAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=65997906;WS=65997888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	66010633	rs524268	T	C	4823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=54;PP=1898;SC=CTGTCACCCCTAGTGTCCATC;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=101;WE=66010641;WS=66010623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	66029130	rs572827	G	C	114.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=37;SC=TTCACTGGGTGCCAGAGCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=66029138;WS=66029120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	66031450	rs525698	T	C	4511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=69;PP=2314;SC=CTGGGCAGGCTGGGGGTCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=134;WE=66031458;WS=66031440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	66031660	rs1151539	C	T	5390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=66;PP=2674;SC=GGCCCGATGACCCCAATGTGG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=135;WE=66031668;WS=66031650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr11	66033301	rs474005	C	T	4953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=59;PP=2293;SC=CATTCACTGCCTGATGCCCCT;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=109;WE=66033309;WS=66033291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	66036293	rs150627444	A	AC,ACC	2471.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=6.548;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.58;ReadPosRankSum=3.155;SOR=2.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,34,53:0.37,0.57:93
chr11	66040049	rs555853	G	C	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	66040053	rs555826	A	G	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.72;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	66050712	rs4073582	G	A	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=50;PP=1802;SC=GCCCCTGTCTGCCCCAGGTAC;SOR=0.956;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=91;WE=66050720;WS=66050702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	66050948	rs3016315	C	T	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=20;PP=659;SC=CCTTTTGCCCCTGAGGACTGA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=66050956;WS=66050938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	66054823	rs510398	C	T	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=13;PP=1283;SC=GGGAGGGATACAGTCCAAATC;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=66054831;WS=66054813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	66059782	rs6591210	T	C	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	66083129	rs3741367	T	C	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=29;PP=1050;SC=CAGTGTGGGATGCGTGGCAGA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=66083137;WS=66083119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	66083782	rs3741368	G	A	7870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.15;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,311:0.99:313
chr11	66099987	rs1784029	C	T	9914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=110;NR=145;PP=2965;SC=CAGGCCACTCCGCCCGGCGGT;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=110;TCR=146;TR=255;WE=66099995;WS=66099977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr11	66100152	rs1784030	T	C	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=36;PP=1236;SC=CAATCGAGGCTTCTGGGGGCA;SOR=1.167;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=66100160;WS=66100142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	66101974	rs3016317	C	T	2835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=37;NR=33;PP=1087;SC=TATGGAGAGACGGAGCCTCAC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=70;WE=66101982;WS=66101964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	66103046	rs3016763	C	T	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=30;PP=1157;SC=AGGAGCAGGGCCCGTGGACAC;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=60;WE=66103054;WS=66103036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	66104057	rs3016316	T	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=27;PP=673;SC=GGGTCAGGGGTCCCCTCCATG;SOR=2.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=66104065;WS=66104047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	66107527	rs1785633	C	A	6748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr11	66107674	rs1784035	A	G	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=59;PP=1627;SC=GCAGTTTGTCATCCCACCATT;SOR=1.453;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=25;TCR=59;TR=84;WE=66107682;WS=66107664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	66108660	rs947978	C	T	2635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=29;PP=1667;SC=GAAGAGGGTACAGAACCACCC;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=44;TCR=29;TR=73;WE=66108668;WS=66108650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	66109033	rs11537993	T	C	8018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=92;PP=2965;SC=ACTGCTTCTCTAGGTCCAGCA;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=188;TCF=94;TCR=94;TR=185;WE=66109041;WS=66109023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr11	66109527	rs112182142	C	CTGTG,CTGTGTG	3429.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.276;NF=18,18;NR=19,19;PP=88,1079;ReadPosRankSum=-2.277;SC=TGTAGGGGCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.320;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=37,37;WE=66109536;WS=66109517;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.16,0.81:85
chr11	66109779	rs1784037	AT	GA	2030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=35;PP=986;SC=AGGCAGCAGGATGCTGAACAC;SOR=3.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=40;WE=66109788;WS=66109769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	66130736	rs1039593	A	G	366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=293;SC=TTTCTTCCCCACAGCACTCCA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=66130744;WS=66130726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	66131149	rs1039594	C	T	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=28;PP=742;SC=CCCTTCTTTCCGGGCCTCAGT;SOR=1.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=66131157;WS=66131139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	66131906	rs7125100	A	G	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=24;PP=638;SC=CTGTGGTAGAAGCTGAAGTCA;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=29;WE=66131914;WS=66131896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	66133311	rs4930358	T	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=6;PP=1002;SC=TACCAGGCCATTTGGACTACC;SOR=2.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=66133319;WS=66133301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	66133336	rs2279861	A	G	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=16;PP=1047;SC=AATCACCTCCATGCTCTTTCA;SOR=1.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=58;WE=66133344;WS=66133326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	66135179	rs2279862	C	T	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=32;PP=1682;SC=CTCTCAGGGCCTCAGGCTCAG;SOR=1.160;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=84;WE=66135187;WS=66135169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	66135898	rs2292123	T	C	2593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	66138894	rs7946434	G	C	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=25;PP=1161;SC=CTACAACCCCGATCACCCCGG;SOR=0.869;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=53;WE=66138902;WS=66138884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	66188761	rs77600363	G	T	10032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.044;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.669;SC=AGGTCCGGCTGTCCTACCTGC;SOR=0.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=223;TCF=117;TCR=106;TR=221;WE=66188769;WS=66188751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr11	66188904	rs111442339	T	C	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=54;PP=1566;SC=GCTGGGGCTGTCGCATGTCTA;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=18;TCR=54;TR=72;WE=66188912;WS=66188894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	66193600	rs3215144	TG	T	99.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=43;SC=TGCAGGATTTTGGGGGGGGGG;SOR=1.022;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=4;WE=66193608;WS=66193590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	66236431	rs57724777	G	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=431;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GGTCTAGTGCGCTTTCACTAA;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=26;WE=66236439;WS=66236421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr11	66240882	rs2277302	T	C	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=51;PP=1188;SC=CTGGCTTCGATGCCTCTAGCA;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=71;WE=66240890;WS=66240872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	66241699	.	TA	T	1087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.609;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.551;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=38;PP=880;ReadPosRankSum=2.440;SC=GCTGGCAGCTTAAAAAAAATC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=39;WE=66241707;WS=66241689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr11	66247844	rs2279864	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.47;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	66254085	rs11550299	G	T	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=18;PP=496;SC=GCCTCTGGCAGACCTGCGGGG;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=33;WE=66254093;WS=66254075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	66255515	rs4930378	T	C	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=50;PP=1122;ReadPosRankSum=1.799;SC=TGCTCCCTCCTGGGCATTTCC;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=64;WE=66255523;WS=66255505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,83:0.99:84
chr11	66262806	rs10791878	T	C	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	66263243	rs11227495	C	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=570;SC=GTGGAGCCCCCTGGAGGCGGA;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=66263251;WS=66263233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	66272142	rs1671063	A	G	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=29;PP=937;SC=GGTATGCAACAGTCACTGATG;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=66272150;WS=66272132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	66272237	rs2305535	G	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=23;PP=726;SC=CCCAACACTCGCCTTGAAGGT;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=40;WE=66272245;WS=66272227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	66277035	rs17065	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=16;PP=455;SC=CAGGTGGCACGTGACAGCTAG;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=66277043;WS=66277025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	66278059	rs1791688	C	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=569;SC=TTGTACTCGCCCTTCCCTGTG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=66278067;WS=66278049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	66282095	rs2298806	G	A	6108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=78;PP=2500;SC=AGTTCAGCCTGCCCCAATTGC;SOR=0.847;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=139;WE=66282103;WS=66282085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr11	66283257	rs2276406	C	T	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.149;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=55;PP=2011;ReadPosRankSum=-0.088;SC=AGGAAGCAGCCGCCAGAATGT;SOR=0.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=102;WE=66283265;WS=66283247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr11	66285268	rs10736656	G	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=5;PP=169;SC=AAGAGATGGGGTCTCACCATG;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=66285276;WS=66285258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	66285417	rs61618756	C	CT	213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.43;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	66288733	rs10896125	G	C	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=26;PP=1100;SC=TGCGCTTCTTGTTTGCAGATG;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=59;WE=66288741;WS=66288723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	66297363	rs3816492	C	T	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=87;PP=2965;SC=TGCAGGCCCTCGAGTCCAGCC;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=87;TCR=88;TR=173;WE=66297385;WS=66297353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr11	66298594	rs2305532	C	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=31;PP=784;SC=AGGGTCAGAGCGTGCGGGTGG;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=66298602;WS=66298584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	66298623	rs2305533	A	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=263;SC=TGGCCAGCAGACCTACTCTCC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=66298631;WS=66298613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	66299515	rs8432	A	G	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=18;PP=523;SC=CTGAGACCTGAGCTGCTGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=66299523;WS=66299505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	66302724	rs12272545	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=7;PP=213;SC=CTTGTCACCCAGGCTGGAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=66302732;WS=66302714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	66302743	rs57596493	C	T	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=7;PP=188;SC=TGCAGAAGCACGGTCACAGCT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=66302751;WS=66302733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	66303895	rs7116940	T	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=3;PP=231;SC=GGCATGATGGTGGGTGCCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=66303903;WS=66303885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	66313203	rs2305534	T	C	3600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=39;PP=1211;SC=CGCCCAGCCCTGGCCCAGACC;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=76;WE=66313211;WS=66313193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	66321927	.	CA	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.923;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr11	66322906	.	C	T	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=68;PP=2060;SC=ACCTCCACACCTTTGCACGGC;SOR=1.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=98;WE=66322914;WS=66322896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	66324529	rs10896128	G	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=25.99;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	66324583	rs678397	T	C	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=25.50;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	66324762	rs677488	C	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=448;SC=CCCTGCTAACCCCAAGCGTGG;SOR=3.056;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=19;WE=66324770;WS=66324752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	66326581	rs2275998	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=3;PP=133;SC=GCAGAGCAAATCCCTAGGACG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=66326589;WS=66326571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	66327673	rs1671064	G	A	4917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=52;PP=1814;SC=ACCATTGACCGGCTGCAACTG;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=100;WE=66327681;WS=66327663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	66328055	rs2229455	A	G	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=36;PP=1637;ReadPosRankSum=-0.855;SC=GCCTGCTGACAGCGCACGATC;SOR=0.350;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=59;TCR=36;TR=93;WE=66328063;WS=66328045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr11	66328095	rs1815739	T	C	5332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=50;PP=2027;SC=CGAGGCTGACTGAGAGCGAGG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=72;TCR=51;TR=121;WE=66328103;WS=66328085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	66328719	rs618838	T	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=6;PP=354;SC=GGTGCCCAGCTGTGACCAGAC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=66328727;WS=66328709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	66328741	rs2229456	A	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=9;PP=418;SC=CTGCAGGAGGAGCTGGCACGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=66328749;WS=66328731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	66329639	rs77239910	G	A	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=59;PP=2089;SC=ACTTTGACAGGGTCAGCAGGG;SOR=1.001;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=100;WE=66329647;WS=66329629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	66329732	rs540874	A	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=29;PP=746;SC=CTACAGAAGCAGAATGGGATG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=66329740;WS=66329722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	66331458	rs572846	A	G	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=16;PP=900;SC=CCCCGGACCCACGATGCAAGT;SOR=1.366;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=66331466;WS=66331448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	66333072	rs4630309	C	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=7;PP=303;SC=GTCTCCCCCCCATTATGAAGT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=66333080;WS=66333062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	66333598	rs545009	C	T	6380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=64;PP=2648;SC=CAGGCTCTTTCCTCAGGAGAG;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=75;TCR=64;TR=139;WE=66333606;WS=66333588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	66335548	rs1127894	A	G	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=67;PP=2063;SC=GCGACCCCTGACCCGCCTGGA;SOR=1.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=96;WE=66335556;WS=66335538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	66373305	rs1127145	G	A	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=39;PP=1170;SC=AGGAGTCAGCGCAGCCCCCTG;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=66373313;WS=66373295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	66392880	rs11550057	C	T	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=45;PP=1528;SC=CTTCTGCCACCCTGGCAGCTC;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=67;WE=66392888;WS=66392870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	66406070	rs670900	A	C	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1197;ReadPosRankSum=-0.501;SC=AGAGGATCTGAGGGAACGCCG;SOR=0.237;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=77;WE=66406078;WS=66406060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,114:0.99:115
chr11	66438278	.	C	CA	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.619;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.888;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr11	66456738	rs140939152	ATTTC	A	1403.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	66458676	rs76228630	T	C	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=7;PP=470;SC=AGCTCTACCCTAGCTCCTGGG;SOR=1.893;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=66458684;WS=66458674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	66469032	rs532439	T	C	3940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	66472274	rs4930388	T	C	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=36;PP=1305;SC=GGCACCCGGCTCTGCACCTCG;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=66472282;WS=66472264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	66481264	rs615536	C	T	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=18;PP=494;SC=TGTGAGATCTCGAAGAGGAAG;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=66481272;WS=66481254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	66512290	.	GGGC	G	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.727;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.580;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,6:0.10:60
chr11	66583779	rs543191	T	G	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=260;SC=GTAGAATAAATAAGTTCAGTG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=66583787;WS=66583769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	66611177	rs145986460	G	C	3873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=37;PP=2042;SC=CCGGGGGCGGGTCCGTGCTCA;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=100;WE=66611185;WS=66611167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	66627483	rs3802743	C	T	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	66812338	rs11227668	A	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=28;PP=737;SC=ATGCAGATGGATAGGGGGTGG;SOR=3.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=31;WE=66812346;WS=66812328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	66834252	rs2282502	C	T	7527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=75;PP=2923;SC=TCTACCCTGACGCCAGCGTCC;SOR=0.787;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=162;WE=66834260;WS=66834242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr11	66837965	rs4930409	T	C	4566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=66;PP=1963;SC=GACTGACCTGTGCAAGGACAA;SOR=1.224;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=42;TCR=66;TR=108;WE=66837973;WS=66837955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	66995603	rs3741189	T	C	4395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=58;PP=1942;SC=CCCACCTAACTAAGGAATTTC;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=105;WE=66995611;WS=66995593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	67017445	rs34463980	C	CA	2190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=14;PP=1623;SC=CCCTCTCCAACGTGACCTTTC;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=67017453;WS=67017435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	67034266	rs2228418	C	A	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	67050292	rs2071007	G	A	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=76;PP=2364;SC=TGACGATGGTGGGTGCAGGTC;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=119;WE=67050300;WS=67050282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	67052466	rs10896164	G	A	4510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=52;PP=2639;SC=TAAGGAGCCCGTGCGGGGGTC;SOR=1.145;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=86;TCR=52;TR=137;WE=67052474;WS=67052456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr11	67057092	rs368498130	GC	G	195.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=16;HapScore=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=83;SC=CCGTCCTGGAGCCCCCCCCCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=6;WE=67057112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	67057104	rs11227758	C	G	261.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.72;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	67068859	rs2298815	T	C	6559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=83;PP=2784;SC=GCTCTGCTGTTGCCGCATCAG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=86;TCR=83;TR=169;WE=67068867;WS=67068849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr11	67071584	rs4244822	C	G	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.177;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr11	67076810	rs3737460	T	G	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=25;PP=1576;SC=CAGGTCCGATTGCCAGTGGGC;SOR=1.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=80;WE=67076818;WS=67076800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	67141148	.	ATTT	A	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-2.437;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr11	67159412	.	A	AGGCGGG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=324;SC=ACCAATGGGGAGGCGGGGGCG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=67159420;WS=67159405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	67177278	rs7122299	G	A	7161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=103;PP=2965;SC=GGCTGATGCCGGCCCGGCAAA;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=66;TCR=103;TR=167;WE=67177286;WS=67177268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr11	67184725	rs61734601	G	A	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=14;PP=1056;SC=ACAAGCCTTCGCCCCCAACAC;SOR=2.035;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=56;WE=67184733;WS=67184715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	67192332	.	CCA	C	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.842;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr11	67226065	rs149455081	C	T	10824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=125;PP=2965;SC=GGATCCCTGACGTGGACTGAC;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=112;TCR=125;TR=237;WE=67226073;WS=67226055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr11	67254766	.	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,13:0.21:63
chr11	67257273	rs611697	G	T	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=33;PP=969;SC=CATGATCTCTGCGAGGGCAGG;SOR=3.365;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=37;WE=67257281;WS=67257263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	67257823	rs641081	C	A	6568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=73;NR=87;PP=2914;SC=CCAGCTGGACCAGCAGATCAC;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=73;TCR=87;TR=160;WE=67257831;WS=67257813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr11	67258391	rs4930199	A	G	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=32;PP=1095;SC=CGAGAGCTGCAGGCCCTGGAG;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=64;WE=67258399;WS=67258381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	67262264	.	T	TGAGTGGGCGA	1217	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=22;MQ=59.46;NF=11;NR=5;PP=1217;QD=77.1875;SC=GCCTCTCTGGTGAGTGGGCGA;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=16;WE=67262272;WS=67262254;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,16:0.70:23
chr11	67262282	rs202207490	C	CGA	2060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.86;QD=42.06;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	67262289	.	G	A	899	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5007;HP=2;HapScore=1;MGOF=59;MMLQ=21;MQ=60.21;NF=42;NR=18;PP=899;QD=15.5628535425;SC=GGGCGAGTGGGCGAGGGGGCG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=60;WE=67262297;WS=67262279;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,60:0.98:61
chr11	67262289	.	G	GCGAGTGGA	2546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.66;QD=40.42;SOR=1.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	67263767	rs618633	A	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=588;SC=CGCAGGGGTCAGCCGCGTGGA;SOR=1.347;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=67263775;WS=67263757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	67267043	.	T	A	103	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.6917;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MMLQ=21;MQ=57.49;NF=6;NR=1;PP=103;QD=19.6816017925;SC=CATCCATCCATCCATCCATCC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=67267051;WS=67267033;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,7:0.88:8
chr11	67267636	rs59249357	G	C	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=36;PP=1339;SC=CATCGGGGGAGGCATCTGGGC;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=67267656;WS=67267626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	67275063	rs144468375	C	T	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=31;PP=1569;SC=CCCCACTCACCTGCACGTAGC;SOR=1.098;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=79;WE=67275071;WS=67275053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	67288594	rs2276118	C	T	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=43;PP=2132;SC=GTAGCCGTCCCGGTCTCGGTC;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=62;TCR=43;TR=104;WE=67288602;WS=67288584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	67351529	rs145589007	A	AG	1133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=438;SC=GGGGGCGGGGAGGGGGGGCAG;SOR=3.442;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=13;WE=67351548;WS=67351519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	67351540	rs1871041	A	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=14;PP=815;SC=GGGGGGGCAGACTGCGCTCAC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=67351548;WS=67351519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	67351585	rs4147581	C	G	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=20;PP=1242;SC=CTCCAGCAAACTTTTCTTTGT;SOR=1.237;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=67351593;WS=67351575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	67375162	rs1382089	T	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=208;SC=AGGGCCAAGCTGCCACACTCG;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=67375170;WS=67375152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	67399735	rs2514021	T	C	6052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=59;PP=2639;SC=CCCTTTGCCTTCCGCCCACTG;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=130;WE=67399743;WS=67399725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	67399970	rs3765088	C	T	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=30;PP=1132;SC=GGTGGGGCCCCAGGATGGGTC;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=67399978;WS=67399960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	67407146	rs2447591	T	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=442;SC=GTGGTCTTCCTACTCGAGCTG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=67407154;WS=67407136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	67412203	rs143278298	C	CCA	578.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.96;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr11	67414492	rs948445	C	T	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=23;PP=649;SC=CAGGGGCTCCCGGGGCACAGG;SOR=1.000;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=36;WE=67414500;WS=67414482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	67430589	rs78402723	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=10;PP=804;SC=GGCTGGGGGAACCTGCGGTCT;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=67430597;WS=67430579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	67430762	rs1551886	T	C	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=50;PP=1951;SC=GGGTGGGTAGTGGATCTCCTT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=106;WE=67430770;WS=67430752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	67431038	rs1979375	G	A	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=22;PP=912;SC=GAGGCCCAGGGTGTGGATCAA;SOR=0.950;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=67431046;WS=67431028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	67431110	rs1979376	G	A	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=31;PP=1524;SC=CTTCCCTAGGGGTGGAAATGG;SOR=0.962;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=67431118;WS=67431100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	67432804	rs2447571	T	C	5716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=72;PP=2217;SC=GCCACGCGGCTGCAGCCCAGC;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=142;WE=67432812;WS=67432794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	67432854	rs6591270	T	C	4104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=73;PP=2123;SC=GTTGATGATGTGGCCCAGGTT;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=47;TCR=74;TR=119;WE=67432862;WS=67432844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	67433708	rs5792424	C	CG	4835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=40;PP=2441;SC=GGGGCGGGCTCGGGGCCAGCC;SOR=0.941;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=61;WE=67433716;WS=67433698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	67433758	rs1551887	G	A	4893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=63;NR=54;PP=1972;SC=TGGGGACGTCGGGCACTGCTG;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=117;WE=67433766;WS=67433748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	67433869	rs1551888	C	T	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.53;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	67434010	rs1871032	C	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=25;PP=1211;SC=GGCTACTGGGCGGGGAGAGCA;SOR=0.933;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=58;WE=67434018;WS=67434000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	67434416	rs4646823	C	A	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=47;PP=1616;ReadPosRankSum=2.155;SC=TCCAGGCCTGCAGGTTCTTGA;SOR=0.260;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=91;TCF=41;TCR=50;TR=88;WE=67434424;WS=67434406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr11	67564034	rs79787139	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=5;PP=284;SC=CTAGTTCCCCACATGGTGTGG;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=67564042;WS=67564024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	67564068	rs77439896	C	A	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=6;PP=535;SC=CCTAGCTTTTCCCCGGCCCCC;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=67564076;WS=67564058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	67564181	rs79260939	G	A	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.18;QD=25.40;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	67564197	rs72657419	T	C	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.12;QD=25.20;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	67564238	rs77785393	C	T	5295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.74;QD=43.77;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	67564241	rs80309804	C	T	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.64;QD=44.70;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	67765163	rs5792426	A	AG	3234.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=19;PP=1795;SC=ATGGCCAGGAAGCCACTGCCA;SOR=1.218;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=39;WE=67765171;WS=67765153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	67786064	rs11433668	A	AC	2375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=20;PP=1401;SC=GCCCTCAGGAACTCCGGGCCT;SOR=0.787;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=32;WE=67786072;WS=67786054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	67789293	rs58160034	G	GC	8820.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=65;PP=2967;SC=CTGGGCTGCGGCGTGTGGCCA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=26;TCR=66;TR=90;WE=67789301;WS=67789283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	67795378	rs11436139	G	GC	6596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=78;PP=2974;SC=GGCCATGGAGGCCAAGGCTGC;SOR=0.961;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=28;TCR=79;TR=104;WE=67795386;WS=67795368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	67799584	rs117961226	C	T	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=0;PP=181;SC=GGTTCTTGGGCACACCCCACC;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=67799592;WS=67799574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	67799731	rs3133266	C	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=22;PP=692;SC=CCTGGTATGACGTCACGCCCT;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=67799739;WS=67799721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	67800494	rs3115545	T	G	3426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=30;PP=1992;ReadPosRankSum=-1.000;SC=GTCCTGGGCATGAGGGGACAG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=65;TCR=30;TR=94;WE=67800502;WS=67800484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,124:0.99:125
chr11	67801282	rs3133267	C	T	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=375;SC=GCAGCCGCCGCCGCTACTTTC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=67801290;WS=67801272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	67801517	rs3115546	G	T	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=71;PP=2259;ReadPosRankSum=-0.391;SC=GACAGACCCGGTGCTGTGCCA;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=51;TCR=72;TR=121;WE=67801525;WS=67801507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,197:0.99:199
chr11	67804156	rs3133269	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=184;SC=GGGCCGTTCCCGGCCTGCCTG;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=67804164;WS=67804146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	67814979	rs2471829	G	C	5273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	67842369	rs2512611	C	T	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=318;SC=AGCACTCTCACAGGAGTGTTT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=67842377;WS=67842359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	67888793	.	G	GCTGCGGCGA	184.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=1266;SC=GGCGGCGGCGGCTGCGGCGAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=67888801;WS=67888783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	67957518	rs2512606	A	T	5820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=81;PP=2493;SC=CACCACCATGATCTTGGATTC;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=137;WE=67957526;WS=67957508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	68030173	rs3802746	C	A	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=35;PP=1546;SC=ATCAGCTGCACCTCCTGAAGT;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=77;WE=68030181;WS=68030163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	68080214	.	CGCT	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=1.316;SC=CCGCCGTGGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=3;WE=68080224;WS=68080204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,7:0.14:51
chr11	68131167	rs10791978	A	T	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=14;PP=1094;SC=GCAATGACTGACGGGGGACCC;SOR=1.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=68131175;WS=68131157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	68170825	rs687482	A	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	68170833	rs686921	G	T	1173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.92;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	68171013	rs545382	T	C	6429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=69;PP=2041;SC=CGCACATTTTTGGGTTCACGC;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=132;WE=68171021;WS=68171003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	68173861	rs471966	C	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=376;SC=GGACCTGACCCGGGGGTGAGT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=68173869;WS=68173851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	68179166	rs689179	A	G	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=40;PP=1087;SC=CTCGCCGCACATACCCTGTGG;SOR=1.688;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=68179174;WS=68179156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	68192690	rs556442	G	A	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=56;PP=1932;SC=CCCTGGTGGTGGACAACACAC;SOR=1.005;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=93;WE=68192698;WS=68192680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	68305521	rs11403965	G	GT	977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=20;PP=971;SC=CATTCTAGCAGTAAGTCCAGG;SOR=2.226;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=68305529;WS=68305511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	68312645	rs10896340	A	G	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=478;SC=AAGCACTCACATACTATTTGT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=68312653;WS=68312635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	68315798	rs10736668	C	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=591;SC=TCTGGGGAGCCGGTAACAGGG;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=68315806;WS=68315788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	68331663	rs12804775	G	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=161;SC=CTTTTTTCCCGCAGCCAGAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=68331671;WS=68331653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	68331715	rs10501398	C	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=9;PP=647;SC=TGGTCGATAACCTTGAATGAT;SOR=1.455;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=33;WE=68331723;WS=68331705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	68452985	rs694066	G	A	5525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=50;PP=2272;SC=CTGCCATGCCGGGAAAGCCTG;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=126;WE=68452993;WS=68452975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	68514575	rs36118833	C	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=2;PP=443;SC=ACAATACATACGTGAAATGAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=68514583;WS=68514565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	68530318	rs7112615	C	A	1358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=23;PP=759;SC=GGCAAGGAGACGTGGACTTCA;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=40;WE=68530326;WS=68530308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	68548260	rs3019576	C	A	4361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=59;PP=1804;SC=AAAGAGGCAACAATGAGGAGA;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=97;WE=68548268;WS=68548250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	68549340	rs2228502	A	G	4579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=56;PP=1980;SC=CTAACGTCACAAAGAACGCTG;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=47;TCR=56;TR=103;WE=68549348;WS=68549330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	68566647	.	GAAA	G	1916.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.44;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	68566648	.	A	AC	1005	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=59.59;NF=18;NR=4;PP=1005;QD=47.0909090909;SC=CTTCATACGGAAAAATTTCAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=22;WE=68566659;WS=68566638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,22:0.88:25
chr11	68566649	.	AAA	GCT	1784	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=59.72;NF=21;NR=4;PP=1784;QD=73.8987149945;SC=TTCATACGGAAAAATTTCATC;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=25;WE=68566659;WS=68566638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,25:0.76:33
chr11	68566651	.	A	ACGCT	1916.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.92;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	68566839	rs3019603	G	A	3147.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=59;PP=1784;ReadPosRankSum=0.606;SC=ATTATTGGGGGAAAAAAAAAT;SOR=1.089;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=92;WE=68566847;WS=68566828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,135:0.97:139
chr11	68668208	rs668576	A	G	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=52;PP=1562;SC=CCACAGAAACACCTAGGTGAG;SOR=1.322;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=76;WE=68668216;WS=68668198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	68671104	rs629426	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=590;SC=ACAAGGCACCAGGTCGGACCC;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=68671112;WS=68671094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	68671280	rs111612765	G	GCCGCCGCCATCTTC	5681.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=27;PP=2678;SC=TGCTGCCATGGCCGCAGCCTC;SOR=0.776;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=38;WE=68671288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr11	68671477	rs1249463	T	C	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=42;PP=1197;SC=TGCTGGAGCTTGAGAGAGACG;SOR=0.895;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=68671485;WS=68671467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	68678962	rs560096	T	C	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	68703009	rs598255	C	G	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=20;PP=624;SC=TCATGGTGCACCTTCTGTCCT;SOR=1.455;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=68703017;WS=68702999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	68703959	rs622082	A	G	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=52;PP=1692;SC=GGGACCTGCTACGTCCACCAG;SOR=1.074;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=83;WE=68703967;WS=68703949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr11	68704264	rs546382	C	T	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NR=54;PP=1774;SC=ACGACAGTTCCGGGGAAGGGA;SOR=0.843;Source=Platypus;TCR=55;WE=68704272;WS=68704254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	68705504	rs513615	G	T	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=259;SC=ACTCCTGGCCGCAAGCAGTCC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=68705512;WS=68705494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	68773810	rs371172006	AGG	A	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	68816370	rs4930642	A	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=7;NR=7;PP=242;SC=GCGTCAGCAAAAACGCCAGGG;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=68816378;WS=68816360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	68822739	rs1470892	T	C	12684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr11	68825037	rs3750973	A	C	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=27;PP=1383;SC=CCGCCCGTCTATCTTGCAGGG;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=67;WE=68825045;WS=68825027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	68830226	rs10792015	G	A	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=6;PP=836;SC=CTCCACTTTGGGCTCAGTGAC;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=37;WE=68830234;WS=68830216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	68831293	rs11228472	C	G	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=269;SC=GTCACCGAGCCCTGCAGGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=68831301;WS=68831283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	68834968	rs6591368	T	C	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=23;PP=963;SC=CTTCTGCTCTTAGCAGGATGA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=68834976;WS=68834958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	68835182	rs10750840	T	A	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=25;PP=687;SC=AGGCCTTTTTTTCGATAAGTG;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=68835190;WS=68835172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	68839334	rs10896415	G	A	4493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=54;PP=2375;SC=GGGAAGGGTCGGGGGTTCTGA;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=127;WE=68839342;WS=68839324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	68840014	rs3750963	G	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=24;PP=1099;SC=CAAGCCAGACGCCAGGGCAGG;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=62;WE=68840022;WS=68840004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	68840397	rs1466221	T	C	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=19;PP=688;SC=TGCGTTCCTATGGCAGTGTTC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=68840405;WS=68840387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	68840412	rs1466220	C	G	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=20;PP=850;SC=GTGTTCTGCTCTCAGCTGAGG;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=68840420;WS=68840402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	68840617	rs3750966	T	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=8;PP=207;SC=GGGAATGGAGTTCTCTTTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=68840625;WS=68840607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	68845867	rs7945151	G	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=780;SC=TCAAATCCCAGAATAAGAGGG;SOR=4.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=32;WE=68845875;WS=68845864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	68846098	rs4930649	A	G	8957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=124;PP=2965;SC=CAGAGCTGGCACGGAAGTGCC;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=114;TCR=124;TR=238;WE=68846106;WS=68846088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr11	68846519	rs7124310	A	C	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=38;PP=1146;SC=GCCGGCCTCTACTGGGCGGGT;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=68846527;WS=68846509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	68847138	rs12804893	T	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=293;SC=AAAGAAGTCCTGACATCTGGA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=68847146;WS=68847128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	68849073	rs3829240	G	A	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=51;PP=1394;SC=GACTGTGCCCGTCACCCTGGG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=71;WE=68849081;WS=68849063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	68851414	rs2376558	T	C	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=28;PP=780;SC=TGTCCTCAGCTGATGGCCGTG;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=68851422;WS=68851404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	68851466	rs896973	G	T	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=646;SC=ACATGCGTGCGTTTGGCGGGA;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=29;WE=68851474;WS=68851456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	68855233	rs1551305	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=7;PP=348;SC=CTGTGTCCCTGTGACACTCAC;SOR=0.954;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=68855241;WS=68855223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	68855363	rs3829241	G	A	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=8;PP=253;SC=GAGGAGCCCGGGGAGGATGAG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=68855371;WS=68855353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	69462910	rs9344	G	A	7156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=108;PP=2965;SC=AGTGTGACCCGGTAAGTGAGG;SOR=0.997;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=70;TCR=109;TR=177;WE=69462918;WS=69462900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	69466115	rs7177	C	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=20;PP=470;SC=CAGGTGCTCCCCTGACAGTCC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=69466123;WS=69466105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	69489422	rs113966981	C	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=5;PP=506;SC=AATGTTCGGCCGCTTTCTTAA;SOR=2.019;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=69489430;WS=69489412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	69588729	rs2073464	G	A	6622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=62;PP=2823;SC=GAGAAGCCACGAGCCTGCTAG;SOR=0.954;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=91;TCR=62;TR=152;WE=69588737;WS=69588719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr11	69589959	rs9666584	A	G	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=52;SC=GACCTCGGGCAGGAGTGCGCA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=69589967;WS=69589949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	69924352	rs11233117	C	G	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=7;PP=311;SC=AAAATCTGACCGGCGCGGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=69924360;WS=69924342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	69949135	rs55698329	GCC	G	1785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=10;PP=684;SC=GAGATGCACCGCCCCCCCTCA;SOR=1.662;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=23;WE=69949144;WS=69949125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	69949327	rs2509147	C	T	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=21;PP=573;SC=GTCACTTGGACGCCTGGCAGT;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=69949335;WS=69949317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	69954412	rs2509182	A	G	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=29;PP=1407;SC=CTGCTCGTGGAAGGTGCCTTA;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=72;WE=69954420;WS=69954402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	69957940	rs2515251	C	A	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.865;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=949;ReadPosRankSum=-0.901;SC=CACACCCCCCCGGGAGCTGCA;SOR=0.215;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=51;WE=69957948;WS=69957930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr11	69962642	rs2515245	A	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=17;PP=505;SC=TGGCTCTGTCAGAGCCTGGAG;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=69962650;WS=69962632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	69970412	rs2509160	G	A	5974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=62;PP=2796;SC=GAGCAACCTCGGAGTGCCACA;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=89;TCR=62;TR=151;WE=69970420;WS=69970402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	69970637	rs2515258	A	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=21;PP=561;SC=GTTTGAACTCAAAGAGCTTGT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=69970645;WS=69970627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	69995755	rs34756275	TA	T	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=2.59;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr11	69998440	.	CAA	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.736;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr11	69999122	rs10160639	A	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=323;SC=CTCAGACTCAAAATTAACAAG;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=69999130;WS=69999112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	69999252	rs3781663	G	A	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=20;PP=731;SC=GGCCACTGTGGGTTAACTTTC;SOR=0.790;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=38;WE=69999260;WS=69999242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	70001976	rs10751195	A	G	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	70002185	rs34657087	AT	A	1161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=21.51;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	70002987	rs3781658	G	A	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=14;PP=769;SC=ATGCACCCACGCTGACACACA;SOR=1.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=70002995;WS=70002977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	70007311	rs2276066	A	G	6606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=60;PP=2965;SC=TCATCTACAGAATCTCCATGG;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=101;TCR=62;TR=160;WE=70007319;WS=70007301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	70007392	rs2276067	A	G	9534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=115;NR=110;PP=2965;SC=CAGCCACCGCAGTCATCATCA;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=227;TCF=116;TCR=111;TR=225;WE=70007400;WS=70007382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr11	70007484	rs2276068	C	G	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=76;PP=2297;SC=TGCCCATGTTCCAGGTACTGT;SOR=1.410;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=34;TCR=76;TR=110;WE=70007492;WS=70007474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	70007865	rs2155461	A	C	1662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=24;NR=29;PP=977;SC=GCCTTTCCCCAACCTCGCTTC;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=70007873;WS=70007855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	70016247	rs35843284	T	TG	1360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=866;SC=AGGGGAAGTTTGGGCTCTGGA;SOR=1.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=22;WE=70016255;WS=70016237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	70031914	rs7115648	C	G	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=354;SC=AGAGACTCCTCCAGAGGCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=15;WE=70031922;WS=70031904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	70031947	rs7103524	G	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=220;SC=TGGGACACCCGAGGAGGGGAC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=70031955;WS=70031937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	70185519	.	G	A	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=38;PP=1077;SC=TTGCTTTCTTGCCCTCCTCTC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=70185527;WS=70185509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	70200594	rs7943389	C	T	2234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=59;PP=1648;SC=CAGAGCGCACCTGTCTTTTCG;SOR=2.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=74;WE=70200602;WS=70200584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	70208350	rs10751231	G	A	5522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=52;PP=2496;SC=TACTTTGTAGGCTGTACCTCA;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=129;WE=70208358;WS=70208340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	70349061	rs7110158	A	G	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=754;ReadPosRankSum=-0.847;SC=AGAGGATGGCATCAGTGAGAG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=70349069;WS=70349051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,81:0.98:83
chr11	70506206	rs525304	G	T	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=216;SC=CCCCAGGAAGGGCTTGAGATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=70506214;WS=70506196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	70507605	rs3837380	TACACACACACACACACACACACACACACACAC	T	1949.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.468;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.479;NF=8;NR=11;PP=973;SC=TGCAGGCGTATACACACACAC;SOR=2.252;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=19;WE=70507646;WS=70507595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,51:0.93:55
chr11	70544937	rs7117514	A	G	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=94;SC=CCCACAGCACATGAGGCTGGT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=70544945;WS=70544927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	70644839	rs11237534	C	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=439;SC=CTAAGAGGCACCGGGGCATCA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=70644847;WS=70644829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	70666765	rs11237599	C	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=19;PP=546;SC=GGTTGGAGTACGCCGGGGCCT;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=70666773;WS=70666755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	70672399	rs3019835	G	A	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=412;SC=GTTATATTCCGGACCAACTCA;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=70672407;WS=70672397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	70757620	rs4409861	T	C	5861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=82;PP=2890;SC=GTGTGTGAAGTAGGTGGTTTT;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=160;WE=70757628;WS=70757610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	70757705	rs4246962	C	T	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	70766664	rs4495913	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=25;SC=AAGTCATTAAAAATCAAAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=70766672;WS=70766654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	70777553	rs10899691	A	C	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=65;PP=2489;SC=TACCCCTCCGAACAGCCCTCA;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=120;WE=70777574;WS=70777543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr11	70777566	rs12287441	A	G	5209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=61;PP=2233;SC=AGCCCTCAGAAGGTGGCAGCG;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=111;WE=70777574;WS=70777543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	70777723	rs10793403	C	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=27;PP=982;SC=GCCAGCCCTTCGTAGGTCATC;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=70777731;WS=70777713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	70794485	rs67223333	C	G	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=45;PP=1331;SC=GTGGCTCTTACGAGAAACTCC;SOR=1.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=67;WE=70794493;WS=70794475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	71146577	rs909217	G	A	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=37;PP=1266;SC=GCAGGTGGCCGCCGCCACAGG;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=71146585;WS=71146567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	71146691	rs760241	A	G	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=43;PP=1702;SC=GCCTCTGCCCATCGGCGGATG;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=94;WE=71146699;WS=71146681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	71146952	rs1792268	G	A	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=40;PP=1593;SC=TGTGGGCTCGGGGGCCCAGCG;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=73;WE=71146960;WS=71146942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	71149069	rs949176	A	G	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=37;PP=1067;SC=CACTCCACGCAGATGCAGCAG;SOR=1.643;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=71149077;WS=71149059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	71150217	rs2852853	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=502;SC=CCAGCACTGGCCCAGGGTCCT;SOR=4.407;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=71150225;WS=71150207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	71152461	rs949177	A	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=35;PP=956;SC=CTTGCAGGCCATTGATCTGAT;SOR=1.006;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=55;WE=71152469;WS=71152451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	71153459	rs11603330	C	A	5585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.892;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=82;PP=2489;ReadPosRankSum=1.770;SC=AAGGGGGACGCATAGCAGGAA;SOR=0.199;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=129;WE=71153467;WS=71153449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,210:0.99:212
chr11	71155153	rs1790334	A	G	12041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=81;PP=2856;SC=CCACAGGGCCAGTCAGGGCGC;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=87;TCR=81;TR=168;WE=71155161;WS=71155143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr11	71155171	rs1044482	C	T	12076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=83;PP=2965;SC=CGCAGCTGTACTGGTCACAAG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=167;WE=71155179;WS=71155161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr11	71164471	rs12789751	G	A	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	71164544	rs12791871	A	C	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=169;SC=GGCCCTGGGCATGGGATCAGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=71164552;WS=71164534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	71166060	rs2276359	T	TG	2790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=20;PP=1467;SC=GTTTGTTTTTTTTTTTATCCT;SOR=1.394;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=45;WE=71166068;WS=71166050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	71166337	rs1790373	A	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=502;SC=CGCCACACCCACTGTTGGGCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=71166345;WS=71166327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	71169547	rs2276360	G	C	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=53;PP=1747;SC=AGCGGCCCTTGTGGAGTCTCC;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=90;WE=71169555;WS=71169537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	71169648	rs2276361	A	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=24;PP=616;SC=GCTCAAGGGCATGACCCACCC;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=71169656;WS=71169638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	71174452	rs2276362	A	G	6560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=58;PP=2383;SC=GGGCAGACACACATGTACCTC;SOR=0.873;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=138;TCF=79;TCR=59;TR=137;WE=71174460;WS=71174442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr11	71174589	rs1629304	T	C	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=47;PP=1189;SC=GGCTCTCAGCTGAGGGCTGCC;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=75;WE=71174597;WS=71174579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	71183474	rs2282621	C	T	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.85;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	71183477	rs2282620	C	T	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	71183645	rs2282619	T	C	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=142;SC=ATCCAGGTAATGGAAGGCACC;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=71183653;WS=71183635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	71184190	rs7935125	C	A	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=15;PP=1149;SC=AGGGCACCCACCTCTTCGGAA;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=59;WE=71184198;WS=71184180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	71184678	rs7950441	A	C	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=18;PP=895;SC=GCAGCCACCAAGTGCTGCGCA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=47;WE=71184686;WS=71184668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	71185479	rs2276354	T	C	6088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=63;PP=2323;SC=AGAAGGGTTGTGACGGGGACC;SOR=0.808;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=77;TCR=63;TR=140;WE=71185487;WS=71185469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr11	71185518	rs2186778	T	C	7157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=73;PP=2366;SC=GTGCCATGATTGCCATGAACG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=74;TCR=73;TR=147;WE=71185526;WS=71185508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	71188502	rs3794065	G	A	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=60;PP=1863;SC=CCCCTGTTACGGCGGTAGGAG;SOR=1.211;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=91;WE=71188510;WS=71188492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	71189436	rs2276353	T	C	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	71192602	rs3814731	T	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	71192851	rs3814734	A	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=12;PP=835;SC=GGAAAGTGCTAACACCCACGT;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=71192859;WS=71192841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	71260243	rs2664	T	C	9377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=150;PP=2965;SC=AGGTAGCTCCTGAAGATCTGT;SOR=1.145;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=233;TCF=82;TCR=151;TR=232;WE=71260251;WS=71260233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr11	71260296	rs2663	G	A	4370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=96;PP=2674;SC=TCCCCTTCTGGATCTGAAAAG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=35;TCR=96;TR=131;WE=71260304;WS=71260286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	71276909	.	G	GGGCTGTGGCTCCTGTGGGGGCTCCAAGGGA	1190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.68;QD=49.61;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	71279877	.	GGTCCAGCTGCTGCAAGCCCTGCTGCTCCCA	G	8128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=69;PP=2915;SC=TGCTGTTCCCGGTCCAGCTGC;SOR=0.715;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=103;TCF=22;TCR=81;TR=89;WE=71279914;WS=71279867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	71280031	rs111626347	C	A	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.140;NF=20;NR=48;PP=1429;ReadPosRankSum=-0.482;SC=CAGACAGAGACCAATGTATCA;SOR=1.099;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=68;WE=71280039;WS=71280021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,107:0.99:108
chr11	71576817	rs57369261	G	GT	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.948;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-2.667;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,25:0.25:102
chr11	71634606	rs11446262	G	GT	170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr11	71668362	rs3216157	CT	C	1776.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=791;SC=GTTAACCCAGCTTAATTGAGT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=71668370;WS=71668352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	71701523	rs2276384	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=6;PP=426;SC=TAGTTTGCCCGCACTTGCTCT;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=71701531;WS=71701513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	71706758	rs61890895	C	A	180.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=4;PP=96;SC=CCCCATGATACAACCCCAGTT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=71706766;WS=71706748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	71707465	rs1055452	T	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=9;PP=182;SC=CTCAAAGGGGTGCTTGGGCCA;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=71707473;WS=71707455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	71712175	rs1892919	G	A	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=14;PP=1008;SC=GAGCTGGCAGGGAGGGCACAG;SOR=1.574;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=52;WE=71712183;WS=71712165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	71714526	rs949324	G	C	7571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.61;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	71714526	.	GGT	CGG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=82;NR=43;PP=2947;QD=20;SC=GACCAGGTGAGGTCAGCATCG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=83;TCR=43;TR=125;WE=71714536;WS=71714516;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr11	71714528	rs949323	T	G	7571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	71715215	rs2845857	C	G	11162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.01;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr11	71715218	rs2852365	T	C	11186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr11	71719619	rs2155145	G	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=500;SC=CCCGTTTTTCGTTATTCTTCT;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=71719627;WS=71719609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	71727422	rs1057992	A	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=438;SC=CACACCAACCAGCAGCACACA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=71727430;WS=71727412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	71728543	rs34393610	G	GA	1207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.600;QD=17.01;ReadPosRankSum=2.038;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,63:0.89:71
chr11	71728908	rs11278712	AGTCAAC	A	1538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=925;SC=CATCACCCAGAGTCAACGCTG;SOR=1.483;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=71728921;WS=71728898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	71729656	rs949325	A	G	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=10;PP=249;SC=AAGGGAGGAGACGGCATAGGG;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=71729664;WS=71729646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	71730715	rs2298456	T	A	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=11;PP=276;SC=TAAGAAGGTGTAAAGATTTGC;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=71730723;WS=71730705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	71733519	rs10128658	C	T	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=400;SC=CTTCTCAGTGCCCCCATTCTG;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=71733527;WS=71733509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	71734211	rs2298457	T	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=16;PP=598;SC=GACAACAACGTAGAAAACAGG;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=71734219;WS=71734201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	71740378	rs35948003	A	AAC	6210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=36;PP=2467;SC=CGTTAGAAGCAACATGGTTTG;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=52;WE=71740386;WS=71740368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	71740521	rs1939247	A	T	863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=21;PP=538;SC=AGCCACCTGAAATGCAACCAT;SOR=2.376;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=71740529;WS=71740511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	71797422	rs597513	T	A	6484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=69;PP=2601;SC=CAGCAAGCACTCAACAAATGT;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=141;WE=71797430;WS=71797412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr11	71849741	rs652197	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=5;PP=190;SC=TTATTTGAGCCCAGGATGTTG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=71849749;WS=71849731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	71883540	rs633738	G	A	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=31;PP=983;SC=TGGCTTTGGTGACTGCTGCGG;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=71883548;WS=71883530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	71932120	rs2508202	G	C	3584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=117;PP=2965;SC=GTCTCCCCCCGACCCACCCCA;SOR=4.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=4;TCR=117;TR=121;WE=71932128;WS=71932110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	72281818	rs380126	A	G	3792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=36;PP=1826;SC=GAATCCCAACACTCATCCTGC;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=96;WE=72281826;WS=72281808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	72281884	rs433640	C	T	7381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=50;PP=2965;SC=AGCAGGGATTCGCTGTATGGG;SOR=1.174;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=103;TCR=50;TR=153;WE=72281892;WS=72281874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr11	72282039	rs409512	T	C	12752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr11	72289176	rs379276	C	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=285;SC=ATCAGTTGGACCTGGGCCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=72289184;WS=72289166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	72289291	rs1135029	T	C	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=23;PP=930;SC=AGATGGGCATTGCAATGTGCT;SOR=0.959;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=72289299;WS=72289281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	72290199	rs11605051	G	A	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=17;PP=1041;SC=TCTGCCTGGGGGGGGCCGTGC;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=72290207;WS=72290189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	72291477	rs56350365	G	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=0;PP=262;SC=CCAGGAAAATGAGCCAGACAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=72291485;WS=72291467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	72291883	rs644698	C	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=13;PP=449;SC=ATGAGACTCCCAGACACCCCA;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=72291891;WS=72291873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	72291927	rs577536	T	C	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	72292167	rs3781939	G	T	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.68;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	72292176	rs7108477	C	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.24;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	72292185	rs3781938	C	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	72292353	rs57803658	G	GA	3070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=26;PP=1134;SC=CTGTCCCAGGGAGGGGACCCC;SOR=1.218;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=47;WE=72292362;WS=72292343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	72292860	rs376724	C	T	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=390;SC=CCGGGGGCAACGGATGTGACA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=72292868;WS=72292850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	72293039	rs379638	G	A	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=26;PP=824;SC=GTATCAAGACGGGGCCCTTGC;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=72293047;WS=72293029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	72293079	rs414178	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=23;PP=618;SC=CCACACTCAAAATCTGGAGTC;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=72293087;WS=72293069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	72293602	rs4944557	A	G	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=18;PP=597;SC=TATACTCATCATCGGAGACCT;SOR=0.808;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=72293610;WS=72293592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	72294714	rs408269	C	T	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=5;PP=102;SC=AGTAAAGACCCCACCCCCACT;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=72294722;WS=72294704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	72294734	rs56267207	A	AC	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=5;PP=171;SC=TTTCATCCAGACCCCGCGCCG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=72294742;WS=72294724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	72295502	rs366711	T	C	7080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=84;PP=2668;SC=TCCGGGACGCTGGAGGCGGTG;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=72;TCR=84;TR=155;WE=72295510;WS=72295492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	72295906	rs452228	A	G	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=59;PP=2177;ReadPosRankSum=2.466;SC=CTCCCTCCACACCCTCTCACC;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=120;WE=72295914;WS=72295896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,270:0.99:272
chr11	72296039	rs907850	G	T	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=37;PP=1250;SC=CCCTCTGATCGCCCTCACGTC;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=65;WE=72296047;WS=72296029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	72296700	rs424234	C	T	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=41;PP=1171;SC=TATCCAACCTCCTGCCTCCAA;SOR=1.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=72296708;WS=72296690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	72307528	.	TCA	ACA	258	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=22;MQ=59.09;NF=2,4;NR=3,6;PP=102,258;QD=27.3542425094;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=5,10;WE=72307538;WS=72307518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:50,5:0.09:55
chr11	72307528	.	TCA	T	258	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=22;MQ=59.09;NF=2,4;NR=3,6;PP=102,258;QD=27.3542425094;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=5,10;WE=72307538;WS=72307518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr11	72342310	rs4944591	G	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=445;SC=TTGCCTGCTTGCACCCTGCTC;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=72342318;WS=72342300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	72361883	rs341038	T	C	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=4;PP=437;SC=GTGCCTCAGGTTAGAGTCAGT;SOR=2.303;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=20;WE=72361907;WS=72361873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	72361893	rs72349218	TCCCTGAC	T	1178.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=5;PP=1433;SC=TTAGAGTCAGTCCCTGACCCC;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=72361907;WS=72361873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	72361920	rs72326199	TAC	T	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.43;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr11	72396800	rs12802369	A	G	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=49;PP=1851;SC=AAGCTGCTGCAGCTGCTGCAG;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=72396808;WS=72396790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	72396990	rs12805218	G	A	3936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=53;PP=2031;SC=GAGGGCAATCGGGGAGGGCAA;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=109;WE=72396998;WS=72396980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	72399607	rs2306609	G	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=47;PP=1274;SC=GGAGAAGAGGGCACTTTAGTC;SOR=1.458;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=72399615;WS=72399597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	72404003	rs11235567	A	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=361;SC=AATGAGGGAGAAGGGTGGCCC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=72404011;WS=72403993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	72404958	rs12276972	A	C	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=36;PP=1077;SC=CTCCAACCATATGCAAGTGCC;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=55;WE=72404966;WS=72404948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	72405868	rs2306608	C	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=6;PP=946;SC=TGCCAGCACCCTATCACCACC;SOR=2.608;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=41;WE=72405876;WS=72405858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	72407770	rs2306612	G	C	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=33;PP=979;SC=CTGGGCTGCTGTGCCTCTCAT;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=49;WE=72407778;WS=72407760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	72407977	rs11602233	C	A	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=8;PP=668;SC=CGCAGGAGTCCGGAGGGATGG;SOR=1.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=34;WE=72407985;WS=72407967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	72408657	rs2291289	C	T	5834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=73;PP=2422;SC=TTCGCTCCACCAGCACCAGCA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=68;TCR=74;TR=141;WE=72408665;WS=72408647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	72408840	rs200428900	AGGATGGCGG	A	2543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=20;PP=2941;SC=ATGAGAGGGCAGGATGGCGGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=72408856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	72411082	rs7110501	T	C	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=23;PP=1101;SC=CAGAAGCATCTATCACTCTGT;SOR=0.961;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=72411090;WS=72411072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	72411099	rs10898866	C	T	3030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=25;PP=1164;SC=CTGTACTCTGCCTCCTGCTAC;SOR=0.936;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=72411107;WS=72411089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	72412675	rs11235574	A	G	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=11;PP=726;SC=GCTAAAGCAGAGTCTGGGGTG;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=72412683;WS=72412665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	72416732	rs4598696	GG	CT	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=7;PP=2755;SC=TTATCACAAAGGGTCTCTTCC;SOR=3.056;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=57;TCF=49;TCR=8;TR=54;WE=72416741;WS=72416722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	72528973	rs891655	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=334;SC=ACGGGTACTCCTGTGTTTGCT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=72528981;WS=72528963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	72532569	rs1864651	G	T	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.156;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.69;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,90:0.99:91
chr11	72532621	rs1864652	T	G	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=28;PP=1015;SC=GGCGGGCAGGTGAGCAGCCGA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=72532629;WS=72532611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	72532708	rs11235603	C	T	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=458;SC=CCTGTCCGCCCCCAGATGGCC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=72532716;WS=72532698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	72533711	rs4944806	A	G	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=23;PP=926;SC=ATGTGGTCGGAGCCCACGAGA;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=72533719;WS=72533701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	72538141	rs3862793	T	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=6;PP=759;SC=GGGAGGACACTGGGTTCTGGG;SOR=3.442;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=72538149;WS=72538131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	72540225	rs891657	G	T	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=18;PP=755;SC=GAGCTAACTTGACAGATGAGG;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=42;WE=72540233;WS=72540215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	72552385	.	CAAAAAA	C	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.64;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr11	72554407	rs3217361	A	AGGG	12502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.08;NF=33;NR=88;PP=2976;SC=ACAAGTTTACACACACAATTT;SOR=0.730;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=126;TCF=33;TCR=93;TR=121;WE=72554415;WS=72554397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr11	72598704	rs7129851	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=33;PP=966;SC=ATAATTCAAAGGGCTTTAGTG;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=38;WE=72598712;WS=72598694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	72788823	rs6592510	C	T	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=29;PP=906;SC=ATTATAAGGACACACAGGAAA;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=72788831;WS=72788813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	72945341	rs2511241	C	T	6608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=77;PP=2965;SC=GTGTGCGTGCCTGGGCTGTGT;SOR=0.862;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=177;TCF=98;TCR=79;TR=175;WE=72945349;WS=72945331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr11	72946020	rs1783596	C	T	14123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=155;NR=151;PP=2965;SC=ACTCCTTCCGCTCGCTGGACC;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=309;TCF=156;TCR=153;TR=306;WE=72946028;WS=72946010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,565:1.00:565
chr11	72946140	rs3741156	G	C	9904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=132;PP=2965;SC=CTGGGCAGAGGCTCGTACGCT;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=249;TCF=117;TCR=132;TR=249;WE=72946148;WS=72946130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr11	72946279	rs74472890	T	C	8041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CAGTGAGGACTCTAGGCGGAC;SOR=0.290;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=72;TCR=94;TR=165;WE=72946287;WS=72946269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,307:1.00:308
chr11	73362766	rs670811	C	T	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=37;PP=1732;SC=CTATTCCTGTCCCTGCTTTAC;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=88;WE=73362774;WS=73362756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	73364368	rs6592527	C	G	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=4;PP=593;SC=TCCAGCTGCTCCTCACAACAG;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=73364376;WS=73364358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	73364629	rs7942217	T	A	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=657;SC=ATTTGCAGTGTCTGGCCCTTT;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=73364637;WS=73364619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	73364673	rs7952228	G	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=307;SC=GGCTTAAACCGAGGACTGAAG;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=73364681;WS=73364663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	73366697	rs2008734	G	A	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=21;PP=986;SC=GTTACCATGAGCTGAGGAGAA;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=61;WE=73366705;WS=73366687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	73390772	rs71469461	GAA	G	6360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=53;PP=2497;SC=AGAGCTGTGGGAAAGAGAGAA;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=59;WE=73390781;WS=73390762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	73429958	.	T	TA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.996;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr11	73441772	rs2037709	A	C	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=17;PP=573;SC=ACTTGTAACAAAAAATAGACA;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=73441780;WS=73441762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	73715542	rs2075577	G	A	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=12;PP=556;SC=TGAGCAGGTGGTAGTCCAGCA;SOR=1.000;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=34;WE=73715550;WS=73715532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	73796608	rs1095424	T	C	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	74047683	rs1044782	A	G	10168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr11	74049569	rs3867270	A	G	4446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=45;PP=1882;SC=GTTCTGTTCCACTTGTCCGAA;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=102;WE=74049577;WS=74049559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	74053547	rs592644	C	T	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=12;PP=430;SC=CCAGTGGTAACGTCCCGTACA;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=74053555;WS=74053537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	74054346	rs641271	G	T	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=22;PP=1018;SC=AAATTTTGAAGATTTTAATAT;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=74054354;WS=74054336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	74057647	rs519083	T	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.48;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	74057931	rs3741130	C	T	3259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=59;PP=1792;SC=TCAATGTTAACGTTCCTGTAT;SOR=1.188;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=90;WE=74057939;WS=74057921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	74085420	rs35170680	T	G	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=16;PP=1177;SC=AGCCACCATGTCCAGTCAAAA;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=74085428;WS=74085410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	74109342	rs904155	C	T	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=20;PP=608;SC=GCAGGGTGTTCGTAACAGCTC;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=74109350;WS=74109332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	74204198	rs10736797	G	A	5242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=54;PP=2133;SC=CCTCACCTCCGTTGGTCCAGC;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=124;WE=74204206;WS=74204188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	74204269	rs10736798	T	G	4869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	74204591	rs60455691	G	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=9;PP=332;SC=CACGGGCCCCGCGGGCTCGCA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=74204599;WS=74204581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	74204727	rs4944895	A	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=15;PP=593;SC=AGGCGCACCAACCGAACGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=74204735;WS=74204717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	74207856	rs643738	G	A	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=27;PP=1735;SC=AACATCCCCAGTGGGAAAAAA;SOR=1.334;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=87;WE=74207864;WS=74207846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	74303841	rs2298572	T	C	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=38;PP=1166;SC=GCCTTGACCCTCTGTCTGCTT;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=74303849;WS=74303831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	74329615	rs4944052	T	C	5902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.125;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.132;NF=65;NR=60;PP=2406;ReadPosRankSum=-0.531;SC=CTGCCGTCCCTAGAGCTCCTG;SOR=0.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=125;WE=74329623;WS=74329605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,229:1.00:230
chr11	74330980	rs10501417	A	G	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=32;PP=1751;SC=ACAGTTTGCTATAGAAGAGTT;SOR=1.228;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=95;WE=74330988;WS=74330970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	74347434	rs4944920	G	C	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	74408384	rs10751240	C	T	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	74408619	rs3741124	C	G	12099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=126;NR=124;PP=2965;SC=AATCCTAGCTCTGGTCATTAG;SOR=0.702;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=256;TCF=127;TCR=129;TR=250;WE=74408641;WS=74408609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr11	74408633	rs3741123	A	G	11901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=127;PP=2965;SC=TCATTAGAACATGTATACGTC;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=121;TCR=127;TR=248;WE=74408641;WS=74408609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr11	74419357	rs1944937	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=290;SC=CTTTGCAGGCCTGGCAGCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=74419365;WS=74419347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	74441796	rs11236234	T	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=574;SC=GCGCTGTCCCTCACATTCCAG;SOR=1.455;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=74441804;WS=74441786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	74460517	rs111614451	T	TA	292.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=303;SC=TCCCGGGCCCTACTCGGGCGG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=74460525;WS=74460507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	74546905	rs1125609	G	A	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=57;PP=1989;SC=GAAGCCTGCAGAAGCAGACTT;SOR=0.907;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=74546913;WS=74546895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	74559623	rs571437	C	T	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	74618487	rs74612404	C	T	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=313;SC=TAATTCCTTCCCCACCTTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=74618495;WS=74618477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	74677007	rs117854160	A	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	74862356	rs2851069	T	C	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=12;PP=678;SC=GAAGATTTGCTTCCTCTCCCC;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=74862364;WS=74862346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	74862391	rs1944612	A	G	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	74904362	rs1621378	T	C	7470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=51;PP=2373;SC=GGCATGGCCATCTTCCTGCCC;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=67;TCR=51;TR=118;WE=74904370;WS=74904352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr11	74980342	.	A	AC	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=9;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=65;QD=13.1666666667;SC=GTGCCCTGGGACCCCCCCCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=74980350;WS=74980332;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr11	74988021	rs34053901	G	GTCCCC	1715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=22;PP=1299;SC=TCTCACAGGCGTCCCCGGGTT;SOR=1.552;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=22;WE=74988029;WS=74988011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	74995350	rs647630	C	T	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=48;PP=1996;SC=GAGTAAGCGGCCTCTCCCAAC;SOR=0.814;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=106;WE=74995358;WS=74995340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	75017436	rs536852	A	G	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=145;SC=CCCCATCTCCACCCCGCACTG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=75017444;WS=75017426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	75017666	rs515590	A	C	2860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	75023093	rs546812	A	G	10488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=95;PP=2965;SC=CCCCTCCTCTAAGTGCTGATC;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=201;TCF=105;TCR=96;TR=200;WE=75023101;WS=75023083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr11	75141630	rs11236430	T	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=16;PP=668;SC=CGCACGGCGCTTCGCAGCCCG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=31;WE=75141638;WS=75141620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	75141762	rs3018101	T	C	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	75152243	rs571353	C	T	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=30;PP=1553;SC=TGGGACAGGGCGTGGGAGTTG;SOR=1.139;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=85;WE=75152251;WS=75152233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	75154067	rs532454	C	T	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=14;PP=992;SC=GTGGAGGTCGCGAAAGCTCTG;SOR=1.640;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=54;WE=75154075;WS=75154057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	75155743	rs479574	T	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=7;PP=188;SC=GCCTACCTCATTGGTTTTACT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=75155751;WS=75155733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	75160213	rs473462	G	A	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=27;PP=728;SC=CCCTGGGCAGGTTGGGGTGCA;SOR=1.057;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=75160221;WS=75160203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	75160575	rs518611	G	A	5115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=46;PP=2141;SC=TCCGCTCTGCGCGGGCGAACT;SOR=0.866;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=111;WE=75160583;WS=75160565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	75167704	rs1793410	T	C	6051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=48;PP=2553;SC=ATTCTAACGGTGATCCAGGGG;SOR=1.109;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=91;TCR=48;TR=137;WE=75167712;WS=75167694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	75188569	rs1790149	C	T	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=21;PP=883;SC=CTGTCCAGAGCGAGTCAGCAG;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=75188577;WS=75188559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	75277628	rs584961	A	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=20;PP=859;SC=CCTCGTCGCTAGGGCTCGTGT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=75277636;WS=75277618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	75277992	rs651581	C	T	5995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=90;PP=2738;SC=CGGCGCCCTGCTAGTCAACGC;SOR=1.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=58;TCR=91;TR=148;WE=75278000;WS=75277982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	75278040	rs35462148	G	GTCC	4315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=43;PP=2400;ReadPosRankSum=0.990;SC=GCGTTCAGGGGTCCTCCTCCT;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=47;WE=75278048;WS=75278030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr11	75298797	rs1231128	A	G	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=12;PP=585;SC=TGGGACCTTCATCCTTGACAG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=33;WE=75298805;WS=75298787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	75378674	rs12225010	A	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	75501852	rs2510635	A	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=21;PP=639;SC=ACCCACCCACAGGGAAGCAAG;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=75501860;WS=75501842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	75852448	rs636420	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=10;PP=275;SC=GCAGGAGTTCCGATAAGTGAA;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=75852456;WS=75852438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	75902539	rs11236648	A	G	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=282;SC=TGTGTGCGTGACCCTGAGCTG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=75902547;WS=75902529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	75902571	rs2508779	A	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=9;PP=366;SC=GTGCAACACCAGTGACCCTTT;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=75902579;WS=75902561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	75907438	rs3215303	AC	A	2575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=20;PP=1627;SC=CCACCCATGAACCCATCCCTC;SOR=1.257;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=41;WE=75907446;WS=75907428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	76183924	rs4245443	A	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=445;SC=CACAGTTGCTATATGGAATTT;SOR=1.802;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=19;WE=76183932;WS=76183914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	76207633	rs10899226	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=681;SC=TTTTTCATCAGTGTTTTACAG;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=76207641;WS=76207623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	76227182	rs2508740	G	A	4082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	76260909	rs113464239	CT	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.71;ReadPosRankSum=0.066;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr11	76370792	rs4304809	A	G	5408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=43;PP=1703;SC=CACAGTCCTCAGGACGCACGT;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=92;WE=76370800;WS=76370782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr11	76372418	rs3740778	T	C	4809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=60;PP=1637;SC=GACGAAGTGCTGTGTAGAAGC;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=104;WE=76372426;WS=76372408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	76406341	rs10751260	G	C	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=11;PP=1062;SC=TTCCTGAAAAGTAGGGTACGC;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=76406349;WS=76406331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	76427731	rs10751261	T	C	7735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=91;PP=2965;SC=GATGCCAACGTCCCCTCCCAG;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=193;WE=76427739;WS=76427721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr11	76429160	rs10899266	T	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	76430529	.	C	G	527	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=19;NR=4;PP=527;QD=24.4248353281;SC=GTCTGCACGACGAGCATGCCT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=76430537;WS=76430519;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	76430572	.	C	T	793	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=29;NR=9;PP=793;QD=21.7834529618;SC=CCCGGACCCCCACTCAAGGCA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=76430580;WS=76430562;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	76506572	rs1149620	T	A	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=21;PP=1412;SC=CTTCCAACAGTGTCTAGACTG;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=76506580;WS=76506562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	76507692	rs1149621	T	A	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=533;SC=ACACCCGGGATTCTGCTGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=76507700;WS=76507682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	76579431	rs201919657	CTCTCTGTG	C	94.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.68;QD=31.38;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	76637651	rs4379869	G	A	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=41;PP=1407;SC=GTTCGGTGCAGTTCAGAGTGT;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=82;WE=76637659;WS=76637641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	76637680	rs4479014	G	A	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=41;PP=1420;SC=GTCTGGAAAAGCGGTACATTG;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=80;WE=76637688;WS=76637670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	76637730	rs4604914	C	G	2613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=36;PP=1170;SC=AACACTGTATCTGAAGAAATG;SOR=0.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=64;WE=76637738;WS=76637720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	76637785	rs4457775	G	A	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=29;PP=843;SC=TTCTAAAAGCGGTTTTCAATT;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=76637793;WS=76637775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	76668478	rs4945125	C	T	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=262;SC=TAATTTTTAACTTTTTGTGTG;SOR=0.874;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=15;WE=76668486;WS=76668468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	76669891	rs3740768	A	G	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=49;SC=AGAGTCAGCTATATCTTGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=76669899;WS=76669881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	76687399	rs1517909	A	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.175;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=427;ReadPosRankSum=-0.525;SC=AGTACTTTTAAAATTTCATTG;SOR=1.136;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=22;WE=76687407;WS=76687389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr11	76687448	rs1517908	A	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=259;SC=CTCATAGTGGATTAATATAAC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=76687456;WS=76687438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	76701365	rs3824889	G	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=438;SC=TAAAACATTCGACTCACCATA;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=76701373;WS=76701355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	76701606	rs3740767	G	A	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=37;PP=998;SC=TAAAAGAGCCGATATTCCATC;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=41;WE=76701614;WS=76701596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	76701657	rs3740766	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=449;SC=GATTGTTTACGATACATGGCT;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=76701665;WS=76701647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	76727866	.	G	GT	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=4.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,16:0.19:86
chr11	76751541	rs11292198	CT	C	11123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=92;PP=2951;SC=GGGCATGTGTCTTGGAGCGCG;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=123;TCF=29;TCR=94;TR=118;WE=76751549;WS=76751531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr11	76751584	rs11292199	CT	C	12072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=84;PP=2951;SC=CGAGGGCATCCTGGCCCTTCG;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=19;TCR=84;TR=103;WE=76751595;WS=76751574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr11	76751587	rs34153015	G	A	12343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=85;PP=2741;SC=GGGCATCCTGGCCCTTCGGCG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=68;TCR=88;TR=150;WE=76751595;WS=76751574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr11	76751603	rs11292200	CT	C	11151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=84;PP=2951;SC=CGGCGTGCAGCTTGCCTGGCG;SOR=0.828;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=21;TCR=86;TR=103;WE=76751611;WS=76751593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr11	76784295	rs140556701	C	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	76799004	rs7121748	T	C	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	76831998	rs369222542	A	G	4287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=94;PP=2716;SC=TGGGAGTGACATTCACACTGG;SOR=1.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=38;TCR=94;TR=132;WE=76832006;WS=76831988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	76868372	rs762667	T	C	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=26;PP=1013;SC=TGCTGGAGGGTATGAGTGAGG;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=76868380;WS=76868362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	76870634	rs4944145	T	C	5678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=69;PP=2492;SC=TTTAAGCTCATTGGGGGCTGG;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=57;TCR=69;TR=126;WE=76870642;WS=76870624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	76874149	rs111580784	C	CAT	902.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.687;SC=TGTGATTATTCATATATATAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=28;WE=76874157;WS=76874139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,30:0.83:36
chr11	76876976	rs11374303	G	GT	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=652;SC=AGGCCTCAGGGCCCCCGTCAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=76876984;WS=76876970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	76885779	rs2276283	G	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=11;PP=705;SC=TGGCCCTGATGCCCTTGGCTG;SOR=1.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=36;WE=76885787;WS=76885769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	76890242	rs10793239	T	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=40;PP=944;SC=GCCATGGCAGTGGGACTGGCC;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=76890250;WS=76890232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	76891308	rs3831388	T	TCTGCCAAATTATTTGG	1396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=2957;SC=ACTTGTCCTATCAAAGTCATG;SOR=2.833;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=13;WE=76891316;WS=76891298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	76891585	rs1109163	G	A	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=25;PP=717;SC=TCCCCTCCCCGAGGCTGGCTT;SOR=1.067;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=41;WE=76891593;WS=76891575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	76891661	rs1109162	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=15;PP=375;SC=AGACCCACTCAGCCAGCATTG;SOR=2.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=76891669;WS=76891651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	76892943	rs7117606	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=5;PP=351;SC=CGATCCTCCCACCTGAGCTTC;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=76892951;WS=76892933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	76893280	rs57741157	A	AG	1031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=753;SC=TGGTGGCCGTAGTGATGAGGG;SOR=1.942;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=76893288;WS=76893270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	76893401	rs2276287	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=6;PP=400;SC=TCCCCAAACCGCCAGGTCATT;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=76893409;WS=76893392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	76893731	rs112227803	G	GA	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.37;NF=0;NR=23;PP=866;SC=CTCCTCTGCAGAAAAAGGATC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=23;WE=76893739;WS=76893721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	76894235	rs948972	G	C	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=23;PP=592;SC=TGGCAGCCCAGGGGTGGCTGC;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=76894243;WS=76894225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	76895770	rs143953991	GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT	G	4427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=35;PP=2925;SC=GGTCAGTGCCGGGAGGCGGGG;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=76895799;WS=76895760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	76901273	rs2276286	C	T	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=15;PP=401;SC=CTCGAGTGCCCCAGAAACATT;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=76901281;WS=76901263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	76901623	rs55637648	T	TGCTGGGGCCTGGAGC	1459.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=2;PP=750;SC=CCCAGTGAGGTACTGGGGCCT;SOR=5.211;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=76901631;WS=76901613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	76901648	rs7947922	C	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=122;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=11;PP=734;SC=TGCTGGGGCACCTCCAACCCC;SOR=2.147;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=76901656;WS=76901638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	76901927	rs2276285	C	T	4428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=68;PP=1948;SC=TATGGCCGCCCGGAAGCACCT;SOR=1.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=34;TCR=69;TR=102;WE=76901935;WS=76901917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	76904945	rs10899359	A	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=523;SC=AACGGTGGTAATGGTGATGGA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=76904953;WS=76904935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	76905604	rs1109977	G	T	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=31;PP=1112;SC=GAGAAGGGATGTGGACCTGAA;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=76905612;WS=76905594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	76905725	rs948958	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=272;SC=ACTCATTCTCCTTCCATCTGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=76905733;WS=76905715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	76910766	rs7927472	C	T	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=43;PP=1700;SC=TCACCTCCAGCAATGCTGAGG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=91;WE=76910774;WS=76910756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	76912636	rs2276288	A	T	3775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=67;PP=1936;SC=CCCCACCGACAGTGTGTACGT;SOR=1.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=35;TCR=67;TR=102;WE=76912644;WS=76912626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	76916424	rs11237121	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=0;PP=485;SC=TGAGGGGTACATGGCCCCCTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=76916432;WS=76916414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	76918322	rs2276291	T	C	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	76918497	rs2276290	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	76919468	rs1320703	A	T	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	76919478	rs948962	C	A	3272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.06;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	76919619	rs948961	G	A	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.79;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	76919629	rs948960	C	T	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	76919865	rs1320702	T	A	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=61;PP=2109;SC=ACCTCTGCACTCTAGTTGCCT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=123;WE=76919873;WS=76919855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	76920003	rs11237122	T	C	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=27;PP=585;SC=CCCCAAGGGATGGCCCAACCC;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=76920011;WS=76919993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	76922946	rs11237123	G	A	4411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=43;PP=1609;SC=TCATCTTCAAGTGGCCCACCT;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=93;WE=76922954;WS=76922936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	76923017	rs3819170	G	A	4508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=49;PP=2052;SC=GAGGAGGAGGGGAACAGGGCA;SOR=0.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=101;WE=76923025;WS=76923007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	76923352	rs12418037	A	G	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=25;PP=704;SC=CAGACCCTGGAAAGAGTGCTC;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=76923360;WS=76923342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	76924130	rs2276289	A	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=340;SC=TGCCTGAACCACAGACACGGT;SOR=3.383;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=76924138;WS=76924120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	76925040	rs883224	G	A	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=78;PP=2055;SC=GGCGCATCCTGCTGGGCCTAG;SOR=1.406;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=37;TCR=78;TR=114;WE=76925048;WS=76925030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	76925075	rs948959	G	T	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=49;PP=1384;SC=TGCCTGCAGCGTAGCCAGCCT;SOR=1.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=76925083;WS=76925065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	76928025	rs12363944	A	G	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=13;PP=661;SC=TGGCTTATCCACCTTCAGGGT;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=76928033;WS=76928015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	76928149	rs2282576	A	G	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=31;PP=1358;SC=CCAGGCTTCAAAGGTGTGACA;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=66;WE=76928157;WS=76928139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	76954898	rs7104577	A	G	3786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=51;PP=1851;SC=AAAAATCTCTAAGGAGAAACA;SOR=0.827;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=93;WE=76954906;WS=76954888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	76979465	rs1618188	A	C	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.19;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr11	76979889	rs1621624	T	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=258;SC=TCCAGGGGCTTCCATGGTTCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=76979908;WS=76979881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	76979900	rs1613357	C	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=273;SC=CCATGGTTCTCTTTTCTTCTC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=76979908;WS=76979881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	76980743	rs1620915	T	C	1032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	77051820	rs51500	C	T	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=65;PP=1961;SC=TGCAGGAATACAGATAAAGGG;SOR=0.932;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=114;WE=77051828;WS=77051810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	77090211	rs562939	T	C	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=11;PP=750;SC=CATCCCAGACTAATAGGCATG;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=77090219;WS=77090201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	77301341	rs2276415	G	A	11357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=129;PP=2965;SC=CAACCCGTGCGGCGTGATGAT;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=130;TCR=130;TR=259;WE=77301349;WS=77301331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,437:1.00:437
chr11	77301689	rs2276416	C	T	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=81;PP=2298;SC=TTGGCACTTCCAGAGCCTCTA;SOR=1.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=26;TCR=81;TR=107;WE=77301697;WS=77301679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	77335982	rs2013296	C	A	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.217;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=9;PP=839;ReadPosRankSum=0.058;SC=AAACAAAAAACCCACTTTAAA;SOR=2.726;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=44;WE=77335990;WS=77335971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,41:0.95:43
chr11	77337009	rs7131169	A	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=11;PP=318;SC=TTCTGATTATACAGTGAGCAT;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=77337017;WS=77336999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	77378388	rs4945197	T	C	9060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=0.930;SC=CAATCCGGTGTAGCCGTTTGC;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=96;TCR=111;TR=206;WE=77378396;WS=77378378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,345:0.99:347
chr11	77378505	rs28930682	A	G	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.08;NF=32;NR=60;PP=1803;SC=TAGCTAGCTCATCATCTTCAG;SOR=1.266;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=33;TCR=60;TR=92;WE=77378513;WS=77378495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	77389238	rs10567840	CTT	C,CT	698.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.142;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.331;QD=16.25;ReadPosRankSum=0.115;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,17,24:0.40,0.56:43
chr11	77394600	rs7925289	G	A	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	77396033	.	G	GAAATAAATAAAT	159.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9990;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=0;PP=486;SC=ACTCCATCTCGAAATAAATAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=1;WE=77396041;WS=77396023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	77402419	rs1544274	T	C	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=99;SC=GAAGCTTTTCTTGTGTTTAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=77402427;WS=77402409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	77409568	rs4945203	T	C	5220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	77531526	rs73495923	C	G	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=170;SC=CGGAGAGTAGCAGAGCGCCAG;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=77531534;WS=77531516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	77531810	rs10751277	T	G	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	77553638	rs585721	T	C	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=26;PP=967;SC=GGCCAGGGGGTAGTCGGACTT;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=77553646;WS=77553628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	77583266	rs2186564	G	A	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=21;PP=666;SC=TGGCATTGATGTGCGGGTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=41;WE=77583274;WS=77583256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	77589649	rs72939439	A	G	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=1.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	77595080	rs2051484	C	T	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=39;PP=1010;SC=TTGTGAACCTCAAAACACAAG;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=77595088;WS=77595070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	77595642	rs608389	A	G	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=524;SC=TGCTCTATGTAAATATACTTA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=77595650;WS=77595632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	77595717	rs658398	C	T	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=25.32;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	77605501	rs1793336	T	C	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=12;PP=314;SC=TAGCATATTATACTATAAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=18;WE=77605509;WS=77605491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	77611597	.	C	CT	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=2.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=1.832;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,35:0.19:186
chr11	77629132	rs60400274	A	AT	2603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=1300;SC=GCACAGTTAGATCTGAATTGT;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=77629140;WS=77629122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	77672189	.	TA	T	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.079;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr11	77692785	rs4945227	T	A	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=103;SC=GACAGCTTTCTTTTATTTATT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=77692793;WS=77692775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	77698524	rs7938133	C	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=12;PP=663;SC=TTATTGGTAACAGATCTTTAA;SOR=1.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=39;WE=77698532;WS=77698514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	77698651	rs6592756	T	C	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=28;PP=1014;SC=GTAGCTCACGTCTGTAATCCC;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=77698659;WS=77698641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	77702033	rs2276441	T	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=234;SC=TACCTAGCACTTGGAAGACAC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=77702041;WS=77702023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	77705536	rs2016147	C	A	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.382;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=21;PP=1419;ReadPosRankSum=-0.727;SC=CAGCACTTAACACGGGCGTAT;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=68;WE=77705544;WS=77705526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr11	77734001	rs11237360	G	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.70;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	77734007	rs11237361	C	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.70;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	77734209	rs11237362	T	C	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=44;PP=1679;SC=CACTTACCGTTGGCCGCCTGG;SOR=0.807;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=95;WE=77734217;WS=77734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	77749617	rs10793277	G	A	140.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=2;PP=51;SC=GCCCAAGTGCGTAGGCCCCAG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=77749625;WS=77749609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	77775466	rs545869	C	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=609;SC=GTGCAACCCACTGGGAGAGGA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=77775474;WS=77775456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	77790653	rs534418	T	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=2;PP=379;SC=TCCGCCGGATTAGGTTATCAA;SOR=2.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=77790661;WS=77790643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	77790863	rs499799	C	G	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=36;PP=1071;SC=ACCACTACCCCGGCCTAAGCG;SOR=0.982;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=77790871;WS=77790853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	77811990	rs1263505	T	C	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=32;NR=21;PP=906;SC=GCTTGGCACATATCTAAGCAG;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=53;WE=77811998;WS=77811980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	77813997	.	CAA	C	35.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.95;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr11	77823557	rs624350	G	A	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=1;PP=301;SC=TGCTCCCCCTGTTCATCCTGA;SOR=2.985;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=77823565;WS=77823547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	77824907	.	GA	G	299.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.076;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.166;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr11	77825275	rs10899440	A	G	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=32;PP=1472;SC=GTAAGGGAAAAATCGAAAATG;SOR=0.888;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=72;WE=77825283;WS=77825265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	77825642	rs653721	A	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=283;SC=TGGGTGAGGGATATATAGGAA;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=77825650;WS=77825632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	77832076	rs518624	T	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=418;SC=ACATCAGAATTAGTAAGGGAA;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=77832084;WS=77832066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	77838373	rs59662312	TA	T	194.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.588;NF=4;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=1.616;SC=AGATGAATCTTAAAAAAAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=7;WE=77838381;WS=77838363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr11	77850517	rs10793289	C	A	9146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr11	77884782	rs230661	C	T	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=17;PP=1007;SC=CATGAGCTTCCTGGGACTCCC;SOR=1.252;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=52;WE=77884790;WS=77884772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	77907744	rs35710434	C	T	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=11;PP=796;SC=TGGCTCGCCACCCGCGCTGTG;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=77907752;WS=77907734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	77921527	rs2512526	G	C	9343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=116;PP=2965;SC=CCGCCCTGCCGCTTCTCTGGG;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=101;TCR=117;TR=217;WE=77921535;WS=77921517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr11	78180179	rs11237514	A	G	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=14;PP=895;SC=AGCAAATGCCATATTTTGCTA;SOR=1.467;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=50;WE=78180187;WS=78180169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	78180507	rs10899517	AA	TC	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=537;SC=CCTATGAAAGAATGATCTGCC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=78180516;WS=78180497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	78189558	rs4944202	T	C	243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	78372536	rs2277277	G	A	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=10;PP=696;SC=GTGTGTGGATGAGCTCGTAGG;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=78372544;WS=78372526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	78443235	rs1790557	C	T	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	78443586	rs17826919	G	A	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=445;SC=CGAACCGCAGGATGATGGAGA;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=78443594;WS=78443576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	78602525	rs10736817	C	A	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=14;PP=391;SC=GGTCAGTGTGCAAGCCACATG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=78602533;WS=78602515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	78776192	rs7130258	T	C	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=204;SC=CATGCCTTTGTTCAAGTGATT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=78776200;WS=78776182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	79133292	.	T	TACACAC	255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.53;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	82443417	rs3780	C	T	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=14;PP=928;SC=CATCGTTCTTCAGATTTAGGA;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=82443425;WS=82443407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	82443672	rs6592081	C	G	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	82444216	rs986097	C	G	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=30;PP=950;SC=GGCGCAGCCACCTCACCCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=82444224;WS=82444206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	82560312	rs10792653	T	G	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=38;PP=1066;SC=TCAACAGATGTCTTTACAGAT;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=82560320;WS=82560302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	82560858	rs10736757	A	G	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=145;SC=TGTACATTATACTTTAACAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=82560866;WS=82560848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	82561661	rs10792655	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=25;SC=AAATAGAATTTCTAGGCAATT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=82561669;WS=82561651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	82595975	rs6592087	T	A	4679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=57;PP=1892;SC=TTTGAAAGGTTTTACTAGCAC;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=105;WE=82595983;WS=82595965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	82641001	rs2127363	C	A	45.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	82641157	rs2170009	A	G	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=9;PP=352;SC=GTAAAATTTCAAAGTTCATTG;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=82641165;WS=82641147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	82643760	rs7947780	G	T	5693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=63;PP=2230;SC=ACCACAGCAGGTTATCTGTGA;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=122;WE=82643768;WS=82643750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	82644904	rs7130899	G	A	5975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=62;PP=2643;SC=TGTATCTGGTGTTTCACAACC;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=134;WE=82644912;WS=82644894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr11	82704967	rs3793986	CA	AT	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=4;PP=662;SC=TGGCTGAGTGCATTGTTTCCA;SOR=1.981;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=20;WE=82704976;WS=82704957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	82959338	rs371479146	TAC	T	131.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=21.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	83641608	rs66861805	G	A	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=40;PP=1148;SC=ATCTCAGCATGTGCAAAAGTA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=83641616;WS=83641598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	83810113	rs3750917	T	G	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	83878075	rs1869472	G	A	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=22;PP=736;SC=TTCCAGTTCTGGCCCTAACTG;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=83878083;WS=83878065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	84245584	rs17734921	T	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=11;PP=1009;SC=TGTCACCAACTATAAAGTCGG;SOR=2.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=47;WE=84245592;WS=84245574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	85339542	rs575050	G	T	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=0;PP=109;SC=TTGACTGAGTGGGGGCGGGCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=85339550;WS=85339537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	85346865	rs58671332	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.675;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr11	85366671	rs146573578	G	A	6319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=67;PP=2477;SC=ACCATAACACGGAGTGGACTG;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=130;WE=85366679;WS=85366661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	85374467	rs71274435	G	GA	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.462;QD=1.34;ReadPosRankSum=1.277;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,29:0.23:127
chr11	85418591	rs3069561	AACAG	A	3320.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=40;PP=2266;SC=AGGAGAATTGAACAGACAAAG;SOR=1.349;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=43;WE=85418602;WS=85418581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	85419193	rs290197	C	T	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.29;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	85428490	rs148320714	T	C	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	85432040	.	CA	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr11	85435001	rs34653849	T	TA	613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=383;SC=TAATCCCAATTAAAAAAAATC;SOR=1.781;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=16;WE=85435009;WS=85434991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	85435730	rs550404	C	T	4068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=35;PP=1500;SC=CAGTTATTAACGGAGCCTCGG;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=81;WE=85435738;WS=85435720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	85436352	rs641393	G	A	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	85436394	rs556669	T	C	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=50;PP=1868;SC=AAGATGAGCATCCTGGGGAAA;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=40;TCR=50;TR=90;WE=85436402;WS=85436384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	85436500	rs580459	T	C	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=36;PP=1640;SC=TCTGCAGCCATCTGAATCAAA;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=74;WE=85436508;WS=85436490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	85436699	rs598346	A	G	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=62;PP=2346;SC=CAGTGATAACAGGCGCCAACT;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=127;WE=85436707;WS=85436689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	85436868	rs597480	G	C	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=50;PP=1987;SC=CTCAGTATCAGCAAAATCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=104;WE=85436876;WS=85436858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
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chr11	85447611	rs680498	T	C	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	85456703	rs647912	T	C	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=9;PP=762;SC=GTGCTGCATCTTCTTCTGGCT;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=85456711;WS=85456693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	85606307	.	CTTT	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=6.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=1.068;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
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chr11	85692181	rs76719109	A	C	4333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	85692342	rs2508688	A	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=572;SC=ATACTTATATAGAACAGAGTA;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=85692350;WS=85692332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	85714288	rs7951988	T	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=12;PP=844;SC=TATGATTAAATCCATTTTATA;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=85714296;WS=85714278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	85725937	rs592297	C	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=8;PP=473;SC=GTGCATCCATCTGATTCTGAA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=85725945;WS=85725927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	85737129	rs545213	T	C	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=83;SC=AACTACTCTGTACTCCGTCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=85737137;WS=85737128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	85737502	rs541674	A	G	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=133;SC=AACACATTCTATTAAGCTTAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=85737510;WS=85737492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	85979636	.	CGTGT	C,CGT	742.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.26;QD=30.95;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,18:0.25,0.75:24
chr11	86017658	rs291247	A	T	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=8;PP=217;SC=ATTGTTTTTTAAAAAAGACAA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=86017666;WS=86017648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	86037733	rs11419370	G	GC	567.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=456;SC=GATTTGGATGGGATGGAAGTG;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=86037741;WS=86037723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	86173565	rs601646	C	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	86175300	rs605251	G	A	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=30;PP=803;SC=ATTTGTTAAAGCATCATCAAG;SOR=1.418;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=45;WE=86175308;WS=86175290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	86198335	rs669325	C	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=3;PP=306;SC=GTCACGGCATCTCTTAAAAGT;SOR=1.460;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=86198343;WS=86198325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	86198529	.	G	GT	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=6.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=-1.165;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr11	86208897	rs609848	A	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=1;PP=496;SC=ATGCCAAGAAAGAAATGGCCC;SOR=2.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=86208905;WS=86208893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	86267633	rs17211115	C	T	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=37;PP=1361;SC=GCTGACAGGCCAGCCCCACGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=86267641;WS=86267623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	86267714	rs12287767	C	A	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=39;PP=1341;SC=GCTTCTCGTTCCGGTCTTGGA;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=86267722;WS=86267704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	86650282	rs4631906	T	C	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=18;PP=497;SC=AACAAAAAATTCTAATTACAG;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=86650290;WS=86650272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	86889448	rs4944672	C	T	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	86889612	rs4944673	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.06;QD=43.95;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	86889621	rs4944674	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.99;QD=43.95;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	87032215	rs7112344	T	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=11;PP=817;SC=TATATTAATATTTGTTTACTG;SOR=1.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=40;WE=87032223;WS=87032205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	87846757	rs9144	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=5;PP=667;SC=AGAGAATATACTGAAATCTGG;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=87846765;WS=87846747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	87846803	rs675578	G	A	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=23;PP=1353;SC=GCCAGTCCTTGACTTGACAGC;SOR=1.203;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=66;WE=87846811;WS=87846793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	87846885	rs16912884	C	T	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=56;PP=1967;SC=ATAACAGTGCCGACTGTGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=56;TCR=57;TR=111;WE=87846893;WS=87846875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	87847018	rs3740925	C	T	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;SC=TTCTCTCTCACTGAAAAAACA;SOR=0.808;Source=Platypus;TCF=21;WE=87847026;WS=87847008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	87908448	rs302646	A	G	5696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=66;PP=2512;SC=GGTAGTGCGAAGAGAAGTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=72;TCR=66;TR=137;WE=87908456;WS=87908438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr11	87908563	rs3812730	G	A	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=49;PP=1809;SC=CCTGGCGGCCGGCCAGACGTG;SOR=0.776;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=91;WE=87908571;WS=87908553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	88033661	rs217116	A	G	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=14;PP=935;SC=AAATAGTTCCAAACAAATTAA;SOR=1.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=51;WE=88033669;WS=88033651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	88045583	rs217086	A	G	4310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=41;PP=1716;ReadPosRankSum=-0.841;SC=AAGGTGTGCTATGTTGACATA;SOR=0.900;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=100;WE=88045591;WS=88045573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr11	88045815	rs5793312	C	CT	608.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=654;SC=AAATGTGCCCCTTTCAAAACA;SOR=2.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=16;WE=88045823;WS=88045805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	88059683	rs217060	G	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	88059694	rs34320214	T	TA	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr11	88061405	rs580743	A	C	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=53;PP=1194;SC=CATTATGTTGAGATTAAGCAT;SOR=2.073;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=70;WE=88061413;WS=88061395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	88068052	rs217076	G	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=4;PP=612;SC=ATCAGAAGAGGTTTCAGATAT;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=29;WE=88068060;WS=88068042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	88068256	.	G	GA	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=2.552;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr11	88068329	rs217077	T	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=351;SC=AATTTCAATTTTAATTGTGCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=88068337;WS=88068319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	88070563	rs580808	C	T	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=251;SC=ATGCTCTGGCCACCCACAAGC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=88070571;WS=88070553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	88242024	rs2941563	T	G	4220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.061;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=1902;ReadPosRankSum=0.585;SC=GCTGCGCGCCTCCCGTGACTT;SOR=0.279;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=108;WE=88242032;WS=88242014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,171:0.99:172
chr11	88338165	rs3816649	G	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=606;SC=TAGCTTTGAGGTACAAATCTA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=88338173;WS=88338155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	88645129	rs626218	T	A	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=31;PP=1299;SC=GTACGAAATTTTTTATTGTCT;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=88645137;WS=88645119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	88925242	rs10765196	G	C	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	88925328	rs10765197	A	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=10;PP=288;SC=CTAAATATTTATCCTACAAAT;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=88925336;WS=88925318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	89017961	rs1126809	G	A	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.236;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;MQRankSum=-0.093;QD=25.66;ReadPosRankSum=1.941;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
chr11	89075342	.	A	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-0.860;QD=4.08;ReadPosRankSum=2.372;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,24:0.29:82
chr11	89133449	rs317139	C	T	10099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=98;PP=2965;SC=AGGGATGACTCATGACCGAAA;SOR=0.703;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=104;TCR=98;TR=201;WE=89133457;WS=89133439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr11	89221958	rs597046	G	C	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=128;SC=TATTCATTAAGTTACACCTAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=89221966;WS=89221954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	89223616	rs490934	C	G	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	89224453	rs2289125	A	C	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=39;PP=1114;SC=TGCCCGCCGGACCGAGAAGGA;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=89224461;WS=89224443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	89370552	rs72971036	G	C	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=22.54;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	89370598	rs12363392	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=14;PP=706;SC=CTCACTCTGTTACCAGGCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=89370606;WS=89370588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	89370719	rs12363079	A	G	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=40;PP=1374;SC=CAGGTCAGCAATCTGGACAGG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=83;WE=89370727;WS=89370709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	89371726	rs10765221	G	A	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=13;PP=1311;SC=GCAAGGTCTAGTGACTGCAGG;SOR=2.215;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=59;WE=89371734;WS=89371716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	89372210	rs7924505	C	T	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=7;PP=602;SC=AATTGGTTTGCAACTTAAAAA;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=89372218;WS=89372200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	89372292	rs7942274	T	C	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.22;QD=26.23;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	89372341	rs7942295	T	G	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.96;QD=25.49;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	89372524	rs7945304	T	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=31;PP=744;SC=AGCACATTCTTGAAAGTTTAT;SOR=1.249;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=50;WE=89372532;WS=89372514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	89378138	rs2072623	C	A	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.30;QD=27.16;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	89378269	rs11018694	C	T	3881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.50;QD=25.88;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr11	89392653	rs10765230	A	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=310;SC=TGATATTACCAAATCTGGAAC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=89392661;WS=89392643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	89392799	rs10830330	G	A	3172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.28;MQRankSum=7.229;QD=21.15;ReadPosRankSum=2.483;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,136:0.91:150
chr11	89402557	rs80292557	G	T	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=45;PP=1892;SC=TAATAATGTTGTTTTGTGTCC;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=105;WE=89402565;WS=89402547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	89402687	rs11018718	T	C	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=52;PP=1491;SC=GAGACTATTTTAATTTTAACT;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=79;WE=89402695;WS=89402677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	89402728	rs11018719	A	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.85;QD=29.10;SOR=2.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	89403414	rs10734120	C	T	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=0;PP=313;SC=ACGCCTTTTCCCCTGTTAATC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=89403422;WS=89403404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr11	89405190	rs10047486	A	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.62;QD=26.56;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	89407164	rs59743058	C	CT	1244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.23;MQRankSum=-1.880;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,69:0.88:78
chr11	89407391	rs2075536	A	C	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.469;NF=17;NR=30;PP=941;ReadPosRankSum=1.179;SC=GTAGCCAGGAATTATTTGCCA;SOR=0.456;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=47;WE=89407399;WS=89407381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr11	89409158	rs4753234	A	G	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.07;QD=45.62;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	89409166	rs4753235	G	C	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.63;QD=38.64;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	89413781	rs10830339	C	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=9;PP=540;SC=TTTCAGGAAACTACACTCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=89413789;WS=89413771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	89413850	rs10830340	C	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=17;PP=621;SC=AAGAGGTATACAATTACATAT;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=89413858;WS=89413840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	89413867	rs7128813	G	A	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=19;PP=733;SC=ATATAATTTAGGAAAACCCAA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=89413875;WS=89413857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	89413975	rs10830341	C	T	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=14;PP=325;SC=TATGACATCACATCTTCACAG;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=89413983;WS=89413965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	89424716	rs2035677	A	G	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=151;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=44;PP=1292;SC=ACATATATGTACATATGTGTA;SOR=0.884;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=80;WE=89424724;WS=89424706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	89424736	rs6144434	GTGTGTATATATATATATATATATA	G,GTA	3019.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=9,8;NR=31,30;PP=968,203;SC=ATATGTGTGTGTGTGTATATA;SOR=1.280;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=40,38;WE=89424769;WS=89424726;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.24,0.76:45
chr11	89431458	rs150227494	G	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=4;PP=880;SC=TGGAAGTTCAGTTGACAAGTG;SOR=4.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=37;WE=89431466;WS=89431448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	89443429	rs10830355	G	A	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=30;PP=1701;SC=TATGCCATGGGGGAAAGAATG;SOR=1.297;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=88;WE=89443437;WS=89443419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	89443808	rs11018745	A	C	4350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=75;PP=2492;SC=TGTGTTTTCTATGCTCTCAAT;SOR=0.985;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=54;TCR=76;TR=129;WE=89443816;WS=89443798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	89443939	rs10830356	C	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=453;SC=ACAGGTAATACGGAAAGATAT;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=20;WE=89443947;WS=89443929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	89444754	rs7111680	G	A	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=33;PP=913;SC=AGTTAACCATGTGTCCCCTGA;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=89444762;WS=89444744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	89447256	rs1967075	A	G	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=0;PP=186;SC=GCATTAAACTATATTTAGTAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=89447264;WS=89447254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	89447313	rs1967074	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=5;PP=575;SC=TAAGGAAAGAATAAAACCACT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=89447321;WS=89447303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	89451057	rs3881253	A	G	6318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=71;PP=2141;SC=ACAGGTCACAAACCTGACCAA;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=40;TCR=71;TR=111;WE=89451079;WS=89451047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	89451071	rs3881254	C	A	5911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=64;PP=1783;SC=TGACCAAGGCCTTGGGAATTC;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=32;TCR=64;TR=96;WE=89451079;WS=89451047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	89486848	rs11018769	C	G	4666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.174;NF=61;NR=69;PP=2049;ReadPosRankSum=-0.700;SC=AAAGTCTGGACAGTTCCTGTA;SOR=0.792;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=275;TCF=133;TCR=142;TR=130;WE=89486856;WS=89486838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,232:0.49:473
chr11	89531540	rs12417980	C	T	9342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=4.169;NF=99;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=3.100;SC=CCCGCCTTTCCATCTATCTTC;SOR=0.733;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=219;TCF=107;TCR=112;TR=209;WE=89531548;WS=89531530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,353:0.99:355
chr11	89531764	rs201172121	T	C	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.13;MQRankSum=-7.858;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,28:0.17:169
chr11	89531780	rs149578071	G	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.98;MQRankSum=-8.088;QD=3.53;ReadPosRankSum=3.203;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,28:0.16:170
chr11	89531801	.	CA	C	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.52;MQRankSum=-2.200;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,37:0.28:133
chr11	89534159	.	G	GA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.06;MQRankSum=1.111;QD=3.34;ReadPosRankSum=-1.638;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr11	89774197	.	CTTTT	C,CTTT	383.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.56;MQRankSum=-3.027;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.021;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,10,15:0.33,0.50:30
chr11	89774236	rs74584169	C	G	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.51;MQRankSum=-1.873;QD=23.87;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr11	89774397	rs150273819	T	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.32;QD=26.97;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	89774448	rs77759231	G	A	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=42;PP=2112;SC=TGTATCGGAAGGAGAAGAATC;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=106;WE=89774456;WS=89774438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr11	89867872	rs1892887	C	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=128;SC=TGTTTCTCTGCAGCCCCGAAG;SOR=1.445;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=89867880;WS=89867862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	89868582	rs7125969	A	G	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	89868594	rs7129238	T	G	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=202;SC=ACATTATTTTTTAAAGCTCAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=89868602;WS=89868584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	89868614	rs7110402	C	T	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=211;SC=CCATGATCTACTTGTCAGATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=89868622;WS=89868604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	89868692	rs7109578	G	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=14;PP=609;SC=GATTTTGTGTGTATGTGTGCA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=89868700;WS=89868682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	89868755	rs10734123	G	A	4100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=36;PP=1364;SC=TCAAAGAAACGACCACTTCTG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=89868763;WS=89868745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	89880469	rs2186748	T	C	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=15;PP=917;SC=TAGTCTTTAATGCCCTCTTAT;SOR=1.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=89880477;WS=89880459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	89883595	rs5793433	GTT	G	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.632;QD=18.98;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr11	89883885	rs113877304	C	CT	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	89883893	rs56341659	C	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=4;PP=116;SC=TTCTTTTTTTCTTCCTATTTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=89883901;WS=89883875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	89892291	rs3740810	T	G	124.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=117;SC=TACCTGGCACTTAGTAAATGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=89892299;WS=89892281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	89896417	rs2156434	A	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=14;PP=1113;SC=TTAAAAACATAAATTACAAAT;SOR=1.685;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=52;WE=89896425;WS=89896407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	89896457	rs489009	C	T	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=32;PP=1633;SC=TTGTAGGTTTCTTGAACGTAT;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=85;WE=89896465;WS=89896447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	89903334	rs3758754	C	T	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=36;PP=1283;SC=TTCATATGTTCTCTTTTGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=89903342;WS=89903324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	89903405	rs3758755	G	A	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=31;PP=860;SC=AAGCTGGTGAGAGAACATAAT;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=89903413;WS=89903395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	89909096	rs140876943	A	ATGTGTGTG	824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=2;NR=4;PP=382;SC=TTACTTGTTTATGTGTGTGTG;SOR=2.448;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=89909104;WS=89909086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	89914894	rs149000617	TAAAAA	T	99.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.08;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	89916053	rs9804494	C	G	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=6;PP=996;SC=CTGCGGTTTGCGTTATAATTA;SOR=2.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=43;WE=89916061;WS=89916043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	89916080	rs9804632	G	C	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=17;PP=1536;SC=TGTTCTTCTCGAAGTCCCATT;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=56;TCR=17;TR=73;WE=89916088;WS=89916070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	89935586	rs1045861	G	T	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=154;SC=ATCTGTTGTGGCATCTTTTTG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=89935594;WS=89935576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	89936093	rs3758757	T	C	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=21;PP=588;SC=TGAAGATTTATGCTATCAAAC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=89936101;WS=89936083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	89938615	rs36109540	AAG	A	178.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=157;SC=CTATTTTTGGAAGAGTTACTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=89938624;WS=89938609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	89938752	rs12287284	A	T	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=21;PP=729;SC=TATCACAGAAAAACTTCAGAA;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=46;WE=89938760;WS=89938742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	89939448	rs1943381	G	A	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=704;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TGTCTAAAAAGGAAACAAAGA;SOR=0.276;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=41;WE=89939456;WS=89939438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,59:0.98:60
chr11	89939569	rs723715	T	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=16;PP=446;SC=AGAAAATTCATAAATCCATCC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=89939577;WS=89939559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	89943548	rs3832739	T	TCAGA	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=10;PP=1119;SC=ATGATGCTACTCAGAGTCTCT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=18;WE=89943556;WS=89943538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	89946502	.	CAA	C,CA	530.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.12;ReadPosRankSum=-1.018;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,21,9:0.68,0.29:31
chr11	89951367	rs34787918	GA	G	691.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,42:0.89:47
chr11	89951510	rs10830446	G	A	99.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	89955872	rs3740821	A	G	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	91545212	rs4753345	C	G	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=27;PP=849;SC=CACAGCAAGACTATTTAACTG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=91545220;WS=91545202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	92257703	rs561408	T	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=5;PP=657;SC=GTTTTTCATATGCCAAGATTA;SOR=2.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=92257711;WS=92257693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	92292618	rs508848	A	G	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=77;SC=TGGCATGATCATAGCTCACTG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=92292626;WS=92292608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	92497990	rs3847524	C	G	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=200;SC=CAGATCCAAACTCTACAACAA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=92497998;WS=92497987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	92531356	rs7949157	A	G	8227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=1.054;SC=ATCACCACTCAGAAGGCCCTG;SOR=0.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=107;TCR=112;TR=217;WE=92531364;WS=92531346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,325:1.00:326
chr11	92532677	rs12362722	T	C	6162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=76;PP=2965;SC=GCGGAAAACCTTCTTTGTCTA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=156;WE=92532693;WS=92532667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	92534442	rs3847531	A	G	8113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=94;PP=2965;SC=CAAAGGGGGCATATTCGTCAT;SOR=0.745;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=99;TCR=94;TR=192;WE=92534450;WS=92534432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr11	92539384	rs4753415	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=55;SC=TAATATATTGAAATATGTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=92539392;WS=92539378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	92564767	rs6483189	T	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=20;PP=1516;SC=GCCCACTCATTTTCCTGTGTC;SOR=1.775;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=73;WE=92564775;WS=92564757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	92570812	rs11020075	TC	AA	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=18;PP=878;SC=TACTGTCACCTCTTTGTACCT;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=92570821;WS=92570802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	92577031	rs4753068	C	T	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=11;PP=986;SC=CTTCTATCTGCGGGTTTTTAA;SOR=1.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=92577039;WS=92577021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	92577070	rs4753419	T	C	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=25;PP=1499;SC=TTTCTTCCTTTGTTGCCTTTT;SOR=1.188;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=79;WE=92577078;WS=92577060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr11	92590448	rs4753069	A	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=558;SC=GCAGTGTGTCAGTTATGAAGC;SOR=0.960;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=92590456;WS=92590438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	92599851	rs3847553	G	A	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=43;PP=2263;SC=CAGGGTGTAGGGAACATATTC;SOR=1.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=71;TCR=43;TR=114;WE=92599859;WS=92599841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	92615715	rs12224637	C	T	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	92615751	rs58520864	T	TC	41.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.524;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr11	92623877	rs12277422	G	A	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=84;NR=57;PP=2823;SC=CTCCTCTCCCGGAGGACTTCC;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=85;TCR=58;TR=141;WE=92623885;WS=92623867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr11	92718127	rs1447350	G	C	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=32;PP=983;SC=ATTTGGGGAAGCCTGTCTTCC;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=92718135;WS=92718117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	92718163	rs1447351	A	G	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=22;PP=637;SC=AAGTCTGGTCAGAGGTGCCAC;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=92718171;WS=92718153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	93085537	rs10831029	T	G	5158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=56;PP=1888;SC=ACCAGCTCCCTGGAGAATGCT;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=106;WE=93085545;WS=93085527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	93103419	rs12282978	C	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TTACCATTCACCAGTAATCTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=93103427;WS=93103409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	93118413	rs140986877	AG	A	412.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=247;SC=ACAAAAATGAAGGAATGGAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=93118423;WS=93118404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	93118415	rs61919179	G	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=139;SC=AAAAATGAAGGAATGGAATTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=93118423;WS=93118404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	93118515	rs3020057	G	A	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=9;PP=408;SC=TGCATTGTACGTTATGATAAC;SOR=0.883;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=93118523;WS=93118505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	93122326	rs12283758	G	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=14;PP=365;SC=CTTCCAGGTAGATGTGAACTC;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=21;WE=93122334;WS=93122316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	93122355	rs75547341	TA	T	477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=206;SC=CAAAGGGAGTTAAAAAAAAAT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=93122363;WS=93122345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	93129483	rs12288277	GA	CG	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.90;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	93141580	rs2259633	C	A	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=525;ReadPosRankSum=0.138;SC=AAAAGTGGAACAAAATGAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=93141588;WS=93141570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr11	93148371	rs12290433	C	T	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=34;PP=1017;SC=CATAGTAGTTCGTTTGTTTTT;SOR=3.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=38;WE=93148379;WS=93148361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	93170909	rs375443728	T	TCC	191.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=95;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=189;SC=TTTATTTGCTTCCCCCCCCCA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=93170917;WS=93170899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	93170925	rs2605584	G	A	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=204;SC=CCCCACCCCCGCCAAGAAAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=93170933;WS=93170915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	93212161	rs2605594	A	G	7888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=83;PP=2965;SC=TGGGGTCCGCAGCCGGCTGCG;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=128;TCR=83;TR=210;WE=93212169;WS=93212151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr11	93212245	rs3207348	C	T	11714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=140;PP=2965;SC=CCACGGCCAGCGTGGGCAGCA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=255;TCF=114;TCR=141;TR=253;WE=93212253;WS=93212235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr11	93400052	rs7123801	G	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TTACATTAGAGTGTTCTAAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=93400060;WS=93400042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	93402096	rs1944101	C	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=10;PP=243;SC=AACAAAAAACCTGGTAAAGTA;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=93402104;WS=93402086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	93403067	rs1954994	G	A	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=19;PP=472;SC=TTGTACAGGAGTATATCTGGA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=93403075;WS=93403057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	93408831	rs10831088	G	A	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=31;PP=1089;SC=GACACAAAACGGGTGATTGAC;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=93408839;WS=93408821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	93408958	rs35646565	C	CA	204.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=347;SC=TAATAATAATCAAAACCTTTT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=93408966;WS=93408948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	93412774	rs1944100	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=634;SC=ATAGCATTGCAGGACTGATTA;SOR=1.949;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=93412782;WS=93412764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	93425159	rs4753495	C	A	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=40;PP=1229;SC=CCTCAAGAAGCAGCAGCCAGG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=93425167;WS=93425149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	93454831	rs71064775	G	GGT	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.448;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr11	93456335	rs113577083	G	C	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=36;PP=1240;SC=CTCTTCAGACGTTCATAAATC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=63;WE=93456343;WS=93456325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	93462607	rs7131178	A	T	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=10;PP=839;SC=TAGGTGAGTGAGTTTCTGCCT;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=93462615;WS=93462597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	93463145	rs200136546	A	AT	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,29:0.31:93
chr11	93463332	rs7101779	A	G	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	93463666	rs7119918	C	A	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	93463726	rs34898352	T	TAG	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=653;SC=AGGAGTGCTATGGCTTCCTAT;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=93463734;WS=93463716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	93466866	rs2155248	G	T	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=687;SC=AGGGGTTCGAGGCTACAGTGA;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=93466874;WS=93466856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	93474570	rs11280945	T	TGCGTGA	22577.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=118;PP=2965;SC=ACTGGCCTGGTGTCCTAGAGC;SOR=0.877;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=50;TCR=120;TR=165;WE=93474578;WS=93474560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr11	93474678	rs630648	G	C	8774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=127;PP=2965;SC=TATTTCCGTGGCCCAAGTAAT;SOR=1.010;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=214;TCF=85;TCR=129;TR=211;WE=93474686;WS=93474668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr11	93474791	rs623510	G	T	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=39;PP=1035;SC=GCGCAGGGAGGACTGACTAAC;SOR=4.021;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=44;WE=93474799;WS=93474781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	93474827	rs631116	T	C	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=16;PP=425;SC=GCTCGCGTATTCTGAGGAGGC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=93474835;WS=93474817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	93480708	rs624856	T	C	179.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=93;SC=TTACTACTTATGTATATCTAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=93480725;WS=93480698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	93480717	rs5793654	A	ATATCTTACT	170.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=1;PP=837;SC=ATGTATATCTATATCTTACTT;SOR=1.981;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=93480725;WS=93480698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	93487008	rs623993	G	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=5;PP=250;SC=CTGTTGATCAGTTGGCAAGGA;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=93487016;WS=93486998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	93490682	rs604414	T	A	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=25.89;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	93494878	rs72097212	AAG	A	2165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=29;PP=1449;SC=TATTTAGAAAAAGAAATAATT;SOR=1.649;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=31;WE=93494887;WS=93494868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	93517874	rs7116967	C	G	1864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=19;PP=552;SC=GGACCGAGGGCGACGCGCAGG;SOR=0.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=33;WE=93517894;WS=93517864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	93517886	rs2848477	G	C	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=20;PP=619;SC=ACGCGCAGGAGTGGCCGGGCG;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=93517894;WS=93517864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	93521405	rs676586	C	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=685;SC=GGCTTTGTGCCTGTTGTTCCA;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=93521413;WS=93521395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	93527219	rs657177	T	C	4862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=72;PP=2219;SC=TATGTTCTATTCTCTAATTTC;SOR=1.050;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=109;WE=93527227;WS=93527209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr11	93527282	rs5793656	GA	G	1180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=35;PP=1127;SC=ATATAGGTAGGAAAAAATAGA;SOR=2.078;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=36;WE=93527290;WS=93527272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	93534929	.	T	TGA	862.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	93534930	.	TTC	GAT	688	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=14;NR=6;PP=688;QD=37.5733937431;SC=TCATAAAATTTTCGAATCATT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=20;WE=93534940;WS=93534920;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr11	93534930	.	TTC	T	862.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	93534990	rs655699	G	A	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=15;PP=663;SC=TTAACTTCTTGTATTTAAAAG;SOR=1.217;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=93534998;WS=93534980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	93583493	rs112543723	G	C	4482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=39;PP=1845;SC=GGGCCAGGGGGGCCGCTGCTA;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=103;WE=93583501;WS=93583483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	93583529	rs113556447	C	T	7084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=82;NR=60;PP=2588;SC=CCCGTGCCCCCCTACCCATTC;SOR=0.831;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=142;WE=93583537;WS=93583519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr11	93583790	rs10831106	T	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=3;PP=138;SC=CAGATGCAGATGAGCTGGTTG;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=93583798;WS=93583780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	93754508	rs2511403	G	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=413;SC=TGTGCAGGCTGCCTGCCTGCT;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=93754516;WS=93754498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	93797619	rs1945783	A	G	3575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=27;PP=1458;SC=TTTCTGCACCAACCCTGATTC;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=93797627;WS=93797609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	93801012	rs10765650	C	T	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=25;PP=739;SC=TTAGATAGAGCCTTGTATGTA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=93801020;WS=93801002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	93801062	rs10765651	C	T	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=320;SC=GAAAATATAACGCTCATCTCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=93801070;WS=93801052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	93803717	rs1878799	C	G	1739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=34;PP=1009;SC=AGGTAAGCACCCTTTGTTGGT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=93803725;WS=93803707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	93806416	rs1914725	T	C	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=40;PP=1588;SC=CTCTTCTGCTTTACTTCTTTC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=77;WE=93806424;WS=93806406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	93806705	rs2949862	C	T	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=676;SC=CCATTACCTGCCCTGAGAGCT;SOR=2.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=93806713;WS=93806695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	93913458	rs3020015	T	C	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=554;SC=TACGGGAGTCTACCGAGAGCC;SOR=1.923;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=93913466;WS=93913448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	94113288	rs3740867	C	G	5298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=38;PP=1662;SC=GAGACAGACCCCTCCCACTCC;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=92;WE=94113296;WS=94113278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	94203868	rs610611	A	T	4933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=59;PP=1838;SC=GTGATGTGCAAACGAAAGCTT;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=100;WE=94203876;WS=94203858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	94208835	rs13447626	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=28;PP=851;SC=AAAGGTAATCTAGCTATATTT;SOR=1.775;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=39;WE=94208843;WS=94208825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	94209348	rs13447623	T	C	180.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=121;SC=TGATCTTGCATTGACAACCTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=94209356;WS=94209338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	94223855	rs608452	A	G	241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=166;SC=ATACAAAATCAGCTTTGAGCT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=94223863;WS=94223845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	94231257	rs2509943	C	G	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=12;PP=862;SC=TGCGGAGACTCCTTTCTGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=44;WE=94231265;WS=94231247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	94231847	rs1046654	G	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=311;SC=GCCTGACTTTGATGTCAAAAT;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=94231855;WS=94231837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	94245740	rs2509324	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=3;PP=79;SC=GGTGGCGCCCAAGGCGGGTCG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=94245748;WS=94245730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	94250684	rs582049	A	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=2;PP=264;SC=TATCATGTAGATATAATGGCT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=94250692;WS=94250674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	94250709	rs582077	T	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	94261255	rs647484	C	G	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	94261514	rs12282965	A	C	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=261;SC=GGTTGCTTTTAGTTTGGCCAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=94261522;WS=94261504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	94264882	rs12294732	G	A	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=22;PP=915;SC=TGCTTCAGTCGTGAGGGTTTG;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=94264890;WS=94264872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr11	94265043	rs60740931	CT	C	1362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=27;PP=632;SC=TATTTTTTCACTTTTTTTTTT;SOR=0.966;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=33;WE=94265051;WS=94265033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	94354019	rs504010	T	C	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=11;PP=842;SC=TCTTAATTATTATCAATACTT;SOR=1.342;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=94354027;WS=94354009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	94462311	rs6483359	C	T	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=43;PP=1150;SC=TACGTGCCCACGCTGTTTGTC;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=94462319;WS=94462301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	94474044	rs11300560	GT	G	2765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=19;PP=1515;SC=GCTGGTGCTTGTGCGGGTTCG;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=36;WE=94474052;WS=94474034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	94501849	rs2915239	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=265;SC=TGGGGGCCCGGGGCTGAGATC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=94501857;WS=94501839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	94532875	rs190250592	G	A	7566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=102;NR=99;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.615;SC=CGGTGATGGAGAAACAGGTCC;SOR=0.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=201;WE=94532883;WS=94532865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,288:1.00:289
chr11	94696474	rs58293261	G	GA	108	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr11	94699391	rs58215154	TACACACACAC	T	806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.34;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	94699507	rs34805065	A	AT	1821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.243;NF=5;NR=22;PP=626;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GGCCAGTGAGATAAGGAGAGG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=94699516;WS=94699497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,76:0.97:78
chr11	94703049	rs7107185	T	C	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=138;SC=TTAGACACGGTAAAGGAGATT;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=94703057;WS=94703042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	94704037	rs3737505	C	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=440;SC=ATAACAGTAACTAAACATAAA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=94704045;WS=94704027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	94704092	rs4753645	T	A	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=1.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	94704092	.	TAG	AAA	753	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=31;NR=11;PP=753;QD=19.2016160681;SC=TATTTTAGAATAGCATGGTAA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=42;WE=94704102;WS=94704082;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,42:0.91:46
chr11	94704094	rs4753646	G	A	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.37;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	94704689	rs3831469	A	AAC	1892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.622;NF=2;NR=25;PP=1134;ReadPosRankSum=-0.129;SC=ATGTTACTTAAACACACACAC;SOR=0.825;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=27;WE=94704697;WS=94704679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,63:0.82:77
chr11	94759059	rs10752685	A	G	3688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.53;QD=25.62;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	94782539	rs620838	G	A	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=12;PP=1385;SC=TCAGGCATTTGGAGGACACCG;SOR=2.566;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=64;WE=94782547;WS=94782529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	94800902	rs5793709	G	GC	18159.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=149;PP=2973;SC=TCGCGCTACAGCGCTCTCCCT;SOR=0.778;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=211;TCF=56;TCR=155;TR=203;WE=94800910;WS=94800892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr11	94823448	rs3016947	A	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=22;PP=506;SC=GCCGCTGGACATGCCCCCAGT;SOR=2.517;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=94823456;WS=94823438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	94861491	rs599281	C	T	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=580;SC=CTAGTGCTGCCTCTGTGCTGT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=94861499;WS=94861485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	94906282	.	C	CAAA	320.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.36;QD=35.64;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	94915241	rs10831316	T	G	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=6;PP=319;SC=TCCAAGACTTTCTAGTCAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=94915249;WS=94915231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	95512060	rs1150360	A	G	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=51;PP=2116;SC=TCTTCTTTCAATTGACTTATA;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=117;WE=95512068;WS=95512050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	95519243	rs1255150	T	C	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=11;PP=1119;SC=TGGCATTTTATTTAATTTCCA;SOR=1.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=95519251;WS=95519233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	95520695	rs1313288	T	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=11;PP=401;SC=TGAGCCACTGTGCCCAGCCAG;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=95520703;WS=95520685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	95521648	rs1727165	A	G	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=9;PP=486;SC=GTCAAAAACTATTCAGTATAC;SOR=1.067;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=95521656;WS=95521638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	95528663	rs5793747	C	CT	730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,39:0.87:45
chr11	95562311	rs145987036	C	T	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=17;PP=856;SC=CCATGAAACACAGAAAACTTA;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=95562319;WS=95562301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	95569183	rs499637	G	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	95569326	rs61735577	G	T	5489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=61;PP=2403;SC=GGTTTCATCCGTGGATTCCAC;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=122;WE=95569334;WS=95569316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	95571347	rs61735578	C	G	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=502;SC=AGAAAATACTCATTGAATTCA;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=95571355;WS=95571337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	95595387	rs371629162	CTACA	C	4352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=31;PP=1366;SC=ACAAAACTAGCTACAAACAAC;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=49;WE=95595398;WS=95595376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	95598629	rs687559	A	G	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=28;PP=1626;SC=TAAGATGCTGAGAAGACTGCA;SOR=1.297;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=85;WE=95598637;WS=95598619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	95656874	rs112880403	C	T	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	95825356	.	TTGC	T	2986	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=20;MQ=60.57;NF=30;NR=65;PP=2986;QD=20;SC=GCTGTTGCTGTTGCTGCTGCT;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=130;TCF=36;TCR=94;TR=95;WE=95825366;WS=95825346;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:35,95:0.73:130
chr11	95825374	.	TTGCTGCTGCTGC	T,TTGC	6247.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.363;NF=15,15;NR=74,74;PP=2994,148;ReadPosRankSum=0.927;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.397;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=114;TCF=17;TCR=97;TR=89,89;WE=95825393;WS=95825364;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.13,0.82:182
chr11	95825797	rs7931870	A	G	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=27;PP=1252;SC=GTCCAGCAGAAGAGGGCAAGG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=95825805;WS=95825787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	96092376	rs10765801	C	T	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=158;SC=TATCTGACAACGAATATATAT;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=96092384;WS=96092366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	96106661	rs11021560	C	G	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	96123734	rs3842515	T	TG	362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.98;NF=7;NR=1;PP=276;SC=TTAAGACTGTTGAAGTGAGCC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=96123742;WS=96123724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	96125435	rs10545425	CTT	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=273;SC=GTGACAAACTCTTTGCAATAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=96125444;WS=96125425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	99427091	rs2047166	A	G	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.48;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	99428929	rs11375374	C	CT	1231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.61;ReadPosRankSum=-2.105;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,55:0.96:57
chr11	99690286	rs10790978	T	G	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.628;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=944;ReadPosRankSum=0.405;SC=GTATTCAAAATCTCTTCCTGG;SOR=0.251;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=118;TCF=84;TCR=34;TR=57;WE=99690294;WS=99690276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,84:0.51:164
chr11	99690428	rs7125822	T	G	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=24.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,123:0.35:351
chr11	99690461	rs10893933	A	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=35.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-6.522;SOR=1.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,74:0.29:253
chr11	99941322	rs2059014	C	T	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=31;PP=918;SC=ACCTGTTCTGCTGTAATTTTA;SOR=0.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=99941330;WS=99941312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	100061827	rs3031278	G	GAA	1228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.185;HP=10;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=256;ReadPosRankSum=1.474;SC=CAGTAAAACAGAAAAAAAAAC;SOR=1.793;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=25;WE=100061835;WS=100061817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,41:0.98:42
chr11	100168289	rs1944178	C	T	4562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=38;PP=2004;SC=TCTGACTTATCTCAGGATTTT;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=105;WE=100168297;WS=100168279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	100168320	rs75986029	T	TC	9317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=53;PP=2927;SC=GGTTGGGAGTTTTTTTCTCCT;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=88;WE=100168328;WS=100168310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	100226773	rs10894795	A	G	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=63;NR=35;PP=1708;SC=TTAGTCTTACATACTAAAAAC;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=98;WE=100226781;WS=100226763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	100730087	rs661237	G	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.48;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	100730213	rs646392	G	A	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=22;PP=896;SC=ACATTGGATAGAGTAGCCATT;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=100730221;WS=100730203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	100804088	rs626529	A	G	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=28;PP=788;SC=CTAGTGGAAAATACAACCCAC;SOR=0.927;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=46;WE=100804096;WS=100804078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	100807130	rs581921	T	C	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=74;PP=2316;SC=GTGACTTGGTTAGTAGTATTT;SOR=1.081;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=40;TCR=74;TR=114;WE=100807138;WS=100807120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr11	100811574	rs35159175	CAT	C	1975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=637;SC=ATTAAGAACTCATATTCTAGT;SOR=1.038;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=100811583;WS=100811564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	100811690	rs661973	G	T	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=182;SC=TTCAGACAGTGATAACCGCTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=100811698;WS=100811680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	100812338	rs151209547	A	AAC	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.29;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	100812340	.	GAC	CAG	69	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.9999;HP=3;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=69;QD=40.8226249541;SC=CTGATTCTAAGACACTCTACC;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=100812361;WS=100812330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,3:0.60:5
chr11	100812342	rs370937549	CACTCTACCCTAT	C	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	100812344	.	CTCTACCCTAT	C	578	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.9999;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=578;QD=306.5;SC=TTCTAAGACACTCTACCCTAT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=100812361;WS=100812330;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	100814409	rs619066	G	A	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=14;PP=610;SC=ACATTTTAATGTGGCAACTTG;SOR=1.042;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=100814417;WS=100814399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	100814570	rs543146	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=16;PP=431;SC=TTGACAAACGATTCTGCTTTG;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=100814578;WS=100814560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	100814609	rs618155	G	T	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=345;SC=GGTTTGAGCTGTTCTTTTCAC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=100814617;WS=100814599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	100819305	rs633967	T	C	686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=9;PP=226;SC=GGTTTTATTGTCCTAATAATT;SOR=0.997;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=100819313;WS=100819295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	100820725	rs694556	A	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=23;PP=575;SC=TTTTATCATGAAGTTATTTTT;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=100820733;WS=100820715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	100827326	rs151243237	AAATAT	A	5632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-8.465;NF=10;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-2.384;SC=GGGTGCTGAGAAATATAATCT;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=10;TCR=66;TR=75;WE=100827338;WS=100827316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,219:0.99:221
chr11	100830693	rs563460	T	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=322;SC=GTTGCCTGATTGGTACAGCAT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=100830701;WS=100830683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	100833059	rs540866	A	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=5;PP=350;SC=ACAGTCACCTAATTCTTAAAG;SOR=1.358;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=18;WE=100833067;WS=100833049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	100847050	rs569270	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=9;PP=477;SC=GTGTTGCTTCAGTCACTAGCC;SOR=1.352;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=28;WE=100847058;WS=100847040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	100847069	rs569336	G	A	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.46;QD=25.18;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	100847749	rs575734	A	G	2171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=24;PP=800;SC=GGATACAGAGAGGAGTTGAGT;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=100847757;WS=100847739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	100847829	rs3216738	CA	C	704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=13;PP=524;SC=AGAGTGGGTACAGTCCACTTC;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=100847837;WS=100847819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	100849673	rs10791440	A	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=4;PP=1028;SC=AGCAGAACTGAATGTGATTGA;SOR=4.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=100849681;WS=100849665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	100856632	rs629813	T	C	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=13;PP=577;SC=GAAATTATAATGTAATGCTGC;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=100856640;WS=100856622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	100856955	rs551632	C	T	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=3;PP=82;SC=ATGATAGTTCCCTGGGCAGCT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=100856963;WS=100856945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	100859439	rs524811	G	A	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=30;PP=954;SC=TATTTATTTTGCCAGTGTACC;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=100859447;WS=100859429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	100863096	rs515552	A	G	9029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=119;NR=82;PP=2965;SC=CAGGTCACGAAAAAGAACACA;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=120;TCR=83;TR=201;WE=100863104;WS=100863086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr11	100863354	rs471933	C	A	7704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=95;PP=2965;SC=CCCTCATTGTCACCGTTATCC;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=70;TCR=95;TR=165;WE=100863362;WS=100863344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr11	100922404	rs578029	A	T	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=104;SC=TAGGGTAATAAAATGTTTTCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=100922412;WS=100922394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	100933598	rs11571221	G	GAATGA	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=101;SC=AGCATCAATCGAATGAAATAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=100933606;WS=100933588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	100998105	rs11571153	C	T	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.65;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	100998623	rs1379130	G	A	2934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	100999838	rs11437764	A	AG	902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=633;SC=CCCCGTCTCCAGGAGGAGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=100999846;WS=100999828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	101323770	rs12805398	C	T	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=43;PP=1829;SC=CTTCTGTATTCTGAGATTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=97;WE=101323778;WS=101323760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr11	101323856	rs59743346	TAAG	T	7134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=57;PP=2967;SC=GCAAGAGTGATAAGAAGTCAA;SOR=0.911;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=11;TCR=59;TR=68;WE=101323866;WS=101323846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	101323983	rs12804391	G	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=18;PP=547;SC=TAATTGAGCAGGTTTTTGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=101323991;WS=101323973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	101325970	rs7105083	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=49;SC=ATCTTGCTTAGTATTCTGTCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=101325978;WS=101325960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	101340007	rs11224773	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=7;PP=396;SC=CTACCTCTCAATAACAGAATT;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=101340015;WS=101339997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	101344177	rs12362848	G	A	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=14;PP=681;SC=TTACATAAACGCTGTTAAACT;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=101344185;WS=101344167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	101347093	rs12366144	A	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=17;PP=690;SC=TCAAAGTATCATTTGCGTCAA;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=101347101;WS=101347083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	101359750	rs36111323	G	A	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	101359932	rs7931830	C	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=105;SC=CAATGAAATACATTGTTAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=101359940;WS=101359922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	101362164	rs71056610	CA	C	61.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=57;SC=GACTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=101362172;WS=101362154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	101374626	rs4542378	G	A	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=9;PP=647;SC=TAAAGAGCTTGTTGAATAAAC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=101374634;WS=101374616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	101375549	rs10501986	T	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=29;PP=803;SC=AACAGAAAGATTGTAAACAAA;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=101375557;WS=101375539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	101390471	rs11224815	C	T	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	101771248	rs3858418	G	A	6101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=68;PP=2325;SC=ATCACAGTCCGTCCACCTCCT;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=130;WE=101771256;WS=101771238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	101771381	rs3858419	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=26;PP=673;SC=AAAAGAGACGGTACTGCCACT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=101771389;WS=101771371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	101775663	rs1661409	G	A	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=26;PP=700;SC=ACACATTTAAGTAAATTTATA;SOR=1.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=101775671;WS=101775653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	101778710	rs1661410	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	101818728	rs11225080	A	G	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=28;PP=1255;SC=AGATAAAGTGATTCTGTACTG;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=101818736;WS=101818718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	101826949	rs930469	T	C	15241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=605;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=165;NR=147;PP=2965;SC=AGCATTCTACTGCAGCCACTC;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=166;TCR=148;TR=312;WE=101826957;WS=101826939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,595:1.00:595
chr11	101832478	rs7926728	G	T	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=501;SC=CCAGAAATTTGGTGATGAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=101832486;WS=101832468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	101833644	rs7109233	C	T	1717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=15;PP=854;SC=TTCCAAAGACCATTAAAAAAC;SOR=1.430;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=46;WE=101833652;WS=101833634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	101848990	rs3740931	A	G	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=8;PP=491;SC=TTTTCTTGATATTTGAAAGTA;SOR=1.209;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=101848998;WS=101848980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	101849043	.	CATA	C	2887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=17;PP=1342;SC=ACTCAACTAGCATAATTTTTA;SOR=1.162;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=27;WE=101849053;WS=101849033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	101857758	rs6590942	G	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=352;SC=AATGATCTCAGTGAAAGACTA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=101857766;WS=101857748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	101863706	rs1274901	C	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=8;PP=170;SC=TTCTCCTCAACTGGCTTTTTA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=101863714;WS=101863696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	101868415	rs1783742	C	T	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=58;PP=2202;SC=CATGTACTTCCCTAGGACTAG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=112;WE=101868423;WS=101868405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	101918327	rs12804542	A	G	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=53;PP=1764;SC=GAACCGAGGCACAGGGAGAGA;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=93;WE=101918335;WS=101918317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	101984718	rs2033082	A	G	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=230;SC=AAAAGTATCCATTTGAAAACC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=101984726;WS=101984708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	102080325	.	GAA	G	673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr11	102098354	rs3858420	G	C	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=22;PP=604;SC=ACTTAACAGTGGGATATGTTA;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=102098362;WS=102098344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	102100399	.	A	G	8306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=76;PP=2965;SC=AGCTTTTCAAAAAGGACTTTG;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=102;TCR=76;TR=178;WE=102100407;WS=102100389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr11	102323160	rs2436036	C	T	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	102391425	rs14983	G	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=427;SC=ATGGAGTGGAGGAACAGTGCT;SOR=0.831;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=24;WE=102391433;WS=102391415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	102398433	rs3216144	C	CT	9975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=67;PP=2966;SC=CAATGTTTGACCCCTAGGAAA;SOR=0.896;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=118;TCF=46;TCR=72;TR=113;WE=102398444;WS=102398423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	102398436	rs78978042	C	T	10046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=68;PP=2965;SC=TGTTTGACCCCTAGGAAACAG;SOR=0.915;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=165;TCF=94;TCR=71;TR=155;WE=102398444;WS=102398423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	102398593	rs10502001	C	T	7253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=96;PP=2944;ReadPosRankSum=1.000;SC=TTCTATGACGCGGGAGTTTAA;SOR=0.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=68;TCR=97;TR=164;WE=102398601;WS=102398583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,282:1.00:283
chr11	102449650	rs7934921	T	A	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=11;PP=488;SC=TGAAAGGACCTAAGACCAAAT;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=102449658;WS=102449640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	102449951	rs1940054	A	C	144.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=60;SC=CTGGTCAGGCATATGGACACA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=102449959;WS=102449941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	102477515	rs3781787	T	C	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=628;SC=GGACATGTGATCATGATCATG;SOR=2.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=102477523;WS=102477505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	102480783	rs17098982	C	T	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=36;PP=1088;SC=GGGAGAAAGGCCAACAAGATT;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=102480791;WS=102480773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	102495745	rs2509023	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=21;SC=TAACATGGTACACCTAATATG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=102495753;WS=102495744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	102495998	rs2245803	T	G	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.93;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr11	102563618	rs116922372	C	T	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=466;SC=TCTTTTTTCACAGTCAACACA;SOR=1.107;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=102563626;WS=102563608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	102563739	rs1276289	C	T	2953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=25;PP=1105;SC=TCTGCGGGAACCCTTTGTCCA;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=102563747;WS=102563729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	102567207	rs1276286	T	A	5027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	102567626	rs1940480	C	G	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=44;PP=1240;SC=ATGGCTGCATCTGAGATTAGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=102567634;WS=102567616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	102573396	rs2701994	C	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=5;PP=363;SC=GGGAACTTTACAGTTAAAAAG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=102573404;WS=102573386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	102573451	rs3809017	T	C	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=15;PP=865;SC=TTTAGAATAATAAGATTTTGT;SOR=1.164;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=44;WE=102573459;WS=102573441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	102575152	rs11225387	A	T	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=10;PP=691;SC=ATGGAGCCTAAGATGTGCTGT;SOR=1.880;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=40;WE=102575160;WS=102575142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	102576358	rs2846707	T	C	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=506;SC=GCCAGTTGCATATTTTCTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=102576366;WS=102576348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	102584023	rs1939018	T	A	5856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=53;PP=2399;SC=ACGAAAATGCTTGCTGAACTT;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=137;WE=102584031;WS=102584013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	102584240	rs1939019	T	C	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=32;PP=916;SC=ATATCTCAGATGTCTTCAGTT;SOR=1.480;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=102584248;WS=102584230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	102584466	rs5007518	G	T	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.98;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr11	102587154	.	GAA	G	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr11	102594427	rs6590984	T	C	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=27;PP=1307;SC=CAAAAATTAATCCAGTCACAC;SOR=0.850;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=59;WE=102594435;WS=102594417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	102595388	rs35321530	A	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=0;PP=291;SC=CACCCAAATAATTTCTTTCAG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=102595396;WS=102595378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	102595408	rs35883371	A	G	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=607;SC=GGCTGTTTTAATTAACAAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=102595416;WS=102595398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	102595666	rs2155052	C	G	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=41;PP=1212;SC=AGCACCCTGACGTTCACAGCA;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=102595674;WS=102595656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	102623115	rs531335	A	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=21;PP=585;SC=TTCTCAAGCTACACAGGTGTG;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=102623123;WS=102623105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	102642716	rs17860997	A	AT	2163.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=18;PP=1443;SC=AGATTCCTGCATGACAATGAA;SOR=1.217;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=102642724;WS=102642706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr11	102647310	rs470154	T	G	1759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=22;PP=887;SC=TCATTGTAGATCTGCAATGCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=102647318;WS=102647300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	102649543	rs470277	T	A	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=278;SC=CTGTTCCAATTAAACAACAGT;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=102649551;WS=102649533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	102661099	rs470215	T	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=7;PP=293;SC=GAAAACACCTTCTTTGGACTC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=102661107;WS=102661089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	102661595	rs470747	A	G	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=40;PP=1182;SC=CACTCTGAAAATCATTACAGA;SOR=1.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=102661603;WS=102661585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	102663476	rs17884110	A	AG	6350.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=56;PP=2974;SC=GAATCTGATTAGAAAAAAAGC;SOR=1.027;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=13;TCR=58;TR=69;WE=102663490;WS=102663466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	102663482	rs1144391	A	T	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=54;PP=1808;SC=GATTAGAAAAAAAGCAAGAAA;SOR=0.996;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=89;WE=102663490;WS=102663466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	102666043	rs491152	A	G	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=41;PP=1565;SC=TAAAATACCTAGAGTTAGTTT;SOR=0.791;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=79;WE=102666051;WS=102666033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	102666316	rs470558	T	C	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=40;PP=1010;SC=GTTCATGAGCTGCAACACGAT;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=102666324;WS=102666306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	102668603	rs5794198	CA	C	225.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.516;NF=5;NR=4;PP=100;ReadPosRankSum=-1.303;SC=CTGTTTCTAGCAAAAAAAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=9;WE=102668611;WS=102668593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr11	102668702	rs470358	T	C	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=20;PP=899;SC=TATTGTCACATGCAATGCAGC;SOR=1.108;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=53;WE=102668710;WS=102668692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	102713135	.	CTT	C	56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	102738793	rs5794199	G	GT	5852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=51;PP=2339;SC=TGAGGAACAAGTGGTGCCTAA;SOR=0.966;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=2;TCR=59;TR=53;WE=102738803;WS=102738783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	102738795	rs5003690	G	T	5861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=54;PP=1506;SC=AGGAACAAGTGGTGCCTAAGA;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=90;WE=102738803;WS=102738783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	102815970	.	CA	C	39	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.9999;HP=15;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=39;QD=14.0;SC=GAGACTCTGTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=102815978;WS=102815960;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	102824826	rs478927	T	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=195;SC=AACTTCATACTAGTGTGTTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=102824834;WS=102824816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	102825091	rs640198	T	G	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=1139;ReadPosRankSum=-0.562;SC=AGTGTTGAATTCTTTAAAAAG;SOR=0.231;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=58;WE=102825099;WS=102825081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr11	103004929	rs2450918	C	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	103019443	rs2514000	C	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=9;PP=246;SC=AATATATAATCTCAACATTAT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=103019451;WS=103019433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	103022842	rs10664799	G	GTT	253.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=25.37;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	103025071	rs72175476	AGT	A	198.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=0;PP=219;SC=AACATACACAAGTGTGTGTGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=103025080;WS=103025066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	103026040	rs5794210	CT	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.645;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr11	103029373	rs688094	G	A	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=135;SC=AATTGTTAAAGTAGATGTGAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=103029381;WS=103029363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	103029516	rs688906	A	G	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=9;PP=469;SC=AGATGTCAGAAATCATTAAAT;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=103029524;WS=103029506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	103033914	rs657936	A	T	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=51;PP=1552;SC=ATAGGCATGGAACGTGGAAAG;SOR=1.033;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=83;WE=103033922;WS=103033904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	103047007	rs585692	C	A	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=19;PP=871;SC=GGCTTAATACCATGTCAAAGT;SOR=0.935;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=49;WE=103047015;WS=103046997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	103050028	rs632672	A	G	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=696;SC=TTTCATATTAAGTAAAATAAG;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=103050036;WS=103050018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	103057048	rs658804	A	G	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=55;PP=2317;SC=CTAGGGGTCGATTAGCAACAT;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=120;WE=103057056;WS=103057038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	103058126	rs586592	C	T	6785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=74;PP=2710;SC=CTACAGTTCACTGTAGTGCAC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=77;TCR=74;TR=151;WE=103058134;WS=103058116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr11	103060309	rs617059	A	G	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	103062371	.	TTG	T	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=15;MQ=60.3;NF=0;NR=3;PP=37;QD=14.3333333333;SC=AGTGTGTATCTTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=3;WE=103062380;WS=103062361;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,3:0.17:18
chr11	103074349	rs631712	C	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=4;PP=331;SC=GAAAAAGCATCATTTATTAAA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=103074357;WS=103074339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	103074639	rs613978	C	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=77;SC=AAAGTAACACCTAACTAGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=103074647;WS=103074629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	103082590	rs589623	G	A	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=358;SC=ACACCAAGCCGATACATGACC;SOR=0.866;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=103082598;WS=103082580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	103086381	rs679691	G	T	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=172;SC=CTTTTCTATAGGGCTTTATTT;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=103086389;WS=103086371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	103086399	rs78873690	G	GTA	724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=572;SC=TTTACTGTGTGTGTAAAATTC;SOR=2.833;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=14;WE=103086407;WS=103086389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	103086725	rs635193	C	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=22;PP=616;SC=GATATTATGTCCTTAAGCTTT;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=103086733;WS=103086715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	103091237	rs636510	A	G	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=289;SC=TAAGAGAGAGAACATTAGTAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=103091245;WS=103091227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	103091546	rs670464	G	A	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=29;PP=836;SC=ATATTATTTCGGCAATGAATG;SOR=2.007;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=39;WE=103091554;WS=103091536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	103092945	rs654061	A	G	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=62.74;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr11	103092968	rs669940	C	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=23;SC=TCATTGCCAACTGTTTAGATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=103092976;WS=103092958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	103101868	rs667819	G	C	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=55;SC=AAGTAAAGGTGTTATAATACT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=103101876;WS=103101858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	103104930	rs1784259	C	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=36;PP=1007;SC=TACCTTTAAACTGCAGGAAAT;SOR=1.095;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=57;WE=103104938;WS=103104920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	103192039	rs313407	T	C	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=182;SC=GTTAAATACATGTTACTTCTT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=103192047;WS=103192029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	103229027	rs2566913	T	C	4359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=43;PP=2146;SC=CCAAATTTGATAGAGAAATCT;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=66;TCR=43;TR=109;WE=103229035;WS=103229017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	103229110	rs2671333	G	A	7244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=81;PP=2965;SC=ATATTCTTCTGATTCTTTTGC;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=79;TCR=82;TR=160;WE=103229118;WS=103229100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr11	103229173	rs2514408	A	C	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=77;PP=1919;SC=GAGTCATACAAGTAATCACAT;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=130;WE=103229181;WS=103229163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr11	103229188	rs2512128	G	C	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	103229238	rs2512129	G	A	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=50;PP=1236;SC=CTTCATACCAGTGCACATCAA;SOR=2.012;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=64;WE=103229246;WS=103229228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr11	103780455	rs10791649	A	G	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=25;PP=1062;SC=AGATACAATCACATCGTTCAT;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=58;WE=103780463;WS=103780445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	103780610	rs4754997	C	T	2252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=37;PP=1077;SC=CAGATGCCACCTACTTATTAC;SOR=1.153;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=103780618;WS=103780600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	103780695	rs4754998	G	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=394;SC=TGCACACGTTGCTATTAGAAT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=103780703;WS=103780685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	103797764	.	G	T	4648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	103818344	rs11226083	G	C	4200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=46;NR=44;PP=1684;SC=GACCTTAGCTGTTCCATCCGT;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=90;WE=103818352;WS=103818334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	104757836	rs5794352	T	TA	550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=4;PP=294;SC=CAAGATGAATTAGAGCTTTGG;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=104757844;WS=104757826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	104758035	rs484438	G	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	104761013	rs635846	T	G	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=3;PP=726;SC=GAAATGCTCTTTTCGGTGATA;SOR=2.899;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=29;WE=104761021;WS=104761003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	104761100	rs513131	T	C	4007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=35;PP=1540;SC=AAATCACTTATGTGGTGTGGA;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=91;WE=104761108;WS=104761090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr11	104761206	rs647039	C	T	3931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=57;PP=1748;SC=GTATCTGCACCGGCTTTTCCA;SOR=0.934;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=104761214;WS=104761196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	104761271	rs693506	A	C	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=38;PP=1138;SC=CATTATGTCTAATTAAAGAAG;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=104761279;WS=104761261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	104762228	rs544216	G	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=17;PP=428;SC=AGCCAGCACTGAGGAATCAGA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=104762236;WS=104762218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	104763117	rs497116	G	A	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=33;PP=1632;SC=AGTAGATCTCGCATCCCCAAA;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=85;WE=104763125;WS=104763107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	104763716	rs617983	A	G	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=87;PP=2617;SC=ATTTCCAGAAAAGCTGAAAGA;SOR=1.029;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=142;WE=104763724;WS=104763706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	104768000	rs693001	G	A	7741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=83;PP=2965;SC=TTTGCCTGCAGTTTGAGCTGT;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=88;TCR=83;TR=171;WE=104768008;WS=104767990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr11	104768098	rs555367	T	C	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=57;PP=1807;SC=CTGTATTTAATACATTATTTT;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=99;WE=104768106;WS=104768088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	104819327	rs9507	T	C	3564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=40;PP=1884;SC=CATCTTCCTCTAGGTTCTCAG;SOR=0.854;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=95;WE=104819335;WS=104819317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	104819542	rs5794358	G	GAAAC	1696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.82;QD=43.51;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	104819544	rs33955446	G	GAC,GACAC	1554.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.73;QD=62.19;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,19:0.24,0.76:25
chr11	104819546	rs5004914	G	C	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.88;QD=48.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	104820163	rs649739	A	C	1778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=11;PP=1169;SC=AATGTACTTTATTTACACTGG;SOR=2.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=53;WE=104820171;WS=104820153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	104839222	rs658560	A	G	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=40;PP=1555;SC=CTACTCCCAAACTCCTAGTCA;SOR=0.743;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=81;WE=104839230;WS=104839212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	104866384	rs3181334	A	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=1;PP=318;SC=CCATATAAGCAGTCAGCTGTC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=104866392;WS=104866374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	104870945	rs3181328	C	T	5335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=45;PP=2752;SC=CAATCCTCTGCATACACCTTC;SOR=1.459;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=101;TCR=47;TR=146;WE=104870960;WS=104870935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	104871322	rs45613137	G	A	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=33;PP=1044;SC=TGTAACATCCGGGTCGTGGTG;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=104871330;WS=104871312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	104872981	rs544211	C	T	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=35;PP=1061;SC=CTTTTCAACCCCCATATGCCT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=56;WE=104872989;WS=104872971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	104896375	rs2509648	G	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=49;SC=GAAAGAATTTGGTTAAAGACA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=104896383;WS=104896365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	105836923	rs632549	G	A	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=405;SC=TACGTATGCAGTTACTGTCAA;SOR=1.839;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=21;WE=105836931;WS=105836913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	105836960	rs1939826	A	G	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=133;SC=ACCATTATCAATTTAGTGACA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=105836968;WS=105836950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	105842916	rs559190	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=251;SC=GGATGGTCTTCCCAGGAAACT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=105842924;WS=105842906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	105923564	rs3737347	C	T	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.34;SOR=1.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	105965216	rs1893175	G	T	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=0;PP=47;SC=TATATATATAGAGAGAGAGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=105965224;WS=105965206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	106407855	rs10599029	AAT	A	289.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=10.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.188;SOR=4.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr11	106579491	rs80246825	A	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.52;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	106807443	.	A	AT	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,19:0.18:106
chr11	106888608	rs3107973	G	A	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=432;ReadPosRankSum=-1.261;SC=TCGGGGCCGGGGCGGCGGCAG;SOR=0.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=26;WE=106888616;WS=106888598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr11	107197536	rs630782	C	T	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=290;SC=GCTGCTGTGACTCTCTCTGCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=107197544;WS=107197526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	107197606	rs630693	G	C	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=10;PP=1133;SC=AACGGGATCTGAAGAAAAATT;SOR=2.049;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=52;WE=107197614;WS=107197596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	107197869	rs12363600	A	G	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=25;PP=622;SC=GCTATAAAATATAACAAGTTC;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=107197877;WS=107197859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	107216388	rs474364	C	T	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	107286893	rs11439588	T	TG	900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=3;PP=393;SC=CCGGTGGTAGTTTACACAAGG;SOR=1.426;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=107286901;WS=107286883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	107287139	rs520729	T	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TCATGTAGCCTTCATCTAATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=107287147;WS=107287129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	107299631	rs659040	G	A	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr11	107304237	rs549909	C	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=3;PP=617;SC=CAGAAAATTACTTCAGTAGTA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=107304245;WS=107304227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	107304541	rs2432867	C	T	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=23;PP=615;SC=ATATGTATTGCTTCTATGACT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=107304549;WS=107304531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	107304572	rs71470848	AT	A	370.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.07;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	107325376	rs11343583	AT	A	66.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.505;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=2.276;HP=7;HapScore=3;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=0.277;SC=GAGAAAAAAAATAAACCACAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=107325385;WS=107325366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr11	107325377	rs368830590	T	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr11	107326340	rs618078	C	A	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=35;PP=2136;SC=AACTTGAATACGTGCAAAAAA;SOR=1.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=106;WE=107326348;WS=107326330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	107422431	rs10890737	A	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr11	107431637	rs662349	C	A	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=135;SC=TGTAAAAAAACAAGACAGTAA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=107431645;WS=107431627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	107462878	rs542650	A	C	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=29;PP=838;SC=CTCAGTGTTTATGCTCAACCT;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=107462886;WS=107462868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	107462895	rs4085361	G	A	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=723;SC=ACCTCTAAGCGGCGAGTTCGG;SOR=3.193;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=107462903;WS=107462885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	107462977	rs5794560	G	GT	434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=5;PP=407;SC=TAATGAATATGTTGTCAGCCT;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=107462985;WS=107462967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	107643289	rs60511673	T	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=9;PP=234;SC=AACCATGTTGTCCAGGCTGGT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=107643297;WS=107643279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	107646894	rs34492014	C	CA	148.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.783;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr11	107650473	rs650686	G	A	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	107650505	rs519422	C	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	107673628	rs556153	T	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=452;SC=GCCAAGAAGATGAGAAGGTTT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=107673636;WS=107673618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	107675566	rs495836	C	T	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=21;PP=607;SC=GCATTTTAGTCACTATACTTC;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=107675574;WS=107675556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	107677399	rs34066069	C	CA	7034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=60;PP=2973;SC=AAAACATAAACAAATTTGCTG;SOR=1.123;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=104;WE=107677407;WS=107677389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr11	107686441	rs78196341	T	C	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=4;PP=525;SC=TCACAGAATTTAGAGGTGTCA;SOR=2.737;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=22;WE=107686449;WS=107686431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	107686741	rs371223301	TAC	T	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr11	107799262	rs373005278	G	C	4946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	107904646	rs10890800	C	T	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=44;PP=1386;SC=TCGTAAGTACCCCACTAATTC;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=107904654;WS=107904636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	107917087	rs7117111	A	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=26;PP=745;SC=TTATTAAGCAAGCACAGGCAG;SOR=0.925;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=46;WE=107917095;WS=107917077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	107925327	rs3847562	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=21;SC=ACTCAAAATACTGATTTTGAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=107925335;WS=107925317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	107948858	rs10890807	T	A	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=7;PP=246;SC=TTTATCTGTATATTTTCAATA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=107948866;WS=107948848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	107969300	rs11302777	GT	G	204.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=-1.188;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr11	107992325	rs3741055	T	A	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=22;NR=27;PP=692;SC=TACTCAGCCCTCTGCGACCAT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=49;WE=107992333;WS=107992315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	107992346	rs3741056	G	C	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=22;PP=684;SC=GGCTGTGCTGGCGGCACTTCT;SOR=0.779;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=42;WE=107992354;WS=107992336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	108006047	rs10890817	A	C	3800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=54;PP=1738;SC=AGGCATATTCATATTTTAGAA;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=85;WE=108006055;WS=108006037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr11	108012510	rs34420529	A	AAAGT	383.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.78;NF=0;NR=6;PP=291;SC=GGATTTTGAAAAATTCTAGAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=108012518;WS=108012500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	108013093	rs10890818	A	G	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=22;PP=1255;SC=GGCAATAGGTATTTGTTGAAT;SOR=1.279;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=66;WE=108013101;WS=108013083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	108014799	rs10890819	C	T	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=24.09;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	108044091	rs4144901	T	A	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=24;PP=1204;SC=GCTTTCCAGTTAATGAAGTAT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=108044099;WS=108044081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	108058769	rs371572857	CT	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr11	108061379	rs659584	C	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=3;PP=49;SC=ATTTTTTGGGCAAGCAACTGT;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=108061387;WS=108061369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	108068954	rs683312	T	C	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	108183167	rs659243	A	G	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=11;PP=373;SC=GGAAGCCAGAATACAACTATT;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=22;WE=108183175;WS=108183157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	108188266	rs58978479	AT	A	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.13;ReadPosRankSum=0.420;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr11	108224697	rs179108	G	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=30;PP=760;SC=AATCCCAGCTGCTCAAGAGGC;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=108224705;WS=108224687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr11	108352160	rs3901850	C	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=12;PP=295;SC=TTTAATATGGCAAGCATAATC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=108352168;WS=108352150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	108353018	rs3765632	C	A	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=9;PP=217;SC=TACAACAGTTCTTTGGTTTTC;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=108353026;WS=108353008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	108380335	rs1943382	T	C	5589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=57;PP=2154;SC=GTGTCACAATTTGAGTCCACT;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=109;WE=108380343;WS=108380325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr11	108383676	rs10749920	A	G	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.266;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1693;ReadPosRankSum=-1.019;SC=AGTATCAGTCAGTGCAGAGCT;SOR=0.433;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=94;WE=108383684;WS=108383666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,139:0.99:140
chr11	108384207	rs2846412	C	T	4018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=49;PP=1829;SC=TGAATTGCTGCTGGTCACAGT;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=102;WE=108384215;WS=108384197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	108464209	rs2640738	T	C	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=47;PP=1980;SC=AGGATCTTCCTGGCCTCTTCG;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=67;TCR=47;TR=114;WE=108464217;WS=108464199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	108546468	rs11212754	A	G	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=20;PP=641;SC=GTACATTGTCATTGGGTCAGA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=108546476;WS=108546458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	108549179	rs2306117	T	G	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.55;ReadPosRankSum=1.008;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr11	108577360	rs3214898	T	TA	745.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=537;SC=CTCTGACATTTATGGTTAGAC;SOR=2.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=108577368;WS=108577350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	108577646	rs61914000	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=348;SC=CCTAATTTGCCCCTTCCCCTA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=108577654;WS=108577636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	108594237	rs11212765	G	A	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=38;PP=1026;SC=GTCTTACTATGTGCTTATTGT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=49;WE=108594245;WS=108594227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	108723102	rs2553755	T	C	144.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=122;SC=ATATTCCAATTGGATTCAAGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=108723110;WS=108723092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	109964079	rs7116552	C	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.378;NF=8;NR=16;PP=534;ReadPosRankSum=-0.598;SC=GGGAGGGCCGCGGTGGCCGCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=24;WE=109964097;WS=109964069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr11	109964089	rs11395531	T	TG	919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=784;SC=CGGTGGCCGCTTCTCCGCGGG;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=109964097;WS=109964069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	110023628	rs665013	C	T	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=5;PP=630;SC=TTAAGTGTTCCGTAATAATCT;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=110023636;WS=110023618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	110452999	rs2008772	C	A	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.77;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	110453009	rs4079590	G	A	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.66;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	110453250	rs4142632	C	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=380;SC=TTAACAAAAACCACATCTACC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=110453258;WS=110453240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	110582310	rs2305289	T	C	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	110697305	rs120434	C	G	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	110697444	rs120436	G	A	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=5;PP=112;SC=TGTATCCACCGGTAGTCACTT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=110697452;WS=110697434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	111179054	rs3087587	A	G	3920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=58;PP=1823;SC=CTCTCCAGGCAGCAGAGTACT;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=34;TCR=58;TR=91;WE=111179062;WS=111179044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	111229470	rs12282082	T	C	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=7;PP=1018;SC=CACATTCTCTTTCACACACAC;SOR=2.560;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=42;WE=111229479;WS=111229460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	111249785	rs11213863	C	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=8;PP=417;SC=CCCCCGTGGCCCCATCACCTC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=111249793;WS=111249775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	111249819	rs10789825	A	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=12;PP=596;SC=CCAATTCCAGACCAAGCTGTG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=111249827;WS=111249809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	111326284	rs7925584	T	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=747;SC=TCAGCAGCAGTTGAAAGCACA;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=111326292;WS=111326280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	111327213	rs11213913	G	A	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=38;PP=2199;SC=GCCCAGGGCTGAGCAGGCAAT;SOR=1.290;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=117;WE=111327221;WS=111327203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	111368047	rs489078	G	T	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	111420364	rs634679	A	G	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=20;PP=929;SC=TGGATGAGCCATCCTGCGGCA;SOR=1.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=111420372;WS=111420354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	111422217	rs663763	C	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=16;PP=416;SC=CCACCCATGCCCAGAATAGTT;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=111422225;WS=111422207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	111487106	rs571462	C	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=26;PP=691;SC=CTAACACTATCTCCATTCATT;SOR=1.146;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=111487114;WS=111487096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	111623088	rs4936675	T	A	8071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr11	111636203	rs45555631	G	T	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=342;SC=TTATGACACAGGGGTAAGAAT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=111636211;WS=111636193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	111636627	rs643506	T	G	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=101;PP=2965;SC=CGTCTCGGCCTGGCACCGCGC;SOR=1.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=45;TCR=101;TR=146;WE=111636635;WS=111636617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr11	111637117	rs139691367	T	TCCCGCCCCGCGCCCAGGC	2117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=3.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	111659476	rs2554996	C	A	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	111724133	rs10502151	C	T	2922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=33;PP=1401;SC=GGAGTAAAGACATTATACAAA;SOR=0.846;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=74;WE=111724141;WS=111724123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	111742145	rs10708475	CG	C	3661.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=20;PP=2077;SC=GCAGCCGGGGCGCGTATCCCC;SOR=1.346;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=47;WE=111742153;WS=111742135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	111747427	rs634983	C	T	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=13;PP=564;SC=TTTTAGAGACCGAATCAATTA;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=111747435;WS=111747417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	111749265	rs3802845	C	T	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=47;PP=1900;SC=CTTGTGAGGGCGCTCCTTTCC;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=112;WE=111749273;WS=111749255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr11	111749349	rs611010	A	T	4549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	111780104	rs68187136	TA	T	242.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.523;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.919;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr11	111795085	rs7124407	C	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.70;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	111795148	rs7124433	C	G	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=17;PP=706;SC=CAATAGAACTCCAATCTTTGG;SOR=0.874;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=39;WE=111795156;WS=111795138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	111800488	rs5794769	A	AT	1286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.7267;FS=1.687;HP=10;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.614;NF=11;NR=19;PP=300;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TGAGCTTTAAATTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=30;WE=111800496;WS=111800478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,69:0.92:75
chr11	111848361	rs11364849	AG	A	835.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=7;PP=357;SC=TAGCTTTGCTAGGCTGGCCTT;SOR=0.941;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=111848369;WS=111848351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	111848531	rs10891303	C	T	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	111853106	rs11455434	G	GC	3548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=41;PP=2084;SC=CGGCCAGGGAGCCTGGAACCT;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=49;WE=111853114;WS=111853096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr11	111866442	rs3839945	GAC	G	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=197;SC=CAGTGGAACTGACTATTCATC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=111866451;WS=111866432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	111889635	rs650461	C	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	111889654	rs476581	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	111896324	rs2303436	C	T	4726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=42;PP=1942;SC=CCGGCTCCCGCTCGTCGCAAC;SOR=0.986;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=109;WE=111896332;WS=111896314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr11	111897050	rs1974426	A	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr11	111899144	.	CAAA	C	192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.27;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,8:0.80:10
chr11	111903995	rs478941	T	C	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=1;PP=167;SC=TATTGAGGTGTGAAGCTTTTG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=111904003;WS=111903985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	111908162	rs627441	T	C	4563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=59;PP=1688;SC=AAACCACAAGTGCCACCACCT;SOR=0.847;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=101;WE=111908170;WS=111908152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	111909819	rs6589260	C	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=0;PP=369;SC=GTTAAGCTGGCGAAAAGTACA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=111909827;WS=111909809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	111915765	rs11455845	C	CA,CAAA	441.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,11,18:0.30,0.49:37
chr11	111916001	rs11335731	AG	A	2378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=33;PP=1528;SC=GGGCATCTTTAGGTTGTTTAG;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=37;WE=111916009;WS=111915991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	111916411	.	CA	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.247;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr11	111916647	rs10891314	G	A	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	111930576	rs3882890	C	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=406;SC=ACCTGGCACACAGGCTCTTAA;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=111930584;WS=111930566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	111933088	rs10891315	A	G	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=10;PP=448;SC=GAAATGCAGTATTTTCTTTCA;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=111933096;WS=111933078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr11	111956989	rs14396	C	A	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=26;PP=1193;SC=GTGACGGCGACACCAAAACCC;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=61;WE=111956997;WS=111956979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	111957143	rs487201	T	C	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=34;PP=1000;SC=ATCTTCCCTGTTTTACACCTT;SOR=1.503;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=111957151;WS=111957133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	111957819	rs7121782	G	T	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=16;PP=479;SC=GACCACTGTAGTCTAGGGGTC;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=26;WE=111957827;WS=111957809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	111963860	rs592626	A	G	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	112041128	rs149903853	TTTTGTCCTG	T	1988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=2966;SC=GTTTTCTTTATTTTGTCCTGT;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=112041144;WS=112041118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	112064431	rs7105056	T	C	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;NR=48;SC=GTGATAGTGATGATTATTTAA;SOR=0.711;Source=Platypus;TCR=49;WE=112064439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	112065434	rs10891338	T	C	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=65;PP=2171;SC=CATTATGACCTGGATGGAACA;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=137;WE=112065442;WS=112065424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr11	112065483	rs7123686	A	C	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=64;PP=1696;ReadPosRankSum=-0.605;SC=CATATGGTAAAGTTGCAATAA;SOR=0.335;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=109;WE=112065491;WS=112065473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr11	112071570	rs7948124	AA	TT	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=1216;SC=TTGATTTTTTAAAAATCTTCC;SOR=1.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=112071579;WS=112071560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	112072930	rs4935984	G	A	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.13;NF=21;NR=53;PP=1535;SC=ATTAGAATTTGTCAAGAGTCA;SOR=1.668;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=74;WE=112072938;WS=112072920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	112087101	rs2676377	T	A	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=44;PP=1147;SC=TAGCACTGAGTCATCTGATAA;SOR=1.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=112087109;WS=112087091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	112088499	rs2217401	A	C	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	112099410	rs3819331	T	C	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=19;PP=602;SC=AGAGAAAAACTGATGACATTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=112099418;WS=112099400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	112123095	rs2564872	A	G	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=56;PP=1853;SC=TTCAGAGTAGAAAGTATAGGC;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=100;WE=112123103;WS=112123085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr11	112130987	rs2518361	G	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=1;PP=161;SC=CTCATTCTTTGTCTTCCTTCC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=112130995;WS=112130977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	112832276	.	AG	A	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=5.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,23:0.17:137
chr11	112832307	rs11381910	G	GA	4850.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=75;PP=2239;SC=ACCGCGGCAAGACATCCCTCC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=11;TCR=75;TR=86;WE=112832316;WS=112832297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	112832339	rs11284059	GC	G	4934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=72;PP=2967;SC=TTACAATGCTGCCAAACTAAG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=7;TCR=73;TR=79;WE=112832366;WS=112832329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	112832353	rs7105734	T	C	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.44;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	112832358	rs6589347	T	C	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	112832405	rs73002342	T	A	1248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr11	112832405	.	T	TA	691	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=13;HapScore=3;MGOF=103;MMLQ=25;MQ=59.97;NF=3;NR=29;PP=691;QD=21.71875;SC=TTTTTTTTTTTAATTCTCAAT;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=32;WE=112832413;WS=112832381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,32:0.82:39
chr11	112952272	rs5794840	C	CT	1024.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;MQRankSum=0.419;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,52:0.88:59
chr11	112983809	rs10891508	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=2;PP=156;SC=AGCCGATATCGCACCACACTG;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=112983817;WS=112983799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	112984037	rs1245087	G	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=195;SC=CAAATTAGATGATCAGTAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=112984045;WS=112984027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	113103996	rs584427	T	G	1319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	113105907	rs646558	C	A	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=59;PP=2222;SC=CCAGCTGCCCCCCTTTTCCCA;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=60;TCR=59;TR=119;WE=113105915;WS=113105897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr11	113111501	rs2303377	T	C	6959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.13;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chr11	113113515	rs635596	G	A	5391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=58;PP=2178;SC=TCTGTCTGTCGTGTTTCCATA;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=125;WE=113113523;WS=113113505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr11	113186776	rs2236709	G	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=165;SC=ATTGCCGCACGTAAATGAGTG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=113186784;WS=113186770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	113195595	rs948178	A	G	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=121;SC=CAACAAGCAGAGGGTAGGATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=113195603;WS=113195585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	113200709	rs2303380	G	A	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=49;PP=1503;SC=AAGGTAAGAGGGTATTTCTTT;SOR=1.027;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=81;WE=113200717;WS=113200699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	113209428	rs10891536	C	G	6201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr11	113211370	rs10891537	T	G	3228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=33;PP=1467;SC=AGTGGTTTTCTTTGTATCTGT;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=81;WE=113211378;WS=113211360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	113230773	.	C	CTTGTTTTGTTTTGTTTTGTT	319.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=3;PP=1639;SC=TTCCATTGTTCTTGTTTTGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=113230781;WS=113230763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	113233059	rs2298490	G	A	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=16;PP=703;SC=CTCCCCGTTAGCTTTTAAAGG;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=113233067;WS=113233049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	113234679	rs719802	T	C	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=32;PP=895;SC=AGGGAGCCCTTGTCCCAGAGG;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=57;WE=113234687;WS=113234669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr11	113235419	rs2298489	A	G	639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=479;SC=GCTGATGAGTAAGTGAACAAG;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=113235427;WS=113235409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr11	113264272	rs17115439	T	C	5296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=58;PP=2536;SC=ACATCGTGTCTATCTACGGGG;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=126;WE=113264280;WS=113264262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	113264470	rs4938013	A	C	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1572;ReadPosRankSum=-0.858;SC=CGGGCAACATACTCCTGGACA;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=113264478;WS=113264460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,123:0.98:125
chr11	113264511	rs11214596	C	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=35;PP=993;SC=AGGGCTCTGGCCAATCCTCCG;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=113264519;WS=113264501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	113265292	rs10891546	T	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=290;SC=ATGAATAGCTTACCGAAGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=113265300;WS=113265282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	113266702	rs11214598	T	C	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=22;PP=1195;SC=CATGCCCTGTTGGGATCCTCA;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=113266710;WS=113266692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	113268059	rs11604671	G	A	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=37;PP=1207;SC=GCGCCAGCCCGGGGAGGTGAG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=60;WE=113268067;WS=113268049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	113270015	rs4938016	G	C	6756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=82;PP=2786;SC=TGGGGATGACGGCACTGCGCG;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=176;WE=113270023;WS=113270005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr11	113270160	rs2734849	A	G	6457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=74;PP=2679;SC=CCCAACCTGCATGAGGCTGAG;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=70;TCR=75;TR=144;WE=113270168;WS=113270150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr11	113270374	rs2734848	C	T	5046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=64;PP=2632;SC=AGAGCGGCTACGGCCCACTGC;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=128;WE=113270382;WS=113270364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr11	113271065	rs2734847	T	G	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=15;PP=439;SC=GATCACCTGATATCAAGAGTT;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=113271073;WS=113271055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	113281397	rs6276	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=777;SC=TGAGGCTGGCCGGCCTGGGCA;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=113281405;WS=113281387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	113283459	rs6277	G	A	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=34;PP=936;SC=CGGGGCTGTCGGGAGTGCTGT;SOR=1.358;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=48;WE=113283467;WS=113283449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	113283477	rs6275	A	G	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	113285299	rs2511521	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	113287511	rs35352421	G	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=11;PP=894;SC=CAGGGACTCTGCTCCCTCAGG;SOR=1.685;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=46;WE=113287519;WS=113287501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	113294976	rs11608185	T	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=5;PP=685;SC=AAAAACCACCTGGGGAAGCAC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=113294984;WS=113294966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	113294998	rs12808482	T	A	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=8;PP=857;SC=AGGAAACTCATTGGTAAAAGC;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=113295006;WS=113294988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	113608164	.	G	GA	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.292;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.195;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr11	113618470	rs2459977	T	A	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=20;PP=483;SC=AAAGAATCATTTACATATATT;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=113618478;WS=113618460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	113618968	rs2513584	G	C	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=31;PP=1556;SC=TGTGCTGTCTGGGCTCTTTAC;SOR=1.209;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=86;WE=113618976;WS=113618958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr11	113631431	rs5794880	GA	G	969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=22.04;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	113670052	rs2459971	T	A	5373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr11	113678924	rs2513582	G	T	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=9;PP=377;SC=GTTGGTTAAAGGCAGCAGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=113678932;WS=113678914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	113679119	rs2465647	C	T	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=45;PP=1746;SC=CATGCTCAGACGACAAGCAGC;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=94;WE=113679127;WS=113679109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr11	113680018	rs2513581	G	C	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=31;PP=884;SC=CACAAGGAACGAAAACATCCT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=113680026;WS=113680008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	113706122	rs10789965	G	A	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=38;PP=1141;SC=AAAAGCCCCAGGTATATTTCC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=113706130;WS=113706112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	113846006	rs1062613	T	C	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=23;PP=1233;SC=GTGGGCCTCGTCCTGAGCACT;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=65;WE=113846014;WS=113845996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	113848184	rs4020460	G	GCT	2641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=17;PP=1574;SC=TGGGCCACCTGCTCCGACCTT;SOR=1.329;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=33;WE=113848192;WS=113848174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr11	113848273	rs1985242	A	T	4571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=51;PP=1995;SC=TTTCCTGTCAATGAATGCATA;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=111;WE=113848281;WS=113848263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	113856681	rs10160548	G	T	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=501;SC=TCATCACAGGGTCCAGCAGGC;SOR=2.621;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=113856689;WS=113856671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	114057944	rs682155	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=412;SC=GGCCCAGCAGAAGTTTACAAG;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=114057952;WS=114057934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	114121371	rs113522699	G	GA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=1.603;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr11	114270604	rs3741302	C	A	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=4;PP=622;SC=TAAAACAACACGATTGCTGCT;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=114270612;WS=114270594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	114273673	rs17547494	A	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=255;SC=ATCATTTATCAGGAATTCTTA;SOR=1.426;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=114273681;WS=114273663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	114284645	rs3897612	CA	AG	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=393;SC=TATTCCCTCTCATTCTTTTGG;SOR=2.215;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=114284654;WS=114284635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	114284744	rs11214983	C	T	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=22;PP=1190;SC=TGCAGGTCTCCGAGAGTTCTC;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=114284752;WS=114284734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	114421646	rs79339030	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=74;ReadPosRankSum=0.782;SC=TGGGAAATGAAGAAATAGAGG;SOR=0.787;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=8;WE=114421654;WS=114421642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr11	114421674	rs75026329	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.897;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,9:0.20:45
chr11	114421683	rs79413019	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.593;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr11	114421698	rs75909356	A	G	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,17:0.26:66
chr11	114421705	rs78231204	A	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=5.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=1.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr11	114421711	rs77069178	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=9.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=-1.059;SOR=1.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,23:0.28:83
chr11	114421713	rs112529011	GT	G	928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=2190;ReadPosRankSum=-1.583;SC=AGATAGGGCAGTAGTTGAGGT;SOR=2.046;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=17;WE=114421729;WS=114421664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr11	114421721	rs78612878	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=-2.149;SOR=1.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,36:0.34:106
chr11	114421747	rs78105386	G	A	2731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=3.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=-2.734;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,71:0.45:158
chr11	114421754	rs73016111	G	A	2825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=3.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.02;ReadPosRankSum=-2.559;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,77:0.46:166
chr11	114421768	rs75860289	A	T	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.49;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,87:0.46:189
chr11	114421769	rs76481835	C	G	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=0.051;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,87:0.46:190
chr11	114421773	rs74572030	A	G	3347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.17;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,89:0.46:195
chr11	114421789	rs113431368	A	AC	3779.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=2;HapScore=4;MGOF=81;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=2954;ReadPosRankSum=2.381;SC=GTGAGGGCTTACTGTGTGATC;SOR=0.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=50;WE=114421807;WS=114421779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,97:0.46:213
chr11	114421799	rs79701489	C	T	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=2;HapScore=4;MGOF=81;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=34;PP=2962;ReadPosRankSum=1.455;SC=ACTGTGTGATCTGCATCAAAG;SOR=0.806;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=155;TCF=90;TCR=65;TR=84;WE=114421807;WS=114421779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,107:0.48:221
chr11	114421817	rs73568242	G	T	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=3;HapScore=2;MGOF=95;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=38;PP=1518;ReadPosRankSum=-0.402;SC=AAGGTGATTTGCTCCTACCTT;SOR=0.825;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=164;TCF=96;TCR=68;TR=95;WE=114421825;WS=114421807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,126:0.52:241
chr11	114421857	rs78453693	T	C	6308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=3.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.61;ReadPosRankSum=1.250;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,162:0.55:292
chr11	114421861	rs76118887	G	A	6363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=4.649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.94;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,165:0.57:290
chr11	114421895	rs78257939	G	A	3850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=6;HapScore=1;MGOF=71;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=52;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.442;SC=GATCAGCAGCGTTTTTTGAAG;SOR=0.607;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=172;TCF=81;TCR=91;TR=101;WE=114421920;WS=114421885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,178:0.62:288
chr11	114421909	rs79082937	T	C	6474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=3.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.34;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,166:0.62:266
chr11	114421912	rs78658939	A	G	6480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=2.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.02;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,160:0.62:259
chr11	114421927	rs78842965	G	A	3275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.346;HP=2;HapScore=2;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=49;PP=1334;ReadPosRankSum=-0.003;SC=AGGACATGACGAATGTCCTAG;SOR=0.444;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=157;TCF=66;TCR=91;TR=91;WE=114421935;WS=114421917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,155:0.62:248
chr11	114421962	rs75409523	G	A	4750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.74;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,121:0.63:192
chr11	114421967	rs79109814	A	G	4672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=2.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.26;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,118:0.64:185
chr11	114422003	rs73568250	A	C	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=82;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TATTTTATTTATAACTTGTAA;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=22;TCR=59;TR=51;WE=114422044;WS=114421993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,68:0.66:103
chr11	114422016	rs76270589	T	A	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=4.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.11;ReadPosRankSum=0.888;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,53:0.65:82
chr11	114422025	rs75158214	C	A	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.65;ReadPosRankSum=1.596;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr11	114422029	rs78778953	T	G	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.46;ReadPosRankSum=1.731;SOR=1.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,39:0.64:61
chr11	114422036	rs77481744	C	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.10;ReadPosRankSum=1.637;SOR=1.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr11	114422052	rs10790022	G	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=564;ReadPosRankSum=1.147;SC=GTGAGTCACTGTCTTCTTTCC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=26;WE=114422060;WS=114422042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr11	114422068	rs76698432	C	T	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.87;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr11	114422068	.	CTA	TTC	855	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=144;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=16;PP=855;QD=56.7792421789;SC=TTTCCCTCTGCTAACTAACAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=16;WE=114422078;WS=114422058;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr11	114422070	rs75429280	A	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.85;ReadPosRankSum=0.056;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr11	114465526	rs78608548	A	T	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=9;PP=220;SC=GCACAAAAACATACAACAAAA;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=114465534;WS=114465516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	114550320	rs17550338	C	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=1;PP=105;SC=CCAAAGTGTACGGAGCCATGT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=114550342;WS=114550310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	114550334	rs1612325	A	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=1;PP=236;SC=GCCATGTCGTACTTATTTGAT;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=114550342;WS=114550310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	114569054	rs1712838	A	G	7613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=90;PP=2965;SC=ACCACTTGGGACACAGGAAGC;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=83;TCR=90;TR=172;WE=114569062;WS=114569044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr11	114576626	rs1356428	A	T	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=16;PP=468;SC=GAAACAAAAAATATAAATGAC;SOR=0.869;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=114576634;WS=114576616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	115049311	rs11215399	A	G	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=22;PP=1043;SC=TAAAGTCTCCAAAGGCAGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=52;WE=115049319;WS=115049301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	116619390	rs377491137	A	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=35;PP=772;SC=AAGGGGGGAAAGTAAGGAGTC;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=116619398;WS=116619380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	116628057	rs61905112	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=104;SC=TGTTGCCCAGGCTGGAGTACA;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=116628065;WS=116628047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	116628401	rs2075295	T	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=11;PP=949;SC=GAAATCCTTCTTTGCATATAG;SOR=1.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=43;WE=116628409;WS=116628391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	116629734	rs67735092	T	TAA	1210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=22.84;ReadPosRankSum=1.437;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr11	116631707	rs3825041	T	C	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=534;SC=TCTGATGTCCTCTAGGTGAAG;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=116631715;WS=116631697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	116633825	rs918144	C	T	3189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=38;PP=1513;SC=GAGAAGGATCCGGGGTGTCAT;SOR=0.818;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=85;WE=116633833;WS=116633815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	116633862	rs11820589	G	A	4089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=47;PP=1850;SC=AGATGGATCCGGGGTGTCATG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=100;WE=116633870;WS=116633852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr11	116640772	rs34855544	C	CAA	370.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.433;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr11	116652728	.	C	CA	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr11	116655600	rs35120633	G	A	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=61;PP=2251;SC=CTGAGCGGGGGCATTGCATTC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TCF=67;TR=128;WE=116655608;WS=116655590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	116657590	rs140050044	C	CA	311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=440;SC=AACCCATACACAAACCACTAG;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=116657598;WS=116657587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	116658031	rs12285095	T	G	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=9;PP=891;SC=TTCACAAATCTTATCTCACTT;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=116658039;WS=116658021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	116661826	rs2072560	T	C	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=67;PP=2965;SC=ACTGCTAGCCTCCATCATCTC;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=85;TCR=67;TR=152;WE=116661834;WS=116661816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr11	116662331	rs12287066	G	T	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.493;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=25;PP=1039;ReadPosRankSum=1.820;SC=TCTGCTGATGGATCTGCTCCA;SOR=0.601;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=62;WE=116662339;WS=116662321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr11	116662407	rs3135506	G	C	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr11	116662579	rs651821	C	T	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=25;PP=814;SC=CTTGCCATTACCTGCTCTGAG;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=116662587;WS=116662569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	116692334	rs5104	C	T	6016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=82;PP=2965;SC=GGCCTGCGTGCTGACCTGGGT;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=90;TCR=82;TR=172;WE=116692342;WS=116692324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	116692694	rs5100	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=31;PP=939;SC=ACACGTGCTAGGACAGGTGAG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=116692702;WS=116692684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	116693464	rs5092	C	T	4892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=75;PP=2238;SC=CCCACATCACCGTGGCCACCT;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=46;TCR=75;TR=121;WE=116693472;WS=116693454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr11	116701153	rs2070668	T	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=1;PP=439;SC=GAGCCCGTATTAGCAGGGAGC;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=116701161;WS=116701152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	116701674	rs2070666	T	A	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=30;NF=0;NR=22;PP=640;SC=CACCCGCCCCTGCCCTGGTGA;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=116701682;WS=116701664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	116703640	rs5128	G	C	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=22;PP=666;SC=TCCATCCTGCGAGCTCCTTGG;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=116703648;WS=116703630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	116707684	rs2070665	A	G	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=29;PP=1482;SC=TCTGCCCCCTACCCCTGCCCT;SOR=1.142;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=81;WE=116707692;WS=116707674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	116718415	rs61905145	G	A	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=42;PP=1255;SC=AAGGAGCCCAGGCAAAAGACA;SOR=1.493;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=116718423;WS=116718405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	116728630	rs12225230	G	C	5022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.467;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=53;PP=2522;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CAAAGATTCAGGGTCCCCAGG;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=93;TCR=54;TR=146;WE=116728638;WS=116728620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,195:0.98:198
chr11	116732512	rs2075292	G	T	2806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	116744389	rs11216169	T	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=25;PP=520;SC=GACCATGAGATGAGGGGAAGG;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=116744397;WS=116744379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	116766899	rs10892044	T	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=13;PP=607;SC=CATCACTAAATTCCTGGGATA;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=34;WE=116766907;WS=116766889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	116824884	rs511676	T	G	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=48;PP=1447;ReadPosRankSum=-0.526;SC=TACAGGAAGATAAACTAATGA;SOR=0.365;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=77;WE=116824892;WS=116824874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chr11	116968798	rs7128071	G	A	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=14;PP=603;SC=CCCGGCTGGGGGGCGCGGACC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=116968806;WS=116968788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	117015189	rs113560866	G	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=4;PP=116;SC=GGGTCGGAAGGGGCTGCGAGG;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=117015197;WS=117015179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	117030581	rs1871757	T	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=6;PP=339;SC=TGTTGAGAGTTCAAGCATGGG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=117030589;WS=117030571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	117030624	rs35139041	AT	A	619.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=14;PP=315;SC=CCAGTTAATAATTTTTTTTTT;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=19;WE=117030632;WS=117030614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	117032125	rs3736120	G	T	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=171;SC=TACTGTCATTGCTTGAGAATA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=117032133;WS=117032115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	117034388	rs3057863	CAAAAAA	C	1961.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.47;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	117034619	rs7122944	G	T	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=66;PP=2119;SC=GTATGTAGTCGTTGGTGGGTA;SOR=1.159;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=100;WE=117034627;WS=117034609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr11	117034729	rs10790175	T	C	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=755;SC=TATCATACTTTCGTTGACCTC;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=117034737;WS=117034719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr11	117042377	rs4936367	G	A	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=32;PP=1139;SC=CTCAGAGATAGTGAGACTAGA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=117042385;WS=117042367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	117052069	rs35248926	GTCTCT	G	2907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=15;PP=1486;SC=AGGGCTCATAGTCTCTGGAGC;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=24;WE=117052081;WS=117052059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	117053165	rs7946257	A	G	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=14;PP=1400;SC=ATAGGGGACTATTCCCTTCTA;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=47;TCR=14;TR=61;WE=117053173;WS=117053155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	117059347	rs90192	C	T	1460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=1;PP=972;SC=ATAATTGTTACAATTGCCTCA;SOR=3.442;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=38;TCR=1;TR=38;WE=117059355;WS=117059337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	117059552	rs474339	G	A	7598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=105;PP=2965;SC=GGTCTGACCCGTGGGCCTGGC;SOR=0.898;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=187;TCF=79;TCR=108;TR=183;WE=117059560;WS=117059542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr11	117064506	rs115787357	T	G	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=8;PP=899;SC=AAAGGCTGGGTGGGACAGCGG;SOR=3.912;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=40;WE=117064514;WS=117064496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	117064693	rs521171	C	G	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=57;PP=1675;SC=AGCACTCACCCTCAGGCTCCT;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=117064701;WS=117064683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	117078486	rs373961831	A	G	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-2.160;NF=25;NR=36;PP=856;ReadPosRankSum=0.962;SC=CCTCCAGGGAATATGAGAGGT;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=134;TCF=58;TCR=76;TR=61;WE=117078494;WS=117078476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,86:0.43:201
chr11	117090545	rs3882895	T	C	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=36;PP=1106;SC=TGTGCACCTATAGTCCCGGCT;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=117090566;WS=117090535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	117090558	rs74830	C	T	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=33;PP=964;SC=TCCCGGCTACCTGGGAGGCCC;SOR=1.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=117090566;WS=117090535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	117095361	rs236919	C	T	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	117096652	rs2277287	G	A	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=21;PP=1289;SC=CTCACCTGCAGCTGTAGATGT;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=66;WE=117096660;WS=117096642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	117096857	rs11419279	C	CT	469.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr11	117097952	rs2306473	C	T	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=16;PP=920;SC=CTGCACATCGCGTGCCATGGT;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=117097960;WS=117097942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	117100029	rs4938362	G	A	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=6;PP=780;SC=ATAGTCAAAAGCCCATTAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=117100037;WS=117100019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr11	117100594	rs500389	A	G	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=664;SC=GAAAAAGGATATGGAAGAGAT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=117100602;WS=117100584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	117160347	rs539765	A	G	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=27;PP=1195;SC=CGGAGGCAGCACCACTGACAC;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=69;WE=117160355;WS=117160337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	117209268	rs573801	C	T	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=18;PP=1385;SC=TTGGTGGGGGCCTCTGGGATC;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=63;WE=117209276;WS=117209258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	117222592	rs490262	G	A	3088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	117222647	.	G	GA	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.749;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.973;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,17:0.22:78
chr11	117232492	rs2305825	C	T	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=6;PP=635;SC=TATCTGTCTCCGACACTCCCA;SOR=2.833;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=32;WE=117232500;WS=117232482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	117232954	rs7934067	A	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=141;SC=CAGTAGGAGTAGGCAAAGGGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=117232962;WS=117232944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	117241760	rs2305826	T	A	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	117251143	rs2305828	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=115;SC=GCAGCTGTGAACCTAGCCAAA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=117251151;WS=117251139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	117251521	rs2061293	G	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=25;SC=TCAGTGTACAGTTGCTTGGCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=117251529;WS=117251511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	117252489	rs897836	T	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=794;ReadPosRankSum=0.690;SC=AAGAAGAGCCTCCCCAGGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=117252497;WS=117252479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr11	117261488	rs897837	C	G	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=12;PP=727;SC=TCCTTTCCATCTCAGTTCCTT;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=117261496;WS=117261478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	117262867	rs112206105	A	G	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=15;PP=943;SC=GGGGGTCGGTAGTCTTCCTGG;SOR=1.385;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=117262875;WS=117262857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	117282800	rs522885	G	T	12298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=142;PP=2965;SC=CTCTCTTCTCGTCAACACCCA;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=108;TCR=145;TR=250;WE=117282808;WS=117282790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr11	117303858	rs11216382	T	C	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=14;PP=763;SC=ACTCACCCAGTTGCTTGATGC;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=117303866;WS=117303848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	117306291	rs661789	G	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=440;SC=TGTGAGCCAGGGAAGGGGGGG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=117306302;WS=117306281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	117309581	rs61905269	G	A	7085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=68;PP=2336;SC=ATCTTCCCCCGCATCCAGACC;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=76;TCR=70;TR=141;WE=117309589;WS=117309571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr11	117332343	rs2298766	C	T	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.57;SOR=2.231;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	117332352	rs588048	A	G	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.00;SOR=2.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	117335722	rs538847	T	C	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=24;PP=1149;SC=GATTGAAGGCTTGGACCACCA;SOR=0.922;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=60;WE=117335730;WS=117335712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	117580356	rs605500	C	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	117693255	rs529623	T	C	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=46;PP=1644;SC=GCTGTCTCTCTCCGCAGCCTG;SOR=0.844;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=117693263;WS=117693245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	117709028	rs516655	G	A	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=23;PP=901;SC=AAAACACTTCGGCTGCCTCTG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=117709036;WS=117709018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	117711232	rs496164	A	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=574;SC=TGTGGGATGCATGGGACAGAG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=117711240;WS=117711222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	117712887	rs473057	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=337;SC=AGAGGTGCACGGTAGGGCGGG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=117712895;WS=117712877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	117713653	rs149530999	C	CT	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.104;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr11	117772848	rs491822	C	T	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=3;PP=419;SC=GGTGGGAGTCCGATGGTGCCC;SOR=2.124;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=117772856;WS=117772838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	117773110	rs494457	G	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=374;SC=CAAGGAGGGAGAGCAAAGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=117773118;WS=117773100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	117774291	rs2845712	A	C	6508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=83;PP=2932;SC=TCTGCCTACAACCTGGGTGCT;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=79;TCR=83;TR=162;WE=117774299;WS=117774281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr11	117776526	rs3802872	A	G	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=918;SC=AAGGAGCACAACCACTCTGGG;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=117776534;WS=117776516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	117781435	rs2155194	A	G	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=23;PP=797;SC=AACACTGGAGAGAGATATACC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=117781443;WS=117781425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	117789242	rs3802870	C	G	5283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=65;PP=2171;SC=AGGTTGTCACCGAGGCTGACC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=126;WE=117789250;WS=117789232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr11	117790658	rs10790220	C	G	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	117790674	rs12418028	A	G	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=25;PP=682;SC=CTGCAGGGCCAGGAACACCTT;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=117790682;WS=117790664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr11	117799923	rs7928668	T	C	7783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=73;PP=2720;SC=CAGAGGTAGCTGTCCCACCTG;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=152;WE=117799931;WS=117799913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr11	117800083	rs10892196	T	C	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=48;PP=1456;SC=TCCATCTTGGTCCCTGGCTTC;SOR=1.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=70;WE=117800091;WS=117800073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	117800169	rs11600129	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=485;SC=CCGGTTGGGACGTGTGAAGTA;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=117800177;WS=117800159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	117863829	rs2508450	T	C	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=11;PP=853;SC=TTGACAAACCTGTGGCCAAGT;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=117863837;WS=117863819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	117864047	rs2256111	A	G	4272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr11	117869670	rs2229113	A	G	3766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=65;PP=2166;SC=GCTGGGAAACAGGGAGCCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=103;WE=117869678;WS=117869660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	117965530	rs2276122	A	G	3005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=39;PP=1313;SC=TTTTCCTTCAATTACAGGATC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=117965538;WS=117965520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	117979744	rs10892216	C	A	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=622;SC=TTGGGCTTGTCGGTCAATGCC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=117979752;WS=117979734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	117979814	rs10892217	C	T	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=52;SC=TTTCCAAGCCCCAGTTTCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=117979822;WS=117979804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	117982495	rs1941635	T	G	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=53;PP=2333;SC=GTGGTGGGTGTGGAGGAGGCC;SOR=0.973;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=78;TCR=54;TR=131;WE=117982503;WS=117982485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	117996119	rs7944738	C	T	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=249;SC=CATCGCCTGACCACCTGTGTT;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=117996127;WS=117996109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	118011776	rs668468	G	A	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	118016068	rs1793137	C	T	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=16;PP=402;SC=CAGTGCCAACCTCGGGAGGAT;SOR=3.816;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=118016076;WS=118016058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	118037813	rs8192613	G	T	5429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=107;PP=2965;SC=TGGAAAGGAAGCAGAGCCACT;SOR=1.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=48;TCR=107;TR=154;WE=118037821;WS=118037803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	118067426	rs648947	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=13;PP=474;SC=CACCTGGCTCAGCTGAGGCCA;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=118067434;WS=118067416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	118067621	rs951657	A	G	4728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=45;PP=1693;SC=CCTATTTGCTAGGCATCGACC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=94;WE=118067629;WS=118067611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	118068949	rs1617182	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=485;SC=GCCAGGGCTACCCGGCTCACC;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=118068957;WS=118068939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	118071097	rs1626649	T	C	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	118074117	rs1793173	A	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=345;SC=AGGTCCCTCAATGCTCCCCAG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=118074125;WS=118074107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	118074337	rs1793174	A	G	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=46;PP=1436;SC=GGAGTACTCCACAGACATCCT;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=81;WE=118074345;WS=118074327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	118081345	rs17121881	A	T	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=53;PP=1947;SC=ATTGCATAAGATGTCCCCCAT;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=106;WE=118081353;WS=118081335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr11	118081468	rs17121882	C	T	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=33;PP=985;SC=AAAAGAGGTGCCAGACCGAGG;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=118081476;WS=118081458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	118083664	rs1715429	A	G	4925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=48;PP=1809;SC=TTGCTCTTAAATCTCCCACTG;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=97;WE=118083672;WS=118083654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr11	118107805	rs1793140	A	G	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=13;PP=910;SC=GAATATTATGATGCACATCTG;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=118107813;WS=118107795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	118108003	rs1793141	G	A	2230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	118110977	rs2853006	T	C	5182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=48;PP=2200;SC=CTATAGTAAGTTTGTCAGTGA;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=108;WE=118110985;WS=118110967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr11	118134597	rs4936426	C	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=220;SC=GTGCCTGAATCACTGGCAGCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=118134605;WS=118134587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	118134785	rs1624780	T	G	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=48;PP=1785;SC=AGGAGGAAACTCTGAGAGAAG;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=97;WE=118134793;WS=118134775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	118209960	rs2276424	A	C	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	118210106	rs2276423	G	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=15;PP=1174;SC=CATTCAGTGTGAGCCTCTCTA;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=118210114;WS=118210096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	118210424	.	T	TACAC	4006.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=2.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.567;QD=30.59;ReadPosRankSum=-1.187;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,107:0.82:131
chr11	118240261	.	T	C	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr11	118279645	rs373160251	AAT	A	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=-0.617;SC=AATAGTTTCAAATATATATAT;SOR=0.250;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=4;WE=118279654;WS=118279635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr11	118309873	.	CAA	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr11	118359161	rs572126	G	A	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=52;SC=ATCTCCCGCAGTGTCCAATAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=118359169;WS=118359154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	118362414	rs562780	T	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=280;SC=TTCCTCTCTCTCATTCTTCAG;SOR=1.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=118362422;WS=118362404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	118369265	.	TA	T	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.419;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,13:0.28:47
chr11	118391375	rs576950	A	G	272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=130;SC=CAAAAAAAAAAGGGGGGCGCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=118391383;WS=118391374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	118405343	rs512849	G	A	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr11	118406328	rs141837942	CAGTGTGGA	C	8138.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.06;NF=10;NR=57;PP=2957;SC=CATAATTCAACAGTGTGGAAG;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=10;TCR=57;TR=67;WE=118406343;WS=118406318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	118454484	.	C	CA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.38;MQRankSum=0.000;QD=0.59;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr11	118499394	rs2236661	C	G	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=30;PP=828;SC=AGGCTTGCCACTGTCCATGGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=118499402;WS=118499384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	118500744	rs141647594	GTT	G	395.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.99;ReadPosRankSum=0.744;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,18:0.82:22
chr11	118502491	rs74426776	GC	G	1640.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=1174;SC=GGTGGGGGTTGCGGGGGGGCA;SOR=2.356;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=118502499;WS=118502481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	118505676	rs58507527	GT	G	1395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=12;PP=692;SC=GAGGCACCTGGTAGGCCCGCC;SOR=0.927;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=118505684;WS=118505666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	118509668	rs483598	A	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=20;PP=819;SC=CCGTGCAGGAATCAGAACGCC;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=118509676;WS=118509658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	118514625	rs11216938	C	T	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=45;PP=1609;SC=CCCAGCTCAGCGTGGCTACCC;SOR=1.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=118514633;WS=118514615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr11	118518964	.	GC	G	86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=116;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=86;QD=58.0;SC=CCCCAAAACAGCACCCACCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=118518972;WS=118518954;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr11	118529017	rs6589669	T	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=14;PP=531;SC=GCAGGAGGCTTAGCAGGAGGC;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=118529025;WS=118529007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	118529044	rs11448549	C	CG	1514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=697;SC=GAAGGGTGGCCCCAGGCAGTG;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=118529052;WS=118529034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	118529069	rs6589670	G	C	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.38;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	118529078	rs6589671	G	C	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.88;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	118529127	rs7928371	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=206;SC=TCAGGACCACGCCATTCGTCC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=118529135;WS=118529117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	118530611	rs2276065	T	C	6828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=89;PP=2583;SC=CACAGGACTGTGTTCAGGGCG;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=75;TCR=90;TR=164;WE=118530619;WS=118530601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr11	118534082	rs10790256	C	T	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=35;PP=1314;SC=CCACAAACTGCTTGTCATCCT;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=118534090;WS=118534072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	118622744	rs6589689	G	A	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=18;PP=506;SC=CACAAAGAGAGGAGCATTCCC;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=118622752;WS=118622734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	118625609	rs580079	C	T	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=15;PP=463;SC=AAAAAACATGCGTTTAAAAAT;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=118625617;WS=118625599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	118626286	rs11217014	T	C	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	118626813	rs184558979	G	A	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	118627149	rs11217016	A	C	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=9;PP=216;SC=GTGATCCATGATATTAAGCTG;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=118627157;WS=118627139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	118629364	rs73001486	G	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=13;PP=630;SC=ATGAGCCACCGTGCCAAGCCA;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=118629372;WS=118629354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	118754518	rs2276344	T	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=6;PP=569;SC=GCGGCCCTACTGCCTCAGGAG;SOR=2.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=118754526;WS=118754508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	118757056	.	GAAA	G,GA	1221.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.852;QD=21.82;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,20,29:0.36,0.52:56
chr11	118757191	rs1790192	G	A	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.18;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	118757201	rs3176908	C	G	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.00;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	118757219	rs1623316	C	G	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=377;SC=TAATTCTCATCAATGAAAGGT;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=118757227;WS=118757209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	118765267	rs598207	G	C	9086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=145;PP=2965;SC=GGCTCCTGACGAAGCTGGGCT;SOR=1.080;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=95;TCR=146;TR=240;WE=118765275;WS=118765257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr11	118769442	rs7104819	A	G	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=35;PP=1422;SC=ACATCTGTCCAGGGTGGCACA;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=80;WE=118769450;WS=118769432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	118770321	rs11217083	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=85;SC=GCCAGAGGTCAAAGTCTTCAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=118770329;WS=118770311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	118770946	rs78694822	G	C	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr11	118771747	rs34123504	A	G	3389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=37;PP=1517;SC=GGCTGAATGCACGGTCCCAGG;SOR=0.770;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=78;WE=118771755;WS=118771737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr11	118772516	rs34752197	T	C	4432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=61;PP=2445;SC=GGTCCCCCCATAGGGGGCAAG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=107;WE=118772524;WS=118772506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr11	118772825	rs78780803	T	C	17227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=181;NR=180;PP=2965;SC=AGAGGACGGCTCCCATGCAGC;SOR=0.696;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=361;TCF=181;TCR=180;TR=361;WE=118772833;WS=118772815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,651:1.00:651
chr11	118773180	rs75656086	G	A	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=38;PP=1189;SC=CAGTCTCTCCGCTGCGGAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=118773188;WS=118773170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	118781601	rs11376918	C	CA	7914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=86;PP=2971;SC=GACAGGGAGACAAGACACGCA;SOR=0.827;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=108;TCF=16;TCR=92;TR=102;WE=118781609;WS=118781591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr11	118781638	rs11376919	C	CG	6175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=76;PP=2974;SC=AGAGGCGCGCCGAGGCCAGGG;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=6;TCR=76;TR=82;WE=118781646;WS=118781628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr11	118781655	rs11376920	C	CG	5615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=72;PP=2971;SC=AGGGAAGCGCCGCCGGAGCGG;SOR=1.007;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=77;TCF=5;TCR=72;TR=76;WE=118781663;WS=118781645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr11	118842745	rs36158515	A	AG	1690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=32.51;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	118842780	.	A	AG	809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=49;PP=2167;SC=CCCGGGGCAGACGGCTCCCCA;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=0;TCR=49;TR=49;WE=118842788;WS=118842769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	118868842	rs58467585	A	AG	296.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=4;PP=275;SC=CCGAGGGGTCAGGGTCAGAGG;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=118868850;WS=118868832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	118889114	rs10892321	A	G	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=76;PP=2395;SC=TCCGGGGCAAAAGGCGGAGCC;SOR=1.210;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=41;TCR=78;TR=117;WE=118889122;WS=118889104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	118898435	rs56966114	AC	A	8398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=72;PP=2972;SC=AGACAACCACACCACAGTGCC;SOR=0.752;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=19;TCR=75;TR=91;WE=118898443;WS=118898425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr11	118915757	rs11363127	TG	T	2831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=23;PP=1680;SC=AGGAGCTGGATGGGGAATGGG;SOR=1.206;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=43;WE=118915765;WS=118915747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	118915944	rs1043314	A	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=24;PP=675;SC=GAAACTCCCCAGCAACCTGAT;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=118915952;WS=118915934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	118917587	rs45510602	C	T	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=253;SC=GATGGAATCACACCCCCAACC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=118917595;WS=118917577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	118919132	rs2276060	G	A	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=35;PP=1348;SC=CAGAGGCAAGGCCCACAGAGC;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=76;WE=118919140;WS=118919122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	118919206	rs568922	T	C	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	118920112	rs670192	A	G	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=17;PP=600;SC=CCTTGGGAGCACCAGTCAAGA;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=118920120;WS=118920102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	118920453	rs673768	T	C	7418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr11	118922200	rs1804690	G	A	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=39;PP=1987;ReadPosRankSum=0.704;SC=TGATGTGGAAGTTGAAATCAT;SOR=0.380;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=64;TCR=39;TR=101;WE=118922208;WS=118922190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,142:0.99:143
chr11	118925341	rs538478	G	A	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=22;PP=740;SC=GCTCGGCCTGGTTGAAGAAGA;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=39;WE=118925349;WS=118925331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr11	118926720	rs470679	A	C	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=27;PP=1393;SC=CCCAAGCTCAATTCCCATCAT;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=118926728;WS=118926710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	118927013	rs57740718	T	TC	4628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=43;PP=1705;SC=AGCCTACTTCTCCCTTCTCCC;SOR=0.811;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=56;WE=118927023;WS=118927003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	118938880	rs584115	A	G	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.20;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	118938880	.	ATC	GTT	529	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=3;NR=20;PP=529;QD=25.3246902114;SC=AAGGAAGTCCATCTCCTAACT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=23;WE=118938890;WS=118938870;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chr11	118938882	rs670526	C	T	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.71;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	118939939	rs5795166	T	TC	1860.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=12;PP=793;SC=CTTGCCACGTTCCTACAGCTT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=20;WE=118939947;WS=118939929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	118947634	rs540261	C	T	8024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=72;PP=2965;SC=AGCCATCCTACGTGATCCGCA;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=121;TCR=72;TR=193;WE=118947642;WS=118947624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	118955679	rs589925	C	T	9370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=108;NR=91;PP=2965;SC=GGCCGGAGCCCCCGGCTTCCC;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=108;TCR=93;TR=199;WE=118955687;WS=118955669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr11	118962816	rs1784304	C	A	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=9;PP=476;SC=CCTTTTGACTCCCTGTTCCGC;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=118962824;WS=118962806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	119003322	rs662069	C	A	11881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=123;PP=2965;ReadPosRankSum=1.490;SC=TCCTGCCCTCCAAGGTTCCAC;SOR=0.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=262;TCF=138;TCR=124;TR=261;WE=119003330;WS=119003312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,462:1.00:463
chr11	119004009	rs672189	G	T	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=32;PP=1016;SC=CCTTAATTTGGGTCGGGCGCG;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=119004017;WS=119003999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	119004026	rs537153	C	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=29;PP=886;SC=CGCGGTGGCTCACGCCTGTAA;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=119004034;WS=119004016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	119004686	rs658922	T	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=28;NR=11;PP=649;SC=GTCACTTGGATTCCAGGACTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=119004694;WS=119004676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	119005088	rs512703	C	T	8757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=92;NR=109;PP=2965;SC=AGCAAGAGATCGTCTACTATG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=92;TCR=109;TR=201;WE=119005096;WS=119005078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr11	119005132	rs100803	C	T	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=93;PP=2895;SC=CCTCCCCCAGCCCCTGAGCCA;SOR=0.974;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=64;TCR=93;TR=157;WE=119005140;WS=119005122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr11	119028813	rs626776	C	G	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=0;PP=451;SC=CTTAATGGTACAAGATTCTCT;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=17;TCR=0;TR=17;WE=119028821;WS=119028809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	119031841	rs11383101	G	GC	2163.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=1140;SC=CTGTACCCCAGCCCTGCAGCA;SOR=0.886;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=28;WE=119031849;WS=119031831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	119043500	rs644252	T	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=14;PP=976;SC=TGTGGGGCCTTTATCTCAGGA;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=119043508;WS=119043490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	119043656	rs643423	C	T	3896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	119052826	rs4245191	C	A	4159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=47;PP=1807;SC=CCGCTGACGGCGGCAGGTGTT;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=92;WE=119052834;WS=119052816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	119054488	rs10790286	C	T	5621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=61;PP=2810;SC=GAGCCTCTGACTGTGTCACCA;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=148;WE=119054496;WS=119054478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr11	119059404	rs1815811	G	A	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=32;PP=2198;SC=GCCTCGCCCCGGGGCAGCAGC;SOR=1.294;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=70;TCR=32;TR=102;WE=119059412;WS=119059394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	119060963	rs45535039	T	C	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=12;PP=822;SC=CACAGCTCTATTGAGTTCTAC;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=119060971;WS=119060953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	119065484	rs60630529	A	AC	6381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.180;NF=67;NR=59;PP=2936;ReadPosRankSum=-1.310;SC=CTCACTGCCCACCCTCTCTCA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=71;TCR=62;TR=126;WE=119065495;WS=119065473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr11	119065709	rs10750139	G	C	6268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=103;PP=2758;SC=CTGCACCTGCGGTGGCAAGTG;SOR=1.226;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=57;TCR=103;TR=160;WE=119065717;WS=119065699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	119145705	rs3842642	G	GT	4053.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=70;PP=2936;SC=TCTGAATTTCGTTATCTTGAG;SOR=1.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=3;TCR=75;TR=73;WE=119145713;WS=119145695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	119145765	.	C	T	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=42;PP=1147;SC=TCGCAATAGCCAAGGTTCTGC;SOR=2.348;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=119145773;WS=119145755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	119146659	rs2511854	G	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=9;PP=560;SC=GCCTTCCACCGTAATACCAGC;SOR=1.536;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=29;WE=119146667;WS=119146649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	119148573	rs2510152	G	T	5849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=91;PP=2721;SC=TGTTTCACATGATAACCATAT;SOR=1.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=60;TCR=92;TR=151;WE=119148581;WS=119148563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr11	119155618	rs2298650	G	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=3;PP=480;SC=AGCTTTAGGAGAGTTGAAAGA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=119155626;WS=119155608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	119181170	rs2249466	T	C	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=35;PP=1285;SC=GAGACGGGGGTAGCGTGCTGG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=70;WE=119181178;WS=119181160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr11	119184106	.	AT	A	168.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-1.406;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr11	119214771	rs948413	A	G	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=731;SC=GGCTGGGGGGATGGGGTGGTG;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=119214779;WS=119214761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	119215165	rs10790289	C	T	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=42;PP=1224;SC=ATAGGGCTGGCGGTGATTACA;SOR=0.999;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=69;WE=119215173;WS=119215155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	119215253	rs2509388	G	C	1500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	119215256	rs10892350	C	T	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.51;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	119216231	rs2510143	A	G	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=37;PP=1438;SC=GCTGTATTGCATGGTCTGTGG;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=80;WE=119216239;WS=119216221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr11	119216504	rs3814762	C	T	6256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=72;PP=2648;SC=GAGGGGCTCACGCCTGACTCC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=78;TCR=73;TR=150;WE=119216512;WS=119216494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr11	119217254	rs883247	C	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=15;PP=386;SC=TTTCTGGAGTCCCTGTGACAG;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=119217262;WS=119217244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	119217311	rs883245	G	A	138.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.83;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	119227844	rs11217253	G	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=4;PP=793;SC=TGGAGGAGTGGGGGGAGAGTG;SOR=4.351;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=37;WE=119227852;WS=119227834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	119229374	rs7937208	T	C	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=29;PP=1574;SC=TGTTGAACACTAGGCAGAAAC;SOR=1.216;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=78;WE=119229382;WS=119229364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	119229964	rs2241646	G	A	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=48;PP=1396;SC=AGCGCGGTGCGTATCTCTGGA;SOR=1.142;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=74;WE=119229972;WS=119229954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr11	119244095	rs587985	C	T	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=34;PP=1099;SC=CATAGGAGGACGGGGTGTAGG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=119244103;WS=119244085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr11	119252151	rs565296	C	T	8779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=91;PP=2965;SC=CCCCGAATCCCCCCTCCCGGA;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=89;TCR=93;TR=180;WE=119252159;WS=119252141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr11	119252199	rs670906	T	G	7756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=93;PP=2965;SC=CTTCTTGGAGTATGGACGAGT;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=81;TCR=94;TR=174;WE=119252207;WS=119252189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr11	119290034	rs1054735	G	C	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr11	119291480	rs3138091	G	A	4339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=36;PP=1615;SC=CCCTCTCTTTGTCACCTGCGC;SOR=0.887;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=89;WE=119291488;WS=119291470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	119291688	rs3751026	A	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=32;PP=992;SC=CACACTTACCACCAGGGCTGG;SOR=1.453;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=119291696;WS=119291678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	119509625	rs1022080	C	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=16;PP=376;SC=AGAGCAGGCCCGGGAGCTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=119509633;WS=119509615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	119510644	rs7940667	A	C	5903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=64;PP=2491;SC=GAGCACAGCAACTAGGATGAG;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=125;WE=119510652;WS=119510634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr11	119548698	rs2292293	T	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=294;SC=TCAGCTGTGCTGCACCAAAGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=119548706;WS=119548688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	119584506	rs4245205	T	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=256;SC=GGGCAGCTCCTATCTCTCCTG;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=119584514;WS=119584496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	119879255	rs609066	A	G	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=3;PP=180;SC=TGCTGCAGAGATCCTGTGTTT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=119879263;WS=119879245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	119992839	rs72245071	AGT	A	1061.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.511;QD=19.66;ReadPosRankSum=0.879;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,44:0.81:54
chr11	119993897	rs66674912	CCT	C	17671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.08;NF=54;NR=109;PP=2967;SC=GTTTCCCCAACCTCTCAGAGA;SOR=0.723;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=168;TCF=54;TCR=114;TR=163;WE=119993906;WS=119993887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr11	120041444	rs4936509	C	T	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=34;PP=936;SC=ATCTGTCTCACAGAGTGGCTG;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=120041452;WS=120041434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	120099658	rs2508489	A	G	5131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.86;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	120099679	rs2508490	G	A	5865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.37;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr11	120099791	rs2465654	C	T	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	120111041	rs10790371	G	C	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=20;PP=994;SC=CTTTGGCCCCGCCTGGGGCAG;SOR=0.955;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=120111049;WS=120111031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr11	120292570	rs532006	T	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=17;PP=473;SC=AGGTAAGGAATAGGCTATTAT;SOR=2.019;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=120292578;WS=120292560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr11	120348128	.	G	GTT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr11	120355230	rs503473	A	G	5016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=58;PP=1916;SC=TGTAAAAGTTATGAGTTCCAG;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=111;WE=120355238;WS=120355220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	120385841	rs2243746	T	C	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=608;SC=CCCCCTCCCCTGGCCACCCAG;SOR=1.426;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=34;WE=120385849;WS=120385831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	120530973	rs6589829	C	T	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	120732508	rs3824978	C	T	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	120776001	rs2156634	G	A	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=45;PP=1906;SC=TGCTGCAGGAGAACCCATATT;SOR=0.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=104;WE=120776009;WS=120775991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr11	120823528	rs10750178	A	G	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=56;NR=37;PP=1633;SC=TTGACTGAATATGTGCGGTGA;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=93;WE=120823536;WS=120823518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr11	120827609	rs644057	A	G	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=67;PP=2181;SC=TCATGCAGCAAGGCTCCACCA;SOR=1.051;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=107;WE=120827617;WS=120827599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr11	120831878	rs607142	C	T	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=22;PP=601;SC=CTCCGCATCTCATTATCTCTT;SOR=1.378;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=120831886;WS=120831868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	120852961	rs499804	C	A	6032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=76;PP=2502;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TATGATCGATCGTGTTGGCAG;SOR=0.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=53;TCR=78;TR=128;WE=120852969;WS=120852951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr11	120857051	rs11218092	G	A	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=16;PP=447;SC=GCCGCCAGCCGGAACTTGTAC;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=120857059;WS=120857041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	120989335	rs612969	A	G	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=64;PP=2025;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TGAACACCGCAGAGGTTCAGC;SOR=0.882;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=113;WE=120989343;WS=120989325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr11	120996292	rs536069	A	G	5811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=60;PP=2965;SC=TGTACCACGCAGACTGGAAGT;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=110;TCR=62;TR=170;WE=120996300;WS=120996282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr11	121000212	rs643744	T	G	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=8;PP=777;SC=GTTGGTATCTTTGTGGGTTCC;SOR=2.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=35;WE=121000220;WS=121000202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	121000774	rs520805	T	C	11004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.55;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr11	121000784	rs586473	T	C	11124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr11	121028666	rs33981325	C	T	5948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=51;PP=2807;ReadPosRankSum=1.976;SC=CGCTGCGCAACGGGGTGCGCG;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=97;TCR=53;TR=146;WE=121028674;WS=121028656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,225:0.99:227
chr11	121032978	rs526433	G	A	5937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=69;PP=2446;SC=GGCTGCTACAGCCACAAGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=141;WE=121032986;WS=121032968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr11	121037529	rs2186747	C	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=309;SC=GCAGAGGCAGCGACAGCTTCG;SOR=1.121;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=121037537;WS=121037519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	121360884	rs560573	T	A	4821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=66;PP=2128;SC=TAGCTCCTTCTTGGTGGACAA;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=115;WE=121360892;WS=121360874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	121393212	rs630813	C	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=515;SC=CAGCTGCACTCCCCTCACACA;SOR=1.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=121393220;WS=121393202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	121403229	rs636588	T	C	5777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr11	121403345	rs631232	T	C	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=35;PP=998;SC=TATCTCTCTATAGCACTATGT;SOR=1.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=48;WE=121403353;WS=121403335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	121437819	rs1699107	C	G	4545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=39;NR=57;PP=1840;SC=CTGTGTCAAACAAGGTACTTC;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=96;WE=121437827;WS=121437809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr11	121445084	rs1792126	T	C	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=23;PP=738;SC=TAAGGGGACATCACATCCTGA;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=33;WE=121445092;WS=121445074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	121447807	rs1790212	A	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=22;PP=691;SC=ACCCATTTGCAGCACACTGAC;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=121447815;WS=121447797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	121456962	rs1699102	C	T	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	121460664	rs1625828	G	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=8;PP=573;SC=CTGGAACTTGGGTCTGGAGGA;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=121460672;WS=121460654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	121475798	rs1784929	T	A	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=11;PP=631;SC=ACTTTGTTTGTCTTTTTCTCC;SOR=1.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=121475806;WS=121475788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	121476105	.	G	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=0.437;SC=TTTTTTTTTGGGCCAGGGTGG;SOR=0.430;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=16;WE=121476113;WS=121476095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr11	121483401	rs1010159	C	T	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=27;PP=1276;SC=TTAGTGTGCCCCATGACTAGC;SOR=1.076;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=68;WE=121483409;WS=121483391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	121483651	rs1010158	G	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=277;SC=GGTATTCTCTGGAAGCTGTTC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=121483659;WS=121483641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	121489416	rs1784933	G	A	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=4;PP=739;SC=CTTAAATTGGGGATTTCAAGG;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=121489424;WS=121489406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	121491782	rs1792120	G	A	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=37;PP=1472;SC=GTTGTATGCAGTTGCAGTCAA;SOR=0.896;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=85;WE=121491790;WS=121491772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	121493001	rs1614735	T	G	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	121493072	rs11454566	T	TA	514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.6737;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;NF=0;NR=13;PP=132;SC=ATAGATAGTGTAAAAAAAAAG;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=121493080;WS=121493062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	122165766	rs532540	G	A	2680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=42;PP=1312;SC=ATGACAGTATGGACAGCCTCA;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=122165774;WS=122165756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr11	122172113	rs558962	T	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	122172318	rs615683	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	122172321	rs693194	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	122650172	rs4935813	C	G	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=9;PP=1117;SC=CTCCCCTTGTCTCTGAGTGAA;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=47;WE=122650180;WS=122650162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	122653950	rs2156802	C	T	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=43;PP=1205;SC=CACTGTGGTTCCAGAAGCTAC;SOR=1.378;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=122653958;WS=122653940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	122665437	rs872414	A	G	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=17;PP=579;SC=ATACATCGTCATCCAACTCTC;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=122665445;WS=122665427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	122666790	rs4936746	C	T	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=2;PP=786;SC=GAGCTCAGCTCACCTGGCACC;SOR=3.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=122666798;WS=122666780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	122709178	rs3134425	T	C	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=34;PP=1732;SC=TCTCCCCCTTTAAAAGAAACT;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=89;WE=122709186;WS=122709168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	122720710	rs34583080	C	T	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=62;SC=AATGAATGAACGAGACAAAAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=122720718;WS=122720700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	122738062	rs57365669	CAA	C	260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;QD=17.38;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,12:0.80:15
chr11	122738261	rs2272094	A	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=20;PP=599;SC=ATATGGAAGAAAGGTCAGTGG;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=122738269;WS=122738251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	122775227	rs3107630	T	C	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=175;SC=TGTCTAGATATCGCTTCCTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=122775235;WS=122775217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	122795781	rs75347095	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=12;PP=357;SC=AAGTAATGATCGTGACTGAGT;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=122795789;WS=122795771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	122830214	rs7107502	G	A	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=50;PP=1286;SC=GAAAAGAAACGCCAACCACCT;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=122830222;WS=122830204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	122830274	rs1057704	T	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=372;SC=CTGCCGTCCATGTTTGCTTTC;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=122830282;WS=122830264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	122849816	rs7939002	G	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=7;PP=590;SC=CCGGCCAGGTGTAGGTAATTT;SOR=1.802;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=32;WE=122849824;WS=122849806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr11	123065730	rs11219061	C	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=472;SC=GGACCTCGGGCGAGCTGGGCG;SOR=1.203;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=123065738;WS=123065720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	123431391	.	CGTGTGTGTGT	C,CGT	1728.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=4.393;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.28;ReadPosRankSum=1.104;SOR=1.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,22,26:0.45,0.53:49
chr11	123455101	rs113013432	T	TG	589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=6.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.625;QD=29.49;ReadPosRankSum=1.659;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr11	123455109	rs115338953	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.26;ReadPosRankSum=-1.988;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr11	123455124	rs116184013	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.15;ReadPosRankSum=-2.050;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr11	123464637	rs1148101	G	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=6;PP=394;SC=ACACCGAGGCGCCGTTCCTCA;SOR=1.460;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=123464645;WS=123464627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	123479150	rs1148088	G	A	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=11;PP=704;SC=GGTAGTGTCAGCTAAAGGAAA;SOR=1.524;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=40;WE=123479158;WS=123479140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr11	123485444	rs732211	T	C	4867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr11	123485561	rs1275061	T	C	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=57;PP=1726;SC=ATTCTAGGTTTTCCTATCCTG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=94;WE=123485569;WS=123485551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	123489111	rs1275077	C	T	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=59;PP=1782;SC=TCTTTTCCTCCCCACCGTACC;SOR=1.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=20;TCR=59;TR=79;WE=123489119;WS=123489101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr11	123504673	rs1148111	C	G	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=12;PP=912;SC=ACAGAGCTTTCTGACTTAAAG;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=41;WE=123504681;WS=123504663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr11	123504959	rs1148110	C	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=470;SC=CAGTGCCCAGCGTGGGAACAC;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=22;WE=123504967;WS=123504949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	123598941	rs2282644	T	C	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=32;PP=1382;SC=GGGAAAAGCATACGGCCACAT;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=72;WE=123598949;WS=123598931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	123676231	rs4936845	G	T	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=49;PP=1964;SC=GGTCACCACTGTGATGAGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=98;WE=123676239;WS=123676221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr11	123753937	rs1939927	A	G	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=25;PP=870;SC=ATTGCAGTGCATTCTGGTAAT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=123753945;WS=123753927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	123754073	rs4587739	A	T	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=422;SC=GGGAAAAGAGATTCCAGGGAG;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=123754081;WS=123754063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	123754844	rs10893099	T	C	5048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	123777049	rs10750249	G	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=3;PP=699;SC=TTTTCATAGAGAGAAAACACT;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=123777057;WS=123777039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	123777302	rs17127947	T	G	5498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=78;PP=2689;ReadPosRankSum=-0.189;SC=AATCGTCAACTTCATACCCCC;SOR=0.449;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=153;TCF=71;TCR=82;TR=149;WE=123777310;WS=123777292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,213:0.99:216
chr11	123777412	rs17127950	A	G	4570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=66;PP=2297;SC=AGATAGATCCATCTCCTATTC;SOR=0.926;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=123;WE=123777420;WS=123777402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr11	123777497	rs10750250	G	A	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=46;PP=1643;SC=GCCATGGCCTGCGATCGCTAC;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=87;WE=123777505;WS=123777487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr11	123777536	rs7926767	G	A	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=44;PP=1542;SC=CTGCTCTACAGGGTCATCATG;SOR=0.999;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=75;WE=123777544;WS=123777526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	123777861	rs61748875	T	C	6979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=80;PP=2965;SC=TTAGCACCTGTAGCTCCCACC;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=154;WE=123777869;WS=123777851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr11	123777986	rs7942047	T	C	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=63;PP=1852;SC=ACTGTGATTCTCATGTTGAAT;SOR=1.324;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=29;TCR=64;TR=92;WE=123777994;WS=123777976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	123778031	rs7927385	G	A	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=39;PP=1078;SC=AATGAAGTAAGAAATGCTCTG;SOR=1.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=123778039;WS=123778021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr11	123886307	rs79057843	CA	TG	21801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=137;NR=115;PP=2947;SC=CTCGTGACAGCATTCATCCTC;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=257;TCF=138;TCR=119;TR=252;WE=123886316;WS=123886297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr11	123886681	rs1893766	A	G	13669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=205;NR=170;PP=2965;SC=GTACACCAGCATGATGAGTGG;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=376;TCF=206;TCR=170;TR=375;WE=123886689;WS=123886671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,541:1.00:541
chr11	123886865	rs4084209	T	A	14459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=191;PP=2965;SC=TCAGCCAACGTGATGGTCATC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TCF=196;WE=123886873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr11	123886902	rs144455396	A	G	13277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=181;PP=2965;SC=TAGTGGCCTCAGGCTGCTTTG;SOR=0.762;Source=Platypus;TCF=181;WE=123886910;WS=123886892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,511:1.00:511
chr11	123886984	rs4936880	A	G	9834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.150;NF=128;NR=162;PP=2965;ReadPosRankSum=0.414;SC=TGGGAGGCGCAGAGCCTTTCA;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=130;TCR=164;TR=290;WE=123886992;WS=123886974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,365:0.99:367
chr11	123887164	rs4936881	A	C	7676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=73;NR=118;PP=2965;SC=CAAGGAGGTGAAGAAAGCTGT;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=73;TCR=119;TR=191;WE=123887172;WS=123887154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr11	123887184	rs4936882	T	G	6507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=103;PP=2965;SC=TGTTGAAACTTAGAGACAAAG;SOR=1.131;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=54;TCR=104;TR=157;WE=123887192;WS=123887174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr11	123887257	rs150059707	A	G	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=52;PP=1587;SC=TAAAAATAGTAATCTAATTTA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=62;WE=123887265;WS=123887247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	123887314	rs517598	T	A	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=20;PP=499;SC=AGTGTTAAACTTTATTCCAAA;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=123887322;WS=123887304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	123893987	rs142337884	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.26;QD=30.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr11	123894119	rs12366219	A	G	3536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.13;QD=27.00;SOR=2.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr11	123894136	rs28499345	A	G	5749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=120;NR=46;PP=2965;SC=GTGGGAGCAGATGTGCCCTCC;SOR=1.835;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=168;TCF=122;TCR=46;TR=166;WE=123894144;WS=123894126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr11	123909627	rs11219420	T	C	10579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.51;QD=45.60;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	123909637	rs4936889	G	T	11646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.61;QD=41.15;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr11	123909695	rs3894197	G	C	9639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=131;PP=2965;SC=TGTCAGTAGGGTGGCGTTGGA;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=103;TCR=132;TR=234;WE=123909703;WS=123909685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr11	124029037	rs4936895	G	A	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr11	124029075	rs4935866	G	A	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=14;PP=907;SC=TGACATTGGTGTTTAGACTTT;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=45;WE=124029083;WS=124029065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr11	124029541	rs4936896	A	G	8903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=102;PP=2965;SC=GCCACAGAGCATGTATCATCC;SOR=0.828;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=220;TCF=118;TCR=102;TR=219;WE=124029549;WS=124029531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr11	124086175	rs2508890	T	C	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=68;PP=2965;SC=CCAAAGCCTTTAGCACTTGCA;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=125;WE=124086183;WS=124086165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	124095319	rs141204263	AG	A	3037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=32.66;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr11	124095647	rs2466615	A	C	11294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.97;MQRankSum=-0.073;NF=126;NR=128;PP=2965;ReadPosRankSum=0.816;SC=CTTCATTGATATCTGCCATTC;SOR=0.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=258;TCF=128;TCR=130;TR=254;WE=124095655;WS=124095627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,420:1.00:422
chr11	124095884	rs2466614	A	G	11626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;PP=2965;SC=GGGAGTTTACATTTTAGGCAT;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;WE=124095892;WS=124095874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr11	124096247	rs2466613	G	A	7621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=84;PP=2965;SC=CATGGACCAGGGGAAAGTGTC;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=108;TCR=85;TR=191;WE=124096255;WS=124096237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr11	124096275	rs2512268	T	C	16245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.00;QD=44.39;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr11	124096275	.	TTG	CTA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=20;MQ=56.6;NF=102;NR=102;PP=2947;QD=20;SC=TTTTATACTATTGTTGTGCCC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=110;TCR=106;TR=204;WE=124096285;WS=124096265;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:12,204:0.94:216
chr11	124096277	rs2466612	G	A	16245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.08;QD=44.03;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr11	124120302	rs2512239	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=1;PP=324;SC=TACTCAAAGGAGATACCTAAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=124120310;WS=124120292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	124120338	rs2512240	A	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=3;PP=413;SC=AACCTTTTCTAAATGAAGAAT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=124120346;WS=124120328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	124121199	rs4268525	G	C	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=26.41;SOR=1.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	124134743	rs2466637	G	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=9;PP=609;SC=ATAAACAAGGGATCACTTTCC;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=124134751;WS=124134733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	124135009	rs2512168	G	A	4693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=73;PP=2741;SC=CCTATGTACTGTTTCCTCAGC;SOR=0.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=66;TCR=73;TR=139;WE=124135017;WS=124134999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr11	124135438	rs2512167	G	A	1949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=26;PP=1087;SC=ATCTTTAGTGGAATTAACATC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=124135446;WS=124135428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr11	124135481	rs2466701	C	T	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=21;PP=1235;SC=TCAGCTCTTACATCTTCATCA;SOR=1.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=124135489;WS=124135471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	124135662	rs2512166	A	G	9318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=18.337;NF=119;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=1.668;SC=TGTGTTTTATACTATTGTTGT;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=236;TCF=121;TCR=115;TR=232;WE=124135670;WS=124135652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,392:0.95:414
chr11	124293767	rs2188707	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=320;SC=AAATTCCTCCGCCTATAAATA;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=124293775;WS=124293757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	124294236	rs4057749	A	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=23;PP=1110;SC=AGAACGTCACACAGATAATGG;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=62;WE=124294244;WS=124294226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	124294349	rs7116575	C	A	5599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=51;PP=2463;SC=CAGCAGAAAGCAGACCCTTGG;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=77;TCR=52;TR=128;WE=124294357;WS=124294339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr11	124294377	rs4057750	A	G	6041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=66;PP=2573;SC=GTGACCATGTAGAGCAGGGGG;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=140;WE=124294385;WS=124294367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr11	124494780	rs113773557	A	AT	110.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	124500761	rs2156162	A	G	3722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=64;PP=1819;SC=AGTAAGTGTGATCAAATTCAT;SOR=1.398;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=92;WE=124500769;WS=124500751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	124501921	rs2187152	A	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=0;PP=742;SC=GGACATGTATATGTCTGACCA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=27;WE=124501929;WS=124501918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	124502260	rs1047661	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=21;PP=541;SC=TCATCATGGAAGGTCCTGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=124502268;WS=124502250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	124506967	rs7941327	C	T	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.01;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	124508345	rs2187155	A	G	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=9;PP=928;SC=AAGACCCGCCACATCGTAATA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=124508353;WS=124508335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	124517121	rs3819084	A	G	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=260;SC=TGACCAGCACATTATGAGGAC;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=124517129;WS=124517111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	124517473	rs141651958	A	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	124517849	rs143499283	A	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=318;SC=CAGAACAGTGAGCTGAATAAA;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=124517857;WS=124517839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	124518158	rs116899179	T	C	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=505;SC=CCACTTTCACTTGTGGTAAAC;SOR=2.147;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=124518166;WS=124518148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	124519478	rs79300393	G	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=310;SC=ATAATTCCCTGGTAGGCTCTT;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=124519486;WS=124519468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr11	124524627	rs1942663	A	G	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=29;PP=846;SC=TGGGAGAGACAGAGAGGATGC;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=124524635;WS=124524617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	124545191	rs149627407	C	A	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=24;PP=1237;SC=CACCCACTACCGAATTCCACA;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=124545199;WS=124545181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	124735552	.	A	G	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=38;PP=1533;SC=CTCCAACTCCAGCGAGCTGCT;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=91;WE=124735560;WS=124735542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	124739332	.	A	C	54	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=93;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=54;QD=44.3856062736;SC=TTCGCCCCCCACCGCCCCGCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=124739340;WS=124739322;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr11	124739699	rs114324840	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=265;SC=CCATTTGATATGTGGGTCAAC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=124739707;WS=124739689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	124739988	rs4936957	T	C	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=63;PP=2753;SC=ATTTTGACATTATGGGAACAG;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=72;TCR=63;TR=134;WE=124739996;WS=124739978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr11	124740410	rs3923890	A	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=398;SC=CCTGTCTTTAAGTACCTTGAC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=124740418;WS=124740400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	124740691	rs7925879	A	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=14;PP=526;SC=ATGGTTGGCAAGAGACTGAGG;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=124740699;WS=124740681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	124744005	rs77513537	C	T	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=30;PP=1651;SC=TGGCAGATGGCGTGCAGCTGG;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=86;WE=124744013;WS=124743995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	124745427	rs74664498	G	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=3;PP=422;SC=ATGACTATTTGTGTCCTTCTC;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=124745435;WS=124745417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr11	124747837	rs7933204	G	A	8906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=90;PP=2965;SC=CTGCAGAAGCGGGAATCTCCC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=93;TCR=90;TR=182;WE=124747845;WS=124747827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr11	124750232	rs4366494	C	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=608;SC=AGAGCTGAGCCTGTGGTCAGG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=124750240;WS=124750226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	124750447	rs71859853	CCGGAGT	C	5558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=49;PP=1812;SC=CTGGCCGGAGCCGGAGTCGGA;SOR=0.843;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=59;WE=124750460;WS=124750429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr11	124756406	rs7104934	G	A	6420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=67;PP=2653;SC=CGAAACCAAAGCTATCCACAG;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=147;WE=124756414;WS=124756396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr11	124757560	rs12418548	G	A	5293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=44;PP=2084;SC=AGGGCCCTGGGCTGGTAAGCC;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=122;WE=124757568;WS=124757550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr11	124757758	rs57713193	T	C	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.21;SOR=1.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr11	124757762	rs117896640	G	A	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=1.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr11	124757815	rs59771534	A	T	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=28;PP=791;SC=CTTCAGCCTTATTCAATTCAG;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=124757823;WS=124757805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	124763647	rs7927528	A	G	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=26;PP=1029;SC=GCAGGAGGAAAGCTAAATCCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=124763655;WS=124763637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	124763989	rs7928168	G	C	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=93;SC=AGGCATTGAGGGCCTGGCAGG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=124763997;WS=124763979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	124765168	rs12421354	C	T	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=322;SC=GGGGACACAGCGTCAGAACCC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=124765176;WS=124765158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	124765229	rs12421677	G	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=4;PP=303;SC=GGCCAGGGCAGAAGGGAGTCC;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=124765237;WS=124765219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	124766128	rs4078313	A	G	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=66;PP=2349;SC=GGCTCTCCCTATGTCCTGCGC;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=132;WE=124766136;WS=124766118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	124766591	rs4078483	C	G	5776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=70;PP=2508;SC=GAAGGTGACACGGAGCAGGGC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=134;WE=124766599;WS=124766581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr11	124767876	rs117483938	C	T	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=30;PP=811;SC=CCTTGGAGAACTGGGAGGAGA;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=124767884;WS=124767866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	124789755	rs3802904	T	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr11	124790922	rs10893303	C	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=103;SC=CCAGCGCCCCCCCGGGACCTC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=124790930;WS=124790912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	124792173	rs10893304	C	G	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=25.42;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr11	124793682	rs10790715	T	C	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=47;PP=1718;SC=TTCTCCACCATGCAGCTGTAC;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=101;WE=124793690;WS=124793672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	124856563	.	CTGTG	C,CTG	1008.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=33.62;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,19:0.37,0.63:30
chr11	124856951	rs4608089	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=3;PP=237;SC=TTTGATATTTCGATTATTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=124856959;WS=124856941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	124910335	rs4491235	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=375;SC=CTCACAGAGTGCTTGTCATAT;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=16;WE=124910343;WS=124910325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	124946809	rs61912692	C	T	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=39;PP=1056;SC=CCATGGCCACCGAGGTTGCAC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=124946817;WS=124946799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	124949044	rs33932952	C	T	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	124949665	rs55889403	A	G	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr11	124949690	rs56367722	T	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	124951467	rs4396301	C	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=7;PP=230;SC=CTGACCTCACCGACCCAGTGC;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=124951475;WS=124951457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr11	124954282	rs948270	A	G	3543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=50;PP=1377;SC=CCTCTGGCCTATGTGCACGTC;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=77;WE=124954290;WS=124954272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr11	124954652	rs4936976	G	C	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=48;PP=2142;SC=GATGGTTGTTGCAGACCTCAG;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=113;WE=124954660;WS=124954642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr11	124955032	rs948268	T	C	3548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=52;PP=1632;SC=TCTCTGCTGATCTGGTGAGTG;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=86;WE=124955040;WS=124955022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	124955274	rs3824925	C	T	2493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=27;PP=1395;SC=CTTCCCCACTCCACTGTCTCT;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=124955282;WS=124955264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	124955977	rs3808995	C	T	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=62;PP=2023;SC=ATCAGCCCAGCGCTCAGTTTC;SOR=1.129;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=39;TCR=62;TR=101;WE=124955985;WS=124955967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr11	124958122	rs3802808	A	G	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=38;PP=1173;SC=ACAAGCAGGGAAGGCAAACCC;SOR=1.341;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=124958130;WS=124958112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	124967487	rs1043821	T	A	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=12;PP=719;SC=AGGTTTTCGTTTTCCTGAAGA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=124967495;WS=124967477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	124967678	rs3737350	A	G	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=30;PP=904;SC=TACCAGTTAGACACCCTGGCT;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=53;WE=124967686;WS=124967668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr11	124972208	rs14065	A	G	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=39;PP=1251;SC=GCTCCAGTGCAACACACTCCC;SOR=1.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=124972216;WS=124972198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr11	124972377	rs2155663	C	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=9;PP=424;SC=AACCCAAAGCCTTTCTCTTTG;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=124972385;WS=124972367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	124972518	rs2155664	A	G	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.10;SOR=1.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	124972522	rs2155665	T	C	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.42;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	124972691	rs2155666	T	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=250;SC=TTCAAGAGGATGAAAACTCCC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=124972699;WS=124972681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr11	125009529	rs11219919	G	A	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=14;NR=33;PP=790;SC=CCCTTCCTCTGTCCGGGACAG;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=47;WE=125009537;WS=125009519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	125281630	rs117746719	C	T	7543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=59;PP=2336;SC=TTTCTCTCCACGTGCCCTGAA;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=70;TCR=59;TR=129;WE=125281638;WS=125281620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	125442503	rs369141998	CT	C	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.741;QD=1.90;ReadPosRankSum=-1.101;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,48:0.29:165
chr11	125443429	rs1284351	T	C	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=24;PP=817;SC=TGCTTGAGTCTGGGAGTATGA;SOR=0.736;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=50;WE=125443437;WS=125443419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	125443473	rs1284352	A	C	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	125445394	rs494989	G	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=10;PP=295;SC=TATTTCTTTTGTGCTTTTTCC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=125445402;WS=125445384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	125445679	rs2702007	C	G	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.27;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr11	125445680	rs61493355	A	AT	379.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=2.482;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr11	125446070	rs550276	A	G	817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=7;PP=452;SC=CCCACAAAAGATAAGATATAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=125446078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	125446354	rs575206	G	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=476;SC=AGGAGTCTGTGCATCTGCAGA;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=125446362;WS=125446344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr11	125452221	rs71045107	C	CT,CTT	918.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.55;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,12,30:0.26,0.64:47
chr11	125452300	rs55912941	A	AC	3040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=28;PP=989;SC=TGAAGCAAAGACCCTGGCAAA;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=36;WE=125452321;WS=125452289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr11	125452313	rs4627097	A	G	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=28;PP=824;SC=CTGGCAAAGCATAGTAAGTAT;SOR=0.886;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=50;WE=125452321;WS=125452289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr11	125462162	rs573173	A	G	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	125467144	rs513209	C	A	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.56;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,61:0.95:64
chr11	125482345	rs538232	G	A	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=152;SC=TACTGCAACTGTTTCAAGTAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=125482353;WS=125482335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	125490765	.	AT	A	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.167;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.121;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr11	125514294	rs3731449	AAG	A	1060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=13;PP=1007;SC=TCAAGGAAGAAAGAGAGGAGG;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=24;WE=125514303;WS=125514284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	125514573	rs521102	G	A	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=26;PP=752;SC=ACCTTTTCCTGAAGAAGAATT;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=125514581;WS=125514563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr11	125525195	rs506504	A	G	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=44;PP=1670;SC=CAGCCAGAAGATTTGGCTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=125525203;WS=125525185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	125891269	rs3740912	C	T	6792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr11	125893275	rs1939890	C	T	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=39;PP=1784;SC=CAAACCACCCCCTCCCCAATT;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=99;WE=125893283;WS=125893265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	126074192	rs2276312	A	G	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=43;PP=1178;SC=CCAATCCAAAAGACAAGTGAA;SOR=1.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=126074200;WS=126074182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr11	126080757	rs608367	T	C	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=24;PP=1007;SC=AGCTGCAGGTTCCTCCACCTT;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=126080765;WS=126080747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr11	126081336	rs587891	T	C	3565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=41;PP=1571;SC=CTGGTCCCTTTGGACTCACCG;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=95;WE=126081344;WS=126081326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr11	126081403	rs2282580	T	C	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	126110552	rs199973466	GGT	G	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	126134698	rs638766	T	C	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=4;PP=692;SC=ACATCTGTTATCCAAAAGCAG;SOR=2.899;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=30;WE=126134706;WS=126134688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	126139100	rs1786702	T	C	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=9;PP=972;SC=CTCAGAGGGGTTATGATTCGG;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=126139108;WS=126139090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	126139313	rs1786703	T	A	3935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=69;PP=2068;SC=GGAAGGGGGTTAGCTTACCTA;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=118;WE=126139321;WS=126139303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr11	126146244	rs56321210	C	T	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=10;PP=576;SC=GGAGGGTTGCCGGCCATGCTG;SOR=1.236;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=32;WE=126146252;WS=126146234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr11	126147713	rs594318	C	G	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=20;PP=589;SC=TCCTCTCAGGCAGGCCATTGC;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=126147721;WS=126147703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr11	126161490	rs614700	T	C	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=38;PP=1011;SC=CGAAGCTCTCTGCTCCTCAGC;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=65;WE=126161498;WS=126161480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr11	126163124	rs609634	C	T	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=15;PP=799;SC=AGTAACTTGGCCAAGTTACTC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=39;WE=126163132;WS=126163114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr11	126163691	rs611953	A	G	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=498;SC=GGAGTGAGTCACAGCGCTTTG;SOR=1.666;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=126163699;WS=126163681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	126164349	rs625413	T	C	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=14;PP=946;SC=CAGGGTTCAATGCCTTCACCT;SOR=1.692;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=50;WE=126164357;WS=126164339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	126174164	rs695029	C	T	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=49;PP=1525;SC=AAATCATTTTCCTACACGGGA;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=82;WE=126174172;WS=126174154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr11	126174242	rs113633139	A	AT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr11	126176578	rs637462	G	A	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	126213395	rs240536	T	C	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=74;PP=2356;SC=TTTCCTCACCTTTCCCAGAGT;SOR=1.207;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=112;WE=126213403;WS=126213385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr11	126275830	rs11603211	G	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=6;PP=650;SC=GGAGTTAGGAGGATCCTGGAT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=126275838;WS=126275820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	126275960	rs10893506	T	C	4205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=44;PP=1451;SC=TTTGTGAAGCTGACCGGACAC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=126275968;WS=126275950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	126283785	rs2236653	C	T	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=10;PP=1102;SC=TTGGGAGGGGCAGGGAGACTT;SOR=1.942;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=126283793;WS=126283775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	126294817	rs948052	G	A	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr11	126310082	rs878830	A	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=265;SC=TGCCCTTAGGATGCGGAATTT;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=126310090;WS=126310072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	126315024	rs3802819	T	C	5095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=67;PP=1876;SC=CAGGCTCAGATGCCAAGAGCA;SOR=0.852;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=116;WE=126315032;WS=126315014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr11	126316610	rs1574534	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=8;PP=488;SC=CCACTGTCCCCGCCCCCTGCC;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=126316618;WS=126316600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	126858484	rs558276	T	C	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr11	126873721	rs11377295	G	GC	2731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=37;PP=1559;SC=TGAGCCCCTGGCCCGCCCCCC;SOR=1.320;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=38;WE=126873729;WS=126873711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	126968477	rs10893631	C	T	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=52;PP=2045;SC=TCACTCCTGCCATCCTGCTCC;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=67;TCR=52;TR=118;WE=126968485;WS=126968467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr11	128638216	rs35044982	TG	T	3536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=57;PP=1684;SC=CCCCACTCTCTGGGGGGGCAG;SOR=1.453;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=63;TCF=5;TCR=58;TR=61;WE=128638224;WS=128638206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	128652012	rs639336	G	T	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=76;PP=2347;SC=ACCAGCTTGCGTGTTCCACTC;SOR=1.276;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=113;WE=128652020;WS=128652002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr11	128679211	rs630797	G	C	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=48;PP=1642;SC=TAACATGCACGTCTTTCCTTG;SOR=1.104;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=128679219;WS=128679201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	128772452	rs11221503	C	T	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=8;PP=278;SC=GGAGACAGGGCTAGTTAGGAC;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=128772460;WS=128772442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr11	128773413	rs4937387	T	C	3799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=65;PP=1590;SC=CTGCCTTAGATGAAGGAGAAT;SOR=1.267;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=31;TCR=65;TR=96;WE=128773421;WS=128773403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr11	128781339	rs6590357	T	C	9874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=110;PP=2965;SC=TGGAGAAGAGTGGCAAGTGCA;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=117;TR=226;WE=128781347;WS=128781329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr11	128781978	rs7118824	T	G	10113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=79;PP=2889;SC=GCCTCTTCCTTGTGTCTCCTC;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=140;WE=128781986;WS=128781968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr11	128782002	rs7118833	T	C	9702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr11	128782012	rs7102584	C	G	9018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.01;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr11	128786139	rs61176061	A	AGATGGATG	141.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.27;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	128786294	rs4937391	G	A	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=25;PP=1595;SC=TGTAACTTCCGTTTCCCCAGG;SOR=1.287;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=55;TCR=25;TR=79;WE=128786302;WS=128786284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	128804789	rs2155548	C	A	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=232;SC=GTCATGTAGACTATGGCTCAG;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=128804797;WS=128804779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	128839156	rs3740829	T	C	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=56;PP=2038;SC=TGAGGTGTTCTTCCTCCTTGT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=95;WE=128839164;WS=128839146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	128839526	rs60847789	C	G	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=49;PP=2210;SC=CGGCTGCGTGCTACCATGGCC;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=107;WE=128839534;WS=128839516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr11	128855755	rs201133077	A	G	141.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	128855757	rs202005287	A	G	141.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr11	128934033	rs61104154	T	TA	75.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.17;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr11	129312660	rs3827487	C	T	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr11	129735677	rs3817614	G	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=4;PP=231;SC=GCCCCAGAAAGACCAGCCACT;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=129735685;WS=129735667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr11	129743012	rs1650826	A	G	2409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=28;PP=916;SC=GCATGAGGCCAAGAGCTTAAT;SOR=0.878;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=129743020;WS=129743002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	129752991	rs2293664	G	C	1490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=14;PP=817;SC=TCAGATGAAGGCTCCTAGAGG;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=129752999;WS=129752981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr11	129753900	rs2303663	T	C	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=30;PP=1699;SC=CGTGTCTTCCTCAGGACAGCC;SOR=1.278;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=86;WE=129753908;WS=129753890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr11	129754103	rs3214551	T	TG	3766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=54;PP=2585;SC=TCTGGTCACTTTCAAAAGTAA;SOR=1.561;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=6;TCR=56;TR=59;WE=129754111;WS=129754093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	129754627	rs12574106	G	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=353;SC=GACAGCGGCAGCTTGGTTCTC;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=129754635;WS=129754617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr11	129754644	rs1131972	A	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=388;SC=TCTCACCTGCAGTTTTCATAT;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=129754652;WS=129754634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr11	129755669	rs1783914	G	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=21;PP=547;SC=CGAAGAATCTGTATTGATTAC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=129755677;WS=129755659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	129758327	rs1650823	G	A	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=11;PP=967;SC=TTGTTTTTTAGAACACAGCCT;SOR=1.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=129758335;WS=129758317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr11	129775731	.	T	C	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=11;PP=258;SC=TCCGCACTGATTTGCTTGCCA;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=129775739;WS=129775721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr11	129784456	rs2241575	G	A	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=33;PP=1685;SC=AGCCTGAAAGGGGAAGGGGCA;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=82;WE=129784464;WS=129784446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	129785594	rs3734073	G	A	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=15;PP=874;SC=GACAGCAGACGGGAGGGGTGG;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=40;WE=129785602;WS=129785584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr11	129785816	rs10561615	AAACT	A	2113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=1375;SC=TGCTTAAAGCAAACTAACAAT;SOR=1.708;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=28;WE=129785827;WS=129785806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	129793305	rs2241573	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=663;SC=TCACCTGGTGATAAGAACCAC;SOR=1.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=129793313;WS=129793295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	129794950	rs2241571	T	C	5903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=73;PP=2500;SC=TCCAAGGATGTGCTGCTGATG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=148;WE=129794958;WS=129794940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr11	129801043	rs2277033	C	T	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=28;PP=1308;SC=ACTGGGTTTCCTGTGGCAGCT;SOR=0.924;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=67;WE=129801051;WS=129801033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	129940806	rs112826009	A	G	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.08;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr11	129998900	rs651935	T	C	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=17;PP=701;SC=AGGCTTCCTCTGGGTGCCACA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=46;WE=129998908;WS=129998890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	130060612	rs858704	A	G	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=58;PP=1774;SC=GGGGGCGGGTAGGGCTGTGGG;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=80;WE=130060620;WS=130060602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr11	130064223	rs610005	A	G	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=69;PP=2138;SC=CCCTCGGGCCACAGAGAAGGG;SOR=1.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=22;TCR=70;TR=91;WE=130064231;WS=130064213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	130064647	rs597661	G	A	7834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=107;PP=2962;SC=GAGCTATGGGGCGTGTGAACG;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=75;TCR=108;TR=182;WE=130064665;WS=130064637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr11	130064705	rs597576	A	G	2874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=67;PP=2000;SC=CTCCCTGTGCAGATGTGTGTG;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=22;TCR=67;TR=89;WE=130064713;WS=130064695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr11	130064747	rs58417767	ATGTGTGTGTG	ATG,A	1212.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.4997,0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=0,0;NR=27,27;PP=25,1300;SC=ATATGTGTGCATGTGTGTGTG;SOR=3.841;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=0;TCR=36;TR=27,27;WE=130064764;WS=130064737;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:32
chr11	130064775	.	ATG	A	2272	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=109;MMLQ=25;MQ=60.47;NF=1;NR=21;PP=2272;QD=103.954545455;SC=GTGTGTGCGTATGTGTGTGTG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=130064784;WS=130064765;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,22:0.96:23
chr11	130066335	rs476106	C	T	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=34;PP=2335;SC=TGGAGATCAACGGGGAGAAGT;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=122;TCF=86;TCR=36;TR=120;WE=130066343;WS=130066325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	130066372	rs858713	G	A	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=113;NR=66;PP=2965;SC=GGGGGCTGCCGGGCCCATGCT;SOR=1.512;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=113;TCR=67;TR=179;WE=130066380;WS=130066362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr11	130066452	rs11368852	G	GC	5741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.213;HP=11;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=117;PP=2979;ReadPosRankSum=0.813;SC=CTTGTGCCCCGCCCCCCCTCC;SOR=2.787;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=163;TCF=36;TCR=127;TR=145;WE=130066462;WS=130066437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,201:0.98:205
chr11	130068554	rs11221995	C	T	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=26;PP=733;SC=TTGGGGGCCTCGCCCCTGGAG;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=130068562;WS=130068544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr11	130069704	rs2276117	C	T	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=9;PP=706;SC=GGGTCCCTCACGCCCTGGCCA;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=38;WE=130069712;WS=130069696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr11	130069790	rs613501	T	G	2981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=31;PP=1419;SC=TGTCCCCTTGTGGTTTGATGT;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=130069798;WS=130069780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr11	130109936	rs11449622	A	AT	104.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.98;MQRankSum=0.736;QD=8.01;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr11	130270855	rs59317921	T	C	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=21;PP=1015;SC=AACTTGAAATTTCCAGTGTCC;SOR=0.982;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=55;WE=130270863;WS=130270845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr11	130271647	rs747249	A	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=21;PP=1262;SC=GCTGGCTTAGATGGGTGACTT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=130271655;WS=130271637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr11	130271678	rs747250	T	G	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=28;PP=1362;SC=ACATTCCACATGCAGCTCTCC;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=45;TCR=28;TR=73;WE=130271686;WS=130271668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	130278924	rs2291344	T	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=25;PP=652;SC=AGCACTTTTCTTCTTTCTTTT;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=130278932;WS=130278914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	130281488	rs2131535	G	A	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=51;PP=1388;SC=GCCTCCATCTGCCACGGGCTG;SOR=0.966;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=84;WE=130281496;WS=130281478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr11	130284344	rs7106106	T	C	4351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=32;PP=1893;SC=GTGGTTTCCTTCTGGAGAACA;SOR=1.228;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=65;TCR=32;TR=97;WE=130284352;WS=130284334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr11	130286766	rs2291347	G	A	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=43;PP=1938;SC=TAGGATCTACGCAACCTTGGA;SOR=0.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=108;WE=130286774;WS=130286756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr11	130297948	rs7927048	C	G	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	130297957	rs7942034	T	C	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.25;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr11	130298117	rs10548872	GGCA	G	2455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=18;PP=1238;SC=GCGGGCCAGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=25;WE=130298127;WS=130298107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr11	130298447	rs903024	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=220;SC=TCCTCCGCCCCTGCCCGCGCC;SOR=1.292;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=130298455;WS=130298437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	130716157	rs7943757	C	T	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=48;PP=1460;SC=GATTCTATTGCATAATCTCCA;SOR=1.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=72;WE=130716165;WS=130716147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr11	130731518	rs202084321	CCTT	C	772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	130748131	rs3190331	A	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=367;SC=AAACGTGCATACAACTGGGAC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=130748139;WS=130748130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	130749715	rs2282528	A	G	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=69;PP=1883;SC=TAGGTATTTCAGGCCTACCTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=34;TCR=69;TR=102;WE=130749723;WS=130749705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	130750642	rs2298566	A	C	3743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=51;PP=1414;SC=CTGAAGAAGCAGGAGGTACTG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=100;WE=130750650;WS=130750632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr11	130763772	rs3794143	C	T	3029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=31;PP=1152;SC=ACCAATTTACCCAACTCCCTC;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=130763780;WS=130763762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr11	130773076	rs3751039	G	A	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=25;PP=1061;SC=AGATTCCCTGGACACTATTCA;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=130773084;WS=130773066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr11	130775688	rs3198419	C	T	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=19;PP=1484;SC=TACTACTCATCTCTGTGCCCC;SOR=1.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=77;WE=130775696;WS=130775678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr11	130775782	rs1865298	C	T	7653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr11	130776524	rs4414223	T	C	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=563;SC=TCTTACCACATTGCCTTCCTG;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=130776532;WS=130776514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr11	130776556	rs61909161	T	C	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=13;PP=877;SC=GAATCTTGTCTTGTGCTTCAG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=43;WE=130776564;WS=130776546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr11	130776613	rs4373936	A	G	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=26;PP=1235;SC=ACCTCAGCCTAGACCTGGTAC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=130776621;WS=130776603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr11	130776646	rs4586174	T	A	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.046;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=1211;ReadPosRankSum=0.301;SC=CAGAAACAGGTTGTAATTTAT;SOR=0.276;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=71;WE=130776654;WS=130776636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr11	130776690	rs6590536	C	T	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=36;PP=1038;SC=CTGGCAAGTACTGATAATAAA;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=59;WE=130776709;WS=130776680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	130776701	rs6590537	A	T	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=36;PP=1014;SC=TGATAATAAAACACAACAAGA;SOR=1.048;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=130776709;WS=130776680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr11	130780015	rs1781	C	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.11;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr11	130780225	rs681982	C	A	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=14;PP=395;SC=CCATGTTTCCCAATGGAAGAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=130780233;WS=130780215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	130780270	rs1237478	C	A	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.81;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr11	130784754	rs3751037	C	G	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=42;PP=1958;SC=GGACCTCGAACATTTGGCTGT;SOR=0.937;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=60;TCR=42;TR=100;WE=130784762;WS=130784744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr11	130784971	rs3751036	C	G	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=34;PP=1329;SC=GCAGAGATGTCGGCACTGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=130784979;WS=130784961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr11	132177633	rs2305271	A	C	4754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.104;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=57;PP=1707;ReadPosRankSum=-0.502;SC=GGGCATCACCAGGGAGCAGTC;SOR=0.309;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=109;WE=132177641;WS=132177623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,187:0.99:188
chr11	132177740	rs2305270	G	T	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=32;PP=998;SC=ACCACCACGCGCCCTGCACGT;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=132177748;WS=132177730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr11	132184394	rs730253	G	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=5;PP=847;SC=TTCTTCCTATGAGGACACATA;SOR=2.200;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=132184402;WS=132184384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	132200128	rs3837377	T	TA	2805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=41;PP=1852;SC=GTGGGGTATGTAAAACTCTTC;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=46;WE=132200136;WS=132200118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr11	132205215	rs8894	A	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=10;PP=252;SC=GGGGGGAAAAAAGTTTTAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=132205223;WS=132205205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr11	133712348	rs2257010	G	A	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=1.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr11	133712473	rs2257004	C	T	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr11	133712594	rs2282601	C	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=48;PP=1370;SC=GGTCTCTCCCCCTTCTTGACT;SOR=1.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=64;WE=133712602;WS=133712584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr11	133714522	rs2282602	G	A	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=50;PP=1842;SC=GCCCCGAGAAGCCTCTTCTTC;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=106;WE=133714530;WS=133714512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr11	133714672	rs2282604	A	G	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=29;PP=808;SC=TCCTTACCTCACTGTTCCCAC;SOR=2.200;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=133714680;WS=133714662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr11	133715153	rs2298738	G	C	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=83;PP=2529;SC=CCCAGCCCCCGCAACTGTTAC;SOR=4.504;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=7;TCR=85;TR=90;WE=133715161;WS=133715143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr11	133789013	.	CG	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=0.711;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr11	133792021	rs596430	T	C	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=41;PP=1497;SC=GGTCTACCTATGCGCCCCCTG;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=93;WE=133792029;WS=133792011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr11	133794599	rs329670	T	C	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=25;PP=1432;SC=AACCAGGCACTGCCTTAGTTT;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=77;WE=133794607;WS=133794589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	133801262	rs329671	G	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.93;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr11	133805585	rs329637	C	T	3292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=27;PP=1273;SC=TGTACTTCCCCGAGTCCTCCG;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=67;WE=133805593;WS=133805575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr11	133814191	rs595986	A	G	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=41;PP=1291;SC=CTTTGCACTCATACCAGCCCT;SOR=0.779;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=76;WE=133814199;WS=133814181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr11	133822133	rs73034295	G	A	151.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=4;PP=73;SC=CATGGGCAGCGCCTTTTGGGG;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=133822141;WS=133822123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	134010722	rs646998	A	G	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=43;PP=1207;SC=AGACCTGGGTATACACTCTTG;SOR=1.053;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=134010730;WS=134010712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	134014673	rs3216140	C	CCT	1478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=0;PP=1557;SC=AACACCACCCCTTTTTCCCCA;SOR=7.168;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=34;TCR=0;TR=33;WE=134014681;WS=134014663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr11	134016011	rs11223714	T	C	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=17;PP=473;SC=TTTAATATTATACCATCAGCT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=134016019;WS=134016001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr11	134018656	rs610382	T	C	5389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr11	134018849	.	T	TC,TCACA,TCACACA	1548.73	.	AC=2,0,0;AF=1.00,0.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10,10;NR=8,8;PP=113,251;ReadPosRankSum=-0.158;SC=CCCTTCACAGTAACACACACA;SOR=0.739;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=18,18;WE=134018858;WS=134018839;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.97:33
chr11	134018850	.	A	ACAC,ACACAC	1482.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=67.40;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,6,15:0.27,0.68:22
chr11	134023172	rs117140117	C	A	5583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=75;PP=2349;SC=CAGAAGGACACCAAGAACTTG;SOR=0.971;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=124;WE=134023180;WS=134023162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr11	134031836	rs3214800	C	CAA	606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=477;SC=TTCTGAAAGACAGGCCTCTCC;SOR=1.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=10;WE=134031844;WS=134031826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr11	134038538	rs73731	C	T	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=32;PP=916;SC=CACATGGGCACGGGTGTAAGG;SOR=1.257;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=134038546;WS=134038528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr11	134047243	rs2276265	T	C	3431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=39;PP=1593;SC=GATCGCACATTACAATGATGA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=81;WE=134047251;WS=134047233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr11	134054705	rs10569940	TACACACAC	T	3621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.12;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr11	134054715	rs201518163	C	T	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.08;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,65:0.79:82
chr11	134055478	rs10894783	C	A	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=81;SC=CAAAATGATTCAGATGGGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=134055486;WS=134055468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr11	134064540	rs1125399	T	C	4981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=78;NR=44;PP=2085;SC=AAAAAAAAAATGTGCAGAGAA;SOR=1.165;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=124;TCF=80;TCR=44;TR=122;WE=134064548;WS=134064518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr11	134072616	.	G	GA	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.200;QD=4.13;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr11	134073019	rs2305379	A	T	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=272;SC=AATATTTGAAAATGTATTGAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=134073027;WS=134073009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr11	134073913	rs896409	C	T	6913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=70;PP=2775;SC=AAAAAGGACCCAAGGTTTTAT;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=80;TCR=71;TR=149;WE=134073921;WS=134073903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr11	134074099	rs10791349	T	C	3094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=44;PP=1355;SC=GACCAACCAATATCCACCCGC;SOR=1.188;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=134074107;WS=134074089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr11	134074718	rs146098679	TCA	T	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=2.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.942;QD=0.32;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,29:0.10:297
chr11	134120161	rs199618847	C	T	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=33;PP=1321;SC=TCCTCCTTACCCTCTTACCTG;SOR=0.830;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=75;WE=134120169;WS=134120151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr11	134123428	rs112372624	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=372;SC=CGCAGGTCCCGCCAGTGCGAG;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=134123436;WS=134123418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr11	134131509	rs7943666	A	G	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=36;PP=1819;SC=AGAAAAAGCAAGAGACTTTGA;SOR=1.103;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=93;WE=134131517;WS=134131499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr11	134132334	rs73603086	G	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=5;PP=397;SC=CTGCCAGATCGTGGGCTGGGG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=134132342;WS=134132324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr11	134151975	rs472287	G	C	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=17;PP=711;SC=CGTCCAGGCCGCTACATCTGC;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=134151983;WS=134151965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr11	134152030	rs10791352	G	A	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=29;PP=1271;SC=CGGGGCTACAGTCCCAGAGTC;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=69;WE=134152038;WS=134152020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr11	134180695	rs526507	G	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=824;SC=GAACCCTGGGGTTAAAATCTG;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=134180703;WS=134180685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr11	134182135	rs751719	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=9;PP=496;SC=ATTTCCCATTTGAAGAACCCT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=134182143;WS=134182125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr11	134182375	rs2509062	G	A	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=31;PP=827;SC=CGCTCATGACGTGGCACAGGT;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=134182383;WS=134182365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr11	134188542	rs481252	T	C	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=43;PP=1848;SC=ATTATGGATTTGTGTTCATCA;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=101;WE=134188550;WS=134188532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr11	134188851	rs5795879	A	AT	449.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=2.241;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr11	134201864	rs3098651	T	C	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=0;PP=168;SC=AGGCGACCAGTGCGCGGCTCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=134201872;WS=134201854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr11	134202036	rs7124693	C	T	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=30;PP=1053;SC=TCCTGGTGCTCCGCAGGTGAG;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=134202044;WS=134202026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr11	134226278	rs3802928	C	T	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=29;PP=1150;SC=ACATGCCCTACGTCAAGAAGG;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=134226286;WS=134226268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr11	134234081	rs11601964	G	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=623;SC=GACTGTGGCTGACTTCTAACT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=134234089;WS=134234071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr11	134234186	rs60460137	G	A	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr11	134239888	rs80082975	G	A	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=53;PP=1554;SC=GTTGATCTGCGTGCAAGAATA;SOR=1.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=78;WE=134239896;WS=134239878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr11	134244123	rs3741097	C	G	4942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=58;PP=1971;SC=TCAGCTCCACCCCTTGTGACA;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=104;WE=134244131;WS=134244113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	235022	rs12822449	C	T	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=22;PP=889;SC=GGCGCTGTGCCCCCACGCCCC;SOR=0.799;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=235030;WS=235012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	235143	rs11610983	G	C	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=21;PP=550;SC=GGGCTGTCGAGGGTACCAGGG;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=235151;WS=235133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	247900	rs7313003	G	A	2303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=40;PP=1644;SC=GGGCGCCGGAGAGCGCGGGCC;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=81;WE=247908;WS=247890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	248202	rs56204927	C	G	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=16;PP=884;SC=GCAGAGGCTGCGGCTAGTGGG;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=248210;WS=248192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	250130	rs12321262	T	C	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=1;PP=462;SC=ATCCTCTGCGTGAGGACATTC;SOR=4.294;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=19;WE=250138;WS=250120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	271022	rs12579600	G	A	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=0;PP=117;SC=GGTCTCTTCTGTCTGGCTCCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=271030;WS=271016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	271373	rs4980805	A	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=477;SC=ACTGTGTGCCAGACACTGCAT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=271381;WS=271363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	274572	rs11061700	G	C	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=24;PP=983;SC=TGTTCATCAGGGCATGCCTGT;SOR=1.014;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=58;WE=274580;WS=274562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	284058	rs216230	T	C	8029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=101;PP=2965;SC=CCCTGGGCGGTCCCGGCTCTC;SOR=1.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=111;TCR=102;TR=210;WE=284066;WS=284048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr12	301843	rs646569	A	G	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=26;PP=766;SC=AGCCATGGGTAAGATAGGGGG;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=301851;WS=301833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	305254	rs533572	T	C	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	309753	rs7967868	C	T	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=9;PP=751;SC=CAGAGGGTCCCCCTCAAGTGT;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=309761;WS=309743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	310113	rs4980863	A	G	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=12;PP=325;SC=CCCGTAGACCAAACTACTACC;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=310121;WS=310103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	310901	rs216248	T	C	2887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	311816	rs216249	C	T	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=199;SC=GGTTCTGCTACACTTATACTC;SOR=1.085;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=311824;WS=311806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	311949	rs216250	A	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	312200	rs216251	C	T	280.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9992;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=212;ReadPosRankSum=-0.647;SC=CCATTCATAGCATATTTTTCT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=312208;WS=312190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr12	406292	rs2229351	G	A	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=27;PP=934;SC=CCACCTCCTCGGATTTGATGG;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=47;WE=406300;WS=406282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	416046	rs35042439	C	CT	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=2.805;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr12	418916	rs4980877	C	T	2422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=16;PP=1270;SC=GCTAATATCTCTACAGAGTTT;SOR=1.434;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=59;WE=418924;WS=418906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	427575	rs11062385	A	G	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=41;PP=1229;SC=GGTTTCATCCATCATGGCCTC;SOR=0.946;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=71;WE=427583;WS=427565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	430075	rs79485732	T	A	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=13;PP=891;SC=AGCAAAAAACTAGTTTAGATA;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=430083;WS=430065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	432654	rs3213750	T	A	290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=223;SC=AAGTAGACAGTGAAGTTTAGA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=432674;WS=432644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	432666	rs3213751	G	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=257;SC=AAGTTTAGAAGTCCAGAGTAA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=432674;WS=432644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	442620	rs4980885	C	T	3884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	498267	.	CGG	C,CG	685.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.974;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=7.453;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.05;ReadPosRankSum=1.550;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,22,12:0.58,0.32:38
chr12	537841	rs35713455	T	TA	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=268;SC=ACAATTGTTTTAAAAAAAAAA;SOR=2.833;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=13;WE=537849;WS=537831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	539984	rs55854088	C	T	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=32;PP=942;SC=GTGGCTCACGCCTGTAATCCC;SOR=1.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=539992;WS=539974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	540994	rs7310504	A	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=438;SC=AGAAAAGCTGAGTAAAATCTT;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=541002;WS=540984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	547683	rs735295	T	C	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=29;PP=693;SC=TTGCCCGTTATGCATGAGAGT;SOR=1.480;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=41;WE=547691;WS=547673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	550911	rs201605220	CTT	C	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=1.925;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,18:0.25:72
chr12	661458	rs68092327	TAC	T	624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;QD=29.75;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	675441	rs4980836	T	A	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=259;SC=CTCTTTCCAATCCAGATGGGA;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=675449;WS=675431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	719681	rs2535405	G	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=23;PP=593;SC=TCCCCACAGCGGCCAGCCCAG;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=719689;WS=719671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	752327	rs6489690	C	A	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=41;PP=1846;SC=GTCCCCCTGCCGCTGCCCAAG;SOR=0.889;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=94;WE=752335;WS=752317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	752998	rs9669247	G	A	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=32;PP=989;SC=CCAGCTCATCGCTCAGGTCTT;SOR=1.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=753006;WS=752988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	862651	.	C	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=356;SC=TCCCTGCAGACCTCTGCGCGG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=862659;WS=862641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	862989	rs3168640	T	C	6573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=66;PP=2340;SC=GCGTCATCTGTGACTCCAATG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=59;TCR=66;TR=125;WE=862997;WS=862979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr12	863517	rs3858703	G	A	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=30;PP=979;SC=TTTATTTGACGGTCCTTTGGA;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=863525;WS=863507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	936468	rs2158502	C	G	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=28;PP=1009;SC=CTGGCTTTCTCACATTCCTTT;SOR=1.048;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=47;WE=936476;WS=936458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	939302	rs10774466	A	G	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=51;PP=1537;SC=AAAATGCTGCACAGATCTACC;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=77;WE=939310;WS=939292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	966208	rs2240284	G	A	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=2;PP=251;SC=TCCTGCAGGCGAGTCAGAAAA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=966216;WS=966198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	970093	rs11286613	CT	C	155.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.641;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.337;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr12	974137	rs11441896	C	CA	366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.45;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	974355	rs11441897	T	TC	14249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=115;PP=2965;SC=CTCCCAGTGCTCTTCCACCCC;SOR=0.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=43;TCR=116;TR=158;WE=974363;WS=974345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr12	987482	rs1012729	G	A	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	987533	rs5795952	C	CT	694.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=3.069;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=1.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,50:0.74:68
chr12	990912	rs956868	A	C	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.80;ReadPosRankSum=1.770;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr12	993930	rs7300444	C	T	10951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=123;PP=2965;SC=AAGGACCCAACACAGCACCTC;SOR=0.727;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=130;TCR=123;TR=252;WE=993938;WS=993920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,423:1.00:423
chr12	994487	rs7955371	G	C	5838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=56;PP=2765;SC=TCACAGCTGTGCATTCAGCTT;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=76;TCR=56;TR=132;WE=994495;WS=994477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr12	995291	rs11450919	G	GT	843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=22;PP=583;SC=AATATGATCAGTTTTTTTTCT;SOR=2.242;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=24;WE=995299;WS=995281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	999638	rs17755373	C	T	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=43;PP=1826;SC=ATGGCGGCTCCAACAGCAATC;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=98;WE=999646;WS=999628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	1017197	rs4766334	C	T	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=18;PP=576;SC=ACATGAATTACGAGGTAAGTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=1017205;WS=1017187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	1022679	rs6413436	A	G	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=528;SC=CTGACAGCTAATGATTTCTGG;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=1022687;WS=1022669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	1023218	rs4987207	G	T	4935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=55;PP=2032;SC=TGCTCTAGACGAGGGCTTGAC;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=110;WE=1023226;WS=1023208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	1035947	rs6489763	C	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=218;SC=TGTGTAACTACGTTAACTATG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=1035955;WS=1035937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	1040219	rs11571409	G	A	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=5;PP=466;SC=AGGCCCCTTCGGATGAGAATG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=1040227;WS=1040209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	1041981	rs201398506	A	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	1041983	rs199628282	A	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	1041986	rs200633668	C	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	1041991	.	T	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	1041992	.	A	G	865.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	1041993	rs201451927	G	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	1041996	rs113084521	A	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.94;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	1221221	rs74679668	T	TAG	433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=292;SC=CCTGTGAACTTAGAAACTACC;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=1221229;WS=1221211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	1589821	rs7315267	T	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=205;SC=TTAATTTGTATTCTTTCGGAA;SOR=3.442;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=1589829;WS=1589811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	1589868	rs111377772	T	TGAA	1464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=5;PP=911;SC=GGGCCTGCCTTGAGGAGGTGA;SOR=2.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=20;WE=1589876;WS=1589858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	1589914	rs7315390	T	C	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=20;PP=1016;SC=GTGTGGGTAGTGGGCAGGGGG;SOR=1.409;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=58;WE=1589922;WS=1589904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	1590013	rs11613546	C	T	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=49;PP=1910;SC=CCACAGAATCCGTTGCATCCC;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=103;WE=1590021;WS=1590003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr12	1590069	rs11609462	G	A	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=58;PP=1806;SC=CTCATGGTAAGGAAATGCAGA;SOR=0.998;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=92;WE=1590077;WS=1590059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	1703322	.	A	AGCC	1279.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=556;SC=GCTTCTCCCCAGCCGCCGCCG;SOR=0.906;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=1703330;WS=1703312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	1748728	rs58317077	C	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=10;PP=433;SC=GGAAGCGAAGCCCCCTGCCCC;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=26;WE=1748736;WS=1748718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	1748766	rs6489313	G	A	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	1748834	rs2270036	T	C	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	1889823	rs767870	G	A	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=16;PP=441;SC=TGTAAAGTCCGTATTTTGGCC;SOR=1.105;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=25;WE=1889831;WS=1889813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	1889920	rs10848575	TT	AA	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.60;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	1902766	rs2058111	T	G	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=36;PP=1322;SC=TGCTGACTTTTTGGGATGGCT;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=74;WE=1902774;WS=1902756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	1904726	rs3078853	G	GAC	391.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=533;SC=CCCTGTGGAGGACACGGGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=1904734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	1919543	rs2286377	C	T	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=61;PP=1940;SC=ATGCCAGGGCCCTCACCCACC;SOR=1.456;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=89;WE=1919551;WS=1919533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	1937511	rs10437823	T	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=477;SC=CTTCCTGGGGTACCCGAGGCT;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=1937519;WS=1937501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	1943384	rs79174514	G	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=5;PP=573;SC=GAGAGGGAGTGCAAGTTCTAG;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=1943392;WS=1943374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	1950011	rs58188909	A	AC	5950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=50;PP=2957;SC=CAACCCAGTCATGGGGAAGAG;SOR=0.804;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=63;WE=1950019;WS=1950001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	1955664	rs7137553	G	T	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.60;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	1955668	rs7138458	C	A	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.78;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	1955890	rs7137876	T	C	5452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=61;PP=1705;SC=GGTCACCACATGGCTGTGGCA;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=48;TCR=61;TR=109;WE=1955898;WS=1955880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr12	1967947	rs2286369	C	G	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=21;PP=616;SC=CCTCATGCCCCCTTCTTTACC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=1967955;WS=1967937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	1969262	rs10848582	T	C	4848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=53;PP=2107;SC=GAGTTGCTGGTATTCATGTTC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=110;WE=1969270;WS=1969252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	1993337	rs2429184	T	C	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=3;PP=800;SC=TGCTCAGCACTTCCAGGGCTG;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=1993345;WS=1993327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	1995042	rs10774003	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=464;SC=ATAAGCAAAAAGGGCCACAGA;SOR=2.468;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=22;WE=1995050;WS=1995032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	1995403	rs10735005	T	C	2457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=27;PP=1000;SC=ATGATATTAATGAAGTCATTC;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=58;WE=1995411;WS=1995393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	2016550	rs112521420	A	ATTGTC	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=1;PP=535;SC=CAGTGCCCCTATTATTTCCAG;SOR=3.258;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=9;WE=2016558;WS=2016540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	2016938	rs113797488	AGCCTGGTGAGTAT	A	4620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=32;PP=2957;SC=CTGGTGGGCCAGCCTGGTGAG;SOR=0.770;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=45;WE=2016958;WS=2016936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	2019322	rs8181786	G	A	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=83;SC=ACAGACAAAAGGCACACACAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=2019330;WS=2019312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	2022411	rs1558142	T	C	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=29;PP=666;SC=TTCCGGCACATGGAGCCTGGT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=2022419;WS=2022401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	2024316	rs758157	A	G	10991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr12	2064529	rs150660202	A	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=12;PP=759;SC=TCCCCTGACTATATTCTGGGT;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=2064537;WS=2064519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	2064733	rs139886104	T	C	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=39;PP=1180;SC=TACACTGAAATAGAAAAGAAA;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=2064741;WS=2064723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	2224228	rs2299661	C	G	78.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	2558186	rs1544514	G	A	5964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=64;PP=2280;SC=CGGTGGAAGCGTTTTTAAAAG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=134;WE=2558194;WS=2558176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr12	2558298	rs1544515	G	A	5258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.46;SOR=1.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	2558298	.	GTT	ATC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=32;NR=47;PP=2947;QD=20;SC=ATCACTGTCTGTTTCTTTCCC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=79;WE=2558308;WS=2558288;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,79:0.96:82
chr12	2558300	rs1544516	T	C	5258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.33;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	2613521	rs1008832	A	G	1976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=20;PP=1051;SC=GTCCCCTCCCAATCTGCTCAC;SOR=1.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=2613529;WS=2613511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	2659044	rs34277236	TG	T	10524.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=72;PP=2967;SC=TGCAAACTACTGCTCTTCTGT;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=112;WE=2659052;WS=2659034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	2659082	rs11062272	G	T	9745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=111;NR=94;PP=2965;SC=CTCAATGCCTGGCTCTGCTTC;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=112;TCR=96;TR=205;WE=2659090;WS=2659072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr12	2659622	rs12304811	G	A	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=10;PP=449;SC=TGATAAATGTGACCTGGGAGA;SOR=0.788;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=2659630;WS=2659612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	2659848	rs10848675	T	C	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=17;PP=496;SC=CATTTCTGAATTGCTCCACCT;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=30;WE=2659856;WS=2659838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	2659926	rs77367745	C	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=12;PP=279;SC=CCTGGGCAAGCGCAGCCCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=2659934;WS=2659916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	2690702	rs11832738	G	A	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=16;PP=1103;SC=AATGAGGCACGATGGGGAGGA;SOR=1.641;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=59;WE=2690710;WS=2690692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	2692186	rs3751254	T	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=530;SC=GGCACGCCCCTCAGGTCCGGG;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=2692194;WS=2692176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	2705356	rs215981	A	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.628;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=31;PP=940;ReadPosRankSum=2.185;SC=AAGCAAATAAAAGAGCATGTA;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=2705364;WS=2705346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr12	2706720	rs215983	G	C	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=45;PP=1526;SC=TCTGCTCTGTGTGGCTGGATC;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=2706728;WS=2706710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	2715687	rs758560	A	G	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=36;PP=1182;SC=TCCCTAGCACAGTGCTGGGCT;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=2715695;WS=2715677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	2719934	rs55641425	C	T	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=66;PP=1809;ReadPosRankSum=0.013;SC=GAAAGTGTAACGGAGCGGCAG;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=25;TCR=67;TR=90;WE=2719942;WS=2719924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr12	2720988	rs216007	T	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=304;SC=GCGAGGGCCTTCGAGAAGGCT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=2720996;WS=2720986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	2721137	rs216008	C	T	3000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=32;PP=1251;SC=CTGGCCTCTTCACCGTGGAGA;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=72;WE=2721145;WS=2721127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	2743650	rs59658684	A	AT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.928;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,20:0.18:110
chr12	2757756	rs2239127	T	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=30;PP=1051;SC=AACTCCAGAGTCCCTGGGAGC;SOR=2.107;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=2757790;WS=2757746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	2757769	rs2239128	T	C	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=751;SC=CTGGGAGCCCTGCCTGGCTCT;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=2757790;WS=2757746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	2757782	rs2239129	C	T	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=23;PP=663;SC=CTGGCTCTCACTGCATGTGGC;SOR=2.247;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=2757790;WS=2757746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	2760708	rs216045	G	A	3731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	2760898	rs56180838	C	T	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=67;PP=2049;SC=GGGAGGGCATCCGGACGCTGC;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=104;WE=2760906;WS=2760888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	2760970	rs1990322	G	A	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=31;PP=778;SC=CCGGGGAATCGCAGGGCTGCC;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=2760978;WS=2760960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	2783476	rs7136355	T	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=309;SC=AGGAATGGCATTGGACGGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=2783484;WS=2783466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	2791130	rs10848683	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.30;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	2791130	.	CGA	TGG	633	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10;NR=2;PP=633;QD=57.2056562385;SC=AGGCACGTTCCGATGTGTGAG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=12;WE=2791140;WS=2791120;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,12:0.80:15
chr12	2791132	rs10774053	A	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.30;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	2791205	rs10774054	A	G	1965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=21;PP=1014;SC=CTGCTCAGGAAAGCAAACCCC;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=2791213;WS=2791195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	2795255	rs2270373	C	T	2551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=25;PP=1102;SC=CTCCTGGCACCCCACCAGGGT;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=2795263;WS=2795245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	2851185	rs12319038	A	G	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=14;PP=877;SC=AGCTGCCCCTATGGGTGGCCA;SOR=1.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=2851193;WS=2851175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	2851259	rs12319097	A	G	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=36;PP=1616;SC=CCAGGATGACAAAAATCGGCA;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=87;WE=2851267;WS=2851249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	2851357	rs10774059	C	T	3519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.38;QD=42.41;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	2851365	rs4765989	T	C	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.57;QD=44.50;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	2876636	rs4313632	A	G	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	2907087	rs41456246	G	A	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=76;PP=2017;SC=CCTTATCTCAGCCCAATGCCT;SOR=1.026;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=48;TCR=76;TR=124;WE=2907095;WS=2907077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	2936276	rs3814249	A	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=14;PP=773;SC=GGCAGACACCATAGTCCCCAG;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=2936284;WS=2936266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	2936757	rs4765997	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=18;PP=742;SC=CTTTTTCCCAGTGCTTTGGGT;SOR=0.853;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=38;WE=2936765;WS=2936747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	2937013	rs4765998	G	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=324;SC=GCTGCAGGGAGTGAAAGTCTC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=2937021;WS=2937007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	2968458	rs2215292	T	C	6882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=75;PP=2965;SC=GATGCTGTTTTCTCCGAGACC;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=93;TCR=75;TR=168;WE=2968466;WS=2968448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr12	2997058	.	C	CT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.478;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.209;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr12	3126490	rs117968083	C	T	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=25;PP=1350;SC=TTCCCTGACCCGAGGGCCGGA;SOR=1.141;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=3126498;WS=3126480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	3127652	rs2159411	A	G	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=1.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	3128103	rs71534246	G	A	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=6;PP=672;SC=CGCTGTGTCTGTGGACCCGCC;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=3128111;WS=3128093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	3128455	rs11062460	A	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=20;PP=536;SC=CGTCATGCACACTGACCACAC;SOR=4.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=3128463;WS=3128445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	3130044	rs71583737	C	T	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=51;PP=1513;SC=AATTCAAGTTCCCTGTTCCTT;SOR=1.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=80;WE=3130052;WS=3130034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	3130938	rs4759380	A	G	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=5;PP=800;SC=CGTGGTGGGCACGCAGAGCCA;SOR=3.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=3130946;WS=3130928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	3131238	rs4759379	A	G	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=32;PP=940;SC=TGGTAGTGAGAACGGGGCGAG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=42;WE=3131246;WS=3131228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	3147080	rs3741951	C	T	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.061;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=32;PP=1757;ReadPosRankSum=1.370;SC=TTGATGCTCCCGTCTGACATG;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=93;WE=3147088;WS=3147070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,134:0.99:135
chr12	3310439	rs740776	C	T	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	3310482	rs740775	C	G	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=36;PP=1106;SC=CTTACCATAGCGTGAATACCC;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=66;WE=3310490;WS=3310472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	3315433	rs2058243	A	G	4664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=51;PP=2248;SC=CTGAATGCCCACTCTGTGCAC;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=122;WE=3315441;WS=3315423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr12	3409277	rs7306401	C	T	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	3490820	rs10848860	T	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=232;SC=TTGTTTCAATTAAACTTTTAA;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=3490828;WS=3490810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	3600967	rs757609	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=14;PP=432;SC=CTTTCCCCAGTTTCATCCCGC;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=3600975;WS=3600957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	3701390	rs3741935	C	T	11933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=129;NR=105;PP=2965;SC=GTTCTCTCACCCCTCAGCCCC;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=235;TCF=129;TCR=106;TR=234;WE=3701398;WS=3701380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr12	3702219	rs4765741	A	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=14;PP=540;SC=CTGTGGCTTCATACCCAGACG;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=3702227;WS=3702209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	3736745	rs10848894	T	C	6800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=115;PP=2965;SC=GGGTCAGGCATGCACGGCCTT;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=74;TCR=116;TR=188;WE=3736753;WS=3736735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr12	3750070	rs4766151	T	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=307;SC=CAACAAAATGTGTTATGTTTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=3750078;WS=3750060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	3751046	rs7297853	T	C	4951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=69;PP=2465;SC=GCCTATTTGCTCCGATGTTTG;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=125;WE=3751054;WS=3751036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	3753975	rs7975304	T	G	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=16;PP=412;SC=AGGATAGTTTTTGTGTACAGA;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=3753983;WS=3753965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	3757548	rs887304	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=495;SC=AGTGGCTACTTGGTGGTCCAA;SOR=2.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=3757556;WS=3757538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	3768705	rs10848906	C	A	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	3787956	rs242019	A	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=4;PP=408;SC=GCGGGCCTTTACCTGCACTGC;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=3787964;WS=3787946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	3789551	rs35179033	C	CA	1255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=1136;SC=TTAACACTGACACTCACTGGT;SOR=1.885;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=3789559;WS=3789541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	3948718	rs3809251	G	A	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=43;PP=1672;SC=GCGATTATAGGAGGATCATTT;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=89;WE=3948726;WS=3948708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	3982475	rs12823996	C	T	4105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=39;PP=1362;SC=TTTTTTTTCCCGCGGGTCCCC;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=80;WE=3982483;WS=3982451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	3982657	rs4766179	A	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=818;ReadPosRankSum=-0.878;SC=ACGCTTATCCATACGCGCGCG;SOR=0.990;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=39;WE=3982665;WS=3982647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr12	4430547	rs10774222	C	T	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=73;PP=2080;SC=AAAACGGGTCCACCACCCTCT;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=118;WE=4430555;WS=4430537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	4537658	rs2970806	G	A	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=14;PP=428;SC=TTCAACGTCAGACCCACCTGG;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=4537666;WS=4537648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	4554548	rs7358740	G	C	16920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=665;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=184;NR=168;PP=2965;SC=CAGCTAGCCCGGCGCGAGACC;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=352;TCF=184;TCR=168;TR=352;WE=4554556;WS=4554538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,659:1.00:659
chr12	4677255	rs2240766	T	C	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=28;PP=910;SC=AGAGGTATCATTGCGAGGTCC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=44;WE=4677263;WS=4677245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	4682418	rs3815360	T	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=730;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GGCATTTACTTCTATATAATG;SOR=0.919;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=33;WE=4682426;WS=4682408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr12	4725134	rs7301885	G	A	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=51;PP=1511;SC=TGCCAAGGCTGGAGCAGAGAG;SOR=1.700;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=72;WE=4725142;WS=4725124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	4736495	rs1990312	C	T	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=27;PP=1143;SC=ATCAGGTCCTCGGCCCAGGAG;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=4736503;WS=4736485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	4736631	rs11063265	A	G	4929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=50;PP=2285;SC=TGGGAGCTTCAAATGCTGCAT;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=116;WE=4736639;WS=4736621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	4736677	rs11063266	G	C	6084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=55;PP=2850;SC=TTTCTGCTGAGTTTTATGCCA;SOR=0.977;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=83;TCR=55;TR=138;WE=4736698;WS=4736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr12	4736690	rs10774251	A	G	6332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=60;PP=2965;SC=TTATGCCACAAGGTAAGCCCC;SOR=0.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=89;TCR=60;TR=149;WE=4736698;WS=4736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr12	4737042	rs7972737	G	A	4894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=67;PP=2473;SC=CTGTGACGCTGTGGAGATTCC;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=123;WE=4737050;WS=4737032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	4737318	rs7960207	A	G	4968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	4737459	rs2072356	C	T	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=45;PP=1650;SC=GTGATGATCCCGAGACTCTGT;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=83;WE=4737467;WS=4737449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	4737715	rs2072355	C	T	4275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=61;PP=2105;SC=TACTGAACTCCCGTTGCCAAG;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=116;WE=4737723;WS=4737705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	4763400	rs2302246	G	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=11;PP=676;SC=TATTTGTGTTGACAGTTTTAA;SOR=1.455;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=34;WE=4763408;WS=4763390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	4764137	rs4147672	G	A	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=28;PP=771;SC=AATTACTAAGGTCATTTTTAG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=4764145;WS=4764127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	4764195	rs4147673	C	T	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=18;PP=451;SC=CAGAATGGACCAAAGGCATCC;SOR=1.688;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=24;WE=4764203;WS=4764185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	4768193	rs4147682	A	T	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	4768511	rs12318966	A	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=62.65;NF=1;NR=5;PP=111;SC=TGACGTTTTGATTGATTGCCT;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=4768530;WS=4768501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	4768521	rs147001712	TTC	T	414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=62.89;NF=0;NR=5;PP=131;SC=ATTGATTGCCTTCTGTTTGCA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=4768530;WS=4768501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	4777474	rs68144469	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=1;PP=493;SC=ACTAATGACTGCCTTTTGTAA;SOR=3.611;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=4777482;WS=4777465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	4877689	rs73038876	C	G	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=12;PP=331;SC=TGATCGCCTTCTCAGCTGACT;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=4877697;WS=4877679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	4881766	rs2286581	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.91;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	4881775	rs2286582	T	C	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.74;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	4919267	rs758534	A	G	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=12;PP=474;SC=GGCCGGAGGGAGAGCAACAGG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=4919275;WS=4919257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	4959874	rs10774275	T	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=22;PP=1153;SC=ACTAACTACATGTCCTTTTGT;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=61;WE=4959882;WS=4959864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	4959904	rs34855288	G	GA	3079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.432;HP=5;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.184;NF=18;NR=36;PP=2057;ReadPosRankSum=-1.281;SC=TCCCTGGCAGGAAAAATGCTG;SOR=0.556;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=54;WE=4959912;WS=4959894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr12	4959987	rs10774276	C	T	7557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=44.20;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	4959993	rs3168377	C	A	7514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=44.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	4960023	rs14054	C	A	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=59;PP=1707;SC=AGGCATCTGGCCTGACACCGC;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=103;WE=4960031;WS=4960013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	4960089	rs700480	T	C	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=40;PP=1147;SC=ACCAGACCCGTTGTCCCTAAA;SOR=2.119;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=53;WE=4960097;WS=4960079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	4960117	rs12336	T	C	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=30;PP=682;SC=CCCAGAATGTTGGGGTGAAGC;SOR=4.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=4960125;WS=4960107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	5154064	rs12720442	G	A	6285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=68;PP=2504;SC=GTCCGCGCGGGCCATCGCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=74;TCR=68;TR=141;WE=5154072;WS=5154054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr12	5154462	rs2359641	T	C	6328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.148;NF=65;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=1.120;SC=AGCCAGGGGGTGGAGGAGGCG;SOR=0.375;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=65;TCR=99;TR=163;WE=5154470;WS=5154452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr12	5541264	rs186403623	T	C	267.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=248;SC=GCGCAGATTCTGTTCACGGGA;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=5541272;WS=5541254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	5721962	rs3741837	A	G	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=20;PP=918;SC=TTAGAACAAAAGGGAGCTCTG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=5721970;WS=5721952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	5756783	rs2277400	C	G	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=424;SC=TGTGGCTTCCCCTTTACCAGC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=5756791;WS=5756773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	5756824	rs367978	C	T	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=18;PP=1023;SC=GAATATAATACCCACAGTAGT;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=5756832;WS=5756814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	5848963	rs57224730	ACT	A	3725.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=16;PP=2660;SC=CTTCATCAGCACTGTCACTTT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=57;WE=5848972;WS=5848953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	5916350	rs2277403	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=7;PP=463;SC=GGTCAGTCAAGGTATTTTAAT;SOR=1.402;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=23;WE=5916358;WS=5916340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	5961048	rs7485945	G	A	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=50;PP=1956;SC=CACTTTTCCTGTGTCTCTAGG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=112;WE=5961056;WS=5961038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	6054140	rs186836929	A	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=32.101;HP=9;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=549;ReadPosRankSum=2.049;SC=GAGTTAAAAAAAAAACAAAAC;SOR=2.978;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=6054148;WS=6054130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,36:0.88:41
chr12	6054395	rs6489680	A	G	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=60;PP=1835;SC=ATGTGGACGCAGACCCCGCCG;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=106;WE=6054403;WS=6054385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	6055132	rs6489682	T	G	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=22;PP=1647;SC=AGGAGTGCCATCTCCCCGGGA;SOR=1.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=76;WE=6055140;WS=6055122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	6062853	rs3759320	C	T	2590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=25;NR=44;PP=1290;SC=TCATCTCTCTCATCCAGTAGT;SOR=1.190;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=69;WE=6062861;WS=6062843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	6062878	rs3759321	G	A	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=33;PP=972;SC=CCTAGAATTCGGAAAGTCAAC;SOR=1.958;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=43;WE=6062897;WS=6062868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	6062889	rs12297442	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=24;PP=624;SC=GAAAGTCAACATCCAACTCCA;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=6062897;WS=6062868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	6078616	rs2270239	T	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=37;PP=991;SC=CAGGGTCCCATTGGGAATGTG;SOR=2.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=6078624;WS=6078606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	6085513	rs216855	A	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=26;PP=690;SC=AGCCGCTCTAAGTGCTGAGAA;SOR=1.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=6085521;WS=6085503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	6091000	rs216867	A	G	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	6092567	rs138350612	G	GGATAGATAGATA	271.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=776;SC=ACATGGGTTAGGATAGATAGA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=6092575;WS=6092557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	6094845	rs177702	G	A	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=46;PP=1804;SC=AGGGCAAAGCGAGGTTCAGAA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=89;WE=6094853;WS=6094835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	6121078	rs216305	C	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=8;PP=874;SC=CAAGGAGGCCCCCTGTACATG;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=6121086;WS=6121068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	6127943	rs216310	A	G	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=13;PP=1280;SC=GGTACTCCACAGTCACCATGT;SOR=2.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=6127951;WS=6127933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	6128388	rs1800382	C	T	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=53;PP=1838;SC=CTGGACGTAGCGGACAAAGTT;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=104;WE=6128396;WS=6128378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	6128443	rs216311	T	C	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=50;PP=1452;SC=AGGAGCAGGGTGATGCGGGAG;SOR=0.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=89;WE=6128451;WS=6128433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	6128984	rs216312	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=200;SC=CAGTGTACAATGACTTCCATA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=6128992;WS=6128974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	6143984	rs216321	T	C	6148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=63;PP=2037;SC=CTTCCGGTCCTGACAGACACT;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=127;WE=6143992;WS=6143974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	6144164	rs499648	T	C	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.51;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	6144169	rs669667	T	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	6145529	rs216325	G	A	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=12;PP=726;SC=CTGGGTCCCCGGCGCAGCCCC;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=6145537;WS=6145519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	6153659	rs216293	G	T	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	6153750	rs216294	A	G	127.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=107;SC=GGGGACCAGCAGCTGCCTGAG;SOR=3.611;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=6153758;WS=6153740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	6161963	rs10622633	G	GAGA	3119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;MQRankSum=0.303;QD=43.33;ReadPosRankSum=1.613;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr12	6172202	rs1800378	T	C	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=49;PP=1399;SC=CGTCACTGTATGCTGGATGCG;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=82;WE=6172210;WS=6172192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	6172348	rs2239159	C	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.836;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=455;ReadPosRankSum=0.799;SC=GACTTAGGGGCAGATGGGGTG;SOR=2.225;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=6172356;WS=6172338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr12	6173520	rs148247755	G	A	5281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=49;PP=1869;SC=GTGACGGAGCGGGTGCACACA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=99;WE=6173528;WS=6173510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	6230288	rs6489694	A	G	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=36;NR=3;PP=1099;SC=CACCAGGGCTAAGCTCAGCCA;SOR=3.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=36;TCR=3;TR=39;WE=6230296;WS=6230278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	6232426	rs2286608	G	A	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=25;PP=781;SC=CTGGTGTGGCGACTATCAGGG;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=6232434;WS=6232416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	6309781	rs144230931	G	C	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=56;PP=1383;SC=ACCTGTTCGCGGGCCCCGGAC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=93;WE=6309789;WS=6309771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	6345268	.	T	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=320;SC=GCCCACCAGTTCTCCCGGGTG;SOR=2.419;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=6345276;WS=6345258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	6352292	rs9668222	T	A	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=10;PP=611;SC=TACTTTGAGTTACAGACGTAT;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=6352300;WS=6352282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	6422272	rs10849440	T	C	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=36;PP=1544;SC=TGGCTGTGGCTTCAGCCTTTC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=6422280;WS=6422262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	6439255	rs10849443	A	G	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=20;PP=896;SC=AGGTGGCGCAACATTAGTGCG;SOR=0.855;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=45;WE=6439263;WS=6439245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	6440009	rs1800693	T	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=18;PP=685;SC=ACCAGGTCACTTCTCCTCACC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=6440017;WS=6439999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	6442346	rs1800692	A	G	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=38;PP=1659;SC=GCTAAAGGAGAAGCGCCTGCA;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=79;WE=6442354;WS=6442336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	6450945	rs767455	T	C	3597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=29;PP=1466;SC=GTCTCACCAGTGGCAGCAGCA;SOR=0.990;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=77;WE=6450953;WS=6450935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	6457062	rs2228576	T	C	147.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	6458084	rs3764875	C	T	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=25;PP=976;SC=CAAAGATTCCCTTCTTGTGGC;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=50;WE=6458092;WS=6458074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	6463862	rs11614164	G	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=15;PP=543;SC=GCTTTGCAGGGCCAGCCAGGG;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=6463870;WS=6463852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	6472905	rs56272006	C	A	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=25.03;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	6484709	rs10849447	T	C	3861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	6495070	rs4020662	C	CAA	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.80;MQRankSum=-0.549;QD=13.39;ReadPosRankSum=2.278;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	6495275	rs2364480	C	A	5227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=56;PP=2151;ReadPosRankSum=1.641;SC=CCTGCAAGGCCGGGCACTTCC;SOR=0.231;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=62;TCR=56;TR=118;WE=6495283;WS=6495265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr12	6495635	rs5796232	C	CGG	230.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;QD=38.46;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	6495770	rs5796233	TAC	T	111.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=2;PP=102;SC=TAGGCTAGTTTACACACACAC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=6495779;WS=6495760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	6500105	rs12354	T	G	4328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=83;PP=2359;SC=CATGACTGACTGAGTCTGAGA;SOR=1.373;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=40;TCR=83;TR=123;WE=6500113;WS=6500095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr12	6551618	.	CAAAA	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.693;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr12	6560473	rs2532502	A	G	3526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=42;PP=1215;SC=GAGCCTTGTCATTACAGCTGC;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=70;WE=6560481;WS=6560463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	6567541	.	T	TA	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr12	6575191	rs2534718	A	T	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=43;PP=1615;SC=GAAACAAAGCAGCTAAGCTTC;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=80;WE=6575199;WS=6575181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	6579565	rs2534720	A	G	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=8;PP=550;SC=CCGGTCCGGAAGCGGCGCGCG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=6579573;WS=6579555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	6579757	rs2532489	T	C	3455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=55;PP=1404;SC=AGACACCCGGTGAGGGACGCT;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=98;WE=6579765;WS=6579747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	6601743	rs1001127	A	C	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=577;ReadPosRankSum=1.371;SC=ATAGACAAGGAACATTACAGT;SOR=1.367;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=29;WE=6601751;WS=6601733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr12	6601980	rs4764600	C	G	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=35;PP=1515;SC=TCGTTACAGCCTAATTGCCAT;SOR=0.962;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=88;WE=6601988;WS=6601970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	6604418	rs6489718	C	T	3323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=47;PP=1512;SC=GTCACTGTACCTAGCTCTTTC;SOR=0.916;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=6604426;WS=6604408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	6619081	rs144245376	TCTA	T	2019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=24;PP=1471;SC=TATTGATATCTCTACTGATGA;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=6619091;WS=6619071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	6619284	rs714774	C	G	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=40;PP=1634;SC=AGATACTCTGCAATTCCTGAT;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=84;WE=6619292;WS=6619274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	6620495	rs7358768	G	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=6.734;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.54;ReadPosRankSum=1.215;SOR=2.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr12	6620500	.	G	GT	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr12	6623382	rs4764604	A	G	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.54;SOR=2.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	6623389	rs4764605	T	C	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.26;SOR=2.372;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	6624139	rs9788151	T	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=15;PP=359;SC=TTAAGTCCAGTGTTGAAAGGC;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=6624147;WS=6624129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	6626369	rs758739	G	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=7;PP=432;SC=TTTAAGGACTGTAATGTGTCT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=19;WE=6626377;WS=6626359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	6631169	rs917634	C	A	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=41;PP=1595;SC=CCATTGGCATCATCAGCAAGA;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=6631177;WS=6631159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	6632564	rs3076239	G	GTTTTT	386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	6635567	rs7311174	A	T	8591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=117;NR=112;PP=2965;SC=CTTGGGCAGAATTGGGCCCTT;SOR=0.699;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=121;TCR=113;TR=229;WE=6635575;WS=6635557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr12	6637845	rs2072374	T	C	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=27;PP=1225;SC=CCATTCCTAGTCTCCGGGACC;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=66;WE=6637853;WS=6637835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	6638116	rs740850	C	T	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=26;PP=742;SC=TACAGGGCAACGCAATCTATA;SOR=1.098;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=42;WE=6638124;WS=6638106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	6638666	rs7316224	C	T	8783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr12	6639088	rs1043262	A	G	4475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=48;PP=1905;SC=TGTCAGTTGTAGGCAAGCTGC;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=104;WE=6639096;WS=6639078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	6640676	rs1043271	TT	AA	141.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.608;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr12	6705122	rs376930091	CA	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.941;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr12	6709945	rs12816349	G	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=21;PP=723;SC=AGCAAGCACCGTTATACAGGG;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=6709953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	6747578	rs1882553	G	C	5244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr12	6749093	rs2365087	A	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=394;SC=GAGGCAGGAGATTCAGTGAGG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=6749101;WS=6749087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	6756240	rs3803130	A	G	207.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=113;SC=CGAGACCAGGACAGACAGACC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=6756248;WS=6756230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	6762026	rs4764506	T	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=18;PP=660;SC=GTGCCAAACTTCCCACCAGAT;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=6762034;WS=6762016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	6764831	rs4764616	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=3;PP=487;SC=TCAGGGAACTGTGTCCAGGGT;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=6764839;WS=6764825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	6777069	.	TTGCTGC	T,TTGC	3878.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.308;NF=23,23;NR=59,59;PP=2995,557;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GTGGTGGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=30;TCR=77;TR=82,82;WE=6777082;WS=6777059;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.15,0.84:155
chr12	6804902	rs10849498	A	G	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=25;PP=762;SC=CCCCAGCCTCACCCAGTCACT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=6804910;WS=6804892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	6835068	rs7487866	A	G	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=42;PP=1240;SC=ATGAAAAAGAAGCACTTGGCT;SOR=1.416;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=62;WE=6835089;WS=6835058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	6835081	rs2365100	G	A	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=38;PP=1047;SC=ACTTGGCTGGGTGCGGTGGCT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=6835089;WS=6835058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	6836852	rs7138427	A	G	6096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=64;PP=2432;SC=GAATTGGATGACGTATGGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=130;WE=6836860;WS=6836842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr12	6836913	rs2178691	G	T	3986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=52;PP=1750;SC=CCTGAAGGTGGAAATGAGCCC;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=90;WE=6836921;WS=6836903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	6839453	rs871365	G	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	6840126	.	TTC	T	39	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=39;QD=24.0;SC=ATTCCCTGCATTCTCTCTCTC;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=2;WE=6840135;WS=6840116;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
chr12	6840209	rs3168600	G	A	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=18;PP=990;SC=GAATTGAAAGGACTGTCGTTT;SOR=1.216;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=6840217;WS=6840199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	6840371	rs11227	G	T	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=37;PP=1122;SC=TAGGGAGGAGGCAAATGTAGG;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=6840379;WS=6840361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	6859308	rs2302370	T	C	12641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr12	6859797	rs2302368	T	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=6;PP=626;SC=AGCATACTGTTTCCCTCTTGC;SOR=2.376;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=30;WE=6859805;WS=6859787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	6861043	rs2302367	T	C	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=32;PP=1316;SC=CTTTCCTAACTAACCTCCAAC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=6861051;WS=6861033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	6909380	rs3216776	TG	T	4575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=29;PP=1893;SC=GGGGTCTCAATGCAGATGACG;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=6909396;WS=6909370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	6909388	rs2365568	A	G	4529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.85;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	6909442	rs2255301	T	C	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=32;PP=1138;SC=AGCGGCGACATTGAGACCTGA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=32;TCR=32;TR=64;WE=6909450;WS=6909432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	6924718	rs3782736	C	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	6925149	rs10744715	C	T	10619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=77;PP=2965;SC=CTGCTGCCTCCACATGCCAAC;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=129;TCR=77;TR=206;WE=6925157;WS=6925139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr12	6926363	rs1055141	T	C	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=28;PP=1042;SC=TGATGCTGAGTTTGAAACTGG;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=56;WE=6926371;WS=6926353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	6927470	rs12226953	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=2;PP=443;SC=CACCCCTCCCCTCTCCCCCAA;SOR=3.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=20;WE=6927478;WS=6927466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	6928075	rs12821756	T	C	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.45;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	6928135	rs55764611	TA	GG	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.84;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	6928586	rs7136817	CA	AG	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=20;PP=575;SC=AGCAGATCCCCAGCCTCTGGC;SOR=1.547;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=29;WE=6928595;WS=6928576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	6933787	rs1051409	A	G	6178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.152;NF=80;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=0.245;SC=CTTTTGAGGTACCAGCCATTG;SOR=0.400;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=82;TCR=70;TR=150;WE=6933795;WS=6933777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,232:0.99:235
chr12	6938023	rs57050687	C	CG	1456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=771;SC=GGGCGCGGCGCGCTTCGCGTG;SOR=0.902;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=17;WE=6938031;WS=6938013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	6939850	rs10744716	A	G	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=22;PP=1391;SC=TGTGGGGGAAACAGCCACACG;SOR=1.138;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=6939858;WS=6939840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	6940254	rs7305463	A	G	4581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=71;PP=2820;SC=GCCAGTGGGAAGGGGGCTCTT;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=71;TCR=71;TR=142;WE=6940262;WS=6940244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	6942672	rs4963513	A	C	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=11;PP=758;SC=AACAGAAGAAACTTAATGAGA;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=6942680;WS=6942662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	6942823	rs4963512	A	G	5045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=60;PP=2101;SC=GATATGCCCCATGGTGGGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=124;WE=6942831;WS=6942813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	6946504	rs12302904	C	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=6;PP=539;SC=GGGTGGAGAGCGGCAGAGTTG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=6946512;WS=6946499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	6954875	rs5443	C	T	7834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=85;PP=2965;SC=GCATCACGTCCGTGGCCTTCT;SOR=0.747;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=187;TCF=97;TCR=90;TR=180;WE=6954883;WS=6954865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr12	6955865	rs138991440	C	CCACA	3469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.65;QD=43.92;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	6959095	rs367917525	AC	A	1098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=660;SC=ACATACAGAAACCCAGGACTC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=6959103;WS=6959085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	6965194	rs2226955	A	G	5016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr12	6965740	rs2238114	C	A	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=51;PP=1648;SC=GAAATGAACACGACATGGGGA;SOR=1.481;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=76;WE=6965748;WS=6965730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	6965763	rs72181812	AAG	A	2251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=35;PP=2382;SC=GCCAGAGGAGAAGAGAGAGAG;SOR=1.278;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=50;WE=6965772;WS=6965753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	6965805	rs66621175	T	C	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=25;NR=29;PP=1352;SC=TGCAGAGCCCTCTCTCTCTGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=54;WE=6965813;WS=6965795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	6969731	rs2071059	A	G	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=23;PP=653;SC=TTCTCCCTCTATCAGCCCCAA;SOR=1.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=30;WE=6969739;WS=6969721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	6979010	rs2071069	G	A	13186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=130;NR=137;PP=2965;SC=GCCCACATGGGGCAACCCCTT;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=130;TCR=137;TR=267;WE=6979018;WS=6979000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr12	7014962	rs2071071	A	C	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=27;PP=942;SC=GGGCTGAAGGAGGGGGTTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=50;WE=7014982;WS=7014952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	7015915	rs1007924	A	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=11;PP=255;SC=GCTAGGGCACATGGCAGTCTG;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=7015923;WS=7015905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	7016449	rs3741921	C	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=341;SC=TTGGAGTGGCCCTTTGAGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=7016457;WS=7016439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	7018949	rs2301137	C	T	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=332;SC=CCACTCCTCCCTCTCTACCTC;SOR=1.828;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=7018957;WS=7018939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	7022085	rs1057077	T	A	5874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=77;PP=2833;SC=GAGGCTGATGTGATTCGACAG;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=63;TCR=77;TR=140;WE=7022093;WS=7022075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	7023123	rs710415	A	G	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=29;PP=1104;SC=TATGACAGAGAACAGAGGATG;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=7023131;WS=7023113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	7026893	rs376463507	A	AG	293.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=328;SC=GCAATAAGCCAGCCTGCGGCT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=7026901;WS=7026883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	7044647	rs367827860	A	AG	1359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=4;PP=1234;SC=TATGCAAGAGAGCCCCAAATC;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=27;WE=7044655;WS=7044637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	7045254	rs201165264	C	T	7087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=106;NR=74;PP=2965;SC=CCAACAAAGCCGCCTACCACT;SOR=0.983;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=106;TCR=75;TR=180;WE=7045262;WS=7045244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr12	7045891	.	ACAG	A	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,30:0.12:244
chr12	7047143	rs7969685	C	A	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=27;PP=786;SC=CCGAGCAGCGCGCGCGCGAAG;SOR=0.994;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=7047151;WS=7047133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	7053362	rs915997	A	G	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=68;PP=2110;SC=GTCAAGGCATAGGCTGCTGGC;SOR=1.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=106;WE=7053370;WS=7053352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	7054859	rs2019743	G	A	1661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=15;PP=1018;SC=TTCATGCTTAGACTACCACCC;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=50;WE=7054867;WS=7054849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	7055860	rs2301262	T	C	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=18;PP=819;SC=TGCGGCCCTCTGCCGTGGCTT;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=7055868;WS=7055850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	7065281	rs10744724	C	T	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=41;PP=1675;SC=CAGACCATCTCGCCTCCTCTC;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=97;WE=7065289;WS=7065271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	7065406	rs7963446	G	A	3621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=50;PP=2139;SC=GGGCCACGTGGGAGGAGAGGC;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=105;WE=7065414;WS=7065396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	7065576	rs2110071	G	A	6190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=61;SC=CCACGCTTGCGTCCAGAACCA;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=119;WE=7065584;WS=7065566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	7065635	rs2110072	T	C	7132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=75;PP=2708;SC=CCAGCCAGGGTTGTCTGGAGG;SOR=0.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=135;WE=7065643;WS=7065625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr12	7069422	rs35119590	TG	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,9:0.15:59
chr12	7069425	rs28579154	G	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.13;ReadPosRankSum=1.511;SOR=1.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,51:0.82:62
chr12	7069426	.	G	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=-1.225;SOR=0.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,11:0.17:65
chr12	7069620	rs759052	T	C	7144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=101;PP=2731;SC=TGACTGCCACTGCCCGGCATC;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=73;TCR=101;TR=174;WE=7069628;WS=7069610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr12	7069654	rs759053	G	A	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=77;PP=2559;SC=TGCCCAGCCCGATCCTCACTT;SOR=1.066;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=128;WE=7069662;WS=7069644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	7079215	rs7301709	T	G	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=36;PP=1619;SC=CTGGAGGTTCTCGCAGCACCC;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=89;WE=7079223;WS=7079205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	7080210	rs60117710	A	AG	4124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=30;PP=1890;SC=CGGAGGCCGTAGTTTATTGTG;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=40;WE=7080220;WS=7080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	7080212	rs17857448	T	C	4133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=30;PP=1123;SC=GAGGCCGTAGTTTATTGTGGT;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=57;WE=7080220;WS=7080200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	7090659	rs60570787	A	AG	3282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=26;PP=2155;SC=AATGAGGGAGAGCTCCGCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=47;WE=7090667;WS=7090649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	7187784	.	G	GT	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.947;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,19:0.18:104
chr12	7244303	.	A	T	5519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=68;PP=2280;SC=GAGTATCTGGAGCTGGAGGGG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=127;WE=7244311;WS=7244293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	7246581	.	TTG	T	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=140;ReadPosRankSum=1.142;SC=TAGCAGCAGTTTGTGTGTGTG;SOR=0.243;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=6;WE=7246590;WS=7246571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr12	7284484	rs10772466	A	C	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=27;PP=1043;SC=GGTTGGAGGAAAGAATGGAAA;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=7284492;WS=7284474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	7287886	rs6488452	A	C	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=28;PP=1592;SC=AGGCTGGCTGACGTGTCTTCA;SOR=1.094;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=54;TCR=28;TR=81;WE=7287894;WS=7287876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	7287914	rs2278822	C	T	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=68;NR=35;PP=1993;SC=TTCTCTCTGGCATATGCAGGG;SOR=1.063;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=69;TCR=35;TR=103;WE=7287922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	7290389	.	T	TGA	83.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=4.771;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=283;ReadPosRankSum=1.383;SC=TGTGTGTGTGTGTGAGAGAGA;SOR=1.872;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=7;WE=7290399;WS=7290379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr12	7290391	rs28433214	T	A	333.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=4.771;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=13;NR=3;PP=221;ReadPosRankSum=1.383;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=1.872;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=16;WE=7290399;WS=7290379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr12	7294657	.	GTT	G,GT	944.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.955;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.540;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:21,34,41:0.35,0.43:96
chr12	7301982	rs3816423	A	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=757;SC=TTGCATAATGATATTCTTGAA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=7301990;WS=7301979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	7342636	rs113752912	T	A	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=19;PP=679;SC=TCCAGCCTGGTTGTTGAAGCG;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=40;WE=7342644;WS=7342626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	7351843	rs1839623	T	C	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=165;SC=GGGTGTTTCTTGCAGAGGGGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=7351851;WS=7351833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	7362204	rs141721291	G	GCTGAGTCGGTGGAGTAATGTGCAGAGTTTGAT	1863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=4;PP=1108;SC=CAGAGTTTGAGCTGAGTCGGT;SOR=4.003;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=14;WE=7362212;WS=7362194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	7463241	rs7968241	A	T	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=24;PP=881;SC=AGGTGGCCCCAGCGGTGGAGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=7463249;WS=7463231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	7463491	rs7962994	C	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=188;SC=GCTGGGTGCGCTGGCTCACAC;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=7463499;WS=7463481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	7470534	rs7968312	A	T	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	7477298	rs10743732	G	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=13;PP=336;SC=ATTAATTCTCGTTATGAAGCA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=7477306;WS=7477288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	7521563	.	TGAGA	T	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.4995;FS=4.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=-2.703;SC=GCGACTGTCCTGAGAGAGAGA;SOR=1.222;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=2;WE=7521574;WS=7521553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr12	7525795	rs10845007	C	T	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=210;SC=TAAATCAGCACTTATTGTCAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=7525803;WS=7525785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	7525865	rs11053518	G	C	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=5;PP=843;SC=TTTATGGTAAGTTATATTTCA;SOR=2.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=7525873;WS=7525855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	7551022	rs6488268	A	T	11956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=141;NR=128;PP=2965;SC=AACACATGCAAAGGCTTTCCA;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=142;TCR=129;TR=269;WE=7551030;WS=7551012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr12	7551050	rs6488269	A	C	12331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=136;PP=2965;SC=ATTGTTTACAAACAACAGCTG;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=267;TCF=131;TCR=136;TR=266;WE=7551058;WS=7551040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,465:1.00:465
chr12	7585971	rs10845159	A	G	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=40;PP=2159;SC=GACTCTTACCATAACAGTTCA;SOR=1.339;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=86;TCR=40;TR=126;WE=7585979;WS=7585961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	7592035	rs10772330	G	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=16;PP=774;SC=TCCAGGTCTGGTTTGGACTTG;SOR=1.011;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=43;WE=7592043;WS=7592025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	7592139	rs10772331	G	A	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.98;NF=32;NR=34;PP=1161;SC=CTTCTTTGGGGAAGTATCTTC;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=66;WE=7592147;WS=7592129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	7596855	rs7954905	T	C	2372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=52;PP=1518;SC=GTTCATAGTTTTCCAAAGGGG;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=7596863;WS=7596845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	7803562	rs10431308	C	A	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=13;PP=648;SC=TCAGGAAAGACCTTTGAAGAA;SOR=1.101;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=36;WE=7803570;WS=7803552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	7805236	rs2302515	C	G	3460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=41;PP=1533;SC=TGGAGCAGCTCATGGATGGGT;SOR=0.912;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=72;WE=7805244;WS=7805226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	7805467	rs2080127	C	T	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=49;PP=1412;SC=TGTCATGCCACATTTAGAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=7805475;WS=7805457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	7805511	rs5796282	T	TA	2193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=1153;SC=CCCTCTTCTTTTTTTATTTTA;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=32;WE=7805519;WS=7805501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	7807138	rs10845624	G	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=21;PP=843;SC=ACCATGCACAGCTCTTAAATA;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=7807146;WS=7807128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	7818348	.	GACAC	G,GAC	795.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.40;ReadPosRankSum=1.397;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,13,18:0.38,0.53:34
chr12	7847940	rs6488591	C	T	211.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=127;SC=TTAAATGAGACAAAATATGAA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=7847948;WS=7847930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	7864312	rs999074	C	T	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	7894056	rs73056605	G	A	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=77;PP=2472;SC=GTCAGGCTTGGATGATACTGT;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=62;TCR=77;TR=139;WE=7894064;WS=7894046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	7894132	rs80204298	GA	G	3890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=58;PP=2411;SC=GAGGCACTGGGAAAGAGAAAT;SOR=1.392;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=2;TCR=58;TR=60;WE=7894140;WS=7894122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	7894188	rs73056607	C	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=26;PP=705;SC=TTGTACTATACAATCTTATGC;SOR=1.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=7894196;WS=7894178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	7898824	rs7134479	A	G	1060.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	7942472	rs12826131	AG	GA	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=38;PP=2386;SC=ATTACTATAAAGAAGTGTTAT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=58;WE=7942481;WS=7942462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	7942514	rs12816791	C	A	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=20;PP=600;SC=CCCCTTTTTCCATTATAACTT;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=7942522;WS=7942504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	7942556	rs12821889	G	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=233;SC=TATGTCCCAGGTCTCAGGAGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=7942564;WS=7942546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	7945640	rs2889551	G	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.90;QD=28.68;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	7945670	rs4354764	G	A	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.71;QD=31.08;SOR=4.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	7945757	rs4438116	C	T	7553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=85;PP=2965;SC=AATACCTCAGCCTCCAGCAGA;SOR=0.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=110;TCR=85;TR=195;WE=7945765;WS=7945747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr12	7945829	rs4242903	G	C	8288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=117;PP=2965;SC=TTTGTCCTTGGAATAAGGTGA;SOR=0.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=73;TCR=117;TR=190;WE=7945837;WS=7945819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr12	7945871	rs11831829	C	T	4662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=86;PP=2510;SC=ATGGCTAAGACCTCTGTGGAT;SOR=1.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=42;TCR=88;TR=128;WE=7945879;WS=7945861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	7945916	rs34261320	G	A	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=51;PP=1310;SC=TCCGTACATCGCCTCTTGCAA;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=14;TCR=51;TR=65;WE=7945935;WS=7945906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	7945927	rs58791167	A	G	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=42;PP=1119;SC=CCTCTTGCAAATAATTTATGA;SOR=3.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=7945935;WS=7945906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	7947017	rs1860931	T	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=13;PP=1181;SC=CTCTGTATTATGAATATTTTA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=7947025;WS=7947009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	7947304	rs4012939	T	C	6384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=110;PP=2965;SC=ACCCCAGCCTTTACTCTTCCT;SOR=1.399;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=57;TCR=110;TR=167;WE=7947312;WS=7947294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	7970721	rs10845990	T	G	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=25;PP=623;SC=AAGCTCCTCCTGTCCTGACGT;SOR=2.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=7970729;WS=7970711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	7980035	rs10846003	T	C	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=37;PP=1617;SC=CCACCATGCCTGGCATTTTAA;SOR=1.037;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=93;WE=7980043;WS=7980025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	7980306	rs56049529	T	TA	1522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=26;PP=1481;SC=GAGGAAAGGATAAAGAGAATG;SOR=0.730;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=36;WE=7980314;WS=7980296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	7982753	rs71038781	CT	C	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.29;QD=34.47;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	7984447	rs10772787	G	A	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=28;PP=758;SC=GCTCACGCCTGTAATCCCAGC;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=7984455;WS=7984437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	7985460	rs17728008	T	C	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=28;PP=921;SC=AAACTTGTAATTGATGACTGT;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=52;WE=7985468;WS=7985450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	8043688	rs7297809	G	C	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=32;PP=978;SC=TCACACCCAGGAGTACTTCTA;SOR=1.385;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=8043696;WS=8043678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	8074192	rs25684	G	A	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.19;QD=26.22;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	8082367	rs17847967	T	C	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.62;QD=30.56;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	8084183	.	C	CT	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-2.274;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,16:0.18:88
chr12	8088766	rs2541281	T	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=10;PP=289;SC=TCCAAAGTCTTACCATTACAG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=8088774;WS=8088756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	8090271	rs11056574	C	T	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	8196445	rs2277414	T	G	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=40;PP=1301;SC=TTCAGTCCTTTCAGAGGCAAA;SOR=1.308;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=8196453;WS=8196435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	8203273	rs17801353	T	G	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	8203400	rs61922169	G	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=246;SC=GGAGACTAACGAAGACAGTGT;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=8203408;WS=8203390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	8235172	rs66928724	GT	G	972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.960;HP=11;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=38;PP=547;ReadPosRankSum=-2.818;SC=TATTTCTGCCGTTTTTTTTTT;SOR=0.172;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=1;TCR=46;TR=39;WE=8235180;WS=8235162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,52:0.91:57
chr12	8276432	rs7295783	C	T	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=17;PP=1018;SC=TAAGAAAGATCTGAAACAGAT;SOR=1.207;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=8276440;WS=8276422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	8286762	rs7315526	G	C	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=26;PP=1047;SC=TTTCTCTTTCGGGCCTGCACG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=8286770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	8287048	rs11043498	C	T	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=25;PP=980;SC=TGGGACTCCTCCGGGTTTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=50;WE=8287056;WS=8287038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	8288098	rs10840746	T	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=1;PP=226;SC=ATGTGCTCTCTCTTGGCTCTT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=8288106;WS=8288094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	8289226	rs4322490	G	A	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=440;SC=CGATGTCTTTGATTCTGCCCT;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=8289234;WS=8289225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	8289300	rs4573763	T	C	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=21;PP=1395;SC=ATCCTCTCCTTTTCTTCTTGT;SOR=1.504;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=68;WE=8289308;WS=8289290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	8374770	rs9668474	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=7;PP=206;SC=CCTCGTGCCTGTCTGGGGTGA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=8374778;WS=8374760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	8374812	rs17855656	G	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=252;SC=TGCGGCTGGCGGAGGTTGGAG;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=8374820;WS=8374802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	8543219	rs376843169	A	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.43;MQRankSum=-0.967;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	8543224	.	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.43;MQRankSum=-0.967;QD=17.59;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	8543233	.	C	G	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.43;MQRankSum=-0.967;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	8608583	rs4528410	A	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=113;SC=TTAGTCCTATAAGAGTGTGTA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=8608591;WS=8608573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	8612336	rs10770736	G	C	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=48;PP=1249;SC=TTTTTTCTCAGGGAGAGATCA;SOR=1.010;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=80;WE=8612344;WS=8612326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	8612481	rs12300621	A	G	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.58;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	8617976	rs7302011	A	T	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.56;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	8617982	rs7315873	G	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.86;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	8693240	rs5014225	C	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=4;PP=185;SC=TTCCTCTGTCCCCCCACTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=12;WE=8693253;WS=8693230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	8693245	.	A	AC	162.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=232;ReadPosRankSum=0.931;SC=CTGTCCCCCCACTTTTTTTTT;SOR=0.627;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=8693253;WS=8693230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr12	8693333	rs4620776	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=9;PP=367;SC=TCTATGGAAGGAAAGGAAGAG;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=8693341;WS=8693323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	8693419	rs145952293	T	TTCTC	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	8757481	rs2028373	G	A	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=25.01;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	8765447	rs1345004	T	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=30;PP=861;SC=TTCTCTGTCTTAGTCTGACAG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=8765455;WS=8765437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	8800566	rs14541	A	G	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=85;SC=TAAAAGCTGGACATTGCAAAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=8800574;WS=8800556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	8850706	rs112263725	G	T	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=4;PP=403;SC=CTGGGCGAGTGTGCGAGGACG;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=8850714;WS=8850696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	8926011	rs2969089	T	C	5145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=45;PP=1925;SC=GTGGCATTGATCTGCTGATGA;SOR=0.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=64;TCR=47;TR=109;WE=8926019;WS=8926001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr12	8982250	.	CA	C	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=2.359;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr12	8988403	rs4883188	A	C	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=5;PP=174;SC=AGGTCAGGAGATCGAGACCAC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=8988411;WS=8988393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	8988777	rs1894814	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=262;SC=CACTGTTTATACCCCTCTGCT;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=8988785;WS=8988767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	8989916	rs11047510	A	G	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=2;PP=546;SC=GCACTGGCCCAGATTGTCAGA;SOR=2.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=8989924;WS=8989906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	8990813	rs10743504	A	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=1;PP=640;SC=GAGTTTTTCTATATTAGAAAC;SOR=4.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=8990821;WS=8990803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	9004512	rs1860927	G	A	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=49;PP=1701;SC=CTTTCAAGCCGTTCTTTGTTG;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=98;WE=9004520;WS=9004502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	9004892	rs1860926	C	A	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=43;PP=1679;SC=GTGCTGATGACGCAAAAACCC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=83;WE=9004900;WS=9004882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	9007225	rs6144605	GAGTTCTTCTGAGCTTC	G	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=2;PP=2814;SC=GGTTGACGCAGAGTTCTTCTG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=9007248;WS=9007215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	9007492	rs35075098	A	AT	175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=15.98;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	9008318	rs1468711	G	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=205;SC=GAAAAAGAGCGTATTTTATAT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=9008326;WS=9008308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	9013755	rs1860967	C	T	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=21;PP=1198;SC=TCAGGGTCTACGGTGTCTCAA;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=9013763;WS=9013745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	9016573	rs10219561	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=441;SC=GCCAAGCAACACAATGCATAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=20;WE=9016581;WS=9016563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	9020489	rs7308811	A	G	4453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=49;PP=1837;SC=TACCGCCTACATGCCATCTGA;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=60;TCR=49;TR=109;WE=9020497;WS=9020479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	9020912	rs1476910	A	G	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=70;PP=2397;SC=GATGTGAGCAACCGACTTCAC;SOR=0.834;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=127;WE=9020920;WS=9020902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	9021053	rs5796325	C	CGT,CGTGT	1299.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=2,2;NR=13,13;PP=580,45;SC=TGTGTGTGTACGTGTGTGTGT;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=15,15;WE=9021061;WS=9021043;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.30,0.70:33
chr12	9021316	rs10664353	T	TAC	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=303;ReadPosRankSum=0.401;SC=ATGGCGTGTATACACACACAC;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=9021324;WS=9021306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr12	9068472	rs10771204	G	T	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=3;PP=415;SC=CAGAATTCAGGTTTGGGAAGA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=9068480;WS=9068462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	9068813	rs7304121	C	T	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=184;SC=AAACTAAAGACTGGGGGGGGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=9068821;WS=9068803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	9070366	rs4883198	T	A	2910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=32;PP=1070;SC=AAATGTCACTTTATGAACGAC;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=65;WE=9070374;WS=9070356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	9074259	rs1805741	C	T	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=125;NR=79;PP=2965;SC=TGAGCTCTCCCAGTGCTACCA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=209;TCF=125;TCR=84;TR=204;WE=9074267;WS=9074249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr12	9082855	rs1805778	A	G	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=1;PP=513;SC=AATCAGATACAGAGCCAGAGT;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=9082863;WS=9082854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	9083336	rs1805777	A	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.14;QD=31.62;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	9085099	rs887783	G	A	4498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=33;PP=2267;SC=TTTTAATTTAGAATGATTATT;SOR=1.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=77;TCR=33;TR=110;WE=9085107;WS=9085089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	9086553	rs1805773	G	A	6104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=80;PP=2965;SC=TTCCTGCCAAGGCATCTCCAG;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=80;TCR=80;TR=160;WE=9086561;WS=9086543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	9086683	rs1805735	A	T	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=46;PP=1770;SC=AAAAGATAAAACTGGTTGAGT;SOR=0.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=86;WE=9086691;WS=9086673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	9087081	rs1805772	G	A	9144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=58.65;NF=92;NR=138;PP=2965;SC=CCCGGTGAGGGCAGGGCCATA;SOR=0.993;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=230;TCF=92;TCR=138;TR=230;WE=9087089;WS=9087071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr12	9087866	rs16917905	A	T	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=15;PP=498;SC=CATTTGGGGGAAGGAGACTCG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=9087874;WS=9087856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr12	9095226	rs1805731	T	C	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=28;PP=852;SC=TGTCAGCTGTTTCCTAAGATA;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=43;WE=9095234;WS=9095216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	9095268	rs1805730	A	T	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=355;SC=GAGTAGTGATACTAAATGAAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=9095276;WS=9095258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	9095905	rs113829875	T	TAC	2373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=17;PP=1912;SC=CAGCATAATGTACACATACAA;SOR=1.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=38;WE=9095913;WS=9095895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	9097933	rs1805725	C	A	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=245;SC=ACACTAGAAACGGCCAAGACA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=9097941;WS=9097923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	9099034	rs4140911	G	A	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=34;PP=886;SC=GGGAGGGCAGGTAGGATCAGG;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=9099042;WS=9099024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	9144713	rs1805750	G	A	3035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	9161411	rs7302472	C	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=15;NR=4;PP=372;SC=GATTTTAGGACGCATTCAGTC;SOR=2.093;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=19;WE=9161419;WS=9161401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	9205540	rs2216143	T	A	128.10	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=-0.792;SC=TACATTTTTTTAATCTCCTTA;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=9205548;WS=9205530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr12	9223242	rs16917971	A	C	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.071;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=914;ReadPosRankSum=2.261;SC=TTCTATGTCCATGTTAAGCAT;SOR=0.993;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=49;WE=9223250;WS=9223232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr12	9242623	rs11609582	A	T	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=1219;ReadPosRankSum=0.349;SC=ACATTTCCTGAAAAAAAAGGC;SOR=0.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=69;WE=9242631;WS=9242612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,127:0.98:130
chr12	9246176	rs3832852	CTATGG	C	4010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=29;PP=2320;SC=ACATCTGACTCTATGGTGAGT;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=43;WE=9246188;WS=9246166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	9246250	.	C	CA	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.689;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.810;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr12	9248233	rs226405	T	C	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=25.58;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	9253894	rs226397	C	T	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=32;PP=958;SC=GAGTCCCTGCCGGCAATAATT;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=9253902;WS=9253884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	9254385	rs11613746	T	A	128.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=50;SC=AAATCTTTTGTTCCACAATGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=9254393;WS=9254375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	9256708	rs226390	C	T	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=2;PP=469;SC=AACCTTCAATCGGTTTCTAAT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=9256716;WS=9256698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	9260280	rs226388	T	C	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=29;PP=786;SC=GAGCAGACACTGAACCTCCCC;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=9260288;WS=9260270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	9262727	rs226386	T	G	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=7;PP=200;SC=TACAAAAAGGTCAAATGGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=9262735;WS=9262717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	9268473	rs226380	A	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=572;SC=CTGGAGGAGAACAGACTGTAT;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=9268481;WS=9268463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	9303440	rs3741851	A	G	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=32;PP=848;SC=CTTTTTCACCAGTGTCTTTAG;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=9303448;WS=9303430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	9305473	rs10771357	T	C	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=42;PP=1589;SC=CATCGCAAGTTTGGGGCACAG;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=88;WE=9305481;WS=9305463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	9307373	rs2377741	T	G	2387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=38;PP=1102;SC=GGAGCCTGGGTTTGGTAAAGA;SOR=1.095;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=9307381;WS=9307363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	9310565	rs4882981	C	T	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.19;NF=12;NR=35;PP=980;SC=CTCTCTCTCTCTCTCGACAGG;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=9310583;WS=9310555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	9310575	rs200837969	GT	G	2001.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=29;PP=1237;SC=CTCTCGACAGGTTCTTGCTCT;SOR=2.059;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=9310583;WS=9310555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	9310959	rs7298673	C	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=231;SC=CTCCCTTCACCCCTGGGGGAT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=9310967;WS=9310949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	9311265	rs3741850	A	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=321;SC=CACAGTGTGCACCCAAGAAAG;SOR=1.292;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=9311273;WS=9311255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	9312951	rs57006764	G	A	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=43;PP=1562;SC=GATCTCCTGCGTCAGCTGCTG;SOR=0.814;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=54;TCR=43;TR=95;WE=9312959;WS=9312941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
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chr12	9317784	rs2277413	A	G	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=2.618;NF=46;NR=70;PP=2363;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GAGTGTGAAGACCTCTCCACG;SOR=1.132;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=47;TCR=71;TR=116;WE=9317792;WS=9317774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
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chr12	9345408	rs2075395	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=440;SC=CAAAATGAATAGTTACAACGG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=9345416;WS=9345398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr12	9352908	rs6487668	C	A	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=8;PP=375;SC=CTACATAATCCCTCAAAATTG;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=9352916;WS=9352898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr12	9446977	rs3874129	G	C	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=23;PP=948;SC=CCTTAGGAGAGGCCTGGTTTT;SOR=0.908;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=9446985;WS=9446967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	9447484	rs77482466	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.035;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.69;MQRankSum=-8.016;QD=10.41;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,25:0.33:75
chr12	9447488	rs75114985	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=5.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.68;MQRankSum=-7.889;QD=10.33;ReadPosRankSum=-2.288;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,21:0.31:68
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chr12	9450603	rs142596611	T	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.82;QD=41.34;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	9452062	rs75887043	A	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.51;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	9452110	rs79328008	G	A	69.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.51;QD=17.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	9453726	rs61917369	G	A	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.69;MQRankSum=1.710;QD=43.62;ReadPosRankSum=0.401;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr12	9453743	rs28415351	C	A	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.38;QD=37.60;SOR=1.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	9453864	rs61917370	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=3.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQRankSum=-12.229;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,29:0.16:177
chr12	9454868	rs200022321	C	T	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.77;QD=26.01;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	9455342	rs80134739	A	G	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=25;PP=826;SC=TGCAAAACCCACCGGGCTGCT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=44;WE=9455350;WS=9455332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	9455428	rs11050141	A	G	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.24;QD=28.72;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	9456640	rs201046098	C	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.81;QD=29.99;SOR=7.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	9456729	rs11050148	T	C	5257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=40;PP=2965;SC=CATGTGTTTGTTCTCAGGGAC;SOR=1.622;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=104;TCR=40;TR=143;WE=9456737;WS=9456719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	9456838	rs10843357	G	A	8701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.51;QD=25.98;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr12	9458412	rs10743653	G	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.92;MQRankSum=-1.287;QD=20.15;ReadPosRankSum=0.054;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr12	9458891	rs370295997	A	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.54;QD=30.86;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	9462680	.	GTAA	G	1740.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.74;QD=44.63;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	9462681	.	T	TGCC	1222	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=24;MQ=50.6;NF=1;NR=22;PP=1222;QD=56.433663322;SC=TTTCTGTGGGTAATACCTCAT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=23;WE=9462694;WS=9462671;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,23:0.85:27
chr12	9462685	.	A	G	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.61;QD=46.02;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	9462686	.	C	CCGTTTT	1831.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.47;QD=46.97;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	9462709	rs2889720	A	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=108;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=22;PP=772;SC=CCAGGCACAGAGGCGGAGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=9462717;WS=9462699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	9463010	rs4883234	C	G	8529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=131;PP=2965;SC=TGGAATTCACCTTCCAGAAAA;SOR=0.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=227;TCF=95;TCR=132;TR=225;WE=9463018;WS=9463000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr12	9463105	rs11050177	A	G	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=50;PP=1402;SC=TGGGGCAGGGACGCTCTGGCC;SOR=3.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=6;TCR=50;TR=56;WE=9463113;WS=9463095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	9463774	rs55809356	G	T	1855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=26;PP=764;SC=AACCTGTGCGGTGTGGTTTCT;SOR=1.051;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=43;WE=9463782;WS=9463764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr12	9464060	rs12822747	G	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQRankSum=-5.749;QD=2.06;ReadPosRankSum=-2.555;SOR=1.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,8:0.17:47
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chr12	9555195	rs58903301	T	TC	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.43;MQRankSum=2.164;QD=24.99;ReadPosRankSum=3.429;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
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chr12	9571547	rs61916776	C	G	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=44;PP=1678;SC=CAGAGGCTGGCGCTCCGAGCA;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=94;WE=9571555;WS=9571537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	9571599	rs73242993	C	A	4084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.419;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.730;NF=42;NR=47;PP=1523;ReadPosRankSum=-0.539;SC=GGCGACCCCCCCTCACCTTCC;SOR=0.540;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=89;WE=9571607;WS=9571589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr12	9571670	rs77617533	T	C	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=25;PP=723;SC=CTTCTCCAGCTCCCATCTGTC;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=9571678;WS=9571660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	9572244	rs7305608	A	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=35;PP=960;SC=CAGCTGCTCCATTCTACCCCT;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=9572252;WS=9572234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	9572788	rs145731114	C	CGCACCTGGAT	3735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=32;PP=2900;SC=GCATGACGCCCGCACCTGGAA;SOR=4.539;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=78;TCF=5;TCR=73;TR=35;WE=9572796;WS=9572778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	9572819	rs10843740	C	T	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.23;QD=29.85;SOR=2.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	9572871	rs10843741	T	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=322;SC=ACAGAGGACATTTCCCAGAGA;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=9572879;WS=9572861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	9573130	rs7358608	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.6328;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.939;NF=18;NR=6;PP=372;ReadPosRankSum=0.554;SC=GGCAGCCAGACGGCCCAGCAG;SOR=1.528;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=24;WE=9573138;WS=9573120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr12	9573223	rs4763936	C	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.66;MQRankSum=-2.866;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,15:0.18:85
chr12	9573224	rs7358609	C	T	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.412;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQRankSum=2.927;QD=18.30;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,71:0.83:86
chr12	9573291	rs67766754	AAGGG	A	1080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.39;QD=43.23;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	9573306	.	GGA	CCC	669	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=23;MQ=64.09;NF=11;NR=7;PP=669;QD=40.6926597146;SC=AGGGAGGGAGGGAGCCCCCAT;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=18;WE=9573317;WS=9573285;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,18:0.69:26
chr12	9573308	.	AG	A	662	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=25;MQ=64.41;NF=5;NR=12;PP=662;QD=40.4705882353;SC=GGAGGGAGGGAGCCCCCATGG;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=17;WE=9573317;WS=9573285;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr12	9573309	.	G	GCCC	1170.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.20;QD=43.36;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	9573338	rs4763950	G	A	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=420;SC=TCAGCCACCCGCAAACCGCGT;SOR=1.061;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=20;WE=9573346;WS=9573328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	9574002	rs10771709	C	T	6889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;QD=26.00;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
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chr12	9574119	rs4764050	A	G	7766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=108;PP=2965;SC=CCGAAAACTGAAGATGCAGGT;SOR=0.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=70;TCR=108;TR=178;WE=9574127;WS=9574109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr12	9574344	rs4237949	T	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.83;QD=27.89;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	9574480	rs7132464	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.98;QD=28.26;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	9577027	rs3825308	C	G	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=14;NR=3;PP=382;SC=TTCTGGCTTGCGGCCCCAGGA;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=9577035;WS=9577017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr12	9577992	rs201150453	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.27;MQRankSum=-3.743;QD=13.02;ReadPosRankSum=-1.704;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
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chr12	9590505	rs201948852	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.86;MQRankSum=-2.050;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.416;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,18:0.33:55
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chr12	9713438	rs76076453	T	C	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.72;QD=22.97;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	9751035	rs3072716	C	CAT	1707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=8;PP=1231;SC=AATGCACAGACATTAATATGG;SOR=2.362;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=26;WE=9751043;WS=9751025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	9752576	rs55659351	TAA	T	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.20;ReadPosRankSum=-2.200;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
chr12	9754011	rs150568392	G	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=5;PP=711;SC=AGGTGTGTAGGGGCAACCCAC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=9754019;WS=9754001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	9754044	rs2191965	A	G	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=14;PP=1199;SC=GCTCTAAGATACGTAATGGAA;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=9754052;WS=9754034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	9822387	rs16914640	C	G	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=41;NR=48;PP=1557;SC=TGCCTGCAAACCCAGGTAAGA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=89;WE=9822395;WS=9822377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	9832822	rs2114872	C	T	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=7;PP=189;SC=AAGAAGAACACGTTTGCTTCC;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=9832830;WS=9832812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	9832882	rs2114873	T	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=6;PP=140;SC=CCATGTAGAATTGTGAGTCAG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=9832890;WS=9832872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	9833628	rs3764021	C	T	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=597;SC=CTGCTTTAAGCGGTAAGTGAA;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=9833636;WS=9833618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	9840731	rs117475346	A	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	9846521	rs7968401	C	G	232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.34;QD=23.28;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	9847578	rs115244044	A	G	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=130;SC=ATATGAAAATATGCTCAATAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=9847586;WS=9847568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	9869208	rs57357049	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	9869208	.	TCC	CCG	284	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=3;NR=4;PP=284;QD=48.2096964089;SC=CTTGTCCCATTCCTCTTGCTC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=7;WE=9869218;WS=9869198;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,7:0.70:10
chr12	9869210	rs56751889	C	G	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.42;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	9869271	rs2268146	A	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	9869514	rs2268145	C	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=25;SC=TAAACCACACCCCCACGTCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=9869522;WS=9869504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	9885526	rs12304510	C	T	3077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=22;PP=1430;SC=TTCTCAAAGGCACCCTAAATC;SOR=1.349;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=9885534;WS=9885516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	9885707	rs71045297	A	ATAAGT	7057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=52;PP=2957;SC=GAAACTTCTGATAAGTAAATT;SOR=1.017;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=72;TCF=12;TCR=60;TR=64;WE=9885715;WS=9885697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	9906350	rs57931161	GA	G	76.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	9980243	rs2232543	A	G	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=24;PP=760;SC=ATTTAATTTCATTTTTTCAAT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=9980251;WS=9980233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	9984847	rs2232546	A	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=241;SC=TATTATTACAATTGCTATTGT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=9984855;WS=9984837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	9994445	rs33911869	GTGT	G	1718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=6;PP=641;SC=ACCAAGGGAAGTGTTGTTATT;SOR=1.236;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=13;WE=9994455;WS=9994435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	10015082	rs253147	G	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=192;SC=AAAATAAAATGAAGGATGTAA;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=10015090;WS=10015072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	10015177	rs253146	A	G	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=10;PP=414;SC=TCATACCTGAAAAATAAAAAT;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=10015185;WS=10015167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	10041364	rs1797517	G	A	2628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=28;PP=1318;SC=GAATGTAAACGTCAGCAGTCT;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=69;WE=10041372;WS=10041354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	10046052	rs576601	C	A	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=26;PP=866;SC=CAGTTTAAAACCTGGACATTT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=10046060;WS=10046042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	10051433	rs1407899	A	T	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=7;PP=491;SC=GGATGAAGACAGATTTAACTG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=10051441;WS=10051423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	10069196	rs141736643	GGAAAACA	G	1896.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=1892;SC=AATTCCACATGGAAAACAGAA;SOR=4.223;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=34;WE=10069210;WS=10069186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	10069302	rs526680	C	T	6677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=60;PP=2965;SC=AACTCACCAACCATTGAATGT;SOR=1.105;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=103;TCR=60;TR=163;WE=10069310;WS=10069292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr12	10074776	rs61747889	C	T	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	10078946	rs138624907	CAAATT	C	1182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=635;SC=TTGGGAACTGCAAATTAAATC;SOR=1.382;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=10078958;WS=10078936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	10124336	rs2984956	T	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=55;SC=ATAGAAGTGGTTATAGACTTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=10124344;WS=10124326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	10131684	rs607567	T	G	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.574;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=65;PP=1833;ReadPosRankSum=1.975;SC=CCCCTGTTTTTGTCAAGAGGA;SOR=1.340;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=92;WE=10131692;WS=10131674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr12	10136672	rs2961544	G	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=284;SC=AAAGAAAACTGAAAAAGTATA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=10136680;WS=10136662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	10137557	rs479499	A	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.823;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=449;ReadPosRankSum=1.050;SC=CACTTATAAAAAAAGAATGAT;SOR=0.881;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=27;WE=10137565;WS=10137547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr12	10137645	rs588272	T	G	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=112;SC=CAAATACATTTAAGGAGTGTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=10137653;WS=10137635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	10146014	rs11447004	A	AC	1585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=1142;SC=ACAAAAAAAAAAACGATTCTC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=10146022;WS=10146004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	10146236	rs617956	C	T	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=40;PP=1572;SC=GGTCAGGACTCAGATGAACTG;SOR=0.905;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=50;TCR=41;TR=90;WE=10146244;WS=10146226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	10146470	rs542700	G	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=306;SC=TTTATTTGGAGAATACCTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=10146478;WS=10146460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	10147850	rs521040	T	C	5382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=69;PP=2163;SC=GTACTCCTATTGTAAACATAA;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=126;WE=10147858;WS=10147840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	10149406	rs581949	T	C	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=12;PP=1087;SC=AGGTTTCTCTTCCTTGCCTCC;SOR=1.643;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=50;WE=10149414;WS=10149396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	10149657	rs582968	T	C	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=46;PP=1858;SC=TACATTTTCTTCACATTCAAT;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=82;WE=10149665;WS=10149647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	10149851	rs583903	C	T	2713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=32;PP=1174;SC=TTCATTCTCACCTTGTAGGTA;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=10149859;WS=10149841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	10151642	rs612593	T	C	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=51;PP=2002;SC=TTACCGGAGATGAGAGCTGGT;SOR=1.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=128;WE=10151650;WS=10151632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	10205420	.	G	GT	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.894;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr12	10217326	rs10622534	C	CTT	3197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=24;PP=1656;SC=ATTTTTGTCTCATAGGATTTT;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=10217334;WS=10217316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	10241541	rs11376074	A	AT	168.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9966;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=76;SC=TTGGCAACTGATTTTTTTTTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=10241561;WS=10241531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	10241553	rs5008763	C	A	177.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.64;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	10241593	rs1352477	A	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=5;PP=217;SC=GTTGCCATTTAAAAAAAGATA;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=10241601;WS=10241583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	10241829	rs2277416	G	T	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=43;PP=1225;SC=GCTCTGCAGGGAACAGAAGAG;SOR=1.065;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=10241837;WS=10241819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	10251256	rs10706436	GA	G	140.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=152;SC=GAATATAACTGAAAAAAAAAA;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=8;WE=10251265;WS=10251246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	10251287	rs6488257	C	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=422;SC=TGTCACAGGGCGAGTAATTGG;SOR=2.419;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=10251295;WS=10251277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	10251385	rs3816845	T	C	2116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=21;PP=1087;SC=GTGGTCTATTTGGACTCCAGG;SOR=1.207;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=61;WE=10251393;WS=10251375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	10251445	rs2306894	C	G	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=49;NR=47;PP=1717;SC=TGTGGCAGAGCCTTGAGAATG;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=49;TCR=47;TR=96;WE=10251453;WS=10251435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	10271055	rs7959451	T	C	5339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
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chr12	10279513	rs35532667	T	TA	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.13;MQRankSum=0.897;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	10312648	rs13306593	C	A	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	10312691	rs17174597	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=18;PP=500;SC=TTCAGAAACTTAGCTTTTGAA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=10312699;WS=10312681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	10312878	rs2634156	C	T	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=17;PP=807;SC=AGGCAGTGACCTCACTAGCAG;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=10312886;WS=10312868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	10312914	rs3816844	G	A	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=26;PP=1025;SC=GGAAACTGACGAGAGAGGCAT;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=10312922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	10313075	rs3736235	T	C	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=25;PP=624;SC=TGGGGAGTAATGTTTCTGAGT;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=41;WE=10313083;WS=10313065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	10313134	rs3736234	G	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=427;SC=AGTTAGTGTTGGATCCACAAA;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=10313142;WS=10313124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	10313358	rs3736232	C	G	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	10373324	rs7301041	T	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	10460543	rs2302489	A	T	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=10;PP=880;SC=TTCATTCTCTATTTTTGCTAA;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=10460551;WS=10460533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	10461883	rs10734825	A	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=9;PP=459;SC=CTCCGTTATCAAATGAAAGAA;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=10461891;WS=10461873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	10462052	rs10772256	T	G	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	10462431	rs7980604	G	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=208;SC=ATTTTACATTGCTCAATCTAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=10462439;WS=10462421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	10511662	rs10743886	C	T	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=40;PP=1240;SC=AATTCCAGAGCAGGGAGAAAA;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=68;WE=10511670;WS=10511652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	10525644	rs1351113	A	G	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=25;PP=1328;ReadPosRankSum=1.651;SC=CTTTAGTCTCAGTTGGCAGTG;SOR=0.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=77;WE=10525652;WS=10525634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr12	10525740	rs1049172	C	T	5598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr12	10531896	rs2255364	C	T	123.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	10532111	rs2255353	T	G	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=241;SC=TATTAAAAGTTTGTATTGTTA;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=10532119;WS=10532101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	10532326	rs2255336	T	C	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=10;PP=483;SC=CTCCATATTGTTACCATAATA;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=10532334;WS=10532316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	10532434	rs2617151	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=19;PP=572;SC=GAAGCATAAAAGGTTTGGGTA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=10532442;WS=10532424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	10560824	rs2617169	T	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=2;PP=194;SC=TTATGGCTCATTGTTATAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=10560832;WS=10560814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	10560957	rs2617170	T	C	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=19;PP=518;SC=CAGGGAAAAATTGTTCTGCTC;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=10560965;WS=10560947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	10562025	rs1841957	C	T	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=46;PP=2100;SC=CTTGATGATCCGAAGAAGCAT;SOR=0.996;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=69;TCR=48;TR=114;WE=10562033;WS=10562015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	10562089	rs1841958	A	C	6653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=67;PP=2655;SC=TGAAATGGAGATTTTATTGCC;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=137;WE=10562097;WS=10562079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr12	10570965	rs2682495	C	G	5484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=68;PP=2489;SC=ATTATCTATACAAAGCAGACT;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=66;TCR=68;TR=132;WE=10570973;WS=10570955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	10571042	rs2741882	A	G	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=60;PP=1852;SC=TACCAATGTAATAACAACTGT;SOR=1.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=100;WE=10571050;WS=10571032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	10571091	rs2682494	T	G	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=45;PP=1380;SC=ATGGCCACAATGACGTGCTAA;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=68;WE=10571099;WS=10571081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	10571106	rs2682493	G	C	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=34;PP=1166;SC=TGCTAATAAAGATATGAATTA;SOR=1.162;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=56;WE=10571114;WS=10571096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	10571158	rs10743890	C	T	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=18;PP=839;SC=AAAATTAGTTCACATATTTGC;SOR=0.963;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=40;WE=10571166;WS=10571148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	10571177	rs4394921	A	G	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=21;PP=1019;SC=GCAACAGTATAAACATATATG;SOR=0.909;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=10571185;WS=10571167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	10571504	rs4579992	C	T	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.91;QD=44.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	10571514	rs4275705	C	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.79;QD=42.76;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	10571536	rs33947579	A	AT	370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.12;QD=26.48;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	10571622	rs4093355	G	A	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.68;QD=26.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	10572544	rs143188402	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	10572687	rs2682492	G	T	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.82;QD=24.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	10572839	rs2253365	A	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=0;PP=563;SC=ATATTAGAATATTAGATCCCA;SOR=4.332;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=10572847;WS=10572829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	10572982	rs2741881	A	G	5405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=58;PP=2395;SC=CATATATTTTATCAATCCCTT;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=127;WE=10572990;WS=10572972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	10573094	rs2682491	C	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.45;QD=43.23;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	10573094	.	CA	GG	1287	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=24;MQ=41.16;NF=21;NR=47;PP=1287;QD=19.7127628656;SC=CCTTTGCTGCCACTTTGGGTC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=68;WE=10573103;WS=10573084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,68:0.91:75
chr12	10573095	rs2682490	A	G	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.38;QD=43.88;SOR=1.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	10573145	rs2682489	C	T	325.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=8.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.61;MQRankSum=-1.766;QD=23.25;ReadPosRankSum=-1.112;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr12	10583611	rs3003	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=390;SC=ATTTTTGTATCAGAGCAAATA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=10583619;WS=10583601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	10583696	rs2981593	C	T	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=21;PP=1182;SC=TGATGCACTGCAAACGCAAAT;SOR=1.395;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=10583704;WS=10583686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	10586946	rs113946028	C	T	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=25.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.61;MQRankSum=-4.774;QD=8.97;ReadPosRankSum=-3.464;SOR=3.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,31:0.26:121
chr12	10586956	rs72475445	C	G	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=10.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.80;MQRankSum=-2.866;QD=8.58;ReadPosRankSum=-3.455;SOR=1.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,46:0.31:149
chr12	10586961	rs1356930	T	C	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.476;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=3.318;NF=63;NR=41;PP=2962;ReadPosRankSum=1.681;SC=TCTTTCTTTATAAATATTTAT;SOR=0.260;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=154;TCF=100;TCR=54;TR=104;WE=10586969;WS=10586936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,120:0.71:169
chr12	10586978	rs144149096	A	AT	1341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=16.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.324;NF=30;NR=13;PP=1377;ReadPosRankSum=-1.171;SC=TTATGGCTGAATTTATGGCTT;SOR=1.678;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=43;WE=10586986;WS=10586968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,69:0.33:208
chr12	10587111	rs61917677	A	G	5997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=106;PP=2965;SC=ATTCGGGGAAAAATTGTTCTG;SOR=1.295;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=55;TCR=107;TR=159;WE=10587119;WS=10587101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr12	10587158	rs35801775	A	T	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.359;NF=9;NR=39;PP=993;ReadPosRankSum=-0.278;SC=AATGATTTTTATAAAAACTGA;SOR=0.642;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=13;TCR=61;TR=48;WE=10587166;WS=10587148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,49:0.64:76
chr12	10588530	rs75545535	C	G	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=8.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.93;MQRankSum=-0.849;QD=7.36;ReadPosRankSum=3.465;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,103:0.43:239
chr12	10588581	rs28403159	T	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=7.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=23.129;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.139;NF=12;NR=37;PP=949;ReadPosRankSum=-1.804;SC=TCTTTGTTTATTCATCTCTGC;SOR=2.170;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=115;TCF=43;TCR=72;TR=49;WE=10588589;WS=10588571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,51:0.35:147
chr12	10594848	rs78547237	C	A	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.35;QD=24.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	10599427	rs4763533	C	T	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.93;QD=29.14;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	10600282	rs11053804	C	T	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=36;PP=952;SC=GAAAACATTACAAAAACAATA;SOR=1.835;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=10600290;WS=10600272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	10602624	rs3216778	TTTTAAG	T	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.64;QD=42.13;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	10603670	rs2253849	T	C	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=30;NR=26;PP=1003;SC=TAAAATGGAGTTTTTATTGCC;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=56;WE=10603678;WS=10603660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	10659438	rs10772299	T	C	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=69;PP=2658;SC=CATGTGTAAATCAATCTTTTC;SOR=0.937;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=124;WE=10659446;WS=10659428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	10659964	rs10772300	C	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=29;PP=821;SC=CTGGAAGTTGCAATTTCTCTT;SOR=2.613;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=35;WE=10659972;WS=10659954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	10675466	rs73070558	A	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=292;SC=CCAGCCCTACACCTGGACTTC;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=10675474;WS=10675456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	10746385	rs2244387	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=559;SC=CTCACTCTGGGCTCCAGCCTG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=10746393;WS=10746375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	10748403	rs2682484	A	T	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=15;PP=496;SC=GAGAACGTCAAATTTTAAAGT;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=10748411;WS=10748393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	10748520	rs7953309	TG	CA	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=768;SC=TTGAATACACTGAAAGACTAA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=10748529;WS=10748510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	10749575	rs1124164	A	G	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=33;PP=1008;SC=CAGGGCACTGAAAATTCTTTA;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=51;WE=10749583;WS=10749565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	10750520	rs11830025	G	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=259;SC=CTACTACTCTGCCCCATTATA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=10750528;WS=10750510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	10750848	rs4763206	C	T	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=124;SC=AATAAGAACACACCAGGATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=10750856;WS=10750838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	10760380	rs2125089	G	A	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=5;PP=216;SC=ATCTTGGCTAGCAAACTGACT;SOR=0.776;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=10760388;WS=10760370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	10762069	rs7311796	G	A	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=18;PP=531;SC=AGGGATGCAAGTAAGAATTTT;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=10762077;WS=10762059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	10762653	rs17742055	A	C	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=173;SC=AGAAAAATTTAATTGATTCCA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=10762661;WS=10762643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	10772983	rs1870194	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=11;PP=277;SC=CTTCCTTGACAAGGCAAATGT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=10772991;WS=10772973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	10782115	rs3759259	T	C	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=8;PP=609;SC=CAGAGAAAGCTGAGCAGGTCC;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=10782123;WS=10782105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	10784021	rs2168746	G	C	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=115;SC=TTTGGCCAATGGGGAGTTGTC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=10784029;WS=10784011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	10786757	rs5796407	T	TGAA	4004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=35;PP=2159;SC=GAGAAGAGAATGAAGAAGCCT;SOR=0.855;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=41;WE=10786765;WS=10786747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	10786797	rs2252664	C	T	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=32;PP=968;SC=TTCCCCTACCCGCCAGCTCTC;SOR=1.392;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=46;WE=10786805;WS=10786787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	10856845	rs141466000	CA	C	919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=23;PP=886;SC=AAGTAAAAAACAAAATGCTTC;SOR=3.193;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=23;WE=10856853;WS=10856835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	10868142	.	T	TA	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.634;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,15:0.22:67
chr12	10871667	rs33016	A	G	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=17;PP=666;SC=GCAAATATACACACACACATA;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=40;WE=10871675;WS=10871657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	10958658	rs2537817	T	C	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=3;PP=117;SC=TTTCATATCATGCAGGCAATT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=10958666;WS=10958648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	10959031	rs1548803	C	T	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=41;PP=2163;SC=TAAAGAGAGTCAAGGGTTCAA;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=66;TCR=41;TR=107;WE=10959039;WS=10959021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	10962115	rs3741845	A	G	3454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1534;ReadPosRankSum=2.416;SC=GGGAACCATCACCCCCAGGTT;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=80;WE=10962123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,136:0.99:138
chr12	10978402	rs597468	G	A	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=13;PP=505;SC=GTCATTCTTCGTTTTATAATC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=10978410;WS=10978392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	10999708	rs1047699	T	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=32;PP=960;SC=TCTGTCCCTCTGGAAGAATGA;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=57;WE=10999716;WS=10999698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	10999780	rs1063193	C	T	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=18;PP=811;SC=GTGTCCTCGTCGGGGTGGTCG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=10999788;WS=10999770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	11035274	rs28607516	G	T	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.75;QD=28.35;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	11035368	rs11054060	T	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=16;PP=649;SC=CTCTCTGTCTTCACCACACGG;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=11035376;WS=11035358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	11035482	rs10845228	T	C	2541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=24;PP=1200;SC=GATGAAAAATTGAATTTCTTT;SOR=1.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=11035490;WS=11035472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	11035533	rs10845229	G	A	5538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=72;NR=54;PP=2291;SC=AAAACTGTTTGTATCTTTGGG;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=126;WE=11035541;WS=11035523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr12	11061122	rs1015443	T	C	3750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=39;PP=1597;SC=GATCACTGTGTTCTGATACAG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=79;WE=11061130;WS=11061112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	11083356	rs116998526	A	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=9.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.73;MQRankSum=-6.393;QD=4.39;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,65:0.28:233
chr12	11083677	rs10772391	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=358;SC=GATTCAATGATAGGTATGATT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=11083685;WS=11083667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	11091432	rs3741843	C	T	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=40;PP=1611;SC=CCTTTTTAACCCTCCACTTTA;SOR=0.772;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=82;WE=11091440;WS=11091422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	11150240	rs7135018	T	C	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=40;PP=1382;SC=ATTATTACTTTTAAATTAGAT;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=63;WE=11150248;WS=11150230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	11150551	rs4388985	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=8;PP=215;SC=AAGACTTTAAGTTAAATATGC;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=11150559;WS=11150541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	11150579	rs1463237	C	T	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=7;PP=152;SC=TCCTGAATGTCCAATAACATT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=11150587;WS=11150569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	11174202	.	G	C	1687	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=7;HapScore=1;MGOF=60;MMLQ=27;MQ=59.45;NF=23;NR=2;PP=1687;QD=68.8708485019;SC=CCATCAGTTTGTTTTCTGCTA;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=94;TCF=73;TCR=21;TR=25;WE=11174231;WS=11174192;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:69,25:0.27:94
chr12	11174261	rs75441696	C	G	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=5.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-4.486;QD=7.50;ReadPosRankSum=-3.130;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,61:0.23:262
chr12	11174264	rs77074409	C	A	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=3.312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-4.424;QD=7.53;ReadPosRankSum=-2.999;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,63:0.24:265
chr12	11174271	rs79475879	T	C	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=2.393;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-4.350;QD=8.08;ReadPosRankSum=-2.076;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,68:0.24:279
chr12	11174276	rs10772420	G	A	8964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=63;PP=2962;SC=TTCACTCAGCGTGTCATCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=187;TCF=117;TCR=70;TR=178;WE=11174294;WS=11174251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr12	11174277	.	T	C	2344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.594;ClippingRankSum=0.000;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-4.375;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,71:0.24:294
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chr12	11174390	rs74992161	G	A	3889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=4.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-6.864;QD=11.68;ReadPosRankSum=1.882;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,107:0.32:333
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chr12	11174466	rs199592952	GA	AC	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=17.885;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-9.399;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.137;SOR=2.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,26:0.20:131
chr12	11174476	rs200081075	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=23.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.93;MQRankSum=-10.401;QD=4.65;ReadPosRankSum=-2.241;SOR=2.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,21:0.17:124
chr12	11174478	.	C	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=25.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-10.868;QD=4.51;ReadPosRankSum=-1.470;SOR=3.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,17:0.14:120
chr12	11174753	rs1868769	G	A	4123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=53;PP=2113;SC=TTACAAATCAGAAATACCAAG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=95;WE=11174761;WS=11174743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	11175087	rs12313469	G	A	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=51;PP=2008;SC=CATTTACTAGGGCTATGAAGC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=108;WE=11175095;WS=11175077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	11182998	rs200315131	CA	TC	8837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-19.075;NF=86;NR=75;PP=2944;ReadPosRankSum=7.423;SC=ATGCCCCTCTCATGAATCTAT;SOR=0.548;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=409;TCF=229;TCR=180;TR=161;WE=11183007;WS=11182988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:397,243:0.38:640
chr12	11183035	rs78820764	C	T	7706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-19.812;NF=68;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=2.216;SC=CTCCTTTCACCCAGTACCTCA;SOR=0.824;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=431;TCF=221;TCR=210;TR=154;WE=11183074;WS=11183025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:437,228:0.34:665
chr12	11183046	rs201730548	C	T	7082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FS=4.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.45;MQRankSum=-19.667;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:443,201:0.31:644
chr12	11183052	rs199894662	G	A	6734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FS=4.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-17.376;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:442,190:0.30:632
chr12	11183066	rs138895028	A	T	4811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.190;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-14.517;NF=50;NR=79;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.702;SC=AACTGAAAGAAAAGTCTGCTT;SOR=1.059;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=433;TCF=210;TCR=223;TR=129;WE=11183074;WS=11183025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:452,148:0.25:600
chr12	11183107	.	T	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DP=542;ExcessHet=3.0103;FS=15.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQRankSum=-9.072;QD=1.65;ReadPosRankSum=-5.513;SOR=2.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:473,69:0.13:542
chr12	11183114	.	AT	GC	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.950;ClippingRankSum=0.000;DP=525;ExcessHet=3.0103;FS=30.057;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.49;MQRankSum=-9.164;QD=0.88;ReadPosRankSum=-1.760;SOR=4.025;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:484,41:0.08:525
chr12	11183217	rs10772423	C	T	7879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NR=130;PP=2965;SC=AGAAAGTAAACGGCACATAAC;SOR=0.830;Source=Platypus;TCR=131;WE=11183225;WS=11183207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr12	11183255	rs10845293	G	A	7242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=110;PP=2965;SC=AGTTTGCAAAGCTTTTATGTG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=102;TCR=111;TR=212;WE=11183263;WS=11183245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr12	11183451	rs10743938	A	T	8537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=118;PP=2965;SC=TTCCAAGTCAAGTTTCCTTCA;SOR=0.851;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=100;TCR=118;TR=215;WE=11183459;WS=11183441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr12	11183496	rs199736450	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=33.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=-14.534;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.281;SOR=2.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,19:0.08:233
chr12	11183506	rs115707514	T	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=39.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-14.009;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=2.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,27:0.13:211
chr12	11183512	rs12370363	A	G	4164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=33.178;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=13.833;NF=48;NR=74;PP=2962;ReadPosRankSum=0.395;SC=AAAGTTGACAAGCCAAAAATA;SOR=0.759;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=122;WE=11183532;WS=11183465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,172:0.84:204
chr12	11183524	rs75159539	T	C	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=21.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-12.072;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.499;SOR=1.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,40:0.20:205
chr12	11183541	rs78152338	T	C	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.653;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-10.424;NF=30;NR=13;PP=528;ReadPosRankSum=1.272;SC=CCCAACAGCATCACCAGAATG;SOR=1.419;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=154;TCF=82;TCR=72;TR=43;WE=11183549;WS=11183531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,52:0.25:208
chr12	11183576	rs72475488	T	C	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=7.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-7.803;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.825;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,86:0.36:240
chr12	11183642	rs73049067	A	G	2570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.198;NF=47;NR=46;PP=1484;ReadPosRankSum=1.289;SC=GCTAGTAGCAAGCCAGTTGCT;SOR=0.713;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=226;TCF=116;TCR=110;TR=93;WE=11183650;WS=11183632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,138:0.37:369
chr12	11183676	rs73049072	C	T	2540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-5.224;NF=40;NR=46;PP=1226;ReadPosRankSum=0.630;SC=ACTGCCCAGACATTATAAGCA;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=219;TCF=102;TCR=117;TR=86;WE=11183684;WS=11183666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,133:0.36:366
chr12	11183697	rs73049074	C	A	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-5.615;NF=36;NR=44;PP=1147;ReadPosRankSum=-0.227;SC=GTAGTTCTTACTTCTACACTA;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=80;WE=11183705;WS=11183687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,114:0.36:315
chr12	11183722	rs78562467	A	C	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=2.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-6.680;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,84:0.33:258
chr12	11183752	rs72475489	T	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.115;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-8.116;NF=12;NR=31;ReadPosRankSum=-1.244;SC=TTAATAATAATACCCAGAGCA;SOR=1.494;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=43;WE=11183760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,44:0.27:166
chr12	11183793	.	G	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=31.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-10.004;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.272;SOR=3.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,19:0.16:116
chr12	11183797	.	C	T	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=38.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.70;MQRankSum=-10.273;QD=3.60;ReadPosRankSum=1.683;SOR=4.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,17:0.15:115
chr12	11183809	.	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=36.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.88;MQRankSum=-10.421;QD=2.40;ReadPosRankSum=2.080;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,13:0.12:110
chr12	11183827	.	G	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.828;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=30.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-10.668;QD=0.97;ReadPosRankSum=0.478;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,11:0.10:115
chr12	11183832	rs10845295	G	A	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=58;PP=2962;SC=CTCTTGACCCGCTCAATGGAA;SOR=0.896;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=99;WE=11183859;WS=11183817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	11183836	.	AA	GG	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.196;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=29.581;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-10.761;QD=0.85;ReadPosRankSum=-1.241;SOR=4.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,11:0.09:117
chr12	11199734	rs2597984	T	C	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=42;PP=1048;SC=TTTAAAAAGCTGGCGCCTTCT;SOR=1.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=11199742;WS=11199724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	11201689	rs2597986	C	T	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=11;PP=730;SC=AGTAAACCAACTCTGGACACC;SOR=1.251;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=11201697;WS=11201679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	11201846	rs199838132	A	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-8.053;QD=7.53;ReadPosRankSum=2.542;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,30:0.24:124
chr12	11201850	.	TATC	T	930.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-8.038;QD=7.82;ReadPosRankSum=2.594;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,29:0.24:119
chr12	11201865	.	AAT	A	831.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-7.458;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,26:0.27:98
chr12	11201868	.	G	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-7.367;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.460;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,26:0.27:96
chr12	11201872	.	AG	A	840.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-7.274;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr12	11201889	rs72475501	C	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-7.078;QD=3.35;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,22:0.26:84
chr12	11201928	rs74318546	C	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=-5.786;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr12	11201933	rs79649094	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.63;MQRankSum=-5.883;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.477;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,9:0.21:42
chr12	11201934	rs75574044	G	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.22;MQRankSum=-5.397;QD=6.83;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr12	11201962	rs2597987	T	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=659;SC=TTTAAATGTGTAGTAACATTT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=11201970;WS=11201940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	11214066	.	T	C	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.185;ClippingRankSum=0.000;DP=687;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQRankSum=-23.705;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.906;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:529,151:0.22:680
chr12	11214074	rs200528237	T	C	5179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=689;ExcessHet=3.0103;FS=0.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQRankSum=-24.160;QD=7.58;ReadPosRankSum=3.259;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:521,162:0.24:683
chr12	11214080	.	G	A	5301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.835;ClippingRankSum=0.000;DP=685;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQRankSum=-24.095;QD=7.81;ReadPosRankSum=3.069;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:515,164:0.24:679
chr12	11214082	.	T	C	5487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.133;ClippingRankSum=0.000;DP=687;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=-24.138;QD=8.06;ReadPosRankSum=3.292;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:516,165:0.24:681
chr12	11214091	.	G	C	5535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.349;ClippingRankSum=0.000;DP=686;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=-24.848;QD=8.12;ReadPosRankSum=3.089;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:512,170:0.25:682
chr12	11214101	.	C	G	5425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.893;ClippingRankSum=0.000;DP=662;ExcessHet=3.0103;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=-24.542;QD=8.22;ReadPosRankSum=2.879;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:496,164:0.25:660
chr12	11214133	rs76020872	C	T	4002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.30;MQRankSum=-21.995;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:401,127:0.24:528
chr12	11214137	rs76147157	C	T	3976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.33;MQRankSum=-21.637;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.599;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:389,123:0.24:512
chr12	11214145	rs2708381	C	T	8350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=20.952;NF=88;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=2.424;SC=CTCAAAACTCCAAACTGACAT;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=277;TCF=114;TCR=163;TR=211;WE=11214175;WS=11214123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,370:0.77:482
chr12	11214153	.	C	T	3298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=1.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=-20.038;QD=7.62;ReadPosRankSum=-3.329;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:337,96:0.22:433
chr12	11214156	.	G	T	2838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=2.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.40;MQRankSum=-19.704;QD=6.96;ReadPosRankSum=-3.113;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:322,86:0.21:408
chr12	11214161	.	TG	CA	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=2.892;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-19.275;QD=5.84;ReadPosRankSum=-2.282;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,72:0.19:378
chr12	11214167	.	G	C	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.66;MQRankSum=-18.644;QD=5.20;ReadPosRankSum=-2.220;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:290,63:0.18:353
chr12	11214182	rs377226761	A	G	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=6.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.86;MQRankSum=-16.732;QD=4.46;ReadPosRankSum=-3.481;SOR=1.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,44:0.15:295
chr12	11214191	rs370059980	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=7.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-15.639;QD=2.65;ReadPosRankSum=-4.439;SOR=1.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,31:0.12:261
chr12	11214199	rs200812670	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=13.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-13.564;QD=0.78;ReadPosRankSum=-2.446;SOR=2.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,12:0.06:214
chr12	11214212	rs2708380	A	T	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.686;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=11.947;NF=74;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=2.198;SC=ACAGTTTGCAAAGCTTTTATG;SOR=0.117;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=168;TCF=77;TCR=91;TR=154;WE=11214222;WS=11214202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,183:0.97:189
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chr12	11214509	.	C	T	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.514;ClippingRankSum=0.000;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=45.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-14.607;QD=0.29;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=5.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,16:0.06:264
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chr12	11243913	rs200029065	T	G	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.42;QD=27.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	11243929	rs113710768	C	T	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.52;QD=28.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr12	11243960	rs111846092	A	T	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.45;QD=28.54;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr12	11244067	.	A	ATT	1475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.50;QD=46.12;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	11244070	.	TCC	T	1485.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.79;QD=42.45;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	11244091	rs199768488	C	T	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.46;QD=45.24;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr12	11244097	.	G	A	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.43;QD=44.14;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	11244102	rs199943442	G	C	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.43;QD=44.14;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	11244117	rs201758916	A	G	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.63;QD=42.90;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	11244126	rs113410031	G	A	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.63;QD=42.90;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	11244149	rs73064964	G	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.97;QD=26.48;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	11244169	rs201144595	G	A	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=250;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=24;PP=689;SC=GGACCTTGGTGCTGGGATCTT;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=11244177;WS=11244159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	11244190	rs202034865	A	G	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=239;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=20;PP=602;SC=GAGATCCTTTACCATGGAGCT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=11244198;WS=11244180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	11244225	rs200919222	A	G	155.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.12;QD=31.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr12	11244944	.	AG	A	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.20;QD=52.53;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr12	11286736	rs112605675	G	C	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQRankSum=-11.188;QD=6.61;ReadPosRankSum=-4.665;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,45:0.21:212
chr12	11286745	.	AA	GG	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.072;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.304;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.56;MQRankSum=-10.591;QD=6.96;ReadPosRankSum=-3.270;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,47:0.22:210
chr12	11286760	.	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.974;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=2.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQRankSum=-9.548;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,49:0.23:210
chr12	11286790	rs2600355	A	C	3226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQRankSum=6.780;QD=17.16;ReadPosRankSum=-3.337;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,136:0.72:188
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chr12	11286807	rs113282241	T	C	1676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.29;MQRankSum=-6.193;QD=8.55;ReadPosRankSum=4.144;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,51:0.26:196
chr12	11286820	rs111958076	A	T	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.52;MQRankSum=-5.273;QD=4.75;ReadPosRankSum=2.189;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,50:0.27:187
chr12	11338514	rs5796429	GA	G	390.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.47;ReadPosRankSum=1.117;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr12	11338539	rs1650016	C	A	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=5;PP=601;SC=AAACAGTGGACGTGATCCCCA;SOR=3.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=11338547;WS=11338529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	11338555	rs1669409	A	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	11338559	rs1669410	C	T	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.11;SOR=2.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	11338589	rs1817104	G	T	2799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.45;SOR=1.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	11338613	rs1650017	CA	GG	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=27;PP=2419;SC=AAAGGTAAAGCATTTGGTGTT;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=63;WE=11338622;WS=11338603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	11338669	rs1669412	C	T	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=40;PP=1551;SC=AGCTGTCTGTCGCAGCTTGCT;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=84;WE=11338677;WS=11338659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	11338750	rs1451772	T	C	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=40;PP=1373;SC=AAACTTTATGTACTTGTTGTT;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=70;WE=11338758;WS=11338740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	11338781	rs1669413	C	A	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=34;PP=1141;SC=AAAAATATCCCATTGGCCACT;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=11338789;WS=11338771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	11338983	rs1650019	T	C	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=27;PP=967;SC=TAAAACTGGTTAAGCTGAGAA;SOR=1.033;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=47;WE=11338991;WS=11338973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	11339553	rs34736072	C	CA	1945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=38;PP=1403;SC=TCTCCAGAGACAAAAAATCCA;SOR=1.550;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=42;WE=11339561;WS=11339543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	11418954	rs1896551	A	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=22;PP=578;SC=TCATCTTCTTATTCACTTCCT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=11418962;WS=11418944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	11421093	rs61463237	T	TGGG	3367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=34;PP=2003;SC=CTGGAGGAGGTGGACACACGG;SOR=0.920;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=39;WE=11421101;WS=11421083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	11421522	rs59152757	C	T	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=30;PP=1001;SC=CATTCATAAGCAGAAGAAGAT;SOR=0.736;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=60;WE=11421530;WS=11421512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	11461292	rs1052808	C	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	11461706	rs12308381	G	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=2.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-7.864;QD=3.84;ReadPosRankSum=-2.916;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,37:0.27:137
chr12	11461836	rs6488386	T	C	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=35;PP=1126;SC=GTGGGGGACATACGGCATTCA;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=11461844;WS=11461826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	11462275	rs1834857	A	G	2737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=27;PP=1248;SC=AAGGGAGTCAAAACAGATTGA;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=62;WE=11462283;WS=11462265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	11506211	rs76504934	A	C	2186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=29;NR=27;PP=1022;SC=CCTGGAGGAGATCGGGCACTT;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=11506219;WS=11506201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	11506749	.	T	C	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=8.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.15;MQRankSum=-4.882;QD=3.11;ReadPosRankSum=-1.385;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,21:0.17:121
chr12	11506774	rs202083397	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-6.408;QD=1.47;ReadPosRankSum=-1.788;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,11:0.10:108
chr12	11506893	rs10845341	C	T	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.53;QD=25.11;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	11546742	rs201044388	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.74;MQRankSum=-4.943;QD=4.15;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,36:0.30:121
chr12	11546749	.	T	C	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQRankSum=-1.779;QD=2.30;ReadPosRankSum=-2.916;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,16:0.14:114
chr12	11546764	rs201994479	G	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.41;MQRankSum=-0.955;QD=2.09;ReadPosRankSum=-3.472;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,12:0.12:97
chr12	11803220	rs2856305	A	C	335.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.31;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	11904983	rs2724600	A	G	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=5;PP=115;SC=AGAAGAGAAAACATGGCTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=11904991;WS=11904973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	12230938	rs1641721	C	G	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=23;PP=691;SC=GGAAATTGAACAAAATCAGTT;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=36;WE=12230946;WS=12230928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	12240199	rs879732	C	T	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=38;PP=1261;SC=AAATTGTTTACTCCTGGCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=12240207;WS=12240189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	12247594	rs11054682	A	G	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=30;PP=1327;SC=TCTTTTGTACACAGCTGAAGA;SOR=0.769;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=66;WE=12247602;WS=12247584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	12247616	rs11054683	T	C	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=30;PP=1472;SC=AGATAAGGCTTTGATGGGCCA;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=70;WE=12247624;WS=12247606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	12247921	.	ATT	A,AT	435.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.707;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,17,16:0.43,0.40:40
chr12	12265118	rs55833207	CA	C	395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;QD=20.83;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	12278468	rs2302684	A	T	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=153;SC=ACAGTGAAGTAGTCTGATTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=12278476;WS=12278458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	12301898	rs2302685	C	T	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=9;PP=487;SC=TTTACCACAACGGCTCGAGGT;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=12301906;WS=12301888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	12397668	rs10219768	T	A	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.68;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	12397668	.	TTA	ATT	833	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=15;PP=833;QD=46.6562039401;SC=TCAAATCGGTTTAAGTGAGCA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=19;WE=12397678;WS=12397658;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr12	12397670	rs10219748	A	T	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.77;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	12483927	rs4763818	G	A	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=41;PP=1128;SC=GAAGGCTTATGTAACTCCATG;SOR=1.550;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=55;WE=12483935;WS=12483917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	12509865	rs11054842	C	T	5498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=72;PP=2671;SC=GGCTTACCCTCTTCCGCAGTT;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=141;WE=12509873;WS=12509855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	12510003	rs11054843	G	A	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=53;PP=1550;SC=TGCGTAGCCGGCACCGCCCAT;SOR=0.967;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=87;WE=12510011;WS=12509993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	12514050	rs11054846	T	C	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	12618427	rs3751261	C	T	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=16;PP=1174;SC=CCCGGCCCTGCGGAGAGGACT;SOR=1.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=59;WE=12618435;WS=12618417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	12618715	rs967648	T	C	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=34;PP=740;SC=CTGTAGCTGCTGCCCGGCCTG;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=12618723;WS=12618705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	12814818	rs4763862	C	T	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=42;PP=1648;SC=GCATCAAAGACCCACGATGCC;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=77;WE=12814826;WS=12814808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	12878765	rs66561220	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=569;SC=CGGCCCGAGGTGGGGGTTTTG;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=12878773;WS=12878755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	12879057	rs34323	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=9;PP=367;SC=CGGGAGGGTGGAGGTGGCCCG;SOR=1.127;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=17;WE=12879065;WS=12879047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	12879254	rs7956514	T	G	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=17;PP=517;SC=GAGGAATATGTTAAAACAAAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=12879262;WS=12879244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	13028653	rs10845659	A	G	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=28;PP=985;SC=TACCCCCTCCAGGCCCCCAGC;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=53;WE=13028661;WS=13028643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	13028696	rs11055120	G	A	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=25;PP=716;SC=GAGGTATGCCGCCCCACAAGA;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=43;WE=13028704;WS=13028686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	13101454	rs7294444	G	T	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=22;PP=799;SC=TATGTGTGCTGTACAATATAT;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=38;WE=13101462;WS=13101444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	13102605	rs4630382	G	A	7983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=107;PP=2965;SC=CGACCGGGTCGTCCCACTGGG;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=211;TCF=104;TCR=107;TR=211;WE=13102613;WS=13102595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr12	13136623	rs735689	T	C	5009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=58;PP=2156;SC=AACTCCGTGTTAAAAATTCCA;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=110;WE=13136631;WS=13136613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	13142174	rs850918	C	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=501;SC=CAAAGCTGGTCCCCGAGACCA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=13142182;WS=13142164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	13153126	.	C	CGGCGGCAGGGCGGCAG	1560.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=22;PP=793;SC=CAGCGACCACCGGCGGCAGGG;SOR=0.968;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=23;WE=13153134;WS=13153116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	13153388	.	G	GGCAGCAGTCCAGCAGTGCAGCAGT	675.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.33;QD=51.98;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	13153773	rs1291364	T	C	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=20;PP=440;SC=TCTTGGTAGCTGTCCCTCTAC;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=13153781;WS=13153763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	13154077	rs67498669	C	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=4;PP=81;SC=GCTGCCTGATCCTCCATTGCT;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=13154085;WS=13154067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	13154105	rs9919709	A	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=4;PP=76;SC=GCGCGGGTGCAGCGGGCTGTG;SOR=0.818;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=13154113;WS=13154095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	13154123	rs61912779	G	C	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	13154582	rs59113920	CG	C	1854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=13;PP=1154;SC=ATCTGCTGAGCGGGGGCCCCC;SOR=1.532;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=32;WE=13154590;WS=13154572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	13154790	rs1291363	G	C	6148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.97;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr12	13154911	rs1291362	A	G	9148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=107;PP=2965;SC=CGTCTTCTCCATGAATGTCAT;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=102;TCR=107;TR=209;WE=13154919;WS=13154901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr12	13155166	rs1291361	G	T	5566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=75;PP=2718;SC=CTCCACCGCAGTGGCATCCTA;SOR=0.915;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=131;WE=13155174;WS=13155156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr12	13211212	rs6488582	G	A	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=491;SC=TTTGTTTTATGTACAGTGTCC;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=13211220;WS=13211202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	13214537	rs3741818	A	G	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=10;PP=892;SC=CTAATCTTGTATGCCTTTCGG;SOR=1.647;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=13214545;WS=13214527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	13215685	rs2200498	C	A	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=11;PP=524;SC=TGTTCAGCCCCTTGCGTCTTT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=13215693;WS=13215675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	13221210	rs200140580	C	G	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=34;PP=1519;SC=AAGCCAGAGACTAACCGTTGG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=82;WE=13221218;WS=13221200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	13221240	rs199828824	A	T	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=44;PP=1786;SC=TAACCCAGTGATGGTGTTGAA;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=95;WE=13221248;WS=13221230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr12	13221606	rs1386005	T	C	5635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr12	13294280	rs7978768	C	A	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=29;PP=1578;SC=CCTCTGGTGCCTGACCATAAC;SOR=1.365;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=87;WE=13294288;WS=13294270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	13364270	.	T	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=2;PP=218;SC=TTTTCAGGAATTTATGATTAG;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=13364278;WS=13364260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	13369196	rs8885	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=277;SC=TTCTCCTCATCCATTTCTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=13369204;WS=13369186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	13715954	rs1805246	G	A	3806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=52;NR=46;PP=1729;SC=TGGGCTGCCTGAAGAAGTAGG;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=98;WE=13715962;WS=13715944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	13720272	rs4764010	A	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=273;SC=GAGAAAGAGGAGTATTGAGCA;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=13720280;WS=13720262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	13768354	rs1468845	C	T	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=21;PP=1775;SC=AAAGTGAGCACGTTTTAAACT;SOR=1.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=85;WE=13768362;WS=13768344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	13769664	rs1805199	T	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=33;PP=790;SC=CAGTATTGTCTGAACAATCCC;SOR=1.576;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=44;WE=13769672;WS=13769654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	14018777	rs7301328	G	C	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=13;PP=750;SC=TGCCCAGGATGGGGGTGAGAG;SOR=1.562;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=41;WE=14018785;WS=14018767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	14587301	rs3213764	A	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=16;PP=496;SC=AAGGACAACAAACCTGAGGAA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=14587309;WS=14587291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	14590981	rs10734876	T	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.92;QD=21.25;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	14599904	rs5796595	C	CT	352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.64;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr12	14628705	rs7298275	A	G	170.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=144;SC=CAGCCATTTAAGGGTCCAGAT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=14628713;WS=14628695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	14628773	rs7313259	C	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=8;PP=374;SC=TTTTTTAACACGTATATCTGC;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=14628781;WS=14628763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	14634392	rs140044044	C	CAGTT	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=600;SC=ATGCATATGTCAGCTAGATTT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=11;WE=14634400;WS=14634382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	14664595	rs10846013	A	G	2106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=40;PP=1212;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GTCTGCAGCAATATCAATCCA;SOR=0.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=60;WE=14664603;WS=14664585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr12	14688644	rs7957558	C	T	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=39;PP=1674;SC=TTATCTATGACGTTGAAGTCC;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=96;WE=14688652;WS=14688634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	14689451	rs1345531	T	C	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=39;NR=32;PP=1254;SC=GGGCGCTATATAGAAAAAGTC;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=14689459;WS=14689441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	14694993	rs1862014	G	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=4;PP=186;SC=CATGCCATTAGCAAAAAGTGC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=14695001;WS=14694983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	14720366	rs10846023	C	T	156.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=87;SC=AGGGCTGGAGCGAGACCGCCG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=14720374;WS=14720358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	14720554	rs147342083	GGCAGCA	GGCA,G	4532.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6,6;NR=26,26;PP=24,1611;SC=TAACAACAGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.712;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=32,32;WE=14720567;WS=14720544;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:103
chr12	14720583	rs7954623	T	C	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=886;ReadPosRankSum=1.208;SC=GCAGAAGCGGTGGCGGCTGTG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=14720591;WS=14720573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr12	14769468	rs1558795	G	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=475;SC=GAGTACAGAAGAGGATTAGCA;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=14769476;WS=14769458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	14774849	rs7302418	T	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=480;SC=ACTAGAGCGGTCAAGAGTAGT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=14774857;WS=14774839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	14775214	rs2287538	T	C	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=117;SC=GTAGTAGTGATTGTCTACCAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=14775222;WS=14775204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	14781503	rs4764105	A	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=52;SC=TTCTCATTCTAAGGTGCCACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=14781511;WS=14781493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	14781678	rs3217210	G	GA	1171.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=271;SC=ACACCTGGAAGAAAAAAAAAC;SOR=0.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=14781686;WS=14781668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	14794062	rs10772800	G	A	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=24;PP=754;SC=CTTTCCGCAGGATGATCTCCT;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=14794070;WS=14794052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	14804994	rs7313027	G	C	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=306;SC=TTAGGAGACAGTGTTGTGGTG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=14805002;WS=14804984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	14822855	rs7314345	G	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=177;SC=ACACAATGACGCTTGATTTCC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=14822863;WS=14822845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	14827463	rs3217157	AATC	A	10193.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=58;PP=2967;SC=TTAGCTGTGGAATCATCTATT;SOR=0.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=91;WE=14827473;WS=14827453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr12	14829893	rs1420635	A	C	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=33;PP=1150;SC=CATTGTCCTCAAAGTACTGGT;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=14829901;WS=14829883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	14832830	rs11336448	CT	C	164.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.47;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	14834421	rs56944147	GA	G	8958.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=60;PP=2759;SC=CCTGGAATAGGAAAAAGAGAA;SOR=0.907;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=78;TCF=14;TCR=64;TR=72;WE=14834435;WS=14834411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	14834427	rs58911033	G	T	8998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=59;PP=2052;SC=ATAGGAAAAAGAGAAACTAAA;SOR=0.894;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=47;TCR=60;TR=104;WE=14834435;WS=14834411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	14923522	rs12818627	T	C	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=253;SC=GTTCTCCCCGTGCCCGCCAAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=14923530;WS=14923512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	14927825	rs6645	C	G	2830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=37;PP=1135;SC=AGCTGGCTCCCCCAGCAAAGG;SOR=1.352;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=14927833;WS=14927815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	15034996	rs2430735	T	A	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=10;PP=696;SC=TATGTATTTCTGTAATGCTGC;SOR=1.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=37;WE=15035004;WS=15034986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	15067511	rs148149515	T	TGTGC	1356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.32;QD=25.12;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	15073831	rs2445382	G	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	15081897	rs2445371	A	C	5004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=56;PP=1766;ReadPosRankSum=-1.207;SC=CCAGCTGGCAAGTCTCCTTCA;SOR=0.239;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=111;WE=15081905;WS=15081887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr12	15091221	rs11432737	A	AT	4493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=26;PP=2805;SC=GGCAAAATGCACTTATCCAGG;SOR=1.487;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=61;WE=15091229;WS=15091211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	15103605	rs2430711	A	G	2762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.371;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=37;PP=1101;ReadPosRankSum=-0.649;SC=GCTCATCATCATCATCCTCCT;SOR=0.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=67;WE=15103613;WS=15103595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr12	15131995	rs2233623	C	A	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=110;SC=GAGTTTCTCACATACAAACAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=15132003;WS=15131985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	15273932	rs2247574	C	T	2775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	15273957	rs2247568	A	G	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=41;PP=2016;SC=GGGGCCATAAATTTTTATTGA;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=111;WE=15273965;WS=15273947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	15652330	rs4764197	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=471;SC=AAGTGTGTGATGTTTAGAAGA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=15652338;WS=15652320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	15652636	rs3838355	AAT	A	359.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=409;SC=AAAGAAAGAAAATATATATGT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=15652645;WS=15652626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	15656832	rs4764199	T	A	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=480;SC=CTTTTTTATATATGATTTAGA;SOR=2.073;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=15656840;WS=15656822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	15702202	rs10541885	AAT	A	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.618;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,6:0.12:48
chr12	15731724	rs5796639	T	TG	3671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=22;PP=2665;SC=AATAAACCAGTTGAACAATAA;SOR=1.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=63;WE=15731732;WS=15731714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	15731744	rs1024843	C	T	3577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=36;PP=2030;SC=ATCCAATTCACACCACGTATG;SOR=1.490;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=76;TCR=36;TR=112;WE=15731752;WS=15731734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	15742313	rs34222753	GA	G	482.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.482;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr12	15748020	rs1558787	C	T	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=18;PP=622;SC=TCCACGAGTGCTCAGTCTTAG;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=15748028;WS=15748010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	15776223	.	TA	T	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=7.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.676;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=1.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,24:0.26:93
chr12	15777486	rs4623959	T	C	143.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=5;PP=69;SC=TATCCTCGCCTGGTATAAATG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=15777494;WS=15777476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	15803992	rs4237955	T	C	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=35;PP=857;SC=AATGTATCCATGCTCACAGTT;SOR=1.503;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=50;WE=15804000;WS=15803982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	15818880	rs4363660	T	A	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=8;PP=232;SC=CTATAACATATCAATTAACTC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=15818888;WS=15818870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	15822229	rs4237957	A	C	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.836;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=375;ReadPosRankSum=-0.257;SC=AAATCTAGTAACTAATATGCA;SOR=2.225;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=15822237;WS=15822219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr12	15822244	rs4237958	T	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=535;SC=TATGCAGATATATTATCAAAA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=15822252;WS=15822234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	15834239	.	G	GTAATAA	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=2;PP=196;SC=CGTAGCCACTGTAATAATAAT;SOR=1.609;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=15834247;WS=15834229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	16036261	rs10734889	C	G	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=409;SC=TATTCCCAGCCAATTACAGAT;SOR=2.531;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=18;WE=16036269;WS=16036251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	16055926	rs71042275	G	GT	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=333;SC=TCAATCATATGTGCAGTTAGT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=16055934;WS=16055916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	16347308	rs3942536	G	A	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=57;PP=1902;SC=ATCCCAGGACGTTCAACAATG;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=16347316;WS=16347298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	16369828	rs1671511	A	T	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	16397677	rs1527014	G	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=29;PP=988;SC=GCAGTATTGCGGGTGGCATGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=58;WE=16397685;WS=16397667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	16397734	rs1852450	C	A	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=25;PP=742;SC=GAGAGAACAACCTGCAAGTAA;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=45;WE=16397754;WS=16397724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	16397746	rs1852451	C	T	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=24;PP=704;SC=TGCAAGTAATCGGAGATATTA;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=42;WE=16397754;WS=16397724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	16430217	.	TAATTA	T	5332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=26;PP=2513;SC=AAAATCTACTTAATTAAGTCA;SOR=1.236;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=49;WE=16430229;WS=16430207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	16430284	rs1671487	G	A	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=51;PP=2511;SC=ACAAGCAAATGTACACCAGTT;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=81;TCR=51;TR=132;WE=16430292;WS=16430274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	16510395	rs2075239	T	G	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=7;PP=596;SC=TAGATATGGGTACTCCCTATG;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=28;WE=16510403;WS=16510385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	16713487	rs3214385	A	AT	751.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=1.269;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr12	16743165	rs2058798	A	G	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=5;PP=108;SC=TTCTTGAAGCAAAACTAACAT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=16743173;WS=16743155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	16747034	rs10846380	C	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=7;PP=696;SC=AATTAGCTGGCGTCAGGTGTT;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=16747042;WS=16747024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	17142546	rs7955087	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=352;SC=TTTGGGAGGCTGAGGCAGGCG;SOR=1.209;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=25;WE=17142554;WS=17142536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	18234453	rs368363188	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=6.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr12	18234460	rs200679100	T	TA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.710;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr12	18234461	rs11043840	T	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=6.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.423;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr12	18435398	rs35277916	GCCC	G	4103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=38;PP=2081;SC=TCCTGGGGAAGCCCCATAGGA;SOR=0.929;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=47;WE=18435408;WS=18435388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	18435452	rs11044004	C	T	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=26;PP=1116;SC=ATTTTAGCTCCATCATTCACA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=49;WE=18435460;WS=18435442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	18478126	rs17475920	A	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=268;SC=AAGATGACAAAAATGAATAAA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=18478134;WS=18478116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	18496228	rs184962679	G	T	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=9;PP=425;SC=TTTGTTGTGCGAATAACAAGT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=18496236;WS=18496218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	18496400	.	AACAC	A	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.4999;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=31;QD=11.6666666667;SC=GGTAACACACAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=18496411;WS=18496390;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	18499777	rs10770357	C	G	6424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=86;PP=2805;SC=ACAGGTGAGTCGTGGTGAGTT;SOR=0.897;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=65;TCR=87;TR=151;WE=18499785;WS=18499767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr12	18641326	rs7137852	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=318;SC=TCCGGCTGGATGTGGTTTAAA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=18641334;WS=18641316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	18641364	rs149017505	TTC	T	1455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=14;PP=1047;SC=AAGAATTTTTTTCTCTCTCTT;SOR=1.312;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=26;WE=18641373;WS=18641354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	18801017	rs501379	T	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=156;SC=TTTTCACTTCTGGGCCTCTGA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=18801025;WS=18801007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	18854540	rs11279217	ATCCTCCTCC	A	2529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=29;PP=1823;SC=CTTTGAATTTATCCTCCTCCT;SOR=1.034;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=32;WE=18854559;WS=18854530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	18872325	rs10841078	G	C	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=6;PP=288;SC=GAACTTCCAAGTATTTTTAAA;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=18872333;WS=18872315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	18889517	rs144525318	A	AAATTTGAG	1581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=7;PP=1422;SC=ATTAAAGTTAAAATTTGAGAA;SOR=2.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=19;WE=18889525;WS=18889507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	18890472	rs5796766	GT	G	1242.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=31;PP=685;SC=ACACACAGTGGTTTTTTTTGC;SOR=1.487;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=1;TCR=38;TR=32;WE=18890480;WS=18890462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	19282670	rs28512290	C	T	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=12;PP=624;SC=CTCGCTCGTTCCCTCCTCCCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=19282678;WS=19282660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	19283135	rs61913270	C	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=30;PP=817;SC=CCCGGCTCCCCGCAACCTGCC;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=35;WE=19283143;WS=19283125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	19406863	rs6486942	C	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	19410474	.	A	AT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr12	19418588	rs6486945	G	A	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=104;SC=GTTCATTTATGTACAAGAACC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=19418596;WS=19418582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	19418874	rs7316780	C	T	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=109;SC=AAAAAAGCTACCTTATAGTGA;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=19418882;WS=19418864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	19428009	rs2279537	T	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=13;PP=356;SC=AATATTGGTTTAAATTGTGTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=19428017;WS=19427999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	19512563	rs11044515	G	A	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=543;SC=AAAATAAAGTGTGTTTCTTTC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=19512571;WS=19512553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	19522484	rs113006194	A	AAAAG	300.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=325;SC=TTTAAAAAGAAAAAATCACAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=19522492;WS=19522474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	19592600	rs143333997	GGGA	G	1534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.85;QD=41.48;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	19626311	.	AT	A	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=43.87;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	19626315	.	ATTT	A	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=43.87;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	19626322	rs11044583	T	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=44.17;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	19626326	rs12370241	T	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=45.51;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	19646943	rs66556640	CTGGTGTATTTCA	C	325.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=0;NR=8;PP=2957;SC=CTGAGAAAATCTGGTGTATTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=8;WE=19646962;WS=19646933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	19653165	rs149646539	C	G	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=44;PP=1221;SC=TGTAAGTATTCTTTTATTTTT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=19653173;WS=19653155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	19873411	rs4301848	G	T	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.05;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	19873497	rs4369485	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=15;PP=722;SC=TAAGTCCGATAACATCTGATG;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=19873505;WS=19873487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	20709733	rs4762972	G	A	3793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=60;PP=1838;SC=AATAAAATGTGGAGCGAGGAA;SOR=1.253;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=85;WE=20709741;WS=20709723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	20766559	rs10743380	C	T	5074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=90;PP=2628;SC=TGAATCCCGTCACTTCGCTCA;SOR=1.392;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=40;TCR=90;TR=129;WE=20766567;WS=20766549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	20766685	rs7308381	G	C	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=440;SC=TTTTTTAATTGTCTTCTAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=20766693;WS=20766675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	20769026	rs68125264	TTAGA	T	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=139;SC=CACTCAAATTTTAGATAGATA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=20769037;WS=20769019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	20774464	rs10743381	A	G	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=69;PP=1989;SC=TGGTTTGTCTATTCTAATAAC;SOR=1.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=23;TCR=69;TR=92;WE=20774472;WS=20774454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	20774539	rs10734705	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=441;SC=CTTATGTGATAATACAGATTC;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=20774547;WS=20774529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	20783099	rs7304499	A	C	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=12;PP=303;SC=AATAATAAAAACGATGATAGT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=20783107;WS=20783089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	20786787	rs4265636	T	C	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=28;PP=810;SC=AAAACAGTGATCTACATTTCT;SOR=1.316;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=44;WE=20786795;WS=20786777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	20786813	rs78782960	G	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=20;PP=458;SC=TTTGTGGGGCGCTGGGAGACG;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=20786821;WS=20786803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	20786841	rs10743382	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=274;SC=ATGATGTTGGTCAGGTCGGTC;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=20786849;WS=20786831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	20787783	rs151261214	GC	G	1123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=10;PP=908;SC=GCTTAAATGAGCCCCCTTTCC;SOR=1.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=26;WE=20787791;WS=20787773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	20788137	rs11045352	G	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=507;SC=GGCAGATCACGAGGTCAGGAG;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=20788145;WS=20788127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	20801855	rs9284155	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.82;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	20803323	rs9804769	A	C	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=110;SC=TTTCTCTTCTATTCAACTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=20803331;WS=20803313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	20803549	rs10743384	T	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=14;PP=500;SC=CTGACCACTGTTTAATACAGC;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=20803557;WS=20803539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	20893052	rs2037154	C	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=7;PP=677;SC=ACATTTTTAACATAACTGTCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=20893060;WS=20893042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	20893108	rs2271656	C	T	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.096;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=1306;ReadPosRankSum=1.023;SC=TTTTCCCTATCGTGTTACAGA;SOR=1.023;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=62;WE=20893116;WS=20893098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr12	20893354	rs12368368	G	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=24;PP=674;SC=CAATCATCTCGAGCAATGATT;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=20893362;WS=20893344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	20903757	rs10841611	T	C	7667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=89;PP=2965;SC=CCGCATCTCATTGCTACAGCA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=84;TCR=90;TR=171;WE=20903765;WS=20903747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr12	20903865	rs10841612	G	A	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=58;PP=1645;SC=GTGATCTGTAGTCATAGAATA;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=84;WE=20903873;WS=20903855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	20905250	rs6487138	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=1;PP=431;SC=ACATATATATCTGGGACTAAC;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=20905258;WS=20905240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	20968644	.	AATATTCACTTGGTATCTG	A	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=2969;SC=AACAATTAAAAATATTCACTT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=20968676;WS=20968634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	20968665	rs4149158	GTTTA	G	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=303;SC=GGTATCTGTAGTTTAATAATG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=20968676;WS=20968634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	20968828	rs10734710	C	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=9;PP=208;SC=AGGCCACTAACTGTCAAAAAG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=20968836;WS=20968818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	21065235	rs142241896	TTTTATTTATTTATTTA	T	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	21065365	rs10841706	C	A	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=24.38;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	21457514	.	T	TA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.771;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr12	21590621	rs2058464	T	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=442;SC=CAGAGTCCCGTTGCTCCGCCG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=21590629;WS=21590611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	21590788	rs2110165	C	A	3737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=41;PP=1344;SC=TTTCCCCGACCCCAAAGGGGA;SOR=1.097;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=81;WE=21590796;WS=21590778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	21593404	rs4762702	G	C	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=458;SC=TGTATAACTTGTTAATATTAA;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=21593412;WS=21593394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	21602792	rs71537701	CTTTTTTTTTTTT	C	458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=2155;SC=AATTTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=21602811;WS=21602782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	21605157	rs3759229	A	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=55;SC=AAATTAAACAATTGCTTTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=21605165;WS=21605147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	21608891	rs2302500	T	C	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=178;SC=TATTTCTCTATCTGGTAATTT;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=21608899;WS=21608881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	21609127	rs4367993	T	C	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=14;PP=406;SC=CAACGAACTGTTAGGTCACTT;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=21609135;WS=21609117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	21609222	rs4388943	G	T	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=188;SC=TCAAAGCATCGAAGACTGGAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=21609230;WS=21609212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	21609733	rs7964140	A	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=9;PP=627;SC=TCAAAAGTCAATTCTCTCAAA;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=21609741;WS=21609723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	21609761	rs34335650	C	CAACT	2539.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=14;PP=1106;SC=ACTGCTTTACCAAGTATATGT;SOR=1.781;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=30;WE=21609769;WS=21609751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	21609907	rs7964568	G	A	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=815;SC=TCATGAGATTGCAGCAATGTA;SOR=1.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=21609915;WS=21609897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	21614141	rs151311552	CAATTT	C	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	21614256	rs7297084	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TCATTTCACTGTCTGTTGTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=21614264;WS=21614246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	21615664	rs3782660	T	C	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=3;PP=340;SC=TTATGAGGAATGTTGTTTAGT;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=21615672;WS=21615663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	21615917	rs34595378	C	CAG	2009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=25;PP=1230;SC=GAAGCTAGCACAGTTGTTATA;SOR=1.514;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=25;WE=21615925;WS=21615907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	21615935	rs10841819	A	T	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.85;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	21621737	rs61926324	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=145;SC=GACACCAGAAAAATCACAAGT;SOR=0.976;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=21621745;WS=21621727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	21623284	.	C	CA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=3.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.70;MQRankSum=-6.343;QD=0.56;ReadPosRankSum=-2.650;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr12	21624308	rs56736899	TA	T	910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=7;PP=586;SC=TTGCAATTTTTAAAAAAAAAC;SOR=2.833;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=29;WE=21624316;WS=21624298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	21626324	rs917852	A	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.29;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	21626330	rs917853	C	A	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.61;SOR=5.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	21627672	rs35159698	C	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=375;SC=TGGATCTGCACTTTGGTGTTC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=21627680;WS=21627662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	21628320	rs10841831	C	T	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=7.508;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=432;ReadPosRankSum=-1.186;SC=AAAGATAAAACATACAGACTT;SOR=4.615;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=20;WE=21628328;WS=21628310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,20:0.91:22
chr12	21628336	rs10841832	G	A	1066.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.236;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=678;ReadPosRankSum=-1.030;SC=GACTTATTAAGCATTTATCAT;SOR=3.912;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=30;WE=21628344;WS=21628326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,30:0.94:32
chr12	21628791	rs3752648	T	C	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=38;PP=1074;SC=GTTAGATAGATATGGCATATT;SOR=2.070;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=46;WE=21628799;WS=21628781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	21628812	rs10160843	G	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=27;PP=740;SC=CCTGGAAGATGGTTTTCAACA;SOR=3.026;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=21628820;WS=21628802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	21629987	rs917854	T	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=219;SC=TGGCTGTCTATGTACAACTTT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=21630001;WS=21629977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	21629993	rs5796903	A	AC	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=407;SC=TCTATGTACAACTTTCAGGAT;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=21630001;WS=21629977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	21639385	rs369525826	TA	T	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.06;ReadPosRankSum=2.289;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr12	21639528	rs10712738	GA	G	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr12	21639591	rs7964104	G	C	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	21644428	.	C	CA	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr12	21652641	rs12423412	G	A	271.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=223;SC=TCCTAAGCACGGAAAATGTTA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=21652649;WS=21652631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	21654831	rs1060126	G	T	8477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=75;PP=2849;SC=CCGAGGTGCTGTCGCCGCTGT;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=83;TCR=75;TR=157;WE=21654839;WS=21654821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr12	21657590	rs67392337	AT	A	8911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=86;PP=2951;SC=AAGTTACTGAATTACCTCTAG;SOR=1.043;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=10;TCR=87;TR=96;WE=21657598;WS=21657580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr12	21657618	rs11046089	T	A	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.06;NF=36;NR=72;PP=2198;SC=GTTGCACATATGAACCATAGG;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=37;TCR=72;TR=108;WE=21657626;WS=21657608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	21680609	rs7966780	C	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=414;SC=AGGTTTAAGCCCGGGTTGTCC;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=21680617;WS=21680599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	21689882	rs10431213	T	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=6;PP=369;SC=GCAGCACATGTAGAATTCAGT;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=21689890;WS=21689872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	21692166	rs36023861	CA	C	413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.69;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	21711009	rs7967170	C	A	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=233;SC=AAACTGAACCCATTTTCCTTT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=21711017;WS=21710999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	21711111	rs7977474	G	C	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=20;PP=1254;SC=TTTAAAGTTCGCCACATGAAC;SOR=1.212;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=61;WE=21711119;WS=21711101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	21711385	rs7977846	G	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=464;SC=TGATGACTAAGTCTTGTGTGT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=21711393;WS=21711375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	21712545	rs1871136	A	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=10;PP=410;SC=GAATAGTGAAACCTTAAGTGA;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=21712553;WS=21712535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	21712574	rs1871137	C	T	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=13;PP=489;SC=GAAAGCATTTCAAGCACCTAC;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=21712582;WS=21712564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	21712728	rs111250042	GACATTCTTTGAAATT	G	540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.59;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	21713308	rs4639981	T	A	6583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=55;PP=2400;ReadPosRankSum=0.318;SC=CATTCACAGGTTGTGAGATTA;SOR=0.652;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=144;WE=21713316;WS=21713298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,257:1.00:258
chr12	21713402	rs2306180	T	C	6996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=87;PP=2832;SC=AAAAACACCATCACTGTGATG;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=65;TCR=87;TR=152;WE=21713410;WS=21713392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr12	21715801	rs1473421	A	G	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=37;PP=1882;SC=CTTCCCACAGAAGAAAGTTCT;SOR=1.079;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=21715809;WS=21715791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	21716055	rs1473422	A	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=27;PP=1004;SC=TTAATGTACAAAGGGGGCTGG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=21716063;WS=21716045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	21716098	rs1473423	T	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=17;PP=742;SC=CAATTCTGTTTTCTCTCTACC;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=21716106;WS=21716088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	21727315	rs7963756	C	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=26;PP=702;SC=CTTGATTGTGCTCATGGTCCA;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=21727323;WS=21727305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	21733121	rs2126887	T	G	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=441;SC=TGTCTCAAATTCAATCCATTT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=21733129;WS=21733120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	21757272	rs153944	A	G	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	21789968	rs1677134	G	T	211.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=172;SC=AATACAATGCGAGAAATCATA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=21789976;WS=21789958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	21791272	rs1650289	T	C	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=3;PP=222;SC=TAAAATCAAGTTCCCTTTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=21791280;WS=21791262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	21791410	rs71053332	TA	T	692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=17.32;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	21791455	rs1427830	A	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=22.91;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	21791565	rs1677129	A	C	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=6;PP=143;SC=ATAGTTCCCCAAAAAGGCTGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=21791573;WS=21791555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	21794865	rs1626023	A	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=556;SC=ACAAGTAATTATTTCTTTTTT;SOR=2.387;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=21794873;WS=21794855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	21796814	rs4762862	G	A	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=12;PP=973;SC=AATAACAACAGAAACACCAAA;SOR=1.685;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=36;TCR=13;TR=48;WE=21796822;WS=21796804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	21797029	rs1650294	A	G	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=64;PP=1861;SC=TAGAATTGGCAGTCACAGAAT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=94;WE=21797037;WS=21797019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	21799999	rs1540405	G	C	6435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=85;PP=2862;SC=TCTAGGATGCGTCAGCTCACA;SOR=0.785;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=73;TCR=87;TR=157;WE=21800007;WS=21799989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr12	21807432	rs1677078	T	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=5;PP=551;SC=AAACTGTGTATACATGCTGAA;SOR=2.165;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=21807440;WS=21807422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	21807640	rs1650315	G	A	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=28;PP=792;SC=AACATTACACGTATATCTGCA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=21807648;WS=21807630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	21807687	rs7953579	C	G	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=638;SC=TAAAATGTTACTGTTGCAATT;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=21807695;WS=21807677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	21958998	rs4148680	CA	C	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,28:0.26:108
chr12	21995555	rs1643235	C	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=243;SC=TCTTCACTCACTTCCCATAGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=21995563;WS=21995545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	22005167	rs61926078	C	T	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=44;PP=1538;SC=CTAAGGAAAGCGGATATTCCC;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=88;WE=22005175;WS=22005157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	22005510	rs704183	A	G	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=30;PP=802;SC=CCTCTCGAAAATAGTAATACA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=40;WE=22005518;WS=22005500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	22017422	rs697250	A	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=8;PP=317;SC=CTGCAAGTATAGCAAACAATG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=22017430;WS=22017412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	22017486	rs697251	C	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=11;PP=355;SC=CGTCAGGTAACAGATACAATA;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=22017494;WS=22017476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	22035873	rs1356368	C	T	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=54;PP=1568;SC=TTACTGAACACTTACTCACAT;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=71;WE=22035881;WS=22035863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	22047151	rs704216	G	T	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=30;PP=892;SC=TGGAAAAAGTGTCACACATGC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=22047159;WS=22047141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	22047174	rs704217	C	T	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=26;PP=709;SC=ACATTCAGTCCTAGAAACCTA;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=33;WE=22047182;WS=22047164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	22063115	rs10770865	A	G	8208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=73;PP=2965;SC=CCCATAGATTAGGACACAGGA;SOR=0.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=106;TCR=75;TR=179;WE=22063123;WS=22063105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr12	22063251	rs35857705	CA	C	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,41:0.28:147
chr12	22063337	rs4148656	A	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=27;PP=659;SC=CAAACATTTAATTTTTTTGAG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=27;WE=22063345;WS=22063327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	22063737	rs4762719	G	T	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=16;PP=810;SC=AGGAAACAAAGAGTATTCACA;SOR=1.385;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=22063757;WS=22063727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	22063749	rs4762720	T	C	2057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=19;PP=1046;SC=GTATTCACAGTCTTTACATAC;SOR=1.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=57;WE=22063757;WS=22063727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	22063971	rs4148654	A	G	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=17;PP=511;SC=GACCAGGTGTACAGTTTGCAT;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=22063979;WS=22063961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	22065699	rs3835048	G	GA	261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=0;PP=339;SC=TCAATTCTCTGAAAAAAAGCC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=22065707;WS=22065696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	22068849	rs3759236	G	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=19;PP=526;SC=ATATCTCTGTGGCAAGAAAAA;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=22068857;WS=22068839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	22078245	rs2900493	G	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=3;PP=350;SC=ATATTTTAGAGAGCCTCTGAT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=22078253;WS=22078235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	22078556	rs2277404	T	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=10;PP=256;SC=GAGCTCTGATTCTTAAAATAC;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=22078564;WS=22078546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	22078571	rs2176394	T	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=137;SC=AAATACAACTTCTGCAAGCCA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=22078579;WS=22078561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	22078838	rs2277405	T	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=3;PP=281;SC=AAAACAAATATCTCTTTAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=22078846;WS=22078828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	22086976	rs6487252	A	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=25;PP=744;SC=GAAACCTTAAAACTTTCTAGA;SOR=2.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=22086984;WS=22086966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	22089348	rs4586220	G	A	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=74;SC=TTGCTTGTTCGTTTCTCACAG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=22089356;WS=22089342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	22215194	.	C	CT	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr12	22354921	rs704219	A	G	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=38;PP=1112;SC=TGTGGTTATAAATTTTCATGT;SOR=1.240;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=54;WE=22354929;WS=22354911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	22439322	rs3819878	T	C	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=11;PP=918;SC=TTCTAAGGCTTAAAAATTCTC;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=22439330;WS=22439312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	22439467	rs3819879	T	G	4187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	22440315	rs2072542	A	G	1493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=29;PP=906;SC=GAGATGTGCCACCTTACCTCA;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=22440323;WS=22440305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	22489150	rs3809202	A	G	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	22489256	rs7970051	C	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=18;PP=450;SC=AGTTCAAGGACTATTTGTAGA;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=21;WE=22489264;WS=22489246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	22602796	rs2063573	A	G	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=84;PP=2592;SC=AAACCACTGCATCACCACTTA;SOR=0.803;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=68;TCR=86;TR=152;WE=22602804;WS=22602786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	22625661	rs10842027	A	G	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	22642902	rs73076627	G	A	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=7;PP=437;SC=CTGTTACTACGGGTTAGTTAA;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=22642910;WS=22642892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	22643268	rs7132097	C	A	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=11;PP=277;SC=AGACTCTACTCAATATTAAAT;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=22643276;WS=22643258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	22645993	rs73076633	A	G	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=3;PP=391;SC=TTACACAGTCACTAACTGGCA;SOR=2.636;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=22646001;WS=22645983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	22655821	rs73076645	G	A	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=15;PP=447;SC=AAACAAGAACGCAATTGACAA;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=28;WE=22655829;WS=22655811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	22665418	.	CAT	C	53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=53;QD=48.0;SC=GAAAAAAGAACATGAGTCTCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=22665427;WS=22665408;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	22665633	rs200568343	T	TA	501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.7835;FS=3.203;HP=12;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.463;NF=1;NR=8;PP=86;ReadPosRankSum=0.076;SC=GAAGTTTATTTAAAAAAAAAA;SOR=0.499;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=9;WE=22665641;WS=22665623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr12	22671151	rs186149494	G	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=24;PP=770;SC=CAAACACCAGGAAAGAATTGG;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=22671159;WS=22671141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	22676633	.	T	TA	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	22677349	rs6487309	C	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=6;PP=629;SC=CAAAGGAAAGCAAAAAATTTA;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=22677357;WS=22677339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	22680851	rs11046459	A	T	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=21;PP=618;SC=TAAAATTAAAACTCATATAGT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=22680859;WS=22680841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	22688366	rs10505884	A	T	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=162;SC=ATAGAAGGATAAACCATAAAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=22688374;WS=22688356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	22778633	rs2271099	C	T	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=34;PP=1615;SC=GGCAACATCTCCTTAAGTCTA;SOR=0.856;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=76;WE=22778641;WS=22778623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	22796994	rs11429701	A	AT	2817.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=40;PP=1957;SC=TTTGAAAAATAGGGCATTTAA;SOR=1.778;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=2;TCR=40;TR=42;WE=22797002;WS=22796984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	23686237	rs148266789	GTC	G	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.693;NF=1;NR=4;PP=136;ReadPosRankSum=0.121;SC=AATTTCTTATGTCTCTCTCTC;SOR=0.368;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=5;WE=23686246;WS=23686227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr12	23915547	rs71059921	G	GA	350.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr12	23998888	rs7980561	T	C	4130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=29;PP=1762;SC=GGACACAGCATCAACTTTGTT;SOR=1.094;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=88;WE=23998896;WS=23998878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	24102665	rs141363242	CCT	C	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.98;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	24103911	rs35800209	GCA	G	642.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;MQRankSum=0.426;QD=27.94;ReadPosRankSum=-1.798;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr12	24982706	rs35406045	TA	T	2821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=20;PP=650;SC=TAAGGTGACATAAAAAAAAGA;SOR=1.107;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=30;WE=24982714;WS=24982696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	24982721	rs7398085	A	G	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=41.39;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	24982726	rs28678340	G	A	4458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=43.29;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	25031449	rs6487436	A	G	3420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	25054891	rs2291894	G	A	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=726;SC=CCTACGTGACGCTCACCATGA;SOR=3.086;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=25054899;WS=25054881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	25147300	rs699030	G	C	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=650;SC=TTTCTGAAGAGACTGCATTTG;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=25147308;WS=25147290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	25147362	rs1846016	G	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=259;SC=GGAGGCCGAGGCAGGCAGATC;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=25147370;WS=25147352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	25148755	rs864161	C	G	6615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=66;PP=2875;SC=AGTATATCCCCAACAGGAATC;SOR=0.889;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=153;WE=25148763;WS=25148745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr12	25149982	rs75288396	G	A	169.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	25242595	rs7969931	C	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=74;SC=ATCGGTTAACCTTAGACAAAG;SOR=0.914;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=25242603;WS=25242585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	25242776	rs10743538	C	T	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=4;PP=130;SC=CCAGACTCACCTGCTACAGTC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=25242784;WS=25242766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	25253983	rs11047833	T	A	347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=462;ReadPosRankSum=0.000;SC=CATGTCTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=4.174;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=17;WE=25253991;WS=25253977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr12	25261735	rs859146	G	T	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	25261759	.	T	TAAAAAAAAAAAA	221.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	25368462	rs4362222	C	T	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=36;PP=1622;SC=GTCGGATCTCCCTCACCAATG;SOR=0.825;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=89;WE=25368470;WS=25368452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	25378456	rs76433096	T	C	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=TTTCCTAGTATAGCATAATTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=25378464;WS=25378446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	25378869	rs61762369	T	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	25388290	rs7133635	G	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	25671759	rs1479500	T	A	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=19;PP=1103;SC=GTTGACCGAGTCCTGGGCTGT;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=25671767;WS=25671749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	25673079	rs1382849	C	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.31;QD=22.18;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	25678995	rs199719770	T	TA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.249;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr12	25679932	rs1705419	G	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=134;SC=CTTCAGATAGGAGTGTCTTTG;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=25679940;WS=25679922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	25699523	rs278990	A	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=17;PP=438;SC=GTAACCAGGAAAGAAGTAAAT;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=25699531;WS=25699513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	26231843	rs7133685	G	T	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	26231898	rs4963952	G	A	2751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	26275555	rs11048413	G	A	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	26275827	rs61754129	C	G	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=15;PP=704;SC=GCTTCTGCCCCGCGCGCTCCA;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=26275835;WS=26275817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	26492555	rs34679762	A	AT	759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=541;SC=CAAAAAAGGGATTTTTTTAAA;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=26492563;WS=26492545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	26568456	rs66797056	TAAGAAAAGA	T	1780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=26;PP=2971;SC=AAAACACTAATAAGAAAAGAA;SOR=2.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=26;WE=26568472;WS=26568446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	26581306	rs4963995	G	A	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=17;PP=570;SC=TCATATGAGGGTGATTTGCTA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=26581314;WS=26581296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	26592288	rs2270960	G	A	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=40;PP=1184;SC=TTAGCCTTTCGGACACCTCAG;SOR=3.398;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=46;WE=26592296;WS=26592278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	26596618	rs2220406	C	T	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=56;PP=1747;SC=TTTAGGTCTTCTTTTCCCCTT;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=86;WE=26596626;WS=26596608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	26639346	rs36049222	T	TA	246.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr12	26752843	rs2306680	A	C	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=50;SC=GTGTAACAAAATTCTCTTCAT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=26752851;WS=26752833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	26755546	rs3736185	C	T	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=28;PP=1097;SC=TTGTATCTGCCGACCTCCTTT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=26755554;WS=26755536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	26777379	rs2880875	T	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	26811045	rs12313993	T	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=530;SC=CACACAGATCTGACAAATAAT;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=26811053;WS=26811035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	26816496	rs1375656	T	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=12;PP=791;SC=TTGCCCAACATAAAATATTTC;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=26816504;WS=26816486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	26819095	.	A	ATAGATAGATAGATAGATAGATAGAT	1518	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=57.33;NF=0;NR=3;PP=1518;QD=508.666666667;SC=AGATAGATAGATTTTTTTTTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=26819103;WS=26819085;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,3:0.33:9
chr12	26834804	rs111626763	T	TACTC	4199.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=15;PP=2448;SC=TTTAAAGAGTTACCTCCTTTC;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=43;WE=26834812;WS=26834794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	26848410	rs1982385	A	C	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=132;SC=TTACCTGTGAACCATAGGCTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=26848418;WS=26848400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	26848663	rs3830260	A	AT	580.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=274;SC=AATTCAATTAATATTCTATCC;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=26848671;WS=26848653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	26868322	rs1900941	T	C	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	26869047	rs12812095	C	T	3032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=25;PP=1450;SC=GAAAAATGAACACATTCATTC;SOR=1.290;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=76;WE=26869055;WS=26869037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	26869233	rs7957289	C	T	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=52;PP=1589;SC=GTGCTATATTCGAAGCTAGAA;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=73;WE=26869241;WS=26869223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	26874138	rs11407207	G	GT	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.556;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,35:0.81:43
chr12	26875235	rs2291262	A	G	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=2;PP=848;SC=AGTAAAAACTATATTTTCTTT;SOR=3.855;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=34;WE=26875243;WS=26875225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	26875565	rs2291261	G	A	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=297;SC=TTTTATACATGTATCATATAT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=26875573;WS=26875555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	26943170	rs7314747	A	T	4527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=48;PP=1787;SC=CCTAGAAGGAAAAGCATGTTT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=26943178;WS=26943160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	26985537	rs11048706	G	C	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=11;PP=1095;SC=GCGCGGCAGCGGGAGGACCGG;SOR=2.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=52;WE=26985545;WS=26985527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	26985807	rs11048708	T	G	2202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=40;PP=1292;SC=GCGGATCGGATCGCGGGACTA;SOR=1.379;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=26985815;WS=26985797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	27058563	rs7397665	A	G	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=104;SC=AAAATAATATATTCACAGAAC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=27058571;WS=27058553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	27059224	rs1488052	G	A	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	27067530	rs148835650	G	A	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=35;PP=968;SC=AACCAAATAAGATAAAATTAG;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=27067538;WS=27067520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	27081566	rs2029309	C	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=507;SC=GCTGTCTCTACTATTCTGAAA;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=27081574;WS=27081558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	27087703	rs708158	T	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=199;SC=ATGTGTAGTATATGCCAGGTG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=27087711;WS=27087693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	27128594	rs5797208	G	GT	4574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=54;PP=2691;SC=ATGTTCAGCTGTGGAAGAGTG;SOR=1.311;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=4;TCR=55;TR=58;WE=27128602;WS=27128584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	27143579	rs12299714	C	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=15;PP=375;SC=AAAAATAACACATGATTAGTG;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=27143587;WS=27143569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	27143632	rs35719635	C	T	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=76;SC=ATCCCACCTACGTGTAATATT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=27143640;WS=27143622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	27152666	rs7314394	T	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	27175494	rs3963548	T	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=8;PP=368;SC=TTTTGGCGTCTGTTTGCTGCG;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=27175502;WS=27175484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	27175640	rs1872191	A	G	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=27;PP=1032;SC=GCAAAACTTGAAAGTGGGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=58;WE=27175648;WS=27175630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	27234505	rs34457591	A	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=18;PP=486;SC=AAAATAGCCCAAGTGTCAATG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=27234513;WS=27234495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	27300420	rs841618	T	C	320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=2;PP=216;SC=TATGCTCTCTTAATGTTCCTT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=27300428;WS=27300410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	27461984	rs6487599	T	C	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=1;PP=114;SC=TTAAGGGAAGTTACTTTTCTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=27461992;WS=27461974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	27470682	rs2242185	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=227;SC=TTATTAGCAACGTGATTGTAA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=27470690;WS=27470672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	27470866	rs6487601	G	A	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	27553566	rs1037921	A	G	3069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=36;PP=1412;SC=AAGAAAGACAACAGTAATTTT;SOR=0.726;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=73;WE=27553574;WS=27553556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	27553794	rs2927028	C	T	230.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=177;SC=GCTAGTTTTTCTTTTTCTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=27553802;WS=27553778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	27554699	rs4409932	G	A	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	27568977	rs11445165	C	CA	145.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.51;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr12	27569025	rs1256955	G	T	136.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=62.13;NF=1;NR=4;PP=106;SC=TTTAAGTGGCGTTGTGGAATA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=27569033;WS=27569015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	27623433	rs35052632	G	GT	601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=3;PP=772;SC=TGAACAGCCAGTTGAAAGGGG;SOR=3.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=19;WE=27623441;WS=27623423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	27623490	rs776199	A	G	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.99;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	27625823	rs386428	A	T	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	27625879	rs381905	G	A	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=1.125;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	27625887	rs401739	T	C	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.13;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	27627805	rs411816	G	A	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=42;PP=1253;SC=ACCCTCAAGCGTCTACATCTC;SOR=1.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=68;WE=27627813;WS=27627795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	27647420	rs201140404	TTTATTATTA	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr12	27648710	rs3751223	C	T	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=23;PP=715;SC=GAAATAGATACGGAAGAGATG;SOR=0.992;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=27648718;WS=27648700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	27648786	rs306646	A	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=328;SC=GCAATACAGCATGGTAAGTCA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=27648794;WS=27648776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	27648824	rs3751225	A	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=225;SC=GGGCTGGATGACTGCCCCAAA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=27648832;WS=27648814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	27788021	rs2075378	G	A	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=29;PP=870;SC=CAGCAGAAACGCTTGTTGAAT;SOR=0.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=50;WE=27788029;WS=27788011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	27800576	rs34792131	C	CT	1160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=11;PP=699;SC=AGGATCATTCCTTTTTTTGTT;SOR=1.562;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=24;WE=27800584;WS=27800566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	27800746	rs2194816	G	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=26;PP=799;SC=CAGAGAGAAGGTGAATGCCAC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=27800754;WS=27800736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	27807906	rs7979973	G	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=506;SC=TTGAATTTAAGCACCACTGAT;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=27807914;WS=27807896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	27811649	rs10771354	G	T	127.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	27813754	rs7132997	A	G	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=1;PP=169;SC=TGGAGAGTAAATAACTTCTTA;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=27813762;WS=27813744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	27813903	rs7133222	C	T	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=13;PP=494;SC=TTTAAATATACGTGTGGATGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=27813911;WS=27813893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	27813961	rs7133231	A	G	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	27813973	rs7133328	C	T	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	27813981	rs7133545	G	C	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.88;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	27814085	rs6487629	C	T	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=103;SC=CCTGCCCCCACGAATTCAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=27814093;WS=27814075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	27820302	rs2033024	C	T	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=25;PP=716;SC=GACTGTGTTACTGAAAAGTTA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=27820310;WS=27820292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	27832308	rs10743607	G	A	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=292;SC=CTCTTTGTAAGTCACTGATTA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=27832316;WS=27832298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	27832347	rs11049093	C	A	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=3;PP=385;SC=CTTAACAGTTCTAGAACCAAG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=27832355;WS=27832337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	27841925	rs35617482	C	CT	1040.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.497;NF=10;NR=18;PP=355;ReadPosRankSum=-0.816;SC=TTTTGACAAGCTTTTTTTTTT;SOR=0.787;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=28;WE=27841933;WS=27841915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,57:0.83:69
chr12	27849796	rs929949	A	G	3814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=52;PP=2143;SC=TTGGGGATCCAACAAGCAAAT;SOR=0.707;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=55;TCR=53;TR=107;WE=27849804;WS=27849786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	27850113	rs12819160	A	T	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=26;PP=844;SC=TGGAAACTGAAGATTGTGTGT;SOR=1.262;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=40;WE=27850121;WS=27850103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	27867706	rs11049106	C	T	3376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=20;PP=848;SC=TTATCTTTTACGTACAGCGGA;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=27867714;WS=27867696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	27867727	rs1127787	G	A	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.45;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	27877135	.	AT	A	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=5.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.775;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,20:0.22:93
chr12	27878475	rs61915366	G	A	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=12;PP=629;SC=TATAGCTCTTGAAGTTTGTTG;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=27878483;WS=27878465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	27915944	rs11049124	A	G	5648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=74;PP=2614;SC=TGTTGAGTCCAGGTGGAACAG;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=72;TCR=74;TR=146;WE=27915952;WS=27915934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr12	27916206	rs11049125	G	A	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=48;PP=1558;SC=ACCATTTATCGTGGTGGTTTG;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=87;WE=27916214;WS=27916196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	27916224	rs11049126	A	G	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=41;PP=1437;SC=TTGTTTATCTAAATTCATAGC;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=27916232;WS=27916214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	27919491	rs9668702	T	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=291;SC=GGAAAATAATTATTTTAGGGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=27919499;WS=27919485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	27950067	rs138908506	C	CA,CAA	403.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.23;ReadPosRankSum=2.005;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,11,8:0.52,0.38:21
chr12	28111319	.	C	CA	72	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=72;QD=21.0;SC=TTAGCCTTGGCAAAAAAAAAA;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=28111327;WS=28111309;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	28115095	rs12812817	C	T	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	28122485	rs6242	T	A	10160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=104;PP=2965;SC=AGTGTCAGTCTGGACTCTCCA;SOR=0.848;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=130;TCR=104;TR=233;WE=28122493;WS=28122475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr12	28412397	rs199541046	G	GT	230.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=3.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr12	28412398	rs7969414	G	T	1438.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=18.69;ReadPosRankSum=-1.123;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,63:0.82:77
chr12	28457618	rs6487674	A	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=27;PP=774;SC=ACTTCACTGAAGTTGCTGATG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=53;WE=28457626;WS=28457608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	28544464	rs3741760	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=381;SC=GAGAAAAAATGTGCTTATGTA;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=28544472;WS=28544454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	28605426	rs10771427	G	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=251;SC=AAAAGAAGCAGTGAAGGATGC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=28605434;WS=28605416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	28724216	rs6487691	T	C	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=28;PP=1286;SC=TACTACTGTATATCCTTCTTG;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=68;WE=28724224;WS=28724206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	28726042	rs6487692	C	T	181.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=82;SC=TAAAAAAAGGCTTTAGCACCG;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=28726050;WS=28726032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	29444284	rs7972032	G	A	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=23;PP=986;SC=TACTGAGCCAGGGTCTCTGAG;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=29444292;WS=29444274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	29446477	rs10679359	T	TA	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.00;ReadPosRankSum=0.314;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,58:0.94:62
chr12	29462224	rs6487807	C	G	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=44;PP=1209;SC=TAACAAAATTCTTAGTGCTGG;SOR=1.395;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=29462232;WS=29462214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	29485449	rs10743656	G	A	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=399;SC=AAGGTCACTCGTCTATGTAGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=29485457;WS=29485439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	29486745	rs1052583	T	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=987;SC=TAGCCATCGCTTTTTATCTGG;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=46;WE=29486753;WS=29486735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	29501906	rs3815843	A	G	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=131;SC=CCACTTAAAGATTATCTTTAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=29501914;WS=29501896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	29501941	rs3764952	A	G	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=2;PP=200;SC=GACATTAAAAATGTATTAATA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=29501949;WS=29501931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	29509450	rs1035606	C	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=26;PP=699;SC=ACATTCAATACAGTTACCATT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=29509458;WS=29509440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	29509513	rs1035607	A	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=234;SC=ATCATTTTTTAGGTAATATTC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=29509521;WS=29509503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	29520017	rs12831751	A	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=18;PP=475;SC=TATGTAGAATAATTTCCGATA;SOR=4.615;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=29520025;WS=29520007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	29521193	rs12831730	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	29593768	rs66808023	GA	G	768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=19;PP=739;SC=TTAGCAATTGGATTTTTTACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=29593776;WS=29593758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	29604392	rs1347570	C	G	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=22;PP=1025;SC=ATACTGCTTGCTGAAACTCTG;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=52;WE=29604400;WS=29604382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	29607931	rs2060570	T	C	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=37;PP=1086;SC=TAGTGGGCACTAAAGCAGCCA;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=29607939;WS=29607921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	29608449	rs1369904	T	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=21;PP=612;SC=TTTAATTCCTTAAAGATTTGT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=29608457;WS=29608439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	29628016	rs2043623	G	A	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=17;PP=502;SC=TGGTAAATCTGGCCTTGAAGC;SOR=0.970;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=27;WE=29628024;WS=29628006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	29630081	rs7975356	G	A	6136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=46;PP=2209;SC=ATGACACCTTGTGTTACTGGG;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=122;WE=29630089;WS=29630071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr12	29639186	rs3847680	T	C	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.81;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,157:0.99:159
chr12	29642542	rs967182	C	T	1410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=15;PP=674;SC=GGCTGGTTTACACTTTTGTAC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=29642550;WS=29642532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	29642573	rs967181	A	C	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=23;PP=932;SC=TCCATTCCCCAATCAGGGAAG;SOR=0.811;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=29642581;WS=29642563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	29648275	rs10843438	G	A	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=22;PP=1444;SC=ATATATTCACGGCTGTTGTAT;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=71;WE=29648283;WS=29648265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	29650702	rs822879	C	T	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=45;PP=1270;SC=CGCCCTTTATCCCCTCCTGCG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=29650710;WS=29650692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	29736480	rs2113879	A	G	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=559;SC=TGCTCAGTCCATGCACAAAAA;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=29736488;WS=29736470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	29736523	rs2288230	G	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=408;SC=AAACAGGGTGGAAGGAACGGG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=29736531;WS=29736513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	29736553	rs2113880	A	G	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=15;PP=412;SC=GGGGTGCAATAGCTTCCCCCC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=29736561;WS=29736543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	29813816	rs138783218	T	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=3;PP=164;SC=TGCTCTCAGATACCTAAAACG;SOR=1.112;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=29813824;WS=29813806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	29920745	rs35316467	G	GTA	1318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=14;PP=1278;SC=ATATTTACATGTATATATATG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=29920753;WS=29920735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	29920790	rs148049141	C	CACAT	4469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=30;PP=2371;SC=TACATACACACATTCATATTC;SOR=1.261;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=57;WE=29920798;WS=29920780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	29921074	rs302316	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=321;SC=CACAAGGAACACAGACGGAAT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=29921082;WS=29921064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	29936613	rs184221	T	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	30809492	rs7974489	G	A	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=131;SC=TCCAAAAATTGAAGTGATTAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=30809500;WS=30809482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	30815157	rs2118780	A	T	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=574;SC=AATGTTGTTAAGCAGCACATG;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=30815165;WS=30815147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	30948848	rs256653	G	C	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=31;PP=1934;SC=TCCTTCCCCTGCCCCCATTCC;SOR=1.253;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=88;WE=30948856;WS=30948838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	30949206	rs256654	A	G	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=50;PP=1470;SC=CATCCTCTCGATGGCCGCGCC;SOR=1.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=16;TCR=50;TR=66;WE=30949214;WS=30949196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	31116745	rs11051187	C	T	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=26;PP=1452;SC=TGCTCTAACCCGGTGGTCTCC;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=78;WE=31116753;WS=31116735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	31131712	rs35097	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=475;SC=TCCCCCTACATATCTGCATCC;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=31131720;WS=31131702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	31132479	rs35096	A	C	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GCTGATGGGGACTTCGCTCCT;SOR=0.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=42;TCR=25;TR=65;WE=31132487;WS=31132469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
chr12	31135478	rs35089	T	C	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=41;PP=1347;SC=TCAAGTGCTGTGGAAGCAACA;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=31135486;WS=31135468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	31135579	rs2075333	T	C	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=745;SC=ACAGTGGTGGTGCGCTGCGGC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=31135587;WS=31135569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	31135905	rs888473	A	T	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=172;SC=TCCTCTGGCCAGTCCTCAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=31135913;WS=31135895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	31244665	rs201612562	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=6.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.30;MQRankSum=-7.539;QD=2.42;ReadPosRankSum=-2.557;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,24:0.21:112
chr12	31244703	rs374684190	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=4.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.52;MQRankSum=-9.920;QD=2.22;ReadPosRankSum=1.362;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,44:0.21:211
chr12	31256995	rs11545332	G	A	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=11;PP=253;SC=TCCTTGGGGCGTTCCAGGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=31257003;WS=31256985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	31282765	rs2536839	A	T	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.58;QD=24.91;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	31282784	rs35666624	A	G	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.02;QD=24.08;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	31285101	rs2933405	A	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=5;PP=592;SC=TCTCTATTCTATTATTTTAAG;SOR=2.448;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=30;WE=31285109;WS=31285091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	31285169	rs2287449	A	T	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.65;QD=25.30;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	31286189	rs3844571	T	C	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=26;PP=914;SC=CCAGCTCACTTAAGCATGGCT;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=31286197;WS=31286179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	31288835	rs200865477	G	GA	784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.68;QD=30.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	31288884	rs4931444	G	T	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=18;PP=1193;SC=ACAGAACAACGCACCTCTACA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=56;WE=31288892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	31288955	rs11051266	G	A	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=39;PP=1947;SC=TTGAACAACCGAAAAGGGTGA;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=99;WE=31288963;WS=31288945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	31297722	rs55758709	C	T	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.98;QD=28.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	31297871	rs12309295	G	C	3649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=40;PP=1299;SC=TCAGATTTCAGTAGAAGGACG;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=31297879;WS=31297861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	31298250	rs115596083	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.10;QD=25.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	31300754	rs116358569	T	C	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=25;PP=1297;SC=GACTGATGCATGATTTCTAAG;SOR=1.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=75;WE=31300762;WS=31300744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	31300891	rs56144986	C	A	6288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.632;NF=91;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=0.208;SC=GAGTAATGCACAGTAACAACC;SOR=0.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=170;TCF=91;TCR=79;TR=169;WE=31300899;WS=31300881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr12	31301888	rs11051274	T	C	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=42;PP=1339;SC=AGGTACATTATTGGGATCCGA;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=30;TCR=42;TR=72;WE=31301896;WS=31301878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	31307173	rs4931449	A	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=437;SC=TGAAAATAGTATTGTTAAGCT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=31307181;WS=31307163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	31310983	rs7971718	G	A	4247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=48;PP=1595;SC=TGCATTGACCGTAACTTCAAA;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=99;WE=31310991;WS=31310973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	31311973	rs61733843	G	A	3229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=57;PP=1611;SC=TGAAAAATCCGATTGTTTTGA;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=90;WE=31311981;WS=31311963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	31331725	rs192891847	C	T	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.67;QD=26.95;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	31359083	rs61917095	C	T	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=42;PP=1267;SC=AATGGGAACCCGTCATTCCCT;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=73;WE=31359091;WS=31359073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	31359210	rs2164498	A	G	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=172;SC=CTCTTTGTGTAAAGACCCACA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=31359218;WS=31359200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	31450157	rs12228083	T	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=142;SC=ATTTTTATTTTAGTATCTTCA;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=31450165;WS=31450147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	31539122	rs3741877	A	G	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=32;PP=1197;SC=TTTGCTTTTCAGCCACAACTG;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=31539130;WS=31539112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	31542191	rs10843937	A	G	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=936;SC=ATGATCTGGTATAACCTTTTC;SOR=2.780;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=39;WE=31542199;WS=31542181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	31545103	rs708218	T	C	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=132;SC=AATATATATATCCTTATCACT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=31545111;WS=31545093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	31545381	rs792874	A	G	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=37;PP=1137;SC=CTATGTCTAAAAAAAACACTA;SOR=1.099;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=57;WE=31545389;WS=31545371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	31545682	rs7975761	A	G	3271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=41;PP=1323;SC=AATAAACCAAAGTACTATGGG;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=31545690;WS=31545672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	31551002	rs11346977	CT	C	97.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=109;SC=CAACTTTCTTCTTTTTAAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=31551010;WS=31550999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	31551350	rs1798769	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=15;PP=535;SC=GACAGGGTTCCCGCTCAGCCC;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=31551358;WS=31551340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	31568221	rs793159	C	T	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=24;PP=1161;SC=CAGCCATAATCATTTGAGCAA;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=62;WE=31568229;WS=31568211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	31600400	rs7976644	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=464;SC=TTTGTTGTACGTAAGGCCAGC;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=31600408;WS=31600390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	31632449	rs3741878	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=4;PP=443;SC=TCTAATAATATACCCCATGGA;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=31632457;WS=31632439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	31633258	rs113784337	G	GT	408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=18;PP=516;SC=AATAAATGTTGTTTTTTTAAC;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=18;WE=31633266;WS=31633248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	31648723	rs4931506	G	A	3111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=28;PP=1372;SC=AAGAGTAAATGAGGGGAAAAA;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=77;WE=31648736;WS=31648713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	31648728	rs143241018	GA	G	2854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=29;PP=1156;SC=TAAATGAGGGGAAAAAAAACA;SOR=1.057;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=51;WE=31648736;WS=31648713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	31648826	rs4930979	C	T	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=50;PP=1523;SC=GAATGTTCTTCTCAAAGGACT;SOR=0.916;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=87;WE=31648834;WS=31648816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	31648948	rs4931507	G	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=301;SC=GACTGATAATGTTGAGATCTG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=31648956;WS=31648938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	31693975	rs34225458	T	TA,TAA	1768.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.166;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.87;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,65,21:0.73,0.24:89
chr12	31814741	rs7959989	G	C	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=6;PP=407;SC=CTCTTCCTCAGAATTCTCAGT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=31814749;WS=31814731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	31815233	rs56228550	C	T	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=854;ReadPosRankSum=0.163;SC=TAAGGCGCTACAGATCTTTGC;SOR=0.643;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=41;WE=31815241;WS=31815223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr12	31825120	rs11551368	G	C	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=135;SC=TATAACTTAAGACAATAAAAT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=31825128;WS=31825110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	31826791	rs73090331	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=15;PP=411;SC=TGTGTTAATGTCCTATTGCTG;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=31826799;WS=31826781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	31850220	rs2388926	C	T	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=3;PP=614;SC=ATTGGTTATCCGCTAGGTTTT;SOR=3.334;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=26;WE=31850228;WS=31850210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	31907659	rs11613702	C	T	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.42;QD=25.34;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	31908050	rs6488005	A	C	10764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=121;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.818;SC=CCAAGCCCATAGATAGATCAG;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=237;TCF=116;TCR=121;TR=236;WE=31908058;WS=31908040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,425:1.00:427
chr12	32134240	rs2388982	C	T	9587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=129;NR=132;PP=2965;SC=TTACCCAAAACGTATGGTTGA;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=261;TCF=129;TCR=132;TR=261;WE=32134248;WS=32134230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr12	32134638	rs2166807	T	C	6578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=102;PP=2965;SC=AGTCAGCTTCTAAATTCTGTA;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=190;TCF=87;TCR=103;TR=189;WE=32134646;WS=32134628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr12	32135441	rs3759301	T	C	5768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=62;PP=2965;SC=AATGCCAGACTCATCTCATGA;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=78;TCR=63;TR=139;WE=32135449;WS=32135431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	32136750	rs3809228	T	C	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=27;PP=1213;SC=GACTTTGGTTTTCAAAAAGAT;SOR=0.821;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=59;WE=32136758;WS=32136740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	32138924	rs7302975	T	C	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=26.23;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	32138974	rs35804480	CT	C	1190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=22;PP=903;SC=CTCATGCTGTCTTGGGCTGCT;SOR=1.542;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=32138982;WS=32138964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	32261435	rs1144715	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=25;SC=TGGGTAGCAAATAACCACTTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=32261443;WS=32261428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	32446835	rs261877	G	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=214;SC=CCCATGAGGTGTTTTTATTAT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=32446843;WS=32446825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	32446901	rs261878	T	C	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=15;PP=715;SC=GAGAGTTATATATTGACTGTT;SOR=1.047;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=39;WE=32446909;WS=32446891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	32481093	rs3748275	G	C	9193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=112;NR=96;PP=2965;SC=GGCGGGGTGTGTCATCCCCGG;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=112;TCR=97;TR=208;WE=32481101;WS=32481083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr12	32481577	rs3748276	A	G	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=195;SC=GAGTATCGTCAAGATGAGAGT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=32481585;WS=32481567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	32487644	rs10844188	T	A	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=52;PP=1572;SC=GTAGGTGGGGTAAAGGCTTTA;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=32487652;WS=32487634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	32490348	rs2388988	G	A	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=438;SC=TCTAAATTTCGGTCAAATTTA;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=32490356;WS=32490338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	32490369	rs2388987	G	A	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	32490375	rs4604975	C	G	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	32490764	rs2270786	G	A	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=30;PP=1043;SC=TGCATGCAGCGATCTTCATAG;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=55;WE=32490772;WS=32490754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	32490849	rs7309590	GC	AG	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	32491626	rs1471909	G	A	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	32520416	rs11351681	GA	G	70.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=-1.465;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	32530257	rs7298381	G	T	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=110;SC=AGGGAAGAGTGCATATATCAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=32530265;WS=32530256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	32530385	rs7298319	C	G	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=40;PP=2272;SC=TTCTCAAAATCTATGCAAAAA;SOR=1.173;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=117;WE=32530393;WS=32530375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	32552769	rs2651369	C	G	2517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=29;PP=1072;SC=GGGTGGCGATCCGGCGGAAGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=58;WE=32552777;WS=32552759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	32735236	rs904582	C	T	4147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=59;PP=2039;SC=CCACAACAGACAGCTGTGATG;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=57;TCR=61;TR=116;WE=32735244;WS=32735226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	32755058	rs4931641	T	A	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.90;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	32764184	rs10844253	G	A	4643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=47;PP=1586;SC=TAGCTGCTCGGAACACTTCAG;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=88;WE=32764192;WS=32764174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr12	32777362	rs11052110	G	A	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	32777416	rs10700807	C	CT	280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr12	32778039	rs7970584	A	G	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=16;PP=441;SC=AACCTCTTTCATATCTTTGCA;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=32778047;WS=32778029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	32854602	rs9737752	G	A	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=16;PP=403;SC=CTGTAGCATAGTTAGAAGTCC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=32854610;WS=32854592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	32890685	rs2177704	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=8;PP=622;SC=TTATTTTCATCTTTCATGTTA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=32890693;WS=32890675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	33535510	rs74075211	T	G	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=318;SC=AAAGCATAAATAAAACTGCAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=33535518;WS=33535500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	33560341	rs199564843	G	A	3187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=46;PP=1485;SC=TCATTTTGATGAGAATGTTAT;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=33560349;WS=33560331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	33576990	rs7980799	A	C	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=49;PP=1379;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TGATTGATATAAAAGTTCTAG;SOR=0.617;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=68;WE=33576998;WS=33576980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
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chr12	38710583	rs7296576	C	T	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=219;SC=TATGTGGCCCCGTCTGGCTAG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=38710591;WS=38710573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	38712142	rs6582584	C	G	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=60;PP=2688;SC=TGGATCTTTGCATGGTCTGAA;SOR=0.712;Source=Platypus;TCR=61;TR=123;WE=38712150;WS=38712132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr12	39064624	.	C	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=197;SC=AAAATATGATCATTTATTCAG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=39064632;WS=39064614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	39087609	rs3759139	G	A	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.775;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=58;PP=1492;ReadPosRankSum=0.439;SC=AAGGATTCATGTAGTGGAGGG;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=46;TCR=74;TR=93;WE=39087617;WS=39087599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,138:0.71:195
chr12	39087687	rs826877	A	C	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=37;PP=1015;ReadPosRankSum=-1.333;SC=AGGGTAAATAAATTTAACAAA;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=52;WE=39087695;WS=39087677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,74:0.96:77
chr12	39096664	rs7960616	T	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.065;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr12	39117384	rs844115	C	A	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=7;PP=776;SC=GTTAAAGTTACAATTTGCCCC;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=39117392;WS=39117375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	39124173	rs5797589	G	GA	800.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=417;SC=AAAATTAAAGGAAAAAAGTAC;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=39124181;WS=39124163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	39154492	rs12300353	G	C	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=183;ReadPosRankSum=0.529;SC=GAGAAAATATGCTCATTTTAA;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=11;WE=39154500;WS=39154482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr12	39154733	rs862332	T	A	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=547;ReadPosRankSum=-2.050;SC=CTTAGTAAGATCAAAATAATG;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=43;WE=39154741;WS=39154723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,52:0.45:116
chr12	39233771	rs3803020	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=-0.221;SC=AAAGATTGAAATATAAAACTC;SOR=0.956;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=16;WE=39233779;WS=39233761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr12	39299401	rs147805295	A	G	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=-0.902;SC=ACTGAGGGCTAGCTCCCGTCA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=6;WE=39299409;WS=39299391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr12	39695445	rs2271477	G	A	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=51;PP=1631;SC=ACCACTCCCAGGGCACAGACC;SOR=1.140;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=80;WE=39695453;WS=39695435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	39698641	rs11171689	G	C	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	40001547	.	G	GTT	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=-0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	40037727	rs10735878	A	G	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=3;PP=73;SC=CTGGTAAGTCATTCCAATTGC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=40037735;WS=40037717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	40077028	rs10047563	A	G	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	40619082	rs2256408	G	A	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=15;PP=405;SC=TACTCCGAGCGCGGTAATCAC;SOR=0.866;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=25;WE=40619090;WS=40619072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	40619301	rs2723273	G	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=8;PP=378;SC=CTAAAAAGGAGAGGGGGTGCT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=19;WE=40619309;WS=40619291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	40619542	rs2256286	A	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=494;SC=GGTTATTCCCAAAATTTGGCT;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=40619550;WS=40619532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	40626230	rs1352879	T	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=22;PP=689;SC=GAGTATTTATTTGTACACATG;SOR=0.854;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=40;WE=40626238;WS=40626220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	40626285	rs1352878	C	T	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=18;PP=504;SC=AAGGCTACTCCTGTGGAATTC;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=40626293;WS=40626275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	40646786	rs34594498	C	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	40646948	rs7969677	G	A	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=85;SC=ATCTCTATGTGTAGAGATGTA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=40646956;WS=40646938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	40688695	rs7966550	T	C	148.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	40692980	.	C	T	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	40703152	rs11175966	C	A	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=3;PP=78;SC=TCTTTAAATACTTTCTTAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=40703160;WS=40703142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	40716037	.	T	TA	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr12	40753044	rs111612315	C	CT	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=-1.001;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	40753303	rs3789330	A	G	82.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	40757114	rs10626458	A	ACATG	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=547;SC=TAGTGTTTTTACATTAAGAAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=10;WE=40757122;WS=40757104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	40761358	rs4768238	A	G	40.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	40821176	rs7955308	G	A	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=33;PP=1764;SC=ATTTCTCCAGGAACACAAAGA;SOR=1.167;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=89;WE=40821184;WS=40821166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	40821839	rs11176584	C	T	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=24;PP=715;SC=CCTGTGAATCCAGTGGAACAG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=40821847;WS=40821829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	40826116	rs11564239	G	T	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=0;PP=97;SC=TAAAAATTTGGGTTCATATAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=40826124;WS=40826106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	40827479	rs2162470	T	C	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=208;SC=TTCACTTGGGTGAAGAACTGA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=40827487;WS=40827469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	40827579	rs11564110	C	T	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	40830599	.	CGT	C	97	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=18;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=97;QD=14.4285714286;SC=TCGCTATAGTCGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=7;WE=40830610;WS=40830589;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr12	40837149	rs11564141	G	A	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=12;PP=419;SC=CAATGCAAATGCATACTCCAT;SOR=0.780;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=25;WE=40837157;WS=40837139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	40857214	rs10878623	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=5;PP=196;SC=TATCCATATATATTAAGCACC;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=40857222;WS=40857204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	40857943	rs2933353	A	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=210;SC=GTATCTGGAGAAACCCCTGCA;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=40857951;WS=40857933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	40859036	rs2131202	C	T	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=22;PP=826;SC=GATGTCATTCCGAGGCTGTGG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=40859044;WS=40859026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	40868767	rs1444222	A	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=579;SC=AAGTGTCAGAACAAAGGGAAA;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=40868775;WS=40868757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	40894745	rs111256342	A	ACTGAGAATAC	1393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=2957;SC=TGTCCTCCTGACAGGAAGATT;SOR=1.214;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=16;WE=40894753;WS=40894735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	40894964	rs719228	G	T	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=414;SC=GCTACGACTGGGGTGGCTCCT;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=40894972;WS=40894954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	40895026	rs719227	C	T	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=270;SC=TGCAGGTTGGCAGGGAAGTCT;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=40895034;WS=40895016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	40895492	rs62831460	GA	G	429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=18;PP=269;SC=CAGAACACTAGAAAAAAAAAA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=18;WE=40895500;WS=40895482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	40912236	rs2588399	G	T	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=33;PP=1259;SC=CCCACAATTGGCTTGCCCAAC;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=65;WE=40912244;WS=40912226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	40914826	rs10878731	G	T	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=321;SC=TGTCTTGATAGAAATATGGCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=40914834;WS=40914816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	40915787	rs2920821	T	C	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=194;SC=AGCTTGATACTTTTTTCTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=40915795;WS=40915780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	40917312	rs2920820	C	T	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=59.95;NF=13;NR=18;PP=632;SC=GTCTTTCCTTCTGGTGTTTCT;SOR=1.040;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=31;WE=40917320;WS=40917302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	40918345	rs1492319	G	A	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=3;PP=104;SC=GGAGGAAGTGGCACCACTGGA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=40918353;WS=40918335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	40918902	rs2933352	T	C	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=22;PP=949;SC=CACCAGAAAGTAGGACAGGTA;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=40918910;WS=40918892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	40920110	rs2933351	T	C	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=28;PP=1101;SC=CGGGGCCACCTGAGCAGGATT;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=40920118;WS=40920100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	40922104	rs1444220	A	C	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=29;PP=885;SC=GCTGGCCCCAACTCAGGTAAG;SOR=1.073;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=45;WE=40922112;WS=40922094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	40924470	rs2588403	T	C	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	40925908	rs7139187	A	C	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=17;PP=547;SC=AAGGGAATGCATCTTATTTAA;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=40925916;WS=40925898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	40926493	rs4768290	C	T	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	40954283	rs1492321	A	G	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=10;PP=649;SC=CAATAAAGCTATAAACAAAGA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=40954291;WS=40954273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	41582590	rs10879830	G	C	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=19;PP=552;SC=CTGCCCGCCGGCTCCGCAGCC;SOR=0.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=41582611;WS=41582580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	41582603	rs10879831	G	C	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=18;PP=431;SC=CCGCAGCCGCGGGGGCTGCGC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=41582611;WS=41582580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	41588124	rs3847980	A	G	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=7;PP=159;SC=AGGCATTATCATTTTTACTTT;SOR=1.981;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=41588132;WS=41588114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	41946453	rs285585	T	C	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=18;PP=835;SC=GTGTTGTTCTTTCAGGAGGTC;SOR=0.828;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=42;WE=41946461;WS=41946443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	41949370	rs285580	T	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.015;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=465;ReadPosRankSum=-0.574;SC=AGAGAAATATTATGTATACTG;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=27;WE=41949378;WS=41949360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
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chr12	42503505	rs824695	T	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	42513127	rs7977365	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=270;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGATCACTTGAAACCAAGAG;SOR=0.859;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=14;WE=42513135;WS=42513117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr12	42538320	rs112525075	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-4.340;QD=0.78;ReadPosRankSum=-1.715;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,7:0.10:73
chr12	42538334	rs181558534	C	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-4.688;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.702;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,6:0.08:72
chr12	42554505	rs1059360	A	G	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=42;PP=1461;ReadPosRankSum=0.673;SC=GATCTGCAGAAGCAGCACTAG;SOR=0.590;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=94;WE=42554513;WS=42554495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,145:0.65:222
chr12	42599696	rs12370778	T	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=-0.336;SC=TGTGATTTAGTTCTAATTATT;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=7;WE=42599704;WS=42599686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr12	42606135	rs10880269	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=239;ReadPosRankSum=0.457;SC=TCATCATATTCATTTTAATGT;SOR=1.069;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=17;WE=42606143;WS=42606125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr12	42629550	rs7960176	T	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=712;SC=TACAAGAGCTTAGATGTACTG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=30;WE=42629570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	42629601	rs73114498	A	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.924;NF=14;NR=11;PP=327;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GTGGGCCTCAAGCCTCTTTTA;SOR=0.249;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=25;WE=42629609;WS=42629591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr12	42717811	rs17091074	A	T	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.637;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,136:0.29:466
chr12	42717961	rs3747557	G	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.018;NF=9;NR=29;PP=637;ReadPosRankSum=0.969;SC=TTCTTTTTTTGTTGTTTGAGA;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=23;TCR=73;TR=38;WE=42717969;WS=42717943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr12	42729891	rs7296357	T	G	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=316;ReadPosRankSum=-0.301;SC=ACCAGTGTAGTTTACAAAAGA;SOR=0.755;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=24;WE=42729899;WS=42729881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr12	42768646	rs59428088	G	GT	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr12	42778922	rs1669906	G	A	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=51;PP=1447;SC=ACCACAGTTAGCAGTAGACCT;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=86;WE=42778930;WS=42778912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	42781149	rs2305423	T	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-0.264;SC=AATGAAAAGTTTTAGTACTAA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=42781157;WS=42781139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	42835328	rs60616542	TA	T	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.088;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,22:0.27:81
chr12	42839836	rs1669885	A	C	10735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.14;ReadPosRankSum=1.830;SOR=1.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,426:1.00:427
chr12	42853058	rs68074167	GT	G	952.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=1.332;HP=17;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=426;ReadPosRankSum=0.466;SC=AATGTTTTTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.478;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=31;WE=42853066;WS=42853048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,56:0.84:67
chr12	42853084	rs12658	C	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,27:0.25:110
chr12	42853350	rs1043656	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=97;ReadPosRankSum=-0.485;SC=GGAAAACCAAAGCAGCTACGT;SOR=0.293;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=42853358;WS=42853340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr12	42853520	rs1043652	A	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=279;SC=AGCACTTTAAACTATTTTCAC;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=42853528;WS=42853510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	42854205	rs3747562	A	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=433;ReadPosRankSum=-1.229;SC=TGACATCATCAGAAAACTTGA;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=35;WE=42854213;WS=42854195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,45:0.31:146
chr12	42858137	rs58707767	T	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.387;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=281;ReadPosRankSum=-0.496;SC=TTGCAATTTTTTGAATACACT;SOR=1.488;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=20;WE=42858145;WS=42858127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,24:0.31:78
chr12	42859961	rs12230583	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.770;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=161;ReadPosRankSum=-1.220;SC=ACTAATGGCTAGGTGACAGGG;SOR=0.454;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=18;WE=42859969;WS=42859951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,32:0.30:107
chr12	42862750	rs2708062	T	G	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=22;PP=578;SC=TGCTACCTCTTTTAGTGATTA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=42862758;WS=42862740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr12	43769228	rs10506226	A	C	4445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.70;ReadPosRankSum=-0.557;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,179:0.99:180
chr12	43769276	rs10880473	T	C	3870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=47;PP=1513;SC=AGTCTTCCCTTCTACTCCCAT;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=43769284;WS=43769266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	43769718	rs7972295	A	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=8;PP=822;SC=AACAACATCTAGTTTAGGTCC;SOR=2.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=39;WE=43769726;WS=43769708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	43770617	rs9804726	G	A	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=9;PP=227;SC=CTGGATAGTCGCCGGTGGGAA;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=43770625;WS=43770607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	43817432	rs75724100	T	C	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=2;PP=178;SC=TGAAAGAAGATGGAACAGAGA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=43817453;WS=43817422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	43817445	rs6582463	C	T	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=2;PP=294;SC=AACAGAGACACAGTAAGCAGA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=43817453;WS=43817422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	43819298	rs10785430	G	A	10433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr12	43821335	rs60438862	T	TA	747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=2.028;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,43:0.88:49
chr12	43827506	rs71913711	AACACAC	A	440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;QD=31.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	43846272	rs7307955	C	T	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=71;PP=2965;SC=TGTGTTCTTACGTCTCAGAAA;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=79;TCR=71;TR=150;WE=43846280;WS=43846262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr12	43884330	rs7297170	C	A	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.42;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,80:0.99:81
chr12	43886182	rs57942078	C	CA	665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.51;QD=41.61;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	43886199	rs11182110	G	C	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.26;QD=45.96;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	43886205	rs55821433	G	C	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.38;QD=41.68;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	43945603	rs275602	A	C	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	44164689	rs1461567	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.80;ReadPosRankSum=2.773;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr12	44191625	rs12829856	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.641;NF=16;NR=16;PP=370;ReadPosRankSum=-0.365;SC=CCACACCCACGTCAGTCTGTA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=32;WE=44191633;WS=44191615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr12	44192424	rs35482343	T	TA	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr12	44196350	rs34291769	T	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-1.625;SC=AAAATAAATATATAGTCATTT;SOR=0.973;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=10;WE=44196358;WS=44196340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr12	44199961	rs71435960	C	CCTCCCGGCT	1285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.12;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr12	44338153	rs6582491	T	A	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=36;PP=1119;SC=GGGGTAGGTTTTCTTTCCCCT;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=44338161;WS=44338143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	44404074	rs7980005	A	G	4071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.191;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=55;PP=1906;ReadPosRankSum=1.437;SC=CACTTCAGTAAGCTCTGGCTT;SOR=0.547;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=116;WE=44404082;WS=44404064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,184:0.68:272
chr12	44770301	rs73090683	A	G	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=31;PP=1291;ReadPosRankSum=-0.416;SC=AAGTGCTTATAAAAAGTCAAT;SOR=0.451;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=78;WE=44770309;WS=44770291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,112:0.65:172
chr12	44926334	rs2270479	T	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=-1.568;SC=AGAGAAGTTCTTAAATTCTAG;SOR=0.919;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=18;WE=44926342;WS=44926324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,28:0.22:126
chr12	45170006	rs4768572	T	C	4476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=55;PP=1895;SC=ACTCCGCAGGTATCTTTTTTT;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=101;WE=45170017;WS=45169996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	45269284	rs7295923	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=510;ReadPosRankSum=1.273;SC=CCGCCGAGAGCCTTACCTGAG;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=37;WE=45269292;WS=45269274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,70:0.34:206
chr12	45269703	rs2272517	A	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,40:0.33:122
chr12	45410075	rs1224442	A	G	2278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1053;ReadPosRankSum=2.162;SC=CCATTCAGACAGCCCCAGTAA;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=225;TCF=114;TCR=111;TR=86;WE=45410083;WS=45410065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,132:0.34:384
chr12	45417666	rs2731038	T	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.028;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,33:0.32:102
chr12	45444238	rs11182810	T	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=1.430;SC=CCGCCGGCGCTCCCAGATCCC;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=9;WE=45444246;WS=45444228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr12	45444264	rs11182811	G	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=128;ReadPosRankSum=-0.278;SC=CACCCGGCCTGGGGGCGCGGG;SOR=0.330;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=12;WE=45444272;WS=45444254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr12	45622074	.	CT	C	51.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=-0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.70;ReadPosRankSum=1.732;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,7:0.78:9
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chr12	45695735	rs4140756	C	A	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=29;PP=1661;SC=TTTAAAAGTACAGAACTACGT;SOR=1.374;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=59;TCR=29;TR=88;WE=45695743;WS=45695725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	45803109	rs61925708	G	A	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1114;ReadPosRankSum=0.286;SC=GATAATATTCGTTCTAATTTA;SOR=0.600;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=75;WE=45803117;WS=45803099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,112:0.68:164
chr12	46215163	rs2059404	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr12	46254499	rs10577231	CAT	C	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.438;NF=7;NR=2;PP=292;ReadPosRankSum=-1.165;SC=TGTATAACAACATAATCAAAT;SOR=0.823;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=9;WE=46254508;WS=46254489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr12	46287170	rs138252675	TTC	T	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=1.722;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,24:0.16:154
chr12	46321514	rs7315731	A	T	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-4.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=839;ReadPosRankSum=0.405;SC=AATATTATTGAAATCTTCATT;SOR=0.330;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=55;WE=46321522;WS=46321504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,70:0.62:113
chr12	46322449	rs10880868	C	T	3738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=1871;ReadPosRankSum=-0.559;SC=GGGCATCACACCCAGAATTGT;SOR=0.586;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=188;TCF=90;TCR=98;TR=119;WE=46322457;WS=46322439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,176:0.59:300
chr12	46367903	rs10880879	T	C	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=485;ReadPosRankSum=-1.511;SC=TATGTTTATATTATACTGTAG;SOR=0.750;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=32;WE=46367911;WS=46367893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,65:0.73:89
chr12	46367939	rs11183268	G	T	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.33;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,95:0.69:138
chr12	46385848	rs12828693	C	T	3573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.499;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=87;PP=1979;ReadPosRankSum=0.228;SC=TTCTCGCAGACTACGTTGCGG;SOR=1.050;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=213;TCF=83;TCR=130;TR=134;WE=46385856;WS=46385838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,173:0.60:288
chr12	46582540	rs1045278	T	A	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=0;PP=428;SC=GAAAAAAAAATTTCACAATCC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=46582548;WS=46582530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	46589988	rs11608815	C	T	4344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=47;PP=1580;SC=TCAGTGAGAGCGCTGCAGGGA;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=46589996;WS=46589978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	46591906	rs7954255	T	C	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=35;PP=807;SC=GACATTTCTCTGCAGAGTAAC;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=43;WE=46591914;WS=46591896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	46596714	rs117554795	C	T	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=4;PP=1284;SC=TAGACAAGTCCGTTTATTTTA;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=43;TCR=4;TR=47;WE=46596722;WS=46596704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	46601056	rs2289768	C	T	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=29;PP=953;SC=AAAGAAGATACGAAGGCTTAT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=46601064;WS=46601046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	46633328	rs7959095	G	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=185;ReadPosRankSum=0.100;SC=GTTTCACCATGTTGGTCAGGC;SOR=1.473;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=46633336;WS=46633318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr12	46662485	rs2242355	G	C	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.435;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=9;PP=1081;ReadPosRankSum=-1.505;SC=GGCGGATTTCGGAGGAAGGTG;SOR=0.221;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=72;TCF=62;TCR=10;TR=56;WE=46662493;WS=46662478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,66:0.80:83
chr12	46755112	rs7961994	A	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=-0.884;SC=ATCTATAGAAAGAATATTTAA;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=21;WE=46755120;WS=46755102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr12	46758494	rs2307061	A	G	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=51;PP=1392;ReadPosRankSum=1.247;SC=TCCTATAAGGAGGGGTGGCAG;SOR=0.673;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=89;WE=46758502;WS=46758484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,117:0.61:193
chr12	46759017	rs7968173	T	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.536;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=39;PP=892;ReadPosRankSum=-0.924;SC=AAATATCCTCTGAAAAATATA;SOR=1.104;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=55;WE=46759025;WS=46759007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,75:0.61:123
chr12	46759057	rs12307969	G	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=444;ReadPosRankSum=0.303;SC=CATTTCATAGGAATACCATGA;SOR=0.871;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=5;TCR=45;TR=23;WE=46759065;WS=46759047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr12	46761127	rs10880959	G	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.373;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=476;ReadPosRankSum=0.786;SC=GAGAATTCTGGTGAGAGAAGG;SOR=0.458;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=29;WE=46761135;WS=46761117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,51:0.84:61
chr12	47159123	rs4768756	A	G	1822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=19;PP=794;SC=ATACTTTTACAGAGAACCACT;SOR=1.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=47159131;WS=47159113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	47159196	rs2430921	A	T	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	47162211	rs2465583	C	T	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.685;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=805;ReadPosRankSum=0.736;SC=AAACACAGGGCAAGGTCAATG;SOR=0.395;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=55;WE=47162219;WS=47162201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,82:0.69:119
chr12	47162889	rs2465582	A	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=5;PP=798;SC=GTGGCTCCCAATGTCAGTTAG;SOR=3.193;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=33;WE=47162897;WS=47162887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	47162938	rs2216433	T	G	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=23;PP=1392;SC=CCAGAGCCTCTCAGGGATAAA;SOR=1.540;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=79;WE=47162946;WS=47162928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	47163306	rs180403	C	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.25;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr12	47170887	rs180419	C	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=26;PP=696;SC=CTATATTGCTCATCATGAAGA;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=47170895;WS=47170877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr12	47178279	rs116017470	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=-0.551;SC=TTATTGAACACGCTATAGAAA;SOR=0.869;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=11;WE=47178287;WS=47178269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr12	47178307	rs180430	A	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=21;PP=982;SC=GGATCCATTGAAAAGTATATC;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=52;WE=47178315;WS=47178297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	47581629	rs832733	T	C	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	47758032	rs215383	A	G	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=72;PP=2106;SC=CAGACTGCAGATGACCAGGGT;SOR=3.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=9;TCR=72;TR=81;WE=47758040;WS=47758022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	47761313	rs11419253	A	AT	2746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.679;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=68;PP=906;ReadPosRankSum=-0.837;SC=TTCGCTCTCTATTTTTTTTTT;SOR=1.089;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=98;TCF=2;TCR=96;TR=70;WE=47761321;WS=47761303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,159:0.83:192
chr12	48081539	rs7136422	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr12	48091522	rs140915397	AACAGGG	A	1354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,44:0.23:190
chr12	48104746	rs1235152	G	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr12	48110325	rs1235153	A	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.34;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	48110608	rs2524318	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr12	48110613	rs2524317	G	A	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.564;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,3:0.13:23
chr12	48114611	rs190810459	C	A	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=617;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CAGGCAGCGTCCCGGTTAAAT;SOR=0.968;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=45;WE=48114619;WS=48114601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,80:0.67:120
chr12	48119049	rs7967546	G	A	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.847;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=291;ReadPosRankSum=-0.172;SC=CTTGTCCCACGGCCCTGCCCT;SOR=0.240;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=19;WE=48119057;WS=48119039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr12	48132451	rs2072116	T	C	4716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=45;PP=1838;SC=TAGTAGTGAATGCCTGCTCTC;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=112;WE=48132459;WS=48132441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr12	48134300	rs12828238	G	A	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=40;PP=1555;SC=GAAGGCAGAGGCTCCAGGGGA;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=48134308;WS=48134290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	48134381	rs35703007	CG	C	4830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=52;PP=2591;SC=AAAAGGTAGCCGGGGGGACTC;SOR=0.830;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=82;WE=48134389;WS=48134371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	48134634	rs11168219	C	T	6957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.326;SC=GAGAGGTCAGCGAGTGCTGAG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=89;TCR=87;TR=174;WE=48134642;WS=48134624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,264:0.99:266
chr12	48134695	rs2074533	T	C	10936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr12	48140798	rs73304403	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=-1.474;SC=GAGGTAAGCACGACCAGGTAA;SOR=0.385;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=15;WE=48140806;WS=48140788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr12	48140827	rs73304406	A	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=80;ReadPosRankSum=-1.884;SC=TAAAGAGGGGAGAACACGGTC;SOR=0.239;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=9;WE=48140835;WS=48140817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr12	48141472	rs58809255	C	T	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.204;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,68:0.28:247
chr12	48141475	rs60915129	T	C	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=2.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=-2.316;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,68:0.28:241
chr12	48142151	rs734706	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=-0.628;SC=ATTCGGTGACGTCAGATGCAG;SOR=1.501;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=6;WE=48142159;WS=48142141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr12	48142343	rs12424297	T	C	3006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=41;PP=1207;ReadPosRankSum=0.046;SC=AAATGGCCAATCTTTGGCACT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=79;WE=48142351;WS=48142333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,140:0.71:198
chr12	48142418	rs757281	C	G	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=833;ReadPosRankSum=-0.360;SC=CATTTTTCTCCATTAGCCAGC;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=51;WE=48142426;WS=48142408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,83:0.73:114
chr12	48142636	rs12422983	C	T	3646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.970;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=54;PP=1617;ReadPosRankSum=1.591;SC=CGGGAAGGGCCGGCGCCCTGA;SOR=0.624;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=173;TCF=92;TCR=81;TR=112;WE=48142644;WS=48142626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,170:0.64:267
chr12	48143095	rs149061709	G	GCTCTGGT	8520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=48;PP=2968;ReadPosRankSum=0.906;SC=CAGGCCCTCTGCTCTGGTCCC;SOR=0.691;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=65;WE=48143103;WS=48143085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,191:0.66:289
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chr12	48144243	rs757279	A	C	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=329;ReadPosRankSum=-0.207;SC=CACACTGTGAACTGTGGGCCC;SOR=0.616;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=25;WE=48144251;WS=48144233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr12	48144925	rs2016123	T	C	5713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
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chr12	48145153	rs757287	G	A	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=20;PP=990;ReadPosRankSum=-1.290;SC=AGCCCAGCCCGGGGCACCCCA;SOR=0.577;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=99;TCF=69;TCR=30;TR=62;WE=48145161;WS=48145143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,66:0.61:109
chr12	48145171	rs757286	C	T	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.148;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1151;ReadPosRankSum=-2.044;SC=CCACCCTGGGCTCGGGCTCAC;SOR=0.436;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=124;TCF=78;TCR=46;TR=80;WE=48145179;WS=48145161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,94:0.64:147
chr12	48151822	rs11168230	C	G	3516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=47;PP=1630;SC=TCCTCCACAGCCAGGCCCACC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=88;WE=48151830;WS=48151812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	48152432	rs78616585	G	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=52;PP=1030;ReadPosRankSum=-0.294;SC=GGGATCCGGAGGGTGCCAGTG;SOR=0.661;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=236;TCF=64;TCR=172;TR=70;WE=48152440;WS=48152422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,87:0.31:280
chr12	48164758	rs2544025	G	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=31;PP=746;ReadPosRankSum=-0.160;SC=ATGCACTCCGGACCACGGGGC;SOR=1.358;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=34;WE=48164766;WS=48164748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr12	48174275	rs59205218	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.294;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,52:0.27:196
chr12	48174641	rs7964310	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr12	48177906	rs7306788	C	T	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=469;ReadPosRankSum=-1.571;SC=CCAGTGCGGTCACTGCCTCCA;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=69;TCR=40;TR=37;WE=48177914;WS=48177896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,75:0.36:208
chr12	48178127	rs3192737	A	G	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=268;ReadPosRankSum=0.300;SC=TCCTCCACTTAGGGTCGGCTC;SOR=0.553;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=32;TCR=60;TR=25;WE=48178135;WS=48178117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,44:0.33:135
chr12	48178465	rs3815138	T	C	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=379;ReadPosRankSum=-1.777;SC=GAACACAACATGGGAGAACTG;SOR=0.665;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=32;WE=48178473;WS=48178455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,72:0.37:196
chr12	48178513	rs7972177	A	G	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=596;ReadPosRankSum=-1.337;SC=TGCCCAGGCCAGGAGAATGCT;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=42;WE=48178521;WS=48178503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,87:0.40:215
chr12	48179347	rs1006476	C	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TAGCCACAAGCACACTCTACC;SOR=0.518;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=26;WE=48179355;WS=48179337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr12	48181778	rs6580637	T	C	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1111;ReadPosRankSum=-0.268;SC=AGAGTAAGTGTCAGGAGGAGG;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=247;TCF=129;TCR=118;TR=85;WE=48181786;WS=48181768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,117:0.31:372
chr12	48185165	rs73107969	G	A	12926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.58;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr12	48185167	rs11832133	G	C	12926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr12	48186563	rs2544026	T	A	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=32;PP=893;SC=ATGAAATACATTAATGAAATA;SOR=3.500;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=48186571;WS=48186553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	48190044	rs11831883	C	T	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=771;ReadPosRankSum=2.423;SC=GGGAGCTGCACCCTGATGCGG;SOR=0.505;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=44;WE=48190052;WS=48190034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,87:0.64:135
chr12	48190166	rs11831940	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5673;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=319;ReadPosRankSum=0.301;SC=CAGGAGACCCGGGAGCACCCC;SOR=1.061;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=19;WE=48190174;WS=48190156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr12	48192062	rs34922454	A	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=332;ReadPosRankSum=-1.546;SC=TCGTGGCACTACCTGGCCACT;SOR=1.230;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=19;WE=48192070;WS=48192052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr12	48195873	rs73107993	C	T	7792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.514;SC=TCCCTGGAGCCGCCACCTCCT;SOR=0.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=406;TCF=243;TCR=163;TR=274;WE=48195881;WS=48195863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,351:0.67:526
chr12	48195939	rs2525051	G	C	14716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1064;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=1.234;SC=AGCTTCTCGCGTTCTTACAGC;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=560;TCF=281;TCR=279;TR=379;WE=48195958;WS=48195929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,689:0.65:1059
chr12	48238757	rs731236	A	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=468;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GGATGGCCTCAATCAGCGCGG;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=33;WE=48238765;WS=48238747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,43:0.34:127
chr12	48238837	rs7975232	C	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=-0.755;SC=TCAGCTGGGCCCCTCACTGCT;SOR=0.547;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=25;WE=48238845;WS=48238827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
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chr12	48249259	rs11168265	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=72;ReadPosRankSum=-0.773;SC=GCCGAGATCGCGCCACTGCAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=6;WE=48249267;WS=48249249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr12	48251533	rs11168266	C	T	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=45;PP=1257;SC=AACCTTCCTCCTGCGGTTGGG;SOR=2.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=55;WE=48251541;WS=48251523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	48259126	rs12717991	C	T	1809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=43;PP=1136;SC=GGGCACCAAACGATTCCTACT;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=48259134;WS=48259116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	48272895	rs2228570	A	G	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=39;PP=935;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CATTGCCTCCATCCCTGTAAG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=64;WE=48272903;WS=48272885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,100:0.65:155
chr12	48358279	rs11609253	C	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=210;ReadPosRankSum=0.431;SC=GCCCAGACAACTTTTCTTCTA;SOR=0.876;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=18;WE=48358287;WS=48358269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr12	48359676	rs35000511	G	T	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=33;PP=1109;ReadPosRankSum=-1.731;SC=TGGTTTGGTGGTTTTCTTCCT;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=78;WE=48359684;WS=48359666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,116:0.71:163
chr12	48360620	rs2286024	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.374;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr12	48360947	.	T	TA	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,54:0.23:237
chr12	48367054	rs41272777	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=380;ReadPosRankSum=-0.496;SC=AGAAAAGTCCGAACTGTGAGA;SOR=0.784;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=21;WE=48367062;WS=48367044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr12	48367829	rs1635560	G	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=660;ReadPosRankSum=0.167;SC=TGCTCCAGGCGGTTTGGGCAC;SOR=0.828;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=53;WE=48367837;WS=48367819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,71:0.34:207
chr12	48368128	rs12721425	G	C	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.288;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=677;ReadPosRankSum=0.222;SC=TTGGGGCAGAGAGCGGCAGTG;SOR=0.385;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=41;WE=48368136;WS=48368118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,56:0.67:83
chr12	48368296	rs12721426	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.733;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr12	48368406	rs41272763	AAG	A	1830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.184;NF=16;NR=12;PP=1159;ReadPosRankSum=0.447;SC=AAAGAAAAGAAAGAGTTTGAG;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=28;WE=48368415;WS=48368396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr12	48368541	rs12721427	C	T	3458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.04;MQRankSum=0.699;NF=44;NR=53;PP=1354;ReadPosRankSum=1.319;SC=TTCTTGGGAACGTTTGCTGGA;SOR=0.739;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=148;TCF=70;TCR=78;TR=97;WE=48368549;WS=48368531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,166:0.68:245
chr12	48371045	rs41272749	A	G	3453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=54;PP=1760;ReadPosRankSum=0.752;SC=AAACCCAGGGACTGCCTCAGC;SOR=0.684;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=78;TCR=86;TR=102;WE=48371053;WS=48371035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,154:0.61:251
chr12	48371595	rs1793949	G	A	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=810;ReadPosRankSum=-2.194;SC=TCCTCCTTCCGGAAGCAGCCC;SOR=0.787;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=62;TCR=108;TR=58;WE=48371603;WS=48371585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,75:0.33:229
chr12	48373181	rs12368284	A	G	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.631;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=742;ReadPosRankSum=2.564;SC=TCCAGGGGGCAGGAACGGACT;SOR=0.538;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=54;WE=48373189;WS=48373171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,76:0.68:111
chr12	48373718	rs11443755	A	AC	1438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.23;NF=20;NR=11;PP=1127;SC=ATCCCAGAACACCCCCGCCAT;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=48373726;WS=48373708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	48374011	rs57444859	A	G	2868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=848;ReadPosRankSum=-0.856;SC=CCCCTCTGCCACAGGAGACTT;SOR=0.571;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=55;WE=48374019;WS=48374001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,86:0.69:124
chr12	48374028	rs56387272	T	C	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=727;ReadPosRankSum=0.133;SC=ACTTGTGTTCTAGGAGAAGCC;SOR=0.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=43;WE=48374036;WS=48374018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,59:0.67:88
chr12	48374513	rs1635554	A	G	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=49;PP=1559;SC=CCAGAAGAGCAGGAGACTCTG;SOR=1.118;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=48374521;WS=48374503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	48374616	rs12300271	T	C	1674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=25;PP=755;ReadPosRankSum=0.545;SC=TTTCCCTCCCTGACAAGCTCC;SOR=0.557;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=55;WE=48374624;WS=48374606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,77:0.75:102
chr12	48375258	rs79231959	G	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.301;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=233;ReadPosRankSum=0.674;SC=GCATTTGGGGGGCCTTGCTCG;SOR=0.206;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=20;WE=48375266;WS=48375248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr12	48375437	rs41263865	C	CT	1129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=1358;ReadPosRankSum=0.990;SC=CTCTTCACTCCTACGGCCTTG;SOR=0.632;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=22;WE=48375459;WS=48375427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr12	48375451	rs75703301	G	A	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=1072;ReadPosRankSum=1.622;SC=GGCCTTGGCCGAGGGTGACAG;SOR=0.390;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=35;WE=48375459;WS=48375427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,48:0.79:61
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chr12	48375668	rs41263861	C	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=539;ReadPosRankSum=2.856;SC=CGAGCACGTGCGGCCCGGCAC;SOR=0.652;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=29;WE=48375676;WS=48375658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
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chr12	48375965	rs2276457	C	T	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=-1.945;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,62:0.31:203
chr12	48375975	rs2276456	A	G	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.007;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,47:0.27:173
chr12	48376076	rs77813711	G	A	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=554;ReadPosRankSum=-0.895;SC=GTCTCAGGGTGGGTGAGGAGC;SOR=0.263;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=30;WE=48376084;WS=48376075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr12	48376137	rs2276455	G	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr12	48376291	rs2276454	G	A	1122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.302;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=374;ReadPosRankSum=2.898;SC=TTACCCTGTCGCCTTTGGGCC;SOR=0.718;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=38;WE=48376299;WS=48376281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,70:0.33:212
chr12	48376443	rs3842680	A	AC	2821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=16;PP=2362;SC=CTCTCCCTGAACCCATGTTCA;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=57;WE=48376455;WS=48376433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	48376447	rs3829737	A	G	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=15;PP=1406;SC=CCCTGAACCCATGTTCATGGA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=61;WE=48376455;WS=48376433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	48376503	rs3829736	C	T	4663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=94;NR=47;PP=2765;SC=CCCTTCCTCCCATGTAGACCT;SOR=1.385;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=96;TCR=49;TR=141;WE=48376511;WS=48376493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	48376530	rs11168337	C	A	7737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.05;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,296:1.00:297
chr12	48376574	rs55967487	G	A	6805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=-1.338;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:166,339:0.67:505
chr12	48376869	rs17801742	T	C	4699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=69;PP=2476;ReadPosRankSum=-0.663;SC=GCCAACAGGATACTCACCCTG;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=217;TCF=112;TCR=105;TR=146;WE=48376877;WS=48376859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,211:0.64:328
chr12	48377635	rs10219510	A	G	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=29;PP=753;ReadPosRankSum=-0.718;SC=TTCCTGCACCACTCAGACAGT;SOR=0.588;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=41;WE=48377643;WS=48377625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,51:0.76:67
chr12	48377718	rs56010633	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=274;ReadPosRankSum=2.754;SC=CACAGCCTCCTGGGACACCCT;SOR=0.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=19;WE=48377726;WS=48377708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,22:0.81:27
chr12	48377756	rs55744743	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=249;ReadPosRankSum=1.948;SC=GTCTGGTGTATCAGCTCAGCC;SOR=0.112;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=15;WE=48377764;WS=48377753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr12	48377947	rs41263845	G	T	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.213;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=967;ReadPosRankSum=-0.135;SC=AAAAAGAAAAGTCAATGACAC;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=60;WE=48377955;WS=48377937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,105:0.70:151
chr12	48377970	rs1635550	A	G	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	48378380	rs41317939	A	G	2749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.268;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1259;ReadPosRankSum=0.081;SC=TGCCAGGCTCACCCTGAAGGA;SOR=0.507;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=72;WE=48378388;WS=48378370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,120:0.74:163
chr12	48378900	rs41317933	A	G	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.517;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=504;ReadPosRankSum=0.835;SC=CACCATTCTCAGAACATAGAC;SOR=0.205;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=35;WE=48378908;WS=48378890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,60:0.62:97
chr12	48378933	rs56006800	C	G	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-1.282;SC=TCCATCCACCCAACATCCACT;SOR=0.133;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=25;WE=48378941;WS=48378923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr12	48379408	rs41317929	C	T	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.128;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=1382;ReadPosRankSum=1.608;SC=GGTCAGGAGCCGGCCCCAGGA;SOR=0.650;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=95;WE=48379416;WS=48379398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,133:0.61:217
chr12	48379810	rs3829734	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=379;ReadPosRankSum=-1.000;SC=CCAGGCTCCAGTGGGTCCATC;SOR=0.243;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=25;WE=48379818;WS=48379800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr12	48379961	rs1635547	A	C	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.42;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	48379964	rs1635546	A	G	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.64;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	48380031	rs1635544	A	G	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=33;PP=1647;SC=AAAAGTCACGAGACTTGACCA;SOR=1.049;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=84;WE=48380039;WS=48380021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	48383235	rs1635537	A	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=26;PP=859;SC=TCCCCAGGAAACTTTGCCTGG;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=48383243;WS=48383225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	48386553	rs1635534	A	G	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=17;PP=1225;SC=TTAAGGGATAACAATACTCCC;SOR=1.556;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=60;WE=48386561;WS=48386543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr12	48387057	rs1793911	G	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.11;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr12	48389232	rs55698101	G	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.318;SC=AAGGTGCAGAGATCATAGTGG;SOR=0.473;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=29;WE=48389253;WS=48389222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr12	48389245	rs12423250	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.048;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=356;ReadPosRankSum=-0.546;SC=CATAGTGGGACGCAGCAGATA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=8;WE=48389253;WS=48389222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr12	48389643	rs1034762	A	C	6456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=86;PP=2961;SC=GGCAAAAAGAATTGCAGATAC;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=147;TCF=61;TCR=86;TR=147;WE=48389651;WS=48389633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr12	48392433	rs1793958	A	G	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=42;PP=1197;SC=GGTGACCCAGACTTTGTTATT;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=56;WE=48392441;WS=48392423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	48398002	rs3803184	G	C	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=40;PP=1311;ReadPosRankSum=1.600;SC=AGGCAGGCAGGGGCGGGGGAA;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=76;WE=48398010;WS=48397992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,99:0.98:101
chr12	48398080	rs3803183	T	A	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=37;PP=1244;SC=AGCACCAGCGTCTGGGGAGCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=67;WE=48398088;WS=48398070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	48413789	rs113940474	A	ATATTGT	5096.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.925;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=2757;ReadPosRankSum=-0.107;SC=AATTTGACAGATAAATTCCCT;SOR=1.044;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=48;WE=48413797;WS=48413779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,116:0.55:212
chr12	48413875	rs17122567	G	A	6565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.938;QD=14.43;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,317:0.70:455
chr12	48413944	rs7299135	C	T	6478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.82;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,171:0.63:272
chr12	48413950	rs28459711	A	C	6300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.61;ReadPosRankSum=-2.337;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,157:0.64:246
chr12	48413979	rs7299364	G	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=-1.125;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,78:0.54:144
chr12	48414009	rs59863032	CT	C,CTTTTTTT	454.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.223;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,16,14:0.41,0.36:39
chr12	48414058	rs7299271	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=352;ReadPosRankSum=-1.556;SC=TGGGAACTGTCGGTTCATATG;SOR=0.340;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=17;WE=48414066;WS=48414048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr12	48441748	rs12297820	G	A	7572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.878;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,364:0.62:585
chr12	48441920	rs113645512	G	GT	866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.401;NF=2;NR=33;PP=1114;ReadPosRankSum=-0.366;SC=CGGTTTATCAGTTTTTCCCTT;SOR=0.351;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=67;TCF=2;TCR=65;TR=35;WE=48441928;WS=48441910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr12	48465559	.	TC	T	170	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=1;NR=6;PP=170;QD=31.2901285528;SC=AGTTATACTTTCTAGATATCT;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=48465567;WS=48465549;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr12	48468588	rs59901073	C	CA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.609;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,13:0.18:73
chr12	48468652	rs4258439	A	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=21;PP=615;SC=GCATGTAAACAGAATCCTAGC;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=48468660;WS=48468642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	48477422	rs886588	A	G	1228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.523;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,94:0.24:391
chr12	48490243	rs71746488	A	AT	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.750;QD=0.52;ReadPosRankSum=-1.740;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,21:0.18:116
chr12	48499131	rs2408955	G	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=1.470;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,37:0.36:103
chr12	48502100	rs725454	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.791;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.217;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr12	48512285	rs4760682	C	A	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=26;PP=959;SC=GGTAGAGATACAAGTAAGCAA;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=48512293;WS=48512275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	48512331	rs11168414	C	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=183;ReadPosRankSum=1.193;SC=AGAGGAGACCCGACTGTGGAG;SOR=0.608;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=19;WE=48512339;WS=48512321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,26:0.29:91
chr12	48512521	rs11168415	A	C	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=4;PP=115;SC=GGCCTCACAGACACGCCCTTC;SOR=1.802;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=48512529;WS=48512511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	48516464	rs2269935	G	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=0.258;SC=GACTGAGGTGGCTCTAGCCAG;SOR=0.399;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=13;WE=48516472;WS=48516454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr12	48525861	rs10875747	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,46:0.28:167
chr12	48526659	rs2228501	G	A	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=25;PP=1408;ReadPosRankSum=-1.276;SC=AGGGAGGCACGGTGATTGGAA;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=129;TCF=89;TCR=40;TR=83;WE=48526667;WS=48526649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,114:0.67:171
chr12	48526712	rs2228500	G	A	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=800;ReadPosRankSum=-1.376;SC=GGACGACTCCGAGCTGCCTAC;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=145;TCR=91;TR=77;WE=48526720;WS=48526702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,118:0.31:375
chr12	48526892	rs41291961	G	A	2158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=55;PP=1314;ReadPosRankSum=0.496;SC=ACGTGCACGCGTGTACACACA;SOR=1.210;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=105;TCF=30;TCR=75;TR=73;WE=48526900;WS=48526882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,96:0.65:147
chr12	48526969	rs55682541	T	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=685;ReadPosRankSum=-0.197;SC=AAATAGGCAGTCTTTGCCCTC;SOR=0.694;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=33;WE=48526977;WS=48526959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,35:0.60:58
chr12	48527059	rs2269933	G	A	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	48534814	rs34700912	A	AG	447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=585;SC=CAGTAGGAACAGCAGGAATTA;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=13;WE=48534822;WS=48534804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	48535080	rs56117548	G	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr12	48535278	rs79454264	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.929;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,33:0.28:120
chr12	48537624	rs4075913	A	G	12523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.89;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr12	48537624	.	ATGAAG	GTGAAC,GTGAAG	2386	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=19;MQ=59.97;NF=71,98;NR=68,96;PP=2386,534;QD=17.5501285961;SC=TTGTTCCTAAATGAAGAAGAA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=196;TCF=98;TCR=98;TR=139,194;WE=48537637;WS=48537614;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.71:196
chr12	48537629	rs4075914	G	C	5093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=1.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,234:0.73:321
chr12	48538979	rs11168427	A	G	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=34;PP=886;ReadPosRankSum=2.382;SC=CTGACTGCCCATCCCTCATTG;SOR=0.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=165;TCF=86;TCR=79;TR=73;WE=48538987;WS=48538969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,102:0.36:287
chr12	48543584	rs3936179	G	C	3477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=47;PP=1867;ReadPosRankSum=-0.001;SC=CCAGGGCATTGACAGAGGCCC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=71;TCR=70;TR=94;WE=48543592;WS=48543574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,149:0.70:213
chr12	48543978	rs61918826	T	C	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=200;ReadPosRankSum=-2.040;SC=GGAAAAGAACTGTCCTCAAAC;SOR=0.692;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=21;WE=48543986;WS=48543968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,51:0.39:132
chr12	48545245	rs56288528	A	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=213;ReadPosRankSum=0.230;SC=TATTATGTCAATGTCCAAACC;SOR=0.358;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=15;WE=48545253;WS=48545235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr12	48545553	rs10783230	G	T	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=66;PP=1986;SC=ATCTTAACACGGTTTTTCCTT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=34;TCR=66;TR=100;WE=48545561;WS=48545543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	48545630	rs10875750	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.926;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=0.522;SC=TTTGCTGGTGCTTCTATTCAA;SOR=1.321;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=7;WE=48545638;WS=48545620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr12	48578325	rs10783231	A	C	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=1.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,74:0.33:227
chr12	48596118	rs78137938	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=257;ReadPosRankSum=-0.440;SC=TCAGGGCCTTCCTGCTAGACA;SOR=1.276;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=16;WE=48596126;WS=48596108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr12	48596254	rs11830378	A	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=5.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.711;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr12	48596484	rs75413005	A	T	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.908;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.819;SC=AAGATTGCCCACAGACTAAAC;SOR=0.447;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=61;WE=48596492;WS=48596474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,105:0.73:143
chr12	48596546	rs75531856	C	T	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=1006;ReadPosRankSum=1.893;SC=ACAGAAGAAGCTTTCTATGTG;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=59;WE=48596554;WS=48596536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,85:0.66:129
chr12	48596579	rs17224674	C	T	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1278;ReadPosRankSum=-1.053;SC=GAAGGGCTCTCGGAATGAAAT;SOR=0.843;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=76;WE=48596587;WS=48596569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,116:0.66:175
chr12	48596641	rs75539159	A	G	3038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1333;ReadPosRankSum=2.566;SC=CAGTTCCCACAAGCCTGACAC;SOR=0.558;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=87;WE=48596649;WS=48596631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,147:0.64:231
chr12	48596875	rs144247841	C	CA	1844.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.250;NF=7;NR=27;PP=1317;ReadPosRankSum=-0.403;SC=CCAGGAGAGACAGATGGCCGA;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=19;TCR=63;TR=34;WE=48596883;WS=48596865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,64:0.40:162
chr12	48596890	rs17823193	G	A	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=1069;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GGCCGAGGAAGAAGTACATGG;SOR=0.596;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=72;WE=48596898;WS=48596880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,103:0.62:167
chr12	48597064	rs17224828	A	G	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=414;ReadPosRankSum=-1.360;SC=CTATGCTGCCATTCCTTAGCA;SOR=1.060;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=27;WE=48597072;WS=48597054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,47:0.53:88
chr12	48597094	.	G	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.94;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,36:0.50:72
chr12	48597094	.	GGA	AGG	757	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=8;NR=13;PP=757;QD=38.5937083268;SC=TGTTTGAGGAGGAAAGATGAT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=21;WE=48597104;WS=48597084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,21:0.50:42
chr12	48597096	rs78254156	A	G	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr12	48722899	rs192752762	GG	TT	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=4;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=2;PP=837;ReadPosRankSum=0.452;SC=GGTGACTGTTGGGGGTGGACA;SOR=1.833;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=23;WE=48722908;WS=48722898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr12	48723784	rs2291483	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.836;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,32:0.32:101
chr12	48738555	rs34591795	GA	G	684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=19;PP=386;SC=CTATATTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=1.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=19;WE=48738563;WS=48738545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	48741219	rs901962	A	T	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=28;PP=753;SC=AAGGGTCACAACTTCTGTATC;SOR=2.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=48741227;WS=48741209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	48877056	rs7972785	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.799;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=331;ReadPosRankSum=-0.090;SC=AGCTCCAGAGTCCTTGGTTTC;SOR=0.870;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=26;WE=48877064;WS=48877046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,32:0.28:113
chr12	48879951	rs11168599	T	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=440;ReadPosRankSum=0.686;SC=ATATCATTCTTTCTTTGCAGC;SOR=0.772;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=37;WE=48879959;WS=48879941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,52:0.31:170
chr12	48880381	rs2731091	A	G	3415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=40;PP=1336;ReadPosRankSum=-2.227;SC=TCCAAGAAACATCTTGTCTTC;SOR=0.873;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=96;WE=48880389;WS=48880371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,166:0.68:243
chr12	48880550	rs2731092	T	C	2546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=49;PP=1027;ReadPosRankSum=-0.771;SC=TGGCATGAGGTGGGAGGTGGG;SOR=0.563;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=36;TCR=71;TR=75;WE=48880558;WS=48880540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,119:0.74:161
chr12	48883012	rs2705127	T	C	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=968;ReadPosRankSum=-1.422;SC=TATGTGGTTGTATGAAATGCT;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=51;WE=48883020;WS=48883002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,83:0.71:117
chr12	48884535	rs2731102	G	C	4839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.141;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=61;PP=2091;ReadPosRankSum=2.049;SC=AGCTAATACAGTGCAGGTCTG;SOR=0.839;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=204;TCF=109;TCR=95;TR=139;WE=48884543;WS=48884525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,225:0.67:334
chr12	48884756	rs2731103	C	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=311;ReadPosRankSum=-1.466;SC=CAAAGTCTCACCCTAGGATCT;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=20;WE=48884764;WS=48884746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr12	48888594	rs11458	C	T	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.438;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=738;ReadPosRankSum=0.037;SC=CATAAGGCCTCCAGATTCCTT;SOR=0.851;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=226;TCF=121;TCR=105;TR=67;WE=48888602;WS=48888584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,111:0.30:372
chr12	48888689	rs9268	C	G	6527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr12	48888763	rs2705132	A	G	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=48;PP=1317;SC=CTTCCGCCAGATGCTTTACCC;SOR=2.599;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=55;WE=48888771;WS=48888753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	48919556	rs2731073	A	G	7029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=80;SC=GCTGCTGCTCATGATCAGGGC;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=75;TCR=80;TR=155;WE=48919564;WS=48919546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr12	48919659	rs4075258	TG	CA	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.188;SC=CCCAAGATGCTGGAGAACCTC;SOR=0.673;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=59;TCR=63;TR=34;WE=48919668;WS=48919649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,57:0.30:191
chr12	48919796	rs12425460	C	T	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=2.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,79:0.33:243
chr12	48920073	rs61941963	G	A	4651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=58;PP=1971;ReadPosRankSum=-1.293;SC=TCCTACACCCGTATAATCTCT;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=189;TCF=101;TCR=88;TR=119;WE=48920081;WS=48920063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,213:0.68:311
chr12	48953504	rs11168637	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=0.175;SC=AAGGACTGACGCAGCCTGACA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=48953512;WS=48953500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr12	48954040	rs1807757	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=368;ReadPosRankSum=0.539;SC=GTTTCAGGCCATGTGTCATCC;SOR=0.907;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=31;WE=48954048;WS=48954030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,56:0.35:161
chr12	48954225	rs7312017	G	C	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=40;PP=1010;ReadPosRankSum=-0.659;SC=TGCTCTTATTGACCTGTTCTG;SOR=0.553;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=272;TCF=150;TCR=122;TR=84;WE=48954242;WS=48954215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,159:0.35:448
chr12	49047912	rs143827771	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,55:0.35:157
chr12	49048738	rs3741628	G	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=581;ReadPosRankSum=1.116;SC=ATATCCACTGGGTCTTCAGCA;SOR=0.737;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=176;TCF=107;TCR=69;TR=50;WE=49048746;WS=49048728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,83:0.29:286
chr12	49048985	rs6580690	G	A	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.119;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=257;ReadPosRankSum=-0.669;SC=TTTTACAAGAGCGTCCAACAA;SOR=1.445;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=18;WE=49048993;WS=49048975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr12	49065727	rs7303113	T	C	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,82:0.32:256
chr12	49073358	rs3741630	A	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.550;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr12	49073721	rs61942051	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=-1.761;SC=TAAAATGACTATTACATTCAT;SOR=0.673;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=11;WE=49073729;WS=49073711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr12	49075983	rs61942052	CT	GG	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=332;ReadPosRankSum=1.007;SC=AGGAGCTGCGCTGCGCCGCAC;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=11;WE=49075992;WS=49075973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr12	49076036	rs10783277	T	C	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=17;PP=467;SC=CCAGCGGCTCTCAGATCGGCC;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=49076044;WS=49076026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr12	49087656	rs3013	G	C	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.470;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1071;ReadPosRankSum=1.079;SC=AAGGCCGCTCGGGGTTTTCTG;SOR=1.048;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=262;TCF=121;TCR=141;TR=101;WE=49087664;WS=49087646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,122:0.35:352
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chr12	49164825	rs9804777	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-2.974;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,31:0.32:96
chr12	49167143	rs3729969	T	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,14:0.26:54
chr12	49167202	rs3729980	A	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.186;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,39:0.33:119
chr12	49167683	rs3730074	C	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=46;PP=940;ReadPosRankSum=-1.274;SC=AATGTCTGTGCCAGGACAGCC;SOR=2.097;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=138;TCF=33;TCR=105;TR=53;WE=49167691;WS=49167673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,57:0.36:157
chr12	49168128	rs3730072	G	C	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=461;ReadPosRankSum=0.863;SC=TACTCCCAGTGTCCAGGACAG;SOR=0.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=40;WE=49168136;WS=49168118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,68:0.37:183
chr12	49168848	rs3730070	G	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.630;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,40:0.32:126
chr12	49169262	rs3730069	T	A	1753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQRankSum=0.000;ReadPosRankSum=-1.198;SC=GTTTCACCAGTTGCATGGGCA;SOR=0.927;Source=Platypus;TC=221;TR=73;WE=49169270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,99:0.31:322
chr12	49170719	rs11168733	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=-0.811;SC=CTAGGGGTCCGCATGGGTCTT;SOR=0.657;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=5;WE=49170727;WS=49170709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr12	49177113	rs2453486	T	G	4436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.733;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=60;PP=2023;ReadPosRankSum=-0.047;SC=AGAAGCCACCTGCCCGAGTGC;SOR=0.516;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=169;TCF=79;TCR=90;TR=122;WE=49177121;WS=49177103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,201:0.74:271
chr12	49213512	rs74859102	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=195;ReadPosRankSum=0.870;SC=AGGGCCTGGGGATGGAGAGGA;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=20;WE=49213520;WS=49213502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,48:0.36:132
chr12	49218171	rs2070615	A	G	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=67;PP=2355;SC=GAGTTGGGCCATGAGTCAGTA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=135;WE=49218179;WS=49218161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	49218546	rs2446995	G	A	5972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=8.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,275:0.70:392
chr12	49218810	rs11379348	G	GT	2810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=1989;SC=TGGGGACAGTGTTCTAGGCAG;SOR=0.807;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=45;WE=49218818;WS=49218800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	49219569	rs2453469	A	G	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=122;PP=2965;SC=AGTCCCCACCACCTGCTTCTG;SOR=1.529;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=59;TCR=122;TR=181;WE=49219577;WS=49219559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	49221622	rs1045340	G	A	9277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=662;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=115;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=1.809;SC=AGGACTCAGAGCACAACCACA;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=169;TCR=208;TR=253;WE=49221630;WS=49221612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,443:0.68:653
chr12	49228077	rs2453473	G	C	1391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
chr12	49230035	rs1057908	T	G	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=689;ReadPosRankSum=-0.944;SC=CCTGACGCTGTATAGGTGTTG;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=40;WE=49230043;WS=49230025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,78:0.66:118
chr12	49237652	rs2446993	G	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=543;ReadPosRankSum=-0.879;SC=TTCATAAGAAGCTGAGCAAAC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=37;WE=49237660;WS=49237642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr12	49238024	rs2446994	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.478;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=358;ReadPosRankSum=-0.472;SC=AAATATTAACGGCAATGACAG;SOR=1.051;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=18;WE=49238032;WS=49238014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr12	49239229	rs75812246	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=-0.808;SC=CAAACAGAGCGAGACTCTGTC;SOR=0.049;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=7;WE=49239237;WS=49239227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr12	49255964	rs17123362	G	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=92;ReadPosRankSum=-0.739;SC=ATAGGCCTAAGCCCTAAAGCC;SOR=2.147;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=9;WE=49255972;WS=49255954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr12	49259194	rs2453489	T	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	49298340	rs3825184	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.65;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	49315300	.	AT	A	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,19:0.42:45
chr12	49319036	rs12829682	A	C	17366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=676;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=173;NR=185;PP=2965;SC=ATTACCACCCAACAAGGCTCG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=359;TCF=173;TCR=186;TR=358;WE=49319044;WS=49319026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,670:1.00:670
chr12	49332451	rs148694584	T	TGA	3048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5813;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.284;NF=5;NR=37;PP=1800;ReadPosRankSum=-1.023;SC=ACCCAGAGGGTGAGAGAGAGA;SOR=0.739;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=42;WE=49332459;WS=49332441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,89:0.93:96
chr12	49333248	rs833831	T	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=192;ReadPosRankSum=-0.049;SC=TCCTGAGGACTGAAATGTTGC;SOR=0.257;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=14;WE=49333256;WS=49333241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr12	49334044	rs708242	G	C	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=39;PP=1079;SC=TAATCGTTAAGCTAGCAGCCT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=4;TCR=39;TR=43;WE=49334052;WS=49334034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	49334762	rs12122	G	C	2994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	49362779	rs833834	T	G	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=10;PP=894;SC=GGAGAGAGGTTGGGGAGTGAT;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=49362787;WS=49362769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	49364391	rs833843	G	A	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=32;PP=805;SC=CAGGAATAGGGCGGCTCGCTT;SOR=4.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=34;WE=49364399;WS=49364381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	49390677	rs10783299	T	C	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.505;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=48;PP=950;ReadPosRankSum=-1.718;SC=GTTTCCAACCTCGGGCAGGGT;SOR=0.850;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=238;TCF=94;TCR=144;TR=74;WE=49390685;WS=49390667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,114:0.33:346
chr12	49398862	rs2293445	G	A	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=579;ReadPosRankSum=2.417;SC=CCAGAAACCCGCCATCCCTTT;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=154;TCF=90;TCR=64;TR=48;WE=49398870;WS=49398852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,86:0.40:217
chr12	49399669	rs200952727	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.185;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,50:0.37:134
chr12	49416046	rs34546217	TC	T	1213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=602;ReadPosRankSum=0.520;SC=AATCCCTCCTTCCTCGTCATC;SOR=0.368;SbPval=0.04;Source=Platypus;TC=82;TCF=12;TCR=70;TR=21;WE=49416054;WS=49416036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,48:0.27:176
chr12	49424616	rs11614738	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=748;ReadPosRankSum=0.160;SC=TGCACAGCTGGGGGACAGGGT;SOR=0.617;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=161;TCF=91;TCR=70;TR=56;WE=49424624;WS=49424606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,66:0.28:237
chr12	49424873	rs150012622	TTCTG	T	4369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.052;NF=29;NR=78;PP=2967;ReadPosRankSum=0.103;SC=CCCTCATCTCTTCTGTCTGAC;SOR=0.705;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=333;TCF=101;TCR=232;TR=107;WE=49424884;WS=49424863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:531,253:0.32:784
chr12	49425978	rs3741622	T	C	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=-0.610;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,93:0.29:316
chr12	49427652	rs3782357	C	T	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=879;ReadPosRankSum=0.768;SC=CAGCTGAGTGCTGTTGCTGTT;SOR=0.798;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=167;TCF=93;TCR=74;TR=64;WE=49427674;WS=49427642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,101:0.39:259
chr12	49434074	rs10747559	C	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=430;ReadPosRankSum=0.877;SC=CTGCTGGGAACCCCCCAGCCC;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=28;WE=49434082;WS=49434064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,41:0.39:104
chr12	49436724	rs12580349	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,25:0.24:106
chr12	49439659	rs833818	C	T	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=9;PP=1046;SC=AGATGATGTCCGACGTCTGGT;SOR=1.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=49439667;WS=49439649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	49442356	rs5798089	C	CA	1372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.267;NF=12;NR=18;PP=974;ReadPosRankSum=2.037;SC=TGGGTATCCCCAAAGTAGGTC;SOR=0.651;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=30;WE=49442364;WS=49442346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,66:0.39:170
chr12	49442813	rs2304275	T	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TAGGCAAGCATGCAAGGGACT;SOR=0.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=10;WE=49442821;WS=49442803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr12	49444545	rs2241726	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,37:0.30:122
chr12	49460882	rs10715716	CT	C,CTT	276.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.702;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,19,12:0.56,0.35:34
chr12	49463352	rs71080168	CT	C	3186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.06;ReadPosRankSum=1.455;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,88:0.36:244
chr12	49463356	.	TCCAA	T	3077.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=3.705;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.03;ReadPosRankSum=2.272;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,88:0.32:279
chr12	49463361	rs200055056	TCCTCCACTCTTCC	T	2829.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=5.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=2.664;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,87:0.25:350
chr12	49484933	rs117527954	G	A	6102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-2.179;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,298:0.65:457
chr12	49487965	rs376748072	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.213;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=108;ReadPosRankSum=-0.866;SC=GCAGTGCCCCGGCGCAGGTAG;SOR=0.443;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=14;WE=49487973;WS=49487955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr12	49494304	rs138195319	C	T	4080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=65;PP=2006;ReadPosRankSum=1.176;SC=CCCATCCACACCCCCCGGGAG;SOR=0.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=173;TCF=86;TCR=87;TR=126;WE=49494312;WS=49494294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,181:0.73:248
chr12	49494862	rs35472356	C	CA	746.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=6;PP=866;SC=GCCCTCCTTTCAAATTAAGTC;SOR=2.215;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=23;WE=49494870;WS=49494852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	49497643	rs2047101	T	A	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=61;PP=2001;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CAGGGCAGTGTGGGAACATTG;SOR=0.368;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=49497651;WS=49497633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr12	49498130	rs10783302	G	T	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=21;PP=1419;SC=TCAAACTTCCGTTAACTAAAC;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=49498138;WS=49498120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	49498751	rs2279596	G	A	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=321;SC=TCCTGAGGGCGCCTGTGGCTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=49498759;WS=49498741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	49500398	rs10783304	G	A	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=26;PP=1759;SC=ATGACACAGAGCCTGTGCCCG;SOR=1.434;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=62;TCR=26;TR=88;WE=49500406;WS=49500388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	49500509	rs10747561	C	T	7648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=87;PP=2866;SC=GACATTGTTACGCCCATTTTG;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=75;TCR=87;TR=162;WE=49500517;WS=49500499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr12	49521672	rs2753	G	A	5725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=44;PP=2648;SC=AAGCTTTAACGTCTGTCAGTT;SOR=1.410;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=102;TCR=44;TR=145;WE=49521680;WS=49521662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr12	49522578	rs1057725	T	C	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.46;QD=29.29;SOR=2.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	49522605	rs1057548	C	T	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=-0.736;NF=59;NR=33;PP=1666;ReadPosRankSum=1.111;SC=CCAGCTTGGACTTCTTGCCAT;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=59;TCR=33;TR=92;WE=49522613;WS=49522595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,114:0.98:116
chr12	49522786	rs1865157	C	A	3051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=57;PP=1645;SC=ATTTCTATTTCAACTTTTTAG;SOR=1.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=84;WE=49522794;WS=49522776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	49523523	rs34070757	GAT	G	9154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=73;PP=2965;SC=AAGGAAAAAAGATATCACAAT;SOR=0.928;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=13;TCR=76;TR=86;WE=49523532;WS=49523513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr12	49525008	rs2241727	G	C	4300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	49579696	rs697624	C	G	4860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=48;PP=2209;SC=CCATGAGCAGCGAGGTGAACC;SOR=0.944;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=116;WE=49579704;WS=49579686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	49580180	rs1056875	T	C	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=51;NR=21;PP=1332;SC=CAGCATCTTCTTTGCCTGTGA;SOR=1.775;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=72;WE=49580188;WS=49580170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	49580752	rs34741313	AC	A	362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=462;SC=CCAGCACGATACAAAGATTAA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=49580760;WS=49580742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	49582692	rs1039225	T	G	6859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=101;NR=76;PP=2965;SC=AGCTTAAAGGTTTTCCAAGTA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=101;TCR=77;TR=177;WE=49582700;WS=49582682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	49667103	rs9668136	A	T	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=33;PP=949;SC=ATAAAATTGAAGTTTCCATTT;SOR=1.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=43;WE=49667111;WS=49667093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	49689597	rs7488343	G	C	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=2;PP=98;SC=GGCTGCTCTTGCCTCCCCTCG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=49689605;WS=49689587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	49690337	rs2070760	T	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.085;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,59:0.31:192
chr12	49691250	rs73112143	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.461;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=776;ReadPosRankSum=0.055;SC=GACAGCTAAAAGAGGAGATGG;SOR=0.313;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=108;TCF=33;TCR=75;TR=47;WE=49691258;WS=49691240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr12	49691567	rs2236746	T	C	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.892;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=560;ReadPosRankSum=0.574;SC=CCTCGGGCTCTTGCTCTGGCT;SOR=0.554;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=44;WE=49691575;WS=49691557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,68:0.37:185
chr12	49719149	rs111795391	TA	T	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=0.97;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr12	49721122	rs73309977	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=130;ReadPosRankSum=1.935;SC=GGGTGAGATGCGACTCTCCTG;SOR=0.579;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=14;WE=49721130;WS=49721112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr12	49723581	rs11835303	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=182;ReadPosRankSum=-0.216;SC=GTGGGACTCAGGCTGGTCTTT;SOR=0.963;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=13;WE=49723589;WS=49723571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr12	49723963	rs4243545	A	G	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=527;ReadPosRankSum=0.654;SC=TGAGACAGGAAGTAGAGGGGC;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=33;WE=49723971;WS=49723953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,44:0.41:107
chr12	49724955	rs3088008	A	C	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=45;PP=1358;ReadPosRankSum=-0.394;SC=TGGTGGAAGTATAGGACCCCA;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=322;TCF=174;TCR=148;TR=100;WE=49724963;WS=49724945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:432,155:0.26:587
chr12	49893815	rs11447993	C	CT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr12	49937654	rs11337899	GC	G	2825.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.622;NF=31;NR=29;PP=1429;ReadPosRankSum=0.746;SC=AAGAGTGGCTGCCCCCCCAGC;SOR=0.584;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=60;WE=49937662;WS=49937644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,106:0.73:145
chr12	49950092	rs11615302	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=337;ReadPosRankSum=-0.238;SC=CATCCCGTCCCGTATGACCCC;SOR=0.990;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=27;WE=49950100;WS=49950082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,39:0.30:128
chr12	49952781	rs191487493	G	A	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=786;ReadPosRankSum=-0.493;SC=AAGAAGGGATGATGGGATGGG;SOR=0.500;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=53;WE=49952789;WS=49952771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,100:0.65:153
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chr12	50146173	rs201023385	CT	C	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.61;ReadPosRankSum=0.873;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,23:0.32:73
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chr12	50283465	rs643971	G	A	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=-1.373;SC=CCTGGCCCCAGTCTGGTGCCC;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=27;WE=50283473;WS=50283455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,38:0.78:49
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chr12	50305007	rs394119	C	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=388;ReadPosRankSum=1.154;SC=TCCGTTTCTCCACCAGATGGA;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=22;WE=50305015;WS=50304997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
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chr12	50348674	rs402813	C	T	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=19;PP=478;SC=TCAGTTTCCACGTCTGTGAAT;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=50348682;WS=50348664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr12	50349123	rs371777	C	A	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=17;PP=916;SC=CCGGGGCCTGCGGGCTCCGCG;SOR=1.199;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=50349131;WS=50349113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	50349143	rs403201	C	G	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=24;PP=932;SC=GTGCCGGTGCCGGCGCGGGTG;SOR=0.864;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=50349151;WS=50349133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	50349411	rs457487	C	A	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=450;SC=GCGGCCTCTACGGCCCCGACG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=50349419;WS=50349401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	50349765	rs467323	C	T	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=457;SC=TTGGGGGTTCCGGGAATGATG;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=50349773;WS=50349755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	50356174	rs139560378	TGGG	T	1531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=17;PP=438;SC=GTGAGTGCCCTGGGGGGGGGG;SOR=1.308;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=50356184;WS=50356164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	50358073	rs296753	C	G	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=87;PP=2460;SC=GGGTGGGCCACGGAGTGGTGG;SOR=1.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=28;TCR=87;TR=115;WE=50358081;WS=50358063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	50368013	rs296748	C	T	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=61;PP=2014;SC=TGTCACCCCCCTCCAGCTGAG;SOR=2.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=23;TCR=62;TR=83;WE=50368021;WS=50368003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	50386015	rs296737	C	T	7123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=75;NR=117;PP=2965;SC=CACACACACACGCACCTGCCT;SOR=1.069;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=75;TCR=118;TR=192;WE=50386023;WS=50385993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr12	50393372	rs378943	G	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=6;PP=777;SC=TTTTACACAGGCCAGTTTAGT;SOR=2.252;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=35;WE=50393380;WS=50393362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	50452708	rs653576	C	G	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=81;PP=2965;SC=TCCTGGGCTCCCTGGCTGTGC;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=161;TCF=79;TCR=82;TR=159;WE=50452716;WS=50452698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	50467644	rs706792	G	T	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=54;PP=2965;SC=GGTGCTGTGGGCGGTGGCCTT;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=79;TCR=54;TR=133;WE=50467652;WS=50467634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	50467769	rs706793	G	A	12064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=155;NR=127;PP=2965;SC=TGGCCTTCCCGGCAGTCACCC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=284;TCF=157;TCR=127;TR=282;WE=50467777;WS=50467759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,455:1.00:455
chr12	50473660	rs404751	A	G	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=24;PP=1387;SC=CACTCAACTGAGACCTCTCAC;SOR=1.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=50473668;WS=50473650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	50482211	rs646782	T	C	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=41;PP=1405;SC=TGAGTTTTTTTCCATTGTTGT;SOR=2.226;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=54;WE=50482219;WS=50482201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	50484013	rs73121544	G	A	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=33;PP=2050;SC=CTATACTTTGGTTCCCTGCAG;SOR=1.207;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=100;WE=50484021;WS=50484003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	50498139	rs836178	T	G	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	50500015	rs2232205	G	A	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=456;ReadPosRankSum=1.953;SC=ATTTCTGGGCGGAAGCCCGCA;SOR=0.703;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=27;WE=50500023;WS=50500005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr12	50500381	rs73123514	A	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.255;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=504;ReadPosRankSum=-0.411;SC=GGGCCTGCTTAGGGAAACACA;SOR=1.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=32;WE=50500389;WS=50500371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr12	50503082	rs836179	A	G	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=2;PP=616;SC=AGAAACTCACAGCCATCCTTC;SOR=3.675;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=29;WE=50503090;WS=50503072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	50503269	rs836180	C	T	5565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr12	50535722	rs35739493	C	CA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr12	50744094	rs7296277	G	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	50744119	rs7296291	G	A	3285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=33;PP=1375;SC=TACCTGGCATGCTGGATCAGC;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=78;WE=50744127;WS=50744109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	50744171	rs7312252	T	C	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=51;PP=1708;SC=CCAACTGAACTGTGTCCATAT;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=105;WE=50744179;WS=50744161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	50744581	rs73108300	A	T	3594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=60;PP=1913;ReadPosRankSum=2.339;SC=AATGTTCTAAATGATTCTATA;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=87;TCR=93;TR=114;WE=50744589;WS=50744571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,162:0.63:257
chr12	50744753	rs10506292	T	C	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=60;PP=2019;SC=TTGCCAATCTTTTCTTAGCAA;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=93;WE=50744761;WS=50744743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	50746348	rs7304951	A	G	6062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=74;PP=2870;SC=TGAGGGGTGAAAGGGATCCCC;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=135;WE=50746356;WS=50746338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr12	50746917	rs10876023	A	G	6954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=88;NR=87;PP=2965;SC=GGCCTGCTGAAGGGTTAGAGT;SOR=0.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=179;TCF=89;TCR=90;TR=175;WE=50746925;WS=50746907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	50747005	rs10876024	T	C	5398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.27;QD=26.46;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	50749221	rs4435082	G	C	7798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr12	50749227	rs4625558	T	G	7833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=44.26;ReadPosRankSum=1.510;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr12	50750040	rs7964439	C	A	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=29;PP=805;SC=TACTGAAGAACAAAACATAAA;SOR=1.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=37;WE=50750048;WS=50750030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	50754563	rs12303082	T	G	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=56;NR=23;PP=1499;SC=TGTTTCTTCTTTTCGTCGAGG;SOR=1.362;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=57;TCR=25;TR=79;WE=50754571;WS=50754553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	50821776	rs59730946	C	CTT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	50829263	rs113327207	T	TTATTC	314.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=1;PP=270;SC=ACTATTTTGTTTTTTCAGAGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=50829271;WS=50829261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	50856259	rs5798139	C	CA	730.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=6.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.078;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.179;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,50:0.75:67
chr12	50898784	rs10525715	T	TGGCGGCGGCGGCGGCGGC,TGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGC	612.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.60;MQRankSum=1.329;QD=18.02;ReadPosRankSum=0.769;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,13,15:0.38,0.44:34
chr12	51019633	rs34609458	TC	T	664.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=450;SC=AACCATACATTCCCCCCCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=19;WE=51019650;WS=51019623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	51034721	rs2731436	C	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=31;PP=889;SC=TAATACTTGTCTTTTTTTTCC;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=51034729;WS=51034709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	51053873	.	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr12	51076844	rs2731447	C	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=463;SC=ATAAATATTACATACTTAGAC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=51076852;WS=51076834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	51089572	rs2684890	G	A	3753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=36;PP=2170;SC=TTATTGTGGTGTATTACATAT;SOR=1.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=84;TCR=36;TR=119;WE=51089580;WS=51089562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr12	51089616	rs2684891	T	C	7143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=114;NR=71;PP=2965;SC=AACTTCATCCTTTTTGAATTT;SOR=1.035;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=114;TCR=71;TR=185;WE=51089624;WS=51089606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr12	51135167	rs1975351	A	G	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=543;SC=GTATATGTCCAAGCCACATTT;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=51135175;WS=51135157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	51135275	rs1866422	T	C	4657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=47;PP=1645;SC=ACCACCCAATTGATATTGAGA;SOR=0.909;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=66;TCR=47;TR=113;WE=51135283;WS=51135265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	51182122	rs10747592	C	T	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=0.444;SC=TGTGCCATCACATCCGGCTAA;SOR=0.813;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=10;WE=51182130;WS=51182112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,22:0.39:57
chr12	51189619	rs3742065	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=-1.157;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr12	51203226	rs4986837	GT	G	543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=420;SC=TAGAGTTCTGGTTTTTTTTAC;SOR=2.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=18;WE=51203234;WS=51203216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	51203371	rs1129406	C	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.560;QD=7.47;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,39:0.25:157
chr12	51203376	rs4986838	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=1.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.544;QD=7.64;ReadPosRankSum=-1.170;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,36:0.24:151
chr12	51207704	rs829112	A	G	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.75;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	51236931	rs829121	G	A	2614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=65;PP=1842;SC=GGCGCATGCAGAGGGCAGTAC;SOR=2.204;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=83;WE=51236939;WS=51236921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	51237816	rs861204	G	A	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=515;ReadPosRankSum=0.431;SC=CACTAAAGACGCTAGGTACGT;SOR=0.907;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=40;WE=51237824;WS=51237806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,64:0.62:103
chr12	51279367	rs79213577	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=0.095;SC=TCATCAGTAGGCAGAATTTAC;SOR=0.551;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=8;WE=51279375;WS=51279357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr12	51319346	rs2359005	A	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=66;ReadPosRankSum=-2.077;SC=GAGGAGGACTAGTTAGTAGCA;SOR=0.930;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=8;WE=51319354;WS=51319336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr12	51323672	.	G	GT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.818;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,17:0.21:81
chr12	51382232	rs161044	T	C	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=-1.658;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,88:0.66:134
chr12	51386530	rs2018673	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr12	51386839	rs224569	C	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=384;ReadPosRankSum=-0.291;SC=TGCTGTGCTGCGCACTGTGCC;SOR=0.446;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=21;WE=51386847;WS=51386829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr12	51386868	rs224570	T	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.18;ReadPosRankSum=-0.139;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr12	51386872	rs1632791	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.32;ReadPosRankSum=-0.271;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr12	51399050	rs224589	T	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,47:0.68:69
chr12	51399997	rs224590	A	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.813;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr12	51400084	rs140582579	AAAAC	A	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=291;ReadPosRankSum=0.224;SC=CTCCGTCTCAAAAACAAACAA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=51400095;WS=51400074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr12	51402905	rs445520	T	G	3653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=2.991;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,193:0.64:303
chr12	51404467	rs427020	C	T	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,69:0.56:124
chr12	51404679	rs370462	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-0.251;SC=AATTAGGTAACCTTGAAAATA;SOR=0.321;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=7;WE=51404687;WS=51404669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr12	51453366	rs3190077	A	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=358;ReadPosRankSum=1.901;SC=CATGGCACACATGTGGGAACT;SOR=1.022;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=18;WE=51453374;WS=51453356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr12	51461425	rs4768956	C	G	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=18;PP=1219;SC=CCCTGGTGTACATATACTATC;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=51461433;WS=51461415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	51461793	rs2029146	G	A	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=810;ReadPosRankSum=0.112;SC=AGACATGAGCGGCATGCACCT;SOR=0.623;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=47;WE=51461801;WS=51461783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,74:0.59:125
chr12	51467596	rs11169696	A	C	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=13;PP=1160;ReadPosRankSum=1.417;SC=ATCCCAGAACACTTAGGCACC;SOR=0.843;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=51;WE=51467604;WS=51467586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr12	51492509	rs2359189	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=325;ReadPosRankSum=1.098;SC=TGCTCCATGCGCTGACAAATT;SOR=0.782;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=101;TCF=64;TCR=37;TR=28;WE=51492517;WS=51492499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,43:0.29:148
chr12	51497573	rs17125370	T	C	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=29;PP=772;ReadPosRankSum=1.680;SC=GTTTTTTAGATAACCAAATAG;SOR=0.738;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=171;TCF=87;TCR=84;TR=60;WE=51497581;WS=51497563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,109:0.37:296
chr12	51502791	rs7134695	C	T	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=6;PP=656;SC=AGACTTTTTGCGTGTGTGTGA;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=51502799;WS=51502781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	51504799	rs7978782	T	C	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=69;PP=2197;SC=TTGAACAATTTTGAGGGCCAC;SOR=0.978;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=47;TCR=71;TR=116;WE=51504807;WS=51504789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	51504894	rs11308041	GT	G	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=7.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=-1.711;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr12	51511244	rs10876138	G	A	270.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=0;PP=189;SC=TTCTATTTCTGCAGCTCTGAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=51511252;WS=51511234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	51511269	rs59372312	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=0.768;SC=TCATGTGAATACTGGGGCTTA;SOR=0.602;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=51511277;WS=51511259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr12	51512637	rs3839987	CT	C	1599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=39;PP=1542;SC=AACTGCAATGCTTTGGAAAGC;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=40;WE=51512645;WS=51512627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	51585335	rs10783419	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=347;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GTGGCACCAGGCAGCTGAGCA;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=27;TCR=0;TR=17;WE=51585343;WS=51585325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr12	51585599	rs10735831	T	G	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.44;ReadPosRankSum=0.180;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,56:0.56:100
chr12	51585599	.	TGC	GGT	1366	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=10;NR=27;PP=1366;QD=38.3639966179;SC=GAACCATCCCTGCTTATCTGG;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=37;WE=51585609;WS=51585589;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:45,37:0.45:82
chr12	51585601	rs10747606	C	T	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=2.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.88;ReadPosRankSum=0.272;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,55:0.56:98
chr12	51632507	rs7979728	G	A	946.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=649;ReadPosRankSum=-0.537;SC=GCGGGACCGCGCGGACCCTCC;SOR=0.555;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=37;WE=51632515;WS=51632484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,39:0.89:44
chr12	51636259	rs1049467	C	T	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=34;PP=1062;SC=AAGGCCACCTCTGTGCCGGGA;SOR=2.137;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=51636267;WS=51636249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	51663215	rs2114876	T	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.62;ReadPosRankSum=1.496;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr12	51675444	rs77580094	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=307;ReadPosRankSum=-0.816;SC=GAGGGAGGCAATGTGAAACTG;SOR=0.628;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=26;TCR=59;TR=27;WE=51675452;WS=51675434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr12	51681846	rs4611251	C	T	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.246;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=296;ReadPosRankSum=-2.009;SC=TTTTAATGTACAAAAAAATAG;SOR=0.201;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=21;WE=51681854;WS=51681836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr12	51681903	rs7954976	T	C	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.070;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=415;ReadPosRankSum=0.913;SC=TCCGAGGAGTTAGCTGAGATA;SOR=0.283;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=22;WE=51681911;WS=51681893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr12	51685831	rs3210837	T	C	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.347;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=34;PP=1436;ReadPosRankSum=0.475;SC=ACTTGGCCCTTTCAGTGGTAG;SOR=0.461;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=74;WE=51685839;WS=51685821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,100:0.71:141
chr12	51686204	rs7306505	T	C	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.130;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,84:0.64:131
chr12	51686285	rs7135343	A	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=0.391;SC=GTGAAATGAAAAAAGGCCAAA;SOR=0.749;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=25;WE=51686293;WS=51686275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr12	51691149	rs3782469	A	G	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=30;PP=929;SC=TCAGGAGATCAAGACCATCCT;SOR=1.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=40;WE=51691157;WS=51691139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	51693357	rs2288368	G	A	1892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=22;PP=1245;SC=GAACAGGAAGGGTTTACCAGT;SOR=1.196;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=58;WE=51693365;WS=51693347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	51693632	rs60046549	G	GT	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=229;ReadPosRankSum=0.195;SC=TTTTGCTTTTGTTTTTTTTGA;SOR=0.608;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=11;WE=51693640;WS=51693622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr12	51695708	rs74093810	C	T	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.661;NF=20;NR=15;PP=458;ReadPosRankSum=0.227;SC=CATTCTTAATCGTGAGTTCTA;SOR=0.616;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=89;TCF=54;TCR=35;TR=35;WE=51695716;WS=51695698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,49:0.43:115
chr12	51695791	rs151019240	GT	G	3148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.280;NF=11;NR=31;PP=1547;ReadPosRankSum=0.353;SC=CCTTGATTCTGTACATTGAGT;SOR=0.649;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=42;WE=51695799;WS=51695781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,101:0.37:274
chr12	51696500	rs7975715	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=3.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.993;SOR=1.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,45:0.31:145
chr12	51707626	rs7312857	C	T	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=659;ReadPosRankSum=1.544;SC=GTAGAAGTTGCTAGCGCTTTG;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=46;WE=51707634;WS=51707616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,85:0.40:212
chr12	51707801	rs143416791	CTTATTTAT	C,CTTAT	910.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;NF=0,0;NR=9,9;PP=357,404;SC=AAGGGCTGTACTTATTTATTT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=9,9;WE=51707816;WS=51707791;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.39,0.61:23
chr12	51722311	rs7138439	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.198;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,22:0.18:119
chr12	51722409	rs17860373	G	GT	1314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.497;QD=5.64;ReadPosRankSum=0.816;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,57:0.24:233
chr12	51723499	rs17860364	T	C	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=-1.371;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,47:0.32:148
chr12	51723598	rs17860363	A	AG	4716.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.430;NF=13;NR=57;PP=2452;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CAAGCAATGGAGGGGGCCCCC;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=19;TCR=80;TR=70;WE=51723606;WS=51723588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,179:0.67:269
chr12	51723727	rs12831721	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=485;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TAAAGCTCCAATGCAAATCTC;SOR=3.528;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=24;WE=51723735;WS=51723717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr12	51733734	rs17860317	G	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=608;ReadPosRankSum=0.394;SC=AGCAGATGGCGTAGTCCACAG;SOR=0.627;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=135;TCF=63;TCR=72;TR=45;WE=51733742;WS=51733724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,64:0.31:207
chr12	51733951	rs12816187	A	C	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=27;PP=768;SC=TTCTCTCTTTATATGGCCGCA;SOR=3.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=51733959;WS=51733941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	51737439	rs17860302	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-0.972;SC=CCCAGTCCCTGAAGTGCTGTC;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=51737447;WS=51737429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr12	51737520	rs17860301	G	T	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr12	51737562	rs17860300	T	C	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.457;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,70:0.57:123
chr12	51737607	rs17860299	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=501;ReadPosRankSum=0.088;SC=GTGTGATACCGGGAACCTCCA;SOR=0.601;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=36;WE=51737615;WS=51737597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr12	51739471	rs12582273	T	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=462;ReadPosRankSum=0.330;SC=ACCTAGACAATTGGAGAGCTG;SOR=0.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=28;WE=51739479;WS=51739461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,50:0.67:75
chr12	51739648	rs17860287	C	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=-1.573;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,40:0.25:158
chr12	51740387	rs57614420	ACTGGACCATATCC	AACCATATCC,A	5309.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=27;PP=2957;SC=CAGGGTTGCGACTGGACCATA;SOR=0.744;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=38;WE=51740407;WS=51740377;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:119
chr12	51740393	.	CCATATCCACTT	C	5432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=46.04;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	51740407	.	CATAA	C	5587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=46.56;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	51740414	.	GAC	G	493	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=252;MMLQ=24;MQ=59.81;NF=9;NR=27;PP=493;QD=15.0911190899;SC=TACCATAAAGGACCAGCATGT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=36;WE=51740423;WS=51740404;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,36:0.97:37
chr12	51740415	.	A	AAG	5595.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=45.49;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	51740416	.	C	CG	5596.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=47.03;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	51748326	rs2288369	G	A	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=32;NR=38;PP=1308;SC=ACCTCTTAACGGTGCTACCAG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=51748334;WS=51748316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	51748395	rs7971653	G	A	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=28;PP=851;SC=GGCACAAAGAGGACACTTCCC;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=51748403;WS=51748385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	51752085	.	G	GT	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr12	51752897	rs907347	G	A	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=1.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.946;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,84:0.65:130
chr12	51796904	rs907350	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.695;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=117;ReadPosRankSum=0.650;SC=GTAATAGGTATAAACTGCTCA;SOR=0.336;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=12;WE=51796912;WS=51796894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr12	51846090	rs1995691	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=273;ReadPosRankSum=0.455;SC=GGGTAGGCAAGTGTGTACCCT;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=51846098;WS=51846080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr12	51851126	rs4512904	G	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.914;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=15;PP=804;ReadPosRankSum=2.326;SC=GTGAGTGCCTGCTTTCCAGAC;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=106;TCF=73;TCR=33;TR=57;WE=51851134;WS=51851116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
chr12	51852511	rs6580835	C	T	2452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.410;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=52;PP=1409;ReadPosRankSum=1.061;SC=TTGCTGGAATCTGGGTAAGGT;SOR=0.882;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=78;WE=51852519;WS=51852501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,109:0.69:157
chr12	51855984	rs2271149	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=267;ReadPosRankSum=0.137;SC=TCAGATCCCCGTGACAGAGAT;SOR=0.495;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=17;WE=51855992;WS=51855974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr12	51863643	rs4491281	T	C	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=46;PP=1175;SC=CCAGGTCCACTGTGGGGGAAA;SOR=1.525;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=66;WE=51863651;WS=51863633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	51864979	rs2292217	T	C	3073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=30;PP=1366;ReadPosRankSum=-1.631;SC=TTCCAGTGCTTGTTTAGATGA;SOR=0.949;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=151;TCF=98;TCR=53;TR=94;WE=51864987;WS=51864969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,142:0.65:220
chr12	51869098	rs868884	G	A	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=430;ReadPosRankSum=0.284;SC=GGAGAACTCCGGATGTCCTGA;SOR=0.671;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=20;WE=51869106;WS=51869088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr12	51874054	rs4761970	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=289;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TTGGGAAAAACTGGAGCAAAT;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=18;WE=51874062;WS=51874044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,28:0.78:36
chr12	51879826	rs10783445	G	T	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=17;PP=504;SC=ACCTTGTCATGTAGAAAAGCA;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=51879834;WS=51879816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	51882355	rs10706140	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr12	51888998	rs2102376	G	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=345;ReadPosRankSum=-1.408;SC=TAAGTGTACAGTTGAGTGGCA;SOR=0.456;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=20;WE=51889006;WS=51888988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr12	51890721	rs10783448	G	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,47:0.64:73
chr12	51898014	rs3896351	A	G	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.336;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=607;ReadPosRankSum=1.082;SC=AGAGCTAAATATTCAGCCTCC;SOR=1.232;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=37;WE=51898022;WS=51898004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,54:0.61:88
chr12	51898108	rs3858636	G	A	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=-1.713;SC=CAGGTTATGGGAATCACAAGA;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=12;WE=51898116;WS=51898098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr12	51901390	rs7305599	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=330;ReadPosRankSum=1.647;SC=GTGCATTGGAAGGCATCCAGC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=18;WE=51901398;WS=51901380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr12	52080965	rs4761829	C	T	12392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=149;NR=115;PP=2965;SC=TTTTACGGGACCCATGGAACT;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=149;TCR=116;TR=264;WE=52080977;WS=52080955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr12	52099153	rs2291265	C	T	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=48;PP=2851;SC=GTTTTCAGCCCGGTTCATTTG;SOR=1.245;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=100;TCR=48;TR=147;WE=52099161;WS=52099143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	52100566	rs10783474	G	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=25;PP=721;SC=ATGTGTATATGTATATTATAC;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=34;WE=52100574;WS=52100556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	52139669	.	CT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.896;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,27:0.19:141
chr12	52156255	rs303767	A	C	7414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr12	52159438	rs56879517	G	GT	1630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=0.000;QD=19.65;ReadPosRankSum=0.020;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,80:0.96:83
chr12	52163789	rs303808	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=20;PP=555;SC=GATGAGGAGCGGATGGGCTGG;SOR=0.929;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=34;WE=52163797;WS=52163779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	52173781	rs76315468	G	GTTC	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=194;SC=TGGAGCCACAGTTCTTGGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=52173789;WS=52173771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	52184271	rs303815	T	C	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	52200028	rs303828	C	A	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=27;PP=1503;SC=GGGTGTCTCCCATCTCAATAA;SOR=1.413;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=82;WE=52200036;WS=52200018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	52200742	rs60637	C	A	10855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=157;NR=138;PP=2965;SC=TGCCCAAGCCCAATACCATTG;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=157;TCR=140;TR=295;WE=52200750;WS=52200732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr12	52204246	rs172559	T	C	5379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=113;PP=2965;SC=TAAGTGGCAATGCTTTGCCAA;SOR=1.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=44;TCR=114;TR=157;WE=52204254;WS=52204236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	52215102	rs303819	T	G	9901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=111;PP=2965;SC=CCTTTGGGAGTCTCCCCCGAC;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=206;TCF=95;TCR=111;TR=206;WE=52215110;WS=52215092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr12	52225638	rs633370	T	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,79:0.69:114
chr12	52284233	rs706832	T	C	11649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=1.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr12	52284447	rs35680116	C	T	9076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=137;NR=144;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GCTTCGACACCGTGTGGAGGA;SOR=0.704;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=432;TCF=212;TCR=220;TR=281;WE=52284455;WS=52284437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,404:0.66:616
chr12	52306221	rs2277382	C	T	2991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=1.321;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,148:0.60:248
chr12	52308021	rs77709482	T	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=339;ReadPosRankSum=-1.446;SC=GGCTAGGTTCTTCTTTCTGCA;SOR=1.052;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=21;WE=52308029;WS=52308011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr12	52312944	rs706815	T	C	2475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=1469;ReadPosRankSum=0.039;SC=TGGTGGCTCATGGCTGGGATT;SOR=0.632;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=53;WE=52312972;WS=52312934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,71:0.61:117
chr12	52312964	rs706816	A	G	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=1469;ReadPosRankSum=1.202;SC=TTCTGGGCCCAGGAACTTGTG;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=38;WE=52312972;WS=52312934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,54:0.61:89
chr12	52345497	rs10540557	TGCG	T	1077.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.450;NF=3;NR=8;PP=418;ReadPosRankSum=0.229;SC=GCTGCTGGGCTGCGGCGGCGG;SOR=0.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=52345510;WS=52345487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr12	52404618	rs1298913	T	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=411;ReadPosRankSum=0.835;SC=CTATGGGACTTCTACACCTTT;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=24;WE=52404626;WS=52404608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr12	52408422	rs1283166	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5112;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=1.732;SC=GACCCTTTGCAGAGGCCACCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=52408430;WS=52408412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr12	52435691	rs7316491	G	A	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=71;PP=1715;ReadPosRankSum=2.158;SC=GGTTGGCCAAGGCCTGTTGGT;SOR=0.845;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=82;TCR=125;TR=119;WE=52435699;WS=52435681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,179:0.60:300
chr12	52448089	.	C	CT	7297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.743;NF=61;NR=44;PP=2969;ReadPosRankSum=-1.280;SC=CTTTCCCTCCCTGGGGTCTCC;SOR=0.745;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=192;TCF=106;TCR=86;TR=105;WE=52448097;WS=52448079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,232:0.62:373
chr12	52467674	rs143921343	TGGGGAGTTCAAGGTAAGGGTGTC	T	1907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=2.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.967;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.324;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,59:0.26:230
chr12	52471038	rs1283163	T	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=464;ReadPosRankSum=-1.064;SC=GAATTGCACTTTTGGGCCTTT;SOR=0.549;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=39;TCR=95;TR=38;WE=52471046;WS=52471028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,55:0.32:170
chr12	52565322	rs3741737	G	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=2.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.115;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,87:0.36:245
chr12	52574780	rs4762060	A	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=23;ReadPosRankSum=1.014;SC=TCAGCTGGATATGGTGGGGGC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=4;WE=52574788;WS=52574770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr12	52579294	rs17704675	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=547;ReadPosRankSum=1.629;SC=GCCCGAGGTCGAAGATGGCTG;SOR=0.680;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=42;WE=52579302;WS=52579284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,81:0.34:240
chr12	52600033	rs10747632	T	C	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=46;PP=1175;SC=CGAGGGGACGTGAAGTAAGTG;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=80;WE=52600041;WS=52600023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	52602013	rs1902767	C	T	6643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=63;PP=2965;SC=TTGGCGCCTCCGTAATCTCCC;SOR=1.039;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=102;TCR=66;TR=162;WE=52602021;WS=52602003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr12	52627007	rs7308751	C	T	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.009;NF=40;NR=21;PP=751;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GGATAAAAGGCGCGGAGTGTC;SOR=0.845;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=167;TCF=108;TCR=59;TR=61;WE=52627015;WS=52626997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,79:0.34:233
chr12	52627215	rs7308888	A	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=7.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.713;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,60:0.28:218
chr12	52631242	rs12313552	C	T	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.473;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr12	52631313	rs6580870	A	G	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.040;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,56:0.25:220
chr12	52631394	rs10637094	C	CAT	2627.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.811;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,76:0.30:250
chr12	52631510	.	A	ATGTGTGTG	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.588;SOR=1.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr12	52632573	rs7300317	A	G	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-0.398;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:320,119:0.27:439
chr12	52635360	rs999665	G	A	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=624;ReadPosRankSum=0.387;SC=AGGTCAAGGCGCAGTATGAGG;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=186;TCF=102;TCR=84;TR=56;WE=52635368;WS=52635350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,96:0.28:344
chr12	52635443	rs2243588	T	C	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.260;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,92:0.35:260
chr12	52635560	rs999666	A	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-2.963;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr12	52639302	rs2608009	G	C	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.896;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=572;ReadPosRankSum=-3.276;SC=CTGCAGCGGGGCAAGCAGGAT;SOR=0.736;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=41;WE=52639310;WS=52639292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,63:0.33:191
chr12	52647197	rs11612499	A	T	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.09;ReadPosRankSum=0.470;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,67:0.31:216
chr12	52648297	rs9325150	T	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=457;ReadPosRankSum=-0.143;SC=GTATCATGCCTTGGTGAAGCC;SOR=0.399;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=27;WE=52648305;WS=52648287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr12	52649887	rs2168762	T	C	7555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=107;PP=2965;SC=CTCCCACTGTTGGCTTCCATG;SOR=0.960;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=184;TCF=75;TCR=109;TR=182;WE=52649895;WS=52649877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr12	52649954	rs2242139	T	C	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=56;PP=1586;SC=AGGTTGCTCTTGCAGCACTCA;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=81;WE=52649962;WS=52649944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	52660770	.	C	T	5610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.592;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=76;PP=2386;ReadPosRankSum=-1.091;SC=TGATCTGGCACGGGGAGACTG;SOR=0.682;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=230;TCF=117;TCR=113;TR=164;WE=52660778;WS=52660760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,264:0.69:380
chr12	52661075	rs748040	C	T	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=42;PP=1977;SC=CTGGACATATCCAGGTAATGG;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=106;WE=52661083;WS=52661065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	52661192	rs1870222	A	G	8306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=75;PP=2567;ReadPosRankSum=0.795;SC=CCTTAGCGATAACCGCTGCAA;SOR=0.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=63;TCR=75;TR=138;WE=52661200;WS=52661182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,201:1.00:202
chr12	52661209	rs1870223	T	C	7776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=64;PP=1803;ReadPosRankSum=-0.984;SC=GCAAGCTGGTTGAGCTGGAGG;SOR=0.281;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=115;WE=52661217;WS=52661199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr12	52661302	rs1870224	C	A	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=960;ReadPosRankSum=0.793;SC=CTTCTTGCCACCTTCTAGATG;SOR=0.578;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=52661310;WS=52661292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr12	52681056	rs4761856	C	T	5263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=45;PP=1456;SC=CACTGAGGGCCGCCTCACCCT;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=52681064;WS=52681046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	52681080	rs4761784	G	A	5168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=44;PP=1505;SC=GCTCAGACTGGGCCACCGCGG;SOR=1.040;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=72;WE=52681088;WS=52681070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	52681714	rs6580872	T	C	5819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=55;PP=2965;SC=TTAATAGATATCTCACATCCC;SOR=1.018;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=88;TCR=55;TR=143;WE=52681722;WS=52681704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr12	52681925	rs6580873	A	C	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.250;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.766;NF=42;NR=78;PP=2075;ReadPosRankSum=0.656;SC=CTGGAGAATGAGGATCTCCTG;SOR=1.120;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=120;WE=52681933;WS=52681915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr12	52681968	rs6580874	T	C	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.48;QD=31.65;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr12	52699605	rs143375568	C	T	2317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.99;MQRankSum=-0.606;NF=16;NR=50;PP=1255;ReadPosRankSum=-2.219;SC=GTCAGAGAGACCGAGGGTCTA;SOR=0.526;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=25;TCR=74;TR=66;WE=52699613;WS=52699595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,98:0.72:136
chr12	52711590	rs117028083	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=259;ReadPosRankSum=0.059;SC=CTGTGAGGCCGGCTTTCCTCA;SOR=0.927;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=22;WE=52711598;WS=52711580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,31:0.36:87
chr12	52755224	rs202198441	C	T	4137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.951;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,196:0.65:301
chr12	52777466	rs138204915	C	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=212;ReadPosRankSum=0.139;SC=ACTGCCTCCGCAGGTTGGTGA;SOR=0.871;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=22;WE=52777474;WS=52777456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,34:0.25:137
chr12	52778829	rs140632920	C	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr12	52779159	rs145217788	G	A	5284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=971;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=105;PP=2405;ReadPosRankSum=1.049;SC=TGGATGGGCCGAGAGCCTACA;SOR=0.683;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=574;TCF=258;TCR=316;TR=193;WE=52779167;WS=52779149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:649,310:0.32:959
chr12	52793779	rs144716797	T	C	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;ReadPosRankSum=-1.080;SC=CCGGCACTGGTACCAGGCCTC;SOR=0.592;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=130;TCF=72;TCR=58;TR=37;WE=52793787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,79:0.34:229
chr12	52799963	rs150959498	C	T	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=1208;ReadPosRankSum=1.170;SC=GCCCCTTGCTCACTGCATAGT;SOR=0.695;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=83;WE=52799971;WS=52799953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,120:0.67:179
chr12	52824547	rs117676079	G	A	2733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.355;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=64;PP=1540;ReadPosRankSum=1.219;SC=TTAAATCTTCGTGGTTAACTA;SOR=1.130;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=97;WE=52824555;WS=52824537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,122:0.62:196
chr12	52866060	rs11608915	C	T	4936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=63;PP=2094;SC=CTCTAGGAACCGCACCTGGAA;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=105;WE=52866068;WS=52866050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	52882410	rs144849815	T	TGAA	3337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=54;PP=2755;SC=TATTTCCTAGTGAAGGGGCCA;SOR=2.660;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=2;TCR=62;TR=56;WE=52882418;WS=52882400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	52938364	rs2292507	T	C	6593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=64;PP=2526;SC=AACCCTTCCCTAGGGTGTCTT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=133;WE=52938372;WS=52938354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr12	52938497	rs10783518	A	C	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=49;PP=1555;SC=GAAGCCATAGACACTGCCGCC;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=76;WE=52938505;WS=52938487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	52938535	rs10783519	A	G	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=37;PP=1140;SC=TGGCTGCAGGAGGAGCCGAAG;SOR=1.503;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=56;WE=52938543;WS=52938525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	52939407	rs10580903	AGAG	A	5866.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=50;PP=2973;SC=AAATAAAATAAGAGGAGAAGA;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=62;WE=52939417;WS=52939397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	52939994	rs11170171	T	C	3595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=26;PP=1528;SC=CTCTTCTGGATTGAGATGTGT;SOR=1.162;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=55;TCR=26;TR=79;WE=52940002;WS=52939984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	52941529	rs4761929	T	C	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=2;PP=485;SC=CTCACTGGCCTTCTCTCTTCT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=52941537;WS=52941520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	52941784	rs3839975	CAG	C	10258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=67;PP=2965;SC=CCCCAAAGCACAGAGTCATGA;SOR=0.719;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=100;TCF=31;TCR=69;TR=94;WE=52941793;WS=52941774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr12	52942235	rs12308719	G	T	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=42;PP=1405;SC=CCAGGGCTGTGTGCTTTGCGG;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=11;TCR=42;TR=53;WE=52942243;WS=52942225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	52942998	rs635206	C	T	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=245;SC=TTGAGGGGGGCTAACAGAGCA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=52943006;WS=52942988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	52943144	rs4761930	G	A	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=21;PP=962;SC=ATACCTGTGGGAATGGCGAGG;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=52943152;WS=52943134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	52944060	rs10747643	T	C	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=40;PP=1186;SC=TGCTGAACCCTTGCAGTAATA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=52944068;WS=52944050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	52946726	rs369905148	G	A	10403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=755;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.731;NF=124;NR=150;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TAGAGGCTCCGGCTGCCAAAG;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=401;TCF=185;TCR=216;TR=274;WE=52946734;WS=52946716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:258,486:0.65:744
chr12	52962167	rs143856828	T	C	4257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=759;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=77;PP=1544;ReadPosRankSum=-0.003;SC=GTCTCCAGGCTGGCACGCTGA;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=382;TCF=180;TCR=202;TR=145;WE=52962175;WS=52962157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:497,256:0.34:753
chr12	53039092	rs142557360	C	T	6138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1058;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=112;PP=2677;ReadPosRankSum=1.172;SC=GCCAGACTGTCGGCCTCCAGA;SOR=0.586;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=676;TCF=310;TCR=366;TR=224;WE=53039100;WS=53039082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:689,355:0.34:1044
chr12	53043636	rs632952	G	T	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=22;PP=1499;SC=TGGCTGCTTAGACACAATGGG;SOR=1.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=75;WE=53043644;WS=53043626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	53045232	.	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=166;ReadPosRankSum=-0.528;SC=CAGGCTACTGCGGTACACCAC;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=10;WE=53045240;WS=53045222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr12	53045777	rs11835758	G	A	10664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=181;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.897;SC=CGAAGCCCCCGCCACCACCAC;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=144;TCR=188;TR=319;WE=53045785;WS=53045764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:12,430:0.97:442
chr12	53069222	.	CACCTCCGGAGCCGTAGCTGCT	C	7788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=52;PP=2926;SC=CCATAGCTGCCACCTCCGGAG;SOR=1.046;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=82;WE=53069250;WS=53069212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	53070121	rs698170	T	G	11177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.073;NF=160;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.052;SC=GGGCCAGCTTTGTGTTCATCA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=272;TCF=160;TCR=112;TR=270;WE=53070129;WS=53070111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,421:1.00:423
chr12	53070145	rs936958	G	A	12093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=154;NR=149;PP=2965;SC=CCTGGTAGTCGCGCAGCAGGC;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=303;TCF=154;TCR=149;TR=303;WE=53070153;WS=53070135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,469:1.00:469
chr12	53071338	rs626480	A	G	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=43;PP=2036;SC=AAGCAGTCAGAAAATAAAAGA;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=90;WE=53071346;WS=53071328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	53071382	rs2741159	A	C	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=45;PP=2111;SC=TTGTGGGTTCAGGCTTAAAAA;SOR=0.985;Source=Platypus;TCF=61;TR=106;WE=53071390;WS=53071372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	53071560	rs2741158	A	G	5237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=71;PP=2089;SC=ATGAAGGCACATTCTCTCCAG;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=37;TCR=71;TR=108;WE=53071568;WS=53071550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	53073471	rs3837476	C	CA	3095.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=15;PP=1920;SC=TTCAAACCTACTGTGTTTTGA;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=53073479;WS=53073461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	53084928	rs11170236	T	G	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=433;ReadPosRankSum=0.273;SC=GCAGGCGTGATGTGTGGCAGA;SOR=0.570;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=38;WE=53084936;WS=53084918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,81:0.33:246
chr12	53085089	rs636127	T	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=42;PP=1374;SC=CCTCCACTCCTGCCTCGTGCC;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=75;WE=53085097;WS=53085079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	53086339	.	C	CCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGGACCCAGGAGGCGGAGTTTGTAGTGAACTGAT	1584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.986;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=7.231;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.21;ReadPosRankSum=-1.690;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,46:0.38:120
chr12	53086645	rs3782489	G	A	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=54;PP=1512;SC=TCTCCCTGCCGTGATCTGGAG;SOR=1.063;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=86;WE=53086653;WS=53086635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	53089371	rs10783529	G	A	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=235;SC=TCATTACCCCGACCTGGGGAT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=53089379;WS=53089361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	53089405	rs10783530	T	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=334;SC=GTGGAGAGGATGGCTGACTCC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=53089413;WS=53089395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	53089460	rs5798218	GACCC	G	2378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=10;PP=1566;SC=TCCCTAGTGGGACCCTAGTGT;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=30;WE=53089471;WS=53089450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	53090190	rs7138818	C	T	4040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=41;PP=1702;SC=CGCTGCCAGTCCTCTTGTTGA;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=53090198;WS=53090180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	53091566	rs1567759	C	A	8180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=110;PP=2965;SC=CGCAGGTCACCGATGTAGTTC;SOR=0.821;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=203;TCF=93;TCR=110;TR=198;WE=53091574;WS=53091556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr12	53096913	rs1625862	G	A	15122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.98;MQRankSum=-0.029;NF=167;NR=169;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.721;SC=CACCAGCCCCGGTGCTGCCAA;SOR=0.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=347;TCF=173;TCR=174;TR=336;WE=53096921;WS=53096903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,593:1.00:594
chr12	53162528	rs2280480	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=531;ReadPosRankSum=0.091;SC=GCTTGAGCTCGTGGTCTGGGA;SOR=0.633;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=43;WE=53162536;WS=53162518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,53:0.29:184
chr12	53162773	rs1464423	A	G	10134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=134;PP=2962;ReadPosRankSum=2.491;SC=CTCCATAGCCACTGCTGCTGC;SOR=0.686;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=324;TCF=176;TCR=148;TR=298;WE=53162782;WS=53162762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:26,435:0.94:461
chr12	53164848	rs7313832	G	A	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.977;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,179:0.61:294
chr12	53165621	rs12828901	A	G	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.015;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=386;ReadPosRankSum=1.782;SC=GGCCCAGAAGACCTCTGGGAT;SOR=1.373;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=25;WE=53165629;WS=53165617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,25:0.31:80
chr12	53165940	rs6580904	C	T	11751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=145;NR=162;PP=2965;SC=TCATACTGGGCGCGGACCTCG;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=307;TCF=145;TCR=162;TR=307;WE=53165948;WS=53165930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr12	53166192	rs6580905	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-5.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=467;ReadPosRankSum=-0.596;SC=CAGCCTAAAGGATGTTAGACA;SOR=0.194;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=23;WE=53166200;WS=53166182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr12	53167313	rs7399317	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	53167395	rs11170271	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,34:0.38:90
chr12	53184491	rs11170279	A	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,43:0.36:118
chr12	53184559	rs11834139	C	T	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=995;ReadPosRankSum=-1.700;SC=GTTGCTACTACCCTGGATTAG;SOR=0.919;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=65;WE=53184567;WS=53184549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,109:0.65:167
chr12	53185492	rs61929765	C	T	7128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=51;PP=2787;SC=TTGACACCCTCGATCTCTGCC;SOR=1.008;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=94;TCR=52;TR=142;WE=53185500;WS=53185482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr12	53207387	rs140582332	G	A	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=584;ReadPosRankSum=1.675;SC=TCACCTTGTCGATGAAGGAGG;SOR=0.666;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=98;TCF=69;TCR=29;TR=44;WE=53207395;WS=53207377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,49:0.40:122
chr12	53216184	rs4415849	A	G	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=42;PP=1364;SC=CAGAAAGGCCAGGAGAGCAGT;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=53216192;WS=53216174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	53223661	rs7970710	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=280;ReadPosRankSum=-0.700;SC=GGTAACACAGCGAAACTCCGT;SOR=0.368;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=14;WE=53223682;WS=53223656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr12	53223828	rs148898674	G	A	4740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=53;PP=2150;ReadPosRankSum=0.415;SC=GTTGCTGCAGGAAGTCAATCT;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=181;TCF=106;TCR=75;TR=126;WE=53223836;WS=53223818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,218:0.68:320
chr12	53228094	rs78524383	G	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.675;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=215;ReadPosRankSum=-0.921;SC=AGGGAGTGCCGTGAGCTGCTG;SOR=0.223;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=17;WE=53228102;WS=53228084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr12	53238347	rs61764062	G	A	2485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.228;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:390,160:0.29:550
chr12	53240584	rs2682342	A	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=555;ReadPosRankSum=1.402;SC=CAAGTGTGGCACGCCTGTGGG;SOR=0.741;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=168;TCF=94;TCR=74;TR=48;WE=53240592;WS=53240574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,94:0.34:275
chr12	53241626	rs11170287	A	G	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.060;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=31;PP=1691;ReadPosRankSum=0.194;SC=CTCCTGGCTGACAGACCCAAA;SOR=0.535;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=152;TCF=108;TCR=44;TR=99;WE=53241634;WS=53241616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,120:0.65:185
chr12	53242415	rs17119683	G	A	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.217;SC=ACTGGGGATCGATCTCAATCT;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=96;TCR=85;TR=78;WE=53242423;WS=53242405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,138:0.42:331
chr12	53242440	rs2013335	A	G	3978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=57;PP=1630;ReadPosRankSum=-0.715;SC=TGGGGTCAGCAGATTCTGGTT;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=200;TCF=100;TCR=100;TR=112;WE=53242448;WS=53242430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,191:0.59:322
chr12	53242579	rs2253798	C	T	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.961;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=41;PP=900;ReadPosRankSum=0.825;SC=TCCAGGCACCCCCCAAAGGAA;SOR=1.103;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=188;TCF=84;TCR=104;TR=64;WE=53242587;WS=53242566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,128:0.33:388
chr12	53291480	rs143717163	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr12	53292233	rs267607664	TG	T	2088.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CCCAGGGCCCTGGGACACCCA;SOR=0.618;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=43;WE=53292241;WS=53292223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,77:0.37:207
chr12	53292643	rs57422427	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-0.695;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,33:0.23:145
chr12	53294381	rs8608	T	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=7;PP=776;SC=CCTCTTCATATAGCTGCCTGA;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=35;WE=53294389;WS=53294371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	53294821	rs4351899	T	G	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.74;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	53295917	rs2035875	A	G	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=27;PP=885;SC=AGTCTGGAGGAAAGCAAGCAG;SOR=0.933;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=53295925;WS=53295907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	53298769	rs1065306	A	G	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=81;PP=2426;SC=TGGACATGGTAGAGGCAGGAG;SOR=1.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=47;TCR=81;TR=128;WE=53298777;WS=53298759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	53298835	rs2070910	T	G	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.076;NF=11;NR=25;PP=631;ReadPosRankSum=1.073;SC=AGAAGCTGCTTCTTGGTGAGG;SOR=0.629;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=36;WE=53298843;WS=53298825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,49:0.65:75
chr12	53343461	rs17120866	A	AC	6387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.532;NF=17;NR=72;PP=2964;ReadPosRankSum=0.565;SC=TTCCATAACCACCCAACCCCT;SOR=0.622;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=133;TCF=22;TCR=111;TR=89;WE=53343469;WS=53343451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,223:0.68:326
chr12	53400440	rs61927957	T	G	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.91;ReadPosRankSum=1.733;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,203:0.99:205
chr12	53416119	rs7975725	T	C	5180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=66;PP=2143;SC=CCACCTGGGGTTGAATTGGAG;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=48;TCR=66;TR=114;WE=53416127;WS=53416109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr12	53416251	rs10506315	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=14;PP=417;SC=AGATAACTTACGGTTTTTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=53416259;WS=53416241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	53421746	rs59856997	CT	C	2920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.146;HP=10;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.191;NF=12;NR=39;PP=946;ReadPosRankSum=-1.359;SC=GTAACTTTGCCTTTTTTTTTT;SOR=0.483;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=51;WE=53421754;WS=53421736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,146:0.98:149
chr12	53432088	rs7968918	T	C	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=8;PP=761;SC=TGTTTCTTGGTTGTTTTCTCC;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=53432096;WS=53432078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	53432107	rs55927246	A	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,26:0.41:64
chr12	53433089	rs1548204	C	A	4922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=27;PP=2106;SC=GTGGTCCAGGCGACGGAGGGA;SOR=1.312;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=96;WE=53433097;WS=53433079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	53433486	rs8916	C	T	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=59;PP=1661;SC=ATCCAGCTTCCGTAAGTGTTG;SOR=2.670;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=72;WE=53433494;WS=53433476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	53433709	rs1356993	C	G	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=8;PP=887;SC=GTTCTCATCCCTTCTGCAAGG;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=53433717;WS=53433703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	53433788	rs1356994	A	G	4454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=43;PP=2047;SC=CTCCTCTCCAATGGACAATGC;SOR=1.009;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=69;TCR=43;TR=111;WE=53433796;WS=53433778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	53442956	rs12369033	G	C	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=525;ReadPosRankSum=0.873;SC=TGTGTTGGGAGGGGGGACCTC;SOR=0.821;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=46;WE=53442964;WS=53442946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,68:0.60:114
chr12	53448320	rs11170386	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=5.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.386;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,18:0.23:79
chr12	53449735	rs2364153	T	C	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=561;ReadPosRankSum=-0.560;SC=TGAGAGTCCTTTGCTGTCAGC;SOR=1.371;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=27;WE=53449743;WS=53449725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr12	53456619	rs10431493	C	T	2750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1613;ReadPosRankSum=0.735;SC=CCCATACTGTCGGGGATGAGG;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=68;TCR=71;TR=94;WE=53456627;WS=53456609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,121:0.67:180
chr12	53457618	rs12816417	C	T	4847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=81;PP=2265;ReadPosRankSum=-1.123;SC=AGCCTGCTGGCGCCATTGTCA;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=231;TCF=101;TCR=130;TR=144;WE=53457626;WS=53457608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,224:0.63:355
chr12	53457704	rs34922637	C	A	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.628;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=52;PP=1111;ReadPosRankSum=0.563;SC=TCAACACTGCCCCCCTCCCAG;SOR=1.134;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=106;TCF=32;TCR=74;TR=70;WE=53457712;WS=53457694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,96:0.69:140
chr12	53459881	rs10876402	T	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=-0.049;SC=AGTTAAGGTGTTATGGGAAGT;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=53459889;WS=53459871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	53468419	rs2277329	T	G	6228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=1.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=1.658;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,297:0.68:435
chr12	53470777	rs7977070	G	C	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=542;SC=CAAGAGCATCGCCCTTCCCTG;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=53470785;WS=53470767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	53471839	rs11170398	A	G	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=9;PP=354;SC=GTGTGGCAGCATGCACCTGTA;SOR=0.866;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=22;WE=53471847;WS=53471829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	53471929	rs7302636	T	C	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	53472002	rs11170400	G	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=15;PP=483;SC=CCTGGGCCTGGTGGCTCACGT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=53472010;WS=53471992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	53498725	rs12230946	G	A	171.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.62;ReadPosRankSum=1.430;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr12	53498783	rs3215347	TA	T	225.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.047;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr12	53499487	rs2272302	C	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=17;PP=718;SC=TCATCCCCAGCCTCTAGGTGG;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=53499495;WS=53499477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	53499505	rs2272303	A	G	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=15;PP=696;SC=TGGTTTGTGGAGAGGACTTGG;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=53499513;WS=53499495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	53499534	rs11170413	A	G	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=683;SC=TCTAAGGTGCAGGTCCCCTAT;SOR=1.096;Source=Platypus;TR=38;WE=53499542;WS=53499524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	53499604	.	C	CCCATGCCTCATGTGTACATGAGGTGAGCTAGTTCTGGATCGCTAGGCT	7716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=110.24;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	53509339	rs3219199	GC	TT	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=31;PP=1951;SC=GCTGTGCGCTGCTAGCCGCCC;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=53509348;WS=53509329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	53509693	rs3817536	T	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=3;PP=671;SC=CCTCTTATCCTAGCAGCCTTC;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=53509701;WS=53509692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	53509933	rs2272296	C	T	10321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=140;PP=2965;SC=GTGCCTGGGACCCTTCGTGCC;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=104;TCR=140;TR=244;WE=53509941;WS=53509923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr12	53512756	rs2280696	A	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.880;HP=1;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=297;ReadPosRankSum=0.322;SC=CCTGTGACTCATGGTGGTGGA;SOR=1.371;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=11;WE=53512778;WS=53512746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr12	53512770	rs711315	G	T	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=914;ReadPosRankSum=1.719;SC=TGGTGGAGAGGGGACATTTCT;SOR=0.527;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=26;WE=53512778;WS=53512746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr12	53513148	rs822683	T	C	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=35;PP=1048;SC=TCTGAGTCTCTCCTCACATCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=53513156;WS=53513138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	53513165	rs12825176	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=6;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=84;ReadPosRankSum=0.420;SC=ATCTGTCCCCTCCTATCAGGG;SOR=0.232;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=9;WE=53513173;WS=53513155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr12	53515032	rs2272297	G	A	3462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=39;PP=1738;ReadPosRankSum=0.322;SC=GGGAGGAGCCGGAACCCAGAT;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=89;TCR=52;TR=107;WE=53515040;WS=53515022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,155:0.72:215
chr12	53517139	rs55907967	A	G	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.100;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=542;ReadPosRankSum=-0.153;SC=AGGTGGAGTCAAGGGGGTACT;SOR=0.139;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=26;WE=53517147;WS=53517129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
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chr12	53572108	.	C	CA	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=1.066;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,25:0.22:112
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chr12	53573499	rs11401485	G	GT	2188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.271;QD=20.65;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
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chr12	53574490	rs3108403	G	A	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;ReadPosRankSum=1.571;SC=GGGGAAACGGGCCGGGGTTGG;SOR=0.591;Source=Platypus;TCF=39;TR=65;WE=53574498;WS=53574480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,95:0.62:152
chr12	53574631	rs59218377	A	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.116;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,28:0.29:97
chr12	53580131	rs3814778	TG	CA	3446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=1463;ReadPosRankSum=2.191;SC=AGGTCCCTACTGTACATACCT;SOR=0.529;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=47;WE=53580140;WS=53580121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,98:0.34:285
chr12	53581376	rs3101059	C	T	2462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=51;PP=1155;ReadPosRankSum=0.827;SC=TCTCTATAGGCGCAAGGGGCC;SOR=0.655;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=106;TCF=36;TCR=70;TR=76;WE=53581384;WS=53581366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,111:0.77:145
chr12	53585825	rs11170465	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=5.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.381;SOR=2.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr12	53586822	rs2272299	G	A	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;ReadPosRankSum=-0.413;SC=CCCATACACCGGAATCTTTTG;SOR=1.104;Source=Platypus;TCF=33;TR=37;WE=53586830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,41:0.33:123
chr12	53587468	rs2272300	T	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.877;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=195;ReadPosRankSum=1.909;SC=AGCCAGGTGGTTGAAGGGAAG;SOR=0.904;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=19;WE=53587476;WS=53587458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr12	53589511	rs11574539	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,21:0.20:105
chr12	53593931	rs3825084	T	G	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=519;ReadPosRankSum=-0.715;SC=ATCATACATGTGCCCACACAA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=30;WE=53593939;WS=53593921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr12	53594260	rs3741435	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=338;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GGGACATGTGGGTCCTCAGGG;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=23;WE=53594268;WS=53594250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,35:0.33:105
chr12	53605545	rs2229774	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=153;ReadPosRankSum=0.063;SC=ACCAGGCTGCGAGGAGTCATC;SOR=0.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=14;WE=53605553;WS=53605535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,28:0.27:105
chr12	53647373	rs10876422	T	C	8305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.221;SC=CGTGCTGCTGTTGGGCACCAT;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=112;TCR=93;TR=205;WE=53647381;WS=53647363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,313:0.99:315
chr12	53662624	rs6580942	C	A	1831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=14;PP=1038;SC=TTGCTGCCCGCCTTGAAGGTG;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=53662632;WS=53662614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	53662735	rs4758965	C	T	6508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=53;PP=2737;SC=CTCTGAGTAACCCTATTTCTA;SOR=0.968;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=137;WE=53662743;WS=53662725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr12	53664148	rs4758963	G	A	4375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=38;PP=1920;SC=CCAACCTTCCGCTTCCTTCCT;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=67;TCR=38;TR=105;WE=53664156;WS=53664138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr12	53664308	rs146243389	GTTTGGGGTTGCTCCACTGCCCTCAAACAGC	G	4239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=44.16;SOR=1.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	53666713	rs4759086	A	G	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=354;SC=GAAGGGCCTCACCAGCACCCT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=53666721;WS=53666703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	53670545	rs1318648	C	A	15343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=162;NR=154;PP=2965;SC=TGGAGCTGAGCCCCGAGGAGA;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=319;TCF=162;TCR=157;TR=316;WE=53670553;WS=53670535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,585:1.00:585
chr12	53671549	rs2272313	A	G	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.37;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	53677072	rs1609473	T	G	5962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.50;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,224:1.00:225
chr12	53677089	rs4454760	G	A	5045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=68;PP=2801;SC=GACAGGCTATGTGAGAGGGCT;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=75;TCR=70;TR=143;WE=53677097;WS=53677079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	53681883	rs1110719	A	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=584;SC=CTGAGCCTAAAGACGGATGCC;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=53681891;WS=53681873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	53682267	rs3080422	CAA	C	5570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=37;PP=2530;SC=GAAGGAAGAACAAAGAGAATG;SOR=0.810;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=60;WE=53682276;WS=53682257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	53682326	rs1110720	G	A	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=41;PP=1556;SC=CCCCAGGTGGGAAGACTCCAG;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=53682334;WS=53682316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	53686703	rs1056685	G	A	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=50;PP=1459;SC=CTGGCTGTGCGTGGAAACCTG;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=21;TCR=50;TR=71;WE=53686711;WS=53686693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	53689190	rs1870240	C	G	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=4;PP=981;SC=TGAACTCACACAACAGTCTCT;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=53689198;WS=53689180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	53690188	rs59765323	CT	C	324.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.010;HP=11;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=158;ReadPosRankSum=-1.020;SC=TGAGGATACCCTTTTTTTTTT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=53690196;WS=53690178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr12	53691962	rs2694861	C	A	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=29;PP=759;SC=CACCTCTTGACCCTATCTCCA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=53691970;WS=53691952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	53692920	rs34165644	C	CA	446.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr12	53692955	rs1020745	G	A	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	53693277	rs56249432	TG	T	786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=21;PP=647;SC=GGTGATGAGATGGGGGGTGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=53693285;WS=53693267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	53693532	rs1534284	AA	GC	6114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=21;PP=2947;SC=ATGGGACACCAATTCCTGCGC;SOR=2.483;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=115;TCF=93;TCR=22;TR=107;WE=53693541;WS=53693522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	53700848	rs1534282	C	T	8655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=141;PP=2965;SC=AGCGGCTTCACTGGCGGTCAC;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=85;TCR=142;TR=225;WE=53700868;WS=53700838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr12	53700860	rs711316	A	G	7260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=126;PP=2965;SC=GGCGGTCACCACACCCGAGAG;SOR=1.231;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=68;TCR=127;TR=192;WE=53700868;WS=53700838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr12	53702371	rs4759287	T	C	5405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=97;PP=2965;SC=ACTGGTCCCCTGCCAGCTCAC;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=72;TCR=97;TR=169;WE=53702379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr12	53703021	rs1546808	G	A	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=74;PP=2184;SC=CACCTCCTCGGAACCAGGGAA;SOR=1.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=36;TCR=75;TR=110;WE=53703029;WS=53703011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	53708011	rs7953255	G	C	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=29;PP=1917;SC=CCTTTCAGACGTCCTCACCAC;SOR=1.246;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=91;WE=53708019;WS=53708001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	53709708	rs7960963	G	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=22;PP=556;SC=GCACTCTACGGGCTGTCCTTT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=53709716;WS=53709698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	53714290	rs4759232	T	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=372;SC=TAAAGGGGTGTTGACTCATTT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=53714298;WS=53714280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	53714496	rs4759231	A	G	3728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=50;PP=1775;SC=AAAAGTGAGGAGTGTGACGGT;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=53714517;WS=53714486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	53714509	rs7298879	T	G	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=50;PP=1705;SC=GTGACGGTGATTCAGTCTCTT;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=93;WE=53714517;WS=53714486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	53714993	rs4759020	C	T	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=7;PP=849;SC=GCCCTTCTAGCCTCCTGCCGG;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=53715001;WS=53714989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	53722098	rs7138938	A	G	5613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=71;PP=2720;SC=CTGGTTCTCCATGGGTGCGCT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=77;TCR=71;TR=148;WE=53722106;WS=53722088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr12	53722128	rs7139272	G	A	7403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=81;PP=2965;SC=TCAGGTGGTCGCTTCGGGTAA;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=99;TCR=82;TR=180;WE=53722136;WS=53722118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr12	53722233	rs116856142	G	A	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.754;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=31;PP=982;ReadPosRankSum=1.103;SC=ACCTCTTGCCGCAGAAGAGCC;SOR=0.888;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=209;TCF=112;TCR=97;TR=77;WE=53722241;WS=53722223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,117:0.35:330
chr12	53729388	rs189358282	G	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=48;ReadPosRankSum=0.707;SC=CTGGTTTCCTGGGGGGAAGAG;SOR=0.610;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=6;WE=53729396;WS=53729378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
chr12	53729491	.	T	G	32	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5149;HP=14;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=56.99;NF=0;NR=4;PP=32;QD=16.6928031368;SC=AGCCGGGGGGTGGGGGGGGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=4;WE=53729499;WS=53729481;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,4:0.31:13
chr12	53836577	rs117352872	G	A	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=2.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,95:0.33:286
chr12	53861636	rs138035823	TA	T	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=2.148;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr12	53862701	.	C	CTT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=-0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=2.394;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr12	53874892	rs146607300	CAT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=0.511;SC=TTATGTGGCGCATATATATAT;SOR=0.446;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=53874901;WS=53874882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr12	53877562	rs784565	C	T	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=20;SC=AGGGCCATAACAGATCTCAGT;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=53877570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	53878213	rs118026767	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=0.231;SC=AGGAACTGGAGCATCCTTTCC;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=10;WE=53878221;WS=53878203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
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chr12	53946595	rs3741652	C	G	382.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.9830;FS=3.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=318;ReadPosRankSum=-0.065;SC=GGTGCTAGAACGCAGGGAGAA;SOR=2.368;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=15;WE=53946603;WS=53946585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr12	54066271	rs10876480	C	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.119;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=194;ReadPosRankSum=0.121;SC=CTCCTCTCCCCCAGCCTTGCT;SOR=0.882;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=14;WE=54066279;WS=54066261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,25:0.52:48
chr12	54067544	rs2857000	A	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=3;PP=251;SC=GGCAGAGGCTACGGTGAGCCA;SOR=1.445;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=54067552;WS=54067534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	54067603	.	C	CA	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.423;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr12	54067827	rs12422531	C	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5009;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=-1.427;SC=CAACTTGGACCTTCCTGGTCA;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=13;WE=54067835;WS=54067817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr12	54069803	rs916134	A	G	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=255;ReadPosRankSum=-1.736;SC=GCGCGTGCGCAGCGCACAGAG;SOR=1.255;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=15;WE=54069811;WS=54069793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr12	54070062	rs4020138	C	CTG	2863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=1385;ReadPosRankSum=1.654;SC=GGAGCGCCGACTGCAGAAATG;SOR=0.545;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=30;WE=54070070;WS=54070052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,71:0.75:95
chr12	54109659	rs3741659	C	T	5310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=71;PP=2479;ReadPosRankSum=2.683;SC=CTCAGCCAGCCTGCCGTTAAC;SOR=0.692;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=204;TCF=97;TCR=107;TR=140;WE=54109667;WS=54109649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,238:0.67:355
chr12	54109733	rs3741658	A	G	3441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=58;PP=1835;ReadPosRankSum=-0.194;SC=CTGCTGCTGCACTGGCCAACT;SOR=0.618;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=76;TCR=79;TR=116;WE=54109741;WS=54109723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,160:0.68:236
chr12	54109927	rs2277370	C	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=730;ReadPosRankSum=-0.514;SC=CATTAGGACTCGGGGTTGTGT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=44;WE=54109935;WS=54109917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr12	54116727	.	CAA	C	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr12	54117592	rs10783596	G	A	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.504;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=883;ReadPosRankSum=-1.883;SC=ATGGACCCAGGACCCCAATAA;SOR=1.846;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=43;WE=54117600;WS=54117582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,53:0.60:88
chr12	54332733	.	C	CTTA	6835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.703;NF=12;NR=42;PP=2639;ReadPosRankSum=0.714;SC=GCCGGAGAGCCTTATGTACGT;SOR=0.763;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=83;TCF=15;TCR=68;TR=54;WE=54332741;WS=54332723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,170:0.67:252
chr12	54339052	rs4759058	C	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,65:0.27:238
chr12	54348567	.	TG	T	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	54349365	rs10876524	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.613;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=0.853;SC=CAAACCCGACCTCTTACCAGG;SOR=1.128;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=19;WE=54349373;WS=54349355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,19:0.31:62
chr12	54367061	rs4759315	T	G	7151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=43;PP=2965;SC=ACTTCTGCTCTCCGTCGCGCA;SOR=1.491;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=124;TCR=43;TR=166;WE=54367069;WS=54367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr12	54385599	rs11614913	C	T	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=20;PP=756;SC=CAAGAAACTGCCTGAGTTACA;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=54385607;WS=54385589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	54394284	rs34079606	C	T	4913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=85;PP=2261;ReadPosRankSum=-0.855;SC=CCGGCGCCGTCTCCTTCCCCA;SOR=0.761;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=212;TCF=83;TCR=129;TR=137;WE=54394292;WS=54394274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,233:0.60:388
chr12	54394497	rs2241820	C	T	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=18;PP=641;SC=AGGAGAAGGCCGACCTGGACC;SOR=0.719;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=33;WE=54394505;WS=54394487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	54405179	rs375330102	AC	A	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=70;SC=AAAAAGAAAGACCCCCCCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=54405198;WS=54405169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	54405190	rs4142680	C	T	221.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=51;SC=CCCCCCCCCCCTTAGCAACTC;SOR=2.303;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=3;WE=54405198;WS=54405169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	54448106	rs75256744	A	G	2108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.058;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=64;PP=1612;ReadPosRankSum=-1.618;SC=CAAGCAACCCATAGTCTACCC;SOR=1.143;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=116;TCF=23;TCR=93;TR=84;WE=54448114;WS=54448096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,101:0.66:154
chr12	54496006	rs12308675	T	C	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=8;PP=1149;SC=AGCCTTGTTTTCTCTAGATCA;SOR=3.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=48;WE=54496014;WS=54496004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	54496166	rs3195797	G	T	8670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=97;PP=2965;SC=TCAACCTTTCGCTGTCAACGG;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=83;TCR=99;TR=180;WE=54496174;WS=54496156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr12	54496219	rs1133773	A	G	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.962;NF=20;NR=26;PP=623;ReadPosRankSum=-2.756;SC=TGTTCATGGTACTGAAGAACA;SOR=0.544;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=132;TCF=54;TCR=78;TR=46;WE=54496227;WS=54496209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,75:0.37:204
chr12	54565776	rs146593098	AT	A	4189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.226;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=2937;ReadPosRankSum=0.126;SC=CTCTGCTGCCATCTCCCTGGT;SOR=1.012;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=54;TCR=42;TR=71;WE=54565784;WS=54565766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,117:0.70:166
chr12	54575458	rs971	T	C	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=56;PP=1711;SC=CAGCTAAAGGTAACTGTTCTA;SOR=1.315;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=54575466;WS=54575448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
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chr12	54677980	rs7967622	C	T	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=19;PP=892;SC=TTTTATTATCCCAAATATGAA;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=54677988;WS=54677970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	54687232	rs10506328	A	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=35;PP=1042;SC=TCTCTCAGGAACAAGCTGGAT;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=57;WE=54687240;WS=54687222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	54734522	rs35078728	C	CT	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr12	54763921	rs3215379	TG	T	188.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.89;ReadPosRankSum=1.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr12	54764618	rs2706248	T	C	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=16;PP=963;SC=TGGGGAAAACTCTGAAGAAGG;SOR=1.298;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=54764626;WS=54764613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	54764962	rs2244933	G	T	1444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.31;MQRankSum=1.276;NF=15;NR=29;PP=736;ReadPosRankSum=0.014;SC=ACATTCCCAGGTACAATATGA;SOR=0.640;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=44;WE=54764970;WS=54764952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,67:0.66:102
chr12	54765005	rs3830651	TCTAA	T	799.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.303;NF=2;NR=14;PP=640;ReadPosRankSum=-0.574;SC=GTGGGTTCTTTCTAACTAAGC;SOR=0.437;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=16;WE=54765016;WS=54764995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr12	54767613	rs2706258	C	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr12	54767812	rs2887875	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=352;ReadPosRankSum=0.804;SC=GGGGAGCTGGGTCTCCAGGTT;SOR=0.659;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=38;WE=54767820;WS=54767802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,51:0.32:159
chr12	54767981	rs3832831	C	CAG	835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.929;NF=0;NR=16;PP=706;ReadPosRankSum=0.122;SC=GATCTCCCCACAGAGCTCCCT;SOR=1.247;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=16;WE=54767989;WS=54767971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr12	54772755	rs2706256	C	A	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=219;ReadPosRankSum=2.197;SC=GCAGAGGGAGCGGTAGCCAGC;SOR=0.223;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=54772763;WS=54772745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr12	54796593	rs12422998	C	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=144;ReadPosRankSum=-1.440;SC=TTCATTTAATCTTTCCAAAAA;SOR=0.275;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=54796601;WS=54796590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr12	54799450	rs1249378	A	G	5539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=67;PP=2257;SC=CCACTCACCCATCCCCATTGA;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=134;WE=54799458;WS=54799440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	54805753	rs1922254	G	T	7662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=55;PP=1972;SC=CTGACCCTGTGGGGGGGAAAA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=106;WE=54805773;WS=54805743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	54805765	rs1249181	C	T	7375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=51;PP=1825;SC=GGGGGAAAAGCGAGGCAGTTG;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=97;WE=54805773;WS=54805743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	54905815	rs2458409	C	G	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=76;PP=2265;SC=AGGGCTCCCTCTACATCACCC;SOR=1.083;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=47;TCR=77;TR=123;WE=54905823;WS=54905805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	54910837	rs1691630	G	A	4895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	54911768	rs1795838	C	T	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=57;PP=1733;SC=AGGATGATCCCTAGTGATTTT;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=78;WE=54911776;WS=54911758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	54920288	rs368111457	AT	A	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=3.114;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.268;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr12	54925072	rs35861129	C	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr12	54925750	rs10747697	A	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=9;PP=572;SC=GAAGAGGGAGAGTAATTTGGC;SOR=1.148;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=25;WE=54925758;WS=54925740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	54932788	rs4758966	T	C	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=59;PP=2014;SC=GGTGTGAGAATAGGGAATGGA;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=107;WE=54932796;WS=54932778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	54943620	rs79700402	C	A	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=230;ReadPosRankSum=-1.616;SC=AGCCGAGGTGCTGTCTCCTCC;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=53;TCR=19;TR=25;WE=54943628;WS=54943610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr12	54943775	rs117325458	T	A	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,82:0.26:311
chr12	54955324	rs10747699	T	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=19;PP=709;SC=CTGGGGCTCCTGGGGTCAGGA;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=54955332;WS=54955314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	54955461	rs9668037	A	G	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=30;PP=1097;SC=GGAGGAGGGAAAGGACAGGTT;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=56;WE=54955469;WS=54955451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	54955545	rs71444858	CGT	C,CGTGT	1446.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.317;NF=2,2;NR=20,20;PP=711,309;ReadPosRankSum=1.057;SC=ATGTTTTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.772;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=22,22;WE=54955556;WS=54955533;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.54,0.41:59
chr12	54955647	rs1552957	G	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr12	54963491	rs71070829	C	CT	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.55;ReadPosRankSum=-1.435;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
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chr12	54970454	rs1249950	T	C	3386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.828;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1467;ReadPosRankSum=-1.258;SC=TTCAGGAGAATAAGCAGAAAT;SOR=0.455;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=144;TCF=68;TCR=76;TR=97;WE=54970462;WS=54970444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,157:0.68:232
chr12	54971347	rs1249951	C	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.910;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=531;ReadPosRankSum=-1.101;SC=AAAGGAGGTACCTTCTCAGAA;SOR=0.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=28;WE=54971355;WS=54971337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr12	54975837	rs1249958	T	C	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=35;PP=1503;SC=CTCCTGGGTTTCTGTGCTCTC;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=79;WE=54975845;WS=54975827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	55002014	rs1795819	C	T	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=4;PP=516;SC=TTGGATGTGGCGTCTCCCACA;SOR=3.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=25;WE=55002022;WS=55002004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	55002053	rs1795818	C	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=12;PP=841;SC=GCACCCTCATCATTAGGGCCT;SOR=1.562;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=42;WE=55002073;WS=55002043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	55002065	rs1716356	G	A	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	55003931	rs939463	G	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=272;SC=CAGAATTCCCGGGATCATATG;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=55003939;WS=55003921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	55004150	rs937308	C	A	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=34;PP=1190;SC=AGAGAGGTGGCGGCTAGGCTG;SOR=0.870;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=55004158;WS=55004140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	55038408	.	ATT	A	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.702;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	55041079	rs903768	T	A	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=446;ReadPosRankSum=2.462;SC=AATCTCTGCTTCACAAGGGGC;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=31;WE=55041087;WS=55041069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr12	55248357	rs1048371	G	T	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=42;NR=33;PP=1234;SC=CTGATCTTCAGGTCACCACCA;SOR=0.831;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=42;TCR=34;TR=75;WE=55248365;WS=55248347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	55248739	rs10783684	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=397;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TTGGTTTTCATGGGTTTTATC;SOR=0.743;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=20;WE=55248747;WS=55248737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr12	55250549	rs10783685	T	G	7022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.239;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=146;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.483;SC=TCCTTCTAATTTCAGCTGGTC;SOR=0.601;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=334;TCF=212;TCR=122;TR=231;WE=55250557;WS=55250539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,314:0.69:453
chr12	55250612	rs1349910	A	G	22086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=880;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=232;NR=228;PP=2965;ReadPosRankSum=0.936;SC=CAACCACTGCAACCACTGCTG;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=462;TCF=232;TCR=230;TR=460;WE=55250620;WS=55250602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,869:1.00:871
chr12	55250714	rs10876639	G	A	6018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.440;SC=TCCTTTATGTGGCTCCTTGAT;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=273;TCF=86;TCR=187;TR=176;WE=55250722;WS=55250704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,264:0.66:401
chr12	55251834	rs2306849	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=106;ReadPosRankSum=-2.279;SC=TTTATCTTCCCGTAATAACAA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=8;WE=55251842;WS=55251824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr12	55252212	rs60749539	T	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=54;ReadPosRankSum=-0.089;SC=CGGTTGTCCATTGTTTAGACA;SOR=0.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=5;WE=55252220;WS=55252202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr12	55421250	rs2656804	C	T	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=43;PP=1147;SC=CAGAGAATGACGTGGAGACAT;SOR=2.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=52;WE=55421258;WS=55421240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	55421299	rs2243885	C	A	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=21;PP=544;SC=GATTCAATGACCTTAAAGGAT;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=55421307;WS=55421289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	55523414	rs11171309	A	C	117.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=84;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ACTTAAAGAAATAAGAAATGC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=55523422;WS=55523408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr12	55523586	rs58036029	AT	A	3851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.216;NF=42;NR=37;PP=2661;ReadPosRankSum=1.375;SC=TCATTTGTATATTTTGCCCTG;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=79;WE=55523594;WS=55523576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,157:0.67:233
chr12	55523685	rs12303066	C	T	5375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.339;NF=94;NR=85;PP=2802;ReadPosRankSum=-0.202;SC=CTTCAGGGTACGCCCAGAGCT;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=281;TCF=150;TCR=131;TR=179;WE=55523693;WS=55523675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,245:0.63:390
chr12	55523860	rs7305779	A	C	5443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=77;PP=2886;ReadPosRankSum=-0.911;SC=TCTGTTATTGAACCCAAGGCT;SOR=0.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=260;TCF=134;TCR=126;TR=162;WE=55523868;WS=55523850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,244:0.66:372
chr12	55524172	rs7306491	G	A	6166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=105;PP=2579;ReadPosRankSum=0.905;SC=TGTGATTCTCGCCCACTTCAG;SOR=0.828;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=266;TCF=105;TCR=161;TR=170;WE=55524180;WS=55524162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,283:0.66:428
chr12	55524314	rs7137261	T	C	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=27;PP=1269;ReadPosRankSum=-0.254;SC=TAAAGATACATTCTACTGAGG;SOR=0.924;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=69;WE=55524322;WS=55524304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,93:0.64:146
chr12	55641031	rs7302063	G	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=9;PP=747;ReadPosRankSum=-0.607;SC=TTCCTCTTCTGTTCTAATTTT;SOR=0.635;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=41;WE=55641039;WS=55641021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,46:0.65:71
chr12	55641075	rs7301705	A	G	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=23;PP=1493;ReadPosRankSum=-0.407;SC=ATCAACTATGAGAAACCATAC;SOR=0.620;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=131;TCF=97;TCR=34;TR=84;WE=55641083;WS=55641065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,106:0.63:169
chr12	55641255	rs4522268	C	T	8885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=649;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=0.706;SC=TTTCTTCCTCCGAAATTTCTC;SOR=0.677;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=397;TCF=186;TCR=211;TR=265;WE=55641263;WS=55641245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,413:0.65:640
chr12	55641295	rs4388990	A	G	7070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.016;SC=ACAACTGTCTACATTCCCAAA;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=347;TCF=157;TCR=190;TR=227;WE=55641303;WS=55641285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,329:0.63:523
chr12	55641328	rs6581025	G	A	5918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=109;PP=2835;ReadPosRankSum=-0.339;SC=ATGGCAACAGGTGATAAGACC;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=124;TCR=168;TR=186;WE=55641336;WS=55641318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,273:0.63:434
chr12	55641920	rs73322883	G	A	4482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=71;PP=2012;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCCCATGTTGAATCCCTTTA;SOR=0.561;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=179;TCF=77;TCR=102;TR=129;WE=55641928;WS=55641910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,208:0.69:301
chr12	55642071	rs12318251	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=307;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TGGAGTATGTGCAAAGTTTTT;SOR=0.638;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=18;WE=55642079;WS=55642061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr12	55688267	rs7308594	G	A	3761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=61;PP=1857;ReadPosRankSum=0.676;SC=TACAGCTACCGTATGTCATGG;SOR=0.735;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=115;WE=55688275;WS=55688257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,170:0.68:250
chr12	55714772	rs7132431	G	A	4414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=63;PP=1780;ReadPosRankSum=0.800;SC=CCTCTGCATTGCTTGAGTATC;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=172;TCF=85;TCR=87;TR=120;WE=55714780;WS=55714762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,207:0.68:303
chr12	55714876	rs7132347	C	G	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=49;PP=1668;ReadPosRankSum=0.960;SC=TTTAAAGCTTCATTACTGTAG;SOR=0.702;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=145;TCF=67;TCR=78;TR=93;WE=55714884;WS=55714866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,138:0.65:212
chr12	55715119	rs7132916	G	A	6280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.826;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=88;PP=2788;ReadPosRankSum=0.969;SC=CATGGTTGTTGTCTCCATCTC;SOR=0.535;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=295;TCF=160;TCR=135;TR=182;WE=55715127;WS=55715109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,293:0.63:464
chr12	55726450	rs7976828	A	T	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=39;PP=892;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GAGCACTTTAAAAAAACAATT;SOR=0.794;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=57;WE=55726458;WS=55726440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr12	55758832	rs7962135	T	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=4;PP=1019;SC=GGTGTCATAGTTTTCTGGTTT;SOR=3.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=41;WE=55758840;WS=55758822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	55759851	rs7489047	A	G	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=988;ReadPosRankSum=0.871;SC=TATGTAAAAAATGTACCCCCA;SOR=0.909;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=54;WE=55759859;WS=55759841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
chr12	55759878	rs10876751	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=196;ReadPosRankSum=0.119;SC=AAGCTGAATGAAAAACTCTCT;SOR=0.404;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=15;WE=55759886;WS=55759868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr12	55794264	rs7967395	A	G	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=16;PP=743;SC=ACGTATTGACATTCACTCTTC;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=55794272;WS=55794254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	55794976	rs7971073	A	G	7400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=99;PP=2965;SC=CATCCTTAAAACAATTCTGAA;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=68;TCR=99;TR=165;WE=55794984;WS=55794966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	55805647	rs12825123	A	G	3987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.049;NF=74;NR=61;PP=1635;ReadPosRankSum=0.169;SC=ATTCCTCTGCAATCTCTTGGC;SOR=0.683;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=422;TCF=226;TCR=196;TR=135;WE=55805655;WS=55805637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:464,234:0.34:698
chr12	55806134	rs12833263	T	C	2536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.202;NF=51;NR=45;PP=1470;ReadPosRankSum=-1.013;SC=CTTCAGGAGATTCGCCTTCTT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=248;TCF=130;TCR=118;TR=96;WE=55806142;WS=55806124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,138:0.36:381
chr12	55806238	rs7300594	A	G	6828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.003;NF=122;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=0.257;SC=GTGGCTTCTCAGACTCCTTCA;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=342;TCF=187;TCR=155;TR=217;WE=55806246;WS=55806228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,324:0.66:488
chr12	55806437	rs114890660	T	C	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQRankSum=1.563;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.196;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:399,142:0.26:541
chr12	55807293	rs3887805	A	G	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=21;PP=2609;SC=TGGGACTGCCAGTGCTGGAAC;SOR=2.979;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=111;TCR=21;TR=132;WE=55807301;WS=55807283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	55807588	rs12826694	C	T	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FS=2.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.63;MQRankSum=-7.653;QD=2.40;ReadPosRankSum=2.148;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,107:0.21:509
chr12	55808469	rs7132076	C	G	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=44;PP=1628;SC=TGCACTGCTTCTCGTTCATAT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=55808477;WS=55808459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	55820121	rs6581046	C	T	5741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=83;PP=2507;ReadPosRankSum=1.603;SC=TTTTCTCGTTCCTATTTCTTA;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=219;TCF=107;TCR=112;TR=162;WE=55820129;WS=55820111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,261:0.70:372
chr12	55820958	rs57387180	CA	C	225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.096;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.920;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr12	55863224	rs60683621	C	G	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=41;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.446;SC=AAAAGGCTTTCTTCTTTTGCT;SOR=0.616;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=69;WE=55863232;WS=55863214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,101:0.66:154
chr12	55863381	rs10747756	A	G	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=1087;ReadPosRankSum=-2.741;SC=TTGTAGGATAAGAGAAATGTC;SOR=0.640;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=103;TCF=62;TCR=41;TR=65;WE=55863389;WS=55863371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,97:0.64:152
chr12	55886294	rs7133698	G	A	3330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.212;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=46;PP=1325;ReadPosRankSum=2.058;SC=GACCATTATCGCCCTCACCAT;SOR=0.542;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=91;WE=55886302;WS=55886284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,158:0.63:251
chr12	55886489	rs7304753	T	A	4268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.788;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=54;PP=1841;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GGTAACTGAATTTTTTCTTTT;SOR=0.497;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=121;WE=55886497;WS=55886479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,194:0.72:270
chr12	55887087	rs12579181	G	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.584;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=485;ReadPosRankSum=0.447;SC=ATTGCATTTCGTTTAAAAAAG;SOR=0.163;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=29;WE=55887095;WS=55887077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,45:0.74:61
chr12	55944926	rs7313959	G	A	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=6;PP=979;SC=TGTTCATTAAGATAAGCTTTA;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=41;WE=55944934;WS=55944916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	55945119	rs7313899	A	G	26711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=1031;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=378;NR=270;PP=2965;SC=CATGCTAAGTATCCTAGGAAA;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=653;TCF=380;TCR=273;TR=648;WE=55945127;WS=55945109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1016:1.00:1016
chr12	55968949	rs61746285	G	A	5033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.870;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=82;PP=2669;ReadPosRankSum=0.923;SC=CCTCTCTTACGGAAGCTGCAT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=217;TCF=102;TCR=115;TR=154;WE=55968957;WS=55968939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,224:0.66:337
chr12	56030938	rs10876838	C	T	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=973;ReadPosRankSum=-0.583;SC=CTGGGCTCCCCGCATCCCCAG;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=282;TCF=141;TCR=141;TR=85;WE=56030946;WS=56030928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,135:0.32:418
chr12	56031273	rs7970885	G	A	3279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=63;PP=1489;ReadPosRankSum=3.217;SC=CGAGATCTCCGTGATGACAGC;SOR=0.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=387;TCF=200;TCR=187;TR=130;WE=56031281;WS=56031263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:418,194:0.32:612
chr12	56031611	rs11171631	A	G	3256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.374;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=77;PP=1986;ReadPosRankSum=0.732;SC=AGCGCCCCTCACCCTGAAGGG;SOR=0.453;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=173;TCF=57;TCR=116;TR=119;WE=56031619;WS=56031601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,145:0.68:214
chr12	56077740	rs11615467	C	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.641;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=185;ReadPosRankSum=1.198;SC=ATCTTGAGAACGCCCAGTTCT;SOR=0.895;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=18;WE=56077748;WS=56077730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,36:0.33:109
chr12	56082025	rs17117883	G	C	2669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,162:0.36:446
chr12	56082568	rs11613875	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=310;ReadPosRankSum=1.362;SC=AGGAGAAATGAGTCCTGGAGG;SOR=0.820;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=24;WE=56082576;WS=56082558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr12	56087144	rs56890747	CT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.335;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr12	56092682	rs3847675	C	T	6686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.177;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,313:0.72:435
chr12	56093817	rs11171660	T	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=395;ReadPosRankSum=-0.530;SC=ACATCCAGAGTAGGGGCCACA;SOR=0.815;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=26;WE=56093825;WS=56093807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,34:0.33:104
chr12	56095367	rs11356595	CT	C	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.337;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr12	56096600	rs138614852	A	AACACAC	1165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.520;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,38:0.31:121
chr12	56115585	rs3138142	C	T	3201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=39;PP=1494;SC=TGGGTCCCATCGGGGTCACCC;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=77;WE=56115593;WS=56115575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	56115778	rs3138141	C	A	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=21;PP=575;SC=GCAGCCCACTCAACAAACGTG;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=56115786;WS=56115768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	56117570	rs3138136	C	T	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=20;PP=840;ReadPosRankSum=-1.683;SC=AACTCTTGTCCCTGGTCTGTG;SOR=0.734;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=108;TCR=60;TR=59;WE=56117578;WS=56117560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,78:0.37:212
chr12	56120096	rs35746357	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=1.233;SC=GAACCTTCACCTTCAATATGG;SOR=1.473;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=11;WE=56120104;WS=56120086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr12	56197331	.	G	GA	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.654;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr12	56213297	rs56108400	G	T	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=37;PP=988;SC=TGGGGGAAATGAGATATGCTG;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=45;WE=56213305;WS=56213287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	56220974	rs67133580	CA	C	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.09;ReadPosRankSum=-1.758;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,26:0.65:40
chr12	56230726	rs1056785	A	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.819;SOR=1.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr12	56232674	rs186948962	C	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.13;ReadPosRankSum=1.010;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr12	56232684	rs185048424	G	A	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.95;ReadPosRankSum=1.586;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr12	56236043	rs2291268	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=14;PP=762;SC=ATGGTTTAGGGTCAGGAGGAG;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=56236051;WS=56236033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	56236318	rs7310325	T	C	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=6;PP=216;SC=AGGAGGGACCTGATATGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=56236326;WS=56236308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	56236531	rs7294345	A	G	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=33;PP=1585;SC=GACTTACCACAGGCGCCACCT;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=88;WE=56236539;WS=56236521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	56295544	rs147424544	GAAGT	G	1571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=1426;SC=GCAGGAGGTGGAAGTAAGCCA;SOR=3.383;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=26;WE=56295555;WS=56295534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	56295734	rs7302270	A	G	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=80;PP=2965;SC=GCTCTTTGCTAGGCTGGCTGA;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=74;TCR=80;TR=154;WE=56295755;WS=56295724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	56298115	rs61956424	T	C	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	56298120	rs61956425	A	G	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	56326493	rs57799285	GCA	G	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.06;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr12	56330572	rs7297871	G	A	6831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=90;PP=2965;SC=GCAAGGTCTCGGCTCTCTACC;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=64;TCR=90;TR=153;WE=56330580;WS=56330562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr12	56335107	rs1136082	A	G	6343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=97;PP=2965;SC=AGCAGGGGCAAAGGTGAGGAG;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=73;TCR=97;TR=169;WE=56335115;WS=56335094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr12	56335150	rs2291615	G	A	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.425;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=1254;ReadPosRankSum=-0.384;SC=TGAGAGGCAGGGCCTGCCTGC;SOR=0.970;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=67;WE=56335158;WS=56335140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,80:0.63:126
chr12	56348028	rs1052206	G	A	2854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=36;PP=1191;SC=GGAGGGGGCTGTTCTCACCAA;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=69;WE=56348036;WS=56348018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	56359878	rs2069391	C	T	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=392;ReadPosRankSum=-0.082;SC=ATTTGCATAGCCCTTCCTCTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=19;WE=56359886;WS=56359868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr12	56360876	rs2069398	G	A	5477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=68;PP=2287;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TGACGGGAGAGGTGGTGGCGC;SOR=0.738;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=226;TCF=119;TCR=107;TR=151;WE=56360884;WS=56360866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,264:0.68:391
chr12	56374318	rs67594137	C	T	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.476;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=25;PP=1660;ReadPosRankSum=0.849;SC=CAAGATGTCCCGGGCCAGGGA;SOR=0.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=96;TCR=38;TR=91;WE=56374326;WS=56374308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,108:0.69:157
chr12	56374803	rs11171713	G	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.644;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.413;NF=18;NR=32;PP=768;ReadPosRankSum=0.899;SC=AGAGGTGGTCGTAGGCTTTGG;SOR=0.879;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=50;WE=56374811;WS=56374793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,72:0.67:108
chr12	56379298	rs17118206	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=281;ReadPosRankSum=-0.395;SC=CCTTTCCGCTCAGAGTCAGGA;SOR=0.760;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=15;WE=56379306;WS=56379288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr12	56379427	rs1873914	G	C	2451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=35;PP=1136;ReadPosRankSum=1.102;SC=CTGATTCAGTGTATTCTTTCA;SOR=0.816;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=77;WE=56379435;WS=56379417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,119:0.56:211
chr12	56380950	rs34223637	G	GT	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-2.142;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr12	56386076	rs11550558	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=265;ReadPosRankSum=2.292;SC=TCAGCACACAACCCCTACGGT;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=13;WE=56386084;WS=56386066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	56398019	.	G	A	4371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.639;ClippingRankSum=0.000;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=71;PP=2282;ReadPosRankSum=-0.003;SC=AAGGTCTGGAGTGGAGAACAG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=241;TCF=127;TCR=114;TR=150;WE=56398027;WS=56398009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,217:0.62:348
chr12	56398454	rs773115	G	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.129;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,57:0.33:175
chr12	56411856	rs35961650	C	G	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=787;ReadPosRankSum=-0.300;SC=TAAAGAAAAGCCTCCTCCCTT;SOR=0.809;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=49;WE=56411864;WS=56411846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,89:0.61:147
chr12	56417403	rs2658479	T	C	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr12	56418678	rs71459332	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=163;ReadPosRankSum=0.857;SC=TCCAGACTGGCGGGGGCACAA;SOR=1.244;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=56418686;WS=56418668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr12	56420473	.	C	CA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.530;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr12	56426577	rs1619653	A	G	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=52;PP=1572;SC=AGTATCTCCCACACTGAGGGA;SOR=1.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=56426585;WS=56426567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	56428344	rs2452822	G	C	6059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=50;PP=2965;SC=CTGAGTTCCTGTTCTCCACAG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=94;TCR=50;TR=144;WE=56428352;WS=56428334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr12	56435920	rs17118262	C	G	2587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=2448;ReadPosRankSum=1.691;SC=CTGCCAGGCACCGTCTCCTCT;SOR=0.822;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=66;WE=56435937;WS=56435910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,117:0.64:182
chr12	56435929	rs1131017	C	G	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.917;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=1319;ReadPosRankSum=-1.078;SC=ACCGTCTCCTCTCTCCGGTCC;SOR=0.655;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=38;WE=56435937;WS=56435910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,64:0.35:185
chr12	56436472	rs705706	T	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=29;PP=819;SC=GGCTCTGTTCTTTGGAGCCTC;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=56436480;WS=56436462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr12	56477694	rs2271194	A	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=227;ReadPosRankSum=1.145;SC=CAGGTTAGTGAGCCCACCCTC;SOR=0.689;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=20;WE=56477702;WS=56477684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,24:0.25:95
chr12	56478658	rs7971751	A	C	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.927;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr12	56482180	rs2292239	T	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=2.000;SC=TTTGAATCTATAGGGCAGCAC;SOR=0.495;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=5;WE=56482188;WS=56482178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	56487657	rs55880327	G	C	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,62:0.32:196
chr12	56488913	rs705708	G	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=778;SC=GCCATGTCTTGGGATCAGCTC;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=56488921;WS=56488903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	56493822	rs2292238	A	C	13874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=176;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=2.039;SC=GGGTAAGACAACTTCTAATTA;SOR=0.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=341;TCF=176;TCR=165;TR=335;WE=56493830;WS=56493812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,539:1.00:541
chr12	56494991	rs2271189	G	A	7852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=74;PP=2965;SC=CAATGTGTAGGAGCCGGAGCA;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=155;WE=56494999;WS=56494981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr12	56504143	rs370708635	CA	C	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=1.951;SOR=0.377;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr12	56510922	.	CT	C	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.65;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr12	56528385	.	AT	A	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=7.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-2.058;SOR=0.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr12	56532894	rs368424488	CT	C	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=2.006;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr12	56551173	.	C	CA	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.074;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr12	56552255	.	CGAG	C	2043.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.106;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=1182;ReadPosRankSum=0.531;SC=GGGTGGGGGGCGAGGAGAAGG;SOR=0.930;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=28;WE=56552265;WS=56552245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,51:0.72:71
chr12	56556167	.	T	TA	2151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.933;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,153:0.61:251
chr12	56564056	rs60041436	CTTTT	C	2395.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=24;PP=1418;SC=GTGTCTAACACTTTTCTTTTT;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=56564067;WS=56564046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	56575742	rs773644	T	G	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=38;PP=1667;SC=GGGTAGACTGTTCCTGGCATT;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=56575750;WS=56575732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	56580133	rs371880557	CT	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.758;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr12	56601237	rs703823	A	G	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=37;PP=1231;SC=CCACCCAAACACATAAGACAT;SOR=1.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=53;WE=56601245;WS=56601227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	56604416	rs10532115	GAT	G	2707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=37;PP=2041;SC=GCCTGGATATGATATAACTCT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=42;WE=56604428;WS=56604406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	56604420	rs79677444	T	C	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=37;PP=1220;SC=GGATATGATATAACTCTACAA;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=49;WE=56604428;WS=56604406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	56607927	rs4759218	C	T	4266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=74;PP=2219;SC=ACACTCATTGCCAAGATCCAT;SOR=1.276;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=109;WE=56607935;WS=56607917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	56619072	.	A	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=1.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-2.354;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,65:0.35:184
chr12	56625045	rs1274497	T	C	4681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr12	56629276	rs901073	A	C	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=14;PP=821;SC=GGCTTGCCACAATCCATGCAA;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=56629284;WS=56629274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	56647911	rs808919	G	C	3829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=37;PP=1591;SC=CGCCATTGGTGGAGACTGCAG;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=56647919;WS=56647901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	56649601	rs1274490	A	G	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=312;SC=CATGGTGCAGAGCACTGCGCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=56649609;WS=56649591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	56650742	rs1274491	C	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=385;SC=ACCCTTAACCCCCACCTTTAA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=56650750;WS=56650732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	56717466	rs773665	C	T	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=33;PP=1001;SC=CGTCTTCAAACTGGGATTCCT;SOR=1.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=56717474;WS=56717456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	56722060	rs1918496	T	G	5967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr12	56726518	rs2643626	G	A	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=19;PP=1120;SC=CTGGCTATCTGCAAAGCAGCT;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=43;TCR=20;TR=62;WE=56726526;WS=56726508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	56744033	.	G	GA	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr12	56814256	rs10631263	G	GGAT	2376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=12;PP=1320;SC=ATGACGATAAGGATAAGGAGG;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=27;WE=56814264;WS=56814246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	56814653	rs2291739	G	A	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=42;PP=2097;SC=CCATAGGAGCGGGATAGAAAA;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=106;WE=56814661;WS=56814643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	56815281	rs2291738	T	C	6256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=77;PP=2699;SC=AGGACATCTATAAAAAGCAAG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=72;TCR=78;TR=148;WE=56815289;WS=56815271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr12	56818982	rs12824030	G	C	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=882;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GCTAAAGAGGGCTTTCCCCAT;SOR=1.034;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=41;WE=56818990;WS=56818972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr12	56822513	.	GA	G	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr12	56822641	rs774028	G	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=429;SC=CTAGCTCACTGTATCTCCAGT;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=18;WE=56822649;WS=56822631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	56826061	rs774040	G	A	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=14;PP=1251;SC=GCCTTCCCCAGATAATGCAGC;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=56826069;WS=56826051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	56826758	rs142212258	A	AAG	1814.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.19;QD=27.92;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	56827694	rs2279665	C	G	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=37;PP=1548;SC=AATAGCGGATCAGATCCTTCA;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=56827702;WS=56827684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	56827974	rs2638312	C	T	5207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr12	56845296	rs2643622	T	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.99;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	56845303	rs2088155	G	A	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.51;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	56862886	rs2657881	T	C	3066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=27;PP=1289;SC=AGAGATGATATGGGTGTCAAA;SOR=1.040;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=56862894;WS=56862876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	56869577	rs5798384	C	CT	2090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.304;NF=5;NR=37;PP=1694;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GCTTTCCTCTCTGAGGCCAGC;SOR=0.815;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=59;TCF=6;TCR=53;TR=42;WE=56869585;WS=56869567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,66:0.65:102
chr12	56869949	rs34325581	C	CT	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.398;HP=11;HapScore=2;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=157;ReadPosRankSum=0.498;SC=CTTTCTCTTTCTTTTTTTTGA;SOR=0.157;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=13;WE=56869957;WS=56869939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr12	56869971	rs79174190	TTTGTCACCC	T	550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.36;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	56871314	rs11171862	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=206;ReadPosRankSum=-0.846;SC=TGTGCCTCATGTGCCTTCTGG;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=17;WE=56871322;WS=56871304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr12	56915782	rs808929	G	A	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=8;PP=432;SC=TCTCTCTCTCGCTCGTTCCCT;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=56915790;WS=56915772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	56956213	rs3759091	T	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=5;PP=780;SC=ATATGTGTCATTGGCTCAGCA;SOR=3.126;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=56956221;WS=56956203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	56982290	rs2470385	C	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=189;SC=ATACGAAGAACGTAGGAAGGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=56982298;WS=56982280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	56999207	.	A	AT	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=-2.290;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr12	57000640	.	CT	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=10.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.276;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.318;SOR=0.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr12	57039438	rs185784593	A	C	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=580;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AATGGGACAGAGCTGGGTCGA;SOR=0.060;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=32;WE=57039446;WS=57039428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr12	57065713	rs2958154	C	T	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	57106660	rs4788	A	T	11513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=130;PP=2965;SC=TGACCAATTCAATGTCCTTAA;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=249;TCF=117;TCR=132;TR=246;WE=57106668;WS=57106650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr12	57106810	rs898609	G	A	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=54;PP=1745;SC=AATGCTATACGGCGAGAGTTA;SOR=1.923;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=73;WE=57106818;WS=57106800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	57108203	rs4902	A	G	7516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=65;PP=2965;SC=GTTCTTCATCAATTTCAGCTG;SOR=1.163;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=187;TCF=118;TCR=69;TR=183;WE=57108211;WS=57108193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr12	57109792	rs2958149	A	G	5508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=64;PP=2259;SC=AATCAGAGGCAGCAGCTCATC;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=129;WE=57109800;WS=57109782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr12	57109931	rs2926747	A	T	4053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=59;PP=1893;SC=ACTGGTGGGGAGGGTGCTGCA;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=49;TCR=59;TR=108;WE=57109939;WS=57109921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr12	57112637	rs11171951	G	A	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	57114100	rs2926743	A	G	5282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=64;NR=73;PP=2754;SC=AGATAATGAAAAAGAGGTAGC;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=64;TCR=74;TR=137;WE=57114108;WS=57114090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr12	57114307	rs2958127	A	T	5064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=26.66;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	57132186	rs56401813	AT	A	3914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=1398;SC=AAAACCCTGTATTTAAAGTGA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=57132194;WS=57132176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	57133140	rs1131514	T	G	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=36;PP=1195;SC=TAGGCACAGATATGCGACCTG;SOR=0.806;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=66;WE=57133148;WS=57133130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	57137828	rs1026565	T	A	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=23;PP=844;SC=CTTAAAGTGCTTGGAGACTTT;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=57137836;WS=57137818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr12	57140451	.	CACACACACAA	C	2136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.48;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,85:0.93:91
chr12	57140506	rs2958130	G	A	8770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=121;NR=68;PP=2965;SC=ATAGTTAATAGTAGTCAGAGG;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=122;TCR=68;TR=189;WE=57140514;WS=57140496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	57145058	.	G	GT	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=24;QD=12.0;SC=CCAATGAGAAGTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=57145066;WS=57145048;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr12	57180855	rs4277148	C	T	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=0.706;SC=ACTGCATGATCTTAAAAATAT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=6;WE=57180863;WS=57180845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr12	57350928	rs11172074	G	A	4014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=55;PP=1579;ReadPosRankSum=0.842;SC=AAACCTGGGTGGTTACCTTTG;SOR=0.786;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=354;TCF=187;TCR=167;TR=121;WE=57350942;WS=57350918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:418,235:0.36:653
chr12	57456740	.	TA	T	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr12	57486647	rs324019	A	G	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=24;PP=1460;SC=GTGCTCTGCCAGTCGAGTGGC;SOR=1.481;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=75;WE=57486655;WS=57486637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	57488286	rs113002133	T	G	2773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=39;PP=1213;ReadPosRankSum=0.072;SC=TCAATAAACCTAAACTGAGCC;SOR=0.816;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=366;TCF=225;TCR=141;TR=110;WE=57488294;WS=57488276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,180:0.30:609
chr12	57492996	rs841718	G	A	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=21;PP=912;SC=AGGATGACACGCGGGCAGGGA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=57493004;WS=57492992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	57502182	rs324011	C	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=25;PP=650;SC=TCCTAGGGACCGTCCCCACCA;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=57502190;WS=57502172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	57543572	rs10876966	C	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=0.339;SC=AAACAAGGAGCATGAGGCCAC;SOR=0.580;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=23;WE=57543580;WS=57543562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,29:0.43:68
chr12	57559809	rs1800174	G	A	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=55;PP=1359;ReadPosRankSum=0.901;SC=ATACTGGAGCGGGCAGGAAGC;SOR=0.804;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=299;TCF=138;TCR=161;TR=97;WE=57559817;WS=57559799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:286,135:0.32:421
chr12	57561379	rs1800175	G	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=450;ReadPosRankSum=0.153;SC=TCCAGGGAAGGCAAAGGGCTT;SOR=0.550;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=35;WE=57561387;WS=57561369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,46:0.40:116
chr12	57561451	rs1800176	C	T	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=229;ReadPosRankSum=0.880;SC=TGGGAGAAAACAGGAGAAGTC;SOR=1.402;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=14;WE=57561459;WS=57561441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr12	57567180	rs1800177	G	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.306;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=362;ReadPosRankSum=2.876;SC=AATGTGGGCAGGAGGAGACCG;SOR=0.561;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=39;WE=57567188;WS=57567170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,55:0.33:167
chr12	57567762	rs1800194	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=32;PP=578;ReadPosRankSum=1.431;SC=GCGAGCTCTGCGGTGAGGCCT;SOR=0.662;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=33;TCR=86;TR=45;WE=57567770;WS=57567752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,53:0.34:154
chr12	57569513	rs1800180	G	A	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.786;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=801;ReadPosRankSum=-1.364;SC=AGGTGTGGTGGGGCAGGCCGA;SOR=0.852;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=205;TCF=102;TCR=103;TR=60;WE=57569521;WS=57569503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,77:0.30:259
chr12	57578288	rs1800181	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=1.285;SC=GACCCAGGCTCCTGTTCCCTG;SOR=1.091;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=9;WE=57578296;WS=57578278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr12	57579727	rs1800182	A	T	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=48;PP=917;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AGGAAGTGGGACATGGGGCGG;SOR=0.727;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=209;TCF=59;TCR=150;TR=63;WE=57579735;WS=57579717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,99:0.35:283
chr12	57581028	rs6581127	C	G	7973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=69;PP=2965;SC=CCTGACAAATCGCTGCTCCTG;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=123;TCR=70;TR=192;WE=57581036;WS=57581018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr12	57584498	rs1800183	C	T	3719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=38;PP=2174;ReadPosRankSum=-0.789;SC=GGCAGGCTTCCAGGTTCCAGG;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=191;TCF=133;TCR=58;TR=133;WE=57584506;WS=57584488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,158:0.70:226
chr12	57585144	rs1800139	C	T	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=1117;ReadPosRankSum=-1.219;SC=TCGGGCTGGCCGTGTATGGGG;SOR=0.556;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=72;WE=57585152;WS=57585134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,116:0.61:190
chr12	57587039	rs113379328	G	A	2949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=975;ReadPosRankSum=0.000;SC=GACCTGCGACGGCGTCCCCCA;SOR=0.714;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=220;TCF=95;TCR=125;TR=73;WE=57587047;WS=57587029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:292,166:0.36:458
chr12	57587839	rs1800187	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=0.427;SC=TCCTCCCCATCGCTCACTGCA;SOR=1.038;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=23;WE=57587847;WS=57587829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr12	57588977	rs1799739	CG	C	5979.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.016;NF=33;NR=63;PP=2966;ReadPosRankSum=0.394;SC=CTGCAGACGACGGCGAACCAT;SOR=0.709;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=281;TCF=103;TCR=178;TR=96;WE=57588985;WS=57588967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:431,213:0.33:644
chr12	57589659	rs1800154	C	T	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=38;PP=1075;ReadPosRankSum=0.432;SC=ACCCGACCTGCGGCCCCAGTG;SOR=0.746;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=260;TCF=140;TCR=120;TR=85;WE=57589667;WS=57589649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,115:0.31:376
chr12	57589784	rs7397167	A	C	13062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=159;NR=170;PP=2965;SC=TGCACCAGCCAAGGTGGGCCC;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=329;TCF=159;TCR=170;TR=329;WE=57589799;WS=57589774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,492:1.00:492
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chr12	57590735	rs7308552	T	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=8;PP=899;SC=CCCTGCCACATGCCCAGCCCA;SOR=1.903;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=57590743;WS=57590725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr12	57591458	rs1800166	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=157;ReadPosRankSum=1.614;SC=GTGAGGCGGGCGGCCCTCGGC;SOR=0.598;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=17;WE=57591466;WS=57591448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,18:0.24:74
chr12	57592557	rs1800168	C	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.126;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=656;ReadPosRankSum=-0.567;SC=ACATAAAAAGCGGAGGATATG;SOR=1.650;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=35;WE=57592565;WS=57592547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr12	57593101	rs1140648	G	A	5924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.553;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=101;PP=2771;ReadPosRankSum=-0.448;SC=ACAAGACCACGGGCACCAACA;SOR=0.894;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=242;TCF=102;TCR=140;TR=169;WE=57593109;WS=57593091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,272:0.69:392
chr12	57593894	rs1800159	A	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.873;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=383;ReadPosRankSum=0.893;SC=CTCTGTCCTAATGTCCTCATG;SOR=1.877;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=21;WE=57593902;WS=57593884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr12	57594955	rs11172124	G	A	1514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=943;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CAGAGGTGGTGGTGGGCCGGT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=75;TCR=125;TR=72;WE=57594963;WS=57594945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,88:0.32:272
chr12	57595066	rs9669595	G	A	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=293;ReadPosRankSum=0.673;SC=TATATTGGGTGTAACTTGCTT;SOR=1.387;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=20;WE=57595074;WS=57595056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr12	57596980	rs34436270	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=1.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=2.673;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,59:0.33:178
chr12	57602815	rs7956957	C	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=545;ReadPosRankSum=0.425;SC=CTTTCCACCCCGAGCCTGGGT;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=40;WE=57602823;WS=57602805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr12	57603417	rs1800162	A	G	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=426;ReadPosRankSum=0.196;SC=TGTCGTGGACAGCATGGCCAG;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=39;WE=57603425;WS=57603407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,64:0.36:178
chr12	57604802	rs1800164	A	G	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=605;ReadPosRankSum=-1.153;SC=AGCCAGGCCCAAGCTGCTGGC;SOR=1.104;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=34;WE=57604810;WS=57604792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr12	57605168	rs10783814	T	C	9912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=127;NR=107;PP=2965;SC=TCCACCCAGCTGGGCCCCTGC;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=127;TCR=107;TR=234;WE=57605176;WS=57605158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr12	57606386	rs7304504	A	G	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=61;PP=1782;SC=GCCCCCTGCCAGTGAAGTCCT;SOR=2.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=11;TCR=61;TR=72;WE=57606394;WS=57606376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	57610616	.	GCCGCCGCTC	G	400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=40.07;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	57614958	rs7134826	G	T	9153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr12	57618619	rs61736007	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.215;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=119;ReadPosRankSum=0.688;SC=GGATGGCGGGGGACAACCCCA;SOR=0.528;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=13;WE=57618627;WS=57618609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr12	57619209	rs7979061	C	G	5352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=89;PP=2965;SC=CGGCGGGGCCCGGGCTTGGGG;SOR=0.777;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=82;TCR=93;TR=171;WE=57619217;WS=57619199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	57619362	rs10783816	G	A	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=52;PP=1372;ReadPosRankSum=0.809;SC=TGTACGACCCGTCGCAGGTGT;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=312;TCF=170;TCR=142;TR=111;WE=57619370;WS=57619352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,171:0.35:494
chr12	57626582	rs2229716	G	A	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=34;PP=899;ReadPosRankSum=1.870;SC=TCAAGCACGCGGACATCGTCA;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=73;TCR=82;TR=65;WE=57626590;WS=57626572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,113:0.39:288
chr12	57637593	rs3204635	G	A	7468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.552;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=132;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.005;SC=GCGCCCGCACGCCTAAATTTC;SOR=0.627;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=367;TCF=166;TCR=201;TR=242;WE=57637601;WS=57637583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,359:0.66:541
chr12	57639190	rs7139342	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=179;SC=GGTCTCCCTCCGTCACCCAGG;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=57639198;WS=57639180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	57649840	rs4075325	C	T	7529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr12	57652963	rs6581131	G	A	108.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=3;PP=39;SC=CTCAAGCTACGTCTTGCCAGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=57652971;WS=57652953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	57666405	rs35275303	TG	T	61.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	57693060	rs4760126	G	A	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=32;PP=1265;SC=CAGTAAGGCTGGCAGGTGCCA;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=42;TCR=32;TR=74;WE=57693068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr12	57829129	rs560048	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=17;PP=432;SC=CCAGGTGTCCCGACAACCCCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=57829137;WS=57829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	57843014	rs776037	C	T	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=16;PP=1235;SC=GTTGGTAGAACTGACAGTCAG;SOR=1.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=57843022;WS=57843004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	57843711	rs2229357	G	A	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,34:0.26:133
chr12	57848639	rs3809114	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr12	57848708	rs3809113	C	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=213;ReadPosRankSum=0.567;SC=CACTGGAACTCACAGCTGCCT;SOR=0.652;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=16;WE=57848716;WS=57848698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,31:0.32:97
chr12	57849768	rs507562	C	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.010;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=587;ReadPosRankSum=-0.195;SC=GCAGTCTCTACTTTTCTAGAG;SOR=0.291;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=36;WE=57849776;WS=57849758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr12	57857354	rs10876987	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=-0.034;SC=GGGTGGGGGATACCAGGGATG;SOR=0.286;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=82;TCF=65;TCR=17;TR=23;WE=57857362;WS=57857344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr12	57858414	rs3817475	A	G	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=728;ReadPosRankSum=0.273;SC=ATGGAGAGACATGCCCCTTTA;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=124;TCR=69;TR=65;WE=57858431;WS=57858404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,105:0.35:303
chr12	57858835	rs3817474	G	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,63:0.30:209
chr12	57859431	rs2228225	G	A	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.675;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,94:0.28:335
chr12	57859932	rs2292657	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-1.550;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,29:0.25:117
chr12	57865321	rs2228224	G	A	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=594;ReadPosRankSum=0.695;SC=TTTCTGGGGGGTTCCCAGGTT;SOR=0.704;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=50;WE=57865329;WS=57865311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,72:0.35:206
chr12	57865821	rs2228226	G	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=560;ReadPosRankSum=-0.375;SC=TGGGGAAACAGAATTCCTCAA;SOR=0.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=34;TCR=99;TR=39;WE=57865829;WS=57865811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,53:0.33:163
chr12	57865928	rs474058	A	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=28;PP=841;SC=CTGCAGTCCCATGCACAAGAT;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=57865936;WS=57865918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	57869241	rs527226	T	C	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.79;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	57869447	rs2277318	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=433;ReadPosRankSum=2.287;SC=GAGAAATCTGTATCCCTAGCT;SOR=0.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=35;WE=57869455;WS=57869437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,45:0.35:129
chr12	57869476	rs2277317	G	A	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.587;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr12	57869486	rs2277316	A	G	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr12	57869500	rs524522	A	C	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=25;SC=CGGCCCAGGCAAGGGCTCTCC;SOR=1.073;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=57869508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	57869530	rs3216740	CA	C	792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.889;HP=4;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.944;NF=9;NR=14;PP=736;ReadPosRankSum=-0.911;SC=ACCCTGCCCCCAACTGCTCCT;SOR=0.223;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=62;TCF=35;TCR=27;TR=23;WE=57869538;WS=57869520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr12	57869582	rs2277315	T	C	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.988;NF=19;NR=15;PP=427;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TCCCGGCCGGTCGGAGCCTCC;SOR=0.564;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=34;WE=57869590;WS=57869572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,54:0.34:159
chr12	57870121	rs486699	A	C	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=56;NR=18;PP=1736;SC=GCCCGCACCCATCCTGCGCCT;SOR=1.821;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=57;TCR=18;TR=74;WE=57870129;WS=57870111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	57870155	rs11544238	A	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.703;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=392;ReadPosRankSum=-0.609;SC=ACCCAGCCTGAGGAGGGCGCT;SOR=0.583;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=76;TCR=34;TR=32;WE=57870163;WS=57870145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,44:0.30:147
chr12	57870463	rs10706671	AG	A	1536.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.737;QD=6.89;ReadPosRankSum=-1.178;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,56:0.25:223
chr12	57870648	rs512490	A	G	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=14;PP=732;SC=GAAATGGGAGATTCACATGGG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=35;WE=57870656;WS=57870638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	57871555	rs3825080	A	G	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	57881735	rs76399088	G	A	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=19;PP=1192;ReadPosRankSum=0.477;SC=CATGATGGGAGAAATAGTCTA;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=67;WE=57881743;WS=57881725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,83:0.82:101
chr12	57882764	.	CT	C	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=1.245;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr12	57883801	rs899653	G	A	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=42;PP=1399;SC=TGGTGTAGGGGTTACAGAATG;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=77;WE=57883809;WS=57883791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	57891804	rs537161	T	C	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=22;PP=1187;SC=CCTGTGGGTTTGTGTGCAGAA;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=66;WE=57891812;WS=57891794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	57905687	rs1284467	A	G	6343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=90;NR=74;PP=2965;SC=ATTCAGCCTTAGTGTTGAAAC;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=90;TCR=76;TR=164;WE=57905695;WS=57905677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr12	57920262	rs2127318	T	G	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=30;PP=1614;SC=CTTTGAGGGTTTTCTGGGTTG;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=69;WE=57920270;WS=57920252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	57940749	rs775325	C	T	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.08;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	57958313	rs775322	A	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=358;ReadPosRankSum=-1.107;SC=GTCCCAGTGGATGAGGGTGTG;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=25;WE=57958321;WS=57958303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,45:0.60:75
chr12	57975155	rs775246	A	C	1968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=908;ReadPosRankSum=0.972;SC=GGGCAAATGCAGGGTCATAGC;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=230;TCF=144;TCR=86;TR=80;WE=57975163;WS=57975145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,112:0.34:327
chr12	57975570	rs775247	A	G	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=8;PP=270;SC=CAGCTCTATCACTGAGGATGA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=57975578;WS=57975560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	57975910	rs775248	C	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=2.000;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr12	57977003	rs775249	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=280;ReadPosRankSum=0.481;SC=TTTCAGGTAGCGTCAGGCTGC;SOR=0.760;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=28;WE=57977011;WS=57976993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,37:0.26:140
chr12	57977040	rs775250	C	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.190;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=252;ReadPosRankSum=1.412;SC=CAGGTTGCTTCCCTTCTTGCT;SOR=1.844;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=19;WE=57977048;WS=57977030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr12	57979190	rs1678536	C	G	2941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.256;SC=AGGCTTGACCCTGAGGGGTCT;SOR=0.592;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=86;WE=57979198;WS=57979180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,141:0.69:205
chr12	57985204	rs11537654	C	T	6323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=79;PP=2687;ReadPosRankSum=2.127;SC=TCCGGGCGGCCGACCCGCTGG;SOR=0.620;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=235;TCF=119;TCR=116;TR=172;WE=57985212;WS=57985194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,286:0.72:397
chr12	57994743	rs775235	T	G	6155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=75;PP=2724;SC=CTCCTGCTCTTGTGGGCTCCT;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=76;TCR=76;TR=151;WE=57994751;WS=57994733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	57995089	rs812873	T	C	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=46;PP=1899;SC=AGTATGATGCTAAGAAGAAAG;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=99;WE=57995097;WS=57995079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	58000378	rs703834	G	A	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=35;PP=1360;SC=GGAGGGGCAAGTTGTTTCTAT;SOR=0.825;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=78;WE=58000386;WS=58000368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	58002599	rs2306390	C	T	7880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.288;SC=CAACCCCTCGCTCACGGAGCC;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=362;TCF=135;TCR=227;TR=225;WE=58002607;WS=58002589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,357:0.67:529
chr12	58003922	rs10437954	G	A	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=13;PP=478;SC=GCAACTCCCCGGACGCGCGCA;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=58003930;WS=58003912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	58004563	rs7314872	C	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.055;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=20;ReadPosRankSum=0.479;SC=AAGTTCGCATCTAATTTGCAT;SOR=0.202;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=5;WE=58004571;WS=58004553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr12	58005682	rs60586224	G	A	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=1.958;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,50:0.36:139
chr12	58007678	rs7305391	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.726;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr12	58008952	rs703833	C	T	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=29;PP=1884;SC=GGCAACTGGCCGAGGAGGCCT;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=83;WE=58008960;WS=58008942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	58009202	rs2277322	T	C	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=967;ReadPosRankSum=-0.439;SC=GCTGACCCCATGGTTGGTTGG;SOR=0.912;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=76;WE=58009210;WS=58009192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,106:0.57:187
chr12	58010163	rs1564374	A	G	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.011;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=956;ReadPosRankSum=-0.223;SC=GGAAGAATTCAGCTTGGAGAT;SOR=0.913;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=108;TCF=65;TCR=43;TR=69;WE=58010171;WS=58010153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,125:0.69:182
chr12	58013175	rs2277324	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=1.411;SC=TCCAAGCCGCGGCTCTCGCCA;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=8;WE=58013183;WS=58013165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr12	58017701	rs7314152	T	G	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1265;ReadPosRankSum=0.898;SC=CCCAAGGTAATGAGCAGAGGA;SOR=0.812;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=117;TCF=68;TCR=49;TR=76;WE=58017709;WS=58017691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,145:0.71:205
chr12	58018979	rs1871417	C	T	3149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=42;PP=1512;ReadPosRankSum=-1.280;SC=GGGCATGTTGCATGGTGACAC;SOR=0.634;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=68;TCR=58;TR=90;WE=58018987;WS=58018969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,140:0.68:207
chr12	58019472	rs774895	T	G	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=65;PP=2032;SC=GGGGAGCCTGTTAAGGGGCAG;SOR=1.060;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=41;TCR=65;TR=106;WE=58019480;WS=58019462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	58026001	rs2307095	G	A	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=2.055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.72;ReadPosRankSum=2.331;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,94:0.29:324
chr12	58089413	rs3825078	A	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=358;ReadPosRankSum=0.150;SC=CTCCTTACTGAAAGTCTGGAG;SOR=0.517;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=136;TCF=79;TCR=57;TR=38;WE=58089421;WS=58089403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,57:0.26:222
chr12	58090232	rs72303843	AGTCGG	A	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-2.625;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
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chr12	58124803	rs238523	C	T	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=35;PP=1018;SC=AAGCAGTCAACATGGTACAGA;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=58124811;WS=58124793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	58126234	rs17852479	C	A	2431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1310;ReadPosRankSum=1.911;SC=GGGAGCTGGGCAGGGACTTGC;SOR=0.807;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=230;TCF=127;TCR=103;TR=91;WE=58126242;WS=58126224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,131:0.37:357
chr12	58127766	rs238526	T	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=5;PP=714;SC=GTAGCCTCCTTAGGGCCTCCC;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=58127774;WS=58127756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	58129302	rs149789274	A	AC	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=0.556;SC=CAGCTTTCCAACCCCCCCCCA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=4;WE=58129310;WS=58129292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr12	58135659	rs238530	T	C	6321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=54;PP=2556;SC=TGCTAGTCCCTGATACACCCA;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=94;TCR=54;TR=148;WE=58135667;WS=58135649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	58142854	rs2069506	C	A	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.826;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=22;PP=1485;ReadPosRankSum=-1.480;SC=AAAACTACAGCCCATCTACCA;SOR=1.301;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=123;TCF=88;TCR=35;TR=85;WE=58142862;WS=58142844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,110:0.67:163
chr12	58144665	rs2069502	C	T	2046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=971;ReadPosRankSum=1.235;SC=CACTCTCCTACTCCCAACCAG;SOR=0.928;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=67;TCR=41;TR=69;WE=58144673;WS=58144655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,97:0.64:152
chr12	58145156	rs2270777	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,53:0.34:156
chr12	58149446	rs1689582	C	T	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=11;PP=395;SC=CCTTCGCTGGCTGCTCCACCC;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=58149454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	58150989	rs35101706	CCA	C	2686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=41;PP=1913;SC=CCGCCAGTTACCACAGTCTCC;SOR=2.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=0;TCR=42;TR=41;WE=58150998;WS=58150979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
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chr12	58163304	rs3216815	CT	C	13931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.889;NF=43;NR=117;PP=2963;ReadPosRankSum=0.413;SC=TGAAGGGCCCCTGAGTAGGCC;SOR=0.638;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=237;TCF=70;TCR=167;TR=160;WE=58163312;WS=58163294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,391:0.69:563
chr12	58165085	rs10877013	C	T	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.673;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,60:0.60:100
chr12	58166590	rs34913183	C	T	3112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=34;PP=1343;ReadPosRankSum=2.387;SC=GACTCTTACTCGGAGAAGAGC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=87;WE=58166598;WS=58166580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,144:0.67:214
chr12	58174306	rs923829	T	C	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=55;PP=1299;ReadPosRankSum=0.279;SC=GAAAGGAGCATGGGACAGAGA;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=98;WE=58174314;WS=58174296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,130:0.64:204
chr12	58176614	rs10747783	T	C	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=38;PP=1851;ReadPosRankSum=-0.002;SC=TGCGCGTGTTTCTGGTCGCGC;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=173;TCF=113;TCR=60;TR=111;WE=58176622;WS=58176604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,161:0.68:238
chr12	58177379	rs5798416	CT	C	829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.722;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.512;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,71:0.72:99
chr12	58177437	rs2014886	C	T	880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=639;ReadPosRankSum=-1.715;SC=CGTGCAATGGCACGATGTTGG;SOR=0.324;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=40;WE=58177445;WS=58177427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr12	58177943	rs1599932	G	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=669;ReadPosRankSum=-2.322;SC=GTAGGCAGTTGTAACACAGTG;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=36;WE=58177951;WS=58177933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,49:0.82:60
chr12	58196447	rs10783847	G	A	4614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=81;PP=2155;ReadPosRankSum=0.386;SC=AACACCTTCAGGATGTAGCTC;SOR=0.927;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=195;TCF=78;TCR=117;TR=130;WE=58196455;WS=58196437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,211:0.68:309
chr12	58196528	rs10783848	G	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=804;ReadPosRankSum=-0.887;SC=TAAGGCAGAAGCCTGAGAGTT;SOR=0.521;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=42;WE=58196536;WS=58196518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr12	58200077	.	CAGG	C	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.306;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr12	58203354	rs3825079	C	T	3545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=51;PP=1540;ReadPosRankSum=0.435;SC=ATTATTTGAACAGTATTGCAC;SOR=0.565;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=165;TCF=94;TCR=71;TR=113;WE=58203362;WS=58203344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,170:0.67:255
chr12	58204283	rs2172521	T	C	3136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=42;PP=1273;SC=ACTCCTATTTTAGCACGGCCC;SOR=1.034;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=65;WE=58204291;WS=58204273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	58208164	rs1021469	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.348;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=496;ReadPosRankSum=-1.369;SC=CAGCCACAGGGTTAACGTGGC;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=32;WE=58208172;WS=58208154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
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chr12	59313151	rs12426955	G	T	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=34;PP=1504;SC=ATCGAGTTCCGCCCTTTCCAT;SOR=0.889;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=80;WE=59313159;WS=59313141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	59313248	rs12426969	G	A	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,39:0.29:134
chr12	59313936	rs61754220	T	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-1.032;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,28:0.31:90
chr12	62104219	rs7399207	A	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=704;ReadPosRankSum=-0.487;SC=AGGAGAAAATATAGTCAACAT;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=46;WE=62104227;WS=62104209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,56:0.35:159
chr12	62114671	rs7485027	T	C	1889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=835;ReadPosRankSum=-1.128;SC=TCTTTCTACTTCTCCATTCGA;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=58;WE=62114679;WS=62114661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,101:0.38:266
chr12	62687903	rs149304819	T	C	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=9;PP=943;ReadPosRankSum=0.020;SC=TAGATGGCTGTTCTACTGTTC;SOR=0.305;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=48;WE=62687911;WS=62687893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,53:0.82:65
chr12	62705960	rs17120331	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=261;SC=GAATGAAGCTAGCTCTACAAA;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=62705968;WS=62705950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	62708442	rs10877825	G	A	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=78;SC=ATATATATTGGCAGGCTTTAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=62708450;WS=62708435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	62778065	rs2044846	A	G	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=25.48;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	62783843	rs17097891	C	T	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=31;PP=724;SC=AAAATAAACACATAAGGTACT;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=62783851;WS=62783833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	62785251	rs117152329	A	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=484;ReadPosRankSum=1.249;SC=AAACAAGCCGAGCATGTTATT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=26;WE=62785267;WS=62785241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr12	62785524	rs1532435	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=315;SC=CTGGTGTATATCCTAACATTA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=62785532;WS=62785514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	62810962	rs10459254	G	A	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=584;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CTGGAGGAAAGAAAAAATGAT;SOR=0.425;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=42;WE=62810970;WS=62810951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,67:0.96:70
chr12	62894780	rs140022963	GTAT	G	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	62928747	rs11364534	TA	T	2161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=44;PP=1087;SC=CTGTGTCAGTTAAAAAAAACA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=48;WE=62928755;WS=62928737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	62943371	rs10877874	G	A	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=11;PP=1086;SC=CAACCTGAGTGGCAGAGTGAG;SOR=2.457;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=44;TCR=11;TR=54;WE=62943379;WS=62943361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	62959137	rs11174549	A	G	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=54;PP=1659;SC=AACAAAGCACATTGCAAATGC;SOR=0.852;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=99;WE=62959145;WS=62959127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	63113828	rs342170	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=2.126;SC=CCTTGTCTTTTACCACAAACC;SOR=0.307;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=10;WE=63113836;WS=63113824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr12	63328557	rs772580	G	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=0.903;SC=AGCAGGAGGCGGCGGGGGCCG;SOR=0.951;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=23;WE=63328565;WS=63328547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr12	63359011	rs699595	A	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=3;PP=755;SC=TGAAAAAAAAAAATCAAACCT;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=63359019;WS=63359001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	63359168	rs699596	G	A	6717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=73;PP=2965;SC=ACCTCATGCCGGAAAATTGGT;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=94;TCR=74;TR=166;WE=63359176;WS=63359158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr12	63359409	rs699597	C	A	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=86;PP=2907;SC=GAAAGGAAAGCCAAGATGACA;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=57;TCR=87;TR=143;WE=63359417;WS=63359399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	63359549	rs143590555	ACTGCTGCTG	ACTG,A	5124.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.4987,0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.340;NF=34,34;NR=59,59;PP=15,2992;ReadPosRankSum=-1.159;SC=TACTAAGGGTACTGCTGCTGC;SOR=1.049;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=116;TCF=46;TCR=70;TR=93,93;WE=63359565;WS=63359539;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:196
chr12	63359803	rs146011434	T	TA	1532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=0.000;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,105:0.64:165
chr12	63543551	.	TTC	T	533.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=8.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=-1.707;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr12	63543578	rs10784341	T	A	1149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=17.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=2.268;SOR=3.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr12	63544209	rs1042615	A	G	6307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.160;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=77;PP=2747;ReadPosRankSum=-1.279;SC=AGGCCGACGCAAACATGCCGA;SOR=0.800;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=254;TCF=135;TCR=119;TR=171;WE=63544217;WS=63544199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,293:0.66:441
chr12	63954304	rs1054891	T	C	2685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.750;NF=48;NR=43;PP=1103;ReadPosRankSum=0.870;SC=AGTTAACCTTTAATACTCTGT;SOR=0.553;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=291;TCF=163;TCR=128;TR=91;WE=63954312;WS=63954294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,162:0.32:502
chr12	63964640	.	G	GAA	745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.11;MQRankSum=-6.727;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,66:0.39:171
chr12	64055347	rs112964973	G	GA	156.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.671;QD=12.07;ReadPosRankSum=0.757;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr12	64062023	rs10878073	A	C	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=587;ReadPosRankSum=-1.510;SC=GACCTCCAGGAGCCCCTTGGC;SOR=0.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=55;WE=64062031;WS=64062013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,76:0.37:208
chr12	64062052	rs10878074	G	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.295;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=1822;ReadPosRankSum=0.899;SC=GCCGCCTAGGGCCGACTTTTC;SOR=0.864;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=163;TCF=75;TCR=88;TR=56;WE=64062073;WS=64062042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,84:0.35:242
chr12	64062065	rs10878075	T	C	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=33;PP=1822;ReadPosRankSum=0.962;SC=GACTTTTCCATCTCCTCCTCT;SOR=0.809;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=59;WE=64062073;WS=64062042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,93:0.35:266
chr12	64202890	rs138552613	CAT	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.208;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr12	64238726	rs73124639	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.988;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=249;ReadPosRankSum=-0.711;SC=GCTCGTGGAGTTGCGTATCTA;SOR=0.433;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=24;WE=64238734;WS=64238716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,29:0.29:99
chr12	64472803	rs789710	A	T	7694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=101;PP=2965;SC=CCACAGAATCAGTGAAGTCCA;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=80;TCR=101;TR=181;WE=64472811;WS=64472793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr12	64474023	rs59896917	CA	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=5.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr12	64485593	rs5798729	A	ACC	1568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=1180;SC=GAATTGTAAGACTATGATCTA;SOR=2.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=24;WE=64485601;WS=64485583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	64491002	.	G	GT	314.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.946;QD=5.43;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr12	64587633	rs699638	C	A	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=21;PP=1157;SC=TAACCTTTGGCTCCAGGTTTC;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=58;WE=64587641;WS=64587623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	64609562	rs2335390	C	T	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=35;PP=1467;SC=AGAAGTCTGCCATCTCCATCC;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=75;WE=64609570;WS=64609552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	64661209	rs1657057	AT	CC	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=12;PP=661;SC=GCATTTTCAGATCTCCAATCT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=64661218;WS=64661199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	64669018	rs5798743	AT	A	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=221;SC=ATAATATATAATAGTCATGTA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=64669026;WS=64669008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	64669090	rs1002392	C	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=7;PP=477;SC=GCTGAAAGACCAGAAGTATCT;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=64669098;WS=64669080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	64669270	rs10878132	C	G	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	64671412	rs10624687	C	CTA	3080.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.45;ReadPosRankSum=1.651;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,107:0.85:126
chr12	64697635	rs10878142	T	G	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=200;SC=ATGATTACTGTCAGGTTTGTT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=64697643;WS=64697625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	64710319	rs7310610	C	G	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=3.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=0.266;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,82:0.23:351
chr12	64712511	rs7955105	A	G	6625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr12	64712546	rs113411861	A	AGTT	2132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,65:0.26:248
chr12	64724815	rs11392869	T	TA	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.30;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr12	64810285	rs184584090	G	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.328;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr12	64833249	rs10878172	A	G	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=22;PP=596;SC=CACCATTTTGAAATTATGAGT;SOR=1.681;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=31;WE=64833257;WS=64833239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	64838752	rs71092967	TA	T	478.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.762;SOR=1.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr12	64838922	rs6581565	G	T	8268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=116;PP=2965;SC=GTAGGTATTTGTGAAGCTCAC;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=91;TCR=116;TR=207;WE=64838930;WS=64838912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr12	64858100	rs57810028	A	AT	986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=308;ReadPosRankSum=-0.448;SC=CCAATCAATGATTTTTTTTTT;SOR=0.767;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=24;WE=64858108;WS=64858090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,49:0.94:52
chr12	64875787	rs7486100	T	A	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=27;PP=715;SC=AGATTTATATTCATAGCTATA;SOR=2.432;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=64875795;WS=64875777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	64883761	rs10878177	C	A	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=379;SC=TATAAAACATCTTTTTAAAAC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=64883769;WS=64883751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	64891401	rs71092972	C	CT	383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=2.622;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr12	65134536	rs1690277	C	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=442;SC=TGGATTACTACAGTAGATAAT;SOR=2.303;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=20;WE=65134544;WS=65134526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	65146532	rs1147096	C	T	1823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=17;PP=700;SC=TTTTCTTTAGCGGTGTCTGTA;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=65146540;WS=65146522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	65146676	rs1147095	T	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=25;PP=802;SC=AAAGAGAGTCTTGTATGATTC;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=65146684;WS=65146666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	65150485	rs2620733	C	T	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=52;NR=55;PP=2080;SC=TGCTCTTGTCCTAGCTCTTCC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=107;WE=65150493;WS=65150475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr12	65222347	rs1144426	C	G	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=43;PP=1212;SC=TTCTTTAGAGCCTCTGGAATG;SOR=2.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=7;TCR=45;TR=50;WE=65222355;WS=65222337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	65270436	rs7311657	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=164;ReadPosRankSum=-1.074;SC=CCAGCTCTAGACTGCAGACGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=14;WE=65270444;WS=65270426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr12	65449071	rs1026025	A	G	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=784;ReadPosRankSum=0.275;SC=TTTCCTTGCAATTCTTTAGAA;SOR=0.932;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=50;WE=65449079;WS=65449061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,57:0.63:91
chr12	65460368	rs3782498	A	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=1.012;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr12	65462429	.	ATGTGTG	A,ATG	2534.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;QD=40.88;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,52:0.16,0.84:62
chr12	65514266	rs7301320	T	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.364;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,62:0.28:225
chr12	65563712	rs61736594	C	T	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=411;ReadPosRankSum=1.032;SC=GAATCTCGGCCTCTGGCCCAG;SOR=0.616;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=31;WE=65563720;WS=65563702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,42:0.39:109
chr12	65609853	rs3817000	A	T	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=2.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.095;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr12	65639615	rs3217456	ATTTT	A	1237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.178;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.360;NF=5;NR=16;PP=816;ReadPosRankSum=-1.567;SC=AACTAAGACTATTTTCTTTCT;SOR=0.430;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=21;WE=65639626;WS=65639605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr12	65762703	.	ACC	A	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=0.000;QD=19.52;ReadPosRankSum=1.909;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	65856899	rs61921506	C	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr12	65881702	rs11175783	C	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=-2.878;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,61:0.28:217
chr12	66275432	rs138318159	AAG	A	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=5.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,9:0.14:65
chr12	66308644	rs10878345	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=150;ReadPosRankSum=-0.266;SC=TAGTAGAGACAGGGTTTCACC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=13;WE=66308652;WS=66308634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr12	66517828	rs2464304	T	A	2648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	66522628	.	C	CA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=0.210;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr12	66531694	rs1185629	A	G	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=10;PP=832;SC=CTTTTTTCTCATTAAATTTTT;SOR=1.938;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=45;WE=66531702;WS=66531674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	66597419	rs1185630	T	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.722;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=133;ReadPosRankSum=-0.744;SC=AATAAAACATTAGGTACACAA;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=10;WE=66597427;WS=66597409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr12	66605228	rs1152888	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=-1.203;SC=TTCCTAAGGAATACTGCTTAA;SOR=0.399;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=8;WE=66605236;WS=66605218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr12	66696255	rs3741605	T	C	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=938;ReadPosRankSum=-0.877;SC=TCAGGTTTTATGTACGCTGGC;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=60;WE=66696263;WS=66696245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,68:0.59:116
chr12	66696410	rs3741604	C	T	4788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=79;PP=2197;ReadPosRankSum=-2.066;SC=CGTACCTGCGCCAACTTCAGG;SOR=0.694;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=202;TCF=96;TCR=106;TR=153;WE=66696418;WS=66696400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,224:0.74:303
chr12	66698438	rs2118139	G	A	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=430;ReadPosRankSum=1.403;SC=TAAGTTTGATGAAACTTTGAG;SOR=0.843;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=21;WE=66698446;WS=66698428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr12	66698461	rs2118140	A	G	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.751;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=834;ReadPosRankSum=0.369;SC=AACGGTTTCTAAATAATCTCC;SOR=1.303;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=49;TCR=7;TR=38;WE=66698469;WS=66698451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr12	66698895	rs4430553	T	C	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=739;ReadPosRankSum=1.280;SC=GAGTTGTTCCTAGACAATGAG;SOR=0.855;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=43;WE=66698903;WS=66698885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr12	66698954	rs1971302	C	G	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=30;PP=805;SC=TTATCATCAACTTTCAGTGTA;SOR=1.651;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=66698962;WS=66698944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	66716345	rs68047161	CAAA	C	1017.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.452;QD=31.80;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr12	66716618	rs67946726	G	GT	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.031;QD=0.56;ReadPosRankSum=-2.540;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,32:0.18:176
chr12	66717692	rs7969887	T	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=4;PP=589;SC=GTCTGAGTAGTAGTTAATGTT;SOR=2.753;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=66717700;WS=66717682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	66717716	rs7957877	C	T	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=851;SC=ACAAGTGAAACGGAGACTTTC;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=66717724;WS=66717706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	66725160	rs1185244	C	T	10302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=150;NR=105;PP=2965;SC=GCAGATTTTCCGTCCCCACGG;SOR=0.913;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=260;TCF=151;TCR=109;TR=255;WE=66725168;WS=66725150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr12	66731864	rs1168329	C	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=19;PP=629;SC=TCAAGCCCACCGATAATCAAG;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=66731872;WS=66731854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	66732057	rs1183274	C	G	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=142;SC=AACACGTCATCATGAGAACTG;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=66732065;WS=66732047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	66771108	rs35635542	AT	A	545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=17;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=143;SC=CTTGCCAGACATTTTTTTTTT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=10;WE=66771129;WS=66771098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	66771121	rs148141593	T	C	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=334;SC=TTTTTTTTTTTTTTTGAGACG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=66771129;WS=66771098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	66786073	rs7970076	A	G	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=31;PP=1756;SC=TCTGGGGGACAAAGTAAAGAC;SOR=1.224;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=63;TCR=31;TR=92;WE=66786081;WS=66786063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	66786091	rs13277	G	C	4579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=45;PP=2203;ReadPosRankSum=1.874;SC=GACATACCTTGAGTTCCATAG;SOR=0.586;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=110;WE=66786099;WS=66786081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr12	66786341	rs7970771	G	A	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=19;PP=1138;SC=AATATACCAAGATACTCCGTG;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=52;WE=66786349;WS=66786331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	66786644	rs2270594	G	A	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=39;PP=1064;SC=TCCCTGTATGGTACTGAATAT;SOR=1.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=57;WE=66786652;WS=66786634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	66826527	rs143524823	GAAGT	G	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=204;SC=TGTAGGAACTGAAGTAAGATG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=66826538;WS=66826517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	66826555	rs6581694	A	G	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=75;SC=TTAAAATCCTAGTAAATTAAG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=66826563;WS=66826545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	66838243	rs10878422	A	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=3;PP=573;SC=TCCGCAGTCCAGCCTGGGCGA;SOR=4.407;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=29;WE=66838251;WS=66838233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	66838272	rs63070262	C	CAA	528.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.02;MQRankSum=1.107;QD=19.58;ReadPosRankSum=-2.625;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,24:0.89:27
chr12	66849408	rs1038923	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=-1.440;SC=GCCACACTTGTCAACCAGTAA;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=12;WE=66849416;WS=66849398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr12	66909389	rs12316942	C	T	7074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=59;PP=2655;SC=CCCTCAGGACCCCAACATACC;SOR=0.851;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=78;TCR=61;TR=136;WE=66909397;WS=66909379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr12	66911771	rs11838180	G	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=681;ReadPosRankSum=0.172;SC=CAAAGAAAAGGAACAGAGCTT;SOR=0.882;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=173;TCF=75;TCR=98;TR=60;WE=66911779;WS=66911761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,85:0.28:306
chr12	66923462	rs56366511	T	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=0.258;SC=TTGGGTTCAGTGTATACTGCT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=66923470;WS=66923452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	66932832	rs66522623	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=0.109;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,15:0.21:70
chr12	66933149	rs10219689	C	T	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=459;ReadPosRankSum=0.218;SC=TCCTAGGAGACGGTGGGCCCT;SOR=0.283;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=28;WE=66933157;WS=66933139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr12	67701103	rs812325	G	A	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=39;PP=2370;SC=GTGTTATTTGGAGTGGTTTAA;SOR=1.369;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=79;TCR=40;TR=118;WE=67701111;WS=67701093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	67706466	rs1060350	G	A	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=42;PP=1471;SC=TAGCAGCACTGCTAACCATTC;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=89;WE=67706474;WS=67706456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	67706482	rs371413162	G	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.657;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,42:0.24:176
chr12	68045455	rs7307918	C	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=26;PP=679;SC=ATTTGGGTTTCGATGGTGGTT;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=68045463;WS=68045445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	68552041	rs2234686	TA	T	504.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=-1.019;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,34:0.89:38
chr12	68646686	.	T	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=28;PP=765;SC=ATGTGCCCCATCCCGTCTCCC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=31;WE=68646694;WS=68646676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	68688939	rs7958232	C	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=577;SC=AAGTAGAAAACGTTAGGAAAA;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=68688947;WS=68688929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	68707287	rs2306392	G	A	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=20;PP=837;SC=CCTCTGTTCTGGGGCTGGAGG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=68707295;WS=68707277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	68708761	rs2306393	C	T	9882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=133;NR=106;PP=2965;SC=AGATTTCTCACGTACATCCAA;SOR=0.832;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=134;TCR=106;TR=239;WE=68708769;WS=68708751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr12	68715417	rs7964052	G	A	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=196;SC=CTCTGAAATGGAAATCATTTA;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=68715425;WS=68715407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	68719216	rs2870812	G	A	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=6;PP=498;SC=CATCCATTAAGCTACCTGATT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=68719224;WS=68719206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	68720627	rs962976	G	A	4247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=55;PP=2067;SC=TCTTTCTTGAGTAACATCCTT;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=105;WE=68720635;WS=68720617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	68721040	rs962977	A	G	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=5;PP=662;SC=ATTAAAAATCAGGGGGTCACA;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=68721048;WS=68721030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	68721188	rs150000740	A	T	7069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=80;PP=2938;SC=TACTGTCAAAATTTGGAACTT;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=165;WE=68721196;WS=68721178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr12	68724951	rs3741808	G	T	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	69042454	.	CT	C	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.740;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,39:0.25:158
chr12	69048131	rs112638624	T	TG	40.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=0.180;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr12	69080728	rs2259702	T	G	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=464;ReadPosRankSum=-2.446;SC=TTTCTGTGGGTCTGTTTTAGG;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=29;WE=69080736;WS=69080718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr12	69082669	rs2259592	A	G	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=521;ReadPosRankSum=1.159;SC=CTTTACTCCAACTGTGATGAT;SOR=0.556;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=32;WE=69082677;WS=69082659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr12	69096398	rs139991082	A	G	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.23;ReadPosRankSum=1.165;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr12	69141678	rs57821268	T	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TTGAATTTAATCTGAACAACA;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=9;WE=69141686;WS=69141668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr12	69207162	rs1470383	G	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=237;SC=ATTGGATACTGTCTGTGATCA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=69207170;WS=69207152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	69218038	rs2291857	T	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=466;SC=ATTGAAAGGTTAAATTGCATA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=69218046;WS=69218028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	69250548	rs3741598	C	T	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=45;PP=1254;SC=CACTAAAATGCAGCCTTTGTG;SOR=1.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=69250556;WS=69250538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	69265578	rs2228654	A	G	10220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=120;NR=87;PP=2965;SC=CGATGCTGTAATAACAGTCAG;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=121;TCR=88;TR=207;WE=69265586;WS=69265568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr12	69279736	rs2701085	A	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=36;PP=1070;SC=GAACTCTGGTAAGACTAGGAA;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=69279744;WS=69279726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	69633379	rs2305642	A	G	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=34;PP=1498;SC=CGCGGCGGGCAGACCTGCAGG;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=92;WE=69633387;WS=69633369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr12	69645864	rs490872	A	G	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=19;PP=500;SC=TCTTTTTTTCAGGGGGAGACA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=30;WE=69645872;WS=69645854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	69646914	rs2305641	G	A	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	69651700	rs2231696	A	G	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=496;ReadPosRankSum=-0.631;SC=AACTTTTCTTAAATTACCATG;SOR=0.761;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=42;WE=69651708;WS=69651690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,84:0.38:221
chr12	69652336	rs5798930	G	GT	1554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.533;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.90;ReadPosRankSum=0.318;SOR=1.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr12	69653146	rs2231700	T	C	3820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=37;PP=1526;SC=TGCTATACACTGTTGTGACTA;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=94;WE=69653154;WS=69653136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	69667075	rs1463335	T	A	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=37;PP=1256;SC=AATTTCAGGTTGTGGCATTCA;SOR=0.813;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=68;WE=69667083;WS=69667065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	69753595	rs622656	C	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=1;PP=264;SC=GAGGAGTTGACGGTTACTCAC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=69753603;WS=69753588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	69753830	rs623853	G	A	3324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=45;PP=1397;SC=CCCCTCTTCCGGGGTGGCTCT;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=69753838;WS=69753820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	69753847	rs554591	T	C	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=44;PP=1311;SC=CTCTCCCGCCTCGGTTCCTCC;SOR=1.115;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=69753855;WS=69753837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	69756762	rs10784775	G	A	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=24.75;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	69759551	rs11286051	AT	A	1804.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=28;PP=765;SC=ATAATTTACTATTTTTTTTCT;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=69759559;WS=69759541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	69764388	rs2291005	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=4;PP=532;SC=TTTGACATGTATATACTTATT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=69764396;WS=69764378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	70037520	rs61747221	G	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.267;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=601;ReadPosRankSum=-1.452;SC=CTGAGGGAGTGGGATTTTTAT;SOR=0.960;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=147;TCF=61;TCR=86;TR=41;WE=70037528;WS=70037510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,72:0.32:223
chr12	70049122	rs74799373	G	A	2912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=1.737;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,152:0.53:287
chr12	70065126	rs5798946	CT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr12	70066856	rs2277389	C	T	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=4.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.599;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
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chr12	70078172	rs710714	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.325;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=0.664;SC=TTATTGCCCTCGAGCCAAAGG;SOR=0.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=7;WE=70078180;WS=70078164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr12	70088085	rs3050191	AGT	A	2877.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=1423;ReadPosRankSum=0.287;SC=TCCCATGCAGAGTCATCGGTG;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=33;WE=70088094;WS=70088075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,72:0.67:108
chr12	70091356	rs710710	G	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=217;SC=CAATCAAAAGGTTCAGATTTT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=70091364;WS=70091346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	70091432	rs775429	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=12;PP=597;SC=AGTACCTGTATACCAAACTTA;SOR=1.209;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=70091440;WS=70091422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	70178374	rs1602954	T	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=-1.029;SC=ATAAATACTTTCAATGTGAAC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=70178382;WS=70178364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr12	70195293	rs10879014	T	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=303;ReadPosRankSum=1.045;SC=AGTGGAACTTTGGAGAAGAAT;SOR=0.963;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=14;WE=70195301;WS=70195283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr12	70195341	rs111879916	A	ATATTTTT	1521.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TACAATTTTGATATTTTTCTG;SOR=1.251;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=18;WE=70195349;WS=70195331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr12	70219408	rs10506571	C	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=314;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CCTGTTTCACCTTTTCCGTAT;SOR=0.954;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=28;WE=70219416;WS=70219398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,49:0.36:138
chr12	70248997	rs11177906	T	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=242;ReadPosRankSum=0.154;SC=TTTGTCAGTGTTTTTAGCCAT;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=22;WE=70249005;WS=70248987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr12	70273303	rs1240286	C	G	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=65;PP=1907;SC=CTCTGGCAGGCACCTAGAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=19;TCR=65;TR=84;WE=70273311;WS=70273293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	70274066	rs17813773	A	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.071;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=401;ReadPosRankSum=0.184;SC=CTGCCACTGCAGACCGAGTGA;SOR=0.873;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=37;WE=70274074;WS=70274056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,52:0.30:175
chr12	70274101	rs7310544	G	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=362;ReadPosRankSum=0.707;SC=GAACAAGGGCGATGCCATCAA;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=29;WE=70274109;WS=70274091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr12	70274160	rs1240287	G	A	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=841;SC=GAGCAGCCCTGCAAAAGTTTC;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=70274168;WS=70274150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	70280797	rs1612447	T	C	2107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=37;PP=1066;ReadPosRankSum=-0.539;SC=AAGACAGTGCTAAATCTCAGT;SOR=0.336;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=64;WE=70280805;WS=70280787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr12	70289063	rs7964113	A	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=0.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr12	70289112	rs7979309	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
chr12	70289124	rs139690592	G	GT	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.58;ReadPosRankSum=1.763;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,34:0.25:134
chr12	70290875	rs10879038	T	A	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.298;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,55:0.30:183
chr12	70290921	rs10879039	C	T	1267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=571;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CATTGGTCTGCTGTCTCTGAA;SOR=0.739;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=171;TCF=93;TCR=78;TR=55;WE=70290929;WS=70290911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,83:0.31:272
chr12	70291047	rs10879040	T	G	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=551;ReadPosRankSum=-0.835;SC=TTCTCTGACTTTTCTGGATCT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=143;TCF=60;TCR=83;TR=44;WE=70291055;WS=70291037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,61:0.29:212
chr12	70297317	rs10784805	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=1.797;SC=GGATTCTCTTATGAAAGACTT;SOR=0.117;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=7;WE=70297325;WS=70297307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr12	70304860	rs989879	C	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=-0.699;SC=GGTATCAACTCTCTTATAATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=70304868;WS=70304850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr12	70321450	rs1239822	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr12	70326498	rs77083992	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=-0.677;SC=CCTTTAAACTAGACACTGAAC;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=8;WE=70326506;WS=70326488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr12	70330087	rs813147	A	G	7158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=119;NR=84;PP=2965;SC=CACAGGAGCCAGCTCTGCTGC;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=119;TCR=85;TR=203;WE=70330095;WS=70330077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr12	70346048	rs76314993	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=106;ReadPosRankSum=-0.293;SC=AGGAGCAGGGACAAAGGCTGC;SOR=0.351;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=9;WE=70346056;WS=70346038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr12	70351684	rs10879065	C	A	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=799;ReadPosRankSum=0.546;SC=AACCAAAGGGCTGGAAAGCCA;SOR=0.663;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=57;WE=70351692;WS=70351674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,99:0.57:174
chr12	70351905	rs2307086	A	G	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=476;ReadPosRankSum=-0.456;SC=AGCAACACCCATCAAAAGCTG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=30;WE=70351913;WS=70351895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,38:0.72:53
chr12	70352021	rs2307087	C	T	8215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr12	70352111	rs74787767	T	G	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=6.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.653;QD=5.02;ReadPosRankSum=-2.213;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,68:0.30:223
chr12	70352198	rs35912210	CT	C	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.8656;FS=5.307;HP=11;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=473;ReadPosRankSum=-0.470;SC=ATTAATCTTCCTTTTTTTTTT;SOR=1.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=35;WE=70352207;WS=70352188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr12	70915347	rs369876	A	G	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=46;PP=1738;SC=ATAATTGTTTACGCTGTTTAT;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=91;WE=70915355;WS=70915337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	70928724	rs582954	A	G	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=51;PP=1621;SC=GCCAGTAATGATCACACTTTA;SOR=0.862;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=93;WE=70928732;WS=70928714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	70932572	rs17226374	T	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=1;PP=660;SC=CTATTTCTTATTAAAGGCATT;SOR=5.421;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=26;WE=70932581;WS=70932564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	70932573	rs11332712	TA	T	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=1;PP=989;SC=TATTTCTTATTAAAGGCATTC;SOR=5.421;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=25;WE=70932581;WS=70932564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	70933687	rs919595	A	G	6101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=75;PP=2620;SC=CCATCTTTCAACAAATTATAC;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=142;WE=70933695;WS=70933677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr12	70938176	rs4761221	G	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=9;PP=797;SC=CTTCTAGAGAGGTTGTACAAT;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=40;WE=70938184;WS=70938166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	70949014	rs61758735	G	A	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=1.982;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,137:0.65:211
chr12	70949620	rs2278341	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=0.426;SC=AGTGACAGGAGGCTCTGTGCG;SOR=0.512;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=5;WE=70949628;WS=70949610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	70949973	.	A	ATT	829.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.470;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.249;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr12	70954792	rs140815645	A	G	1723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=915;ReadPosRankSum=-1.055;SC=AGTATATGCTATGTTGGGCAT;SOR=0.954;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=72;TCF=19;TCR=53;TR=49;WE=70954800;WS=70954782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,74:0.70:106
chr12	70970449	.	CG	C	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=19;HapScore=3;MGOF=69;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=56;QD=20.3333333333;SC=AGGTGGGGGGCGGGGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=3;WE=70970458;WS=70970439;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr12	70990054	rs2465811	T	C	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=-1.809;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,76:0.75:101
chr12	70990136	rs6581949	A	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.103;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr12	71002793	rs76441945	A	G	2086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=1087;ReadPosRankSum=-0.033;SC=CAGCTTGAAAAGGCAGGGCCC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=71;WE=71002801;WS=71002783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,97:0.57:169
chr12	71002865	rs2717430	T	A	3571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=46;PP=1434;ReadPosRankSum=-0.517;SC=GCAAGACCACTGTTCTCTCTT;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=179;TCF=98;TCR=81;TR=99;WE=71002873;WS=71002855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,174:0.57:305
chr12	71002893	rs2252784	C	T	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1326;ReadPosRankSum=0.198;SC=AGAAATAATCCTGAAGTTATA;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=87;WE=71002901;WS=71002883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,150:0.56:268
chr12	71003360	rs2717431	T	C	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.703;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=33;PP=987;ReadPosRankSum=-0.816;SC=CTTTGACAGCTGGATAAGCTG;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=118;TCF=75;TCR=43;TR=84;WE=71003368;WS=71003350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,105:0.74:141
chr12	71003515	rs2252674	C	T	9379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.483;NF=77;NR=78;PP=2962;ReadPosRankSum=0.135;SC=GGCGCATCAGCTCTGACCCCT;SOR=0.689;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=125;TCR=123;TR=155;WE=71003533;WS=71003505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,243:0.65:375
chr12	71003524	rs3217500	CTT	C	9273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.621;NF=17;NR=73;PP=2963;ReadPosRankSum=-1.451;SC=GCTCTGACCCCTTCTCGGGCC;SOR=0.629;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=144;TCF=29;TCR=115;TR=90;WE=71003533;WS=71003505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,228:0.66:346
chr12	71078135	rs7958846	G	C	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=40;PP=1210;SC=AAATAGCTGGGCTAGTACAAA;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=71078143;WS=71078125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	71139664	rs3803036	T	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=17;PP=757;SC=GGTGGTAGCTTTGATCTCAGG;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=71139672;WS=71139654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	71509607	rs71931636	ACTCT	A	2417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=17;PP=1545;SC=CAGAGTGTACACTCTCTCTCT;SOR=1.061;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=28;WE=71509618;WS=71509597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	71509652	rs34349223	T	A	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=25;PP=967;SC=CAGCAAGAAGTAGTTCAACTG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=56;WE=71509660;WS=71509642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	71509793	rs36021752	A	C	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=203;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=18;PP=407;SC=TTTTGTTATGACAGTCCAAGC;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=25;WE=71509801;WS=71509783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	71509814	rs141855745	G	GTTCCCTGTATAATTTT	905.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=2900;SC=TAATATAGGAGTTCATTGTTT;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=9;WE=71509822;WS=71509804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	71519096	rs1051344	G	C	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=65;PP=2578;SC=CTGACGATAGGTTGATGCATC;SOR=0.852;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=143;TCF=76;TCR=67;TR=141;WE=71519104;WS=71519086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr12	71523134	rs1051334	A	C	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=24;PP=841;SC=AGTCCAAATGATATTCCAATA;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=71523142;WS=71523124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	71523199	rs143821581	TAA	T	1077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=18;PP=259;ReadPosRankSum=0.751;SC=ACAGGTCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.323;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=71523208;WS=71523189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr12	71526414	rs2270588	T	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=318;SC=GTAGGGACTTTAATTGTGAAA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=71526422;WS=71526404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	71526709	rs3816942	C	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=417;SC=GGTTATTATGCTAAAATACCA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=71526717;WS=71526699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	71531663	rs2270585	A	T	280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=0;PP=142;SC=TTTAAGGAAGATGTTAAAAAC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=71531671;WS=71531658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	71532099	rs2270584	G	A	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=32;PP=975;SC=CTCTACAGCTGGGATTATATC;SOR=1.877;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=42;WE=71532107;WS=71532089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	71533534	rs3763978	C	G	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=19;PP=713;SC=ACCGCAGCATCCCAGGAAGCC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=71533542;WS=71533524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	71947173	rs1148985	G	A	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=38;PP=1089;SC=ACATTTTAAGGGAGGAAAACC;SOR=4.615;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=41;WE=71947181;WS=71947163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	71955394	rs1280603	T	C	132.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	71960208	rs1797372	G	A	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=7;PP=337;SC=ATCCCATCCAGTTTGTTGGGA;SOR=0.984;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=71960216;WS=71960198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	71960329	rs1797373	G	A	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=14;PP=606;SC=AATATTATAGGTTGAAGTGCT;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=33;WE=71960337;WS=71960319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	71960533	rs1797374	G	A	7106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=72;PP=2965;SC=TGCCATTAGAGCTTGATCAGT;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=99;TCR=72;TR=171;WE=71960541;WS=71960523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr12	71960584	rs1726469	T	C	8105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=93;PP=2965;SC=GTGTGATGCCTGAATGAAAGA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=197;TCF=103;TCR=94;TR=194;WE=71960592;WS=71960574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr12	72004884	.	GA	G	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.434;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr12	72008246	rs2288963	T	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=231;SC=AAAACAGGAGTTTTGCTATCA;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=72008254;WS=72008236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	72019989	rs55719302	T	TAC	1983.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.49;ReadPosRankSum=-2.054;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,68:0.84:81
chr12	72022589	rs76071350	T	A	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.80;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	72023336	.	TAC	T	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.325;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr12	72038935	rs17110081	G	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	72050472	.	AAAAT	A	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=70;QD=42.5;SC=TGTCAGGCAAAAAATAAATAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=72050483;WS=72050462;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr12	72094530	rs367801163	TA	T	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr12	72148920	.	CCGG	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.061;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,6:0.12:51
chr12	72372601	rs4760816	C	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=10;PP=564;SC=ATATGTCACTCAGTTGTCAAG;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=72372609;WS=72372591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	72372862	rs7305115	A	G	7717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=90;PP=2855;ReadPosRankSum=0.841;SC=TCTACACCCCAGAACCGTGAG;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=79;TCR=94;TR=168;WE=72372870;WS=72372852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,310:0.99:312
chr12	72388374	rs1007023	G	T	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=40;PP=1129;SC=TAAAACCAGTGCTATTTATGT;SOR=1.275;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=60;WE=72388382;WS=72388364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	72416235	rs4290270	A	T	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	72666499	rs79761722	A	G,AAGG	1764.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=64.04;MQRankSum=0.416;QD=63.03;ReadPosRankSum=1.740;SOR=2.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,3,24:0.11,0.86:28
chr12	73012649	rs111312234	CT	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.415;QD=2.99;ReadPosRankSum=-0.217;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr12	73014840	rs147490953	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=1.686;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr12	75687185	rs7967562	G	A	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	75692607	rs7485576	G	A	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=41;PP=1239;SC=AGCTTCTCTCGGAAGTGAACA;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=57;WE=75692615;WS=75692597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	75706720	rs60971359	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=18;PP=605;SC=TAAAGACAACTTCACCATCCA;SOR=0.963;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=31;WE=75706728;WS=75706710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	75710004	rs10879900	C	T	904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=6;PP=622;SC=TCAACTGTTGCAATTATTTAT;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=75710012;WS=75709994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	75760742	rs12366348	G	A	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=27;PP=977;SC=CACCCAAGGGGCAGCTTGCAG;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=75760750;WS=75760732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	75784773	rs7978856	C	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.69;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr12	75785100	rs11180483	C	T	4528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	75785468	rs4393363	G	A	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=381;SC=AATATCAAGGGTAAAGAAAAT;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=75785476;WS=75785458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	75796721	rs7135440	G	T	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=11;PP=916;SC=TGATAGTCTTGCCACCTACCA;SOR=1.781;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=44;WE=75796729;WS=75796711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	75816612	rs1543946	C	G	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.53;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	75816814	rs144850646	G	GACA	1297.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=653;SC=TAATGGATTGGACAAGAAAAA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=75816822;WS=75816804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	75874913	rs2242435	G	A	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=284;SC=TAATACCTTCGTAATACTGAA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=75874921;WS=75874903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	75875576	rs1909979	C	T	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	75900396	rs201846221	CA	C	221.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr12	75900702	rs2704766	G	A	3759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=63;PP=1949;ReadPosRankSum=0.628;SC=ACATGCTACAGAAGGAAAGAG;SOR=1.187;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=98;WE=75900710;WS=75900692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,141:0.99:143
chr12	75901961	.	T	TA	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr12	76424937	rs71716769	TTGC	T	2953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.17;MQRankSum=-2.610;NF=9;NR=72;PP=2985;ReadPosRankSum=0.506;SC=GCTGCTGCTGTTGCTGCTGCT;SOR=1.176;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=104;TCF=15;TCR=89;TR=81;WE=76424950;WS=76424921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,110:0.94:117
chr12	76442907	rs11180815	T	C	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=0;PP=408;SC=GGAGAGAAACTTGATATTCAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=76442915;WS=76442904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	76444510	rs4831914	G	A	1448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=23;PP=660;SC=AAGACTCTTAGAGGCTGGGTG;SOR=1.140;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=76444518;WS=76444500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	76447792	rs35076461	AT	A	239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=186;SC=CTAAATGATAATTTTTTTTTC;SOR=1.445;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=76447800;WS=76447782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	76449900	rs1059143	T	C	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	76450465	rs113043714	TA	T	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,29:0.32:92
chr12	76451696	rs2163913	T	C	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=28;PP=684;SC=CAAAGAAATATGTGACAAGGG;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=76451704;WS=76451686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	76453510	.	C	T	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	76453966	rs4663	G	A	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=5;PP=602;SC=TTTCAAGATCGTGAACTTCCT;SOR=1.923;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=76453974;WS=76453956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	76461137	rs10785227	T	C	335.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=55.96;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	76461145	rs7972289	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.58;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	76462515	rs55679917	T	TAC	103.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.28;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr12	76462612	rs10880034	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=9;PP=365;SC=TCCAAAAAAATAGACTGGTAC;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=76462620;WS=76462602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	76762923	rs10656017	A	AAAT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=256;SC=ACCAAATTTTAGTTGGTTGCT;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=76762941;WS=76762913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	76767065	rs71311107	A	AT	857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=9;PP=352;SC=TTTAAATGTGATTTTTTTTTT;SOR=1.387;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=18;WE=76767073;WS=76767055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	76769209	rs7299563	G	A	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=2;PP=51;SC=TATGGCTCACGATAAACAGTT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=76769217;WS=76769199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	76786349	rs4761423	G	A	4585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	76816221	rs55719426	G	A	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=7;PP=700;SC=GCTTTAAAATGTTAAAATGCC;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=35;WE=76816229;WS=76816211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	77158419	rs1017784	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=10;PP=347;SC=GGGCCTGGTGTGGTTTTTGAA;SOR=0.784;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=20;WE=77158427;WS=77158409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	77202798	rs10778920	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	77209613	rs77238734	GTT	G	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr12	77214681	rs1477748	G	A	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	77214788	rs2306142	G	A	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=12;PP=662;SC=TTAGATGACTGGAGGAGTAGT;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=77214796;WS=77214778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	77216281	rs17813975	G	A	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	77216330	.	ATT	A	929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.456;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,43:0.81:53
chr12	77236968	rs1979743	G	A	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=14;PP=413;SC=CTTTTGATTCGGAGGTGCCGT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=77236976;WS=77236958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	77239420	rs143729859	AAAAT	A	1844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=952;SC=ATATTTTGAGAAAATAAATAG;SOR=2.147;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=20;WE=77239431;WS=77239410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	77254207	rs35557984	GA	G	3408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;MQRankSum=0.329;QD=20.66;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,160:0.97:165
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chr12	78225110	rs12227066	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=7;PP=560;SC=ATTATATTATTAGCTTTTTAA;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=78225118;WS=78225100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	78225374	rs10735309	A	G	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=50;PP=1725;SC=TTTGGAACTTACTGAAACAGA;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=94;WE=78225382;WS=78225364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	78334053	rs1731740	G	C	5825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
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chr12	78513833	rs55670442	T	TATATA	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=451;SC=ATGTATAAGGTATATATATAT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=78513841;WS=78513823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	78530979	rs1852464	G	A	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	78531207	rs300462	T	C	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=209;SC=GGGAAACCATTGTGTCACTCA;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=78531215;WS=78531197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	78538648	rs411935	T	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=188;SC=TACAGTGAGTTGTGAATGCGC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=78538656;WS=78538638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	78540174	rs34144410	TA	T	146.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.30;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	78562687	rs1726431	A	G	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	78569059	rs2442134	G	A	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=18;PP=688;SC=TTCATGAGCCGATGTGATACT;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=41;WE=78569067;WS=78569049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	78570914	rs1020462	G	C	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=36;PP=1989;SC=TTCTGTCCTTGTTTCAGCTGA;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=92;WE=78570922;WS=78570904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	78571186	rs1020461	T	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=17;PP=572;SC=CTGTACCAATTATTTTCAGAT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=78571194;WS=78571176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	78571490	rs958836	T	C	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=70;PP=2511;SC=GATGCATGAATACTGCAAAGA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=127;WE=78571498;WS=78571480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	78582362	rs300513	T	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=491;SC=TCTGTTTTGATTTTATTTTTT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=78582370;WS=78582352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	78582566	rs400289	A	G	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=30;PP=983;SC=AGGTAAAAGCAATAATGAAAA;SOR=1.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=78582574;WS=78582556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	78590946	rs300498	A	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=212;SC=GAGGACAAAGAGTGCTATTCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=78590954;WS=78590936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	78590983	rs300497	A	G	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=8;PP=472;SC=TCCTATTAGTATAAATTTATC;SOR=1.214;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=78590991;WS=78590973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	79611374	rs2037743	C	T	4692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=71;PP=2159;SC=TGCCAAGCAACGCCACAGAGC;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=123;WE=79611382;WS=79611364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	79611536	rs2400390	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=362;SC=GGAAAGAAAGTAGAACTCCGT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=79611544;WS=79611526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	79689789	rs143576372	C	T	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=19;PP=1263;ReadPosRankSum=-0.682;SC=GTGAACAAATCGATCTTTTCC;SOR=0.510;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=61;WE=79689797;WS=79689779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
chr12	79747487	rs1732664	T	C	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=29;PP=799;SC=ACTCCCCACTTCTTAATTGAT;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=36;WE=79747495;WS=79747477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	80014907	rs2307223	A	T	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	80169497	rs5799439	TA	T	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=133;ReadPosRankSum=0.973;SC=TGGTCTTGATTAAAAAAAAAA;SOR=0.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=12;WE=80169505;WS=80169488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr12	80169697	rs369362742	CT	C	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.406;QD=3.14;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,42:0.32:133
chr12	80175764	rs2111687	G	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=221;SC=ACAGGTTCGTGAGTAAAGCAA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=80175772;WS=80175754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	80201271	rs34190005	TTA	T	137	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=161;SC=AGTACTAAGATTATATACCCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=80201280;WS=80201261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	80216060	rs3849223	C	A	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=24;PP=684;SC=TATATAAAGACGTTGGATAAC;SOR=1.666;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=80216068;WS=80216050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	80603406	rs4842344	A	T	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=49;SC=GAATTGTACTAAATGATACTC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=80603414;WS=80603396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	80613570	.	CT	C	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,37:0.28:130
chr12	80626970	rs1451105	T	G	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=197;SC=GTCATAGCTTTGGGAAAATTT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=80626978;WS=80626960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	80632596	rs143126749	TTG	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.500;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,12:0.13:89
chr12	80645734	rs11438265	A	AT	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=10;PP=580;SC=CAAGTATGCAATTTTTTTGCA;SOR=1.085;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=21;WE=80645742;WS=80645724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	80645799	rs2100258	A	T	1753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=26.57;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	80647155	rs10862083	A	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=6;PP=424;SC=ATGCGTAGGTATTCAACAGAA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=80647163;WS=80647145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	80648148	rs144548100	ATTTAT	A	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	80648399	rs7295623	C	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	80650276	rs147846753	T	TCAAACAAA	1263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.13;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	80655692	rs10778721	G	A	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=17;PP=1380;SC=AATATCTGAAGGTTATGAACA;SOR=1.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=66;WE=80655700;WS=80655682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	80660499	rs7313132	T	C	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=177;SC=TATTTCTTATTGTCTTTACTT;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=80660507;WS=80660489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	80661171	.	T	TTA	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5008;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=34;QD=21.5;SC=ATTCTTTCTTTTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=2;WE=80661179;WS=80661161;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,2:0.13:15
chr12	80661189	rs11114377	T	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	80663825	rs11324174	GA	G	566.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=6.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.082;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.125;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,42:0.78:54
chr12	80665397	rs4483657	A	G	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=1.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	80672064	rs1376384	A	G	1971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=31;PP=877;SC=TGGTAAGGAGATCCATTTATT;SOR=0.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=80672072;WS=80672054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	80707153	rs1037335	C	T	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=71;SC=CAGTGTTAAGCTGATAATATC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=80707161;WS=80707151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	80712307	rs7963215	A	C	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	80712420	rs10778725	G	A	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=16;PP=441;SC=TCTGTTTGCCGAGAAGCAGTG;SOR=1.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=80712428;WS=80712410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	80722385	rs71094975	C	CT	774.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=60.21;MQRankSum=0.470;NF=19;NR=7;PP=315;ReadPosRankSum=0.035;SC=AAATGTAGTCCTTTTTTTTTT;SOR=0.542;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=26;WE=80722393;WS=80722375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,44:0.88:50
chr12	80729948	.	CT	C	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.875;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
chr12	80730664	rs10862093	G	A	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=11;PP=335;SC=GTTTAACTCCGTAAAGTTTTA;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=80730672;WS=80730654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	80733078	.	G	GTTTTT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=-0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr12	80735771	rs10778727	T	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=7;PP=462;SC=GGATGCAAAATGGCACAATTA;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=80735779;WS=80735761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	80746234	rs147703967	G	GAAT	3049.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=1240;SC=ACTGTTAACTGAATATTTTTC;SOR=1.296;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=24;WE=80746242;WS=80746224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	80747242	rs7297767	A	G	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=58;PP=1745;SC=AGTTGGAACTATTCTTCACAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=93;WE=80747250;WS=80747232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	80749392	rs6539501	A	T	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=329;SC=TCTGAGAAAAACAATAGACTT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=80749400;WS=80749382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	80750741	rs5799468	G	GA	906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=28;PP=875;SC=AAGGATCTAGGAAAAAAATCT;SOR=2.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=30;WE=80750749;WS=80750731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	80752660	rs2034528	A	G	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=48;SC=TGAAAACCTTATTATGCCAAC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=80752668;WS=80752650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	80760291	.	T	TTATATATATA	167	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=65.19;NF=0;NR=1;PP=167;QD=173.0;SC=TATATATAGGTTATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=1;WE=80760299;WS=80760281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1:0.50:2
chr12	80760470	rs34113015	GT	G	316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=6;PP=161;SC=ATTAGTATCTGTTTTTTCACT;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=80760478;WS=80760460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	80761430	rs1551118	G	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=9;PP=321;SC=CTTTTGTTATGCTATAGAGTG;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=80761438;WS=80761420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	80761465	rs2717482	G	A	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	80762163	rs57527553	T	TC,TCC	2042.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.320;HP=8;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.209;NF=2;NR=96;PP=1512;ReadPosRankSum=2.240;SC=TTGGAAAATGTCCCCCCCCAC;SOR=3.933;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=107;TCF=5;TCR=102;TR=98;WE=80762172;WS=80762153;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.16,0.80:108
chr12	80762246	rs10778730	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=64;PP=2140;SC=GTTACATTTTGAAGTATCTGA;SOR=4.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=8;TCR=64;TR=72;WE=80762254;WS=80762236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	80765683	rs5799469	TGAA	TAA,T	187.87	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=167;SC=TATTTTTCTATGAAGGCTTTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=80765695;WS=80765673;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:5
chr12	80765685	rs201680829	AAG	A	187.87	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	80765687	.	G	A	83	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=83;QD=29.4428031368;SC=TTTCTATGAAGGCTTTGTGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=80765695;WS=80765673;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr12	80765741	rs1037336	C	T	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.21;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	80765800	rs1551122	A	G	1244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	80765933	rs10862100	C	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=8;PP=212;SC=AATTCAATTCCTATGATGCAA;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=80765953;WS=80765923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	80765945	rs10778734	G	A	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=7;PP=197;SC=ATGATGCAAAGAGAGAAACAA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=80765953;WS=80765923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	80771813	rs2717477	G	A	2985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=50;PP=1488;SC=TAGACTGTACGTGCCAGTGGA;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=80771821;WS=80771803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	80816492	rs4482093	C	T	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=30;PP=1088;SC=TCTCTGGAATCGAGTTGATGG;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=63;WE=80816500;WS=80816482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	80818876	rs10746164	A	G	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=21;PP=654;SC=GGGACTGAAAAGAAGCCATCC;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=80818884;WS=80818866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	80818964	rs10746165	G	T	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=302;SC=AGAGAGAAATGGTTGTATTTA;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=80818972;WS=80818954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	80821391	rs61127339	C	CT	999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=23;PP=495;ReadPosRankSum=2.643;SC=TATTTCACTCCTTTTTTTTTG;SOR=0.752;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=24;WE=80821399;WS=80821381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,50:0.94:53
chr12	80821446	rs7294514	T	C	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=14;PP=285;SC=TGTGCCACTTTGTTAATGTAG;SOR=2.124;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=80821454;WS=80821436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	80828629	rs4128302	T	C	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	80828679	rs4128303	C	G	121.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	80838012	rs10746166	T	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=7;PP=239;SC=TTGAGTAATATGGGCTCATTA;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=80838020;WS=80838002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	80849328	rs4482094	G	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=18;PP=570;SC=TTCAGTTGTAGCAGCTGAAAC;SOR=0.762;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=38;WE=80849336;WS=80849318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	80855597	rs4499068	T	C	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=14;PP=863;SC=TAATCCTAAATGGAGAAAAGT;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=80855605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	80855803	rs7137294	G	A	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=54;PP=1677;SC=AGGTCAGTGCGTGCAGTGCGC;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=88;WE=80855811;WS=80855793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	80861916	.	ATAGAG	A	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=0;PP=83;SC=TCTAAGAAAAATAGAGTAATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=80861928;WS=80861906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	80862722	rs11614073	C	T	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=370;SC=TTAAAAGACTCTAAGATTGAA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=80862730;WS=80862712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	80878174	rs7311413	T	A	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=7;PP=503;SC=ATATTTTTAATTTCCCCCTTT;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=80878189;WS=80878164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	80878181	rs56351124	C	CT	1378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=8;PP=739;SC=TAATTTCCCCCTTTTCTTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=19;WE=80878189;WS=80878164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	80889165	rs145970310	T	TTTG	1133.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.9830;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=735;ReadPosRankSum=0.291;SC=AAAACAATGTTTTGTTGTTGT;SOR=1.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=15;WE=80889173;WS=80889155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,28:0.93:30
chr12	80889829	rs10778752	T	A	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=23;PP=768;SC=TCAACCCACGTTGGAGAAAGT;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=43;WE=80889837;WS=80889819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	80890325	rs56929349	T	TG	5626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=61;PP=2963;SC=GCTTTTGTTTTCTTTGTTTGT;SOR=1.123;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=3;TCR=64;TR=64;WE=80890333;WS=80890315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	80899901	rs11114486	C	A	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	80900397	rs12824064	C	G	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	80933465	rs2222752	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	80933734	rs34318090	A	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=150;ReadPosRankSum=0.645;SC=GTATGTAAACAAAAAACACTA;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=10;WE=80933742;WS=80933724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr12	80935300	rs11114502	A	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=10;PP=779;SC=AGGGTAACTGATGATTTTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=80935308;WS=80935290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr12	81552338	rs11835646	C	T	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=607;ReadPosRankSum=-0.436;SC=GTGCTTGACTCCTCAGCATTT;SOR=0.676;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=172;TCF=75;TCR=97;TR=60;WE=81552346;WS=81552328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,97:0.33:297
chr12	81624964	rs2293651	A	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-1.744;SC=ACTTTTCTATAATTCTTGCCT;SOR=1.347;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=10;WE=81624972;WS=81624954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr12	81627238	rs1921038	C	T	2783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.646;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=37;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TTTCTGCAGGCGCCATTGAAG;SOR=0.668;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=148;TCF=73;TCR=75;TR=79;WE=81627246;WS=81627228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,140:0.52:268
chr12	81647471	rs2400895	T	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-1.007;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,9:0.21:43
chr12	81653313	rs11114808	C	G	1155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=584;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CCAAAAATCACATTTTTCAGC;SOR=0.446;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=38;WE=81653321;WS=81653303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,52:0.81:64
chr12	81653561	rs117730329	A	G	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,13:0.21:62
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chr12	81655913	rs10862276	C	T	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.61;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,56:0.62:91
chr12	81660963	rs35647579	C	CA	838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.30;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	81661911	.	CTTTTTTTTTT	C	767.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=1.332;QD=18.73;ReadPosRankSum=1.719;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr12	81661945	rs6539566	A	T	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=110;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=32;PP=658;SC=TGAGACGGAGACTCGCTCTGT;SOR=0.818;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=41;WE=81661953;WS=81661935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	81671207	.	T	TA	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr12	81688958	rs1882188	C	G	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=121;SC=CCCTAGAGGACATAGATGCAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=81688978;WS=81688948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	81688970	rs1882187	A	G	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=121;SC=TAGATGCACAAAGAAATTAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=81688978;WS=81688948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	81695836	rs10862288	G	A	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=0;PP=43;SC=CAGAAGAGGTGCTAAATAAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=81695844;WS=81695826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	81696399	rs1921053	G	A	5210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=51;PP=1916;ReadPosRankSum=0.623;SC=GTGGAAAAACGGATCAGATGG;SOR=0.703;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=103;WE=81696407;WS=81696389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,201:0.99:203
chr12	81696487	rs1921052	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=299;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TTTGAGAGAAGTAACAATTAT;SOR=0.854;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=33;TCR=54;TR=28;WE=81696495;WS=81696477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,42:0.32:132
chr12	81746835	rs2060206	C	T	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=392;ReadPosRankSum=1.993;SC=CTAGTAATTACATTTTTAGTA;SOR=0.577;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=52;TCR=19;TR=30;WE=81746843;WS=81746825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr12	81751813	rs11835074	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.282;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=68;ReadPosRankSum=0.739;SC=AAAAATGAAACTATGTATTTA;SOR=0.202;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=10;WE=81751821;WS=81751803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr12	81760844	rs76940768	AT	A	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.263;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=281;ReadPosRankSum=2.434;SC=GGAATAGAAAATAAAAATAGA;SOR=1.136;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=7;WE=81760852;WS=81760834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr12	81762478	rs10506275	G	C	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=429;ReadPosRankSum=1.540;SC=AAATATTCATGTGATTTTACC;SOR=0.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=108;TCF=66;TCR=42;TR=34;WE=81762486;WS=81762468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,44:0.27:161
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chr12	82617279	rs7304928	G	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=5;PP=514;SC=ATGAAAGCTTGTTTGAAGGAA;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=82617287;WS=82617269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	82748549	.	T	TA	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=30;QD=19.5;SC=CCTAAAATGTTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=82748557;WS=82748539;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	82751955	rs6539662	A	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=5;PP=950;SC=TTATATCCTAAAACTTAGCAA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=38;WE=82751963;WS=82751945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	82752633	rs4882530	G	A	1907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.25;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr12	82792787	rs4296098	C	A	1384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	82828426	rs10683876	T	TATAAG	2559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=13;PP=1772;SC=TTATAAATCTTATAAGACTCA;SOR=1.524;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=30;WE=82828434;WS=82828416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	82832418	rs2717448	G	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=5;PP=180;SC=ACAGTCACGTGTGGTTCCAAC;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=82832426;WS=82832408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	82850427	rs2731290	A	G	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.42;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	83324499	rs10746259	G	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=407;SC=CTTTGTTTCGGGCCACATCAT;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=83324507;WS=83324489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	83358930	rs2403023	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	85277608	rs17183612	C	T	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=47;PP=2375;SC=TGGTGATTAGCAGAATGAGGA;SOR=1.135;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=82;TCR=47;TR=129;WE=85277616;WS=85277598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	85285920	rs36111430	T	TA	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr12	85438499	rs3765044	G	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	85439774	rs2305102	A	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=18;PP=973;SC=TTCTTTAATCATTGGTACTCA;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=85439782;WS=85439764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	85449465	rs7974418	T	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=16;PP=468;SC=AAGCATTTGTTGCCTATCAAA;SOR=0.976;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=25;WE=85449473;WS=85449455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	85451017	rs6539881	G	C	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=33;PP=937;SC=GCTCTTTAAAGTATAACTTTT;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=85451025;WS=85451007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	85466723	rs17012533	G	A	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	85492094	rs34798402	C	T	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=238;SC=GTCTGGAAGACTGTATGACAC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=85492102;WS=85492084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	85531790	rs168615	A	G	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=77;SC=CTTAAAATACATTAAGTGTAC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=85531798;WS=85531780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	85554331	rs2404773	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	85638645	rs5799725	GA	G	1948.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.220;NF=10;NR=20;PP=552;ReadPosRankSum=-0.026;SC=TGTGAACAGAGAAAAAAAAAA;SOR=0.852;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=30;WE=85638653;WS=85638635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,93:0.98:95
chr12	88177722	rs1796320	G	A	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=34;PP=2083;SC=TTGTTTCCACGGCAGTTTGCT;SOR=1.345;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=94;WE=88177730;WS=88177712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	88177791	rs1675574	C	T	5955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=70;PP=2731;SC=TGCAGGAAGGCGCAGTGCGGC;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=162;WE=88177799;WS=88177781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr12	88178271	rs112316052	TGCC	T	4226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=36;PP=2006;SC=AGGCCGCTGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.799;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=9;TCR=42;TR=43;WE=88178281;WS=88178261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	88379566	rs10858676	A	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=262;SC=CAAGCTGTCAAGAAATTCCAT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=88379574;WS=88379565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	88383246	rs185822892	C	T	2624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=47;PP=1324;SC=CTTTTGTTCACCTTTCTTTGG;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=88383254;WS=88383236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	88422926	.	G	GT	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=-2.726;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,11:0.21:52
chr12	88440676	rs9262	G	C	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=50;PP=2226;SC=CAATGATCTCGTGTCCTGGTT;SOR=0.908;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=127;TCF=74;TCR=53;TR=123;WE=88440684;WS=88440666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	88453608	rs2471512	C	T	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=167;SC=GGATCTACTTCCAGTTTTTCC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=88453616;WS=88453598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	88454594	rs11405846	T	TA	448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5104;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=6;PP=100;SC=ATGATCACATTAAAAAAAATT;SOR=1.127;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=10;WE=88454602;WS=88454584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	88473049	rs2468245	C	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=22;PP=563;SC=TAAAGGAAAACTGACATTTTA;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=88473057;WS=88473039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	88478316	rs11356711	TA	T	157.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.34;NF=8;NR=0;PP=203;SC=AGCATTTGCTTAAAAAAACTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=88478324;WS=88478306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	88483184	rs201838492	A	G	7161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=93;PP=2965;SC=CCAACTTACCAAGAGCAGTAG;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=81;TCR=93;TR=174;WE=88483192;WS=88483174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr12	88483272	rs10717563	TA	T	3156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=56;PP=1340;SC=TGCCTGATATTAAAAAAAATA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=4;TCR=65;TR=59;WE=88483280;WS=88483262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr12	88496838	rs2471532	C	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=140;SC=TTTTTCTGGTCAAGCACTAGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=88496846;WS=88496828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	88505078	rs2468255	T	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=9;PP=442;SC=AAACAACATTTGATCCTTCTG;SOR=1.270;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=27;WE=88505086;WS=88505068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	88522823	rs71082425	A	AC	2026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=816;SC=CTAAAAGACAAAGTTATTTCA;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=88522831;WS=88522813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	88523977	rs150105319	T	C	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=290;SC=CTAAATATTATATTTACATTG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=88523985;WS=88523967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	88525048	rs59949315	AT	A	111.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.489;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr12	88546982	rs2468229	A	G	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	88547277	rs2468230	T	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	88926290	.	CA	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.399;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr12	89743223	rs704075	G	A	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	89865545	.	C	CT	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-1.040;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	90010463	rs113951213	GA	G	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr12	90015579	rs35089871	C	CA	415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.589;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.857;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,24:0.86:28
chr12	90024549	.	A	AATATATAAATAT	321.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=45.96;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	91334194	rs4520662	T	C	291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=173;SC=AGTAGACTCCTTGAATAGGAA;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=91334202;WS=91334184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	91340241	rs78978086	C	A	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=12;PP=335;SC=TGGTCAAAAACAAAAGCCTTC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=13;WE=91340249;WS=91340231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	91348556	rs117919138	C	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=245;SC=ATGGTAGCGACCTGAAGCTGT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=91348564;WS=91348546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	91372042	rs66600255	GA	G	58.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.282;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	91449990	rs2735333	C	T	6891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=85;PP=2965;SC=AGACCTGCCTCACACTTCTAG;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=76;TCR=85;TR=161;WE=91449998;WS=91449980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr12	92539344	rs709223	T	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=21;PP=441;SC=CCGGGGCGGCTGGGGCTCGGC;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=92539352;WS=92539334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	92539378	rs1049979	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=17;PP=417;SC=CGGCGGAGCAGCCACCCCGGG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=92539386;WS=92539368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	93131203	rs2036553	A	C	4756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=39;PP=1992;SC=CTCCCGACCGATCAATTAGAC;SOR=1.001;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=100;WE=93131211;WS=93131193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	93147907	rs9669519	A	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=8;PP=535;SC=TCCACGTGCCAGAGCTGCTAG;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=93147915;WS=93147897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	93150102	rs924326	T	C	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=16;PP=738;SC=AAAGAACACATGGCAGAAAAC;SOR=1.000;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=93150110;WS=93150092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	93155426	.	GAAAGA	G	677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.11;QD=39.87;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	93155535	rs1504907	G	A	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=16;PP=560;SC=CAGAAAGCACGAGATTCCTAG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=93155543;WS=93155525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	93196422	rs10745623	T	G	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=14;PP=597;SC=TTCAGGATTTTTTTTTCTTCC;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=93196430;WS=93196412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	93202801	rs7970286	C	T	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	93206878	rs3925797	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=236;SC=ATCTGTAACAGCATTTACAAA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=93206886;WS=93206868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	93236402	rs7300619	C	T	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.36;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	93236419	rs7316894	T	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=168;SC=ATAAAAAAAATGAAAGTATAT;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=93236427;WS=93236409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	93247775	rs3065021	G	GATA	420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=5;PP=297;SC=AAAAGGAAAAGATAATACTGT;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=93247783;WS=93247765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	93258498	rs11106721	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=376;SC=TAGTGGAGGAAGGATATGCTA;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=93258506;WS=93258488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr12	93609340	rs7305552	A	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=450;SC=TTCCCAATTCAACAGTTGGGG;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=93609348;WS=93609330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	93721801	rs7976742	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	93721949	rs11380531	A	AC	253.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=283;SC=TGAAGTCCTAACCCCAGTACT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=93721957;WS=93721939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	93771138	.	CA	C	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.411;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,30:0.25:121
chr12	93771224	rs35443572	T	C	6133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=80;PP=2965;SC=TTTCTAGGCCTTCACTCTCGC;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=176;WE=93771232;WS=93771214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr12	93881574	.	C	CT	30	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=30;QD=22.0;SC=CTATGTTGTACTTTTTTTTTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=93881582;WS=93881564;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr12	93894779	rs6538424	A	T	81.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=64;SC=AGAAAAGAAAACAAATTTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=93894787;WS=93894769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	93894823	rs6538425	G	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=145;SC=CTAAGAAATGGCTGATACGTA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=93894831;WS=93894813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	93897779	rs35963955	C	CT	523.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.95;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	93898249	rs7971966	A	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=79;SC=ATCAGTATATAGAAATATTTT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=93898257;WS=93898239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	94253033	rs10859603	T	A	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=12;PP=794;SC=AATTGTTTTTTAAAAAGCTAT;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=94253041;WS=94253023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	94562802	rs2361358	G	A	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=370;SC=TAGTCTAAGAGAATATATGTG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=94562810;WS=94562792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	94562875	rs2361359	C	G	2132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=14;PP=1173;SC=ATAATGAGAACTATTGTTGTT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=54;WE=94562883;WS=94562865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	94563134	rs3214968	A	AT	1304.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;MQRankSum=0.291;QD=23.72;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr12	94575157	rs3794220	C	T	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	94603249	rs2610671	G	A	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=3;PP=506;SC=CACTGTACAAGGTCTGGCATT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=94603257;WS=94603239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	94603300	rs2305971	C	T	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=16;PP=797;SC=AACTAATGCACGTATGGGGTC;SOR=1.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=46;WE=94603308;WS=94603290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	94620264	.	AT	A	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=1.815;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr12	94637557	rs864106	C	T	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	94649103	rs865569	T	C	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=55;PP=1631;SC=TTCCGAAGGTTGAGTCTTGAA;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=99;WE=94649111;WS=94649093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	94671565	rs832507	A	G	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=20;PP=1145;SC=CGATACTATCATCAAGCCTTT;SOR=1.346;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=94671573;WS=94671555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	94671743	rs832506	G	C	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=41;PP=1400;SC=CTGAGCCCTAGGCAAATCAGA;SOR=0.896;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=74;WE=94671751;WS=94671733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	94671922	rs11341959	CA	C	5551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=57;PP=1708;SC=TCCTTAAAACCAAAAAAAACA;SOR=0.710;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=85;TCF=19;TCR=66;TR=74;WE=94671930;WS=94671912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	94673509	rs10713724	GC	G	2432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=43;PP=2037;SC=CCCCCTCCCTGCCCCCACCAG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=51;WE=94673517;WS=94673499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	94688232	rs1880934	C	A	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=11;PP=505;SC=AAATTTTGAACACTCATATAT;SOR=0.954;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=94688240;WS=94688222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	94697508	rs71710380	C	CT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=0.708;SOR=2.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr12	94769758	rs4761611	A	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=19;PP=637;SC=CTTTTTCCAAACGTTCTGCCC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=94769766;WS=94769748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	94772742	rs2271979	C	T	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=58;PP=1715;SC=TTGTTCCACTCGTTTGCTGTC;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=91;WE=94772750;WS=94772732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	94955603	rs17022749	C	T	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	94972290	rs2270893	C	T	3251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=42;PP=1307;SC=GCAGCTGGTCCTCCAGTCGCT;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=94972298;WS=94972280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	94975799	rs3747553	G	A	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=75;PP=2533;SC=TATTGAAAACGAACACAGGTG;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=58;TCR=75;TR=133;WE=94975807;WS=94975789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr12	94976084	rs3747552	T	C	4440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=55;PP=1870;SC=GCTGCTTGTCTGCGTTGTTCA;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=114;TCF=58;TCR=56;TR=113;WE=94976092;WS=94976074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	94976159	rs3747551	T	C	3795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=56;PP=2068;SC=TCTGCTCTGTTACCTTTAGAA;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=110;WE=94976167;WS=94976149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	94976383	rs3747550	T	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=354;SC=ACAGAATCTATGCACATACAA;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=94976391;WS=94976373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	95044161	rs1274523	A	C	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=10;PP=315;SC=CGGCCGGGGTACGAGTAGGTC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=95044169;WS=95044151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	95044268	rs1274524	T	C	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	95228007	rs2289031	T	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=3;PP=558;SC=CGGCATCCTGTCTGGGTCCAA;SOR=2.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=95228015;WS=95227997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	95228286	rs2289030	G	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=39;PP=1186;SC=ACTGGCTGCAGATGACTTCTG;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=61;WE=95228294;WS=95228276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	95390595	rs11306547	CA	C	194.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr12	95419099	rs11107865	A	C	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=19;PP=535;SC=TGGATATGAAAAGAGACAGAA;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=95419107;WS=95419089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	95498747	rs200852853	GAA	G,GA	761.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=8.057;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.45;MQRankSum=0.837;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,22,34:0.32,0.50:68
chr12	95500635	rs61938198	A	G	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=113;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=498;SC=GTACCACTGCACTCCAGCCTG;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=95500643;WS=95500625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	95500700	rs10694512	A	AAACAAAACAAAAC	5656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.40;QD=53.87;SOR=1.168;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	95500727	rs7138545	C	G	7384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=65;NR=40;PP=1807;SC=CAGATGCACACACCTTCATTC;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=67;TCR=41;TR=105;WE=95500735;WS=95500717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	95510811	rs6419371	T	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=369;SC=TTGGTCATAGTGAACCACCTA;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=95510819;WS=95510801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	95618094	.	C	CT	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.970;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr12	95637085	rs150622139	CAG	C	1111.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=3;PP=1689;SC=TTGCCGTGAGCAGAGATAGTG;SOR=4.255;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=38;WE=95637094;WS=95637075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	95637137	rs34891631	CA	C	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=14.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=2.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr12	95639261	rs7979908	G	A	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=19;PP=1102;SC=AAACTCTTTTGGGAAAAACTG;SOR=0.952;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=54;WE=95639269;WS=95639251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	95651888	rs6538624	T	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=180;SC=TATTATTTTTTGGCTGACTAA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=95651896;WS=95651878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	95878751	rs301036	T	G	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=519;SC=ATCATTTCTGTAACAAGCCAA;SOR=3.442;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=95878759;WS=95878741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	95889923	rs17024311	A	G	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=31;PP=1090;SC=TGAGCACTTTAAGGTCTTTTA;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=95889931;WS=95889913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	95897997	rs2769469	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=175;SC=TTGTCGAGTGTTTTCTTTGGG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=95898005;WS=95897987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	95906603	rs3794261	C	A	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	95927762	rs3812813	T	C	8065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=140;PP=2965;SC=TCTCCAGTTGTGTTATCATTC;SOR=0.913;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=243;TCF=101;TCR=142;TR=241;WE=95927770;WS=95927752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr12	95966944	rs4762567	A	G	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=17;PP=545;SC=GCTGGACTACATCTCTAGTTT;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=95966952;WS=95966934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	96059410	rs188561771	A	G	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=323;SC=ATGGAAGAGAAATAATTTTTC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=96059418;WS=96059408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	96217159	rs10777742	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=21;PP=551;SC=ATATTAAAAACGCCATCTATT;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=96217167;WS=96217149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	96253003	rs66876037	A	AG	558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=535;SC=CTCTGCTTTTAGGTTTCTGAG;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=96253011;WS=96252993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	96254880	rs17024787	C	T	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	96263437	rs10735335	G	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	96263437	.	GAC	AAA	624	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=12;PP=624;QD=52.1129134509;SC=TGAGCCATGTGACTAGAAGAC;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=96263447;WS=96263427;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	96263439	rs10735336	C	A	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	96266035	rs2117914	T	C	5896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=50;PP=2532;SC=GACTGTACTTTTGCCGCCATT;SOR=1.015;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=84;TCR=51;TR=134;WE=96266043;WS=96266025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr12	96284650	rs6538681	A	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=9;PP=422;SC=CTGAAAGGACAGCTGTCCTCC;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=96284658;WS=96284640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	96288860	rs10859974	T	C	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=19;PP=671;SC=TTTGGAGACATTTGCAGCAGA;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=96288868;WS=96288850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	96292280	rs149620412	G	GAAAC	4729.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=2.834;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.326;NF=8;NR=42;PP=2543;ReadPosRankSum=0.873;SC=TTGCTTCTTAGAAACAAACAA;SOR=0.554;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=75;TCF=17;TCR=58;TR=50;WE=96292288;WS=96292270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,114:0.92:124
chr12	96354455	rs2043608	G	C	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=52;PP=1519;SC=GCACATTCATGCTATGGGAAA;SOR=1.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=73;WE=96354463;WS=96354445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	96355949	rs3751266	T	C	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=85;SC=GAGGCTGAGGTGGGAGAATTG;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=96355957;WS=96355944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	96356048	rs112878109	A	AAC	1211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=5;PP=525;SC=TCTCAAAAATAAAACAAACAA;SOR=1.220;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=96356068;WS=96356038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	96356060	rs3751265	G	A	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=6;PP=404;SC=AACAAACAAAGCAATTTAATG;SOR=1.402;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=96356068;WS=96356038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	96356280	rs5800239	A	AC	2636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=30;PP=1432;SC=CTCACCCCAGACCAAGAGCTG;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=33;WE=96356288;WS=96356270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	96359301	rs4762657	T	G	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=8;PP=844;SC=CAGGAGTCCTTGGATTATATA;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=96359309;WS=96359291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	96359426	rs4762658	C	G	7315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=73;PP=2663;SC=ACAAAAGCTCCCATTCTAGAG;SOR=0.771;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=154;WE=96359434;WS=96359416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr12	96360350	rs1025606	A	T	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=18;PP=403;SC=TGAGGCCTAAATCCCTTTTCC;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=96360358;WS=96360340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	96367900	rs2230885	G	T	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=10;PP=628;SC=AGAACTGAATGATACAATGGA;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=96367908;WS=96367890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	96371694	.	C	A	2193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=18;PP=1038;SC=ATCAGGCAGGCCCGCCACCCC;SOR=1.220;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=54;WE=96371702;WS=96371684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	96371894	rs4762659	C	T	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=30;PP=733;SC=GTGCTCCTCACAGGATGAGCT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=96371902;WS=96371884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	96372026	rs11454735	A	AT	58	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.78;NF=0;NR=3;PP=58;SC=GAAGCAGGTCATTTTTTTTCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=96372034;WS=96372016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	96374554	rs6538693	G	A	6634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.44;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	96374563	rs6538694	T	C	6775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	96374614	rs7297245	C	T	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	96374672	rs6538695	T	C	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	96374683	rs6538696	C	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=27;PP=776;SC=GTTTGCTGGTCACTTCAAGTA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=96374691;WS=96374662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	96374750	rs2270318	G	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=368;SC=TACAAATGTGGGGTGGAGGGA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=96374758;WS=96374740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	96379663	.	C	CT	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr12	96386646	rs111580568	G	GCCCTCCCT	2505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=41;PP=2181;SC=CCTGACAATTGCCCTCCCTCC;SOR=8.121;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=41;WE=96386654;WS=96386636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	96387621	rs2302629	A	G	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=15;PP=752;SC=AAACAACTAGAATAAAAAGAG;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=96387629;WS=96387611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	96653501	rs4762144	C	T	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=34;PP=1383;SC=GTTTGCTTTACTTCCCAGACA;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=74;WE=96653509;WS=96653491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	96676188	rs71460338	T	G	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=35;PP=1972;SC=GACTAGAATCTTAGGCTTAAA;SOR=1.369;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=73;TCR=35;TR=108;WE=96676196;WS=96676178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	96688732	rs11835965	C	T	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=7;PP=390;SC=AACCATTACACTTTAGAACCT;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=96688740;WS=96688722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	96694162	rs10777781	G	T	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	96704740	rs35036804	G	A	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=19;PP=1072;SC=CTAAAGTCAAGTATAAAAATT;SOR=1.289;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=43;TCR=19;TR=62;WE=96704748;WS=96704730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	96704979	rs3759366	C	A	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=40;PP=1157;SC=AAAGGTAATCCAAAATAGTAA;SOR=1.503;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=55;WE=96704987;WS=96704969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	96718008	rs35383509	T	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=17;PP=458;SC=TTTAGCCTCATTGCTTTGCTT;SOR=3.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=96718016;WS=96717998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	96912880	.	G	GT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr12	96948163	rs7971858	A	G	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=22;PP=631;SC=AAAGTAGGTAAGTAAAGCATG;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=37;WE=96948171;WS=96948153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	96986190	rs2052293	G	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	96988037	rs815896	C	G	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=25;PP=1254;SC=CACCTATGTTCAATCTGAGTA;SOR=1.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=67;WE=96988045;WS=96988027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	96992494	rs815890	C	T	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=13;PP=563;SC=ATACTGCGAGCTTTGAAAGTA;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=96992502;WS=96992484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	97020673	rs10507074	T	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=11;PP=458;SC=AAAAATTTCATCTTATGGTAG;SOR=0.968;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=97020681;WS=97020663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	97023937	rs9919717	A	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.02;NF=6;NR=10;PP=322;SC=ATAAAAAAGCAAACAAATCTT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=97023945;WS=97023927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	97023991	rs1362949	C	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.64;NF=3;NR=8;PP=197;SC=GAGTAAGTTTCCTATGAGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=97023999;WS=97023981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	97024016	rs35205059	TG	T	317.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=209;SC=TTTTAGGTAATGAAATTAAGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=97024024;WS=97024006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	97038114	.	A	G	4511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=51;PP=1566;SC=GCAGGTGCACACTTTAACCTG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=90;WE=97038122;WS=97038104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr12	97051632	rs10710617	AT	A	271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=140;SC=GAAATTACACATTTTTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=8;WE=97051640;WS=97051622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	97079041	rs7974435	C	G	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.09;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	97079041	.	CCG	GCA	414	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=17;PP=414;QD=25.9704374923;SC=GGAAGGATCCCCGTACTAGCT;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=18;WE=97079051;WS=97079031;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr12	97079043	rs7974634	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	97085107	rs4762319	A	C	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.39;SOR=1.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	97098415	.	C	T	23	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=23;QD=28.8856062736;SC=AATTACTTTTCCAATAAAAAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=97098423;WS=97098405;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	97098549	rs11108643	T	C	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=9;PP=377;SC=TCAGGAAAACTTCTTACCAGT;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=97098557;WS=97098539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	97102578	rs7968231	G	A	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=23;PP=860;SC=ACCAAACTTGGAAGGTAATTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=97102586;WS=97102568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	97102700	rs10581594	TTATA	T	1033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=13;PP=671;SC=TTCTCTATGCTTATATAATGA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=97102711;WS=97102690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	97136239	rs1990828	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	97254620	rs1420653	G	A	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=37;PP=1275;SC=TCTCACTGCCGTCTATATTCA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=78;WE=97254628;WS=97254610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	97303682	rs34499067	TA	T	1017.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.322;HP=12;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=374;ReadPosRankSum=0.473;SC=TAGTATCCTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.263;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=36;WE=97303702;WS=97303672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,70:0.78:90
chr12	97311376	rs11333833	CT	C	310.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=2.656;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr12	97339388	rs249589	G	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=323;SC=TTTCAAGTTTGCACATGCCAA;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=97339396;WS=97339378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	97345955	rs2304697	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=9;PP=177;SC=GAGTAAAAGGATGATGGGATT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=97345963;WS=97345945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	97639049	rs1012314	T	C	5305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=54;PP=2579;SC=TAATGCAGTCTCTCCATTTGT;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=139;WE=97639057;WS=97639039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr12	97639144	rs1012315	A	G	7452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr12	97885496	rs61943698	T	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=349;SC=CTGCTGTAAGTGTAAGCATCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=97885504;WS=97885486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	98332667	rs1349300	C	A	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=11;PP=812;SC=TTTTTTAAAACACAACTTATA;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=30;TCR=11;TR=41;WE=98332675;WS=98332657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	98332704	rs1349299	C	G	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.90;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,79:0.99:80
chr12	98332904	rs3072891	TCA	T	1671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=23;PP=1109;SC=TTTCTTAGCCTCAGTTTTCTC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=24;WE=98332913;WS=98332894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	98389341	rs1477006	A	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=403;SC=CAAGACCCAAAGCAAAAGTTT;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=98389349;WS=98389331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	98849000	.	A	G	92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=24;MQ=58.65;NF=4;NR=4;PP=92;QD=15.8464015684;SC=TACACCAGGCAGGAGAGTGGT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=8;WE=98849008;WS=98848990;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr12	98849000	.	AGGAGAGTGGTGGTTAGCGGGGAGCCGCTGTGTCTCCACCAGGCG	A	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.61;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	98849015	.	A	G	565	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=58.61;NF=5;NR=4;PP=565;QD=66.6412458386;SC=AGTGGTGGTTAGCGGGGAGCC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=9;WE=98849052;WS=98849005;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr12	98849179	rs57350646	T	C	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=28;PP=1237;SC=ATCTGGGCTGTCCCCTTGTAA;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=98849187;WS=98849169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	98849802	rs61677852	CAT	C	12248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=71;PP=2957;SC=TGCTCCAGGACATGAGGAAGA;SOR=0.700;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=29;TCR=75;TR=100;WE=98849811;WS=98849792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr12	98850692	rs7954559	G	C	3402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=52;PP=1372;SC=CTGTCTGGCCGGTGGCTCTCT;SOR=1.105;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=82;WE=98850700;WS=98850682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	98880901	rs36109874	TA	T	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.693;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr12	98881064	.	T	TA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr12	98897473	rs249820	A	G	5518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=47;PP=1796;SC=TGTCTTCAAAATGGTGACTTT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=100;WE=98897481;WS=98897463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr12	98985056	rs934930	T	C	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=32;PP=936;SC=CCATGTCAACTTAGCTAGGCT;SOR=3.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=36;WE=98985064;WS=98985046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	99007218	.	T	C	25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.9998;HP=3;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=25;QD=29.8856062736;SC=AATCAACCTGTTTTAAAGTTT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=99007226;WS=99007208;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	99020688	rs148210292	TGACA	T	302.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=281;SC=AGAATCAGACTGACAAAGATA;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=99020699;WS=99020678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	99056125	rs10745833	T	A	151.31	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9967;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=85;ReadPosRankSum=0.887;SC=CTATTTGTTTTAAAAAAAATT;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=99056133;WS=99056121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr12	99116919	rs11109582	A	G	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=19;PP=909;SC=CACCCCTCCAATGAGATAGGA;SOR=1.029;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=51;WE=99116927;WS=99116909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	99129497	rs10860361	G	A	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=496;SC=CATGTGCCTGGCATTGTGGTA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=99129505;WS=99129487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	99129541	rs7300187	G	T	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=335;SC=CAAAACAAAAGTCTTGCTCTA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=99129549;WS=99129531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	99166805	rs2287574	G	T	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=15;PP=516;SC=CTGTTGAAAGGGGGTGGGTAC;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=33;WE=99166813;WS=99166795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	99175091	.	AAC	A	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,18:0.19:96
chr12	99175840	rs7954506	A	G	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=25;PP=951;SC=ACCAGCAGTCAGTTTACTTCA;SOR=0.843;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=57;WE=99175848;WS=99175830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr12	99447139	rs3794799	C	A	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=28;PP=797;SC=TGTGTCCCAACAACAGAATGC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=99447147;WS=99447129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	99478626	rs3803094	C	T	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=32;PP=1433;ReadPosRankSum=-0.745;SC=GTACTAAATACAAATACTCCT;SOR=1.016;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=85;WE=99478634;WS=99478616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,140:0.99:142
chr12	99478889	rs7970088	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=18;PP=441;SC=GAGAAAACCAGTGAGTGACCT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=99478897;WS=99478879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	99639930	rs923724	G	C	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=13;PP=941;SC=TTTCATTCCAGTTGGAGCCGT;SOR=1.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=46;WE=99639952;WS=99639920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	99640428	rs3751323	T	C	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=63;PP=2041;SC=CCAAAGGTTCTGAGTTATTTT;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=47;TCR=63;TR=110;WE=99640436;WS=99640418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	99640557	rs1552759	T	C	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=43;PP=1180;SC=ACTCACAGGCTGGAGAGGATC;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=71;WE=99640565;WS=99640547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	99837694	.	T	A	137.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=136;SC=TTAAAACTGGTATCAATTACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=99837702;WS=99837684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	100169519	rs10778023	A	G	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=18;PP=504;SC=TACTTCTGGTAATCAGTTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=26;WE=100169527;WS=100169509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	100219207	rs7138513	A	G	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=28;PP=807;SC=CAGTGAAGCCAGATCTTGCCT;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=100219215;WS=100219197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	100433633	rs11110208	T	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=21;PP=587;SC=AAAAGTTCCATTGTGAAAATC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=100433641;WS=100433623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	100451234	rs1388441	G	A	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=135;SC=GTTATGTTCAGTAACTTTAAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=100451242;WS=100451228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	100452832	rs11832216	C	T	8193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=107;PP=2965;SC=TACAAGTCTGCGGCTCTTTTT;SOR=0.891;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=83;TCR=107;TR=190;WE=100452840;WS=100452822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr12	100464068	.	A	ATTT	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.72;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr12	100477080	rs74348118	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=203;SC=ATGTAAGTTATTGTGATGATT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=100477088;WS=100477070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	100478156	.	TCACACACACACACACACACA	T,TCA	1203.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.31;QD=40.12;SOR=3.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,14,16:0.47,0.53:30
chr12	100480161	rs11338951	GA	G	56.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	100482866	rs17851246	G	A	4222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=63;PP=1849;SC=TGCGACTACTGTAGAGCTCTA;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=109;WE=100482874;WS=100482856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	100496478	.	CTT	C,CT	568.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.537;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,22,13:0.56,0.33:39
chr12	100502062	rs11110244	C	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=2;PP=185;SC=TGTTTTTACACAATTATCTAA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=100502070;WS=100502052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	100522321	rs35645378	GA	G	302.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.9983;FS=0.000;HP=14;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=143;ReadPosRankSum=1.119;SC=TTTATAGAATGAAAAAAAAAA;SOR=1.112;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=13;WE=100522331;WS=100522311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chr12	100550838	rs150871002	T	TGGAG	2654.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=140;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=28;PP=2563;SC=CAGCTTCACCTGGAGGGAGGG;SOR=1.217;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=54;WE=100550846;WS=100550828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	100550905	.	T	TCCACCCTCCACCCCC	2425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=52;PP=2782;SC=CCCTCTACCCTCCACCCTCCA;SOR=7.276;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=52;WE=100550916;WS=100550895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	100552813	rs17030005	C	T	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=53;PP=1626;SC=AGCCGGTCCACGAGCTGGGTC;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=95;WE=100552821;WS=100552803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	100598625	rs78843973	C	T	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=5;PP=524;SC=TCTTAGGATACGCTAATCTTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=100598633;WS=100598615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	100604221	rs7970382	T	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=232;SC=TTAAGGCCAGTCATTGTGACT;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=100604229;WS=100604211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	100613964	rs7973815	A	G	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=40;PP=1348;SC=ATGGAAGTCCACATGTAGAAA;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=100613972;WS=100613954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	100635627	rs56098115	GAA	G,GA	1674.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.153;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.346;QD=19.47;ReadPosRankSum=0.592;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,60,23:0.70,0.27:86
chr12	100636485	rs7958895	T	C	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=34;PP=1029;SC=GTCAACTTTCTTCAGTCTCAG;SOR=0.995;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=56;WE=100636493;WS=100636475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	100646134	rs66721214	CA	C	1305.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=25;PP=626;SC=AAAAAAATAGCAAAAAAAAAT;SOR=0.986;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=32;WE=100646142;WS=100646124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	100655307	rs10860569	G	C	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.78;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	100676960	rs7965910	C	A	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=49;PP=1335;SC=TGGAAAAAACCCACATGCTAA;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=84;WE=100676968;WS=100676950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	100709313	rs7968030	T	A	660.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.60;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	100709420	rs10860577	C	T	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=34;PP=1221;SC=GCCCAATGTTCTACTTATTGC;SOR=0.724;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=71;WE=100709428;WS=100709410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	100717260	rs11110340	A	T	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=385;SC=GAGAGAAAAGATGAGTCTTTC;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=100717268;WS=100717250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	100732327	rs10860580	C	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=450;SC=GACAGACACACTGATGGATAA;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=100732335;WS=100732317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	100787095	rs1998925	T	C	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=7;PP=916;SC=TTAGCTGAAGTAGCACATCCA;SOR=2.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=100787103;WS=100787085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	100795699	rs11568544	A	G	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=35;PP=999;SC=ATTTTACTGCATATGGGTTTG;SOR=1.207;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=100795707;WS=100795689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	100795794	rs11110366	A	G	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.12;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	100806503	rs11568536	C	T	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.092;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	100811727	rs11110371	C	T	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=20;PP=1088;SC=TTGGTAAAGGCTGGGGCAACT;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=100811735;WS=100811717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	100813487	rs7967828	A	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=362;SC=CTAGAGCATCACCTTCCAAAT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=100813495;WS=100813477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	100813976	rs11568537	A	C	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=344;SC=TACTTTAGAAACAGAAAGTAT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=100813984;WS=100813966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	100930180	rs113077673	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.922;QD=0.58;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr12	101012490	rs7961640	G	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=14;PP=412;SC=AATATAAACCGGTACTATTCT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=101012498;WS=101012480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	101017445	rs1469385	T	C	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=41;PP=1816;SC=GTTTGCCACATTAGAACAAAA;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=93;WE=101017453;WS=101017435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	101018014	rs1045602	T	C	8581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=115;PP=2965;SC=TGAAACATAATCATATTTCTT;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=105;TCR=115;TR=220;WE=101018022;WS=101018004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr12	101127795	rs17030480	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=12;PP=327;SC=TTTTCTGGATCGCCCTCTTGT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=101127803;WS=101127785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	101133912	rs4764751	G	A	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=61;PP=1808;SC=TTGGAGATTCGGGACTGGGTG;SOR=2.777;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=14;TCR=62;TR=75;WE=101133920;WS=101133902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	101433990	rs665071	A	G	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=359;SC=TCTTCACAAGAGGAAACTCAT;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=101433998;WS=101433980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	101473272	rs651784	G	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=13;PP=334;SC=TGATTAAGTGGAGAATTCCAC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=101473280;WS=101473262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	101491375	rs1842888	G	A	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=5;PP=489;SC=TGTAATATTCGCTGAAAGCTT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=101491383;WS=101491365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	101510371	rs349661	T	G	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.041;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=1008;ReadPosRankSum=-0.626;SC=ACAATTGCAGTGACGTCTGGG;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=54;WE=101510379;WS=101510361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr12	101520648	rs3832861	C	CTG	5005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=1655;SC=ACATTCTCCTCTGTTTTAGCA;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=38;WE=101520656;WS=101520638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	101550961	rs150497001	A	AAC	863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.689;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=952;ReadPosRankSum=-0.336;SC=CTCATGATACAACACACACAC;SOR=1.839;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=20;WE=101550969;WS=101550951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr12	101551854	rs10860693	T	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=3;PP=307;SC=ATAAAACAGATATAGATCATC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=101551862;WS=101551844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	101552075	rs2671444	G	A	1218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=21;PP=581;SC=TGGTTAGTATGTATCTGGGGT;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=101552083;WS=101552065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	101584223	rs12313149	A	C	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	101685786	rs143585998	A	G	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=47;PP=1476;SC=GTCTCTCCACATCTTGCTGGG;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=80;WE=101685794;WS=101685776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	101687043	rs2290720	C	T	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=694;SC=TTACTAAGTTCGGAGTATTTT;SOR=1.047;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=38;WE=101687051;WS=101687033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	101701930	rs7975348	T	C	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=20;PP=910;SC=AAATACTGACTGGTCTTCTCC;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=101701938;WS=101701920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	101705433	rs11405013	T	TC	496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.60;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	101713141	rs2290719	C	T	124.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.81;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	101715202	rs55721648	C	A	265.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=216;SC=AGTTATTACTCTGTGTACATA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=101715210;WS=101715192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	101728166	rs2002895	A	G	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	101732655	rs56265469	C	T	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	101734277	rs7963896	T	C	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=23;PP=1542;SC=ATGTTCCTTATATATCCGTTT;SOR=1.396;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=52;TCR=23;TR=75;WE=101734285;WS=101734267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	101734452	rs7977402	C	T	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=69;PP=1967;SC=GGTTTAATTGCGAGCAGCAAT;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=38;TCR=69;TR=107;WE=101734460;WS=101734442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr12	101736381	rs2270861	A	G	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=501;SC=TGTACTATTCATTTTTACTCC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=101736389;WS=101736371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	101750814	rs10082778	T	A	5204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.02;ReadPosRankSum=3.082;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,206:0.99:208
chr12	101755683	rs7313312	T	C	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=23;PP=1216;SC=CTAGATCTTATGTTTTCCTAG;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=67;WE=101755691;WS=101755673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	101757530	rs2305862	G	A	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=39;PP=1055;SC=AGGTAAGGACGTAAATGCAAT;SOR=1.571;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=101757538;WS=101757520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	101761516	rs2305859	T	G	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=560;SC=TAAAAATGTTTTATCATTTCT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=101761524;WS=101761506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	101761867	rs1457564	G	T	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=21;PP=637;SC=TGATTGAGGTGTTTTTGTTTG;SOR=1.739;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=28;WE=101761875;WS=101761857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	101779964	rs4764794	T	C	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=35;PP=1038;SC=GAAATTACAGTAGGTTGTCTG;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=101779972;WS=101779954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	101790373	rs73159756	T	C	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=398;SC=AAATTGAAAATATTTAATTTC;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=101790381;WS=101790363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	101870804	rs7979430	G	A	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.45;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	101873596	rs10683589	C	CT	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.030;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr12	101876864	rs58442228	G	GTTTT	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.53;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr12	102028253	rs187062202	C	T	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=64;PP=2427;SC=TCTAAAGAATCCCCACAGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=63;TCR=64;TR=127;WE=102028261;WS=102028243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	102046394	rs1997205	C	T	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=18;PP=1205;SC=GTCTTTTCAGCTTGGGTCATA;SOR=1.580;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=102046402;WS=102046384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	102046595	rs1997204	T	C	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=56;PP=1456;SC=TGCATAGTTGTGTTCTTTTTT;SOR=1.262;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=85;WE=102046603;WS=102046585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	102057166	rs2254631	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	102060668	rs148269135	T	TACAC	262.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.81;QD=32.85;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	102060672	.	T	C	462	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MMLQ=24;MQ=63.6;NF=4;NR=14;PP=462;QD=27.5984006971;SC=ATCACATACATACACACACAC;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=18;WE=102060682;WS=102060662;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,18:0.86:21
chr12	102060674	.	C	CAT	324	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=25;MMLQ=25;MQ=62.93;NF=0;NR=10;PP=324;QD=32.7;SC=CACATACATACACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=102060682;WS=102060662;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,10:0.56:18
chr12	102061793	rs147564199	GTTAATGCT	G	715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=10;PP=2978;SC=TTGATATTTTGTTAATGCTTT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=102061808;WS=102061783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	102063715	.	AAAG	A	203.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	102063901	.	C	CCACACACACACA,CCACACACA	165.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.49;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=914;SC=TGTGTGGAAACCACACACACA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=102063909;WS=102063891;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:4
chr12	102064118	rs7139095	T	C	6008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=55;PP=2270;SC=AGATTCGCATTCCAAGACACC;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=121;WE=102064126;WS=102064108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr12	102120364	rs222508	A	G	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=182;SC=TGAAGCCCCCATTGTATCATC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=102120372;WS=102120354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	102433811	rs4237982	T	C	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=25;PP=591;SC=GGGTCTATCATGTTACTTAAA;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=36;WE=102433819;WS=102433801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	102468734	.	TA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.733;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr12	102576307	.	CT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr12	102872155	rs67214112	C	CT	284.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.80;ReadPosRankSum=0.651;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr12	103234479	rs798709	A	G	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=508;SC=AAGCCTCTGTATGTGTGTATG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=103234487;WS=103234469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	103237468	rs772897	G	C	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=37;PP=1239;SC=CCACGTAATAGAGGGGCTGGA;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=103237476;WS=103237458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	103238017	rs12580432	C	T	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=13;PP=970;SC=CATATCAAAACGGATACAAAT;SOR=1.463;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=103238025;WS=103238007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	103246700	rs1042503	C	T	3185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=41;PP=1392;SC=GCAGGCCAGCCACAGGTCGGA;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=103246708;WS=103246690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	103260273	rs10860933	T	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=363;SC=GGCAGGACTCTTCATGCTGGT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=103260281;WS=103260264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	103271350	rs2037639	G	A	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=22;PP=613;SC=AGAAGGCAACGTCCTGAGTAC;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=103271358;WS=103271340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	103352171	rs71438488	C	CGCA	1851.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.012;SC=GCGCAGAGCGCGCAGCAGCAG;SOR=0.994;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=27;WE=103352181;WS=103352161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,51:0.86:59
chr12	103561799	rs1401988	C	T	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=9;PP=962;SC=TTAATATGTACATGCATCTCT;SOR=2.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=103561807;WS=103561789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	103872172	rs10778257	T	G	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.36;ReadPosRankSum=0.971;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,75:0.97:77
chr12	104014402	.	AAC	A	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=0.652;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr12	104015999	rs703612	T	C	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=32;PP=973;SC=AAAAAAGAAATTTCAGCAGAA;SOR=1.791;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=43;WE=104016007;WS=104015989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	104025219	rs10668571	T	TAA	139.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.96;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	104042736	rs697199	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=403;SC=GTCATGCAGGTGAGAGGGAAA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=104042744;WS=104042726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	104048592	rs831425	C	T	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=27;PP=781;SC=GCTAGGATCCCGAGCAGAGAG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=104048600;WS=104048582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	104053955	rs11111705	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=262;SC=GGTGAACGTTAGCTATTTGGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=104053963;WS=104053946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	104067812	rs11614418	C	T	4430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr12	104071158	rs72177976	TTCTC	T	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=6;PP=889;SC=TGTCTGGAAATTCTCTCTTAT;SOR=1.483;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=16;WE=104071169;WS=104071148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	104077109	.	T	TA	121.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=1.205;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr12	104081793	rs697206	A	G	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=4;PP=714;SC=ACGCATTCACATCAGCATCAG;SOR=2.786;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=36;WE=104081801;WS=104081783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	104086631	rs703651	C	T	5038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr12	104092996	rs697210	T	C	2847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	104100617	rs697212	C	T	7079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=68;PP=2512;SC=GCCAGCCCTGCCCAGGGAATG;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=148;WE=104100625;WS=104100607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr12	104111687	rs703653	C	A	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=30;PP=876;SC=CCCCACTTCTCGGGGATGCAG;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=104111695;WS=104111677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	104124061	rs4981042	A	G	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=30;PP=949;SC=TTATGTTTTCAGCCTGGAGTG;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=104124069;WS=104124051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	104131609	rs2271640	G	T	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=312;SC=CCAAAGAATGGCCCTCATGAT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=104131617;WS=104131599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	104133305	rs151040830	CTGTGTGTGTGTGTGTG	CTG,C	530.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.4990,0.5000;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.632;NF=1,1;NR=9,9;PP=23,458;ReadPosRankSum=0.951;SC=ATTATCAGACCTGTGTGTGTG;SOR=2.225;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=10,10;WE=104133330;WS=104133295;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.93:15
chr12	104147178	rs3751199	C	A	2527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=57;PP=1664;SC=TCTGCAGGGGCGGAAGTGCAG;SOR=1.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=83;WE=104147186;WS=104147168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	104149022	rs11111748	G	A	7620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=75;PP=2965;SC=CATTAACCAAGTGATGCCACA;SOR=0.800;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=91;TCR=75;TR=165;WE=104149030;WS=104149012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr12	104149251	rs7296626	C	T	6438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=69;NR=74;PP=2767;SC=GAAAGGTAACCGCCCCAGCTA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=143;WE=104149259;WS=104149241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr12	104151931	rs12425537	T	C	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=24;PP=1192;SC=CTCTGATGACTTCCTTCTTCT;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=64;WE=104151939;WS=104151921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	104155075	rs55724382	T	C	2958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=26;PP=1040;SC=CTCATTTCCCTAGACGGAGAC;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=104155083;WS=104155065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr12	104157234	rs1057892	G	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=10;PP=730;SC=CTGCTTTGGGGATGCTCCTGG;SOR=1.556;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=104157242;WS=104157224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	104157502	rs3751196	G	A	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=284;SC=TAGAATGTATGTCAGGTAACA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=104157510;WS=104157492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	104171742	rs17034524	C	T	4758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=56;PP=2063;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GGAGGCAGCTCAGAGACGCCA;SOR=0.831;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=122;WE=104171750;WS=104171732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr12	104171948	rs57944247	T	A	285.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=12;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=169;ReadPosRankSum=1.097;SC=CTTCTTTTTTTAAAAAAAAAA;SOR=0.343;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=19;WE=104171956;WS=104171931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr12	104181389	rs143184388	ATTG	A	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=0;NR=10;PP=451;SC=ACTTTTAAAAATTGTTGTTTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10;WE=104181399;WS=104181379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	104182458	rs2888792	T	C	1783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=9;PP=1135;SC=AATATATTGATTTAAACCTAA;SOR=2.531;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=54;WE=104182466;WS=104182448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	104186995	rs61748068	G	A	6235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr12	104187092	rs1866296	G	A	7520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=90;PP=2965;SC=GAGATTAACTGTGTCTGTAAC;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=186;TCF=95;TCR=91;TR=185;WE=104187100;WS=104187082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr12	104187440	rs11111781	C	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=9;PP=273;SC=CGGTGGAACACGGGTACATCT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=104187448;WS=104187430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	104190523	rs12425205	G	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=4;PP=296;SC=CATCTTTCTTGTAATGTTCAA;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=104190531;WS=104190513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	104190869	rs17034593	C	T	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=16;PP=420;SC=GACAGAGCCACGAAGCACCAG;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=104190877;WS=104190859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	104237882	rs2576974	G	A	4243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=45;PP=2014;SC=TTTCAGCATTGTTTTGTGTCT;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=105;WE=104237890;WS=104237872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	104254753	rs11111816	G	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=6;PP=348;SC=TGAATCCCCAGGCTTCTGAGC;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=104254761;WS=104254743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	104254932	rs11111817	G	A	1515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=19;PP=766;SC=TAGCAAATCCGCTAAAAATTC;SOR=0.950;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=44;WE=104254940;WS=104254922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	104260208	rs11612613	C	T	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=17;PP=702;SC=GAGTGAAAGACGCAGCATGCT;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=104260216;WS=104260198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	104309383	rs9788014	C	T	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=66;NR=32;PP=1968;SC=ACGTTGGGAGCGAAGACAAGA;SOR=1.357;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=98;WE=104309391;WS=104309373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr12	104309712	rs2583273	C	T	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=64;PP=2043;SC=CAGCCACCGACCCCCACTGCT;SOR=1.026;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=41;TCR=64;TR=105;WE=104309720;WS=104309702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	104324148	rs2722187	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=3;PP=455;SC=CCCGCCCGCGGGAAGTGGGGG;SOR=2.694;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=24;WE=104324160;WS=104324138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	104325649	rs2722188	T	G	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=772;SC=TTATAGAAGATACTTTCAGTT;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=104325657;WS=104325639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	104326862	rs117886928	T	C	170.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=85;SC=CATCAAACTATGGCCAAATCT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=104326870;WS=104326852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	104327979	rs6615	C	T	4064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=50;PP=2102;SC=ACAACGATACCCAGCACATCT;SOR=0.878;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=114;WE=104327987;WS=104327969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	104335750	rs58392270	TAA	T	4620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=47;PP=2050;SC=ATTTGTGGAGTAAAACCAGAT;SOR=1.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=50;WE=104335759;WS=104335740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	104337667	rs1882019	G	A	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=46;PP=1873;SC=GCATCCTCGGGAAAGTCCCTG;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=96;WE=104337675;WS=104337657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	104341187	rs201427769	TGAA	T	8883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=73;PP=2978;SC=TGGGAACAGATGAAGAAGAAG;SOR=1.219;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=8;TCR=80;TR=80;WE=104341197;WS=104341177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr12	104359931	rs4135039	T	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=18;PP=472;SC=GTCTTTTAAATCCCGGCCGGA;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=28;WE=104359939;WS=104359921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	104359982	rs4135040	C	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=233;SC=GTGGCCTGGTCGGCCTTTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=104359990;WS=104359972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	104366864	rs10627502	A	ATTTTTTTT	1379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;QD=38.33;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	104370850	rs3829300	A	G	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=39;PP=1289;SC=TAGTTTCACCATGAGAGCTTA;SOR=0.755;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=74;WE=104370858;WS=104370840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	104373462	rs4135094	T	C	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=2;PP=109;SC=AGGGAAGATATTGCAGAGGAG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=104373470;WS=104373452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	104380734	rs2888805	G	A	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.186;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=4.282;NF=18;NR=14;PP=502;ReadPosRankSum=3.606;SC=AGTTGAGAGCGTGGAGTTAAG;SOR=0.524;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=32;WE=104380742;WS=104380724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,53:0.95:56
chr12	104387138	rs79806135	G	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	104393304	rs3215372	AC	A	837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=639;SC=TAAAAAGATGACCAAAAAAAC;SOR=1.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=104393312;WS=104393294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	104413436	rs11553765	C	T	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=29;PP=816;SC=TGTGTATTCACGCGGATAAGA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=104413444;WS=104413426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	104461711	.	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=1.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.066;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,30:0.19:160
chr12	104522206	rs61755993	A	G	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	104618454	rs6539128	A	G	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=8;PP=836;SC=GAGCCACCGCACCTATAGCTG;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=104618462;WS=104618444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	104684839	rs117295753	G	A	2956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=37;PP=1610;SC=ATCCGGCCTCGGCCTCCTAAA;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=47;TCR=37;TR=83;WE=104684847;WS=104684829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	104707180	rs6539137	A	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=236;SC=AAGCCTAATTAAAAAAATCAA;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=104707188;WS=104707170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	104714847	.	C	CT	766.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=7.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr12	104720084	rs35472124	C	G	173.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=3;PP=111;SC=AAATGCAAAGCCTTTTTGTTA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=104720092;WS=104720074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	104732900	.	A	AT	1730.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.687;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.33;ReadPosRankSum=-1.716;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,90:0.85:106
chr12	104739696	rs112180947	C	T	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.77;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,47:0.96:49
chr12	105260159	rs149586274	TACACAC	T,TAC	1110.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.67;SOR=2.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,18:0.36,0.64:28
chr12	105260365	rs34984157	TA	T	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=7.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.270;SOR=2.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr12	105380152	rs1129593	A	C	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=49;PP=1584;SC=TGGCAAGCCCAAGGCTAGCCC;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=81;WE=105380160;WS=105380142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr12	105380311	rs7964906	T	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=10;PP=262;SC=CCGGTGCAGTTTGGGAGCCGG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=105380319;WS=105380301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	105431835	rs10861315	T	G	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.234;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.067;NF=52;NR=26;PP=1429;ReadPosRankSum=-1.202;SC=GTGAGCCACCTCACCTGGCCC;SOR=1.116;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=52;TCR=26;TR=78;WE=105431843;WS=105431825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr12	105432040	rs11112328	A	T	593.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.26;ReadPosRankSum=2.198;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,16:0.84:19
chr12	105432042	rs73179912	A	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=3.256;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr12	105432045	.	CACACACACACAA	C	99.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.288;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr12	105432047	.	CACACACACAA	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=3.662;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr12	105432075	rs188231679	C	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.88;ReadPosRankSum=1.434;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr12	105432077	.	C	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr12	105433463	rs4964120	C	T	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	105433523	rs4964317	T	A	6208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.54;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr12	105433607	rs4964318	G	A	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=64;PP=2041;SC=GGAATAAAACGGGAATTAAAA;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=113;WE=105433615;WS=105433597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr12	105433702	rs7315784	A	T	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=30;PP=826;SC=AGGTCAGGAGATCGAGACCCG;SOR=2.242;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=39;WE=105433710;WS=105433692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	105434467	rs11112330	C	T	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=55;PP=2174;SC=CAGTCAAGGGCGTGACCTGAG;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=119;WE=105434475;WS=105434457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	105434533	rs10861316	C	A	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=71;PP=2170;SC=TAGCCCAGAACCCAGTTTTCC;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=56;TCR=72;TR=126;WE=105434541;WS=105434523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr12	105440421	rs10861324	T	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=315;SC=ATAAATATATTTCACTTTTTT;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=105440429;WS=105440411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	105454863	rs71468237	G	A	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=58;PP=1710;SC=ACACAAAAAGGAAACTCTTAT;SOR=1.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=79;WE=105454871;WS=105454853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	105455651	rs6539183	A	G	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=378;SC=GGAAAAATACAGATTAAAAGC;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=105455659;WS=105455641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	105464316	.	C	CA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.872;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=-1.604;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr12	105477951	rs11112362	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	105478327	rs7303961	C	T	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=108;SC=GACTGCCTGGCTCGCGGCTCG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=105478335;WS=105478317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	105504764	rs1196839	G	A	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=5;PP=185;SC=TTTAACTTTGGAACTTTATTT;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=105504772;WS=105504754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	105527385	rs1211276	G	C	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=55;SC=CAGTACCTGGGATGTTTGTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=105527393;WS=105527375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	105534025	rs1196808	G	A	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=13;PP=911;SC=AATTTTGCCTGAAATTTTTAA;SOR=1.727;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=48;WE=105534033;WS=105534015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	105534573	rs1014502	A	G	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=353;SC=GTATTTGTGTATGCTCTCTTA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=105534581;WS=105534563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	105536430	rs5800652	C	CTA	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	105538478	.	A	AT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,12:0.22:55
chr12	105541046	rs3215374	AT	A	551.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=420;SC=ATGAATTTCCATTTTTTTTCT;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=19;WE=105541054;WS=105541036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	105541201	rs3830657	ATG	A	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=3;PP=213;SC=ACATTAATATATGTGTGTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=105541210;WS=105541191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	105546172	rs1663564	G	A	5169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=47;PP=1925;SC=AAAACTTGGAGTAACACCTGA;SOR=0.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=103;WE=105546180;WS=105546162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr12	105556485	rs1373552	T	G	140.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.60;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	105568122	rs935241	G	A	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=28;PP=1205;SC=CTCTATGTTCGTTTGGATTTC;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=105568130;WS=105568112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	105568176	rs935240	G	A	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	105582245	rs1196852	A	G	3683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=53;PP=1679;SC=AGCATTTTCCACTCAGGATCT;SOR=1.027;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=88;WE=105582253;WS=105582235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	105583877	rs2272495	G	A	4057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=61;PP=1817;SC=ACTGGCTGTTGCTTTGGGAAC;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=105;WE=105583885;WS=105583867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	105597680	rs3736628	C	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=245;SC=CCGCCTCGCACGCGGCACTGG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=105597688;WS=105597670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	105600935	rs2293643	G	A	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=35;PP=1205;SC=GGGAGGAGAGGTGCTGCTTCC;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=66;WE=105600943;WS=105600925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr12	105611333	rs4964342	T	C	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=17;PP=1258;SC=ACAAAAAAACTATGAAGAAAA;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=105611341;WS=105611323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	105623073	rs2293644	C	T	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	105629865	rs1196785	C	G	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	106461857	rs3741885	G	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=225;SC=CTGGAGACCTGGTCCAGCCAC;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=106461865;WS=106461847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	106464785	rs4964437	G	C	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=12;PP=406;SC=ACCCCCAGCAGCCCCAGGAAC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=106464793;WS=106464775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	106466490	rs73193828	A	C	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=42;NR=16;PP=1331;SC=ACACATTGGGAAAGCTGCTCA;SOR=1.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=106466498;WS=106466480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	106500160	rs11338561	TA	T	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.946;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,21:0.26:81
chr12	106633569	rs3088113	C	T	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=36;PP=1344;ReadPosRankSum=-1.013;SC=GCCTGCAGGGCGAGCCGCTCC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=73;WE=106633577;WS=106633559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr12	106641489	rs368519473	GGGC	G	443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=40.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	106647783	rs2704898	T	G	2025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=26;PP=834;SC=AAATCAGACATCTCAGTCCGA;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=50;WE=106647791;WS=106647773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	106647842	rs12231439	C	T	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr12	106890151	rs2288269	G	A	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=99;SC=ACCTCCCTTTGAGAGTGGAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=106890159;WS=106890141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	106893863	rs7137638	G	T	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=25;PP=1078;SC=CCTGTCGGGCGCTCTGTGTCC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=38;TCR=25;TR=63;WE=106893871;WS=106893853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	106893930	rs7137444	A	T	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=1423;ReadPosRankSum=-0.606;SC=CGTTGTGTGGATTAAGTAGCA;SOR=0.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=80;WE=106893938;WS=106893920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr12	106903321	rs13561	T	C	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=29;PP=723;SC=CCAAGTACAATGAATGAGGAT;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=106903329;WS=106903311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	107078562	rs5800715	A	AAAG	2886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=11;PP=1078;SC=CGCTCAGCACAAAGAATTTTC;SOR=1.078;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=21;WE=107078570;WS=107078552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	107083059	rs7961392	C	T	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=39;PP=1655;SC=CTACACACCCCCACAGGTTTC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=92;WE=107083067;WS=107083049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	107914141	rs1861586	C	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=309;SC=CCTACATTGGCTTTCTTTGCA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=107914149;WS=107914131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	108003911	rs4964599	T	C	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=16;PP=1601;SC=CGGAGTTTGCTCCTGTGCCCC;SOR=1.995;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=70;WE=108003919;WS=108003901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	108004167	rs201013895	C	G	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=48;PP=1343;SC=GGCTCCCCACCTCCTCCATGT;SOR=1.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=68;WE=108004175;WS=108004157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	108008772	rs10492158	C	T	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=7;PP=417;SC=GCCACAGATACGTCAAATTTG;SOR=1.688;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=25;WE=108008780;WS=108008762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	108029186	rs73187339	C	A	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=36;PP=994;SC=TTCCCCCAGGCCTGTGTTGGC;SOR=0.935;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=63;WE=108029194;WS=108029176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr12	108042960	rs17039588	C	G	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=11;PP=455;SC=GCTGTTGACACTGTTCTCTGT;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=108042968;WS=108042950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	108045292	rs2241186	T	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	108045336	rs2241185	T	C	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=20;PP=1173;SC=GTCCCCTACCTGTGACACTGC;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=108045344;WS=108045326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	108045392	rs2241184	T	C	6095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=50;PP=2589;SC=TAGTTCCTTATTGTTACCTCC;SOR=1.057;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=85;TCR=50;TR=134;WE=108045400;WS=108045382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr12	108086896	rs2287215	A	C	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=38;PP=1139;SC=TCCCTTATTAAAAGATTTTCT;SOR=1.048;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=108086904;WS=108086886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	108098587	rs2287217	G	A	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=585;SC=AAATTCCATAGTAGAGAGAAT;SOR=1.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=28;WE=108098595;WS=108098577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	108136893	rs35788707	CTCTT	C	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=574;SC=GGATTCTTAACTCTTTCTTCT;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=108136904;WS=108136883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	108626431	rs10861882	G	A	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=567;SC=GCAGGGGTGTGACTCATACCC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=108626439;WS=108626421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	108687449	.	GAA	G	271.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=6.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.163;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.034;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr12	108912301	.	G	A	14157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=149;PP=2965;SC=TCGTGGACGCGCTCACCGAGT;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=322;TCF=173;TCR=149;TR=322;WE=108912309;WS=108912291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,540:1.00:540
chr12	108912592	rs147612703	C	A	7835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=95;PP=2965;SC=ACACCCTCACCCTCTCGGAAA;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=97;TCR=95;TR=192;WE=108912600;WS=108912582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr12	108913292	.	GA	G	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=-0.872;QD=0.42;ReadPosRankSum=-2.967;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,18:0.19:96
chr12	108913377	rs5800830	GT	G	177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.745;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr12	108917520	rs34982944	G	GA	333.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.117;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr12	108918146	rs2303633	C	T	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	108919166	rs17040655	T	C	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	108923950	rs1549096	A	G	5943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=62;PP=2289;SC=CTTTCTCATCATCCTCATCTG;SOR=0.753;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=134;WE=108923958;WS=108923940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr12	108932053	rs2287551	C	T	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=628;SC=ATTGCCAGCACGACCAAGTGA;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=108932061;WS=108932043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	108932916	rs7133076	C	T	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=24;PP=637;SC=GGAAGCACAACACATCTGCAA;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=108932924;WS=108932906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	108936484	rs888555	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.83;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	108936516	rs888556	T	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.54;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	108936519	rs888557	C	T	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.94;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	108943028	rs2052423	G	A	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=646;SC=TTAAAACACCGTCATCAAGTA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=108943036;WS=108943018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	108954502	rs1160332	G	A	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=13;PP=892;SC=GTCACGAAAAGCGGGTTTGCA;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=108954510;WS=108954492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	108954823	rs1063936	C	T	8164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=85;NR=97;PP=2965;SC=ATAACACCTTCCTCCTTGTCC;SOR=0.780;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=183;TCF=85;TCR=98;TR=182;WE=108954831;WS=108954813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr12	108954862	rs2072579	G	C	7144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=67;NR=89;PP=2965;SC=CCTCCTCTCCGTCAGCCTTGG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=67;TCR=89;TR=156;WE=108954870;WS=108954852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr12	108956417	rs10778647	TT	GG	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=10;PP=1068;SC=GGCTGGGGCTTTCCGTCTGAG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=108956426;WS=108956407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	108956526	rs60547936	A	AG	2364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=1351;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GGGACAAAAGAGGGACGCGCG;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=32;WE=108956534;WS=108956516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr12	108956610	rs2287556	C	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=535;SC=TGGGAGCTGTCCCCTCCCACG;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=108956618;WS=108956600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	108960906	rs10861945	G	T	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=209;SC=TTTTTTATTGGCTGGCCCTCA;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=108960914;WS=108960896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	108961293	rs888546	C	T	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=13;PP=797;SC=ATTTCTAAACCTCACAAATAT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=108961301;WS=108961283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	108961354	rs888547	T	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=19;PP=930;SC=ATGAGGAAGCTAAGGCTTGGG;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=108961362;WS=108961344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	108961383	rs888548	A	G	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=23;PP=1032;SC=CCCACATCACATGGCTAATAA;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=108961391;WS=108961373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	109194449	rs3217206	TC	T	121.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=1;PP=71;SC=CCCGTTAGGATCCCCCCTCCC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=109194457;WS=109194439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	109270506	rs7136681	A	G	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=17;PP=1198;SC=CTCATCTAGCACACAGACACC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=109270514;WS=109270496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	109278747	rs2111902	T	G	5801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=59;PP=2730;SC=GGTGATGATGTTGTGCCTCAA;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=142;WE=109278755;WS=109278737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr12	109330915	rs10861986	G	A	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=7;PP=821;SC=GATGATGTTCGAACTACTGAA;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=109330923;WS=109330905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	109331162	rs3918305	C	T	3125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=45;PP=1293;SC=TACAGATGCACGGGAGATGGG;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=109331170;WS=109331152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	109354632	rs36181716	T	C	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=12;PP=792;SC=TAACTCCTGATCCAGACCATG;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=109354640;WS=109354622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	109354843	rs36139385	G	A	3832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=56;PP=1803;SC=AGGAAGACACGGAATCACAAG;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=99;WE=109354851;WS=109354833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	109371381	rs149284306	C	A	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=38;PP=1022;SC=CCCTCTCTACCCATTGCCAAG;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=109371389;WS=109371371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	109371442	rs36182807	G	T	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=25;PP=663;SC=TTAAAACCATGCATTACCATT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=109371450;WS=109371432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	109458559	.	A	AC	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.83;ReadPosRankSum=0.356;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr12	109505225	rs73195457	G	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=4;PP=470;SC=CCCAGCCTGCGGTCTTTAATT;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=109505233;WS=109505223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	109510086	rs111762860	G	GT	356.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.570;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.992;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,39:0.33:117
chr12	109530278	.	GCA	G	469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;ClippingRankSum=0.000;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.220;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,34:0.20:166
chr12	109541171	rs2569987	T	C	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=19;PP=938;SC=TGGATTTAGCTCCTGTTGCTG;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=52;WE=109541179;WS=109541161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	109577735	rs2878960	C	T	6413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=92;PP=2965;SC=ACTACTCCTCCGACGAGGACT;SOR=0.880;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=74;TCR=94;TR=166;WE=109577743;WS=109577725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr12	109605898	rs34285	C	T	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=33;PP=950;SC=CCCTCGCCTCCTTCCCCTGTG;SOR=1.437;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=109605906;WS=109605888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	109617865	rs11065772	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=16;PP=367;SC=TGATTGCTGATGTTAATCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=109617873;WS=109617855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	109625976	.	CTCCTTCCT	C	793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.10;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	109629457	rs7135947	C	T	4256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=36;PP=1816;SC=CCATCCGAGGCGACTTTAGGA;SOR=1.026;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=99;WE=109629465;WS=109629447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	109635031	rs2268393	A	G	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	109635076	rs2268392	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=23;PP=498;SC=GGTGCCTTTCTGGTAAATTCT;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=109635084;WS=109635066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	109637188	rs7299171	G	C	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=41;NR=34;PP=1398;SC=CTCCCTACCCGACTCCTCCTC;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=75;WE=109637196;WS=109637178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	109644447	rs12818490	G	A	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=208;SC=CCTGCCTCCCGTTCTGCCCGG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=109644455;WS=109644445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	109650546	rs2300454	T	C	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=7;PP=781;SC=GGACCAGTGCTCGTTTGGGTA;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=109650554;WS=109650536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	109658070	rs2300452	G	A	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	109670468	rs3742027	T	C	8707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=92;PP=2965;SC=TGCCATCACCTTACAGGATGA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=85;TCR=92;TR=177;WE=109670476;WS=109670458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr12	109675029	rs2241220	T	C	5743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=53;PP=2809;SC=AGCTGGAACTTAACCGGATGC;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=92;TCR=53;TR=145;WE=109675037;WS=109675019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr12	109683575	rs10744772	A	G	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=45;PP=1333;SC=GCGGAGCCTAACCCCTGGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=60;WE=109683583;WS=109683565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	109701959	.	C	CA	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=-2.725;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,19:0.21:90
chr12	109723077	rs10774643	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.92;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	109723077	.	TGT	CGC	725	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=13;NR=3;PP=725;QD=48.6542421789;SC=TGTGTGTGTGTGTGCGCGCAC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=109723087;WS=109723067;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	109723079	rs10774644	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.82;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	110221631	rs10774894	G	C	3885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=65;PP=1949;SC=GGTGGAGAGAGAGCGTGCGTA;SOR=1.345;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=91;WE=110221639;WS=110221621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr12	110231717	rs10850750	C	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	110240838	rs3825394	T	G	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=33;PP=1519;SC=ATGAACTCCCTCATGTTGCCG;SOR=1.140;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=89;WE=110240846;WS=110240828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	110293678	rs3782893	G	C	216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=140;SC=CAGGAACATGGGCGCCCCAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=110293686;WS=110293668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	110295897	rs73202468	A	C	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=8;PP=389;SC=AAGGCCTCTGAGATGGAGCCA;SOR=0.866;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=21;WE=110295905;WS=110295887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	110296095	rs4766488	G	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=253;SC=CTGGGCCCTAGGTGGATTCTC;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=110296103;WS=110296085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	110340852	rs11539159	G	A	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=11;PP=758;SC=CGACGCTGCCGTCCTACTGGT;SOR=1.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=41;WE=110340860;WS=110340842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	110341933	rs10774978	A	G	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=20;PP=680;SC=AAATCAGCCAAAGAAGAGCAG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=110341941;WS=110341923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	110346787	rs1567471	T	A	2861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=41;PP=1290;SC=GCCTCTTTTGTAAAAAAGGCC;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=110346795;WS=110346777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	110403264	rs10851035	C	G	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=20;PP=1079;SC=AACCTGCATTCAGAGTAGGTA;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=110403272;WS=110403254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	110418635	rs7960775	A	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=4;PP=332;SC=ATTAAAAGCCATATGTATAGC;SOR=1.981;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=19;WE=110418643;WS=110418625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	110434141	rs7314485	G	A	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=25;PP=705;SC=TGACGGCGGCGCCTCTCCCCT;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=110434149;WS=110434131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	110451125	rs12300179	A	T	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=47;PP=1469;SC=ACACAGTTTGACATCCTTGTG;SOR=1.261;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=72;WE=110451133;WS=110451115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	110454085	.	CT	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr12	110456175	rs2302689	A	G	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr12	110480479	.	GA	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,11:0.24:45
chr12	110486272	rs7137233	T	C	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=39;PP=1533;SC=GAGGCCAAGGTACAGCCACGG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=81;WE=110486280;WS=110486262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	110489208	rs11064860	C	T	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=40;PP=1136;SC=ACTGAGCACTCGCTATAGGAA;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=62;WE=110489216;WS=110489198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	110495171	rs41436646	C	G	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=36;PP=1121;SC=ATATCCCTTACCTCATGACTA;SOR=1.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=110495179;WS=110495161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	110503770	rs11829777	T	C	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	110511136	rs73205062	G	C	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=9;PP=937;SC=AACCATGTGAGATTCAGAATG;SOR=2.511;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=110511144;WS=110511126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	110572913	rs56076213	G	A	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=44;PP=1234;SC=AAGCATGAGTGTACATCTGAG;SOR=1.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=69;WE=110572921;WS=110572903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	110573340	rs12300649	G	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=166;SC=AGACGTTCACGTTCCTTTTGC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=110573348;WS=110573330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	110618512	rs7299230	A	T	172.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=137;SC=TACAGACATGACATATAAGTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=110618520;WS=110618502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	110720351	.	CT	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=5.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.151;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.227;SOR=1.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,20:0.20:99
chr12	110778383	rs11065631	A	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=12;PP=833;SC=ACCTGTCTCAATGTTTAACTG;SOR=1.880;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=42;WE=110778391;WS=110778373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	110824112	rs56130410	C	T	7236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=61;PP=2817;SC=CACTGTCTTCCTGCCCCAAGA;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=140;WE=110824120;WS=110824102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr12	110826208	rs28569834	TC	GG	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=11;PP=1358;SC=ATCACTCTCTTCAGGGGAACT;SOR=1.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=110826217;WS=110826198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	110826463	rs28670753	C	T	2611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=35;PP=1028;SC=GCAAAATAAGCGTATATTGCA;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=110826471;WS=110826453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	110834030	rs369613988	CA	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.138;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr12	110905869	rs7958683	G	A	15710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=200;NR=152;PP=2965;SC=AGGGTTCCCAGTACACACACC;SOR=0.896;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=353;TCF=201;TCR=152;TR=352;WE=110905877;WS=110905859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,604:1.00:604
chr12	110911024	.	C	CT	200.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.13;MQRankSum=0.640;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.939;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr12	110931054	rs56017652	C	T	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=44;PP=1239;SC=AAGAAAAAGACGTAAGAAAAT;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=110931062;WS=110931044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	110939421	rs6606687	T	C	9790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=96;PP=2965;SC=TGTTCTGCATTCGAGAGGCCA;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=118;TCR=98;TR=213;WE=110939429;WS=110939411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr12	110946121	rs73191828	G	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=696;SC=ACCTGCCCCAGGGGGAGTACT;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=110946129;WS=110946111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	110950775	.	AT	A	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.311;QD=3.38;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr12	110956370	rs56379265	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=49;SC=GTTAGGGTACGTAGGGCAGGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=110956378;WS=110956360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	110968180	rs149557420	TAATG	T	1991.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=10;PP=1187;SC=GTTGGACCAATAATGAAGGTT;SOR=1.765;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=24;WE=110968191;WS=110968170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	111099721	rs73191857	C	T	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=30;PP=1336;SC=CTGACAGGCGCGTGGCAGATG;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=80;WE=111099729;WS=111099711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	111100040	rs112306425	GA	G	189.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=146;SC=TTGTCAATAGGAAAAAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=111100048;WS=111100030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	111100627	rs73194012	T	C	6964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=78;PP=2728;SC=AGTTAAAAGATATACTACAGA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=66;TCR=79;TR=143;WE=111100635;WS=111100617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr12	111100677	rs73194013	T	C	3182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=58;PP=1750;SC=AGACAAAGAGTAACCAGAATA;SOR=1.397;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=82;WE=111100685;WS=111100667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	111121119	rs1018134	G	A	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=50;PP=1317;SC=GCTGCCATCTGCCTTGGTATG;SOR=1.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=69;WE=111121127;WS=111121109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	111160003	rs1973505	G	A	6969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr12	111290871	rs886132	G	C	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	111296332	rs4766432	T	C	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=122;SC=GTGCCTGGAGTGCTCCGTCAA;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=111296340;WS=111296325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	111321724	rs76024719	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=4;PP=258;SC=GATTACAGGCGTGAGTCACCA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=111321732;WS=111321714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	111331016	rs11065750	G	A	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	111350771	rs3825389	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=3;PP=785;SC=GAGGCCAGGCCTCAGAAGACG;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=111350779;WS=111350768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	111351003	rs142220381	A	AG	9128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=91;PP=2974;SC=TAGGGGGGACAGGGGGCAAGC;SOR=0.794;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=133;TCF=38;TCR=95;TR=128;WE=111351011;WS=111350993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr12	111351029	rs3833910	TC	T	10960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=104;PP=2974;SC=ACCCCCTTCCTCCCCCACAGA;SOR=0.705;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=33;TCR=106;TR=137;WE=111351037;WS=111351019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr12	111351186	rs2071629	C	T	1935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=46;PP=1227;SC=ACTGGCACCCCAGGCAGCAGG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=55;WE=111351194;WS=111351176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	111351937	rs11065770	C	T	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=15;PP=1016;SC=CCAGCCCCCCCGAAGAAACAT;SOR=1.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=111351945;WS=111351927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	111351963	rs111836845	G	GAC	3550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.865;NF=15;NR=24;PP=1711;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CATACACACAGACACACACAC;SOR=0.750;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=39;WE=111351972;WS=111351953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,116:0.89:131
chr12	111353320	rs3216888	GA	G	58	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	111353556	rs2301610	A	G	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=51;PP=1680;SC=CGTTCTTGTCAATGAAGCCAT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=90;WE=111353564;WS=111353546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	111357074	rs10849917	T	A	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=25;SC=ACTCTGGGTGTGTTCATCTCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=111357082;WS=111357064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	111375170	rs1056618	A	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	111375170	.	AGC	GGT	526	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=13;NR=15;PP=526;QD=20.6952812451;SC=TCCCCCGCCAAGCCTGCCAGA;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=28;WE=111375180;WS=111375160;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr12	111375172	rs1056620	C	T	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	111651949	rs3825398	G	A	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=7;PP=662;SC=AAAAAAAGAAGAAAAATCTTT;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=111651957;WS=111651939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	111651977	rs11451176	C	CT	308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.56;MQRankSum=1.823;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr12	111655513	rs7962233	C	T	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	111701486	rs56249976	GA	G	1871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.387;NF=22;NR=19;PP=701;ReadPosRankSum=0.043;SC=TTTTCTTGTGGAAAAAAAAAA;SOR=0.586;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=41;WE=111701494;WS=111701476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,95:0.94:101
chr12	111733292	rs73199852	G	A	2735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=40;PP=1261;SC=CACGGCTTGGGGTCTGCCACA;SOR=0.946;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=66;WE=111733300;WS=111733282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	111742222	rs1362006	T	C	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=27;PP=589;SC=TGGTTGATTGTGTGCATCCAT;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=111742230;WS=111742212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	111747809	rs201270698	C	CGTCT	2735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.342;NF=16;NR=16;PP=1643;ReadPosRankSum=0.519;SC=TCGTCTTCCCCGTCTGTCTGT;SOR=0.830;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=32;WE=111747817;WS=111747799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,112:0.91:123
chr12	111748524	rs66783848	C	T	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=21;PP=596;SC=CTGGCCACCACGCCAGGTCCA;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=111748532;WS=111748514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	111758620	rs4766505	A	G	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	111758629	rs150114230	G	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.43;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	111779792	rs16941414	C	T	4838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=73;PP=2208;SC=AGCAGACCATCGAGCTCCTCT;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=41;TCR=73;TR=114;WE=111779800;WS=111779782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	111785515	rs61745424	G	A	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=59;NR=78;PP=2965;SC=GGGCCCTGAGGAGAACAGCAC;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=59;TCR=78;TR=137;WE=111785523;WS=111785505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr12	111785586	rs3803167	T	C	7779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=77;PP=2965;SC=TGGAGGAGGATGCTGAGGAAG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=96;TCR=77;TR=173;WE=111785594;WS=111785576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr12	111786082	rs6490073	G	C	6796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=1.856;SC=CATTTACCGAGTAGAGCGGGC;SOR=0.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=156;WE=111786090;WS=111786072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,264:1.00:265
chr12	111799524	rs11576045	C	CTGT	678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=424;SC=CGGTGTGCGGCTTTTTCTCCG;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=111799532;WS=111799514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	111799681	rs874286	T	C	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=39;PP=1685;SC=GCCCCAGGCCTAGGGGCCAAG;SOR=0.875;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=93;WE=111799689;WS=111799671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	112036753	rs10560189	GGCT	G	2892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.243;NF=6;NR=26;PP=1352;ReadPosRankSum=0.817;SC=CGCGGGCGGCGGCTGCTGCTG;SOR=0.314;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=32;WE=112036766;WS=112036743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr12	112036796	.	GC	G	166.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=-2.482;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.709;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,15:0.10:143
chr12	112036797	rs4098854	C	T	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=2.347;NF=43;NR=36;PP=1703;ReadPosRankSum=0.116;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT;SOR=0.449;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=79;WE=112036808;WS=112036766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,107:0.86:124
chr12	112036798	.	TGC	T	163.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=2.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=-2.500;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.824;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,15:0.10:147
chr12	112036929	rs695872	G	A	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=20;PP=584;SC=GCGGGGACGCGCGGGCGCCGA;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=34;WE=112036937;WS=112036919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr12	112037000	rs695871	G	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	112119387	rs368877992	CA	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.236;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr12	112306512	.	CT	C	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.983;QD=5.73;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
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chr12	112638688	rs35054697	CGT	C	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.914;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.621;NF=3;NR=14;PP=522;ReadPosRankSum=0.908;SC=TGCGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.330;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=17;WE=112638697;WS=112638678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,16:0.29:56
chr12	112657406	rs369653709	AT	A	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr12	113348870	rs1131454	G	A	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=44;PP=1606;SC=GTTGACTGGCGGCTATAAACC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=89;WE=113348878;WS=113348860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	113357193	rs10774671	G	A	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=20;PP=1228;SC=CACCCTTTCAGGCTGAAAGCA;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=113357201;WS=113357183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	113357209	rs1131476	G	A	3164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=21;PP=1335;SC=AAGCAACAGTGCAGACGATGA;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=72;WE=113357217;WS=113357199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	113357237	rs1051042	G	C	4258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=37;PP=1541;SC=GATCCCAGGAGGTATCAGAAA;SOR=1.053;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=98;WE=113357245;WS=113357227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	113357442	rs2660	G	A	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=43;PP=1569;SC=GATCCAGAGAGGACAAAGCTC;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=113357450;WS=113357432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	113369644	rs7968145	C	T	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=16;PP=663;SC=ACAGGCTCCTCAATATGAGAG;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=38;WE=113369652;WS=113369634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	113369715	rs11352835	TA	T	3358.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=26;PP=1347;SC=GAAGGAACTATACCAATAATT;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=113369723;WS=113369705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	113369759	rs7967461	G	C	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=20;PP=514;SC=ACAGACAAGAGGAGCCTCATT;SOR=0.780;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=113369767;WS=113369749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	113376320	rs3815178	C	T	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=8;PP=538;SC=TCCCCTTGCACCTGCGCCGGG;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=113376339;WS=113376310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	113376331	rs1859331	C	A	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=8;PP=613;SC=CTGCGCCGGGCGGCCATGGAC;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=113376339;WS=113376310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	113376388	rs1859330	G	A	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=15;PP=833;SC=GTGGCCAGAAGGCTGCAGCCG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=113376396;WS=113376378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	113376452	rs1859329	C	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=20;PP=742;SC=TGGCCGCTGCCCTGAGGGAGC;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=113376460;WS=113376442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	113376543	rs3038120	C	CCAAAGGG	2723.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=26;PP=1806;SC=CTTTATGTGTCCAAAGGGGAG;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=27;WE=113376551;WS=113376533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	113385918	rs7961861	C	T	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=49;PP=1422;SC=AGTGAGGGGGCCCCAGGACCC;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=73;WE=113385926;WS=113385908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	113386616	rs34647135	T	C	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=29;PP=1433;SC=ATTGGGTTGATGCAGAAACCA;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=56;TCR=29;TR=85;WE=113386624;WS=113386606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr12	113386950	rs2285932	T	C	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=59;PP=1667;SC=AAAAGGCCATTGACATCATCT;SOR=1.008;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=37;TCR=59;TR=96;WE=113386958;WS=113386940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr12	113387034	rs3214199	A	AG	1906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=38;PP=1361;SC=GTGGAGACACAGGGGGGACCC;SOR=1.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=41;WE=113387042;WS=113387024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	113398919	rs2072136	G	A	6465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=78;PP=2965;SC=AGGTCTACTCGAGGCTCCTCA;SOR=0.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=90;TCR=78;TR=168;WE=113398927;WS=113398909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr12	113400824	rs113210418	CA	C	772.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=609;SC=TCCCACTCCTCACTCTGCTTC;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=113400834;WS=113400814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	113400826	rs61942232	C	T	781.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=370;SC=CCACTCCTCACTCTGCTTCCC;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=113400834;WS=113400814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	113405181	rs1557866	A	C	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=15;PP=1396;SC=CACTGGGACAACATGGGAGCC;SOR=2.269;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=63;WE=113405189;WS=113405171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	113425154	rs1293767	C	G	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=616;SC=GCCAAAGAAGCGGGTGCCAGA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=113425162;WS=113425144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	113435293	rs1293756	C	A	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=34;PP=1394;SC=CTAGATCCCCCAATGAGCTGC;SOR=0.819;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=76;WE=113435301;WS=113435283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	113435450	rs1293755	A	T	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=38;PP=1339;SC=TCAGAACCGTACTGGAGCTGA;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=113435458;WS=113435440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	113440921	rs2072137	T	C	4171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=70;PP=2148;SC=AGCACTGGCCTTTCTCATGTC;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=45;TCR=70;TR=114;WE=113440929;WS=113440911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr12	113444418	rs929291	T	C	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=41;PP=1358;SC=AAGGACAGTCTTTGTTCTGAC;SOR=0.920;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=71;WE=113444426;WS=113444408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	113448288	rs15895	A	G	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=1420;ReadPosRankSum=-1.523;SC=AGAAACTTCTAGAGATCATCT;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=74;WE=113448296;WS=113448278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,129:0.98:131
chr12	113530845	rs3217697	C	CAG	3120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=18;PP=1243;SC=CTGCAGTTGGCAGAGAGGTAC;SOR=0.719;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=26;WE=113530853;WS=113530835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	113530899	rs1628639	A	G	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=25;PP=948;SC=GACAGAAGGCAAGCCAGGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=51;WE=113530907;WS=113530889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	113531295	rs1625170	T	C	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.17;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	113531305	rs1674095	A	T	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.22;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	113532805	.	TG	T	2069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.28;NF=35;NR=20;PP=1541;SC=GAGTGGGGTTTGGGGGGGTGC;SOR=1.810;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=55;WE=113532813;WS=113532795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr12	113533050	rs2243397	C	T	16713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=652;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=193;NR=190;PP=2965;SC=GCCCCCACACCCCTCCAACTC;SOR=0.738;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=392;TCF=201;TCR=191;TR=383;WE=113533058;WS=113533040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr12	113533124	rs2243396	C	T	17416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=186;NR=189;PP=2965;SC=CTGTCCCTCTCTGCAGGGCCC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=383;TCF=190;TCR=193;TR=375;WE=113533132;WS=113533114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,666:1.00:666
chr12	113539822	rs1674101	A	G	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=42;PP=1348;SC=CGGCTGAGGGAACACAGCTTC;SOR=0.907;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=73;WE=113539830;WS=113539812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	113541940	rs1613480	C	T	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=28;PP=1449;SC=GGACGCCCCCCGCTCCCCATC;SOR=1.141;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=64;WE=113541948;WS=113541930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	113544874	rs2468355	C	T	7085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=73;PP=2965;SC=GCTGAGAAGCCAGATGTGGCC;SOR=0.838;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=89;TCR=73;TR=161;WE=113544882;WS=113544864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr12	113545393	rs736285	A	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=17;PP=990;SC=GTGCCACTGCACTCCAGCCTG;SOR=1.395;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=57;WE=113545401;WS=113545383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	113553408	rs1284878	C	T	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=4;PP=312;SC=CCATTGAGGGCGGTGATGTCG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=113553416;WS=113553398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	113553481	rs1284879	C	T	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=13;PP=629;SC=GTCCAGAAAGCGCCCAGCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=38;WE=113553489;WS=113553471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	113566050	rs60280118	GAC	G	781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;QD=27.92;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	113716734	rs144760721	GGT	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.646;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.423;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,9:0.16:56
chr12	113796566	rs7965471	A	C	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=135;SC=CGCGATGGGCAGGTCCCTCCA;SOR=1.051;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=113796574;WS=113796556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	113822520	.	C	T	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=7;PP=528;SC=GCTGCAGCGTCAGGGTGTCAG;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=113822528;WS=113822510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	113866109	rs112655099	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=9;PP=342;SC=GGCTGTGGGCAGGATGAGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=113866117;WS=113866099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	113901380	rs11608652	G	A	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	113905275	rs111911059	C	T	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=26;NR=58;PP=1835;SC=GTGTCCTCTCCCCCCCTCTTC;SOR=1.462;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=84;WE=113905283;WS=113905265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	114377899	rs7299217	G	C	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=27;PP=933;SC=TCCTGCAGCTGGGCCGCCAGG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=114377907;WS=114377889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	114403857	rs147632728	C	T	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=8;PP=996;SC=GCCCAGGATCCCGCCCCCTTT;SOR=2.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=114403865;WS=114403847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	114832510	rs2236017	C	A	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=8;PP=994;SC=AAAGAGCAGACGGCCCCAGGC;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=42;WE=114832518;WS=114832500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	115110241	rs55865934	GT	G	319.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=39.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	115110252	rs1532691	T	G	327.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=40.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	115118997	rs515746	G	A	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=28;PP=734;SC=TAAACCACCCGTAATCTTGGG;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=115119005;WS=115118987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	115801070	rs1920947	G	A	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=394;SC=TTTTGGGCAAGTTACACAGCC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=115801078;WS=115801060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	115802115	.	G	GT	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.496;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,24:0.23:103
chr12	116412921	rs1992068	AT	TC	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=10;PP=1655;SC=GTTAATGACAATAGCTGAGCC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=116412930;WS=116412911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	116418759	.	C	CA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.817;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.805;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr12	116549338	rs201196309	G	GA	1742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.34;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr12	116586414	.	CTATATA	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=117;SC=ATGGAGATATCTATATATATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=116586427;WS=116586404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	116714721	rs79842122	G	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=245;SC=CCAAAAGGGGGAGAATCGGCG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=116714729;WS=116714711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	116866112	rs202127912	CCA	C	162.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=1.272;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr12	116866113	rs370202370	CA	C	365.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr12	117013730	rs7303998	G	C	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=26;PP=1395;SC=TCGCCGCCGCGGCCCAGATCC;SOR=1.052;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=117013738;WS=117013720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	117186316	rs1532395	A	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=2;PP=512;SC=CCACCCCCAGAAATTCTATTC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=117186324;WS=117186306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	117217141	rs4767452	T	C	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=54;PP=1353;SC=TCATCCTGGCTGTCAAGTCCA;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=82;WE=117217149;WS=117217131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	117286981	rs4767461	C	T	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=6;PP=595;SC=TTTGGAGTCGCATTGTCTCCC;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=32;WE=117286989;WS=117286971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	117287112	rs73220476	C	T	4610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=44;PP=2074;SC=GATTGCTGTCCCCGCAGCACG;SOR=0.897;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=106;WE=117287120;WS=117287102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr12	117289613	rs903775	G	C	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	117290601	rs903772	T	C	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=21;PP=517;SC=TCAGCCTCCCTGTAGCCATCT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=117290609;WS=117290591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	117349014	rs11068230	C	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=300;SC=GCTGGCCCAGCGTCTCCTGGA;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=13;WE=117349022;WS=117349004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	117383320	rs4076700	G	A	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=30;PP=1013;SC=CACATGTTACGAACCAACTGG;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=117383328;WS=117383310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	117402755	rs6490101	T	C	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	117423264	rs7131746	G	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=21;PP=544;SC=TGGGTCTAATGTAAGCACGTA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=117423272;WS=117423254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	117465857	rs4529958	T	C	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=26;PP=1541;SC=TCCGCGCCTATGAGTTTGCGG;SOR=1.290;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=84;WE=117465865;WS=117465847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	117593216	rs4767506	C	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=5;PP=349;SC=CAGCCACAGCCTTGGGAGGCC;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=117593224;WS=117593206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	117593391	rs4767507	A	G	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=24;PP=941;SC=GAGGGCGGGTATGACTACTGA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=117593399;WS=117593381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	117595978	rs2279766	A	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=9;PP=228;SC=CAAAGGACCAAAAGGGGTGGC;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=117595986;WS=117595968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	117603561	rs4767511	G	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=217;SC=TCAGCTCAACGAAGAGATACA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=117603569;WS=117603551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	117624418	rs4767516	T	C	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=32;PP=980;SC=ATTATGAGTATTGATGCAACT;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=117624426;WS=117624408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	117646196	.	C	CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	131.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	117681353	rs34385734	A	ACCAT	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	117701714	rs2293054	A	G	4397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=46;PP=1630;SC=TCTTGAAGCCAATGGCTCGCC;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=84;WE=117701722;WS=117701704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr12	117705774	rs3741480	C	T	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=114;SC=TCTCTTGATCCTCTGCATCAA;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=117705782;WS=117705764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	117718473	rs11282297	G	GGGTAAAA	5362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=22;PP=2913;SC=AAAAGTCTGTGGTCTGGGGAC;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=41;WE=117718481;WS=117718463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	117718686	rs2293051	G	C	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=51;PP=1240;SC=GGTGGAGAGAGGGGAACACCC;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=25;TCR=52;TR=76;WE=117718694;WS=117718676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	117768105	rs111326073	G	GCA,GCACA	1530.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9,9;NR=8,8;PP=395,170;ReadPosRankSum=0.207;SC=ACACAAGCATGCACACACACA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=17,17;WE=117768113;WS=117768095;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.37,0.59:46
chr12	117905636	rs36058871	T	TA	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=1.351;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr12	117965093	.	CACACACACACACAG	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=2593;ReadPosRankSum=1.370;SC=TCGACACACACACACACACAC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=12;WE=117965125;WS=117965083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr12	117993064	rs7955803	C	T	3765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=36;PP=1302;SC=TGATGTCACACGGAACGGACT;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=117993072;WS=117993054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	118406112	rs7309205	A	G	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	118455480	.	AT	A	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr12	118455759	rs2393374	T	G	10521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.799;SC=TGGAAATCCTTTACCCATTGA;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=104;TCR=110;TR=212;WE=118455767;WS=118455749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,411:1.00:413
chr12	118480874	rs7312586	G	A	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.94;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	118506186	rs67405503	A	T	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=29;PP=1425;SC=GCTTACCTTGAAGATCCTGGA;SOR=1.225;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=78;WE=118506194;WS=118506176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	118508796	rs7135008	A	G	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	118509086	rs7135400	A	T	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=521;SC=GGTGGGAGCAAGGCAGGGGCC;SOR=2.494;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=118509094;WS=118509076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	118509138	rs9669300	A	G	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.87;SOR=1.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	118509148	rs7308222	C	T	3696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.08;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	118509157	rs7296643	T	C	4042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.56;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr12	118519822	.	TAAAA	T	168.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.02;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr12	118520240	rs6490164	G	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=365;SC=GCCGCCTGGGGATGACAGGGG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=118520248;WS=118520230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	118541188	rs35800761	G	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=2;PP=205;SC=GAGGCTGGGGGTATCTCGCCC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=118541196;WS=118541178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	118589069	rs2249624	G	A	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.62;QD=34.05;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	118589094	rs1696730	G	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.13;QD=43.05;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	118650917	rs353886	C	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=13;PP=312;SC=TAAAAAAATGCTTTGGAATAT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=118650925;WS=118650907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	118673483	rs5801274	G	GA	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=0.429;QD=14.31;ReadPosRankSum=-2.202;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,29:0.83:35
chr12	118681158	rs708862	T	A	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=1;PP=89;SC=AAATAGATAATAGAAAAAAAA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=118681166;WS=118681148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	118682751	rs428073	C	T	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=37;PP=1264;SC=CACCACCTCACTGGTGTGAGC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=118682759;WS=118682741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	118828755	rs492939	G	A	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=0;PP=339;SC=CAAAAGTCACGTGGGTCTGAT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=118828763;WS=118828745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	119419632	rs1568924	C	T	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=13;PP=950;SC=CGTTTGGAATCCACGTTTCAG;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=119419640;WS=119419622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	119563064	rs7311828	A	G	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=22;PP=1496;SC=GAGATGGAGAACTTCGGGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=51;TCR=23;TR=73;WE=119563072;WS=119563054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr12	119563084	rs7296134	C	G	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=32;PP=1665;SC=GGATGGTGACCAGTGCAAAGG;SOR=1.262;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=61;TCR=33;TR=93;WE=119563092;WS=119563074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr12	119563288	rs34186549	A	AC	3921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.334;NF=5;NR=80;PP=2350;ReadPosRankSum=-0.057;SC=AGAGCAGGTAACCCCTTGCCC;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=93;TCF=6;TCR=87;TR=85;WE=119563300;WS=119563278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,150:0.99:152
chr12	119563372	rs58198276	C	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=911;SC=CTCCACACTTCCAGCACAGGG;SOR=2.432;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=119563380;WS=119563362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	119568421	rs7298308	C	G	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=766;SC=GTTGGTCCTGCATACATCTCC;SOR=6.518;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=119568429;WS=119568411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	119568670	rs7298583	C	A	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=60;PP=1860;SC=CCTCTGCCAGCCTTGGCCACG;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=103;WE=119568678;WS=119568660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	119568691	rs4298970	A	G	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=55;PP=1793;SC=ACACTTGGGGAATGTGGAGGC;SOR=1.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=89;WE=119568699;WS=119568681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	119588962	rs2723880	G	A	8643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=95;NR=106;PP=2965;SC=CACTCGTCCCGATCCCCAAAT;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=95;TCR=106;TR=201;WE=119588970;WS=119588952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr12	119591176	rs34002484	A	AC	726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=676;SC=ATTATTAACCACCGGTGGGGA;SOR=3.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=17;WE=119591184;WS=119591166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	119916900	rs2519540	A	G	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=20;PP=1066;ReadPosRankSum=0.099;SC=GTCCTTCAGCACATATGATGA;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=58;WE=119916908;WS=119916890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,85:0.98:87
chr12	119937983	rs482802	A	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	119938010	rs1727390	A	C	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=442;SC=TTTGGCTCCTAGGTCCCAGCT;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=119938018;WS=119938000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	119957861	rs708884	T	C	4758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr12	119958068	rs573590	T	C	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=35;PP=860;SC=ACTGCAGGGATGCTCCTCCCC;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=45;WE=119958076;WS=119958058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	119960612	rs708887	G	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=366;SC=AGAGTTCTGTGACTGGTGCCT;SOR=2.400;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=119960620;WS=119960602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	119978404	rs708889	A	G	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=18;PP=1042;SC=GATTGCCACTATGTCTGCCTC;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=119978412;WS=119978394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	120067561	rs2301653	T	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=7;PP=516;SC=GCTACAACGATGGAGACTACG;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=120067569;WS=120067551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	120067727	rs2301654	C	T	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=50;PP=2127;SC=CTTTCTCGAACGCCCGTTGGA;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=114;WE=120067735;WS=120067717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr12	120067864	rs2893805	G	A	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=49;PP=1438;SC=CTTCTAGTGCGGGAGTGGGTG;SOR=1.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=15;TCR=49;TR=64;WE=120067872;WS=120067854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	120078577	rs2301655	T	C	1292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=27;PP=779;SC=CCAAAGGAGTTTCTAAGGAAT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=38;WE=120078585;WS=120078567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	120158203	rs7299963	C	T	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=18;PP=1033;SC=TTCCTATGATCATATATCACA;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=120158211;WS=120158193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	120171995	rs278109	T	C	4577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr12	120189879	rs904655	A	G	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	120189888	rs904654	T	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.24;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	120190059	.	CAG	C	53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=53;QD=31.5;SC=TGACCTGAGACAGAGAGAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=2;WE=120190068;WS=120190049;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,2:0.20:10
chr12	120220282	rs440299	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=315;SC=AGGTCCAAGCAAGCCGAGATG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=120220290;WS=120220272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	120220589	rs385959	C	T	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=332;SC=TGGTTGCCGACTCCGGTTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=120220597;WS=120220579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	120270528	rs4767849	T	C	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=15;PP=1375;SC=GGACCAAGAATACTTTTTAGT;SOR=1.996;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=65;WE=120270536;WS=120270518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	120499446	rs11431036	A	AG	4000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=35;PP=2325;SC=GATAAATGAAAGCAGAAACCT;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=120499454;WS=120499436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	120510171	rs11340414	TA	T	178.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=140;SC=ACAAATGAGTTAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=120510179;WS=120510163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	120518935	rs112656471	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.30;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	120534471	rs1054631	C	G	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=35;PP=1695;SC=GGGGACAGGACAACGGGGAGG;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=43;TCR=35;TR=78;WE=120534479;WS=120534461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	120535169	rs61748076	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=13;PP=420;SC=CCGTGATGCAGTTGAACATCT;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=120535177;WS=120535159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	120536783	rs7970908	C	T	15489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=185;NR=203;PP=2965;SC=GGGGCGCAGCCGGCTGCCTCT;SOR=0.792;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=391;TCF=186;TCR=205;TR=388;WE=120536803;WS=120536773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,592:1.00:592
chr12	120537042	rs7971249	C	G	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=31;PP=883;SC=CGTCAGGACACTGACCCGGAA;SOR=4.235;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=33;WE=120537050;WS=120537032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	120541553	rs11065019	A	G	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	120546136	rs7139151	G	A	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.62;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	120546145	rs7294975	C	G	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=39.92;ReadPosRankSum=2.048;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,28:0.97:29
chr12	120567406	rs2240312	C	A	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=22;PP=607;SC=ACACTGACCCCCCCTGCTCCT;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=120567414;WS=120567396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	120575549	rs3864938	A	C	7167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=77;PP=2965;SC=TCCAGCAGATACTCGATGATG;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=95;TCR=77;TR=171;WE=120575557;WS=120575539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr12	120588852	rs4503602	A	G	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=18;PP=1152;SC=CGCACAAGCAACGGCCTCCAC;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=120588860;WS=120588842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	120589160	rs2286046	A	G	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=23;PP=795;SC=TGGCTGGCACAAGGGGTGGCA;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=120589168;WS=120589150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr12	120591251	rs10735071	C	T	7190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=98;PP=2701;SC=GTCAACCCTACAGGCTGCATC;SOR=0.968;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=66;TCR=98;TR=163;WE=120591259;WS=120591241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr12	120606163	rs6490286	T	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=27;PP=806;SC=AGAGCTGATCTACTCCATCCT;SOR=2.160;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=31;WE=120606171;WS=120606153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	120612929	.	CAAA	C	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.484;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=5.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=2.724;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr12	120661977	rs4767884	T	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=5;PP=611;SC=AATCGGGAGCTGCTGGGCTGC;SOR=3.258;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=36;WE=120661985;WS=120661967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	120720038	rs7960743	T	C	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=30;PP=1446;SC=CACTGCCGCCTGGCCCCTCCA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=120720046;WS=120720028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr12	120741313	.	G	GA	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.472;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.59;MQRankSum=3.187;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.381;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,20:0.29:68
chr12	120750239	rs2261612	A	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=12;PP=664;SC=CTGTTCAGTCAGCGTCTTCCT;SOR=1.436;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=39;WE=120750247;WS=120750229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	120783527	rs1076205	G	A	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=9;NR=12;PP=289;SC=GAAGTGAGGCGCTGACCTCTC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=21;WE=120783535;WS=120783517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	120783561	rs1076206	T	C	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=263;SC=ATCGCCCCCCTACTGCAGGTC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=120783569;WS=120783551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	120791042	rs1007469	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=10;PP=397;SC=ACCCTGAGAAGTCAGACTGCC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=120791050;WS=120791032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	120794653	rs1179441	T	C	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=24;PP=1930;SC=CCCCTGCTAGTCCTGGGAGCA;SOR=1.993;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=66;TCR=24;TR=90;WE=120794661;WS=120794643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	120796703	rs1179445	T	A	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=3;PP=778;SC=ACGCAGATCCTGGGGGATAGG;SOR=3.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=120796711;WS=120796693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	120800823	rs757123	A	G	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=32;PP=1261;SC=CCCCAGCAGCAAGCGCCCCCA;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=120800831;WS=120800813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	120801064	rs34243955	GC	G	144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=85;SC=CTCTTTAAAGGCCCCCCCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=120801072;WS=120801054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	120806129	rs111293994	C	CT	2323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;QD=34.68;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	120897652	rs28390349	T	C	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=741;SC=AGCGAGACTCTGTCTCAAAAC;SOR=1.981;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=36;WE=120897660;WS=120897642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr12	120907271	rs11548262	G	T	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=40;PP=1725;SC=AGGCCGTGCCGGTTCTTGAGC;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=96;WE=120907279;WS=120907261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	120947948	rs500003	G	A	5978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	120954490	rs3742049	C	T	8641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=103;PP=2965;SC=TACTCTTTGGCAATTTCTTCC;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=100;TCR=103;TR=203;WE=120954498;WS=120954480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr12	120960102	rs142784328	A	G	5005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=68;PP=2357;SC=CACGATGGATACCAAGACTCA;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=122;WE=120960110;WS=120960092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	120994932	rs7956998	G	A	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=2;PP=490;SC=ATGTACCTACGTTGTAAACAA;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=120994940;WS=120994922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	120998481	rs787949	G	A	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=18;PP=1032;SC=CTACACCATCGTGAGCTTTGA;SOR=1.300;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=55;WE=120998489;WS=120998471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	121004564	rs35710723	CA	C	256.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr12	121008958	rs2280168	G	A	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=41;PP=1768;SC=CCCTTGGAACGTGACGAATAT;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=94;WE=121008966;WS=121008948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	121012456	rs11611781	C	T	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=244;SC=TGGCTGGGCACGGTGTCTCAT;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=121012464;WS=121012446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	121017171	rs7174	A	G	2059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=12;PP=1030;SC=TCCTCCTCTAATAAGCAGCTT;SOR=1.319;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=121017179;WS=121017161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr12	121017439	rs563920	A	G	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=48;PP=1966;SC=CTTGTGAAAGATCTCGACCTT;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=91;WE=121017447;WS=121017429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr12	121019323	rs591992	T	C	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=10;PP=263;SC=CTGTCAGCTCTCTCAAGCCCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=121019331;WS=121019313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	121093633	.	CGT	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=4.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,25:0.14:184
chr12	121093911	rs144243264	C	G	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=59;PP=1917;SC=CCAGGAGGAACAGACCAGCTA;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=94;WE=121093919;WS=121093901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr12	121097622	rs529584	G	A	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=28;PP=1057;SC=CCCAGGTTAGGTATTTTGTGA;SOR=0.825;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=64;WE=121097630;WS=121097612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	121131891	rs2393749	C	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=15;PP=597;SC=CTTTTGTCCTCAGCCTCAGAC;SOR=0.884;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=35;WE=121131899;WS=121131881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	121132100	rs7964786	C	T	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=7;PP=194;SC=TGCTGCTTGACCAGTAGGACA;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=121132108;WS=121132090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	121133037	rs504403	G	C	876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=19;PP=573;SC=TTGAGCTGATGACTATTTTGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=121133045;WS=121133027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	121151062	rs3833788	CTCTCTTG	C	6656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=38;PP=2976;SC=GTTGGTTTCTCTCTCTTGTTT;SOR=1.273;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=78;WE=121151076;WS=121151052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr12	121157535	rs56179458	G	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	121157535	.	GC	AA	112	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=112;QD=55.1559582874;SC=CAGCTGGGGGGCCTCTGTGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=121157544;WS=121157525;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	121157536	rs55730005	C	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	121157851	rs3752531	A	G	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=47;PP=1332;SC=GCAAGAGTAGATAGGGGAGGT;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=121157859;WS=121157841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	121163518	rs2239760	C	A	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=1;PP=194;SC=GCGTCGGTTCCTCGCCTTGGG;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=121163526;WS=121163508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	121174899	rs3914	T	C	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=48;PP=1284;SC=AGATCAGCCGTGGCTGCGCCT;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=85;WE=121174907;WS=121174889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	121175984	rs555404	T	C	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=50;PP=2019;SC=CCTGAGCTTCTGAGGGAGGTG;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=113;WE=121175992;WS=121175974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr12	121176083	rs1799958	G	A	5848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=67;PP=2748;SC=CTCCTTTCAGGGCATCAGTGC;SOR=0.748;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=78;TCR=67;TR=144;WE=121176091;WS=121176073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr12	121176679	rs3915	C	T	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=57;PP=1784;SC=TGACCTGGCGCGCTGCCATGC;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=106;WE=121176687;WS=121176669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr12	121177272	rs3916	G	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=19;PP=417;SC=GACTGCCCCAGGACTGCGGGA;SOR=5.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=121177280;WS=121177262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	121220375	rs2393717	G	C	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=323;SC=TGTAGTGATGGTTGTACAGCT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=121220383;WS=121220371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	121221628	rs7137504	C	T	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=326;SC=AACTTCATTCCGCCAAACACT;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=121221636;WS=121221618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	121222411	rs3213570	C	G	2720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=31;PP=1048;SC=AAGAGAAAAACAGACAGATTA;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=121222419;WS=121222401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr12	121222556	rs3213567	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=145;SC=CCAACGAGATTATGAGCTCCT;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=121222564;WS=121222546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	121248584	rs674021	G	A	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	121341762	rs7966446	C	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=7;PP=281;SC=CGGCCGGGGTCCGGTGCTTGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=14;WE=121341770;WS=121341752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	121341849	rs2686458	A	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	121416622	rs1169289	C	G	4810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=54;PP=2209;SC=CGGCCCTGCTCGAGTCAGGGC;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=113;TCF=59;TCR=54;TR=113;WE=121416630;WS=121416612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	121416650	rs1169288	A	C	4233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=52;PP=2226;SC=AGAGGCACTGATCCAGGCACT;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=108;WE=121416658;WS=121416640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	121416988	rs2244608	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=380;SC=TTGAGTCCCCATGACCTTCAG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=121416996;WS=121416978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	121426594	rs1169294	G	A	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=18;PP=1526;SC=TATGGGGAGAGACAGCCCTTG;SOR=2.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=50;TCR=18;TR=68;WE=121426602;WS=121426584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	121431300	rs1169301	C	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=9;PP=638;SC=CAGTACCCCACTCACGGCTTT;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=121431308;WS=121431290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr12	121432302	rs1169302	T	G	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=31;PP=830;SC=CTCTTTGCACTTCAGTTTGGT;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=121432310;WS=121432292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	121434630	rs55853809	C	CTCATTCAT,CTCAT	2815.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=4,4;NR=22,22;PP=68,1189;SC=GCCACTGGGACTCATTCATTC;SOR=0.793;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=26,26;WE=121434638;WS=121434620;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:61
chr12	121434833	rs2259852	G	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=20;PP=594;SC=AGGGTAAGGGGGACTGATGTT;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=121434841;WS=121434823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	121435342	rs2259820	C	T	4520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=44;PP=2420;SC=CCTGACCACCCTGCAGCCCGT;SOR=1.126;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=78;TCR=44;TR=122;WE=121435350;WS=121435332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	121435427	rs2464196	G	A	7514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=81;PP=2965;SC=GTGACCCAGAGCCCCTTCATG;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=186;TCF=103;TCR=83;TR=184;WE=121435435;WS=121435417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr12	121435475	rs2464195	G	A	8219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=94;PP=2965;SC=CACGGTGAGCGCCCTGTGCCC;SOR=0.792;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=107;TCR=95;TR=201;WE=121435483;WS=121435465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr12	121435587	rs2259816	G	T	6003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=88;PP=2695;SC=GGACAAGTGTGTTTCCGTGAT;SOR=1.071;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=144;WE=121435595;WS=121435577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	121437221	rs1169304	T	C	15143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=152;NR=187;PP=2965;SC=GGCCCTCCCTTGGCCTGTGAC;SOR=0.857;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=342;TCF=152;TCR=190;TR=339;WE=121437229;WS=121437211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,589:1.00:589
chr12	121437382	rs1169305	A	G	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=53;PP=1582;SC=GGACCCTGCCAGCATCCAGCA;SOR=1.586;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=20;TCR=54;TR=73;WE=121437390;WS=121437372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	121438844	rs735396	T	C	4437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=39;PP=2524;SC=GGTGGGTGGCTAGCAGCCTTG;SOR=1.427;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=89;TCR=39;TR=128;WE=121438852;WS=121438834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	121439433	rs1169310	G	A	6896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=109;NR=63;PP=2965;SC=GAGAGGCCCTGGATCAGCGTG;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=174;TCF=110;TCR=64;TR=172;WE=121439441;WS=121439423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr12	121444023	rs369076214	AAAG	A	98.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=1.454;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr12	121444024	rs66710628	AAG	A	165.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-1.626;SOR=0.261;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr12	121450165	rs2264750	C	T	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=14;PP=935;SC=TGACGTGGGCCAATGGGAGGA;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=121450173;WS=121450155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	121450354	rs2264778	C	A	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=34;PP=924;SC=CAGATAGATGCACTTTTAAGA;SOR=1.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=46;WE=121450362;WS=121450344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	121450384	rs2254971	G	C	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=431;SC=GGCCGGGCGCGGTGGCTCACG;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=26;WE=121450392;WS=121450374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	121454257	rs2258227	T	A	11699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=146;PP=2965;SC=AATCGCTCACTGTGCCACTGG;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=270;TCF=122;TCR=148;TR=265;WE=121454265;WS=121454247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr12	121454313	rs2258287	C	A	9029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=134;PP=2965;SC=AGAACACCGCCGTTATCAAGC;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=214;TCF=79;TCR=135;TR=213;WE=121454321;WS=121454303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr12	121471337	rs3213545	G	A	4319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=53;PP=1915;SC=TGGTGAAGACGAGAGCATCGG;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=106;WE=121471345;WS=121471327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr12	121593019	rs1718125	C	T	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	121594056	rs208290	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=295;SC=TGAGCCCACAGATATCTACTG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=121594064;WS=121594046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	121600180	rs208293	C	T	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=32;NR=21;PP=991;SC=ACGTCCTCTCCGCAGTTCTTT;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=53;WE=121600188;WS=121600170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr12	121600253	rs208294	T	C	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=35;PP=1267;SC=GTGTGTAGTGTATGAAGGGAA;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=121600261;WS=121600243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	121605392	rs143313624	C	T	3777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=41;PP=1544;SC=ACGACAAGACCACCAACGTGT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=85;WE=121605400;WS=121605382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	121613060	rs3751147	G	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=492;SC=GCTGCAGTGAGTGGTAATCCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=121613068;WS=121613050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	121613090	rs3751146	G	A	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=6;PP=734;SC=CTCCAGCCTGGGTGACAGCGT;SOR=2.303;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=38;WE=121613098;WS=121613080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	121614934	rs7132846	C	T	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	121615131	rs2230911	C	G	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=23;PP=764;SC=CTCATCGACACTTACTCCAGT;SOR=0.866;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=121615139;WS=121615121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	121622239	rs3751144	C	T	6672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=63;PP=2557;SC=GGGATAGCCCCGTCTGGTGCC;SOR=0.823;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=77;TCR=63;TR=140;WE=121622247;WS=121622229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr12	121622419	rs3751142	G	T	4976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;SC=AGCCCTTGCTGGCGCTGGATG;SOR=0.938;Source=Platypus;TCF=46;WE=121622427;WS=121622409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	121622520	rs1653624	A	T	3580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=42;PP=1278;SC=GACTTTGCCAACCTGCCCAGC;SOR=1.011;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=121622528;WS=121622510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	121659684	rs7298368	C	T	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=39;PP=1792;SC=GTCCTCTGAGCGTGGCTTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=98;WE=121659692;WS=121659674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr12	121659999	rs1629287	G	A	6861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=122;PP=2965;SC=TGGGGAGGGCGGCCCCTGAGC;SOR=1.139;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=75;TCR=123;TR=197;WE=121660007;WS=121659989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr12	121660787	rs25643	T	C	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=38;PP=1205;SC=TCAACGGGTCTGTCAAGACGT;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=73;WE=121660795;WS=121660777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	121666476	rs3815989	C	T	3146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	121666646	rs25644	A	G	5791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=84;PP=2783;SC=CGCAGGACACAGTTTCCAGGA;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=76;TCR=84;TR=160;WE=121666654;WS=121666636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr12	121670193	rs5801428	CT	C	6427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=32;PP=2961;SC=CCATCTCCCCCTGATCCATCC;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=37;TCR=33;TR=68;WE=121670201;WS=121670183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	121678327	rs63023660	C	CT	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr12	121682051	rs2686340	T	C	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=9;PP=164;SC=CCATGGGCCCTGTGACAGAGC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=121682059;WS=121682041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	121690305	rs112943694	T	TCTGGTGATCCGC	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=754;SC=ACTCCTAACCTCTGCCTCAGC;SOR=1.329;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=3;WE=121690313;WS=121690295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	121690548	rs2686344	T	C	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.81;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	121690555	rs2686345	T	C	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.30;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	121690587	rs1560568	G	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=19;PP=528;SC=GTTTTCCTTTGGGGAACCACC;SOR=1.942;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=121690595;WS=121690577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	121691096	rs1132780	G	A	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	121735597	rs2686367	T	G	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=19;PP=591;SC=GTGCTTCTCTTGTATTTCTAG;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=121735605;WS=121735587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	121757660	rs2942064	G	A	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=138;SC=ACAAAATGGCGAATGTTCATC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=121757668;WS=121757650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	121853164	rs11065565	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	121870922	rs12427382	G	A	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	121871006	rs11065575	A	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr12	121878659	rs1064951	C	T	3194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=32;PP=1398;SC=GATCCCGCATCTGGGCATCCT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=81;WE=121878667;WS=121878649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr12	121879111	rs2288154	G	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=441;SC=GCTCTTAACTGTCCCCACCTA;SOR=2.124;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=121879119;WS=121879101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	121880520	rs3751131	G	A	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=37;PP=1275;SC=AGCGGGAGTGGTCGCTCTCCC;SOR=0.953;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=64;WE=121880528;WS=121880510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	121881848	rs10849885	G	A	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.58;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	121882098	rs3817551	T	G	8809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=96;PP=2965;SC=AAAGAGAGAATGAACAGACCA;SOR=0.884;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=220;TCF=119;TCR=101;TR=214;WE=121882106;WS=121882088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr12	122064773	rs141919534	CCCGCCA	C	5204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;QD=43.74;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	122097043	.	GCA	G	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.247;NF=5;NR=5;PP=208;ReadPosRankSum=-1.031;SC=ACACACGCGCGCACACACACA;SOR=0.759;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=10;WE=122097054;WS=122097033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr12	122217856	rs59641582	G	GGT	2087.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=1004;SC=GGTTCCCCCAGGTGTCTCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=122217864;WS=122217846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	122231368	rs2707067	C	A	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=36;PP=1139;SC=AGGGGCGTCCCTCGCCCCCAC;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=64;WE=122231376;WS=122231358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr12	122231573	rs2707066	C	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=284;SC=GGCGGCGCGCCGGGCACTAGC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=122231581;WS=122231563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	122243595	rs67605254	ATT	A	232.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=16;HapScore=3;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=123;SC=TCCAAAAAAAATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=10;WE=122243605;WS=122243586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	122243905	rs1168666	C	T	7158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=94;PP=2922;SC=ACCTGGGCATCGCCAAGGTGG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=84;TCR=94;TR=177;WE=122243913;WS=122243895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr12	122248582	rs895952	C	G	13271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=129;NR=149;PP=2965;SC=CAACACCCCTCCCAGACTCCG;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=280;TCF=130;TCR=150;TR=278;WE=122248590;WS=122248572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr12	122348666	rs34301662	C	CA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,18:0.22:82
chr12	122441745	rs142069376	A	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=34;PP=973;SC=TCCATGAGGCACTGCTTTTTA;SOR=2.687;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=40;WE=122441753;WS=122441735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	122481641	rs111943468	C	CA	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.979;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr12	122492598	rs2280573	A	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=636;SC=TGTAGCCTTCAAAGACCACTG;SOR=2.649;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=122492606;WS=122492588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	122611620	rs75503016	A	G	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=107;SC=CAGTATCCCCACCATGCCCTG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=122611628;WS=122611619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	122611641	rs78324047	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=149;SC=CCCTGTGTGGCTCTGAAGAAA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=122611649;WS=122611631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	122612325	rs7488393	G	A	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=12;PP=901;SC=GAAGGAAAGGGTACCTGGGAA;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=122612333;WS=122612315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	122612350	rs7486198	G	T	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=40;NR=22;PP=1007;SC=GTCTGCCCTAGGGGAGGGGTG;SOR=1.216;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=62;WE=122612358;WS=122612340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	122612598	rs7484733	T	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=36;PP=1084;SC=GCTGGTCCTGTAGGAGAGGCT;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=122612606;WS=122612588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	122612625	rs10847611	C	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.58;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	122612635	rs6489238	G	A	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	122613540	rs6489244	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=441;SC=TGGGACGTACTTTCTGAGTGA;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=122613548;WS=122613530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	122613599	rs10847853	A	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=13;PP=548;SC=AGGCCTGATTATAGTGCCGGA;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=122613607;WS=122613589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	122614060	rs7487608	G	T	5179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.701;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=55;PP=2373;ReadPosRankSum=-0.874;SC=CTCCCTGAGAGTTCTGTATAT;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=85;TCR=56;TR=140;WE=122614068;WS=122614050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,203:1.00:204
chr12	122614387	rs7487292	T	G	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=14;PP=556;SC=TCACTTCCACTGAGCACCCCT;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=122614395;WS=122614377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	122658383	rs6489173	A	G	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=20;PP=934;SC=AATCTCTAGGACACTCACATC;SOR=0.876;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=48;WE=122658391;WS=122658373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr12	122668965	rs10847623	T	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=7;PP=431;SC=CTAAACTCTATCCCTAATCGT;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=122668973;WS=122668955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	122674032	rs10847725	C	T	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=25;PP=828;SC=TTCTCAGAGCCGAGATCAATT;SOR=1.121;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=45;WE=122674040;WS=122674022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	122674758	rs4758651	G	A	9957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=114;PP=2965;SC=GGACCCTCCGGCACCTGCGAC;SOR=0.698;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=114;TCR=114;TR=228;WE=122674766;WS=122674748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr12	122676013	rs11060167	A	C	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	122684966	rs11060679	G	C	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=21;PP=1231;SC=CATGGGAGCCGCACTCCCTGG;SOR=0.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=50;WE=122684974;WS=122684956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	122689161	rs12827843	C	G	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=30;PP=1001;SC=CTCCAGCTGCCGTTCATGCTT;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=56;WE=122689169;WS=122689151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr12	122689181	rs7136356	C	G	4616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=30;PP=1213;SC=TCCTCCCCAGCCTTCCGCAGC;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=58;WE=122689189;WS=122689171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr12	122689244	rs12828049	C	T	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=27;PP=794;SC=CAGATTCTTTCACCGCCTCTG;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=122689252;WS=122689234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	122691738	rs4758675	C	A	6640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=84;PP=2965;SC=GTGCCTGAGGCGGCTGGGGCT;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=76;TCR=84;TR=160;WE=122691746;WS=122691728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	122694214	.	C	CA	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=-2.406;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,23:0.17:135
chr12	122701001	rs2271411	T	A	3124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=5.412;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.29;ReadPosRankSum=1.475;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:16,146:0.90:162
chr12	122703014	rs7963565	C	T	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=76;PP=2257;SC=AATAGGCAAGCAAAAAACGTA;SOR=1.381;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=40;TCR=76;TR=116;WE=122703022;WS=122703004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr12	122720310	rs2271408	C	T	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=18;PP=858;SC=TAAGCTGAGACGAGGTGGAGA;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=122720318;WS=122720300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	122723317	rs143384399	TACACACAC	T,TAC	2523.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.18;QD=36.58;SOR=2.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,16,52:0.23,0.75:69
chr12	122738097	.	C	CAA	90.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.17;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	122748099	rs36124217	A	G	3087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=31;PP=1437;SC=CTTTTGGATCAAACACAAGCT;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=122748107;WS=122748089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr12	122760929	.	C	CCACACACACACACACACA	1802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;QD=47.44;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	122762604	rs2271409	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	122812503	rs1129167	G	C	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=2;PP=556;SC=CTTTGGCTTTGTCGGCTTGCT;SOR=2.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=122812511;WS=122812493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	122817507	rs7956480	A	G	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=14;PP=729;SC=ACCTAAGGTCAGCACTCTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=122817515;WS=122817497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	122838956	rs4997380	A	G	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	122962337	.	CA	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.419;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr12	122964708	rs10846978	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=4;PP=303;SC=TCACATCACATGATAATTTAA;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=122964716;WS=122964698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	122965020	rs63098963	C	CT	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=1.796;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr12	122966016	rs57144421	T	TA	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.674;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.033;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr12	122966373	rs4758692	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=0;PP=374;SC=AATTAATGTATATTACCTAGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=16;WE=122966381;WS=122966371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	122968149	rs11354559	GA	G	1026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=25;PP=679;SC=TATTTAAGCAGAAAAAAAGAC;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=25;WE=122968157;WS=122968139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	122983460	rs7314638	A	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=20;PP=719;SC=TAACAATGCAAATCATAAAAT;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=122983468;WS=122983450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	122990042	rs1115154	A	G	4637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=69;NR=48;PP=1921;SC=CAAGAAGTCTATAAGTCCCAA;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=70;TCR=49;TR=117;WE=122990050;WS=122990032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr12	122991478	rs9988963	C	G	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=16;PP=515;SC=GTCCTGTTAACAAACACTGAA;SOR=1.148;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=25;WE=122991486;WS=122991468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	122993011	rs10773230	C	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=383;SC=GAAGAGAATACAAAAATGGAT;SOR=1.681;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=122993019;WS=122993001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	122995468	rs10709275	GA	G	401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=221;SC=GGTGATGTGGGACCTGCAGTC;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=122995476;WS=122995458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	122999358	rs11322682	CA	C	400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=128;SC=ATTTAAGACTCAAAAAAAAAA;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=122999366;WS=122999348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	122999535	rs6489056	C	T	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=365;SC=CACAAATATGCCACCATATTA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=122999543;WS=122999525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	123001737	rs57311174	G	A	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=6;PP=591;SC=CTCTCTGAGGGTCCTATTAAA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=123001745;WS=123001727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	123024332	.	CT	C	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.600;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=1.381;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr12	123030788	rs7968222	G	T	1234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=18;PP=490;SC=TGACAGTTAAGAACCTTATTG;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=123030796;WS=123030778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	123031330	rs78620163	A	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;QD=26.37;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	123031379	rs200482729	AT	A	106.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=-0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.862;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr12	123071366	rs202051366	T	TTTTA	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=41.61;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	123079035	rs4319547	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=20;PP=543;SC=TCCATAGACCACTATTTTCTT;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=123079043;WS=123079025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	123087442	rs7307735	A	G	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=53;PP=2237;SC=AAGGTAATGGATTAAAACATT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=107;WE=123087450;WS=123087432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	123087819	.	T	TA	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.47;ReadPosRankSum=1.727;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr12	123102921	rs11837038	T	G	3730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=42;PP=1913;SC=TGGCAGCGTGTGATACAGATA;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=101;WE=123102929;WS=123102911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	123103008	rs139890796	G	GT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,24:0.19:127
chr12	123103016	rs7301589	G	T	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.04;ReadPosRankSum=-2.766;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:17,110:0.87:127
chr12	123103115	rs376934174	CA	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=6.133;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr12	123107165	.	T	TA	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-1.529;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr12	123110654	rs3803005	T	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=205;SC=TATGTAGATTTGTATCACTTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=123110662;WS=123110644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	123200247	rs56308926	G	C	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=69;NR=64;PP=2405;SC=CGGAGTTGGCGATTAACGCCT;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=69;TCR=64;TR=133;WE=123200255;WS=123200237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr12	123265952	rs1798563	A	G	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=40;PP=1182;SC=ATTAGATTTGACCGGGCACGG;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=57;WE=123265960;WS=123265942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	123273573	rs76417864	A	G	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=105;SC=GAGTAGATCAATTCCTGGCCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=123273581;WS=123273563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	123281967	rs10744394	G	A	4706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=64;PP=2099;SC=ATCCTTCTCTGTCACATAAGA;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=117;WE=123281975;WS=123281957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	123290951	rs34775544	GTT	G	1308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.36;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,61:0.76:80
chr12	123297718	rs4759391	T	A	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=244;SC=AGCCTGGGCGTCAGAGCAAGA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=123297726;WS=123297708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	123307754	rs7954285	CA	TG	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=5;PP=515;SC=GTGATCCGCCCACCCTGGCCT;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=123307763;WS=123307744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	123333065	rs2135014	C	T	5442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=51;PP=1948;SC=TCTGGTCCTACGCCATTGGGC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=108;WE=123333073;WS=123333055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr12	123334946	.	G	A	169	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5003;HP=1;HapScore=2;MGOF=94;MMLQ=17;MQ=54.98;NF=2;NR=9;PP=169;QD=18.5246556861;SC=GCCCTGGTTCGGTGGCCGCTG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=11;WE=123334954;WS=123334936;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,11:0.79:14
chr12	123335483	rs2271048	A	G	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	123335488	rs2271049	G	A	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.41;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	123335527	rs2271050	C	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=16;PP=416;SC=CCGCGTCTCACGCCCAGGCGT;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=123335535;WS=123335517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	123339344	rs2292136	A	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=5;PP=829;SC=GCCCGGTCTCAGGTGATCTCT;SOR=3.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=123339352;WS=123339334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr12	123339712	rs2292138	A	G	6805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=113;PP=2965;SC=CCCTTTGAGGACCCCAGGCAC;SOR=1.342;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=59;TCR=115;TR=172;WE=123339720;WS=123339702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr12	123340453	rs11418615	G	GC	1349.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=686;SC=AGCTGGAGGTGCGGGGTGGGG;SOR=2.554;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=30;WE=123340462;WS=123340443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	123341289	rs897386	A	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.78;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	123341297	rs897385	A	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr12	123341833	rs7138398	G	C	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=61;PP=2053;SC=CTGTCTCCGTGATCTGCCTGT;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=105;WE=123341841;WS=123341823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr12	123341863	rs2343109	G	C	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=61;PP=1510;SC=TTCATGTAAAGGGGATCATAC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=96;WE=123341871;WS=123341853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr12	123342628	rs34131980	CCTCTT	C	3012.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=18;PP=1447;SC=TCTAACCTGTCCTCTTCACCC;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=123342640;WS=123342618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr12	123343571	rs2343110	T	G	10832.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=44.58;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr12	123343572	rs5801491	G	GGC	6857.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=72;PP=2643;ReadPosRankSum=-0.107;SC=GCCTGTCGGTGGGGGGGGCTC;SOR=0.784;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=93;TCF=18;TCR=75;TR=90;WE=123343581;WS=123343561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,228:0.99:230
chr12	123344910	rs937765	A	C	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=32;PP=1475;SC=CTTGAGGGCCACTTTCCACCT;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=79;WE=123344918;WS=123344900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	123345347	rs7306948	G	A	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=32;PP=1238;SC=CTTGCACGCCGACAGCAGCAC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=123345368;WS=123345337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	123345360	rs7298176	T	C	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=27;PP=1222;SC=AGCAGCACACTGGGCTCTGGG;SOR=1.055;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=68;WE=123345368;WS=123345337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	123345736	rs10847910	C	G	11768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=86;PP=2965;SC=AGATGGAGACCCAGGTAGGCG;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=169;TCF=80;TCR=89;TR=165;WE=123345744;WS=123345726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr12	123345756	rs3215148	G	GC	11039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=76;PP=2622;SC=GCCCATGGCTGCCCCGTGACC;SOR=0.717;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=101;TCF=20;TCR=81;TR=93;WE=123345766;WS=123345746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr12	123352179	rs3825143	C	T	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=489;SC=AACCTGGTTACAGGGACAGCC;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=123352187;WS=123352169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	123433137	rs10848106	T	C	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=6;PP=518;SC=GCTGCCAGGGTGCACAGTCCC;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=123433145;WS=123433127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	123470586	rs12828755	C	T	245.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=202;SC=ACTTGGGGCCCGCGGCTGCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=123470594;WS=123470576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	123471094	rs12811109	G	A	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=70;PP=2795;SC=CATAGGCCGCGTGCACGCGCA;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=72;TCR=70;TR=142;WE=123471102;WS=123471084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr12	123471402	rs2049506	T	C	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=37;PP=1226;SC=CGTCTCATGGTCACCCCTTCC;SOR=0.928;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=123471410;WS=123471392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr12	123707509	.	ATG	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.599;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.310;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,8:0.13:60
chr12	123794022	rs6488867	T	C	4032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=70;PP=2334;SC=CTTCACAACATTTTCTAAACT;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=39;TCR=71;TR=109;WE=123794030;WS=123794012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr12	123806219	rs1060105	C	T	9072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.196;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.178;SC=GTCGTCAGAACTGCTACCAGT;SOR=0.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=122;TCR=103;TR=222;WE=123806227;WS=123806209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,358:1.00:359
chr12	123810662	rs111400678	A	AC	2038.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.51;QD=31.86;SOR=1.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	123812207	rs7959415	C	T	4491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=57;PP=2347;SC=GAATAACACACTTCTTAGATT;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=121;WE=123812215;WS=123812197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	123812611	rs10846517	A	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	123813493	rs7301163	C	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=389;SC=TTTCTCTCTGCAACATTCATC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=123813501;WS=123813483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	123815146	rs369148541	TA	T	49.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=8.30;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	123815668	rs6488869	A	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=2;PP=379;SC=CACCATGACGACCGGCTGATT;SOR=4.047;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=123815676;WS=123815658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	123816007	rs11282939	T	TATGTTG	1770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=29;PP=1854;SC=GGAGTAGGAATATGTTATGTT;SOR=4.073;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=1;TCR=43;TR=29;WE=123816015;WS=123815997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	123821234	rs7486223	T	A	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=285;SC=GACAATGAGGTCCTACTCTGT;SOR=5.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=123821242;WS=123821224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	123825339	rs7312145	A	G	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=52;SC=CACTCCATCAATCTGCAAGTT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=123825347;WS=123825329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	123825389	rs7315453	T	C	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=205;SC=TCCAGCGAGGTTTAAGCATAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=123825397;WS=123825379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	123825559	rs12322888	C	T	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	123832710	rs11325003	TA	T	5062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=59;PP=2774;SC=AGACAAAAAATAAAAGGACAG;SOR=0.776;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=73;TCF=9;TCR=64;TR=68;WE=123832718;WS=123832700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr12	123832746	rs10846523	G	A	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=46;PP=1483;SC=CAAGGACAAGGTTTGCATTTA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=123832754;WS=123832736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	123875394	rs28660993	C	T	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=37;PP=1085;SC=AGCCTCTGTCCTCTGCAAGAA;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=123875402;WS=123875384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	123881176	rs28372579	A	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=21;PP=586;SC=TGCTGGGGTCACTGCAGGGCT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=123881184;WS=123881166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	123907563	rs28625019	G	A	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=18;PP=1519;SC=TATTTGGCGGGACCGGGGGGC;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=71;WE=123907571;WS=123907553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr12	123907750	rs71085902	G	GT	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr12	123983941	rs9697264	G	A	4215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=26;PP=1619;SC=GAGGGTGGACGCAGGTCAGGG;SOR=1.273;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=89;WE=123983949;WS=123983931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr12	123997770	rs78426500	T	G	5232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=51;PP=2236;ReadPosRankSum=-0.683;SC=TATGTGTGTGTCGTGTGTGTT;SOR=0.284;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=119;WE=123997778;WS=123997760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,204:1.00:205
chr12	124003047	.	CAA	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.237;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,14:0.17:82
chr12	124008073	rs2292500	A	G	3619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=44;PP=1370;SC=CCTCTGAGAAATTGACATCCT;SOR=0.895;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=76;WE=124008081;WS=124008063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	124017850	rs28492040	G	C	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr12	124069111	rs71088937	GGGC	G	1914.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=10;PP=980;SC=GAAGGCAGCGGGGCGGCGGCG;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=21;WE=124069121;WS=124069101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	124069213	rs786446	T	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=28;PP=1041;SC=TGCTGGTGCTTCTGGCCGCTC;SOR=1.101;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=58;WE=124069221;WS=124069203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	124081094	rs16917551	C	T	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=3;PP=398;SC=ATTTATGATGCCTATGTCTTT;SOR=1.839;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=124081102;WS=124081084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	124086620	rs786427	G	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=385;SC=CTGGAGCTGCGGGAAGCGGAA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=124086628;WS=124086610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	124086998	rs786428	C	G	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=52;SC=AGAGGGGCCGCGACCCACCCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=124087006;WS=124086988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	124090398	rs147500930	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=7;PP=452;SC=CTTAGCTGCCCATTATGTTCC;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=124090406;WS=124090388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	124090453	rs786436	A	G	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	124090605	rs4047521	ACT	A	4708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.09;NF=10;NR=36;PP=2183;SC=GGAAACCAAAACTCTCTGTTT;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=46;WE=124090614;WS=124090595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr12	124097547	rs57153600	CAT	C	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=53;SC=GGCAGCAGCACATGTTGATAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=124097556;WS=124097537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	124099704	rs35708602	G	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=6;PP=612;SC=AGTGGCCAATGACTCTAAGCC;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=124099712;WS=124099694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	124099925	rs3748269	T	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=436;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GGTCCCCAAATGCCCCATTCT;SOR=0.820;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=29;WE=124099933;WS=124099915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr12	124101041	rs56675602	T	G	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=17;PP=1217;SC=TCAGAATGCTTTTTTCTCATT;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=124101049;WS=124101031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr12	124101347	rs6488883	G	C	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=19;PP=592;SC=AGGCCTTGCCGTGCTCCATGT;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=124101355;WS=124101337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	124102433	rs113768780	CGTTTTCAGATAGAATGCCTA	C	3037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=18;PP=2970;SC=AGCTGCCGTCCGTTTTCAGAT;SOR=1.512;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=124102460;WS=124102423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	124102801	rs113971302	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=6;PP=423;SC=TCAGGTGATCCGCCCACCTCG;SOR=1.426;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=20;WE=124102809;WS=124102792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	124102871	rs68163141	T	C	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=26.10;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	124102889	rs7139162	C	G	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	124102893	rs71458808	G	A	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	124102920	rs34514002	T	C	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr12	124103060	rs12829500	A	C	2448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=23;PP=1449;SC=AACATACTTTACAGAGCATGT;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=124103068;WS=124103050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr12	124104049	rs15587	A	G	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=14;PP=853;SC=AATTGAGAGGAAAGCAGTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=38;WE=124104057;WS=124104039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	124104460	rs7302183	C	G	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=171;SC=GGTTTCACTACAACACTATTG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=124104468;WS=124104453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	124104686	rs3204541	G	A	3960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr12	124116817	.	T	TA	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.829;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr12	124116833	rs7300147	G	A	1314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=31.30;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	124124445	rs11572934	C	CGTGT	8114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=46;PP=1679;SC=TGCGTGCGTGCGTGTATGTGT;SOR=0.780;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=62;WE=124124453;WS=124124435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr12	124139597	rs4930737	A	G	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=37;PP=1172;SC=GAAGGAGTCAATTTCATTTTT;SOR=1.394;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=124139605;WS=124139587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	124144395	rs1051793	A	G	9238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=113;NR=93;PP=2965;SC=TCCCACCCCCAGTTCATGTTG;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=114;TCR=94;TR=206;WE=124144403;WS=124144385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr12	124144572	rs3215246	CT	C	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.809;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr12	124156897	rs7306549	A	G	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=77;SC=TGTGAACTCTATGAAATTGTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=124156905;WS=124156887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	124158080	rs7978447	A	G	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=7;PP=626;SC=GCTGATGTGTACTTTTATTGT;SOR=1.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=124158088;WS=124158070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr12	124171323	rs7297576	T	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=6;PP=689;SC=TAGCATTCGCTACGCTTGCCA;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=29;WE=124171331;WS=124171313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	124171658	rs7309528	C	T	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=55;PP=1523;SC=GTAGGCCCTGCAACGCGGTCA;SOR=2.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=72;WE=124171666;WS=124171648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr12	124172555	rs7298831	A	T	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	124172731	rs7313032	G	A	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.97;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	124172746	rs7302449	T	C	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	124172778	rs7302458	T	A,TA	1113.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=29.31;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,24,14:0.63,0.37:38
chr12	124177016	rs35946281	C	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=4;PP=306;SC=TTTCTTCCTCCGTTATAATTA;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=124177024;WS=124177006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	124177289	rs7137946	T	C	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=20;PP=438;SC=TGTTACACTTTGACGTCATTT;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=124177297;WS=124177279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	124179417	rs7966867	T	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=40;PP=1293;SC=GATCAACCCCTAGAATTGTGA;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=72;WE=124179425;WS=124179407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr12	124179620	rs12828633	G	A	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=80;SC=AAACTAAGTTGGACTTGTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=124179628;WS=124179610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	124179739	rs12831081	A	G	173.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.31;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	124180011	rs11834492	T	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=293;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CTCTGTTGCCTAGTCTGGAGT;SOR=0.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=124180019;WS=124180001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr12	124181049	rs7298440	C	T	6546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=70;PP=2315;SC=TCGGGTAATCCGGTTTGGTCA;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=61;TCR=71;TR=130;WE=124181057;WS=124181039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr12	124181820	rs7979528	A	G	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=25;PP=654;SC=TGAATATCAAAGACAGCATGA;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=38;WE=124181828;WS=124181810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	124197099	rs1139320	C	T	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=15;PP=843;SC=CCTCCGGGCGCGGGTCGGCCC;SOR=1.394;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=124197107;WS=124197089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	124197280	rs66647364	A	C	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=35;PP=1121;SC=TGGCGCCCCCAATCCCGCGCA;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=124197288;WS=124197270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr12	124242458	rs370511382	CT	C	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=9.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr12	124252044	.	T	C	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=30;PP=1211;SC=ACGAGTCTCCTGTGGGCCACA;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=80;WE=124252052;WS=124252034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	124267638	rs11057354	A	G	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=20;PP=787;SC=CTGACTGATCACTTTTATTTT;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=124267646;WS=124267628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	124281419	rs368845242	AT	A	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr12	124315342	rs376586194	AT	A	172.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=1.341;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr12	124315343	rs7976816	T	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-1.247;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr12	124319864	rs4930730	T	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=13;PP=478;SC=GTTGATTTGGTTCTGTCTCAT;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=26;WE=124319872;WS=124319854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr12	124325977	rs4930729	T	G	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=966;ReadPosRankSum=-0.625;SC=TCGGAAGATCTTGCGGGCTGA;SOR=0.263;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=55;WE=124325985;WS=124325967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr12	124330440	rs4930728	G	A	5828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=76;PP=2908;SC=GGGGTCACTGGCATTTCAAAA;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=78;TCR=76;TR=154;WE=124330448;WS=124330430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr12	124363724	rs72053758	GTGTC	G	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=412;SC=TGCGCTCTGTGTGTCTGTCTG;SOR=3.056;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=8;WE=124363735;WS=124363714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	124366150	rs34756279	CT	C	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=1.965;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr12	124416054	rs61953572	T	C	3904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=58;SC=ATTAGTTTGATTGGGGTTTTA;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=106;WE=124416062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr12	124799387	rs904647	G	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=9;PP=232;SC=ATGGGTCCATGGAGTGCCCTT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=124799395;WS=124799377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	124810174	rs10846657	G	A	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	124810968	rs1006100	C	T	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=19;PP=496;SC=AAGACAGCACCGACGCTACGG;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=124810976;WS=124810958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	124824721	rs143952466	C	CGCCGCTGCT	2706.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=2979;SC=CCCCCACCCCCGCCGCTGCTG;SOR=0.950;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=30;WE=124824729;WS=124824711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	124824739	.	T	TGCCGCTGCG	2976	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=59.87;NF=12;NR=18;PP=2976;QD=20;SC=CTGCCGCTGCTCTGCTCTGTA;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=30;WE=124824747;WS=124824729;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr12	124825447	rs1702334	A	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=191;SC=TCCCAGCACCAGCCATGGAAC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=124825455;WS=124825437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	124829234	rs1263992	C	T	3241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=11;PP=950;SC=CCTCATAGGTCAGGGGGCTCT;SOR=1.457;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=124829242;WS=124829224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	124829255	rs1244085	A	G	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.71;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	124831062	rs11370026	C	CG	38.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=66;SC=CCACAGCCACCGCCACCCCTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=124831070;WS=124831061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr12	124832492	rs1244064	C	G	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=36;PP=1248;SC=CATTCCGTGGCTCCCTGAGCC;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=64;WE=124832500;WS=124832482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	124838772	rs1244082	C	G	6050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=66;PP=2534;SC=GGGCTGAGGGCGTGTCTGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=66;TCR=67;TR=132;WE=124838780;WS=124838762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr12	124838897	rs1244081	A	G	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=46;PP=1412;SC=TGAGGGAGACAGCTGTGAAGA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=71;WE=124838905;WS=124838887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr12	124839867	rs870050	A	G	1742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=19;PP=989;SC=CTGAGTGGAGATGACCCAGGC;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=55;WE=124839875;WS=124839857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	124848137	rs1794956	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=223;SC=TGCAGGTGCATGCTCCCGCCC;SOR=1.931;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=14;WE=124848145;WS=124848127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	124856660	rs3741513	T	A	9278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=108;PP=2965;SC=AGCTCTTGGCTGTGGTGGCCC;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=92;TCR=108;TR=198;WE=124856668;WS=124856650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr12	124857234	rs1702329	C	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=457;SC=CCTGACCCTCCGGATGAGGCC;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=124857242;WS=124857224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	124859045	rs2695993	A	G	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=52;PP=1666;SC=GAAGTGAGGCAGCACCAAGTA;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=97;WE=124859053;WS=124859035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr12	124859135	rs11057606	G	A	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=35;PP=987;SC=GCTGCTGCTCGCTCTCCTGCC;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=124859143;WS=124859125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr12	124873079	rs7960906	T	G	3758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=27;PP=2321;SC=GGAGAGGGCATGGGGGAAAGG;SOR=1.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=81;TCR=27;TR=108;WE=124873087;WS=124873069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr12	124887058	rs35831183	G	GGCT	2047.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.087;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.570;NF=5;NR=40;PP=1918;ReadPosRankSum=-0.962;SC=GCGGGGCATGGGCTGCTGCTG;SOR=0.390;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=45;WE=124887068;WS=124887048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,96:0.78:123
chr12	124887093	.	C	CTGT	774	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=27;MQ=61.26;NF=4;NR=40;PP=774;QD=17.7045454545;SC=GCTGCTGCTGCTGTTGTTGCT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=5;TCR=59;TR=44;WE=124887101;WS=124887083;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr12	124922325	rs1702322	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=1;PP=225;SC=TTCCTCCTTTCCTGGCCGGCC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=124922333;WS=124922323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	124934459	rs1147284	C	G	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=49;PP=1433;SC=GCTGGCCACTCGCCACTACAG;SOR=1.190;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=79;WE=124934467;WS=124934449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr12	124968349	rs747443	T	C	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=46;PP=1434;SC=CAACGTCACATAGGAGATTGC;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=72;WE=124968357;WS=124968339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	125263204	.	A	C	158	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=158;QD=32.1285354245;SC=CCCGCCCACCACAGCCCTGTA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=125263212;WS=125263194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	125284748	rs5888	A	G	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	125296362	rs61932577	G	A	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=13;PP=1172;SC=AGCCATGGCCGGGCCCACCCT;SOR=2.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=54;WE=125296370;WS=125296352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	125396165	.	T	TAAAAAAA	605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=67.30;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	125398039	rs1071862	G	C	7519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=67;PP=2965;SC=CACTGGGCTCGACCTCAAGGG;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=153;WE=125398047;WS=125398029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr12	125400206	rs6488957	A	G	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=81;SC=TAGAATCCCAACCTTATTTCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=125400214;WS=125400196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	125453232	rs10773130	A	G	5156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	125453235	rs11057940	C	A	5109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	125456004	rs4542508	C	A	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=21;PP=672;SC=CCAGCCTAAGCCCCAAGGGCC;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=125456012;WS=125455994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	125456048	rs73229579	A	T	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=15;PP=462;SC=TTGAGGAGACAGTGTTAGAGG;SOR=1.209;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=23;WE=125456056;WS=125456038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	125456911	rs6488966	A	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=323;SC=TAAGTAACTCACCCAAAGTCA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=125456919;WS=125456910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	125457151	rs12320413	T	C	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=52;PP=1337;SC=CGACCCTGTATGGGCAGAGTT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=78;WE=125457159;WS=125457141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr12	125465269	rs376470858	ACTC	A	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=1.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,10:0.09:117
chr12	125478381	.	CCTG	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,7:0.11:65
chr12	125509502	rs7303493	C	T	6444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=47;PP=2273;SC=CTGGCCCCTGCGTAACGAGCC;SOR=0.882;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=119;WE=125509510;WS=125509492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr12	125562809	rs7303092	G	A	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=65;PP=2124;SC=CACATCTTCCGGGGCTGGGGC;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=93;WE=125562817;WS=125562799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	126003890	rs964997	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=352;SC=TCATTCTTTTGGTTGACAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=14;WE=126003898;WS=126003880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	126003934	rs964998	T	C	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=10;PP=929;SC=TCTTGACATTTTGCTGAGTCT;SOR=1.919;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=44;WE=126003942;WS=126003924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	126068417	rs6489006	T	C	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=10;PP=1173;SC=TTTTGAACACTGCCATTCTCA;SOR=2.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=126068425;WS=126068407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	126128871	rs12305906	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=29;PP=795;SC=TGTCCTGGAGTCCAGATCTTT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=126128879;WS=126128861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	126135195	rs3803152	A	G	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=17;PP=945;SC=TTAACAATGAAGACTTTGTTC;SOR=1.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=126135203;WS=126135185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	126136863	rs3825381	C	T	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=0;PP=85;SC=CTTCCCTAACCGATTCCCACA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=126136871;WS=126136853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	126137060	rs61021440	C	T	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=27;PP=957;SC=GTCACCATCGCGGAGCTGGGA;SOR=0.744;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=56;WE=126137068;WS=126137050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr12	127229327	rs10773323	T	A	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=19;PP=1530;SC=AAAGGAAGAATCAACACTTTC;SOR=1.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=73;WE=127229335;WS=127229317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr12	128108780	rs3803151	T	C	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=28;PP=910;SC=GTCGCCATCGTGGAGCTGGGA;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=128108788;WS=128108770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	128778470	rs1709695	C	T	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=16;PP=608;SC=ATTATAATTACGCATTGTGAA;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=38;WE=128778478;WS=128778460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr12	128778532	rs1683710	G	A	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr12	128778575	rs1709696	G	T	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=27;PP=1106;SC=AATCAGAATGGAATAAAATGG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=32;TCR=27;TR=58;WE=128778583;WS=128778565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr12	128778703	rs1683709	G	A	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=27;PP=772;SC=TTCACTAGAGGCGTCCTGACA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=128778711;WS=128778693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr12	128900005	rs1683723	G	A	8304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=87;PP=2965;SC=GATCGGCACCGTCGGCCTTTA;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=80;TCR=87;TR=167;WE=128900013;WS=128899995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr12	129028708	rs11610490	G	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	129028712	rs12812251	G	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	129181625	rs902058	A	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=0;PP=253;SC=ATGGGCCAGCATATAGAGTGA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=129181633;WS=129181615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	129181701	rs902059	A	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=11;PP=752;SC=AAGAAATATTACTGGTAAAGG;SOR=1.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=38;WE=129181709;WS=129181691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	129181810	rs885546	A	G	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=37;PP=1324;SC=CAGAGAAGACAATAACCGTGC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=129181818;WS=129181800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	129181834	rs902060	A	G	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=37;PP=1320;SC=ATGACAAAGTATCGGTGACAG;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=129181842;WS=129181824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr12	129189556	rs902061	T	C	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=3;PP=440;SC=CCCTGTTTCATTGGGCGTCCT;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=19;WE=129189564;WS=129189546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	129189591	rs4533104	A	G	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=13;PP=960;SC=TCTAAGGGAAAAGGCATCCCC;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=129189599;WS=129189581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr12	129189941	rs12424159	G	A	5738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=67;NR=65;PP=2511;SC=CAGCCCCGGCGGGGACTATGA;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=67;TCR=66;TR=132;WE=129189949;WS=129189931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr12	129190021	rs11059841	A	G	5109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=63;PP=2301;SC=GCACAGGCCAAGATGGGCACC;SOR=0.756;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=120;WE=129190029;WS=129190011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr12	129190474	rs3812792	G	A	6436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=90;PP=2965;SC=TGGGGGATGCGCCGCCGCCCC;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=166;WE=129190482;WS=129190464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr12	129283711	rs2291350	G	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=279;SC=GGCCATCCACGTGAAAACACC;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=129283719;WS=129283701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	129293267	rs7311875	A	G	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=133;SC=GCGTGTGAGCACTATATTCTG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=129293275;WS=129293257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	129293346	rs11059924	C	T	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=13;PP=870;SC=CAGCAAAGGCCGAGCACATGA;SOR=1.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=44;WE=129293354;WS=129293336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr12	129298468	rs10688448	C	CAATA	398.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=208;SC=AATTATTCCTCAATAAAGAGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=5;WE=129298476;WS=129298458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	129298727	.	A	AGACCTGAGCGCCGTATGATG	8328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=48.42;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	129298775	.	C	CCACCGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGAG	5214.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.36;MQRankSum=0.776;QD=45.35;ReadPosRankSum=0.790;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,112:0.97:115
chr12	129298819	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=19;NF=99;NR=93;PP=2962;QD=20;SC=ACCTGACCGCCGTATGATGGA;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=238;TCF=121;TCR=117;TR=192;WE=129298827;WS=129298805;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:46,192:0.81:238
chr12	129298819	.	C	CGTATGATGGACCTGACCGCTGTATGATGGACCTGACCGCT	11849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.90;QD=48.56;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr12	129299675	rs2306683	C	G	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	129338293	rs10847702	A	T	94.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=3;PP=40;SC=GGCCCCCTCCAGCCGCGCCGG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=129338301;WS=129338283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	129360367	.	CA	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr12	129410738	rs141839609	CAAT	C	302.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.84;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	129566284	rs34663182	AT	A	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.521;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
chr12	130015535	.	G	GAAAAA,GAAAAAA	1565.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.386;QD=34.79;ReadPosRankSum=-0.083;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,15,28:0.33,0.62:45
chr12	130521184	rs611963	G	A	219.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=1;PP=43;SC=GCAGTGAGCCGAGGTCATGCC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=130521192;WS=130521174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	130521207	rs622000	C	T	315.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=132;SC=TGCACTCCAGCCTGGGCAACA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=130521215;WS=130521197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	130521234	rs34472041	C	CAAA	194.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.34;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr12	130521306	rs600949	G	C	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=13;PP=639;SC=TGCAAACAAAGAGTGAGAAAC;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=130521314;WS=130521296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	130647709	rs10848026	G	C	6855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=67;PP=2965;SC=TCGCGCCGCTGGTGGAGTACG;SOR=1.091;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=111;TCR=68;TR=177;WE=130647717;WS=130647699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr12	130838987	rs2173082	C	T	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=13;PP=746;SC=TTGGCATCAGCTCTTTATTTT;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=41;WE=130838995;WS=130838977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	130839645	rs1874521	A	C	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.119;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=906;ReadPosRankSum=0.216;SC=GGCAGAAAGTAACTTTCTCCT;SOR=1.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=41;WE=130839653;WS=130839635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr12	130847389	rs2242363	A	G	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.11;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr12	130883554	rs79117967	CT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.956;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr12	130884347	rs756186	A	G	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=30;PP=819;SC=CTTTCTGCCCATTCAGCTCCC;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=130884355;WS=130884337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	130892163	rs7310840	G	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=8;PP=733;SC=CGGATGGTTCGGAGAGAAGGA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=130892171;WS=130892153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	130916685	rs7966010	T	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=6;PP=413;SC=GGGTTTGTAATCTGAGCAGAT;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=130916693;WS=130916675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	130923089	rs2292666	C	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=40;PP=1170;SC=GGAACGGAGGCGTTCAGGGAC;SOR=1.463;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=55;WE=130923097;WS=130923079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr12	130929546	rs10848102	C	G	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=0;PP=212;SC=TCAAAGAGGGCAAACCTGGTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=130929554;WS=130929536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	130929599	rs7952756	A	G	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=8;PP=715;SC=CTGGGTGGCCAGGAGTATGTT;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=38;WE=130929607;WS=130929589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	130935710	rs2398519	C	G	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=30;PP=1421;SC=GCACAGGCAGCCCCGGCAGCC;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=74;WE=130935718;WS=130935700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr12	131276448	rs4759786	G	T	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=39;PP=1107;SC=ATGGTTGCTAGGACAATGTTG;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=131276456;WS=131276438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	131280714	rs10848205	T	C	4479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=1.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr12	131285663	rs1881060	T	C	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=19;PP=1180;SC=ACATGACTGATATCTCTCTTG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=131285671;WS=131285653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr12	131296908	rs9668291	C	G	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	131297348	rs4759794	T	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=55;SC=TTTTGAATATTAATTAGTACT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=131297356;WS=131297347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	131306314	rs17564	C	G	1392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	131311629	rs112850087	G	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	131323708	rs10848214	T	G	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=10;NR=11;PP=343;SC=CGGCCGGGCCTCGGGCTCTCC;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=131323716;WS=131323698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	131453378	rs7309920	T	C	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=464;SC=GGCTGGGGGATGTGAGGTCCG;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=131453386;WS=131453368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	131466562	rs4759534	T	C	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=687;SC=TGGAGCTGTATACGCGGGACA;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=131466570;WS=131466552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	131471608	rs1547577	T	C	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=9;PP=693;SC=ATTCCCACAGTACTCAGAATG;SOR=1.217;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=131471616;WS=131471598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr12	131476665	rs55788836	CAAA	C	610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=29.08;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	131485025	rs4759822	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=85;SC=GGTGGCTCATACCTATAATCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=131485033;WS=131485015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	131490483	rs35387826	G	A	5599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=59;PP=2370;SC=GGCCTGGAGCGCTGACAGCGC;SOR=0.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=76;TCR=59;TR=135;WE=131490491;WS=131490473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr12	131498946	rs1212936	C	T	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=47;PP=1378;SC=CTGAGGAATGCTGGGTTGTCT;SOR=1.189;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=71;WE=131498954;WS=131498936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr12	131555329	rs10744491	C	A	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.37;MQRankSum=-0.141;QD=23.55;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chr12	131569234	rs2293656	G	A	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr12	131603031	rs7295131	G	A	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=22;PP=693;SC=TTTGGCAGGCGTTCCATGGAA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=131603039;WS=131603021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	131620588	rs868158	A	G	4558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=56;PP=2005;SC=CCAGGTTGACAGCCAAGGCAG;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=117;WE=131620596;WS=131620578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	131620738	rs2280683	A	G	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=32;PP=880;SC=GCGGGGAGGCAGGGCCGCCAG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=131620746;WS=131620728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr12	131623850	rs35160436	A	AC	2153.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=44;PP=1303;SC=CTCAGAACACACCCCCCCAAA;SOR=2.062;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=1;TCR=50;TR=45;WE=131623858;WS=131623840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	131687287	rs7486559	G	C	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=63;NR=38;PP=1809;SC=CCTCCTCCCCGCGACGTGACG;SOR=1.058;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=101;WE=131687295;WS=131687277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr12	131692116	rs11061381	T	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.14;QD=29.93;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	132209932	rs138640311	ATG	A	5264.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=28;PP=2971;SC=TGACGTGAATATGTGTGTTTT;SOR=1.488;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=65;WE=132209941;WS=132209922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr12	132237848	rs1982528	T	C	12055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=134;PP=2965;SC=ACCACACCACTACCGCCCCCA;SOR=0.861;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=95;TCR=134;TR=229;WE=132237860;WS=132237838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr12	132241229	rs7136191	A	G	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=160;SC=ACATTCCACCATAAGTTGGCA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=132241237;WS=132241219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr12	132269830	rs66665803	G	GA	2012.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.48;QD=25.48;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr12	132271113	rs7136643	T	C	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=14;PP=576;SC=CTGGGGCCAGTAGGAAGCGGA;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=36;WE=132271121;WS=132271103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr12	132283436	.	GA	G	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=0.530;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr12	132313098	.	G	GGCTGCCGCT	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.88;QD=50.69;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	132323082	rs7971187	A	G	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.99;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr12	132323089	rs7965611	C	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.41;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr12	132323294	rs4964884	T	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	132325239	rs6598163	G	A	13425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=156;NR=131;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.037;SC=GGCGGGCAGCGCCGCCGACAT;SOR=0.795;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=289;TCF=157;TCR=132;TR=287;WE=132325247;WS=132325229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,513:1.00:515
chr12	132326051	rs4964929	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=2;PP=441;SC=CCCTCTGGCGCAGCCGGCATC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=132326059;WS=132326041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	132395052	rs7295593	G	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=227;SC=AGCAGGCTTGGGATGGGGATG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=132395060;WS=132395043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	132396343	rs11615995	C	T	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=8;PP=497;SC=GAGCGGAGCACAGGAAGAAAG;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=132396351;WS=132396333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	132396603	rs11616018	C	T	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=57;PP=1661;SC=GTGACACAGACGACTTCGTCA;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=132396611;WS=132396593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr12	132397936	.	C	CA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=3.328;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr12	132398247	rs199854918	C	CA	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-1.747;QD=1.83;ReadPosRankSum=-1.156;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr12	132398255	rs68126752	AC	A	123.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.613;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.872;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,22:0.26:86
chr12	132398256	rs4964880	C	A	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-0.651;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr12	132399065	rs12303764	T	G	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=63;PP=1764;SC=GCTGGGGCCTTGTGTGGCAGG;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=32;TCR=63;TR=95;WE=132399073;WS=132399055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	132401642	rs7959651	T	C	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=4.445;QD=29.95;ReadPosRankSum=2.140;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,54:0.89:61
chr12	132401668	rs140238247	G	C	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.87;MQRankSum=3.928;QD=35.07;ReadPosRankSum=-2.500;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,36:0.86:42
chr12	132401689	rs185029788	G	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.56;MQRankSum=2.181;QD=31.88;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr12	132401705	rs190317116	T	C	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.82;MQRankSum=1.036;QD=36.28;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr12	132401710	rs117772339	C	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.09;MQRankSum=0.887;QD=21.60;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr12	132401712	rs137909706	C	CG	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQRankSum=-0.000;QD=32.75;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr12	132401866	.	C	T	138	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MMLQ=26;MQ=55.62;NF=5;NR=3;PP=138;QD=21.5964015684;SC=GCTCGGAGGCCGTGGGATGGG;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=132401874;WS=132401856;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,8:0.57:14
chr12	132402020	rs4964918	T	C	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr12	132403161	rs11609348	A	G	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=59;PP=1984;SC=CGACCCCATTACTGCGAACCT;SOR=0.887;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=99;WE=132403169;WS=132403151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr12	132403323	rs113517126	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=1.198;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr12	132404212	rs7299195	A	G	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=33;PP=1006;SC=GTGACAGGGTAACAGGGAGGC;SOR=2.137;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=132404220;WS=132404202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr12	132406275	rs7311029	A	C	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=25;PP=1777;SC=CTGCTTAGGGAAGGTCAGCAG;SOR=1.510;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=83;WE=132406283;WS=132406265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr12	132427909	rs7961398	A	G	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=4;PP=255;SC=CTTTCCCTGCACAGGTTCCTG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=132427917;WS=132427899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	132467128	rs113878817	C	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=17;PP=447;SC=TGTATTTTCTCTTAGCAGCTT;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=132467136;WS=132467118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	132512261	rs35569693	T	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=216;SC=GCCACAATCTTTTTTTGTATT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=132512269;WS=132512251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	132516386	rs113573118	C	T	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=258;SC=AGGTGTGAGCCGCCACGCCCG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=132516394;WS=132516376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	132547093	.	A	ACAG	2589.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.938;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.466;NF=11;NR=44;PP=2086;ReadPosRankSum=2.979;SC=AGCAGCAACAACAGCAGCAGC;SOR=0.382;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=55;WE=132547103;WS=132547077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,119:0.72:166
chr12	132631855	rs11543305	C	T	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=40;PP=1849;SC=TCCTGAAGTTCGTGCAGCTGG;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=99;WE=132631863;WS=132631845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr12	132633506	rs76606798	CT	AC	1135.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=3.139;NF=5;NR=18;PP=1150;ReadPosRankSum=-1.506;SC=CGCCTCACTCCTACCACACCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=132633515;WS=132633483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,28:0.93:30
chr12	132635779	rs12818246	C	T	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	132682481	rs12308155	T	G	8451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.79;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr12	132682484	rs12306514	A	G	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.38;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr12	132683632	rs4074045	A	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=409;SC=AGCAGGCTGGACCCGTGCCTC;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=132683640;WS=132683622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	132683690	rs4074046	G	A	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=19;PP=749;SC=CCCCTTGGGAGCTGCATGGGT;SOR=0.826;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=44;WE=132683698;WS=132683680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr12	132683862	rs6598205	G	A	2951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=36;PP=1247;SC=CCGAGGGTGCGGCCCCAGGGA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=66;WE=132683870;WS=132683852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr12	132683961	rs6598206	T	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=384;SC=CCGGGTGGGCTGCCTGGGAAG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=132683969;WS=132683951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	132685566	rs7953158	C	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=0;PP=316;SC=GCTACCTCTCCGTGTGCATGT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=132685574;WS=132685562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	132685826	rs11246988	T	C	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=61;PP=1675;SC=CAGAAGTAGGTGAGAGGGTAC;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=99;WE=132685845;WS=132685816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr12	132685837	rs10794457	A	G	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=55;PP=1673;SC=GAGAGGGTACATGGGTGTCAC;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=91;WE=132685845;WS=132685816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr12	132685899	rs11246989	G	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=113;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=29;PP=874;SC=GGGACCAAGTGCCCTCACAGG;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=132685907;WS=132685889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	132685940	rs61329617	A	AGGCCCCATCC	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=2900;SC=TCAGATGCTGAGGCCCCATCC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=9;WE=132685966;WS=132685930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	132685953	rs59310537	T	G	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=252;SC=CCCCATCCAGTTGGGACCCCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=132685966;WS=132685930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	132685958	rs35906641	A	ACC	310.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=357;SC=TCCAGTTGGGACCCCCCAGCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=132685966;WS=132685930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr12	132688137	rs7486927	A	G	6400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=72;PP=2660;SC=TGCGCTTGGCATAGTAGTCAA;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=147;WE=132688145;WS=132688127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	132688279	rs10902510	A	G	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=37;PP=1046;SC=TCCCAACGGAAGCGGGCAGCC;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=132688287;WS=132688269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr12	132839265	rs28431148	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	132852957	rs28561974	C	A	14556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=196;NR=122;PP=2965;SC=GGCTCGCCGCCTATCTCCACG;SOR=1.018;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=320;TCF=196;TCR=124;TR=318;WE=132852965;WS=132852947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr12	132911861	rs28672358	G	C	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=4;PP=205;SC=GTGTGTGCCTGTGTGTGTGCC;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=132911869;WS=132911851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	132911948	rs28722154	T	C	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	132912031	rs28420217	A	G	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=6;PP=155;SC=GCATGCATGCATGTGCATTGT;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=132912039;WS=132912021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	132912181	rs71453143	CGTGT	C	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=650;SC=TGTGTGTGTGCGTGTGTGCCT;SOR=0.941;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=11;WE=132912192;WS=132912171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	133031898	rs10870487	A	G	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=19;PP=1044;SC=CAGTAGCTCCAACCTCACAGC;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=133031906;WS=133031888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr12	133032047	.	T	TGTGTGCATGTTGAC	4825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=2974;SC=TGTGGACATATGTGTGTGCAT;SOR=1.232;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=32;WE=133032055;WS=133032037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr12	133032110	rs9706362	T	C	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=251;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=23;PP=412;SC=CTTGTGTGTGTGTGCATGTGT;SOR=2.019;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=29;WE=133032118;WS=133032100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr12	133032132	rs113386371	C	CGT	766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=186;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=964;SC=TGCATGTGAACGTGTGTGTGA;SOR=3.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=21;WE=133032140;WS=133032122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	133067343	.	A	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=214;SC=CGCGCCCCGCACCGCGCGTCC;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=133067351;WS=133067333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	133067473	rs28435470	G	A	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=30;PP=990;SC=CGGCTTCGCAGGCGTTGAGGC;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=59;WE=133067481;WS=133067463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	133104461	rs4883566	A	G	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=13;PP=1319;SC=TGAGGGCTGCAGGGCAGCTGT;SOR=2.584;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=67;WE=133104469;WS=133104451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	133153281	rs10870473	A	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=682;SC=TGCTCCCCTTACTGGACTGGC;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=133153289;WS=133153271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	133158632	rs3751304	C	T	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=3;PP=941;SC=TCATGCTCCCCGGCCTCTGCC;SOR=3.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=133158640;WS=133158622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	133159004	rs7308900	C	G	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.97;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	133159846	rs56171012	C	T	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=12;PP=307;SC=GGCGGGCGGCCTGCACCCCGC;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=133159854;WS=133159836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr12	133160238	rs7966712	G	C	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr12	133181399	rs11146963	T	C	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=72;PP=2393;SC=TCGTGTCTCCTGCATGGCTCC;SOR=0.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=144;WE=133181407;WS=133181389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr12	133181425	rs11146964	A	G	6857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=83;PP=2895;SC=GCCCTGAAACACCACTCACCA;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=74;TCR=83;TR=157;WE=133181433;WS=133181415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr12	133182818	rs12819734	G	A	4127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=52;PP=1773;SC=TAGCAGCAGCGTCCACCCCGG;SOR=0.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=97;WE=133182826;WS=133182808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr12	133195579	rs200710959	CGCGGGGCGCGGGGT	C	1428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=11;PP=2976;SC=TCGTGTGGTGCGCGGGGCGCG;SOR=1.542;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=14;WE=133195600;WS=133195569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	133195625	rs11146976	G	A	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=401;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=11;PP=154;SC=GCAGGGGAGGGGCTGGGATTG;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=133195633;WS=133195615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr12	133196596	rs7964634	T	C	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=48;PP=1423;SC=GCCTGAGGACTGGGCGCTGTG;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=133196604;WS=133196586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	133196733	rs7955816	C	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=12;PP=755;SC=ATCCTTTTCCCCTGACCAGAG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=33;WE=133196741;WS=133196723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr12	133196773	rs7964872	T	G	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.80;SOR=2.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr12	133197018	rs6560891	G	A	5911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=79;PP=2680;SC=CTCGCCTCCTGCCGCCTCCTC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=74;TCR=79;TR=153;WE=133197026;WS=133197008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr12	133198021	rs4883632	C	T	16706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=187;NR=206;PP=2965;SC=CCCCATCAGACGCCGTCAGAC;SOR=0.838;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=397;TCF=191;TCR=206;TR=393;WE=133198029;WS=133198011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,663:1.00:663
chr12	133201947	rs4883544	T	C	9312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=92;PP=2965;SC=GGCCGAGCTGTGCAACTCCCT;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=99;TCR=92;TR=191;WE=133201955;WS=133201937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr12	133202004	rs4883543	C	T	7764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=94;PP=2965;SC=TGCCTCCTTCCGCTAGAACGA;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=79;TCR=94;TR=173;WE=133202012;WS=133201994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr12	133202215	rs5745075	G	A	4573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=49;PP=2393;SC=ACGGGCAGGCGGCATGCACGA;SOR=0.985;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=124;WE=133202223;WS=133202205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr12	133202428	rs5745073	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=28;PP=770;SC=AGGATCTCAGGAGAGGAAGGG;SOR=3.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=32;WE=133202436;WS=133202418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	133208886	rs5745023	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=355;SC=CTCACACGCACGCTGGCACTC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=133208894;WS=133208876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	133208979	rs5745022	T	C	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=17;PP=650;SC=GAAACATCTCTGAGAGCTCAG;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=133208987;WS=133208969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr12	133210985	rs5745005	C	T	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=35;PP=971;SC=TGAGACAACGCGGCTGTGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=50;WE=133210993;WS=133210975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr12	133212692	rs4883625	T	C	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=652;ReadPosRankSum=-0.814;SC=TGTATCTATCTGTACCCTCCA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=38;WE=133212700;WS=133212682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr12	133212737	rs4883624	C	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=15;PP=393;SC=TTCATTCAGACCACATCATCC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=133212745;WS=133212727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	133214517	rs5744975	G	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr12	133214522	rs5744974	G	C	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.94;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr12	133214768	rs5744970	A	G	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=86;PP=2540;SC=CGCCACAGTCATGGAGAGCCA;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=56;TCR=86;TR=142;WE=133214776;WS=133214758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr12	133218724	rs5744951	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=211;SC=GCAGAAACACCAGCCAGGTCT;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=133218732;WS=133218714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr12	133219831	rs5744944	T	C	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=29;PP=1722;SC=CAAAGACGGATGCCCTGCGCT;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=63;TCR=29;TR=92;WE=133219839;WS=133219821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr12	133220321	rs4883614	T	A	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=8;PP=667;SC=ACGAGTCCACTGTCGCTGCTG;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=133220329;WS=133220317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr12	133220652	rs5744932	A	AG	1881.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=25;PP=1236;SC=TCGGAGTCCTAGACTTCTGGT;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=28;WE=133220660;WS=133220642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr12	133220670	rs10870483	G	A	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr12	133225446	rs4883538	G	T	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=39;PP=1974;SC=CTGGAGGCCAGGCTAGATCAT;SOR=1.373;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=70;TCR=39;TR=109;WE=133225454;WS=133225436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr12	133226159	rs4883613	T	C	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=31;PP=691;SC=ATGCCCGCCATGACTTTCTCA;SOR=2.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=133226167;WS=133226149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	133226196	rs4883537	G	A	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=22;PP=709;SC=GGGTCAGGACGCATCTCGGGC;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=133226204;WS=133226186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr12	133233705	rs5744889	T	C	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=15;PP=1065;SC=AGCCCAGCCTTGGGGCCCCAC;SOR=1.394;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=54;WE=133233713;WS=133233695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr12	133234389	rs5744884	CAT	C	1464.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=8;PP=781;SC=CCAACTCAGACATATTCTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=17;WE=133234398;WS=133234379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr12	133234741	rs10649524	C	CGTGT	501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=577;SC=GTAACACGTGCGTATGTGTAA;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=133234749;WS=133234731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr12	133236000	rs5744857	C	T	6838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=70;PP=2690;SC=TGCTGATGGACGTAGACTTCT;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=79;TCR=70;TR=149;WE=133236008;WS=133235990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr12	133238076	rs5744844	T	C	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=23;PP=979;SC=TCTCAATCCATGTCCTTTCTA;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=133238084;WS=133238066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr12	133240782	rs4883592	A	G	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=17;PP=679;SC=TTTCCTTTTCACCCAGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=133240790;WS=133240772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr12	133242140	rs4883586	A	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=26;PP=693;SC=TCAAATCTATAGAAAACCTAA;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=133242148;WS=133242130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr12	133245149	rs5744798	A	G	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=54;PP=2010;SC=GCTTCCCACCAAGTGGAGAAA;SOR=0.704;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=106;WE=133245157;WS=133245139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr12	133249139	rs5744780	T	A	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=16;PP=960;SC=GGGCTTTATTTCAGCCCCTGC;SOR=1.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=133249147;WS=133249129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr12	133250118	rs4883555	C	T	3859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=35;PP=1771;SC=CATCTGGATGCGTGCACACGG;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=90;WE=133250126;WS=133250108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr12	133252556	rs4883545	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=472;SC=AAGACGGTCATACCCTGAGAA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=133252564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	133263743	rs111877885	A	C	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=1;PP=100;SC=GGCTGCGGGAACCGGGCCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=133263751;WS=133263733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	133277983	rs7958567	T	C	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=20;PP=616;SC=CAGCCTCTGCTAACATTACTT;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=133277991;WS=133277973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr12	133287721	rs7973452	A	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=94;SC=GTTGGGATCGAGATCGGGACC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=133287729;WS=133287711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	133294231	rs11147013	G	T	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=29;PP=1071;SC=CCTGGCCACCGGGAGGTCACA;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=50;WE=133294239;WS=133294221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	133294728	rs11147014	C	T	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=56;PP=1605;SC=CTGGGCTGGGCGTGGTCTAAA;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=86;WE=133294736;WS=133294718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr12	133295161	.	G	GT	210	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=24;MQ=50.42;NF=11;NR=0;PP=210;QD=21.9090909091;SC=CTGGGTGGGGGGTCCTGGGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=11;WE=133295169;WS=133295151;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr12	133295353	rs12423651	C	T	11166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr12	133295501	rs11147015	T	C	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=29;PP=693;SC=GTCACGTTGCTGCTCGGGCTG;SOR=3.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=133295509;WS=133295491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr12	133297103	rs10781631	T	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=338;SC=CCGTGTTAGCTGGGATGGTCT;SOR=2.712;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=133297111;WS=133297096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	133297182	rs10870498	A	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	133304604	rs11147024	C	T	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=15;PP=1304;SC=ACAGGCTGTCCGGGCCCCACA;SOR=2.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=49;TCR=16;TR=63;WE=133304612;WS=133304594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr12	133304891	rs10870499	T	C	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=621;SC=TCTCGGCTCATCGCAAGCTCC;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=133304899;WS=133304881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr12	133306944	.	CCCCAGCAACAGCAA	C	227.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.68;ReadPosRankSum=-2.362;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr12	133306946	.	C	T	283	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=70;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=9;PP=283;QD=28.8882920497;SC=TGCCGTGACCCCAGCAACAGC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=133306954;WS=133306936;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	133306960	.	TCTTATACCCAAAACCTCCCCACTCCATCCGCGACCAACTGCCGTGACCC	T	227.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=20.68;ReadPosRankSum=1.602;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr12	133310639	rs117185207	C	T	4136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=26.02;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr12	133310659	rs372085055	TA	T	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.362;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,25:0.32:79
chr12	133311888	rs10781636	C	G	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr12	133311944	rs10747081	T	C	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr12	133312191	rs10781637	T	C	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=61;SC=AGTAGCTGCCTGTCTCCGCAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=133312199;WS=133312181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr12	133313337	rs10870504	G	A	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=17;PP=1059;SC=AATCACTGGTGGATGGTTTGA;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=55;WE=133313345;WS=133313327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr12	133313372	rs7313956	C	A	2473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.933;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=25;PP=1323;ReadPosRankSum=1.138;SC=TGGGGCTCCACAGGACATGGT;SOR=0.916;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=69;WE=133313380;WS=133313362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr12	133353168	.	C	T	192	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;FR=0.9999;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=56.09;NF=11;NR=1;PP=192;QD=18.8976010456;SC=GCCCCTCCAGCTCCTTCCTCC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=133353176;WS=133353166;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr12	133354470	rs900444	T	C	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=82;PP=2136;ReadPosRankSum=-0.363;SC=AGGGGGTGAATGCACTCCCGG;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=51;TCR=83;TR=132;WE=133354478;WS=133354460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,174:0.99:176
chr12	133358870	rs2306546	G	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=529;SC=TGAGTTTGACGAGTTTGAATA;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=133358878;WS=133358860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr12	133360530	rs11147073	T	C	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=8;PP=1027;SC=TCTGTAACCATTCCACCAAAG;SOR=2.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=46;WE=133360538;WS=133360520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	133360964	rs1009320	G	A	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=41;PP=1288;SC=CTGTGGTGCCGGCAGGCATGA;SOR=1.897;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=54;WE=133360972;WS=133360954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr12	133363212	rs144581238	GCCTCCCCCCCGGCCCCCGCA	G	10489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=83;PP=2927;SC=ATTCTGGTTCGCCTCCCCCCC;SOR=0.753;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=106;TCF=18;TCR=88;TR=97;WE=133363239;WS=133363202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr12	133363376	rs7976379	G	T	3140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.53;QD=26.39;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr12	133365497	.	A	C	270	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=59.89;NF=4;NR=4;PP=270;QD=38.0964015684;SC=ACAGGCCCCGACCCAGACAGA;SbPval=0.05;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=8;WE=133365515;WS=133365487;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,8:0.36:22
chr12	133365507	rs148112035	A	ACCCCGCCCCAGACACAGG	336.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=7;PP=2332;SC=ACCCAGACAGACCCCGCCCCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=133365515;WS=133365487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr12	133365914	rs77794360	C	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=12;PP=276;SC=CGCTGGGCGGCGGGGCGTGGG;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=133365922;WS=133365904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	133372395	rs4758905	A	C	3850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=33;PP=1763;SC=CATTCCTGCAAGGAGGGTTCT;SOR=1.242;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=97;WE=133372403;WS=133372385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr12	133373375	rs2242292	C	T	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=37;PP=838;SC=AGAAACCCACCGCCCTGGCAT;SOR=2.393;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=133373383;WS=133373365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr12	133383923	rs10781653	T	C	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=29;PP=901;SC=CCTCATTTTCTTTCACACTCC;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=133383931;WS=133383913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr12	133385188	rs3741488	A	T	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=22;PP=570;SC=CAAGCAGCATACTTAAAACTG;SOR=2.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=133385196;WS=133385178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr12	133398395	rs11147096	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=80;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=1;PP=830;SC=AGCCGAGATCACGCCACTGCA;SOR=5.283;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=36;WE=133398414;WS=133398385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	133398406	rs77502219	G	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=80;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=2;PP=967;SC=CGCCACTGCAGTCCAGCCTGG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=43;WE=133398414;WS=133398385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr12	133398421	rs74721187	A	C	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=1;PP=936;SC=GCCTGGGCGAAAGAGCGAGAC;SOR=4.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=53;WE=133398429;WS=133398411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr12	133417982	rs375411000	T	TAA	809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=2;PP=546;SC=ACTCAGAGGGTAAAGCTCCAC;SOR=3.500;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=17;WE=133417990;WS=133417972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr12	133419418	rs2306544	G	A	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=8;PP=569;SC=AGTGGAAGACGGAGATAAAAC;SOR=1.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=133419426;WS=133419408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr12	133423866	rs10747087	G	A	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	133428181	rs76946232	C	T	8398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=107;PP=2965;SC=AACCCGCCTGCGTGCGGTGGC;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=91;TCR=107;TR=198;WE=133428189;WS=133428171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr12	133433173	rs2062163	T	C	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=1141;ReadPosRankSum=1.553;SC=TGATTTTATTTCTGGCATCCA;SOR=0.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=57;WE=133433181;WS=133433163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,103:0.99:104
chr12	133433240	rs11147110	C	T	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr12	133433300	rs11147111	C	T	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=28;PP=775;SC=AGCTCGCGTGCGCAGTGCTGC;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=133433308;WS=133433290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	133437981	rs12578891	A	C	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=21;PP=904;SC=CACAGCACGGAGCATGGCAGC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=133437989;WS=133437971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr12	133439115	rs9943858	G	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=265;SC=ACTTGAGCCCGGGAGTTCGAG;SOR=1.519;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=133439123;WS=133439105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr12	133446245	rs75391939	C	T	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=59;NR=36;PP=1568;SC=GAGAAGGCTCCGTGGAAGAGG;SOR=1.146;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=95;WE=133446253;WS=133446235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr12	133501827	rs3052642	CTT	C	536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=0;PP=453;SC=CTTAGTGACTCTTGACTCCTC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=133501836;WS=133501817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	133682655	rs710945	A	G	4544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=53;PP=2184;SC=CTCGACATCAAAGAATTCACA;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=107;WE=133682663;WS=133682645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr12	133683261	rs905226	T	C	5592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=110;PP=2693;SC=AGAAAAACTATGAATGTATGG;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=55;TCR=110;TR=165;WE=133683269;WS=133683251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr12	133683280	rs905225	A	T	3065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=82;PP=2248;SC=GGAATTTTTTAAAAAGAAGTA;SOR=2.191;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=26;TCR=82;TR=108;WE=133683288;WS=133683270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr12	133696743	rs144074942	G	GAAC	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=368;SC=AGTATTTACAGAAAATGTTAT;SOR=2.494;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=133696762;WS=133696733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr12	133696754	rs55957232	A	G	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=41.14;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr12	133727843	rs79188299	G	A	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=162;SC=GGCGTTCAGAGACCTAATTTC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=133727851;WS=133727833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr12	133732624	rs3763151	C	T	1573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=22;PP=757;SC=GAGAGAAACCCTATGAATGTA;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=133732632;WS=133732614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr12	133761207	rs137892024	ATTTG	A	291.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.65;QD=36.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr12	133764701	.	C	CT	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5717;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=20;QD=13.0;SC=TCTTTATTACCTTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=133764709;WS=133764691;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr12	133767966	rs11147291	C	T	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=319;SC=GTTTTCAATACAATTTTTGTT;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=133767974;WS=133767956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr12	133768273	rs10870589	G	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=17;PP=1034;SC=AAACTGGAGGGCTTCTATGAA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=133768281;WS=133768263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr12	133768693	rs200581552	CTT	C	202.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr12	133770306	rs7960924	C	T	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=105;SC=AACTTCCATTCGGAAGATTGA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=133770314;WS=133770296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr12	133778684	rs7963812	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=6;PP=393;SC=CTAGTATACCGCAATCATGTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=133778692;WS=133778674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr12	133778796	rs7975069	C	T	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=19;PP=791;SC=CTGGGAAGTACGGCAAAAAGC;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=46;WE=133778804;WS=133778786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	19752625	rs605109	A	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=33;PP=879;SC=TACAAAGTACATGCTGTTCAA;SOR=2.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=19752633;WS=19752615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	19756026	rs783595	C	G	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	19775652	rs66950030	CA	C	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.28;MQRankSum=-0.818;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.527;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr13	19775755	rs115152530	A	G	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.15;QD=25.42;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	19775867	rs114445450	G	A	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.25;QD=42.35;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	19775875	rs138429293	T	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.34;QD=43.41;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr13	19933372	rs4771142	G	A	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=25;PP=1200;SC=AGTTCTGAGCGAGGGAGAAAT;SOR=1.109;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=66;WE=19933380;WS=19933362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	19941233	rs3002090	C	A	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.98;QD=25.67;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	19949111	rs71197092	TC	T	191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=436;SC=ATGGATTTTTTCTCTTCTTCA;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=19949119;WS=19949106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	19949155	rs34247662	T	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.04;QD=26.36;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	19949218	rs35633897	C	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.78;QD=44.24;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	19949227	rs34936230	C	T	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.29;QD=43.58;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	19949262	rs34280326	G	A	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.08;QD=26.94;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	19949287	rs34088473	G	T	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=19;PP=633;SC=GCCCGCTCTCGGCTTTCAAAG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=19949295;WS=19949277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	19962055	rs9512903	G	A	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=12;PP=311;SC=GTTTGTTCATGAAGATGAAGG;SOR=1.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=19962063;WS=19962045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	20000613	rs76654056	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=2.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-15.459;QD=0.09;ReadPosRankSum=-7.943;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,26:0.07:355
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chr13	20000630	rs2497218	T	C	7400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr13	20000702	rs4408395	G	C	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=63;PP=1805;SC=CCTAGATAACGATAACAAAAG;SOR=2.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=85;WE=20000710;WS=20000692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	20004762	rs7139692	T	C	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=42;PP=1000;SC=CTTAACATCATGGATTAAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=67;WE=20004770;WS=20004752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	20004798	rs2497068	C	T	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=29;PP=752;SC=AAGCTAACAACGTATCAATAG;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=20004806;WS=20004788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	20038584	rs7339103	A	G	4778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=50;PP=1973;SC=TTTGTCAGATAAAGACCCTTA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=20038592;WS=20038574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr13	20039289	rs2497079	A	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=10;PP=1231;SC=TATATTCTCAAGAATAAAGAA;SOR=2.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=50;TCR=10;TR=60;WE=20039297;WS=20039279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	20041323	rs2497251	G	T	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=187;SC=AATGCTAAAAGTAATGAAAAA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=20041331;WS=20041313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	20041493	.	TAA	T	554.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,25:0.78:32
chr13	20041563	rs2492391	C	T	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=13;PP=350;SC=CCACAAACTACTGACTCATCC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=20041571;WS=20041553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	20077477	rs199948816	C	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=10.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-8.736;QD=0.45;ReadPosRankSum=-2.534;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,12:0.15:78
chr13	20233804	.	CA	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.251;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.139;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,25:0.21:120
chr13	20236085	rs60692832	C	CT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.637;QD=1.54;ReadPosRankSum=1.842;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr13	20240743	rs9508812	T	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=37;PP=1044;SC=GACTGTGCCATAGTTAAGTCA;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=46;WE=20240751;WS=20240733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	20244960	.	CTT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=2.103;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr13	20247171	rs4769866	A	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.23;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	20247194	.	CA	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=1.593;SOR=2.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr13	20247226	rs10706287	CG	C	2927.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.75;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	20247238	rs10531847	GTT	G	3126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.41;QD=39.58;SOR=1.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	20251791	rs2290810	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=314;SC=TCAGGAAGAATTGACTAGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=20251799;WS=20251781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	20252093	rs9508836	G	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=348;SC=GTAGTGCTGCGTGCTGATTAT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=20252101;WS=20252083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	20277188	rs140475170	CA	C	132.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.46;MQRankSum=-0.947;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr13	20277413	rs75085951	T	C	3374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=1.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.21;MQRankSum=-4.845;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,193:0.41:467
chr13	20325625	rs2340650	C	G	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=64;PP=1899;SC=AACATTAAAACATACAGAAAT;SOR=1.430;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=92;WE=20325633;WS=20325615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr13	20356941	rs9508887	T	A	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=19;PP=566;SC=CCTAGATTTATAGACAGTGTG;SOR=0.917;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=20356949;WS=20356931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	20398669	rs9508907	T	C	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=35;PP=1213;SC=ATATAATCTGTGTTCTGCAGC;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=74;WE=20398677;WS=20398659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	20398742	rs9508908	C	T	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=37;PP=1431;SC=CTATTGTTGACGTGCATTTCA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=20398750;WS=20398732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	20601004	rs7981272	T	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=55;SC=AACAGCTTTTTATTTTATATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=20601012;WS=20600994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	20608354	rs11272380	T	TTTTCTTGAGGTG	2031.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=9;PP=2967;SC=TTCTTAAGCTTGTCGTCATAT;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=13;WE=20608362;WS=20608344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	20633470	rs11432433	T	TA	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.370;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr13	20656138	rs11344087	CT	C	541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;MQRankSum=0.444;QD=15.93;ReadPosRankSum=-2.150;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,31:0.91:34
chr13	20657188	rs9509028	T	G	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=74;PP=2324;ReadPosRankSum=-0.593;SC=GTAACAGATTTCTATTTTTAT;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=29;TCR=75;TR=103;WE=20657196;WS=20657178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr13	20716533	rs968566	G	T	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=40;PP=1330;SC=AGGGCTAGCAGTTTGAAGTCC;SOR=0.844;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=20716541;WS=20716523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr13	20762872	rs55704559	T	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=3.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=243;ReadPosRankSum=0.591;SC=AGAGCTCCATTGTGGCATCTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=11;WE=20762880;WS=20762864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr13	20762956	rs3751385	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.195;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,29:0.27:106
chr13	20797025	rs111033338	A	T	6585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=77;PP=2965;SC=CAAATCACAGACGCAGAAATC;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=153;WE=20797033;WS=20797015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr13	20978504	rs4638418	C	T	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=111;SC=GCAATAAACCCTCAATGAACA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=20978512;WS=20978494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	20978664	rs3737036	T	C	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=3;PP=144;SC=AGATCAAGGGTAAAGATTCCA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=20978672;WS=20978654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	21006475	rs7983215	T	C	1887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=36;PP=1206;SC=AAGGAGATGATCCTGGGTTTG;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=21006483;WS=21006465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	21063524	rs14236	A	G	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=25;PP=1118;SC=TGTGCATGGCACCCTCTACTG;SOR=1.058;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=61;WE=21063532;WS=21063514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	21170193	rs149283826	G	GTAAAA	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.97;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	21173826	rs2497475	G	A	175.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=115;SC=AGATTTATACGTGTAGTATTT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=21173834;WS=21173816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	21189941	rs2442455	G	A	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	21205046	rs2497489	T	C	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=51;PP=2208;SC=CCACCCCTTTTGTGCCCTTCC;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=78;TCR=51;TR=129;WE=21205054;WS=21205036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr13	21212739	rs34800529	C	CT	328.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=341;SC=TTAAAGAGCTCTAACACATTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=21212747;WS=21212729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	21237413	rs17055251	G	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.77;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	21237840	rs189349903	C	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=-1.116;SC=TATAAGAAAACAGAGTTGAAA;SOR=0.361;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=6;WE=21237848;WS=21237830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr13	21311977	rs732414	G	A	1290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=34;PP=861;ReadPosRankSum=0.024;SC=TAGCATTTTAGAACTGGCATA;SOR=0.986;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=46;WE=21311985;WS=21311967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,54:0.61:88
chr13	21331904	rs6490614	A	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=243;ReadPosRankSum=-0.544;SC=TAAGCCCCCCAGCCAACTGAA;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=17;WE=21331912;WS=21331894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr13	21370398	.	GA	G	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.196;QD=2.49;ReadPosRankSum=-1.471;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr13	21374333	rs9579954	A	G	2824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.954;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1243;ReadPosRankSum=-1.920;SC=GGAGCTGCACAGTGTCATTTG;SOR=0.926;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=92;WE=21374341;WS=21374323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,140:0.63:221
chr13	21396511	rs73167445	C	T	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=554;ReadPosRankSum=-1.310;SC=TGAGGTAAGACAAAAATTCAC;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=25;WE=21396519;WS=21396501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,25:0.81:31
chr13	21401400	rs7322678	T	A	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.216;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=602;ReadPosRankSum=-0.576;SC=ACAGGAGCCATCTAGAAAGAA;SOR=1.151;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=18;TCR=45;TR=38;WE=21401408;WS=21401390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,44:0.61:72
chr13	21416945	rs2762995	G	A	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=4;PP=1042;SC=TATGTTTTATGAAAGCTGCAG;SOR=4.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=39;TCR=4;TR=43;WE=21416953;WS=21416935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	21476997	rs7326480	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.080;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=0.047;SC=CGCTGTCGACACCGGCGTCGC;SOR=2.049;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=13;WE=21477005;WS=21476987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr13	21555544	rs870846	CT	GA	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.33;SOR=3.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	21555554	rs870848	G	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.65;SOR=2.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	21562482	rs10658032	C	CGGGGCG	930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.19;QD=38.78;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	21562832	rs2770928	C	T	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=39;PP=1530;SC=GAGGTGCTGCCCAATTCATAC;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=21562840;WS=21562822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr13	21562948	rs558614	G	A	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=33;PP=952;SC=CTGGTGGGCCGCGGGACCGGC;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=60;WE=21562956;WS=21562938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	21620085	rs7317471	T	C	6972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=78;PP=2965;SC=TGGATGGCTGTTTTAACCCCT;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=66;TCR=79;TR=144;WE=21620093;WS=21620075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr13	21620222	rs112886172	T	TA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.415;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr13	21714920	rs2281914	G	A	6370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=89;PP=2965;SC=GGTGTTTTTGGTCTCGGGGAG;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=92;TCR=90;TR=181;WE=21714928;WS=21714903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr13	21720956	rs4620	C	T	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=6;PP=495;SC=TGGATGCAACCTTGAAAGAAC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=21720964;WS=21720946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	21721220	rs3742222	G	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.468;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=443;ReadPosRankSum=1.669;SC=AATTTTGGAAGTGTGTTATAA;SOR=0.707;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=18;WE=21721228;WS=21721210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr13	21729064	rs9552370	A	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=5;PP=643;ReadPosRankSum=-1.462;SC=AACACTAATAATCCTTAAAGA;SOR=0.059;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=34;WE=21729072;WS=21729054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr13	21729252	rs11147976	T	C	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.177;HP=3;HapScore=2;MGOF=76;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=1318;ReadPosRankSum=1.746;SC=TCATCTCATTTTGTTCAGTTT;SOR=0.625;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=142;TCF=51;TCR=91;TR=51;WE=21729260;WS=21729242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,135:0.44:310
chr13	21729267	rs11147977	G	A	2262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.479;HP=3;HapScore=2;MGOF=89;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=1064;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CAGTTTCTGTGTTGGATAGAT;SOR=0.511;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=118;TCF=37;TCR=81;TR=37;WE=21729275;WS=21729257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,111:0.44:255
chr13	21729952	rs11446085	T	TAA	1840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.57;ReadPosRankSum=1.903;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,68:0.94:72
chr13	21732028	rs10700757	C	CA	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.214;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr13	21732094	rs4770121	C	T	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=41;PP=2189;SC=TAGTTACTTCCGGAGGTGTAG;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=96;WE=21732102;WS=21732084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr13	21732264	.	C	CCAAAG	606.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.751;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr13	21732267	.	A	ATGCTGTTCTTTGTAGATGGAATTTTCAAACCAGGAGTACAGAATGTAGGTACCAAAGGAGAG	523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.932;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=-2.483;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr13	21736016	.	T	TTTTATTATTCCTC	160.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.426;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=37.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.992;SOR=5.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,15:0.10:155
chr13	21736017	.	G	GCATTTTTAAGTCCCATT	161.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.191;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=22.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-2.208;SOR=4.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,10:0.07:150
chr13	21736133	rs4561294	C	T	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=16;PP=440;SC=CTTTATGGTACAGAAGTCCCA;SOR=3.056;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=21736141;WS=21736123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	21742311	rs61950353	C	T	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=44;PP=1673;ReadPosRankSum=1.767;SC=GTTACAATTACGGGCTCTTCC;SOR=0.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=291;TCF=178;TCR=113;TR=113;WE=21742319;WS=21742301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,177:0.36:485
chr13	21746453	rs2026600	T	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5253;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=342;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=11;PP=444;SC=CTAAAACAAATGCTATAAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=32;WE=21746461;WS=21746443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	21746600	rs151272242	TG	T	677.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=86;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=829;ReadPosRankSum=-1.959;SC=AATGCCTTCTTGATTTTCCAA;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=8;WE=21746608;WS=21746590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,24:0.30:80
chr13	21750538	rs61950356	G	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=6.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=1.717;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,32:0.27:118
chr13	21750661	.	C	CCAATGAGGTCTCTTTTGTGAAGCCTAGACCTCTTTAAAATTTTTTTTTTCTTTCCCTGTAGCTTATCTGG	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=3.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=2.235;SOR=2.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,27:0.12:225
chr13	21751005	rs9550717	G	C	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=22;PP=1500;SC=CTCCAGGTCCGGCCGCGCCAG;SOR=1.540;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=76;WE=21751013;WS=21750995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	21949361	rs1061232	T	C	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=17;PP=618;SC=CAGTCCAACTTATTCACAACA;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=21949369;WS=21949351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	21950709	rs41284199	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=166;ReadPosRankSum=0.715;SC=AAATATATCTTCTGTTATACT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=11;WE=21950717;WS=21950699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr13	21950934	rs9580093	A	G	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=16;PP=468;SC=TACTAATATTATAACAATAAA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=21950942;WS=21950924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	21951016	rs9509669	A	G	283.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=235;SC=TTTTAAAAGGAAGAATCTTAC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=21951024;WS=21951006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	21952907	.	CA	C	388.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,28:0.90:31
chr13	21988038	rs200743145	A	ACTT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	21988040	rs201913324	A	ACTGT	53.70	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	21988041	rs138667845	A	T	62.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	22033162	rs9509740	C	G	2679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:256,151:0.37:407
chr13	22067681	rs3818314	T	C	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=51;ReadPosRankSum=0.549;SC=AATGTAACTATGCTTAAGGTT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=22067689;WS=22067671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr13	22083998	rs3814795	A	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=52;SC=TTTAGTTCTCAGAGATAAATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=22084006;WS=22083988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	22088677	rs73156604	T	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.92;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	22096843	rs1200028	T	C	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=348;SC=TTAGAATATATAGAGACATTA;SOR=1.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=22096851;WS=22096833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	22113669	rs34005684	C	T	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=6;PP=869;SC=GATCTCCTGACCTCGTGATCC;SOR=2.170;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=39;WE=22113677;WS=22113667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	22140911	rs66467009	TA	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=-0.450;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,16:0.25:64
chr13	22178258	rs9509812	C	T	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=394;SC=AGGCCGCCACCCGCGCGCAGC;SOR=1.981;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=22178266;WS=22178248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	22178308	rs2761924	G	A	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=8;PP=210;SC=GCGCAGCTAGGCGGCGCTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=22178316;WS=22178298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	22246457	.	GTC	G	89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=89;QD=33.0;SC=CTGTATCTCTGTCTCTCTCTC;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=3;WE=22246466;WS=22246447;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr13	22275394	rs9509841	A	G	7924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=74;PP=2965;SC=ATACGTACTCATCAAACCTAT;SOR=1.164;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=127;TCR=76;TR=200;WE=22275402;WS=22275384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr13	22275583	rs9509842	G	A	9262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=131;PP=2965;SC=GACAAAGACAGTTTCTTCACT;SOR=1.018;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=80;TCR=131;TR=211;WE=22275591;WS=22275573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr13	23238308	rs56308927	CT	C	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.905;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.372;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr13	23251016	rs35856253	CT	C	1050.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=723;SC=AATCCCAGCACTTTTGGGAGG;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=20;WE=23251024;WS=23251006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	23253313	rs9506904	T	C	6683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=58;PP=2965;SC=GTGAGAAGACTATGCACGGTA;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=180;TCF=121;TCR=59;TR=177;WE=23253321;WS=23253303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr13	23894736	rs57396519	C	CTT	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=9.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr13	23894744	rs1536725	T	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.13;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr13	23894746	rs1536726	T	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.90;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr13	23894748	rs1536727	T	G	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=5.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=1.131;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr13	23894750	rs1536728	T	G	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=5.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr13	23894752	rs1536729	T	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=8.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=1.250;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr13	23898454	rs9510700	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=427;ReadPosRankSum=-1.283;SC=GGATTTGCTGCTGACCAGGGT;SOR=0.926;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=32;WE=23898462;WS=23898444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,41:0.32:128
chr13	23898509	rs1800353	T	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=444;ReadPosRankSum=0.715;SC=CCAACCAGCTTGTGCTTGATG;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=42;WE=23898517;WS=23898499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,58:0.40:146
chr13	23898664	rs1800354	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=1.027;SC=CAGGAGCACAACCACATCTGC;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=13;WE=23898672;WS=23898654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,13:0.23:57
chr13	23907677	rs2737701	C	T	5816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=50;PP=2589;SC=ATGATGATGACTGTGTCCATT;SOR=1.018;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=84;TCR=50;TR=133;WE=23907685;WS=23907667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr13	23908034	rs2737700	A	G	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,120:0.38:318
chr13	23928040	rs201173913	C	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=2.018;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,47:0.26:179
chr13	23949252	rs3751368	G	A	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.573;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=657;ReadPosRankSum=-1.928;SC=CCCGGCCACCGCCTACCTCGC;SOR=0.570;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=171;TCF=103;TCR=68;TR=59;WE=23949260;WS=23949242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,98:0.39:254
chr13	24234517	rs3751364	A	G	5421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=53;PP=1938;SC=CTCTGCGGTCACAGGACATTC;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=115;WE=24234525;WS=24234507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr13	24242165	rs61745191	C	T	3928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=1551;ReadPosRankSum=1.949;SC=AGGCCTGCAGCCCCAACCCGG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=110;WE=24242173;WS=24242155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,185:0.69:267
chr13	24242801	rs7329483	A	G	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=16;PP=1106;SC=CCCCATCAAAAACTTTAAGTT;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=53;WE=24242809;WS=24242791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	24243200	rs3751363	T	C	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=43;PP=1089;SC=AGGAGAGTGGTGCTGTCATCC;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=14;TCR=43;TR=57;WE=24243208;WS=24243190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	24321584	rs117979216	T	C	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=602;ReadPosRankSum=-0.033;SC=GCCTGCTATCTAGCTGCTTAA;SOR=0.507;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=42;WE=24321592;WS=24321574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,70:0.69:101
chr13	24321711	rs12866705	T	C	1885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=31;PP=610;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GCTGAGAGACTGAACAAGTGT;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=48;WE=24321719;WS=24321701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,91:0.70:130
chr13	24384129	rs9510869	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=56;ReadPosRankSum=0.319;SC=TATGTATAAGCCAGGAAATTT;SOR=0.409;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=6;WE=24384137;WS=24384119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr13	24411772	rs7333040	T	C	4246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=42;PP=1578;SC=TCCATCATGCTAGGAGTTAGC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=91;WE=24411780;WS=24411762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr13	24415443	rs2274344	T	C	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=416;ReadPosRankSum=0.980;SC=GGTAAATGCCTGCAACTGCAG;SOR=0.774;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=32;WE=24415451;WS=24415433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,36:0.73:49
chr13	24415734	rs9580766	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=1.326;SC=AGCTAAAGAAGGATTCAAAAC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=8;WE=24415742;WS=24415724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr13	24436230	rs1886972	C	T	172.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	24449166	.	A	AACACACACAC	52.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	24463618	rs2077440	C	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=-0.279;SC=GGCACGTTGTCGTCCAGAGAG;SOR=0.327;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=20;WE=24463626;WS=24463608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr13	24465307	rs3814794	G	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.736;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.825;NF=32;NR=6;PP=720;ReadPosRankSum=0.193;SC=TAACTTTTCCGTTTTCACCTT;SOR=0.278;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=38;WE=24465315;WS=24465297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,40:0.73:55
chr13	24465717	rs3864970	A	G	3271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=4.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.093;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.811;NF=36;NR=81;PP=2012;ReadPosRankSum=-5.054;SC=GAATTTCCCCACTGCTGTATC;SOR=1.329;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=292;TCF=119;TCR=173;TR=117;WE=24465725;WS=24465707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,161:0.39:408
chr13	24465743	rs3864971	A	G	6592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.35;QD=27.36;SOR=1.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr13	24466302	rs9510925	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=7.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.54;MQRankSum=-3.443;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr13	24468539	rs139605562	AC	GT	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=32.831;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.807;NF=17;NR=2;PP=755;ReadPosRankSum=-1.762;SC=GGGATAAGTGACCTAAGAAAT;SOR=3.801;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=19;WE=24468548;WS=24468529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr13	24468568	rs12866374	A	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.377;NF=22;NR=9;PP=539;ReadPosRankSum=0.410;SC=TGACTTCCCAAGCGCCCATCT;SOR=1.376;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=31;WE=24468576;WS=24468558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr13	24468643	rs150835167	CTG	C	4752.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.991;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.836;NF=16;NR=27;PP=1953;ReadPosRankSum=1.072;SC=TGGGGACTGACTGTCACAATT;SOR=0.757;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=43;WE=24468652;WS=24468633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,118:0.70:168
chr13	24468704	rs78881146	G	A	2465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.370;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.356;NF=26;NR=35;PP=1041;ReadPosRankSum=-1.386;SC=CTGAATGTTGGAGGTGCGAGG;SOR=0.845;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=61;WE=24468712;WS=24468694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,112:0.74:151
chr13	24468832	rs78017736	G	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-1.495;SC=CAAGATAGAAGAGAGAGTTCT;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=10;WE=24468840;WS=24468822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr13	24470913	rs7317337	T	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.921;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQRankSum=-3.326;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.152;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr13	24471039	rs66990269	T	G	4253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.750;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQRankSum=-2.379;QD=21.27;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,112:0.56:200
chr13	24471048	rs35159134	C	T	4469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=3.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQRankSum=-1.954;QD=20.32;ReadPosRankSum=1.146;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,122:0.55:220
chr13	24471232	rs9510930	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.98;MQRankSum=1.144;NF=8;NR=22;PP=462;ReadPosRankSum=1.769;SC=TGGGAAATGGATGAGCTGTCC;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=30;WE=24471240;WS=24471222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr13	24797913	rs1220546	C	T	12851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=176;PP=2965;SC=CGGCCCATGACGCACGGGTAC;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=318;TCF=142;TCR=176;TR=318;WE=24797921;WS=24797903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr13	24798120	rs1220547	T	C	4885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=62;NR=58;PP=2692;SC=GCCTGAGACTTCAGGCACACA;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=120;WE=24798128;WS=24798110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr13	24860240	rs9507300	A	G	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=221;SC=TGCCACCAGCATATCCAAGTG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=24860248;WS=24860235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	24868752	rs34017703	TA	T	3072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=19;PP=2325;SC=AAACAGTGGCTAATGACGTAA;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=57;WE=24868760;WS=24868742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	24869025	rs7993660	A	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=31;PP=872;SC=AAAGCACCCCACATGATCCCA;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=24869033;WS=24869015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr13	24869062	rs9553234	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=463;ReadPosRankSum=0.519;SC=CGCACCTTTGATCTGGTGCAG;SOR=0.223;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=24869070;WS=24869038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr13	24892820	rs3864972	T	C	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.378;NF=54;NR=11;PP=1033;ReadPosRankSum=-1.967;SC=CACCTGCGCTTGTGTGGAGGA;SOR=1.120;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=172;TCF=130;TCR=42;TR=65;WE=24892828;WS=24892810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,80:0.40:198
chr13	24892841	rs9580939	G	C	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=1.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.83;MQRankSum=3.914;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.909;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,46:0.17:268
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chr13	24895559	rs3751357	A	G	10027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.74;QD=26.46;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr13	24895684	rs2862239	A	G	18380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=236;NR=250;PP=2965;SC=TTTTCTCCAGAAATGTTCAGG;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=236;TR=486;WE=24895692;WS=24895674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,697:1.00:697
chr13	25000617	rs7571	C	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,29:0.25:116
chr13	25005720	rs7996670	C	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.606;NF=5;NR=9;PP=190;ReadPosRankSum=1.548;SC=AACATATTTTCACTACTTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=14;WE=25005728;WS=25005710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr13	25008588	rs1372085	A	G	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=12;PP=851;SC=CCAGTGTTGTATGCACACTAT;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=25008596;WS=25008578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	25008630	rs1822135	A	G	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=26;PP=949;SC=CAGAAAGCACAGGATACTGTC;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=53;WE=25008638;WS=25008620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	25008903	rs9318536	G	T	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	25009099	rs9511259	A	C	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=23;PP=838;SC=CAATAGGGTGAAGAAGGTGGG;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=25009107;WS=25009089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	25009297	rs1050112	G	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.179;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,39:0.32:120
chr13	25009441	rs13428	C	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=62;ReadPosRankSum=-0.948;SC=TTTTCCACACCTCCACGTTCC;SOR=1.136;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=8;WE=25009449;WS=25009431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,10:0.22:46
chr13	25009485	rs1050110	C	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.57;ReadPosRankSum=-1.332;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr13	25015967	rs61614647	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-3.680;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,14:0.15:92
chr13	25016008	rs59195808	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-2.090;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,25:0.20:126
chr13	25016092	rs55888616	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-7.386;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.540;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,27:0.19:144
chr13	25016163	.	C	T	82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=26;MQ=57.29;NF=4;NR=7;PP=82;QD=10.615564777;SC=TAAATGATGACTACACATTCT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=11;WE=25016171;WS=25016153;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr13	25016202	rs57197471	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-3.711;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr13	25016230	rs9511267	C	T	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=11.994;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.830;NF=1;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-1.040;SC=GAGCTTGTGCCGTGGGCCACA;SOR=3.428;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=12;WE=25016238;WS=25016220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr13	25016585	rs3816226	G	A	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.756;NF=5;NR=0;PP=177;ReadPosRankSum=-0.104;SC=GCTGGGACTCGTGGGGCCTGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=5;WE=25016606;WS=25016575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr13	25016598	rs3816225	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.193;HP=2;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.961;NF=6;NR=1;PP=177;ReadPosRankSum=-0.641;SC=GGGCCTGCTGACCTGTCTGCA;SOR=0.031;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=7;WE=25016606;WS=25016575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr13	25016620	rs3816224	C	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.412;HP=2;HapScore=3;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.062;NF=8;NR=3;PP=285;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CCCACACTTCCCAGGCCCAGG;SOR=0.446;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=11;WE=25016640;WS=25016610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr13	25016632	rs3816223	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-1.055;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr13	25016677	rs3816222	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,29:0.33:88
chr13	25016687	rs4770683	C	T	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.04;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr13	25016870	rs3816221	C	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.508;NF=7;NR=12;PP=229;ReadPosRankSum=1.555;SC=ATTTCTATTTCGCTATGTCAG;SOR=0.504;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=19;WE=25016878;WS=25016860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr13	25020757	rs9511273	T	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=7;PP=477;SC=GAGCATTATATATGGAAATAT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=25020765;WS=25020747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	25020782	rs9318553	C	G	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.45;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	25020863	rs9318554	G	A	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	25020910	rs9507346	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=592;SC=CTGAAATGGGGAAAAAAATAA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=25020918;WS=25020900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	25021144	rs78060735	GTCT	G	4352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=28;PP=2265;SC=CAAACTCTGCGTCTTCTTACC;SOR=0.914;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=46;WE=25021162;WS=25021134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	25021154	rs61947037	C	T	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.418;NF=33;NR=26;PP=885;ReadPosRankSum=0.014;SC=GTCTTCTTACCTGTGTGCAGT;SOR=0.772;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=59;WE=25021162;WS=25021134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,71:0.68:104
chr13	25021200	rs9318558	A	C	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.02;QD=27.27;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr13	25021211	rs7333856	C	T	2970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.685;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.631;NF=50;NR=52;PP=1588;ReadPosRankSum=3.335;SC=GAAACAAGGACGGCACCTGGG;SOR=0.480;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=102;WE=25021219;WS=25021190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,132:0.90:147
chr13	25021245	rs7334587	A	G	2531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.224;NF=45;NR=51;PP=1444;ReadPosRankSum=0.972;SC=GGCCTCGGGCACATCTGGATT;SOR=0.687;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=96;WE=25021253;WS=25021235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,118:0.81:146
chr13	25021263	rs77269056	T	C	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.47;MQRankSum=-1.628;QD=2.03;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,30:0.21:142
chr13	25021323	rs73172125	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=3.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.10;MQRankSum=-6.583;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
chr13	25027744	rs4770684	A	G	13364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=143;PP=2965;SC=CTCTGCTGCCATGGTATTGCT;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=276;TCF=132;TCR=144;TR=275;WE=25027752;WS=25027734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr13	25029083	rs3818938	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=0.312;SC=GGTACCCACAGTTGTCAGCTC;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=5;WE=25029091;WS=25029073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr13	25029218	rs2275660	C	T	4360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=38;PP=1570;SC=GCATGCAAGGCGATTTGCTTG;SOR=0.816;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=86;WE=25029226;WS=25029208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr13	25059023	rs4769362	C	T	1151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=28;PP=733;SC=TGGTTGTTTCCGGAAACACAA;SOR=2.948;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=25059031;WS=25059013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	25073399	rs34014909	G	GT	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr13	25255705	rs41288276	C	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.211;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=1.174;SC=TTCAGAAAACCCCAGAAATTT;SOR=1.427;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=9;WE=25255713;WS=25255695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr13	25259580	rs11620015	C	T	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.168;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=30;PP=660;ReadPosRankSum=-1.131;SC=CTGTGTGTGGCGGGGGGCTGT;SOR=0.425;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=42;WE=25259588;WS=25259570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr13	25263299	rs2070810	G	A	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.891;NF=19;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=-0.488;SC=ATACCAGGGCGTAACTGCCAG;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=22;WE=25263307;WS=25263289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr13	25264369	rs735770	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=1.657;SC=GTGAGAGTGATCAGGAAGTTC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=10;WE=25264377;WS=25264359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr13	25264666	rs7996324	G	T	3404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.229;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=55;PP=1856;ReadPosRankSum=-0.182;SC=GCTGGCTCTGGGGTCTTTCCC;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=156;TCF=77;TCR=79;TR=113;WE=25264674;WS=25264656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,154:0.68:225
chr13	25264715	rs7996486	G	A	6726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=3.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.57;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,169:0.69:244
chr13	25264723	rs7997850	C	T	6773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=3.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.65;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,173:0.71:245
chr13	25265008	rs7986008	T	C	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=271;ReadPosRankSum=-1.542;SC=TGCTTGGCCTTGGGAATGTGG;SOR=0.275;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=15;WE=25265016;WS=25264998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr13	25265103	rs7981616	A	G	1254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=14;PP=659;ReadPosRankSum=3.112;SC=GGAATAAAGCATCTACTTCCC;SOR=1.040;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=44;WE=25265111;WS=25265093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,61:0.57:107
chr13	25265139	rs2071490	T	C	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CCGGCATGGTTATCAACACGG;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=68;WE=25265147;WS=25265129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,111:0.65:171
chr13	25266571	.	C	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=399;ReadPosRankSum=-1.251;SC=TGCTAGGTGACCCTGTCGCTG;SOR=0.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=23;WE=25266579;WS=25266561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr13	25266886	rs963985	C	T	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=1112;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GACGGCCAGCCCAACCCACAG;SOR=0.307;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=57;WE=25266894;WS=25266876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,60:0.72:83
chr13	25267017	rs56291145	A	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=33;PP=767;ReadPosRankSum=0.207;SC=AGGACAGGAAAATGTCCCCAT;SOR=0.698;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=209;TCF=107;TCR=102;TR=63;WE=25267025;WS=25267007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,88:0.24:364
chr13	25267088	rs963983	C	T	3476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=69;PP=1663;ReadPosRankSum=-0.236;SC=TAGTCACTTGCTGAGGTCTGA;SOR=0.970;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=159;TCF=67;TCR=92;TR=115;WE=25267096;WS=25267078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,161:0.72:223
chr13	25268417	rs9553420	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=263;ReadPosRankSum=-0.246;SC=AGGTGGCACTGTTGTTTACAC;SOR=0.631;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=14;WE=25268425;WS=25268407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr13	25268445	rs9553421	G	A	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=2;PP=320;ReadPosRankSum=0.681;SC=ACGGTCTTGCGGCCCTCCCTG;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=21;WE=25268453;WS=25268435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr13	25268776	rs2289898	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=0.648;SC=TTCTACTTGCATGCATCCTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=25268784;WS=25268766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr13	25338586	rs9578783	A	G	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=225;SC=TGGTGTCACCAGAAACTGCGT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=25338594;WS=25338576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	25355965	rs5802305	GT	G	730.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.474;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.161;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,43:0.90:48
chr13	25356053	rs9707144	T	C	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=385;ReadPosRankSum=-1.732;SC=AGAAACAGTTTGACCAACTTT;SOR=0.786;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=34;WE=25356061;WS=25356043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
chr13	25363776	rs6490979	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=9;PP=512;SC=TGATTTTTGTCTAGAGAACAT;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=25363784;WS=25363766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	25367301	rs1158061	C	T	11348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=793;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=2.314;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,517:0.66:788
chr13	25370255	rs1446294	A	G	1268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=12;PP=789;SC=TATTAATGTGACTTAAACATT;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=25370263;WS=25370245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	25373515	rs12865323	G	C	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=0.001;SC=ATAACGATTTGTTTCCCTCAT;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=25373523;WS=25373505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr13	25376420	rs1026014	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=0.407;SC=TCAGTTTGTTCGCAGTTGCGT;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=25376428;WS=25376411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr13	25378476	rs9511451	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=87;ReadPosRankSum=1.104;SC=ACTACTTTACACTATCATCCA;SOR=1.189;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=12;WE=25378484;WS=25378466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,16:0.22:73
chr13	25399752	rs2121253	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=6;PP=973;SC=CCCTTTATTTACTAGATAGAG;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=40;WE=25399760;WS=25399742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	25400338	rs12869348	A	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=-0.990;SC=AGTTTTCTCGATATATTTTTT;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=20;WE=25400346;WS=25400328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr13	25404743	rs4769382	T	C	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=13;PP=409;SC=AGAAGGTAATTTATTTATTAT;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=25404751;WS=25404733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	25417795	rs34260997	TATC	T	823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=581;ReadPosRankSum=-0.956;SC=GTCATATAAGTATCATCACAG;SOR=0.836;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=13;WE=25417805;WS=25417785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr13	25418996	rs9511472	T	G	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=697;ReadPosRankSum=-2.987;SC=ATTTTGTATTTTTTTCCCTGG;SOR=0.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=50;WE=25419004;WS=25418986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,75:0.49:152
chr13	25419176	rs6490984	A	G	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=34;PP=1063;SC=ATCTAAAGACAATGGGAAGAC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=25419184;WS=25419166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	25424369	rs9511476	A	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TTTACTACATATAGTTGGTTC;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=25424377;WS=25424359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr13	25440318	rs9507425	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=1.121;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr13	25442631	rs113369387	A	G	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.43;QD=29.89;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	25442921	rs2275938	A	C	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.273;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=30;PP=667;ReadPosRankSum=-0.431;SC=TAAACACTATAAGTGACTCTT;SOR=0.277;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=72;TCF=12;TCR=60;TR=38;WE=25442929;WS=25442911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr13	25444934	rs2305368	C	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-1.229;SC=GATTTTGTTTCAATGGGCTGA;SOR=0.105;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=25444942;WS=25444924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr13	25448120	rs8001764	G	A	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=1;PP=420;SC=GGTTGATTCCGTATCTTGGCT;SOR=3.258;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=25448128;WS=25448110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	25448423	rs58383812	CT	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.736;NF=1;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=1.274;SC=AATTAGATTTCTTTTTTTTTA;SOR=0.527;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=25448431;WS=25448413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr13	25451097	rs9553460	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=171;ReadPosRankSum=-2.191;SC=AGTTTCAGCCGGAAGAGAATT;SOR=0.885;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=18;WE=25451105;WS=25451087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,31:0.30:103
chr13	25457207	rs9318911	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=422;SC=TTTTAGAATCTAATCTTTTCC;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=25457215;WS=25457197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	25458232	rs34991318	AGTT	A	4072.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=49;PP=2820;ReadPosRankSum=0.712;SC=CTGTTTAAAAAGTTGTTACAG;SOR=0.884;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=95;TCF=21;TCR=74;TR=65;WE=25458242;WS=25458222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,102:0.70:146
chr13	25458267	rs3831371	G	GAATT	3476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.377;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=2764;ReadPosRankSum=0.939;SC=AGGAAGGGAAGAATTTAATGA;SOR=0.590;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=81;TCF=22;TCR=59;TR=55;WE=25458275;WS=25458257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,86:0.65:132
chr13	25458650	rs1530876	G	A	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=53;PP=1550;SC=CCTGACGAAAGTATGGCTAAT;SOR=1.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=26;TCR=54;TR=79;WE=25458658;WS=25458640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr13	25459713	rs34888101	G	GTT	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=321;ReadPosRankSum=0.752;SC=AGTAATGTATGTTTGAAGAAT;SOR=0.495;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=10;WE=25459721;WS=25459703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
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chr13	25525488	rs2167398	G	A	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.697;NF=40;NR=26;PP=727;ReadPosRankSum=0.517;SC=AGGGGGAGCTGTACTTAATCG;SOR=0.712;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=196;TCF=114;TCR=82;TR=66;WE=25525496;WS=25525478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,125:0.34:370
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chr13	25670851	rs75475407	A	G	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=2.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-6.897;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,51:0.24:214
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chr13	25671015	rs75314628	A	G	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-12.353;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,65:0.18:357
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chr13	25671097	rs140090397	A	AT	1179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=1.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-10.921;QD=2.52;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:410,58:0.12:468
chr13	25671143	rs78671990	A	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-14.987;QD=1.00;ReadPosRankSum=-2.390;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,54:0.10:561
chr13	25671149	rs368285293	ACGG	A	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-15.980;QD=0.85;ReadPosRankSum=-3.841;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:519,53:0.09:572
chr13	25671154	rs371971190	AGACGGAACT	A	340.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-17.523;QD=0.59;ReadPosRankSum=-3.123;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:530,45:0.08:575
chr13	25671271	rs79246694	A	G	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-10.728;QD=3.79;ReadPosRankSum=1.187;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:388,70:0.15:458
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chr13	25671274	rs76994938	C	T	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.34;MQRankSum=-10.701;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.660;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:386,70:0.15:456
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chr13	25672139	.	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-14.052;QD=0.21;ReadPosRankSum=0.105;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,15:0.08:199
chr13	25672158	.	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.768;ClippingRankSum=0.000;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-14.837;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.656;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,22:0.09:246
chr13	25672168	.	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-16.221;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.721;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,24:0.09:265
chr13	25672172	.	C	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-16.528;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.553;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,24:0.09:275
chr13	25672177	.	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-17.153;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.920;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,24:0.08:296
chr13	25802491	rs4770813	A	G	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=5;PP=1081;SC=CTTGGTCCCCATCCTCAGGGA;SOR=3.647;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=47;TCR=5;TR=52;WE=25802499;WS=25802481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	25825889	rs4312169	T	C	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=6;PP=437;SC=TTCGATCAAATTGATGGTACA;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=25825897;WS=25825879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	25831888	rs7995033	T	C	10015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=129;NR=115;PP=2965;SC=GCCAAGAAGATTGCAGCATCC;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=131;TCR=115;TR=244;WE=25831896;WS=25831878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr13	25848404	rs4387458	A	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=303;SC=CTTACATGCAACATTCTCAAT;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=25848412;WS=25848394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	25876011	rs11556093	G	A	4199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-4.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.372;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=87;PP=2303;ReadPosRankSum=1.797;SC=CGGAACGGGAGCGTCTAGGTA;SOR=0.864;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=296;TCF=161;TCR=135;TR=174;WE=25876019;WS=25876001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,239:0.62:386
chr13	25886932	rs4341628	A	G	2240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=10;PP=1557;SC=TGAACTTTTAAGGATCCTTAT;SOR=2.463;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=55;TCR=10;TR=64;WE=25886940;WS=25886922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	25893363	rs59567333	GTTTATA	G	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=554;SC=ATGCTTAACAGTTTATATTTA;SOR=2.584;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=25893376;WS=25893353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	25899091	rs373891548	CT	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.056;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr13	25901781	rs7997070	A	C	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=21;PP=611;SC=GAAAACTACTATAATCCATAA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=25901789;WS=25901771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	25911050	rs75002041	AT	A	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.591;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.803;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr13	26043182	rs7317185	A	C	6239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.157;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=86;PP=2009;ReadPosRankSum=0.086;SC=CGTCTGTTGGAGACCAGCTGG;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=265;TCF=131;TCR=134;TR=167;WE=26043190;WS=26043172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,298:0.66:453
chr13	26104547	rs9581376	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=250;ReadPosRankSum=0.074;SC=TGTAAAATACGTAGCTAGTTT;SOR=4.479;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=13;WE=26104555;WS=26104537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr13	26107595	rs7319869	CT	TG	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.898;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.08;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,55:0.63:87
chr13	26107606	rs7319993	C	T	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.90;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr13	26108557	rs4257084	G	A	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=635;ReadPosRankSum=-0.202;SC=TATTTCTCTAGGGTTCTTCTT;SOR=1.127;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=30;WE=26108565;WS=26108547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr13	26125731	rs9581389	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=154;ReadPosRankSum=-0.687;SC=GTGTCCCTGCTGTCCTTCTGT;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=17;WE=26125739;WS=26125721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr13	26127821	rs9740054	G	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=331;ReadPosRankSum=-0.343;SC=TTGAACTCACGGTTCCTGACA;SOR=0.302;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=19;WE=26127829;WS=26127811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr13	26128096	rs9742643	T	C	1958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.635;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=52;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.990;SC=TATTTTCCAATGCTATTTCAG;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=42;TCR=83;TR=78;WE=26128104;WS=26128086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,96:0.62:155
chr13	26128128	rs7331675	CA	AG	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=1872;ReadPosRankSum=1.159;SC=TTTAATTGAGCACTCAAAAAA;SOR=0.878;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=18;TCR=62;TR=46;WE=26128137;WS=26128118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,56:0.59:95
chr13	26133009	rs12862551	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=162;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GAAATCTACCCGTTTCATACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=26133017;WS=26133002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr13	26137989	rs12871941	T	C	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=2;PP=978;SC=TGAATCCCTATAGGACTTTAG;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=26137997;WS=26137979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	26148966	rs6491066	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=661;ReadPosRankSum=-0.320;SC=AACAAACATTCGGAATCCTTA;SOR=0.790;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=42;WE=26148974;WS=26148956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,54:0.66:82
chr13	26155953	rs7335339	G	C	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=38;PP=1562;SC=TTTTTTCAATGTAGAATTTGC;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=90;WE=26155961;WS=26155943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr13	26182773	rs68126613	A	G	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=21;PP=1058;SC=GGTGTCACCTATTCAATTCTC;SOR=1.165;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=26182781;WS=26182763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	26182894	rs67280567	C	A	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=30;PP=887;SC=CATTTGCATACTTCTCAAGCA;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=26182902;WS=26182884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr13	26273385	rs6491088	G	C	4573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=49;PP=2146;SC=ACGTGGCCCTGATCATCGATG;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=111;WE=26273393;WS=26273375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr13	26273403	rs7335858	C	A	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=55;PP=2060;SC=ATGGCCACACCCTGAAGTACG;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=118;WE=26273411;WS=26273393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr13	26273538	rs2296003	C	T	1926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=44;PP=1207;SC=GTATCCCGTGCTTATACAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=26273546;WS=26273528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	26411561	.	CCACACA	C	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=7.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=22.37;ReadPosRankSum=-0.769;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr13	26436641	rs2249800	C	T	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=50;PP=1530;SC=CTTACAGCCACGATGAGCTTC;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=74;WE=26436649;WS=26436631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	26501227	rs1185907	C	T	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,118:0.61:194
chr13	26535517	rs2296243	A	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=0.366;SC=GAATGAAAGTAAGAAGAGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=26535525;WS=26535514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr13	26535625	rs9511998	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=7;PP=351;SC=TTGTTTTTGTGTTGTGAAATA;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=19;WE=26535633;WS=26535615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	26586775	rs2274135	C	T	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=1.937;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,19:0.28:68
chr13	26625047	rs4770911	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-0.514;SC=AGCGCAGCCAGCAGCAGCTGC;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=21;WE=26625055;WS=26625037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr13	26625135	rs4769452	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=169;ReadPosRankSum=1.248;SC=GGGCGCGGACAGCGCGTCTCC;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=26625143;WS=26625125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,24:0.73:33
chr13	26625172	rs4770912	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=84;ReadPosRankSum=-0.784;SC=TCTCCGAGAAGTCGTGGCCCC;SOR=0.615;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=7;WE=26625180;WS=26625162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr13	26788114	rs301047	A	G	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=679;ReadPosRankSum=0.750;SC=AGTCACTAATACAAACACTAC;SOR=0.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=76;TCR=86;TR=51;WE=26788122;WS=26788104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,58:0.27:217
chr13	26974562	rs998692	G	A	5623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=52;PP=2880;SC=AAGCAATACCGTCATGTTTGT;SOR=1.285;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=153;TCF=100;TCR=53;TR=152;WE=26974570;WS=26974552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr13	27239161	rs977351	A	G	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.132;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=435;ReadPosRankSum=0.707;SC=ATTTTATTCTACAGGCAAACA;SOR=1.071;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=110;TCF=65;TCR=45;TR=33;WE=27239169;WS=27239151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,46:0.27:168
chr13	27250823	rs3764108	T	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=321;ReadPosRankSum=0.115;SC=GTGTGTACCATGGAGCGTCTT;SOR=0.661;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=35;WE=27250831;WS=27250813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,50:0.34:147
chr13	27256728	rs9507763	C	G	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.996;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=862;ReadPosRankSum=-0.209;SC=GACTATGTGCCTCATATCTCT;SOR=0.814;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=232;TCF=153;TCR=79;TR=75;WE=27256736;WS=27256718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,106:0.32:333
chr13	27643597	rs9512534	C	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.61;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	27828529	.	A	ATTTTTTT	94.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.54;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	27829310	rs3094293	G	A	3639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=48;PP=2180;SC=AGAATACTTTGCAGTTACTTA;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=63;TCR=49;TR=111;WE=27829318;WS=27829300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr13	27998074	rs371044297	C	CTT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.88;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr13	28009031	rs7323	G	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.719;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,64:0.28:225
chr13	28009851	rs7669	G	A	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.677;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=37;PP=1013;ReadPosRankSum=0.145;SC=CATTTCCATGGTCTTTGTTCA;SOR=0.823;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=69;WE=28009859;WS=28009841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,96:0.69:140
chr13	28009920	rs1218825	G	C	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=39;PP=1099;SC=CATTTTTGCTGAAAGCACGAA;SOR=1.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=28009928;WS=28009910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	28011158	rs74811644	G	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=1.559;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.452;NF=10;NR=5;PP=264;ReadPosRankSum=1.297;SC=AAAATGCTGGGATTACAGGCG;SOR=1.143;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=15;WE=28011166;WS=28011148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,30:0.79:38
chr13	28133956	rs373436911	TA	T	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.403;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,38:0.29:129
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chr13	28141698	rs35007323	A	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=529;ReadPosRankSum=-3.197;SC=TAGGTTCCAAAACAGCACAAT;SOR=0.555;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=30;WE=28141706;WS=28141688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr13	28143229	rs8002697	A	G	5215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=69;PP=2433;ReadPosRankSum=-0.509;SC=CTCCATGTGGAAAGAGACGCT;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=122;TCR=104;TR=152;WE=28143237;WS=28143219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,238:0.67:354
chr13	28155994	rs9512753	G	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=-2.748;SC=AATCAAGATAGGTTAAAAGTA;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=28156002;WS=28155984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr13	28197436	rs7097	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.126;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
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chr13	28239970	rs14105	G	A	2228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.405;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:339,139:0.29:478
chr13	28367061	rs1231058	A	G	9536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=114;NR=89;PP=2965;SC=CGCTGCCTCTACTCAAGGCTT;SOR=0.849;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=206;TCF=114;TCR=92;TR=203;WE=28367069;WS=28367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr13	28367275	rs3742112	G	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,59:0.32:184
chr13	28519354	rs2504220	A	C	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=26;PP=1057;ReadPosRankSum=-1.285;SC=ACATTGCCAGAGTCTTGGCGA;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=72;WE=28519362;WS=28519344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,107:0.66:163
chr13	28537242	rs1805108	A	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=782;ReadPosRankSum=0.859;SC=CCGCTGCAGAACCCGGTGGGT;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=50;WE=28537250;WS=28537232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,63:0.67:94
chr13	28537317	rs1805107	G	A	3513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=42;PP=1692;ReadPosRankSum=-0.369;SC=ACAGAGCCAGGCACTGAGGCT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=77;TCR=54;TR=102;WE=28537325;WS=28537307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,155:0.74:209
chr13	28537537	rs2504212	T	G	2335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1219;ReadPosRankSum=0.761;SC=AAAAGCACATTGTGGTGAAGA;SOR=0.465;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=72;WE=28537545;WS=28537527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,103:0.73:141
chr13	28539185	rs2481953	TG	AA	3368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.39;ReadPosRankSum=2.705;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,83:0.80:104
chr13	28541583	rs2481967	T	G	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.069;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=42;PP=1008;ReadPosRankSum=1.000;SC=AATTGGGGCATCAAGGAGCGA;SOR=0.942;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=15;TCR=64;TR=51;WE=28541591;WS=28541573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr13	28552425	rs9579139	G	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=543;ReadPosRankSum=0.068;SC=AAACCGAAGCGCGCGCGGTAC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=33;WE=28552433;WS=28552415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr13	28552614	rs4463949	G	A	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.18;MQRankSum=-1.773;NF=9;NR=17;PP=424;ReadPosRankSum=1.157;SC=AGACACCGGCGGGAGCGCGTC;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=26;WE=28552622;WS=28552604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,46:0.77:60
chr13	28562605	rs3897926	T	G	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.94;ReadPosRankSum=-1.422;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,90:0.61:148
chr13	28589267	rs4073630	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=122;ReadPosRankSum=0.628;SC=CTGATTTCAACCAAATTACAG;SOR=1.552;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=10;WE=28589275;WS=28589257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr13	28589495	rs9579142	C	G	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.459;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=1096;ReadPosRankSum=1.366;SC=GTGCCAGACACTGTTGCAGGC;SOR=0.380;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=35;WE=28589517;WS=28589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,57:0.72:79
chr13	28589509	rs9579143	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=1121;ReadPosRankSum=0.567;SC=TGCAGGCACACGGGCTGCGGC;SOR=0.358;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=29;WE=28589517;WS=28589485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,42:0.75:56
chr13	28589662	rs4497507	C	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	28602226	rs60462219	AAG	A	2075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.83;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,68:0.94:72
chr13	28602247	.	AGC	A	372	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=22;MQ=60.12;NF=10;NR=16;PP=372;QD=14.5;SC=AGAGAGAGAGAGCAAACATCC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=26;WE=28602256;WS=28602237;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,26:0.76:34
chr13	28602292	rs75580865	T	C	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=374;ReadPosRankSum=-1.015;SC=TTTGATGAGGTGATTTTCGTG;SOR=0.687;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=30;WE=28602300;WS=28602282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr13	28607916	rs2491222	T	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=4;PP=683;SC=CCTTGAAACATGGCAAACAGT;SOR=2.985;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=30;WE=28607924;WS=28607912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	28607989	rs2491223	T	G	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=24;PP=1775;SC=CCCATTTTTGTGCATCTTTGT;SOR=1.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=84;WE=28607997;WS=28607979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr13	28609825	rs2491227	A	G	6429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=138;PP=2965;SC=AAAAAAAAATAGCAAAGAATT;SOR=1.797;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=46;TCR=138;TR=184;WE=28609833;WS=28609803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr13	28609846	rs2491228	A	T	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=107;PP=2965;SC=TAGACAGGTGAGCTGTCATCA;SOR=2.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=30;TCR=107;TR=137;WE=28609854;WS=28609836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr13	28609991	rs2491229	T	C	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.34;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	28609997	rs2491230	T	C	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.25;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	28610183	rs2491231	A	G	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=49;PP=1512;SC=AGGTTTCCCTATAGAAAAGAA;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=88;WE=28610191;WS=28610173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr13	28622356	rs2153000	G	A	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	28623587	rs35602083	C	T	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.150;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=449;ReadPosRankSum=-1.535;SC=TATCCGGTGTCGTTTCTTGCC;SOR=0.768;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=116;TCF=59;TCR=57;TR=41;WE=28623595;WS=28623577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,69:0.34:200
chr13	28624294	rs1933437	G	A	9799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=123;PP=2965;SC=CCTTATGTCCGTCCCAAATAA;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=97;TCR=123;TR=220;WE=28624302;WS=28624284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr13	28636084	rs7338903	G	A	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=67;PP=2032;SC=TCCCTGGGGCGTCGACCAGCA;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=104;WE=28636092;WS=28636074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr13	28644510	rs2387350	C	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=6;PP=583;SC=AGATGTGAGGCCATAATATAC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=28644518;WS=28644500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	28647489	rs199898517	GAA	G,GA	1019.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.783;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.50;MQRankSum=1.069;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=1.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,31,43:0.36,0.49:87
chr13	28674628	rs12872889	T	C	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=89;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CTGGCCGCCGTCGCGCGCCAA;SOR=0.256;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=8;WE=28674636;WS=28674618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr13	28834854	rs139094014	CT	C	748.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=577;SC=GGAAACCTGTCTTTTAAAAAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=16;WE=28834862;WS=28834844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	28835527	rs5802469	T	TC	1365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=6;PP=571;SC=TATACTTATTTTGTTTCATAG;SOR=1.148;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=28835535;WS=28835517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	28854692	.	AT	A,ATT	265.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=3.581;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.212;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,21,18:0.44,0.38:48
chr13	28882948	rs9579177	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=367;ReadPosRankSum=-1.286;SC=GGTCTATCGGGGTGCACTAGG;SOR=0.681;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=31;WE=28882956;WS=28882938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,45:0.30:152
chr13	28883061	rs7993418	G	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=1.013;SC=AAGCATTTACGTATCTAATGA;SOR=0.405;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=11;WE=28883069;WS=28883051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr13	28885672	rs4771238	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.22;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	28886113	rs7328692	A	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=4;PP=420;SC=TTTTGATGTAAATAAATTTAG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=28886121;WS=28886103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	28893484	rs2296188	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr13	28970917	rs7990486	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=662;SC=GAAATAACTCCTTACGAGATC;SOR=3.193;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=29;WE=28970925;WS=28970907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	28980150	rs5802481	A	AG	1161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=27;PP=1217;SC=TTTATGTGTGATCTTCTTTTC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=27;WE=28980158;WS=28980140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	29275102	rs947027	T	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=11;PP=453;SC=CTCTATAAAATAAAGCATTAC;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=22;WE=29275110;WS=29275092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	29275129	rs705423	C	T	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=137;ReadPosRankSum=-0.080;SC=TAGGTAAAATCATACATATTT;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=14;WE=29275137;WS=29275119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr13	29278063	rs34444192	T	TA	629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=544;ReadPosRankSum=2.228;SC=ATAAAATGATTAAAAATAATG;SOR=0.580;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=18;WE=29278071;WS=29278053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr13	29278264	rs34310301	G	GA	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.814;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.090;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr13	29674840	rs1536720	T	C	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=11;PP=1301;SC=TTCGAATTCATAATCTGTAGA;SOR=2.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=48;TCR=11;TR=59;WE=29674848;WS=29674830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	29674855	rs1536719	A	G	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=17;PP=1333;SC=TGTAGAATTCATTATCTCATT;SOR=1.890;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=71;WE=29674863;WS=29674845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr13	29855822	rs3751335	C	T	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=845;ReadPosRankSum=-0.675;SC=ATAATTAACACGCTGTCTGCC;SOR=0.807;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=57;TCR=27;TR=56;WE=29855830;WS=29855812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,93:0.70:133
chr13	29898768	rs928661	A	C	7698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=24.68;ReadPosRankSum=1.240;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,311:1.00:312
chr13	29898881	rs928660	A	G	12848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.97;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr13	29898889	rs928659	G	C	12258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr13	30071245	rs7329421	C	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.501;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=-1.631;SC=GCACCTCTTTCTTCAGCCCCA;SOR=1.472;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=8;WE=30071253;WS=30071235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr13	30071310	rs2258198	G	T	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	30075114	rs882953	C	T	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=33;PP=1905;SC=TAAAGCATTGCGAACTGATGT;SOR=1.479;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=71;TCR=33;TR=104;WE=30075122;WS=30075104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr13	30077088	rs2482096	C	T	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=24;PP=1351;SC=GTTCAGTGTCCACTAGCATGA;SOR=1.148;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=70;WE=30077096;WS=30077078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	30090404	rs2989592	T	C	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=64;PP=1988;SC=AGGAGGTGGCTTCAATCCATG;SOR=1.196;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=103;WE=30090412;WS=30090394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr13	30091516	rs2490267	T	C	5379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=49;NR=93;PP=2965;SC=GCATCCACTGTTCTCCCCTAA;SOR=1.313;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=49;TCR=93;TR=142;WE=30091524;WS=30091506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr13	30091714	rs2482089	G	A	4004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=43;PP=1985;ReadPosRankSum=2.084;SC=TCTTACCTATGAGGCTGGTTG;SOR=0.413;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=110;WE=30091722;WS=30091704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr13	30091819	rs2482090	G	C	5534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=80;PP=2604;SC=CTGGTAAAAAGCCCAGCTGGG;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=146;WE=30091827;WS=30091809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr13	30098215	rs2776957	C	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=4;PP=426;SC=CAAGCATTGGCTTGTTTGCCC;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=30098234;WS=30098205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	30098226	rs2776958	A	G	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=7;PP=495;SC=TTGTTTGCCCAGGGTGCAGGA;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=30098234;WS=30098205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	30346188	rs2234416	A	C	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.508;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=17;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.668;SC=TAACATTTAAAACAAGCGAAT;SOR=1.132;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=100;TCF=72;TCR=28;TR=70;WE=30346196;WS=30346178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,101:0.69:147
chr13	30351248	rs35681461	T	TA	3181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=1923;ReadPosRankSum=0.433;SC=AGGTAGGGCATAAGAATCAAC;SOR=0.606;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=52;WE=30351256;WS=30351238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,119:0.69:173
chr13	30804797	rs73163470	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr13	30805627	rs202087	A	G	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	30829757	rs11348486	CA	C	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.151;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr13	31036642	rs3742305	C	G	7219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=74;PP=2830;SC=GCGTACTTGTCATCATTTTAC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=77;TCR=74;TR=150;WE=31036650;WS=31036632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr13	31036681	rs1929606	A	G	5464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=75;PP=2242;SC=TTACCTTTTCATATTTTTCCT;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=55;TCR=75;TR=130;WE=31036689;WS=31036671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr13	31037903	rs2249825	G	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=251;SC=TACTTAGTAAGGGAATGAAAA;SOR=1.508;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=17;WE=31037911;WS=31037893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	31195409	.	G	GT	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,24:0.21:116
chr13	31287811	rs9508825	T	C	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=532;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GCAAGAACTCTGTAGAACTGA;SOR=0.777;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=140;TCF=89;TCR=51;TR=46;WE=31287819;WS=31287801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,65:0.33:198
chr13	31287979	rs147763360	G	GTA	5730.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.923;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.771;NF=10;NR=72;PP=2990;ReadPosRankSum=0.248;SC=ATCAGTGCTGGTGTGTGTGTG;SOR=0.391;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=11;TCR=75;TR=82;WE=31287987;WS=31287969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,141:0.97:145
chr13	31287996	rs9315035	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.329;NF=14;NR=23;PP=449;ReadPosRankSum=-0.731;SC=TGTGTGTGCGCGCACACGCGC;SOR=0.842;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=37;WE=31288004;WS=31287986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,43:0.33:131
chr13	31309830	rs4769055	C	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=1.237;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,25:0.20:127
chr13	31318020	rs4360791	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=163;ReadPosRankSum=-1.654;SC=ACCAAACACAGTGTTCAGTAG;SOR=1.855;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=11;WE=31318028;WS=31318010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr13	31318068	rs17238738	T	G	1944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.627;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=16;PP=1104;ReadPosRankSum=-1.405;SC=AAATGACAGTTGATGGAGGAC;SOR=0.342;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=62;WE=31318076;WS=31318058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,80:0.73:110
chr13	31318308	rs3803277	C	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.558;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,23:0.26:90
chr13	31480827	rs9531945	A	G	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=34;PP=1202;SC=CGTGGTGGCCAGGCCCGGGGA;SOR=0.731;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=70;WE=31480835;WS=31480817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	31531195	rs6560988	T	C	3081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=55;PP=1374;SC=CTTTTTTTCCTGGGTCATGTG;SOR=1.255;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=82;WE=31531203;WS=31531185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr13	31540569	.	CTTTT	C	2167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.97;ReadPosRankSum=1.735;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,63:0.90:70
chr13	31543095	rs2274869	C	T	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=38;PP=1225;SC=AAAGTGACTACGACAAAACCT;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=73;WE=31543103;WS=31543085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr13	31722620	.	TAA	T,TA	779.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.711;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.549;QD=11.47;ReadPosRankSum=-2.090;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:13,28,27:0.41,0.40:68
chr13	31725260	rs11556147	A	G	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.981;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=689;ReadPosRankSum=1.723;SC=ATTCTGCACAAAAATGTTCCA;SOR=1.063;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=45;WE=31725268;WS=31725250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,59:0.66:90
chr13	31725617	rs2146895	C	T	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=542;SC=CAACCGTTTCCTGTTAACATC;SOR=3.098;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=31725625;WS=31725607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	31725732	rs4941772	A	C	2929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=1324;ReadPosRankSum=0.412;SC=CTGAGTTCCAATGTATGACTT;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=86;WE=31725740;WS=31725722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,136:0.71:192
chr13	31728657	rs4943165	T	C	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.99;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr13	31728666	rs2274018	G	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.749;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.28;ReadPosRankSum=0.087;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr13	31729729	rs1047086	A	G	1312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=444;ReadPosRankSum=-1.220;SC=TGAAGGGGTCATTGAATGCTC;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=36;WE=31729737;WS=31729719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,65:0.61:107
chr13	31733057	rs41292151	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=89;ReadPosRankSum=1.217;SC=ATTTTAAACTGATAAGAGAAA;SOR=1.012;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=8;WE=31733065;WS=31733047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr13	31735759	rs2280059	G	A	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=55;PP=1178;ReadPosRankSum=-1.762;SC=GTCTCGGTCTGCGTCCTCCGG;SOR=0.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=110;TCR=169;TR=92;WE=31735767;WS=31735749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,153:0.31:488
chr13	31789169	rs35344913	CT	C	495.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.621;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.106;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,34:0.76:45
chr13	31796969	rs2147515	G	C	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=36;PP=1586;SC=TCCAAGCTCCGTTTTTCAAAT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=31796977;WS=31796959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr13	31803305	.	A	AT	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.784;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=198;ReadPosRankSum=-0.403;SC=CCTGAAAACTATTTTTTTTTG;SOR=0.911;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=21;WE=31803313;WS=31803295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,36:0.36:100
chr13	31821093	rs9542300	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.271;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr13	31821256	rs9542307	C	G	2845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=49;PP=1245;ReadPosRankSum=0.128;SC=TTTAACTCACCTGTGAATTAC;SOR=0.611;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=87;WE=31821264;WS=31821246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,139:0.60:231
chr13	31821992	rs4943266	T	C	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=11;PP=591;SC=TTTTGGTCAGTTTTTCTGTAA;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=31822000;WS=31821982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	31835375	rs4943289	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-0.680;SC=AGATGCTTGAGGGTTTCTGCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=31835383;WS=31835365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr13	31843320	rs281865462	TA	T	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TTCTTTTGGTTAAAAAAAATC;SOR=1.371;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=5;WE=31843328;WS=31843310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr13	31843598	rs1924817	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.115;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=439;ReadPosRankSum=0.266;SC=AGTTATGTAGATGAAGACAGA;SOR=1.000;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=31;WE=31843606;WS=31843588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr13	31848535	rs912600	G	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=10;PP=769;SC=ATATGGTTCAGCCTACTCTCT;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=31848543;WS=31848525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	31848823	rs728930	A	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=375;ReadPosRankSum=0.282;SC=GATGCTGTGCATAATGTCATC;SOR=0.402;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=31;WE=31848831;WS=31848813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr13	31850714	rs1028751	G	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=7;PP=411;SC=AAAACTTTATGCCGGAAATAT;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=31850722;WS=31850704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	31850803	rs137981677	C	CACAT	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.703;NF=2;NR=5;PP=309;ReadPosRankSum=-0.802;SC=AACGCTGACTCACATATGCAT;SOR=0.742;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=7;WE=31850811;WS=31850793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,20:0.26:76
chr13	31850989	rs4065552	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=122;ReadPosRankSum=1.064;SC=ATTCTTGAGTGTAAATTCAGA;SOR=0.892;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=31850997;WS=31850979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr13	31860769	rs9543606	G	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=1.021;SC=TAAGCTCTTAGAACACTTCAA;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=8;WE=31860777;WS=31860759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr13	31861059	rs1397890	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=122;ReadPosRankSum=0.195;SC=TAACGGGGACGGGGTTTACCC;SOR=0.495;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=8;WE=31861067;WS=31861049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr13	31891561	rs1041074	T	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=4;PP=781;SC=TTTATTTATTTTATAAGTCAC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=31;WE=31891569;WS=31891551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	31891746	rs1041073	G	A	2768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.213;SC=TGACTCCGGCGAGCCTGTGTT;SOR=0.557;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=83;WE=31891754;WS=31891736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,126:0.72:174
chr13	31903834	rs1060709	G	T	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=450;ReadPosRankSum=-1.406;SC=CCTAGCCTGCGCAGGGAATGA;SOR=0.945;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=25;WE=31903842;WS=31903824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr13	32313893	rs117899747	C	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=-0.714;SC=CCAAAAAATACATTTCTATGT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=16;WE=32313901;WS=32313883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr13	32336040	rs1536635	C	T	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.435;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr13	32339296	rs17612599	T	A	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=720;ReadPosRankSum=1.946;SC=AAAACTTAATTATTGGTGATA;SOR=0.518;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=44;WE=32339304;WS=32339286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,67:0.66:101
chr13	32339382	rs12870532	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=385;ReadPosRankSum=-1.536;SC=TAATAGAAACCCTGTTTAAAA;SOR=1.371;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=22;WE=32339390;WS=32339372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr13	32340193	rs35564049	T	TA	765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=408;SC=CATATTTATTTAAAAAAAATC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=32340201;WS=32340183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	32360547	rs7325513	A	G	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=927;ReadPosRankSum=-1.024;SC=CGATAACGGAACTATCACCTC;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=199;TCF=100;TCR=99;TR=69;WE=32360555;WS=32360537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,116:0.31:373
chr13	32360691	rs140904878	T	TAA	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=11.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.859;SOR=2.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr13	32606069	rs424118	A	G	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=8;PP=335;SC=TGGAGACAGAAAATCTCAACT;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=32606077;WS=32606059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	32606087	rs433551	T	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=42.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	32660137	rs423932	T	G	6721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.001;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=79;PP=2740;ReadPosRankSum=-0.151;SC=AATACTTGAGTCCTACCCAGG;SOR=0.137;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=141;WE=32660145;WS=32660127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,258:0.99:260
chr13	32676114	rs364995	A	G	6279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=85;NR=63;PP=2650;SC=AGCCATTGACAAAATCTCTGC;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=85;TCR=63;TR=148;WE=32676122;WS=32676104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr13	32698544	rs629265	T	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=18;PP=481;SC=TACTTTTAGATAATATTTATT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=27;WE=32698552;WS=32698534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	32723799	rs204558	C	T	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=1;PP=517;SC=ACCACCTGTTCGCTTGGTGCA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=20;WE=32723807;WS=32723789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	32731667	rs11409421	T	TA	81.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=52;SC=TAAAGATAGTTAAAAAAAAAC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=32731675;WS=32731657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	32758834	rs798971	A	G	6225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=89;PP=2500;SC=GACAGGTAGGATCAGAATTCT;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=57;TCR=89;TR=146;WE=32758842;WS=32758824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr13	32776253	rs2520704	A	T	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=59;PP=1703;SC=ATTACCTAATAGCTGTTTATT;SOR=1.755;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=83;WE=32776261;WS=32776243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	32776306	rs2762035	A	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=29;PP=717;SC=GTGGCTATGAAGAGTGAGAAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=32776326;WS=32776296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	32776318	rs2762036	T	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=729;SC=AGTGAGAAAGTAACTATATAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=32776326;WS=32776296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	32776603	rs2428249	T	C	3585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=36;PP=1192;SC=GCGTGTCACTTGCCCTCTTGT;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=32776611;WS=32776593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr13	32785086	rs798981	G	A	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=47;PP=1499;SC=AGCAGACAGAGCCCGTGAACC;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=84;WE=32785094;WS=32785076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr13	32786416	rs798983	T	A	10462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.58;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr13	32786614	rs798984	A	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=18;PP=513;SC=CATAAATTTTACACGTACATA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=32786622;WS=32786604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	32798225	rs9533917	A	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=276;ReadPosRankSum=-0.901;SC=TGCCAGCGAGACCCTGTCCCT;SOR=0.593;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=7;WE=32798243;WS=32798215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr13	32798235	rs5802638	T	TA	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=294;ReadPosRankSum=-0.039;SC=ACCCTGTCCCTAAAAAAAATT;SOR=0.563;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=8;WE=32798243;WS=32798215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr13	32811607	rs2806639	G	A	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=610;ReadPosRankSum=0.698;SC=AACCACCAGCGGCAACACCGC;SOR=0.711;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=146;TCF=89;TCR=57;TR=48;WE=32811615;WS=32811597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,66:0.33:201
chr13	32813497	rs117297533	C	T	3445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=48;PP=1401;ReadPosRankSum=1.118;SC=GTATGAGTTACAGTTCCACAC;SOR=0.548;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=141;TCF=66;TCR=75;TR=95;WE=32813505;WS=32813487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,162:0.65:248
chr13	32813818	rs45467296	T	C	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=471;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TGGGCTATTTTATTCCTAATT;SOR=0.922;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=24;WE=32813826;WS=32813808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr13	32823882	rs2806630	G	A	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=55;PP=1506;SC=TTGAGTCCATGTGGCTGGGTC;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=83;WE=32823890;WS=32823872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr13	32825913	rs2806632	A	G	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=21;PP=1234;ReadPosRankSum=-0.679;SC=CATTCTGTCTATACGTTAAGT;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=78;TCR=31;TR=75;WE=32825921;WS=32825903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,95:0.68:140
chr13	32825941	rs2806633	C	A	3205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=39;PP=1585;ReadPosRankSum=-0.191;SC=CCCTGTATGGCTAGTGGCTAG;SOR=0.493;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=152;TCF=99;TCR=53;TR=103;WE=32825949;WS=32825931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,146:0.66:222
chr13	32828553	rs2157961	A	G	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.970;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=318;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TCTCTGTAAAAATAATCCCCG;SOR=1.352;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=17;WE=32828561;WS=32828543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,34:0.61:56
chr13	32832149	rs2520686	T	C	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=534;ReadPosRankSum=-1.706;SC=TGCTAGTAGATGTTTTGCATC;SOR=0.653;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=49;WE=32832157;WS=32832139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,86:0.65:133
chr13	32832350	rs2806636	A	G	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.427;SC=AAGTTGCATGATTATATCTCA;SOR=0.169;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=32832358;WS=32832340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr13	32849316	rs71436473	C	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=1.438;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr13	32849345	rs183269	A	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=2;HapScore=4;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.381;NF=1;NR=7;PP=110;ReadPosRankSum=-0.268;SC=GAAACCCCGTATCTATTAAAA;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=8;WE=32849367;WS=32849335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr13	32852585	rs11617081	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.562;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=401;ReadPosRankSum=-1.237;SC=CTATGTCTTTCCCTCTCTTTC;SOR=0.774;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=31;WE=32852593;WS=32852575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,63:0.31:201
chr13	32862118	rs45560736	C	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=676;ReadPosRankSum=-2.262;SC=AGCATGTTCTCCCTTTCTCAT;SOR=0.368;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=41;WE=32862126;WS=32862108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr13	32866221	rs6561216	A	G	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=54;SC=CCAGGTTCAAACGATTCTCCT;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=32866229;WS=32866211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	32899388	rs11571610	A	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=55;ReadPosRankSum=1.207;SC=TGTTCTATAAAGATGAATCTG;SOR=1.445;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=32899396;WS=32899378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr13	32905265	rs206073	G	A	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=10;PP=287;SC=CCGTGATCTCGGTTTACCGCA;SOR=0.997;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=32905273;WS=32905255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	32906480	rs766173	A	C	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=525;ReadPosRankSum=-0.601;SC=GTCAATGCCAAATGTCCTAGA;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=34;WE=32906488;WS=32906470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr13	32906729	rs144848	A	C	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=761;ReadPosRankSum=-0.848;SC=AAATGTAGCAAATCAGAAGCC;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=183;TCF=103;TCR=80;TR=59;WE=32906737;WS=32906719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,105:0.34:310
chr13	32906980	rs1801439	A	G	2194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.218;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=41;PP=1167;ReadPosRankSum=-0.021;SC=TACCAAAATCAGAGAAGCCAT;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=60;TCR=65;TR=78;WE=32906988;WS=32906970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,103:0.61:170
chr13	32910351	rs11571651	G	T	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=0.060;SC=AATATTTAGTGAATGTGATTG;SOR=0.307;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=10;WE=32910359;WS=32910341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr13	32910721	rs1801499	T	C	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1326;ReadPosRankSum=-0.145;SC=CAGTACAACATTCAAAAGTGG;SOR=0.848;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=110;TCF=50;TCR=60;TR=72;WE=32910729;WS=32910711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,104:0.71:147
chr13	32911463	rs1799944	A	G	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=755;ReadPosRankSum=-0.172;SC=TGATTACATGAACAAATGGGC;SOR=0.571;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=43;WE=32911471;WS=32911453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,53:0.73:73
chr13	32913055	rs206075	A	G	6286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=74;PP=2965;SC=AACCTACTCTATTGGGTTTTC;SOR=0.821;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=85;TCR=75;TR=159;WE=32913063;WS=32913045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr13	32915005	rs206076	G	C	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=26;PP=1344;SC=GAACCAAAGTGTCACTTGTTG;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=32915013;WS=32914995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr13	32920844	rs206080	T	C	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	32929387	rs169547	T	C	3116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=54;PP=1715;SC=AATCAAGCAGTAGCTGTAACT;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=94;WE=32929395;WS=32929377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr13	32929478	rs11147489	C	T	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=345;ReadPosRankSum=0.921;SC=TAGATATTTCCGTTGTTAAAT;SOR=0.957;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=23;WE=32929486;WS=32929468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr13	32936646	rs9534262	T	C	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=543;ReadPosRankSum=-0.082;SC=AATATTCTACTTTTATTTGTT;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=33;WE=32936654;WS=32936636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr13	32953388	rs4942486	T	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=576;ReadPosRankSum=2.004;SC=TAAAGCCATCTAGTTACAATA;SOR=0.132;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=31;WE=32953396;WS=32953378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr13	33012762	.	T	TAC	5099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DP=820;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.583;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=4.544;NF=32;NR=62;PP=2991;ReadPosRankSum=0.158;SC=CAAAAATACATACACACACAC;SOR=0.587;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=309;TCF=100;TCR=209;TR=94;WE=33012771;WS=33012752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:555,217:0.28:772
chr13	33017043	rs3742318	T	C	2221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=35;PP=1152;SC=TTTTTGTTTATTCTCCTCTTC;SOR=0.776;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=69;WE=33017051;WS=33017033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	33092141	.	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.761;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr13	33222831	rs2301389	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr13	33226282	rs34522910	G	GT	31.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.803;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr13	33232334	rs7335546	G	A	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.464;SC=TTTTCATTTAGCGTTCATAAT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=8;WE=33232342;WS=33232324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr13	33232435	rs2301393	A	G	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=222;ReadPosRankSum=1.535;SC=AGAGCCCACAATTCAATAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=14;WE=33232443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
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chr13	33268573	rs561056	T	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.241;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
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chr13	33315189	rs2320470	G	T	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.74;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	33315206	rs733487	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=1.156;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,36:0.65:55
chr13	33320054	rs4942867	A	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=495;ReadPosRankSum=0.000;SC=AATTAGATGTACAGAAGATTT;SOR=0.483;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=32;WE=33320062;WS=33320044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr13	33332208	rs376698450	CT	C	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.121;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.901;SOR=1.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr13	33332648	rs3752474	G	T	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=585;ReadPosRankSum=0.637;SC=AAGTATCTGTGTTTTTAAAAA;SOR=0.471;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=39;WE=33332656;WS=33332638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,52:0.71:73
chr13	33333876	rs7988089	A	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=356;ReadPosRankSum=0.480;SC=CTTATTTTAGAGTGATTATTG;SOR=1.270;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=29;WE=33333884;WS=33333866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,40:0.71:56
chr13	33344241	rs112309957	AT	A	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=7.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.935;SOR=2.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr13	33349341	rs3492	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr13	33349845	rs7336793	A	G	2695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=49;PP=1206;ReadPosRankSum=-0.658;SC=AAGTTCTTGGATTACTTTACA;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=135;TCF=53;TCR=82;TR=79;WE=33349853;WS=33349835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,129:0.59:219
chr13	33590851	rs2772364	T	C	9661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=88;PP=2965;SC=CCATCTGGGATACGTTCACCC;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=103;TCR=88;TR=191;WE=33590859;WS=33590841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr13	33627760	rs7323281	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=1.638;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chr13	33627825	rs9536312	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=4.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.30;ReadPosRankSum=0.384;SOR=1.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,57:0.67:85
chr13	33627829	rs570875	T	G	3465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.27;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr13	33627858	rs9536313	C	G	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=19;PP=1212;ReadPosRankSum=-1.121;SC=TATTGCATTTCTCCTCACAAC;SOR=0.916;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=97;TCF=70;TCR=27;TR=72;WE=33627866;WS=33627848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,109:0.70:156
chr13	33628138	rs9536314	T	G	3578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.683;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=47;PP=1968;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TCTGCCTGATTTTACTGAATC;SOR=0.822;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=174;TCF=96;TCR=78;TR=116;WE=33628146;WS=33628128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,158:0.67:237
chr13	33628193	rs9527025	G	C	4676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=59;PP=2162;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TTTGCTCTTTGCTTTGGACCC;SOR=0.686;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=218;TCF=124;TCR=94;TR=139;WE=33628201;WS=33628183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,220:0.65:336
chr13	33628239	rs9527026	G	A	5979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,277:0.68:406
chr13	33635463	rs648202	T	C	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=45;PP=1590;SC=AAGAGGTGGCTGAGAGAGTTT;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=98;WE=33635471;WS=33635453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr13	33635835	rs649964	T	C	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr13	33635939	rs650439	T	A	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=33;PP=1007;SC=TAGCTGCGGCTATCTCCTGAA;SOR=1.032;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=53;WE=33635947;WS=33635929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	33637913	rs34137141	C	CA	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=1.039;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr13	33680854	rs642899	T	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=441;ReadPosRankSum=-0.189;SC=AAGCTGAGACTCCCAAGATCT;SOR=0.622;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=33;WE=33680862;WS=33680844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr13	33686844	rs34128539	G	GA	2029.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.786;NF=26;NR=27;PP=1069;ReadPosRankSum=-0.136;SC=TTGTTACTGAGAAAAAAAACC;SOR=0.599;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=53;WE=33686852;WS=33686834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,102:0.63:163
chr13	33700374	rs1980781	T	G	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=518;ReadPosRankSum=-1.329;SC=ACTTTGGAACTGACCTAGAAT;SOR=0.570;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=37;WE=33700382;WS=33700364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,62:0.68:91
chr13	33701347	rs2764617	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=191;ReadPosRankSum=-1.696;SC=GTAGGGTCCACTGCATCGAGG;SOR=0.793;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=10;WE=33701355;WS=33701337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr13	33703656	rs495680	T	C	7007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=1.934;SC=GGGAGTGAAATTCATGCATAC;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=292;TCF=158;TCR=134;TR=209;WE=33703664;WS=33703646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,324:0.71:459
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chr13	33923314	rs9597272	T	C	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=2.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=0.465;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,40:0.36:110
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chr13	34013959	rs651327	T	C	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=244;SC=AAAATTAGAATCAAATGGCCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=34013967;WS=34013949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr13	35618991	rs7996448	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=6;PP=563;SC=AGAGAGAGATAACAATGATAA;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=27;WE=35618999;WS=35618981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	35672606	.	AT	A	890.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.023;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.728;NF=1;NR=20;PP=312;ReadPosRankSum=-2.479;SC=TTAATCACTAATTTTTTTTTC;SOR=0.523;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=21;WE=35672614;WS=35672596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,51:0.67:76
chr13	35785074	rs56157510	A	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=109;ReadPosRankSum=0.450;SC=TTAATTGTCAAATTCGGTTTT;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=8;WE=35785082;WS=35785064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr13	35806549	rs9565113	T	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.31;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	35926497	rs9565205	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr13	36049080	rs9565317	T	G	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=14;PP=1039;SC=ATTATTCCTTTTTAAAGGAAG;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=36049088;WS=36049070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr13	36141009	rs9544667	G	A	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.95;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr13	36141009	.	GTA	ATA,ATG	839	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=22;MQ=59.85;NF=49,12;NR=25,7;PP=839,190;QD=11.8077190885;SC=CATTTTGTGTGTACAAATTTT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=49;TCR=26;TR=74,19;WE=36141019;WS=36140999;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:75
chr13	36141011	rs35877639	A	G	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,31:0.28:111
chr13	36167429	rs12865768	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=546;ReadPosRankSum=-2.357;SC=GCTGTGTTTAGAGTGGTCAAA;SOR=0.694;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=151;TCF=90;TCR=61;TR=45;WE=36167437;WS=36167419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,70:0.31:225
chr13	36202269	rs11538677	A	G	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1010;ReadPosRankSum=0.191;SC=GATCGACCTTATATTTGGCTA;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=228;TCF=121;TCR=107;TR=80;WE=36202277;WS=36202259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,139:0.40:345
chr13	36220281	rs3818423	A	C	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=214;ReadPosRankSum=0.044;SC=CACCCGTTGAATTTTCTGGAC;SOR=0.899;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=15;WE=36220289;WS=36220271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr13	36223780	rs3765523	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=241;ReadPosRankSum=0.619;SC=CTCTTCCCTTTCTATTCAACA;SOR=0.719;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=18;WE=36223788;WS=36223770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr13	36224051	rs200267946	TACTGGG	T	864.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=758;SC=TAAAAAAGTGTACTGGGACTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=36224064;WS=36224041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	36224102	rs9544890	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.876;SC=AAAACAGCAGACTAAATAAAT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=36224110;WS=36224092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr13	36225929	rs7991019	T	C	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,82:0.63:130
chr13	36229615	rs9544913	A	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=0.272;SC=AAATAAAATTAAAAATATGGT;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=36229623;WS=36229605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr13	36229873	rs2274550	C	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,46:0.37:124
chr13	36402325	rs2296644	T	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.44;ReadPosRankSum=1.473;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr13	36402426	rs2296645	A	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.947;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr13	36402475	rs2296646	G	A	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=13;PP=335;SC=TTTTTAAAATGAAACTTAACT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=36402483;WS=36402465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	36428595	rs1926466	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=117;ReadPosRankSum=1.986;SC=TGCACCAAGGCTGAGACAGGT;SOR=1.030;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=15;WE=36428603;WS=36428585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr13	36521433	rs1936004	T	G	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.508;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=29;PP=2050;ReadPosRankSum=1.450;SC=CTTGGCCTGGTGCAGCTCATT;SOR=1.294;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=70;TCR=30;TR=98;WE=36521441;WS=36521423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr13	36521460	rs1936003	A	G	5592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=48;PP=2571;SC=AGCTGCCTCAAATTTCCCCTG;SOR=1.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=131;WE=36521468;WS=36521450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr13	36686138	rs3748308	T	C	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=70;PP=2076;SC=CAGCTTTCCGTGGCTTCACGC;SOR=0.972;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=124;WE=36686146;WS=36686128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr13	36700338	rs144431309	TTA	T	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-1.150;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
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chr13	36788529	rs3762116	C	T	2231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=27;PP=1259;ReadPosRankSum=0.840;SC=CTCCCCAGGCCGGGCTTTGAG;SOR=0.910;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=76;WE=36788537;WS=36788519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,97:0.70:138
chr13	36801256	rs9546784	T	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr13	36801415	rs9546785	C	T	2312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=928;ReadPosRankSum=-0.404;SC=GCTTTTTGTCCGAGGCATGTC;SOR=0.621;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=62;WE=36801423;WS=36801405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,108:0.63:172
chr13	36801579	rs9546786	A	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.09;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
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chr13	36801612	rs138475016	T	TACACAC	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.36;ReadPosRankSum=2.621;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr13	36805289	rs67328439	GA	G	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.773;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=296;ReadPosRankSum=0.896;SC=ATTATAAATGGAAAAAAAAAG;SOR=1.294;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=20;WE=36805297;WS=36805279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr13	36805625	rs4397984	C	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=20;PP=455;ReadPosRankSum=1.069;SC=TCATCTCCACCGCTACAGAGG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=21;WE=36805633;WS=36805615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr13	36814682	rs9546834	A	G	3989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.350;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=40;PP=1629;ReadPosRankSum=-0.315;SC=TCAGAAGGATACGCCCCTAAC;SOR=0.910;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=156;TCF=88;TCR=68;TR=97;WE=36814690;WS=36814672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,184:0.64:289
chr13	36818037	rs9546862	A	G	3919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=45;PP=1649;ReadPosRankSum=-1.523;SC=GTAATATTCAATGGAAAACCA;SOR=0.563;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=168;TCF=98;TCR=70;TR=105;WE=36818045;WS=36818027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,181:0.63:287
chr13	36818057	rs55981518	C	T	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=840;ReadPosRankSum=-0.079;SC=AAACTGCCCTCGTAGACCTAC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=93;TCR=83;TR=66;WE=36818065;WS=36818047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,117:0.38:311
chr13	36818080	rs9546863	C	T	3783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=1569;ReadPosRankSum=0.469;SC=TCTGGTGACACACATATGTGT;SOR=0.606;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=171;TCF=84;TCR=87;TR=110;WE=36818088;WS=36818070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,183:0.64:286
chr13	36822711	rs9315402	G	T	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=632;ReadPosRankSum=1.407;SC=CAAATGTAACGAATTAGAAAG;SOR=0.530;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=43;WE=36822719;WS=36822701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,61:0.59:103
chr13	36822849	rs9315403	C	T	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,40:0.43:92
chr13	36822884	rs9315404	C	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.605;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=214;ReadPosRankSum=-1.146;SC=ATAAGAGAGACAGTCAATTCT;SOR=1.201;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=17;WE=36822892;WS=36822874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr13	36822908	rs9315405	C	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.787;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=-1.646;SC=TTAACTCTCCCATAACCAGGT;SOR=2.799;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=10;WE=36822916;WS=36822898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr13	36827833	rs9546886	C	T	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=3;PP=630;ReadPosRankSum=-0.428;SC=AGAAACTTAACTCCAAAATCT;SOR=1.493;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=27;WE=36827841;WS=36827823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,28:0.80:35
chr13	36827896	rs9546887	C	T	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.270;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=28;PP=1237;ReadPosRankSum=-1.132;SC=ACATAATTTACAGTAAGAAGA;SOR=0.410;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=109;TCF=73;TCR=36;TR=81;WE=36827904;WS=36827886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,89:0.78:114
chr13	36828092	rs138966884	G	GTTTTGTAAGCA	2336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.978;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=2963;ReadPosRankSum=0.836;SC=GTAGGAAATAGTTTTGTGTTA;SOR=1.229;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=8;TCR=58;TR=28;WE=36828100;WS=36828082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,59:0.55:108
chr13	36828237	rs9546897	T	C	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.763;NF=4;NR=10;PP=251;ReadPosRankSum=0.487;SC=TTCAAGAGTCTTCTTTTCTTC;SOR=0.672;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=14;WE=36828245;WS=36828227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr13	36829085	rs912928	A	G	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5006;FS=2.092;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=-0.397;SC=TGGCACTTCCAGGTTCCTTTG;SOR=1.371;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=36829093;WS=36829075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr13	36829209	rs1078302	C	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=833;ReadPosRankSum=1.056;SC=GTGGACATGGCGGTCATCCAG;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=53;WE=36829217;WS=36829199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,78:0.69:113
chr13	36829258	rs751518	G	A	2660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=916;ReadPosRankSum=0.345;SC=GGGTCTTGCTGTGAAAACTGG;SOR=0.507;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=66;WE=36829266;WS=36829248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,126:0.69:183
chr13	36829301	rs751519	A	T	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=1006;ReadPosRankSum=0.620;SC=GGCCAGTTCTAGGAACAACTT;SOR=0.822;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=101;TCF=47;TCR=54;TR=63;WE=36829309;WS=36829291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,127:0.62:206
chr13	36855284	rs67248236	G	A	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=1.496;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,39:0.36:107
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chr13	36940123	rs1041139	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=131;ReadPosRankSum=0.760;SC=CCTGGATTCCTGCAGTAGCTT;SOR=0.066;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=12;WE=36940131;WS=36940113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr13	36942533	rs1056850	G	T	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=32;PP=898;SC=AATAAAATACGCTCCAAAATT;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=36942541;WS=36942523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	37007040	rs4245378	A	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=106;ReadPosRankSum=-1.284;SC=CCCAATAATTACTGGGAAGAT;SOR=1.206;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=7;WE=37007048;WS=37007030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr13	37007501	rs9576049	G	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=95;ReadPosRankSum=-0.391;SC=AAAGTTGATTGATTTATTTTC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=37007515;WS=37007491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr13	37014366	rs2282411	G	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.531;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=437;ReadPosRankSum=-0.033;SC=GCCAAGGAGCGTAAAAATCAA;SOR=0.200;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=89;TCF=18;TCR=71;TR=35;WE=37014374;WS=37014356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,37:0.38:98
chr13	37401917	rs11285105	GT	G	3022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=42;PP=1607;SC=CATCTACATGGTTTTTTATCT;SOR=0.928;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=8;TCR=46;TR=50;WE=37401925;WS=37401907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	37439964	rs3748305	C	A	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=311;ReadPosRankSum=0.125;SC=ATGATTCCACCAGGAAACTTA;SOR=0.788;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=22;TCR=46;TR=24;WE=37439972;WS=37439954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,28:0.30:93
chr13	37446711	rs9576126	G	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.139;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=141;ReadPosRankSum=-0.769;SC=CAGTTACAATGACTGTCATTG;SOR=1.439;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=13;WE=37446719;WS=37446701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,22:0.29:75
chr13	37453293	rs10658358	C	CCTCT	1425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.99;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	37526560	rs6563506	G	A	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=19;PP=796;SC=GGCTTGATGAGGGGAGCAAGG;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=44;WE=37526568;WS=37526550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	37546280	rs9576146	G	C	253.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=213;SC=TAAAAAAGTTGACATTAAAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=37546288;WS=37546270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	37569200	rs2323165	A	G	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr13	37580139	rs1127446	G	A	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=60.07;NF=42;NR=55;PP=1741;SC=TGGCTAGCCAGTTCATTGCAG;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=97;WE=37580147;WS=37580129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr13	37581051	rs9576154	T	G	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=12;PP=1221;SC=AAGTCTAAGCTAATAGCATGT;SOR=2.425;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=62;WE=37581059;WS=37581041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr13	37583831	rs9469	G	A	4642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=47;PP=1751;SC=AGTGGTTGGCGTGCCTCTCTT;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=53;TCR=47;TR=100;WE=37583839;WS=37583821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr13	37584838	rs7317750	G	A	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=26;PP=804;SC=AAAGTTTGAAGGCTACCAGGG;SOR=1.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=38;WE=37584846;WS=37584828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	37598113	rs4943441	A	G	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=13;PP=1103;SC=AAGCTGTCTTAAGAAACACTA;SOR=1.961;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=50;WE=37598121;WS=37598103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	37600199	rs4941856	A	G	141.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=111;SC=TACAACAGAGACCCATAAATA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=37600207;WS=37600189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	37600284	rs9576155	G	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=329;SC=TATCCTATAAGGGTGAAAAAT;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=37600292;WS=37600274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	37621528	rs1199983	A	G	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	37625601	rs1543738	T	C	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=14;PP=739;SC=AACACAAATTTGAACATACTG;SOR=1.163;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=37625609;WS=37625591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	37625770	rs5802853	A	AG	918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=20;PP=929;SC=GGCTATTAAGAGAAAAAAAAA;SOR=1.942;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=21;WE=37625778;WS=37625760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	37679268	rs9576175	G	T	11569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=161;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=0.744;SC=TCACTGCTACGTCCTCGCCGT;SOR=0.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=161;TCR=132;TR=291;WE=37679276;WS=37679258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,453:1.00:455
chr13	38138730	rs4390468	C	T	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=35;PP=1098;SC=AGAAATACTTCGCAATTATGG;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=67;WE=38138738;WS=38138720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr13	38143325	rs58863577	CT	C	569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=6;PP=254;SC=TGGATGTTGTCTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=15;WE=38143334;WS=38143315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	38148893	rs8000073	C	T	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=104;SC=GATACTAAGGCACAGGATGTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=38148901;WS=38148883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	38152935	.	C	A	64.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;QD=21.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	38152959	rs7322626	T	G	257.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.126;NF=10;NR=4;PP=312;ReadPosRankSum=-0.253;SC=AAAAAAGAAATAAATCAAGTA;SOR=1.022;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=14;WE=38152967;WS=38152949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr13	38153130	rs7322993	T	C	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=31;PP=1124;SC=AGACTTAGCCTATCAATGAGT;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=38153138;WS=38153120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr13	38153351	rs7323378	T	C	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=33;PP=1222;SC=CATAAATTCATTCTAGACAAC;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=38153359;WS=38153341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	38154189	rs7986347	G	A	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=65;PP=1709;SC=TTCACCTACAGTGCATGTAAT;SOR=2.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=18;TCR=66;TR=83;WE=38154197;WS=38154179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	38166068	rs9547968	C	G	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=140;SC=GAAATATGCTCTTATATTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=38166076;WS=38166058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	38166357	rs9603229	T	G	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=325;SC=GATACATTTTTACATAAATTT;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=38166365;WS=38166347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	38237872	rs2985171	A	G	3680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=60;PP=1994;SC=CTGTACTGGAAAAAACAGAGA;SOR=1.222;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=33;TCR=61;TR=92;WE=38237880;WS=38237862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr13	38266000	rs7329237	G	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=535;SC=CTTTGGGGGTGAGGTTCTTGG;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=38266008;WS=38265990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	38320594	rs35278654	TA	T	461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=14;PP=191;SC=AGGAGGCACCTAAAAAAAAAA;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=14;WE=38320602;WS=38320584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	38357471	rs3904512	G	A	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=48;PP=1090;ReadPosRankSum=0.264;SC=ACTGAGCCATGTTTCATGCCA;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=38;TCR=70;TR=75;WE=38357479;WS=38357461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,123:0.68:181
chr13	38924083	rs2231330	A	T	9208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=137;NR=71;PP=2965;SC=ACCGACTGCCATAATTCCTGG;SOR=1.159;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=210;TCF=137;TCR=73;TR=208;WE=38924091;WS=38924073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr13	38924263	rs2231332	T	C	10998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=162;PP=2965;SC=TGATCCGAGCTTTTCCAACAA;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=275;TCF=113;TCR=162;TR=275;WE=38924271;WS=38924253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr13	38930783	.	G	A	45	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MMLQ=27;MQ=58.7;NF=3;NR=0;PP=45;QD=26.5904041824;SC=AATGATTATAGATGCCTAGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=38930791;WS=38930773;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	38930893	rs2481880	C	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=7;PP=574;SC=TCAAAAAATACGAGAAACACT;SOR=1.132;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=38930901;WS=38930883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	38931144	rs9548318	T	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=17;PP=615;SC=CCACATTTCATTGATTTAAAA;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=31;WE=38931152;WS=38931134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	38931650	rs34489703	G	GTT	1501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.000;QD=25.03;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,57:0.95:60
chr13	38932174	rs71720939	TTG	T	79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=19.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr13	38932545	rs11381230	G	GT	170.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.427;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr13	38932648	rs2485786	C	T	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=23.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	38932681	rs2485785	G	T	122.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=70;SC=ATTTTATTCCGTTTTAGGTAT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=38932689;WS=38932671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	39262057	rs1868464	G	A	9370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=109;PP=2965;SC=TCGTGGAAGAGCTGCTGGGGA;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=219;TCF=110;TCR=109;TR=219;WE=39262065;WS=39262047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr13	39263714	rs2496423	T	C	32570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=1065;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=274;NR=268;PP=2965;SC=AGTGACTCAGTCCCCCACAGA;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=549;TCF=275;TCR=274;TR=542;WE=39263722;WS=39263704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1055:1.00:1055
chr13	39263731	rs41292755	C	T	4392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1072;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:766,296:0.28:1062
chr13	39264690	rs2496425	T	C	4849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=66;PP=2256;ReadPosRankSum=-1.782;SC=CCAGAAATCTTTGTAGGTGAA;SOR=0.550;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=190;TCF=93;TCR=97;TR=136;WE=39264698;WS=39264680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,216:0.75:289
chr13	39338612	rs2442370	T	C	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=18;PP=538;SC=TTATTTCTGTTTTAAAATTTT;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=30;WE=39338620;WS=39338602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	39343822	rs9603422	C	T	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1112;ReadPosRankSum=-3.161;SC=ATGGCGAGTGCGGATCCTGAG;SOR=0.680;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=79;WE=39343830;WS=39343812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,135:0.67:203
chr13	39430182	.	TAAAA	T	204.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=-0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.108;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr13	39430314	rs9548509	C	T	6123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=64;PP=2548;SC=ATCGAAGTTACCTTTGACGGG;SOR=0.771;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=76;TCR=65;TR=140;WE=39430322;WS=39430304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr13	39430443	rs9548510	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=2.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr13	39433606	rs9532292	A	G	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=34;PP=853;ReadPosRankSum=1.852;SC=AGATGGTCACACTGGACTCCA;SOR=0.606;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=152;TCF=67;TCR=85;TR=63;WE=39433614;WS=39433596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,93:0.38:244
chr13	39435425	rs11618650	G	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=0.842;SC=TCCTTATCACGTGATGTACAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=39435433;WS=39435417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr13	39435552	rs36084034	C	CT	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.014;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,34:0.35:97
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chr13	39450139	rs1945510	A	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.479;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=475;ReadPosRankSum=0.743;SC=TCATTATTATAATTACTGGCA;SOR=1.074;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=105;TCF=76;TCR=29;TR=34;WE=39450147;WS=39450129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,46:0.32:143
chr13	39450583	rs67517056	T	TA	404.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.405;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr13	39452235	rs1540131	T	C	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=14;PP=982;SC=TACCTTATCATATAACAGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=50;WE=39452243;WS=39452225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	39452538	.	T	TGGCC	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.85;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr13	39452934	rs9532296	C	T	3523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=4.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,158:0.68:234
chr13	39454843	rs41306662	G	A	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.150;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=428;ReadPosRankSum=0.681;SC=GTTTCAGGGGGAAGGATGCCC;SOR=0.837;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=34;WE=39454851;WS=39454833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,45:0.27:169
chr13	39546530	rs8000175	C	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=4;PP=998;SC=CAGGTCTCTGCGGGTACTCAG;SOR=3.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=39546538;WS=39546520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	39586133	rs17058947	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.17;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
chr13	39586343	rs9576697	G	C	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=411;ReadPosRankSum=-1.170;SC=AAACAGAACTGCCTGCAGCTT;SOR=0.636;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=31;WE=39586351;WS=39586333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,42:0.35:120
chr13	39587166	rs11147745	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=342;ReadPosRankSum=-0.179;SC=CCGTTGAGCTAGGATGAGGGA;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=27;WE=39587174;WS=39587156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,37:0.32:115
chr13	39587677	rs3751379	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.019;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=320;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GCTAACTGGCACTGACGTGGA;SOR=0.805;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=23;WE=39587685;WS=39587667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,27:0.27:99
chr13	39587865	rs3751378	A	C	3985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=33;PP=776;ReadPosRankSum=0.435;SC=CAGAAGAGTCAGAGTTCTGAA;SOR=0.624;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=189;TCF=102;TCR=87;TR=68;WE=39587873;WS=39587855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,115:0.35:324
chr13	39587889	rs3751377	T	C	4526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=1172;ReadPosRankSum=0.175;SC=TAAGAGAAGATAGTGAAGCCA;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=214;TCF=120;TCR=94;TR=80;WE=39587897;WS=39587879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,147:0.35:418
chr13	39596403	rs17058990	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=411;ReadPosRankSum=1.026;SC=ACAACTGTCCGTTCCAAGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=32;WE=39596411;WS=39596393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,47:0.29:164
chr13	39598698	rs55989420	T	TA	376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.735;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,39:0.43:90
chr13	39603384	.	TAA	T	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=1.215;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr13	39608335	.	T	TA	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=3.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.000;QD=0.47;ReadPosRankSum=1.608;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,61:0.18:332
chr13	39613910	rs113019173	G	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.336;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=284;ReadPosRankSum=0.182;SC=ACATGTCCTTGTTTGTATTGT;SOR=0.381;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=9;TCR=54;TR=22;WE=39613918;WS=39613900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr13	39618370	rs372998969	GT	G	512.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,37:0.29:128
chr13	39618372	rs376116325	GT	G	512.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=2.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,37:0.29:128
chr13	39622075	rs9532318	T	C	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.617;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=1046;ReadPosRankSum=1.834;SC=GTTTCTTTCCTGGGAATATTT;SOR=2.338;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=59;WE=39622083;WS=39622065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,67:0.97:69
chr13	39952791	rs41286955	C	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=14;PP=404;SC=CCAGCCACAACTCTTTTAAGC;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=39952799;WS=39952781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	40229724	rs7327779	A	G	1539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.188;NF=32;NR=29;PP=735;ReadPosRankSum=-0.782;SC=CACGCTTCTGAGAGCCCAAGC;SOR=0.670;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=201;TCF=100;TCR=101;TR=61;WE=40229732;WS=40229714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,96:0.30:324
chr13	40229842	rs67765306	A	AG	728.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.886;NF=3;NR=15;PP=499;ReadPosRankSum=0.297;SC=AGGTGGCAGCAGGGGGCGGGA;SOR=0.384;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=18;WE=40229850;WS=40229832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,33:0.37:90
chr13	40229891	rs3812882	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=301;ReadPosRankSum=1.853;SC=GGAAGTGGTCGCAGTGTCTGC;SOR=0.983;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=20;WE=40229899;WS=40229881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr13	40229957	rs3812883	T	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=192;ReadPosRankSum=0.612;SC=GGCGACGACCTGCAACCCGCT;SOR=0.921;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=13;WE=40229965;WS=40229947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr13	40230043	rs3812884	C	T	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=-2.063;SC=GGGCCGGAGTCACAGGTTCCT;SOR=1.034;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=6;WE=40230051;WS=40230033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr13	40230122	rs3812885	A	C	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr13	40230216	rs3812886	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=7.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.183;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,28:0.30:93
chr13	40230229	rs3812887	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.247;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.096;NF=14;NR=6;PP=588;ReadPosRankSum=-0.522;SC=AAGGGGTTTCCTGGGTGTTCT;SOR=1.229;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=20;WE=40230237;WS=40230206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,34:0.32:107
chr13	40230294	rs3812888	T	C	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.549;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,68:0.46:148
chr13	40230313	.	CA	C	1850.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.551;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.626;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.502;NF=2;NR=16;PP=551;ReadPosRankSum=1.460;SC=AAGTGTCCTCCAAACACCCCT;SOR=0.796;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=18;WE=40230321;WS=40230303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,67:0.48:141
chr13	40233404	rs7330515	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=0;PP=298;SC=TTAATGAAAATAAATCATTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=40233412;WS=40233394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	40233691	rs7330016	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=363;SC=CTTACTATTACGCCTGGCTCT;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=40233699;WS=40233681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	40238162	rs4636783	C	G	1756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=13;PP=1108;SC=TTATTGACAGCATACCTAGAA;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=42;WE=40238183;WS=40238152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	40238175	rs67976778	C	T	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=195;ReadPosRankSum=-1.407;SC=ACCTAGAAAGCAATAAGACAG;SOR=0.473;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=19;WE=40238183;WS=40238152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr13	40238387	rs4566029	T	C	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=31;PP=860;SC=AACAGACTGATTCACCTTCTA;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=40238395;WS=40238377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	40239139	rs7991151	G	A	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=291;SC=GATCTCATTTGTTTTAAGTCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=40239147;WS=40239129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	40252190	rs4941939	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr13	40253901	rs4941940	A	G	284.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=235;SC=GTGAAGTTATACTCTGACAGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=40253909;WS=40253891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	40254281	rs35468663	TCAAA	T	487.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.555;NF=0;NR=7;PP=280;ReadPosRankSum=1.120;SC=ATTTTAGTAATCAAACATTTT;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=40254292;WS=40254271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr13	40256483	rs4346098	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=0.651;SC=TATCAAAAGCGTATATAATAG;SOR=1.765;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=40256491;WS=40256473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr13	40263979	rs9548882	T	C	367.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=2.493;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr13	40268930	rs9548886	A	G	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=201;ReadPosRankSum=1.495;SC=AGCACAGTATAAGATTTTTTT;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=14;WE=40268938;WS=40268920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr13	40293288	rs5803008	AT	A	1471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=12;PP=946;SC=TAACTTTTACATTTTTTTTTA;SOR=2.636;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=48;WE=40293296;WS=40293278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	40297684	rs7985075	C	T	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.668;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=814;ReadPosRankSum=1.370;SC=TAGCTGTGTTCTCCTGGGAAA;SOR=0.531;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=53;WE=40297692;WS=40297674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,82:0.70:117
chr13	40298620	rs58666375	CT	C	523.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.46;ReadPosRankSum=-1.013;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr13	40298622	rs115395592	T	C	532.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.76;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr13	40298805	rs9532421	C	T	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=238;SC=TATCTCTTGACATGCTGTATT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=40298813;WS=40298795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	40301763	rs9548899	T	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=230;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TGGAAAAAAATTTATTTTCAA;SOR=0.487;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=17;WE=40301771;WS=40301753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr13	40325310	rs4245396	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=128;ReadPosRankSum=-0.626;SC=AATTTTTACTCTATAATTTGA;SOR=1.123;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=11;WE=40325318;WS=40325300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr13	41185309	rs7331212	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.726;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr13	41382711	rs17849654	A	T	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.709;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.906;NF=20;NR=24;PP=577;ReadPosRankSum=0.249;SC=CAGAACCTTTATAAATGTTGT;SOR=0.914;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=44;WE=41382719;WS=41382701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,58:0.29:200
chr13	41382807	rs60754171	T	C	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.120;NF=7;NR=13;PP=167;ReadPosRankSum=-0.464;SC=TGGTGGCTCATGCCTGTGATC;SOR=0.995;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=20;WE=41382815;WS=41382797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,28:0.29:98
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chr13	41533052	rs7799	T	C	2464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-1.711;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,157:0.30:517
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chr13	41706800	rs9566703	A	G	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=143;SC=ACCCCGCAGAACCGCCTCCCG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=41706808;WS=41706790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr13	41767341	rs2039135	A	G	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.33;QD=45.58;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr13	41791440	rs2274903	T	A	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=42;PP=1089;SC=ATTTATTTAATTTCTTTGCAG;SOR=1.451;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=41791448;WS=41791430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	41797601	rs2026469	A	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=16;PP=411;SC=TTTCTAAAAGACATATATACA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=41797609;WS=41797591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	41807950	rs3751344	T	C	2562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=20;PP=1414;SC=CAGACACTCATATAGGACTAT;SOR=1.396;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=41807958;WS=41807940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr13	41834578	rs66465270	GT	G	472.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.611;NF=19;NR=5;PP=419;ReadPosRankSum=0.428;SC=TAAGTGTGTGGTTTTTTTTTT;SOR=1.308;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=24;WE=41834586;WS=41834568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,28:0.88:32
chr13	41834744	rs2297555	C	T	8327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=78;PP=2965;SC=TTCGGTTTTCCTCATTCACAG;SOR=0.957;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=198;TCF=116;TCR=82;TR=194;WE=41834752;WS=41834734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr13	41835076	rs3215932	T	TA	1630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=26;PP=582;ReadPosRankSum=1.214;SC=ACACAGTCTTTAAAAAAAAAT;SOR=0.657;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=29;WE=41835097;WS=41835066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr13	41835089	rs1332940	T	G	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=777;ReadPosRankSum=-0.365;SC=AAAAAAATCATCTCTAAAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=41835097;WS=41835066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr13	41837220	rs3818721	C	T	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=1;PP=230;SC=ATTTCAAGCACGTTAGAGAAA;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=41837228;WS=41837212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	41891170	rs7319540	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-2.141;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,45:0.31:146
chr13	41893105	rs2065498	T	G	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=12;PP=293;SC=CTAATTCAAATTAAATTTGTA;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=41893113;WS=41893095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	41902939	rs3812896	T	C	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=22;PP=698;SC=ATGCAGAAAATTGGTGTTATT;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=40;WE=41902947;WS=41902929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	41948051	rs9525478	G	C	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.871;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=696;ReadPosRankSum=-0.743;SC=ACAAATTTAAGTTATGTTCAA;SOR=0.332;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=37;WE=41948059;WS=41948041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,47:0.77:61
chr13	41949804	rs6560982	G	T	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=67;PP=1851;SC=CTTTTCCAGGGTGCATTTTAA;SOR=3.109;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=13;TCR=67;TR=80;WE=41949812;WS=41949794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr13	42032572	rs7136	T	C	2343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=1019;ReadPosRankSum=1.387;SC=GCAGCGCCAGTGTCAGCGACA;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=53;TCR=69;TR=84;WE=42032580;WS=42032562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,114:0.65:176
chr13	42042873	rs150442518	ACT	A	550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.664;QD=1.25;ReadPosRankSum=2.379;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,60:0.14:439
chr13	42043086	rs2324791	C	G	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=765;SC=TCATCCTAAGCCTTCTATAGG;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=42043094;WS=42043076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	42044508	rs396963	A	G	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr13	42185696	rs3814782	T	C	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=2.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=-1.071;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,91:0.30:305
chr13	42189232	rs3862741	C	G	3108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=42;PP=1452;SC=TAAAAATGAACAATTGAGACA;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=77;WE=42189240;WS=42189222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr13	42275473	rs7322461	A	G	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=13;PP=536;SC=ATTTTAATCCATCTTTTAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=42275481;WS=42275463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	42306139	rs9315861	T	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=207;ReadPosRankSum=-0.374;SC=TCCATGAGAGTTCCATCCTCC;SOR=0.172;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=13;WE=42306147;WS=42306129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
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chr13	42335222	rs9566844	T	C	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=830;ReadPosRankSum=-0.403;SC=AAACAAATGATTAAATGAGAT;SOR=0.780;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=52;WE=42335230;WS=42335212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,84:0.68:123
chr13	42352285	rs12864636	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=1.120;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr13	42361743	.	T	TACACAC	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.277;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.646;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr13	42407759	rs9315868	C	T	4248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=76;PP=1773;ReadPosRankSum=1.034;SC=GAGTCACCTCCGTCTGAACTT;SOR=0.701;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=203;TCF=79;TCR=124;TR=121;WE=42407767;WS=42407749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,201:0.66:306
chr13	42442546	rs3742262	A	G	2843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1002;ReadPosRankSum=1.647;SC=ATGGTTTTCCATCATCTTCTC;SOR=0.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=73;WE=42442554;WS=42442536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,140:0.59:236
chr13	42465490	rs7332372	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=552;ReadPosRankSum=1.974;SC=CCATGTCTTACACAATAAAAT;SOR=1.136;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=34;WE=42465498;WS=42465480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr13	42465713	rs9562362	C	T	3316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=53;PP=1382;ReadPosRankSum=-0.588;SC=TGTGGCTGCACGAACTGCACA;SOR=0.645;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=65;TCR=95;TR=90;WE=42465721;WS=42465703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,157:0.58:273
chr13	42481712	rs2003064	C	T	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=37;PP=1001;ReadPosRankSum=-1.583;SC=TAGAGTGTGACAGAACTTGCC;SOR=0.711;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=73;WE=42481720;WS=42481702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,128:0.62:206
chr13	42486383	rs35273694	TTA	T	206.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=253;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GTGGACATATTTATATATATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=42486392;WS=42486373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr13	42524316	rs17535069	A	G	352.96	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.8374;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=-0.377;SC=CAAAGTATATATGTATAAAGG;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=10;WE=42524324;WS=42524306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr13	42701717	rs605371	A	G	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=43;PP=1074;ReadPosRankSum=-0.114;SC=AAGGTAACTCACGAGAATACT;SOR=0.854;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=70;WE=42701725;WS=42701707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,108:0.67:162
chr13	42701739	rs670676	A	T	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=36;NR=51;PP=1443;SC=GTTTCAAGCAATTGAGGCTAT;SOR=1.038;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=87;WE=42701747;WS=42701729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr13	42701803	rs957255	G	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=22;PP=475;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GAAGCGCACTGTAGCATTATG;SOR=1.095;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=27;WE=42701811;WS=42701793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr13	42703682	rs3742261	T	C	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=47;PP=2443;SC=TTTTTTTCATTAACAGTCTCT;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=126;WE=42703690;WS=42703672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr13	42729441	rs3208827	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=4.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,41:0.29:140
chr13	42748118	rs140630635	T	TGC	768.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.571;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.271;NF=16;NR=18;PP=577;ReadPosRankSum=-1.167;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGTTTAT;SOR=1.259;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=34;WE=42748127;WS=42748108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr13	42748119	.	G	GCA	90.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.43;MQRankSum=-1.205;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,16:0.24:67
chr13	42748136	rs9590674	T	C	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=25;PP=1402;SC=TATGAGATGCTAACAGTTAGT;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=42748144;WS=42748126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr13	42761399	rs17598471	A	G	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=964;ReadPosRankSum=1.020;SC=TTAAATCGAGAGAAAAATTAC;SOR=0.576;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=26;TCR=69;TR=62;WE=42761407;WS=42761389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,74:0.67:110
chr13	42763533	rs55656510	A	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.410;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=0.167;SC=CAGATTGGACACACTTTTTAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=42763541;WS=42763523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr13	42764439	rs1170119	T	C	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=11;PP=665;SC=TCTGGAATTTTGTTTGGCATA;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=38;WE=42764447;WS=42764429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	42764564	rs7324235	C	G	6080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=54;PP=1905;SC=CAGTTCACCCCTGTGAACCAG;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=109;WE=42764572;WS=42764554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr13	42773629	rs4942097	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=87;ReadPosRankSum=0.987;SC=TTTAAGTACTATCTTGTGTAC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=4;WE=42773637;WS=42773619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr13	42774088	rs150203768	TA	T	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.132;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=0.191;SC=TTATCTTACTTAAAAAAAATA;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=42774096;WS=42774078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr13	42780148	rs34351817	CT	C	520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=6.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.176;QD=4.01;ReadPosRankSum=1.976;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr13	42780367	rs17063019	A	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=2.020;SC=GCTGTTGAATAGTAGTTTAAT;SOR=0.653;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=11;WE=42780375;WS=42780357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr13	42780398	rs9594704	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=557;SC=ATATTTTGCATTGGGTAAGTG;SOR=3.912;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=42780406;WS=42780388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr13	42803341	rs545602	T	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=577;ReadPosRankSum=0.167;SC=TGGTGCTATTTCTTGGAAGAG;SOR=0.899;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=93;TCF=40;TCR=53;TR=41;WE=42803349;WS=42803331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,52:0.37:141
chr13	42869720	rs3835266	A	AG	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=82;ReadPosRankSum=1.135;SC=ATCCTTTTCAAGCAGACAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=4;WE=42869728;WS=42869710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr13	42882762	rs238314	A	G	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=30;PP=827;SC=ACACTTTTGCATATAATTGTG;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=42882770;WS=42882752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	42888230	rs9566957	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=0.246;SC=GTCCACTTTTAGATCCTTTGT;SOR=0.566;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=10;WE=42888238;WS=42888220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr13	43148546	rs138818878	C	G	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=847;ReadPosRankSum=0.546;SC=CCGCCGCCGCCTGCGCCGCAC;SOR=0.829;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=63;WE=43148554;WS=43148536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,92:0.74:124
chr13	43155168	rs2277438	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=1.956;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr13	43155443	rs2277439	G	A	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-1.341;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,82:0.57:143
chr13	43360772	rs57301416	T	TA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.206;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr13	43462422	rs1044856	A	T	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr13	43474371	rs4942174	C	T	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=39;PP=1775;SC=TATCGTAATGCTTTCCTAAAA;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=104;WE=43474379;WS=43474361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr13	43491778	.	G	GAAAA	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr13	43491871	rs17621929	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.862;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.003;NF=2;NR=24;PP=517;ReadPosRankSum=2.609;SC=ACTCAACCTCCGTACTGAGCA;SOR=2.116;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=26;WE=43491879;WS=43491861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr13	43491940	rs12864209	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=60;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TGTCTGAAAACGTCCCTTGGA;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=43491948;WS=43491930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr13	43537240	rs1054813	A	G	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=602;SC=AATGGAAGGAAAAAAACTGGA;SOR=3.352;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=23;WE=43537248;WS=43537230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	43537277	rs34758461	A	AAG	1107.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-0.257;QD=29.15;ReadPosRankSum=-1.023;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,34:0.89:38
chr13	43544819	rs66702221	GA	G	984.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.41;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	43639845	rs3783044	A	C	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=419;ReadPosRankSum=-0.933;SC=TAGCTGTAGGACTGGGTGTTG;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=25;WE=43639853;WS=43639835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr13	43681427	rs1047775	G	A	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=-1.020;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr13	43788031	rs1044753	C	T	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=4;PP=956;SC=ACAAAGGTTGCGTGCTGGACC;SOR=3.171;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=41;WE=43788039;WS=43788021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	43788158	rs703207	G	A	8309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=105;NR=86;PP=2965;SC=AAGGCACACAGCTTCCATCTT;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=194;TCF=105;TCR=89;TR=191;WE=43788166;WS=43788148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr13	43798077	rs9533433	A	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=292;ReadPosRankSum=-0.051;SC=AGGGCTGATCAACCCCCATAG;SOR=1.270;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=21;WE=43798085;WS=43798067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,27:0.30:91
chr13	43839494	rs4306408	G	A	9065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=109;NR=82;PP=2965;SC=TTCAACCAACGTCAAGCAAGA;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=109;TCR=83;TR=191;WE=43839502;WS=43839484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr13	43843812	rs730210	A	G	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=30;PP=883;SC=GAAGATGTTTACAAGTCTTGA;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=43843820;WS=43843802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	43872419	rs4451860	C	T	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	43930337	rs2281713	A	G	5533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=82;PP=2536;SC=CAATGGCCACAGTTTTGGTCC;SOR=0.954;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=55;TCR=83;TR=137;WE=43930345;WS=43930327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr13	43935405	rs1535580	C	T	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	43986771	rs2296041	G	A	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=159;SC=TTTAAAAACAGGTAGCACAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=43986779;WS=43986761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	44411410	rs66964055	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,47:0.28:169
chr13	44433700	rs1562216	G	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=5;PP=311;SC=AAGGTAATAGGACAGCTATGG;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=44433708;WS=44433690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr13	44734696	rs4942287	A	G	1705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=16;PP=819;ReadPosRankSum=-0.342;SC=AAGTGGTTCTATTAAAATAGC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=50;WE=44734704;WS=44734686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,75:0.64:117
chr13	44948295	rs201663302	T	TG	1545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.68;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	44948302	rs199705926	GA	G	1489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.55;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	44964723	rs2281848	C	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=569;SC=AGGTGACCTGCAGCCTCCTTT;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=44964731;WS=44964713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	44969907	rs1467624	G	A	6687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=73;PP=2965;SC=GATTTGACTCGTAATTCTAAC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=102;TCR=73;TR=175;WE=44969915;WS=44969897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr13	45010283	rs1555781	T	G	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=47;PP=1269;SC=TATCTTAAGCTTCCAAGATAA;SOR=1.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=66;WE=45010291;WS=45010273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	45010616	rs7997320	G	A	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=31;PP=1854;SC=TAAATTTAAAGAAACTATCTT;SOR=1.288;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=95;WE=45010624;WS=45010606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr13	45090478	rs1336163	A	C	5374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=65;PP=1964;SC=ATTCTGAAGAACCTGCTTTTT;SOR=0.868;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=112;WE=45090486;WS=45090468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr13	45090580	rs1336164	C	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=571;SC=GGGACTTCGGCATAAAGGCTT;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=45090588;WS=45090570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	45515484	rs41288341	G	C	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.65;ReadPosRankSum=1.204;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr13	45517486	.	A	AAC	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.583;QD=4.52;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr13	45524083	rs1175384	A	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.639;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=575;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TCATTTCCTTAATCTTTCCAA;SOR=0.786;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=123;TCF=37;TCR=86;TR=37;WE=45524091;WS=45524073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,55:0.33:169
chr13	45539879	rs1175391	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.978;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr13	45555062	rs17066376	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr13	45582876	rs73181511	T	G	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.87;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr13	45582876	.	TAT	GAA	1329	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=27;NR=4;PP=1329;QD=44.5957378988;SC=CTTTTATTCTTATAACTGCTT;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=31;WE=45582886;WS=45582866;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,31:0.69:45
chr13	45582878	rs73181513	T	A	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.86;ReadPosRankSum=-1.641;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr13	45589515	rs11147961	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=185;ReadPosRankSum=-0.521;SC=ATATGTACTCATCTTATACAC;SOR=0.507;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=15;WE=45589523;WS=45589505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr13	45594425	rs73181522	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=374;ReadPosRankSum=0.268;SC=TTATCTTAATCTTATGATTCA;SOR=0.435;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=27;WE=45594433;WS=45594415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr13	45601839	rs61199320	CTATT	C	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.674;NF=2;NR=1;PP=111;ReadPosRankSum=-0.545;SC=CCATTACTATCTATTCCGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=3;WE=45601850;WS=45601829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr13	45710765	rs3803244	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=104;ReadPosRankSum=2.013;SC=GATAATGATCCCTTATTAGAG;SOR=0.307;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=45710773;WS=45710755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr13	45914957	rs2234216	T	C	4985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=96;PP=2099;ReadPosRankSum=1.411;SC=ACCGTGCGCCTGGCGCCGCCA;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=84;TCR=136;TR=155;WE=45914965;WS=45914947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,232:0.72:324
chr13	46050519	rs2986001	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.391;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=441;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TGTTTGATTATTTCAGATGTC;SOR=1.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=95;TCF=28;TCR=67;TR=29;WE=46050527;WS=46050509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,34:0.28:120
chr13	46060466	.	AC	A	557	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=57.87;NF=8;NR=2;PP=557;QD=56.7;SC=GAGACGGGAGACGGGAGACGG;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=10;WE=46060481;WS=46060456;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr13	46060473	.	AC	A	557	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=27;MQ=57.97;NF=8;NR=2;PP=557;QD=56.7;SC=GAGACGGGAGACGGGAGAGGG;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=10;WE=46060481;WS=46060456;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr13	46060474	.	C	CGGGAGAGGGAGA	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=-2.497;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,4:0.14:28
chr13	46066163	rs3014948	T	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.351;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=198;ReadPosRankSum=1.691;SC=CCAACCATTTTCCGTTCTTCA;SOR=1.106;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=14;WE=46066171;WS=46066153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,17:0.31:55
chr13	46067593	rs2985959	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,48:0.41:117
chr13	46077301	rs3014959	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=1.656;SC=ATATATATATGTACTTTGTAT;SOR=1.863;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=6;WE=46077309;WS=46077291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr13	46077381	rs3014960	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,26:0.37:70
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chr13	46104130	rs2274286	G	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,31:0.27:114
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chr13	46108853	rs3014902	T	C	6274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.37;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr13	46108853	.	TG	CA,CG	1250	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=15,52;NR=18,68;PP=309,1250;QD=10.9838749958;SC=CTTCTGCTGTTGGTTTCTAAA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=33,120;WE=46108862;WS=46108843;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.27:121
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chr13	46115731	rs1536207	C	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=145;ReadPosRankSum=-0.423;SC=CCCAGAAGGACCCGGATCTTC;SOR=0.929;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=16;WE=46115739;WS=46115721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,18:0.27:66
chr13	46124290	rs2860345	T	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=836;ReadPosRankSum=-1.429;SC=GTCAAACCCCTTACCCCATAA;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=226;TCF=117;TCR=109;TR=74;WE=46124298;WS=46124280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,125:0.33:378
chr13	46137837	rs3014917	T	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=373;ReadPosRankSum=0.255;SC=CAGCACGTGGTGGAAAATGGT;SOR=0.542;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=31;WE=46137847;WS=46137827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr13	46148855	rs747652	A	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.082;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr13	46148943	rs140782618	TG	T	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,13:0.19:67
chr13	46287153	rs9316154	A	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.128;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=125;ReadPosRankSum=-1.162;SC=TGACAAGGATAGGCCACATTT;SOR=0.129;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=13;WE=46287161;WS=46287148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr13	46288145	rs7317245	A	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=0.064;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,46:0.26:175
chr13	46358320	rs10578981	CAACA	C	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.69;ReadPosRankSum=-1.414;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr13	46541673	rs9534264	T	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=11;PP=1145;ReadPosRankSum=-1.338;SC=ATTTATTTGTTTCTTCAAATC;SOR=1.493;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=56;WE=46541681;WS=46541663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,68:0.61:112
chr13	46550061	rs11428563	G	GT	648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=529;SC=TTTTATCTGTGATAGGGTCAC;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=46550069;WS=46550051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	46562935	rs1134071	A	G	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1278;ReadPosRankSum=1.754;SC=CCCTCCTTTCATGGCGTCGAT;SOR=0.851;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=74;TCR=59;TR=92;WE=46562943;WS=46562925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,173:0.69:252
chr13	46616462	rs3783200	A	C	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=630;ReadPosRankSum=-0.618;SC=AACAACAAAAATCTGTATTTA;SOR=0.839;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=31;WE=46616470;WS=46616452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr13	46619026	rs962694	T	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=587;ReadPosRankSum=1.899;SC=CAGATTTTTATACTAGATAAA;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=34;WE=46619034;WS=46619016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr13	46619316	rs3736944	T	C	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=-0.958;SC=GATATATTACTCCCCAAATAA;SOR=1.802;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=10;WE=46619324;WS=46619306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr13	46627677	rs1049669	T	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=11;PP=1465;SC=TAAAAATAATTTGATACAATG;SOR=2.524;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=68;TCF=55;TCR=13;TR=65;WE=46627685;WS=46627667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr13	46629944	rs1926447	A	G	2683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1050;ReadPosRankSum=1.587;SC=ATTTTTACTAATTTTCTCAAT;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=75;WE=46629952;WS=46629934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,131:0.66:198
chr13	46629995	rs1926446	C	A	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=1064;ReadPosRankSum=1.831;SC=CTGGAAGCAACAAGATATAGA;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=64;WE=46630003;WS=46629985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,106:0.68:156
chr13	46641324	rs151045790	TA	T	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.853;NF=11;NR=3;PP=233;ReadPosRankSum=-1.032;SC=CAATAAAAGTTAAAAAAAATT;SOR=0.425;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=14;WE=46641332;WS=46641314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr13	46641466	rs9316179	A	G	4355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.719;NF=72;NR=58;PP=1742;ReadPosRankSum=0.661;SC=AGTCATAACCATCCACATTAA;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=100;TCR=81;TR=130;WE=46641474;WS=46641456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,211:0.66:318
chr13	46641481	rs7337140	T	C	4297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=2.064;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,211:0.65:324
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chr13	46656669	rs2296642	A	G	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=621;ReadPosRankSum=-0.273;SC=GATCTTCCACATCTGCCAGCA;SOR=1.002;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=40;WE=46656677;WS=46656659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
chr13	46708291	rs4941543	T	C	9559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr13	46728771	rs4258501	T	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=502;ReadPosRankSum=-0.621;SC=GTCTCCCTTCTTTGCTGCTCA;SOR=1.981;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=22;WE=46728779;WS=46728761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr13	46728924	rs2296122	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=6.023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.190;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,46:0.20:232
chr13	46801970	rs7338697	A	G	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=502;ReadPosRankSum=-0.739;SC=GTTTAAAACTATGAAAGATGT;SOR=0.658;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=140;TCF=64;TCR=76;TR=40;WE=46801978;WS=46801960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,41:0.27:153
chr13	46802177	rs6561303	A	G	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=647;ReadPosRankSum=-1.497;SC=CCCTCCACCTATGACTGTATC;SOR=0.668;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=206;TCF=113;TCR=93;TR=61;WE=46802185;WS=46802167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,101:0.29:344
chr13	46802668	rs625052	C	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=128;ReadPosRankSum=0.571;SC=TGCTGATAGACGCCTTCATGA;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=46802676;WS=46802658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr13	46808516	rs56232388	C	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=416;ReadPosRankSum=0.221;SC=ACAGTGCCCTCCTGTATTATC;SOR=1.125;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=111;TCF=32;TCR=79;TR=31;WE=46808524;WS=46808506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,35:0.24:145
chr13	46836201	rs2764598	A	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=244;SC=AGAGAAAATCAATCCTTTCAT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=46836209;WS=46836191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	46919092	rs259738	A	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.873;NF=2;NR=10;PP=648;ReadPosRankSum=-0.423;SC=AAGGAAAAGGATGTTGTTTTG;SOR=0.941;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=12;WE=46919103;WS=46919082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr13	46919095	rs10682466	T	TTG	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.873;NF=0;NR=10;PP=648;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GAAAAGGATGTTGTTTTGCAG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=10;WE=46919103;WS=46919082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr13	46919762	rs259735	T	G	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=1041;ReadPosRankSum=1.117;SC=AAAGAGGAATTCAGAAACCCA;SOR=0.606;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=58;WE=46919770;WS=46919752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,82:0.73:112
chr13	46919786	rs11617125	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=796;ReadPosRankSum=-1.495;SC=ACACAGAGGACAGGGAAGAAT;SOR=0.862;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=50;WE=46919794;WS=46919776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,58:0.77:75
chr13	46928784	rs259697	G	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.215;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=583;ReadPosRankSum=1.802;SC=ATCACTTTCCGATGAAACCTC;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=34;WE=46928792;WS=46928774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,40:0.69:58
chr13	46930372	rs9526171	T	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=175;ReadPosRankSum=2.152;SC=CTGGTCCTGGTGTCCTCGGTC;SOR=0.787;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=12;WE=46930380;WS=46930362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr13	46930536	rs181977	C	A	4104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=56;PP=1552;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GTCATCACATCATAAGCAGGC;SOR=0.739;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=191;TCF=94;TCR=97;TR=107;WE=46930544;WS=46930526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,196:0.63:309
chr13	46937058	rs34182015	CATATATATATATATAGATATATATATATATATAT	C	566.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=8.751;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=37.79;SOR=3.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr13	46937060	.	TATATATATATATAG	T	473	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=76;MMLQ=19;MQ=60.49;NF=6;NR=0;PP=473;QD=80.5;SC=AAGAACATCATATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=46937099;WS=46937048;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr13	46937193	rs259699	T	C	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.701;NF=43;NR=27;PP=1177;ReadPosRankSum=-1.469;SC=TTAGTGTGTGTATGCGGATGG;SOR=0.686;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=70;WE=46937201;WS=46937183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,108:0.68:159
chr13	46942081	rs2476664	A	G	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=4.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.324;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=3;PP=642;ReadPosRankSum=0.641;SC=TTCCACTGGGAGTCTTGGAAT;SOR=2.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=30;WE=46942089;WS=46942071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,30:0.61:49
chr13	46946157	rs1408184	C	T	3813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,177:0.66:269
chr13	47224514	rs41284183	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=382;ReadPosRankSum=1.192;SC=ATCAAATTCAGTGAAAGAAAT;SOR=0.249;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=29;WE=47224522;WS=47224504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr13	47256065	rs45439193	C	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr13	47256071	rs71077914	T	TTGTGTG	239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=29.97;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	47260054	rs842381	T	C	5798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=49;PP=2716;SC=AGTAGATCTTTCCTTGGTAAA;SOR=0.984;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=85;TCR=54;TR=130;WE=47260062;WS=47260044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr13	47261970	rs842375	T	C	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=14;PP=1164;SC=ATATGATTGCTATTAATTTCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=47261978;WS=47261960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	47262003	.	A	G	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=1120;ReadPosRankSum=-1.050;SC=ACAAAGGGCAAAGTTCACATA;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=64;TCR=34;TR=68;WE=47262011;WS=47261993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,95:0.66:143
chr13	47273458	rs706621	G	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.871;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,41:0.27:152
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chr13	47289958	rs9526223	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=351;ReadPosRankSum=-0.106;SC=GAAAAGTGCACGTGGATTGTT;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=23;WE=47289966;WS=47289948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr13	47297352	rs7319836	G	A	4929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=44;PP=1816;SC=CCTTTGTATTGTAGTGTTTCT;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=100;WE=47297360;WS=47297342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr13	47302934	rs3742273	T	A	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
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chr13	47308201	rs117493342	C	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=-1.789;SC=GAGTTTGAACCATTGAATCGA;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=12;WE=47308209;WS=47308191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr13	47315984	rs3742274	T	C	1776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=33;PP=861;SC=GTCCGCATAATGTCTGCACGT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=47315992;WS=47315974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	47354101	rs9778	C	T	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,63:0.24:260
chr13	47355524	rs2275680	A	G	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=42;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CAACACTAGAAAAGTTTAGTT;SOR=0.180;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=47355532;WS=47355514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr13	47358540	rs8192889	T	C	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=40;PP=1079;ReadPosRankSum=1.164;SC=ATGTGCACCATTAATACTGGG;SOR=0.723;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=60;WE=47358548;WS=47358530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,87:0.72:121
chr13	47365450	rs3831339	G	GT	438.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.633;QD=6.86;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr13	47408902	rs58145637	A	AT	1090.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,70:0.62:112
chr13	47470824	rs6312	C	T	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr13	48523567	rs17425881	T	C	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.78;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr13	48547467	rs7320366	A	T	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=10;PP=599;SC=GCTTCAGGAGACTCAGCAGCA;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=48547475;WS=48547457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr13	48563008	rs6561424	G	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=379;SC=CTTAAAAAATGTGACTTACGA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=48563016;WS=48562998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr13	48563246	rs6561425	A	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=13;PP=370;SC=GTCCAAAAATAAGGCATTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=48563254;WS=48563236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	48571213	rs8001509	C	T	4805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=78;PP=2324;SC=GTCACTCTTGCTAACTACTTG;SOR=1.088;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=46;TCR=78;TR=124;WE=48571221;WS=48571203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr13	48575207	rs11316376	GA	G	6131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.05;NF=44;NR=59;PP=2969;SC=AGGGCACCCAGAAAAATGTCA;SOR=1.018;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=103;WE=48575215;WS=48575197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr13	48575292	rs9567972	C	T	10156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=109;PP=2965;SC=ACCCTCGAGACGACAGCGGAC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=111;TCR=109;TR=219;WE=48575300;WS=48575282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr13	48619942	rs61973267	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=0.617;SC=CTAGGTGGCCGAGAAGATTTG;SOR=0.161;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=21;WE=48619950;WS=48619932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr13	48653864	rs5803423	CA	C	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.790;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr13	48664556	.	T	TA	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,47:0.20:238
chr13	48669064	rs3809330	C	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,66:0.39:169
chr13	48669181	rs34140370	C	G	3252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=562;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.399;SC=CCCAGCCGCTCCTTCTCCTTC;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=275;TCF=136;TCR=139;TR=93;WE=48669189;WS=48669171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:370,191:0.34:561
chr13	48671081	rs1571256	A	G	4721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=71;PP=2119;ReadPosRankSum=1.354;SC=TACTCTAGTCAATCATTTCTT;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=96;TCR=108;TR=136;WE=48671089;WS=48671071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,222:0.67:333
chr13	48878271	rs2854351	T	C	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=9;PP=263;SC=TCGGCGGGGATCCGTCCTCGC;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=48878279;WS=48878261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	48878292	rs2252544	G	A	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=187;SC=CAGGGGCCGGGTCCCGGCGGG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=12;WE=48878300;WS=48878282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	48919358	rs198617	T	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=16;PP=510;SC=TTTTATTAGGTTTACACTCTG;SOR=0.866;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=28;WE=48919366;WS=48919348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	48921884	rs198616	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=574;SC=AAAAGAAGATAAATAAAGCAT;SOR=1.802;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=26;WE=48921892;WS=48921874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	48947469	rs185587	G	T	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=452;SC=CTTGGGAGATGGAAAACATTT;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=48947477;WS=48947459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	48953655	.	C	CAA	194.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=13.91;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	48955659	rs4151540	C	CAA	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=285;ReadPosRankSum=0.579;SC=TGTTTCTTAACATCTACCTCA;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=7;WE=48955667;WS=48955649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr13	48955676	rs2804086	T	A	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=8;PP=191;SC=CTCAAGAACATATAGGGAATT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=48955684;WS=48955666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	48985639	rs17071686	C	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.848;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=806;ReadPosRankSum=2.067;SC=TCCTGACAGACCAGTTTTTCA;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=54;WE=48985647;WS=48985629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,63:0.68:93
chr13	49033747	rs198580	G	A	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=10;PP=1052;SC=TAATTAGAGCGATTTCATGAT;SOR=2.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=47;WE=49033755;WS=49033737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	49034022	.	A	ATTTCTTTCT,ATTTCT	6208.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.45;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=3;NR=123;PP=1350;SC=TTGTTAACTGATTCTTTCTTT;SOR=3.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=3;TCR=125;TR=126;WE=49034031;WS=49034012;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:196
chr13	49051012	rs3020646	C	T	5199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr13	49107241	rs7997110	T	C	2661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=72;PP=1188;ReadPosRankSum=-0.789;SC=GGCGCCGCGATGAGTTGGCGC;SOR=0.759;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=379;TCF=156;TCR=223;TR=120;WE=49107249;WS=49107231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,171:0.30:563
chr13	49684436	.	CA	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=3.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.342;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,28:0.20:140
chr13	49752915	rs1407826	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=224;SC=CTGTCACCCAAGCTGCTGCAG;SOR=1.508;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=49752923;WS=49752905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	49794650	rs9568169	C	A	6264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=70;PP=2382;ReadPosRankSum=-1.053;SC=ACGTGGTGACCGTGATGCTGA;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=240;TCF=129;TCR=111;TR=155;WE=49794658;WS=49794640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,300:0.68:442
chr13	49833774	rs4942809	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=0.993;SC=ATCGCCTGAGCCCAGGAGTTC;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=6;WE=49833782;WS=49833764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr13	49839979	rs7326191	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=207;ReadPosRankSum=0.352;SC=ATACACAAATGTCTGTCTAAA;SOR=0.433;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=22;WE=49839987;WS=49839969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr13	49840024	rs6561512	A	G	6060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=79;NR=49;PP=2452;SC=GGATTACTGGAAGCAGCTAAG;SOR=0.996;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=128;WE=49840032;WS=49840014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr13	49852377	rs2274150	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=6.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr13	49852430	rs2274149	T	G	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=18;PP=1254;ReadPosRankSum=0.775;SC=AAAAATACATTGCAAAGTGTC;SOR=0.696;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=97;TCF=74;TCR=23;TR=71;WE=49852438;WS=49852420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,89:0.72:124
chr13	49854941	.	A	AATTATTATTATT	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=3.033;NF=0;NR=8;PP=1608;ReadPosRankSum=0.869;SC=AGTTTCAACAAATTATTATTA;SOR=0.156;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=8;WE=49854949;WS=49854931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr13	49865727	rs143390986	G	GCC	616.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.702;NF=4;NR=3;PP=210;ReadPosRankSum=-0.953;SC=TTTAACTTAAGCATTGTTTTG;SOR=0.622;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=7;WE=49865735;WS=49865717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,19:0.26:72
chr13	49865748	rs6561514	A	G	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=23;PP=974;SC=CTCTTACAACATGTAAGGCTG;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=37;TCR=23;TR=60;WE=49865756;WS=49865738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	49885216	rs912547	A	G	3821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=80;PP=2389;SC=CCTCACCCACACTACTCGCGT;SOR=1.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=23;TCR=81;TR=102;WE=49885224;WS=49885206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr13	49913930	rs114944657	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=471;ReadPosRankSum=1.165;SC=TGGATTCTCCGTATTAGGCTG;SOR=1.144;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=29;WE=49913938;WS=49913920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr13	49934045	rs9535208	T	C	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=324;SC=TATATACATATATATATACAC;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=49934053;WS=49934035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	49951027	rs111664849	G	GTAGATAGATAGATAGA,GTAGATAGATAGATAGATAGA	1492.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=7,7;NR=5,5;PP=84,392;SC=AAGTTGAATAGTAGATAGATA;SOR=1.893;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=12,12;WE=49951035;WS=49951017;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.76,0.24:25
chr13	49951142	rs8002829	T	C	6028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=67;PP=2758;SC=TCAGTGTCACTAGCAGGCCAC;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=76;TCR=67;TR=142;WE=49951150;WS=49951132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr13	49951193	rs8002858	T	C	6554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=86;PP=2606;SC=CTGCTTCTGTTGGGGGTTCTT;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=82;TCR=86;TR=168;WE=49951201;WS=49951183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr13	49951310	rs8002153	G	T	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=44;PP=1225;SC=GAATAAAAATGTTTAGGCCAT;SOR=2.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=56;WE=49951318;WS=49951300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr13	50007393	rs7998660	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=-2.559;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr13	50008112	rs3764091	G	A	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=18;PP=1202;ReadPosRankSum=-0.850;SC=CTTTTAGTTCGCACCTTTACT;SOR=0.301;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=90;TCF=70;TCR=20;TR=70;WE=50008120;WS=50008102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,90:0.78:116
chr13	50008301	rs3764090	A	G	5912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=95;PP=2785;ReadPosRankSum=0.623;SC=TACGTTCTGAACAGCAACTTA;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=250;TCF=107;TCR=143;TR=169;WE=50008309;WS=50008291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,274:0.68:402
chr13	50035151	rs721457	G	C	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=259;ReadPosRankSum=1.477;SC=GATTAAATGAGATAAAATATG;SOR=2.066;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=16;WE=50035159;WS=50035141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr13	50035208	rs2077848	G	A	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=550;ReadPosRankSum=1.017;SC=AGGTAATGGTGATGCTGTTTT;SOR=1.230;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=36;WE=50035216;WS=50035198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,42:0.57:74
chr13	50038080	rs12429813	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	50042157	.	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.146;SC=TCTTTATAAATCACTTGACAT;SOR=0.784;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=8;WE=50042165;WS=50042147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr13	50050620	rs7998427	A	G	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.650;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=582;ReadPosRankSum=1.823;SC=AGAACAACAGAAAATAAGGAA;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=31;WE=50050628;WS=50050610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr13	50054308	rs4142285	G	A	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,129:0.70:184
chr13	50054346	rs7996852	G	T	4456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=48;PP=1947;ReadPosRankSum=-0.002;SC=TCCATTGCCTGCCTTTTAGAA;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=114;TCR=69;TR=128;WE=50054354;WS=50054336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,206:0.68:302
chr13	50057097	rs2057413	G	A	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=5.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,78:0.71:110
chr13	50057633	rs11619265	A	G	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.790;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr13	50070244	rs370049093	GGGGC	G	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.524;QD=18.77;ReadPosRankSum=1.940;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr13	50070283	.	G	T	114.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.332;HP=3;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=0.992;SC=GCAGCGACGGGCCCGGTCAAG;SOR=0.105;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=14;WE=50070291;WS=50070273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr13	50080847	rs2031532	A	G	3609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=61;PP=1551;ReadPosRankSum=0.152;SC=ATAATGTCCTATACTTTGCAC;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=63;TCR=89;TR=105;WE=50080855;WS=50080837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,171:0.66:259
chr13	50087352	rs186328026	G	A	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=923;ReadPosRankSum=0.053;SC=GACCCTCAAGGAATGCATTCC;SOR=0.845;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=58;WE=50087360;WS=50087342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,97:0.60:163
chr13	50092127	rs66480424	TACTC	T	658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=500;ReadPosRankSum=-0.248;SC=AACAGGTACTTACTCAGTAAA;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=9;WE=50092138;WS=50092117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr13	50095127	rs3765526	A	G	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=582;ReadPosRankSum=-0.275;SC=GTAAACATTTATGTAACATAA;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=43;WE=50095135;WS=50095117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,55:0.72:76
chr13	50098407	rs144805189	TAAAAC	T	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=63;ReadPosRankSum=0.524;SC=GATCTAGATTTAAAACAAAAC;SOR=1.179;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=50098419;WS=50098397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr13	50100090	rs7322908	T	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=442;ReadPosRankSum=0.531;SC=GGATCATCTGTGGTCAGCAGT;SOR=1.186;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=22;WE=50100098;WS=50100080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr13	50100320	rs7321952	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.49;ReadPosRankSum=2.733;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr13	50100389	rs7323493	T	C	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.205;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=-0.686;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr13	50100627	rs10546233	GTT	G	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.76;ReadPosRankSum=-1.223;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr13	50100637	rs371713260	ATATT	A	454.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.42;ReadPosRankSum=-2.125;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr13	50100647	rs61960012	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.99;ReadPosRankSum=-2.066;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr13	50100667	rs6561533	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.464;SC=ACAATATACTGTACAGGTGAT;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=50100675;WS=50100657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr13	50102810	rs1046295	G	A	3659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=48;PP=1494;ReadPosRankSum=-1.793;SC=AGGGATTACCGTTTCCTAAGC;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=173;TCF=93;TCR=80;TR=103;WE=50102818;WS=50102800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,173:0.63:273
chr13	50108252	rs7317982	T	C	2525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,118:0.71:167
chr13	50115669	rs1536195	C	T	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=3;PP=732;SC=CACAATACTACTTTTAAAGAT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=50115677;WS=50115659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	50121211	rs1570883	G	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=7;PP=440;SC=ATCTGAAGATGTGTACAGAAG;SOR=1.371;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=24;WE=50121219;WS=50121201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	50121311	rs3039280	C	CA,CAA	1782.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.81;ReadPosRankSum=1.229;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,24,57:0.27,0.63:90
chr13	50121393	.	AGG	A	2557.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=3.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.894;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,69:0.33:211
chr13	50121396	.	C	CTCTTCCT,CTTCCT	2594.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.331;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=30;PP=2909;ReadPosRankSum=-1.758;SC=CACTTTAAGGCAAGCTTAACT;SOR=0.946;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=82;TCF=21;TCR=61;TR=34;WE=50121407;WS=50121379;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.33:211
chr13	50121399	.	G	GCACCCTTGC	2665.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.342;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.330;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TTTAAGGCAAGCTTAACTCTT;SOR=0.963;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=82;TCF=20;TCR=62;TR=33;WE=50121407;WS=50121379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,69:0.32:214
chr13	50121511	rs1570884	A	G	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=45;PP=1267;SC=TTAACCTTCAATATCAATTGC;SOR=1.554;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=68;WE=50121519;WS=50121501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	50123622	rs3751384	G	C	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=27;PP=2715;SC=ACGAGACGGCGGGAGTGGCAA;SOR=2.104;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=97;TCR=27;TR=123;WE=50123630;WS=50123612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr13	50126382	rs2274278	G	A	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=35;PP=1128;SC=TTGTTTCCCAGGCCCAGCTGA;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=50126390;WS=50126372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr13	50129615	rs2274284	A	G	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=39;PP=1815;SC=ATTGAAAAAGAAGGTAGAAAG;SOR=0.867;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=94;WE=50129623;WS=50129605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr13	50134358	rs12146924	T	C	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=47;PP=1068;SC=TAAGTAACCATGGACAGAGTA;SOR=1.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=15;TCR=47;TR=62;WE=50134366;WS=50134348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	50141345	rs4942848	G	A	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=28;PP=940;SC=GAAGACACACGCCTTCCGAAT;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=59;WE=50141353;WS=50141335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr13	50205025	rs3803185	T	C	7606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=115;PP=2965;SC=CCAGGACCACTGCTGGGAGCT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=90;TCR=115;TR=205;WE=50205033;WS=50205015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr13	50244041	rs9535292	T	C	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=464;ReadPosRankSum=-0.785;SC=AGGATGGCACTGTAGACACAT;SOR=0.806;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=46;WE=50244049;WS=50244031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,69:0.32:216
chr13	50260905	rs6561552	T	C	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=40;PP=1173;SC=CAACTCAATTTACATTTTTCA;SOR=1.946;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=51;WE=50260913;WS=50260895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	50265661	rs3825408	G	T	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=566;ReadPosRankSum=1.764;SC=GGAGCCGGATGGCCAAGGAGG;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=40;WE=50265669;WS=50265651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
chr13	50294056	rs2273816	G	A	152.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5731;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTTGTAGGGCGAGAAAGACAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=50294064;WS=50294046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr13	50296026	rs9535310	T	C	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr13	50296115	rs1127021	C	T	4973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=62;PP=2202;SC=CCATAGGCGGCGGGGGATCCT;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=128;WE=50296123;WS=50296105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr13	50306823	rs11342957	GA	G	876.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=5.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.686;QD=13.28;ReadPosRankSum=-2.944;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,55:0.83:66
chr13	50466911	rs34448316	G	A	6575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.606;NF=143;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.945;SC=CATGTTTGGAGCTTCTCCAGA;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=153;TCR=84;TR=221;WE=50466919;WS=50466901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,256:0.97:265
chr13	50467124	rs7316930	T	C	7672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=176;PP=2965;SC=TCCAGAACCATGGCAAGAAAC;SOR=2.025;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=241;TCF=64;TCR=177;TR=240;WE=50467132;WS=50467114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr13	50656582	rs2066575	T	A	7514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=93;NR=78;PP=2965;SC=AATGAGACCTTGTATATGGAT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=93;TCR=78;TR=171;WE=50656590;WS=50656572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr13	51505008	rs1555625	T	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=160;ReadPosRankSum=-1.723;SC=TCAGATCTATTATAGTGACTA;SOR=0.540;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=11;WE=51505016;WS=51504998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr13	51517599	rs1927742	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr13	51796468	rs7320388	T	C	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=81;SC=CCGGGCGCGGTCGGGAGAGGG;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=51796476;WS=51796458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	51796524	rs7323665	C	T	115.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr13	52277693	rs9535738	G	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=0.854;SC=TTCACTTAAAGAATTTATTTT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=52277701;WS=52277683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr13	52293532	rs912097	T	C	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=602;SC=TAACTGTTGTTCTCTTTGATT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=52293540;WS=52293522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	52343499	.	TAA	T	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=1.384;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr13	52351037	rs2296026	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr13	52373814	rs9535761	G	C	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=44;PP=1573;SC=CTAGAAAGAGGAGACCCACAG;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=92;WE=52373822;WS=52373804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr13	52391341	rs975504	C	T	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=56;PP=1656;SC=GGGGTGTTGGCAGGGAGAGAG;SOR=1.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=85;WE=52391349;WS=52391331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr13	52425515	rs147056819	AGAG	A	1279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.559;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.700;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,62:0.55:113
chr13	52425587	rs36141261	A	AT	2188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=5.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,123:0.77:159
chr13	52425658	.	C	CT	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=-0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.648;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr13	52440130	rs1054515	A	G	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,69:0.29:238
chr13	52482399	rs35577493	CAG	C	3801.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.262;NF=61;NR=15;PP=2713;ReadPosRankSum=-1.891;SC=CATTTGAAGGCAGACTCAACC;SOR=1.420;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=96;TCF=73;TCR=23;TR=76;WE=52482408;WS=52482389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,95:0.66:143
chr13	52482429	rs6561654	T	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=21.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-6.200;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,33:0.21:154
chr13	52482451	rs201406153	GT	G	674.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=9.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQRankSum=-7.404;QD=4.27;ReadPosRankSum=-3.645;SOR=0.134;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,26:0.16:158
chr13	52482454	.	GGGGC	G	602.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=15.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-8.210;QD=3.72;ReadPosRankSum=-4.020;SOR=0.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,28:0.17:162
chr13	52492525	rs9596613	A	C	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,62:0.27:230
chr13	52511275	rs113348762	G	GA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.585;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr13	52513335	rs140708492	G	A	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=980;ReadPosRankSum=-0.852;SC=CACACCTGGAGCGAACCAGCC;SOR=0.792;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=244;TCF=115;TCR=129;TR=85;WE=52513343;WS=52513325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,152:0.32:478
chr13	52520719	rs41292784	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=417;ReadPosRankSum=-1.006;SC=CACAACGTGACGAACTTGGGT;SOR=0.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=23;WE=52520727;WS=52520709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr13	52542796	rs2147363	T	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=216;ReadPosRankSum=1.526;SC=GGCCTCTAGGTTGACACAGTC;SOR=0.180;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=16;WE=52542804;WS=52542786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr13	52585548	rs2277448	G	T	3285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=55;PP=1470;ReadPosRankSum=0.293;SC=GAGGAGAGCGGGGTGTTAAAG;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=55;TCR=77;TR=94;WE=52585556;WS=52585538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,150:0.73:206
chr13	52599135	rs41292790	A	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=412;ReadPosRankSum=1.015;SC=AGTTCTTTTGATAAAATGATA;SOR=0.704;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=29;WE=52599143;WS=52599125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr13	52603194	rs3742289	G	T	3021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=51;PP=1376;ReadPosRankSum=1.293;SC=GAAAAGCTGGGCCTTGCAGAT;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=93;WE=52603202;WS=52603184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,141:0.66:213
chr13	52603241	rs3742290	A	G	2479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1395;ReadPosRankSum=-0.373;SC=TTCTTTGGCCACTGTAAAAAA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=84;WE=52603249;WS=52603231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,113:0.65:174
chr13	52603775	rs3742291	C	T	2956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1351;ReadPosRankSum=-0.212;SC=AACTGTGGCACTGGAAGAAAT;SOR=0.596;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=90;WE=52603783;WS=52603765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,140:0.65:215
chr13	52649974	.	C	CA	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-1.673;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr13	52660306	rs41292798	G	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.40;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr13	52660306	.	GA	TC	1030	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=20;NR=5;PP=1030;QD=43.3387149945;SC=TTATCTCTATGATAAAACTTT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=25;WE=52660315;WS=52660296;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr13	52660307	rs77575287	A	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.67;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,29:0.73:40
chr13	52660595	rs41292800	T	C	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=670;ReadPosRankSum=-0.521;SC=GTGTGTAATATAAAATAAGGT;SOR=0.597;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=38;WE=52660603;WS=52660585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr13	52663491	rs9535861	A	G	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.337;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,67:0.66:101
chr13	52676275	rs34756139	T	G	5536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=86;PP=2718;ReadPosRankSum=-2.066;SC=AAGGGCCTTTTCAAAATGGAA;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=89;TCR=109;TR=157;WE=52676283;WS=52676265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,239:0.79:303
chr13	52707751	.	TCA	T	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.246;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr13	53007968	rs12430144	A	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=18;PP=481;SC=TGTGTTTTCAATGGCGGGAAA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=53007976;WS=53007958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	53010353	.	AAC	A	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.805;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr13	53034867	rs9526922	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-3.713;QD=1.06;ReadPosRankSum=-3.383;SOR=0.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr13	53035783	rs7337054	T	C	8857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=115;PP=2965;SC=TCAGTAGAACTTCTGCCAATG;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=206;TCF=91;TCR=115;TR=206;WE=53035791;WS=53035773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr13	53035925	rs7335867	A	G	8638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=90;PP=2965;SC=ATCTGAAGTTATAGCCAGGCC;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=98;TCR=90;TR=187;WE=53035933;WS=53035915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr13	53239754	.	CT	C	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr13	53240884	rs9316580	G	C	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=265;SC=ATTATTTTGTGTAGGTTTTTT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=53240892;WS=53240874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	53254082	rs4539485	T	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=7;PP=370;SC=TGTTGATTAATTACTTCTGCC;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=53254090;WS=53254072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	53254296	rs7986540	A	G	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=224;SC=CCTTTGTAAGAATATAAACTT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=53254304;WS=53254286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	53307278	rs76198562	C	T	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=727;ReadPosRankSum=-0.240;SC=GTGTGAGAAACGCTGCTCCTC;SOR=0.768;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=99;TCR=66;TR=57;WE=53307286;WS=53307268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,76:0.29:260
chr13	53602970	rs2298229	A	G	2681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=31;PP=1178;ReadPosRankSum=2.510;SC=TAAGAGGACAAGATGAGGCCC;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=79;TCR=55;TR=74;WE=53602978;WS=53602960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,128:0.56:229
chr13	53608479	rs2298230	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.28;ReadPosRankSum=0.505;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,58:0.37:157
chr13	53608632	rs2298231	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.732;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=372;ReadPosRankSum=1.651;SC=AAGAACTTTCCAAAGTAAGCA;SOR=0.472;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=29;WE=53608640;WS=53608622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr13	53608757	rs2298232	T	C	45.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=0.319;SC=TATTCTATGGTGATTTTAGTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=53608765;WS=53608747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr13	55748673	rs1572687	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr13	58207460	rs142476974	A	G	7311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=96;PP=2725;ReadPosRankSum=-1.804;SC=CGCTGGGTACAGTGGTCATCG;SOR=0.668;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=160;TCR=156;TR=193;WE=58207468;WS=58207450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,353:0.66:533
chr13	58207711	rs41292834	G	T	4082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=79;PP=2034;ReadPosRankSum=1.332;SC=CTCATCGACCGCAACGACAAT;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=383;TCF=170;TCR=213;TR=139;WE=58207719;WS=58207701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:474,229:0.33:703
chr13	58299434	rs5803842	G	GA	690.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.204;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.356;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr13	60385060	rs10665848	A	ATTAC	1941.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=924;SC=ATTGCTTGCTAAAAAAATTTT;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=21;WE=60385068;WS=60385050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	60407054	rs341514	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr13	60582651	rs339540	C	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.694;NF=9;NR=6;PP=244;ReadPosRankSum=-1.090;SC=CATTTAAAAACAGATTTTATA;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=15;WE=60582659;WS=60582641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr13	60590299	rs2762134	C	T	3498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.64;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,95:0.64:148
chr13	60590307	rs12429010	C	T	3293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.95;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,83:0.63:132
chr13	60617060	rs2800294	A	G	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=0.759;SC=ACTATAATTAACACTATTTGG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=60617068;WS=60617050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr13	60971593	rs9538679	G	A	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.82;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	61041312	rs9538715	G	A	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=88;NR=42;PP=2363;SC=GTTGTTTCCCGCCCTGTGTCC;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=88;TCR=43;TR=130;WE=61041320;WS=61041302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr13	61057808	rs9528147	A	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=3;PP=609;SC=CCTATTTCTTATAAGAATCTA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=61057816;WS=61057798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	61058724	rs7329723	G	A	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=5;PP=259;SC=CACCCTCTCTGAAAGCCTTTT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=61058732;WS=61058714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	61986918	rs3812872	C	A	11580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=1.109;SC=TCAGATAAACCACACCATCTA;SOR=0.246;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=116;TCR=126;TR=242;WE=61986926;WS=61986908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,436:1.00:437
chr13	61988107	rs4281600	T	G	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=86;PP=2665;SC=ATGCTGGAGTTGGGGGAGGGA;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=46;TCR=87;TR=132;WE=61988115;WS=61988097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr13	61988153	rs3812873	C	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,14:0.19:74
chr13	63745832	rs298898	G	A	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=325;ReadPosRankSum=0.784;SC=AAATGGGATAGGATAATGATC;SOR=0.954;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=25;WE=63745840;WS=63745822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr13	66540575	rs3843944	C	T	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=447;ReadPosRankSum=-1.314;SC=TGGGGTTTACCACTGAAGCAT;SOR=0.586;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=37;WE=66540583;WS=66540565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr13	66792439	rs76595065	T	C	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.517;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,62:0.63:99
chr13	67800935	rs9571740	G	A	7905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=82;PP=2965;SC=GGGTCCCATTGTCCCTGGCAG;SOR=0.864;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=107;TCR=82;TR=189;WE=67800943;WS=67800925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr13	67802339	rs8000556	A	T	4983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=82;PP=2820;SC=TGCTGCTGGAAACTTTCACCA;SOR=0.918;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=148;WE=67802347;WS=67802329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr13	70456651	.	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=267;ReadPosRankSum=-0.046;SC=ATATCTTGGCATAAATTCTGT;SOR=0.564;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=22;WE=70456659;WS=70456641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr13	70535355	rs9592668	T	A	511.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=4;PP=498;SC=GAATTTTTTTTAAAAAAGCGT;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=70535363;WS=70535345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	70549636	rs71693665	CTTAAAAAAAT	C	3223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=15;PP=1448;SC=CAACAAAAAACTTAAAAAAAT;SOR=2.365;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=44;TCR=15;TR=57;WE=70549654;WS=70549626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	70681873	rs3751428	A	G	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=24;PP=829;SC=CTCACGCAGGAGTAGGCTGGT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=70681881;WS=70681863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	72038653	rs915052	C	A	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=314;SC=ATTTCATTAGCTCTTAAATAA;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=72038661;WS=72038643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	72440658	.	TGCCGCC	T	1653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=43.52;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	73301480	rs9652239	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=142;ReadPosRankSum=1.033;SC=ACGCAGCGGCGGAGACAACTC;SOR=1.863;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=10;WE=73301488;WS=73301470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr13	73301655	rs1465897	A	C	3383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=36;PP=1475;SC=GCGCAACGGAAACTCACCGTC;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=44;TCR=36;TR=80;WE=73301663;WS=73301645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr13	73301728	rs1465896	T	C	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=40;PP=1152;SC=CCAGCACCGCTGCTACTCGCC;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=73301736;WS=73301718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	73302157	rs11350390	CT	C	8482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=71;PP=2965;SC=TAGGTACGCTCTTTGTGGTCC;SOR=0.785;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=21;TCR=74;TR=90;WE=73302165;WS=73302147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr13	73302326	rs113113572	G	A	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=653;ReadPosRankSum=-1.460;SC=CGCCTCCTTCGCACTCCATCC;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=69;TCR=73;TR=57;WE=73302334;WS=73302316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,87:0.43:204
chr13	73302481	rs4885034	G	A	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=34;PP=1001;SC=AGGTCTTGGCGAAAGGAGGAT;SOR=1.376;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=73302489;WS=73302471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	73309347	rs9543106	C	T	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=39;PP=1095;SC=ATAGCACTTGCATACTGTTGT;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=58;WE=73309355;WS=73309337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	73329358	rs10887	G	A	6750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=77;PP=2423;SC=TCCATAGAATGCCTCTGTCAG;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=148;WE=73329366;WS=73329348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr13	73343039	rs2196979	C	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=12;PP=376;SC=CTTCAGCATACGTCAGAGATG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=73343047;WS=73343029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	73349359	rs7332388	G	C	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=28;PP=1537;SC=CATTCGTTCTGTCTCTTCTTC;SOR=1.190;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=78;WE=73349367;WS=73349349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr13	73366801	rs77614879	T	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr13	73371966	rs41286062	A	G	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=209;SC=TTTATTACTGATAAGTGAGAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=73371974;WS=73371956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	73372202	rs9543124	G	A	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=28;PP=1104;SC=AAGAAGCTTCGGCTTTTTCTG;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=53;WE=73372210;WS=73372192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	73467847	rs141172083	GAAGT	G	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=174;SC=AGAAAACATAGAAGTAAGGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=73467858;WS=73467845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr13	73547715	.	G	GT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.398;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr13	73636910	rs113148226	A	AGTGT	1058.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.071;NF=1;NR=23;PP=778;ReadPosRankSum=-0.507;SC=CAATAGATGTAGTGTGTGTGT;SOR=0.925;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=2;TCR=51;TR=24;WE=73636919;WS=73636900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,30:0.41:74
chr13	73638125	rs4885061	G	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	73650108	rs148760123	C	CA	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=0.112;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr13	73650112	rs9573097	C	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.71;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	74289799	rs6562780	A	T	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=23;PP=628;SC=TGCTACCACTATCTTGGGCAG;SOR=1.662;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=74289807;WS=74289789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	74339104	rs3764134	G	T	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=781;ReadPosRankSum=-0.025;SC=TCATTCGATTGCCCCGGACCC;SOR=0.617;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=195;TCF=102;TCR=93;TR=64;WE=74339112;WS=74339094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,104:0.34:304
chr13	74518210	rs9573330	G	A	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=483;ReadPosRankSum=0.369;SC=TTGATATTCTGAGAATAGAAG;SOR=0.862;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=131;TCF=60;TCR=71;TR=42;WE=74518218;WS=74518200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,78:0.37:211
chr13	74569006	rs1886514	G	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=57;ReadPosRankSum=1.125;SC=ATATGCACATGTAAGTACTGA;SOR=0.627;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=8;WE=74569014;WS=74568996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr13	74569304	rs1886515	T	C	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.895;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr13	75860804	rs534538	C	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=369;SC=TGTGACTAGGCGCTCAGCACC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=75860812;WS=75860794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	75863315	rs7332292	G	C	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=56;PP=1323;SC=TGTTTATCTTGGTATATTTCA;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=79;WE=75863323;WS=75863305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	75873787	rs2297207	G	A	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=49;PP=1496;SC=GCAATTCAGTGACCTCCAAGA;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=75873795;WS=75873777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	75876389	rs2297208	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=247;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CTAAATCCACGAGAATCGCAT;SOR=0.704;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=26;WE=75876397;WS=75876379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,40:0.31:127
chr13	75880667	rs2297209	G	A	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=277;ReadPosRankSum=1.143;SC=AACTTTAGACGTTTGATTGTA;SOR=0.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=18;WE=75880675;WS=75880657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
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chr13	75884290	rs2297203	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=161;ReadPosRankSum=0.185;SC=CAATCCATCTGCAGAGAAGAA;SOR=1.093;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=12;WE=75884298;WS=75884280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr13	75894015	rs2274758	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=483;ReadPosRankSum=2.659;SC=TTCCCTACTATATAGCCCTCA;SOR=0.829;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=25;WE=75894023;WS=75894005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,34:0.77:44
chr13	75898596	rs2297210	C	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=181;ReadPosRankSum=-0.952;SC=AATCTTCATTCACTATGAAAA;SOR=0.491;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=13;WE=75898604;WS=75898586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr13	75901749	rs2297206	G	T	855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=4;PP=724;SC=AATCTTCTTAGTTAAAATAAT;SOR=3.334;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=75901757;WS=75901739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	75910909	rs693134	C	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=0.516;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr13	75915215	rs80163254	TAT	CCA	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=2564;ReadPosRankSum=1.063;SC=TTAACAAAATTATTAAACAAC;SOR=0.838;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=85;TCF=55;TCR=30;TR=48;WE=75915225;WS=75915205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr13	75923536	rs3831188	T	TA	126.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=182;ReadPosRankSum=0.157;SC=GCTGACTAAATAAAAATAATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=75923544;WS=75923526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr13	75936519	rs7983969	C	G	6125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=59;PP=2702;SC=CGCGCTGCTCCCCTTGGATCT;SOR=0.847;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=75;TCR=60;TR=134;WE=75936527;WS=75936509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr13	76101863	rs1408042	T	C	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=2;PP=300;SC=CTGGAGGACATTGTGCAAAGT;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=76101871;WS=76101853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	76124151	rs8192738	C	T	8461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=99;PP=2965;SC=CGCTCGGGACCTCGGAGTCTT;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=77;TCR=99;TR=176;WE=76124159;WS=76124141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr13	76135028	rs4884008	T	A	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=41;PP=1270;SC=GTAATTGTTATGTAAAATAGA;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=76135036;WS=76135018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr13	76140814	rs56945758	CT	C	609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=312;ReadPosRankSum=-1.301;SC=ACACTGTTGACTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=21;WE=76140823;WS=76140804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr13	76169234	rs7330411	G	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=15;PP=404;SC=AAATTAACTGGTTGCCTATAA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=76169242;WS=76169224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	76210742	rs2224797	A	C	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=581;ReadPosRankSum=-1.091;SC=CGCGGGGACAACCCCTCCCCT;SOR=0.885;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=36;WE=76210750;WS=76210732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,57:0.76:75
chr13	76287432	rs3837544	ATG	A	1659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=971;SC=AAGCAAAGATATGTGTGTGTG;SOR=1.154;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=21;WE=76287441;WS=76287422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	76334818	rs7997101	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=302;ReadPosRankSum=-0.812;SC=TTTAACGTGCCAGTCACAAAG;SOR=0.640;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=27;WE=76334826;WS=76334808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr13	76335196	rs10594987	GAT	G	1236.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=25;PP=1240;SC=CAGTTTGTTAGATATATATAT;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=25;WE=76335205;WS=76335186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	76370755	rs11351364	AT	A	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.305;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,63:0.37:171
chr13	76374795	rs34295825	A	G	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=-1.536;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,50:0.76:66
chr13	76378339	rs71434809	G	A	1891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=17;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GGGTTTCTAAGGGAAAGACAA;SOR=0.835;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=58;WE=76378347;WS=76378329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,80:0.77:104
chr13	76378459	rs625033	T	C	7679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=116;NR=75;PP=2965;SC=AATTTACATTTAAGATGCAGG;SOR=1.040;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=191;TCF=116;TCR=75;TR=191;WE=76378467;WS=76378449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr13	76378633	rs150972843	T	C	5125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.109;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=95;PP=2542;ReadPosRankSum=-0.233;SC=ACAGAAGAAGTTGGGCAAGCC;SOR=0.566;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=215;TCF=78;TCR=137;TR=153;WE=76378641;WS=76378623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,229:0.72:320
chr13	76378737	rs2274062	A	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=96;ReadPosRankSum=0.029;SC=TAGGATGTTAAATGTGGTAAA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=8;WE=76378745;WS=76378727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr13	76407127	rs35034793	A	G	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.720;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=689;ReadPosRankSum=-2.160;SC=TCATGGATAGACTTTCCTCCA;SOR=0.407;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=46;WE=76407135;WS=76407117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,87:0.70:125
chr13	76419421	rs3832886	AT	A	678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=386;ReadPosRankSum=-1.174;SC=AAAGGAGGTTATTTAATGAGA;SOR=0.941;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=12;WE=76419429;WS=76419411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr13	76423248	rs7986131	T	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=1.927;SC=ATTGGGAACATGACCTCTTCA;SOR=0.561;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=13;WE=76423256;WS=76423238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr13	76429311	rs9573671	G	A	1284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.79;ReadPosRankSum=-1.365;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,61:0.56:109
chr13	76429619	rs4885354	C	A	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.772;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=0.194;SC=TGTATTCGTCCATCTGTGCTG;SOR=2.147;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=11;WE=76429627;WS=76429609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
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chr13	76431996	rs1407965	A	G	3754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=51;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TGTATCCCAGATGGCAATATT;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=173;TCF=95;TCR=78;TR=116;WE=76432018;WS=76431986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,182:0.59:309
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chr13	76432173	rs5804839	C	CT	815.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.172;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=3.397;NF=1;NR=24;PP=408;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GTCTTTTTTGCTTTTTTTTTA;SOR=0.387;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=55;TCF=1;TCR=54;TR=25;WE=76432181;WS=76432163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr13	76445155	rs9544057	G	C	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,103:0.68:152
chr13	76445316	rs9600567	C	T	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.839;NF=27;NR=42;PP=1117;ReadPosRankSum=-0.694;SC=ACTCCTGCTCCTTCTCTGAAT;SOR=0.637;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=69;WE=76445324;WS=76445306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,106:0.75:142
chr13	76457148	rs7987971	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=3.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.270;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=660;ReadPosRankSum=0.509;SC=GGTATTCAATAATGCTGGTTC;SOR=1.666;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=30;WE=76457156;WS=76457138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr13	76457183	rs9530477	T	C	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=938;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TTCTTTCCCCTAGCTTTGTAT;SOR=0.772;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=46;WE=76457191;WS=76457173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,57:0.69:83
chr13	77522725	rs67524409	GACTT	G	12563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=89;PP=2972;SC=CATTTTATGTGACTTACTTAA;SOR=0.805;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=34;TCR=95;TR=119;WE=77522736;WS=77522713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr13	77522925	rs588702	T	C	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=39;PP=1108;SC=GGGAATGAATTATGACAAGTT;SOR=3.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=45;WE=77522933;WS=77522915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	77527707	rs9530614	A	G	6523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=61;PP=2594;SC=TATTCACACTATCACTGGTTG;SOR=0.887;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=83;TCR=61;TR=142;WE=77527715;WS=77527697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr13	77565972	rs654196	A	G	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=-2.763;SC=GGACAGGTCAATTCATAAAAG;SOR=0.941;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=12;WE=77565980;WS=77565962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr13	77569901	rs605153	G	A	2269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=18;PP=1643;SC=GGATATGACAGTAGCAGCATG;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=76;WE=77569909;WS=77569891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	77589725	rs599115	A	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.593;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=315;ReadPosRankSum=0.301;SC=ACTGAAAAGCAAAAAAAATAA;SOR=0.472;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=30;WE=77589733;WS=77589714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,40:0.34:119
chr13	77644708	.	A	AAC	1553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=3.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.08;MQRankSum=2.336;QD=17.46;ReadPosRankSum=-1.876;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,56:0.63:89
chr13	77644862	rs71749271	GA	G	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.151;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr13	77738664	rs2274547	A	G	5236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=82;PP=2001;ReadPosRankSum=1.962;SC=TCTTTTTCCAATTGGATGACT;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=86;TCR=121;TR=139;WE=77738672;WS=77738654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,250:0.66:381
chr13	77754534	rs41288246	T	C	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.232;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr13	77792099	rs374242789	TA	T	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.36;ReadPosRankSum=-0.100;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr13	77818100	.	CA	C	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=3.917;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,44:0.26:171
chr13	77870830	rs41288250	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.193;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr13	77900848	rs117722214	T	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=259;ReadPosRankSum=0.112;SC=CTGGGTAGAATCCGTCCCCGC;SOR=0.960;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=21;WE=77900856;WS=77900838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr13	78137932	rs58662011	A	AT	551.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,47:0.42:111
chr13	78142653	rs11325667	GA	G	194.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=144;SC=GACTTTTGCAGAAAAAAAAGA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=78142661;WS=78142643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	78146301	rs678047	C	T	4745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=63;PP=2092;SC=ACAATGCCTCCTCGAGCACAG;SOR=0.920;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=47;TCR=64;TR=107;WE=78146309;WS=78146291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr13	78163243	rs41288252	C	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=3.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=-2.886;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr13	78165635	rs147154057	TG	T	324.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.455;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=416;ReadPosRankSum=-0.573;SC=ACTGTAGTAATGATAAAGTAT;SOR=1.958;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=7;WE=78165645;WS=78165625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr13	78165637	rs115680772	A	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.455;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=424;ReadPosRankSum=-0.489;SC=TGTAGTAATGATAAAGTATGC;SOR=1.958;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=9;WE=78165645;WS=78165625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr13	78177082	rs7490669	T	A	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=162;SC=TTTTTATACTTAAAGCCAATT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=78177090;WS=78177072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	78178451	rs6563011	C	T	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr13	78183167	rs912293	G	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=263;SC=TTTTATTTATGATGTTTTTTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=78183175;WS=78183157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	78191824	rs4142585	G	T	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=11;PP=623;SC=TAATGTACTTGGGTCAGAAAG;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=78191832;WS=78191814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	78192207	rs9574090	T	C	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=31;PP=640;ReadPosRankSum=0.292;SC=TAAATGACCTTGACTATCTTG;SOR=0.463;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=51;WE=78192215;WS=78192197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,67:0.69:97
chr13	78211386	rs72078326	CAT	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=263;SC=CACACACACACATATATATAT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=78211395;WS=78211376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	78216873	rs1053985	A	G	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=25;PP=877;SC=TGGAAAATCTACAAGCGGGTG;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=51;WE=78216881;WS=78216863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr13	78272267	rs201380414	T	TGG	2200.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=12;PP=791;SC=CGCCCCCCGCTGGCCTGCAGC;SOR=0.733;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=19;WE=78272284;WS=78272257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	78272276	rs71102772	G	GC	2180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=12;PP=778;SC=CTGGCCTGCAGCCTTTGGGTC;SOR=0.776;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=19;WE=78272284;WS=78272257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	78315707	rs79939430	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr13	78317054	rs372604248	CT	C	666.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,64:0.71:90
chr13	78318389	rs17777179	G	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=636;ReadPosRankSum=0.442;SC=CCTGCAGATGGAAGAACACAC;SOR=0.571;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=40;WE=78318397;WS=78318379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,62:0.63:98
chr13	78475313	rs5351	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=2.080;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,15:0.22:69
chr13	78477674	rs5348	A	G	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=35;PP=1265;SC=TGATTCCCACAGAGGCTTTCT;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=61;WE=78477682;WS=78477664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr13	78492856	rs12716722	T	C	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr13	79176323	.	G	GGCC	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr13	79176483	rs371388366	CTGG	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=1.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.207;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,26:0.08:338
chr13	79177291	rs9601093	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.735;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=169;ReadPosRankSum=-0.579;SC=TTTCGGAGACGGGGAGGGGCG;SOR=2.603;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=11;WE=79177299;WS=79177281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chr13	79194750	rs35712557	TGA	T	3591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.191;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.191;NF=13;NR=30;PP=1897;ReadPosRankSum=-0.535;SC=ACATTCTGGATGAGAGAGAAA;SOR=0.827;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=43;WE=79194759;WS=79194740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,105:0.59:178
chr13	79209382	rs9805409	A	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.585;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=0.650;SC=AATAAAAGTGACTTGTAAAAA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=79209390;WS=79209372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr13	79216178	rs9601108	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=282;ReadPosRankSum=2.272;SC=TTTACTCTAAGAAGTCTGGGG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=12;WE=79216186;WS=79216168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr13	79216418	rs7327732	A	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.808;NF=5;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=-0.054;SC=ATCCTTTTTCATATTGTTTTA;SOR=1.449;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=17;WE=79216426;WS=79216408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr13	79894736	rs3187338	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.430;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,32:0.36:88
chr13	79894877	rs71696319	CA	C,CAA	416.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.378;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.598;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,14,14:0.48,0.48:29
chr13	79915389	rs7981067	G	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=212;ReadPosRankSum=-0.009;SC=AATATTTTAGGTGACAGTAAT;SOR=0.737;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=13;WE=79915397;WS=79915379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr13	79916792	rs374223990	T	TA	1373.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=13;PP=804;SC=ACAATGAAATTAAATACCTGA;SOR=1.067;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=21;WE=79916800;WS=79916782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	79916973	rs3742118	A	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=-1.741;SC=ACATCTGCCAAATTTTTAAAA;SOR=0.512;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=10;WE=79916981;WS=79916963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr13	79916994	rs3742119	A	G	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.195;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=1.163;SC=AGAGAAAAATAAAGCTAATTA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=4;WE=79917002;WS=79916984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr13	79918323	rs2274555	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=224;ReadPosRankSum=0.240;SC=TAGCATAAGATTAAGTTCACT;SOR=0.273;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=13;WE=79918331;WS=79918313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr13	79927157	rs11341470	CA	C	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=1.179;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.154;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr13	79928477	rs9574411	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=422;ReadPosRankSum=-1.902;SC=TCATATTTCTATGTAAAATAT;SOR=1.255;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=23;WE=79928485;WS=79928467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr13	79929183	rs9530900	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=111;ReadPosRankSum=-0.475;SC=AATTATGAGAGAACAGGTTAG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=7;WE=79929191;WS=79929181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr13	79929326	rs9530901	G	A	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.777;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,90:0.34:262
chr13	79932617	rs7994560	A	G	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=175;SC=TCCTGACCCTAACCAAATACA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=79932625;WS=79932607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	79939606	rs7319252	C	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=439;ReadPosRankSum=0.018;SC=AAATAAATCACCATTCCTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=22;WE=79939614;WS=79939596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr13	79939921	rs11279869	TAAGAGA	T	742.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=832;ReadPosRankSum=0.352;SC=TTAATATTGATAAGAGAAAAA;SOR=0.324;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=16;WE=79939934;WS=79939911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr13	79940150	rs3831152	CTG	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=1.159;SC=TCATCTAAAACTGTGTTACAT;SOR=0.283;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=4;WE=79940159;WS=79940140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,6:0.12:48
chr13	79940811	rs7327603	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=1.385;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr13	79946071	rs369797909	TA	T	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.02;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=1.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr13	79946104	rs9545093	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=143;ReadPosRankSum=-0.624;SC=AAGTTTAGTAATTATTCCACT;SOR=1.022;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=11;WE=79946112;WS=79946094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr13	79946163	rs7325232	G	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=508;SC=TGCCTGTAATGCCAGCACTTT;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=79946171;WS=79946153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	80095143	.	CT	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=3.591;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
chr13	80910786	rs4728	C	A	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.59;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	80910792	rs700397	T	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,14:0.29:48
chr13	80910851	rs11911	A	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=1.389;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,41:0.68:60
chr13	80911525	rs504122	G	A	3305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=47;PP=1777;ReadPosRankSum=2.738;SC=CTGGACAGAGGGGCTCGTGCA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=83;TCR=69;TR=104;WE=80911533;WS=80911515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,148:0.65:228
chr13	86369120	rs3825413	C	T	6064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=76;PP=2737;SC=TCTGGGTTAGCAAATCAAGAT;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=142;WE=86369128;WS=86369110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr13	87045827	rs9513670	T	C	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr13	88270840	rs4036976	CTGT	C	2718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=43.85;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr13	88270860	rs956960	A	G	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;MQRankSum=0.222;QD=38.84;ReadPosRankSum=-1.099;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chr13	92101213	rs75621401	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=482;ReadPosRankSum=0.565;SC=AAGGACTGGCCGTGTTATGTA;SOR=0.449;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=41;WE=92101221;WS=92101203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,60:0.36:166
chr13	92101290	rs9589237	G	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=0.056;SC=CATAATATTCGGGTATAAAAT;SOR=0.656;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=12;WE=92101298;WS=92101280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr13	92796964	rs12429836	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=-2.297;SC=ACTTGACTTGGTGTCTACACC;SOR=0.283;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=11;WE=92796972;WS=92796954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr13	93142362	rs722178	C	T	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=506;ReadPosRankSum=0.438;SC=CATTGTTTCCCGAAAACTCCA;SOR=0.801;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=37;WE=93142370;WS=93142352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,70:0.71:99
chr13	95034763	rs2274020	G	A	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.712;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=704;ReadPosRankSum=-1.925;SC=CAGCGGGCACGTCCAACGAGG;SOR=1.020;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=44;WE=95034771;WS=95034753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,75:0.68:110
chr13	95090692	rs1540979	T	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=0.813;SC=TAGCAGTCCTTTTGCATGGGG;SOR=0.454;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=6;WE=95090700;WS=95090682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr13	95097956	rs755684	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.907;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,58:0.24:239
chr13	95227138	rs201674028	AAAG	A	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.44;ReadPosRankSum=0.516;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr13	95230877	rs16949940	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=245;ReadPosRankSum=-1.823;SC=AATTTAGTGGGGCATTCAATT;SOR=0.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=16;WE=95230885;WS=95230867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr13	95243270	rs9301979	G	A	11789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.30;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,465:1.00:466
chr13	95254382	rs9556404	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=11;PP=307;SC=CCGCCGGCTGAGTCCGCCGGC;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=95254390;WS=95254372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	95264604	rs9524559	C	T	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=433;ReadPosRankSum=-0.308;SC=ACCCAGATGCCGAAGGGAATC;SOR=0.459;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=97;TCF=29;TCR=68;TR=38;WE=95264612;WS=95264594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,46:0.38:122
chr13	95275576	rs4296139	C	G	4235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=58;PP=1867;SC=GAAAGAAAATCGTTTATTCTG;SOR=0.990;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=97;WE=95275584;WS=95275566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
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chr13	95714976	rs1751034	C	T	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=12;PP=894;SC=TGATTGACATCTTCTTCCTTA;SOR=1.478;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=95714984;WS=95714966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr13	95715148	rs202097426	AAAAG	A	765.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=7.03;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,59:0.54:109
chr13	95726541	rs1189466	A	G	11575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=130;NR=130;PP=2965;SC=GACGGACGGCAAACCAGCGGG;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=262;TCF=130;TCR=132;TR=260;WE=95726549;WS=95726531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
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chr13	95815755	rs11568647	TG	T	1228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=3;PP=1339;ReadPosRankSum=0.268;SC=GTAAACGAAGTGAGGATTAGA;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=32;WE=95815763;WS=95815745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,35:0.70:50
chr13	95829843	rs2296653	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=241;ReadPosRankSum=1.609;SC=GCAGGGGACAGTGTGGGGAGG;SOR=3.538;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=12;WE=95829851;WS=95829833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr13	95829870	rs1751005	T	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=7;PP=683;SC=GACACCAGAGTAGGATGAGCT;SOR=2.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=33;WE=95829878;WS=95829860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr13	95839203	rs4148487	C	T	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=163;ReadPosRankSum=1.210;SC=AAGAATAAGCCACTGCAATGC;SOR=0.859;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=13;WE=95839211;WS=95839193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr13	95839296	rs1557069	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=1.166;SC=AAATTGGAAATAACATAATGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=4;WE=95839304;WS=95839286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr13	95847020	rs2274403	A	G	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=25;PP=1258;ReadPosRankSum=-0.613;SC=GTAACACCTCAAAATTCTCTA;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=87;TCR=38;TR=84;WE=95847028;WS=95847010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,109:0.69:159
chr13	95861804	rs899494	A	G	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=46;PP=1154;ReadPosRankSum=0.354;SC=CAGTCACTGCAATCGCCTGCA;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=76;WE=95861812;WS=95861794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,90:0.67:135
chr13	95861981	rs1678403	C	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=115;SC=TGGGTTTACACCTGCTAAAGC;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=95861989;WS=95861971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr13	95862860	rs3046400	AGAGT	A	1301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.892;NF=8;NR=10;PP=814;ReadPosRankSum=-0.529;SC=CAGTGTGAACAGAGTGAGCCC;SOR=0.656;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=18;WE=95862871;WS=95862850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr13	95862896	rs899496	A	G	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=715;ReadPosRankSum=0.809;SC=ATAAAAGGGGAAAGAGGGGTG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=40;WE=95862904;WS=95862886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr13	95863143	rs899497	A	G	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,53:0.67:79
chr13	95899354	rs4148437	A	G	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=34;PP=1021;ReadPosRankSum=-1.704;SC=CAGAACCTACAATGAGGAAAA;SOR=0.706;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=73;WE=95899362;WS=95899344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,124:0.64:195
chr13	95900071	rs9556466	C	T	2701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=51;PP=1309;ReadPosRankSum=0.044;SC=TAGACTCCTACCTCCATGGGT;SOR=0.511;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=91;WE=95900079;WS=95900061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,127:0.67:190
chr13	95900172	rs56389126	G	GCACACACACA	684.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.28;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	95921534	rs3047283	TACA	T	1472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=508;ReadPosRankSum=1.292;SC=ATACAGAGCCTACAACCTGTC;SOR=0.727;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=13;WE=95921544;WS=95921524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,45:0.26:171
chr13	95921687	.	AAATATATAT	A	1349	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=25;MQ=58.12;NF=0;NR=8;PP=1349;QD=170.125;SC=CTCAAAAAAAAAATATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=95921703;WS=95921669;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr13	95953405	rs61974974	G	A	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=399;ReadPosRankSum=-0.510;SC=CAGCCGCAGAGGGCTTGGGCA;SOR=0.619;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=26;WE=95953413;WS=95953395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,52:0.76:68
chr13	96485417	rs3099359	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=409;SC=GCAGAGTCCTACTAAGTACTG;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=96485425;WS=96485407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr13	96540141	rs9525075	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	96540141	.	TTT	CTC	696	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=9;NR=11;PP=696;QD=37.4733937431;SC=TTCACTCAGATTTACCTTTCT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=96540151;WS=96540131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr13	96540143	rs9525076	T	C	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.41;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	96579462	rs9525086	T	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr13	96641695	rs555120	T	G	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=10;PP=654;SC=AATTGAAAAGTACTTAAAAGT;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=96641703;WS=96641685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	97639414	rs9284174	C	T	7401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=74;PP=2965;SC=CAGTCAAAATCAGGTTGTACC;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=87;TCR=74;TR=161;WE=97639422;WS=97639404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr13	97986448	rs16952071	C	T	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=26.47;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr13	98017211	rs3825422	A	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=6;PP=1186;SC=ATACTGGCTTAAAATAAGTCA;SOR=3.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=49;WE=98017219;WS=98017201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	98087096	rs3803251	T	C	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=24;PP=642;SC=GTCCCGGGGCTGGAACTCCCC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=98087104;WS=98087086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	98629334	rs9517155	G	C	6829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=72;PP=2510;SC=GGGCGGGCCCGGGGCCCCAAC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=88;TCR=72;TR=160;WE=98629342;WS=98629324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr13	98632349	rs555647	A	G	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=27;PP=723;SC=GCCACAACTGATAACATTCAC;SOR=1.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=98632357;WS=98632339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	98634572	rs11620106	T	A	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=388;SC=AGGAACTTGATAAGTAACCCT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=98634580;WS=98634564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	98637917	rs11366582	CT	C	1439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.9985;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=3;NR=24;PP=340;SC=TATATCCTTCCTTTTTTTTTT;SOR=2.147;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=27;WE=98637939;WS=98637907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	98637931	rs60936969	T	A	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=23;PP=771;SC=TTTTTTTTTTTAATGGAATCT;SOR=2.073;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=28;WE=98637939;WS=98637907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	98640318	rs592246	C	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=20;PP=679;SC=GTTCAAATATCGGGGGACGTT;SOR=0.796;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=39;WE=98640326;WS=98640308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	98640386	rs588144	A	G	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=19;PP=531;SC=GGTCTTTGTGACAATATAACC;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=98640394;WS=98640376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	98645580	rs56411106	G	A	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=36;PP=1016;SC=AGAATATAATGAATATCCTTT;SOR=4.977;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=39;WE=98645588;WS=98645570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr13	98650024	rs651241	G	T	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=27;PP=725;SC=TGTGTCACATGTTATAAGTAG;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=98650032;WS=98650014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	98658358	rs633161	G	A	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=32;PP=2628;SC=TTTCCTTTGAGGTAATAATTT;SOR=1.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=95;TCR=32;TR=126;WE=98658366;WS=98658348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr13	98666549	rs6491395	T	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=30;PP=696;SC=AAAAAAAATTTGAGACAGGGT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=98666557;WS=98666539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	98670641	rs528546	G	C	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=8;PP=1103;SC=TTGCCTGTATGAGGAATATCA;SOR=3.080;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=47;WE=98670649;WS=98670636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	98829176	rs628778	T	C	10131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=103;PP=2965;SC=CCATGTCCTCTGGCCCCACAG;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=199;TCF=95;TCR=104;TR=198;WE=98829184;WS=98829166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr13	98860660	rs285108	A	G	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=193;SC=TGAACCTGGAAGGCAGAGGTT;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=98860668;WS=98860652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	98860731	rs60575077	C	CA	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.55;QD=25.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	98860749	rs285109	A	C	162.88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.15;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr13	99017533	rs587377	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=25;ReadPosRankSum=-0.000;SC=AATGGAACAGGCGGCCTCATA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=3;WE=99017541;WS=99017526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr13	99036838	rs600644	C	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.287;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=369;ReadPosRankSum=-0.677;SC=GGCATCCCGTCTCTGAGATCT;SOR=1.071;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=24;WE=99036846;WS=99036828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr13	99037154	rs599255	C	T	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=6.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-1.677;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,20:0.17:116
chr13	99037870	rs585678	T	C	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=436;ReadPosRankSum=0.703;SC=AATTAATAGATACAGGGAATT;SOR=0.630;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=104;TCF=71;TCR=33;TR=36;WE=99037878;WS=99037860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,48:0.34:140
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chr13	99090166	rs59023150	TG	T	2282.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=1064;SC=CCCTGATTCTTGGCACTCATC;SOR=1.036;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=24;WE=99090176;WS=99090156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	99090168	rs1969794	G	T	2291.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=22;PP=678;SC=CTGATTCTTGGCACTCATCAG;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=99090176;WS=99090156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	99092052	rs4772080	G	T	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=3;PP=485;ReadPosRankSum=0.382;SC=TTTCCGATTTGGGTTTTTCCA;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=99092060;WS=99092046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr13	99093094	rs2146998	T	C	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=42;PP=1281;SC=AGTGGAGGTATGCAGGGGCAG;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=73;WE=99093102;WS=99093084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr13	99098318	rs2274053	C	T	4007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=31;PP=1334;SC=GGCAGGTGCCCGCTGTGCTTC;SOR=0.875;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=99098326;WS=99098308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr13	99098470	rs2274054	C	T	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=676;ReadPosRankSum=-0.903;SC=GTAAGTGTCTCGCACAGGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=33;WE=99098478;WS=99098460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr13	99098882	rs2281766	A	C	9748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=167;NR=108;PP=2965;SC=GCAGAAGCTGACCCCGAAAAG;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=277;TCF=167;TCR=110;TR=275;WE=99098890;WS=99098872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr13	99100547	rs12261	T	C	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=43;PP=1660;SC=ACGTGTTGAGTCACAAAGAGT;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=90;WE=99100555;WS=99100537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr13	99112468	rs112280830	T	TGCCTGAC	6270.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=30;PP=2969;SC=CGCAAGGTGGTGCTGACAGCC;SOR=2.009;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=86;TCF=54;TCR=32;TR=74;WE=99112476;WS=99112458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr13	99112680	rs4771305	C	T	6548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=129;PP=2965;SC=AAGGCCTCTTCGGGATGTCTT;SOR=1.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=57;TCR=129;TR=186;WE=99112688;WS=99112670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr13	99112754	rs4772083	TT	GC	2814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=35;PP=2183;SC=TGGCAATAATTTAATAAACCT;SOR=2.165;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=40;WE=99112763;WS=99112744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr13	99115838	rs56325686	TA	T	1111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,82:0.77:106
chr13	99115927	rs2296149	A	G	7748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=83;PP=2965;SC=TGCTTGGGTCACTCAGGGGCC;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=85;TCR=84;TR=167;WE=99115935;WS=99115917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr13	99336919	rs7331216	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=253;ReadPosRankSum=-1.085;SC=TCCTGCTACCTGGGGGCAGAG;SOR=0.976;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=20;WE=99336927;WS=99336909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr13	99354931	rs1768042	C	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=107;SC=CTCTGGAGGCCGGGCACAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=99354939;WS=99354921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr13	99356612	rs1339067	A	G	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=40;NR=45;PP=1523;SC=CGTCAGTTACAGCAGTGACTG;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=40;TCR=45;TR=85;WE=99356620;WS=99356602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr13	99361221	rs61087152	CT	C	174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=-0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=1.534;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr13	99361959	rs2297319	G	A	6910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=81;PP=2965;SC=TCTCAAAGACGACTCTGATCC;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=113;TCR=82;TR=194;WE=99361967;WS=99361949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr13	99363919	rs6145194	GGTTTT	G	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	99404743	rs4646208	T	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=0.130;SC=GTCGCCCCGCTTCCCGCCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=8;WE=99404751;WS=99404733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr13	99404761	rs4646207	C	T	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=-0.243;SC=GCCGCGTACCCTTCGCGCCTC;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=8;WE=99404769;WS=99404751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr13	99447005	rs812808	T	C	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=40;PP=1293;SC=GGGCAGATCTTGAGGACAGAA;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=86;WE=99447013;WS=99446995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr13	99448441	rs9554522	T	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=288;ReadPosRankSum=1.049;SC=AGAAAAATAATGTTTAAAAAT;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=23;WE=99448449;WS=99448431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr13	99448608	rs9554523	C	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=306;ReadPosRankSum=0.831;SC=TTCCACTGTGCCAGACTGAAG;SOR=0.731;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=31;WE=99448616;WS=99448598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,39:0.31:124
chr13	99448623	rs9554524	A	G	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=370;ReadPosRankSum=-1.266;SC=CTGAAGGACGATAATGGAGGG;SOR=0.699;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=29;WE=99448631;WS=99448613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,36:0.34:105
chr13	99449579	rs1289314	T	C	6872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=79;PP=2965;SC=CAGCATCTCCTTCCCGAATGA;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=87;TCR=82;TR=164;WE=99449587;WS=99449569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
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chr13	99457552	rs7990741	T	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.536;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=228;ReadPosRankSum=0.241;SC=ACATTTTATTTGTAAATATAA;SOR=0.362;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=15;WE=99457560;WS=99457542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
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chr13	99460173	rs772306	T	A	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=583;ReadPosRankSum=-1.183;SC=CTAAAAATCCTGCTGAAATGG;SOR=0.633;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=33;WE=99460181;WS=99460163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,39:0.63:62
chr13	99461532	rs371432796	GTTTTT	G	954.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=209;ReadPosRankSum=-0.370;SC=CTTTATTATAGTTTTTTTTTT;SOR=0.643;SbPval=0.93;Source=Platypus;TR=19;WE=99461544;WS=99461522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,29:0.28:103
chr13	99462477	rs12859979	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=4.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.082;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,65:0.29:224
chr13	99462593	rs2282134	C	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=33;ReadPosRankSum=-0.313;SC=TTATGGGGAACGTGACATGGC;SOR=0.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=5;WE=99462601;WS=99462583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr13	99462609	rs1290519	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=274;ReadPosRankSum=0.978;SC=ATGGCACCCGTTGCAGAATGC;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=99462617;WS=99462599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr13	99498683	rs3842311	TA	T	904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.618;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.821;SC=AAAAGACATGTATTTTTTTTA;SOR=0.884;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=27;WE=99498691;WS=99498673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,58:0.56:103
chr13	99532622	rs6491460	G	A	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=7;PP=670;SC=GAACACAGTGGTGTTTTGCAG;SOR=2.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=33;WE=99532630;WS=99532612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	99534048	rs6491461	G	A	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=24;PP=1126;SC=TTTCTTAAATGTAATGTTCAG;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=49;WE=99534056;WS=99534038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr13	99536031	rs9517474	G	A	5301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=77;NR=45;PP=2397;SC=TTTGTCACAGGGCAGCAACTG;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=77;TCR=45;TR=122;WE=99536039;WS=99536021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr13	99536215	rs2296996	C	T	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.34;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr13	99536220	rs2296997	A	G	2103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.75;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr13	99537202	rs2274641	C	A	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	99537217	rs2274642	G	T	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=17;PP=825;SC=TCTTAAAATGGGACATACCCT;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=99537225;WS=99537207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	99538711	rs6491465	C	G	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=7;PP=1027;SC=CTTGAATTTTCCTTTACCAGG;SOR=2.221;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=42;WE=99538719;WS=99538701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr13	99538935	rs6491466	C	G	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=51;PP=1367;SC=AGAAATTAAACTTGGATATAT;SOR=1.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=74;WE=99538943;WS=99538925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr13	99540395	rs1928104	A	G	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=498;SC=GTGAACATATATTAAAAAAAA;SOR=1.819;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=99540403;WS=99540385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	99540500	rs2274643	A	G	3858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=35;PP=1739;SC=ACAAAACAGAATAAGAAAAAA;SOR=1.264;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=100;WE=99540508;WS=99540490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr13	99555187	rs35240640	AT	A	1558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.856;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.291;NF=19;NR=23;PP=708;ReadPosRankSum=1.731;SC=ACCTCTGCCTATTTTTTTTTT;SOR=0.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=42;WE=99555196;WS=99555177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chr13	99573165	rs7995432	T	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5008;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=146;ReadPosRankSum=-1.641;SC=TAAGCACTACTGCAGATAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=13;WE=99573173;WS=99573155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr13	99574524	rs7983462	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=104;ReadPosRankSum=-0.468;SC=TTTACTGAAGCACCCATTGAC;SOR=0.613;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=11;WE=99574532;WS=99574514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr13	99575775	rs7989935	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.545;SC=CATCTATGCCCTTGCTTTTCA;SOR=0.422;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=10;WE=99575783;WS=99575765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr13	99578265	.	T	C	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=34;QD=17.1928031368;SC=GGCATACCCATAGAAACATCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=4;WE=99578273;WS=99578255;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,4:0.24:17
chr13	99582285	rs73560681	T	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=213;ReadPosRankSum=0.101;SC=AAAATTCACATTATTCTATTT;SOR=1.402;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=13;WE=99582293;WS=99582275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr13	99667982	rs4772168	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=535;ReadPosRankSum=2.563;SC=TCACCGGTACTGGAACAGAAG;SOR=0.963;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=37;WE=99667990;WS=99667972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,37:0.79:47
chr13	99853443	rs7338947	T	G	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=46;PP=1589;ReadPosRankSum=-0.654;SC=CCCCAGGTGCTCTGCCCAGGA;SOR=0.324;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=79;WE=99853451;WS=99853433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,130:0.99:131
chr13	99890849	.	G	GT	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.442;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.331;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr13	99966516	.	CT	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.498;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr13	99970429	rs56695114	CT	C	1924.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=40;PP=846;SC=TCTCACCATTCTTTTTTTTTG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=42;WE=99970437;WS=99970419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	99992487	rs1927725	T	C	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=18;PP=1071;SC=CCGTGTGCAGTGTCTGGAGGC;SOR=1.536;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=99992495;WS=99992477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr13	100170081	rs142214854	ATCTTTTTTTTAATGTT	A	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=955;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TAAAAATGTGATCTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=100170104;WS=100170071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr13	100199224	rs3751373	C	T	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=5.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,116:0.74:156
chr13	100515161	rs10648017	A	AGACTT	1722.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=1174;ReadPosRankSum=-1.320;SC=CTCAGGTCAAAGACTTAAATA;SOR=0.918;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=22;WE=100515169;WS=100515151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,40:0.58:69
chr13	100518580	rs3783185	A	G	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=384;ReadPosRankSum=-1.057;SC=TCTCCAAGCCATAGATCTGGT;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=32;WE=100518588;WS=100518570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,62:0.66:94
chr13	100523386	rs3742254	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=564;SC=GAAACAAATATGTTGTGTGAA;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=100523394;WS=100523376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr13	100537221	rs912283	T	C	8045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=71;PP=2965;SC=ACTTGTGTCCTTCTATTCAGG;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=181;TCF=110;TCR=71;TR=181;WE=100537240;WS=100537211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr13	100537232	rs912284	T	C	8525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=110;NR=80;PP=2965;SC=TCTATTCAGGTAGGTCGGTAT;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=111;TCR=80;TR=190;WE=100537240;WS=100537211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr13	100537376	rs912285	G	A	3342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=76;PP=2060;SC=GAGGCCTGGCGCCTCCCCACA;SOR=1.769;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=24;TCR=76;TR=100;WE=100537384;WS=100537366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr13	100622667	.	T	TGGC	188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.722;ClippingRankSum=0.000;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=2.646;QD=1.85;ReadPosRankSum=1.128;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,13:0.13:102
chr13	100638090	rs34544768	G	GT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.982;SOR=1.406;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr13	100755044	rs2184382	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.039;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr13	100807434	rs9585365	A	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.29;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,30:0.73:41
chr13	100807450	rs9585366	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=526;ReadPosRankSum=-0.589;SC=ATTGAAAATGCTGTTGCAGTT;SOR=1.655;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=26;WE=100807458;WS=100807440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr13	100809645	rs35055557	G	A	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=488;ReadPosRankSum=1.312;SC=AGAAAGCAGTGTGGTAGCATG;SOR=0.682;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=36;WE=100809653;WS=100809635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,54:0.69:78
chr13	100888122	rs538229	A	G	3588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=61;PP=1971;ReadPosRankSum=0.130;SC=TCAGAATTGCAAGGGAAATTG;SOR=0.686;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=128;WE=100888130;WS=100888112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,171:0.65:265
chr13	100888234	rs539158	A	G	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.643;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=915;ReadPosRankSum=0.649;SC=TAATACTTTAATAGTTTTAGA;SOR=1.256;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=51;WE=100888242;WS=100888224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,53:0.63:84
chr13	100921056	rs4306370	A	G	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=52;PP=1524;SC=CCTAAGAAACATTTATAAAGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=100921064;WS=100921046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr13	100945533	rs9300598	G	A	6081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=82;PP=2624;SC=TTGAAATTCTGTGAAGGCTAT;SOR=0.920;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=138;WE=100945541;WS=100945523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr13	100945603	rs8002928	A	G	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=41;PP=974;ReadPosRankSum=-0.709;SC=TTCCAGAAAGATTTTAGAAAT;SOR=0.853;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=57;WE=100945611;WS=100945593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,89:0.82:109
chr13	101020695	rs9518061	A	G	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=36;NR=17;PP=936;SC=ATATAAAATTATTAACTCTTT;SOR=1.426;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=53;WE=101020703;WS=101020685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr13	101020926	rs10508043	T	A	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=414;ReadPosRankSum=1.499;SC=CTTTTGAATTTGTAGTACCTC;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=23;WE=101020934;WS=101020916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr13	101182211	rs3059677	CGGTGG	C	460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=363;ReadPosRankSum=0.240;SC=CGATGGGCTCCGGTGGGGTGG;SOR=1.368;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=9;WE=101182223;WS=101182201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr13	101286924	rs1890861	T	C	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	101286974	rs17475563	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=432;ReadPosRankSum=-1.500;SC=TAAATACTGCGCGACAGGAAA;SOR=0.679;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=27;WE=101286982;WS=101286964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr13	101287365	rs946838	T	C	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=99;PP=2462;SC=GGACACGCTCTGCGACCACGA;SOR=1.559;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=37;TCR=100;TR=136;WE=101287373;WS=101287355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr13	101287404	rs2297943	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=345;ReadPosRankSum=1.048;SC=GGTTACTCGCGGGGAGAAATG;SOR=0.587;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=23;WE=101287412;WS=101287394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr13	101289969	rs3809372	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.374;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;ReadPosRankSum=-2.386;SC=GCAAGGACATCGCAAAGCCCC;SOR=0.805;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=171;TCF=87;TCR=84;TR=50;WE=101289977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,71:0.27:263
chr13	101289998	rs7985718	C	A	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=2.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.399;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,52:0.23:223
chr13	101308796	.	CT	C	92.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.57;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr13	101308836	rs11315434	AC	A	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=18;PP=175;ReadPosRankSum=-0.884;SC=TCACTCTGCCACCCAGGCTGG;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=19;WE=101308844;WS=101308826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr13	101316313	rs1298168	C	T	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=0.192;SC=GCCACGCTGGCCTTCTCTGCA;SOR=0.193;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=8;WE=101316321;WS=101316303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr13	101321067	rs2791680	T	C	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.540;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr13	101712426	rs2274085	G	T	376.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=275;ReadPosRankSum=0.404;SC=CCTGCATGACGGGTGACCTCT;SOR=1.230;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=15;WE=101712434;WS=101712416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr13	101720300	rs1289556	T	G	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.460;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=33;PP=746;ReadPosRankSum=1.075;SC=TGTTCCATATTATTTGAAAGT;SOR=0.591;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=189;TCF=79;TCR=110;TR=60;WE=101720308;WS=101720290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,105:0.35:296
chr13	101727043	rs34229756	C	CAG	846.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=72;PP=980;ReadPosRankSum=1.082;SC=AGCGGGGAGACAGAGAGAGAG;SOR=0.818;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=134;TCF=3;TCR=131;TR=74;WE=101727054;WS=101727033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,40:0.30:132
chr13	101727071	.	C	CAG	1020.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr13	101735026	rs12430032	T	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.204;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=336;ReadPosRankSum=-0.053;SC=ACCGCTTAAGTAGGAAATATC;SOR=0.957;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=21;WE=101735034;WS=101735016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,27:0.60:45
chr13	101735211	rs17677552	G	A	3838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=1764;ReadPosRankSum=-1.109;SC=CCAAAGGTACGGTCACCGGGT;SOR=0.681;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=153;TCF=77;TCR=76;TR=106;WE=101735219;WS=101735201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,175:0.69:253
chr13	101735315	rs17484482	A	G	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=45;PP=1496;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CCACTTTGCCATTGACAGTGA;SOR=0.595;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=145;TCF=81;TCR=64;TR=100;WE=101735323;WS=101735305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,110:0.67:165
chr13	101735355	rs17581591	C	T	3647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=50;PP=1809;ReadPosRankSum=-1.358;SC=AGAACATAACCGTGAATGCAT;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=94;TCR=73;TR=114;WE=101735363;WS=101735345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,168:0.68:246
chr13	101736075	rs686141	A	G	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	101747878	rs609246	C	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr13	101747984	rs9513851	G	A	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=5.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,17:0.20:85
chr13	101753023	rs113145864	C	CTG	3631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=14;PP=1952;SC=CCTTGACCTCCAGTTTCAAGT;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=37;WE=101753033;WS=101753013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr13	101753025	rs57703343	GT	G	3631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=14;PP=1528;SC=TTGACCTCCAGTTTCAAGTAA;SOR=2.055;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=36;WE=101753033;WS=101753013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr13	101755813	rs7331375	C	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=536;SC=TTGTACGTGCCATCTGTTAAC;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=101755821;WS=101755803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	101757036	rs41281138	G	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=2.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,76:0.37:203
chr13	101763582	rs66537139	G	GA	1040.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.844;NF=3;NR=25;PP=421;ReadPosRankSum=0.638;SC=CAAGCTCTAGGAAAAAAAAAG;SOR=0.915;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=28;WE=101763590;WS=101763572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,59:0.60:99
chr13	101777045	rs9518313	A	G	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=779;ReadPosRankSum=-0.485;SC=GAAAATGATAAGAGTATGACT;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=58;WE=101777053;WS=101777025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,78:0.70:112
chr13	101795244	rs146138824	C	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CTTACACGGGCAAATGCAAAA;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=7;WE=101795252;WS=101795234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr13	101795317	rs673213	A	C	2327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=20;PP=1221;SC=AAATCATTTTATTTTCATTAT;SOR=1.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=66;WE=101795325;WS=101795307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	101795373	rs17484928	C	A	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,104:0.66:158
chr13	101795422	rs661585	A	G	4785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=57;PP=2022;SC=TCGAAACAGCAGATCTTACTT;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=112;WE=101795430;WS=101795412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr13	101833386	rs9582462	A	C	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=11;PP=753;SC=ATTTTGAAGCATTTAGACTTG;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=101833394;WS=101833376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	101833450	rs896560	C	T	2515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=31;PP=1211;SC=CACTACTTATCGAAGATTGTG;SOR=0.914;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=72;WE=101833458;WS=101833440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	101881777	rs3916906	G	A	6670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=63;PP=2936;SC=CCAGTTCTTCGACAAAGCAGA;SOR=0.987;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=91;TCR=63;TR=154;WE=101881785;WS=101881767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr13	101882016	rs145537012	ATTATT	A	938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=42.67;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	101944752	rs570252	C	T	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=460;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TGAGTCACAGCTGACTTTTGA;SOR=1.802;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=22;WE=101944760;WS=101944742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr13	102106564	.	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.463;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ACATAAGCACCAATTAAGTTA;SOR=0.869;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=13;WE=102106572;WS=102106554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr13	102227872	rs3916912	C	T	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=1.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,71:0.30:238
chr13	102235519	rs3918322	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.726;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr13	102235764	rs370279713	TA	T	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.880;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr13	102367888	rs9518501	G	A	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.953;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=18;PP=680;ReadPosRankSum=0.738;SC=TCATAATCATGATACCTATAT;SOR=1.088;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=51;WE=102367896;WS=102367878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,59:0.38:155
chr13	102368056	rs1436266	G	T	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=59;PP=1627;SC=CATTAGAACAGATAAATGCGA;SOR=1.309;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=91;WE=102368064;WS=102368046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr13	103257064	rs35697719	CAT	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=144;ReadPosRankSum=-0.541;SC=TATACACACACATATATATGT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=103257073;WS=103257060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr13	103257297	.	AT	A	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.106;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,26:0.27:95
chr13	103271206	rs4576935	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=348;ReadPosRankSum=0.121;SC=GGTAAACTTCGTGTATTTTAT;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=35;WE=103271214;WS=103271196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,56:0.33:172
chr13	103275386	rs2230854	T	C	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=406;ReadPosRankSum=0.166;SC=TTGTGACCAGTGGAGGTATCC;SOR=0.697;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=43;WE=103275394;WS=103275376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,76:0.31:248
chr13	103275495	rs17507043	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.727;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-1.234;SC=AGCTAGAGATCGTAGCTAAAG;SOR=0.307;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=11;WE=103275503;WS=103275485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr13	103282279	rs660832	A	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=0.666;SC=AGTAAAATGTATGGTACATAG;SOR=0.914;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=13;WE=103282287;WS=103282269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr13	103282299	rs660811	C	G	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=157;ReadPosRankSum=0.183;SC=GTAGACTTTCCTTGTTTCCTT;SOR=0.619;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=18;WE=103282307;WS=103282289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,23:0.30:77
chr13	103289338	rs2274463	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CCAACCAAACCAAGTCGCTAA;SOR=1.236;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=4;WE=103289346;WS=103289328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr13	103290535	rs613926	G	C	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=22;PP=748;ReadPosRankSum=-0.316;SC=ACCTTCCCCCGCTCTTTTAAA;SOR=0.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=188;TCF=117;TCR=71;TR=60;WE=103290543;WS=103290525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,76:0.27:284
chr13	103290574	rs614290	G	A	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=1.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.090;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,124:0.29:434
chr13	103292810	rs634293	G	A	1009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=584;ReadPosRankSum=0.683;SC=TTTATCTGTAGCATGTATTTC;SOR=0.935;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=39;WE=103292818;WS=103292800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,52:0.44:117
chr13	103295485	rs3831118	A	AT	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.057;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=248;ReadPosRankSum=0.013;SC=CATGGGAATTATCCCTAAGTG;SOR=2.121;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=10;WE=103295493;WS=103295475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr13	103295551	rs144831383	CTTCT	C	1162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,38:0.23:165
chr13	103296819	rs35462812	C	CAT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.921;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr13	103297435	rs10713633	CT	C	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=2.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.961;QD=4.45;ReadPosRankSum=-1.778;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,49:0.39:127
chr13	103301537	rs664660	G	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=-0.710;SC=ACTGCCCATCGTATACACTGT;SOR=0.747;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=14;WE=103301545;WS=103301527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,26:0.27:98
chr13	103301619	.	G	GT	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=100;QD=28.6;SC=TTTGGCTGAAGTATTTCTTCC;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=5;WE=103301627;WS=103301609;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr13	103307218	rs673424	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr13	103307322	rs677248	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=197;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AGCCCAAGCAATAGACCTGTT;SOR=1.287;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=16;WE=103307330;WS=103307312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,31:0.30:105
chr13	103307360	rs677179	G	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.310;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=275;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TGTTTCACGTGAGGCCTTTGT;SOR=1.075;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=27;WE=103307368;WS=103307350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,44:0.30:148
chr13	103307483	rs672129	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.574;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=326;ReadPosRankSum=-0.075;SC=ATGAGTCAGTGTGGAGATAGG;SOR=1.124;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=27;WE=103307491;WS=103307473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,42:0.32:133
chr13	103315948	rs9585959	G	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AAGACAAATAGTCTTTTTAAA;SOR=1.426;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=9;WE=103315956;WS=103315938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr13	103316113	rs7334625	G	A	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=176;ReadPosRankSum=0.300;SC=TGTTCATTCTGATATATCTTA;SOR=0.927;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=16;WE=103316121;WS=103316103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,24:0.29:83
chr13	103328579	rs665479	G	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=0.918;SC=TTAATTTTATGGTTAAAGCTA;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=7;WE=103328587;WS=103328569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr13	103328619	rs584710	C	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.145;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=170;ReadPosRankSum=-2.030;SC=ATTTTATAAACAAGCTTTATC;SOR=1.496;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=12;WE=103328627;WS=103328609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr13	103330718	rs3806	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=-0.721;SC=TAGTGAATGGGTATAAAAACA;SOR=0.720;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=12;WE=103330726;WS=103330708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr13	103338721	rs138041652	T	C	4233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=78;PP=2275;ReadPosRankSum=-1.427;SC=TTTTAAAAGATTGTATTGAAG;SOR=0.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=83;TCR=101;TR=142;WE=103338729;WS=103338711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,198:0.73:270
chr13	103339365	rs660207	A	G	1898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=1.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.46;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:234,114:0.33:348
chr13	103346659	rs7981120	G	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=20;PP=915;SC=TTTACTTGAAGATGTCATCGC;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=52;WE=103346667;WS=103346649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr13	103346806	rs2390760	C	G	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr13	103384824	rs9300756	G	A	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=45;PP=1862;SC=TGATCTTTACGTTTGGGAGAA;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88;WE=103384832;WS=103384814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr13	103385015	rs6491707	A	G	8442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=99;PP=2965;SC=CTTTAGAGATAGAAGATGCGG;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=129;TCR=100;TR=227;WE=103385023;WS=103385005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr13	103385299	rs7335290	A	C	5181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=59;PP=2562;SC=ACTTCGGAAGAAATTCCAGAA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=121;WE=103385307;WS=103385289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr13	103385798	rs7983175	T	C	6615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=79;PP=2965;SC=TCCTTTTGAATTTGCAGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=81;TCR=80;TR=160;WE=103385806;WS=103385788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr13	103386116	rs7982465	C	G	8002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=112;NR=114;PP=2965;SC=TTCTTCTGACCTGACTCGTGA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=113;TCR=114;TR=226;WE=103386124;WS=103386106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr13	103386283	rs7982670	A	G	8039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=101;PP=2965;SC=TTGAGGGTACATGGAGAGTTC;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=198;TCF=97;TCR=101;TR=196;WE=103386291;WS=103386273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr13	103388220	rs9300758	A	G	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=64;PP=2493;SC=AATGAAGCAGATTTCCTCGGA;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=117;WE=103388228;WS=103388210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr13	103391634	rs7322112	C	T	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=43;PP=1864;SC=AGGCCCATTACATCTTTCACA;SOR=0.822;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=92;WE=103391642;WS=103391624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr13	103394003	rs1449707	G	A	8182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=104;PP=2965;SC=CTCCTGGCAAGTCTTCTGTTG;SOR=0.706;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=208;WE=103394011;WS=103393993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr13	103394613	rs9585986	T	G	7111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;PP=2965;ReadPosRankSum=1.740;SC=TGGGAAACTGTTATTCTTTTT;SOR=0.969;Source=Platypus;TCF=64;WE=103394621;WS=103394603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,276:0.99:278
chr13	103394716	rs9585987	T	C	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=47;PP=1406;SC=GAGAAATAGATGTGTAGGGAT;SOR=0.873;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=82;WE=103394724;WS=103394706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr13	103395819	rs1375720	C	T	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=64;PP=1979;SC=GTAAACTGCCCACTGATTTTA;SOR=1.550;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=90;WE=103395827;WS=103395809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr13	103396716	rs6491708	C	G	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=34;NR=27;PP=1409;SC=GCAGTTTTCTCAGAAATAGAA;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=61;WE=103396724;WS=103396706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	103397583	rs9582626	C	G	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=51;NR=74;PP=2797;SC=TTTAACAATGCCTCCTGTTTC;SOR=0.930;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=51;TCR=75;TR=125;WE=103397591;WS=103397573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr13	103400083	rs1026158	G	A	12102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=142;PP=2965;SC=GTCTATCTGTGCTTTGCTTCA;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=294;TCF=152;TCR=142;TR=294;WE=103400091;WS=103400073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr13	103400729	rs12583104	G	A	6481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=96;NR=74;PP=2965;SC=TTTGCTTCCTGGGGAAATGAG;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=96;TCR=75;TR=170;WE=103400737;WS=103400719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr13	103402522	rs9300760	C	T	7041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=71;PP=2965;SC=GGCTTAGACACGTTTCCTCTA;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=90;TCR=71;TR=161;WE=103402530;WS=103402512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr13	103402772	rs9284197	T	C	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=8;PP=185;SC=CAAATGAATATTAGAATATAT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=103402780;WS=103402762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	103410782	rs1375719	T	C	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=21;PP=922;SC=GATGAATTAATAACTGACCAA;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=103410790;WS=103410772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	103410914	rs12855785	A	T	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=33;PP=1601;SC=CTTTTGGGGCAACTGTCTTCC;SOR=0.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=78;WE=103410922;WS=103410904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
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chr13	103474031	rs2148449	C	T	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=17;PP=1300;SC=AACATTGAGACAGGCTGTATT;SOR=1.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=50;TCR=17;TR=67;WE=103474039;WS=103474021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr13	103484060	rs2181676	G	A	4298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=73;PP=2021;SC=AAGCATTGACGTGTTTTAGAA;SOR=1.301;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=33;TCR=73;TR=106;WE=103484068;WS=103484050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr13	103484107	rs3825519	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr13	103491172	rs2281886	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=6.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,35:0.33:105
chr13	103491223	rs7337774	C	G	1206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=32;PP=859;SC=TAAGGACACACGGCTGTCTTT;SOR=2.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=40;WE=103491231;WS=103491213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	103491876	rs4771435	A	G	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=15;PP=896;ReadPosRankSum=-0.760;SC=AATTAGTACAATTAATTTCCC;SOR=0.608;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=76;TCF=57;TCR=19;TR=55;WE=103491884;WS=103491866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,66:0.71:93
chr13	103504517	rs1047768	T	C	8470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=104;NR=84;PP=2965;SC=GGGATCGCCATGGGAACTCAA;SOR=0.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=105;TCR=84;TR=188;WE=103504525;WS=103504507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr13	103506509	rs1535729	A	C	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=593;SC=AGCCCCGCCAAGGTTCCTTCC;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=103506517;WS=103506499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	103510896	rs3736865	C	T	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=20;PP=523;SC=AGCATTTCTACATCTCAGATT;SOR=4.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=103510904;WS=103510886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	103511301	rs4150299	T	C	7951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=73;PP=2965;SC=TGCCATTGGCTCTCCACATTC;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=163;TCF=88;TCR=75;TR=161;WE=103511309;WS=103511291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr13	103514091	rs7982448	T	C	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr13	103518769	rs6491716	T	C	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=609;SC=TACCACCTTCTTCAGACCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=103518777;WS=103518759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	103524762	rs4150360	C	T	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=61;PP=1704;SC=TCCTTTGCTTCTTAAAAGAGA;SOR=1.510;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=28;TCR=61;TR=89;WE=103524770;WS=103524752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr13	103527849	rs9514066	G	C	6287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=87;PP=2965;SC=TAAGGCAAAAGGAAAAACCCA;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=171;WE=103527857;WS=103527839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr13	103527930	rs9514067	G	C	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=85;PP=2596;SC=AGATTCTAAAGGAAAGAATAC;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=76;TCR=85;TR=161;WE=103527938;WS=103527920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr13	103528337	rs873601	G	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=293;SC=ATTAACTGGTGGCACGGTCTT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=103528345;WS=103528327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	103698363	rs2301157	A	G	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=5;PP=1128;SC=ATGAATTCCAATGAAATTCCA;SOR=3.958;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=45;WE=103698371;WS=103698353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr13	103698630	rs279940	C	T	5140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=109;PP=2965;SC=AATACACAGACAGTTAAGTAA;SOR=1.573;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=48;TCR=109;TR=155;WE=103698638;WS=103698620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr13	103701672	rs71640248	A	G	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.662;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=1119;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GCGAGCTGGAAAATGCTGTAG;SOR=0.923;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=96;TCF=55;TCR=41;TR=63;WE=103701680;WS=103701662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,109:0.61:180
chr13	103703579	rs8000956	T	C	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=24;PP=1380;SC=AGATTAAAATTCCCAATGTGA;SOR=1.158;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=68;WE=103703587;WS=103703569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr13	103705044	rs188096	A	C	12310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=118;NR=120;PP=2965;SC=ACAACGAGAGAAACCAGAGAT;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=239;TCF=118;TCR=121;TR=238;WE=103705052;WS=103705034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,475:1.00:475
chr13	106119446	rs2391191	G	A	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.553;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=336;ReadPosRankSum=0.047;SC=GGTTTTCAAAGGAGCATTCTT;SOR=0.394;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=23;WE=106119454;WS=106119436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,41:0.72:57
chr13	106142235	rs778294	C	T	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.349;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=297;ReadPosRankSum=-1.459;SC=CAACTGAGACCGGATCTCCTT;SOR=0.840;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=90;TCF=65;TCR=25;TR=24;WE=106142243;WS=106142225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,54:0.33:165
chr13	107145463	rs7995379	G	C	6871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=110;NR=64;PP=2965;SC=GCCCGTAGTCGCCGCTGACCT;SOR=1.041;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=110;TCR=64;TR=174;WE=107145471;WS=107145453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr13	107145829	rs3742160	A	T	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=488;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GTCCCAGTGCAGACGGACTGC;SOR=0.753;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=34;WE=107145837;WS=107145819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,42:0.40:105
chr13	107145904	rs3742159	C	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=-0.515;SC=CTGGACTTTGCCTCGCCAATA;SOR=1.112;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=8;WE=107145912;WS=107145894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr13	107209378	rs9587157	T	C	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=541;ReadPosRankSum=-0.401;SC=ACACTTTTCATGTATGCTTTA;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=42;WE=107209386;WS=107209368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,68:0.63:108
chr13	107862841	rs3751448	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=130;ReadPosRankSum=1.106;SC=CAAGGTTATATCAGTGAAAGG;SOR=2.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=8;WE=107862849;WS=107862831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr13	108183631	rs912446	A	G	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=0.038;SC=CCTCATGAATAGCTTGGGCCA;SOR=0.169;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=4;WE=108183639;WS=108183621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr13	108518444	rs1771137	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=415;ReadPosRankSum=-1.128;SC=AAGTCTCCAGGCGCCACACGG;SOR=0.660;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=50;TCR=89;TR=39;WE=108518452;WS=108518434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,57:0.28:203
chr13	108518658	.	CGCT	C	880	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=82;MMLQ=20;MQ=60.17;NF=17;NR=33;PP=880;QD=17.84;SC=CTGCTGCCGCCGCTGCTGCTG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=50;WE=108518668;WS=108518648;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:38,50:0.57:88
chr13	108518700	.	TGCTGCTGCTGCTGCC	T	2990	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=21;MQ=61.24;NF=16;NR=51;PP=2990;QD=20;SC=CTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=104;TCF=28;TCR=76;TR=67;WE=108518722;WS=108518676;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:37,67:0.64:104
chr13	108518715	rs3832903	CGCTGCTGCTGCT	C	4367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=3.874;NF=16;NR=52;PP=2976;ReadPosRankSum=2.123;SC=CTGCTGCTGCCGCTGCTGCTG;SOR=0.673;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=111;TCF=28;TCR=83;TR=68;WE=108518734;WS=108518676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,118:0.51:233
chr13	108955464	rs1224145	C	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr13	108959080	rs11381410	A	AT	342.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=1;PP=230;SC=CTATGTTAACATTTTTTTTTT;SOR=4.294;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=13;WE=108959088;WS=108959070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr13	109282072	rs927855	T	G	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=18;PP=1144;ReadPosRankSum=1.294;SC=CATGCAATAGTGCATCCTGAG;SOR=0.944;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=64;WE=109282080;WS=109282062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,83:0.70:119
chr13	109459020	rs9301323	G	A	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr13	109472601	rs2146327	G	C	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=7;PP=842;SC=CCGGCTGTTAGTTGGACAGCA;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=109472609;WS=109472591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	109472849	rs9521065	A	G	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=48;PP=1364;SC=CACAGCTACAAAGTGAGAGCT;SOR=1.384;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=71;WE=109472857;WS=109472839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr13	109472933	rs9514924	T	C	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=381;SC=TACGATGATATAGGCGATGTG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=109472941;WS=109472923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr13	109496928	rs7989802	C	T	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=53;PP=1488;SC=AAAACAAATGCGCACTAATTT;SOR=1.609;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=75;WE=109496936;WS=109496918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	109540969	rs7139741	G	T	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=248;SC=TTGAGCTTGGGTTCAAATAAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=109540977;WS=109540959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	109550246	rs1337935	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=172;ReadPosRankSum=1.134;SC=ATAGCATTCTATGAGCAGGAT;SOR=0.892;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=46;TCF=40;TCR=6;TR=12;WE=109550254;WS=109550236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr13	109550561	rs7322768	A	G	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=376;ReadPosRankSum=0.606;SC=CGCTATGGACACACTGTGTAT;SOR=0.795;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=26;TCR=78;TR=30;WE=109550569;WS=109550551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,38:0.27:142
chr13	109661359	rs3825491	C	G	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,104:0.35:298
chr13	109707945	.	T	G	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.624;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=308;ReadPosRankSum=1.375;SC=CCTGTCAAGGTAAATTCTTCT;SOR=1.004;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=24;WE=109707953;WS=109707935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr13	109717928	rs1431267	A	G	7147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=25.08;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr13	109793246	rs80260507	G	C	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.667;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=521;ReadPosRankSum=-2.098;SC=CGCTGTCCCCGCAGTACTCCA;SOR=0.837;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=121;TCF=48;TCR=73;TR=41;WE=109793254;WS=109793236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,77:0.30:254
chr13	109793474	rs28705148	T	C	12632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=102;PP=2965;SC=CGCCCAAGGTTCACCCAAAGC;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=132;TCR=102;TR=231;WE=109793482;WS=109793464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr13	109793720	rs7986595	A	C	8965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.098;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TCAGGGAAGCAGAAGGTAAGC;SOR=0.430;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=203;TCF=98;TCR=105;TR=199;WE=109793728;WS=109793710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,360:0.99:363
chr13	109831849	rs2038707	G	C	3984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=43;PP=2126;ReadPosRankSum=0.655;SC=TTTGGAACAAGGAGACACTGC;SOR=0.621;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=212;TCF=149;TCR=63;TR=140;WE=109831857;WS=109831839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,178:0.67:266
chr13	109832084	rs1033870	G	A	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=51;PP=1218;ReadPosRankSum=0.818;SC=TGGACTGGAGGGCTCAGCTGT;SOR=0.658;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=24;TCR=87;TR=66;WE=109832092;WS=109832074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr13	109858890	rs11430851	A	AT	1719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.379;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=1238;ReadPosRankSum=2.862;SC=AGGTGTTGCTATCACACTTCA;SOR=0.370;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=30;WE=109858898;WS=109858880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,53:0.72:74
chr13	110408608	rs1865434	C	T	3764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr13	110434310	rs11618950	G	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=576;ReadPosRankSum=0.347;SC=CCAAAAAGTGGGAGCAGTGAA;SOR=0.743;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=34;WE=110434318;WS=110434300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr13	110435231	rs1805097	C	T	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.901;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=198;ReadPosRankSum=-0.314;SC=TGAGGCGGCGCCCGGGCCCTG;SOR=1.071;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=19;WE=110435239;WS=110435221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,29:0.28:103
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chr13	110435953	rs4773092	A	G	4642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.035;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=62;PP=2326;ReadPosRankSum=1.855;SC=TGTCCCCGCCACAGGTGTAGG;SOR=0.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=117;WE=110435961;WS=110435943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr13	110436232	rs3742210	G	A	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=77;PP=2769;SC=AGCCGCCCCCGCTCGCCGGGA;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=151;WE=110436240;WS=110436222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr13	110807474	rs615742	T	C	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=38;NR=22;PP=1060;SC=GGCCAGGCTTTGAGGCATGCT;SOR=1.248;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=110807482;WS=110807464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	110807496	rs616089	T	C	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=27;PP=1173;SC=TGGAAGGGGATGGTTGGAGGA;SOR=1.115;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=69;WE=110807504;WS=110807486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr13	110817171	rs1816884	G	C	950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=529;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GCCCCTCTGGGCTCCCCATAC;SOR=1.247;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=32;WE=110817179;WS=110817161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr13	110819457	rs652572	A	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr13	110819460	rs1778817	G	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.68;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	110819586	rs589985	G	A	4406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=53;PP=1912;SC=CCCTAGACACGCAAAGAGGAG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=109;WE=110819594;WS=110819576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr13	110821834	rs1838557	G	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.30;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr13	110821844	.	A	AACACAC	471.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.13;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr13	110839550	rs536174	T	G	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	110843985	rs1373744	T	C	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr13	110844721	rs2241967	C	T	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=28;PP=906;SC=GCATAAAAATCTGTATAGGAA;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=110844729;WS=110844711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr13	110845314	rs685884	G	A	2468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=35;PP=1054;SC=AGAAGTCTCCGCAGTGCACTG;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=110845322;WS=110845304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr13	110847227	rs505050	G	T	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=467;SC=ATTCTAGGAAGAGATTGTGAA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=110847235;WS=110847219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	110850770	rs683309	T	C	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=633;SC=GGCACCCTGGTGTCTGCTTGC;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=110850778;WS=110850760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr13	110851014	rs496916	G	C	8704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr13	110856085	rs648263	A	G	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=354;SC=TCTCTCTTTAATATCTCTCAT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=110856093;WS=110856075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr13	110857823	rs482757	C	T	5833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=61;PP=2131;SC=CTTGTAAAAACCACAGAGAAA;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=119;WE=110857831;WS=110857813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr13	110857895	rs677877	A	G	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=54;PP=1664;SC=CCTGTAGAATAAAGATGTAAA;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=82;WE=110857903;WS=110857885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr13	110859316	.	G	GA	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.377;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.532;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr13	110859690	rs598819	A	G	2898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=24;PP=1551;SC=TTTTCTCTTTATCTTTTGGAA;SOR=1.336;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=76;WE=110859698;WS=110859680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr13	110859743	rs598893	C	T	6455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr13	110861785	rs645114	C	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.528;SC=CTGGGAGAGACAGCATTTTAA;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=15;WE=110861793;WS=110861775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,25:0.20:127
chr13	110864225	rs532625	A	T	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,31:0.23:133
chr13	110864396	rs626444	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.430;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr13	110866065	rs3737328	C	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=5;PP=515;ReadPosRankSum=1.541;SC=AAAAGGTGCCCGGCTCTGGAA;SOR=1.262;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=29;WE=110866073;WS=110866055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,31:0.63:49
chr13	110866265	rs9521650	G	A	6913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=99;PP=2708;ReadPosRankSum=-1.648;SC=TCCCACAGCCGTGCTTACCTT;SOR=0.756;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=275;TCF=127;TCR=148;TR=176;WE=110866273;WS=110866255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,334:0.65:512
chr13	110866346	rs34004222	G	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;ReadPosRankSum=0.172;SC=TTGTAACCCCGGGAGGCCTCT;SOR=0.972;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=178;TCF=71;TCR=107;TR=59;WE=110866354;WS=110866336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,64:0.29:217
chr13	110959356	rs9515185	C	G	300.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.09;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr13	111077197	rs4238272	G	A	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=62;PP=2595;SC=CCGGAGTAACGGGACCCAAGG;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=131;WE=111077205;WS=111077187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr13	111077400	rs58151684	AT	A	1972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=33;PP=1331;SC=TAGGCAATACATTTTGTGACT;SOR=1.512;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=35;WE=111077408;WS=111077390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	111077450	rs7326522	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=545;SC=TTTTGTTTATGACATAAAACA;SOR=2.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=111077458;WS=111077440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	111082157	rs3929758	C	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=400;SC=CAGTCATCCACATTACCATAG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=111082165;WS=111082147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr13	111090854	rs7983487	A	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=14;PP=916;SC=CGGTCTGGACACCATCGGGGC;SOR=1.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=53;WE=111090862;WS=111090844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	111090909	rs7984937	T	C	6552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=59;NR=38;PP=1811;SC=GTGGGCCCTGTTGGCTGGAGG;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=97;WE=111090917;WS=111090899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr13	111090924	rs7984100	G	A	7045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=46;PP=1803;SC=TGGAGGGGCCGCCCCTGGGTT;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=106;WE=111090932;WS=111090914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr13	111091157	rs9521759	C	A	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	111098110	rs7489705	C	T	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=31;PP=1283;SC=ATAATAATGCCATTGCAGTCC;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=74;WE=111098118;WS=111098100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr13	111098338	rs7988186	A	T	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=6;PP=131;SC=CCTAAAAAGTACAAGATCCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=111098346;WS=111098328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	111099057	rs45612833	G	A	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=7;PP=610;SC=GACGGTCCACGCTCGGGTTTC;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=111099065;WS=111099047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	111099122	rs7326449	G	A	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	111099338	rs35275552	T	TA	1000.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=23.27;SOR=1.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	111102865	rs72657934	G	A	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=38;PP=1167;SC=GGTCCCAGCCGGATGTTATTT;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=54;WE=111102873;WS=111102855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	111109157	rs28502737	G	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=15;PP=529;SC=CCATGGTGCCGATGCCCTGCG;SOR=0.798;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=25;WE=111109165;WS=111109147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr13	111109205	.	C	CTGCGTCTGCGTGGGACCCCAGGCGTCCGTGGGGCTGATGCCG	64.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.39;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,0:0:0
chr13	111109576	.	G	C	1309	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MMLQ=26;MQ=51.76;NF=42;NR=15;PP=1309;QD=23.5749335535;SC=CCGTGGGGCTGATGCCCTGCG;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=57;WE=111109584;WS=111109566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:14,57:0.80:71
chr13	111109618	.	G	C	2654	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=20;MQ=56.09;NF=85;NR=49;PP=2654;QD=20;SC=CCGTGGGGCTGATGCCCTGCG;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=143;TCF=86;TCR=57;TR=134;WE=111109626;WS=111109608;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,134:0.94:143
chr13	111109618	.	G	GATGCCCTGCGTCTGCGTGGGACCCCAGGCGTCCGTGGGGCTCATGCCCTGCGTCTGCGTGGGACCCCAGGCGTCCGTGGGGCTC	5428.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.366;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=23.096;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.91;MQRankSum=-2.637;QD=301.60;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=5.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,12:0.67:18
chr13	111109859	rs9515218	A	G	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=52;PP=2243;SC=GGTGAAATCCATCCCCCACTC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=109;TCF=57;TCR=52;TR=109;WE=111109867;WS=111109849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr13	111109960	rs9515219	T	C	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=66;PP=2212;SC=ATGGAGCCAGTGGTGCTGTCT;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=70;TCR=66;TR=136;WE=111109968;WS=111109950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr13	111110297	rs56074009	A	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.70;SOR=3.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr13	111110303	rs7319009	T	C	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.93;SOR=2.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	111110418	rs7325055	G	C	7865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=74;PP=2965;SC=AGAACATGGGGAGCACTTCCT;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=85;TCR=74;TR=159;WE=111110426;WS=111110408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr13	111110666	rs7326779	T	C	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.49;SOR=3.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	111110674	rs7325334	C	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.74;SOR=3.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	111111023	rs9521781	T	C	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=15;PP=1383;SC=AAGCACCAAGTGTGCCACCCA;SOR=2.026;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=69;WE=111111031;WS=111111013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr13	111111043	rs9521782	G	A	4573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=22;PP=1645;SC=AGCTCTCCCCGCTGCCTGATA;SOR=1.534;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=91;TCF=65;TCR=26;TR=87;WE=111111051;WS=111111033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr13	111111173	rs7990214	G	A	9297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=102;PP=2965;SC=AAGGTCTTCCGGGACTGCCAG;SOR=0.805;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=184;TCF=82;TCR=102;TR=182;WE=111111181;WS=111111163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr13	111111235	rs7990383	G	A	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=79;PP=2223;SC=AAAGGGGACAGAGGAGACCCC;SOR=1.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=36;TCR=79;TR=115;WE=111111243;WS=111111225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr13	111114554	rs41275110	G	A	8697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=98;PP=2965;SC=CTCTGGCCACGCGGCCCCTGG;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=211;TCF=112;TCR=99;TR=210;WE=111114562;WS=111114544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr13	111115467	rs9521786	G	A	3487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=43;PP=1410;SC=TCACAGCTCTGGAGGCTGAAA;SOR=1.504;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=20;TCR=43;TR=61;WE=111115488;WS=111115457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr13	111115480	rs9515223	C	T	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=37;PP=1088;SC=GGCTGAAAGCCGACATCAAGG;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=111115488;WS=111115457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr13	111117668	rs3803237	G	A	242.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=0;PP=224;SC=TCAGAATTCCGGGAAATGGGA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=111117676;WS=111117658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr13	111117745	rs3803236	C	T	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=12;PP=709;SC=ACTGAATTTTCACACAGGGTG;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=38;WE=111117753;WS=111117735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	111118221	rs1983932	T	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=752;SC=TCCCTGCCCATTTCAAAGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=111118229;WS=111118211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	111118546	rs1927350	T	G	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.260;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=955;ReadPosRankSum=0.442;SC=TGGCACAACATAGTGGCCTGG;SOR=1.160;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=44;WE=111118554;WS=111118536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr13	111118574	rs1927351	A	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	111118580	rs1927352	G	A	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.02;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	111118615	rs1927353	A	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=298;SC=ATTTAACCAAACCCCTCTTGT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=111118623;WS=111118605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr13	111119296	rs3803232	A	G	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr13	111121444	rs9559813	C	A	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.764;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=502;ReadPosRankSum=0.225;SC=GGCTGATATTCCCCCCAGCCT;SOR=0.600;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=40;WE=111121452;WS=111121434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,61:0.60:101
chr13	111121483	rs9559814	A	G	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=563;ReadPosRankSum=0.620;SC=TGAGATCCACATTAAGTCAGA;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=47;WE=111121491;WS=111121473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,95:0.62:152
chr13	111121620	rs9583500	C	T	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-3.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=297;ReadPosRankSum=-0.371;SC=AGGACCAGGGCCCAGGGGCTT;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=21;WE=111121628;WS=111121610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
chr13	111121717	rs9515229	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TTCCAGCGGGAACCTGTGTGT;SOR=0.859;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=6;WE=111121725;WS=111121707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr13	111130226	rs9559818	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=323;ReadPosRankSum=-1.779;SC=GTGTTTTCCTGATTCTCTAGA;SOR=0.342;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=22;WE=111130234;WS=111130216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr13	111132556	rs9521803	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.461;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=0.566;SC=ATTTGCTCCTCTTCCTGACAG;SOR=1.609;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=8;WE=111132564;WS=111132546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr13	111132820	rs1475438	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=141;ReadPosRankSum=0.965;SC=TCTGCTGGGCGCCTCTGTGGG;SOR=0.595;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=15;WE=111132828;WS=111132810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
chr13	111134780	rs3803229	G	A	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.001;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=161;ReadPosRankSum=0.920;SC=TTACATTGCCGAAATGTTACG;SOR=0.526;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=13;WE=111134788;WS=111134770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr13	111137167	rs1983930	T	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=11;PP=796;SC=CGTGCAGCCCTATGGCTCAGG;SOR=1.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=37;WE=111137175;WS=111137157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr13	111137906	rs9521806	G	A	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=8;PP=669;SC=TTCACAGCACGTAGGACAGCA;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=111137914;WS=111137896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	111143601	rs117412802	A	G	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=-0.784;SC=TTCTTTGGAGAGAAGGGAACA;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=8;WE=111143609;WS=111143591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,10:0.19:53
chr13	111143755	rs413756	T	C	3442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr13	111145427	.	TG	CA	2520	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=21;MQ=56.4;NF=39;NR=18;PP=2520;QD=20;SC=GACACCCCCATGGGTGAAATA;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=117;TCF=87;TCR=30;TR=57;WE=111145436;WS=111145424;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:60,57:0.49:117
chr13	111145676	rs2391833	G	C	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=70;PP=1754;SC=AGGTGTCGAGGGTGGGGACTC;SOR=1.279;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=109;TCF=36;TCR=73;TR=106;WE=111145684;WS=111145666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr13	111153934	rs378601	G	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=468;SC=TCCACCACAGGTGATGGTGTG;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=111153942;WS=111153924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	111154058	rs439831	T	A	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr13	111154061	rs409858	T	C	5612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.51;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr13	111154160	rs2281968	G	A	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=36;PP=1012;SC=TCTGTGCTTCGACATCTCTAG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=50;WE=111154168;WS=111154150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	111155363	rs406174	G	A	2161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=10;PP=1388;ReadPosRankSum=-0.754;SC=CCATGCCACAGACTTGCCAGA;SOR=1.251;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=54;TCR=11;TR=63;WE=111155371;WS=111155353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr13	111155428	rs401316	C	T	6916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=115;NR=67;PP=2965;SC=GGCCTTGGGGCCCTGTTTAAA;SOR=1.102;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=115;TCR=68;TR=182;WE=111155436;WS=111155418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr13	111155711	rs4773198	C	T	4474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=2.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.611;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,215:0.66:326
chr13	111155773	rs438758	T	C	5235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.11;SOR=1.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr13	111155773	.	TGGGGCG	CGGGGCA,CGGGGCG	1299	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=17,29;NR=50,81;PP=1299,410;QD=20.1860876845;SC=CTGGACCCACTGGGGCGGTGG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=29;TCR=82;TR=67,110;WE=111155787;WS=111155763;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.60:111
chr13	111155779	rs4773199	G	A	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,83:0.65:127
chr13	111156021	rs4773200	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr13	111156047	rs9284254	C	G	743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=392;ReadPosRankSum=0.696;SC=ACGGCTCAGGCCCGTTAGTGT;SOR=0.808;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=27;WE=111156055;WS=111156037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,36:0.68:53
chr13	111156153	rs9301460	G	A	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.16;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,110:0.70:158
chr13	111156411	rs414881	G	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=166;ReadPosRankSum=0.613;SC=CTGGCATTGCGTCCTCTTGTG;SOR=1.201;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=18;WE=111156419;WS=111156401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,24:0.38:63
chr13	111156499	rs4771683	C	T	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=43;PP=1974;SC=TTGCAGGTTTCCGTGGGGCTC;SOR=1.003;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=63;TCR=43;TR=105;WE=111156507;WS=111156489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr13	111156773	rs4771684	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=22;PP=572;SC=CTACACTCCTATGCCCAGCAG;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=111156781;WS=111156763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	111158874	rs445348	A	G	7508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=86;PP=2965;SC=CCATGTGCCCAGTGGGCATGA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=81;TCR=86;TR=166;WE=111158882;WS=111158864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr13	111164614	rs422733	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.11;ReadPosRankSum=-2.519;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr13	111164628	rs3074455	TAA	T	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr13	111176393	rs419244	A	G	9281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=109;PP=2965;SC=CCACGATGGCAAAGAGGCAGT;SOR=0.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=91;TCR=109;TR=200;WE=111176401;WS=111176383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr13	111176519	rs375814	G	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.671;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=320;ReadPosRankSum=0.128;SC=AGTACATGGAGCCCAGGCCGT;SOR=0.427;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=29;WE=111176527;WS=111176509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,46:0.41:112
chr13	111277810	rs330561	C	A	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=9;PP=232;SC=ACAGAGACGGCGGGGTGGAGA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=111277818;WS=111277800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr13	111293585	rs10709696	TG	T	260.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=310;SC=GCTCTTCTGTTGGCTGTGTTG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=111293593;WS=111293575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr13	111294920	rs11414164	G	GC	11549.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=120;PP=2969;SC=GATTGTGGATGCCCCCTCCCC;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=43;TCR=132;TR=158;WE=111294928;WS=111294910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr13	111296335	rs3818497	T	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=522;ReadPosRankSum=-1.954;SC=GTCCTGTCCGTACAAAACATG;SOR=1.995;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=22;WE=111296343;WS=111296325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr13	111298392	rs436462	A	G	5639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr13	111299718	rs2296661	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=420;ReadPosRankSum=-0.770;SC=GTGGCTCTCACGCCCTCCAGT;SOR=0.509;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=27;WE=111299726;WS=111299708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr13	111315249	rs7989346	G	A	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=886;ReadPosRankSum=0.911;SC=AGACAGGCCAGAAGACAAAGG;SOR=0.960;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=55;WE=111315267;WS=111315239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,73:0.68:107
chr13	111315287	rs78317917	C	T	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.047;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=976;ReadPosRankSum=-0.384;SC=CAGCCAGAGCCCTCCGTGGGT;SOR=0.868;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=32;WE=111315307;WS=111315277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,55:0.33:168
chr13	111315299	rs4622384	T	C	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=13;PP=976;ReadPosRankSum=0.117;SC=TCCGTGGGTGTGCCTGTTTTC;SOR=0.904;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=118;TCF=65;TCR=53;TR=34;WE=111315307;WS=111315277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,61:0.32:189
chr13	111315405	rs7993933	G	A	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.333;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,106:0.62:171
chr13	111315489	rs2296659	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=34;PP=1021;SC=CAGCAGATGCACCAAGAGGGA;SOR=1.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=45;WE=111315497;WS=111315479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	111315506	rs376834	A	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=479;ReadPosRankSum=-0.298;SC=GGGAGACAACAATTATAAAAG;SOR=1.832;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=23;WE=111315514;WS=111315496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr13	111319754	rs4628819	T	C	5475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=85;PP=2403;ReadPosRankSum=0.609;SC=CAATTTCGTTTTCATGATGTG;SOR=0.694;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=243;TCF=114;TCR=129;TR=164;WE=111319762;WS=111319744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,260:0.67:390
chr13	111340101	rs72661692	T	A	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.837;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=1207;ReadPosRankSum=0.814;SC=CCACGAGCAATGATTCCTTCA;SOR=0.600;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=75;WE=111340109;WS=111340091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,107:0.65:164
chr13	111350281	rs72661701	C	T	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=694;ReadPosRankSum=0.656;SC=GAAAATGTTCCTCAAGGACCT;SOR=0.695;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=171;TCF=82;TCR=89;TR=60;WE=111350289;WS=111350261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,107:0.31:341
chr13	111358488	rs3818496	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr13	111358498	.	G	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.466;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr13	111364877	rs144160325	A	AG	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.473;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.733;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr13	111365104	rs12875067	A	G	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=570;ReadPosRankSum=1.341;SC=GGTGTCCATGACACAGGGCGG;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=109;TCF=62;TCR=47;TR=42;WE=111365112;WS=111365094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,66:0.36:183
chr13	111368164	rs7338333	T	G	2863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=42;PP=1281;SC=GTGTCGCCCCTGCCCCTCTCC;SOR=0.990;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=71;WE=111368172;WS=111368154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr13	111368316	rs9555726	C	T	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=287;ReadPosRankSum=-0.840;SC=GGCCGCATCTCTGCTGACCCG;SOR=0.818;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=22;WE=111368324;WS=111368306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr13	111806245	rs61966721	A	G	7184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,338:0.61:551
chr13	111919882	rs117572629	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=329;ReadPosRankSum=-1.190;SC=CCCTTTGTGTCGCATTTCTCC;SOR=0.754;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=117;TCF=70;TCR=47;TR=32;WE=111919890;WS=111919872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,51:0.28:185
chr13	111932913	rs41275846	G	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=417;ReadPosRankSum=0.491;SC=TATTAGTGTCGTGCAACAACC;SOR=0.667;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=36;WE=111932921;WS=111932903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,75:0.33:225
chr13	111933098	rs2296353	C	G	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=339;ReadPosRankSum=0.595;SC=AGCAAGTGATCAGTTGCTTTA;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=17;WE=111933106;WS=111933088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr13	111953725	rs117689653	G	A	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=31;PP=991;ReadPosRankSum=0.914;SC=GAGCAGCTCCGTGTCCTCCTC;SOR=0.655;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=204;TCF=124;TCR=80;TR=81;WE=111953733;WS=111953715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,104:0.40:261
chr13	111953903	rs3742181	T	C	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=62;PP=1678;ReadPosRankSum=1.650;SC=CATCTTTAAATCTTTTTTTTC;SOR=0.488;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=153;TCF=54;TCR=99;TR=100;WE=111953911;WS=111953893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,136:0.65:208
chr13	111955465	rs1555751	T	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=308;SC=CTATAAGGGATGTCCTCAGTT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=111955473;WS=111955455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr13	111968379	rs75547346	C	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=210;ReadPosRankSum=0.772;SC=ATTAGGGGTCCGCCATCTGAC;SOR=0.582;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=17;WE=111968387;WS=111968369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr13	111973050	rs11841171	G	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=5;PP=709;SC=TGTTTTCCACGTGGAGTGGGA;SOR=2.621;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=111973058;WS=111973047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	111973098	rs12855715	T	C	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=18;PP=1057;SC=CCGCCTGGGATGTGAGGCGCA;SOR=1.539;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=111973106;WS=111973088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	111980478	rs2479955	A	G	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=949;ReadPosRankSum=-0.726;SC=AGCGGAGAGCAGAGTGGCTTT;SOR=0.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=56;WE=111980486;WS=111980468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr13	111992063	rs7329221	C	T	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.24;SOR=5.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr13	111992288	rs2253707	C	T	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.84;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr13	111992314	rs2253706	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr13	112297403	rs8000950	C	T	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=99;NR=35;PP=2534;SC=TCGTCCCCTACTGGGGCCAGC;SOR=1.585;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=134;TCF=99;TCR=35;TR=134;WE=112297411;WS=112297393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr13	112324912	rs1105513	T	G	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=444;ReadPosRankSum=-1.131;SC=GATTTGCACTTTGATAACTTA;SOR=3.014;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=23;WE=112324920;WS=112324902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr13	112722435	.	ATGGGCG	A	1326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.64;MQRankSum=1.081;QD=30.15;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr13	112723111	rs137969745	C	CGGGCGT	896.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.861;NF=2;NR=4;PP=243;ReadPosRankSum=-0.822;SC=GGCGCGGGCGCGGGCGTGAAC;SOR=1.112;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=6;WE=112723119;WS=112723101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr13	112723232	rs1056121	G	C	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.619;NF=3;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCGGCGCGGCGTGGCTTTTGT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=112723240;WS=112723222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr13	113032915	rs7324712	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=1.718;SC=CAGACTTCACATGTGGTACCT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=11;WE=113032923;WS=113032905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr13	113032962	rs9550063	G	C	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=0.843;SC=CGAAGGTCTCGAGGTTCCCAA;SOR=0.585;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=17;WE=113032970;WS=113032952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr13	113052388	rs2296895	A	G	1981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-3.393;QD=3.87;ReadPosRankSum=1.727;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,142:0.28:512
chr13	113052562	rs2296894	T	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=3.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.91;MQRankSum=-8.815;QD=4.28;ReadPosRankSum=-1.219;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,44:0.27:161
chr13	113053470	rs10816	T	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=360;ReadPosRankSum=0.399;SC=GGCATTGAGGTCAAAATTTCC;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=71;TCR=49;TR=34;WE=113053478;WS=113053460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,63:0.31:200
chr13	113055295	rs3742225	A	G	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=2.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.779;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr13	113088643	rs72670928	G	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=-0.276;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr13	113153114	rs9549532	T	C	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=16;PP=1364;SC=GGGCAGGAGATTTGTAATTCT;SOR=2.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=64;WE=113153122;WS=113153104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr13	113158599	rs3742226	A	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=4;PP=150;SC=ATCAGGAGTTAGAAACCAGCC;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=113158607;WS=113158589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	113158861	rs3832905	CATAT	C	2096.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=43.68;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr13	113170683	rs2182268	G	A	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=5;PP=701;SC=GGAGTTGCTGGAAACCGCACC;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=113170691;WS=113170678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	113170951	rs3861729	T	C	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=58;PP=1750;SC=TCAGTACAGGTCTCAATCTTT;SOR=1.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=95;WE=113170959;WS=113170941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr13	113199876	rs9549540	T	C	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=3;PP=517;SC=CTGTGTAAAATGTATATGGTA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=113199884;WS=113199867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr13	113201852	rs142738218	ATGGGAAAGTCGCGCG	A	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQ=62.65;NF=2;NR=3;PP=431;SC=AAAGACGTGCATGGGAAAGTC;SOR=2.147;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=5;WE=113201874;WS=113201842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr13	113202667	rs9550139	T	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=174;SC=ATTTTAATAATATGAAAAAAG;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=113202675;WS=113202657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr13	113210292	rs9550146	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=13;PP=749;SC=GCTCCTGGGCTGTACTTTAAA;SOR=1.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=113210300;WS=113210282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr13	113213494	rs68041328	GGAAAA	G	1067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=42.71;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	113213605	rs3818462	G	T	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=28;PP=955;SC=TGTCCCGACGGACACGACGCT;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=113213613;WS=113213595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr13	113219525	rs3783159	C	T	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=45;PP=1313;SC=AGTGTGGTAACTACAAACACC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=66;WE=113219533;WS=113219515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr13	113333684	rs7338610	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=331;ReadPosRankSum=-2.056;SC=CATCCTGGGACCTTGTTAGGA;SOR=0.741;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=22;WE=113333692;WS=113333674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,34:0.65:52
chr13	113439586	rs11616475	G	T	3487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.10;ReadPosRankSum=2.936;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,164:0.71:231
chr13	113459221	rs3742228	A	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GTAACACTACAAGAGTAAAAT;SOR=0.307;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=10;WE=113459229;WS=113459211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr13	113465109	rs9577843	G	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.134;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=-1.242;SC=TTTTACCCAGGTGCAGTGGCT;SOR=0.550;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=19;WE=113465117;WS=113465099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
chr13	113473598	rs34166778	CAT	C	2166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.485;NF=12;NR=18;PP=1110;ReadPosRankSum=2.556;SC=GGTGAGCTCACATGTCTTGTG;SOR=0.697;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=30;WE=113473607;WS=113473588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,63:0.31:200
chr13	113474348	rs9603957	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=288;ReadPosRankSum=-1.024;SC=AGGGTTTCCACGGCGGCTGCT;SOR=0.923;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=28;WE=113474356;WS=113474338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,30:0.28:108
chr13	113508565	rs138856735	A	G	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=486;ReadPosRankSum=0.058;SC=ACTTTTCTCTATGCTGTGTTT;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=33;WE=113508573;WS=113508555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,45:0.30:150
chr13	113512004	rs7325522	C	G	184.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=144;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TCGTAAATTACCTCTAAGTAG;SOR=1.402;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=113512012;WS=113511994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr13	113525952	rs1765767	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=3;PP=549;SC=GTGTTGGCACACAAGAAAAAT;SOR=2.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=113525960;WS=113525942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr13	113532476	rs869881	C	G	3404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=38;PP=1655;ReadPosRankSum=-0.803;SC=TTGCCTAAATCCTCACACCTT;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=94;TCR=59;TR=98;WE=113532484;WS=113532466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,153:0.64:240
chr13	113534907	rs9577174	T	C	5129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=46;PP=2434;SC=AGAGCAGCGATGGGCCCCTCC;SOR=1.203;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=129;WE=113534915;WS=113534897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr13	113534984	rs9577395	C	G	10688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=117;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.034;SC=GGCTGCTGGACGCCGCCCGTG;SOR=0.254;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=118;TCR=107;TR=224;WE=113534992;WS=113534974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,405:1.00:406
chr13	113563334	.	C	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=69;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CACCGCGCCCCGCCCATGCTT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=5;WE=113563342;WS=113563325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr13	113563351	rs2993328	A	G	867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=4;PP=576;SC=GCTTATGTTTATCCATGCTGC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=113563359;WS=113563341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr13	113563366	.	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=353;ReadPosRankSum=-0.566;SC=TGCTGCTCTCGGCTTTGCCGA;SOR=0.446;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=21;WE=113563374;WS=113563356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr13	113639862	rs2993287	G	A	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.52;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	113639869	rs3011543	A	G	3177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.40;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr13	113639872	rs3011542	A	G	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.33;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr13	113681400	rs3011512	G	T	2798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=55;PP=1393;ReadPosRankSum=0.006;SC=TCTGTATCCCGCACATTACAT;SOR=0.780;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=80;WE=113681408;WS=113681390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,126:0.70:180
chr13	113717022	rs7982214	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=1.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-1.336;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.689;SOR=0.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,30:0.17:179
chr13	113732707	rs145119738	C	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.660;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=611;ReadPosRankSum=-0.713;SC=AACTCCAGCTCCGAGGGCGGT;SOR=0.542;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=161;TCF=69;TCR=92;TR=56;WE=113732715;WS=113732697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,105:0.36:294
chr13	113735390	rs494129	T	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=538;ReadPosRankSum=0.753;SC=GCGTCCAGCCTGTGGGCTTTG;SOR=0.470;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=54;TCF=40;TCR=14;TR=37;WE=113735398;WS=113735380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr13	113738175	rs491455	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=557;ReadPosRankSum=1.767;SC=GCGTGGCTGCGGCGTCTCCAA;SOR=0.504;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=38;WE=113738183;WS=113738165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,45:0.67:67
chr13	113739518	rs546818	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=510;ReadPosRankSum=0.689;SC=ACCGTGGCCCGGCCTCCCCAG;SOR=0.968;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=25;WE=113739526;WS=113739508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,27:0.82:33
chr13	113740602	rs2873281	G	A	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.136;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=660;ReadPosRankSum=0.867;SC=CGCCGCCTCCGTGGAATACAC;SOR=0.831;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=169;TCF=79;TCR=90;TR=58;WE=113740610;WS=113740592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,91:0.33:277
chr13	113740706	rs1745949	A	G	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=33;PP=936;SC=GTCCCTAGATAAGCCCACTCC;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=39;WE=113740714;WS=113740696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr13	113741590	rs9604022	G	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.577;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,26:0.31:83
chr13	113741851	rs514181	C	A	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=679;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TCTGAGGTGGCCACGCTGACA;SOR=0.569;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=70;TCF=35;TCR=35;TR=43;WE=113741859;WS=113741841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,53:0.65:82
chr13	113742595	rs9324220	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=3.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=1.705;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,32:0.29:110
chr13	113742805	rs7986589	C	G	10036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=111;NR=95;PP=2965;SC=CACAGTCCCCCCATGCGCAAG;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=113;TCR=98;TR=206;WE=113742813;WS=113742795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr13	113743768	.	T	C	617	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=26;NR=9;PP=617;QD=18.6220346442;SC=TCTCATCCAGTCCGTCCGGGT;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=35;WE=113743776;WS=113743758;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,35:0.71:49
chr13	113744139	rs4907483	G	A	5427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.167;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=62;PP=2249;ReadPosRankSum=1.098;SC=TTCCTGCAGTGTGAAGAAGCT;SOR=0.825;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=224;TCF=128;TCR=96;TR=148;WE=113744147;WS=113744129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,259:0.65:401
chr13	113748690	rs7327099	C	T	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=22;PP=956;SC=TTTATGAACCCGGGAAGATGA;SOR=0.980;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=54;WE=113748698;WS=113748680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr13	113749475	rs2146752	G	A	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=87;PP=2045;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CATTGTTAATGTCAGAAGCAA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=58;TCR=139;TR=123;WE=113749483;WS=113749465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,145:0.61:237
chr13	113750586	rs12855893	G	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=378;ReadPosRankSum=1.591;SC=AGCTCCCACCGGGGCAGGGCG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=24;WE=113750594;WS=113750576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr13	113760034	rs561241	T	C	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.811;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=736;ReadPosRankSum=0.243;SC=AGCTGGGGTGTTCAGAGGACG;SOR=0.917;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=50;WE=113760042;WS=113760024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,70:0.71:98
chr13	113760228	rs6039	G	A	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=611;ReadPosRankSum=-0.046;SC=AGGTGCGTCCGGGGAGGTTTT;SOR=0.794;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=34;WE=113760236;WS=113760218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,59:0.68:87
chr13	113765235	rs2774033	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=-0.094;SC=GCGTGGGGCCGCCTGCGTCTC;SOR=0.424;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=18;WE=113765243;WS=113765225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr13	113769917	rs569557	G	A	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.656;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=21;PP=1226;ReadPosRankSum=0.782;SC=CACCCCGGGGGCTGGCTCTCG;SOR=1.003;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=127;TCF=87;TCR=40;TR=74;WE=113769925;WS=113769907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,104:0.59:177
chr13	113770068	rs6042	C	T	8373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.449;SC=GTCGGTGCCACGAGGGGTACT;SOR=0.740;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=338;TCF=167;TCR=171;TR=236;WE=113770076;WS=113770058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,389:0.71:549
chr13	113772707	rs6041	G	A	3744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=41;PP=1644;ReadPosRankSum=-1.197;SC=AAGGGCCTGAGGGGGGCTTCT;SOR=0.648;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=103;TCR=69;TR=102;WE=113772715;WS=113772697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,177:0.63:282
chr13	113773159	rs6046	G	A	4969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.474;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=78;PP=2337;ReadPosRankSum=0.291;SC=ACCCACTACCGGGGCACGTGG;SOR=0.635;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=213;TCF=99;TCR=114;TR=149;WE=113773167;WS=113773149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,230:0.74:310
chr13	113776947	rs563964	T	C	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=5;PP=667;ReadPosRankSum=0.395;SC=GATGAGGTTCTGCGGGGCCTC;SOR=0.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=33;WE=113776955;WS=113776941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,35:0.73:48
chr13	113777253	rs374448450	G	A	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.308;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=593;ReadPosRankSum=1.141;SC=AGTGCCCCTCGCCCTTCAGAC;SOR=0.483;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=23;TCR=57;TR=40;WE=113777261;WS=113777243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr13	113783711	rs146988946	G	GGGAGCCTGGGTGAAGA	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=2966;ReadPosRankSum=0.694;SC=ATAGGTGAGGGGGAGCCTGGG;SOR=0.804;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=8;WE=113783719;WS=113783701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr13	113783990	rs3211736	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=79;ReadPosRankSum=-0.873;SC=TCGCTGGCCCCGCTGCTCCGT;SOR=1.112;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=9;WE=113783998;WS=113783980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr13	113792754	rs2251102	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr13	113792893	rs2026160	C	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr13	113793849	rs3211770	G	A	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=614;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GTGGGCGGGGGAAGAAGTGAA;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=41;WE=113793857;WS=113793839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,72:0.63:114
chr13	113801737	rs5960	C	T	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr13	113801843	rs2031184	A	G	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=39;PP=1251;SC=GGCCGTGGTGAGGGGCACCGT;SOR=0.881;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=68;WE=113801851;WS=113801833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr13	113812962	rs2273971	G	A	1217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=14;PP=690;SC=CTGTCCCAGCGCTCCGGGTGG;SOR=1.203;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=37;WE=113812970;WS=113812952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr13	113818708	rs3024731	A	T	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=1.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr13	113818817	rs150762485	T	TC	4386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr13	113818900	rs564081	A	G	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=51;PP=1594;SC=AATCCTACACATGCAGCTGTG;SOR=1.052;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=82;WE=113818908;WS=113818890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr13	113833499	rs486407	G	A	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=619;SC=GTGTTCTAAAGGAGTAAAAAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=19;WE=113833507;WS=113833489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	113839747	rs515863	C	T	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=38;PP=1456;ReadPosRankSum=-0.834;SC=ATGTGGGAAGCCCAGGACAAT;SOR=0.912;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=95;WE=113839755;WS=113839737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,142:0.66:215
chr13	113852425	rs546686	C	T	5062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=92;NR=50;PP=2726;SC=GCTTCAAGCACAAGATAATGC;SOR=1.253;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=92;TCR=50;TR=142;WE=113852433;WS=113852415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr13	113854560	rs3751411	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=380;SC=ACCACAGTGTGCGTACATAGT;SOR=3.056;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=18;WE=113854568;WS=113854557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr13	113854600	rs3751412	T	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=11;PP=874;SC=TGAAATTACATAAATCATAAA;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=113854608;WS=113854590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr13	113854715	rs3751413	C	T	6828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=70;PP=2965;SC=TCTGCAGACACCTGTGTGCAC;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=94;TCR=70;TR=163;WE=113854723;WS=113854705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr13	113862801	rs9549692	G	A	2525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=26;PP=1237;SC=CCGAACGGAAGAAGGGTGGCG;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=113862809;WS=113862791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr13	113888201	rs2146408	T	C	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=51;PP=1613;SC=TAACTCTGCTTGTTTCTTAGG;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=97;WE=113888209;WS=113888191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr13	113889474	rs2287250	C	T	10681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=130;PP=2965;SC=GTACCGTTTGCTCGCTGAGCG;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=246;TCF=116;TCR=130;TR=246;WE=113889482;WS=113889464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr13	113891075	rs2287253	G	A	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	113899004	rs3932499	C	A	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=8;NR=24;PP=550;SC=AAATACAAAACATTAGCCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=113899012;WS=113898994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr13	113900197	rs2302756	G	A	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=10;PP=750;SC=AAAATTACACGGTTTATTTTG;SOR=1.900;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=113900205;WS=113900187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr13	113917767	rs4907602	T	C	2012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=14;PP=1027;SC=TTTAATGCCATTGTAATTAGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=113917775;WS=113917757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr13	113951722	rs7983578	C	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=9;PP=263;SC=GCCCCCGCTCCCCGCACCGTA;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=113951730;WS=113951712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr13	113965002	rs71706094	AT	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.51;ReadPosRankSum=1.129;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,20:0.21:97
chr13	113965176	rs9577503	C	A	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.917;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=68;PP=2204;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CAGCTTCAGCCGGGGAGGTAG;SOR=0.895;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=113;WE=113965184;WS=113965166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,137:0.99:138
chr13	113978969	rs912010	G	A	2106.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=34;PP=1056;SC=TGGCAGGCAGGCAGACAGGCC;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=113978977;WS=113978959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr13	113999051	rs4406954	C	A	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.67;QD=27.91;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr13	114018038	rs9549753	C	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr13	114083421	rs148154052	A	AAG	5238.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.80;QD=37.42;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr13	114157846	rs9805588	G	A	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=538;ReadPosRankSum=-0.590;SC=GAGAATTTGGGGTGTTTTTTA;SOR=0.600;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=35;WE=114157854;WS=114157836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,57:0.60:95
chr13	114158078	rs9805651	G	T	284.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=224;ReadPosRankSum=-0.846;SC=AAAATATCAGGTTTGAAAGCG;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=114158086;WS=114158068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr13	114174889	rs113656124	T	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.875;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,36:0.24:150
chr13	114240067	rs113638790	CT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.815;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr13	114265305	rs4150729	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=0.136;SC=TTGTTGCTTTCCGCAGGCCGG;SOR=0.941;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=11;WE=114265313;WS=114265295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr13	114309226	rs11164142	G	A	5592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=2.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.98;ReadPosRankSum=0.843;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,271:0.68:400
chr13	114309393	rs72670606	A	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=184;ReadPosRankSum=-2.133;SC=CCCCCAAAACAGAAACCCCGT;SOR=0.910;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=13;WE=114309401;WS=114309383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr13	114312354	rs9285616	T	G	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=28;PP=1575;SC=GTACCCCACCTGGACAGGGTG;SOR=1.432;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=62;TCR=28;TR=90;WE=114312362;WS=114312344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr13	114312605	rs58459344	G	GA	1492.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=778;SC=GGCCAGGGCCGTTTATCAGCG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=114312614;WS=114312595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	114312606	rs58758822	T	G	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=497;SC=GCCAGGGCCGTTTATCAGCGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=114312614;WS=114312595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr13	114322289	rs9796035	A	G	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=54;PP=1799;SC=TCAGGGTCCTAGGGAAAGGGG;SOR=0.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=96;WE=114322297;WS=114322279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr13	114323889	rs57719047	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=183;ReadPosRankSum=-1.357;SC=AGCATGTTTGCGACTGCTCCG;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=15;WE=114323897;WS=114323879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr13	114323997	rs9796234	T	C	2983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.402;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=24;PP=1264;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CGTCTCACTTTTCAGGGTGCT;SOR=0.882;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=120;TCF=73;TCR=47;TR=72;WE=114324005;WS=114323987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,138:0.63:220
chr13	114435807	rs146696614	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,28:0.25:112
chr13	114453591	.	GTGTGTGTGCATGCC	G	2095.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.86;MQRankSum=7.968;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.908;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,69:0.29:242
chr13	114462517	rs58074269	CTCTCTG	C	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.417;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=1.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr13	114469434	rs68023809	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=513;ReadPosRankSum=0.079;SC=CCAAGGCAGAGGGGAATTGGG;SOR=0.570;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=37;WE=114469442;WS=114469424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,44:0.29:152
chr13	114471900	rs9604527	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=2.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=-0.526;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,19:0.23:81
chr13	114498034	rs9577895	G	A	299.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=216;ReadPosRankSum=-0.775;SC=AAGAAGCCCCGACCTCGAGCT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=114498042;WS=114498024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr13	114498362	rs28653123	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=384;ReadPosRankSum=0.355;SC=CTCCTCTCAGTAAGTCTCATT;SOR=1.358;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=20;WE=114498370;WS=114498352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr13	114502416	rs7400029	T	C	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=677;ReadPosRankSum=-0.335;SC=CTGAGATTCATGTGGGTTTTG;SOR=0.928;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=51;WE=114502424;WS=114502406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,83:0.71:117
chr13	114503915	rs9577890	CA	TG	2656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.14;ReadPosRankSum=-2.101;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,70:0.58:120
chr13	114503989	.	TA	CG	184	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=20;MQ=59.12;NF=1;NR=5;PP=184;QD=39.5779791437;SC=TGGGGACCCCTATATCTACAC;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=6;WE=114503998;WS=114503979;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,6:0.24:25
chr13	114507778	rs189379242	C	T	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.977;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=10;PP=1051;ReadPosRankSum=0.668;SC=GTCGAGGGTGCTGGGCTTTCT;SOR=0.481;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=88;TCF=74;TCR=14;TR=58;WE=114507786;WS=114507768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,75:0.68:110
chr13	114507836	rs7323732	A	G	8982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=1.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.64;ReadPosRankSum=-0.482;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,220:0.68:325
chr13	114507840	rs7332019	G	A	9364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.24;ReadPosRankSum=-0.653;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,251:0.68:371
chr13	114514918	rs34217684	T	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=11.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.779;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
chr13	114531565	rs8191975	C	G	5668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=59;PP=2668;ReadPosRankSum=-2.300;SC=CTCCCACGGTCAGGTTCAGAT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=143;TCR=95;TR=151;WE=114531573;WS=114531555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,256:0.64:399
chr13	114537698	rs28363802	G	A	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=2.306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=2.889;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,87:0.65:134
chr13	114541275	.	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr13	114542858	rs9604573	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=560;ReadPosRankSum=-0.467;SC=ATCATGTTCAGCTGCCCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=40;WE=114542866;WS=114542848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,49:0.61:80
chr13	114620051	rs11259844	C	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.79;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr13	114623880	rs7399982	G	A	19113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=749;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=203;NR=218;PP=2965;SC=CGTGTATTCAGTGCTGCTTCA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=423;TCF=203;TCR=220;TR=421;WE=114623888;WS=114623870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,743:1.00:743
chr13	114751040	rs71449038	G	A	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=7.349;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,19:0.23:83
chr13	114751359	rs10781677	A	G	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=231;ReadPosRankSum=0.050;SC=CCCCACCCACAGTACACATCC;SOR=0.507;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=15;WE=114751367;WS=114751349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr13	114758112	rs3737052	G	C	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=42;PP=1146;ReadPosRankSum=-0.367;SC=TTATTTAAACGATGCTTTTAA;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=63;WE=114758120;WS=114758102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,79:0.63:126
chr13	114765082	rs148651994	C	T	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=1.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.380;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,76:0.28:270
chr13	114772917	.	CA	TG	466	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=35;MMLQ=23;MQ=57.57;NF=12;NR=2;PP=466;QD=37.1048482044;SC=CCCTGCCGGACACCACCTTAC;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=14;WE=114772926;WS=114772907;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr13	114772933	.	T	TCC	646	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=22;MQ=58.58;NF=16;NR=6;PP=646;QD=30.9090909091;SC=CTTACCCTTCTCCCCTCCTGC;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=22;WE=114772941;WS=114772923;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,22:0.41:54
chr13	114773126	rs9562086	C	T	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,100:0.64:157
chr13	114774813	rs6560943	C	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=516;ReadPosRankSum=1.668;SC=AAGAGAACTCCGTCTCCTGAG;SOR=0.900;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=31;WE=114774821;WS=114774803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr13	114778593	rs7322518	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=537;ReadPosRankSum=0.162;SC=CTCAGAAAGCCTCGGTCCCTC;SOR=0.605;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=35;WE=114778601;WS=114778583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr13	114778859	rs146849472	C	CTCTCCCTCTCTCTG	1230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=2973;ReadPosRankSum=0.534;SC=GTGTCTGTCTCTCTCCCTCTC;SOR=0.605;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=12;WE=114778888;WS=114778849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr13	114780648	rs2274719	A	C	2438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.186;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=993;ReadPosRankSum=0.938;SC=GCGCTATGGCAGTTTCTCAGC;SOR=0.532;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=69;WE=114780656;WS=114780638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,111:0.70:158
chr13	114780764	rs2274717	A	G	3331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=50;PP=1383;ReadPosRankSum=-0.803;SC=CCCCAGACTCAGTGATGGCGT;SOR=0.879;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=87;WE=114780772;WS=114780754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,162:0.59:274
chr13	114781868	rs2274716	G	A	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.737;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=272;ReadPosRankSum=0.455;SC=AAAATGCCACGACAGCTCCCC;SOR=0.223;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=16;WE=114781876;WS=114781858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr13	114783444	rs7986543	A	G	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=320;ReadPosRankSum=1.935;SC=GTGAAAGAAAACCTGAATCAA;SOR=0.458;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=16;WE=114783452;WS=114783434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr13	114787031	rs2274713	T	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.938;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.335;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr13	114792842	rs3829340	C	T	3951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.008;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=43;PP=1600;ReadPosRankSum=0.373;SC=TTCCACTTAACGTTGACCCAT;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=163;TCF=96;TCR=67;TR=109;WE=114792850;WS=114792832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,186:0.63:296
chr13	114795107	.	GT	G	627	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=31;MMLQ=26;MQ=56.53;NF=9;NR=3;PP=627;QD=55.0;SC=CGTCATCCTGGTGGGCCAGGA;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=12;WE=114795115;WS=114795084;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,12:0.67:18
chr13	114806741	rs9525346	C	A	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.246;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=53;PP=1315;ReadPosRankSum=2.294;SC=TTGGGAGGCCCAGGGGGGAGG;SOR=1.463;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=95;TCF=21;TCR=74;TR=65;WE=114806749;WS=114806731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,77:0.66:116
chr13	114839462	rs41291225	T	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-4.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=143;ReadPosRankSum=0.849;SC=AAAATGTGGATGTGCACCCCA;SOR=0.073;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=12;WE=114839470;WS=114839452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr13	115010254	rs3211416	C	T	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=1.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr13	115039275	.	T	TA	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=1.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr13	115064549	rs190712941	G	A	2794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=48;PP=1168;ReadPosRankSum=-1.105;SC=GTATGAGTATGCCTATTTCAC;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=82;WE=115064557;WS=115064539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,129:0.71:182
chr14	19685269	rs376856717	C	T	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.76;QD=22.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	19685516	.	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.73;MQRankSum=1.180;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	20201561	rs4497603	C	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=2.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,81:0.23:346
chr14	20201972	rs4391979	A	C	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.335;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.250;NF=52;NR=70;PP=2364;ReadPosRankSum=-0.699;SC=ATGAGAATCAACAGAATTAGG;SOR=0.938;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=171;TCF=78;TCR=93;TR=122;WE=20201980;WS=20201962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,157:0.72:218
chr14	20202040	rs8011997	T	A	4901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.940;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=22.28;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,158:0.72:220
chr14	20202045	rs8006842	A	G	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,59:0.26:223
chr14	20202389	rs4641652	G	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,34:0.23:150
chr14	20202554	rs4393497	A	G	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=72;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TATCATGTATATTATAAAGTA;SOR=0.648;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=8;WE=20202562;WS=20202544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
chr14	20215448	.	C	T	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=18;MQ=61.53;NF=3;NR=0;PP=29;QD=21.2570708491;SC=CTATATTACCCGATAAAACTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=20215456;WS=20215438;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	20215501	rs12432072	G	A	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.727;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,5:0.23:22
chr14	20215561	rs71313488	T	TTCTC	476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-5.343;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.356;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,16:0.21:78
chr14	20215989	rs17210864	A	G	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=666;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-1.235;QD=2.16;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:523,136:0.21:659
chr14	20216298	rs12896533	T	C	11958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.027;NF=140;NR=164;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GAACAAGGTCTTCTCTACCTG;SOR=0.782;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=429;TCF=202;TCR=227;TR=304;WE=20216306;WS=20216288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,537:0.73:735
chr14	20216560	rs12435367	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,32:0.27:117
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chr14	20404767	rs2792145	A	G	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=636;ReadPosRankSum=-0.666;SC=ACTAGGGATCATTACGAAGGA;SOR=0.628;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=202;TCF=82;TCR=120;TR=61;WE=20404775;WS=20404757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,82:0.28:290
chr14	20404874	rs2792144	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=6.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.894;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr14	20443872	rs4499148	C	G	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;SC=TTCTGTTGGGCAACTTTCTCA;SOR=0.730;Source=Platypus;TC=97;TR=96;WE=20443880;WS=20443862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	20443943	rs4060024	A	G	5917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=57;PP=2965;SC=CTGCTTGCAAACCTGTCATTT;SOR=0.969;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=94;TCR=57;TR=150;WE=20443951;WS=20443933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr14	20444012	rs3861512	A	T	10678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.209;NF=145;NR=92;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TTTCTGGTTGAGCGCAAGACT;SOR=0.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=147;TCR=92;TR=237;WE=20444034;WS=20444002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,408:1.00:409
chr14	20444026	rs3861513	T	G	10991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=98;PP=2965;SC=CAAGACTATTTCTTTTGATGC;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=254;TCF=155;TCR=99;TR=250;WE=20444034;WS=20444002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr14	20444193	rs2318556	A	C	14104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=155;NR=192;PP=2965;SC=TCCTCATTTCATGGTTTGTGG;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=349;TCF=156;TCR=193;TR=347;WE=20444201;WS=20444183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,540:1.00:540
chr14	20444441	rs10135246	C	A	12271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=166;NR=134;PP=2965;SC=CGCTCCTCTGCAAGCATGGCG;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=302;TCF=166;TCR=136;TR=300;WE=20444449;WS=20444431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr14	20444588	rs2153466	T	C	19740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=179;PP=2965;SC=ATCTTCACGCTTATTTTAAAC;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=307;TCF=128;TCR=179;TR=306;WE=20444596;WS=20444578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr14	20444607	rs10135467	C	G	18259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=110;NR=162;PP=2965;SC=ACCCTGTAATCTACACGCTAA;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=274;TCF=110;TCR=164;TR=272;WE=20444615;WS=20444597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr14	20470317	rs12893791	A	G	4670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=44;PP=2328;SC=GTAGAGCCAGATCAAATGGAT;SOR=1.098;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=77;TCR=44;TR=120;WE=20470325;WS=20470307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr14	20470737	rs12587697	G	A	2989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.354;NF=52;NR=51;PP=1402;ReadPosRankSum=-1.350;SC=GTCATGAGTCGGGGGTTATGC;SOR=0.562;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=290;TCF=156;TCR=134;TR=103;WE=20470745;WS=20470727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,162:0.36:444
chr14	20470852	rs34315947	CT	C	10645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=165;PP=2983;SC=AGGTGGAAAACTTTTTTTTGT;SOR=0.876;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=222;TCF=47;TCR=175;TR=208;WE=20470860;WS=20470842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr14	20470903	rs12586792	T	C	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=54;PP=1283;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GCTGACACTTTTGTCATTGAA;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=110;TCR=145;TR=94;WE=20470911;WS=20470893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:274,147:0.35:421
chr14	20482471	rs12590785	C	T	3976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	20501962	rs2775261	G	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=216;SC=AAACAAGAGAGTGTCTCTTCA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=20501970;WS=20501952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	20502120	rs17277032	C	T	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=496;ReadPosRankSum=-0.640;SC=TTTTATCTACCGAGTATCTGC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=29;WE=20502128;WS=20502110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr14	20502506	rs140037435	G	C	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.493;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=553;ReadPosRankSum=0.996;SC=AGCACCCGTGGGCTCATGATG;SOR=0.656;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=78;TCR=88;TR=56;WE=20502514;WS=20502496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,85:0.36:233
chr14	20528359	rs1959630	G	T	12851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=161;NR=121;PP=2965;SC=TGACATGTAGGTCAACCCTTC;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=282;TCF=161;TCR=121;TR=282;WE=20528367;WS=20528349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr14	20528558	rs143026565	G	A	1521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=751;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GATAATCATGGCCTTTGACAG;SOR=0.824;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=80;TCR=99;TR=62;WE=20528566;WS=20528548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,88:0.33:267
chr14	20586042	rs8005245	G	C	2186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1211;ReadPosRankSum=-1.157;SC=CCATTTGTAAGCCCCTACACT;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=300;TCF=155;TCR=145;TR=88;WE=20586050;WS=20586032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:315,129:0.29:444
chr14	20586432	rs9323534	C	T	1724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=0.177;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,114:0.32:353
chr14	20642034	rs7143334	A	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=501;ReadPosRankSum=1.039;SC=AATCATCACTACCTTATTGTG;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=34;WE=20642042;WS=20642024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,44:0.40:110
chr14	20665790	rs4981822	T	A	8371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=86;PP=2965;SC=CCCATGTACATCCTGCTCGCC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=102;TCR=86;TR=188;WE=20665798;WS=20665780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr14	20665840	rs4981088	G	A	8839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;PP=2965;SC=CACCTCCACAGTCCCCAGCAT;SOR=0.705;Source=Platypus;TCF=100;WE=20665848;WS=20665830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr14	20665887	rs4981823	G	C	7784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=92;PP=2965;SC=AGATCATCTCGTTCTCTGGCT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=86;TCR=92;TR=178;WE=20665895;WS=20665877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr14	20666175	rs55781225	C	CA	13237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.165;NF=38;NR=165;PP=2975;ReadPosRankSum=0.083;SC=CTCTCACTTGCAAAAAAGGCC;SOR=0.858;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=225;TCF=46;TCR=179;TR=203;WE=20666183;WS=20666165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,522:0.99:526
chr14	20666556	rs2318886	C	T	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=25;PP=683;SC=AAGGTCCTTGCGTAATTAATC;SOR=1.775;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=32;WE=20666564;WS=20666546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	20666623	rs2318887	T	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	20692188	rs12891553	T	C	5932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.196;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=80;PP=2924;ReadPosRankSum=1.652;SC=CTCTCTGAGATTAAAACCATC;SOR=0.748;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=279;TCF=142;TCR=137;TR=174;WE=20692196;WS=20692178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,269:0.62:435
chr14	20692291	rs34693535	C	T	5881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=91;PP=2729;ReadPosRankSum=-0.525;SC=ATGATCGGTACCTGGCCATCT;SOR=0.651;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=264;TCF=132;TCR=132;TR=177;WE=20692299;WS=20692281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,267:0.65:412
chr14	20692453	rs17211285	G	T	3673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=1935;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TTGACCACTTGGTGTGTGACC;SOR=0.659;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=91;TCR=95;TR=123;WE=20692461;WS=20692443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,168:0.64:264
chr14	20692574	rs17277221	T	C	5441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.977;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=72;PP=2923;ReadPosRankSum=-0.155;SC=CTTGGGATCTTACACTCTGGT;SOR=0.708;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=234;TCF=124;TCR=110;TR=161;WE=20692582;WS=20692564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,240:0.66:361
chr14	20692595	rs61993884	G	C	5542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.699;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=76;PP=2902;ReadPosRankSum=-1.061;SC=CATCAGAGCTGTGCTTTGTAT;SOR=0.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=240;TCF=127;TCR=113;TR=168;WE=20692603;WS=20692585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,245:0.68:358
chr14	20692643	rs17277228	T	C	5131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=83;PP=2336;ReadPosRankSum=0.943;SC=TTTCTCCACATGTGGGTCCCA;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=252;TCF=127;TCR=125;TR=168;WE=20692651;WS=20692633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,237:0.68:350
chr14	20692999	rs11851950	T	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.494;SC=GCAGTTAAATTCAGCTCATTA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=20693007;WS=20692989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	20697589	rs61993889	C	T	3255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=33;PP=2886;ReadPosRankSum=0.635;SC=TCTACTGTGACGCAGTTTGTG;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=85;TCR=55;TR=86;WE=20697608;WS=20697579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,150:0.67:225
chr14	20697600	rs12434822	T	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=1779;ReadPosRankSum=0.775;SC=GCAGTTTGTGTTGTTGGGGTT;SOR=0.682;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=148;TCF=89;TCR=59;TR=55;WE=20697608;WS=20697579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,79:0.33:240
chr14	20757728	rs11628038	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=0.000;SC=TGGCTGGACCGGCTGTCCAGA;SOR=0.737;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=7;WE=20757736;WS=20757718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr14	20760066	rs1953549	T	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.133;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=485;ReadPosRankSum=1.111;SC=ATTATTTCTATATCTTTTATA;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=25;WE=20760074;WS=20760056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr14	20760349	rs11625081	GC	AA	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.252;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=405;ReadPosRankSum=-0.139;SC=GGAAAGAAGAGCAGAAACAGT;SOR=0.404;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=14;WE=20760358;WS=20760339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,21:0.29:73
chr14	20763446	rs1953551	T	C	4255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=68;NR=37;PP=1825;SC=AAGGGTAAAATGGGGGAAATC;SOR=1.172;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=68;TCR=37;TR=105;WE=20763454;WS=20763436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr14	20764585	rs1953552	A	C	2989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=67;PP=1256;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GATTGCTAGAAGCTTTTCTGT;SOR=0.959;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=177;TCF=72;TCR=105;TR=107;WE=20764593;WS=20764575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,151:0.58:259
chr14	20767618	rs2318864	G	A	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.165;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,107:0.59:181
chr14	20767706	rs945459	C	T	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=1.039;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,49:0.59:83
chr14	20769870	rs3825766	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=175;ReadPosRankSum=-1.387;SC=CTGAGAAGTAGTATTACGTTG;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=11;WE=20769878;WS=20769860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr14	20770036	rs3742945	T	C	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=22;PP=580;ReadPosRankSum=-1.465;SC=CATCTCCTTCTGCACATCCTG;SOR=0.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=47;WE=20770044;WS=20770026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,81:0.60:135
chr14	20784117	rs12889262	A	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=477;ReadPosRankSum=0.500;SC=TTACTTTTATACAGAAGAGAG;SOR=0.587;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=27;WE=20784125;WS=20784107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr14	20784718	rs1132644	G	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=52;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CTGAAGAGAGGCCTAAGAAGG;SOR=0.836;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=6;WE=20784726;WS=20784708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr14	20788652	rs11292211	TA	T	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=7.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.78;ReadPosRankSum=1.223;SOR=2.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
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chr14	20813289	rs2297616	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=327;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GTCTCTGGTAGGAGTGGATCT;SOR=0.831;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=19;WE=20813297;WS=20813279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr14	20813672	rs3093890	A	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=351;ReadPosRankSum=-3.873;SC=CTCAGAGAGCATCCTTTGTTA;SOR=0.746;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=28;WE=20813680;WS=20813662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,38:0.39:98
chr14	20815013	rs1713430	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-2.739;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,48:0.25:195
chr14	20818602	rs3093902	C	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=198;ReadPosRankSum=-1.088;SC=TAACTGGCACCTGTGACGAAG;SOR=0.542;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=17;WE=20818610;WS=20818592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr14	20819112	rs3093904	T	A	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=0.210;SC=CTTCTCCCTTTCCTGCCTGTT;SOR=1.402;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=7;WE=20819120;WS=20819102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr14	20820537	rs1760919	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=1.097;SC=CGAAAGAAACACATCTTCTTT;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=7;WE=20820545;WS=20820527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr14	20824181	rs3093930	T	C	7787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=118;PP=2910;SC=ATGAAAGTTATGAGTTCAAAG;SOR=1.110;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=181;TCF=61;TCR=120;TR=179;WE=20824189;WS=20824171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr14	20825013	rs878157	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=-0.674;SC=CTTTAAATTCCTAAAGATACC;SOR=0.223;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=20825021;WS=20825003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	20825321	rs10625811	T	TTTCAC	1960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.232;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=1420;ReadPosRankSum=0.591;SC=GAGACAGGAGTATGTCTGTGA;SOR=1.082;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=4;TCR=62;TR=18;WE=20825331;WS=20825311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,54:0.38:143
chr14	20825323	rs200223594	T	G	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.280;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=1427;ReadPosRankSum=0.826;SC=GACAGGAGTATGTCTGTGATC;SOR=1.004;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=25;WE=20825331;WS=20825311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,49:0.36:138
chr14	20825362	rs3093939	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.061;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=199;ReadPosRankSum=0.118;SC=GTTTTTTTCCGATGAGAAAAG;SOR=1.329;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=15;WE=20825370;WS=20825352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr14	20825965	rs2700	A	C	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.133;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=509;ReadPosRankSum=0.362;SC=GAATGTTGATATTAAATAAAC;SOR=0.361;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=93;TCF=18;TCR=75;TR=36;WE=20825973;WS=20825955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,45:0.39:115
chr14	20836923	.	GCA	G	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=199;ReadPosRankSum=0.425;SC=GCAGGCGCACGCACACACACA;SOR=0.732;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=7;WE=20836932;WS=20836913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr14	20842556	rs200181765	A	AC	852.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.606;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=466;ReadPosRankSum=0.305;SC=CCTTCCAGAGACCCCCCAGTG;SOR=1.165;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=17;WE=20842564;WS=20842546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,34:0.63:54
chr14	20846521	rs2297615	A	T	3320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=63;PP=1582;ReadPosRankSum=2.028;SC=CCCCAAGAGCAACACTGGACC;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=298;TCF=142;TCR=156;TR=121;WE=20846529;WS=20846511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,181:0.37:493
chr14	20854734	rs945011	A	G	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=27;PP=887;SC=CCCGCTCCCCATGCATGTCTC;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=20854742;WS=20854724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	20857306	rs201527652	T	TA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.411;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr14	20864049	rs2228026	A	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=227;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CGAGGGCATCAATGGCATCAT;SOR=0.741;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=22;WE=20864057;WS=20864039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,41:0.31:132
chr14	20864720	rs77610051	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.645;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,33:0.26:127
chr14	20864995	rs75786003	T	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=1025;ReadPosRankSum=1.174;SC=GAAGGATCACTTGAGCCCAGA;SOR=1.121;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=26;WE=20865016;WS=20864985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr14	20865008	rs4982042	C	G	812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.553;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=1025;ReadPosRankSum=0.682;SC=AGCCCAGAACCCAGGAATTAG;SOR=1.845;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=19;WE=20865016;WS=20864985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr14	20869019	.	A	AAATCGTTTTCAGT	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=1518;ReadPosRankSum=0.766;SC=CTTATAAATCAAATACAACAA;SOR=1.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=2;WE=20869027;WS=20869009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,3:0.14:22
chr14	20869819	rs2297612	A	T	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.634;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=28;PP=708;ReadPosRankSum=0.168;SC=GCAGATTGTAAGACCATCCGA;SOR=0.309;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=46;WE=20869827;WS=20869809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,77:0.72:107
chr14	20871645	rs8009925	C	A	2500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=38;PP=1196;SC=AAAAAGGGAACTGGCTGTCCT;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=66;WE=20871653;WS=20871622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr14	20874411	rs61734876	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.216;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,31:0.31:99
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chr14	20916249	rs2275008	T	C	4779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.374;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=66;PP=2131;ReadPosRankSum=0.449;SC=TCTGTCCCAGTTTTTTACTGC;SOR=0.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=198;TCF=101;TCR=97;TR=130;WE=20916257;WS=20916239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,217:0.66:331
chr14	20916958	rs938883	T	C	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=42;PP=1343;ReadPosRankSum=0.491;SC=GCAGCTCAACTAGCTTCTTGC;SOR=0.707;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=80;WE=20916966;WS=20916948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,138:0.67:205
chr14	20916987	rs938882	G	A	2950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=44;PP=1340;ReadPosRankSum=0.559;SC=GGGAATAAGCGTACGAGGCAC;SOR=0.607;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=60;TCR=65;TR=86;WE=20916995;WS=20916977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,135:0.70:193
chr14	20917442	rs938881	A	T	3090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=57;PP=1354;ReadPosRankSum=-0.698;SC=GTGATGAGGAAGTCCATGAAA;SOR=0.654;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=49;TCR=82;TR=92;WE=20917450;WS=20917432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,145:0.67:217
chr14	20919551	rs3120068	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.160;NF=3;NR=2;PP=48;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CCGCAACTTCCGCCTCCTGGG;SOR=0.804;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=5;WE=20919559;WS=20919541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr14	20919623	rs3120067	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.194;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=0.296;SC=TGCCACCACATCAAATTAATT;SOR=0.857;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=10;WE=20919631;WS=20919613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr14	20919667	rs3120066	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=-1.305;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr14	20919712	rs3120065	C	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr14	20920043	rs1320150	C	T	220.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=86;ReadPosRankSum=-1.080;SC=CATCTTTGTTCCTGACATTCC;SOR=0.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=20920051;WS=20920033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr14	20920250	rs2275007	T	C	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=308;ReadPosRankSum=0.135;SC=TATTCCACAGTTGGGCCACAG;SOR=0.821;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=20;WE=20920258;WS=20920240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr14	20920340	rs2275006	A	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=1.225;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr14	20920360	rs3215948	A	AG	556.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.31;ReadPosRankSum=0.275;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr14	20920749	rs1878703	C	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.198;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=315;ReadPosRankSum=0.070;SC=CACATTTTCACATCTACTCTT;SOR=0.148;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=18;WE=20920757;WS=20920739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr14	20925154	rs1130409	T	G	3692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=76;PP=2219;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CTATAGGCGATGAGGAGCATG;SOR=0.899;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=217;TCF=100;TCR=117;TR=136;WE=20925162;WS=20925144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,166:0.59:281
chr14	20942588	.	G	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=192;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGTGTTGCATGAAAATATAAT;SOR=0.826;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=17;WE=20942596;WS=20942578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,24:0.28:86
chr14	20978531	rs2319198	G	A	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=27;PP=1388;SC=GGAGACCCCAGATACAATGCT;SOR=1.189;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=78;WE=20978539;WS=20978521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	21024605	rs8014474	G	A	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=29;PP=1406;SC=CTCAGAGAACGCTCTGCTAGG;SOR=1.200;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=80;WE=21024627;WS=21024595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	21024619	rs1243647	A	G	3310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=33;PP=1637;SC=TGCTAGGGCGATATGACAAAG;SOR=1.225;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=89;WE=21024627;WS=21024595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	21024786	rs12590446	A	G	5319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=67;PP=2641;SC=TGGTATTTCAAATGCTTCTGT;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=129;WE=21024794;WS=21024776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr14	21052259	rs1429539	T	C	3376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=51;PP=1391;ReadPosRankSum=-2.629;SC=GCATCACTTCTGTGGAGCTGC;SOR=0.645;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=94;TCR=81;TR=107;WE=21052267;WS=21052249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,158:0.64:248
chr14	21058337	rs4981259	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=-0.303;SC=TCCCCTTCCGCTCAAGGCATT;SOR=0.804;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=6;WE=21058345;WS=21058329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr14	21074397	rs34721081	G	A	3412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;ReadPosRankSum=-0.554;SC=CATAACATGTGTCACCACACC;SOR=0.655;Source=Platypus;WE=21074405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,162:0.62:263
chr14	21074427	rs75294609	C	A	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;ReadPosRankSum=-0.110;SC=GTGGAACAAGCGGCCTTACGA;SOR=0.646;Source=Platypus;TCF=81;WE=21074435;WS=21074417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,135:0.59:228
chr14	21108748	rs11621507	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=1.307;QD=13.87;ReadPosRankSum=1.716;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	21108748	.	GC	AT	137	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=28;MQ=57.45;NF=4;NR=1;PP=137;QD=38.0935749724;SC=AGCTGAGATCGCGCCACTGCA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=21108757;WS=21108741;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,5:0.42:12
chr14	21108749	rs11621774	C	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=1.307;QD=13.87;ReadPosRankSum=1.714;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	21109141	rs17277522	C	T	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.003;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=778;ReadPosRankSum=0.705;SC=GGCCTTCTGACGGCCTGAAGC;SOR=0.983;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=158;TCF=89;TCR=69;TR=57;WE=21109149;WS=21109131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,76:0.34:226
chr14	21109170	rs11628297	T	A	7084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=98;NR=80;PP=2965;SC=TGCTCAGGACTGCCAGCACAA;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=98;TCR=80;TR=178;WE=21109178;WS=21109160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr14	21109278	rs11627438	A	T	3914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=61;PP=1827;ReadPosRankSum=1.405;SC=TGTTGGTGCAAGCCAGGCGGA;SOR=0.573;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=176;TCF=79;TCR=97;TR=115;WE=21109286;WS=21109268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,179:0.63:283
chr14	21109385	rs11622969	C	T	4174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.888;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=50;PP=1615;ReadPosRankSum=0.301;SC=AGCACAGGGACGAGTCCCCCC;SOR=0.756;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=183;TCF=95;TCR=88;TR=108;WE=21109393;WS=21109375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,194:0.63:310
chr14	21109671	rs11627574	A	G	4216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.207;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=66;PP=2190;ReadPosRankSum=0.287;SC=AGAAGTACATAGGGGTCTGTA;SOR=0.558;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=192;TCF=99;TCR=93;TR=128;WE=21109679;WS=21109661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,191:0.67:284
chr14	21109726	rs11622794	G	A	3565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=67;PP=1701;ReadPosRankSum=0.541;SC=CACATTGCCTGTCAGATTCAG;SOR=0.865;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=181;TCF=77;TCR=104;TR=111;WE=21109734;WS=21109716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,172:0.61:282
chr14	21109859	rs11156622	T	C	1138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=554;ReadPosRankSum=0.639;SC=ATTGTCTTTTTCACCTGTCCA;SOR=0.513;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=35;WE=21109867;WS=21109849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr14	21215600	rs17211691	A	G	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=233;SC=TCTAATATGGAACCAAATAGC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=21215608;WS=21215590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	21215692	rs10136680	C	T	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=11;PP=762;SC=CTGGTTAATGCTTTTCTTTCT;SOR=1.349;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=42;WE=21215700;WS=21215682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	21215728	rs10135976	G	C	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	21238318	rs3827905	G	A	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=26;PP=1106;SC=AGATGGCATCGTCTCTAAAGA;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=21238326;WS=21238308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	21238798	rs3827907	T	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=732;SC=ATTCAGTGCTTTCTAAGTAGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=21238806;WS=21238788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	21250366	rs7156801	T	C	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=21;PP=459;SC=ATTGCATCCATGTTTTCTTTT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=21250374;WS=21250356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	21360216	rs2073342	C	G	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=69;PP=2826;SC=TCAAACTGCACGTATGCAGAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=67;TCR=69;TR=136;WE=21360224;WS=21360206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr14	21387994	rs10459477	A	G	5780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=92;NR=63;PP=2702;SC=TGGAAAAACCAAAATACTTTT;SOR=0.934;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=158;TCF=92;TCR=66;TR=155;WE=21388002;WS=21387984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr14	21388266	rs3748340	G	C	11036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=126;PP=2965;SC=AGTTCACCTGGATACCATCAT;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=127;TCR=126;TR=253;WE=21388274;WS=21388256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr14	21388302	rs3748341	G	A	10481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=127;PP=2965;SC=AGCACTCCTCGTCATCACTCA;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=118;TCR=127;TR=245;WE=21388310;WS=21388292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr14	21388431	rs61977374	A	T	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=561;ReadPosRankSum=0.779;SC=TGCCTTGTGAAGCCTGCAATA;SOR=0.631;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=37;WE=21388439;WS=21388421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,49:0.44:112
chr14	21458131	rs2741733	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=7;PP=356;SC=ACAGGCACCTGTATTTCCGTT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=21458139;WS=21458121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	21460160	rs2741737	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=4;PP=423;SC=TTGTCGTCTCCCTTGAGCTTT;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=21460168;WS=21460150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	21463430	rs2741739	G	T	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=60;PP=1864;SC=CACCCATATGGCACCAATTAC;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=94;WE=21463438;WS=21463420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	21463474	rs2783801	G	A	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=40;PP=1126;SC=AGACTGTCATGTATTGACAAG;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=57;WE=21463482;WS=21463464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	21486137	rs1243445	G	C	6131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.139;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=60;PP=2394;ReadPosRankSum=-0.549;SC=CTCTTGTCCCGATACTCACTG;SOR=0.331;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=71;TCR=62;TR=131;WE=21486145;WS=21486127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,238:1.00:239
chr14	21487364	rs45529231	A	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=0.416;SC=GGGCAATGCTATCTAACCAGA;SOR=0.534;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=21;WE=21487372;WS=21487354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr14	21488046	rs1243448	G	C	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=30;PP=901;SC=TGCTGCTCCCGTCGACTCTTC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=21488054;WS=21488036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	21490125	rs1243449	A	C	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=11;PP=640;SC=CTCCCAGAATAACCACTGCCC;SOR=0.997;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=21490133;WS=21490115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	21500395	rs1243462	A	G	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=16;PP=852;SC=GAGGCAGCACAGGAGGGTGGG;SOR=1.211;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=21500403;WS=21500385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	21500411	rs3818613	C	A	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=227;ReadPosRankSum=-2.124;SC=GTGGGTTCTCCACCACACACC;SOR=0.671;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=57;TCF=40;TCR=17;TR=18;WE=21500419;WS=21500401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr14	21500426	rs1754340	G	A	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=230;ReadPosRankSum=-0.035;SC=CACACCCTTCGCTCTGCTTAG;SOR=0.774;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=20;WE=21500434;WS=21500416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr14	21500455	rs3818615	T	A	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=330;ReadPosRankSum=-0.623;SC=CTACCAGCCATCAGTTAGCAT;SOR=0.698;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=29;WE=21500463;WS=21500445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,52:0.37:142
chr14	21500541	rs35274235	T	TA	1607.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.970;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=1114;ReadPosRankSum=-1.309;SC=GATGTGGAGGTAAAAGTATCT;SOR=0.842;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=68;TCF=12;TCR=56;TR=34;WE=21500549;WS=21500531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,74:0.52:142
chr14	21500597	rs3818616	C	T	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=47;PP=1447;SC=TCCACCCCCACCCCTCAAAAG;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=74;WE=21500605;WS=21500587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	21501049	rs1952525	G	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=1.548;SC=TACAGAGGGGGCTCGTGTGCC;SOR=0.627;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=21501057;WS=21501039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr14	21501095	rs3748346	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=-0.256;SC=ACATCTTACATACTCAGATGT;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=5;WE=21501103;WS=21501085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr14	21501195	rs3748348	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=23;ReadPosRankSum=-2.181;SC=GGATTTGGGAGGAGCTTCTGG;SOR=0.646;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=4;WE=21501203;WS=21501185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	21502345	rs8007176	A	G	1857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=924;ReadPosRankSum=0.391;SC=TCAATGCTTAAGGTATAGAAG;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=127;TCF=50;TCR=77;TR=63;WE=21502353;WS=21502335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,95:0.48:198
chr14	21503743	rs1243463	G	A	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=1;PP=425;SC=CCTTTGCTGGGCAGCAGAAAA;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=21503751;WS=21503733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	21503795	rs17242881	A	G	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=489;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CAACACCCTCAGTATAGCTCA;SOR=0.529;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=37;WE=21503803;WS=21503785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
chr14	21504447	rs1243464	A	G	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=78;PP=2213;SC=AAAAAGTGTGATCCCTTCTTT;SOR=1.512;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=34;TCR=78;TR=112;WE=21504455;WS=21504437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	21511458	rs1263872	G	C	12081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr14	21511497	rs1243469	C	T	9392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=166;PP=2965;SC=CTCAGGGAAGCATCCGAACTG;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=89;TCR=167;TR=254;WE=21511505;WS=21511487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr14	21526044	rs12435011	T	C	1039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=600;ReadPosRankSum=-1.456;SC=CTGTCTCCCTTAAGAGAGATG;SOR=0.649;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=81;TCF=62;TCR=19;TR=35;WE=21526052;WS=21526034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
chr14	21526079	rs12437266	C	T	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.623;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=810;ReadPosRankSum=-0.379;SC=AGGATGCTGCCCCCTGCTGCT;SOR=0.471;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=134;TCF=95;TCR=39;TR=52;WE=21526087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,82:0.46:179
chr14	21542037	rs4982405	C	T	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr14	21542766	rs12889267	A	G	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=373;ReadPosRankSum=0.842;SC=GATGCACCAGAAGGGCCTGGG;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=26;WE=21542774;WS=21542756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,34:0.49:70
chr14	21544056	rs7140850	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=0.971;SC=AGACTTCAAGCCATTGACCTT;SOR=1.402;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=7;WE=21544064;WS=21544046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	21544842	rs11483416	T	TG	1209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.722;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.096;NF=8;NR=20;PP=935;ReadPosRankSum=-1.446;SC=CCATCAGTAGTGGGGAGAGGA;SOR=0.577;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=28;WE=21544850;WS=21544832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr14	21549893	rs7143633	G	C	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.097;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1675;ReadPosRankSum=0.457;SC=CCAGCAACACGTGGGAGAGGA;SOR=0.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=80;WE=21549901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr14	21551058	rs1958395	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=417;ReadPosRankSum=0.638;SC=GTCTGGCTGCGCTCAGTCCCT;SOR=0.749;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=39;TCR=35;TR=38;WE=21551077;WS=21551048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,63:0.55:114
chr14	21551069	rs1958396	T	C	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	21555068	rs12891708	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr14	21555087	rs145744937	AAATC	A	1685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.966;QD=19.83;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr14	21556963	rs35186993	A	AT	2988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=1324;SC=ATGTCCCTAAATTCACTGTAG;SOR=0.778;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=32;WE=21556971;WS=21556953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr14	21562560	rs7149011	T	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=1.291;SOR=0.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
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chr14	21570273	rs745696	T	C	2291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=999;ReadPosRankSum=1.036;SC=CACCCCGCCTTTGGAAGGTGA;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=67;WE=21570281;WS=21570263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,114:0.45:256
chr14	21570614	rs4982408	A	C	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=17;PP=692;SC=TGGGTTTCATAGTGGTGGTGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=21570622;WS=21570604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	21571119	rs12432043	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=106;ReadPosRankSum=0.380;SC=GGGTAAGAGGAAACTGGGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=8;WE=21571127;WS=21571109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	21571208	rs12880628	G	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.009;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr14	21623010	rs8007993	T	C	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=21;PP=1076;SC=TTCACAGGGGTGGGCATGGGA;SOR=1.116;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=21623018;WS=21623000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	21623290	rs7145814	T	C	4681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=64;PP=2116;SC=AAGAGGCAGATGGCAGTGAGG;SOR=0.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=130;WE=21623298;WS=21623280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr14	21623489	rs45462402	C	T	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=26;PP=597;ReadPosRankSum=1.498;SC=GGATGGGTGGCCCATCACAGA;SOR=0.815;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=46;WE=21623497;WS=21623479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,72:0.55:130
chr14	21623648	rs7161544	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.653;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=656;ReadPosRankSum=-1.375;SC=AGAGCAGGGGGTTACAAATAG;SOR=0.756;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=45;WE=21623656;WS=21623638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,48:0.45:106
chr14	21623836	rs4982419	G	A	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=51;PP=2022;SC=AAGAAGGAGAGGCTCTTCAGG;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=103;WE=21623844;WS=21623826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	21624197	rs10135366	T	C	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=458;SC=AGAGGATCTTTTCTCCTTGGT;SOR=1.688;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=21624205;WS=21624187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	21770681	rs17792599	A	G	1383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.905;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,73:0.48:152
chr14	21770730	rs6571751	A	G	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=613;ReadPosRankSum=0.885;SC=AGTAGCCAGTAAACCCAGTGA;SOR=0.598;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=43;WE=21770738;WS=21770720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
chr14	21775816	rs8005773	G	C	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=36;ReadPosRankSum=1.230;SC=ATTCTTACTAGGGCATAGTCA;SOR=0.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=6;WE=21775824;WS=21775806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr14	21785790	rs3748357	G	A	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=220;ReadPosRankSum=-1.375;SC=GCTGAAACTGGATAATAAAGA;SOR=0.551;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=18;WE=21785798;WS=21785780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,34:0.40:84
chr14	21790040	rs10151259	G	T	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.984;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=408;ReadPosRankSum=0.607;SC=GATGACAAAAGCTGACAATGA;SOR=1.108;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=29;WE=21790048;WS=21790030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr14	21792811	rs9322965	G	A	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=573;ReadPosRankSum=-0.544;SC=GCACCCGACCGTTGTCGTTAT;SOR=0.907;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=100;TCF=56;TCR=44;TR=45;WE=21792819;WS=21792801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,82:0.48:170
chr14	21793236	rs7157052	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=605;ReadPosRankSum=1.119;SC=ATTGGTAAGTGCCGTTGGCTT;SOR=0.883;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=43;WE=21793244;WS=21793226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr14	21796784	rs3748361	G	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-1.517;SC=AAATACACCAGAGGTAAGACC;SOR=0.787;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=7;WE=21796792;WS=21796774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr14	21821821	rs3736824	A	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=287;ReadPosRankSum=0.489;SC=AAATGACATTAGATTAGGAAG;SOR=0.717;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=18;WE=21821829;WS=21821811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr14	21825924	rs3762156	T	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=109;SC=TGTGAGCCATTATGCCTGCCC;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=21825932;WS=21825914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	21826718	rs3762157	T	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=10;PP=303;SC=TGGGCAGGATTTGCAGGTTTG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=21826726;WS=21826708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	21828520	rs927412	T	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=15;PP=614;SC=AGAAGCTGAGTGAAATGAAGT;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=21828528;WS=21828510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	21829129	rs3762158	C	G	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=21;PP=891;SC=GTTTTACAATCCCCTAAGCAA;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=43;WE=21829137;WS=21829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	21829404	rs1543494	T	C	6069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr14	21829470	.	CTT	C	270.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr14	21830635	rs1983768	C	T	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=154;SC=TTTTTAATAACGAAGTATCCT;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=21830643;WS=21830625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	21831052	rs10138699	T	C	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	21831112	rs10146717	G	A	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=32;PP=1266;SC=GAGCTCTGGAGTGGGATAAAA;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=21831120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	21831692	rs10139379	T	A	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=284;SC=GAAGACACATTATTTAAAAGA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=21831700;WS=21831682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	21833147	rs2295866	G	A	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=12;PP=397;SC=AATGTGGAGAGGTGTGAGACA;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=21833155;WS=21833137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	21836400	rs8008670	T	C	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=9;PP=638;SC=TACACAACTTTCAAACCTCCT;SOR=1.556;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=21836408;WS=21836390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	21838160	rs2181125	A	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=762;SC=TTATTTAGCAAACTATCACTG;SOR=3.086;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=21838168;WS=21838150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	21838781	rs4982445	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.92;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	21859079	rs35057134	GA	G	1795.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=978;ReadPosRankSum=0.095;SC=TGTGGGAATAGAGTGGTAATG;SOR=0.684;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=26;WE=21859087;WS=21859069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,55:0.45:123
chr14	21859536	rs3762159	T	C	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=5;PP=1040;SC=GAAACGATGATACAGTATGTC;SOR=2.480;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=21859544;WS=21859526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	21860360	rs1998332	G	A	5912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr14	21861211	rs7152833	C	A	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=373;SC=CCCGGATATACTGTTACACTG;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=21861219;WS=21861201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	21863396	rs184930403	G	A	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,184:0.53:349
chr14	21864124	rs10134108	C	A	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=50;SC=AGGATGAAGACCTAGCCACAC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=21864132;WS=21864114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	21869705	rs113076568	C	CT	757.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.454;HP=10;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.679;NF=1;NR=22;PP=369;ReadPosRankSum=0.513;SC=GTAAAGCTGACTTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=23;WE=21869713;WS=21869695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,40:0.83:48
chr14	21871653	rs8022395	C	T	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=37;PP=1448;SC=CTAGGCAGCGCACCATCTGAG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=83;WE=21871661;WS=21871643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	21874068	rs7155123	G	C	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=34;PP=1042;SC=AAACATGAAGGACTTCTGGGG;SOR=1.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=21874076;WS=21874058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	21899631	rs10467770	C	T	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=449;ReadPosRankSum=1.362;SC=GAATTCCCCACATCACCACCT;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=31;WE=21899639;WS=21899621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr14	21930596	rs10143000	G	A	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=53;PP=1544;SC=GACATAAATCGTATCATCAGT;SOR=1.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=81;WE=21930604;WS=21930586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	21936762	.	GA	G	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=5.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.775;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,17:0.24:72
chr14	21944955	rs17516362	G	C	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.483;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=807;ReadPosRankSum=-1.291;SC=ATGCCCGCCCGAGCCTTGAAG;SOR=1.540;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=99;TCF=31;TCR=68;TR=44;WE=21944963;WS=21944945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,59:0.42:139
chr14	21945415	rs2282046	A	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=454;ReadPosRankSum=0.628;SC=AGGGTCTGAGACGGTGGGAGC;SOR=0.823;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=34;WE=21945423;WS=21945405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr14	21950836	rs6571850	T	G	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.397;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr14	21955930	rs1061031	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr14	21960408	rs3737050	A	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.39;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr14	21960816	rs1060722	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=166;ReadPosRankSum=-0.534;SC=ACTCCACCCTTTCATCCTATG;SOR=0.313;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=13;WE=21960824;WS=21960806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr14	21960969	rs7617	G	A	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.973;NF=43;NR=31;PP=990;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TGACCTCCCGGGGGCTCCAAC;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=152;TCF=87;TCR=65;TR=74;WE=21960977;WS=21960959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,124:0.48:257
chr14	21967133	rs1061027	C	A	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.186;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=17;PP=776;ReadPosRankSum=-0.421;SC=TAAATAATAGCCCCTTGAGGA;SOR=0.914;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=58;TCR=34;TR=50;WE=21967141;WS=21967123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,65:0.48:136
chr14	21967438	rs3168880	G	A	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=917;ReadPosRankSum=0.573;SC=TGGAGGCCTGGGAAGCACATA;SOR=0.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=136;TCF=86;TCR=50;TR=61;WE=21967446;WS=21967428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,80:0.47:169
chr14	21967916	rs1139130	A	G	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1184;ReadPosRankSum=-2.211;SC=ACCCCCAGAGATTTAGACATT;SOR=0.600;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=219;TCF=99;TCR=120;TR=92;WE=21967924;WS=21967906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,174:0.46:381
chr14	21971729	rs2242526	C	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=632;ReadPosRankSum=0.087;SC=GGCTAGAGAACGAGGGGAGGT;SOR=0.877;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=48;WE=21971737;WS=21971719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,62:0.39:158
chr14	21991626	rs1263810	C	G	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=69;PP=2720;SC=GGGAAACTCCCTGCCCCGGAG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=137;WE=21991634;WS=21991616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr14	21993498	rs1263811	G	A	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=494;ReadPosRankSum=0.769;SC=AAATGCCCTGGAGACTCCTCT;SOR=0.643;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=34;WE=21993506;WS=21993488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,56:0.42:132
chr14	22037876	rs80231832	C	T	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=45;ReadPosRankSum=-2.307;SC=GTTACCGAAGCCTAAACATTA;SOR=2.030;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=6;WE=22037884;WS=22037866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr14	22037905	rs8009501	G	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=-1.591;SC=TCTAATTGTGGCAGCTTCCCT;SOR=1.302;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=11;WE=22037913;WS=22037895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr14	22038450	rs11626669	G	A	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.091;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=657;ReadPosRankSum=0.534;SC=CAAGCAAGGCGCTCAGCTTAG;SOR=1.147;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=52;WE=22038458;WS=22038440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,70:0.48:147
chr14	22038659	rs17792778	T	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=614;ReadPosRankSum=-3.453;SC=GAGGAGATGCTCATATCAATG;SOR=0.864;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=46;WE=22038667;WS=22038649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,74:0.42:176
chr14	22038731	rs12886819	C	G	1740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=966;ReadPosRankSum=0.609;SC=TCTGCCCAGACAGTGATTAAA;SOR=0.729;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=63;WE=22038739;WS=22038721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,84:0.51:166
chr14	22038915	rs4982462	A	G	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=598;ReadPosRankSum=1.544;SC=CAAAACAAGAATTAACATAGA;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=43;WE=22038923;WS=22038905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,57:0.54:106
chr14	22070146	rs10134340	C	T	1517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.076;NF=29;NR=24;PP=717;ReadPosRankSum=-1.301;SC=AAAACACAGCCGCTGCCCCAT;SOR=0.724;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=53;WE=22070154;WS=22070136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,75:0.49:153
chr14	22070509	rs11157069	G	A	2479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.518;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.887;NF=34;NR=47;PP=1256;ReadPosRankSum=2.280;SC=GCATGGAGCCGGCGACCCAAG;SOR=0.824;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=184;TCF=90;TCR=94;TR=81;WE=22070517;WS=22070499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,122:0.45:269
chr14	22070595	rs35103338	AC	A	2541.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.475;NF=9;NR=32;PP=1330;ReadPosRankSum=-0.102;SC=ATTGCCAGGTACCTGTCATAG;SOR=0.609;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=108;TCF=17;TCR=91;TR=41;WE=22070603;WS=22070585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,88:0.38:233
chr14	22070707	rs12432738	G	A	1416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=29;PP=708;ReadPosRankSum=0.194;SC=TGGCAGGAGTGAAGTTTAAAA;SOR=0.942;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=44;WE=22070715;WS=22070697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,69:0.59:116
chr14	22090208	rs8016939	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=304;ReadPosRankSum=1.267;SC=TCCTGAATATACATTTTCCTA;SOR=0.469;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=19;WE=22090216;WS=22090198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr14	22090594	rs1063365	C	G	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.11;ReadPosRankSum=2.054;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,66:0.51:130
chr14	22101945	rs4982475	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=114;ReadPosRankSum=-0.328;SC=GCCAAAGAAAGTGAAAATAAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=6;WE=22101953;WS=22101935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	22102374	rs12894405	T	C	2700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.259;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-7.646;NF=52;NR=54;PP=1230;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GCCACTACCCTGACGTCCACA;SOR=0.728;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=234;TCF=120;TCR=114;TR=106;WE=22102382;WS=22102364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,148:0.40:366
chr14	22102439	rs35963889	C	G	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.319;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-12.701;NF=37;NR=55;PP=1208;ReadPosRankSum=-1.581;SC=CAATACTGCGCGGATGTCACA;SOR=1.086;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=224;TCF=102;TCR=122;TR=92;WE=22102447;WS=22102429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,114:0.39:291
chr14	22102592	rs10138694	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=7.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.85;MQRankSum=-10.418;QD=1.65;ReadPosRankSum=-2.141;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,21:0.13:163
chr14	22102612	rs10138704	T	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=22.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.34;MQRankSum=-6.856;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.692;SOR=2.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,19:0.13:148
chr14	22133416	rs12717305	A	G	6939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=75;PP=2946;SC=TAACGCTTTCAGGGAACATTC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=89;TCR=76;TR=164;WE=22133424;WS=22133406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr14	22133463	rs193176078	A	G	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=41;PP=1294;ReadPosRankSum=0.116;SC=CCAAGTCTCCATACCCCCATG;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=193;TCF=108;TCR=85;TR=97;WE=22133471;WS=22133453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,164:0.52:318
chr14	22133648	rs2874103	G	A	7866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=106;PP=2965;SC=GCTGATCATTGTGGCGTATGA;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=195;TCF=88;TCR=107;TR=194;WE=22133656;WS=22133638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr14	22133997	rs970382	A	G	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=33;PP=1214;SC=GAAGGGCGCCAGAAAGCCCTG;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=63;WE=22134005;WS=22133987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	22134018	rs61732411	C	T	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=429;ReadPosRankSum=0.344;SC=TCTACCTGCTCGGCCCACTTC;SOR=0.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=27;WE=22134026;WS=22134008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr14	22167296	rs6572018	G	C	6223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=89;PP=2965;SC=TTGGAGGCACGAACAAGATAT;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=75;TCR=91;TR=164;WE=22167304;WS=22167286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr14	22204568	rs2049788	G	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,54:0.44:124
chr14	22217356	rs2075477	G	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TAGGCTGACGGCAGAAGCAGA;SOR=0.269;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=8;WE=22217364;WS=22217346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr14	22218051	rs2075478	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=167;ReadPosRankSum=0.324;SC=TAAAGCCACACTCTATTTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=10;WE=22218059;WS=22218041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr14	22237127	rs760008	C	T	1728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=19;PP=1051;SC=CAAACTATTCCCCAGCATACT;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=22237135;WS=22237117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	22279809	rs2856411	A	C	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=34;PP=1475;SC=GGGTACAGCTAAGATCACGTC;SOR=0.712;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=72;WE=22279817;WS=22279799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	22293510	rs2178782	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=5;PP=352;SC=TTTGCATTCGTCCCGCCTGCA;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=22293518;WS=22293500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	22293554	rs35339724	G	GC	1786.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=11;PP=991;SC=ACATAGCGAAGCTGGTCTCTG;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=22;WE=22293562;WS=22293544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	22337119	rs909075	G	C	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=21;PP=722;SC=GGGTAACAGAGTATATTAGTG;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=36;WE=22337127;WS=22337109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	22337181	rs909076	C	T	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=12;PP=613;SC=GGTTTCCTCTCGTTACTATGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=22337189;WS=22337171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	22337393	rs876093	G	A	5742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=62;PP=2784;SC=ACTTGGAAAAGGACCTCAGCT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=83;TCR=62;TR=144;WE=22337401;WS=22337383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr14	22356081	rs12885687	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.803;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=95;ReadPosRankSum=-0.647;SC=ATATCCATTCTAGGTGCATTT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=6;WE=22356089;WS=22356071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	22356225	rs17197550	G	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=598;ReadPosRankSum=1.108;SC=GGAAAATAATGTACAGTATCT;SOR=0.443;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=40;WE=22356233;WS=22356215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,47:0.65:72
chr14	22356551	rs10483261	T	C	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,78:0.41:188
chr14	22362971	rs2075481	A	G	3378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.696;NF=57;NR=39;PP=1689;ReadPosRankSum=3.147;SC=CTGTCTCTGAAGGAGCCCTGG;SOR=0.948;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=163;TCF=91;TCR=72;TR=96;WE=22362979;WS=22362961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,156:0.53:292
chr14	22363080	rs12895616	T	A	7202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=1.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQRankSum=-0.890;QD=18.61;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,188:0.49:387
chr14	22363084	rs12890675	C	G	7208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQRankSum=-1.010;QD=18.48;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.618;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,193:0.49:390
chr14	22392250	rs17182937	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=-1.791;SC=CCAGGTTCACCTCACAGTACA;SOR=1.426;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=22392258;WS=22392240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr14	22392283	rs28501628	G	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=-0.320;SC=TAAAGAAGAAGATTTTTTTTT;SOR=0.722;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=11;WE=22392291;WS=22392273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr14	22392304	rs34365759	G	A	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=164;ReadPosRankSum=1.581;SC=ATCTAGAAAAGGAACCAAACA;SOR=0.622;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=13;WE=22392312;WS=22392294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr14	22392366	rs12437316	C	T	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=326;ReadPosRankSum=0.142;SC=TGGCTAGGTACGGGTGGCCCA;SOR=1.200;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=22;WE=22392374;WS=22392356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr14	22392499	rs12435124	T	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.503;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=521;ReadPosRankSum=0.157;SC=TATCCTTAAATCTTCAAATTC;SOR=0.934;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=31;WE=22392507;WS=22392489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr14	22392626	rs10140810	A	C	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=1557;ReadPosRankSum=1.136;SC=ACCAGTGATCAAAGTTATGGT;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=45;WE=22392647;WS=22392616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,60:0.49:122
chr14	22392639	rs17197613	A	C	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=1008;ReadPosRankSum=0.061;SC=GTTATGGTCTATTCTGGTACA;SOR=0.608;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=44;TCR=38;TR=33;WE=22392647;WS=22392616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr14	22392703	rs8021861	G	C	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=810;ReadPosRankSum=0.917;SC=GTCTTATGACGAGCAAAATGC;SOR=0.665;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=51;WE=22392711;WS=22392693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,82:0.54:151
chr14	22392807	rs8008040	T	C	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.121;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,60:0.49:122
chr14	22409531	.	CTCTCTCTCT	C	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=2.056;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.737;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr14	22409571	rs2178779	A	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.206;NF=11;NR=6;PP=254;ReadPosRankSum=-3.053;SC=AACCCGTGGAAATTCAGTGAC;SOR=0.382;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=17;WE=22409579;WS=22409561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr14	22470693	rs5807105	T	TA	3381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=21;PP=1691;SC=TATGATGTGATAGGACAGAAA;SOR=1.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=38;WE=22470701;WS=22470683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	22470913	rs34215246	CT	C	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr14	22509188	rs4982545	T	C	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=16;PP=737;SC=GTAGCAGTCTTAACTGCAGTT;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=22509196;WS=22509178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	22520684	rs2072611	A	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=0.000;QD=25.79;ReadPosRankSum=1.829;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr14	22520692	rs2072612	G	T	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=0.000;QD=22.87;ReadPosRankSum=0.313;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr14	22521012	rs2072613	C	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=383;ReadPosRankSum=-1.092;SC=GTCTATTGCTCTTTTTCTGAA;SOR=0.804;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=27;WE=22521020;WS=22521002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,40:0.49:82
chr14	22521051	rs2072614	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=403;ReadPosRankSum=0.867;SC=AGGAGGTGACGCAGATTCCTG;SOR=0.984;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=31;WE=22521059;WS=22521041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,37:0.46:81
chr14	22533887	rs3811312	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=369;ReadPosRankSum=-0.603;SC=AAGAGGTGTCCTTTCTGACTG;SOR=0.976;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=20;WE=22533895;WS=22533877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr14	22534497	rs3811306	T	G	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,67:0.51:131
chr14	22539108	rs2272547	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-1.381;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,24:0.42:57
chr14	22539116	rs2272548	G	A	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.96;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	22555072	rs36002301	A	G	2287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=889;ReadPosRankSum=-0.796;SC=GGTACCAACAATTCCCTGGGA;SOR=0.667;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=60;WE=22555080;WS=22555062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,111:0.56:199
chr14	22565073	rs12897143	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=394;ReadPosRankSum=-1.201;SC=GGATCAGATGGTTTAATTCCA;SOR=0.735;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=28;WE=22565081;WS=22565063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,39:0.42:92
chr14	22573582	rs2075498	A	C	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=31;PP=1911;SC=ATTTTGGCTGAAAAACGTTTT;SOR=1.220;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=97;WE=22573590;WS=22573572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr14	22580570	rs1040301	C	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=186;ReadPosRankSum=0.000;SC=ATGGATAAAGCTTGAGGGAGA;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=12;WE=22580578;WS=22580560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr14	22580762	rs11628824	G	A	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=30;PP=1042;ReadPosRankSum=-0.563;SC=AAGAAGGAGAGGACTTCACCA;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=66;WE=22580770;WS=22580752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,125:0.49:256
chr14	22600490	rs8014493	C	T	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.856;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,71:0.52:136
chr14	22600863	rs3811291	G	A	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=481;ReadPosRankSum=-0.574;SC=AGACCTAACAGAGGCCACCCA;SOR=0.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=42;WE=22600871;WS=22600853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,66:0.46:144
chr14	22670643	rs2075495	G	A	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=508;ReadPosRankSum=0.630;SC=TGTGTTTCTTGAGGGTGTCTG;SOR=0.466;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=35;WE=22670651;WS=22670633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr14	22689740	.	CAA	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.608;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	22690209	rs2272551	A	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=549;ReadPosRankSum=-0.012;SC=ACAAGCAGGAACCTGGGGAAG;SOR=0.745;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=36;WE=22690217;WS=22690199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr14	22694777	rs2242544	A	G	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=523;ReadPosRankSum=1.009;SC=AGAACACTAAAAGGGTAAAGT;SOR=0.835;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=34;WE=22694785;WS=22694767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,44:0.42:104
chr14	22694926	rs2075496	C	T	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=477;ReadPosRankSum=-0.802;SC=AGGGAGACACCGTAACTCTCA;SOR=0.657;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=34;WE=22694934;WS=22694916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr14	22695084	rs4982579	C	T	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=670;ReadPosRankSum=1.730;SC=AAAGAACTTTCCAGCATCCTG;SOR=0.647;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=45;WE=22695092;WS=22695074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,66:0.45:148
chr14	22695128	rs12889091	A	G	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=563;ReadPosRankSum=0.128;SC=AGACTCGGCCATCTACCTCTG;SOR=0.671;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=41;WE=22695136;WS=22695118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr14	22733490	rs7147374	A	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-2.183;SC=GGTTTTGATTATCCGTAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=22733498;WS=22733482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	22733655	rs7145658	G	C	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.19;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr14	22733655	.	GCT	CCC	571	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=9;NR=10;PP=571;QD=32.8667302559;SC=TGAGCACTCTGCTGCTGCTCC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=19;WE=22733665;WS=22733645;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,19:0.49:39
chr14	22733657	rs7152255	T	C	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr14	22733694	rs7147116	C	G	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.933;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=258;ReadPosRankSum=-1.018;SC=GTGAGTCAGGCGAGTCATGAG;SOR=1.053;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=16;WE=22733702;WS=22733684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr14	22733758	rs7145836	G	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.18;ReadPosRankSum=1.346;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr14	22733893	rs12589879	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=1.335;SC=ACAGAATGCTCCTTCCCTGAA;SOR=0.551;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=4;WE=22733901;WS=22733883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	22783027	rs66584005	TACA	T	3066.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=1527;ReadPosRankSum=0.256;SC=CTCCAAAAGATACAACAACTC;SOR=0.840;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=36;WE=22783037;WS=22783017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,80:0.48:165
chr14	22892139	rs75422358	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=182;ReadPosRankSum=-1.252;SC=GGGTGGATCACGAGGTCAGGA;SOR=0.042;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=14;WE=22892147;WS=22892129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr14	22924141	rs11625456	A	C	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=255;ReadPosRankSum=1.342;SC=GATGGGACAGAAAATCACATG;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=15;WE=22924149;WS=22924131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr14	22924194	rs2242545	G	A	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,51:0.44:115
chr14	22924531	rs760020	C	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=138;ReadPosRankSum=1.254;SC=CAGAAAGCTACCCTCCTCAAC;SOR=1.981;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=22924539;WS=22924521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr14	22930038	rs1882705	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=255;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TAGCAATCGCCCCCTCTCAAC;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=22;WE=22930046;WS=22930028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr14	22942890	rs2254272	G	T	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=355;ReadPosRankSum=-1.039;SC=TGTTGCCACCGCTGGAGCAGC;SOR=0.469;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=28;WE=22942898;WS=22942880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr14	22943002	.	A	C	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-1.539;SC=TTCTAAAGCCATCTGCAGGGT;SOR=1.057;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=16;WE=22943010;WS=22942992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr14	22947814	rs227858	G	A	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	22948471	rs227859	T	C	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=63;NR=69;PP=2550;SC=CAAGGGGAGTTTGGGCAACTG;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=64;TCR=71;TR=132;WE=22948479;WS=22948461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr14	22952088	rs227861	G	A	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.493;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=617;ReadPosRankSum=0.620;SC=GGGAAGGGGGGATTCAAACAC;SOR=0.759;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=41;WE=22952096;WS=22952078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,64:0.55:116
chr14	22957488	rs1483971	G	T	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=14;PP=1121;SC=ATGCTGAATCGTACCTGAGAT;SOR=1.582;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=55;WE=22957496;WS=22957478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	22958350	rs3833810	ATGCC	A	412.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=367;ReadPosRankSum=1.661;SC=GGGAAAGGAGATGCCTGCCTG;SOR=2.608;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=9;WE=22958361;WS=22958340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr14	22959408	rs187289240	C	T	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=587;ReadPosRankSum=0.231;SC=TTGCAAGAAACGGGGCAGGGG;SOR=0.909;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=41;WE=22959416;WS=22959398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,54:0.56:96
chr14	22963632	rs11372266	G	GC	135.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=105;SC=TCTGGCCAGAGCCAGCTGCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=22963654;WS=22963622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	22963646	rs226985	T	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=7.160;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.615;NF=6;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=-0.552;SC=GCTGCCCTCATAGGAATTAAT;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=6;WE=22963654;WS=22963622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	22963887	rs185377386	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=-2.118;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,37:0.44:84
chr14	22964840	rs137998884	T	TG	1208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=667;SC=CCTGCCATGCTGGAGGTGGCT;SOR=1.209;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=15;WE=22964848;WS=22964830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	22964880	rs226986	A	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=203;ReadPosRankSum=-1.098;SC=TTTTTGTTAGAGCATGTATTA;SOR=1.388;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=15;WE=22964888;WS=22964870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr14	22965118	rs11334443	TC	T	708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=11;PP=455;SC=GTTGATGAATTCCTGGCAATC;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=22965126;WS=22965108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	22965144	rs11334442	AC	A	405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=356;SC=GATTAGGTCAACGAAGAAGTA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=22965152;WS=22965134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	22972622	rs226990	A	G	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=7;PP=880;SC=CAGCCCGATTAAAAGTTTTCA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=22972630;WS=22972612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	22972742	rs2170810	G	A	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.504;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.368;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,114:0.49:233
chr14	22972783	rs5807141	AC	A	8046.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=67;PP=2951;SC=GGACAACTTTACCAAGTAAAA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=16;TCR=71;TR=82;WE=22972791;WS=22972773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr14	22972815	rs2170811	C	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=850;ReadPosRankSum=1.625;SC=TGGATGTTTCCAAGTGAAGTG;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=42;TCR=68;TR=60;WE=22972823;WS=22972805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,88:0.52:170
chr14	22972844	rs5020726	A	G	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=6;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=29;PP=607;ReadPosRankSum=1.804;SC=CACTCTGTTCATTTTTTGTTT;SOR=0.829;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=43;WE=22972852;WS=22972834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,56:0.53:105
chr14	22973923	rs4343183	T	C	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.846;HP=2;HapScore=2;MGOF=70;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=243;ReadPosRankSum=0.381;SC=GAGGTCAAGGTTACAGTGAGC;SOR=0.148;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=12;WE=22973931;WS=22973921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr14	22973960	rs4343184	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.31;ReadPosRankSum=0.058;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr14	22973964	rs4536381	C	A	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.603;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr14	22974041	rs4343185	T	G	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.860;NF=24;NR=14;PP=538;ReadPosRankSum=0.921;SC=AGGAAGGAGATGAAGAAAATT;SOR=0.855;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=38;WE=22974049;WS=22974031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,53:0.43:122
chr14	22974150	rs11324184	TC	T	6296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=58;PP=2567;SC=TCACCGTTATTCCCCTGTAAG;SOR=0.737;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=8;TCR=63;TR=66;WE=22974158;WS=22974140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	22974256	rs3811207	A	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.501;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.119;NF=7;NR=12;PP=265;ReadPosRankSum=-1.549;SC=CATGTGTTAAACTGATAAAAC;SOR=0.249;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=19;WE=22974264;WS=22974246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr14	22975476	rs3751470	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.002;NF=11;NR=4;PP=239;ReadPosRankSum=1.031;SC=TCAGGAAGGAAGGGCTGACAC;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=15;WE=22975484;WS=22975466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr14	22975700	rs969914	T	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=413;ReadPosRankSum=-0.669;SC=AAGTATATCTTTTCTCATTTC;SOR=0.519;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=34;WE=22975708;WS=22975690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,66:0.49:135
chr14	22975728	rs3794450	G	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.989;HP=2;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.181;NF=5;NR=20;PP=324;ReadPosRankSum=-0.891;SC=TGTTATGTCCGTAAATCATAT;SOR=0.969;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=25;WE=22975736;WS=22975718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr14	22975755	rs3794451	T	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.318;NF=4;NR=12;PP=797;ReadPosRankSum=-1.199;SC=GTTCTTCTTATGCACACACAC;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=16;WE=22975764;WS=22975745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr14	22975756	.	G	GCACACACACACACACA	414.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.179;NF=0;NR=8;PP=2991;ReadPosRankSum=-1.229;SC=TTCTTCTTATGCACACACACA;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=8;WE=22975764;WS=22975745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr14	22976559	rs1872160	A	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr14	22976790	rs170543	C	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=416;SC=AGTTTTGCTCCTTGTTGCGCA;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=22976798;WS=22976780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	22978335	rs226997	C	T	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=24.77;SOR=1.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	22978451	rs11443893	G	GC	2540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=29;PP=1508;SC=GGAAGCGACAGCACCCTTAGG;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=33;WE=22978459;WS=22978441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	22978516	rs226998	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=0.623;SC=CTTATCTGCCGTGATATAGCA;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=13;WE=22978524;WS=22978506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr14	22978577	rs226999	A	G	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=167;SC=TCAGGGGAGGAGAAACATGCT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=22978585;WS=22978567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	22979847	rs5807144	G	GA	338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,19:0.79:24
chr14	22982069	rs11444527	A	AG	204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=139;SC=TCTCCCCTCCAGGCTGGAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=5;WE=22982077;WS=22982059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	22984499	rs227027	C	T	826.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=3;PP=311;SC=GCCTATTGTCCGGTTGTTACA;SOR=2.303;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=15;WE=22984508;WS=22984489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	22984500	rs144430862	G	GGTT	817.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=3;PP=507;SC=CCTATTGTCCGGTTGTTACAG;SOR=2.303;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=10;WE=22984508;WS=22984489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	22984559	rs72677519	C	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.166;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=345;ReadPosRankSum=0.691;SC=GTCTGATTTTCTCAGCATCTC;SOR=0.212;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=25;WE=22984567;WS=22984549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr14	22984586	rs3764159	A	C	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=461;ReadPosRankSum=0.751;SC=TTTTGCAAAGAAAGGAAACTC;SOR=0.915;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=32;WE=22984594;WS=22984576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,43:0.40:108
chr14	22985358	rs3764160	T	C	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.842;QD=11.96;ReadPosRankSum=1.173;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,120:0.59:203
chr14	22985463	rs227029	G	A	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=26;PP=767;SC=CTTTAAAATGGGATATGAGTG;SOR=3.611;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=29;WE=22985471;WS=22985453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	22985487	rs11453171	A	AC	889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=825;SC=GTATGCACACAGCATGCCCAC;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=22985495;WS=22985477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	22988022	rs227009	C	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=17;PP=510;SC=GAGGTGTGGACGGGAAGAAAC;SOR=1.143;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=22988030;WS=22988012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	22988748	rs227010	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=354;SC=CTTGCCGCCCGGGAGGTGCAG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=22988756;WS=22988738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	22988972	rs1483979	G	C	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=441;ReadPosRankSum=0.192;SC=GGGGGAAATTGCAGTTTGGAG;SOR=0.543;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=28;WE=22988980;WS=22988962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr14	22989292	rs3811199	A	T	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=60;ReadPosRankSum=1.986;SC=GCCATGATTCATGCTGTGGTG;SOR=0.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=8;WE=22989300;WS=22989282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr14	22990844	rs11624650	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.770;NF=12;NR=1;PP=192;ReadPosRankSum=-1.673;SC=ATTGTAAAGACGAAGGAGGGT;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=13;WE=22990852;WS=22990834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr14	22990930	rs11380759	A	AT	3848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=24;PP=1496;SC=GGCCTAATTCAAAAGGAAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=39;WE=22990938;WS=22990920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	22993278	rs5807151	A	AG	1081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=420;SC=AGGTTTGTGTAGGCGACCTCG;SOR=1.284;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=11;WE=22993286;WS=22993268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	22997524	rs227024	A	G	2097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1029;ReadPosRankSum=-1.929;SC=TTGCAAGGGGAACCATGTTAA;SOR=0.624;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=133;TCF=53;TCR=80;TR=72;WE=22997532;WS=22997514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,106:0.48:221
chr14	22997654	rs2129000	T	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=4.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.532;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-0.644;SC=TATCCATATTTCATGGGGAGC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=14;WE=22997662;WS=22997644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr14	22998590	rs5807161	AG	A	2421.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=20;PP=1036;SC=CCAACCAGGCAGGGAACTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=22998598;WS=22998580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	22998619	rs5807162	AC	A	1828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=19;PP=819;SC=TGGGAAGGGAACCCACCTTAT;SOR=0.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=22;WE=22998627;WS=22998609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	22999179	rs11412657	T	TC	3506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=25;PP=1626;SC=AAAGGGGGAATCCAGCCAGAG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=22999187;WS=22999169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	22999202	rs11412658	A	AG	4220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=30;PP=2127;SC=CCCATGAGGGAGATAGCTGCA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=22999210;WS=22999192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	23000062	rs227003	T	C	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,68:0.47:145
chr14	23000185	rs227004	C	T	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=53;PP=1738;SC=GCCTGCTCTTCTCTGGCTGTT;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=90;WE=23000193;WS=23000175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	23001388	rs227006	T	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=71;ReadPosRankSum=-0.976;SC=CTTTTCCCTATGTAGATCATG;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=5;WE=23001396;WS=23001378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr14	23001547	rs1154153	T	C	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=837;ReadPosRankSum=1.095;SC=TGTTTTCCCCTTATCTGGTTT;SOR=0.652;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=59;WE=23001555;WS=23001537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,97:0.51:192
chr14	23002265	rs11289756	GC	G	531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=520;SC=GGGTCCAATGGCCCTCTTTGG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=12;WE=23002280;WS=23002255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	23002272	rs1154154	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.979;NF=8;NR=0;PP=141;ReadPosRankSum=1.462;SC=ATGGCCCTCTTTGGCCTCTTA;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=8;WE=23002280;WS=23002255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr14	23005041	rs5807163	A	AG	6041.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=44;PP=2957;SC=TGGCAATCCTAGCTATGGCCC;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=23005049;WS=23005031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	23006406	rs1263635	T	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	23006663	rs11396434	G	GC	1848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=1134;SC=AATGGCCACAGCACCCCCATC;SOR=1.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=25;WE=23006682;WS=23006653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	23006674	rs1154157	G	C	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=23;PP=686;SC=CACCCCCATCGCTACCCTGTG;SOR=1.514;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=23006682;WS=23006653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	23009291	rs1263637	G	C	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=26;PP=890;SC=ACACAGAAAGGCCCTACTCTG;SOR=0.992;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=23009299;WS=23009281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	23011096	rs1263639	T	A	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=10;PP=647;SC=CCAGCCAGGCTTGCCCTGCCC;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=23011104;WS=23011086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	23014062	rs1263641	G	C	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=17;PP=726;SC=CCCATGCCCAGAGTTTCCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=23014070;WS=23014052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	23014148	rs1263642	A	G	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	23020688	rs11462449	G	GC	6854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=64;PP=2957;SC=CCCCGGCAATGCACCAACTGG;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=22;TCR=64;TR=86;WE=23020696;WS=23020678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	23020706	rs17461	C	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.233;QD=6.64;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,71:0.40:177
chr14	23020820	rs5807168	G	GC	7039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=58;PP=2954;SC=GGCTGCTGCAGCTCCGCTGGC;SOR=0.764;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=21;TCR=59;TR=79;WE=23020833;WS=23020810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr14	23020825	rs3699	G	C	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=2.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,82:0.46:179
chr14	23026369	rs33982989	C	CG	234.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=222;SC=GGCTGGAGTCCGGATCCACCA;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=23026377;WS=23026359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	23027743	rs4982639	G	C	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=395;ReadPosRankSum=-1.149;SC=GCCAGAACACGCCACGTCACT;SOR=0.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=26;WE=23027751;WS=23027733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr14	23044002	rs7621	G	T	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=361;ReadPosRankSum=1.775;SC=ATGAGAATGAGTCAGCCAACA;SOR=0.682;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=27;WE=23044010;WS=23043992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr14	23058084	rs1051101	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=379;ReadPosRankSum=0.051;SC=AAGGTACTCCAGTCCGCGCCC;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=32;WE=23058092;WS=23058074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr14	23072194	rs8023110	G	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=226;ReadPosRankSum=1.748;SC=AGTTGGGGAGGGTTCGGGAAT;SOR=1.942;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=12;WE=23072202;WS=23072184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr14	23072761	rs12879942	C	A	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.201;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=346;ReadPosRankSum=-1.072;SC=CATTCCCAGGCGATTTAAGGG;SOR=1.064;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=21;WE=23072769;WS=23072751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr14	23074899	rs1242924	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.015;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=303;ReadPosRankSum=0.585;SC=AGAGCGCTGTCGGGAGGTGGT;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=19;WE=23074907;WS=23074889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr14	23078969	rs140776429	C	CT	82.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.719;SC=TTTGGAATATCTTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=5;WE=23078977;WS=23078959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr14	23079730	rs1242933	A	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=4;PP=467;SC=CAGGAATAAAAGGCCATCCCA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=23079738;WS=23079720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr14	23102784	rs1753429	A	G	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.094;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=560;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TCCTCTTTTCAAAAACTCCTC;SOR=0.574;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=39;WE=23102792;WS=23102774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,69:0.51:136
chr14	23102882	rs1681596	C	A	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=1201;ReadPosRankSum=0.247;SC=GGAGTCACCACACTGCTCAGA;SOR=0.715;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=39;WE=23102904;WS=23102872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,59:0.49:120
chr14	23102896	rs1681597	A	G	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=2.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.20;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,56:0.48:116
chr14	23102969	rs1753430	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=393;ReadPosRankSum=0.116;SC=ATGCCACTAGGAATGATGACT;SOR=0.736;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=26;WE=23102977;WS=23102959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr14	23103040	rs3829405	C	T	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=5.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.60;ReadPosRankSum=-2.419;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,59:0.49:120
chr14	23103223	rs117737960	A	G	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=19;PP=575;ReadPosRankSum=-0.166;SC=ACAGAAGGGCAGCTGGGAGAT;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=131;TCF=69;TCR=62;TR=41;WE=23103231;WS=23103213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,68:0.37:183
chr14	23103282	rs3751481	T	C	2218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=862;ReadPosRankSum=0.293;SC=CCCAAGAGAATACAACGGTCC;SOR=0.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=147;TCF=78;TCR=69;TR=59;WE=23103290;WS=23103272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,113:0.45:249
chr14	23103347	rs3751482	T	C	4497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.90;ReadPosRankSum=-1.145;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,122:0.51:238
chr14	23103354	rs3751483	AC	GT	4450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.51;ReadPosRankSum=-0.877;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,110:0.51:217
chr14	23103743	rs56305436	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=296;ReadPosRankSum=0.487;SC=GCTCAATTCTCCTAACAGAAC;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=15;WE=23103751;WS=23103733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr14	23235697	rs1957373	C	T	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=827;ReadPosRankSum=1.234;SC=CTTCAACTTCCTTTCAATCTC;SOR=0.796;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=75;TCR=47;TR=55;WE=23235705;WS=23235687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,101:0.48:212
chr14	23235808	rs1957374	G	A	3093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.413;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1343;ReadPosRankSum=-1.699;SC=CGCCTGATCTGCGGCTACAAT;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=109;TCR=90;TR=97;WE=23235816;WS=23235798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,155:0.51:306
chr14	23236524	rs8572	C	T	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=47;PP=1794;SC=CTATTCCCAGCAGCCCCGTGC;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=103;WE=23236532;WS=23236514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	23239512	rs2075846	A	G	2345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.261;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1091;ReadPosRankSum=3.064;SC=TTCCTTCCTTATTTCATCCAG;SOR=0.647;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=156;TCF=79;TCR=77;TR=82;WE=23239520;WS=23239502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,117:0.52:225
chr14	23239880	rs1957502	G	A	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=694;SC=GTGAACTGGGGTTGGAGGGTA;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=23239888;WS=23239870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	23240328	rs8786	T	A	1923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1165;ReadPosRankSum=0.879;SC=TCCCCCAGCGTGTTGTACATG;SOR=0.880;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=73;WE=23240336;WS=23240318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,95:0.47:200
chr14	23240713	rs148216086	T	TAGC	5230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=48;PP=2724;ReadPosRankSum=1.329;SC=CCAATATCCCTAGCAGCAGCA;SOR=0.744;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=165;TCF=26;TCR=139;TR=60;WE=23240727;WS=23240703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,139:0.41:343
chr14	23242828	rs1061040	T	C	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=31;PP=1066;SC=TTTAGTTAGATTTGGGATCCC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=23242836;WS=23242818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	23244929	rs3751485	A	T	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.239;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=289;ReadPosRankSum=1.004;SC=ACAAGAAGAAAGAGGTTGTGG;SOR=3.690;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=15;WE=23244937;WS=23244919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr14	23245301	rs3850290	T	C	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=19;PP=893;SC=CTAAATGAACTCCTTTCAAGG;SOR=0.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=40;WE=23245309;WS=23245291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	23282110	rs8018462	A	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=273;ReadPosRankSum=-0.247;SC=CCCACTTACAAATGCAGGCAG;SOR=0.624;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=17;WE=23282118;WS=23282100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr14	23282449	rs1805059	C	T	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.069;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=49;PP=1284;ReadPosRankSum=0.119;SC=CAAAGATGCCCGAGCCGATCA;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=182;TCF=89;TCR=93;TR=94;WE=23282457;WS=23282439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,135:0.52:262
chr14	23282699	rs3829407	A	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.452;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=0.407;SC=GCAATTACATAGAACCTCTAC;SOR=1.139;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=18;WE=23282707;WS=23282689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr14	23282750	rs7157654	A	C	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.918;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCACCAACCAATGCGGAGACC;SOR=1.371;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=12;WE=23282758;WS=23282740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr14	23286343	rs10130537	T	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.12;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	23286350	rs111507412	T	TATTTTTTA	871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.28;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	23286528	rs150800938	TTTTTA	T	1842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=16;PP=949;SC=TATTTCGGTATTTTTATTTTA;SOR=0.892;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=19;WE=23286540;WS=23286518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	23299135	rs1135641	G	T	2442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=20;PP=1048;SC=GCTGCTTTAGGGACTGTTCTC;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=23299143;WS=23299125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	23299286	rs4982685	T	C	4475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=50;PP=2284;SC=CACTGCAGCGTAGCCGCTTGG;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=107;WE=23299294;WS=23299276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	23300095	rs9646148	T	G	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=31;PP=1469;SC=TAGTAGCAAATCCAGGACTAG;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=75;WE=23300103;WS=23300085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	23302585	rs12050397	T	A	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.291;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=670;ReadPosRankSum=2.042;SC=GGTGATGCAGTCCATCTCTAA;SOR=0.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=41;WE=23302593;WS=23302575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr14	23306048	rs1042703	C	T	9032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=84;PP=2965;SC=CCCAAGACCCCCCCGTTGTCT;SOR=0.738;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=181;TCF=97;TCR=84;TR=174;WE=23306056;WS=23306038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr14	23311042	rs17879412	CT	C	502.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.649;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=784;ReadPosRankSum=-0.699;SC=CACAGCAAGTCTTACCCAACA;SOR=1.158;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=13;WE=23311052;WS=23311037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr14	23311044	rs57542488	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.649;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=798;ReadPosRankSum=-1.025;SC=CAGCAAGTCTTACCCAACACT;SOR=1.158;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=13;WE=23311052;WS=23311037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr14	23312869	rs2236305	G	T	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.44;ReadPosRankSum=-1.958;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr14	23312875	rs2236306	G	C	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.34;ReadPosRankSum=-2.377;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr14	23312923	rs2236307	T	C	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=45;PP=1592;ReadPosRankSum=2.220;SC=CCCCAGGGGGTGAGTCAGGGT;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=127;TCR=81;TR=117;WE=23312931;WS=23312913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,136:0.52:264
chr14	23313182	rs2236308	A	G	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=31;PP=681;ReadPosRankSum=0.240;SC=AGGCAGGTGGATCACCTGAGG;SOR=0.671;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=35;WE=23313190;WS=23313172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr14	23314675	rs911912	C	T	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=341;SC=TGGAAAACAACGGCGATGATA;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=23314683;WS=23314665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	23315331	rs743257	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=5;PP=145;SC=GGGTGGGCTGTTCCCATCGTC;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=23315339;WS=23315321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	23342735	rs144635209	CT	C	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,44:0.31:144
chr14	23355548	rs3751490	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.53;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,20:0.71:28
chr14	23371055	rs1127066	G	C	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.339;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=1211;ReadPosRankSum=0.819;SC=TGGAGAGCTGGAAACACTGGG;SOR=0.532;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=159;TCF=93;TCR=66;TR=76;WE=23371063;WS=23371045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,103:0.47:217
chr14	23371255	rs61680322	G	GGGC	4075.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.751;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.832;NF=11;NR=64;PP=2830;ReadPosRankSum=1.837;SC=GCAGCAGCCTGGGCGGCGGCG;SOR=0.956;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=201;TCF=36;TCR=165;TR=75;WE=23371275;WS=23371245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,114:0.39:294
chr14	23373986	rs1043209	G	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=238;ReadPosRankSum=0.015;SC=GTATGCAGCAGGTTAATCACG;SOR=0.824;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=17;WE=23373994;WS=23373976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr14	23374435	rs2295680	G	A	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=851;ReadPosRankSum=-0.675;SC=TCCGATCTGAGATGATACGTA;SOR=0.630;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=58;WE=23374443;WS=23374425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,76:0.46:166
chr14	23374862	rs2295682	C	T	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,113:0.48:235
chr14	23391533	rs144411999	C	CACAA	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.396;NF=3;NR=7;PP=455;ReadPosRankSum=-1.468;SC=TCTCTAATCACACAAAGATCT;SOR=0.746;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=10;WE=23391541;WS=23391523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr14	23391913	rs8007089	T	C	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=31;PP=1154;SC=AAGAAGCCCGTACCCCTCTAG;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=23391921;WS=23391903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	23394007	rs1956880	T	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;ReadPosRankSum=0.223;SC=GCTTTCTGAGTTTTAGTAAGA;SOR=0.653;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=9;WE=23394015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr14	23394069	rs1956881	A	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=235;ReadPosRankSum=-0.880;SC=TTCCTCCTCTAAGTGCACTCC;SOR=0.593;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=18;WE=23394077;WS=23394059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr14	23394374	.	TTA	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.468;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.119;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr14	23396680	rs12589539	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	23416252	rs2008951	C	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=272;ReadPosRankSum=1.312;SC=CTCGGCCTCCCAAAGTGCTGG;SOR=0.476;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=20;WE=23416260;WS=23416242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr14	23424186	rs2016392	A	G	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=14;PP=667;SC=CACCCACCTCAGCCTCCCAAA;SOR=1.201;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=23424194;WS=23424176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	23426182	rs2273626	C	A	1286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=581;ReadPosRankSum=-1.338;SC=TCGGCTGGGGCGGGCTGGCCA;SOR=0.605;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=38;WE=23426190;WS=23426172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,66:0.44:150
chr14	23456315	rs1043675	T	C	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=229;ReadPosRankSum=0.770;SC=GAGGCAAATTTGCTTTCTCAG;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=16;WE=23456323;WS=23456305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr14	23459156	rs11624528	G	A	1103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=503;ReadPosRankSum=-2.010;SC=TCCCTCCACAGCCTAAGAAGG;SOR=0.444;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=85;TCF=47;TCR=38;TR=37;WE=23459164;WS=23459146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,55:0.48:115
chr14	23496860	.	G	GA	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.909;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,17:0.22:76
chr14	23504238	rs4144360	G	A	179.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=6;PP=144;SC=CAAAAAGAAGGGCCAGATGCG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=23504246;WS=23504228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	23511357	rs4981456	G	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=2;PP=149;SC=CAGCTTCTCTGTAGCGTCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=23511365;WS=23511347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	23523244	rs11625828	C	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=288;ReadPosRankSum=1.165;SC=TCTCTAAGCTCCAACAGAGAG;SOR=0.375;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=21;WE=23523252;WS=23523234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr14	23524137	rs11418548	T	TG	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.004;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr14	23530622	rs60168438	T	C	2528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=27;PP=851;ReadPosRankSum=-1.314;SC=ATTCACGCTCTGATCGAGTCC;SOR=0.757;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=132;TCF=66;TCR=66;TR=60;WE=23530630;WS=23530612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,123:0.51:240
chr14	23530908	rs56402910	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=0.165;SC=GATGGCCGGGCGCGGTGGCTC;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=23530916;WS=23530898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr14	23532865	rs57315948	A	G	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=335;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GTTCCCCGGTAAGAGTAGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=23;WE=23532873;WS=23532855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr14	23548783	rs148403158	A	AGAACGT	5463.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=25;PP=2873;SC=ATGCTGAACGAGAACGTGAAC;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=43;WE=23548791;WS=23548773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	23549285	rs3751501	G	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=7.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.909;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr14	23549319	rs1885097	A	G	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	23549379	rs941719	C	G	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.03;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	23549379	.	CGGGG	GGGGG,GGGGT	321	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000,0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=15,10;NR=21,11;PP=223,321;QD=7.16031145964;SC=ATGAGGACAGCGGGGGCTGGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36,21;WE=23549391;WS=23549369;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:36
chr14	23549383	rs45510791	G	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.314;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr14	23549785	rs3811182	T	C	6819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=87;PP=2965;SC=TTACTCTAGGTATCTCTTCCC;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=155;WE=23549793;WS=23549775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr14	23549878	rs3841035	TTCC	T	2157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=3.423;NF=6;NR=27;PP=1248;ReadPosRankSum=-1.114;SC=CATCATCTTCTTCCTCCTCCT;SOR=0.692;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=33;WE=23549888;WS=23549868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr14	23550126	rs4982727	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=325;SC=CAATGATATATACTTTCAGCA;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=23550134;WS=23550116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	23550887	rs717984	C	A	3676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=45;PP=2000;SC=AAACTCAAAACAAGTCTGAAG;SOR=1.027;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=114;WE=23550895;WS=23550877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	23559950	rs79721426	A	G	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CGCCCAAGAAAGATAACTAAA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=23559958;WS=23559940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	23562832	rs2273395	A	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=2.102;SC=CACAACCTCTAAATTAAACGC;SOR=1.230;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=13;WE=23562840;WS=23562822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr14	23571371	rs77224306	G	A	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.246;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=1127;ReadPosRankSum=0.779;SC=TGAAGGCAGCGAGGGTGATTG;SOR=0.852;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=70;WE=23571379;WS=23571361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,83:0.50:166
chr14	23571609	rs74593981	G	A	2993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=59;PP=1485;ReadPosRankSum=-1.257;SC=TGTTTGGCCAGGCTGAGGCTA;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=75;TCR=109;TR=99;WE=23571617;WS=23571599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,146:0.51:287
chr14	23571671	rs4444236	A	T	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=88;PP=2726;SC=CCTTGTCACTAGTTGCCTTGT;SOR=1.007;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=57;TCR=89;TR=145;WE=23571679;WS=23571661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr14	23571771	rs2236136	C	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=4.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.700;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=635;ReadPosRankSum=1.487;SC=GAAGGAAGGACGTTATGAGAT;SOR=0.938;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=36;WE=23571779;WS=23571761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr14	23572776	rs148655160	T	TAAAACAAAAC	1150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.02;QD=60.56;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	23574095	.	GGCA	G	292	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=1;NR=6;PP=292;QD=42.5714285714;SC=GACTAGTGGCGGCAGCAGCAG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=7;WE=23574105;WS=23574085;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr14	23574112	rs57331962	CA	C	668.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.174;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr14	23574114	rs55686792	GCA	G	668.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr14	23574116	.	A	G	94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=6;PP=94;QD=12.8771212547;SC=CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=10;WE=23574124;WS=23574106;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr14	23596320	rs761874	A	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=1;PP=311;SC=ATGTGTTGGCAGGACCAAGGC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=23596328;WS=23596312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr14	23597735	rs10132060	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=42;ReadPosRankSum=0.851;SC=GAGAAGCCCACAGGGATGGAG;SOR=1.075;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=7;WE=23597743;WS=23597725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr14	23598849	rs7157207	T	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=1.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	23598952	rs7157021	A	G	3824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=40;PP=1264;SC=TGAAGCCCACATAGTTGATGA;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=74;WE=23598960;WS=23598942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	23607246	rs1015089	C	A	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.955;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,46:0.64:72
chr14	23607271	rs1569951	C	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=308;ReadPosRankSum=-1.360;SC=AAGGAGAGGTCACCACTCCCC;SOR=0.947;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=24;WE=23607279;WS=23607261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr14	23609916	rs10151002	A	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=255;SC=CCCACCTCTCACCCCTCCCTG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=23609924;WS=23609906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	23612489	rs2273394	C	G	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=241;SC=ACAAGCAGAACTGCTCCCTCA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=23612497;WS=23612479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	23624583	rs8011016	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-1.494;SC=CCCCTCCTCCCTTCCTGGCTC;SOR=0.097;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=23624591;WS=23624573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr14	23731745	rs17128209	T	C	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.197;NF=11;NR=3;PP=176;ReadPosRankSum=1.236;SC=CTATAATACATGAGAGTAAGC;SOR=1.284;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=14;WE=23731753;WS=23731735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr14	23732091	rs11625337	AT	GC	5039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.539;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=2931;ReadPosRankSum=1.242;SC=CAAGGCAGGCATACCATTGAT;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=162;TCF=84;TCR=78;TR=81;WE=23732100;WS=23732081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,130:0.53:246
chr14	23733725	rs3811180	C	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=21;ReadPosRankSum=-0.812;SC=ATGCCCACTGCAGTAGAACAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=23733733;WS=23733715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr14	23744800	rs148005528	ACAT	A	765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.824;NF=13;NR=22;PP=652;ReadPosRankSum=1.759;SC=TTGTATGATCACATCATCATC;SOR=0.468;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=35;WE=23744810;WS=23744790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr14	23744826	rs67447855	TTCC	T	806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=2.114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.342;QD=11.86;ReadPosRankSum=1.673;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,25:0.37:68
chr14	23745533	rs10131813	C	T	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=376;ReadPosRankSum=0.307;SC=GGTTTAGAGGCGGCAGTAGCT;SOR=0.673;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=29;WE=23745541;WS=23745523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr14	23754944	rs117273314	C	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=310;ReadPosRankSum=2.066;SC=TACACAGACACTCACCCTCCC;SOR=0.530;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=25;WE=23754952;WS=23754934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr14	23777099	rs2231301	G	A	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=987;ReadPosRankSum=2.542;SC=CAGCTGACCCGCTGCACCAAG;SOR=0.615;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=72;WE=23777107;WS=23777089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,100:0.55:181
chr14	23777374	rs910332	A	G	1635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=33;PP=951;SC=CTGGAGACGCAGCTGGCTGAC;SOR=1.649;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=44;WE=23777382;WS=23777364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	23789096	rs10640563	C	CTT	2687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=36;PP=1890;SC=TAATGAGTCACTTGATTTTTT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=39;WE=23789104;WS=23789086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	23792019	rs8020117	T	C	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	23792416	rs45508899	A	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-0.935;SC=AGGTAATGGAATGATCAGTAA;SOR=0.593;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=6;WE=23792424;WS=23792406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	23816998	rs12896494	T	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=296;ReadPosRankSum=0.600;SC=CGCAGCCTTCTACAGTGCTGA;SOR=1.564;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=18;WE=23817006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr14	23818620	rs141228721	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=401;ReadPosRankSum=-3.289;SC=GCAGCACAATCCCGCGACGGC;SOR=1.306;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=24;WE=23818628;WS=23818610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr14	23821361	rs72542466	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=313;ReadPosRankSum=0.357;SC=AGGCATTAGGGGGGAAGGCCC;SOR=0.732;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=19;WE=23821369;WS=23821351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr14	23826792	rs2231811	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=388;ReadPosRankSum=0.932;SC=AGTGGCTCTGGCATTGCCCAG;SOR=0.671;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=32;WE=23826800;WS=23826782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,41:0.42:97
chr14	23826822	rs2231809	C	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=453;ReadPosRankSum=1.035;SC=ACAGGAGCTGCAGATCTCCGG;SOR=0.631;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=32;WE=23826830;WS=23826812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr14	23830042	rs2231798	T	C	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.34;ReadPosRankSum=-1.447;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr14	23830048	rs2231797	T	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=2.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.20;ReadPosRankSum=-1.949;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr14	23842017	rs7145531	C	T	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=214;ReadPosRankSum=0.504;SC=TGTTTTTTAACCTCAAGTCAC;SOR=0.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=15;WE=23842025;WS=23842007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr14	23842040	rs7145551	C	T	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=267;ReadPosRankSum=2.210;SC=CCTAAAAAGACAGTGGAAATA;SOR=0.789;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=19;WE=23842048;WS=23842030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,42:0.58:73
chr14	23844979	rs79877597	C	A	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=30;PP=885;ReadPosRankSum=1.942;SC=TGTCTTCTACCGGCGGCCATG;SOR=0.721;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=142;TCF=68;TCR=74;TR=55;WE=23844987;WS=23844969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,127:0.45:285
chr14	23848311	rs723840	C	T	5250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=58;PP=2278;SC=CCTCCCGGGACGGAGCTGCCA;SOR=0.831;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=131;TCF=73;TCR=58;TR=129;WE=23848319;WS=23848301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr14	23851874	rs178636	A	G	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.36;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	23851882	rs10135780	C	A	2679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.93;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	23852651	rs35182223	T	G	268.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=11;PP=288;SC=ATGATCCAGGTCAAAGAGGTG;SOR=4.615;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=23852659;WS=23852641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	23853629	rs8006357	T	C	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.58;QD=24.95;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	23854324	rs178638	A	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=15;PP=413;SC=TTTCTCCAGAAAGAATTAAAG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=23854332;WS=23854314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	23854352	rs178639	A	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=272;SC=TTTTTTTTTTAAAACAACAAG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=23854360;WS=23854342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	23855569	rs178640	A	G	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=25;PP=1015;SC=GGGCCTCGGCAGCCATGCGGT;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=23855577;WS=23855559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	23855849	rs2071634	C	T	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=22.92;SOR=3.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	23858271	rs193922652	AG	A	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=7.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=-2.609;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr14	23859714	rs112405990	C	T	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.294;NF=7;NR=15;PP=266;ReadPosRankSum=-1.041;SC=GGAATCCCCCCGGCTCTGAAA;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=22;WE=23859722;WS=23859704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr14	23861811	rs365990	A	G	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.544;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,67:0.57:118
chr14	23865885	rs452036	G	A	2879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=1061;ReadPosRankSum=0.163;SC=CAACCACCCAGTGGGGCTCTA;SOR=0.738;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=181;TCF=88;TCR=93;TR=87;WE=23865893;WS=23865875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,156:0.45:343
chr14	23866713	rs412768	A	G	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=271;ReadPosRankSum=-0.610;SC=GGGCTGGGCCATTCCACCAGG;SOR=1.167;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=18;WE=23866721;WS=23866703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr14	23869993	rs61731179	G	A	3776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.152;NF=64;NR=43;PP=1665;ReadPosRankSum=-0.606;SC=CCAGGGTGGCGTTGATGCGCG;SOR=0.716;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=114;TCR=75;TR=107;WE=23870001;WS=23869983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,179:0.51:349
chr14	23872666	rs434273	T	C	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=352;ReadPosRankSum=-1.089;SC=CTGAGGTGGGTGGAGGGGAGG;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=32;WE=23872674;WS=23872656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,47:0.43:110
chr14	23873092	rs388914	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-2.276;SC=AAATGTAAACGACCTCTTTGG;SOR=0.283;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=18;WE=23873100;WS=23873082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr14	23874117	rs440466	T	C	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=57;PP=1200;ReadPosRankSum=0.427;SC=CTTCCCAGCCTGGCCATCAGA;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=95;TCR=120;TR=103;WE=23874125;WS=23874107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,176:0.49:361
chr14	23874523	rs2277474	C	T	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,89:0.45:197
chr14	23892645	rs35748206	AACAC	A,AAC	732.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.691;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.539;QD=22.90;ReadPosRankSum=1.455;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,9,20:0.28,0.62:32
chr14	23902753	rs2069540	G	A	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=26;PP=1468;SC=TGCCATACTCGGTCTCGGCAG;SOR=1.167;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=73;WE=23902761;WS=23902743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	23924704	rs2331984	G	A	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	23924744	rs57772187	T	TAAAA	139.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	23924767	rs60519724	AT	A	439.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=8;PP=367;SC=AAAGCTGAGAATTTTTTTAAA;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=14;WE=23924775;WS=23924757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	23924818	rs8005802	C	A	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.53;QD=40.92;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	23924830	rs10131038	A	G	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=43.99;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	23938813	rs8015781	A	G	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=19;PP=1156;SC=GGAAGTGAGAAAGCCCTTATT;SOR=1.320;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=58;WE=23938821;WS=23938803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	23939927	rs5807217	GT	G	40.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=0.180;SC=GAAGTGGAAAGTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=23939935;WS=23939926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	23940081	rs1028587	A	G	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	23940086	rs1028588	A	G	4263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.36;SOR=1.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	23940089	rs3215682	AC	A	4309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=25;PP=2314;SC=TAATCTAATCACTTGTTTTAT;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=54;WE=23940097;WS=23940071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	23944505	rs2236260	G	A	4824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.59;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	23944514	rs2236261	C	A	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	23945366	rs2295706	A	G	5021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=59;PP=2359;SC=ATTATGGTATAAACTTTGGCT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=122;WE=23945374;WS=23945356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr14	23947374	rs1956950	G	A	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=7;PP=152;SC=AATTGATTTTGCTTATGAATT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=23947382;WS=23947364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	23991105	rs223122	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=297;SC=AGCTCCCACCGAACACCCCTT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=23991113;WS=23991095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	23999306	rs3742488	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=2.230;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr14	23999520	rs7150257	A	G	1820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=734;ReadPosRankSum=0.073;SC=GGATGGCTCAATCAGCAGGTA;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=48;WE=23999528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,92:0.45:206
chr14	24000990	.	C	CT	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.068;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,21:0.24:88
chr14	24002459	rs142802231	GGAGGA	G	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=356;ReadPosRankSum=-0.409;SC=TTGGCCCTGGGGAGGAGAGAA;SOR=1.371;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=8;WE=24002471;WS=24002449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr14	24002887	rs3742489	G	T	3159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=48;PP=1498;ReadPosRankSum=-2.152;SC=GATGCCTCTGGTGGACTTCCC;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=201;TCF=108;TCR=93;TR=102;WE=24002895;WS=24002877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,154:0.52:294
chr14	24031694	rs58786222	AC	A	3878.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=55;PP=1907;ReadPosRankSum=1.130;SC=TCCTCAGTGTACCCCCAATGA;SOR=0.714;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=158;TCF=28;TCR=130;TR=65;WE=24031702;WS=24031684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,158:0.39:404
chr14	24033070	rs2281680	C	T	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=288;ReadPosRankSum=0.776;SC=GCTCTCCTGGCAGGAGAAAGA;SOR=0.759;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=20;WE=24033078;WS=24033060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr14	24429194	rs79275197	T	C	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQRankSum=-5.762;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.014;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,75:0.63:119
chr14	24436381	rs33966071	GA	G	1273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=-3.595;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,87:0.46:190
chr14	24439209	rs141737044	C	T	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.913;NF=6;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=2.309;SC=CCTCACCGCCCGGGCTTTACT;SOR=0.919;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=8;WE=24439217;WS=24439199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,12:0.26:47
chr14	24439588	rs4048584	G	A	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.51;MQRankSum=0.696;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.832;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr14	24459443	rs45579231	G	C	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=52;PP=1583;SC=CCACGTGGTCGTCAGCAGCCG;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=24459451;WS=24459433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	24473478	.	TA	T	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr14	24476689	.	T	TGG	138.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;QD=23.13;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	24505614	rs8006288	A	G	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.904;NF=23;NR=14;PP=554;ReadPosRankSum=-0.920;SC=GCGGGGAGGGAGCAGGCAGGG;SOR=0.622;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=37;WE=24505622;WS=24505604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,65:0.53:123
chr14	24505722	rs8005834	C	G	4355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.371;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=45;PP=1353;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCACAAGGCGCGGCTACGAGG;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=92;TCR=81;TR=95;WE=24505730;WS=24505712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,220:0.57:386
chr14	24507003	rs28599797	A	C	1780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=676;ReadPosRankSum=-1.878;SC=CCCACGTGGTAGTCAGCCGCC;SOR=0.412;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=96;TCF=41;TCR=55;TR=52;WE=24507011;WS=24506993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,88:0.56:158
chr14	24512897	rs62000819	C	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=108;SC=ACTTGGGAGGCTGAGGCAGGA;SOR=1.765;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=24512905;WS=24512887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	24512997	.	C	CA	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=3.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=1.329;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr14	24519959	rs6573541	T	C	4007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=26;PP=1826;SC=CCTGAAAAGTTATCTGATAAT;SOR=1.304;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=63;TCR=28;TR=89;WE=24519967;WS=24519949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	24522821	rs9972282	C	T	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	24523594	rs11158525	G	A	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=56;PP=2089;SC=CTGACGCTTCGTCTCCCCCAG;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=117;WE=24523602;WS=24523584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	24525634	rs4982851	C	A	11565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=128;PP=2965;SC=TGTCCCCATCCCAATGCAGAC;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=121;TCR=129;TR=249;WE=24525642;WS=24525624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,448:1.00:448
chr14	24525782	rs4982852	A	G	6581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=87;PP=2965;SC=TGCCACCTGCACCCACTGCCC;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=182;TCF=95;TCR=87;TR=182;WE=24525790;WS=24525772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr14	24526287	rs7161473	G	C	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=86;NR=52;PP=2675;SC=TAAGCTTCAGGAGCTGGGAGG;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=86;TCR=52;TR=138;WE=24526295;WS=24526277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr14	24526593	rs12431698	A	G	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=19;PP=475;SC=GTATAAAGCAATGTCCATAGT;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=24526601;WS=24526583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	24529890	rs1951635	A	G	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=791;ReadPosRankSum=0.821;SC=CCCTGAGACTATGCCCCCTGG;SOR=0.883;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=44;WE=24529898;WS=24529880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr14	24533539	rs10146906	C	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=340;ReadPosRankSum=1.212;SC=CCGAAGGGTCCTGGAGGAAAG;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=29;WE=24533547;WS=24533529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
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chr14	24544248	rs2073350	C	T	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=398;ReadPosRankSum=1.262;SC=TCCGGGCAGGCTGAGGATGTC;SOR=0.919;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=26;WE=24544256;WS=24544238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr14	24545366	rs2070342	T	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=1254;ReadPosRankSum=2.280;SC=AGGTGGCCATTGACTTCACCG;SOR=0.507;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=32;WE=24545383;WS=24545356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,40:0.52:77
chr14	24545375	rs2070341	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=1249;ReadPosRankSum=-1.148;SC=TTGACTTCACCGCCTCCAATG;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=37;WE=24545383;WS=24545356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,40:0.47:85
chr14	24545835	rs45621931	C	T	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.144;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,159:0.44:365
chr14	24545984	rs2070345	G	C	776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.356;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,41:0.41:101
chr14	24563212	rs4982856	T	C	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.762;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,67:0.41:164
chr14	24563339	rs4982857	A	G	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	24567304	rs2759409	C	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=216;ReadPosRankSum=0.446;SC=GGTGGGGAAACATAAGGCCAA;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=16;WE=24567312;WS=24567294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr14	24567498	rs3021119	A	C	6838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=76;PP=2896;SC=GACACGGTACAACTCCCGCCT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=75;TCR=76;TR=151;WE=24567506;WS=24567488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr14	24569641	.	C	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.377;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr14	24587515	rs2277480	G	A	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.696;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=603;ReadPosRankSum=-1.235;SC=AGACTCCACAGGTACACTGAG;SOR=0.925;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=36;WE=24587523;WS=24587505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr14	24587545	rs2277481	A	G	1394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=3.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,68:0.50:135
chr14	24587639	rs3825584	G	A	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.512;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,105:0.52:202
chr14	24587667	rs17101367	C	T	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=1.215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,86:0.52:165
chr14	24587795	rs2277482	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.180;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=321;ReadPosRankSum=0.480;SC=CCTGAGGTTTCCATGTGCCTG;SOR=0.525;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=19;WE=24587803;WS=24587785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr14	24600390	rs927494	T	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=309;ReadPosRankSum=-1.190;SC=GACCTCTGATTTCCCTGTGGA;SOR=0.456;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=17;WE=24600398;WS=24600380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr14	24601318	rs11574503	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.065;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=94;ReadPosRankSum=-0.565;SC=AGGAGAGAACGAGTGATGATG;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=8;WE=24601326;WS=24601317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	24614361	rs7146672	T	G	5938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=81;NR=57;PP=2572;SC=TCCACACTTATGGACTGTGAG;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=81;TCR=57;TR=138;WE=24614369;WS=24614351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr14	24615435	rs4575	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=252;ReadPosRankSum=0.382;SC=AAAGATTCTGTCTGAAGACCT;SOR=0.608;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=22;WE=24615443;WS=24615425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr14	24617238	rs2273913	C	T	5509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=78;PP=2077;ReadPosRankSum=-0.377;SC=TGGAGAAATACGGCCGCAACC;SOR=0.750;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=293;TCF=138;TCR=155;TR=145;WE=24617246;WS=24617228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,277:0.51:538
chr14	24624741	rs2295979	C	G	4562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=84;PP=2947;SC=CTGCCCAGGGCAGCTACTGTG;SOR=1.409;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=43;TCR=84;TR=127;WE=24624749;WS=24624731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	24625031	rs4982862	C	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=12;PP=259;SC=TTACAGACTACTCAGAAAGAC;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=24625039;WS=24625021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	24635589	rs111232493	C	CT	339.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=2.399;HP=12;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=174;ReadPosRankSum=-0.112;SC=ATTTTTTATCCTTTTTTTTTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=14;WE=24635597;WS=24635579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,18:0.78:23
chr14	24644935	rs374208755	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	24646406	rs10690822	G	GGAA	4280.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=26;PP=2569;SC=TGATCGCAGAGGAAGAAGCTA;SOR=1.190;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=48;WE=24646414;WS=24646396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	24647522	rs3736840	G	T	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=33;PP=954;SC=TCAGGTGGGTGGGGGGAGGAT;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=24647530;WS=24647512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	24647814	rs1885711	T	C	1755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=8;PP=1175;SC=CTACACAGCCTATGGTGCAGC;SOR=2.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=52;WE=24647822;WS=24647804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	24647957	rs1885710	C	T	10662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr14	24649835	rs2273911	T	C	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=30;PP=1353;SC=TGCCCCAGGCTCTCTGAGCCC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=65;WE=24649843;WS=24649825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	24650047	rs7145633	A	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=417;SC=GAGTGGCAGAATCTCTTATCA;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=24650055;WS=24650037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	24652107	rs34130297	A	AG	5972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=59;PP=2974;SC=TCATGGGGGTAGGGGGTGGAC;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=87;TCF=25;TCR=62;TR=81;WE=24652115;WS=24652097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr14	24653523	rs11550452	G	C	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=14;PP=462;SC=CGCAAGTCAGGGTCGTCTACC;SOR=0.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=29;WE=24653531;WS=24653513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	24653954	rs7146310	G	A	3266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=33;PP=1374;SC=CAGCAGCGAGGCCTGGGCAGC;SOR=0.810;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=44;TCR=33;TR=77;WE=24653962;WS=24653944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	24654489	rs2025258	T	C	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=51;PP=1826;SC=GCAGTGGCATTACCTCCCTTG;SOR=1.450;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=24654497;WS=24654479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	24656251	rs2295978	C	T	9401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=111;NR=101;PP=2965;SC=GACACTTCTGCACTCTCCTTC;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=212;TCF=111;TCR=101;TR=212;WE=24656259;WS=24656241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr14	24656546	.	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.539;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=290;ReadPosRankSum=-1.320;SC=TAACTTTTACGGGTGAGGACA;SOR=1.190;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=18;WE=24656554;WS=24656536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr14	24657407	rs6573607	T	G	2389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=26;PP=1104;SC=CCGAGAGAAGTGGGTAGGTAC;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=24657415;WS=24657397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	24659408	rs67843857	ACT	A	361.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=256;SC=TAAGTGAGACACTCTCATATC;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=24659417;WS=24659398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	24662177	rs10583	C	T	4773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=1592;ReadPosRankSum=3.535;SC=GTCACTCCGACGCTCCACTGA;SOR=0.533;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=274;TCF=126;TCR=148;TR=125;WE=24662185;WS=24662167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,242:0.51:471
chr14	24679877	rs2295322	C	T	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.469;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,129:0.54:240
chr14	24682858	rs140566221	T	G	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=27;PP=578;ReadPosRankSum=0.663;SC=AGCTGCCACATCATTTTCTAT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=41;WE=24682866;WS=24682848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,49:0.42:118
chr14	24686480	rs149980708	TTTG	T	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=241;ReadPosRankSum=0.109;SC=TTAGGAGTTTTTTGTTGTTGT;SOR=0.593;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=6;WE=24686490;WS=24686470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr14	24701598	.	ACCCC	A,AC	935.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=6.702;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=29.24;ReadPosRankSum=1.468;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,9,20:0.28,0.62:32
chr14	24702987	rs11158615	A	G	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=76;PP=2302;SC=GGCCATCTGAATTAGTGAGAT;SOR=1.199;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=46;TCR=77;TR=122;WE=24702995;WS=24702977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr14	24710819	rs5807249	CA	C	113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.373;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr14	24718379	rs41294726	TCTCCGGGAGCCCTGGACTCCCC	T	1891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=5;PP=2967;SC=ACTGACTCCCTCTCCGGGAGC;SOR=3.865;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=29;WE=24718408;WS=24718370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	24718515	rs2229463	G	A	6570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=61;PP=2566;SC=CTCCTGGCACGGGGCTAAGCT;SOR=0.774;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=132;WE=24718523;WS=24718505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr14	24734645	rs2180196	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	24735624	rs2877612	A	G	2886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=729;ReadPosRankSum=-1.198;SC=AGGCACCCAGAAGGAAGGATA;SOR=0.673;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=135;TCF=72;TCR=63;TR=52;WE=24735632;WS=24735614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,149:0.48:308
chr14	24736027	rs14193	G	A	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=468;ReadPosRankSum=1.561;SC=GGGTTCGGAGGCGATTGTGTG;SOR=1.018;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=40;WE=24736035;WS=24736017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,57:0.47:120
chr14	24736961	rs729421	T	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=0.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr14	24737203	rs941502	A	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=492;ReadPosRankSum=-1.915;SC=TTCTCTTGGAACCTCCTCTGC;SOR=0.939;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=30;WE=24737211;WS=24737193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr14	24738379	rs59227799	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=725;ReadPosRankSum=-0.982;SC=TCTGTGGGGTTCCAGGAGGCA;SOR=1.000;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=43;WE=24738387;WS=24738369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,59:0.35:168
chr14	24739055	rs2295313	T	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=-0.260;SC=ACCAGCTCAGTGGACCCATCC;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=15;WE=24739063;WS=24739054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr14	24739363	rs58050348	A	AG	661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.865;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.194;NF=5;NR=15;PP=350;ReadPosRankSum=1.209;SC=CCAGAAGGGAAGGGGGGGGTC;SOR=0.549;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=20;WE=24739371;WS=24739353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr14	24740272	rs78807053	G	A	1262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=674;ReadPosRankSum=0.159;SC=CACTGGGGGTGAGGGCGCGGG;SOR=0.484;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=45;WE=24740280;WS=24740262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,60:0.63:95
chr14	24760808	rs1131941	C	T	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=0.468;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr14	24761690	rs1051883	C	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.903;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=304;ReadPosRankSum=0.747;SC=GATGCCTACTCTAGCCAACCA;SOR=0.111;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=17;WE=24761698;WS=24761680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr14	24765684	rs2295306	G	A	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=116;ReadPosRankSum=-0.912;SC=AGTGAGTGAGGGAACATGGGT;SOR=0.193;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=8;WE=24765692;WS=24765674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr14	24769663	rs11158632	T	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=695;ReadPosRankSum=-0.029;SC=AGGCCCTAGCTTTGTCCACGA;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=49;WE=24769671;WS=24769653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr14	24769849	rs113258190	A	AGAG,AGAGGAGGAG	2703.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.319;NF=6,6;NR=30,30;PP=835,1939;ReadPosRankSum=2.178;SC=GGAGTGCTGCAGAGGAGGAGG;SOR=0.625;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=36,36;WE=24769857;WS=24769839;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.44,0.44:81
chr14	24771080	rs4374085	T	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=-0.275;SC=TTTGTGTCCATAGTGCCCTGT;SOR=0.148;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=24771088;WS=24771070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	24771101	rs4366641	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.059;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	24771137	rs4247000	G	A	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=9;PP=606;SC=CTGGATTTTGGGAAAGCCGCT;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=24771145;WS=24771127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	24771256	rs4247001	T	C	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=24;PP=1091;SC=TTTGCGCTCATCTCTGCAATG;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=57;WE=24771264;WS=24771246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	24771285	rs4280164	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=304;ReadPosRankSum=-0.932;SC=GGCTACCTGAGTACTCGCGGT;SOR=0.743;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=23;WE=24771293;WS=24771275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr14	24772822	rs4982894	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=247;ReadPosRankSum=0.721;SC=CTGCTTTCATGGAGCTAACAT;SOR=0.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=19;WE=24772830;WS=24772812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr14	24772922	rs4982895	C	T	4921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr14	24773387	rs2144494	T	C	3301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=48;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.789;SC=TTCTGTCCCTTGCCCAAAGTC;SOR=0.606;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=198;TCF=95;TCR=103;TR=98;WE=24773395;WS=24773377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,164:0.50:326
chr14	24776769	rs11158635	G	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.675;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=301;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GGGGCTTGGTGAGTGTAAAGG;SOR=0.892;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=23;WE=24776777;WS=24776759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,42:0.46:92
chr14	24791136	rs4981504	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=0.470;SC=TTGTGAAAACAAAGACGCTTG;SOR=1.781;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=12;WE=24791144;WS=24791126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr14	24793600	rs1884366	G	A	3533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=48;PP=1588;SC=CTGGGGGCCTGAAGGGAGACA;SOR=0.973;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=31;TCR=48;TR=79;WE=24793608;WS=24793590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	24793647	rs6573722	T	C	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=363;ReadPosRankSum=0.118;SC=AGGCTCCCTGTGTGCTATGAA;SOR=0.454;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=30;WE=24793655;WS=24793637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,34:0.49:69
chr14	24795115	rs11622527	G	T	2090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=21;PP=948;SC=TGGGAGGGTGGGTGAAAGCAC;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=24795123;WS=24795105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	24795231	rs67156008	CCA	C	7687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=42;PP=2967;SC=CATCCCTTCTCCACCATATGA;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=78;WE=24795245;WS=24795221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	24795237	rs55970272	T	C	7751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=44;PP=2388;SC=TTCTCCACCATATGACCTCAG;SOR=1.090;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=117;WE=24795245;WS=24795221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr14	24795258	rs11622863	C	T	6047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=52;PP=2790;SC=GGCCTGCGGCCCCCCCAGCCC;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=88;TCR=52;TR=140;WE=24795266;WS=24795248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr14	24800879	rs3181256	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=10;PP=525;SC=ATACAAAAGAGGAAACAGGTC;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=24800887;WS=24800869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	24801635	rs1950502	A	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=385;SC=TTGCACCTTGACTTGGAGTCA;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=24801643;WS=24801625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	24801956	rs2332322	G	C	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=36;PP=1175;SC=AGGGATCGAAGCCCGGGCCGT;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=24801964;WS=24801946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	24802263	rs8003158	A	G	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=679;SC=AGGAAAAGCCAGCAGCCCAGC;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=24802271;WS=24802253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	24803956	rs1124644	A	C	177.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=139;SC=TCACCCGCTCAAAGCCGCTAC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=24803964;WS=24803946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	24806229	rs724165	G	A	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=106;PP=2965;SC=CCAAGTTTTCGCTGGCAAGGG;SOR=1.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=70;TCR=107;TR=176;WE=24806237;WS=24806219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr14	24806800	rs1950501	G	C	3265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=40;PP=1456;SC=CAAAGGTCAAGGCATAAAAAG;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=84;WE=24806808;WS=24806790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	24808168	rs3181248	G	A	3369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=34;PP=1513;SC=GGGCCTGGCTGGAGCAGCTCT;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=83;WE=24808176;WS=24808158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	24834971	rs55726184	G	A	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-3.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.725;NF=7;NR=14;PP=289;ReadPosRankSum=-1.915;SC=GGAGGCAGCGGAGCTGAGACC;SOR=0.375;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=21;WE=24834979;WS=24834961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,42:0.68:62
chr14	24835017	rs11362560	CG	C	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=371;SC=GAACCAAGGACGGGGGGGCTG;SOR=1.942;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=24835025;WS=24835007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	24839083	rs2229309	G	C	6001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=73;NR=66;PP=2630;SC=GAAGCAGGGGGCCAGGGTGGG;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=139;WE=24839091;WS=24839073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr14	24843620	rs2295298	T	C	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=29;PP=1097;SC=TGGTACTGACTGGCTCCAACT;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=65;WE=24843628;WS=24843610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	24843699	rs12890614	C	T	2326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=39;PP=1128;SC=GAGGGGAGGGCAGGCAGGGAG;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=24843707;WS=24843689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	24845154	rs12880769	C	A	1224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=13;PP=636;SC=CCCGAGGGCTCCCTGCCTCAT;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=24845162;WS=24845144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	24845406	.	A	G	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=732;ReadPosRankSum=-3.522;SC=CAAGGGGTGAATGGAACCTGG;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=50;WE=24845414;WS=24845396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,60:0.50:121
chr14	24845841	rs7149586	T	C	8271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=111;PP=2965;SC=CTCCTCTTTCTCCCTGGGGCT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=214;TCF=102;TCR=112;TR=212;WE=24845849;WS=24845831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr14	24846757	rs2243891	A	G	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	24882373	rs3818251	G	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=17;PP=756;SC=GGCATGGGAGGGATTAGGGCT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=24882381;WS=24882363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	24882440	rs4982909	G	C	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=9;PP=634;SC=GGGTCTCAGCGCCATGGAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=24882448;WS=24882430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	24882805	rs10146609	T	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=16;PP=438;SC=TTAATACATATATGAAAGCAC;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=24882813;WS=24882795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	24883887	rs8017377	G	A	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	24887302	rs201911127	CA	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=0.234;SC=GGAGGATGGCCAGCCACAAGC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=24887310;WS=24887292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr14	24887462	rs3814811	T	C	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=20;PP=918;SC=GGCATCTCTATCTGAAGAGCT;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=24887470;WS=24887452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	24898558	rs2273632	C	T	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=520;ReadPosRankSum=0.414;SC=AGCTTCAGGGCAGCCCTGCTG;SOR=0.570;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=39;WE=24898566;WS=24898548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,68:0.55:124
chr14	24898693	rs2273631	C	T	2485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.573;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,70:0.44:158
chr14	24898696	rs2273630	T	C	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=1.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=0.061;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,69:0.45:154
chr14	24898751	rs2273629	G	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=291;ReadPosRankSum=-0.491;SC=GCATCTTTCCGTTTGTTGGAA;SOR=0.520;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=22;WE=24898759;WS=24898741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr14	24898780	rs5025771	C	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=243;ReadPosRankSum=0.524;SC=TACTCCACCACGGGTACCCTC;SOR=0.491;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=17;WE=24898788;WS=24898770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr14	24900209	rs1956905	C	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=234;ReadPosRankSum=-2.549;SC=AGAGCAGGGCCGAGGAGAGCA;SOR=0.274;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=19;WE=24900217;WS=24900199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,49:0.57:86
chr14	24900231	rs3825588	G	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=272;ReadPosRankSum=1.842;SC=GGAAGAGGAGGGGCCTGGGGA;SOR=0.846;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=21;WE=24900239;WS=24900221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr14	24901249	rs3742520	A	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=374;ReadPosRankSum=-1.181;SC=GAGGGAGGGAAACAGGGTGGT;SOR=0.739;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=27;WE=24901257;WS=24901239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr14	24901276	rs7151995	G	T	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr14	24901433	rs17795094	C	T	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=541;ReadPosRankSum=0.236;SC=TCTGTGTCCACCGTGAGCCTC;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=33;WE=24901441;WS=24901423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,49:0.51:96
chr14	24901844	rs2255591	A	G	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=820;ReadPosRankSum=-2.919;SC=CTAAGGGCCTAGGAGAGGGAG;SOR=0.744;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=58;WE=24901852;WS=24901834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,92:0.49:187
chr14	24905533	rs2277488	G	A	9293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=49;PP=2431;SC=TACTGGTCTCGGTTGTCTGGG;SOR=1.008;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=77;TCR=51;TR=126;WE=24905541;WS=24905523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	24905548	rs2277489	G	A	10190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=59;PP=2678;SC=TCTGGGAGGTGGGCAAGGGCC;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=143;WE=24905556;WS=24905538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr14	24909281	rs1043839	C	T	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=24;PP=1118;SC=GCCCTTGCCACGACCTACTTA;SOR=0.965;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=24909289;WS=24909271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	24909362	rs1043831	T	C	3016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=38;PP=1511;SC=CAGTGTTCGCTGTGGGATCAC;SOR=0.896;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=89;WE=24909370;WS=24909352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	24909475	rs3211056	C	G	5188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=64;PP=2357;SC=GGGCAGCACCCAAGGTCTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=65;TCR=65;TR=129;WE=24909483;WS=24909465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr14	24909731	rs2273628	C	T	7154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=71;PP=2820;SC=TACAGGGGTCCTCTCAGCCTT;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=146;WE=24909739;WS=24909721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr14	24910210	rs712487	C	A	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=44;PP=1540;SC=TCCCCTTGGCCTCACCTTCTC;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=82;WE=24910218;WS=24910200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	24910317	rs10668100	C	CTT	2109.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=22;PP=1213;SC=TGGAGGAACTCTGGTTGCAGG;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=24;WE=24910325;WS=24910307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	24910846	rs11628143	C	T	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=165;SC=GTTCCCCTGGCGAATATAAGG;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=24910854;WS=24910836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	24910876	rs11158703	G	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=395;SC=TTTGGGGGGCGTACCTACACC;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=24910884;WS=24910866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	24910973	rs11625819	TT	GA	3843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=19;PP=1715;SC=CGGCTGCCGATTACCTCTTTT;SOR=1.153;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=33;TCR=19;TR=46;WE=24910982;WS=24910963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	24911116	rs11158704	C	T	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=28;PP=984;SC=CCCTGAATTTCGGCTTAAGAG;SOR=0.855;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=51;WE=24911124;WS=24911106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	24911169	rs11158705	C	T	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=20;PP=904;SC=CATTCATTTCCTGGGCATCCT;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=24911177;WS=24911159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	24911764	rs1956903	G	A	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=21;PP=1058;SC=CTGACACCAGGCTTCTCCCCA;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=24911772;WS=24911754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	24911852	rs12897925	C	G	3745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=33;PP=2134;SC=GCTAGGAGGCCAAGGCCAGGT;SOR=1.677;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=85;TCR=35;TR=117;WE=24911860;WS=24911842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr14	24970942	rs4600392	A	G	3037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=40;PP=1258;SC=CTCCCAACCAAGTAAAGGGGT;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=24970950;WS=24970932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	24975435	rs5249	G	T	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=55;PP=1654;SC=AGTTGAATTGGGATGGGAAGG;SOR=1.502;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=77;WE=24975443;WS=24975425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr14	24975509	rs1885108	T	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=633;SC=AATGAAGGACTGTCAGTCCTC;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=24975517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	25045589	rs12878578	A	G	108.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=82;SC=CTGCTCAGGAAGTTTGCCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=25045597;WS=25045579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	25078914	rs1957526	A	C	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=12;PP=305;SC=GGTACAGTAAACTCAGAGACC;SOR=1.371;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=18;WE=25078922;WS=25078904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	25102160	rs8192917	C	T	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.52;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr14	25287095	rs854398	T	C	199.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=0;PP=210;SC=ATGAATGAGATGACAAGACAG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=25287103;WS=25287085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	26939474	rs1245213	T	A	517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=8;PP=276;SC=CAAAGCTAAATTAATCAGGAC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=26939482;WS=26939464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	30047580	rs2273815	C	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=9;PP=223;SC=AAAAAAATTACCAGTAAAAAT;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=30047588;WS=30047570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	30066929	rs2230505	A	G	5617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=89;PP=2879;SC=ACTTCTCTCCAATGATCCGGG;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=64;TCR=90;TR=152;WE=30066937;WS=30066919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr14	30066976	rs3783299	A	T	4441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=68;PP=2069;SC=TGTTGATGAAAGGATTTGCAG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=107;WE=30066984;WS=30066966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	30068194	rs2273813	T	G	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.628;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=40;PP=2205;ReadPosRankSum=-0.516;SC=TAGCAATGCTTCCAACTGGCT;SOR=0.689;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=105;WE=30068202;WS=30068184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,165:0.99:166
chr14	30103441	rs1191599	T	C	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=115;SC=TTTCCTAACTTCGTTGCTTGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=30103449;WS=30103431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	30125577	rs5007053	A	G	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=5;PP=735;SC=TGACCTGATTATTCTCATAAA;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=30125585;WS=30125567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	30125660	rs6571317	A	G	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=24.92;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr14	30194899	rs11626603	T	C	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=537;ReadPosRankSum=-0.755;SC=ACAAATACCATGAGAGTGTAA;SOR=1.210;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=39;WE=30194907;WS=30194889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,49:0.51:96
chr14	31050215	rs58049	A	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=0.312;SC=ATTGACTGCAAGTAATAAAAG;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=31050223;WS=31050205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	31059969	rs7154847	G	A	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=476;ReadPosRankSum=-1.975;SC=GATGTTAAACGTGAGATATTA;SOR=0.800;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=37;WE=31059977;WS=31059959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,66:0.42:157
chr14	31091758	rs229143	T	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=368;ReadPosRankSum=-0.673;SC=TGGGGAGAAGTTGCCATTAGC;SOR=1.320;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=24;WE=31091766;WS=31091748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr14	31097345	rs2273522	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=170;ReadPosRankSum=0.115;SC=TTGGGGTAGTGAATGATGATG;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=12;WE=31097353;WS=31097335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr14	31099738	rs229150	A	G	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=1.311;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,34:0.56:61
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chr14	31108977	rs2273521	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.221;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr14	31118967	rs8012494	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=-0.605;SC=TAATCATTTATTTCCACACGA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=31118975;WS=31118957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	31127167	rs230343	A	G	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.55;ReadPosRankSum=1.960;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
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chr14	31175237	rs72090370	G	GT	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=56;ReadPosRankSum=0.378;SC=AGTTCTCCTGGTTTTTTTTTT;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=6;WE=31175245;WS=31175227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	31188414	rs11625381	A	G	113.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5103;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=64;ReadPosRankSum=-0.566;SC=AGTATTAGGGATGGTTGTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=5;WE=31188422;WS=31188404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	31191668	rs5807596	G	GT	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5215;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=0.503;SC=TAAAAACTGTGTTTTTTTTTT;SOR=0.646;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=6;WE=31191676;WS=31191658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr14	31191772	rs17097130	T	C	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-1.013;SC=AAAGGTACATTTTATTTAGCC;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=13;WE=31191780;WS=31191762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr14	31344039	rs11555426	A	G	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=515;ReadPosRankSum=1.818;SC=GCGCCCGGGGATCCGAAGGGT;SOR=0.520;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=79;TCF=49;TCR=30;TR=37;WE=31344047;WS=31344029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,55:0.46:119
chr14	31354374	rs12881068	A	T	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr14	31355096	rs1045644	C	G	2470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=939;ReadPosRankSum=-0.964;SC=AAGCTGTGCACTCATGAACAA;SOR=0.572;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=93;TCR=58;TR=67;WE=31355104;WS=31355086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,122:0.51:239
chr14	31359024	rs13122	A	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=212;ReadPosRankSum=1.924;SC=ACTGAAAGAAAAAGTACAAGG;SOR=0.818;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=15;WE=31359032;WS=31359014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr14	31364099	rs34255465	C	CT	743.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.631;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,51:0.73:70
chr14	31364260	.	A	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=5.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.304;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr14	31380215	rs3830860	TA	T	1365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=18;PP=762;SC=TCCATTCACTTAAAAAAAATA;SOR=1.460;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=34;WE=31380223;WS=31380205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	31404277	rs9322868	T	C	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=14;PP=1215;SC=TGCCACCATATATTTATACAC;SOR=1.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=31404285;WS=31404267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	31425437	rs12886419	T	C	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=27;PP=712;SC=CTTGTAGAAATGCAATCCGGG;SOR=0.947;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=46;WE=31425445;WS=31425427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	31483761	rs179724	G	T	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	31483955	rs11156654	T	A	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.73;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	31535603	rs6571386	G	C	4692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=58;PP=2049;SC=TTTGTTATTAGTGAGTCTCAG;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=108;WE=31535611;WS=31535593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr14	31538984	rs7155228	C	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	31549745	rs11621299	T	G	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=352;ReadPosRankSum=-1.633;SC=CAGTGTCTTTTTTCTAACCCT;SOR=0.701;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=26;WE=31549753;WS=31549735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,54:0.44:124
chr14	31582380	rs1315794	A	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=9;PP=541;SC=AGTAAACTGAAGCTGTTCATC;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=31582388;WS=31582370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	31582526	rs2273483	T	C	4206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr14	31583512	rs61976859	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=-0.342;SC=TTTTCCTTTTCTTTATCAGAA;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=13;WE=31583520;WS=31583502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr14	31597685	rs7157007	C	G	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=2;PP=797;SC=TATTCCTGAACTGCTAAATTT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=31597693;WS=31597675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	31602666	rs34588788	A	C	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=41;PP=1301;ReadPosRankSum=0.934;SC=CACTTTTTACAAAAGTAATTG;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=86;WE=31602674;WS=31602656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,103:0.62:167
chr14	31610939	rs12888959	T	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=2;PP=218;SC=ACATGTATAATATGTTACTTT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=31610947;WS=31610929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr14	31793053	rs57656564	GAT	G	1150.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=21;PP=1000;SC=TCAACTGAAAGATATATATAT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=21;WE=31793062;WS=31793043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	31795361	rs3736917	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=233;ReadPosRankSum=-0.199;SC=ATAATGTCCAATACTTACCAG;SOR=0.680;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=20;WE=31795369;WS=31795351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr14	31806943	rs4595710	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1140;SC=GGACACAATTTATAAATACAT;SOR=2.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=31806951;WS=31806933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	31809486	rs8012940	C	T	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=493;SC=TTTGCTTATACTGGTATCAAA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=31809494;WS=31809476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	31809568	rs11408327	G	GA	2259.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=21;PP=1804;SC=AGATGCAGAGGAAACAAACAT;SOR=1.439;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=43;WE=31809576;WS=31809558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	31814262	rs142322793	T	G	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=849;ReadPosRankSum=-1.044;SC=TTATTTTTAATGTAAAACATC;SOR=0.998;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=55;WE=31814270;WS=31814252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,68:0.55:123
chr14	31819047	rs3736918	C	T	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	31819913	rs7158257	A	G	3111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.417;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.452;SC=AGCTGTTCCAATATAAGAAGC;SOR=0.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=78;WE=31819921;WS=31819903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr14	31819966	rs10602248	TTTTG	T	1315.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.86;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	31828076	rs942907	A	C	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=31;PP=1205;SC=ATTGAATCTAATCAAGAGTAA;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=31828084;WS=31828066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	31841162	rs5025288	T	C	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=47;PP=1197;SC=TAATCAACCATGAAAGGCACA;SOR=1.189;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=72;WE=31841170;WS=31841152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	31849524	rs4981841	T	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=245;ReadPosRankSum=-0.352;SC=AAAGGCTTTTTAAGGTGACTA;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=13;WE=31849532;WS=31849518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr14	31858025	rs3887865	C	T	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=11;PP=1038;SC=AAGAGTTAGACTGAGATACTG;SOR=1.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=46;WE=31858033;WS=31858015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	31858209	rs7157977	C	T	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=838;ReadPosRankSum=0.546;SC=TGACGTGAGGCTGCTATGACA;SOR=0.728;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=49;TCR=77;TR=60;WE=31858217;WS=31858199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,77:0.45:173
chr14	31863225	rs17097870	G	C	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=306;ReadPosRankSum=0.568;SC=AAAAATTACAGAAGAGACTTT;SOR=0.452;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=23;WE=31863233;WS=31863215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr14	31864300	rs7142126	T	C	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=948;ReadPosRankSum=-0.619;SC=GAGATAGTCCTAGCTGACTAC;SOR=1.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=40;WE=31864308;WS=31864290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr14	31864485	rs7141532	G	C	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=81;PP=2908;SC=CTGTGACAAGGTGCAGCGGCA;SOR=0.839;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=61;TCR=81;TR=142;WE=31864493;WS=31864475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr14	31922408	rs34278949	G	A	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=24;PP=1590;SC=GCCTCCCAACGTGTTGGGATT;SOR=1.317;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=83;WE=31922416;WS=31922398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	32032129	rs10143899	C	T	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=5;PP=131;SC=GCTCATTTTTCCCCATTTTTA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=32032137;WS=32032119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	32032214	rs10144137	G	A	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=55;SC=TATTTGTGGTGGATCACTAAT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=32032222;WS=32032204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	32034147	rs3759779	A	T	92.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.58;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	32142544	.	A	AT	40	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.8357;HP=12;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=40;QD=11.5;SC=AAAAGAGAGGATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=32142552;WS=32142534;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	32295772	rs17379143	T	A	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=303;ReadPosRankSum=-0.567;SC=AGCAACATAATGCTGGAAGTA;SOR=0.519;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=17;WE=32295780;WS=32295762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr14	32296018	rs1540425	A	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=23;PP=697;SC=TTAGTCCTGTACAGAAGTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=32296026;WS=32296008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	32315901	rs8006872	A	G	1212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=683;SC=GGAGTCTCACACCTGTAATCC;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=32315909;WS=32315891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	32328508	rs4981131	G	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=264;ReadPosRankSum=-0.722;SC=TCTAAGGAAAGAATGTCTTCA;SOR=0.606;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=16;WE=32328516;WS=32328498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr14	32414145	rs1278926	C	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.261;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=238;ReadPosRankSum=0.807;SC=CTGCTGGGACCGACTGCAGCT;SOR=1.398;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=15;WE=32414153;WS=32414135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr14	32414386	rs1278927	C	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.747;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TTAATAGGGTCAAAGGAGGGT;SOR=1.883;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=12;WE=32414394;WS=32414376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr14	32414463	rs1278928	T	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=9;PP=254;SC=TGGGCAGGCATCCATTATGTG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=32414471;WS=32414453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	32419235	rs1278941	A	G	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=11;PP=612;SC=CAGCCTGCCCAGGTTTATTAA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=39;WE=32419243;WS=32419225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	32419331	rs1278942	C	T	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.26;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr14	32419398	rs2236532	G	A	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=4.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,61:0.44:138
chr14	32419548	rs1278943	C	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=219;SC=CCCCTTCATACTGATCTAATA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=32419556;WS=32419538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	32438484	rs1952966	G	A	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=25;PP=1225;SC=GAAGCAATACGAAAAGGATAG;SOR=1.191;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=47;TCR=26;TR=72;WE=32438492;WS=32438474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	32476068	rs2378955	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.806;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=426;ReadPosRankSum=-0.688;SC=CAAGAAAGACGATGACCTTTC;SOR=0.648;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=30;WE=32476076;WS=32476058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr14	32563640	rs8004384	A	G	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=9;PP=220;SC=GCTTGTTGTTACTTTTTTAAA;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=18;WE=32563648;WS=32563630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	33046388	rs1950703	A	G	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.109;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=862;ReadPosRankSum=-0.167;SC=AAACTACAGAAAATTGGACTC;SOR=0.902;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=139;TCF=76;TCR=63;TR=60;WE=33046396;WS=33046378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,123:0.46:265
chr14	33165374	.	G	GTC	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=34;QD=10.75;SC=AGCCTGACAAGTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=4;WE=33165383;WS=33165364;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,4:0.17:24
chr14	33204812	rs139360332	G	GTT	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.029;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr14	33204825	rs41285498	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr14	33242863	rs2273163	T	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=4.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,57:0.35:162
chr14	33292743	rs2239647	A	C	1393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,66:0.63:104
chr14	33293122	rs1051695	A	G	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.387;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,127:0.51:247
chr14	33293531	rs4647899	T	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=782;ReadPosRankSum=0.005;SC=GAGCCTTGTTTCTCTAGTGCT;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=60;WE=33293539;WS=33293521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,64:0.46:140
chr14	33294042	rs2057121	G	A	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=247;ReadPosRankSum=-1.531;SC=TCCTCATGCCGTATATGTATT;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=19;WE=33294050;WS=33294032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr14	33525317	rs35719018	G	GA,GAA	508.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,9,12:0.43,0.57:21
chr14	33836599	rs1609948	A	G	139.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=110;SC=TTTTATCTTGAAATTCCGAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=33836607;WS=33836589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	34047414	rs1958541	T	C	7090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=95;PP=2965;SC=TTTTTCCCTCTTTGAGACGGA;SOR=0.969;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=63;TCR=95;TR=158;WE=34047422;WS=34047404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr14	34243477	rs8019077	T	A	1124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=9;PP=588;SC=GCATTTCTCATAAGAAATGCT;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=34243485;WS=34243467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	34263034	rs36025922	TAAA	T	633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=1.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr14	34395148	rs3832940	GA	G	1636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=837;ReadPosRankSum=-0.367;SC=GGACAGAAAGGAGAATAAAGA;SOR=0.576;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=51;TCF=8;TCR=43;TR=23;WE=34395156;WS=34395138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,50:0.44:113
chr14	34396100	rs10137361	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=-1.364;SC=TTTAAAACTACATAAAATTGA;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=6;WE=34396108;WS=34396090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	34396358	rs145933066	G	GATTTATTT	95.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.79;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	34985645	rs7797	G	A	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=878;ReadPosRankSum=-0.398;SC=CTGCCTTCTCGGCAGCATCTT;SOR=0.909;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=59;WE=34985653;WS=34985635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,122:0.48:252
chr14	34993822	.	C	CA	117	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5068;HP=12;HapScore=2;MGOF=197;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=3;NR=3;PP=117;QD=20.5;SC=ACTCTGACTTCAAAAAAAAAA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=34993830;WS=34993812;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:1,6:0.86:7
chr14	34993863	rs61981524	A	G,ATGTGTGTGTGTGTG	1643.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=44.43;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,19,18:0.51,0.49:37
chr14	34998705	rs12147949	T	C	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=528;ReadPosRankSum=-0.151;SC=TATTAGGATATGGCTAAGAAT;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=36;TCR=55;TR=45;WE=34998713;WS=34998695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,59:0.51:115
chr14	35037008	rs11156848	T	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=312;ReadPosRankSum=0.156;SC=TTATTTAATTTACATAATAGT;SOR=0.498;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=23;WE=35037016;WS=35036998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr14	35045136	rs34357905	G	GT	107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;QD=15.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	35050586	rs4403967	G	T	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=74;SC=TCTTGATCTCGTGACCTCGTG;SOR=1.270;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=35050594;WS=35050576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	35062166	rs12435717	T	C	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=41;ReadPosRankSum=0.539;SC=ACTACTGCTCTATATTAAGAC;SOR=0.064;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=6;WE=35062174;WS=35062156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr14	35062312	rs12432539	C	T	1999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=26;PP=928;SC=GGTTATGATACTCCAAAAGAA;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=35062320;WS=35062302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	35075022	rs7151774	G	T	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=42;PP=1216;SC=AAGCTAAGGGGATCCAGAATG;SOR=0.862;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=75;WE=35075030;WS=35075012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	35099099	rs11847568	A	G	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.924;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,26:0.38:69
chr14	35182406	rs35219728	GATA	G	457.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=2.702;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr14	35222626	rs3832925	A	ATTGT	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=346;ReadPosRankSum=0.647;SC=TGGTCAATCAATTGTTATTGC;SOR=0.818;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=7;WE=35222634;WS=35222616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr14	35223956	.	A	G	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=28;QD=20.9237375157;SC=ACCTCTTTAAACAAAAATAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=3;WE=35223964;WS=35223946;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	35227880	rs61981201	G	T	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=856;ReadPosRankSum=1.015;SC=ATAATATACAGGAATACATTT;SOR=0.926;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=56;TCR=22;TR=51;WE=35227888;WS=35227870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,60:0.65:92
chr14	35228090	rs61981202	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=526;ReadPosRankSum=-0.219;SC=TGATAACAAAGCAAAATATTG;SOR=0.558;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=33;TCR=68;TR=45;WE=35228098;WS=35228080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,63:0.46:138
chr14	35237874	rs61981228	C	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=0.146;SC=ACATAAATTTCTTTAAAAAGT;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=9;WE=35237882;WS=35237864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr14	35238045	rs10150083	G	C	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AAGGGTTTAAGCATAAGTATG;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=35238053;WS=35238035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	35242828	rs2275145	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=289;ReadPosRankSum=0.040;SC=TCTCTTCTACGTCTTCATTCA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=21;WE=35242836;WS=35242818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr14	35243006	rs2275146	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=0.209;SC=AGTTCAATATGCATATAAAAT;SOR=0.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=11;WE=35243014;WS=35242996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr14	35245748	rs17102726	A	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=-0.761;SC=ATGTTTCATCATCATCATATT;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=8;WE=35245756;WS=35245738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr14	35255375	.	A	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.805;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=229;ReadPosRankSum=-0.540;SC=ATGCAACTGCAGACAGTGCAG;SOR=0.779;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=25;WE=35255383;WS=35255365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
chr14	35343629	rs2145031	A	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr14	35468893	rs12433712	T	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=263;ReadPosRankSum=-0.974;SC=AGGCACAGTTTAGTTTAGTTT;SOR=0.756;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=22;WE=35468901;WS=35468883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr14	35476673	rs28456062	G	A	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=49;SC=ATATAAAAATGTAAAGCCTGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=35476681;WS=35476663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	35477785	rs1712351	G	A	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=2;PP=46;SC=TATATGTATAGTTTGTTATAT;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=35477793;WS=35477775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	35482797	rs2383692	A	G	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=317;ReadPosRankSum=-1.238;SC=ATATGTTTCAATAGTGAGCCT;SOR=1.201;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=18;WE=35482805;WS=35482787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr14	35483882	rs13379372	A	C	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=-1.202;SC=ATGTATGTGAATGTGTTTTGT;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=10;WE=35483890;WS=35483872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr14	35488309	rs17102982	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=311;ReadPosRankSum=-0.939;SC=TTCCTCAGGCAAAAATGTTCT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=19;WE=35488317;WS=35488299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr14	35492298	.	AAGCTTGTTATTAGTTAAC	A	2927	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=16;PP=2927;QD=20;SC=TAAGAAAAATAAGCTTGTTAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=16;WE=35492326;WS=35492288;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,16:0.46:35
chr14	35492299	rs202204501	AG	A	1135.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=10.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.726;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr14	35492301	rs369856554	CTTGTTATTAGTTAACAG	C	1134.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=10.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.54;ReadPosRankSum=0.228;SOR=1.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,32:0.44:73
chr14	35492318	.	G	C	1384	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=6;NR=15;PP=1384;QD=67.5605339308;SC=TTAGTTAACAGACGGAAAAGA;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=21;WE=35492326;WS=35492288;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:24,21:0.47:45
chr14	35497285	rs78609489	T	C	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,61:0.48:127
chr14	35498443	rs28577270	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.869;HP=5;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=-0.405;SC=CGAATTGGGGGGAAAGTGTAT;SOR=0.144;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=11;WE=35498451;WS=35498433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
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chr14	35515920	rs2295103	C	G	2397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=37;PP=988;ReadPosRankSum=-0.190;SC=CCTGCGCGGCCGTCCTCCGAG;SOR=0.604;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=76;WE=35515928;WS=35515910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,124:0.57:218
chr14	35550227	.	GGAA	G	58	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=58;QD=34.5;SC=CTTTTTTTTAGGAAGAAGAAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=2;WE=35550237;WS=35550217;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,2:0.20:10
chr14	35565856	rs17091786	A	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=542;ReadPosRankSum=0.055;SC=GAACACAAAGACATAATTAGA;SOR=0.750;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=44;WE=35565864;WS=35565846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,71:0.50:142
chr14	35576458	rs10132769	A	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	35579927	rs2295104	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.353;SC=GTATGCCACCGCCTCGAATTA;SOR=0.495;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=5;WE=35579935;WS=35579917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr14	35585669	rs12437439	C	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	35596092	rs10147080	C	A	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=94;SC=AGGATAATTACAAGTTTGTAA;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=35596100;WS=35596082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	35735967	rs11156878	A	G	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=504;ReadPosRankSum=-0.603;SC=GCCAAACGGAATCTGCGACTG;SOR=0.786;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=44;WE=35735975;WS=35735957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,60:0.39:153
chr14	35747817	rs61988272	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-2.687;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr14	35871093	rs696	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=-1.294;SC=CGTTTTGGGCCAGGCAGTGTG;SOR=0.307;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=6;WE=35871101;WS=35871083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	35871217	rs8904	G	A	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=176;ReadPosRankSum=0.309;SC=GCCCCTTTGCGCTCATAACGT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=15;WE=35871225;WS=35871207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr14	35871407	rs1022714	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr14	35872792	rs2233415	A	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=-2.524;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr14	35873770	rs1957106	G	A	3096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1129;ReadPosRankSum=-0.111;SC=CGTGGCGGTCGTCCAGTAGCC;SOR=0.674;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=75;TCR=91;TR=83;WE=35873778;WS=35873760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,154:0.51:301
chr14	36004075	rs1958260	A	G	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=30;PP=1360;SC=GCACCCACGGACTGCGCGTCT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=73;WE=36004083;WS=36004065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	36044337	rs61622892	G	GA	164.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.617;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.349;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr14	36096255	rs34349314	G	GA	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=10.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.032;SOR=2.177;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr14	36121087	rs35892589	CA	C	95.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=106;SC=GATCTGTAAGCAAAAAAAAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=36121095;WS=36121077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	36231816	rs11847872	G	A	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	36334030	rs12890607	G	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=230;SC=AATTTAGGATGCCAAAGCATT;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=36334038;WS=36334020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	36768276	rs4900833	T	C	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=11;PP=583;SC=ATGACAAGGATGAGAGGAGTT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=32;WE=36768284;WS=36768266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	36781037	rs7154340	C	T	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=558;SC=CATCTAACCACAAGTATGAAG;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=36781045;WS=36781027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	36789729	rs3168891	T	G	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=43;PP=1590;SC=AGAGGTTGGGTCTGCATCTTC;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=82;WE=36789737;WS=36789719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	36789775	rs2899849	A	T	4304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=32;PP=1245;SC=CGGGCGATTAAGCTCCGTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=67;WE=36789783;WS=36789765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	36789795	rs11558802	G	A	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=30;PP=1190;SC=CAGCAGCCATGATATCTTCTC;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=60;WE=36789803;WS=36789785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	36840650	rs3742592	A	T	7235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=93;PP=2965;SC=CCAACCTACAACCCAGGGTCT;SOR=0.806;Source=Platypus;TCF=93;WE=36840658;WS=36840640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr14	36840695	rs3742593	A	G	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;PP=2965;SC=TCCCGGGACGATTCAGGGGCC;SOR=0.701;Source=Platypus;TCF=86;WE=36840703;WS=36840685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr14	36942909	rs7159699	A	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=345;ReadPosRankSum=1.618;SC=TTTTTTCAAGATGGTGTGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=24;WE=36942917;WS=36942899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr14	36944188	rs1012914	G	A	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=46;PP=1442;SC=CTATTTCTGCGTAACAAATTA;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=36944196;WS=36944178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	36988623	rs147791173	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=265;ReadPosRankSum=-0.044;SC=GGGGGAAGGCGAAGCCTCGCT;SOR=0.654;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=19;WE=36988631;WS=36988613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr14	36988928	rs372170273	AAG	A	255.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.91;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,16:0.18:88
chr14	37131993	rs12883298	G	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=3;PP=588;SC=GTAGTTAGTAGGGGACGGGTG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=25;WE=37132001;WS=37131983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	37132020	rs17104895	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.526;HP=4;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=178;ReadPosRankSum=0.130;SC=CCCAGTCCCCGGATGCGTAGG;SOR=0.052;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=15;WE=37132028;WS=37132010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr14	37132048	rs12882923	A	G	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=16;PP=964;SC=AGTGGCAGGCAGCTGTCCCAA;SOR=1.512;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=37132069;WS=37132038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	37132061	rs12883049	A	G	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=17;PP=1233;SC=TGTCCCAAGCAGCGGGTGCGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=64;WE=37132069;WS=37132038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	37132769	rs2236007	G	A	2127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.198;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=45;PP=981;ReadPosRankSum=-1.842;SC=TGCAGCGTCTGCCCCCGCACT;SOR=0.593;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=119;TCF=42;TCR=77;TR=73;WE=37132777;WS=37132759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,104:0.58:179
chr14	37135605	rs7143727	G	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=2.512;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr14	37135752	rs12881240	C	T	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=456;ReadPosRankSum=1.206;SC=CCGCCCCGCACGCGGTGAACG;SOR=0.726;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=36;WE=37135760;WS=37135742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
chr14	37140504	rs8004187	C	T	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=132;SC=TAACCTCTAACTGCCAGACAT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=37140512;WS=37140494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	37153163	rs1884217	A	G	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=18;PP=488;SC=TGAGATAGGGACCCAGCATTT;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=37153171;WS=37153153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	37153185	rs10132292	T	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=355;SC=AAAAAATAAATTATTTGGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=37153193;WS=37153175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	37194681	.	AAAAT	AAAATAAAT,A	216.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4,4;NR=2,2;PP=181,36;ReadPosRankSum=1.073;SC=ACTCTGTCCCAAAATAAATAA;SOR=1.863;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6,6;WE=37194692;WS=37194671;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.70:10
chr14	37203617	rs3061575	T	TTA	1842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=15;PP=1051;SC=TTTTAGTGCTTTATATATAAT;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=27;WE=37203625;WS=37203607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	37203642	rs5807904	TA	T	2799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=21;PP=1363;SC=TTTAATGTCTTAAGAGTTTGT;SOR=0.887;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=34;WE=37203650;WS=37203632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	37344229	rs5807914	A	AG	3849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=35;PP=2027;SC=GATAAAGAAAATCCAATAAAC;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=44;WE=37344237;WS=37344219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	37344275	rs712384	C	T	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=34;PP=1054;SC=TCCTTGATCCCGTCGATTTCT;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=37344283;WS=37344265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	37344347	rs2021404	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.001;NF=3;NR=13;PP=294;ReadPosRankSum=0.571;SC=TAGTAATAGGCTAGTGGCAAA;SOR=1.751;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=16;WE=37344355;WS=37344337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr14	37641880	rs1403	C	A	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=60;PP=1776;SC=GGCGCCCACGCCCTTCTCTAT;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=27;TCR=60;TR=87;WE=37641888;WS=37641870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr14	37739846	rs66866056	C	CT	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr14	37838604	rs35277854	C	CA	223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=1.335;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr14	38016044	rs10151200	C	G	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=3;PP=141;SC=CTTTATCAGCCAGGACATTCT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=38016052;WS=38016034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	38061547	rs112819884	G	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.716;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=494;ReadPosRankSum=-0.077;SC=CTGCGGCCCAGGTTGGACGGC;SOR=0.580;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=37;WE=38061555;WS=38061537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr14	38061742	rs7144658	C	T	3785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	38064009	rs762083	G	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=12;PP=1554;SC=CCCCCGGCCCGCCTGCCTGCC;SOR=2.566;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=55;TCR=12;TR=67;WE=38064017;WS=38063999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	38064215	rs79519281	G	C	6060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.57;ReadPosRankSum=-0.830;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,236:1.00:237
chr14	38165784	rs960787	A	G	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=0;PP=81;SC=GAAACTATCAATTTACTTTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=38165792;WS=38165774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	38205027	rs1570399	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=246;SC=TTCTCTTTGGTTCTTTTGTTA;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=38205035;WS=38205017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	38206818	rs4901157	G	A	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	38207008	rs11439106	A	AT	287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=28.77;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	38207018	rs17107021	A	T	255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=5;PP=139;SC=ATTTTTTTTTAAAAGCATCTA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=38207026;WS=38206998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	38218343	rs12586727	A	G	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=574;ReadPosRankSum=-0.359;SC=AGATGCGAGCATACCTGTAAA;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=40;WE=38218351;WS=38218333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,87:0.50:175
chr14	38218872	rs17768594	T	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=0;PP=157;SC=TAGGATATCCTCCTTTAACAA;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=38218880;WS=38218862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	38222291	rs4901176	G	C	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=11;PP=606;SC=TGTACCTCCCGCTGTCCCTAT;SOR=1.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=38222299;WS=38222281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	38259876	rs12590844	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=151;ReadPosRankSum=-2.198;SC=TTTACCTATGGTTATTTTAGA;SOR=0.846;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=10;WE=38259884;WS=38259866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr14	38260034	rs17107106	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=295;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CTGTCATTTCTCTAGAAAGGT;SOR=0.529;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=22;WE=38260042;WS=38260024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr14	38260089	rs7153624	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=375;SC=TGTAAAAAATCGAAAACCTGA;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=38260097;WS=38260079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	38265344	rs1951639	T	A	72.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	38266074	rs9805910	C	T	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=599;ReadPosRankSum=-0.353;SC=AGGTCTTGGACGGAATCAGCT;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=47;WE=38266082;WS=38266064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,79:0.50:159
chr14	38276433	rs66496750	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=37;ReadPosRankSum=1.960;SC=TTTTTGGGAGGCATAGATTTG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=38276441;WS=38276432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	38276503	.	TTC	T	74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=74;QD=28.0;SC=CATTCCTGCTTTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=3;WE=38276512;WS=38276493;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,3:0.16:19
chr14	38292945	.	T	C	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=4;PP=798;ReadPosRankSum=1.263;SC=TTTTTATTTATTTGCAGAATT;SOR=1.937;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=75;TCF=61;TCR=14;TR=41;WE=38292953;WS=38292935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr14	38295646	rs10483494	T	C	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=146;SC=CTTTTTAAAGTGACTTATGGA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=38295654;WS=38295636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	38310606	rs10151474	G	A	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=1;PP=109;SC=TTTCTGTATAGTAAGTTGCCA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=38310614;WS=38310596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	38678356	rs12437095	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=283;ReadPosRankSum=-0.722;SC=TCCTCTCCACGGTCGCCTGTG;SOR=0.864;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=18;WE=38678364;WS=38678346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr14	38678492	rs12434340	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.08;ReadPosRankSum=2.006;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr14	38679473	rs2228497	C	T	3537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=53;PP=1493;ReadPosRankSum=-2.412;SC=TGCAGCTGGTCAACGTGTTTG;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=124;TCR=110;TR=112;WE=38679481;WS=38679463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,177:0.50:355
chr14	39502539	rs11418467	G	GA	837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=553;SC=ACTCCTAGAGGAAAAAAGATA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=39502547;WS=39502529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	39502626	rs11283010	A	AAATAGAAC	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=430;SC=AAATCATTTGAAATGCCTATG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=39502634;WS=39502616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	39511952	rs3837584	CT	C	584.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=221;ReadPosRankSum=0.617;SC=AGTAAAAAGACTTTACATGCA;SOR=0.307;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=8;WE=39511960;WS=39511942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr14	39512122	rs4902326	T	A	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	39514231	rs1884384	T	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=484;ReadPosRankSum=1.431;SC=GCGAATACATTAATAGGTTGA;SOR=2.617;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=39514239;WS=39514221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr14	39517691	rs4902344	T	A	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=5;PP=201;SC=GGTGGCACACTCCTGTAGTCC;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=39517699;WS=39517681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	39517925	rs11556216	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=94;ReadPosRankSum=1.141;SC=ATTCTCCAAATTTCTGACACT;SOR=0.741;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=9;WE=39517933;WS=39517915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr14	39524614	rs11301994	AT	A,ATTT	181.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=1.032;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,9,5:0.56,0.31:16
chr14	39532492	rs55993688	T	C	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr14	39543508	rs12164875	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=58;ReadPosRankSum=0.529;SC=ATGTGTTGCCTTGAAGTAGTG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=5;WE=39543516;WS=39543498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr14	39543814	rs147995893	T	TAAG	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.373;NF=0;NR=8;PP=275;ReadPosRankSum=-0.580;SC=CAAAATGATCTAAGGACTAAA;SOR=2.461;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8;WE=39543822;WS=39543804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr14	39554893	rs8009506	T	C	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr14	39556185	rs8018720	G	C	2781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=45;PP=1403;SC=GCTTGAGTAAGTGGTACTTTA;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=77;WE=39556193;WS=39556175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	39565403	rs3818163	T	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=19;PP=582;SC=GTTCAAAATATGAATGTTCTC;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=39565411;WS=39565393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	39583481	rs2277458	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=6;PP=409;SC=GTCTATTAGTACGCCTGCGCT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=39583489;WS=39583471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	39587348	rs10136536	A	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=265;ReadPosRankSum=2.078;SC=CTGTTCTTAGACTGTAGCTGG;SOR=0.544;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=15;WE=39587356;WS=39587338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
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chr14	39597689	rs71130820	C	CT	40	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=10.00;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	39601381	.	ATTAGAT	A	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=95;ReadPosRankSum=-0.231;SC=ATTGGTGGCAATTAGATTTGT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=39601394;WS=39601371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr14	39620788	rs8003485	A	T	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=131;SC=AATTACTGAAAATGAATGTAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=39620796;WS=39620778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	39620884	.	T	TA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.972;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr14	39620936	rs8003807	C	T	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	39623533	rs12147991	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.691;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=0.158;SC=CCAAAGTCAATGTACCTAGCA;SOR=0.375;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=8;WE=39623541;WS=39623523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr14	39627433	rs35270180	G	A	115.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5102;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=1.465;SC=ACTAAAATACGATATTTATAT;SOR=0.527;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=39627441;WS=39627423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	39627695	rs9322994	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=-0.352;SC=AATGCCAGAACAGCACTGAAC;SOR=0.757;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=16;WE=39627703;WS=39627685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr14	39627747	rs761804	A	G	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=10;PP=329;SC=TTTGAGACAGATTCTGGCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=39627755;WS=39627737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	39644498	rs1061583	G	A	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=446;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CGGTCGCCGTGAGAACTTTGC;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=30;WE=39644506;WS=39644488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr14	39645863	rs2252040	G	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=155;SC=AAATATAAATGTTTATTAACA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=39645871;WS=39645853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	39646710	rs45612437	A	C	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=1023;ReadPosRankSum=1.652;SC=GAAAGAACTTAAATGAATGTA;SOR=0.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=60;WE=39646718;WS=39646700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,84:0.56:150
chr14	39650234	rs2180792	A	T	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=28;PP=1250;SC=AGAATGTAAAACCCTTTCTCC;SOR=0.832;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=61;WE=39650242;WS=39650224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	39651193	rs532	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=2.596;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=1.036;SC=CTTTTTGGAAAATACAGACTG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=7;WE=39651201;WS=39651183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	39703324	rs7141840	A	G	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1120;ReadPosRankSum=0.499;SC=TTAGCATGGCAAAATTTGGCG;SOR=0.808;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=85;TCR=62;TR=77;WE=39703332;WS=39703314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,131:0.49:267
chr14	39717124	rs150574224	A	G	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=243;ReadPosRankSum=1.433;SC=GAAAAAACAGACGAATCTGAT;SOR=1.087;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=17;WE=39717132;WS=39717114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr14	39736680	rs7140561	T	C	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=14;PP=639;SC=GAGCCCGGGGTTACCCCTCAA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=39736688;WS=39736670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	39748480	rs7158558	G	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=6;PP=278;SC=GACGTTAAATGAATTGATTTA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=39748488;WS=39748470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	39763006	rs956109	T	C	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=105;SC=TTATGAAATATTAAAGTTATG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=39763014;WS=39762996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	39773639	rs2274398	G	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	39777676	rs1950952	G	C	144.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=144;SC=TCTTCAGACTGAACAAGCATC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=39777684;WS=39777666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	39784010	.	A	ATGTG	636.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.170;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=5.189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.72;ReadPosRankSum=3.761;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr14	39784012	rs12436164	A	G	1359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.58;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr14	39784014	rs2415539	A	G	1884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.24;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr14	39784042	rs2415540	A	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	39784042	.	ATA	GTA,GTG	206	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=97;MMLQ=23;MQ=58.1;NF=7,2;NR=18,8;PP=21,206;QD=2.23084850189;SC=GTGTGTGTGTATATATATATA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=25,10;WE=39784052;WS=39784032;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.96:26
chr14	39784044	rs112379214	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.113;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr14	39784965	rs10150863	G	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=225;SC=CAAATTGTATGTTTTTTTCAG;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=39784973;WS=39784955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	39796048	rs36031495	GT	G	1318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=20;PP=719;SC=AGATTTGTATGTTTTTTTTTC;SOR=1.071;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=42;TCF=22;TCR=20;TR=37;WE=39796056;WS=39796038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	39818145	rs1060878	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=253;ReadPosRankSum=-0.222;SC=TTTTCCACCAGGGGATTTCCC;SOR=0.584;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=16;WE=39818153;WS=39818135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr14	39818222	rs7156249	G	T	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	39856043	rs10146207	G	C	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	39871159	rs36065920	AT	A	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.086;NF=0;NR=9;PP=257;ReadPosRankSum=-0.363;SC=AAAGCATGCAATTTTGAGATC;SOR=1.186;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=9;WE=39871167;WS=39871149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr14	42355771	rs721222	C	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=5;PP=508;SC=AATTAAATCACTGGATGCTAA;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=42355779;WS=42355761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	42360633	rs6572117	T	C	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=87;NR=61;PP=2847;SC=TCATGCAGTCTCAGTTTTTGG;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=148;WE=42360641;WS=42360623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr14	42997963	rs9323070	A	G	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=18;PP=636;SC=CACTTTTCCTATGCATTATTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=42997971;WS=42997953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	42998026	rs10148466	T	C	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=387;SC=AACTGCTCATTGTTTTCTTAC;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=42998034;WS=42998016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	44589434	rs11620704	A	G	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.822;NF=18;NR=26;PP=628;ReadPosRankSum=0.170;SC=TGGATTTAACAAACAACATTT;SOR=0.711;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=36;TCR=49;TR=44;WE=44589442;WS=44589424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,68:0.52:131
chr14	44973638	rs412408	C	T	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	44974189	rs11621923	C	A	178.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=5;PP=114;SC=TGAACTTCAGCGGGGGCCTCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=44974197;WS=44974179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	44974922	rs3825632	A	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=12;PP=608;SC=GAGGCTGAACATCAGCAAGGG;SOR=0.914;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=29;WE=44974930;WS=44974912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	44975510	rs3809430	C	T	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=41;PP=1634;SC=CTAAAAGTACCGGGGGACCTT;SOR=0.711;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=87;WE=44975518;WS=44975500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	45497556	.	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.400;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr14	45565498	rs34488342	A	AT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr14	45575202	rs72672919	C	A	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=567;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AAATGAAAAGCTAGGTGGAAG;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=44;WE=45575210;WS=45575192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,65:0.43:151
chr14	45587186	.	GT	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=2.128;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr14	45693929	rs75790782	C	T	604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=374;ReadPosRankSum=-0.399;SC=TCAATGGATACATCCAATTCT;SOR=0.567;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=23;WE=45693937;WS=45693919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,27:0.56:48
chr14	45700409	rs61741592	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=317;ReadPosRankSum=0.774;SC=TTGGTTTTCTCGTGCATCATT;SOR=0.608;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=29;WE=45700417;WS=45700399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,60:0.49:123
chr14	47310983	rs11844549	T	C	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.78;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	47314873	rs149291885	AT	A	615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=4;PP=689;SC=CCAACTAAAAATAACTCCGTT;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=47314881;WS=47314863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	47315127	rs1388567	G	A	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1324;ReadPosRankSum=0.975;SC=TTGCAGATCAGTTTCTCTTGA;SOR=1.320;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=47315135;WS=47315117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,83:0.98:85
chr14	47341131	rs2933208	C	G	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=10;PP=398;SC=TGGGAAGATTCCTTGAGACCA;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=47341139;WS=47341121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	47528470	rs8009302	T	C	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=41;PP=1531;SC=TCTCAGACTTTGTAGAGCTTC;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=94;WE=47528478;WS=47528460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr14	47528551	rs10144183	T	A	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=452;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TTGGAAGAAGTCAATATATTT;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=38;WE=47528559;WS=47528541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,67:0.48:140
chr14	47530841	rs7147260	A	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=-1.387;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr14	47530845	rs7147741	G	C	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.78;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	47582348	rs8006750	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr14	47687187	rs8011854	A	C	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=75;SC=GAAATCCATAATAGGCTTAAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=47687195;WS=47687177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	47687549	rs113304767	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTTACAGACACGATTGAATTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=47687557;WS=47687539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	47812389	rs73251881	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.186;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=-0.433;SC=CTGGTACAGGCTCAAGCTATT;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=47812397;WS=47812379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	50032993	rs10149195	G	C	158.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=74;SC=CTCCAGCCTGGGTGACAGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=50033001;WS=50032983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	50044392	rs2883438	T	C	1761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=24;PP=1062;SC=ACCCTGTTGTTAATACCTCTG;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=59;WE=50044400;WS=50044382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	50065359	rs2281837	C	G	10695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=108;NR=126;PP=2965;SC=GACGTGCGCCCGCAACGCGTA;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=108;TCR=126;TR=234;WE=50065367;WS=50065349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr14	50065717	rs2281836	G	C	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=25;PP=1284;SC=CCAGCTTGACGTGGTTGTGGC;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=50065725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	50068299	rs11625804	C	G	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=20;PP=845;SC=GATTCCTGCTCTCATGGAGTT;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=50068307;WS=50068289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	50069282	rs2354444	A	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=414;SC=TGAAGTACAGAGGCATAGTCA;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=50069290;WS=50069272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	50070229	rs200898470	T	TTTC	31.07	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=7.77;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	50070384	rs7146398	T	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.07;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	50070427	.	AA	TT	165	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=20;HapScore=2;MGOF=30;MMLQ=28;MQ=56.63;NF=0;NR=4;PP=165;QD=54.6169687156;SC=TTTTTTTTTTAATGAGACAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=50070436;WS=50070412;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,4:0.40:10
chr14	50074014	rs2354445	G	T	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=1;PP=638;SC=GTAAATCATTGTATCACATTC;SOR=5.058;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=50074022;WS=50074004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	50080871	rs6572592	G	A	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=181;SC=TATACTAATCGCTTAATAATT;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=50080879;WS=50080861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	50087753	rs7519	T	C	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=16;PP=400;SC=GCGGCGCCGATGCTCGAGCTG;SOR=0.900;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=28;WE=50087761;WS=50087743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	50092471	rs9989177	T	C	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=33;PP=1109;SC=GTTTAAGTTATCTTTTTCCTC;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=60;WE=50092479;WS=50092461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr14	50094913	rs2985696	C	A	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=112;SC=CTAATAAGTCCCACTTGACAA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=50094921;WS=50094903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	50100386	rs2985687	T	C	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=69;PP=2278;SC=ACTCCTCGCGTGTTTCCACAC;SOR=0.790;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=62;TCR=69;TR=131;WE=50100394;WS=50100376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr14	50100683	rs2985686	C	G	2220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=37;PP=1170;SC=CTCCGTCCTCCGCGCGACTCC;SOR=1.281;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=54;WE=50100691;WS=50100673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	50101370	rs2985685	G	A	2712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=27;PP=904;SC=CCAGGGCCGTGGCGTCCAGCA;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=50101378;WS=50101360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	50101682	rs2985684	C	G	7039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=82;NR=85;PP=2958;SC=CCACCCCGCGCTCACGCTCTA;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=82;TCR=85;TR=167;WE=50101690;WS=50101672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr14	50175792	rs11157703	T	C	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=275;SC=TAGTATTTTATTAGCAATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=50175800;WS=50175782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	50195679	rs4301946	A	G	3531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=36;PP=1537;SC=CCGCGCATACATGTGCAGTTC;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=83;WE=50195687;WS=50195669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	50199337	rs60013005	A	AT	366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=171;ReadPosRankSum=1.189;SC=GTGAGGGCAGATTTTTTTTTT;SOR=0.446;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=11;WE=50199345;WS=50199327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr14	50199375	rs10146753	A	C	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=10;PP=519;SC=AAAACCTTTTATTTTGATTAA;SOR=1.096;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=29;WE=50199383;WS=50199365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	50206702	rs4898631	G	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=77;SC=AAGTTCAATCGTGTCTCTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=50206710;WS=50206692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	50241258	rs4499141	A	C	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.573;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1428;ReadPosRankSum=-0.389;SC=ACTTACATACATTTAATTTAT;SOR=1.274;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=71;WE=50241266;WS=50241248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,106:0.97:109
chr14	50244835	rs4900949	C	T	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=13;PP=563;SC=CTAAGATAAACTGCTTGTATC;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=50244843;WS=50244825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	50247290	rs4900952	G	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=208;SC=TAATTGCAGGGGGGGGAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=50247298;WS=50247280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	50251369	rs10143621	A	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=17;PP=645;SC=TCCTTTTTACATTCAGAAGAT;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=50251377;WS=50251359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	50251888	rs8009346	C	T	3923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=51;PP=1964;SC=ACTAAATAGACGTTACAAAAC;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=112;WE=50251896;WS=50251878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	50280577	rs3126194	T	C	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=3;PP=140;SC=ACACTTCAGCTTCCCAAAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=50280585;WS=50280567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	50280688	rs3126195	T	A	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=15;PP=540;SC=GAATTCTGAATAGAAAGAAAT;SOR=0.780;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=50280696;WS=50280678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	50280823	.	C	CT	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.184;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	50298153	rs11365862	AT	A	197.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=5;PP=96;SC=ACAGAATTTTATTTTTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=6;WE=50298161;WS=50298143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	50298962	rs3100906	T	A	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	50299051	rs56170989	CT	C	68.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.489;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr14	50300310	rs3100904	A	G	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=348;SC=AAGTGCTTACAAAATAATGTT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=50300318;WS=50300300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	50300780	.	A	AT	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.227;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,14:0.18:76
chr14	50319327	rs3126160	T	C	6916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=51;PP=2681;SC=TAAGGAAACATATCAAGCTGG;SOR=0.983;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=85;TCR=51;TR=136;WE=50319335;WS=50319317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr14	50319499	rs3100887	G	T	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
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chr14	50459673	rs10134096	T	C	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.573;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=295;ReadPosRankSum=-2.702;SC=TCATCTCCCATTGGGTTCAAT;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=14;WE=50459681;WS=50459663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr14	50469628	rs7155104	C	A	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=718;ReadPosRankSum=-0.604;SC=AGATGACAGACACAACCAGAG;SOR=0.590;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=56;WE=50469636;WS=50469618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,101:0.49:206
chr14	50472405	rs6572635	G	A	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=441;ReadPosRankSum=1.091;SC=AAGACCTCTCGGTTCGTGAAT;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=31;WE=50472413;WS=50472395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,64:0.61:105
chr14	50474062	rs11623184	C	G	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=18;PP=547;ReadPosRankSum=-0.111;SC=TTGCGGTGAGCGTGGTGTCAT;SOR=0.660;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=38;WE=50474070;WS=50474052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr14	50477578	rs8012757	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.782;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=0.705;SC=CATCCTCGGCGTTTGGCATAA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=50477586;WS=50477568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	50477634	rs8012384	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr14	50477643	rs4900978	G	C	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	50477811	rs12589730	C	T	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.070;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=574;ReadPosRankSum=1.021;SC=CATGCCACTCCGTGATGTGCC;SOR=0.395;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=36;WE=50477819;WS=50477801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,49:0.60:81
chr14	50555664	rs2883738	G	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=268;SC=CCCAAATTCCGATGTTGAAAT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=50555672;WS=50555654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	50585574	rs10658395	C	CA	277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9985;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=94;ReadPosRankSum=0.822;SC=ATATTTCCCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=50585582;WS=50585564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr14	50596862	rs3759597	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=25;SC=AAAAATTAACTCAGAACCTTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=50596870;WS=50596852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	50605267	rs35961944	A	AT	313.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5700;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.588;NF=3;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=-1.024;SC=TATTCATTCTATTTTTTTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=8;WE=50605275;WS=50605257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,19:0.83:23
chr14	50611845	rs2064667	C	T	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=13;PP=473;SC=ATGCTAATTTCATCATCCCCG;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=50611853;WS=50611835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	50612401	rs1014879	T	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=121;SC=AAAAAGACAATTAACCCAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=50612422;WS=50612391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	50612414	rs726797	C	T	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=109;SC=ACCCAAAAGACAGATGAACAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=50612422;WS=50612391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	50616878	rs2229869	G	A	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr14	50619927	rs11628935	A	G	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=2.820;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr14	50623654	rs200832789	A	AAT	735.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.702;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr14	50623657	rs3736759	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=1572;ReadPosRankSum=1.320;SC=CACATAAAATGTGTGTGTGTG;SOR=0.804;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=64;WE=50623706;WS=50623647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr14	50623669	rs112503338	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr14	50623679	rs3736760	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.975;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,41:0.48:85
chr14	50623683	rs3736761	A	G	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.485;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr14	50623696	rs111970905	TAA	T	653.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=1.205;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,38:0.37:104
chr14	50626836	rs4900992	C	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=10;PP=218;SC=GCTTATTCAACAGCTAGCAAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=50626844;WS=50626826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	50641347	rs10782418	T	G	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=57;PP=1691;SC=AACAGAAACGTCTACTAAAAA;SOR=1.108;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=31;TCR=58;TR=88;WE=50641355;WS=50641337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr14	50647250	rs199667374	TTA	T	315.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=7.830;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.57;ReadPosRankSum=1.919;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,12:0.86:14
chr14	50647490	rs28734119	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=-1.121;SC=GATCCCAGGAGTTCGAGGTTA;SOR=0.223;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5;WE=50647498;WS=50647480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	50655146	rs139780957	CTATT	C	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.855;SOR=1.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	50666263	rs1955924	C	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=0;PP=48;SC=GGAAATATCACGGTTACTCTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=50666271;WS=50666253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	50670965	rs1075537	G	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=511;SC=TCATACAGTGGTTGAGTGACT;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=50670973;WS=50670955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	50671133	rs12888783	A	G	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-0.432;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,19:0.36:53
chr14	50704331	rs4901000	C	T	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	50735846	.	G	GA	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.967;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.284;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=1.559;SC=CCACCTGCTTGAAAAAAATGA;SOR=0.197;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=5;WE=50735854;WS=50735836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr14	50750577	rs12433038	A	G	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.728;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=259;ReadPosRankSum=-0.021;SC=AGAAAAGACAAGGATGGCTTA;SOR=0.169;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=23;WE=50750585;WS=50750567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr14	50769717	rs2297995	G	A	2182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=919;ReadPosRankSum=-0.439;SC=CGCCACCAACGATGACTATAT;SOR=0.833;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=61;WE=50769725;WS=50769707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,105:0.50:209
chr14	50778816	rs2275591	A	C	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.088;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=27;PP=719;ReadPosRankSum=1.462;SC=ACCGGCGAAAAGCCCGCGGGC;SOR=0.825;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=62;WE=50778824;WS=50778806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,131:0.51:258
chr14	50786004	rs12433794	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.799;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=387;ReadPosRankSum=0.223;SC=GGCTGTAGTGAAAAAGGGATG;SOR=1.051;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=28;WE=50786012;WS=50785994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr14	50788213	rs2275592	C	T	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=631;ReadPosRankSum=2.149;SC=CAAATGATGCCGTTTGGAAAA;SOR=0.667;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=50;WE=50788221;WS=50788203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,90:0.43:211
chr14	50789078	rs11357954	GT	G	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	50789101	rs10685266	A	AATAC	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=-1.590;SC=GGATCTCACTAATTTATCTTC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=50789109;WS=50789091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr14	50789578	rs8017316	G	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=0.663;SC=TCCTGTGTTTGATATTTATTT;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=6;WE=50789586;WS=50789568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	50792273	rs8003113	A	G	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=-0.956;SC=AGTAAATTGAATTTATTTTTA;SOR=0.760;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=5;WE=50792281;WS=50792263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr14	50798743	rs4901016	G	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=255;ReadPosRankSum=-0.789;SC=CATGCAGGCTGGAAACCCTGG;SOR=0.801;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=18;WE=50798751;WS=50798733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr14	50799126	rs7161563	G	C	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=491;ReadPosRankSum=0.235;SC=GTCAGCCTTTGAGTAGGGTCC;SOR=0.846;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=34;WE=50799134;WS=50799116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,65:0.41:157
chr14	50799338	rs7141289	T	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.415;SOR=0.907;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,28:0.39:71
chr14	50801102	rs7141402	G	A	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-0.118;SC=ACTGACCTCAGGTGATCTGCC;SOR=1.234;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=13;WE=50801110;WS=50801092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr14	50802972	rs10136242	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.214;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=0.684;SC=TGCAGCCCCCGCACTGCCTCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=8;WE=50802980;WS=50802962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	50807624	rs11570840	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=202;ReadPosRankSum=0.647;SC=AATGAGGCTTCGAGTTTTCCT;SOR=1.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=12;WE=50807632;WS=50807614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr14	50808802	rs7142237	G	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=176;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GTTGTATCAAGAACTTTTTCA;SOR=0.330;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=13;WE=50808810;WS=50808792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr14	50808965	rs11570836	A	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=248;ReadPosRankSum=-1.190;SC=CAAAACAAAAACAATATTAAG;SOR=0.824;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=16;WE=50808973;WS=50808955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr14	50809895	.	G	C	87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=87;QD=24.3542425094;SC=TTTTTTTTGAGTTGGGTCAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=50809903;WS=50809885;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,5:0.50:10
chr14	50824839	rs11157737	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.546;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=438;ReadPosRankSum=0.419;SC=TCTTCTTCCAGTGCACACAAA;SOR=0.602;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=34;WE=50824847;WS=50824829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr14	50824954	rs11157738	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=208;ReadPosRankSum=1.803;SC=TTTTCACCTATGCTTGCTTCA;SOR=0.865;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=19;WE=50824962;WS=50824944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr14	50825033	rs11570816	T	C	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.054;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.332;SC=CCGGATTGCTTCCAGTGAAAT;SOR=0.239;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=9;WE=50825041;WS=50825023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr14	50828838	rs10137638	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.221;NF=7;NR=5;PP=155;ReadPosRankSum=1.330;SC=GCCTCCCTGCAGGGCAGGGCT;SOR=0.795;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=12;WE=50828846;WS=50828828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr14	50844119	rs10143848	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=0.223;SC=CCTGGTTACATTGGGTTTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=6;WE=50844127;WS=50844109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr14	50844367	rs59930863	G	GA	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=190;ReadPosRankSum=0.091;SC=GGGGTGGGAGGAGCCCAGGGA;SOR=0.420;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=7;WE=50844375;WS=50844357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr14	50844856	rs1890978	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=283;ReadPosRankSum=0.685;SC=TAGGAAAAGCAACTCAGTTCC;SOR=0.575;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=21;WE=50844864;WS=50844846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr14	50856927	rs10131126	A	G	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=864;ReadPosRankSum=1.982;SC=GTCATAGACAATGTCCCAGCT;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=64;WE=50856935;WS=50856917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,81:0.54:151
chr14	50857189	rs2015870	C	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.498;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=627;ReadPosRankSum=-0.791;SC=TACAATTATTCTATTGTATTA;SOR=0.959;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=38;WE=50857197;WS=50857179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,55:0.49:112
chr14	50863716	rs10136595	C	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=-0.788;SC=CCCGGCCGCCCTCCCGGCTGC;SOR=3.516;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=50863724;WS=50863708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	50877491	rs1265878	C	A	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=293;SC=AGATGAGATGCGATCTCTCAT;SOR=2.985;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=12;WE=50877499;WS=50877481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	50886952	rs17122518	C	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.500;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=1.758;SC=CACAGACGCACAATCAAATTC;SOR=2.219;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=10;WE=50886960;WS=50886942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr14	50892498	rs75772037	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=65;ReadPosRankSum=0.522;SC=TTTTTTGTTCTACCAGTTCAT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=50892506;WS=50892488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr14	50929508	rs11624731	C	A	4174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=79;PP=2291;SC=TGCTAAAAGACAACAAAATGA;SOR=1.252;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=126;TCF=45;TCR=81;TR=124;WE=50929516;WS=50929498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr14	50930609	.	CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.39;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	50942047	rs12717408	C	T	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=50;SC=AAAAAATTTACTGGCACTTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=50942055;WS=50942037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	50943034	.	T	TAA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-1.711;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr14	50949196	rs11364906	TA	T	293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.67;NF=0;NR=9;PP=190;SC=ACAGTCTACTTAAAAAAAATG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=50949204;WS=50949186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	50949221	rs111706100	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.524;NF=1;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=0.204;SC=ACTAGGCCAAGCGCAGTGGCT;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=50949229;WS=50949211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	50952367	rs112014477	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.09;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr14	50971446	rs7146431	C	T	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=14;PP=623;SC=AAGACTTCTTCTGGGAAGAAG;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=50971454;WS=50971436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	51054475	rs77224287	G	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=134;ReadPosRankSum=0.571;SC=GGATGTTTGAGAGTTAAGAGG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=11;WE=51054483;WS=51054465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr14	51057727	rs1060197	G	A	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=61;PP=2067;SC=GTGGATCTGAGCGAGAGACCA;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=56;TCR=61;TR=117;WE=51057735;WS=51057717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr14	51058234	rs2934684	G	T	3962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=41;PP=1734;SC=TATCAATAATGTACTCTTCTT;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=98;WE=51058242;WS=51058224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	51060452	rs2291672	A	G	226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.68;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	51062236	rs3834518	TTC	T	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;QD=32.17;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	51062270	rs45570436	G	C	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.014;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr14	51062455	rs10131107	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=-0.731;SC=ATTTCATTGAGAAACCATTTT;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=16;WE=51062463;WS=51062445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr14	51087263	rs11157759	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=147;ReadPosRankSum=-0.073;SC=ATTCTGTGGCATGGAGGACTG;SOR=0.551;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=11;WE=51087271;WS=51087253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr14	51089837	rs75329155	G	A	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.94;ReadPosRankSum=-1.641;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr14	51096610	rs3080579	G	GTTCTT	1026.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=773;SC=TATCTGTTCTGAAATGCTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=51096618;WS=51096600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	51097536	rs2934692	G	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=8;PP=402;SC=GCAAATTTCAGCTTTGTAAAT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=51097544;WS=51097526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	51107452	rs871643	T	C	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=17;PP=1216;SC=CAAATTTGTGTTGTAAATGTA;SOR=1.497;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=57;WE=51107460;WS=51107442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	51107737	rs4075253	G	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=286;SC=TACACCACCTGAAAGGTAATG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=51107745;WS=51107727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr14	51134038	rs45479904	C	G	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=269;ReadPosRankSum=0.333;SC=GCTCTCTGCTCTGCTGTGTAA;SOR=0.738;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=15;WE=51134046;WS=51134028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr14	51192659	rs1983764	G	A	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=610;ReadPosRankSum=1.543;SC=AGAGATGACCGGGTAGGCTCA;SOR=0.687;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=44;WE=51192667;WS=51192649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,84:0.43:195
chr14	51196142	rs2984274	T	C	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=6;PP=288;SC=TGTGTGCCATTAGATTTAGGT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=51196150;WS=51196132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	51204996	rs11376	C	T	2833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=58;PP=1519;ReadPosRankSum=1.117;SC=TGGATTCCAACTGACGGACCT;SOR=0.734;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=199;TCF=89;TCR=110;TR=103;WE=51205004;WS=51204986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,138:0.48:288
chr14	51206021	rs3015485	A	G	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	51206145	rs12717411	A	T	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=739;ReadPosRankSum=0.604;SC=TTGTCCCAGGACAGCCTTTTC;SOR=0.640;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=52;WE=51206153;WS=51206135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,73:0.53:139
chr14	51208211	rs7153080	C	T	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=0;PP=301;ReadPosRankSum=0.000;SC=TATGTACATACATATACACAT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=18;WE=51208219;WS=51208201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr14	51208236	rs76858548	T	TGTA	3827.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=15;PP=2401;SC=ATAACCAAGTTGTCCTAAGAT;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=53;WE=51208244;WS=51208226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	51219099	rs79799330	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.126;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr14	51223106	rs2295846	G	T	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=74;ReadPosRankSum=0.334;SC=TGCTCTCTTCGTGAAGACTAC;SOR=1.501;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=51223114;WS=51223096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr14	51223789	rs2073347	C	T	6434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=82;PP=2965;SC=AACATTCAGCCCCTCATTTTC;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=89;TCR=83;TR=171;WE=51223797;WS=51223779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr14	51224374	rs12882191	T	G	6165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=65;PP=2733;SC=CTGTAAAAACTGCTCTGTTTG;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=81;TCR=65;TR=146;WE=51224382;WS=51224364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr14	51225132	rs2073349	G	T	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=600;ReadPosRankSum=-1.633;SC=GCAGCTCCTGGGCTTCCGCAC;SOR=0.722;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=43;WE=51225140;WS=51225122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,64:0.42:153
chr14	51227000	rs4901055	A	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.537;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=624;ReadPosRankSum=1.384;SC=TTTCGTTCTCATGCCTTTGCT;SOR=0.522;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=47;WE=51227008;WS=51226990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,84:0.44:189
chr14	51228682	rs6572694	G	A	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=18;PP=412;SC=CAATAACACAGTGTGGCATCT;SOR=1.819;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=24;WE=51228690;WS=51228672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	51230428	rs139832186	ATTCT	A	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=5;PP=154;SC=GTATGGCCAAATTCTTTTTTT;SOR=2.147;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=13;WE=51230440;WS=51230418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	51237701	rs17793018	A	G	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.590;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,69:0.48:143
chr14	51239067	rs8020503	C	G	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1580;ReadPosRankSum=1.650;SC=GCCAGGTGTCCAGTATTCTCT;SOR=0.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=45;TCR=42;TR=86;WE=51239075;WS=51239057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,151:0.99:152
chr14	51289874	rs1547077	G	T	2344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	51290141	rs9672090	A	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=33;PP=943;SC=GTGATCGTCCATACGGCAGAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=51;WE=51290149;WS=51290131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	51297448	rs201889202	G	GC	263.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.70;QD=26.37;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	51324884	rs2027343	A	G	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=2298;ReadPosRankSum=0.342;SC=ACAGCATCAGATTTCTGAAAA;SOR=0.609;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=60;WE=51324903;WS=51324874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,67:0.48:140
chr14	51324894	rs72242050	AAG	A	1883.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=4;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.035;NF=2;NR=31;PP=2308;ReadPosRankSum=-0.193;SC=ATTTCTGAAAAAGAGAGGAAA;SOR=0.574;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=62;TCF=2;TCR=60;TR=33;WE=51324903;WS=51324874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,56:0.49:114
chr14	51338875	rs11850408	A	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=175;SC=GTGGCGGCGTATCGGGACACG;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=51338883;WS=51338865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	51344584	rs10672040	C	CAAA	876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.72;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,24:0.92:26
chr14	51347023	rs12889998	T	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=172;SC=CTTTTTGTGGTGTTAGATTTT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=51347031;WS=51347013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	51347107	rs2185300	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	51348345	rs138523238	G	T	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=-1.379;SC=GCTGGTAAAGGTATGTCTGAA;SOR=0.773;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=8;WE=51348353;WS=51348335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr14	51353493	rs7158183	T	C	138.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.14;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	51355517	rs10144606	C	A	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.233;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,64:0.49:130
chr14	51376774	rs15669	G	A	3767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=51;PP=1803;SC=CCGAGGCTTCGGTGCCTGCAG;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=97;WE=51376782;WS=51376764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	51376880	rs2275464	T	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=26;PP=791;SC=TTGTATTGTATTGAAGCATTT;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=34;WE=51376888;WS=51376870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	51378590	rs11356035	CT	C	7878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=81;PP=2951;SC=CTGGGGCAGCCTTTGGGGAAG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=126;WE=51378598;WS=51378580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr14	51379100	rs10142003	G	A	975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=638;SC=TTTTTGAGACGGAGTCTCACT;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=28;WE=51379108;WS=51379090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	51381286	rs4901066	T	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=342;SC=CAGCATGGAGTCCTGTGTGAC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=51381294;WS=51381276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	51382358	rs1890701	T	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=24;PP=672;SC=GTTAGCTCTATGGAGGTGCCA;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=51382366;WS=51382348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	51382744	rs12880129	C	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=21;PP=552;SC=CCCCACTGCACGGGCCAAACC;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=51382752;WS=51382734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	51387554	rs946618	G	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=331;SC=TGCTTAGTCAGTGAAGTTCAG;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=51387562;WS=51387544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	51387590	rs946617	T	G	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=6;PP=378;SC=CTTTTTTGTTTGTTTCAAGCT;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=51387598;WS=51387580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	51387782	rs946616	C	T	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=28;PP=908;SC=AGAGCCAGGACCACCTGTGGG;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=51387790;WS=51387772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	51443968	rs11627694	C	T	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=335;ReadPosRankSum=0.562;SC=CTCTCGCAGGCGGAGGTAAGA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=22;WE=51443976;WS=51443958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr14	51446216	rs2275462	T	G	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=639;ReadPosRankSum=-2.762;SC=TTTTTCTATTTAAGTCGAGGA;SOR=0.555;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=41;WE=51446224;WS=51446206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr14	51448413	rs10150121	T	C	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=535;SC=AGACCACCTGTTTGATTTCCT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=51448421;WS=51448404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	51475794	rs2297889	A	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	51489592	rs111730710	C	A	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.974;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=14;PP=407;ReadPosRankSum=0.490;SC=CGCGGGCCAGCAGCTGGGCTT;SOR=0.482;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=29;WE=51489600;WS=51489582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,70:0.49:143
chr14	51492135	rs11268748	C	CCACACAGGTGTTTT	2552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.15;NF=1;NR=23;PP=2900;SC=ACCAACAAGGCCAGCGAGACT;SOR=2.468;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=24;WE=51492143;WS=51492125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	51710508	rs35110538	T	TA	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=696;SC=TTAAATTTTTTATCCCAAGAT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=15;WE=51710516;WS=51710498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	51710543	rs143191476	C	CT	353.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=196;ReadPosRankSum=-0.016;SC=AAGTGCTTAACTTTTTTTAAA;SOR=0.716;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=15;WE=51710559;WS=51710533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr14	51710551	rs10131881	A	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=1.559;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr14	51713995	rs146927855	A	ATAT	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=1.403;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	51716188	rs7161242	T	G	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=205;ReadPosRankSum=-2.074;SC=GATTTTAGACTTGCCATAACT;SOR=0.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=20;WE=51716196;WS=51716178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr14	51716467	rs7160810	G	A	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=258;ReadPosRankSum=3.663;SC=GACCACAGCCGTACCCATACC;SOR=0.616;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=18;WE=51716475;WS=51716457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr14	52165083	rs6572784	T	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TGATTTTCATTTTTAGTGTAG;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=8;WE=52165091;WS=52165073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr14	52167918	rs55923021	T	A	174.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-1.501;SC=TGATTTTTTTTAAAAAATGTT;SOR=1.863;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=52167926;WS=52167908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr14	52182081	rs731715	T	A	8346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=84;PP=2965;SC=GCTTGCCTTCTGCCCGGAAGC;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=106;TCR=84;TR=189;WE=52182089;WS=52182071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr14	52186972	rs2277494	A	G	4291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=58;PP=1690;ReadPosRankSum=2.163;SC=ACACGGGGCCAGAAGACAGCT;SOR=0.778;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=249;TCF=129;TCR=120;TR=127;WE=52186980;WS=52186962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,216:0.52:417
chr14	52188949	rs45506100	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.887;SC=TTGTAAACTGCAGGATCCTGT;SOR=1.329;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=52188957;WS=52188939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	52194407	rs4433726	G	A	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=568;ReadPosRankSum=0.599;SC=CTCTTTACAAGGCAAATATTC;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=54;TCR=24;TR=39;WE=52194415;WS=52194397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,49:0.50:98
chr14	52294397	rs6572795	G	A	982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=6;PP=786;SC=ATTACACGCAGTGGAAAAGCA;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=36;WE=52294405;WS=52294387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	52308314	rs10498437	G	A	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=701;ReadPosRankSum=0.119;SC=GAAGTCCACAGTAATATTTCA;SOR=0.773;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=53;WE=52308322;WS=52308304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,97:0.51:190
chr14	52308447	rs17124603	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=-0.569;SC=ATTGTGAAATAGACATGACTT;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=11;WE=52308455;WS=52308437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr14	52383228	.	G	GA	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.076;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.556;SOR=1.281;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,13:0.18:73
chr14	52418655	rs3825601	G	A	2386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=1.007;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,117:0.64:182
chr14	52468332	rs61971509	A	G	32.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr14	52473173	rs190434788	G	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=369;ReadPosRankSum=-0.878;SC=GTCAAGTCAGGTACTGACTTT;SOR=0.205;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=19;WE=52473181;WS=52473168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr14	52477867	rs10146989	G	A	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.442;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=-0.230;SC=GCAGGGGAAAGCAAAGCCCAA;SOR=0.035;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=52477875;WS=52477857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr14	52495375	rs7144352	C	T	2286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=22;PP=1170;SC=AAAACACTGACAGATTAAAGA;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=65;WE=52495383;WS=52495365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	52496387	rs2273430	C	A	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=38;PP=1202;SC=GCAAGGATTCCCCGGAGTGGG;SOR=1.048;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=64;WE=52496395;WS=52496377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	52496407	rs2273431	C	T	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=31;PP=993;SC=GGTCTGAATCCTCTGCATGAG;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=52496415;WS=52496397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	52505360	rs753051	A	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=5;PP=700;SC=TACCTAGCACATAACACAGCA;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=34;WE=52505368;WS=52505350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	52505375	rs753050	A	G	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=5;PP=936;SC=ACAGCATGGCACTAGGTAACC;SOR=3.171;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=43;WE=52505383;WS=52505365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	52505771	rs2029978	TT	AG	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;JOINED;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=248;SC=TTTTCTGCAGTTTTTTTCATC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=17;WE=52505780;WS=52505761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	52505811	rs2029976	C	T	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=6;PP=133;SC=CCTTGGGAACCTCCTGAGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=52505819;WS=52505801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	52507429	rs3742536	A	G	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=19;PP=700;SC=AAATTTGCTGAGACGTAAGGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=52507437;WS=52507419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	52509101	rs1982963	G	A	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=68;PP=2013;SC=AGGCTTGGACGTCATCCTGGC;SOR=0.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=115;WE=52509109;WS=52509091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr14	52509483	rs56834750	TG	CA	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.13;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	52520368	rs2101919	C	T	4924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=57;PP=2109;SC=TGTAGTGTGACCTGAAGCAGG;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=102;WE=52520376;WS=52520358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr14	52520853	rs904059	A	G	4794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=49;PP=1865;SC=CATTCACATCATAGTAATCCA;SOR=0.792;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=106;WE=52520861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr14	52527082	.	GAAA	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=1.427;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr14	52534997	rs7151874	T	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=20;PP=444;SC=CCTTCCCCACTGGCCAGGGAG;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=52535005;WS=52534987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	52535387	rs984051	A	C	2016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=15;PP=1280;ReadPosRankSum=-0.654;SC=GGGCTCCAGGAGTGGGGTCTG;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=60;WE=52535395;WS=52535377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr14	52535415	rs984050	G	A	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=30;PP=1678;SC=CCCTCTGGAGGCAGGGTTTCC;SOR=1.297;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=89;WE=52535423;WS=52535405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	52535648	rs3920038	G	T	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=58;PP=1791;SC=CATTAGCAACGGCAGCAGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=87;WE=52535656;WS=52535638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	52536512	rs1497082	T	C	4683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr14	52741746	.	T	TA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=-0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr14	52781195	rs1254598	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr14	52794234	rs708502	T	C	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=1.589;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr14	52906081	rs2249922	T	G	1630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=619;ReadPosRankSum=-1.166;SC=AAATATGCCCTCAAGATTCCT;SOR=0.669;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=48;WE=52906089;WS=52906071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,85:0.52:163
chr14	52906179	rs2249925	C	T	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=243;ReadPosRankSum=0.315;SC=AATAGTAATTCGTAGAACATT;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=18;WE=52906187;WS=52906169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr14	52907353	rs1952254	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=0.676;SC=CTTTTTTATACTGAGGATTTA;SOR=0.368;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=10;WE=52907361;WS=52907343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr14	52981745	rs116951978	T	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=320;ReadPosRankSum=-0.723;SC=TGTGACTCTATGTAAACTTCT;SOR=0.882;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=32;WE=52981753;WS=52981735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,46:0.57:81
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chr14	53110384	rs4898762	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GAAACCATCTTAGATAAATTT;SOR=1.981;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=6;WE=53110392;WS=53110374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	53130507	rs17125636	T	C	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=585;ReadPosRankSum=-2.192;SC=ACAACGCAAATAAGTAATTTA;SOR=0.691;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=38;WE=53130515;WS=53130497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
chr14	53133036	rs12885338	T	C	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr14	53197042	rs2277493	G	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=322;ReadPosRankSum=-2.487;SC=CTGGGACCCTGTAGTCTGCGT;SOR=0.957;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=18;WE=53197050;WS=53197036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr14	53235545	rs2274274	A	T	413.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr14	53250293	rs2296494	G	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=-1.812;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	53325090	rs6572868	C	T	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=29;PP=2018;SC=AAACAGTATTCCTATTCACAC;SOR=1.558;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=72;TCR=29;TR=101;WE=53325098;WS=53325080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	53326454	rs3818453	C	A	3432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=61;PP=1826;SC=AAGAAAAGAACGGTTAAAAAC;SOR=1.241;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=92;WE=53326462;WS=53326444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	53326574	rs144728607	T	C	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.431;NF=1;NR=5;PP=95;ReadPosRankSum=-1.180;SC=CTTGCTCTGTTGCCCAGGCTG;SOR=0.160;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=53326582;WS=53326564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr14	53345266	rs2357946	G	C	4823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=38;PP=1601;SC=ACCCTTTACCGGAATAAGTCC;SOR=1.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=99;WE=53345274;WS=53345256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr14	53345378	rs2357947	G	A	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.91;NF=45;NR=61;PP=1918;SC=TGGCCTGCTCGTAAAGCTGAT;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=45;TCR=61;TR=106;WE=53345386;WS=53345368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr14	53386172	rs5808695	A	ATAAT	186.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=190;SC=TTTAACAGCAATAATTAACTA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=53386180;WS=53386162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	53415359	rs17125973	A	G	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=0.889;SC=CATTTAAATTAACATCATTTC;SOR=0.646;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=10;WE=53415367;WS=53415349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr14	53513478	rs10599915	AAG	A	1575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.572;NF=16;NR=10;PP=879;ReadPosRankSum=-1.152;SC=CATGTCCTTCAAGAGAGTTCA;SOR=0.855;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=26;WE=53513487;WS=53513468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,45:0.45:99
chr14	53522324	rs5808701	T	TA	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.038;NF=9;NR=1;PP=326;ReadPosRankSum=-0.972;SC=CCCCCAAACTTATGTCTAGGA;SOR=1.739;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=10;WE=53522332;WS=53522314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr14	53525392	rs915436	C	T	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=23;PP=652;SC=GAAGTGTTATCTTTCAACAAA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=53525400;WS=53525382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	53529669	rs4898778	A	T	1476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=6.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.022;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,70:0.51:136
chr14	53539471	rs875663	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr14	53619463	rs2358188	G	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.560;NF=10;NR=17;PP=397;ReadPosRankSum=0.219;SC=GCTGCGGCGGGTGCAGCGACA;SOR=0.990;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=27;WE=53619471;WS=53619453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,35:0.46:76
chr14	53619480	rs140904345	T	TGCCGCC	1172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.491;NF=6;NR=13;PP=1032;ReadPosRankSum=-1.130;SC=GACAAGGAGCTGCCGCCGCCG;SOR=0.706;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=19;WE=53619488;WS=53619470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,32:0.48:66
chr14	53619544	rs2358189	G	A	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=521;ReadPosRankSum=-1.108;SC=CGGCGGAGCTGAAGTCATAGT;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=38;WE=53619552;WS=53619534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,51:0.50:102
chr14	54417522	rs17563	A	G	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=33;PP=1194;SC=AGAGGAGATCACCTCGTTCTC;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=54417530;WS=54417512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	54418986	rs2761880	T	C	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=49;PP=1419;SC=AAAGAATAAATAAACACCAAT;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=70;WE=54418994;WS=54418976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	54863577	rs2235961	G	A	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	54868922	.	C	CA	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.038;QD=4.18;ReadPosRankSum=1.338;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr14	54869027	rs35529322	C	CGT	597.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.021;HP=2;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=587;ReadPosRankSum=1.001;SC=CATGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.238;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=17;WE=54869035;WS=54869017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr14	54875276	rs4251623	C	A	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	54875514	rs2179896	A	G	908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=317;SC=ACAGGTAGGTATAATATCACG;SOR=1.308;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=54875522;WS=54875504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	54875591	rs4251625	GT	G	52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=4;PP=66;SC=GAACAAATCAGTTTTTTTTTA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=54875599;WS=54875581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	54879473	rs2268332	G	T	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=378;ReadPosRankSum=-1.037;SC=GCAACAGAGAGCCAGCCATGG;SOR=0.688;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=31;WE=54879481;WS=54879463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr14	54886585	rs4251678	AC	A	411.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=3;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=295;ReadPosRankSum=1.038;SC=ATGCTTCCTTACCCAAAAAGA;SOR=0.328;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=6;WE=54886597;WS=54886575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr14	54886589	rs4251679	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=4;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=309;ReadPosRankSum=1.245;SC=TTCCTTACCCAAAAAGATGTA;SOR=0.328;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=9;WE=54886597;WS=54886575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr14	54896852	rs78534712	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=0.699;SC=ATTTGCTGGTGTGCACCATGC;SOR=0.529;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=17;WE=54896860;WS=54896842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr14	54907863	rs28734951	C	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr14	54947501	rs59955412	T	C	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr14	54955677	rs3737314	A	T	1646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=707;ReadPosRankSum=-1.647;SC=CCTGTCGCCTACACTCGGGCG;SOR=0.792;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=52;WE=54955685;WS=54955667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,94:0.42:222
chr14	55154053	rs11626473	C	T	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.558;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr14	55168673	rs1022754	A	G	257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=217;SC=AAATATAGCCAGACTATGTAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=55168681;WS=55168663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	55218161	rs2295820	A	C	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=603;SC=CTTGTTATTTAATTACAGAAT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=55218169;WS=55218151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	55218435	rs2295822	A	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=467;SC=TGCTTCTTTGAAAGCTGATGC;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=55218443;WS=55218425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	55221345	rs911612	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=1;PP=23;SC=TGACGGCACCGGTGGCAGACT;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=55221353;WS=55221342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	55221543	rs11627203	T	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	55241531	.	C	CAA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.89;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr14	55241685	rs117806763	G	A	3480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=54;PP=1792;ReadPosRankSum=1.844;SC=CCCTCCCGACGGCTGGCTCTG;SOR=0.756;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=239;TCF=125;TCR=114;TR=117;WE=55241693;WS=55241675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,170:0.48:353
chr14	55255673	rs11431	C	T	3135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1127;ReadPosRankSum=-0.808;SC=AAGCTGAAGACGAGAGTGACC;SOR=0.604;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=201;TCF=91;TCR=110;TR=91;WE=55255681;WS=55255663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,167:0.46:366
chr14	55310492	rs841	G	A	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.340;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=653;ReadPosRankSum=1.016;SC=TTTTGTGCACGTACTTACACT;SOR=0.558;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=42;WE=55310500;WS=55310482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,64:0.46:140
chr14	55454119	rs147777028	C	CAATT	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.601;NF=1;NR=11;PP=517;ReadPosRankSum=1.734;SC=AAAATTAAAACAAGACAGAAA;SOR=0.846;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=12;WE=55454127;WS=55454097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr14	55454170	.	A	ATATAT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=-0.787;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr14	55457988	rs72715571	G	C	3053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.091;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=42;PP=1203;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GCTTTTGCCGGGGAGTTGGCA;SOR=0.567;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=163;TCF=92;TCR=71;TR=91;WE=55457996;WS=55457978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,148:0.56:262
chr14	55473900	rs9323275	T	C	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.08;MQRankSum=-1.187;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr14	55474190	rs45459500	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=-0.332;SC=AAATCAATATATATCTCAGAA;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=10;WE=55474198;WS=55474180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	55477256	.	G	A	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TTAAAAATCCGGTAAAAAACA;SOR=0.602;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=10;WE=55477264;WS=55477246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr14	55493350	rs1187878	T	C	2634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=22;PP=1825;SC=GAGTCATTTTTAGCTGACTGC;SOR=2.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=60;TCR=22;TR=82;WE=55493358;WS=55493340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	55493408	rs1201378	T	C	6326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=68;PP=2965;SC=ACCTAAAACGTTGTTTCTCAA;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=97;TCR=68;TR=165;WE=55493416;WS=55493398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr14	55606972	rs79515515	T	G	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=434;ReadPosRankSum=0.859;SC=TATTGACACATATGTACTTGT;SOR=0.596;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=42;TCR=29;TR=29;WE=55606980;WS=55606962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,67:0.49:138
chr14	55612006	rs71659941	TA	T	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=1.590;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr14	56100160	rs10135907	G	T	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=275;SC=AGACTTTTGTGTTTTTACATT;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=56100168;WS=56100150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	56104386	.	T	TA	31.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.6213;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AAGAATGCCTTAAAAAAAAAA;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=56104394;WS=56104376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	56108033	rs2341890	G	A	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=10;PP=330;SC=CTCTGAAACAGTGTTTCTGTA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=56108041;WS=56108023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	56126456	rs7160678	C	A	1544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=23;PP=645;SC=TTTATAAAGTCGTAACTATTT;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=40;WE=56126464;WS=56126446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	56139451	rs78732957	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=-1.152;SC=CTTGTAACCTATGGATTTGTT;SOR=0.385;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=56139459;WS=56139441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr14	56142480	rs3736877	A	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=11;NR=2;PP=221;SC=TTCATTCTTCAGTCCTAGAGG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=56142488;WS=56142470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	56146515	.	T	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=-1.331;SC=CTTCTTTATCTCTCAGAACTT;SOR=0.498;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=20;WE=56146523;WS=56146505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr14	56167983	.	AT	A	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=1.249;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr14	56755425	rs34574403	C	CA	314.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=-0.919;SC=TTAATTGGAGCAAAAAAAAAT;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=11;WE=56755433;WS=56755415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr14	56763886	rs1152466	G	A	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.583;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=29;PP=737;ReadPosRankSum=-0.692;SC=ATTGACTGACGCCCTTGACAG;SOR=0.922;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=48;WE=56763894;WS=56763876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,88:0.53:165
chr14	57070501	rs10782433	A	G	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=27;PP=1471;SC=TTTTTGTTGGAAAAGAAGATT;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=57070509;WS=57070491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	57082648	rs2275024	A	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=15;PP=557;SC=AATAAGTTAGATTGTTTTTTG;SOR=0.829;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=57082656;WS=57082638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	57084208	rs3068785	T	TTTAA	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=371;SC=GAATGCAGTGTTTAACACAGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=57084216;WS=57084198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	57099859	rs1041316	G	A	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.757;NF=11;NR=14;PP=316;ReadPosRankSum=-1.745;SC=CTTACAAAAAGTATCTATAAC;SOR=0.450;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=25;WE=57099867;WS=57099849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,35:0.61:57
chr14	57101560	rs10601913	CA	C	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr14	57101682	rs913742	A	G	2971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=922;ReadPosRankSum=-1.086;SC=TGACTATTCTACATTTTTGTG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=166;TCF=81;TCR=85;TR=67;WE=57101690;WS=57101672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,154:0.48:320
chr14	57114285	rs34046661	C	CA	586.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=21;PP=923;SC=GTTTTTCCTTCAAGAAAAGAA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=57114293;WS=57114275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	57116979	rs1958530	A	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=23;SC=TTCGGCCTGAAGAGCCAGTGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=57116987;WS=57116969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	57755605	rs144172236	G	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=140;ReadPosRankSum=0.029;SC=TATTGTAATAGTCTCATGTTT;SOR=0.908;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=12;WE=57755613;WS=57755595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr14	57863385	rs12894584	C	T	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=3;PP=623;SC=AAAATGCTTACCAATGGTTGG;SOR=2.517;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=57863393;WS=57863375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	57866623	rs2152360	A	G	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	57876265	rs11620639	G	A	5322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=69;PP=2041;SC=ACTATCATCCGCACAGAATCG;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=52;TCR=69;TR=121;WE=57876273;WS=57876255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr14	57938124	rs1152531	C	T	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=20;PP=857;SC=CTGTCCTGGTCCTCACCAGTG;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=57938132;WS=57938114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	57938260	rs1152530	T	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=561;SC=CCAGGGACAGTAGTTATTCAC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=57938268;WS=57938250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	57945689	rs1152525	G	A	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=18;PP=997;SC=TTTGGCCCACGGCACAGCGAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=57945697;WS=57945679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	57948380	rs1152522	T	C	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=15;PP=479;SC=TAGTACCTGCTATGAAAGACA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=57948388;WS=57948370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	57957654	rs1203339	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.62;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	57957664	rs1203338	T	A	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.29;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	58047219	rs17093357	G	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.807;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=556;ReadPosRankSum=-0.450;SC=TTATATGAATGAGATCTGGCT;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=32;WE=58047227;WS=58047209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,49:0.56:87
chr14	58047857	rs147425664	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.161;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=0.804;SC=CACGAAACAAAGCAGACAGGC;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=7;WE=58047865;WS=58047847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	58056257	rs1190313	G	T	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=37;PP=1091;SC=GAATACAAATGTGAGGAAAGC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=58056265;WS=58056247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	58060862	rs17724076	G	A	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=917;ReadPosRankSum=-0.900;SC=CAGAGTTCACGCCAGTTTGAG;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=53;WE=58060870;WS=58060852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr14	58332380	rs117742957	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.857;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
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chr14	58478873	rs3837616	GA	G	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5032;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TTCTCACTAGGAAAAAAATAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=58478881;WS=58478863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	58697795	rs111932447	C	CAG	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=1.507;SC=CTTTTTTTGACAGTGTTGCTC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=58697803;WS=58697785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr14	58724817	rs35486640	C	CTT	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=279;SC=AATAGAAACTCGTCGATAAGT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=58724825;WS=58724807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	58724849	rs140273752	AAC	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=-0.524;SC=GATTAAATAAAACAGTGTACA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=58724858;WS=58724839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr14	58730626	rs2348071	A	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=384;SC=CACCAACACTAATGATAGCTG;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=58730634;WS=58730616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	58737766	rs8005100	A	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	58758279	rs149972156	TAC	T	229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=-0.642;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.850;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,31:0.14:225
chr14	58758331	rs11461912	G	GT	6829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=59;PP=2974;SC=TTACCTAAGAGTAACTAAGTA;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=17;TCR=62;TR=75;WE=58758339;WS=58758321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr14	58766617	rs1957038	A	G	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=68;PP=2152;SC=TCGCGCCCTGAACACTGCCAA;SOR=1.104;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=111;WE=58766625;WS=58766607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	58768333	rs45562837	C	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-1.168;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,72:0.47:152
chr14	58770389	rs10145481	C	G	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=45;PP=1382;SC=CTAAAGGGTCCCTCCAGACCA;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=73;WE=58770397;WS=58770379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	58771632	rs7155580	A	G	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	58820379	rs142244405	A	G	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=331;ReadPosRankSum=-1.007;SC=ACTGCAGGGAAGAAACTGAAA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=26;WE=58820387;WS=58820369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,38:0.36:106
chr14	58831142	rs1051858	A	G	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=431;ReadPosRankSum=1.264;SC=AATGGAAAAAACAGAAGAAGT;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=25;WE=58831150;WS=58831132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr14	58869510	rs7153357	T	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.92;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	58875135	.	C	CA	133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=5.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=0.933;SOR=1.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr14	58907825	rs71107948	AT	A	80.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.17;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	58917225	rs1748970	C	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=614;SC=AAAGTATAGGCAAGAGTAATA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=58917233;WS=58917215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	58917454	rs1748971	G	A	3277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=49;PP=1416;SC=TGGAAGTGTCGTGTCACAGAG;SOR=1.225;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=58917462;WS=58917444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	58920240	rs1748975	A	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=342;ReadPosRankSum=0.556;SC=GAGTTTTGTTAAGATTTTTCA;SOR=0.487;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=58920248;WS=58920230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr14	58923395	rs1743721	G	A	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=15;PP=772;SC=ATCTTCTGTAGCGTTGAAACT;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=58923403;WS=58923385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	58932772	rs1743716	A	G	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=42;PP=1257;SC=AATATGTGGGATGGATTTTAT;SOR=1.099;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=66;WE=58932780;WS=58932762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	58934371	rs1632390	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=331;SC=TGAGAATATAGCCATTAAGAT;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=58934379;WS=58934361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	58937416	rs1748986	T	C	6775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr14	58953617	rs1743702	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=3;PP=335;SC=TACTTAACCCTGCCATCAATT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=58953625;WS=58953607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	58953746	rs1617510	C	G	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr14	58954588	rs5808973	T	TA	1489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.577;NF=23;NR=16;PP=768;ReadPosRankSum=-0.314;SC=TCTGTCCTTTTAAAAAAAAAC;SOR=0.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=39;WE=58954596;WS=58954578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,65:0.96:68
chr14	59010649	rs28535751	T	C	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=439;ReadPosRankSum=-1.393;SC=AAACTCGGGCTGTGGAGGTTT;SOR=0.595;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=40;WE=59010657;WS=59010639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,74:0.54:136
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chr14	59112732	rs17832998	C	T	2728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=42;PP=1481;ReadPosRankSum=1.001;SC=CAAGAACATGCTCGGTGTTCC;SOR=0.820;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=182;TCF=102;TCR=80;TR=100;WE=59112740;WS=59112722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,132:0.53:247
chr14	59113430	rs698025	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.988;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=22;PP=778;ReadPosRankSum=-0.526;SC=GGCCCGGCGCGGTCGCCGGGA;SOR=0.868;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=119;TCF=61;TCR=58;TR=53;WE=59113438;WS=59113420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,71:0.48:149
chr14	59781977	rs11347467	CT	C	2869.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.398;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.778;NF=20;NR=44;PP=1414;ReadPosRankSum=2.684;SC=TGGTATGTCACTTTTTTTCCC;SOR=0.738;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=44;TCR=98;TR=64;WE=59781985;WS=59781967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,163:0.49:333
chr14	59789586	rs8021976	A	G	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=35;PP=1340;SC=GCACTTAAGCATGGTGCATTT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=86;WE=59789594;WS=59789576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	59789727	rs8022614	G	A	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=498;ReadPosRankSum=-2.437;SC=GCTGTATAAAGGCGTTAATGA;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=41;WE=59789735;WS=59789717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,71:0.33:217
chr14	59790745	rs61984496	G	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=2;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=73;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GCAAGACTCCGTCTGAAAAAA;SOR=0.078;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=59790757;WS=59790735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	59790813	rs6573250	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=328;ReadPosRankSum=0.828;SC=AGGTTAGTAACGTTTCAGTCC;SOR=1.743;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=22;WE=59790821;WS=59790803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr14	59792874	rs17096091	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.912;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=0.798;SC=CTGCACAGTGCTGATTACATT;SOR=0.234;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=17;WE=59792882;WS=59792864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr14	59797115	rs941883	A	G	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=5;PP=455;SC=CCTAATAAAGATCCTCATAAT;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=59797123;WS=59797105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	59797235	rs941884	A	G	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=31;PP=1214;SC=ATGAGCTACAACAGAAACTGG;SOR=0.771;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=67;WE=59797243;WS=59797225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	59797457	rs2146011	T	G	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=82;ReadPosRankSum=0.887;SC=TCACTGACCCTAGAGCCCCTC;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=59797465;WS=59797447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	59797876	rs61264169	A	G	258.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=146;ReadPosRankSum=-0.775;SC=AAATCATTCAATGAATTTACT;SOR=0.495;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=59797884;WS=59797866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr14	59798238	rs17096105	G	A	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=483;ReadPosRankSum=2.589;SC=TGAGCCATTTGTTCCAGTTTT;SOR=0.871;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=34;WE=59798246;WS=59798228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,45:0.51:88
chr14	59798473	rs2146012	C	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=706;SC=AAATAACCATCCCTGTTCTTT;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=59798481;WS=59798463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	59804999	rs1958180	A	G	3142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,167:0.48:347
chr14	59814502	rs941886	C	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-1.519;SC=AACTTAATGACCTTATTCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=59814510;WS=59814492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	59834048	rs10130669	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=0.209;SC=ACAAAACTTACGTTTGACTCA;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=59834056;WS=59834038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	59931840	rs3742645	G	T	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=5;PP=98;SC=CCGTGGCCGCGGAGGAAGTCC;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=59931848;WS=59931830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	59931931	rs1752428	T	G	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=2;PP=47;SC=GCGGGGCGGCTGCGGCTCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=59931939;WS=59931921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	59939727	rs8660	T	C	1991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=671;ReadPosRankSum=0.740;SC=TCATCTTCTATTATAAAGCTT;SOR=0.811;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=52;WE=59939735;WS=59939717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,103:0.51:202
chr14	59941143	rs8013894	A	G	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=566;ReadPosRankSum=0.009;SC=TAATAAATGCATCTACTTGCC;SOR=0.514;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=46;WE=59941151;WS=59941133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,54:0.56:96
chr14	59941360	rs183040634	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=214;ReadPosRankSum=-0.691;SC=TGCTACTCACTAACTAACCTC;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=13;WE=59941368;WS=59941350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr14	59942953	rs10634233	T	TCAAC	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=-0.618;SC=CAAAAAAAGATCACATGCAAA;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=2;WE=59942961;WS=59942943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
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chr14	59950417	rs1268584	T	G	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=706;ReadPosRankSum=-2.826;SC=AATTGCAAGGTTTCGCGGAGT;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=44;WE=59950425;WS=59950407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,102:0.51:199
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chr14	59965429	rs1271507	T	C	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
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chr14	59992258	rs1956366	G	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=256;ReadPosRankSum=0.118;SC=ATTAATTTCTGAAGTATCCAG;SOR=0.919;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=19;WE=59992266;WS=59992248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr14	59992284	rs1956365	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=176;ReadPosRankSum=1.406;SC=GATAGATATTCTTCCTTAGAA;SOR=0.883;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=12;WE=59992292;WS=59992274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr14	59993663	rs8011271	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	59998301	rs2145042	T	C	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr14	59998310	rs2145041	G	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr14	60004844	rs4261431	C	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,30:0.43:70
chr14	60031996	rs1980580	G	A	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.493;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=428;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GCTTCTCCCTGGGAGGAAAGA;SOR=0.969;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=76;TCF=32;TCR=44;TR=29;WE=60032004;WS=60031986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,46:0.41:112
chr14	60032046	rs1980579	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=188;ReadPosRankSum=-0.569;SC=TAAGAAAGGAATAGTCTGTGT;SOR=0.447;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=15;WE=60032054;WS=60032036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,21:0.34:62
chr14	60034840	rs982862	G	C	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=17;PP=835;SC=TCTCCTACAAGCCATCTTCAC;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=60034848;WS=60034830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	60043422	rs4898996	A	G	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	60063472	rs6573275	A	G	3398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=41;PP=1306;SC=TTTACTCAGCATGCCTCTTAG;SOR=0.754;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=77;WE=60063480;WS=60063462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	60071972	rs1950787	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=278;ReadPosRankSum=0.762;SC=CTTCTGACTCTAGAATATAAT;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=18;WE=60071980;WS=60071962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr14	60072023	rs1950786	G	A	2074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	60073935	rs1956372	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=189;ReadPosRankSum=-1.505;SC=TGCATCTGTGAGCTGAAATAC;SOR=0.859;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=13;WE=60073943;WS=60073925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr14	60076783	rs1998111	G	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.742;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=439;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TTCAGACAAAGAGAAGATAGA;SOR=0.787;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=28;WE=60076791;WS=60076773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,39:0.36:107
chr14	60394828	rs9323357	G	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=77;SC=TAGTGACTTTGGGAAGCAGAG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=60394836;WS=60394818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	60405385	rs34650525	G	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=188;SC=AGGATTATCAGTTCAGTTCTT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=60405393;WS=60405375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	60411584	rs5809056	TCA	T	249.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.22;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	60426771	rs150683	T	C	123.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=3;PP=31;SC=TGATCTGAAATGGAGAGAATC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=60426779;WS=60426761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	60530160	rs201841893	TA	T	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr14	60585131	rs308998	A	G	3916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=36;PP=1474;SC=ATGGACAGAGAAAAAACAACG;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=80;WE=60585139;WS=60585121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr14	60587844	rs190146503	A	G	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	60587899	rs373244069	T	C,TC	1208.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=34.54;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,19,16:0.54,0.46:35
chr14	60591829	rs308990	T	C	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=29;PP=1314;SC=CTTGTTATTTTAGTTTATTTG;SOR=0.714;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=60591837;WS=60591819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	60591887	rs167437	G	A	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=30;PP=1267;SC=GAGAGTTTACGGTGGTGTTTT;SOR=0.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=60591895;WS=60591877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	60592030	rs308989	A	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=22;PP=575;SC=ATTTTTCTAAATCACGTACAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=60592038;WS=60592020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	60600477	rs1623792	T	A	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=57;PP=1778;SC=CCAGGAAACTTTTATTTAAAG;SOR=0.861;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=60600485;WS=60600467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr14	60611528	rs409866	T	C	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.25;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	60611585	rs439332	T	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=9;PP=391;SC=AAAAGTAAAATCACAAATTAG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=60611593;WS=60611575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	60611648	rs399535	C	T	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	60611675	rs381839	G	A	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=21;PP=720;SC=AAAAGTACAGGTGCTCTTTTC;SOR=0.754;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=40;WE=60611683;WS=60611665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	60615914	rs412157	C	T	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=5;PP=413;SC=TGGTCTTGAACTCCTGGCCTC;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=60615922;WS=60615904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	60616042	rs411880	C	T	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=38;PP=1667;SC=TTGGTACATACTATTAAGAAA;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=84;WE=60616050;WS=60616032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	60616912	rs376945245	G	GGCA	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.49;ReadPosRankSum=-0.439;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,34:0.81:42
chr14	60616914	rs201920626	C	A	2501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.75;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chr14	60622944	rs3835287	A	AAAAG,AAAAAG	897.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999,0.5001;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;NF=1,1;NR=14,14;PP=21,141;SC=TTAGAAAAAAAAAAGAAAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15,15;WE=60622952;WS=60622934;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:22
chr14	60712515	rs8018093	G	C	1289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=9;PP=596;SC=CCAGGGTAGGGGGCACACCCT;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=60712523;WS=60712505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	60750349	rs4899009	C	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=235;SC=AATTCTGAAACCAGTTTTTGG;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=60750357;WS=60750339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	60750365	rs8012816	C	T	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=7;PP=166;SC=TTTGGCACAACTGTAGGATAC;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=60750373;WS=60750355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	60752196	rs10653822	A	ATGCG	84.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=0;PP=98;SC=ACACGCACGCATGCGTGCACA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=60752204;WS=60752189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	60864583	rs1254293	G	T	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=26;PP=1082;SC=GAAACAGAAGGGTCGCGGCTT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=60;WE=60864591;WS=60864573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	60900113	rs1254316	C	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=15;PP=383;SC=CCCCTCATTCCGAAAACACTT;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=22;WE=60900121;WS=60900103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	60903757	rs1254319	G	A	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=15;PP=410;SC=GGCTTCTCAAGTAAGTTTCCT;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=60903765;WS=60903747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	60921673	rs1262175	T	C	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	60923783	rs11625921	C	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=16;PP=416;SC=TCATTTTCTACTGACTTCCCA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=60923791;WS=60923773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	60932569	.	AACACACAC	A	432.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=33.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr14	61184731	rs370845559	AAAT	A	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=2.238;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.684;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr14	61285352	rs973063	A	G	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=0;PP=377;SC=TGAAATGCTTATGGAAAAGAC;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=61285360;WS=61285342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	61445967	rs7142228	A	G	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=32;PP=1522;SC=TGTTTGAAAGACAGCTGATGA;SOR=0.945;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=81;WE=61445975;WS=61445957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	61448510	rs2296924	A	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=511;SC=GGGAGGGAAAATAATAAACAT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=61448518;WS=61448500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	61449167	rs2296923	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=8;PP=604;SC=GGAATTTCTTTACGAAATTTT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=61449175;WS=61449157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	61449328	rs976272	T	A	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=31;PP=912;SC=AGCTTATGTTTTGGCTAATAC;SOR=0.878;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=61449336;WS=61449318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	61451329	rs2182985	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=436;SC=ACATAATTCTGCTACTCAGAG;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=61451337;WS=61451319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	61451589	rs2149303	C	T	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=13;PP=317;SC=ACATATAGAACTGGATGTCTC;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=61451597;WS=61451579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	61453739	rs33922839	C	CT	3005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=34;PP=2057;SC=ATCTGTTTCTCTTCTTTTTTC;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=49;WE=61453747;WS=61453729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	61453887	rs200167514	CT	C	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.000;QD=3.01;ReadPosRankSum=0.914;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr14	61497147	rs1465146	A	T	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=10;PP=311;SC=TAGGAACACTATTTATTCTTT;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=61497155;WS=61497137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	61497285	rs1465145	T	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=7;PP=213;SC=TGTATTAATTTGATAAATATG;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=61497293;WS=61497275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	61509924	rs2296921	T	C	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=15;PP=467;SC=TAGAGAAAGGTTTCCAGGTAA;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=61509932;WS=61509914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	61643045	rs4902033	C	A	2569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.362;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,144:0.41:347
chr14	61747644	rs3196765	A	G	4465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=58;PP=2260;SC=CCGAGCAGTTACCGGTGCCCG;SOR=0.794;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=110;WE=61747652;WS=61747634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	61789318	rs1886466	C	G	186.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=3;PP=51;SC=TCTTCGTCCACGTGGCCGCGG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=61789326;WS=61789308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	61915751	rs2296273	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=750;SC=AAGGATGGGCGCACCAGCTGC;SOR=2.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=61915759;WS=61915741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	61952429	rs1536016	T	C	5673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=79;PP=2465;SC=CCTCTCCTGGTATGATCCATC;SOR=0.971;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=133;TCF=53;TCR=80;TR=132;WE=61952437;WS=61952419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr14	61995673	rs2463117	C	T	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=174;SC=GAAGCTCATGCGGCCGCATGT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=61995681;WS=61995663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	61995691	.	C	CGTGTGTGTGT	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.46;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	61997226	rs1088680	C	T	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=25;PP=968;SC=AGGCAGAGAACGAAGATGACC;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=54;WE=61997234;WS=61997216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	61997393	rs1088679	T	C	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=28;PP=845;SC=TTTTCAGTACTTCCCACCAGT;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=61997401;WS=61997383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	62037297	rs798792	C	A	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=317;SC=TCCTGAACAGCATCCAGTTTG;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=62037305;WS=62037287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	62205175	rs10138153	T	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=591;SC=TTCAAACACTTATTTGAACCA;SOR=3.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=62205183;WS=62205165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	62208005	rs4902080	T	C	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=291;SC=AACTTTCTGATATATATGCCC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=62208013;WS=62207995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	62211578	rs60361955	CGTGTGT	CGT,C	394.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1,1;NR=9,9;PP=353,60;SC=TGTGCTATTTCGTGTGTGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10,10;WE=62211591;WS=62211568;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:10
chr14	62212675	rs4902082	C	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=7;PP=161;SC=GGCGCGGTGGCTCACACCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=62212683;WS=62212665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	62213848	rs2057482	T	C	2452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=40;PP=1179;SC=TGGTGGCTCATTACCTAAAGC;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=62213856;WS=62213838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	62213929	rs5809121	A	AT	368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=485;SC=GGTTAGTTCAATTTTGATCCC;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=13;WE=62213937;WS=62213919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	62229113	rs17099207	G	A	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=235;ReadPosRankSum=0.060;SC=TGGTTTCCTGGGCGACCACCG;SOR=1.656;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=14;WE=62229121;WS=62229103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr14	62229434	rs7151978	G	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TTGCCTCCATGACTCCTGGAC;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=14;WE=62229442;WS=62229424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr14	62233806	.	A	G	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=25;QD=14.9428031368;SC=CAAGTACCATATTTTTATAAT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=62233814;WS=62233796;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	62234159	rs10145554	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.435;SC=AAAATGGAATAAGTATTGATA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=62234167;WS=62234149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	62462766	rs8019076	T	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=6;PP=354;SC=TCTCAGGATGTTCAGAACTTC;SOR=1.302;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=62462774;WS=62462756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	62463303	rs61743836	G	A	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.76;ReadPosRankSum=2.321;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,38:0.49:77
chr14	62463311	rs62639692	A	G	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.63;ReadPosRankSum=2.471;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr14	62542186	rs35857227	TA	T	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr14	62546001	rs1892051	C	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=294;SC=TGCATGCTCACAGGAAAGGAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=62546009;WS=62545991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	62546256	rs2353777	C	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.475;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=371;ReadPosRankSum=-1.315;SC=TAAGGAAATACGAACCCAGAG;SOR=1.308;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=24;WE=62546264;WS=62546246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr14	62547469	rs7148330	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGATTCTGAAGGAGCACAAAG;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=62547477;WS=62547459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	63174616	rs7161127	T	C	5688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr14	63174960	rs4902176	C	T	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,70:0.53:131
chr14	63179333	rs12435381	C	T	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=370;ReadPosRankSum=-3.020;SC=TCCTGGACTCCGTGAAAACTC;SOR=0.694;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=49;TCR=36;TR=31;WE=63179341;WS=63179323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,68:0.40:172
chr14	63269317	rs12588427	T	C	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=357;ReadPosRankSum=-2.563;SC=AGGTGAGAGATGAATAAGTGA;SOR=1.185;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=32;WE=63269325;WS=63269307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr14	63417285	.	TA	T	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=5.180;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.735;SOR=2.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr14	63735862	rs10133216	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=185;ReadPosRankSum=-1.792;SC=AACACTTGCTCGGACTGTATG;SOR=0.708;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=14;WE=63735870;WS=63735852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,37:0.58:64
chr14	63735954	rs10145453	T	G	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.31;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,37:0.41:91
chr14	63779846	rs5809192	G	GA	1128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.411;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.169;NF=0;NR=25;PP=895;ReadPosRankSum=-0.346;SC=CCCATAGATAGAAACAGAGAA;SOR=1.080;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=58;TCF=1;TCR=57;TR=25;WE=63779854;WS=63779836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,52:0.43:121
chr14	63784335	rs77850489	G	A	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=11;PP=558;ReadPosRankSum=0.679;SC=AGAAGACACTGTCATCTGCAC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=41;WE=63784343;WS=63784325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr14	63784407	rs11382440	A	AG	7960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=64;PP=2936;SC=GGTGATCCGAAGCCCCTGCAG;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=98;WE=63784415;WS=63784397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr14	63848647	rs10146129	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.515;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=89;ReadPosRankSum=1.192;SC=GGTTGTTAAGTAATGCATGAC;SOR=0.368;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=10;WE=63848655;WS=63848637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,11:0.35:31
chr14	63862105	rs145804439	AGAG	A	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr14	63881729	rs142231876	T	TTATA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr14	64009489	rs1271563	T	G	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.506;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr14	64009521	rs1255720	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.720;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr14	64375985	rs2275018	G	T	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=50;PP=1467;SC=ACAGAAACTGGGGAAACCTTA;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=81;WE=64375993;WS=64375975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	64421392	rs1255874	G	A	1374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=14;PP=1045;SC=GGGGTGTTACGTTCTTTTTAA;SOR=2.004;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=39;TCR=14;TR=53;WE=64421400;WS=64421382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	64423187	rs2792201	C	A	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=40;PP=1394;SC=CAACTCTCTTCAGCTGATGTG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=37;TCR=41;TR=77;WE=64423195;WS=64423177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr14	64428154	rs1255884	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=4;PP=692;SC=CCTGTGAACCAAATGGCAGAG;SOR=3.145;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=64428162;WS=64428144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	64443258	.	C	CT	128.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=6.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.343;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr14	64449237	rs368442429	C	CA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.417;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.541;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr14	64491695	rs4902264	T	C	4563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=48;PP=1588;SC=TGGAAAGGAATGGAAGAACCA;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=104;WE=64491703;WS=64491685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr14	64494278	rs10151127	C	T	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=4;PP=654;SC=GCTCATAGAACTAAAGAAGAA;SOR=2.649;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=64494286;WS=64494268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	64496749	rs4027402	C	T	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=34;PP=1075;SC=GATCAAATAGCGGTTGAGGAA;SOR=1.071;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=53;WE=64496757;WS=64496739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	64496872	rs3866737	G	C	280.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=231;SC=AGAAATTCCAGTGGTATTCAG;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=64496880;WS=64496862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	64497930	rs4027404	G	A	3482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=33;PP=1580;SC=TGTCTCAACAGCATTCTCAAA;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=50;TCR=33;TR=83;WE=64497938;WS=64497920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	64498037	rs4027405	G	A	4085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=54;PP=1629;SC=GGAATCAGCTGCAGTGGAAAA;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=95;WE=64498045;WS=64498027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	64501192	rs9783605	G	A	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=161;SC=TTTTTCTTTAGTAAATGTCAT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=64501200;WS=64501182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	64519035	rs1890908	A	G	4911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=83;PP=2574;SC=CTATGAGGGCAGTGATTTAAA;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=50;TCR=83;TR=133;WE=64519043;WS=64519025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	64519455	rs3829767	A	G	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=22;PP=1001;SC=GGAACACAAGATAAAGTTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=64519463;WS=64519445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	64520416	rs10138253	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=9;PP=293;SC=TGGGTGCGGGGGCTCACGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=64520424;WS=64520406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	64522550	rs10676670	T	TAATAA	311.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=44.54;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	64522674	rs8010911	G	C	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=25.80;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	64522843	rs8010699	A	G	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=34;PP=1125;SC=ACAGTAGCACACATCCAGGAC;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=60;WE=64522851;WS=64522833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	64523094	rs7153376	G	A	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=133;SC=TTTTTTCTCTGTCATTAACAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=64523102;WS=64523084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	64532107	rs1255972	A	G	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=384;SC=CAGGAAAACCATAATAGTATG;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=64532115;WS=64532097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	64537295	rs1255965	T	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=239;SC=AAAAATTATGTCTACTTCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=64537303;WS=64537285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	64537657	rs1255964	G	A	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=22;PP=599;SC=TATTAAGGACGTGTGCTTGAC;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=64537665;WS=64537647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	64542872	rs1255960	G	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=204;SC=ATGACTATCAGGAGGAAAATA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=64542880;WS=64542862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	64551688	rs1255953	C	T	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	64551790	.	AT	A	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=0.538;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr14	64564527	rs8007972	C	T	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=140;SC=GGAGCTATACCGTACCAGAGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=64564535;WS=64564517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	64596823	rs75568433	C	A	435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=198;ReadPosRankSum=1.516;SC=ACTCAGCAGCCCTTTCGTCAC;SOR=1.244;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=14;WE=64596831;WS=64596813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr14	64612845	rs11629287	C	T	2021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=20;PP=772;SC=AAATACAGATCTTGAACAACT;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=47;WE=64612866;WS=64612835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	64612858	rs10151658	C	A	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=23;PP=859;SC=GAACAACTGGCTGGAAGCACA;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=64612866;WS=64612835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	64637147	rs7161192	C	A	4160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr14	64640665	rs7148122	C	G	586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	64655161	rs1255986	C	T	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=2;PP=529;SC=AGGTTGAGTGCGGAGAGCTAC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=64655169;WS=64655151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	64656682	rs35676590	A	ATT	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.459;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr14	64656855	rs2256191	T	C	4437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=48;NR=38;PP=1747;SC=GGGTGACCAGTTGATCAAGGC;SOR=0.829;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=86;WE=64656863;WS=64656845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr14	64657684	rs1255988	C	A	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	64674981	rs1152595	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=388;SC=GCTGTGGGCATCCACACTGCT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=64674989;WS=64674971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	64676098	rs1152592	A	G	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=32;NR=23;PP=891;SC=GTGCAAAAGCACAGGCTTGGA;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=64676106;WS=64676088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	64680848	rs1152591	A	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=10;PP=984;SC=CAGACTTCTCATGCTCTTCTA;SOR=2.604;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=51;WE=64680856;WS=64680838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	64681193	rs1152590	C	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=25;PP=658;SC=TGTCAGGTAACAGCTGGGTTC;SOR=1.312;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=64681201;WS=64681183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	64681919	rs117786344	C	G	1306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.899;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=10;PP=686;ReadPosRankSum=0.173;SC=CTCCTTCCAGCTGACAATGTT;SOR=1.281;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=93;TCF=63;TCR=30;TR=43;WE=64681927;WS=64681909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,61:0.47:129
chr14	64686125	rs35648226	G	T	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=24;PP=715;SC=TGAAGAGACTGCAGGTGAGTT;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=64686133;WS=64686115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	64686207	rs915057	A	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.90;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	64686207	.	ATGTATTCG	GTGTATTCA,GTGTATTCG	76	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=21;MMLQ=8;MQ=60.0;NF=1,2;NR=6,10;PP=76,44;QD=18.4954106946;SC=AGCAGATCCCATGTATTCGTG;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7,12;WE=64686223;WS=64686197;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.58:12
chr14	64686215	rs117485241	G	A	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=-1.248;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr14	64688175	rs1152588	G	C	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=9;PP=409;SC=CTCGTATTCAGTGGGTAAGGC;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=64688183;WS=64688165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	64691644	rs59086977	ATT	A,AT	447.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=10.212;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=1.830;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,10,16:0.36,0.57:28
chr14	64694195	rs928554	C	T	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=36;PP=1700;SC=CAGAGGGAAACTGAAGTGAAA;SOR=0.962;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=91;WE=64694203;WS=64694185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	64699816	rs4986938	C	T	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=318;SC=ACGCTTCAGCCTGTGACCTCT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=64699824;WS=64699806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	64746933	rs34967796	G	GA	253.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.86;ReadPosRankSum=2.311;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr14	64814311	rs1256112	C	T	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=13;PP=364;SC=ACTGAGCTGTCTCTGAAGTTT;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=64814319;WS=64814301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	64855041	rs1076991	T	C	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=288;ReadPosRankSum=-1.189;SC=TGTGATCCCCTGGCCAGTCCC;SOR=0.689;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=25;TCR=25;TR=22;WE=64855049;WS=64855031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr14	64879352	rs10678665	A	AT	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.319;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr14	64908651	rs8003567	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=248;ReadPosRankSum=0.637;SC=AGATGACTTTATATTTTCCCT;SOR=1.047;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=15;WE=64908659;WS=64908641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
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chr14	64911627	rs1256143	T	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=21;PP=607;SC=AGGGAAGATGTACCTCACAAA;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=64911635;WS=64911617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	64915182	rs2236222	A	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=282;ReadPosRankSum=0.241;SC=CAGGCATTGCATACGTCACTG;SOR=0.286;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=20;WE=64915190;WS=64915172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr14	64926433	rs75480958	GTGCT	G	574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=512;SC=AAACATTTCAGTGCTTGCTTA;SOR=3.912;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=64926444;WS=64926423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	64935411	rs2230491	C	T	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.930;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=15;PP=599;ReadPosRankSum=-1.918;SC=CAGCAAAAGCCATTGGAGGGT;SOR=0.870;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=43;WE=64935419;WS=64935401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,84:0.50:167
chr14	64935720	rs1256149	C	T	7305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=90;PP=2965;SC=AGCAATAGCACAACTTCTGGA;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=174;TCF=84;TCR=90;TR=173;WE=64935728;WS=64935710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr14	64947040	.	CAAAAA	C	345.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=9.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.34;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=2.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr14	64947181	rs8003790	C	T	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=35;PP=970;SC=AGATTATGGTCGGTAAGAATT;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=64947189;WS=64947171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	64953580	rs10132969	T	A	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=2;PP=574;SC=ATTTATGAATTAAAAATGCCA;SOR=2.910;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=64953599;WS=64953570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	64953591	rs10143839	C	T	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=618;SC=AAAAATGCCACGCAAATTTTC;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=64953599;WS=64953570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	64988114	rs10624421	C	CAA	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=754;SC=ATTGTAATAGCAGTCATGCAA;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=64988122;WS=64988104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	64988279	rs28626711	A	G	2674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.937;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1054;ReadPosRankSum=1.438;SC=ACCAAAGAGAATGGGGTTTTC;SOR=0.657;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=150;TCF=78;TCR=72;TR=74;WE=64988287;WS=64988269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,137:0.47:294
chr14	64988924	rs10133411	T	C	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=737;ReadPosRankSum=-1.605;SC=TAGATGAGCATGTGCTAACCT;SOR=0.805;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=136;TCF=67;TCR=69;TR=67;WE=64988932;WS=64988914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,101:0.50:201
chr14	65008251	rs1063391	C	T	2340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.035;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,128:0.47:273
chr14	65009534	rs35270454	C	CT	349.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr14	65016702	rs7156953	T	G	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=22;PP=1121;SC=CCGTATGGCTTCCAGGGCGAG;SOR=0.871;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=56;WE=65016710;WS=65016692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	65017760	rs76585972	A	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.537;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=156;ReadPosRankSum=1.815;SC=TGCCTGGGGGAAAAAAAAGCA;SOR=2.613;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=10;WE=65017768;WS=65017750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr14	65032226	rs8007313	C	T	4603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=66;PP=2356;SC=CATACATACACATATCCATAC;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=58;TCR=66;TR=124;WE=65032234;WS=65032216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr14	65032278	rs17824827	G	A	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=36;PP=837;ReadPosRankSum=-1.327;SC=ATACATAAACGTATCTTGTGT;SOR=0.846;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=62;WE=65032286;WS=65032268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,87:0.54:161
chr14	65054816	rs55791907	C	T	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=2.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=2.472;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,75:0.44:171
chr14	65054858	rs723594	T	C	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=30;PP=970;ReadPosRankSum=-1.628;SC=TTAAAAAAGCTATCAACATGC;SOR=0.652;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=67;TCR=56;TR=63;WE=65054866;WS=65054848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,89:0.43:206
chr14	65068221	rs11158545	C	A	6190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.36;QD=26.12;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr14	65195794	rs229644	T	C	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,73:0.55:132
chr14	65197126	rs229626	T	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
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chr14	65197767	rs229624	G	A	1853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,97:0.47:206
chr14	65199087	rs17767232	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=334;ReadPosRankSum=0.125;SC=GGGTCCTATGGGCAGGGAAGG;SOR=0.802;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=25;WE=65199095;WS=65199077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,36:0.40:90
chr14	65203499	rs229653	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.374;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,13:0.30:44
chr14	65204695	rs375352128	TGGA	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.531;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,6:0.14:42
chr14	65208026	rs229650	T	C	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=832;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TGCCACCCTCTGTGCTGGACC;SOR=0.775;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=131;TCF=71;TCR=60;TR=70;WE=65208034;WS=65208016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,117:0.54:217
chr14	65209867	rs229649	C	T	4307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=64;PP=1712;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GCCCTCCGCCCGGAGCCCCCT;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=118;TCR=120;TR=128;WE=65209879;WS=65209857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,223:0.51:436
chr14	65219095	rs71444676	CAGAG	C	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.815;NF=1;NR=4;PP=189;ReadPosRankSum=0.249;SC=TCTGGAAGGTCAGAGAGAGAA;SOR=0.498;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=5;WE=65219106;WS=65219085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr14	65230317	rs94789	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=295;ReadPosRankSum=-0.646;SC=TTTATAAGAGCGCGGAGACTC;SOR=0.384;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=21;WE=65230325;WS=65230307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr14	65230358	rs94788	C	T	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=378;ReadPosRankSum=-0.026;SC=TCTCAAATCACGCAGGAAGTT;SOR=0.701;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=26;WE=65230366;WS=65230348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr14	65234008	rs11622977	G	A	5048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=71;PP=1848;ReadPosRankSum=0.095;SC=CTGGACACACGGCCACCACTC;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=268;TCF=126;TCR=142;TR=134;WE=65234016;WS=65233998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,258:0.49:525
chr14	65234100	rs11623010	G	A	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=46;PP=1013;ReadPosRankSum=0.730;SC=AGGGGTCAGAGCAGCCACAGA;SOR=0.701;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=137;TCF=44;TCR=93;TR=69;WE=65234108;WS=65234090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,88:0.49:181
chr14	65234148	rs11623016	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=578;ReadPosRankSum=0.407;SC=CTCTGGATGCGGCCCTGCACC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=17;TCR=54;TR=33;WE=65234156;WS=65234138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr14	65234585	rs56181906	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=252;ReadPosRankSum=1.247;SC=GCACTGCCAGGGGGAACAGGA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=14;WE=65234593;WS=65234575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr14	65236278	rs229598	A	G	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=208;ReadPosRankSum=0.769;SC=GAGACGGAGGAGCTCGCCTCC;SOR=1.113;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=15;WE=65236286;WS=65236268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr14	65236453	rs7142689	G	A	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.857;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,80:0.48:167
chr14	65236547	rs229597	G	C	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=-1.254;SC=CTGTGGGAGTGTGACCGTGCT;SOR=0.826;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=18;WE=65236555;WS=65236537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr14	65266451	.	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.360;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=1.498;SOR=1.201;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr14	65289966	rs1695751	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=1.793;SC=ATCCTGACAGAAGCAGAACGC;SOR=1.944;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=6;WE=65289986;WS=65289956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr14	65289978	rs179338	A	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=7;PP=214;SC=GCAGAACGCCATGTCATCTGC;SOR=0.976;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=65289986;WS=65289956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	65381022	rs72726294	C	T	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.513;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=12;PP=710;ReadPosRankSum=-0.003;SC=CACCCTTTGCCCACGCACGGT;SOR=0.855;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=85;TCF=59;TCR=26;TR=44;WE=65381030;WS=65381012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,63:0.52:120
chr14	65392722	rs72726300	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.176;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr14	65392918	rs2147615	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr14	65406675	rs6413431	A	AGGAG	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=133;ReadPosRankSum=0.431;SC=TTCACTGTGAAAGAGAGAGAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=65406683;WS=65406665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	65407000	rs2071566	C	T	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.758;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,67:0.48:140
chr14	65410001	rs17880939	T	C	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=826;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TTCTTCTCTTTGTTGCTTTCC;SOR=0.813;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=66;WE=65410009;WS=65409991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,105:0.50:212
chr14	65410200	rs3831077	CT	C	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=265;ReadPosRankSum=-1.311;SC=ACTGTACCATCTCCTATATTA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8;WE=65410208;WS=65410190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr14	65415366	rs1886506	C	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=374;ReadPosRankSum=-1.574;SC=GAGCGGGCGCCTGGTCACCAG;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=22;WE=65415374;WS=65415356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr14	65415472	rs141876654	TGAAA	T	919.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=526;ReadPosRankSum=0.148;SC=AGGACATTTCTGAAAGAGAGT;SOR=0.617;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=65415483;WS=65415462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr14	65418475	rs17752452	G	C	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.430;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=174;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GAAAAACTGGGGAGCTAAAGG;SOR=1.230;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=14;WE=65418483;WS=65418465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr14	65419293	rs45454295	A	G	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=2.648;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.652;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,73:0.41:180
chr14	65470831	rs12587546	A	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=410;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TGCAGAACCCATCTTACAGTA;SOR=0.394;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=33;WE=65470839;WS=65470821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr14	65472874	.	CTT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr14	65568884	rs80185847	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=372;ReadPosRankSum=0.983;SC=GGAACGCGACGGAGGCACTCC;SOR=3.258;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=21;WE=65568892;WS=65568874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr14	65734491	rs1256511	T	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=293;ReadPosRankSum=1.345;SC=CAGAAATGGATATCAGGGCCT;SOR=0.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=20;WE=65734499;WS=65734481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr14	65801811	rs12881755	A	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=17;PP=574;SC=AATGTAGGTAAGAAAGGTGCT;SOR=0.756;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=33;WE=65801819;WS=65801801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	65878807	rs1953416	C	T	4990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=55;PP=2162;SC=CTGTCGCAGCCGCGGGTCGGG;SOR=0.837;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=127;WE=65878815;WS=65878797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr14	66028446	rs2229677	A	G	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=49;PP=1814;SC=GCTTAAAACAACAGAATGAAG;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=66028454;WS=66028436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	66028505	rs3825639	T	C	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=39;PP=1024;SC=AAATACTGAATGAAGAATGAT;SOR=0.995;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=64;WE=66028513;WS=66028495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	66082573	rs8012278	A	G	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=4;PP=200;SC=ATTTGGTACTACTTTTGTGCT;SOR=1.445;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=66082581;WS=66082563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	66209190	rs1054218	C	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	66455514	rs34837571	C	CT	37.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr14	66975181	.	G	A	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,70:0.52:134
chr14	67555878	rs12323748	A	G	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=33;PP=955;SC=TTTTTTTTCAAATTTTTGGCT;SOR=7.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=33;WE=67555886;WS=67555868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	67790332	.	AAT	AATAT,A	143	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=5,5;NR=1,1;PP=143,134;QD=24.6666666667;SC=CCCTTAATCTAATATATATAT;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6,6;WE=67790341;WS=67790322;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.67:9
chr14	67814219	.	C	CTT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr14	67819567	rs10718799	CA	C	462.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=18.51;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	67912792	rs3742855	A	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.602;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr14	68022410	rs3742868	C	T	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=8;PP=477;SC=CTGACACTCTCGAGCCACTTG;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=25;WE=68022418;WS=68022400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	68028538	rs11628043	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=1;PP=55;SC=AGTGAGCCAAAATTGCTCCAC;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=68028546;WS=68028537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	68035879	rs3825725	A	G	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=22;PP=1101;SC=TGCTGTGGCCACATCGGGCAT;SOR=0.972;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=55;WE=68035887;WS=68035869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	68038697	rs2236234	C	G	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=13;PP=637;SC=TGAACATGGGCGTCCCCACTT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=68038705;WS=68038687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	68038729	rs2236233	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=12;PP=551;SC=GTGACCCCCCAGCAGCTCCAC;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=68038737;WS=68038719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	68038779	rs2236232	T	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=341;ReadPosRankSum=0.360;SC=GGTGGTCAAGTCTCAGCAGCT;SOR=0.430;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=21;WE=68038787;WS=68038769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr14	68039027	rs2236231	A	G	3615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.19;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr14	68040193	rs55856716	G	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=173;ReadPosRankSum=0.389;SC=GGGGAATGTGGCCCAAGGCCA;SOR=1.508;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=10;WE=68040201;WS=68040183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr14	68040389	rs11625701	T	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.989;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=304;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TCACCCATCATAACACAGCCA;SOR=1.828;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=17;WE=68040397;WS=68040379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,19:0.46:41
chr14	68040838	rs3742872	G	A	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=671;ReadPosRankSum=-0.288;SC=AAAGGAGGGAGCACTAGGGCA;SOR=0.990;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=94;TCF=75;TCR=19;TR=43;WE=68040846;WS=68040828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,50:0.48:105
chr14	68040925	rs3742873	G	A	3263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,172:0.48:358
chr14	68041124	rs1555400	G	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=20;PP=437;ReadPosRankSum=1.216;SC=GACCAAGGTAGAGGGTGGGGC;SOR=0.472;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=23;WE=68041132;WS=68041114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr14	68042255	rs4902490	A	G	881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=5.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.112;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,47:0.50:94
chr14	68042496	rs4902491	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=13;PP=889;SC=AGACTCCCTCATCCCCCACTG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=68042504;WS=68042486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	68042574	rs11158685	A	G	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-1.594;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,91:0.51:179
chr14	68044005	rs4902492	C	T	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=37;PP=1574;SC=TCTCTGGTTCCGTGCTTTGGG;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=83;WE=68044013;WS=68043995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	68045753	rs7152499	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.439;NF=10;NR=6;PP=187;ReadPosRankSum=1.514;SC=CTGCCCCAGCTACAGTTTTGG;SOR=0.481;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=16;WE=68045761;WS=68045743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr14	68045840	rs10635755	C	CTTCT	5362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=31;PP=1838;SC=TCCCCTCTTCCGTCTTTTTAG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=43;WE=68045848;WS=68045829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr14	68045935	rs6573781	G	A	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=33;PP=924;SC=CCAGGCCATCGCGCATGGAAG;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=68045943;WS=68045925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr14	68053124	rs749270	T	A	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.31;ReadPosRankSum=1.433;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,76:0.49:155
chr14	68053149	rs749271	A	G	1899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=493;ReadPosRankSum=1.877;SC=AGCAGTCCTCAAGGCAGGGCA;SOR=0.561;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=36;WE=68053157;WS=68053139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,49:0.45:110
chr14	68053802	rs734028	T	C	5978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=68;PP=2874;SC=TTGCAGAAGCTACCTTCATCA;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=76;TCR=68;TR=144;WE=68053810;WS=68053792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr14	68053977	rs6573783	A	C	5808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=69;PP=2747;ReadPosRankSum=1.375;SC=CGATTCCCCAACACCACTAGT;SOR=0.284;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=128;WE=68053985;WS=68053967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,219:1.00:220
chr14	68056914	rs6573785	G	A	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=0.099;SC=GGAGAAATGCGGAGTCAAGGT;SOR=0.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=17;WE=68056922;WS=68056904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr14	68057031	rs8010574	G	A	46.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=0.253;SC=GTGCAGTGGCGCAATCTCGGC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=5;WE=68057039;WS=68057021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr14	68060574	rs45474396	G	A	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=905;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GGGAATCAATGATTAACAGAG;SOR=0.553;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=132;TCF=78;TCR=54;TR=62;WE=68060582;WS=68060560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,90:0.45:202
chr14	68066949	rs11547225	G	A	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=585;ReadPosRankSum=0.206;SC=CCCGCACCGCGCGGCGCTGCA;SOR=0.718;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=45;WE=68066957;WS=68066939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,89:0.50:179
chr14	68066971	rs12587848	G	C	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.835;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,72:0.50:144
chr14	68066979	rs7154825	C	T	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.70;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	68087820	rs3742878	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=24;ReadPosRankSum=0.110;SC=TTTGGATTCCGTCTGCGGCTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=68087828;WS=68087810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	68113293	rs742869	G	A	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.413;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=514;ReadPosRankSum=-0.131;SC=ACCCACGGACGCACATGATAA;SOR=0.445;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=41;WE=68113301;WS=68113283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr14	68115001	rs3742879	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=-1.501;SC=ATCATTGCAGAGTTTGTTTTT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=68115009;WS=68114991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	68191109	rs143710130	GTT	G,GT	388.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.945;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.507;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.427;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,15,13:0.45,0.39:33
chr14	68191368	rs61991867	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=0.000;SC=TCCCACTGGGGCCTCTGTCCA;SOR=0.882;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=18;WE=68191376;WS=68191358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr14	68192653	rs7156725	G	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=3;PP=516;SC=CTATCAAAATGTTACCCCAAC;SOR=3.442;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=24;WE=68192661;WS=68192643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	68196636	rs718212	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=209;ReadPosRankSum=0.191;SC=GGTGAAATCTCTTTCCCATTC;SOR=0.478;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=15;WE=68196644;WS=68196626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr14	68234539	rs3742883	T	C	6262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=99;PP=2965;SC=AGGGCTTTCATTCTTGGAGCT;SOR=1.097;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=62;TCR=99;TR=161;WE=68234547;WS=68234529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr14	68236522	rs2295111	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=136;ReadPosRankSum=0.582;SC=TTTATACATGGTATTAACTAC;SOR=0.836;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=10;WE=68236530;WS=68236512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr14	68238751	rs140117984	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=1.513;SC=CAGTGGAGACCGATGCTGCTT;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=4;WE=68238759;WS=68238741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	68241611	rs11158695	A	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	68241648	rs200033000	C	CAA	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=16.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	68246855	rs2295106	T	A	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=257;ReadPosRankSum=1.628;SC=GTTATTTTTTTAAAAAGTGAA;SOR=0.471;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=21;WE=68246863;WS=68246845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr14	68246876	rs2295107	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=293;ReadPosRankSum=1.331;SC=CATTGATATGCAGAAAGGGGC;SOR=0.681;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=24;WE=68246884;WS=68246866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,39:0.34:115
chr14	68248281	rs2235962	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr14	68249499	rs2235967	C	T	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=771;ReadPosRankSum=-0.416;SC=CTGCTCACCACATGCCACAGC;SOR=0.762;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=57;WE=68249507;WS=68249489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,93:0.43:214
chr14	68257485	rs7143196	C	T	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.868;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,60:0.50:119
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chr14	68273430	rs181576	A	G	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=0.556;SC=GAAACCAAGAACTCTTCTTTT;SOR=0.458;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=8;WE=68273438;WS=68273420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr14	68274020	rs181572	C	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=-1.933;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr14	68280848	rs181563	A	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=1.048;SC=TTTGTCATCCAAGACAGATTT;SOR=0.317;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=11;WE=68280856;WS=68280838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr14	68290372	rs17783124	T	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.082;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=512;ReadPosRankSum=1.336;SC=TTTTTATTGATAAGTTTTATG;SOR=1.071;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=31;WE=68290380;WS=68290362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr14	68290426	rs28604984	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=-0.495;SC=ACTTGAAATATGAAAATGTAG;SOR=0.211;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=68290434;WS=68290416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr14	68290464	rs28623567	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	68301767	rs34564590	G	GA	782.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=2.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr14	68331437	rs961700	G	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=409;ReadPosRankSum=1.136;SC=TTCTCAACTAGAAGTTTCTCA;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=29;WE=68331445;WS=68331427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr14	68331675	rs1474939	A	T	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	68773296	rs3837659	AC	A	3227.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=2249;ReadPosRankSum=0.894;SC=ATATCTTTTGACCAATTTGCA;SOR=0.614;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=35;WE=68773306;WS=68773286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,87:0.44:199
chr14	68773298	rs60593979	C	G	3236.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=2263;ReadPosRankSum=0.867;SC=ATCTTTTGACCAATTTGCATT;SOR=0.614;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=50;WE=68773306;WS=68773286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,87:0.44:199
chr14	68773353	rs2180770	G	A	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=504;ReadPosRankSum=-1.393;SC=TGATCCTCTGGCCTAATAAAC;SOR=0.676;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=42;WE=68773361;WS=68773343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,58:0.42:139
chr14	68773469	rs3784104	A	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=1.641;SC=ATGAACTTGCATGGCCGAAGT;SOR=0.288;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=15;WE=68773477;WS=68773459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr14	68934690	rs2074562	A	G	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=131;SC=TGGAATAAGCATACAGCCTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=68934698;WS=68934687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	68935789	rs2525505	T	C	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=27;PP=1031;SC=GCTCAGGATATACATCTGTCC;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=68935797;WS=68935779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	68944321	.	AT	A	431.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.825;QD=4.85;ReadPosRankSum=1.188;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,34:0.38:89
chr14	68944343	rs67962762	CT	C	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=8.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=-0.868;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=1.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,29:0.24:122
chr14	69012218	rs8017678	T	C	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=765;ReadPosRankSum=-0.941;SC=TGCCCTTGTCTTTAATGCCTT;SOR=0.618;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=54;WE=69012226;WS=69012208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,69:0.58:118
chr14	69012355	rs2525529	C	G	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=653;ReadPosRankSum=-0.334;SC=AGAACGGGGACAGGGCATGCC;SOR=0.715;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=48;WE=69012363;WS=69012345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,72:0.47:152
chr14	69117387	rs8021657	A	G	2177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=21;PP=952;SC=CAAAACAACTAGTTTCTCAGA;SOR=1.039;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=56;WE=69117395;WS=69117377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	69117512	rs8023214	T	C	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=37;PP=964;SC=TTGGCACATTTGCATATCTGG;SOR=1.013;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=60;WE=69117520;WS=69117502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	69262441	rs3742887	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=223;ReadPosRankSum=-1.253;SC=CCCGCCGACCAAGGGTTTGTT;SOR=0.368;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=18;WE=69262449;WS=69262431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr14	69263074	rs6573857	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.77;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr14	69328441	rs393673	A	G	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	69328594	rs412638	G	A	4576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.94;NF=52;NR=63;PP=2288;SC=TATGCCAACAGTAGCAATTAC;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=52;TCR=64;TR=115;WE=69328602;WS=69328584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr14	69328613	rs440689	C	T	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=62;PP=2130;SC=ACAAAAATGACGTCATGATCA;SOR=0.816;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=50;TCR=62;TR=112;WE=69328621;WS=69328603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	69328645	rs112462879	A	G	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=746;ReadPosRankSum=1.100;SC=TACGTGCACAAGAGTTTAATG;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=51;WE=69328653;WS=69328635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,83:0.54:155
chr14	69329116	rs424806	T	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.049;NF=5;NR=1;PP=70;ReadPosRankSum=0.168;SC=CAAAAATAGGTTCTCTTATTG;SOR=0.582;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=69329124;WS=69329106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr14	69329149	rs1742501	C	T	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.77;QD=26.39;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	69341658	rs77499007	G	A	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=785;ReadPosRankSum=0.510;SC=GCCGGTGTAGGGGGCCATCCG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=44;WE=69341666;WS=69341648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,73:0.57:129
chr14	69347755	rs41285482	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=311;ReadPosRankSum=-0.429;SC=ACTCTGCTCCCATAGGGTGGG;SOR=0.580;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=20;WE=69347763;WS=69347745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr14	69360259	rs17106508	G	C	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.237;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=208;ReadPosRankSum=-1.316;SC=AGCAGTATTGGGATCAGAGAC;SOR=2.215;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=12;WE=69360267;WS=69360249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr14	69360316	rs79883157	G	A	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.86;ReadPosRankSum=1.715;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,58:0.50:115
chr14	69360360	rs113599841	G	A	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.700;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1033;ReadPosRankSum=0.835;SC=AGGTGAACCCGGGGGTACCCA;SOR=0.827;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=82;TCR=56;TR=76;WE=69360368;WS=69360349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,115:0.55:209
chr14	69376165	rs17106536	C	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=2.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.78;ReadPosRankSum=2.642;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,64:0.42:151
chr14	69376658	rs743128	A	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.580;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=258;ReadPosRankSum=2.650;SC=AGCCCCTCAGACCCCAGCACT;SOR=0.600;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=19;WE=69376666;WS=69376648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr14	69392264	rs4899272	T	G	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1322;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CTGGGCCAGGTTCCGCCTCAC;SOR=0.639;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=181;TCF=96;TCR=85;TR=94;WE=69392272;WS=69392254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,155:0.54:287
chr14	69444517	.	T	TC	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=55.31;NF=2;NR=1;PP=31;QD=15.0;SC=CGCCATCCTGTCCCCCCCCCA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=69444525;WS=69444507;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	69445118	rs1983700	C	T	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=284;ReadPosRankSum=-0.307;SC=GGTCCTTCTCCAGGCAGATCC;SOR=0.936;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=18;WE=69445126;WS=69445108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr14	69445616	.	C	CGGGGCTGGGGGCTG	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.138;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=0;PP=1176;ReadPosRankSum=0.729;SC=CAGAGCGGGTCGGGGCTGGGG;SOR=0.169;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=2;WE=69445624;WS=69445614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr14	69445646	rs4902685	A	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=6;PP=435;SC=TGGGGGCTGCAGCGGGCGGGG;SOR=1.845;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=28;WE=69445654;WS=69445636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	69521345	rs61741172	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.778;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=425;ReadPosRankSum=-0.634;SC=CTGCCTCCCCGGTCACCAAGG;SOR=1.046;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=25;WE=69521353;WS=69521335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr14	69695792	rs3742899	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=420;ReadPosRankSum=-0.186;SC=CGGCAGAGGTGTGGTTTGTAT;SOR=0.723;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=30;WE=69695800;WS=69695782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr14	69697453	rs1013762	C	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=7;PP=153;ReadPosRankSum=0.593;SC=TGGTGATACTCCAGCTAACTG;SOR=0.368;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=69697461;WS=69697443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr14	69704553	rs8007859	G	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=472;ReadPosRankSum=-0.886;SC=TGCCTACTCAGCGAAAGGAGG;SOR=0.730;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=36;TCR=52;TR=34;WE=69704561;WS=69704543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,60:0.46:130
chr14	69704662	rs8008141	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=297;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAAAGCACAGGAATTGTGGAA;SOR=0.743;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=24;WE=69704670;WS=69704652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr14	69791308	rs2045194	T	A	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=489;ReadPosRankSum=-0.900;SC=CTTCTCTGCCTGGCAGAAGTA;SOR=0.707;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=33;WE=69791316;WS=69791298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,43:0.52:83
chr14	69792496	rs34996930	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=0.142;SC=ACAGGCACTCCTCAGTCTGGC;SOR=0.160;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=4;WE=69792504;WS=69792487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr14	69792559	rs35024400	C	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=244;ReadPosRankSum=0.673;SC=CATACCTCTTCCCAATCCCCA;SOR=0.250;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=16;WE=69792567;WS=69792549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr14	69798284	rs1147461	G	A	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=30;PP=1026;SC=TTCTGCTCCCGGGGGTGGGGC;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=69798292;WS=69798274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	69988954	rs10146531	T	G	4321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	69992873	rs8004574	A	G	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=24;PP=679;SC=GACACCATTGACTTTGGGGTC;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=69992881;WS=69992863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	69994473	rs1885400	C	G	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=32;PP=1653;SC=AGTCGGAACCCCACCCTTCCT;SOR=1.160;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=57;TCR=32;TR=89;WE=69994481;WS=69994463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	70037611	rs7494244	A	T	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	70235741	rs3104	G	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=441;ReadPosRankSum=1.861;SC=ACGTTAGCCAGTTGTTCTTGA;SOR=0.601;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=29;WE=70235749;WS=70235731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,33:0.47:70
chr14	70245877	rs113692047	TA	T	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.708;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
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chr14	70459370	rs227419	T	C	179.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=7;PP=144;SC=CTCCCAGGAATTGGTACACTC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=70459378;WS=70459360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	70477508	rs3825739	C	T	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=258;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GGCAGAGTGCCCTGGAAGAGG;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=21;WE=70477516;WS=70477498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,39:0.52:75
chr14	70477695	rs34311408	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	70478173	rs139924326	CA	C	4274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=33.853;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=2439;ReadPosRankSum=1.025;SC=CAGCCCCTCCCAACCCCCCCC;SOR=0.069;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=37;WE=70478191;WS=70478154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,103:0.67:154
chr14	70478176	rs116375526	C	T	4395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=34.950;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.13;ReadPosRankSum=1.519;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,108:0.67:162
chr14	70478183	rs57609901	C	A	4468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=29.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.39;ReadPosRankSum=2.009;SOR=0.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,115:0.65:176
chr14	70480215	rs1885482	T	A	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.855;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=276;ReadPosRankSum=-0.838;SC=GGAGGTGAGATTGTGAGCAGG;SOR=1.302;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=18;WE=70480223;WS=70480205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr14	70490264	rs2281663	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=-0.082;SC=ATACTCATCTATTCATCAATT;SOR=0.078;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=70490272;WS=70490254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr14	70496867	rs227402	C	T	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=25.28;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	70496919	rs59217337	CT	C	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr14	70522353	rs998919	T	G	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.853;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=0.191;SC=TCTCATAATTTCTTCATGTGG;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=70522361;WS=70522343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr14	70522484	rs1000521	A	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.483;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr14	70522684	rs10142899	A	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-1.506;SC=ACGCAAAAAGAAGCCTTTGGA;SOR=0.793;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=10;WE=70522692;WS=70522674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr14	70530706	rs150956	C	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.796;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.203;SC=AGTCAGCCAGCAGACAAAAAC;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=70530714;WS=70530696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr14	70634087	rs2114024	A	G	4513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=61;PP=2201;SC=GGTAGAAGGCACGGCTCTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=122;WE=70634095;WS=70634077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr14	70634801	rs17765575	T	C	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=968;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GTTTCTTAATTGTCACCTCCC;SOR=0.857;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=67;WE=70634809;WS=70634791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,82:0.41:201
chr14	70712880	rs2296918	A	C	7781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-1.524;NF=130;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TAGCAGTAGGAACTGTCACTA;SOR=0.389;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=130;TCR=138;TR=267;WE=70712888;WS=70712870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,281:1.00:282
chr14	70713586	rs150958502	T	G	3143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.252;NF=45;NR=56;PP=1672;ReadPosRankSum=1.200;SC=GGAAAACATTTCCTTGATTCC;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=73;TCR=91;TR=101;WE=70713594;WS=70713576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,146:0.56:261
chr14	70713720	rs34309925	AATC	A	3490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.018;NF=7;NR=35;PP=1886;ReadPosRankSum=0.038;SC=TAAATGAAGAAATCATGGTTC;SOR=0.678;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=92;TCF=31;TCR=61;TR=42;WE=70713730;WS=70713710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,92:0.47:195
chr14	70713858	rs61979492	T	C	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=84;PP=2815;SC=TCTGTTAAGCTACATCTCATA;SOR=0.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=65;TCR=84;TR=148;WE=70713866;WS=70713848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr14	70713992	rs4902799	C	A	913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.976;NF=11;NR=23;PP=509;ReadPosRankSum=-0.157;SC=AAAGCCCCCACAACAAGCACT;SOR=0.801;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=34;WE=70714000;WS=70713982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr14	70714162	rs4899340	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.45;MQRankSum=-4.671;QD=5.52;ReadPosRankSum=0.115;SOR=1.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr14	70714172	rs4899341	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.70;MQRankSum=-5.146;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr14	70793185	rs11621661	T	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr14	70795769	rs56128802	T	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr14	70795772	rs10648369	T	TAC	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=-0.842;SC=CAAATGATTATAGTTTATCAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=2;WE=70795780;WS=70795762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr14	70839735	rs45565842	A	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=280;ReadPosRankSum=-0.259;SC=ATCTCATGAAAGCCCAGGCTG;SOR=0.840;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=29;WE=70839743;WS=70839725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,47:0.39:121
chr14	70924237	rs3751520	C	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-8.337;QD=0.98;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=0.837;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,9:0.10:91
chr14	70924249	rs3751521	A	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.391;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.836;NF=8;NR=5;PP=508;ReadPosRankSum=-2.540;SC=TGTACATCAGAGTCACTCTTC;SOR=1.069;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=13;WE=70924257;WS=70924227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,15:0.15:100
chr14	70924462	rs3751523	A	G	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=17;SC=AGAAGCTCTTAGTTTCTAGAC;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=70924470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	70924501	rs8010994	C	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.198;NF=8;NR=5;PP=234;ReadPosRankSum=-1.037;SC=ACACAGATGACCGTGCACTCC;SOR=0.587;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=13;WE=70924509;WS=70924491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr14	70924558	rs61979126	C	T	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=7.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQRankSum=-0.427;QD=24.59;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=1.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,43:0.55:78
chr14	70924566	rs3829452	CA	GT	2037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=4.107;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQRankSum=-0.374;QD=22.90;ReadPosRankSum=-0.955;SOR=1.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,52:0.58:89
chr14	70924852	rs3829455	A	C	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.22;QD=29.09;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	70925257	rs12436346	A	G	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.55;QD=30.54;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	70925818	rs2022624	T	C	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.90;QD=33.16;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	70937494	rs8015742	T	G	5277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.050;NF=63;NR=62;PP=2629;ReadPosRankSum=2.126;SC=AGCCTCCAGGTGTTTGATTTC;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=125;WE=70937502;WS=70937484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,200:1.00:201
chr14	71050892	rs11158867	A	G	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr14	71064314	rs1007402	C	T	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	71108942	rs7154268	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=239;ReadPosRankSum=-0.282;SC=TGTGCGTCCCGGGCGGCGGCG;SOR=0.641;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=19;WE=71108950;WS=71108932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr14	71109153	rs4902834	C	G	4835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=61;PP=2503;SC=GGACTCGCGCCCGGCCTCCCC;SOR=0.878;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=137;WE=71109161;WS=71109143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	71109276	rs3742852	G	C	2000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.722;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,100:0.46:216
chr14	71197755	rs1476610	T	G	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=388;SC=TGACCTAGAATGCCATGATCC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=71197763;WS=71197745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	71202650	rs4141095	C	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=15;PP=647;SC=ACCAGGACAGCTGGTGAAAGG;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=71202658;WS=71202640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	71208996	rs4899368	A	G	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=408;SC=TCAGTCCCGGACTCCCTCAAA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=71209004;WS=71208990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	71209025	rs4902843	C	A	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=2;PP=783;SC=CACACGAGTTCTTTGCCCTGC;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=71209033;WS=71209015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	71215729	rs10129495	G	A	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=134;SC=AGTCTGAATAGAACATGTGAA;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=71215737;WS=71215719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	71216863	rs10630067	C	CAT	3005.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;NF=4;NR=29;PP=482;SC=TGCAATAGCTCGAGTCTTTTC;SOR=1.034;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=33;WE=71216871;WS=71216853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	71227913	rs3814872	A	C	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=3.278;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.90;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,133:0.99:134
chr14	71228000	rs11621281	G	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=638;SC=TCTCCTGTGGGCTCCAGCATT;SOR=2.448;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=71228008;WS=71227990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	71374702	rs2526882	G	A	4017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr14	71485692	rs1859914	A	T	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=5;PP=383;SC=CTTATACTTAAGATATACTTA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=71485700;WS=71485682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	71517327	.	G	GT	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=4.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=-2.497;SOR=1.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,30:0.26:116
chr14	72040525	rs6574016	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=36;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TGGTATTCCAGTACTTTTTCC;SOR=0.180;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=72040533;WS=72040515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	72055468	rs1859643	A	C	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=949;ReadPosRankSum=1.671;SC=CTGGAGACTCATCTATTTTTC;SOR=0.751;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=60;WE=72055476;WS=72055458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,90:0.46:196
chr14	72117156	rs8017465	T	C	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=39;PP=1221;SC=TTGAAGAATTTCTTCAACTAT;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=72;WE=72117164;WS=72117146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	72201985	rs2097887	C	A	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=670;ReadPosRankSum=1.765;SC=TTTCTTCTCTCCTTTCCAGTC;SOR=0.604;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=51;WE=72201993;WS=72201975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,73:0.44:165
chr14	72204878	.	TAAAA	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.464;SOR=1.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr14	72925171	rs2238186	G	C	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=42;PP=1231;SC=AAAACCTAGGGATATCTGAGG;SOR=1.640;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=59;WE=72925179;WS=72925161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	72932330	.	G	GTGGA,GTGGATGGA	1351.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.44;QD=38.62;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,24,11:0.69,0.31:35
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chr14	73003180	rs75385708	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGTCCAGGATGGGGCATCCTA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=73003188;WS=73003170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
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chr14	73006865	rs56953388	CT	C	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr14	73007198	rs113373446	GA	G	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.451;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,38:0.44:86
chr14	73008178	rs11628539	A	T	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=628;ReadPosRankSum=1.535;SC=GAGAAATCAGAATGTGCAGAA;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=46;WE=73008186;WS=73008168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,74:0.46:161
chr14	73014061	rs61299139	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=2.357;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr14	73014090	rs56843363	C	CCG	307.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.776;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr14	73014163	rs58121462	G	GA	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=154;ReadPosRankSum=-1.604;SC=TTAAAATAGTGATGAGTGTCC;SOR=0.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=73014171;WS=73014153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	73017126	rs17117326	T	C	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=472;ReadPosRankSum=-0.877;SC=TTGTTTGCACTAAGCACCAAG;SOR=0.939;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=35;WE=73017134;WS=73017116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,59:0.43:136
chr14	73079291	rs10649920	G	GAA	2603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=28;PP=1307;ReadPosRankSum=-1.459;SC=GGGAAGGGAGGAAACAGTGCA;SOR=0.844;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=66;TCF=7;TCR=59;TR=32;WE=73079299;WS=73079281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,82:0.51:162
chr14	73181428	rs4903049	T	G	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=770;SC=TGTTCACAACTCCAAGAGGTG;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=73181436;WS=73181418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	73190444	rs35285137	G	GA	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.086;QD=6.53;ReadPosRankSum=-1.663;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,32:0.46:69
chr14	73198506	rs6574094	T	C	3538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=38;PP=1092;SC=CCAGCAGGTGTGGGAATACCT;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=69;WE=73198514;WS=73198496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	73220020	rs3742836	A	G	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=489;ReadPosRankSum=1.323;SC=GGTGGGTGCAATCGTCTCTTC;SOR=1.009;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=36;WE=73220028;WS=73220010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,56:0.57:98
chr14	73220153	rs3742835	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=129;ReadPosRankSum=-0.287;SC=TGACTAACCCCGTCATTCACA;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=11;WE=73220161;WS=73220143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr14	73220188	rs41314521	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=-0.444;SC=AAGCCCAGAGAGAAGTGACTT;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=73220196;WS=73220178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	73240486	rs8015749	A	G	181.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5241;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=73;ReadPosRankSum=-0.253;SC=GTTAACCTATATTATAGCATA;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=73240494;WS=73240476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr14	73358945	rs11158986	A	C	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	73360819	rs5809598	T	TTGTC	9940.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=61;PP=2965;SC=TAACAGAATATTGTCTCAGAG;SOR=0.910;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=87;TCF=15;TCR=72;TR=75;WE=73360827;WS=73360809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr14	73360842	rs78898062	G	T	2001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,98:0.54:180
chr14	73360949	rs2215901	A	G	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=29;PP=775;SC=AGTTATTAGGAGAGCTGTCAA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=30;WE=73360957;WS=73360939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	73404752	rs2302588	G	C	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr14	73408355	rs3742832	G	A	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=0;PP=649;SC=TTTAGTGCCTGTTTCCTTCAT;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=25;TCR=0;TR=25;WE=73408363;WS=73408348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	73409683	rs2240980	C	G	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=781;ReadPosRankSum=-0.600;SC=ATCCATGCCCCCACCCTCTGT;SOR=0.571;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=140;TCF=87;TCR=53;TR=60;WE=73409691;WS=73409673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,93:0.40:230
chr14	73412780	rs72472806	GGGTAGTT	G	2537.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.667;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=41;PP=2308;ReadPosRankSum=0.645;SC=TTGACCCTGGGGGTAGTTGGC;SOR=0.825;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=76;TCF=3;TCR=73;TR=41;WE=73412794;WS=73412770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,66:0.50:132
chr14	73418732	rs3214336	GT	G	334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=10;PP=213;SC=AGAAGCATGTGTTTTTTTTAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=73418740;WS=73418722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr14	73440864	rs12931	C	T	9509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=98;PP=2965;SC=GAGCAATGAGCGTTCCACCTT;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=107;TCR=98;TR=205;WE=73440872;WS=73440854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr14	73441036	rs2286835	C	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=409;ReadPosRankSum=0.272;SC=CTGCAAGGGTCTGTGCTGTGG;SOR=0.073;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=25;WE=73441044;WS=73441026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,28:0.58:48
chr14	73448583	rs2286838	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.381;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-0.864;SC=GGATCTCACCGCTGAAGCGGT;SOR=1.088;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=13;WE=73448591;WS=73448573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr14	73459917	rs2333016	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=279;ReadPosRankSum=0.549;SC=CTAGTAGCTGCTCCAAAGCAC;SOR=0.768;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=19;WE=73459925;WS=73459907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr14	73465003	rs997667	A	G	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr14	73491270	rs80259615	C	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=34;PP=808;ReadPosRankSum=-0.296;SC=GAGCTTGCCCCGGGGGTGAAG;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=49;WE=73491278;WS=73491260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,57:0.59:96
chr14	73491307	rs3742828	C	A	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=36;PP=1053;SC=GAAGACTGCACGAAACTTCCA;SOR=3.306;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=42;WE=73491315;WS=73491297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	73554890	rs80292384	T	C	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=485;ReadPosRankSum=-0.759;SC=TGTCGTGTTATCTTTTCTAGG;SOR=0.967;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=29;WE=73554898;WS=73554880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr14	73563904	rs67768323	C	T	340.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.42;MQRankSum=1.282;QD=34.02;ReadPosRankSum=1.036;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr14	73563909	rs202024700	T	C	312.56	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.12;MQRankSum=1.593;QD=34.73;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr14	73574767	rs362433	G	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=0.849;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr14	73581011	rs362414	A	G	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=0.556;SC=CTCATAGTTCACCCCAGAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=6;WE=73581019;WS=73581001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr14	73664853	rs165932	G	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=331;ReadPosRankSum=-0.240;SC=TATTTGAGAAGGATATTGAAT;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=26;WE=73664861;WS=73664843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr14	73716633	rs2293793	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=201;ReadPosRankSum=0.324;SC=AAGCCTTGGGTCTTGGGGAGG;SOR=0.646;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=17;WE=73716641;WS=73716623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr14	73716774	rs177393	G	A	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=28;PP=617;ReadPosRankSum=-0.260;SC=TTGATGGGACGCCCTGCGAGC;SOR=0.574;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=54;WE=73716782;WS=73716764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,85:0.52:165
chr14	73717901	rs12432062	G	A	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=24;PP=499;ReadPosRankSum=-0.434;SC=GTGGCCTTTGGTTAGGACTCG;SOR=0.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=20;TCR=55;TR=33;WE=73717909;WS=73717891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr14	73718879	rs2242610	A	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=405;ReadPosRankSum=-1.325;SC=AGGGGAGGGCATGGGCCCTGT;SOR=1.155;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=5;TCR=44;TR=23;WE=73718887;WS=73718869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr14	73719303	rs8017937	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,43:0.53:81
chr14	73719323	rs11159011	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=842;ReadPosRankSum=-0.794;SC=AATGTTGACTGGCGTCTGCCC;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=72;TCR=32;TR=58;WE=73719331;WS=73719313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,63:0.53:118
chr14	73720003	rs4346152	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.776;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=287;ReadPosRankSum=-1.266;SC=TTGGTGGCAGCGGGCCTCCTG;SOR=0.223;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=19;WE=73720011;WS=73719993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr14	73721162	rs2293796	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=316;ReadPosRankSum=-1.979;SC=CTAGCTGTCCGAACTGGCGTG;SOR=0.627;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=23;WE=73721170;WS=73721152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,33:0.69:48
chr14	73725659	rs2293797	C	A	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=400;ReadPosRankSum=-2.301;SC=CCCTCTCCGTCCCACATGGAC;SOR=0.903;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=33;WE=73725667;WS=73725649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,71:0.40:176
chr14	73727509	rs177389	T	G	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=532;ReadPosRankSum=-0.520;SC=ACCGGGGGCATGCCCAGGTCA;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=40;WE=73727517;WS=73727499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,69:0.58:119
chr14	73728957	rs177387	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=246;ReadPosRankSum=0.373;SC=TGCTTTATAAGTGGGGAAGGG;SOR=0.392;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=19;WE=73728965;WS=73728947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr14	73730290	rs177385	C	A	5417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=50;PP=2289;SC=GAACACACTGCTTAGGGTGGT;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=121;WE=73730298;WS=73730280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr14	73730695	rs1145948	A	G	3449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FS=1.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-1.079;QD=9.08;ReadPosRankSum=2.183;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,182:0.48:380
chr14	73732302	rs177383	C	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.293;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=321;ReadPosRankSum=0.159;SC=GAGCTGCTAGCGCATGGTCAT;SOR=0.418;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=21;WE=73732310;WS=73732292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
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chr14	73957682	rs10144461	C	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=167;ReadPosRankSum=2.305;SC=TTTAGCTTCGCCCCCGGCCGG;SOR=0.330;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=73957690;WS=73957672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	73957772	rs10144469	A	G	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=458;ReadPosRankSum=-0.818;SC=GGGCGGCCGAAGCGCCGGCGC;SOR=0.587;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=27;WE=73957780;WS=73957762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,48:0.47:102
chr14	73957981	rs150704374	G	GC	2687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=28;PP=1534;SC=GGCGGTGGCGGCGTCCCGGAC;SOR=1.103;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=34;WE=73957989;WS=73957971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	73958375	rs758109	T	C	1197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=652;ReadPosRankSum=1.290;SC=CAGATCACTTTTACCGGCGCC;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=37;WE=73958383;WS=73958365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,60:0.39:152
chr14	73958812	rs3813563	T	C	5196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=92;PP=2638;ReadPosRankSum=0.219;SC=CGACCCCGAGTCCCAACCGAG;SOR=0.638;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=355;TCF=154;TCR=201;TR=166;WE=73958820;WS=73958802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:304,256:0.46:560
chr14	73959703	.	CT	C,CTTT	785.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=-1.398;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,45,27:0.54,0.33:83
chr14	73961765	rs11365617	CA	C	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	73961821	rs4519287	T	C	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=188;ReadPosRankSum=0.451;SC=AGAGTACCCTTTCCTGACTCT;SOR=0.549;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=13;WE=73961829;WS=73961811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr14	73961841	rs1019056	T	C	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=312;ReadPosRankSum=-1.316;SC=TTTCATCCTCTAAGGCTTGCT;SOR=0.489;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=22;WE=73961849;WS=73961831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr14	73963383	rs8014577	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.359;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr14	73989859	rs1074501	C	T	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=309;ReadPosRankSum=1.142;SC=CTGGTCATACCGCGTCCCAGC;SOR=0.031;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=24;WE=73989867;WS=73989849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr14	74004595	rs72738342	C	T	3573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=2.083;NF=40;NR=46;PP=1095;ReadPosRankSum=0.887;SC=GACTCACCTCCGCTAATTGTT;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=96;TCR=112;TR=86;WE=74004603;WS=74004585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,194:0.47:417
chr14	74004639	.	CTG	C	623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.337;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.956;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,43:0.17:254
chr14	74036674	rs34765603	G	GC	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.211;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=19;PP=452;ReadPosRankSum=-2.571;SC=TTATGTGTATGCCCCCCCGCC;SOR=2.170;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=0;TCR=44;TR=19;WE=74036682;WS=74036664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr14	74040341	rs34585397	T	C	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.372;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.337;NF=14;NR=41;PP=899;ReadPosRankSum=-0.436;SC=TCAGGTCTCTTCTTAAATGGT;SOR=0.858;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=117;TCF=34;TCR=83;TR=55;WE=74040349;WS=74040331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,70:0.47:150
chr14	74060508	rs35724886	C	A	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=3.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=1.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr14	74060511	.	T	TTCAA	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.496;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.951;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=1179;ReadPosRankSum=0.217;SC=ACGTTGGCTCTAGCTTATTAT;SOR=1.366;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=9;WE=74060524;WS=74060498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
chr14	74060513	rs375801976	GCTTA	G	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.480;HP=1;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=1171;ReadPosRankSum=0.343;SC=GTTGGCTCTAGCTTATTATAA;SOR=1.532;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=9;WE=74060524;WS=74060498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr14	74061968	rs2010070	T	C	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.493;NF=36;NR=35;PP=880;ReadPosRankSum=0.152;SC=TCGTGGACATTGTGGATATAA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=71;WE=74061976;WS=74061958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,110:0.47:233
chr14	74121531	.	C	CT	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.012;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.34;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr14	74128945	rs45508195	A	G	196.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=157;SC=TTTTAAAGACATTTAAAAGCT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=74128953;WS=74128935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	74138442	rs45599532	A	G	74.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=53;SC=TTCTCAAGTTACCCTTCAATA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=74138450;WS=74138432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	74156316	rs62004949	C	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=546;SC=AGAAAAAATACCTCTGATCTT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=74156324;WS=74156306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	74162452	rs11625036	G	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=3;PP=140;SC=GGATGGTCTTGAACTCCTGAC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=74162460;WS=74162449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	74192165	rs10136165	T	C	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=325;SC=CGCCCATGGTTTCTGCAGGCA;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=74192173;WS=74192155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	74192994	rs2336074	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=15;PP=411;SC=CAGAAAACAGACCTCAGGTCC;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=74193002;WS=74192984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	74193427	rs887508	A	G	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	74196844	rs6574140	T	C	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=34;PP=997;SC=AAAAGCCCTTTTTATCATCTC;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=74196852;WS=74196834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	74203690	rs8007548	G	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=372;SC=TAGAAGGGGCGCCTCTCATAC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=74203698;WS=74203680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr14	74206855	rs17182544	C	G	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=730;ReadPosRankSum=-0.804;SC=ACAGTGAGGTCGGACACTGGG;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=37;WE=74206863;WS=74206845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr14	74340797	rs11159042	A	T	1050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=573;ReadPosRankSum=2.357;SC=TCGTTGATGGAGGAGGTATTG;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=42;WE=74340805;WS=74340787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,60:0.41:145
chr14	74343981	rs45542836	T	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=1.054;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
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chr14	74361126	.	C	CTTT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.773;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr14	74371467	rs35370876	TA	T	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5026;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=272;ReadPosRankSum=-1.383;SC=GCTATAGTTTTAACAAAGTCT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=74371475;WS=74371466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	74375956	rs2302136	A	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=174;ReadPosRankSum=-0.649;SC=GTAAGTCATTAGACTCTGAAT;SOR=0.782;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=12;WE=74375964;WS=74375946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr14	74388908	rs1127392	T	C	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=271;ReadPosRankSum=1.507;SC=GAGTTGATGATGGTAAGACTT;SOR=0.724;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=26;WE=74388916;WS=74388898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr14	74399212	rs6574155	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=349;ReadPosRankSum=1.067;SC=ACAGATACTTCTGAATTTTTC;SOR=0.541;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=25;WE=74399220;WS=74399202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,33:0.39:85
chr14	74399291	rs2336547	G	A	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=22;PP=636;SC=CTTGCTATCAGTCATCCTGTC;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=74399299;WS=74399281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	74404454	rs113885060	A	G	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=30;PP=642;ReadPosRankSum=-0.246;SC=CTAATCCAGAATACCCTTCAT;SOR=1.244;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=36;WE=74404462;WS=74404444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr14	74404756	rs28927675	T	C	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,111:0.50:220
chr14	74409032	rs740506	G	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr14	74413129	rs7146634	C	G	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=468;ReadPosRankSum=1.105;SC=GACACCATCTCCCTTTCTGCT;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=34;WE=74413137;WS=74413119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,71:0.50:142
chr14	74413420	rs7148485	T	C	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.803;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	74416600	rs11621743	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=3.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=1.873;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr14	74422329	rs2302118	G	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=323;ReadPosRankSum=-1.859;SC=TTCACATTCAGTCCGAGGAAG;SOR=0.670;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=20;WE=74422337;WS=74422319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr14	74424938	rs3180946	T	C	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=26;PP=862;ReadPosRankSum=-2.388;SC=CTTGGGTTCATATTACCCTAG;SOR=0.741;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=59;WE=74424946;WS=74424928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,96:0.51:190
chr14	74425056	rs3764859	C	A	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=533;ReadPosRankSum=2.058;SC=CTCTGGTTTTCGATTTAAGCT;SOR=0.988;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=29;WE=74425064;WS=74425046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr14	74428286	rs7141392	A	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=25;SC=AAGGATTCAGATACTATGGGG;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=74428294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	74428445	rs8500	G	A	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.61;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,124:0.60:208
chr14	74433552	rs13743	A	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.68;ReadPosRankSum=1.054;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr14	74433859	rs3742813	T	C	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=792;ReadPosRankSum=-1.384;SC=TTTGCAGGCTTCCCACTACTC;SOR=1.048;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=47;WE=74433867;WS=74433849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,66:0.63:105
chr14	74439495	rs11623794	G	A	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=338;ReadPosRankSum=2.757;SC=TAATCACCCCGACAAAGCACC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=21;WE=74439503;WS=74439485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,25:0.50:50
chr14	74441537	rs2074933	T	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr14	74441684	rs2074932	G	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=1.001;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,38:0.38:101
chr14	74444090	rs201751093	G	GA	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr14	74449664	rs12431489	A	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=102;ReadPosRankSum=-2.577;SC=AAAAACTCATAAAGTATTCAT;SOR=0.569;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=9;WE=74449672;WS=74449654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
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chr14	74489735	rs3784039	G	A	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=314;ReadPosRankSum=1.352;SC=GATACTTCACGGATACTGGCA;SOR=0.787;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=24;WE=74489743;WS=74489725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr14	74512698	rs6574158	T	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=156;ReadPosRankSum=-1.144;SC=AAAATAAATATCTTTTGATGA;SOR=0.501;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=13;WE=74512706;WS=74512688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr14	74514674	rs3784038	A	T	1141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.534;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=338;ReadPosRankSum=-0.594;SC=AAAGAGAATGATTATCTTCAG;SOR=0.894;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=26;WE=74514682;WS=74514664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,59:0.52:114
chr14	74527203	rs8017248	G	A	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=4;PP=561;SC=GAAACTTTGCGGGGGTTAATA;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=74527211;WS=74527193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	74537885	rs2072293	T	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=301;ReadPosRankSum=1.937;SC=GCCATATGCATAAGGGCAGTT;SOR=0.544;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=27;WE=74537893;WS=74537875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr14	74538706	rs4646861	A	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=259;ReadPosRankSum=-0.592;SC=AATAGAAATTAATGCAAGAAT;SOR=0.906;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=17;WE=74538714;WS=74538696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr14	74539325	rs2302126	C	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.985;HP=10;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=640;ReadPosRankSum=2.290;SC=CTGAAAAAAACAAACAAACAA;SOR=2.472;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=24;TCR=67;TR=39;WE=74539333;WS=74539307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,26:0.25:103
chr14	74550908	rs2074939	A	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.159;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=127;ReadPosRankSum=-0.606;SC=TGGGCATGGGACAGGGCCGCA;SOR=1.691;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=12;WE=74550916;WS=74550898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr14	74665543	rs10145171	G	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=266;ReadPosRankSum=-0.108;SC=AAATCAATCTGCATTTTTAAA;SOR=1.125;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=15;WE=74665551;WS=74665533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr14	74711705	.	G	C	540.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=-0.652;QD=28.44;ReadPosRankSum=0.822;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,17:0.89:19
chr14	74711711	rs80101978	C	G	629.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=-0.721;QD=25.19;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,22:0.88:25
chr14	74711883	rs35435463	C	T	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	74726515	rs11383441	G	GC	1183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=17;PP=686;SC=TTGGGGTCCTGCCCTGCGGTG;SOR=1.121;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=74726523;WS=74726505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	74753278	rs929449	T	C	12717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=157;NR=155;PP=2965;SC=CCCTGGCCGCTGGCAGAGGAG;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=313;TCF=157;TCR=156;TR=312;WE=74753286;WS=74753268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr14	74756296	.	T	TCCAGAAC	504.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=278;ReadPosRankSum=0.248;SC=CCACCCTCCCTCCAGAACCCA;SOR=0.725;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=5;WE=74756304;WS=74756286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr14	74759006	rs3742801	C	T	2191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.437;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,113:0.51:223
chr14	74759301	rs4148078	G	T	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.973;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=849;ReadPosRankSum=-0.796;SC=ACAGGTCGATGAGCTGGGTGA;SOR=0.897;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=54;WE=74759309;WS=74759291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,109:0.49:224
chr14	74759477	rs4148077	C	T	3587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.797;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=53;PP=1479;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CTAAGCTCTGCGGGACTCAGG;SOR=0.626;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=171;TCF=87;TCR=84;TR=99;WE=74759485;WS=74759467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,166:0.60:275
chr14	74766352	rs2301345	A	G	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=363;ReadPosRankSum=-2.091;SC=CTGGGGATCAAGCCAACCTGG;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=26;WE=74766360;WS=74766342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr14	74767128	rs7158118	G	A	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=6.166;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=144;ReadPosRankSum=1.523;SC=AACAGACCACGGATACAAAGG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=74767136;WS=74767118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr14	74874540	rs11621669	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=445;ReadPosRankSum=-2.318;SC=CCTGGGCCCCAGGTGCTCTTA;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=36;TCR=19;TR=31;WE=74874548;WS=74874530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,44:0.59:75
chr14	74874707	rs2884545	A	G	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=1024;ReadPosRankSum=-0.341;SC=AAAACAGTGGAGTTTGGTGAC;SOR=0.678;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=66;WE=74874715;WS=74874697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,82:0.53:156
chr14	74875955	.	A	AT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=3.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.414;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,10:0.23:43
chr14	74876181	rs12590672	T	G	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.867;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=806;ReadPosRankSum=1.595;SC=CTGTGAAGCTTGTCTCACAGC;SOR=0.870;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=112;TCF=48;TCR=64;TR=49;WE=74876189;WS=74876171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,79:0.44:178
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chr14	74970448	rs5809669	G	GC	562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=5;PP=366;SC=AGCCTGGAAGGCCCTCCTGGG;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=74970456;WS=74970438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	74972008	rs10146812	A	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-1.282;SC=TACCTGTATTACCTCACTGAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=74972016;WS=74971998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	74972942	rs2286411	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=-1.127;SC=GGCAGCCCGTGCCCCCTGCCC;SOR=0.826;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=34;WE=74972950;WS=74972932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr14	74973579	rs45537036	T	C	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=43.66;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	74973579	.	TGT	CGC	335	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.35;NF=2;NR=15;PP=335;QD=22.8510514625;SC=TGTGTGTGTGTGTGCGCGCGC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=17;WE=74973591;WS=74973567;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr14	74973581	rs60130392	T	C	1179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=43.70;SOR=2.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	74973583	rs142330216	C	CGT,CGCGT	1106.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=1,1;NR=13,13;PP=138,374;SC=TGTGTGTGTGCGCGCGCGCGT;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14,14;WE=74973591;WS=74973567;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.54,0.46:28
chr14	74973740	rs3815329	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.678;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=-0.779;SC=GGCATCTTTCATAAGCTCTGC;SOR=1.292;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=10;WE=74973748;WS=74973730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr14	74976986	rs7160756	A	G	490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=296;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GGCAGGCTCCAAGCATCTCAG;SOR=0.906;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=17;WE=74976994;WS=74976976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr14	74983491	rs147745131	GT	G	570.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.967;HP=3;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=678;ReadPosRankSum=0.991;SC=GGGTGGTGGGGTGGCAGGGCG;SOR=2.960;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=11;WE=74983503;WS=74983481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
chr14	74983495	rs63395061	C	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=10.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.475;SOR=2.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr14	74983841	rs2302114	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=125;ReadPosRankSum=1.217;SC=TAGCTCAGGCCCCTGATAAAC;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=10;WE=74983849;WS=74983831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr14	74989433	rs699371	T	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=7;PP=484;SC=ACTCGGCCTCTTAGCCCCTGC;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=74989441;WS=74989423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	74991855	rs862031	A	G	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	74991959	rs862030	T	C	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=34;PP=818;SC=GAGGTGGGGTTGTGGCCCCTT;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=74991967;WS=74991949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	74992800	rs699374	A	G	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=33;PP=1000;SC=CAGGTGCATGAGTGACACTGG;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=74992808;WS=74992790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	74992861	rs699375	A	C	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=17;PP=558;SC=CCTCTGCCGTACCTGTGATGT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=74992869;WS=74992851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	74999108	rs862025	C	T	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=257;ReadPosRankSum=0.043;SC=CCACCCCCACCCCATCCCTGC;SOR=0.963;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=19;WE=74999116;WS=74999098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr14	75002607	rs3742794	G	T	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.433;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=233;ReadPosRankSum=0.371;SC=CTTGAGCCCAGCCCTGGCCCT;SOR=0.518;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=23;WE=75002615;WS=75002597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,36:0.38:94
chr14	75016482	rs2196861	T	C	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=22;PP=1450;SC=GCCTCTGACATCCTGGAGGGG;SOR=1.533;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=75016490;WS=75016472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	75017650	rs934999	G	C	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=7;PP=543;SC=AAATGGGAGAGTCTGCAGACA;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=75017658;WS=75017640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	75019157	rs11622992	T	C	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=410;ReadPosRankSum=-0.691;SC=GCTCTGTGGCTGGTGACCACC;SOR=0.812;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=38;WE=75019165;WS=75019147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,78:0.44:177
chr14	75022277	rs148766628	G	A	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.468;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=198;ReadPosRankSum=-0.663;SC=GCCTGGTCCCGGGGGCAGGGC;SOR=0.785;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=15;WE=75022285;WS=75022267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,21:0.35:60
chr14	75070493	rs3742793	G	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=0.457;SC=CCACCTTCTAGAGGCAGGGCC;SOR=0.707;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=30;WE=75070501;WS=75070483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,46:0.49:94
chr14	75139936	rs11844127	C	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.799;SC=TAAAGAAAAACAAAGAAATTA;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=75139944;WS=75139926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	75151047	rs9671386	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=54;ReadPosRankSum=-1.068;SC=AGTTCCTGGAGGGAGTTGAAA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=75151055;WS=75151037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	75159007	rs2270424	G	A	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=190;ReadPosRankSum=-0.924;SC=GGGTGCAATCGACTGCCAAAG;SOR=0.795;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=12;WE=75159015;WS=75158997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
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chr14	75200697	rs3825708	G	A	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=529;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TTCTCAGACTGGTCAGTCGTT;SOR=0.648;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=37;WE=75200705;WS=75200687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,89:0.42:212
chr14	75276079	rs957345	C	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=5;PP=607;ReadPosRankSum=-0.932;SC=ATTCTGTTCTCTAGCCTCCAG;SOR=1.277;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=31;WE=75276087;WS=75276069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr14	75278302	rs8022046	G	A	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr14	75279395	rs2302834	T	A	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=515;ReadPosRankSum=2.185;SC=GCCACCAGCCTCCTCCAGCTC;SOR=0.660;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=37;WE=75279403;WS=75279385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,70:0.62:113
chr14	75282873	rs5809679	AT	A	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.310;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
chr14	75287730	rs79860790	CT	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	75321714	rs61978928	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	75349432	rs8007114	T	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=1.175;SC=AAAGACAGTTTGGTTCAGAGA;SOR=0.208;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=8;WE=75349440;WS=75349422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr14	75355767	rs57898381	TA	T	114.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=0;PP=169;SC=GTTCGCCTGTTAAAAGGAGTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=5;WE=75355775;WS=75355757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	75356379	rs10147749	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=0.536;SC=TGAGCCACTGCGCCTGGCTCC;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=75356387;WS=75356376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	75359670	rs2230237	G	A	7931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=78;PP=2859;SC=CGCCCTCACAGCCTCCTTCTG;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=159;WE=75359678;WS=75359660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr14	75359720	.	GA	G	2675.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.227;NF=15;NR=49;PP=1282;ReadPosRankSum=1.645;SC=TGTCATGTGGGAGAACATCTC;SOR=0.625;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=84;TCF=17;TCR=67;TR=64;WE=75359728;WS=75359710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,87:0.40:216
chr14	75359757	rs58288168	ACT	A	2045.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=44;PP=1263;ReadPosRankSum=2.692;SC=CAAAGGGTAAACTCTAGACTG;SOR=1.008;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=65;TCF=12;TCR=53;TR=52;WE=75359766;WS=75359747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,56:0.51:110
chr14	75361177	rs2070599	C	G	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=59;NR=78;PP=2342;SC=ACTTGCCCCACTCCTTATCTA;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=59;TCR=79;TR=137;WE=75361185;WS=75361167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr14	75365084	rs11623527	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=-1.465;SC=ACATCCAGGAGATGAGGGCTC;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=10;WE=75365092;WS=75365074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr14	75366447	rs731952	C	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=120;ReadPosRankSum=0.478;SC=AGATACTATACTTGGGATGGG;SOR=1.609;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=75366455;WS=75366437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	75367740	rs1799900	G	A	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=5;PP=332;SC=GGGTTGGCTTGATATTTCAAT;SOR=1.127;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=75367748;WS=75367730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	75367807	rs20578	C	T	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.684;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.921;NF=26;NR=11;PP=536;ReadPosRankSum=-0.665;SC=ATATGGATGGCGGTACCTTCA;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=37;WE=75367815;WS=75367797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,65:0.52:124
chr14	75373112	.	TGG	T	48.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=0;PP=99;SC=GAATCGGGGGTGGGGGGGTGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=75373121;WS=75373104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	75373210	rs74064442	G	A	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=184;ReadPosRankSum=0.412;SC=TGCACGAACAGCTTCTGGTGG;SOR=0.596;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=17;WE=75373218;WS=75373200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr14	75373475	rs10134885	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-0.420;SC=GATGGGTAGATGGTTCAAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=8;WE=75373483;WS=75373465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr14	75373626	rs78810423	C	CTGAT	2129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=1415;ReadPosRankSum=-0.064;SC=CCAAAGCCCGCTGATAGAGGG;SOR=0.900;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=27;WE=75373634;WS=75373616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,55:0.42:130
chr14	75376013	rs60635665	A	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=4.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=283;ReadPosRankSum=0.023;SC=CTGGGCAGAAACTCGGCAGGG;SOR=0.990;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=13;WE=75376021;WS=75376003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr14	75376036	rs10131976	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=-0.349;SC=ACAGCACCCTCCACAGAGGCA;SOR=0.551;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=75376044;WS=75376026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	75378296	rs3081755	GTGTGTA	G	1423.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=6;PP=924;SC=ATGTGTGTTTGTGTGTATGTG;SOR=1.739;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=17;WE=75378309;WS=75378286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
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chr14	75412908	rs8005277	A	G	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=31;PP=1554;SC=GGGACCCCGCACACTCACAGG;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=60;TCR=31;TR=90;WE=75412916;WS=75412898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	75415194	rs2159907	G	C	2112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=20;PP=1096;SC=CTACCCACCCGACCCCGGAGA;SOR=1.310;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=75415202;WS=75415184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr14	75470446	rs175041	C	A	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=38;PP=1144;SC=GTCACAGGCACATAAGGGAAC;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=75470454;WS=75470436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	75483812	rs13712	T	C	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=108;ReadPosRankSum=1.188;SC=GAGGCATGGATTGCTGCAGGC;SOR=0.713;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=13;WE=75483820;WS=75483802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,34:0.41:83
chr14	75485406	rs175052	G	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=162;SC=GAAACTTCCAGTGCAGATTTT;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=7;WE=75485414;WS=75485396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	75485489	rs175053	A	G	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.367;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	75489632	rs175057	C	T	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.00;ReadPosRankSum=1.810;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,73:0.47:154
chr14	75497130	rs175070	C	A	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=7;PP=985;SC=CCTGGCACACCGCAGGTAAAT;SOR=2.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=38;TCR=7;TR=43;WE=75497138;WS=75497120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	75505008	rs3742780	G	C	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,70:0.45:154
chr14	75505016	rs175075	A	G	5719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.84;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr14	75506549	rs145063005	CATATATATATATATAT	C	579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.65;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr14	75513828	rs175080	G	A	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1127;ReadPosRankSum=-1.019;SC=TCTCAAACTAGGCATCTGTTG;SOR=0.566;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=68;WE=75513836;WS=75513818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,94:0.52:182
chr14	75513883	rs175081	T	C	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=68;PP=2794;SC=TTCTCTGAGTTAAGGATGTGG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=55;TCR=68;TR=123;WE=75513891;WS=75513873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr14	75528580	rs10129657	G	A	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=3.558;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr14	75535927	rs175499	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GGCCCGCCCAGCGCAGCCGAG;SOR=0.459;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=10;WE=75535935;WS=75535917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr14	75538217	rs3742778	G	T	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=788;ReadPosRankSum=0.089;SC=CAAAATTCAGGTCCATTCCAG;SOR=0.668;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=50;WE=75538225;WS=75538207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,72:0.41:175
chr14	75544101	rs12589815	C	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=4;PP=72;ReadPosRankSum=0.346;SC=AGTCAGTTACCGCTGTTGCTC;SOR=0.207;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=9;WE=75544109;WS=75544091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr14	75544189	rs12589876	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=244;ReadPosRankSum=1.784;SC=ACTCAGGAAGGAGATAGGTGC;SOR=0.596;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=18;WE=75544197;WS=75544179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,33:0.44:75
chr14	75551254	rs175487	C	T	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=10;PP=983;SC=GGGGGCTCTACAGGCTCAGGA;SOR=1.828;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=49;WE=75551262;WS=75551244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	75551442	rs175486	A	C	5922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=76;PP=2557;SC=CTAGTCACAGAAGTAGTTCAG;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=55;TCR=76;TR=131;WE=75551450;WS=75551432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr14	75553655	rs175485	T	C	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=8;PP=839;SC=TTCAGTACTTTGTGTTTTGTT;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=40;WE=75553663;WS=75553645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	75572559	rs119077	T	C	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=235;SC=CGGAAATAAATACCTTGATAC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=75572567;WS=75572549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	75574087	rs10146482	C	T	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.059;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1220;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TGACACCTGACGGATAGCTTT;SOR=0.732;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=79;WE=75574095;WS=75574077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,129:0.50:260
chr14	75580152	rs175464	G	A	2113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=33;PP=1040;SC=GGAAATGGGCGACATCGGATC;SOR=0.968;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=57;WE=75580160;WS=75580142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	75587351	rs175454	T	C	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	75590822	rs8017642	G	A	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=904;ReadPosRankSum=-0.276;SC=TAATGTTGTCGTGCTGCAGCA;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=62;WE=75590830;WS=75590812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,102:0.55:185
chr14	75590846	rs175449	A	T	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=577;ReadPosRankSum=0.309;SC=CCAGAATAACAATCTCATTCA;SOR=0.580;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=48;WE=75590854;WS=75590836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,87:0.44:197
chr14	75601663	rs4649	G	A	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=2.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.050;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,61:0.45:135
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chr14	75614504	rs3832966	A	ACCCG	558.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.934;NF=0;NR=18;PP=906;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTACCCACCCACCCGCCCGCC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=18;WE=75614512;WS=75614494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr14	75735859	rs4903300	G	A	4823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr14	75745551	rs2239615	T	A	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=2;PP=905;SC=GCAGCGAGCATCTGAGAAGCC;SOR=5.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=36;TCR=2;TR=38;WE=75745559;WS=75745541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	75745626	rs7101	C	T	5348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=52;PP=2721;SC=CAGCTCTGCTCCACAGCGCCC;SOR=1.242;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=92;TCR=52;TR=144;WE=75745634;WS=75745616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	75746690	rs1046117	C	T	9042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=96;NR=89;PP=2965;SC=TCGTCTCCTCCGTGGCCCCAT;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=97;TCR=91;TR=185;WE=75746698;WS=75746680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr14	75747407	rs3216792	AG	A	4475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=48;PP=2654;SC=TTAAAACTTAAGGGGAAAGTT;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=70;WE=75747415;WS=75747397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr14	75758770	rs3742770	G	A	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	75758885	rs3742769	A	G	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=42;SC=AAGTTTGAGCATCCCTTGCTC;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=80;WE=75758893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	75759060	rs3742768	C	T	3524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=42;PP=1330;SC=ATTATCCATACGGGCCTGCTG;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=75759068;WS=75759050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	75760855	rs3742767	G	C	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=39;PP=1515;SC=TTGCTCCAGGGCAGGTCGCAG;SOR=0.841;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=83;WE=75760863;WS=75760845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	75904660	rs3625	A	G	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=17;PP=1093;SC=TTCGGTGACCACAGGCTCCCT;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=75904668;WS=75904650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	75935908	rs77100309	G	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=497;ReadPosRankSum=-0.487;SC=CCAGCCCAGCGTGCCCTGTGC;SOR=1.371;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=26;WE=75935916;WS=75935898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr14	75989286	rs175722	G	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=348;SC=CACCCATTCTGCCAAAGCCCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=75989294;WS=75989276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	76129287	rs2302592	C	G	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=7;PP=619;SC=AGGTTGAGCACTGTTTAGGAA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=76129295;WS=76129277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	76150119	rs11406886	C	CT	169.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-0.298;QD=9.44;ReadPosRankSum=-0.713;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr14	76156609	rs2303345	C	T	12013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=122;NR=112;PP=2965;SC=GGATTCAAGGCTTTTCACATC;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=123;TCR=112;TR=234;WE=76156617;WS=76156599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr14	76173860	rs1005224	T	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=0;PP=301;SC=TCATGTGGAGTGTAGGAATGT;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=13;WE=76173868;WS=76173859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	76175565	rs1981898	C	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=24;PP=645;SC=TAAAAGAAGGCTACCTATTTA;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=76175573;WS=76175555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	76175594	rs1981899	G	A	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=533;SC=TGCTTTGACAGATATTATTGT;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=76175602;WS=76175584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	76175666	rs8007792	C	A	204.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=107;SC=GTTTTTTTCACATGTATCCTA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=76175674;WS=76175656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	76186214	rs17783174	A	G	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=791;ReadPosRankSum=0.318;SC=TTCTTTGGATAACTTTATCAT;SOR=0.808;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=54;WE=76186222;WS=76186204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,108:0.57:190
chr14	76198818	rs5809726	CT	C	836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.478;HP=12;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=32;PP=423;ReadPosRankSum=-1.316;SC=ACTTAAAGCACTTTTTTTTTT;SOR=1.517;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=34;WE=76198827;WS=76198808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,56:0.79:71
chr14	76201482	rs2288141	G	T	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=42;PP=1754;SC=GGTGCAGCCAGACCTGCTAAT;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=55;TCR=42;TR=97;WE=76201490;WS=76201472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	76203747	rs967889	A	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=245;SC=GTGTGAAAGAAAATAAATGTT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=76203755;WS=76203738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	76224153	rs2113577	T	A	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.214;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=975;ReadPosRankSum=2.071;SC=TCTAACCCGGTTGTCCTTTCT;SOR=0.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=55;WE=76224161;WS=76224143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr14	76232398	rs2359870	T	C	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=628;SC=TGATTCTTCGTATTTAGTGAT;SOR=1.659;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=76232406;WS=76232388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	76238254	.	ATT	A,AT	555.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.532;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=2.807;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,19,22:0.37,0.43:51
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chr14	76287061	rs12206	T	C	2761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	76352929	rs1882827	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=2;PP=625;SC=AGCTAAATCTCATTTGTCAGT;SOR=3.528;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=26;WE=76352937;WS=76352922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	76368544	rs1133834	T	C	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=847;ReadPosRankSum=2.379;SC=CCTGCAGCCTTTGTGCCCATC;SOR=0.839;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=49;WE=76368552;WS=76368534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,84:0.47:179
chr14	76370545	rs34312760	C	CA	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.208;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.793;QD=1.62;ReadPosRankSum=1.299;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,18:0.27:67
chr14	76432136	rs3917187	T	C	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=45;PP=1384;SC=TCTGCTCCTATAGGGACTCAT;SOR=1.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=58;WE=76432144;WS=76432126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	76488551	rs2058941	A	G	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=274;SC=CTGAGGTCGCACCACTGCACT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=76488559;WS=76488541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	76548783	rs137916626	GGACCTT	G	2649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=1624;SC=CATCTATAGTGGACCTTGATG;SOR=0.986;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=30;WE=76548796;WS=76548773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr14	76549377	rs7161722	G	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=2;PP=248;SC=CCCAGCATGTGGGAAGCATAG;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=76549385;WS=76549367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	76549752	rs8536	G	A	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=16;PP=652;SC=AGCTACAGTTGAGGGAAAAGG;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=33;WE=76549760;WS=76549742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	76619167	rs3813547	A	C	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=619;ReadPosRankSum=-3.151;SC=CTGAGTTTTTAAAGCAGTAAT;SOR=0.927;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=33;WE=76619175;WS=76619157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr14	76638466	rs3783997	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=0.894;SC=CACATTAACTATCTGAATTTT;SOR=1.494;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=25;WE=76638474;WS=76638456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
chr14	76643198	rs7144326	G	A	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=111;ReadPosRankSum=-0.728;SC=ACCTGTGGCAGTGATTTTCTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=76643206;WS=76643188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	76644623	rs2121069	G	A	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=560;ReadPosRankSum=0.810;SC=AGAATCCTGCGTTGAGAAGTA;SOR=0.731;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=42;WE=76644631;WS=76644613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,63:0.52:121
chr14	76662370	rs17104243	T	C	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.296;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=1658;ReadPosRankSum=-0.055;SC=AGGCACTAAATTATGTGTTTT;SOR=1.073;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=37;WE=76662384;WS=76662360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,57:0.45:128
chr14	76662376	rs145653552	G	GT	975.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.602;HP=5;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=1659;ReadPosRankSum=-0.099;SC=TAAATTATGTGTTTTGTATAC;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=25;WE=76662384;WS=76662360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,49:0.45:110
chr14	76662446	rs1900127	C	T	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=-0.426;SC=CATGGGAAAACTGAGACTACA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=16;WE=76662454;WS=76662436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr14	76905777	rs35544003	C	A	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=925;ReadPosRankSum=0.947;SC=CCTCGGGCATCGATGCCCTCA;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=56;WE=76905785;WS=76905767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,88:0.56:157
chr14	76906157	rs12432875	T	C	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=28;PP=687;SC=CCTGCGGGTCTGGCAGAAGCC;SOR=1.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=76906165;WS=76906147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	76957887	rs2361293	T	C	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=29;PP=857;SC=CGCTGCCCTATGACGACAAGC;SOR=0.979;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=50;WE=76957895;WS=76957877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	76964926	rs10139705	C	T	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.584;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=0.728;SC=GTCCCAGAGGCGGGGGTTTCT;SOR=0.194;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=18;WE=76964934;WS=76964916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr14	76966151	rs72731689	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=299;ReadPosRankSum=-0.606;SC=GTGGATGGCCGTGAAAGTTTT;SOR=0.663;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=25;WE=76966159;WS=76966141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr14	77229539	rs2270324	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=21;PP=630;SC=GGCCAAGAGTGAAGCCACACT;SOR=1.236;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=34;WE=77229547;WS=77229529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	77236147	rs7142166	G	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=0;PP=574;SC=AAGAGTCTTCGAATGAGTGGG;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=23;WE=77236155;WS=77236137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	77236380	rs3815550	C	T	6343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=96;PP=2873;SC=TGCAGCGCTACATCAGAGAGC;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=73;TCR=96;TR=168;WE=77236388;WS=77236370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr14	77239567	rs2075772	A	G	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	77242101	rs72737517	A	G	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=202;ReadPosRankSum=-0.912;SC=CGCCAGGCGTATGGAGATGAG;SOR=0.061;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=13;WE=77242109;WS=77242097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr14	77244484	.	CT	C	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.340;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr14	77279064	rs8008004	A	G	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=24;PP=1174;SC=CGCAGAGGCGAGCCCTGGCCG;SOR=1.005;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=61;WE=77279072;WS=77279054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	77292992	rs926120	C	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.530;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=304;ReadPosRankSum=-1.446;SC=GGGAAGCAGTCGAGAGGTGGC;SOR=0.469;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=26;WE=77293000;WS=77292982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,52:0.50:105
chr14	77294906	rs75720627	C	G	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.699;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=707;ReadPosRankSum=-0.958;SC=AAGGCCTGCTCGATTTTGCCT;SOR=0.838;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=46;WE=77294914;WS=77294896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,57:0.50:114
chr14	77294950	rs2142189	C	T	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=707;ReadPosRankSum=0.472;SC=GGGAGAGCAGCTGCAGCTTCC;SOR=0.973;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=47;WE=77294958;WS=77294940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,58:0.50:117
chr14	77295192	rs2067007	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=219;ReadPosRankSum=0.402;SC=TGCCCAGCACGTTGGCTGATC;SOR=0.666;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=13;WE=77295200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr14	77305508	rs11628619	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=38;ReadPosRankSum=1.014;SC=TGTACATGTATCTTTTAGGCA;SOR=2.925;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=77305516;WS=77305498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr14	77305833	rs12893724	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=153;ReadPosRankSum=0.544;SC=AATTATATTACCTCAGATGGT;SOR=0.481;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=12;WE=77305841;WS=77305823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr14	77311296	rs12896621	A	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=30;PP=991;SC=GGGAAGAATCACTTGGCAGAG;SOR=1.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=77311304;WS=77311286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	77319773	rs61011979	G	GGTGTGT	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=0.817;QD=28.09;ReadPosRankSum=0.320;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,18:0.90:20
chr14	77327254	rs45536531	T	G	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=1142;ReadPosRankSum=-0.761;SC=CCAAATCAGTTTCCAGACTTC;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=58;WE=77327262;WS=77327244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr14	77332367	rs1882844	C	T	2505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	77333527	.	G	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.13;MQRankSum=-0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr14	77333531	rs140870630	A	T	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.55;MQRankSum=-0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr14	77336428	rs11625243	G	A	2783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=32;PP=1141;SC=CCATGAGGCTGTACGGGTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=66;WE=77336436;WS=77336418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr14	77492891	rs879027	G	A	11308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=124;NR=143;PP=2965;SC=GCTTCAATTCGTAGTCCATGC;SOR=0.799;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=268;TCF=124;TCR=144;TR=267;WE=77492899;WS=77492881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr14	77493788	rs28692724	C	T	1559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.007;NF=22;NR=25;PP=1019;ReadPosRankSum=1.573;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGTTGCT;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=47;WE=77493801;WS=77493778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr14	77493791	rs377151545	CTGT	C	1550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.347;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.055;NF=10;NR=25;PP=1273;ReadPosRankSum=1.700;SC=GCTGCTGCTGCTGTTGCTGCT;SOR=0.862;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=35;WE=77493801;WS=77493778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr14	77493875	rs71428775	T	C	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.588;NF=30;NR=20;PP=1129;ReadPosRankSum=2.763;SC=CCGCCGCCGCTTCCTTAGCCG;SOR=0.624;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=50;WE=77493883;WS=77493865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,49:0.64:77
chr14	77600344	rs7141511	G	T	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=24;PP=558;SC=CCAGGCCACCGGCATAACTGC;SOR=2.012;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=31;WE=77600352;WS=77600334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	77605758	rs117728828	G	A	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=23;PP=881;ReadPosRankSum=0.169;SC=AACAGTGATGGTCGTGCCTCA;SOR=0.517;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=54;WE=77605766;WS=77605748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,83:0.54:154
chr14	77686303	rs2287377	A	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=8;PP=720;SC=GCAGCTGAGAACTTTTCTCTC;SOR=1.573;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=77686311;WS=77686293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	77697967	rs375566	A	G	4671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.12;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.285;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr14	77699933	rs17750404	C	T	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=32;PP=831;SC=ACATGGGCAGCGTTTTGCTGA;SOR=1.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=77699941;WS=77699923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	77703057	rs403291	A	G	2293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=30;PP=876;SC=TGGGGTTTGCACCCAGGAATA;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=49;WE=77703065;WS=77703047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	77704974	rs8010477	G	C	5157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=58;PP=2428;SC=CCAAAAGACTGAGGTGTCTGG;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=134;WE=77704982;WS=77704964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr14	77705726	rs4899646	C	T	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=26;PP=1171;SC=CCCCACAGGCCGACTCAGCAC;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=77705734;WS=77705716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	77708911	.	G	GAC	1389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.152;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.973;NF=0;NR=20;PP=860;ReadPosRankSum=-0.360;SC=GCCCAACAGAGACTCCAAGGG;SOR=1.017;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=20;WE=77708919;WS=77708901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr14	77709120	rs2287380	A	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=4;PP=670;SC=GTTGCATGCAAGTCTGGGCCC;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=77709128;WS=77709110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	77709450	rs409109	T	G	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=24;PP=659;SC=GATCAAGGAATAATTCAGGCG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=77709458;WS=77709440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr14	77745193	rs3209079	A	C	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=44;PP=1637;SC=CGCCTCCTCGAAGCAGGACCT;SOR=0.766;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=83;WE=77745201;WS=77745183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
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chr14	77751925	rs2270419	C	T	5189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=52;PP=1981;SC=TTCCAAATTTCCTGTTTACGA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=77751933;WS=77751915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	77755221	rs2287387	T	G	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=37;PP=1108;ReadPosRankSum=-0.650;SC=CTCACCAGGCTAGTATTAATC;SOR=0.313;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=77755229;WS=77755211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr14	77778485	rs61442105	T	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=-0.311;SC=AAACAATTAATGCAAAAGTCT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=77778493;WS=77778475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	77787088	rs2270421	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=56;ReadPosRankSum=-0.921;SC=GCCGCCCCGCCAAGGAGTCAC;SOR=0.105;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=6;WE=77787096;WS=77787078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr14	77790872	rs8016187	T	A	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,108:0.51:211
chr14	77793207	rs7975	G	A	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=633;ReadPosRankSum=-0.505;SC=CATCGACTACGAGACGGTGCC;SOR=0.657;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=49;WE=77793215;WS=77793197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,70:0.57:123
chr14	77794283	rs1046428	T	C	5988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=71;PP=1976;SC=CTAGAGGAGATGCGTCCCACT;SOR=0.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=121;WE=77794291;WS=77794273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr14	77795311	rs5809824	CT	C	1161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=6;PP=1043;SC=CCTCAGGGCCCTTGGTTGAAG;SOR=2.765;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=26;WE=77795319;WS=77795301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	77795638	rs2270423	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.908;SC=AGCCTCCCAGGCTGCTTTGGG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=77795646;WS=77795628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr14	77796641	rs731346	G	A	4483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=46;PP=1588;SC=AACCCACCGGGACCTCTTTCA;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=91;WE=77796649;WS=77796631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr14	77810194	rs17105723	G	C	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=4.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr14	77843353	rs10141317	G	T	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GCGGGCTGTGGGGCTCCAGGA;SOR=0.582;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=13;WE=77843361;WS=77843343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr14	77843384	rs3742737	G	T	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=251;ReadPosRankSum=0.590;SC=TCAGCCGCCTGCAGGTCAGAC;SOR=0.518;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=18;WE=77843392;WS=77843374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr14	77843814	rs11844594	T	C	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.160;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=-0.273;SC=GATGGAGAGCTGGAGCCTGAG;SOR=0.425;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=22;WE=77843822;WS=77843804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr14	77844869	rs4903576	A	G	1960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=23;PP=979;ReadPosRankSum=-0.620;SC=GTCAAATGAGAAAAAAAATCC;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=71;TCR=44;TR=57;WE=77844877;WS=77844859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,100:0.47:211
chr14	77845121	rs2193595	A	G	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=755;ReadPosRankSum=-0.022;SC=ACTAAGTGACAAATTTAGAAA;SOR=0.556;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=51;WE=77845129;WS=77845111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,72:0.55:130
chr14	77872509	rs13379432	T	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=393;ReadPosRankSum=1.904;SC=AAATACCAGTTAGCACCACCA;SOR=1.739;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=22;WE=77872517;WS=77872499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr14	77872933	.	TACACACACACACAC	T	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=18.77;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr14	77880493	rs8005759	C	T	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.749;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr14	77880593	rs11159258	T	C	133.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=40;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GGGGTGATCTTGACTCACCGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=77880601;WS=77880583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr14	77889040	rs8017215	T	C	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=2.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.818;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,67:0.43:156
chr14	77894852	rs113067724	C	G	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=366;ReadPosRankSum=0.695;SC=AACCTCCAATCAGCCTCTGTA;SOR=0.836;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=23;WE=77894860;WS=77894842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,36:0.43:84
chr14	77900490	rs67370165	T	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.730;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=422;ReadPosRankSum=1.261;SC=ACTCATTCCTTTCCACCTTTA;SOR=1.343;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=24;WE=77900498;WS=77900480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,25:0.39:64
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chr14	77914752	rs2091916	A	G	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=656;ReadPosRankSum=0.132;SC=AACAAATGAGAACTGAAGAGA;SOR=0.780;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=48;WE=77914760;WS=77914742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,84:0.52:162
chr14	77916220	rs112017861	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=180;ReadPosRankSum=-1.313;SC=CTTAAAAAAGGTTTTATTCAT;SOR=0.627;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=14;WE=77916228;WS=77916210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr14	77919587	rs2364158	T	C	5332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=44;PP=2724;SC=GTAGAGCCTTTATCAGTGATA;SOR=1.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=88;TCR=44;TR=132;WE=77919595;WS=77919577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr14	77926011	rs1061629	C	T	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=603;ReadPosRankSum=-0.503;SC=AACACTGTTCCTGGCAGTGCA;SOR=1.093;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=41;WE=77926019;WS=77926001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,61:0.53:115
chr14	77928476	rs12436593	C	T	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=447;ReadPosRankSum=0.369;SC=AAGGAGTGGACTAATGACATT;SOR=0.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=33;WE=77928484;WS=77928466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr14	77928525	rs1061638	A	G	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=37;PP=1337;SC=CAGGAGTACAATACAAAGGAC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=73;WE=77928533;WS=77928515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	77928735	rs11159262	A	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=164;ReadPosRankSum=1.080;SC=ATATGGTGCCATTGGAAACTT;SOR=0.481;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=12;WE=77928743;WS=77928725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr14	77930752	rs11624314	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.87;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr14	77932017	rs7146595	A	C	1406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=765;ReadPosRankSum=-0.520;SC=AGAGGTAAGTAAGTCTTGTCC;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=47;WE=77932025;WS=77932007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,64:0.61:105
chr14	77932111	rs7146784	A	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=148;ReadPosRankSum=1.340;SC=GGTACTCACAAACTCACAACT;SOR=0.784;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=77932119;WS=77932101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr14	77934758	rs4903584	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.147;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr14	77935239	rs5809831	T	TG	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=269;ReadPosRankSum=-1.241;SC=TTAGTAGAGATGGAGTTTCAC;SOR=2.964;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=9;WE=77935247;WS=77935229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr14	77935520	rs7250	G	A	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=967;ReadPosRankSum=1.012;SC=AAGAGCGGACGCGACAGGGCT;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=58;TCR=74;TR=68;WE=77935528;WS=77935510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,110:0.54:205
chr14	77935677	rs11982	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=-0.504;SC=GGATTGCATCGTCCCAGCTGC;SOR=0.392;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=11;WE=77935685;WS=77935667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr14	77950817	.	T	G	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.791;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=508;ReadPosRankSum=0.025;SC=CCAACATCCATGTTGGTGTAG;SOR=0.573;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=30;WE=77950825;WS=77950807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,30:0.40:75
chr14	77951124	rs3742728	C	T	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=58;PP=1845;SC=GGAGGGGTGGCGTTGCCTGGG;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=94;WE=77951132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr14	77964500	rs11851856	C	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=301;ReadPosRankSum=0.474;SC=CAGTCTCAGGCTGGCCACCCC;SOR=0.394;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=23;WE=77964508;WS=77964490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr14	77984573	rs926114	C	T	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=23;PP=643;SC=TACAGAGGACCTGCTGTCCTC;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=77984581;WS=77984563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	77987958	rs2072672	C	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=218;ReadPosRankSum=1.004;SC=ACAAAATAATCCTAAGTAAAA;SOR=1.260;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=14;WE=77987966;WS=77987948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr14	78018246	rs11159275	T	C	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=51;ReadPosRankSum=0.328;SC=GAAAATTCCATAGAAAGTGAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=78018254;WS=78018243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	78018614	rs2178876	C	T	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=30;PP=854;SC=TTGCATTCACCGGCAATGTCA;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=78018622;WS=78018604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	78023519	rs2272587	C	G	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=543;ReadPosRankSum=-0.937;SC=ACAGTTATACCGCATCTTCCT;SOR=1.552;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=27;WE=78023527;WS=78023509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr14	78028803	rs2364602	A	G	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=38;PP=1412;SC=GTGATGCATGATTCAGTTCAT;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=82;WE=78028811;WS=78028793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	78036899	rs11344772	AG	A	1103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=929;ReadPosRankSum=0.928;SC=CCTGAATTTAAGAATTACTCA;SOR=0.459;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=24;WE=78036907;WS=78036889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr14	78036935	rs4903606	A	G	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=308;ReadPosRankSum=0.107;SC=AAATCATAGTATATGTGTTGT;SOR=0.743;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=20;WE=78036943;WS=78036925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr14	78140329	rs6493	G	A	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=34;PP=1454;SC=TCTTCAAGTAGCTGGCACACA;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=77;WE=78140337;WS=78140319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr14	78140355	rs6494	T	A	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=32;PP=1488;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CAGTCCTCCATAGAACAAGGC;SOR=0.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=77;WE=78140363;WS=78140345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
chr14	78141858	rs3783981	A	G	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=144;SC=ACTATAATTTATTAAAATTCC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=78141866;WS=78141852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	78170876	rs117930450	G	A	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=561;ReadPosRankSum=2.858;SC=GGTCAACCCCGGGAACCTCAA;SOR=0.859;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=32;WE=78170884;WS=78170866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,42:0.60:70
chr14	78170896	rs8021036	C	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=29;PP=834;SC=AACCTCCAAACACATTTCTTG;SOR=1.519;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=78170904;WS=78170886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr14	78174473	rs11159286	A	C	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.832;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=537;ReadPosRankSum=-0.464;SC=CTCAGCAGCGAGAGGTGCTGC;SOR=0.866;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=40;WE=78174481;WS=78174463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr14	78177115	rs76566741	T	C	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=1179;ReadPosRankSum=-0.818;SC=ACCCTGTCTTTCTACAGTCTA;SOR=0.565;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=83;TCR=73;TR=71;WE=78177123;WS=78177105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,106:0.48:220
chr14	78184566	rs176960	C	A	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=40;PP=1608;SC=CCTCAAACTGCACTGGTCCTT;SOR=0.723;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=42;TCR=40;TR=82;WE=78184574;WS=78184556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	78184661	rs17825620	T	G	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;MQRankSum=0.000;QD=25.14;ReadPosRankSum=-0.619;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr14	78186969	rs45465691	C	G	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=47;PP=1588;SC=GCATTTACATCCAAATGTAAA;SOR=1.356;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=72;WE=78186977;WS=78186959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr14	78189136	rs72687205	G	T	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=26.03;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	78189697	rs11626900	T	C	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.52;ReadPosRankSum=2.107;SOR=1.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,176:0.99:178
chr14	78221501	.	ACT	A	143	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	78221504	.	C	CAAGA	143	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	78234796	rs8015313	C	T	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=151;SC=TTTTTACAGGCATGATCAACC;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=78234804;WS=78234786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	78235834	rs72687241	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=267;ReadPosRankSum=2.181;SC=GGGATTACAGGTGTGAGCCAC;SOR=1.158;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=15;WE=78235842;WS=78235824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr14	78285461	rs3214433	GT	G	434.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=431;ReadPosRankSum=-0.431;SC=GCTACGGTAGGTTTTTCCCTT;SOR=0.769;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=15;WE=78285469;WS=78285451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr14	78288709	rs9323652	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=591;ReadPosRankSum=0.603;SC=CCTGTACTGCAAGGTTTGGGC;SOR=0.442;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=44;WE=78288717;WS=78288699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr14	78374172	rs34272020	C	T	1955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.214;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=675;ReadPosRankSum=0.267;SC=GGGACCTGTCCACGGAGCGGG;SOR=0.592;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=53;WE=78374180;WS=78374162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,96:0.56:171
chr14	78390880	rs2302944	T	C	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.840;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,87:0.48:180
chr14	78392012	rs28545798	A	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=297;ReadPosRankSum=0.127;SC=CACAGTCCTCACCGTCGTCTT;SOR=1.306;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=17;WE=78392020;WS=78392002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr14	78710044	rs11626446	G	A	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=50;PP=1953;SC=GGACCCTGTGGTGAGCGTCCC;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=78710052;WS=78710034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	78744823	rs10134857	G	A	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=428;SC=GGGTGAAGGTGGAACTAAGTG;SOR=2.215;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=78744831;WS=78744813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	78748366	rs10147289	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=164;ReadPosRankSum=-1.056;SC=TTTGAGTTTGCAGGGTTCCAA;SOR=0.582;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=15;WE=78748374;WS=78748356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,42:0.46:91
chr14	78766814	rs4903742	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=0.671;SC=AAGCTTCCACATTGTATGTTT;SOR=0.180;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=78766822;WS=78766804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	78993170	rs12882387	A	C	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=660;ReadPosRankSum=-0.440;SC=AAGAAAGGGGATTCATATTTT;SOR=0.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=45;WE=78993178;WS=78993160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,63:0.51:124
chr14	79081400	rs57416351	T	C	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=704;ReadPosRankSum=0.967;SC=CGTATTTCCATGGTTAGATTA;SOR=0.727;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=129;TCF=62;TCR=67;TR=60;WE=79081408;WS=79081390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,127:0.49:260
chr14	79081492	rs61976094	A	G	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=599;ReadPosRankSum=-1.336;SC=CATGATAATAACAATATCTTA;SOR=0.720;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=40;WE=79081500;WS=79081482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,56:0.46:121
chr14	79115721	rs67770829	AC	A	2911.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=16.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=2.016;QD=15.82;ReadPosRankSum=1.715;SOR=0.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,118:0.64:184
chr14	79181046	rs1465481	A	T	4872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=40;PP=2098;SC=TAGGTTTCTTACATTTGGTTA;SOR=1.095;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=71;TCR=41;TR=111;WE=79181054;WS=79181036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr14	79276733	rs4133797	C	A	483.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.34;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
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chr14	80993772	.	C	CT	110	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=23;MQ=63.51;NF=0;NR=5;PP=110;QD=30.6;SC=AAGGCTCTGTCTAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=80993780;WS=80993762;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr14	80993774	rs11159467	A	T	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.64;QD=23.10;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr14	81259078	rs4523859	G	A	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=615;ReadPosRankSum=-2.314;SC=ATTGAAAACCGTTCCTTAGGA;SOR=0.636;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=44;WE=81259086;WS=81259068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,48:0.49:98
chr14	81296718	rs66748940	C	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	81297385	rs7156572	G	A	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=5;PP=528;SC=TGCTCACACTGGAGTTCATAA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=81297393;WS=81297375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	81307218	rs7142753	T	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TGGATATGAGTTACACAAAAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=81307226;WS=81307208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	81558806	rs2075176	C	T	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=3.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-1.348;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,59:0.44:134
chr14	81558965	rs2241119	A	G	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=36;PP=841;ReadPosRankSum=0.533;SC=GAGTATTACCAGTTCTACTCC;SOR=0.510;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=61;WE=81558973;WS=81558955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,87:0.52:167
chr14	81562808	rs2075178	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=192;ReadPosRankSum=-0.159;SC=ACTGAGAAATATTATCTTGTT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=30;TCR=6;TR=13;WE=81562816;WS=81562799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr14	81562998	rs2075179	T	C	3805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=55;PP=1201;ReadPosRankSum=0.271;SC=TGTACAACAATGGCTTTACTT;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=102;TCR=115;TR=105;WE=81563006;WS=81562988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,193:0.53:363
chr14	81610583	rs1991517	G	C	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=37;PP=1155;ReadPosRankSum=-0.061;SC=TTACCCACGAGATGAGGCAGG;SOR=0.578;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=145;TCF=68;TCR=77;TR=74;WE=81610591;WS=81610573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,111:0.51:219
chr14	81667852	rs8019633	A	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=7;PP=453;SC=AACTTCAAGTAGTTAATATAG;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=81667860;WS=81667842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	81670558	rs8006015	A	G	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.990;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=213;ReadPosRankSum=0.574;SC=AAACTGATACAGACACAGAAA;SOR=0.870;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=20;WE=81670566;WS=81670548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr14	81676360	rs201118427	C	CT	368.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.066;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr14	81676361	.	A	AC	368.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=1.092;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr14	81676362	rs199721074	G	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.104;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr14	81676370	rs368782223	CTTTATCATACA	C	373.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.960;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr14	81676382	rs372189020	GAATGGTCCCACAAGAAATAT	G	388.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=1.287;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr14	81686938	rs145594822	A	AT	1042.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.889;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.987;QD=14.28;ReadPosRankSum=-1.845;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr14	81686978	rs113271579	GA	G	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=6;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=305;ReadPosRankSum=-0.334;SC=CAAGATTGGGGAAAAAATTTT;SOR=0.242;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=23;WE=81686986;WS=81686968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr14	81712638	rs59453808	T	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=0.833;SC=GTCCATGCTTTTAACCAGATT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=81712646;WS=81712628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	81728288	.	TA	T	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=7.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=-0.747;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr14	81743718	rs34323725	C	T	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=41;PP=1008;ReadPosRankSum=1.619;SC=CCCATGGAAACGGCACTCATG;SOR=0.607;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=139;TCF=52;TCR=87;TR=67;WE=81743726;WS=81743708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,100:0.49:203
chr14	81744736	rs3813535	A	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=673;ReadPosRankSum=0.388;SC=CTCCAAGGTGAAGCCTCAGTT;SOR=0.613;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=40;WE=81744744;WS=81744726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr14	86088056	rs10141266	T	C	4808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=60;PP=2117;SC=AGGGCGTAACTGTACTCTACC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=61;TCR=60;TR=121;WE=86088064;WS=86088046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr14	88400449	rs413750	T	C	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=22;PP=531;SC=TATCTATTACTGCAGAAATAG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=88400457;WS=88400439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	88400486	rs1042029	A	G	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=378;SC=TTAAAGAGGCATTTTTAAAAT;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=88400494;WS=88400476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	88401213	rs421262	T	C	3706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=68;PP=1711;SC=ATGCCAGAGGTGAAATGACCC;SOR=1.195;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=105;WE=88401221;WS=88401203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	88406120	rs45626938	C	T	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	88406127	rs45567441	G	C	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.36;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	88406404	rs417276	T	C	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=166;SC=GTGGGGTTCTTGAGTGGCATC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=88406412;WS=88406394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	88407716	rs34752717	T	TA	433.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=1.525;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr14	88407734	rs448805	G	C	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.27;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	88407875	rs421466	T	A	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=43;PP=1317;SC=TCTCTATGTATACATCACACT;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=73;WE=88407883;WS=88407865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	88407917	rs12432149	G	A	1979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=36;PP=1028;SC=AAAATAAAACGGTTGATTAGT;SOR=1.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=88407925;WS=88407907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	88411803	rs444902	T	C	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=7;PP=339;SC=GTTCTTGAAATAGGAGGACCA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=88411811;WS=88411793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	88411947	rs367327	T	C	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=19;PP=586;SC=CGGCAGCCCATGTAATGGGTC;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=88411955;WS=88411937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr14	88414283	rs398343	G	A	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=19;PP=597;SC=CATGTGGACAGAATAGCTTTA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=16;TCR=19;TR=35;WE=88414291;WS=88414273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	88416390	rs440426	A	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=192;SC=CTATTTATCAAGAGAAACACC;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=88416398;WS=88416380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	88416441	rs451073	C	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=166;SC=TAGGAAAACACTGTTCAAGCA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=88416449;WS=88416431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	88417095	rs11300320	GA	G	701.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=1.278;SC=TTATGACTCTGAAAAAAAAAA;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=13;WE=88417103;WS=88417085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr14	88417161	rs431748	C	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=10;PP=291;SC=AAAAGTTCAACAGTTAATGCC;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=88417169;WS=88417151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	88417244	rs443019	C	T	142.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=76;SC=GACTTTTTTACAATATAATAT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=88417252;WS=88417234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	88429690	rs17687109	A	G	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=22;PP=914;SC=CCAATAGTAAAGAAGTGAGTT;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=51;WE=88429698;WS=88429680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	88434893	rs17687364	G	A	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=38;PP=1079;SC=ACTTATATACGTATAGATTTG;SOR=1.275;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=88434901;WS=88434883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	88442582	rs76114917	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=8;PP=638;SC=TCAGGTAAGTGAATACAGGAG;SOR=1.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=88442590;WS=88442572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	88442646	rs76521220	A	G	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=27;PP=1410;SC=AAAGATAGTCAATACACAGAG;SOR=1.196;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=80;WE=88442654;WS=88442636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr14	88442712	rs34362748	C	T	6758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr14	88448451	rs17797981	A	G	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=77;SC=AAAATACGGTATTTCCAACAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=88448459;WS=88448441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	88448486	rs17797987	A	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=165;SC=TTTCTGTGTTAGGAACCATAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=88448494;WS=88448476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	88448525	rs45568734	A	G	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=217;SC=GTTAAAAACAAAAAGATACTA;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=88448533;WS=88448515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr14	88448643	rs79515863	C	T	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=16;PP=457;SC=TGTCAGAAAGCAGATTATCGT;SOR=0.823;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=88448651;WS=88448633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	88448695	rs17797993	C	A	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=12;PP=350;SC=TTATCTGATACGCCATTTTTT;SOR=1.051;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=88448703;WS=88448685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	88450639	rs17798011	G	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=1;PP=366;SC=TAGCCTCATGGCATAAAATGG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=88450647;WS=88450629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	88450928	rs77468347	C	T	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=35;PP=973;SC=ACGGTGCTGGCGCTATTGAAA;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=46;WE=88450936;WS=88450918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	88452981	rs77466023	C	T	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=30;PP=1033;SC=AAGTAATGATCCATGAATGGT;SOR=1.163;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=49;WE=88452989;WS=88452971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	88453424	rs2119703	G	A	1407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.66;ReadPosRankSum=-1.722;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,62:0.95:65
chr14	88454469	rs74337989	A	T	3695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=36;PP=1589;SC=GAGAAATCCTATCTCCCAAAT;SOR=0.904;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=86;WE=88454477;WS=88454459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	88454910	rs2289511	G	A	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	88454937	rs74689143	C	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=187;SC=ACAGTGTTCACGCACACCACC;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=88454945;WS=88454927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	88458573	rs78557856	A	G	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=17;PP=952;SC=TCCGAGTTCAACCTTAACATT;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=88458581;WS=88458563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
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chr14	88459280	rs143228205	C	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=4;PP=218;SC=GGGCTCTTGCCGCCCCCCGCG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=88459288;WS=88459270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	88459434	rs111976362	G	T	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=23;PP=925;SC=CCGCGGCGCGGCCCGCCGAAC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=53;WE=88459456;WS=88459424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	88459448	rs111887056	C	G	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=24;PP=990;SC=GCCGAACCCGCGGCCGCAGTC;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=54;WE=88459456;WS=88459424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr14	88459467	rs112992946	C	G	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=26;PP=1104;SC=TCATAGCTTTCGCTCGGCGTT;SOR=0.711;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=54;WE=88459475;WS=88459457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	88459656	rs76999174	A	G	2309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=35;PP=1567;SC=GAGTGTTGAGAAAAGAAGCAG;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=70;WE=88459664;WS=88459646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	88477413	rs6574978	C	T	6252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=68;PP=2965;SC=TTGATTATACCTGGAATAAAG;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=87;TCR=68;TR=154;WE=88477421;WS=88477403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr14	88651826	rs144490234	A	AAC	1023.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.239;NF=6;NR=25;PP=940;ReadPosRankSum=-0.956;SC=GAATATTAAAAACACACACAC;SOR=0.528;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=31;WE=88651835;WS=88651816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,58:0.35:164
chr14	88651962	rs17762463	C	T	1624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.982;NF=30;NR=31;PP=788;ReadPosRankSum=0.588;SC=TCCAACTCAGCGTGCTGCTGG;SOR=0.665;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=61;WE=88651970;WS=88651952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,82:0.52:159
chr14	88658764	rs12898054	G	C	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=515;ReadPosRankSum=0.025;SC=TCTAGGAAGAGCAAAGGAGAA;SOR=0.758;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=39;WE=88658772;WS=88658754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,58:0.43:134
chr14	88729931	rs761971	G	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=0.837;SC=GAAGAAGAGAGTTTGTTTATA;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=10;WE=88729939;WS=88729921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr14	88737193	rs1298237	T	C	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=610;ReadPosRankSum=-1.610;SC=ACATGGACCCTTGCTAACAAT;SOR=0.932;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=39;WE=88737201;WS=88737183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,72:0.51:142
chr14	88792816	rs3742690	T	G	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=22;PP=647;SC=AAGATGCCGCTCCAAGCGGTT;SOR=1.118;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=88792824;WS=88792806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	88852031	rs709886	A	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=192;SC=ACGGCCTGGCAACGGTTTCCC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=88852039;WS=88852021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	88852166	rs4904448	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.613;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=312;ReadPosRankSum=-0.146;SC=ACTAAGCATGGATGGCAGCCG;SOR=0.745;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=24;WE=88852174;WS=88852156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,36:0.51:71
chr14	88852279	rs5810413	TG	T	854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=317;SC=GGCCGCCCCTTGGGGCGCTTC;SOR=1.220;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=88852287;WS=88852269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	88895669	rs386579	T	G	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.938;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.94;ReadPosRankSum=1.573;SOR=1.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr14	88934651	rs366476	G	A	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-0.122;SC=GTGTTCCCCTGGGGAGACAGA;SOR=0.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=6;WE=88934659;WS=88934641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	88967336	rs816069	C	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=625;SC=AGTAACTATTCAGGAAGACAA;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=88967344;WS=88967326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	88983673	rs4904452	C	A	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=37;PP=963;SC=TTCAGTCGCACTAATCCCTGA;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=88983681;WS=88983663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	89063167	rs2297124	A	G	8186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=99;PP=2965;SC=GTAATGTTTCAAGTTGTACTG;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=96;TCR=99;TR=195;WE=89063175;WS=89063157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr14	89077043	rs4899956	G	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=235;ReadPosRankSum=-0.108;SC=AGCTACTCGGGAGACTGAGGC;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=15;WE=89077051;WS=89077037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr14	89087278	rs201884924	TA	T,TAA	419.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.572;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.390;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:10,22,25:0.39,0.44:57
chr14	89087801	rs941668	A	G	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=130;ReadPosRankSum=0.222;SC=AAATTTTTCTATGACTACAGG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=89087809;WS=89087791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr14	89088388	rs2983488	G	C	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=128;PP=2965;SC=CCTCCCCCTTGTCCGCCTCCA;SOR=5.174;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=150;TCF=22;TCR=128;TR=143;WE=89088396;WS=89088378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr14	89089149	rs11382327	C	CT	717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.64;MQRankSum=0.526;QD=19.94;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,35:0.97:36
chr14	89091202	rs149369776	G	GGAA	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.716;NF=3;NR=3;PP=215;ReadPosRankSum=-1.464;SC=CATATGAGGAGGAAGGTCGGA;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=6;WE=89091210;WS=89091192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
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chr14	89105287	rs1152383	T	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.541;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	89129304	rs17260373	G	C	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=252;ReadPosRankSum=-0.221;SC=CTAAACGATAGAAAGTAGGTA;SOR=0.868;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=28;WE=89129312;WS=89129294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr14	89591829	rs17777553	G	T	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.899;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=491;ReadPosRankSum=-0.436;SC=CAAGGAATAAGTATTGAGTAT;SOR=1.406;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=8;TCR=38;TR=27;WE=89591837;WS=89591819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr14	89629390	rs3742680	G	A	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=215;ReadPosRankSum=-0.627;SC=GGGGGCACCCGGCAGCCCGCC;SOR=0.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=15;WE=89629398;WS=89629380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr14	89647259	rs140257053	G	GGCAGAGAACATGCATGGA	464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.657;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=2573;ReadPosRankSum=0.206;SC=AGAGACAGAGGGCAGAGACAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=5;WE=89647267;WS=89647249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr14	89747473	rs7147341	T	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=288;ReadPosRankSum=0.460;SC=TGACACCCTTTGAAAATGCAT;SOR=0.498;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=28;WE=89747481;WS=89747463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr14	89867978	rs12147030	T	C	8204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=85;NR=85;PP=2965;SC=CCCTCTACTATAGCCACGATT;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=85;TCR=86;TR=170;WE=89867986;WS=89867968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr14	89878232	.	T	TA	62.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	89884022	rs7422	A	C	762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.208;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr14	90095445	rs100016	T	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=420;ReadPosRankSum=-0.669;SC=CAGTGTGAGATGGATCATCTC;SOR=0.845;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=37;WE=90095453;WS=90095435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,51:0.38:134
chr14	90097911	.	G	GA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.565;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr14	90263525	rs1555616	C	A	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=612;ReadPosRankSum=0.247;SC=TTAGTAGAGTCGAGTCTGCTG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=57;TCR=17;TR=39;WE=90263533;WS=90263515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,48:0.48:100
chr14	90303065	rs8021113	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=2.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr14	90303113	rs8019848	A	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.968;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=83;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CTGTAATCCCAGCACTTTGGG;SOR=0.105;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=90303121;WS=90303103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	90303383	rs8020323	A	G	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=-1.678;SC=TGCACAGGTGAGGGGTGTGCC;SOR=1.085;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=6;WE=90303391;WS=90303373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr14	90303435	rs12437204	T	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr14	90303445	rs12437206	T	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.292;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr14	90390948	rs12100727	A	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.665;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,47:0.48:98
chr14	90390968	rs12101251	T	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.113;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr14	90391072	rs11159940	T	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=-0.143;SC=GAAAATCACATGTAGACAGAG;SOR=0.901;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=15;WE=90391080;WS=90391062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr14	90397718	rs57465932	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=1.068;SC=ATGGAAGGACCCATAGCTAAC;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=6;WE=90397726;WS=90397708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr14	90398834	rs3833988	A	AT	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=-1.262;SC=CTTAAAAGTAATTTTTTTTAC;SOR=0.593;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=4;WE=90398842;WS=90398824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	90398907	rs8778	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr14	90399058	rs3752966	T	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=29;ReadPosRankSum=0.366;SC=GTAATAAATCTCACCAATAAT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=90399066;WS=90399048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr14	90420682	rs35511529	T	C	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=566;ReadPosRankSum=-0.353;SC=GCGGGAGAGATGCAGACTCAA;SOR=0.561;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=48;WE=90420690;WS=90420672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,72:0.47:152
chr14	90456188	rs2401863	G	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=-1.114;SC=CTACTATTGCGTAGAAATTTG;SOR=0.648;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=21;WE=90456196;WS=90456178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr14	90458397	.	G	GT	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr14	90528967	rs12878088	C	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.23;ReadPosRankSum=1.064;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr14	90529028	rs41286552	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=72;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TGATCAACAGGTGGTATTGCC;SOR=0.105;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=90529036;WS=90529018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	90722824	rs2277516	G	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=5;PP=225;SC=AGCACAACTTGGTCAGCGCAG;SOR=1.292;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=16;WE=90722832;WS=90722814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	90723000	rs2277515	A	G	1692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=25;PP=730;SC=GGGTCTCAGCAGCCTGAGGCG;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=90723008;WS=90722990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	90723059	rs2277514	T	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=16;PP=441;SC=TCTTCTCCTTTTGCCGGCCTG;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=90723067;WS=90723049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	90723109	rs6575119	T	G	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=283;SC=ACCGCGCTCATGTCCACCGCG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=90723117;WS=90723099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	90723152	rs3825662	A	G	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TTGCCCGGGGATCCTGGGGCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=90723160;WS=90723142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	90726676	rs11844225	G	A	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=39;PP=1131;SC=CTCTAGCTTTGTGATTCATTT;SOR=1.230;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=56;WE=90726684;WS=90726666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr14	90729931	rs8022531	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=444;SC=GGCTGCTTTGTAAATCTAGCG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=90729939;WS=90729921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	90729984	rs8015510	C	T	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=6;PP=261;SC=CTGCTTTTTTCCCTTGGCATT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=90729992;WS=90729974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	90730071	rs4811	C	T	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=11;PP=694;SC=TGGAAGAGATCATTGATGACA;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=90730079;WS=90730061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	90730265	rs2282030	G	A	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=28;PP=861;SC=TTCCTGTCCCGTGGAAGTAGA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=90730273;WS=90730255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	90731591	rs146245088	AATAAG	A	8680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=71;PP=2222;SC=TTACTGAACTAATAAGAGAGG;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=7;TCR=71;TR=78;WE=90731605;WS=90731581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr14	90736477	rs114316342	C	T	2098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=17;PP=771;SC=GGGCTGAGGCCTCTGAGCCAT;SOR=0.824;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=24;TCR=17;TR=41;WE=90736485;WS=90736467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	90740588	rs10140761	G	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=30;PP=1167;SC=TCCGTGTGGGGTGTATGTGCA;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=54;WE=90740596;WS=90740578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	90752908	rs7160304	G	T	230.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=159;SC=AGAGATGCCTGAGTGATGATA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=90752916;WS=90752898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	90756760	rs3742671	A	T	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=35;PP=1288;SC=GGTTGAAAAAAGTCAAGGGCT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=73;WE=90756768;WS=90756750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr14	90767607	rs3825661	C	T	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=28;PP=1124;SC=GCAGATCTTTCACGCTGTCGG;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=69;WE=90767615;WS=90767597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr14	90767746	rs3742669	C	A	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=29;PP=977;SC=GGGGAAGAAGCCTGGTTGATA;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=90767754;WS=90767736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	90767860	rs3742666	T	C	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=14;PP=378;SC=GATACATGTCTTGATTTAAAG;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=90767868;WS=90767850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	90768183	rs8020828	C	T	5627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=80;PP=2468;SC=CTGAACATTCCAGTTCATCTT;SOR=0.971;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=54;TCR=81;TR=134;WE=90768191;WS=90768173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr14	90769635	rs2282033	T	G	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=700;SC=TTGTGTCACCTGATATGTTTG;SOR=2.649;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=90769643;WS=90769625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	90770210	rs4904670	C	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=411;SC=AATTGCTGCACAGTCCATCAG;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=90770218;WS=90770200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	90863489	rs12886342	G	A	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=18;PP=1324;SC=CAGCAGCAGCGGCATCGGAGG;SOR=1.280;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=59;WE=90863497;WS=90863479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	90863777	rs117049774	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=362;ReadPosRankSum=0.107;SC=TCATTTATTGGTTCCCCTTGG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=18;WE=90863785;WS=90863767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr14	90865283	rs2300497	T	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=10;PP=495;SC=CACTTAAGAGTATAAACTTCA;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=90865291;WS=90865273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	90865462	rs2300498	C	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	91007618	rs1294572	T	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=441;SC=GGCCTCAGTGTGGCAGATTCA;SOR=2.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=91007626;WS=91007608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	91068663	rs61987022	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=0.549;SC=ATGGACTGTCGTCCAAATATA;SOR=0.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=6;WE=91068671;WS=91068653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	91071925	rs78244935	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-1.557;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr14	91084338	rs754247	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.347;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr14	91110601	.	G	GCACA	203	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=7;PP=203;QD=29.7142857143;SC=ACATGCACACGCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=91110609;WS=91110591;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,7:0.58:12
chr14	91113537	rs1286422	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=213;ReadPosRankSum=0.324;SC=CATGTAAACCATTTCCCTCTT;SOR=0.743;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=8;WE=91113557;WS=91113527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
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chr14	91146670	rs12147094	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=117;ReadPosRankSum=-2.308;SC=TCTTTTTAAACCTCTACTGTT;SOR=0.223;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=9;WE=91146678;WS=91146660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr14	91156151	rs942738	G	A	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=32;PP=855;SC=ATCACATTGTGCTAAGCACTA;SOR=2.110;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=43;WE=91156159;WS=91156141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	91161862	rs10146731	C	T	3135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=32;PP=1292;SC=GGTTTTGAGTCGTTCTTGTTT;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=91161870;WS=91161852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr14	91162063	rs12893100	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.330;SC=CATGCCTAGCCATCTTTGGTT;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=91162071;WS=91162053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr14	91165572	rs1749699	G	A	6177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=76;PP=2563;SC=GTCCCTCTGTGATCAAACCAA;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=65;TCR=77;TR=140;WE=91165580;WS=91165562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr14	91165606	rs1742100	G	A	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=928;ReadPosRankSum=-1.745;SC=ATGGGAAGAAGGCCAGAGCTC;SOR=0.513;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=118;TCF=48;TCR=70;TR=63;WE=91165614;WS=91165596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,97:0.53:182
chr14	91196317	rs10135495	T	C	104.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=78;SC=GTAGTTCATATTTAAAATTCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=91196325;WS=91196312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	91365646	rs11380703	G	GA	809.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.803;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.972;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,61:0.69:88
chr14	91409615	rs111743702	A	AT	178.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr14	91592748	rs57615276	C	CTTCTT	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=466;ReadPosRankSum=1.339;SC=ATGTCTGTGCCTTCTTATAAT;SOR=0.502;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=9;WE=91592756;WS=91592738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr14	91626761	.	TAA	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.242;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	91636395	rs4900071	C	T	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=6;PP=249;SC=CCTGCACCGGCAGCCTGGCTT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=91636403;WS=91636385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	91636532	rs4900072	C	T	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=18;PP=679;SC=CACAGCCAGGCGGGTGCATAC;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=91636540;WS=91636522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr14	91639611	rs11340262	AT	A	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=2.240;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,46:0.28:162
chr14	91662663	rs2295526	A	G	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=459;ReadPosRankSum=-1.681;SC=GCCAACGTGAATTTCCAAAAG;SOR=0.598;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=38;WE=91662671;WS=91662653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,70:0.49:144
chr14	91681623	rs11622036	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=83;ReadPosRankSum=0.286;SC=TTCTAGCAAGCTCCCAGATGA;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=91681631;WS=91681613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	91681888	rs34424078	G	A	3226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=55;PP=1194;ReadPosRankSum=1.002;SC=AGGCCCTCCCGTCGGTCATTA;SOR=0.812;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=175;TCF=76;TCR=99;TR=92;WE=91681896;WS=91681878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,164:0.52:314
chr14	91739081	rs941920	A	G	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=295;ReadPosRankSum=0.133;SC=GGCCCGGCCGAGGTGGGGAGC;SOR=0.805;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=22;WE=91739089;WS=91739071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr14	91751788	rs11341843	TC	T	3001.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=39;PP=1415;ReadPosRankSum=-0.262;SC=ATCCTGAGGCTCCCCCTAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=93;TCF=20;TCR=73;TR=47;WE=91751796;WS=91751778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,115:0.49:235
chr14	91755603	rs146028766	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.385;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,51:0.41:124
chr14	91763637	rs3742656	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=379;ReadPosRankSum=0.699;SC=GCTCCCCTGGCGCTGGCCTCA;SOR=1.154;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=25;WE=91763645;WS=91763627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr14	91773568	rs1970912	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.618;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=-0.116;SC=ACTCCTTCTTTAGCTACAGGT;SOR=1.255;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=13;WE=91773576;WS=91773558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr14	91776434	rs2277507	G	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=270;ReadPosRankSum=-0.734;SC=CCCGGGCCACGGCTGCCTCCG;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=16;WE=91776442;WS=91776424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr14	91780282	rs78468999	C	G	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.085;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=984;ReadPosRankSum=-1.273;SC=CCCGCTCCCCCTTCTCCTTGG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=70;TCR=69;TR=66;WE=91780290;WS=91780272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,93:0.46:202
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chr14	91883129	rs45437097	G	A	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=2.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.454;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,101:0.52:193
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chr14	91883967	rs3742654	G	T	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=497;ReadPosRankSum=-1.509;SC=GGAGCCAGGCGCACTCACCCA;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=38;WE=91883975;WS=91883957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,72:0.55:132
chr14	91925027	rs10135595	G	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=368;ReadPosRankSum=0.978;SC=ACTGCGCTTTGTTGTGGATTT;SOR=0.937;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=24;WE=91925035;WS=91925017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr14	91927717	rs8006817	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=109;ReadPosRankSum=1.198;SC=TGGGAGTCAAGAATGTACCTT;SOR=0.732;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=9;WE=91927725;WS=91927707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr14	91928933	rs4904784	T	C	276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=2;PP=173;SC=AACATTTATGTTGACCCTTAC;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=91928941;WS=91928923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	91928992	rs5020186	T	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=243;ReadPosRankSum=0.743;SC=CTGTTCCTTGTCAAGCCAAAT;SOR=0.619;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=16;WE=91929000;WS=91928982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr14	91929281	rs61490765	CTTAAT	C	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.25;ReadPosRankSum=0.792;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr14	91937143	rs10873409	G	A	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.314;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=217;ReadPosRankSum=0.486;SC=ATACCAACATGTCAATATACA;SOR=1.508;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=16;WE=91937151;WS=91937133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr14	91942318	rs139615837	C	CA	822.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.071;HP=7;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.034;NF=1;NR=20;PP=555;ReadPosRankSum=-2.571;SC=GCCCTGCAGACAAAAAACATT;SOR=1.180;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=1;TCR=40;TR=21;WE=91942326;WS=91942308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr14	91942342	rs10145724	T	A	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=30;PP=793;SC=TTTTCCTGTATTTATAAAAAT;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=91942350;WS=91942332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	91942407	rs10145809	T	G	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=452;SC=TGAAAAAACTTCAATGTAAAA;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=91942415;WS=91942397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	91943185	rs147432318	C	T	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.88;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr14	91948643	rs6575195	G	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=18;PP=471;SC=ACCTATAATGGTCATTTTCAA;SOR=5.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=91948651;WS=91948633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	92040589	rs34650717	TC	T	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=251;ReadPosRankSum=1.031;SC=CTCGGGCGCCTCCGCCCCGCG;SOR=0.340;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=9;WE=92040597;WS=92040579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr14	92041075	rs1704614	C	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=329;SC=GCAGTGCCTACAGAGATCTGG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=92041083;WS=92041065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	92053395	rs2295789	G	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=475;ReadPosRankSum=-0.605;SC=ACTACTGACAGGGTCAATGCT;SOR=0.301;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=99;TCF=72;TCR=27;TR=44;WE=92053403;WS=92053385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,54:0.48:113
chr14	92058445	rs1285637	G	A	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=31;PP=856;SC=TGAAGAAGTGGAATTCCTGAG;SOR=1.659;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=44;WE=92058453;WS=92058435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	92074545	rs1743159	T	A	414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=216;SC=AGCTTCACCTTCTCATTTAAC;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=92074553;WS=92074535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	92074856	rs1743158	C	A	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=47;SC=CAATTTTTAGCTACAGGTATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=92074864;WS=92074846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	92084004	rs1620238	C	G	1850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	92088016	rs1296082	G	A	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=14;PP=973;SC=TGTATTTCACGATGTTGAGGG;SOR=1.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=92088024;WS=92088006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr14	92102759	rs17127484	A	G	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.042;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=257;ReadPosRankSum=-0.720;SC=AAATAAATGCATATCACTACC;SOR=0.951;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=21;WE=92102767;WS=92102749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr14	92105643	rs1704630	G	A	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=1.852;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr14	92126456	rs200431786	TCTCTCA	T	181.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr14	92126460	rs1704673	T	A	210.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.442;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr14	92140428	rs1285655	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=1.166;SC=CTTTCAGTCTGTAGAATTGCC;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=9;WE=92140436;WS=92140418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr14	92150089	rs10139470	G	T	95.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.97;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
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chr14	92189366	rs17127513	T	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=124;ReadPosRankSum=0.320;SC=TAATAACATATCACAGAGTAA;SOR=0.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=10;WE=92189374;WS=92189356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	92189548	.	GA	G	163.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=-2.118;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
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chr14	92264080	rs71120197	TA	T	639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=5.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=1.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr14	92268531	rs10498631	C	T	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=90;ReadPosRankSum=0.727;SC=ATTCCCATATCTTACATTTGA;SOR=0.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=92268539;WS=92268521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr14	92268615	rs2402073	T	G	2974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	92280037	rs10134181	T	C	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.376;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr14	92336775	rs929608	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=257;SC=GCCTGCATGGTGGCCCTGCAG;SOR=5.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=92336783;WS=92336765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	92343764	rs2430341	C	T	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr14	92344244	rs2430342	T	C	2842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=44;PP=1083;ReadPosRankSum=-1.058;SC=ACCAACCAGATGTTCTGGCTA;SOR=0.633;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=84;WE=92344252;WS=92344234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,138:0.56:247
chr14	92344300	rs2498847	A	G	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=976;ReadPosRankSum=0.049;SC=AGAACATTAGAACATTCTCCA;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=34;TCR=62;TR=58;WE=92344308;WS=92344290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,79:0.62:127
chr14	92347680	rs2430347	A	G	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=44;PP=1564;SC=GGATGGGGTCAATGCATTTGA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=92347688;WS=92347670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	92403660	rs2474028	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=1.139;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr14	92420625	.	AT	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=1.984;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=-1.143;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr14	92420861	rs2430336	C	T	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=109;SC=CCTCAAGCAACCCTCTCACCT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=92420869;WS=92420851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	92441066	rs1051340	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.946;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr14	92454748	rs2273184	A	T	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=130;ReadPosRankSum=-1.580;SC=AAACTTTATTAAAAAAAAGTA;SOR=0.752;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=13;WE=92454756;WS=92454738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr14	92460098	rs2273185	C	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=0.049;SC=AAAGACTCTACAAGTAACTGT;SOR=0.783;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=6;WE=92460106;WS=92460088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr14	92473943	rs3818095	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=222;ReadPosRankSum=1.332;SC=TTAGTTTACTTAGTAGAATGT;SOR=0.250;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=14;WE=92473951;WS=92473933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr14	92477168	rs2277526	A	G	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=13;PP=1481;SC=TCTGAACTTTACCCAGGTACT;SOR=2.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=67;TCF=54;TCR=13;TR=66;WE=92477176;WS=92477158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	92491843	rs1555210	C	T	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=5;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=145;ReadPosRankSum=-0.773;SC=TTATGAAAAACGTACTGCTTT;SOR=0.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=6;WE=92491861;WS=92491833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr14	92491853	rs2295171	T	C	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=8;PP=435;ReadPosRankSum=-0.072;SC=CGTACTGCTTTCCCCCCCCAA;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=11;WE=92491861;WS=92491833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr14	92537105	rs7158238	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.208;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.205;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	92537163	rs3092822	T	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.113;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=425;ReadPosRankSum=-1.438;SC=TTACTTAAGATTCTTAATATG;SOR=1.109;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=32;TCR=20;TR=25;WE=92537171;WS=92537153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr14	92537223	rs7158733	G	T	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,84:0.52:160
chr14	92537353	.	C	CG	1548.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=3.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.82;MQRankSum=-0.123;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,58:0.43:136
chr14	92537354	.	C	CTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG	3978.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=63.87;QD=35.52;SOR=1.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,57,55:0.51,0.49:112
chr14	92546144	rs2003721	T	C	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=0.201;SC=TGCAATGGCGTTATCTCAGCT;SOR=0.223;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=12;WE=92546152;WS=92546134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr14	92547145	rs761551	G	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=24;ReadPosRankSum=-0.214;SC=CTCCCAAACTGCTAGCATCAC;SOR=0.883;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=4;WE=92547153;WS=92547135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr14	92547176	rs761552	G	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.050;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=116;ReadPosRankSum=0.372;SC=CACCGTGCCCGTCCTATTTGC;SOR=2.833;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=8;WE=92547184;WS=92547166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr14	92547425	rs761553	C	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.839;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
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chr14	92548896	rs10146519	A	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr14	92549586	rs16999141	G	A	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr14	92549632	rs12590497	C	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=300;ReadPosRankSum=0.449;SC=ATCAACCTAACCAGTTAGTAA;SOR=0.935;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=22;WE=92549640;WS=92549622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr14	92555199	rs8003041	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=-0.585;SC=TAGTGTATATTATAGGTAATA;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=22;WE=92555207;WS=92555189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr14	92559411	rs11340209	AT	A	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=0.649;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr14	92560008	rs1997920	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=46;ReadPosRankSum=-1.150;SC=TATTCAAAATGTATTTCTCTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=4;WE=92560016;WS=92559998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr14	92560311	rs2402108	A	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=11;PP=280;ReadPosRankSum=0.619;SC=TTTTTGTGACAGAGTCTTGCT;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=92560319;WS=92560301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr14	92562277	rs17847278	C	T	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=179;ReadPosRankSum=-0.524;SC=CAGAACGAGACTCTGTCTCAA;SOR=1.194;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=13;WE=92562296;WS=92562267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr14	92562568	rs12147767	T	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=344;ReadPosRankSum=-0.334;SC=TTTAAAACAATATCTTGTGCA;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=24;WE=92562576;WS=92562558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr14	92563254	.	AT	A	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.548;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.449;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr14	92588155	rs34343740	AT	A	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=10.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.188;SOR=2.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr14	92792255	rs941646	G	A	3662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=61;PP=1829;SC=TGCCAGACACGTGGAGAAATA;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=103;WE=92792263;WS=92792245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	92792432	rs941645	T	C	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=366;SC=GTTTATGGACTTGAGTGGGAA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=92792440;WS=92792422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	92909073	rs941650	T	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=2.376;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,69:0.43:159
chr14	92920371	rs7144273	C	T	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=31;PP=1351;SC=AGTTTGGACCCAGGACCCGAC;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=40;TCR=31;TR=71;WE=92920379;WS=92920361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr14	92922713	rs7158400	T	C	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=18;PP=883;SC=CTTTATCACATGCCTTGGTGT;SOR=1.473;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=38;TCR=18;TR=55;WE=92922721;WS=92922703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	92950048	rs35769213	CCTT	C	2397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=15;PP=1150;SC=TAATGGGGTCCCTTCTTCTCC;SOR=1.262;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=25;WE=92950058;WS=92950038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	92952958	rs61977319	T	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=485;ReadPosRankSum=-0.471;SC=AATATTTCTTTAGTCCACACA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=32;WE=92952966;WS=92952948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
chr14	92958522	rs45587635	A	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=302;ReadPosRankSum=0.484;SC=TTTCCAGGTGAAGATCAACAG;SOR=0.453;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=19;WE=92958530;WS=92958512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr14	92959216	rs11623883	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=219;ReadPosRankSum=1.482;SC=AGCCTTGATCGAGGGACAAGG;SOR=0.709;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=14;WE=92959224;WS=92959206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr14	92960025	rs4904942	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=27;PP=764;SC=ACACTGGCGTTCTCCTCTCCC;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=92960033;WS=92960015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	92980553	rs71430764	C	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=397;ReadPosRankSum=-0.800;SC=CCAGGCATTTCACTGGGAACC;SOR=0.787;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=24;WE=92980561;WS=92980543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr14	92981606	rs55930890	C	G	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=485;ReadPosRankSum=0.198;SC=TGGGGAAGAGCCCCCCAACCC;SOR=0.722;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=33;WE=92981614;WS=92981596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,54:0.47:114
chr14	93118038	rs3829947	A	G	5693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=58;PP=2355;ReadPosRankSum=-1.253;SC=CCCACAGCCCATGACGCAAAC;SOR=0.884;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=134;WE=93118046;WS=93118028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,226:0.99:228
chr14	93125415	rs2295991	G	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=312;ReadPosRankSum=2.608;SC=GGGGCCAGGGGATGGGGATGG;SOR=0.799;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=52;TCF=41;TCR=11;TR=17;WE=93125423;WS=93125405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr14	93142651	rs733447	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=194;ReadPosRankSum=0.466;SC=CTCCTGAGGAGGCTGCTCCCT;SOR=0.610;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=10;WE=93142659;WS=93142646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
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chr14	93170741	rs2250672	T	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=386;ReadPosRankSum=0.271;SC=TGGTGAACCGTGTCAACTCTG;SOR=0.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=31;WE=93170749;WS=93170731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,48:0.44:110
chr14	93170901	rs2402189	A	C	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=24;SC=AGAAGTGAAAATGCCCACTTG;SOR=1.259;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=93170909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
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chr14	93178191	rs1951708	A	G	12658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=140;NR=159;PP=2965;SC=CCACGTCCGAATCTTCCATCC;SOR=0.769;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=140;TCR=160;TR=299;WE=93178199;WS=93178181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr14	93183565	rs2295987	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=236;ReadPosRankSum=1.855;SC=TTTCAAAACTCTCATAATTTA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=11;WE=93183573;WS=93183555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr14	93185297	rs78143291	C	CCT	629.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.915;NF=2;NR=13;PP=609;ReadPosRankSum=1.084;SC=TGAATCATCCCGTCGGTCAGG;SOR=0.784;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=15;WE=93185305;WS=93185287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr14	93199203	rs1613441	T	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=595;ReadPosRankSum=2.742;SC=CAACAAGAACTGATAAACATT;SOR=0.615;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=35;WE=93199211;WS=93199193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,44:0.52:85
chr14	93263982	rs17128572	C	G	1786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.182;SC=TCATCAGCAGCTGATAACATT;SOR=0.562;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=137;TCF=73;TCR=64;TR=72;WE=93263990;WS=93263972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,86:0.51:170
chr14	93275841	rs17128583	A	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=346;ReadPosRankSum=1.032;SC=AAGCATTAGAAGCCTTACAGA;SOR=1.244;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=23;WE=93275849;WS=93275831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr14	93276654	rs1040835	T	C	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.683;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=309;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TCTGCAGACTTTTCAGGAGAG;SOR=0.774;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=22;WE=93276662;WS=93276644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr14	93276806	rs1040833	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr14	93286047	rs17128593	C	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=260;ReadPosRankSum=0.345;SC=AGCTTTTTCTCTTTAGGATAT;SOR=0.661;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=23;WE=93286055;WS=93286037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr14	93286291	rs10716250	AC	A	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=281;ReadPosRankSum=1.424;SC=GCTTAGGGTTACCCCACAAGT;SOR=0.646;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=10;WE=93286299;WS=93286281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr14	93290723	rs3818256	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=210;ReadPosRankSum=1.931;SC=TATTCACTTAATTATATACTC;SOR=0.412;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=16;WE=93290731;WS=93290713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr14	93290856	rs2273646	T	C	3211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.377;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,84:0.48:175
chr14	93290859	rs2273645	C	T	3214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.80;ReadPosRankSum=1.094;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,83:0.49:171
chr14	93291084	rs2273644	C	G	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	93303604	rs4904994	C	T	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=260;ReadPosRankSum=0.355;SC=AATTGTTCTTCTGTGGTAGCC;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=17;WE=93303612;WS=93303594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr14	93303850	rs113573267	T	TG	1345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.70;ReadPosRankSum=-0.528;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr14	93303854	rs74598769	T	C	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.82;ReadPosRankSum=-0.574;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr14	93303855	rs34061602	G	T	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.82;ReadPosRankSum=-0.573;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr14	93389403	rs7159323	A	C	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.959;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr14	93389435	rs9658638	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr14	93392834	rs7146118	C	A	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=409;ReadPosRankSum=0.600;SC=GGATCATGGACTCCCAAAGAC;SOR=0.768;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=29;WE=93392842;WS=93392824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,38:0.44:87
chr14	93397758	rs145227561	AGAG	A	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=1.129;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,14:0.10:138
chr14	93399101	rs729940	C	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.92;ReadPosRankSum=-2.679;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,62:0.59:105
chr14	93401178	rs941581	A	G	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=644;ReadPosRankSum=1.138;SC=CGGCCATTGAAGCAGAGCTGG;SOR=0.626;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=48;WE=93401186;WS=93401168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,81:0.52:156
chr14	93401316	rs7610	T	C	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=-0.535;SC=ATGGCCCGGATGCTGCTTCCG;SOR=0.877;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=5;WE=93401324;WS=93401306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr14	93404674	rs6575304	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=1.198;SC=TCAGCAGTTGTGGCCAGTGGC;SOR=1.112;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=93404682;WS=93404664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr14	93406954	rs45585434	C	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.935;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAGGCTCCCGCGCCTATCCTC;SOR=0.191;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=12;WE=93406962;WS=93406944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr14	93407062	rs1043542	A	G	1691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=596;ReadPosRankSum=0.103;SC=CACTAGAGACAAGGGGGTGGA;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=49;TCR=34;TR=47;WE=93407070;WS=93407052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,87:0.56:155
chr14	93407248	rs11446	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.413;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=195;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TGGGGGGCCCAGAGGACGCCC;SOR=0.078;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=19;WE=93407256;WS=93407238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,23:0.50:46
chr14	93407301	rs13316	C	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=-1.670;SC=CAGCCCAGACCCCAGCGCGGA;SOR=1.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=93407309;WS=93407291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr14	93649501	rs1046099	A	G	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=107;ReadPosRankSum=0.058;SC=TGCTCTACTCATTGCCATATC;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=9;WE=93649509;WS=93649491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr14	93681742	rs3783901	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=1.239;SC=TAAAATAGTATATGTTCTGGC;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=13;WE=93681750;WS=93681732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr14	93684814	rs10132640	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=0.456;SC=TGGGATTTTATTGTCCGTTAG;SOR=2.303;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=93684822;WS=93684805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr14	93693422	rs2905	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=584;ReadPosRankSum=-0.373;SC=AATGAAAATGCGCTTCCCATT;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=41;WE=93693430;WS=93693412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,53:0.39:135
chr14	93712644	rs139992045	TAA	T	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.978;QD=12.95;ReadPosRankSum=-2.212;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr14	93720181	rs8012209	T	C	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=1.698;SC=TGTAGTACTATAATACTACTA;SOR=0.368;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=4;WE=93720189;WS=93720171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr14	93760476	rs138673267	C	T	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=557;ReadPosRankSum=-2.647;SC=TTCACCAGTTCGTATCCTCCT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=40;WE=93760484;WS=93760466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,59:0.51:115
chr14	93762162	rs2273639	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=68;ReadPosRankSum=1.892;SC=ACAAACCAGACTTAAGATTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=5;WE=93762170;WS=93762152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr14	93799221	rs2273640	G	A	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=717;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CGTCGCCTCCGCCGCCGCCGC;SOR=0.878;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=128;TCF=50;TCR=78;TR=60;WE=93799229;WS=93799211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,78:0.47:167
chr14	93799284	rs146686071	ACCG	A	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.506;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=441;ReadPosRankSum=-1.353;SC=TCCTCCTCCCACCGCCGCCGC;SOR=2.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=11;WE=93799294;WS=93799274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr14	93814493	rs58621064	A	G	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=42;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.191;SC=AACAGCTGTTAACGTCCAAAA;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=53;TCR=76;TR=69;WE=93814507;WS=93814483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,92:0.47:196
chr14	93943998	rs61992606	G	A	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=421;ReadPosRankSum=1.464;SC=TGATATCAACGTTGGCTACCT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=35;TCR=42;TR=34;WE=93944006;WS=93943988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,56:0.41:135
chr14	93953907	rs33942732	A	AT	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=149;ReadPosRankSum=-0.066;SC=TATTGGAGCTATTTTTTTTTT;SOR=0.770;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=12;WE=93953915;WS=93953897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr14	93954192	rs12884458	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=298;ReadPosRankSum=-2.945;SC=CATGTGAGAACGTCATCATCA;SOR=0.380;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=18;WE=93954200;WS=93954182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr14	93962691	rs8006093	G	A	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=2;PP=49;SC=TCTTATATATGTATATCAAAG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=93962699;WS=93962681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	93963402	rs6575337	A	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr14	93998806	rs942068	C	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=309;ReadPosRankSum=-0.071;SC=ACAGAGTGAGCCACTGTCTCA;SOR=0.755;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=20;WE=93998814;WS=93998796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr14	94004314	rs60388385	T	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=545;ReadPosRankSum=-0.871;SC=TTTTAATTGATTTCACTTTCT;SOR=0.614;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=34;WE=94004322;WS=94004304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr14	94008753	rs12893237	A	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=160;ReadPosRankSum=0.607;SC=TAATGCACCTATAATAATTTT;SOR=0.489;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=15;WE=94008761;WS=94008743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr14	94245452	rs34914817	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=66;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CCTCGGCCACACTCAGTGGAT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=4;WE=94245460;WS=94245442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr14	94245649	rs4905087	A	G	3173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.03;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,83:0.47:176
chr14	94245652	rs4900195	C	T	3194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.55;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,87:0.48:182
chr14	94391699	rs10141024	G	A	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=32;PP=984;SC=GGAGAAAAGGGCGAGCACAGC;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=59;WE=94391707;WS=94391689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	94400906	rs12370	G	A	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=2;PP=102;SC=CTGCAGCCTCGTCTGTCACCA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=94400914;WS=94400900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	94403973	rs56003871	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=10;PP=548;SC=AACAGTCGCACTCCCTGAGGC;SOR=1.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=94403981;WS=94403963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr14	94404217	rs34365480	G	C	2695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=40;PP=1285;SC=AACATGCCGGGACCAAGAAGT;SOR=1.261;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=94404225;WS=94404207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	94405871	rs10873442	G	C	3529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=53;PP=1736;SC=CGCGCTCGGGGGCCAGCGGCG;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=94405879;WS=94405861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	94406096	rs7155320	A	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=7;PP=133;SC=CCAGCAGGAGAGCTCGGGCGC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=94406104;WS=94406086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	94410275	rs35894364	CA	C	1747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=19;PP=941;SC=TAAAATACAGCAAAAGTGTTA;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=94410283;WS=94410265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	94410447	rs10134105	T	C	664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=15;PP=385;SC=CTTAGACACCTTGAAGCCTCA;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=94410455;WS=94410437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	94414452	rs12888439	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=414;SC=CACCTACTACGTGCTGAACAT;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=94414460;WS=94414442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	94417541	rs4277287	A	G	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=38;PP=1086;SC=TGGTGTCTGCATTGTGCTGCA;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=94417549;WS=94417531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	94419665	rs68087715	G	T	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr14	94419888	rs4243701	A	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=321;SC=CATGTAGGAGAAAGATACTCA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=94419896;WS=94419878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	94464432	rs733166	A	G	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=46;PP=1856;SC=ATCCTGCCTGACTCACGGGTC;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=103;WE=94464440;WS=94464422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr14	94465789	rs8013933	T	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=1.593;SC=CCTAAGTCTATGGCCAACTGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=5;WE=94465797;WS=94465784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	94466081	rs4905137	C	G	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=0.452;SC=ACTGCGACACCGTGTGTGGCC;SOR=0.804;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=11;WE=94466089;WS=94466071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr14	94469794	rs75333263	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=611;ReadPosRankSum=-0.401;SC=CAGACACATACGCACGCAGAC;SOR=0.804;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=24;WE=94469809;WS=94469784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr14	94469801	rs12890024	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=593;ReadPosRankSum=-0.132;SC=ATACGCACGCAGACACACACA;SOR=0.399;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=17;WE=94469809;WS=94469784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr14	94475182	rs78569439	A	G	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=185;ReadPosRankSum=-0.942;SC=TGCAGGCCCCATGGCATCACG;SOR=0.157;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=14;WE=94475190;WS=94475172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr14	94503578	rs10138711	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=103;ReadPosRankSum=2.926;SC=GGGCGTCTAGGATGCTGGTAA;SOR=1.123;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=10;WE=94503586;WS=94503568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr14	94505283	rs2295216	C	G	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.491;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,100:0.53:189
chr14	94510964	rs2273226	T	C	4569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=39;PP=1777;SC=TAGAGAAGGATGGCTCAGTGT;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=104;WE=94510972;WS=94510954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr14	94512415	rs8021300	T	C	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=20;PP=547;SC=ACGAGGCCTATCCACTATGGA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=20;WE=94512423;WS=94512405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	94517533	rs112814907	C	CCACGG	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=296;SC=ACACACTTGACCAGTTAATTT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=94517541;WS=94517523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	94519199	rs3790045	C	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	94524216	rs1056810	T	C	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=32;PP=810;SC=GACCCCGAGCTGCCACATCTG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=51;WE=94524224;WS=94524206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	94527525	rs11846519	C	T	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=710;SC=AGTGTAATGCCCTAGAGCATT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=94527533;WS=94527515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	94582130	rs3833507	T	TGGCCATGGC	3658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=20;PP=2965;SC=CCTGCAGTTGTGGCTGTGCCC;SOR=1.734;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=43;WE=94582138;WS=94582120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	94594768	rs958187	T	G	3159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=21;PP=2096;SC=TCACGGAACTTCAGGGTGAGA;SOR=2.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=75;TCR=21;TR=96;WE=94594776;WS=94594758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr14	94700138	rs4905172	C	G	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=456;SC=TTATTACATTCGTTTAAAATG;SOR=2.165;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=94700146;WS=94700128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr14	94700838	rs10139110	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.306;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=170;ReadPosRankSum=0.437;SC=ATGATAATTGTTTGGGAATAT;SOR=2.093;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=10;WE=94700846;WS=94700828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
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chr14	94776221	rs2228541	A	C	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=64;PP=2117;SC=GGGAGCTCCGAGTCATGAAGG;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=65;TCR=64;TR=129;WE=94776229;WS=94776211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr14	94776401	rs11160168	T	C	1216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=27;PP=801;SC=TTCCAGGTGATCTCACGGGCC;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=94776409;WS=94776391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	94776441	rs11160169	C	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=21;PP=554;SC=TGGCCTTCTGCATGCTTGGAA;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=94776449;WS=94776431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	94831028	rs34362280	G	C	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=-1.739;SC=ACTTCCCTCTGCTTCAGCTTT;SOR=0.160;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=10;WE=94831036;WS=94831018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr14	94832647	rs149961411	AG	A	1543.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.728;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.000;NF=12;NR=14;PP=806;ReadPosRankSum=1.220;SC=TGGCCTGCTGAGGGCTTGGAG;SOR=0.844;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=26;WE=94832655;WS=94832637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,54:0.51:106
chr14	94832796	rs4592582	G	A	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.044;NF=34;NR=38;PP=1132;ReadPosRankSum=0.246;SC=CGCTTGTTGGGGTGACTAAGA;SOR=0.578;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=72;WE=94832804;WS=94832786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,89:0.48:184
chr14	94833033	rs1956172	T	C	4728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=64;PP=2277;SC=CAGAGAATGGTATTGTCCTGC;SOR=1.114;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=33;TCR=64;TR=97;WE=94833041;WS=94833023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr14	94844843	rs1303	T	G	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.510;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,57:0.49:117
chr14	94849151	rs20546	G	A	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=531;ReadPosRankSum=-0.983;SC=CTGAGGAACAGGCCATTGCCG;SOR=0.782;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=35;WE=94849159;WS=94849141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,57:0.42:136
chr14	94909630	rs3818257	C	T	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.878;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=320;ReadPosRankSum=-0.839;SC=CTCTGTCTGTCGGCAGCCTGA;SOR=0.852;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=24;WE=94909638;WS=94909620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr14	94912799	rs12888805	G	A	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=227;ReadPosRankSum=-0.535;SC=TCTGGAGGACGGTGCAAGCCA;SOR=0.843;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=20;WE=94912807;WS=94912789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr14	94912896	rs1885137	T	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=397;ReadPosRankSum=0.907;SC=AAAGAAACTTTCCTGCTTCTG;SOR=0.845;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=26;WE=94912904;WS=94912886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr14	94914455	rs10129672	A	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=153;ReadPosRankSum=-0.918;SC=TAATTCTGTCAGAGCAAGCCT;SOR=0.120;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=94914463;WS=94914445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	94929541	rs2224418	G	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.923;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=0.359;SC=AGTAAGAGGGGCCATCCTTCG;SOR=0.955;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=20;WE=94929549;WS=94929531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr14	94930956	rs12891900	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.647;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-0.453;SC=CAGGCCTCTGTTTCCTTATCA;SOR=2.437;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=94930964;WS=94930946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr14	94930980	rs11628686	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.140;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=105;ReadPosRankSum=-0.367;SC=AAATAAGAGCATGTGATTAAT;SOR=1.781;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=10;WE=94930988;WS=94930970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr14	94931016	rs8020984	T	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=308;ReadPosRankSum=-0.298;SC=AGCTTGGACTTTTTTGCAAAT;SOR=0.975;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=22;WE=94931024;WS=94931006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr14	94931105	rs11628722	A	G	1347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=750;ReadPosRankSum=1.094;SC=TTTGTCAAAGACATTTTGGAT;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=51;WE=94931113;WS=94931095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,70:0.42:165
chr14	94933709	rs6575433	C	T	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=433;ReadPosRankSum=-0.993;SC=GAAAGGGCTTCTCCCACTTGG;SOR=0.706;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=33;WE=94933717;WS=94933699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,54:0.45:120
chr14	94935901	rs12879019	G	C	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,92:0.51:182
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chr14	95033275	rs1005348	T	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr14	95033356	rs5510	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=1.314;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,54:0.44:122
chr14	95033595	rs5511	A	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=239;ReadPosRankSum=0.107;SC=TCAGTGTGCTATGGGGGCTGA;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=19;WE=95033603;WS=95033585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
chr14	95033671	rs3827893	A	T	225.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.23;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	95033671	.	ACACCAAATTA	TCACCAAATTA,TCACCAAATTG	32	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1,1;NR=9,4;PP=30,32;QD=6.47712125472;SC=TAGAGAGTGAACACCAAATTA;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10,5;WE=95033689;WS=95033661;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:10
chr14	95033681	rs10133253	A	G	225.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.23;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	95034342	rs2070777	T	A	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=12;PP=773;SC=GAGCCGAAGCTGTTTGTGGGG;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=95034350;WS=95034332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	95058642	rs2070005	A	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr14	95078677	rs1884082	G	T	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=447;ReadPosRankSum=0.990;SC=TCCCAAGCAGGGGGAGGAGTT;SOR=0.752;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=31;WE=95078685;WS=95078667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr14	95080803	rs4934	G	A	1091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=561;ReadPosRankSum=-0.570;SC=ACCTCTCCTGGCTCTGGGGCT;SOR=0.485;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=41;WE=95080811;WS=95080793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr14	95107359	rs72696806	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=333;ReadPosRankSum=0.269;SC=GTGAATCGCCCGAGGTCATAG;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=22;WE=95107367;WS=95107349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr14	95109833	rs17826595	G	A	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=680;ReadPosRankSum=-3.561;SC=TTTGACTCACGTGCCACCAGC;SOR=0.698;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=109;TCF=61;TCR=48;TR=50;WE=95109841;WS=95109823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,103:0.49:210
chr14	95110017	rs1884084	G	T	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=431;ReadPosRankSum=0.961;SC=AGATGAGGCAGCTGGAAGATG;SOR=0.993;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=25;WE=95110025;WS=95110007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr14	95566068	rs201969638	TACACACACACACAC	T	467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.962;QD=17.99;ReadPosRankSum=-0.592;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr14	95566103	rs35300142	AC	A	398.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.668;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.943;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr14	95566105	rs367764979	ACAC	A	398.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.668;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr14	95581899	rs2275182	G	A	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=9;PP=603;ReadPosRankSum=0.970;SC=GCAAGTCTAAGTAAAGACTGG;SOR=0.536;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=63;TCF=50;TCR=13;TR=37;WE=95581907;WS=95581889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr14	95581961	rs11624081	G	A	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=20;PP=839;ReadPosRankSum=0.495;SC=CTTAAACTGTGCAACATTCCC;SOR=0.740;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=57;WE=95581969;WS=95581951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,111:0.49:226
chr14	95682152	rs377356751	CTGTGTGTGTGTGTG	C	473.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.229;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.645;NF=0;NR=13;PP=2450;ReadPosRankSum=1.036;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=1.996;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=13;WE=95682173;WS=95682142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr14	95688959	rs945456	C	G	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr14	95696275	rs72710126	G	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.881;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=577;ReadPosRankSum=-1.991;SC=CCGGCAGGGGGAGGCACTTAT;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=38;WE=95696283;WS=95696265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr14	95876097	rs3742344	C	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=149;ReadPosRankSum=-0.554;SC=GAAACGACAGCTGGTTTTAAG;SOR=0.657;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=12;WE=95876105;WS=95876087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr14	95884323	rs12434757	G	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=96;ReadPosRankSum=1.949;SC=CACACAGCACGCCCTCCGGAA;SOR=0.169;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=8;WE=95884331;WS=95884313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr14	95898487	rs1187747	G	A	2126.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.62;ReadPosRankSum=1.605;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,92:0.98:94
chr14	95905840	rs17092236	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=190;ReadPosRankSum=-0.929;SC=CGGCCCCTGGCTCCACACTGG;SOR=1.739;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=11;WE=95905848;WS=95905835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr14	95906321	rs9671369	G	A	1471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=864;ReadPosRankSum=1.611;SC=CAGCTTTTGCGTGGTCACAAC;SOR=0.620;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=54;WE=95906329;WS=95906311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,71:0.46:156
chr14	95906441	rs910791	A	G	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=388;ReadPosRankSum=-1.454;SC=AGCCCAGGGCATCCTGAGTGC;SOR=1.115;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=26;WE=95906449;WS=95906431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr14	95906476	rs910790	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.874;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr14	95910933	rs9919918	T	C	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=336;ReadPosRankSum=-1.169;SC=GCTCAAAAGCTGCTCCAAAGT;SOR=0.599;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=30;WE=95910941;WS=95910923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr14	95911008	rs9919887	A	G	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=440;ReadPosRankSum=1.505;SC=AGCGTTCCTCATGAGCACCGT;SOR=0.779;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=37;WE=95911016;WS=95910998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,57:0.41:138
chr14	95911123	rs8007583	G	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=-2.584;SC=CCCTGATGGAGTTGGGTGCCT;SOR=0.283;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=10;WE=95911131;WS=95911113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr14	95916566	rs10148435	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-1.198;SC=GCCTTCTCCTGTTTCAGTTGC;SOR=1.911;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=95916574;WS=95916556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr14	95918466	rs7144636	A	G	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.52;SOR=2.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	95918473	rs7144641	A	G	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.19;SOR=1.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	95918548	rs11362194	AC	A	5812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.166;NF=32;NR=63;PP=2593;ReadPosRankSum=-0.928;SC=GTTCCAGCACACCCTGAGTCC;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=95;WE=95918559;WS=95918538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chr14	95918625	rs4905318	T	C	7358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=93;PP=2537;SC=TATCAGAGAGTGGCTTCAGGT;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=173;WE=95918633;WS=95918615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr14	95918741	rs4905319	G	A	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.74;SOR=2.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr14	95918745	rs4905320	C	T	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=2.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	95918759	rs4905321	C	T	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=26;PP=749;SC=AGGTGAGGCTCCTCAACAGGA;SOR=2.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=95918767;WS=95918731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	95921741	rs4905324	C	T	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=28;PP=1477;SC=GTGCCACCAGCTCGTCCTCGG;SOR=1.122;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=53;TCR=29;TR=81;WE=95921749;WS=95921731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	95923421	.	CAAA	C,CA	1508.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.86;ReadPosRankSum=-1.283;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,27,30:0.41,0.45:66
chr14	95923470	rs146162422	ACTGTC	A	7283.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=40;PP=2957;SC=ACCCTCTGTGACTGTCCCTAG;SOR=1.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=94;WE=95923482;WS=95923460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	95923670	rs2024863	A	C	6750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=102;PP=2965;SC=GCAGATCTACACGCTTCTGTG;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=156;TCF=53;TCR=103;TR=155;WE=95923678;WS=95923660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr14	95923756	rs10610273	GGT	G	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=194;ReadPosRankSum=-1.301;SC=AGCCTGCCTGGGTGTGTGTGT;SOR=2.368;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=7;WE=95923765;WS=95923746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr14	95932223	rs12434921	A	G	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=10;PP=499;SC=GGGTGGATACATGGATGGGTG;SOR=1.209;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=95932231;WS=95932213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	95932628	rs4900270	T	C	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=65;PP=1647;SC=ACCTGCCTCCTGGGTCGGGGG;SOR=1.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=99;WE=95932636;WS=95932618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr14	95999820	rs3825546	T	C	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=36;PP=1251;SC=GTGGCAACAGTGACCAGAAAC;SOR=0.710;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=70;WE=95999828;WS=95999810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr14	96001630	rs71431696	C	T	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.238;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=723;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CCCAGTGCGGCTTCAGCAACG;SOR=0.946;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=76;TCF=43;TCR=33;TR=53;WE=96001638;WS=96001620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,94:0.67:141
chr14	96009307	rs716315	C	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.506;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=527;ReadPosRankSum=-2.720;SC=CATTTTGTTACAGTCATCATC;SOR=1.172;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=40;WE=96009315;WS=96009297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,59:0.46:127
chr14	96103031	rs7144328	G	A	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=-0.869;SOR=0.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr14	96103099	rs4905366	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=207;ReadPosRankSum=-1.626;SC=TCACCTCACCATCTGCTCAGG;SOR=0.727;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=17;WE=96103107;WS=96103089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr14	96103184	rs7144361	C	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=-1.260;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,36:0.46:79
chr14	96103269	rs11160283	G	A	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=198;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TCTACTACACGCCCAGCCCTG;SOR=0.688;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=20;WE=96103277;WS=96103259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr14	96129023	rs71415006	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=128;ReadPosRankSum=0.078;SC=ATTATTGTTCCGCATTCACAG;SOR=0.268;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=10;WE=96129031;WS=96129013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr14	96131432	rs1743491	A	G	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=27;PP=894;SC=TGGAGGTGATATGCTTGAGAT;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=96131440;WS=96131422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr14	96135857	rs1748965	C	T	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=30;PP=1509;SC=TGAGCCACCACGCCCGGTCAC;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=89;WE=96135865;WS=96135847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr14	96137935	rs911678	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=0.084;SC=TTTGTTTTGAGATGAATTTTA;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=96137943;WS=96137925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	96157187	rs1064017	G	A	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=654;ReadPosRankSum=-0.907;SC=GCTCTACCCCGGGAGGAAGTA;SOR=0.798;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=48;WE=96157195;WS=96157177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,82:0.48:172
chr14	96157331	rs2075770	G	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr14	96157482	rs1743530	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GGGAAATCCACAAGCTGGAGT;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=6;WE=96157490;WS=96157472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	96157679	rs34993719	T	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=312;ReadPosRankSum=2.160;SC=GGCTGGTATGTTGGGGCCCTG;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=21;WE=96157687;WS=96157669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr14	96157698	rs1748958	A	G	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=18;PP=638;SC=TGTGCGTCTCAGTGTAGGGAT;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=96157706;WS=96157688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
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chr14	96556914	rs2093722	T	C	5373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=46;PP=2135;SC=TCCAAGCCAATGCTGTCCTTC;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=122;WE=96556922;WS=96556904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr14	96557121	rs10148419	T	C	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=67;PP=2068;SC=GCTTGGAGGCTGGCCAGACCA;SOR=1.006;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=47;TCR=68;TR=114;WE=96557129;WS=96557111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr14	96671139	rs1799722	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=-2.230;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
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chr14	96703553	rs1800515	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=322;ReadPosRankSum=1.019;SC=CACTAGTTAGGGGAGGTGGGC;SOR=0.873;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=21;WE=96703561;WS=96703543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr14	96704361	rs871547	G	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.022;SC=TGGACCAAGGGGACTACCCAG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=96704369;WS=96704351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	96707457	rs5224	A	G	7117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=88;PP=2965;SC=AGATCCAGACAGAGAGGAGGG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=90;TCR=89;TR=177;WE=96707465;WS=96707447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr14	96730142	rs2071084	A	G	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=30;PP=1401;SC=GAGTGCTGCCAACATTTATCA;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=96730150;WS=96730132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr14	96730718	rs33925361	G	A	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.779;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=619;ReadPosRankSum=-0.170;SC=GAACGCGGGAGGAGGTCAGCA;SOR=0.372;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=84;TCF=34;TCR=50;TR=37;WE=96730726;WS=96730708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,57:0.53:108
chr14	96730863	rs145322761	C	T	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=618;ReadPosRankSum=-1.116;SC=GCAAGCAGTCCGAGGCTGCTT;SOR=0.932;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=38;WE=96730871;WS=96730853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,59:0.45:131
chr14	96742603	rs12893091	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=468;ReadPosRankSum=-0.957;SC=AGCTGAAATGGAGGCGTGAGG;SOR=1.160;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=31;WE=96742611;WS=96742593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr14	96757361	rs10454690	T	A	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=468;SC=TTAAAACAAATTCTACAAATT;SOR=4.514;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=96757369;WS=96757351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	96758160	rs2275022	C	T	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=110;SC=AAATATATATCTTACAATACA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=96758168;WS=96758150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	96761514	rs45468796	T	A	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=631;ReadPosRankSum=0.121;SC=ACTGAAAATGTAATGTGCATG;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=31;TCR=64;TR=41;WE=96761522;WS=96761504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,49:0.42:118
chr14	96761557	rs1770547	A	C	1485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=36;PP=1072;SC=TTCTTAGCAAACATTTAAATC;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=96761565;WS=96761547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	96768514	rs3215949	G	GA	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=175;ReadPosRankSum=-1.027;SC=TTAAAAATAAGAAAAAAAAAG;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=12;WE=96768522;WS=96768504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr14	96771959	rs2289622	A	G	3157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=30;PP=1482;SC=GGGAGGGACTATTCCAAAATC;SOR=1.004;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=77;WE=96771967;WS=96771949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	96777408	rs3759602	T	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=336;ReadPosRankSum=0.968;SC=AATGTAAACATGTCACGACAT;SOR=1.074;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=23;WE=96777416;WS=96777398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr14	96777468	rs3759601	G	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.276;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=677;ReadPosRankSum=1.201;SC=GACCTTCTTTGAAAGGCTCCA;SOR=0.576;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=47;WE=96777476;WS=96777458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,66:0.43:155
chr14	96781912	rs9323945	T	C	2674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=42;PP=1224;SC=ATCACTCCATTCACTATGCCT;SOR=1.125;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=63;WE=96781920;WS=96781902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	96783464	rs17094014	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=-0.569;SC=AAAAACACTTCGGATTTGTAA;SOR=1.781;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=9;WE=96783472;WS=96783454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr14	96783727	rs17094017	A	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr14	96790337	rs34296665	T	TA	519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=223;ReadPosRankSum=0.266;SC=GGAACGATCCTAAAAAAAAAG;SOR=0.706;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=16;WE=96790345;WS=96790327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr14	96794877	.	TA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=2.073;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr14	96795029	rs61736675	A	G	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.027;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,45:0.46:98
chr14	96795997	rs17094019	G	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9994;FS=2.199;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=209;ReadPosRankSum=1.614;SC=CACCATTTAAGATTATTAGTG;SOR=1.473;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=13;WE=96796005;WS=96795987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
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chr14	96813703	rs4905483	A	T	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=675;SC=CAGGTTCATTATGAATCACAA;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=96813711;WS=96813693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr14	96829290	rs12434329	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=624;ReadPosRankSum=-0.072;SC=TCTTCTTGATGGACTCCGAAA;SOR=0.435;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=39;WE=96829298;WS=96829280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,71:0.52:136
chr14	96852071	rs1545280	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=153;ReadPosRankSum=0.165;SC=AATGTTGATATAAAGCTTAAA;SOR=0.859;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=13;WE=96852079;WS=96852061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr14	96858667	rs3742473	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=550;ReadPosRankSum=0.410;SC=CGGTCCGCAAACCCAGCGAGG;SOR=1.708;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=27;WE=96858675;WS=96858657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,33:0.41:80
chr14	96864309	rs8019939	A	G	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=91;SC=CCTTGGTGGCACCCAGCAAGC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=96864317;WS=96864299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	96871104	rs2275554	G	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,42:0.56:75
chr14	96871337	rs8009774	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr14	96871338	rs8009775	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr14	96875317	rs2275556	G	A	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=272;ReadPosRankSum=-4.140;SC=TAACATTTCAGCCATAACACC;SOR=0.865;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=22;WE=96875325;WS=96875307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr14	96909025	rs12431832	A	G	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.662;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=19;PP=705;ReadPosRankSum=-1.679;SC=ATAGCCATCCACATATAACTG;SOR=0.604;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=54;TCR=31;TR=52;WE=96909033;WS=96909015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,84:0.62:136
chr14	96916232	rs11424079	G	GT	261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.500;NF=0;NR=11;PP=145;ReadPosRankSum=-1.125;SC=TATATGCGGTGTTTTTTTTTT;SOR=0.990;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=96916240;WS=96916222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,16:0.84:19
chr14	96922575	rs372405222	CAA	C	200.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.297;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,11:0.85:13
chr14	96922752	rs2369679	C	G	5216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=72;PP=2180;SC=AATTGGCCAACTACTACAAAC;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=129;WE=96922760;WS=96922742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr14	96939108	rs60920648	T	C	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=-0.805;SC=TTTATTTCCCTAAGATCACAT;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=13;WE=96939116;WS=96939098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr14	96945082	.	G	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.330;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr14	96987437	rs10139164	A	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.11;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr14	96993995	rs7146883	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=ACCTTTCTAAACACTTGGCAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=3;WE=96994003;WS=96993985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	96998621	rs10533972	TTG	T	930.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.98;QD=31.02;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	97022123	rs146485027	AT	A	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.537;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr14	97321689	rs2230532	C	T	6446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr14	97410013	rs17094651	T	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=0.796;SC=GTGCTGTTTGTGCAGGTAAGA;SOR=0.883;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=26;WE=97410021;WS=97410003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr14	98435696	rs2124843	T	C	6226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=75;PP=2844;SC=AATATGGCTGTAAAGCTCGGT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=156;WE=98435704;WS=98435686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr14	98444253	rs8015127	C	A	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	98444369	rs8016584	T	C	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=23;PP=712;SC=ACCAAGCTGGTTTCCTCTCCG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=98444377;WS=98444359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr14	99182854	.	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TCTGCTGTCCCACAGCCTTTT;SOR=0.646;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=8;WE=99182862;WS=99182844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr14	99392468	rs200318	C	G	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=387;SC=TGCATCACCTCTGTGTTGGCG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=99392476;WS=99392458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	99642647	rs2487507	T	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=264;ReadPosRankSum=-0.245;SC=GGGATCCCAGTGCCCTGCCTG;SOR=1.005;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=69;TCF=19;TCR=50;TR=20;WE=99642655;WS=99642637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,19:0.25:75
chr14	99737635	.	G	GCGCCGCTGC	1682.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.098;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5079;FS=1.229;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.400;NF=6;NR=42;PP=1439;ReadPosRankSum=-0.349;SC=AGCCGCCGCCGCGCCGCTGCC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=8;TCR=51;TR=48;WE=99737662;WS=99737625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,70:0.85:82
chr14	99871812	rs1262304	T	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	99876505	rs1047351	A	G	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr14	99924979	rs67963270	TAA	T	1489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=16;PP=654;SC=TTGTAACATTTAAAGTCAGGT;SOR=1.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=99924988;WS=99924969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr14	99929801	rs2273386	G	A	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=16;PP=1061;SC=TTAAAATACAGTTATCATTCT;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=99929809;WS=99929791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	99981858	rs11621993	G	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=278;ReadPosRankSum=-1.182;SC=GCTAACTATCGGGCCTGAGCA;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=19;WE=99981866;WS=99981848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr14	99988724	rs2400681	A	G	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=158;SC=CCGCTTATCCATCCCCCGAGC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=99988732;WS=99988714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	100002473	rs12882209	A	G	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=39;PP=1292;SC=AGCAGACTCCATCCCCATTGC;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=73;WE=100002481;WS=100002463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr14	100046271	rs34139518	T	TC	2998.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=1433;ReadPosRankSum=-0.542;SC=TCTGGCTCAGTCCAAGACTTT;SOR=0.787;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=42;WE=100046279;WS=100046261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,106:0.45:238
chr14	100069742	rs8007401	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	100125721	rs7145262	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=6;PP=417;SC=TGAGCCCTGGCTCAGGGCGAC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=100125729;WS=100125711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	100135306	rs12436072	G	A	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=50;PP=1572;SC=CCCAGGGCCAGGGTGGGGCCC;SOR=1.511;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=73;WE=100135314;WS=100135296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	100150975	rs61984440	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=11;PP=544;SC=CCTCGCCTAGTGCGCGCGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=100150983;WS=100150965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	100157967	rs754203	A	G	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=146;SC=CCTTGCCCCCAGGGCTCCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=100157975;WS=100157957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	100158241	rs4900442	C	T	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=39;PP=1040;SC=CCCTGCCTTTCCTTGGGTTGG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=20;TCR=39;TR=58;WE=100158249;WS=100158231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	100165673	rs3742376	C	T	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=14;PP=954;SC=TGTGTGGGATCATGCATGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=100165681;WS=100165663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	100174092	rs34955990	A	AT	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.85;MQRankSum=1.219;QD=10.22;ReadPosRankSum=-2.498;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr14	100184589	rs7151522	A	G	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=18;PP=467;SC=GCCTTGGCACATGCTGTTCCC;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=100184597;WS=100184579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr14	100189287	rs10151332	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.691;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=401;ReadPosRankSum=0.523;SC=TTGTAGGACCCCTGACTGTTC;SOR=0.823;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=30;WE=100189295;WS=100189277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,47:0.38:123
chr14	100189423	rs12896665	A	G	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.469;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=265;ReadPosRankSum=0.844;SC=CCGATTTTGTATCTGCTGCCA;SOR=1.145;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=20;WE=100189431;WS=100189413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr14	100191710	rs76927709	C	T	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=15;PP=622;ReadPosRankSum=-3.017;SC=CAGAGATGAGCGGACCCTTTG;SOR=0.875;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=44;WE=100191718;WS=100191700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,84:0.64:132
chr14	100192685	rs141174869	G	GGGGCTGCT	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.464;NF=0;NR=4;PP=218;ReadPosRankSum=0.644;SC=CCCCTGCTCTGGGGCTGCTGG;SOR=2.517;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=100192693;WS=100192675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr14	100341430	rs1191121	A	G	4349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=76;PP=2187;SC=CCTACCATTCATCAAGTCATC;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=42;TCR=76;TR=118;WE=100341438;WS=100341420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr14	100344698	rs1191118	T	C	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	100357643	rs1191100	C	T	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=38;PP=1116;SC=AAGTAGCCAGCTTCAGGGGCC;SOR=1.214;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=100357651;WS=100357633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	100360855	rs1191098	A	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=225;SC=TTAGAATGACAGAAGGGTAAA;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=100360863;WS=100360845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	100404351	rs2295787	T	C	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=-2.210;SC=TCTTGTCAGATTGCTCGGCTG;SOR=0.676;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=26;WE=100404359;WS=100404341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,57:0.46:125
chr14	100438325	.	C	CCCG	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.35;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr14	100563943	rs3206354	G	A	1171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.972;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,57:0.59:96
chr14	100592959	rs726514	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.780;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=234;ReadPosRankSum=-0.897;SC=CTCTGAAGCCGGGGCCGGCGG;SOR=0.346;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=19;WE=100592967;WS=100592949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr14	100599164	rs941897	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=92;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TGAGATGAGCGCATCGCCAGG;SOR=1.417;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=10;WE=100599172;WS=100599154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr14	100607360	rs1951486	T	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=7;PP=1202;SC=GGGCGTTAAATCCTTCTCAGG;SOR=3.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=51;WE=100607368;WS=100607350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	100608274	rs4905933	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=-1.001;SC=TTACCATCTCTAGTTGAGGAA;SOR=0.223;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=100608282;WS=100608264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	100615665	rs4905936	T	C	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=53;PP=1726;SC=TGCGGGCGGGTGTGCAGAAGA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=105;WE=100615673;WS=100615655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	100616165	.	G	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.259;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=76;ReadPosRankSum=1.074;SC=AAACCTCGCTGGTCCCTTTGC;SOR=0.289;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=8;WE=100616173;WS=100616155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr14	100625902	rs7157599	C	T	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=41;PP=1282;SC=CTCGAAGTCGCTGCGGCTCGC;SOR=0.784;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=74;WE=100625910;WS=100625892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr14	100625964	rs61165113	G	A	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=-2.117;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr14	100758502	rs11557208	G	A	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.30;ReadPosRankSum=2.601;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr14	100759046	rs3825555	C	A	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=40;PP=1272;ReadPosRankSum=-0.587;SC=CGAAGCTGGGCGTCTCACGCA;SOR=0.679;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=154;TCF=78;TCR=76;TR=77;WE=100759054;WS=100759036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,150:0.52:289
chr14	100759277	rs3742379	C	T	1897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=888;ReadPosRankSum=-0.910;SC=GGCCCAGGGCCCGGAGGGTGT;SOR=0.676;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=109;TCF=55;TCR=54;TR=56;WE=100759285;WS=100759267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,93:0.47:200
chr14	100772672	rs11557209	G	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.944;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=120;ReadPosRankSum=1.112;SC=TGCCGGGGCTGGGCCTGGCCG;SOR=0.301;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=15;WE=100772680;WS=100772662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr14	100792093	rs9324019	C	G	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=911;ReadPosRankSum=-1.185;SC=CGGCCCCACTCTCCTCACCGT;SOR=0.625;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=52;WE=100792101;WS=100792083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,57:0.66:86
chr14	100792126	rs35097172	C	T	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=711;ReadPosRankSum=-2.035;SC=TCCTTGCAGGCGTCTGCGGTG;SOR=0.888;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=131;TCF=85;TCR=46;TR=56;WE=100792134;WS=100792116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,69:0.43:160
chr14	100792220	rs7155877	C	T	12611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr14	100792482	rs1951519	C	A	2028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=988;ReadPosRankSum=-0.890;SC=CTGAAGCCCACTTCTCCTGCA;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=60;TCR=80;TR=70;WE=100792490;WS=100792472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,104:0.48:218
chr14	100793431	rs1535464	G	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=327;ReadPosRankSum=-0.113;SC=CCCGAGGTCCGACAGCGGAGT;SOR=0.779;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=20;WE=100793439;WS=100793421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr14	100795338	rs8015259	G	C	1983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.331;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=42;PP=712;ReadPosRankSum=-0.220;SC=TTTCCTACGCGGTCCTCTGCG;SOR=0.964;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=160;TCF=69;TCR=91;TR=67;WE=100795346;WS=100795328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,108:0.43:249
chr14	100795630	rs4905950	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.872;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=123;ReadPosRankSum=-1.581;SC=GGGCCGGAAGCGTGAGTCCAG;SOR=0.094;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=11;WE=100795638;WS=100795620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr14	100795663	rs10147903	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=212;ReadPosRankSum=-0.389;SC=TGGGCGCCCCGATCAGGCTCC;SOR=0.885;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=14;WE=100795671;WS=100795653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr14	100801423	rs2234532	T	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=433;SC=ATGTCCTGAGTGGCTCCTTCC;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=100801431;WS=100801413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	100803364	rs2234530	A	G	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=757;ReadPosRankSum=0.093;SC=TGGGTGGCAGAAGGCGGCTGT;SOR=0.531;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=64;TCR=28;TR=45;WE=100803372;WS=100803354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,64:0.48:133
chr14	100803655	rs2234528	C	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=437;ReadPosRankSum=-0.488;SC=ATTCTGGACCCGGGAAAGGCC;SOR=0.534;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=26;WE=100803663;WS=100803645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr14	100808493	rs5810992	G	GA	1889.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=15;PP=667;SC=AGGAAAAAAAGAAAAAAAATT;SOR=1.522;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=38;WE=100808501;WS=100808483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	100808510	rs1373	T	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.377;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,67:0.61:109
chr14	100808845	rs9453	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=0.312;SC=GTGGAGTGCAGCAGGGCTGGT;SOR=0.479;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=10;WE=100808853;WS=100808835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr14	100813077	rs941923	T	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.568;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr14	100820980	rs1009812	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=0.647;SC=TTTGGAAATGGAAAATATAGA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=7;WE=100820988;WS=100820970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr14	100826773	rs2234524	C	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=0.059;SC=TCAGTCTTACCACAGCTGGCC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=6;WE=100826781;WS=100826763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr14	100831835	rs1998902	C	T	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr14	100832252	rs724392	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=304;ReadPosRankSum=-1.470;SC=GTTACGGAATCACCCAAAGGT;SOR=0.336;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=22;WE=100832260;WS=100832242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr14	100832282	rs2146105	C	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=2.059;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr14	100832391	rs724391	T	C	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr14	100847320	rs146639777	C	T	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=696;ReadPosRankSum=-1.971;SC=GATTCGGACTCGGAGGCTGAG;SOR=0.704;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=73;TCR=62;TR=53;WE=100847328;WS=100847310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,95:0.39:244
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chr14	100847707	rs2273800	A	G	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=577;ReadPosRankSum=-0.982;SC=TCATCTTTCCATGCTCAAAGT;SOR=0.741;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=45;WE=100847715;WS=100847697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,77:0.51:151
chr14	100847930	rs3742387	A	G	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=651;ReadPosRankSum=0.099;SC=TTATTCAGCCATATTTGAATA;SOR=0.742;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=50;WE=100847938;WS=100847920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,72:0.48:149
chr14	100934602	rs4905966	C	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=25;PP=771;SC=TATACGCTTGCGTGGCAGAGG;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=100934610;WS=100934592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	100995793	rs7493442	G	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=191;ReadPosRankSum=-0.262;SC=TCTCAGAAGTGGGGGGCAGGA;SOR=1.638;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=15;WE=100995801;WS=100995783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr14	100996312	rs13065	T	C	2240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=25;PP=835;ReadPosRankSum=0.781;SC=GCACCACCTATCACCCCGTGC;SOR=0.702;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=56;WE=100996320;WS=100996302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,111:0.47:234
chr14	101005215	rs12893951	T	C	2837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=1667;ReadPosRankSum=-1.966;SC=GCAGTGAGCCTGCGTAGCTGG;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=53;WE=101005244;WS=101005205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,83:0.45:183
chr14	101005236	rs12892571	A	G	3045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=1667;ReadPosRankSum=-3.503;SC=GGAAGGCCTCATGCTGGAAGC;SOR=0.869;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=60;WE=101005244;WS=101005205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,87:0.47:185
chr14	101007072	rs6575788	C	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=25;PP=691;SC=CCCTCTCTGGCCTCCACACTC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=101007080;WS=101007062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	101012796	.	C	G	433	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=50;MMLQ=20;MQ=56.3;NF=16;NR=6;PP=433;QD=21.2623278431;SC=CCTCGCCCCGCCCCGGCCCTC;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=22;WE=101012804;WS=101012786;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr14	101012813	rs71421237	C	G	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=25.95;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr14	101138230	rs8011237	A	C	4340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=50;PP=1788;SC=CTCTCCTAGAACTTTCTGTCG;SOR=0.729;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=98;WE=101138238;WS=101138220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr14	101194944	rs10151914	T	G	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=3;PP=118;SC=TGGGGCGAGCTGGGGAGATGG;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=101194952;WS=101194934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	101195522	rs117667438	C	T	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=39;PP=897;ReadPosRankSum=-0.057;SC=CTGCACACTCCGTGCCCTGTA;SOR=0.639;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=136;TCF=48;TCR=88;TR=59;WE=101195530;WS=101195512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,106:0.52:203
chr14	101198417	rs6575799	A	G	4186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=44;PP=2013;ReadPosRankSum=0.471;SC=TGCCAACAACAGGACCTGCGT;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=113;WE=101198425;WS=101198407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr14	101200445	rs17577779	T	C	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=3;PP=1172;SC=TGTTGTAGCCTAGCCCCTGAG;SOR=3.570;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=44;WE=101200453;WS=101200435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr14	101200645	rs1802710	T	C	14246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=155;NR=152;PP=2965;SC=GCACTGACATTGGGGGCGACT;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=307;TCF=155;TCR=152;TR=307;WE=101200653;WS=101200635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,555:1.00:555
chr14	101301038	rs3194464	C	G	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=2.205;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,53:0.49:108
chr14	101311729	rs56363527	C	T	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.022;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=19;PP=784;ReadPosRankSum=-0.609;SC=TGTCCTCATCCGCCCTCCTCC;SOR=0.913;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=51;WE=101311737;WS=101311719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,70:0.45:155
chr14	101335604	rs12886011	A	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.597;NF=1;NR=8;PP=80;ReadPosRankSum=0.437;SC=TGTGGGCATGAGTGCAGAGGA;SOR=0.859;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=9;WE=101335612;WS=101335594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr14	101340805	rs41286558	G	A	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=221;ReadPosRankSum=1.058;SC=CTTGCACTGCGCTTCCGGGAG;SOR=0.673;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=16;WE=101340813;WS=101340795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr14	101348584	rs11623267	C	G	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=525;ReadPosRankSum=0.976;SC=TCTTGCTCCTCGACTCCCCAG;SOR=0.782;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=37;WE=101348592;WS=101348574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,49:0.41:119
chr14	101349017	rs6575805	A	G	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=62;PP=2517;SC=GGGAGAGCGCAAACGGCTGGT;SOR=0.777;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=134;TCF=70;TCR=64;TR=132;WE=101349025;WS=101349007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr14	101350298	rs3825569	T	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=27;PP=1100;SC=ACTCAAACACTTCGGACATGG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=25;TCR=27;TR=52;WE=101350306;WS=101350288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	101351283	rs41286564	C	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.78;ReadPosRankSum=-1.780;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr14	101377736	rs9324026	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr14	101403034	.	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=151;ReadPosRankSum=-2.066;SC=TTTATCAATGAGTAAAACATA;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=10;WE=101403042;WS=101403024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr14	101418192	rs10713875	TG	T	809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=6;PP=402;SC=GGCCCAAGCTTGGGACCAATG;SOR=1.051;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=11;WE=101418200;WS=101418182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	101439889	rs79479072	A	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=0.196;SC=TTAATAAATTAATCAGTGGAT;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=23;WE=101439897;WS=101439879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr14	101492224	rs7141987	T	C	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=-0.729;SC=GCGCTCAGTGTGACCCAGCGG;SOR=0.639;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=15;WE=101492232;WS=101492214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr14	101495787	rs4906031	G	A	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=5;PP=401;SC=GTGAAGGCTTGAAGAGCTTTT;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=101495795;WS=101495786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	101496145	rs9324030	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=107;ReadPosRankSum=0.162;SC=CGAGGCTGACAGCGTGCCATG;SOR=0.641;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=10;WE=101496153;WS=101496135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr14	101496574	rs12435041	C	T	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.77;ReadPosRankSum=0.203;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr14	101496579	rs12435042	C	G	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.57;ReadPosRankSum=-0.258;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr14	101498483	rs8018238	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.09;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr14	101507727	rs12894467	C	T	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.786;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,39:0.40:97
chr14	101518910	rs4906032	A	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.241;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=413;ReadPosRankSum=2.243;SC=CCTTCAGGCAAGGGGTCTTGG;SOR=0.602;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=30;WE=101518918;WS=101518900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr14	101531854	rs61992671	A	G	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=701;ReadPosRankSum=0.008;SC=CTGGTCCACTAGCCGTCCGTA;SOR=0.817;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=48;WE=101531862;WS=101531844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,72:0.46:158
chr14	101532298	.	AAT	A	3467.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.338;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.05;MQRankSum=1.147;NF=7;NR=28;PP=1346;ReadPosRankSum=1.357;SC=ATTAATGACGAATATAACACA;SOR=0.544;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=95;TCF=37;TCR=58;TR=35;WE=101532307;WS=101532288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,95:0.44:218
chr14	101533093	rs58834075	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=335;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TGTTCACTTTCTATATGATGA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=27;WE=101533101;WS=101533083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,36:0.39:92
chr14	102018917	rs75480446	T	A	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=354;ReadPosRankSum=1.188;SC=CCCTGAGGGATGAGATCAGTT;SOR=0.450;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=30;WE=102018925;WS=102018907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr14	102018946	rs17100344	A	G	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=439;ReadPosRankSum=-0.855;SC=TGGACAACGAAGAGCAGGAAG;SOR=0.392;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=32;WE=102018954;WS=102018936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,51:0.47:109
chr14	102018963	rs60082567	G	C	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.474;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=482;ReadPosRankSum=-0.674;SC=GAAGGCCCAGGCTTCTTGGTG;SOR=0.467;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=31;WE=102018971;WS=102018953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,50:0.45:110
chr14	102019157	rs12147061	A	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=313;ReadPosRankSum=0.112;SC=CACCCTCCATATCCGAAGCTC;SOR=0.392;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=19;WE=102019165;WS=102019147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr14	102196930	rs12050380	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr14	102197694	rs72715630	G	A	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.061;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr14	102198596	rs3825559	C	T	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=427;ReadPosRankSum=0.313;SC=ATTGTCAGACCGAGACCACGC;SOR=1.431;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=53;TCF=40;TCR=13;TR=25;WE=102198604;WS=102198586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr14	102198689	rs45481791	C	T	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=1.252;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,91:0.49:187
chr14	102228198	rs373744052	GGGC	G	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.37;ReadPosRankSum=1.125;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr14	102229418	.	G	GT	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.4999;HP=10;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=22;MQ=59.36;NF=1;NR=2;PP=22;QD=11.3333333333;SC=CCTATGTGAGGTTTTTTTTTT;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=102229426;WS=102229408;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr14	102229440	rs75376491	T	C	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.359;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=0.044;SC=TGGTGTCTTTTATAACCCTCA;SOR=1.863;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=7;WE=102229448;WS=102229430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr14	102285279	rs12433720	A	C	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=7;PP=362;SC=ATGTGTTCTAATTATGGTATT;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=102285287;WS=102285269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	102302372	rs10431745	A	G	213.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=174;SC=TGAAAATAGTAGGAAACACTA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=102302380;WS=102302362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	102322996	rs3742421	C	G	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=52;PP=1961;SC=CTTTTGTGATCAATATACTTT;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=110;WE=102323004;WS=102322986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr14	102349542	rs1741126	G	T	275.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	102356475	rs1904298	C	T	782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.074;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=379;ReadPosRankSum=-2.959;SC=CAAATAGATGCGCTTCTTGTT;SOR=0.713;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=25;WE=102356483;WS=102356465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,37:0.56:66
chr14	102359324	rs8007592	G	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=1.246;SC=CCTAATAAATGTTCTTTTTAC;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=10;WE=102359332;WS=102359314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr14	102359489	rs2720219	A	G	5297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=64;PP=2153;SC=TTGGCATTTGATCAGGATTGA;SOR=0.815;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=117;WE=102359497;WS=102359479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr14	102359568	rs2749902	A	G	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=503;ReadPosRankSum=-0.297;SC=TAACTTTGGTAACAAACTTCT;SOR=1.422;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=32;WE=102359576;WS=102359558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr14	102360745	rs7142002	T	C	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.845;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=588;ReadPosRankSum=-0.070;SC=CCGTGGGTCCTTGTCTTGCTG;SOR=0.478;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=39;WE=102360753;WS=102360735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,58:0.64:91
chr14	102360916	rs2251246	G	A	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=525;ReadPosRankSum=1.395;SC=TGATGCTAGCGCGTCTTGTAA;SOR=0.656;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=28;TCR=40;TR=34;WE=102360924;WS=102360906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,68:0.51:133
chr14	102361064	rs7145448	A	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=110;ReadPosRankSum=-0.733;SC=TTCAAAGTATAGTCATTTTAA;SOR=0.941;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=9;WE=102361072;WS=102361054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr14	102375852	rs45478295	C	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=98;ReadPosRankSum=-2.258;SC=GAATATGGAGCAGCCTGAGAG;SOR=1.153;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=8;WE=102375860;WS=102375842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr14	102387599	rs730573	A	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.912;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr14	102391577	rs3742424	G	C	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=50;PP=1284;ReadPosRankSum=-0.196;SC=TCACTGCAGGGCCGATGAGCT;SOR=0.573;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=161;TCF=55;TCR=106;TR=80;WE=102391585;WS=102391567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,118:0.51:230
chr14	102445607	rs2273438	T	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.224;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr14	102446161	rs3818188	G	A	2548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.520;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=32;PP=1049;ReadPosRankSum=-0.740;SC=TCAGCCTGCCGATTCATCCAA;SOR=0.849;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=192;TCF=105;TCR=87;TR=80;WE=102446169;WS=102446151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,133:0.45:298
chr14	102449338	rs3830914	C	CT	821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.673;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=895;ReadPosRankSum=-0.381;SC=ACCATTAACTCTTTCTCTGTT;SOR=1.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=26;WE=102449346;WS=102449328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr14	102451983	rs2983422	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.060;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,41:0.44:93
chr14	102454115	rs12891749	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTAACTAGTGATAGAACTGAA;SOR=0.804;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=5;WE=102454123;WS=102454105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr14	102454933	rs4906172	C	A	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=348;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCTTCTAGTCCGGAACTGTGT;SOR=0.643;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=22;WE=102454941;WS=102454923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr14	102457817	rs2720205	T	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.821;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr14	102461209	rs4900529	A	G	2106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=39;PP=1226;ReadPosRankSum=1.130;SC=GTCTGGTTGAAAGGTGTCACG;SOR=0.762;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=68;WE=102461217;WS=102461199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,95:0.53:180
chr14	102463407	rs12893215	A	G	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,63:0.48:131
chr14	102466253	rs8015117	C	T	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=254;ReadPosRankSum=1.991;SC=GCTCTGTGCACCATTTTAAAG;SOR=0.852;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=21;WE=102466261;WS=102466243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,26:0.39:66
chr14	102467847	rs2251644	A	G	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=14;PP=367;ReadPosRankSum=-0.228;SC=TATTGATAACATGCATCTTTC;SOR=0.687;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=31;WE=102467855;WS=102467837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr14	102470762	rs2749896	G	C	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=108;ReadPosRankSum=-0.572;SC=CCAGACACATGTTCTTTCCCT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=102470770;WS=102470756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	102476052	rs79075471	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.957;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=174;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GAGCAGCCCCCGAGGAAGCGT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=9;WE=102476060;WS=102476042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr14	102483881	rs3830915	C	CAGCT	1069.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=667;ReadPosRankSum=0.177;SC=CACACACGCACAGCTCCAGGA;SOR=0.627;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=14;WE=102483889;WS=102483871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr14	102485051	rs3832930	AT	A	407.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=308;ReadPosRankSum=-0.129;SC=TAATCCCAGCATTTTGGGAGG;SOR=0.754;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=10;WE=102485059;WS=102485041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr14	102486200	rs2180510	G	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.520;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr14	102493761	rs8010870	A	G	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=665;ReadPosRankSum=0.480;SC=ATGAAGATCTACGGACAGTGT;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=52;WE=102493769;WS=102493751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,77:0.46:168
chr14	102494586	rs4906173	T	C	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.87;ReadPosRankSum=-1.199;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,15:0.38:40
chr14	102496352	rs2253998	C	A	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=266;ReadPosRankSum=-0.424;SC=AATGTAGTTCCAAATGGGTCT;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=18;WE=102496360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr14	102496394	rs3830916	AGT	A	1475.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;QD=32.79;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr14	102498579	rs17512685	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=1.006;SC=TCCCACCCATCGACCCTCATC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=102498587;WS=102498569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr14	102510428	rs1190606	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=3.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.741;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=215;ReadPosRankSum=-1.134;SC=TGTATCTGGGAAGGATGCTGC;SOR=1.584;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=11;WE=102510436;WS=102510418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr14	102510874	rs2273440	G	A	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.907;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=26;PP=540;ReadPosRankSum=0.151;SC=ATGTCAGGGCGTCTGGTGTCA;SOR=1.061;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=37;WE=102510882;WS=102510864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,66:0.44:151
chr14	102514227	rs13749	T	C	2156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=554;ReadPosRankSum=0.568;SC=ACGCAGAGACTGAGAAGAAGA;SOR=0.822;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=49;WE=102514235;WS=102514217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,113:0.52:219
chr14	102514713	rs941792	G	A	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.745;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=-1.879;SC=TCCAAGTCACGCTCTGCCAAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=6;WE=102514721;WS=102514703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr14	102515015	rs1004903	G	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr14	102548224	rs2298877	T	C	1011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=542;ReadPosRankSum=-1.451;SC=GGTAATACTCTTGGTTTCTAT;SOR=0.939;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=37;WE=102548232;WS=102548214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr14	102548384	rs6575895	C	T	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=13;PP=864;SC=ACTGAAAGTTCACCATTTTCT;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=102548392;WS=102548374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	102548703	rs34644998	T	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=430;ReadPosRankSum=0.449;SC=TTCATGATTCTCTCCATGTTT;SOR=0.929;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=28;WE=102548711;WS=102548693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr14	102549262	rs10782495	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=134;ReadPosRankSum=-0.080;SC=AGCCACACACAACATAGTTTT;SOR=0.976;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=11;WE=102549270;WS=102549252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr14	102549873	rs7156529	G	A	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.286;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=126;ReadPosRankSum=0.590;SC=GTAACATAGTGTTCTCTTACC;SOR=1.670;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=9;WE=102549881;WS=102549863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr14	102550569	rs3742429	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.864;NF=5;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-0.298;SC=ATTTAGTAGAGATGGGGTTTC;SOR=1.059;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=6;WE=102550577;WS=102550559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr14	102550803	rs4947	G	A	1443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.628;NF=23;NR=28;PP=715;ReadPosRankSum=1.028;SC=ACAATTTGATGTTGTTCTTTT;SOR=0.580;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=51;WE=102550811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,70:0.56:124
chr14	102551795	rs35308930	T	TTAA	3615.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=28;PP=1706;SC=AAAAATTGACTTAATACATTC;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=32;WE=102551803;WS=102551785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr14	102552773	rs8004640	A	G	20055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=35.50;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,565:1.00:565
chr14	102552773	.	AAT	GAG,GAT	2150	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=67,127;NR=89,181;PP=2150,1896;QD=14.1247940696;SC=GGCAACACGAAATTCCATCGC;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=309;TCF=127;TCR=182;TR=156,308;WE=102552783;WS=102552763;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:309
chr14	102552775	rs3736807	T	G	5596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=561;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=1.037;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,289:0.52:559
chr14	102568296	rs10873531	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=1.182;SC=CCAGTGACGCGGTGACAGGGA;SOR=0.708;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=25;WE=102568304;WS=102568286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr14	102568367	rs8005905	T	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=409;ReadPosRankSum=1.628;SC=CCAGACACCATCAGATGCCAG;SOR=0.883;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=26;WE=102568375;WS=102568357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,44:0.55:80
chr14	102659667	rs8003556	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=372;ReadPosRankSum=-0.218;SC=TGCCTTGCTGTACAGCGGCCG;SOR=0.852;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=26;WE=102659675;WS=102659657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr14	102675350	rs6575900	G	C	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.460;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=803;ReadPosRankSum=1.814;SC=TGACAGGTGGGGAGGACGACT;SOR=1.036;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=126;TCF=53;TCR=73;TR=66;WE=102675358;WS=102675340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,82:0.48:172
chr14	102692487	rs78709784	G	A	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	102692657	rs8022651	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr14	102695693	rs2236493	T	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=477;ReadPosRankSum=-0.533;SC=AAGGTCCTTCTGCGGATCTGT;SOR=0.806;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=28;WE=102695701;WS=102695683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr14	102717830	rs2274814	G	C	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=362;ReadPosRankSum=0.027;SC=AGGTTTGAACGGCCGTCTGAA;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=26;WE=102717838;WS=102717820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,57:0.42:135
chr14	102718052	rs2274815	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.135;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=220;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TTTCTATTCAGCTTTTATTCT;SOR=0.268;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=18;WE=102718060;WS=102718042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr14	102718419	rs28607975	A	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=34;ReadPosRankSum=0.328;SC=TTTATTTAACAATGTGTGAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=102718427;WS=102718409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	102729792	rs45532034	G	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=84;ReadPosRankSum=1.306;SC=ACAGCACTATGGTGACTAATG;SOR=0.892;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=7;WE=102729800;WS=102729782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr14	102729886	rs34931752	G	A	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.526;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr14	102745064	rs78824306	G	C	329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=1.025;SC=TTCCTCCCAGGGCCGCAGTGA;SOR=0.813;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=10;WE=102745072;WS=102745054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr14	102749758	rs2183637	C	T	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=801;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ATTAAGTTGCCGTTATTGACT;SOR=0.841;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=52;WE=102749766;WS=102749748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,93:0.40:235
chr14	102792386	rs7158731	T	C	3660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=33;PP=1383;ReadPosRankSum=0.300;SC=AGGCCAATGCTCCTACCGACC;SOR=0.842;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=182;TCF=105;TCR=77;TR=87;WE=102792394;WS=102792376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,180:0.48:374
chr14	102792631	rs7158139	G	A	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=3.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-1.383;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,184:0.55:337
chr14	102798055	rs1543540	G	A	2779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.391;SC=TAGAAGACGCGCATGCTCAGA;SOR=0.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=80;TCR=93;TR=81;WE=102798063;WS=102798045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,141:0.48:291
chr14	102808554	rs34220197	CGTGGA	C	328.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=318;ReadPosRankSum=-0.295;SC=CGGTCGTCACCGTGGAGCCAG;SOR=0.116;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=102808570;WS=102808544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr14	102808562	rs56144634	C	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=337;ReadPosRankSum=0.235;SC=ACCGTGGAGCCAGAGCCCTCA;SOR=0.116;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=102808570;WS=102808544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr14	102815042	rs7011	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=509;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GGCCACCGTGCGCTTCAGGAG;SOR=0.756;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=39;WE=102815050;WS=102815032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,73:0.48:153
chr14	102891646	rs4906197	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.407;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=0.271;SC=AAGGGACGCCACCATATCTTC;SOR=1.068;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=17;WE=102891654;WS=102891636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr14	102894593	rs1309353	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr14	102901201	rs10149146	A	G	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=0.607;SC=AGAGCAGGACATCCTAACCAG;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=76;TCR=101;TR=98;WE=102901212;WS=102901191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,138:0.55:252
chr14	102901204	rs45467297	C	G	2289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=2829;ReadPosRankSum=-0.824;SC=GCAGGACATCCTAACCAGCAT;SOR=0.548;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=74;TCR=100;TR=77;WE=102901212;WS=102901191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,113:0.46:248
chr14	102904551	rs142320181	CCCCGCTCCCTGCT	C	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.282;NF=0;NR=4;PP=1575;ReadPosRankSum=2.031;SC=AGGTTCGCCTCCCCGCTCCCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=102904571;WS=102904541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr14	102918686	rs1190554	T	C	6456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=78;PP=2949;SC=GCAGGCGGCTTGGTGCAGACA;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=94;TCR=78;TR=172;WE=102918694;WS=102918676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr14	102919047	rs2295976	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-1.692;SC=CAAAACTGCCCGGCCTGTGTC;SOR=0.458;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=102919055;WS=102919037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr14	102964359	rs146599191	C	CGCCCAAGCTCCCAGCTCCATCTGT	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=5.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.66;ReadPosRankSum=-1.731;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr14	102964654	rs2403058	A	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=298;SC=CAGGGGCTTCAGAGTGACTCC;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=102964662;WS=102964644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	102965047	rs3742437	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=338;ReadPosRankSum=0.246;SC=GGATGTGCTCGGTGATGGCTT;SOR=0.246;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=19;WE=102965055;WS=102965037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr14	102965367	rs10531276	TCACCA	T	9421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FS=1.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.103;QD=18.19;ReadPosRankSum=-0.544;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,247:0.48:518
chr14	102965435	rs3783381	A	G	8234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.155;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,218:0.43:507
chr14	102965437	rs3783382	A	T	8234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.143;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,219:0.44:503
chr14	103059220	rs1057881	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5020;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=170;ReadPosRankSum=0.493;SC=CCCGGCCCCCGCCGATGCCGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=14;WE=103059228;WS=103059210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr14	103059293	.	TCCGCCTCCGCCGCCG	T	255	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=24;MQ=56.51;NF=0;NR=1;PP=255;QD=274.0;SC=CGCGGCCGCCTCCGCCTCCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=1;WE=103059315;WS=103059283;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,1:0.09:11
chr14	103173756	rs149418829	C	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.352;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,84:0.49:171
chr14	103174693	rs146293678	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=90;ReadPosRankSum=-0.850;SC=TGCCTTAGCCACCCAAAGTGC;SOR=0.814;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=6;WE=103174701;WS=103174683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr14	103174729	rs189345737	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=1.893;SC=GAGCCGCTGCGCCCGGCCTTA;SOR=0.892;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=6;WE=103174737;WS=103174719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr14	103177420	rs3783383	G	C	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.127;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=558;ReadPosRankSum=-2.135;SC=AAACATTCATGTTGCTTGTTC;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=32;WE=103177428;WS=103177410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr14	103192667	.	CA	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.198;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.940;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr14	103338324	rs2295402	T	A	6611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=81;PP=2965;SC=GGGTTTTTTTTAATCATTTTG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=72;TCR=81;TR=153;WE=103338332;WS=103338314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr14	103341865	rs10668366	G	GT	353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.74;ReadPosRankSum=1.015;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,21:0.88:24
chr14	103342049	rs1131877	T	C	3273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=45;PP=1284;SC=GAGCAGTTAATGCTGGGACAT;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=81;WE=103342057;WS=103342039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr14	103357603	rs2273393	G	T	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=14;PP=1373;SC=TATGTTAGCCGTTCTGCCCTT;SOR=1.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=50;TCR=14;TR=64;WE=103357611;WS=103357593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	103370119	rs10132977	C	T	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=31;PP=1066;SC=CTGGTCGGGGCGCCCCAGACC;SOR=1.011;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=51;WE=103370127;WS=103370109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	103370163	rs9671376	C	T	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=24;PP=1034;SC=GCAGTCCCACCGCGCTCTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=23;TCR=24;TR=47;WE=103370171;WS=103370153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	103388999	rs2295828	T	C	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr14	103390383	rs1190226	T	C	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=143;ReadPosRankSum=-0.528;SC=CTTCAGGGACTGCTGTGCCTT;SOR=0.576;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=16;WE=103390391;WS=103390373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr14	103396706	rs148815688	C	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr14	103397055	rs1190233	G	C	1068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.944;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=644;ReadPosRankSum=-0.231;SC=CTCTCCACCCGCTCTGGCCCC;SOR=0.948;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=39;WE=103397063;WS=103397045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,46:0.61:75
chr14	103405929	rs116889152	T	C	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=597;ReadPosRankSum=0.003;SC=GCCCGCCCTATCCCGGCCGTG;SOR=0.727;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=40;WE=103405937;WS=103405919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr14	103406368	rs2269317	C	T	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=965;ReadPosRankSum=-1.371;SC=ACTCCCGGTGCAGAGGAAGGC;SOR=0.753;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=68;WE=103406376;WS=103406358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,110:0.48:231
chr14	103413941	rs8007924	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=233;SC=AGGCTGGAGGTTGAGACCCTA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=103413949;WS=103413931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr14	103414179	rs12886225	G	A	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=-0.297;SC=GGAGACACGCGCACAGGACCC;SOR=0.733;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=14;WE=103414187;WS=103414169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr14	103416096	rs12590961	G	A	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=406;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CTGCCCAAACGCAGACCTGAG;SOR=0.901;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=30;WE=103416104;WS=103416086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,65:0.58:113
chr14	103416191	rs148759838	G	A	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.33;ReadPosRankSum=2.560;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr14	103434530	rs2093414	T	A	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=2.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr14	103440282	rs1018550	G	T	6558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=48;PP=2965;SC=TTCCATCATCGGCATGAACGT;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=113;TCR=48;TR=161;WE=103440290;WS=103440272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr14	103440473	rs8009219	G	C	7044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=152;PP=2965;SC=GCTGTCGCTCGAGCCTGTTTG;SOR=1.924;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=204;TCF=51;TCR=153;TR=203;WE=103440481;WS=103440463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr14	103449773	rs2269322	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=207;ReadPosRankSum=-0.057;SC=GTCCAAACCCCGTCACCTCTT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=12;WE=103449781;WS=103449767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr14	103449863	rs59675332	CA	C	337.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.901;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.277;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,51:0.35:146
chr14	103523598	rs34302315	T	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=78;ReadPosRankSum=-1.409;SC=GCTCGGCGGCTGCGAGCCCCG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=103523606;WS=103523588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	103566785	rs2297067	C	T	6461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=65;PP=2686;SC=GGGCCTGTTCCGGCGAAGCTC;SOR=0.839;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=147;TCF=80;TCR=67;TR=145;WE=103566793;WS=103566775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr14	103566835	rs2297066	C	G	5828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=78;PP=2729;SC=CCCTGAATGACGGCCCAGCTA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=143;WE=103566843;WS=103566825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr14	103567020	rs61418148	T	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=535;SC=TCAGCTGAGGTTTCCGGAAAG;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=30;WE=103567028;WS=103567010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr14	103568614	rs10131298	T	A	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr14	103568729	rs10142200	A	G	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=41;PP=1199;SC=CGGAGGAGGAAGCCCACCCTT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=25;TCR=41;TR=66;WE=103568737;WS=103568719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr14	103568981	rs77071436	A	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=11;PP=557;SC=CCGGCTTCCCAGCGTGGGAGG;SOR=1.034;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=103568989;WS=103568971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	103570130	.	C	CGT	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=58.62;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr14	103570132	rs151184170	C	T	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.63;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	103570134	rs147121761	C	T	678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.93;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	103574714	rs10144543	C	T	2567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=31;PP=1519;SC=TTGGGGCAGGCGGTGGCTCTG;SOR=1.384;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=87;WE=103574722;WS=103574704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr14	103576415	rs729184	A	G	2358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=26;PP=1009;SC=CTGGGCCGCCAGCGGAACCAG;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=55;WE=103576423;WS=103576405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
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chr14	103593950	rs1132339	C	G	2488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.982;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=1303;ReadPosRankSum=0.790;SC=GCTCTGGGTGCAGAACCTCTA;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=63;TCR=97;TR=87;WE=103593958;WS=103593940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,124:0.50:248
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chr14	103596488	rs2234131	G	A	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=699;ReadPosRankSum=-0.350;SC=CAGGGCACACGTACCGCCCGT;SOR=0.799;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=45;WE=103596496;WS=103596478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,63:0.61:103
chr14	103596609	rs2234133	T	A	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.505;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,121:0.57:212
chr14	103597322	rs2234137	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=-1.771;SC=CAGGGAGGGCAGGGAGGCTGC;SOR=0.299;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=11;WE=103597330;WS=103597312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr14	103597565	rs749206	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=24;PP=665;SC=GTGGAGGGAGGAGGAGCTGCT;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=103597573;WS=103597555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	103599005	rs8176366	TGTGTCTGC	T	2819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.565;NF=11;NR=20;PP=2983;ReadPosRankSum=1.917;SC=GGTGTGTGTCTGTGTCTGCGT;SOR=0.886;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=31;WE=103599020;WS=103598995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,75:0.44:171
chr14	103599938	rs2234143	C	T	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=43;PP=1291;SC=AGATAGGCCGCTGGTGCCTCT;SOR=1.028;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=31;TCR=43;TR=72;WE=103599946;WS=103599928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr14	103602278	rs710100	A	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.921;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=382;ReadPosRankSum=-1.889;SC=CACCGCCAGCATTAGACGTCA;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=25;WE=103602286;WS=103602268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,36:0.54:67
chr14	103852607	rs12436956	G	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=467;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GTTCGCGGGCGGGTCTGCGAA;SOR=0.934;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=25;WE=103852615;WS=103852597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr14	103852725	rs3825566	C	T	3849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=44;PP=1477;SC=ATTGTGCAAACGTGTGTGTCA;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=90;WE=103852733;WS=103852715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr14	103915215	rs56683493	GTGTT	G	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=1.628;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr14	103915225	rs58490269	GA	G	557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=1.722;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr14	103915242	.	G	GT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=-1.783;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr14	103918182	rs2273702	G	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=280;ReadPosRankSum=-1.409;SC=TTCATAGTTAGAGTTTATATG;SOR=0.982;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=22;WE=103918190;WS=103918172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr14	103928657	rs4906326	T	A	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=570;SC=TGAGTATTCATTATGTGTGAA;SOR=1.101;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=103928665;WS=103928647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	103931879	rs1116095	A	G	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.304;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=7;PP=799;ReadPosRankSum=0.592;SC=TTTTGTCTTGATGTTTTCCCT;SOR=1.243;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=88;TCF=69;TCR=19;TR=44;WE=103931887;WS=103931869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,51:0.50:103
chr14	103932888	rs1951393	C	T	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=34;PP=928;SC=AAGCACAAGTCATATGAACAG;SOR=3.003;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=41;WE=103932896;WS=103932878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	103933556	rs8010247	A	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.000;SC=GAGCTGAAATACCCTGTATGT;SOR=0.385;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=5;WE=103933564;WS=103933546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr14	103934488	rs10137161	T	C	4504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=48;NR=48;PP=1746;SC=AGAAGTGTTTTTTCAAGCCAA;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=49;TCR=49;TR=96;WE=103934496;WS=103934478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr14	103934654	rs12892292	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-0.589;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	103946636	rs8014010	A	G	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=4;PP=348;SC=TAAAAGACTGACATTCCTATT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=103946644;WS=103946626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	103964807	rs202211193	A	AT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr14	103986255	rs1803283	C	T	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr14	103987078	rs2071408	G	A	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=26;PP=761;SC=AACACGGGGCGGGCGGGGGAA;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=103987086;WS=103987068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	103988180	rs1136165	G	T	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=304;ReadPosRankSum=0.360;SC=TCTCGATGGCGCGGCGCTCCC;SOR=0.264;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=103988188;WS=103988170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr14	103995489	rs2765038	C	G	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=0;PP=187;SC=GAGGGGGAGGCGGAGGCGGGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=10;WE=103995497;WS=103995479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	103996396	rs2765037	G	A	2355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=25;PP=1243;SC=CAATGGTGGCGGTGCGTGTGC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=61;WE=103996404;WS=103996386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	103996733	rs2756138	C	G	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=853;SC=CCTACAGACACATGTGGCTCC;SOR=2.833;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=32;WE=103996741;WS=103996723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr14	104000802	rs11350625	AG	A	639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=4;PP=607;SC=CTCAGACCCTAGGGTGGGAGT;SOR=2.419;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=16;WE=104000810;WS=104000799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	104001517	rs2756119	G	A	4506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=57;PP=2199;SC=AGGAGGGAGGGGGGCATTGAC;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=108;WE=104001525;WS=104001507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr14	104135774	rs145739696	A	AAAAAGAAAAAAAAAG	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.40;MQRankSum=0.000;QD=40.27;ReadPosRankSum=0.097;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr14	104136469	rs11333716	CT	C	2209.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=12;PP=896;SC=TAAATGTACTCTTATTTGGTT;SOR=0.941;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=20;WE=104136477;WS=104136459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr14	104139570	rs11160757	G	T	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=33;PP=1085;SC=GAGTGCTTTCGTCCCAAGTCC;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=104139578;WS=104139560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr14	104143928	rs4906357	A	C	2654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=56;PP=1640;SC=TTTTACATGAATTTTATTGAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=75;WE=104143936;WS=104143918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr14	104145625	.	G	GT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.138;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=7.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.083;QD=4.62;ReadPosRankSum=-2.719;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr14	104166783	rs3212103	A	G	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=115;SC=GGGGAGGGTGACACAGCTGCT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=104166791;WS=104166773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	104177190	rs139961690	A	AAC	987.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=582;ReadPosRankSum=0.313;SC=TGTAGTTAAGAACACACACAC;SOR=1.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=14;WE=104177199;WS=104177180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,38:0.73:52
chr14	104194196	rs1535100	C	G	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=55;PP=1863;SC=AGTGCGCCCTCGTGTCCCTCA;SOR=0.917;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=95;WE=104194204;WS=104194186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr14	104194278	rs1535099	C	T	2062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=29;PP=808;SC=TGCACAGTCCCGCGCGCTCCG;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=48;WE=104194286;WS=104194268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr14	104261002	.	TA	T	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,38:0.26:144
chr14	104380925	rs112997158	C	T	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=-1.333;SC=ACTGCTTGAGCCCAGGAGTTC;SOR=0.307;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=104380933;WS=104380915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr14	104381502	rs1053419	T	C	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.348;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,85:0.48:178
chr14	104394835	rs9324065	T	C	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	104394850	rs9324066	C	T	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr14	104407243	rs35337422	A	C	2223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=34;PP=999;ReadPosRankSum=0.218;SC=AATGGTGGGTATTTCATCTTT;SOR=0.714;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=72;WE=104407251;WS=104407233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,114:0.47:245
chr14	104429302	.	A	AGTGT	122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=122;QD=41.6666666667;SC=TTTGTATTTGAGTGTGTGTGT;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=3;WE=104429310;WS=104429292;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr14	104429453	rs6576013	A	G	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	104436931	rs11851097	C	T	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=499;ReadPosRankSum=-0.939;SC=TCCGCAAACTCTTAAGAACAA;SOR=0.588;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=34;WE=104436939;WS=104436921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,55:0.45:123
chr14	104441925	rs10147923	C	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=204;ReadPosRankSum=0.437;SC=TTATAGTGAGCGTACTCTTGT;SOR=0.061;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=18;WE=104441933;WS=104441915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr14	104452405	rs10143030	C	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=-2.920;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr14	104452640	rs10143389	G	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=356;ReadPosRankSum=0.143;SC=TTGATGACTTGGATATGAAGG;SOR=1.151;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=22;WE=104452648;WS=104452630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,46:0.46:100
chr14	104465037	rs10133836	T	C	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=26.04;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	104465177	rs2005081	T	A	131.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=202;ReadPosRankSum=1.242;SC=TCGCCCAGGCTGGAAGGCAGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=104465185;WS=104465167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr14	104470686	rs28391043	G	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.378;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=493;ReadPosRankSum=1.315;SC=ATTCACTTTGGTCATTGTCAA;SOR=1.038;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=11;WE=104470717;WS=104470676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr14	104470698	rs151098927	GTTTATTTATTTA	G	164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=922;ReadPosRankSum=-1.981;SC=CATTGTCAAAGTTTATTTATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=2;WE=104470717;WS=104470676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr14	104471857	rs12147828	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=372;ReadPosRankSum=-0.519;SC=CTCACTTTCCCGCTAACTCTG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=26;WE=104471865;WS=104471847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr14	104473253	rs4900607	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=0.311;SC=TACCACAAACATATGAGGTAG;SOR=0.197;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=104473261;WS=104473243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr14	104475034	rs4906401	A	G	55.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=3.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=59;ReadPosRankSum=-0.126;SC=TATTTCCCCTATGTATACTTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=104475042;WS=104475024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr14	104481016	rs7150795	G	A	1068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=8;PP=742;SC=CTGCTCTGATGACATATGTAC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=104481024;WS=104481006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	104481083	rs11160779	T	C	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.260;NF=25;NR=12;PP=549;ReadPosRankSum=-1.097;SC=ATATGAAGAATTGAAGACTAG;SOR=0.946;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=37;WE=104481091;WS=104481073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,51:0.39:130
chr14	104481200	rs59025288	A	AT	1262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.610;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.508;NF=5;NR=27;PP=558;ReadPosRankSum=0.280;SC=TTTCCTGGATATTTTTTTTCC;SOR=0.612;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=70;TCF=12;TCR=58;TR=32;WE=104481208;WS=104481190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,76:0.49:154
chr14	104491086	.	TACACACACACACAC	T	617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,13:0.93:14
chr14	104497543	rs10135507	C	T	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,73:0.46:158
chr14	104498472	rs4906405	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=391;SC=CTGCTTTTCTGTTTATAGATC;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=104498480;WS=104498462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr14	104498530	.	ATCTTT	A	79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5001;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=79;QD=45.0;SC=GGAATGTGTTATCTTTTCTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=104498542;WS=104498520;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
chr14	104500427	rs10150865	A	G	4203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr14	104500530	rs10151066	C	T	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	104518299	rs117790310	C	T	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=937;ReadPosRankSum=0.005;SC=CTGACTGGTCCGCTTGTCTAC;SOR=0.803;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=149;TCF=78;TCR=71;TR=65;WE=104518307;WS=104518289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,114:0.49:232
chr14	104518422	rs139997039	A	C	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=522;ReadPosRankSum=-0.201;SC=GCACCTGAGCATGTCCACAGG;SOR=1.008;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=31;WE=104518430;WS=104518412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,56:0.51:110
chr14	104518453	rs7150461	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=2.131;SC=CACACCCCTCAGGAAGCTGTG;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=19;WE=104518461;WS=104518443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,28:0.51:55
chr14	104559623	rs941952	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=364;ReadPosRankSum=1.261;SC=CATCCTGACCTACGTCCTTGC;SOR=0.560;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=29;WE=104559631;WS=104559613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
chr14	104561998	rs1770983	T	C	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=655;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GCCCAGGTAATCCCAGGGGCC;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=42;WE=104562006;WS=104561988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,85:0.47:181
chr14	104563874	rs7156718	C	T	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=444;ReadPosRankSum=-0.876;SC=TCAGCTACTCCGTGGCCTCTC;SOR=1.024;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=26;WE=104563882;WS=104563864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr14	104569801	rs8012482	C	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr14	104570904	rs1744299	T	C	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=33;PP=902;SC=CCACCCCTCATGGGCTGGGGG;SOR=0.948;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=104570912;WS=104570894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr14	104571826	rs1744300	A	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=33;PP=911;SC=GCAGCTGGGGACTGTGCACCC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=104571834;WS=104571816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr14	104573690	rs1744301	A	G	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=24;PP=646;SC=CAGGTAATGGAGCTAGGGCTG;SOR=0.992;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=104573698;WS=104573680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr14	104575466	rs1771012	C	T	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=8;PP=570;SC=GGCCGGTCCCCGTCCCTGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=104575474;WS=104575456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr14	104575531	rs1744302	C	G	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=2.048;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,46:0.47:97
chr14	104578817	rs11850264	G	A	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=606;ReadPosRankSum=-1.577;SC=CCCTGCCTTCGCACTCTACCT;SOR=0.536;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=43;WE=104578825;WS=104578807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,67:0.48:139
chr14	104640011	rs2275593	T	C	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=12;PP=361;SC=GGCCCCTGGCTACACCATCAT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=104640019;WS=104640001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	104641612	rs4906422	T	C	13965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=0.600;SC=CCTCCAAGGGTCCCCGAGACG;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=275;TCF=128;TCR=147;TR=272;WE=104641620;WS=104641602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,549:0.99:553
chr14	104642341	rs2487304	A	G	6473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=60;PP=2355;SC=GGTCCCGGCCAGTCAGCATCA;SOR=0.816;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=132;WE=104642349;WS=104642331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr14	104642422	rs3742947	A	G	5571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=66;PP=2240;SC=TGGAGGGGGCAGCCTGGGCCG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=64;TCR=66;TR=129;WE=104642430;WS=104642412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr14	104643409	rs2487303	A	G	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=35;PP=1234;SC=AGGTAGAAGCAGCACACCGTC;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=72;WE=104643417;WS=104643399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr14	104644142	rs202091211	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,38:0.43:89
chr14	104644147	rs11621644	C	T	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	104647224	rs884996	C	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=308;SC=AAAGATGCATCGATGGTTCCC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=104647232;WS=104647214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr14	104710505	rs7142555	T	G	259.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=143;ReadPosRankSum=-0.551;SC=CATCTCTCAATAGTACTGCTG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=104710513;WS=104710495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr14	104710651	rs7141507	C	T	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=564;ReadPosRankSum=0.262;SC=CGGCTGGCTCCTGGCCTCGAC;SOR=1.245;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=35;WE=104710659;WS=104710641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr14	104940930	rs28453989	C	T	4939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=55;PP=2112;SC=CCTCACTCTCCCCTTAGAGCG;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=110;WE=104940938;WS=104940920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr14	104940967	rs28699424	G	A	3663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=49;PP=1971;SC=AATTAAGCTGGGGGCAAATGG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=94;WE=104940975;WS=104940957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr14	104941016	rs28715110	G	A	2204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=39;PP=1221;SC=GAGGATGGGGGACTGCCCGGG;SOR=1.367;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=104941024;WS=104941006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr14	105052640	rs35246301	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.325;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr14	105054260	rs9788527	A	G	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=491;ReadPosRankSum=0.040;SC=GGTGGAGTCAAGCAGAGGGAG;SOR=0.988;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=27;WE=105054268;WS=105054250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr14	105054709	rs9788432	T	A	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.603;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,41:0.34:119
chr14	105054934	rs12880814	A	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.069;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr14	105055118	rs111285011	TGACGGGCAG	T	990.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.731;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.810;NF=2;NR=10;PP=2984;ReadPosRankSum=0.213;SC=CCTGCGGCTCTGACGGGCAGG;SOR=0.943;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=12;WE=105055134;WS=105055108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,26:0.63:41
chr14	105055291	rs3840008	TG	T	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=128;ReadPosRankSum=-0.106;SC=AGATCGGACATGGGGGGCACA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=105055312;WS=105055281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr14	105055304	rs11160811	A	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=8;PP=253;SC=GGGGCACAGCAGGCGGCCCCG;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=105055312;WS=105055281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	105061655	.	G	A	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.605;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.741;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=221;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CCGCTGGCCAGAGAGCCAGGA;SOR=0.287;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=14;WE=105061663;WS=105061645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr14	105150273	rs7153053	C	T	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=6;PP=445;ReadPosRankSum=-0.506;SC=GGTTGGGGTGCGGGTGGGTCT;SOR=0.706;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=29;WE=105150281;WS=105150263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr14	105150580	rs34369401	C	T	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=222;ReadPosRankSum=0.267;SC=GGAGGGACAGCTCGAGGGCTC;SOR=0.941;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=13;WE=105150588;WS=105150570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr14	105167807	rs4983530	C	T	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=21;PP=983;SC=GCGCGGACCCCGAGCTGTGCA;SOR=0.997;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=54;WE=105167815;WS=105167797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr14	105172315	rs79559717	G	A	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.251;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=0.206;SC=AGGCTGCCCCGCCTGCGTGTT;SOR=1.755;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=105172323;WS=105172305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr14	105173862	.	ACCCCACCCCCAC	A	1108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.403;QD=19.12;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr14	105177351	rs3840006	CA	C	2376.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.138;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.794;NF=11;NR=37;PP=1714;ReadPosRankSum=-0.154;SC=CTACGTAAGTCAGGGGCAGCT;SOR=0.756;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=106;TCF=31;TCR=75;TR=48;WE=105177360;WS=105177341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,120:0.49:247
chr14	105178089	rs4983531	T	C	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.22;ReadPosRankSum=0.227;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr14	105178098	rs4983532	G	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.52;ReadPosRankSum=1.030;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr14	105179043	rs4497619	G	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.853;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=0.310;SC=CCTGCTCCTTGTCAGAGACCA;SOR=1.781;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=11;WE=105179051;WS=105179033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr14	105179081	rs10144190	G	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=214;ReadPosRankSum=-0.712;SC=CCCTGTGGCCGTCACCCTCCC;SOR=1.154;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=17;WE=105179089;WS=105179071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr14	105179194	rs10133301	T	C	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.687;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=349;ReadPosRankSum=1.898;SC=GGGCACTGGATGAGCTGTTTG;SOR=0.813;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=32;WE=105179202;WS=105179184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,80:0.48:166
chr14	105180484	rs9672043	C	T	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=335;ReadPosRankSum=1.203;SC=GAGGCTGCACCTGGGCTGGCT;SOR=0.554;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=36;TCR=18;TR=21;WE=105180492;WS=105180474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr14	105180565	rs4983535	T	C	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.056;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=493;ReadPosRankSum=-0.147;SC=CTGCAGGAGATCCCGTGGGCA;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=33;WE=105180573;WS=105180555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,61:0.40:154
chr14	105180706	rs1128840	A	C	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.100;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=830;ReadPosRankSum=-1.080;SC=AGGGTGGTCCACGGCCCCTGG;SOR=0.613;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=56;WE=105180714;WS=105180696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,82:0.41:202
chr14	105196365	rs33958252	T	C	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=658;ReadPosRankSum=1.543;SC=GAGTCTCCAGTTACTGAGTGG;SOR=0.675;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=43;WE=105196373;WS=105196355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,96:0.62:156
chr14	105201596	rs7149183	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=30;ReadPosRankSum=0.857;SC=AGCCTCCACCTGCCCCACCAG;SOR=0.527;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=105201604;WS=105201586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr14	105208037	rs4983539	A	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=379;ReadPosRankSum=-1.960;SC=CGGCCACTCCACCAGGACAGG;SOR=1.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=21;WE=105208045;WS=105208027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr14	105208057	rs4983384	C	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=385;ReadPosRankSum=2.340;SC=GCCAGGCTGGCGACCCCACGG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=27;WE=105208065;WS=105208047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr14	105208393	rs75268661	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.006;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=183;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CCAGGCAGGGGTGCCGGGGGT;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=12;WE=105208401;WS=105208383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr14	105211426	rs7155192	G	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=22;ReadPosRankSum=0.322;SC=TCTCCCCACAGCGTTCCCCAG;SOR=0.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=4;WE=105211434;WS=105211416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr14	105213101	rs76912679	G	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.379;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=316;ReadPosRankSum=1.668;SC=CCTGTTTTCCGCTGCGGGAGG;SOR=1.189;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=18;WE=105213109;WS=105213091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr14	105213343	rs6644	A	G	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=997;ReadPosRankSum=1.148;SC=TGTTTTAGTCACAGACTGAGC;SOR=1.083;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=65;WE=105213351;WS=105213333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,77:0.54:142
chr14	105213376	rs10254	C	T	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.023;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=712;ReadPosRankSum=-0.395;SC=GCCCTGGCAGCGTCTGGACTT;SOR=1.162;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=50;WE=105213384;WS=105213366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,56:0.57:99
chr14	105219467	rs3809453	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5021;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=225;ReadPosRankSum=0.954;SC=ATGGGCGCGCAGCTGTGACGT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=16;WE=105219475;WS=105219457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr14	105219976	rs12889167	T	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.937;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,35:0.51:69
chr14	105220078	rs78475567	C	T	1642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=3.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,84:0.46:184
chr14	105220210	rs7151424	G	A	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=140;ReadPosRankSum=-0.663;SC=GCCACAGGTGGTCGGGGCAGG;SOR=0.156;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=13;WE=105220218;WS=105220200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
chr14	105222037	rs1132975	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.948;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr14	105223194	rs34992074	C	CAT	1773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=23;PP=1273;SC=AGAACACACACGTGTGGCCCC;SOR=1.075;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=105223202;WS=105223184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr14	105223525	rs12590163	T	C	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.263;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=-0.049;SC=GGAGTGTTTGTGTAGTCTCCC;SOR=3.142;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=8;WE=105223533;WS=105223515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr14	105223694	rs143402483	CAT	C	4156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.858;NF=11;NR=30;PP=1547;ReadPosRankSum=1.502;SC=CATCCAGACACATGTGGAACT;SOR=0.711;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=88;TCF=22;TCR=66;TR=41;WE=105223703;WS=105223684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,111:0.47:237
chr14	105233095	rs2498804	C	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=456;ReadPosRankSum=-1.341;SC=TCTAAGTGCTCAAGTCACTTT;SOR=0.864;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=35;WE=105233103;WS=105233085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,49:0.43:115
chr14	105238591	rs55839843	CCTGAG	C	386.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.338;NF=5;NR=4;PP=542;ReadPosRankSum=-1.815;SC=GCAGCAGGCTCCTGAGGTGAG;SOR=0.069;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=9;WE=105238612;WS=105238581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr14	105238604	rs2498800	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.317;HP=4;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.228;NF=6;NR=4;PP=561;ReadPosRankSum=-1.086;SC=GAGGTGAGGGCGAGTGTGTGG;SOR=0.039;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=10;WE=105238612;WS=105238581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr14	105239894	rs1130233	C	T	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr14	105242228	rs2498797	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=282;ReadPosRankSum=0.907;SC=CAAGCGTGGTTCCACAGCTGT;SOR=1.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=16;WE=105242236;WS=105242218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr14	105242831	rs3001371	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=161;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CCAAACCCCACAGGCAGGACT;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=12;WE=105242839;WS=105242827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr14	105242966	rs2494735	T	C	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=440;ReadPosRankSum=0.236;SC=GCTGCCCAAGTGCCTGGCCTG;SOR=0.762;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=41;WE=105242974;WS=105242956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,93:0.54:172
chr14	105246325	rs2494737	T	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=214;ReadPosRankSum=0.344;SC=AGCCCAGGACTTGGAGGCTCC;SOR=0.250;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=18;WE=105246333;WS=105246315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr14	105246407	rs3730358	G	A	1543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=694;ReadPosRankSum=-0.459;SC=AATCCCGAGAGGCCAAGGGGA;SOR=0.820;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=45;WE=105246415;WS=105246397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,76:0.51:149
chr14	105258892	rs2494748	C	T	2808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=3.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,146:0.45:324
chr14	105258892	.	CA	TG	1084	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=59.97;NF=46;NR=31;PP=1084;QD=14.7723100631;SC=CTACTACCCCCATCTCTCCCT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=183;TCF=106;TCR=77;TR=77;WE=105258901;WS=105258882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:106,77:0.42:183
chr14	105258893	rs2494749	A	G	11129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.73;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr14	105267579	rs12878684	A	G	4196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=42;PP=1821;SC=GCCGCCTGAGACAGCAGCGCG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=51;TCR=42;TR=93;WE=105267587;WS=105267569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr14	105268104	rs10141867	G	A	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=644;ReadPosRankSum=1.924;SC=CCCTGGACCTGTCGTTGAAGT;SOR=0.538;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=48;WE=105268112;WS=105268094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,91:0.61:149
chr14	105268228	rs4983387	G	A	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=36;PP=1553;SC=CTCACTGTCCGAACAGGAGGA;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=71;WE=105268236;WS=105268218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr14	105309252	rs12895703	T	C	1552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.89;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr14	105309256	rs12894371	A	T	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=6.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.56;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr14	105309608	rs12878750	C	T	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=1.678;SC=TGATGGTCTGCGGGTGTGAGC;SOR=0.276;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=12;WE=105309616;WS=105309598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr14	105335049	rs12431850	C	T	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=74;ReadPosRankSum=0.566;SC=CCGGATGCACCGAGGGCTCTG;SOR=0.582;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=5;WE=105335057;WS=105335039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr14	105344111	rs78118267	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=12;NR=2;PP=207;ReadPosRankSum=-0.355;SC=TGGTGCCCCCGCGGCCCTGCC;SOR=0.850;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=14;WE=105344119;WS=105344107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr14	105344157	.	G	A	254	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=58.21;NF=7;NR=6;PP=254;QD=22.2131701959;SC=ACCACCCTGCGGCCCTGCCCA;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=13;WE=105344165;WS=105344147;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,13:0.39:33
chr14	105344188	rs370824172	TCCCC	T,TCCCCC	370.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=15;HapScore=4;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=17,17;PP=87,286;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CCCGCGCAGCTCCCCCCCCCC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=17,17;WE=105344199;WS=105344178;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.71:14
chr14	105344293	rs61995995	C	T	5392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.829;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=29;PP=1030;ReadPosRankSum=1.959;SC=TCATCCGCTTCGGCTACGATA;SOR=0.632;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=61;WE=105344301;WS=105344283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,148:0.44:336
chr14	105344318	rs2304758	G	A	5627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.288;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=1063;ReadPosRankSum=-1.717;SC=GCCCCTGAGCGTCCCTCCTCC;SOR=0.679;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=154;TCF=79;TCR=75;TR=67;WE=105344326;WS=105344308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,156:0.45:347
chr14	105344347	rs2304757	C	G	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=938;ReadPosRankSum=-1.921;SC=TTCTCAGTCCCCAGGACCACA;SOR=0.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=77;TCR=75;TR=66;WE=105344355;WS=105344337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,124:0.44:281
chr14	105344419	rs34009344	A	G	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=491;ReadPosRankSum=1.557;SC=ACAGAGCACCAAGGATGACCC;SOR=0.659;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=27;WE=105344427;WS=105344409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr14	105344603	rs41310934	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.452;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=207;ReadPosRankSum=0.296;SC=AGTCCTGGCCCGACCTTGGGA;SOR=1.765;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=10;WE=105344611;WS=105344593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr14	105344761	rs41317300	C	T	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=1.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.871;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,116:0.48:241
chr14	105344872	rs61995998	C	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=0.752;SC=GGCTCAGCCACGAGGGCTCAG;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=26;WE=105344880;WS=105344862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr14	105349220	rs2028415	T	G	704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=405;ReadPosRankSum=1.236;SC=CAGAGGGTGGTGTGTGAAGGG;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=26;WE=105349228;WS=105349210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr14	105349388	rs2028414	A	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.867;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,62:0.39:160
chr14	105349877	rs10145119	C	T	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.12;ReadPosRankSum=-1.227;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr14	105349886	rs10145122	C	T	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.54;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr14	105349891	rs10145270	G	A	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.308;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr14	105349897	rs10145031	A	G	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr14	105350178	rs45449696	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.483;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=357;ReadPosRankSum=-0.778;SC=GCCACAAGCACGAGGACGGCA;SOR=1.229;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=25;WE=105350186;WS=105350168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr14	105350355	rs2841236	A	G	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.271;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=51;PP=1426;ReadPosRankSum=0.936;SC=ACGAGGACACACCCCGAAAGA;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=181;TCF=89;TCR=92;TR=98;WE=105350363;WS=105350345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,167:0.49:343
chr14	105350799	rs9788593	C	T	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.938;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=933;ReadPosRankSum=0.269;SC=AGGAGGAGGACGACAGCCTCA;SOR=0.873;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=48;WE=105350807;WS=105350789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,101:0.56:181
chr14	105350868	rs9788594	C	T	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.581;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=397;ReadPosRankSum=-2.861;SC=TGGAGGAGGCCCGGAAGATGA;SOR=0.916;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=36;WE=105350876;WS=105350858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,73:0.45:164
chr14	105351637	rs2582549	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=187;ReadPosRankSum=1.709;SC=GGGGGTGGCCAGTGTCAGTGG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=17;WE=105351645;WS=105351627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr14	105351673	rs894038	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=393;ReadPosRankSum=-1.653;SC=GCTTCTCTGACCCTCGGTGCC;SOR=0.708;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=31;WE=105351681;WS=105351663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr14	105352255	rs2251389	T	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=17;PP=522;ReadPosRankSum=-1.183;SC=CGGCAGGCCCTGGGTGGCGCG;SOR=0.471;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=95;TCF=60;TCR=35;TR=40;WE=105352263;WS=105352245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,50:0.38:132
chr14	105352884	rs150426191	CGCAGGA	C	4006.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.334;NF=17;NR=35;PP=2954;ReadPosRankSum=1.009;SC=GGACAGCAGACGCAGGAGCCC;SOR=0.555;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=52;WE=105352897;WS=105352874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,104:0.53:195
chr14	105354293	rs2582548	A	G	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=496;ReadPosRankSum=1.216;SC=GGGCCCGCTCAGGCAGTGCCC;SOR=0.639;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=36;WE=105354301;WS=105354283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,70:0.50:140
chr14	105356137	rs2919629	G	C	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=670;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GTGCCAGTGCGTTTTCTTGAG;SOR=0.931;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=96;TCF=32;TCR=64;TR=40;WE=105356145;WS=105356127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,54:0.42:128
chr14	105359306	rs3742939	G	C	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr14	105359827	rs2247712	T	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=322;ReadPosRankSum=-0.690;SC=AGCCTCTGCCTGGGGCCCACG;SOR=0.714;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=25;WE=105359835;WS=105359817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr14	105360746	rs2841244	T	C	1127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=579;ReadPosRankSum=-1.052;SC=CCCCTTGGCCTGCCCCCAGCC;SOR=0.844;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=44;WE=105360754;WS=105360736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,56:0.52:107
chr14	105363157	rs7152667	A	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr14	105363202	rs10147348	A	G	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=0.748;SC=TGCCACCAGGAGGCGGCCTGG;SOR=1.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=6;WE=105363210;WS=105363192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr14	105393556	rs2841280	G	C	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=19;PP=667;SC=GTGGGACAGAGAGGCTGGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=105393564;WS=105393546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	105415352	rs12890949	G	C	10902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=143;PP=2965;SC=TTGGTAGTCAGGTCCTTGTTG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=274;TCF=131;TCR=143;TR=274;WE=105415360;WS=105415342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr14	105417454	rs199604161	A	G	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.047;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.354;NF=31;NR=53;PP=1338;ReadPosRankSum=0.199;SC=TGTCACTTCCACCTTGGGGTC;SOR=0.790;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=163;TCF=63;TCR=100;TR=84;WE=105417462;WS=105417444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,117:0.52:223
chr14	105452035	rs10150682	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=307;SC=GCGGGTCCTGAACGGCGGGGG;SOR=3.912;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=105452043;WS=105452025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	105452221	.	T	TGCGGGGCCCGGGCCCGGGCCCAGGACAC	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=2149;ReadPosRankSum=-0.334;SC=CCAAGGTGGGTGCGGGGACTC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=3;WE=105452229;WS=105452211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr14	105455877	rs2241866	C	G	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=300;ReadPosRankSum=1.774;SC=GCCCCAGGCCCAGCCCCAGGG;SOR=0.622;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=24;WE=105455885;WS=105455867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr14	105457771	rs2247140	A	G	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.08;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	105457771	.	ATGATCTCCT	GTGATCTCCG,GTGATCTCCT	279	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=15,24;NR=6,11;PP=279,197;QD=15.8318035649;SC=GCCGTGCCTCATGATCTCCTC;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=21,35;WE=105457788;WS=105457761;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.60:35
chr14	105457780	rs2289454	T	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.503;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,28:0.55:51
chr14	105459140	rs2241865	A	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr14	105461067	rs894039	C	T	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr14	105477507	rs7144401	G	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=368;ReadPosRankSum=-1.488;SC=GTGTCAATGCGTCAGAGGCGG;SOR=0.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=26;WE=105477515;WS=105477497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr14	105477613	rs7145565	T	C	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.244;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=623;ReadPosRankSum=1.042;SC=AGCTAGGGCCTGGGGTGGCCG;SOR=0.514;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=51;WE=105477621;WS=105477603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,71:0.55:129
chr14	105478102	rs3803294	G	A	2951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=49;PP=1324;ReadPosRankSum=1.107;SC=AGCGGCACAGGTTGGGCTCCA;SOR=0.840;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=189;TCF=88;TCR=101;TR=88;WE=105478110;WS=105478092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,149:0.45:328
chr14	105523663	rs7147439	G	A	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=37;PP=968;SC=ATCAGATTGAGTCACAAGTTA;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=105523671;WS=105523653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr14	105608564	rs3742943	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=358;ReadPosRankSum=2.995;SC=CCACGAGTCCCACCGACAGCC;SOR=0.962;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=25;WE=105608572;WS=105608554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,29:0.45:65
chr14	105608921	rs145952626	G	GT	1240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.089;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=844;ReadPosRankSum=1.305;SC=GTTTTTGGTGGTTTTTTTACA;SOR=0.910;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=78;TCF=18;TCR=60;TR=36;WE=105608929;WS=105608911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,69:0.48:145
chr14	105609335	rs10149229	A	G	5112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=51;PP=2293;SC=CCGGCCGCTCAATGGGGTTGC;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=122;WE=105609343;WS=105609325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr14	105611282	rs2272591	A	G	4382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=58;PP=1864;SC=CCACCTCCACAGCACTGGCCC;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=107;WE=105611290;WS=105611272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr14	105614032	rs2242636	C	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=11;PP=497;SC=GCAGAAGGGACTGGGGGGCGA;SOR=1.302;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=24;WE=105614040;WS=105614022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	105615026	rs2242634	A	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=264;SC=TCAGGGTGATAAGGGGCCCAC;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=105615034;WS=105615016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr14	105615648	rs9972231	C	T	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=403;ReadPosRankSum=-1.539;SC=TCACAAAGGTCGACATCCACC;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=35;WE=105615656;WS=105615638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,58:0.41:140
chr14	105617042	rs1057744	C	T	2283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.491;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=799;ReadPosRankSum=-0.887;SC=CTGGCACACTCGTCTCGTTCC;SOR=0.595;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=134;TCF=75;TCR=59;TR=59;WE=105617050;WS=105617032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,120:0.46:260
chr14	105617550	rs3830678	C	CGCAGCCCCA	1748.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.508;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=5.035;NF=5;NR=19;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.906;SC=CAGCAGCCCCCGCAGCCCCAG;SOR=1.529;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=24;WE=105617558;WS=105617540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,49:0.56:88
chr14	105618670	rs2238287	T	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=294;ReadPosRankSum=1.514;SC=TGAGCTGTGGTGCCTGAAAGG;SOR=0.454;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=21;WE=105618678;WS=105618660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr14	105622056	rs2816679	A	G	8029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=120;PP=2965;SC=CCCTCCACGCAGCCCAGCGGC;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=99;TCR=122;TR=219;WE=105622064;WS=105622046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr14	105643619	rs10139596	G	A	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=35;ReadPosRankSum=1.287;SC=AAGGACACACGGGCAGCTGAG;SOR=0.512;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=5;WE=105643627;WS=105643609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr14	105643652	rs10139450	A	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-1.430;SOR=0.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr14	105644151	rs1882848	T	C	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=404;ReadPosRankSum=-0.774;SC=CACAGACCCATTGCACCCACT;SOR=0.563;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=25;WE=105644159;WS=105644141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr14	105647562	.	GGCGGGGGCCGCGAGCTCT	G	299	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=299;QD=369.270485093;SC=CGCCCGGACAGGCGGGGGCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=1;WE=105647587;WS=105647552;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,1:0.17:6
chr14	105676048	rs3087836	G	C	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=187;ReadPosRankSum=0.715;SC=TGTCCACGGGGAACTCCCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=105676056;WS=105676038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr14	105686570	rs8005486	T	C	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=394;ReadPosRankSum=0.950;SC=GGCTAAGGGCTTTCTAGAACC;SOR=0.941;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=22;WE=105686578;WS=105686560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,31:0.41:75
chr14	105692697	rs12883636	G	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.100;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=352;ReadPosRankSum=1.557;SC=CTGGGGTGCCGCGTGGGCCCC;SOR=0.380;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=26;WE=105692705;WS=105692687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr14	105715327	rs2816604	A	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.48;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr14	105715515	rs2816605	C	T	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=28;PP=1099;SC=TGTTCAACAACGAGCTCATGG;SOR=0.862;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=62;WE=105715523;WS=105715505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr14	105716034	rs2816606	C	T	5691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=68;PP=2355;SC=CCACTCTGTACGCTGCTAAGA;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=124;WE=105716042;WS=105716024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr14	105722726	rs1008628	T	C	6537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=65;PP=2279;SC=ACTTCCTGACTGGGCAGGCAG;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=138;WE=105722734;WS=105722716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr14	105857906	.	C	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=132;ReadPosRankSum=-0.529;SC=GTCCGGAGGGCCTGGTGGCAC;SOR=1.688;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=8;WE=105857914;WS=105857896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr14	105858022	rs147461490	C	T	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.215;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=18;PP=1256;ReadPosRankSum=-1.701;SC=TCCACCCCGCCGTCCGCATCT;SOR=0.998;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=168;TCF=120;TCR=48;TR=76;WE=105858030;WS=105858012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,100:0.48:208
chr14	105905126	rs4983620	C	T	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr14	105911639	rs6576102	G	A	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=13;PP=801;SC=CCCGAGGGGTGGTGTGGTTAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=44;WE=105911647;WS=105911629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	105916420	rs4983409	C	T	8639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr14	105924538	rs7492915	G	A	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=5;PP=672;SC=CCCCGCACCCGGGGAGGAGAG;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=105924546;WS=105924528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	105924786	rs4074001	G	A	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=54;PP=1699;SC=GGTGGGTGTTGGGGACGTGAC;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=84;WE=105924794;WS=105924776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	105929443	rs7143366	C	T	2967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=24;PP=1776;SC=GCCTTCTGGCCGCAGCCCTGC;SOR=1.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=84;WE=105929451;WS=105929433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	105930923	rs11845995	G	A	3801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=44;PP=2100;SC=GGGGACACCCGCCCTGCCTGC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=104;WE=105930931;WS=105930913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr14	105931585	rs4983339	A	G	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=13;PP=391;SC=ACCCAAGCTCATGCACTGGTG;SOR=0.866;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=105931593;WS=105931575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr14	105935721	rs10150545	A	G	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=31;PP=1503;SC=CCATTGTCCCAAGGTGGCTGA;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=76;WE=105935729;WS=105935711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	105935824	rs13707	G	A	4717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=60;PP=1863;SC=CCACGGACAGGCCAGGCACAT;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=53;TCR=60;TR=112;WE=105935832;WS=105935814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr14	105936064	rs10150915	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=194;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=11;PP=722;SC=GGTCCGTGTAACTCACTGGGG;SOR=1.721;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=42;WE=105936072;WS=105936054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr14	105936100	rs144496498	A	ACCTTGGCTGGTGGCC	3368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=9;PP=2900;SC=CAGGCACAGCACCTCCCAGCG;SOR=2.235;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=35;WE=105936108;WS=105936090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	105945891	rs11849001	C	T	12372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr14	105953474	rs7160858	G	T	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=53;SC=CGAGGGGCGGGGTCTCCAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=105953482;WS=105953464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	105953595	rs7140395	T	C	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=7;PP=245;SC=CCCGGAGCCGTCATGCCCAAG;SOR=0.760;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=105953603;WS=105953585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr14	105954705	rs55633823	C	T	8825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=102;PP=2965;SC=CCCTGCTACGCAGCCATGTTT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=198;TCF=96;TCR=102;TR=196;WE=105954713;WS=105954683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr14	105960352	rs368147486	T	TG	55.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr14	105962234	rs7494350	T	C	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=26;PP=1245;SC=GAGCGGGAGCTGCCCAAAACC;SOR=1.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=105962242;WS=105962224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr14	105962369	rs7494717	A	G	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=45;PP=1536;SC=ACTGGGCAGCACCCTTGGATC;SOR=1.157;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=105962377;WS=105962359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	105963944	rs4983426	CT	TC	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=15;PP=1036;SC=TCTGGGGAGGCTCACTGCTGC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=105963953;WS=105963934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr14	105996049	rs10569304	TGCC	T	7632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=71;PP=2988;SC=CGCAACTCGGTGCCGCCGCCG;SOR=1.070;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=92;TCF=8;TCR=84;TR=77;WE=105996062;WS=105996039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr14	106054428	rs9972103	C	G	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.69;QD=30.99;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	106054456	rs61984162	A	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=12;PP=848;SC=TCCTGGCTGGAATTCGTGTAG;SOR=1.262;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=106054464;WS=106054446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr14	106066454	rs4983454	T	C	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=40;PP=1245;SC=GTGAGGGGCTTGCTGCCTCAT;SOR=0.780;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=79;WE=106066462;WS=106066444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr14	106067618	rs12884681	G	A	3089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=39;PP=1802;SC=TCTTGCCCCCGCGTCCTGGCC;SOR=1.009;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=93;WE=106067626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr14	106091329	rs8015545	G	C	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=271;ReadPosRankSum=-1.271;SC=TCCTGGTGCAGGACGGTGAGG;SOR=0.614;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=23;WE=106091337;WS=106091319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr14	106091504	rs1042306	A	G	1588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.127;NF=28;NR=23;PP=769;ReadPosRankSum=1.343;SC=AGATCATGAGAGTGTCCTTGG;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=51;WE=106091523;WS=106091494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,78:0.48:161
chr14	106091555	rs35035896	C	T	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.604;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.819;NF=38;NR=22;PP=976;ReadPosRankSum=-1.252;SC=CCCCCAGGAACTCAGGTGCTG;SOR=0.898;SbPval=0.73;Source=Platypus;TCR=49;TR=60;WE=106091563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,103:0.57:181
chr14	106091697	rs56210451	T	C	2792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.898;QD=11.64;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,134:0.56:240
chr14	106091743	rs35171885	CA	C	4181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.862;NF=11;NR=52;PP=2416;ReadPosRankSum=2.701;SC=GGGAGTTACTCAGATCTGGGA;SOR=0.597;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=103;TCF=16;TCR=87;TR=63;WE=106091751;WS=106091733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,121:0.58:209
chr14	106110137	rs8009156	C	T	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=463;SC=TGCACCTCCACGCCGTCCACG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=106110145;WS=106110127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	106110330	rs8014709	T	C	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=33;PP=1516;SC=CCAGCTGGGGTCTGTCCCTGG;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=78;WE=106110338;WS=106110320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr14	106173790	rs17349690	A	G	3393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.844;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.134;NF=45;NR=55;PP=1445;ReadPosRankSum=3.364;SC=GAACCAGCACATCCTTGGGGC;SOR=0.344;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=148;TCF=60;TCR=88;TR=100;WE=106173798;WS=106173780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,160:0.73:218
chr14	106173808	rs371291470	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=5.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=26.644;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.458;NF=5;NR=28;PP=460;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GGCTGAAGCCGCGTGCCAGGC;SOR=2.601;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=122;TCF=44;TCR=78;TR=33;WE=106173816;WS=106173798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,36:0.19:185
chr14	106188045	rs11624491	C	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=463;SC=TTCCTGGGGTCGTTGCAACAG;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=106188053;WS=106188035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr14	106188230	rs1134590	C	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.04;QD=26.49;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr14	106188309	rs11624581	C	T	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=19;PP=671;SC=CGTGCTGTGCCGGGCGTCCGG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=106188317;WS=106188299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	106208082	rs11621259	G	T	362.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.35;QD=45.35;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr14	106208086	rs1045853	A	C	362.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.28;QD=40.31;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	106209340	rs11552998	T	C	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=11;PP=365;SC=AGCCCAGGGCTGCTGTGCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=106209348;WS=106209330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr14	106236128	rs12890621	T	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=4;PP=377;SC=CGTGCTGTTGTACTGCTCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=106236136;WS=106236122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	106236451	rs12895160	T	G	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.43;MQRankSum=1.328;QD=39.01;ReadPosRankSum=-0.550;SOR=0.450;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr14	106236458	rs11628528	C	T	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.478;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.82;MQRankSum=1.109;QD=41.81;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr14	106237105	rs2753552	A	G	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQ=59.91;NF=31;NR=49;PP=1508;SC=GAGAGAAGGTATCTGAGCTGA;SOR=1.057;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=80;WE=106237113;WS=106237095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr14	106237642	rs2983777	T	G	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.31;QD=24.37;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	106303325	rs3764172	A	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=121;ReadPosRankSum=-1.248;SC=AGAAGACTGGATTCTGTGGCG;SOR=0.960;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=12;WE=106303333;WS=106303315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr14	106303699	rs10139433	G	A	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=92;ReadPosRankSum=-2.107;SC=CCCTGGACCAGCTCTGGCATG;SOR=1.781;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=6;WE=106303707;WS=106303689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr14	106303846	rs1005582	C	T	4694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=43;PP=1681;SC=GTGGACAGGGCGGTCCACAGG;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=102;WE=106303854;WS=106303836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr14	106303948	rs1005581	A	G	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	106304899	rs762807	G	T	248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=165;ReadPosRankSum=0.276;SC=ACAGATAATGGGAGACACGTG;SOR=1.112;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=13;WE=106304907;WS=106304889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr14	106306841	rs709589	C	T	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=595;ReadPosRankSum=-0.605;SC=GTGGTGCTCCCGGGCTGTGGA;SOR=0.860;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=42;WE=106306849;WS=106306831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,51:0.60:85
chr14	106307054	rs2753491	C	G	153.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=97;SC=AGGCTGTCAGCCTCTGGCCAC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=106307062;WS=106307044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr14	106307418	rs2753492	G	A	6362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=68;PP=2620;SC=GGACCTTCCCGGCCACCTCCC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=71;TCR=68;TR=138;WE=106307426;WS=106307408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr14	106310962	rs3751509	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.578;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr14	106311030	rs12589570	GT	AC	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.313;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.25;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr14	106311374	rs2856940	A	G	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	106311961	rs149054178	G	C	1278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,69:0.45:154
chr14	106318248	rs1059713	A	T	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=876;ReadPosRankSum=3.531;SC=ACCCGGAGGCAGCGCCCCTTT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=55;TCR=47;TR=59;WE=106318256;WS=106318238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,117:0.59:197
chr14	106318342	rs2256593	T	C	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.634;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,59:0.43:138
chr14	106318440	rs2256589	T	C	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr14	106318450	rs2753504	G	A	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.33;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr14	106321590	rs12365	C	A	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=27;PP=1367;SC=CTCACCGGGGCCACACATGGA;SOR=1.029;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=70;WE=106321598;WS=106321580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr14	106321913	rs1136534	G	A	1932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=949;ReadPosRankSum=0.632;SC=GAGGCAGCTCGGCAATCACTG;SOR=0.566;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=57;WE=106321921;WS=106321903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,86:0.67:128
chr14	106322388	rs2753506	G	A	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=0.571;SC=CCTGCCTGTCGGGGCTGAGTG;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=106322396;WS=106322378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr14	106329435	rs1950943	T	G	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=31;PP=1404;SC=GTGGTCCCTTTGCCCCAGACG;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=106329464;WS=106329425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr14	106329449	.	ATG	A	6062.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.91;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	106329451	.	GTA	ACC	2373	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=35;NR=33;PP=2373;QD=35.8304099244;SC=AGACGTCCATGTAGTAGTAGT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=68;WE=106329464;WS=106329425;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:6,68:0.92:74
chr14	106329453	.	A	ACC	6149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.55;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr14	106329919	rs3752943	G	A	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.384;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=563;ReadPosRankSum=2.291;SC=CCCTCTCCCCGGCTTTCTTTC;SOR=0.866;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=39;WE=106329927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,99:0.49:204
chr14	106330320	rs2857385	A	C	9070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=95;PP=2965;SC=GCCCCCCAGGATGCTCCGGGG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=117;TCR=95;TR=212;WE=106330328;WS=106330310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr14	106330370	rs2857384	G	A	11683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr14	106346740	rs2244932	A	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=193;ReadPosRankSum=-1.539;SC=CCCGGCCCCCATCCTCACCAT;SOR=0.709;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=15;WE=106346748;WS=106346730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr14	106346795	rs2244930	G	T	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr14	106347467	rs2516984	A	C	10011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.42;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr14	106350569	rs2516978	C	T	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=12;PP=1014;SC=GTGCAGGGCACCAGCCCATCG;SOR=1.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=48;WE=106350577;WS=106350559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr14	106350623	rs2753523	G	C	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=38;PP=1856;SC=GGTCTGGGCAGAAACCCTCGG;SOR=0.900;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=94;WE=106350631;WS=106350613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr14	106350696	rs2857368	A	G	7453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=71;PP=2656;SC=CTGCGAGTCCAGTCAGTTTTT;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=146;WE=106350704;WS=106350686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr14	106354353	rs2516972	C	T	1474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=9;PP=626;SC=AGCCCCTCAGCCCCAGGAGTG;SOR=1.342;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=106354361;WS=106354347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr14	106356974	rs2753529	G	C	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=16;PP=567;SC=TGGGTTCAGGGCGGCTGCTCC;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=106356982;WS=106356964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	106357749	rs2254707	C	T	2543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=65;PP=1768;SC=AGAGGCCAGCCACCTCACAAC;SOR=2.610;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=78;WE=106357757;WS=106357739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr14	106359259	rs2857366	A	G	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=367;SC=TCCCACTGAGAGAACCCTCCC;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=106359267;WS=106359249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	106359327	rs3021114	GC	AG	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=13;PP=856;SC=AAGCAGGTGAGCTGGAGGCCT;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=106359336;WS=106359317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr14	106361418	rs2753533	T	C	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr14	106361561	rs61993631	GC	AT	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.32;QD=44.46;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr14	106361564	rs61993633	A	T	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.31;QD=44.89;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr14	106364013	.	G	T	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.819;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=47;PP=1015;ReadPosRankSum=0.995;SC=TGTATAGGGGGCTCCTCCTTT;SOR=1.153;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=145;TCF=42;TCR=103;TR=61;WE=106364021;WS=106364003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,72:0.39:184
chr14	106369335	rs2857353	G	A	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=29;PP=1774;SC=GGCTGAGATGGCCCAGGTGTC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=65;TCR=29;TR=94;WE=106369343;WS=106369325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr14	106369534	rs2516960	A	G	5732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=91;PP=2870;SC=GTGGCCAGAGACCTTTCCCAC;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=56;TCR=91;TR=146;WE=106369542;WS=106369524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr14	106370603	rs2857350	G	C	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr14	106375551	rs2857348	C	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.31;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr14	106375555	rs2516957	A	G	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.34;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	106375638	rs2857347	T	C	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr14	106376144	rs2516956	A	G	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=10;PP=798;SC=GCAGGGTGCCATGGACAGGAG;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=106376152;WS=106376134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	106376354	rs2516955	A	G	7675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=101;NR=104;PP=2965;SC=TGGGCTCAGCACAACTTGGTC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=102;TCR=105;TR=205;WE=106376362;WS=106376344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr14	106377944	rs2516952	C	G	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	106380073	rs2856850	A	G	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr14	106380174	rs2157630	C	A	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=14;PP=558;SC=GCTGTGGCAGCAGGTTCCCAG;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=106380182;WS=106380164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr14	106382687	rs2857339	C	T	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr14	106385211	.	AGTGGGGTTC	A	682.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.46;QD=45.52;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr14	106385221	.	AG	A	817.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.96;QD=51.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	106385233	rs2857334	A	G	951.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.72;QD=45.32;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	106385234	rs2857333	C	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.72;QD=49.27;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr14	106385245	rs2857332	C	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.08;QD=39.63;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr14	106385332	rs2250700	G	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.92;NF=13;NR=19;PP=584;SC=GGCCAGGAGAGAGTTTTGGAC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=106385340;WS=106385322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr14	106388588	rs2516944	A	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=670;SC=GACAACCCCAAATTCAGACCT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=106388596;WS=106388578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	106478113	rs199532423	C	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.73;MQRankSum=-5.244;QD=0.44;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,8:0.09:92
chr14	106478137	rs147818197	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-2.586;QD=1.72;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,20:0.20:99
chr14	106494269	rs12895651	T	C	1657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=23;PP=795;ReadPosRankSum=1.068;SC=TTATCATCATTCCAATAAATG;SOR=0.671;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=51;WE=106494277;WS=106494259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,78:0.56:139
chr14	106518418	rs113047412	A	G	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.218;NF=51;NR=32;PP=1130;ReadPosRankSum=-0.888;SC=AGTAATACACAGCCGTGTCCT;SOR=0.686;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=123;TCR=76;TR=83;WE=106518426;WS=106518408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,104:0.40:258
chr14	106518848	rs2073679	T	C	5201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.979;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:275,256:0.48:531
chr14	106578952	rs11160922	A	T	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=15;PP=1239;SC=TGATTCATTCAACAATCCCTG;SOR=1.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=61;WE=106578960;WS=106578942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	106586259	rs11625174	T	G	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=1300;ReadPosRankSum=1.295;SC=GGATAGTATGTGTCACCAGCA;SOR=0.910;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=208;TCF=117;TCR=91;TR=90;WE=106586267;WS=106586249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,123:0.37:331
chr14	106641761	rs72695948	A	G	5821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=96;PP=2334;ReadPosRankSum=0.035;SC=AGCTGATACCATAGCTGGTAA;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=293;TCF=124;TCR=169;TR=163;WE=106641769;WS=106641751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,280:0.58:481
chr14	106667810	rs112170273	C	A	15146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=7.141;NF=181;NR=210;PP=2965;ReadPosRankSum=1.142;SC=AGAGGCTGCACAGGAGAGTCT;SOR=0.793;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=391;TCF=181;TCR=210;TR=391;WE=106667818;WS=106667800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,565:1.00:567
chr14	106667902	rs58794564	A	AC	22088.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=644;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=58;NR=200;PP=2936;SC=ACACAGAGACACCTGGTCAGA;SOR=0.716;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=275;TCF=60;TCR=215;TR=258;WE=106667910;WS=106667892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,629:1.00:629
chr14	106691778	rs4470054	T	A	4857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FS=4.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.68;MQRankSum=-23.335;QD=6.38;ReadPosRankSum=5.378;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:593,168:0.22:761
chr14	106691796	.	GTAA	G	2657.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DP=783;ExcessHet=3.0103;FS=6.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQRankSum=-23.792;QD=3.40;ReadPosRankSum=4.782;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:671,111:0.14:782
chr14	106691800	.	C	G	2524.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.032;ClippingRankSum=0.000;DP=779;ExcessHet=3.0103;FS=6.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.61;MQRankSum=-23.697;QD=3.25;ReadPosRankSum=4.883;SOR=1.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:668,110:0.14:778
chr14	106725482	rs56069819	A	C	3129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.418;NF=61;NR=63;PP=2054;ReadPosRankSum=-0.159;SC=CCAGACTCCAACAGCTGCACC;SOR=0.446;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=273;TCF=120;TCR=153;TR=124;WE=106725490;WS=106725472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,147:0.42:352
chr14	106725517	rs140098248	A	G	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=16.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQRankSum=-6.303;QD=3.40;ReadPosRankSum=-1.418;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:338,57:0.14:395
chr14	106725521	rs143792912	A	C	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=14.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQRankSum=-6.160;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,58:0.15:394
chr14	106725523	rs146848049	C	A	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=14.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.01;MQRankSum=-6.254;QD=3.68;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,58:0.14:400
chr14	106725538	rs71416657	G	T	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=7.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-6.908;QD=4.19;ReadPosRankSum=2.020;SOR=1.064;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,67:0.16:418
chr14	106725545	rs184685096	GT	AA	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FS=6.113;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.97;MQRankSum=-7.463;QD=4.42;ReadPosRankSum=3.178;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:355,69:0.16:424
chr14	106725558	.	C	A	2190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.853;ClippingRankSum=0.000;DP=442;ExcessHet=3.0103;FS=3.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQRankSum=-8.777;QD=4.97;ReadPosRankSum=3.667;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:362,79:0.18:441
chr14	106725574	rs12433829	T	C	2479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.20;MQRankSum=-11.481;QD=5.57;ReadPosRankSum=2.521;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:353,92:0.21:445
chr14	106725644	.	CCA	C	922.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.766;ClippingRankSum=0.000;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=6.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-11.913;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.330;SOR=1.305;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,38:0.16:242
chr14	106725647	.	A	ATG	922.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=5.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-11.642;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.121;SOR=1.218;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,38:0.16:235
chr14	106725653	.	A	T	788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.229;ClippingRankSum=0.000;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=4.916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-12.082;QD=3.67;ReadPosRankSum=0.542;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,32:0.15:215
chr14	106725658	.	GA	G	791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=4.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-11.654;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.049;SOR=1.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,32:0.16:201
chr14	106725662	rs12433853	T	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-11.497;QD=4.13;ReadPosRankSum=-1.690;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,32:0.16:196
chr14	106725667	.	C	G	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=2.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-12.294;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.409;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,27:0.15:184
chr14	106733216	rs201747581	T	C	5099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=780;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-10.464;QD=6.61;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:601,171:0.22:772
chr14	106733223	rs200123370	T	G	4792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=776;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-10.410;QD=6.26;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:609,157:0.20:766
chr14	106733228	rs201071498	C	T	4218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=792;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-10.744;QD=5.39;ReadPosRankSum=1.093;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:637,146:0.19:783
chr14	106733254	rs200146986	G	C	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-12.034;QD=2.63;ReadPosRankSum=-3.138;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:655,102:0.13:757
chr14	106733261	.	G	T	1627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DP=758;ExcessHet=3.0103;FS=0.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-13.065;QD=2.16;ReadPosRankSum=-3.469;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:664,88:0.12:752
chr14	106733380	rs200914519	CC	TT	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=3.122;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-6.538;QD=0.40;ReadPosRankSum=2.114;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,21:0.08:280
chr14	106733389	rs200188513	AG	TA	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=4.386;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-5.719;QD=1.06;ReadPosRankSum=2.352;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,23:0.09:243
chr14	106733437	rs112335453	G	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-4.982;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.130;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,29:0.17:170
chr14	106733458	rs116600694	G	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-3.018;QD=5.16;ReadPosRankSum=1.556;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,25:0.18:139
chr14	106733461	rs78432605	C	G	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-2.933;QD=5.17;ReadPosRankSum=1.319;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,26:0.19:138
chr14	106733463	rs116472681	G	A	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=-2.933;QD=5.22;ReadPosRankSum=1.587;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,26:0.19:138
chr14	106733520	rs2338199	C	A	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=658;ReadPosRankSum=1.034;SC=CCCTGGAACTCAGGATTCTCT;SOR=0.794;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=47;WE=106733528;WS=106733510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,67:0.54:125
chr14	106733532	rs116710349	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=-3.445;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,22:0.17:128
chr14	106733555	rs8013154	A	G	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-2.280;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,20:0.16:126
chr14	106733593	rs4511432	G	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-2.183;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.217;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,17:0.17:100
chr14	106733638	rs8013719	G	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-3.070;QD=4.23;ReadPosRankSum=2.048;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,11:0.17:63
chr14	106733653	rs114563889	A	C	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-2.854;QD=5.09;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,11:0.20:56
chr14	106780801	rs56407212	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.465;NF=10;NR=25;PP=487;ReadPosRankSum=1.182;SC=CCTGCAGCTGCACCTGGGACA;SOR=1.163;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=35;WE=106780809;WS=106780791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr14	106780817	rs8009554	A	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.294;NF=12;NR=21;PP=576;ReadPosRankSum=0.453;SC=GGACAGGACCACTGTGAACAG;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=33;WE=106780825;WS=106780807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,52:0.49:106
chr14	106791006	rs10148365	C	T	8610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.777;NF=164;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=2.900;SC=CACTGTGTCTCTCGCACAGTA;SOR=0.669;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=373;TCF=230;TCR=143;TR=261;WE=106791014;WS=106790996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,367:0.73:500
chr14	106791119	rs4502119	A	G	5082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=897;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.702;NF=94;NR=92;PP=2131;ReadPosRankSum=2.166;SC=CGGAGTCTGCATAGTATTTAT;SOR=0.616;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=537;TCF=254;TCR=283;TR=186;WE=106791127;WS=106791109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:592,304:0.34:896
chr14	106791200	rs8017285	GC	AG	7561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.875;NF=79;NR=80;PP=2944;ReadPosRankSum=3.415;SC=CCCAGTGCATGCCATAGCTAC;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCR=236;TR=159;WE=106791209;WS=106791190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:426,213:0.33:639
chr14	106805242	rs61740532	A	G	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.26;QD=22.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr14	106805278	rs61739320	A	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.86;QD=39.08;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr14	106805282	rs199855112	G	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.86;MQRankSum=0.951;QD=15.98;ReadPosRankSum=-1.111;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr14	106805299	rs61739267	A	G	380.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.036;NF=10;NR=4;PP=221;ReadPosRankSum=-0.445;SC=CTGATATGGTAACTCGACTCT;SOR=0.169;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=14;WE=106805307;WS=106805289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr14	106805341	rs200481782	G	A	1850.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.684;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.31;MQRankSum=3.301;QD=44.07;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.172;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,39:0.93:42
chr14	106805341	.	GTA	ATG	879	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=106;MMLQ=22;MQ=48.94;NF=16;NR=6;PP=879;QD=42.3849034028;SC=TGCTCCCACTGTAATAGATGT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=22;WE=106805358;WS=106805331;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,22:0.76:29
chr14	106805343	rs200864088	A	G	1875.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.710;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.58;MQRankSum=3.338;QD=35.39;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,50:0.94:53
chr14	106805380	rs201158628	GT	TG	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.93;QD=46.62;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr14	106805386	rs199616126	G	C	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.39;QD=45.30;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	106805402	rs117757529	T	G	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=117;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=23;PP=1040;SC=CCAGCTCCAGTAGTAACCACC;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=56;WE=106805410;WS=106805392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr14	106805439	rs142283571	TA	CG	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=111;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=25;PP=1659;SC=CCAGAGACAGTACAGGTGAGG;SOR=0.766;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=52;WE=106805448;WS=106805429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr14	106805481	rs111274188	G	A	1645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=6.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.58;MQRankSum=1.117;QD=24.56;ReadPosRankSum=-2.356;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,43:0.64:67
chr14	106805485	rs113376532	C	G	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=6.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.91;MQRankSum=0.611;QD=24.46;ReadPosRankSum=-2.544;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr14	106805502	rs200772933	C	G	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=5.972;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.72;MQRankSum=-1.285;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.410;SOR=1.256;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr14	106805508	rs4462488	G	A	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.80;QD=34.46;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr14	106805533	rs144243881	A	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=79;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.382;NF=3;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=-1.119;SC=ACAGAGAGACACACAGTGAGC;SOR=1.981;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=15;WE=106805541;WS=106805523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr14	106815723	rs73375301	C	T	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.34;QD=28.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr14	106815752	rs200423519	G	A	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.97;QD=29.30;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr14	106815862	rs112373679	A	G	9961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.62;QD=44.08;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr14	106815868	rs111734923	C	A	10019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.59;QD=43.56;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr14	106816057	rs368016204	A	C	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.62;QD=29.58;SOR=2.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr14	106816119	rs200776385	A	G	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.26;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr14	106845193	rs10129987	C	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.82;QD=32.07;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr14	106845209	rs10129994	C	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.23;QD=31.15;SOR=5.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr14	106845308	rs112027281	A	T	5472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.300;NF=95;NR=38;PP=2733;ReadPosRankSum=-1.255;SC=CACACTTCCGACCTCTCACAG;SOR=0.534;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=135;TCF=97;TCR=38;TR=133;WE=106845316;WS=106845298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr14	106845417	rs112759551	C	T	14464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=197;NR=177;PP=2965;SC=GATGATGAATCGGCCCTTCAC;SOR=0.752;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=374;TCF=197;TCR=177;TR=374;WE=106845425;WS=106845407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,558:1.00:558
chr14	106859070	rs74093595	G	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=10;PP=394;SC=CGTCATCCAGGACTTTGACTG;SOR=1.085;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=106859078;WS=106859060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	106859191	rs61997354	G	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.93;QD=30.38;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr14	106859351	rs1008525	G	C	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.91;QD=27.01;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr14	106866427	rs75206251	G	A	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=4.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-6.008;QD=5.89;ReadPosRankSum=-7.274;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,48:0.19:259
chr14	106866434	rs79672195	C	T	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=5.567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-5.588;QD=6.26;ReadPosRankSum=-7.644;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,79:0.25:319
chr14	106866449	rs78850219	T	C	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=5.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.725;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-4.756;NF=82;NR=25;PP=1884;ReadPosRankSum=-6.110;SC=AGCTCTCAGGTTGTTCATTTG;SOR=0.512;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=348;TCF=244;TCR=104;TR=107;WE=106866457;WS=106866439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:306,138:0.31:444
chr14	106866465	rs78660098	A	G	4878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.185;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.949;NF=106;NR=49;PP=2708;ReadPosRankSum=-5.163;SC=ATTTGAAGATACAGCGTGTTC;SOR=0.471;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=438;TCF=284;TCR=154;TR=155;WE=106866473;WS=106866455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:383,249:0.39:632
chr14	106866565	rs58308167	C	A	13699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.107;NF=197;NR=165;PP=2962;ReadPosRankSum=0.228;SC=CCCACTCCAGCCCCTTCCCTG;SOR=0.620;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=807;TCF=433;TCR=374;TR=362;WE=106866573;WS=106866555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:751,688:0.48:1439
chr14	106866588	rs73379082	T	C	12640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.208;NF=178;NR=173;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.452;SC=GCCTGGCGGATCCAGCTCATC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=778;TCF=396;TCR=382;TR=351;WE=106866596;WS=106866578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:657,621:0.49:1278
chr14	106866654	rs111799426	T	C	7416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=988;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-8.047;NF=158;NR=146;PP=2962;ReadPosRankSum=1.407;SC=AGGGACCCCCTAGGCTGTACC;SOR=0.697;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=709;TCF=358;TCR=351;TR=304;WE=106866683;WS=106866643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:576,382:0.40:958
chr14	106866668	rs112298109	C	A	15424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1036;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-7.565;QD=15.06;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:599,425:0.42:1024
chr14	106866675	rs76077658	C	G	15665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1069;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-7.141;QD=14.85;ReadPosRankSum=-1.171;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:623,432:0.41:1055
chr14	106866748	rs73379084	A	T	11662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1457;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-6.472;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.199;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:796,637:0.44:1433
chr14	106866810	rs73379088	C	T	9392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1074;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.469;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.575;NF=99;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=1.759;SC=CCATGAATCACCTTTTAAAAT;SOR=0.909;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=647;TCF=255;TCR=392;TR=281;WE=106866830;WS=106866800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:570,470:0.45:1040
chr14	106866822	rs113233536	C	G	7760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=949;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.286;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.058;NF=85;NR=162;PP=2962;ReadPosRankSum=3.175;SC=TTTTAAAATACCAACAAGGAA;SOR=0.962;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=589;TCF=231;TCR=358;TR=247;WE=106866830;WS=106866800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:523,396:0.43:919
chr14	106866865	rs201138265	G	C	7538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FS=5.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-4.970;QD=14.70;ReadPosRankSum=-4.262;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,213:0.42:513
chr14	106866869	rs201249856	G	A	7305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=492;ExcessHet=3.0103;FS=5.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-5.099;QD=15.35;ReadPosRankSum=-4.349;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,192:0.40:476
chr14	106866891	rs200498236	G	T	3422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=7.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-6.128;QD=10.94;ReadPosRankSum=-5.409;SOR=1.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,101:0.32:313
chr14	106866893	rs201066866	G	A	3425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=6.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=-6.269;QD=11.42;ReadPosRankSum=-5.456;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,94:0.31:300
chr14	106866934	.	G	GC	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.249;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=5.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-10.413;QD=0.76;ReadPosRankSum=-3.005;SOR=1.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,11:0.10:110
chr14	106877300	rs17112731	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.621;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr14	106877390	rs11847522	C	G	6276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr14	106877445	rs60581578	C	T	11914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=61;PP=2490;SC=AGGAGGGAGACGACTGAGAAG;SOR=0.701;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=132;WE=106877455;WS=106877435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr14	106877447	rs57593057	A	ATGATCT	11995.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=29;NR=59;PP=2957;SC=GAGGGAGACGACTGAGAAGAT;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=88;WE=106877455;WS=106877435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr14	106877519	rs11847538	A	G	8757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=82;PP=2941;SC=TGAGCTCCGCACGCCCCCTGC;SOR=0.848;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=145;WE=106877543;WS=106877509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr14	106877535	rs73367258	C	G	2702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=2;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.952;NF=22;NR=33;PP=742;ReadPosRankSum=1.885;SC=CCTGCTGGCCCTGAGCTGCAC;SOR=0.792;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=55;TCR=78;TR=55;WE=106877543;WS=106877509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,79:0.42:189
chr14	106877551	rs8020298	A	C	2519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-1.815;QD=15.95;ReadPosRankSum=2.279;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,66:0.42:158
chr14	106877553	rs376141717	C	G	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.48;MQRankSum=-0.858;QD=15.32;ReadPosRankSum=2.697;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,65:0.41:160
chr14	106877555	rs369946732	C	T	2411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-0.658;QD=15.17;ReadPosRankSum=2.824;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,64:0.40:159
chr14	106877556	rs11847600	C	G	3598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=4;HapScore=2;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.416;NF=27;NR=44;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.097;SC=CTGCGACCGCCCCCTCAGCCT;SOR=0.766;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=125;TCF=50;TCR=75;TR=71;WE=106877564;WS=106877541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,90:0.58:156
chr14	106877583	rs34443934	T	G	1090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=92;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.409;NF=24;NR=31;PP=821;ReadPosRankSum=-0.914;SC=AGGGAGGTTTTTGTCTGGGCT;SOR=0.711;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=55;WE=106877591;WS=106877573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,53:0.43:122
chr14	106877618	rs11847658	G	C	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=44;PP=1742;SC=CTCACTGTGTGTCTCGCACAG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=73;WE=106877626;WS=106877608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr14	106877637	rs11847603	A	G	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.91;QD=42.45;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr14	106877637	.	AGCCGTGTCT	GGCCGTGTCC,GGCCGTGTCT	782	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MMLQ=22;NF=13,36;NR=18,38;SC=AGTAATACACAGCCGTGTCTG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=31,74;WE=106877654;WS=106877627;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.42:74
chr14	106877646	rs11851921	T	C	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=7.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.51;MQRankSum=1.077;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.062;SOR=0.337;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr14	106877700	rs11847691	G	T	5395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=48;PP=2758;SC=ACGTGTCTACGGATATGGTGA;SOR=1.207;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=128;WE=106877708;WS=106877690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr14	106877753	rs35281264	A	G	4493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.824;HP=1;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.908;NF=70;NR=58;PP=2074;ReadPosRankSum=1.894;SC=CTCCCACTATAATAGATACTC;SOR=0.534;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=218;TCF=125;TCR=93;TR=128;WE=106877761;WS=106877743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,217:0.55:391
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chr14	106877818	rs367947132	CTA	C	7185.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FS=8.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.29;MQRankSum=-6.827;QD=18.86;ReadPosRankSum=0.949;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,188:0.49:381
chr14	106877821	rs371574132	CT	C	7185.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=9.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-6.794;QD=18.96;ReadPosRankSum=0.986;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,188:0.50:379
chr14	106877836	rs143740707	C	T	6324.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=7.930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.04;MQRankSum=-7.654;QD=18.49;ReadPosRankSum=0.543;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,166:0.49:342
chr14	106877836	.	CC	TA	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MMLQ=23;MQ=56.1;NF=45;NR=64;PP=2944;QD=20;SC=GCTGATGGAGCCACCAGAGAC;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=222;TCF=103;TCR=119;TR=109;WE=106877845;WS=106877830;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:113,109:0.49:222
chr14	106877837	rs145759866	C	A	6324.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=8.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-7.667;QD=18.82;ReadPosRankSum=0.403;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,163:0.49:336
chr14	106877912	rs74093494	G	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.354;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-12.992;NF=5;NR=29;PP=531;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TGCAGCTGCAGCTGGGACAGG;SOR=1.136;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=122;TCF=40;TCR=82;TR=34;WE=106877920;WS=106877902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,42:0.23:181
chr14	106877947	rs73367262	A	G	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.03;MQRankSum=-12.369;QD=0.89;ReadPosRankSum=-4.217;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,27:0.16:170
chr14	106878038	rs113208890	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-5.001;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.933;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,11:0.11:96
chr14	106878056	rs4774113	T	G	3658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=28;PP=791;SC=GGTGCTTCATTTTCTTGCACA;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=106878079;WS=106878046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr14	106878067	rs4774114	T	G	3412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.85;QD=44.90;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	106878071	rs4774115	A	G	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.83;QD=44.31;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr14	106878131	rs34777410	G	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-2.296;QD=3.11;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr14	106878169	rs35934377	G	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-2.433;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr14	106878179	rs34552883	G	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=-2.744;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr14	106922048	rs140769652	A	AT	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=2;PP=794;ReadPosRankSum=0.718;SC=TGGAAATTGCATATTTAGGCT;SOR=0.109;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=53;TCF=51;TCR=2;TR=25;WE=106922056;WS=106922042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,19:0.41:46
chr14	106922090	rs115402676	T	C	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=2.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,48:0.41:117
chr14	106922091	rs116801123	G	A	1890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,49:0.40:121
chr14	106922093	rs113887627	T	C	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,51:0.41:125
chr14	106922094	rs369957951	T	A	1965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.594;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
chr14	106922099	rs150390470	C	CA	1968.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.247;NF=12;NR=9;PP=2846;ReadPosRankSum=0.463;SC=TTGATTGAGCCAGCTCCTTGG;SOR=1.033;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=21;WE=106922107;WS=106922080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,54:0.40:136
chr14	106922368	rs6576168	C	T	5724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=106;PP=2965;SC=AGTAAAAACACAGGACTCATA;SOR=1.184;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=59;TCR=106;TR=165;WE=106922376;WS=106922358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr14	106922411	rs8016915	A	C	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=36;PP=834;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TTTATTACAGAAAAATGATAC;SOR=0.459;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=97;TCF=24;TCR=73;TR=51;WE=106922419;WS=106922401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,53:0.50:106
chr14	106922435	rs8018413	T	C	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=30;PP=652;ReadPosRankSum=0.488;SC=TTAAAATAAGTAAAGACAAAA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=9;TCR=56;TR=35;WE=106922443;WS=106922425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr14	106926107	rs7401587	T	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=6.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.441;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.801;NF=34;NR=5;PP=661;ReadPosRankSum=0.534;SC=GTGTCTTGAGTGGCCTCTGCA;SOR=1.937;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=108;TCF=89;TCR=19;TR=39;WE=106926115;WS=106926097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,39:0.31:124
chr14	106926145	rs7401516	C	G	2205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.868;NF=56;NR=18;PP=1286;ReadPosRankSum=-1.686;SC=CTTCCTGCAGCGAGGTTTTTG;SOR=0.903;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=173;TCF=129;TCR=44;TR=74;WE=106926153;WS=106926135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,87:0.39:222
chr14	106926167	rs7401540	G	A	4419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=4.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-5.284;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.084;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,119:0.39:303
chr14	106926176	rs7401517	C	T	4827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=5.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.311;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.115;NF=82;NR=28;PP=2008;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CGCTGACTTCCCCTCACTGTG;SOR=0.982;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=259;TCF=187;TCR=72;TR=110;WE=106926184;WS=106926170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,139:0.40:346
chr14	106926223	rs2467912	T	C	5801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=667;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.905;NF=132;NR=71;PP=2962;ReadPosRankSum=0.712;SC=GTGTCCTCAGTTCTCAGACTG;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=480;TCF=309;TCR=171;TR=203;WE=106926231;WS=106926213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,280:0.42:665
chr14	106926287	rs2467911	G	A	11589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=192;NR=154;PP=2962;ReadPosRankSum=0.016;SC=TGGTGAATCGGCCCTTCACAG;SOR=0.699;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=769;TCF=424;TCR=345;TR=346;WE=106926295;WS=106926277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:768,605:0.44:1373
chr14	106926311	rs4977158	T	G	13419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=203;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=1.149;SC=CTGCATAGTATGTGCTACCAC;SOR=0.725;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=850;TCF=452;TCR=398;TR=372;WE=106926319;WS=106926301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:900,694:0.44:1594
chr14	106926388	rs2467910	T	C	12665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.339;NF=165;NR=188;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.470;SC=CAGTGCATGGTATAATCATCA;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=783;TCF=363;TCR=420;TR=353;WE=106926396;WS=106926378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:701,627:0.47:1328
chr14	106937467	.	G	GC	781.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=897;SC=ACTTTGAGAGGCAAGGTGGGT;SOR=3.258;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=20;WE=106937475;WS=106937457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr14	106940351	rs142032068	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=6.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.56;MQRankSum=-4.643;QD=0.25;ReadPosRankSum=-6.806;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:368,49:0.12:417
chr14	106940552	rs4977154	C	T	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.473;NF=14;NR=35;PP=612;ReadPosRankSum=-1.563;SC=CAAATAAGGACGTGTTCTGAA;SOR=0.464;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=155;TCF=43;TCR=112;TR=49;WE=106940560;WS=106940542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,52:0.37:142
chr14	107034659	.	A	G	621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.381;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.564;QD=9.72;ReadPosRankSum=1.282;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,18:0.28:64
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chr14	107034679	rs370585113	C	T	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.507;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.371;QD=11.77;ReadPosRankSum=2.006;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr14	107034679	.	CGG	TGC	702	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=57;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=13;NR=7;PP=702;QD=37.7733937431;SC=TCTGCACCTGCGGTGTGGAGG;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=20;WE=107034689;WS=107034669;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr14	107034681	.	G	C	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.342;QD=12.09;ReadPosRankSum=2.117;SOR=0.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,25:0.35:72
chr14	107034705	rs200210193	G	A	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=1.863;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr14	107034705	.	GGG	AGT	794	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=47;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=15;NR=9;PP=794;QD=35.3111614526;SC=AGACGGGCTCGGGGCTGGTTT;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=24;WE=107034715;WS=107034695;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:45,24:0.35:69
chr14	107034707	rs201053767	G	T	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.08;ReadPosRankSum=1.679;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr14	107034789	rs72686840	G	A	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=1.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,53:0.23:230
chr14	107034807	rs72686841	G	A	1635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=1.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.318;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,59:0.23:260
chr14	107034822	rs199503234	C	G	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=-1.441;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,65:0.23:288
chr14	107034846	rs199610746	TC	GT	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=6.150;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,77:0.23:332
chr14	107034854	rs201350766	C	A	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=7.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.948;SOR=1.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,78:0.22:359
chr14	107034863	rs199809351	C	T	2862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FS=14.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.104;SOR=1.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:295,89:0.23:384
chr14	107034869	rs200774123	AG	CA	2886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FS=14.218;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=1.409;SOR=1.334;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,87:0.22:394
chr14	107034873	rs199524561	GA	CC	2861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=9.198;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.10;ReadPosRankSum=1.171;SOR=1.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:312,91:0.23:403
chr14	107034920	rs72686843	C	T	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=42;PP=1140;ReadPosRankSum=-0.036;SC=CGCACCCAGCCGATCCAGTAG;SOR=0.687;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=308;TCF=166;TCR=142;TR=96;WE=107034928;WS=107034910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,157:0.31:505
chr14	107034967	rs72686844	T	C	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FS=1.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=3.443;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,154:0.26:589
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chr14	107035020	rs75660488	C	T	2621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=639;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=-3.598;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:486,152:0.24:638
chr14	107035038	rs201745085	GG	AT	3728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FS=3.156;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-3.315;SOR=0.956;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:462,121:0.21:583
chr14	107035042	rs200794686	G	A	3805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=2.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-4.105;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:452,124:0.22:576
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chr14	107035163	rs201950873	GA	CC	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=2.078;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=-7.186;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.791;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,46:0.20:235
chr14	107035168	.	T	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-7.001;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.514;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,46:0.20:225
chr14	107035182	.	T	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-7.406;QD=1.89;ReadPosRankSum=-1.904;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,37:0.19:197
chr14	107035206	.	CA	TG	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=6.652;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-8.495;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.436;SOR=1.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,13:0.10:124
chr14	107035212	.	G	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=3.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-7.913;QD=0.80;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=1.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,10:0.09:110
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chr14	107048749	rs11627238	C	G	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQRankSum=-9.209;QD=2.28;ReadPosRankSum=-2.773;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:456,121:0.21:577
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chr14	107082882	rs61261254	G	GA	907.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;QD=45.39;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr14	107082889	rs4043174	A	ATTT	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.34;QD=45.48;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr14	107082897	rs2337902	T	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.38;QD=42.09;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr14	107113785	rs201264785	C	T	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=8.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-10.108;QD=2.52;ReadPosRankSum=-3.658;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:301,46:0.13:347
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chr14	107113858	rs111853090	A	G	5920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-7.435;QD=8.43;ReadPosRankSum=3.251;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:519,183:0.26:702
chr14	107113968	rs113324720	C	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FS=3.296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=-2.041;QD=2.15;ReadPosRankSum=2.334;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,98:0.20:502
chr14	107114009	rs11846079	T	C	6302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=559;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.437;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.781;NF=129;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.909;SC=GACCAAGCCTTCCCCAGACTC;SOR=0.561;SbPval=0.44;Source=Platypus;TCF=238;TR=253;WE=107114017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:261,289:0.53:550
chr14	107114193	rs2073670	A	G	3474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.198;NF=42;NR=74;PP=1557;ReadPosRankSum=0.087;SC=CCCAAACTCCATCATGACTCT;SOR=0.753;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=263;TCF=93;TCR=170;TR=116;WE=107114201;WS=107114183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,181:0.44:409
chr14	107131037	rs199906835	GC	TT	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=3.862;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.01;MQRankSum=-5.454;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,28:0.13:212
chr14	107131051	rs2583287	A	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.32;MQRankSum=-2.724;QD=2.17;ReadPosRankSum=1.152;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:209,56:0.21:265
chr14	107131063	rs2583286	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=8.104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.31;MQRankSum=-5.162;QD=0.16;ReadPosRankSum=2.126;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,37:0.13:292
chr14	107131072	rs111633690	G	A	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.07;MQRankSum=-5.690;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,30:0.10:301
chr14	107131076	rs112508867	T	C	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQRankSum=-5.993;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:274,30:0.10:304
chr14	107131128	rs10143945	G	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.37;MQRankSum=-8.075;QD=1.66;ReadPosRankSum=-4.412;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,64:0.16:408
chr14	107131290	rs149638514	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=21.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.29;MQRankSum=-4.223;QD=9.60;ReadPosRankSum=3.144;SOR=2.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr14	107131300	rs34376395	T	C	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=60.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.57;MQRankSum=-1.250;QD=6.65;ReadPosRankSum=2.298;SOR=5.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,18:0.32:57
chr14	107170005	rs1141720	T	C	4027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=65;PP=1355;ReadPosRankSum=1.499;SC=CTCGTGGATTTGTCCGCGGTA;SOR=0.624;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=368;TCF=193;TCR=175;TR=129;WE=107170013;WS=107169995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,233:0.35:662
chr14	107170055	rs8009570	G	A	6864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FS=1.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=-1.927;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:485,205:0.30:690
chr14	107170062	rs55891010	A	G	7044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=703;ExcessHet=3.0103;FS=2.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.04;ReadPosRankSum=-2.375;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:490,212:0.30:702
chr14	107170219	rs2187989	C	G	4768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=90;PP=2691;ReadPosRankSum=0.398;SC=GCACCAGCTGCACCTGGGACT;SOR=1.000;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=210;TCF=83;TCR=127;TR=143;WE=107170227;WS=107170209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,204:0.68:300
chr14	107170398	rs4448834	C	T	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=837;ReadPosRankSum=-0.165;SC=GGGGCTTCTTCAGAGGAGGAA;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=28;TCR=55;TR=57;WE=107170418;WS=107170388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,87:0.67:130
chr14	107170410	rs10220412	G	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.92;ReadPosRankSum=1.548;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,28:0.23:122
chr14	107178795	rs10144331	A	G	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=89;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=24;PP=1701;SC=TTGTACAGGAAGCGCCCTGGG;SOR=1.562;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=58;TCR=24;TR=81;WE=107178803;WS=107178785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
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chr14	107178941	rs10133751	T	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=4.29;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:233,90:0.28:323
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chr14	107259908	rs72692491	A	G	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=58.71;MQRankSum=-0.842;NF=1;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.487;SC=AGAGTCTACAAGGTTTATAAC;SOR=0.368;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=107259916;WS=107259898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr14	107283150	rs35227799	G	T	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-1.653;QD=15.42;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,70:0.42:166
chr14	107283156	rs10133664	A	G	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=4.679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.72;MQRankSum=-1.638;QD=16.46;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,69:0.43:162
chr14	107283160	rs10133737	C	T	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=4.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-1.614;QD=16.21;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,68:0.43:157
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chr15	20444637	rs200452405	G	A	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=21;PP=919;ReadPosRankSum=-0.809;SC=GACTGCCCAGGGAGGTGTCAG;SOR=0.613;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=196;TCF=138;TCR=58;TR=67;WE=20444645;WS=20444627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,97:0.36:272
chr15	20446043	rs1823751	T	A	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.981;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=576;ReadPosRankSum=-1.148;SC=GGTGAAGCGGTTGCTTCGAGG;SOR=0.671;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=173;TCF=81;TCR=92;TR=52;WE=20446051;WS=20446033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,96:0.29:335
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chr15	20448056	rs8024950	A	G	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=4.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.838;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.412;NF=23;NR=3;PP=395;ReadPosRankSum=-3.870;SC=CACCATACTCACCAAAGTGAA;SOR=3.056;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=75;TCF=54;TCR=21;TR=26;WE=20448064;WS=20448046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,12:0.13:94
chr15	20448077	rs3963874	T	C	3764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=34;PP=2045;SC=GAGCTGTCCCTTTAGGTCATT;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=107;WE=20448085;WS=20448067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	20448164	rs55697731	T	C	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=2.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.46;MQRankSum=-2.370;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,90:0.27:334
chr15	20450242	rs2444187	G	C	9355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=112;PP=2965;SC=GTTCCTGTGCGGCACACAGCA;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=244;TCF=132;TCR=112;TR=244;WE=20450250;WS=20450232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr15	20453896	rs2601517	G	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr15	20453913	rs2601516	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=1.671;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.303;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr15	20453992	rs4931912	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=5.414;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQRankSum=-1.462;QD=0.45;ReadPosRankSum=-1.608;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,16:0.13:122
chr15	20454025	rs4931913	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=6.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.05;MQRankSum=-2.627;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.883;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,23:0.19:118
chr15	20454042	rs7168242	A	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.205;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.629;NF=11;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=3.118;SC=GCTTCACTGCAAAGAGAACCA;SOR=1.084;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=17;WE=20454050;WS=20454032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,23:0.23:102
chr15	20454162	rs4931914	C	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.360;NF=4;NR=7;PP=198;ReadPosRankSum=1.430;SC=ATTTGGGATCCTCGCTCTCCT;SOR=0.385;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=11;WE=20454170;WS=20454152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr15	20456517	rs12593833	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.599;NF=3;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=1.841;SC=ATCCTCTGCCTTCAGCCTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=4;WE=20456525;WS=20456507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr15	20456600	rs2924241	G	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.264;NF=5;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=-0.370;SC=CCACAGCCCTGGCCAAACCCC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=7;WE=20456608;WS=20456590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr15	20456640	rs8041606	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQRankSum=-7.132;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.016;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr15	20456665	rs8026258	T	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.93;MQRankSum=-7.117;QD=11.73;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr15	20456673	rs8033709	C	G	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.902;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=-6.901;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.256;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,25:0.31:81
chr15	20456677	rs8037872	G	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQRankSum=-6.381;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,27:0.32:85
chr15	20456682	rs58201907	G	C	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.830;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.57;MQRankSum=-6.343;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,31:0.34:90
chr15	20456740	rs2954579	A	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.731;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.718;NF=15;NR=15;PP=366;ReadPosRankSum=1.383;SC=CTCTTTCACCAGCGCCTGGCT;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=30;WE=20456751;WS=20456730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,38:0.31:121
chr15	20456743	.	G	A	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQRankSum=-3.658;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,28:0.24:118
chr15	20456787	rs60265308	C	T	594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.36;MQRankSum=-1.316;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,36:0.33:110
chr15	20457155	rs11856094	A	C	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-8.308;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,30:0.29:102
chr15	20457155	.	ACC	CCT	1015	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=52.21;NF=19;NR=8;PP=1015;QD=39.5728842542;SC=GCCAGCATTTACCGCCCACTC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=27;WE=20457165;WS=20457154;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
chr15	20457157	rs11854770	C	T	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=-8.455;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.100;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,32:0.31:104
chr15	20457291	rs6599891	T	C	4415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.181;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-7.492;NF=76;NR=70;PP=2422;ReadPosRankSum=-0.863;SC=TGGGCTTGTGTAAGCATCATT;SOR=0.796;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=209;TCF=106;TCR=103;TR=146;WE=20457299;WS=20457281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,202:0.64:315
chr15	20457319	rs8038741	C	A	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.108;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.544;NF=42;NR=36;PP=1057;ReadPosRankSum=0.486;SC=GCACGCTGAGCATGGCAGGGC;SOR=0.835;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=213;TCF=105;TCR=108;TR=78;WE=20457327;WS=20457309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,112:0.31:366
chr15	20462507	rs2343218	C	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=0.694;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr15	20462585	rs3901622	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=221;ReadPosRankSum=2.238;SC=CCCAGCCTGCATCTGCCAATA;SOR=1.626;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=20;WE=20462593;WS=20462575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,19:0.24:79
chr15	20462603	rs2880572	G	T	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=188;ReadPosRankSum=-0.363;SC=ATAGCGCCACGTCCCAATCTG;SOR=0.557;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=20;WE=20462611;WS=20462593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr15	20462690	rs6422224	T	G	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-3.375;NF=29;NR=39;PP=964;ReadPosRankSum=1.683;SC=CAGAACCCCATTGAGGGAGTC;SOR=0.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=48;TCR=60;TR=68;WE=20462698;WS=20462680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,110:0.54:203
chr15	20462792	rs62009635	T	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.02;MQRankSum=2.964;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr15	20462793	rs77195941	ATTT	A	451.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=3.028;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.911;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr15	20462806	rs7179860	A	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=-0.483;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.893;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr15	20462828	rs8039793	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.232;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=78;ReadPosRankSum=-0.405;SC=ACAGAGTCTCACTCTGTCGCC;SOR=0.446;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=20462836;WS=20462818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr15	20464736	rs112424577	C	CA	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.307;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.210;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr15	20464811	rs4983664	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.059;NF=10;NR=13;PP=212;ReadPosRankSum=0.124;SC=CAATTACTAACCCCTCATAAT;SOR=0.773;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=23;WE=20464819;WS=20464801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,25:0.24:105
chr15	20464860	rs7177447	G	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.645;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.388;NF=10;NR=16;PP=351;ReadPosRankSum=1.072;SC=TGTTTTACTTGTTTATTTTTT;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=26;WE=20464868;WS=20464850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr15	20465103	rs6599901	A	C	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQRankSum=-2.964;QD=14.36;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,35:0.71:49
chr15	20465167	rs10794632	A	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-1.720;QD=6.01;ReadPosRankSum=1.157;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr15	20465182	rs10794633	T	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-2.228;QD=7.36;ReadPosRankSum=2.607;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr15	20465246	rs8038116	G	A	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr15	20466352	rs4983837	T	C	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.566;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,7:0.13:55
chr15	20466516	rs4983836	C	T	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.42;QD=26.18;SOR=1.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	20466604	rs4983834	A	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=8;PP=234;SC=TTCAAGACTAACCTGGGCAAC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=20466612;WS=20466594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	20467100	rs4983661	A	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.879;NF=20;NR=21;PP=485;ReadPosRankSum=0.237;SC=CACGTGAAGCACCAGCGCAGA;SOR=0.529;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=41;WE=20467108;WS=20467090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,57:0.36:158
chr15	20467242	rs59808209	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=3.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.16;MQRankSum=-1.807;QD=3.44;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,22:0.24:91
chr15	20467994	rs2601503	C	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=122;ReadPosRankSum=-1.351;SC=AATCTACCCACGATTCTGTTA;SOR=2.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=9;WE=20468002;WS=20467984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr15	20468050	rs4983831	A	G	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=0.531;QD=9.84;ReadPosRankSum=2.582;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr15	20476942	rs4983659	C	T	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.395;NF=80;NR=45;PP=1632;ReadPosRankSum=-0.250;SC=ACTGAAAAGTCGATGTCTTTC;SOR=0.612;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=351;TCF=233;TCR=118;TR=125;WE=20476950;WS=20476932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,164:0.34:485
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chr15	20481882	rs11248739	G	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.751;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=447;ReadPosRankSum=0.543;SC=AACCCTATCTGCCCTGTTTGT;SOR=1.231;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=26;WE=20481890;WS=20481872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr15	20588563	rs2291972	A	G	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.521;NF=18;NR=7;PP=389;ReadPosRankSum=-0.339;SC=GCGGTTGCAGAAGCCCAGTAG;SOR=0.491;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=25;WE=20588571;WS=20588553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr15	20588705	rs4931826	C	A	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=1.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-0.057;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,106:0.49:217
chr15	20874863	rs62000628	T	C	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=717;ReadPosRankSum=1.506;SC=TATTTTAAGGTGTGCATTATC;SOR=0.691;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=66;WE=20874871;WS=20874853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,118:0.45:264
chr15	20874897	rs7497658	A	G	7933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=75;PP=2672;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CCTATTCTGCATATGGTGGTG;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=158;WE=20874905;WS=20874887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,316:0.99:318
chr15	20875094	rs12148785	G	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=4.548;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr15	20876423	rs10902996	A	G	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.379;NF=42;NR=23;PP=826;ReadPosRankSum=-0.267;SC=AACAAACTGAATAAGTATAAA;SOR=0.660;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=149;TCF=93;TCR=56;TR=65;WE=20876431;WS=20876413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,112:0.51:219
chr15	20876515	rs6422240	A	G	8262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=95;PP=2965;SC=CAGCAAAGGTACTCCATGAGA;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=79;TCR=96;TR=173;WE=20876523;WS=20876505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr15	22156928	rs150801989	G	C	9105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.73;QD=26.09;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr15	22318824	rs35131467	AC	A	1656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=1495;SC=TAATAAAGTTACATTTGATAA;SOR=3.160;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=35;WE=22318832;WS=22318815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	22318963	rs1429506	A	T	10276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.659;NF=151;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=0.407;SC=TATCACAGAAAAGAACAAGGT;SOR=0.316;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=261;TCF=152;TCR=109;TR=258;WE=22318971;WS=22318953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,393:1.00:394
chr15	22319483	rs995427	G	A	14122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=25.72;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr15	22319497	rs1366875	G	C	14929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=175;NR=143;PP=2965;SC=AAGTAGAACTGTGCAAAACAA;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=327;TCF=176;TCR=151;TR=318;WE=22319505;WS=22319473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,572:1.00:572
chr15	22332744	.	G	A	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=0.910;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,124:0.30:411
chr15	22332751	rs930109	T	C	13331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=129;PP=2962;SC=TGAGATGTTTTTGCTGACAGT;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=277;TCF=146;TCR=131;TR=273;WE=22332759;WS=22332734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr15	22332929	.	G	A	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=17.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-0.254;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.467;SOR=1.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,59:0.19:307
chr15	22344871	rs28571003	A	G	10033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.77;QD=42.16;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr15	22344879	rs1366870	C	G	9532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.17;QD=45.18;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr15	22344951	rs1366871	T	C	1789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.44;QD=31.40;SOR=3.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	22345038	rs1429471	T	C	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.04;QD=31.05;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	22345134	rs13380116	C	G	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.51;QD=25.20;SOR=1.102;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	22368862	rs1835183	G	A	17527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=219;NR=223;PP=2965;SC=TCTTTTGATGGATGCATTGCA;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=443;TCF=220;TCR=223;TR=442;WE=22368870;WS=22368852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,645:1.00:645
chr15	22368905	rs1835182	G	A	15834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=201;NR=219;PP=2965;SC=CTGGGGCTTCGGAGATGTTCT;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=437;TCF=217;TCR=220;TR=420;WE=22368913;WS=22368895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,638:1.00:638
chr15	22369248	rs491208	T	C	10631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=173;NR=159;PP=2965;SC=TCTGGCCTTGTTCAAGAAACT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=334;TCF=173;TCR=161;TR=332;WE=22369256;WS=22369238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr15	22369290	rs12593418	A	G	11616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-1.876;NF=171;NR=178;PP=2965;ReadPosRankSum=1.438;SC=CAACAGGGCCATGTCCACCTG;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=354;TCF=172;TCR=182;TR=349;WE=22369298;WS=22369280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,452:1.00:454
chr15	22369426	rs4087943	G	A	9458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=25.99;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr15	22382739	rs2671839	A	G	2224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=30;PP=1605;SC=TCTCTGAGAAAAAGGTAATCT;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=76;WE=22382747;WS=22382729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	22383066	rs559754	A	G	5045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=45;PP=2401;SC=TGGAGCTTCTAATGGTCTTCA;SOR=1.010;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=117;WE=22383074;WS=22383056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	22383189	rs1820851	G	A	6880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=85;PP=2937;SC=CCATGTCCACGTGCACCACTC;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=75;TCR=86;TR=160;WE=22383197;WS=22383179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr15	22383482	rs3841636	GA	G	2190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=1082;SC=GTTTTTCACTGAGTACCTCCC;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=22383490;WS=22383472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	22413700	rs267612	A	G	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.61;QD=31.11;SOR=1.480;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	22413825	rs267613	C	T	6908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=8.889;NF=84;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=4.052;SC=GGCCTTTGACCGCTACATCAC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=84;TCR=74;TR=158;WE=22413833;WS=22413815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,268:0.98:274
chr15	22414393	rs200221521	C	CAA,CAAA	1613.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=3.715;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.320;QD=27.82;ReadPosRankSum=1.644;SOR=2.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,25,31:0.43,0.53:58
chr15	22926229	rs2289824	G	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=13;PP=590;SC=TTTTCTTAGTGTAAAAACAAT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=22926237;WS=22926219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	22926307	rs7403459	A	G	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	22928537	rs79791617	G	C	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=7;PP=197;SC=TCTGGGGGGGGTGTAACACCG;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=22928545;WS=22928527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	22929905	rs2305094	CA	GG	2364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=1276;SC=GGTGAGCACCCACCTCGCGCA;SOR=1.220;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=22929914;WS=22929895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	22933528	.	G	A	451	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=14;NR=11;PP=451;QD=19.4308485019;SC=GCACGTTGGTGCATTTTGGGA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=22933536;WS=22933518;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	22933691	rs1109036	G	A	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=30;PP=1193;SC=AGGTTGATGGGCCAAGCAGCC;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=62;WE=22933699;WS=22933681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	22939192	rs11633474	G	A	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=17;PP=614;SC=AGGTGGTTCCGCTATTTGGGG;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=22939200;WS=22939182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	22940670	rs3751566	C	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=376;SC=TGAGCTGCCCCAGTGCTGTGG;SOR=2.400;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=22940678;WS=22940660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	22945314	rs8029108	C	T	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=230;SC=TTAAGTACATCTCATTTATGT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=22945322;WS=22945304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	22945350	rs141360543	T	TA	92.87	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=85;SC=GGCCTCCTTTTTAAAAAAAAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=22945359;WS=22945340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	22945351	rs185003380	T	A	128.87	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=4;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=116;SC=GCCTCCTTTTTAAAAAAAATC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=22945359;WS=22945340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	22955013	rs2289816	T	G	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=0;PP=140;SC=GCCCCCAGAGTAATTTGTATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=22955021;WS=22955003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	22955307	rs3217548	AC	A	565.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=402;SC=CCCCGCCTGCACCCTCTCCCT;SOR=2.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=22955315;WS=22955297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	22999940	rs11307802	TG	T	261.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=287;SC=AACAGCCACCTGGCTGCCCGG;SOR=4.407;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=22999948;WS=22999931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	23000272	rs999842	A	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=26;PP=687;SC=CGCACCATCTATGGACCTTTT;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=23000280;WS=23000262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	23021113	rs7170784	G	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	23052632	rs11263683	T	C	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=12;PP=384;SC=CAGCCTGAGTTGTCACACTCT;SOR=0.743;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=14;TCR=14;TR=26;WE=23052640;WS=23052622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	23059394	rs1991922	C	T	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	23086364	.	G	GGCC,GGCCGCC	868.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.01;MQRankSum=0.614;QD=22.86;ReadPosRankSum=1.998;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,5,31:0.13,0.82:38
chr15	23131745	rs7181884	G	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.18;QD=25.82;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	23132075	rs56264744	G	GA	382.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.68;MQRankSum=0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=-1.621;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr15	23181922	rs1994761	T	C	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=2.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQRankSum=1.557;QD=5.06;ReadPosRankSum=2.360;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,56:0.34:164
chr15	23181990	rs62000567	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=14.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.39;MQRankSum=-2.599;QD=0.29;ReadPosRankSum=-2.521;SOR=2.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,17:0.12:146
chr15	23182537	rs189988840	C	T	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.58;QD=24.68;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	23200698	rs58552405	A	T	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.36;QD=26.96;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	23685004	rs34879341	G	GCAT	3223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.40;SOR=1.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	23685343	rs74203443	T	C	203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.08;QD=20.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	23685517	rs372380699	C	T	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=4.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=0.612;QD=5.69;ReadPosRankSum=2.689;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:199,112:0.36:311
chr15	23685541	rs375981990	CT	C	13322.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.95;QD=39.77;SOR=1.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,335:1.00:335
chr15	23685583	rs368496365	T	C	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=0.076;QD=10.16;ReadPosRankSum=-4.393;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,114:0.33:346
chr15	23685604	.	TC	T	3093.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.831;ClippingRankSum=0.000;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=1.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=0.168;QD=10.38;ReadPosRankSum=-7.355;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:210,88:0.30:298
chr15	23685606	.	TCTTCCTGCTCCCACATCTTCTCCTCCTGCTCCCGCATCTTC	T	2922.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=2.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-0.038;QD=9.28;ReadPosRankSum=-7.232;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,88:0.28:315
chr15	23685639	rs374969803	C	T	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.812;NF=37;NR=85;PP=2962;ReadPosRankSum=7.988;SC=CTCCTGCTCCCGCATCTTCTC;SOR=1.023;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=144;TCF=47;TCR=97;TR=122;WE=23685655;WS=23685595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,140:0.62:226
chr15	23685895	rs111853398	C	T	2767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FS=2.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.85;MQRankSum=-6.828;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,157:0.42:377
chr15	23685922	.	C	CCCGCATCTTCTCCTCCTGCTT	6929.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;ClippingRankSum=0.000;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=1.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-4.526;QD=18.05;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,159:0.41:384
chr15	23686010	.	T	TCTC	1938.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=10.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-5.495;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.232;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:306,72:0.19:378
chr15	23686019	.	G	C	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DP=383;ExcessHet=3.0103;FS=17.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-6.018;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,62:0.16:378
chr15	23686031	rs75983100	T	C	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=16.274;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-6.448;QD=3.66;ReadPosRankSum=-2.854;SOR=1.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,52:0.15:356
chr15	23686045	.	A	ATCTTCTCCTCCTGGCCCCACATCT	1701.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=16.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-10.407;QD=4.96;ReadPosRankSum=-6.937;SOR=1.543;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,51:0.15:343
chr15	23686062	rs202194865	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=10.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-17.074;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=1.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,30:0.09:329
chr15	23686067	.	TCTC	T	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=7.759;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-17.895;QD=0.63;ReadPosRankSum=0.506;SOR=1.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,28:0.08:335
chr15	23686113	.	C	CTGCTCTTGCATCTTCTCG	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=8.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-17.526;QD=0.65;ReadPosRankSum=6.980;SOR=1.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,26:0.08:309
chr15	23686598	rs35708006	T	C	3579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=56;PP=2124;SC=TCCCGCAGCTTCTTCTGCTCC;SOR=0.925;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=105;WE=23686606;WS=23686588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	23686673	rs59122400	G	A	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=52;PP=1647;SC=TCCTGTCTCCGCATCTTCTCC;SOR=0.794;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=98;WE=23686681;WS=23686663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	23686914	rs57504140	T	A	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.27;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	23686924	rs58446506	T	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.04;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	23687812	rs2344891	T	G	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=37;PP=940;SC=GGTCTCATTTTTTTTTCTTTT;SOR=2.024;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=23687826;WS=23687802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	23687818	rs72495057	CT	C	1780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=41.41;SOR=2.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	23688944	rs4778531	A	G	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=18;PP=681;SC=TTCTTGTGCCATGTGGACACA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=23688952;WS=23688934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	23689510	rs12902150	C	G	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=22;PP=826;SC=GGAATCTTGGCGGTGAGCCTT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=43;WE=23689518;WS=23689500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	23811592	rs2239669	C	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=25;PP=1010;SC=CATCTGCCCCCGAGGCTCCTC;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=23811600;WS=23811582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	23931507	rs2192206	G	A	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=8;PP=276;SC=AGGCCTGGGGGTCTTTCTTAA;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=23931515;WS=23931497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	23932467	rs3743340	G	A	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=231;SC=TGCTGCGCGCGGCGCCTTCCG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=23932475;WS=23932457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	25200303	rs220029	G	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=12;PP=338;SC=TTGGAGTACTGAATAAACGGA;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=25200311;WS=25200293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	25219512	rs705	T	C	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=38;PP=1489;SC=TAGGAGAACCTGCGTCATACC;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=88;WE=25219520;WS=25219502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	25222304	rs2732020	C	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=2;PP=23;SC=GGAACCAAAACACAGATATAT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=25222312;WS=25222294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	25230402	rs1991274	T	A	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=138;SC=TTCCTATCAGTACAGGTTAAG;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=25230410;WS=25230392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	25232026	rs3832976	CGT	C	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.43;ReadPosRankSum=-0.808;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,9:0.15:62
chr15	25304777	rs2732022	G	A	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr15	25304877	rs2732021	C	A	3776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=56;PP=1641;SC=TAAATGTCTGCCATCACACGC;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=38;TCR=56;TR=94;WE=25304885;WS=25304867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr15	25307562	rs7402542	A	G	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=59;PP=2326;SC=CGTTCTCATCAGAACTGAGGT;SOR=0.930;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=84;TCR=60;TR=140;WE=25307570;WS=25307552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr15	25307730	rs62001990	G	C	1014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=30;PP=654;SC=GGAGATTTGTGGGGGCACTGG;SOR=3.202;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=25307738;WS=25307720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	25310440	rs6576402	A	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=634;SC=TACACAGGTCAGAGAGTCATA;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=25310448;WS=25310430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	25312912	rs62001999	G	A	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=5;PP=964;SC=GGTGTCAAATGTTCTGCCTCT;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=41;WE=25312920;WS=25312902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	25318447	rs11638645	G	A	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=38;PP=1125;SC=TTTTGTGGTCGTTTTGACCAT;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=66;WE=25318455;WS=25318437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	25319287	.	GT	G	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=3.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr15	25324141	rs4344720	C	T	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=254;SC=TCCCTTCATACGGTATGTGTT;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=25324149;WS=25324131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	25324348	rs11632591	A	G	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=32;PP=1039;SC=CCGTTGCATGAAGCATTCTTC;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=52;WE=25324356;WS=25324338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	25330550	rs3803328	T	A	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=42;PP=1610;SC=GATGACTTCCTTATATACATT;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=98;WE=25330558;WS=25330540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr15	25333038	rs2433225	T	C	2560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=57;PP=1468;SC=GTGGCTCCCATGTATAGGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=25;TCR=57;TR=82;WE=25333046;WS=25333028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	25350018	rs62002008	G	A	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=17;PP=410;SC=GTCTGTATGTGTTTGTATATA;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=25350026;WS=25350008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	25652101	rs8032479	C	G	163.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=1;PP=144;SC=AATTACATAACAACTAAAAAC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=25652109;WS=25652092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	25925094	rs3816800	C	G	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=583;SC=TGGGGAAAACCCTCCCCTGGA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=25925102;WS=25925084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	25925195	rs3736186	T	C	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=4;PP=197;SC=GAGACCCACATAGAGCAGAAG;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=25925203;WS=25925185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	25925933	rs901003	C	A	79.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	25926186	rs2076743	G	A	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=13;PP=377;SC=AGGCGGCGTCGGCCATGTTAA;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=25926194;WS=25926176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	25926325	rs35849027	T	TAAC	360.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=40.08;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	25947016	rs79497018	T	A	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=138;SC=ACGATAAACATGGACCACCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=25947024;WS=25947006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	25961964	rs10873607	A	G	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=29;PP=1178;SC=CAGACAGCTCAGGCGAGAGGT;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=61;WE=25961972;WS=25961954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	25963599	rs8024374	A	G	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=232;SC=TGGGCGGAGCAGAAAGAAACC;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=25963607;WS=25963589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	25967085	rs1564828	T	C	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	25981190	rs7173593	A	G	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=17;PP=604;SC=GCAGGCAGACACACGATACTC;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=25981198;WS=25981180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	25981367	rs7177724	C	T	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=5;PP=97;SC=TTTTCTGTCTCGCATCCGCGG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=25981375;WS=25981357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	26026139	rs8038726	A	G	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=112;SC=TAATGCCTGCAAGGCCCTGGA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=26026147;WS=26026129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	26260450	rs12440137	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.13;ReadPosRankSum=1.451;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr15	26260456	.	CTT	C	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.90;ReadPosRankSum=1.479;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,7:0.22:32
chr15	26260477	rs12437822	T	C	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.77;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	26828651	rs72702138	G	A	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=8;PP=204;SC=AAGCCCCTGTGGGAACCCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=26828659;WS=26828641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	27018187	.	TGCC	T	386.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.67;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	27019040	rs4906901	C	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=15;PP=430;SC=TTCATTTATACAATTGGACCT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=27019057;WS=27019030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	27061412	rs12910508	T	C	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=161;SC=ACAAAATACATAAAATAAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=27061420;WS=27061402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	27182357	rs140682	T	C	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=45;PP=1628;SC=CTGAAGTCGTTTACGTCTGGA;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=85;WE=27182365;WS=27182347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr15	27188335	rs140683	T	A	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=12;PP=585;SC=TTTCCGTTTTTCACTCTGCCC;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=27188343;WS=27188325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	27188353	rs140684	C	A	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=17;PP=642;SC=CCCTGCCTGACCCCCGCAGGG;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=27188361;WS=27188343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	27516740	rs76888516	GAGTC	G	2033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=13;PP=901;SC=ATGCAACCTAGAGTCAGTCAG;SOR=0.780;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=17;WE=27516751;WS=27516730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	27890491	rs1871017	G	T	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=12;PP=519;SC=GTGTGAAGCTGATCGTTGTGT;SOR=0.831;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=27890499;WS=27890481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	27890571	rs5811500	GT	G	1048.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=246;SC=GATTGTTGGGGTTTTTTTTTA;SOR=1.220;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=27890579;WS=27890561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	27890589	rs1871018	A	G	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=12;PP=335;SC=TTAAGATATAACTAGACATGG;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=27890597;WS=27890579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	28096453	rs8025804	A	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=2;PP=191;SC=AATCTGATACACACTAACTGT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=28096461;WS=28096443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	28096538	rs1800419	A	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=9;PP=454;SC=CTCCCAGGCAAGCACCGAAGG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=28096546;WS=28096528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	28116173	rs12594397	C	T	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=309;SC=TGCTCACTTTCGTCCTCTACA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=28116181;WS=28116163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	28116275	rs7175046	G	C	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=26;PP=1274;SC=AAGTTGAGCCGTCGACATGGA;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=28116283;WS=28116265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	28171147	rs2594928	T	C	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=1;PP=84;SC=ATTACAACCTTCATTGTTTTC;SOR=3.258;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=28171155;WS=28171137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	28211758	rs4778218	A	G	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	28211921	rs1800411	G	A	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=13;PP=373;SC=GGAGAACAAGGCAAATCCCAA;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=28211929;WS=28211911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	28228644	rs12910433	G	A	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=26;PP=931;SC=CACAAATGGAGGAAAATGAAA;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=28228652;WS=28228634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	28230097	rs1900758	C	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=1;PP=296;SC=TGGGCTCAACCGCCCCCACCT;SOR=5.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=28230105;WS=28230091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	28231793	rs10852218	T	C	2253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=17;PP=707;SC=AGATCATCTATGGGGAAAAGA;SOR=0.917;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=45;WE=28231801;WS=28231783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	28235773	rs1800404	C	T	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=41;PP=1206;SC=CCAGCATGGCCGCCAGAGTTC;SOR=1.204;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=28235781;WS=28235763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	28267533	rs113044747	G	GTGGGTGAGAA	682.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=2;PP=2957;SC=CAAAATTCGAGTGGTAATGGC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=28267541;WS=28267523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	28357230	rs4778245	T	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=11;PP=278;SC=CGGCTGCAGTTTACTTTACTG;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=15;WE=28357238;WS=28357220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	28359744	rs7495441	G	A	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=158;SC=CAACAGAGACGGATGACCACC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=28359752;WS=28359734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	28360081	rs7497014	T	C	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=37;SC=TGCAAGTGCATGGCACACACC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=28360089;WS=28360071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	28360888	rs5811542	C	CT	365.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=10;PP=435;SC=CTAAAAGCCTCTAACTCTTCA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=28360896;WS=28360878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	28361764	rs4778247	C	T	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=220;SC=AACTCAAGAGCAGGCACAGGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=28361772;WS=28361757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	28362459	rs7495875	G	A	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=18;PP=486;SC=AGACCCTGCCGTCTGGGGCGC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=31;WE=28362467;WS=28362449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	28375872	rs6416603	A	G	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=16;PP=395;SC=TTAGTGCAACATAAAATCATA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=28375880;WS=28375862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	28377196	rs10627923	C	CCT	1530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=8;PP=856;SC=CCTGGGGGCCCGACTGCGGTG;SOR=1.675;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=17;WE=28377204;WS=28377186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	28377772	rs8025035	C	T	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=0;PP=291;SC=ATGCAGCCTCCGGCCTCTGCA;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=28377780;WS=28377762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	28378122	rs4778141	T	G	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=86;SC=AACTCAAAAGTTCACCACTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=28378130;WS=28378112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	28414665	rs7494786	T	C	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=78;SC=TAAGAATATGTGATAAGGCCT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=28414673;WS=28414655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	28441817	rs2525936	G	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=258;SC=GTAGTTATTTGTTTTTTACAA;SOR=2.147;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=28441825;WS=28441807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	28502279	rs11631797	A	G	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=45;PP=1860;SC=AGTCCGCGGAACCATCCATCC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=96;WE=28502287;WS=28502269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	28517280	.	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.943;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-0.674;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.081;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr15	28517282	.	TG	GC	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-0.674;QD=20.65;ReadPosRankSum=0.177;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr15	28517287	.	T	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.183;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=3.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-0.674;QD=17.48;ReadPosRankSum=0.445;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	28517291	.	T	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.291;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=-0.623;QD=19.12;ReadPosRankSum=0.115;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr15	28517295	.	A	G	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.796;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-0.524;QD=27.52;ReadPosRankSum=-0.582;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr15	28517303	.	T	G	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.24;MQRankSum=-0.714;QD=22.44;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr15	28517305	.	T	A	448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.199;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-0.770;QD=21.37;ReadPosRankSum=0.307;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr15	28517310	rs199951842	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=-0.713;QD=21.64;ReadPosRankSum=-0.418;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr15	28517436	rs75181529	T	C	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=2.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=-0.892;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,49:0.54:90
chr15	28517539	rs80340439	G	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-4.407;QD=4.85;ReadPosRankSum=-1.057;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr15	28517546	rs79819039	G	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=-4.666;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.752;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr15	28517555	rs112104080	T	TC	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-4.480;QD=4.40;ReadPosRankSum=-2.607;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr15	28518217	.	C	G	127	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=63;MMLQ=24;MQ=57.3;NF=1;NR=2;PP=127;QD=53.9237375157;SC=TACAATCACACTAACACATTT;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=28518252;WS=28518207;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr15	28518228	.	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.63;MQRankSum=-1.150;QD=4.72;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr15	28518234	rs371290733	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-1.068;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.981;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr15	28518244	.	A	C	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-1.068;QD=5.82;ReadPosRankSum=1.981;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr15	28518272	.	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQRankSum=-0.431;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.431;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr15	28769050	rs375194121	G	A	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.61;MQRankSum=-0.157;QD=12.50;ReadPosRankSum=-1.543;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,31:0.65:48
chr15	29008641	rs372586219	GCCCCTCCATGGATCACCGGCA	G	1387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=2966;SC=GAGCTGGCAGGCCCCTCCATG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=29008669;WS=29008631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	29008851	rs145357312	C	T	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.43;QD=27.97;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	29009050	rs112804410	A	AC	8052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=60;PP=2957;SC=TATAGGACTTAGACACCCTTG;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=93;WE=29009058;WS=29009040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr15	29009311	rs142374134	A	G	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=17;PP=427;SC=ATATAGTTACAGTAGTACTGA;SOR=1.206;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=29009319;WS=29009301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	29009354	rs199574700	T	TTTTG	91	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.87;QD=30.33;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	29043336	rs11630550	C	T	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=52;SC=CTGTGTATTCCAGCTGTTTAT;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=29043344;WS=29043326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	29043486	rs11630596	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=55.24;NF=6;NR=7;PP=193;SC=GAATTTCCACCTTCTGAACAA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=29043494;WS=29043476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	29043511	rs1877706	T	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=4;NR=7;PP=174;SC=AATGTATCCTTAAGAGCTGTA;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=29043519;WS=29043501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	29052021	rs4036877	A	T	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=548;SC=TGAACATTTAATAATTGCATT;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=29052029;WS=29052011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	29347019	rs8040932	T	C	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=22;PP=655;SC=GAAGAGAGGCTGAAGTGGCCC;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=29347027;WS=29347009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	29385149	rs4779760	A	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=169;SC=TGCAGATGGCAATGGTTGGGC;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=29385157;WS=29385139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	29385204	rs4779761	A	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=361;SC=TCCTTGTGCTATGGCCAGGCA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=29385212;WS=29385194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	29386593	rs8037972	G	A	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=19;PP=527;SC=GTGGGGGCTGGGGGGTTCCCC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=29386601;WS=29386583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	29415560	rs3751562	G	A	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=60;PP=2307;SC=GGTCCAGAACGTCAGCGCCGA;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=65;TCR=61;TR=125;WE=29415568;WS=29415550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr15	29415698	rs3751563	A	G	2639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=1265;ReadPosRankSum=1.198;SC=AAACCCTGGCATCCGCATAGG;SOR=0.648;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=63;WE=29415706;WS=29415688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr15	29417099	rs12438521	G	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=639;SC=GACACCCACCGAGCGGCAGAT;SOR=1.464;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=29417107;WS=29417089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	29418520	rs2256273	C	T	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=100;SC=GCGGGACACACGCCCGGGACC;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=29418528;WS=29418510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	29418573	rs2672680	AT	GC	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=3;PP=276;SC=CTGGAGACACATGGCCAGGGG;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=29418582;WS=29418563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	29418745	rs968476	G	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=11;PP=298;SC=GGGGACGCTGGCGTGGGACAG;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=29418753;WS=29418735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	29444130	rs59230279	GC	G	876.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=13;PP=539;SC=CCCAGAATGAGCCGAGGTCGA;SOR=1.358;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=29444138;WS=29444120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	30008856	rs7166878	C	A	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=13;PP=682;SC=TCTGAGAATGCGCTGGCTTTG;SOR=1.101;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=30008864;WS=30008846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	30008889	rs2229518	G	A	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=20;PP=810;SC=GATGGCTGGCGGCAATGTGTG;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=44;WE=30008897;WS=30008879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	30011427	rs11073215	C	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=232;SC=TATTAAACTACGATTTAATAT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=30011435;WS=30011417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	30018553	rs4073316	A	T	1997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=25;PP=937;SC=TTTACTGAACAAGTCAAAAAA;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=30018561;WS=30018543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	30033645	rs145191256	G	GA	1042.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.416;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,58:0.88:66
chr15	30064495	rs1383315	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=226;SC=AATTTCTCTTCAGATCAATGA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=30064503;WS=30064485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	30069920	rs34542662	AT	A	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=1;PP=203;SC=CAAATGTACTATTCTTTTGAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=30069928;WS=30069910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	30070198	rs1904812	A	C	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=7;PP=175;SC=TTTGGTAGTTATTTTATTTTC;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=30070206;WS=30070188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	30336850	rs7173045	G	T	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=12.285;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=918;ReadPosRankSum=1.676;SC=GACAGGTGGAGGCGGCCGCGT;SOR=2.403;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=50;WE=30336858;WS=30336840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr15	30337377	rs10775120	G	C	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=43;PP=1578;SC=GTCGACCCCAGTCCGGACCCC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=85;WE=30337385;WS=30337367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
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chr15	31212684	rs10163148	G	C	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=6;PP=494;SC=TTTGTCACTTGTTATTATTGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=31212692;WS=31212674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	31212901	rs76554225	C	T	2575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=39;PP=1185;SC=GATGTGATGGCGTTAAACATG;SOR=1.122;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=31212909;WS=31212891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	31214649	rs1474382	A	G	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=352;SC=ATTTACATGTAATTAGAACAT;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=31214657;WS=31214639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	31218164	rs2959037	T	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=24;PP=569;SC=GGCTTTCTCTTGTGGCACCCA;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=15;TCR=24;TR=39;WE=31218172;WS=31218154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	31220709	rs61136501	T	TTGTGTGTGTGTG	545.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=3;PP=198;SC=AAAACAGATTTTGTGTGTGTG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=31220717;WS=31220699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	31223026	rs3794596	C	G	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	31233220	rs2955792	C	T	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=279;SC=CAATTAGAGACGACAGAAAGT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=31233228;WS=31233210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	31244263	rs2955789	C	T	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=25;PP=679;SC=AAAGGAAAAGCAGTGTTAAAA;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=31244271;WS=31244253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	31267123	rs77719498	A	T	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=15;PP=449;SC=TATGTACGGAATACTACGTAC;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=31267131;WS=31267113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	31283136	rs3743231	A	C	3992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=46;PP=1494;SC=GACACATGCGAAAGACACACA;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=77;WE=31283144;WS=31283126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	31283844	rs28564430	T	C	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	31294654	rs3784588	C	T	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=38;PP=1245;SC=GTGTTTTGAACATCTGATTTG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=31294662;WS=31294644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	31369123	rs4779816	A	G	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=25;PP=924;SC=AGAGTCTTTCATGCTAGGAAT;SOR=0.770;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=31369131;WS=31369113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	31369223	rs4779817	C	T	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=26;PP=737;SC=TGGACCAATACATTCCCAAGC;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=31369231;WS=31369213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	31369258	rs4779818	C	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=20;PP=609;SC=ATTCTTATACCTTTATAAAAC;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=31369266;WS=31369248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	31453056	rs12906081	T	C	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=38;PP=1586;SC=GAGACCAGTGTCCCTCTGCCC;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=86;WE=31453064;WS=31453046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr15	31516008	rs1865873	T	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=19;PP=537;SC=GAAAGGAAACTTAGGTCGCCA;SOR=2.019;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=31516016;WS=31515998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	31521505	rs3835087	CGG	C	1047.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=37.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	31776210	rs199744400	TGGC	T	383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;QD=38.37;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	31818380	rs34483391	G	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	31818388	rs78559045	C	T	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	31818432	rs74012507	T	G	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=0;PP=115;SC=CTGGAATCTTTCTGTCTTCCA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=31818440;WS=31818422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	31818556	.	C	G	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=19;PP=529;SC=ACTTACCCCCCGCCCGTGCCG;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=31818564;WS=31818546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	31822722	rs16956850	G	C	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=50;SC=TGTCTCTCCAGCAAGTGCTAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=31822730;WS=31822712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	31823062	rs57131062	C	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=272;SC=GAAGGGGCCACTGGGGGTGTT;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=31823070;WS=31823052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	32393486	rs201765366	C	CTT	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.741;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,23:0.77:30
chr15	32393663	rs28650375	C	A	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=65;SC=GGAAAAAAAACCAAAAAAACA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=32393671;WS=32393653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr15	32620127	rs3809581	G	A	1150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.835;NF=33;NR=28;PP=769;ReadPosRankSum=1.443;SC=GGCATTTGTAGGAAGAATGTG;SOR=0.637;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=145;TCF=76;TCR=69;TR=61;WE=32620135;WS=32620117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,63:0.43:145
chr15	32971934	rs7177843	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.353;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr15	32984196	rs6494593	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=264;SC=AGTCTGTAGCAATTCTAGCAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=32984204;WS=32984186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	33010412	rs2293582	G	A	2011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=750;ReadPosRankSum=0.928;SC=AGGGAAGAGGGCCGCAAACCA;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=53;WE=33010420;WS=33010402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,97:0.58:168
chr15	33010736	rs2293581	G	A	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.331;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=523;ReadPosRankSum=-0.166;SC=GAGCGCAGGAGCATCCGGACC;SOR=1.151;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=38;WE=33010744;WS=33010726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,48:0.54:89
chr15	33023486	rs12915554	C	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=96;ReadPosRankSum=0.270;SC=AGGAATGCAGCCCCAGGAAGT;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=10;WE=33023494;WS=33023476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr15	33096560	rs16959042	A	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=6;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=374;ReadPosRankSum=-1.020;SC=ATGATTAAAAATTTTTTCTTC;SOR=0.430;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=15;WE=33096568;WS=33096550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr15	33261232	rs2930131	G	A	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	33795710	rs2572204	A	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.96;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	33840414	rs1435100	A	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=16;PP=549;SC=AGGTAATGGAAGGCCTGGGAA;SOR=0.968;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=33840422;WS=33840404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	33842222	rs1865496	C	G	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=83;SC=AGCAAGCCAGCAGCCTGGTGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=33842230;WS=33842212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	33855345	rs2304379	G	A	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=115;SC=ATTTTGTGATGGATTGTACAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=33855353;WS=33855335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	33872177	rs674155	C	T	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=15;PP=809;SC=TGGTTTTTAGCGGAAACAATC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=33872185;WS=33872167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	33873657	rs668570	C	T	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=13;PP=633;SC=GCATAAGGGACTGTGCTTTCT;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=33873665;WS=33873647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	33876449	rs10431811	G	A	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=1;PP=463;SC=AAAAAAGAAAGAATTGTGTCA;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=18;WE=33876457;WS=33876439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	33876517	rs2643364	A	G	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=15;PP=798;SC=AGCAAGTGAAATATTCGACAG;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=33876525;WS=33876507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	33876543	rs624954	C	T	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=23;PP=928;SC=CAAGTTCTCACGCCCATCATT;SOR=0.995;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=58;WE=33876551;WS=33876533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	33893567	rs12906396	C	G	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=3;PP=115;SC=GGTGGTCCTGCCTGCTGTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=33893575;WS=33893557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	33893769	rs2437135	C	T	2110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr15	33893828	rs3829479	C	G	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=18;PP=599;SC=AAAGAGGGCTCATCTGAACTC;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=28;WE=33893836;WS=33893806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	33895613	rs2291729	G	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=14;PP=356;SC=TGGAAATGATGGAGGCTCAAA;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=33895621;WS=33895603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	33954652	rs4780144	C	T	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	33955262	rs66533161	GTGAC	G	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=5;PP=292;SC=GCTTGGCATAGTGACTGACCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=33955273;WS=33955252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	33962559	rs11072596	G	C	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=211;SC=AATGTTCTTTGTGACACTATG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=33962567;WS=33962549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	33990041	rs3736531	A	G	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	33990250	rs1111611	G	A	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=11;PP=268;SC=GCAGGAGCACGAGGTGACTTG;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=33990258;WS=33990240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	33993320	rs2280419	G	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=21;PP=579;SC=TGTTCTCTTCGGCCTGTAGTG;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=33993328;WS=33993310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	33993358	rs2280418	G	A	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=385;SC=AGCAGACCACGGATGGAGTCT;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=33993366;WS=33993348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	34016274	rs6495228	G	A	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=7;PP=514;SC=AGCAGCACGGGGGACGATGAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=34016282;WS=34016264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	34038511	rs3812937	A	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=7;PP=168;SC=CCAGTGGGCAAGTGCCTCAGG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=34038519;WS=34038501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	34049615	rs2288604	A	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=7;PP=542;SC=ACACTTTTAAATGAACCAAAT;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=34049623;WS=34049605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	34061142	rs3214581	C	CA	496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=7;PP=535;SC=CATCATAAAGCAAGGCTGTGT;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=34061150;WS=34061132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	34064043	rs1429754	T	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=175;SC=TCTGCCCAGATGACACTGCCA;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=34064051;WS=34064033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	34064467	rs62012654	T	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=175;SC=GAGAGAGAATTATTCCATGCC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=34064475;WS=34064457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	34103272	rs4780181	C	G	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=19;PP=497;SC=GAACTCACACCGGCTTTCCTT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=34103280;WS=34103262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	34111876	rs150186949	AAAATAAATAAATAAAT	A	2027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;QD=43.14;SOR=1.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	34113010	rs2288613	C	T	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=37;PP=1111;SC=AAAAAACATTCGAAGTAAGTT;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=54;WE=34113018;WS=34113000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	34113592	rs2288615	T	G	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=24;PP=949;SC=AGTTTCTGGATGGGCTTATGT;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=34113600;WS=34113582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	34115088	rs8032198	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=1;PP=365;SC=ATTCCATAAGCAGAGCGTCCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=34115096;WS=34115078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	34117945	rs375843363	TTTC	T	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.054;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=7.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.536;SOR=2.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr15	34117954	rs72715190	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	34118994	rs4041449	C	CAG	2161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=816;SC=ACACAGCACTCGGGCAAAACT;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=34119002;WS=34118984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	34129357	rs7182398	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=304;SC=CCTGGTCTGACGGACGAAGCC;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=34129365;WS=34129347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	34135826	rs2303868	G	A	776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=576;SC=TACTAAGTATGCTATGTGTAG;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=34135834;WS=34135816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	34136971	rs7181900	T	C	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=186;SC=ACTATTTGTATAGCACATGCT;SOR=4.174;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=34136979;WS=34136961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	34137131	rs118177681	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=22;PP=767;SC=TTAATGACGAGGAAGAGGAAG;SOR=0.840;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=39;WE=34137139;WS=34137121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	34137292	rs12899715	C	G	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=217;SC=TGGATCTAATCTCACTCCTTG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=34137300;WS=34137282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	34140735	rs2278314	A	G	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=52;SC=TTTGATTTCTAGGACTTTTCT;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=34140743;WS=34140725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	34146783	rs2303308	G	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=29;PP=901;SC=ACGTGCTGGGGGAACACTTAT;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=34146791;WS=34146773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	34146886	rs713201	T	C	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=14;PP=752;SC=TCAGTGTGTCTCCCAAAATAA;SOR=0.950;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=35;WE=34146894;WS=34146876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	34146922	rs713203	C	T	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=13;PP=1006;SC=AATGAGCACACTATGAGGCAA;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=34146930;WS=34146912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	34151668	rs7180084	G	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=9;PP=668;SC=TTCCCCTCTCGTGGCTTAGGG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=35;WE=34151676;WS=34151658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	34152777	rs2303310	T	A	3129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=28;PP=1228;SC=TTGCTTTGTCTTTGTATTTAA;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=70;WE=34152785;WS=34152767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	34156284	rs11072759	C	G	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	34156312	rs11072760	T	C	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=18;PP=591;SC=GACCAGAGTATCTAATACTAT;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=34156320;WS=34156302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	34168207	rs11295548	GA	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=3.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,23:0.23:99
chr15	34437863	rs4780222	A	G	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	34441102	rs6495551	C	T	216.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=132;SC=CAGTTGACCACAGTAAACAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=34441110;WS=34441092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	34441122	rs77444703	C	A	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=81;SC=ATGATCTGAACAAATTTAAGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=34441130;WS=34441112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	34446955	rs77111922	C	T	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=321;SC=ATCAGCACTCCGGCAAAAAGC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=34446963;WS=34446945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	34520687	rs116858574	T	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=21;PP=997;SC=GTCTATCTCATTGGGAACCTG;SOR=0.927;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=31;TCR=21;TR=51;WE=34520695;WS=34520677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	34521253	rs7167503	A	T	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.53;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	34528948	rs4577050	G	A	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=12;PP=597;SC=GCATGTGCCGGAGCATCTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=34528956;WS=34528938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	34537435	rs4371122	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=3;PP=205;SC=AATAAACATGCATTATTTATC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=34537443;WS=34537425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	34543055	rs10851964	G	A	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=9;PP=429;SC=AAATCACTCCGTGGGTCTGAC;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=34543063;WS=34543045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	34543298	rs11382535	G	GA	506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=194;ReadPosRankSum=1.108;SC=GCAGCAGTATGAAAAAAAAAA;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=18;WE=34543306;WS=34543288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,28:0.88:32
chr15	34547757	rs11421665	G	GA	49.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=65;SC=AGTAAAAGGTGAAAGTGTTAT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=34547765;WS=34547747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	34550009	rs149393286	T	TA	426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=13;PP=383;SC=AAGACATTGATAAAAAATCAC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=34550017;WS=34549999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	34551082	rs7164902	G	A	1695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=22;PP=812;SC=CCTTGAGTCAGATTAGTGTAA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=34551090;WS=34551072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	34610964	rs347867	G	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=115;SC=CCTTGCTGTCGTTTCAGACTG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=34610972;WS=34610954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	34628570	rs347836	C	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=349;SC=GGATAAAGAACCCAGTAATGA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=34628578;WS=34628560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	34634324	rs422388	C	G	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	34635029	rs2615357	G	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=7;PP=625;SC=ATTACAGGCGGGAGCCACTGC;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=34635037;WS=34635019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	34635863	rs73376010	G	C	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=32;PP=1049;SC=AAGATTTAAAGTTAGGTCCCT;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=57;WE=34635871;WS=34635853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	34638030	rs8031961	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,38:0.35:109
chr15	34638198	rs12595504	A	G	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=448;ReadPosRankSum=0.918;SC=AGACAGCCACAGTTAGTGCCC;SOR=0.578;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=40;WE=34638206;WS=34638188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,56:0.34:164
chr15	34638342	rs12592913	G	T	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=4.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr15	34640054	rs150911418	AAAAAAT	A	534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=2;PP=302;SC=ACTCCATCTCAAAAAATAAAA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=34640067;WS=34640044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	34640218	rs374230	C	T	9779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=127;NR=85;PP=2965;SC=AGTGCCGCCCCGTCTCCATCC;SOR=0.975;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=213;TCF=128;TCR=85;TR=212;WE=34640226;WS=34640208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr15	34640378	rs430083	T	C	7223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=111;PP=2965;SC=TGACAGGGGATGGGGGCCCTT;SOR=1.084;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=71;TCR=111;TR=182;WE=34640386;WS=34640368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr15	34640959	rs371061	G	A	312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=199;SC=AGTTTAGGCTGTTTAGGACTA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=34640967;WS=34640949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	34643103	rs347796	A	G	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=5;PP=157;SC=CCGCAGAGAGACTTGTGTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=34643111;WS=34643093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	34653914	rs35483472	T	C	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=80;SC=CTTTTCTTTTTTTTTTTGACG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=34653922;WS=34653904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	34654339	rs10626628	T	TTCTC,TTCTCTC	3725.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=3.058;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.000;QD=39.64;ReadPosRankSum=1.600;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,15,78:0.16,0.83:94
chr15	34655092	rs2339434	T	C	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	34656524	rs6495665	T	C	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=10;PP=261;SC=TTGGGAAGGATACAAAGAGGA;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=34656532;WS=34656514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	34657589	rs4984237	A	G	60.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=1;PP=39;SC=ATCAGGGCACATTACTTAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=34657597;WS=34657579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	34673722	rs76522922	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.87;MQRankSum=-0.466;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.770;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr15	34781941	rs117772948	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.416;NF=10;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=-1.052;SC=ACCCATCCTTCTCCCTTCGTA;SOR=0.493;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=17;WE=34781949;WS=34781931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr15	35045057	rs3743123	G	A	6274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=69;PP=2965;SC=TGTAGAAGCGGGAGATGCCTT;SOR=0.794;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=77;TCR=69;TR=145;WE=35045065;WS=35045047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr15	35045312	rs651724	T	A	10231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=140;NR=159;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.651;SC=CTAGGAAGACTGTAGAGTAGC;SOR=0.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=306;TCF=147;TCR=159;TR=299;WE=35045320;WS=35045302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,392:1.00:393
chr15	35083508	rs201456215	TCACACACACACACACA	T	642.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.389;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-2.070;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr15	35149008	rs8035240	C	T	6451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=66;PP=2828;SC=TGGTCTCTTCCGGGGCAGATG;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=154;WE=35149016;WS=35148998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr15	35149313	.	T	TA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=1.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,17:0.17:101
chr15	35174666	rs34949352	T	TA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.91;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr15	35185808	.	G	GCA	204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=1.638;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
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chr15	35273620	rs4923849	C	T	2010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,103:0.56:183
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chr15	36218926	rs62005169	T	A	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.33;QD=48.24;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	36218930	rs1532477	T	A	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=43.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	36218934	rs1532476	T	A	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.28;QD=43.56;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	36218938	rs1532475	T	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.732;QD=19.63;ReadPosRankSum=2.850;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr15	36219168	rs5811879	CA	C	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.391;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr15	36871957	rs3743337	C	T	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.886;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=10;PP=1217;ReadPosRankSum=-0.430;SC=GGCGAGGACCCGGGCCTGTGC;SOR=1.375;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=93;TCF=74;TCR=19;TR=61;WE=36871965;WS=36871947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,69:0.63:109
chr15	36937405	rs11073191	G	T	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	36937606	rs11073192	A	C	157.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=1;NR=5;PP=113;SC=TGTTTTAAGTATTTTATTCAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=36937614;WS=36937596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	36946153	rs10220771	G	A	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr15	36946303	rs3784678	C	G	7581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=83;NR=124;PP=2965;SC=GTCTAGGTACCTGAATGGAGT;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=84;TCR=124;TR=207;WE=36946311;WS=36946293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr15	36946441	rs10220785	C	T	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=16;PP=409;SC=ACAATTATAACTACCTTTGGA;SOR=3.056;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=36946449;WS=36946431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	36949952	rs6495863	T	A	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=12;PP=1379;SC=AATTGACTTATTCTTCAGTGT;SOR=2.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=63;WE=36949960;WS=36949942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	36984409	rs3743338	T	C	6222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr15	36989469	rs2381887	G	A	7069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=97;NR=70;PP=2887;SC=TGGTATTAGCGTTTTCCTGCT;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=169;TCF=97;TCR=72;TR=167;WE=36989477;WS=36989459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr15	37026600	rs5811935	A	AT,ATT	1579.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=38.53;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,30,11:0.73,0.27:41
chr15	37026612	rs2078369	A	T	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.17;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	37110637	rs1194621	T	C	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=562;SC=ACCACTGCCGTCGGCTCCGGC;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=37110645;WS=37110627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	37173119	rs67033548	A	AT	3040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=32;PP=2001;SC=GTTTGCATTGATTTTTTGTGG;SOR=1.078;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=59;WE=37173127;WS=37173109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	37173147	rs12909623	T	G	4313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=46;PP=2344;SC=AAATTTGCGGTGTTTCAGGAA;SOR=0.972;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=72;TCR=46;TR=117;WE=37173155;WS=37173137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	37173267	rs12903788	G	A	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=74;PP=2689;SC=ACCCAACTCAGGACTCTAAAG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=59;TCR=74;TR=133;WE=37173275;WS=37173257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr15	37187197	rs61146116	A	AT	596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=10;PP=573;SC=TCAAAGAGGAATTTTTTCCCC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=37187205;WS=37187187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	37242440	.	G	GA	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.344;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,21:0.26:82
chr15	37375938	rs77652060	C	T	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=684;ReadPosRankSum=1.765;SC=TTAGTCATGCCTACTTTGCAC;SOR=0.691;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=43;WE=37375946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,57:0.66:87
chr15	37390440	rs75232629	A	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.929;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
chr15	38228992	rs17557582	A	G	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.760;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr15	38230437	rs11366248	GA	G	1238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=569;ReadPosRankSum=-0.789;SC=AAAGGTAAATGAAAAAAACAA;SOR=0.639;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=32;WE=38230445;WS=38230427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,72:0.48:151
chr15	38230565	rs59125264	TG	T	1529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=24;PP=944;SC=CTTGAACCACTGGAGTGCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=25;WE=38230573;WS=38230555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	38233223	rs1021796	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=302;SC=TTAATTCCTCTATCAGGAGAC;SOR=2.985;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=38233231;WS=38233213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	38233869	rs2937991	T	C	2753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	38234301	rs72723044	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=183;ReadPosRankSum=-0.453;SC=CAAGCATTCATGGTATCATGT;SOR=0.299;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=12;WE=38234309;WS=38234291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr15	38235521	rs12443282	T	A	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=26;PP=1346;ReadPosRankSum=2.113;SC=TCAATTTCTGTCCTGGCTGTT;SOR=0.694;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=137;TCF=95;TCR=42;TR=82;WE=38235529;WS=38235511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,114:0.57:201
chr15	38240024	rs112503245	CAA	C	1194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=506;ReadPosRankSum=0.499;SC=CACACACACACAAGTCAGCAA;SOR=0.684;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=13;WE=38240033;WS=38240014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr15	38258772	rs2959336	A	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.371;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=20;PP=689;ReadPosRankSum=0.113;SC=AGGCTACAGCAAGAAACCTCA;SOR=0.468;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=91;TCF=58;TCR=33;TR=49;WE=38258780;WS=38258762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,57:0.46:124
chr15	38590722	rs8040553	T	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=10;PP=544;SC=TAAAAAAAATTAACTTCTGGT;SOR=1.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=38590730;WS=38590702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	38590771	rs8036280	A	G	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	38590854	rs8034630	G	A	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=19;PP=513;SC=AAGGATTTTTGAAGTGATGAA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=32;WE=38590862;WS=38590844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	38614525	rs7182445	G	A	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=46;PP=1527;SC=TTGATGACAAGAAGTTTGGTC;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=38614533;WS=38614515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	38616815	rs1879939	G	A	35.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	38617113	rs1879938	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	38617113	.	CTC	TTG	503	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=3;NR=10;PP=503;QD=42.8052211432;SC=TTCTAAGACACTCTATTTGTC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=38617123;WS=38617103;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	38617115	rs1879937	C	G	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.12;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	38631840	rs7163339	T	C	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=7;PP=779;SC=TATATACTTATTGACTTGCTA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=38631848;WS=38631830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	38631920	rs7179118	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-2.972;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,67:0.51:132
chr15	38631930	rs7180446	C	A	4704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.37;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr15	38632148	rs7181472	A	G	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=29;PP=830;SC=GTAGAAATTGAATGATGTCAT;SOR=1.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=38632156;WS=38632138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	38641773	rs61670754	G	GTT	1701.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	38641774	.	A	T	570	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=6;NR=18;PP=570;QD=25.1988005228;SC=TAATTAATAGATAGGTAAAGT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	38641774	rs34352434	A	AAAT	1701.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	38641776	.	A	AAATTAGT	1373	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=2;NR=17;PP=1373;QD=77.5263157895;SC=ATTAATAGATAGGTAAAGTTT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	38641777	.	G	A	567	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=6;NR=17;PP=567;QD=26.1639657629;SC=TTAATAGATAGGTAAAGTTTT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=38641785;WS=38641764;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	38641777	rs59928364	G	GTA	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	38643574	rs3751526	T	C	5657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=65;PP=2734;SC=AAGAAAATGTTAGGGGAAAAT;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=140;WE=38643582;WS=38643564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr15	38776806	.	AGGT	A	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=58.1;NF=2;NR=0;PP=31;QD=19.0;SC=CATATGGAGGAGGTGGTGGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=2;WE=38776816;WS=38776796;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,2:0.12:16
chr15	38794566	rs12324402	A	G	6322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.89;ReadPosRankSum=1.106;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,253:1.00:254
chr15	38804020	rs11413668	T	TA	812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=359;SC=GAGTCTCCCTTACGCTGGTTA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=38804028;WS=38804010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	38804104	rs6495977	C	A	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	38990803	rs12595568	T	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=200;SC=GTGTGGTGTGTAAGATGTTGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=38990811;WS=38990793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	39894537	rs117681776	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.727;SC=GCGTTCTAGCGTTCTCTCCTA;SOR=0.744;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=8;WE=39894545;WS=39894527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,22:0.41:54
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chr15	40248097	rs143220099	ATCTT	A	238.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.021;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=260;ReadPosRankSum=0.761;SC=AACCTTATATATCTTAATATA;SOR=0.078;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=6;WE=40248108;WS=40248087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr15	40254155	rs510949	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=23;PP=675;SC=AGTTAATCACAAAGGAATGGG;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=40254163;WS=40254145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	40259504	rs522933	G	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	40259519	rs33911018	C	CT	147.19	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.957;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,13:0.87:15
chr15	40259848	rs2291627	A	C	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=1156;ReadPosRankSum=1.303;SC=CACCGTCAAGATTACGGACTA;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=135;TCF=72;TCR=63;TR=70;WE=40259856;WS=40259838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,97:0.49:196
chr15	40265799	rs2307105	A	G	3393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=24;PP=1437;SC=TCAGATTCTGAAGGACAAGAT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=71;WE=40265807;WS=40265789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	40269126	rs112695691	T	TTTCC	2686.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.04;QD=43.33;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	40270214	rs7174071	A	G	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.29;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	40282625	rs4144472	T	C	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=47;PP=1411;SC=GACTCAGATGTCTTGATAATC;SOR=2.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=61;WE=40282633;WS=40282615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	40284523	rs7178419	C	T	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=47;PP=1364;SC=AGGTTTTATTCTACGGCAGAT;SOR=1.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=40284531;WS=40284513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	40284802	rs11070241	C	T	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=205;SC=TGTGGCCATACGTGACTTATG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=40284810;WS=40284798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	40285120	rs11633992	A	G	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=28;PP=740;SC=AGCATTTGGGATTTAGTCCCG;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=40285128;WS=40285110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	40291140	rs2412457	C	T	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=294;SC=CTTAAAATGTCATTAGACTTG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=40291148;WS=40291130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	40293036	rs72248603	AAAT	A	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.522;NF=4;NR=0;PP=73;ReadPosRankSum=-0.559;SC=AAAGCAGAAAAAATAATGACC;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=4;WE=40293046;WS=40293026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr15	40300092	rs2279581	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=413;SC=CAGGTCAAATTTGTCTTTCAG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=40300100;WS=40300084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	40300214	rs2279580	G	C	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=898;ReadPosRankSum=-0.190;SC=AGAAATCTGGGTTTCTCTCTC;SOR=0.747;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=140;TCF=87;TCR=53;TR=61;WE=40300222;WS=40300204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,110:0.50:219
chr15	40300443	rs2279579	T	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=399;ReadPosRankSum=-0.756;SC=CTATATTTCTTCACCAAGTGT;SOR=2.326;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=20;WE=40300451;WS=40300433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr15	40313083	rs12916520	G	T	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=12;PP=774;SC=ACTGTAACCGGTCTGTTTCTG;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=40313091;WS=40313073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	40313141	rs3207297	C	T	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=430;ReadPosRankSum=0.334;SC=TAAGTGTTGGCCAGATGTCTA;SOR=0.590;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=26;WE=40313149;WS=40313131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr15	40314967	rs8030856	C	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=4.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=186;ReadPosRankSum=-1.207;SC=GACGGAGTCTCGCTGTCTCCC;SOR=1.440;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=10;WE=40314975;WS=40314957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr15	40322552	rs2250402	G	T	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=19;PP=666;SC=AAACTCTCTTGGTCTCAGGTT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=40322560;WS=40322542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	40324837	rs2291621	C	T	3474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=35;PP=1368;SC=AGCCCTTTTACAGCACAATAG;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=40324845;WS=40324827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	40328575	rs7535	G	C	8587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=107;NR=94;PP=2965;SC=GCTGTTGTTGGTGCTGTTGCT;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=107;TCR=96;TR=201;WE=40328583;WS=40328565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr15	40328665	rs8208	G	A	6726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=101;PP=2965;SC=CTCTTCTTCAGCCCATCCATG;SOR=0.890;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=81;TCR=101;TR=181;WE=40328673;WS=40328655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr15	40328973	rs2291620	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.132;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=241;ReadPosRankSum=-1.138;SC=TAGGTAGCATATATCTACAGC;SOR=0.124;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=12;WE=40328981;WS=40328963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr15	40329033	rs2291619	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=12;PP=1227;SC=CGGTATTAGCATTGAAATTCA;SOR=2.406;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=46;TCR=12;TR=58;WE=40329041;WS=40329023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	40329480	.	G	GA	160	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=0.712;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.277;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr15	40330564	rs7321	C	T	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=30;PP=1394;SC=CCACAGTACCCTTCTTTGGAA;SOR=0.881;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=76;WE=40330572;WS=40330554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	40330629	rs8041057	C	T	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1681;ReadPosRankSum=1.018;SC=TGAACACGGCCGCGTACGTGG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=40330637;WS=40330619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr15	40330693	rs937215	C	T	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=38;PP=1203;SC=GATGACCTAACCCAGCCCCGC;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=67;WE=40330701;WS=40330683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	40397936	rs539846	G	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.563;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=-1.558;SC=TTTGGGGAGGGAAAGTCCCCT;SOR=2.147;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=10;WE=40397944;WS=40397926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr15	40453307	rs2277559	A	G	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=11;PP=561;SC=GGAGTCGTGTACGTGCCTTGG;SOR=0.800;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=28;WE=40453315;WS=40453297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	40453497	rs2277560	G	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	40457129	rs3214012	A	C	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=53;SC=AATAATAATTATGTGTCAGTC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=40457137;WS=40457124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	40477831	rs1801376	G	A	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=21;PP=888;SC=GAGACTGCACGACAGCCAGTT;SOR=0.716;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=46;WE=40477839;WS=40477821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	40488851	rs1047130	G	A	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=39;PP=1445;SC=ATCAGCAAGCGTCTGAGGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=40488859;WS=40488841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr15	40491952	rs2172742	A	G	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=31;PP=869;SC=TTTCATACACAAAACTAGAAT;SOR=1.054;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=52;WE=40491960;WS=40491942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	40494952	rs2412482	A	T	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.85;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	40494960	rs12898804	A	C	1735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.51;SOR=2.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	40500986	rs11630664	C	T	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=38;PP=1067;SC=GATATACATACCACTATATCC;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=40500994;WS=40500976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	40544493	rs55799438	A	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=3;PP=493;SC=CGCTCAGCTGATTCTCCAGGT;SOR=2.468;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=40544501;WS=40544483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	40544520	rs55974545	G	C	1202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=733;SC=TCCGCGAGGCGGCCACTGGGC;SOR=2.476;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=40544539;WS=40544510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	40544531	rs117614422	C	G	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=259;ReadPosRankSum=-0.503;SC=GCCACTGGGCCGTGGAGCCGC;SOR=1.003;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=17;WE=40544539;WS=40544510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr15	40544617	rs55863440	G	A	4928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=76;NR=47;PP=2346;SC=CAAGCAGGTGGAGAGAAAGAG;SOR=1.119;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=76;TCR=47;TR=123;WE=40544625;WS=40544607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	40545438	rs11636097	A	G	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=40;PP=1304;SC=CGCCTAAGAGAGAGGCCCAGT;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=40545446;WS=40545428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	40556685	rs7162809	A	G	6519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=72;PP=2718;SC=ATTTTATAAAAACACACCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=148;TCF=76;TCR=72;TR=147;WE=40556693;WS=40556675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr15	40556713	rs12902461	T	C	6216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=81;PP=2590;SC=GCCTGCTCCATAGGGGACTTG;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=59;TCR=82;TR=140;WE=40556721;WS=40556703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr15	40558744	rs748556	G	A	1426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.789;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=36;PP=914;ReadPosRankSum=0.358;SC=AGTGGGTGTAGGGACACAGGC;SOR=1.068;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=52;WE=40558752;WS=40558734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,64:0.63:102
chr15	40565055	rs2253603	G	A	7158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=66;PP=2479;SC=TCAGGCCCCCGCCTGCCCCCA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=135;WE=40565063;WS=40565039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr15	40566260	.	C	G	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.257;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=4;PP=338;ReadPosRankSum=-0.091;SC=CAGCTGTCCCCCCTCCACCAC;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=23;WE=40566268;WS=40566250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr15	40573716	rs4924446	A	G	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=6;PP=367;SC=ACCGAGACAGACAGAGCGTTG;SOR=1.005;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=40573724;WS=40573706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	40582128	.	AAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG	AAGAG,AAGAGAGAGAGAG,A	431.73	.	AC=1,0,0;AF=0.500,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8,8;NR=20,20;PP=874,150;ReadPosRankSum=-0.182;SC=CCTACTTGTGAAGAGAGAGAG;SOR=0.836;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=28,28;WE=40582186;WS=40582118;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.33:61
chr15	40582169	rs8036867	A	T	1320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=500;ReadPosRankSum=2.937;SC=AGAGAGAGAGAGTGTGTGTGT;SOR=0.606;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=53;WE=40582186;WS=40582118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,62:0.53:116
chr15	40582713	rs34370826	TAG	T	366.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=212;ReadPosRankSum=0.817;SC=GATCCATTTGTAGAGAGGCCC;SOR=0.602;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=6;WE=40582722;WS=40582703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr15	40583093	rs2412506	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=5;PP=506;SC=CAGAGGGAGTACGGGGGGCGG;SOR=1.292;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=14;WE=40583101;WS=40583083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	40583458	rs936209	A	G	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=28;PP=1113;SC=CACCGCCACGAGCCTTACCTC;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=40583466;WS=40583448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	40583876	rs9972418	T	G	5392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=66;PP=2500;SC=GGCTGGGCTGTCAGGTGCTCT;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=62;TCR=66;TR=128;WE=40583884;WS=40583866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr15	40589002	rs2229691	A	G	3437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=65;PP=1435;ReadPosRankSum=0.847;SC=CCTCCCCACCAGTATCCTTAC;SOR=0.656;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=240;TCF=91;TCR=149;TR=105;WE=40589010;WS=40588992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,179:0.44:404
chr15	40589830	rs2305649	G	A	4734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=76;PP=2400;SC=AAGCGGGGATGGGGTTCAGCC;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=43;TCR=76;TR=118;WE=40589838;WS=40589820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr15	40590134	rs2229690	G	A	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=32;PP=1189;SC=TCTTAAAGGCGCTTTCTGCAA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=65;WE=40590142;WS=40590124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	40590265	rs2305648	C	G	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=899;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CATATAACTGCATGGCCGCCA;SOR=0.475;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=53;WE=40590273;WS=40590255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,76:0.63:120
chr15	40591255	rs72731486	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=273;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CCTGACTCCCGGCATGGCAGG;SOR=0.890;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=19;WE=40591263;WS=40591245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr15	40593939	rs2305647	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=108;ReadPosRankSum=0.449;SC=GTAGGGGATACAGACAAACCT;SOR=1.347;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=9;WE=40593947;WS=40593929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr15	40594845	rs72731487	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=397;ReadPosRankSum=-0.555;SC=GGATGGAGGTGTGCTCCCTCC;SOR=0.592;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=29;WE=40594853;WS=40594835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,40:0.60:67
chr15	40595414	rs1869902	G	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=256;ReadPosRankSum=-0.559;SC=CTTCCCACCCGCACAGGGACC;SOR=0.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=19;WE=40595422;WS=40595404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr15	40595627	rs1869901	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=211;ReadPosRankSum=-0.881;SC=GGTCAAGAATGAGCAATAGGG;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=16;WE=40595635;WS=40595617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chr15	40645311	rs369426346	GGTGT	G	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.776;NF=4;NR=3;PP=215;ReadPosRankSum=0.339;SC=TCCTTTGAAGGGTGTGTGTGT;SOR=1.329;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=7;WE=40645322;WS=40645301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr15	40646520	rs71132169	CT	C	1009.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.348;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=233;ReadPosRankSum=1.860;SC=AAAGCTGCTTCTTTTTTTTCC;SOR=0.891;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=17;WE=40646528;WS=40646510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,62:0.49:126
chr15	40648365	.	ACCATGGTCCAGGGCCCTGCGGGCCACCCCCTGG	A	810.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=10.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.823;QD=5.87;ReadPosRankSum=-1.652;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,34:0.25:138
chr15	40648372	.	T	C	617	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=22;NF=4;NR=31;PP=617;QD=18.6220346442;SC=CCCACCATGGTCCAGGGCCCT;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=106;TCF=34;TCR=72;TR=35;WE=40648380;WS=40648362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:71,35:0.33:106
chr15	40650445	.	T	TGCCGCCGCCACC	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.30;MQRankSum=3.987;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr15	40655845	rs1898883	C	G	3404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.403;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=45;PP=1652;ReadPosRankSum=-1.625;SC=CAAGGCTGTGCCCCCTGAGGC;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=214;TCF=124;TCR=90;TR=107;WE=40655853;WS=40655835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,163:0.50:324
chr15	40655873	rs1898882	G	C	4062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1774;ReadPosRankSum=-0.301;SC=GAGAGAAGCTGCTCCCTCCAC;SOR=0.663;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=234;TCF=122;TCR=112;TR=114;WE=40655881;WS=40655863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,196:0.51:383
chr15	40660515	rs35565646	G	A	2496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=-1.208;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,123:0.52:238
chr15	40662748	rs3803359	G	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=474;ReadPosRankSum=-1.251;SC=ACCTGCTTGCGACCTGCTGAG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=33;WE=40662756;WS=40662738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,51:0.52:98
chr15	40683780	rs2289332	G	A	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=407;ReadPosRankSum=0.401;SC=GTGAAAGGGCGCAAGGGCTGA;SOR=0.619;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=31;WE=40683788;WS=40683770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,50:0.50:100
chr15	40685206	rs11321442	AT	A	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.980;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=0.388;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,12:0.21:57
chr15	40699940	rs2289331	T	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.963;NF=5;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=-0.722;SC=AGTTGGGAGGTCCGGGCAGTC;SOR=0.614;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=17;WE=40699948;WS=40699930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,27:0.54:50
chr15	40700006	rs3214685	G	GTT	246.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.206;NF=0;NR=7;PP=197;ReadPosRankSum=-0.494;SC=AGCTCACACAGTTCTGGTAAA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=40700014;WS=40699996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
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chr15	40703339	rs8034416	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=166;ReadPosRankSum=2.758;SC=ACTTTACCGACACCCTGGTCT;SOR=0.346;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=15;WE=40703347;WS=40703329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
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chr15	40705159	rs2289329	T	C	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=314;ReadPosRankSum=2.039;SC=GGCTAATCTGTAACCAGGACC;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=24;WE=40705167;WS=40705149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,43:0.54:79
chr15	40708422	rs11070270	A	G	1606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.265;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=758;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GGGGCAGTGGACCAGCTGCTG;SOR=0.806;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=50;WE=40708430;WS=40708412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,77:0.50:154
chr15	40711270	rs2075625	C	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=352;ReadPosRankSum=-1.358;SC=AGGAGGCGGACGTTGCAGTGA;SOR=0.419;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=24;WE=40711278;WS=40711260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr15	40712737	rs11790	T	C	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=243;ReadPosRankSum=-0.592;SC=GTCCTATTCCTGTCCTCCAGC;SOR=0.425;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=16;WE=40712745;WS=40712727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr15	40716253	rs2304645	G	C	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.757;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr15	40716408	rs28429209	C	A	1525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=499;ReadPosRankSum=0.924;SC=CAGTGGCTCCCAGCACCTGTA;SOR=0.689;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=42;WE=40716416;WS=40716398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,88:0.38:229
chr15	40751555	rs3803357	C	A	3384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=44;PP=1293;ReadPosRankSum=0.277;SC=GCCATCTCATCAGCCCCTGAG;SOR=0.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=177;TCF=87;TCR=90;TR=85;WE=40751563;WS=40751545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,166:0.50:334
chr15	40756817	rs79551107	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=-1.777;SC=CTAAGACGTGGTAGGGGGAGG;SOR=0.741;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=14;WE=40756825;WS=40756807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr15	40758337	rs3743145	A	C	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=49;PP=1185;ReadPosRankSum=2.037;SC=TAGCCTCCTCATGCCCATGCT;SOR=0.493;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=132;TCF=38;TCR=94;TR=72;WE=40758345;WS=40758327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,84:0.50:169
chr15	40764549	rs582736	G	A	3449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.099;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=60;PP=1533;ReadPosRankSum=0.691;SC=AGTGACCATGGGTGTGGGGCC;SOR=0.884;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=187;TCF=76;TCR=111;TR=98;WE=40764557;WS=40764539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,164:0.53:308
chr15	40820805	rs7164166	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=7.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=61;ReadPosRankSum=1.383;SC=AGGGGAAGACACCAGGTCTGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=40820813;WS=40820801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr15	40824710	rs8029208	T	C	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=82;SC=TTCACAGCTGTTCACCATGAG;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=40824718;WS=40824700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	40849680	rs8029384	C	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=55;SC=ATGAGGACATCCACACTCCCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=40849688;WS=40849670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	40855210	rs10152546	T	A	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=653;ReadPosRankSum=0.769;SC=CTCAAACATTTTCATTTGGAA;SOR=0.789;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=43;WE=40855218;WS=40855200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr15	40856989	rs3803354	C	T	4861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.123;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=63;PP=1693;ReadPosRankSum=-0.714;SC=TGGCCCCTTACCCCAGGGCAG;SOR=0.559;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=220;TCF=100;TCR=120;TR=120;WE=40856997;WS=40856979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,241:0.60:405
chr15	40862064	rs1058734	C	T	1979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=1.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=1.685;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,98:0.52:187
chr15	40898643	rs7177192	G	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=5;PP=212;SC=GGGAATGAAAGAGTTCAGGTA;SOR=0.874;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=40898651;WS=40898633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	40900943	rs35446763	CA	C	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.834;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr15	40903684	rs12911738	A	G	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=199;SC=AGAAACAGAAACAGGAGAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=40903692;WS=40903674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	40903814	rs12912058	C	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=3;PP=50;SC=TTCAGAAAACCAGTTATTTGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=40903822;WS=40903804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	40907698	rs11427985	T	TG	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=192;SC=CCAGGCACGGTGCTCACGCCT;SOR=0.836;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=40907706;WS=40907688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	40913840	rs2412541	G	T	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=32;PP=1166;SC=CAGTAATTATGCTAAAATGTA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=40913848;WS=40913830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	40914177	rs11858113	T	C	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=349;ReadPosRankSum=2.213;SC=GGTGAAAATATGGATTTGACT;SOR=0.552;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=30;WE=40914185;WS=40914167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr15	40914772	rs11855334	C	T	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.615;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=631;ReadPosRankSum=1.814;SC=GCCACACTGTCGTCATTGGAT;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=50;WE=40914780;WS=40914762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,78:0.55:143
chr15	40915045	rs8041534	T	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=241;ReadPosRankSum=-0.956;SC=TTGATAAGACTATTGTATTTT;SOR=0.340;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=36;TCF=22;TCR=14;TR=20;WE=40915053;WS=40915035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr15	40915190	rs8040502	A	G	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=46;PP=1969;SC=ATATACATGTAGGCAGGATGA;SOR=0.805;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=101;WE=40915198;WS=40915180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr15	40915894	rs11070285	T	C	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.940;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1235;ReadPosRankSum=0.011;SC=TCCTGCCAAATGAAATAGCTA;SOR=0.857;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=181;TCF=99;TCR=82;TR=93;WE=40915902;WS=40915884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,156:0.48:328
chr15	40916237	rs17747633	A	G	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=56;PP=1366;ReadPosRankSum=0.567;SC=GGTCATAGGGAAAGTTGTAGA;SOR=0.979;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=170;TCF=66;TCR=104;TR=85;WE=40916245;WS=40916227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,129:0.50:260
chr15	40937115	.	CT	C	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=73;QD=34.0;SC=TCTCTTACGTCTTTCCTTTCT;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=3;WE=40937123;WS=40937105;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr15	40937727	rs6492959	C	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.808;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=612;ReadPosRankSum=-1.234;SC=TAGACAATTACATGGAATTAA;SOR=1.819;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=33;WE=40937735;WS=40937717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chr15	40939448	rs8041095	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=203;SC=CAAGCCGGGCGGATCACCTGA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=40939456;WS=40939438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	40947023	rs10444817	C	T	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=45;ReadPosRankSum=0.062;SC=GCCAAGACTGCGCCATTGCAC;SOR=1.329;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=6;WE=40947031;WS=40947013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr15	40949526	rs2412544	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=70;ReadPosRankSum=-0.090;SC=CATAATTTCACTGGATTTTTT;SOR=0.893;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=8;WE=40949534;WS=40949516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr15	40991153	rs2304579	A	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=0.725;SC=TCAAGACCCAAATTAGACTTT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=6;WE=40991161;WS=40991143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr15	40998302	rs55943660	TA	T	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=491;ReadPosRankSum=-0.104;SC=TCTTTATATATATTTTTTTGC;SOR=0.105;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=14;WE=40998310;WS=40998292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr15	41001187	rs45455000	T	G	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=295;ReadPosRankSum=0.275;SC=TACATGTTTGTATTATGCTAA;SOR=0.478;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=22;WE=41001195;WS=41001177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr15	41063244	rs1866170	C	T	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=24;PP=633;SC=TGGGCAAAGCCGGGGTGACTG;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=41063252;WS=41063234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	41099711	rs78819718	C	G	1993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=790;ReadPosRankSum=0.590;SC=ACTGCAGGCTCCGAGCGGCGC;SOR=0.556;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=55;WE=41099719;WS=41099701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,103:0.42:245
chr15	41099819	rs76010310	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=198;ReadPosRankSum=1.491;SC=CCCCCGTTGCCGCCGCTGCCG;SOR=0.719;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=15;WE=41099827;WS=41099809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,23:0.37:62
chr15	41099899	rs142730574	T	TGGGGC	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=14.477;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.15;ReadPosRankSum=0.354;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr15	41101145	rs3743034	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=-0.395;SC=TACTGGAAACCGAGGAATTGC;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=9;WE=41101153;WS=41101135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr15	41101549	rs79608897	G	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=63;ReadPosRankSum=1.052;SC=TGTTTGGAGTGGGGGGCACTG;SOR=0.223;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=6;WE=41101557;WS=41101539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr15	41102745	rs76617267	C	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=0.237;SC=CCCTGGATCCCTCTCCTTTCC;SOR=1.306;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=10;WE=41102753;WS=41102735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr15	41104789	rs78854020	A	AAG	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=871;SC=GAAAGAAAGAAAAAATTATTA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=17;WE=41104797;WS=41104761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	41104817	rs35853942	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.773;NF=11;NR=4;PP=185;ReadPosRankSum=-2.421;SC=AGAAAAGAAAAGGTTGAGAAA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=15;WE=41104825;WS=41104807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr15	41104874	rs17657877	G	C	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.17;MQRankSum=-1.853;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,34:0.37:92
chr15	41105926	rs690347	T	G	2528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=27;PP=1418;SC=TGAAGAAGCTTCCCTGGATGA;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=71;WE=41105934;WS=41105916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	41106485	rs7915	A	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.732;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=295;ReadPosRankSum=-0.210;SC=TTCTGGGCCCAGCCACAGGAC;SOR=0.262;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=25;WE=41106493;WS=41106475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,33:0.67:49
chr15	41108010	rs77318894	C	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=16.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=-1.008;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr15	41146581	rs3736287	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=157;ReadPosRankSum=0.649;SC=CTGACCTCCCTTCCACCCGTC;SOR=0.489;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=11;WE=41146589;WS=41146571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr15	41146880	rs8028552	T	C	2389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=44;PP=764;ReadPosRankSum=-0.624;SC=ATTTCCCCAGTGACAAAGGTG;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=142;TCF=55;TCR=87;TR=70;WE=41146888;WS=41146870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,125:0.49:253
chr15	41148199	rs659232	C	T	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.721;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,131:0.47:281
chr15	41149161	rs690458	G	C	3163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1383;ReadPosRankSum=0.932;SC=ACCACACCACGCGGCCCCTCT;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=78;TCR=94;TR=94;WE=41149169;WS=41149151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,156:0.53:293
chr15	41193274	rs9806730	T	C	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=30;PP=768;SC=GCTTTAGATGTGGAAGGGCTT;SOR=1.055;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=41193282;WS=41193264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	41193316	rs9806683	C	T	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=18;PP=506;SC=GCTGGCTTCCCTTGCAGAGAG;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=41193324;WS=41193306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	41222025	rs3212277	C	T	3202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=33;PP=1237;ReadPosRankSum=0.838;SC=TCCCTCCTTCCCTCGGTCCCT;SOR=0.718;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=185;TCF=110;TCR=75;TR=86;WE=41222033;WS=41222015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,157:0.48:330
chr15	41224280	rs3212279	G	T	883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=557;ReadPosRankSum=-1.158;SC=GCCCAGGAGAGCTAGGGGATC;SOR=1.001;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=33;WE=41224288;WS=41224270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr15	41245676	rs11557249	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.919;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=468;ReadPosRankSum=-2.073;SC=CTCAGCTGGAGCTACCGAGCG;SOR=0.558;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=30;WE=41245684;WS=41245666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,43:0.60:72
chr15	41246237	rs3033592	A	ATC	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=2;PP=165;SC=GACCACTGACATGTCAGTGTT;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=5;WE=41246245;WS=41246227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	41276158	rs11855248	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=218;ReadPosRankSum=2.359;SC=GACCCCCTGTGCTCACCGCCC;SOR=0.723;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=17;WE=41276166;WS=41276148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr15	41313064	rs3214068	C	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=0.660;SC=CTTGCCAAAGCGAGGAACACA;SOR=1.123;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=11;WE=41313072;WS=41313054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr15	41315591	rs72527311	A	AAT	3291.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=35;PP=1841;SC=TTTAAAAAGTAAGTCTAGACT;SOR=1.457;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=39;WE=41315599;WS=41315581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	41339481	rs11070320	C	T	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=119;SC=TTATTCTTAACAAAAGAAAAT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=41339489;WS=41339471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	41346092	rs2899010	T	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=10;PP=682;SC=TTGGTGCCTATTGAGGCTTAA;SOR=1.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=41346100;WS=41346082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	41347658	rs2306083	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr15	41350766	rs72522214	TGC	T	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=-0.596;QD=5.78;ReadPosRankSum=2.075;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr15	41350772	rs58264392	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-0.544;QD=5.08;ReadPosRankSum=2.752;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr15	41476101	rs521088	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=7;PP=500;SC=AAGCCATCTGTATGGCCTTAA;SOR=2.124;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=25;WE=41476109;WS=41476091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	41476209	rs522063	T	C	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=28;PP=1308;SC=GAAACCACAGTCTTTCTGATA;SOR=0.999;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=67;WE=41476217;WS=41476199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	41476856	rs111604343	C	CTT	697.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.000;QD=33.23;ReadPosRankSum=1.742;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,18:0.86:21
chr15	41476875	rs2467297	T	C	743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=296;SC=TTTTTTGAGATGGAGTCTCGC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=41476883;WS=41476865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	41483631	rs11371504	T	TA	2192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=9;PP=1474;SC=GGACATCCTTTACACCCACCT;SOR=2.256;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=34;WE=41483644;WS=41483621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	41483636	rs2412609	C	T	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=9;PP=1047;SC=TCCTTTACACCCACCTGAATT;SOR=2.215;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=44;WE=41483644;WS=41483621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	41508816	rs370685425	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.099;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr15	41571408	.	C	CA	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-1.887;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr15	41624367	.	A	G	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=25;PP=752;ReadPosRankSum=-0.060;SC=GTTCTCCGCCACCCGGTGGAG;SOR=0.694;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=130;TCF=79;TCR=51;TR=60;WE=41624375;WS=41624357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,79:0.41:195
chr15	41663884	.	T	TA	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr15	41766966	rs167581	G	A	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=10;PP=264;SC=GGGGGCTGCTGTTCTCTCTGT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=41766974;WS=41766956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	41768498	rs143834672	GCT	G	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.782;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr15	41797573	rs35233496	T	TG	838.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=397;ReadPosRankSum=1.504;SC=TAGAGGGGCCTGGGGGGGCTA;SOR=0.798;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=18;WE=41797581;WS=41797563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr15	41810439	rs932959	G	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=14;PP=290;SC=ACATACATAAGGTGTGTGGAT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=41810447;WS=41810429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	41813279	rs3743031	C	T	7269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=65;PP=2567;SC=ACCGAGGGACCCTGCTGCTTC;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=139;WE=41813287;WS=41813269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr15	41815516	rs8027526	G	C	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=70;PP=2965;SC=GACAGGCGCTGCATGTCCTGG;SOR=0.713;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=145;WE=41815524;WS=41815506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr15	41815649	rs2297377	A	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=51;PP=1472;ReadPosRankSum=-1.213;SC=ACAGCCCAAAAGAGCACATTT;SOR=0.826;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=66;WE=41815657;WS=41815639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr15	41815914	rs117391509	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=200;ReadPosRankSum=1.149;SC=ACGGGTGGAATGTAGCTGAAG;SOR=0.304;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=17;WE=41815922;WS=41815904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr15	41816190	rs2297378	T	G	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=752;ReadPosRankSum=-1.272;SC=TGCCAAAGGGTGCCACAGTGA;SOR=0.922;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=47;WE=41816198;WS=41816180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,71:0.47:152
chr15	41819322	rs2297380	C	T	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=53;PP=1901;SC=AAGACAAGGCCCAGCTAGGCT;SOR=1.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=91;TCF=37;TCR=54;TR=90;WE=41819330;WS=41819312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	41819367	rs11630901	T	C	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=46;PP=2050;SC=TTTCTCACCCTTGTGGCTGAT;SOR=0.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=91;WE=41819375;WS=41819357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	41819998	rs11070334	G	A	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=2;PP=197;SC=CCATGCCCAGGAACAGGAATA;SOR=3.056;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=41820006;WS=41819988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	41827243	rs7181115	A	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=536;SC=ATAGACCCAAACTTTCCTCAG;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=41827251;WS=41827233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	41827655	rs2297381	C	T	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=173;SC=AAAAATGACCCTATGATTGTG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=41827663;WS=41827645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	41829230	rs721772	A	G	5445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=71;PP=2423;SC=TTCTTCACCAACTGCACTGCT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=123;WE=41829238;WS=41829220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr15	41857216	rs11639399	G	A	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=6;PP=979;SC=CTGAGTCCCCGTCCACAGCAC;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=38;TCR=6;TR=44;WE=41857224;WS=41857209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	41860411	rs7171675	G	A	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=4;PP=378;SC=CTCTTTGGCTGCAGCCCCAGC;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=41860419;WS=41860409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	41860490	rs12148316	T	A	1676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.046;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=8.186;NF=33;NR=15;PP=870;ReadPosRankSum=-1.346;SC=GAAGAAGTGATCCCCGAGGCC;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=41860498;WS=41860480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr15	41863181	rs8024626	G	A	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=20;PP=1164;SC=TGGGAGGAAGGTTGGCAGGGA;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=41863189;WS=41863171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	41865525	rs62001448	G	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=9.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-2.433;QD=0.86;ReadPosRankSum=-7.571;SOR=1.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,38:0.14:265
chr15	41991036	.	A	AT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr15	41991315	rs2178004	A	T	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=52;PP=1741;SC=AGATTTGAAGACTTTGCGGCA;SOR=0.757;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=98;WE=41991323;WS=41991305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr15	42026764	rs1918314	C	T	5094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=56;PP=1921;SC=TCACCTGTGACTTGGAGGATG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=52;TCR=56;TR=108;WE=42026772;WS=42026754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr15	42028354	rs2577960	C	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=224;ReadPosRankSum=-0.939;SC=TCAACTTTTTCTTTTTTATTA;SOR=1.270;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=13;WE=42028362;WS=42028344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr15	42032383	rs17677991	C	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=308;ReadPosRankSum=0.403;SC=GGCGTTTGTCCCAGCAAAACG;SOR=0.990;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=16;WE=42032391;WS=42032373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr15	42041712	rs2695163	G	A	6412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=85;PP=2965;SC=TTCAGATGAAGAGAGAATCTC;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=168;WE=42041720;WS=42041702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr15	42046568	rs2695164	A	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=201;SC=AGGGGAACAAACATTTGAAAA;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=9;WE=42046576;WS=42046558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	42059521	rs2605570	A	T	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=16;PP=441;SC=GAGGGGAAATAGATCTCACCT;SOR=1.132;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=42059529;WS=42059511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	42092326	rs62002090	C	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.524;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr15	42103822	rs1197672	C	T	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=820;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TCTGTCCTGGCGGCGTAGTCT;SOR=0.605;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=115;TCF=46;TCR=69;TR=56;WE=42103830;WS=42103812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,86:0.50:172
chr15	42105918	rs1201689	C	G	2927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.966;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,165:0.41:402
chr15	42109223	rs1197689	T	C	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=42;PP=1204;SC=TCACTGCTGTTAAGTTTGCAG;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=42109231;WS=42109213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	42109975	rs2303518	T	G	2474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=2.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.105;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,131:0.48:274
chr15	42111753	rs3034891	G	GC	2247.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=33;PP=1248;ReadPosRankSum=1.110;SC=GGCGGGGGGGGGGCAGGAGAC;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=40;WE=42111761;WS=42111735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,62:0.89:70
chr15	42114414	rs2303517	C	T	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=28;PP=1306;SC=CTCCCCTCCCCACACCCAGAC;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=42114422;WS=42114404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	42115019	rs34055060	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=355;ReadPosRankSum=1.105;SC=TTTCCCCAGCCCTATCTGGCT;SOR=0.356;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=19;WE=42115027;WS=42115014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,25:0.61:41
chr15	42115426	rs1197688	A	G	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=34;PP=1270;SC=ACAGGGTGAGAAGCCTGATGG;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=42115434;WS=42115416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	42115747	rs3959569	G	C	4544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=54;PP=1922;ReadPosRankSum=-0.915;SC=GCTGATGGCCGTCCGTCTCGG;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=260;TCF=142;TCR=118;TR=122;WE=42115755;WS=42115737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,220:0.50:442
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chr15	42120437	rs13380315	C	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=0.323;SC=GGGAGGGGCCCTGGGATGCCG;SOR=0.859;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=10;WE=42120445;WS=42120427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr15	42127443	rs2241523	G	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=446;ReadPosRankSum=1.369;SC=TGGGGTGGTCGTGGCCCTGGA;SOR=1.230;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=27;WE=42127451;WS=42127433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr15	42127734	rs2241522	A	G	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.681;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
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chr15	42128855	rs7166139	T	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=481;ReadPosRankSum=0.010;SC=CTGAAAAGTCTCTAAGTCTGA;SOR=0.648;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=28;WE=42128863;WS=42128845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr15	42129158	rs890505	G	A	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=422;ReadPosRankSum=-0.834;SC=TGCCCAGGCCGCCTGGGGAGA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=33;TCR=32;TR=38;WE=42129166;WS=42129148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,52:0.60:87
chr15	42129176	rs890504	T	C	987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=565;ReadPosRankSum=1.621;SC=AGAGGCCCTGTCAAGGTCCAG;SOR=0.648;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=35;WE=42129184;WS=42129166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,46:0.53:87
chr15	42129373	rs11547012	C	G	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=443;ReadPosRankSum=1.920;SC=TGGTGAACACCACCAAGCACG;SOR=0.628;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=31;WE=42129381;WS=42129363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,43:0.43:101
chr15	42132200	rs2077543	C	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=447;ReadPosRankSum=-0.128;SC=ATGGAGATATCATGTCTCCTC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=27;WE=42132208;WS=42132190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr15	42132896	rs1122884	C	T	2314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=1158;ReadPosRankSum=0.655;SC=CCCACATCCTCGCCAGCCACT;SOR=0.775;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=169;TCF=89;TCR=80;TR=75;WE=42132904;WS=42132886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,112:0.43:260
chr15	42133502	rs11635415	T	C	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=1.310;SC=GGAGGCGGTCTGGGGTCCCCG;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=10;WE=42133510;WS=42133492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr15	42133885	rs1648837	TG	CA	3626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=31;PP=2417;SC=CTCGGGGGACTGTGGTGGGGG;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=55;WE=42133894;WS=42133875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	42134301	rs1648835	A	C	2258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=22;PP=1323;SC=CCCTCCCATAACTCTATGGCT;SOR=1.302;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=69;WE=42134309;WS=42134291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	42134371	rs1648834	G	C	5008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=49;PP=2091;SC=TCTTAGGTCTGCATTCTTTGT;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=106;WE=42134379;WS=42134361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr15	42134523	rs1648833	C	T	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=24;PP=766;SC=GGGGCTGGGACCCAGGCCACA;SOR=2.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=42134531;WS=42134513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	42134652	rs1672464	G	A	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=11;NR=14;PP=465;SC=CTGTGGAGACGGTGGCGGGGC;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=42134660;WS=42134642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	42134839	rs1672465	T	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=10;PP=230;SC=ACAACCAGGGTGCGGGGCTGG;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=17;WE=42134847;WS=42134829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	42134930	rs1648832	G	T	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=3;PP=130;SC=TTGCGCTCGAGGGGGCACGAA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=42134938;WS=42134920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	42135988	rs1672466	C	T	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=42;PP=1201;SC=TGCAGCTGGACGGAGACCTGC;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=42135996;WS=42135978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	42136977	rs2305654	C	A	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=100;ReadPosRankSum=0.293;SC=CTAGAAAGCCCGGGGCACGTG;SOR=0.223;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=9;WE=42136985;WS=42136967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr15	42137282	rs1648829	G	A	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=40;PP=1763;SC=CGGGGGCTGCGGCCTGGGGGC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=85;WE=42137290;WS=42137272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	42137576	rs1648828	C	T	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.30;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	42137581	rs1648827	A	C	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.42;SOR=2.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	42137773	rs4924580	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr15	42138321	rs1197670	A	G	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=41;PP=2124;SC=GGGGGTTCACACCTCTTCCCC;SOR=1.102;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=104;WE=42138329;WS=42138311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	42138456	rs1197669	G	A	3878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=63;PP=1661;ReadPosRankSum=1.281;SC=CAGCCGGCAGGATAGCTGAGT;SOR=0.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=129;TCR=127;TR=127;WE=42138464;WS=42138446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,199:0.49:404
chr15	42139038	rs890508	G	A	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=49;PP=1599;ReadPosRankSum=1.620;SC=TTCCAGGTTGGGAAGGGTGGG;SOR=0.583;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=83;WE=42139046;WS=42139028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,128:0.99:129
chr15	42139390	rs3214531	GT	G	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=511;SC=GGTGTGGAGAGTTTTTTTCCA;SOR=2.494;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=18;WE=42139398;WS=42139380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr15	42143597	rs890507	A	G	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.365;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=504;ReadPosRankSum=-0.532;SC=AGGTCGCATGAGCCACACGCA;SOR=1.075;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=31;WE=42143605;WS=42143587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr15	42144332	rs1197662	T	C	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.21;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr15	42144979	rs1197661	C	G	199.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.511;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.614;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,27:0.22:123
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chr15	42145936	rs1197660	G	C	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=536;ReadPosRankSum=-0.700;SC=CAGTCGGCAGGCCTCCGTCTG;SOR=0.966;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=33;WE=42145944;WS=42145926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,53:0.44:120
chr15	42146189	rs62002122	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=171;ReadPosRankSum=-0.510;SC=GATAGGTCCCCTCAGCCACCG;SOR=0.144;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=11;WE=42146197;WS=42146181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,13:0.68:19
chr15	42147206	rs1648826	T	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=30;PP=804;SC=CAGGGTCACTTGAGATGGTAT;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=42147214;WS=42147196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	42147639	rs2305655	A	C	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=614;ReadPosRankSum=0.868;SC=GTGGGAAGAGAGCGACAGTCT;SOR=0.637;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=47;WE=42147647;WS=42147629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,69:0.39:176
chr15	42147663	rs1672467	G	C	4737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=50;PP=2319;SC=CTGCAGCCCTGCCTTTCCAGG;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=105;WE=42147671;WS=42147653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr15	42148550	rs28495273	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr15	42148800	rs56230030	C	T	1274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=428;ReadPosRankSum=-0.271;SC=CCAGGTTCTGCGGGGGAGGAG;SOR=0.660;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=41;WE=42148808;WS=42148790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,75:0.45:168
chr15	42149596	rs1197675	C	G	1748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=1085;ReadPosRankSum=0.102;SC=TCGCCCACCCCAGGCAGGGCC;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=75;WE=42149604;WS=42149586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,94:0.44:212
chr15	42149952	rs1197674	T	C	249.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5046;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=0.426;SC=TCAGGACTGCTGGTACCAGGG;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=12;WE=42149960;WS=42149942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr15	42150888	rs890503	G	A	2554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-3.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=659;ReadPosRankSum=-0.469;SC=CAGCATGGCTGTGTCCAGCAA;SOR=0.596;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=53;WE=42150896;WS=42150878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,126:0.63:199
chr15	42155841	rs1648841	T	C	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=210;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CTCTAGGCAGTGCCCCCTCCC;SOR=1.051;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=14;WE=42155849;WS=42155831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,20:0.37:54
chr15	42156321	rs1197657	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=69;ReadPosRankSum=-0.292;SC=CCCCGGAGCATGAGGAACTGC;SOR=0.976;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=42156329;WS=42156311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr15	42159290	rs2290553	C	T	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=1.289;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr15	42159623	rs8032462	T	C	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=391;ReadPosRankSum=1.407;SC=ACCCCAGCCTTGCAGGCTCAT;SOR=0.796;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=27;WE=42159631;WS=42159613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr15	42168400	rs2290559	C	T	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=692;ReadPosRankSum=-0.443;SC=GATGTTTCTGCGCGCTCCGGA;SOR=0.723;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=50;WE=42168408;WS=42168390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,112:0.58:194
chr15	42171462	rs12708402	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
chr15	42171537	rs1197683	A	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=370;ReadPosRankSum=0.104;SC=AGGGCGTGGCAGGTGTCCTCT;SOR=0.573;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=26;WE=42171545;WS=42171527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
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chr15	42171877	rs1197685	A	G	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=0.282;SC=AGTCAGGCCCAGGCTGGGCAC;SOR=1.165;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=8;WE=42171885;WS=42171867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr15	42187661	rs1704380	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=493;ReadPosRankSum=-1.653;SC=TCCTTTCCCATTCTCCATCAT;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=26;WE=42187669;WS=42187651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr15	42211486	rs1704396	A	G	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=409;ReadPosRankSum=0.104;SC=GGATGTCTCTAAAGAGGTCCT;SOR=0.671;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=31;WE=42211494;WS=42211476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,65:0.39:167
chr15	42235173	rs11631075	G	A	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=15;PP=1016;SC=CCTGGAGGACGGATAGAATAA;SOR=1.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=52;WE=42235181;WS=42235163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	42276176	rs1704348	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=-1.098;SC=TCTACACCTGTGGGCAGCAGG;SOR=1.508;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=10;WE=42276184;WS=42276166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr15	42281719	rs1668579	G	A	3924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=0.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.851;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,189:0.59:322
chr15	42281790	rs1530837	A	G	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.325;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=39;PP=871;ReadPosRankSum=-0.572;SC=GTCTCAGGCCAGGGAGCCGTC;SOR=0.955;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=100;TCF=28;TCR=72;TR=52;WE=42281798;WS=42281780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,66:0.50:133
chr15	42287578	rs1668586	G	A	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=34;PP=1198;SC=CTGATAGACCGGTGATGTAGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=68;WE=42287586;WS=42287568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	42289522	rs1704357	C	T	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=22;PP=634;SC=GACACAGCTTCAGGGTCCATT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=42289530;WS=42289512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	42292532	rs1668557	T	C	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=214;SC=ACTACCCACCTGCAACTTGGT;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=42292540;WS=42292522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	42297092	rs2598464	G	A	4419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr15	42298133	rs1704366	A	G	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=350;SC=GGAATCAGCAACAGCTATGAG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=42298141;WS=42298123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42302338	rs28736629	A	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=11.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-2.155;SOR=1.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,19:0.18:108
chr15	42302433	rs9920802	A	G	3469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=1.120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.26;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,91:0.48:190
chr15	42302437	rs9920824	G	C	3433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.17;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,92:0.49:189
chr15	42302520	rs9919954	C	T	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=2.116;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,51:0.48:106
chr15	42302590	rs1668568	A	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=229;ReadPosRankSum=1.305;SC=AGATAAAGAAATATTCCTGGC;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=16;WE=42302598;WS=42302580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr15	42306007	rs201095747	AT	A	535.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.950;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=479;ReadPosRankSum=1.808;SC=CTCCAAGGCCATTGCCCCGGG;SOR=0.595;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=10;WE=42306019;WS=42305997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr15	42306011	.	C	G	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.950;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=493;ReadPosRankSum=1.770;SC=AAGGCCATTGCCCCGGGGGAG;SOR=0.595;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=14;WE=42306019;WS=42305997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr15	42311454	rs2724935	T	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=55;ReadPosRankSum=1.383;SC=CTCAGCCTCCTCATTGGAGCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=42311462;WS=42311444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr15	42362298	rs12906547	T	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.984;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=1.135;SC=CAGTGCCTGGTGGGGAGAAGG;SOR=0.330;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=9;WE=42362306;WS=42362288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr15	42362821	rs2459692	C	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=203;SC=TTCGGGACCCCGGCGGTGTGG;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=42362829;WS=42362811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42363769	rs1668589	A	G	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=555;ReadPosRankSum=0.706;SC=ACCAAAAGAGATCAGCCTCAG;SOR=0.647;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=37;WE=42363777;WS=42363759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,53:0.48:110
chr15	42364652	rs1668587	G	A	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=10;PP=232;SC=CAGTGGCTCCGCCAGGACAGG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=42364660;WS=42364642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	42371752	rs4924618	A	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.458;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=366;ReadPosRankSum=1.884;SC=TGCAGCATGGACTCCAGCACT;SOR=0.428;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=22;WE=42371760;WS=42371742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr15	42373432	rs600415	C	T	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=158;ReadPosRankSum=-2.924;SC=GGGAAGGGACCGCATAGTTGG;SOR=1.102;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=12;WE=42373440;WS=42373422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr15	42373810	rs11635685	G	C	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.748;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=852;ReadPosRankSum=0.179;SC=CAGCTCCTCAGGGCTGTGGCA;SOR=0.595;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=66;WE=42373818;WS=42373800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,105:0.53:197
chr15	42377744	rs605253	C	G	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=349;ReadPosRankSum=-1.372;SC=AATCAGAGAGCATGAGCAAGT;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=27;WE=42377752;WS=42377734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,61:0.41:149
chr15	42380052	rs76354757	A	G	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=29;PP=686;ReadPosRankSum=1.182;SC=CTGGGGACCAAAGAGCCTTTG;SOR=0.768;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=65;TCF=13;TCR=52;TR=35;WE=42380060;WS=42380042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr15	42433802	rs2280248	A	G	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=32;PP=1402;SC=CTGGCTTCTCAGTGCCCTCAG;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=82;WE=42433810;WS=42433792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	42434837	rs1356410	T	C	4899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=45;PP=1671;SC=GCCTCCTCCATGTCCTCAGGG;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=98;WE=42434845;WS=42434827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr15	42436043	rs681264	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=95;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TGGAACCCAGGCCGTCCACAA;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=8;WE=42436051;WS=42436033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr15	42436599	rs636535	T	C	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-1.531;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr15	42437711	rs621560	T	C	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=11.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.465;SOR=0.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr15	42439376	rs4923929	G	A	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=227;ReadPosRankSum=2.541;SC=TGAGGGACACGCTGTGGCCAC;SOR=0.941;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=22;WE=42439384;WS=42439366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,34:0.36:94
chr15	42503953	rs367909084	GA	G	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.871;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,20:0.22:92
chr15	42519136	rs1678988	T	C	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	42520760	rs1678987	C	T	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=5;PP=774;SC=TTAAAAACCACAGATCCTTCT;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=42520768;WS=42520750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	42520829	rs1712417	T	C	4132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=31;PP=1922;ReadPosRankSum=-1.172;SC=ACTTTCTATGTCCACCCATGG;SOR=1.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=97;WE=42520837;WS=42520819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr15	42523341	rs56119841	T	TC	5287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=29;PP=2577;SC=GAAACCCATCTCAAGGGGAGA;SOR=1.012;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=54;WE=42523349;WS=42523331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	42524065	rs1630294	T	C	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=33;PP=1397;SC=CAGGCGTCAATTGCTGAGAGG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=75;WE=42524073;WS=42524055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	42524165	rs1712420	C	T	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=37;PP=1083;SC=GTTAAAGTTGCTAGAAGTCTA;SOR=1.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=42524173;WS=42524155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	42528444	rs78796885	T	C	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=3.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.244;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr15	42528676	rs1679012	C	T	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=39;PP=1229;SC=AGGCCAGATGCCAATACTAGA;SOR=1.008;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=63;WE=42528684;WS=42528666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	42531768	rs11070363	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=4;PP=401;SC=CTGAATTGCACAGGAACAATT;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=42531776;WS=42531758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	42553218	rs5812215	AT	A	783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.81;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=0.433;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,41:0.93:44
chr15	42560312	rs2412681	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=16;PP=449;SC=ATATCCTATTCATTTCGTACC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=42560320;WS=42560302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	42564369	rs4244587	C	T	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	42564369	.	CA	TG	346	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=5;NR=5;PP=346;QD=39.9467874862;SC=CTTCAATTACCAAAGCATCAT;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=42564378;WS=42564359;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	42564370	rs4244588	A	G	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.36;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	42564902	rs7181758	A	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=253;SC=CTATTTCTTCAATTTTAACCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=42564910;WS=42564893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	42565588	rs2277533	C	A	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.742;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=971;ReadPosRankSum=-0.798;SC=GCCACGCAGCCGCCGCCATCT;SOR=0.923;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=57;WE=42565596;WS=42565578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,79:0.48:164
chr15	42568547	rs8043515	C	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=8;PP=308;SC=TTTATTTAGTCTTGAAGATGA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=42568555;WS=42568537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	42568630	rs8023678	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=223;SC=AAATATAGTAGCTAGATCAAA;SOR=1.371;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=42568638;WS=42568620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	42570105	.	G	C	55	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;FR=1.0000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=58.12;NF=2;NR=1;PP=55;QD=29.9237375157;SC=TGGCCATAATGTTCATTTGAA;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=42570113;WS=42570095;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	42570201	rs12916523	A	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.73;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	42570433	rs8024390	C	T	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=73;SC=TCAAGAAAGACAAGATGTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=42570441;WS=42570423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	42570718	rs8024732	A	G	7258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=71;PP=2730;SC=TCCACCTATCAGGCATTATTG;SOR=0.803;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=86;TCR=71;TR=157;WE=42570726;WS=42570708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
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chr15	42579822	rs11070371	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.11;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr15	42580106	rs8036596	A	C	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.51;SOR=2.170;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	42584909	rs4923939	C	T	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=40;PP=1920;SC=CAGCTTGTTTCTCTCTTCCTG;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=96;WE=42584917;WS=42584899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr15	42589987	rs4924651	T	C	549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.27;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr15	42590034	rs72029141	TATTCATTC	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=4;PP=430;SC=TTCATTCATTTATTCATTCAT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=42590049;WS=42590024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	42603083	rs2412694	C	T	3655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=54;PP=1543;SC=TGTTCTGTTACATATCCAATG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=82;WE=42603091;WS=42603073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	42606094	rs7173358	A	G	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=202;SC=AGGCTGCAGTAAGCACTGTTC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=42606102;WS=42606084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	42606153	rs141877658	A	AAACAACAAC,AAACAACAACAAC	1411.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=14,14;NR=1,1;PP=90,243;SC=CTATCTCTAAAAACAACAGCA;SOR=4.255;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=15,15;WE=42606169;WS=42606143;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.38,0.62:26
chr15	42606161	rs11637731	G	A	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.44;QD=38.23;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	42619508	rs1659215	C	T	4264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=54;NR=32;PP=1597;SC=ACAATGCATCCTACTGTGAGG;SOR=0.978;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=86;WE=42619516;WS=42619498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr15	42694944	rs2241827	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=7;PP=805;SC=CAGGACAGGATGTTCCTCCCG;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=42694952;WS=42694934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	42701688	rs3115883	T	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=199;ReadPosRankSum=-0.652;SC=CTTTGGACTTTGGTGGAGCCA;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=18;WE=42701696;WS=42701678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr15	42703209	rs28364538	GA	G	1786.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=2.171;NF=2;NR=33;PP=1281;ReadPosRankSum=0.252;SC=GTAAGTGGGAGAGGGGGGCTG;SOR=0.770;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=72;TCF=5;TCR=67;TR=35;WE=42703217;WS=42703199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,57:0.47:122
chr15	42703356	rs116852089	G	A	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=259;ReadPosRankSum=-1.097;SC=GGTTACTGGTGATTCTCTGCC;SOR=1.061;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=13;WE=42703364;WS=42703346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr15	42703406	rs3115884	T	C	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.980;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=410;ReadPosRankSum=0.690;SC=ACTGGGCACATGGTCCTCTGA;SOR=1.702;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=22;WE=42703414;WS=42703396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr15	42704105	rs3098423	C	T	3979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr15	42707819	rs34192054	CA	C	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.132;NF=0;NR=9;PP=296;ReadPosRankSum=-0.463;SC=TGTGCACTAACAGGGGCGAAG;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=9;WE=42707827;WS=42707809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr15	42709998	rs62022300	T	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=199;ReadPosRankSum=-1.004;SC=GTCCCACTAATGTACCTGTTT;SOR=0.503;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=21;WE=42710006;WS=42709988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr15	42710177	rs17708630	G	A	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr15	42710219	rs61071861	G	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=0.730;SC=ACAGCCCCCAGCTGGATCCCA;SOR=0.531;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=21;WE=42710227;WS=42710209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr15	42713462	rs62022303	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.564;SC=AGCTCCAGAGCAGGAGAATGG;SOR=0.368;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=9;WE=42713470;WS=42713452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr15	42714195	.	G	GA	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-1.538;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr15	42720288	rs11544099	G	C	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=656;ReadPosRankSum=0.243;SC=TGTGGAGGCAGAGGACCCGGT;SOR=0.701;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=42;WE=42720296;WS=42720278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,61:0.42:144
chr15	42727621	rs35896246	G	A	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=930;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CACTGGACCCGGTGTAAAGGG;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=66;WE=42727629;WS=42727611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,94:0.48:195
chr15	42744094	rs12440118	A	G	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=779;ReadPosRankSum=-1.270;SC=TCTCGTCTCCATTGGGGTCGT;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=63;WE=42744102;WS=42744084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,92:0.53:173
chr15	42749476	rs62022313	C	T	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=582;ReadPosRankSum=0.760;SC=AAAATTAGTGCTAATTAATTT;SOR=0.512;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=36;WE=42749484;WS=42749466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr15	42758159	rs2244773	T	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=203;SC=ACATTTGCTTTTGACGGATTA;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=42758167;WS=42758149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	42764519	rs7177521	G	C	5166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr15	42805000	rs4573906	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=66;ReadPosRankSum=1.658;SC=CTCCTGCCTCGGCCTCCCAAA;SOR=0.086;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=8;WE=42805008;WS=42804990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr15	42820451	rs9302112	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=247;ReadPosRankSum=0.029;SC=ACTCCTGACTCTTATATAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=16;WE=42820459;WS=42820441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr15	42820589	rs1060291	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.592;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=310;ReadPosRankSum=1.078;SC=AACCAACAACGGGAGCAGCCA;SOR=0.968;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=20;WE=42820597;WS=42820579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,39:0.37:105
chr15	42837497	rs41315252	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=-1.221;SC=AGGAAAAAGCATAAGCACTAT;SOR=0.929;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=10;WE=42837505;WS=42837487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr15	42850380	rs3986280	A	G	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.835;SOR=0.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr15	42850512	rs10539822	CT	C	392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	42850528	.	T	G	407.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.19;ReadPosRankSum=1.278;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr15	42851464	rs11070374	C	T	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=76;ReadPosRankSum=-0.922;SC=GCTGGGATTACAGGAGTGAGC;SOR=0.648;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=9;WE=42851472;WS=42851454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr15	42930891	rs1197550	A	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=9;PP=443;SC=TTTCTACTTAACTCTAGTTTT;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=24;WE=42930899;WS=42930881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	42976706	rs62019359	C	T	1461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=722;ReadPosRankSum=-0.296;SC=ACCAGAGGGGCGAAGGGACTA;SOR=0.629;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=63;TCR=57;TR=50;WE=42976714;WS=42976696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,73:0.46:157
chr15	42978892	rs200568949	A	G	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=771;ReadPosRankSum=-2.332;SC=GGAGAGCTCTAAGGAAGCAGT;SOR=0.658;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=46;WE=42978900;WS=42978882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,79:0.55:143
chr15	43018173	.	C	CAAA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=1.440;SOR=2.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr15	43020324	rs62020665	C	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=546;ReadPosRankSum=0.378;SC=CCCACACACCCTCCCGCAGCC;SOR=1.043;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=31;WE=43020332;WS=43020314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr15	43025476	.	CT	C	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DP=289;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=3.139;QD=0.21;ReadPosRankSum=-1.498;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,38:0.18:212
chr15	43026625	rs62020666	T	A	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=0.760;SC=CCACAGAGGATCTCTAAGGCA;SOR=1.112;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=15;WE=43026633;WS=43026615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr15	43037302	.	TA	T	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr15	43038138	.	G	C	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.944;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=645;ReadPosRankSum=-1.442;SC=GGAGGAGGAAGATCCTGAGTG;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=40;WE=43038146;WS=43038128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,54:0.50:107
chr15	43075531	rs9920092	C	T	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	43075942	rs34530003	T	TA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr15	43094716	rs11632499	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr15	43109127	.	C	CAT	38	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=38;QD=23.5;SC=AACAAATATACATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=2;WE=43109135;WS=43109117;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,2:0.13:15
chr15	43170624	rs62020680	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=0.398;SC=TATAAGTAATGTATGTAATAT;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=43170632;WS=43170620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr15	43170690	rs10650948	T	TAC	908.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=934;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CCGATATGTATACACACACAC;SOR=0.852;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=24;WE=43170699;WS=43170680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr15	43237805	rs11352938	AT	A	255.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=389;SC=AAAAAGGGATATTTTCCCTTC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=43237830;WS=43237795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	43237813	rs67230215	TTCACCATTGA	T	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=2351;SC=ATATTTTCCCTTCACCATTGA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=43237830;WS=43237795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	43244699	rs2277532	A	G	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=22;PP=551;SC=AACAAAACAAATAAGTACCAT;SOR=1.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=43244707;WS=43244689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	43256121	rs2054389	T	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=413;SC=CAATATTTTATCCCCATAGTA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=43256129;WS=43256111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	43317071	rs35069201	T	C	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=1089;ReadPosRankSum=-0.681;SC=TCTGTGTCTATTGCCCGCTCA;SOR=0.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=76;TCR=79;TR=76;WE=43317079;WS=43317061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,151:0.51:297
chr15	43322113	rs3736054	C	A	1952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=13;PP=1129;SC=TCTTGAGGTACATAGAGATAA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=56;WE=43322121;WS=43322103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	43324942	rs6493077	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=189;SC=TCATCCAGTCCAGTATTTTTT;SOR=1.863;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=43324950;WS=43324932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	43328663	rs3784265	C	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=7;PP=367;SC=TATCTTCTCTCCTTAGAAAGA;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=43328671;WS=43328653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr15	43352041	rs4924704	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=16;PP=501;SC=TGAAGGGAACGAACCAAAAAA;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=43352049;WS=43352031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr15	43398108	rs68062403	A	G	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.466;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.47;ReadPosRankSum=-0.289;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,121:0.94:129
chr15	43427645	.	T	TA	559.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=325;ReadPosRankSum=0.536;SC=TGTACATATCTAAAAAAAATG;SOR=0.587;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=18;WE=43427653;WS=43427635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr15	43453056	rs11070392	C	G	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=13;PP=412;SC=ATACAGTAGTCCTCCCTTATC;SOR=1.220;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=43453064;WS=43453046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	43478113	rs540587	G	C	6167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr15	43478511	rs530118	C	T	3687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=47;PP=1605;SC=ACCTTTTGCACGCACGCCAGG;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=93;WE=43478519;WS=43478501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	43483537	rs495286	T	C	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	43512847	rs3832982	AC	A	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=3.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr15	43527236	rs579178	A	G	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=16;PP=403;SC=CAAGTACCAAATCCCAGGGAA;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=43527244;WS=43527226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	43568999	rs530683	C	T	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=10;PP=816;SC=GGTCCTGTGACGCCATGGGGC;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=43569007;WS=43568989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	43585520	rs538238	T	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=-1.889;SC=GCATGAGGGGTCTGGGGCTCC;SOR=0.818;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=9;WE=43585528;WS=43585510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr15	43585672	rs141012742	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=531;ReadPosRankSum=0.990;SC=AGGTGATGTGGTCGTTCTGGG;SOR=0.705;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=36;WE=43585680;WS=43585662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,47:0.55:86
chr15	43632549	rs2278857	T	C	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.056;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,84:0.45:188
chr15	43635276	rs11634407	A	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=0.333;SC=GATGTTAGGTAAGAAGATTGT;SOR=0.565;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=14;WE=43635284;WS=43635266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr15	43637985	rs6493083	T	C	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=311;ReadPosRankSum=1.298;SC=TCTGTCTGGCTGTACTCAGAA;SOR=1.371;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=21;WE=43637993;WS=43637975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr15	43643901	rs7181634	A	G	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=0.896;SC=GTTGTTTTTGAAAAATCCTTC;SOR=0.223;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=10;WE=43643909;WS=43643891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr15	43653322	rs35278805	G	A	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=512;ReadPosRankSum=0.708;SC=GGATTTCTCCGTGCTTATTAA;SOR=0.484;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=86;TCF=56;TCR=30;TR=38;WE=43653330;WS=43653312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,57:0.50:115
chr15	43658935	rs3917221	C	T	1854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.254;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=36;PP=992;ReadPosRankSum=-0.290;SC=TCCTTAGAGCCCAGCAGATCT;SOR=0.865;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=60;WE=43658943;WS=43658925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,89:0.48:184
chr15	43661802	rs3809482	T	C	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1401;ReadPosRankSum=-1.292;SC=ACCGAAGATCTAGGTCTTCCA;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=93;TCR=71;TR=91;WE=43661810;WS=43661792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,149:0.56:268
chr15	43690215	rs999026	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=2.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.562;SOR=1.232;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr15	43691150	rs884704	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=60;ReadPosRankSum=1.465;SC=ACAATGCCATTATCACATCCA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=4;WE=43691158;WS=43691144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr15	43694108	rs2444036	G	C	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.171;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=528;ReadPosRankSum=-0.659;SC=CCCTTAGGCAGTTTGAGTTGA;SOR=1.108;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=28;WE=43694116;WS=43694098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
chr15	43696168	rs3837679	A	AT	462.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.666;NF=0;NR=11;PP=343;ReadPosRankSum=-0.596;SC=GAAGCAGGTAATACTGTGCCA;SOR=0.474;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=11;WE=43696176;WS=43696158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr15	43698973	rs138616933	T	TTTATC	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=0.984;SC=GCTTCCCATGTTTATCTTACG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=43698981;WS=43698963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr15	43701946	rs56813954	TA	T	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=6.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.853;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.127;SOR=0.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
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chr15	43708737	rs16957715	T	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=4.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=2.415;SC=GGACTGAAGTTAGGACTTAAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=16;WE=43708745;WS=43708727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr15	43712337	rs62021180	A	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=-0.614;SC=ACAAATGAACAAACAGAAAAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=7;WE=43712345;WS=43712333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr15	43720533	rs2249952	G	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=-2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=-1.844;SC=AGGGATGGATGAGTTATATAG;SOR=0.066;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=11;WE=43720541;WS=43720523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr15	43724646	rs2602141	T	G	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=37;ReadPosRankSum=-0.226;SC=GGATTTTCCTTATTAGTACTC;SOR=0.811;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=123;TCF=55;TCR=68;TR=63;WE=43724654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,87:0.50:173
chr15	43730486	rs16957730	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=0.437;SC=TTGTGAACCAATGGAGCCCAA;SOR=0.830;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=17;WE=43730494;WS=43730476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,35:0.45:77
chr15	43748304	rs690367	A	G	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=1104;ReadPosRankSum=2.296;SC=GCTGTGAAGAATCTTGCTCTA;SOR=0.626;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=69;WE=43748312;WS=43748294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,125:0.53:236
chr15	43767774	rs560191	G	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=386;ReadPosRankSum=0.139;SC=TGGAAAGACTGTCCTGAACAA;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=24;WE=43767782;WS=43767764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr15	43773036	rs7173383	A	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=-0.314;SC=ACATCTGCACAATCATGTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=43773044;WS=43773026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr15	43784000	rs555252	C	T	3013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=38;PP=2084;SC=ACCAACAAACCTTAATACAAA;SOR=0.930;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=85;WE=43784008;WS=43783990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	43815999	rs3862138	C	T	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=35;PP=1117;ReadPosRankSum=0.115;SC=ATGACCTGCCCGGGCCTGAAG;SOR=0.543;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=72;WE=43816007;WS=43815989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,125:0.55:228
chr15	43816917	rs1060939	G	A	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=701;ReadPosRankSum=0.378;SC=TTGATGAGGGGCTTACAGGCT;SOR=0.883;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=94;TCF=51;TCR=43;TR=52;WE=43816925;WS=43816907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,90:0.56:162
chr15	43817404	rs12912505	G	A	6359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.57;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,165:0.46:362
chr15	43817404	.	GAT	AAC	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=49;NR=38;PP=2944;QD=20;SC=GCAGGCCGAGGATACCTCTCA;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=120;TCR=91;TR=87;WE=43817414;WS=43817394;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:124,87:0.41:211
chr15	43817406	rs480108	T	C	6359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.33;ReadPosRankSum=-0.383;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,172:0.47:367
chr15	43818079	rs62020612	G	A	3589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.064;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=55;PP=1556;ReadPosRankSum=0.187;SC=GAAGGACAAGGCCCTGGAACC;SOR=0.672;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=238;TCF=115;TCR=123;TR=116;WE=43818087;WS=43818069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,179:0.50:361
chr15	43900153	rs150548868	C	T	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.20;MQRankSum=-2.388;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.498;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr15	43903198	.	TTG	T,TTTGTGTG	2746.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.42;MQRankSum=0.299;QD=14.77;ReadPosRankSum=2.140;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:33,67,86:0.36,0.46:186
chr15	43924608	rs56226333	T	C	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=430;ReadPosRankSum=0.993;SC=TTTGTAAAAGTTGGGTAAGAG;SOR=1.056;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=25;WE=43924616;WS=43924598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,35:0.53:66
chr15	43925134	rs7169097	TT	AG	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=3.078;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.52;MQRankSum=-1.335;QD=14.95;ReadPosRankSum=1.299;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr15	43925140	rs7167634	A	G	397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.07;MQRankSum=-0.928;QD=18.08;ReadPosRankSum=-0.287;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr15	43925147	rs7169112	T	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.36;MQRankSum=0.219;QD=20.34;ReadPosRankSum=-1.040;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr15	43927370	rs12898584	T	C	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.33;MQRankSum=0.559;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.408;SOR=1.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,37:0.63:59
chr15	43927623	rs375933133	CA	C	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.539;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.837;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,65:0.31:211
chr15	43941125	rs2470122	G	C	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=44;PP=1171;SC=CCCGCCCGCCGGACGAAGGCG;SOR=1.042;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=43941133;WS=43941115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	43989530	rs2927085	T	C	4447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.541;NF=63;NR=64;PP=1429;ReadPosRankSum=-1.687;SC=AAGATATCCCTGGTGGCATGG;SOR=0.729;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=264;TCF=128;TCR=136;TR=127;WE=43989538;WS=43989520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:255,239:0.48:494
chr15	43995786	rs3110081	C	T	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.57;MQRankSum=-2.643;QD=19.95;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,48:0.53:91
chr15	43995789	rs2470135	C	T	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.48;MQRankSum=-2.384;QD=20.63;ReadPosRankSum=-1.540;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr15	43995962	rs142194775	G	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.783;NF=10;NR=8;PP=205;ReadPosRankSum=1.724;SC=CTTTGCCCTCGTTGGCCACGG;SOR=0.495;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=18;WE=43995970;WS=43995952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr15	44002670	rs373529135	TTG	T	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.06;MQRankSum=-0.163;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.473;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,12:0.17:70
chr15	44028569	rs56181031	G	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.53;MQRankSum=-2.312;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.365;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr15	44037323	rs139632509	C	T	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.814;NF=10;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GGCATCAGCTCGGGGAAGCTG;SOR=0.885;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=24;WE=44037331;WS=44037313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr15	44038899	rs2411284	C	T	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=3.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=1.042;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,79:0.35:227
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chr15	44062874	rs7181912	A	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.49;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
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chr15	44084705	rs4644832	G	A	3220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.265;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=79;PP=1968;ReadPosRankSum=-0.062;SC=CGCGCTCTGTGGCCACCCTCA;SOR=0.934;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=257;TCF=103;TCR=154;TR=126;WE=44084713;WS=44084695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,154:0.46:334
chr15	44090854	rs654276	T	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=-1.196;SC=TGAGAGGGGGTTGGGACAGGC;SOR=0.495;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=3;WE=44090862;WS=44090844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr15	44091351	rs656473	A	T	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=32;PP=996;SC=AGTGTGTGTGAGAGAAATGGC;SOR=1.524;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=44091359;WS=44091341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	44093040	rs150585298	T	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.473;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=67;ReadPosRankSum=1.863;SC=GCTCTGAGGCTGTAGCTGGAA;SOR=0.458;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=8;WE=44093048;WS=44093030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr15	44119313	rs3832984	CA	C	2319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.693;NF=5;NR=26;PP=1012;ReadPosRankSum=2.411;SC=CTGGTGCTTCCAAGGTGTGCT;SOR=0.591;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=74;TCF=11;TCR=63;TR=31;WE=44119321;WS=44119303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,80:0.41:193
chr15	44120559	rs678084	T	G	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.001;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=945;ReadPosRankSum=0.696;SC=TACCACACCATCCCTGGTAAG;SOR=0.883;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=43;TCR=64;TR=62;WE=44120567;WS=44120549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,83:0.53:158
chr15	44211868	rs2016840	G	A	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=408;ReadPosRankSum=0.043;SC=AGAACAGTGGGAAATTATATA;SOR=0.571;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=28;WE=44211876;WS=44211858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr15	44216559	rs5812256	C	CT	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.022;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,28:0.40:70
chr15	44599410	rs199591388	CT	C	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,32:0.41:78
chr15	44778936	rs2453275	T	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=206;ReadPosRankSum=-0.235;SC=GGATTTTTTTTAAAAAAATGC;SOR=0.751;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=16;WE=44778944;WS=44778926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr15	44778956	.	G	GT	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr15	44794330	rs144086133	C	CTT	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=131;ReadPosRankSum=1.803;SC=TGCATATACTCTTATTTTTTA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=44794338;WS=44794320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr15	44855454	rs61732733	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=374;ReadPosRankSum=-0.904;SC=TGAGTAATTTCTTCAGGTTTT;SOR=0.723;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=15;TCR=41;TR=22;WE=44855462;WS=44855444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr15	44877800	rs34800368	T	TA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr15	44896397	.	TA	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	44903285	rs12909507	C	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.40;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	44943757	rs3759871	A	G	2561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=40;PP=1334;ReadPosRankSum=1.079;SC=GCCAAGGGAAAAACACTGCAT;SOR=0.655;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=160;TCF=88;TCR=72;TR=86;WE=44943765;WS=44943747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,123:0.52:236
chr15	44949245	rs138212424	T	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=377;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TAACCTCTTATCAGTCTAACT;SOR=0.674;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=24;WE=44949253;WS=44949235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr15	44951174	rs7165146	A	G	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=298;ReadPosRankSum=1.762;SC=AACTAACCACACTTCCTATAT;SOR=0.598;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=21;WE=44951182;WS=44951164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr15	44966389	rs8026845	T	C	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=48;PP=1493;SC=ATTCCCAGCATACCAGGGGCC;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=44966397;WS=44966379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	45028919	rs11388295	C	CT	724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=2.893;HP=11;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=1.031;SC=GTGAGTGACCCTTTTTTTTTT;SOR=0.921;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=22;WE=45028927;WS=45028909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,44:0.71:62
chr15	45047134	rs2470911	G	A	2346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=935;ReadPosRankSum=0.773;SC=CGATCCAGGCGACTATGTTGA;SOR=0.730;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=66;WE=45047142;WS=45047124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,127:0.40:318
chr15	45047573	rs3100139	C	T	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=16;PP=400;SC=CATTTCTTCACGGTGGGTGAG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=45047581;WS=45047563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	45048757	rs3759881	T	A	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.60;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	45059390	rs6493127	C	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=13;PP=789;SC=GTTTACCCCCCTTTCTCCCAT;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=39;WE=45059398;WS=45059380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	45060014	rs3100143	A	T	1966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=47;PP=1327;SC=TTAAAGAGGTATTGAAATATT;SOR=1.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=65;WE=45060022;WS=45060004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	45123909	.	TAA	T	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.07;MQRankSum=-3.973;QD=4.38;ReadPosRankSum=-0.048;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr15	45250755	rs373082	CA	TG	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;JOINED;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=18;PP=430;SC=CAGCCAAATCCAGCTAATCTC;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=45250764;WS=45250745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	45353230	rs2854446	C	T	6127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=50;PP=2965;SC=TGCTCCCACCCTCGGACATGG;SOR=1.184;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=150;TCF=98;TCR=52;TR=148;WE=45353238;WS=45353220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr15	45357409	rs28709644	A	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.001;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr15	45357410	rs2854437	T	G	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=34.32;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	45361011	rs28662287	C	T	351.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.61;MQRankSum=1.770;QD=22.00;ReadPosRankSum=1.739;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr15	45361046	.	AT	A	347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.05;MQRankSum=-1.499;QD=14.49;ReadPosRankSum=-1.204;SOR=1.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr15	45387550	rs199138	A	G	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=10;PP=1001;SC=TGGAGCCAGGAGCTTTCTCTC;SOR=1.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=45387558;WS=45387540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	45388382	rs2554451	C	T	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=381;SC=TCTGAGCAAGCGGGGCTCCTG;SOR=1.308;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=20;WE=45388390;WS=45388372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	45391566	rs269869	A	T	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=20;PP=718;SC=AGGAGAAACCATCCCCAGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=19;TCR=21;TR=39;WE=45391574;WS=45391556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	45392075	rs269868	G	A	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=46;PP=1445;SC=CGAGGGTGGCGAGGCAAAGCC;SOR=1.125;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=27;TCR=46;TR=73;WE=45392083;WS=45392065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	45398965	rs269862	G	T	938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=14;PP=631;SC=CAAATAGCCAGCCCCTCAGGC;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=31;WE=45398973;WS=45398955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	45399467	rs190599	A	G	16653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=647;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=202;NR=143;PP=2965;SC=GACAGCACCAAGTGATTCCCC;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=347;TCF=203;TCR=144;TR=345;WE=45399475;WS=45399457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,634:1.00:634
chr15	45400164	rs269861	T	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=24;NR=1;PP=635;SC=CAAGGGCTCATAGGGGCTGTC;SOR=3.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=24;TCR=1;TR=25;WE=45400172;WS=45400158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	45400358	rs269860	C	G	6326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=79;PP=2906;SC=CCAGGAGCCCCCCAAGGAGCA;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=76;TCR=79;TR=155;WE=45400366;WS=45400348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr15	45404066	rs2001616	G	A	6305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=57;PP=2163;SC=GTCGAACACGGGGTCTCCAGG;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=67;TCR=58;TR=123;WE=45404074;WS=45404056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr15	45404979	rs182090	T	G	3699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=53;PP=1810;SC=CCCAAACCTCTCCCTAAGCCT;SOR=0.793;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=99;WE=45404987;WS=45404969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	45405463	rs269856	G	T	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=35;PP=1447;SC=TCAGGGAGCCGCTTGCCGCAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=45405471;WS=45405453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	45408414	rs2576090	C	G	5155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=80;PP=2555;SC=AGCCCGTGTCCGTCTGCTCGT;SOR=1.110;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=49;TCR=82;TR=129;WE=45408422;WS=45408404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr15	45408691	rs2576091	C	G	8633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.92;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr15	45408699	rs2252371	C	T	8921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.10;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr15	45408710	rs2554459	A	G	5527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=79;NR=63;PP=2445;SC=GCCTCACCCCACAGGGACCCC;SOR=0.912;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=80;TCR=63;TR=142;WE=45408718;WS=45408681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr15	45408933	rs2576092	T	C	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=27;PP=636;SC=CTATGGTAAGTGCTGGAGGGA;SOR=1.436;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=45408941;WS=45408923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	45409271	rs955152	C	T	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=26;PP=1362;SC=CACAGCGGGTCCCCCCACTCC;SOR=1.156;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=73;WE=45409279;WS=45409261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	45411633	rs12910807	A	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=373;ReadPosRankSum=-0.449;SC=TTCCCCTGGGAGTGTCAGAAC;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=24;WE=45411641;WS=45411623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr15	45424286	rs1706810	C	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=160;ReadPosRankSum=0.385;SC=TCTGGGCTCCCCCAAGGACAG;SOR=1.022;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=9;WE=45424294;WS=45424276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr15	45428712	rs72724253	C	T	1078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=2.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.323;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,60:0.43:138
chr15	45433646	rs1648283	T	G	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=790;ReadPosRankSum=-1.979;SC=GTGGTGGGTCTGGAGCCTCGT;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=53;WE=45433654;WS=45433636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,81:0.44:186
chr15	45435217	rs2292465	T	C	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=170;ReadPosRankSum=0.247;SC=AAGCTCCCCATGGGATGCAGA;SOR=0.283;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=13;WE=45435225;WS=45435207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr15	45439910	rs938129	A	G	2851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=42;PP=1264;SC=TCTGTTGGAGATGGGGAAGCC;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=45439918;WS=45439900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	45442959	.	T	G	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.259;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=517;ReadPosRankSum=1.352;SC=TTCTCTCCCCTGAATGGCTGG;SOR=0.776;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=37;WE=45442967;WS=45442949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,59:0.48:123
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chr15	45445734	.	GTGTGTGTGTGTA	G	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.701;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.019;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr15	45445746	.	A	G	191	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=184;MMLQ=28;MQ=60.05;NF=6;NR=15;PP=191;QD=10.7510101213;SC=GTGTGTGTGTATAATGGGGAG;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=21;WE=45445754;WS=45445736;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
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chr15	45446156	rs2458236	C	T	1248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.941;QD=8.27;ReadPosRankSum=2.786;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,72:0.48:151
chr15	45454720	rs1706811	G	A	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.826;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr15	45457106	rs12438755	G	T	2053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=45;PP=1076;ReadPosRankSum=-1.042;SC=CTAGGCCCCTGCCCGGGGGTT;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=40;TCR=75;TR=71;WE=45457114;WS=45457096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,98:0.58:168
chr15	45457127	rs7169193	C	T	1513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=40;PP=957;ReadPosRankSum=0.245;SC=CTGCCCACTGCCCAGTTGAGC;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=56;WE=45457135;WS=45457117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,67:0.57:118
chr15	45467540	rs1632144	C	G	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=27;PP=998;SC=TCACCTTCCGCGGTGGCCCCA;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=29;TCR=27;TR=56;WE=45467548;WS=45467530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	45544319	rs2899376	T	G	196.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=3;PP=109;SC=CTCCTCTACATTGAGGGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=45544327;WS=45544309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	45545378	rs17215668	GC	G	1960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=12;PP=1304;SC=TTCAGGCTTGGCCCTGAATTT;SOR=1.651;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=32;WE=45545386;WS=45545368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	45545478	rs11854484	C	T	3910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=42;PP=1881;SC=ACAGTGAACCCGGGGCTGGAG;SOR=0.937;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=57;TCR=44;TR=99;WE=45545486;WS=45545468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	45554267	rs1060896	C	A	4457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=51;PP=1866;SC=CACACGCCAGCTTGTTCAAGA;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=99;WE=45554275;WS=45554257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr15	45556829	rs11631021	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=621;SC=ACTCACATTGAAATAATATTC;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=45556837;WS=45556819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	45557456	rs11632419	C	A	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=26;PP=695;SC=AGATCAGCGCCCCTGTATACC;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=36;WE=45557476;WS=45557446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	45557468	rs2271438	A	G	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=609;SC=CTGTATACCAATTTGACCCTA;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=45557476;WS=45557446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	45560076	rs74966124	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=0.061;SC=CTTCAAGTCTCCCTGAGGGGG;SOR=0.368;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=7;WE=45560084;WS=45560066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr15	45561868	rs2413769	C	A	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=10;PP=253;SC=ACTACAAAGCCAGCAGAACAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=45561876;WS=45561858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	45567568	rs17222078	T	C	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,100:0.42:238
chr15	45779810	rs2453531	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=216;ReadPosRankSum=0.000;SC=TACAGATGGGGTCAGCAATCT;SOR=0.653;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=20;WE=45779818;WS=45779800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr15	45951409	rs55658411	A	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.800;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=2.260;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr15	45951413	rs56364627	T	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.816;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr15	45968535	rs12914266	A	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=347;ReadPosRankSum=-0.130;SC=AGCTGTCAGCATGAAGCGTTG;SOR=0.593;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=25;WE=45968543;WS=45968525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr15	47873549	rs4775699	C	T	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	47873605	rs4774498	T	A	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=19;NR=13;PP=492;SC=TGGGAAGTAGTTTGAGAAAAG;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=47873613;WS=47873595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	48053229	rs501916	C	A	2476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=27;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.232;SC=AAGTAATACCCAACAAGGTGA;SOR=0.856;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=135;TCF=83;TCR=52;TR=75;WE=48053237;WS=48053219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,121:0.52:234
chr15	48053334	rs599111	G	T	3399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.851;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=45;PP=1306;ReadPosRankSum=0.498;SC=AAACTGCTTTGGTTTTGCTTG;SOR=0.626;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=106;TCR=90;TR=98;WE=48053342;WS=48053324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,168:0.53:317
chr15	48055119	rs3743276	T	C	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.652;SC=TTGAATGTAATTGTGCAACAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=48055127;WS=48055112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr15	48056958	rs3743281	C	T	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=44;PP=1311;ReadPosRankSum=-1.448;SC=CACCCATTGCCGATGAGCCCT;SOR=0.626;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=174;TCF=87;TCR=87;TR=90;WE=48056966;WS=48056948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,134:0.49:275
chr15	48058214	rs531596	C	T	3282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=49;PP=1409;ReadPosRankSum=0.740;SC=AAAGTAAGCTCGTGTTTCTTT;SOR=0.689;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=195;TCF=103;TCR=92;TR=103;WE=48058222;WS=48058204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,164:0.54:302
chr15	48058259	rs616871	T	A	2915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=47;PP=1276;ReadPosRankSum=0.568;SC=GAAACCTTTGTTGATGAGAAA;SOR=0.831;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=160;TCF=73;TCR=87;TR=82;WE=48058267;WS=48058249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,137:0.55:250
chr15	48058484	rs528882	G	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=-1.093;SC=CTTTTTTTTTGTTGTTATGGG;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=48058492;WS=48058474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr15	48058652	rs472081	G	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.822;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.722;NF=5;NR=2;PP=63;ReadPosRankSum=1.638;SC=GTTTTTAACAGAAATAGTCAT;SOR=0.569;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=7;WE=48058660;WS=48058642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr15	48058684	rs145748369	GTTGT	G	486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.067;QD=16.22;ReadPosRankSum=0.457;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr15	48058929	rs603569	G	A	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.747;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=749;ReadPosRankSum=-0.726;SC=ACATTTGCACGTCGACATTAT;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=56;WE=48058937;WS=48058919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,96:0.48:199
chr15	48063076	rs568215	T	C	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=969;ReadPosRankSum=0.096;SC=CTGCTCTTCCTACTCCTGAGT;SOR=0.717;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=56;WE=48063084;WS=48063066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,77:0.46:166
chr15	48443699	rs2470103	T	C	9842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=106;NR=101;PP=2965;SC=TCCAAAGCCTTGATTTATTCC;SOR=0.735;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=213;TCF=106;TCR=107;TR=207;WE=48443707;WS=48443689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,390:1.00:390
chr15	48450517	rs3736482	T	C	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=30;PP=880;SC=AACTCTCTGATATTTTAATTA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=48450525;WS=48450507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	48460786	rs11070626	T	C	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=5;PP=751;SC=CCCCTGCCTATATGAAGATTA;SOR=2.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=48460794;WS=48460776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	48460927	rs8023906	C	T	6476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=67;PP=2389;SC=TTTTCTCCAGCGCCCGAATTC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=140;WE=48460935;WS=48460917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr15	48520699	rs1484547	T	C	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=3;PP=111;SC=TAATACATCATACTCTATAGA;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=48520707;WS=48520689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	48538979	rs35669481	A	AAAC	1211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.9974;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=643;ReadPosRankSum=1.806;SC=TGTCTCAAACAAACAACAACA;SOR=0.512;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=14;WE=48538987;WS=48538969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr15	48539026	rs11636073	A	T	3280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=17;PP=1079;SC=CAGGGGGAAAAAATGTAGTTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=48539034;WS=48539016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	48539043	rs8028035	G	A	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=27;PP=1411;SC=GTTGAAAGCCGTTTGCTTATG;SOR=1.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=50;TCR=27;TR=77;WE=48539051;WS=48539033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	48541700	rs2279365	G	A	6418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=105;NR=48;PP=2965;SC=TTCAAGCTTCGAGGCTATAAC;SOR=1.307;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=154;TCF=106;TCR=48;TR=153;WE=48541708;WS=48541690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr15	48561834	rs1484551	A	G	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	48580713	rs1552311	T	C	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=17;PP=529;SC=GAAAAAATTGTGTAAGTAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=48580721;WS=48580703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	48623248	rs66822811	TCGGGCGCGGTGTCTTGCCCACAGCTTGGGGAGCGGCCC	T	782.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=2957;SC=TGAAAGGAAATCGGGCGCGGT;SOR=3.500;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=48623293;WS=48623238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	48712699	rs3214528	AT	A	366.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=328;SC=CTCAATTATAATTTTTTTTCT;SOR=3.383;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=15;WE=48712707;WS=48712689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	48713996	rs1820488	G	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=17;PP=783;SC=GGCCAACAACGCTTCACATAC;SOR=0.811;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=48714004;WS=48713986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	48720526	rs363832	G	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=5;PP=512;SC=GGAAAGTGCGGTGCCAACTGT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=48720534;WS=48720516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	48729648	rs2042746	T	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=18;PP=526;SC=TCTCCACAAGTATTTTGAGGT;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=48729656;WS=48729638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	48736684	rs2303502	A	T	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=46;PP=2365;SC=TCATTCTGCTAAGTCCAGTGG;SOR=1.078;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=125;WE=48736692;WS=48736674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr15	48749040	rs6145556	C	CGTGT,CGT	415.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.524;NF=1,1;NR=15,15;PP=145,487;ReadPosRankSum=-0.126;SC=AAAGTGCGTGCGTGTGTGTGT;SOR=1.802;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=16,16;WE=48749048;WS=48749030;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.77:13
chr15	48764655	rs67860867	TA	T	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=1.389;QD=5.16;ReadPosRankSum=-2.101;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr15	48807637	rs4775765	C	T	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	48903126	rs1018148	A	G	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=24;PP=671;SC=GGTCCCTCACAAACTTTGCTA;SOR=1.140;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=36;WE=48903134;WS=48903116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	49009405	rs11334885	AT	A	76.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr15	49044538	rs2306187	C	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr15	49074539	rs2289179	C	T	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-1.237;SC=TTCTGCTTTACTACTACTGTC;SOR=1.009;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=6;WE=49074547;WS=49074529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr15	49083577	rs58156069	C	T	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=27;PP=797;SC=TTTTCATCTACGGTATTAAAA;SOR=1.040;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=49083585;WS=49083567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	49097733	rs34518970	T	TC	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr15	49098016	rs1426200	C	A	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=647;SC=GGTGATTCACCGAAAATAGCT;SOR=1.942;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=49098024;WS=49098006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	49118087	rs3743292	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=6;PP=697;SC=ATTTTATCTACAAACAAAGTT;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=49118095;WS=49118077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	49135892	rs882824	C	T	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=328;SC=CATGCCCCACCCTATACAATG;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=49135900;WS=49135882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	49143232	rs17467239	G	T	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=630;SC=GCAACATTCTGGGCCTATCTG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=49143240;WS=49143222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	49149828	rs4774526	C	T	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=496;SC=CAAATAAATACATACAGATAA;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=49149836;WS=49149818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	49168649	rs34156861	TAC	T	411.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.8375;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=4;PP=312;SC=CATATATATATACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=8;WE=49168660;WS=49168641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	49168841	rs34224664	G	A	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=18;PP=543;SC=TCCAATGTTCGAGGGCAGGAA;SOR=0.900;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=49168849;WS=49168831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	49285001	rs34895054	G	C	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=611;ReadPosRankSum=0.472;SC=TTACCAATTGGGGGTGTGTCA;SOR=0.687;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=70;TCR=67;TR=51;WE=49285009;WS=49284991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,95:0.43:222
chr15	49325289	rs11638215	A	C	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.774;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,70:0.51:136
chr15	49421561	rs35181192	GTAT	G	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	49421868	rs507054	T	G	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=0.713;SC=TGCTTGGCAATGATATAAAGT;SOR=1.179;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=5;WE=49421876;WS=49421858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr15	49461248	rs577659	C	T	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.856;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=309;ReadPosRankSum=-0.792;SC=CACTCTTTGGCTATGCTTTAT;SOR=0.532;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=21;WE=49461256;WS=49461238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,34:0.42:81
chr15	49620971	rs5812480	AT	A	339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.8393;FS=0.000;HP=15;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=186;ReadPosRankSum=1.089;SC=GAGACTAAGGATTTTTTTTTT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=17;WE=49620980;WS=49620961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr15	49714829	rs113493002	G	C	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=324;ReadPosRankSum=-0.203;SC=CTGAGACTCTGGAACAGCAGG;SOR=0.772;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=35;WE=49714837;WS=49714819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,82:0.49:167
chr15	49716845	rs16962440	T	C	110.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=85;SC=TTTCAGGTGATATGTTTTCTC;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=49716853;WS=49716835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	49800394	rs58845336	G	A	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=0.164;SC=GCAGTATACAGAAACTTTACT;SOR=0.648;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=9;WE=49800402;WS=49800384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,23:0.41:56
chr15	49867122	rs12901416	A	G	162.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=100;SC=ATCCAGAAAAACATTTTTGTA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=49867130;WS=49867112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	49867148	rs12902794	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=5;PP=217;SC=CTTATCTCTATTGAAAAATTA;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=49867156;WS=49867138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	49867323	rs12902107	G	A	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=11;NR=17;PP=489;SC=AAAAAAACAAGAGAGAGATGC;SOR=1.002;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=49867331;WS=49867313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	49867356	rs142858784	A	C	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.306;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=-0.506;SC=ATATATTACAAAACATGTTAA;SOR=2.049;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=12;WE=49867364;WS=49867346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr15	49869141	rs12912703	C	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.306;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr15	49869576	rs12148716	T	C	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,74:0.59:125
chr15	49923026	rs1976551	C	G	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=282;ReadPosRankSum=1.313;SC=TACAGCCGCTCCCCATCACTC;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=19;WE=49923034;WS=49923016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr15	50152583	rs4774549	G	T	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=840;SC=CAAAAGCATAGCCAGACCTTC;SOR=1.451;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=44;WE=50152591;WS=50152573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr15	50171694	rs3803363	C	T	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GAAACATCATCCATAGTAGTG;SOR=1.002;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=50171702;WS=50171684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
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chr15	50226313	rs2452524	G	T	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=5.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.366;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,89:0.52:172
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chr15	50301983	rs7175148	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=-0.605;SC=TTAACCAGAGTGGACTTTGAG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=7;WE=50301991;WS=50301973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr15	50311135	rs12591825	C	A	6873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr15	50311148	rs11070741	A	G	6535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=67;PP=2392;SC=CCTGTCATTAAACCCTCAGCT;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=125;WE=50311156;WS=50311125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr15	50366282	rs28450157	A	G	1631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.503;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=535;ReadPosRankSum=-1.993;SC=TCTTTAGGTAAGACCTATCCT;SOR=0.531;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=40;WE=50366290;WS=50366272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,86:0.45:193
chr15	50366426	rs28510642	G	C	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=0.620;SC=TGTAGGCCCAGAGAAACAAAT;SOR=0.904;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=10;WE=50366434;WS=50366416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr15	50474766	rs1648348	A	C	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=2.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=1.134;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,143:0.57:253
chr15	50489677	rs1863511	A	T	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=17;PP=1144;SC=TTGTTTTGATATTTTTCTTAT;SOR=1.423;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=50489685;WS=50489667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	50497354	rs2278166	G	T	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.384;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=281;ReadPosRankSum=0.363;SC=AATTTCTACCGTTCAAAGTTG;SOR=1.678;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=17;WE=50497362;WS=50497344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr15	50518146	rs8043431	A	G	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=274;ReadPosRankSum=0.139;SC=GGGAAAAATTATAAAAGATTT;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=18;WE=50518154;WS=50518136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr15	50521265	rs5812509	T	TA	3021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.09;MQRankSum=1.417;NF=7;NR=40;PP=1656;ReadPosRankSum=-0.577;SC=GATCTGTACCTAACCCATAGA;SOR=0.892;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=91;TCF=20;TCR=71;TR=47;WE=50521273;WS=50521255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,119:0.50:237
chr15	50526004	rs199563798	GAACT	G	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=310;ReadPosRankSum=1.663;SC=ACAGTTCTTTGAACTAATAAA;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=8;WE=50526015;WS=50525994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr15	50526030	rs16963464	T	A	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=1.058;SC=ATAAATAGCCTTAACACTTCT;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=15;WE=50526038;WS=50526020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chr15	50526249	rs17848313	A	T	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.046;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,70:0.52:134
chr15	50534514	rs2073440	T	G	889.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=396;ReadPosRankSum=-1.424;SC=GAGAGCTGCATTCAGGAAAGC;SOR=0.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=26;WE=50534522;WS=50534504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,43:0.44:97
chr15	50534832	rs1549521	A	G	1966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1023;ReadPosRankSum=-0.869;SC=GATGGAGGCCATTTTCCCTTT;SOR=0.715;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=75;WE=50534840;WS=50534822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,102:0.49:207
chr15	50544545	rs80275773	C	T	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=1;PP=555;ReadPosRankSum=2.102;SC=AGGGAGCCACCGTACAGATTT;SOR=2.770;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=26;WE=50544553;WS=50544535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr15	50544871	rs34406040	G	A	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.413;SC=TGAAGGAGTCGGCATACTCAA;SOR=0.726;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=172;TCF=81;TCR=91;TR=79;WE=50544879;WS=50544861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,121:0.43:283
chr15	50546935	.	T	TTC	93.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.242;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=0.319;QD=11.72;ReadPosRankSum=-2.100;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr15	50555710	rs854160	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=178;ReadPosRankSum=0.488;SC=AAGAAGGAGATGGATTTGGCC;SOR=0.955;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=17;WE=50555718;WS=50555700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr15	50581634	rs34330339	T	TA	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.135;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.629;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr15	50596070	rs7164798	T	C	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr15	50601811	rs11636564	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=385;ReadPosRankSum=0.632;SC=ATAAACACAATACTGACTACA;SOR=0.902;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=22;WE=50601819;WS=50601801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr15	50602067	rs35446819	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.029;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=201;ReadPosRankSum=-1.599;SC=TTTCCCTTCCTGTCTTTATTA;SOR=1.299;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=16;WE=50602075;WS=50602057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr15	50731390	rs11632708	C	T	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=1.667;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr15	50733849	rs117862182	T	A	59.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=6.021;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=-0.674;SC=ACAGTGTTATTATTTACAAAT;SOR=2.788;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=50733857;WS=50733839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
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chr15	50782335	rs2289108	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.711;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=166;ReadPosRankSum=0.335;SC=GAAGTTTATCGCCATTTTATT;SOR=1.552;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=9;WE=50782343;WS=50782325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr15	50782703	rs11638390	A	G	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=-1.741;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,43:0.46:93
chr15	50789527	.	T	TA	41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=41;QD=34.9485868237;SC=CATGGGCACATAACAAAGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=50789535;WS=50789517;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr15	50821945	rs3098200	G	A	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=399;ReadPosRankSum=-0.854;SC=AGATAATTCTGGAGTTTTCTT;SOR=0.976;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=26;WE=50821953;WS=50821935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr15	50822178	rs62019151	T	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=424;ReadPosRankSum=-1.439;SC=GAACCACTCATTTGTCTACAT;SOR=0.570;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=27;WE=50822186;WS=50822168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,36:0.64:56
chr15	50833113	rs2003359	A	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=0.319;SC=GAGCCACCGCACTCAGTCTAT;SOR=0.446;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=50833121;WS=50833112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr15	50836243	rs3109878	T	G	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=126;ReadPosRankSum=-0.262;SC=AAAAAAAGGATGCCAGGCTCA;SOR=0.527;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=12;WE=50836251;WS=50836233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr15	50836284	rs12443399	G	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5210;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=1.077;SC=CAGCACTTTGGGGGGCCGAGG;SOR=0.538;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=9;WE=50836292;WS=50836274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr15	50854029	rs75278275	TA	T	301.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.790;QD=9.14;ReadPosRankSum=0.437;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr15	50867082	rs473357	G	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=573;ReadPosRankSum=0.690;SC=TATCTTCTTTGTAAATACTTG;SOR=0.582;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=34;WE=50867090;WS=50867072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr15	50867841	rs118029886	C	T	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=0.560;SC=TAATGTAATCCCACCCACATT;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=4;WE=50867849;WS=50867831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr15	50873262	rs2414060	A	G	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=74;ReadPosRankSum=0.355;SC=TTTATTTATTATAACTGTATT;SOR=0.160;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=50873270;WS=50873252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr15	50878478	rs539383	G	A	234.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=126;SC=CAGAATTTTCGTCTTCTGACT;SOR=2.093;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=9;WE=50878486;WS=50878468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	50878509	rs1395297	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.88;ReadPosRankSum=2.730;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr15	50878574	rs3109894	G	A	530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=280;ReadPosRankSum=0.137;SC=CTATTCATATGGTCAAAATAC;SOR=0.547;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=22;WE=50878582;WS=50878564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr15	50882045	rs113973270	T	TTTTTTTG	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=84;ReadPosRankSum=0.328;SC=AGGTTACAGTTTTTTTTGTTT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=2;WE=50882053;WS=50882035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr15	50885976	rs567109	G	T	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr15	50888619	rs675011	A	T	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	50899211	rs12439744	C	T	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=0.098;SC=ACAAAGTATACAGCATACTCA;SOR=1.547;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=4;WE=50899219;WS=50899201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr15	50899309	rs11633404	C	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=326;ReadPosRankSum=-0.821;SC=ACACACACACCCCCCTACGTA;SOR=0.850;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=25;WE=50899317;WS=50899299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr15	50901929	rs35281039	TA	T	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.095;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr15	50903600	rs4775894	C	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=0.641;SC=ATTAATACTTCCTACTTTTTA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=8;WE=50903608;WS=50903590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr15	50916575	rs137968959	GATTTAC	G	185.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=155;ReadPosRankSum=-1.039;SC=AAGTCCTTAGGATTTACATTT;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=4;WE=50916588;WS=50916565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
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chr15	50926516	rs62017191	C	T	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=206;ReadPosRankSum=0.543;SC=AGCAAGACTCCGTATCAAAAA;SOR=1.201;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=5;WE=50926534;WS=50926506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr15	50926523	rs140773609	AAAAT	A	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=2.028;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.099;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
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chr15	50941131	rs2063010	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=333;ReadPosRankSum=0.740;SC=ATTAGAGTTAATGAAAAAATG;SOR=0.754;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=24;WE=50941139;WS=50941121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr15	51201158	rs76674534	A	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=265;ReadPosRankSum=-0.116;SC=GCTCAGGGACATCGGAGTGAG;SOR=1.337;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=20;WE=51201166;WS=51201148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,39:0.42:92
chr15	51204364	rs1147129	G	A	1505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=337;ReadPosRankSum=0.072;SC=TGCATAGTCAGTGCCAACACA;SOR=0.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=34;WE=51204372;WS=51204354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,80:0.48:165
chr15	51204394	rs3214932	C	CT	2624.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=877;ReadPosRankSum=1.590;SC=GAAATCTAGTCACTGTGGACT;SOR=0.694;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=24;WE=51204402;WS=51204384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,77:0.49:156
chr15	51204430	.	G	A	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.972;NF=18;NR=24;PP=599;ReadPosRankSum=1.152;SC=ACTGATGATCGGTTGCTAAAA;SOR=0.892;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=42;WE=51204438;WS=51204420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr15	51207818	rs2663553	G	C	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=0.054;SC=CCTTGAAGTTGCATCTATTAT;SOR=0.190;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=11;WE=51207826;WS=51207808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr15	51217361	rs2306331	T	C	1819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.868;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=766;ReadPosRankSum=2.090;SC=GATTTTCCCCTGCGAAATGAT;SOR=0.631;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=64;WE=51217369;WS=51217351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,92:0.53:175
chr15	51217475	rs2306332	G	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.586;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=310;ReadPosRankSum=-0.343;SC=AGAAGTTTATGCTAGAAAATT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=19;WE=51217483;WS=51217465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr15	51233812	rs2291107	T	C	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=433;ReadPosRankSum=0.602;SC=CTTTTGAAATTTGCTGTGTAT;SOR=0.476;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=24;WE=51233820;WS=51233802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr15	51240398	rs144809125	ATGCAGTGACTT	A	935.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.498;SC=ATAGTTAGTTATGCAGTGACT;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=8;WE=51240416;WS=51240388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr15	51276128	rs2306335	A	G	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=1;PP=376;SC=TATTAGTTCCAGGCTTGAATT;SOR=4.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=51276136;WS=51276118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	51293164	rs3840015	G	GT	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.430;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=221;ReadPosRankSum=0.198;SC=TTTGAAATTTGTTGTTTAGAA;SOR=0.223;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=7;WE=51293172;WS=51293154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr15	51294832	rs3825798	G	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.753;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=791;ReadPosRankSum=-0.636;SC=TACTGTATCAGTGTCAAAAGG;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=54;WE=51294840;WS=51294822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,67:0.62:108
chr15	51350655	rs76241791	AT	A	596.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.482;NF=2;NR=19;PP=418;ReadPosRankSum=1.190;SC=GGTAAAAAAAATATATATAAA;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=51350663;WS=51350644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,31:0.86:36
chr15	51386892	rs201887319	CCGGGCGGCG	C	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=61.19;MQRankSum=2.320;NF=0;NR=5;PP=1256;ReadPosRankSum=-0.428;SC=CGGCTGGAGCCCGGGCGGCGC;SOR=1.048;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=51386908;WS=51386882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr15	51502844	rs4646	A	C	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=664;ReadPosRankSum=-1.198;SC=AGCAGATGACAAATAGCACCT;SOR=0.561;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=134;TCF=72;TCR=62;TR=48;WE=51502852;WS=51502834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,79:0.40:197
chr15	51502986	rs10046	G	A	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=708;ReadPosRankSum=-0.107;SC=GCTCCAGAGTGGGTACTGACC;SOR=0.827;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=45;WE=51502994;WS=51502976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,69:0.41:168
chr15	51503881	rs28757202	T	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=197;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CTACACCATATGCAAATTGAA;SOR=0.704;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=15;WE=51503889;WS=51503871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,33:0.45:74
chr15	51503897	rs28757201	G	A	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=231;ReadPosRankSum=0.932;SC=TTGAAAAAAGGGCACTTAGGG;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=16;WE=51503905;WS=51503887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr15	51504061	rs28757200	C	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GCTCATGGGGCCATTTGATGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=51504069;WS=51504051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr15	51504811	rs1065779	A	C	145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-1.090;SC=TCCATCTGTGATTGGTATTAA;SOR=0.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=7;WE=51504819;WS=51504801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr15	51507508	rs2289105	T	C	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=163;ReadPosRankSum=1.533;SC=CACTCAAGGATCAACAACCTC;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=12;WE=51507516;WS=51507498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
chr15	51507782	rs2289106	T	G	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=509;ReadPosRankSum=-0.867;SC=ATTACAGAACTGCTAGAGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=43;TCR=18;TR=36;WE=51507790;WS=51507772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,46:0.60:77
chr15	51507874	rs17601241	G	A	2799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=4.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,134:0.51:261
chr15	51510702	rs1143704	T	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=122;ReadPosRankSum=1.645;SC=ACCAATCCAATTGTACTCATA;SOR=0.610;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=12;WE=51510710;WS=51510692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr15	51510868	rs4324076	A	C	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.815;NF=28;NR=21;PP=680;ReadPosRankSum=-0.627;SC=GGAAAAAAAAACACACATACA;SOR=0.775;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=49;WE=51510876;WS=51510849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,73:0.41:180
chr15	51519869	rs149494347	C	CAATAAATAAATAAATA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=486;ReadPosRankSum=-0.549;SC=GAGCCTGTCTCAATAAATAAA;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=51519877;WS=51519859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr15	51519945	rs28892005	A	AAAG	3743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=22;PP=1268;SC=CATAGACAAAAAAGATTGTAG;SOR=1.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=52;WE=51519953;WS=51519935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	51520206	rs1065778	T	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=280;ReadPosRankSum=-0.022;SC=GACTAGGAGGTAGCTCTCTTA;SOR=0.283;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=16;WE=51520214;WS=51520196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr15	51529112	rs700518	T	C	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.234;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,54:0.44:124
chr15	51529265	rs3759811	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=0.630;SC=TGCAACTGTTTTGTGTTACTC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=11;WE=51529273;WS=51529255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr15	51529349	rs10550124	GAAACA	G	188.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=139;SC=AAAGTGATTTGAAACAAAACA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=3;WE=51529361;WS=51529339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	51534547	rs727479	C	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=7;PP=162;SC=GGGGGCATGGCGGAAACAAAG;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=51534555;WS=51534537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	51634255	rs2446421	T	G	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=675;ReadPosRankSum=0.121;SC=GTAGGCGGGGTCTCTGTTCCC;SOR=0.685;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=88;TCF=34;TCR=54;TR=42;WE=51634263;WS=51634245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,70:0.48:145
chr15	51669499	rs117848155	G	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=384;ReadPosRankSum=-0.095;SC=CACTAGGTGGGACATCACTGC;SOR=0.434;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=26;WE=51669507;WS=51669489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr15	51675625	rs2445738	C	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.854;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr15	51689624	rs1147142	A	C	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=14;PP=833;SC=TCCCCCTTCTACCTCTTGCCT;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=37;WE=51689632;WS=51689614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	51689772	rs17648128	G	A	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=-2.980;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,82:0.41:199
chr15	51743718	rs16964357	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=-0.316;SC=ATTCTAAATATTTCTCCATTT;SOR=0.551;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=6;WE=51743726;WS=51743708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr15	51748610	rs3736485	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=90;ReadPosRankSum=-0.792;SC=GTATGCAGAAAAGATGAGGAA;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=51748618;WS=51748600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr15	51749726	rs930920	A	C	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.383;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=247;ReadPosRankSum=-0.063;SC=AATTCCAACTAAAAATCTTCT;SOR=0.153;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=15;WE=51749734;WS=51749716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr15	51750652	rs11630842	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=-0.998;SC=ATAACCATTTGGTGGGTACTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=51750660;WS=51750642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr15	51750846	rs7165887	G	A	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=399;ReadPosRankSum=1.608;SC=AGGCAGAATCGATGATTTAAG;SOR=0.399;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=25;WE=51750854;WS=51750836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr15	51751091	rs111734926	TAGCAGC	T	342.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=10.437;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.800;SOR=2.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr15	51758345	rs10706765	CA	C	250.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=63;ReadPosRankSum=-0.378;SC=AAAGAAAAGCCAAAAAAAAAA;SOR=0.657;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=6;WE=51758353;WS=51758335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr15	51770456	rs11291027	AT	A	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.256;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=95;ReadPosRankSum=1.582;SC=ATTTTGGGTGATTTTTTTTTA;SOR=1.426;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=8;WE=51770464;WS=51770446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr15	51783820	rs10851500	T	C	2665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=2.323;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,134:0.51:263
chr15	51783981	rs12101858	G	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.341;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=456;ReadPosRankSum=-0.632;SC=CTGCGTAACTGTATCAAATAA;SOR=1.473;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=24;WE=51783989;WS=51783971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr15	51791559	rs12102203	A	G	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.953;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1378;ReadPosRankSum=-0.986;SC=TCTGCATTAGAACTATCAGCT;SOR=0.832;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=236;TCF=120;TCR=116;TR=97;WE=51791567;WS=51791549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,136:0.40:340
chr15	51795172	rs12592889	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=3.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.599;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr15	51839312	rs72283649	TGATGCCAG	T	313.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=324;ReadPosRankSum=-0.832;SC=TCAGGCAGCTTGATGCCAGAG;SOR=0.069;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=5;WE=51839327;WS=51839302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr15	51855834	rs140877638	T	G	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=2.260;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr15	51868373	rs2414105	A	G	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=3.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=-0.786;QD=6.37;ReadPosRankSum=-3.671;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,39:0.39:99
chr15	51868380	rs59569487	TA	T	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=-1.003;QD=4.20;ReadPosRankSum=2.049;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr15	51914662	rs2278990	G	A	1193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=1.466;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,63:0.43:147
chr15	51914716	rs2278989	T	C	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=591;ReadPosRankSum=-0.626;SC=GGTTGACAGCTCCGGTGAGGA;SOR=0.704;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=41;TCR=43;TR=43;WE=51914724;WS=51914706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,76:0.44:172
chr15	51914778	rs6493514	T	G	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=35;PP=1205;SC=GCGCGGGAGGTGCGACAAGCT;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=51914786;WS=51914768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	51980328	.	G	A	225.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.602;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5104;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=0.524;SC=TCTGTGGACCGAGAACCACCA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=51980336;WS=51980321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr15	51981596	rs11437327	G	GT	615.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.68;ReadPosRankSum=0.973;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr15	52017345	rs2414116	A	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=93;ReadPosRankSum=-0.623;SC=GAGACACAGAATTACATATAA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=52017353;WS=52017335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr15	52029406	rs2606128	G	A	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=0.589;SC=CGAGCCGCCCGGGGACGCACG;SOR=0.446;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=5;WE=52029414;WS=52029405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr15	52043327	rs12903500	C	T	1921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=28;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TTGGGCTCTCCAGCCCCTCAC;SOR=0.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=175;TCF=109;TCR=66;TR=77;WE=52043335;WS=52043317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,100:0.42:237
chr15	52060657	rs61348403	C	CT	862.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.120;QD=5.83;ReadPosRankSum=-0.242;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,66:0.45:148
chr15	52155314	rs2570251	T	C	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CTTCCACCCTTTCCTCCACTT;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=11;WE=52155322;WS=52155304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr15	52181373	.	ATCCT	A	668.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.885;NF=0;NR=6;PP=193;ReadPosRankSum=0.021;SC=GTGAATTCTAATCCTTTATTA;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=52181384;WS=52181363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr15	52185937	rs2959307	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.72;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=174;ReadPosRankSum=-1.606;SC=ACTCCGGCCTGGGCGAAAGTG;SOR=0.763;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=11;WE=52185945;WS=52185927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr15	52185961	rs11370809	C	CA	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.625;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr15	52186158	rs2959285	A	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=216;ReadPosRankSum=0.683;SC=TGTGCTAATCAGAGTGGTTTT;SOR=0.641;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=17;WE=52186166;WS=52186148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr15	52192262	rs113447185	A	AGTTAT	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=186;ReadPosRankSum=-0.349;SC=ACATTAAGGCAGTTAATTAAT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=52192270;WS=52192256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr15	52239380	rs2414122	C	A	132.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.332;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=1.345;SC=ATTTCAGTGACGTGTGTAGAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=52239388;WS=52239377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr15	52246537	.	T	C	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TGTTATCATGTCATTACACTC;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=52246545;WS=52246527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr15	52246665	rs2959293	G	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.798;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=138;ReadPosRankSum=-0.583;SC=CCCTTCAGGCGTTTTGTGCTC;SOR=1.000;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=12;WE=52246673;WS=52246655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr15	52250789	rs2593187	T	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr15	52252799	rs2258248	C	T	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.802;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=342;ReadPosRankSum=-1.307;SC=AACTTTATGCCTGGCCTTGAA;SOR=0.408;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=32;WE=52252807;WS=52252789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,41:0.45:91
chr15	52257874	rs2241503	A	G	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=136;ReadPosRankSum=-0.088;SC=AGATGGGAATAAAGACTAAAT;SOR=0.602;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=9;WE=52257882;WS=52257864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr15	52264094	rs17612102	T	C	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=585;ReadPosRankSum=0.944;SC=GTGAACCTGTTCTCGCCTGGG;SOR=1.067;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=28;WE=52264102;WS=52264084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,34:0.53:64
chr15	52342318	.	T	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=243;ReadPosRankSum=1.046;SC=TGCTGACTGGTAAAACCCTTT;SOR=0.782;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=16;WE=52342326;WS=52342308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr15	52342358	.	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=222;ReadPosRankSum=-0.583;SC=GGGGGGAAAAATTTTCCCAAA;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=18;WE=52342366;WS=52342348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr15	52350732	rs78586088	C	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=114;ReadPosRankSum=-1.062;SC=AACTTTTCCCCCCACTGGTCA;SOR=1.179;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=10;WE=52350740;WS=52350722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr15	52401933	rs2231297	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=-0.064;SC=ATGCATTCAGATAAAAACGTC;SOR=1.565;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=6;WE=52401941;WS=52401923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr15	52401951	rs2227308	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.821;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=0.599;SC=GTCTGGGGTGGGGGAAGGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=6;WE=52401959;WS=52401941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr15	52404862	rs2231292	A	C	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.653;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=192;ReadPosRankSum=1.061;SC=GGCCAGCAACAGCTCGGTGCG;SOR=1.232;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=18;WE=52404870;WS=52404852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,24:0.36:66
chr15	52404934	rs4776003	C	T	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.431;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=0.314;SC=GGTCCGGCCTCTGCTGGGGGG;SOR=0.245;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=8;WE=52404942;WS=52404924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr15	52405008	rs139441006	GCCCCGGC	G	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.84;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	52420491	rs12909161	G	T	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,57:0.41:138
chr15	52486335	rs59434591	G	A	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=165;ReadPosRankSum=1.749;SC=GCAAAACACAGCTATCTCTAG;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=52486343;WS=52486325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr15	52487523	rs3751604	T	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=267;ReadPosRankSum=-1.072;SC=ATCAACATCTTATACCATAGT;SOR=0.869;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=20;WE=52487531;WS=52487513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr15	52497993	rs77561658	G	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=1.161;SC=ATATTTTTTGGTCATCCATTC;SOR=1.751;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=10;WE=52498001;WS=52497983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr15	52500672	rs62016466	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=94;ReadPosRankSum=1.243;SC=GAGGATAGAGGCTCTATTGAG;SOR=0.776;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=11;WE=52500680;WS=52500662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr15	52504142	rs2278295	T	C	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=334;ReadPosRankSum=-1.533;SC=CCTAAGGAACTTGTGACTAGG;SOR=1.519;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=17;WE=52504150;WS=52504132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr15	52505563	rs3751608	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.132;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=303;ReadPosRankSum=0.014;SC=TCTCCTACCCCATTCTGGCTG;SOR=0.377;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=29;WE=52505571;WS=52505553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr15	52506655	rs6493546	C	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=106;ReadPosRankSum=-0.741;SC=AGGATCCTTTCGTTAGCCCAG;SOR=1.802;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=6;WE=52506663;WS=52506645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr15	52515678	rs4405492	G	T	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	52531941	rs11635028	A	G	4806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=41;PP=2025;SC=TGATCTTCCAACTTTTTCTGC;SOR=0.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=101;WE=52531949;WS=52531931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	52534344	rs3751631	G	A	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr15	52539673	rs10163109	C	T	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=22;PP=1425;SC=CAACTGTGGTCCGGAAATGCT;SOR=1.198;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=52539681;WS=52539663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr15	52548784	rs142512191	A	ACGCGCGCG,ACACGCGCGCG	819.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=63.51;QD=58.55;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,8:0.43,0.57:14
chr15	52553007	rs4497629	C	G	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=18;PP=1239;SC=AAAAACCATGCGGCTCTCAAC;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=62;WE=52553015;WS=52552997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	52556429	rs4776032	A	G	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	52564191	rs3751629	T	C	247.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=8;PP=203;SC=AGGCCCTTCCTCTCAGCTGAG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=52564199;WS=52564181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	52571270	.	G	GT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.064;ClippingRankSum=0.000;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.863;QD=0.63;ReadPosRankSum=-1.575;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,17:0.21:81
chr15	52587880	rs12907067	C	T	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=20;PP=684;SC=ACGTGCGAGGCTCGGGGGCTG;SOR=0.871;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=52587888;WS=52587870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	52615712	rs2290334	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=235;ReadPosRankSum=-1.384;SC=ATTGAACAGATACCAAAAGAC;SOR=1.091;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=13;WE=52615720;WS=52615702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr15	52628489	rs8035295	T	C	124.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=55;SC=TTTTCCTCATTTAAAAATGTA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=52628497;WS=52628479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	52638976	rs188341480	T	C	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr15	52643564	rs1058219	G	A	1465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=681;ReadPosRankSum=1.081;SC=ATGAGGACACGGTAGGCAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=44;WE=52643572;WS=52643554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,70:0.58:120
chr15	52664459	.	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.072;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=153;ReadPosRankSum=-0.600;SC=TGAAGCAGCACTGAAGGTAGA;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=14;WE=52664467;WS=52664449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr15	52667450	rs3816449	T	C	744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=292;ReadPosRankSum=-1.362;SC=AGATGTGAAATTTGGTTAATG;SOR=0.837;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=24;WE=52667458;WS=52667440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr15	52667552	rs2414145	G	A	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
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chr15	52671784	rs2242058	C	T	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=851;ReadPosRankSum=0.666;SC=AACCACAAGGCCTTCTGCTCA;SOR=0.627;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=66;WE=52671792;WS=52671774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,85:0.54:156
chr15	52675261	rs4774621	T	C	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=36;PP=1558;SC=TATGTACTTTTTCACTGGGTG;SOR=0.840;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=84;WE=52675269;WS=52675251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	52681573	rs1724623	A	G	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
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chr15	52684004	rs1669872	C	A	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=10;PP=570;SC=GAAAGCATAACCCCTACTTGT;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=52684012;WS=52683994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	52689526	rs2924130	T	C	3188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=35;PP=1231;SC=CGCGGGCATTTGTGGCCTGCA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=52689534;WS=52689516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	52689631	rs1724577	T	G	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	52702400	rs10518689	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=0.635;SC=TTCAGTCCAAGTGTGGTTGGA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=7;WE=52702408;WS=52702390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr15	52702699	rs72623980	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.575;SOR=0.120;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr15	52708189	rs1669858	C	T	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTTTTACTTTCCCTAGATTTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=52708197;WS=52708179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr15	52708502	rs61363656	T	C	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.889;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,34:0.39:87
chr15	52708534	rs11856752	T	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=399;ReadPosRankSum=1.721;SC=GTAACTGCCATTGCTGCCTAT;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=25;WE=52708542;WS=52708524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr15	52725334	rs11853875	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=345;ReadPosRankSum=0.394;SC=ACTCCCTTCACTTTATGCCAA;SOR=0.931;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=28;TCR=22;TR=25;WE=52725342;WS=52725324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,37:0.45:82
chr15	52821139	.	CGCGGG	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr15	52897478	rs2414163	T	C	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=30;PP=861;SC=AATTGTAATATTTAAATACCA;SOR=1.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=41;WE=52897486;WS=52897468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	52901433	rs12915981	C	T	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=19;PP=856;SC=TTATTAGGTACTAAGTTTTTC;SOR=0.909;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=52901441;WS=52901423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	52901638	rs3751614	T	C	6233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=79;PP=2965;SC=GCTCCAAGTGTTGAGCAATCC;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=82;TCR=80;TR=161;WE=52901646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr15	52901977	rs2414166	G	A	6440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=86;PP=2965;SC=TCAAATGTTGGGCAATTCTTG;SOR=0.834;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=156;TCF=70;TCR=86;TR=155;WE=52901985;WS=52901967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr15	52904046	rs4776063	C	A	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.465;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=1.225;SC=AGAAAATTATCATTGTAAAGT;SOR=1.112;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=16;WE=52904054;WS=52904036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr15	53072673	rs10518694	C	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-3.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=175;ReadPosRankSum=0.749;SC=CTTAGTTAACCGCATTAGTGT;SOR=0.223;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=13;WE=53072681;WS=53072663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr15	53815527	rs139512794	A	AAGAGAG	484.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=0.000;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,23:0.31:75
chr15	53905729	.	T	C	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=29;QD=15.9428031368;SC=GCTAGTGTAATCACAAACATA;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=53905737;WS=53905719;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,4:0.40:10
chr15	53905779	rs35292476	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=-1.489;SC=TATTTTGACACTGCTAACCAG;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=11;WE=53905787;WS=53905769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr15	53905820	rs34829468	GA	G	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.276;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=96;ReadPosRankSum=1.208;SC=TCCTTTCACAGAAAAAAAAAA;SOR=0.586;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=9;WE=53905828;WS=53905810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr15	53907948	rs17730281	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=490;ReadPosRankSum=1.189;SC=AAAATATTGAGGTGCTTAATG;SOR=0.821;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=37;WE=53907956;WS=53907938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,57:0.36:157
chr15	53994493	rs6416452	A	G	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=399;ReadPosRankSum=0.783;SC=GACCATGTGGATAGAGTAATG;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=37;TCR=50;TR=35;WE=53994501;WS=53994483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,62:0.46:135
chr15	53997089	rs578595	C	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-3.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.762;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=243;ReadPosRankSum=0.463;SC=CAAATGCCAGCAAATTATTTA;SOR=0.242;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=13;WE=53997097;WS=53997079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr15	53998314	rs690235	G	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=739;ReadPosRankSum=1.788;SC=ATTCTAACTAGAGAGAGATGG;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=36;WE=53998322;WS=53998304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr15	54003091	rs551225	G	A	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-0.777;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,71:0.40:179
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chr15	54008845	rs690346	T	C	7393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=85;NR=91;PP=2502;SC=GCCTTCTCCATGCACTGTCCA;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=86;TCR=92;TR=176;WE=54008853;WS=54008835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr15	54008889	rs34828731	GA	G	2644.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=3;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.051;NF=2;NR=37;PP=1230;ReadPosRankSum=-0.151;SC=CTCCCTAGCAGAAGATAACTT;SOR=0.838;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=92;TCF=7;TCR=85;TR=39;WE=54008897;WS=54008879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,87:0.48:181
chr15	54008966	rs6145564	A	AGTGCTGCACTTAAGT	861.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=2964;ReadPosRankSum=2.818;SC=GTTTTTCTTTAGCAGCCTGAT;SOR=1.238;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=12;WE=54008974;WS=54008956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr15	54306925	rs12437941	G	A	3828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=48;PP=1867;SC=TTTGAATGGAGGTGTTCAGGG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=99;WE=54306933;WS=54306915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	54336662	rs76849034	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.979;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,46:0.43:106
chr15	54435446	rs1897069	G	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5130;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=67;ReadPosRankSum=1.117;SC=GCTTACCTTAGCTATACTTGC;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=5;WE=54435454;WS=54435436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr15	54529629	rs7162346	T	C	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=542;ReadPosRankSum=0.820;SC=AGTTGTGGGATCGTTCCAGTT;SOR=0.502;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=31;WE=54529637;WS=54529619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,39:0.66:59
chr15	54556259	rs12917364	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=423;ReadPosRankSum=0.693;SC=ACTCCACAGAATGAAAGCACT;SOR=0.853;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=25;WE=54556267;WS=54556249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,33:0.36:92
chr15	54592355	rs7164993	T	C	524.41	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.9835;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=352;ReadPosRankSum=-0.845;SC=TAGTTAAATGTTTCTGGCCTA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=22;WE=54592363;WS=54592345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr15	54624313	rs11856987	T	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=150;ReadPosRankSum=1.204;SC=GTATAGGGTATGTACAAATTT;SOR=0.625;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=15;WE=54624321;WS=54624303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr15	54630552	rs57449290	T	TTGTC	3063.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.861;NF=14;NR=21;PP=1733;ReadPosRankSum=1.185;SC=ATGTCTGTCTTTGTCAGGTTC;SOR=0.675;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=35;WE=54630560;WS=54630542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,77:0.58:132
chr15	54630758	rs12913366	A	G	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=310;ReadPosRankSum=-0.493;SC=AGTTTAGCATAATAGTAAATA;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=10;TCR=26;TR=21;WE=54630766;WS=54630748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr15	54685463	rs489526	G	A	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=-1.138;SC=ATATACTGACGACAATAATAA;SOR=0.243;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=18;WE=54685471;WS=54685453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr15	54841696	rs10468008	G	A	91.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=63;ReadPosRankSum=1.282;SC=CTTTATAATAGACCAATTAAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=54841704;WS=54841686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr15	54841874	rs9302181	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.611;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr15	54847509	rs8039515	G	T	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.233;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=95;ReadPosRankSum=-0.143;SC=AATGCATTCAGGTGCAGAAGA;SOR=0.458;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=7;WE=54847517;WS=54847499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr15	54847677	rs11639005	C	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=476;ReadPosRankSum=1.732;SC=CAAGACAATGCGCTATAATGG;SOR=0.591;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=78;TCF=41;TCR=37;TR=36;WE=54847685;WS=54847667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,62:0.47:131
chr15	54847786	rs11639014	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=0.972;SC=CCCTGATCTTAGCCATGTATC;SOR=0.796;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=14;WE=54847794;WS=54847776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,26:0.34:77
chr15	54914716	.	C	T	20	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=20;QD=13.6928031368;SC=AAAAACTGCACAATTATTTTA;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=54914724;WS=54914706;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr15	54915975	rs2414332	A	T	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.762;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=661;ReadPosRankSum=0.045;SC=CTAAAATGTGATATTTCCTTT;SOR=0.548;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=77;TCF=58;TCR=19;TR=43;WE=54915990;WS=54915965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr15	54918911	rs11856235	T	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=121;ReadPosRankSum=0.162;SC=ATATCCTATTTGCCAACATAA;SOR=1.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=7;WE=54918919;WS=54918903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr15	54918943	rs11852743	G	A	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=160;ReadPosRankSum=-0.111;SC=AATGTATACAGTTTTCAGCAG;SOR=0.549;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=10;WE=54918951;WS=54918933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr15	54919047	rs1520411	A	G	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.971;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=24;PP=822;ReadPosRankSum=1.928;SC=AGGAAAATCGACCAGGGGCTT;SOR=0.463;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=148;TCF=89;TCR=59;TR=55;WE=54919055;WS=54919037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,113:0.42:270
chr15	55526886	rs72742261	C	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=1.616;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr15	55621889	rs28459661	T	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=383;ReadPosRankSum=-1.272;SC=CCATTTCCAATTTCATATATG;SOR=0.678;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=28;WE=55621897;WS=55621879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,45:0.62:72
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chr15	55653031	rs501231	A	G	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.32;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr15	55710365	rs56070549	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=1.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=-1.788;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,39:0.49:80
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chr15	55722872	rs77641439	G	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr15	55727073	rs74349164	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=38;ReadPosRankSum=-0.576;SC=TATATTTAAAGCACCATATAT;SOR=1.140;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=6;WE=55727081;WS=55727063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr15	55790310	rs3743204	G	T	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.106;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=921;ReadPosRankSum=1.922;SC=GACGTTTATCGGCAAAGATGA;SOR=0.887;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=66;WE=55790318;WS=55790300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,113:0.54:210
chr15	55840995	rs2617227	A	G	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=640;SC=ATGAATGATTAAAAGTACAAT;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=28;WE=55841003;WS=55840985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	55841032	rs12917202	A	G	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,34:0.58:59
chr15	55881107	rs1992237	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr15	55881111	rs1992236	A	G	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.62;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	55919139	rs12591646	T	G	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=15;PP=685;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TTGACTTTCATTTGTTTCCTG;SOR=0.918;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=118;TCF=74;TCR=44;TR=48;WE=55919147;WS=55919129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,65:0.37:175
chr15	55921013	rs7165971	T	C	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=515;ReadPosRankSum=-0.908;SC=TACGGCAGTATACAGACCTTT;SOR=0.819;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=82;TCF=61;TCR=21;TR=34;WE=55921021;WS=55921003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,53:0.46:116
chr15	55933199	rs1550326	G	T	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.672;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=533;ReadPosRankSum=0.696;SC=ACAGAGGATAGAAATTAAGCC;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=36;WE=55933207;WS=55933189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr15	55965521	rs28556884	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr15	55972660	rs35467969	CT	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=2.302;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,28:0.24:118
chr15	55974746	rs550226	A	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr15	56030543	rs12906885	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.934;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=12;PP=618;ReadPosRankSum=-0.595;SC=TTTTATTTATGAAGTTAGAAA;SOR=1.010;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=38;WE=56030551;WS=56030533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr15	56030756	rs4774222	T	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr15	56032519	rs10152116	G	A	864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.086;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=435;ReadPosRankSum=0.667;SC=TATTAATAAAGCAAGAAATCA;SOR=0.296;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=31;WE=56032527;WS=56032509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,38:0.62:61
chr15	56032975	rs7182733	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=1.680;SC=TTCAGGGTATGAGATGACGAA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=7;WE=56032983;WS=56032965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr15	56034878	rs11632579	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=229;ReadPosRankSum=1.101;SC=TGGCGGTTCCGGACAGGCCGC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=14;WE=56034886;WS=56034868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr15	56035010	rs12910180	G	A	1105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=441;ReadPosRankSum=0.807;SC=ACAGCGGTAAGAGAAAGCAGA;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=32;WE=56035018;WS=56035000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
chr15	56122347	rs2288344	T	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.840;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=215;ReadPosRankSum=-0.579;SC=GACGTAGGACTGGGTTCTGGG;SOR=2.733;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=13;WE=56122355;WS=56122337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
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chr15	56125135	rs8024944	C	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.815;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=342;ReadPosRankSum=-0.838;SC=TGGAAGCTTGCGGATTCGTCA;SOR=0.965;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=23;WE=56125143;WS=56125125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,41:0.49:83
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chr15	56152598	rs4774228	A	G	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=13;PP=931;SC=ATCTAAGAGCATCTTACTGAG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=50;WE=56152606;WS=56152588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	56152729	rs2303579	T	C	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=56;PP=2359;SC=GAAGGCCTGGTTGCTATACAT;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=120;WE=56152737;WS=56152719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr15	56152872	rs2303580	C	T	4943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=63;PP=2419;SC=GGAAGACTCTCGGTTGTCAAC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=126;WE=56152880;WS=56152862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr15	56161919	rs1912402	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.93;ReadPosRankSum=-1.890;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr15	56243792	rs10718511	TA	T	48.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=9.78;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr15	56387142	rs34361729	G	A	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=995;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TGCTGGAAGTGTGAGATGACA;SOR=0.582;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=62;WE=56387150;WS=56387132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,89:0.51:173
chr15	56387931	rs11071247	C	T	7971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=103;PP=2965;SC=CCTGGGTCTCCTGCAATGTAG;SOR=0.838;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=196;TCF=89;TCR=107;TR=190;WE=56387939;WS=56387921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr15	56390616	rs748344	T	G	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=99;ReadPosRankSum=0.328;SC=AATACTCTCCTTTATAGAAGG;SOR=0.235;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=10;WE=56390624;WS=56390606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr15	56394295	rs17238601	T	C	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.97;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr15	56535174	rs2460649	A	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.26;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr15	56657581	rs2682033	A	C	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=4;PP=409;SC=GCGGGAGGCAACCGGGATGTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=56657589;WS=56657571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	56680865	rs16976890	G	A	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.189;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=-1.633;SC=CATTTGTGAAGTGTCCCTCAT;SOR=0.914;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=8;WE=56680873;WS=56680855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr15	56680944	rs1477589	T	C	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=234;SC=GGAAAAAATGTTAGGTGAAAT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=56680952;WS=56680934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	56686239	rs34544252	A	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=56;ReadPosRankSum=-0.757;SC=GCCCCCTAACAGATATCTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=5;WE=56686247;WS=56686229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	56719797	rs795785	G	T	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.51;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	56720715	rs1554410	T	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr15	56721264	rs795787	G	A	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=9;PP=512;SC=GTGGTAACATGCAAAAAATCT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=56721272;WS=56721254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	56721406	rs808730	C	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=24;PP=627;SC=GAGAAAAATACTTTGTGGGTT;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=38;WE=56721414;WS=56721396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr15	56923714	rs8043381	G	A	7736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=80;PP=2965;SC=TTTCTTTTTCGTCTTCCAGGT;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=105;TCR=80;TR=185;WE=56923722;WS=56923704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr15	56946296	rs8028457	C	A	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	56959028	rs28620278	C	T	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=28;PP=1066;SC=TTGGATTTGACTGTATTAGGT;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=58;WE=56959036;WS=56959018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	56981703	rs1871861	T	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.28;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	57210297	rs3803455	G	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=275;ReadPosRankSum=-0.797;SC=CGGAACGGCCGAGGAGGATGG;SOR=0.358;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=20;WE=57210305;WS=57210287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
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chr15	57210627	rs2165461	G	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=0.219;SC=GCTTCTCGAGGTGCCTGCGAG;SOR=0.801;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=11;WE=57210635;WS=57210617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
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chr15	57524756	rs2248620	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=480;ReadPosRankSum=-0.959;SC=GGCTTACCGCGTTTACCATGC;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=33;WE=57524764;WS=57524746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,35:0.44:79
chr15	57524857	rs2290938	T	C	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=592;ReadPosRankSum=0.175;SC=GTCCATTTTATGTGAATATTA;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=69;TCR=44;TR=50;WE=57524865;WS=57524847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,51:0.41:123
chr15	57555523	rs7182038	C	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=0.492;SC=CATAGGTAAACATACTTGAGA;SOR=0.641;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=12;WE=57555531;WS=57555513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr15	57565432	rs77034126	C	T	2281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1019;ReadPosRankSum=1.713;SC=CCGTGGCAGTCATCCTTAGTC;SOR=0.797;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=75;WE=57565440;WS=57565422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,112:0.54:206
chr15	57731335	rs1280395	A	C	5423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=63;PP=2642;SC=CAGAATTAATACAGATGACAG;SOR=0.713;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=126;WE=57731343;WS=57731325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr15	57731573	rs7182648	C	T	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=775;ReadPosRankSum=-1.898;SC=TGTGCCCACTCCAGGCCTCCC;SOR=0.621;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=51;TCR=66;TR=53;WE=57731581;WS=57731563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,82:0.47:174
chr15	57731728	rs1280396	A	G	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=29;PP=889;SC=GAACCGGGCAACAGCAACTTC;SOR=1.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=57731736;WS=57731718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	57732743	rs1280398	T	C	3553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr15	57732774	rs17820299	C	T	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-1.251;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr15	57743933	rs1280406	A	G	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=351;SC=TAATCACTGAATAAATTCCTG;SOR=2.636;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=57743941;WS=57743923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	57744311	rs1018269	T	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr15	57744582	rs1018268	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=28;ReadPosRankSum=0.517;SC=CAGCCTTCCAAATATTTATAA;SOR=1.609;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=4;WE=57744590;WS=57744572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr15	57835903	rs1620402	T	G	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.576;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=465;ReadPosRankSum=0.587;SC=GATGGAGCAGTTGAGGAATGA;SOR=0.792;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=39;WE=57835911;WS=57835893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,77:0.46:168
chr15	57836823	rs8029295	G	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=27;PP=787;SC=ACTGCAGTGCGGAGGCCCCAG;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=57836831;WS=57836813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	57838258	rs2635390	T	C	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=0.732;SC=TCAGCCCACATTCTCTCCCGG;SOR=0.674;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=6;WE=57838266;WS=57838248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr15	57884181	rs1690328	T	C	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	57884219	rs2453089	A	G	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.084;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=175;ReadPosRankSum=2.146;SC=CCCGCTACCGACCGCCGCTGC;SOR=0.498;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=13;WE=57884227;WS=57884209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr15	57896366	rs2172611	A	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.508;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr15	57896658	rs2453091	C	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.743;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=210;ReadPosRankSum=-0.251;SC=GGTGTCTGCACCTCTGTTGAG;SOR=1.863;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=14;WE=57896666;WS=57896648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr15	57910164	rs937254	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=3;PP=102;ReadPosRankSum=-2.366;SC=CAGTGGGCCCGTTATTACAAC;SOR=0.034;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=57910172;WS=57910154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr15	57910444	rs935548	A	G	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=81;PP=2468;SC=CATGCAAGAGAATGGAGTTGG;SOR=1.192;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=46;TCR=82;TR=126;WE=57910452;WS=57910434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr15	57914094	rs2934439	G	T	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=139;SC=AAGAATAATCGTATTCATATT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=57914102;WS=57914084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	57917821	rs2470360	C	T	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=144;ReadPosRankSum=0.201;SC=GCCCTTCTCTCTGGATCATGC;SOR=0.387;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=57917829;WS=57917811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr15	57918069	rs2069133	A	G	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=296;ReadPosRankSum=-1.460;SC=CAGCCTTGGCATCAGATTCCA;SOR=0.805;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=21;WE=57918077;WS=57918059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr15	57918090	rs2958059	A	G	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=29;PP=911;SC=TTGGCCTGCAAGTACTCATCT;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=57918098;WS=57918080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	57924586	rs2733593	T	A	1340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=9;PP=899;SC=TGCCAATTCCTCTGGGCCCTG;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=57924594;WS=57924576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	57953564	rs986868	C	T	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=2;PP=163;SC=AAATGAAAACCAAGGGCATCT;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=57953572;WS=57953554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	57967219	rs1991252	T	C	7239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=24.54;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr15	57967285	rs5812908	AT	A	2572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.456;NF=2;NR=68;PP=1120;ReadPosRankSum=2.449;SC=GAATTTCCTGATTTTTTTTTT;SOR=0.753;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=2;TCR=81;TR=70;WE=57967293;WS=57967275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,132:0.96:138
chr15	57976523	rs6493944	A	G	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=6;PP=708;SC=CATTTTCTAGAGTTGTCTTAC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=57976531;WS=57976513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	57976583	rs2554032	A	C	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=23;PP=1199;SC=CCTGACCTGCATTTTCTCATT;SOR=1.125;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=57976591;WS=57976573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	58000981	rs1062707	C	T	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=43;PP=2255;SC=TGAAAGCTGCCATTGCAGAAT;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=69;TCR=43;TR=112;WE=58000989;WS=58000971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr15	58256127	rs4646626	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.036;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=414;ReadPosRankSum=-0.639;SC=CTCCCCACTACGCGCCTCTTG;SOR=0.715;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=30;WE=58256135;WS=58256117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr15	58256296	rs4646625	C	T	294.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.9988;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=146;ReadPosRankSum=4.078;SC=ATGTTCTCACCGCTTTGCCTG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=58256304;WS=58256286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr15	58257847	rs3784259	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=188;ReadPosRankSum=-0.140;SC=GCTAGTGTCCCATCAAAAGTG;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=15;WE=58257855;WS=58257837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr15	58287435	rs3985733	C	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=22;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.026;NF=0;NR=15;PP=395;ReadPosRankSum=0.438;SC=AAAAAAAAAACAAACAGAAAT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=15;WE=58287443;WS=58287425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr15	58303002	rs4646591	C	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=403;ReadPosRankSum=0.556;SC=TGGAGAGATACTAAGTCCCCA;SOR=1.209;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=25;WE=58303010;WS=58302992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr15	58306551	rs4646583	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.082;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=554;ReadPosRankSum=2.036;SC=CAAGTGTTACGGAACTACTAT;SOR=1.432;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=29;WE=58306559;WS=58306541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr15	58459075	rs16939839	T	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=100;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CTGCTTCACATACCTTAATTT;SOR=3.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=6;WE=58459083;WS=58459065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr15	58465171	rs2292712	G	A	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.594;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=275;ReadPosRankSum=0.056;SC=GTAGTTCTCTGCCTAGAAGAC;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=27;WE=58465179;WS=58465161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr15	58465483	rs2292713	C	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=72;ReadPosRankSum=-1.000;SC=TAGGCACAGGCGAGAAAAAGC;SOR=0.223;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=58465491;WS=58465473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr15	58467095	rs2280195	G	A	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=5.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,125:0.55:228
chr15	58471368	rs2249783	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=241;ReadPosRankSum=-0.913;SC=TCTTTGCCATCTTTGACTCCA;SOR=0.646;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=19;WE=58471376;WS=58471358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr15	58471556	rs2271678	T	C	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.393;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=113;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TAAGTAACAGTGGTGGGGAAG;SOR=1.461;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=10;WE=58471564;WS=58471546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr15	58476281	rs1867380	A	G	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=674;ReadPosRankSum=-0.518;SC=AGTCTTTAAGACAGAACAATC;SOR=0.648;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=78;TCF=29;TCR=49;TR=45;WE=58476289;WS=58476271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,66:0.56:117
chr15	58571401	rs72739147	A	T	1415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=20;PP=580;ReadPosRankSum=-2.983;SC=TCTTCCTTTCATAAAGAAGCT;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=42;WE=58571409;WS=58571391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,74:0.48:155
chr15	58724371	rs8192701	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=286;ReadPosRankSum=-0.131;SC=CTTTTTAAAACGTGTGTCACA;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=95;TCF=35;TCR=60;TR=29;WE=58724379;WS=58724361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,45:0.35:130
chr15	58834741	rs690	G	T	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=11;PP=726;SC=AGGAATCTGTGCAACTCTCTC;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=58834749;WS=58834731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	58837910	rs2414592	T	C	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=15;PP=698;SC=TCCTTGCTCCTGCGTAACCCT;SOR=0.933;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=40;WE=58837918;WS=58837900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	58838010	rs6083	A	G	1464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=2.217;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,74:0.52:143
chr15	58838038	rs6084	C	G	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,71:0.46:153
chr15	58840450	rs1007543	A	C	2189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=9;PP=1102;SC=CTCCTGTGGGATGAGAACCAA;SOR=1.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=58840458;WS=58840440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	58853079	rs3829462	C	A	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=25;PP=1430;SC=ATTACCAGTTCAAGATCCAGT;SOR=1.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=58853087;WS=58853069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	58853109	rs3829461	A	G	3844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=42;PP=1727;SC=AAACTGAGACACCAATACAAA;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=94;WE=58853117;WS=58853099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr15	58853212	rs71964604	GAC	G	5552.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=50;PP=2627;SC=CTAGGGTGATGACACACTTAT;SOR=1.016;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=4;TCR=53;TR=54;WE=58853226;WS=58853202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	58853218	rs55913623	C	T	5560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=50;PP=1498;SC=TGATGACACACTTATTTTTCT;SOR=1.016;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=78;WE=58853226;WS=58853202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	58853307	rs4774305	C	G	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=24;PP=731;SC=AAACCAAAAACTATCTGAGAC;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=58853315;WS=58853297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	58853363	rs1869129	C	T	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	58857230	rs4775080	G	C	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=189;SC=ACCCTCTTCCGTCACCCCCTG;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=58857238;WS=58857220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	58857255	rs4775081	A	G	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=298;SC=TCACTGCCAGATGCCGGCCTG;SOR=1.528;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=58857263;WS=58857245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	58857378	rs17269397	A	G	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=610;ReadPosRankSum=-0.753;SC=CTGCCAACAGATCTCCCAACA;SOR=0.652;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=48;WE=58857386;WS=58857368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,85:0.56:152
chr15	58860963	rs6074	C	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr15	58891949	rs35772938	GA	G	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=2.026;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr15	58904237	rs8039791	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=323;ReadPosRankSum=2.582;SC=ACTAGTTATTCCCTATATACT;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=25;WE=58904245;WS=58904227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,35:0.42:83
chr15	58932932	rs7165402	T	C	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=452;ReadPosRankSum=-0.302;SC=AACTCCCCTTTGTTTCAAGTA;SOR=0.416;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=32;WE=58932940;WS=58932922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,48:0.59:82
chr15	58935986	rs2303532	T	C	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=0.055;SC=ACTACTTAATTCATAAAGATA;SOR=0.593;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=9;WE=58935994;WS=58935976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr15	58938436	rs12912286	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=0.137;SC=TGACAATTAGTATGCTTCAAT;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=9;WE=58938444;WS=58938426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr15	58947476	rs12915950	C	G	255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.674;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=160;ReadPosRankSum=-0.620;SC=ATTGGCTCATCGTTCTGCAGG;SOR=1.445;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=10;WE=58947484;WS=58947466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr15	58947625	rs12916010	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.17;ReadPosRankSum=2.673;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr15	58983425	rs7161889	G	C	1462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=656;ReadPosRankSum=2.705;SC=CAAACTTTACGTTGCTCTCCT;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=44;WE=58983433;WS=58983415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,74:0.47:158
chr15	58983588	rs7163162	T	A	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=507;ReadPosRankSum=0.628;SC=CTTCTTCCACTCTTGCTCCAC;SOR=0.598;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=49;TCR=39;TR=36;WE=58983596;WS=58983578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,70:0.49:144
chr15	58984394	rs12437998	G	C	1957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.122;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=28;PP=2497;ReadPosRankSum=0.385;SC=AAGGGAGCCTGATGAGGGATG;SOR=0.800;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=75;TCR=54;TR=70;WE=58984415;WS=58984384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,96:0.50:191
chr15	58984407	rs12437955	C	T	1977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=28;PP=2497;ReadPosRankSum=1.336;SC=GAGGGATGAACAGCAATGCCC;SOR=0.778;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=136;TCF=81;TCR=55;TR=71;WE=58984415;WS=58984384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,101:0.50:204
chr15	58985164	rs4774310	T	G	3003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1469;ReadPosRankSum=-1.640;SC=TTCCCGAGGGTTGGGGATGAT;SOR=0.634;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=213;TCF=114;TCR=99;TR=102;WE=58985172;WS=58985154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,152:0.46:328
chr15	59010111	rs6494034	C	G	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=416;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TAATTCCAACCGCACACACAA;SOR=0.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=32;WE=59010119;WS=59010101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,45:0.39:115
chr15	59080203	rs7169205	A	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=37;ReadPosRankSum=0.061;SC=TTTCAAAACAAAAGTTTTCAA;SOR=0.693;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=5;WE=59080211;WS=59080193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr15	59144199	rs16940850	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.438;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=197;ReadPosRankSum=1.318;SC=AAATGTGATGATCATGGCTGG;SOR=1.161;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=13;WE=59144207;WS=59144189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,28:0.72:39
chr15	59172382	rs34042545	T	TG	450.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=571;ReadPosRankSum=1.506;SC=GCACTGTTCTTGGTACTTTAT;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=16;WE=59172390;WS=59172372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr15	59185929	rs4238332	T	C	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=21;SC=ACAAAGCTTATATCTGGATTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=59185937;WS=59185919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	59190930	rs10518991	C	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.001;NF=8;NR=5;PP=155;ReadPosRankSum=-1.085;SC=AAGAAAACACCGCGCAACTAC;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=13;WE=59190938;WS=59190920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr15	59213678	rs11630160	G	A	1861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=693;ReadPosRankSum=0.240;SC=GGCAACAAGAGGCAGCACTGG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=47;WE=59213686;WS=59213668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,97:0.49:196
chr15	59464039	rs2306788	G	A	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=12;PP=822;SC=TTGGAACAGCGGACCGTGATG;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=59464047;WS=59464029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
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chr15	59515434	rs2306779	C	T	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.04;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr15	59524056	rs7165587	T	C	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=27;PP=793;SC=TACGCCAAACTTTCTCTAAGG;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=59524064;WS=59524046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	59528972	.	C	CA	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=1.233;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr15	59528994	rs11356613	AT	A	218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=16;PP=163;SC=GCAGAAAAGAATTTTTTTTTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=16;WE=59529002;WS=59528984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	59548475	rs4508371	C	T	13898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=135;NR=145;PP=2965;SC=TAAGGATCTTCTTCATACCTG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=135;TCR=145;TR=280;WE=59548483;WS=59548465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,545:1.00:545
chr15	59664607	rs7175010	C	A	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=72;SC=CCCCTGGCCCCGGCAGCGCGC;SOR=1.445;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=59664615;WS=59664597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	59750930	rs11071448	G	A	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=47;PP=1427;SC=TTACATTATCGGAGAATGGTT;SOR=1.418;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=66;WE=59750938;WS=59750920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	59750960	rs7359171	A	G	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=34;PP=1033;SC=GGCAAGAGAAACACTATTGTG;SOR=1.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=49;WE=59750968;WS=59750950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	59752053	rs3803445	G	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=5;PP=334;SC=TGTATTTCCAGACTTCTCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=59752061;WS=59752043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	59784493	rs4296198	C	T	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.033;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=243;ReadPosRankSum=-0.147;SC=AGATTCGTGCCCGGGACAACA;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=20;WE=59784501;WS=59784483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr15	59784648	rs4417505	A	G	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=369;ReadPosRankSum=-1.065;SC=AAACTCCATTATAGTGGGGAA;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=25;WE=59784656;WS=59784638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr15	59799278	rs4278683	T	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5051;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GGAATTCATTTGAACCTCTGT;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=59799286;WS=59799268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr15	59911421	rs4775190	A	T	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.700;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.641;SC=CTTATAGCCCAGATGAACACC;SOR=0.643;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=187;TCF=88;TCR=99;TR=93;WE=59911429;WS=59911411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,138:0.49:280
chr15	59911892	rs3743119	G	T	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.715;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=242;ReadPosRankSum=-2.506;SC=TGCTATTAGAGTGTGGGTAAG;SOR=0.160;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=15;WE=59911900;WS=59911882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr15	59931429	rs2306354	G	C	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=203;SC=ACTATTTTAAGACTATCAAAA;SOR=0.990;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=59931437;WS=59931419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	59931556	rs8033208	G	C	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	59944203	rs11637071	A	G	71.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=0;PP=50;SC=ATATTTAATGATATCATTCAA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=59944211;WS=59944197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	59944300	rs4774340	T	C	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=212;SC=CTGGGTCAAATAGTCCAAGAT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=59944308;WS=59944290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	59960155	rs6151570	G	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=7;PP=348;SC=AGGAACTCTGGGTTCACCCTG;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=59960163;WS=59960145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	59960941	rs6151566	CCT	C	315.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=353;SC=ATGGCTTCTTCCTCTTTTTCT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=59960950;WS=59960931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	59960980	rs6151565	C	T	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=3;PP=395;SC=CACGCGCGCGCGCGCACAGTT;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=59960988;WS=59960970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	59961646	rs2307273	T	C	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=18;PP=500;SC=TACAAAATAATAGTTGAAAAA;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=59961654;WS=59961636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	59964798	rs4774342	C	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=6;PP=697;SC=AATTAGCTCACAATTCTGTCC;SOR=2.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=31;WE=59964806;WS=59964788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	59972353	.	GT	G	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.164;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=2.422;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr15	59972372	rs6151510	A	C	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=8;PP=638;SC=TTTTTTGGACAAAGAAACGTG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=32;WE=59972380;WS=59972362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	59974525	.	C	CA	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=10.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr15	60643302	rs3743269	T	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=362;ReadPosRankSum=-0.184;SC=GTCCCCTTCCTCCATCCATGA;SOR=0.678;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=24;WE=60643310;WS=60643292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr15	60649579	rs5813020	TC	T	1161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.074;NF=2;NR=13;PP=473;ReadPosRankSum=-1.528;SC=GAATCTATACTCCTACCCCTT;SOR=0.941;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=15;WE=60649587;WS=60649569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,39:0.48:82
chr15	60653205	rs17845226	C	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.052;QD=8.66;ReadPosRankSum=2.357;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,56:0.47:120
chr15	60666686	rs4775262	C	T	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=1092;ReadPosRankSum=-1.120;SC=TTGCTGACACCAGATTAGAAT;SOR=0.826;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=138;TCF=73;TCR=65;TR=70;WE=60666694;WS=60666676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,123:0.55:224
chr15	60678298	rs11855679	T	A	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	60678328	rs11858864	C	T	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	60678350	rs7182242	T	C	2542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr15	60685141	rs60755565	TAA	T	390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.37;MQRankSum=0.567;QD=17.76;ReadPosRankSum=1.355;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr15	60685176	rs11631777	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.847;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.078;NF=14;NR=7;PP=284;ReadPosRankSum=-1.875;SC=ACTGGGTGAGGAGAGGGGTTC;SOR=0.469;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=21;WE=60685184;WS=60685166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr15	60689877	rs12904258	A	G	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=-1.306;SC=AGGGCTTCTTAGAGAAGCCCG;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=12;WE=60689885;WS=60689867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr15	60689927	rs12904756	G	C	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=36;PP=1525;SC=CCGGCCCGAGGGCCGGTGGCC;SOR=1.343;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=79;WE=60689935;WS=60689917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	60690089	rs12904657	A	G	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=974;ReadPosRankSum=0.063;SC=CAGCGTCTCCACACCCCGCTA;SOR=0.590;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=72;WE=60690097;WS=60690079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,98:0.49:200
chr15	60724317	rs60675189	T	TA	364.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=239;SC=ATACAAAAAATCTGAAACTTA;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=60724325;WS=60724307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	60728475	.	G	GA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=-0.737;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr15	60740915	rs1901993	C	T	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=3;PP=136;SC=ATCAATAGATCGAAAAAATGA;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=60740923;WS=60740905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	60768469	rs3759910	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr15	60771271	.	A	G	6926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=794;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.76;ReadPosRankSum=1.555;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:420,371:0.47:791
chr15	60771289	rs3743267	A	G	5863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FS=0.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,303:0.47:651
chr15	60771370	rs183095227	G	C	1449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.497;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=47;PP=935;ReadPosRankSum=-1.533;SC=GCGGGGCCTTGCGTCTTGACG;SOR=1.286;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=150;TCF=39;TCR=111;TR=57;WE=60771378;WS=60771360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,71:0.41:173
chr15	60771438	rs11389291	G	GC	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=234;ReadPosRankSum=1.686;SC=GCAGCGAAGTGCGAGACTGGG;SOR=0.458;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=8;WE=60771446;WS=60771428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr15	60789798	rs11071539	G	T	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr15	60791954	rs2290430	A	C	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=124;ReadPosRankSum=-1.493;SC=TGAAATGGAAATTTATTTCTT;SOR=0.141;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=12;WE=60791962;WS=60791944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr15	60803741	rs61740274	C	T	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=412;ReadPosRankSum=0.486;SC=GGTCGCGCTGCTGCTGCTGCA;SOR=0.526;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=28;WE=60803749;WS=60803731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr15	60807065	rs34783737	A	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=-0.241;SC=TGGAGAATTAAACTTGTAGCA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=60807073;WS=60807055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr15	60824108	rs10851682	T	C	2308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=41;PP=990;SC=CTTATAAAAGTGTTCCCTGAT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=67;WE=60824116;WS=60824098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	60884594	rs150952015	G	T	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=80;ReadPosRankSum=-1.395;SC=ACCTTTCATCGCTGCGATCAC;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=8;WE=60884602;WS=60884584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr15	61521567	.	A	G	267	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;FR=1.0000;HP=2;HapScore=3;MGOF=71;MMLQ=24;MQ=59.16;NF=2;NR=9;PP=267;QD=27.4337465952;SC=CGACCGGCGAAAGCAGGAGGG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=61521589;WS=61521557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	61521579	.	AAA	GAG	303	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;FR=1.0000;HP=4;HapScore=3;MGOF=71;MMLQ=29;MQ=59.5;NF=2;NR=7;PP=303;QD=39.6075416514;SC=GCAGGAGGGAAAAAGCAGGCG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=9;WE=61521589;WS=61521557;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr15	62146969	rs2241491	T	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=375;ReadPosRankSum=0.079;SC=CATAGTTATATTTGGGAGAGC;SOR=0.665;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=22;WE=62146977;WS=62146959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr15	62148730	rs3833021	TA	T	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.262;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=143;ReadPosRankSum=1.602;SC=AAACTGGCACTAAAAAAAAAA;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=11;WE=62148738;WS=62148720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr15	62160758	rs7163441	C	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=284;ReadPosRankSum=-2.051;SC=ATACTTAAAGCAGTTCAAGAA;SOR=0.682;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=18;WE=62160766;WS=62160748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,20:0.54:37
chr15	62167017	rs6494299	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=204;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TCATAACAACGTATTTCATAA;SOR=0.425;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=17;WE=62167025;WS=62167007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr15	62167897	rs12708469	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=187;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CCATTTTTCTGTACCTATCCT;SOR=0.990;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=13;WE=62167905;WS=62167887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr15	62169072	rs11071634	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=1.010;SC=TCAAAGTGAGATAAATTAGAT;SOR=0.818;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=8;WE=62169080;WS=62169062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr15	62172985	rs3809517	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.947;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=217;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TCGTTCAAAAGAGGCTGATTT;SOR=1.721;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=18;WE=62172993;WS=62172975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr15	62199342	rs28413840	T	A	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=196;ReadPosRankSum=0.216;SC=AAAGCTACTTTTTCTGGAAAT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=24;TCR=0;TR=11;WE=62199350;WS=62199337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr15	62201333	rs35201581	GA	G	678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.595;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.148;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,52:0.43:122
chr15	62202290	rs34965045	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=168;ReadPosRankSum=1.538;SC=CAAACCTGCACGTTCTGCACA;SOR=0.476;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=13;WE=62202298;WS=62202280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr15	62202482	rs10851704	C	T	2657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=1025;ReadPosRankSum=2.077;SC=GCCTGACAAACTTTCTGGCCA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=65;TCR=81;TR=74;WE=62202490;WS=62202472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,136:0.52:260
chr15	62210274	rs11071639	G	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=124;ReadPosRankSum=0.918;SC=GAAGTTATTTGCCAGAATATA;SOR=0.303;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=13;WE=62210282;WS=62210264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr15	62211450	rs963024	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.076;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=0.309;SC=CCATTTCTTGGTACACTGAAA;SOR=0.124;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=10;WE=62211458;WS=62211440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr15	62221592	rs28411984	A	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=169;ReadPosRankSum=0.716;SC=ATGTTTAAATATAAAAGACTA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=11;WE=62221600;WS=62221582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr15	62223273	rs9788670	C	T	1445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=2.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr15	62228696	rs11071641	G	C	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=46;ReadPosRankSum=0.852;SC=TACTGAATTAGTTCATACCAC;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=62228704;WS=62228689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr15	62232796	rs7172838	C	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=119;ReadPosRankSum=1.765;SC=CTATGATCAACGAGAAAAGCC;SOR=0.180;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=11;WE=62232804;WS=62232786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr15	62243090	rs10639244	A	AATAT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr15	62244281	rs17238252	C	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=-1.294;SC=GGAAGAAATTCACACAATGTT;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=62244289;WS=62244271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr15	62246554	rs17238266	T	C	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=34;ReadPosRankSum=-1.471;SC=GTAAGTTTAGTAGAGGTAATT;SOR=0.446;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=6;WE=62246562;WS=62246544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr15	62259637	rs3784634	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.26;ReadPosRankSum=-1.497;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr15	62259772	rs3784633	C	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr15	62265507	rs11071645	G	A	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=6;PP=384;SC=AAGAGACTCAGAGTCACACTA;SOR=1.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=62265515;WS=62265497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	62270765	rs3784632	G	A	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=187;ReadPosRankSum=-0.727;SC=ATATATACACGTATATTACAC;SOR=0.541;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=18;WE=62270773;WS=62270755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr15	62284101	rs8032433	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.068;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr15	62302557	rs141472573	T	C	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=0.699;SC=AACAGTCAAATCTCAACATAA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=62302565;WS=62302547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr15	62304420	rs140372940	GACACAC	G	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=2;HapScore=4;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=146;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TTCAGACTCAGACACACACAC;SOR=0.160;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=62304435;WS=62304410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr15	62327127	rs2414758	T	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr15	62352374	rs11639147	A	G	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=1.960;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr15	62456358	rs8040712	A	C	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.477;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=309;ReadPosRankSum=0.616;SC=GCGCCTCCGAACAGGCTCTCC;SOR=1.216;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=22;WE=62456366;WS=62456348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr15	62534764	rs2414766	A	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.042;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr15	62535030	rs1996469	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=372;ReadPosRankSum=1.983;SC=AAGCCTGGGCGCTCCTGGGGG;SOR=0.421;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=23;WE=62535038;WS=62535020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,27:0.52:52
chr15	62539151	rs7402021	T	C	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=20;PP=1657;SC=CATCCACCTCTCTGGCATTCT;SOR=2.303;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=103;TCF=76;TCR=27;TR=85;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	62539153	rs59880159	T	TGG	3393.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.904;NF=39;NR=21;PP=2377;ReadPosRankSum=0.034;SC=TCCACCTCTCTGGCATTCTAA;SOR=2.415;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=60;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,107:0.98:109
chr15	62539162	rs2955803	A	C	5910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.929;NF=85;NR=34;PP=2425;ReadPosRankSum=1.674;SC=CTGGCATTCTAAGCCATCCCC;SOR=1.524;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=123;TCF=86;TCR=37;TR=119;WE=62539170;WS=62539141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr15	62539185	rs2945418	T	C	5891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=55;PP=2852;SC=AGCCCTCTGATGCCAGTCCTG;SOR=1.291;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=111;TCR=55;TR=166;WE=62539193;WS=62539175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr15	62539781	rs2611797	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=471;ReadPosRankSum=-0.342;SC=GCTGGTTAGCATCAGGGGCTT;SOR=0.950;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=35;WE=62539789;WS=62539771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,55:0.53:103
chr15	62936830	rs11852582	C	T	2036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=47;PP=1113;SC=CTCTCCTGTGCACCTTGCGGA;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=62936838;WS=62936820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	62939440	rs938979	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=6;PP=395;SC=ATTATTATCGTGAACATCAGG;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=62939448;WS=62939430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	62944448	rs10775179	G	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=294;SC=TTAACACGCCGAGTTCTGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=62944456;WS=62944438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	62967342	rs1878785	A	G	2367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=24;PP=1057;SC=CACCACATACAGTAACTACCT;SOR=0.999;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=62;WE=62967350;WS=62967332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	62967395	rs1878784	C	T	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=30;PP=1351;SC=TAACTGGTCCCGACCACTGTC;SOR=0.849;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=68;WE=62967403;WS=62967385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	62967554	rs1878783	T	C	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=613;SC=GTGTTCACCTTGGCCCCTTCT;SOR=1.708;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=62967562;WS=62967544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	62979016	rs12917611	A	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=348;SC=GCAGAGGGCAAGGAGAGCACT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=62979024;WS=62979006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	62989775	rs8034474	T	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=9;PP=889;SC=GTGCCTCTTTTAGTTGGCCTT;SOR=2.038;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=37;WE=62989797;WS=62989765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	62989789	rs11629976	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=316;ReadPosRankSum=0.205;SC=TGGCCTTCACAGCATAAAGCA;SOR=0.954;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=25;WE=62989797;WS=62989765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr15	62991210	rs9630428	C	T	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=26;PP=710;SC=TGAGTCTTTGCCTCTCAGTTG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=62991218;WS=62991200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	62994428	rs12594220	G	C	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=82;SC=CAATCACTCAGGTTCTGATGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=62994436;WS=62994418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	63004128	.	C	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=223;ReadPosRankSum=-0.475;SC=GTGCGCCAGGCGCGGGTTCTG;SOR=0.386;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=18;WE=63004136;WS=63004118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr15	63009733	rs938983	A	G	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr15	63009804	rs1320191	C	T	4938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=56;PP=2125;ReadPosRankSum=0.154;SC=CAGCGGCAGCCACACAGACCA;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=116;WE=63009812;WS=63009794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr15	63014548	rs10775181	A	G	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=23;PP=961;SC=TCATCTCTCTATAGCCTGGAA;SOR=0.829;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=63014556;WS=63014538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	63030398	rs12900862	T	C	3734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=39;PP=1549;SC=TGCTTCTCTCTCTCCACGAAT;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=81;WE=63030406;WS=63030388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr15	63044379	rs7171264	A	G	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=16;PP=1157;SC=AATCCAAATAAAGGAGAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=63044387;WS=63044369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	63044637	rs7176359	A	G	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=37;PP=1102;SC=GTAAGGGGCTAGTCCCGATGC;SOR=1.668;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=47;WE=63044645;WS=63044627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	63047778	rs8033767	C	T	4703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=51;PP=2227;SC=CAGCCTTGTGCAATGCCTGCC;SOR=0.887;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=117;WE=63047786;WS=63047768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr15	63053858	rs3803497	T	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=460;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TTGGGCAGAATCTCCCTGTTT;SOR=0.942;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=31;WE=63053866;WS=63053848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,42:0.44:96
chr15	63054069	rs3825972	G	T	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,107:0.54:200
chr15	63054439	rs2030040	C	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=0.502;SC=GTCTTCGACCCTGACTTTGAT;SOR=0.656;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=16;WE=63054447;WS=63054429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,20:0.32:63
chr15	63055658	rs10152548	T	A	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.18;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	63063141	rs34815657	C	CT	192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=0.000;QD=7.41;ReadPosRankSum=0.182;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr15	63075918	rs111436593	CTCTGTG	C	179.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.449;NF=6;NR=6;PP=169;ReadPosRankSum=-1.882;SC=ATGCGTTTCTCTCTGTGTGTG;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=63075933;WS=63075908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr15	63075920	rs202118499	CTGTGTG	C	102.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.685;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.74;MQRankSum=-1.058;QD=3.95;ReadPosRankSum=1.733;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr15	63111739	rs3816988	T	C	3362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.264;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=41;PP=1345;ReadPosRankSum=-0.580;SC=AACCCCAGAATTCAAGCAGCA;SOR=0.739;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=194;TCF=100;TCR=94;TR=89;WE=63111747;WS=63111729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,169:0.48:351
chr15	63127965	rs139730009	C	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=709;ReadPosRankSum=-0.733;SC=ATGCTGCAGACGACGGACAGT;SOR=0.945;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=88;TCF=55;TCR=33;TR=42;WE=63127973;WS=63127955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,82:0.48:171
chr15	63127983	rs8038919	G	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=3.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.278;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,91:0.51:178
chr15	63131117	rs937418	T	A	1562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=564;ReadPosRankSum=-0.903;SC=AGAAGGCAGCTTTTGGCAAAG;SOR=0.616;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=90;TCF=47;TCR=43;TR=45;WE=63131125;WS=63131107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,80:0.52:153
chr15	63131237	rs10679176	C	CAG	1175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.980;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=501;ReadPosRankSum=-1.271;SC=TGGGTTATAACAGAGACAAAA;SOR=0.179;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=12;WE=63131245;WS=63131227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,34:0.60:57
chr15	63340647	rs4374117	A	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=530;SC=GGGCGCCGCCATCGCACAGAG;SOR=1.819;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=28;WE=63340655;WS=63340637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	63349132	rs28485524	T	A	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=32;PP=1583;SC=TTCCTGAAGCTACCACCCTCA;SOR=0.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=83;WE=63349140;WS=63349122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr15	63351687	rs4775614	A	G	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=7;PP=566;SC=AAGCCTCACAAGCCACAGCAG;SOR=1.508;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=63351695;WS=63351677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	63353760	rs4774472	C	A	1152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=6;PP=844;SC=TCCTGGAAAACCTAAACATTT;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=63353768;WS=63353750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	63355092	rs12442826	C	G	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=37;PP=1088;SC=ATGCTCATTACAAGTGTGGCA;SOR=2.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=43;WE=63355100;WS=63355082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	63356181	rs28660606	G	A	6100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=55;PP=2564;SC=TTGGGATGGTGCGCGCACCAC;SOR=1.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=87;TCR=55;TR=141;WE=63356189;WS=63356171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr15	63363401	rs201620283	C	CATTTT	1656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=36;PP=1680;SC=CACATTCTTTCGTTTTGTTTT;SOR=4.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=36;WE=63363409;WS=63363391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	63413997	rs8182083	C	T	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=6;PP=265;SC=CCGCCCCCTGCCCTTCCCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=63414005;WS=63413987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	63414083	rs34317102	A	C	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=181;ReadPosRankSum=1.893;SC=GTACCGGCTCATGTCAGCAGT;SOR=0.770;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=12;WE=63414091;WS=63414073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,25:0.45:55
chr15	63516033	rs8032533	G	A	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=6;PP=527;SC=TCTTTATATTGTTTTCTTCTA;SOR=1.666;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=63516041;WS=63516023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	63547859	rs3784673	G	C	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.112;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr15	63570441	rs11359006	GA	G	380.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.964;QD=6.68;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr15	63578709	rs58838039	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=1.733;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr15	63630958	.	A	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr15	63631169	rs11638022	C	T	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr15	63639016	rs2270764	A	G	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr15	63837058	rs62011333	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=-2.808;SC=GACATTGTGGGGACCATCAAA;SOR=1.085;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=10;WE=63837066;WS=63837048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr15	63848805	rs3751043	C	G	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=26;PP=832;SC=TTTATTCTTTCACCTGTGGTG;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=47;WE=63848813;WS=63848795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	63901113	rs1131647	A	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=36;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GAAAAATAAAAACATCTAATT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=63901121;WS=63901111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr15	63908587	rs62012820	G	T	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=550;ReadPosRankSum=1.223;SC=TGTGCATATAGGACGTCAACA;SOR=0.955;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=40;WE=63908595;WS=63908577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,54:0.59:92
chr15	63915786	rs11630290	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=265;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GTATCACTAACAGCATCACTT;SOR=0.330;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=16;WE=63915794;WS=63915783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr15	63918307	rs1140422	G	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.819;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=309;ReadPosRankSum=0.059;SC=CCCCATACTGGGGGGGCACTG;SOR=1.349;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=25;WE=63918315;WS=63918295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr15	63922752	rs10851731	T	A	6321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=82;PP=2717;SC=CCACATCTTCTATGATTACTC;SOR=0.881;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=59;TCR=83;TR=141;WE=63922760;WS=63922742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr15	63925061	rs62012830	T	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=1.151;SC=AAAAAATCACTCTTGAATTTG;SOR=0.082;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=63925069;WS=63925051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr15	63927155	rs17766325	T	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=372;ReadPosRankSum=0.224;SC=AATCTGCCATTTTTGGTATTA;SOR=0.498;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=25;WE=63927163;WS=63927145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr15	63932513	rs2228517	G	C	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=884;ReadPosRankSum=-0.133;SC=CAGGGTCAGGGAGACAGTTCT;SOR=0.502;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=56;WE=63932521;WS=63932503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,85:0.65:131
chr15	63935149	rs10519223	A	G	2178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=31;PP=1099;ReadPosRankSum=-2.226;SC=TATAACTACAATATTACCTTT;SOR=0.621;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=144;TCF=89;TCR=55;TR=76;WE=63935157;WS=63935139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,107:0.51:209
chr15	63937209	rs2229749	C	G	9510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr15	63941906	rs138962471	G	GT	667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=323;ReadPosRankSum=0.150;SC=TCAGCTAGACGTAAGTGCAGT;SOR=1.022;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=9;WE=63941914;WS=63941896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr15	63946203	rs17185876	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=-1.550;SC=GTATGTGTACGTGTGAAAGAG;SOR=0.223;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=63946211;WS=63946195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr15	63953073	.	AAC	A	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr15	63953153	rs2272209	A	G	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	63954029	rs2228511	C	T	5064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=53;PP=2501;SC=ACAGGTAGTACGGATTTCCAC;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=80;TCR=53;TR=133;WE=63954037;WS=63954019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr15	63958105	rs10152174	A	G	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,65:0.54:120
chr15	63958762	rs1815130	T	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	63966513	rs72367123	C	CA	456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=6.164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,43:0.37:116
chr15	63970456	rs2228510	T	C	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,93:0.52:180
chr15	63982018	rs11636604	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=0.319;SC=ATACCAGTGTTCAACAGCTAC;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=63982026;WS=63982008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr15	63984772	rs11630720	T	C	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=411;ReadPosRankSum=-0.238;SC=GCAGCTACAGTGAAGAGACAA;SOR=0.750;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=41;WE=63984780;WS=63984762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,67:0.51:132
chr15	63988357	rs2255243	C	G	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=13;PP=1029;SC=CTCTCCCTTGCCTCCTGTGTG;SOR=1.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=63988365;WS=63988347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	63998863	rs17186968	T	G	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=97;ReadPosRankSum=-2.287;SC=AAGACAATCATATCTAAATAC;SOR=1.863;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=6;WE=63998871;WS=63998853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr15	63998914	rs34366173	CTT	C	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.99;ReadPosRankSum=-1.850;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr15	64011104	rs7176133	T	C	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.786;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=384;ReadPosRankSum=-1.878;SC=AATCTGAAAATAAAAATGATG;SOR=0.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=30;WE=64011112;WS=64011094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
chr15	64015330	rs62012365	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.408;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=247;ReadPosRankSum=1.008;SC=ATATATTTGCGAGCATTATGA;SOR=2.041;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=16;WE=64015338;WS=64015320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,18:0.41:44
chr15	64017798	rs11632718	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=-1.634;SC=CCGTACTGCAATAAGATACTG;SOR=0.100;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=16;WE=64017806;WS=64017788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr15	64019758	rs113752258	T	TA	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=-0.253;SC=TTAGGATAGATAGACTCCAAT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=64019766;WS=64019748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr15	64020073	rs9920746	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=9;PP=220;SC=GGGACAATTGCTTCAAATGAA;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=64020081;WS=64020063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	64039050	rs8034675	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=6.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.42;ReadPosRankSum=-0.570;SOR=0.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr15	64039879	rs11631436	G	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.482;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=431;ReadPosRankSum=0.340;SC=ACACACGCGCGCGCACACACA;SOR=1.290;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=29;WE=64039887;WS=64039863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr15	64048990	rs2271241	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=276;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TCTGTGAGTATCAAAGTATAA;SOR=0.534;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=15;WE=64048998;WS=64048980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr15	64050300	rs12912999	G	A	858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=7;PP=422;SC=AAAATACTCAGTATTATTTAA;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=64050308;WS=64050290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	64056437	rs3764186	T	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=439;ReadPosRankSum=-1.207;SC=GGGAGAGACATATGCATTAAA;SOR=0.846;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=29;WE=64056445;WS=64056427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,48:0.42:115
chr15	64163118	rs41277714	G	A	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=650;ReadPosRankSum=0.090;SC=AACAAAGGAGGAAACTGAGGC;SOR=0.431;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=39;WE=64163126;WS=64163108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr15	64214954	rs920762	G	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.921;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr15	64215375	rs4776669	G	C	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=102;PP=2965;SC=ATCCCAGGTCGACCCGAGCCA;SOR=0.945;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=172;TCF=70;TCR=102;TR=172;WE=64215383;WS=64215365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr15	64263532	rs6494457	C	A	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=344;ReadPosRankSum=0.718;SC=AAGGGCTGGTCGGCACTGGGC;SOR=0.571;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=30;WE=64263540;WS=64263522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr15	64263784	rs7180050	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=552;ReadPosRankSum=0.066;SC=GCGGGGGGAGGGGAGGCCCAG;SOR=0.631;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=16;WE=64263803;WS=64263774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr15	64263795	rs7180057	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=552;ReadPosRankSum=-1.254;SC=GGAGGCCCAGGCCCAGTCAGC;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=13;WE=64263803;WS=64263774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr15	64275645	rs55986634	G	A	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=0.832;SC=GGTTGCTGCTGCCCCCTGGGG;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=12;WE=64275653;WS=64275635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr15	64283625	rs7168753	T	C	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=528;SC=CCTCGTTTCATGAGCCTGTTT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=64283633;WS=64283615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	64365340	rs4622459	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=523;SC=GAACTTAAACCTGTTTTTGGC;SOR=1.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=27;WE=64365348;WS=64365330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	64367775	rs332234	T	C	275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	64385851	rs332259	T	C	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=10;PP=969;SC=TACCATAAACTTCTAGCGCTT;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=36;TCR=10;TR=46;WE=64385859;WS=64385841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	64410484	rs2290117	G	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=17;PP=515;SC=TTTAGATATTGAGGACTGTGT;SOR=1.005;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=64410492;WS=64410474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	64418221	rs2290119	C	G	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=6;PP=645;SC=GGATGACTTTCAAGATACCAT;SOR=2.242;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=64418229;WS=64418211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	64418397	rs1130603	G	A	3730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=47;PP=1408;SC=TTGTCCCTCCGCCCCCGGAGA;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=85;WE=64418405;WS=64418387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr15	64418483	rs2290121	C	T	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=36;PP=955;SC=AAAATTCACTCACTGTTCAGT;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=64418491;WS=64418473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	64428657	rs2290122	G	A	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=47;PP=1550;SC=TGCTTGTTTTGGGAGTACTCT;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=86;WE=64428665;WS=64428647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr15	64445681	rs34975001	GC	G	1433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=18;PP=1143;SC=GGGTGGAGGGGCTTTTTTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=64445689;WS=64445671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	64448365	rs2253557	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=21;PP=590;SC=AAGGTGGAAGCAGGAGGGCAT;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=64448373;WS=64448355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	64496611	.	TA	T	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=1.534;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr15	64675313	rs11635527	C	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.20;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	64679594	rs112815338	A	T	2131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.42;SOR=1.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	64693149	rs11380356	G	GT	518.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.408;QD=17.89;ReadPosRankSum=0.129;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,27:0.93:29
chr15	64706259	rs2046356	G	A	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=22;PP=1504;SC=ACCAATTGTTGCATCCTTTTG;SOR=1.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=64706267;WS=64706249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	64737103	rs7167394	G	C	169.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=134;SC=ATGGAAAGTAGTATCATCAGA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=64737111;WS=64737097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	64737225	rs7167612	G	A	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=16;PP=493;SC=TCAGTCAAGAGTCTGATTCTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=32;WE=64737233;WS=64737215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	64742670	rs7172012	T	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=275;SC=CTCAGAGCTTTGAGTTCCTGC;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=64742678;WS=64742660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	64915106	rs525878	C	T	6060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=67;PP=2820;SC=TCTCATCTCCCTGTGAGCAGA;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=140;WE=64915114;WS=64915096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr15	64962630	rs11633399	A	C	7163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.05;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,284:0.99:286
chr15	64973611	rs11631564	G	A	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=-3.046;SC=TTAATTTGGGGCAACACATAA;SOR=0.806;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=9;WE=64973619;WS=64973601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr15	65040928	rs12911708	C	T	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=722;SC=CACGTTAAATCGGCCTGTCAT;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=65040936;WS=65040918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	65041622	rs6494493	C	A	4541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=59;PP=2047;SC=TGTTCTCCACCTACTCACGTT;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=118;WE=65041630;WS=65041612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr15	65054562	rs57945504	T	TG	3112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=16;PP=1985;SC=TGGGGATGGGTGCTGGAGCAG;SOR=1.450;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=44;WE=65054579;WS=65054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	65054571	rs71133474	A	AG	3379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=18;PP=1869;SC=GTGCTGGAGCAGGCCCAGCCA;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=46;WE=65054579;WS=65054552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr15	65107804	rs74935506	G	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.127;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr15	65108504	rs17802279	A	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=17;PP=751;SC=GGCTCAGAGGATTGGGTCCAT;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=65108512;WS=65108494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	65108652	rs6494498	T	C	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=46;PP=1726;SC=CCCTCACCCCTAAAGGAGCCA;SOR=0.748;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=47;TCR=46;TR=93;WE=65108660;WS=65108642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr15	65108707	rs7180207	G	C	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=35;PP=1603;SC=CTGGGCCGGCGCTCCCTCTGT;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=65108715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	65110034	rs5024311	G	T	5430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;QD=46.02;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr15	65110039	rs5024312	C	T	5570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;QD=42.85;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr15	65110362	rs56057073	G	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=21;PP=1668;SC=GGGGCCTTTGGAGCTTTCCTT;SOR=1.697;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=72;WE=65110370;WS=65110352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	65110391	rs55945924	C	T	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=29;PP=2353;SC=TTTTCTCCCCCCACCATTCCC;SOR=1.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=75;TCR=30;TR=104;WE=65110399;WS=65110381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr15	65113764	rs56305637	CTTTT	C	652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.08;ReadPosRankSum=0.871;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr15	65116328	rs12899195	A	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=7;PP=439;SC=CGCGCAGAGGAAAGCAGCGCG;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=65116336;WS=65116318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	65116595	rs55675018	G	A	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=44;PP=1246;SC=GGATTCATGAGACGTAATGGG;SOR=1.387;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=67;WE=65116603;WS=65116585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	65153610	rs11637246	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=0.110;SC=GAGCCAGGTCCGCCCTGGCTA;SOR=0.430;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=11;WE=65153618;WS=65153600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr15	65234869	rs3057944	C	CT	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.55;ReadPosRankSum=0.694;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,28:0.35:81
chr15	65243351	rs4776654	A	G	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=316;ReadPosRankSum=0.626;SC=AGGTGATTCTACTGAAATGCA;SOR=1.071;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=18;WE=65243359;WS=65243341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr15	65267194	rs189532547	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.767;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=0.742;SC=TTATCACTAGCCAATAGACTA;SOR=2.891;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=10;WE=65267202;WS=65267184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr15	65268979	rs4776255	C	G	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=133;SC=GACTCAAACACTGACATTTCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=65268987;WS=65268969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	65273399	rs4776659	T	C	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=420;SC=GTGGAAAACCTTATAAATTTG;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=65273407;WS=65273389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	65298672	rs4776660	G	A	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=334;SC=GGAACAGACCGTAAACATGAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=65298680;WS=65298662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	65312614	rs60772880	C	CA	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,13:0.22:59
chr15	65315961	rs4776661	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=0.244;SC=CAGGCTGACATCAACATTTAA;SOR=0.582;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=11;WE=65315969;WS=65315951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr15	65344035	rs2946676	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.624;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.031;NF=3;NR=10;PP=179;ReadPosRankSum=0.853;SC=TCACTTAGGGGTCATTGCTGT;SOR=0.324;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=13;WE=65344043;WS=65344025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr15	65347405	rs2232762	G	A	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=360;ReadPosRankSum=0.363;SC=CATGCCGCGCGGTGAGCGGGG;SOR=0.598;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=25;WE=65347413;WS=65347395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr15	65357491	rs2232753	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.387;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=245;ReadPosRankSum=0.270;SC=CCCACGGGGTGGGTCCCAGGA;SOR=1.112;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=17;WE=65357499;WS=65357481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr15	65369395	rs2919358	C	T	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=574;ReadPosRankSum=0.740;SC=CTGCTGCAGGCCGTGGAGTGC;SOR=0.668;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=48;WE=65369403;WS=65369385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,72:0.45:161
chr15	65369531	rs2946642	G	T	1992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=832;ReadPosRankSum=-0.643;SC=ACAGTGCCGCGCTCTTCATCT;SOR=0.643;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=59;WE=65369539;WS=65369521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,98:0.53:184
chr15	65369951	rs2919359	A	G	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.173;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=830;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TCGGCGGCGAATTCCAGAGGA;SOR=0.490;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=136;TCF=75;TCR=61;TR=59;WE=65369959;WS=65369941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,114:0.44:261
chr15	65370353	rs2919360	T	C	7608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=113;PP=2965;SC=TGGTGCGCGGTGACACCGTCT;SOR=1.045;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=80;TCR=113;TR=190;WE=65370361;WS=65370343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr15	65449169	rs2946670	C	T	8559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=85;NR=80;PP=2965;SC=GAACAAAATACTCAACTGCTT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=85;TCR=80;TR=165;WE=65449177;WS=65449159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr15	65477368	rs76636977	C	T	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=52.742;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.957;SOR=0.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,72:0.36:199
chr15	65489128	rs938952	C	T	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.592;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=20;PP=545;ReadPosRankSum=1.847;SC=ACCACTCCACCCTGGCGCTGG;SOR=0.599;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=40;WE=65489136;WS=65489118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,64:0.39:163
chr15	65489688	rs2679117	T	C	18640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=743;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=217;NR=211;PP=2965;SC=CCCCACTGTCTGCCGATGAGT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=432;TCF=220;TCR=212;TR=428;WE=65489696;WS=65489678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,728:1.00:728
chr15	65490901	rs2679118	T	C	7799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=73;PP=2965;SC=GTGATGGGCTTTTTCCGACGA;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=101;TCR=74;TR=173;WE=65490909;WS=65490891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
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chr15	65495827	rs2073707	A	G	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.42;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	65496475	rs2585035	T	G	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=8;PP=805;SC=GATAATATAGTGCCATGTGGG;SOR=1.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=65496483;WS=65496465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	65496587	rs2585034	C	T	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=66;NR=38;PP=2049;SC=ACCAGCCCTACCCCAAAGAAT;SOR=1.106;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=104;WE=65496595;WS=65496577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	65497849	rs2681038	A	G	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=39;PP=1273;SC=CTCTTGAGGGAACTCTGTCAG;SOR=1.257;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=65497857;WS=65497839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	65497891	rs68021609	G	T	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=0.056;SC=TTCTTCTCTGGTAAAGACAAG;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=18;WE=65497899;WS=65497881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr15	65553246	rs2304896	C	T	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=310;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TCTGTGAATACACCAGGAGGT;SOR=0.748;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=29;WE=65553254;WS=65553236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
chr15	65621138	rs11853777	G	A	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.172;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,45:0.52:87
chr15	65621441	rs12907128	C	A	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=535;ReadPosRankSum=1.018;SC=AGTGGCAGCACGGAGAGCTGG;SOR=0.868;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=37;WE=65621449;WS=65621431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,76:0.46:164
chr15	65621857	rs509652	T	C	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=36;PP=1720;SC=CATTTAGGGCTAGAATGCCAG;SOR=0.962;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=54;TCR=37;TR=89;WE=65621865;WS=65621847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	65623166	rs11634591	G	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.622;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=243;ReadPosRankSum=0.527;SC=ACCCCCAAAAGCCTGACAGCC;SOR=0.223;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=15;WE=65623174;WS=65623156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr15	65624228	rs686739	G	C	11967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,466:1.00:466
chr15	65667724	rs666623	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=451;SC=ATGCCAGTTCAGCAGAGTGGC;SOR=1.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=65667732;WS=65667714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	65676617	rs2292933	T	C	5985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=61;PP=2132;SC=CAGGAGCCTCTGGAGGCAGGG;SOR=0.728;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=63;TCR=61;TR=122;WE=65676625;WS=65676607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr15	65676726	rs33918653	C	T	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.196;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=612;ReadPosRankSum=-2.646;SC=CTGGTTCCTGCAGGCTGGGGG;SOR=0.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=46;WE=65676734;WS=65676716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,92:0.54:170
chr15	65678141	rs7183130	A	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	65681801	rs11071841	G	A	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=620;ReadPosRankSum=-0.927;SC=CTCCCAGCAGGGCAGACTCCT;SOR=0.622;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=49;WE=65681809;WS=65681791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,77:0.50:155
chr15	65685968	rs11638647	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=0.566;SC=CGGTTCCTCCGTGCCCGTGGG;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=6;WE=65685976;WS=65685958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr15	65688558	rs35517676	C	CT	465.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.110;HP=9;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.974;NF=1;NR=15;PP=285;ReadPosRankSum=1.593;SC=GTCTCTGCCCCCCCCCCAGTA;SOR=0.118;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=16;WE=65688566;WS=65688548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr15	65688791	rs66699194	T	G	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=484;ReadPosRankSum=0.780;SC=ACCCCACCCCTAAATTTACCC;SOR=0.859;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=79;TCF=21;TCR=58;TR=29;WE=65688799;WS=65688781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,40:0.38:104
chr15	65688824	rs1550028	C	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=320;ReadPosRankSum=-1.003;SC=CCTGCCCTCCCATATGTCCCA;SOR=0.558;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=19;WE=65688832;WS=65688814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr15	65693101	rs655936	C	G	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=166;ReadPosRankSum=0.088;SC=GATGCCACATCCCTCCCTTCC;SOR=0.551;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=12;WE=65693109;WS=65693091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr15	65782451	rs60062953	A	AT	1241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=1232;SC=AAGATTTAGAACTGTGCACTT;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=65782459;WS=65782441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	65792839	rs11071846	G	A	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=5;PP=1388;SC=CTTTGTTGGTGGGTAAACTGA;SOR=3.690;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=50;TCR=5;TR=55;WE=65792847;WS=65792829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	65804213	rs352478	C	T	224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.48;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	65804537	rs352477	A	T	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=7;PP=303;SC=GTCACTGATTAATTTATTCAT;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=12;WE=65804545;WS=65804527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	65822777	rs452306	C	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=311;SC=AGGCCCGCTGCTGGCGCCGCC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=65822785;WS=65822769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	65822823	rs422390	C	G	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=626;SC=GCGCGGCCCGCGAGCGTGGGG;SOR=2.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=65822831;WS=65822813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	65874368	.	TA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.84;ReadPosRankSum=-1.745;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr15	65947183	rs140766380	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.044;NF=3;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=2.321;SC=TGATCTGCCCGCCTCGGCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=6;WE=65947191;WS=65947173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr15	65994733	rs17810074	C	T	7691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr15	66044604	rs8033741	A	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=1;PP=657;SC=TCTGTAATTAAACTATGCTGT;SOR=5.283;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=28;WE=66044612;WS=66044594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	66161723	rs12909265	G	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.120;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=425;ReadPosRankSum=0.911;SC=CACCGCCCTTGTTGGGCTCAG;SOR=0.324;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=25;WE=66161731;WS=66161713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr15	66257236	rs36088570	C	CA	805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=430;SC=CGCCCATTCCCAGCTCATACC;SOR=1.426;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=66257244;WS=66257226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	66257408	rs333550	T	C	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=22;PP=702;SC=GCAGTCACAGTGCTGTGAGCA;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=46;WE=66257416;WS=66257398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	66274690	rs551474	T	C	1786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=22;PP=762;SC=GGGTGCCAGGTGCGCAGAGCT;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=42;WE=66274698;WS=66274680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	66386853	rs7168565	G	A	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=20;PP=844;SC=ATGGGGAGAGGGAGGAAGAAC;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=66386861;WS=66386843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	66585907	rs75040294	C	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=1.243;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr15	66587581	rs80126717	G	A	1067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.131;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=505;ReadPosRankSum=0.682;SC=TATTTTGTCAGAAGGGACTTT;SOR=1.436;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=29;WE=66587589;WS=66587571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,48:0.59:81
chr15	66612896	rs72748367	T	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.088;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=321;ReadPosRankSum=0.076;SC=TTTTATTTTTTCCTTTTGTGC;SOR=0.365;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=24;WE=66612904;WS=66612886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,41:0.47:88
chr15	66612965	rs17851970	T	C	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=5.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.21;ReadPosRankSum=1.619;SOR=0.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,86:0.50:173
chr15	66629403	rs3759786	C	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=348;ReadPosRankSum=0.827;SC=TTGGCAATAGCATCATTACAT;SOR=0.927;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=24;WE=66629411;WS=66629393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr15	66641956	.	C	A	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GTGGTTCACACCTGTAATTCT;SOR=0.515;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=7;WE=66641964;WS=66641946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr15	66644521	rs9806123	C	G	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=23;PP=848;SC=TGGAGGTACACGAACAGGTGC;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=66644529;WS=66644511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	66679601	rs112542693	G	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=177;ReadPosRankSum=-1.975;SC=TTGGTCCTGCGCAGCGGGCGC;SOR=1.371;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=11;WE=66679609;WS=66679591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr15	66727689	.	A	ATTT	284.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.90;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,10:0.77:13
chr15	66735551	rs6494573	C	T	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=12;PP=597;SC=CAGCCACAGCCGAAAGTTATC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=29;WE=66735559;WS=66735541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	66745890	rs7169326	G	A	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=927;ReadPosRankSum=0.873;SC=CAGTGAGTAGGTGATTCCTGG;SOR=0.286;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=53;WE=66745898;WS=66745880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr15	66777345	rs17586159	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=144;ReadPosRankSum=-0.573;SC=GACTCCAGGGGACTCATTACT;SOR=0.886;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=11;WE=66777353;WS=66777335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr15	66792087	rs112095287	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.030;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr15	66793480	rs11071895	C	T	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=259;ReadPosRankSum=-0.212;SC=AGCCTGTATTCCAACAAAAGA;SOR=0.908;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=18;WE=66793488;WS=66793470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr15	66794352	rs74956204	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.182;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,26:0.54:48
chr15	66795980	rs8043062	A	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.371;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=359;ReadPosRankSum=1.287;SC=TGGTATGGTGAGGCAAACAAC;SOR=1.402;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=23;WE=66795988;WS=66795970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr15	66806308	rs4238406	C	T	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=15;PP=661;SC=TAATGTTGCTCGATACCTGTT;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=66806316;WS=66806298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	66820455	rs8033122	T	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=76;ReadPosRankSum=0.703;SC=TATTATTATTTTTTTGAGACA;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=6;WE=66820463;WS=66820445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr15	66821174	rs6494580	G	C	1308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=827;ReadPosRankSum=3.030;SC=TTCTCTGAAGGTTGCTTCTTT;SOR=0.696;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=50;WE=66821182;WS=66821164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,64:0.47:137
chr15	66821250	rs11071896	A	G	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=883;ReadPosRankSum=-0.982;SC=CAAAGTTCGGAGTGATCTTGA;SOR=0.772;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=65;WE=66821258;WS=66821240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,104:0.51:204
chr15	66850503	rs67124721	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.88;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr15	66857434	rs140244065	A	AC	430.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.123;NF=7;NR=3;PP=365;ReadPosRankSum=1.520;SC=CAAAAAAAAAATATCTGTTAG;SOR=1.270;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=10;WE=66857442;WS=66857424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr15	66874670	rs8041988	C	T	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,45:0.37:122
chr15	66956824	rs7178388	A	T	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.21;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	66976149	rs2414910	G	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=189;SC=TCCAAAGGGAGCTCTGTCCCA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=66976157;WS=66976139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	67003841	rs2245159	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=0.289;SC=CCCAAGCCTGCGGCTTTAACT;SOR=0.502;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=5;WE=67003849;WS=67003831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr15	67008737	rs2278604	C	A	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=605;ReadPosRankSum=-1.369;SC=CAACTAAGTTCTCTTTTTCTT;SOR=0.742;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=43;WE=67008745;WS=67008727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,82:0.50:164
chr15	67224274	rs4776331	A	G	266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;PP=189;SC=CTGGGGGGAGATAATATGCCT;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=67224282;WS=67224264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	67234251	rs266383	A	G	6523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=74;PP=2816;SC=TTCACCCAGAACAGTTTCTCC;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=144;WE=67234259;WS=67234241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr15	67234340	rs7183187	G	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.276;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,56:0.42:133
chr15	67391394	rs5813427	GT	G	2347.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=1070;SC=CCTTTCTGTGGTTGCCGCCCT;SOR=0.925;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=26;WE=67391402;WS=67391384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	67391497	rs1866319	C	A	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=246;SC=CTCTTGTTCACAGTCACAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=67391505;WS=67391487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	67430223	rs1866318	T	C	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=8;PP=638;SC=TTGGATTTCTTCTGTCTGGGT;SOR=1.819;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=31;WE=67430231;WS=67430213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	67435075	rs745103	G	A	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=268;SC=ACTGTGCTAAGTAACAGTGGA;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=67435083;WS=67435065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	67457335	rs1065080	A	G	2740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=25;PP=1157;SC=ACCACGAGCTACGGGCCATGG;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=31;TCR=25;TR=56;WE=67457343;WS=67457325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	67457485	rs2289261	G	C	1209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=776;ReadPosRankSum=1.884;SC=ACCTCTCCCCGGCTCCCCATC;SOR=1.136;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=89;TCF=69;TCR=20;TR=44;WE=67457493;WS=67457475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,53:0.49:109
chr15	67476952	rs2289791	G	T	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=2;PP=286;SC=GGGGAAGCTGGCAGTCACTGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=67476960;WS=67476942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	67476970	rs2289790	T	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=277;SC=TGGGAGCAGCTCTGCTGTTCT;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=67476978;WS=67476960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	67501033	rs2289262	G	A	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=27;PP=682;SC=CAATTTAATCGTAGTCTATTT;SOR=2.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=67501041;WS=67501023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	67528374	rs7173826	T	G	7772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.491;SC=CCATGTTTGATGCACCATTCT;SOR=0.260;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=74;TCR=94;TR=167;WE=67528382;WS=67528364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,301:1.00:302
chr15	67547301	rs3743347	C	A	9493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=118;PP=2965;SC=AAACGGGCTTCCCCCGGCCCT;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=89;TCR=118;TR=207;WE=67547309;WS=67547291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,365:1.00:365
chr15	67596815	rs10438290	T	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=20;PP=571;SC=GTTGTTTTAATGAGCTCTTAT;SOR=1.455;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=67596823;WS=67596805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	67652097	rs3743349	G	C	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=17;PP=600;SC=AATGGGGAAGGGGGTGAGGCT;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=67652105;WS=67652087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	67687968	rs4275804	T	C	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=1.239;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr15	67692502	rs7495023	T	C	3761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=44;PP=1602;SC=AAATACAGCGTTGGCTCTTTA;SOR=0.706;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=90;TCF=46;TCR=44;TR=90;WE=67692510;WS=67692492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr15	67768151	rs3985641	G	C	2836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=37;PP=1248;SC=TGGCTATGATGTTGAGGTATG;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=75;WE=67768159;WS=67768141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr15	67768242	rs3865017	T	C	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=287;ReadPosRankSum=0.037;SC=CCCCTTCAGATAGATATTCTT;SOR=0.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=18;WE=67768250;WS=67768232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr15	67782440	rs10574862	AGGAAAT	A	1343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.624;NF=1;NR=13;PP=677;ReadPosRankSum=-2.339;SC=CAATAAGCTAAGGAAATAGAC;SOR=0.456;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=14;WE=67782453;WS=67782430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,36:0.55:66
chr15	67885058	rs28637534	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=284;SC=TTATTGCTTTTGATTACTAAC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=67885066;WS=67885048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	67951228	rs5813451	GA	G	2458.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.239;NF=3;NR=67;PP=1381;ReadPosRankSum=0.935;SC=AACTTCTTCTGAAAAAAAAAT;SOR=0.734;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=79;TCF=3;TCR=76;TR=70;WE=67951236;WS=67951218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,112:0.99:113
chr15	67962763	rs35395156	A	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr15	67984705	rs4343227	G	A	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=678;ReadPosRankSum=-0.591;SC=ATTTCGGATTGAGCAGATGAT;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=41;WE=67984713;WS=67984695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,51:0.50:101
chr15	67985720	rs66548496	TA	T	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=26;ReadPosRankSum=-1.292;SC=ATTGCCTTTGTAGATAAATTT;SOR=0.307;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=2;WE=67985728;WS=67985710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr15	67985931	rs8034680	T	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=13;PP=285;SC=GCAAAAATAATGTTTAAAACC;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=67985939;WS=67985921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	68041070	rs8037011	A	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=235;SC=GCTCTGAGCTATGTTACGTGA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=68041078;WS=68041060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	68114499	rs61734073	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.034;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=0.887;SC=CGTCGCTGCTGCCACCGCCGG;SOR=2.192;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=10;WE=68114507;WS=68114489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr15	68117292	.	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.061;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=1.260;SC=CGACTGGAAGCTAAGAAGTGG;SOR=0.673;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=20;WE=68117300;WS=68117282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,37:0.41:90
chr15	68121483	rs7183168	A	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=391;ReadPosRankSum=0.748;SC=GCAGGGCGCCACCCTAATCGC;SOR=0.720;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=25;WE=68121491;WS=68121473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
chr15	68124665	rs72751453	C	A	1577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=842;ReadPosRankSum=-1.998;SC=GAAGCTGGAACGGGAATTTCA;SOR=0.637;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=52;WE=68124673;WS=68124655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,73:0.58:125
chr15	68124853	rs12901293	G	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=294;ReadPosRankSum=-0.345;SC=GTGGGAGTTGGGGGTAGGGGT;SOR=0.846;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=18;WE=68124861;WS=68124843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr15	68346549	rs11855475	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=3;PP=574;SC=GGGCGGAGGCTAGAGGCGGGC;SOR=3.611;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=27;WE=68346557;WS=68346539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	68349893	rs1489598	A	G	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=-0.114;SC=AAGAGAAACCATAATTATAAA;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=2;WE=68349901;WS=68349883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr15	68434212	rs113300929	T	TG	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.754;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr15	68445912	rs11633620	T	A	1181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	68492028	rs11071986	G	A	5213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=54;PP=1714;SC=CTCTGCACACGGCCCAGAGGG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=92;WE=68492036;WS=68492018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr15	68510770	rs8025947	A	G	996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=10;PP=739;SC=TCAGTTTACTAGGAGATAAAG;SOR=1.885;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=36;WE=68510778;WS=68510760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	68522090	rs144971454	GGCGGAGCGGA	G	281.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=288;SC=CCCGGGGCGGGGCGGAGCGGA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=68522107;WS=68522080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	68583175	rs6494729	T	C	8355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=91;PP=2965;SC=TGGCTGTCAATTCCAATACTC;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=89;TCR=92;TR=180;WE=68583183;WS=68583165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr15	68603625	rs898591	C	T	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=36;PP=1115;SC=AGGCCATCACCACCTCGTCCG;SOR=1.136;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=57;WE=68603633;WS=68603615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	68603817	rs2271729	G	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=-1.231;SC=GGGCCAACCAGCCCCTGGGGG;SOR=0.668;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=11;WE=68603825;WS=68603807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr15	68606098	rs7174384	C	A	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.962;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=442;ReadPosRankSum=0.666;SC=TCTCCTGGGGCCCCCGGAGCC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=32;WE=68606106;WS=68606088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr15	68609833	rs1516871	T	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=25;PP=544;SC=TATGAAAGCCTGGACCACAGC;SOR=2.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=68609841;WS=68609823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	68612385	rs35808090	C	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=247;ReadPosRankSum=-0.051;SC=ACCTCAGCCTCCCAAAGTGCT;SOR=0.534;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=17;WE=68612393;WS=68612375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr15	68613566	rs72741168	A	G	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=1.656;SC=ATATTACAGAAGAGACTTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=6;WE=68613574;WS=68613556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr15	68613778	rs3736494	G	T	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.04;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr15	68613787	rs3736493	A	G	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,37:0.43:87
chr15	68613922	rs8041788	C	T	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.637;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=63;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GCTCTGTCTCCACCACACTAG;SOR=0.204;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=9;WE=68613930;WS=68613912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr15	68618961	rs2271722	T	C	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=222;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CTATAGGAGCTTGGGCTCTGC;SOR=1.031;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=14;WE=68618969;WS=68618951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr15	68624175	rs7167822	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=159;ReadPosRankSum=1.147;SC=TTGCTCCATCCGCTTCCCCAG;SOR=0.033;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=11;WE=68624183;WS=68624165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr15	68624396	rs7168069	A	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=384;ReadPosRankSum=0.049;SC=ATAAACAAACAGGTTCTGCAA;SOR=0.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=28;WE=68624404;WS=68624386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,45:0.41:110
chr15	68624641	rs6494733	A	C	2920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.287;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=34;PP=1204;ReadPosRankSum=2.119;SC=GGTTGGGGGCACCTGAGAAGC;SOR=0.791;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=81;WE=68624649;WS=68624631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,151:0.44:343
chr15	68628143	rs2306023	C	T	2090.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=52;PP=1339;ReadPosRankSum=3.442;SC=CCACGTACACCCGCCCCTGCC;SOR=0.708;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=183;TCF=67;TCR=116;TR=85;WE=68628151;WS=68628133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,107:0.39:272
chr15	68628163	rs2306022	C	T	2742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=54;PP=1215;ReadPosRankSum=-1.103;SC=CTGGAGGACACGACCGATGTG;SOR=0.827;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=156;TCF=53;TCR=103;TR=77;WE=68628171;WS=68628153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,127:0.57:222
chr15	68631740	rs2125998	A	G	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=5;PP=460;SC=GAATATACACAGCAGGCCCCT;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=68631748;WS=68631732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	68641362	rs61119953	AG	A	1520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=34;PP=931;SC=CTCTCTTTCGAGGGGGGGCTC;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=34;WE=68641370;WS=68641352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	68649587	rs12907890	G	A	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=630;ReadPosRankSum=0.480;SC=ACCTGTAGTCGTTGAGGTGAA;SOR=0.674;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=49;WE=68649595;WS=68649577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,77:0.48:159
chr15	68656864	rs2306013	A	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=9;PP=423;SC=CCGGAATGGCATAAGCAGGGA;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=27;WE=68656872;WS=68656854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	68656960	rs2306012	A	G	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=28;PP=1045;SC=CAGGATGGACATGAGGGTGTG;SOR=0.782;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=60;WE=68656968;WS=68656950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	68724262	rs2305078	G	C	1703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=20;PP=599;SC=CTGGGAGGAGGGTCGCGTCCC;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=40;WE=68724270;WS=68724252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr15	68987315	rs11072043	A	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=328;SC=TGTGGCCCAGACTGACTTGGC;SOR=2.531;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=68987323;WS=68987305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	68987341	rs7359311	A	G	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=8;PP=737;SC=AGGGCCCAAAAACAAAAATAA;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=68987349;WS=68987331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	69003343	.	TATTC	T	55	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=55;QD=34.5;SC=TTCATTTGCTTATTCATTCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=2;WE=69003354;WS=69003333;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,2:0.17:12
chr15	69003871	rs3736272	G	T	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=19;PP=1249;SC=CCATGCATCTGCCCTCGCAGG;SOR=1.413;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=67;WE=69003879;WS=69003861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	69007656	rs1542746	T	G	7740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.047;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=130;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.670;SC=CCTAGGTAAGTGGCCCCGAGG;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=70;TCR=130;TR=199;WE=69007664;WS=69007646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,291:1.00:292
chr15	69011389	rs1491640	A	C	3325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.76;SOR=1.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	69011394	rs1491639	C	T	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=1.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr15	69094079	rs12904108	A	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=162;ReadPosRankSum=-0.517;SC=TTCCTATTAAACTGTAGCACT;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=15;WE=69094087;WS=69094069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,33:0.38:86
chr15	69094158	rs10689979	T	TCA	1042.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=453;ReadPosRankSum=3.205;SC=ACCAACTGAGTCACACCAGAG;SOR=0.643;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=12;WE=69094166;WS=69094148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr15	69112946	rs4777089	C	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=20.99;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	69112971	rs35802209	G	GCA	1480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.038;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.52;MQRankSum=1.319;QD=17.63;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,56:0.67:84
chr15	69325581	rs311893	C	T	6604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=53;PP=1930;SC=CCAAGGGCTGCGGCCAGTGCC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=69325589;WS=69325571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr15	69327825	rs311889	C	T	5344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr15	69329624	rs2246273	A	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=639;SC=GAGCAGCTGGATACCCTGTCA;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=69329632;WS=69329614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	69347593	rs311905	G	A	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=17;PP=1151;SC=AAGCCCCAGGGTAAGGTAGTG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=69347601;WS=69347583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	69349087	rs311906	T	C	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=26;PP=649;SC=TCTGCTTCATTGCATTAGTAT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=69349095;WS=69349077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	69561518	rs3865014	G	A	5126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=48;PP=1888;SC=TGAGTCCCCAGTCTTCAAAGA;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=101;WE=69561526;WS=69561508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr15	69676892	.	A	G	375	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=1;HapScore=3;MGOF=25;MMLQ=23;MQ=58.94;NF=18;NR=2;PP=375;QD=20.4885606274;SC=CGTGTTCATCATGGAGGGTGA;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=69676912;WS=69676882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr15	69676904	.	C	T	475	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=4;HapScore=3;MGOF=25;MMLQ=26;MQ=59.97;NF=20;NR=2;PP=475;QD=23.1714187521;SC=GGAGGGTGAGCGGGCCCTCCG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=22;WE=69676912;WS=69676882;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr15	69676944	.	T	C	784	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=22;MQ=59.76;NF=33;NR=5;PP=784;QD=21.5466108565;SC=GCGGGTCCTCTGTGTTCATGG;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=38;WE=69676952;WS=69676934;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr15	69683945	rs2242464	C	G	4048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=41;PP=1752;SC=AACCTGGACACTCTTGGACCT;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=95;WE=69683953;WS=69683935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	69684376	rs7183388	G	A	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=22;PP=730;SC=AGCCCGGGCAGTGGAGCCAAG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=69684397;WS=69684366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	69684389	rs11634798	A	T	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=22;PP=795;SC=GAGCCAAGAAAAAAAAGAAAT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=69684397;WS=69684366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	69684477	rs58280155	T	A	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.41;QD=25.28;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr15	69684481	rs112633523	AT	A	971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=446;SC=GTTTTATTTTATTTTTTTTTG;SOR=0.737;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=23;WE=69684489;WS=69684467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr15	69684507	rs11634850	A	G	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=16;PP=570;SC=AGTAGAGACAAGGTTTCGCCA;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=69684515;WS=69684497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	69709686	rs3759825	G	A	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=26;PP=1287;SC=GCAAAAGGTCGAACTTTCTTC;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=69709694;WS=69709676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr15	69715488	rs7180624	C	T	289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.29;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	69728949	rs3825858	A	G	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr15	69729049	rs17310879	T	C	1510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=786;ReadPosRankSum=-1.193;SC=GATTGATGAGTTTAACAAACA;SOR=0.877;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=111;TCF=39;TCR=72;TR=49;WE=69729057;WS=69729039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,72:0.48:149
chr15	69732483	rs4776448	G	A	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=53;PP=1636;SC=AGTTAGGTTCGATATTTTGAA;SOR=1.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=75;WE=69732491;WS=69732473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	69732736	rs937724	C	T	4676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=55;PP=2140;SC=CTATTGTTACCGAACCTAAAA;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=114;WE=69732744;WS=69732726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr15	69740350	rs13613	A	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=19;PP=460;SC=CTTGTATAGTATATGTTTTGC;SOR=3.160;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=69740358;WS=69740340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	69747675	rs1463911	A	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=6;PP=191;SC=GAGATTTTTTAAAAAATAGTA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=69747683;WS=69747665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	69754221	rs8041861	T	C	8308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr15	70345626	rs1057865	C	T	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=531;ReadPosRankSum=1.152;SC=AGGAGCGCACCGTGTTGTCCA;SOR=0.574;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=43;WE=70345634;WS=70345616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,66:0.46:143
chr15	70346923	rs2228178	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.759;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=0.148;SC=GGGGCGTGGGCGAGGCCAGGT;SOR=0.803;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=30;WE=70346931;WS=70346913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,44:0.44:99
chr15	70347362	rs4777227	C	A	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=385;ReadPosRankSum=1.879;SC=CAGCTGGAGGCGGCGCAGCAG;SOR=0.960;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=26;WE=70347370;WS=70347352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr15	70347816	rs11440222	A	AG	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=4.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=270;ReadPosRankSum=3.746;SC=CGAGGTAGACATGATTAACAG;SOR=0.321;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=8;WE=70347824;WS=70347806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr15	70348523	rs2270871	G	C	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=284;ReadPosRankSum=-0.419;SC=TCCAAAGGGAGGTGCACCAGG;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=21;WE=70348531;WS=70348513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr15	70349744	rs8036209	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=261;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GTCCAACCACTGGCTCCCCAC;SOR=0.837;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=20;WE=70349752;WS=70349734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,38:0.45:84
chr15	70350457	rs2291982	C	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=254;ReadPosRankSum=1.287;SC=CCCCCTCCCCCCAATCAGATT;SOR=0.743;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=20;WE=70350465;WS=70350447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,50:0.46:109
chr15	70351649	rs7176098	C	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.127;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=379;ReadPosRankSum=-0.867;SC=GCTCAGGCTGCCAGTAATACT;SOR=0.454;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=26;WE=70351657;WS=70351639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr15	70351788	rs2133977	T	C	5374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=59;PP=2347;SC=CACTCTTGTCTCCATCACTGT;SOR=0.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=65;TCR=59;TR=123;WE=70351796;WS=70351778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr15	70352968	rs2228176	C	G	1669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=682;ReadPosRankSum=-0.884;SC=GGAGGCTTTCCGAGGGTGACA;SOR=0.503;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=109;TCF=63;TCR=46;TR=50;WE=70352976;WS=70352958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,90:0.45:198
chr15	70353075	rs3825968	C	A	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=811;ReadPosRankSum=0.248;SC=GCAGGTGACACGGAGGTCAGG;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=52;WE=70353083;WS=70353065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,99:0.43:229
chr15	70368571	rs3830411	A	ATGC	1315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.986;NF=1;NR=21;PP=1058;ReadPosRankSum=-1.602;SC=GCAAGTGGAAATGCAAACTCC;SOR=0.823;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=22;WE=70368579;WS=70368561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr15	70371571	rs12901770	A	T	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=1.735;SC=AATGCCACACAGATGCAGAAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=7;WE=70371579;WS=70371564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr15	70388449	rs71149952	AG	A	2805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.51;NF=24;NR=26;PP=1887;SC=GGAGCCGCGCAGGGGACCCAC;SOR=1.075;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=50;WE=70388457;WS=70388439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	70958937	rs2241530	G	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=373;SC=ATTTTTGCACGCAAGTTGCTA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=70958945;WS=70958927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	70960068	rs934005	G	A	6698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=72;PP=2713;SC=CAATTGGGGCGTATTTTACCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=79;TCR=72;TR=150;WE=70960076;WS=70960058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr15	70971741	rs143519196	C	CTAAATAAA	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=151;SC=GACCCCATCTCTAAATAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=70971749;WS=70971731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr15	70979832	rs117280349	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=373;ReadPosRankSum=-2.053;SC=GGCCTTTCCATCCCTGTGTAT;SOR=0.705;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=25;WE=70979840;WS=70979822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr15	70991925	rs4776525	G	C	16032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=166;NR=189;PP=2965;SC=CAAGGATTGAGGTCACTTTTT;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=359;TCF=167;TCR=192;TR=355;WE=70991933;WS=70991915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,642:1.00:642
chr15	71041591	rs374228264	C	T	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=46;ReadPosRankSum=-1.058;SC=CAGGGCCGGGCGCGGTGGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=6;WE=71041599;WS=71041581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr15	71055601	rs116529282	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=0.429;SC=GCGCGCGAACTCGCCAGCAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=5;WE=71055609;WS=71055591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr15	71055860	rs4777306	T	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.495;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr15	71125093	rs3825970	G	A	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=62;PP=1988;SC=CCACGATGGCGCACTCCTGGG;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=104;WE=71125101;WS=71125083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr15	71125204	rs1549317	A	G	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=29;PP=1279;SC=CAAAAGTCCCAAAAAGCTTGA;SOR=0.863;Source=Platypus;TCF=35;TR=64;WE=71125212;WS=71125194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	71144048	rs149333311	G	A	1633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=31;PP=750;ReadPosRankSum=-1.426;SC=TGAATTCACCGAGCTCCTATT;SOR=0.771;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=55;WE=71144056;WS=71144038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,85:0.43:196
chr15	71175296	rs1528828	A	G	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=31;PP=864;SC=ACCTTATAGGATTTTATCTTT;SOR=1.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=71175304;WS=71175286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	71186811	rs1881568	C	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=544;SC=AAGATTATTTCCCCATAATGT;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=71186819;WS=71186801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	71193188	rs3830648	A	AAT	82.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=114;SC=AAATTCTCCAAATATAAGATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=3;WE=71193196;WS=71193178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	71204018	rs375431713	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=1.438;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr15	71507764	rs12324441	G	C	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=29;PP=863;ReadPosRankSum=1.041;SC=TGTCTGTGCCGCTCCCCGTCC;SOR=0.741;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=59;WE=71507772;WS=71507754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,155:0.60:258
chr15	71535458	rs12440013	G	C	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=33;PP=538;ReadPosRankSum=-0.108;SC=AACCCATACCGGGCCTGGAAA;SOR=0.853;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=44;WE=71535466;WS=71535448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,50:0.51:98
chr15	72023422	rs2277540	C	T	6567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=69;PP=2915;SC=GGTGTGCATACGTGCCAAGTG;SOR=0.913;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=91;TCR=69;TR=159;WE=72023430;WS=72023412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr15	72037610	rs2291994	G	A	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=19;PP=660;SC=GCCTATTACCGGGTCACTTCA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=72037618;WS=72037600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr15	72050163	rs2625533	C	G	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=17;PP=995;SC=AGCATTCCATCCTCCTTTCCA;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=72050171;WS=72050153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	72073003	rs2291275	C	T	2359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.837;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1131;ReadPosRankSum=0.783;SC=AGCCTGTCCCCGCCCCCAGGG;SOR=0.672;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=141;TCF=70;TCR=71;TR=85;WE=72073011;WS=72072993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,120:0.50:238
chr15	72073189	rs17811309	G	A	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-0.697;SC=CCTTACAAAGGGACAGAAAAG;SOR=0.787;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=5;WE=72073197;WS=72073179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,9:0.20:46
chr15	72105928	rs11351249	AC	A	6180.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=57;PP=2969;SC=TTGGCGGTGGACCCCCACGGA;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=81;WE=72105936;WS=72105918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr15	72119346	.	T	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=-1.733;SC=GGTTCAGACTTGCCAGCTGTC;SOR=0.701;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=35;TCR=32;TR=27;WE=72119354;WS=72119336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr15	72186286	rs2128112	A	T	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=108;SC=ATAATCCTGAACCTACGCATA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=72186294;WS=72186276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	72189952	rs80283650	T	A	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=43;PP=1105;ReadPosRankSum=0.056;SC=ACAGGCTACATTCAGCTGGGT;SOR=1.002;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=149;TCF=69;TCR=80;TR=73;WE=72189960;WS=72189942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,105:0.46:228
chr15	72191073	rs2415128	T	C	7610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=96;PP=2965;SC=CCTCCAAGGATCTGGGTCTCT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=93;TCR=96;TR=189;WE=72191081;WS=72191063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr15	72191266	rs2415129	C	T	5651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=62;PP=2210;SC=ATCCTCCCATCCTGAAGGGTC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=118;WE=72191274;WS=72191256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr15	72252189	rs5813671	T	TA	108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.527;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr15	72300031	rs3759820	A	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=2;PP=274;SC=TCTTTTGGAAATGCTATTTAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=72300039;WS=72300026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	72302894	rs2957742	G	C	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=10;PP=264;SC=ATGTATAAATGCAAATTAGAG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=72302902;WS=72302884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	72431883	rs7175792	G	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=2;PP=321;SC=GCATTTTACAGTCAGGTATTT;SOR=2.985;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=72431891;WS=72431873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	72432583	rs930871	A	G	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=31;NR=54;PP=1616;SC=AGATCTCATTACCACACTTGC;SOR=1.232;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=85;WE=72432591;WS=72432573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	72454729	rs897731	C	G	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=46;PP=1524;SC=CTGAAGAAAGCGGCAATACGG;SOR=0.910;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=83;WE=72454737;WS=72454719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	72457551	rs2959944	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=333;SC=GGCAGGTTTAAGAGATGCCCT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=72457559;WS=72457541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	72460339	rs8025939	T	A	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=37;PP=897;SC=AAACAGTCCATTCCCCAGCGT;SOR=3.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=72460347;WS=72460329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	72462165	rs11072348	A	C	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	72462831	rs7182776	T	C	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=257;SC=GGAGCCGTCTTATACCAGGAA;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=72462839;WS=72462821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	72543656	rs2959904	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=455;SC=AGCTATCCTTTCTGAACAAGC;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=72543664;WS=72543646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	72545783	rs140971620	C	G	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=638;ReadPosRankSum=0.123;SC=CATACCACTGCAGGAGAGGAT;SOR=0.625;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=47;WE=72545791;WS=72545773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,71:0.46:156
chr15	72545876	rs1426166	T	C	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=26;SC=CGTTATCTCCTTGGAGAGGTG;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=72545884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	72546765	rs2912227	A	G	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=25;PP=1032;SC=TGGGCAGGCAAAGGAGAGGGG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=72546773;WS=72546755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr15	72556799	rs11072352	G	A	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=779;SC=TTTTGGAAGGGGGCATTCCAT;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=72556807;WS=72556789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	72557955	rs1426170	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	72559326	rs62022788	T	G	120.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=5;PP=97;SC=TTTGTGAGAGTCTCAGTCTCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=72559334;WS=72559316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr15	72612635	.	C	CG	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.984;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr15	72637795	rs4777502	T	C	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=43;PP=1706;SC=ACCTCAGCAATTCACAGCGGA;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=45;TCR=44;TR=88;WE=72637803;WS=72637785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr15	72638892	rs1800431	T	C	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=17;PP=475;SC=GGTTCCACTATGTAGAAATCC;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=72638900;WS=72638882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr15	72859047	rs11403578	A	AT	41.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=30;ReadPosRankSum=-1.111;SC=CTATTGATAGATTTTTTTTTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=72859055;WS=72859037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr15	72859640	.	CTT	C	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.112;SOR=0.386;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr15	72875521	.	G	GT	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.27;ReadPosRankSum=2.683;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,22:0.26:84
chr15	72879653	rs139334001	A	ATTG	1156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=723;SC=TCTTAACTATATTGTACTTTT;SOR=1.101;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=72879661;WS=72879643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	72978552	rs56368716	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-1.051;SC=GGCCGCGCAGCGGTGGGCTGA;SOR=0.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=8;WE=72978560;WS=72978542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr15	72987588	rs4777527	G	T	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	73002035	rs8033604	G	A	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=8;PP=614;SC=AAAATATGCTGCCTAGCTCCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=73002043;WS=73002025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr15	73021855	rs6495015	T	C	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=-0.675;SC=CCTCCCAAAGTGCTGGGATTA;SOR=0.121;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=10;WE=73021863;WS=73021845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr15	73023937	rs12914333	T	C	6457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=95;PP=2965;SC=TGGCACCCTTTGATTGGAAGA;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=93;TCR=95;TR=188;WE=73023945;WS=73023927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr15	73024181	rs9806635	G	A	1162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=828;SC=TAGAGATCCTGTAGGAATCTG;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=73024189;WS=73024171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	73027315	rs148023330	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=139;ReadPosRankSum=-0.713;SC=TGGTTGAAGATAGCACCAGGT;SOR=0.776;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=13;WE=73027323;WS=73027305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr15	73027478	rs2277598	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=412;ReadPosRankSum=-0.496;SC=CTGGAAGATATAGAAAATGCC;SOR=0.634;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=23;WE=73027486;WS=73027468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr15	73028375	rs12324395	G	A	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=361;SC=ATCAAGCCCAGATCATCCAAA;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=73028383;WS=73028365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	73029068	rs117852179	G	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.459;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr15	73044575	rs9460	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=102;ReadPosRankSum=0.866;SC=ACCTGATACAGTTTAATCTGC;SOR=1.085;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=7;WE=73044583;WS=73044565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr15	73044594	rs148487929	C	A	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=35;ReadPosRankSum=-0.477;SC=GCTTTTATTTCTTTGGCTGTC;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=6;WE=73044602;WS=73044584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr15	73047881	rs79189970	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=210;ReadPosRankSum=1.677;SC=GCCAAACGATGGTCCCATGAG;SOR=0.815;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=16;WE=73047889;WS=73047871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
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chr15	73409213	rs3840037	A	AT	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,14:0.34:41
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chr15	73541513	rs3736510	A	G	1830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=38;PP=873;ReadPosRankSum=0.736;SC=AGAATTATAAATTGTACTACA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=53;TCR=82;TR=63;WE=73541521;WS=73541503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,91:0.47:195
chr15	73545732	rs2623989	T	C	1477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=703;ReadPosRankSum=0.937;SC=TTTTTTTTTGTTTCTCTAGTT;SOR=0.846;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=37;WE=73545740;WS=73545722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,54:0.93:58
chr15	73551250	rs2251205	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=2.011;SC=CTGGAACACAATAGATACTAG;SOR=0.741;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=26;WE=73551258;WS=73551240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,35:0.43:81
chr15	73564881	rs1131854	C	T	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=639;ReadPosRankSum=-0.166;SC=AGCCTCCCTCCGAAGCCAATG;SOR=0.487;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=136;TCF=59;TCR=77;TR=52;WE=73564889;WS=73564871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,96:0.41:232
chr15	73566942	rs497539	G	A	6218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=55;PP=2664;SC=GGGGGTTTTAGTTTTTTTCCT;SOR=1.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=90;TCR=55;TR=145;WE=73566950;WS=73566932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr15	73581444	rs489531	A	G	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=389;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GCTCAGTGGCATAGGGCACAT;SOR=0.750;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=31;WE=73581452;WS=73581434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,56:0.47:118
chr15	73590579	rs2292915	C	T	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.883;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,58:0.59:98
chr15	73595089	rs3833036	T	TA	2678.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.945;NF=8;NR=28;PP=1413;ReadPosRankSum=1.564;SC=TCTTGGAACTTACCCTTGAAA;SOR=0.637;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=83;TCF=13;TCR=70;TR=36;WE=73595097;WS=73595079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,91:0.45:204
chr15	73614834	rs529004	T	C	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	73616635	rs481579	T	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=27;PP=676;SC=ATGCACAGCCTGCCCAGGCCA;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=73616643;WS=73616625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	73884595	.	C	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=85;ReadPosRankSum=0.518;SC=GCAGACAGGACCACATGAGGA;SOR=1.565;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=73884603;WS=73884585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr15	74000843	rs148146340	G	A	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=682;ReadPosRankSum=-0.393;SC=GTGTGCGTGCGCATGCACACT;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=53;WE=74000851;WS=74000833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,75:0.56:135
chr15	74005073	rs150806672	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.371;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=320;ReadPosRankSum=-0.028;SC=CAGGTGCCCCGGCGTGCCTGG;SOR=2.356;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=17;WE=74005081;WS=74005063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr15	74032234	rs11857595	C	T	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=117;ReadPosRankSum=1.034;SC=ATGTGCCCACCGCCCCCGGCC;SOR=0.269;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=11;WE=74032242;WS=74032224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr15	74032783	rs28594180	A	G	2718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=41;PP=1105;ReadPosRankSum=-0.451;SC=CCGAGGGGGTAGAGACGTCCA;SOR=0.801;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=73;WE=74032791;WS=74032773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,135:0.47:287
chr15	74033033	rs11858458	A	G	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=26;PP=785;SC=GGGTCCCTGCATCAGCCAGGT;SOR=1.092;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=74033041;WS=74033023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr15	74043523	rs7497362	A	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=61;PP=1824;SC=CTGGGCACACACTGCGTCTGC;SOR=2.925;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=14;TCR=61;TR=75;WE=74043531;WS=74043513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	74176453	rs66619071	GA	G	2704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.11;NF=17;NR=26;PP=1673;SC=ATCAGAAGGGGAAAAGCCACC;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=43;WE=74176461;WS=74176443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	74177250	rs35697698	C	T	2834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.607;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=50;PP=1444;ReadPosRankSum=-1.317;SC=TCAGCCTCCCCTTGTCAATGC;SOR=0.606;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=202;TCF=101;TCR=101;TR=98;WE=74177258;WS=74177240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,138:0.50:277
chr15	74178966	rs62007098	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.814;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=223;ReadPosRankSum=-0.702;SC=GAGGTGTCCAGCTAGGGATCA;SOR=0.565;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=19;WE=74178974;WS=74178956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,43:0.51:85
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chr15	74180923	.	TTCC	T	1165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.490;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=1.161;QD=15.75;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,36:0.49:74
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chr15	74284406	rs2304715	C	G	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.451;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=495;ReadPosRankSum=2.430;SC=TCCCCCCCGGCTCCGCCGTGC;SOR=0.330;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=34;WE=74284414;WS=74284386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,43:0.54:80
chr15	74317043	rs2277599	T	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.469;SC=TCCTTCCAGCTGCCCCTCCAG;SOR=2.165;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=74317051;WS=74317033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr15	74317362	rs3825941	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=123;ReadPosRankSum=1.737;SC=CAGGGAGAGCGTCTGAGTGAG;SOR=0.836;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=74317370;WS=74317352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr15	74325182	rs2304716	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.575;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.570;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=10;PP=202;ReadPosRankSum=-0.010;SC=GTGTTTGCTCAACGCCTTCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=10;WE=74325190;WS=74325172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr15	74326711	rs2304718	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=271;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CAGGGCATCCGTTTCCCCCAG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=22;WE=74326719;WS=74326701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr15	74336633	rs5742915	T	C	5698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=61;PP=2584;SC=GCCTGAAGCCTTCTTCAGCAT;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=135;WE=74336641;WS=74336623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr15	74356031	rs2636839	C	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.993;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.65;MQRankSum=-0.406;QD=0.33;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,23:0.14:167
chr15	74421025	rs183039083	C	T	1499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.706;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,86:0.53:161
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chr15	74472716	rs351242	G	A	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=51;PP=1392;SC=TCCCCTGCAGGCAGCACATGG;SOR=1.581;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=73;WE=74472724;WS=74472706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	74477216	rs351238	G	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=444;SC=AGCCCGGGCCGGCAGAGCCCT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=74477224;WS=74477206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	74477239	rs351237	G	A	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=7;PP=880;SC=CCTCCCTCCAGGCCCAGGGCC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=74477247;WS=74477229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	74483415	rs351228	T	C	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=36;PP=1266;SC=ACAAGGATTCTGGGGAGCAGG;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=71;WE=74483423;WS=74483405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr15	74489883	rs351218	A	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=378;SC=CACTCATGTGACATCTTGGGG;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=18;WE=74489891;WS=74489873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	74499956	rs351222	G	C	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=55;PP=2026;SC=TCAAACCTCAGGTACACCCCC;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=120;WE=74499964;WS=74499946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr15	74536285	rs67845844	CA	C	457.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.552;NF=9;NR=6;PP=152;ReadPosRankSum=1.727;SC=GACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=15;WE=74536293;WS=74536275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,33:0.82:40
chr15	74558927	rs440793	A	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=12;PP=662;SC=CCCTACTCTCAACAATGTCTC;SOR=1.199;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=36;WE=74558935;WS=74558917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr15	74560828	rs138360055	T	TG	809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;MQRankSum=0.000;QD=35.21;ReadPosRankSum=-1.433;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr15	74560831	rs28460010	T	G	833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;MQRankSum=0.000;QD=34.74;ReadPosRankSum=-1.509;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr15	74572242	rs351165	T	A	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=4;PP=946;SC=CAAATATCTGTGTATGCCTTG;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=35;TCR=4;TR=39;WE=74572250;WS=74572232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	74572917	rs351164	A	G	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=15;PP=1069;SC=GAAAGCAGGCAGCGGGAGACA;SOR=1.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=60;WE=74572925;WS=74572907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	74611182	rs751528	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.42;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr15	74611189	rs751527	T	C	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.80;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	74659535	rs12442401	A	G	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=3.139;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr15	74659609	rs28681535	G	T	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=24;PP=765;ReadPosRankSum=-1.301;SC=GGCTACCCAGGCCCCTCCTCC;SOR=0.810;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=100;TCF=60;TCR=40;TR=59;WE=74659617;WS=74659599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,77:0.57:135
chr15	74703929	rs741761	T	C	2087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=19;PP=977;SC=TGCAGCGGCCTTGGTCCCAGC;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=74703937;WS=74703919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	74709071	rs28362918	G	A	664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=313;ReadPosRankSum=-2.043;SC=AGGGACAGAGGCGAGTGGGCG;SOR=0.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=23;WE=74709079;WS=74709061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr15	74709566	rs2075590	T	G	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=1;PP=775;SC=CTTTCCTGCATGGCCCCAGCG;SOR=4.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=74709574;WS=74709565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	74710485	rs2072649	G	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.733;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=377;ReadPosRankSum=0.804;SC=AAGCACAGAGGACCACGTCTC;SOR=0.357;Source=Platypus;TCR=12;TR=21;WE=74710493;WS=74710475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,27:0.59:46
chr15	74710593	rs28362912	C	T	5502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr15	74742468	rs2289188	A	G	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=367;ReadPosRankSum=0.760;SC=CCTCAGCCATAACAGGAGTTC;SOR=0.681;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=26;WE=74742476;WS=74742458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr15	74749015	rs7166701	A	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=1.336;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr15	74836316	rs8043032	A	G	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.087;NF=30;NR=24;PP=763;ReadPosRankSum=2.925;SC=AGCAGCAGCAACAACAGAAGC;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=59;TCR=49;TR=54;WE=74836324;WS=74836306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,66:0.47:141
chr15	74865017	rs377466587	CA	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr15	74865409	rs10459601	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=-0.045;SC=AGTATATCTGGTATAAGACTT;SOR=0.485;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=7;WE=74865417;WS=74865399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr15	74865440	rs10459648	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=121;ReadPosRankSum=-0.320;SC=GAATTTTTCACTGTGTGTTTT;SOR=2.419;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=74865448;WS=74865430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr15	74883851	rs4886601	T	G	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,60:0.47:129
chr15	74888196	rs74781061	A	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.070;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-6.850;NF=4;NR=14;PP=300;ReadPosRankSum=-0.335;SC=CTCATCTCACAGAGCCCACGT;SOR=0.990;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=18;WE=74888204;WS=74888186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr15	74907946	rs139096840	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=40;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AGGTCGGGGGACCTACGTGCG;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=4;WE=74907954;WS=74907936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr15	74908132	rs8040674	G	A	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=126;ReadPosRankSum=-1.796;SC=GGCGACGGCTGCGTCACGCGA;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=8;WE=74908140;WS=74908122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr15	74914649	rs56298217	G	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=730;ReadPosRankSum=0.347;SC=TCTAGTGCGCGTGGTGCCTTA;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=42;WE=74914657;WS=74914639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
chr15	74919593	rs11629749	C	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=258;ReadPosRankSum=-0.420;SC=GGTGTGAGGACCTCTGGCAGT;SOR=0.627;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=17;WE=74919601;WS=74919583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr15	74920220	rs116916068	G	A	1600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=772;ReadPosRankSum=1.774;SC=TTGGGCAAGAGTCCTGCCAGC;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=77;TCR=45;TR=61;WE=74920228;WS=74920210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,83:0.46:179
chr15	74948063	rs7497342	A	G	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=170;ReadPosRankSum=0.926;SC=GTGGGACCTGATGCAACTCAC;SOR=0.569;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=15;WE=74948071;WS=74948053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr15	75117912	rs79217743	G	T	1874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=953;ReadPosRankSum=-1.054;SC=GGGATTCTGAGGAGGCAGCCT;SOR=0.516;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=52;WE=75117920;WS=75117902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr15	75188506	rs139190144	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=272;ReadPosRankSum=-1.022;SC=CTGCCGGAAACAACATGGAGG;SOR=0.485;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=20;WE=75188514;WS=75188496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr15	75309170	rs371189916	CT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=1.940;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr15	75310075	rs12593566	C	A	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	75311036	rs2289583	C	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=10;SC=GGGGAGGGAGCACTGTTTTTT;SOR=1.022;Source=Platypus;TCR=10;TR=16;WS=75311026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	75336729	rs2304899	A	G	9209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=104;PP=2965;SC=TCTGCCAGATATGGAAGAGCC;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=198;TCF=94;TCR=104;TR=198;WE=75336737;WS=75336719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr15	75498548	rs1466663	A	G	6025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=79;PP=2690;SC=GCCCCATGGCAGGTACTCCTA;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=148;WE=75498556;WS=75498538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	75499602	rs12591506	C	A	8965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=115;PP=2965;SC=GAACAATGTGCGGGCTGTGCC;SOR=1.017;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=190;TCF=75;TCR=115;TR=188;WE=75499610;WS=75499592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr15	75499619	rs11072531	T	C	7022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=97;PP=2762;SC=TGCCACAGCCTGGTGCCTTCC;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=69;TCR=98;TR=166;WE=75499627;WS=75499609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr15	75499861	rs11072532	G	A	9713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=102;PP=2965;SC=CAGAAGGAGGGCGCAAGGCCA;SOR=0.715;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=238;TCF=134;TCR=104;TR=228;WE=75499869;WS=75499851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr15	75499995	rs28509789	T	G	3394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=67;PP=1763;ReadPosRankSum=0.419;SC=TGAGCCTGACTCAGCCCCAGC;SOR=0.864;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=207;TCF=82;TCR=125;TR=107;WE=75500003;WS=75499985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,156:0.53:296
chr15	75503147	rs3743211	G	A	3353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=27;PP=1547;SC=GTGGCCAGAGGTGAGCCAGAG;SOR=1.064;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=75;WE=75503155;WS=75503137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	75518241	rs1994639	G	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.33;QD=42.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	75518246	rs1994640	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.72;QD=40.05;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	75521833	rs6495165	G	C	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=31;PP=1411;SC=TCCCCCTGGGGAGGTGAAAAG;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=45;TCR=31;TR=76;WE=75521841;WS=75521823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	75640129	rs146498035	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=128;ReadPosRankSum=0.691;SC=TCGCAGCGGGGGCATGGGGAG;SOR=0.706;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=10;WE=75640137;WS=75640119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr15	75643759	rs7182283	G	T	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=27;PP=1018;SC=TGGAACCACAGGAGTGCATCA;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=53;WE=75643767;WS=75643749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	75650836	rs1128933	G	A	6712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=73;PP=2946;SC=GGCAGCCAACGTCCAGCACAA;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=160;TCF=86;TCR=74;TR=159;WE=75650844;WS=75650826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr15	75650972	rs3809549	G	A	6129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=95;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=67;PP=2339;SC=ATGGGACAGGGGTGGACATAC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=59;TCR=67;TR=124;WE=75650980;WS=75650962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr15	75651022	rs149997575	C	CCCACATGCTGCCCAGCCCATA	9344.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=39;PP=2966;SC=CTCCACCATCCCCACATGCTG;SOR=0.787;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=52;WE=75651030;WS=75651012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr15	75653378	rs7174408	T	C	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=9;PP=922;SC=AGCCAAGGCCTGGCCTGACCT;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=75653386;WS=75653368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr15	75664570	rs4886696	AA	TT	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	75722398	.	AT	A	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr15	75909933	.	CT	C	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr15	75931966	rs148358312	G	C	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=592;ReadPosRankSum=0.966;SC=TAGGCTTCCAGATCGAAGTCA;SOR=0.596;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=41;WE=75931974;WS=75931956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,69:0.52:133
chr15	75968547	rs201364570	C	T	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1332;ReadPosRankSum=0.334;SC=TGGCTGCCCCCGGGCTCCGTC;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=88;WE=75968555;WS=75968537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,135:0.53:253
chr15	75982072	rs77681934	G	A	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQRankSum=-8.227;QD=1.68;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,14:0.12:119
chr15	75982085	rs79463888	C	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-9.204;QD=1.15;ReadPosRankSum=2.100;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,12:0.10:123
chr15	76078198	rs141048863	A	C	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=17;PP=675;SC=GCATTTTTCAACTCTGCTGGA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=76078206;WS=76078188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	76084704	rs200009130	GGACA	G	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.336;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.021;NF=7;NR=3;PP=415;ReadPosRankSum=-1.426;SC=TAGTTCTATGGGACAGCTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=10;WE=76084715;WS=76084694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr15	76084875	rs12708521	C	T	6198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=62;PP=2418;SC=TGGTCTTGGGCGTGAGACCAA;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=84;TCR=62;TR=146;WE=76084883;WS=76084865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr15	76114318	rs35830282	GA	G	215.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=0.273;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,33:0.34:96
chr15	76168406	rs66475371	C	CAAA	238.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.89;ReadPosRankSum=0.282;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr15	76175828	rs1868020	G	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=277;SC=TTTTTTATAGGGACGAGATCT;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=76175836;WS=76175818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	76182949	rs335713	C	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=12;PP=321;SC=TTTAAAATAGCGTCTACTTTC;SOR=1.220;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=76182957;WS=76182939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	76189624	rs335692	A	G	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=189;SC=CTGTCACCCCAGCTGGAGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=76189632;WS=76189614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	76191802	rs335689	G	A	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	76191852	rs335688	T	C	3148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=38;PP=1281;SC=AAAATCTTTCTAACATGCAGA;SOR=0.845;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=69;WE=76191860;WS=76191842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr15	76191966	rs335687	T	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=346;SC=TTACAGCCTTTGCATTTTGCT;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=76191974;WS=76191956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	76197071	rs3073843	A	ATCT	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=877;SC=TTAAAGGAACATCTCGTTCCG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=76197079;WS=76197061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	76206607	rs185490469	G	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.184;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=32;PP=737;ReadPosRankSum=0.105;SC=CCTTTGGATTGGTGAGTTATT;SOR=1.537;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=87;TCF=26;TCR=61;TR=42;WE=76206615;WS=76206597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,51:0.47:108
chr15	76222140	rs335679	G	T	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=350;SC=TGGAGTGCAAGTCAGTAACAT;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=76222148;WS=76222135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr15	76584686	rs3215000	T	TA	338.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=0;PP=435;SC=ATTGGCTACATAAACAGTCTG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=12;WE=76584694;WS=76584676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	76630303	rs4636879	T	C	6229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=84;PP=2401;SC=AGCGGGACTATGTCAGGTGAG;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=64;TCR=84;TR=148;WE=76630311;WS=76630293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr15	76632907	rs7180257	A	G	4271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=68;PP=2046;SC=GACGGTGAGCAGCCGCTGGGC;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=113;WE=76632915;WS=76632897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr15	76673627	rs17460201	T	C	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr15	77025687	rs144694379	C	T	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.019;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=573;ReadPosRankSum=1.732;SC=GACGTTTATTCTGGGCTTCAA;SOR=0.977;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=40;TCR=55;TR=44;WE=77025695;WS=77025677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,59:0.40:146
chr15	77046141	rs139187840	T	C	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=456;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AAAGCTCTTATGATATACCTT;SOR=1.584;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=32;WE=77046149;WS=77046131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,42:0.45:93
chr15	77064389	rs66496622	TGAA	T	1027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=22;PP=1011;SC=CTATTAACTATGAAGAAGAAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=22;WE=77064399;WS=77064379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	77085740	rs3102707	C	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=8;PP=192;SC=TCACTGGAAACAACAAGGCAG;SOR=1.473;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=77085748;WS=77085730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	77096763	rs368065187	T	C	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr15	77224053	.	C	T	4327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=1.652;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,231:0.52:448
chr15	77231158	rs4886841	C	T	3664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=57;PP=1625;SC=TAACTTTGGGCAAGTTATTAA;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=89;WE=77231166;WS=77231148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	77234101	.	C	CT	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.735;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr15	77241568	rs1711018	T	C	2418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=44;PP=1057;SC=CTTTAATCTCTGAGCCTGTCT;SOR=1.214;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=72;WE=77241576;WS=77241558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr15	77308387	rs7173067	G	A	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=39;PP=1260;SC=ATAAGGACAGGAGAAGGGTTC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=74;WE=77308395;WS=77308377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	77310345	rs12900395	C	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	77310636	rs3812911	G	C	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=37;PP=1261;SC=GAAGCAGGTGGCTTCCGCTCG;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=77310644;WS=77310626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr15	77317916	.	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr15	77322029	rs3935339	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=1.056;SC=CAATCATGGGCGCGGCGCTCT;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=8;WE=77322037;WS=77322019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr15	77323009	rs2469237	T	C	2295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=826;ReadPosRankSum=-1.260;SC=GGGGCCCAAGTGAGGCAGTTG;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=77323017;WS=77322999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr15	77324880	rs4078354	A	G	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=35;PP=1176;SC=GGTTGTGGGGAGTTGGGTCCC;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=77324888;WS=77324870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	77328108	rs11373069	G	GA	969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=15;PP=948;SC=AGTGTCCCCAGAAGGGGAGGG;SOR=0.957;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=23;WE=77328116;WS=77328098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	77344793	rs11737	T	A	5761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=80;PP=2566;ReadPosRankSum=-0.585;SC=GCTTCTTCACTACTAGAGCCT;SOR=0.320;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=134;WE=77344801;WS=77344783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,223:1.00:224
chr15	77363451	rs11072641	T	C	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=131;SC=CCCCAGCAAGTGCCTCGCTCC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=77363459;WS=77363441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	77406396	rs3743479	C	T	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.72;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr15	77425252	rs35381299	A	G	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.389;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr15	77450964	rs12909704	C	T	1495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.00;ReadPosRankSum=-2.347;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,73:0.54:136
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chr15	77756457	rs34237392	T	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=35;ReadPosRankSum=-0.748;SC=TGTTTACATTTATACAGATTA;SOR=1.179;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=5;WE=77756465;WS=77756456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
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chr15	78189206	rs4886959	C	T	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.885;NF=17;NR=22;PP=517;ReadPosRankSum=-1.479;SC=CCAGGAACACCGCCTGGGCCT;SOR=0.840;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=28;TCR=36;TR=39;WE=78189214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,44:0.59:74
chr15	78189370	rs4441238	A	C	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.80;QD=26.85;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
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chr15	78196212	rs7178928	A	G	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=1;PP=111;SC=CAGGGCCAGGAAGGAAGGGGT;SOR=1.329;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=78196220;WS=78196202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	78208162	.	T	C	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=609;ReadPosRankSum=0.638;SC=CCTGGCCTCCTGCTCACTCAT;SOR=0.729;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=42;WE=78208170;WS=78208152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,52:0.46:113
chr15	78211345	rs12592294	A	G	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=30;NR=20;PP=819;SC=CTCCTGTAGCATCTTCTGCTG;SOR=0.966;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=78211353;WS=78211335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr15	78211393	rs28595390	A	T	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.527;NF=23;NR=12;PP=488;ReadPosRankSum=0.018;SC=CAGTCTCTCCAGCTCCCGCAC;SOR=0.831;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=35;WE=78211401;WS=78211383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,70:0.47:148
chr15	78232240	rs12907147	G	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=527;ReadPosRankSum=1.051;SC=GTGGGTCCAGGGTGGCCCTGG;SOR=0.720;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=46;WE=78232248;WS=78232230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,78:0.41:189
chr15	78235104	rs60257193	T	G	3932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.376;NF=58;NR=63;PP=1731;ReadPosRankSum=2.212;SC=AGGGAGGGAGTCAGGTAATCA;SOR=0.553;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=227;TCF=102;TCR=125;TR=121;WE=78235112;WS=78235094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,197:0.51:384
chr15	78268603	rs28360704	C	T	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.120;NF=8;NR=7;PP=233;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CTCACCAGCCCGTGGATGCCA;SOR=0.439;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=15;WE=78268611;WS=78268593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
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chr15	78269747	rs11852867	G	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.25;QD=43.51;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr15	78269762	rs78023616	C	T	767.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.56;QD=45.16;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	78269763	rs75184028	A	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.56;QD=45.16;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	78269793	rs67603081	CT	C	326.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.84;QD=36.30;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	78269798	rs142983118	G	A	335.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.96;QD=47.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	78269801	rs140951103	G	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.96;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	78269802	rs143146370	T	TG	277.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.96;QD=39.68;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	78272330	rs56081051	C	T	478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-6.609;QD=1.75;ReadPosRankSum=1.553;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,53:0.19:274
chr15	78272478	rs58205250	G	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.71;MQRankSum=2.005;QD=4.42;ReadPosRankSum=1.356;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr15	78276594	rs72732526	AC	CA	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;JOINED;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=714;ReadPosRankSum=-0.864;SC=ACCCACTAAAACTCCACACTC;SOR=0.793;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=18;WE=78276603;WS=78276584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr15	78276660	rs12916320	A	G	2662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=28;PP=1076;SC=AAGGGGGTGTATGAGAACCAG;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=78276668;WS=78276650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr15	78295562	rs117946329	G	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.992;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=561;ReadPosRankSum=-1.711;SC=TAAGTTCCAGGTGAGCCAGCC;SOR=0.357;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=45;WE=78295570;WS=78295552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,65:0.60:108
chr15	78310306	.	G	GA	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=13;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=28;PP=313;ReadPosRankSum=2.248;SC=TATCCTGTTAGAAAAAAAAAA;SOR=0.919;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=60;TCF=1;TCR=59;TR=28;WE=78310314;WS=78310296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr15	78317863	rs201063233	T	TTTA	174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.524;NF=0;NR=3;PP=114;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AAACTTGTATTTTATTATTAT;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=78317871;WS=78317853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr15	78369815	rs9047	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=3.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.459;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,54:0.41:133
chr15	78369959	rs113518553	G	C	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.183;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=0.406;SC=CGCCGCCGCCGCCGCCCTCCT;SOR=1.688;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=6;WE=78369967;WS=78369949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr15	78390414	rs2289524	T	C	2092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.062;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=58;PP=973;ReadPosRankSum=-0.942;SC=TTCAAAGAGATGCTGACTGCT;SOR=0.935;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=221;TCF=84;TCR=137;TR=90;WE=78390422;WS=78390404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,115:0.40:288
chr15	78390909	rs12593575	C	T	1999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.478;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=670;ReadPosRankSum=1.729;SC=TGTGAGTCCCCGGAACCTCTC;SOR=0.762;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=50;TCR=72;TR=49;WE=78390917;WS=78390899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,104:0.44:239
chr15	78403004	rs1992469	A	G	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=14;PP=720;SC=TCACCTGGGAACTTGCTCGAA;SOR=0.821;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=35;WE=78403012;WS=78402994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	78403179	rs2867986	C	G	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=27;PP=887;SC=AGCCAGACAACGGGGAGACAG;SOR=0.955;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=78403187;WS=78403169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	78423479	rs8040395	T	C	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=4.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.462;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,99:0.49:202
chr15	78441769	rs11555541	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr15	78457242	rs12904700	A	G	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=5;PP=517;SC=ACTTCCTTTTAGTGGAGAATG;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=78457250;WS=78457232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	78457537	rs11394499	C	CT	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr15	78458485	rs3816253	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.618;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=5;PP=398;ReadPosRankSum=0.064;SC=CTTTTCCCGATGTGTAGGTTC;SOR=1.230;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=26;WE=78458493;WS=78458475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,38:0.58:66
chr15	78458797	rs2304825	C	T	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=27;PP=670;SC=CCAGATTGAACAGGGTATGTG;SOR=3.912;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=78458805;WS=78458787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	78463890	rs11638547	G	T	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=0.407;SC=GAAATGAGAAGAAATGAGTGA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=21;WE=78463898;WS=78463880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,48:0.52:93
chr15	78466127	rs2304824	T	C	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.428;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=480;ReadPosRankSum=1.807;SC=CAGAACTCCATAGCTTGTTCA;SOR=1.054;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=33;WE=78466135;WS=78466117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,51:0.44:116
chr15	78466597	rs11631653	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=246;ReadPosRankSum=0.271;SC=GCAGGCAGCACGGACTTGAGT;SOR=2.215;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=14;WE=78466605;WS=78466592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr15	78473309	rs12915634	G	A	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.285;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=41;PP=959;ReadPosRankSum=2.100;SC=AGGCCTGTTGGGTCAGGGGCA;SOR=0.460;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=112;TCF=33;TCR=79;TR=60;WE=78473317;WS=78473299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,76:0.56:135
chr15	78474517	rs6495277	T	C	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=329;ReadPosRankSum=-2.469;SC=ATCCCAGCAGTGTCCACAAGC;SOR=0.791;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=29;WE=78474525;WS=78474507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,39:0.57:69
chr15	78474776	rs66983917	AC	A	2081.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.620;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=596;ReadPosRankSum=1.351;SC=ACCCCCTTGCACCCCCCCCAC;SOR=0.302;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=83;TCF=30;TCR=53;TR=37;WE=78474792;WS=78474765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,89:0.52:170
chr15	78504780	rs10706612	GA	G	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.929;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.056;NF=8;NR=8;PP=326;ReadPosRankSum=0.654;SC=CCAGCAGAATGAAAAAAACCC;SOR=0.948;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=16;WE=78504788;WS=78504770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,35:0.49:72
chr15	78518951	.	C	CA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=-0.342;SOR=1.133;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr15	78526556	rs10162606	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=39;ReadPosRankSum=0.566;SC=ATGACCAGTTCTTCCATCTTA;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=4;WE=78526564;WS=78526546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr15	78556589	rs12898295	C	G	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.634;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr15	78557005	rs28484827	A	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=200;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GTGACGCGCGAGCGGGCGGCG;SOR=0.169;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=14;WE=78557013;WS=78556995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr15	78557086	rs66489434	GC	G	4861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;MQRankSum=0.296;QD=29.11;ReadPosRankSum=0.843;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,163:0.98:167
chr15	78558509	rs2037347	G	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=275;ReadPosRankSum=-0.415;SC=CATTCATTGTGGTCCGCTTCT;SOR=0.660;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=20;WE=78558517;WS=78558499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr15	78562814	.	ATC	A	80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=80;QD=29.6666666667;SC=TTCTCTAAAAATCTCTCTCTC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=3;WE=78562823;WS=78562804;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr15	78563103	rs3169166	A	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=216;ReadPosRankSum=-0.642;SC=ATCATGCTTTAAAAGGATATG;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=16;WE=78563111;WS=78563093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr15	78565414	rs11629630	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=-0.084;SC=CAACGCCACTAATTTTTTTTC;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=12;WE=78565422;WS=78565404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr15	78567853	rs967821	G	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=575;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TGAAAGATGGGCAAAAGATAC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=39;WE=78567861;WS=78567843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,56:0.45:125
chr15	78572359	rs9806426	C	G	5697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=46;PP=2553;SC=CTGCCTTCCTCCTTCCTAATT;SOR=1.100;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=86;TCR=47;TR=132;WE=78572367;WS=78572349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr15	78578482	rs3832993	TG	T	1846.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.420;NF=1;NR=33;PP=1126;ReadPosRankSum=-1.640;SC=TTGTCTGAAATGGGAAAGTTT;SOR=0.656;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=71;TCF=4;TCR=67;TR=34;WE=78578490;WS=78578472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,65:0.50:129
chr15	78581892	rs1879153	C	T	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=577;SC=AATGGCATTTCAATGAAAGAA;SOR=2.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=78581900;WS=78581882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	78581938	rs16969675	C	A	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=348;ReadPosRankSum=2.071;SC=CCCAGTTTGTCAAAATAAGAT;SOR=0.658;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=24;WE=78581946;WS=78581928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,46:0.62:74
chr15	78585433	rs2280365	C	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=-0.807;SC=ATTTCCCGGACTGCAACTGGA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=9;WE=78585441;WS=78585423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr15	78587111	rs138711577	TTTG	T	793.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.104;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.201;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr15	78587910	rs1040262	A	G	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=28;PP=1349;SC=TTTAGGAGCCAGGCAAGAATG;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=78587918;WS=78587900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr15	78632830	rs1127472	C	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,34:0.52:65
chr15	78633595	rs2139440	T	G	3175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=42;PP=1457;SC=AGCGTCCCCGTGTCCCCGCTC;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=74;WE=78633603;WS=78633585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	78730591	rs954144	C	T	1821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.079;NF=32;NR=14;PP=706;ReadPosRankSum=0.440;SC=CTTGCCAGTCCGCCTGTCTTC;SOR=1.092;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=46;WE=78730599;WS=78730581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,91:0.46:199
chr15	78758677	rs2958720	G	C	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=19;PP=761;SC=GCTCTCTCCAGTTAAAGTGCA;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=78758685;WS=78758667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr15	78758853	rs2938672	A	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=13;PP=296;SC=TTTTTCTTAAAGTTTATTAAT;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=78758861;WS=78758843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	78777312	rs9788758	G	A	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=33;PP=1048;SC=AATTATTGTTGGCTTTTCTGT;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=78777320;WS=78777302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr15	78780104	rs2230940	T	C	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=22;PP=828;SC=GGATGTTCAATTTGTGTGGGA;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=29;TCR=22;TR=51;WE=78780112;WS=78780094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	78786410	rs4887060	A	C	2091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=35;PP=1413;SC=TGAGAATGCAAACAAAGTATT;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=78786418;WS=78786400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	78789488	rs13180	C	T	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=39;PP=1667;SC=CTGTTTTGGCCGAAAGTTATG;SOR=0.974;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=98;WE=78789496;WS=78789478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	78807231	rs148681032	C	CCT	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.18;MQRankSum=-0.000;QD=60.75;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr15	78807252	rs59105191	A	C	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=1.623;QD=11.10;ReadPosRankSum=1.856;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr15	78825498	rs12907169	G	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=6.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=-1.652;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	78825562	rs12906951	C	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=312;ReadPosRankSum=-1.262;SC=GTATCAATCACGGAGATCTTA;SOR=0.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=22;WE=78825570;WS=78825552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr15	78834689	rs2292117	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;ReadPosRankSum=0.406;SC=AGCAATTATCATCACCAGGTT;SOR=0.874;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=22;WE=78834697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr15	78836631	rs67437837	CTGA	C	1630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-1.012;QD=18.32;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr15	78837262	rs11551774	G	A	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=349;ReadPosRankSum=-0.369;SC=TGGTTACAGCGCTGTGTGATA;SOR=0.671;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=32;WE=78837270;WS=78837252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,58:0.45:128
chr15	78841220	rs8053	T	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=162;ReadPosRankSum=0.591;SC=TCAAAAAACATGAGGAAGAAG;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=16;WE=78841228;WS=78841210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr15	78857939	rs55853698	T	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=1.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr15	78857986	rs55781567	C	G	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.912;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,68:0.43:157
chr15	78879242	rs555018	G	A	55.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=6.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=32;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AGTGCCTATTGTGTGCCAGAC;SOR=2.788;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=3;WE=78879250;WS=78879232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr15	78882925	rs16969968	G	A	2347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=52;PP=1124;ReadPosRankSum=0.710;SC=AGCTGCGCTCGATTCTATTCG;SOR=1.107;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=152;TCF=60;TCR=92;TR=78;WE=78882933;WS=78882915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,120:0.49:243
chr15	78894044	.	A	G	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=733;ReadPosRankSum=-1.102;SC=AAGGTTACAAAAATCATGGTG;SOR=0.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=53;WE=78894052;WS=78894034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,99:0.45:222
chr15	78894339	rs1051730	G	A	1639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.061;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=749;ReadPosRankSum=1.308;SC=TGTCGTGTTTGTAGCCTGGGG;SOR=0.514;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=52;WE=78894347;WS=78894329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,79:0.53:149
chr15	78894357	rs55958820	G	T	1643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=718;ReadPosRankSum=0.414;SC=GGGCTTTGATGATGGCCCACT;SOR=0.508;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=52;WE=78894365;WS=78894347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,80:0.54:149
chr15	78909452	rs3743075	T	C	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=424;ReadPosRankSum=1.252;SC=AGGGGTTCCATTTCAGCTTGT;SOR=0.629;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=27;WE=78909460;WS=78909442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,41:0.40:103
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chr15	78921602	rs56235003	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=12;PP=452;ReadPosRankSum=1.192;SC=GGGCCAGGGCGCTTCATGAAG;SOR=0.897;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=37;WE=78921610;WS=78921592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,67:0.49:136
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chr15	79045521	rs12917502	T	C	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=4.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-12.586;NF=32;NR=31;PP=901;ReadPosRankSum=0.039;SC=GGAACCGACGTGCCTACCACT;SOR=0.741;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=69;TCR=65;TR=63;WE=79045529;WS=79045511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,61:0.34:182
chr15	79054900	rs7495616	C	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-3.685;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.815;SOR=1.008;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
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chr15	79054932	rs11072801	G	C	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQRankSum=-5.498;QD=1.77;ReadPosRankSum=-2.573;SOR=1.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
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chr15	79058951	rs28699256	T	C	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.31;QD=19.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	79059449	rs1810165	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.118;NF=3;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=-1.245;SC=GCCAGGGGACGCTGGGGCAAG;SOR=0.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=8;WE=79059457;WS=79059439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr15	79063474	rs1809409	A	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=43;ReadPosRankSum=-0.230;SC=AAGCCCCTGCAGGTGGGGCTG;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=6;WE=79063482;WS=79063464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,6:0.21:29
chr15	79064080	rs11635931	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=149;ReadPosRankSum=1.192;SC=CCGGGTCCTCGCTCCGCAGTG;SOR=0.931;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=17;WE=79064088;WS=79064070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr15	79064143	rs11635870	C	G	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=235;ReadPosRankSum=1.100;SC=CGCGTGCGCCCGCTGGGATCA;SOR=0.614;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=19;WE=79064151;WS=79064133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr15	79065380	rs7177201	T	C	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=3;PP=578;SC=GAAGGGGCCATCAGGTGAAGA;SOR=3.352;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=79065388;WS=79065372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	79065562	rs8036224	A	G	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.09;QD=26.02;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	79069121	rs11854507	A	G	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.230;NF=15;NR=15;PP=384;ReadPosRankSum=-0.821;SC=TGCCGTCCACAGCTGCATCCA;SOR=0.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=34;TCR=37;TR=30;WE=79069129;WS=79069111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,68:0.57:120
chr15	79069187	rs145673455	C	T	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.694;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=355;ReadPosRankSum=2.082;SC=AGACATTCTGCGAGGAGGAGG;SOR=1.247;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=25;WE=79069195;WS=79069177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr15	79069734	rs7161774	G	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=1.307;NF=18;NR=13;PP=411;ReadPosRankSum=0.659;SC=GCTGCCCCCTGAGCCCTCCTG;SOR=0.646;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=31;WE=79069742;WS=79069724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr15	79083376	rs2277546	C	A	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=152;ReadPosRankSum=2.097;SC=CAGGCCAAGGCGGCCTTCACT;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=11;WE=79083384;WS=79083366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr15	79083591	rs2277545	T	C	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.487;NF=21;NR=25;PP=661;ReadPosRankSum=1.368;SC=GGGGGTCAGGTTGTCACGAGG;SOR=0.982;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=46;WE=79083599;WS=79083581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,44:0.52:84
chr15	79089007	rs3743057	T	C	3041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=1222;ReadPosRankSum=1.555;SC=CATCAGCTACTACCAGGGTCT;SOR=0.585;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=197;TCF=94;TCR=103;TR=80;WE=79089015;WS=79088997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,162:0.42:387
chr15	79089111	rs3825807	A	G	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=28;PP=625;ReadPosRankSum=-1.270;SC=TCCCGTCGAGACTCCAGCTCT;SOR=0.662;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=39;WE=79089119;WS=79089101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
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chr15	79092750	rs7173267	G	C	1832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=648;ReadPosRankSum=-2.534;SC=GCTCGTAGAAGGCGGGCGCGT;SOR=0.597;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=52;WE=79092758;WS=79092740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,94:0.52:182
chr15	79132814	rs7402877	T	C	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=5;PP=565;ReadPosRankSum=-0.110;SC=CCATCATGCCTAGCCAAAATC;SOR=1.206;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=30;WE=79132822;WS=79132804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr15	79133026	rs6495341	C	T	1433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=726;ReadPosRankSum=0.879;SC=AGGTAAAGCCCAGAATCCTTT;SOR=0.783;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=48;WE=79133034;WS=79133016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,70:0.45:154
chr15	79165441	rs8034658	G	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.413;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr15	79173005	rs17832351	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=0.044;SC=ATGCTTTTCAATTCTGCAGTT;SOR=0.598;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=20;WE=79173013;WS=79172995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr15	79215568	rs34577742	C	T	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=339;ReadPosRankSum=-1.829;SC=TTCCCCACAGCGGACCAGGGA;SOR=0.680;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=27;WE=79215576;WS=79215558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr15	79217690	rs2044226	G	C	7545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr15	79231518	rs11638844	A	G	2862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	79231523	rs35398112	G	GA	2098.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=540;ReadPosRankSum=0.018;SC=TCTGTAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=39;WE=79231531;WS=79231508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,102:0.96:106
chr15	79231616	rs10400902	A	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=24;PP=660;SC=CGAAAACTGGACTAAATTTAA;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=79231624;WS=79231606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	79237180	rs1036937	C	A	6454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=52;PP=2384;SC=GTTCTCCCAGCGTCCACTCTA;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=126;WE=79237188;WS=79237170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr15	79237247	rs1036938	C	G	7133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=73;PP=2536;SC=GGAGTTCACGCACAGTTCGGC;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=66;TCR=73;TR=139;WE=79237255;WS=79237237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr15	79237324	rs1036939	C	A	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.196;NF=21;NR=52;PP=1447;ReadPosRankSum=1.205;SC=TGGCCCACATCGCAGCGCTGG;SOR=0.553;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=73;WE=79237332;WS=79237314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr15	79237403	rs67943698	GGA	G	692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=642;SC=GCGCGGGGGGGGAGCGGCACG;SOR=2.179;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=79237412;WS=79237393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	79254480	rs4778732	T	A	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=14;PP=716;SC=TGGGCTGGGCTCAGCTTCAGG;SOR=1.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=40;WE=79254488;WS=79254470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	79264097	rs4238514	G	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=308;SC=AGCTGGGCTCGAGAGAATTCT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=79264105;WS=79264091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	79265866	rs3743195	G	A	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=56;PP=1692;SC=AGAGGCAAAGGGACTTGCAGT;SOR=1.343;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=26;TCR=56;TR=82;WE=79265874;WS=79265856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	79271100	rs8037975	G	A	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr15	79271428	rs8038472	G	A	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=663;ReadPosRankSum=-1.142;SC=GGGGGCGGACGGACGGACAAG;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=47;WE=79271436;WS=79271418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,68:0.45:152
chr15	79271707	rs13379704	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=377;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CTGGAGGTTTTGGCTGGCCCC;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=21;TCR=48;TR=33;WE=79271715;WS=79271697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,45:0.49:92
chr15	79273098	rs2278650	C	G	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=428;ReadPosRankSum=0.701;SC=TCCCCGAGGCCCGGGGATCAG;SOR=0.732;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=27;WE=79273106;WS=79273088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr15	79277150	rs3840034	A	AC	1460.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=913;ReadPosRankSum=1.739;SC=ATTACAGTCCAGGTCTCACTG;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=24;WE=79277158;WS=79277140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,43:0.59:73
chr15	79277247	rs4778750	A	C	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=34;PP=1306;ReadPosRankSum=-2.182;SC=TCAGCCCAGTACTTTGCCCAC;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=77;TCR=58;TR=80;WE=79277255;WS=79277237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,112:0.56:201
chr15	79277298	rs3803544	T	C	3109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=49;PP=1753;ReadPosRankSum=-0.314;SC=CTTCCTGCCCTAGCCCCAATC;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=100;TCR=80;TR=111;WE=79277306;WS=79277288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,144:0.57:254
chr15	79277511	rs2230518	A	G	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=40;PP=837;ReadPosRankSum=-0.267;SC=TGATGTCCTCATTGCGGATGA;SOR=0.832;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=146;TCF=58;TCR=88;TR=64;WE=79277519;WS=79277501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,97:0.43:225
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chr15	79287939	rs7174528	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=234;ReadPosRankSum=1.796;SC=CCCATTCCTGTTGTTTTAAGC;SOR=0.551;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=16;WE=79287947;WS=79287929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
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chr15	79294162	rs145647446	CTTAATT	C	341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.383;NF=0;NR=6;PP=240;ReadPosRankSum=0.450;SC=TTTTACTTTTCTTAATTTTAA;SOR=0.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=6;WE=79294175;WS=79294152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr15	79310288	rs2304994	G	A	1847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=602;ReadPosRankSum=-2.763;SC=CATGAATGTGGACGCCTTTTC;SOR=0.717;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=38;WE=79310296;WS=79310278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,92:0.50:185
chr15	79312330	rs2304993	G	A	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=238;ReadPosRankSum=-2.082;SC=AGGAGTGAGCGTGTGTGTATC;SOR=0.437;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=19;WE=79312338;WS=79312320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr15	79324419	rs2304991	A	G	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=305;ReadPosRankSum=0.261;SC=CATCCCCCACACCTGCCTCCC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=22;WE=79324427;WS=79324409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr15	79327686	rs736554	C	T	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=83;ReadPosRankSum=0.263;SC=GAAAACTGCACCGGCAGGATG;SOR=0.765;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=8;WE=79327694;WS=79327676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr15	79350624	rs16970524	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=301;ReadPosRankSum=-1.603;SC=AGGAGCCCAGGGTTTGAGATG;SOR=0.617;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=20;WE=79350632;WS=79350614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr15	79356742	rs62011246	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=187;ReadPosRankSum=-1.508;SC=GGGCTTCCTGCCCTGGGCAAG;SOR=0.495;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=15;WE=79356750;WS=79356732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr15	79586361	rs8038778	T	C	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=65;PP=2421;SC=CCCGTTTGCCTCAACTGAAGA;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=120;WE=79586369;WS=79586351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	79606137	rs3825933	G	A	2840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=31;PP=1540;SC=ACTGCTATGTGGAGGACCCCC;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=78;WE=79606145;WS=79606127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	79606408	rs3784544	C	T	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=4;PP=110;SC=CTTCATTGGCCTCTGTCTAGG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=79606416;WS=79606398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	79614206	rs906440	T	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=2;PP=773;SC=GCACAGACTCTTAGTTAGCAT;SOR=4.047;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=30;TCR=2;TR=32;WE=79614214;WS=79614196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	79614418	rs906439	A	G	6361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=60;NR=74;PP=2489;SC=GGGCCCGAGCAGAAGACCTTA;SOR=0.821;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=138;TCF=60;TCR=78;TR=134;WE=79614426;WS=79614408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr15	79750307	rs1004724	T	C	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=43;PP=1788;SC=TTGGCGAAATTGAACGGAAGC;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=95;WE=79750315;WS=79750297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr15	80137560	rs8923	T	C	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=623;ReadPosRankSum=0.930;SC=ATTTAAGCTGTTGACGAGTCT;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=42;WE=80137568;WS=80137550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr15	80191343	rs7257	G	A	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.91;QD=25.81;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	80191488	rs12440609	C	T	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr15	80214976	rs78016257	GTGC	G	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=389;ReadPosRankSum=-1.941;SC=CTAAAGGGGAGTGCTGATCCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=10;WE=80214986;WS=80214968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr15	80215597	rs2303824	G	T	2551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.002;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1304;ReadPosRankSum=1.146;SC=TTATTCGTCCGCCTCGGGTCC;SOR=0.453;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=167;TCF=72;TCR=95;TR=83;WE=80215605;WS=80215587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,128:0.50:256
chr15	80216015	rs3803540	C	A	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=793;ReadPosRankSum=-0.206;SC=ACAGATGAACCGCCTCCTCAG;SOR=0.544;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=56;WE=80216023;WS=80216005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,87:0.40:216
chr15	80216165	rs17214656	G	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,45:0.62:73
chr15	80216176	rs34149442	G	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.778;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr15	80259955	rs146807490	TGTAA	T	2909.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.511;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=2511;ReadPosRankSum=-0.472;SC=TTGATAAAGCTGTAAGTGCCT;SOR=0.733;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=91;TCF=24;TCR=67;TR=34;WE=80259972;WS=80259945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,79:0.36:219
chr15	80259964	rs16971619	C	T	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=28;PP=2519;ReadPosRankSum=0.722;SC=CTGTAAGTGCCTTCTCTACTC;SOR=0.727;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=147;TCF=78;TCR=69;TR=60;WE=80259972;WS=80259945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,83:0.37:223
chr15	80260014	rs8026803	T	C	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=698;ReadPosRankSum=1.503;SC=CCAGCATAGGTGTGTGATTGT;SOR=0.674;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=69;TCR=77;TR=68;WE=80260022;WS=80260004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,98:0.42:232
chr15	80263217	rs3826007	C	T	3009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.396;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=55;PP=1458;ReadPosRankSum=1.748;SC=GTTAATGATGCCGTCTTCAAA;SOR=0.655;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=247;TCF=118;TCR=129;TR=107;WE=80263225;WS=80263207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,152:0.45:336
chr15	80263345	rs1138358	A	C	2096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=36;PP=893;ReadPosRankSum=0.058;SC=AGAACGCAACATTTTGTAGCA;SOR=0.679;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=72;TCR=97;TR=63;WE=80263353;WS=80263335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,116:0.42:277
chr15	80263406	rs1138357	C	T	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=454;ReadPosRankSum=3.011;SC=CTGTAGGACGCACTGCAGATA;SOR=0.638;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=37;WE=80263414;WS=80263396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,64:0.41:157
chr15	80367831	rs2469600	G	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=10;PP=259;SC=AGAGTGGAAAGTAGTTTTCTA;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=80367839;WS=80367821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	80405098	rs12594035	C	G	6936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=72;PP=2965;SC=CCTCATGTCTCTTTATTACCC;SOR=0.847;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=95;TCR=75;TR=166;WE=80405110;WS=80405088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr15	80413935	rs934003	C	T	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=2;PP=304;SC=CAACATACTACATATTAAAAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=80413943;WS=80413925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	80413994	rs12915043	A	T	1015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=14;PP=560;SC=ATTTTTTTAGATAAGGTCTTA;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=80414002;WS=80413984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	80414173	rs1522636	C	G	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=23;PP=623;SC=GTAAGATGTACTCTCTGAATT;SOR=1.298;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=80414181;WS=80414163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr15	80445292	rs112474268	G	C	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.908;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=4;PP=584;ReadPosRankSum=-0.900;SC=GACAGGCCGTGGGGGCGGGCA;SOR=0.014;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=60;TCR=10;TR=34;WE=80445300;WS=80445282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr15	80445513	rs376322780	GGGAGT	G	2408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=3.085;QD=19.43;ReadPosRankSum=1.568;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,66:0.53:124
chr15	80450328	rs1370276	T	C	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=4;PP=458;SC=CTTCAATAGATAGGCTTTCTG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=80450336;WS=80450318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	80450389	rs1370275	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=471;ReadPosRankSum=0.437;SC=TGACGGTGTCGTCTTCCTCCT;SOR=0.853;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=31;WE=80450397;WS=80450379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,38:0.61:62
chr15	80452013	rs35880073	C	T	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.140;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=15;PP=487;ReadPosRankSum=-0.510;SC=CAAGGGCTGGCAGGCTGGCTG;SOR=0.422;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=40;WE=80452021;WS=80452003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,49:0.63:78
chr15	80452075	rs1370274	T	C	5039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr15	80452172	rs33929922	G	C	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=580;ReadPosRankSum=1.140;SC=AGAACTTGCTGTCTGTGAGCC;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=47;WE=80452180;WS=80452162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,73:0.49:149
chr15	80452268	rs1370273	G	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=483;SC=AGCAGGGGAGGTGAAGGCTGT;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=80452276;WS=80452258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	80452886	rs733679	T	G	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=645;ReadPosRankSum=1.503;SC=TCTGCATCTGTGTGGAGGGTC;SOR=0.990;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=43;WE=80452894;WS=80452876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,57:0.46:125
chr15	80452943	rs2014531	G	T	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-4.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.169;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=-0.033;SC=GCTGTTACCCGCTCCTCATCA;SOR=0.074;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=23;WE=80452951;WS=80452933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr15	80454745	rs2114716	T	C	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=3.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,91:0.57:160
chr15	80460524	rs1545119	A	G	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr15	80460576	.	G	GT	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.429;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.212;SOR=1.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,25:0.29:86
chr15	80465248	rs58363292	GA	G	1273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=888;ReadPosRankSum=1.305;SC=GATCTTTGTGGAGATGGCAGT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=23;WE=80465256;WS=80465238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,38:0.51:75
chr15	80472431	rs2043691	C	A	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.290;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=793;ReadPosRankSum=2.053;SC=CTAAGCCTGCCGCTGCTCATT;SOR=0.725;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=53;WE=80472439;WS=80472421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,86:0.61:140
chr15	80478587	rs369845634	GCACC	G	1836.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.696;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=1909;ReadPosRankSum=-0.596;SC=AAGGGCTCAAGCACCCCTTTC;SOR=1.092;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=22;WE=80478607;WS=80478577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,49:0.45:110
chr15	80478593	.	C	CTTTG	1842.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=4.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.22;ReadPosRankSum=-0.904;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,49:0.46:107
chr15	80478599	rs200464452	AC	A	1596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.982;HP=3;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=1902;ReadPosRankSum=-0.351;SC=ACCCCTTTCAACCCTGTGACT;SOR=1.106;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=22;WE=80478607;WS=80478577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr15	80478645	rs1049194	T	C	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.298;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=311;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TGGTCCGCCATTCAGTGACAA;SOR=2.220;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=17;WE=80478653;WS=80478635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr15	80736682	rs79968897	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
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chr15	80806183	rs11072922	T	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=281;ReadPosRankSum=-2.283;SC=ATCTACTTGATGGCAGCACCA;SOR=0.420;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=30;WE=80806191;WS=80806173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
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chr15	80884171	rs3935130	C	A	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=-0.489;SC=AGCCTGGGCTCGAGGGAGTCC;SOR=0.616;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=10;WE=80884179;WS=80884161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
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chr15	80889699	rs60225999	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=0.078;SC=CAGAATAGAAGTGTCCTTTAT;SOR=0.515;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=14;WE=80889707;WS=80889689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,26:0.58:45
chr15	80987812	rs62007944	T	C	2305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=19;PP=542;SC=TCTCGCTGGGTGAGCTGTGCT;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=40;WE=80987820;WS=80987802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr15	81176721	rs35343835	C	G	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.846;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TCGGCTTCCACTGGGCTCTGG;SOR=1.911;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=10;WE=81176729;WS=81176711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr15	81179876	rs11631636	G	A	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=328;ReadPosRankSum=0.776;SC=GCTTCTTCTGGAGAAGAGAAG;SOR=1.358;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=17;WE=81179884;WS=81179866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr15	81180981	rs8028511	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=178;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TTGCCTTGGAGTCACAACTTT;SOR=0.730;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=15;WE=81180989;WS=81180971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,21:0.72:29
chr15	81199236	rs2271164	A	G	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.773;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr15	81212608	rs1553647	G	A	9436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=111;PP=2965;SC=ACTCCTACCCGGGGTACATCC;SOR=0.872;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=82;TCR=111;TR=193;WE=81212616;WS=81212598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr15	81214611	rs2271162	A	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=-0.685;SC=TCTCGAAGAAAATGGAGCAGC;SOR=0.155;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=81214619;WS=81214601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr15	81217848	rs2271163	C	T	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=7;PP=663;SC=GGTTTCTGTTCAGTCAATGCC;SOR=2.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=33;WE=81217856;WS=81217838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	81225492	rs112207631	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=157;ReadPosRankSum=-0.172;SC=GGCTTGTAACGTCAGTGGAAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=9;WE=81225500;WS=81225482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr15	81234741	rs1553646	C	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=24;PP=644;SC=CTGTGTCCTGCGGCTGCTGGC;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=81234749;WS=81234731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	81289739	rs79137344	C	T	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=856;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TTCTCTTATACCAAGTGGTGG;SOR=0.734;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=58;WE=81289747;WS=81289729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,86:0.58:148
chr15	81410106	rs1533055	G	A	3890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=1.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=-2.179;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,211:0.46:458
chr15	81410202	rs2280440	C	T	3690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.302;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=59;PP=1731;ReadPosRankSum=2.604;SC=TCTCCTAGTCCTTCTCATCTT;SOR=0.565;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=209;TCF=90;TCR=119;TR=106;WE=81410210;WS=81410192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,177:0.51:345
chr15	81410488	rs2250029	G	A	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-3.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.423;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=316;ReadPosRankSum=-1.056;SC=TTTTTCTGCAGACATATTCAG;SOR=0.832;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=21;WE=81410496;WS=81410478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr15	81426539	rs2683255	G	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.248;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=22;ReadPosRankSum=1.248;SC=CAGGGCGAGGGTGCGCGCTGT;SOR=0.132;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=3;WE=81426547;WS=81426529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr15	81430343	rs12438947	T	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=1.489;SC=ATAGAATGATTCTAATACAGA;SOR=1.034;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=8;WE=81430351;WS=81430333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr15	81480893	rs74639442	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr15	81480896	rs78380152	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr15	81489339	rs4346163	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=31;ReadPosRankSum=1.068;SC=AGAACTGAGCGTCCATTTCTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=3;WE=81489347;WS=81489329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr15	81578139	rs4072111	C	T	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=921;ReadPosRankSum=0.128;SC=CGGTCCAGTCCCCATCATTGT;SOR=0.690;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=153;TCF=76;TCR=77;TR=65;WE=81578147;WS=81578129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,111:0.41:268
chr15	81578189	rs75838746	A	G	2594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1098;ReadPosRankSum=-2.142;SC=CCACTGGGTTATCCTCTTCTT;SOR=0.845;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=134;TCF=64;TCR=70;TR=79;WE=81578197;WS=81578179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,128:0.53:243
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chr15	81584925	rs61752774	C	T	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=442;ReadPosRankSum=2.014;SC=GCAGTTGGCACGGGCGGCCCA;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=38;WE=81584933;WS=81584915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,68:0.48:143
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chr15	81589448	rs17875502	G	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=184;ReadPosRankSum=1.282;SC=CTTCCAAAAGGAAGGGTCTTT;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=12;WE=81589456;WS=81589438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr15	81592802	rs11073001	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=351;ReadPosRankSum=-0.895;SC=CCTTGGACACAGGGTTCTCGC;SOR=0.704;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=26;WE=81592810;WS=81592792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,47:0.47:101
chr15	81592891	rs11630277	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chr15	81598593	rs17875581	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-0.176;SC=TACTCAGTAATTTGTGACCCC;SOR=2.093;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=7;WE=81598601;WS=81598583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr15	81599038	rs138239545	GCTTTTTCTA	G	1808.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.941;NF=6;NR=17;PP=2973;ReadPosRankSum=0.993;SC=GCTCAATTCTGCTTTTTCTAC;SOR=0.627;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=23;WE=81599054;WS=81599028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr15	81600510	rs11632978	A	T	2896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.812;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1179;ReadPosRankSum=-1.374;SC=TTGCACAAAAATCTCACTAGC;SOR=0.728;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=156;TCF=79;TCR=77;TR=82;WE=81600518;WS=81600500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,153:0.47:326
chr15	81600995	rs4238526	A	G	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr15	81616177	rs148236522	C	CT	1210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.057;NF=7;NR=20;PP=464;ReadPosRankSum=-0.437;SC=CAGGCCCAATCTTTTTTTTAA;SOR=0.642;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=27;WE=81616185;WS=81616167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,73:0.50:147
chr15	81624768	rs4417518	C	T	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=23;PP=1168;SC=GCCTAGACATCTGAACAAATC;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=35;TCR=23;TR=58;WE=81624776;WS=81624758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	81625385	rs11636318	C	T	5069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=80;PP=2510;SC=GTAAGAGTCACATTCATTAAT;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=62;TCR=80;TR=142;WE=81625393;WS=81625375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr15	81631681	rs4489964	C	T	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=15;PP=1101;SC=TCAATATGATCTAATTCCCTT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=56;WE=81631689;WS=81631671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	81636267	rs7161991	C	T	7702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr15	81637284	rs4278705	G	A	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=25;PP=1023;SC=CTTCTTCAGGGGCTGTCCTGG;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=81637292;WS=81637274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	81649001	rs7167034	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=16;PP=398;SC=CTAGCACCCATGGAGCCTTTG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=81649009;WS=81648991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr15	81651624	rs55904609	A	G	588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=304;ReadPosRankSum=1.674;SC=CATCCCCACAATGATAACCAG;SOR=0.874;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=19;WE=81651632;WS=81651614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr15	81651651	rs12903128	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=407;ReadPosRankSum=2.009;SC=CATTTTATGCGACTGCTGTAA;SOR=0.575;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=30;WE=81651659;WS=81651641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr15	81654757	rs5814058	T	TG	821.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=336;ReadPosRankSum=0.453;SC=CCTTTAATTATGATTATGGCT;SOR=0.544;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=10;WE=81654765;WS=81654747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr15	81660718	rs7162538	A	G	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.018;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=723;ReadPosRankSum=0.496;SC=CACACTTACAATTTCTGCAAA;SOR=0.456;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=54;WE=81660726;WS=81660708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,78:0.53:146
chr15	81660812	rs55873314	C	CT,CTACTACTCT	346.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=2823;ReadPosRankSum=0.387;SC=AATGGAGTTACACAAATACTT;SOR=0.358;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=5;WE=81660822;WS=81660802;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.50:18
chr15	81660814	.	C	CTACTCTACT,CT	347.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=657;ReadPosRankSum=0.304;SC=TGGAGTTACACAAATACTTCA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=81660822;WS=81660802;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.50:20
chr15	81665021	rs76902501	T	A	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=398;ReadPosRankSum=-2.645;SC=TCTGGAAGATTTGTTCCGGAT;SOR=0.637;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=40;TCR=33;TR=30;WE=81665029;WS=81665011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,56:0.42:133
chr15	81666431	rs77997646	A	G	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=2.678;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr15	81666529	rs11634486	G	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5083;FS=1.909;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-0.044;SC=TGCTCTGCCCGCTAGTTCTCA;SOR=1.402;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=16;WE=81666537;WS=81666519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
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chr15	82387776	rs1532750	T	C	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=839;ReadPosRankSum=1.020;SC=CTCCGTTAGATTGGAAATAAA;SOR=0.694;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=55;WE=82387784;WS=82387766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,91:0.48:191
chr15	82387951	rs1969090	G	C	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=501;ReadPosRankSum=0.450;SC=GTCCAATGAAGCACTGACATT;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=18;TCR=48;TR=34;WE=82387959;WS=82387941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,32:0.44:72
chr15	82431219	rs2457497	A	G	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=-0.578;SC=TCATGGATCAATCATATGGCT;SOR=0.602;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=23;WE=82431227;WS=82431209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr15	82444437	rs905450	A	G	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=42;PP=1377;ReadPosRankSum=0.921;SC=GAGTATTTTCACCCTCATTCA;SOR=0.755;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=164;TCF=85;TCR=79;TR=84;WE=82444445;WS=82444427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,135:0.52:262
chr15	82512429	rs2292189	C	G	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.766;NF=24;NR=9;PP=453;ReadPosRankSum=0.047;SC=CTCTTGGCTCCTCTCCTTTTG;SOR=0.536;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=33;WE=82512437;WS=82512419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr15	82517649	.	T	TA	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.656;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.302;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr15	82523358	rs11073036	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=65;ReadPosRankSum=0.238;SC=AACGATTATTGATTTCTGTGA;SOR=0.260;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=7;WE=82523366;WS=82523348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr15	82530630	rs1972460	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.766;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=11;PP=546;ReadPosRankSum=-0.916;SC=AGATTTAATCAGATGCAAACA;SOR=1.051;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=39;WE=82530638;WS=82530620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr15	82544927	rs3902959	C	T	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=6;PP=512;ReadPosRankSum=1.186;SC=GAATAAAATACGTGGAATATA;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=30;WE=82544935;WS=82544917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,34:0.62:55
chr15	82545214	rs4344697	A	T	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.425;NF=3;NR=24;PP=494;ReadPosRankSum=0.326;SC=ACTTATATTTAATTTGTTATT;SOR=1.460;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=55;TCF=10;TCR=45;TR=27;WE=82545222;WS=82545204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,28:0.50:56
chr15	82555242	rs11631813	A	G	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=49;PP=1295;ReadPosRankSum=1.457;SC=GAGTATGAGGAGCTGGTGTCT;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=219;TCF=106;TCR=113;TR=93;WE=82555250;WS=82555232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,156:0.39:400
chr15	82558034	rs3858954	G	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.424;NF=4;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-1.585;SC=GAGTCTTAAAGCCAAGCAAGA;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=5;WE=82558042;WS=82558024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr15	82563991	rs16973457	C	T	989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=530;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CGCCATGTGCCAGAAGAATAT;SOR=0.987;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=34;WE=82563999;WS=82563981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,47:0.49:96
chr15	82574879	rs11630197	T	C	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=508;ReadPosRankSum=0.964;SC=TTTTCAACCATGGGAAATCCC;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=34;WE=82574887;WS=82574869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr15	83215251	rs1267657	T	C	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=468;ReadPosRankSum=0.629;SC=GAGAATCTTCTAGGTAGGGGT;SOR=0.687;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=34;WE=83215259;WS=83215241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,68:0.42:161
chr15	83224696	rs1145171	C	T	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=19;PP=737;SC=GGTCCCAGGACGGCCACACAG;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=83224704;WS=83224686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr15	83240293	rs783544	A	C	1288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.664;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=748;ReadPosRankSum=-0.101;SC=CTGTTTTGGAAAGGAGCACAG;SOR=0.624;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=44;WE=83240301;WS=83240283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
chr15	83296073	rs61733713	C	T	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=566;ReadPosRankSum=-0.422;SC=AGAGCAGGTGCTTCCTGGTTG;SOR=0.718;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=118;TCF=60;TCR=58;TR=44;WE=83296081;WS=83296063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,66:0.40:166
chr15	83297138	rs10400906	C	T	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.509;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.652;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,92:0.45:206
chr15	83328542	rs11635442	C	G	2437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.829;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=39;PP=1257;ReadPosRankSum=1.026;SC=TGGGGCTCCTCCTTCAAACCA;SOR=0.551;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=61;TCR=70;TR=76;WE=83328550;WS=83328532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,112:0.60:188
chr15	83331155	rs2278355	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.637;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.303;SC=AGACTGTTCCCGGTTTCCTCC;SOR=0.180;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=4;WE=83331163;WS=83331145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr15	83334419	rs7494860	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.297;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=165;ReadPosRankSum=0.768;SC=TGATTCTGGTTGGGACTTCCC;SOR=0.407;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=19;WE=83334427;WS=83334409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr15	83395340	rs11633991	T	C	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=889;ReadPosRankSum=0.618;SC=TCACACTTCATGATGGAGGTC;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=61;WE=83395348;WS=83395330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,92:0.51:179
chr15	83433778	rs8036185	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.850;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=81;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TCCCCTCCCCATTAGGCTCCT;SOR=0.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=8;WE=83433786;WS=83433768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr15	83438317	rs71156049	C	CA	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr15	83455137	rs11259947	A	G	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=-1.814;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,44:0.58:76
chr15	83481880	rs35270670	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=173;ReadPosRankSum=1.004;SC=GGAAAAGCCAACACCATGGTA;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=83481888;WS=83481870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr15	83521036	rs1256429	C	T	2161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.831;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=38;PP=1033;ReadPosRankSum=0.135;SC=AAAGCAGGGACGCCAGCTTAA;SOR=0.517;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=167;TCF=72;TCR=95;TR=74;WE=83521044;WS=83521026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,118:0.38:310
chr15	83523368	rs1256426	C	G	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=668;ReadPosRankSum=2.156;SC=CAGCTGGCCTCGGGGCTCACT;SOR=0.691;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=44;WE=83523376;WS=83523358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,74:0.61:122
chr15	83561606	rs41310978	A	G	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=593;ReadPosRankSum=0.686;SC=GCAATAAGAGAGTGGGCGTGT;SOR=0.430;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=44;WE=83561614;WS=83561596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,74:0.49:150
chr15	83680114	rs117369065	G	A	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=282;ReadPosRankSum=-0.459;SC=GGCGGCGGCTGTCCTGAGCCC;SOR=0.320;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=22;WE=83680122;WS=83680104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr15	83680287	rs4842860	A	G	1671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=3.393;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,90:0.48:189
chr15	83680426	rs12906626	C	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.854;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=168;ReadPosRankSum=2.100;SC=AGCGGCCCCACCGCCCGGCGC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=83680447;WS=83680416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr15	83686759	rs17158127	T	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.515;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TTGTGGCCATTTATGTTTTTG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=3;WE=83686767;WS=83686749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr15	83735449	rs66531444	AGCCCG	A	453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=7;NR=2;PP=388;SC=GGGATCTCCCAGCCCGGCCCG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=83735461;WS=83735439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	83735926	rs8040457	C	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=1.169;SC=CGGTTGCCCACGTTATGGACA;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=83735934;WS=83735916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr15	83781631	rs1989	C	T	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.119;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,78:0.43:181
chr15	83805209	.	AT	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=3.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.877;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,20:0.22:92
chr15	83937081	rs11854520	C	T	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.825;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=263;ReadPosRankSum=1.068;SC=TTCGGCAGCACTTATTGAGCA;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=17;WE=83937089;WS=83937071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr15	84116490	rs62027509	C	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GGGCCGCCTGCTCTCTCCTCG;SOR=1.136;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=11;WE=84116498;WS=84116480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr15	84257351	rs7182482	G	A	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=1072;ReadPosRankSum=-0.608;SC=AAGGCAGAGAGGATGTGTGTT;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=84257359;WS=84257341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr15	84373319	rs3079595	C	CAG	807.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=381;ReadPosRankSum=0.642;SC=GGTCAGGAAACTGTCTCTAAA;SOR=0.504;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=10;WE=84373327;WS=84373309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,22:0.46:48
chr15	84473505	rs28504011	A	G	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=259;ReadPosRankSum=0.190;SC=TTTAAGTTACAATATTCCAAT;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=18;WE=84473513;WS=84473495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr15	84473531	rs7179507	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=-0.852;SC=CTCTAAAACTGATGGTCTCTT;SOR=1.545;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=14;WE=84473539;WS=84473521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr15	84488636	rs4483821	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-1.599;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr15	84539619	rs4144691	C	G	2883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=32;PP=1263;SC=CGGCGTCTTTCTCGTAGAAAA;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=69;WE=84539627;WS=84539609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	84554018	rs8028931	G	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=31;PP=994;SC=AGATAAATTAGACATTTACAT;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=44;WE=84554026;WS=84554008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr15	84566444	rs7162129	T	C	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.697;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr15	84566544	rs11259927	C	T	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.582;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=365;ReadPosRankSum=0.559;SC=CCTTTGCATTCGATAAAATAA;SOR=0.544;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=29;WE=84566552;WS=84566534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,52:0.51:102
chr15	84568504	rs6603004	A	G	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=45;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GACCTTTTGTAGGAATAATCA;SOR=0.652;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=158;TCF=64;TCR=94;TR=77;WE=84568512;WS=84568494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,130:0.48:270
chr15	84581889	rs12439867	G	A	3118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=23;PP=880;ReadPosRankSum=-1.274;SC=CGTGTGGGCCGGGTGTGCAGG;SOR=0.465;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=106;TCF=70;TCR=36;TR=60;WE=84581897;WS=84581879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,81:0.57:143
chr15	84581904	rs4842923	T	C	3489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.442;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=911;ReadPosRankSum=-0.198;SC=TGCAGGTCCGTGAGGTGAAGT;SOR=0.447;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=128;TCF=85;TCR=43;TR=69;WE=84581912;WS=84581894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,100:0.56:180
chr15	84582124	rs4842838	G	T	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.872;SC=AGCAACATGCGTGGGAGGTAT;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=47;TCR=83;TR=67;WE=84582132;WS=84582114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,78:0.47:167
chr15	84611367	rs34047645	G	C	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=2.954;SC=GGGCTCTTGGGGGCCCTGCTC;SOR=1.000;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=13;WE=84611375;WS=84611357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr15	84639350	rs2277849	C	T	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=1.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.76;ReadPosRankSum=0.695;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,59:0.38:154
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chr15	84705426	rs2279926	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=284;ReadPosRankSum=0.786;SC=CCTTTAATACGTAGTATAGAG;SOR=1.193;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=17;WE=84705434;WS=84705416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr15	84749820	rs139071720	TTTA	T	1300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.161;NF=17;NR=4;PP=833;ReadPosRankSum=-1.263;SC=CCTCCCAGCGTTTATTATTAT;SOR=1.504;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=21;WE=84749830;WS=84749810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr15	84753177	rs12437525	A	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=215;SC=AATTGCTGGCAAGAAAAACAG;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=84753185;WS=84753167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	84758840	rs1567086	A	G	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-4.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=226;ReadPosRankSum=-0.915;SC=AGACCCCGTCACTACAAAAAT;SOR=0.107;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=18;WE=84758848;WS=84758830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr15	84784919	rs62026533	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.628;NF=5;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=0.083;SC=GGAAAGTTGGGCTGGGCTAGG;SOR=0.845;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=14;WE=84784927;WS=84784909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr15	84784964	rs11637158	C	T	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.880;NF=3;NR=7;PP=165;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GCAGTTGGGCCGTGGGTAGTG;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=10;WE=84784972;WS=84784954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr15	84950209	rs10152249	T	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.00;MQRankSum=0.849;QD=24.34;ReadPosRankSum=2.172;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr15	85149771	rs2271433	G	T	4206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr15	85159397	rs10083683	C	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=7;PP=581;SC=GAACCTGGGACGCAGAGGTTG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=85159405;WS=85159387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	85163998	rs2044502	G	C	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=63;PP=2760;SC=CAGGGACACAGCCCAGGTGAG;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=76;TCR=63;TR=139;WE=85164006;WS=85163988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr15	85175102	rs2121452	G	A	3952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=38;PP=1770;SC=TTTAGAGTGCGGTTGCAAAGC;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=93;WE=85175110;WS=85175092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr15	85186637	rs510875	G	C	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=2;PP=173;SC=AGTCCTACATGAGCACCCTTG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=85186645;WS=85186629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr15	85188994	rs2271432	T	C	8851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=100;PP=2965;SC=CCAGCCGGCCTGAAGCACAGC;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=103;TCR=101;TR=203;WE=85189002;WS=85188984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr15	85191274	rs7169629	C	G	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=33;PP=1031;SC=GCTTGGGACTCCACTTCCCAT;SOR=1.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=85191282;WS=85191264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	85198362	rs1107179	G	T	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=685;ReadPosRankSum=1.089;SC=ACCAGGCATTGTATGTAAAGA;SOR=0.425;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=35;WE=85198370;WS=85198352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,52:0.98:53
chr15	85200754	rs2292462	G	T	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=193;SC=TGGTGGCAAAGCCTGCTCCCT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=85200762;WS=85200744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	85235757	rs12900890	C	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=22;PP=587;SC=CTCCAACAAACTCTAAAATTC;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=85235765;WS=85235747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	85259053	rs6496355	C	A	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=13;PP=860;SC=GCCCCGCCCCCGGTAGGCCCT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=85259061;WS=85259043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	85333953	rs2241645	A	G	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=99;NR=87;PP=2965;SC=AGGTATGCCAAATGCTGCTGC;SOR=0.754;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=189;TCF=102;TCR=87;TR=186;WE=85333961;WS=85333943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr15	85341021	rs75487360	C	T	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FS=1.382;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.213;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,135:0.43:317
chr15	85341859	rs8182086	G	A	4848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=79;PP=1908;ReadPosRankSum=0.349;SC=GAGCTGTCAAGCCTCCAGTCT;SOR=0.762;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=252;TCF=113;TCR=139;TR=139;WE=85341867;WS=85341849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,242:0.53:457
chr15	85360004	rs55736017	A	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-1.552;SC=AATCTATGCTAGTTACTGGGG;SOR=0.521;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=9;WE=85360012;WS=85359994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr15	85360101	rs11857356	T	C	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=22;PP=1231;SC=GGCTTGTCTATGTGCTGGGCC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=67;WE=85360109;WS=85360091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	85360739	.	C	G	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5094;HP=11;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=65;QD=16.6285354245;SC=CGGTCGGGGGCGGGGGGCGAC;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=6;WE=85360747;WS=85360729;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr15	85370597	rs891286	C	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=1;PP=282;SC=CGGGGTGCTGCAGCTCTGGCC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=85370605;WS=85370587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr15	85382193	rs1896864	C	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.495;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=249;ReadPosRankSum=-1.454;SC=GTAACCCAGTCTCCTGCTTCT;SOR=1.013;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=19;WE=85382201;WS=85382183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
chr15	85382307	rs34407151	G	A	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=13;PP=360;ReadPosRankSum=-2.388;SC=CAGGGCAACCGCCACACACTG;SOR=0.565;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=27;WE=85382315;WS=85382297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
chr15	85383839	rs3803406	G	A	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.699;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=1060;ReadPosRankSum=0.053;SC=GGGCGCCTGGGGAGAGTCCCA;SOR=0.502;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=78;TCR=51;TR=67;WE=85383847;WS=85383829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,97:0.56:174
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chr15	85401419	rs167379	T	C	4366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=48;PP=1844;ReadPosRankSum=-0.940;SC=CTCTGACAGGTCTCCCGGCAG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=95;WE=85401427;WS=85401409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr15	85403340	rs2289140	C	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=383;ReadPosRankSum=-0.110;SC=GGTGGTCCTACCCCTGCCATC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=20;WE=85403348;WS=85403330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr15	85407564	rs2289138	A	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.39;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr15	85438311	rs151038463	C	CTTG	1458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.608;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=916;ReadPosRankSum=1.605;SC=GAGGAGGTTTCTCAAGCCTCA;SOR=1.396;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=18;WE=85438319;WS=85438301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,40:0.40:101
chr15	85438397	rs8187753	A	C	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GGGAGGGCCCATGAGCTGAGG;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=19;WE=85438405;WS=85438387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr15	85447431	rs2290272	G	A	1948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=993;ReadPosRankSum=-0.635;SC=CTGCGTGTTCGTCGCTCTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=75;WE=85447439;WS=85447421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,102:0.50:206
chr15	85448684	rs2290270	G	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=-0.309;SC=TCTGGGCAGGGCAATGCCCCC;SOR=0.941;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=8;WE=85448692;WS=85448674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr15	85448875	rs8187758	C	A	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=361;ReadPosRankSum=0.308;SC=GCTGGGCGAGCAGATCCGGGT;SOR=0.685;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=27;WE=85448883;WS=85448865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,48:0.47:103
chr15	85448906	rs2290269	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-0.628;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,41:0.55:75
chr15	85448992	rs67047009	G	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=2.101;SC=GAAGGCTTGGGACCTGGAGGG;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=11;WE=85449000;WS=85448982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr15	85451852	rs4980349	T	C	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=2.515;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,85:0.59:143
chr15	85452095	rs2305365	C	T	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=-0.536;SC=AGAGGGGAGTCTGGGCATGGT;SOR=1.085;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=7;WE=85452103;WS=85452085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr15	85461851	rs8187763	C	T	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,88:0.55:161
chr15	85467207	rs3825875	T	C	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.561;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,102:0.47:218
chr15	85469711	rs2343674	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.339;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=233;ReadPosRankSum=1.855;SC=TAGGATTACAGGCATGAGCCA;SOR=1.684;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=13;WE=85469719;WS=85469701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr15	85476441	rs2305367	G	A	2691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=1.376;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.990;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,141:0.47:301
chr15	85478153	rs7163966	G	T	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=24;NR=11;PP=695;SC=AGGATTTCCCGCTCTGAAATG;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=85478161;WS=85478143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	85478410	rs2242048	A	G	4723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=55;NR=56;PP=2375;SC=TGGACATCCAAGGGCTCAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=55;TCR=56;TR=111;WE=85478418;WS=85478400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr15	85478729	rs2242046	G	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=866;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GTGGGTCGGCGACAGGAAGCA;SOR=0.661;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=106;TCF=38;TCR=68;TR=55;WE=85478737;WS=85478719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,87:0.54:161
chr15	85487960	rs11479919	GC	G	13713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=105;PP=2966;SC=CGGGGGCCCTGCCCCACCCAC;SOR=0.807;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=152;TCF=42;TCR=110;TR=146;WE=85487972;WS=85487950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr15	85488572	rs8025045	T	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=18;PP=473;SC=TTGGGAAGGGTTCATGGAGTG;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=85488580;WS=85488562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr15	85504753	rs111460093	G	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr15	85504762	rs112431612	A	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.227;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr15	85619248	rs11631548	C	T	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.721;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=497;ReadPosRankSum=1.001;SC=GTCAGGCATGCCCCTTTGTAG;SOR=0.390;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=36;WE=85619256;WS=85619238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr15	85633845	rs17540307	A	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.606;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=13;PP=455;ReadPosRankSum=-0.348;SC=GGATTAAGTGACTTGCTGAGG;SOR=0.241;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=29;WE=85633853;WS=85633835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,45:0.78:58
chr15	85656568	rs2304422	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=323;ReadPosRankSum=1.004;SC=AGGTGCCCAGAGTTGTGCATG;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=21;WE=85656576;WS=85656558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr15	85659150	rs71466073	C	CA	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.539;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr15	85664280	rs142004997	CTCTT	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=89;ReadPosRankSum=1.220;SC=GTTGATCCCTCTCTTTCTTTT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=85664291;WS=85664270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr15	86029097	rs11856869	C	G	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.820;NF=2;NR=21;PP=465;ReadPosRankSum=-1.951;SC=AACCATATGTCCATGAATATA;SOR=1.685;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=46;TCF=6;TCR=40;TR=23;WE=86029105;WS=86029087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr15	86077189	rs2279168	A	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=168;ReadPosRankSum=-1.186;SC=CTACTTTTCTATGGTCATCAT;SOR=0.027;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=14;WE=86077197;WS=86077179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr15	86087212	rs7162720	C	T	3587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.619;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=48;PP=1512;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GCCTTATTTCCCTCCTCTCAT;SOR=0.702;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=208;TCF=106;TCR=102;TR=104;WE=86087220;WS=86087202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,170:0.53:322
chr15	86098507	rs7180143	G	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.29;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	86098647	rs7164821	T	C	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=40;PP=1529;SC=CTTTCCTCTATTTTTAAAGCT;SOR=0.753;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=86;WE=86098655;WS=86098637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr15	86122654	rs2061821	T	C	2532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=36;PP=1045;SC=GACTTGGTCATGGAGCCAGGC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=86122662;WS=86122644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	86122779	rs2061822	T	C	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=22;PP=812;SC=TGCCACTGTTTGGAAGAATGT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=86122787;WS=86122769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr15	86122916	rs2061823	T	C	3217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=37;PP=1397;SC=GTGCCCCTGCTGCCAGTTCCC;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=86122924;WS=86122906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	86123019	rs2061824	C	T	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=49;PP=1721;SC=TTCACGAAGTCGTGAGGAGAG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=95;WE=86123027;WS=86123009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	86123462	rs745192	T	C	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=46;PP=924;ReadPosRankSum=-1.259;SC=CCTCTGACCCTGTAAGGGATA;SOR=0.651;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=164;TCF=68;TCR=96;TR=80;WE=86123470;WS=86123452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,125:0.46:271
chr15	86123833	rs4075256	T	C	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=33;PP=1229;SC=GACAGGGCAGTAGGCCTGTCC;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=30;TCR=34;TR=63;WE=86123841;WS=86123823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr15	86123924	rs4075255	C	T	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=26;PP=884;SC=ATGAGGGTCCCGCCCCTCCAG;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=48;WE=86123932;WS=86123914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr15	86123988	rs4075254	G	A	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=28;PP=1065;SC=CCTGCAAAGTGTGGGTAAGGC;SOR=0.750;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=86123996;WS=86123978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	86124419	rs4843073	C	T	3343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=37;PP=1604;SC=ACAACAGCTCCGCTCTGTTGC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=82;WE=86124427;WS=86124409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	86124483	rs4843074	C	G	3959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=39;PP=1559;SC=CTGCAGTCAGCCTTCTCCTCT;SOR=0.814;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=85;WE=86124491;WS=86124473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr15	86124555	rs4843075	G	A	3646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=51;PP=1730;SC=GGTGAGTGGAGATGTGACGGT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=97;WE=86124563;WS=86124545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr15	86124616	rs61731243	A	G	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=738;ReadPosRankSum=0.556;SC=CCCAGAAGAGAGAATATATCA;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=48;WE=86124624;WS=86124606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,80:0.52:153
chr15	86124946	rs7162168	T	C	4416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=61;PP=1793;SC=AGGGAAGTCATGCGAGCCCCG;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=116;WE=86124954;WS=86124936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr15	86124968	rs11633087	G	A	5212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=59;NR=66;PP=2480;SC=CTTCAGGCAGGGAAAGGAGCA;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=60;TCR=66;TR=125;WE=86124976;WS=86124958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr15	86125031	rs7178065	G	A	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=52;PP=2049;SC=TGCCTAAGGGGGCAGACTTGA;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=100;WE=86125039;WS=86125021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr15	86129201	rs931082	T	A	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=14;PP=378;SC=ATAAATGTGTTTATGTTGCTG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=86129209;WS=86129191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr15	86181286	rs201112050	A	AT	61.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr15	86181684	rs12593544	A	G	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=2;PP=21;SC=TTCTTATGCTATTATTGGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=86181692;WS=86181674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	86182856	rs35727345	C	CT	74.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=63.51;NF=0;NR=3;PP=56;SC=ATGTAATTACCGAATTTTGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=86182864;WS=86182846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	86189006	rs71468130	G	GT,GTT	615.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.945;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.66;ReadPosRankSum=0.415;SOR=0.186;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,21,10:0.64,0.30:33
chr15	86205478	rs189264	G	A	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.677;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,60:0.63:95
chr15	86205523	rs170931	C	G	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.30;ReadPosRankSum=2.219;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,100:0.51:196
chr15	86213172	rs338523	A	G	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=439;SC=TTTGCTTACTACTTCTTTGAG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=86213180;WS=86213162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr15	86253768	rs8037947	T	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=729;ReadPosRankSum=-2.686;SC=TCAGGGCTTGTCAGAGGTGAA;SOR=1.063;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=56;TCR=21;TR=46;WE=86253776;WS=86253758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,54:0.54:100
chr15	86253911	rs8038249	T	G	2296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=43;PP=968;ReadPosRankSum=0.530;SC=ATTCCCTTTCTGACTTTCTGG;SOR=0.758;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=136;TCF=55;TCR=81;TR=68;WE=86253919;WS=86253901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,121:0.48:251
chr15	86259233	.	C	CTTT	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.56;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr15	86260700	rs3765096	C	T	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=787;ReadPosRankSum=-2.865;SC=TTACCTAGAACATAAGTCTTA;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=44;TCR=77;TR=53;WE=86260708;WS=86260690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,76:0.40:189
chr15	86261128	rs79813743	C	G	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.651;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=178;ReadPosRankSum=1.059;SC=TGAATATCCCCTGTATTCATG;SOR=2.448;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=12;WE=86261136;WS=86261118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr15	86278174	rs2241267	C	T	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=6;PP=469;SC=ACTTGTTTTCCCCTCATTGAA;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=86278182;WS=86278164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	86278479	rs16943741	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=0.410;SC=ACCGCTCCCAATCAGCAAATT;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=86278487;WS=86278469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr15	86278759	.	T	TA	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.542;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.798;QD=1.09;ReadPosRankSum=-1.521;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr15	86284817	rs13511	T	C	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=472;ReadPosRankSum=-1.630;SC=AGCAGAAATATAGAGCCTGTT;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=31;WE=86284825;WS=86284807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,61:0.50:123
chr15	86286675	rs1549038	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=556;ReadPosRankSum=-0.335;SC=TTGGCATCACGGACGCTGACA;SOR=0.709;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=35;WE=86286683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,57:0.52:109
chr15	86287867	rs2614668	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=421;ReadPosRankSum=-0.095;SC=AGATGGTCCCGCGTCAGAAGT;SOR=0.709;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=30;WE=86287875;WS=86287857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,40:0.45:88
chr15	86287910	rs11073517	C	T	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=279;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TTCTGCTGACCCTCTTCCTCT;SOR=0.833;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=20;WE=86287918;WS=86287900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr15	86313048	rs2614657	T	C	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=654;ReadPosRankSum=0.792;SC=ACATGGTGCGTCAGCTTGTGG;SOR=0.638;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=80;TCF=22;TCR=58;TR=38;WE=86313056;WS=86313038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,48:0.48:101
chr15	86368835	rs4627292	A	G	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=5;PP=164;SC=TCTCTCTACTAGGAGACTGCC;SOR=0.963;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=86368843;WS=86368825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	86368898	rs4414449	G	A	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr15	86368922	rs76468441	C	T	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.494;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr15	86368959	rs4577031	A	T	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	86768264	rs34786229	C	CT	578.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr15	86814654	rs11852354	T	G	330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=230;ReadPosRankSum=2.153;SC=ATATTTATGATTGCATTTAGG;SOR=0.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=15;WE=86814662;WS=86814644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr15	86814866	rs11858435	A	G	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.77;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr15	87097468	rs9788743	T	C	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.775;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=346;ReadPosRankSum=0.587;SC=TTAGGGTTAATAAATGATTTA;SOR=3.160;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=17;WE=87097476;WS=87097458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr15	87099537	rs752270	T	C	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=564;ReadPosRankSum=0.166;SC=AGCATTTATCTTGTGAAATTT;SOR=0.713;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=33;WE=87099545;WS=87099527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr15	87217488	rs11853730	T	C	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.53;ReadPosRankSum=-1.553;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,59:0.46:129
chr15	87217613	rs8028043	A	G	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=33;PP=917;SC=CTCCTGGCTCAAGCTGCAACT;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=87217621;WS=87217603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	87217721	rs11856329	C	G	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5209;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=65;ReadPosRankSum=0.328;SC=TTCCATTGCTCAATATCTCAG;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=87217729;WS=87217711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr15	87531281	rs1006030	A	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.793;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,66:0.55:121
chr15	88423463	rs1560975	C	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=271;ReadPosRankSum=-0.120;SC=TCTTATGAGCCCTCCCCCAAT;SOR=0.933;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=19;WE=88423471;WS=88423453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr15	88428702	rs2117655	C	A	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr15	88669382	rs3825882	G	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.060;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=345;ReadPosRankSum=0.427;SC=ATCAGTACCAGTTAGACCCCA;SOR=0.856;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=21;WE=88669403;WS=88669372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr15	88679785	rs1863480	G	A	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=23;PP=747;SC=TGATAACAGCGTTGTCACCCT;SOR=0.814;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=88679793;WS=88679775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	88680684	rs1128994	G	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.910;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=242;ReadPosRankSum=0.654;SC=AGCCATCAGCGTTGATGCAGT;SOR=0.594;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=16;WE=88680692;WS=88680674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
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chr15	89071124	rs34611303	A	AAAC	1106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.55;ReadPosRankSum=0.317;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr15	89151262	rs2350271	T	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=138;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TGGTTTTTTTTAATTATTATT;SOR=1.179;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=9;WE=89151270;WS=89151252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr15	89154966	rs7170666	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.85;ReadPosRankSum=-2.037;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr15	89155014	rs41276928	C	T	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=52;ReadPosRankSum=0.000;SC=GACCTGGTGGCGAGGGGAGGG;SOR=0.729;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=6;WE=89155022;WS=89155004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr15	89169858	rs8027765	A	G	7406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=79;PP=2965;SC=CTACCATGGCAATGTCCTCTA;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=75;TCR=79;TR=154;WE=89169866;WS=89169848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr15	89172352	rs3826040	C	T	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=3;PP=777;SC=GCTGCCTCCCCCCACAGGGAT;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=89172360;WS=89172342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr15	89172558	rs3743475	G	C	8239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr15	89173136	rs3826039	A	C	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=191;SC=TATGGTGTACAGTTGAGGTTC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=89173144;WS=89173126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr15	89173657	rs3826038	A	T	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=6;PP=129;SC=CCAGAGGAGTAGGGGTCATCT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=89173665;WS=89173647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr15	89193497	rs12595827	A	T	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=660;ReadPosRankSum=0.069;SC=ACGGCAGCTGAGTGAAAGCAA;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=46;WE=89193505;WS=89193487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,86:0.59:146
chr15	89193584	rs8041679	G	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=0.351;SC=GGCTGGGGCAGTCACAGCTGG;SOR=0.772;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=16;WE=89193592;WS=89193574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr15	89195245	rs59188950	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.561;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=1;PP=452;ReadPosRankSum=-1.708;SC=CCCAAGGTCACACAGCCAGTC;SOR=2.058;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=24;WE=89195253;WS=89195235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr15	89195526	rs1137166	A	G	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.712;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=757;ReadPosRankSum=0.384;SC=AGCGCCTCCTACACAAGAGCA;SOR=0.888;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=93;TCF=28;TCR=65;TR=43;WE=89195534;WS=89195516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,47:0.47:100
chr15	89386543	rs11324188	AG	A	2779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=31.23;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	89392745	rs1568116	T	C	4208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=40;PP=2337;SC=CTCACAATGCTACGCTGGCCA;SOR=1.194;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=112;WE=89392753;WS=89392735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr15	89415247	rs3817428	C	G	5133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=79;PP=1970;ReadPosRankSum=-0.579;SC=ATGCCCAAGACTACCAGTGGA;SOR=0.771;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=311;TCF=144;TCR=167;TR=140;WE=89415255;WS=89415237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,265:0.46:581
chr15	89450546	rs1878327	C	T	2060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=835;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CACGCACAGACGAGGCGGCGA;SOR=0.568;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=144;TCF=63;TCR=81;TR=62;WE=89450554;WS=89450536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,110:0.42:264
chr15	89450587	rs1878326	G	T	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=584;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CCATTCTCCAGGCCCAGTGGC;SOR=0.744;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=41;TCR=68;TR=45;WE=89450595;WS=89450577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,77:0.42:182
chr15	89694986	rs141659881	G	A	2254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.639;SC=GGGTGAGGTCGCCACATCCTT;SOR=0.849;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=143;TCF=58;TCR=85;TR=74;WE=89694994;WS=89694976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,109:0.53:205
chr15	89698804	rs3743385	G	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=0.575;SC=TTTTCTGCAAGTGTGCTACTA;SOR=0.288;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=13;WE=89698812;WS=89698794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr15	89734466	rs2239287	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=0.168;SC=GAATTTTCCTGGTGGAAGCTC;SOR=0.665;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=18;WE=89734474;WS=89734456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr15	89758552	rs4932483	A	G	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=26;PP=764;SC=CAGAGACCTGACCTCCTGCCA;SOR=2.368;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=32;WE=89758560;WS=89758542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr15	89760391	rs143817941	T	G	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=205;ReadPosRankSum=0.007;SC=TGAACTTCCGTGCGCGGATGA;SOR=0.935;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=69;TCF=40;TCR=29;TR=18;WE=89760399;WS=89760381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,52:0.35:150
chr15	89761664	rs3825991	C	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=248;ReadPosRankSum=-2.711;SC=ACCTTAGAACCGGCCAGTCTA;SOR=0.816;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=18;WE=89761672;WS=89761654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
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chr15	89804111	rs16942918	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.707;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=14;PP=320;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TTGGGGGTAGGTTTTTGAGGG;SOR=0.371;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=26;WE=89804119;WS=89804101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
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chr15	89824920	rs3743374	G	A	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.709;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=554;ReadPosRankSum=-0.723;SC=AAGCCATATGGTAACAGTATT;SOR=1.054;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=55;TCR=27;TR=37;WE=89824928;WS=89824910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,45:0.45:101
chr15	89825119	rs142697734	C	T	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.342;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1219;ReadPosRankSum=-0.551;SC=AATGTTGGAGCTAAAGTTATC;SOR=0.772;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=156;TCF=76;TCR=80;TR=88;WE=89825127;WS=89825109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,125:0.58:215
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chr15	89828482	rs150900544	A	C	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.510;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=33;PP=814;ReadPosRankSum=-1.213;SC=ATGTAGCAAAACCCCAACTAA;SOR=0.455;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=96;TCF=29;TCR=67;TR=50;WE=89828490;WS=89828472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,67:0.54:124
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chr15	89838293	rs118031800	A	C	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=481;ReadPosRankSum=0.375;SC=AAAACCCAGAAAAGATCTTTC;SOR=0.668;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=29;WE=89838301;WS=89838283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr15	89844688	rs2159081	A	C	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.446;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,59:0.50:119
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chr15	89856047	rs11321073	TA	T	117.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.93;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr15	89857711	rs71464462	A	ATACAAG	474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=624;ReadPosRankSum=-0.123;SC=GATTACTGGTATACAACTGCA;SOR=0.602;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=12;WE=89857719;WS=89857701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr15	89858602	rs1138465	T	C	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=277;ReadPosRankSum=0.334;SC=GAGAGGATGGTGAAGATGAAA;SOR=0.545;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=31;WE=89858610;WS=89858592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,51:0.41:124
chr15	89863928	rs2307449	T	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.048;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=112;ReadPosRankSum=-1.395;SC=GAACAGATGGTAGTACTAAAG;SOR=0.260;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=10;WE=89863936;WS=89863919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr15	89864316	rs2307433	G	GCTAC	2753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.048;NF=14;NR=21;PP=1922;ReadPosRankSum=1.694;SC=CTGTCAATATGCTGAGGGGCT;SOR=0.629;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=35;WE=89864324;WS=89864306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,72:0.48:149
chr15	89867154	rs2072267	A	G	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=706;ReadPosRankSum=-0.060;SC=CAAGGACCAAAGTAGTGAAGC;SOR=0.722;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=47;WE=89867162;WS=89867141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,78:0.50:157
chr15	89871499	rs3176174	T	C	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=3;PP=635;ReadPosRankSum=0.656;SC=GCCCTCCCCTTCAGGGCCTCT;SOR=1.246;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=64;TCF=54;TCR=10;TR=31;WE=89871507;WS=89871489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,41:0.56:73
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chr15	89876236	rs2283430	C	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=516;ReadPosRankSum=1.165;SC=AGCACCCAGCCCGTAACAGGA;SOR=0.639;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=35;WE=89876244;WS=89876226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,48:0.46:104
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chr15	90135196	rs8041127	A	G	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=14;PP=839;SC=CAGTCAGTCCAGGGGAGGAGC;SOR=1.773;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=49;WE=90135204;WS=90135186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	90135432	rs34494298	A	G	2641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=54;PP=1353;SC=TATCTCTTGAATATTGATTAT;SOR=1.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=69;WE=90135440;WS=90135422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	90138670	rs8042146	C	T	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=17;PP=740;SC=ATACCATGTGCCGTTCCTTAA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=90138678;WS=90138660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr15	90144894	rs4932234	T	C	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=19;PP=990;SC=AGGACTACTTTTTAGGCTGGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=45;WE=90144902;WS=90144884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
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chr15	90168108	rs894157	C	T	3967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=54;PP=2068;SC=GATGCCTTCCCGTGACGTGCA;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=106;WE=90168116;WS=90168098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
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chr15	90169331	rs55653159	A	G	1811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=705;ReadPosRankSum=-1.628;SC=TTCCTGTGACAGACTGTCTGA;SOR=0.754;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=49;WE=90169339;WS=90169321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,93:0.53:177
chr15	90170237	rs3743372	C	T	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=2.044;SC=TCCTTTCAGTCGCGCTTTCTC;SOR=0.438;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=21;WE=90170245;WS=90170227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,39:0.50:78
chr15	90172133	rs12914042	C	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=338;ReadPosRankSum=0.096;SC=AATAAAGGCTCGAGGGAGAGT;SOR=1.046;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=21;WE=90172141;WS=90172123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,22:0.42:53
chr15	90172419	rs143394914	GGGGTGGGGGCTGTGGGCTGGGT	G	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=1.985;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
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chr15	90172637	rs185689321	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=286;ReadPosRankSum=1.137;SC=GCTGCATGTTCTGCTCGTGCT;SOR=0.520;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=17;WE=90172645;WS=90172627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,25:0.46:54
chr15	90172834	rs72750748	T	G	3771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=64;PP=1588;ReadPosRankSum=2.940;SC=GGCTCAGCCCTCATCATGACC;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=250;TCF=112;TCR=138;TR=114;WE=90172842;WS=90172824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,202:0.45:447
chr15	90173734	rs35820949	C	CAG	368.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.39;MQRankSum=1.209;NF=0;NR=8;PP=261;ReadPosRankSum=0.960;SC=CCTGCAGAGACGGGCACGCGT;SOR=0.465;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=8;WE=90173742;WS=90173724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr15	90174789	rs9672286	C	T	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=437;ReadPosRankSum=-1.978;SC=GCTTGAGCAGCGAGTCCTTCT;SOR=0.848;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=31;WE=90174797;WS=90174779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
chr15	90174824	rs12900805	C	T	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=505;ReadPosRankSum=-0.568;SC=TCGATCTCCCCGCGGATCTGC;SOR=0.697;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=39;WE=90174832;WS=90174814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,70:0.43:163
chr15	90174955	rs9672296	C	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=444;ReadPosRankSum=0.730;SC=GGGGCAGAATCACCAGGGATT;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=27;TCR=43;TR=31;WE=90174963;WS=90174945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
chr15	90174994	.	G	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=228;ReadPosRankSum=-0.872;SC=GTCCTCACAGGGGGGACAGAA;SOR=0.698;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=24;WE=90175002;WS=90174984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr15	90176073	rs3803530	C	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=287;ReadPosRankSum=0.788;SC=CAGGCGCTTGCTCTCCAGCCC;SOR=0.487;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=21;WE=90176081;WS=90176063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr15	90176239	.	T	TAGGGAGGGAGGGAGGG	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr15	90176432	rs3803531	T	G	2804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=31;PP=1094;SC=TCCTCTGGAATGCCGCGATCT;SOR=0.830;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=90176440;WS=90176422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	90177157	rs894156	C	T	1802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.451;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=1690;ReadPosRankSum=0.900;SC=ACGGGGCTACCGCGAGCCTGC;SOR=0.906;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=135;TCF=55;TCR=80;TR=57;WE=90177167;WS=90177147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,95:0.47:202
chr15	90177159	rs11633151	C	T	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=2223;ReadPosRankSum=-0.788;SC=GGGGCTACCGCGAGCCTGCCA;SOR=0.557;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=76;WE=90177167;WS=90177147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,104:0.53:198
chr15	90188514	rs894159	A	G	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=39;PP=1985;SC=GCTGGCCCAGAACCGTGGAGG;SOR=1.187;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=99;WE=90188522;WS=90188504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr15	90190048	rs1110060	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=313;ReadPosRankSum=-0.387;SC=ACCCAGCCTCACCCTCTTCTC;SOR=0.646;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=23;WE=90190056;WS=90190038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr15	90191827	rs8037349	T	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=15;PP=808;SC=CCGCTCGCCGTCTCTTCGGGT;SOR=1.211;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=44;WE=90191835;WS=90191817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr15	90192905	rs4932240	T	C	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=15;PP=1265;SC=AGGTAAGCACTCCACTCCAAA;SOR=1.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=90192913;WS=90192895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	90195712	rs11634571	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=363;ReadPosRankSum=1.891;SC=CTAGGAAATCGACTCTTCCTC;SOR=0.540;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=25;WE=90195720;WS=90195702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr15	90195765	rs11630003	AA	GG	8218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=37;PP=2947;SC=GCAAGAGGACAAGGCAGAAAT;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=101;WE=90195774;WS=90195755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr15	90195967	rs8179066	C	G	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=70;PP=2176;SC=CCTCCTGCCCCGCATCCTCGG;SOR=1.109;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=39;TCR=70;TR=109;WE=90195975;WS=90195957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr15	90196008	rs8179065	C	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=29;PP=785;ReadPosRankSum=0.736;SC=AAGTGTCGGTCACGGCCCAGA;SOR=0.483;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=51;WE=90196016;WS=90195998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,82:0.54:151
chr15	90208310	rs1052700	A	T	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=91;ReadPosRankSum=0.304;SC=CTGGGAGCCTAGATCATCAGA;SOR=0.986;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=8;WE=90208318;WS=90208300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr15	90211047	rs894162	A	T	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=32;PP=856;SC=GGCAGCAGATAGCTGGCTCAA;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=90211055;WS=90211037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr15	90213134	rs2304794	T	A	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=7;PP=911;SC=CAGTGGCTGGTTGAGCCACCT;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=37;WE=90213142;WS=90213124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr15	90213229	rs6496589	G	C	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.71;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr15	90214948	rs1077903	C	A	1803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=34;PP=1000;SC=TGCCCTCTTTCGCCCTTGTCT;SOR=1.410;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=90214956;WS=90214938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr15	90226947	rs7169981	C	A	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=22;PP=610;ReadPosRankSum=0.749;SC=GATCCCTGACCAGGCTCAGCA;SOR=0.709;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=41;WE=90226955;WS=90226937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,62:0.48:129
chr15	90227319	.	T	G	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=301;ReadPosRankSum=-0.498;SC=CCGGCTGGAGTGCAGCGGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=18;WE=90227327;WS=90227309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr15	90229786	.	GA	G	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.731;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=3.363;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.175;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,16:0.22:74
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chr15	90248819	rs17238056	A	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.471;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=260;ReadPosRankSum=-1.262;SC=ATAAGGAAGGACTTTACCTAG;SOR=1.106;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=18;WE=90248827;WS=90248809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr15	90255099	rs8036614	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=-1.842;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr15	90260145	rs7163367	T	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=2.070;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr15	90270567	rs3743117	T	C	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.042;SC=CAGGTGAGCCTCCTAATCCCG;SOR=0.385;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=6;WE=90270575;WS=90270557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr15	90274639	rs5814401	T	TG	1512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=832;ReadPosRankSum=1.216;SC=GTGCAGAGTCTGGGGGAACCG;SOR=0.504;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=26;WE=90274647;WS=90274629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,60:0.55:109
chr15	90293701	rs2305442	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.549;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr15	90293776	rs2305441	A	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=81;ReadPosRankSum=0.513;SC=CCTGCCCTTCAGGGCACGCCG;SOR=0.616;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=11;WE=90293784;WS=90293766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr15	90294281	rs28368490	A	C	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.91;ReadPosRankSum=-1.206;SOR=0.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr15	90294289	rs28377352	T	G	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr15	90294304	.	C	CG	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.760;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.40;ReadPosRankSum=1.878;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr15	90294306	.	C	CACGGGGCTCGG	710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.90;ReadPosRankSum=2.034;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr15	90308026	rs35308090	G	T	153.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=98;ReadPosRankSum=-1.701;SC=TGCTTTTTTTGGTAGAGACAA;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=7;WE=90308034;WS=90308016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr15	90308110	rs34936212	A	G	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.14;MQRankSum=-1.682;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr15	90308194	rs72754548	G	A	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.437;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr15	90320120	rs200021459	GAGGGGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC	G	422.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.210;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=1124;ReadPosRankSum=-0.469;SC=GACGCAGGCGGAGGGGCAGGG;SOR=0.963;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=15;WE=90320154;WS=90320110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr15	90320134	rs199821487	AGGGCAGGGGCAG	A	985.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=2982;ReadPosRankSum=0.416;SC=GGCAGGGGCAAGGGCAGGGGC;SOR=0.610;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=15;WE=90320154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr15	90328551	rs10584	G	C	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.867;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=12;PP=443;ReadPosRankSum=1.382;SC=CACCTTGCATGGGGGCCGGGT;SOR=0.396;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=35;WE=90328559;WS=90328541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr15	90328774	rs71464487	A	AAC	1273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=830;ReadPosRankSum=1.127;SC=CTGGGTCCCTAACAGCCTTGA;SOR=0.951;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=20;WE=90328782;WS=90328764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,36:0.44:82
chr15	90333616	rs8192299	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.500;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=245;ReadPosRankSum=-1.654;SC=CAGGGCCACGTGGGAGAAGAA;SOR=1.194;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=16;WE=90333624;WS=90333606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr15	90333654	rs8192298	A	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=352;ReadPosRankSum=1.803;SC=CTGGGAAGGAAGTAGGCAGAG;SOR=0.653;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=27;WE=90333662;WS=90333644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,26:0.39:67
chr15	90333980	rs1992250	A	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=1.534;SC=ATACGCCCACACGCCACGTTT;SOR=1.085;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=7;WE=90333988;WS=90333970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr15	90334240	rs25654	A	G	2013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=30;PP=690;ReadPosRankSum=-0.597;SC=GACCTTGCCCAATGACGTTGT;SOR=0.791;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=54;WE=90334248;WS=90334230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,104:0.52:201
chr15	90334345	rs7168329	C	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=216;ReadPosRankSum=0.013;SC=CAGATGCTGTCTCAGCTACTG;SOR=0.602;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=18;WE=90334353;WS=90334335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,29:0.42:69
chr15	90334415	rs7169161	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.862;SC=CTATGCCTGCATCCTCTCAAC;SOR=1.508;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=6;WE=90334423;WS=90334405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
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chr15	90335534	rs25652	G	A	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=47;PP=1278;ReadPosRankSum=0.022;SC=TGCAGTAGACGGTGGACCGCA;SOR=0.701;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=196;TCF=91;TCR=105;TR=95;WE=90335542;WS=90335524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,127:0.47:271
chr15	90335788	rs25651	C	T	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=638;ReadPosRankSum=-0.341;SC=ATTAACCTCGCTGTACCTGCC;SOR=0.577;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=47;WE=90335796;WS=90335778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,71:0.47:152
chr15	90336373	rs16943605	T	C	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.890;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=335;ReadPosRankSum=0.658;SC=GAAAAGAAAATATGAATCTCA;SOR=1.049;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=20;WE=90336381;WS=90336363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,35:0.40:87
chr15	90340719	rs893615	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,22:0.38:58
chr15	90340725	rs3934	A	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr15	90346861	rs2305443	C	T	6630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=59;PP=2436;SC=CCGTGCCCCACGAGGAGCGGG;SOR=0.831;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=136;WE=90346869;WS=90346851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr15	90349558	rs25653	C	T	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=54;PP=2148;SC=CAGCGTCACCCGGTAGGAATC;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=108;WE=90349566;WS=90349548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr15	90393949	rs11435035	C	CT	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.320;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr15	90414600	.	T	TA	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr15	90414642	rs3759831	C	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,26:0.52:50
chr15	90420673	rs12440156	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=433;ReadPosRankSum=0.772;SC=TAAAATACACGTAACATAAAA;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=30;WE=90420681;WS=90420663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
chr15	90437301	rs3784388	C	T	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=683;ReadPosRankSum=0.611;SC=TTGGCCCCGGCGCTCACGAGC;SOR=0.603;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=36;TCR=77;TR=53;WE=90437309;WS=90437291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,74:0.46:161
chr15	90455940	rs1256836	G	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=399;ReadPosRankSum=-0.745;SC=AGCCGGGGCAGGGGAGGCCGA;SOR=0.793;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=22;WE=90455948;WS=90455930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr15	90616617	rs2277556	T	C	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=41;PP=893;SC=GAGCCCCGGCTGGGTGAAACT;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=45;WE=90616625;WS=90616607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr15	90617245	rs377394982	C	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=6.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-0.549;QD=10.65;ReadPosRankSum=1.279;SOR=0.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr15	90617539	rs6496620	C	T	3920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=37;PP=1628;SC=GGGCCAAGCGCAATGGACAGA;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=90617547;WS=90617529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr15	90623052	rs2970357	T	C	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	90630372	rs16943901	T	C	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=318;ReadPosRankSum=0.553;SC=ACTGCACATCTCCGTCATAGT;SOR=0.442;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=23;WE=90630380;WS=90630362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr15	90744960	rs11547964	G	A	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=15;PP=402;SC=GGATCAGCCTGCCTCTGGGTG;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=90744968;WS=90744950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr15	90760661	.	C	T	2753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=1.476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,141:0.53:265
chr15	90763285	rs3751658	C	A	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=48;PP=1360;SC=CACACCCTGGCACAAAGCGCA;SOR=3.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=55;WE=90763293;WS=90763275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr15	90764203	rs3825998	C	A	3020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=27;PP=1358;SC=CATGTGTCCACCCTCCTGCAG;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=46;TCR=27;TR=73;WE=90764211;WS=90764193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr15	90764219	rs4932305	G	A	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=33;PP=1608;SC=TGCAGAACATGGAGAACTTCA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=52;TCR=33;TR=84;WE=90764227;WS=90764209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr15	90764348	rs3825999	C	G	4670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=59;PP=1879;SC=GGCAGGATGGCTTCATTGAGG;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=105;WE=90764367;WS=90764338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr15	90764359	rs3826001	T	G	4141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=58;PP=1791;ReadPosRankSum=2.146;SC=TTCATTGAGGTTCCATGTAGG;SOR=0.638;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=99;WE=90764367;WS=90764338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr15	90765093	rs66795544	CG	C	857.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=703;SC=TTTCCCATCCCGCCAAGGAGT;SOR=2.531;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=90765112;WS=90765083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	90765104	rs35147120	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=15;PP=438;SC=GCCAAGGAGTACAGCTTGGCT;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=90765112;WS=90765083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	90766754	rs908048	A	G	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=260;SC=ATGGCTCAGCATGTGCCTAAG;SOR=2.093;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=90766762;WS=90766744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr15	90768156	rs1040083	A	G	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=25;PP=1154;SC=CCTGCCTGCCACCCCGAGGTG;SOR=1.039;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=65;WE=90768164;WS=90768146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr15	90770839	rs143185707	C	T	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.154;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=661;ReadPosRankSum=0.815;SC=CTTTGCAGCGCGTCTTCGGTT;SOR=0.887;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=48;WE=90770847;WS=90770829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,93:0.46:204
chr15	90771060	rs2271553	C	A	2853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=30;PP=1851;SC=AGGGGCATAGCCCAGAGGGAG;SOR=1.384;Source=Platypus;TCF=61;TR=91;WE=90771068;WS=90771050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr15	90771750	rs3751655	T	G	5562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=77;PP=2794;SC=CCCCCCGGGGTCCCGAGTCTT;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=58;TCR=78;TR=135;WE=90771758;WS=90771740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr15	90772200	rs1044246	G	A	3014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=22;PP=1811;SC=GGAAGAGATAGCATGGCATGC;SOR=1.835;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=68;TCR=22;TR=89;WE=90772208;WS=90772190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr15	90772382	rs7167139	G	C	3083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1375;ReadPosRankSum=0.770;SC=AGCTTGGGCTGCGTGCGTTCT;SOR=0.644;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=181;TCF=93;TCR=88;TR=80;WE=90772390;WS=90772372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,147:0.45:326
chr15	90772831	rs7024	C	T	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=82;PP=2204;SC=GGTTTTTATACATTTTTTAAT;SOR=1.325;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=37;TCR=82;TR=119;WE=90772839;WS=90772821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr15	90773782	rs2073706	C	T	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	90774259	rs1044813	G	C	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=24;PP=1520;SC=CAGGATCTGGGAAAGGGAGAG;SOR=1.305;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=90774267;WS=90774249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	90774447	rs34604050	TAGAG	T	14008.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=95;PP=2969;SC=CATCAAAGTCTAGAGAGCAGA;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=45;TCR=102;TR=137;WE=90774458;WS=90774437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr15	90775397	rs2073703	G	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr15	90775700	rs4628940	G	A	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=32;PP=1087;SC=ATCAGGCAACGGTAAGCAAAA;SOR=1.073;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=52;WE=90775708;WS=90775690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	90775766	rs183199115	T	G	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.04;BaseQRankSum=1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=215;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GAGTATTTACTGAGCATTTAC;SOR=0.387;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=13;WE=90775774;WS=90775756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr15	90784207	rs7166441	A	G	4253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=50;PP=1765;SC=GGACTGGGGCAGGCAAACCAT;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=106;WE=90784215;WS=90784197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr15	90784250	rs7171194	T	C	4146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=49;PP=1722;SC=AAGGATCTCATGGCAGAAGGG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=100;WE=90784258;WS=90784240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr15	90794102	rs4932171	G	A	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.16;SOR=1.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr15	90794188	rs4932309	C	T	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=217;SC=CCTTCAACATCTGGAGGAGCT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=90794196;WS=90794178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	90794757	rs4357917	T	G	6067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=60;PP=2455;SC=CTCCCACTCTTCCTGATTTAT;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=68;TCR=61;TR=128;WE=90794765;WS=90794747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr15	90794845	rs2882858	G	A	4124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=61;PP=1803;SC=CCAGCCCGTCGCTCACACTGT;SOR=1.049;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=101;WE=90794853;WS=90794835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr15	90796558	rs12912620	G	A	5360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=48;PP=2032;SC=GACAGACTGCGCTGTCTCACT;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=68;TCR=48;TR=116;WE=90796566;WS=90796548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr15	90796704	rs12914094	C	T	2384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=51;PP=1425;SC=GTGGCTGTCCCCTTGTGCAGA;SOR=1.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=90796712;WS=90796694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr15	90798953	rs2063739	C	T	4616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr15	90799282	rs1996179	A	G	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=21;PP=1098;SC=CTCCAGGAAGAGCATGGACTA;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=90799290;WS=90799272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr15	90800293	rs2063741	G	A	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr15	90800408	rs2063742	C	G	7897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=72;NR=99;PP=2965;SC=ATATGCGAGTCTACGTCCTGA;SOR=0.898;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=73;TCR=99;TR=171;WE=90800416;WS=90800398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr15	90800449	rs2063743	C	T	5979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=76;PP=2237;SC=CGGATCTTCACATATGAGGAG;SOR=0.957;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=125;WE=90800457;WS=90800439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr15	90801248	rs2048706	C	A	2261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=13;PP=1621;SC=ACTGGCCTTCCTCTGAGCACT;SOR=2.690;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=60;TCR=13;TR=73;WE=90801256;WS=90801238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr15	90801584	rs2048707	G	C	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=52;PP=1501;SC=GTACACTCAGGTGGTGGAACA;SOR=2.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=11;TCR=52;TR=63;WE=90801592;WS=90801574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr15	90805084	rs12592600	A	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=4;PP=519;SC=ATGTGGGGCTAGCCAAAGATG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=90805092;WS=90805077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	90809633	rs9635390	G	A	3678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=51;PP=1677;SC=CAGATACGGTGAGACTCAGGA;SOR=0.857;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=42;TCR=51;TR=93;WE=90809641;WS=90809623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr15	90818400	rs4533265	A	T	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr15	90892293	rs2589973	C	T	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.820;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=707;ReadPosRankSum=0.436;SC=GTACTTCCTCCTGTCCAGATC;SOR=0.854;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=43;WE=90892301;WS=90892283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,46:0.49:93
chr15	90892585	rs7162211	G	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=8.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.51;ReadPosRankSum=1.369;SOR=2.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr15	90897885	rs8042825	G	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=307;ReadPosRankSum=0.709;SC=AACTGATGACGCTTGATAATG;SOR=0.793;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=24;WE=90897893;WS=90897875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,30:0.32:95
chr15	90897952	rs8023776	C	T	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
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chr15	90903311	rs2589957	A	G	1601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=541;ReadPosRankSum=-1.070;SC=AATCAGGACAATTCTGAAACA;SOR=0.459;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=95;TCF=54;TCR=41;TR=41;WE=90903319;WS=90903301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,84:0.47:179
chr15	90905980	rs199859238	TAC	T	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.709;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr15	90931720	rs111592783	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.881;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=2.515;SOR=1.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr15	90969195	rs2301827	A	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=0.248;SC=CCAGGCAGGGAAAGGATGTGT;SOR=0.846;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=6;WE=90969203;WS=90969185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr15	90969335	rs2256388	G	T	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
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chr15	90983706	rs8027211	T	C	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.688;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=13;PP=620;ReadPosRankSum=-0.422;SC=CTTAGCTTGATTGACTGATTA;SOR=0.935;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=41;WE=90983714;WS=90983696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,56:0.57:98
chr15	90992687	rs2301829	A	G	125.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.8338;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=-0.180;SC=ACTTATGACTATGGCTCTCTC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=90992695;WS=90992677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr15	91009147	rs2074581	T	G	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=0.883;SC=CATATTTAATTGAGTCTAGGA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=19;TCR=1;TR=8;WE=91009155;WS=91009137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr15	91009177	rs2074582	A	G	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=335;ReadPosRankSum=-0.232;SC=CTTCACATGTATGTTACATGT;SOR=1.179;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=18;WE=91009185;WS=91009167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr15	91009192	rs2074583	T	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=342;ReadPosRankSum=-0.881;SC=ACATGTACCCTGATTTCATGA;SOR=0.739;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=23;WE=91009200;WS=91009182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr15	91009381	rs2074584	G	A	2085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=36;PP=1040;ReadPosRankSum=-1.780;SC=AAGGTGCTCCGTACAGCTTGA;SOR=0.557;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=118;TCF=51;TCR=67;TR=67;WE=91009389;WS=91009371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,98:0.55:179
chr15	91009484	rs2074585	G	A	1693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=29;PP=850;ReadPosRankSum=0.655;SC=TCTGGTAACAGTTCTTTCCCG;SOR=0.737;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=63;WE=91009492;WS=91009474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,83:0.54:154
chr15	91010776	rs1505936	T	C	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.046;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=1.218;SC=GGGATGAACCTCCAAATTTTG;SOR=1.030;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=23;WE=91010784;WS=91010765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,33:0.49:67
chr15	91017232	rs1145325	G	A	5705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=73;NR=76;PP=2918;SC=GGCCATTAGGGGCAATTTTGC;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=149;WE=91017254;WS=91017222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr15	91017274	rs10657378	T	TTTC	3746.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=3.555;NF=8;NR=40;PP=1670;ReadPosRankSum=-2.641;SC=AACAGAGAAATTTCTTCTTTT;SOR=0.882;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=97;TCF=19;TCR=78;TR=48;WE=91017282;WS=91017264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,99:0.61:161
chr15	91026477	rs8040585	T	C	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-1.264;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
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chr15	91043183	rs201766044	ACTGT	A	364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.80;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
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chr15	91358271	rs10685387	G	GGAA	1172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=877;ReadPosRankSum=0.719;SC=CAGGTTGAGAGGAAGGTCATT;SOR=0.379;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=20;WE=91358279;WS=91358261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr15	91428290	rs11539637	C	T	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=9;PP=795;SC=GCTTCTCTTCCGAGCTGTGCA;SOR=2.007;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=39;WE=91428298;WS=91428280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr15	91428589	rs7183988	T	G	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=66;PP=2564;SC=GGCAGGCCAATGCTTGGGAGC;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=58;TCR=66;TR=124;WE=91428597;WS=91428579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
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chr15	91430617	rs2071384	G	A	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=412;ReadPosRankSum=-0.411;SC=CCGCAGCCCCGTCCCCTGGCC;SOR=0.910;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=26;WE=91430625;WS=91430607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
chr15	91430647	rs28438927	A	C	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GAGCAGCCCTAAGCCCAGCCA;SOR=0.965;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=17;WE=91430655;WS=91430637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,17:0.40:42
chr15	91433265	rs4932376	C	G	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=690;ReadPosRankSum=-1.361;SC=CTGCTGGCTACCCGCCGCAGA;SOR=0.590;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=38;TCR=36;TR=38;WE=91433273;WS=91433255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,69:0.53:129
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chr15	91447686	rs2238340	G	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=26;PP=697;SC=GTCAGTACAGGACAGGAGCCT;SOR=6.666;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=91447694;WS=91447676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr15	91449015	rs2072078	A	G	5009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr15	91450441	rs2677744	G	A	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=12;PP=1504;SC=TTACAGCCTCGCGGTCTATCA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=51;TCR=12;TR=63;WE=91450449;WS=91450431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr15	91452595	rs2106673	A	G	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.42;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr15	91452595	.	AGCTGTTCCG	GGCTGTTCCA,GGCTGTTCCG	935	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=36,64;NR=31,49;PP=935,620;QD=14.7532518636;SC=AAGAAGTCCCAGCTGTTCCGA;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=113;TCF=64;TCR=49;TR=67,113;WE=91452612;WS=91452585;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.59:113
chr15	91452604	rs139423177	G	A	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=1.289;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,107:0.56:190
chr15	91452836	rs2677748	T	C	103.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.221;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr15	91455618	rs6496737	C	T	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=56;PP=1768;SC=GCCACCTGACCCACAGTGGAC;SOR=2.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=15;TCR=56;TR=71;WE=91455626;WS=91455608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr15	91456102	rs1266492	T	C	5399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr15	91474738	rs1052535	G	C	5771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=78;PP=2965;SC=GTTCCTGATGGAATGAGCTGT;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=84;TCR=79;TR=161;WE=91474746;WS=91474728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr15	91478544	rs17635974	A	C	10169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.798;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=164;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=0.117;SC=GCACGAGACAACCTCTCCGCG;SOR=0.798;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=164;TCR=99;TR=262;WE=91478552;WS=91478534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,385:1.00:386
chr15	91479054	rs2289619	T	C	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=323;SC=TGCCAGATGTTTTTTGCACCT;SOR=1.214;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=91479062;WS=91479044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr15	91491206	rs10635983	C	CCT	2597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=33;PP=1716;SC=GGGCCTCCTCCGTCCTGCTCT;SOR=0.726;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=34;WE=91491214;WS=91491196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr15	91513832	rs139256619	GGGA	G	1174.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=520;ReadPosRankSum=-0.787;SC=AAATGACTATGGGAGGAGGCA;SOR=1.048;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=13;WE=91513842;WS=91513822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr15	91517780	rs12898311	G	C	2407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=3.441;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,117:0.52:224
chr15	91523713	rs1867226	C	G	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=4.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.491;SOR=1.131;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,71:0.58:122
chr15	91523742	.	CTTTT	C	582.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=11.467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.41;ReadPosRankSum=0.883;SOR=2.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr15	91523763	rs28584391	T	G	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.962;HP=23;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=292;ReadPosRankSum=2.094;SC=TTTTTTTTTTTTTTGAGACAG;SOR=2.912;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=17;WE=91523771;WS=91523753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr15	91524841	rs7172758	G	T	7648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=108;PP=2965;SC=GTGGTCTAATGCTTCCATACA;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=86;TCR=108;TR=194;WE=91524849;WS=91524831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr15	91525197	rs2301826	C	T	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=627;ReadPosRankSum=0.437;SC=GCAAGATGGTCGTCTCTCCTT;SOR=0.687;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=47;WE=91525205;WS=91525187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,72:0.45:160
chr15	91527451	rs8031684	T	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,59:0.47:125
chr15	91528070	rs2301825	C	G	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=2.604;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,116:0.50:234
chr15	91543630	rs71154160	T	TA	139.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=5.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=-0.719;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr15	91543761	rs11073964	C	T	1586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=-1.066;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,79:0.52:152
chr15	91544539	.	C	CA	275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr15	91546497	rs4244883	T	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.617;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-1.282;SC=AGAGTATACATTTGGTTCTAA;SOR=0.141;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=6;WE=91546505;WS=91546487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr15	91548601	rs3826033	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=2.591;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr15	91552959	rs34965984	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr15	91557186	rs1972926	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=2.151;SC=CAGTGGTTCACGCCTGTAATC;SOR=1.300;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=13;WE=91557194;WS=91557176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr15	91560367	rs11857433	G	T	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=616;ReadPosRankSum=1.267;SC=ATTATTGAGGGCTTCCTAATT;SOR=0.426;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=42;WE=91560375;WS=91560357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,56:0.57:99
chr15	91561182	rs3743445	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=372;ReadPosRankSum=1.154;SC=AGAAGTGGCCCAGCCACCCAT;SOR=0.780;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=26;WE=91561190;WS=91561172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr15	91769465	rs2073967	G	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.852;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=575;ReadPosRankSum=-1.385;SC=ATAGCTCAAGGGGCAACCAGG;SOR=1.568;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=64;TCF=51;TCR=13;TR=31;WE=91769473;WS=91769455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr15	91810011	rs11629714	C	T	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.133;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=232;ReadPosRankSum=-2.130;SC=CTGAACATCCCCACCAACCTG;SOR=1.670;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=15;WE=91810019;WS=91810001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr15	91811035	.	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-2.655;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr15	92397106	rs368016879	AGCG	A	1706.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.154;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=433;ReadPosRankSum=0.087;SC=GGAAAGCGGCAGCGGCGGCGG;SOR=0.439;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=11;WE=92397116;WS=92397096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,45:0.53:85
chr15	92397615	rs56403444	T	TC	312.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.035;SOR=1.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr15	92397670	rs7173207	C	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=-1.317;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr15	92459187	rs4077721	T	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=272;ReadPosRankSum=0.118;SC=GGCATCTTCTTGGATTGGCTC;SOR=0.468;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=17;WE=92459195;WS=92459177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr15	92647645	rs1517618	G	C	9627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=97;PP=2965;SC=CGCACTCAGAGCCCGCCATGG;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=186;TCF=89;TCR=97;TR=186;WE=92647653;WS=92647635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr15	92647834	rs917355	A	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.55;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	92663630	rs6496893	A	G	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=47;NR=22;PP=1239;SC=AGGAGCAGGGAGCTATAAGAT;SOR=1.346;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=69;WE=92663638;WS=92663620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr15	92671745	rs80232704	G	C	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=422;ReadPosRankSum=0.619;SC=AGGGGATGGGGCAGGGGATTC;SOR=0.657;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=26;WE=92671753;WS=92671735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr15	92714879	rs2240589	C	T	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.650;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=387;ReadPosRankSum=-0.667;SC=CACTTTATTGCTTTGACTGCC;SOR=0.204;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=63;TCF=48;TCR=15;TR=31;WE=92714887;WS=92714869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,45:0.54:84
chr15	92715131	rs2270061	A	T	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.341;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=23;PP=472;ReadPosRankSum=-1.484;SC=AGAACAGCCCACCACCACCCA;SOR=1.432;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=26;WE=92715139;WS=92715121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,30:0.41:73
chr15	92715167	rs2270060	C	T	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=609;ReadPosRankSum=-0.031;SC=TCACTTAGCGCGCTCCTCCCT;SOR=1.194;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=14;WE=92715176;WS=92715157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr15	92715168	rs11074043	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.652;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=837;ReadPosRankSum=0.291;SC=CACTTAGCGCGCTCCTCCCTG;SOR=0.331;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=20;WE=92715176;WS=92715157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr15	92937268	rs3743365	G	T	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.15;ReadPosRankSum=0.492;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr15	92937276	rs3743364	C	T	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.64;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,50:0.59:85
chr15	93007302	rs11399611	C	CT	58.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.235;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr15	93015427	rs1455773	G	A	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=17;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.602;SC=CTTGCACCCGGCTGACCCCCA;SOR=0.722;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=79;TCR=34;TR=60;WE=93015435;WS=93015417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,79:0.53:148
chr15	93016128	rs13380006	C	T	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=557;ReadPosRankSum=-0.570;SC=CACTGCACTGCTGTTTCTGTG;SOR=0.578;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=51;TCR=20;TR=38;WE=93016136;WS=93016118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr15	93043545	rs7178722	T	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=370;ReadPosRankSum=-0.892;SC=GGCTCCATGCTAATGACCTCG;SOR=0.844;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=31;WE=93043553;WS=93043535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,39:0.38:103
chr15	93198513	rs503112	C	A	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=0.655;SC=CCCTGTCGGCCGGCGGGGGAA;SOR=0.821;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=8;WE=93198521;WS=93198503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr15	93198671	rs501381	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=30;PP=994;SC=AGGCGTCGCCACTGCTGTTGG;SOR=0.770;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=93198691;WS=93198661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr15	93198678	rs68056278	TTGGAGC	T	2659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=27;PP=1737;SC=GCCACTGCTGTTGGAGCTGGA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=31;WE=93198691;WS=93198661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	93198784	rs2438194	A	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=13;PP=398;SC=GGTTCGGGCCACGGCGCGGAG;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=93198792;WS=93198774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr15	93306602	rs11634113	TG	CA	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=286;SC=AGGGTTTCACTGTGTTAGCCA;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=93306611;WS=93306599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr15	93339219	rs7164758	T	C	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=678;ReadPosRankSum=-0.259;SC=CAGCAGCAGCTGGGATTATGC;SOR=0.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=59;WE=93339227;WS=93339209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,105:0.57:185
chr15	93339701	rs28575385	A	T	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=604;ReadPosRankSum=-0.824;SC=ATGCCTAGAAATCAGAAGGGC;SOR=0.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=40;WE=93339709;WS=93339691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,58:0.58:100
chr15	93447631	rs1439619	T	G	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.757;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=256;ReadPosRankSum=0.904;SC=ACGGCTCCCCTGGGGGGCGGG;SOR=1.642;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=20;WE=93447639;WS=93447621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr15	93496874	rs1371390	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=-0.265;SC=TTAAAGCCTTCAGTAGATCAT;SOR=0.368;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=10;WE=93496882;WS=93496864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr15	93510603	rs4777755	A	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.289;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=-2.534;SC=AGGGGAGAGAAAATGGCTACC;SOR=0.684;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=8;WE=93510611;WS=93510593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr15	93515439	rs62023144	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.323;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=0.558;SC=TAGAGATTAGGGAAGATTAAA;SOR=0.446;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=12;WE=93515447;WS=93515429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr15	93521604	rs11074121	A	G	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=552;ReadPosRankSum=0.937;SC=GAATTGGTCAAAAGAAGCAGG;SOR=0.953;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=38;WE=93521612;WS=93521594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr15	93521651	rs11074122	T	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.087;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=350;ReadPosRankSum=0.092;SC=GCTTTAGGGTTGGGGGCCAGG;SOR=0.961;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=24;WE=93521659;WS=93521641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr15	93522312	rs2272461	G	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.768;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
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chr15	93536197	rs2272457	C	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=0.267;SC=TGCAGGAATACGAAGAGCAGC;SOR=0.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=7;WE=93536205;WS=93536187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr15	93588289	rs4778078	G	A	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.077;NF=22;NR=10;PP=381;ReadPosRankSum=0.843;SC=GGGCCGGGGGGCCAGGGGCAG;SOR=0.834;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=32;WE=93588297;WS=93588279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,50:0.47:106
chr15	93588336	rs4238485	A	C	4814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=41;PP=2100;SC=CCCGAGTCCTATCATACAGGT;SOR=1.018;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=69;TCR=43;TR=110;WE=93588344;WS=93588326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr15	93595855	rs1997382	T	C	627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=344;SC=GAGCCACCCATGCCACACACA;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=93595863;WS=93595845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	93609460	rs11074135	A	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,56:0.46:122
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chr15	93616283	rs112633977	A	AAGG	2951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.737;NF=5;NR=20;PP=1123;ReadPosRankSum=1.865;SC=TTCAGAAAAAAAGAAGAAAAT;SOR=0.648;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=25;WE=93616291;WS=93616273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,78:0.49:158
chr15	93616933	rs55816698	C	G	5448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=536;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=77;PP=2056;ReadPosRankSum=1.219;SC=CTCTGCATCTCAGCTACTAAC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=276;TCF=117;TCR=159;TR=132;WE=93616941;WS=93616923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,266:0.50:531
chr15	93616975	rs4598860	A	G	3923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.671;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=61;PP=1508;ReadPosRankSum=-0.336;SC=TCGTGGCCCCAGGCCACCCAT;SOR=0.796;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=201;TCF=81;TCR=120;TR=97;WE=93616983;WS=93616960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,194:0.51:382
chr15	93749883	rs17540247	G	A	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=634;ReadPosRankSum=1.737;SC=TTTGGAAAACGGGACTTTGAA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=60;TCF=10;TCR=50;TR=31;WE=93749891;WS=93749873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr15	93844616	rs12914371	T	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.77;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr15	93844762	rs12909691	C	T	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=548;ReadPosRankSum=1.045;SC=TTCGTCCAACCTTTTGGATTG;SOR=0.871;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=37;WE=93844770;WS=93844752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr15	93844836	rs34239935	G	A	3817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.84;ReadPosRankSum=-1.824;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,102:0.48:214
chr15	93844843	rs12914719	T	A	3952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.81;ReadPosRankSum=-3.132;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,109:0.49:222
chr15	94410296	rs12908831	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=1.323;SC=AAATAATAACATAATCTCATC;SOR=0.613;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=15;WE=94410304;WS=94410286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,30:0.39:76
chr15	94841420	rs75426544	T	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=9.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.17;ReadPosRankSum=0.635;SOR=3.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr15	94841430	rs79161311	G	A	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.20;ReadPosRankSum=0.155;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr15	94841440	rs34741618	A	AGTT	724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.12;ReadPosRankSum=1.559;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr15	94841691	rs61737195	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=608;ReadPosRankSum=-1.691;SC=CCAGAGGGCCGGCCTTACTCC;SOR=0.732;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=32;WE=94841699;WS=94841681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr15	94842034	rs117268644	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.51;MQRankSum=-1.002;QD=16.96;ReadPosRankSum=1.410;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr15	94882509	rs4984382	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=0.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr15	94882733	rs10686457	G	GACGT	459.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.172;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.390;NF=2;NR=8;PP=514;ReadPosRankSum=-0.659;SC=TGTCCTCTTAGACGTGAACTT;SOR=1.659;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=10;WE=94882741;WS=94882723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
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chr15	94884108	rs8025851	G	C	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.56;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
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chr15	98512622	rs5814833	CT	C	2067.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=37;PP=1234;SC=AAGCAAAGCTCTTTTTTAAAA;SOR=1.259;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=40;WE=98512630;WS=98512612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr15	98513086	rs201375946	CT	C	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.049;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
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chr15	98514282	rs62023730	A	G	3642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=42;PP=1898;ReadPosRankSum=-0.954;SC=GCATATAACCATCATATAATT;SOR=1.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=77;TCR=42;TR=118;WE=98514290;WS=98514272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,148:0.99:150
chr15	98514489	rs3803385	A	G	2356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=54;PP=1664;SC=CTTTTTGGGAAAGAGACAGGA;SOR=2.162;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=16;TCR=54;TR=70;WE=98514497;WS=98514479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr15	98995081	rs12101356	A	G	1459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.576;NF=22;NR=17;PP=541;ReadPosRankSum=-0.144;SC=GGAGACATCGAGCAGCTAACC;SOR=0.810;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=39;WE=98995089;WS=98995071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,74:0.47:156
chr15	99192754	.	CTTTTTTTTT	C	1140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=6.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.19;MQRankSum=0.992;QD=26.53;ReadPosRankSum=1.255;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,39:0.91:43
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chr15	99456553	rs951715	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=130;ReadPosRankSum=-0.573;SC=ACACTTCTTCGCAAGCTCACT;SOR=0.551;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=11;WE=99456561;WS=99456543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr15	99465285	rs2684806	C	T	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=-0.458;SC=TTCTATTCCACGGTTAAGATT;SOR=1.075;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=5;WE=99465293;WS=99465275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
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chr15	99472734	rs4486868	T	C	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=1.832;SC=AGAAATGAAATGAGCAAATTG;SOR=0.562;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=83;TCF=51;TCR=32;TR=38;WE=99472742;WS=99472724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,68:0.50:137
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chr15	99478225	rs2229765	G	A	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=292;ReadPosRankSum=0.434;SC=GCATGCGTGAGAGGATTGAGT;SOR=1.127;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=16;WE=99478233;WS=99478215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr15	99478493	rs10400894	T	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=5;PP=281;SC=AACACAGGCATCAGCAAGGGC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=99478513;WS=99478483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	99478505	rs34389972	A	AC	599.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=3;PP=509;SC=AGCAAGGGCCACCTGACCCTC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=99478513;WS=99478483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr15	99478713	rs2293117	T	C	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,77:0.44:177
chr15	99511793	rs1521484	C	G	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=45;PP=1941;SC=TCCAGCATTTCCTGGATGATG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=100;WE=99511813;WS=99511783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr15	99511804	rs5814919	A	AC	5882.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=43;PP=1736;SC=CTGGATGATGACTCTCAAGGC;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=60;WE=99511813;WS=99511783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr15	99514423	rs199745395	TGGGGGGG	T	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.95;MQRankSum=1.068;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.532;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr15	99544429	rs2593051	G	A	2896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=25;PP=1462;SC=GAGAGTCCGCGGCTTCATTCT;SOR=1.232;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=71;WE=99544437;WS=99544419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr15	99645813	rs1044356	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=45;ReadPosRankSum=0.476;SC=TGCTGGGCCGGCTGCAGGCCG;SOR=0.223;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=7;WE=99645821;WS=99645803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr15	99645862	rs11014	A	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=5.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.432;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr15	99646107	rs60530833	A	AG	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=200;SC=CGCAGGAGGCAAGGCGCTGCG;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=99646115;WS=99646097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr15	99653666	rs2305446	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=208;ReadPosRankSum=-3.039;SC=TGTTTAATAACGCCGGGTGTT;SOR=2.179;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=13;WE=99653674;WS=99653656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr15	99653800	rs2305445	T	C	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=769;ReadPosRankSum=-0.804;SC=CTTTAGAGAGTGATTGACTGC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=66;WE=99653808;WS=99653790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,94:0.56:169
chr15	99667414	rs75546487	T	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=229;ReadPosRankSum=-1.313;SC=CTCTGGAACCTGCTACCCTAA;SOR=0.869;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=16;WE=99667422;WS=99667404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr15	99667524	rs260090	G	C	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=360;ReadPosRankSum=0.539;SC=CTACCTTATTGAGGCCAAGAG;SOR=0.576;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=22;WE=99667532;WS=99667514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,38:0.38:100
chr15	99670265	rs3743244	C	T	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=25;PP=767;ReadPosRankSum=0.429;SC=AAGGACTCACCGAAGGAGAAG;SOR=0.582;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=50;WE=99670273;WS=99670255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,82:0.41:199
chr15	99670518	rs1670227	T	C	1542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.241;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=765;ReadPosRankSum=0.038;SC=AGCAGTTCACTCAGTCTCCAG;SOR=0.918;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=53;WE=99670526;WS=99670508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,81:0.43:187
chr15	99670989	rs3743248	T	C	6245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=71;PP=2965;SC=CCAAGCAGCCTCAGGAGAACA;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=156;TCF=83;TCR=73;TR=154;WE=99670997;WS=99670979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr15	99671760	rs260087	T	C	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=39;PP=1726;SC=GCATTCGCTTTAGGCGTTGGG;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=99671768;WS=99671750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr15	99671795	rs5030699	C	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=519;ReadPosRankSum=2.846;SC=TACATCCCTTCAGGCGAGAGC;SOR=0.777;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=39;WE=99671803;WS=99671785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,57:0.43:132
chr15	99672599	rs7167599	G	C	2058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.499;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=1087;ReadPosRankSum=-2.026;SC=ACTGTGCACGGAGAGGGCTCA;SOR=0.644;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=64;WE=99672607;WS=99672589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,98:0.46:215
chr15	99672722	rs2292288	A	G	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=967;ReadPosRankSum=-0.077;SC=GATAGTGCAGAGGACACATCA;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=65;WE=99672730;WS=99672712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,112:0.53:212
chr15	99678145	rs260089	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=0.381;SC=TTTTCTAGGCGGAGGTGATTT;SOR=0.828;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=8;WE=99678153;WS=99678135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr15	99679489	rs34077294	GAGAT	G	931.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.209;NF=11;NR=5;PP=705;ReadPosRankSum=-0.842;SC=GAAAGGGAATGAGATAGAGAA;SOR=1.661;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=16;WE=99679500;WS=99679479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,26:0.42:62
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chr15	99679830	rs260118	A	G	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=615;ReadPosRankSum=-0.854;SC=ACTCTCTGTGACTATCTGTAT;SOR=0.855;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=38;WE=99679838;WS=99679820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,59:0.36:164
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chr15	99762052	rs76007555	A	G	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.695;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=1.358;SC=GCACAAGCTCATGGACGGCCT;SOR=0.751;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=23;WE=99762060;WS=99762042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr15	99798934	rs7162949	G	A	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=25;PP=1187;SC=CCTGTGGCTTGTATTCACTTT;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=99798942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr15	99799380	rs80214911	A	G	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=37;PP=1063;ReadPosRankSum=-2.462;SC=TCCAGCTGACATTACTAGCCT;SOR=0.571;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=198;TCF=117;TCR=81;TR=84;WE=99799388;WS=99799370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,148:0.45:326
chr15	99799750	rs1976589	T	C	4649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=64;PP=2762;SC=ACAGAATCTCTGTGTGCTTTG;SOR=0.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=148;WE=99799758;WS=99799740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr15	99799860	rs78782813	C	T	2537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=40;PP=1175;ReadPosRankSum=0.850;SC=CCATGCGAGTCGGAAGAAAAC;SOR=0.574;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=96;TCR=88;TR=81;WE=99799868;WS=99799850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,126:0.48:263
chr15	99901749	rs3817147	C	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.352;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.344;SOR=0.260;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr15	100230908	rs325385	T	C	174.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=139;SC=AAGCCAGGCATAGAAAGATAG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=100230916;WS=100230898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr15	100243487	rs34131461	GT	G	1406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=16;PP=987;SC=GTCCAAATATGTTTTTTCTAA;SOR=1.238;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=31;WE=100243495;WS=100243477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr15	100246834	rs325409	T	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=0;PP=289;SC=GAAAATGACATTCATATGAAA;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=100246842;WS=100246824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr15	100246936	rs325408	T	C	5529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr15	100246942	rs325407	G	A	5727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.07;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr15	100252709	rs373652230	CCAG	C	1554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.808;NF=11;NR=32;ReadPosRankSum=-0.609;SC=CATCGGGCTTCCAGCAGCAGC;SOR=0.767;Source=Platypus;TCF=29;TR=43;WE=100252722;WS=100252699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,80:0.48:168
chr15	100252741	.	AGCC	A	687	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=24;NF=10;NR=32;SC=CAGCAGCAGCAGCCGCCGCCA;Source=Platypus;TCF=35;TR=42;WE=100252751;WS=100252731;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:69,42:0.38:111
chr15	100269309	rs6598263	T	G	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=19;PP=1440;SC=AAGCTGGGCCTAGTCTTTAAA;SOR=2.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=59;TCR=19;TR=78;WE=100269317;WS=100269299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr15	100269737	rs8041078	G	A	2115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.333;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=44;PP=2182;ReadPosRankSum=-0.130;SC=GCCGGCCTGGGCACCGGTGCC;SOR=0.894;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=150;TCF=63;TCR=87;TR=72;WE=100269757;WS=100269727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,108:0.50:216
chr15	100269749	rs8041089	G	A	1862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,96:0.50:191
chr15	100269796	rs6598264	A	G	3163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=55;PP=1788;SC=CTGTGGTCTCAGAAGACGGGC;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=98;WE=100269804;WS=100269786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr15	100271253	rs12185079	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.937;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=189;ReadPosRankSum=-1.088;SC=AAAGAGATTTCTTAAATTAAG;SOR=0.518;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=16;WE=100271261;WS=100271243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr15	100271757	rs8033612	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=217;ReadPosRankSum=-1.566;SC=AAGGTACTCCCACCTGCATTC;SOR=0.784;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=17;WE=100271765;WS=100271747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr15	100271821	rs8032484	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CTCTCCTGACGGCCTGGCAGG;SOR=0.340;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=6;WE=100271829;WS=100271811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr15	100272337	rs73466515	A	G	209.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.6705;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=122;ReadPosRankSum=1.036;SC=CTCAGCATACATCATCAACAG;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=100272345;WS=100272327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr15	100330535	rs79797081	G	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr15	100330587	rs138586565	C	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.487;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr15	100330730	rs79063960	C	T	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-2.460;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr15	100330786	rs76506736	T	C	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=27;ReadPosRankSum=0.135;SC=TGTTGGATAATATAGTCTGCT;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=100330794;WS=100330776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr15	100331100	rs936037	A	G	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=227;ReadPosRankSum=0.489;SC=CGGGGACAGCAGTTGCATGGA;SOR=0.824;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=15;WE=100331108;WS=100331090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr15	100331253	rs1060457	G	A	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.71;ReadPosRankSum=-1.544;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,50:0.44:114
chr15	100331282	rs1060456	C	T	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.135;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,52:0.43:121
chr15	100331664	rs2002316	GC	TT	1396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=930;ReadPosRankSum=2.366;SC=GTAGTGGCTGGCTCAGTGTTA;SOR=0.709;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=30;WE=100331673;WS=100331654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
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chr15	100331800	rs2004045	G	A	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.494;NF=17;NR=18;PP=477;ReadPosRankSum=-1.873;SC=GAGGCACCTCGGCCCATGCCA;SOR=0.736;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=35;WE=100331808;WS=100331790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr15	100331819	rs2958994	A	G	4446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.54;QD=35.86;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	100331819	.	AGAGGA	GGAGGA,GGAGGC	627	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000,0.5000;HP=3;HapScore=2;MMLQ=23;NF=41,21;NR=40,24;SC=CAAGCAACCCAGAGGACCTGG;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=81,45;WE=100331832;WS=100331809;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:81
chr15	100331824	rs2004046	A	C	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-0.494;QD=11.67;ReadPosRankSum=-1.580;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,69:0.57:121
chr15	100331961	rs1809156	A	G	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=49;PP=2020;SC=CATCCCTTCCAGGAGCCAGTG;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=115;WE=100331969;WS=100331951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr15	100332215	rs76943657	G	A	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.867;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=980;ReadPosRankSum=-0.091;SC=TGGTGGCCTCGGCCCAGCAGA;SOR=0.816;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=61;WE=100332223;WS=100332205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,74:0.49:150
chr15	100332523	rs2077186	G	A	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.306;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1320;ReadPosRankSum=1.344;SC=GCCAGGGCACGGCAGGGGGAG;SOR=0.999;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=147;TCF=81;TCR=66;TR=72;WE=100332534;WS=100332513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,88:0.49:178
chr15	100332743	rs8039516	A	G	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=4.339;NF=36;NR=37;PP=867;ReadPosRankSum=1.422;SC=GCGCCGGTAGATGCATAACAG;SOR=0.507;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=201;TCF=97;TCR=104;TR=73;WE=100332751;WS=100332733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,86:0.40:214
chr15	100332799	rs11639102	A	C	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.15;MQRankSum=-15.564;QD=7.40;ReadPosRankSum=6.778;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,71:0.24:298
chr15	100332807	rs11633999	C	T	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.72;MQRankSum=-14.720;QD=7.32;ReadPosRankSum=7.829;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,71:0.24:300
chr15	100332835	rs137855402	C	G	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=6.388;NF=34;NR=38;PP=1067;ReadPosRankSum=2.569;SC=ACGAGGGACACAGCAAATTCC;SOR=0.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=178;TCF=85;TCR=93;TR=72;WE=100332843;WS=100332825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,107:0.35:305
chr15	100332877	rs6598274	T	C	3141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.006;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=7.157;NF=46;NR=63;PP=1456;ReadPosRankSum=3.017;SC=CTGATGAGCCTGGTCCAGGAG;SOR=0.956;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=60;TCR=79;TR=109;WE=100332885;WS=100332867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,143:0.76:189
chr15	100332919	rs2603217	T	C	2316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=58;PP=1831;SC=TGGGTGCTGATAAGCATGGTG;SOR=1.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=83;WE=100332927;WS=100332909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr15	100333075	rs11634114	C	T	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.622;NF=16;NR=14;PP=431;ReadPosRankSum=1.420;SC=CAGCAACTCCCGTATGCCATT;SOR=0.805;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=60;TCF=30;TCR=30;TR=30;WE=100333083;WS=100333065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,46:0.51:90
chr15	100339909	rs139394304	T	C	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.917;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=389;ReadPosRankSum=0.366;SC=CCGATGATGCTGAGAGCCTCT;SOR=0.699;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=33;WE=100339917;WS=100339899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,72:0.49:147
chr15	100514561	rs2581340	G	C	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=5;PP=830;SC=GGGTGGGTGGGTTTCAGACCT;SOR=3.442;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=30;TCR=5;TR=35;WE=100514569;WS=100514551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr15	100514614	rs2573652	T	C	2817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=29;PP=1810;SC=GTGTCACGAGTTCGGCGGTGG;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=85;WE=100514622;WS=100514604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr15	100516472	rs11634977	G	A	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=172;SC=TGAGGTCAAGGGACTGGGATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=100516480;WS=100516462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	100533218	rs7175995	C	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=473;SC=CCCTGCACTGCGGCACGGAGA;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=100533226;WS=100533208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr15	100537494	rs12900132	C	T	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=25;PP=1431;SC=GACCTGGGGGCGAGCGAGGGC;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=77;WE=100537502;WS=100537484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr15	100603776	rs6598297	T	A	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=32;PP=1861;SC=AACACAGGCGTGAAACCAGCC;SOR=1.241;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=90;WE=100603784;WS=100603766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr15	100649248	rs61752832	G	A	2774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=29;PP=1402;SC=AGGGTGTACCGTCCAGGACCC;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=100649256;WS=100649238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr15	100672237	rs12907333	T	G	4934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=50;PP=1869;SC=TTCCTCTGCCTGAAGCGGGCT;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=103;WE=100672245;WS=100672227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr15	100692845	rs28567966	A	G	3374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=38;PP=1514;SC=GGTGGCATTCATGCCAAACAG;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=52;TCR=38;TR=90;WE=100692853;WS=100692835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr15	100692953	rs72755233	G	A	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr15	100693032	rs10664668	C	CTT	1699.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=27.42;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr15	100794172	rs7172834	T	A	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=4;PP=403;SC=TAACTTCAAATCATTTCAGGA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=100794180;WS=100794162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr15	100794363	rs4369638	C	T	4114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr15	100801698	rs4965613	G	A	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=20;PP=870;SC=TCACAAACACGGCAGCATCCA;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=51;WE=100801706;WS=100801688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr15	100801965	rs6598316	G	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=547;SC=GATGACTCACGGCCCTCGAAG;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=100801973;WS=100801955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chr15	100821576	rs7496668	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=465;ReadPosRankSum=1.701;SC=CCAGTCCCGCGAAGGCCTGCC;SOR=0.359;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=30;WE=100821584;WS=100821566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,42:0.52:80
chr15	100821647	rs7497712	T	C	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=-2.395;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,30:0.57:53
chr15	100881214	rs882607	G	T	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.40;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr15	100881995	rs2585224	G	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=31;ReadPosRankSum=0.513;SC=GCAGGACGCGGGGTGAAGAGG;SOR=0.631;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=6;WE=100882003;WS=100881985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr15	100889496	rs2289584	T	G	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=31;PP=1051;SC=GACAGCTCGATTCTGATGGGC;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=100889504;WS=100889486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr15	100942843	rs1023782	G	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr15	100942962	rs2439928	T	C	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=20;PP=673;SC=CTCTCAGCCCTGAGGCCGTTC;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=45;WE=100942970;WS=100942952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr15	100996038	rs12595207	C	T	1664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=2.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.883;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.727;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,87:0.44:196
chr15	100996076	rs11323964	AT	A	3702.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.05;MQRankSum=0.898;NF=15;NR=28;PP=1650;ReadPosRankSum=0.361;SC=ATTAAGAGCAATAATATTTGG;SOR=0.764;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=43;WE=100996084;WS=100996066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,129:0.56:231
chr15	100996323	rs112369982	T	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.203;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr15	101009474	rs34108242	A	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=0.928;SC=CACTTGACACAAATAACTGGA;SOR=0.307;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=101009482;WS=101009470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr15	101009530	rs12909732	G	A	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.074;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,13:0.27:49
chr15	101019529	rs2654574	C	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=17;NR=11;PP=436;SC=AGGGATGACACAGTAGTGAAC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=101019537;WS=101019519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr15	101019819	rs2587763	G	T	222.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=167;SC=ATTGACCTTTGCCATATTCTT;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=101019827;WS=101019809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr15	101020129	rs2587764	T	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.593;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=0.253;SC=CCTAAAGGAATTCACAGACAA;SOR=1.942;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=11;WE=101020137;WS=101020119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr15	101041896	rs1354332	T	C	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr15	101109818	rs12460	G	A	1468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=23;PP=549;ReadPosRankSum=0.704;SC=CGTCAGAATCGTCAGAGCTGT;SOR=0.798;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=40;WE=101109826;WS=101109808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,73:0.52:140
chr15	101112342	rs1493652	T	C	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.927;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=354;ReadPosRankSum=-0.299;SC=TATATATAAATTCATAGTGTC;SOR=0.346;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=21;WE=101112350;WS=101112332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr15	101113862	rs12719734	C	T	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=22;PP=1060;SC=TTACCTTTCACTTCACTTGCT;SOR=1.046;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=56;WE=101113870;WS=101113852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr15	101115159	rs1532765	T	C	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.699;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,52:0.46:112
chr15	101152745	rs4965683	A	C	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=629;SC=TACTCAACATATTATTCTCTC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=101152753;WS=101152735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr15	101440988	rs4646674	A	C	875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=476;ReadPosRankSum=0.422;SC=TGTGTGTGAAACCATGGTGCT;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=32;WE=101440996;WS=101440978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,43:0.51:84
chr15	101441055	rs4646675	T	C	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=40;ReadPosRankSum=1.444;SC=TCCCTCTCCGTGAAAGGAATG;SOR=0.784;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=6;WE=101441063;WS=101441045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr15	101447588	rs4646684	A	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=284;ReadPosRankSum=-2.916;SC=TGTATATTATATACCAAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=20;WE=101447596;WS=101447578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr15	101448783	rs4646687	G	A	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.234;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=185;ReadPosRankSum=-2.505;SC=CTGACACCCCGTCCCCCCCAC;SOR=1.066;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=18;WE=101448791;WS=101448773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,22:0.32:69
chr15	101550858	rs12595297	G	T	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.464;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,46:0.46:101
chr15	101550861	.	CTT	C,CT	1316.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=2.797;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.577;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,32,53:0.33,0.55:97
chr15	101555399	rs2034809	G	A	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=745;ReadPosRankSum=-2.168;SC=TGCAGCGTGCGCCCCTGCCAG;SOR=0.403;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=45;WE=101555407;WS=101555389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,45:0.59:76
chr15	101561980	rs146724273	CGTGTGTGTGTGT	C,CGTGTGT	1011.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=13,13;NR=4,4;PP=823,437;SC=CACGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=17,17;WE=101562001;WS=101561970;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.83:24
chr15	101562793	rs11247253	G	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=214;ReadPosRankSum=-0.037;SC=CGGCTGGCTCGAGAGCCAAGG;SOR=0.635;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=14;WE=101562801;WS=101562783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr15	101566118	rs4427776	C	T	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=236;ReadPosRankSum=0.530;SC=TCTGTCCTGTCCCTTGTTCCA;SOR=1.802;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=15;WE=101566126;WS=101566108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr15	101567547	rs41319544	G	C	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=3.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.471;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,84:0.48:176
chr15	101569467	rs11639307	T	C	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.804;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=329;ReadPosRankSum=-0.650;SC=CGCCAGGCTGTGCAGGTTGCT;SOR=1.085;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=29;WE=101569475;WS=101569457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr15	101591784	rs13329684	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=223;ReadPosRankSum=-1.710;SC=TTCAGCCTGTCTCTTGGGTAC;SOR=0.111;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=15;WE=101591792;WS=101591774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr15	101591834	rs13329662	G	A	811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=499;ReadPosRankSum=-1.071;SC=AAGGCCTCAGGGCCTGGGGTG;SOR=0.666;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=81;TCF=59;TCR=22;TR=34;WE=101591842;WS=101591824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,40:0.43:93
chr15	101591857	rs10710683	CG	C	3899.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=35;PP=2457;SC=GAGTGCTGCTCGGGGGGCCCT;SOR=1.342;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=78;WE=101591865;WS=101591847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr15	101593641	rs11631875	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,65:0.52:124
chr15	101598200	rs11857803	G	A	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.008;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1011;ReadPosRankSum=0.548;SC=CTCAGCGACCGCTGGCCCTGT;SOR=0.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=78;WE=101598208;WS=101598190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,116:0.50:231
chr15	101598314	rs11853661	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=435;ReadPosRankSum=0.726;SC=AGGAGTACACCGTGGTGTTTT;SOR=0.691;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=67;TCF=19;TCR=48;TR=30;WE=101598322;WS=101598304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,45:0.48:93
chr15	101601367	rs148929418	C	CACTT	2095.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=808;ReadPosRankSum=2.270;SC=CAGTTTCTGCCACTTACAGGA;SOR=0.771;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=18;WE=101601375;WS=101601357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,55:0.45:123
chr15	101601564	rs72766872	A	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.183;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=124;ReadPosRankSum=0.677;SC=GGTGGGGGCCACATTCATAAA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=101601572;WS=101601554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr15	101607513	rs2925201	T	C	3227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.71;SOR=1.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr15	101607513	.	TTGCAGT	CTGCAGC,CTGCAGT	462	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=59.83;NF=11,23;NR=20,45;PP=302,462;QD=11.4667056407;SC=GTCTACATGGTTGCAGTGATG;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=31,68;WE=101607527;WS=101607503;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.45:69
chr15	101607519	rs111609923	T	C	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,43:0.48:90
chr15	101607626	.	ATGTGTGTGTGTG	A	1239	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=1239;QD=414.0;SC=CTCAGTTCAAATGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=101607645;WS=101607616;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr15	101717680	rs8024370	G	T	4179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=52;PP=2072;ReadPosRankSum=-0.979;SC=CCAGCTGCTGGGTGGACCCAT;SOR=0.254;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=62;TCR=52;TR=113;WE=101717688;WS=101717670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr15	101718097	rs28364839	C	G	5076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=72;PP=2694;SC=CTGTAGTAAACACGAGGTCGA;SOR=0.904;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=127;WE=101718105;WS=101718087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr15	101791262	rs7171436	C	A	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=730;SC=CGGGCGGAGGCGAGAGCCAGG;SOR=2.133;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=34;WE=101791270;WS=101791252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr15	101791359	rs7176149	C	G	1629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=612;ReadPosRankSum=-0.042;SC=CGGCCACGGCCCGAGTCTGCA;SOR=0.721;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=45;WE=101791367;WS=101791349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,85:0.51:167
chr15	101791605	rs7175303	G	A	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-0.104;SC=CCAGCACGAAGCCCAGGACGA;SOR=1.022;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=101791613;WS=101791595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr15	101791684	.	G	GGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCC	141.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.02;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr15	101853490	rs80278342	G	A	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.465;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=43;PP=1210;ReadPosRankSum=1.279;SC=TGCCCTCCCCGGCCCCTGGGG;SOR=0.640;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=88;TCR=96;TR=83;WE=101853498;WS=101853480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,107:0.43:251
chr15	101862690	rs36022203	G	T	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=37;PP=2093;SC=CAGCGCCACCGCCCTGACATT;SOR=1.296;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=67;TCR=37;TR=104;WE=101862698;WS=101862680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr15	101862970	rs1871975	T	C	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=28;PP=763;SC=CAGAGGCCGCTTGTACCTGGT;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=101862978;WS=101862960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr15	101871941	rs34318939	G	GA	2650.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=32;PP=2039;SC=CCAGGCAAGAGAGACACACAA;SOR=0.807;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=46;TCF=12;TCR=34;TR=44;WE=101871949;WS=101871931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr15	101887767	rs2949	C	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=166;ReadPosRankSum=-0.973;SC=TGCACGCACACGCATTCATGC;SOR=1.244;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=10;WE=101887775;WS=101887757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr15	101887794	rs1030	T	C	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.96;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr15	101888081	rs875293	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=125;ReadPosRankSum=-0.619;SC=GAGGAAGCGCCCGGGGTTGAC;SOR=1.022;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=7;WE=101888089;WS=101888071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr15	101924674	rs146791437	C	T	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=344;ReadPosRankSum=0.683;SC=AGCTCAACAACGGCAGCCACA;SOR=0.982;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=27;WE=101924682;WS=101924664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr15	101929632	rs33912717	AT	A	371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,36:0.34:105
chr15	101929825	rs6598460	G	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-0.659;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr15	101970095	rs111860991	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.233;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=-1.139;SC=AAGATACGCCGGCAGCCACCG;SOR=0.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=101970103;WS=101970085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr15	101970308	rs2643354	G	A	2652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=36;PP=1069;SC=GAAATGGCATGTGACAGCTCT;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=60;WE=101970316;WS=101970298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr15	101971388	rs2643356	T	C	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.780;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=238;ReadPosRankSum=-0.818;SC=TCCTAATTCTTTCCAGCATAG;SOR=2.694;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=13;WE=101971396;WS=101971380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr15	101972035	rs2643358	G	A	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=51;ReadPosRankSum=0.473;SC=CAGGAAAGCCGGTACTGCACA;SOR=0.941;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=6;WE=101972043;WS=101972025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr15	102003442	rs12907397	C	T	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=168;ReadPosRankSum=0.394;SC=ATGGGAGAGACGAGAGAGGCA;SOR=0.579;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=14;WE=102003450;WS=102003432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr15	102029597	rs1135910	C	G	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=-0.962;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr15	102029685	rs199543153	G	GGC	969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.16;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr15	102185368	.	T	TA	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,15:0.18:82
chr15	102191869	rs672314	G	A	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=14;PP=785;SC=ATAACTACATGTATTTACTAG;SOR=1.197;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=102191877;WS=102191859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr15	102192034	rs507903	A	G	5056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr15	102192502	rs1127963	G	A	7335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=789;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=102;PP=2657;ReadPosRankSum=-1.631;SC=AGAACTGCGAGAGGAAGAGCA;SOR=0.752;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=403;TCF=194;TCR=209;TR=186;WE=102192510;WS=102192492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:410,376:0.48:786
chr15	102192540	rs675436	T	G	22930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.31;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr15	102192548	rs2939587	A	C	21318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.79;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr15	102196186	rs572705	C	T	7032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=84;NR=67;PP=2473;SC=CAGGAATCTACAGCCATGCTT;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=151;WE=102196194;WS=102196176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr15	102211654	rs606511	T	C	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=5;PP=320;SC=ATTAGAATATTAGTACTATAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=102211662;WS=102211644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr15	102284495	rs71407366	T	C	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.469;NF=15;NR=2;PP=281;ReadPosRankSum=-3.112;SC=GAACTGAATATGACCCAGGAG;SOR=0.569;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=17;WE=102284503;WS=102284493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr15	102284585	rs145709204	A	C	622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-2.974;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,51:0.22:233
chr15	102284675	rs182931332	A	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.92;MQRankSum=1.014;QD=3.11;ReadPosRankSum=-1.316;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,66:0.25:267
chr15	102287886	rs375110977	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.10;QD=28.75;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr15	102312207	rs75381810	A	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=5.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.73;MQRankSum=1.914;QD=2.48;ReadPosRankSum=-3.316;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,29:0.23:127
chr15	102312240	rs59860046	GA	G	2548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.65;QD=34.44;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr15	102312315	rs57638732	GA	G	2097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.25;QD=35.55;SOR=2.041;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr15	102313716	rs352719	A	G	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.65;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr15	102313869	rs72761685	G	A	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=19;PP=720;SC=AGTTTGCCAGGTTGTCCCCCT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=102313877;WS=102313859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	81639	rs118023239	C	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.278;NF=10;NR=0;PP=177;ReadPosRankSum=1.174;SC=CATTTGAGATCCGCGTATAAA;SOR=2.476;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=10;WE=81647;WS=81629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	97610	rs798675	G	A	1359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=25;PP=550;ReadPosRankSum=-1.695;SC=GCTACTCATGGCTGTCAAAAG;SOR=0.625;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=44;WE=97618;WS=97600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,70:0.48:145
chr16	103423	rs2541593	C	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=250;ReadPosRankSum=-1.027;SC=AGTCGGAGGACGCGGAAGGCC;SOR=0.712;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=18;WE=103431;WS=103413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr16	103449	rs11376822	C	CG	2190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=14;PP=1419;SC=GAGTCGCCCGCGCCCAGCGCC;SOR=1.421;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=33;WE=103457;WS=103439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	103517	rs183360	A	C	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=43;PP=1282;SC=GTGTTGCAGGAGAAGCGGTGG;SOR=0.734;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=86;WE=103525;WS=103507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
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chr16	105320	rs216596	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.43;ReadPosRankSum=-1.601;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr16	105325	rs2858042	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.41;ReadPosRankSum=-2.291;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr16	105444	rs2541594	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr16	106777	rs216597	G	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=218;ReadPosRankSum=1.198;SC=GCAGAGGGCAGCTGGAGGGGC;SOR=0.616;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=11;WE=106785;WS=106767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr16	106952	rs11435836	G	GC	252.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=61.34;NF=7;NR=1;PP=312;SC=GATGGCCACTGCACTTCCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=106960;WS=106942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	107275	rs1045001	T	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=109;ReadPosRankSum=0.938;SC=TGCCCAACAGTAACTGTCAGC;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=9;WE=107283;WS=107265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr16	108585	rs216598	T	C	1380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.314;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=631;ReadPosRankSum=0.338;SC=TGATGAACCCTGAGATGTGGG;SOR=0.549;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=85;TCF=32;TCR=53;TR=50;WE=108593;WS=108575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,72:0.49:146
chr16	108796	rs34941405	T	TG	1212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=585;SC=GCAGTGGGGCTGGCAGGCCCC;SOR=1.002;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=108804;WS=108786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	109671	rs216599	A	G	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=844;ReadPosRankSum=-0.439;SC=GAGAAGGCACACCCTAGGGCG;SOR=0.688;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=100;TCF=48;TCR=52;TR=54;WE=109679;WS=109661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,95:0.52:182
chr16	110165	rs216600	T	C	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.299;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=475;ReadPosRankSum=0.829;SC=TGGCATTCTCTCCCACATGAC;SOR=0.509;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=32;WE=110173;WS=110155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,64:0.51:126
chr16	110925	rs2562146	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	112151	rs216602	A	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	112513	rs216604	T	C	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=14;PP=778;ReadPosRankSum=-0.534;SC=TCTCTGCCCCTCTTCCCTGCC;SOR=0.901;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=48;WE=112521;WS=112503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,52:0.57:92
chr16	113883	rs10659183	G	GCC	5768.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=44;PP=2967;SC=GGGGCAGCATGCTGCCCCCAG;SOR=0.876;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=64;TCF=13;TCR=51;TR=56;WE=113894;WS=113873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	113886	rs11285099	GC	G	5687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.09;NF=8;NR=45;PP=1948;SC=GCAGCATGCTGCCCCCAGGCC;SOR=0.826;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=8;TCR=48;TR=53;WE=113894;WS=113873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	113970	rs2157115	T	C	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.868;NF=11;NR=20;PP=349;ReadPosRankSum=-0.041;SC=AGCCACCCCCTGAACTGTTAG;SOR=0.724;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=31;WE=113978;WS=113960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,60:0.44:137
chr16	114535	rs2562147	A	G	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=76;ReadPosRankSum=0.567;SC=GAGAGCGGTCAGTATCCAGAA;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=8;WE=114543;WS=114525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	128179	rs2562162	T	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=6;PP=181;SC=ACTGCCCCCCTTCTCCCGGCT;SOR=0.776;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=11;WE=128187;WS=128169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	129198	.	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=27;ReadPosRankSum=-0.585;SC=GAGCAGCCACCCTGCCCCCAG;SOR=0.760;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=4;WE=129206;WS=129188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr16	136888	rs743725	T	C	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=25;PP=578;SC=GATGGGTGGGTGTGAGCCCAA;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=136896;WS=136878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	138772	rs57321480	A	AG	4154.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=25;PP=1628;SC=ATGCTCCGACAGCTGGCCAGC;SOR=0.711;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=35;WE=138780;WS=138762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	142825	rs2541618	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=324;SC=GGCAGGTGGGTCAGGACAGTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=142833;WS=142815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	148352	rs2541616	G	A	2195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=46;PP=1346;SC=ACCCTGCACCGGGTATGCACC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=148360;WS=148342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	160668	rs808892	T	C	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=29;PP=881;SC=GCCTCAGCCTTCCAAGTAGCT;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=160676;WS=160658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	204116	.	GCGGGGCGGGA	G	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.53;QD=32.75;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	204156	rs199870026	G	T	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.50;QD=53.64;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	213329	rs2885589	A	G	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.978;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr16	216190	rs11431675	C	CG	943.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=696;ReadPosRankSum=1.697;SC=TGCGGATCCCCGGGCTCTGGG;SOR=0.587;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=19;WE=216198;WS=216180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr16	223706	rs2541640	A	G	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=79;PP=2208;SC=CTGAGTGGGCAGCAGCCTGTG;SOR=2.283;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=19;TCR=79;TR=98;WE=223714;WS=223696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	223735	rs2685121	A	G	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.355;NF=2;NR=16;PP=271;ReadPosRankSum=0.033;SC=GGTTCTCTCTATCCCGGAATG;SOR=1.011;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=18;WE=223743;WS=223725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr16	240280	rs1211375	A	C	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=211;ReadPosRankSum=0.021;SC=TCCATCAGTTAATCTCCAATG;SOR=0.693;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=13;WE=240288;WS=240270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr16	277458	rs1203974	G	A	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr16	284556	rs7191945	G	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.418;SOR=0.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr16	284833	rs7202423	T	G	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=316;SC=AGCGGCGCGGTCGGGTGAGAG;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=17;WE=284841;WS=284823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	322934	rs9940585	C	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=450;ReadPosRankSum=0.802;SC=CCCCGGGCTGCGGAGGGGAGA;SOR=0.547;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=36;WE=322942;WS=322913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,59:0.55:107
chr16	324052	rs2685126	A	G	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=329;ReadPosRankSum=-0.070;SC=CCTTCTCATAATCCACCAGGG;SOR=0.536;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=22;WE=324060;WS=324042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr16	325683	rs200964940	C	CG	86.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=62;SC=GGGGAGACCCCGGAGACCCCC;SOR=2.833;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=325703;WS=325673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	325695	rs201791993	A	AG	86.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=22;SC=GAGACCCCCAAGGGCCCCAGG;SOR=2.833;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=325703;WS=325673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	325732	rs202190256	A	AG	164.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=77;SC=GGCCTCGCAGACCTCCGCCCC;SOR=1.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=325740;WS=325722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	325771	rs111978133	GT	G	543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.25;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	325943	.	A	AG	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=4;PP=192;SC=GGGATGACCGACGTCCCGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=325951;WS=325933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	330661	.	C	CG	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.40;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	330678	rs368146102	G	A	275.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	332558	rs61572786	CG	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.952;SOR=0.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr16	333146	rs421195	C	T	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=136;ReadPosRankSum=0.169;SC=TATCTGCCCCCGCCCCACGCG;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=7;WE=333154;WS=333136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	334543	rs45614840	C	G	2087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=26;PP=882;ReadPosRankSum=0.767;SC=GAGTACCCTACGCTCAAGTTC;SOR=0.691;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=56;WE=334551;WS=334533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,105:0.50:208
chr16	334890	rs419949	G	A	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=719;ReadPosRankSum=-0.747;SC=CCTGCAGGACGAGGACGTGGC;SOR=0.773;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=130;TCF=75;TCR=55;TR=56;WE=334898;WS=334880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,94:0.51:184
chr16	335373	rs2685127	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.312;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,80:0.41:194
chr16	336396	rs400037	G	A	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=551;ReadPosRankSum=-0.095;SC=TGGGATCAGCGGCCAGTTAAG;SOR=0.743;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=35;WE=336404;WS=336386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,55:0.48:114
chr16	337017	rs449401	G	A	2175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=959;ReadPosRankSum=-1.257;SC=AGGGGCGGGGGCAGGGGTAGG;SOR=0.815;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=58;WE=337025;WS=337007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,100:0.63:158
chr16	338332	rs11374767	A	AC	886.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.320;NF=0;NR=27;PP=931;ReadPosRankSum=0.101;SC=GCGTGTCCACACCCCATCCCG;SOR=0.750;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=27;WE=338340;WS=338322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,35:0.55:64
chr16	339415	rs387467	G	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=416;ReadPosRankSum=0.008;SC=GTGCGGGGAGGGGGCACCCCA;SOR=0.964;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=35;TCR=15;TR=26;WE=339423;WS=339405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr16	339672	rs412243	T	C	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TCCCTCCTGCTGGCCTCAGGC;SOR=0.382;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=17;WE=339680;WS=339662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr16	347184	rs214252	A	G	4441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=89;PP=2238;ReadPosRankSum=0.248;SC=TCCCCGACTCAGCCTTCTTGG;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=272;TCF=112;TCR=160;TR=154;WE=347192;WS=347174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,219:0.54:405
chr16	348222	rs214250	C	T	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=830;ReadPosRankSum=1.129;SC=GGGGCCCTGACGATGGATCGC;SOR=0.701;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=55;WE=348230;WS=348200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,72:0.49:148
chr16	359953	rs2301522	A	G	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=15;PP=755;SC=TGGGCTGAGGACCGCAAAGCC;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=40;WE=359961;WS=359943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	396264	rs1805105	A	G	6491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=74;PP=2709;SC=CATCGTCCTCATCCATGTCCT;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=85;TCR=75;TR=159;WE=396272;WS=396254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr16	417281	rs62032959	G	A	2103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.689;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.10;ReadPosRankSum=-1.444;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
chr16	417289	rs62033860	C	T	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,61:0.46:134
chr16	418429	rs11642334	A	G	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,65:0.44:149
chr16	418462	rs11640313	C	G	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.047;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=753;ReadPosRankSum=-0.042;SC=GGCCGGGCCACGAGTCCCCAG;SOR=0.725;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=48;WE=418470;WS=418452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,71:0.51:138
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chr16	425277	rs11642686	C	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=59.94;MQRankSum=-1.343;NF=9;NR=17;PP=377;ReadPosRankSum=0.740;SC=GCCAGAGGGCCCCATCAGAGG;SOR=0.968;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=26;WE=425285;WS=425267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,46:0.52:88
chr16	425298	rs11648905	G	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.734;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.94;MQRankSum=-1.422;NF=9;NR=16;PP=320;ReadPosRankSum=1.128;SC=AGGCCGGGGCGGGGGGCTGGC;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=25;WE=425306;WS=425288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,44:0.49:89
chr16	426432	rs2071915	T	C	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=483;ReadPosRankSum=-1.211;SC=AGGGGCTGGATGGTCACGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=33;WE=426440;WS=426422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,46:0.50:92
chr16	426476	rs2071916	T	C	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=439;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GACAAGGGGTTTGGCTGGAGG;SOR=0.481;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=29;WE=426484;WS=426466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,54:0.53:102
chr16	427013	rs763140	G	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.263;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,57:0.61:93
chr16	427241	rs139922728	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.281;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=26;PP=521;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CAGACGCCCCCGGCATGCAGG;SOR=1.532;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=31;WE=427249;WS=427231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,33:0.53:62
chr16	427349	rs763142	C	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=2.308;SC=AGGTTCTCTGCCTCCATCCCG;SOR=0.883;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=5;WE=427357;WS=427340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	427479	rs11248931	T	C	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.678;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=282;ReadPosRankSum=0.925;SC=CTTCTCGGTGTGGTGCTCAGC;SOR=0.913;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=22;WE=427487;WS=427469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,42:0.45:94
chr16	427516	rs11649031	T	C	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=374;ReadPosRankSum=-0.077;SC=AGGAGGGCTGTACCGCGGTGT;SOR=0.770;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=27;WE=427524;WS=427506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr16	427657	rs11641693	G	A	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=440;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GCAGGCGGGCGGGCAGCCACC;SOR=0.114;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=31;TCR=27;TR=27;WE=427665;WS=427647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr16	427784	rs11641742	G	A	1322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=708;ReadPosRankSum=1.097;SC=TGGCACTGCCGTACCAGCTGT;SOR=0.558;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=53;WE=427792;WS=427774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,68:0.50:135
chr16	427820	rs12922073	C	T	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=704;ReadPosRankSum=2.253;SC=GCGGGGCCTGCGAGAAGTGCT;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=53;WE=427828;WS=427810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,64:0.62:104
chr16	427866	rs12933709	T	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=25;PP=470;ReadPosRankSum=1.994;SC=GAGAAGGAGGTGTCAGCCAGG;SOR=0.993;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=43;WE=427874;WS=427856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,43:0.69:62
chr16	427925	rs61261356	T	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=-1.553;SC=GTCCCCCAGATGGAAAGGGCT;SOR=0.804;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=427933;WS=427915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	447416	rs7190051	A	G	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=23;SC=CGACTCCCCCAGAGGCCTCGG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=447424;WS=447406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	449162	rs7185254	T	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=446;SC=CCTGTGGGGATGGGGTTGGGG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=449170;WS=449152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	449178	rs2363759	T	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=7;PP=519;SC=TGGGGGATCCTTCTCGGCCTT;SOR=1.697;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=449186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	449345	rs763151	G	C	5893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=64;NR=60;PP=2480;SC=CACGTTTACTGTCTGCGGCTC;SOR=0.720;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=64;TCR=62;TR=124;WE=449353;WS=449335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr16	449554	rs2071914	G	C	2197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=998;ReadPosRankSum=0.935;SC=CCCAGCAAAGGGAGGGGCCCT;SOR=0.794;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=141;TCF=79;TCR=62;TR=71;WE=449562;WS=449544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,115:0.44:264
chr16	449659	rs14293	G	A	6152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr16	449977	rs62030825	G	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.23;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr16	449979	rs62030826	A	G	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.46;ReadPosRankSum=0.335;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr16	449980	rs28394836	C	T	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=6;PP=339;SC=GGGGTTGGCACGGGGCAACTT;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=25;WE=449988;WS=449967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	450140	rs35963490	C	CAG	6262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=2313;SC=CAGAGGGCAACGGGAGCAGCA;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=47;WE=450148;WS=450130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr16	450165	rs448063	T	C	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=37;PP=1196;SC=GTCCCTGGGATTCCTCAGGGT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=450173;WS=450155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	450309	rs5841	C	T	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=17;PP=472;SC=GCTGGGCAGACGGGGGCCAGC;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=450317;WS=450299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	455646	rs873477	A	G	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=549;SC=AGGCAGACAGATCCCGTTTGT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=455654;WS=455636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	456239	rs11391097	G	GC	2447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=24;PP=1769;SC=TGGGCCTTCAGCCTGGACTGG;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=456247;WS=456229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	456291	rs11391098	G	GC	4713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=36;PP=2370;SC=CTGGGCAGATGCCCCGGGAGT;SOR=0.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=60;WE=456299;WS=456281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	460578	rs11315123	CT	C	164.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=3;PP=133;SC=GGGCCTCCCCCTGACGGCCGC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=460586;WS=460575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	460793	.	AC	A	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=15.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=0.429;SOR=0.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,12:0.15:78
chr16	461697	rs4984667	C	T	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=32;PP=897;SC=CCTCCCGGCCCCTGCGCCAGC;SOR=1.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=45;WE=461705;WS=461687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	570454	rs11863276	T	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=9;PP=620;SC=TTGCTGTGCCTTCAGGACAAC;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=570462;WS=570444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	570557	rs11537754	T	C	5199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=40;PP=1735;SC=CAGCCTTCTCTGAGTCCCTGG;SOR=0.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=61;TCR=40;TR=101;WE=570565;WS=570547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr16	570623	rs2071978	G	A	6806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=61;PP=2803;SC=TGTCTGCACGGTGTGGCCTGG;SOR=0.807;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=85;TCR=61;TR=146;WE=570631;WS=570613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr16	596762	rs733972	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.957;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=-0.917;SC=AGGAGGGTGGGGTCCAGCCAC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=596770;WS=596752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr16	601632	rs3213574	T	C	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.868;NF=21;NR=22;PP=498;ReadPosRankSum=1.352;SC=GCAGTGAGGGTGTCTTCTGGA;SOR=0.590;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=43;WE=601640;WS=601622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,56:0.42:133
chr16	601892	rs28422497	T	C	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr16	601914	rs12449064	G	A	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=359;ReadPosRankSum=-0.325;SC=ATGGGCCCCCGGGGGCCGGGC;SOR=0.688;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=27;WE=601922;WS=601904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr16	602046	rs7196821	T	C	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=19;PP=717;SC=TCCCGCCACCTGCAGGTACTT;SOR=0.829;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=41;WE=602054;WS=602036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	602313	rs9930550	C	A	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=22;PP=1102;ReadPosRankSum=2.625;SC=GCTCGGACGCCGTGGACAGCC;SOR=0.892;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=136;TCF=89;TCR=47;TR=67;WE=602321;WS=602303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,97:0.46:210
chr16	603471	rs11248937	A	G	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	604554	rs7763	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr16	613168	rs12597975	A	G	153.31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5434;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CCCAGGCTCCAGTCCCTGGAG;SOR=0.446;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=613176;WS=613158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr16	614445	rs57546191	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.273;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=67;ReadPosRankSum=0.850;SC=GGCGGTTGGGCGGCTGGGCAT;SOR=0.842;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=8;WE=614453;WS=614435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr16	614658	rs60243750	A	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=60;ReadPosRankSum=-0.487;SC=CCTCCTGACCAGCTTCCACCC;SOR=1.288;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=5;WE=614666;WS=614648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	614763	rs113355349	T	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=168;ReadPosRankSum=1.030;SC=CCCCTCCCCCTGCAGCCACGG;SOR=0.330;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=13;WE=614771;WS=614753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,22:0.48:46
chr16	614821	rs1010761	A	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=365;ReadPosRankSum=0.143;SC=ACCTGACCCGAGCCCTCGGTG;SOR=0.209;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=24;WE=614829;WS=614811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,30:0.49:61
chr16	615326	rs59985111	T	C	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=297;ReadPosRankSum=0.420;SC=GCCTGAGGTCTGACTGTCTCT;SOR=1.099;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=23;WE=615334;WS=615316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr16	617782	rs190879002	C	T	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=659;ReadPosRankSum=-0.268;SC=TGCCGCACTCCGGGGAGCGGG;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=47;WE=617790;WS=617772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,93:0.47:196
chr16	622565	rs12917944	A	G	3770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.244;NF=29;NR=21;PP=2929;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CCTCGTCCCTAAGGATGTGGT;SOR=0.854;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=144;TCF=80;TCR=64;TR=50;WE=622576;WS=622555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,106:0.40:268
chr16	622568	rs144282116	G	GATGT	3778.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.453;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.236;NF=16;NR=20;PP=2882;ReadPosRankSum=-0.427;SC=CGTCCCTAAGGATGTGGTGGG;SOR=0.927;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=36;WE=622576;WS=622555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,106:0.40:266
chr16	624114	rs2071979	A	G	3376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=33;PP=1176;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CTGCGTCTCGACGGACAGCGG;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=75;WE=624122;WS=624104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,158:0.55:286
chr16	624713	rs4984669	C	T	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=445;ReadPosRankSum=0.110;SC=GACCCATTTGCCTGCTGTTGG;SOR=0.941;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=34;WE=624721;WS=624703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,43:0.47:91
chr16	626346	rs2071980	A	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=-0.815;SC=CCACCGCCCCACAAAGCCAGT;SOR=0.495;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=5;WE=626354;WS=626336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr16	628302	rs3752568	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=2.110;SC=GTGGGAGCCCATCACGAAAGA;SOR=0.527;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=628310;WS=628292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr16	628994	rs113780855	TGGGC	T	1591.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.058;NF=17;NR=7;PP=1819;ReadPosRankSum=1.615;SC=AGGCTCCGGCTGGGCGGGCGT;SOR=0.771;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=24;WE=629014;WS=628984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr16	629006	rs59476302	C	T	1609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.024;QD=19.16;ReadPosRankSum=1.401;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
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chr16	630367	rs7192508	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=362;ReadPosRankSum=0.855;SC=TCTCCTGCTGCAGGCCACGTG;SOR=0.872;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=21;WE=630375;WS=630357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr16	630405	rs2071982	T	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.059;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=191;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CTCTGGGCAGTGAGTGCTGCG;SOR=0.127;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=13;WE=630413;WS=630395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr16	630902	rs1045274	C	G	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=1080;ReadPosRankSum=0.457;SC=TCCATCTGCTCGTGGACCTCA;SOR=0.793;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=156;TCF=80;TCR=76;TR=73;WE=630910;WS=630892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,138:0.46:298
chr16	632011	rs74872027	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=143;ReadPosRankSum=-0.383;SC=ATCCGCCCACCTCCCAAAATG;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=11;WE=632019;WS=632001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr16	632051	rs2018789	T	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=137;ReadPosRankSum=1.802;SC=CCACCGTGCCTGGCTGCAGGA;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=14;WE=632059;WS=632041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr16	632073	rs916414	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=121;ReadPosRankSum=3.633;SC=GCTTTGATGCCGGCCTGGCAG;SOR=0.834;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=15;WE=632081;WS=632063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr16	632115	rs916415	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.905;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=-1.191;SC=CGGAGGGGGCGGGGAGAGCTT;SOR=0.479;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=22;WE=632123;WS=632105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr16	632138	rs4262946	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=242;ReadPosRankSum=-1.734;SC=TGGGTGGCCACGGCCAGCAGC;SOR=0.547;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=23;WE=632146;WS=632128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,30:0.29:104
chr16	632180	rs4984897	G	C	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=405;ReadPosRankSum=0.310;SC=GAAGGTACCTGCAGCCTCTGC;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=29;WE=632188;WS=632170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,44:0.29:153
chr16	632198	rs916416	T	A	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=402;ReadPosRankSum=2.720;SC=TGCTCATGTGTGGGGCCAGCC;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=32;WE=632206;WS=632188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,47:0.28:168
chr16	632225	rs4006748	T	C	2061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=1954;ReadPosRankSum=0.473;SC=CGTCCCCTCGTCAGCCGCTTG;SOR=0.768;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=116;TCF=58;TCR=58;TR=39;WE=632241;WS=632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,59:0.32:183
chr16	632230	rs67976359	CG	C	2189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=1940;ReadPosRankSum=0.371;SC=CCTCGTCAGCCGCTTGCTATC;SOR=0.789;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=74;TCF=15;TCR=59;TR=22;WE=632241;WS=632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,62:0.31:197
chr16	632233	rs62030874	T	C	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=1792;ReadPosRankSum=-0.126;SC=CGTCAGCCGCTTGCTATCCTT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=36;WE=632241;WS=632215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,64:0.32:198
chr16	632283	rs7187227	G	A	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.277;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=538;ReadPosRankSum=-0.646;SC=GCACGAGGCCGGCAGGCCCCT;SOR=0.601;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=45;WE=632291;WS=632273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,89:0.38:232
chr16	633125	rs1045277	T	C	1446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=773;ReadPosRankSum=1.788;SC=GCGCATGTCCTGTGCTTTGTG;SOR=0.647;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=59;WE=633133;WS=633115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,75:0.44:169
chr16	633353	rs710924	TG	CA	4685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.009;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=2194;ReadPosRankSum=-0.424;SC=GCCCACCCTGTGTACCCAGGT;SOR=0.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=61;WE=633362;WS=633343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,121:0.52:232
chr16	633706	rs1045283	C	T	2562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=40;PP=1001;ReadPosRankSum=2.060;SC=GTCAAGGGCCCGCCCACTGAC;SOR=0.679;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=59;TCR=71;TR=72;WE=633714;WS=633696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,121:0.57:213
chr16	633843	rs8675	A	G	1125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.65;ReadPosRankSum=-1.952;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr16	633851	rs8909	T	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.60;ReadPosRankSum=-1.570;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr16	646246	rs72767868	G	A	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=1.482;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=0.055;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,53:0.46:115
chr16	667490	rs12447387	A	G	171.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.40;ReadPosRankSum=-0.157;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr16	668443	rs34011309	A	G	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=175;ReadPosRankSum=2.015;SC=AGGCTGGAGTACAGTGGCACA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=12;WE=668451;WS=668433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	679814	rs12447874	T	C	5584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=73;NR=60;PP=2536;SC=AAGCCCCTCCTTGGCAGCTCC;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=133;WE=679822;WS=679804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr16	681284	rs8062289	C	T	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=10;PP=412;SC=CCTGCCGCTCCTGCTCCTCCT;SOR=0.841;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=25;WE=681292;WS=681274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	681587	rs111991728	TTAAGAA	T	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=600;SC=CTCATTTGTCTTAAGAATAAG;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=681600;WS=681577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr16	688557	rs34409359	A	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=648;SC=GAAGGACACGATGCCCGATGC;SOR=3.442;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=25;WE=688565;WS=688547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	698282	rs11551692	C	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=277;ReadPosRankSum=0.933;SC=GGCTGGGTGCCGGCCACACCT;SOR=0.714;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=20;WE=698290;WS=698272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,28:0.57:49
chr16	699456	rs12934086	A	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=188;SC=GGTCCCGAGGATCCCGGGTTC;SOR=1.911;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=699464;WS=699446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	700644	rs13337278	G	C	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=790;ReadPosRankSum=-1.226;SC=CATCTCAAGAGCATCAGGCTG;SOR=0.733;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=58;WE=700652;WS=700634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,106:0.47:227
chr16	700970	rs2076142	C	T	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.589;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=834;ReadPosRankSum=1.047;SC=CCTCCCTTGACCTGGAACAAC;SOR=0.969;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=50;WE=700978;WS=700960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,86:0.52:164
chr16	701296	rs2076143	G	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.23;ReadPosRankSum=0.937;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,25:0.74:34
chr16	701303	rs2076144	C	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.12;ReadPosRankSum=-0.695;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr16	701578	rs35244470	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=1.221;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr16	701656	rs11642546	C	T	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=638;ReadPosRankSum=1.029;SC=CTCCTGGGGCCGGGGCCACAG;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=41;WE=701664;WS=701646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,59:0.50:119
chr16	702677	rs2072879	C	G	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=198;ReadPosRankSum=0.522;SC=CGGTCCCGTCCCCCTGCAGTC;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=15;WE=702685;WS=702667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr16	703721	rs9936879	A	C	5451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=69;PP=2393;SC=CCAGGCGACAATGACCACCTC;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=120;WE=703729;WS=703711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr16	705360	rs3803697	T	C	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=47;PP=1354;SC=CGTGGCGGGGTGCTGCGTTCC;SOR=0.764;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=89;WE=705368;WS=705350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	705795	rs12599798	C	T	4033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.804;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=78;PP=2137;ReadPosRankSum=0.341;SC=CCATCAGCAGCCTCAGCGTCT;SOR=0.803;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=237;TCF=99;TCR=138;TR=130;WE=705803;WS=705785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,182:0.54:336
chr16	705844	rs8051645	T	C	7288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=104;PP=2965;SC=GGACGGCTTCTTGCGGCTCTG;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=64;TCR=104;TR=168;WE=705852;WS=705834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr16	705920	rs9930754	G	C	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=446;ReadPosRankSum=0.206;SC=TCCCAACTCCGGGAGAGCCTC;SOR=0.583;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=44;WE=705928;WS=705910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,56:0.45:124
chr16	706010	rs35582942	C	CA	1494.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=1205;SC=CACAGGGTGCCACGGGGCCAA;SOR=2.038;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=706018;WS=706000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	706067	rs9932866	G	A	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=204;SC=GGCGGCCCGCGGGGCAGCCTC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=706075;WS=706057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	706267	rs9933039	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.24;ReadPosRankSum=-1.616;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr16	706534	rs28485323	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.338;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,31:0.55:56
chr16	706668	rs34775748	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=338;ReadPosRankSum=0.471;SC=GGTTTGGGCCGCCTGGAGAGC;SOR=0.911;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=24;WE=706676;WS=706658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr16	707034	rs6600228	A	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=15;PP=642;SC=GGTCGAGGGAACCCATGGTAC;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=707042;WS=707024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	707295	rs6600229	T	G	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=11;PP=281;SC=GGCCCACACCTGGACACACAT;SOR=1.230;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=707303;WS=707285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	707748	rs36022186	C	T	1028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.832;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=354;ReadPosRankSum=-1.756;SC=GACCCCTGCCCCGTGTGGCCA;SOR=0.879;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=29;WE=707756;WS=707738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr16	708071	rs2071831	G	C	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=421;ReadPosRankSum=1.246;SC=CAGGGCAGGTGCTGCCTGGGT;SOR=0.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=26;WE=708079;WS=708061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
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chr16	708419	rs7188691	T	C	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=26;PP=1316;SC=GCCTGCAGCCTCTCCAGCTGG;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=708427;WS=708409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr16	711545	rs11284424	CG	C	4849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.199;HP=8;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.212;NF=18;NR=63;PP=1786;ReadPosRankSum=0.378;SC=CCCTAGACCCCGGGGGGGGCT;SOR=0.380;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=22;TCR=69;TR=81;WE=711554;WS=711535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,164:0.99:165
chr16	711572	rs8062682	C	T	1450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=-0.738;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.150;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,77:0.43:178
chr16	711582	rs8062685	C	G	6015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=3.509;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;MQRankSum=0.191;QD=34.38;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,174:0.99:175
chr16	711712	rs3177415	C	T	5590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=55;PP=2012;SC=GGGACGCCGGCGAGCTCACCT;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=103;WE=711720;WS=711702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr16	711905	rs2301426	A	G	5859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=69;PP=2270;SC=GTCGAGAGCCAGTCCCAGAGG;SOR=0.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=134;WE=711913;WS=711895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr16	712127	rs10903018	A	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=17;PP=713;SC=CTGGGGCAGAAGCCTCATCTG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=712135;WS=712117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	712154	rs11248943	G	A	792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=227;ReadPosRankSum=3.136;SC=TGGCGTCCGGGCAGCCTTGTG;SOR=0.793;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=21;WE=712162;WS=712144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,40:0.57:70
chr16	712867	rs1057835	A	G	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=40;PP=1951;SC=CAGCCTGGGCAGAGGCGGGGC;SOR=1.008;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=65;TCR=40;TR=104;WE=712875;WS=712857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	713204	rs9929652	A	G	1079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.51;MQRankSum=5.295;QD=39.99;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,26:0.96:27
chr16	715847	rs3752494	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	715990	rs7190775	G	A	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=24;PP=1169;SC=TGCTGTGGCCGCCCTGAGCAG;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=715998;WS=715980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	716273	rs11866949	T	C	2166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.232;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=35;PP=1790;ReadPosRankSum=1.340;SC=GAGCCACCCCTGCACAGGGAC;SOR=0.809;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=182;TCF=88;TCR=94;TR=62;WE=716295;WS=716263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,121:0.41:294
chr16	716287	rs9934288	C	A	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=4.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,131:0.42:314
chr16	716428	rs3743909	G	A	4774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=66;NR=70;PP=2592;SC=GAAGGCACCTGTCGGCCCTCA;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=136;WE=716436;WS=716418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	716798	rs12447392	C	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=35;PP=999;ReadPosRankSum=0.094;SC=AGCAGGTACACGCAGCTGCCC;SOR=0.691;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=66;WE=716806;WS=716788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,84:0.51:166
chr16	717057	rs7189028	T	C	1666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=35;PP=1057;SC=TGGTGCCCTGTTCCAAGACAG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=717065;WS=717047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	717085	rs7197072	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.203;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=193;ReadPosRankSum=1.385;SC=ACCTGTGCCCCGGGCTCCTCG;SOR=1.402;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=14;WE=717093;WS=717075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr16	717523	rs3752493	G	T	4580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.084;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=49;PP=1905;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GGTTTACACCGTCCGCCAGGC;SOR=0.295;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=54;TCR=51;TR=103;WE=717531;WS=717513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr16	717544	rs3752492	G	C	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=2.272;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,84:0.52:163
chr16	717828	rs3752490	G	T	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=28;PP=817;SC=GGCATTTATTGCATTATTGCT;SOR=1.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=717836;WS=717818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	718514	rs7204542	C	G	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=15;PP=755;ReadPosRankSum=2.034;SC=AGGAGATCACCATCCCCGCGG;SOR=0.692;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=53;WE=718522;WS=718504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,80:0.47:171
chr16	719592	rs11557858	G	A	1824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.026;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=713;ReadPosRankSum=-0.129;SC=CTCTGAGGAGGCCACCATTGA;SOR=0.610;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=49;WE=719600;WS=719582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,88:0.57:155
chr16	720041	rs3752489	C	T	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-2.645;SC=CCCTTCTGCTCTCCCCCAGCC;SOR=2.584;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=7;WE=720049;WS=720031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	720071	rs62032482	G	A	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=41;ReadPosRankSum=0.922;SC=CTCCAGCTGGGAGCCATGTGC;SOR=0.307;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=7;WE=720079;WS=720061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr16	720152	rs3752487	T	C	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.312;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=170;ReadPosRankSum=-0.973;SC=CACTGGTGAATGGGGGGACCA;SOR=0.426;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=17;WE=720160;WS=720142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr16	720960	rs3743912	C	T	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.185;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=626;ReadPosRankSum=-0.360;SC=TGTGCAGGAACGTGGCGGGCG;SOR=0.777;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=38;WE=720968;WS=720950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,73:0.55:132
chr16	720986	rs1139897	G	A	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=657;ReadPosRankSum=2.817;SC=CGGGAGGACCGGCTGACCCTG;SOR=1.139;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=41;WE=720994;WS=720976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,58:0.46:125
chr16	721798	rs146789763	T	TCCCCTG	1789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=4.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=3.573;QD=16.88;ReadPosRankSum=-0.317;SOR=1.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,49:0.46:106
chr16	722331	rs3177338	C	T	3852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=56;PP=1948;SC=GGTAGGGGCCCGTGGAGTGGG;SOR=1.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=90;WE=722339;WS=722321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	722548	rs1128550	A	G	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	723647	rs1045716	C	G	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=590;SC=CCTGGGTGTGCCTCGCTGCTG;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=723655;WS=723637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	727425	rs370469600	C	T	3234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.388;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=42;PP=1192;ReadPosRankSum=2.344;SC=CTGCCCTGGCCGGCTGCACCC;SOR=0.534;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=201;TCF=112;TCR=89;TR=87;WE=727433;WS=727415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,169:0.47:359
chr16	732287	rs3216838	GC	G	4391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.740;NF=23;NR=50;PP=2527;ReadPosRankSum=1.413;SC=TGCAGGTGAGGCCTGCGGCTG;SOR=0.684;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=148;TCF=45;TCR=103;TR=73;WE=732295;WS=732277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,144:0.49:295
chr16	734441	.	A	T	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.295;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=436;ReadPosRankSum=1.235;SC=CCCGGAAGTGACCTCCTTTGG;SOR=0.570;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=84;TCF=45;TCR=39;TR=36;WE=734449;WS=734431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,73:0.50:147
chr16	735794	rs11640115	A	G	6963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=705;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=116;NR=104;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.100;SC=CTGCCCGACAATGGGGCGGGC;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=421;TCF=222;TCR=199;TR=220;WE=735802;WS=735784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:348,340:0.49:688
chr16	735921	rs763053	T	C	4337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.832;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=91;ReadPosRankSum=-0.503;SC=TGTCGCTCCGTGCATCTCCTT;SOR=0.882;Source=Platypus;TCR=176;TR=132;WE=735929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,220:0.50:443
chr16	737793	rs1018804	G	A	2381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=41;PP=1213;ReadPosRankSum=-1.572;SC=CATGAGGTGCGCCCTCAGAAC;SOR=0.603;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=144;TCF=68;TCR=76;TR=80;WE=737801;WS=737783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,109:0.57:192
chr16	740404	rs4984682	C	G	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1058;ReadPosRankSum=-1.567;SC=AAGCCGCTGTCTTTCCCGTCC;SOR=0.674;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=97;TCR=68;TR=79;WE=740412;WS=740394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,120:0.47:255
chr16	740466	rs4984913	A	G	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=48;PP=1204;ReadPosRankSum=2.712;SC=AGTGGGCACAAACTCTCGCCC;SOR=0.800;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=179;TCF=84;TCR=95;TR=87;WE=740474;WS=740456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,132:0.46:284
chr16	746884	rs4984683	A	C	3536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=47;PP=1673;ReadPosRankSum=-2.044;SC=CGGAGACGCCAACCAGGCAGA;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=238;TCF=134;TCR=104;TR=110;WE=746892;WS=746874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,179:0.46:387
chr16	746914	rs4984915	G	A	4098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=52;PP=1826;ReadPosRankSum=-1.081;SC=AGCCTCTGGCGGCAAAACCCT;SOR=0.767;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=253;TCF=135;TCR=118;TR=117;WE=746922;WS=746904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,203:0.49:417
chr16	747454	rs12922098	T	C	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.553;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	766001	rs1076939	T	G	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=29.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-1.820;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,34:0.40:86
chr16	766078	rs66649828	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=1.358;SC=CCACTGCAGAAGGAAAAAGTG;SOR=0.694;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=13;WE=766086;WS=766068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr16	766485	rs6600231	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.20;ReadPosRankSum=0.008;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr16	767426	rs5815052	T	TG	202.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr16	767430	rs10682	C	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.05;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr16	767519	rs4589552	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=7;PP=141;ReadPosRankSum=0.589;SC=AGCCCAGCCTTGGGCCTGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=10;WE=767527;WS=767509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr16	771286	rs11540049	C	T	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.591;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr16	771750	rs3752555	T	C	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=48;PP=1782;SC=GCCCACCTGCTGGCGGGCGCC;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=113;WE=771758;WS=771740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	772061	rs55956436	C	T	3332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=42;PP=1296;SC=TCTCCCCGGCCGGGGCGACTT;SOR=0.826;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=75;WE=772069;WS=772051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	772141	rs11867009	G	C	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=28;PP=1144;SC=CGTGGTAGGTGCGGGGTTGCC;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=772149;WS=772131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	772842	rs12599130	T	C	5033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=60;PP=2484;SC=ACAGGTCTGCTTTTAGCGCCT;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=122;WE=772850;WS=772832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr16	773291	rs35843452	GC	G	2328.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=32;PP=1271;SC=GGAGGCATGGGCCCCCCCCGT;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=61;WE=773299;WS=773281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	773313	rs58842228	G	GC	2133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=927;ReadPosRankSum=-1.620;SC=CTCCTGTGGCGCCCCCCCCAG;SOR=0.791;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=57;WE=773321;WS=773303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chr16	773341	rs4984920	G	A	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=42;PP=1853;SC=AGCCATCCGTGTATAGGGACA;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=52;TCR=43;TR=93;WE=773349;WS=773331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	774045	rs145548033	TGGGGCAGTGGGTGGGTGG	T	1862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=11;PP=2975;SC=GGGGCCAGTGTGGGGCAGTGG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=11;TCR=11;TR=21;WE=774070;WS=774035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	774520	rs4984921	C	T	3497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=49;PP=2057;SC=CTGGAGGCGGCGGGCTGGGTC;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=101;WE=774528;WS=774510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	774692	rs2071950	A	G	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=47;PP=1531;SC=ACTGCCTGCCAGGCGCAGTGT;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=39;TCR=47;TR=86;WE=774700;WS=774682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	778024	rs1406814	T	C	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	778158	rs1406815	C	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=7;PP=373;SC=GGCTTCGTCCCGGGCTGGCGG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=778166;WS=778148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	778820	rs12448432	G	A	5131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr16	780339	rs7205337	A	G	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=19;PP=1472;SC=ATTTTGGGGGAAGCCCTGGGG;SOR=1.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=67;WE=780347;WS=780329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	781633	rs3829492	G	A	5809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=70;PP=2422;SC=GCCGGAACACGTGCTCCAGGT;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=128;WE=781641;WS=781623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr16	782644	rs36119940	C	CT	276.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5688;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=149;ReadPosRankSum=2.159;SC=GTCTGCTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=16;WE=782652;WS=782634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr16	784765	rs9928077	C	T	9508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=148;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.905;SC=GCAGGGGCAGCGCCTGTCTGC;SOR=0.427;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=90;TCR=149;TR=238;WE=784773;WS=784755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,357:1.00:358
chr16	784920	rs9932304	A	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=25;PP=732;SC=GGACGCCCACACGAGCACACG;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=784928;WS=784910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	787738	rs12597563	G	C	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=89;ReadPosRankSum=1.638;SC=AGGAGGAAAGGACGAAGGCAC;SOR=1.307;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=787746;WS=787728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr16	787827	rs12449156	A	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5340;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=0.330;SC=CAGACTCGCCAAACAGATGCA;SOR=0.569;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=787835;WS=787817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr16	789618	rs10794640	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=127;ReadPosRankSum=0.462;SC=CAGGAGAGATGGTGGAGCAGC;SOR=0.891;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=11;WE=789626;WS=789608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr16	789761	rs3752556	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=7;PP=219;ReadPosRankSum=0.034;SC=GAGACCCCAAATCAGCCCCTG;SOR=0.782;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=13;WE=789769;WS=789751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr16	813783	.	C	A	134	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5731;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=28;MQ=58.48;NF=1;NR=7;PP=134;QD=21.0964015684;SC=CCAGCATCCCCTCCCCCTTCC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=813791;WS=813773;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,8:1.00:8
chr16	815628	rs1737340	A	G	7773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=102;PP=2965;SC=GTGAGACCCCAATCCCCAGCC;SOR=0.827;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=87;TCR=102;TR=187;WE=815636;WS=815618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr16	820480	.	G	GCACCCC	540.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.125;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.234;SC=GGACAGCCCTGCACCCCCACC;SOR=1.051;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=13;WE=820488;WS=820470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	823389	.	T	C	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=2.057;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr16	830747	.	TGTGTGCACGGGTAGGTGACG	T	3658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.311;ClippingRankSum=0.000;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.76;MQRankSum=8.307;QD=18.48;ReadPosRankSum=2.661;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,97:0.49:198
chr16	839262	rs569951	A	G	3518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=43;PP=1431;SC=TGAACTTCAGATCGGAGGAGA;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=80;WE=839270;WS=839252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	840628	rs61753373	T	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=343;ReadPosRankSum=-0.671;SC=GGTGGATGAGTTTGCACCCCG;SOR=0.969;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=26;WE=840636;WS=840618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr16	845901	rs2982244	T	C	10225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=109;PP=2965;SC=GAGCACACATTTGTACAGCCT;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=117;TCR=109;TR=225;WE=845909;WS=845891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr16	855342	rs614048	A	G	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=251;ReadPosRankSum=-0.817;SC=AGTGCAGGGGATGGCCCTGCT;SOR=0.877;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=18;WE=855350;WS=855332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,23:0.56:41
chr16	855717	rs1005190	C	G	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=64;PP=1767;ReadPosRankSum=0.139;SC=GAGCTCCCAACCAGCTCAGGA;SOR=0.538;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=181;TCF=73;TCR=108;TR=111;WE=855725;WS=855707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,159:0.61:259
chr16	857673	rs58297819	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=-0.252;SC=AAGACGGTCAGGGCTGGCCCC;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=10;WE=857681;WS=857663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr16	857697	rs59540665	C	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.123;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=-0.252;SC=GCGTGGCGGGCCCTCGGGGCA;SOR=1.802;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=9;WE=857705;WS=857687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	905559	rs4984949	A	C	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=3.224;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=0.549;SC=AGGCGCCAGGAGGAATTGTCA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=905567;WS=905553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr16	1004694	rs3751666	A	G	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.699;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,58:0.57:102
chr16	1004743	rs3751665	C	T	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=388;ReadPosRankSum=0.926;SC=GCTCAGAATGCGGGGCGAGGC;SOR=0.715;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=29;WE=1004751;WS=1004733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,33:0.61:54
chr16	1014046	rs148550990	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.923;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=-1.786;SC=CAGAGCCTGACCTGGGAGCTG;SOR=0.744;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=16;WE=1014054;WS=1014036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,28:0.35:79
chr16	1031282	rs145245546	CTGTG	C	359.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.97;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	1031299	.	TGTGTGAGA	T	491	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=28;MMLQ=25;MQ=52.06;NF=0;NR=10;PP=491;QD=49.6;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGAGAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=10;WE=1031314;WS=1031272;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,10:0.71:14
chr16	1034834	rs237674	T	C	6917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=84;PP=2688;SC=ACTTCAGCAATGTGGACATCT;SOR=0.884;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=146;WE=1034842;WS=1034824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	1035077	rs11542179	C	T	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=699;ReadPosRankSum=1.937;SC=AGCAGCCGAGCCCCGGCCACT;SOR=0.567;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=41;WE=1035085;WS=1035067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,72:0.54:133
chr16	1035422	rs11542180	G	C	676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=410;ReadPosRankSum=1.413;SC=CAGGCGTCAGGGGGCAGCCTT;SOR=1.148;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=28;WE=1035430;WS=1035412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,33:0.52:64
chr16	1035456	rs11866418	A	G	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=257;ReadPosRankSum=0.128;SC=GTGTGTGACCAGGGCGGGAGG;SOR=1.017;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=14;WE=1035464;WS=1035446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr16	1115377	rs11649498	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=2.053;SC=CACGCTGATCCGGGCTGAGAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=6;WE=1115385;WS=1115367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	1115842	rs143173222	CGGCA	C	2015.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.991;NF=8;NR=19;PP=1424;ReadPosRankSum=2.835;SC=GAGGCAGGAACGGCAGGCGGT;SOR=0.715;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=27;WE=1115857;WS=1115832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr16	1115849	rs80286221	C	A	938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.881;NF=15;NR=11;PP=979;ReadPosRankSum=-1.209;SC=GAACGGCAGGCGGTGCGATTC;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=26;WE=1115857;WS=1115832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr16	1115904	rs66626263	G	A	1405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.251;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=616;ReadPosRankSum=1.379;SC=CTGCCGGGCCGGAGGCGCCTG;SOR=0.857;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=42;WE=1115912;WS=1115894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,68:0.53:128
chr16	1116169	rs7189857	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.721;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr16	1116220	rs34024516	T	TG	1547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.75;SOR=2.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	1116243	rs35432067	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.084;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr16	1116445	rs530518	A	G	4126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.783;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	1129872	rs169068	C	T	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=47;PP=1007;ReadPosRankSum=1.379;SC=GCCACGGAGCCGCGTCCAGAC;SOR=1.051;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=154;TCF=53;TCR=101;TR=67;WE=1129880;WS=1129862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,88:0.45:197
chr16	1129912	rs642249	A	G	3104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=71;PP=2122;ReadPosRankSum=1.394;SC=AGGCCACGCCACCCGCGCACC;SOR=0.980;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=26;TCR=72;TR=97;WE=1129920;WS=1129902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chr16	1131181	rs12599155	C	T	3391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=76;PP=1857;ReadPosRankSum=0.420;SC=GGCACCTTGGCCTTGCTCTGA;SOR=0.567;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=61;TCR=139;TR=110;WE=1131189;WS=1131171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,159:0.56:286
chr16	1204116	rs112034409	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-0.193;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.715;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr16	1244877	rs9936834	G	A	2441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.71;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	1244887	rs3751661	T	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.320;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,38:0.45:85
chr16	1245293	rs35250176	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.114;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	1250559	rs8044363	T	C	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.469;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=876;ReadPosRankSum=0.035;SC=ACGCCTGGATTGCCATCTTCC;SOR=0.605;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=70;WE=1250567;WS=1250549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,133:0.50:264
chr16	1252259	rs9934839	A	G	1826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=845;ReadPosRankSum=-1.370;SC=CCAGCCTCAGACTGGCCACAG;SOR=0.533;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=140;TCF=65;TCR=75;TR=56;WE=1252267;WS=1252249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,88:0.44:200
chr16	1252441	rs4984636	T	C	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=598;ReadPosRankSum=-0.564;SC=CCGCATGTGGTCGGGGAGCAT;SOR=0.663;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=43;WE=1252449;WS=1252431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,56:0.50:113
chr16	1255030	.	A	G	245	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=57.48;NF=7;NR=0;PP=245;QD=39.9673160782;SC=GGTGGGAGCCACGGGTGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=7;WE=1255048;WS=1255022;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr16	1255040	.	GC	G	249	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=16;MMLQ=27;MQ=58.27;NF=6;NR=0;PP=249;QD=46.6666666667;SC=ACGGGTGGGGGCCCCAGATCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=6;WE=1255048;WS=1255022;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr16	1255058	rs8052049	T	G	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.96;ReadPosRankSum=-3.411;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr16	1256839	rs115172853	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=0.499;SC=CCTTTTAAGCTAGAGAGCTCG;SOR=0.976;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=6;WE=1256847;WS=1256836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr16	1260021	rs8056494	G	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=504;ReadPosRankSum=-0.903;SC=AGAAGCCGCCGCCTCATCCCA;SOR=0.743;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=36;WE=1260029;WS=1260011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
chr16	1260481	rs8063574	T	C	3577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=46;PP=1630;ReadPosRankSum=0.381;SC=CTGACATTGATCCCGGCAGCA;SOR=0.683;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=217;TCF=113;TCR=104;TR=97;WE=1260489;WS=1260471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,184:0.45:406
chr16	1260767	rs2738897	G	A	2252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=47;PP=1289;ReadPosRankSum=1.097;SC=CCTGAGCTCAGTGCCATTGGC;SOR=0.586;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=124;TCF=44;TCR=80;TR=76;WE=1260775;WS=1260757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,109:0.56:196
chr16	1261024	rs2738898	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=98;ReadPosRankSum=1.777;SC=AGTCCCCTGACGCCACTGCCC;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=7;WE=1261032;WS=1261014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr16	1261119	rs2738899	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=209;ReadPosRankSum=1.239;SC=GCCGGCGCCTGGCAGCTGCTG;SOR=1.911;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=16;WE=1261127;WS=1261109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr16	1261219	rs2753326	A	G	4485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.461;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.80;ReadPosRankSum=-0.154;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,117:0.46:252
chr16	1261222	rs2753325	A	G	4529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,122:0.47:258
chr16	1261282	rs4984637	T	C	3162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=2.356;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,161:0.50:321
chr16	1261377	rs2738900	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=27;PP=666;ReadPosRankSum=-1.217;SC=CAGCGCCGCTGCGGGACGGGG;SOR=0.701;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=49;WE=1261385;WS=1261367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,64:0.52:123
chr16	1265720	rs3897150	C	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=614;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GCTGAAGCTGCGTCCCTGCTG;SOR=1.008;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=44;WE=1265728;WS=1265710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr16	1266803	rs11395347	C	CT	1335.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=6;PP=977;SC=TTCCACTTGGCCGGGCCCGGA;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=1266811;WS=1266793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	1268494	rs2745136	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=510;ReadPosRankSum=0.861;SC=GCGCCAGGGACGCCCCAAACC;SOR=0.772;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=34;WE=1268502;WS=1268484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,56:0.37:151
chr16	1269029	rs2738893	T	C	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.650;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,60:0.48:124
chr16	1270162	rs1054645	G	A	2358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=4.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.239;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,123:0.53:230
chr16	1270349	rs4247094	T	C	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=209;ReadPosRankSum=1.843;SC=ACAGCGTGGATGCTCAGGGCT;SOR=0.645;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=23;WE=1270357;WS=1270339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr16	1271890	rs1004041	G	T	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.476;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=856;ReadPosRankSum=0.367;SC=CGGGGAGGAAGAAGCCAGCCA;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=138;TCF=76;TCR=62;TR=67;WE=1271898;WS=1271880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,110:0.47:233
chr16	1272038	rs11248860	G	A	2667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=3.058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,134:0.60:222
chr16	1272298	rs146081704	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=133;ReadPosRankSum=-0.359;SC=TGTCCACCACGGAGACTTTCA;SOR=0.446;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=12;WE=1272306;WS=1272288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr16	1272684	rs4984638	C	G	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr16	1272865	rs4984639	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.214;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr16	1273490	rs760357	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.590;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=180;ReadPosRankSum=-1.242;SC=CACACGTGCACCCTCCGCAGG;SOR=1.501;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=13;WE=1273498;WS=1273480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr16	1273638	rs909920	A	G	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=624;ReadPosRankSum=-0.764;SC=ATCCCAAGAAACCCACTGCAC;SOR=0.681;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=40;WE=1273646;WS=1273628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,83:0.62:134
chr16	1275135	rs9938123	T	C	4876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr16	1278599	rs4360940	A	G	4010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=32;PP=1691;SC=TGGTGTTTTGAACAGGAGGGG;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=87;WE=1278607;WS=1278589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	1278744	rs62012862	C	T	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=4.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQRankSum=-2.241;QD=18.48;ReadPosRankSum=2.390;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,44:0.56:78
chr16	1278767	rs201725275	C	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=8.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.56;MQRankSum=-0.772;QD=26.10;ReadPosRankSum=0.176;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,32:0.67:48
chr16	1278806	rs199504258	G	A	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.51;MQRankSum=-0.365;QD=20.52;ReadPosRankSum=-0.914;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr16	1279623	rs72633259	G	A	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.356;NF=5;NR=4;PP=75;ReadPosRankSum=-1.608;SC=GGGAGCCCCCGCAGAAGTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=17;TCR=16;TR=9;WE=1279631;WS=1279613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr16	1279704	rs202107419	A	G	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.52;MQRankSum=-2.728;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.924;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
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chr16	1279714	rs192643610	A	G	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=-2.638;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.237;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
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chr16	1311361	rs57416515	C	T	4091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=55;PP=1796;ReadPosRankSum=0.032;SC=TGGGTGTAGACGCCGGGAAAG;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=114;TCR=99;TR=120;WE=1311369;WS=1311351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,202:0.50:405
chr16	1358608	rs148430996	ATGAGGGAGGGAGGGAATTAG	A	420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.45;QD=38.25;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr16	1364140	rs9941160	T	C	4729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=68;PP=2537;ReadPosRankSum=0.380;SC=GCGGACAGGCTCCCTCGGCTG;SOR=0.938;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=120;WE=1364148;WS=1364129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,180:0.99:182
chr16	1364281	rs4984806	T	C	3249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=36;PP=1252;SC=GTGGTTGTTTTCTTTTCTCTC;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=27;TCR=36;TR=63;WE=1364289;WS=1364271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
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chr16	1370614	rs8063770	C	G	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=33;PP=934;SC=GCTCACCCTACGGACAGCCAG;SOR=1.573;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=1370622;WS=1370604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	1370630	rs8043720	A	G	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=718;SC=GCCAGGGTCCACGCCTCTGTG;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=1370638;WS=1370620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	1374656	rs761060	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=13;PP=857;SC=TGGTCTGCCCAGCTGGCTCCG;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=1374664;WS=1374646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	1374818	rs8063	A	G	6048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=77;NR=55;PP=2604;SC=GGCATCGTCAAAAGGAAGGGA;SOR=0.826;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=132;WE=1374826;WS=1374808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr16	1388416	rs13338616	T	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.89;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	1388618	rs11642118	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr16	1388833	.	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.572;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.033;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=530;ReadPosRankSum=0.179;SC=CCTTCCTGCCCCTGGAGTCGA;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=32;WE=1388841;WS=1388823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,36:0.48:75
chr16	1388888	rs7197416	C	T	4963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=43;PP=2353;SC=TGAGCTGACCCGGCTCTTTCT;SOR=1.142;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=118;WE=1388896;WS=1388878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr16	1389153	rs7202563	C	A	5517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=74;PP=2163;SC=TCACCCTGGGCCCCACACACA;SOR=1.056;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=43;TCR=75;TR=116;WE=1389161;WS=1389143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr16	1393020	rs2235632	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=251;ReadPosRankSum=-1.747;SC=GCCGTGCTGTGAGTGGGTGGA;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=18;WE=1393028;WS=1393010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr16	1394430	rs12597545	C	T	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=514;ReadPosRankSum=-1.083;SC=CTTCCTCTTCCCTGCAATCCA;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=35;TR=35;WE=1394438;WS=1394420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,39:0.44:88
chr16	1394507	rs1132356	A	C	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=594;ReadPosRankSum=1.421;SC=ATCCTGAATGACAAGAGTCCC;SOR=0.485;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=97;TCF=61;TCR=36;TR=39;WE=1394515;WS=1394497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,73:0.44:167
chr16	1394551	rs11248872	A	G	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.617;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,91:0.49:187
chr16	1396788	rs3215518	TGCAGGTGGGGCCAGCGGG	T	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.26;ReadPosRankSum=1.512;SOR=1.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr16	1397518	rs34339539	G	GC	750.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.743;NF=9;NR=7;PP=476;ReadPosRankSum=0.395;SC=GCACCCAGGGGCCCCTCCTGA;SOR=0.807;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=16;WE=1397526;WS=1397508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,32:0.41:79
chr16	1397815	rs1132358	C	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.024;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,66:0.39:168
chr16	1398077	rs34766513	C	CCT	7105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.246;NF=19;NR=58;PP=2927;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GCGAGACTCCCGACTGGCCTC;SOR=0.680;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=176;TCF=40;TCR=136;TR=77;WE=1398085;WS=1398064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,188:0.44:423
chr16	1400693	rs2294605	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=134;ReadPosRankSum=1.038;SC=CTGAACTGTTCCCCTGTCCGT;SOR=0.527;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=10;WE=1400701;WS=1400683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr16	1407792	rs4984644	T	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	1407809	rs4984820	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	1417408	rs4984823	T	C	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=26;PP=795;SC=CTGCAGACCCTCTTGCCTGTG;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=1417416;WS=1417398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	1419947	rs11248874	A	G	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=12;PP=850;SC=TTGCAGTCCAACCTGGGCGAC;SOR=1.382;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=41;WE=1419955;WS=1419937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	1433674	rs61745626	G	A	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.496;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=44;PP=1300;ReadPosRankSum=-1.748;SC=TCCGTGTGGGGCAACCACCAA;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=93;WE=1433682;WS=1433664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,128:0.58:220
chr16	1433766	rs12918814	T	C	6898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=88;PP=2752;SC=CGGGTCCTGATGGTGCTGGGG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=170;WE=1433774;WS=1433756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr16	1447278	rs61738727	A	G	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=9;PP=283;SC=CGTGCTTCACACTGGGGCAGG;SOR=0.859;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=1447286;WS=1447268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	1451519	rs761068	G	A	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=342;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CTGTTCTCGCGCTGTGCCCGC;SOR=0.703;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=23;WE=1451527;WS=1451509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr16	1455900	rs8044833	C	T	8420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=82;PP=2965;SC=CCTCAGGAAGCTCTCACCTGA;SOR=0.841;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=185;TCF=103;TCR=82;TR=183;WE=1455908;WS=1455890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr16	1458381	rs1609562	G	C	140.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=46;SC=GGCCTTTCCCGAGCGGGGCGG;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=1458389;WS=1458371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	1458561	rs2179534	T	C	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.95;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	1464636	rs111437424	A	C	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=23.35;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	1476465	rs4984834	A	G	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=130;SC=AGTTAATCTCAGTCTCAAACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=1476473;WS=1476455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	1484338	rs7192100	A	G	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=15;PP=665;SC=TCAGCCCCACAGGCCCTGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=1484346;WS=1484328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	1484392	rs12598718	G	C	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=25;PP=1121;SC=GCTCTAATGAGTACAAAGCCA;SOR=0.899;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=59;WE=1484400;WS=1484382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	1484473	rs7192331	A	G	3819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=36;PP=1550;SC=GGGCTTCTCCAGGACCCCTCC;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=87;WE=1484481;WS=1484463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	1492660	rs760993	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=14;PP=478;SC=AACAGAGGAATGGGAAACACA;SOR=0.880;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=24;WE=1492668;WS=1492650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	1493030	rs1883480	C	G	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=558;ReadPosRankSum=0.197;SC=GCAGCCTCGGCGGGCTGGGGG;SOR=0.655;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=34;WE=1493038;WS=1493020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr16	1493098	rs760994	G	A	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.201;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=154;ReadPosRankSum=2.002;SC=TCTGAAGGCCGCCCAGGCACG;SOR=1.380;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=11;WE=1493106;WS=1493088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr16	1493130	rs760995	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=224;ReadPosRankSum=-0.934;SC=CCTTTTCTAGCTGGACCTGGA;SOR=0.607;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=12;WE=1493138;WS=1493120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr16	1493151	rs11641300	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=356;ReadPosRankSum=1.091;SC=TGTGTATCCCCCACTCCAGCG;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=20;WE=1493159;WS=1493141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr16	1493491	rs12929054	T	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=115;ReadPosRankSum=1.440;SC=GACCTGTGGGTGGGGGAGCCG;SOR=0.569;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=8;WE=1493499;WS=1493481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	1493759	rs12596752	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=11;PP=388;ReadPosRankSum=-2.037;SC=GCGGCGGCGACGTGGTCCTCC;SOR=0.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=29;WE=1493767;WS=1493749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,44:0.44:100
chr16	1497137	rs12599176	C	T	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=328;ReadPosRankSum=-1.533;SC=CAGAGGCAGGCGGGACCCTCA;SOR=0.553;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=23;WE=1497145;WS=1497127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr16	1498197	rs2235578	A	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=321;ReadPosRankSum=2.686;SC=GCGTCCACACAGCCCTCCATG;SOR=0.717;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=26;WE=1498205;WS=1498187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,34:0.55:62
chr16	1498520	rs12597739	A	G	936.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=533;ReadPosRankSum=1.450;SC=TGCCCGTCACACGCCACCAAC;SOR=0.527;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=32;WE=1498528;WS=1498510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr16	1499377	rs742408	C	T	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=366;ReadPosRankSum=0.167;SC=CAGGCCCAAACCCACCAAGAT;SOR=0.690;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=24;WE=1499385;WS=1499367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,50:0.45:111
chr16	1503879	rs2235579	T	A	3598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1443;ReadPosRankSum=-0.023;SC=CATTGAACACTGCTCCAAGCA;SOR=0.581;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=226;TCF=97;TCR=129;TR=94;WE=1503887;WS=1503869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,178:0.47:379
chr16	1504017	rs4786337	A	G	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.75;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	1504633	rs4265806	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=145;ReadPosRankSum=0.359;SC=ACTGGGTGTTCTGAGCAGGCC;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=12;WE=1504641;WS=1504623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr16	1505599	rs7190701	C	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=377;ReadPosRankSum=0.337;SC=TGGGCAGGACCAAGGCCTGAC;SOR=0.595;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=25;WE=1505607;WS=1505589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr16	1507778	rs9922189	T	C	5039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=69;PP=1472;ReadPosRankSum=1.332;SC=GGGAGACGCATGGCCTCTGAT;SOR=0.561;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=245;TCF=107;TCR=138;TR=130;WE=1507786;WS=1507768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,254:0.55:464
chr16	1509273	.	A	AGGAGAGCAGCAGACACGTCGGGGCCTCAGGGAAGG	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=0.738;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr16	1510567	rs2072950	T	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.018;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=560;ReadPosRankSum=-1.714;SC=TTCCCCGTCATGACCACCCAG;SOR=1.228;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=37;WE=1510575;WS=1510557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr16	1511552	rs2744994	G	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr16	1515162	rs2235580	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr16	1524085	rs55927314	C	CA	315.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=5.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-2.500;SOR=1.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr16	1524261	rs28550432	G	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.955;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=486;ReadPosRankSum=-0.569;SC=AACTCGGTGCGAAGGGAGACT;SOR=1.386;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=32;WE=1524269;WS=1524251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,37:0.51:73
chr16	1524850	rs3751884	A	G	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=321;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GCGCAGCCCCAGGCCCAGCCC;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=23;WE=1524858;WS=1524840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr16	1545448	rs2235624	A	G	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=18;PP=654;SC=CAGCAGACGCAGCCCGGCTTC;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=1545456;WS=1545438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	1547220	rs2235630	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=374;SC=TCCCCTTGCCCGGTCCTGTCC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=1547228;WS=1547210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	1549343	rs11344586	GC	G	2182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.382;NF=4;NR=40;PP=1519;ReadPosRankSum=-1.019;SC=CGGTGAGGACGCCACGGAGGG;SOR=0.684;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=91;TCF=12;TCR=79;TR=44;WE=1549351;WS=1549333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,116:0.49:237
chr16	1551826	rs72779276	C	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.708;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=299;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GGGAGGCGAACCCCTCACACT;SOR=0.056;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=16;WE=1551834;WS=1551816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr16	1557794	rs12927760	A	T	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=20;PP=563;SC=TGTGTGTGTGAGAGATGTGTC;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=1557802;WS=1557784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	1559679	rs148126152	C	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=110;ReadPosRankSum=0.894;SC=GCCCCAAGGCCGTGGGGAGAG;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=1559687;WS=1559669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	1573810	rs2745176	A	G	7285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=71;PP=2869;SC=CCAGGTCCCCACCGGTGGCCA;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=84;TCR=71;TR=155;WE=1573818;WS=1573800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr16	1584618	rs2076438	T	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=239;ReadPosRankSum=-0.309;SC=ACATGGGAGATGTTAGGCGCG;SOR=0.799;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=18;WE=1584626;WS=1584608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
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chr16	1592087	rs2076444	T	C	1401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=520;ReadPosRankSum=-0.638;SC=AGTAAGTACCTGGGCGGGTGT;SOR=0.578;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=42;WE=1592095;WS=1592077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,76:0.42:183
chr16	1605051	rs9932984	A	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=246;ReadPosRankSum=0.394;SC=GCGCTCCATCAACGCACACCT;SOR=0.177;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=17;WE=1605059;WS=1605041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr16	1608082	rs2076436	A	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.917;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=273;ReadPosRankSum=2.647;SC=ACACCATCTGAGGGATGTGGT;SOR=0.906;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=19;WE=1608090;WS=1608072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr16	1608177	rs2235641	A	G	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=142;ReadPosRankSum=-1.505;SC=TTCATATGTAAAGCTGAAGCC;SOR=0.445;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=9;WE=1608185;WS=1608167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr16	1612145	.	GT	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.336;QD=2.06;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr16	1614097	rs8048410	A	G	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=603;ReadPosRankSum=2.016;SC=GCCGGGGCTCACTCTGGTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=32;TCR=33;TR=41;WE=1614105;WS=1614087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,62:0.47:132
chr16	1652418	rs146128830	C	T	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=916;ReadPosRankSum=0.247;SC=CAACGGAGCACGGTGATGTCG;SOR=0.829;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=129;TCF=62;TCR=67;TR=66;WE=1652426;WS=1652408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,110:0.51:214
chr16	1652614	rs2236269	T	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=295;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GAGAGGCAAATTCCCACAGTT;SOR=0.824;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=19;WE=1652622;WS=1652604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr16	1656765	rs2859310	A	G	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=620;ReadPosRankSum=0.937;SC=CTGGCCTCATAGATGTCGTTT;SOR=0.541;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=106;TCF=60;TCR=46;TR=48;WE=1656773;WS=1656755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,95:0.50:190
chr16	1657012	rs7192480	C	T	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=812;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TATACACACACACACCCATAG;SOR=0.691;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=84;TCR=53;TR=70;WE=1657020;WS=1657002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,127:0.55:233
chr16	1657284	rs1894649	C	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.96;ReadPosRankSum=0.820;SOR=0.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr16	1657350	rs743963	A	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.450;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5013;FS=3.680;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=0.921;SC=TAAAACAAACAATATGACTGT;SOR=3.258;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=1657358;WS=1657340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	1660274	rs1057983	A	G	3526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.380;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=40;PP=1216;ReadPosRankSum=1.091;SC=TTGATGCAACACGACCCTCAG;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=183;TCF=101;TCR=82;TR=90;WE=1660282;WS=1660264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,179:0.50:360
chr16	1664931	rs7201813	T	C	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=219;ReadPosRankSum=-0.313;SC=CCAGGAAGGATCCTCCGAGCG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=17;TCR=22;TR=18;WE=1664939;WS=1664921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,48:0.50:96
chr16	1706435	rs61739874	C	T	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.864;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=46;PP=1156;ReadPosRankSum=0.947;SC=CGCTTCTAGACCCCTTGCCCC;SOR=0.584;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=88;WE=1706443;WS=1706425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,166:0.43:382
chr16	1716010	rs8058190	A	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.378;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=239;ReadPosRankSum=0.523;SC=CCCTGCGGCCACATCCTGCTG;SOR=1.122;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=21;WE=1716018;WS=1716000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,21:0.33:63
chr16	1728147	rs113571946	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	1730311	rs2235487	A	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=-1.361;SC=GGTGTTTATTATCACCCTGAG;SOR=0.551;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=9;WE=1730319;WS=1730301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr16	1774484	rs111816884	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5009;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=125;ReadPosRankSum=1.743;SC=TCAAAGCCTGCGGCCCTTCAA;SOR=0.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=12;WE=1774492;WS=1774474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr16	1813523	rs3751828	G	A	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=632;ReadPosRankSum=1.268;SC=TCCCAGCTGGGCACCCGGTGG;SOR=0.634;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=33;WE=1813531;WS=1813515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr16	1814019	rs2974846	G	C	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=137;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=54;SC=TGAAGTGGCTGTGCCGCCAGA;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=1814027;WS=1814009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	1814440	rs2294619	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=70;ReadPosRankSum=-0.664;SC=GAGCGCCCACACGTCTCCCGA;SOR=1.022;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=7;WE=1814448;WS=1814430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr16	1814964	rs2294621	C	T	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=278;ReadPosRankSum=-0.217;SC=GTGCTGCCACCGGGTAGCCTC;SOR=0.559;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=15;WE=1814972;WS=1814954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr16	1815946	rs2575371	C	T	2926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.008;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=33;PP=1273;ReadPosRankSum=1.030;SC=GCTGACGGGCCGTCCCTCTCC;SOR=0.862;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=184;TCF=110;TCR=74;TR=89;WE=1815954;WS=1815936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,149:0.47:320
chr16	1817431	rs2575369	C	T	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.193;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=118;ReadPosRankSum=0.997;SC=GACTCAGGCTCGAACAGGCGC;SOR=1.802;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=8;WE=1817439;WS=1817421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr16	1817754	rs2076427	A	G	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=45;PP=1831;SC=GCCACGCCAGATGGGGTGGTG;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=53;TCR=45;TR=98;WE=1817776;WS=1817744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	1817768	rs2076428	T	G	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=45;PP=1937;SC=GGTGGTGGGGTGCTCAAGGCC;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=54;TCR=45;TR=99;WE=1817776;WS=1817744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	1817935	rs2076429	A	C	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=52;PP=1768;SC=TGGCCTGCACACCTGCAGGGG;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=41;TCR=52;TR=93;WE=1817943;WS=1817925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	1818152	rs2076430	CT	TC	10516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=53;PP=2947;SC=GCCTCTCCCACTCTCCACCTG;SOR=1.145;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=150;TCF=92;TCR=58;TR=142;WE=1818161;WS=1818142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr16	1818503	rs2076431	G	C	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=34;PP=1385;SC=CCCTGAATGGGAGTGTGCTGG;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=66;WE=1818511;WS=1818493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	1818680	rs2072989	G	C	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=45;PP=1712;SC=GAGCCTGGCCGTCACTCTGCT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=90;WE=1818688;WS=1818670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	1820992	rs11890	T	A	8158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=83;PP=2965;SC=GCCCCTGCCATACCTGTGCGG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=85;TCR=83;TR=168;WE=1821000;WS=1820982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr16	1822797	rs34595082	C	CACCT	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=259;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GGGGTGCACGCACCTGCGCCG;SOR=1.179;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=6;WE=1822805;WS=1822787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr16	1823444	rs761065	C	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=181;ReadPosRankSum=2.000;SC=CGGAGCAGGTCCTGAAGCGCC;SOR=0.588;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=14;WE=1823452;WS=1823434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr16	1824187	rs141044525	C	T	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=94;ReadPosRankSum=1.540;SC=CGCTTTGCTGCTGGACTGCCC;SOR=0.204;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=11;WE=1824195;WS=1824177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr16	1825768	rs2745169	A	C	2614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.973;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=46;PP=1010;ReadPosRankSum=-1.561;SC=TGCTCACATGAGGTTCTAAAA;SOR=0.918;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=149;TCF=68;TCR=81;TR=80;WE=1825776;WS=1825758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,124:0.55:227
chr16	1826302	rs2437732	G	T	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=41;PP=854;ReadPosRankSum=2.480;SC=CCTGGGCGGTGGGGGAGGACC;SOR=0.736;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=123;TCF=38;TCR=85;TR=62;WE=1826310;WS=1826292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,78:0.49:159
chr16	1826377	rs2235636	A	G	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	1827836	rs1178432	T	C	1131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.750;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=471;ReadPosRankSum=-1.641;SC=CGAACCGCGATGAGAAGCTGG;SOR=0.570;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=51;TCR=22;TR=34;WE=1827844;WS=1827826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,56:0.53:106
chr16	1836709	rs2575351	G	C	2073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=2.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,103:0.51:201
chr16	1836796	rs2235648	C	A	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=-0.726;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,99:0.47:209
chr16	1837900	rs344358	T	C	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=35;PP=1055;SC=GTGTCCCTGCTGGTGCGCCTG;SOR=0.874;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=1837908;WS=1837890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	1838640	rs344359	T	C	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=-1.144;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,76:0.49:156
chr16	1838836	rs1065656	C	G	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=404;ReadPosRankSum=-0.028;SC=CAGCGTCAGCCGGAGAGCTTC;SOR=0.601;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=26;WE=1838844;WS=1838826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,36:0.60:60
chr16	1842209	rs3751893	A	G	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=414;ReadPosRankSum=-1.628;SC=CCGGGACTCCATCAGGCAGGC;SOR=0.559;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=29;WE=1842217;WS=1842199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr16	1843672	rs3817902	T	C	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=186;ReadPosRankSum=-0.088;SC=CAGGGCAGGCTGCAGGCAGGC;SOR=0.683;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=17;WE=1843680;WS=1843662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr16	1844781	rs2256923	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.830;NF=6;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=1.021;SC=GGGCACAGCCAGGGCTCGGGG;SOR=0.495;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=9;WE=1844789;WS=1844771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr16	1859150	rs1057071	G	A	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.64;SOR=1.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	1859153	rs1057070	T	C	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.32;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	1859432	rs1628812	G	C	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=44;PP=1044;SC=CACGCCCACCGGAGGAGCCAG;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=70;WE=1859440;WS=1859422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	1859476	rs1629513	G	A	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.44;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	1859482	rs1629534	A	C	1578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.11;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	1859730	rs2745199	G	A	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=21;PP=1179;SC=AGGGGCCCGCGCCCACCACCT;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=59;WE=1859738;WS=1859720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	1859850	rs1742442	A	G	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=58;PP=1963;SC=AGAGAAACGCACCACTTTATC;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=104;WE=1859858;WS=1859840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	1870037	rs144480059	TGGGCTGCCTGCTGAGCTGAGG	T	4014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=36;PP=2926;SC=ACAGGAGACCTGGGCTGCCTG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=3;TCR=56;TR=38;WE=1870065;WS=1870027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	1872160	rs238680	G	A	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.70;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	1872479	rs238679	A	G	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=17;PP=480;SC=GGCCGCTGACATGGCCCGTCC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=1872487;WS=1872469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	1873087	rs104843	C	A	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=623;SC=AGGCCCTCCACGACAGGACGC;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=1873095;WS=1873077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	1902889	rs1617255	T	C	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=153;SC=TCAAAGTTCATTGTAAGTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=1902897;WS=1902885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	1904239	rs10500322	T	A	2101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=36;PP=1064;SC=TTCACCTATATGTAGAAGTTC;SOR=1.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=1904247;WS=1904229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	1907652	rs428123	G	A	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=8;PP=740;SC=CCAGCTGATCGTGACCACTCC;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=1907660;WS=1907642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	1907701	rs408286	AG	CA	5842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=26;PP=2947;SC=CTCCCCTGCCAGATTGCACTT;SOR=1.323;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=93;TCF=62;TCR=31;TR=87;WE=1907710;WS=1907691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	1907946	rs411193	C	T	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=20;PP=486;SC=ATTGCAAAAACACAAGAAAGT;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=1907954;WS=1907936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	1910219	rs391288	A	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=81;SC=AAAGCCATTTATCATGTGACT;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=1910227;WS=1910209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	1910373	rs433268	C	G	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=1047;ReadPosRankSum=-0.565;SC=TGATCATTCTCGCACAATCTC;SOR=0.322;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=55;WE=1910381;WS=1910363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr16	1912139	rs380846	T	C	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=38;PP=1149;SC=CCAATGCTTTTATTTTTCAAA;SOR=1.390;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=1912147;WS=1912129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	1917998	rs1742444	T	C	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=8;PP=573;SC=AATGAGTATCTATATACTTGC;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=1918006;WS=1917988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	1918125	rs1742446	T	G	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=26;PP=909;SC=GCCATATTTGTCTGCAGATCT;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=1918133;WS=1918115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	2004708	rs11647461	C	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=8.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.856;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,27:0.28:98
chr16	2004718	rs2815301	T	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=6.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.481;SOR=1.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr16	2011126	rs758335	A	G	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=0.269;SC=CCGATGAGGCATTTGAGTCTG;SOR=0.495;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=2011134;WS=2011116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr16	2014031	rs6366	C	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=0.843;SC=TCAGTTCTTTCGAAATGAATT;SOR=1.508;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=9;WE=2014039;WS=2014021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	2014283	rs2286466	A	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.231;NF=18;NR=9;PP=370;ReadPosRankSum=1.085;SC=GTACCTTAATAGGCAGGGAGA;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=27;WE=2014291;WS=2014273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr16	2014424	rs403609	C	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=410;ReadPosRankSum=0.630;SC=CCCAGGGGCCCGACCCCGAGC;SOR=1.255;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=22;WE=2014432;WS=2014414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr16	2016684	rs148185527	T	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.283;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=246;ReadPosRankSum=0.839;SC=GGATTACAGGTGTGAGCCACC;SOR=1.064;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=15;WE=2016692;WS=2016674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr16	2059621	rs11366527	GC	G	3902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=33.64;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	2059674	rs71384660	T	C	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=34.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	2059698	rs71384661	T	G	1550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.61;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	2059708	rs71384662	T	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.21;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	2059710	rs71384663	T	G	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	2059736	rs71148116	CG	C	520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.72;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	2059762	.	GC	G	199	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=6;HapScore=2;MGOF=140;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=8;PP=199;QD=24.8888888889;SC=CCGGGATCCGGCCCCCCTCTC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=2059770;WS=2059752;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	2059778	.	GT	G	272	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=1;HapScore=3;MGOF=107;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=1;NR=6;PP=272;QD=45.8615571243;SC=CTCTCGGCCGGTCGTGGCGCC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=2059798;WS=2059768;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	2059939	rs968418	A	C	4303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=15;PP=1525;SC=CCGCTCTACCATGAGCCGACC;SOR=2.110;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=58;TCR=16;TR=73;WE=2059947;WS=2059929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	2059955	rs62038790	A	G	5081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=29;PP=1828;SC=CGACCGCTCGAAGGTCCGCGC;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=64;TCR=29;TR=92;WE=2059963;WS=2059945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	2070164	rs2286471	C	T	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=1.481;SC=CCGCGAGGCTCCTCTCCTGCT;SOR=0.873;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=8;WE=2070172;WS=2070154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr16	2070327	rs3217040	G	GA	466.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.27;MQRankSum=1.214;NF=9;NR=3;PP=436;ReadPosRankSum=0.890;SC=CGTGAGAGGGGAGAGGCCTGG;SOR=1.254;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=12;WE=2070335;WS=2070317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr16	2070568	rs2286472	A	C	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.429;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1132;ReadPosRankSum=0.636;SC=CCAGCGGTGGACCCCGCAGCA;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=80;TCR=80;TR=77;WE=2070576;WS=2070558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,142:0.50:285
chr16	2076868	.	C	G	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.406;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr16	2088405	rs149481694	CCCCCCTTCCCCT	C	1318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=43.96;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	2100599	.	C	CT	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=-0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=0.674;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	2110571	rs2074968	C	G	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=377;ReadPosRankSum=0.956;SC=GGGCACTGCGCGCTCAGGCGT;SOR=0.437;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=23;WE=2110579;WS=2110561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr16	2111779	rs17135764	T	C	632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.385;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=375;ReadPosRankSum=-1.517;SC=GGGCTGAGGGTGTCTCCATGC;SOR=0.207;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=26;WE=2111787;WS=2111769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr16	2120402	rs7187438	T	C	4434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=31;PP=2476;SC=GGGTGCTGTCTTAGGACTGCG;SOR=1.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=91;TCR=32;TR=121;WE=2120410;WS=2120392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	2201270	rs36234	G	C	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=77;ReadPosRankSum=3.184;SC=GTTGCAGCTCGTTAGTTACTG;SOR=0.683;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=17;TCR=14;TR=9;WE=2201278;WS=2201260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,19:0.35:55
chr16	2203456	rs26931	T	C	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=47;PP=2153;SC=GAGGAAGCCGTCCAGTCCCTA;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=2203464;WS=2203446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	2203571	rs193028602	C	G	2069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.877;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1157;ReadPosRankSum=-2.082;SC=GTCCCTTCCTCCTCCCAGCAA;SOR=0.897;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=148;TCF=82;TCR=66;TR=73;WE=2203579;WS=2203561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,105:0.44:241
chr16	2222146	.	C	T	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.905;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=485;ReadPosRankSum=-1.449;SC=GGTGAGGGAGCGTGTGCCAGG;SOR=1.128;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=65;TCF=43;TCR=22;TR=36;WE=2222154;WS=2222136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr16	2233565	rs889495	T	C	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.981;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=130;ReadPosRankSum=1.687;SC=CGGGTGGGAGTTGTGGCCAGG;SOR=1.643;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=8;WE=2233573;WS=2233555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr16	2239402	rs27381	C	T	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=892;ReadPosRankSum=-0.153;SC=CGCTGCCCCGCCCCCGCTCGG;SOR=0.812;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=56;WE=2239410;WS=2239392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,88:0.48:183
chr16	2255804	rs3214648	TG	T	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=11;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.163;NF=5;NR=1;PP=211;ReadPosRankSum=-1.474;SC=GCTGCGGAGGTGGGGGGGGGA;SOR=0.434;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=6;WE=2255815;WS=2255794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr16	2255807	rs112805476	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.256;HP=8;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.073;NF=16;NR=4;PP=346;ReadPosRankSum=1.646;SC=GCGGAGGTGGGGGGGGGACGG;SOR=1.044;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=20;WE=2255815;WS=2255794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr16	2256047	rs3217423	AC	A	1012.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=890;ReadPosRankSum=2.068;SC=CTGACCTTTGACCCCTGCCGT;SOR=0.935;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=26;WE=2256055;WS=2256037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,36:0.58:62
chr16	2256326	rs27699	C	T	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.879;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=49;PP=1476;ReadPosRankSum=-0.134;SC=GGCCTCAGGGCTACCTTCCCG;SOR=0.579;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=199;TCF=95;TCR=104;TR=98;WE=2256334;WS=2256316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,159:0.51:309
chr16	2256461	rs26863	C	G	2635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.580;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1435;ReadPosRankSum=-2.464;SC=GGGTCGACCTCAGCACAGCCA;SOR=0.726;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=164;TCF=81;TCR=83;TR=85;WE=2256469;WS=2256451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,123:0.51:239
chr16	2257105	rs26862	C	G	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.694;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=553;ReadPosRankSum=0.003;SC=GCCTGCACCCCAACCAGGTGA;SOR=0.583;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=57;TCR=33;TR=35;WE=2257113;WS=2257095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,50:0.40:124
chr16	2259865	rs25852	C	G	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=11;PP=616;SC=CCTGAAACCACAGCTCCAGCC;SOR=1.352;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=2259873;WS=2259855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	2260567	rs26857	C	T	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=3.665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.14;ReadPosRankSum=-3.539;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,69:0.42:163
chr16	2260612	rs26856	T	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=441;ReadPosRankSum=0.487;SC=AGGAGCAGGCTCACGGCTCTC;SOR=0.669;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=33;WE=2260620;WS=2260602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,55:0.38:146
chr16	2260921	rs76610224	C	T	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.173;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=291;ReadPosRankSum=-2.036;SC=GAACCCCTCCCCTCCTGACCC;SOR=1.336;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=12;WE=2260943;WS=2260911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr16	2260935	rs26855	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=655;ReadPosRankSum=0.336;SC=CTGACCCTGCGCCTCCCCCTC;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=17;WE=2260943;WS=2260911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,33:0.79:42
chr16	2279614	rs141255210	C	A	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=581;ReadPosRankSum=0.748;SC=ATCACTGTGGCCCACATCGTG;SOR=0.701;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=128;TCF=60;TCR=68;TR=50;WE=2279622;WS=2279604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,97:0.47:208
chr16	2282256	rs26839	G	A	2750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=31;PP=1213;SC=GGCAGCCCCCGCCAGCAGGGG;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=78;WE=2282264;WS=2282246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	2285357	rs26840	C	T	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=3.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.933;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,130:0.59:219
chr16	2288224	rs27620	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.454;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=294;ReadPosRankSum=-1.956;SC=CAAAGGGCCAGTGGTGACACC;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=16;WE=2288232;WS=2288214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,18:0.49:37
chr16	2328790	rs150928	G	A	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=6;PP=565;SC=TTCCTACGTGGAGCTACCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=2328798;WS=2328780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	2331430	rs149532	A	G	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=38;PP=1391;SC=GGGAGTCCGGACTGGGGGCCA;SOR=0.710;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=2331438;WS=2331420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	2334554	rs1183064	A	T	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=277;SC=GTGAGGGGGCACCTCCCAGGG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=2334562;WS=2334544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	2335413	.	G	A	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=637;ReadPosRankSum=-0.319;SC=GGTCTGCAGGGGAACGGATCC;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=36;WE=2335421;WS=2335403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr16	2337993	rs313909	G	A	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=4;PP=352;SC=ACTGGCCCCCGATGCCCCCGT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=2338001;WS=2337983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	2338363	rs313908	C	G	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=34;PP=1036;SC=GACACCGGCACCGCTTGGGGC;SOR=1.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=2338371;WS=2338353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	2369485	rs5815117	C	CA	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.738;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr16	2373786	rs323060	C	A	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=210;SC=GCTGTCACAGCCGAGAACTCA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=2373794;WS=2373776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	2375961	rs46725	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=6;PP=468;SC=CCTGCCCAGCCGCGTGGAGGC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=2375969;WS=2375951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	2479712	rs13337091	A	C	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=37;SC=AGCCCCTCGGAGCCTTCCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=2479720;WS=2479702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	2485620	rs146413013	ACACACACACATATATATG	A	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=147;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=2;PP=210;SC=ATATGCACACACACACACACA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=2485645;WS=2485617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	2485665	rs147350588	CACATATATATATATATAT	C	383.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;MQRankSum=0.632;QD=34.83;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr16	2485669	.	T	C	300	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5961;HP=2;HapScore=2;MGOF=57;MMLQ=28;MQ=59.63;NF=7;NR=0;PP=300;QD=47.8244589353;SC=CACACACACATATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=2485691;WS=2485655;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,7:0.64:11
chr16	2485896	rs12928789	A	G	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=16;PP=420;SC=CCCCACCTGCATGTTGGCGCT;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=2485904;WS=2485886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	2486998	rs12921396	A	T	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=7;PP=646;SC=GGAGGGCTCTACTCTCCTGAA;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=2487020;WS=2486988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	2487012	rs34456414	C	CT	1724.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=10;PP=1095;SC=TCCTGAAACACAGCTGCTTTG;SOR=2.007;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=24;WE=2487020;WS=2486988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	2488211	rs12926008	T	C	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=47;PP=1224;SC=CAGAAGGGGGTGTCCAAGGCC;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=79;WE=2488219;WS=2488201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	2489533	rs28647184	T	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=5;PP=271;SC=CTTGGATGCGTTTCTGTCCAC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=2489541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	2498828	rs28417759	A	G	3685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.18;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr16	2498849	rs28670436	G	A	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=0.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr16	2499011	rs8060813	T	C	3139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.48;SOR=1.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	2499786	.	G	GTCCCCTCCA	2657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.71;QD=50.15;SOR=5.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	2510603	rs4786284	C	T	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=367;ReadPosRankSum=-0.135;SC=GGCCGTGCGACGGCTGCCCGT;SOR=0.616;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=21;WE=2510611;WS=2510593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr16	2580902	.	G	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.033;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=501;ReadPosRankSum=1.235;SC=CTTGACGGCCGCGCACCCCTT;SOR=0.768;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=38;WE=2580910;WS=2580892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,56:0.57:99
chr16	2607304	rs369779754	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.90;MQRankSum=-2.069;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr16	2608001	rs77373540	G	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=1.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.19;MQRankSum=-2.558;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.648;SOR=0.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,115:0.31:377
chr16	2645965	rs1005273	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=54;ReadPosRankSum=0.090;SC=ATTTTCATCAGACATCATCTC;SOR=0.105;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=2645973;WS=2645955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr16	2747857	rs3094475	C	T	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=7;PP=318;SC=AGCGTGGATTCTTTGGTTTAG;SOR=1.055;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=20;WE=2747865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	2749195	rs3094473	A	G	6720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=72;PP=2462;SC=GTGACTGTCCAGGATGTGGGG;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=66;TCR=73;TR=138;WE=2749203;WS=2749185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr16	2802684	rs2240146	T	C	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=108;SC=GTGGCGCAGTTGGAGCCCGTT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=2802692;WS=2802674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	2808363	rs3094778	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=1.703;SC=CAGAGCGAGACTCTTATTTTT;SOR=1.247;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=10;WE=2808371;WS=2808353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr16	2809582	.	A	G	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=657;ReadPosRankSum=-2.148;SC=CTCGAAGTACAACACCAGCCC;SOR=0.566;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=46;WE=2809590;WS=2809572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,70:0.50:141
chr16	2810623	rs2285879	T	G	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=26;ReadPosRankSum=1.434;SC=TTTTCCTGCATTTCTCTCCTA;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=4;WE=2810631;WS=2810613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	2812647	rs2240142	C	T	2142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=42;PP=1189;ReadPosRankSum=1.128;SC=GCAGTAGAAGCTTAGTTAGAC;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=67;TCR=79;TR=78;WE=2812655;WS=2812637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,107:0.48:221
chr16	2812890	rs2240141	A	G	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.611;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=1049;ReadPosRankSum=-1.371;SC=CATGCCCTAAACAAAAGTCAC;SOR=0.994;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=131;TCF=60;TCR=71;TR=60;WE=2812898;WS=2812880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr16	2812939	rs2240140	C	A	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1259;ReadPosRankSum=-0.804;SC=ATCCTCCCAACCTAAAGCTAA;SOR=0.742;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=158;TCF=86;TCR=72;TR=76;WE=2812947;WS=2812929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,103:0.47:218
chr16	2814162	rs3094775	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=4.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.410;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr16	2815237	rs3094773	A	C	5615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=61;PP=2414;SC=AGCCAAGACAAGAACCCCACT;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=80;TCR=61;TR=141;WE=2815245;WS=2815227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	2818161	rs2301802	T	C	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=22;PP=693;ReadPosRankSum=0.569;SC=GCTCCTCCTCTTCTTCATCAT;SOR=0.541;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=42;WE=2818169;WS=2818151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,64:0.51:125
chr16	2818704	rs3094792	T	G	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.101;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1246;ReadPosRankSum=-1.142;SC=GGAAGGAGACTACCCAGCTTC;SOR=0.931;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=145;TCF=79;TCR=66;TR=77;WE=2818712;WS=2818685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,129:0.49:262
chr16	2820882	rs1050134	G	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.972;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=332;ReadPosRankSum=0.436;SC=GTCTTTGGGGGATTCCACCAC;SOR=0.426;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=22;WE=2820890;WS=2820872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr16	2821573	rs8017	C	T	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	2822174	rs2285877	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=241;ReadPosRankSum=2.393;SC=TGGTGTTCACGTGTGATCATC;SOR=0.553;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=23;WE=2822182;WS=2822164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,47:0.40:118
chr16	2825594	rs3094774	A	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.584;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,30:0.51:59
chr16	2834826	rs12931183	A	G	3963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=55;PP=1698;SC=GAGGAGCCTAAGTCCCAGCCC;SOR=0.984;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=92;WE=2834834;WS=2834816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	2835189	rs12599918	G	A	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=45;PP=1409;SC=GAAGAGGAGGGACCTCTGAGA;SOR=1.227;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=70;WE=2835197;WS=2835179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	2836027	rs7195287	T	G	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=46;PP=1725;SC=CAGGTGTTGGTGGGGAGACAC;SOR=0.806;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=36;TCR=46;TR=82;WE=2836035;WS=2836017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	2836271	rs11643898	C	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=17;PP=581;SC=CTTATTTAACCCTCCCCAGAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=2836279;WS=2836261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	2837592	rs34341809	T	G	6978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=82;PP=2462;SC=GGGCTTAAAGTGCCAGGAGAG;SOR=1.101;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=133;WE=2837611;WS=2837582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr16	2837603	rs11076829	C	T	6279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=73;PP=2085;SC=GCCAGGAGAGCGCGAGGCTCA;SOR=1.368;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=110;WE=2837611;WS=2837582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr16	2848944	rs142102839	C	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	2867450	rs71386691	G	C	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=314;SC=AGGCGGCGCCGTTATCAGGTA;SOR=0.874;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=14;WE=2867458;WS=2867440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	2871121	rs11076844	T	C	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=50;PP=1619;SC=GTGAGTGTCCTTGCCACCACT;SOR=1.125;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=81;WE=2871129;WS=2871111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	2871555	rs10641	G	A	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=51;PP=1676;SC=CCTCCTGGCCGCTACTCTTTT;SOR=0.845;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=97;WE=2871574;WS=2871545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	2880614	rs2190809	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=22;PP=827;SC=CCTGGAGGGGTGGGGTCCCCT;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=2880622;WS=2880604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	2880870	rs2240614	G	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=276;SC=CTCAGGGCAGGGGGTAAGCAC;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=2880878;WS=2880860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	2882197	rs12373	G	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=9;PP=217;SC=AGGCCATCTGGGTGGTGGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=2882205;WS=2882187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	2891635	rs11860210	C	G	4960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr16	2903047	rs1054912	G	C	2040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=3;PP=938;SC=AGATCCAGATGTGGATCTGGC;SOR=3.516;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=2903055;WS=2903037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	2903068	rs113609771	A	C	3327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=6;PP=1401;SC=CGCCTTTCAGATCCGAGCCCC;SOR=2.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=50;TCR=6;TR=56;WE=2903089;WS=2903058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	2903081	rs3743944	G	A	4044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=18;PP=1489;SC=CGAGCCCCGCGTCCCGCTGCG;SOR=2.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=79;WE=2903089;WS=2903058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	2903850	rs112285893	G	C	1698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=13;PP=902;SC=GGGGTGGGGGGCTCGAGGGAG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=2903858;WS=2903840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	2906934	rs732532	G	A	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=31;PP=802;SC=AGTGAGGAAGGCCCCCAACAC;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=2906942;WS=2906924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	2949248	rs7281	T	C	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.10;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	2973249	rs11642228	T	A	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=189;SC=GAGGCTGTTTTTGTTTATTTT;SOR=1.493;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=2973257;WS=2973239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	3016885	rs58462745	A	G	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=36;PP=1445;SC=GGTCCTCAGGATGCTGACTGC;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=71;WE=3016893;WS=3016875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	3017124	rs11641195	C	A	2001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=23;PP=804;SC=CTGCTCCGCGCCTTCGATGGC;SOR=0.744;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=3017132;WS=3017114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr16	3024188	rs2074528	T	C	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=24;PP=1236;SC=AGGATGTGGGTGGGCGGACCC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=3024196;WS=3024178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr16	3106994	rs1064948	A	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=2;PP=809;SC=CCTTTCCCCAAGCAGGGGCGG;SOR=3.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=33;WE=3107002;WS=3106984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	3108659	.	T	A	1489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.161;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=507;ReadPosRankSum=-1.008;SC=GATGTCACCGTCAGCAACGCA;SOR=0.623;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=88;TCF=41;TCR=47;TR=37;WE=3108667;WS=3108649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,74:0.56:133
chr16	3117354	rs1555001	T	A	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.014;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=361;ReadPosRankSum=0.297;SC=ACATGGAGACTGAGTGTCACC;SOR=0.856;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=23;WE=3117362;WS=3117344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr16	3117937	rs2239303	G	A	1950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=19;PP=840;SC=ACTGATGTGGGGTGCAGAGGA;SOR=0.920;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=45;WE=3117945;WS=3117927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	3118865	rs12934561	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=398;SC=GGGCTGTGGTTGGGAAACCAA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=3118873;WS=3118858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	3119020	rs371244098	A	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=7.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.26;MQRankSum=0.596;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.767;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr16	3119167	rs34184287	T	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.16;MQRankSum=-3.423;QD=10.06;ReadPosRankSum=1.782;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr16	3119297	rs71818662	C	CG	1941.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.155;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-12.112;NF=1;NR=25;PP=1199;ReadPosRankSum=2.268;SC=CGGAGCCCCACGGGGGGACAA;SOR=1.304;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=85;TCF=10;TCR=75;TR=26;WE=3119312;WS=3119287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,61:0.29:212
chr16	3119304	rs2981599	A	G	2036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.365;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-11.924;NF=12;NR=24;PP=1279;ReadPosRankSum=0.954;SC=CCACGGGGGGACAAGGAGGAG;SOR=1.353;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=36;WE=3119312;WS=3119287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,60:0.28:213
chr16	3131566	rs2741927	G	T	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=8;PP=387;SC=CTGAGAGGCCGGGGTGTGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=23;WE=3131574;WS=3131556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	3131663	rs4247354	A	G	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=30.98;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	3131810	rs148052546	T	C	106.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=26.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	3131895	rs117921794	T	C	75.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=25.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	3131937	rs191732434	A	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.56;QD=45.61;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	3131940	rs58826170	C	CGG	989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.34;QD=44.99;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	3141713	rs12935803	G	C	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=31;PP=960;SC=AAAACTACAGGGTAGAGAAGT;SOR=0.980;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=3141721;WS=3141703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	3142463	rs3810807	A	G	5238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=55;PP=2701;SC=GGGGAAAGTGAAGTTTCCAGA;SOR=0.868;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=132;WE=3142471;WS=3142453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	3165425	rs909410	A	G	2504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=23;PP=1084;SC=TTCAGGGGACACTCAGGAGTC;SOR=1.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=62;WE=3165433;WS=3165415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	3166618	rs4785928	C	G	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.08;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	3191356	rs2735537	G	A	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=30;PP=906;SC=TGAGCAGCTGGCTTGGCCGGA;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=55;WE=3191364;WS=3191346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	3197623	rs2735507	C	T	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=8;PP=1109;SC=GTCAAGTCCACGACCTTGAAC;SOR=2.683;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=3197631;WS=3197613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	3199118	rs2238385	C	T	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=33;PP=917;SC=ATTCTGATCACCTCCTATGAA;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=37;WE=3199126;WS=3199108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	3199713	rs2735514	C	T	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	3254470	rs1834026	T	C	5658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.302;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.117;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:242,285:0.54:527
chr16	3254972	rs2075851	T	C	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=1169;ReadPosRankSum=0.835;SC=CCACCTGTGGTTCTCACCTGG;SOR=0.673;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=58;TCR=82;TR=72;WE=3254980;WS=3254962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,111:0.54:205
chr16	3266071	rs2550401	A	G	3714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=54;PP=1832;ReadPosRankSum=1.097;SC=GCCAACTCGAATGCTCTGCTG;SOR=0.849;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=279;TCF=154;TCR=125;TR=125;WE=3266079;WS=3266061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,186:0.44:418
chr16	3266552	rs2741916	G	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=4.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=0.375;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr16	3274165	.	C	T	1716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=32;PP=899;ReadPosRankSum=0.905;SC=AATAAGGTTTCTCTCCTGTAT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=118;TCF=49;TCR=69;TR=54;WE=3274173;WS=3274155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,82:0.48:170
chr16	3282605	rs2075852	T	C	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.258;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=25;PP=481;ReadPosRankSum=0.638;SC=ACAGCCCTACTGGTAAGAAAA;SOR=0.809;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=39;WE=3282613;WS=3282595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,63:0.38:165
chr16	3293888	rs1231122	C	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=539;ReadPosRankSum=-1.167;SC=CAATCAGCTCCGGAACTACGG;SOR=0.770;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=37;WE=3293896;WS=3293878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,59:0.46:129
chr16	3293922	rs1231123	A	T	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=668;ReadPosRankSum=0.391;SC=AGGGAAAAAAATCCTGAGCAT;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=57;TCR=42;TR=43;WE=3293930;WS=3293912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,71:0.44:162
chr16	3294154	rs3974658	GT	G	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=2.216;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,55:0.41:133
chr16	3294678	rs1231124	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=-1.611;SC=ATTCTCCACAGGGCACACCTA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=3294686;WS=3294668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
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chr16	3296616	rs224205	C	T	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.810;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=561;ReadPosRankSum=-0.207;SC=CTGGCCTCTACTTCTGGGCTC;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=36;WE=3296624;WS=3296606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr16	3297073	rs224206	A	G	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=41;PP=1123;ReadPosRankSum=0.950;SC=CAATCAGCGCATCGAGCAGGG;SOR=0.585;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=180;TCF=99;TCR=81;TR=82;WE=3297081;WS=3297063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,145:0.47:308
chr16	3297175	rs224207	T	C	4656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=1.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.17;ReadPosRankSum=0.302;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,130:0.45:288
chr16	3297181	rs224208	C	T	4500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.834;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,118:0.43:272
chr16	3298642	rs224211	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=1.738;SC=TCTTTCTGCAGTAGTCACCGG;SOR=0.490;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=18;WE=3298650;WS=3298632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr16	3298865	rs224212	T	C	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.303;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=480;ReadPosRankSum=-1.365;SC=TCTTCCCACCTTCCTCCCAGG;SOR=1.188;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=46;TCF=35;TCR=11;TR=27;WE=3298873;WS=3298855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr16	3299749	rs224213	G	A	1737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=525;ReadPosRankSum=-2.991;SC=GGGCGTGGCAGCGGGGACTCG;SOR=0.715;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=46;WE=3299757;WS=3299739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,87:0.54:161
chr16	3301897	rs224218	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr16	3304463	rs224222	C	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=692;ReadPosRankSum=0.433;SC=TCTGCGCAGCCGGACCTCGGC;SOR=0.449;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=43;WE=3304471;WS=3304453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr16	3304573	rs224223	G	T	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.081;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=492;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GGCCCTCCGAGGCCTTCTCTC;SOR=0.525;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=32;WE=3304581;WS=3304563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,51:0.76:67
chr16	3304654	rs224224	T	C	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.774;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=777;ReadPosRankSum=2.152;SC=GGCTGGCAGCTCCGCCCCCGT;SOR=0.402;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=46;WE=3304662;WS=3304644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,69:0.64:108
chr16	3304762	rs224225	A	G	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=480;ReadPosRankSum=-1.730;SC=CTGCGGAATCATCTGTGCCGT;SOR=0.922;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=39;WE=3304770;WS=3304752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,65:0.41:158
chr16	3338343	rs188761	G	C	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=53;ReadPosRankSum=0.253;SC=ACTGCTGTCAGATTTATGGAG;SOR=0.551;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=6;WE=3338351;WS=3338333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	3339435	rs220379	G	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=726;ReadPosRankSum=-0.093;SC=CCGTCTGTATGCTCTGAGAAC;SOR=0.530;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=44;WE=3339443;WS=3339425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,77:0.53:146
chr16	3350639	rs7185015	A	G	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=-0.462;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr16	3364867	rs12325636	G	C	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.090;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=26;PP=719;ReadPosRankSum=0.228;SC=ACTGTCATTTGTCTAGGTAAA;SOR=1.183;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=34;WE=3364875;WS=3364857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr16	3367061	rs17611827	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=290;ReadPosRankSum=0.612;SC=GTGCCTTGATGTGAACTTTTG;SOR=0.668;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=20;WE=3367069;WS=3367051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr16	3367229	rs17611866	T	C	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=656;ReadPosRankSum=-3.561;SC=CATCAGCCTGTGTCTCTTTCT;SOR=0.612;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=63;WE=3367237;WS=3367219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,107:0.56:191
chr16	3405875	rs1009429	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=2.618;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=155;ReadPosRankSum=0.825;SC=CCAACAGCTTTTTCTTGACTT;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=8;WE=3405883;WS=3405865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	3405986	rs1218762	G	A	2147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.89;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr16	3405994	rs1228348	A	G	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=2.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.84;ReadPosRankSum=1.868;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,60:0.48:124
chr16	3406387	rs1218763	C	G	7303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=98;NR=78;PP=2965;SC=TGATTGCCTGCCTGGGTGGCT;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=98;TCR=78;TR=176;WE=3406395;WS=3406377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
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chr16	3406626	rs11648783	G	A	957.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.411;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=703;ReadPosRankSum=1.224;SC=CTGAAAATCCGCTCTGCAGAG;SOR=0.787;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=93;TCF=45;TCR=48;TR=48;WE=3406634;WS=3406616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
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chr16	3447282	rs27241	C	G	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=759;ReadPosRankSum=0.345;SC=AGGTCTGGATCTCCTCTGGCA;SOR=0.794;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=50;WE=3447290;WS=3447272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,81:0.60:136
chr16	3452193	rs37811	T	G	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=700;ReadPosRankSum=2.049;SC=CCCAAGAGGCTCTCTCCCAGC;SOR=0.491;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=48;WE=3452201;WS=3452183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,52:0.43:120
chr16	3452453	rs56903674	C	CT	553.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=-1.172;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr16	3455079	rs37813	T	C	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=136;ReadPosRankSum=-0.823;SC=GCTTGTACTTTAGATCCTCAA;SOR=0.275;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=9;WE=3455087;WS=3455069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr16	3487556	rs40534	A	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=286;ReadPosRankSum=-0.211;SC=TAAAAACAAAAGAAAGCAAAA;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=18;WE=3487564;WS=3487546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr16	3487576	rs37825	T	C	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=141;ReadPosRankSum=-0.944;SC=ACATAGACAATATCTTCAAGG;SOR=0.346;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=11;WE=3487584;WS=3487566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr16	3493240	rs3816916	A	C	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.108;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=415;ReadPosRankSum=-0.071;SC=TAAAGGGACCAATTCCGCTGC;SOR=1.022;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=22;WE=3493248;WS=3493230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr16	3493288	rs34496784	T	C	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=352;ReadPosRankSum=1.754;SC=CTCGATTCCCTCCGAACCCCC;SOR=0.375;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=3493309;WS=3493278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr16	3493301	rs7500590	T	C	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=352;ReadPosRankSum=1.863;SC=GAACCCCCCCTTAAAAACCTA;SOR=0.458;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=7;WE=3493309;WS=3493278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	3533577	rs1137454	C	G	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=872;ReadPosRankSum=-0.861;SC=TCAACGGCGGCCACCCTCCCT;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=42;TCR=75;TR=57;WE=3533585;WS=3533567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,85:0.51:166
chr16	3534892	rs13740	G	A	4186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.383;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=71;PP=2162;ReadPosRankSum=1.241;SC=CCCACCCTTCGGCCGCCCGCA;SOR=0.720;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=246;TCF=119;TCR=127;TR=130;WE=3534900;WS=3534882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,198:0.50:393
chr16	3535028	rs2074524	G	A	2761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=60;PP=1326;ReadPosRankSum=-0.724;SC=ACAGAACATCGTGGGCATGCG;SOR=1.052;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=164;TCF=57;TCR=107;TR=87;WE=3535036;WS=3535018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,139:0.50:279
chr16	3535116	rs4785936	T	C	3845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=52;PP=1757;SC=GCCACAAAAGTGGAAGGCCCT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=41;TCR=53;TR=93;WE=3535124;WS=3535106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	3535540	rs2240075	G	A	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=3.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.731;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,141:0.47:299
chr16	3550977	rs2301762	C	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=152;ReadPosRankSum=-1.102;SC=TCCAAGGGTCCATTGGTTGCC;SOR=1.027;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=11;WE=3550985;WS=3550967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr16	3558262	.	CT	C	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	3583173	rs3751837	C	T	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=440;ReadPosRankSum=-0.023;SC=TTCTGTTCTGCCTCATGTGTT;SOR=0.564;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=27;WE=3583181;WS=3583163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,55:0.54:102
chr16	3599655	rs12448257	G	A	850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=275;ReadPosRankSum=2.244;SC=CAGGTGCCTCGTCAAAGAAAC;SOR=0.877;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=20;WE=3599663;WS=3599645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr16	3602227	rs56070390	AG	A	4168.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=39;PP=1919;SC=TTCTGCTTCAAGGGCATCTGC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=48;WE=3602235;WS=3602217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	3605924	rs146562000	A	AAAAT	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=234;ReadPosRankSum=-0.382;SC=CACCCTAATAAAAATAAATAA;SOR=0.777;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=3605932;WS=3605914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	3611610	rs8050566	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=407;ReadPosRankSum=-0.159;SC=TCCGTGGCAGCGCCGCTGGCC;SOR=1.060;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=29;WE=3611618;WS=3611600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,39:0.39:99
chr16	3613126	rs12445430	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=138;ReadPosRankSum=-0.528;SC=GGAGGTAGGCCAGGGCAGCGC;SOR=1.292;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=11;WE=3613134;WS=3613116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr16	3613150	rs8044743	A	G	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.040;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=93;ReadPosRankSum=-1.218;SC=GCGCGGGACCAGTCAGCCTGG;SOR=0.876;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=12;WE=3613158;WS=3613140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr16	3627358	rs758747	C	T	351.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.884;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=217;ReadPosRankSum=-0.960;SC=AGTGCAGCCCCGACCTTCTGC;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=3627366;WS=3627348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr16	3639139	rs3810812	A	G	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=912;ReadPosRankSum=-0.920;SC=TCGGCCTGCTATTCCCCAGGG;SOR=0.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=56;WE=3639147;WS=3639129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,87:0.55:159
chr16	3639827	rs3810813	G	A	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.106;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=803;ReadPosRankSum=1.375;SC=TTGGGTCTGGGAAGAACAGTC;SOR=1.161;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=46;WE=3639835;WS=3639817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,61:0.42:145
chr16	3656482	rs8061528	C	T	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,92:0.43:212
chr16	3707409	rs1799892	G	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.420;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=412;ReadPosRankSum=1.738;SC=CTCATAGGTCGGGCTTCAGAA;SOR=0.270;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=70;TCF=15;TCR=55;TR=37;WE=3707417;WS=3707399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,42:0.55:77
chr16	3707747	rs1053874	G	A	1229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=2.800;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,67:0.52:129
chr16	3708282	rs35081909	AT	A	422.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.257;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.132;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.249;SOR=1.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,39:0.46:85
chr16	3712853	rs34157278	A	G	2368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.003;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=38;PP=937;ReadPosRankSum=0.296;SC=ACTGCGGCCAAGTGGTGGTCC;SOR=0.609;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=70;WE=3712861;WS=3712843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,119:0.51:235
chr16	3724465	rs13926	G	C	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=337;ReadPosRankSum=-2.344;SC=TGCCACTCACGGACATCCTTG;SOR=0.919;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=79;TCF=33;TCR=46;TR=32;WE=3724473;WS=3724455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,57:0.43:133
chr16	3726160	rs8050400	A	G	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=38;PP=1118;SC=AGGCAGGCAAAGAAAGGAAAA;SOR=0.946;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=61;WE=3726168;WS=3726150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	3738887	rs2072379	C	T	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.650;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr16	3738961	rs2072380	T	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.470;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=453;ReadPosRankSum=0.454;SC=TTCTCACAGCTAATATATTAT;SOR=0.936;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=35;WE=3738969;WS=3738951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,48:0.42:114
chr16	3767473	rs737260	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=-1.977;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr16	3811556	rs886528	A	G	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=609;ReadPosRankSum=-0.211;SC=ATTTCCATCAAAGCCCAGGAT;SOR=0.755;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=46;WE=3811564;WS=3811546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,88:0.34:258
chr16	3811596	rs11076786	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=493;ReadPosRankSum=-0.719;SC=CCGCAGACACCGCCTCCTCTC;SOR=0.873;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=123;TCF=48;TCR=75;TR=35;WE=3811604;WS=3811586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,65:0.35:187
chr16	4015729	rs879620	C	T	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=11;PP=1354;SC=ACAAATATTACTGTGTTTCGA;SOR=2.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=66;WE=4015737;WS=4015719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	4016676	rs2230742	A	G	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=89;PP=2878;SC=CTCCGCTGTCATGGTTCTTGG;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=61;TCR=90;TR=149;WE=4016684;WS=4016666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr16	4027423	rs2072346	C	T	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=3;PP=494;SC=CCAGGCCCTACGCAACCTCGG;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=4027431;WS=4027413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	4027605	rs2240735	C	T	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=33;PP=1008;SC=CGGCAATCAGCGCGGCCGAGC;SOR=1.029;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=4027613;WS=4027595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	4027688	rs2531990	T	C	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=23;PP=682;SC=ACCCCTGCTATACCCGGCCGC;SOR=1.123;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=4027696;WS=4027678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	4027749	rs2601774	A	G	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=358;SC=ACTGAGTCTCACTCTGTCGCC;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=4027757;WS=4027739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	4038952	rs3730126	C	T	2203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=1.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.580;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,113:0.47:239
chr16	4039141	rs2072341	A	G	3823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=65;PP=1957;SC=CCAGCACCATAACTGTGCCAA;SOR=1.155;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=103;WE=4039149;WS=4039131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	4042449	rs2239307	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.302;SC=CCCCGACCTCCGCTGCGGGGC;SOR=0.141;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=5;WE=4042457;WS=4042439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	4043292	rs2239309	C	G	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=15;PP=812;SC=GTGCGGAGTGCTGTTACCCAA;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=4043300;WS=4043282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	4165432	rs2530898	T	C	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=7;PP=162;SC=GCTGGTGGGGTGGGGAAGCCA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=4165440;WS=4165422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	4242093	rs8051399	C	T	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=8;PP=799;SC=AAACCAGGACCTCTCAGACAG;SOR=2.554;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=4242101;WS=4242083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	4245393	rs11076822	T	C	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=289;SC=GAGATGAGGTTTCACTATGTT;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=4245401;WS=4245391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	4245426	rs11076823	C	T	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=493;SC=CTTGAACCTCCGGCCTCAAGG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=4245434;WS=4245416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	4245693	rs10852643	A	G	3947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=57;PP=1889;SC=GTGAGAAGGAACGGGCGCTGT;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=35;TCR=57;TR=92;WE=4245701;WS=4245683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
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chr16	4257131	rs9932378	C	G	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=723;ReadPosRankSum=-0.690;SC=TCGGAGGCGCCCTCTGCTTCT;SOR=0.744;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=119;TCF=67;TCR=52;TR=51;WE=4257139;WS=4257121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,77:0.39:198
chr16	4257281	rs9922726	A	C	6247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FS=0.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.48;ReadPosRankSum=0.155;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,165:0.49:338
chr16	4257286	rs9924822	T	C	6251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.39;ReadPosRankSum=0.594;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,164:0.48:340
chr16	4257686	rs868302	A	G	2134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.012;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=885;ReadPosRankSum=-1.409;SC=GGGAGCCCAAACCCAGTCTCC;SOR=0.781;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=164;TCF=81;TCR=83;TR=61;WE=4257694;WS=4257676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,114:0.40:284
chr16	4257729	rs9934893	C	T	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=675;ReadPosRankSum=-1.576;SC=AACTGGGCTCCGGCCACTCCT;SOR=0.851;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=156;TCF=71;TCR=85;TR=55;WE=4257737;WS=4257719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,100:0.39:255
chr16	4258005	rs1104968	C	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=421;ReadPosRankSum=-0.860;SC=CTGCATAAAGCGCCCTTTCTT;SOR=0.607;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=32;WE=4258013;WS=4257995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr16	4258173	rs889807	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=1.280;SC=CAAGAGTCTATAATAACCTAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=10;WE=4258181;WS=4258163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr16	4310468	rs251732	C	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.229;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=538;ReadPosRankSum=1.043;SC=GGGTCCGCAGCTGCTGCTGTT;SOR=0.505;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=37;WE=4310476;WS=4310458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,64:0.50:129
chr16	4386814	rs669561	T	C	11400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=135;NR=116;PP=2965;SC=GCACCCACTATGTGGACAAGC;SOR=0.811;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=252;TCF=135;TCR=117;TR=251;WE=4386822;WS=4386804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr16	4393196	rs72766573	A	G	996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=395;ReadPosRankSum=-1.108;SC=GGGGAGACGGACCCATGCTTA;SOR=0.721;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=37;WE=4393204;WS=4393186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,72:0.26:275
chr16	4401143	.	CCGCCGCCCAGCCCGGAGCT	C	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=1160;ReadPosRankSum=0.792;SC=CGCACGGCGCCCGCCGCCCAG;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=3;WE=4401169;WS=4401133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr16	4410867	rs140995663	TCACTGCTGGCCCCACCTCTCCA	T	825.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.75;MQRankSum=4.045;QD=17.95;ReadPosRankSum=0.709;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr16	4414727	rs2277852	G	A	1179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=479;ReadPosRankSum=-1.351;SC=TGAGGCCCAGGCCCCCCGACT;SOR=0.582;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=33;WE=4414735;WS=4414717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,60:0.59:102
chr16	4414987	rs2277851	G	A	1331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=24;PP=721;ReadPosRankSum=1.267;SC=GGATGGGGGCGAGGAAGCAAG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=48;WE=4414995;WS=4414977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,67:0.50:133
chr16	4415410	rs3747575	G	T	1303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.655;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,68:0.43:160
chr16	4415455	rs3747576	C	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=729;ReadPosRankSum=-1.536;SC=GGACTCCAGGCTGTGGATGTG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=57;WE=4415463;WS=4415445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,79:0.42:186
chr16	4431202	rs758044	A	G	14356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=169;NR=172;PP=2965;SC=TGGACCTGACAGCCAACAGGC;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=342;TCF=169;TCR=173;TR=341;WE=4431210;WS=4431192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,555:1.00:555
chr16	4432029	rs3810818	A	C	7068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=87;PP=2777;SC=AGCCCCACAGAGCCGGCCACT;SOR=0.775;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=80;TCR=88;TR=167;WE=4432037;WS=4432019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr16	4445327	rs3747579	C	T	4278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=49;PP=1581;SC=GTCAAAGATCCGCAGCTGCTT;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=83;WE=4445335;WS=4445317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	4455675	rs3747580	G	A	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=31;PP=926;SC=CAGCAGCTACGAGGGTCCTTT;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=4455683;WS=4455665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	4475868	rs2304631	A	T	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=8;PP=290;SC=GCAGGCGCAGAGTCCCCGGGC;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=18;WE=4475876;WS=4475858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	4476089	rs1139652	T	C	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=30;PP=964;SC=GTGTCAGCCTTACAGGTGAGG;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=4476097;WS=4476079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	4484328	rs4785962	A	G	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=2;PP=499;SC=ATGTACTCACAGTTTTCTTTT;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=4484336;WS=4484318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	4484396	rs1139653	A	T	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=49;NR=20;PP=1298;SC=AACAAAACATAACCCTTTCAT;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=4484404;WS=4484386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	4484613	rs4785964	A	G	2594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=57;PP=1713;SC=TGCCCATATGAATAGGTCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=21;TCR=57;TR=78;WE=4484621;WS=4484603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	4494549	rs12446640	A	G	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=3;PP=434;SC=GTTGGCCAGGATGGTCTCGAT;SOR=2.636;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=4494557;WS=4494539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr16	4516092	rs3747584	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=9;PP=445;SC=CCGCGGTCTGTTACACCAACG;SOR=1.308;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=26;WE=4516100;WS=4516082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr16	4519548	rs62039231	A	G	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=59;PP=1805;SC=GGAGTGCTCCACCACAGCAAG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=83;WE=4519556;WS=4519538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	4524060	rs3761680	C	A	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=21;PP=1242;SC=GGCGCCCTGGCTCTGCAAGGG;SOR=1.347;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=4524068;WS=4524050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	4558064	rs2404579	G	A	2350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1125;ReadPosRankSum=-0.768;SC=AAGGGACCCAGTTCTACCTGT;SOR=0.766;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=191;TCF=97;TCR=94;TR=81;WE=4558072;WS=4558054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,123:0.42:294
chr16	4559301	rs141331254	T	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	4562351	rs8129	T	C	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=10;PP=661;SC=AAGCTCATTGTCAGCCCCCTG;SOR=1.061;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=33;WE=4562359;WS=4562341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	4562512	rs7665	A	G	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=56;PP=2195;SC=ACCACTGAGCACAGGGAGCAA;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=62;TCR=56;TR=118;WE=4562520;WS=4562502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	4621725	rs35531180	GA	G	2216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=40;PP=1775;SC=CTGGGGGTTGGAGCAATGAGG;SOR=2.753;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=40;WE=4621733;WS=4621715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	4625126	rs9673241	G	A	4497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=71;NR=48;PP=2489;SC=ACTGAGAGTGGGAGGCGGGGC;SOR=1.058;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=119;WE=4625134;WS=4625116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	4625164	rs76048912	C	G	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=28;PP=785;ReadPosRankSum=-0.885;SC=CCTCTGCCCCCTCTTCTGCAG;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=157;TCF=92;TCR=65;TR=65;WE=4625172;WS=4625154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,103:0.42:243
chr16	4626215	rs79448011	C	T	2895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=971;ReadPosRankSum=-0.556;SC=CCGCAGCCTACGCCGCTGCCA;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=149;TCF=83;TCR=66;TR=73;WE=4626223;WS=4626205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,143:0.57:251
chr16	4636912	.	C	T	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=1.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=176;ReadPosRankSum=1.354;SC=AACGCCCATGCCCACCTGCCT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=11;WE=4636920;WS=4636902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	4641814	rs5815211	AG	A	1233.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=746;SC=CCCTCCTGGTAGGGGTCCTGC;SOR=0.984;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=4641822;WS=4641804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	4649955	rs11076843	T	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.83;SOR=2.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	4649965	rs7403819	T	C	1563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.15;SOR=2.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	4660342	rs841184	C	T	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=38;PP=1386;SC=GCAGGACCCACGGAGCCGGGA;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=4660350;WS=4660332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	4664412	rs138923012	T	TG	413.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=4.337;HP=12;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=-0.641;SC=ACAAAAGGGGTGGGGGGGGTC;SOR=1.308;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=8;WE=4664420;WS=4664402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr16	4664833	rs860889	T	G	4050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=67;PP=2058;ReadPosRankSum=-0.466;SC=GCCTCCCTCCTCCGCCCGCGC;SOR=0.267;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=120;WE=4664841;WS=4664823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,156:0.99:157
chr16	4674954	rs3747587	C	G	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=52;PP=2049;SC=CCGGCAGCGCCGCGCACCATG;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=68;TCR=52;TR=120;WE=4674962;WS=4674944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr16	4675116	rs1386092	G	T	2514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=43;PP=1309;SC=CGGGCGCGGGGGCGGGGACTC;SOR=1.346;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=4675124;WS=4675106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	4700318	rs373572089	CA	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr16	4714639	rs1659479	T	C	2987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.883;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=33;PP=1226;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TCCAGCTCATTTGTTGACCGA;SOR=0.755;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=172;TCF=104;TCR=68;TR=86;WE=4714647;WS=4714629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,151:0.51:297
chr16	4715012	rs3813746	C	T	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-1.275;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr16	4718388	rs34069734	A	G	1929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=695;ReadPosRankSum=-0.103;SC=GCATACTCATACATAGACACA;SOR=0.862;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=47;WE=4718396;WS=4718378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,100:0.51:197
chr16	4721468	rs715109	T	C	7242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=84;NR=65;PP=2901;SC=AAGGTGTGTATCTGGGTGAGG;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=84;TCR=65;TR=149;WE=4721476;WS=4721458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr16	4723451	rs2289314	A	G	1071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.966;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=582;ReadPosRankSum=-0.655;SC=CAGGAGCCGTACTCTGGCCTT;SOR=0.396;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=39;WE=4723459;WS=4723441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr16	4736080	rs144808025	TTCTGGCTGCGC	T	781.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.61;ReadPosRankSum=-0.240;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,21:0.50:42
chr16	4736316	rs841225	C	T	1563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=505;ReadPosRankSum=-0.979;SC=TACGTGACCTCCCAGACGCGC;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=36;WE=4736324;WS=4736306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,80:0.52:153
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chr16	4796595	rs759988	T	C	1036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.861;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=434;ReadPosRankSum=0.240;SC=TGGTGGATCCTGATGGGGAGG;SOR=1.198;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=37;WE=4796603;WS=4796585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,54:0.50:109
chr16	4796871	rs2341988	A	G	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=30;PP=1382;SC=AGCCCCAACAAGAGTTGGAAC;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=4796879;WS=4796861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	4797109	rs12926158	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.100;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=-0.319;SC=CACATTTACCGCCTGTGGTGA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=4797117;WS=4797099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	4797226	rs759989	T	C	252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=-0.260;SC=GCTGCCTGAATTGCATTCTTG;SOR=1.214;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=13;WE=4797234;WS=4797216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr16	4797457	rs17853375	C	T	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=555;ReadPosRankSum=-0.740;SC=GCTCAGGCCCCTGAAGACACA;SOR=0.825;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=37;WE=4797465;WS=4797447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,72:0.46:156
chr16	4801723	rs921863	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.206;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,22:0.40:55
chr16	4802370	rs3747601	C	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=0.375;SC=AGTTTCAGGCCTGGTGATCAG;SOR=0.351;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=13;WE=4802378;WS=4802360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr16	4802386	rs3747602	G	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=204;ReadPosRankSum=-0.687;SC=ATCAGGCTTTGGCACCGGGGC;SOR=0.374;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=16;WE=4802394;WS=4802376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,26:0.60:43
chr16	4812209	rs12599765	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.599;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=342;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TAACAAGGAAGTGTGACACAC;SOR=0.522;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=27;WE=4812217;WS=4812199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,50:0.50:101
chr16	4812816	rs2290561	G	A	2306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=44;PP=962;ReadPosRankSum=-0.399;SC=AAAAATCCCCGCAGGGCCCCA;SOR=0.622;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=58;TCR=80;TR=76;WE=4812824;WS=4812806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,118:0.58:204
chr16	4815425	rs4786548	T	C	926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=557;ReadPosRankSum=0.891;SC=GGCTGAGAAATCTTTTGCAGT;SOR=0.510;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=36;WE=4815433;WS=4815415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr16	4815608	rs4786549	A	G	6291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=73;PP=2424;SC=GCCCTTCCACAAGGACCACGG;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=58;TCR=73;TR=131;WE=4815616;WS=4815598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr16	4833421	rs7201715	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=131;ReadPosRankSum=-1.065;SC=GATGTGTGGGAAGGAAATCAC;SOR=0.330;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=4833429;WS=4833411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	4833615	rs6500634	C	T	1806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=710;ReadPosRankSum=0.939;SC=CCTCTGCCCCCGCTGACCCCA;SOR=0.647;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=56;WE=4833623;WS=4833605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,90:0.52:172
chr16	4833970	rs759991	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=415;ReadPosRankSum=-0.940;SC=CGCAGCAGTGCACCCGGGTGT;SOR=0.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=34;WE=4833978;WS=4833960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,56:0.45:124
chr16	4834165	rs8043579	C	T	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.25;ReadPosRankSum=0.806;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,32:0.54:59
chr16	4834168	rs8043725	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.091;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.07;ReadPosRankSum=0.435;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,32:0.56:57
chr16	4835778	.	TA	T	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=-0.054;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr16	4835794	rs3833435	G	GA	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=16;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=407;ReadPosRankSum=0.232;SC=AAAAAAAAAAGAGAGAGAACC;SOR=0.481;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=23;TCF=12;TCR=11;TR=13;WE=4835802;WS=4835783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr16	4836155	rs71402568	G	GT	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=5;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.294;NF=0;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GTTTTAGGCAGTTTTTCTCTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=7;WE=4836163;WS=4836145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr16	4837362	rs741695	T	C	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=9;PP=766;ReadPosRankSum=0.849;SC=TGTGAGGTGCTATTATCAGGC;SOR=0.642;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=89;TCF=75;TCR=14;TR=46;WE=4837370;WS=4837352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,49:0.47:105
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chr16	4846068	rs2075465	T	C	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=522;ReadPosRankSum=-1.923;SC=TGCCGGCCTCTGGGACCTGCA;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=45;TCR=38;TR=37;WE=4846076;WS=4846058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,62:0.47:131
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chr16	4847524	rs1982515	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=-0.233;SC=GAGGGTGCTGTAGGTTGCTGA;SOR=0.570;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=12;WE=4847532;WS=4847514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr16	4847619	.	T	TGGGGTACACCAGACCCCAAGACTGGGGCGCTCTGAGGGCGTGGCAGGGCCCTCAGAACCCCTGCCCACTGTG	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.523;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
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chr16	4848494	rs8053790	C	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.304;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=0.349;SC=GGCACCCCTCCGCGTCCATCC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=7;WE=4848502;WS=4848486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	4849705	rs11553876	C	T	2136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=786;ReadPosRankSum=0.200;SC=CCTCAGCGCCCGTCTTGAACT;SOR=0.690;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=52;WE=4849713;WS=4849695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,105:0.51:204
chr16	4855279	rs8064024	A	G	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=602;ReadPosRankSum=0.022;SC=TATCGTTGTCAGACTGGTCCA;SOR=0.657;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=82;TCF=46;TCR=36;TR=39;WE=4855287;WS=4855269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,76:0.47:160
chr16	4861709	rs2085329	G	C	4786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr16	4867565	rs6500635	A	G	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.392;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=228;ReadPosRankSum=0.029;SC=CCCAGACTCCACCGATCCAAC;SOR=1.184;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=17;WE=4867573;WS=4867555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr16	4872970	rs2075466	G	C	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr16	4897103	rs111601308	C	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=483;ReadPosRankSum=1.031;SC=AGCGCCGGCACCTTCTCTTCC;SOR=0.607;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=28;WE=4897111;WS=4897093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr16	4897153	rs2072595	A	G	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=18;PP=608;ReadPosRankSum=0.960;SC=AGGCAGCTCCAGGGCCGGCAG;SOR=0.686;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=97;TCF=60;TCR=37;TR=44;WE=4897161;WS=4897143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,60:0.44:137
chr16	4903243	rs8056889	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=3.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=199;ReadPosRankSum=0.933;SC=GCTTCCGTAGCGGGGAAGCAA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=11;WE=4903251;WS=4903233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	4908504	rs3747613	C	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=2.786;SC=TGATGAAGTTCAAGGCCACAG;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=9;WE=4908512;WS=4908494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr16	4908667	rs3747614	A	G	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=816;ReadPosRankSum=-1.536;SC=CTGAGGCGGTAAGTAGTTACT;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=53;TCR=53;TR=58;WE=4908675;WS=4908657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,87:0.54:160
chr16	4918732	rs56159834	A	T	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=92;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GACTGTATTGACAGGTGCTCT;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=4918740;WS=4918722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr16	4920412	rs7200395	T	C	2297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=849;ReadPosRankSum=-1.041;SC=TCTTAAGCAATGATGCGTCTG;SOR=0.809;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=61;WE=4920420;WS=4920402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,114:0.52:221
chr16	4920661	rs6500637	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=24;PP=501;ReadPosRankSum=1.071;SC=CGCTTGCAGGTGCAACCCTCC;SOR=0.745;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=36;WE=4920669;WS=4920651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,39:0.55:71
chr16	4923091	rs2251666	G	A	706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=439;ReadPosRankSum=0.307;SC=CAGTTTGCTCGGGTCACATGT;SOR=0.911;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=26;TCR=45;TR=30;WE=4923099;WS=4923081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,38:0.36:107
chr16	4924160	rs12445265	A	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=471;ReadPosRankSum=-2.843;SC=CAACAGGCCAATGTTGGCATC;SOR=0.868;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=29;WE=4924168;WS=4924150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr16	4927285	rs12444761	C	T	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=564;ReadPosRankSum=1.102;SC=CCCAGACTGGCCTGGCAGGTT;SOR=0.890;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=48;TCR=28;TR=39;WE=4927293;WS=4927275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,45:0.50:90
chr16	4930100	rs1876359	C	T	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=350;ReadPosRankSum=-1.292;SC=CTCAGCTTCACGGGAAAGGGC;SOR=0.712;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=27;WE=4930108;WS=4930090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,41:0.39:105
chr16	4933939	rs2037912	G	C	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.385;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=60;PP=1791;ReadPosRankSum=2.454;SC=TGCAGGTTTTGCCTCTCCAGC;SOR=0.830;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=228;TCF=102;TCR=126;TR=106;WE=4933947;WS=4933929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,139:0.42:330
chr16	4934549	rs1049208	G	A	3574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.208;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1474;ReadPosRankSum=0.043;SC=CGGCAAAGGCGCTCGCCTCGG;SOR=0.716;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=183;TCF=90;TCR=93;TR=101;WE=4934557;WS=4934539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,173:0.52:331
chr16	4934564	rs1049207	C	G	6590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.373;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=54;PP=1817;ReadPosRankSum=1.545;SC=CCTCGGCCCGCAGGCCTGGCT;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=198;TCF=100;TCR=98;TR=109;WE=4934572;WS=4934554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,183:0.49:374
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chr16	4938160	rs2734742	T	G	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=20;PP=819;SC=TCACGTGGCTTCTCCTTCCAT;SOR=0.950;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=4938168;WS=4938150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr16	4940387	rs11644917	G	A	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
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chr16	4940989	.	ACTGAA	CCTGAA,CCTGAG	56	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.11;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=3,1;NR=9,4;PP=56,35;QD=7.56426771227;SC=GATGACACCCACTGAAGCCCC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12,5;WE=4941002;WS=4940979;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:12
chr16	4940994	rs760118	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	4942099	rs1049205	C	T	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=313;ReadPosRankSum=-0.875;SC=GTCCTCCACCCGGGTCCTCAG;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=30;WE=4942107;WS=4942089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,77:0.50:154
chr16	4944518	rs1876363	C	G	5767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr16	4945221	rs12709119	A	G	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=34;PP=1971;SC=TTACCCCAAAAACTTTGTAGT;SOR=0.974;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=88;WE=4945229;WS=4945211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	4947534	rs8051246	T	C	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	4948936	rs12443906	C	T	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=5;PP=485;SC=GGGGTCTGCCCGAGCTCCAGG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=4948944;WS=4948926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	4949440	rs76087945	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.041;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=222;ReadPosRankSum=0.625;SC=GCCACTGCTCGCTTCCTTCCC;SOR=1.981;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=15;WE=4949448;WS=4949430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr16	4952598	rs2048098	C	G	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=310;ReadPosRankSum=-1.001;SC=GGCCCCCCACCCAGACCCCGG;SOR=0.591;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=18;WE=4952606;WS=4952588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr16	4961003	rs8057613	A	G	1243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=27;PP=730;SC=GGTGGGGGCTATGTCCCCACC;SOR=1.514;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=38;WE=4961011;WS=4960993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	5009433	rs7200245	G	A	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=832;ReadPosRankSum=1.504;SC=AGTTGGAGGGGCTTGAGATCA;SOR=0.637;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=65;WE=5009441;WS=5009423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,93:0.49:189
chr16	5037498	.	T	TGGA	278.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.420;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
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chr16	5040717	rs3743845	C	T	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=55;ReadPosRankSum=-2.085;SC=TAGGGGAGGGCAGGGTGCCCC;SOR=0.399;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=8;WE=5040725;WS=5040707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	5041778	rs2972265	T	C	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=18;PP=972;SC=CCTGTGGTGATCCTGTGACCC;SOR=1.065;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=5041786;WS=5041768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	5046787	rs2270260	G	C	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=521;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TGCCCCGGCTGGTTCTGTAAT;SOR=0.726;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=5046795;WS=5046777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,44:0.98:45
chr16	5050897	rs2286966	G	C	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=24;PP=762;SC=GGTGTGAGGGGAGCACAAGGC;SOR=0.904;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=5050905;WS=5050887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	5055864	rs55930593	CA	C	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.802;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr16	5056122	rs2302555	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.894;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=121;ReadPosRankSum=-1.310;SC=CTGGGATTCCCGGAGTGGGGC;SOR=1.252;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=11;WE=5056130;WS=5056112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,23:0.61:38
chr16	5061085	rs2908669	A	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=14;PP=1075;SC=GGCAGGGCTGATGTGTTTCAG;SOR=1.542;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=50;WE=5061093;WS=5061075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	5064753	.	G	A	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.624;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=272;ReadPosRankSum=0.148;SC=TCGGCCTGGGGCCCTGGGGCC;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=34;TCR=16;TR=22;WE=5064761;WS=5064743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr16	5064917	rs2012649	C	T	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=823;ReadPosRankSum=1.127;SC=TCAGCGCCGCCACCTCGTCCT;SOR=0.740;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=110;TCF=52;TCR=58;TR=63;WE=5064925;WS=5064907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,109:0.55:197
chr16	5075542	rs887854	G	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=135;ReadPosRankSum=0.039;SC=GAGGCTCCCCGTTCATCTCCT;SOR=0.631;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=13;WE=5075550;WS=5075532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr16	5075633	rs7188856	G	A	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.790;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=386;ReadPosRankSum=-0.541;SC=GTTTGCTGCAGTGCTGATCAG;SOR=0.726;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=23;WE=5075641;WS=5075623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,52:0.57:91
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chr16	5078841	rs1995278	T	C	4688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=50;PP=1879;SC=GGGGCAGACCTGGACTTCAGC;SOR=0.909;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=66;TCR=50;TR=115;WE=5078849;WS=5078831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr16	5080523	rs2102065	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.535;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=12;PP=356;ReadPosRankSum=-1.850;SC=GGCTGATCACCGCCCCTTGGG;SOR=0.591;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=27;WE=5080531;WS=5080513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,52:0.54:97
chr16	5081761	.	C	A	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=839;ReadPosRankSum=-1.606;SC=TCCTGTGTCTCGTCACACTCT;SOR=0.744;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=61;WE=5081769;WS=5081751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,98:0.48:206
chr16	5083483	rs2972272	T	C	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=403;ReadPosRankSum=1.718;SC=AGCCGCCGGGTCCACCGGGCT;SOR=0.556;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=27;WE=5083491;WS=5083473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,37:0.53:70
chr16	5097947	rs1127920	A	G	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=729;ReadPosRankSum=0.351;SC=AGCTTTAGATAATTCTTCATC;SOR=0.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=40;TCR=65;TR=47;WE=5097955;WS=5097937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,61:0.47:129
chr16	5105440	rs741166	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=129;ReadPosRankSum=-0.942;SC=CCACCTGCCTTCATCTGCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=9;WE=5105448;WS=5105430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr16	5106184	rs741164	C	T	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,76:0.59:129
chr16	5112636	rs181781915	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.051;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,36:0.47:76
chr16	5122072	rs112683515	G	GGTCT	2009.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=659;ReadPosRankSum=0.149;SC=AGTGGCCAAGGGTCTGGGAGG;SOR=0.697;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=26;WE=5122080;WS=5122062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,53:0.47:112
chr16	5122191	rs34061670	C	CG	1829.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=26;PP=1154;SC=ATTAGACGAGCGGTTCTGCCC;SOR=1.287;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=28;WE=5122199;WS=5122181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	5123270	rs62036244	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GTGTATCAGCCTCTGCCTCCC;SOR=1.306;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=7;WE=5123278;WS=5123260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr16	5125365	rs4786590	C	T	5123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=43;PP=2122;SC=GGTTTCCTCCCCTTCAAGTCT;SOR=0.887;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=108;WE=5125373;WS=5125355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr16	5127335	rs11076869	T	A	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=25;PP=1336;SC=CTCAGGGAGCTCAAACTCTCC;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=48;TCR=25;TR=73;WE=5127343;WS=5127325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	5517175	rs34212245	T	TTC	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.13;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,15:0.35:43
chr16	5517198	rs60828774	T	TC	104.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=2.824;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr16	6533549	rs7187508	C	A	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	6704474	rs11640601	A	G	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.54;ReadPosRankSum=0.195;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
chr16	6704480	rs11645523	C	G	1516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.827;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.32;ReadPosRankSum=2.528;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,42:0.42:99
chr16	6704749	rs2058527	T	G	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=530;ReadPosRankSum=-1.969;SC=ATGATGGTTTTTAGGTGATTC;SOR=0.665;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=31;WE=6704757;WS=6704739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr16	7102036	rs35212568	CT	C	2377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.485;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.085;NF=14;NR=19;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.695;SC=GACTTTTCCCCTTCATTTTCT;SOR=1.040;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=33;WE=7102044;WS=7102026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,79:0.46:170
chr16	7568412	rs55642412	C	T	2641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.052;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=62;PP=1386;ReadPosRankSum=-0.994;SC=GTGTTTGCTACGGGTGGGAGG;SOR=0.788;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=170;TCF=50;TCR=120;TR=85;WE=7568420;WS=7568402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,121:0.51:235
chr16	7645808	rs12935264	C	G	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=6;PP=136;SC=ACTGGCCTTACTTTTTTTTTT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=7;WE=7645816;WS=7645798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	7657373	rs1507010	A	G	3456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=47;PP=1552;SC=AAGTCTTCTCAGTCTTTTCTA;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=89;WE=7657381;WS=7657363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	7703785	rs3217052	G	GCT	1012.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.692;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=849;ReadPosRankSum=0.661;SC=GACAGCCTGTGCTCTCTCTCT;SOR=0.783;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=23;WE=7703794;WS=7703775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,56:0.44:127
chr16	7704032	rs2302216	T	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	7704032	.	TGGTCTTGAC	CGGTCTTGAC,CGGTCTTGAT	105	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2,0;NR=11,4;PP=105,16;QD=10.7516317344;SC=GAGCGCATGATGGTCTTGACT;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13,4;WE=7704049;WS=7704022;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:13
chr16	7715108	rs8064206	T	C	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=52;PP=1409;SC=TGGTTTGTCTTGCAGGACAGA;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=29;TCR=52;TR=81;WE=7715116;WS=7715098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	7721778	rs2286541	C	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.490;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.248;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=-1.749;SC=GGTGGCTATCCCTGTATCTAT;SOR=1.641;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=14;WE=7721786;WS=7721768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
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chr16	7760846	rs5815427	T	TA	74.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.549;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr16	8619750	rs7198383	C	T	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	8620096	rs9922116	T	C	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=18;PP=502;SC=GCCACGCTGCTCAGCGTCCAG;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=8620104;WS=8620086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	8728953	rs1731044	C	T	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	8729254	rs3108687	C	A	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=469;SC=GGCAGAGGCACTGGAAATTGG;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=8729262;WS=8729244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	8729275	rs1641040	T	C	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=13;PP=385;SC=ATGTTAGCTGTTGTTGATTTT;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=8729283;WS=8729265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	8729323	rs1731043	A	T	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.83;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	8732733	rs1362345	C	G	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=285;SC=CGCACTGTCTCTCCCCATCAG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=8732741;WS=8732723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	8732882	rs5815485	CA	C	4214.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=48;PP=2275;SC=TCTCTCTAGGCAAAAAACATG;SOR=0.843;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=23;TCR=51;TR=69;WE=8732890;WS=8732872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	8733071	rs1641048	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=19;PP=563;SC=TGTTTAGCAGATAGGACAGAC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=8733079;WS=8733061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	8735120	rs8062990	T	C	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=33;PP=1259;SC=GCTCTGTGGTTTTGACAGAGC;SOR=1.262;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=53;WE=8735128;WS=8735110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	8735200	rs8045911	G	A	1870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=22;PP=1012;SC=ATGAGCACCAGCTGTCATTCT;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=52;WE=8735220;WS=8735190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	8735212	rs1629322	T	C	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=23;PP=995;SC=TGTCATTCTCTGAGCGCCTGC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=54;WE=8735220;WS=8735190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	8735245	rs1641055	C	T	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	8735355	rs1641056	A	G	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=35;PP=1040;SC=GTAGGGGCATAGACCCGAGTT;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=8735363;WS=8735345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	8736028	rs1614616	T	C	5556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	8736150	rs1615559	A	C	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=38;PP=1471;ReadPosRankSum=1.495;SC=CCGGGAGTTCAGTTTTAGAAG;SOR=0.325;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=77;WE=8736158;WS=8736140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr16	8736246	rs1731007	G	A	5397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=51;PP=2317;SC=CTCTCTGTGCGGATTGCTCTG;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=65;TCR=51;TR=116;WE=8736254;WS=8736236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr16	8736264	rs2241102	G	A	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=20;PP=611;ReadPosRankSum=0.426;SC=CTGAAAAGTCGATTTCTGTAA;SOR=0.847;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=52;WE=8736272;WS=8736254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,103:0.43:241
chr16	8736330	rs118103574	C	T	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.419;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=960;ReadPosRankSum=0.629;SC=TGTTTTACGACGACGACTTGA;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=90;TCR=88;TR=76;WE=8736338;WS=8736320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,130:0.43:303
chr16	8736499	rs1618219	C	T	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=30;PP=823;SC=GTGTCCTTGTCAGTGTCATTA;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=36;WE=8736507;WS=8736489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	8738350	rs11645418	C	T	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=34;PP=1377;SC=GCAAGGTGGGCAGAAACAGCA;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=81;WE=8738358;WS=8738340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	8738398	rs1641065	A	G	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=55;PP=2292;SC=TGTGCGTCCGACTGGCTGGTT;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=116;WE=8738406;WS=8738388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	8738427	rs1641066	T	C	5685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=61;PP=2583;SC=CAACTTCACATTGAGACACTT;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=70;TCR=61;TR=131;WE=8738435;WS=8738417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr16	8738499	rs1731000	G	A	4993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=62;PP=2030;SC=GGAGCAGCTCGCAGATGGCAA;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=119;WE=8738507;WS=8738489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr16	8738579	rs1641067	A	G	1758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=39;PP=1233;SC=GCCTCCAGCAACTGGTAGGTC;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=54;WE=8738587;WS=8738569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	8738622	rs9933132	C	T	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=24;PP=593;SC=GGTTGCTTTACTGTGAAGCGG;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=24;WE=8738630;WS=8738612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	8739954	rs1641070	G	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=6;PP=344;SC=TCTTTTCTCTGTTTGCTGCAG;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=8739962;WS=8739944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	8740015	rs1730994	A	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=12;PP=905;SC=TCGCCTCCACAAGGCGCGGCG;SOR=1.692;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=45;WE=8740023;WS=8740005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	8740418	rs1641072	T	C	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=49;PP=1529;SC=GCCATCATATTGCCGCTCGGC;SOR=0.870;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=88;WE=8740426;WS=8740408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	8740503	rs1730992	G	A	3145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=40;PP=1372;SC=TGAGAAGGAAGAGGCAGGAGC;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=71;WE=8740511;WS=8740493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	8740653	rs1641073	C	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=546;SC=AGTGATCTTCCTCAGAGGTGT;SOR=1.308;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=8740661;WS=8740643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	8839954	rs1731017	A	G	1272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=19;PP=600;SC=CCTAGATCTCAGGTGAGTTGA;SOR=1.251;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=8839962;WS=8839944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	8840025	rs2103340	C	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=219;SC=AAAAGCACAGCCAAGCTTAGG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=8840033;WS=8840015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	8841794	rs753071	T	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=249;SC=TGGAATAGTTTCCTGCCAACT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=8841802;WS=8841784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	8841960	rs1641010	T	C	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=24;PP=675;SC=TGTTCTTGCCTGCAGGAGTTA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=8841968;WS=8841950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	8842128	rs1641011	T	A	163.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=99;SC=TTTTTCTCATTTCCTTTGTGA;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=8842136;WS=8842118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	8851767	rs12930438	C	T	3675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=63;PP=2007;ReadPosRankSum=0.197;SC=TTCATTCATTCCATAAATATG;SOR=0.976;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=100;WE=8851775;WS=8851757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,142:0.99:144
chr16	8858580	rs2302608	T	A	4820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=4.064;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.63;ReadPosRankSum=-0.729;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr16	8858700	rs112675542	GCA	G	765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.00;ReadPosRankSum=-1.204;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,58:0.23:255
chr16	8862506	rs1273406	C	A	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=514;SC=ATATACACCTCCTATGCACCC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=21;TCR=0;TR=21;WE=8862514;WS=8862498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	8862592	rs1273407	T	C	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=23;PP=1370;SC=CTGACAGCCTTGCGCTGAAAT;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=72;WE=8862600;WS=8862582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	8868776	rs1641022	C	A	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=86;ReadPosRankSum=0.191;SC=TGGACGAGGTCCAGACCGGAG;SOR=0.675;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=10;WE=8868784;WS=8868766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr16	8896094	rs2304469	G	A	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=45;PP=1851;SC=AGTCAGACCGGTCTTCATATT;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=46;TCR=47;TR=91;WE=8896102;WS=8896084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	8904877	rs34742119	T	TATG	507.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=384;SC=GCTGTTTATCTATGTTGCCCA;SOR=1.802;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=8;WE=8904885;WS=8904867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	8905054	rs11074924	T	C	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.77;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	8906914	rs34258285	A	C	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=983;ReadPosRankSum=-1.594;SC=CGACATGTGGAAAATGACGGT;SOR=0.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=61;WE=8906922;WS=8906904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,94:0.48:196
chr16	8907145	rs9924186	G	T	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=33;PP=915;SC=TCAGACCCCCGACGCCTCTGT;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=42;WE=8907153;WS=8907135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	8948974	rs6898	T	C	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=15;PP=778;SC=GCCTCCTCCCTGCAAAGTCTC;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=8948982;WS=8948964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	8952113	rs62033507	C	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=231;ReadPosRankSum=2.107;SC=GTCCTCACACCCAGCGCCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=16;WE=8952121;WS=8952103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr16	8952248	rs988065	A	G	4043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.12;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	8953081	rs8097	C	G	737.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=-1.784;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,39:0.54:72
chr16	8988386	rs71155414	C	CG	271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	8988777	rs2304467	C	G	651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=448;ReadPosRankSum=0.557;SC=CGTCACGTGGCAGCCGCCAAA;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=27;WE=8988785;WS=8988767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
chr16	8989403	rs1677473	A	G	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=38;PP=1904;SC=TAAAAACACAAATCAAGCTAC;SOR=1.187;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=103;WE=8989411;WS=8989393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	8992828	rs2289109	G	T	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=9;PP=964;SC=ATGTGGTCAAGATGTGAGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=45;WE=8992836;WS=8992818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	8992868	rs2437724	AC	CA	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=16;PP=2635;SC=CAAGAAATGGACTGTCAGGTG;SOR=1.583;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=67;WE=8992877;WS=8992858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	8995177	rs60094465	GA	G	157.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;MQRankSum=0.603;QD=13.16;ReadPosRankSum=1.310;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr16	8995927	rs2304466	G	A	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=18;PP=859;SC=CAGGCGTCTCGTGGGCACTTA;SOR=1.143;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=47;WE=8995935;WS=8995917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	9004564	rs2447916	C	A	8565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=69;PP=2965;SC=TAAAGAAGAACGCTACAACAG;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=141;TCR=69;TR=210;WE=9004572;WS=9004554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr16	9010213	rs7195624	T	G	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=143;SC=TAACTAGACATCTGCTGCCTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=9010221;WS=9010203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	9010446	rs57510291	A	AC	2655.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=35;PP=1650;SC=CTCCATTTAAAGCTCAACTTT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=37;WE=9010454;WS=9010436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	9014350	rs1677470	T	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	9014385	rs7189170	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=12;PP=247;SC=TTAGTGCCCTGTACTTAATAG;SOR=1.284;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=9014393;WS=9014375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	9014434	rs2447912	T	G	183.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=4;PP=76;SC=TCCCAACTTTTTTGCTAATTT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=9014442;WS=9014424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	9015252	rs30761	A	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.03;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	9015258	rs9940652	T	C	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	9017061	rs139138924	T	TACAACGATGTGGGGGTTTGTAGTTGCATCATTTAA	2636.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=87.89;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	9030444	rs1382390	C	G	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=28;PP=1003;SC=ACTCACCTTCCAGCCCAAGCC;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=52;WE=9030452;WS=9030434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	9056231	rs72769904	T	C	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=888;ReadPosRankSum=-1.443;SC=AACACCCTTCTCTTTACAGCG;SOR=0.689;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=61;WE=9056239;WS=9056221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,88:0.51:174
chr16	9186735	rs4630540	C	G	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.270;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-0.819;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.311;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr16	9210373	rs8045589	A	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-2.432;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr16	9862556	rs11866328	G	T	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=177;ReadPosRankSum=-1.156;SC=GCAACACCTGGCTTATGAATG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=10;WE=9862564;WS=9862546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	9916204	rs9806806	C	G	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.384;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,54:0.40:134
chr16	9943666	rs2229193	C	T	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=570;ReadPosRankSum=0.481;SC=ACGTCTCGGTCAGGGGGTCTA;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=46;TCR=51;TR=42;WE=9943674;WS=9943656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,83:0.46:179
chr16	10524656	rs56252625	GGAC	G	1522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.12;MQRankSum=1.116;NF=4;NR=15;PP=779;ReadPosRankSum=-0.158;SC=GTCATAACTAGGACGACTGAA;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=9;TCR=37;TR=19;WE=10524666;WS=10524646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,41:0.46:90
chr16	10524957	rs34430103	G	T	2394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1251;ReadPosRankSum=0.224;SC=AGCATGAGGGGGCTTGTAGTC;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=87;TCR=76;TR=85;WE=10524965;WS=10524947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,121:0.45:271
chr16	10525230	rs34404959	T	C	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=129;ReadPosRankSum=-1.253;SC=TTTTGAAAACTGATGAGTGTA;SOR=0.846;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=16;WE=10525238;WS=10525220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr16	10527613	rs7205853	C	A	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=123;ReadPosRankSum=-1.553;SC=CTTTCACTTGCTGCAGAGCTG;SOR=0.653;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=11;WE=10527621;WS=10527603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr16	10532211	rs1532824	A	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=3;PP=115;SC=AAGCAATCCTACCACCTCAGT;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=10532219;WS=10532201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	10566146	rs4453490	G	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=368;SC=AAATGAAAAAGTTAAATGTAC;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=10566154;WS=10566136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	10567984	rs62027485	G	A	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=-0.519;SC=TTTAGCTCATGTGCAGATTCA;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=7;WE=10567992;WS=10567974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	10574829	rs12596111	A	T	1871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=802;ReadPosRankSum=0.257;SC=CAGGTACTGAATCAAAGTGCT;SOR=0.607;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=139;TCF=55;TCR=84;TR=60;WE=10574837;WS=10574819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,97:0.42:230
chr16	10575824	rs1970817	C	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.073;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,74:0.53:139
chr16	10625605	rs149380057	GATGAATGA	G	1384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=44.67;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	10625887	rs7195563	C	T	4914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=45;PP=1783;SC=GCATTCACCTCCCCATCTCCA;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=99;WE=10625895;WS=10625877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr16	10625997	rs7194566	G	A	2771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=39;NR=44;PP=1558;SC=CAGGGAGCGCGTTAGAAATGC;SOR=0.811;Source=Platypus;TCF=39;TR=83;WE=10626005;WS=10625987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	10626059	rs35914943	AG	A	1831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=38;PP=721;SC=GTCTGGGGTGAGGGGGGGGGC;SOR=1.430;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=44;TCF=2;TCR=42;TR=39;WE=10626068;WS=10626049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	10627085	rs4780939	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=135;SC=TGTAGAGACAAGATTTTGCCA;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=10627093;WS=10627075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	10631945	rs1504883	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-0.975;SC=CGGGAAAAGGGCAGGGGCGCA;SOR=0.668;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=15;WE=10631953;WS=10631935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr16	10631985	rs1504884	T	C	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=427;SC=GCCGGCACTGTGGGGTACACA;SOR=1.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=10631993;WS=10631975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	10769958	rs2719710	T	C	4230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.392;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=58;PP=1627;ReadPosRankSum=0.169;SC=CTCCCGCAGCTGGATGGAGTT;SOR=0.661;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=207;TCF=111;TCR=96;TR=122;WE=10769966;WS=10769948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,203:0.58:349
chr16	10770075	rs2719711	A	G	1745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.615;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=43;PP=1037;ReadPosRankSum=-1.006;SC=GCAGTCCTGGAAGACCTCAGA;SOR=0.900;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=20;TCR=75;TR=53;WE=10770083;WS=10770065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,72:0.58:125
chr16	10770091	rs2719712	T	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=37;PP=647;ReadPosRankSum=0.014;SC=TCAGAATCTGTGGTTTCTCCG;SOR=1.012;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=15;TCR=67;TR=44;WE=10770099;WS=10770081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,56:0.55:101
chr16	10770160	rs12925749	C	T	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.397;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=186;ReadPosRankSum=0.771;SC=TTGTAGGGTGCTTGGGATGTT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=10;WE=10770168;WS=10770150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	10775822	rs10221070	G	T	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=322;ReadPosRankSum=-1.213;SC=GACACGCCAGGGATGGGGAGG;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=22;WE=10775830;WS=10775812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr16	10775972	rs146947049	G	A	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=322;ReadPosRankSum=-1.580;SC=TCTCCAGCACGTGCTGAGCAT;SOR=0.828;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=25;WE=10775980;WS=10775962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr16	10776063	rs10221071	G	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=361;ReadPosRankSum=-0.321;SC=CCACACAGCAGGTGTGTGTTG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=22;WE=10776071;WS=10776053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr16	10783088	.	TA	T	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.235;ClippingRankSum=0.000;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,26:0.25:105
chr16	10788106	rs2251984	A	G	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.353;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=379;ReadPosRankSum=0.586;SC=CAAGGGAAGCAGAATGAGCGT;SOR=0.199;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=27;WE=10788114;WS=10788096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr16	10788129	rs2251985	G	T	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=9;PP=571;ReadPosRankSum=1.398;SC=AGTATCCCCAGGACACAGCCA;SOR=0.466;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=55;TCR=17;TR=39;WE=10788137;WS=10788119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
chr16	10840847	rs4780323	C	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=4;PP=549;SC=GCACTTATTTCTACCATTGTC;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=10840855;WS=10840837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	10855341	rs2233539	C	T	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=370;ReadPosRankSum=0.274;SC=GGTGAGGGCGCGTGGGGCTGC;SOR=1.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=25;WE=10855349;WS=10855331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr16	10855521	rs36097495	CT	C	703.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.69;ReadPosRankSum=-0.950;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,58:0.72:81
chr16	10989374	rs11074937	C	T	3301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=63;PP=1978;SC=CTGGTCCCTGCCCTCCCGTCA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=30;TCR=63;TR=93;WE=10989382;WS=10989364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	10992715	rs6498121	T	G	1558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=20;PP=804;SC=CCAAGGTGGGTACAATAGAGA;SOR=0.922;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=34;WE=10992723;WS=10992705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	10995850	rs6498124	G	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=272;ReadPosRankSum=1.634;SC=TCCCAGGAAGGCCCCTCCAAG;SOR=0.993;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=20;WE=10995858;WS=10995840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr16	10995933	rs8046121	A	G	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=50;PP=2163;SC=TCTCCTAGTGAGACCAGTGAG;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=65;TCR=50;TR=115;WE=10995941;WS=10995923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	10996332	rs6498125	C	G	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=178;SC=CATGGAGCCCCTTCTCTGTGC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=10996340;WS=10996330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	10996429	rs11640448	G	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=128;ReadPosRankSum=-0.575;SC=CTTTAGGGGGGTCAGACATTA;SOR=0.765;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=9;WE=10996437;WS=10996419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr16	11002133	rs4781018	C	G	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=22;PP=686;SC=AGAATGGATTCTCTCCATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=11002141;WS=11002123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	11002904	rs2228238	G	A	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=37;PP=2225;SC=TGAGCGACACGGTGGCGCTGT;SOR=1.141;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=69;TCR=38;TR=106;WE=11002912;WS=11002894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	11002927	rs7197779	A	G	5944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=56;PP=2418;SC=GAGTCCCTGCAGCAGCATGGG;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=78;TCR=56;TR=134;WE=11002935;WS=11002917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr16	11004150	rs4781019	C	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=501;ReadPosRankSum=-0.051;SC=TGTGGGTCTGCGCAAGGTTTC;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=35;WE=11004158;WS=11004140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,46:0.42:110
chr16	11009587	rs7500869	C	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=467;ReadPosRankSum=-0.205;SC=GCCTCGAATTCCTGGCCTCAA;SOR=0.484;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=32;WE=11009595;WS=11009577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,38:0.59:64
chr16	11010150	rs6498130	G	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=124;ReadPosRankSum=-1.287;SC=GGCTGAGGAGGCCCTCACTGG;SOR=0.333;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=12;WE=11010158;WS=11010140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr16	11012169	rs12931898	A	G	896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.239;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=553;ReadPosRankSum=0.491;SC=GTATCCTCCTATTTACCGAGA;SOR=0.261;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=36;WE=11012177;WS=11012159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr16	11015906	rs6498134	A	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=12;PP=1145;SC=ATAAATATTGATTCCTTCCCC;SOR=2.522;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=44;TCR=12;TR=55;WE=11015914;WS=11015896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr16	11056378	rs16957839	C	T	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.258;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=27;PP=619;ReadPosRankSum=2.058;SC=CGGGCCGTTACGTGTGCGTTC;SOR=0.443;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=88;TCF=38;TCR=50;TR=52;WE=11056386;WS=11056368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,70:0.56:126
chr16	11062936	rs17229044	C	T	57.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5064;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=34;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GATTCAAGTACATTAACGTGG;SOR=0.446;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=11062944;WS=11062935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	11063011	rs2302558	C	T	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=1.354;SC=TTTTTTTCTCCCTCTAGATTA;SOR=0.836;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=6;WE=11063019;WS=11063001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr16	11064865	rs35498388	AT	A	268.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=0.640;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr16	11070973	rs16957855	C	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr16	11114006	rs2286975	G	A	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=268;ReadPosRankSum=0.345;SC=ATCTAGGGCTGAAAAGCTGTC;SOR=0.682;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=24;WE=11114014;WS=11113996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,49:0.55:89
chr16	11136048	rs2302557	C	G	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=26;PP=1017;SC=GGATAGGCAGCAGTCTTGGGT;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=28;TCR=26;TR=54;WE=11136056;WS=11136038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	11137740	rs35371708	GA	G	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=2.263;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.929;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,22:0.45:49
chr16	11137978	rs8052325	A	G	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=822;ReadPosRankSum=0.200;SC=TATTGTAGAAACAGAAGTGTG;SOR=0.657;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=58;WE=11137986;WS=11137968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,97:0.61:160
chr16	11154770	rs2286973	G	A	3703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr16	11214668	.	AACAC	A,AAC	631.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=31.59;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,14:0.30,0.70:20
chr16	11250413	rs7189563	C	A	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=10;PP=734;SC=ACCCGCCTTCCTCCTGCTGCC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=11250421;WS=11250403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	11260440	rs11643123	A	G	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.038;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=371;ReadPosRankSum=0.858;SC=TGATATGGGGACATTTGGAGA;SOR=1.056;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=23;WE=11260448;WS=11260430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
chr16	11349403	rs27829	A	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=18;PP=395;SC=AGAGACAAAGAGGTGAGCTGG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=11349411;WS=11349393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	11350059	rs27831	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=145;SC=GCTCGCTCTGTTCGGCGCCCG;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=11350067;WS=11350049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	11361895	rs8043625	C	G	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=0.321;SC=GGGAAAGGAACCTTTAATAGC;SOR=0.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=17;WE=11361903;WS=11361885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr16	11362640	rs56069754	G	A	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.576;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=165;ReadPosRankSum=0.204;SC=CCTGGCTGCAGCCTTCCTCTC;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=12;WE=11362648;WS=11362630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	11362729	rs11640138	G	A	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=271;ReadPosRankSum=-1.535;SC=CCTGAGCTCCGCGTCTTGGTT;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=21;WE=11362737;WS=11362719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,45:0.43:104
chr16	11367143	rs438289	G	A	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=17;PP=1025;SC=GTTGCGGGTCGGGAGGGTGTC;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=11367162;WS=11367133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	11367154	rs429744	C	T	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=387;ReadPosRankSum=-0.007;SC=GGAGGGTGTCCGCTTGGGCTC;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=25;WE=11367162;WS=11367133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,44:0.56:79
chr16	11367477	rs2301127	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=-1.269;SC=GTCTCTCTGGGCAAGGAGGTG;SOR=0.260;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=11367485;WS=11367467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	11369855	rs2070923	G	T	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.178;SOR=0.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr16	11374866	rs737008	G	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=657;ReadPosRankSum=-1.302;SC=CTTCTACATCGCGGTCTGTAC;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=34;WE=11374874;WS=11374856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,52:0.49:107
chr16	11400348	.	G	T	1146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.606;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,57:0.53:107
chr16	11439639	rs918737	T	C	263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=-1.149;SC=GCCCGGGCCTTACCGGGCGCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=8;WE=11439647;WS=11439629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr16	11439733	rs918739	G	T	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr16	11444403	rs2032929	T	C	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=322;SC=GCCGAGATTGTGCCACTGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=11444411;WS=11444393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	11444430	rs2032930	T	G	872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=8;PP=503;SC=CTGGGCGACATAGCAAGACTC;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=11444438;WS=11444420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	11444454	rs57767216	GA	G	1807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;QD=43.04;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	11444469	rs2032931	C	T	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=37.88;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	11444716	rs2032932	A	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=9.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.656;SOR=0.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	11537347	.	A	AAGAGAGAGAGAGAG	2191.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.71;QD=121.76;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	11537471	rs12925081	C	T	3206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=50;PP=1483;SC=GGAAGAAGACCCGGATGGGGT;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=83;WE=11537479;WS=11537461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	11540596	rs4359463	A	C	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=2147;ReadPosRankSum=-0.943;SC=TGCCCCAGACACACTCACGTA;SOR=0.287;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=114;WE=11540604;WS=11540586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,153:0.99:154
chr16	11540712	rs4500747	T	C	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=43;PP=1165;SC=GCCTATCAGCTGTGAAGGTCT;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=66;WE=11540720;WS=11540702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	11541685	rs4296278	A	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=11;PP=809;SC=AGGTCAGCAGAGATTCTCCAG;SOR=1.480;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=11541693;WS=11541675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	11541896	rs4238608	G	A	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	11542894	rs4467099	C	T	6424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=66;PP=2813;SC=TGCACTGCTGCGTTCCAGGCT;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=92;TCR=66;TR=157;WE=11542902;WS=11542884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr16	11544673	rs12932948	G	A	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=32;PP=921;SC=CAGGTTCAAGGCTCCTGCAAG;SOR=0.922;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=55;WE=11544681;WS=11544663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	11544741	rs6498192	G	A	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=23;PP=670;SC=GCAGGCAGCTGGAGGTCCCGA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=11544749;WS=11544731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	11544824	rs6498194	G	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=104;SC=TTTCTAGGACGTTGGTAATGT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=11544832;WS=11544814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	11550979	rs4559925	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=17;PP=473;SC=GAGGCAGCAGCGAGCCAAGAT;SOR=1.708;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=25;WE=11550987;WS=11550969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	11553842	rs7206698	G	C	6088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=59;PP=2243;SC=TCTTGTCCCAGTGCTTCCCGT;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=117;WE=11553850;WS=11553832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr16	11554737	rs8046254	C	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=6;PP=545;SC=CAGCGTATCTCAGCTCACGGA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=11554745;WS=11554727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	11554867	rs8050530	C	T	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=31;PP=1416;SC=GAGCTGGCCCCGTTGCTGCAG;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=11554875;WS=11554857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	11555016	rs6498202	C	G	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=41;PP=1313;SC=GGTCAGCCCCCAGGGACCAGC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=11555024;WS=11555006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	11556121	rs4254342	A	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=30;PP=920;SC=GGAACCGCTCAGCCTCGCCAC;SOR=1.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=11556129;WS=11556111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	11556202	.	G	A	386.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5105;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=271;ReadPosRankSum=0.978;SC=GGCTTGGCCAGCAGGCCCAGC;SOR=0.368;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=16;WE=11556210;WS=11556192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr16	11690308	rs113749419	A	AGAGGAGGAG	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-1.287;QD=24.80;ReadPosRankSum=1.405;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr16	11769948	rs1050068	C	T	1604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=24;PP=715;ReadPosRankSum=0.444;SC=CCACCACGGGCGTGGTCACAG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=61;TCR=55;TR=51;WE=11769956;WS=11769938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,85:0.43:197
chr16	11769963	rs1050069	C	T	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.512;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=645;ReadPosRankSum=0.258;SC=TCACAGTCATCGTCATCCTCA;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=55;TCR=61;TR=50;WE=11769971;WS=11769953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,89:0.43:205
chr16	11773662	rs3190321	C	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=-0.496;SC=GTGATGGGGACGTCTTCGGGG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=19;WE=11773670;WS=11773652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,28:0.47:60
chr16	11773743	rs7188511	G	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.117;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=66;ReadPosRankSum=1.112;SC=CCAACACAATGAGTCCAAAAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=5;WE=11773751;WS=11773733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr16	11797365	.	TACAC	T	36	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.4999;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=36;QD=13.0;SC=AGGCTTTTGATACACACACAC;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=3;WE=11797380;WS=11797355;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr16	11821051	rs147902060	AT	A	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=1.242;SC=TAATTAATCAATTTTTTTTCT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=4;WE=11821059;WS=11821041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr16	11824056	rs11639945	T	G	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=113;ReadPosRankSum=-0.858;SC=GACCTTCAAATAGTTATATAC;SOR=0.527;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=8;WE=11824064;WS=11824046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	11828018	rs4780398	A	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=7;PP=167;SC=ATTTAAAAATAGAATGATTCC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=11828026;WS=11828008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	11836398	rs3743587	C	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=1.440;SC=AGAGCAGCTCCGGCCGCTGGC;SOR=0.400;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=11;WE=11836406;WS=11836388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr16	11850003	rs7198247	A	G	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.136;NF=51;NR=38;PP=1749;ReadPosRankSum=2.784;SC=TGGTGACACAACGAGACTCCA;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=89;WE=11850011;WS=11849993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr16	11852354	rs8743	A	C	2033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=926;ReadPosRankSum=-0.247;SC=AACAGTTTCCAACATATTGAC;SOR=0.791;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=115;TCF=50;TCR=65;TR=58;WE=11852362;WS=11852344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,102:0.51:199
chr16	11857566	rs143200209	AATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	A	171.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=13.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.08;ReadPosRankSum=2.369;SOR=3.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr16	11870137	rs34393518	T	TA	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=83;ReadPosRankSum=1.324;SC=TCCTTCCCTTTAAAAAAAAAT;SOR=0.722;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=7;WE=11870145;WS=11870127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	11870867	rs111228717	C	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=1.169;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
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chr16	11940764	rs1019814	T	C	435.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=260;ReadPosRankSum=-0.574;SC=AAGAAATACTTAGGCAACAAT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=11940772;WS=11940754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,17:0.94:18
chr16	11940829	rs1019813	C	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=98;SC=TTAATGAACACTTGAGGGCCT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=11940837;WS=11940819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	11945231	rs2075158	T	C	6959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=70;PP=2234;SC=ACCGCCACACTGCTTCCAAGC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=140;WE=11945239;WS=11945221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr16	11981487	rs3752426	G	A	2002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=19;PP=812;ReadPosRankSum=-0.239;SC=AACTCTTGTGGCCAGGGGCAT;SOR=0.805;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=109;TCF=67;TCR=42;TR=56;WE=11981495;WS=11981477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,98:0.56:174
chr16	12009150	rs28653099	C	A	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=81;SC=CAGGGCCGCGCGCCCCCGGAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=12009158;WS=12009140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	12009279	rs424518	A	G	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.57;ReadPosRankSum=1.042;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,126:0.97:130
chr16	12009304	rs11544193	C	A	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	12009530	.	C	CCCG	951.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.246;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=1.017;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,29:0.40:72
chr16	12009614	rs435108	G	A	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=24;PP=1394;SC=ACAGAGAGCGGGAAATGGAGG;SOR=0.836;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=58;WE=12009622;WS=12009604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	12009781	rs434762	G	A	10770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=84;PP=2965;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCTCAAC;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=93;TCR=84;TR=177;WE=12009789;WS=12009771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr16	12021332	rs256390	G	A	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.231;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,97:0.54:178
chr16	12031353	rs62040806	T	C	1042.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.276;NF=26;NR=8;PP=572;ReadPosRankSum=-0.459;SC=TTTATTCTTATTTGTGATTAC;SOR=1.037;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=34;WE=12031361;WS=12031343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,50:0.52:96
chr16	12031379	rs62040807	G	A	1687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.17;MQRankSum=-0.243;QD=10.61;ReadPosRankSum=0.017;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,82:0.52:159
chr16	12031390	rs677507	C	T	6553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=44;PP=1948;SC=AAAGTTAGTACACTCACCCAA;SOR=0.881;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=106;WE=12031398;WS=12031369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr16	12031448	rs636664	T	C	5506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.51;QD=25.03;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr16	12059038	rs11570139	C	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=193;ReadPosRankSum=1.096;SC=AGACAGCCCCCGTAAGAACCC;SOR=0.551;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=10;WE=12059046;WS=12059028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	12060163	rs373496	A	G	3503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=58;PP=1811;SC=AGGAAGATAAACTCTGAACCA;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=35;TCR=58;TR=93;WE=12060171;WS=12060153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	12070486	rs446289	T	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=4;PP=115;SC=GCGACTTGGATCTGCGCCGCG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=12070494;WS=12070484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	12136954	rs1703492	A	C	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=41;PP=1195;SC=CGGGATGCGAACTGGGATGGG;SOR=1.280;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=19;TCR=41;TR=60;WE=12136962;WS=12136944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	12142130	rs56363861	C	T	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=7;PP=1153;SC=GATCAACGTGCCTCCTCTTCT;SOR=3.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=45;TCR=7;TR=51;WE=12142138;WS=12142120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	12142172	rs3826097	T	G	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=45.06;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	12142175	rs3826098	C	G	4800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=43.64;SOR=1.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	12296803	rs1701115	G	T	7083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=72;PP=2965;ReadPosRankSum=1.039;SC=CTGGTGGCGTGGGAGGTGACA;SOR=0.370;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=182;TCF=110;TCR=72;TR=181;WE=12296811;WS=12296793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr16	12297234	.	A	G	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=22;MQ=57.58;NF=124;NR=76;PP=2962;QD=20;SC=GGAGGTGACAACTCTGAAGTT;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=520;TCF=283;TCR=237;TR=200;WE=12297255;WS=12297224;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:320,200:0.38:520
chr16	12297247	.	A	ATAGTGTGGCCCTGATGTCAGATGGACTGGTGGCATTGGAGGTGACGTCTCTGAAGTTGTGTAGTGAGGCCTTGCTGTCAGGTGGACTGGTGGCATTGGAGGTGACAGCTCTGAAGTTGTGTAGTGTGACCCTGGTGTCAGGTGGACTGGTGGCATTGGAGGTGACAGCTCTGAAGTTGTG	27277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DP=552;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.81;MQRankSum=-0.766;QD=50.05;ReadPosRankSum=2.219;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:301,244:0.45:545
chr16	12297313	.	T	A	2876	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MMLQ=17;MQ=56.7;NF=85;NR=137;PP=2876;QD=20;SC=TTGTGTAGTGTGGCCTTGCTG;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=555;TCF=246;TCR=309;TR=222;WE=12297321;WS=12297303;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:333,222:0.40:555
chr16	12297353	.	GT	AG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MMLQ=22;NF=52;NR=85;PP=2944;QD=20;SC=TGGAGGTGACGTCTCTGAAGT;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=445;TCF=191;TCR=254;TR=137;WE=12297362;WS=12297343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:308,137:0.31:445
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chr16	12449855	rs7190509	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.467;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=264;ReadPosRankSum=0.178;SC=ATTGAGCTTATGGGTGGATTG;SOR=1.577;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=17;WE=12449863;WS=12449845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr16	12449925	rs11075062	C	G	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=620;ReadPosRankSum=-2.479;SC=AGATGTTTTGCTGACAGGTGT;SOR=0.705;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=45;WE=12449933;WS=12449915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,60:0.58:103
chr16	12450163	rs4781211	C	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=169;ReadPosRankSum=0.533;SC=CCCTGTGTGTCTGTCAAGCCT;SOR=0.460;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=12;WE=12450171;WS=12450153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr16	12662216	rs17822014	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.525;NF=27;NR=0;PP=605;ReadPosRankSum=-0.613;SC=CATTTCTTCAGGTGGCACCAG;SOR=0.597;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=55;TCR=0;TR=27;WE=12662224;WS=12662209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,28:0.47:59
chr16	12662295	rs79129526	C	G	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.381;NF=52;NR=33;PP=1031;ReadPosRankSum=0.039;SC=ACCTGGCTCCCCTTCCTGGCC;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=110;TCR=65;TR=85;WE=12662303;WS=12662285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,114:0.49:233
chr16	12758966	rs1713480	T	C	4844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=60;PP=1953;SC=GAACACGACTTTGACACCTGC;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=106;WE=12758974;WS=12758956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr16	12759027	rs1713479	A	G	2399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=44;PP=1328;SC=TAGGTAACCTAGGGTCTCCAG;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=67;WE=12759035;WS=12759017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	13002359	rs9938751	T	C	6441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=78;PP=2217;SC=CTGCTGTTTATGGAGGCACAG;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=150;TCF=72;TCR=78;TR=150;WE=13002367;WS=13002349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr16	13297242	rs13331224	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=339;ReadPosRankSum=-1.259;SC=TCTGTGTCTTCACTTCCAGAT;SOR=0.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=24;WE=13297250;WS=13297232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr16	14013993	rs1799797	T	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=118;ReadPosRankSum=0.100;SC=TTCCTTCGGCTGCGTTCGGCT;SOR=0.387;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=12;WE=14014001;WS=14013983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr16	14014240	rs762521	G	A	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=-0.664;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,21:0.54:39
chr16	14026007	rs254942	G	A	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=13;PP=442;SC=TTAACTTTTCGTATTAGGTTG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=14026015;WS=14025997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	14026951	rs3136130	G	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.710;NF=5;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-0.701;SC=GTAGCCTGGCGAGGTGATGTG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=9;WE=14026959;WS=14026941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr16	14031520	rs31869	G	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	14038545	rs1799799	T	C	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=2.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.20;ReadPosRankSum=-1.549;SOR=0.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,43:0.48:89
chr16	14038552	rs1799800	G	A	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.513;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr16	14041958	rs1799801	T	C	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=669;ReadPosRankSum=-0.390;SC=CAGCAGATTCTGAAACCCTTC;SOR=0.680;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=54;WE=14041966;WS=14041948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,87:0.44:197
chr16	14234490	rs140275336	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=263;ReadPosRankSum=0.037;SC=CGATAGACACCGAGGATGAAG;SOR=0.831;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=17;WE=14234498;WS=14234480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,30:0.42:72
chr16	14345901	rs30144	T	C	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=687;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GAGGCTTGTGTGTCAGTGACA;SOR=0.524;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=99;TCF=31;TCR=68;TR=56;WE=14345909;WS=14345891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,78:0.57:137
chr16	14346425	rs30143	G	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=1.796;SC=GTCTCGAGCAGACCTATACAG;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=14346433;WS=14346415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr16	14352072	rs246171	T	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=598;ReadPosRankSum=1.536;SC=TAACCCAAGTTCATGAAAGTT;SOR=0.686;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=48;WE=14352080;WS=14352062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,61:0.44:140
chr16	14354661	rs30125	A	G	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=-0.320;SC=ACGGACGTGCATAGAAGGAAT;SOR=0.883;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=11;WE=14354669;WS=14354651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr16	14678349	rs374880534	A	AC	4760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.323;NF=12;NR=96;PP=2979;ReadPosRankSum=2.647;SC=AGATTCACTGACCCCCCCAAA;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=13;TCR=102;TR=108;WE=14678360;WS=14678339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,231:0.95:242
chr16	14700254	rs4782156	G	A	1187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.93;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	14700276	.	A	AG	713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.16;MQRankSum=1.510;QD=19.83;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
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chr16	14749080	rs34400420	A	AT	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
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chr16	15082021	rs55973981	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.790;NF=10;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=0.824;SC=CACAAAGGGCGGGTGCTTCCA;SOR=1.473;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=12;WE=15082029;WS=15082011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,12:0.28:43
chr16	15082865	rs4985167	C	T	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.408;NF=43;NR=36;PP=1149;ReadPosRankSum=-0.798;SC=TGGTCTCGCTCCCTGTGGCTC;SOR=0.517;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=121;TCF=70;TCR=51;TR=79;WE=15082873;WS=15082855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,116:0.64:182
chr16	15083131	rs4985166	A	T	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.651;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.931;NF=11;NR=19;PP=493;ReadPosRankSum=1.036;SC=CACCTGGGGGATAATGGGGCC;SOR=1.370;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=30;WE=15083139;WS=15083121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr16	15083531	rs375114359	C	A	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.349;NF=5;NR=6;PP=162;ReadPosRankSum=2.511;SC=GCCACGGGGCCAGGACCTGGG;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=11;WE=15083539;WS=15083521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr16	15083868	rs9928601	A	C	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.991;NF=4;NR=7;PP=145;ReadPosRankSum=-1.633;SC=AGGACCAGGGAAGCAGGTGCA;SOR=0.646;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=11;WE=15083876;WS=15083858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr16	15084045	rs71374762	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=2.369;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr16	15091589	rs11421981	C	CT	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=14;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.169;NF=4;NR=13;PP=196;ReadPosRankSum=0.184;SC=AAATTTCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.586;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=17;WE=15091609;WS=15091579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,30:0.32:94
chr16	15091601	rs28545123	G	C	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.935;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=14;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.900;NF=37;NR=24;PP=1397;ReadPosRankSum=0.734;SC=TTTTTTTTTTGTTTCCCAGAT;SOR=0.856;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=61;WE=15091609;WS=15091579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,79:0.70:113
chr16	15098047	rs11549900	C	G	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.970;NF=22;NR=11;PP=530;ReadPosRankSum=-2.900;SC=TTAACAGAATCCAAAATATTG;SOR=0.725;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=33;WE=15098055;WS=15098037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,64:0.65:98
chr16	15100202	rs71271216	A	G	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.425;NF=19;NR=6;PP=302;ReadPosRankSum=-1.938;SC=GTTGACTTATACAATCCTTAA;SOR=0.754;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=86;TCF=60;TCR=26;TR=25;WE=15100210;WS=15100192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,28:0.31:90
chr16	15110077	rs4262938	C	T	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.838;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.180;NF=19;NR=35;PP=588;ReadPosRankSum=0.361;SC=AGGGGTAAGCCGGCGGTGAGG;SOR=0.847;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=184;TCF=72;TCR=112;TR=54;WE=15110085;WS=15110067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,63:0.28:223
chr16	15111218	rs4985162	C	T	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.461;NF=39;NR=40;PP=1207;ReadPosRankSum=0.590;SC=ACTCCTGGCCCGTGGCTGGGT;SOR=0.662;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=123;TCF=64;TCR=59;TR=79;WE=15111226;WS=15111208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,127:0.65:194
chr16	15116400	rs4985161	T	A	375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.222;NF=14;NR=1;PP=206;ReadPosRankSum=-2.952;SC=ATATTTACAGTTGTTGAAATA;SOR=0.950;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=15;WE=15116408;WS=15116390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr16	15116521	rs4985160	C	T	7081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.46;QD=25.29;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr16	15116625	rs1058637	G	T	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=48;PP=1411;SC=TAGTATATAAGTTCATCTGTT;SOR=1.584;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=16;TCR=48;TR=64;WE=15116633;WS=15116615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	15120411	rs62039476	T	C	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.29;QD=32.40;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	15126890	rs12926897	C	T	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=534;ReadPosRankSum=1.050;SC=ACTTGGTAACCGGCTTTGAAG;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=36;WE=15126898;WS=15126880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,65:0.42:155
chr16	15128416	rs35811052	A	G	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=26;PP=801;SC=AGCAGGTAGGACGGCATAGCC;SOR=0.966;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=15128424;WS=15128406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	15129459	rs4985155	A	G	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=24;PP=696;SC=TCCCCTGTTGACTGTTACTTG;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=15129467;WS=15129449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	15129970	rs7200543	A	G	3919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=38;PP=2124;SC=TGGAGCGCCTATCCAGTGGGC;SOR=1.226;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=114;TCF=73;TCR=41;TR=111;WE=15129978;WS=15129960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr16	15131962	rs1135999	A	G	1426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=13;PP=595;SC=TTATTTCCAGAAAACAGTGTG;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=29;WE=15131982;WS=15131952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	15131974	rs1136001	G	T	1664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.088;NF=18;NR=16;PP=631;ReadPosRankSum=-0.547;SC=AACAGTGTGTGAGCTGGAGAT;SOR=0.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=34;WE=15131982;WS=15131952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr16	15132108	rs2740	A	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=487;SC=AGCCAACCTTACTGTCCCCTG;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=15132116;WS=15132098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	15132211	rs111536178	A	AAAAGTTG	319.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=3;PP=215;SC=TTAGTAAGAAAAAAGTTGATT;SOR=1.863;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=15132219;WS=15132201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	15133783	rs34345533	C	CT	569.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr16	15133889	rs14347	T	G	6034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=64;PP=2728;SC=CTTGAAAGGATGCTCTGTAAA;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=89;TCR=65;TR=152;WE=15133897;WS=15133879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr16	15135071	rs7498279	G	A	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=14;PP=363;SC=GGAGCTCCTCGATGCAGAAAG;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=15135079;WS=15135061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	15135269	rs9926473	T	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=212;SC=TCCTTCCTGGTAGACGAGGGG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=15135277;WS=15135264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	15155898	rs2966157	T	C	735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=556;SC=AAAGCCAGTGTAGTGGCACAC;SOR=2.215;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=15155906;WS=15155888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	15159022	.	CA	C	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=3.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=-4.632;QD=1.77;ReadPosRankSum=1.167;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,51:0.31:163
chr16	15168760	rs4985147	T	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.12;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	15173746	rs2941253	G	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=10;PP=643;SC=GAGTCACCACGCCTGGCCAAG;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=15173754;WS=15173736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	15178688	rs8061051	C	A	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=41;PP=1192;SC=TTTGGGAGGCCGAGGTGGGTG;SOR=3.258;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=7;TCR=42;TR=48;WE=15178696;WS=15178678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	15187912	rs11075256	G	C	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=17;PP=946;SC=CACGCCATGAGCTTTGTCCCA;SOR=1.150;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=15187920;WS=15187902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	15493046	rs153001	G	A	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=210;SC=AATGAGGCACGTAAACTACAT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=15493054;WS=15493038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	15501658	.	CT	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.318;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.913;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,19:0.18:103
chr16	15596142	rs12448500	G	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=13;PP=471;SC=TAGCCAGGATGTGAAGCCTGT;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=15596150;WS=15596132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	15626831	rs12918517	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.862;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=192;ReadPosRankSum=0.715;SC=CATTCTACCTCTGCCATTTAT;SOR=0.539;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=15;WE=15626839;WS=15626821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr16	15626960	rs12919246	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.526;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,35:0.52:67
chr16	15680642	rs2071332	C	T	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.59;ReadPosRankSum=-2.686;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,66:0.58:114
chr16	15695059	rs2071331	A	G	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.960;HP=3;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=971;ReadPosRankSum=0.131;SC=ACATGTGCACACCGTCGCCAG;SOR=0.551;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=32;WE=15695070;WS=15695049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr16	15695062	.	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=774;ReadPosRankSum=0.849;SC=TGTGCACACCGTCGCCAGGTC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=26;WE=15695070;WS=15695049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr16	15696480	rs71293163	A	AAGGAAAGAAGGAGGGAGGCAGAG	716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=51.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	15705605	rs7185421	A	G	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=278;ReadPosRankSum=2.877;SC=CAAAGCAAATAGTTTATTTAT;SOR=0.648;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=19;WE=15705613;WS=15705595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,23:0.55:42
chr16	15718591	rs2071333	G	A	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=161;ReadPosRankSum=-0.305;SC=CCTATTACATGTAACCACCCC;SOR=0.460;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=15;WE=15718599;WS=15718581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr16	15724113	rs3752422	C	T	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=427;ReadPosRankSum=1.138;SC=GCCTGGCAACCCCCTTATTAT;SOR=0.572;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=32;WE=15724121;WS=15724103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,49:0.53:92
chr16	15727459	rs5815838	AT	A	236.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.298;QD=4.47;ReadPosRankSum=0.062;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr16	15732898	rs113416963	T	A	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=461;ReadPosRankSum=0.909;SC=ACCTCTCTCATCTATTTGGAT;SOR=0.705;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=32;WE=15732906;WS=15732888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr16	15771601	rs6498567	T	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,31:0.49:63
chr16	15781054	rs8044738	A	G	1079.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=521;ReadPosRankSum=1.743;SC=CCCATTCTGCAGGTAAAGAGC;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=36;WE=15781062;WS=15781044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,56:0.51:109
chr16	15785049	rs113493697	C	T	1796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=875;ReadPosRankSum=0.090;SC=AAACCCAGGACCCCCATGCCC;SOR=0.702;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=131;TCF=81;TCR=50;TR=58;WE=15785057;WS=15785039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,90:0.44:203
chr16	15811023	rs1050163	C	T	3348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.735;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:224,182:0.45:406
chr16	15811062	rs1050162	C	T	3403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=55;PP=1551;ReadPosRankSum=0.935;SC=CGATGGTGGACTTGAACTTGG;SOR=0.613;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=231;TCF=121;TCR=110;TR=111;WE=15811070;WS=15811052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,180:0.44:406
chr16	15813211	rs11646134	G	T	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.874;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=439;ReadPosRankSum=-1.264;SC=GAAAGGCCAAGCCCCACCAAG;SOR=0.520;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=31;WE=15813219;WS=15813201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr16	15813633	rs17284411	G	A	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=209;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CTGCTGCCCAGTTCAGCTTTG;SOR=0.520;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=13;WE=15813641;WS=15813623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr16	15813945	rs2075512	C	T	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=14;PP=536;ReadPosRankSum=1.365;SC=CTGCTGACTTCGGTGGCCTGA;SOR=0.497;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=50;TCR=25;TR=39;WE=15813953;WS=15813935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,52:0.55:95
chr16	15818141	rs2075511	A	C	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=470;ReadPosRankSum=1.427;SC=GTTTATCATAAGCGGCCGCCT;SOR=0.724;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=44;WE=15818149;WS=15818131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,51:0.53:97
chr16	15818310	rs11130	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=60;ReadPosRankSum=-0.855;SC=GGGACCATGAGTGGCCCCTGT;SOR=0.648;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=6;WE=15818318;WS=15818300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr16	15820863	rs16967494	C	T	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=28;PP=662;ReadPosRankSum=1.021;SC=GCCAGGTCTGCGTTCTCTTTC;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=47;WE=15820871;WS=15820853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,85:0.45:191
chr16	15838940	rs2384934	G	C	3622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=33;PP=1774;SC=GAGTGAAGAAGCAGGGCTGGG;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=87;WE=15838948;WS=15838930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	15839034	rs1050113	G	A	1713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=2.707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.365;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,85:0.51:168
chr16	15843899	rs6498570	G	A	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=38;PP=1585;SC=TGGGGTCCTCGGGGTAGGTGG;SOR=0.978;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=89;WE=15843907;WS=15843889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	15850204	rs2272554	A	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.033;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=438;ReadPosRankSum=2.103;SC=GTACCTTCCCAGCATAATGGA;SOR=1.195;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=34;WE=15850212;WS=15850194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,49:0.49:100
chr16	15869801	rs2072619	T	C	1443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=797;SC=TGAAGAACTGTTCATATGTCA;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=15869809;WS=15869791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	15917197	rs1050111	G	A	2112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FS=0.502;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,108:0.51:211
chr16	15917321	rs2272552	T	C	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=49;PP=1235;SC=GTAGACAGATTGCACAGAAGC;SOR=1.160;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=77;WE=15917329;WS=15917311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	15967236	rs8056910	T	C	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=1.443;SC=ATATTAGATATAAGCAGAATT;SOR=0.542;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=6;WE=15967244;WS=15967226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr16	15973654	rs8045082	G	T	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=15;PP=746;SC=TTAAAAAAATGTCTTACATTG;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=15973662;WS=15973644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	16108282	rs4148337	T	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=6;PP=331;SC=CCAGCCTGGGTGACAAGAGTG;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=16108290;WS=16108272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	16110244	rs185005	C	G	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.21;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	16110253	rs246215	T	C	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.39;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	16126758	rs924137	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	16126764	rs924138	T	C	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	16161976	rs35604	G	A	4399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=41;PP=1957;SC=ACTCTCACTCGGGGCACAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=63;TCR=41;TR=103;WE=16161984;WS=16161966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	16162019	rs35605	T	C	6402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=74;PP=2689;SC=GCAGGTGGCCTTGTGCACATT;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=67;TCR=74;TR=141;WE=16162027;WS=16162009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	16184232	rs2074087	C	G	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.48;SOR=1.209;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	16200756	rs11075296	C	T	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=39;PP=1018;SC=TAAGTGATGACAGTGGCTGGA;SOR=2.428;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=7;TCR=39;TR=46;WE=16200764;WS=16200746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	16205141	rs4780592	A	G	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=11.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.75;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,77:0.72:107
chr16	16205141	.	ACA	GCG	1345	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=16;MQ=60.0;NF=24;NR=17;PP=1345;QD=34.1089725576;SC=GCTGGGTGGCACAGTGCTGGT;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=41;WE=16205151;WS=16205131;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,41:0.59:69
chr16	16205143	rs4780593	A	G	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=11.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.80;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,84:0.74:114
chr16	16205161	rs4238623	G	A	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.684;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=2715;ReadPosRankSum=1.361;SC=TGAAGCCCCCGACCTTGTGGG;SOR=0.366;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=89;TCF=60;TCR=29;TR=53;WE=16205175;WS=16205151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,95:0.69:137
chr16	16205167	rs111263400	G	GTGGGGC	3733.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.782;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=2963;ReadPosRankSum=1.584;SC=CCCCGACCTTGTGGGGCTGGG;SOR=0.355;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=31;WE=16205175;WS=16205151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,92:0.68:136
chr16	16205449	rs3851716	G	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=21;PP=538;SC=GGTTGGTGCCGCTGTCTCCCA;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=16205457;WS=16205439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	16219596	rs113369901	G	GAAAAAAAA	2520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.95;QD=35.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr16	16230290	rs212087	G	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=565;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CCATGTCAGCGTGACACAGGT;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=49;TCR=24;TR=39;WE=16230298;WS=16230280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr16	16244129	rs212097	T	C	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=11;PP=271;ReadPosRankSum=0.798;SC=GAGAGGCTCTTTGGACACCAG;SOR=0.655;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=19;WE=16244137;WS=16244119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr16	16251435	rs3896244	G	A	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=9;PP=428;SC=CTGTGGAGGTGGCTGGTGCCC;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=22;WE=16251443;WS=16251425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	16253283	rs56822940	GC	G	2845.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.74;SOR=1.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	16255195	rs3851721	T	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=283;SC=ACACACCATGTTGGTTTGGAC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=16255203;WS=16255189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	16263837	rs7201980	T	C	99.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	16267079	rs11866320	A	G	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=1;PP=602;SC=TTTGGTGGGAAGACTTGGGCC;SOR=5.353;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=25;WE=16267087;WS=16267069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	16271357	rs6416668	T	C	8871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=101;PP=2965;SC=AGAAGACACATGAGGGCCCCC;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=106;TCR=101;TR=207;WE=16271365;WS=16271347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr16	16271409	rs9924755	G	A	3166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.455;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=59;PP=1527;ReadPosRankSum=0.910;SC=TCTCTGCGATGGCCCCATTTG;SOR=0.933;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=176;TCF=77;TCR=99;TR=99;WE=16271417;WS=16271399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,155:0.51:303
chr16	16272508	rs2283508	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.631;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.13;ReadPosRankSum=-3.599;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr16	16272670	rs7500834	T	C	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=42;PP=1553;SC=CCTGGAGTAGTCCACCAGGCC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=43;TCR=42;TR=84;WE=16272678;WS=16272660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	16278050	rs212073	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	16278695	rs2239323	A	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=12;PP=581;ReadPosRankSum=1.813;SC=CAGCCCAGCCAAACCCACCCT;SOR=0.675;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=72;TCF=51;TCR=21;TR=39;WE=16278703;WS=16278685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,56:0.55:102
chr16	16278863	rs8058694	G	T	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,60:0.51:118
chr16	16278869	rs8058696	G	C	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.85;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,50:0.49:103
chr16	16278975	rs368726658	GC	G	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=13;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.109;SC=ACCATCCCCCGCCCCCCCCAG;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=3;WE=16278983;WS=16278965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	16280889	rs7192265	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	16280895	rs7192961	A	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.918;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	16280921	rs8056103	T	C	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=6;PP=478;SC=CATTATGGGCTGGGGTGGCCC;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=16280929;WS=16280911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	16281007	rs12931472	A	G	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=1.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.472;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,29:0.33:89
chr16	16281154	rs4369696	C	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=334;ReadPosRankSum=1.006;SC=TGTGTGGCAACAGCTTCCTGT;SOR=0.643;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=24;WE=16281162;WS=16281144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr16	16283973	rs55707615	G	A	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.856;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.315;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=156;ReadPosRankSum=-0.834;SC=CCCCACCCCCGCACTCCTTCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=8;WE=16283981;WS=16283963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr16	16284265	rs2239322	T	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.342;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,21:0.55:38
chr16	16284272	rs7193932	C	T	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.48;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	16286586	rs76470239	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=235;ReadPosRankSum=1.930;SC=AAGCCAGACCCGTGGGCTCGC;SOR=0.836;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=16;WE=16286594;WS=16286576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr16	16286614	rs6498618	G	C	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=359;ReadPosRankSum=1.418;SC=TCTCCCCTCCGCATCTCCCAC;SOR=0.646;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=23;WE=16286622;WS=16286604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,32:0.46:70
chr16	16291816	rs58394656	G	C	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=1.598;SOR=1.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr16	16291858	rs12929920	G	C	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=1.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.517;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,94:0.53:179
chr16	16291871	rs9940089	G	C	2155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=2116;ReadPosRankSum=2.052;SC=TTCCTCCTCTGGCATACCTGC;SOR=0.680;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=96;TCR=58;TR=74;WE=16291879;WS=16291848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,108:0.49:220
chr16	16291971	rs9940825	C	T	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=49;PP=2897;ReadPosRankSum=-1.052;SC=GCTGCACGTCCACGGACACCA;SOR=0.676;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=203;TCF=98;TCR=105;TR=97;WE=16291991;WS=16291961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,156:0.45:344
chr16	16291983	rs9930886	A	G	2629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=47;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.940;SC=CGGACACCAGATTGACCACAT;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=90;TCR=103;TR=90;WE=16291991;WS=16291961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,139:0.44:314
chr16	16306169	.	A	AT	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.55;MQRankSum=-2.785;QD=0.83;ReadPosRankSum=2.119;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,12:0.22:54
chr16	16306192	rs116914614	G	T	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.58;MQRankSum=-0.617;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.226;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,30:0.52:58
chr16	16350133	.	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.77;MQRankSum=-4.154;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
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chr16	17221423	rs4782034	C	T	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=3;PP=295;SC=TCCAAGTCCTCTTCTCCTCCA;SOR=1.893;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=17221431;WS=17221413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	17221755	rs3812961	T	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.354;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr16	17228368	rs12708815	G	A	3495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=33;PP=1576;SC=GGGACGTCTCGGCCCGTCGAA;SOR=1.033;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=86;WE=17228376;WS=17228358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	17294295	rs11075341	C	T	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.470;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=404;ReadPosRankSum=0.363;SC=GACGGACAGACCCCGAAGAAA;SOR=0.160;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=28;WE=17294303;WS=17294285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr16	17432079	rs62030299	C	T	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=27;PP=866;ReadPosRankSum=-1.265;SC=CCATTCCCCACGAAGCAGCCA;SOR=0.722;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=63;WE=17432087;WS=17432069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,111:0.51:216
chr16	17432570	rs74013021	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=238;ReadPosRankSum=2.462;SC=GCTTCCAAAGTAGCTGGGACT;SOR=0.593;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=11;WE=17432578;WS=17432560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr16	17564658	rs117041807	G	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.91;ReadPosRankSum=1.437;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	18549711	.	C	CAA	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.63;MQRankSum=-0.751;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.752;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr16	18593648	.	GA	G	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.39;MQRankSum=-2.400;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,14:0.21:67
chr16	18823192	rs2291662	A	G	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.966;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=31;PP=789;ReadPosRankSum=-0.155;SC=TTGCACCGCTATGAAGCAACA;SOR=0.626;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=131;TCF=60;TCR=71;TR=60;WE=18823200;WS=18823182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,117:0.47:249
chr16	18823379	rs2606556	T	C	3623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=48;PP=1578;SC=CAAGATTTTTTTGGATCAGCT;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=80;WE=18823387;WS=18823369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	18839362	rs12445870	T	C	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=1.282;SC=CCTGAACTGTTGCAATAGAAG;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=24;WE=18839370;WS=18839352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,45:0.42:106
chr16	18839496	rs12448649	G	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.766;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr16	18849858	rs35168818	C	T	1428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.749;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.785;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=854;ReadPosRankSum=-0.293;SC=AATGTAAAGTCTACTTTTATA;SOR=0.872;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=50;WE=18849866;WS=18849848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,65:0.64:101
chr16	18858727	rs2650615	A	C	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.863;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=928;ReadPosRankSum=-1.875;SC=TATACTTTGAAACAAAGTGGC;SOR=0.488;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=62;WE=18858735;WS=18858717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,97:0.60:162
chr16	18861335	rs2650613	A	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=519;ReadPosRankSum=0.757;SC=GCTCACCAGCATGCTTCACGA;SOR=0.653;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=41;WE=18861343;WS=18861325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,52:0.53:99
chr16	18865324	rs59703706	ATAGGAGG	AAGGAGG,A	478.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=631;ReadPosRankSum=0.627;SC=ATGCTCAAGCATAGGAGGCTC;SOR=0.610;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=8;WE=18865340;WS=18865314;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.57:23
chr16	18865326	rs58740437	AGGAGGC	A	478.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.81;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr16	18865332	.	C	A	631	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=10;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=1;NR=8;PP=631;QD=73.9745791719;SC=GCATAGGAGGCTCCTACTGTC;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=9;WE=18865340;WS=18865314;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:11,9:0.45:20
chr16	19041491	rs4381586	T	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=172;SC=ACTACTCTTCTGGTTCCCTGC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=19041499;WS=19041481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	19046960	rs12933286	T	C	1984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=21;PP=1054;SC=TCTTTTGCTGTTGTTTCTATA;SOR=1.194;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=57;WE=19046968;WS=19046950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	19049378	rs8043993	A	G	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.156;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=33;PP=815;ReadPosRankSum=-0.824;SC=AGGTAAATTAACTTGTACTCT;SOR=0.932;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=96;TCF=33;TCR=63;TR=49;WE=19049386;WS=19049368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,70:0.49:143
chr16	19056069	rs55792501	A	G	152.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.98;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	19056769	rs12051270	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=396;ReadPosRankSum=-1.892;SC=AAGTAAGTGCGAGGGGTGCCC;SOR=0.745;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=33;WE=19056777;WS=19056759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr16	19063220	rs200146213	AT	A	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=4.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=1.630;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr16	19067933	rs17854511	G	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=509;ReadPosRankSum=0.298;SC=TCCCCAAGACGGTGAGCACCT;SOR=0.485;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=38;WE=19067941;WS=19067923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,63:0.61:104
chr16	19079037	rs17357834	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.321;SOR=1.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,38:0.54:71
chr16	19079095	rs4531717	T	G	673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=579;SC=CCTGCGCCGGTCTAGCGAGCT;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=19079103;WS=19079085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	19080184	rs4630530	C	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=-0.858;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.494;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	19080227	rs75015998	C	CTG	532.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=256;SC=AAAAAACAAACAAATTAAAAA;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=19080235;WS=19080217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	19083221	rs4782202	A	G	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=30;PP=1440;SC=TTACCTGATCATAACGAAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=84;WE=19083229;WS=19083211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	19085298	rs11074359	C	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.668;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=479;ReadPosRankSum=0.616;SC=TTGATGGTTACGTTCAGGGTC;SOR=0.725;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=35;WE=19085306;WS=19085288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,64:0.52:123
chr16	19126470	rs116496443	C	T	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=682;ReadPosRankSum=0.073;SC=TTCGGGACTGCAAACCCTTTG;SOR=0.534;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=50;WE=19126478;WS=19126460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,90:0.53:171
chr16	19183957	rs113855661	C	CT	563.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.974;QD=6.00;ReadPosRankSum=0.310;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,43:0.46:94
chr16	19195130	rs11541511	C	T	7027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.441;SC=TCACCGTGCGCGTGATCGAGG;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=400;TCF=188;TCR=212;TR=215;WE=19195138;WS=19195120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,339:0.56:604
chr16	19333111	rs8049175	T	C	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	19333153	rs8047832	A	C	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=34;PP=1003;SC=ACATTTGAATAGGTAGACTGA;SOR=0.710;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=66;WE=19333161;WS=19333143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	19333202	rs79117596	C	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.052;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,45:0.41:110
chr16	19333224	rs8048432	G	A	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.568;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr16	19333241	rs6497343	G	C	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=31;PP=1044;SC=AAGGCTGACCGTCCCCTGAAT;SOR=0.840;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=53;WE=19333249;WS=19333231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	19460835	rs191832505	C	T	2301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=1.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,118:0.45:261
chr16	19481220	.	C	CT	175.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=1.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr16	19522394	rs12923369	A	G	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=556;SC=TTTTTCGACCATAGCAAAGTC;SOR=3.014;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=25;WE=19522402;WS=19522384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	19543981	rs12927277	G	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=21;PP=594;SC=TTACTGTTACGTTTGAGAAGC;SOR=3.098;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=19543989;WS=19543971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	19547747	rs226891	C	G	5909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.048;NF=88;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.672;SC=GAGGTAGTATCAACAGAATTG;SOR=0.304;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=89;TCR=69;TR=156;WE=19547755;WS=19547737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,215:1.00:216
chr16	19548116	rs7190666	G	A	7966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=93;PP=2965;SC=GTCCTAAAATGCACCGAAGAC;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=84;TCR=93;TR=177;WE=19548124;WS=19548106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr16	19548290	rs7191012	G	A	3443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=40;NR=45;PP=1883;SC=CTGATTTAGCGGGAGTTTGTT;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=85;WE=19548298;WS=19548280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	19556258	rs3841493	CAT	C	3425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=30;PP=1701;SC=AAGACATGGACATATTATATT;SOR=0.881;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=36;WE=19556267;WS=19556248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	19557844	rs112602419	G	GA	663.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=-0.462;SC=GTTTTTTATAGAAAAAAAAAA;SOR=0.752;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=14;WE=19557852;WS=19557834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,33:0.94:35
chr16	19576382	rs35102175	AT	A	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.10;ReadPosRankSum=0.436;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr16	19580699	rs121235	A	G	5601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=78;PP=2965;SC=GTTTCACTGGAGAGAGTTGTG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=151;WE=19580707;WS=19580689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr16	19584332	rs371889	A	G	236.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=161;SC=CCTTGAGACAAATCTCTTTTA;SOR=2.093;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=19584340;WS=19584322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	19586519	rs12925996	G	A	227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.78;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	19589695	rs35605554	C	CA	414.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.55;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,28:0.85:33
chr16	19589739	rs12929106	G	A	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.943;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr16	19592990	rs5816059	T	TC	2794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=48;PP=2338;ReadPosRankSum=0.800;SC=GCTCTAGTGATCCCCCACCCC;SOR=2.326;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=57;WE=19592998;WS=19592980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr16	19593163	rs7184710	G	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=433;SC=TAATCCCAGGGTTACCATGTG;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=19593171;WS=19593153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	19598717	rs226856	T	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=25;PP=565;SC=TTTGGGAGGCTGAGGTGGGCG;SOR=1.078;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=19598725;WS=19598707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	19612821	.	CA	C	30.52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,1:0.50:2
chr16	19612829	rs16972232	A	T	39.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.967;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,2:0.67:3
chr16	19612877	rs3216771	T	TA	543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=5;PP=495;SC=CATCACAAGTTAAAGCCTGTC;SOR=1.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=13;WE=19612885;WS=19612867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	19619355	rs6497388	G	C	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=6;PP=625;SC=GTTATCATCAGTTACTTCCTA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=19619363;WS=19619345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr16	19716505	rs739565	A	G	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=29;PP=772;ReadPosRankSum=0.118;SC=CCAACACTGGAGATGATGGAG;SOR=0.624;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=57;WE=19716513;WS=19716495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,122:0.54:228
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chr16	19799962	rs4782283	T	A	204.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=243;SC=CTGTTTTTTTTAAAAAAATCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=19799970;WS=19799961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	19883082	rs172907	A	G	653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=347;ReadPosRankSum=1.942;SC=GAAGAAGAGTATCTTTTGAGA;SOR=1.227;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=24;WE=19883090;WS=19883072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr16	19884285	rs2240047	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-0.333;SC=CAAGCGCACACGGCACCTTTG;SOR=0.180;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=7;WE=19884293;WS=19884275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr16	20113706	rs72774649	G	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.647;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=178;ReadPosRankSum=3.147;SC=TCCTTCCTCAGTGTCTAGTAC;SOR=2.235;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=13;WE=20113714;WS=20113696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr16	20322425	rs11647569	T	C	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=12;NR=2;PP=309;SC=CTAACCTAGCTTGGCCTTGAT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=20322447;WS=20322415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	20322439	rs11642182	A	G	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	20328685	rs1129818	T	C	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.474;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,59:0.38:154
chr16	20334679	rs4411505	C	T	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=275;ReadPosRankSum=-1.565;SC=GTGCCCCTAACTGGGGTAATT;SOR=1.298;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=16;WE=20334687;WS=20334669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr16	20334807	rs368914613	AC	A	695.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.977;NF=2;NR=37;PP=409;ReadPosRankSum=-2.141;SC=TTTTTGCTGTACCCCCCCCCC;SOR=1.788;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=39;WE=20334816;WS=20334797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr16	20334932	rs4393582	G	A	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=29;PP=978;SC=TTTATAAACTGGGAAATTTCA;SOR=3.383;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=20334940;WS=20334922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	20339131	rs4643330	T	C	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=187;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TCTTCATAATTAATCAATGAA;SOR=1.182;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=14;WE=20339139;WS=20339121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr16	20352313	rs60764202	CA	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.398;QD=4.44;ReadPosRankSum=-0.367;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	20355651	rs8054296	G	A	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=7;PP=179;SC=GTGGCCGGGCGCATTAGCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=20355659;WS=20355641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	20360101	rs7193058	G	A	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=30;PP=1292;SC=GGTGCGCCTGGCACGGATCCG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=66;WE=20360109;WS=20360091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	20370810	rs9652588	C	T	11529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.35;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr16	20370816	rs9652589	C	T	11535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr16	20370981	rs9929710	A	C	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=26;PP=762;SC=TTGTGGTTGTAATAGTCAAGC;SOR=3.334;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=20370989;WS=20370971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	20376734	rs8052918	A	G	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=28;PP=1485;SC=CCTCTTGGAGATACTTACAGA;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=47;TCR=28;TR=75;WE=20376742;WS=20376724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	20376755	rs8054266	T	C	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=38;PP=1678;SC=ACATCACAAATACGTCCTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=87;WE=20376763;WS=20376745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	20381047	rs76731137	C	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=126;ReadPosRankSum=1.924;SC=CTCTCTGGATCCTTTGCCAGT;SOR=0.657;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=9;WE=20381055;WS=20381037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
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chr16	20441084	rs8063682	T	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.890;NF=6;NR=8;PP=147;ReadPosRankSum=1.456;SC=AACACCAGACTGGTGTGGAGC;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=14;WE=20441092;WS=20441074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr16	20442594	rs138834094	C	T	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.508;NF=20;NR=24;PP=549;ReadPosRankSum=0.372;SC=GGGAATGTTGCCGTCCGTATC;SOR=0.733;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=44;WE=20442602;WS=20442584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,78:0.53:148
chr16	20448330	rs11646020	A	G	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.842;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.883;NF=23;NR=11;PP=413;ReadPosRankSum=-0.931;SC=TGGCCTTAGCAGTTGTTCCCA;SOR=0.586;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=53;TCR=25;TR=34;WE=20448338;WS=20448320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,37:0.42:89
chr16	20488803	rs1634306	T	A	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=1.739;NF=46;NR=83;PP=2511;ReadPosRankSum=3.618;SC=GGGAGGAAGTTAGGGGAAACA;SOR=0.276;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=129;WE=20488811;WS=20488793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr16	20492000	rs146233716	A	G	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.47;QD=30.97;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	20498079	rs2072080	T	G	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=48;PP=1401;SC=TTCCTATGATTATATGAGATT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=20;TCR=48;TR=68;WE=20498087;WS=20498069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	20551855	rs28750179	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=446;SC=GTCAGCCACCATGTCCGGCCC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=20551863;WS=20551845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	20552075	rs16970280	G	T	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.40;QD=25.96;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	20570661	rs62035059	T	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.33;QD=28.73;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	20647921	rs62033279	C	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=0;PP=213;SC=GGAGAATGCACGGTGAGCTTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=20647929;WS=20647911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	20749461	rs9788809	T	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	20750498	rs34908456	AT	A	170.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.193;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr16	20753123	rs234271	T	C	6279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=65;PP=2759;SC=TCCTCGTCTATCGCCGGCGCG;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=70;TCR=65;TR=135;WE=20753131;WS=20753113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr16	20792188	rs5715	T	C	5821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=84;PP=2965;SC=AGGTATACTTTCACAAAAGTG;SOR=0.918;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=153;TCF=67;TCR=86;TR=151;WE=20792196;WS=20792178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	20796508	rs8058758	T	C	2165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=46;PP=1334;SC=ACAGTCTCCTTATGATTATTT;SOR=1.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=19;TCR=46;TR=65;WE=20796516;WS=20796498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	20803249	.	GA	G	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.458;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
chr16	20810067	rs3213646	T	C	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=34;PP=1344;SC=CTTTTGCATATAGATAGGTGA;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=63;WE=20810075;WS=20810057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	20810730	rs7198770	A	G	2216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.503;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=54;PP=1257;ReadPosRankSum=-2.678;SC=TTTCCTTAGTACTAAAGAAAT;SOR=0.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=160;TCF=57;TCR=103;TR=82;WE=20810738;WS=20810720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,108:0.49:220
chr16	20811681	rs2301771	C	T	9818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr16	20818422	.	CG	C	806.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.496;NF=1;NR=11;PP=341;ReadPosRankSum=-0.042;SC=AGGTGAGCAACGGGGATCCCG;SOR=0.593;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=12;WE=20818430;WS=20818412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,30:0.48:62
chr16	20824697	rs34169933	A	AG	747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=44;PP=2004;SC=ACCTCTCCCAAGCTCCATCAT;SOR=3.160;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=45;WE=20824705;WS=20824687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	20827647	rs5816137	AT	A	430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=201;ReadPosRankSum=-1.206;SC=CACAAAAACAATTTTTTTTTT;SOR=0.402;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=19;WE=20827655;WS=20827637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,26:0.93:28
chr16	20855309	rs9929443	A	G	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=24;PP=622;SC=TGGCCATAGAATCCTTGGATG;SOR=1.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=20855317;WS=20855299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	20860897	rs6654	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=370;SC=CAGCAGACAGCTTTATGGAAA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=20860905;WS=20860887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	20873767	rs7187522	T	G	7313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=100;PP=2965;SC=CCTGCACCCCTCCTGCTATGT;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=76;TCR=100;TR=176;WE=20873775;WS=20873757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	20926781	.	CAA	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.042;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr16	20956098	.	GAC	G	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=1;PP=76;QD=40.0;SC=AGTAGCACAGGACACACACAC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=2;WE=20956107;WS=20956088;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr16	20986506	rs3115438	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-0.866;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr16	20996588	rs149829197	G	A	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.786;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=28;PP=1095;ReadPosRankSum=1.695;SC=TCTGGTTGTCGGCGAAGAGGA;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=69;WE=20996596;WS=20996578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,85:0.44:192
chr16	20999464	rs4783517	C	A	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.944;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=323;ReadPosRankSum=-0.707;SC=AGGATGCACACGAGGTGGCTT;SOR=0.183;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=21;WE=20999472;WS=20999454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
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chr16	21136477	rs7191215	A	G	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=21;PP=929;SC=AAAGGTCCAAATGCAGGTCCC;SOR=0.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=51;WE=21136485;WS=21136467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	21145648	rs11074483	C	T	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=1.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=1.714;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,98:0.53:184
chr16	21147885	rs3743698	T	C	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=344;ReadPosRankSum=-0.291;SC=GGATCATGGGTTCAACTGTCC;SOR=0.697;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=24;WE=21147893;WS=21147875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,43:0.42:103
chr16	21147999	rs730260	A	G	570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.323;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=392;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TCATGGCAAGAAGATCACTGG;SOR=0.537;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=25;WE=21148007;WS=21147989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr16	21151913	rs72780891	G	T	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.516;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr16	21161559	rs57863199	T	TA	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.582;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr16	21185384	rs1046480	G	A	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=592;ReadPosRankSum=2.879;SC=CTGTGGTTTGGGCTTCGTATC;SOR=0.795;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=40;WE=21185392;WS=21185374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,62:0.54:115
chr16	21190853	rs1063087	A	C	1572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=640;ReadPosRankSum=0.369;SC=AGTCTGCAGAATTCGAGGGGC;SOR=0.802;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=99;TCF=38;TCR=61;TR=43;WE=21190861;WS=21190843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,77:0.50:154
chr16	21216715	rs140229428	G	A	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.948;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=169;ReadPosRankSum=0.420;SC=TGCTTTGGTGGTACAAAGCCA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=21216723;WS=21216705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr16	21221324	rs13331814	T	G	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=-0.130;SC=GGGAGTTGGATGCCGTTGCTG;SOR=0.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=14;WE=21221332;WS=21221314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr16	21222672	rs2075520	C	A	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.394;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=803;ReadPosRankSum=-0.844;SC=TATGGAGTTCCCTGAAGTCAC;SOR=0.948;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=51;WE=21222680;WS=21222662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,74:0.60:124
chr16	21272591	rs14122	G	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.266;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=100;ReadPosRankSum=-2.252;SC=ACTTGAACACGGTGGTCTTCT;SOR=0.439;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=11;WE=21272599;WS=21272581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr16	21273286	rs226048	A	G	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=64;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTGGAAGGGAAGTTAATGAAA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=5;WE=21273294;WS=21273276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr16	21286699	rs2733911	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.145;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=367;ReadPosRankSum=-2.127;SC=CTAATAATTTCGTGAATTACT;SOR=1.038;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=24;WE=21286707;WS=21286689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr16	21286927	rs226045	A	G	897.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.849;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=21;PP=518;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TTGGAGGAAAAGAGAGACAGT;SOR=0.903;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=30;WE=21286935;WS=21286917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr16	21289004	rs72782846	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.98;ReadPosRankSum=0.863;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr16	21289626	rs3848259	C	G	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=2.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=405;ReadPosRankSum=1.102;SC=CACGTACCCTCGGCTGTGCCC;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=25;WE=21289634;WS=21289616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
chr16	21388110	rs2686119	T	C	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=32;PP=785;SC=CTCCCTGGAGTGCTACCTGCA;SOR=1.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=52;WE=21388118;WS=21388100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr16	21397273	rs369341030	CTG	C	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.36;MQRankSum=-4.376;QD=3.17;ReadPosRankSum=2.038;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr16	21531111	rs7197243	T	C	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.960;NF=6;NR=11;PP=208;ReadPosRankSum=-0.149;SC=ACCCAGGGACTACGACCTCCC;SOR=1.141;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=17;WE=21531119;WS=21531101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,19:0.17:110
chr16	21531494	rs42138	T	C	4895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.659;NF=65;NR=66;PP=2180;ReadPosRankSum=-1.538;SC=ATGCCCGAGCTCATGATGGCG;SOR=0.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=82;TCR=84;TR=131;WE=21531502;WS=21531484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,217:0.79:275
chr16	21531609	rs42139	C	T	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=539;ReadPosRankSum=0.799;SC=TGGCGGCCATCATCTTCTCCC;SOR=0.601;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=38;WE=21531617;WS=21531599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
chr16	21531681	rs42140	C	G	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=1.181;QD=2.79;ReadPosRankSum=0.960;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr16	21558803	rs111716341	A	G	1882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=1.078;QD=3.83;ReadPosRankSum=1.497;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:360,132:0.27:492
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chr16	21652720	rs1055740	A	G	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=253;SC=TTACATTCTGACATCCTTCTT;SOR=2.147;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=21652728;WS=21652710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	21658266	rs3091404	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=206;ReadPosRankSum=-0.960;SC=TGAGCCACCACGCCCAGCCAG;SOR=0.970;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=16;WE=21658274;WS=21658256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr16	21689791	rs215894	T	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	21696083	rs201146251	ATTATTT	A	170.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.17;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	21696458	rs149825617	A	AT	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.83;MQRankSum=0.640;QD=25.52;ReadPosRankSum=0.902;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr16	21730449	rs215901	C	T	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.287;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=148;ReadPosRankSum=-1.120;SC=ATTCTCTTCTCGCAGGCTCTG;SOR=1.368;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=10;WE=21730457;WS=21730439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,17:0.35:49
chr16	21732553	.	TACACAC	T	128.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	21739430	rs4408531	T	C	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=278;ReadPosRankSum=-0.777;SC=AAATGATCTGTCTGCCTCGGC;SOR=1.333;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=18;WE=21739438;WS=21739420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr16	21747556	rs56065183	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.341;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.106;NF=19;NR=3;PP=326;ReadPosRankSum=-0.274;SC=ATTATTATTCCTCTTCTTTCA;SOR=1.473;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=51;TCF=38;TCR=13;TR=22;WE=21747564;WS=21747546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr16	21771908	.	A	G	153	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=45.5;NF=4;NR=9;PP=153;QD=14.4439394267;SC=GCTGGCCAACATGTGTAGAGA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=13;WE=21771916;WS=21771898;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr16	21970546	rs2967178	T	C	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=18;PP=760;SC=GCATGAGATGTTGTTTTTAGC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=21970554;WS=21970536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	21985486	rs11648723	G	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.627;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=254;ReadPosRankSum=1.151;SC=AATGCTTCCAGGAAAGAGGAG;SOR=4.174;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=17;WE=21985494;WS=21985476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr16	21992122	rs2965803	T	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=4;PP=115;SC=GTATTATTCTTATGTTTGGTG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=21992130;WS=21992112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	22012146	rs143239876	AATG	A	733.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.33;ReadPosRankSum=1.353;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,23:0.92:25
chr16	22114691	.	T	TA	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.90;ReadPosRankSum=1.066;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,15:0.19:81
chr16	22126526	rs115544590	G	T	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=41;ReadPosRankSum=0.677;SC=GGGCCCAGGAGTTCGAGGTTA;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=5;WE=22126534;WS=22126516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr16	22128052	rs11649656	TT	GC	7971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=41;PP=2947;SC=GACCTGGGATTTCCACTTCTC;SOR=0.851;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=92;WE=22128061;WS=22128042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr16	22144318	rs1105929	C	T	2656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.724;SC=ATGGACACCACACCCCCTGCC;SOR=0.658;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=150;TCF=86;TCR=64;TR=77;WE=22144326;WS=22144308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,136:0.51:268
chr16	22144578	rs1105928	A	C	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.915;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.641;NF=4;NR=20;PP=462;ReadPosRankSum=-0.143;SC=GTGATGGTTGAACAACAATGT;SOR=0.298;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=24;WE=22144586;WS=22144568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr16	22149612	.	C	CTGTG	235.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=153;ReadPosRankSum=0.496;SC=GTCCCTCCTGCTGTGTGTGTG;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=3;WE=22149620;WS=22149602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr16	22155629	rs9937453	A	G	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=624;ReadPosRankSum=2.590;SC=ATGGGTCCCAACTGCACTCAT;SOR=0.916;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=45;WE=22155637;WS=22155619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,61:0.40:153
chr16	22161136	rs1991020	T	C	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=38;PP=1146;SC=TGCAGAGAGCTTTCAGTCATG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=62;WE=22161144;WS=22161126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	22178256	rs6497575	G	A	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,71:0.45:157
chr16	22192784	rs55969568	G	A	1559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=-2.163;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,79:0.50:157
chr16	22261900	rs2303187	G	A	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=246;ReadPosRankSum=0.281;SC=GGCATGTAAGGGGAGCACCTC;SOR=0.696;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=16;WE=22261908;WS=22261890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,38:0.37:102
chr16	22262514	rs2303186	C	A	2171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=973;ReadPosRankSum=-1.659;SC=AGTGGAAGGGCGCCTCCAACT;SOR=0.731;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=58;WE=22262522;WS=22262504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,106:0.54:198
chr16	22262737	rs113591855	CT	C	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=-1.739;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	22268526	rs11640501	A	C	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.088;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=432;ReadPosRankSum=2.021;SC=GCCTGCACAGACCTCAGCCTG;SOR=0.452;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=26;WE=22268534;WS=22268516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr16	22269867	rs4783453	A	G	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=46;PP=1785;SC=GGGAGCCCCCAAGTAAGGACC;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=97;WE=22269875;WS=22269857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
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chr16	22328094	rs2290830	G	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=261;ReadPosRankSum=-0.371;SC=GAGGACTGTGGCCCCTCCTGT;SOR=1.038;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=19;WE=22328102;WS=22328084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr16	22335643	rs376635359	G	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=100;ReadPosRankSum=0.463;SC=GTCCGTGGCCGCCCCTGGAAT;SOR=1.244;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=8;WE=22335651;WS=22335633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	22339756	rs112693034	C	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=421;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CTGGGGCAGACAGGGAGGGAT;SOR=0.223;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=30;WE=22339764;WS=22339746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,31:0.57:54
chr16	22579730	rs372533285	ATG	A	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.34;MQRankSum=-1.190;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,18:0.47:38
chr16	22826046	rs189013090	T	G	2204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.057;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=936;ReadPosRankSum=1.731;SC=CAGCTTCCTGTGCTGCTGCGA;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=59;WE=22826054;WS=22826036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,108:0.50:215
chr16	22826339	rs208951	A	G	2584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.308;SC=TTATCCGAGTACACCCGGACG;SOR=0.707;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=83;WE=22826347;WS=22826329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,122:0.55:223
chr16	23079353	rs8047644	T	C	878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=10;PP=405;SC=TAAAACACTTTGATTGCAGAA;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=23079361;WS=23079343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	23080634	rs10083789	C	A	2841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1520;ReadPosRankSum=0.416;SC=GTGCTCACGGCGACTATGACT;SOR=0.728;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=189;TCF=94;TCR=95;TR=96;WE=23080642;WS=23080624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,140:0.47:298
chr16	23221183	rs5740	A	G	2425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.979;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=43;PP=1067;ReadPosRankSum=1.240;SC=ACAGATTGGCAGGGGCACCCA;SOR=0.573;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=166;TCF=76;TCR=90;TR=84;WE=23221191;WS=23221173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,130:0.46:284
chr16	23221238	rs4281710	A	G	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=894;ReadPosRankSum=0.340;SC=GTTATATCTAAGCTGGGGTGT;SOR=0.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=110;TCF=40;TCR=70;TR=56;WE=23221246;WS=23221228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,74:0.50:147
chr16	23224605	.	A	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=0.549;SC=ATGGAGTCTTACTCTGTCACC;SOR=1.414;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=11;WE=23224613;WS=23224595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr16	23360199	rs238547	T	C	2165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-2.375;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,116:0.46:250
chr16	23366528	rs2301601	C	G	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=16;PP=1104;ReadPosRankSum=0.200;SC=TGGCAAAGCACAGCTCTTGCC;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=82;TCR=29;TR=61;WE=23366536;WS=23366518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr16	23382981	.	C	G	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.708;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=10;PP=377;ReadPosRankSum=0.347;SC=TGGCGCCCCCCCTGGCACCTG;SOR=0.475;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=30;WE=23382989;WS=23382971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr16	23400494	rs250586	C	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=22;PP=585;SC=CTGAATACGACACAGAGAAGC;SOR=2.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=23400502;WS=23400484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	23457290	.	TAAA	T	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=-0.814;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.969;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr16	23486197	rs11074559	A	G	1139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	23489711	rs1135045	C	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=9;PP=749;SC=GCTGGCTGTGCTGAGAGGAGG;SOR=1.828;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=36;WE=23489719;WS=23489701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	23490353	rs4968008	T	G	6176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.91;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=0.233;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,247:1.00:248
chr16	23506940	rs722069	G	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.88;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	23521643	rs1071685	G	C	2791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.849;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	23521750	rs2285522	T	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=17;PP=369;SC=GCCCCGACGCTGCGGCCGCGG;SOR=1.751;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=23521758;WS=23521740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	23521780	rs2285521	C	T	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=298;SC=CCTCTTCAGCCGCTGTAGCGT;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=23521788;WS=23521770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	23532990	rs1060170	G	A	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-0.362;SC=CAAAGCATTAGGACGTATTTG;SOR=0.502;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=7;WE=23532998;WS=23532980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr16	23533008	rs11074565	G	A	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=11;PP=526;SC=TTGTCCTTTTGTGACTGACAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=23533016;WS=23532998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	23535680	rs1468138	A	C	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=22;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CACTGCCCGAAACATCCTCTC;SOR=0.590;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=47;TCR=22;TR=68;WE=23535688;WS=23535670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr16	23536366	rs6497670	T	C	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=6;PP=448;SC=TAATTCTATATTGTATTCACT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=23536374;WS=23536356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	23536684	rs6497671	T	C	3198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=44;PP=1494;SC=AAGCTCATACTAGATCTTTCT;SOR=0.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=23536692;WS=23536674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	23540798	rs2072062	C	T	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=34;PP=1661;SC=GTGTGGAACCCTGAGCTCAGC;SOR=0.984;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=88;WE=23540806;WS=23540788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	23541223	rs2072061	G	A	1978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=50;PP=1444;SC=TGCAGTCTGCGGAAGAAATCA;SOR=2.235;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=64;WE=23541231;WS=23541213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	23546561	rs2073951	G	C	2557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=32;PP=1051;SC=TCCAGCCATAGACCAGGTCCT;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=23546569;WS=23546551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	23555726	rs2369009	C	T	1043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=12;PP=593;SC=AGATGCCTGACCCACAGAAAC;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=23555734;WS=23555716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	23557718	rs7196534	T	C	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=44;PP=1475;SC=AGCTCAGAGATCTTGGGCAAG;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=23557726;WS=23557708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	23557790	rs4968019	T	C	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=24;PP=589;SC=AACTTTCTCATGAGGATCATC;SOR=1.464;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=23557798;WS=23557780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	23563501	rs7187920	C	T	2561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=38;NR=28;PP=1182;SC=CAATATTCTCCGCTGCCCCAG;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=38;TCR=28;TR=66;WE=23563509;WS=23563491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	23573687	.	G	GT	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-2.445;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	23593730	rs369134902	TA	T	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.98;ReadPosRankSum=-0.202;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	23606895	rs240744	G	T	2785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=24;PP=1028;SC=ATCCTTATTGGTCAAAGGTCA;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=23606903;WS=23606885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	23625463	rs249936	A	T	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=474;SC=ACAAACCAGTATTCAGAAAAT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=23625471;WS=23625453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	23768380	rs5816221	T	TG	461.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.86;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	23768481	rs118109714	C	T	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=329;ReadPosRankSum=2.134;SC=TTGCAGCCTTCGTGCCCCCTC;SOR=0.518;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=38;TCR=24;TR=26;WE=23768489;WS=23768471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,60:0.56:108
chr16	23768710	rs109592	C	T	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=-0.226;SC=ACTTGGGAAACGTTCAACGGA;SOR=0.527;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=8;WE=23768718;WS=23768700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr16	23768802	rs80950	T	G	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=10;PP=404;SC=GTTGGGAGCATGGAGAGCTGA;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=23;WE=23768810;WS=23768792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	23848762	rs3729883	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=116;ReadPosRankSum=0.131;SC=CTATTTGTGGGAAGAGAGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=10;WE=23848770;WS=23848752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr16	24043676	rs1971276	C	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=33;ReadPosRankSum=2.193;SC=CCCCTGTCCTCGTTGGGGCTG;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=4;WE=24043684;WS=24043666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr16	24046655	rs11643225	G	T	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=113;ReadPosRankSum=0.227;SC=AAACAGGAAGGGCTCAGCGGT;SOR=2.419;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=8;WE=24046663;WS=24046645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr16	24047003	rs28710126	G	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.950;NF=5;NR=15;PP=344;ReadPosRankSum=2.999;SC=GTGTGGCACTGCTTCTGCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=20;WE=24047011;WS=24046993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr16	24104188	rs3729896	C	T	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=943;ReadPosRankSum=-0.126;SC=AACTGATTCCCGATCCCAAAA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=67;WE=24104196;WS=24104178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,127:0.48:264
chr16	24104328	rs880824	A	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=30;PP=910;SC=TGCCACCTGAAATCAGGGAGT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=41;WE=24104336;WS=24104318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	24105669	rs7196765	G	A	3542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=49;PP=1515;SC=TCCATCAAACGCGGGGTCAAG;SOR=0.953;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=80;WE=24105677;WS=24105659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	24135112	rs1013316	T	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.316;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=223;ReadPosRankSum=-1.416;SC=TACAAGATCGTCCTCAAACCC;SOR=0.197;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=13;WE=24135120;WS=24135102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr16	24166130	rs432998	T	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=420;ReadPosRankSum=-1.940;SC=TGGCCCTGCCTGGGAAGCCGC;SOR=0.858;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=35;WE=24166138;WS=24166120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,48:0.51:94
chr16	24185815	rs72154122	CT	C	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.186;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,44:0.45:98
chr16	24202458	rs3729904	C	T	2353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.517;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=925;ReadPosRankSum=2.740;SC=GACCTGAAGGCGAACGTGATA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=69;WE=24202466;WS=24202448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,116:0.56:206
chr16	24202615	rs198145	A	G	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.764;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,66:0.50:132
chr16	24357998	rs5816249	T	TG	1105.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=9;PP=714;SC=GGACCCAGGCTGGCCCCCAGA;SOR=1.473;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=18;WE=24358006;WS=24357988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr16	24574645	rs139004713	AT	A	986.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.484;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.992;NF=17;NR=27;PP=575;ReadPosRankSum=-1.719;SC=TTAATTTGGGATTTTTTTTAC;SOR=0.737;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=44;WE=24574653;WS=24574634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,59:0.51:115
chr16	24574691	rs66509757	CT	C	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr16	24578330	rs7194163	G	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=119;ReadPosRankSum=1.019;SC=TACTAATGTTGCTACACTAGT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=7;WE=24578338;WS=24578327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr16	24578458	rs7195386	T	C	1961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=22;PP=1028;ReadPosRankSum=-0.545;SC=GAATTTATTTTTCCAGAAGTA;SOR=0.597;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=132;TCF=90;TCR=42;TR=66;WE=24578466;WS=24578448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,93:0.51:184
chr16	24579397	rs7201851	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=-0.910;SC=AGTGTAAATTTTATTGTGTAG;SOR=0.569;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=15;WE=24579405;WS=24579387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr16	24582299	rs7196736	C	G	1060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=435;ReadPosRankSum=0.389;SC=ATGACAATACCGCGCCAGCTG;SOR=0.754;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=34;WE=24582307;WS=24582289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,57:0.44:131
chr16	24583406	rs7593	A	G	1617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.948;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=898;ReadPosRankSum=-0.806;SC=TGGAGAAAGCAAAAGAGAGCC;SOR=0.879;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=107;TCF=65;TCR=42;TR=59;WE=24583414;WS=24583396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,82:0.50:165
chr16	24682202	rs59062800	G	A	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FS=0.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.68;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,158:0.47:334
chr16	24741686	rs7202252	T	C	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=50;PP=1689;SC=CCGATTCGCCTTTTCTGGGTT;SOR=0.882;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=88;WE=24741694;WS=24741676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	24801979	rs13336754	C	T	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.445;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=32;PP=964;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CAGTGGAGAGCGATGGTAGTA;SOR=0.482;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=132;TCF=72;TCR=60;TR=64;WE=24801987;WS=24801969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,81:0.46:178
chr16	24807165	rs1030211	G	A	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=435;SC=AGGTCTTCCAGTTCCAAACCC;SOR=1.483;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=24807173;WS=24807155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	24820823	rs56154395	CA	C	248.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.318;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-1.512;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,18:0.86:21
chr16	24838988	rs12933971	C	T	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=16;PP=324;ReadPosRankSum=-1.119;SC=GGGAGGGTAACGGCATTGGTG;SOR=0.843;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=17;WE=24838996;WS=24838978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr16	24881192	rs2667751	C	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.933;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=431;ReadPosRankSum=1.840;SC=GACTTTGTCTCCAAGATCTGA;SOR=1.282;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=25;WE=24881200;WS=24881182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr16	24883316	rs2667745	T	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=25.85;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	24883338	rs2667746	C	T	144.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5436;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=105;ReadPosRankSum=0.157;SC=ATTTGAAGGCCAGCACAGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=24883346;WS=24883328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr16	24888454	rs274074	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=185;ReadPosRankSum=0.387;SC=CAAGGGATGACGTATGACTCT;SOR=0.665;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=15;WE=24888462;WS=24888444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr16	24888646	rs11074656	T	C	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,74:0.56:131
chr16	24902194	rs274081	T	C	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	24902434	rs274082	T	C	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr16	24918048	rs17772929	C	T	4473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=46;PP=1466;ReadPosRankSum=0.681;SC=GTTCGGACATCGCGTATCCCA;SOR=0.617;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=215;TCF=101;TCR=114;TR=95;WE=24918056;WS=24918038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,225:0.49:459
chr16	24919245	rs113206122	C	CAGGGA	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.696;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=296;ReadPosRankSum=-1.682;SC=AGTAAATGTTCAGATGATGCT;SOR=1.569;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=6;WE=24919253;WS=24919235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr16	24921854	.	AT	A	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-1.424;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,28:0.30:93
chr16	24975425	rs12599343	G	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.718;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.680;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=29;ReadPosRankSum=-0.697;SC=TATTCTGATAGAAATTATTTA;SOR=0.086;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=24975433;WS=24975415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr16	24980189	rs12103073	G	A	1232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,65:0.50:131
chr16	24990136	.	G	GA	86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=86;QD=40.0;SC=CAACAAAACTGTTTTCTTTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=24990144;WS=24990126;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,3:0.50:6
chr16	25043277	rs11074669	G	A	2468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=967;ReadPosRankSum=0.990;SC=CGACGAGGGCGTGGGCTGCAC;SOR=0.812;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=67;WE=25043285;WS=25043267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,126:0.48:261
chr16	25043569	rs7498149	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=179;ReadPosRankSum=-0.710;SC=AACCAGGCGGACGGGGTCTTG;SOR=0.499;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=18;WE=25043577;WS=25043559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,27:0.33:83
chr16	25066321	rs67051289	A	AG	66.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.46;QD=22.08;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr16	25137289	rs7189229	G	C	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=1;PP=230;SC=CTTCAGAACTGCCATCAGCAG;SOR=2.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=25137297;WS=25137279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	25137385	rs11861481	G	A	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.940;NF=7;NR=3;PP=66;ReadPosRankSum=-1.805;SC=GGACAGTGAGGTCCTTCTTCC;SOR=0.851;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=10;WE=25137393;WS=25137375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,25:0.25:102
chr16	25137449	rs7188975	A	T	554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.423;NF=13;NR=10;PP=265;ReadPosRankSum=-0.742;SC=TGGGAGGAGGAAAGTGTTAGG;SOR=0.778;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=23;WE=25137457;WS=25137439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,36:0.30:119
chr16	25151398	rs10681142	A	ACT	395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=233;ReadPosRankSum=1.258;SC=ATCCTTAAACACTATTGCTCT;SOR=0.132;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=6;WE=25151406;WS=25151388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr16	25163017	rs139504024	G	GGTGTGT	901.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;QD=36.07;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
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chr16	25172307	rs111379361	A	AT	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5350;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.656;NF=8;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=0.542;SC=CCTCTTACGTATTTTTTTTTT;SOR=0.793;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=19;WE=25172315;WS=25172297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,24:0.75:32
chr16	25180610	rs6497812	G	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=132;SC=CTTTGCAGATGTGATCATGGA;SOR=1.371;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=25180618;WS=25180600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	25239805	rs2287798	G	C	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.322;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,58:0.63:92
chr16	25255080	rs141745999	T	TAAAACTCCTTGGTTTTGCACC	1014.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.469;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,26:0.28:94
chr16	25255506	rs11642611	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=518;ReadPosRankSum=-0.075;SC=ACAATTTGCTCTTCCGATGAC;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=36;WE=25255514;WS=25255496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,61:0.55:110
chr16	25258035	rs11649280	A	G	2101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=27;PP=974;ReadPosRankSum=0.680;SC=TACCACTGAGATTCTGAAACA;SOR=0.742;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=77;TCR=54;TR=65;WE=25258043;WS=25258025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,105:0.46:229
chr16	25263278	rs2112811	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.887;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=396;ReadPosRankSum=1.137;SC=TCCCGGTAGAGGTCCCTTTGG;SOR=0.885;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=24;WE=25263286;WS=25263268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr16	25264440	rs11643089	T	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=156;ReadPosRankSum=-0.640;SC=GAGATGAGTATGTATTGAAAC;SOR=1.307;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=15;WE=25264448;WS=25264430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr16	25268368	rs4787310	A	G	2549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=42;PP=1032;ReadPosRankSum=0.989;SC=ATGCCCACTCAGGGTCCTTTT;SOR=0.746;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=162;TCF=74;TCR=88;TR=75;WE=25268376;WS=25268358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,129:0.48:267
chr16	25704145	rs2943336	A	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=16;PP=669;SC=GGAGGCGCCCAGGACGCCTGG;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=25704153;WS=25704135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	27215267	rs877585	G	A	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=3;PP=354;SC=GCGCTTTAGCGGTTCTTGGCG;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=27215275;WS=27215257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	27215380	rs908382	A	C	2388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	27222442	.	CTTT	C	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=0.300;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr16	27222618	rs62028352	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=-1.605;SC=CCAGGCGAGGCGATACCTCCA;SOR=0.247;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=15;WE=27222626;WS=27222608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr16	27226437	rs8054431	G	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=25;PP=531;ReadPosRankSum=-1.999;SC=GAGGAGCCAGGCTGTAAGTCT;SOR=0.702;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=76;TCF=26;TCR=50;TR=36;WE=27226445;WS=27226427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,50:0.52:97
chr16	27227122	rs7405158	T	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.922;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=533;ReadPosRankSum=-0.541;SC=CCAGGGCCTCTAAGGGTTGGA;SOR=0.321;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=33;WE=27227130;WS=27227112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr16	27227168	rs11645703	T	G	2859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=32;PP=1518;SC=GGGTGACGGGTGCTGCAGCTG;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=49;TCR=32;TR=81;WE=27227176;WS=27227158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	27236403	rs2958	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.968;NF=12;NR=5;PP=227;ReadPosRankSum=-0.952;SC=CCTGAAACACGGACGCCTTTC;SOR=0.321;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=17;WE=27236411;WS=27236393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr16	27238034	rs34940876	C	T	1062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=396;ReadPosRankSum=0.271;SC=CCCTGCCCTGCGGGTACCTGG;SOR=1.011;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=34;WE=27238042;WS=27238024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr16	27238110	rs1127228	C	T	1973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=2.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,105:0.52:200
chr16	27244548	rs28456036	A	G	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=518;SC=AGTCTGGCAGAGGCACAGTAA;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=27244556;WS=27244538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	27245712	rs34939984	C	T	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.506;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=1.652;SC=CCAGGCACTGCGGGCCGCAGG;SOR=0.349;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=23;WE=27245720;WS=27245702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr16	27246617	rs17856580	T	C	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.037;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,53:0.42:126
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chr16	27370932	rs138640688	AGTG	A	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=282;ReadPosRankSum=0.627;SC=TCTGGAATCTAGTGGTGTTGG;SOR=0.976;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=8;WE=27370942;WS=27370922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	27371158	rs3024660	C	T	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=206;ReadPosRankSum=0.000;SC=GTGTAACAAACGACCCCGAAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=17;WE=27371166;WS=27371148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,44:0.51:86
chr16	27373612	rs2234897	T	C	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.598;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,82:0.44:186
chr16	27374400	rs1801275	A	G	2823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=46;PP=1095;ReadPosRankSum=0.330;SC=AGTGGCTATCAGGAGTTTGTA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=85;TCR=106;TR=84;WE=27374408;WS=27374390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,145:0.48:301
chr16	27375157	rs2074570	T	C	1618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=536;ReadPosRankSum=0.584;SC=CTTAGGTGCATGTCCTCTTGT;SOR=0.526;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=56;WE=27375165;WS=27375147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,84:0.56:150
chr16	27414378	rs6498021	T	G	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=33;PP=1586;SC=TTCAAAACAATGGCTGGTGTG;SOR=1.064;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=85;WE=27414386;WS=27414368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	27441283	rs179760	A	G	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=2.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.90;ReadPosRankSum=1.090;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,39:0.44:89
chr16	27487686	rs79257651	C	T	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=194;ReadPosRankSum=-1.111;SC=GAGCCCACAGCGGAGAAGGGC;SOR=0.586;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=17;WE=27487694;WS=27487676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr16	27510117	rs11452553	C	CA	2530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=30;PP=1557;SC=CTTGGCTCCACAGTCGATTCC;SOR=1.131;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=31;WE=27510125;WS=27510107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	27561584	rs4787969	G	A	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=38;PP=1348;SC=CCTAGGCCATGAACCCCTGGA;SOR=0.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=27561592;WS=27561574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	27629661	rs4787980	G	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=2;PP=351;SC=CTCTCAGCCTGCTGCGCCGGT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=27629669;WS=27629651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	27642249	rs233453	A	G	1112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=5;PP=444;SC=TGCCACAACCACGCTGTAGTC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=24;WE=27642257;WS=27642239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	27666204	rs233470	A	G	728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=16;PP=462;SC=TAATCCCAGCACTTTGGGAGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=27666212;WS=27666194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	27752314	rs5816442	T	TC	68.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	27761040	rs61734902	C	T	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=482;ReadPosRankSum=1.297;SC=ACGGAGCTCCCGGGGGACATC;SOR=0.714;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=34;WE=27761048;WS=27761030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,50:0.46:108
chr16	27772821	rs55953014	C	T	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=708;ReadPosRankSum=-0.603;SC=GAGGGCCAGGCGCTGCCCATC;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=50;WE=27772829;WS=27772811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,87:0.52:167
chr16	27772901	rs4787984	G	A	4738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=60;PP=1930;SC=CGACTCCCGGGCCCTGGACAA;SOR=0.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=111;WE=27772909;WS=27772891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	27777831	rs8043555	A	G	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=580;ReadPosRankSum=-0.244;SC=TCAGTCCAGCATCAGGGAAGC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=43;WE=27777839;WS=27777821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,54:0.56:96
chr16	27802805	rs1644600	C	T	2065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=21;PP=704;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GGAGACAAGGCGGTCAGTGCT;SOR=0.696;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=48;WE=27802813;WS=27802795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,102:0.54:189
chr16	27856156	rs772960	T	C	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	27861762	rs9923711	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=135;ReadPosRankSum=1.006;SC=CATCTGCATGCGAATGATAAA;SOR=0.412;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=12;WE=27861770;WS=27861752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr16	27861785	rs9923715	C	A	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=187;ReadPosRankSum=0.528;SC=ACACAATGTGCCTAGAAGAGG;SOR=0.784;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=13;WE=27861793;WS=27861775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr16	27974418	rs2051742	T	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	27974487	rs2051743	T	C	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=220;ReadPosRankSum=0.310;SC=CTTTCTCCGATGCCGGGGCCA;SOR=0.779;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=18;WE=27974495;WS=27974477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,38:0.54:70
chr16	28074322	rs71377621	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.134;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.818;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr16	28074353	.	C	G	1485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.101;ClippingRankSum=0.000;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.980;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,75:0.58:130
chr16	28143489	rs9930464	C	T	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	28157351	rs28379290	T	C	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=120;SC=CATGGCTGTCTCTTAGGCCAC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=28157359;WS=28157341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr16	28181306	rs28479048	A	G	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=31;PP=813;SC=CATTAAAGCTATGAAGCATCT;SOR=1.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=28181314;WS=28181296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	28506872	rs149271	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=327;ReadPosRankSum=-1.339;SC=TGAACAGAGAAGAGAGGCTGA;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=24;WE=28506880;WS=28506862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,39:0.60:65
chr16	28507397	rs148114931	TGGGACAGCCTCAGGAGGGGAGGAGGCC	T	731.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=4.139;NF=2;NR=5;PP=1221;ReadPosRankSum=-0.910;SC=GCGGGGAGGCTGGGACAGCCT;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=7;WE=28507431;WS=28507387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr16	28507644	rs180743	C	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.790;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=503;ReadPosRankSum=0.463;SC=CCCCAAACAGCCCCAGGTCCT;SOR=0.498;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=25;TCR=35;TR=32;WE=28507652;WS=28507634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,40:0.48:83
chr16	28508048	rs180744	A	G	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-2.296;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,75:0.46:162
chr16	28508069	rs151174	C	T	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.590;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=607;ReadPosRankSum=1.978;SC=TGATGGGGGGCGCCCAGACCC;SOR=0.757;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=91;TCF=44;TCR=47;TR=47;WE=28508077;WS=28508059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,69:0.44:156
chr16	28508447	rs40831	A	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=458;ReadPosRankSum=-0.697;SC=AGGGAGAGGCATCTGTCTCAG;SOR=0.733;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=34;TCR=34;TR=37;WE=28508455;WS=28508437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr16	28508716	rs40832	T	C	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=23;PP=733;SC=TTGGAAGGGGTGCTTGGGCAA;SOR=0.917;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=28508724;WS=28508706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	28510393	rs40834	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=20;PP=497;ReadPosRankSum=0.288;SC=ACCTCTGGAGCTGCATCCAGG;SOR=0.517;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=61;TCF=23;TCR=38;TR=35;WE=28510401;WS=28510383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,42:0.53:79
chr16	28513403	rs181206	A	G	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.717;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=399;ReadPosRankSum=1.612;SC=CCCTCCCAGCAGGGCATGGAA;SOR=0.579;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=32;WE=28513411;WS=28513393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,59:0.54:109
chr16	28513530	rs181207	C	T	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=180;ReadPosRankSum=-1.974;SC=CCTCCCTATCCGGGTCTCCTT;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=11;WE=28513538;WS=28513520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr16	28600091	rs62034359	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=1.803;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr16	28600201	.	G	GT	72	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=72;QD=33.9614401178;SC=CAGATTTCTAGTTTCACCATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=4;WE=28600209;WS=28600191;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	28603655	rs1059491	T	G	1703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=634;ReadPosRankSum=-0.940;SC=GGTCATAGGGTTCTTCTTCAT;SOR=0.553;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=49;WE=28603663;WS=28603645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,87:0.49:177
chr16	28604686	rs3743963	A	G	2856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.205;NF=33;NR=17;PP=745;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GCGGGCAGGGAGTGCCGACAC;SOR=0.563;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=50;WE=28604694;WS=28604676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,137:0.58:237
chr16	28607070	rs4149406	A	G	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.827;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-1.176;NF=8;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=-3.481;SC=GGGGACTGCCACCTGGGAGAG;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=21;WE=28607078;WS=28607060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,53:0.59:90
chr16	28617485	rs1801030	C	T	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=27;PP=1392;SC=TGCTGAACCACGAAGTCCACG;SOR=1.201;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=72;WE=28617493;WS=28617475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	28617514	rs9282861	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.523;NF=24;NR=15;PP=505;ReadPosRankSum=-1.535;SC=TGGCAGGGAGCGCCCCACAAA;SOR=1.064;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=39;WE=28617522;WS=28617504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,49:0.37:132
chr16	28617552	rs3176926	C	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=4;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-6.657;NF=20;NR=17;PP=508;ReadPosRankSum=1.108;SC=TCTCCCTTTTCGGGTTCTGAG;SOR=0.783;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=37;WE=28617560;WS=28617542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,49:0.33:147
chr16	28617574	rs4149394	C	T	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.638;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-6.616;NF=18;NR=19;PP=500;ReadPosRankSum=1.041;SC=AGCAGAGGGCCCCTCAGTGGA;SOR=0.622;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=87;TCF=39;TCR=48;TR=37;WE=28617582;WS=28617564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,53:0.37:142
chr16	28617595	rs4149393	A	G	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.238;NF=15;NR=23;PP=569;ReadPosRankSum=0.894;SC=GGCTCGGATTACTGATTCAGG;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=38;WE=28617603;WS=28617585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr16	28618065	rs3020806	A	T	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQRankSum=-2.136;QD=34.24;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr16	28618068	rs74752114	G	A	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.05;MQRankSum=-1.668;QD=32.96;ReadPosRankSum=-1.027;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr16	28618071	rs3020805	C	G	958.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=7.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQRankSum=-1.964;QD=30.93;ReadPosRankSum=0.123;SOR=0.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,24:0.77:31
chr16	28618237	rs9282862	T	C	4269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.068;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,221:0.51:436
chr16	28618238	rs7499134	A	G	15523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.20;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,441:1.00:441
chr16	28618446	rs2925623	T	C	1720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.581;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.730;NF=23;NR=31;PP=910;ReadPosRankSum=-0.549;SC=ACACAGCCTGTCCCAGGCCAG;SOR=0.613;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=100;TCF=39;TCR=61;TR=54;WE=28618454;WS=28618436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,80:0.49:164
chr16	28618545	rs2925624	G	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.336;NF=16;NR=22;PP=538;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CAAGTCAGGAGCTGAACCCTG;SOR=0.755;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=79;TCF=37;TCR=42;TR=38;WE=28618553;WS=28618535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,45:0.41:110
chr16	28618636	rs3020804	A	G	532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.892;NF=9;NR=14;PP=294;ReadPosRankSum=0.842;SC=GTCACACCCCAATCTGGAGCA;SOR=0.758;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=23;WE=28618644;WS=28618626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,29:0.40:73
chr16	28618708	rs11648192	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=278;ReadPosRankSum=0.936;SC=TGAGGACCCACCCTCTAGCTT;SOR=1.426;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=14;WE=28618716;WS=28618698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr16	28619911	rs1126447	T	C	1980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-6.278;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,53:0.44:121
chr16	28619920	rs1126446	A	G	1915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-6.344;QD=15.96;ReadPosRankSum=-0.214;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,52:0.43:120
chr16	28620800	rs3760091	C	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=523;ReadPosRankSum=-0.985;SC=AGCAAAAGCACAGGCCTAGGC;SOR=0.816;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=34;WE=28620808;WS=28620790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,63:0.45:141
chr16	28621290	rs56205284	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=99;ReadPosRankSum=0.152;SC=CCTCCTCGCCCGCAGTGGCTG;SOR=0.481;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=10;WE=28621298;WS=28621280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr16	28621311	rs2077412	T	C	1583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=18;NR=9;PP=520;SC=ATTGTGGGTGTTGTGTGGGGA;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=27;WE=28621319;WS=28621301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	28631314	.	T	TTGTGTG	48	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=48;QD=55.0;SC=GTATTGTATATTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=1;WE=28631322;WS=28631304;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,1:0.20:5
chr16	28631360	rs28410083	A	T	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=91;ReadPosRankSum=-1.783;SC=AGATACTGATAACATTTTCAA;SOR=1.536;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=8;WE=28631368;WS=28631350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr16	28634425	rs56148728	C	T	4681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=49.017;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=64;PP=1727;ReadPosRankSum=1.869;SC=TGGTCCCACCCCCCAGGTTCC;SOR=0.071;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=182;TCF=73;TCR=109;TR=117;WE=28634441;WS=28634415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,233:0.74:316
chr16	28734477	rs202014506	G	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.05;MQRankSum=0.081;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,46:0.22:207
chr16	28837203	rs62036622	T	G	731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.497;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=384;ReadPosRankSum=-1.925;SC=AGTTGCAGAGTAGGAGGAGAA;SOR=0.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=24;WE=28837211;WS=28837193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr16	28837515	rs8049439	T	C	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=453;SC=TTGCCTTCACTTTTCTTGAAA;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=28837523;WS=28837505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	28838073	rs12448482	A	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=5;PP=465;SC=CGTACTCTGGACTTCTTAAAC;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=28838081;WS=28838063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	28842311	rs4344749	A	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=14;PP=702;SC=CAAAGGCACAACGGCCTCTGA;SOR=0.984;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=34;WE=28842319;WS=28842301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	28844068	rs7498491	T	A	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	28844284	rs62036626	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=228;ReadPosRankSum=1.678;SC=AAAGGACTAGATAGGAGTCAA;SOR=2.584;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=15;WE=28844292;WS=28844274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr16	28844365	rs62036657	G	A	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.764;HP=4;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=11;PP=467;ReadPosRankSum=-0.146;SC=GACTGTGTGTGTTTCTCTCTT;SOR=1.136;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=35;WE=28844373;WS=28844355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,55:0.51:108
chr16	28846840	rs56404918	T	G	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=374;ReadPosRankSum=0.064;SC=TGCTGGCCTGTGTGGCACTCA;SOR=0.693;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=19;WE=28846848;WS=28846830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr16	28846866	rs55719896	G	A	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=439;ReadPosRankSum=1.532;SC=CCCCTCCCCAGCAGCATCAGG;SOR=0.746;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=23;WE=28846874;WS=28846856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr16	28847149	rs55830740	G	C	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=45;PP=1128;ReadPosRankSum=0.133;SC=CCATCCCATTGCCAAGTCCCT;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=68;TCR=102;TR=76;WE=28847157;WS=28847139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,94:0.42:226
chr16	28847246	rs12928404	T	C	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=90;NR=35;PP=2965;SC=CTTTTTTGTTTTCCACAGGCC;SOR=1.651;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=90;TCR=35;TR=125;WE=28847254;WS=28847236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	28855522	rs61737565	G	C	3415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=51;PP=1695;ReadPosRankSum=0.533;SC=CTTCAGCCAGGCCCTGCTCTC;SOR=0.611;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=200;TCF=107;TCR=93;TR=106;WE=28855530;WS=28855512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,165:0.53:314
chr16	28855727	rs4788099	A	G	2064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=44;PP=1052;ReadPosRankSum=-0.966;SC=GTGGGAACAGACAGAGTCCTC;SOR=0.803;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=67;TCR=94;TR=73;WE=28855735;WS=28855717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,112:0.40:279
chr16	28857645	rs7187776	A	G	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=25;PP=666;SC=GCACAGAAGAAGAAGGGCGCC;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=28857653;WS=28857635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	28875122	rs7198606	T	G	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=5.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.761;SOR=1.370;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr16	28875204	rs11864750	A	T	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.632;HP=3;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=685;ReadPosRankSum=-0.756;SC=GTGGGGGCGCAGGGAGCGGGA;SOR=3.429;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=11;WE=28875230;WS=28875194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr16	28875214	rs138146565	AGCCGCCGCC	A	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.212;HP=4;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=2623;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGGGAGCGGGAGCCGCCGCCG;SOR=2.565;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=5;WE=28875230;WS=28875194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,7:0.21:33
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chr16	28892373	rs372485171	C	T	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=613;ReadPosRankSum=-0.879;SC=CCCTTCATGTCCCAACAGTGA;SOR=0.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=38;WE=28892381;WS=28892363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,55:0.55:100
chr16	28893724	rs5816477	ACT	A	724.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=588;ReadPosRankSum=0.288;SC=CAACTCCATAACTCTGCCTCC;SOR=0.437;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=14;WE=28893733;WS=28893714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr16	28896015	rs11642449	C	T	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=2.419;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.627;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,63:0.55:114
chr16	28898793	rs6565259	T	C	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=20;PP=885;ReadPosRankSum=1.521;SC=TGGCCACCACTGGTGTGGGCA;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=72;TCR=43;TR=54;WE=28898801;WS=28898783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,78:0.43:182
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chr16	28909622	rs12596913	G	A	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=976;ReadPosRankSum=-0.683;SC=TGCCACTGACGGGGCCGGTGA;SOR=0.767;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=58;WE=28909630;WS=28909612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,88:0.49:181
chr16	28909777	rs66716803	GC	G	926.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=567;ReadPosRankSum=0.101;SC=TATGAGGTAAGCAGCTGGGAG;SOR=0.824;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=16;WE=28909785;WS=28909767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr16	28913787	rs7189927	T	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=-1.254;SC=CCCATGCAGGTGCTGAGAGGG;SOR=0.553;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=16;WE=28913795;WS=28913777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr16	28915527	rs10499	G	A	3962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=40;PP=1240;ReadPosRankSum=0.376;SC=AAGGAAGTGAGCATCCTTTTG;SOR=0.669;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=195;TCF=111;TCR=84;TR=91;WE=28915535;WS=28915517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,203:0.51:400
chr16	28915824	rs114173613	C	T	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-0.936;SC=CCTGGGTCGCCGCTGTGGACA;SOR=0.904;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=22;WE=28915832;WS=28915814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr16	28922149	rs11646653	C	T	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.482;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=597;ReadPosRankSum=-0.679;SC=CCTTCCACCACGTGCAACTGA;SOR=0.705;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=47;WE=28922157;WS=28922139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,100:0.43:234
chr16	28925978	rs3924376	T	C	2329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.195;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=802;ReadPosRankSum=-2.156;SC=CAGCGCCCCCTGGCCGTGCCC;SOR=0.487;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=157;TCF=87;TCR=70;TR=70;WE=28925986;WS=28925968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,121:0.47:256
chr16	28944396	rs2904880	C	G	3866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	28993049	rs6565300	A	C	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;SC=AATTCGGTCGATACTGTCCCC;SOR=0.751;Source=Platypus;TCF=42;WE=28993057;WS=28993039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	28995757	rs7140	C	A	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.314;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=23;PP=885;ReadPosRankSum=0.309;SC=CAGACACTACCTGGGTAGCTC;SOR=0.297;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=48;WE=28995765;WS=28995747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr16	28997997	rs1131543	G	A	2151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.613;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=715;ReadPosRankSum=-0.189;SC=GTGAGGATGCGGATGAGGATG;SOR=0.834;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=114;TCF=63;TCR=51;TR=50;WE=28998005;WS=28997987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,109:0.48:227
chr16	29001460	rs9929088	A	C	5831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=61;PP=2682;SC=TACCTGCTGAACCCCGTCAGC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=82;TCR=62;TR=143;WE=29001468;WS=29001450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr16	29088128	rs67548829	TACAACTATTGCTGTTATACTAAAGACCAATAGAAATAGCAAGATTAATTAAGATACCAGTTGAAA	T	3651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.59;QD=42.96;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	29088221	rs2442141	A	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.65;QD=27.34;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	29113263	rs149472124	C	T	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=10;PP=1657;SC=CAGAGTCACTCCAGCATGTTA;SOR=3.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=72;TCF=61;TCR=11;TR=71;WE=29113271;WS=29113253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	29113460	.	G	A	3580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.035;NF=55;NR=66;PP=1771;ReadPosRankSum=-0.441;SC=GTGCTGAAGAGGTAGGTACTT;SOR=0.581;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=254;TCF=109;TCR=145;TR=121;WE=29113468;WS=29113450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,186:0.43:429
chr16	29113497	rs11366120	AT	A	3849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.998;HP=10;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-4.312;NF=8;NR=89;PP=1760;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GAGGAGGTGGATTTTTTTTTT;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=10;TCR=109;TR=97;WE=29113505;WS=29113487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,187:0.95:196
chr16	29127350	rs1540389	T	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=309;SC=TCTGAATAGATAGAGTTGAGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=29127358;WS=29127343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	29127463	.	A	G	916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.14;MQRankSum=-0.719;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,49:0.49:99
chr16	29142059	rs1642020	G	C	1633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=14;PP=570;SC=CTGGCGGGGAGAGCCAGGAGA;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=29142067;WS=29142049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr16	29142189	rs1642021	A	T	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=17;PP=490;SC=CTTCTTGCACAGGAAGGTGCT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=29142197;WS=29142179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	29142204	rs1642022	A	G	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=14;PP=422;SC=GGTGCTGGGCACCAAGTCCTC;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=29142212;WS=29142194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	29150636	rs34323521	A	AC	88	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=1;PP=77;SC=ACCAAGGGTGACCCCCCACAG;SOR=1.609;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=29150644;WS=29150626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	29150785	rs1646119	G	A	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.16;QD=23.70;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	29332380	rs257878	T	C	2401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=29;PP=810;SC=GAGCTTCTCGTGGAGAATGCC;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=29332388;WS=29332370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	29337658	rs2934463	T	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-8.099;NF=10;NR=5;ReadPosRankSum=-1.388;SC=CACACCTGTTTCCTCCACAGA;SOR=0.851;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=15;WE=29337666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,17:0.22:77
chr16	29340099	rs28598582	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-1.985;QD=11.61;ReadPosRankSum=0.635;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr16	29342500	rs9745636	T	A	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.08;MQRankSum=-8.454;QD=14.18;ReadPosRankSum=2.051;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,68:0.39:174
chr16	29342517	rs9745637	T	G	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-9.594;NF=31;NR=27;PP=669;ReadPosRankSum=2.198;SC=GTGTCTTGGTTTGTTTCTACT;SOR=0.720;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=58;WE=29342525;WS=29342507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,68:0.37:182
chr16	29342546	rs9745639	T	C	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.12;MQRankSum=-10.841;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.219;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,68:0.35:197
chr16	29375985	.	C	CT	443.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.12;MQRankSum=-3.995;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,39:0.38:103
chr16	29376400	rs10648178	C	CTG,CTGTG	1894.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-2.001;NF=1,1;NR=39,39;PP=940,617;ReadPosRankSum=-0.532;SC=CCTCACGCTTCTGTGTGTGTG;SOR=0.994;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=64;TCF=2;TCR=62;TR=40,40;WE=29376411;WS=29376390;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.35,0.45:83
chr16	29624247	rs28455095	C	A	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=11;PP=598;SC=GAAGTGTAAACGAATGAATGA;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=29;WE=29624255;WS=29624237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	29644794	rs11150561	A	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.54;QD=27.23;SOR=1.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	29645078	rs12597368	C	A	3569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=30;PP=2461;SC=TGCACTCCAGCCTGTGTGACA;SOR=1.743;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=124;TCF=90;TCR=34;TR=120;WE=29645086;WS=29645068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr16	29645104	.	CAA	C,CA	2334.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.016;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=3.038;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-0.784;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.335;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:32,42,119:0.22,0.62:193
chr16	29647700	rs200123374	C	T	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.55;QD=27.09;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	29705854	rs9936468	C	T	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=446;SC=CCGCAGTCCCCCCCCTGGGAC;SOR=1.230;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=18;WE=29705862;WS=29705852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	29708350	rs9932770	A	G	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	29790669	rs235634	T	A	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.11;SOR=0.924;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	29790678	rs183527	T	G	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.01;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	29790709	rs12933548	C	T	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=-0.156;SC=TGCTGTTGGCCAAGGCTTTTG;SOR=0.363;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=53;TCF=20;TCR=33;TR=22;WE=29790717;WS=29790699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,23:0.39:59
chr16	29790767	rs235635	A	G	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=20;PP=743;SC=AACAGGGGTGATGCAGAGAAA;SOR=0.866;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=29790775;WS=29790757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	29790864	rs235636	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=19;PP=749;SC=AGAGTATGGAGGTGGTGGTGG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=29790872;WS=29790854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	29791561	rs235637	T	G	5165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=54;PP=2318;ReadPosRankSum=-1.059;SC=GAAGAAGCTGTTATTTGTGAC;SOR=0.291;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=69;TCR=55;TR=122;WE=29791569;WS=29791551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,197:0.99:198
chr16	29791721	rs235638	G	C	3985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=67;PP=2093;SC=GTTTACCCCAGTAGCTGCAGC;SOR=1.233;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=103;WE=29791729;WS=29791711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	29791818	rs35586094	TA	T	311.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=14;PP=328;SC=AATGGCTCAATAAAAAAAATA;SOR=5.549;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=14;WE=29791826;WS=29791808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	29809634	rs5816499	TACAC	T	408.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.07;ReadPosRankSum=1.744;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr16	29811319	rs235648	C	T	3566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=60;PP=1820;SC=AAGAGGAGATCGGGAGCCCTG;SOR=1.027;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=100;WE=29811327;WS=29811309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	29814234	rs2450399	G	A	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=33;PP=1257;SC=TGAAGACAGTGGAAGAGAAGG;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=67;WE=29814242;WS=29814224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	29817998	rs111993640	C	T	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=11;PP=1020;SC=CGCTGAGCCCCGGGGGCCCCG;SOR=1.644;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=49;WE=29818006;WS=29817988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	29821744	rs2516825	G	A	5333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=63;PP=2562;SC=CTCCTCTTCTGTCAGACCTGA;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=129;WE=29821752;WS=29821734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr16	29822841	rs11150572	A	C	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=362;SC=CCCCAGCCGCATCCCTCCCCA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=29822849;WS=29822831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	29823202	rs12923293	A	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=592;SC=CTGCTCGTAGAGACGCCTCCA;SOR=2.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=29823210;WS=29823192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	29825126	rs11150573	T	C	5362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=68;PP=2750;SC=CAGCTCCCAGTTGGCAGGTCC;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=68;TCR=69;TR=136;WE=29825134;WS=29825116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr16	29859430	rs11350750	CT	C	223.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=17.21;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	29908433	rs11649499	C	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=-0.304;SC=CGTGGGGTCCCGATCAGATCC;SOR=0.148;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=10;WE=29908441;WS=29908423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr16	29912802	rs140411458	G	GGGT	3474.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=2008;ReadPosRankSum=1.383;SC=GGGCAGCTCAGGGTGGCCCAG;SOR=0.786;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=91;TCF=32;TCR=59;TR=45;WE=29912810;WS=29912792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,89:0.50:178
chr16	29923510	rs4548895	G	A	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr16	29934754	rs12596042	T	A	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=25;PP=490;ReadPosRankSum=-0.006;SC=TAAAAAAAAATTTTTGTAGAG;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=10;TCR=49;TR=30;WE=29934762;WS=29934744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,33:0.49:68
chr16	29937081	rs5816505	G	GA	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.062;NF=4;NR=4;PP=254;ReadPosRankSum=0.755;SC=GGGGTCTGGGGTGGGGGCACG;SOR=0.283;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=8;WE=29937089;WS=29937071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr16	30034986	rs79063905	G	A	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.074;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,78:0.53:148
chr16	30097630	rs2289292	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=133;ReadPosRankSum=0.628;SC=GGAGAAAGTGCGGGGCAAAGG;SOR=0.741;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=10;WE=30097638;WS=30097620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr16	30119525	rs8061772	C	A	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.472;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=255;ReadPosRankSum=-0.861;SC=GTGGTGGTCACGGCCTCACCT;SOR=1.351;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=16;WE=30119533;WS=30119515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,27:0.96:28
chr16	30134251	rs80260207	C	G	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=8;PP=620;ReadPosRankSum=1.626;SC=CTCCTGCCTCCTCGGGACGCT;SOR=0.932;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=76;TCR=17;TR=45;WE=30134259;WS=30134241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,54:0.46:118
chr16	30134679	rs61764202	C	T	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=307;ReadPosRankSum=-0.215;SC=GTCACGTGACCCGCCCCGCGC;SOR=0.807;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=17;WE=30134687;WS=30134669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
chr16	30198151	rs1132812	A	G	2153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=27;PP=958;SC=GGGAGATCCCAGATGGGGGCC;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=30198159;WS=30198141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	30208637	rs142024916	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.91;MQRankSum=-1.834;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.850;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr16	30365335	rs139111996	T	A	2295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=3.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=39;PP=1301;ReadPosRankSum=3.049;SC=TTAAAGGGTGTGATCCGAACA;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=77;WE=30365343;WS=30365325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,110:0.44:252
chr16	30380486	rs4238961	T	C	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=523;SC=ATCGTTTTCGTTTCGCCCTCC;SOR=2.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=30380494;WS=30380476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	30386262	rs8046445	C	T	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=38;PP=1220;SC=GTAGCTGGTTCCCAGTCCAAC;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=30386270;WS=30386252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	30390314	rs12447833	T	C	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=12;PP=929;SC=TTGGAGGCTCTGATACTGTCC;SOR=1.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=30390322;WS=30390304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	30393660	rs4787643	G	A	8457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=105;PP=2965;SC=GGTTGGGGAGGGCAGCAAAAC;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=184;TCF=79;TCR=105;TR=184;WE=30393668;WS=30393650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr16	30393771	rs4788409	G	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=39;PP=1347;SC=GCTAGGAAGAGTCAGTGGGGT;SOR=1.341;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=30393779;WS=30393761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	30406410	rs80225586	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=199;ReadPosRankSum=1.536;SC=ACCCCTTTCCCCGGGTCCGTC;SOR=0.622;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=15;WE=30406418;WS=30406400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr16	30407269	rs13333093	C	A	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=20;PP=705;SC=TGTGGCCGGCCGAGATCCTGG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=30407277;WS=30407259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	30408765	rs12921440	C	T	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=29;PP=1247;SC=GTAGGAAATGCCTCTCTCAAA;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=30408773;WS=30408755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	30410445	rs4788413	C	T	1847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=38;PP=1033;SC=CCAGGGAGGGCGGAGGCCCAG;SOR=1.478;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=56;WE=30410453;WS=30410435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	30419308	.	C	CG	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5344;HP=14;HapScore=2;MGOF=201;MMLQ=24;MQ=54.77;NF=2;NR=0;PP=65;QD=37.0;SC=CCACGGTGGGCGGGGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=2;WE=30419316;WS=30419299;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,2:0.33:6
chr16	30424888	rs11314620	GT	G	570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=13;PP=286;SC=GAAATTTTGGGTTTTTTTTTC;SOR=0.922;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=30424896;WS=30424878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
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chr16	30495412	rs2285459	T	C	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.81;ReadPosRankSum=0.252;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,43:0.58:74
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chr16	30522152	rs3087443	G	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=313;ReadPosRankSum=1.154;SC=GGGCCATGAGGCTGCTCCTCA;SOR=0.679;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=23;WE=30522160;WS=30522142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
chr16	30536672	rs3751847	A	G	3016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=56;PP=1538;ReadPosRankSum=-0.107;SC=CGCAGATGCCACAGATGTTAG;SOR=0.645;SbPval=0.48;Source=Platypus;TCF=99;TR=99;WE=30536680;WS=30536662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,152:0.44:349
chr16	30536918	rs10871453	C	G	1584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=578;ReadPosRankSum=0.027;SC=GACTCTTTTCCTCGGGGTTCA;SOR=0.773;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=120;TCF=61;TCR=59;TR=48;WE=30536926;WS=30536908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,85:0.41:206
chr16	30538259	rs3794703	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.374;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-0.742;SC=ACGGGGTGGGTGAGGACCGGA;SOR=0.697;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=3;WE=30538267;WS=30538249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr16	30585139	rs142051127	TTAAA	T	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr16	30663553	.	CTT	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	30665449	rs370614424	CA	C	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.31;ReadPosRankSum=-0.727;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	30715462	rs149628651	C	T	1675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=528;ReadPosRankSum=-1.359;SC=GTGGGGCAGGCGGCATCTCCC;SOR=0.509;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=38;WE=30715470;WS=30715452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,82:0.65:127
chr16	30724070	rs4889500	G	T	4027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=57;PP=1827;SC=AGTTGAAACGGTGGTGCCCCA;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=97;WE=30724078;WS=30724060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	30724221	rs4889501	C	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.26;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	30732406	rs1470129	C	G	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=16;PP=1095;SC=GCTGGGGACACGGGTCTAGTA;SOR=1.249;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=50;WE=30732414;WS=30732396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	30734963	rs4889502	C	A	8852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.083;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.747;SC=TGCCATCCTCCCTCCCTGGGC;SOR=0.997;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=155;TCR=80;TR=234;WE=30734971;WS=30734953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,337:1.00:338
chr16	30746026	rs117098413	A	G	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.203;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=230;ReadPosRankSum=-2.078;SC=TCCAGGGGAAAGAGATGTTTC;SOR=2.448;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=12;WE=30746034;WS=30746016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,14:0.54:26
chr16	30760358	.	G	C	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.66;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr16	30760361	.	G	C	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.66;QD=37.74;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr16	30762640	rs4889504	C	T	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=51;PP=1625;SC=GCAGACGACCCCCCACCTCCT;SOR=1.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=81;WE=30762648;WS=30762630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	30766247	rs9941201	G	A	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=42;PP=1506;SC=TGGCAAATCAGTGCAACTTGG;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=91;WE=30766255;WS=30766237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	30768492	rs71820772	GCTCTGGC	G	1341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=840;SC=GCTCCTCTGGGCTCTGGCCTC;SOR=0.957;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=15;WE=30768506;WS=30768482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	30768673	rs150529725	C	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=231;ReadPosRankSum=0.448;SC=AAATCTGCTACACGCCAGGGA;SOR=0.947;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=16;WE=30768681;WS=30768663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr16	30770267	rs7188077	C	G	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=7;PP=756;SC=GTCCTGATGTCATCCAAACCC;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=33;WE=30770275;WS=30770257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	30772040	rs4889505	A	G	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=22;PP=692;SC=TATCATGACAAGGCTGTGACA;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=30772048;WS=30772030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr16	30773822	rs1550477	T	C	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=1;PP=753;SC=CTCCTCCCGTTTGACGCCCCT;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=27;WE=30773830;WS=30773812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	30779716	rs7195142	A	G	2973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=52;PP=1717;SC=CGGGAGCTTCAGGAACGGGAA;SOR=0.951;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=40;TCR=52;TR=91;WE=30779724;WS=30779706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	30780828	rs4889506	A	G	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=48;PP=1651;SC=TGCAGAAGCTAGAGGAGAAGG;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=85;WE=30780836;WS=30780818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	30832463	rs6565205	A	C	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=28;PP=2025;SC=GACACCGTCCAGCAGGTGGGC;SOR=1.451;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=70;TCR=28;TR=98;WE=30832483;WS=30832453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	30832475	rs6565206	T	C	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=31;PP=2183;SC=CAGGTGGGCATGCCGTGGTGT;SOR=1.519;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=78;TCR=31;TR=108;WE=30832483;WS=30832453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	30832701	rs8045550	A	C	6862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=80;NR=85;PP=2965;SC=TGGGCGGGGGAAGAGTGAAGG;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=80;TCR=85;TR=165;WE=30832709;WS=30832691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr16	30833246	rs9319587	C	T	4916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.083;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,248:0.55:453
chr16	30833272	rs8046609	A	G	14639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=135;PP=2965;SC=AACCGACAGCAACATGGGAGC;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=160;TCR=136;TR=294;WE=30833280;WS=30833262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,577:1.00:577
chr16	30833321	rs8046001	C	T	4336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=63;PP=1689;ReadPosRankSum=-0.070;SC=GATACTCCTCCGGACTCTGGG;SOR=0.623;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=262;TCF=123;TCR=139;TR=122;WE=30833329;WS=30833311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,224:0.47:476
chr16	30833425	rs4889510	G	C	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=64;PP=1963;SC=CTCCCGTGTTGCAGGGGCTGC;SOR=2.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=10;TCR=64;TR=74;WE=30833433;WS=30833415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	30886643	rs897984	T	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=558;ReadPosRankSum=1.098;SC=ACTGCTGAGGTTGCCCGAGGT;SOR=0.713;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=39;WE=30886651;WS=30886633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr16	30938811	rs12930545	A	G	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.389;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=202;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GGTGGGGCAGATTGTCAGGGA;SOR=0.506;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=18;WE=30938819;WS=30938801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr16	30941777	.	C	T	2917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=37;PP=1013;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GCCCTGAGCCCGACACACTCC;SOR=0.641;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=89;TCR=81;TR=78;WE=30941785;WS=30941767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,153:0.47:325
chr16	30964940	rs9926903	A	G	9483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=126;NR=93;PP=2965;SC=CACCGTCCCAAGCTGAGCCAG;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=126;TCR=94;TR=219;WE=30964948;WS=30964930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr16	30965308	rs11647243	G	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.087;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=379;ReadPosRankSum=0.767;SC=TCAGATTCCTGCCCGCAGGGT;SOR=1.067;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=28;WE=30965316;WS=30965298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,40:0.53:75
chr16	30965549	.	AT	A	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.450;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr16	30975312	.	C	CA	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=4.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.510;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.828;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,20:0.30:66
chr16	30977799	rs11150601	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-0.311;SC=AGAGGAGACAGGTGATGGAGG;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=6;WE=30977807;WS=30977789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr16	30980902	rs897986	T	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=3.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=2.779;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,62:0.46:134
chr16	30999142	rs9938550	A	G	1995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.656;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1036;ReadPosRankSum=1.881;SC=GCAGCGGGCAACCCTGATGGG;SOR=0.569;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=147;TCF=85;TCR=62;TR=76;WE=30999150;WS=30999132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,102:0.47:219
chr16	30999198	rs17849880	C	T	3028.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,154:0.51:301
chr16	30999462	rs2305880	T	C	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=724;ReadPosRankSum=0.587;SC=GCCGGACCCGTACCATTCTCT;SOR=0.473;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=44;WE=30999470;WS=30999452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,75:0.57:131
chr16	31004812	rs12445568	T	C	2694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.934;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=55;PP=1061;ReadPosRankSum=0.415;SC=TGATCTAGGGTGACGAGGGAG;SOR=0.782;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=176;TCF=72;TCR=104;TR=88;WE=31004820;WS=31004802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,136:0.50:270
chr16	31004926	rs7194921	C	T	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=23;PP=606;SC=GCACATTATTCACCTGCTCTT;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=31004934;WS=31004916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	31012781	rs12920772	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.536;NF=20;NR=2;PP=442;ReadPosRankSum=1.341;SC=GAGGCTGGGCGGTGGGACTAG;SOR=2.159;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=22;WE=31012789;WS=31012771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,33:0.48:69
chr16	31012813	rs61239537	G	T	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=14.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-2.259;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,47:0.55:85
chr16	31044683	rs58726213	A	G	1363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.973;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,72:0.42:170
chr16	31044897	rs12445650	G	A	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=0.591;SC=TGCGGGAGCTGGAGCGGGGAA;SOR=0.821;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=19;WE=31044905;WS=31044887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr16	31049155	rs55979739	A	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=-0.124;SC=ATAAGAGCTCATGCTATTTGC;SOR=0.275;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=9;WE=31049163;WS=31049145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr16	31050023	rs732173	C	A	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr16	31050033	rs732172	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=1.941;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.110;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr16	31075175	rs2303223	G	A	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,98:0.51:191
chr16	31075708	rs2032917	C	G	6955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=81;PP=2965;ReadPosRankSum=1.656;SC=GTACAGGACACGCACTTGTAG;SOR=0.253;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=173;TCF=88;TCR=85;TR=168;WE=31075716;WS=31075698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,255:1.00:256
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chr16	31088625	rs749670	A	G	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FS=6.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,146:0.52:283
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chr16	31091209	rs3751855	T	C	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=560;ReadPosRankSum=-0.919;SC=GGCTGGAGACTGCCGAGAAGG;SOR=0.700;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=42;WE=31091217;WS=31091199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,51:0.49:104
chr16	31092075	rs7196726	G	A	1049.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=594;ReadPosRankSum=1.929;SC=CATAGTGGAGGCTGGGTTCCT;SOR=0.503;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=40;WE=31092083;WS=31092065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,49:0.52:95
chr16	31095171	rs11865038	C	T	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=436;ReadPosRankSum=-0.222;SC=CTCATCCTCACGGCTTTGGTC;SOR=0.729;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=32;WE=31095179;WS=31095161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,34:0.47:72
chr16	31095204	rs11864806	G	C	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.311;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=478;ReadPosRankSum=-0.176;SC=CCCATTCCTCGAAGGAACAGG;SOR=1.835;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=5;TCR=39;TR=18;WE=31095212;WS=31095194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,27:0.40:68
chr16	31095251	rs11864839	G	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.177;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=199;ReadPosRankSum=1.292;SC=AGAATACTGAGGCTCAAAGCG;SOR=1.473;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=13;WE=31095259;WS=31095241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr16	31096164	rs7199949	G	C	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=217;ReadPosRankSum=-1.394;SC=TGGTGGTCAGGATAGGGCAGG;SOR=0.612;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=16;WE=31096172;WS=31096154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr16	31097574	rs4889535	G	C	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=6;PP=291;SC=CTGATTGCAGGTCTTTCCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=31097582;WS=31097564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	31104509	rs8050894	C	G	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-3.062;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=0.632;SC=CAGGACGCTCCGTGATGAGCA;SOR=0.086;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=6;WE=31104517;WS=31104499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	31104878	rs9934438	G	A	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=276;ReadPosRankSum=1.432;SC=CTAGTCCAAGGGTCGATGATC;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=18;WE=31104886;WS=31104868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr16	31105554	rs2884737	A	C	6224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FS=2.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.784;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:344,319:0.48:663
chr16	31106652	rs113614648	C	CA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,15:0.21:72
chr16	31106991	rs149536015	G	A	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=497;ReadPosRankSum=0.025;SC=GCGCCCGCCTGGCAACACCTG;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=31;WE=31106999;WS=31106981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,40:0.53:76
chr16	31121793	rs14235	G	A	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=428;ReadPosRankSum=0.024;SC=TGTTGGCCACGCATCACCTGG;SOR=0.755;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=30;TCR=33;TR=33;WE=31121801;WS=31121783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,60:0.52:116
chr16	31122229	rs1549296	C	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=10;PP=406;SC=TTCTTTGTCACAGGGGCTGCC;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=31122237;WS=31122219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	31131614	rs4527034	A	G	1143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=583;ReadPosRankSum=0.464;SC=GCGTGGGTGCAGGGAGTTGGC;SOR=0.670;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=46;WE=31131622;WS=31131602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,63:0.47:135
chr16	31138445	rs72785553	G	A	3199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=62;PP=1578;ReadPosRankSum=1.336;SC=CAGGTCCCCCGTCTCCCCTTG;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=188;TCF=88;TCR=100;TR=115;WE=31138453;WS=31138435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,154:0.59:259
chr16	31141826	rs1549295	A	G	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=50;PP=2121;SC=CGGAGAAGCCACTGTCTGACC;SOR=0.832;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=61;TCR=50;TR=111;WE=31141834;WS=31141816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	31141880	rs1549294	A	G	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=54;PP=2352;SC=GGGTGCTGCTAGAGATCCTGC;SOR=0.849;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=119;WE=31141888;WS=31141870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	31141993	rs1549293	C	T	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=638;ReadPosRankSum=-1.370;SC=CCTGCTTCCTCATACCCTGTC;SOR=0.748;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=45;WE=31142001;WS=31141983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,73:0.50:146
chr16	31142271	rs17855606	A	G	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=263;ReadPosRankSum=-0.361;SC=GTGTCAGTATATGGACTGGTA;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=14;WE=31142279;WS=31142261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr16	31142381	rs2855479	A	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=6;PP=842;SC=GGGCTTCCCTACCCCTCCCCA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=31142389;WS=31142371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	31143993	rs45619735	C	T	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=877;ReadPosRankSum=-1.775;SC=CACCCAGCGTCCCACCTCACC;SOR=0.600;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=47;TCR=71;TR=55;WE=31144001;WS=31143983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,95:0.51:186
chr16	31151521	rs8047469	A	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.62;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	31152717	rs889547	T	C	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	31153105	rs1549300	A	G	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=69;PP=2322;SC=CAGGGCCCCAATCCCAGGCTA;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=54;TCR=69;TR=123;WE=31153113;WS=31153095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	31153780	rs889546	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=9;NR=3;PP=195;SC=CGCGTTCCGCGGGCCCCGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=12;WE=31153788;WS=31153770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	31154146	rs1549299	G	A	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=23;PP=945;SC=GCGAAGCCGCGCTCAGGTTCA;SOR=0.768;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=51;WE=31154154;WS=31154136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	31191482	rs929867	A	G	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=49;PP=2193;SC=AGGCGTCGGTACTCAGCGGTG;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=114;WE=31191490;WS=31191472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr16	31193942	rs741810	C	A	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=37;PP=964;ReadPosRankSum=-1.028;SC=ACACTTCAGGCTATGGCCAGA;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=72;WE=31193950;WS=31193932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,120:0.53:225
chr16	31195279	rs1052352	C	T	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=48;PP=1135;ReadPosRankSum=-0.721;SC=AGTCCTCCTACCCTGGCTATG;SOR=0.802;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=157;TCF=61;TCR=96;TR=75;WE=31195287;WS=31195269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,99:0.47:210
chr16	31195759	.	C	CT	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=2.122;QD=2.14;ReadPosRankSum=-2.236;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr16	31196141	rs71771375	GTCTTTTTACTT	G	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=818;ReadPosRankSum=0.135;SC=TTTCCTAGCTGTCTTTTTACT;SOR=0.223;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=6;WE=31196159;WS=31196131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,3:0.33:9
chr16	31196224	.	G	GT	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=9.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.482;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr16	31202698	rs371057360	AT	A	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-1.463;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr16	31230463	rs7186832	C	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=249;ReadPosRankSum=0.084;SC=CATGCATGCGCAAGGAGAAGA;SOR=0.985;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=15;WE=31230471;WS=31230453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr16	31271545	rs11865830	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.532;SC=AGGAGAAAGGGTTCAAGAAGA;SOR=0.743;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=6;WE=31271553;WS=31271535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr16	31273129	rs3764327	T	C	1858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.736;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,93:0.52:180
chr16	31276811	rs1143679	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=384;ReadPosRankSum=0.266;SC=GAGCCCATCCGCCTGCAGGGT;SOR=0.585;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=31;WE=31276819;WS=31276801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,50:0.48:104
chr16	31283164	rs35314490	G	A	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=5.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,37:0.47:79
chr16	31283323	rs35472514	C	G	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=133;ReadPosRankSum=0.717;SC=TGTAAGCTTCCCCTTTTCCCT;SOR=0.368;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=15;WE=31283331;WS=31283313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr16	31284618	rs201225943	T	TA	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=5.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.703;QD=2.41;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,31:0.33:95
chr16	31288121	rs9939679	A	C	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr16	31335906	rs41476751	T	C	1951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=33;PP=979;ReadPosRankSum=1.110;SC=CCCCTGGGTCTTCCAAGCATG;SOR=0.630;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=174;TCF=84;TCR=90;TR=67;WE=31335914;WS=31335896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,103:0.40:260
chr16	31336888	rs1143683	C	T	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.451;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=895;ReadPosRankSum=0.834;SC=GTGTCTGGGGCCTTGAAGAGC;SOR=0.641;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=150;TCF=72;TCR=78;TR=68;WE=31336896;WS=31336878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,116:0.44:264
chr16	31342608	rs7188189	T	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=35;PP=806;SC=TGCTCCCCGCTGCTCCCCCAC;SOR=4.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=42;WE=31342616;WS=31342598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	31343005	rs1143678	C	T	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.732;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,125:0.46:269
chr16	31368835	rs11574636	C	T	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.963;SC=GACGCTGCTGCCCGCACATCC;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=31368843;WS=31368825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	31371193	rs4264407	C	G	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=83;PP=2707;SC=GTGGGTGCTTCGATCCTGGTG;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=54;TCR=84;TR=136;WE=31371201;WS=31371183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr16	31382492	rs200451726	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.911;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=385;ReadPosRankSum=-1.145;SC=GGATGGACTGGTGGACCTGGC;SOR=0.906;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=24;WE=31382500;WS=31382482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,34:0.45:75
chr16	31392047	rs11574646	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=6.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,24:0.48:50
chr16	31393308	rs2929	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=168;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CTGACGGGGAGGAACCACTGC;SOR=1.675;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=11;WE=31393316;WS=31393298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr16	31405736	rs62051538	C	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.316;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=91;ReadPosRankSum=3.067;SC=TGGGTTACCCCAGGGAGGTGT;SOR=1.802;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=31405744;WS=31405726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	31415004	rs56304025	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.581;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=23;PP=429;ReadPosRankSum=-0.954;SC=ATGTGACTGCCACCCCCACTT;SOR=1.291;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=10;TCR=44;TR=28;WE=31415012;WS=31414994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,30:0.50:60
chr16	31422429	rs12444660	T	C	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=127;SC=CCCTCTGCTCTGTGGATGTGG;SOR=1.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=31422437;WS=31422419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	31426065	rs62051540	G	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=184;ReadPosRankSum=0.462;SC=AGGAGAACCTGGCTCCACGGC;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=12;WE=31426073;WS=31426055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
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chr16	31470540	rs3813002	T	C	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=280;ReadPosRankSum=1.128;SC=TCGGAGGCCCTGGCCCACCTG;SOR=0.239;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=14;WE=31470548;WS=31470534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr16	31471378	rs9926717	A	G	1201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=29;PP=689;ReadPosRankSum=-0.774;SC=CTTGCTCTCTAGACCCGGGCA;SOR=0.566;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=42;WE=31471386;WS=31471368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,54:0.53:101
chr16	31503751	rs4536493	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.552;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=267;ReadPosRankSum=-1.901;SC=TGTCTGCCCCAAGACCTTGGC;SOR=1.748;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=14;WE=31503759;WS=31503741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr16	31519048	rs11861164	A	G	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=17;PP=1006;SC=GCAGGGCTGAAAGCAGCAATA;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=31519056;WS=31519038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	31539386	rs8050390	G	A	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=194;ReadPosRankSum=-0.206;SC=TTAAGGGGAGGAAGTGGGTTG;SOR=0.818;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=16;WE=31539394;WS=31539376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr16	31539430	rs4296276	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=286;ReadPosRankSum=-0.026;SC=AAACAGATATGTAAATTCTAC;SOR=0.608;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=23;WE=31539438;WS=31539420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,29:0.44:66
chr16	31539934	rs17677	G	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=248;ReadPosRankSum=0.100;SC=TGAACACTCTGGCCAACCCTT;SOR=0.559;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=14;WE=31539942;WS=31539924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr16	31575186	rs7192364	C	T	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=19;PP=825;SC=CCTTTCCTGCCCAAACTCAGT;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=42;WE=31575194;WS=31575176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	31575211	rs111880416	A	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-2.645;NF=15;NR=16;PP=386;ReadPosRankSum=0.546;SC=ACAACCTGCTAATCTGCCCTT;SOR=0.629;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=31;WE=31575219;WS=31575201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,53:0.61:87
chr16	31575248	.	G	C	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.86;MQRankSum=1.370;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.935;SOR=0.566;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr16	31580272	rs4889673	C	T	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=16;PP=636;ReadPosRankSum=0.275;SC=GCCATGGCGCCTTCCATAGTA;SOR=0.790;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=39;WE=31580280;WS=31580262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,55:0.52:105
chr16	31580530	rs4889548	A	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=284;ReadPosRankSum=-0.570;SC=CTGACGTTGAACCATTTGACA;SOR=0.610;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=22;WE=31580538;WS=31580520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,32:0.42:76
chr16	31613277	rs11865800	C	T	3007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.014;NF=56;NR=51;PP=1715;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TCGAGTAAGGCGTGAATTACG;SOR=0.667;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=207;TCF=108;TCR=99;TR=107;WE=31613285;WS=31613267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,142:0.49:290
chr16	31613625	rs34368131	GT	G	4282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.629;NF=33;NR=34;PP=2556;ReadPosRankSum=1.140;SC=TGAAGAATAAGTAAAACATTT;SOR=0.966;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=125;TCF=49;TCR=76;TR=67;WE=31613633;WS=31613615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,132:0.51:259
chr16	31614439	rs4550471	C	T	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.636;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=125;ReadPosRankSum=0.888;SC=TTTGACTGAACATTTACTCCA;SOR=1.802;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=29;TCF=17;TCR=12;TR=11;WE=31614447;WS=31614429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr16	31724836	rs2884713	T	C	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=32;PP=939;SC=GAGGTTAGCTTCGGGGTCTGG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=47;WE=31724844;WS=31724826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	31734197	rs34186495	G	GA	678.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=457;ReadPosRankSum=-1.270;SC=CTGTTTCCAGGAAAAAAAAAT;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=23;WE=31734205;WS=31734187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr16	31770696	rs34487972	G	GA	1136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=13;PP=666;SC=ATCCTATGGTGAAAAAAATCA;SOR=0.919;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=22;WE=31770704;WS=31770686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	31770723	rs12921028	T	A	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=19;PP=746;SC=TAATCTCTGCTTGAGAAAAAG;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=31770731;WS=31770713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	31926343	.	A	G	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.363;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.924;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=288;ReadPosRankSum=-0.367;SC=CAGAGTATGCATGGGCAAGAG;SOR=1.352;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=20;WE=31926351;WS=31926333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,33:0.43:77
chr16	31926619	rs3850114	G	A	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.53;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	31987859	rs370699866	C	T	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=4.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.44;MQRankSum=1.459;QD=3.41;ReadPosRankSum=-1.637;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr16	31993257	rs185848375	C	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.683;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.141;NF=16;NR=2;PP=295;ReadPosRankSum=0.956;SC=CGCTCGCTCTCGCTGAGCAAG;SOR=1.820;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=18;WE=31993265;WS=31993247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr16	31993277	rs192980088	G	T	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=5.024;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.45;MQRankSum=-0.445;QD=9.16;ReadPosRankSum=2.036;SOR=0.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,34:0.51:67
chr16	31993418	rs141464783	G	C	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.03;MQRankSum=-4.341;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.200;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
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chr16	32893792	rs149656617	A	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.86;MQRankSum=0.126;QD=2.36;ReadPosRankSum=-2.148;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
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chr16	33395882	rs4887691	A	G	747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.917;NF=18;NR=15;PP=491;ReadPosRankSum=1.589;SC=TGTATTCCCTAAATGCATTTC;SOR=0.703;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=33;WE=33395890;WS=33395872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,45:0.31:145
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chr16	33424950	rs2927971	C	T	6128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.308;NF=97;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=0.846;SC=GCTGCACGGCCTCAGGTCAAG;SOR=0.481;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=266;TCF=120;TCR=146;TR=207;WE=33424958;WS=33424940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,264:0.77:345
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chr16	33500973	rs58427145	CAG	C	4619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.830;NF=5;NR=53;PP=2241;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CTGTACATGACAGGGGGGGAA;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=10;TCR=111;TR=58;WE=33500982;WS=33500963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,126:0.52:241
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chr16	33534194	rs112954068	C	CA	645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.284;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-14.302;NF=5;NR=31;PP=2933;ReadPosRankSum=-3.050;SC=TTTTGGTCTTCAAACAAGGTT;SOR=1.413;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=102;TCF=22;TCR=80;TR=36;WE=33534220;WS=33534184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,29:0.14:207
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chr16	33534212	rs74015084	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.90;MQRankSum=-14.433;QD=3.67;ReadPosRankSum=-2.402;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,31:0.15:211
chr16	33534278	rs10445205	A	G	2723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQRankSum=-3.794;QD=18.16;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.464;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,116:0.77:150
chr16	33534325	rs375310866	CT	C	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.621;HP=4;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.497;NF=0;NR=14;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.702;SC=GGGCTCACAACTTTTGATCCC;SOR=0.333;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=14;WE=33534362;WS=33534315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
chr16	33534330	rs28594967	G	A	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.931;NF=5;NR=24;PP=767;ReadPosRankSum=-1.354;SC=CACAACTTTTGATCCCAGCAC;SOR=0.700;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=29;WE=33534362;WS=33534315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,43:0.75:57
chr16	33534344	rs78083012	G	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQRankSum=-6.924;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
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chr16	33534352	rs78884180	G	C	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.18;MQRankSum=-6.690;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.113;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
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chr16	33629700	rs2019670	G	A	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=600;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.269;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.352;NF=71;NR=44;PP=1434;ReadPosRankSum=2.471;SC=GGGCTGAGCTGGGTTTTCCTT;SOR=0.849;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=346;TCF=205;TCR=141;TR=115;WE=33629708;WS=33629690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:433,161:0.27:594
chr16	33629846	rs28494899	T	A	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.73;MQRankSum=0.620;QD=4.77;ReadPosRankSum=-1.985;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:418,168:0.29:586
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chr16	33629973	rs2002923	G	A	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FS=1.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=-3.853;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.581;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:485,132:0.21:617
chr16	33630022	rs2075113	A	T	2019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FS=2.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-4.766;QD=3.38;ReadPosRankSum=-2.267;SOR=0.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:456,142:0.24:598
chr16	33630336	rs492688	A	G	1182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.754;NF=35;NR=21;PP=772;ReadPosRankSum=0.974;SC=CTGTACTTACATTTAATGTCT;SOR=0.661;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=56;WE=33630344;WS=33630326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,62:0.40:154
chr16	33630533	rs2110374	A	C	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.535;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=671;ReadPosRankSum=-0.160;SC=TCAGGGCAGGAGTCTCTGTGG;SOR=0.635;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=156;TCF=58;TCR=98;TR=57;WE=33630541;WS=33630523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,81:0.40:203
chr16	33730825	.	G	A	28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=45.02;NF=0;NR=5;PP=28;QD=12.5542425094;SC=GCAGCGCGGCGTACACCCGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=5;WE=33730833;WS=33730815;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,5:0.20:25
chr16	33784613	.	G	GC	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.431;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.77;MQRankSum=-4.125;QD=10.30;ReadPosRankSum=-1.148;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
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chr16	33961327	rs79375500	G	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=31.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-2.291;QD=18.19;ReadPosRankSum=1.634;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,34:0.52:66
chr16	33961352	.	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.048;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=6.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=-2.186;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.411;SOR=2.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,7:0.09:76
chr16	33961370	rs72797450	A	C	2007.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.053;NF=35;NR=13;PP=730;ReadPosRankSum=1.893;SC=TGGCTGTGCCAGGCGTTCCGT;SOR=1.089;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=76;TCF=52;TCR=24;TR=48;WE=33961379;WS=33961342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,51:0.64:80
chr16	33961371	.	G	A	40.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=3.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQRankSum=-1.953;QD=0.50;ReadPosRankSum=1.268;SOR=1.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,7:0.09:81
chr16	33961386	rs76705741	G	A	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=3;MGOF=138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.983;NF=25;NR=10;PP=1993;ReadPosRankSum=2.547;SC=TCCGTCCGGCGCGTGACCCGC;SOR=0.576;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=87;TCF=65;TCR=22;TR=35;WE=33961426;WS=33961376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,47:0.51:92
chr16	33961390	.	GACCCGCTCCGCTGCGAGCCGGCTCTCC	G	1834.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-5.248;QD=16.53;ReadPosRankSum=1.677;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr16	33961453	rs74808338	A	G	2185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-9.406;NF=44;NR=15;PP=1067;ReadPosRankSum=0.087;SC=CGGTGCCGACAACCGCGTTTG;SOR=0.864;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=138;TCF=110;TCR=28;TR=59;WE=33961491;WS=33961443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,60:0.45:134
chr16	33961465	rs74932417	G	A	2745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.08;MQRankSum=-10.751;QD=17.27;ReadPosRankSum=-1.012;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,70:0.44:159
chr16	33961470	.	ACG	A	2757.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.568;ClippingRankSum=0.000;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=4.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.09;MQRankSum=-11.154;QD=16.71;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,71:0.43:165
chr16	33961475	.	G	GCA	2658.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.755;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.16;MQRankSum=-11.608;QD=15.73;ReadPosRankSum=-0.678;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,70:0.41:169
chr16	33961481	rs366164	A	C	3212.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=2.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.02;MQRankSum=-12.252;QD=17.75;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,79:0.44:181
chr16	33961482	rs78161808	T	C	3542.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=5.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=3.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.94;MQRankSum=-12.555;QD=19.05;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,81:0.44:186
chr16	33961483	rs77018326	G	T	3059.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FS=5.681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.99;MQRankSum=-12.710;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.073;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,82:0.43:190
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chr16	33962051	rs79115664	G	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-2.903;QD=4.08;ReadPosRankSum=-1.634;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr16	33962277	.	GT	CC	520	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=167;MMLQ=20;MQ=51.86;NF=11;NR=8;PP=520;QD=30.1825197296;SC=CGGTCTGCCTGTTCGCACGTG;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=19;WE=33962286;WS=33962267;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,19:0.51:37
chr16	33962298	.	T	G	282	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=165;MMLQ=24;MQ=52.2;NF=8;NR=11;PP=282;QD=16.6721690814;SC=GGCGCGAAGGTTCGGGAGTGG;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=19;WE=33962306;WS=33962288;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,19:0.58:33
chr16	33962365	.	C	T	811	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=191;MMLQ=24;MQ=49.96;NF=0;NR=12;PP=811;QD=70.4809343789;SC=GGTTCGCCGCCCCACCACCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=12;WE=33962373;WS=33962341;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr16	33965402	.	G	A	1030	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=117;MMLQ=28;MQ=55.18;NF=28;NR=1;PP=1030;QD=36.7162487085;SC=TGTTGGGAGCGCCCTTGCCAA;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=69;TCF=61;TCR=8;TR=29;WE=33965416;WS=33965399;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:40,29:0.42:69
chr16	33965407	rs140145020	T	C	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-1.743;QD=19.50;ReadPosRankSum=1.006;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr16	33965408	rs146483430	G	A	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=4.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-0.599;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.941;SOR=1.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr16	33965456	rs79575365	T	C	2955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-5.981;QD=21.26;ReadPosRankSum=-1.450;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,75:0.54:139
chr16	33965460	rs112558134	G	A	3182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-6.195;QD=20.80;ReadPosRankSum=-0.522;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,79:0.52:153
chr16	33965482	rs370138825	GA	G	3761.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=4.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.08;MQRankSum=-7.139;QD=18.90;ReadPosRankSum=0.454;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,96:0.48:199
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chr16	33965493	.	T	C	4472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.301;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=3.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.13;MQRankSum=-7.360;QD=19.70;ReadPosRankSum=0.832;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,108:0.48:227
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chr16	33965655	rs113687113	C	A	4133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=1.190;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=21.99;ReadPosRankSum=1.674;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,102:0.54:188
chr16	33965665	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=157;MMLQ=26;MQ=58.95;NF=35;NR=87;PP=2962;QD=20;SC=CGGGGCCCTCCGTCCCCCCAA;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=287;TCF=77;TCR=210;TR=122;WE=33965680;WS=33965608;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:165,122:0.43:287
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chr16	33965690	rs74964080	C	T	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,48:0.37:129
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chr16	33965708	.	G	A	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.83;ReadPosRankSum=-2.456;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr16	33965711	rs76711006	G	A	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=189;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=79;PP=2688;ReadPosRankSum=-1.944;SC=CTCTGCCGCCGTGCCCGCCCC;SOR=0.370;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=122;TCF=18;TCR=104;TR=91;WE=33965719;WS=33965671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,55:0.64:86
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chr16	33965735	.	C	T	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.854;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.27;ReadPosRankSum=1.591;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr16	33965741	rs111610856	C	T	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-0.799;QD=17.19;ReadPosRankSum=-1.693;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,33:0.59:56
chr16	34318731	rs6563853	T	G	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=76;PP=2362;SC=CATGCACATGTAGGAATGGGA;SOR=1.516;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=37;TCR=76;TR=113;WE=34318739;WS=34318721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	34490107	rs80196887	G	A	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.664;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=501;ReadPosRankSum=2.407;SC=GCCGGGAGCCGCATTCTCCCC;SOR=0.927;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=36;WE=34490115;WS=34490097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
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chr16	34682019	rs237989	G	A	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=18;PP=610;SC=AGTATGAGTGGTTTCATGGTT;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=34682027;WS=34682009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr16	46602819	rs12934443	C	T	3501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1577;ReadPosRankSum=1.090;SC=AGCCAGAGCTCCTCCTCATGG;SOR=0.731;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=195;TCF=95;TCR=100;TR=102;WE=46602827;WS=46602809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,171:0.53:323
chr16	46637746	rs4967259	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=12;PP=690;SC=CTACTGCTGATGAAAGGCAGG;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=46637754;WS=46637736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	46642114	rs147085903	GGT	G	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=101;ReadPosRankSum=2.111;SC=AGTGAGTGTGGGTGTGTGTGT;SOR=0.368;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=4;WE=46642123;WS=46642104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr16	46642456	rs8052092	A	G	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=166;SC=CACACAACATAGAGACCTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=46642464;WS=46642446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	46651417	rs34949348	TA	T	285.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	46655210	rs6598679	A	G	5885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=59;PP=2390;SC=CGCCCAGCCCATGCGCTCCGG;SOR=0.920;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=85;TCR=59;TR=143;WE=46655218;WS=46655200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr16	46696284	rs168745	G	A	2866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=45;PP=1498;SC=TCAGAGGTTCGTGATTCTCTT;SOR=0.916;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=34;TCR=45;TR=79;WE=46696292;WS=46696274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	46697098	rs2304492	A	G	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=281;ReadPosRankSum=-2.041;SC=AAACATTTTAAGTTACCTTAA;SOR=0.598;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=20;WE=46697106;WS=46697088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr16	46705502	rs36310	T	C	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=11;PP=557;SC=TTTAATTCAGTTGCAATTCCT;SOR=1.378;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=46705510;WS=46705492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	46714529	rs700582	A	G	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=45;NR=11;PP=1311;SC=ACACTTTTATACATTCTACAA;SOR=2.155;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=56;WE=46714537;WS=46714519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	46715191	rs700581	G	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=306;SC=TTGTTAAGAAGTTACCCTTAA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=46715199;WS=46715181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	46723598	rs33994299	T	C	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=1.145;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.152;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,88:0.48:183
chr16	46743355	rs11420228	G	GA	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=2.299;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr16	46743675	rs4141491	G	A	1982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=41;PP=1184;SC=CTGAGTCAGTGGAACAGATTA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=46743683;WS=46743665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	46755213	rs194055	C	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=18;PP=456;SC=ACATGAATGGCTCAGGGCAGC;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=21;WE=46755221;WS=46755203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	46764482	rs36460	A	C	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=26;PP=1354;SC=TAAGCCCCCCAACCAAGGCAG;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=67;WE=46764490;WS=46764472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	46771892	rs56084385	T	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=298;ReadPosRankSum=1.246;SC=CTTCCACCTTTGTGGGCAGGG;SOR=0.433;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=19;WE=46771900;WS=46771882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,29:0.38:76
chr16	46773752	rs28185	G	T	157.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=84;SC=CAACCCCGAGGTGTTCAAGGG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=46773760;WS=46773751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	46773999	rs28407821	C	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=12;PP=284;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TCAGACTGCACCCCACTGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=26;TCR=27;TR=23;WE=46774007;WS=46773989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr16	47005573	rs71134521	T	TAAAAAAAA	97.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	47292699	.	T	TA	24	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=24;QD=12.0;SC=TTAGACCAACTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=3;WE=47292707;WS=47292689;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,3:0.38:8
chr16	47347780	rs2058769	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=248;ReadPosRankSum=-0.198;SC=ACAAAATAAAGTGTTCTTGTA;SOR=0.648;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=19;WE=47347788;WS=47347770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,29:0.49:59
chr16	47462851	rs17811434	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.132;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=2.314;SC=GGCAAACATCAAATGAGCATT;SOR=2.448;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=16;WE=47462859;WS=47462841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr16	47486712	rs144553201	GAT	G	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.580;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	47630455	rs117536391	G	T	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=4.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=0.431;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,69:0.39:177
chr16	47684686	rs150516784	TATTA	T	455.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.202;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.146;NF=1;NR=8;PP=360;ReadPosRankSum=-0.554;SC=AGTATTAGATTATTAATTTAC;SOR=1.502;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=9;WE=47684697;WS=47684676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr16	48122582	rs7193955	G	A	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=31;PP=1009;SC=ATCTCCCCACGGCTGGGCCAG;SOR=0.848;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=56;WE=48122590;WS=48122572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	48218516	rs141323816	C	T	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.763;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=756;ReadPosRankSum=-0.061;SC=AGTTATTCTGCGCATCAGTCA;SOR=0.862;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=111;TCF=50;TCR=61;TR=52;WE=48218524;WS=48218506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,91:0.47:195
chr16	48258198	rs17822931	C	T	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=426;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CTTACTGGCCCGAGTACACTG;SOR=0.657;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=29;WE=48258206;WS=48258188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,40:0.49:81
chr16	48390512	rs8053839	G	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.731;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
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chr16	49856691	rs8060387	G	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=321;ReadPosRankSum=2.388;SC=AGGCTAGTAAGCATGTGCAAT;SOR=0.997;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=18;WE=49856699;WS=49856681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr16	50059279	rs9934704	C	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=6;PP=279;SC=GGCCCGTCCCCCGTCTCCCCT;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=50059287;WS=50059269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	50059314	rs9924833	A	G	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=8;PP=299;SC=GCTCCGGAGGAGCCGGCGTCG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=16;WE=50059322;WS=50059304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr16	50069228	rs9927260	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=1.720;SC=ATAGAGAAGCGTTCTTATTCC;SOR=0.129;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=16;WE=50069236;WS=50069218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,18:0.82:22
chr16	50069312	rs2041918	C	G	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=-0.351;SC=AAAATTCTGTCTTTTCATTTT;SOR=0.821;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=11;WE=50069320;WS=50069302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr16	50100253	rs4389139	T	A	3695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.384;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=37;PP=1352;ReadPosRankSum=-0.321;SC=GCGCGCCTTCTGACCCTTTTC;SOR=0.736;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=180;TCF=100;TCR=80;TR=86;WE=50100261;WS=50100243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,180:0.51:356
chr16	50102618	rs60730387	G	GAAAT	3081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=11;PP=2602;SC=GCTAAAAATAGAAATGTGAGA;SOR=2.670;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=48;WE=50102626;WS=50102608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	50106594	rs2287197	T	C	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,39:0.48:81
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chr16	50112971	rs66756058	GT	G	112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=121;SC=TAATACAGCTGTTTTTTTTTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=7;WE=50112979;WS=50112961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	50117828	rs5816672	CT	C	630.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=2.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.878;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.591;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,57:0.64:89
chr16	50118245	rs877639	G	A	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.656;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr16	50250233	rs11859225	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=22;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TAATGTCACCGTGCTTGCACA;SOR=0.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=3;WE=50250241;WS=50250223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	50251590	rs3887556	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.507;NF=4;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=-0.788;SC=AGAATTTAGCGTTTATACAAC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=10;WE=50251598;WS=50251580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr16	50251671	.	G	GTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTC,GTCTCTCTCTCTCTCTCTC	577.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.64;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=1;NR=2;PP=1199;SC=GCATGTTGCTGTCTCTCTCTC;SOR=0.941;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=50251679;WS=50251661;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:11
chr16	50259156	rs151171253	T	TGTC	2371.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.922;NF=2;NR=20;PP=1078;ReadPosRankSum=2.563;SC=TCAGGTCCAGTGTCGTCCTCT;SOR=0.628;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=22;WE=50259164;WS=50259146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,60:0.55:109
chr16	50261735	rs4624170	C	T	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=34;PP=1689;SC=TTATAACTCACGTGACTTGTG;SOR=1.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=93;WE=50261743;WS=50261725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	50323211	rs13332825	T	C	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.870;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=461;ReadPosRankSum=-0.731;SC=CCTCCCAAAGTGTTGGGATTA;SOR=0.469;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=38;WE=50323219;WS=50323201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr16	50326661	rs8051594	A	G	8531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=100;PP=2965;SC=TGCAGGATGCATCCCGGGACC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=84;TCR=100;TR=184;WE=50326669;WS=50326651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr16	50327456	rs2302713	C	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=6.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,45:0.61:74
chr16	50328421	rs2302716	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=48;ReadPosRankSum=-0.101;SC=CTATGGAGGCTGAGGAAGGAC;SOR=0.631;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=50328429;WS=50328411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
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chr16	50328526	rs2302717	C	T	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=25.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,54:0.68:79
chr16	50339668	rs56135636	G	A	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=49;PP=1849;SC=CCATCTCACCGCAGCTGCCCC;SOR=0.850;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=95;WE=50339676;WS=50339658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr16	50342658	rs17289102	C	T	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=45;PP=1506;SC=TGACCCTGGCCGTCCTGACCA;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=50342666;WS=50342648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr16	50342847	rs2302681	C	G	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=21;PP=592;SC=CCCCTTTGTACACTCAGGGCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=50342855;WS=50342837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	50345710	.	GCCC	G	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.47;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr16	50346748	rs3214383	T	TCC	431.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=250;SC=TTGCCACTCTTCCTGTCCCCT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=50346756;WS=50346738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	50348409	rs9926131	A	T	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=524;SC=GCCATCTATTATGAAAGGTTT;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=50348417;WS=50348399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	50354039	rs55820113	CAAAA	C	1978.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=22;PP=967;SC=GAAAACAAAACAAAAAAACTG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=27;WE=50354050;WS=50354029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	50355741	rs9922362	G	A	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=6;PP=267;SC=GCACTGATATGCATTTATGGT;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=50355749;WS=50355731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	50367633	rs56370009	T	TA	55	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=2;PP=30;SC=TAATACTAAGTAAAAAAAAAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=50367641;WS=50367623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	50402240	rs62029995	C	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=20;PP=641;SC=GAAAGGAAAGCGCGTCGATTA;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=50402248;WS=50402230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	50642201	rs933566	G	C	2436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=1090;ReadPosRankSum=0.721;SC=CTGTCTTCTTGTAGGAGCTCG;SOR=0.643;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=64;TCR=75;TR=70;WE=50642209;WS=50642191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,122:0.54:228
chr16	50731096	rs5743266	G	A	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=134;ReadPosRankSum=1.054;SC=GGCTTTTGGCGTTCTGCACAA;SOR=2.303;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=9;WE=50731104;WS=50731086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr16	50733374	rs2076753	G	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	50733859	rs2067085	C	G	555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=287;ReadPosRankSum=0.077;SC=TCACACCGTCCCAGAGGGTGA;SOR=1.460;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=19;WE=50733867;WS=50733849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,29:0.33:87
chr16	50733969	rs2111235	A	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=403;SC=AACTTGGTCCATGGGATTTCC;SOR=1.358;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=50733977;WS=50733959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	50743919	rs34133110	C	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=454;ReadPosRankSum=1.202;SC=CCCAGGTTTTCAAACTCAGGT;SOR=0.572;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=34;WE=50743927;WS=50743909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,49:0.53:92
chr16	50744624	rs2066842	C	T	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=607;ReadPosRankSum=-0.717;SC=CATGGCTGGACCCCCGCAGAA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=48;WE=50744632;WS=50744614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,76:0.49:154
chr16	50745199	rs2066843	C	T	3274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1546;ReadPosRankSum=-0.135;SC=TGAGGAAGCGCCATCATGAGC;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=103;TCR=112;TR=106;WE=50745207;WS=50745189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,162:0.49:331
chr16	50745583	rs1861759	T	G	1302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=759;ReadPosRankSum=-0.042;SC=TCCTGGTGCGTGCCAAAGGTG;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=44;WE=50745591;WS=50745573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,61:0.54:112
chr16	50759267	rs138198313	AC	A	421.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.62;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	50759269	rs4990643	T	A	430.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	50759547	rs1077861	A	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=12;PP=363;SC=GCATTTCTGAATAAGATCTGG;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=50759555;WS=50759537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	50813997	rs17222902	G	A	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=258;ReadPosRankSum=2.019;SC=TTTTCTCTGTGAGGTTTTGTG;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=18;WE=50814005;WS=50813987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr16	50815432	rs1420871	C	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.087;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=0.682;SC=TTCTTGCCAACGCTCATTAAG;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=50815440;WS=50815422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr16	50816436	.	G	GGT	997.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.308;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=624;ReadPosRankSum=2.065;SC=GACACATACCGGTGTGTGTGT;SOR=0.307;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=19;WE=50816445;WS=50816426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,34:0.54:63
chr16	50826462	rs10451132	G	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=9;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=58;ReadPosRankSum=-1.393;SC=AGGGAAAAGTGTTTTTTTTAA;SOR=0.148;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=50826470;WS=50826450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	50827518	rs2066852	C	T	1666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=637;ReadPosRankSum=-1.416;SC=AATGCTACGACGATCCGGACA;SOR=0.898;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=53;TCR=68;TR=50;WE=50827526;WS=50827508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,90:0.41:221
chr16	50827601	rs2302759	A	G	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.28;ReadPosRankSum=2.674;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr16	50841386	rs74753645	C	T	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=408;ReadPosRankSum=-1.031;SC=AGAGGCTTCCCGCCCCCTCAC;SOR=0.869;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=32;WE=50841394;WS=50841376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,58:0.53:109
chr16	50841484	rs1054987	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=379;ReadPosRankSum=0.459;SC=TTCCCCCACTGCAATACCCTG;SOR=0.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=29;WE=50841492;WS=50841474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,39:0.51:76
chr16	51171175	rs4614723	C	T	4609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=66;PP=2090;SC=AGCCCACTAACAGGTGAGCTG;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=41;TCR=66;TR=107;WE=51171183;WS=51171165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	51173559	rs1965024	G	A	6340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=94;PP=2965;SC=TCGACATCTCGAGGGGCAAAG;SOR=0.837;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=174;TCF=77;TCR=97;TR=171;WE=51173567;WS=51173549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr16	51177113	rs4399530	A	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=2;PP=599;SC=TGTCCTGAACATTTTATTATA;SOR=3.407;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=51177121;WS=51177103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	51177327	rs34204387	G	GAA,GAAA	3078.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.530;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.403;QD=25.66;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,76,37:0.63,0.31:120
chr16	52107811	rs17201113	T	A	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.362;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=511;ReadPosRankSum=0.248;SC=AAATTGGGGATAAGAGTATGT;SOR=0.572;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=39;WE=52107819;WS=52107801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,69:0.51:134
chr16	52107849	rs33338	C	A	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=27;PP=764;SC=TGAGGCTTGACTGCAAGGATT;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=52107857;WS=52107839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	52580500	rs3095602	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-2.218;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,41:0.43:95
chr16	52992947	rs9933492	T	C	3406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	52993016	rs9931362	A	C	4499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=49;PP=1494;SC=TTTAGGCTCCATCCCCCTCCT;SOR=1.014;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=79;WE=52993024;WS=52993006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr16	53035592	rs12149531	A	G	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=9;PP=222;SC=GCACATTCCTAGCCCCCAGCC;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=53035600;WS=53035582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	53076115	rs113264091	G	A	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=-1.651;SC=CAACTTCCTCGATTTCTTCCT;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=31;WE=53076123;WS=53076105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,74:0.49:150
chr16	53262964	rs35198193	C	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.721;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=574;ReadPosRankSum=-1.486;SC=AGCAGAAAATCAAACGATTCA;SOR=0.834;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=34;TCR=27;TR=37;WE=53262972;WS=53262954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,57:0.53:108
chr16	53319390	rs112281896	T	TAATGA	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	53321734	rs3815548	T	C	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.909;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=225;ReadPosRankSum=0.667;SC=TGCTGTGTCTTGGGCTCTTCT;SOR=1.634;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=13;WE=53321742;WS=53321724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr16	53340080	rs3760010	G	A	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=0.304;SC=GAATAATTATGTAAAATCCTT;SOR=0.473;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=6;WE=53340088;WS=53340070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr16	53341748	rs6499548	T	G	4525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=51;PP=2275;SC=AATACAGCGATCCCAGTGTAC;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=109;WE=53341756;WS=53341738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr16	53404203	rs10775327	C	A	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=336;ReadPosRankSum=-2.116;SC=GGAACTTTTACCTGACTAAAA;SOR=1.563;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=24;WE=53404211;WS=53404193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,29:0.39:74
chr16	53526477	rs148886167	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.128;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr16	53699003	rs4133017	G	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr16	53860481	rs3826169	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=183;ReadPosRankSum=-1.009;SC=AGATACACACGCATATACATG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=16;WE=53860489;WS=53860471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr16	53913930	rs11076004	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=3.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=408;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TTTTTGAGATGGAGTCTCGCT;SOR=1.270;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=3;TCR=32;TR=19;WE=53913938;WS=53913920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr16	54018700	.	CTAAG	C	127	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=127;QD=56.6666666667;SC=AAGGCCTTGACTAAGTCAGTG;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=3;WE=54018711;WS=54018692;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr16	54318102	rs8050831	C	T	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=9;PP=640;SC=TGCTCGGCGTCCTCTCCTTTC;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=54318110;WS=54318092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	54318528	rs1450355	A	G	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	54319571	rs1868692	A	G	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=32;PP=1006;SC=AGGGAGCGCGAGTGAGCCCCA;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=54319579;WS=54319561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	54319994	rs1868691	G	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=11;PP=351;SC=GGAGAGGGGGGCCGACCCCCG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=54320002;WS=54319984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	54967096	rs13336114	C	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr16	55359126	rs31078	A	T	1781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=27;PP=745;SC=GCCTCTGATCATCCTCCTCTT;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=42;WE=55359134;WS=55359116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	55359141	rs31079	T	C	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=26;PP=821;SC=CCTCTTGTGTTCTGGGGGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=55359149;WS=55359131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
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chr16	55361493	rs31082	C	T	2425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=30;PP=795;SC=GGTTCTCCCCCACAGGTATGG;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=55361501;WS=55361483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	55362502	rs31085	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=255;SC=ATTACACTGAGGATGCCCTGA;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=55362510;WS=55362492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	55362542	rs31086	C	G	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=438;SC=AAAAGCTTCTCGGGGATGGAC;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=55362550;WS=55362532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	55363238	rs31087	G	A	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=48;PP=1182;ReadPosRankSum=-0.015;SC=TGGGCCCCCAGCGGCGCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=65;WE=55363246;WS=55363228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,88:0.98:90
chr16	55513623	rs243862	C	T	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=967;ReadPosRankSum=-2.442;SC=TCTCCCCCTGCCCTCGGCGGT;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=43;TCR=84;TR=68;WE=55513631;WS=55513613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,88:0.52:168
chr16	55515593	rs1030870	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=405;ReadPosRankSum=0.918;SC=GTGTTGTCCAGAGGCAATGCA;SOR=0.175;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=25;WE=55515601;WS=55515583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr16	55515621	rs1030869	T	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.233;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=528;ReadPosRankSum=1.559;SC=CTTAAGAAGATAACTCTGGAC;SOR=0.409;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=34;WE=55515629;WS=55515611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,41:0.64:64
chr16	55516708	rs857403	T	A	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=102;ReadPosRankSum=0.210;SC=CCTGGCTTATTTCCTGTCTGG;SOR=0.569;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=7;WE=55516716;WS=55516698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr16	55516767	rs1030868	G	A	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.116;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=307;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GCTTTGGTCAGTACTGTGCCA;SOR=1.045;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=18;WE=55516775;WS=55516757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,27:0.50:54
chr16	55519535	rs1132896	G	C	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.681;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=805;ReadPosRankSum=-1.187;SC=TGAAGTATGGGAACGCCGATG;SOR=0.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=56;WE=55519543;WS=55519525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,80:0.62:128
chr16	55523705	rs243849	T	C	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=53;PP=906;ReadPosRankSum=-1.263;SC=ACTACGATGATGACCGCAAGT;SOR=0.651;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=132;TCF=36;TCR=96;TR=74;WE=55523713;WS=55523695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,98:0.58:170
chr16	55525913	rs243846	G	C	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.808;HP=5;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=21;PP=487;ReadPosRankSum=0.790;SC=GAGGAGGGGGGAGGTCATGTA;SOR=0.152;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=28;WE=55525921;WS=55525903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr16	55527026	rs11640428	A	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.328;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr16	55527113	rs2287074	G	A	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=-0.359;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,30:0.35:85
chr16	55527298	rs243843	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=173;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TGAAGACTCCGCCAAATGCTT;SOR=0.922;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=13;WE=55527306;WS=55527288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr16	55530772	rs243838	T	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.65;ReadPosRankSum=0.574;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr16	55532458	rs2287076	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-3.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=53;ReadPosRankSum=-0.188;SC=GTTCAGAGGTTGGTGGGCTCT;SOR=0.078;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=8;WE=55532466;WS=55532448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr16	55536622	rs243835	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=2.080;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr16	55536687	rs243834	A	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.966;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=410;ReadPosRankSum=-1.332;SC=CTGTTTCTTTACAGATACAAT;SOR=1.051;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=23;WE=55536695;WS=55536677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr16	55536727	rs14070	C	T	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.825;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=351;ReadPosRankSum=1.111;SC=ATCCTGGCTTCCCCAAGCTCA;SOR=0.630;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=25;WE=55536735;WS=55536717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,39:0.46:84
chr16	55539191	rs243832	C	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.853;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=399;ReadPosRankSum=-0.205;SC=TTCCCAGGAACCTTCTGTGTG;SOR=0.511;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=26;WE=55539199;WS=55539181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,43:0.56:77
chr16	55543073	rs17302903	G	C	842.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=389;ReadPosRankSum=-1.164;SC=GCTTCGGCCGGGTTCTACGCC;SOR=0.883;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=23;WE=55543081;WS=55543063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr16	55543322	rs2241147	G	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.067;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=114;ReadPosRankSum=1.287;SC=GTCAGAGGGGGGTCCAGGTAA;SOR=1.087;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=12;WE=55543330;WS=55543312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr16	55562257	rs837549	G	A	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=2;PP=655;SC=TTAATTAACAGAGCTAATTAC;SOR=4.255;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=55562265;WS=55562253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	55562466	rs837550	G	A	3227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=56;PP=1433;ReadPosRankSum=-0.390;SC=TACCTTCTATGGTATCTCGAA;SOR=0.753;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=184;TCF=80;TCR=104;TR=98;WE=55562474;WS=55562456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,161:0.51:317
chr16	55579899	rs2397722	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=8;PP=204;SC=CAATCTATAAGTATTTTCCCC;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=55579907;WS=55579889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	55583139	rs143728020	CT	C	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=10;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=83;ReadPosRankSum=0.092;SC=AATATGATTACTTTTTTTTTT;SOR=1.274;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=7;WE=55583157;WS=55583129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr16	55583149	rs2160277	T	A	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.023;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
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chr16	55612918	rs4784549	T	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=21;SC=TTTCTAGCCCTTGCCACAGTA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=2;WE=55612926;WS=55612908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr16	55725975	rs5564	A	G	3317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.418;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=56;PP=1402;ReadPosRankSum=-0.847;SC=GTCAGTGCTCAGTGACCACCA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=78;TCR=95;TR=102;WE=55725983;WS=55725965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,168:0.56:302
chr16	55728081	rs28613651	T	G	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	55729124	rs2279805	T	C	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.957;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=5;PP=268;ReadPosRankSum=-0.326;SC=CTATAGCCAGTCCAGCAGTCA;SOR=0.872;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=19;WE=55729132;WS=55729114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
chr16	55731835	rs5569	G	A	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.165;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=572;ReadPosRankSum=-2.988;SC=CTGTCATCACGGGCCTGGCAG;SOR=1.176;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=40;WE=55731843;WS=55731825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,55:0.60:91
chr16	55731946	rs998424	G	A	1371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=661;ReadPosRankSum=-0.049;SC=AGGTGAGTAGGGGCTGGGCTC;SOR=0.652;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=48;WE=55731954;WS=55731936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,69:0.54:128
chr16	55735912	rs2242447	C	T	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=1.156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,97:0.54:180
chr16	55806311	rs28538364	G	T	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=26;PP=1154;SC=CGGGGAACTGGGGTCACCTGG;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=55806319;WS=55806301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	55806409	rs28366434	T	C	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=37;PP=1148;SC=GGAGGGTCAGTGGGAGGAGAA;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=55806417;WS=55806399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	55806532	rs143032941	C	CAATACCT	2715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=29;PP=2190;SC=CTTCTGATTACAGTCTCAGGA;SOR=1.888;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=29;WE=55806540;WS=55806522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	55806560	.	C	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=22;PP=615;SC=TACTCACTGCCCAATCAGGGG;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=55806568;WS=55806550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	55807252	rs62030211	G	T	305.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.83;QD=38.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	55807256	rs60044394	A	G	305.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.02;QD=43.68;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	55813552	rs28666799	C	T	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=373;SC=TTGCCCCACTCACCCAGCTCA;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=55813560;WS=55813542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	55813600	rs28538101	T	C	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.51;QD=24.73;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	55813644	rs28418425	C	T	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=25.59;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	55813712	rs28613114	G	T	797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=14;PP=357;SC=AAGTTCCAATGAACTGTGAGT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=55813720;WS=55813702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	55813750	rs28594163	G	A	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=10;PP=228;SC=GGTGGTTATAGTAACTCCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=55813758;WS=55813740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	55844609	rs2244613	G	T	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=5.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=-1.415;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,42:0.31:136
chr16	55844617	rs2244614	G	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.51;ReadPosRankSum=-1.791;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,35:0.28:124
chr16	55845028	rs72819556	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.430;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,53:0.40:131
chr16	55845084	.	T	TG	577.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.47;ReadPosRankSum=0.834;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr16	55845122	rs146150314	C	CA	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=2.235;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr16	55847045	rs3859092	A	G	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=7.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=1.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr16	55847051	rs3859093	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=5.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.57;ReadPosRankSum=-1.375;SOR=1.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr16	55850708	rs2302719	T	G	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.400;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.903;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr16	55854452	rs2307233	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.00;MQRankSum=0.806;QD=2.35;ReadPosRankSum=2.090;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,11:0.13:83
chr16	55854455	rs2307235	A	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.92;MQRankSum=1.188;QD=2.57;ReadPosRankSum=2.737;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,10:0.13:77
chr16	55854514	rs8192940	G	A	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=56;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TCCAGTAGTGGGCTGACCCTC;SOR=0.512;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=7;WE=55854522;WS=55854504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
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chr16	55867006	rs12149371	T	C	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-3.258;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,11:0.22:49
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chr16	55880323	rs11864688	G	A	226.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5955;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=114;ReadPosRankSum=0.840;SC=GAGAAATTATGGGAGGAGAAG;SOR=1.085;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=55880331;WS=55880313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
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chr16	55880534	rs11860488	G	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=586;ReadPosRankSum=-1.345;SC=AGTCCAGCTGGAGGTACTGCT;SOR=0.430;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=35;WE=55880542;WS=55880524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr16	55880639	rs11865638	C	T	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.96;ReadPosRankSum=0.136;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,77:0.50:154
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chr16	55883618	rs2160276	T	C	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=44;PP=1116;SC=TGACAAAAGCTGGCTTCGTGT;SOR=1.028;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=71;WE=55883626;WS=55883608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	55883761	rs7186875	A	C	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=4;PP=86;SC=CCACCTATCAAGTCTTGGATG;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=55883769;WS=55883751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr16	55905636	rs3859108	A	G	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=36;PP=1083;SC=CCTTGAGCATATGTTGATCTA;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=64;WE=55905644;WS=55905626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	55907600	rs6416763	C	T	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=143;ReadPosRankSum=-0.539;SC=AGGGGATTACCAAACCACTCG;SOR=1.148;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=10;WE=55907608;WS=55907591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr16	56226638	.	G	GCA	222	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=22;MQ=60.35;NF=1;NR=6;PP=222;QD=32.2857142857;SC=TTTAATTCGTGCACACACACA;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=7;WE=56226647;WS=56226628;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,7:0.50:14
chr16	56227965	rs59779556	T	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=262;ReadPosRankSum=0.309;SC=AAATCTTGGATGTGTAACAGG;SOR=1.410;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=17;WE=56227973;WS=56227955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr16	56228066	rs1190761	A	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=24;PP=754;SC=TCTTATTTTTATTCGAGAGCT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=56228074;WS=56228056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	56362448	rs16956353	C	T	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=482;ReadPosRankSum=0.389;SC=TGGCTGGGCTCTCATCACAGT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=30;WE=56362456;WS=56362438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,32:0.50:64
chr16	56368495	rs4784656	T	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=327;ReadPosRankSum=0.713;SC=CCCCACTCCCTATGGCCTGGA;SOR=0.361;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=21;WE=56368503;WS=56368485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,25:0.54:46
chr16	56396486	rs4924	C	T	2551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=1270;ReadPosRankSum=0.082;SC=GTGGGACGTACGCATGAGGCA;SOR=0.816;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=186;TCF=91;TCR=95;TR=87;WE=56396494;WS=56396476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,126:0.47:268
chr16	56401294	rs2241957	T	C	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.868;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=110;ReadPosRankSum=-0.096;SC=AAGACCACTGTCGGGACCACA;SOR=1.426;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=56401302;WS=56401284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr16	56436824	rs2440472	A	G	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=20;PP=722;ReadPosRankSum=-0.309;SC=ACATTCTGACATACTCTGGGA;SOR=0.768;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=60;WE=56436832;WS=56436814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,79:0.52:152
chr16	56441862	rs2920704	A	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=383;ReadPosRankSum=-3.751;SC=CAAGTCCTGCATCCAGTATCT;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=36;WE=56441870;WS=56441852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,66:0.42:159
chr16	56442066	rs4238787	C	T	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.496;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=198;ReadPosRankSum=1.326;SC=CATTCTTCTTCATGGAAGTGT;SOR=0.405;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=20;WE=56442074;WS=56442056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr16	56458908	rs140279056	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.921;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	56459332	.	T	TCGCTGCCGCTGC	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.748;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.748;QD=17.79;ReadPosRankSum=2.042;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	56519423	rs8062526	T	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=464;ReadPosRankSum=0.668;SC=ATATGAATTATTGGATGCTAC;SOR=0.731;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=71;TCF=44;TCR=27;TR=33;WE=56519431;WS=56519413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr16	56548501	rs4784677	C	T	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=58;PP=1742;SC=CTGGTTAATGCTGAGAAGAGA;SOR=1.205;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=30;TCR=58;TR=88;WE=56548509;WS=56548491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	56599221	rs182221	C	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=30;PP=838;SC=CTGGCCACCTCTGGGGCAGCT;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=56599229;WS=56599211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	56601720	rs666636	A	G	4454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.67;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	56601720	.	ATT	GTC	1700	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=17;NR=30;PP=1700;QD=37.3078271247;SC=TGTAAAACATATTGGAAGAGT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=47;WE=56601730;WS=56601710;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,47:0.94:50
chr16	56601722	rs666647	T	C	4454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	56602671	rs762604	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=287;ReadPosRankSum=-0.190;SC=TCTTTTCCTACTTCCTCTAAG;SOR=0.400;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=17;WE=56602679;WS=56602661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,23:0.66:35
chr16	56642491	rs28366003	A	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=313;ReadPosRankSum=-1.039;SC=GCCGCGCTGCACTCCACCACG;SOR=0.771;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=23;WE=56642499;WS=56642481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr16	56666886	rs1827208	C	T	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=117;SC=GGCAGTCCCGCTCCACATCAC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=56666894;WS=56666876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	56667282	rs1827210	C	A	3357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=45;PP=1672;ReadPosRankSum=-0.751;SC=GGCTCCTGCACGTGCAAAGAG;SOR=0.303;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=81;WE=56667290;WS=56667272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,125:0.99:126
chr16	56667614	rs2270836	C	T	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=21;PP=814;SC=TGGGGCAGGGCGGTGCCCGGT;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=56667622;WS=56667604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	56667854	rs2270837	A	G	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=47;PP=1282;SC=TTCTTTTTATATTAAATATGT;SOR=1.098;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=77;WE=56667862;WS=56667844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	56673227	rs11640851	C	A	5353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=31;PP=1673;SC=TGCAAATGCACCTCCTGCAAG;SOR=1.169;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=87;WE=56673235;WS=56673217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr16	56673249	rs11647171	T	C	7060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=37;PP=2019;SC=AGAGTGAGTGTGGGGCCATCT;SOR=1.142;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=73;TCR=37;TR=109;WE=56673257;WS=56673239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr16	56673436	rs58069153	A	AAG	3683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=39;PP=2218;SC=AACTGAGGCCAAGAGTGCACC;SOR=1.481;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=46;WE=56673444;WS=56673426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	56686002	rs2070838	G	C	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.86;SOR=1.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	56686005	rs4619400	T	A	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=1.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	56686030	rs964372	C	G	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=23;PP=648;SC=TTTCCTCTTGCCCAAGCTCCT;SOR=1.702;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=27;WE=56686038;WS=56686020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	56686380	rs2013775	T	C	8115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=112;NR=86;PP=2965;SC=GGAGCTCTGATGGCTGGCCCT;SOR=0.903;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=113;TCR=87;TR=198;WE=56686388;WS=56686370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr16	56686471	rs964374	G	T	11781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.98;NF=94;NR=125;PP=2965;SC=TGCCTTTTTCGCTTCCTTGCA;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=94;TCR=126;TR=219;WE=56686479;WS=56686454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,443:1.00:443
chr16	56693261	rs2291957	G	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=24;PP=626;SC=CAGAGACTGGGGTGGGGGATC;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=28;WE=56693269;WS=56693251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	56702000	rs904770	T	C	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=72;PP=2282;SC=CCAGCGGCTGTTTTTATAGTC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=39;TCR=72;TR=111;WE=56702008;WS=56701990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr16	56709728	rs8046181	GA	CG	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.19;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	56718015	rs34700091	AT	A	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=1.223;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,41:0.50:82
chr16	56839439	rs1803870	C	T	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=448;ReadPosRankSum=1.019;SC=CTGAGGAGTACCATCGGGAGT;SOR=0.819;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=34;TCR=41;TR=32;WE=56839447;WS=56839429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,44:0.39:114
chr16	56852822	rs1561139	G	T	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.410;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-0.203;SC=ATCAAATAGGGTAATAGAATT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=8;WE=56852830;WS=56852812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr16	56855496	rs2118017	C	G	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=15;PP=513;SC=TCGCAGAGCTCGATGATAAGG;SOR=1.055;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=56855504;WS=56855486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	56855549	rs140136028	TC	T	288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.005;NF=1;NR=4;PP=128;ReadPosRankSum=-2.937;SC=GGTCCAGTGTTCCGATGGGCC;SOR=0.665;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=56855557;WS=56855539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr16	56864398	rs1561140	C	T	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	56864618	rs4461062	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=130;ReadPosRankSum=-1.204;SC=TGAGGTGGCACGCCCAGGGGC;SOR=0.239;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=10;WE=56864626;WS=56864608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr16	56866196	rs2241770	T	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.724;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=441;ReadPosRankSum=0.141;SC=GTGTTTCTCTTGGGGATTTAG;SOR=0.529;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=34;WE=56866204;WS=56866186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr16	56868700	rs1347591	A	G	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.117;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=128;ReadPosRankSum=-1.736;SC=GGTGAGTTAAATGCATCCTTA;SOR=0.497;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=12;WE=56868708;WS=56868690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr16	56872824	rs3764266	G	A	3299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=41;PP=1262;ReadPosRankSum=-1.104;SC=AGAAATTCCTGATACACTCTT;SOR=0.731;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=199;TCF=109;TCR=90;TR=93;WE=56872832;WS=56872814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,176:0.46:386
chr16	56873613	rs3214652	T	TA	3369.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.009;NF=9;NR=36;PP=1730;ReadPosRankSum=0.667;SC=GAATTCTAGTTACAGTAACTA;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=19;TCR=74;TR=45;WE=56873621;WS=56873603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,109:0.50:218
chr16	56900928	.	A	AG	2339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.595;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.545;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=1125;ReadPosRankSum=3.424;SC=CTGGATGCAGAGACGCCGTCC;SOR=0.404;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=17;WE=56900939;WS=56900918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr16	56900931	rs13306673	C	T	2377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=3.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.15;ReadPosRankSum=2.955;SOR=0.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,63:0.53:118
chr16	56904587	rs1529927	C	G	4065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=48;PP=1809;SC=CGCATCATTGCCGTGGTCTCG;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=42;TCR=48;TR=90;WE=56904595;WS=56904577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr16	56926176	rs12443855	G	A	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.975;NF=3;NR=10;PP=231;ReadPosRankSum=-1.185;SC=TTCTTGTGACGGTGGTGCCTG;SOR=1.270;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=13;WE=56926184;WS=56926166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr16	56926828	rs2278489	T	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=435;ReadPosRankSum=1.467;SC=GATGCGCGGCTGCTGGCTCTG;SOR=0.602;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=34;WE=56926836;WS=56926818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,41:0.52:79
chr16	56933315	rs9922270	T	C	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=370;SC=GCATGAGAATTGCTTGAACCT;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=56933323;WS=56933305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	56966011	rs37025	G	A	1904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=24;PP=889;ReadPosRankSum=-0.068;SC=CCGCAGAGCCGGGCGCGGGGC;SOR=0.533;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=132;TCF=81;TCR=51;TR=60;WE=56966019;WS=56966001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,96:0.49:195
chr16	56966071	rs37024	T	G	2651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,141:0.46:309
chr16	56994394	rs61631085	GT	G	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr16	56995038	rs4783962	T	C	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=-0.413;SC=CAGCACTTGGTCATCTGGTCA;SOR=0.330;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=9;WE=56995046;WS=56995028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	56995234	rs1800776	C	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=254;ReadPosRankSum=-0.689;SC=GGCTGTATACCCCCCCAGAGT;SOR=0.858;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=24;WE=56995242;WS=56995224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,40:0.44:91
chr16	57003723	rs891141	G	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=10;PP=720;SC=GTTTGCAGGGGTGGGGACCCC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=57003731;WS=57003713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	57003977	rs891142	T	C	8713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr16	57003980	rs891143	T	C	8713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr16	57007451	rs289714	G	A	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=37;PP=1108;SC=GCTGCTAGGGGATCCAGATGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=12;TCR=37;TR=49;WE=57007459;WS=57007441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	57015463	rs7195984	G	A	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=12;PP=850;SC=CTATGAGACAGAAGCACTGGC;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=57015471;WS=57015453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	57016092	rs5882	G	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=1.747;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,48:0.37:131
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chr16	57056064	rs4784750	G	T	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=37;PP=1297;ReadPosRankSum=2.396;SC=CCCTTGCTGGGTATCTCCCTG;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=127;TCR=80;TR=95;WE=57056072;WS=57056054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,129:0.45:289
chr16	57056295	rs149634155	AGGAGGCTGT	A	1080.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.112;NF=0;NR=21;PP=2978;ReadPosRankSum=-0.549;SC=TCCAAGCTGGAGGAGGCTGTG;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=0;TCR=45;TR=21;WE=57056311;WS=57056285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,28:0.65:43
chr16	57057619	rs1684575	G	T	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=18;PP=691;ReadPosRankSum=0.274;SC=GTGGACTGGAGTTCCCCAAAG;SOR=0.801;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=53;TCR=34;TR=46;WE=57057627;WS=57057609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,95:0.50:189
chr16	57057654	rs1672865	A	G	2565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.189;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=805;ReadPosRankSum=0.437;SC=CTCAGCCCAGATCCCCAGACC;SOR=0.811;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=54;WE=57057662;WS=57057644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,126:0.53:237
chr16	57057679	rs12445252	C	T	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=2.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,101:0.44:228
chr16	57059427	rs74439742	C	T	1330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.913;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,70:0.45:155
chr16	57060097	rs61738710	C	T	3982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=51;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.497;SC=TCGCCTGTCTCTGCCTCCACC;SOR=0.573;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=256;TCF=145;TCR=111;TR=110;WE=57060105;WS=57060087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,209:0.45:460
chr16	57062177	rs1684576	T	A	1425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.688;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,77:0.48:159
chr16	57065121	rs16965220	C	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-1.068;SC=CAGGATTCATCAAGCAAAGAC;SOR=1.022;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=4;WE=57065129;WS=57065111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	57065199	rs72780004	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.433;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr16	57067595	rs58124158	A	T	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=415;ReadPosRankSum=2.067;SC=CCTTGGAGGGATCTATTGCCT;SOR=0.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=29;WE=57067603;WS=57067585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,51:0.52:99
chr16	57068048	rs4784753	C	T	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=637;ReadPosRankSum=1.504;SC=GCTGTTTGCCCTGAGCCCTTC;SOR=0.848;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=47;WE=57068056;WS=57068038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,84:0.48:176
chr16	57071113	rs1684579	TA	CG	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=14;PP=797;SC=ACAGCCTCAGTAACAACGGGC;SOR=1.257;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=44;WE=57071122;WS=57071103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	57071232	rs1684580	C	G	5646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=54;PP=1975;SC=CCCATCCCCCCCCCCATCATG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=117;WE=57071240;WS=57071222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr16	57071335	rs1651670	G	A	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=46;PP=1366;SC=CGTTACAGCCGGCACCCCTCT;SOR=1.501;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=66;WE=57071343;WS=57071325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	57071375	rs1672866	T	C	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=551;SC=AGGCTGCTCATGGTTTATACC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=57071383;WS=57071365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	57073683	rs864750	G	C	3990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=34;PP=1708;SC=CCCCTCTTTTGTCTTCACAGC;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=88;WE=57073691;WS=57073673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr16	57074451	rs289726	T	C	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=9;PP=538;SC=CAAGGTCTGATTGACTCTAGG;SOR=1.201;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=29;WE=57074459;WS=57074441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	57075379	rs35622257	G	GT	598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.418;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.895;NF=4;NR=7;PP=308;ReadPosRankSum=-0.640;SC=GCAGCACTGTGTTTTTGTCCC;SOR=0.380;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=11;WE=57075387;WS=57075369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr16	57075781	rs289727	C	T	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=12;PP=646;SC=GGCCTGGCAGCCCAGGGCTGT;SOR=1.547;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=57075789;WS=57075771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	57076115	rs158482	T	G	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	57080528	rs289723	C	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.545;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=751;ReadPosRankSum=-0.301;SC=AGGGTTCCGTCAGCGCTGCAT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=51;TCR=58;TR=53;WE=57080536;WS=57080518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,97:0.54:181
chr16	57089130	rs1167512	C	A	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.067;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=52;PP=1307;ReadPosRankSum=0.855;SC=AACAACCCTGCAGAGGGACTT;SOR=0.979;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=151;TCF=54;TCR=97;TR=79;WE=57089138;WS=57089120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,108:0.53:205
chr16	57095775	rs3751710	C	T	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=135;ReadPosRankSum=-0.380;SC=GTCCCAGAGACTCCACAAGGC;SOR=1.306;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=12;WE=57095783;WS=57095765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr16	57099295	rs75662143	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=204;ReadPosRankSum=1.135;SC=CATCCTGTGGGGTAATAGCTG;SOR=0.764;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=15;WE=57099303;WS=57099285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,22:0.44:50
chr16	57103579	rs289710	G	A	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=534;ReadPosRankSum=0.798;SC=TCCAAGCTCTGTGGTGGCTTA;SOR=0.791;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=44;WE=57103587;WS=57103569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,75:0.45:166
chr16	57103854	rs289711	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.407;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=103;ReadPosRankSum=-0.952;SC=GTGGAGGGATTGGGGACAAGT;SOR=0.283;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=9;WE=57103862;WS=57103844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr16	57110635	rs10500405	C	T	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=315;ReadPosRankSum=0.280;SC=AATTCCTGGGCGTGTAAGGCT;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=24;WE=57110643;WS=57110625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr16	57111825	rs27392	T	C	6881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=74;PP=2965;SC=GCAGGCCCAGTACTCAATGCT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=76;TCR=74;TR=150;WE=57111833;WS=57111815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr16	57112967	rs77117879	C	A	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,115:0.41:278
chr16	57113229	rs42221	A	G	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=32;PP=1420;SC=CTGCCTGCCTAGGGGACCAGT;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=61;WE=57113237;WS=57113219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	57114924	rs154045	A	G	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=204;ReadPosRankSum=1.769;SC=CACGACTGGCACCCTGCTTTC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=16;WE=57114932;WS=57114914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr16	57114982	rs154044	C	T	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=229;ReadPosRankSum=-0.044;SC=GCTCTCCTGCCGCTGACTTTG;SOR=0.678;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=18;WE=57114990;WS=57114972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr16	57115274	rs154043	T	C	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.193;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=219;ReadPosRankSum=1.978;SC=TCAGCCTTCCTGCTGCACCTG;SOR=0.031;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=13;WE=57115282;WS=57115264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr16	57115604	rs77008839	C	T	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.544;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=180;ReadPosRankSum=-0.658;SC=CTGGAGGAGGCGGCAGGGCCT;SOR=1.445;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=14;WE=57115612;WS=57115594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr16	57116287	rs27195	A	G	1744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=820;ReadPosRankSum=-0.943;SC=ACAGATGGCAAAGATGGGAGG;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=49;WE=57116295;WS=57116277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,83:0.53:158
chr16	57116514	rs27194	T	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=166;ReadPosRankSum=0.406;SC=ACTGGGATAATTGACTCAGGA;SOR=0.631;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=11;WE=57116522;WS=57116504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr16	57127883	rs9926472	C	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=12;PP=402;ReadPosRankSum=-0.282;SC=CAGACCCTCCCCCCCTGTGGC;SOR=0.493;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=31;WE=57127891;WS=57127873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,46:0.51:91
chr16	57128099	rs8057953	T	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.642;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=22;PP=427;ReadPosRankSum=0.013;SC=TGTGGACGCTTGGGTTCGTTT;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=64;TCF=25;TCR=39;TR=34;WE=57128107;WS=57128089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,47:0.47:99
chr16	57128132	rs75443589	C	A	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.720;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=458;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TTCCTGTCTGCGTGCCTTGTC;SOR=1.930;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=24;WE=57128140;WS=57128122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
chr16	57144920	rs8053682	TG	AC	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=39;PP=911;SC=GGATCCAGGATGTCTGATGGA;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=51;WE=57144929;WS=57144910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	57151372	.	G	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.044;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=264;ReadPosRankSum=0.276;SC=GGAGGCTGGGGGAGTCTGAGG;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=22;WE=57151380;WS=57151358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr16	57153441	rs75543218	C	G	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=23;PP=594;ReadPosRankSum=-0.186;SC=TGCCCAGGGCCTGAGCTCACA;SOR=0.653;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=45;WE=57153449;WS=57153431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,89:0.49:182
chr16	57155457	rs4783976	T	C	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.71;ReadPosRankSum=1.892;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	57157206	rs2305696	C	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.507;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,49:0.44:112
chr16	57159248	rs4784771	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.439;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=484;ReadPosRankSum=-2.236;SC=ATCGGGGAGACGGGCACTGCT;SOR=0.816;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=35;WE=57159256;WS=57159238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,56:0.46:123
chr16	57159402	rs4784772	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=232;ReadPosRankSum=1.048;SC=GCAAAGTTAGACGGGAAGAAA;SOR=0.665;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=14;WE=57159410;WS=57159392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr16	57171233	rs2305693	C	G	6312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=124;PP=2965;SC=CCAGGAAACACGCACGTCCTC;SOR=1.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=60;TCR=125;TR=184;WE=57171241;WS=57171223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr16	57197745	rs62037356	G	T	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.318;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=20;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.591;SC=TATAAACTCTGGCCTGGTAAT;SOR=1.176;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=57197753;WS=57197735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr16	57249981	rs11391063	A	AT	1205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.684;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.768;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,92:0.55:167
chr16	57255363	rs7206038	T	C	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=17;PP=491;SC=ATGGGAGCAGTGGCAGTTTGC;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=57255371;WS=57255353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr16	57261146	rs11643790	A	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=9;PP=814;SC=CATCATCCAGAAAGCTTAGAA;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=57261154;WS=57261136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	57272961	rs3217258	ACT	A	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=417;ReadPosRankSum=-0.836;SC=GAAAAAAAAAACTCTCTAATC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=11;WE=57272970;WS=57272951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr16	57392733	rs4359426	A	C	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=708;ReadPosRankSum=1.294;SC=CAGAGCATGGATCGCCTACAG;SOR=0.828;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=52;WE=57392741;WS=57392723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,89:0.45:199
chr16	57394291	rs201942553	GC	G	1550.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=1795;ReadPosRankSum=-0.016;SC=AGGGGCTGGGGCCGAGGGTGA;SOR=0.910;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=20;WE=57394307;WS=57394281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,36:0.61:59
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chr16	57494402	.	G	GA	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.921;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr16	57503213	rs601194	C	T	2752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.443;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=39;PP=1089;ReadPosRankSum=-0.241;SC=CCGGTCAGTGCGGGAGAGCAT;SOR=0.606;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=144;TCF=68;TCR=76;TR=79;WE=57503221;WS=57503203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,140:0.51:272
chr16	57503773	rs223874	G	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.333;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=38;PP=923;ReadPosRankSum=-1.011;SC=GCTTTAGACCGTTTTTCCAGA;SOR=1.089;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=45;WE=57503781;WS=57503763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,47:0.59:79
chr16	57508960	rs477025	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=21.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.445;SOR=2.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,37:0.43:86
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chr16	57509184	rs147240098	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=452;ReadPosRankSum=0.696;SC=AGCCCACCCCGTCTGCCCAGC;SOR=0.909;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=26;WE=57509192;WS=57509174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,31:0.46:68
chr16	57509608	rs11445691	C	CT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr16	57509609	rs370038609	C	CT	40.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr16	57509956	rs2074545	G	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=175;ReadPosRankSum=-0.338;SC=GCCTGCCACAGGGGGCGGTGC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=16;WE=57509964;WS=57509946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr16	57562804	rs12935069	G	A	6406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.94;QD=24.00;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr16	57625470	rs11646739	C	T	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=3;PP=259;SC=TGATCATTCCCATAGCAACCA;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=57625478;WS=57625460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	57687314	rs2305307	T	C	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=246;ReadPosRankSum=-0.055;SC=CTGGGCAGGGTGGGACCTGGA;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=23;WE=57687322;WS=57687304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,27:0.42:64
chr16	57689385	rs1801257	C	G	1257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=766;ReadPosRankSum=-1.959;SC=AAGGCCGGAGCGGGGAGGCTG;SOR=0.682;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=47;WE=57689393;WS=57689375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,59:0.52:114
chr16	57689805	rs1801255	A	C	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.676;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=333;ReadPosRankSum=0.381;SC=ATTCCAGCCAAGTCCTGGGTG;SOR=0.599;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=29;TCR=38;TR=33;WE=57689813;WS=57689795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,61:0.50:121
chr16	57689883	rs1376041	T	C	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=27;PP=863;SC=TGGTGCTCACTTTCCAGCACC;SOR=1.197;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=57689891;WS=57689873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	57690606	rs11866912	C	A	728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.926;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=386;ReadPosRankSum=1.061;SC=TTCATATATTCAGTCATTTAT;SOR=0.495;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=29;WE=57690614;WS=57690596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,37:0.48:77
chr16	57691265	rs2305309	C	A	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=703;ReadPosRankSum=0.949;SC=GGCCAGCTCTCTCCTGTCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=74;TCF=43;TCR=31;TR=46;WE=57691273;WS=57691255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,70:0.57:122
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chr16	57697532	rs10852554	T	G	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=635;ReadPosRankSum=1.493;SC=AAGCAGAGATTCGGCCTCGTC;SOR=0.730;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=44;WE=57697540;WS=57697522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,64:0.43:149
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chr16	57713250	rs4238795	C	T	4031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=57;PP=1872;SC=GGCCTGGCAGCCACTGCAGGG;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=98;WE=57713258;WS=57713240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	57713534	rs9925766	A	G	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.532;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=1102;ReadPosRankSum=-1.122;SC=CCACAGTCGCACGCTTCACAC;SOR=0.371;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=75;TCF=59;TCR=16;TR=33;WE=57713544;WS=57713524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,37:0.45:83
chr16	57713536	rs4784006	G	A	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.856;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=8;PP=1719;ReadPosRankSum=1.882;SC=ACAGTCGCACGCTTCACACGC;SOR=1.302;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=79;TCF=62;TCR=17;TR=43;WE=57713544;WS=57713524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr16	57713679	rs9935751	C	A	8417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.03;ReadPosRankSum=0.376;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,224:0.48:467
chr16	57713685	rs9925879	A	C	8380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.79;ReadPosRankSum=0.142;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,223:0.47:471
chr16	57722328	rs12444859	C	T	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=34;PP=1152;SC=CAGTCTCCTCCTCTACTGCAA;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=65;WE=57722336;WS=57722318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	57722576	rs11648336	T	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr16	57735900	rs7196016	G	C	4928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=66;PP=2154;ReadPosRankSum=0.164;SC=AAGGGGAACTGCTTTGACTTC;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=255;TCF=128;TCR=127;TR=131;WE=57735908;WS=57735890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,237:0.52:457
chr16	57736047	rs72795521	G	A	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.848;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=441;ReadPosRankSum=-1.242;SC=AAGGAGGTATGGTCGGGCTTG;SOR=0.497;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=81;TCF=17;TCR=64;TR=29;WE=57736055;WS=57736037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,41:0.41:101
chr16	57738740	rs7194271	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr16	57738810	rs58373934	T	A	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.787;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=359;ReadPosRankSum=0.832;SC=GAGGAAAAGGTGCTGCCTAAG;SOR=0.519;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=25;WE=57738818;WS=57738800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,45:0.51:89
chr16	57741346	rs12933056	C	T	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=434;ReadPosRankSum=0.632;SC=CCATCTGACTCGTAGTCACCC;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=27;WE=57741354;WS=57741336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr16	57741612	rs2122486	G	C	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=28;PP=601;ReadPosRankSum=-0.053;SC=GGGGGAGCTGGGTGGGTGTGG;SOR=0.624;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=48;WE=57741620;WS=57741602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,63:0.51:124
chr16	57755789	rs58935089	A	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=0.926;SC=CTTCAGCTGCACCCTCCCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=7;WE=57755797;WS=57755779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr16	57756564	rs3826094	G	A	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=391;ReadPosRankSum=0.392;SC=ATGGCTGGGCGGGGCTGGCCC;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=24;WE=57756572;WS=57756554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr16	57756643	rs3809611	C	T	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=794;ReadPosRankSum=-1.723;SC=ACCCGCTGCCCGAACGGGAAG;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=59;TCR=42;TR=55;WE=57756651;WS=57756633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,116:0.56:206
chr16	57758508	rs12598604	A	C	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=275;ReadPosRankSum=-0.270;SC=TCTCCTCCCAACTCCCGCTCC;SOR=0.446;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=17;WE=57758516;WS=57758498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr16	57759844	rs4784008	C	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=34;ReadPosRankSum=0.543;SC=CTAGGAGGGGCTATTCCACGT;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=4;WE=57759852;WS=57759834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr16	57762401	rs2923147	T	C	933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.834;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.67;ReadPosRankSum=-1.866;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr16	57778488	rs2967152	A	G	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=63;PP=2026;SC=CTGCAGTTGTACTGCTTCCTC;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=113;WE=57778496;WS=57778478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr16	57778550	rs2967153	C	G	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=49;PP=1342;SC=AGCACTAACCCGGCAGTGTGG;SOR=1.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=22;TCR=49;TR=71;WE=57778558;WS=57778540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	57786517	rs2965797	C	T	3507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=56;PP=1648;SC=CCGTCAGGTACGCAGGCTGTG;SOR=1.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=94;WE=57786525;WS=57786507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr16	57786711	rs2965798	C	T	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=31;PP=1372;SC=TCAACCCAGACGGCTGCTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=46;TCR=31;TR=77;WE=57786719;WS=57786701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	57794888	rs2965799	A	T	6382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=70;PP=2598;SC=GGCACCCACCAGATCAGGCCT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=71;TCR=72;TR=140;WE=57794896;WS=57794878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr16	57795394	rs2967172	G	A	10681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=120;PP=2965;SC=GCCCACTGCCGTCTGGGCACA;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=92;TCR=120;TR=212;WE=57795402;WS=57795384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
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chr16	57803911	rs3803590	A	G	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=58;PP=1786;SC=GGTGCGGGAGAGAGAGGGGCA;SOR=1.187;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=88;WE=57803919;WS=57803901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	57805048	rs2967166	A	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	57805078	rs2965790	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=6;PP=269;SC=GGGCCTTGGGCTGAGGCACAG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=57805086;WS=57805068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	57805176	rs2967165	A	G	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=19;PP=1132;SC=GGCGCCGACTAAGCCGCTCCT;SOR=1.151;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=57805184;WS=57805166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	57806030	rs2965789	A	G	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=259;SC=AGGGTGGGATATGCGGGCTCA;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=57806038;WS=57806021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	57850141	rs1477404	C	G	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=517;ReadPosRankSum=2.957;SC=AACCGAGGCCCGGAAAGTGTC;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=41;WE=57850149;WS=57850131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,71:0.50:141
chr16	57918035	rs13338071	T	C	3895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=48;PP=1372;ReadPosRankSum=0.723;SC=ACACACCTGCTGGAACTGCGC;SOR=0.698;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=222;TCF=125;TCR=97;TR=111;WE=57918043;WS=57918025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,197:0.49:400
chr16	57921752	rs11076207	A	G	267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=-0.255;SC=GTTCCCAACCACATTACCTGT;SOR=1.329;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=15;WE=57921760;WS=57921742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr16	57935211	rs191259534	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=51;ReadPosRankSum=-1.898;SC=AAAGCCAGGGGGATGGTGAAC;SOR=0.569;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=8;WE=57935219;WS=57935201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr16	57937856	rs413562	G	C	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.800;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=278;ReadPosRankSum=0.120;SC=AGGTCTGTCCGGCGGTGGCGG;SOR=0.813;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=28;WE=57937864;WS=57937846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr16	57937895	rs437920	G	A	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.194;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=262;ReadPosRankSum=3.068;SC=TCTGGGGGAAGGGTTATGGGA;SOR=1.077;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=15;WE=57937903;WS=57937885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,26:0.41:63
chr16	57946973	rs434961	A	G	1375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=914;ReadPosRankSum=-0.107;SC=ACGGGCGCCGAGACTCAGGGC;SOR=1.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=48;WE=57946981;WS=57946963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr16	57949224	rs10459809	G	T	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.610;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=0.569;SC=AAGGGCAGGAGGCTGAGCAGG;SOR=0.874;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=22;WE=57949232;WS=57949214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,46:0.47:98
chr16	57949251	rs483053	G	A	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=23;PP=664;SC=TGAAATCCCAGTGGGACACCA;SOR=0.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=57949259;WS=57949241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	57950057	rs376270	G	A	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.746;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=651;ReadPosRankSum=2.021;SC=ACTTCAGGTAGTTATTTCGCA;SOR=0.957;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=45;WE=57950065;WS=57950047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,77:0.47:165
chr16	57950178	rs440565	G	C	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	57950270	rs4784871	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.553;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=148;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GAGGAGGGATCTGTTCTGGTC;SOR=3.486;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=10;WE=57950278;WS=57950260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr16	57951394	rs3991715	T	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=278;ReadPosRankSum=-0.101;SC=TGGGGAAGGTTGACGGGGACG;SOR=0.674;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=18;WE=57951402;WS=57951384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,22:0.47:47
chr16	57951421	rs691490	G	A	305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.120;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.090;NF=2;NR=12;PP=207;ReadPosRankSum=1.526;SC=CATCAGCCAGGCAAGGCTCTT;SOR=0.299;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=14;WE=57951429;WS=57951411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr16	57952870	rs489106	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=328;ReadPosRankSum=0.632;SC=TGAAAGGTATAAAAGATCATG;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=17;WE=57952878;WS=57952860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr16	57953010	rs35424571	C	G	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=38;PP=997;ReadPosRankSum=1.321;SC=CACTGGTCAGCGGGTCAATGC;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=76;WE=57953018;WS=57953000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,130:0.52:248
chr16	57954268	rs166000	A	G	4452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=36;PP=1679;SC=ATCCAGGTAGACCCCCTCCAG;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=57954276;WS=57954258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr16	57957118	rs71387201	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=6.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	57957138	rs247065	G	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=6;PP=300;SC=CACCCTCCCCGCAGTCTTTCA;SOR=0.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=57957146;WS=57957128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	57957216	rs12927214	A	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.325;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=2.314;SC=CCAGGCAACCACTGGGGACTC;SOR=1.072;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=15;WE=57957224;WS=57957206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr16	57974240	rs2303778	G	A	1902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=46;PP=1057;ReadPosRankSum=0.669;SC=GACCCGGGGCGGGGTGGGGAG;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=38;TCR=82;TR=68;WE=57974248;WS=57974230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,94:0.51:186
chr16	57984483	rs152143	G	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=638;SC=TGGGATGTGCGGGAGAGTGGG;SOR=2.925;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=26;WE=57984491;WS=57984473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	57991123	rs34759686	GC	G	1182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=7;PP=551;SC=GACCCTAACTGCCCCCCTGTG;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=18;WE=57991131;WS=57991113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	57991317	rs503686	C	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=399;ReadPosRankSum=2.363;SC=AATCCTGCCACGGCCTCTTCA;SOR=0.676;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=26;WE=57991325;WS=57991307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,41:0.47:87
chr16	57992119	rs399634	T	A	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-3.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=460;ReadPosRankSum=-0.266;SC=CCTCCCCCGCTGACTGTGAAC;SOR=0.843;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=36;TCF=31;TCR=5;TR=26;WE=57992127;WS=57992117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr16	57992229	rs147036428	G	GGGTCCCTTCTTCCTACTGTGCCTTCACACCCCAGGGACACA	3506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=33.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-2.602;QD=14.80;ReadPosRankSum=-1.817;SOR=2.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,54:0.23:237
chr16	57996932	rs17821448	G	A	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=463;ReadPosRankSum=0.181;SC=CCTTCTCTACGCCCTTCATGA;SOR=0.579;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=35;WE=57996940;WS=57996922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,69:0.34:201
chr16	57996960	rs13336595	C	T	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.281;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=378;ReadPosRankSum=0.799;SC=CAGTACCCTGCGGCTGGGACT;SOR=0.591;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=30;WE=57996968;WS=57996950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,58:0.36:159
chr16	57998345	rs3859043	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=645;ReadPosRankSum=0.274;SC=GGGGAGAATGCGGGCCCCCCT;SOR=0.954;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=71;TCF=48;TCR=23;TR=45;WE=57998353;WS=57998335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,53:0.52:101
chr16	58019065	rs35768173	TG	T	1019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.34;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	58019070	rs2304485	G	C,T	957.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=39.91;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,15,9:0.62,0.38:24
chr16	58019253	rs2304486	G	C	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.338;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=476;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GGGGTTGAGGGGGGAGGAGAC;SOR=0.308;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=34;WE=58019261;WS=58019243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,56:0.49:115
chr16	58019396	rs9934227	G	A	10637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=98;PP=2965;SC=TACTGCCTCAGCCAGAACCCC;SOR=0.783;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=116;TCR=99;TR=213;WE=58019404;WS=58019386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr16	58021395	rs2241771	A	C	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=83;PP=2012;SC=CTGGCCAGACAGAGGACTTAT;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=43;TCR=83;TR=126;WE=58021403;WS=58021385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr16	58030401	rs3743555	T	C	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=18;PP=1264;SC=GTCAGGCTGGTAGGGGCCACA;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=64;WE=58030409;WS=58030391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	58030634	rs3743556	C	T	9221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=127;PP=2965;SC=ACTTGTAGGGCTTCTCGCCTG;SOR=0.733;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=253;TCF=123;TCR=130;TR=250;WE=58030642;WS=58030624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr16	58035652	rs12599089	A	T	116.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=4;PP=81;SC=CCTCCCCCCCACCCCAGACAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=58035660;WS=58035642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	58036347	rs3743560	G	A	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=37;PP=1776;SC=ATGCTAACAGGATAAATGTAC;SOR=1.155;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=65;TCR=38;TR=102;WE=58036355;WS=58036337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr16	58051178	rs4784022	C	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=371;SC=TGCTCGGCTGCGCAGATGGCT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=58051186;WS=58051168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	58053161	rs3743562	C	T	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=161;SC=TTATTAACAACACAGATCTTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=58053169;WS=58053151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	58200464	rs112507755	ACT	A	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.708;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.086;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,22:0.14:152
chr16	58292214	rs1125849	A	G	457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=143;ReadPosRankSum=2.867;SC=TTTTCTTAGAAGACACATCCT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=15;WE=58292222;WS=58292204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr16	58292547	rs16959998	G	A	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=162;ReadPosRankSum=0.847;SC=CCACATATGCGGATTTTCTTT;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=11;WE=58292555;WS=58292537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	58296542	rs9923694	T	C	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=8.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.087;SOR=2.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr16	58296545	rs3815802	G	A	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=5.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=2.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr16	58313566	rs6499945	T	G	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.724;HP=7;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=363;ReadPosRankSum=0.036;SC=TTATCATTTTTTTTCTTTTTT;SOR=0.380;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=16;WE=58313586;WS=58313556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr16	58313578	rs71155257	CT	C	932.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.66;ReadPosRankSum=0.565;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,29:0.52:56
chr16	58318604	rs3815803	T	C	1509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.006;QD=9.26;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,82:0.50:163
chr16	58318721	rs11313996	AT	A	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=1.100;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.644;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr16	58320211	rs4784916	T	C	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr16	58327646	rs2288012	A	G	1537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=644;ReadPosRankSum=-1.832;SC=TGGTGGAAGAATAGAGAAGGC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=46;WE=58327654;WS=58327636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,76:0.51:148
chr16	58528736	rs371388096	T	TAA	268.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.72;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr16	58528812	rs34720527	G	A	1986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=26;PP=990;ReadPosRankSum=-0.033;SC=GGCCCCACGGGCTCCCCAGAC;SOR=0.803;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=147;TCF=85;TCR=62;TR=68;WE=58528820;WS=58528802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,102:0.45:226
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chr16	58538662	rs9928398	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.547;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=240;ReadPosRankSum=-2.799;SC=TCCCTGCTCTCGCTTCTCCTC;SOR=1.085;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=15;WE=58538670;WS=58538652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr16	58540037	rs72227893	CGT	C	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=428;ReadPosRankSum=1.624;SC=GTTGAAAGAGCGTGTGTGTGT;SOR=0.580;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=14;WE=58540046;WS=58540027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,13:0.28:46
chr16	58540062	rs2550426	C	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=3.015;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr16	58540264	rs141484990	C	T	2800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1235;ReadPosRankSum=-2.261;SC=CTGGCCCCGCCCGGCCCTGTT;SOR=0.685;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=83;TCR=77;TR=80;WE=58540272;WS=58540254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,141:0.47:299
chr16	58540531	rs2271948	A	G	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=0.572;SC=AAGGGGGGGAACTTCTGCAGA;SOR=0.879;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=13;WE=58540539;WS=58540521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr16	58540875	rs17821543	G	A	1372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=534;ReadPosRankSum=-0.442;SC=TTGGGAACGTGGTGAACCAGG;SOR=0.612;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=37;TCR=56;TR=40;WE=58540883;WS=58540865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,77:0.46:167
chr16	58544640	rs12597973	C	G	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=2.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,95:0.52:184
chr16	58545426	rs42945	A	G	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=724;ReadPosRankSum=2.114;SC=GCACCCACTCAGAGAGCAGCG;SOR=0.806;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=54;WE=58545434;WS=58545416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,69:0.55:126
chr16	58549932	rs4784046	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-0.437;SC=CGGAGAGCTGTTGTTCGTGGT;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=12;WE=58549940;WS=58549922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr16	58550300	rs77328516	A	AAC	2358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.06;MQRankSum=1.287;NF=14;NR=18;PP=1324;ReadPosRankSum=0.461;SC=CTGCTGCAAGAAGTTTCCCCG;SOR=0.765;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=32;WE=58550308;WS=58550290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,64:0.38:168
chr16	58552228	rs2280397	G	A	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=547;ReadPosRankSum=-0.286;SC=AGTTGACTTTGTAGACTGGGT;SOR=0.634;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=34;WE=58552236;WS=58552218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr16	58552921	rs3607	G	A	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.498;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=447;ReadPosRankSum=-1.095;SC=AGTTGTTGGAGCTGACAAGTT;SOR=0.542;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=82;TCF=31;TCR=51;TR=38;WE=58552929;WS=58552911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,54:0.47:116
chr16	58552959	rs3169293	A	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=341;ReadPosRankSum=2.898;SC=CTGAAGGAACAGCAATAAGAA;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=22;WE=58552967;WS=58552949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr16	58554780	rs17821549	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=233;ReadPosRankSum=0.245;SC=TCAGGAAGAGCTGAAAGGATT;SOR=0.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=20;WE=58554788;WS=58554770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,26:0.47:55
chr16	58557209	rs71155275	G	GA	254.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=1.471;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.081;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr16	58561966	rs35432891	G	A	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=256;ReadPosRankSum=0.714;SC=GCAGTAAGCCGAGACTGCACC;SOR=0.846;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=15;WE=58561974;WS=58561956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr16	58571185	rs2244453	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=113;ReadPosRankSum=-0.977;SC=TACAGACATACGCATGTATAG;SOR=0.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=8;WE=58571193;WS=58571175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,9:0.30:30
chr16	58573946	rs246195	C	T	59.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5040;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=36;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TAGAGGTCTACTAGTATGTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=58573954;WS=58573936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	58575489	rs11540994	G	A	2709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,138:0.56:246
chr16	58577315	.	G	GA	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.55;ReadPosRankSum=1.428;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,13:0.18:71
chr16	58577421	rs41260	C	T	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.030;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=552;ReadPosRankSum=2.176;SC=TAAGTGGTAACGCCCAGTGCC;SOR=1.088;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=33;WE=58577429;WS=58577411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr16	58580213	rs2241570	T	C	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,74:0.47:157
chr16	58585178	.	TA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.281;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr16	58587737	rs11866002	C	T	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.239;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=598;ReadPosRankSum=1.358;SC=AAGCCAAATGCTGACAATACT;SOR=0.865;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=105;TCF=49;TCR=56;TR=47;WE=58587745;WS=58587727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,95:0.49:195
chr16	58589112	rs1568399	G	A	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=515;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CCCTGTCTGCGGGGTCAGGGA;SOR=0.776;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=34;WE=58589120;WS=58589102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr16	58594340	rs71739184	AT	A	107.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=0.924;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr16	58610257	rs9936144	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=89;ReadPosRankSum=-1.015;SC=CTTGTGGATCCGCCCACCTCA;SOR=0.184;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=7;WE=58610265;WS=58610247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	58614733	rs72790275	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=260;ReadPosRankSum=0.536;SC=AATGTTTTCACTAGGCTATTG;SOR=0.997;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=15;WE=58614741;WS=58614723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr16	58616898	rs144285925	T	TA	1298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.036;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.856;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,74:0.52:142
chr16	58616984	rs17854029	T	C	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.906;NF=38;NR=36;PP=1119;ReadPosRankSum=-1.024;SC=CATCTGTTAATCCTGAATGAG;SOR=0.572;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=74;WE=58616992;WS=58616974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,107:0.46:235
chr16	58620995	rs12443835	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.135;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr16	58621010	rs35860581	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=21;ReadPosRankSum=-1.109;SC=TTTCAGATTATCTTACTCTCT;SOR=0.693;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=4;WE=58621018;WS=58621000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr16	58622596	rs34716647	TC	T	3177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=17;PP=2275;SC=CCAGCTACAATCACTTCCGGA;SOR=1.949;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=51;WE=58622612;WS=58622586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	58622604	rs34161389	G	A	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.932;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.064;NF=28;NR=9;PP=596;ReadPosRankSum=-3.146;SC=AATCACTTCCGGATGCTATTT;SOR=0.960;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=37;WE=58622612;WS=58622586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,45:0.54:83
chr16	58622842	rs34014750	G	C	1430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=2.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.92;ReadPosRankSum=2.194;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,73:0.56:131
chr16	58622870	rs79349898	G	A	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr16	58703878	.	C	CA	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.046;SOR=1.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr16	58703966	rs9923128	A	G	1959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.531;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=30;PP=753;ReadPosRankSum=0.054;SC=ACAAAGCCACATTCCAATCCA;SOR=0.625;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=58;WE=58703974;WS=58703956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,98:0.57:173
chr16	58704861	rs9806843	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=280;ReadPosRankSum=0.016;SC=TCTCTCCTGCATGTTTTGAGC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=20;WE=58704869;WS=58704851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr16	58709824	.	T	TG	710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.857;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=197;ReadPosRankSum=0.416;SC=TCCCAGGTCTTGGGGGGGGGG;SOR=0.556;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=19;WE=58709840;WS=58709814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,39:0.45:87
chr16	58743454	rs30842	A	C	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=50;PP=2077;SC=GTCAGCCATGACTTTCACTTC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=57;TCR=51;TR=107;WE=58743462;WS=58743444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr16	58750604	rs1058192	G	A	796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=7;PP=538;SC=ATTGGCAGAGGCAAACATTAA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=58750612;WS=58750594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	58750869	rs7204324	A	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.496;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=0.711;SC=GGAAGACTCAACTTATACCCA;SOR=1.002;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=14;WE=58750877;WS=58750859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr16	58752466	rs11076256	C	T	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.549;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=359;ReadPosRankSum=-1.695;SC=AAGTCAAAACCGCAAGTCTTG;SOR=0.399;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=24;WE=58752474;WS=58752456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr16	58757668	rs14221	A	C	4350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=43;PP=1639;SC=CGCTAGGCAGAACGTAAGGCT;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=82;WE=58757676;WS=58757658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr16	58757683	rs257636	A	G	3521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=36;PP=1250;SC=AAGGCTTTCCATTATCATCCC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=72;WE=58757691;WS=58757673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	58767848	rs12921667	G	A	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=91;ReadPosRankSum=0.339;SC=GGATCCTGAGGATCACTGTGG;SOR=0.269;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=7;WE=58767856;WS=58767838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	58767916	rs3217426	AGT	A	1113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.27;ReadPosRankSum=-0.470;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,47:0.94:50
chr16	61687701	rs16963768	C	T	7417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=80;PP=2965;SC=ATGGCGGGGCCGTGGGATCAT;SOR=0.992;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=113;TCR=80;TR=192;WE=61687709;WS=61687691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr16	61689269	rs8054635	C	T	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=320;SC=TCCTCTTCCCCAACGGAATGC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=61689277;WS=61689259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	61747669	rs12446623	T	G	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=335;SC=TAATGATAATTTTCAGTTATG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=61747677;WS=61747659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	64982033	rs2280394	C	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=432;ReadPosRankSum=0.329;SC=GGTAAGCATTCGTTAAGTCCA;SOR=0.938;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=30;WE=64982041;WS=64982023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,44:0.51:87
chr16	65005462	rs12597529	G	A	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.876;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,110:0.50:221
chr16	65016087	rs35213	A	C	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.479;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=604;ReadPosRankSum=1.705;SC=TCTTCTACTGAGATCTTGACG;SOR=0.906;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=37;WE=65016095;WS=65016077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,52:0.44:119
chr16	65016285	rs35212	C	A	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=431;ReadPosRankSum=-0.150;SC=TTTATAGGGACGAGTGAATAT;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=26;WE=65016293;WS=65016275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr16	65022114	rs28216	C	T	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.381;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=47;PP=1315;ReadPosRankSum=0.442;SC=TGATTTCAAACGATTCCATAC;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=102;TCR=106;TR=93;WE=65022122;WS=65022104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,158:0.44:363
chr16	65025658	rs35196	T	C	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=25;PP=1351;SC=GAAAGCCAAGTCCACCTACTT;SOR=1.154;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=68;WE=65025666;WS=65025648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	65025849	rs35194	A	G	2138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=35;PP=1179;SC=CTGGACAGGTAAGCAGGCAAC;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=57;WE=65025857;WS=65025839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	65319250	rs189840932	G	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.477;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=229;ReadPosRankSum=0.081;SC=GAGGTGTAGCGCTGGGCTGCA;SOR=1.236;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=19;WE=65319258;WS=65319240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr16	65345241	rs187688743	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=221;ReadPosRankSum=0.633;SC=CTAAGGCAGAAGCTTTTAAAG;SOR=0.985;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=15;WE=65345249;WS=65345231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr16	65397267	rs146122854	A	G	696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=362;ReadPosRankSum=-1.224;SC=ACTTCAGACAAAAAAATATAC;SOR=0.877;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=20;WE=65397275;WS=65397257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,33:0.51:65
chr16	65397282	rs3913028	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=296;ReadPosRankSum=-0.361;SC=ATATACACATACTCTGTAATG;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=17;WE=65397290;WS=65397272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,25:0.48:52
chr16	66420885	rs1130844	C	T	4565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=59;PP=1841;SC=AGGACACTGGCGAAAACCTGG;SOR=0.839;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=109;WE=66420893;WS=66420875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	66424235	rs2304527	T	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=25;NR=4;PP=738;SC=TATGTTAGAATAGCTGAAAGA;SOR=2.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=66424243;WS=66424225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	66432303	rs113303884	GACCACCCC	G	3557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=23;PP=2983;SC=CTAAACCTCAGACCACCCCAC;SOR=1.339;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=37;WE=66432318;WS=66432293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	66432381	rs16956504	T	C	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.933;HP=3;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=783;ReadPosRankSum=2.428;SC=ATCTCCGCAATAGACAAGGAC;SOR=0.657;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=57;WE=66432389;WS=66432371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,108:0.47:230
chr16	66432423	rs1049970	TC	CT	10282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr16	66434571	rs6499082	G	C	1326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=3;PP=938;SC=AGCAGCCCAGGGAGCACGCAG;SOR=3.109;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=34;TCR=3;TR=37;WE=66434579;WS=66434561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	66436460	rs113672170	G	A	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.73;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	66437131	rs1063438	A	T	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=32;PP=912;SC=GGCCAGTCAGACGCCAGGCAC;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=39;WE=66437139;WS=66437121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	66546029	rs141234377	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=159;ReadPosRankSum=0.707;SC=CCTCCTTTCACAGCTGGAGAC;SOR=0.671;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=11;WE=66546037;WS=66546019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr16	66599710	rs2232727	G	A	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=-1.292;SC=GGAATCTGGTGGGCAGACCAC;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=66599718;WS=66599707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr16	66601057	rs377761335	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=1.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.433;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,18:0.25:73
chr16	66646591	rs3743719	C	T	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=64;PP=1684;SC=TCCACCCCTGCGCCTCACAGG;SOR=1.470;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=26;TCR=64;TR=90;WE=66646599;WS=66646581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	66757487	.	G	GT	511.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=4.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=1.520;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,47:0.44:107
chr16	66757728	rs77481802	GA	G	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.211;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.922;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr16	66759682	rs2305311	C	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=231;ReadPosRankSum=-0.034;SC=TCCATCCTTGCAGCACTACTC;SOR=1.164;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=16;WE=66759690;WS=66759672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,24:0.51:47
chr16	66759976	rs2305310	C	T	40.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr16	66762847	rs12599882	T	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=314;ReadPosRankSum=-1.621;SC=GCAAGCTCTTTGTGACTTCCC;SOR=0.587;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=20;WE=66762855;WS=66762837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr16	66776657	rs4407052	G	A	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=337;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GGAAGATCTTGAAGGTGACAG;SOR=0.919;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=23;WE=66776665;WS=66776647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
chr16	66792714	rs363156	T	C	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=-0.346;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,47:0.51:93
chr16	66793226	rs363157	T	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=243;ReadPosRankSum=0.686;SC=TATGTGTAGATGTCACAAAAT;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=21;WE=66793234;WS=66793216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr16	66811035	.	G	GA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.045;ClippingRankSum=0.000;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.830;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr16	66812653	rs363161	T	A	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=301;ReadPosRankSum=0.277;SC=TCCTTCCACCTGTGAGAAACT;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=16;WE=66812661;WS=66812643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr16	66812797	rs363162	C	T	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.255;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1285;ReadPosRankSum=-0.287;SC=CCACAGTCTTCGTCACAACCA;SOR=0.813;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=208;TCF=118;TCR=90;TR=88;WE=66812805;WS=66812787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,148:0.41:364
chr16	66842794	rs363169	A	T	134.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=109;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CGTTATCTTTAATATCATCAC;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=66842802;WS=66842784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
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chr16	66861966	rs152164	G	A	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=1.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,128:0.57:225
chr16	66885652	rs151460	A	G	980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.673;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=23;PP=484;ReadPosRankSum=-0.361;SC=CCCCTGACCCAAGCAGCCCGA;SOR=1.175;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=32;WE=66885660;WS=66885642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
chr16	66886496	rs375038584	AAAAG	A	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=1.819;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr16	66886505	rs369232559	GAAAAGAA	G	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=2.188;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	66886559	rs152168	G	A	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.974;NF=24;NR=9;PP=498;ReadPosRankSum=-0.119;SC=GAAGTTGCTGGTTTGGTCCCA;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=45;TCR=16;TR=33;WE=66886567;WS=66886549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr16	66946894	rs150509525	CGT	C	1085.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.402;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.917;NF=6;NR=32;PP=1132;ReadPosRankSum=0.897;SC=AATTTGAGCTCGTGTGTGTGT;SOR=0.446;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=116;TCF=12;TCR=104;TR=38;WE=66946907;WS=66946884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,51:0.39:132
chr16	67038140	rs80049126	G	A	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=515;ReadPosRankSum=0.500;SC=AAGTGAGTAGGAGTTCAATTG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=35;WE=67038148;WS=67038130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,63:0.51:123
chr16	67070808	.	AT	A	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	67197776	rs5817616	C	CG	633.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=381;ReadPosRankSum=-1.113;SC=TGAGAGGGAACGGGGGGGGTG;SOR=0.368;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=19;WE=67197784;WS=67197766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,26:0.90:29
chr16	67221050	rs9924876	A	G	5058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=61;PP=2529;SC=GCCTGGAGATAGGTGGCCTGG;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=117;WE=67221058;WS=67221040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr16	67227068	rs142486052	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.901;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=454;ReadPosRankSum=-1.515;SC=ACGTGCAGAACAGCTGATATC;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=34;WE=67227076;WS=67227058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,48:0.61:79
chr16	67229793	.	ACAG	A	1021.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=2.132;QD=4.22;ReadPosRankSum=-0.655;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,44:0.18:242
chr16	67233266	rs12923138	A	C	2143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=22;PP=588;ReadPosRankSum=-1.364;SC=GATTGCCATCAAGATGCGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=44;WE=67233274;WS=67233256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,112:0.49:228
chr16	67260810	.	TC	T	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=332;ReadPosRankSum=0.983;SC=TGACAGCCCCTCCCCAAAGCT;SOR=0.368;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=12;WE=67260818;WS=67260800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr16	67316600	rs7200919	G	A	3034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1213;ReadPosRankSum=1.420;SC=TGAGCCCCCAGTCCATAGCAG;SOR=0.749;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=172;TCF=75;TCR=97;TR=83;WE=67316608;WS=67316590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,154:0.53:293
chr16	67324957	rs27860	T	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=28;PP=644;SC=AGATGCAGAGTGGGGACTTCT;SOR=1.197;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=44;WE=67324965;WS=67324947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	67516419	.	C	G	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.979;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=1;PP=233;ReadPosRankSum=-0.291;SC=CTCCCACCCCCTCCATGAACC;SOR=3.682;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=17;WE=67516427;WS=67516409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,15:0.39:38
chr16	67579579	.	G	A	2497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.380;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=61;PP=1663;ReadPosRankSum=0.956;SC=CTACTGGTGCGGAATCTGAAC;SOR=1.027;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=167;TCF=58;TCR=109;TR=89;WE=67579587;WS=67579569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,130:0.53:245
chr16	67670472	.	GTA	G	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=7.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.310;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr16	67691668	rs6979	A	G	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=32;PP=1199;ReadPosRankSum=-0.603;SC=CACTCACCTGACAGCTTGGAC;SOR=0.732;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=117;TCF=61;TCR=56;TR=70;WE=67691676;WS=67691658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,101:0.55:182
chr16	67805993	rs35741053	C	CA	98.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr16	67859257	rs117624237	C	A	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=253;ReadPosRankSum=-2.199;SC=CCCATTCATTCAGCATTCCTA;SOR=0.776;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=18;WE=67859265;WS=67859247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,41:0.53:78
chr16	67863451	rs3743733	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=147;ReadPosRankSum=-0.133;SC=TCACAGGGATTCCAGGCCTGA;SOR=0.540;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=11;WE=67863459;WS=67863441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr16	67876823	rs377516180	ACAG	A	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.512;QD=1.55;ReadPosRankSum=1.156;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,23:0.11:207
chr16	67913918	rs80281232	A	C	1653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.332;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=595;ReadPosRankSum=-0.820;SC=GGCTGGTACCAGATGATGCCA;SOR=0.583;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=48;WE=67913926;WS=67913908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,82:0.58:141
chr16	67979423	rs17851876	G	T	2923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=51;PP=1454;ReadPosRankSum=-1.347;SC=CTCTCCAGCCGCAGGGCCGAG;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=192;TCF=87;TCR=105;TR=94;WE=67979431;WS=67979413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,140:0.48:291
chr16	67985706	rs2292318	C	T	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=147;ReadPosRankSum=-0.672;SC=AAGAGCAAGACGACGGGAGGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=67985714;WS=67985696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr16	67997920	rs3785100	T	C	1519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=840;ReadPosRankSum=-1.442;SC=CACAGCACCTTCGGCTGCCAT;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=49;TCR=70;TR=58;WE=67997928;WS=67997910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,79:0.42:187
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chr16	68055495	rs13816	G	C	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.032;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=27;PP=958;ReadPosRankSum=0.177;SC=AGGTTGCTTGGGGCAAAGGCT;SOR=0.785;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=138;TCF=86;TCR=52;TR=74;WE=68055503;WS=68055485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,104:0.46:228
chr16	68057096	rs237831	T	C	2650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=47;PP=1415;SC=ACCGGCCGCGTTAGAGCCATG;SOR=1.514;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=18;TCR=47;TR=65;WE=68057104;WS=68057086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	68088485	rs11555011	A	G	1607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.989;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.020;NF=20;NR=29;PP=698;ReadPosRankSum=2.186;SC=AGGGGACTTCAGACGCAGAGC;SOR=0.845;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=49;WE=68088493;WS=68088475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,80:0.52:155
chr16	68100461	rs2285912	C	T	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=34;PP=1224;SC=TGTGGTCCTCCTCCTCAGCTA;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=68100469;WS=68100451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	68119555	rs3743735	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=2.984;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,31:0.53:58
chr16	68155860	rs200192900	GTT	G	572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.351;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr16	68160289	rs3815173	T	G	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=1.378;SC=AAAGAAGCCATTTGAATCATT;SOR=0.275;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=68160297;WS=68160288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	68172416	rs12596883	A	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-1.499;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr16	68224582	rs7199588	C	T	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=156;ReadPosRankSum=-0.987;SC=CCTCAGCTTACGCTGTAGTTG;SOR=0.357;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=12;WE=68224590;WS=68224572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr16	68255037	rs145240988	T	G	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.636;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=99;ReadPosRankSum=-1.805;SC=TTAGTATTTTTAACAACTTAA;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=6;WE=68255045;WS=68255027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr16	68286427	rs17688076	C	A	2680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,132:0.56:234
chr16	68286578	rs11368218	GA	G	1776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.192;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.939;NF=1;NR=34;PP=1108;ReadPosRankSum=2.148;SC=CACAGTTCTAGAAAACTAATA;SOR=0.530;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=74;TCF=3;TCR=71;TR=35;WE=68286586;WS=68286568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,76:0.54:141
chr16	68288983	rs2290700	T	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=1.512;SC=TGGGATGGGGTTTCTGCCGGA;SOR=0.722;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=10;WE=68288991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr16	68289059	rs2290699	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=198;ReadPosRankSum=0.302;SC=CTCTGATCAGCGTGGGCACAG;SOR=0.580;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=16;WE=68289067;WS=68289049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,22:0.54:41
chr16	68289313	rs8062085	C	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=354;ReadPosRankSum=0.319;SC=CCCTCCCTGACGTCTCGGGAG;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=18;WE=68289321;WS=68289303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr16	68293320	rs3743739	T	C	4013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=1875;ReadPosRankSum=-0.580;SC=GCCTCTATGGTACTGGCGTCC;SOR=0.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=273;TCF=136;TCR=137;TR=123;WE=68293328;WS=68293310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,201:0.48:421
chr16	68321859	rs2305811	G	A	189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=-0.349;SC=TTCACTGCTCGGCTGTTTCTA;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=68321867;WS=68321849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	68325665	.	G	GGTGTGTGTGTGT	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=-0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=9;PP=138;ReadPosRankSum=-3.088;SC=GGGCATATAGGGTGTGTGTGT;SOR=0.446;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=10;WE=68325674;WS=68325655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr16	68335392	rs11350	T	C	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.751;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=375;ReadPosRankSum=0.710;SC=GAAAGGTCTGTTTTTGTTCCC;SOR=1.231;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=22;WE=68335400;WS=68335382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr16	68344363	rs8063446	A	C	1550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=614;ReadPosRankSum=-0.186;SC=TGGCCGCTCGAGGTGGTCCCC;SOR=0.653;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=53;WE=68344371;WS=68344353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,82:0.45:183
chr16	68356187	rs7203220	A	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=0.511;SC=ACTGCAGCCTAGACTTCTTGG;SOR=1.112;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=13;WE=68356195;WS=68356177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr16	68356419	rs4783618	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=21;ReadPosRankSum=0.458;SC=CTTGTTTACCATGTGTATATC;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=3;WE=68356427;WS=68356409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr16	68361974	rs73613962	T	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=276;ReadPosRankSum=-1.830;SC=ATATTTATTATTGTGCCTAAT;SOR=0.515;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=20;WE=68361982;WS=68361964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,27:0.68:40
chr16	68363181	rs1111571	G	A	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=62;ReadPosRankSum=-1.667;SC=TAGCATAGAAGTGGGACCTCT;SOR=0.317;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=8;WE=68363189;WS=68363171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
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chr16	68386400	.	A	G	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.902;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.761;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=799;ReadPosRankSum=-0.097;SC=GTGCCTGTAGAGCGGCTCAGG;SOR=1.026;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=44;WE=68386408;WS=68386390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr16	68387341	rs79543001	C	T	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.038;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr16	68387457	rs61746794	C	T	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=-0.653;SC=ACATCATGGACGACATGATTA;SOR=0.760;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=17;WE=68387465;WS=68387447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr16	68387496	rs1868159	A	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=61;ReadPosRankSum=1.245;SC=TCTGCATAGTACCCCCGACCT;SOR=0.551;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=8;WE=68387504;WS=68387486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr16	68391189	rs7192234	C	G	1549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=43;PP=978;ReadPosRankSum=-0.592;SC=GGCTTTCTAGCGGGGAAGGCT;SOR=0.799;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=137;TCF=49;TCR=88;TR=65;WE=68391197;WS=68391179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,77:0.48:162
chr16	68395061	rs2279540	T	C	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=309;ReadPosRankSum=-0.566;SC=GGCCCAGGGATGGGCTGCAGC;SOR=0.718;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=25;WE=68395069;WS=68395051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,37:0.47:78
chr16	68395675	rs56899435	G	A	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=5.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=-0.268;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,59:0.58:101
chr16	68397275	rs371881269	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.971;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=86;ReadPosRankSum=-1.543;SC=ATGAGGGACAGGTTTCTGCCA;SOR=1.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=68397283;WS=68397265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr16	68397530	rs3826167	T	G	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=82;ReadPosRankSum=2.904;SC=GGGGGTGGCCTCTGTGGGTGG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=9;WE=68397538;WS=68397520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr16	68397775	rs3743743	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.998;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,53:0.43:124
chr16	68397909	rs1465470	A	G	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=116;ReadPosRankSum=-0.848;SC=GTGGGATCTCAGTCCCATTCA;SOR=0.646;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=9;WE=68397917;WS=68397899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr16	68398862	rs73615919	C	T	2640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=958;ReadPosRankSum=0.630;SC=CAGACCCCAGCTAGGCCCCAG;SOR=0.817;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=170;TCF=81;TCR=89;TR=73;WE=68398870;WS=68398852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,137:0.46:298
chr16	68573945	rs1182968	C	T	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=35;PP=972;SC=GTGGTGCGATCTTGTGGGAGG;SOR=3.516;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=68573953;WS=68573935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	68591156	rs1728784	T	A	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=19;PP=801;SC=GGCTCAAGCGTTCTGCCGGCC;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=68591164;WS=68591146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	68591230	rs1728785	A	C	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=33;PP=1077;SC=GCATTTTATTATTAATACGGC;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=65;WE=68591238;WS=68591220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	68591350	rs1645929	A	G	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=11;PP=284;SC=GATCTCTAGGATACATAGCTA;SOR=1.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=68591358;WS=68591340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	68592332	rs75130703	C	T	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=57;NR=48;PP=1805;SC=GTTCTTTGTCCACTTGCACAA;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=57;TCR=49;TR=105;WE=68592340;WS=68592322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	68598007	rs1177648	A	G	9591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=104;PP=2965;SC=CTCTCACTCAAGATGAAAGCA;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=117;TCR=104;TR=221;WE=68598015;WS=68597997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr16	68679770	rs2236393	G	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=7;PP=173;SC=TCAGTTCCCGGGGAGGCGCAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=68679778;WS=68679760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	68710165	rs3118229	T	C	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=666;SC=AAGCCAAGTCTCCCTTCTGCA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=68710173;WS=68710155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	68712217	rs2296410	T	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=14;PP=527;SC=CATTGGTGGCTCCAGGGACCC;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=68712225;WS=68712207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	68725783	rs2274239	G	A	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=157;ReadPosRankSum=0.998;SC=GACCCTGGAAGGGAGGTTTCA;SOR=0.521;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=13;WE=68725791;WS=68725773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr16	68729112	rs8060790	A	G	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=1.738;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr16	68729785	rs17715450	C	A	4300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.365;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=50;PP=1699;ReadPosRankSum=-0.736;SC=GTACCGTCCTCGGCCAGCCAA;SOR=0.732;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=217;TCF=119;TCR=98;TR=117;WE=68729793;WS=68729775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,213:0.54:394
chr16	68732049	rs3114409	A	C	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.187;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=22;PP=888;ReadPosRankSum=-0.332;SC=AGCTGGCAAGAGGCAGGACCC;SOR=0.799;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=65;WE=68732057;WS=68732039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,83:0.47:178
chr16	68771372	rs3743674	C	T	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=142;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=24;PP=665;SC=TGCAGGTACCCCGGATCCCCT;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=46;WE=68771380;WS=68771362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	68771418	rs147838237	C	CGCCCCAGCCCCGT	1902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=2967;SC=GCAAGCTCCGCGCCCCAGCCC;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=16;WE=68771426;WS=68771408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	68771547	rs3743675	G	C	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=25.20;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	68863752	rs33965115	G	A	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.664;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=297;ReadPosRankSum=1.189;SC=AAGCTCAGGAGGAGTTGTGTC;SOR=1.287;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=17;WE=68863760;WS=68863742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,21:0.40:52
chr16	68900878	.	CT	C	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr16	69143577	rs2232228	A	G	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.361;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=32;PP=763;ReadPosRankSum=1.101;SC=GCATTGCCGCATACCAGGAGG;SOR=1.023;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=114;TCF=50;TCR=64;TR=50;WE=69143585;WS=69143567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,76:0.42:182
chr16	69166366	.	G	GC	199.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=0.906;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr16	69194501	.	C	CT	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.870;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr16	69196825	rs11640113	A	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=6.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=0.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr16	69200931	rs12931566	A	T	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=3.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=2.030;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,60:0.40:150
chr16	69221510	rs10650	C	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.838;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,67:0.52:129
chr16	69293926	.	C	CT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.135;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.30;ReadPosRankSum=-0.472;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,17:0.16:105
chr16	69317807	rs12325242	G	C	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.563;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr16	69334880	rs34703750	C	CA	410.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=3.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.035;SOR=1.469;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
chr16	69350035	rs3817030	A	C	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.655;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,67:0.65:103
chr16	69350069	rs12708896	C	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.532;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=597;ReadPosRankSum=2.254;SC=CAGAGGGGAGCGGAGGAGAGG;SOR=0.925;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=42;WE=69350077;WS=69350059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,46:0.58:79
chr16	69354963	rs1127231	A	G	1289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.282;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=628;ReadPosRankSum=-1.375;SC=GGTTTGAAAAACGAATTTATA;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=45;WE=69354971;WS=69354953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,68:0.45:152
chr16	69355218	rs75085377	C	T	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-1.210;NF=4;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=-2.878;SC=ATAGTAAGAGCGGGATGTTCG;SOR=0.631;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=16;WE=69355237;WS=69355208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,21:0.62:34
chr16	69356695	rs11075714	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=116;ReadPosRankSum=-1.878;SC=TCTCCAGGCCAGGCATGGTAG;SOR=0.892;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=9;WE=69356703;WS=69356685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr16	69357309	rs9931701	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=0.665;SC=CAGCGTGGCCTCCCAAAGTGC;SOR=0.818;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=11;WE=69357317;WS=69357299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr16	69363734	rs2242414	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=49;ReadPosRankSum=-0.346;SC=AGCGGGCTCTACCCCACAGGA;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=4;WE=69363742;WS=69363724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr16	69365123	rs9928658	G	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=104;ReadPosRankSum=0.318;SC=GGCCGGGGAGGGGGGGGCGGA;SOR=0.446;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=7;WE=69365131;WS=69365113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	69372927	rs3759979	T	C	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=0.708;SC=ACAGTACCTATCTCGAAGGCT;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=69372935;WS=69372920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	69373414	rs11542583	T	C	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.162;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.065;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr16	69375658	rs8053850	G	A	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.719;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=297;ReadPosRankSum=1.450;SC=CAACACTCTGGCCTCTTCAGG;SOR=2.804;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=16;WE=69375666;WS=69375648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr16	69385426	rs72795299	G	A	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.956;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=-0.599;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,32:0.51:63
chr16	69402252	rs35439397	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=40;ReadPosRankSum=0.018;SC=GTGTTTTACCCAAGATCACAA;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=4;WE=69402260;WS=69402242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr16	69404241	rs12325060	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.66;ReadPosRankSum=1.794;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr16	69481876	rs35119053	AT	A	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=116;ReadPosRankSum=0.697;SC=GAGTAGAGGTATCTTTCTATG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=69481884;WS=69481866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr16	69492973	rs34120910	A	AT	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr16	69599803	rs8048032	A	G	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=420;SC=GGGGGCCGCCACGGCTCTTCC;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=69599811;WS=69599793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	69678835	rs13329844	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=117;ReadPosRankSum=-0.563;SC=TGCAAATATTGCATGCTGCAT;SOR=0.631;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=12;WE=69678843;WS=69678825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
chr16	69680358	rs56381721	A	G	168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.265;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=59;ReadPosRankSum=-1.854;SC=CTCATTTTATAATTGATATCT;SOR=1.140;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=5;WE=69680366;WS=69680348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr16	69704122	rs72523664	C	CTG	1561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=19;PP=859;SC=TAATAAATCACTTTTTATTTC;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=69704130;WS=69704112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	69704204	rs3217435	CT	C	251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=10;PP=259;SC=AAAATTTAAGCTTTTTTTATA;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=69704212;WS=69704194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	69711311	rs3743673	A	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=139;ReadPosRankSum=0.020;SC=TATGAAGATGACTAGCCAACC;SOR=0.466;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=12;WE=69711319;WS=69711301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr16	69718972	rs9934681	C	T	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.81;ReadPosRankSum=1.434;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	69745145	rs1800566	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=-0.430;SC=GTCAGTTGAGGTTCTAAGACT;SOR=0.751;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=16;WE=69745153;WS=69745135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr16	69752464	rs689452	C	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=13;PP=324;SC=AAAGCACACACGGAAAACCCA;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=69752472;WS=69752454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	69776377	rs1075935	T	A	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=743;ReadPosRankSum=0.797;SC=CCCGGCGATGTAGTCAGGGGC;SOR=0.671;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=51;WE=69776385;WS=69776367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,79:0.61:130
chr16	69782855	rs3811348	C	T	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.511;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.540;NF=14;NR=5;PP=301;ReadPosRankSum=0.672;SC=GCAGCCAACCCGCACGTCCTC;SOR=0.368;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=19;WE=69782863;WS=69782845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr16	69873992	rs2291959	T	G	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=29;PP=1341;SC=GGGTGCATTCTCTTTAGCCCA;SOR=1.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=78;WE=69874000;WS=69873982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	69876164	rs9940315	A	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=24;PP=679;SC=AGTAGTTAAGAAAGCTAATAG;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=69876172;WS=69876154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	69942608	rs5817677	AG	A	4861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=34;PP=1955;SC=CCTTTCTAACAGGGGCCTATG;SOR=0.854;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=51;WE=69942616;WS=69942598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr16	69959223	rs2270838	G	A	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=318;ReadPosRankSum=-0.284;SC=CCTGCAAAGCGCTCAAATGTG;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=38;TCR=32;TR=28;WE=69959231;WS=69959213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,36:0.36:100
chr16	69963355	rs1566452	G	A	2902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=35;PP=1412;SC=TGGCAGAGAAGAGACAGGACA;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=77;WE=69963363;WS=69963345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	69963932	rs75392779	G	A	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.300;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=364;ReadPosRankSum=-0.734;SC=GTCCCTCATGGGCTCTGCAGA;SOR=0.982;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=22;WE=69963940;WS=69963922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,24:0.43:56
chr16	69965024	rs2270840	A	T	4612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=48;PP=1699;SC=GAGAAATCGCATGAACCCCTG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=91;WE=69965032;WS=69965014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr16	69965280	rs78727023	C	T	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr16	69965280	.	CT	TG	263	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=26;NF=13;NR=6;PP=263;QD=16.6562039401;SC=CTCTAGGAAGCTAGTTTTCAT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=19;WE=69965289;WS=69965270;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr16	69965281	rs8052727	T	G	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=33.76;ReadPosRankSum=1.704;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
chr16	69965396	.	C	CT	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.498;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=1.112;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,34:0.17:206
chr16	69965592	rs2291961	A	G	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=26;PP=1208;SC=CCAGGGCGTGAGTCTTGGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=53;WE=69965600;WS=69965582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	69967093	rs2102066	G	A	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=500;SC=CCTCTGCGTCGACGGACTCCT;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=69967101;WS=69967083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	69967732	rs8047818	G	A	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=271;SC=AGGTTAGCCCGGGTGCTTGTC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=69967740;WS=69967722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	69967897	rs2270841	T	C	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=47;PP=1619;ReadPosRankSum=-0.976;SC=TCCTGTCTCATGAGGTGCTCA;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=107;WE=69967905;WS=69967887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chr16	69970000	rs2270842	T	G	3404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.61;SOR=1.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	69970329	rs1983016	A	G	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=77;PP=2366;SC=TCCGGGTCACAGAGGAGAACA;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=39;TCR=78;TR=115;WE=69970337;WS=69970319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	69973297	rs2270844	C	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=371;ReadPosRankSum=-1.316;SC=GGAAACCTGGCTGCCCAGAAG;SOR=0.876;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=30;TCR=38;TR=31;WE=69973305;WS=69973287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,47:0.47:100
chr16	69973622	rs10712484	GC	G	3329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=15;PP=2774;SC=GGCCTGACTGGCAGCCCCTGA;SOR=2.888;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=64;WE=69973630;WS=69973612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	69973655	rs4985461	C	G	4748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=45;PP=2761;SC=GTGGTGCAAGCCCTGTGGCCC;SOR=1.464;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=92;TCR=45;TR=137;WE=69973663;WS=69973645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr16	69973825	rs3748389	G	A	8034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=104;PP=2965;SC=AGGAGACCGAGGGCTTTGGAC;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=170;TCF=65;TCR=105;TR=167;WE=69973833;WS=69973815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
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chr16	70161159	rs142629299	G	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.024;NF=22;NR=10;PP=435;ReadPosRankSum=0.380;SC=CATCCATCCTGCAGGCTGGCT;SOR=0.428;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=32;WE=70161167;WS=70161149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr16	70164334	rs10852462	A	G	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=1.721;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.926;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,30:0.20:150
chr16	70164741	rs2549541	T	C	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-11.628;NF=23;NR=36;PP=766;ReadPosRankSum=-0.774;SC=TTTCATTCTATAACCTAGCAA;SOR=0.690;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=64;TCR=102;TR=59;WE=70164749;WS=70164731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,89:0.35:253
chr16	70165793	rs4985507	G	C	1005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-3.550;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.813;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,81:0.23:354
chr16	70165914	rs2113175	T	C	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.532;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.826;NF=0;NR=14;PP=163;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TGAATGCCTGTGTTCATTGAA;SOR=4.468;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=14;WE=70165922;WS=70165904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr16	70166225	rs2549550	C	A	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.135;NF=17;NR=34;PP=705;ReadPosRankSum=2.817;SC=GCATTATAACCGTAGTGCCTT;SOR=0.689;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=167;TCF=52;TCR=115;TR=51;WE=70166233;WS=70166215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,67:0.30:220
chr16	70170004	rs8045700	C	A	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.46;MQRankSum=-0.751;QD=21.35;ReadPosRankSum=-0.763;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr16	70170016	rs8045569	A	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.47;MQRankSum=-0.594;QD=23.25;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=2.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr16	70176321	.	C	CT	557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=4.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=0.276;QD=2.12;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,73:0.28:263
chr16	70177648	rs2303200	G	A	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.258;NF=11;NR=46;PP=1126;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GCGCTTCTCCGGGAACCATAA;SOR=0.819;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=20;TCR=75;TR=57;WE=70177656;WS=70177638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,62:0.63:99
chr16	70181537	rs145995386	C	T	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.31;MQRankSum=-2.718;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.332;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,13:0.18:72
chr16	70182375	rs62050977	T	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQRankSum=-1.717;QD=1.55;ReadPosRankSum=-3.356;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,27:0.10:267
chr16	70182390	rs62050978	T	G	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-1.185;QD=1.90;ReadPosRankSum=-3.528;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,35:0.13:275
chr16	70182489	rs377430768	ACTTCC	A	763.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=4.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=2.074;QD=16.97;ReadPosRankSum=0.852;SOR=1.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,21:0.47:45
chr16	70187164	rs2287979	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=205;ReadPosRankSum=0.687;SC=TCAAGGATGAGACATCCTGGG;SOR=1.514;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=15;WE=70187172;WS=70187154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr16	70187270	rs2287980	T	G	3952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.892;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,180:0.68:265
chr16	70190401	rs6499302	C	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.624;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=511;ReadPosRankSum=0.205;SC=TTGGTCGCGACGCCCTCCTGC;SOR=0.971;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=113;TCF=78;TCR=35;TR=36;WE=70190409;WS=70190391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,62:0.34:182
chr16	70191029	rs4985509	T	G	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.559;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=31;PP=612;ReadPosRankSum=1.424;SC=TCACTCAGCTTCTCGTGGTGG;SOR=0.889;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=74;TCR=99;TR=53;WE=70191037;WS=70191019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,60:0.23:257
chr16	70191161	rs11647087	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.44;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr16	70219777	.	A	C	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=8.653;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.25;MQRankSum=-2.009;QD=27.76;ReadPosRankSum=-0.503;SOR=3.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr16	70285901	rs4985407	A	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=89;ReadPosRankSum=-1.739;SC=TGGGCTGTCGAGAGAGCGGCG;SOR=0.490;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=7;WE=70285909;WS=70285891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr16	70287177	rs4081753	A	G	8284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=74;PP=2719;SC=TGACCTGGGGAACTTGACACA;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=67;TCR=74;TR=140;WE=70287185;WS=70287167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr16	70303580	rs2070203	G	A	2514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1053;ReadPosRankSum=0.715;SC=TGGTCCGAGCGTGGTCAGCCA;SOR=0.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=68;TCR=71;TR=75;WE=70303588;WS=70303570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,124:0.54:231
chr16	70303772	.	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=3.530;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=0.322;SC=GAAAGGATGCCGGTCTTGCCA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=8;WE=70303780;WS=70303762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr16	70348599	.	CTA	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=1.315;QD=9.81;ReadPosRankSum=0.147;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr16	70350114	.	G	GT	222.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=4.821;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=0.000;QD=3.32;ReadPosRankSum=-0.567;SOR=1.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chr16	70363125	.	C	CA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.957;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.791;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	70400857	rs8058224	A	G	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=45;ReadPosRankSum=0.261;SC=AGCGCCATGGAAAGAAGGGAA;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=70400865;WS=70400847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
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chr16	70499866	.	GTGCAA	G	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=2;NR=0;PP=49;QD=31.5;SC=AAAAATTGCAGTGCAATGCAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=2;WE=70499878;WS=70499856;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
chr16	70502610	rs12446395	C	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=184;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TGGAGTCTGGCTGCTGGAGTG;SOR=0.387;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=11;WE=70502618;WS=70502600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	70513384	rs11075764	C	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=317;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TAACCAGGGGCTATATCTGTA;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=21;WE=70513392;WS=70513374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr16	70514828	rs7919	A	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=3.680;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=35;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CCCCCAAGCCAGACAGCCTCG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=70514836;WS=70514821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr16	70530359	rs2303793	A	G	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=33;PP=974;SC=TGCATAGAGGAATTGACAGTG;SOR=2.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=40;WE=70530367;WS=70530349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	70531366	rs2303792	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.718;SC=GGTACACTGGCCCTAGCTCTG;SOR=0.693;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=4;WE=70531374;WS=70531356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr16	70531754	rs2303791	T	G	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=15;PP=1033;SC=GCAGGACCAATAAATATGACA;SOR=1.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=70531762;WS=70531744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	70546234	rs3762171	G	A	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=33;PP=1103;SC=ACCTGGGGCAGATCACCTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=33;TCR=33;TR=66;WE=70546242;WS=70546224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	70548219	rs74324138	A	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.434;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
chr16	70548297	rs3931036	G	A	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=30;PP=1072;SC=GTAGCGATGAGTATGTGCTGC;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=62;WE=70548305;WS=70548287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	70553382	rs7204583	G	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=130;SC=TCCAAGGACTGTTTGAAAACC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=70553390;WS=70553379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	70560361	rs8051506	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=251;SC=CACCACGCCCGGTCACATATG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=70560369;WS=70560351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	70569215	rs33910368	A	T	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	70575852	rs11645437	A	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=553;SC=AAGCAGTTAGAGGTAGAAGTT;SOR=3.611;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=70575860;WS=70575842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	70588281	rs79853361	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.76;ReadPosRankSum=-2.312;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr16	70601254	rs7197262	G	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=354;SC=TGGGCAGAGAGGTGAGGCCTG;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=70601262;WS=70601244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	70602221	rs12909	C	T	4383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=52;PP=2017;SC=TCCAGACTATCGGACATAGGG;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=59;TCR=52;TR=111;WE=70602229;WS=70602211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	70603220	rs4985534	T	C	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=130;SC=GTAGCGAGTTTCTTAGAGAGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=70603228;WS=70603210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	70680744	rs3813904	G	C	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=-0.426;SC=TTCCCTGACTGAGTGACCACC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=6;WE=70680752;WS=70680734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr16	70680850	rs3813905	C	G	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=484;ReadPosRankSum=-1.158;SC=GGAACACCACCATGCCCCGGG;SOR=0.836;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=33;WE=70680858;WS=70680840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,53:0.52:102
chr16	70690989	rs8046424	G	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=11;PP=282;ReadPosRankSum=0.079;SC=GCAGGAGGTGGAGACGCTGCT;SOR=0.571;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=20;WE=70690997;WS=70690979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,35:0.49:71
chr16	70693872	rs3214847	C	CT	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.743;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.194;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,40:0.37:107
chr16	70708093	rs67662127	CAGTCTCAACAGCTATAGT	C	413.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=1890;SC=GCCTTCAGGCCAGTCTCAACA;SOR=3.258;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=4;WE=70708118;WS=70708083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	70714811	.	C	CG	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.308;ClippingRankSum=-0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.444;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr16	70726795	rs2278983	C	A	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.76;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	70726940	rs2278984	G	C	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=15;PP=415;SC=AGCCCACACTGCCTGCCTCCG;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=70726948;WS=70726930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	70732483	rs7201952	G	A	1796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=18;PP=1002;SC=GCTCACACAGGGTGTGCCCCC;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=70732491;WS=70732473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	70732761	rs9673700	G	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=364;SC=GACCTGGAAGGCTCTGTGTCT;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=70732769;WS=70732751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr16	70796535	rs2305690	C	T	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=826;ReadPosRankSum=1.846;SC=CAGGGGTGCCCGTGAGTGCTC;SOR=0.415;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=47;WE=70796543;WS=70796525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,54:0.98:55
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chr16	70972595	rs79004160	T	C	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.29;QD=26.17;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr16	70972784	rs1615602	A	G	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=22;PP=565;SC=CTCATCCCTGATTGCAGGGGT;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=0;TCR=22;TR=22;WE=70972792;WS=70972774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	70993881	.	CT	GA	127	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=45.09;NF=0;NR=4;PP=127;QD=45.1169687156;SC=TAGTGTACGACTAGGCCCTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=4;WE=70993890;WS=70993871;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,4:0.19:21
chr16	70996115	rs77561642	GA	G	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.62;MQRankSum=-4.838;QD=4.22;ReadPosRankSum=1.951;SOR=0.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr16	71025394	rs149427312	C	T	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=14.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.76;MQRankSum=-5.947;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.155;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,44:0.41:108
chr16	71026137	rs145870479	TA	T	803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.07;QD=36.53;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	71100838	rs74361942	T	C	878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.549;NF=9;NR=14;PP=310;ReadPosRankSum=-0.347;SC=TCTGGAGCACTATGTTGAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=23;WE=71100846;WS=71100828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,44:0.69:64
chr16	71209731	rs12933249	C	T	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=42;PP=853;ReadPosRankSum=-0.386;SC=ACTTACTAGACGTGTGACCTT;SOR=1.097;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=131;TCF=45;TCR=86;TR=58;WE=71209739;WS=71209721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,82:0.42:196
chr16	71319539	rs3826247	C	T	5185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=68;PP=2194;SC=TGATTTTCCCCGCTTTATTAG;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=128;WE=71319547;WS=71319529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr16	71319646	rs3096380	G	A	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=43;PP=1877;SC=AATGCATTAAGTTCAGTGTGG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=90;WE=71319654;WS=71319636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	71406249	rs8061026	A	T	200.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=7;PP=161;SC=TTGACACAGCATTTTATTTGT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=71406257;WS=71406239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	71408475	rs12444419	T	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=0;PP=315;SC=ATGACTTAATTTGAAGGGAAC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=71408483;WS=71408469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	71408527	rs8046337	A	G	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=7;PP=764;SC=TCAGAGCATCAGCACAACTTG;SOR=1.961;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=39;WE=71408535;WS=71408517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	71411446	rs12445308	G	T	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	71416431	rs12919213	T	C	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=145;SC=ATGAGATCACTGTCGAGATAC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=71416439;WS=71416421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	71418291	rs41280904	T	C	4342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	71418586	.	ACATG	A	286	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=102;MMLQ=28;MQ=55.01;NF=1;NR=1;PP=286;QD=156.0;SC=CACACATCACACATGCACACA;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=71418597;WS=71418563;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr16	71418589	rs75590483	T	G	37.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.22;QD=12.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	71419595	rs4327058	A	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=21;PP=575;SC=CCCAGGGCACAGGAGAGGCTT;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=71419603;WS=71419585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	71466088	rs4620964	A	G	4687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.453;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=81;PP=2195;ReadPosRankSum=1.145;SC=TGATGTAGCCAGAGCCACACG;SOR=0.531;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=291;TCF=125;TCR=166;TR=151;WE=71466096;WS=71466078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,242:0.47:511
chr16	71483931	rs730470	G	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=48;ReadPosRankSum=0.100;SC=TCTCCATAAGGTGGGATAAGT;SOR=1.508;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=71483939;WS=71483921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	71484621	.	C	CA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.757;QD=1.03;ReadPosRankSum=-1.160;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr16	71487206	rs2070832	T	C	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.90;ReadPosRankSum=0.438;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,27:0.36:74
chr16	71487952	rs11641967	G	T	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=12;PP=777;ReadPosRankSum=-0.490;SC=TACCCAGGGAGGCCACATTCC;SOR=0.772;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=99;TCF=74;TCR=25;TR=51;WE=71487960;WS=71487942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,62:0.50:124
chr16	71509588	rs2288487	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=405;ReadPosRankSum=0.186;SC=TGCCGAAGTAGGGGTGAATTA;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=31;WE=71509596;WS=71509578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,36:0.42:85
chr16	71509634	rs2288488	G	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr16	71509685	rs2288489	C	G	3358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=37;PP=1990;SC=CGGAACTACTCGTGAAACTAT;SOR=0.986;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=95;WE=71509693;WS=71509675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr16	71509796	rs8050871	C	G	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=68;NR=65;PP=2444;SC=ACTCCTCACACTGATAGGGTC;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=133;WE=71509804;WS=71509786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	71603912	rs172650	C	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=461;ReadPosRankSum=2.396;SC=TTAAAAATAGCCCCCTCATTG;SOR=0.814;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=31;WE=71603920;WS=71603902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,33:0.45:73
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chr16	71610276	rs74344827	G	A	1564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=838;ReadPosRankSum=1.132;SC=AGAATTGAGGGGAGGTTGCCT;SOR=0.801;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=50;WE=71610284;WS=71610266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,78:0.50:156
chr16	71660115	rs4788820	G	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr16	71660404	rs61753635	G	A	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=111;ReadPosRankSum=-0.432;SC=GGCCCCCGCCGGGACACACAC;SOR=0.738;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=13;WE=71660412;WS=71660394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,25:0.28:90
chr16	71663545	.	T	TA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
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chr16	71668800	rs7206470	G	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=27;PP=732;SC=GAAGTTTCCAGTGCTGGAAAA;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=71668808;WS=71668790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	71674882	rs2303225	C	G	3791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.736;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=58;PP=1461;ReadPosRankSum=0.520;SC=GAGAACAGCCCGGAAGTTACA;SOR=0.581;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=249;TCF=112;TCR=137;TR=112;WE=71674890;WS=71674872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,199:0.46:435
chr16	71678663	rs3752681	T	C	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=297;ReadPosRankSum=1.365;SC=CCTTAACTCATAGCTTTGCAG;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=21;WE=71678671;WS=71678653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr16	71678679	rs7204608	G	C	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=23;PP=808;SC=TGCAGTGTCAGGGAATGTGGT;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=71678687;WS=71678669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	71683718	rs61733127	A	G	1789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.043;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,89:0.53:167
chr16	71687002	.	CTT	C	316.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.195;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr16	71689406	.	CT	C	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=1.038;QD=4.55;ReadPosRankSum=0.996;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr16	71690657	.	C	CT	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=-0.259;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr16	71692443	rs2303224	A	G	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=388;ReadPosRankSum=-0.016;SC=ATTTTTCCTTATAAGAATAAT;SOR=1.387;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=25;WE=71692451;WS=71692433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr16	71697685	rs112608192	G	C	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.862;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=70;ReadPosRankSum=0.200;SC=TGAAATCATAGCATCTGTAAG;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=5;WE=71697693;WS=71697675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	71697752	rs1035545	T	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=186;ReadPosRankSum=-0.657;SC=CTGACAAATATAGAATTAATG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=14;WE=71697760;WS=71697742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr16	71701248	rs1423983	G	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=21;PP=524;SC=TAAGGGGGGAGCATACAAACA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=71701256;WS=71701238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	71703436	rs2032918	T	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=21;PP=551;SC=TAGGTGCTCATTGAATGCTGC;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=71703444;WS=71703426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	71715915	rs11439127	G	GA	211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=19.25;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	71718366	rs7195059	C	T	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=210;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CAGAACATCCCATTACTTTTC;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=21;WE=71718374;WS=71718356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr16	71736702	rs10626314	G	GTATTTT	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	71757939	rs7201649	C	G	177.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	71768500	rs2278031	T	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=547;ReadPosRankSum=-0.493;SC=TGGCTACAAATGTGCTACTCA;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=53;WE=71768508;WS=71768490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,86:0.48:181
chr16	71772794	.	AG	A	270	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=9;HapScore=3;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=2;PP=270;QD=47.0;SC=GAAAAAAAAAAGCCAGCCAAT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=6;WE=71772803;WS=71772774;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:25,6:0.19:31
chr16	71772795	rs904764	G	A	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.29;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	71773284	rs3838874	C	CA	711.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=456;ReadPosRankSum=2.702;SC=CCTTAGGCAGCATGACAAAGC;SOR=0.988;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=12;WE=71773292;WS=71773274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr16	71779100	rs138355091	G	A	2471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.755;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=36;PP=1031;ReadPosRankSum=-0.284;SC=AGCAGAAGATGGTTTGCTTGT;SOR=0.715;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=140;TCF=71;TCR=69;TR=68;WE=71779108;WS=71779090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,124:0.49:254
chr16	71779310	rs74980679	G	T	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.531;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=277;ReadPosRankSum=0.762;SC=ACTCAGCTAAGAGACAAGCTG;SOR=0.446;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=14;WE=71779318;WS=71779303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr16	71780485	rs2270832	G	A	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=19;PP=475;ReadPosRankSum=-1.099;SC=AGTTTCTTTCGCTCACCTCAT;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=42;WE=71780493;WS=71780475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,71:0.55:130
chr16	71780599	rs2270831	T	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=522;ReadPosRankSum=0.693;SC=AATTCGGCTATAGATAAAATG;SOR=0.672;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=36;WE=71780607;WS=71780589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr16	71783658	rs62056460	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=190;ReadPosRankSum=-0.537;SC=CCTCCCAAAGCGCTGGGATTA;SOR=0.569;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=16;WE=71783666;WS=71783648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,29:0.48:61
chr16	71784000	rs2270829	A	T	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CTAGAGTGTTAGAAATAAAGA;SOR=0.465;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=8;WE=71784008;WS=71783990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr16	71790166	rs8053186	G	A	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=379;SC=CAGATGTGCTGACGTCCTTGC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=71790174;WS=71790156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	71792208	rs7185997	T	C	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=175;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TTTATGCTTTTTGAGAGTGCT;SOR=0.582;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=11;WE=71792216;WS=71792198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr16	71792696	rs12919271	C	A	2511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=34;PP=1049;ReadPosRankSum=0.333;SC=CTGAGAAAGGCTCTCAGTTTG;SOR=0.680;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=78;WE=71792704;WS=71792686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,124:0.52:240
chr16	71799347	rs12149092	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=373;ReadPosRankSum=-0.772;SC=ACTTAAAGATATTAAATTCAT;SOR=0.557;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=24;WE=71799355;WS=71799337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,28:0.68:41
chr16	71800384	rs12930206	T	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr16	71801958	rs7192956	T	C	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-0.148;SC=AGATCTAAAGTACAAAGTGAG;SOR=0.776;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=10;WE=71801966;WS=71801948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr16	71804956	rs9635524	C	G	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=34;PP=1427;ReadPosRankSum=-0.552;SC=ACAGCAGAAACGCGACTCCAC;SOR=0.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=82;WE=71804964;WS=71804946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,152:0.99:153
chr16	71805160	rs4788443	G	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=26;PP=690;SC=TGCTGCCTATGAAAAAAAAAA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=71805168;WS=71805149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	71807232	rs113235758	C	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=266;ReadPosRankSum=0.422;SC=AAAGTGCTAACCCCTGTACGA;SOR=0.593;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=23;TCR=18;TR=23;WE=71807240;WS=71807222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr16	71840526	rs113946669	C	T	534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=223;ReadPosRankSum=0.657;SC=CTTCTAACACCTTACTTGAAA;SOR=0.616;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=17;WE=71840534;WS=71840516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,28:0.41:68
chr16	71879868	rs4788563	A	C	907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=6;PP=528;SC=GGGCGGGACGAGCTTGACGCC;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=71879876;WS=71879858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	71885423	rs61747555	A	G	1881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.01;ReadPosRankSum=-1.129;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,96:0.51:188
chr16	71917058	rs2288029	G	A	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=25;PP=908;SC=CACAGACTTTGGCAAGAAAAA;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=45;WE=71917066;WS=71917048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	71928693	rs71386939	C	T	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=243;ReadPosRankSum=0.595;SC=CCCGCCCCGCCTCTCAAAGTG;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=18;WE=71928701;WS=71928683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr16	71928850	rs11075908	T	C	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=231;SC=TACTGAATTATACCACACAGA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=71928858;WS=71928840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	71951094	rs7350856	G	T	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.046;NF=10;NR=13;PP=309;ReadPosRankSum=0.583;SC=AGAAAGGTTGGTTAATATAAG;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=23;WE=71951102;WS=71951084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr16	71951206	rs71391424	T	TAGAAC	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.420;NF=0;NR=6;PP=281;ReadPosRankSum=-0.272;SC=TATCGTAGAATAGAACAGTGT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=6;WE=71951214;WS=71951196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	71955400	rs4788450	T	G	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.958;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.901;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.858;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,37:0.57:65
chr16	71955426	rs56089063	C	CAT	2198.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=23;PP=1089;SC=ACAAAAAAAACATTCTTTGCA;SOR=0.952;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=23;WE=71955434;WS=71955416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	71956511	rs148848854	AATGCCC	A	9358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.097;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.092;NF=26;NR=76;PP=2982;ReadPosRankSum=2.846;SC=GAACGGTGCCAATGCCCATGC;SOR=0.787;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=217;TCF=53;TCR=164;TR=102;WE=71956524;WS=71956501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,254:0.46:555
chr16	71956592	rs75418123	A	AAG,AAGTGTG	6586.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.03;MQRankSum=1.095;NF=15;NR=72;PP=2971;ReadPosRankSum=-0.041;SC=CAGTAAGTATATATAAGTGTG;SOR=0.765;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=175;TCF=23;TCR=152;TR=87;WE=71956605;WS=71956578;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.46:374
chr16	71956593	rs3038732	T	TGTGG	6587.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.095;QD=17.61;ReadPosRankSum=-0.517;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,171:0.46:374
chr16	71956596	rs2335708	A	G	6233.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=2.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.61;ReadPosRankSum=-1.064;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,158:0.45:354
chr16	71956597	rs2335707	A	T	6032.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=2.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.19;ReadPosRankSum=-0.975;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:195,156:0.44:351
chr16	71958052	rs7197486	A	G	2666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=955;ReadPosRankSum=-0.752;SC=CATGCGTCACATAACCCACAG;SOR=0.750;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=183;TCF=83;TCR=100;TR=79;WE=71958060;WS=71958042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,141:0.47:297
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chr16	71968179	rs111354024	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr16	71969497	rs11865456	C	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=-0.884;SC=GTGTGATGAACGCAGCTGATG;SOR=1.179;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=6;WE=71969505;WS=71969487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr16	71971091	rs7191848	T	C	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=127;ReadPosRankSum=-0.753;SC=CCCGAGTAGCTGGGACCACAG;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=12;WE=71971099;WS=71971081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr16	71981374	rs8050058	T	G	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.049;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.843;NF=8;NR=4;PP=159;ReadPosRankSum=0.527;SC=ATTAGGTAGTTGTTAGAACTA;SOR=0.973;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=12;WE=71981382;WS=71981364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,24:0.44:55
chr16	71981414	rs149635567	C	CTTTG	3420.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=17;PP=1286;SC=CCAAGATCCTCTTTGTTGTTC;SOR=0.859;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=23;WE=71981422;WS=71981404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr16	71981630	rs9934803	T	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=13;PP=328;SC=TAATTTCACATTAATTTTTGC;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=71981638;WS=71981620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	71981652	rs9934812	T	G	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=262;SC=CAATGATGGGTACCAGGAGAA;SOR=2.448;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=71981660;WS=71981642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	71983772	rs1035543	G	C	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=376;ReadPosRankSum=0.183;SC=TCAATTCCAAGCTATAAAGTG;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=24;WE=71983780;WS=71983762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,40:0.48:84
chr16	71983929	rs35377660	A	T	1349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=24;PP=657;ReadPosRankSum=-0.153;SC=GAAGCACAAAAGTTGAGGGAA;SOR=0.666;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=46;WE=71983937;WS=71983919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,67:0.51:131
chr16	71986764	rs11648353	G	A	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	71986946	rs7204708	A	G	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=31;PP=1062;SC=TGACAGCAGTATGGATGCTGA;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=71986954;WS=71986936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	71986995	rs12708919	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.801;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=241;ReadPosRankSum=1.884;SC=TGGACGCACTGAAAGAAAAGC;SOR=0.871;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=22;WE=71987003;WS=71986985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,38:0.42:91
chr16	71987044	rs35601686	CAA	C	985.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=490;ReadPosRankSum=-0.732;SC=AAAATAATCGCAAAGTCATTC;SOR=0.880;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=14;WE=71987053;WS=71987034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,26:0.53:49
chr16	71987960	rs9888745	A	C,AC	1174.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=449;SC=AAAAAAAAAAAGGATTGCTTA;SOR=1.781;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=15;WE=71987968;WS=71987938;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.34,0.66:32
chr16	71988106	rs9921412	C	T	2651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=31;PP=1102;SC=AGCCGTTGGACCCTTGTAAAC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=58;WE=71988114;WS=71988096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr16	71988220	rs9921705	G	A	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.285;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-1.534;SC=GAAATCAGAAGAGGAAATACA;SOR=0.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=13;WE=71988228;WS=71988210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,25:0.58:43
chr16	72001136	rs4788587	G	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=733;ReadPosRankSum=1.864;SC=AGGCCCCCTCGTTCAAAGACT;SOR=0.529;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=57;WE=72001144;WS=72001126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,92:0.53:175
chr16	72007399	rs9925415	C	T	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=31;PP=1139;SC=GGATTCAGCACCCACGTGTAC;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=72007407;WS=72007389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr16	72011040	rs3929023	A	G	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=11;PP=563;SC=TGAGCCTGACAGTTTGAGGCT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=72011048;WS=72011030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	72011181	rs1559401	G	T	3431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=34;PP=1580;SC=TCAGGTGGAAGTGAGTGCAGT;SOR=0.873;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=80;WE=72011201;WS=72011171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	72011193	rs1559400	A	C	3385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=35;PP=1498;SC=GAGTGCAGTTAGGCTGATACT;SOR=0.929;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=84;WE=72011201;WS=72011171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	72011261	rs1559399	A	G	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=44;PP=1732;SC=CTCACTATCAAGGATTTCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=88;WE=72011269;WS=72011251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr16	72011439	rs77282701	G	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.422;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr16	72011450	rs1559398	G	A	1042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.71;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	72011457	rs55908226	C	G	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.61;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	72011461	rs59253077	T	TCCTC	844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=42.24;ReadPosRankSum=1.488;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
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chr16	72012398	rs2878405	A	G	243.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.64;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	72012400	rs62053844	A	G	243.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.64;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	72012402	rs62053845	A	G	242.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	72012404	rs62053846	A	G	242.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.47;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	72012415	rs370179214	TATATAC	T	167.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	72013797	rs7185272	G	C	6005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.127;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=70;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CAGCGGTAAAGTTGATATGTT;SOR=0.323;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=148;WE=72013805;WS=72013787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr16	72018099	rs12443563	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=25;PP=617;SC=CAAAATTACTCATACAAAATT;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=72018107;WS=72018089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	72020134	rs12708923	T	C	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=53;PP=2141;SC=CCAGATGCCTTCTGCAATGAC;SOR=0.720;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=111;WE=72020142;WS=72020124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr16	72020294	rs4788590	G	A	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=36;PP=1166;SC=GTTCAGATGCGGCTGATGTTA;SOR=1.193;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=56;WE=72020302;WS=72020284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	72020323	rs4788591	A	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=27;PP=799;SC=GTGATACTTGATAGTACTGAA;SOR=1.032;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=72020331;WS=72020313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	72027191	rs7191148	T	A	1241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=424;ReadPosRankSum=-0.490;SC=GGGAATTATTTCCATTTCTTT;SOR=0.679;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=73;TCF=31;TCR=42;TR=29;WE=72027199;WS=72027181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,63:0.52:122
chr16	72033801	rs72787027	G	T	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=749;ReadPosRankSum=-0.564;SC=ATGTGGTGCTGGGCTGTTTAG;SOR=1.124;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=51;WE=72033809;WS=72033791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,81:0.56:145
chr16	72042682	rs3213422	A	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-3.004;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,37:0.46:80
chr16	72048596	rs112904410	G	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.205;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=-0.026;SC=CAGAGTTAACGGGGGATGCCC;SOR=2.147;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=12;WE=72048604;WS=72048586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr16	72050885	rs11075914	G	C	910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=9;PP=681;SC=CTATGGTGCCGTCTCACTCTG;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=72050893;WS=72050875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	72054984	rs1862752	G	T	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=19;PP=1151;SC=GCACAGGAAAGGGTGTGCGGG;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=72054992;WS=72054974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	72057282	rs2288002	A	G	2556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=41;PP=1303;SC=TCGTGATGGGAATCATCATTC;SOR=1.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=72057290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	72058012	rs113617640	T	G	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=446;ReadPosRankSum=-0.150;SC=CTCCACTGTTTGCTGAAATTG;SOR=0.881;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=32;WE=72058020;WS=72058002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,56:0.50:111
chr16	72078043	rs763665	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=281;ReadPosRankSum=-2.169;SC=TTATAAAAAACGGGATTATTA;SOR=0.631;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=17;WE=72078051;WS=72078033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr16	72088467	rs5472	A	G	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.174;NF=29;NR=18;PP=685;ReadPosRankSum=1.362;SC=CGAAATGGAGAAGGGGGAGAA;SOR=0.509;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=47;WE=72088475;WS=72088457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,55:0.57:96
chr16	72088652	rs9927981	C	T	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.236;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.427;NF=8;NR=20;PP=329;ReadPosRankSum=-0.973;SC=AACAAAGAAACGGGCAAATGG;SOR=1.005;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=28;WE=72088660;WS=72088642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,42:0.25:168
chr16	72088675	rs4788458	T	C	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=52;PP=1308;SC=TAAATTATAGTGAACCAAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=16;TCR=52;TR=68;WE=72088683;WS=72088665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr16	72092017	rs2070938	A	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=2;PP=262;SC=ATTGTTTAAAAATAATACAGT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=72092025;WS=72092014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	72107692	rs146688744	CGT	C	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr16	72107865	rs11642506	C	T	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=3.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.592;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=427;ReadPosRankSum=-1.015;SC=AATGATGTCACGGATATTTCA;SOR=1.038;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=28;WE=72107873;WS=72107855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr16	72110948	rs12646	C	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.082;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.684;NF=21;NR=29;PP=700;ReadPosRankSum=0.376;SC=TTCCATCCAGCACTGGGTTCA;SOR=0.885;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=50;WE=72110956;WS=72110938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,53:0.32:168
chr16	72123992	rs7191127	G	T	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=312;ReadPosRankSum=0.682;SC=TCTTACACGGGATGGTAGCAG;SOR=0.355;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=22;WE=72124000;WS=72123982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr16	72124157	rs7190995	A	G	1684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=791;ReadPosRankSum=2.470;SC=CCTGTGGGAAATTACTTGACC;SOR=0.646;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=54;WE=72124165;WS=72124147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,87:0.51:172
chr16	72124219	rs7192730	T	C	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=664;ReadPosRankSum=-0.188;SC=TATCCCACTATTGCGAGCACT;SOR=0.957;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=40;WE=72124227;WS=72124209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
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chr16	72130103	rs35794819	C	G	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=459;ReadPosRankSum=-0.711;SC=TTGGAAGGCACTGATCTGGAC;SOR=0.533;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=38;WE=72130111;WS=72130093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,51:0.53:96
chr16	72130203	rs1050361	C	G	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=461;ReadPosRankSum=0.669;SC=CTTCATTACTCGGACTGGACT;SOR=0.578;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=29;WE=72130211;WS=72130193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr16	72130815	rs1050362	C	A	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=114;ReadPosRankSum=0.139;SC=GCGGGAGCGGCGGGAACATGG;SOR=0.895;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=10;WE=72130823;WS=72130805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr16	72131740	rs34749771	ACT	A	946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=501;ReadPosRankSum=-0.761;SC=AGAGTGAGTGACTCTCGTCTT;SOR=0.560;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=13;WE=72131749;WS=72131730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,26:0.46:57
chr16	72132713	rs2072142	C	T	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=840;ReadPosRankSum=2.001;SC=GGCAGAGCAGCCCAGTTTCGC;SOR=0.622;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=52;WE=72132721;WS=72132703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,76:0.59:128
chr16	72133211	rs2072141	G	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=298;ReadPosRankSum=0.075;SC=GGGCTGATCGGGGCTGGTGGC;SOR=0.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=20;WE=72133219;WS=72133201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,36:0.80:45
chr16	72135014	rs1050363	T	C	5336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=46;PP=2181;SC=TGAAGGATGCTACTTCTGACC;SOR=0.962;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=72;TCR=47;TR=118;WE=72135022;WS=72135004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr16	72135319	rs8043606	T	C	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.664;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr16	72137561	rs2240243	G	A	1467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=653;ReadPosRankSum=0.601;SC=CTCAGCTGACGCAGTACCTGC;SOR=0.541;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=51;WE=72137569;WS=72137551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,79:0.42:186
chr16	72139184	rs2074626	C	A	1352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=812;ReadPosRankSum=0.743;SC=ACGCGCCTGCCCTGGCTGTGC;SOR=0.782;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=39;TCR=65;TR=55;WE=72139192;WS=72139174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,65:0.49:134
chr16	72139396	rs150617	T	C	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=25;PP=1131;SC=ATTTTTCCCTTCCTGTATGTC;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=72139404;WS=72139386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	72139537	rs42544	T	C	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=33;PP=1058;SC=AGAGAAGACATGGGAGGCAAG;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=72139545;WS=72139527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	72142072	rs8051882	C	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=82;ReadPosRankSum=0.371;SC=GGGATGTGCTCAGTGGGCCTG;SOR=0.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=10;WE=72142080;WS=72142062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr16	72142895	rs9926156	G	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.898;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.865;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=435;ReadPosRankSum=-1.056;SC=CCTTCACTGCGTTCTGGCATG;SOR=1.577;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=21;WE=72142903;WS=72142885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,25:0.40:62
chr16	72144823	.	T	C	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=525;ReadPosRankSum=0.427;SC=TGGTCCCCAGTAGGCTCAGCC;SOR=0.758;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=37;WE=72144831;WS=72144813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
chr16	72146441	rs7940	C	G	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=34;PP=1087;SC=ATTGGGTCCTCAGCCTTCTGG;SOR=1.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=72146449;WS=72146431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	72146570	rs6680	T	C	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.127;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.255;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,36:0.63:57
chr16	72153125	rs4788459	C	G	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=108;ReadPosRankSum=0.087;SC=AGGCTGGGACCGTGATATACT;SOR=0.815;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=10;WE=72153133;WS=72153115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
chr16	72156666	rs35909200	T	G	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.189;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr16	72156674	rs72787077	C	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.86;ReadPosRankSum=0.847;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr16	72156842	rs16973716	T	G	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=20;PP=750;SC=TGGCAATGTATTTCACCTGCT;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=72156850;WS=72156832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	72157000	rs12935266	C	G	158.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.85;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	72158920	rs3812987	C	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=383;ReadPosRankSum=0.264;SC=CTTCCTGGGCCTTGGGATACG;SOR=0.294;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=27;WE=72158928;WS=72158910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr16	72158950	rs3812986	T	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=617;SC=TATTTTCTTCTCAGTGGCCAG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=72158958;WS=72158940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	72162855	rs6499562	G	A	1353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=22;PP=881;SC=TGTCCCTCCCGTCTTTCCTAA;SOR=0.818;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=72162863;WS=72162845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	72162966	rs34832584	G	T	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.867;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=487;ReadPosRankSum=0.489;SC=CCCACTCACCGTCTTGTCTTT;SOR=0.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=32;WE=72162974;WS=72162956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,32:0.39:83
chr16	72184566	rs35370634	C	T	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.366;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=342;ReadPosRankSum=1.452;SC=TCTAGTAACTCGATGTTGCTC;SOR=1.089;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=23;WE=72184574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,27:0.48:56
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chr16	72821593	.	AGCCGCCGCC	A	1679.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.676;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.460;NF=2;NR=13;PP=2987;ReadPosRankSum=0.388;SC=CAGTGGTACGAGCCGCCGCCG;SOR=0.625;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=15;WE=72821609;WS=72821583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr16	72827758	rs699444	T	C	2395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=35;PP=1298;SC=CAGGCCGATCTCCGCTGTCAC;SOR=0.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=72827766;WS=72827748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	72831111	rs79037957	G	C	1522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=19;PP=710;ReadPosRankSum=0.732;SC=GTCCCAGTCAGTGTCAGTGCC;SOR=0.718;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=46;WE=72831119;WS=72831101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,72:0.52:139
chr16	72832135	rs740178	T	A	2237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=29;PP=1122;SC=TATGGTCCTCTGCCAGAGTGG;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=49;WE=72832143;WS=72832125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	72991286	rs2157786	C	T	787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.999;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=443;ReadPosRankSum=0.620;SC=CCTGGTTAAACTCCTATCATG;SOR=1.451;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=25;WE=72991294;WS=72991276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,39:0.57:68
chr16	72991660	rs10852515	C	G	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=36;PP=2065;SC=TTGGTTTGGTCGGCGAGGGGG;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=87;WE=72991668;WS=72991650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr16	72991715	rs4788682	A	G	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=48;PP=2228;SC=CGCCGCAGCCACCGCCGCCGC;SOR=0.865;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=111;WE=72991723;WS=72991702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	72993831	rs7193297	A	C	1092.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=8;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=22;PP=472;ReadPosRankSum=-1.652;SC=GCGGGCTCGGAGGGGGGCCCG;SOR=0.970;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=37;WE=72993839;WS=72993821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,55:0.50:110
chr16	73126858	rs7189194	T	G	3983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=41;PP=1868;SC=TATCCCTTCGTTTATGCTCTG;SOR=1.036;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=102;WE=73126866;WS=73126848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	73177898	rs76098878	A	G	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=149;ReadPosRankSum=0.153;SC=GTCGGCCAGTATCAAGGCAAA;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=9;WE=73177906;WS=73177888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr16	74366531	rs3743922	A	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.49;MQRankSum=-1.978;QD=2.32;ReadPosRankSum=1.656;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,45:0.21:217
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chr16	74382969	rs144852560	G	T	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=8.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.58;MQRankSum=-1.690;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.436;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	74394425	rs3852692	A	G	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=3.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.71;MQRankSum=-3.152;QD=1.82;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,13:0.20:64
chr16	74394671	rs62055171	T	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=4.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.28;MQRankSum=-2.140;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.594;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,48:0.20:244
chr16	74394745	rs71391080	A	G	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.493;NF=18;NR=32;PP=803;ReadPosRankSum=0.028;SC=GACAGCAACCAGTAGAACATC;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=50;WE=74394753;WS=74394735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,61:0.39:158
chr16	74425358	rs6564065	G	A	1455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.649;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.997;NF=58;NR=17;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.592;SC=CACAGCTGAAGCTTTAAAAAA;SOR=1.404;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=90;TCR=30;TR=75;WE=74425366;WS=74425348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,64:0.51:126
chr16	74425548	rs2868591	A	G	11966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.386;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.013;NF=109;NR=157;PP=2962;ReadPosRankSum=1.735;SC=CTGAAGGAGTATCTCCTGGTC;SOR=0.867;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=337;TCF=141;TCR=196;TR=266;WE=74425556;WS=74425538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,413:0.79:525
chr16	74425569	rs11641596	C	T	2913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=1.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.707;QD=6.35;ReadPosRankSum=0.344;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,160:0.35:459
chr16	74443401	.	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.340;NF=7;NR=0;PP=123;ReadPosRankSum=1.123;SC=TCAGCAGCACTCCCAGGGTCA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=7;WE=74443409;WS=74443399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr16	74447514	rs2650549	T	C	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-13.240;NF=27;NR=35;PP=919;ReadPosRankSum=-0.912;SC=TCTATCGCTGTCTGGCCTGCA;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=60;TCR=77;TR=62;WE=74447522;WS=74447504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,85:0.36:238
chr16	74485788	rs3851731	C	T	93.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-1.030;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr16	74490529	rs3760055	G	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=12;PP=370;ReadPosRankSum=-0.016;SC=TAAAAAAGGAGATTCTCTTGG;SOR=0.555;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=28;WE=74490537;WS=74490519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,45:0.55:82
chr16	74490789	rs12446054	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.044;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.783;SC=TACATACTAGGAAACTTGATC;SOR=0.283;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=74490797;WS=74490779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr16	74491733	rs2288054	A	G	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=62;ReadPosRankSum=-2.458;SC=TCTTCCCAAGAGAGTTCAGAC;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=7;WE=74491741;WS=74491723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr16	74493752	rs71158515	C	CT	515.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.124;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,38:0.53:72
chr16	74497442	.	C	CT	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.072;ClippingRankSum=0.000;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.35;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,24:0.21:114
chr16	74501856	rs6564117	C	G	665.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=279;ReadPosRankSum=1.414;SC=CTGGCTTCTACATAGCAAAGT;SOR=0.516;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=19;WE=74501864;WS=74501846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,33:0.54:61
chr16	74503860	rs2303278	T	A	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=1022;ReadPosRankSum=1.340;SC=GAAAGTGGAATGAAACAACTA;SOR=0.683;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=125;TCF=69;TCR=56;TR=69;WE=74503868;WS=74503850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,116:0.52:224
chr16	74504005	rs2303279	T	C	3944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=63;PP=1632;SC=TCAGAAGTTTTGTGGCAACTT;SOR=1.164;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=36;TCR=63;TR=97;WE=74504013;WS=74503995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr16	74504096	rs189440379	C	T	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr16	74504096	.	CG	TC	168	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=10;PP=168;QD=20.1334431693;SC=TTGACCCACACGTGAGACATC;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=11;WE=74504105;WS=74504086;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,11:0.42:26
chr16	74504097	rs12716764	G	C	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.19;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	74506447	rs8059315	G	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=154;ReadPosRankSum=0.512;SC=TCTAGTATTTGAAGTAGATAG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=11;WE=74506455;WS=74506437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr16	74516796	rs75124206	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=1;PP=173;ReadPosRankSum=0.522;SC=GATTGGAGTGTGTTAGCTGTC;SOR=0.784;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=12;WE=74516804;WS=74516786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	74537591	rs4887772	C	T	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=830;ReadPosRankSum=0.305;SC=GGTGATCCACCAAGCAGGAAA;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=64;TCR=73;TR=64;WE=74537599;WS=74537581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,114:0.49:233
chr16	74566090	rs200740673	AAAT	A	262.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.000;QD=9.38;ReadPosRankSum=-1.080;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr16	74664810	rs7188880	A	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=574;ReadPosRankSum=-2.093;SC=AGCTCCAGACAGGACGTCCAG;SOR=0.704;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=40;WE=74664818;WS=74664800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,63:0.43:148
chr16	74664969	rs7193959	T	A	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ACACTCATACTCCCAAACTAT;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=11;WE=74664977;WS=74664959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	74666634	rs4072450	G	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.999;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=120;ReadPosRankSum=2.228;SC=ATTCAAACTAGTTTTTCAAGT;SOR=0.743;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=10;WE=74666642;WS=74666624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr16	74670458	rs4888262	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=57;ReadPosRankSum=-0.870;SC=TTTGATGTGACGTAAGTTTTT;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=5;WE=74670466;WS=74670448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,10:0.33:30
chr16	74695079	rs8058922	G	T	1901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=1.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.353;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,97:0.52:188
chr16	74706298	rs4888274	A	T	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.831;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=564;ReadPosRankSum=1.158;SC=CACTCCTTGCACCCATAGATA;SOR=0.555;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=36;WE=74706306;WS=74706288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,46:0.53:86
chr16	74709737	rs7184423	C	A	1277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.018;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=633;ReadPosRankSum=0.158;SC=ATTGTTGCTACACACAATTGC;SOR=0.964;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=44;WE=74709745;WS=74709727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,67:0.46:146
chr16	74712905	rs6564158	A	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=150;ReadPosRankSum=-1.035;SC=CGGGGAGCATAAGTACCTTTG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=14;WE=74712913;WS=74712895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr16	74750405	rs2301865	G	A	5873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=64;PP=2216;SC=CTACTGCCTCGGGCAGGATGA;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=115;WE=74750413;WS=74750395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr16	74753079	rs2074629	C	T	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=294;ReadPosRankSum=0.855;SC=GCAGGGAGAGCGAGGTGAGGA;SOR=0.974;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=20;WE=74753087;WS=74753069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr16	74760292	rs11295057	CT	C	270.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=14;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=89;ReadPosRankSum=-1.279;SC=GTACAGCTTTCTTTTTTTTTT;SOR=0.622;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=74760300;WS=74760282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr16	74908439	rs2870148	C	T	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=27;PP=705;SC=GTCTTCCTCTCAAGACTCTAG;SOR=1.345;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=74908447;WS=74908429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr16	74920374	rs4888305	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=105;SC=TAAGACAGCACGTGGCCAATG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=74920382;WS=74920364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	74938083	rs9930498	A	G	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=0.248;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr16	74943867	rs113238843	G	GT	429.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.479;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,37:0.69:54
chr16	74943890	rs12325318	A	G	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=28;PP=882;SC=TTTTGAGACAAAGTCTCTCTT;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=74943898;WS=74943880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	74943928	rs12324959	C	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=149;ReadPosRankSum=0.849;SC=TGTAGTGGTACGATCTCGGCT;SOR=0.340;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=10;WE=74943936;WS=74943918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr16	74951706	rs148023114	CAA	C	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.82;ReadPosRankSum=0.677;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	75034133	rs6564195	A	G	5308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=51;PP=2390;SC=GCCAAGGGATAAATGGGATAC;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=115;WE=75034141;WS=75034123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr16	75138927	rs2287989	A	G	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=32;PP=894;SC=GGCAGAGGCCATCAGACAGGT;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=75138935;WS=75138917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	75148431	rs144025042	G	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=8;PP=483;SC=CACCGGAAATGCCGGCCTCGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=75148439;WS=75148421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	75148604	rs755099	G	A	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=39;PP=1928;SC=GCGTACAGAAGGCAGCCTCAG;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=97;WE=75148612;WS=75148594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr16	75186727	rs11859007	G	A	3124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=23;PP=1578;SC=GTCTCTAGGGGTTTCTAAACA;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=77;WE=75186735;WS=75186717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr16	75200378	rs9929570	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=5;PP=468;SC=CCCGCCCACCTAGCCTCCCAA;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=75200386;WS=75200368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	75200407	rs11865310	G	C	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.04;SOR=1.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr16	75200416	rs7200789	T	C	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.33;SOR=1.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	75200595	rs71380707	CAT	C	2069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=22;PP=1512;SC=TGATGAATGACATAAAGTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=75200604;WS=75200585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	75202998	rs12716783	A	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=8;PP=574;SC=GTTTGAAAGGAAACATTTGCA;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=75203006;WS=75202988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	75238103	rs4737	C	T	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=63;PP=2318;SC=ATGAGCTTGGCGACACGGGCG;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=131;WE=75238111;WS=75238093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr16	75258617	rs2287990	C	T	2940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=16;PP=1407;SC=ACTCTGGCGGCCCCCTGGTCT;SOR=1.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=54;TCR=16;TR=69;WE=75258625;WS=75258607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	75263974	rs6564241	T	C	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=25;PP=762;SC=GAGTTGGAACTACAGGCCGAG;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=75263982;WS=75263964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	75267676	rs4888361	A	G	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=7;PP=555;SC=TCGGCCCTGCAGGGCAAGAGC;SOR=1.382;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=32;WE=75267684;WS=75267666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	75269267	rs3169330	A	G	5448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=64;PP=2200;SC=CACTCTGGACAGCGGCCACAG;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=54;TCR=65;TR=115;WE=75269275;WS=75269257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr16	75269534	rs3743613	C	T	7459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=71;PP=2965;SC=TGCCCTCTGCCGGGGCTTCAC;SOR=0.858;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=167;TCF=96;TCR=71;TR=164;WE=75269542;WS=75269524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr16	75269958	rs10623347	C	CCA	710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=613;ReadPosRankSum=2.018;SC=CAGCACCCAGCCACACACACA;SOR=0.976;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=16;WE=75269966;WS=75269948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr16	75270721	rs2278020	C	A	2832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=24;PP=1268;SC=CCCCTGTGCACACACCCAGAC;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=75270729;WS=75270711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	75276295	rs7195938	A	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=15;PP=784;SC=GGGTGGCTGGACCCTTCTGTG;SOR=1.220;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=75276303;WS=75276285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	75277344	rs4888363	A	T	4628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.06;NF=42;NR=41;PP=1489;SC=ATCACGACAAAGCTGCCAAGT;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=83;WE=75277352;WS=75277334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr16	75277446	rs76709948	AAGAC	A	2808.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=2;NR=29;PP=1550;SC=GAACAACAATAAGACAGAGCT;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=31;WE=75277457;WS=75277436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr16	75277480	rs4887810	C	A	1252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=26.65;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	75285164	rs1862738	A	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=5;PP=604;SC=CCGCCAACGCACCCGAGGCGC;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=75285172;WS=75285154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	75285206	rs374483038	C	G	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=16;PP=852;SC=GTTCCTGCCTCCCGGCTTCCC;SOR=0.914;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=44;WE=75285214;WS=75285196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	75300708	rs11149811	C	G	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=34;PP=981;SC=GTCCAGAGCACTGTCCCGGAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=75300716;WS=75300698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	75301605	rs9319482	A	G	192.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=108;SC=TAGGTGCCCCAGCCAGAATGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=75301613;WS=75301599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr16	75301974	rs72804106	G	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=172;SC=GACTCACTCCGTCCTATAGGG;SOR=2.147;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=75301982;WS=75301964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	75327916	rs6624	A	G	2699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1343;ReadPosRankSum=-1.975;SC=CCACTCGGTCAAGGAAGGCTT;SOR=0.789;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=150;TCF=60;TCR=90;TR=82;WE=75327924;WS=75327906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,130:0.52:249
chr16	75338855	rs3743607	C	T	1836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=844;ReadPosRankSum=-0.446;SC=GGCAGTTTGTCTCCAATAAAT;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=74;TCR=40;TR=54;WE=75338863;WS=75338845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,89:0.54:166
chr16	75339131	rs7192981	T	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=20;PP=601;SC=CTGATCTCTATATTAACAGTT;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=75339139;WS=75339121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr16	75445906	rs247435	C	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=215;SC=ATATTGTTTACAGATACTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=75445914;WS=75445896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr16	75467063	rs185052	C	T	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.713;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=301;ReadPosRankSum=-1.940;SC=GGAGCGGACGCTCGAGAACAG;SOR=0.148;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=7;WE=75467084;WS=75467053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	75467076	rs3833048	G	GC	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=504;ReadPosRankSum=0.583;SC=GAGAACAGGAGCCCCCCTGGA;SOR=0.418;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=10;WE=75467084;WS=75467053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr16	75498252	rs150429885	C	CT	1679.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=4.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.51;MQRankSum=8.136;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr16	75498253	rs34904236	G	T	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=3.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.54;MQRankSum=8.187;QD=16.08;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr16	75498253	.	GC	TC	1142	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=63.71;NF=1,11;NR=18,17;PP=1142,1142;QD=61.9473684211;SC=GGAGGACAGCGCCCACGCCGC;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=19,28;WE=75498261;WS=75498243;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr16	75498253	.	GC	GTC	1142	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=7;MMLQ=26;MQ=63.71;NF=1,11;NR=18,17;PP=1142,1142;QD=61.9473684211;SC=GGAGGACAGCGCCCACGCCGC;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=19,28;WE=75498261;WS=75498243;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr16	75498320	rs37596	C	A	753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.182;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.811;NF=14;NR=13;PP=433;ReadPosRankSum=-0.478;SC=AGCACGGCAGCGGCGACGGCG;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=27;WE=75498328;WS=75498310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,32:0.55:58
chr16	75563330	rs3826107	G	A	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1090;ReadPosRankSum=-0.025;SC=GAGCTGTGGCGTGAGGGTCAG;SOR=0.667;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=72;TCR=95;TR=81;WE=75563338;WS=75563320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,136:0.53:256
chr16	75563746	rs8048818	T	G	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.841;NF=52;NR=42;PP=1443;ReadPosRankSum=0.432;SC=CCAGGCTGAATGGCTGCCGCG;SOR=0.845;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=235;TCF=124;TCR=111;TR=94;WE=75563754;WS=75563733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,160:0.43:369
chr16	75564287	rs3784932	T	C	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.228;SOR=1.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,13:0.19:69
chr16	75575410	rs7202717	G	A	983.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,51:0.46:112
chr16	75579233	rs2738801	A	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.879;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.558;NF=17;NR=10;PP=379;ReadPosRankSum=-1.845;SC=GAGCTGGACAATGAGAAGCGC;SOR=1.018;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=27;WE=75579241;WS=75579223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,46:0.55:83
chr16	75579470	rs200769675	T	G	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=23.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr16	75579924	rs8055668	A	C	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-0.048;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,58:0.34:173
chr16	75590113	rs3743602	C	G	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=275;ReadPosRankSum=-0.886;SC=GCCATGAGCACCGCTCGCAGG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=17;WE=75590121;WS=75590103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr16	75634014	rs7206481	A	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=-1.770;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr16	75642673	rs59487462	G	A	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GGAGGATGCCGACCCTCTGGG;SOR=0.307;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=5;WE=75642681;WS=75642670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr16	75652359	rs138033682	AT	CC	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.920;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=466;ReadPosRankSum=-1.041;SC=AGCTGAGATCATGCCACTGCA;SOR=0.368;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=10;WE=75652368;WS=75652349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,9:0.53:17
chr16	75652407	rs67565404	CA	C	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-0.550;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.560;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,11:0.27:41
chr16	75654031	rs11648478	A	T	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=3;PP=413;ReadPosRankSum=-1.704;SC=GGTCCTTCCAACTGGACTGAT;SOR=0.976;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=24;WE=75654039;WS=75654021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr16	75665019	rs7189895	A	G	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-0.262;SC=AGAGGGAACCATTCAGCACCA;SOR=0.688;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=17;WE=75665027;WS=75665009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,35:0.38:93
chr16	75667954	rs6564270	C	T	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=451;ReadPosRankSum=-0.550;SC=CCCATCAGAACACTTTCTTGG;SOR=0.747;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=36;WE=75667962;WS=75667944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,67:0.52:130
chr16	75703213	rs199883674	T	TA	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=2.984;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr16	75730037	rs5817959	T	TA	1156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.258;NF=1;NR=20;PP=754;ReadPosRankSum=-0.640;SC=CAGAAGCTGTTGGGGAATTTT;SOR=0.868;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=21;WE=75730045;WS=75730027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr16	75794738	rs7205764	T	C	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=36;PP=951;ReadPosRankSum=-1.078;SC=CAGGATCTCATTCCCATCACC;SOR=0.679;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=65;WE=75794746;WS=75794728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,111:0.54:206
chr16	76311602	rs59314262	G	GT	4799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=36;PP=2307;SC=CGCTACTTCTGTATCTACTCA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=76311610;WS=76311592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	76343767	rs9927750	C	T	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=9;PP=311;ReadPosRankSum=0.091;SC=CTCTTGCAGCCGCCATGATTC;SOR=0.702;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=21;WE=76343775;WS=76343757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,28:0.48:58
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chr16	76350438	rs747980	C	T	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,43:0.36:120
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chr16	76461273	rs7192076	A	C	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=273;ReadPosRankSum=-0.068;SC=ACACATTGCTAATAGACATTA;SOR=0.145;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=19;WE=76461281;WS=76461263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr16	76461519	rs9927638	C	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=506;ReadPosRankSum=0.346;SC=TTATCCAATACACTGACATAG;SOR=0.932;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=32;WE=76461527;WS=76461509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,50:0.42:120
chr16	76461588	rs9938200	A	G	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=0.551;SC=TTTTAGCTACATAAAGAGGTA;SOR=0.627;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=15;WE=76461596;WS=76461578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr16	76482546	rs56137120	C	T	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=3;PP=418;SC=GTATTTGAAACGGAATGCGTA;SOR=3.056;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=76482554;WS=76482536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	76482910	rs3947083	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=333;SC=TAATCTCCCAGAGGAAAATAC;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=18;WE=76482918;WS=76482900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	76496025	rs57292037	A	G	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=246;SC=GCCAGGCTCTATGAGCAACTG;SOR=1.508;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=76496033;WS=76496015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	76523792	rs7201030	A	G	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=7;PP=159;SC=TAAGTAAACCATGGTGTCTGT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=76523800;WS=76523782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	76528730	rs17767471	G	A	617.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=330;ReadPosRankSum=-0.760;SC=AATGATTTTGGAAGAAAAGGA;SOR=1.382;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=19;WE=76528738;WS=76528720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,30:0.44:68
chr16	76532392	rs12932943	C	T	1059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=9;PP=698;SC=TAGTTCAGAACATCTTGGTTT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=76532400;WS=76532382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	76532583	rs12933808	A	G	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=58;PP=1942;SC=CTGCTCTGCCAGGGAGACAGT;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=105;WE=76532591;WS=76532573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	76555015	rs11353699	CT	C	1819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.519;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.69;ReadPosRankSum=-1.385;SOR=0.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,101:0.93:109
chr16	76569754	rs6564348	A	T	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=17;PP=487;SC=GTTCTTTTCTATGCAGCTATT;SOR=1.455;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=76569762;WS=76569744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	76587202	rs7202925	T	G	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=13;PP=504;ReadPosRankSum=0.970;SC=TGGACCAGGATACTGCACTGG;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=84;TCF=54;TCR=30;TR=38;WE=76587210;WS=76587192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,47:0.46:102
chr16	76587331	rs7184958	T	C	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=446;ReadPosRankSum=0.092;SC=GACACGTGACTGAGTCCAGCT;SOR=0.667;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=41;WE=76587339;WS=76587321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,93:0.42:221
chr16	76587647	rs4243123	G	C	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.264;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	76592313	rs7196722	T	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=135;ReadPosRankSum=1.451;SC=TTATGATGACTTATTAAGCAA;SOR=0.346;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=9;WE=76592321;WS=76592311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr16	76902850	rs7499278	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr16	77225440	rs35193130	G	T	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.594;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=18;PP=409;ReadPosRankSum=1.695;SC=GGACTTGGAGGACACGCAGTT;SOR=0.509;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=36;WE=77225448;WS=77225430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,54:0.52:103
chr16	77227180	rs2241416	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=4.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=257;ReadPosRankSum=0.408;SC=AGATCATTGCGGGGTCCTAGG;SOR=0.340;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=13;WE=77227188;WS=77227170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	77228629	rs2232503	A	G	8228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=102;PP=2965;SC=CCCAGGAGCGAAATGTGCTGG;SOR=0.789;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=189;TCF=86;TCR=103;TR=188;WE=77228637;WS=77228619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr16	77228866	rs2232504	T	C	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1020;ReadPosRankSum=-0.660;SC=GGCGCCTGGTTGAAGATGGGA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=77;TCR=94;TR=86;WE=77228874;WS=77228856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,121:0.49:247
chr16	77229669	rs2017197	C	G	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=243;ReadPosRankSum=1.266;SC=GTGCCTCCACCAAACACAGCA;SOR=0.947;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=19;WE=77229677;WS=77229659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,26:0.49:53
chr16	77231935	rs2232509	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=158;ReadPosRankSum=1.464;SC=CATGCAGCTGCACTGGGGTAG;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=10;WE=77231943;WS=77231925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr16	77233330	rs11544784	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr16	77233394	rs4888607	A	G	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=17;NR=18;PP=684;SC=GCCAGAAGCTACTGAGGAGGC;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=77233402;WS=77233384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	77233445	rs11544783	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.093;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
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chr16	77242083	rs9934426	C	G	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=10;PP=524;SC=CTCTGGCTCACTCTTTCTTCC;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=77242091;WS=77242073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	77242284	rs1424146	G	A	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=44;PP=1779;SC=GAAGATGACTGTGCAATGTCA;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=102;WE=77242292;WS=77242274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	77242513	rs2343035	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=21;PP=507;SC=GCACAGGCTGCTCCCTGGCCT;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=77242521;WS=77242503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	77245139	rs61746433	T	C	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=438;ReadPosRankSum=0.024;SC=CTGGAGGATCTGATGGGCCAG;SOR=0.665;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=93;TCF=52;TCR=41;TR=37;WE=77245147;WS=77245129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,89:0.48:186
chr16	77245971	rs9924848	G	A	78.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.810;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.229;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr16	77246110	rs9924958	G	C	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr16	77246218	rs13331769	G	A	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=210;SC=GTGGAGCGGCGGCTGCACTCG;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=77246226;WS=77246208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	77246467	rs192745003	G	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=165;ReadPosRankSum=-0.335;SC=CCCCTTCTCCGCAGGCTGAAG;SOR=0.534;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=12;WE=77246475;WS=77246457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr16	77246517	rs62049594	C	A	388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.780;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=101;ReadPosRankSum=0.931;SC=CCGGAGCGCCCCCGAGGTCGG;SOR=0.812;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=9;WE=77246525;WS=77246507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr16	77246795	rs2278049	C	G	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=36;PP=1447;SC=AGGAGGATCCCGAGCCGCCGG;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=88;WE=77246803;WS=77246785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr16	77246847	rs2278048	T	G	6367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=54;PP=2141;SC=GACCCGCCCGTTCCCGACCTT;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=116;WE=77246855;WS=77246837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr16	77246953	rs2278047	G	C	4672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=60;PP=2074;SC=GGCGGGGCGTGCTGGGATCTC;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=109;WE=77246961;WS=77246943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr16	77246988	rs7203616	T	G	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=51;PP=1656;SC=GCCGGACCCCTCCCACCAGTC;SOR=0.973;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=86;WE=77246996;WS=77246978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	77247005	rs77292914	C	T	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=419;ReadPosRankSum=0.817;SC=AGTCGAGCCCCGGGCGCCGTA;SOR=1.075;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=28;WE=77247013;WS=77246995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,35:0.40:88
chr16	77281779	rs35625788	GTC	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=50;ReadPosRankSum=0.792;SC=CTGGCTTGAGGTCTCTCATCA;SOR=0.527;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=2;WE=77281788;WS=77281769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr16	77281905	rs13332812	C	T	291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=145;ReadPosRankSum=1.528;SC=AAACCTCAGTCCTTCTTCATG;SOR=0.569;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=13;WE=77281913;WS=77281895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr16	77281998	rs13337994	A	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=-2.912;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,35:0.39:90
chr16	77325325	rs35478105	G	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=428;ReadPosRankSum=0.034;SC=AGCCCTTCTCGCTGCACTTCA;SOR=0.572;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=32;WE=77325333;WS=77325315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,47:0.45:104
chr16	77327211	rs67517591	T	TA	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.768;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.744;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,16:0.22:72
chr16	77327226	rs4888618	C	A	2077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.68;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr16	77353973	rs9930984	G	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr16	77359724	rs150951581	A	C	1109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.803;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=711;ReadPosRankSum=-1.009;SC=ATTATTATCCACATAGAGACT;SOR=1.008;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=66;TCR=22;TR=44;WE=77359732;WS=77359714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,51:0.49:105
chr16	77359919	rs11640912	A	T	2352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1059;ReadPosRankSum=-1.209;SC=GGACAGAATAAGCCACCATAC;SOR=0.616;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=155;TCF=61;TCR=94;TR=78;WE=77359927;WS=77359909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,116:0.51:228
chr16	77360018	rs186706006	TG	CT	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=545;ReadPosRankSum=0.310;SC=AGAGAGGCAATGAAGATGAGC;SOR=0.859;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=13;WE=77360027;WS=77360008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr16	77389762	rs8058333	C	T	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=93;ReadPosRankSum=-0.028;SC=ACTGAGTATTCGTTTGCAGGT;SOR=0.941;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=8;WE=77389770;WS=77389752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr16	77389956	rs8059275	A	G	3841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=55;PP=1835;SC=TCCCTTCTCCATCGTGAATCA;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=97;WE=77389964;WS=77389946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
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chr16	77393445	rs72406902	GGAAA	G	428.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.839;NF=0;NR=10;PP=281;ReadPosRankSum=1.668;SC=CAGTGTTTTTGGAAAAAAAAA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=10;WE=77393458;WS=77393435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
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chr16	77775459	rs11648791	G	A	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=13;PP=889;SC=TAATTTGTCTGTTTTGTTTTC;SOR=1.503;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=48;WE=77775467;WS=77775449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr16	77918801	rs1864228	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=105;ReadPosRankSum=1.733;SC=TTTTCCCAGATGGGTTTGTTT;SOR=0.512;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=11;WE=77918809;WS=77918791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
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chr16	78062219	rs2204891	C	T	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=17;PP=508;SC=GCCCCAATGCCGGGAGATGAT;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=78062227;WS=78062209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	78063000	rs7197560	T	C	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.657;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=186;ReadPosRankSum=1.061;SC=ACTTAAGCTATTATGATCCTA;SOR=0.603;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=14;WE=78063008;WS=78062990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr16	78063064	rs7190832	G	T	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=11;PP=314;ReadPosRankSum=-1.343;SC=TTGTTCAAGAGATACACAGCT;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=22;WE=78063072;WS=78063054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,44:0.48:91
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chr16	78064351	rs2293776	C	G	1670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=853;ReadPosRankSum=-0.626;SC=CAGTCTGTCTCCGAGGCACTA;SOR=0.805;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=62;TCR=50;TR=59;WE=78064359;WS=78064341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,84:0.46:182
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chr16	78149067	rs12934985	A	C	1066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.435;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=355;ReadPosRankSum=-0.230;SC=CTCTTCACTTAGTTATTTATC;SOR=0.516;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=38;WE=78149075;WS=78149057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr16	78149173	rs7203387	A	C	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=0.056;SC=TCCTTTTCAGATATCGTTTCA;SOR=0.317;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=12;WE=78149181;WS=78149163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr16	78197911	rs4359451	T	C	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-4.101;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.274;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=1;PP=85;ReadPosRankSum=-0.451;SC=ACCCCACAACTGTGGCCACTG;SOR=0.148;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=9;WE=78197919;WS=78197910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	78198192	rs2303191	T	C	4707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=55;NR=69;PP=2008;SC=AATGGGTAAGTGCTTGACTGT;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=55;TCR=71;TR=124;WE=78198200;WS=78198182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	78198236	rs2303190	G	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.081;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=29;PP=663;ReadPosRankSum=-0.117;SC=TACACATGCCGGGCTAACCAT;SOR=1.054;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=45;WE=78198244;WS=78198226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,60:0.43:140
chr16	78312497	rs8050128	C	A	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=150;ReadPosRankSum=0.489;SC=TTGTATCTTACAGAAAACAAA;SOR=1.022;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=11;WE=78312505;WS=78312487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr16	78420775	rs11545029	G	A	4850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=44;PP=1894;SC=CAAGGTAGAAGCAATGACCCT;SOR=0.904;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=105;WE=78420783;WS=78420765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr16	78725014	rs6564577	G	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.604;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=562;ReadPosRankSum=0.497;SC=AATACCAGTCGTTATTGCTTT;SOR=0.921;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=53;TCR=32;TR=41;WE=78725022;WS=78725004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr16	79245439	rs78590104	G	A	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=199;ReadPosRankSum=2.492;SC=CCAGGCAGTCGAAATGACGCC;SOR=1.061;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=12;WE=79245447;WS=79245429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr16	79245465	rs384216	T	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	79245687	.	C	A	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.369;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=20;PP=517;ReadPosRankSum=0.468;SC=GCAGCCAGTCCGGCTAAGTGG;SOR=0.700;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=39;WE=79245695;WS=79245677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,56:0.41:137
chr16	79245820	rs383362	G	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.815;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=13;PP=311;ReadPosRankSum=1.624;SC=AATAAGAGCAGTCACAACAGA;SOR=0.573;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=25;WE=79245828;WS=79245810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,35:0.40:88
chr16	79245956	rs2288034	C	G	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.182;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.70;ReadPosRankSum=1.367;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr16	79245961	rs2288033	T	C	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=1.689;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,27:0.46:59
chr16	79246078	rs2288032	G	A	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=-2.777;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr16	79619727	rs371612102	GAA	G	603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.56;ReadPosRankSum=0.044;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,23:0.82:28
chr16	79628536	rs66467731	AT	A	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.389;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr16	79633805	rs5818251	TGCCGCC	TGCC,T	2530.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;NF=2,2;NR=20,20;PP=1072,57;SC=GCCATTCTCCTGCCGCCGCCG;SOR=1.199;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=22,22;WE=79633818;WS=79633795;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:56
chr16	79998075	rs66539665	T	G	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-1.911;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,68:0.46:147
chr16	80574886	rs9922406	T	C	4692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=52;PP=2469;SC=CCACTTCCTTTTTTGTCTCCT;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=112;WE=80574894;WS=80574876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
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chr16	80581547	rs6564762	C	T	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=296;ReadPosRankSum=0.332;SC=CTGAGCATTGCACCCTTAGTA;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=23;WE=80581555;WS=80581537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
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chr16	80704958	rs7189264	G	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=169;ReadPosRankSum=1.435;SC=GACCCCAGTGGAGGCTTCTCT;SOR=0.458;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=15;WE=80704966;WS=80704948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr16	80713449	rs75294035	C	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=135;ReadPosRankSum=1.890;SC=CTACCTCTCACGACTGCCATG;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=8;WE=80713457;WS=80713439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr16	80718879	rs8049284	A	G	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.715;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=470;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GACATGTGCAACCCATTGAAT;SOR=0.831;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=31;WE=80718887;WS=80718869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
chr16	80719086	rs8047798	G	C	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=1.126;SC=AACTCAGTTCGAGGCAACAAG;SOR=0.904;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=13;WE=80719094;WS=80719076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
chr16	81010073	rs1127390	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=231;ReadPosRankSum=1.244;SC=CTGTTTTCTACGTACTGAAAA;SOR=0.646;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=17;WE=81010081;WS=81010063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr16	81012303	rs9937731	C	A	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=226;ReadPosRankSum=-0.800;SC=AAAGGAAGTCCAGATGGTCCC;SOR=0.941;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=17;WE=81012311;WS=81012293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr16	81014700	.	T	C	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=26;MQ=62.13;NF=0;NR=3;PP=37;QD=23.9237375157;SC=AAAAAAAAAGTTCAAAAATAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=3;WE=81014708;WS=81014690;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:2,3:0.60:5
chr16	81015560	rs2549822	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=227;ReadPosRankSum=-0.631;SC=TAAATACTGCCACAGACATGA;SOR=0.724;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=17;WE=81015568;WS=81015550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr16	81022203	rs34522854	TA	T	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.738;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.952;HP=8;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=167;ReadPosRankSum=1.726;SC=GCACGTTTCCTAAAAAAAACA;SOR=0.724;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=11;WE=81022211;WS=81022193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr16	81022232	rs2549833	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.124;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=234;ReadPosRankSum=2.657;SC=AATTTAAGTCTCCATACGATT;SOR=0.459;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=18;WE=81022240;WS=81022222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr16	81025372	rs2244452	A	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.440;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.358;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=136;ReadPosRankSum=0.869;SC=TGTGGTCTTCATCCGAAAACA;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=7;WE=81025380;WS=81025362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	81025490	rs2113196	A	C	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=644;ReadPosRankSum=1.241;SC=ATCAAAAACAAAGAAAATGTC;SOR=0.597;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=83;TCF=54;TCR=29;TR=42;WE=81025498;WS=81025472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,69:0.51:135
chr16	81025506	rs2113197	T	A	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.593;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=663;ReadPosRankSum=1.568;SC=ATGTCACAGATAACAGGAGCC;SOR=0.635;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=58;TCR=35;TR=44;WE=81025514;WS=81025496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,75:0.48:155
chr16	81025717	.	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=2.957;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=157;ReadPosRankSum=0.633;SC=CTAGATGTGAGGTATATGGGA;SOR=2.546;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=8;WE=81025725;WS=81025707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr16	81050817	rs9889194	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-1.210;SC=TCTGTATAACTCAATTTGTGA;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=81050825;WS=81050807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr16	81050965	rs935939	A	T	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=12;PP=396;SC=AAGTTTGGGAAGTTTTTCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=81050973;WS=81050955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr16	81053682	rs10602593	CT	C	514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.517;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.60;ReadPosRankSum=1.039;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,30:0.91:33
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chr16	81056441	rs3743503	T	G	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=212;ReadPosRankSum=-0.715;SC=AGCTTGCAATTAGTGAACATG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=13;WE=81056449;WS=81056431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr16	81061827	rs2549887	G	A	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.665;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=550;ReadPosRankSum=-0.761;SC=GGCTGAGAGGGAAGAACCCCT;SOR=0.762;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=40;TCR=28;TR=35;WE=81061835;WS=81061817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,66:0.54:123
chr16	81062030	rs2549888	G	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.999;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.185;NF=5;NR=9;PP=265;ReadPosRankSum=0.056;SC=GCTCTCTCTTGCATCTTCTGC;SOR=0.055;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=14;WE=81062038;WS=81062020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr16	81062151	rs35608064	CTT	C	3405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=2.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.856;QD=28.86;ReadPosRankSum=0.025;SOR=0.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,84:0.71:118
chr16	81062157	rs114305409	T	C	3185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=1.486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.077;QD=25.49;ReadPosRankSum=0.422;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,80:0.64:125
chr16	81062171	rs2602428	C	T	3429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.827;QD=21.71;ReadPosRankSum=1.520;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,95:0.60:158
chr16	81069449	rs2602430	A	G	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	81077915	rs2257378	T	C	8631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=99;PP=2965;SC=ATCTGCCTGCTCAGACATTGG;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=110;TCR=99;TR=209;WE=81077923;WS=81077905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr16	81087529	rs9926366	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.080;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,40:0.65:62
chr16	81094760	rs804884	A	G	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=13;PP=842;SC=GTTCTACCGCAACCGCTCAGA;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=45;WE=81094768;WS=81094750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr16	81095363	rs804885	C	T	5182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=90;PP=2965;SC=CTGGGATGGACAGCCCTCTGT;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=65;TCR=90;TR=155;WE=81095371;WS=81095353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr16	81118289	rs7187102	C	T	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	81121145	rs7200400	T	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=2;PP=85;SC=ACAAACAAATTACTATTCAAT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=81121153;WS=81121135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	81129822	rs8052579	G	A	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=79;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CGCGGCGGGTGACGGGACCGC;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=81129830;WS=81129812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	81142257	rs1869348	T	C	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=615;ReadPosRankSum=-2.033;SC=CAATGCAGGATCCAATGAGGA;SOR=0.879;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=40;WE=81142265;WS=81142247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,77:0.43:180
chr16	81142990	rs78594039	C	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.41;ReadPosRankSum=-1.652;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr16	81142995	rs113668240	A	C	430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.189;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	81145630	rs8053975	C	G	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=555;SC=ACAGCAAAGACACCCTGTACT;SOR=4.091;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=21;WE=81145638;WS=81145620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	81145664	rs8054611	A	G	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=8;PP=852;SC=ACCTTCCTTGAGTTCCCAGGG;SOR=2.124;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=38;WE=81145683;WS=81145654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	81145675	rs8059153	T	C	1827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=14;PP=975;SC=GTTCCCAGGGTCTCCCTAACC;SOR=1.542;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=47;WE=81145683;WS=81145654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	81145737	rs8059318	T	G	4121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=39;PP=1529;SC=GCAGAGACCCTCCCCGAACTT;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=90;WE=81145745;WS=81145727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	81145807	rs8054182	C	G	4607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	81151122	rs4889238	A	C	10079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,388:1.00:388
chr16	81151163	rs8053191	C	T	7174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=88;PP=2865;SC=AAGTTGCGGCCGTGACTGCCC;SOR=0.840;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=70;TCR=89;TR=158;WE=81151171;WS=81151153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr16	81157324	rs4889241	G	A	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=17;PP=899;SC=GTAGACAGTGGACTCCACAAA;SOR=1.103;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=81157332;WS=81157314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	81157521	rs4889242	G	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=82;ReadPosRankSum=-0.408;SC=GGGCCACCAGGCCAACAGAGC;SOR=1.048;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=9;WE=81157529;WS=81157511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr16	81164274	rs11150345	C	G	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=7;PP=186;SC=ACAGTCCCTGCTCAGGCAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=81164282;WS=81164264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	81167038	rs183286161	A	C	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=113;ReadPosRankSum=-1.575;SC=GTAGGGGAGAAGCTGGAGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=8;WE=81167046;WS=81167028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,10:0.71:14
chr16	81167342	rs11150346	T	G	202.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.53;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	81173030	rs4889243	A	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=170;SC=ATAAAGGAATAAAAGCCCAGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=12;WE=81173038;WS=81173020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	81173136	rs12918619	T	C	1567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=22;PP=756;SC=GTGACGAACATGCTCTCCACG;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=52;WE=81173144;WS=81173126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	81173193	rs4889244	C	T	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=26;PP=1038;SC=CTGGCCCTCCCGTAGTGCAGG;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=54;WE=81173201;WS=81173183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	81180988	rs7194136	C	G	1498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=23;PP=587;ReadPosRankSum=0.033;SC=CTGATGTGTTCTGTGGATAAA;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=43;WE=81180996;WS=81180978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,73:0.57:127
chr16	81183266	rs8044870	A	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=13;PP=593;SC=CCAGCCACTAACCCTGACCTC;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=81183274;WS=81183256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	81183624	rs10617579	CTT	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.07;ReadPosRankSum=0.366;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr16	81185326	rs11649028	G	A	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=21;PP=1025;SC=CCTGGGTGGCGGAACAAGACC;SOR=1.031;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=54;WE=81185334;WS=81185316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr16	81185416	rs8061038	A	G	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=48;PP=1722;SC=GAAACACCTTATCGAGGACGC;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=48;TCR=48;TR=95;WE=81185424;WS=81185406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr16	81190294	rs4889251	G	A	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=7;PP=388;SC=CAGGTGATCCGTCCACCTTGG;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=81190316;WS=81190284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	81190308	rs4889252	G	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.88;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	81190328	rs4889253	G	A	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=16;NR=11;PP=538;SC=TGGGATTACAGGCGTGAGCCA;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=27;WE=81190336;WS=81190318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr16	81190601	rs1453325	T	C	4052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=58;PP=1692;SC=TGGTGGATGTTGATGGCATTG;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=91;WE=81190634;WS=81190591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr16	81190613	rs1453324	A	G	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=55;PP=1816;SC=ATGGCATTGGACATCACCAGG;SOR=1.136;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=87;WE=81190634;WS=81190591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	81190626	rs370849902	C	T	986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=507;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TCACCAGGAACGTGCTTCCGA;SOR=0.612;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=38;WE=81190634;WS=81190591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,53:0.41:128
chr16	81190708	rs1453323	A	C	993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=25;PP=592;SC=CAACCCATAAAGGGGCTGTCA;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=81190716;WS=81190698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	81193433	rs734823	G	C	1157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=656;SC=CTGTAGGAAAGGGGGTTCCAG;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=81193441;WS=81193423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	81194382	rs2317117	T	C	5611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.99;NF=74;NR=54;PP=2105;SC=GTGCAATGTCTGGTCTCCAGT;SOR=0.936;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=74;TCR=54;TR=128;WE=81194390;WS=81194372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr16	81197117	rs4889255	A	G	1285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=9;PP=590;SC=GCTTGAGCCCAGGAGGCAGAA;SOR=1.480;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=33;WE=81197125;WS=81197107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	81198441	rs7191852	T	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.559;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=2.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	81199429	rs12925622	G	A	1210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.590;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=-1.712;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,66:0.41:161
chr16	81199520	rs12931217	T	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=36;PP=1002;SC=AGCAGGAGGGTGGTCTGCACA;SOR=0.872;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=30;TCR=36;TR=66;WE=81199528;WS=81199510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	81199538	rs12931227	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=3.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.692;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,20:0.33:61
chr16	81199544	rs12925771	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.725;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr16	81199554	rs12926898	CA	TG	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.56;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr16	81199572	rs12927442	A	G	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=23;PP=708;SC=TGGCAATCTGAAAAAGGAGGC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=81199580;WS=81199562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	81199600	rs12599110	G	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=89;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=-0.640;SC=TGTTGCTATGGACCTGCTGCC;SOR=0.602;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=9;WE=81199608;WS=81199590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr16	81201448	rs11313252	G	A	747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=368;SC=GATGGGGGGGGAAAGTTCCAC;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=81201456;WS=81201447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	81201507	rs34188236	C	A	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=461;ReadPosRankSum=-0.648;SC=AGGTCTGCATCTGGCCTGGAC;SOR=0.790;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=32;WE=81201515;WS=81201497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,44:0.68:65
chr16	81201620	rs35292101	C	A	3625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,98:0.44:225
chr16	81201625	rs34504526	G	A	3640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.18;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,100:0.44:225
chr16	81201774	rs34172014	C	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=236;ReadPosRankSum=0.927;SC=CTGTGTCATTCAAGGGACAAG;SOR=0.760;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=18;WE=81201782;WS=81201764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr16	81201837	rs35055907	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=96;ReadPosRankSum=0.736;SC=CCTGGCACACGAGCTCCCTGT;SOR=0.243;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=9;WE=81201845;WS=81201827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	81201853	rs72822032	C	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=2;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=5;PP=86;ReadPosRankSum=1.016;SC=CCTGTATCTCCGGCTTGAGAC;SOR=0.223;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=8;WE=81201861;WS=81201843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr16	81201868	rs34722210	G	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=28.86;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
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chr16	81204172	rs11648241	A	C	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=38;ReadPosRankSum=0.377;SC=ATAAGGAAGCACAGGAGCTGG;SOR=0.283;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=81204180;WS=81204166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr16	81204188	rs1901819	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=69;ReadPosRankSum=1.824;SC=GCTGGCAGCCAGATGTCAGGC;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=7;WE=81204196;WS=81204178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr16	81204423	rs11640279	T	C	3571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=47;PP=1223;ReadPosRankSum=0.647;SC=GGAAAGAAGATGACAGAGGTC;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=95;TCR=90;TR=96;WE=81204431;WS=81204413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,179:0.53:337
chr16	81204720	rs35271642	C	A	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQRankSum=-1.632;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.393;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr16	81208056	rs745209	A	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=5.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.70;ReadPosRankSum=2.337;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,21:0.45:47
chr16	81208175	rs11150361	C	T	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.136;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=29;PP=1034;ReadPosRankSum=1.993;SC=CCCAAAAGACCAGAGAGGGAG;SOR=0.843;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=136;TCF=74;TCR=62;TR=68;WE=81208183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,118:0.48:248
chr16	81208203	rs11150362	G	T	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=1152;ReadPosRankSum=1.651;SC=CAGCCGCTTGGGAGACACCAC;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=79;TCR=81;TR=85;WE=81208211;WS=81208193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,146:0.51:289
chr16	81208472	rs200099179	G	C	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.593;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=26;PP=468;ReadPosRankSum=0.920;SC=TCTCTGACACGGCAGCCTGGA;SOR=0.903;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=62;TCF=19;TCR=43;TR=36;WE=81208480;WS=81208462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,56:0.52:108
chr16	81208515	rs12596941	G	A	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=19;PP=405;ReadPosRankSum=0.391;SC=GTCTCCGAGTGCCACCTGTTA;SOR=0.739;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=29;WE=81208523;WS=81208505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,42:0.47:90
chr16	81209207	rs2317114	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=88;ReadPosRankSum=-0.937;SC=TGCCACCACCTACCTTAGCCA;SOR=0.569;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=8;WE=81209215;WS=81209197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr16	81211496	rs9935113	C	A	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=510;ReadPosRankSum=-0.140;SC=AGAACGGTGCCCTCCTCTGGG;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=34;WE=81211504;WS=81211486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,66:0.59:111
chr16	81211548	rs9934605	G	A	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=22;PP=649;ReadPosRankSum=0.033;SC=GCACAGTGCTGATCACATAGG;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=45;WE=81211556;WS=81211538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,65:0.51:128
chr16	81211720	rs9925522	A	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=394;ReadPosRankSum=-1.782;SC=AACTTCAGACATCTCTGGATC;SOR=0.397;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=23;WE=81211728;WS=81211710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr16	81213081	rs4889259	G	A	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.409;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=207;ReadPosRankSum=0.068;SC=CAGGAGGCTGGGACAGGAGGA;SOR=0.169;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=13;WE=81213089;WS=81213071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr16	81213142	rs4889260	C	T	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.949;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=184;ReadPosRankSum=0.463;SC=AGTGAGATCACATCTCTCTAT;SOR=0.217;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=19;WE=81213150;WS=81213132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr16	81213378	rs4889261	A	G	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=601;ReadPosRankSum=0.019;SC=GCAGGCATCCAGGAGGGGCTC;SOR=0.937;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=43;WE=81213386;WS=81213368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,60:0.65:93
chr16	81213422	rs4889262	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=454;ReadPosRankSum=-0.217;SC=GGGCTGCTGACGCTACAGCCA;SOR=1.552;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=28;WE=81213430;WS=81213412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr16	81219187	rs13339342	C	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=19;PP=771;ReadPosRankSum=0.633;SC=AACAGCCAGGCGCAGGGTGAC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=57;WE=81219195;WS=81219177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,69:0.44:157
chr16	81219329	rs9319563	G	T	8331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr16	81219396	rs9674042	T	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.495;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=663;ReadPosRankSum=-0.499;SC=TCATGAATAATAACATCAGCT;SOR=1.088;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=101;TCF=31;TCR=70;TR=43;WE=81219404;WS=81219386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,52:0.42:124
chr16	81222447	.	CAAA	C	47.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.902;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr16	81222672	rs4889271	T	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=0.844;SC=TGGGGTGCTGTTGGCATTCCC;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=8;WE=81222680;WS=81222662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr16	81224234	rs12716909	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr16	81224423	rs11647179	G	A	3352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=46;PP=1432;SC=CACCAGGGGCGTCAGCCTGTC;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=81224431;WS=81224413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	81224495	rs72823811	G	C	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=381;ReadPosRankSum=-0.185;SC=GATTAAAAGTGAGTCATCTTG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=22;WE=81224503;WS=81224485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,22:0.52:42
chr16	81228814	rs72823822	G	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.130;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=320;ReadPosRankSum=-0.513;SC=GAAGGAGCTTGGTTCTTGTCC;SOR=1.622;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=19;WE=81228822;WS=81228804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr16	81232275	rs7205673	G	A	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=6;PP=148;ReadPosRankSum=0.246;SC=ACCTTCAACCGGAACAGCCAG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=12;WE=81232283;WS=81232265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,17:0.47:36
chr16	81232336	rs34276551	T	C	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr16	81232564	rs7194871	T	G	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=796;ReadPosRankSum=-0.256;SC=CCCATCAGTTTCTGGGTTTCT;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=46;TCR=52;TR=53;WE=81232572;WS=81232554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,86:0.52:164
chr16	81232743	rs9924038	G	C	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=254;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GCAGCTCAGAGTCAGTCTCTG;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=20;WE=81232751;WS=81232733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,31:0.44:71
chr16	81240931	rs11150368	T	C	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.578;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-0.352;SC=CCGGACAGCCTACCCCAGCCA;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=6;WE=81240939;WS=81240927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr16	81241098	rs11150369	C	T	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=3.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,47:0.45:105
chr16	81241098	.	CGG	TGC	585	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=5;HapScore=3;MGOF=1;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=10;NR=10;PP=585;QD=31.9233937431;SC=CTTACCTCGGCGGGTTGTAGG;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=20;WE=81241108;WS=81241088;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr16	81241100	rs11150370	G	C	1721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=2.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.661;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr16	81242085	rs7499175	C	T	1299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=552;ReadPosRankSum=1.693;SC=TCAAGCAAGTCGGGGACTCAC;SOR=0.858;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=45;WE=81242093;WS=81242075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,66:0.59:112
chr16	81242102	rs6420424	G	A	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=473;ReadPosRankSum=-2.761;SC=TCACCTTCCCGGCACTGGTAC;SOR=0.692;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=30;WE=81242110;WS=81242092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,51:0.43:119
chr16	81242148	rs55980345	GTT	G	1833.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=3;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=1353;ReadPosRankSum=-0.059;SC=TCGGACACAGGTTTCCAAAGT;SOR=0.765;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=20;WE=81242159;WS=81242138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr16	81242151	rs5818326	T	C	1842.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=2;HapScore=4;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=1369;ReadPosRankSum=0.315;SC=GACACAGGTTTCCAAAGTAGG;SOR=0.765;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=27;WE=81242159;WS=81242138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,49:0.44:111
chr16	81242194	rs6564838	T	C	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.936;NF=14;NR=16;PP=483;ReadPosRankSum=0.119;SC=TGACTGTAGCTCCTGGCACTG;SOR=0.776;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=30;WE=81242202;WS=81242184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,48:0.52:92
chr16	81242366	rs6564839	T	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.218;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=77;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GAAGACCAGGTACTGGGCTAG;SOR=0.250;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=8;WE=81242374;WS=81242356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr16	81242386	rs6564840	T	G	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.481;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=6.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.151;SOR=0.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr16	81248745	rs8060294	A	G	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,47:0.47:100
chr16	81248935	rs8044334	T	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=-1.529;SC=GCAGGGGTGATAAATTGAATA;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=11;WE=81248943;WS=81248925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr16	81249954	rs7191351	T	A	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=17;PP=551;ReadPosRankSum=-1.820;SC=AGCGGCGGCCTGCCCTCCATG;SOR=0.614;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=36;WE=81249962;WS=81249944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,55:0.47:117
chr16	81253526	rs141224532	A	ATTATT	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.53;MQRankSum=1.068;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr16	81253637	rs9924275	A	G	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=2.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.99;ReadPosRankSum=-0.545;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr16	81253642	rs62052455	AG	TC	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=4.145;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.30;ReadPosRankSum=-0.644;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,43:0.49:88
chr16	81253745	rs9934272	C	G	1798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.859;HP=2;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=1613;ReadPosRankSum=-1.241;SC=GGGAGATGTGCTTCTGCAGAA;SOR=0.585;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=54;WE=81253767;WS=81253735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,88:0.57:154
chr16	81253759	rs9924371	A	G	1535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=3;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=1613;ReadPosRankSum=1.229;SC=TGCAGAAACCACTGGGTGCCT;SOR=0.681;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=51;WE=81253767;WS=81253735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,78:0.53:147
chr16	81253917	rs9924530	A	G	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.617;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=23;PP=512;ReadPosRankSum=0.677;SC=CTCTGGCTTAACAGTGGTGGC;SOR=0.504;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=37;WE=81253925;WS=81253907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,56:0.54:104
chr16	81254023	rs35807120	T	TA	210.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=85;ReadPosRankSum=-0.099;SC=TCTTGGGACTTTCATATGCGG;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=81254031;WS=81254013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr16	81272625	rs11339898	AT	A	140.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr16	81279120	rs28370522	T	C	1507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=517;ReadPosRankSum=-0.762;SC=TGCTCCGCAATGGGCCTGGGA;SOR=0.701;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=52;TCR=57;TR=46;WE=81279128;WS=81279110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,83:0.40:206
chr16	81301460	rs34500060	G	C	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=391;SC=TGTGGTCTTGGGGGGGCAGCC;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=81301468;WS=81301453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	81301694	rs12934922	A	T	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=52;PP=1431;SC=ACATCCGGAGAATGAGCTGGG;SOR=1.052;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=31;TCR=52;TR=83;WE=81301702;WS=81301684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	81303759	rs4889294	T	C	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=24;PP=1387;SC=TGTGTCCTTTTTCAGACTTAT;SOR=1.046;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=81303767;WS=81303749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	81320830	rs8048342	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=6;PP=322;SC=ATCTTCATGCACTCCTATTTG;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=18;WE=81320838;WS=81320820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	81396287	rs12448327	C	T	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=44;PP=967;ReadPosRankSum=0.566;SC=TGTTTTGTGTCTGAGTTCAGG;SOR=0.639;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=48;TCR=91;TR=67;WE=81396295;WS=81396277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,93:0.48:192
chr16	81398520	rs4889313	G	A	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.585;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=640;ReadPosRankSum=-0.710;SC=TTTAATATCTGTTCACCTGAC;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=98;TCF=55;TCR=43;TR=52;WE=81398528;WS=81398510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,85:0.54:157
chr16	81398635	rs2608555	C	T	779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.811;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=390;ReadPosRankSum=2.176;SC=GAGGCTCCTACGGAAAGCTTT;SOR=0.815;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=27;WE=81398643;WS=81398625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,41:0.48:86
chr16	81641452	rs7203914	A	G	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	81679151	rs4889356	A	G	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=44;PP=1094;ReadPosRankSum=0.222;SC=GAACCCTGGCATATGTGCTTG;SOR=0.685;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=70;TCR=81;TR=82;WE=81679159;WS=81679141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,152:0.55:275
chr16	81703861	rs11150398	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=177;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GTGGGTCTCCGGCGCGACGTC;SOR=0.340;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=15;WE=81703869;WS=81703851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr16	81704033	rs8044418	C	G	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=77;SC=AGCAACACTGCTGTTTCCTCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=81704041;WS=81704023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	81730381	rs9933631	C	A	4978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.147;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=53;PP=2157;ReadPosRankSum=1.708;SC=CGGAGTTTCCCGGCTAACACA;SOR=0.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=110;WE=81730389;WS=81730371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr16	81737695	rs72831128	G	A	4379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=66;PP=1757;ReadPosRankSum=0.998;SC=ACTCAGGTACGTCCTCCCGCC;SOR=0.662;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=213;TCF=92;TCR=121;TR=117;WE=81737703;WS=81737685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,221:0.51:435
chr16	81816733	rs8045964	C	T	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=318;ReadPosRankSum=-0.365;SC=TGGTTTCTGTCTAATTGAAGG;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=24;WE=81816741;WS=81816723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr16	81816787	rs4476171	T	A	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	81816818	rs72834729	C	T	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=-0.396;SC=TGGGGAACTCCAGGATGCATG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=26;WE=81816826;WS=81816808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr16	81819486	rs4354929	C	G	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=421;ReadPosRankSum=0.902;SC=GAAGTTCATGCCCTGTTAACT;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=25;WE=81819494;WS=81819476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,30:0.75:40
chr16	81819676	rs61749044	A	T	1215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=381;ReadPosRankSum=-1.602;SC=GGGGACGGTGATGACTGTGTT;SOR=0.651;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=32;WE=81819684;WS=81819666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,64:0.52:123
chr16	81819768	rs1143685	T	C	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=589;SC=GCAAGACCGCTGACAAGATCG;SOR=1.702;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=81819776;WS=81819758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	81819820	rs4294811	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=141;ReadPosRankSum=1.554;SC=AGTGTGGCCCGTCCTCTGGGG;SOR=0.320;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=12;WE=81819828;WS=81819810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	81887903	rs4072831	A	G	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=86;ReadPosRankSum=-0.713;SC=GAAGGAGGGGACACTGAGTCC;SOR=0.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=6;WE=81887911;WS=81887893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr16	81887938	rs4522412	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=189;ReadPosRankSum=-0.798;SC=CTTTGCGGGATCCTGTTGGGG;SOR=1.068;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=11;WE=81887946;WS=81887928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr16	81887957	rs4072830	A	C	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.449;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=199;ReadPosRankSum=0.749;SC=GGAAGGAAGGAGCCAGGCTGT;SOR=1.422;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=12;WE=81887965;WS=81887947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr16	81887977	rs34028338	G	C	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.040;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=253;ReadPosRankSum=-1.383;SC=TGCCTGGGCTGCAGTTGTGTG;SOR=0.997;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=18;WE=81887985;WS=81887967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr16	81888152	rs1143686	A	G	974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=427;ReadPosRankSum=-0.664;SC=TCACCATCCTATATGGCACTC;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=30;WE=81888160;WS=81888142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,47:0.59:80
chr16	81888237	rs4072828	G	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=88;ReadPosRankSum=-0.497;SC=GTGCCTTAGTGTCTTCCTGAA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=5;WE=81888245;WS=81888227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr16	81891790	rs36114479	C	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.245;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=77;ReadPosRankSum=0.532;SC=TCTTCGTGATCTGTATGGGGC;SOR=3.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=5;WE=81891798;WS=81891780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
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chr16	81892041	rs5818357	GGGA	G	1458.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=28;PP=756;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GGCTACAGGGGGGAAAAAAAA;SOR=0.483;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=37;WE=81892056;WS=81892031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,39:0.45:86
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chr16	81931403	rs8049305	A	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.234;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=446;ReadPosRankSum=-0.657;SC=TCCCGCCTCAACCTCCCAAAG;SOR=0.432;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=31;WE=81931411;WS=81931393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,36:0.56:64
chr16	81939150	rs4435248	G	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=791;ReadPosRankSum=0.705;SC=CTGCGGCCACGCCCCTTGCAG;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=81939158;WS=81939140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr16	81941085	rs72823102	C	G	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
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chr16	81953081	rs12448130	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=4;PP=139;SC=GTGTTCTTCCTGCTCCAGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=81953089;WS=81953071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	81953368	rs12448152	A	G	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=651;SC=TTCACCATGTATCTGATACTG;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=81953376;WS=81953358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	81954789	rs12446127	C	G	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=2.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,69:0.54:128
chr16	81954996	.	A	AT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.42;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr16	81956927	rs4485360	C	G	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=271;SC=TTGGGGCCTTCGATCCTTTGC;SOR=2.670;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=81956935;WS=81956917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	81962071	rs4366702	A	C	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=164;ReadPosRankSum=0.728;SC=TTCCACAGGCAGTATCTCTGC;SOR=0.540;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=11;WE=81962079;WS=81962061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr16	81971403	rs1071644	T	C	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.095;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=357;ReadPosRankSum=-1.737;SC=TTTCTCTCAATGGGCGCACGG;SOR=0.792;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=29;WE=81971411;WS=81971393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,60:0.41:146
chr16	81973474	rs4405546	C	A	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=17;PP=1078;SC=TGTGGCCTCTCATGAGCTTTG;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=58;WE=81973482;WS=81973464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	82124776	rs2955154	G	T	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	82182381	rs35937721	T	G	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=2.964;SOR=0.682;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,125:0.49:253
chr16	82182832	rs11859599	C	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=201;ReadPosRankSum=-0.654;SC=AGCTGCCGTGCACTGTGGGGT;SOR=0.743;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=14;WE=82182840;WS=82182822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
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chr16	82203705	rs2303265	A	C	3950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.81;ReadPosRankSum=0.476;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,102:0.49:210
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chr16	82203768	rs2303261	G	T	4390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=1.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.14;ReadPosRankSum=2.181;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,116:0.43:272
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chr16	82882118	rs1585533	A	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=3;PP=484;ReadPosRankSum=0.913;SC=TTTTTAAATTATTACTTTGTC;SOR=0.285;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=44;TCR=5;TR=26;WE=82882126;WS=82882113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr16	82882188	rs13336316	G	T	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.597;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,62:0.34:185
chr16	82882283	rs9935254	C	G	4057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=60;PP=1609;ReadPosRankSum=1.025;SC=GCCCTTTACTCATCTGTCTCC;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=230;TCF=105;TCR=125;TR=109;WE=82882291;WS=82882273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,208:0.46:450
chr16	82882417	rs35862345	C	G	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=400;ReadPosRankSum=-1.224;SC=TTGCATGTCTCTCTCTTTAAA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=23;WE=82882425;WS=82882407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr16	82891927	rs116969808	T	C	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.550;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=493;ReadPosRankSum=0.918;SC=GGCAAACACATAAGCCGCTAT;SOR=1.330;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=34;WE=82891935;WS=82891917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,39:0.42:92
chr16	82917768	rs929847	G	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,25:0.43:58
chr16	82917852	rs929848	T	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.56;ReadPosRankSum=1.255;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr16	83159350	rs7196370	A	C	660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=13;PP=476;SC=GTTGAAATTAAGCAGGAAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=83159358;WS=83159340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	83159519	rs72798389	A	G	1849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.633;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=631;ReadPosRankSum=0.645;SC=TCGGTTTTCCAAAAACTAAAC;SOR=0.782;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=47;WE=83159527;WS=83159509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,92:0.63:146
chr16	83205290	rs56165681	G	T	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.167;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,65:0.49:133
chr16	83214480	rs7188594	C	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,58:0.48:121
chr16	83542061	rs4782540	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-1.480;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr16	83658649	rs11639522	C	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=494;ReadPosRankSum=-1.526;SC=TATTTAAGCACAAAAATGGAC;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=35;WE=83658657;WS=83658639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
chr16	83775105	.	A	ATG	75.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.36;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr16	83781604	rs16961631	T	C	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr16	83816828	rs153654	A	G	1598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=19;PP=814;SC=AGTCTCATCCACTCTCACCAG;SOR=1.249;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=51;WE=83816836;WS=83816818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	83817019	rs1048612	A	G	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=31;PP=961;SC=GCAACGCGGCAGGGGCCCTGC;SOR=0.876;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=83817027;WS=83817009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	83828683	rs11311412	GA	G	2275.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.738;HP=11;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=48;PP=613;ReadPosRankSum=2.032;SC=ATAGCAACAGGAAAAAAAAAA;SOR=0.568;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=102;TCF=16;TCR=86;TR=59;WE=83828692;WS=83828673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,150:0.63:239
chr16	83842792	rs8053753	G	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.466;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr16	83873259	rs435383	G	A	236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=2;PP=80;SC=AGGAACAGAGGACTCATTTCT;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=83873267;WS=83873249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	83873285	rs435367	G	A	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.16;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	83873300	rs146203605	T	TTG	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr16	83873312	rs367415	C	G	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.31;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	83886468	rs150603407	GTGCACACA	G	4369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.806;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.778;NF=33;NR=48;PP=2977;ReadPosRankSum=-1.250;SC=GCACACACACGTGCACACATG;SOR=0.983;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=81;WE=83886483;WS=83886458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,170:0.99:172
chr16	83933296	rs446036	T	C	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;PP=429;SC=CCGCCGTCGATCCCCCGGCAG;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=83933304;WS=83933286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	83940480	rs3815804	A	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.000;NF=22;NR=9;PP=493;ReadPosRankSum=1.149;SC=GTCTTGCACAATTGTCTTATG;SOR=0.903;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=37;TCR=16;TR=31;WE=83940488;WS=83940470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,38:0.51:74
chr16	83982460	rs4782863	A	G	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-6.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.732;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=4;PP=565;ReadPosRankSum=-1.420;SC=GGATCACGTCACAAGCTCTCA;SOR=0.032;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=61;TCF=57;TCR=4;TR=36;WE=83982468;WS=83982455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr16	83982960	rs4782864	C	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.936;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=526;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TTGAGCACTCCAGGGTGGGGG;SOR=0.539;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=38;WE=83982968;WS=83982950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,78:0.47:166
chr16	83983071	rs4782865	C	T	1523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.847;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=24;PP=571;ReadPosRankSum=1.068;SC=AAGTGGAGACCGAGAGGCTGC;SOR=0.488;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=42;WE=83983079;WS=83983061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,78:0.50:155
chr16	83983755	rs2245008	G	A	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.904;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=522;ReadPosRankSum=0.974;SC=CATGGCCCCAGCTGTGCCTAA;SOR=1.022;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=102;TCF=80;TCR=22;TR=35;WE=83983763;WS=83983745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,40:0.35:113
chr16	83983775	rs12933677	T	C	1287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=17;PP=788;ReadPosRankSum=0.650;SC=ACCTCTTCCCTAAGCCTTTTT;SOR=0.819;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=160;TCF=105;TCR=55;TR=56;WE=83983788;WS=83983765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,69:0.36:193
chr16	83983867	rs2457543	C	T	7574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-4.204;NF=69;NR=57;PP=1408;ReadPosRankSum=3.747;SC=GGCAGATACGCACACACAGAC;SOR=0.799;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=331;TCF=175;TCR=156;TR=126;WE=83983875;WS=83983857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,221:0.36:606
chr16	83983892	rs62045882	CA	TG	7111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=-2.949;QD=12.61;ReadPosRankSum=2.970;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:368,196:0.35:564
chr16	83983920	rs57653517	G	A	5356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.989;NF=51;NR=47;PP=1118;ReadPosRankSum=0.417;SC=ACATGCACACGTGAGCACATG;SOR=0.582;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=258;TCF=116;TCR=142;TR=98;WE=83983928;WS=83983910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:293,144:0.33:437
chr16	83983963	rs72346207	TACACAC	T	2122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.797;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.613;NF=2;NR=31;PP=1342;ReadPosRankSum=-6.417;SC=GGCACACACGTACACACACAT;SOR=0.492;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=97;TCF=6;TCR=91;TR=33;WE=83983976;WS=83983953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,61:0.30:201
chr16	83984576	.	T	C	838	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=51.36;NF=11;NR=6;PP=838;QD=51.339483091;SC=ACATACATACTGGCACACACG;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=17;WE=83984587;WS=83984566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:52,17:0.25:69
chr16	83984578	.	GCA	G	849	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MMLQ=23;MQ=51.05;NF=9;NR=8;PP=849;QD=51.3529411765;SC=ATACATACTGGCACACACGTA;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=17;WE=83984587;WS=83984566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:35,17:0.33:52
chr16	83984706	rs147293432	CCT	C	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.564;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,34:0.15:231
chr16	83984776	rs28555129	A	C	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.914;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=928;ReadPosRankSum=-0.867;SC=TCTACCAGGAACCAGCCCCAG;SOR=0.962;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=62;WE=83984784;WS=83984766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,99:0.47:211
chr16	83984844	rs2244899	A	C	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=6.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.162;SOR=1.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,47:0.44:106
chr16	83984850	rs2244898	C	G	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.90;ReadPosRankSum=0.130;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,41:0.43:96
chr16	83986885	rs7203516	C	G	4615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.278;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,123:0.44:282
chr16	83986888	rs7203864	G	A	4662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.53;ReadPosRankSum=-0.297;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,124:0.44:282
chr16	83992785	rs2665296	G	A	7813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=49;PP=2965;SC=TGAATGCGCCGCATCTAGATC;SOR=1.261;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=116;TCR=49;TR=165;WE=83992793;WS=83992775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr16	83994569	rs2136662	G	T	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	83998557	.	C	T	22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=22;QD=14.1928031368;SC=CCTACAGCTACAGCCTAGTCC;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=4;WE=83998565;WS=83998552;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,4:0.24:17
chr16	83998662	rs733728	A	G	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=536;ReadPosRankSum=-0.563;SC=CATCCTCCCCAACAGAGGTCT;SOR=0.697;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=32;WE=83998670;WS=83998652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,58:0.54:107
chr16	83999000	rs3743627	C	G	3177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=49;PP=1490;ReadPosRankSum=-0.089;SC=CCCTGGAGGCCGCCACAAGGG;SOR=0.552;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=183;TCF=99;TCR=84;TR=102;WE=83999008;WS=83998990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,160:0.54:294
chr16	83999030	rs140509674	C	G	5766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=2.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.97;ReadPosRankSum=1.374;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,149:0.49:304
chr16	83999033	rs173776	A	G	5819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=2.450;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.90;ReadPosRankSum=0.281;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,155:0.50:308
chr16	84027225	rs72183805	CTG	C	178.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.091;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr16	84035830	rs113980838	C	CA	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.57;ReadPosRankSum=2.368;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	84035832	.	T	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.10;ReadPosRankSum=2.368;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr16	84035844	rs5012586	T	C	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=2.063;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr16	84035919	rs5012585	T	C	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.934;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,31:0.43:72
chr16	84036011	rs34037353	C	CCT	768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.969;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=397;ReadPosRankSum=1.762;SC=AAGGAAATCCCGTTTTTTTCT;SOR=1.013;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=11;WE=84036019;WS=84036001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,24:0.26:91
chr16	84050359	rs13380582	A	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=2.020;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.29;ReadPosRankSum=-2.049;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	84050369	rs80036206	C	T	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=-1.227;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr16	84063245	rs118145955	G	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.758;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=225;ReadPosRankSum=-1.324;SC=AAGGATGCTGGGAAAATGTAA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=20;WE=84063253;WS=84063235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,36:0.33:108
chr16	84063320	rs143276186	A	AAGGAAG	1410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=1172;SC=GGAAATGGAAAAGGATGCTGG;SOR=1.911;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=18;WE=84063328;WS=84063310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	84065710	rs907043	A	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.45;NF=5;NR=14;PP=404;SC=CTGCCTCACCATCCTCATCTG;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=84065718;WS=84065700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	84075563	rs1105355	C	A	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=7;PP=420;SC=ACTCACTTCCCGGGGACTTAC;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=84075571;WS=84075553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	84088047	rs11607	C	T	2615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=31;PP=1338;SC=GTCAGCCAGGCTGCCGGTCAC;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=84088055;WS=84088037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	84088968	rs8053890	T	C	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=10;PP=854;SC=CTCCTCTTGGTAGCTATAAAC;SOR=1.498;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=84088976;WS=84088958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	84089207	rs6563996	G	T	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;QD=25.44;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	84089536	rs11415464	T	TG	407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=264;SC=GCCCGCCTCCTGGGGAGGGAG;SOR=0.976;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=84089544;WS=84089532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	84089767	rs17849043	C	T	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=17;PP=523;SC=TAAAACAAAACAAAAATAAGC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=84089775;WS=84089757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	84093062	rs2280024	G	A	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=49;PP=1574;SC=TCAACAAAAAGGAAAATCATC;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=84093070;WS=84093052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	84093152	rs2280023	T	G	767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=20;PP=536;SC=ACAGAGCCCCTGTGCTCTATT;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=84093160;WS=84093142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr16	84094450	.	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.336;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=5.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.915;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,12:0.20:61
chr16	84101240	rs3835163	C	CACATTTT	3139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=16;PP=1775;SC=CCCCAAAAGTCTTATCCAAAT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=84101248;WS=84101230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	84101875	rs3817151	C	T	125.85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=111;SC=GGGATTCACTCCTCAGACATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=84101883;WS=84101865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	84102135	rs870584	G	C	2869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=40;PP=1431;SC=CACAGGGCCGGCTCTGCAAGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=36;TCR=40;TR=76;WE=84102143;WS=84102125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr16	84104478	rs1980011	C	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=11;PP=267;SC=AAACTGGTTCCGAGAAATACT;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=84104486;WS=84104468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	84115279	rs3826139	T	C	731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=5;PP=509;SC=AGGCTTGTATTTTGTGCAGAG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=84115287;WS=84115269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	84115483	rs3743631	G	A	3379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	84115561	rs3743632	G	A	2668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	84121078	rs5818481	CA	C	419.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.853;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.945;SOR=1.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,33:0.75:44
chr16	84124602	rs8045891	G	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=35.56;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr16	84124604	rs11325729	CA	C	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.977;QD=9.99;ReadPosRankSum=-1.923;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr16	84132533	rs4782584	G	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=408;SC=CCAGGAAAATGTTCACAATTA;SOR=2.419;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=84132541;WS=84132523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	84132628	rs10690442	G	GAC	5656.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=31;PP=2912;SC=AAACAGCAGAGAGAAATTTGC;SOR=1.142;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=67;WE=84132636;WS=84132618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr16	84135493	rs907045	A	G	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=883;SC=CAACATTACTAATCAGCCATC;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=84135501;WS=84135483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	84203612	rs17856705	A	G	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=21;PP=898;SC=TGCCCGGAAAAGCCAAGTGGA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=84203620;WS=84203602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	84203939	rs11644164	C	T	17642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.027;NF=212;NR=173;PP=2965;ReadPosRankSum=0.355;SC=CCACCACCACCGCCCCTGGGA;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=394;TCF=214;TCR=180;TR=385;WE=84203947;WS=84203918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,691:1.00:693
chr16	84204043	rs4578631	T	A	15962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=617;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=207;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.086;SC=CTGTGGGACCTGGGGCCTGAG;SOR=0.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=340;TCF=131;TCR=209;TR=335;WE=84204051;WS=84204033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,609:1.00:610
chr16	84205726	rs12926474	G	A	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=356;SC=CTTGTGATCCGCCCACCTTGG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=84205734;WS=84205720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	84208193	rs117306571	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.595;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=368;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GGGTTGACTGCGTGTTTGCCT;SOR=0.385;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=20;WE=84208201;WS=84208183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,21:0.48:44
chr16	84208335	rs3826151	G	T	9579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=95;PP=2965;SC=CCAGGTTAAGGTCATTAGAAA;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=102;TCR=95;TR=196;WE=84208343;WS=84208325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr16	84208442	rs67628212	T	C	6996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=80;PP=2583;SC=GCATAAAGCATTGAATTCCCC;SOR=1.363;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=46;TCR=80;TR=126;WE=84208454;WS=84208432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	84208446	rs111554344	AT	A	6849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=73;PP=2951;SC=AAAGCATTGAATTCCCCCATA;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=6;TCR=74;TR=79;WE=84208454;WS=84208432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	84208495	rs62049864	T	C	1920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=52;PP=1536;SC=AGAGTCTGGCTCTGTCACCCA;SOR=2.730;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=17;TCR=52;TR=68;WE=84208503;WS=84208485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	84209498	rs4782899	T	C	2359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=22;PP=1385;SC=GATTCTGTTGTGAAAACAGAA;SOR=1.583;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=52;TCR=22;TR=74;WE=84209506;WS=84209488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	84209634	rs2288019	C	G	6235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=78;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.647;SC=TGGAAAACCTCCCCACAGACA;SOR=0.267;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=168;TCF=88;TCR=80;TR=163;WE=84209642;WS=84209624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,234:1.00:235
chr16	84209738	rs2288020	T	C	6846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=81;PP=2802;ReadPosRankSum=-0.700;SC=AAGAGGGACTTGGAAATCCGA;SOR=0.296;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=164;TCF=82;TCR=82;TR=162;WE=84209746;WS=84209728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,264:1.00:265
chr16	84209816	rs2288022	T	C	6922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=80;PP=2704;ReadPosRankSum=1.300;SC=TCTGGCCAGCTACTGATGCCC;SOR=0.265;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=66;TCR=81;TR=145;WE=84209824;WS=84209806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr16	84209864	rs2288023	G	C	3949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr16	84211483	rs8692	C	T	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=40;PP=1124;SC=ATGGTTTAATCATAAATGTCT;SOR=1.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=13;TCR=41;TR=53;WE=84211491;WS=84211473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	84211969	rs3208968	A	C	5993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=3.516;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.65;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr16	84211969	.	AAC	CAC,CAT	740	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=42,19;NR=60,33;PP=515,740;QD=5.3899138485;SC=CAGCCTAAAAAACGTGACCAT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=102,52;WE=84211979;WS=84211959;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:102
chr16	84211971	.	C	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.664;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.567;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,83:0.50:167
chr16	84212571	rs1804500	C	A	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=1.040;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	84213114	rs2230130	C	T	3348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=57;PP=1684;SC=CCTTGCGGAGCACACCCAGCC;SOR=1.161;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=90;WE=84213122;WS=84213104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	84213434	rs2230129	A	T	5020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=66;NR=47;PP=1993;SC=GCTGAGGGCAAGGGCGGGACG;SOR=0.938;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=67;TCR=49;TR=113;WE=84213442;WS=84213424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr16	84213541	rs3217259	A	AC	8797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=76;PP=2970;SC=TCACTCCCCCACCCAGCACAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=28;TCR=77;TR=103;WE=84213549;WS=84213531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr16	84213748	rs2278042	C	T	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=38;PP=1290;SC=ATCTCCCACACGCCGCCCACC;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=30;TCR=39;TR=68;WE=84213756;WS=84213738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	84213965	rs2278043	G	A	1631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=21;PP=737;SC=GGCCCGAGAAGGAAGGGGGAT;SOR=0.899;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=36;WE=84213973;WS=84213955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr16	84214837	rs2303234	G	C	6856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=85;PP=2965;SC=GTCCCAGGCCGGTGACGCTGT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=91;TCR=85;TR=176;WE=84214845;WS=84214827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr16	84215133	rs4150149	C	T	5700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=74;NR=95;PP=2965;SC=TCAAGGGTCGCGACATGCTCA;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=171;TCF=75;TCR=96;TR=169;WE=84215141;WS=84215123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr16	84215314	rs3815814	T	C	8808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=83;PP=2965;SC=CAGCCCTGCCTCCAGCCCCTC;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=94;TCR=83;TR=177;WE=84215322;WS=84215304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr16	84215390	rs2230127	T	C	8945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=84;NR=105;PP=2938;SC=CCACCTGCATTGCCTGCAGAA;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=86;TCR=105;TR=189;WE=84215398;WS=84215380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr16	84215692	rs2303237	C	T	11765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=462;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=142;NR=129;PP=2965;SC=GATCAGTGCACGAGCTATGAT;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=142;TCR=129;TR=271;WE=84215700;WS=84215682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,461:1.00:461
chr16	84217062	rs4782591	C	T	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.60;SOR=1.130;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr16	84218565	rs2230126	T	C	1222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=556;ReadPosRankSum=1.618;SC=TCAGAAACAATGCAGGGCGGA;SOR=0.626;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=42;WE=84218573;WS=84218555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,61:0.52:117
chr16	84224805	rs8044351	G	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.500;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=181;ReadPosRankSum=-1.148;SC=GCGCGAGATAGGGCCTAGCGC;SOR=1.229;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=12;WE=84224813;WS=84224795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr16	84224967	rs8044695	G	A	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=20;PP=836;SC=AGTGCCTGGGGGCCCGCGCCC;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=84224975;WS=84224957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr16	84225327	rs8049081	C	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	84227905	rs13333300	G	A	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.865;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=406;ReadPosRankSum=-1.772;SC=GGGTGGCGATGGAGCCTGCTG;SOR=1.022;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=60;TCF=23;TCR=37;TR=24;WE=84227913;WS=84227895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,38:0.47:81
chr16	84228237	rs11646787	A	C	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=506;ReadPosRankSum=0.368;SC=GGACAAGAGGACTGAGGCTGG;SOR=0.775;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=28;WE=84228245;WS=84228227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,44:0.54:81
chr16	84228279	rs35446963	G	A	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=299;ReadPosRankSum=0.194;SC=GTGGCTGTGCGTGTGAGCAGG;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=21;WE=84228287;WS=84228269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr16	84228342	rs13336854	C	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-0.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=0.458;SC=CTGCAGGGAGCTGGGGCGGGG;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=6;WE=84228350;WS=84228332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr16	84228612	rs35353940	CT	C	6192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.027;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.048;NF=30;NR=52;PP=2870;ReadPosRankSum=0.705;SC=CGGACCCAGGCTTGTAGTGTC;SOR=0.756;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=165;TCF=44;TCR=121;TR=82;WE=84228620;WS=84228602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,205:0.48:428
chr16	84229436	rs62049905	G	A	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.962;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=27;PP=734;ReadPosRankSum=0.955;SC=CCCCCACCTCGGAAGGTGGCC;SOR=0.923;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=79;TCF=38;TCR=41;TR=46;WE=84229444;WS=84229426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,69:0.49:142
chr16	84229559	rs2303238	T	C	4897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=45;PP=2177;SC=TGTCAGCCAGTGACAAGCTGG;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=76;TCR=46;TR=120;WE=84229567;WS=84229549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr16	84229580	rs2303239	C	T	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=689;ReadPosRankSum=-0.856;SC=CACGCTGGGCCGTGCTGGGGC;SOR=0.891;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=129;TCF=76;TCR=53;TR=53;WE=84229588;WS=84229570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,85:0.47:179
chr16	84230067	.	GCAACCCCTTCGCT	G	2914	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=4;PP=2914;QD=20;SC=TAATCCCAGCGCAACCCCTTC;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=8;WE=84230087;WS=84230057;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,8:0.33:24
chr16	84230082	.	AACCCCTTC	A	701.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=6.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.99;ReadPosRankSum=0.028;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr16	84230091	.	GCTCAA	G	753.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.12;ReadPosRankSum=-0.360;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr16	84230103	rs2303241	C	A	702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.30;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr16	84230376	rs2303242	T	C	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.748;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=41;PP=967;ReadPosRankSum=-1.239;SC=CTGCCAAGGTTGGTTCCCCAC;SOR=0.579;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=90;TCR=99;TR=77;WE=84230384;WS=84230366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,81:0.44:183
chr16	84270381	rs244811	G	A	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=25;PP=1233;SC=TGACACACAGGCTGACGGCTG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=84270389;WS=84270371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr16	84270476	rs11646443	G	A	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.421;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=1033;ReadPosRankSum=0.419;SC=TCGCGCAGCCGGTTCATGCAC;SOR=0.928;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=66;WE=84270484;WS=84270466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,117:0.45:262
chr16	84271158	rs3803640	C	A	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=543;ReadPosRankSum=-0.290;SC=AAAGAGCAAGCAAAAGGAAGG;SOR=0.678;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=38;WE=84271166;WS=84271147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,76:0.49:155
chr16	84271193	rs11647665	C	T	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.654;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=627;ReadPosRankSum=-0.535;SC=GGCAAAGAGTCCTGGATGTCA;SOR=0.899;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=38;WE=84271201;WS=84271183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,53:0.53:100
chr16	84328494	rs400345	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=301;ReadPosRankSum=1.253;SC=AGACTGTGCACGCTCCTGTCC;SOR=1.236;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=17;WE=84328502;WS=84328484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr16	84328752	rs369797	G	T	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.97;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr16	84328756	rs401782	G	C	2884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.79;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	84328826	rs429725	A	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=414;SC=TGCTCCCCCAAAACGTGGCAA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=84328834;WS=84328816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	84351828	rs187372	G	A	2701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=28;PP=1200;SC=AAGCCTGGGCGTTTCTCAGCT;SOR=0.987;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=72;WE=84351836;WS=84351818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	84357925	rs244786	G	T	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=6;PP=381;SC=AGTGAGATGGGGAGACTGAAA;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=21;WE=84357933;WS=84357915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr16	84358031	rs138921876	G	A	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=257;ReadPosRankSum=-1.155;SC=CCAGATGGGCGAATCCTACGA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=22;WE=84358039;WS=84358021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr16	84358121	rs244787	A	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=9;PP=236;SC=AGGCAGTGAAAGTTTCTTATG;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=84358129;WS=84358111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	84431973	rs12148971	C	T	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=5;PP=324;SC=GATCATGACACTGCACTCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=84431981;WS=84431963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	84438505	rs61740804	C	T	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.060;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,34:0.45:76
chr16	84438512	rs11149650	G	A	2911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.72;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr16	84442172	rs149820649	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=238;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TTGTTATTGTATATAAAGAAA;SOR=1.096;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=14;WE=84442180;WS=84442162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,16:0.47:34
chr16	84444113	rs2291006	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=208;ReadPosRankSum=0.424;SC=TAGCCTGCCACGCCCTGTCCC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=11;WE=84444121;WS=84444109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	84444349	rs247818	A	C	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr16	84449024	rs3743649	G	A	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.26;ReadPosRankSum=-1.729;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,50:0.40:125
chr16	84449032	rs3743650	G	T	1828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.130;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,55:0.39:141
chr16	84449206	rs3826145	T	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.266;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=443;ReadPosRankSum=1.088;SC=AGGTGAGTGGTTCCAAACCCT;SOR=1.493;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=25;WE=84449214;WS=84449196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,34:0.43:80
chr16	84456642	rs247814	G	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=166;ReadPosRankSum=0.630;SC=ATACGCACAGGTCTTCAGTGC;SOR=1.296;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=11;WE=84456650;WS=84456632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
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chr16	84473195	rs247903	T	A	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
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chr16	84485573	rs247885	C	A	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
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chr16	84486867	rs2435172	A	G	4361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=48;PP=1662;SC=CTTGGCTGGCAGTGGGGCTGG;SOR=0.740;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=101;WE=84486875;WS=84486857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	84487056	rs247884	C	T	861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=24;PP=572;SC=CTCATGCGTCCGTCGGGTGAC;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=84487064;WS=84487046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	84488676	rs113623854	A	AG,AGG	507.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.40;QD=28.21;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,8:0.56,0.44:18
chr16	84488754	rs247882	T	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=235;SC=CAACCCCAAGTACCAACAGCC;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=84488762;WS=84488744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	84492683	rs693552	A	C	1370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=6;PP=1005;SC=TCCAGCCCTCACGCAGGCCCG;SOR=3.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=84492691;WS=84492673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	84493081	rs437299	G	A	4304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=49;NR=45;PP=1788;SC=CAAGGCTATAGGGATGAACAA;SOR=0.717;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=94;WE=84493089;WS=84493071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	84493144	rs410388	C	G	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=39;PP=1350;SC=TGTTGCACTGCAGTGAGACTG;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=69;WE=84493152;WS=84493134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr16	84493216	rs377261	T	C	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=26;PP=589;SC=TGGAACTTTCTGCTCCCTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=84493224;WS=84493206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	84494020	rs393515	G	T	2108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	84494450	rs381467	G	A	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=39;PP=1126;SC=GCCCTGGTGCGGTGCAGACGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=55;WE=84494458;WS=84494440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	84495224	rs369750	A	G	1885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=13;PP=1170;SC=GCTCCCAGCCATGCCCCAGGA;SOR=2.239;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=49;TCR=13;TR=62;WE=84495232;WS=84495214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	84495757	rs186518272	G	A	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=122;ReadPosRankSum=1.135;SC=GGACGGGAACGACAGGTGACC;SOR=1.845;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=8;WE=84495765;WS=84495747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr16	84497169	rs891258	G	A	2313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=25;PP=1279;SC=TCCTGCCGGCGCAACAGAGCT;SOR=1.127;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=68;WE=84497177;WS=84497159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr16	84513463	rs899250	T	G	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=209;SC=GCTGCAGGCGTTGCCCTCTAC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=84513471;WS=84513453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	84514341	rs444170	A	G	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=56;PP=1828;SC=GACAGAGAATAGCATCAGCAA;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=97;WE=84514349;WS=84514331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr16	84516309	rs433293	G	A	6487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=83;PP=2561;SC=GGAAGCATCTGTTGTCCCCTG;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=147;TCF=64;TCR=83;TR=147;WE=84516317;WS=84516299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr16	84520223	rs431629	A	T	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=12;PP=710;SC=AAGGTTCAGGACACCAAGTCT;SOR=1.464;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=84520231;WS=84520213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	84520325	rs431389	T	C	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr16	84520396	rs422145	A	G	3748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=47;PP=1814;SC=AAGAGCAGGCACCAGCGGTGC;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=98;WE=84520404;WS=84520386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr16	84520537	rs431818	T	C	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=48;PP=1398;SC=GAGCACAGGATGAGAAAGCCC;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=82;WE=84520545;WS=84520527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr16	84520780	rs378384	G	C	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=9;PP=259;SC=ACTGAGCACAGAAAACAGGGC;SOR=1.493;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=84520788;WS=84520770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr16	84522867	rs422918	C	A	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=8;PP=1039;SC=TGCATCACCGCGTCCACGCAC;SOR=1.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=84522875;WS=84522857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	84522897	rs436278	G	C	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=19;PP=1402;SC=GCAGCTTCATGTCAGAGAGCA;SOR=1.361;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=46;TCR=20;TR=65;WE=84522905;WS=84522887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr16	84528317	rs2435171	G	C	4283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=45;PP=2241;SC=TCACAACCTGGTAAAAATGAG;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=73;TCR=46;TR=116;WE=84528325;WS=84528307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr16	84531307	rs442288	G	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=293;SC=GATGCGTTTAGACACTGTCTA;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=84531315;WS=84531297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	84531780	rs501782	T	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=17;PP=519;SC=AAAATAAATGTTGAGAATTAT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=84531788;WS=84531770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	84693149	rs67118461	G	A	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=162;ReadPosRankSum=0.122;SC=GACTCAGAGCGTCTCCATCCC;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=84693157;WS=84693139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr16	84695126	rs12924673	G	A	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.935;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=204;ReadPosRankSum=-0.140;SC=CGGCTCGGAGGGGGTAAGCCT;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=12;WE=84695134;WS=84695116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr16	84695280	rs17755815	A	G	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=20;PP=731;ReadPosRankSum=-0.551;SC=AGAACCTGCTATGCTACGACC;SOR=0.740;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=111;TCF=61;TCR=50;TR=46;WE=84695288;WS=84695270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,104:0.47:220
chr16	84695490	rs12928590	C	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=23;PP=713;ReadPosRankSum=-1.059;SC=CGCTGCTGCACGCCAACAGCG;SOR=0.806;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=41;WE=84695498;WS=84695480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,58:0.60:97
chr16	84695864	rs3087669	C	A	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=0.560;SC=TTTTATGATTCTTGGTATTTC;SOR=0.368;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=11;WE=84695872;WS=84695854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	84738520	rs73243905	G	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=408;ReadPosRankSum=0.807;SC=TGAATTCCTCGACTTTCCCTT;SOR=1.574;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=22;WE=84738528;WS=84738510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr16	84774120	rs4510001	T	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=25;PP=644;SC=TGTATTTAATTGCTGAATCAC;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=84774128;WS=84774110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	84778685	rs1862792	A	G	3669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.857;NF=59;NR=57;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.754;SC=TATGGGTGACATGCCCCCGTC;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=213;TCF=107;TCR=106;TR=116;WE=84778705;WS=84778675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,183:0.53:343
chr16	84778690	rs1812062	C	T	6032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=1.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-2.460;QD=17.59;ReadPosRankSum=1.400;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,156:0.45:343
chr16	84778694	rs2326391	T	C	6059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=1.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-2.484;QD=17.36;ReadPosRankSum=1.972;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,157:0.45:349
chr16	84778697	rs1812061	G	C	6014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=1.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-1.929;QD=17.23;ReadPosRankSum=1.395;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,156:0.45:349
chr16	84797631	.	CT	C	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.642;QD=0.74;ReadPosRankSum=0.801;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,18:0.20:92
chr16	84797985	rs58299117	T	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.351;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=521;ReadPosRankSum=-1.883;SC=GGTTTGCATCTTGCTCCCCTG;SOR=1.246;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=64;TCF=22;TCR=42;TR=31;WE=84797993;WS=84797975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,50:0.54:92
chr16	84798003	rs35893650	T	C	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=35;PP=1004;SC=CTGCCTGCTCTTCTCTTGCAC;SOR=1.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=50;WE=84798011;WS=84797993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	84808824	rs774298	C	G	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=811;ReadPosRankSum=-1.715;SC=CCTATCGGCTCTTTGCAGGTG;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=66;TCR=48;TR=55;WE=84808832;WS=84808814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,93:0.46:202
chr16	84872051	rs1546124	G	C	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=9;PP=637;SC=AGCTCTGCCCGAGGAGCCCAG;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=84872059;WS=84872041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	84879286	rs12931881	G	A	2330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=19;PP=1186;SC=GCAGAGCATTGGCTGTAGGCT;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=41;TCR=19;TR=60;WE=84879294;WS=84879276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr16	84879324	rs12051168	T	C	3956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=34;PP=1601;SC=GGGGCGTTGCTGTATTTATGG;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=92;WE=84879332;WS=84879314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	84879464	rs12051468	A	G	4655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=64;PP=2027;SC=CGGGCCCACCAGTCTGCTGGT;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=113;WE=84879472;WS=84879454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	84882911	rs4783086	T	C	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=6;PP=278;SC=CCCTCCCTCCTACCTGCCCGT;SOR=0.874;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=84882919;WS=84882901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr16	84882974	rs4783087	C	A	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=9;PP=295;SC=ACTGAGTGAGCGGTTTCTGCC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=19;WE=84882982;WS=84882964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	84883102	rs8061351	C	T	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	84883195	rs140532417	A	ATTG	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=14;PP=734;SC=CCCCTGGGGGATTGTCAAATC;SOR=1.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=84883203;WS=84883185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	84884072	rs4782673	T	G	886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=335;ReadPosRankSum=1.534;SC=ACCCTTCACCTCGTACCTCTT;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=30;WE=84884080;WS=84884062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,48:0.42:115
chr16	84884116	rs4783090	A	G	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=1.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,81:0.45:182
chr16	84888541	rs2646127	T	C	1754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=35;PP=716;ReadPosRankSum=-0.523;SC=TCACCCCTCCTGGCCCTATTT;SOR=0.669;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=60;WE=84888549;WS=84888531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,89:0.56:159
chr16	84888597	rs2646126	C	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=22;PP=467;ReadPosRankSum=-0.115;SC=TGAGCTGAGCCTCATCTCCAG;SOR=1.329;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=29;WE=84888605;WS=84888587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,30:0.54:56
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chr16	84907670	rs2934486	G	C	1106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.897;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=552;ReadPosRankSum=2.025;SC=TTTATCATGCGTGTGAACATT;SOR=0.273;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=40;WE=84907678;WS=84907660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,54:0.52:104
chr16	84911195	rs2244486	G	C	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.155;NF=6;NR=11;PP=253;ReadPosRankSum=1.457;SC=GTGGCTCACAGCTGTAATCCC;SOR=0.376;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=17;WE=84911203;WS=84911185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr16	84911219	rs2244487	G	A	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.356;NF=5;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=0.806;SC=ACTTTGGGAGGCCGAGGCGGG;SOR=0.294;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=17;WE=84911227;WS=84911209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr16	84922859	rs767050	C	T	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=21;PP=903;ReadPosRankSum=-0.958;SC=GCAAGACAGCCGTGCACGCGG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=55;WE=84922867;WS=84922849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,84:0.60:141
chr16	84940479	rs1874008	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=25;PP=567;SC=TGCTGGGGCCTGGGGGTCTCC;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=84940487;WS=84940469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	85009970	rs7195377	A	G	1494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=827;ReadPosRankSum=-0.212;SC=ACTCCGGGCCACCTTTTCTGG;SOR=0.695;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=53;WE=85009978;WS=85009960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,71:0.60:119
chr16	85011423	rs57465878	CA	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr16	85011480	rs8045409	T	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=-0.035;SC=TCCCCTTTCATCCAATAACAG;SOR=0.665;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=4;WE=85011488;WS=85011470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr16	85011622	rs8044638	G	A	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.984;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=114;ReadPosRankSum=0.989;SC=CTAGAATGAGGGGGAGATTGG;SOR=0.526;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=10;WE=85011630;WS=85011612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,28:0.45:62
chr16	85015541	rs16975086	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=308;ReadPosRankSum=0.996;SC=TGACTTCCCCGGGCTTCAGCT;SOR=0.816;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=24;WE=85015549;WS=85015531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,33:0.32:103
chr16	85023855	rs931713	C	T	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.919;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=11;PP=580;ReadPosRankSum=-1.237;SC=CAGCCACACCCGAGGACACTA;SOR=0.847;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=117;TCF=77;TCR=40;TR=42;WE=85023863;WS=85023845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,76:0.43:175
chr16	85105554	rs8058770	A	C	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=30;PP=993;SC=AAGCATAACAAATTTGACTTT;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=52;WE=85105562;WS=85105544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	85105643	rs12597135	C	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=13;PP=364;SC=TCCAAAAATACTCTGAAAAGG;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=85105651;WS=85105633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	85106500	rs7184546	C	G	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=36;PP=1149;SC=CGCCCTGAACCTCAATGATGT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=85106508;WS=85106490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	85109328	rs16975200	A	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=191;SC=TGTTTTGTGCATCTCCAGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=85109336;WS=85109318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	85112002	rs2291967	T	G	5733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=73;PP=2497;SC=GTGTCATCATTGTGCCTTCTC;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=140;WE=85112010;WS=85111992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr16	85112097	rs12932461	C	G	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=38;PP=1218;SC=AGACGCCCAGCCCACAGCCCC;SOR=1.581;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=85112105;WS=85112087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	85120500	rs7206590	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.78;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	85120609	rs2291962	A	G	2048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=20;PP=1099;SC=TCCCAGAGACAAGGGCCCAGC;SOR=1.264;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=85120617;WS=85120599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	85139173	rs8050910	G	T	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=37;PP=1035;SC=CTTGCTAATTGGGTCATCAAA;SOR=1.497;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=85139181;WS=85139163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	85141292	rs17200798	T	C	941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=406;ReadPosRankSum=-0.726;SC=AAAAACGTGCTGTTAAGGAAC;SOR=0.669;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=95;TCF=44;TCR=51;TR=36;WE=85141300;WS=85141282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,52:0.40:131
chr16	85141556	rs67587184	G	A	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1068;ReadPosRankSum=-0.611;SC=ATCTCAGCCTGCAGAAAAGGA;SOR=0.648;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=107;TCR=105;TR=89;WE=85141564;WS=85141546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,148:0.47:318
chr16	85141661	rs17200833	G	A	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.167;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=872;ReadPosRankSum=-1.300;SC=TCTGTGCCCCGTAGAGCTTCA;SOR=0.555;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=59;TCR=93;TR=62;WE=85141669;WS=85141651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,114:0.46:248
chr16	85145800	rs60296580	C	G	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=192;ReadPosRankSum=-0.118;SC=GGTGGAGGCACCGTGGGAGGG;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=11;WE=85145808;WS=85145790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
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chr16	85699527	rs7195186	A	G	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=202;ReadPosRankSum=0.379;SC=CGTGCTGGACACTCAGCCTGT;SOR=0.675;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=18;WE=85699535;WS=85699517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,24:0.40:60
chr16	85704584	rs2303202	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=1.401;SC=ATACATCACCATCTCCTGTCT;SOR=0.743;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=11;WE=85704592;WS=85704574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr16	85706047	rs9940601	A	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=35;PP=1039;SC=GGTCTCAGAAAGGGAGCGGCT;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=85706055;WS=85706037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	85712105	rs3815795	C	T	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=188;SC=TGAAATTATGCGGCATCAAGG;SOR=2.303;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=85712113;WS=85712095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	85720955	rs3815797	G	A	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=21;PP=1634;SC=CGGAACAGAGGGAGCACGGAC;SOR=1.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=62;TCR=22;TR=83;WE=85720963;WS=85720945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr16	85721297	rs9930592	T	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=26;PP=723;SC=CCAAATGCAATTAATAAAAAC;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=34;WE=85721305;WS=85721287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	85722355	rs2303204	GC	TT	3647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=18;PP=2542;SC=TGAAGGCCACGCGGGAGCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=60;WE=85722364;WS=85722345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr16	85722560	rs58171120	C	G	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=38;PP=1095;SC=CTCAGCGTCCCGGAGGAGACG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=85722568;WS=85722550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr16	85743732	rs2305357	C	G	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=0;PP=262;SC=CGGGCCCCCACAGCCGACCCG;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=85743740;WS=85743722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr16	85768717	rs1862733	C	T	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	85775064	rs388855	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=3;PP=579;SC=AGCTCCAGCCAGGATTCAGGT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=85775072;WS=85775054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	85775097	rs72803098	G	C	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=12;PP=882;SC=AGGATGCAGTGAGGGTCAGGC;SOR=1.562;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=85775105;WS=85775087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	85775175	rs446444	G	A	3050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=35;PP=1310;SC=GAACTCCCACGTGGAGAGTTT;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=73;WE=85775183;WS=85775165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr16	85813231	rs8587	A	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=345;SC=CACAGGCTACAAGATATTTTA;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=85813239;WS=85813221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	85813526	rs301163	G	A	180.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=129;SC=CGGGCGGCTTGTAACAGCATC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=85813534;WS=85813516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	85813880	rs301164	T	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=5;PP=700;SC=GGTATCATGCTTCTGGAGAAA;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=85813888;WS=85813870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr16	85813963	rs301165	C	T	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=36;PP=1367;SC=CCAGCCCGCGCGGCAGCATGG;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=50;TCR=36;TR=86;WE=85813971;WS=85813953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	85814899	rs3081701	T	TAGTC	9229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=58;PP=2957;SC=GTCAAAGAAATAGGCTACCAC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=19;TCR=61;TR=75;WE=85814907;WS=85814889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr16	85814995	rs301166	A	G	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=55;PP=1638;SC=AAAGACTGGCAGAGCCAACAG;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=89;WE=85815003;WS=85814985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	85815074	rs301167	C	T	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=701;SC=TCTTGCTCTGCTGCCCTAGCT;SOR=1.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=85815082;WS=85815064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr16	85838093	rs2599088	G	A	271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=191;SC=CTTCCGAGTAGCTGGGACTAT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=85838101;WS=85838089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	85838115	rs2733963	G	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.44;QD=24.91;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	85838166	rs2599089	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.94;QD=23.83;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	85838195	rs2733964	A	C	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=8;PP=311;SC=ATCTCCTGACATCGTGATCCG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=16;WE=85838203;WS=85838185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	85838503	rs2599090	T	C	663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=5;PP=389;SC=GACTCTCAACTTACATGGATT;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=19;WE=85838511;WS=85838493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	85838532	rs2733965	A	G	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=8;PP=545;SC=TTTATTCAATATGTTTTTCAG;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=85838540;WS=85838522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr16	85838653	rs2599091	T	C	1931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=24;PP=802;SC=CCAGAAGGCATTGAAGGAGAA;SOR=0.774;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=85838661;WS=85838643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr16	85838804	rs11419687	G	GA	729.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=9;PP=493;SC=ACTGTCTAGAGGCAGTCTTGC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=85838812;WS=85838794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	85839140	rs2599092	T	C	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=8;PP=712;SC=CATTTTCTTCTTTCCTTGCCC;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=85839148;WS=85839130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	85839186	rs2733966	C	T	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=20;PP=1054;SC=TGTGCACGTACGTGCGTGAAC;SOR=1.029;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=56;WE=85839194;WS=85839176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	85839211	rs2075532	G	C	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=25;PP=1282;SC=TGTGGCCTGGGTTGGTGTATC;SOR=0.995;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=66;WE=85839219;WS=85839201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr16	85839543	rs2641797	C	G	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=29;PP=779;SC=GGTGGGCTGTCGGGGACCTCC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=85839551;WS=85839533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	85839977	rs2075553	G	C	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	85840035	rs5818557	CA	C	3195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=24;PP=1046;SC=GGGTTAATAACAGACCCGAAT;SOR=1.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=85840043;WS=85840024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr16	85945076	rs2292980	T	C	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.74;ReadPosRankSum=1.479;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,62:0.52:119
chr16	86369306	rs3828516	C	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=238;ReadPosRankSum=1.948;SC=ACGCAGCACCCGCAGTCTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=13;WE=86369314;WS=86369296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr16	86369583	rs71388033	TG	T	770.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=3;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=848;ReadPosRankSum=-1.198;SC=TCTGGGCCAGTGGCTGCCATT;SOR=1.244;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=15;WE=86369605;WS=86369573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr16	86369597	rs71390813	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.296;HP=2;HapScore=4;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=862;ReadPosRankSum=0.466;SC=TGCCATTTCCGATGAATGTGA;SOR=1.387;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=16;WE=86369605;WS=86369573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr16	86565826	rs3751803	C	G	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=34;PP=1339;SC=CGGGCGTCCCCGGGGAGGTTC;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=84;WE=86565834;WS=86565816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr16	86565882	rs3751802	G	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=674;ReadPosRankSum=-0.119;SC=CCCTGGTGGGGAGCCAGGGGC;SOR=0.800;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=45;WE=86565890;WS=86565872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,61:0.47:129
chr16	86574726	rs1025057	C	G	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=760;ReadPosRankSum=1.166;SC=CCAGCAGAGACAGCATCATAA;SOR=0.792;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=62;TCR=45;TR=53;WE=86574734;WS=86574716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,101:0.51:199
chr16	86574818	rs17192954	C	G	2150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.985;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.141;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,113:0.47:241
chr16	86575460	rs3213418	C	G	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=57;PP=1578;SC=AAAGGGGCTGCTGGGAATGCC;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=28;TCR=57;TR=85;WE=86575468;WS=86575450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	86585905	rs8046613	C	A	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=42;PP=1290;SC=CGCCCTGTTTCCAATGCAATC;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=86585913;WS=86585895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	86588655	rs2354022	G	C	10304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=75;PP=2965;SC=GACCTCCTCGGCCGCTTCCGG;SOR=0.823;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=178;TCF=103;TCR=75;TR=177;WE=86588663;WS=86588645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr16	86588993	rs3751796	T	C	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.908;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=697;ReadPosRankSum=0.730;SC=CTAGTCATTGTCGAGCGCCGC;SOR=0.943;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=45;WE=86589001;WS=86588983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,72:0.49:148
chr16	86613143	rs62051072	G	A	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=27;PP=923;ReadPosRankSum=0.316;SC=GGGAAAGCAGGGCCAGAAGCC;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=53;TCR=48;TR=55;WE=86613151;WS=86613133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,103:0.53:194
chr16	87339278	rs11646030	T	C	128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=8.820;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=1.057;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr16	87349333	rs6540037	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=6;PP=547;SC=CCCCACAGGGATATGTTGGGG;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=25;WE=87349341;WS=87349323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	87349489	rs7193801	A	G	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=26;PP=891;SC=GGGATGCTAGAGCACAGGCCT;SOR=0.874;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=45;WE=87349497;WS=87349479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	87349529	rs7198660	T	C	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.97;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr16	87349529	.	TAATA	CAATA,CAATG	324	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=12,4;NR=19,7;PP=324,97;QD=11.5732649209;SC=TGACTCTTAATAATAAAGCCC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31,11;WE=87349541;WS=87349519;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:31
chr16	87349533	rs2277850	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=1.910;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr16	87350773	rs3748393	C	A	2139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=21;PP=816;ReadPosRankSum=-1.334;SC=CCGGCAGCAGCGCCTGAGGCT;SOR=0.560;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=52;WE=87350781;WS=87350763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,102:0.55:184
chr16	87350997	rs4843592	A	G	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=34;PP=979;SC=GAGCCCAACAACGCCCGCGCG;SOR=1.926;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=42;WE=87351005;WS=87350987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr16	87370001	rs111282332	G	T	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=449;ReadPosRankSum=0.467;SC=CCCTCTTGGTGGGGGAGGATG;SOR=1.285;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=26;WE=87370009;WS=87369991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,29:0.56:52
chr16	87376623	rs4843237	C	G	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr16	87416903	rs8058715	A	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.876;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=7;PP=413;ReadPosRankSum=0.364;SC=CCCGCGCCCAACTGGTGGCCC;SOR=0.211;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=19;WE=87416911;WS=87416893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr16	87426028	rs8043569	T	C	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	87426172	rs112529410	G	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=1.660;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr16	87436382	rs8044820	G	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=167;SC=ATCAAAGGAAGTGTCCTGTGC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=87436390;WS=87436372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	87436720	rs1054521	G	T	4594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=69;PP=2237;SC=AAAAAATGCAGCTCTTCTAGA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=44;TCR=70;TR=113;WE=87436728;WS=87436710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr16	87436764	rs1054528	A	G	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=55;PP=1531;SC=AAAAAAAGGGATGTTACCAAC;SOR=1.250;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=82;WE=87436772;WS=87436754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	87445363	rs1050846	G	A	3596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=62;PP=2103;SC=TGTAAGGGGCGTGCACGACGG;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=51;TCR=62;TR=113;WE=87445371;WS=87445353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr16	87445839	rs3748400	C	T	2229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=18;PP=1053;SC=AGGGGGCCCACTGGCATACTG;SOR=1.302;Source=Platypus;TCR=18;TR=54;WE=87445847;WS=87445829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr16	87446053	rs2042395	G	A	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=56;PP=2289;SC=TCCCCGTGGCGGCCGTGCTGG;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=53;TCR=56;TR=108;WE=87446061;WS=87446043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr16	87452546	rs4240794	C	A	2997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=54;PP=1573;SC=AATTTACAGACAATGAAAATA;SOR=1.356;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=82;WE=87452554;WS=87452536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr16	87452584	rs8046992	C	T	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=35;PP=965;SC=TTTTTTGAGACGGTGTTTTGC;SOR=2.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=42;WE=87452592;WS=87452574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr16	87453342	.	G	GT	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.037;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,16:0.27:59
chr16	87637893	.	C	CCTG	2633.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=0.000;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.163;NF=7;NR=25;PP=1417;ReadPosRankSum=1.475;SC=CAGGGAGCTGCCTGCTGCTGC;SOR=0.719;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=61;TCF=15;TCR=46;TR=32;WE=87637901;WS=87637883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,76:0.58:130
chr16	87677791	rs918367	A	C	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.965;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=11;PP=685;ReadPosRankSum=-0.501;SC=TGGCTGCTTCAACCCTGTCCG;SOR=0.365;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=71;TCF=53;TCR=18;TR=37;WE=87677799;WS=87677781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,57:0.56:102
chr16	87678144	rs918368	T	C	3152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=56;PP=1512;ReadPosRankSum=-0.045;SC=CGCTGCTGAGTGGGCTGAAGC;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=216;TCF=114;TCR=102;TR=115;WE=87678152;WS=87678134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,155:0.50:313
chr16	87678219	rs34442559	C	T	3750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.224;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=55;PP=1513;ReadPosRankSum=0.427;SC=CCTTTCGCAGCGAGGCGGGCA;SOR=0.732;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=224;TCF=112;TCR=112;TR=106;WE=87678227;WS=87678209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,183:0.51:361
chr16	87678249	rs9934222	G	A	4251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=62;PP=2017;ReadPosRankSum=-0.340;SC=TCAGCTCCACGGCCAGCGACA;SOR=0.817;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=250;TCF=128;TCR=122;TR=131;WE=87678257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,204:0.50:408
chr16	87678441	rs8051448	C	T	2803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=50;PP=1362;ReadPosRankSum=0.329;SC=GCAACCGGCGCCATGGCTACG;SOR=0.642;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=150;TCF=59;TCR=91;TR=86;WE=87678449;WS=87678431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,132:0.53:247
chr16	87742092	rs2290018	G	A	5425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=76;PP=2175;SC=CAGAATGAACGCACATACACG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=45;TCR=76;TR=121;WE=87742100;WS=87742082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr16	87748198	rs2081981	G	C	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr16	87760337	.	A	C	266	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=22;MQ=59.5;NF=10;NR=2;PP=266;QD=25.0642677123;SC=TTCCCGGTCCAACGCCTTGCC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=87760345;WS=87760327;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr16	87764267	rs9934565	A	T	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.574;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.254;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,115:0.49:235
chr16	87788756	rs2303770	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-3.067;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=1.097;SC=CCAGACTCCCACGTGGGAAGA;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=5;WE=87788764;WS=87788746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	87799389	rs79432318	C	T	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=3.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.569;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,97:0.42:229
chr16	87870312	rs12444670	C	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.436;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=571;ReadPosRankSum=-0.076;SC=TGTGGACGGCCGTGGTGGCCA;SOR=1.182;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=61;TCF=14;TCR=47;TR=32;WE=87870320;WS=87870302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,37:0.49:76
chr16	87870379	rs16943320	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=251;ReadPosRankSum=0.337;SC=TTTGTTTTAAAGGAGAAACCT;SOR=0.352;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=14;WE=87870387;WS=87870369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr16	87871366	rs3815559	G	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.021;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=148;ReadPosRankSum=-0.343;SC=ACCCCAGACAGAGCTGCAAGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=8;WE=87871374;WS=87871356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr16	87871582	rs2287120	G	A	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=28;PP=778;ReadPosRankSum=0.156;SC=GTCAGCCACCGCCCCACAACT;SOR=0.874;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=49;WE=87871590;WS=87871572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,84:0.56:151
chr16	87871714	rs2287121	T	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=24;PP=679;SC=GCCTCTCAGTTCCCCCAACCA;SOR=3.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=87871722;WS=87871704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	87872488	rs2287122	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=163;ReadPosRankSum=0.151;SC=TGTGCTCACTGGGAGCCCTCT;SOR=0.430;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=10;WE=87872496;WS=87872478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
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chr16	87873577	rs12927136	A	G	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=341;SC=CAGCAAGAGAACACAGGCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=87873585;WS=87873567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr16	87874107	rs113883650	TATATG	T	1792.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.816;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.968;NF=3;NR=17;PP=889;ReadPosRankSum=0.140;SC=GCGTTCAAATTATATGATCCT;SOR=0.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=20;WE=87874119;WS=87874097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,47:0.53:89
chr16	87874140	rs11865049	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.875;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=484;ReadPosRankSum=-1.170;SC=TAAATCACCGGGGAGAGAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=30;WE=87874148;WS=87874130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,38:0.49:78
chr16	87874182	rs12931876	T	C	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=229;ReadPosRankSum=-0.255;SC=TGCCCCCCGGTGGTCTGCTCG;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=22;WE=87874190;WS=87874172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr16	87874217	rs143021327	TGGGA	T	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=312;ReadPosRankSum=0.824;SC=GGACCTGGAGTGGGAGGGAGC;SOR=0.338;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=10;WE=87874228;WS=87874207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr16	87903077	rs33996472	G	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=0.998;SC=GCGGCCCAGCGAGCAGTGTGC;SOR=0.495;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=3;WE=87903085;WS=87903067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	87921917	rs149572777	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-1.667;QD=5.69;ReadPosRankSum=-2.429;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,12:0.40:30
chr16	87935628	rs73239028	G	C	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=436;ReadPosRankSum=1.186;SC=AGTGGATGGGGGGGGAAGCTC;SOR=0.729;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=38;WE=87935636;WS=87935618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,57:0.46:124
chr16	87935958	.	CA	C,CAA	2408.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.769;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.31;MQRankSum=0.016;QD=10.90;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:32,107,82:0.48,0.37:221
chr16	87936161	rs4843730	A	G	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.834;NF=18;NR=52;PP=1098;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TAAATTGATCAGCAAGAAATA;SOR=0.652;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=148;TCF=37;TCR=111;TR=70;WE=87936169;WS=87936151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,74:0.44:169
chr16	87938398	rs7186698	G	A	870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.105;NF=18;NR=13;PP=447;ReadPosRankSum=0.921;SC=AAACCTCTGCGGGGTACGCGT;SOR=0.868;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=35;TCR=30;TR=31;WE=87938406;WS=87938388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,46:0.41:111
chr16	87969777	.	T	TA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.862;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.583;QD=1.37;ReadPosRankSum=2.079;SOR=1.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,13:0.29:45
chr16	88008712	rs71156278	C	CT	1251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=12;PP=1019;SC=GGCCACTCTCCGTGCTCTGGA;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=23;WE=88008720;WS=88008702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	88012150	rs8052854	T	G	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=8;PP=436;SC=TTTAAAAGTTTCATTAAGTGA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=88012158;WS=88012140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	88017809	rs3815820	C	T	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=49;PP=1668;SC=CCATCCAGGTCCCCATGGTGG;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=89;WE=88017817;WS=88017799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr16	88052161	rs7499814	C	A	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=31;PP=1203;SC=AGATGGCGCTCACGCTGCTGG;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=88052169;WS=88052151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr16	88066655	rs11641367	A	G	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.93;QD=46.42;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	88066659	rs11646301	C	A	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.56;QD=42.35;SOR=1.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	88104956	rs7498497	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=302;ReadPosRankSum=0.978;SC=TGTTGGAGCGCCCAGTGGATT;SOR=1.190;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=20;WE=88104964;WS=88104946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,23:0.48:48
chr16	88105053	rs11117358	T	A	2120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.827;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=20;PP=573;ReadPosRankSum=0.087;SC=TCTCATTCCATACTCTGGGAG;SOR=0.398;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=105;TCF=63;TCR=42;TR=43;WE=88105061;WS=88105043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,108:0.53:205
chr16	88105394	.	CT	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.715;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,26:0.22:120
chr16	88105725	rs8050209	G	A	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=26;PP=656;ReadPosRankSum=0.768;SC=ACCCCGCGGCGGCGGGCGTGG;SOR=0.610;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=45;WE=88105733;WS=88105715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr16	88123598	rs8063486	C	G	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=37;PP=1328;SC=TGTCTTCTCTCTCAGGCGGCA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=40;TCR=38;TR=77;WE=88123606;WS=88123588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr16	88123697	rs8063654	C	A	2582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=-0.072;NF=37;NR=34;PP=1281;ReadPosRankSum=-0.614;SC=GAGGCCCAGACCTGAGACCCC;SOR=0.256;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=71;WE=88123705;WS=88123687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr16	88124525	rs28650772	A	G	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=9;PP=345;SC=CCCACCTGCCACCTCAGAGGG;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=19;WE=88124533;WS=88124515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	88134285	rs11860533	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.42;QD=25.20;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	88494947	rs11648572	T	C	11817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=130;NR=125;PP=2965;SC=TGCCCTCTCTTCCCCTGGAGC;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=256;TCF=131;TCR=125;TR=255;WE=88494955;WS=88494937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
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chr16	88495407	rs7199961	G	C	4781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=46;PP=2186;SC=CCCGCGGGGGGCCCCGAGTGG;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=103;WE=88495415;WS=88495397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	88495654	rs12927001	A	G	17342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=684;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=260;NR=172;PP=2965;SC=GCGAGTCCCCACTGCCGTCAC;SOR=1.032;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=436;TCF=264;TCR=172;TR=432;WE=88495662;WS=88495644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,666:1.00:666
chr16	88496008	rs12918876	T	C	7050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=104;PP=2965;SC=GTGCGCCGCCTCCGTACCCCA;SOR=0.916;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=182;TCF=76;TCR=106;TR=177;WE=88496016;WS=88495998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr16	88497031	rs9924504	T	C	5802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=51;PP=1895;SC=AGGAGCTCATTCTGAAGATCG;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=101;WE=88497039;WS=88497021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr16	88497400	rs9938800	G	A	1355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=12;PP=567;ReadPosRankSum=0.816;SC=CCCGTGGCCCGTCTCGAAGCC;SOR=0.556;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=40;WE=88497408;WS=88497390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,65:0.55:119
chr16	88497446	rs7197071	A	G	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=20;PP=1019;ReadPosRankSum=-0.217;SC=GGGAGGCCCCAAGTGTGCTGA;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=99;TCR=41;TR=70;WE=88497454;WS=88497436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,114:0.53:216
chr16	88498221	rs4782300	C	T	12551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=125;PP=2965;SC=GCATCGCCACCGACCTTGGAG;SOR=0.862;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=292;TCF=165;TCR=127;TR=290;WE=88498229;WS=88498211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,471:1.00:471
chr16	88498297	rs12445417	T	G	15703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=176;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.443;SC=GCAGCCTGTCTGCGAACAGGG;SOR=0.232;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=353;TCF=176;TCR=177;TR=351;WE=88498305;WS=88498287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,619:1.00:620
chr16	88499539	rs9931465	C	G	6884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=78;PP=2915;SC=TATCCAACACCCACCCTAGCA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=73;TCR=78;TR=150;WE=88499547;WS=88499529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr16	88501034	rs12598474	G	C	2560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=36;PP=1317;ReadPosRankSum=-2.670;SC=CCCTGAGACCGGGCGCTCTGG;SOR=0.542;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=167;TCF=104;TCR=63;TR=90;WE=88501042;WS=88501024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,119:0.55:217
chr16	88501971	rs3812956	T	A	1180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.689;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=18;PP=672;ReadPosRankSum=-0.143;SC=TTGGCCACTCTGGGACCTGGG;SOR=0.573;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=35;WE=88501979;WS=88501961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,51:0.55:93
chr16	88502482	rs3812953	C	T	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=853;ReadPosRankSum=-0.723;SC=CAGGCGGTCGCTTGACTAGAA;SOR=0.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=55;WE=88502490;WS=88502472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,86:0.50:171
chr16	88502505	rs1983014	A	G	3336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1535;ReadPosRankSum=-1.328;SC=AGGAACCCGCATGTCTACGGG;SOR=1.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=83;WE=88502513;WS=88502495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,137:0.99:139
chr16	88504850	rs1105066	G	C	2408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=1042;ReadPosRankSum=1.126;SC=CATGGTGTCTGAGGGGGGGCC;SOR=0.593;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=74;WE=88504858;WS=88504840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,118:0.50:234
chr16	88504868	rs904783	A	G	9287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=69;PP=2965;SC=GCCCCGAGGCACCTTCCACAA;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=100;TCR=69;TR=168;WE=88504876;WS=88504858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr16	88505635	rs4782301	A	G	3794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=67;PP=1724;ReadPosRankSum=0.742;SC=CTGCCGAGCCACACACCCACC;SOR=0.679;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=266;TCF=108;TCR=158;TR=115;WE=88505643;WS=88505625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:253,195:0.44:448
chr16	88505734	rs4782362	C	T	3747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=63;PP=2358;SC=AAGATGCTTCCGAGTAATTTC;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=101;WE=88505756;WS=88505724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr16	88505748	rs45504291	G	A	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=828;ReadPosRankSum=-0.138;SC=TAATTTCTAGGAGCAAGAGCC;SOR=0.823;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=48;WE=88505756;WS=88505724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,60:0.53:113
chr16	88535242	rs55823018	C	T	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.967;SC=CCAGGGGCTGCCCTTGACCTG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=3;WE=88535250;WS=88535232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr16	88535407	rs35613341	C	G	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=779;ReadPosRankSum=2.598;SC=ACCGTCAGAGCCCAGACCCAC;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=52;WE=88535415;WS=88535397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,101:0.52:196
chr16	88535519	rs116071369	G	T	947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=412;ReadPosRankSum=-0.176;SC=GGCAGGGACGGCCCTGGGGCC;SOR=0.745;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=29;WE=88535527;WS=88535509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,47:0.56:84
chr16	88535591	rs36024491	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=272;ReadPosRankSum=0.116;SC=TGCCCCCCACCGCTCCACCCT;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=17;WE=88535599;WS=88535572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr16	88552370	rs3751673	A	G	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=549;ReadPosRankSum=-1.670;SC=CATGGAGGCCAGAGAGGAGGT;SOR=0.834;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=43;WE=88552378;WS=88552360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,79:0.45:175
chr16	88555301	rs34251187	C	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=324;ReadPosRankSum=-0.212;SC=AGTGAGAGCGCACCAGGAGAT;SOR=0.512;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=47;TCF=38;TCR=9;TR=22;WE=88555309;WS=88555291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,23:0.46:50
chr16	88593209	rs199766456	CCT	C	151.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=7.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.037;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
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chr16	88599695	rs67712719	GGA	G	3156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr16	88600079	rs13335396	C	G	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr16	88620195	rs2879897	T	G	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=78;ReadPosRankSum=-1.100;SC=TTTATACACTTTCCATTAAAA;SOR=0.354;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=10;WE=88620203;WS=88620185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr16	88633052	rs56983565	G	C	1554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=616;ReadPosRankSum=0.142;SC=CAAGAACGCTGGCAGGCTAAG;SOR=1.009;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=102;TCF=59;TCR=43;TR=50;WE=88633060;WS=88633042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,77:0.52:149
chr16	88643457	rs936621	A	G	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=12;PP=436;SC=CCAGGAAAGTAGGGACAAGGT;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=88643465;WS=88643447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	88644005	rs899728	A	G	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=605;SC=ATGAGGAGAAAGGCGAAGGCA;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=88644013;WS=88643995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	88652794	rs12447794	C	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.06;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=-0.536;SC=GTGCTTCTCCCTGGTGCTGTG;SOR=0.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=8;WE=88652802;WS=88652791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr16	88664598	.	G	A	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=14;PP=773;ReadPosRankSum=-0.006;SC=AACTGTACCTGGGGAATGAAT;SOR=0.809;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=37;WE=88664606;WS=88664588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,72:0.40:181
chr16	88664758	rs3887592	T	C	781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.629;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=19;PP=368;ReadPosRankSum=0.596;SC=CTTCTTTCATTGTTAGCACAT;SOR=0.315;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=30;WE=88664766;WS=88664748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,40:0.51:79
chr16	88666035	rs6500481	G	A	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=340;SC=CTCCCCAGAAGGACAACTGTG;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=88666043;WS=88666025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	88675177	rs9932685	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=4;PP=574;SC=GCCTGCTCTTAGATGTAGTTT;SOR=3.014;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=26;WE=88675185;WS=88675172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	88675194	rs9932692	A	G	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=5;PP=594;SC=GTTTGTGAACAGATTTCCTAA;SOR=2.910;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=30;WE=88675202;WS=88675184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	88675529	rs9930974	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=243;SC=TTTTTATTTACAGTAAAAAAT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=88675537;WS=88675519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr16	88694618	rs58149571	C	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=264;ReadPosRankSum=-0.715;SC=GGGACGGAGCCTGAGTGAGGG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=19;WE=88694626;WS=88694608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,24:0.83:29
chr16	88695300	rs4782387	C	T	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=45;PP=1195;ReadPosRankSum=-0.873;SC=GGCAGAGGGACGGGAGCCTGG;SOR=0.532;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=67;TCF=20;TCR=47;TR=65;WE=88695308;WS=88695290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,89:0.99:90
chr16	88695332	rs4782306	G	C	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.88;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr16	88695332	.	GAGACCC	CAGACCC,CAGACCG	285	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=6,4;NR=34,14;PP=283,285;QD=7.94428031368;SC=AGCTGGGTCTGAGACCCCATT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=40,18;WE=88695346;WS=88695322;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:40
chr16	88695338	rs4782388	C	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.38;ReadPosRankSum=-0.417;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,19:0.56:34
chr16	88712705	.	GGCAGACT	G	73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=24;MQ=60.14;NF=2;NR=1;PP=73;QD=33.0;SC=CTCAGGACAAGGCAGACTGCA;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=3;WE=88712719;WS=88712695;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,3:0.16:19
chr16	88712712	.	T	TGCAGACCCAGGGGACGTGTGCGGACCGGGGCTGCAAAGTCTCAGCACAAG	1671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=50.66;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr16	88712731	.	C	T	373	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=39;MMLQ=24;MQ=60.14;NF=7;NR=6;PP=373;QD=31.3670163498;SC=AGGGGACGTGCGCGGACCGGG;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=13;WE=88712741;WS=88712721;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chr16	88712733	rs12926425	C	T	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=3;PP=722;SC=GGGACGTGCGCGGACCGGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=15;WE=88712741;WS=88712721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr16	88712767	rs12933505	A	G	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=3;PP=414;SC=GGGTGTTCTCAGCCTTGATGT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=88712790;WS=88712757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	88712780	rs12933512	A	C	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=44.99;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	88712780	.	ACA	CCG	593	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=60.28;NF=25;NR=5;PP=593;QD=21.5489291621;SC=CTTGATGTGGACACTAGCGGC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=30;WE=88712790;WS=88712757;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr16	88712782	rs12709103	A	G	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.32;QD=43.59;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	88713236	rs4673	A	G	9227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=79;NR=92;PP=2965;SC=GCGGTCATGTACTTCTGTCCC;SOR=0.787;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=171;TCF=79;TCR=92;TR=171;WE=88713244;WS=88713226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr16	88713473	rs4782308	G	A	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=41;PP=2201;SC=GGGCCCCGCAGCCCCCGGAGA;SOR=1.272;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=122;WE=88713481;WS=88713463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr16	88713501	rs4782393	A	G	7349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=105;NR=69;PP=2965;SC=GAGCAGGAGGAGACTCACCAG;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=105;TCR=70;TR=174;WE=88713509;WS=88713491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr16	88714559	rs2306422	C	T	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=59;PP=1640;SC=GTGGGGCTCCCGTCCCGGGGG;SOR=1.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=89;WE=88714567;WS=88714549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	88716534	rs3812948	A	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=0;PP=250;SC=GAGTGGTGGCAGCGGGCCCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=88716542;WS=88716532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	88717074	rs3794624	G	A	9558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=112;PP=2965;SC=CTTCCCCTGCGCTGCAACTTC;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=96;TR=208;WE=88717082;WS=88717064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr16	88717386	rs8053867	T	C	5234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=62;PP=2097;SC=CCAGCGCCTGTTCGTTGGCCC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=56;TCR=62;TR=118;WE=88717394;WS=88717376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr16	88719877	rs12926212	C	G	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr16	88721012	rs12935454	G	A	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=7;PP=919;SC=CTGTCTCAGCGCCACAGCCTT;SOR=3.145;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=39;WE=88721020;WS=88721002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	88723538	rs112485764	T	TG	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5041;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=1.335;SC=TTTGTAGAGATGGGGGGGGGT;SOR=0.859;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=4;WE=88723546;WS=88723528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr16	88724347	rs2279258	G	T	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=31;PP=1497;SC=GCCTGCAGCCGCGGCTGCCCC;SOR=0.978;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=81;WE=88724355;WS=88724337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	88724990	rs75748916	G	A	1769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=961;ReadPosRankSum=1.669;SC=CATACCCAACGGGTACCAACT;SOR=0.681;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=141;TCF=79;TCR=62;TR=72;WE=88724998;WS=88724980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,93:0.47:200
chr16	88729573	rs3794625	C	T	9192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=128;PP=2965;SC=TCACGCGCTACCACAGGATTG;SOR=1.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=80;TCR=129;TR=208;WE=88729581;WS=88729563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr16	88752693	rs11076698	T	G	2044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=21;PP=1024;SC=CTCCCGCCCCTCAGGGTCGAG;SOR=1.068;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=57;WE=88752701;WS=88752683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	88762932	rs35639468	CT	C	359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.053;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-2.014;SOR=0.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,27:0.43:63
chr16	88762943	rs1132579	A	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr16	88763151	rs13556	G	A	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TGCCGGCCCCGCCTCTGCTGG;SOR=0.437;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=11;WE=88763159;WS=88763141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr16	88763896	rs2879899	G	A	249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.897;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=157;ReadPosRankSum=0.759;SC=GGTGAGGTGCGCTCCCGAGCA;SOR=0.307;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=12;WE=88763904;WS=88763886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	88763958	rs11076700	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=415;ReadPosRankSum=-0.182;SC=AGACGCAGGCGGGTGGCTGCG;SOR=0.491;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=30;WE=88763966;WS=88763948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,38:0.60:63
chr16	88767769	rs2306049	G	C	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=35;PP=1061;SC=GCAGGCGGCAGAGTGGGCACA;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=58;WE=88767777;WS=88767759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr16	88767861	rs2306048	C	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=288;SC=CCAGCCCGCCCCTCGGGTCTC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=88767869;WS=88767851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	88772491	rs7194105	A	G	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=257;SC=CCCAGTCCGGAGCTGCACCGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=88772499;WS=88772481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr16	88772746	rs112070238	C	T	492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr16	88776141	rs4598894	G	A	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.90;SOR=2.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	88776148	rs4377140	C	T	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.23;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr16	88776297	rs4390574	T	C	6392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=77;NR=60;PP=2497;SC=AGGACGCTGCTCACTGTGCGG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=137;WE=88776305;WS=88776287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr16	88776499	rs61744010	G	T	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=16;PP=835;SC=CCCACAGGCAGCCTGGCCTGC;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=88776507;WS=88776489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr16	88777995	rs11076704	C	T	3319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=33;PP=1398;SC=GGAAAAGTGTCCTGTGGCTTA;SOR=0.882;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=45;TCR=33;TR=78;WE=88778003;WS=88777985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	88778133	rs2879902	C	A	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=31;PP=987;SC=CTCCTAGTCCCTGGCCACTTG;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=88778141;WS=88778123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	88778427	rs11361741	GC	G	4258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=30;PP=2304;SC=CTGATGGTGAGCGGGGGCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=88778435;WS=88778417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	88778615	rs7205989	G	A	1998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=36;PP=967;ReadPosRankSum=-0.537;SC=CCAGGTGGAGGTGGCCCTGCA;SOR=0.747;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=66;WE=88778623;WS=88778605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,97:0.50:194
chr16	88778831	rs7201610	C	T	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=28;PP=751;SC=CGGAGGTGACCCCTGGGGGGC;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=88778839;WS=88778821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr16	88779371	.	G	GC	274	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=5;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=16;MQ=47.29;NF=0;NR=9;PP=274;QD=33.3333333333;SC=GCCCCTGAGAGCCCCCTTCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=88779391;WS=88779361;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,9:0.56:16
chr16	88779383	.	G	A	29	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=14;MMLQ=25;MQ=43.65;NF=0;NR=4;PP=29;QD=15.9428031368;SC=CCCCTTCCCCGGGCCCTGACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=88779391;WS=88779361;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,4:0.40:10
chr16	88779739	rs11549837	A	G	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.866;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=693;ReadPosRankSum=0.972;SC=GATCCTCCACATGGCCCGAGC;SOR=0.872;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=46;WE=88779747;WS=88779729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,80:0.45:178
chr16	88779865	rs4782320	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQ=60.11;MQRankSum=1.274;NF=14;NR=21;PP=609;ReadPosRankSum=1.303;SC=GGTAGGCAGGGGCCTGGGTGT;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=35;WE=88779873;WS=88779855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,37:0.39:95
chr16	88779952	rs74757912	C	CCT	1204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=13;PP=1106;SC=AGTCCTGCGGCCTCGGATGGT;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=24;WE=88779960;WS=88779942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	88780023	rs1317756	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.19;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,32:0.47:68
chr16	88780175	rs4782321	G	A	3516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=2.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.514;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,193:0.48:400
chr16	88780472	rs7205626	T	C	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=21;PP=1775;SC=ACGGCACCTGTCCTGGGGACT;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=79;WE=88780480;WS=88780462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr16	88780488	rs74880807	C	G	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.350;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=529;ReadPosRankSum=0.156;SC=GGACTCTGCCCCAGCCTGGGG;SOR=0.976;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=98;TCF=68;TCR=30;TR=44;WE=88780496;WS=88780478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,62:0.48:130
chr16	88780518	rs3826076	A	G	4549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.69;QD=25.28;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr16	88780634	rs11278302	AGGTGTG	A	1976.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=76;PP=2364;ReadPosRankSum=-0.499;SC=CACTGTGTACAGGTGTGGGTG;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=86;TCF=6;TCR=80;TR=82;WE=88780648;WS=88780624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,55:0.39:142
chr16	88780635	rs149847195	G	GGTGT	2919.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.06;MQRankSum=0.000;QD=20.56;ReadPosRankSum=0.410;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,85:0.60:142
chr16	88780680	rs145565756	CTGTGCGCGGG	C	1579.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.948;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=46;PP=1696;ReadPosRankSum=-0.775;SC=CGGGTGTGTGCTGTGCGCGGG;SOR=0.955;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=2;TCR=49;TR=48;WE=88780705;WS=88780670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,42:0.59:71
chr16	88780685	rs7191439	C	T	508.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,27:0.39:69
chr16	88780923	rs8050715	C	G	5498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr16	88781073	rs11549835	G	A	3408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.368;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=49;PP=1506;ReadPosRankSum=-0.682;SC=ACTGAGACCCGGACACCCCCG;SOR=0.568;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=208;TCF=96;TCR=112;TR=100;WE=88781081;WS=88781063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,180:0.45:398
chr16	88781125	rs8043637	T	C	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=97;PP=2667;SC=CCCAGCGCTGTGGCCAGGGGG;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=67;TCR=97;TR=164;WE=88781133;WS=88781115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr16	88781419	rs2306046	A	G	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=28;PP=1117;SC=GGGTGCTGGCAGGTTTCTTGG;SOR=0.775;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=60;WE=88781427;WS=88781409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr16	88781614	rs1058158	G	C	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=-0.745;SC=AGGAGATCCGGGACTGTCTGA;SOR=0.877;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=26;WE=88781622;WS=88781604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,57:0.44:129
chr16	88782319	rs3214887	GC	G	2200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=43;PP=1193;ReadPosRankSum=-0.274;SC=GCTGCGGGGTGCCCCCCCAGC;SOR=0.814;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=125;TCF=26;TCR=99;TR=53;WE=88782327;WS=88782309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,97:0.39:249
chr16	88782676	rs2290902	A	G	2942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=37;PP=1431;SC=GGAAGAGATTAGGGATGACCC;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=88782684;WS=88782666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr16	88783100	rs1803382	T	C	2852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.894;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.607;SC=GCCGTGACGATGTCCTCAGGG;SOR=0.591;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=187;TCF=104;TCR=83;TR=88;WE=88783108;WS=88783090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,146:0.48:303
chr16	88783374	rs8044367	A	G	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=44;PP=2109;SC=GTGGTGCACCACCTTGGCCAG;SOR=1.088;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=114;WE=88783382;WS=88783364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr16	88783449	rs8057031	C	G	3383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.677;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=1460;ReadPosRankSum=-2.146;SC=CGCCCAGCTTCAGGGTGACGG;SOR=0.789;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=213;TCF=126;TCR=87;TR=88;WE=88783457;WS=88783439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,168:0.44:385
chr16	88783521	rs6500491	T	C	12665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=130;PP=2965;SC=TGAAGAGCAGTGGGAACCAGA;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=261;TCF=131;TCR=130;TR=261;WE=88783529;WS=88783511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,501:1.00:501
chr16	88783738	rs4782432	A	G	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=25;PP=687;SC=AGTATGGCACAGCGGTAGTAA;SOR=2.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=88783746;WS=88783728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr16	88784114	rs11641326	T	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=230;ReadPosRankSum=-0.053;SC=TAAGAGACAGTCCATAGAATT;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=18;WE=88784122;WS=88784104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,28:0.49:57
chr16	88785126	rs4520817	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.838;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=31;ReadPosRankSum=-0.891;SC=TCTTCTTTTTACTTTTTTAGA;SOR=0.941;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=3;WE=88785134;WS=88785116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr16	88785206	rs79311053	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=87;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=92;ReadPosRankSum=0.898;SC=GCCCTGTACTCCTGGCCTCAA;SOR=0.743;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=9;WE=88785214;WS=88785196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr16	88785242	rs113385327	A	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=2;HapScore=2;MGOF=94;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=75;ReadPosRankSum=-0.838;SC=CAGCCTCCAGAGTAGCTGGGA;SOR=0.883;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=8;WE=88785250;WS=88785232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr16	88785286	rs142864864	TTATTTTTTTG	T	586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.146;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=1806;ReadPosRankSum=2.452;SC=CAGCTAACGTTTATTTTTTTG;SOR=0.905;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=4;WE=88785303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr16	88786967	rs4401037	C	T	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=57;PP=2100;SC=TCAGCCTGGGCCCAGTACCCG;SOR=3.636;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=88786975;WS=88786957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr16	88787607	rs150376294	CCTT	C	3526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.155;NF=10;NR=23;PP=1289;ReadPosRankSum=-0.032;SC=GCTGGGCCCTCCTTCTTCCTT;SOR=0.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=33;WE=88787617;WS=88787597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,94:0.47:201
chr16	88787673	rs35159887	G	A	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.458;NF=35;NR=31;PP=875;ReadPosRankSum=-0.263;SC=TCCACTTGGGGTTCTGGGGTC;SOR=0.757;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=66;WE=88787681;WS=88787663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,87:0.49:178
chr16	88787704	rs8043924	G	C	3905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=63;PP=1818;SC=GTCCGACCCTGGCTTCCACCT;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=115;WE=88787712;WS=88787694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	88788477	rs9935872	A	G	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=530;SC=GCAGGCGCCTACAGGGAGACC;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=88788485;WS=88788467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	88788903	rs4238687	T	G	2640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=39;PP=1585;SC=TCCTTTGGGGTACAAGGGAAT;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=68;WE=88788911;WS=88788893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr16	88788934	rs4238686	A	G	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.860;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=484;ReadPosRankSum=0.239;SC=GGGGATGGCTAGGCGATGCCC;SOR=0.527;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=26;WE=88788942;WS=88788924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,36:0.46:78
chr16	88790323	rs200653120	C	G	5877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FS=2.901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=0.675;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,157:0.46:339
chr16	88790323	.	CCT	GCA	2430	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=47;NR=30;PP=2430;QD=32.2528295437;SC=TCAGGAACAGCCTCCTCCTCT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=182;TCF=102;TCR=80;TR=77;WE=88790333;WS=88790313;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:105,77:0.42:182
chr16	88790325	rs202066744	T	A	5877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=0.877;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,156:0.46:340
chr16	88791458	rs11645197	G	A	423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.295;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr16	88792047	rs4782430	A	G	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=28;PP=1135;SC=TCCTGCGGTGAAAGTCAATGC;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=57;WE=88792055;WS=88792037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr16	88792097	rs4782429	A	G	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=26;PP=814;SC=AAGCCCCTGTAGGGAGGCGGG;SOR=1.131;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=88792105;WS=88792087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr16	88793068	rs143054492	T	TCAGCGGGGC	1013.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=2976;ReadPosRankSum=-0.500;SC=GAGAGCAGGGTCAGCGGGGCC;SOR=1.071;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=34;TCR=6;TR=16;WE=88793076;WS=88793058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,24:0.47:51
chr16	88793090	rs4516218	A	G	3681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.13;QD=44.36;SOR=3.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr16	88793101	.	T	TG	1443	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=24;MQ=60.02;NF=15;NR=0;PP=1443;QD=98.2;SC=GGGCGGTGGGTGCGGGGGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=15;WE=88793111;WS=88793080;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr16	88793103	rs4424896	C	G	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.12;QD=42.27;SOR=3.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr16	88793813	rs8057198	T	C	118.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=72;SC=GAGGTCTGCGTGCGTGCGTGC;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=88793821;WS=88793812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr16	88793858	rs2242170	C	T	247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=6;NR=2;PP=181;SC=TGTGCCTGACCACACCTCCGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=88793880;WS=88793848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr16	88793910	rs2242171	C	T	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.85;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	88800176	rs11649478	G	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=174;ReadPosRankSum=1.409;SC=GAGGGTCAGTGCGGGGCACAA;SOR=0.840;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=13;WE=88800184;WS=88800166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr16	88800372	.	GTCC	G	494	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=24;MQ=60.76;NF=10;NR=20;PP=494;QD=16.7333333333;SC=CGTCCCTGGAGTCCTCCTCCT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=30;WE=88800382;WS=88800362;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr16	88800395	rs144777557	CCTG	C	1189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.549;NF=10;NR=23;PP=1272;ReadPosRankSum=3.135;SC=TCCTCCTCCTCCTGCTGCTGC;SOR=0.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=33;WE=88800405;WS=88800385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,63:0.46:137
chr16	88800477	rs77376965	G	A	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQRankSum=2.888;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.836;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,111:0.51:219
chr16	88800610	rs79319346	G	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.448;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=-0.492;SC=CTGTCCCTGTGACCTCCACGC;SOR=0.370;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=18;WE=88800618;WS=88800600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,20:0.51:39
chr16	88800785	rs35265318	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=2.418;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr16	88800814	rs35353288	G	A	634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,39:0.40:98
chr16	88800913	rs34908386	C	T	569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=0.802;SC=AGAGCTCGGACACGCTGAACT;SOR=0.668;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=17;WE=88800921;WS=88800903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,35:0.32:108
chr16	88802511	rs36100417	G	T	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=-0.366;SC=AACCCTGATGGGTCTGCGCAC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=4;WE=88802519;WS=88802501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	88802573	rs78905828	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=1.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
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chr16	88802830	rs11860864	A	G	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=160;ReadPosRankSum=0.023;SC=CGCGGCAGAGAGGGCTGCACA;SOR=0.551;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=12;WE=88802838;WS=88802820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr16	88803195	rs4782410	T	C	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=20;PP=664;SC=TCTGCAGGCCTCCCCACCCTG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=88803203;WS=88803185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr16	88803934	rs11643304	A	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.646;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=15;PP=423;ReadPosRankSum=-1.694;SC=CGCCCCCCGCACCCAGCCATA;SOR=1.719;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=57;TCF=29;TCR=28;TR=26;WE=88803942;WS=88803924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr16	88803982	rs6500493	C	G	1026.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.852;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=592;ReadPosRankSum=1.795;SC=CGCCGCAGGACGGAGCTCTGG;SOR=0.945;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=31;WE=88803990;WS=88803972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,55:0.40:137
chr16	88804734	rs7184427	A	G	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=37;PP=1592;SC=CCCCACCGCGACGCAGAGTCT;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=79;WE=88804742;WS=88804724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr16	88804924	rs34600315	TC	T	2098.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=895;ReadPosRankSum=-0.091;SC=ATCAGGGAACTCCCAAGACCC;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=27;WE=88804932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,73:0.47:155
chr16	88808111	rs11076707	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=252;SC=CGGGTGGGAGTGTGGATGGGT;SOR=2.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=17;WE=88808119;WS=88808101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	88808743	rs6500495	A	G	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr16	88808862	rs7201439	C	T	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.77;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr16	88808862	.	CGGGGACGGGG	TGGGGACGGGA,TGGGGACGGGG	55	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.66;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=3;MGOF=32;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=0,3;NR=5,7;PP=55,52;QD=21.6935749724;SC=AGGCTGGTCCCGGGGACGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=5,10;WE=88808880;WS=88808852;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.50:10
chr16	88808872	rs11644443	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.58;ReadPosRankSum=1.669;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr16	88808918	rs11648555	C	A	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=0;NR=6;PP=125;SC=GCCCCCAGCCCGGCCAGAGCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=88808926;WS=88808908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	88809368	rs28525359	G	T	4323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr16	88809434	rs9925084	A	G	7145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=67;PP=2544;SC=CCTGCTGTGCACCAGGTCAGG;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=136;WE=88809442;WS=88809424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr16	88809480	rs9925171	A	G	6821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=65;PP=2489;SC=CTGTGCACCCACACCTGGCAG;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=72;TCR=65;TR=136;WE=88809488;WS=88809470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr16	88809686	rs9927855	T	C	7658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=90;PP=2965;SC=AGCTCACCCTTCAGCAGGGGT;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=87;TCR=91;TR=177;WE=88809694;WS=88809676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr16	88809773	rs8048714	G	C	6692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=76;PP=2965;SC=ACCCCGGCACGTGCTGGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=78;TCR=77;TR=153;WE=88809781;WS=88809763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr16	88809893	rs9933845	GG	AC	2551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=1535;ReadPosRankSum=0.475;SC=TGGAGCTCAGGGACAGGTAGC;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=41;WE=88809902;WS=88809883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,69:0.41:169
chr16	88810129	rs8053135	A	G	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=41;PP=1183;SC=CTGACCGTGAAGCAGCCCTCA;SOR=1.358;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=88810137;WS=88810119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr16	88851310	rs2911442	A	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.157;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=1.960;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,27:0.45:60
chr16	88872145	rs507329	T	C	3208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=48;PP=1475;SC=TTTTGAGGAGTGCAATGTTGG;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=40;TCR=49;TR=88;WE=88872153;WS=88872135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr16	88872511	rs510862	T	C	5417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=49;PP=1623;SC=TGGTGGAGCATGTCAAGGAGC;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=101;WE=88872519;WS=88872501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr16	88902168	rs117053987	G	A	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=25;PP=667;ReadPosRankSum=-1.595;SC=AGGGTTTGGAGGCATAGACGG;SOR=0.644;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=38;WE=88902176;WS=88902158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,66:0.49:134
chr16	88921493	rs12932588	C	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-3.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.307;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=178;ReadPosRankSum=0.166;SC=ATGCAATTCCCTATTTACCGG;SOR=0.197;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=11;WE=88921501;WS=88921483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr16	88921634	rs34150867	C	G	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=550;ReadPosRankSum=0.468;SC=CCCCGCCTCACCCCTCTGTCC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=41;TCR=34;TR=40;WE=88921642;WS=88921624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,56:0.50:111
chr16	88922989	.	A	AC	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=75;QD=25.0;SC=GCACGGGGATACCCCCCGTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=88922997;WS=88922979;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,4:0.31:13
chr16	88927221	rs3826061	T	C	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=386;ReadPosRankSum=0.478;SC=CTGGAGAAGGTCCCGAGCATC;SOR=0.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=24;WE=88927229;WS=88927211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr16	88931274	rs76267236	C	T	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=191;ReadPosRankSum=1.569;SC=GATGACCCGGCCCCGGAAGAG;SOR=0.507;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=19;WE=88931282;WS=88931264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr16	88931363	rs141563331	A	AGGGAG	421.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,10:0.28:36
chr16	88931914	rs889753	T	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=279;ReadPosRankSum=-0.753;SC=CGCCAGACCCTCTGGTAGAGA;SOR=0.552;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=18;WE=88931922;WS=88931904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
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chr16	88948971	.	GGCATGGCTGTGGGCGTGGCTGTGTGT	G	224.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.344;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.062;NF=1;NR=2;PP=739;ReadPosRankSum=1.764;SC=GCTGTGTGTGGGCATGGCTGT;SOR=0.765;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=3;WE=88949008;WS=88948961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr16	88949000	rs4782504	A	G	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=-0.000;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	89118981	rs35699181	A	G	1892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=23;PP=590;ReadPosRankSum=-1.005;SC=TTTTGTGGATAGGCGTTTGGC;SOR=0.615;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=46;WE=89118989;WS=89118971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,100:0.45:221
chr16	89119156	.	C	CT	178.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.05;ReadPosRankSum=1.242;SOR=0.879;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
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chr16	89160329	rs145228567	C	G	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr16	89167066	rs57558972	C	G	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr16	89167075	rs11273288	C	CCCCAGGAGGCTCCCGGGAG	736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.857;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=1943;ReadPosRankSum=-0.357;SC=TCCAGCTCGGCCGCCTGTCAG;SOR=1.936;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=4;WE=89167083;WS=89167056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
chr16	89167094	rs7188200	T	C	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=297;ReadPosRankSum=-1.037;SC=AGTGCAATGCTGCCCCATGTG;SOR=0.689;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=30;WE=89167102;WS=89167084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,42:0.47:89
chr16	89167140	rs7201122	G	C	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=34;PP=2071;SC=GCGCCTTGGCGTCCTGCCGGC;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=65;TCR=35;TR=99;WE=89167148;WS=89167130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr16	89167395	rs6500526	C	T	3535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=3.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.70;ReadPosRankSum=-2.931;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,102:0.40:258
chr16	89167404	rs7193255	T	C	3484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=2.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.30;ReadPosRankSum=-1.364;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,98:0.37:262
chr16	89167431	rs6500527	G	C	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.974;HP=1;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=1917;ReadPosRankSum=1.035;SC=CCCAGTGGGCGTCATGGATGA;SOR=0.645;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=130;TCF=62;TCR=68;TR=66;WE=89167451;WS=89167421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,99:0.38:263
chr16	89167443	rs6500528	T	C	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=3;HapScore=4;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=32;PP=1917;ReadPosRankSum=2.346;SC=CATGGATGAGTGGCGGTGTGG;SOR=0.636;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=128;TCF=61;TCR=67;TR=65;WE=89167451;WS=89167421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,98:0.37:265
chr16	89167458	rs6500529	C	A	1776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=722;ReadPosRankSum=0.753;SC=GTGTGGCAGTCCCCCTCTACA;SOR=0.753;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=130;TCF=66;TCR=64;TR=62;WE=89167466;WS=89167448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,101:0.38:267
chr16	89167792	rs8060043	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=265;ReadPosRankSum=-0.943;SC=TTTCGGTGACCGCACAGCACT;SOR=0.415;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=23;WE=89167800;WS=89167782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,23:0.42:55
chr16	89168981	rs4782457	T	C	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.673;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=103;ReadPosRankSum=-3.091;SC=AGTCTTGCTCTTGCTCTCAGC;SOR=1.574;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=8;WE=89168989;WS=89168971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr16	89169205	rs4782456	C	G	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.640;NF=9;NR=22;PP=1290;ReadPosRankSum=-1.413;SC=CACCCTCAGACTAGGCGCCTT;SOR=0.671;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=23;TCR=53;TR=31;WE=89169228;WS=89169195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,54:0.43:125
chr16	89169219	rs10578141	CCT	C	1453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.682;NF=1;NR=17;PP=1290;ReadPosRankSum=-0.992;SC=GCGCCTTTCCCCTGTCGGGGC;SOR=0.572;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=18;WE=89169228;WS=89169195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,40:0.42:95
chr16	89169312	rs4782455	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr16	89178457	.	G	GTGCCTGCTCATCTTCCCACCGAGTGCTTCCTTTCCTCCGCCGCCGTGGGTCTC	458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.416;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.99;ReadPosRankSum=0.068;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,4:0.15:27
chr16	89178773	rs4782449	A	G	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.238;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr16	89180664	rs9940965	C	G	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=13;PP=686;SC=CAAGGGCCGCCTCCTGAGGGG;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=39;WE=89180672;WS=89180654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr16	89180883	rs3743979	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=212;ReadPosRankSum=-0.056;SC=GACCACTGCCGTGCGCCTGCC;SOR=0.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=20;WE=89180891;WS=89180873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr16	89180935	rs3743980	G	T	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=155;ReadPosRankSum=-0.112;SC=CTTCCACTGTGCTCTGAGCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=9;WE=89180943;WS=89180925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr16	89187378	rs3743983	G	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.318;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=22;PP=353;ReadPosRankSum=0.774;SC=AGGCCCCCCAGGGTGGTTACA;SOR=2.297;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=24;WE=89187386;WS=89187368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr16	89188672	rs8058601	C	A	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-3.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.578;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=338;ReadPosRankSum=-1.317;SC=GGCCTGGGCCCCCCGCAGTGG;SOR=0.258;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=55;TCF=42;TCR=13;TR=27;WE=89188680;WS=89188662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,41:0.54:76
chr16	89212200	rs4302032	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=164;ReadPosRankSum=0.172;SC=AGCCAGCACCAGGACGAGTGA;SOR=0.551;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=14;WE=89212208;WS=89212190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
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chr16	89251776	rs58079876	G	A	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=29;PP=796;ReadPosRankSum=1.753;SC=ACACCCGCACGGCCAGGGCAG;SOR=0.649;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=49;TCR=52;TR=58;WE=89251784;WS=89251766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,82:0.49:166
chr16	89251798	rs2287356	C	T	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.55;ReadPosRankSum=1.607;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,67:0.47:143
chr16	89251851	rs2287354	A	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.836;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=430;ReadPosRankSum=-0.981;SC=CCCTGCCGTCACTGCAGAGCT;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=25;WE=89251859;WS=89251841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,35:0.39:89
chr16	89254064	rs12929648	A	G	1621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-3.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.117;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=966;ReadPosRankSum=-1.040;SC=ATGGGGCAGGAGGATGGTGTG;SOR=0.434;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=129;TCF=33;TCR=96;TR=62;WE=89254072;WS=89254054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,78:0.49:160
chr16	89258747	rs75791347	A	C	819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.42;ReadPosRankSum=-1.818;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,42:0.48:87
chr16	89259010	.	G	T	100	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=28;MQ=59.11;NF=0;NR=6;PP=100;QD=22.4618687579;SC=CCCCAGCTCCGCCTCCTCCCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=6;WE=89259018;WS=89259000;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr16	89259993	rs3815615	A	G	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=246;ReadPosRankSum=2.094;SC=ACGATGAGCAAGGAGGCGGGG;SOR=1.066;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=16;WE=89260001;WS=89259983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr16	89262431	rs2287353	G	A	86.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=50;ReadPosRankSum=-0.913;SC=GGGTGTGGCCGGCCCAGTAGG;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=89262439;WS=89262421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr16	89262657	rs117169628	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=158;ReadPosRankSum=0.983;SC=GGTGTCCAGGGGGCCGGCTGC;SOR=0.593;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=11;WE=89262665;WS=89262647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr16	89263851	rs3743986	T	C	2455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.079;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1140;ReadPosRankSum=0.797;SC=CCAGGCTCTCTCCCCAGGCCT;SOR=0.604;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=62;TCR=56;TR=75;WE=89263859;WS=89263841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,119:0.57:208
chr16	89264460	rs7202874	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr16	89265087	rs61732365	A	G	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.588;HP=2;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=2035;ReadPosRankSum=0.688;SC=TCCTCCAAGGAACTGTCCCCG;SOR=0.595;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=59;WE=89265109;WS=89265077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,100:0.43:233
chr16	89265101	rs74640353	C	T	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.283;HP=4;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=27;PP=2035;ReadPosRankSum=1.045;SC=GTCCCCGGGGCCCACGCCACT;SOR=0.661;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=56;WE=89265109;WS=89265077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,97:0.43:226
chr16	89265466	rs12926888	A	G	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=51;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.944;SC=TCATCAGGGCACCCAGCCCCT;SOR=0.704;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=211;TCF=104;TCR=107;TR=97;WE=89265474;WS=89265456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,181:0.47:387
chr16	89267769	rs34679577	GC	G	250.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.36;QD=27.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr16	89267937	rs112083449	G	A	1340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.566;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=289;ReadPosRankSum=0.010;SC=TGGGGCGCGGGCTGCGCGGTA;SOR=0.539;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=26;WE=89267945;WS=89267927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,67:0.61:110
chr16	89287613	rs10586525	CAG	C	1274.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=14;PP=694;SC=TCCTGATACACAGTGTGTGTA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=89287622;WS=89287603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr16	89288418	rs9931258	A	G	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=13;PP=596;SC=TCCTGCTAGGATGGAATGACT;SOR=1.047;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=89288426;WS=89288408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	89291210	rs113560259	G	GGTGA	2063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=1364;SC=AGTTCTCCAAGGTAAGTGTGA;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=24;WE=89291218;WS=89291200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr16	89291309	rs28533907	A	T	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=101;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=7;PP=194;SC=GTGTCAAGTTAAGCGGCTGTG;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=89291317;WS=89291299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr16	89291945	rs11464538	A	AT	4641.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=33;PP=697;SC=TTTTTAGGTCATTCTTCTTTC;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=46;WE=89291959;WS=89291935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr16	89291948	rs12926996	C	T	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.54;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	89291951	rs12926997	C	T	4787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.17;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	89293271	rs28417933	A	C	6371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=83;PP=2965;SC=ACCTTGTTCAAAATTGGAGAG;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=75;TCR=83;TR=158;WE=89293279;WS=89293261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr16	89293614	rs4785626	A	G	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=55;PP=2021;SC=ACCCTGGGGAAAAGCCCTGTG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=108;WE=89293622;WS=89293604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr16	89294381	rs28415940	T	C	6090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=83;PP=2965;SC=AAGCCCTTTATATGTACGGTA;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=71;TCR=84;TR=154;WE=89294389;WS=89294371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr16	89294439	rs9921361	G	T	5531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=77;PP=2696;SC=AGCACATTCAGATTCACACTG;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=55;TCR=77;TR=132;WE=89294447;WS=89294429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr16	89294511	rs28638280	C	T	4420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=56;PP=2153;SC=CGAGCCTAACCGAGCACATAC;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=107;WE=89294519;WS=89294501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr16	89294595	rs74466939	C	T	1503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=1.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.045;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,76:0.44:171
chr16	89294697	rs60437616	C	T	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr16	89299054	rs71158785	T	TA	951.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.25;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr16	89299200	rs61078268	C	A	19143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=169;NR=105;PP=2965;SC=TGCATATGCACATCAACTCAC;SOR=0.978;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=274;TCF=169;TCR=105;TR=274;WE=89299208;WS=89299190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,451:1.00:451
chr16	89299227	rs62068537	C	T	19699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.04;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr16	89299280	rs62068538	T	A	12452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=470;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.033;NF=156;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.730;SC=CAACTCGCACTGCGTATGCAA;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=315;TCF=156;TCR=159;TR=314;WE=89299288;WS=89299270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,466:1.00:467
chr16	89299888	.	T	TCG	680.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=2.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.45;MQRankSum=-1.078;QD=7.65;ReadPosRankSum=-8.271;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,51:0.57:89
chr16	89299890	rs34356864	A	G,ACTGCGTGTGCAACTCAACTCG	10620.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.47;QD=119.33;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,38,51:0.43,0.57:89
chr16	89299899	rs34175485	A	G	11513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=38.38;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr16	89300015	rs62068548	A	G	13098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=185;NR=153;PP=2965;SC=CTCATACTGCATATGCAACTC;SOR=0.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=342;TCF=186;TCR=156;TR=338;WE=89300023;WS=89300005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr16	89300147	rs62068549	A	G	14072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=191;NR=210;PP=2965;SC=CTCGCACTGCATATGCAACTC;SOR=0.713;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=414;TCF=193;TCR=221;TR=401;WE=89300155;WS=89300114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
chr16	89345122	rs3102367	G	A	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.390;NF=14;NR=13;PP=532;ReadPosRankSum=0.776;SC=GGAGACACAGGGGGTGGCTCT;SOR=0.293;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=27;WE=89345130;WS=89345112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr16	89345161	.	GGA	G	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.412;NF=2;NR=6;PP=248;ReadPosRankSum=-1.077;SC=GACGGGGAGTGGAGAGGGGAG;SOR=0.743;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=8;WE=89345170;WS=89345151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr16	89345408	rs3096305	G	A	5586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=59;PP=2202;SC=CGGGCTGGAGGAAGCCGTGAC;SOR=0.771;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=53;TCR=59;TR=112;WE=89345416;WS=89345398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr16	89350038	rs2279348	G	A	8425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=110;PP=2965;SC=CTCCCGGTGCGCCTCCTCGGG;SOR=0.797;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=93;TCR=110;TR=203;WE=89350046;WS=89350028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr16	89350178	rs2279349	G	A	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=57;PP=2408;SC=TATGCTTTTCGGTCTGCTCTT;SOR=0.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=104;WE=89350186;WS=89350168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	89356902	.	AAT	A	169	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=24;MQ=54.92;NF=4;NR=0;PP=169;QD=54.820071809;SC=TCAGGGCTCCAATGGGGGGAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=89356913;WS=89356892;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	89356905	.	G	GC	194	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=5;HapScore=4;MGOF=28;MMLQ=24;MQ=54.92;NF=4;NR=0;PP=194;QD=54.75;SC=GGGCTCCAATGGGGGGAGGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=4;WE=89356913;WS=89356892;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	89371827	rs3114912	G	A	614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=740;ReadPosRankSum=-0.338;SC=TGTTTCATATGCCAGGAGAAG;SOR=0.452;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=28;WE=89371847;WS=89371817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,32:0.57:56
chr16	89371839	rs2277908	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=2;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=740;ReadPosRankSum=1.046;SC=CAGGAGAAGCGCATCTCTTAT;SOR=0.492;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=21;WE=89371847;WS=89371817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,23:0.53:43
chr16	89379936	rs3102350	T	C	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=21;PP=1089;SC=ACTGCAGAGTTGTGGGCTCCA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=60;WE=89379944;WS=89379926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	89389645	rs3114900	G	C	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=1.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr16	89592690	rs3935626	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=67;ReadPosRankSum=-0.572;SC=AGGGTTGCTCGTCTGTCCCTG;SOR=0.169;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=6;WE=89592698;WS=89592680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr16	89612260	rs34306835	A	AT	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=68;ReadPosRankSum=-1.755;SC=TTTCTTTTTAATTTTTCTTTC;SOR=0.892;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=3;WE=89612268;WS=89612250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr16	89612979	.	ACC	A,AC	1814.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=6.771;HP=12;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17,17;NR=29,29;PP=78,554;ReadPosRankSum=0.774;SC=CTACTTGGGGACCCCCCCCCC;SOR=0.490;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=46,46;WE=89612999;WS=89612969;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.39,0.58:69
chr16	89613037	rs462464	G	A	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,61:0.43:143
chr16	89613123	rs2292954	A	G	1581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.05;MQRankSum=-0.856;NF=27;NR=31;PP=806;ReadPosRankSum=1.587;SC=CCAGTCCAGCACCTTTTACTC;SOR=0.637;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=129;TCF=57;TCR=72;TR=58;WE=89613131;WS=89613113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,87:0.43:203
chr16	89613233	rs461405	A	C	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.840;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=321;ReadPosRankSum=-0.741;SC=CACCTGCGCAAACAGCATCGA;SOR=1.539;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=16;WE=89613241;WS=89613223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr16	89615453	rs4325552	A	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
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chr16	89616790	rs66845605	G	A	366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.901;NF=15;NR=3;PP=292;ReadPosRankSum=1.527;SC=CATATTGGTCGGGCTGGTCTC;SOR=0.301;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=18;WE=89616798;WS=89616780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr16	89617064	rs3794632	G	C	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.660;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=18;PP=357;ReadPosRankSum=-2.111;SC=CCAAAGGTGGGTGGGGAGTCC;SOR=0.253;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=28;WE=89617072;WS=89617054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
chr16	89620148	rs730264	A	G	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.499;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,57:0.55:104
chr16	89620328	rs12960	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=298;ReadPosRankSum=0.025;SC=GGCATCGGGCGGCGCCCCTTC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=20;WE=89620336;WS=89620318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,28:0.43:65
chr16	89623405	rs61747711	C	T	1515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.184;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=21;PP=524;ReadPosRankSum=2.033;SC=AGAGGTGGATCGACGCCCAGA;SOR=0.425;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=43;WE=89623413;WS=89623395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,78:0.59:133
chr16	89627460	rs2280370	T	G	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-1.206;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.467;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,46:0.57:80
chr16	89627671	rs174035	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=187;ReadPosRankSum=0.252;SC=GCCGCATCGCCCCGCGCCCCG;SOR=0.430;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=11;WE=89627679;WS=89627670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr16	89628870	rs885268	C	G	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.278;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=588;ReadPosRankSum=0.581;SC=ATCTGAGATGCGGGTGATGGG;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=38;WE=89628878;WS=89628858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,70:0.47:150
chr16	89629218	rs258327	A	G	1406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	89645437	rs369230	G	T	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=39;PP=1206;SC=GGTGGCTCACGCCTGTAATCG;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=89645445;WS=89645427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr16	89649675	rs455868	G	A	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=125;SC=AGGGTCCGGGGCCGTTTGAGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=89649683;WS=89649665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr16	89650371	rs408800	T	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=7;PP=552;SC=CTGGGGCCTCTGGTCCCCCAC;SOR=1.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=89650379;WS=89650361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	89652254	.	T	C	244.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.48;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,7:0.50:14
chr16	89652255	.	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.664;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.83;ReadPosRankSum=1.086;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr16	89653524	.	C	CCCGCCCCATG	2973	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=24;MQ=59.42;NF=0;NR=10;PP=2973;QD=20;SC=AGTCCATGGCCCCGCCCCATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=10;WE=89653532;WS=89653514;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,10:0.33:30
chr16	89653540	.	CCCT	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=8.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=2.609;QD=2.21;ReadPosRankSum=3.435;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr16	89653545	.	AGTCCG	A	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=8.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=2.609;QD=2.21;ReadPosRankSum=3.544;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr16	89653552	.	GGCCCCGCCCCGCC	G	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=8.179;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=2.609;QD=2.21;ReadPosRankSum=3.589;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,5:0.14:37
chr16	89653816	rs74213330	G	A	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.648;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.041;HP=4;HapScore=2;MGOF=82;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=90;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GCGGTTCCCCGTGAGCCGATG;SOR=0.116;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=89653824;WS=89653806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr16	89653999	rs140664874	TTGAG	T	5097.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=30;PP=2107;SC=GAGTGAGCGTTTGAGTGAACC;SOR=0.746;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=38;WE=89654010;WS=89653989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr16	89654123	rs76691791	A	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=0.111;QD=17.41;ReadPosRankSum=-0.057;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	89654124	rs79838180	G	T	452.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=0.173;QD=18.11;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr16	89654130	rs71374184	C	G	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.18;MQRankSum=0.207;QD=21.85;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr16	89656163	rs397564	A	G	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.720;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=149;ReadPosRankSum=0.728;SC=TCGGTTCCCCACCTCTGGCAG;SOR=1.095;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=12;WE=89656171;WS=89656153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr16	89656251	rs464349	T	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=4.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,51:0.46:111
chr16	89696999	rs395593	C	T	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.25;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr16	89703424	rs445537	A	G	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=-1.803;SC=GCATCTCCTCACGTGGGACCT;SOR=0.962;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=17;WE=89703432;WS=89703414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr16	89703519	rs461115	C	T	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=126;ReadPosRankSum=1.363;SC=CTTCCAGCCACGAAGGATGAT;SOR=1.501;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=11;WE=89703527;WS=89703509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr16	89703797	rs34422500	C	T	2453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.271;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=45;PP=1286;ReadPosRankSum=-2.568;SC=TGGTGAGGGCCGAGGGGGCGA;SOR=0.595;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=162;TCF=85;TCR=77;TR=85;WE=89703805;WS=89703787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,117:0.51:228
chr16	89712889	rs460879	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=111;ReadPosRankSum=-1.038;SC=TCCCACAGCACCAGAGCGTGG;SOR=0.538;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=9;WE=89712897;WS=89712879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr16	89713174	rs460984	C	T	3645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.229;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=59;PP=1465;ReadPosRankSum=-0.119;SC=CCCATGGGGCCCCACTCAGCT;SOR=0.855;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=225;TCF=106;TCR=119;TR=103;WE=89713182;WS=89713164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,184:0.48:384
chr16	89717781	rs141950187	AAAAC	A	643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=3;PP=636;SC=TCCGTCTCAAAAAACAAACAA;SOR=2.584;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=14;WE=89717792;WS=89717778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	89717808	.	ACAAAAT	A	150	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=19;MQ=60.6;NF=11;NR=4;PP=150;QD=10.5333333333;SC=AAACAAACAAACAAAATATAT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=15;WE=89717821;WS=89717798;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,15:0.54:28
chr16	89720409	rs258338	T	A	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=42;PP=1195;SC=ACTCACTAGGTTCCTTCTAGA;SOR=1.003;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=69;WE=89720417;WS=89720399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr16	89724572	rs154664	T	C	655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	89735923	rs9937322	G	C	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=4.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=103;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CCTTTGCATGGCACTCGCTAC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=89735931;WS=89735913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr16	89751857	.	CCGCAGTGGGCGGTGGTTTGGGCCCGACCGAGCTGGTCT	C	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.12;ReadPosRankSum=3.659;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,26:0.48:54
chr16	89751895	.	T	C	327	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=20;MQ=59.96;NF=16;NR=6;PP=327;QD=16.4441460249;SC=CGAGCTGGTCTCGCAGTGGGC;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=22;WE=89751903;WS=89751885;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:25,22:0.47:47
chr16	89753031	rs397891	G	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=-0.244;SC=GCTAAGGAGAGGAAGCCCGGG;SOR=0.527;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=11;WE=89753039;WS=89753021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,15:0.52:29
chr16	89753971	rs258325	T	C	3335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=38;PP=1397;SC=GTTGGCCTTTTCTTTTTTGTT;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=73;WE=89753979;WS=89753961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr16	89754255	rs258324	T	G	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=24;PP=622;SC=GGAAAGGGAGTTTGAGACTAG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=40;WE=89754263;WS=89754245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr16	89757199	rs62068364	C	T	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=-1.201;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr16	89758973	rs187282	A	G	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=34;PP=1091;SC=GCTGAGGCCTAACTCTGCTGC;SOR=1.072;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=55;WE=89758981;WS=89758963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	89760492	rs465507	C	G	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.360;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=242;ReadPosRankSum=0.408;SC=TTCCAGGCCACCACAGGCTCT;SOR=1.501;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=14;WE=89760500;WS=89760482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr16	89760552	rs460057	T	C	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr16	89760652	rs2162943	C	T	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.304;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TGAGGAGATACGGTTACCGCT;SOR=0.826;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=32;WE=89760660;WS=89760642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,65:0.45:146
chr16	89760712	rs2115400	G	A	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.728;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=314;ReadPosRankSum=-0.494;SC=CCTGGTTCCTGAGCTCAGCCT;SOR=0.968;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=24;WE=89760720;WS=89760702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,39:0.43:91
chr16	89760959	rs56380063	C	G	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=5.111;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,29:0.45:64
chr16	89763045	rs460367	C	T	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=6;PP=305;SC=GCCGCCTGGGCGGGCTGTCCA;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=89763053;WS=89763035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr16	89763214	rs4247353	T	C	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.149;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=496;ReadPosRankSum=-0.633;SC=AGGGCCGGCGTCCCCGAAGCC;SOR=0.844;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=36;WE=89763222;WS=89763204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr16	89763263	rs462769	T	C	1181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=448;ReadPosRankSum=0.316;SC=GCAGATTGGCTCCAGCAGAGC;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=32;TCR=37;TR=31;WE=89763271;WS=89763253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,61:0.50:122
chr16	89763359	rs3803690	G	C	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=459;ReadPosRankSum=1.692;SC=GGACCCCCAAGTCCTGAGCCC;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=26;WE=89763367;WS=89763349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,31:0.54:57
chr16	89774396	rs1110331	G	A	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=587;ReadPosRankSum=0.787;SC=GGTGTCATCTGAACGAACAGA;SOR=0.473;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=42;WE=89774404;WS=89774386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,70:0.53:132
chr16	89774411	rs11860230	T	C	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=38;PP=1257;SC=AACAGAAGGATACCCCCGGCC;SOR=0.961;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=63;WE=89774419;WS=89774401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr16	89775422	rs59660050	C	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.563;NF=9;NR=14;PP=376;ReadPosRankSum=0.618;SC=CTGAGCCACCCCTTATACCCC;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=23;WE=89775437;WS=89775412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr16	89775429	rs143353176	C	CCCCG	1506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=17;PP=892;SC=ACCCCTTATACCCCGCCCACC;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=17;WE=89775437;WS=89775412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr16	89777123	rs148694296	C	T	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=895;ReadPosRankSum=2.321;SC=AACGAGCTGTCCTTGTCTGGC;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=49;TCR=79;TR=57;WE=89777131;WS=89777113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,112:0.46:242
chr16	89777761	rs12920315	C	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.959;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=505;ReadPosRankSum=0.140;SC=CCAGGCTGGTCACGAGTGACA;SOR=0.878;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=41;WE=89777769;WS=89777751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,68:0.41:167
chr16	89778202	rs376041423	G	GCC	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=1.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr16	89778219	rs28588261	A	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=-1.141;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr16	89778224	rs7206836	G	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=6;PP=366;SC=GGCCCACCCAGGCGGCTCTGA;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=89778232;WS=89778214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr16	89793555	rs2099105	T	C	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=252;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GATGGGGCCATGGTGGGGAGA;SOR=0.818;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=16;WE=89793563;WS=89793545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr16	89795797	rs11640734	C	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=110;ReadPosRankSum=-0.425;SC=TGCTCCAGGGCCTCTCCCCGG;SOR=0.243;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=9;WE=89795805;WS=89795787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr16	89795813	rs34120897	A	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.355;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
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chr16	89800529	rs9935559	C	T	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.608;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:109,90:0.45:199
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chr16	89804335	rs17233826	CT	C	4863.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.380;NF=37;NR=64;PP=2966;ReadPosRankSum=1.635;SC=TCAGGACCCCCTCCCAGGGCT;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=75;TCR=132;TR=101;WE=89804343;WS=89804325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,207:0.47:439
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chr16	89805914	rs9282681	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.359;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=5;PP=327;ReadPosRankSum=-0.908;SC=AGCAGCCTGGTGTGCTGATCC;SOR=1.652;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=22;WE=89805922;WS=89805904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,30:0.53:57
chr16	89806063	rs1061647	G	C	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.044;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=388;ReadPosRankSum=-0.024;SC=GGGAGGCCTGGCTGTGGGGAT;SOR=1.589;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=22;WE=89806071;WS=89806053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
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chr16	89806347	rs7195906	A	T	1943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.67;ReadPosRankSum=-1.301;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,52:0.47:110
chr16	89807131	rs11649162	C	A	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.840;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.132;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr16	89807233	rs11649210	C	G	1520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=19;PP=542;ReadPosRankSum=0.106;SC=GATGTGACGACAGCAGGCCCA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=37;TCR=40;TR=37;WE=89807241;WS=89807223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,79:0.47:167
chr16	89809171	rs34420680	C	T	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.607;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=16;PP=603;ReadPosRankSum=-0.044;SC=ACCAAGCTTGCGAGAAAATAA;SOR=0.787;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=41;WE=89809179;WS=89809161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,72:0.43:167
chr16	89809319	rs1800358	T	C	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=23;PP=398;ReadPosRankSum=-1.033;SC=GGTTGGGTGCTGGGGAGGCAG;SOR=0.752;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=34;WE=89809327;WS=89809309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,53:0.56:94
chr16	89811196	rs9923733	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.391;NF=11;NR=2;PP=649;ReadPosRankSum=1.360;SC=TCCCCAGTAGTTGGGATTACA;SOR=0.395;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=13;WE=89811217;WS=89811187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
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chr16	89811546	rs2074904	A	G	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=19;PP=397;ReadPosRankSum=0.015;SC=TGCCCCAGCCATGACAAGCCC;SOR=0.412;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=31;WE=89811554;WS=89811536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
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chr16	89813194	rs1800355	C	T	1156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.600;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=1.131;SC=GATCCACCCACGGCGTTCTGA;SOR=0.774;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=27;WE=89813202;WS=89813179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,64:0.40:159
chr16	89815027	rs145051641	A	T	2484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.210;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=921;ReadPosRankSum=2.035;SC=CGCCACAGGCACTGACAGATC;SOR=0.848;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=60;WE=89815035;WS=89815017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,123:0.53:233
chr16	89815152	rs17233497	G	A	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=3.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,74:0.55:135
chr16	89816314	rs17227064	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-1.691;SC=CCATCTCCTGAAAAAGAGCAG;SOR=0.941;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=5;WE=89816322;WS=89816304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr16	89816333	rs17227057	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=43;ReadPosRankSum=-1.400;SC=AGTATGCTGGCACAGGAAGGC;SOR=0.948;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=5;WE=89816341;WS=89816323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr16	89816367	rs1800344	T	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.057;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=-1.912;SC=GCCCAGCCAGTCGGGGACCCA;SOR=1.302;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=4;WE=89816375;WS=89816357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr16	89816424	rs17233448	G	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=47;ReadPosRankSum=-1.501;SC=AGGGCAAGAAGGAACAAGTGG;SOR=0.307;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=89816432;WS=89816414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr16	89825065	rs17226980	G	A	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=834;ReadPosRankSum=2.609;SC=CTGAAGCCGAGGACTCAGGGA;SOR=0.743;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=126;TCF=51;TCR=75;TR=56;WE=89825073;WS=89825055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,92:0.45:206
chr16	89828437	rs17233253	A	G	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=15;PP=343;ReadPosRankSum=0.345;SC=TTAACTGAGAAAGAGAGCAAG;SOR=0.792;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=24;WE=89828445;WS=89828427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,48:0.55:87
chr16	89828484	rs17226841	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=167;ReadPosRankSum=-0.775;SC=CACAATCCACCGACAGGTTTA;SOR=0.859;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=14;WE=89828492;WS=89828474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr16	89829196	rs12598276	G	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=114;ReadPosRankSum=-0.516;SC=ACATCACCATGACCAGCTAAG;SOR=0.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=7;WE=89829204;WS=89829186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr16	89831243	rs11076619	C	A	1940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=1.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.78;ReadPosRankSum=-1.051;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,96:0.53:180
chr16	89831520	rs11076620	A	T	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.636;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=394;ReadPosRankSum=1.543;SC=CGCAAGTTTCACTGTGAGTGG;SOR=1.211;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=24;WE=89831528;WS=89831510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr16	89831558	rs12600151	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=279;ReadPosRankSum=0.741;SC=TGGAAACAGACCATCAACAGC;SOR=2.164;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=19;WE=89831566;WS=89831548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr16	89831630	rs12600047	G	A	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.787;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-1.826;SC=CGCAATACACGACCCCACGTT;SOR=2.799;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=8;WE=89831638;WS=89831620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr16	89836323	rs7195066	C	T	1883.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.195;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=22;PP=726;ReadPosRankSum=-0.194;SC=AAGGCCAGCACCAGGTGCAGG;SOR=0.794;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=50;WE=89836331;WS=89836313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,93:0.55:169
chr16	89836507	rs7200990	T	C	4623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=58;PP=2123;SC=TGAAGACGAATTGAGAAGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=56;TCR=58;TR=114;WE=89836515;WS=89836497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr16	89836865	rs886951	A	G	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.70;ReadPosRankSum=-0.691;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr16	89836872	rs886950	T	C	434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.88;ReadPosRankSum=1.979;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr16	89837951	rs11076622	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=78;ReadPosRankSum=-0.474;SC=CACCGCTGCCTGGCCCTGGAA;SOR=1.022;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=8;WE=89837959;WS=89837941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr16	89839637	rs1800339	C	A	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=83;ReadPosRankSum=-0.723;SC=CAACCACAGGCTGCACACATG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=89839645;WS=89839627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr16	89839766	rs17232910	G	C	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=492;ReadPosRankSum=1.295;SC=GCAGAGTTGGGTTCTGCCCTC;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=34;WE=89839774;WS=89839756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,58:0.52:112
chr16	89839854	rs17226519	T	C	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.686;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=485;ReadPosRankSum=1.857;SC=ACTGCAAAAATAGAAACTTCA;SOR=0.918;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=28;WE=89839862;WS=89839844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,38:0.39:97
chr16	89839976	rs17226512	T	C	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=110;ReadPosRankSum=-1.221;SC=GGATGCCACATCGAAAATTAC;SOR=0.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=6;WE=89839984;WS=89839966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr16	89845110	rs7187436	A	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.62;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr16	89845110	.	AT	TC	320	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=6;NR=3;PP=320;QD=41.4964305402;SC=ATAAAACACAATAGTGGTCTA;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=9;WE=89845119;WS=89845100;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr16	89845111	rs11642010	T	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.30;ReadPosRankSum=-1.672;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr16	89845178	rs36204974	T	TAC	1458.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=763;ReadPosRankSum=-0.069;SC=AACCTGGAAGTAGTCATCCCC;SOR=1.011;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=18;WE=89845186;WS=89845168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,38:0.46:83
chr16	89845194	rs1800337	A	G	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=2.566;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.082;QD=16.50;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,47:0.47:100
chr16	89845287	rs2302162	A	G	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.698;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.09;MQRankSum=0.991;NF=15;NR=20;PP=487;ReadPosRankSum=0.593;SC=CCTGTGAGAGACTGACAAGGA;SOR=0.796;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=35;WE=89845295;WS=89845277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,58:0.51:113
chr16	89846195	rs1800335	A	G	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=26;ReadPosRankSum=0.674;SC=GCATCAGAGCAGAGTCTGCAC;SOR=0.223;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=89846203;WS=89846185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,4:0.50:8
chr16	89849480	rs2239359	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr16	89851179	rs17232630	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=284;ReadPosRankSum=1.753;SC=CTGCAGGAGGCTCTTGGGGAG;SOR=0.346;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=20;WE=89851187;WS=89851169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,24:0.49:49
chr16	89857935	rs11646374	G	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=20;PP=332;ReadPosRankSum=-0.745;SC=CATCAAACGCGCCACCCAGTC;SOR=0.839;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=56;TCF=14;TCR=42;TR=26;WE=89857943;WS=89857925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr16	89858417	rs1800331	C	A	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=35;PP=1204;ReadPosRankSum=0.413;SC=GAACCTCCTGCGTTTCCAGAA;SOR=0.705;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=157;TCF=89;TCR=68;TR=84;WE=89858425;WS=89858407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,122:0.53:232
chr16	89858525	rs1800287	C	G	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=2.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.108;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,92:0.50:183
chr16	89859015	rs35617323	GT	G	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=236;ReadPosRankSum=1.597;SC=GTGGGTTTTTGTTAAGGACCA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=8;WE=89859023;WS=89859005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr16	89859035	rs17232533	G	A	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=102;ReadPosRankSum=2.085;SC=AGCCCCACAGGGTCGGTGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=8;WE=89859043;WS=89859025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr16	89862434	rs11648881	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.073;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=206;ReadPosRankSum=-0.914;SC=AACCTGCCAATGCAGCAGAAA;SOR=0.936;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=18;WE=89862442;WS=89862424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr16	89866043	rs7190823	T	C	5574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr16	89866160	rs7186192	A	G	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=30;PP=847;SC=ACGGCACTTCAGGAGGCCGAG;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=89866168;WS=89866150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr16	89869761	rs1800286	T	C	5165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=68;PP=2414;SC=TGAAAAACCATAAAACCAAAG;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=130;WE=89869769;WS=89869751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr16	89869889	rs55684453	T	TGA	1164.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=676;ReadPosRankSum=-0.021;SC=GCTCCTAACCTGAGGAACGCT;SOR=0.342;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=0;TCR=38;TR=17;WE=89869897;WS=89869879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,33:0.52:63
chr16	89871879	rs34937702	AT	A	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=102;ReadPosRankSum=-0.759;SC=ATATGTCCCAATTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=9;WE=89871887;WS=89871869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr16	89874559	rs11076627	A	C	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=4.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.673;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=237;ReadPosRankSum=0.344;SC=CTAGTCTAGTATAAATATGCA;SOR=2.749;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=12;WE=89874567;WS=89874549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,12:0.38:32
chr16	89874628	rs1800285	C	T	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr16	89877269	rs2074963	T	C	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.032;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=34;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.638;SC=ACTAAAGCTATGTCCTATTTT;SOR=0.918;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=90;TCR=54;TR=93;WE=89877277;WS=89877259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,124:0.55:225
chr16	89877630	rs12935638	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=7;PP=131;ReadPosRankSum=-0.584;SC=GGAAAAACATGAGATAAAAAT;SOR=0.473;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=89877638;WS=89877620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr16	89882807	rs78004870	G	T	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.113;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.027;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=4;PP=106;ReadPosRankSum=-0.647;SC=CCAGCCGGGCGCCCACCCCGC;SOR=0.307;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=8;WE=89882815;WS=89882797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr16	89882826	rs72631431	C	T	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=5;PP=109;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GCACAGCCCCCCGGGCGCGGC;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=9;WE=89882834;WS=89882816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr16	89895000	rs371843292	A	G	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.044;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.66;ReadPosRankSum=1.913;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr16	89902482	rs12598477	T	C	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=3;PP=501;SC=GTTTAGGAGGTTAAGGCAGGA;SOR=2.226;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=22;WE=89902490;WS=89902472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr16	89902766	rs57792540	A	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=13;PP=264;ReadPosRankSum=-0.046;SC=GATTCTGCCGACTGCAGCGGA;SOR=0.681;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=18;WE=89902774;WS=89902756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr16	89912000	rs62056069	C	T	1565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.341;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,77:0.55:140
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chr16	89916879	rs146569219	C	CGAG	3437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.588;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=36;PP=1768;ReadPosRankSum=0.869;SC=ACGGGGGTCCCGAGGAGGAGG;SOR=0.898;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=104;TCF=11;TCR=93;TR=39;WE=89916889;WS=89916869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,90:0.48:187
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chr16	89921117	rs34688108	G	A	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.55;ReadPosRankSum=2.014;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
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chr16	89922485	rs1105691	T	C	1367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-1.600;QD=10.13;ReadPosRankSum=-2.298;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,73:0.54:135
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chr16	89925017	rs12932452	G	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=50;ReadPosRankSum=0.312;SC=AGCAATTGCGGTGTCTCCTGT;SOR=0.631;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=89925025;WS=89925007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr16	89927265	rs11641897	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=1.530;SC=CCCACCTTCCCGCCGCCAGCC;SOR=1.022;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=31;TCF=13;TCR=18;TR=16;WE=89927273;WS=89927255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr16	89930087	rs62056090	T	A	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.004;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=695;ReadPosRankSum=0.149;SC=AGAGGGCCAGTTCCCAGGACT;SOR=1.056;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=40;WE=89930095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr16	89930414	rs62056091	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=559;ReadPosRankSum=-0.682;SC=TGGTTAGTACGAATGAGGAGT;SOR=0.551;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=12;WE=89930434;WS=89930404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr16	89930426	rs62056092	A	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=557;ReadPosRankSum=0.173;SC=ATGAGGAGTTAAATTTTAAAT;SOR=0.569;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=12;WE=89930434;WS=89930404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr16	89944842	rs34120033	ATT	A	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.327;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr16	89950901	rs62052174	G	A	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=434;SC=GGCTGCTTAGGTGAGGGTGGA;SOR=1.828;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=89950909;WS=89950891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr16	89951163	rs35381891	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=17;PP=543;SC=TCTCCCTCTGTCTGACGCCCT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=89951171;WS=89951153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr16	89952385	.	C	CGCCCTTCTCTGTGGCT	1933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=30;PP=1098;SC=GTGTGGCCCCCGCCCTTCTCT;SOR=1.519;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=34;WE=89952393;WS=89952375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	89954138	rs9922515	G	C	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=31;PP=1102;SC=AAGGTCCACAGTGAGCTGCAT;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=89954146;WS=89954128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr16	89955677	rs139393946	G	A	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=65;ReadPosRankSum=-2.376;SC=TTTTGAACTCGTGGCCTCAAG;SOR=0.368;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=6;WE=89955685;WS=89955667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr16	89958538	rs11647174	G	A	2559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=920;ReadPosRankSum=-1.129;SC=GGATCAGGCAGCCAAGCCTTG;SOR=0.790;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=62;TCR=66;TR=67;WE=89958546;WS=89958528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,128:0.57:224
chr16	89961593	rs7186976	A	G	4769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.36;SOR=1.274;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr16	89961597	rs7191836	T	C	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr16	89961661	rs7184960	G	A	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=30;PP=765;SC=CAGCTTTATTGAGATACAACC;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=89961669;WS=89961651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr16	89962394	rs2293586	A	G	6436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=79;PP=2669;SC=CCCTGTGCCCACAGAGAGAGC;SOR=0.848;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=142;WE=89962402;WS=89962384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr16	89965055	rs11648433	G	A	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=37;PP=1396;ReadPosRankSum=0.945;SC=AGCTCATCCTGAGGTGAGTGT;SOR=0.774;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=215;TCF=129;TCR=86;TR=99;WE=89965063;WS=89965045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,160:0.51:313
chr16	89966921	rs62052183	C	A	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=2;PP=427;SC=GAGGCCCTTGCGTTGCCTGCA;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=89966929;WS=89966911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr16	89967217	rs62052184	T	C	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=31;PP=652;SC=GTGAGCGCTGTGTCTCGCCTG;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=89967225;WS=89967207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr16	89970737	rs144740381	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.764;NF=2;NR=22;PP=417;ReadPosRankSum=-2.982;SC=CTGTGGTGGCGGCCTCGGGGA;SOR=0.747;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=70;TCF=13;TCR=57;TR=24;WE=89970745;WS=89970727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,30:0.38:78
chr16	89970753	rs79597287	A	AT	1263.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=32;PP=1312;SC=GGGGACTGTCATTTGACATGG;SOR=2.461;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=32;WE=89970761;WS=89970743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	89971536	rs75862008	G	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr16	89972532	rs11862382	A	C	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr16	89973782	.	AGT	TCC	2638	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=75;MMLQ=29;MQ=55.11;NF=0;NR=26;PP=2638;QD=20;SC=CCCTCCTCCCAGTTCCCAGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=26;WE=89973804;WS=89973772;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,26:0.87:30
chr16	89973795	.	CA	TG	1487	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=75;MMLQ=28;MQ=54.11;NF=0;NR=23;PP=1487;QD=66.9768641244;SC=TCCCAGCTCCCAGCTCCCACC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=23;WE=89973804;WS=89973772;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr16	89973829	.	CCAGCTCCCACCTAG	C	117	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.14;QD=29.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr16	89975496	rs57940434	G	A	2536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=43;PP=1305;SC=TGGCAGGTGCGAGTGACACAG;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=89975504;WS=89975486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr16	89975555	rs62052189	G	C	2083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=27;PP=898;SC=ATTTTAGAATGTAGAAATAAA;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=89975563;WS=89975545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr16	89975572	rs57492102	A	G	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=26;PP=747;SC=TAAACATAAAATCAAAACTGC;SOR=1.559;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=89975580;WS=89975562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr16	89975638	rs1137042	A	G	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.36;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	89977604	rs17850490	G	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=364;ReadPosRankSum=0.850;SC=ACCTGGAGGCGCCGCACGAGG;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=30;WE=89977612;WS=89977594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,44:0.46:95
chr16	89981345	.	TTG	T	1098	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.08;NF=16;NR=10;PP=1098;QD=42.6538461538;SC=GGGTGCACATTTGTGTGTGTG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=26;WE=89981354;WS=89981335;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,26:0.90:29
chr16	89981396	rs62636532	T	C	851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.675;NF=16;NR=12;PP=308;ReadPosRankSum=0.480;SC=TGTGTGTGTGTGCCTGTGTGT;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=28;WE=89981408;WS=89981371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr16	89985940	rs2228479	G	A	4553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=70;PP=1980;ReadPosRankSum=0.863;SC=CGGGAGCAACGTGCTGGAGAC;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=291;TCF=144;TCR=147;TR=137;WE=89985948;WS=89985930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,231:0.48:477
chr16	89986608	rs2228478	A	G	11995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=136;NR=197;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.813;SC=AGGTGCTGACATGCTCCTGGT;SOR=1.040;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=336;TCF=137;TCR=199;TR=333;WE=89986616;WS=89986598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,459:1.00:461
chr16	89987201	rs3212371	A	G	1547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=29;PP=885;SC=CCCTAGTGGTATGGGGCTGAG;SOR=1.238;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=89987209;WS=89987191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr16	89998052	rs57807714	T	C	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.124;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=5;PP=384;ReadPosRankSum=0.098;SC=CCACTTTCATTTCAAAAAGAC;SOR=1.357;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=23;WE=89998060;WS=89998042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,27:0.51:53
chr16	89998930	rs28593634	C	T	972.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=10;PP=583;ReadPosRankSum=0.715;SC=AAGGGCCTGGCTGGGGCTATG;SOR=0.369;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=63;TCF=49;TCR=14;TR=36;WE=89998938;WS=89998920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,47:0.54:87
chr16	89998957	rs2302897	C	T	1787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=994;ReadPosRankSum=-0.305;SC=TGCCGACCCCCCCTCTCCCAC;SOR=0.744;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=102;TCF=68;TCR=34;TR=56;WE=89998965;WS=89998947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,81:0.52:157
chr16	90000686	rs3785416	C	T	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr16	90000925	rs4396536	T	C	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr16	90000962	rs75635769	C	G	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=415;ReadPosRankSum=0.150;SC=TCAGCAGCATCGGCTCAGGGA;SOR=0.972;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=28;WE=90000970;WS=90000952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,35:0.43:82
chr16	90002290	rs1135425	T	C	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.922;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=-1.335;SC=GGAGCCATCTTGCTGCCGACA;SOR=1.609;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=7;WE=90002298;WS=90002280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr16	90020861	rs7195043	C	T	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=16;PP=407;SC=TTCTTCCTGCCGCGTCCTGCG;SOR=1.284;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=24;WE=90020869;WS=90020851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr16	90023901	rs12596872	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=278;ReadPosRankSum=-1.055;SC=TGACTGCCCCCGCCCCCAACC;SOR=0.825;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=20;WE=90023909;WS=90023891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr16	90029660	rs115841388	C	T	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.704;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=212;ReadPosRankSum=0.968;SC=CTCGGCCCTTCGTGGGGAACC;SOR=1.352;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=14;WE=90029668;WS=90029650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr16	90030770	rs56219904	A	G	1698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=30;PP=789;ReadPosRankSum=-2.235;SC=CTGAGGGGGGATTGGCAGGAG;SOR=0.665;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=55;TCR=77;TR=52;WE=90030778;WS=90030759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,89:0.44:202
chr16	90037828	rs4785755	G	A	5576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=86;NR=63;PP=2712;SC=CAGCATTTCTGTGTACATGTC;SOR=0.861;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=86;TCR=65;TR=149;WE=90037836;WS=90037818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr16	90050880	rs4785759	A	C	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=16;PP=798;SC=GCCCCTGTTTACTGTTGAATA;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=41;WE=90050888;WS=90050870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	90075100	rs11642185	C	G	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-0.746;QD=17.30;ReadPosRankSum=0.861;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr16	90075412	rs2241084	T	C	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=166;SC=GGAGAGAGTGTGCTGTGTCCT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=90075420;WS=90075402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr16	90093969	rs3743829	T	C	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=1.678;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.368;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,54:0.56:97
chr16	90094195	rs3743827	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=-2.384;SC=CAGGGTGCCTACGCCGAGTGT;SOR=0.216;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=15;WE=90094203;WS=90094185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr16	90094214	rs3743826	C	T	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=152;ReadPosRankSum=-1.151;SC=GTCCATCTTGCCATGTGGATC;SOR=1.204;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=11;WE=90094222;WS=90094204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,12:0.44:27
chr16	90095277	rs7191175	T	A	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=51;ReadPosRankSum=0.041;SC=TGAAAGAGTCTCATGACCTGA;SOR=0.321;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=6;WE=90095285;WS=90095267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr16	90095561	rs3785183	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.14;MQRankSum=4.052;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.664;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr16	90095597	rs71137702	T	TGGGGCAGCCTACGGGGCAGGCTGC	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=6.704;NF=5;NR=9;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GGGCAGGCTATGGGGCAGCCT;SOR=0.946;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=14;WE=90095605;WS=90095587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,17:0.29:59
chr16	90099061	rs4324129	C	T	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.886;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=464;ReadPosRankSum=-2.008;SC=ACCAGGTGTGCACAGGTACGG;SOR=0.588;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=35;WE=90099069;WS=90099051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,45:0.56:81
chr16	90102835	rs868045	A	G	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.583;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=8;PP=812;ReadPosRankSum=-0.506;SC=TGAGGGACGAACTCGACTTGC;SOR=1.448;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=96;TCF=72;TCR=24;TR=44;WE=90102843;WS=90102825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,61:0.42:144
chr16	90103087	rs4464078	C	T	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=43;PP=1000;ReadPosRankSum=1.235;SC=AGCTCTCCACCCCAACACACC;SOR=0.817;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=114;TCF=34;TCR=80;TR=58;WE=90103095;WS=90103077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,92:0.53:175
chr16	90103117	rs7498985	G	A	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=597;ReadPosRankSum=2.133;SC=TTATAAGATTGTTTGACAATG;SOR=0.684;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=23;TCR=52;TR=39;WE=90103125;WS=90103107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,61:0.45:135
chr16	90103246	rs4374173	C	G	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=1.872;SC=GAAGTGTGTTCTGGTTTGTAA;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=9;WE=90103254;WS=90103236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr16	90104019	rs2241036	G	A	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=137;ReadPosRankSum=-0.824;SC=CGTGCTACCGGCCGGCCTTGG;SOR=0.948;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=12;WE=90104027;WS=90104009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr16	90108832	rs2241035	C	T	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.954;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=39;PP=1032;ReadPosRankSum=-0.349;SC=CCCGTTGCCTCGGCCAAAAGA;SOR=0.888;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=61;TCR=68;TR=71;WE=90108840;WS=90108822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,121:0.54:225
chr16	90109711	rs3743825	A	G	1356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.994;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=31;PP=725;ReadPosRankSum=-2.695;SC=TCGGACAGACACTGGGCCAGG;SOR=0.982;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=50;WE=90109719;WS=90109701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,70:0.49:143
chr16	90110798	rs74583214	C	T	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=168;ReadPosRankSum=0.251;SC=TACCTGCCACCGCCCAGGACC;SOR=1.108;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=13;WE=90110806;WS=90110788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr16	90128224	rs2077426	C	G	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=18;PP=1024;SC=CAGAGCTAACCATGTTATCCC;SOR=1.410;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=53;WE=90128232;WS=90128214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr16	90133137	rs16966444	G	T	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=17;PP=1879;SC=AATGATGATGGCAGACACTGC;SOR=2.127;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=75;TCR=17;TR=91;WE=90133145;WS=90133127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr16	90141355	rs12925933	A	C	5146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=56;PP=2289;SC=CTTCATCGGAATCTTCTGTGT;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=119;WE=90141363;WS=90141345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr16	90141477	rs7196459	T	G	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=53;PP=1668;SC=AGAGCTGGGATGAGGAACAAA;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=90141485;WS=90141467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr16	90142087	rs35256427	G	A	7076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=69;PP=2965;SC=CAGAGCAGTCGCTGATGCTAG;SOR=1.294;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=130;TCR=69;TR=198;WE=90142095;WS=90142077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr16	90161065	rs8051193	A	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.883;NF=6;NR=2;PP=62;ReadPosRankSum=-0.769;SC=GCGGGCGAGGACTGGGGTGCG;SOR=0.495;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=8;WE=90161073;WS=90161055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,11:0.26:42
chr16	90161164	rs8049480	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.96;MQRankSum=-7.364;QD=2.76;ReadPosRankSum=-0.817;SOR=1.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,10:0.14:73
chr16	90161167	.	CT	TG	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.620;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=5.129;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.19;MQRankSum=-7.735;QD=2.93;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,10:0.14:71
chr16	90161292	rs6500468	G	C	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.564;NF=3;NR=6;PP=128;ReadPosRankSum=0.080;SC=TGGCTATTGCGTTTCCTGAGA;SOR=0.495;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=9;WE=90161300;WS=90161282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr17	6115	rs61739713	G	C	5856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=57;PP=1523;SC=TGTACTTGAGGGAGATGAGGA;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=49;TCR=57;TR=106;WE=6123;WS=6105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	6157	rs2294076	A	G	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=47;PP=1388;SC=ACTTGTCTTCAGTCTTGTCCA;SOR=1.011;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=6165;WS=6147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	11743	rs34663111	A	G	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=84;SC=CAAGCCCCCAAGCTGGAGTTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=11751;WS=11733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	11830	rs62054999	A	G	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=5;PP=461;SC=GGGTGGGAGTAGGGGTTGGGG;SOR=2.376;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=11838;WS=11820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	13905	rs6565705	G	A	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=0.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	14008	rs2294075	G	C	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=30;PP=991;SC=GGGCAGAGAAGAGCAAACGGT;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=14016;WS=13998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	22211	rs2294074	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=197;SC=CCCACACAGCGCAGACATCCA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=22219;WS=22201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	65610	rs62057050	G	T	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.82;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	131709	rs11150871	A	G	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=25;PP=788;SC=CGAGGGGCTCAGACAACTGTA;SOR=0.971;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=44;TCF=19;TCR=25;TR=43;WE=131717;WS=131699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	131756	rs12451279	T	G	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=565;ReadPosRankSum=-0.560;SC=GGAGCGTCTCTTGCTTCAGGA;SOR=0.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=131764;WS=131746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr17	171366	.	A	ACAGAGATGGCCCAGGTGGCAACAGAGATGGCCCAGGTGGCAG	336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.05;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	177355	rs113478803	G	C	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=27;PP=813;SC=ACCCGGCTGGGGGTGGGGAGT;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=42;WE=177363;WS=177345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	177470	rs72806076	A	T	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=314;SC=CACCATCTCCATGCACGATCC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=177478;WS=177460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	181474	rs12953074	T	C	5338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=37;PP=1771;SC=GAGGGCCTCATCAGCCGACCC;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=94;WE=181482;WS=181464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	182727	rs4074370	T	A	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.954;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=19;PP=1670;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ACCCGAGGGGTACAGGGAACG;SOR=1.594;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=79;WE=182735;WS=182717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr17	182990	.	A	C	1380	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=20;MQ=56.12;NF=25;NR=51;PP=1380;QD=18.6154106914;SC=GACACAGAGAAGGCCATTAGA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=76;WE=182998;WS=182980;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,76:0.94:81
chr17	260142	rs7503725	G	T	188.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=3;PP=111;SC=CCATGGAGACGCGTGGCCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=260150;WS=260132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	260182	rs7502594	T	C	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	263264	.	GGCCCTCAAGGGCTTCCACCCCGACCCCGAC	G	248.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.814;SOR=0.191;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	263294	.	C	G	433	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=50.02;NF=3;NR=15;PP=433;QD=25.987289586;SC=CCGACCCCGACGCCCTCAAGG;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=263302;WS=263284;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	263606	rs180817296	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=3.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.21;MQRankSum=1.372;QD=1.82;ReadPosRankSum=-2.886;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr17	295585	.	T	TA	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.31;ReadPosRankSum=2.761;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,13:0.27:48
chr17	295777	rs9902142	C	T	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=397;SC=CGGGCCATTTCTTTTATTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=295785;WS=295767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	423051	rs2034088	T	C	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=33;PP=1050;SC=GTGGACCAAATGTCCCGGCAC;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=71;WE=423059;WS=423041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	440108	rs11653961	A	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=362;SC=GTGTGTGGGGAGGTGTCGGTA;SOR=3.611;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=16;WE=440116;WS=440106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	489431	rs2304951	A	C	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=14;PP=892;SC=CCCCGGAAGGAGCTGTGCGCT;SOR=1.571;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=489439;WS=489421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	505129	rs61644407	A	C	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	505162	rs4968055	A	G	2486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=34;PP=1020;SC=GAGAAAGAGAAGTGTTTTCTG;SOR=0.842;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=62;WE=505170;WS=505152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	505250	rs4968092	A	G	392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=11;PP=278;SC=GCTATCTGATAAAGAAGAACT;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=505258;WS=505240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	565264	rs140113256	AT	A	703.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.72;NF=0;NR=19;PP=662;SC=TATGCCAACAATTTTTCTGGA;SOR=2.468;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=19;WE=565272;WS=565254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	618039	rs2474694	G	A	3764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=82;PP=2525;SC=ACTCCCTCGCGGCAGCGACCT;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=34;TCR=82;TR=116;WE=618047;WS=618029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	618100	rs2955626	C	G	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=31;PP=871;SC=GCACTTCCGGCAGGCCAGGGC;SOR=2.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=36;WE=618108;WS=618090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	648186	rs7813	G	A	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=10;PP=565;SC=TTTAAGAAGCGCTGCTCGTGT;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=648194;WS=648176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	648498	rs2740349	C	T	2927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=41;PP=1474;SC=GGAAGCCAATCACGACAGCTA;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=73;WE=648506;WS=648488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	649547	rs910925	G	C	5600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=55;PP=2498;SC=GAGAATCTGGGCCAGGAACTT;SOR=0.933;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=80;TCR=56;TR=133;WE=649555;WS=649537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	649935	rs2740348	G	C	6693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=83;PP=2965;SC=AAGTCTGGCTGTCGGAAGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=88;TCR=83;TR=170;WE=649943;WS=649925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr17	650206	rs3744742	C	T	4393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=48;PP=2209;SC=GGTAGAGCGTCGCGTTCTGGC;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=104;WE=650214;WS=650196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	673895	rs2644706	C	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=13;PP=333;SC=CTAGTCCACACTTTCCTGTGT;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=673903;WS=673885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	684157	.	CTT	C	55.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=0.967;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.431;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr17	685640	rs2273454	G	T	6470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=86;PP=2965;SC=GGTGAGACCCGCGAGGTTTGT;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=159;TCF=73;TCR=86;TR=159;WE=685648;WS=685630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	686296	rs34512506	GT	G	67.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.180;NF=5;NR=2;PP=71;ReadPosRankSum=-1.465;SC=ATAGTTACCTGTTTTTTTTTT;SOR=0.527;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=686304;WS=686286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr17	686589	rs35144249	C	CT	366.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.066;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr17	767362	.	AC	GG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=20;NF=20;NR=20;PP=2944;QD=20;SC=ACCGTTGCTCACTTCCGGTGA;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=40;WS=767305;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:82,40:0.33:122
chr17	767377	.	G	GCACGTTTACCATTGCTCACTTCCGGTGAAGGGGCACGTTTACCATTGCTCACTTCCGGTGAAGGGGCACGTTTACCATTGCTCGGTCCCACGTTTACCGTTGCTCGGTTCCGGTGAAGGGA	9327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.02;QD=67.11;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,138:0.99:139
chr17	799933	rs2467248	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=2.137;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	800050	rs7207312	C	G	3052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=65;PP=2574;SC=GACACTTGAACCTCTGCAGAT;SOR=2.527;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=60;TCR=65;TR=124;WE=800058;WS=800040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	910636	rs2586304	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=282;SC=CGCTGTGGGAACTCCTGAAGG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=910644;WS=910626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	912914	rs12600864	G	A	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	915368	rs333652	A	G	5528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=75;PP=2965;SC=AGGGCAGAGAAAGAGGCCACC;SOR=0.820;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=137;WE=915376;WS=915358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	916446	rs9894835	G	A	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=49;PP=1619;SC=CCAGCTCGGAGGCCAAGCCAG;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=35;TCR=49;TR=84;WE=916454;WS=916436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	916466	rs4968074	C	T	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=45;PP=1286;SC=GAGATCTCCCCGTGGGTCAGC;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=74;WE=916474;WS=916456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	925742	rs72812091	G	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.90;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	934753	rs201716920	TCAGCCCCCG	T	188.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=2302;SC=CGGGACCCCATCAGCCCCCGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=934769;WS=934743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	960221	rs2304959	C	G	4707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	961149	rs9912632	T	A	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=432;SC=CGCTTAGAAATACAAAAGGCC;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=961157;WS=961139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	961304	rs2260448	C	A	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	961900	rs2304961	G	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.77;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	970251	rs2258097	TG	CA	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=7;PP=795;SC=TACAACTTCCTGCCTCCACCT;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=21;WE=970260;WS=970241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	970413	rs2262150	C	T	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.40;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	976711	rs2258893	T	C	1552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=12;PP=790;SC=CCTGGCGGCATGGATACCGCG;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=976719;WS=976701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	1012447	rs138356399	T	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=600;SC=GACCCGGGACTGCATCCCGGA;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=1012455;WS=1012437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	1264611	rs140254754	TA	T	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.709;QD=1.00;ReadPosRankSum=-2.029;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,15:0.26:57
chr17	1268444	rs35058521	GA	G	2954.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=84;PP=2300;SC=AAGCTACTGCGAAAAAAACAT;SOR=2.565;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=2;TCR=90;TR=86;WE=1268452;WS=1268434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	1326754	.	GA	G	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,25:0.28:89
chr17	1359363	rs2229075	T	G	7031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr17	1370459	rs2302459	T	C	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=10;PP=654;SC=GTGAGGTGCCTGGGCTCTGCC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=1370467;WS=1370449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	1370720	rs2302457	C	T	4365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=62;PP=1982;ReadPosRankSum=-0.229;SC=CCTGGGTGCCCACACAGCCCC;SOR=0.339;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=124;TCF=60;TCR=64;TR=114;WE=1370728;WS=1370710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr17	1371088	rs8069059	T	C	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.81;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	1371123	rs8072859	T	C	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=4;PP=480;SC=TCCCCATCCATGAAAAGGCAC;SOR=1.040;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=1371131;WS=1371113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	1371473	rs8079811	C	G	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=39;PP=1362;SC=GGCTCCGCCCCTGCCCTGACC;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=34;TCR=39;TR=73;WE=1371481;WS=1371463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	1371818	rs8080389	C	T	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	1372987	rs9303175	T	G	5335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=66;PP=2162;SC=TGCTACTGCATCCTTTGGATA;SOR=0.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=113;WE=1372995;WS=1372977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	1373518	rs9905106	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=10;PP=430;SC=CAGGACATTCTGGGGCAGCTG;SOR=0.952;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=26;WE=1373526;WS=1373508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	1373612	rs8081370	C	T	1432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.09;SOR=2.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	1377878	rs2286871	T	C	4955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.47;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	1377884	rs2286872	C	T	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.91;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	1381005	rs2286876	T	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=440;SC=TCACAGGGAGTCTCCACAGAG;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=1381013;WS=1380995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	1381891	rs76826401	G	C	8511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=75;PP=2965;SC=CTTGGGAGCAGTGTGGACCGA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=89;TCR=75;TR=164;WE=1381899;WS=1381881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr17	1384066	rs4790518	A	G	8857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=101;PP=2965;SC=TCTCCTCCTCACCCCCCTCCA;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=205;TCF=104;TCR=101;TR=205;WE=1384074;WS=1384056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,346:1.00:346
chr17	1412455	rs5818804	GC	G	749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=497;SC=GGAACGGTCTGCCAGACCCAG;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=1412463;WS=1412445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	1419853	rs3815465	C	A	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=17;PP=511;SC=CAGCGGGTCCCGGCCAGAGCA;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=1419861;WS=1419843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	1424948	rs2277669	A	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=22;PP=598;SC=ATCTGGAACAAAAAAAGCAGG;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=1424956;WS=1424938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	1480088	rs7222193	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=14;PP=404;SC=TGGTGACCCCGGGCTGCACCG;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=1480096;WS=1480078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	1489088	rs4790208	C	G	5397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=55;PP=2272;SC=GCTCCGGGAGCAGCTGGAGTG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=68;TCR=55;TR=123;WE=1489096;WS=1489078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	1490379	rs143498029	A	ACACTGCGTTTCCCG	1210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=2967;SC=TGCATTTCCCACACTGCGTTT;SOR=1.536;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=11;WE=1490387;WS=1490369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	1490409	rs8078582	T	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.68;QD=27.54;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	1494027	rs4790668	T	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=4;PP=401;SC=TAACACATTCTGGCCGGTGGC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=1494035;WS=1494017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	1516267	rs7214201	A	G	267.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=318;ReadPosRankSum=0.861;SC=CTCCGTCTCAAAAAAAAAAAA;SOR=0.352;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=15;WE=1516275;WS=1516264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,16:0.84:19
chr17	1516480	rs7219369	T	C	2949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=49;PP=1170;SC=TTAAAAAATCTGTACTCACTG;SOR=1.247;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=23;TCR=49;TR=72;WE=1516488;WS=1516470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	1538546	rs4790250	C	T	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=50;PP=1705;SC=ACTGTCCGGCCACCAAGTGGG;SOR=0.734;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=96;WE=1538554;WS=1538536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	1538628	rs3744644	C	G	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=39;PP=1584;SC=CTTCTGCTTCCTCTGGGCCTG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=81;WE=1538636;WS=1538618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	1542153	rs2272012	G	A	3231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=28;PP=1255;SC=AGCAGGCAAGGCCCAGGAAGA;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=1542161;WS=1542143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	1542190	rs2272011	G	A	3491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=43;PP=1374;SC=AAGGCTGCCCGCGATGAGGGC;SOR=0.722;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=86;WE=1542198;WS=1542180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	1550106	rs2293067	C	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=10;PP=619;SC=AGCAGGGTGACGGGCAGAGAA;SOR=1.071;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=1550114;WS=1550096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	1584377	rs111281280	C	CT	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-2.047;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr17	1611433	rs4790809	A	G	2908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=50;PP=1615;ReadPosRankSum=-0.860;SC=GCAAGCAGGCAGAGTTCAGTT;SOR=1.232;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=76;WE=1611441;WS=1611423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,108:0.98:110
chr17	1611545	rs4790810	A	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=17;PP=463;SC=GGTCAGAGGAACCCCATGACC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=1611553;WS=1611535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	1630992	rs9912287	G	A	8333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=126;PP=2965;SC=GCGCGGTGCTGAAGGACATCA;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=234;TCF=107;TCR=127;TR=233;WE=1631000;WS=1630982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr17	1631340	rs35048651	TGAG	T	3258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=24;PP=1885;SC=CAGGGGCTGCTGAGGAGGAGG;SOR=0.832;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=38;WE=1631350;WS=1631330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	1636950	rs11657394	C	A	4468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.992;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=53;PP=2381;ReadPosRankSum=-1.023;SC=GGCACCGGGCCCGAGTGGGAC;SOR=0.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=123;WE=1636958;WS=1636940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,167:0.99:169
chr17	1637302	rs3809872	A	G	9904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=128;PP=2965;SC=TGGCACCCCTAAGCAGCGAGG;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=109;TCR=129;TR=236;WE=1637310;WS=1637292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,373:1.00:373
chr17	1637458	rs8065251	G	A	4347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=64;PP=1798;SC=TTGAGGCCCCGCAGCACGTGG;SOR=1.227;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=91;WE=1637466;WS=1637448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	1639458	rs11549259	A	G	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=18;PP=590;SC=ACACCCGCACAGGCCTGGTTC;SOR=0.869;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=35;WE=1639466;WS=1639448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	1640640	rs62090051	C	G	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=74;NR=31;PP=2187;SC=CCTGCTGAGGCTCTCCTCTCC;SOR=1.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=105;TCF=74;TCR=31;TR=105;WE=1640648;WS=1640630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	1640793	rs8077638	C	T	11235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=116;NR=122;PP=2965;SC=TGTACGGCAGCGAGGTGGTCA;SOR=0.726;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=240;TCF=118;TCR=122;TR=238;WE=1640801;WS=1640783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr17	1641035	rs2287322	A	G	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=851;SC=GCGCGTGTCCACTCACCCTGT;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=1641043;WS=1641025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	1648502	rs2070863	C	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=18;PP=605;SC=GCCCTTGGGCCGGCAGGTACT;SOR=0.841;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=39;WE=1648510;WS=1648492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	1649238	rs35388948	TG	T	7081.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=70;PP=2951;SC=CCAAGAGAGCTGGGAGGCCAG;SOR=0.985;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=14;TCR=71;TR=84;WE=1649246;WS=1649228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	1649259	rs7503952	G	C	6836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.69;SOR=1.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	1649267	rs7501729	A	G	6497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.76;SOR=1.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	1651780	rs2277695	A	G	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=3;PP=904;SC=TGGGTGGGACAGGCAACGGGC;SOR=4.317;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=44;WE=1651788;WS=1651770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	1657899	rs1057355	G	T	3097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=63;PP=1711;SC=CTTTCCAACCGGCTTTGTGGC;SOR=1.697;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=83;TCF=18;TCR=65;TR=81;WE=1657907;WS=1657889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	1674429	rs8074840	T	C	3643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=46;PP=1371;SC=ACACGGTCACTGCCCCCCAGA;SOR=0.735;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=93;WE=1674437;WS=1674419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	1675127	rs4274474	C	T	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=226;SC=TGCTTGTCGTCGAGTCTCATA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=1675146;WS=1675123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	1675138	rs4274475	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=223;SC=GAGTCTCATACGCTAACCTCT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=1675146;WS=1675123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	1675451	rs5008943	T	C	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=10;PP=263;SC=TACTCTGTAGTCCTAACTGGA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=1675459;WS=1675441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	1678256	rs2269344	G	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=253;SC=TCCCTTGAGTGGGGCAATTTT;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=1678264;WS=1678246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	1679793	rs2071021	A	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	1679805	rs2071022	A	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	1680002	rs6828	T	C	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=65;PP=1783;SC=AGCTGAGTTATGAAGGCGAAG;SOR=0.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=111;WE=1680010;WS=1679992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	1684772	rs7224977	T	C	1275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	1686410	rs9902398	T	C	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=14;PP=393;SC=CTCCACCACGTAGAGACTCCT;SOR=0.874;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=24;WE=1686418;WS=1686400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	1686563	rs11078639	C	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=3;PP=252;SC=GTTTACAGAGCGGGGGGTAAC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=1686571;WS=1686553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	1687796	rs3815612	A	G	927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=554;SC=TGCCAGGGTCAGTTATCAACA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=1687804;WS=1687786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	1690303	rs34115092	AAG	A	1597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=30;PP=1413;SC=TATTGAAAGCAAGAGAGAGTC;SOR=1.788;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=30;WE=1690312;WS=1690293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	1690752	rs11549830	G	A	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=15;PP=670;SC=TTTCTAATCCGCTGTGACGCC;SOR=0.952;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=1690760;WS=1690742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	1748028	rs4790827	A	G	1569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=31;PP=940;SC=GAATGGGAACAAATTTAGGAA;SOR=1.316;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=46;WE=1748036;WS=1748018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	1756351	rs2287321	A	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.86;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	1761423	.	T	C	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.154;ClippingRankSum=0.000;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=17.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQRankSum=-10.594;QD=2.28;ReadPosRankSum=-3.422;SOR=2.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:205,25:0.11:230
chr17	1761425	.	C	A	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=21.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.21;MQRankSum=-11.206;QD=2.60;ReadPosRankSum=-3.958;SOR=2.475;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:206,28:0.12:234
chr17	1761428	.	G	T	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=24.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-12.135;QD=2.60;ReadPosRankSum=-3.478;SOR=2.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:221,31:0.12:252
chr17	1761431	rs3809874	T	C	7799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=107;NR=83;PP=2965;SC=TTTCCTAGGTTCCACATCAAG;SOR=0.959;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=108;TCR=86;TR=190;WE=1761439;WS=1761421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr17	1761436	.	A	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=21.043;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.07;MQRankSum=-12.723;QD=4.07;ReadPosRankSum=-3.093;SOR=2.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,38:0.14:281
chr17	1761445	.	C	T	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=9.422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.78;MQRankSum=-13.914;QD=3.88;ReadPosRankSum=-2.813;SOR=1.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,47:0.15:306
chr17	1761447	.	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=9.371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-13.606;QD=3.80;ReadPosRankSum=-2.111;SOR=1.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:266,47:0.15:313
chr17	1761457	.	C	T	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=9.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.53;MQRankSum=-13.643;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,48:0.15:313
chr17	1761482	.	C	T	103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.29;MQRankSum=-12.569;QD=0.33;ReadPosRankSum=2.601;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,42:0.13:312
chr17	1778911	rs66498893	GTAGAA	G	2535.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=9;PP=1400;SC=AAAAAGCTAAGTAGAATAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=26;WE=1778923;WS=1778901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	1779216	rs375500915	CT	C	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr17	1782957	rs2230930	C	T	3995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=56;PP=1756;ReadPosRankSum=0.787;SC=TGGACACATCCGGGAAGGTGG;SOR=0.980;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=39;TCR=57;TR=94;WE=1782968;WS=1782945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,156:0.99:158
chr17	1792174	rs2270412	G	A	4467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=40;NR=48;PP=1580;SC=TGAGAACCACGGTTGTGTTCA;SOR=0.825;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=88;WE=1792182;WS=1792164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	1800217	rs7406062	G	C	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=501;SC=ACATTCAGGAGGAGGCTGTCA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=1800225;WS=1800207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	1839674	rs9902457	G	C	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	1840468	rs9903800	C	T	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=47;NR=40;PP=1528;SC=GGTCGTGGAACGCCTTGTGGT;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=47;TCR=40;TR=87;WE=1840476;WS=1840458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	1943880	rs35394823	C	G	12290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.24;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	1943888	rs2236375	T	C	11669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=0.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	1945041	rs7216804	A	G	4308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=46;PP=1938;SC=GCGAGACCCTAACCAAAGTCT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=97;WE=1945049;WS=1945031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	1945225	rs869020	T	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=15;PP=378;SC=TGGGAACGCCTTGGCGCTCCG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=1945233;WS=1945215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	1945621	rs2015866	G	T	3311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=28.997;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.08;ReadPosRankSum=1.048;SOR=1.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,144:0.96:150
chr17	1945795	rs146098354	C	CCTCT	1609.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.35;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	1960377	rs147657937	G	A	2068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=27;PP=779;SC=AACGCCTCAAGCGCCACGGCA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=1960385;WS=1960367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	1964759	.	C	CGG	665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.16;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	1965085	rs7214308	C	T	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=230;SC=CGGGGACCCTCCCCTGCTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=1965104;WS=1965075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	1965096	rs12939002	C	T	254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=139;SC=CCCTGCTGGCCTAGAGAGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=1965104;WS=1965075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	1968983	rs2232486	T	C	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=41;PP=1483;SC=ACTGATGAGATAGAGCCCCAC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=32;TCR=41;TR=73;WE=1968991;WS=1968973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	1985050	rs8076897	T	C	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=668;SC=CATCCTCTCATGCCCTAGACA;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=1985058;WS=1985040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	2091765	rs903160	C	T	7590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=90;PP=2965;SC=CCCAGAGCTGCGGCTTGTTCC;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=196;TCF=105;TCR=91;TR=194;WE=2091773;WS=2091755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	2092006	rs903161	A	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=28;PP=722;SC=GTGTTTGATAAGATGATAAGG;SOR=3.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=2092014;WS=2091996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	2139995	.	TCA	T	78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=15;MQ=57.1;NF=0;NR=2;PP=78;QD=40.5;SC=TCACTCTGTCTCACACACACA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=2;WE=2140004;WS=2139985;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr17	2186100	rs749240	C	T	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=27;PP=1098;SC=CTTTCCGCCACTGGTCAGGGC;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=2186108;WS=2186090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	2196150	rs216205	C	T	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=852;SC=AATAACGAAGCAGAGGTAAAA;SOR=1.163;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=42;WE=2196158;WS=2196140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	2200434	rs170043	A	C	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=16;PP=718;SC=CTGTATCATTATTTTATCCTC;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=2200442;WS=2200424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	2203348	rs216194	T	C	7798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=95;PP=2965;SC=TCCCGCGGGCTGGGTCGTCGT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=198;TCF=103;TCR=95;TR=196;WE=2203356;WS=2203338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr17	2238741	.	TA	T	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.370;QD=3.33;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,23:0.45:51
chr17	2279621	rs2429916	A	G	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	2297571	.	GCA	G	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.096;HP=2;HapScore=3;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=436;ReadPosRankSum=-0.673;SC=ACGCACGCACGCACACACACA;SOR=1.022;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=15;WE=2297580;WS=2297561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr17	2318695	rs4790335	G	A	1981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	2341350	rs7215857	T	C	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=17;PP=1843;ReadPosRankSum=0.984;SC=TATGATGGACTGAAACCCACC;SOR=1.311;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=71;TCR=17;TR=86;WE=2341358;WS=2341340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr17	2565299	rs8067353	T	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.89;QD=23.26;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	2595215	rs5818873	GC	G	953.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.990;HP=7;HapScore=1;MGOF=93;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=792;ReadPosRankSum=1.240;SC=AAGGGATCAGGCCCCCCCGTG;SOR=2.857;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=32;WE=2595223;WS=2595205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr17	2595253	.	A	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.39;QD=42.14;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	2595255	.	G	C	842.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.33;QD=44.36;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	2595256	.	C	G	842.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.33;QD=44.36;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	2595266	.	GC	G	891.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.39;QD=42.46;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	2595272	.	GC	G	952.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.80;QD=47.64;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	2595281	rs377576086	A	C	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.84;QD=48.18;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	2595291	rs62068251	C	T	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.15;QD=36.35;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	2597723	rs66960934	GCAGCGGGGACA	G	4346.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=25;PP=2987;SC=CAGCAGGGACGCAGCGGGGAC;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=34;WE=2597741;WS=2597713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	2598627	rs1003398	T	C	10126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=110;PP=2965;SC=TCCATCCCAGTCCCACAGCTC;SOR=0.799;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=202;TCF=92;TCR=110;TR=201;WE=2598647;WS=2598617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr17	2598639	rs1003399	C	G	9295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.496;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.418;SC=CCACAGCTCCCGTTCCGCCCC;SOR=0.314;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=203;TCF=93;TCR=110;TR=200;WE=2598647;WS=2598617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,365:0.99:367
chr17	2599612	rs2302200	C	G	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=32;PP=1428;SC=TGCCGCCTGGCGCTGGCGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=66;WE=2599620;WS=2599602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	2604375	rs758417	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=9;PP=680;SC=GCAGGTGGGCCGGCTCACCCC;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=2604383;WS=2604365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	2606715	rs1065479	G	A	8180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=119;PP=2965;SC=AGAAGCAGGTGCGGTGACACG;SOR=1.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=72;TCR=119;TR=191;WE=2606723;WS=2606705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr17	2606854	rs138474191	G	A	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=27;PP=781;SC=CAACCGCCCCGGTGAGAGGCC;SOR=2.712;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=2606862;WS=2606844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	2607560	rs12953041	A	G	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=6;PP=1060;SC=CTGCCACAAAATGGGGCCGGT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=2607568;WS=2607550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	2868935	rs12950923	T	C	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	2883500	rs4790400	A	G	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=18;PP=906;SC=GCCTCCCAAAATGCTGAGATG;SOR=1.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=48;WE=2883508;WS=2883490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	2884545	rs7208690	A	G	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=29;PP=956;SC=ACCCCAAGGTAAGGACCTTCA;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=2884553;WS=2884535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	2888249	rs112744093	A	AT	2590.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.203;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=695;ReadPosRankSum=-0.249;SC=ACAAATGTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.515;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=58;WE=2888257;WS=2888239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,131:0.92:142
chr17	2921210	rs56791699	C	CGT	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.086;HP=1;HapScore=3;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=280;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CCTCTGTGACCGTGTGTGTGT;SOR=0.330;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=7;WE=2921219;WS=2921200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr17	2921251	rs8064800	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=9;PP=522;SC=GTATGTGTGCACGCATACGTG;SOR=1.236;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=2921259;WS=2921241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	2923597	rs2304981	C	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=4;PP=244;SC=CTGTGACTGGCCTGAGTCTCC;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=2923605;WS=2923587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	2923767	rs2304982	A	G	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=36;PP=1852;SC=AATTTCATCGACAGCCTCCAG;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=93;WE=2923775;WS=2923757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	2924011	rs4790416	T	C	824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=638;SC=AGGAGATGGCTCTGCCTTCAG;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=2924019;WS=2924001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	2929286	rs4072679	A	C	4936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=57;PP=2234;SC=CTCACTCCTCATTTCCATTCC;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=124;WE=2929294;WS=2929276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	2929392	rs55904912	G	A	4604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=68;PP=2198;SC=CCAGCTCTCCGGAAATCTGCC;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=119;WE=2929400;WS=2929382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	2929674	rs12941934	T	C	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=27;PP=1438;SC=AAAACGGCCGTGCCATCTCCC;SOR=1.266;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=79;WE=2929682;WS=2929664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	2930223	rs4790114	T	C	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=27;PP=1208;SC=TCGCTCACCCTGCCTCTCTCC;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=2930231;WS=2930213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	2930339	rs4790115	G	A	5892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	2935577	rs4239038	T	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=294;SC=GGGAAGTGCTTGTTCCTGGGG;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=13;WE=2935599;WS=2935567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	2935591	rs4239039	T	C	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=303;SC=CCTGGGGTCCTGAATCCCTTC;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=2935599;WS=2935567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	2966032	rs202049082	C	G	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.23;QD=30.43;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	3100827	rs2241093	T	C	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=66;PP=2689;SC=AGAAAGAAAATCAATCCTTTA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=141;WE=3100835;WS=3100817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	3101076	rs2241092	G	C	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=30;PP=1539;SC=ATCTCTTGGGGAGCAAGTTCA;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=36;TCR=30;TR=66;WE=3101084;WS=3101066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	3101578	rs2241091	G	T	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=74;PP=2510;SC=TACAACGATGGGCATGTATTT;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=52;TCR=74;TR=126;WE=3101586;WS=3101568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	3101691	rs12150427	G	T	3805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=56;PP=1848;SC=TGAGAAATTGGGATATGAAGG;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=98;WE=3101699;WS=3101681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	3119008	rs4325604	T	C	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=29;PP=1115;SC=CATCCTCTTCTTGTTCATTTA;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=3119016;WS=3118998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	3181384	rs769434	C	T	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=46;NR=29;PP=1426;SC=AAACTCCAACCCCTTTATCCT;SOR=1.036;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=75;WE=3181392;WS=3181374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	3182309	rs2014057	G	T	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=37;PP=981;SC=TCAAAGCCCCGTGGCGAGTCC;SOR=1.318;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=3182317;WS=3182299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	3195503	rs703903	C	T	4158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=47;PP=1852;SC=GGCCAGGAATCGGTCATAGGC;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=55;TCR=48;TR=100;WE=3195511;WS=3195493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	3214181	rs231678	T	G	7626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=97;NR=84;PP=2965;SC=GCTCTCCTGCTCCAGTGTTCA;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=185;TCF=98;TCR=87;TR=181;WE=3214189;WS=3214171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	3301549	rs150988	G	A	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=66;PP=2311;SC=GGAGATGGGAGTCCAGTCGAA;SOR=0.930;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=52;TCR=66;TR=117;WE=3301557;WS=3301539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	3324086	rs227788	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=23.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	3336192	.	C	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=10;PP=613;SC=TTTCCTTTTACAAATGACCCT;SOR=1.075;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=28;WE=3336200;WS=3336182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	3337057	rs769431	A	G	2793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=45;PP=1739;SC=AGGGCATAGCACAGGTTTTGC;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=3337065;WS=3337047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	3343519	rs17822627	T	C	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	3352294	rs1488689	A	G	7916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=106;PP=2965;SC=AGGTTCAGGTATTCTTAATTG;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=79;TCR=107;TR=184;WE=3352302;WS=3352284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr17	3352331	rs1488690	C	T	5830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=98;PP=2965;SC=CCCGAACTCACTGGACAAGAA;SOR=1.122;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=64;TCR=99;TR=161;WE=3352339;WS=3352321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	3352455	rs34414986	C	CAA	761.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.39;ReadPosRankSum=1.581;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr17	3352494	rs35147573	C	CA	350.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=275;SC=TTCTTAATTACAAAAAAAATT;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=3352502;WS=3352484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	3417123	rs906418	C	T	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=9;PP=914;SC=CCGGACTCCACCATCCCTCAA;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=3417131;WS=3417113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	3418119	rs10579788	AGTT	A	1673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=22;PP=1073;SC=GTCACACCAAAGTTGTTGGAG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=23;WE=3418129;WS=3418109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	3419689	rs8081785	CA	TG	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=20;PP=1062;SC=ATCCTGTCACCATCCTGCCCC;SOR=1.249;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=58;WE=3419698;WS=3419679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	3424183	rs8079980	A	G	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=334;SC=AATTGTTGCCAAGGCCGCCAT;SOR=2.419;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=3424191;WS=3424173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	3424507	rs925101	T	C	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=9;PP=355;SC=CACTGGATCCTGCCTCCTCCA;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=3424515;WS=3424497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	3427442	rs62069862	A	G	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=7;PP=1250;SC=CCCCATCTGAAAAATGGCCAT;SOR=2.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=50;WE=3427450;WS=3427432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	3445901	rs11078458	T	G	7431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=73;PP=2547;SC=GGATCCGCACTATCTCCTTGG;SOR=0.742;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=145;TCF=71;TCR=74;TR=144;WE=3445909;WS=3445891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	3447914	rs1039519	C	T	1518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.50;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	3457954	rs11453205	T	TG	999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.28;NF=9;NR=9;PP=489;SC=AAGGGCTCCCTGGGGGGGTGC;SOR=1.209;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=18;WE=3457962;WS=3457944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	3458072	rs322965	T	C	2620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=23;PP=634;SC=TCTGGCAGGATGGCAGGGTTC;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=3458080;WS=3458062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	3475367	rs224548	T	G	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=18;PP=959;SC=TGTCCACAGGTGAGCCCCAAA;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=3475375;WS=3475357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	3475405	rs224549	C	T	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=30;PP=1356;SC=CAGGTGGAGCCTGGGCATTAC;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=72;WE=3475413;WS=3475395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	3475564	rs224550	C	T	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=48;PP=1314;SC=ACACCAAGGGCAGAGGAGCTG;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=28;TCR=48;TR=76;WE=3475572;WS=3475554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	3476826	rs11441416	G	GC	910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=609;ReadPosRankSum=0.145;SC=GCCACACACCGCCCCCACCAC;SOR=3.528;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=24;WE=3476840;WS=3476816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr17	3476832	rs2456855	A	C	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.59;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,29:0.97:30
chr17	3480396	rs8078936	C	T	10293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=113;NR=87;PP=2965;SC=CCTGCCCTCCCCCAGCGCTGA;SOR=0.874;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=114;TCR=88;TR=200;WE=3480404;WS=3480386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr17	3480447	rs8065080	T	C	9864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr17	3486702	rs224534	G	A	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	3489244	rs161394	G	A	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=27;PP=826;SC=AGAGAAGTGAGGTTCCCTCCT;SOR=1.255;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=40;WE=3489252;WS=3489234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	3492002	rs161390	A	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=374;SC=CGGCTACTTGAGAGGCCGAGA;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=3492010;WS=3492000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	3492057	rs161389	G	A	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=8;PP=637;SC=GCAGTGAGCCGAGATTGTGCC;SOR=1.788;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=36;TCF=26;TCR=10;TR=34;WE=3492065;WS=3492047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	3492120	rs201774093	A	AC	3368.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;QD=27.84;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,117:0.97:121
chr17	3493533	rs161387	A	G	4018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=43;PP=1603;SC=GGTCTGCCACACTGTCTCCCT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=85;WE=3493541;WS=3493523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	3513719	rs465563	G	A	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=405;SC=GTTCTTGGCCGAGATGGGACC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=3513727;WS=3513709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	3514028	rs224496	G	C	6158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=82;PP=2850;SC=CCACGCCCCAGTCCTGGAGCT;SOR=0.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=143;WE=3514036;WS=3514018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	3527281	rs222785	C	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=6;PP=430;SC=CTGACGCAGCCCCGGCCTATT;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=3527289;WS=3527271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	3552372	rs161351	G	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=116;SC=GTGTCTTTTGGGGATGAGTAT;SOR=1.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=3552380;WS=3552362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	3553526	rs161350	A	G	1238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=18;PP=504;SC=GAGGCACATCAAGATGGGCTG;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=3553534;WS=3553516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	3558417	rs459613	C	G	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=38;NR=40;PP=1716;SC=TCAGGGTGTGCGGGCCTCACG;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=78;WE=3558425;WS=3558406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	3558698	rs467277	G	A	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=423;SC=TAGGAGCAGGGCGTTCCAGCA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=3558706;WS=3558688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	3561396	rs161400	C	T	2466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=23;PP=859;SC=GTGGGAGTGACCACGTGGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=25;TCR=23;TR=48;WE=3561404;WS=3561386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	3566857	rs11541134	C	T	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=140;SC=GAGAGAAAGCCGGTCCCAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=3566865;WS=3566853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	3567461	rs2235107	G	A	4488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.56;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	3568012	rs8278	A	G	3980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=54;PP=1881;SC=TCTGGGAAGGATCCTGGTCGA;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=102;WE=3568020;WS=3568002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	3577273	rs160587	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=23;PP=710;SC=AAGTCTGAAAAGAGCTACAGT;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=41;WE=3577281;WS=3577263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	3593074	rs220486	A	G	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=291;SC=GCGCCCCAGCACCACCCACCG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=3593082;WS=3593064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	3618298	rs1367950	C	T	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=37;PP=1302;SC=TTCAGAAAACCGGCATTCTGG;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=75;WE=3618306;WS=3618288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	3620138	rs2293881	A	G	1352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=22;PP=690;SC=TGAAGCAAACAAGGAAAAAAT;SOR=1.094;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=3620146;WS=3620128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	3623472	.	C	T	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=6;PP=554;SC=ACAAAGGCAGCGATGGCAGAG;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=3623480;WS=3623462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	3627473	rs9907144	C	T	8369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=109;NR=92;PP=2965;SC=GCGGCGGAGGCGTCCCGGCGG;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=109;TCR=92;TR=201;WE=3627481;WS=3627463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr17	3627840	rs220462	G	A	9356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=84;PP=2965;SC=GTCCCGAGCGGCCTCCACCTC;SOR=0.881;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=114;TCR=84;TR=198;WE=3627848;WS=3627830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr17	3628212	rs220461	T	C	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=40;PP=1529;SC=CCAAGGGGAATAGACAGGCTG;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=3628220;WS=3628202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	3628362	rs3809806	T	C	3425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=42;PP=1794;SC=TTACAGAATGTCTGCTTTTGG;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=87;WE=3628370;WS=3628352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	3629698	rs170208	A	G	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=42;PP=1143;SC=TTCAACCTCCATCCCCACAGG;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=3629706;WS=3629688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	3632836	rs1716	G	A	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=47;PP=1575;SC=GCCAAAGACCGTCTTTCATTG;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=87;WE=3632844;WS=3632826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	3632952	rs2915554	C	T	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=21;PP=598;SC=GCAGTGTTGCCGTCTCAGCTC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=3632960;WS=3632942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	3717896	rs9897428	A	T	166.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=159;SC=AGGGCCTGACAATCAGGCTGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=3717904;WS=3717886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	3728903	rs12940049	T	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=278;SC=AATCGCTATATCCACACTAAC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=3728911;WS=3728893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	3746537	rs5818919	C	CT	390.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.733;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,30:0.68:44
chr17	3775916	rs7214864	T	C	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=54;PP=1496;SC=CGTCGATGAATGGGCACTGTG;SOR=0.945;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=91;WE=3775924;WS=3775906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	3776555	rs34231122	T	C	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=15;PP=1422;SC=CAGAGAAAGATAGAAAAAGCC;SOR=1.749;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=65;WE=3776563;WS=3776545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	3783872	rs11651131	T	C	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=1.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	3786802	rs737360	T	C	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=27;PP=906;SC=GAAATGTCACTACTGTGCAGC;SOR=0.815;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=49;WE=3786810;WS=3786792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	3786907	rs758642	G	A	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=10;PP=400;SC=GCCCAGGTAAGTGTTAAGCGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=20;WE=3786915;WS=3786897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	3787593	rs8082046	G	A	5637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	3801080	rs711174	C	T	545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=369;SC=CCTCACGCTGCACCCAGTCAG;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=3801088;WS=3801070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	3856615	rs1800915	A	G	3316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=32;PP=1323;SC=CGACTACCACAGGATGGCTGG;SOR=0.988;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=77;WE=3856623;WS=3856605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	3985832	rs2727061	A	G	6438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=67;PP=2444;SC=TATTCAGAAAATCTAGTCCAT;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=136;WE=3985840;WS=3985822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr17	3989669	rs4790166	G	A	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=3;PP=388;SC=TTCCCACAGCGGCAATCCCTT;SOR=2.215;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=3989677;WS=3989659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	3989968	rs2727060	C	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=13;PP=322;SC=AGACAAAAAACATCAGAGAGC;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=3989976;WS=3989958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	3994170	rs2727075	T	C	3682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=61;PP=1881;SC=TTGAAACTTCTCAAGGGTCTA;SOR=1.204;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=91;WE=3994178;WS=3994160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	4005770	rs1869493	T	C	3547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=54;PP=1401;SC=GAAACTAGCATGCCTATCTGT;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=92;WE=4005778;WS=4005760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	4007875	rs9907500	C	T	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	4027036	rs11078481	C	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=25;SC=CACCACCGTACTGGGGATGAA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=4027044;WS=4027032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	4027392	rs7208760	G	C	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=15;PP=435;SC=TCAAGTAAACGAGGGCAGTTT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=4027400;WS=4027382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	4045809	rs4239043	T	C	3754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	4046101	rs1454121	A	G	2439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=40;PP=1269;SC=CGTGCCCGAGACCGCGGCCCA;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=67;WE=4046109;WS=4046091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	4046270	rs1454122	T	C	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=16;PP=374;SC=CGACAGCAGCTGGCGGGCGGG;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=29;WE=4046278;WS=4046260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	4071302	rs4790583	G	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=17;PP=483;SC=GGCAGCCAAGGCGCCCGCAAT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=4071310;WS=4071292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	4071326	rs4790178	C	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=337;SC=ACTCTGGCAACTCTGCCAACT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=4071334;WS=4071316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	4074261	rs897030	A	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=14;PP=376;SC=GCTGGCAGGAAATCTGTTCAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=4074269;WS=4074251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	4077485	rs4790585	G	A	246.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=8;PP=202;SC=TGGGAGCATAGGAGCTTCACA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=4077493;WS=4077475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	4088291	rs2020118	C	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=34;PP=1058;SC=GGAGCTCTGCCGTGAGGTTGG;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=4088299;WS=4088281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	4098573	rs5818941	A	AT	2971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=1058;ReadPosRankSum=0.469;SC=TCAATGACACATTTTTTTTTA;SOR=0.697;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=93;TCF=38;TCR=55;TR=70;WE=4098581;WS=4098563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:14,142:0.91:156
chr17	4166804	rs2325881	C	T	3381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=44;PP=1955;SC=AGGAGACCCACGCTCTTCCGC;SOR=1.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=74;WE=4166812;WS=4166794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	4192401	rs148114489	TACAC	T	531.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.90;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	4199933	rs71749369	ATCTT	A	1028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.45;NF=3;NR=9;PP=594;SC=TGAGAAACAGATCTTTCTTAT;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=4199944;WS=4199923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	4350182	rs2047233	T	C	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=15;PP=1314;SC=CCCTGCCCCTTTGTTGCAGTG;SOR=1.384;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=59;WE=4350190;WS=4350172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	4350367	rs2047232	A	G	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=47;PP=1697;SC=CATTAGGGGGACGGGGGGTGG;SOR=0.872;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=77;WE=4350382;WS=4350357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	4350373	rs3055435	GGT	G	2144.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;MQRankSum=0.306;QD=26.16;ReadPosRankSum=0.436;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,77:0.94:82
chr17	4350407	rs2047231	G	C	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=35;PP=926;SC=TTGGACATGTGGGGCCTCATA;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=4350415;WS=4350397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	4351396	rs6502786	C	T	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=517;SC=CCCGGGGGTCCCTTGGGCTGT;SOR=2.066;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=4351404;WS=4351386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	4351560	rs12450838	G	A	4714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=47;PP=1949;ReadPosRankSum=-0.770;SC=GAGGCTTCAGGAGCAGCTGGT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=104;WE=4351568;WS=4351550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,181:0.99:183
chr17	4351640	rs884250	G	A	8470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=76;PP=2748;SC=AGAAAAGCCCGTTTGTCTGCC;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=160;WE=4351648;WS=4351630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr17	4352539	rs7224464	C	T	5029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=50;PP=1813;SC=GCTGGAGTTTCGTGTGGTCGA;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=98;WE=4352547;WS=4352529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	4356375	rs11655342	G	T	4680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=63;PP=2261;SC=GGCAGAAGCTGCGAGGAGGTA;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=56;TCR=63;TR=119;WE=4356383;WS=4356365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	4391132	rs2291743	C	T	7969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=82;PP=2736;SC=TGGACAGCAACGACCTGGAGA;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=74;TCR=83;TR=156;WE=4391140;WS=4391122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	4391153	rs333122	A	G	7250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=74;PP=2676;SC=GACAAGGCCTACTTTCGGGCG;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=60;TCR=75;TR=134;WE=4391161;WS=4391143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr17	4391201	rs2291742	A	G	3920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=60;PP=1899;ReadPosRankSum=0.486;SC=GTCCCTGCCTACACTCGTCCT;SOR=0.400;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=35;TCR=61;TR=95;WE=4391209;WS=4391191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
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chr17	4416638	rs9894697	G	A	6123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=66;PP=2672;ReadPosRankSum=1.824;SC=TCCCCCCCACGCCCAGGCGTT;SOR=0.807;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=148;TCF=78;TCR=70;TR=143;WE=4416646;WS=4416628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,239:0.99:241
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chr17	4437214	rs4790202	C	T	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.20;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	4439313	rs1077200	A	G	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=14;PP=868;SC=GCCCGGGGCCAGGGCCAAGCG;SOR=1.565;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=4439321;WS=4439303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	4439497	rs12945732	A	G	13055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.11;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	4439501	rs1076071	C	G	13129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.06;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,298:1.00:298
chr17	4439727	rs146210718	T	TGG	806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.62;QD=36.67;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	4441101	rs56042174	G	A	6969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=88;PP=2965;SC=TCCCTGGAACGAAGGGCCAGG;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=94;TCR=88;TR=182;WE=4441109;WS=4441091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	4448853	rs2306267	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=5;PP=219;SC=TGGTGCAGCTCGCTGCTCAGT;SOR=0.818;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=4448861;WS=4448843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	4455500	rs7206974	T	C	9725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=127;PP=2965;SC=CTTCCTTGAGTGCCAGGCGGA;SOR=0.873;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=96;TCR=127;TR=223;WE=4455508;WS=4455490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr17	4458302	rs1871348	C	A	11235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=442;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=142;PP=2965;SC=AAGGTGCACGCCCCCGCGCAC;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=254;TCF=112;TCR=142;TR=254;WE=4458322;WS=4458292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr17	4458314	rs1871347	C	T	9902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=105;NR=131;PP=2965;SC=CCCGCGCACCCTGGCATCCAG;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=105;TCR=131;TR=236;WE=4458322;WS=4458292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr17	4463023	rs11657054	G	A	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=29;PP=791;SC=CACTACACGGGCCCAGGTTCC;SOR=1.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=4463031;WS=4463013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	4495740	rs12449695	G	A	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=19;PP=611;SC=CCAGCCGGGGGCAGGTAGGGC;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=18;TCR=19;TR=37;WE=4495748;WS=4495730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	4497160	rs8080130	T	C	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=37;PP=990;SC=GCTCTGGCTATGGGGCAGTGA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=69;WE=4497168;WS=4497150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	4498682	rs4790655	C	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=378;SC=CCAGACGGGGCTTGGGTGGGT;SOR=1.536;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=4498690;WS=4498672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	4500072	rs9906333	A	G	50.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	4500108	rs55780953	A	T	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=128;SC=GCACTGGGAGATGGCAGCTGG;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=4500116;WS=4500098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	4534834	rs916055	A	G	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	4540647	rs11078527	G	A	3423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.96;NF=30;NR=60;PP=1647;SC=GAGCTAACTCGTCTCCATCAT;SOR=1.249;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=90;WE=4540655;WS=4540637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	4541744	rs899452	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=0;PP=313;SC=CAACCATGCCTCCTTGACTCC;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=4541752;WS=4541734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	4544729	rs9906597	A	G	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=17;PP=1092;SC=GCCAGAGGCCAACGGGGGCGC;SOR=1.160;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=42;TCR=17;TR=59;WE=4544737;WS=4544719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	4544978	rs369435246	G	GAGA	3211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=35;PP=2008;SC=CCTTCTGGTGGAGAAGGGTGG;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=2;TCR=41;TR=37;WE=4544986;WS=4544968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	4574751	rs9436	T	A	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=32;PP=1295;SC=TCAGGCTCTGTGGGAGGTGGT;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=41;TCR=32;TR=73;WE=4574759;WS=4574741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	4575283	rs3862485	A	G	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	4576620	rs55677157	C	T	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=31;PP=926;SC=AGCGAGGAGACGGGGCCAGCA;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=4576628;WS=4576610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	4578007	rs4790673	C	G	10543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr17	4579301	rs55884013	G	A	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=40;PP=1669;SC=CCTGCTCCACGCCTCCGCTCC;SOR=0.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=97;TCF=56;TCR=41;TR=96;WE=4579309;WS=4579291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	4580137	rs6502806	A	G	3728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=56;PP=1709;SC=GGAAGAGGCCAGTGAGCCAGC;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=98;WE=4580145;WS=4580127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	4580224	rs11078530	C	T	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=29;PP=829;SC=CCTGTAGACACAAGAAGCAAA;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=4580232;WS=4580214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	4586253	rs34352526	GA	G	1770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=873;SC=TGGGTCTAAAGAAAAAAATAA;SOR=0.774;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=32;WE=4586261;WS=4586243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	4594847	rs7226084	T	C	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=18;PP=555;SC=TGAAGTCACATCTCCTCTGAG;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=4594855;WS=4594837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	4620497	rs7208257	C	T	6175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	4620897	rs35741745	A	G	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=8;PP=500;SC=TCCCTGCCCGAGAGGAGGGAA;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=4620905;WS=4620887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	4620928	rs28365158	T	C	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=12;PP=635;SC=GAAAGGGCAGTGATGGTGGCG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=34;WE=4620936;WS=4620918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	4622077	rs11463798	C	CT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr17	4622551	rs28365160	A	G	9121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FS=3.486;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.92;ReadPosRankSum=-0.613;SOR=0.578;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,365:1.00:366
chr17	4623456	rs35383686	G	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=1;PP=863;SC=ACCCCACGGTGGGCCAGGTGA;SOR=5.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=35;TCF=34;TCR=1;TR=35;WE=4623464;WS=4623450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	4636565	rs8123	T	G	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=16;PP=436;SC=GGGTGGGGAGTATGAGCACCA;SOR=4.407;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=4636573;WS=4636555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	4638010	rs3744700	T	G	5526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=68;PP=2609;SC=TGGGGGATGATAGCTTGAACT;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=68;TCR=68;TR=135;WE=4638018;WS=4638000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	4644491	rs9903643	A	G	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=204;SC=CTCCCTTCGGAAGCCCTCCCC;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=4644499;WS=4644481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	4645437	rs34703324	GC	G	2257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=38;PP=1766;SC=GTGGTGGGGGGCGCCTAGCAG;SOR=1.903;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=38;WE=4645445;WS=4645427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	4645612	rs4790697	C	T	1287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=12;PP=650;SC=GCCCACCACCCGCTGTGTCCC;SOR=1.298;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=36;WE=4645620;WS=4645602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	4646480	rs12451720	C	T	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=256;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=6;PP=529;SC=GCTGTAGTGTCCCGTGATCAC;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=4646488;WS=4646470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	4646500	.	CTCTAGCTTGGGTGATAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAA	C	2589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=2965;SC=CGCCACTGCACTCTAGCTTGG;SOR=3.113;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=4646553;WS=4646490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	4646581	rs200092260	CCCTTCT	C	4854.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=84;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=28;PP=2229;SC=TCAACTCCTCCCCTTCTCCTT;SOR=0.931;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=42;WE=4646594;WS=4646571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	4649378	rs2271165	T	C	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=55;PP=1251;SC=TGGTAAAACATGAAAAGGTAA;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=78;WE=4649386;WS=4649368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	4686340	rs3853643	TT	GG	6009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.87;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	4689194	rs3215170	AC	A	3473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=27;PP=2120;SC=TAAGGGACATACCATCACCCC;SOR=1.354;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=52;WE=4689202;WS=4689184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	4689572	rs4790706	T	C	6757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=84;PP=2965;SC=CGGCCATCTGTCTGTGCACAT;SOR=0.873;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=156;TCF=69;TCR=87;TR=153;WE=4689580;WS=4689562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr17	4693170	rs34850425	T	C	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=45;PP=1130;SC=TGGTCGCTGGTGGCCATGGCG;SOR=1.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=61;WE=4693178;WS=4693160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	4693342	rs35910358	C	A	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=15;PP=497;SC=GAGGCCCGGACGCGGGCGTGC;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=4693350;WS=4693332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	4693508	rs34421346	G	C	1339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	4699552	rs3169950	G	A	4524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=47;PP=1829;SC=GGCCGGAGGCGTTCACTCCAG;SOR=0.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=106;WE=4699560;WS=4699542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	4699947	rs2241933	T	G	2707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=24;PP=1178;ReadPosRankSum=-0.552;SC=TTTGTATTTTTGGAACTAGGT;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=63;WE=4699955;WS=4699937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,106:0.99:107
chr17	4700620	.	GA	G	872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.81;QD=22.38;SOR=1.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	4710957	rs3867173	G	T	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=3;PP=211;SC=CGGTCAGGAGGCCGTGGGGGA;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=4710965;WS=4710949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	4712314	rs3786043	G	A	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=38;PP=1713;SC=CTTTTCCTCCGAGCCCCATCT;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=61;TCR=39;TR=99;WE=4712322;WS=4712304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	4712563	.	GTC	G	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.206;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,17:0.11:152
chr17	4712757	rs2286671	G	A	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=55;PP=2382;SC=AAAGCCAGGTGTCTCCTCCGG;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=126;WE=4712765;WS=4712747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	4714021	rs3081314	G	GGAAA	3426.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=46.31;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	4718776	rs1132448	G	A	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=24;PP=1084;SC=ACCAGGAGGAGGGTGTCCGTG;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=57;WE=4718784;WS=4718766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	4720469	rs1052748	C	T	13296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,525:1.00:525
chr17	4722299	rs2326097	T	C	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=8;PP=899;SC=GTAGGAAGAGTTTCTGGAGTG;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=4722307;WS=4722293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	4750573	rs9890271	G	A	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=18;PP=426;SC=ATGGAGTCTCGCTCAGGCTGG;SOR=2.030;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=4750581;WS=4750563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	4758174	rs73341669	C	A	2767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=40;PP=1269;SC=GAGTAAGAAGCGCTGAGAAAA;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=63;WE=4758182;WS=4758164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	4778487	rs8078776	G	A	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=18;PP=538;SC=AACTGAAGACGGATGAGATGA;SOR=1.038;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=4778495;WS=4778477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	4795307	rs2586532	C	T	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=17;PP=1223;SC=TAACCCTGGACGTATTCACTA;SOR=1.637;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=48;TCR=17;TR=65;WE=4795315;WS=4795297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	4795619	rs36079581	TG	T	673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=15;PP=1132;SC=CCTACCCGCCTGGGGGTGGGA;SOR=1.931;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=31;WE=4795627;WS=4795609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	4837171	.	GGAGCCCACCTCAGAGCCCGCCCCCAGCCCGACCACCCCA	G	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.41;QD=32.86;SOR=6.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	4837210	.	A	G	774	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=24;MQ=53.62;NF=0;NR=30;PP=774;QD=26.9590404182;SC=CGACCACCCCAGAGCCCACCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=30;WE=4837218;WS=4837200;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,30:0.91:33
chr17	4837952	rs199616811	A	AG	480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=16;PP=658;SC=ACAGGGTGATAGGGAGGGGTC;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=16;WE=4837960;WS=4837942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	4845768	rs238247	G	A	4176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	4856084	rs151153333	TC	T	7401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=56;PP=2819;SC=ATTCCTCCTGTCCCAGGCCGA;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=14;TCR=59;TR=69;WE=4856092;WS=4856074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	4856376	rs238238	A	G	3421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=35;PP=1588;SC=AACATCAACAATACTCTGGGC;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=78;WE=4856384;WS=4856366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	4856580	rs238239	T	C	6016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=60;PP=1783;SC=CTAAGCGTTGTGGATCAAGAA;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=51;TCR=60;TR=111;WE=4856588;WS=4856570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	4859102	.	T	TTGTCTCTGCTC	1419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=20;PP=1415;SC=TGTCTCTGCCTTGTCTCTGCC;SOR=1.418;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=25;WE=4859142;WS=4859092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	4859156	.	CCTGTCTCTGCT	C	313.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.08;QD=34.87;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	4863410	rs238224	A	G	4317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	4875566	rs238230	T	C	6048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=73;PP=2261;SC=CAGCGTCCTCTGGAGCAGCCC;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=140;WE=4875574;WS=4875556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	4877120	rs238229	G	A	7240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=72;NR=114;PP=2965;SC=CTGGCTTGAGGTGGCCTTGGC;SOR=1.097;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=73;TCR=115;TR=186;WE=4877128;WS=4877110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr17	4881776	rs376516	C	G	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=65;NR=35;PP=1840;SC=AGTCCCTCCCCCTACGGTTCC;SOR=1.135;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=66;TCR=35;TR=100;WE=4881784;WS=4881766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	4882952	rs1859434	G	A	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.91;SOR=1.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	4883818	rs238234	C	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=2.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	4885982	rs238233	G	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=9;PP=499;SC=AGCCCAGGTCGGGCTAGAGCC;SOR=1.382;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=4885990;WS=4885972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	4886037	rs238232	A	G	2158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=21;PP=1109;SC=TGAGCTGAATATCTGACTCTC;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=56;WE=4886045;WS=4886027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	4890843	rs8071428	T	C	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	4891956	rs426475	G	A	862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=11;PP=518;SC=TCTCACCTACGTTATTTTTGT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=4891964;WS=4891946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	4893357	rs427703	G	C	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=61;NR=61;PP=2275;SC=GAAATTAACCGCAGACTAGGG;SOR=0.729;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=122;WE=4893365;WS=4893347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	4926882	rs346828	A	G	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=29;PP=1020;SC=CCCCCTCGCCACCACTGTCAA;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=4926890;WS=4926872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	4936972	rs346821	G	A	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=77;PP=2965;SC=CAGCTGATGGGCCTCAGGGTC;SOR=0.711;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=81;TCR=78;TR=158;WE=4936980;WS=4936962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	4937575	rs346822	T	C	7892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=95;PP=2732;SC=CGGGGCCAGCTGCCTCCACAG;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=85;TCR=96;TR=180;WE=4937583;WS=4937565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	4937982	rs346824	T	C	2878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=53;PP=1524;SC=GATGCTTTGGTTCTTCTGGAA;SOR=1.587;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=18;TCR=53;TR=71;WE=4937990;WS=4937972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	5033768	rs7211125	C	A	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.405;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=38;PP=1247;ReadPosRankSum=-0.796;SC=AGGGAGGCCTCTTCCAGTGCG;SOR=0.545;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=68;WE=5033776;WS=5033758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr17	5036191	rs75631218	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQRankSum=-8.813;QD=7.68;ReadPosRankSum=-1.635;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,35:0.23:155
chr17	5036205	rs80328123	A	C	1658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=2.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;MQRankSum=-9.617;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.164;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,50:0.25:200
chr17	5036210	.	TC	GT	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.949;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=6.778;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.56;MQRankSum=-9.506;QD=8.68;ReadPosRankSum=-1.340;SOR=1.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,56:0.26:215
chr17	5036214	rs114647990	C	T	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=5.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-9.455;QD=9.39;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,60:0.26:230
chr17	5036224	rs72830922	C	G	2272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-9.292;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.911;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,79:0.29:276
chr17	5036274	rs78465432	C	A	2676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=2.184;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.03;MQRankSum=-8.437;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,84:0.29:286
chr17	5036281	rs76236903	G	C	2658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=1.030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-7.804;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,80:0.30:266
chr17	5036329	rs72830923	A	G	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-5.804;NF=10;NR=15;PP=321;ReadPosRankSum=1.194;SC=TCTCTGCAGAAACAGGGGACA;SOR=0.719;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=90;TCF=39;TCR=51;TR=25;WE=5036337;WS=5036319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,42:0.30:142
chr17	5036383	rs76207017	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.967;HP=6;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-2.523;NF=2;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=-1.912;SC=TCTCAGAGGGCGGGTGGCACA;SOR=0.132;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=9;WE=5036391;WS=5036373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr17	5037281	rs114991387	T	C	4845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=61;PP=2101;SC=TAGGGATCGATATGGAGCCAA;SOR=0.831;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=108;WE=5037289;WS=5037271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	5039294	rs3213877	G	A	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	5042894	rs8073787	T	C	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=11;PP=351;SC=TGATTTTGAATGGAGCTGCTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=24;WE=5042902;WS=5042884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	5044640	.	T	TA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=2.018;QD=0.94;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,20:0.23:87
chr17	5044794	rs2304449	G	A	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	5048207	rs2304447	A	G	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=73;PP=2110;SC=AAATGTTCTGACCACAAATAC;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=25;TCR=73;TR=98;WE=5048215;WS=5048197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	5066305	rs2307138	A	T	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.97;NF=31;NR=57;PP=1565;SC=AAAGGGTAAGAATTTAGGGCC;SOR=1.224;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=31;TCR=57;TR=88;WE=5066313;WS=5066295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	5084458	.	A	G	8874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=98;PP=2965;SC=TCTCTCCAGTATGAACACGAT;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=115;TCR=101;TR=211;WE=5084466;WS=5084448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr17	5084763	rs1689965	G	A	9989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=385;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=156;PP=2965;SC=GTTTTCTCACGTTCTTCAAGT;SOR=0.940;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=269;TCF=112;TCR=157;TR=268;WE=5084771;WS=5084753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr17	5126674	rs2641256	A	G	4932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=61;PP=2345;SC=TGAGGCCCAGACCCACAGAGA;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=128;WE=5126682;WS=5126664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	5185664	rs11538946	T	C	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=13;PP=502;SC=CTTAGCGGTTTCTCTCTGGGC;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=5185681;WS=5185654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	5185671	.	GGGC	G	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=31;QD=22.5;SC=GTTTCTCTCTGGGCGGCGGCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=2;WE=5185681;WS=5185654;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
chr17	5249998	rs11871517	G	A	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=135;SC=AAATTTTTTTGAGGCATAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=5250006;WS=5249988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	5268337	rs57839578	A	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=182;SC=ATTTTTTTTTAAAATTCTGGA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=5268345;WS=5268327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	5271763	rs61735455	G	C	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=24;PP=716;SC=AGGAACAGATGGTAAGTTTAC;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=5271771;WS=5271753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	5283617	rs11868032	A	T	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=5;PP=240;SC=ACTGGGGCCCAGAGGGAGTTT;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=5283625;WS=5283607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	5284480	rs3026109	T	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=1;PP=489;SC=TGGCTTTTCATACCCAGTTCA;SOR=3.098;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=5284488;WS=5284479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	5284543	rs56804522	TAA	T	2796.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=14;PP=1388;SC=GCCCTATAGATAAAGAGATTG;SOR=1.573;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=32;WE=5284552;WS=5284533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	5284698	rs1143206	A	G	4163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=50;PP=2152;SC=CCGTTGAACAACTAATGTTTG;SOR=0.733;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=103;TCF=53;TCR=50;TR=102;WE=5284706;WS=5284688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	5284719	rs1065482	T	C	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=55;PP=2077;SC=AAGAGAAGAATAAAGCTCAGA;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=107;WE=5284727;WS=5284709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	5284770	rs1065483	G	A	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=47;PP=1713;SC=AAGTCCAGAGGGATTTTGTAA;SOR=0.814;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=89;TCF=42;TCR=47;TR=86;WE=5284778;WS=5284760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	5289580	rs11209	A	G	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.969;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr17	5289676	rs1806222	C	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=530;SC=AATGTTGAAACATCTAAGAAC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=5289684;WS=5289666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	5289865	rs67634045	CAT	C	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=7;PP=814;SC=ATCCTCCCACCATAGTCATTT;SOR=1.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=18;WE=5289874;WS=5289855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	5290033	rs1071705	T	C	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=40;PP=1840;SC=CTTACTCCTCTTTCAGGATGG;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=91;WE=5290041;WS=5290023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	5290681	rs739767	A	C	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=8;PP=571;SC=TGACTAGGTAACTAAATGTTA;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=5290689;WS=5290671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	5290703	rs739768	G	A	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=12;PP=644;SC=ACAGCCCACTGACCTGTTCAT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=26;TCR=13;TR=38;WE=5290711;WS=5290693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	5290824	rs748486	C	A	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=44;PP=1460;SC=TGAGGTCCACCCCTTGATGCT;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=86;WE=5290832;WS=5290814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	5291276	rs142820374	AAAAT	A	849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=13;PP=599;SC=AAAACAACTGAAAATAAATAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=13;WE=5291287;WS=5291266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	5294976	rs14231	T	A	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	5298320	rs1806240	C	T	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=32;PP=860;SC=GAAGACATTACATAAATGAAA;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=5298328;WS=5298310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	5298396	rs2309372	G	A	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=7;PP=153;SC=TGAGGTTCTTGTCTGAAAACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=5298404;WS=5298386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	5302778	rs12602074	T	C	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=1;PP=512;SC=TGATTTTCTCTATCATTTTTC;SOR=4.003;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=20;WE=5302786;WS=5302768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	5308603	rs3026133	G	A	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=29;PP=734;SC=AATGTTGACAGTATGCATGCT;SOR=1.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=5308611;WS=5308593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	5312271	rs929262	A	G	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=27;PP=768;SC=AAACAAAAACAACAAAAAGTA;SOR=1.287;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=5312279;WS=5312261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	5314263	rs1806255	G	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=547;SC=AAGTAGTCTAGTTCATTTATT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=5314271;WS=5314253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	5320044	rs1806265	T	A	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=15;PP=375;SC=TAATTTTAATTTAAATATAGG;SOR=1.528;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=5320052;WS=5320034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	5320082	rs35036161	C	CT	309.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=7;PP=288;SC=CACAGTAATACTTAGTTTACT;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=5320090;WS=5320072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	5323269	rs1058115	C	T	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=2;PP=613;SC=ATCTAATTGCCTATTGGACAC;SOR=2.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=23;WE=5323277;WS=5323259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	5323631	rs9908179	A	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=22;PP=613;SC=GGGTTTGTGCAGTGGTCTACC;SOR=3.180;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=24;WE=5323639;WS=5323621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	5326162	rs2189336	G	A	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=24;PP=740;SC=AACCCCTAGTGGTAGTCCTTC;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=5326170;WS=5326152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	5328659	.	CT	C	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.777;QD=1.73;ReadPosRankSum=1.614;SOR=0.535;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,24:0.29:82
chr17	5329821	rs77921709	T	G	584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=19;PP=476;SC=CATCAGAGCCTTTAGGGCCCT;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=5329829;WS=5329811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	5334700	rs60670077	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=134;SC=CCAGCTACTCGGAAGGCTGAA;SOR=1.911;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=9;WE=5334708;WS=5334690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	5334804	.	T	TAAAAAAAAA	376.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=47.09;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	5338059	rs34312464	T	TA	771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=649;SC=GTGCTGGGATTATAGGCGTGA;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=5338067;WS=5338049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	5341749	rs1805435	A	G	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=105;SC=TAAAAATACCATAATAGTAGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=5341757;WS=5341739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	5356913	rs16954697	C	T	4324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=43;PP=1668;SC=GAGATGGCTTCGACATGAAGT;SOR=0.742;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=92;WE=5356921;WS=5356903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	5358671	rs11867311	C	T	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	5372259	rs28372907	G	A	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=37;PP=875;SC=GGAGCACACCGCCCCTTCCTC;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=5372267;WS=5372249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	5383492	rs117113560	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	5388568	rs16710	T	TCAAC	1208.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=12;PP=692;SC=TTAAAGCAAATCAAGAAACAA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=13;WE=5388576;WS=5388558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	5392161	rs929261	C	T	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=28;PP=1250;SC=CGACTGAAAACAACATAGCAA;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=69;WE=5392169;WS=5392151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	5404262	rs872569	G	C	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.44;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	5405341	rs3809845	G	C	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=19;PP=526;SC=GCCCCGGGGTGAACCAAGGCC;SOR=1.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=5405349;WS=5405331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	5433203	rs73342916	C	A	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=1;PP=221;SC=ACTTCTGGTGCCTTGTTTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=5433211;WS=5433193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	5991344	rs2302836	C	T	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=17;PP=638;SC=ACGATGGCCACGAGAGGACTC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=5991352;WS=5991334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	6012979	rs41314099	C	T	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	6014176	rs2302837	A	G	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	6021541	rs2302838	C	T	547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=14;PP=330;SC=GGGTGGGAGGCTTGTCAGTAC;SOR=1.508;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=6021549;WS=6021531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	6330068	rs2292546	T	C	8142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=98;NR=86;PP=2965;SC=GCACCTCCCATGGCTTCTCCT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=184;TCF=98;TCR=86;TR=184;WE=6330076;WS=6330058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr17	6330109	rs2292545	G	A	6840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=85;PP=2965;SC=ATGACCTCAGGCAGCTGCCCA;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=89;TCR=85;TR=174;WE=6330117;WS=6330099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr17	6330153	rs925616	C	T	5583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.301;SC=ACTGGGCAGGCCCCCCAGAGT;SOR=0.320;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=71;TCR=89;TR=160;WE=6330161;WS=6330143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr17	6331803	rs8075035	T	C	4105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=62;PP=2099;SC=GGCTCCGGGATAGGATGGGGT;SOR=0.952;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=108;WE=6331811;WS=6331793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	6331836	rs12453262	T	G	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=50;PP=1660;SC=GCTGTGGGGATAAACGGATGG;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=29;TCR=50;TR=79;WE=6331844;WS=6331826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	6337247	rs12449580	C	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=15;PP=1054;SC=ACGATGGTGTCGCACCAGAAC;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=6337255;WS=6337237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	6338530	rs7211442	G	T	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=30;PP=897;SC=CAGGAGGAGTGGGGGGAAGGG;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=6338538;WS=6338520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	6348823	rs7220100	A	G	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=34;PP=996;SC=ACTTCATGAAAACAGGGACGT;SOR=2.124;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=44;WE=6348831;WS=6348813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	6353679	rs7218283	A	C	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.071;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=36;PP=1420;ReadPosRankSum=-0.481;SC=CTCTGTCTTGAAGGAAACAAG;SOR=0.290;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=75;WE=6353687;WS=6353669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,143:0.99:144
chr17	6364753	rs11654099	A	G	4543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.035;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=55;PP=1958;ReadPosRankSum=-0.823;SC=GCACCAGCCCATCGGAGAAGA;SOR=0.259;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=56;TCR=55;TR=109;WE=6364761;WS=6364743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr17	6371738	rs35021251	A	G	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=37;PP=1126;SC=AGTGCCCACCAGCTTGTGGCC;SOR=0.929;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=64;WE=6371746;WS=6371728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	6373737	rs11654175	C	T	4216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	6377986	rs12452411	T	C	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=29;PP=802;SC=TGCGGGAGTGTTCACACAGCA;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=6;TCR=29;TR=35;WE=6377994;WS=6377976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	6381939	rs938288	G	A	4214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=39;PP=1482;SC=GCTCGATGACGGTGGCGACAG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=35;TCR=40;TR=74;WE=6381947;WS=6381929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	6387482	rs11656015	G	C	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=16;PP=1113;SC=GAGGGCTCTTGCTAAAATCCT;SOR=1.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=6387490;WS=6387472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	6406731	rs3809836	T	C	36.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	6441164	rs165106	T	C	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=2;PP=271;SC=TCTTGGCACATCCACAGGATG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=6441172;WS=6441154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	6483046	rs3744720	T	C	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=16;PP=914;SC=GTGACACAAATGGCCTCGCCT;SOR=1.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=6483054;WS=6483036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	6493056	rs367918	T	C	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=1;PP=109;SC=TCTAAAATTTTGCAATTTGGT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=6493064;WS=6493046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	6493198	rs1443417	T	C	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=13;PP=418;SC=GATGCTGTGCTGCATACCCGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=6493206;WS=6493188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	6493434	rs74547253	C	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=7;PP=166;SC=ATTTCTCTTTCTCACAATGAA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=6493442;WS=6493424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	6493468	rs16955959	T	C	107.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=37;SC=CCTAACACCATGCGTTGCTTC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=6493476;WS=6493458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	6502399	rs77498065	A	G	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=1;PP=588;SC=TACTAAATATACACTGGAAGA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=6502407;WS=6502392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	6511781	rs4796519	A	G	2393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=33;PP=983;SC=TTAGCCATGCAGCACTGAAAT;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=6511789;WS=6511771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	6515387	rs2289642	A	G	11498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.72;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	6515392	rs79173884	T	G	11567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr17	6524358	rs8074991	G	A	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=208;SC=AGTTTATCTCGCAAAAGTATG;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=6524366;WS=6524348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	6531552	rs16955985	A	C	2274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=21;PP=1095;SC=CTATCCTGGGATGAGGCTGAA;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=6531560;WS=6531542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	6531648	rs2072149	A	G	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=31;PP=1564;SC=CTTTGGCACCAGAGCTGGAGA;SOR=1.075;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=83;WE=6531656;WS=6531638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	6546167	rs78547240	G	A	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=8;PP=390;SC=TCTGAATTGCGTAATTTCTGT;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=6546175;WS=6546157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	6546259	rs2285999	T	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=16;PP=710;SC=TTTGACTGTTTTTCTCTTACA;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=6546267;WS=6546249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	6553543	rs17842438	A	T	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=11;PP=361;SC=GTACGCAATTATATCTATATA;SOR=0.869;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=6553551;WS=6553533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	6553901	rs56978514	A	G	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=12;PP=287;SC=CCTTCCTTCGAAATCTAAGAA;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=6553909;WS=6553891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	6554616	rs17842439	C	G	189.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=110;SC=GGGGTGGTGTCTGAATAGCAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=6554624;WS=6554606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	6555546	rs56268735	C	CG	7667.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=81;PP=2974;SC=CCCGACCCCGCGGCCAAGCCG;SOR=1.018;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=127;TCF=44;TCR=83;TR=122;WE=6555554;WS=6555536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	6558748	rs77669539	C	T	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.55;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	6596497	.	AAC	A	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.818;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr17	6662948	.	GGT	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.4999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=0.210;SC=ACCCACATCTGGTGTGTGTGT;SOR=0.551;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=1;WE=6662957;WS=6662938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr17	6683684	rs16956264	A	G	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=24;PP=1335;SC=CGCCTGGATTATCTCAACCTA;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=6683692;WS=6683674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	6690164	rs7213731	A	G	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=28;PP=1178;SC=TCCTCATCATATCCTGCAGGA;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=34;TCR=28;TR=62;WE=6690172;WS=6690154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	6690553	rs368174478	GTGTA	G	267.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=-0.463;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr17	6690555	rs200110837	GTA	G	434.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=4.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.15;ReadPosRankSum=1.508;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr17	6716385	rs8081510	T	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.12;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	6899559	rs312467	C	G	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	6899629	rs3218667	C	T	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=4;PP=64;SC=CAGGCCCGGGCCGAGCTGGGC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=6899637;WS=6899619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	6900362	rs2070589	C	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=5;PP=163;SC=CAGGCGGCGTCGGGGAAGGAG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=6900370;WS=6900352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	6900383	rs312468	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=154;SC=GCACAAGGTCTCGGGAACTGC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=6900391;WS=6900373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	6902179	rs312470	G	A	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=34;PP=1285;SC=CTAGACCTCGGAGTGAAATAA;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=6902187;WS=6902169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	6902743	rs1042356	G	A	5119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=63;PP=2101;SC=TGCTGCCCTCGGGGATGGAAG;SOR=0.864;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=51;TCR=64;TR=114;WE=6902751;WS=6902733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	6902760	rs1126667	A	G	4231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=58;PP=1797;SC=GAAGAGCTTCAGGCTCAACTG;SOR=0.981;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=38;TCR=59;TR=96;WE=6902768;WS=6902750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	6903537	rs2292353	G	A	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=2;PP=135;SC=TCCCAACAGGGCTCCGGTACT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=6903545;WS=6903527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	6905061	rs1042357	T	G	6838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=104;PP=2965;SC=TGCTGAACACTCACCTGGTGG;SOR=0.958;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=79;TCR=104;TR=183;WE=6905069;WS=6905051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	6906085	rs11571338	C	CT	318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=139;SC=ATACAGGGAACTTGGCAGAGG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=6906093;WS=6906075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	6909378	rs5819132	C	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=39.57;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	6909379	rs3934010	C	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.68;QD=48.05;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	6915401	rs2271316	C	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=7;PP=398;SC=AAACCATGCCCGATCCCCAAA;SOR=1.387;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=24;WE=6915409;WS=6915391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	6919093	rs14309	T	C	2992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.33;SOR=1.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	6927350	rs312461	A	G	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=377;SC=GAAGCTGCGCATGTCTCCCTT;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=6927358;WS=6927340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	6928019	rs146207245	C	CCAG	6239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.007;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.216;NF=8;NR=44;PP=2529;ReadPosRankSum=-0.538;SC=GACGAGGCCTCCAGCAGCAGC;SOR=0.316;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=78;TCF=10;TCR=68;TR=52;WE=6928027;WS=6928009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,153:0.94:162
chr17	6929924	rs379478	T	C	6153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=52;PP=2965;SC=TTGCCAGTCATCGTACAGTGC;SOR=1.189;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=96;TCR=52;TR=148;WE=6929932;WS=6929914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	6933217	rs421264	T	G	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=28;PP=772;SC=GTGTGGAGGCTGCAGGGAGAA;SOR=1.436;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=6933225;WS=6933207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	6942108	rs11078663	C	T	9959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=119;PP=2965;SC=TGGCCTTCTCCGTGCTGCCTG;SOR=0.737;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=252;TCF=125;TCR=127;TR=243;WE=6942116;WS=6942098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,372:1.00:372
chr17	6943266	rs4796576	G	A	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=25;PP=714;SC=CCAAGGAGGGGCTGGAAGAGG;SOR=1.199;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=38;WE=6943274;WS=6943256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	7011064	rs199979065	GCACACTACACACACCGCACACGTA	G	7658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=1.280;NF=25;NR=96;PP=2974;ReadPosRankSum=-2.349;SC=ACGCACACGTGCACACTACAC;SOR=0.922;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=141;TCF=36;TCR=105;TR=121;WE=7011095;WS=7011054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,308:0.99:310
chr17	7011722	rs62061385	G	A	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=22;PP=835;SC=TTGCAGACTCGGCACTGAGCC;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=7011730;WS=7011712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	7017350	rs10459915	A	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=9;PP=422;SC=CTGTTCACAGAGTGGGTGCGG;SOR=0.914;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=22;WE=7017358;WS=7017340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	7017420	rs10459916	G	A	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=13;PP=797;SC=CAAAGCCGCAGAAACTGCACA;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=7017428;WS=7017410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	7080111	rs34652175	TCA	T	227.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.499;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,18:0.19:97
chr17	7139238	rs222851	G	A	10972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=111;PP=2965;SC=GCCCCAGCCCGAACCTCTCAC;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=242;TCF=131;TCR=111;TR=242;WE=7139246;WS=7139228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr17	7140606	rs222852	A	G	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=21;PP=972;SC=ATAATTTCTAAGGGCCTCCTT;SOR=0.917;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=54;WE=7140614;WS=7140596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	7145492	rs58574748	C	CA	4971.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=36;PP=2936;SC=CTGCCTGTCCCGATCCAAGGC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=74;WE=7145500;WS=7145482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	7166660	rs77549883	C	T	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=31;PP=827;SC=CACACTCGCCCGTTTCTCTTT;SOR=3.442;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=35;WE=7166668;WS=7166650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	7185788	rs222848	T	C	7406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=89;NR=70;PP=2961;SC=CCCCCCCTCCTCCAGCTCAGG;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=159;WE=7185796;WS=7185778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr17	7192091	rs222842	C	T	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	7192198	rs222841	T	G	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=22;PP=749;SC=GTTCTTTTTGTTTTTGAGACA;SOR=0.976;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=15;TCR=22;TR=36;WE=7192206;WS=7192188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	7193055	rs3833134	GA	G	2352.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=19;PP=1007;SC=CTAAGGCAAGGAACAAGGCTC;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=7193068;WS=7193045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	7193060	rs55781423	A	G	2360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=19;PP=696;SC=GCAAGGAACAAGGCTCTGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=7193068;WS=7193045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	7193255	rs3744405	G	A	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=16;PP=1199;SC=ACACTGGAAGGGGAAGACCAA;SOR=1.418;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=55;WE=7193263;WS=7193245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	7193448	rs222838	A	G	3434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=48;PP=1480;SC=CTGGAGCCAGATTATCCACAG;SOR=0.783;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=88;WE=7193456;WS=7193438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	7194010	rs2521992	C	T	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=17;PP=438;SC=GTGGAATGTGCTTGCACCCAT;SOR=2.737;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=20;WE=7194018;WS=7194000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	7197633	rs8069533	A	G	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	7197794	rs222859	C	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.08;NF=5;NR=5;PP=128;SC=CGCTGTAGCCCCCGCTGCCGC;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=7197802;WS=7197784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	7213560	rs72840907	C	G	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=35;PP=1207;SC=TTTCAGGTCACCTTGCTGCTT;SOR=0.845;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=7213568;WS=7213550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	7213694	rs4796399	C	A	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=327;SC=AACATTCTTGCTAGCACTTCC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=7213702;WS=7213684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	7214824	rs11658072	C	T	5529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=50;PP=1994;SC=CTCCCTGCTTCTGTGCTCAGC;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=108;WE=7214832;WS=7214814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	7217463	rs2292064	T	C	2939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=37;PP=1555;SC=CAGCTGATGTTAGGGTGGTCA;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=77;WE=7217471;WS=7217453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	7220697	rs62059198	G	T	10019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=108;PP=2965;SC=TACCTGGGAGGAGAACTGGGT;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=239;TCF=131;TCR=108;TR=239;WE=7220705;WS=7220687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr17	7221385	rs1127440	G	A	4822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=58;PP=2145;SC=GGGACTCACCGGGAAGCAGCA;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=7221393;WS=7221375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	7221544	rs7222233	T	C	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=37;PP=1444;SC=AGGGTGAGGGTGGGGGAGTAG;SOR=0.820;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=43;TCR=39;TR=80;WE=7221552;WS=7221534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	7221707	rs7216490	G	T	9416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=133;NR=101;PP=2965;SC=GACAGAGCTTGGTCAGACCCC;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=134;TCR=101;TR=234;WE=7221715;WS=7221697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr17	7224319	rs3809811	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=372;SC=TTTGCACAGATCCTGAGTGTG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=7224327;WS=7224309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	7225149	rs3809814	C	G	8032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=87;PP=2965;SC=TCGTGATGGGCCTCGCAGCCC;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=93;TCR=88;TR=180;WE=7225157;WS=7225139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr17	7225425	rs2062771	T	C	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=34;PP=841;SC=GAAATGGGGATGCCAACGCCC;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=14;TCR=34;TR=48;WE=7225433;WS=7225415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	7226957	rs35776863	G	A	17734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=197;NR=175;PP=2965;ReadPosRankSum=1.463;SC=ACACACAGACGGCCCTCACCA;SOR=0.327;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=373;TCF=197;TCR=176;TR=372;WE=7226965;WS=7226947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,686:1.00:687
chr17	7246851	rs3809828	C	T	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=25;PP=1348;SC=GAGCTGGGTACCGGGGACGGG;SOR=1.046;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=66;WE=7246859;WS=7246841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	7246940	rs3809829	T	G	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=41;PP=1607;SC=CCTCGAGGCTTGGGGGTCTCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=83;WE=7246948;WS=7246930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	7251605	rs2292066	G	C	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=36;PP=1803;SC=GGAAGACTGCGTGCTTCTCCC;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=87;WE=7251613;WS=7251595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	7253659	rs2292068	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=17;PP=370;SC=CAGAAGCCTGTGCTGTGGGGC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=7253667;WS=7253649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	7258861	rs9895595	C	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=20;PP=734;SC=GACCCCAGAACCTGGGCTGAT;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=38;WE=7258869;WS=7258851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	7259073	rs6503016	C	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=9;PP=549;SC=GACAGGAGGGCTGATCAGGGA;SOR=4.514;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=25;WE=7259091;WS=7259063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	7259083	rs144825300	A	AG	539.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=7;PP=823;SC=CTGATCAGGGAGGGGCTGCGT;SOR=3.500;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=22;WE=7259091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	7259668	rs3744406	T	C	3788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=46;PP=1662;SC=AGTCGGTGCGTGTGGGTCCCA;SOR=0.750;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=7259676;WS=7259658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	7286266	rs1554947	C	T	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=49;NR=34;PP=1456;SC=AGGCTGGCTCCCTGTGGCTAC;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=49;TCR=35;TR=83;WE=7286274;WS=7286256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	7290787	rs5819155	TG	T	4402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=45;PP=2368;SC=GTGGGTGTGGTGGACTCCAGA;SOR=0.710;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=11;TCR=47;TR=56;WE=7290795;WS=7290777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	7290821	rs968580	T	C	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=39;PP=1285;ReadPosRankSum=-0.268;SC=TCAAGACCAGTCCTTCAATTC;SOR=0.747;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=72;WE=7290829;WS=7290811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,113:0.98:115
chr17	7290922	rs35318852	AT	A	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.231;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr17	7292107	rs6503018	G	A	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=52;PP=2024;SC=TCTGTCACAGGTGGAGCTGAG;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=51;TCR=52;TR=103;WE=7292115;WS=7292097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	7293715	rs3744549	C	T	3372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=25;PP=1728;SC=TAACTGGTGACGGCAGAGGGC;SOR=1.355;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=81;WE=7293723;WS=7293705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	7297452	rs4613118	A	G	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.34;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	7306727	rs17882626	A	G	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=45;PP=1527;SC=AAAAACAGAAACGAAGGGATG;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=7306735;WS=7306717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	7307074	rs71370494	G	C	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.53;QD=26.17;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	7307103	.	A	ACC	148.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-0.000;QD=18.59;ReadPosRankSum=0.921;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr17	7307287	rs9900153	T	C	10228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=109;NR=81;PP=2965;SC=ACGCCCCAAGTACAGTCCCAT;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=109;TCR=81;TR=190;WE=7307295;WS=7307277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr17	7317647	rs60631713	A	AC	2500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=38;PP=2477;SC=CCACCTGCCCACCCCTCCCCA;SOR=2.155;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=60;WE=7317655;WS=7317637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	7318396	rs2241233	C	T	4250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=61;PP=1904;SC=GAGAGGACAGCGCTGAAGCTG;SOR=1.193;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=37;TCR=62;TR=98;WE=7318404;WS=7318386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	7318559	rs6503019	G	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.43;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	7318935	rs12947017	C	T	8006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=86;PP=2965;SC=TGCTCATCGGCGTCAACCAGG;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=127;TCR=86;TR=213;WE=7318943;WS=7318925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr17	7320631	rs201972977	C	T	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=57;PP=1952;SC=GACTACTCCACGGAGCTGAGC;SOR=0.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=55;TCR=57;TR=111;WE=7320639;WS=7320621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	7321067	rs62061175	C	T	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=215;SC=CTCCCACCGCCACCAGCCACA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=7321075;WS=7321057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	7329632	rs13290	T	G	10179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=125;PP=2965;SC=CTCCTCTTTCTCCTGCCACCA;SOR=0.845;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=95;TCR=126;TR=220;WE=7329640;WS=7329622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr17	7345819	rs4151129	A	AGGTAC	1070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=3;PP=603;SC=TCCCCCAAAAAGGATTTGTGC;SOR=2.636;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=11;WE=7345827;WS=7345809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	7346302	rs3853818	T	C	3964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=41;PP=2077;SC=AGGGTGAATGTACGGGAAGGG;SOR=1.067;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=65;TCR=41;TR=106;WE=7346310;WS=7346292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	7348625	rs17856697	A	G	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=42;PP=1429;ReadPosRankSum=-0.889;SC=CGACTCCGGGAGAAACTTTTC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=88;WE=7348633;WS=7348615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,161:0.99:163
chr17	7350544	rs2302767	G	A	5023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=79;PP=2400;SC=CTGACTCCCCGGCGACTCCCA;SOR=1.097;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=126;WE=7350552;WS=7350534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	7358803	rs7214344	G	A	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=34;PP=1059;SC=ACCCACATAAGAGGGAGAGGG;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=56;WE=7358811;WS=7358793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	7358861	rs2302762	T	C	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=26;PP=825;SC=GCCCATGCTCTCGGAAGACGC;SOR=2.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=35;WE=7358869;WS=7358851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	7358930	rs56074046	G	A	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=253;SC=GGGGAGGTGGGAACTAAAACA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=7358938;WS=7358920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	7359368	.	CTTTTTTTTTTTT	C	572.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.53;QD=31.82;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	7385174	rs8065577	G	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=3;PP=655;SC=TTCTAGCTCCGAAGAGTTCCT;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=7385182;WS=7385173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	7400041	rs9890920	C	T	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=24;PP=1388;SC=AGGGAAATGGCCCACCCTCTG;SOR=1.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=68;WE=7400049;WS=7400031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	7400137	rs9898024	T	C	6128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=69;PP=2699;SC=TGGCCTAGAGTTGTATGCGGA;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=141;WE=7400145;WS=7400127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	7401335	rs111845660	G	GGCTCTGGGGT	3406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=27;PP=2970;SC=TTCCACTCAGGGAGGGTGGCT;SOR=0.811;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=18;TCR=33;TR=41;WE=7401343;WS=7401325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	7401572	rs41554719	A	T	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=47;PP=1325;SC=CTGAGCAGAAAGCTTTCCAAG;SOR=1.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=16;TCR=47;TR=63;WE=7401580;WS=7401562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	7402556	rs2277638	G	A	7058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=81;PP=2965;SC=TCAAGGTTTCGCTGCAGACAT;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=165;TCF=84;TCR=81;TR=165;WE=7402564;WS=7402546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	7402600	rs2228129	T	C	7965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=101;NR=95;PP=2965;SC=TTAACTGTAGTGTGACAACTC;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=196;TCF=101;TCR=95;TR=196;WE=7402608;WS=7402590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr17	7403942	rs12936464	A	C	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=5;PP=757;SC=TGTCTGCCTTACTCTTTGTCT;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=7403950;WS=7403932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	7404107	rs7217707	T	C	8098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=87;PP=2965;SC=GTACCCACAGTACCCATCCCG;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=83;TCR=87;TR=169;WE=7404115;WS=7404097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr17	7404209	rs6503030	G	A	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=72;PP=2458;SC=GAATTTGGACGTGGGAGCCAG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=65;TCR=72;TR=137;WE=7404217;WS=7404199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	7404991	rs2228130	T	C	4646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=58;PP=2110;SC=CTGAATACAATAACTTCAAGT;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=47;TCR=58;TR=105;WE=7404999;WS=7404981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	7405074	rs8075218	C	T	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;SC=TTTCCATATACGGGGCCGCTG;SOR=0.994;Source=Platypus;TC=80;TR=78;WE=7405082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	7406343	rs9890028	T	C	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=0;PP=309;SC=ACCACTGTACTTGGTCGGCTG;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=7406351;WS=7406340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	7411855	rs4796432	A	G	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=17;PP=440;SC=TCAACTGGGTATGGTGGCTCA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=7411863;WS=7411845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	7412212	rs9889368	A	G	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	7413038	rs2269459	A	G	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=31;PP=896;SC=TGCAATCAACATTGAGGGGCG;SOR=1.164;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=47;WE=7413046;WS=7413028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	7413057	rs7213878	C	T	2423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=25;PP=689;SC=CGGCCAGGCGCGGTGGCTCAC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=7413065;WS=7413047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	7413120	rs7218412	A	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=284;SC=ACCTGAGCTCAGGAGTTCGAG;SOR=3.767;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=7413128;WS=7413110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	7414958	rs2071502	G	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=21;PP=646;SC=CTGGCTCTCAGGCCCCTCATT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=7414966;WS=7414948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	7416683	rs9894023	A	G	43522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1738;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=454;NR=425;PP=2965;ReadPosRankSum=1.499;SC=CCAGCTACTCACCGACATCTC;SOR=0.240;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=893;TCF=459;TCR=434;TR=879;WE=7416691;WS=7416673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1701:1.00:1702
chr17	7417086	rs4344809	G	A	25857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1007;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=273;NR=254;PP=2965;SC=CTACAGCCCAGCCTCACCCAA;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=528;TCF=274;TCR=254;TR=527;WE=7417094;WS=7417076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,992:1.00:992
chr17	7417551	rs9533	T	C	3625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=106;PP=2506;SC=CCCGTGCTGCTGTGCAGTTCT;SOR=3.031;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=23;TCR=106;TR=129;WE=7417559;WS=7417541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	7452752	rs80067372	G	A	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=16;PP=737;SC=GAGATGTCAGGTGGAGCGGCA;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=34;WE=7452760;WS=7452742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	7453505	rs62059804	C	A	4700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=57;PP=2290;SC=TTCGGCCTCGCAGAAGTGGTG;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=115;WE=7453513;WS=7453495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	7460559	rs4968189	T	G	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=49;PP=1823;SC=AGGTGTCTGGTCTGTTGGCCC;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=96;TCF=47;TCR=49;TR=96;WE=7460567;WS=7460549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	7462969	rs3803800	A	G	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=34;PP=1179;SC=GCCTGGGAGAATGGGGAGAGA;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=7462977;WS=7462959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	7467238	rs55738870	A	G	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=135;SC=TGCCGGCTCCAGAAGAGCTGC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=7467246;WS=7467228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	7470285	rs58837213	CA	C	5246.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=45;PP=2767;SC=AACTCCGTACCAAAGGGTTAT;SOR=0.848;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=25;TCR=46;TR=69;WE=7470293;WS=7470275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	7474277	rs4968213	C	T	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=25;PP=712;SC=GGCCACCTCCCCTAGCTCTGA;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=7474285;WS=7474267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	7474539	rs28625968	C	T	669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=1;PP=507;SC=AGAACACTAGCTTTAGAGTCA;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=22;WE=7474547;WS=7474529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	7477938	rs1057086	G	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=200;SC=GCATCTACGCGTATGGTTTTG;SOR=0.818;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=7477946;WS=7477928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	7490379	rs2302661	G	C	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.18;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	7491910	rs7211847	G	A	109.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=83;SC=CTGGGTTGGAGGTGAGTCTGG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=7491918;WS=7491900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	7499382	rs858526	A	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=587;SC=GACCCTTTGCATAACTTAAAT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=7499390;WS=7499372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	7530147	rs858521	G	C	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.79;QD=27.30;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	7530271	rs858520	C	T	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=24;PP=884;SC=CCCGATATTCCGGCATCACAT;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=42;WE=7530279;WS=7530261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	7533717	rs6257	T	C	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=77;PP=2965;SC=GCTTTGTTTGTTTTCTCTTTC;SOR=0.731;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=86;TCR=77;TR=161;WE=7533725;WS=7533707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	7536460	rs55784804	G	T	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=10;PP=1098;SC=AAAGTGGGGAGAAGATTCTGG;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=50;WE=7536468;WS=7536450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	7557419	rs1642763	A	G	9696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=100;PP=2965;SC=GCCGCCCTGGACGCTATTACG;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=213;TCF=111;TCR=102;TR=211;WE=7557427;WS=7557409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr17	7559037	rs55831773	C	T	6892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=86;PP=2965;SC=CTGCACTGCTCCTCCGGCCCA;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=77;TCR=86;TR=163;WE=7559045;WS=7559027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	7576443	.	CA	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.610;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr17	7660622	rs62062621	C	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=31;PP=869;SC=CTCTTATCTGCCCTGTAATGT;SOR=2.110;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=39;WE=7660630;WS=7660612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	7674850	rs7212989	C	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=411;SC=GTCATGGTTGCGTGCTTCATT;SOR=3.816;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=7674858;WS=7674840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	7677927	rs4791759	A	G	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=0;PP=513;SC=CATGTTAGACAGTCTGGGGAT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=7677935;WS=7677922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	7680159	rs62059684	G	A	6375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	7681412	rs7359662	C	G	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=39;PP=1746;SC=ATGACTGTGTCATCCGCCAGA;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=52;TCR=39;TR=91;WE=7681420;WS=7681402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	7690404	rs72840094	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=31;PP=816;SC=ACCGGAGGGCGTGGGCCGGGG;SOR=2.726;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=36;WE=7690412;WS=7690394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	7701204	rs8072174	A	G	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=16;PP=443;SC=GGGTATGTCTAAGGAAATAGG;SOR=2.948;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=7701212;WS=7701194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	7701806	rs2131810	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=401;SC=GTTCCTAAATCTCAGAAAAGG;SOR=1.230;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=7701814;WS=7701796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	7702126	rs138048200	GCACACCCCCACTGC	G	370.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=2499;SC=TGTGCCACTGGCACACCCCCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=7702147;WS=7702116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	7702357	rs12949280	C	T	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=11;PP=1357;SC=CCACCTGACCCGCTGCCCCCG;SOR=2.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=46;TCR=11;TR=57;WE=7702365;WS=7702347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	7705344	rs8073196	G	C	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=49;PP=1201;SC=AAGTATGAAGGGGGGCAGGGG;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=79;WE=7705352;WS=7705334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	7705410	rs8073332	G	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=27;PP=705;SC=AAATGATGCTGATGTGCAAGG;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=7705418;WS=7705400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	7707839	rs56187054	C	T	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=17;PP=455;SC=CCGGCTACTGCGTCAGGGAAC;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=7707847;WS=7707829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	7708163	rs367854692	CA	C	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=2.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.61;ReadPosRankSum=0.093;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr17	7721030	rs872346	G	A	5553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=61;PP=2068;SC=GGCAACAGGTGAGGGTGCTGC;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=59;TCR=62;TR=119;WE=7721038;WS=7721020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr17	7722365	rs7213894	C	T	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=34;PP=1018;SC=GAGATCAACACTGACTTGGCG;SOR=1.014;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=58;WE=7722373;WS=7722355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	7726612	rs34255363	C	CA	48.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=2.100;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr17	7726665	rs55758061	C	CAGAG	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=49.03;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	7733555	rs7405476	A	G	1373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=8;PP=951;SC=TGTACATGGCAGTGCTAGTGG;SOR=3.486;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=41;TCR=8;TR=48;WE=7733563;WS=7733545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	7733833	rs34121753	A	G	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=57;PP=1681;SC=AGGGGTCCTCATCCCAGCCCT;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=24;TCR=57;TR=81;WE=7733841;WS=7733823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	7736242	rs116930996	C	G	2983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=36;PP=1323;SC=GTGTATCCCCCCAAGGTGGGA;SOR=0.763;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=7736250;WS=7736232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	7750177	rs61462443	T	TACCACC	2219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-0.280;QD=38.94;ReadPosRankSum=0.304;SOR=3.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,54:0.95:57
chr17	7754993	rs12939056	G	A	4422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=63;PP=2245;SC=AGGAGCTGCTGAAGCTGCCCG;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=38;TCR=63;TR=100;WE=7755001;WS=7754983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	7788145	.	CGAG	C	82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=73;MMLQ=18;MQ=59.87;NF=0;NR=3;PP=82;QD=31.0;SC=CTCTGAGGGACGAGGAGGAGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=3;WE=7788155;WS=7788135;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,3:0.20:15
chr17	7788409	rs201772788	C	G	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.36;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	7811876	rs112421907	C	CA	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.861;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.653;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,24:0.18:136
chr17	7811998	rs4239111	T	C	4136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=56;PP=2339;SC=TGATGGTTCCTTTTCCTTCAT;SOR=0.746;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=115;WE=7812006;WS=7811988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	7942434	rs73972649	A	G	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=27;PP=1334;SC=CCCGCTCTGCAGCCCTGTGCG;SOR=1.158;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=47;TCR=27;TR=74;WE=7942442;WS=7942424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	7942901	rs76589243	C	G	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=9;PP=391;SC=GGGCGGGGACCCTGGTGCTGC;SOR=0.869;Source=Platypus;TCF=6;TR=15;WE=7942909;WS=7942891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	7945593	rs7503115	G	T	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=2;PP=366;SC=GTCTGGCTGTGACCAGGCCCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=7945601;WS=7945583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	7961115	rs7214969	G	C	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=8;PP=205;SC=ATGAATTGTGGCCTCAGGAAC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=7961123;WS=7961105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr17	7991330	rs9909784	T	G	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=202;SC=CGGGGGAGGGTAGGGGGAGGG;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=10;WE=7991338;WS=7991320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	7991628	rs9903712	C	A	107.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	8015579	rs894505	G	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=17;PP=498;SC=ATCACTGTGTGCCCCTCTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=8015587;WS=8015569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	8027593	rs3027279	G	T	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=29;PP=726;SC=AAACTGGCCTGGGAGTGCGGG;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=8027601;WS=8027583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	8045060	.	CT	C	1968	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=59.53;NF=33;NR=35;PP=1968;QD=29.3088235294;SC=GAGCTCAATTCTTTTTTCTCC;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=72;TCF=36;TCR=36;TR=68;WE=8045068;WS=8045050;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,68:0.94:72
chr17	8046772	rs2585405	C	G	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	8048169	rs2253820	T	C	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=43;PP=1381;SC=CTTCCTTCTGTGTGTGCAGGG;SOR=0.902;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=73;TCF=28;TCR=45;TR=71;WE=8048177;WS=8048159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	8048283	rs2735611	G	A	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=614;SC=CTGGGGCTAGGCCAGGCAGGT;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=8048291;WS=8048273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	8050737	rs885747	G	C	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=46;PP=1985;SC=GGCTTGACCCGGCTTCCCACA;SOR=0.866;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=108;WE=8050745;WS=8050727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	8052525	rs147233293	CAAAAACA	C	1852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.87;MQRankSum=0.666;QD=39.42;ReadPosRankSum=1.735;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr17	8064083	rs1061032	T	G	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	8066107	rs2304909	G	A	153.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	8076778	rs9894790	C	T	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=9;PP=621;SC=AAGAATCAGACAGGAGCAATC;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=32;WE=8076786;WS=8076768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	8076802	rs9901637	T	A	2485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=17;PP=943;SC=GTGTTGCAAGTCCTGATTACG;SOR=1.214;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=47;WE=8076810;WS=8076792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	8076911	rs11655582	A	G	6684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	8076916	rs11650713	C	T	6703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.53;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	8079029	rs8064449	G	C	6828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=97;NR=69;PP=2965;SC=AGGGAGTCCTGATAGAAGTGG;SOR=0.933;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=98;TCR=71;TR=166;WE=8079037;WS=8079019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr17	8092694	rs8531	T	G	3626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=48;PP=1911;SC=CGGGGTCGATTGGGGGAATGG;SOR=0.945;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=33;TCR=48;TR=81;WE=8092702;WS=8092684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	8108331	rs1059476	A	G	5957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	8108339	rs2241909	G	A	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.29;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	8110764	rs2289590	C	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=25;PP=867;SC=CTTCCTCATCCCATCCTGTCC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=18;TCR=25;TR=43;WE=8110772;WS=8110754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	8132763	rs3826543	T	C	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=32;PP=774;SC=GGCAGGGGAATGCTAAATAAA;SOR=1.195;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=8132771;WS=8132753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	8135061	rs3027238	T	C	4151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=36;PP=1445;SC=CCAGGAGCTATGAGTCGGTAC;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=87;WE=8135069;WS=8135051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	8137737	rs4792621	G	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	8139327	rs4791626	A	G	7820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=90;PP=2965;SC=CCTCTTTGAAAACCCACATTT;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=185;TCF=94;TCR=91;TR=184;WE=8139335;WS=8139317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr17	8141707	rs6503093	T	C	4175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=40;PP=1903;SC=ACCTTCCACTTACCTCACAGC;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=91;WE=8141715;WS=8141697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	8157310	rs9891699	C	T	8849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=91;PP=2965;SC=GGGGGCAGCCCCTGGACACAC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=203;TCF=109;TCR=94;TR=198;WE=8157318;WS=8157300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr17	8158273	rs6503094	A	G	3064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=33;PP=1355;SC=AGACAGCAGTAGGCAGGATCC;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=80;WE=8158281;WS=8158263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	8159232	rs7221716	A	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=18;PP=478;SC=CCAATAGGTGAGGAGAAATGG;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=24;WE=8159240;WS=8159222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	8161149	rs4791641	C	T	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=9;PP=520;SC=TGGGAGGATCCAAGCTTCCAG;SOR=1.047;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=8161157;WS=8161139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	8166378	rs7206953	T	C	3039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=26;PP=1647;SC=GGGGAGCGTATAGGAGCTTCC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=79;WE=8166386;WS=8166368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	8167600	rs11078738	T	C	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=39;PP=1835;SC=CCGACACCCCTGCCAACCCCT;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=66;TCR=39;TR=105;WE=8167608;WS=8167590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	8168224	rs9902252	T	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=14;PP=757;SC=TGGACCGCTCTGTGGGAGGCC;SOR=1.262;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=8168232;WS=8168214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	8168805	rs9897842	A	G	4134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=50;PP=2174;SC=TGGGAGCCCCAGGGAGGGGAG;SOR=0.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=72;TCR=50;TR=121;WE=8168813;WS=8168795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	8169006	rs11655563	T	C	4000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=62;PP=1983;SC=GTGATCTTTGTTTGGCTCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=95;WE=8169014;WS=8168996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	8193473	rs11245	G	A	147.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=23;SC=TGGGTCTCTCGATTCCCTTTG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=8193481;WS=8193463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	8194318	rs72835272	GT	AC	6292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=44;PP=2771;SC=GAGGAAGAGCGTTGTCAACCA;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=75;WE=8194327;WS=8194308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	8215755	rs115065009	C	T	9388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr17	8275001	rs2909439	C	T	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=47;SC=CCAGTTTTGACGCTGCCAGAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=8275009;WS=8274991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	8275023	rs1004151	T	G	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	8283379	rs409445	C	G	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=19;PP=532;SC=AAAGAGCCCACTTCGGCAACC;SOR=0.902;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=8283387;WS=8283369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	8296383	rs12601362	C	T	1351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=14;PP=544;SC=GGGAGCTGGGCGCTCTGGCCC;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=32;WE=8296391;WS=8296373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	8296440	rs12601265	G	A	1531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=17;PP=858;SC=CTCCAGGCAGGGGAGGAGGCG;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=26;TCR=17;TR=43;WE=8296448;WS=8296430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	8339103	rs8065181	C	T	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.72;SOR=4.047;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	8339307	rs8064417	G	A	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=13;PP=571;SC=TGGCCGGGCCGGCGGAGGGGA;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=30;WE=8339315;WS=8339297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	8349984	rs369297844	T	TC	234.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=1;PP=249;SC=TTCCTTGGGTTCCCCCCCACC;SOR=3.056;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=9;WE=8349992;WS=8349974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	8363624	rs3817003	G	A	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=241;SC=GTGACATGACGTCTGTTGTTG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=8363632;WS=8363614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	8383253	rs4791316	G	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=286;SC=GTCCTCCCAGGCTCTGAATGC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=8383261;WS=8383249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	8383894	rs6503120	A	G	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=29;PP=977;SC=AGCACAGCACAGGAGCCTCAG;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=8383902;WS=8383884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	8384875	rs904417	T	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=13;PP=307;SC=AATTAAACTGTCAAGAAAATC;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=8384883;WS=8384865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	8387438	rs113838551	G	GATGA	4452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=21;PP=2512;SC=TGAACAAATGGATAAGTAACA;SOR=1.345;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=45;WE=8387446;WS=8387428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	8390733	rs3826463	A	G	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=9;PP=364;SC=CAGAGACTCCATGGGTGAAGG;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=8390741;WS=8390723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	8395894	rs904416	T	C	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	8411812	rs11658073	C	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=7;PP=602;SC=GTTCTGATTACAGTAAAAGCT;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=8411820;WS=8411802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	8412133	rs9889907	A	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=25;PP=646;SC=ACTGTACACAATCACATGCTG;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=32;WE=8412141;WS=8412123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	8413314	rs36135285	CCA	C	3173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=28;PP=1454;SC=CGAGATTTGACCACACATTCA;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=30;WE=8413323;WS=8413304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	8413358	rs35193113	A	ATTT	501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.07;ReadPosRankSum=-0.468;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr17	8413380	rs11650834	G	A	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=368;SC=TTTTTGACACGGAGTCTCGCT;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=8413388;WS=8413370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	8417006	rs34684979	G	GT	339.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=2.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.820;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,40:0.29:138
chr17	8424270	rs8067456	G	A	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=50;PP=2132;SC=CCAGGACACCGTTACAGCGAA;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=118;WE=8424278;WS=8424260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	8449716	rs35537538	TA	T	337.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.632;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr17	8449767	rs4791724	A	G	2199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=19;PP=1065;SC=AAGACAGTTTATATTGATTCA;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=8449775;WS=8449757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	8451744	rs57472344	GA	G	852.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=15;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=24;PP=596;SC=TTGATAAAAAGAAAAAAAAAA;SOR=1.206;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=32;WE=8451752;WS=8451734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	8478605	rs268460	C	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=19;PP=556;SC=ATGTGTTCCACAGGGAATTTG;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=30;WE=8478613;WS=8478595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	8479841	rs1431307	A	C	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.61;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	8647181	rs9902109	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=7;PP=374;SC=TCCCACTTTCTACCCCATGCC;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=16;WE=8647189;WS=8647171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	8647337	rs7218546	A	G	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=26;PP=1001;SC=AGGCTCTCCCAGAGCCCCAGC;SOR=2.833;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=51;WE=8647345;WS=8647327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	8658901	rs74844184	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	8701799	rs17854013	G	T	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=56;PP=1916;SC=TTCCCCCCAGGAAGCAAGGGG;SOR=0.815;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=104;WE=8701807;WS=8701789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	8725214	rs56322041	A	AG	7772.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=74;PP=2936;SC=AGTGGCCCGCAGGAAACGGTG;SOR=0.929;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=11;TCR=75;TR=85;WE=8725222;WS=8725204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	8812683	rs181534	T	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=213;SC=CTCAGCTCACTGCAACCTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=8812691;WS=8812673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	9083081	rs9907119	C	T	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=21;PP=1791;SC=ATGCACTGGCCGCTTCCCCCT;SOR=1.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=58;TCR=21;TR=79;WE=9083089;WS=9083071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	9083377	rs9906162	G	T	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=36;PP=1035;SC=TTTTTGGTTGGTTGAGTCTCA;SOR=1.310;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=9083385;WS=9083367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	9083395	rs9906347	G	A	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=35;PP=1010;SC=TCACTGTGTCGCCCAGGCTGG;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=9083403;WS=9083385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	9086228	rs2302196	C	A	10520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.66;ReadPosRankSum=-0.409;SOR=0.268;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,409:1.00:410
chr17	9086293	rs2302197	G	C	5209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	9086561	rs16957995	C	A	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=12;PP=462;SC=TACTTGTCCACCAGCTGCCCG;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=9086569;WS=9086551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	9086676	rs16957998	T	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=16;PP=595;SC=GGGCACAGGGTCGCACAAGCA;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=31;WE=9086684;WS=9086666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	9086708	rs62068199	T	C	677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=13;PP=374;SC=GCCCAGGAGCTGGGCGTGGGG;SOR=0.922;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=9086716;WS=9086698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	9086743	rs62068200	C	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=10;PP=244;SC=CATTTTCATTCGCCTCTAACT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=9086751;WS=9086733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	9395033	rs6503214	A	G	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.55;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	9395231	rs9893664	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=9;PP=296;SC=CAAGGCCTGCGTCCTGTTCTG;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=9395239;WS=9395221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	9408290	.	C	CAAAAAAAA	718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=39.93;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	9408594	rs2249929	A	C	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=21;PP=588;SC=CAATTCAAACACAATTTATTG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=9408602;WS=9408584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	9408609	rs2125348	A	G	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=521;SC=TTATTGCATCATTAGTTTATG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=9408617;WS=9408599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	9471711	rs1133295	T	G	479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=7;PP=216;SC=TCACCTTTTCTTTCATATTGA;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=9471719;WS=9471701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	9479048	rs7210038	T	C	3281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	9479098	rs7224817	C	A	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=3.388;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.69;ReadPosRankSum=0.588;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,191:0.99:192
chr17	9479364	rs6503230	T	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=471;SC=TTAAAATTGTTAAATAGAAAC;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=9479372;WS=9479354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	9501532	rs199527065	GT	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr17	9515777	rs6503235	G	A	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=47;PP=1473;SC=TGATGCTGTCGAGGATATTGT;SOR=0.991;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=78;WE=9515785;WS=9515767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	9559866	rs77805894	A	G	688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=8;PP=264;SC=GTCACTCTCAAAACAACACAA;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=9559874;WS=9559856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	9632247	rs12450515	A	G	4036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=38;NR=49;PP=1543;SC=CCTTTCAGAGAGTCAAATATC;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=87;WE=9632255;WS=9632237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	9712092	rs56256681	G	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=8;PP=696;SC=TGTCCAGTCTGACACTCTGCT;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=9712100;WS=9712082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	9712255	rs9908677	G	A	5088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=57;PP=1978;SC=GTCAGTATCAGAACGATATCC;SOR=0.703;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=110;WE=9712263;WS=9712245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	9714009	rs4079466	C	A	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	9725101	rs8067929	G	A	14791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=198;NR=154;PP=2965;SC=GGCTCTCCTCGCAGGACTGCC;SOR=0.868;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=353;TCF=198;TCR=155;TR=352;WE=9725109;WS=9725091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,568:1.00:568
chr17	9725338	rs8068308	G	A	2521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=2.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	9725347	rs8070074	A	G	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.88;SOR=2.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	9729649	rs2047666	A	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=27;PP=827;SC=GGCCTCATGTAAGCAATTTGG;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=9729657;WS=9729639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	9760716	rs2293100	G	T	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=19;PP=1126;SC=CTGAGGGAAGGCATTTGGTTT;SOR=1.125;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=55;WE=9760724;WS=9760706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	9763575	rs2272034	C	A	137.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=4;PP=110;SC=TATGTGTGTGCACACAAATGC;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=9763583;WS=9763565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	9764531	rs2001486	A	G	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=22;PP=738;SC=GTAATTCACCAGGTGTTATTC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=9764539;WS=9764521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	9768941	rs756224	A	G	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=11;PP=1438;SC=TGCACACATAAGCCTCAAGTG;SOR=2.196;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=52;TCR=12;TR=63;WE=9768949;WS=9768931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	9769199	rs756223	T	C	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=93;PP=2965;SC=GAGCATTCCCTTTGGTCACAA;SOR=1.173;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=48;TCR=94;TR=141;WE=9769207;WS=9769189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr17	9769278	rs4791896	G	C	2058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=42;PP=1200;SC=AGATCTTCATGTCTATCAGTT;SOR=1.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=54;WE=9769286;WS=9769268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	9783566	rs4791903	G	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=10;PP=1249;SC=ATGTTGTAGTGAAGGAGACCA;SOR=2.480;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=52;WE=9783574;WS=9783556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	9783855	rs2277690	A	G	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=39;PP=1175;SC=TCTGAACCAAAATGCCTTGAC;SOR=2.267;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=49;TCF=10;TCR=39;TR=47;WE=9783863;WS=9783845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	9791159	rs2240737	G	A	2599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=23;PP=1263;SC=GACTCCTTACGACCTGTGCAG;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=67;WE=9791167;WS=9791149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	9793441	.	T	A	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	9801299	.	ATG	A	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=0.704;SC=CCTGGGGTGGATGTGTGTGTG;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=9801308;WS=9801298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr17	9801324	rs887259	C	T	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=4;PP=626;SC=TGTGCGCGCGCGTGTGTGTGC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=29;WE=9801332;WS=9801314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	9804473	rs17744377	C	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=555;SC=GGCTGGCAACCCTGGAAAATC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=9804481;WS=9804463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	9821474	rs2270122	C	T	7378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.025;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=77;PP=2843;ReadPosRankSum=2.644;SC=TTGGGGGTCCCCCCACCAAGA;SOR=0.108;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=153;WE=9821482;WS=9821464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,284:0.99:286
chr17	9821614	rs61532416	G	GA	1707.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=28;PP=1183;SC=TTTACTTCCTGAAATCCTGCT;SOR=2.891;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=28;WE=9821626;WS=9821604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	9821618	rs55976773	T	G	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=28;PP=788;SC=CTTCCTGAAATCCTGCTCCGC;SOR=2.891;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=9821626;WS=9821604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	9939543	.	C	CT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=-0.658;SOR=0.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr17	10205047	rs62060457	C	G	3667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=57;PP=1810;SC=GGGGGTATGACGCTGTAGAGC;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=91;WE=10205055;WS=10205037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	10205067	rs2008528	C	T	3061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=55;PP=1542;SC=CCTCTCAGTCCGATTATGAGG;SOR=1.432;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=79;TCF=23;TCR=56;TR=78;WE=10205075;WS=10205057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	10213263	rs200963267	A	AT	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.07;MQRankSum=1.155;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr17	10227708	rs3826442	C	T	951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=27;PP=699;SC=CACACATGCACGCACATGTGC;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=10227716;WS=10227698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	10231498	rs2277645	A	C	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=32;PP=898;SC=CTGCACCCCCAACCTGTCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=10231506;WS=10231488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	10235360	rs8064714	G	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=1;PP=325;SC=GATCAGCTAAGAAGCAGCCCA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=10235368;WS=10235350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	10236465	rs2240579	G	A	2444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	10243589	rs4445936	C	A	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=50;PP=1873;SC=CATTTAGCAACTGCCATTTCA;SOR=0.746;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=10243597;WS=10243579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	10243717	rs3760423	G	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=29;PP=791;SC=CTCCGGAGTCGCCTGGAGACA;SOR=2.191;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=10243725;WS=10243707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	10247544	rs12453187	C	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=35;PP=930;SC=CTGGCATGTACGCTCGGTGAG;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=10247552;WS=10247534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	10249888	rs34168540	G	GA	1514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=8;PP=1513;SC=CTCTTAATGTGAAAGCTGATT;SOR=2.628;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=36;WE=10249896;WS=10249878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	10254197	rs2108568	A	G	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=31;PP=870;SC=TGGGTGGGTGAAGACTATGGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=10254205;WS=10254187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	10258153	rs3214260	GT	G	3701.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=23;PP=1277;SC=ACTCTGGGTTGTTTTTTTTTT;SOR=0.881;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=44;WE=10258163;WS=10258143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	10258155	rs5010940	T	C	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=22;PP=1352;ReadPosRankSum=0.210;SC=TCTGGGTTGTTTTTTTTTTCC;SOR=0.488;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=52;WE=10258163;WS=10258143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,79:0.96:82
chr17	10265676	rs188631380	C	T	6074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=-0.573;NF=100;NR=64;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CAGACACTCACGTAGATCATC;SOR=1.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=101;TCR=64;TR=164;WE=10265684;WS=10265666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,233:0.99:235
chr17	10314375	rs12601552	G	A	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=390;SC=ATGAGATACAGTTAAAACTAA;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=10314383;WS=10314365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	10314395	rs12601678	C	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=11;PP=372;SC=ACGTTGCTCCCTCAAAAAATG;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=10314403;WS=10314385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	10317831	rs4791406	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=7;SC=TCGAGTTTGAAAAAAGTATCA;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WS=10317821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	10317842	rs4791407	A	G	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=5;PP=104;SC=AAAAGTATCAATGCTTCTGAG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=10317850;WS=10317821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	10317940	rs4791408	A	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=23;SC=AATTGCAGATAGACAGTGATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=10317948;WS=10317930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	10318636	rs8068729	A	G	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=40;PP=1642;SC=CATTCCTCACAGTTTTGGCAT;SOR=0.824;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=10318644;WS=10318626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	10319148	rs7216301	A	G	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.72;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	10346781	rs3744554	T	C	2619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	10348354	rs2277649	T	C	7485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=82;NR=97;PP=2965;SC=CTCAGCCTCATCCAGACGGAG;SOR=0.838;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=180;TCF=82;TCR=98;TR=179;WE=10348362;WS=10348344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr17	10348705	rs3833153	A	AGAAGC	3025.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=1831;SC=GAAAGAGAAGAGAAGCACATT;SOR=0.880;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=30;WE=10348713;WS=10348695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	10355371	rs11651295	C	T	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=61;PP=2031;SC=TCAATCTGCTCCCCAAGCTCA;SOR=0.894;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=108;WE=10355379;WS=10355361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	10355763	rs917361	T	C	2225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=35;PP=1052;SC=TTTGTAGCTGTATTGCAAGGG;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=10355771;WS=10355753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	10356816	rs3744557	C	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=13;PP=394;SC=CAAGTAAGTACATTGAGGTGG;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=10356824;WS=10356806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	10358831	rs3744559	T	C	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=11;PP=654;SC=TTTCAAATAATTGCATGTCAT;SOR=1.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=10358839;WS=10358821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	10360016	rs2041123	C	G	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=27;PP=672;SC=CATATCTCTCCTCCCTCAATT;SOR=3.407;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=3;TCR=27;TR=30;WE=10360024;WS=10360006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	10362746	rs2058099	A	G	4639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=61;PP=2021;SC=GAACTACAGAACAAGATAAAT;SOR=1.017;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=96;WE=10362754;WS=10362736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	10363410	rs3744561	A	G	8446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.95;NF=90;NR=81;PP=2965;SC=CACCCACTGCATTGTACACCT;SOR=0.736;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=90;TCR=81;TR=171;WE=10363418;WS=10363400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr17	10364191	rs1029665	T	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=640;SC=AAGTTCACTATGTCAGCTTTG;SOR=3.611;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=28;WE=10364199;WS=10364181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	10396031	rs71139047	A	AT	469.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=21.35;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	10399897	rs3744563	A	G	6130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.19;QD=25.33;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	10402142	rs148781664	G	A	2139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=40;PP=1351;SC=CTCTTGGCCTGAGAACATAGA;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=61;WE=10402150;WS=10402132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	10411335	rs68047947	G	GT	1134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.25;ReadPosRankSum=2.003;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,48:0.94:51
chr17	10411370	rs4791995	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=451;SC=GTTTCACTCTTGGTTGCCCAG;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=10411378;WS=10411360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	10411397	rs4791996	G	A	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=413;SC=GTGCAGTGGCGTGATCTCGGC;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=10411405;WS=10411387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	10411632	rs35152572	A	G	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=13;PP=1192;SC=TCTGGCCTCTAGTTATGTTTT;SOR=1.946;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=55;WE=10411640;WS=10411622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	10414284	rs8082000	C	A	1120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=12;PP=572;SC=AAAAAAGAAGCAGCTCAAAAT;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=10414292;WS=10414274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	10415840	rs2007027	A	G	5448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=64;PP=2272;SC=CATCTGAAGTAAAGCCCAGAA;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=62;TCR=64;TR=126;WE=10415848;WS=10415830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	10418275	rs1017068	T	G	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=22;PP=740;ReadPosRankSum=0.853;SC=CTTTCTATAGTGAAACAGGGC;SOR=0.291;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=39;WE=10418283;WS=10418265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,65:0.98:66
chr17	10424897	rs5819275	C	CAT	49.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.319;NF=1;NR=3;PP=118;ReadPosRankSum=0.319;SC=TTATTGATGTCATATATATAT;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=4;WE=10424905;WS=10424887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr17	10427924	rs1042236	G	A	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=61;PP=2099;SC=GCTCCACCATGGCCAGCTGTT;SOR=0.882;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=109;WE=10427932;WS=10427914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	10430496	rs75608430	C	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=255;SC=GAATTCTATACTGACATCTTC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=10430504;WS=10430486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	10431275	rs12952334	A	G	299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=10;PP=252;SC=ACTTCTCCCCAAAATAAAAAA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=10431283;WS=10431265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	10431877	rs11372676	A	AT	496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=0;PP=587;SC=AAAAATGCTGATTTTTTGTGC;SOR=6.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=18;WE=10431885;WS=10431868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	10432638	rs2277651	T	C	2361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=28;PP=1449;SC=CCATAAGCAATTCTTTCTTAC;SOR=1.116;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=71;WE=10432660;WS=10432628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	10434925	rs3744565	T	C	5784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=45;PP=2416;SC=TGGTTAGTGATACCAAGGGTG;SOR=1.053;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=124;TCF=79;TCR=45;TR=124;WE=10434933;WS=10434915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	10435325	rs11379780	G	GA	627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.35;NF=1;NR=20;PP=681;SC=ACATGCAGATGAAAAAATTCT;SOR=3.098;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=21;WE=10435333;WS=10435315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	10442977	rs2277653	T	C	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=30;PP=911;SC=TGCAGTGTTTTAAATATCTCT;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=10442985;WS=10442967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	10446182	rs719277	C	T	348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	10446508	rs11078849	T	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	10448769	rs11078850	A	T	3068.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.078;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.61;ReadPosRankSum=-0.535;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr17	10450816	rs12600539	T	C	4389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=44;PP=2114;SC=CTGCATAACGTTCTTTGAGGT;SOR=0.991;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=65;TCR=47;TR=109;WE=10450824;WS=10450806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	10541741	rs201626	A	G	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	10543281	rs371738295	TA	T	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.461;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr17	10595152	rs2271229	A	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	10595388	rs2520178	A	G	2889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=44;PP=1428;SC=AGGTGTTTTGAAAGCAGATGG;SOR=1.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=20;TCR=44;TR=64;WE=10595396;WS=10595378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	10633245	rs202312	T	C	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=16;PP=572;SC=CGGTCCGCCTTCCTCCTTGCG;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=31;WE=10633253;WS=10633235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	10633321	.	C	CG	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=8;PP=280;SC=CGTCGCTCCGCCCGGGGGCGG;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=10633329;WS=10633311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	11455359	rs2969191	C	T	2728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=50;PP=1400;SC=ATCAAACACACGGTCATAAAC;SOR=1.036;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=83;WE=11455367;WS=11455349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	11459012	rs1030055	G	C	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=4;PP=1045;SC=ACCTGCCACAGACATGGTCCT;SOR=3.486;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=44;WE=11459020;WS=11459002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	11511412	rs4792156	A	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=370;SC=GAATTGGAACACCTGCCTTTC;SOR=1.828;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=11511420;WS=11511402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	11511457	rs11078022	C	T	1136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=13;PP=523;SC=TTGTTCTACCCGTCCTGGCCA;SOR=1.055;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=33;WE=11511465;WS=11511447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	11513661	rs2191072	C	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	11522764	rs10852799	G	A	422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=242;SC=TATTATCCTCGTGAAAAATAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=11522772;WS=11522754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	11523082	rs9892256	A	G	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=39;PP=1138;SC=TTCCTGGGACAACTGCACGTG;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=11523090;WS=11523072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	11555990	rs4792159	T	C	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.77;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	11583089	rs8071438	T	C	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	11604598	rs7214186	T	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=266;SC=TCCTCCATGGTTGGGGCTGTC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=11604606;WS=11604588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	11622494	rs12945437	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=352;SC=TTGCCCGCTAAAGAGTCCTCC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=11622502;WS=11622486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	11648332	rs3744578	C	T	5326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=70;PP=2314;SC=GAGACCCCAACTTCGAAGCTT;SOR=0.849;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=56;TCR=70;TR=126;WE=11648340;WS=11648322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	11648444	rs3744580	T	C	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=39;PP=1179;SC=ATCTCTTACTTATTGTCCAGG;SOR=1.286;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=11648452;WS=11648434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	11660722	rs11078030	G	T	480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=318;SC=CCATTTACCCGCTCACATCTT;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=11660730;WS=11660712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	11666674	rs2277657	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=239;SC=CCACTGAAACTGAGTGGTTCC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=11666682;WS=11666664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	11772285	rs59647695	C	T	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.89;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	11778240	rs7211854	G	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=329;SC=TGTTCTGAGCGTGGGGTGGTG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=11778248;WS=11778230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	11787975	rs11078042	T	C	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=18;PP=713;SC=TGAGGGACAGTTGAGGTTGGA;SOR=0.919;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=11787983;WS=11787965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	11806266	rs3815269	T	C	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=5;PP=150;SC=AGCATAGGCATGGGGCAAGGG;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=11806274;WS=11806256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	11827353	rs2286300	T	C	2130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=30;PP=912;SC=CTTCTCCCCATCTGTCCTTTC;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=11827361;WS=11827343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	11833287	rs2286303	A	G	8522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=103;NR=89;PP=2965;SC=GTGCAGAGCCAGCACCCTCCC;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=193;TCF=103;TCR=90;TR=192;WE=11833295;WS=11833277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr17	11833365	rs1859887	G	A	6733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=98;PP=2965;SC=AGCCCCCCACGGGCATGCATG;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=72;TCR=99;TR=170;WE=11833373;WS=11833346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	11835331	rs17612861	G	A	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	11837161	rs12948962	T	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=4;PP=277;SC=GTGGAGGTCTTTCTTCCTTCC;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=11837169;WS=11837151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	11840528	rs2240521	A	C	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=546;SC=GGAGAGGGTGATGAAGTCAAC;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=11840536;WS=11840518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	11886542	rs34660389	C	T	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=7;PP=663;SC=CCTCCTTCACCACCTCCCCAA;SOR=2.670;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=36;WE=11886550;WS=11886532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	11886864	rs17613212	T	C	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=13;PP=299;SC=CTTAGAACAGTGTGTGGAGCT;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=11886872;WS=11886854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	11887518	rs34299203	GA	G	712.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.729;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,57:0.78:73
chr17	11894195	rs35075542	C	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=282;SC=CTCAGGGATACGCCAATCTGA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=11894203;WS=11894185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	12607068	rs137968466	A	AT	308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9991;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=84;SC=GGCTCTGCTCATTTTTTTTTC;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=12607076;WS=12607058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	12619065	rs78710738	G	A	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.55;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	12620897	rs12602716	G	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=20;PP=502;SC=TCTAGGCCACGTAGATACCCA;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=12620905;WS=12620887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	12647490	rs12709295	T	C	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	12799985	rs2302068	G	A	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.627;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=43;PP=1279;ReadPosRankSum=1.595;SC=TTTTCTGTGGGGTAATGACCC;SOR=1.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=17;TCR=43;TR=60;WE=12799993;WS=12799975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr17	12820421	rs35221864	T	C	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=1;PP=161;SC=GGACACTCCATCTATATAAAA;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=12820429;WS=12820411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	12820646	rs7210937	G	C	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=290;SC=GCATGGCTCAGTCCAGAAACC;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=12820654;WS=12820636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	12822892	rs3826375	G	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=6;PP=402;SC=TAGTAGAGTCGGAGTTTCGCC;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=12822913;WS=12822882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	12822905	rs3826374	A	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=7;PP=426;SC=GTTTCGCCATATTGGCCAGGC;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=12822913;WS=12822882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	12823271	rs56974323	A	G	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=24;PP=697;SC=CCTAACGTGTACCAGGCACTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=34;WE=12823279;WS=12823261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	12897293	rs9915058	A	C	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=689;SC=TAGCCAGCACAATCTCCCCTG;SOR=3.180;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=12897301;WS=12897283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	13399486	rs200853608	A	ATT	3574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.29;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	13399616	rs62057033	A	T	4173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.72;QD=26.09;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	13399884	rs141831656	C	T	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=26.97;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	13446924	rs9913045	G	A	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=3;PP=222;SC=GACAAAAACCGCGATTACTTT;SOR=1.220;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=13446932;WS=13446914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	13504194	rs60532842	C	A	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=9;PP=561;SC=TTTCTCTGTGCCGCCGCCGGC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=13504202;WS=13504184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	13927886	rs11649821	G	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=2;PP=365;SC=AACGGAGGGAGTGAGAGCCTT;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=13927894;WS=13927876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	13972811	rs6502330	G	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.91;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	13972814	rs28680987	G	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.15;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	13977813	rs143814384	C	CTTTA	2120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=18;PP=1108;SC=TACTTTCTGCCTTTTTCTCTG;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=21;WE=13977821;WS=13977803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	14005373	rs1017076	C	T	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=16;PP=726;SC=TTTTGTCGTTCTGGCCTTTAC;SOR=0.871;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=14005394;WS=14005363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	14005386	rs2108683	T	C	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=19;SC=GCCTTTACAGTTGGGACTCCT;SOR=0.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=44;WE=14005394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	14005647	rs3217030	C	CAT	377.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=312;SC=CTTCCAAACTCATATATTGAT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=7;WE=14005655;WS=14005637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	14063389	rs7212977	G	T	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=77;SC=AAGAAACAAAGTGATATGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=14063397;WS=14063379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	14095639	rs373313742	A	G	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=5.198;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-14.480;QD=2.12;ReadPosRankSum=-3.354;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:235,58:0.20:293
chr17	14139191	rs148329066	C	G	613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.590;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.252;NF=21;NR=2;PP=476;ReadPosRankSum=0.214;SC=CTGTCCCGGGCAGCACATTAG;SOR=1.473;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=43;TCF=36;TCR=7;TR=23;WE=14139199;WS=14139181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,24:0.57:42
chr17	14139565	rs4791563	T	C	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.099;NF=12;NR=11;PP=463;ReadPosRankSum=1.268;SC=ACGCTTTCAGTTCCAGGGTTA;SOR=0.405;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=23;WE=14139573;WS=14139555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr17	14139774	rs4791564	C	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.30;QD=26.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	14139891	rs62052131	A	C	2844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=33;PP=898;SC=CACCTCACCAAGTGTCTGTGC;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=62;WE=14139899;WS=14139881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	14140103	rs4792453	A	G	326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=238;SC=CACTCCCTCCATTCCTGAAGC;SOR=1.981;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=14140111;WS=14140093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	14248423	rs9906855	T	C	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=53;PP=1307;SC=GGGAGGCCCCTGCGCGCATCT;SOR=1.129;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=85;WE=14248431;WS=14248413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	15134175	rs13422	T	G	1688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	15154966	rs66507245	T	A	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	15162389	rs231020	T	C	945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=504;SC=GACAAGCTCATGGAGCACAAA;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=15162397;WS=15162379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	15162630	rs111404728	C	A	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=416;SC=ACACCGCCCACCCCTGCATGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=15162638;WS=15162620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	15207364	rs13961	T	G	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.91;ReadPosRankSum=2.146;SOR=0.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr17	15217389	rs230897	G	A	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=24;PP=1447;SC=CAGCCGTGGCGTGTGCCTGAC;SOR=1.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=75;WE=15217397;WS=15217379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	15217437	rs230898	C	G	4609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=49;PP=2200;SC=GCGGAAGTAGCCGACACCGTC;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=123;WE=15217445;WS=15217427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	15343524	rs71150251	C	CCTT	6989.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=41;PP=2967;SC=CCCAACCCTACCTTCTTTCTT;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=60;WE=15343532;WS=15343514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	15406123	rs71974269	CCTCT	C	960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.29;QD=40.03;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	15468765	.	CA	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.65;MQRankSum=-1.160;QD=0.88;ReadPosRankSum=2.140;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,12:0.27:44
chr17	15492409	rs151442	T	C	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.85;QD=29.57;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	15492426	rs28445278	C	T	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=11;PP=846;SC=TGGAGTCTCACATGAGCACAC;SOR=1.670;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=43;WE=15492434;WS=15492416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	15554504	rs4792642	G	A	2003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=10;PP=1160;SC=GGCAGCAGAAGGCAGACAGTG;SOR=1.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=53;WE=15554512;WS=15554494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	15602900	rs2601942	T	G	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=2.953;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.356;NF=7;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=0.953;SC=TCTTCGATCGTCCGATTCTCC;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=7;WE=15602908;WS=15602891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr17	15602950	rs12449956	G	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.593;NF=14;NR=6;PP=208;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GAGAACCGGAGTCTGGCGATG;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=20;WE=15602958;WS=15602940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr17	15603021	rs12452845	T	C	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.81;MQRankSum=-8.754;QD=12.59;ReadPosRankSum=2.831;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,40:0.38:105
chr17	15603031	rs12450403	G	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=4.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQRankSum=-9.255;QD=11.16;ReadPosRankSum=3.375;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,37:0.33:111
chr17	15604395	rs77257979	TG	CA	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=5;PP=778;SC=TATGTTGAAGTGGTTTTTAGA;SOR=2.170;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=34;WE=15604404;WS=15604385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	15604444	rs4792655	A	G	3670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=26;PP=1520;SC=AGGTCTCATCATTACTGCTTT;SOR=1.366;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=64;TCR=27;TR=89;WE=15604452;WS=15604434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	15607777	rs62071718	A	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=22;PP=1159;SC=GACGGGCCCGAGCCGCATACT;SOR=1.162;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=15607785;WS=15607767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	15611495	rs3760299	T	C	4218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=39;PP=1712;SC=ACCTGAGAGCTACAACTTGGA;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=94;WE=15611503;WS=15611485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	15613021	rs2654397	C	T	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=107;SC=CATTGTATTTCGATATTAATC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=15613029;WS=15613011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	15613114	rs142143149	AT	A	378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=5;PP=167;SC=TGAACAGTTTATTTTTTTTCT;SOR=0.914;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=15613122;WS=15613104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	15620647	rs61435333	G	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.90;QD=27.35;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	15640815	rs201215351	A	G	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.49;QD=23.97;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	15643381	rs58354673	CA	C	3771.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.358;NF=36;NR=46;PP=1431;ReadPosRankSum=-1.140;SC=TGCACACACACAAAAAAAAAA;SOR=0.525;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=82;WE=15643389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,184:0.97:190
chr17	15644506	rs11650318	C	T	5093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=57;PP=2103;SC=GAGGAAGATGCTTTCTGGGCG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=108;WE=15644514;WS=15644496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	15645289	rs17855672	G	A	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=31;PP=1461;SC=TGGCTCGAGAGGCTCCTATCG;SOR=0.912;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=74;WE=15645297;WS=15645279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	15668330	rs2955833	G	C	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.22;QD=25.54;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	15668720	rs935147	C	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=18;PP=946;SC=GAGGCGGAGACCAGGGCATTC;SOR=1.358;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=47;WE=15668728;WS=15668710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	15668775	rs1814454	A	G	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=29;PP=1409;SC=TCTCTCATTCACTAGAACCAC;SOR=1.167;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=73;WE=15668783;WS=15668765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	15690210	rs376068178	AC	A	495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.22;QD=55.08;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	15690220	rs62070981	C	T	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.03;QD=31.63;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	15690281	rs62070982	C	T	3180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=34;PP=1829;SC=CAAGCAGGTTCGCTCTGAGAG;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=80;WE=15690289;WS=15690271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	15690793	rs534861	T	C	6354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=65;PP=2843;SC=ACACGGGGCTTACCATCCTGC;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=75;TCR=65;TR=140;WE=15690801;WS=15690783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	15690888	rs4791638	C	G	5739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=78;PP=2542;SC=CAGGGTGCAGCCTTCAGCCCA;SOR=0.921;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=137;TCF=57;TCR=80;TR=135;WE=15690896;WS=15690878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	15691119	rs1054119	C	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=58.89;NF=2;NR=11;PP=315;SC=AAGGCCTCTCCGCTCAACGCC;SOR=1.981;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=15691127;WS=15691109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	16021136	.	AAAC	A	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.113;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr17	16041578	.	T	TA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=-1.860;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr17	16052606	rs34511605	CAT	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=101;ReadPosRankSum=-0.997;SC=AGATTTAAGTCATATATATAT;SOR=0.412;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=5;WE=16052615;WS=16052596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr17	16221271	rs56228407	A	AC	1544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=745;SC=CCTGCCCCAGACCCCTGTCTC;SOR=1.225;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=19;WE=16221279;WS=16221261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	16251859	rs2286666	A	G	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=20;PP=805;SC=GCATGCTAACAGTTGGGTGGG;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=16251867;WS=16251849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	16256240	rs3095172	C	A	222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.28;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	16256686	.	G	GCGGAGGCCC	417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.64;QD=37.98;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	16734809	rs2688010	A	G	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.10;QD=25.30;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	16734869	rs62074145	A	G	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.51;QD=26.39;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	16734971	rs62074146	A	T	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=35.78;QD=20.37;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	16842912	rs11078355	A	G	6009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	16855878	rs8072293	C	T	6162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=80;PP=2508;SC=TAGCCACCCCCGTCCACAGGC;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=153;TCF=73;TCR=80;TR=153;WE=16855886;WS=16855868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr17	16892265	rs9907308	G	A	5292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.24;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	16892273	rs116846623	A	G	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	16946343	rs61242604	G	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.03;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	17035036	rs2271520	A	G	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=28;PP=797;SC=GGTTTGCCAGATGGCATCCCC;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=49;WE=17035044;WS=17035026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	17039561	rs3833098	CCAGCAG	CCAG,C	4822.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=10,10;NR=50,50;PP=2806,157;SC=GTGGCTGTTACCAGCAGCAGC;SOR=0.903;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=60,60;WE=17039574;WS=17039551;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:113
chr17	17046024	rs3744137	C	A	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=10;PP=383;SC=GGGCCCTCACCATCCAGCGAC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=17046032;WS=17046014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	17046736	rs6502563	T	G	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=10;PP=919;SC=CTTGCTATGGTGGCTAGGCAG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=17046744;WS=17046726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	17050573	rs3744134	G	A	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=16;PP=635;SC=CCGCCGTGGCGTGGCAGGCAT;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=17050581;WS=17050563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	17062241	rs11551189	C	G	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=9;PP=499;SC=TGCCCATCGCCCCCGTCCACC;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=17062249;WS=17062231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	17064775	rs5819603	G	GC	2448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=724;SC=CTGAGCAGGGGTGTCTCCCAG;SOR=0.865;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=28;WE=17064783;WS=17064765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	17069105	rs3744131	G	A	11166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NR=142;PP=2965;SC=TCAAAGACGTGACCGTGAGGC;SOR=0.900;Source=Platypus;TCR=145;WE=17069113;WS=17069095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr17	17075318	rs2292530	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=27;PP=695;SC=TTCTTTGACTATTCACTCTGA;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=17075326;WS=17075308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	17120668	rs4985705	G	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=11;PP=279;SC=TAAAGGGGCAGAGAGAGAAGT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=17120676;WS=17120658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	17122286	rs8065572	C	T	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	17122327	rs8065832	G	A	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=3;PP=480;SC=TGCCCCTGCCGCCTACCTGCC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=22;WE=17122335;WS=17122317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	17127471	rs1736219	G	A	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=542;SC=GAGGGACACCGGCGACTCAGA;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=17127479;WS=17127461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	17165136	rs1736210	C	A	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=14;PP=504;SC=GAATGTGTAGCAGACATTCAA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=17165144;WS=17165126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	17168164	rs3182911	G	A	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=24;PP=828;SC=GCCCAGTATAGATCATCCCTC;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=17168172;WS=17168154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	17179209	rs9892352	A	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=249;SC=TGTGCCAAGAATGTGCCACTG;SOR=1.061;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=17179217;WS=17179206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	17179299	rs4985760	C	G	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=13;PP=797;SC=AGGAAGTGCACAGTGTTCCAT;SOR=1.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=17179307;WS=17179289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	17179481	rs4985761	G	A	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=53;PP=1917;SC=CATTTGCCCTGGAAAACAGGA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=108;WE=17179489;WS=17179471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr17	17184033	rs3853545	G	T	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=226;SC=CGCTCCCGGCGGCCTAGTCAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=17184041;WS=17184023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	17184080	rs1029829	G	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=5;PP=115;SC=ACATGGCGGTGCGCCAATCAC;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=17184088;WS=17184070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	17184399	rs2012954	A	C	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=3.465;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.54;ReadPosRankSum=-0.601;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr17	17682484	rs1006656	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=16;PP=450;SC=AATATTTTCCGTGGTGAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=17682492;WS=17682474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	17696531	rs3803763	G	C	4839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=61;PP=2043;SC=ACACAGCAAGGCCTGCAGGGG;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=40;TCR=61;TR=101;WE=17696539;WS=17696521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	17696755	rs11649804	C	A	6597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=103;NR=60;PP=2965;SC=CGCCCAGGTGCCCTTTCGGAC;SOR=1.174;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=103;TCR=61;TR=163;WE=17696763;WS=17696745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	17697093	.	CCAGCAG	C,CCAG	2994	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=24;NF=22,22;NR=53,53;PP=244,2994;QD=3.32;SC=TCAGCTATGACCAGCAGCAGC;Source=Platypus;TR=75,75;WE=17697113;WS=17697083;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.60:126
chr17	17697098	rs35068024	AGC	A	9971.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.35;QD=40.70;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	17697101	.	AGCAG	A,ACAG	9317.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.33;QD=44.58;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,28,181:0.13,0.87:209
chr17	17697102	.	G	A	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=25;NF=59;NR=57;PP=2962;QD=20;SC=ACCAGCAGCAGCAGCAGCAGC;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=166;TCF=86;TCR=80;TR=116;WE=17697113;WS=17697083;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:50,116:0.70:166
chr17	17714717	.	GAA	G	360.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.214;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr17	17715101	rs11868035	G	A	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=35;PP=1051;SC=CCAGGGACCTGATGGGGACAG;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=17715109;WS=17715091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	17719503	rs7501788	G	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.63;ReadPosRankSum=-1.836;SOR=1.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr17	17875407	rs59304093	A	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=11;PP=503;SC=AGCGCCCGGCAAAGGCCCGAC;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=17875415;WS=17875397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	17880877	rs7219320	A	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=8;PP=372;SC=CCGTGAAGGAAGAATGCGGTG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=17880885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	17896090	rs4368210	C	T	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=18;PP=1181;SC=TCATCTACCTCCGGCGGTTCA;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=57;WE=17896098;WS=17896080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	17896205	rs4584886	C	T	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=56;PP=1636;SC=CCTGGACTACCGGCGCATTGA;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=100;WE=17896213;WS=17896195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	17897739	rs4924832	T	C	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=45;PP=1408;SC=CAAGGTACCGTTCCGGCAGGC;SOR=1.056;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=17897747;WS=17897729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	17898243	rs9899355	C	T	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=2;PP=539;SC=CTGCCTTCCTCATGGGCCTGT;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=17898251;WS=17898233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	17900990	rs8071238	T	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=7;PP=174;SC=TCTCCTGCTGTAGGCCCTCCC;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=17900998;WS=17900980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	17919749	rs9913277	G	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=141;SC=CTGGGGAGGCGCTGAAGCAAA;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=9;WE=17919757;WS=17919739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	17931884	rs10652393	C	CAA	599.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=0.000;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.717;SOR=1.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chr17	17932008	rs80251201	A	G	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=40;PP=1320;SC=GCAGTTTAAAATAACGTTGAG;SOR=0.840;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=68;WE=17932016;WS=17931998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	17960011	rs16960835	C	T	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=8;PP=677;SC=CATTGACTTCCGTTAGAACAT;SOR=1.565;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=32;WE=17960019;WS=17960001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
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chr17	18003671	rs2272570	T	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=9;PP=709;SC=GGGGTACTCTTCCTAGGTCTC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=18003679;WS=18003661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	18003845	rs854813	C	T	7002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=92;PP=2965;SC=TGTGACCCCTCGGTCAGCAGT;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=186;TCF=94;TCR=92;TR=186;WE=18003853;WS=18003835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr17	18010001	rs10566746	GT	G	60.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.108;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,6:0.86:7
chr17	18034131	rs59214589	A	AGTGT	130.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.366;QD=18.68;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	18041507	rs2280777	C	T	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	18042276	rs2075658	A	C	3341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=48;PP=1639;SC=GTCGGCCTGGACGCTGGTGCT;SOR=0.879;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=36;TCR=48;TR=84;WE=18042284;WS=18042266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	18042527	rs854783	A	G	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=21;PP=801;SC=TGACATCACTATGGTCACCCT;SOR=0.765;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=26;TCR=21;TR=45;WE=18042535;WS=18042517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	18042976	rs854782	C	A	1672.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.441;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=38;PP=993;ReadPosRankSum=0.110;SC=ATGTCCCCACCCCCACACCCA;SOR=1.914;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=51;WE=18042984;WS=18042966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr17	18043766	rs854780	C	G	6569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.71;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,245:1.00:246
chr17	18044270	rs854779	T	C	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=10;PP=375;SC=ATATTCACCATGATAATGCCT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=18044278;WS=18044260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	18046058	rs854778	A	C	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=41;PP=1897;SC=CCTCCCCACTACCCCAACCCA;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=58;TCR=43;TR=98;WE=18046066;WS=18046048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	18046138	rs139347804	G	A	5084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=59;PP=1846;SC=TACGTGAGCCGCCGACGCTAT;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=50;TCR=59;TR=109;WE=18046146;WS=18046128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	18046898	rs854777	T	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=9;PP=404;SC=AGAGTGGAGGTGCCAGGTGGA;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=18046906;WS=18046888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	18047671	rs11421905	G	GC	673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=5;PP=546;SC=CCCCTCACCAGCCTCAGTTTC;SOR=1.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=18047679;WS=18047661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	18047772	rs11421904	T	TC	3490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=19;PP=1458;SC=TGCCTGTCAGTCCAGCTCTGT;SOR=0.888;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=35;WE=18047780;WS=18047762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	18051975	rs854774	T	C	4443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=63;PP=2154;SC=ATAGGGTCCATTCTGTTCATG;SOR=0.829;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=54;TCR=63;TR=117;WE=18051983;WS=18051965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	18052466	rs4303606	A	G	2260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=17;PP=1222;SC=GGGTGCAGAAAAAAATTTGGG;SOR=1.581;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=18052474;WS=18052456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	18052867	rs2955379	T	C	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=28;PP=696;SC=ATAGCCTCTTTGACCCTGTGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=18052875;WS=18052857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	18054868	rs854773	G	T	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=4.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=35.660;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=96;PP=2844;ReadPosRankSum=1.084;SC=CCCCCAGCCCGCCAGCCCCCT;SOR=1.754;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=147;TCF=51;TCR=96;TR=133;WE=18054876;WS=18054858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,151:0.96:158
chr17	18054917	rs865923	T	C	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=66;PP=1578;SC=ACCAGCTTACTGGGTTGAAGC;SOR=4.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=8;TCR=66;TR=74;WE=18054925;WS=18054907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	18055229	rs854772	G	A	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=42;PP=1227;SC=TCCTGAAAGGGCAGATGACCC;SOR=1.067;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=18055237;WS=18055219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	18057167	rs712270	A	T	7386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr17	18057272	rs712271	A	G	2789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=48;PP=1555;SC=GGCTGAAGCGAGCAGAGGAGG;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=82;WE=18057280;WS=18057262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	18058521	rs712272	C	T	9894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=114;NR=89;PP=2965;SC=TCTACTTCTCCCGCATCTTCC;SOR=0.840;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=207;TCF=114;TCR=93;TR=203;WE=18058529;WS=18058511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,376:1.00:376
chr17	18059494	rs861278	C	T	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=21;PP=1371;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GTCATGCCACCGGCCCATCCT;SOR=0.474;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=66;WE=18059502;WS=18059484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,108:0.99:109
chr17	18060192	rs854771	G	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=5;PP=639;SC=AAGGATGTGAGGAGCAGGGGT;SOR=2.376;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=18060200;WS=18060182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	18062443	rs854807	G	A	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=16;PP=1333;SC=TCCCTCCCAAGGACAGCCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=18062451;WS=18062433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	18070761	rs854796	G	A	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=7;PP=745;SC=ATCATTCCCCGAAACCCAGGA;SOR=2.078;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=18070769;WS=18070751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	18077175	rs854800	T	C	4706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.998;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	18111638	.	A	G	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	18111802	rs142135062	GTTTTTGT	G	3495.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=35;PP=1354;SC=TCATTGGGGGGTTTTTGTTTT;SOR=1.124;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=44;WE=18111830;WS=18111792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	18111868	rs1378602	G	A	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=48;PP=1853;SC=TTGCCTGTTAGGGCTGAAGAA;SOR=0.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=92;WE=18111876;WS=18111858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	18133495	rs2290502	G	A	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=15;PP=444;SC=GGGCTTCTGCGGAGGTTGGCG;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=18133503;WS=18133485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	18135753	rs2290503	T	C	4574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=34;PP=2257;SC=TTGGGTGTCTTCCTCACTGTG;SOR=1.256;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=111;WE=18135761;WS=18135743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	18137141	rs2290505	A	G	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=73;PP=2846;SC=GGTGGCTGCCAGCGACATAGC;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=81;TCR=73;TR=153;WE=18137149;WS=18137131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr17	18144683	rs2605138	T	C	1527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=10;PP=1005;SC=GTGGGGGCTGTTGGGTCAGCA;SOR=2.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=18144691;WS=18144673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	18144720	rs2245737	C	T	3257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=21;PP=1452;SC=GCCCTGGGGACGAGGACAGGG;SOR=1.374;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=76;WE=18144728;WS=18144710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	18145379	rs2746030	G	A	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=63;PP=2216;SC=TCCCACCCCCGAGATCTGCCT;SOR=1.222;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=38;TCR=65;TR=100;WE=18145387;WS=18145369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	18149854	rs2856289	A	G	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=68;PP=2663;SC=GCTGGGTCTGAGCCCCACCAC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=73;TCR=69;TR=141;WE=18149862;WS=18149844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	18150444	rs71155326	A	AC	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.745;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr17	18156541	rs2071241	A	G	1536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=12;PP=852;SC=ACAGACCACAAGGTGGGCTCT;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=18156549;WS=18156531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	18164404	rs2605142	C	T	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.61;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	18167505	rs2605143	T	C	2235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=20;PP=1098;SC=CGCTGGCTGCTTCTGTCAACT;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=55;WE=18167513;WS=18167495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	18178012	rs3215557	C	CG	910.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=646;SC=ACACTGTCCTCTAAGTTTCCA;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=15;WE=18178020;WS=18178002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	18181794	rs8071231	A	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=8;NR=13;PP=375;SC=GGAAGCCCACACAAGTCCCCT;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=18181802;WS=18181784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	18184011	rs6502644	G	T	6335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=80;PP=2472;SC=AGGAGTGCAGGAGATGCTCTC;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=68;TCR=81;TR=148;WE=18184019;WS=18184001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	18193941	rs2230154	G	A	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=18;PP=758;SC=TGGTCTCCCCGTCCACCATCT;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=18193949;WS=18193931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	18194362	rs6502645	C	T	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=24;PP=747;SC=AAGAGGAGTACGAAACTCCCC;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=18194370;WS=18194352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	18205750	rs66697088	TGGAGAGTGAA	T	669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=2984;SC=AGGCAGCTCCTGGAGAGTGAA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=8;WE=18205767;WS=18205740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	18208334	rs7225932	C	A	1779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=928;ReadPosRankSum=-1.107;SC=CTGCAGAGGACCTCATCCGTG;SOR=0.125;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=59;WE=18208342;WS=18208324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,84:0.97:87
chr17	18208544	rs7207123	G	A	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=28;PP=706;SC=TCTTAAGTTCGCAGTGGAATA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=18208552;WS=18208534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	18211537	.	CAAAAAAAAAAAAAAA	C	479.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=11.461;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;MQRankSum=0.612;QD=34.28;SOR=5.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr17	18211984	rs10647472	C	CTT	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.52;ReadPosRankSum=-0.887;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr17	18219742	rs34824853	G	A	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=44;PP=1616;SC=ACACAGAAACGGAGATCCAGA;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=41;TCR=46;TR=85;WE=18219750;WS=18219732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	18220674	rs8080966	C	T	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=71;PP=2441;SC=AGTACCTGCCCCTCTGAGGCC;SOR=0.857;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=122;WE=18220682;WS=18220664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	18220770	rs1563632	G	A	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=45;PP=1710;SC=GGAGCCATCCGCTTCCAGGCA;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=92;WE=18220778;WS=18220760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	18221134	rs1563631	C	T	6387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=88;PP=2965;SC=CCACCAGCTACGTGAGCAGTG;SOR=0.761;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=79;TCR=88;TR=167;WE=18221142;WS=18221124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	18226177	rs4925171	G	T	12583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr17	18231998	rs1979276	G	A	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=191;SC=CCATCTCTCAGGTGGGGGTCC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=18232006;WS=18231988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	18232017	rs3783	G	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=259;SC=CCTCCGGCAGGCAGCTTCCTC;SOR=1.911;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=18232025;WS=18232007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	18232096	rs1979277	G	A	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	18233810	rs12937300	T	C	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=4;PP=611;SC=AGCTACAACTTTGGCCAGAAG;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=18233818;WS=18233800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	18239012	rs2273028	G	A	1939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=23;PP=775;SC=AAACATCACAGTGGGATCATA;SOR=0.801;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=42;WE=18239020;WS=18239002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	18259415	rs12950117	A	G	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=307;SC=TGCCCAGGCTAGAGTGCAGTG;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=18259423;WS=18259405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	18284262	rs570145	G	A	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=49;PP=1473;SC=ATGCAAGCCAGCGCCGACCAG;SOR=0.928;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=80;WE=18284270;WS=18284252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	18286916	rs112094897	A	AG	1415.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=12;PP=794;SC=GCCCTCGGGCAGCGGCAGGGC;SOR=0.752;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=17;WE=18286946;WS=18286906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	18286922	rs111736884	A	AG	1379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=12;PP=591;SC=GGGCAGCGGCAGGGCGGCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=18286946;WS=18286906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	18286930	rs200680358	A	AG	1301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=15;PP=592;SC=GCAGGGCGGCAGGGCGGCAGG;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=18286946;WS=18286906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	18286938	rs145486982	A	AG	1244.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=13;PP=623;SC=GCAGGGCGGCAGGGCGGGAGG;SOR=0.760;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=18286946;WS=18286906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	18291432	rs140944304	TCACAGC	T	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.93;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	18291456	rs578670	C	G	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.47;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	18291470	rs586214	C	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=265;SC=AGTGTAGGACCCTTACAACGT;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=18291478;WS=18291446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	18291544	rs586322	A	G	1844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=16;PP=729;SC=TTCTGTGTCCATCTTCCTCTC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=18291552;WS=18291534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	18291618	rs586757	C	T	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=26;PP=912;SC=AAATGAAGTACCAAGAAACTA;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=24;TCR=26;TR=50;WE=18291626;WS=18291608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	18314830	rs62074236	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.038;NF=27;NR=11;PP=567;ReadPosRankSum=-1.159;SC=TTCTTCCTCATCCCGCACCCT;SOR=0.947;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=77;TCF=59;TCR=18;TR=38;WE=18314838;WS=18314824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,18:0.50:36
chr17	18314913	rs62074237	T	C	4367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.829;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.445;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.06;MQRankSum=-2.643;QD=14.04;ReadPosRankSum=3.212;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,129:0.41:311
chr17	18314964	rs62074238	T	G	5769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.220;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-12.619;NR=84;PP=2742;ReadPosRankSum=-1.434;SC=CCCAATCGTCTTCTTTCCCAG;SOR=0.494;Source=Platypus;TCR=184;WE=18314972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:373,310:0.45:683
chr17	18315107	rs113907775	C	CCT	20719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-6.046;NF=70;NR=160;PP=2927;ReadPosRankSum=1.482;SC=GCCCTCTTCTCCTCACTGTCT;SOR=0.589;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=514;TCF=152;TCR=362;TR=230;WE=18315117;WS=18315097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:601,562:0.48:1163
chr17	18380260	rs77759205	C	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	18445547	.	G	A	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.92;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	18602476	rs1969051	A	G	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	18604569	rs117115379	C	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.13;QD=25.79;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	18647539	rs116483657	G	A	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.99;QD=29.54;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	18647625	rs74502778	T	A	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=54;PP=2708;SC=ACCGATTCCATCCCTCTATGC;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=94;TCR=54;TR=148;WE=18647633;WS=18647615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	18653070	rs9895749	G	A	5256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=52;PP=2730;SC=GTGTATATCCGAAATGAATAG;SOR=1.000;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=91;TCR=53;TR=143;WE=18653078;WS=18653060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	18661623	rs200464103	A	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.92;QD=28.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	18671733	rs10775382	C	A	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=6;PP=741;SC=TACCGAGTGACTGGCAGTCAC;SOR=2.215;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=18671741;WS=18671723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	18681913	rs77288131	G	A	6394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=81;PP=2965;SC=GACTGTTAGCGCCCTGCAGCA;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=91;TCR=81;TR=172;WE=18681921;WS=18681903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	18682677	rs72470750	CT	C	492.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.548;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.70;MQRankSum=-2.106;QD=12.97;ReadPosRankSum=1.595;SOR=0.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,34:0.89:38
chr17	18684527	rs58011943	G	C	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=7;PP=218;SC=CCTTGGTGACGGGTCGCCTCA;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=18684535;WS=18684517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	18694277	rs61075345	G	A	5151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=59;PP=2495;SC=CTTCTCTGTGGGTTGCTCAGC;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=75;TCR=59;TR=134;WE=18694285;WS=18694267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	18708788	rs17675577	A	G	5895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.88;QD=25.63;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	18708830	rs58536433	GT	G	3125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.176;NF=12;NR=70;PP=1016;ReadPosRankSum=0.482;SC=ATGTTAAGGAGTTTTTTTTTT;SOR=0.685;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=101;TCF=12;TCR=89;TR=82;WE=18708840;WS=18708820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,198:0.85:233
chr17	18708981	rs56889377	C	T	672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.79;QD=28.03;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	18814661	rs55971101	T	TTA	1557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=416;SC=CGTTTTTTTTTAGTTGGCAAA;SOR=1.455;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=24;WE=18814669;WS=18814651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	18827391	rs62076164	C	T	1025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=27;PP=690;SC=GACTCACTGTCGCCCAGGCTG;SOR=2.554;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=18827399;WS=18827381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	18863105	rs2074276	C	T	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=486;SC=TTGCTATTAGCCCGACTAATA;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=18863113;WS=18863095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	18872337	rs8415	T	C	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=27;PP=1448;SC=GGAATAACAGTCCCACACAAG;SOR=0.986;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=69;WE=18872345;WS=18872327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	18874685	rs3071666	C	CGGT	4447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=39;PP=2683;SC=GGGGTCTTTGCGGTCCCGGGG;SOR=0.754;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=54;WE=18874693;WS=18874675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr17	18874720	rs916823	C	G	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=50;PP=1706;SC=GTTTAGAATCCGATGAGGCCC;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=95;WE=18874728;WS=18874710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	18882991	rs2472714	T	A	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=587;SC=GAGATTCTGTTTTGGGAACCA;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=18882999;WS=18882981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	18916893	rs11652575	T	C	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=309;SC=GCCCAATGAGTATGGGGACTG;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=18916901;WS=18916883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	18918258	rs28526726	C	G	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=471;SC=CTTGGAGGAGCATGCAAATGG;SOR=2.124;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=18918266;WS=18918248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	18918510	.	A	ACGGTACGGGGGTGGGGGC	760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.52;QD=33.08;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	18923354	.	C	T	3509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=64;PP=2143;SC=TACCTAGCCCCGTCCCTTTTT;SOR=1.252;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=36;TCR=65;TR=100;WE=18923362;WS=18923344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	18923818	rs1624825	G	A	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=276;SC=GGGATCCCGAGGCCCCAAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=18923826;WS=18923808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	19188902	.	CTGTG	C	25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.4999;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=1;PP=25;QD=34.0;SC=GCGTGTCTCTCTGTGTGTGTG;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=1;WE=19188913;WS=19188892;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,1:0.17:6
chr17	19213335	rs2296981	C	G	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=39;PP=1057;SC=CAGGTCTGCACTGCATTGACT;SOR=1.850;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=19213343;WS=19213325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	19216917	rs3826405	T	C	6252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=67;PP=2553;SC=ACACCCAGCGTCCCAGCTGAA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=63;TCR=67;TR=130;WE=19216925;WS=19216907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	19231898	rs7206963	T	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=551;SC=AGTACCCTTTTGATGGCTGTC;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=19231906;WS=19231888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	19232078	rs6587220	T	C	7295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=73;PP=2775;SC=GGAGCCACCGTACAATCTGTC;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=80;TCR=74;TR=153;WE=19232086;WS=19232068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr17	19233096	rs2296979	T	C	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=24;PP=688;SC=GAGCCTGAAGTTTCTAATTCT;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=19233104;WS=19233086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	19240972	rs11652712	G	A	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=23;PP=833;SC=GGCTTCCCGCGGAAGTTTCTC;SOR=0.752;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=45;WE=19240980;WS=19240962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	19247075	rs4924987	G	A	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=51;PP=1824;SC=TATGGGGGATGGGGGTAAGAG;SOR=1.134;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=83;WE=19247083;WS=19247065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	19265797	rs10445411	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.57;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	19314611	rs739830	T	C	7188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=3.397;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.49;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,281:1.00:282
chr17	19314917	.	CTTT	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.093;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=13.153;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.126;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr17	19318031	rs1295330	A	G	8400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=101;PP=2965;ReadPosRankSum=2.585;SC=GGTGGGGAAGACATGGGAGGC;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=89;TCR=102;TR=190;WE=19318039;WS=19318021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,315:0.99:317
chr17	19319015	rs1295329	C	T	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=34;PP=1774;SC=CTCCCTGTCACAGGACGTAGC;SOR=0.979;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=59;TCR=35;TR=93;WE=19319023;WS=19319005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	19437339	rs61733934	C	T	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=18;PP=707;SC=TGCGGCTGTCCGCCTTCCGAG;SOR=0.813;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=19437347;WS=19437329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	19452761	rs150713125	CGGGATTACAGGCT	C	2014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=9;PP=2936;SC=CTGCTTGCCTCGGGATTACAG;SOR=1.203;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=16;WE=19452781;WS=19452751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	19454640	rs2289668	C	T	1273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=11;PP=666;SC=AGAGGGCAGCCGAACCTTGGC;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=19454648;WS=19454630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	19608910	rs34629869	CT	C	266.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=5.379;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.818;SOR=1.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr17	19609947	rs12942065	C	G	5925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=61;PP=2859;SC=CGCCCCCCATCCTCTTCCACG;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=79;TCR=61;TR=140;WE=19609955;WS=19609937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	19610104	rs35263947	C	T	3916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=73;PP=2095;SC=GAGCTGACAGCCTGCCCTGCT;SOR=1.218;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=39;TCR=73;TR=112;WE=19610112;WS=19610094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	19617236	rs4924792	G	T	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=44;PP=1470;SC=GGACCAGCGCGCCCCGCTGCA;SOR=0.791;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=82;WE=19617244;WS=19617226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	19617393	rs9900497	G	T	952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=18;PP=556;SC=TGGCGGACCCGGCGGCCTCTG;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=19617401;WS=19617383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	19642268	rs4646791	T	TG	3518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=27;PP=2209;SC=TGCCCAGCCCTGGGGCCCAGA;SOR=1.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=56;WE=19642276;WS=19642258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	19643810	rs3826507	G	A	6833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=89;PP=2674;SC=AGAGGTGGGGGCTTCGGGTAA;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=60;TCR=89;TR=149;WE=19643818;WS=19643800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr17	19644226	rs3786036	C	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=5;PP=380;SC=TGATCCTCCACTCTCTACCTC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=19644234;WS=19644216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	19644472	rs2072330	A	T	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=34;PP=1014;SC=GGATGTAGTCAGGGGCCACGC;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=53;WE=19644480;WS=19644462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	19645938	rs887241	A	C	7139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.78;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.229;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,276:1.00:277
chr17	19648219	.	T	C	328	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=10;HapScore=4;MGOF=25;MMLQ=24;MQ=59.22;NF=4;NR=4;PP=328;QD=45.3464015684;SC=CCCCAGCCCCTCCCCCCACGC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=8;WE=19648227;WS=19648204;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr17	19699358	rs192511	T	C	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=12;PP=627;SC=AATCTATGTTTTACTATTACA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=19699366;WS=19699348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	19699605	rs10587010	CAT	C	1011.90	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=659;ReadPosRankSum=0.182;SC=TCTAAAGAGACATATATATAT;SOR=1.402;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=15;WE=19699614;WS=19699595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,31:0.89:35
chr17	19702892	rs11456096	C	CA	37.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	19713740	rs150122	C	T	6209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	19729495	rs157397	T	C	1491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	19749952	rs140413803	CA	C	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.097;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.590;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,15:0.48:31
chr17	19812541	rs203462	T	C	5559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=50;PP=1654;SC=TGCTGCATAATGTCACTGACT;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=102;WE=19812549;WS=19812531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	19835112	rs61749865	C	T	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=19;PP=726;SC=CGCAATCAGTCAATACCTGAG;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=19835120;WS=19835102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	19861458	rs2108978	C	T	3834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=50;NR=44;PP=1541;SC=CATTTCAAGACGGAGAGAATG;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=50;TCR=45;TR=94;WE=19861466;WS=19861448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	20000131	rs4925085	G	T	2431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=36;PP=972;SC=AAAATGCACAGGGCCAGGCAG;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=20000139;WS=20000121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	20013802	rs3764436	G	A	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=58;PP=2131;SC=CATCGGGGGTGGTTCGCCTGA;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=50;TCR=58;TR=108;WE=20013810;WS=20013792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	20059591	rs3833861	A	AC	2340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=38;PP=814;SC=CCGCAACCCCACCCCCCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=44;WE=20059599;WS=20059581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	20108184	rs9908032	C	G	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=41;PP=1852;SC=GCGACAGCAGCTGCCCAACAT;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=90;WE=20108192;WS=20108174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	20108239	rs2703806	A	T	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=48;PP=1933;SC=TGGAAATCAGATGTCCAGTGA;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=98;WE=20108247;WS=20108229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	20160925	rs3751979	C	T	8057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=128;PP=2965;SC=ACTCAGGTATCGTGTTTCAAA;SOR=1.007;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=78;TCR=128;TR=206;WE=20160933;WS=20160915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr17	20163529	rs2703791	A	G	1746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=12;PP=768;SC=ACCCTCTGGCAGCCTTGGCCC;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=43;WE=20163537;WS=20163519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	20163616	rs11868429	C	T	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=36;PP=1146;SC=CGGTAAGGGACAACATCAGCC;SOR=0.768;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=20163624;WS=20163606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	20209474	rs2120282	C	T	1541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=30;PP=810;SC=AACAGTTTCTCGTAGAACATT;SOR=1.217;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=20209482;WS=20209464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	20217375	rs75296798	G	A	4936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=82;PP=2347;SC=ACTTTGAGACGTAACCCTGGA;SOR=1.092;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=51;TCR=82;TR=133;WE=20217383;WS=20217365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	20254234	.	G	GT	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.495;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr17	20254598	rs143042302	A	G	4892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.78;QD=25.35;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	20297545	rs3874846	T	G	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.60;QD=31.03;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	20305306	.	CAATAATAATAAT	C	217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.22;QD=31.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	20361768	rs202049390	G	A	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.61;QD=29.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	20370735	rs4985833	T	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.58;QD=24.99;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	20370796	rs28699183	T	C	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.36;QD=41.95;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	20370806	rs8080001	G	A	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.14;QD=42.74;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	20459595	rs57570943	A	C	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=5.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.99;MQRankSum=-4.680;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.411;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr17	20492807	rs199914815	C	G	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.123;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.468;NF=16;NR=4;PP=193;ReadPosRankSum=-1.360;SC=GCTCTTCCCCCTCTTGGCCCT;SOR=2.344;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=20;WE=20492815;WS=20492797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,12:0.16:75
chr17	20492893	rs116125666	C	T	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=6.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQRankSum=-7.804;QD=4.46;ReadPosRankSum=4.789;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,80:0.32:251
chr17	20492954	rs367956889	C	T	717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.37;MQRankSum=-6.346;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.804;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,68:0.20:336
chr17	20768839	rs372665136	GA	G	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-8.117;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.997;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,16:0.10:160
chr17	20768850	rs114103783	G	T	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-9.276;QD=0.29;ReadPosRankSum=3.744;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,12:0.08:159
chr17	20768867	rs9906896	A	C	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQRankSum=-10.464;QD=3.42;ReadPosRankSum=3.720;SOR=0.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,20:0.18:112
chr17	20768928	rs141057464	AAT	A	265.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.635;NF=0;NR=9;PP=472;ReadPosRankSum=-0.358;SC=TCCAGAAAAAAATATGTGAGA;SOR=0.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=9;WE=20768939;WS=20768918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr17	20768931	rs76382049	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.51;MQRankSum=-5.635;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.327;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr17	21147404	rs897926	A	G	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=17;PP=1157;SC=TGGCCCTGCCACCTGCCTGCC;SOR=1.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=21147412;WS=21147394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	21156530	rs201190568	G	GC	598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=198;SC=GGATGGGGCAGCCTGCTCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=21156538;WS=21156520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	21194658	rs71160134	T	TACAACACAACACAAC	3054.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.36;QD=50.08;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	21194769	rs72840055	C	T	3059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.99;MQRankSum=-3.728;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.829;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,83:0.39:214
chr17	21194769	.	CGA	TGT	1958	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MMLQ=24;MQ=61.0;NF=22;NR=21;PP=1958;QD=46.7783226712;SC=ACTGGCCTGTCGACAGTGCAG;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=138;TCF=65;TCR=73;TR=43;WE=21194793;WS=21194759;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:95,43:0.31:138
chr17	21194771	rs114473529	A	T	3137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.092;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.01;MQRankSum=-3.774;QD=14.87;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,83:0.39:211
chr17	21194785	rs72840057	T	C	2960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-2.811;NF=23;NR=24;PP=1976;ReadPosRankSum=0.202;SC=TGCAGGTGGCTGGCAATGGCC;SOR=0.549;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=132;TCF=57;TCR=75;TR=47;WE=21194793;WS=21194759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,76:0.38:198
chr17	21194820	rs66503560	G	A	2704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.738;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=24;PP=529;ReadPosRankSum=-0.080;SC=CCGGGCCCACGTGGGGACCTT;SOR=0.499;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=43;WE=21194828;WS=21194810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,72:0.42:171
chr17	21194843	rs75693966	T	C	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.30;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,57:0.41:138
chr17	21194852	rs72840058	G	A	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.04;ReadPosRankSum=-0.716;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,52:0.41:128
chr17	21194859	rs62056394	G	A	1764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,45:0.38:117
chr17	21198972	rs2363221	T	C	2067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=3.709;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.15;ReadPosRankSum=1.648;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,54:0.50:108
chr17	21198978	rs2363220	C	T	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.519;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.40;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,59:0.50:118
chr17	21199022	rs35804189	A	T	5117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.334;NF=54;NR=28;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TATACCACCCAGGCCTGCGAG;SOR=0.987;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=166;TCF=100;TCR=66;TR=82;WE=21199030;WS=21199012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,132:0.53:248
chr17	21199037	rs2885719	G	A	5606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.316;NF=63;NR=38;PP=1402;ReadPosRankSum=-0.575;SC=TGCGAGGAGCGTGGTCCCCAC;SOR=0.843;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=196;TCF=118;TCR=78;TR=101;WE=21199045;WS=21199027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,160:0.54:297
chr17	21199083	rs4442881	T	A	3733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=6;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.735;NF=56;NR=54;PP=1593;ReadPosRankSum=0.277;SC=CCTTGACAGGTGGGGAAACTG;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=234;TCF=119;TCR=115;TR=110;WE=21199091;WS=21199073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,185:0.50:369
chr17	21199105	rs3035435	AG	A	4233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=7;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.023;NF=15;NR=56;PP=1467;ReadPosRankSum=-0.799;SC=GGCTTGGTGAAGGGGGGGCCA;SOR=0.649;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=150;TCF=28;TCR=122;TR=71;WE=21199113;WS=21199095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,172:0.50:346
chr17	21199236	rs2363219	C	T	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=7.333;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.374;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=1.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,45:0.52:86
chr17	21199275	rs2363218	G	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=13.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=0.121;SOR=1.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,28:0.44:63
chr17	21199275	.	GTG	TTA	737	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=4;NR=15;PP=737;QD=41.6035723612;SC=CAGGGTCTCTGTGCAGAGCTT;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=19;WE=21199285;WS=21199265;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr17	21199277	rs2363217	G	A	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=14.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.190;SOR=1.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,26:0.43:60
chr17	21199376	rs5819736	G	GT	652.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.312;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.185;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,49:0.40:123
chr17	21199390	rs4997717	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.289;QD=6.04;ReadPosRankSum=1.130;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,50:0.38:131
chr17	21199403	rs4997718	C	T	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.283;QD=5.84;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,48:0.38:125
chr17	21199499	rs2885718	G	A	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.539;NF=2;NR=9;PP=144;ReadPosRankSum=0.732;SC=ATCTTGCTTCGTCCTGCAGCA;SOR=1.162;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=11;WE=21199507;WS=21199489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,11:0.31:35
chr17	21199515	rs5025581	C	T	131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.276;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.596;HP=5;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=-2.766;SC=CAGCACTGTGCGGGGCAGGTG;SOR=0.180;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=21199523;WS=21199505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr17	21201579	rs11651154	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=244;ReadPosRankSum=-2.213;SC=GAAGGCCTAACGGCCTGGCTT;SOR=1.251;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=16;WE=21201587;WS=21201569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,16:0.41:39
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chr17	21201851	rs8072386	A	G	4444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=86;PP=2075;ReadPosRankSum=0.891;SC=ACAGGGCTCAATGGAAGGAGT;SOR=0.597;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=326;TCF=131;TCR=195;TR=150;WE=21201859;WS=21201841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,224:0.45:494
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chr17	21202102	rs35701021	C	T	4811.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=40;PP=1672;ReadPosRankSum=1.596;SC=CTCGTCCCCACGCCAGGCCCC;SOR=0.633;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=255;TCF=173;TCR=82;TR=120;WE=21202110;WS=21202092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,148:0.47:314
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chr17	21202237	rs36047035	G	C	7464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=855;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=1.121;SC=ATTGGAGACAGAGTAGGTGCC;SOR=0.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=475;TCF=215;TCR=260;TR=217;WE=21202245;WS=21202227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:468,382:0.45:850
chr17	21202272	rs34880480	C	G	5593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=614;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.959;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:330,282:0.46:612
chr17	21202310	rs77343934	GC	AT	5885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FS=6.792;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.05;ReadPosRankSum=0.182;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,155:0.48:326
chr17	21202316	rs78463537	T	C	5537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FS=4.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.36;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,135:0.47:286
chr17	21202318	rs77591777	G	T	5185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=5.012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.59;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,131:0.47:279
chr17	21202370	rs34794731	G	A	1221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=1510;ReadPosRankSum=-0.045;SC=GAAGAGCCTCGTCCTGCGCTG;SOR=0.393;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=84;TCF=4;TCR=80;TR=31;WE=21202390;WS=21202360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,35:0.41:85
chr17	21202382	rs35763451	TG	T	1045.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=1515;ReadPosRankSum=0.274;SC=CCTGCGCTGCTGGCTGTGTGG;SOR=0.296;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=70;TCF=0;TCR=70;TR=24;WE=21202390;WS=21202360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
chr17	21203689	rs71207220	G	A	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=59;ReadPosRankSum=-2.061;SC=GGCTCAGAGAGGTTAAGTGAC;SOR=2.133;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=5;WE=21203697;WS=21203682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr17	21203711	rs73311537	C	T	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=101;ReadPosRankSum=-0.086;SC=TGCTGAGGGTCACACAGCAGG;SOR=0.458;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=8;WE=21203719;WS=21203701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr17	21203820	rs78304829	G	C	3703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.13;ReadPosRankSum=-0.663;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,95:0.52:184
chr17	21203825	rs75854955	C	G	3722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=3.324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.91;ReadPosRankSum=-0.701;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,97:0.52:187
chr17	21203893	rs34105301	T	C	2369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.508;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=784;ReadPosRankSum=1.308;SC=GGTGACCATCTCAGAACTGGG;SOR=0.590;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=150;TCF=70;TCR=80;TR=66;WE=21203901;WS=21203883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,126:0.50:253
chr17	21203934	rs62057672	G	A	1403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.890;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=758;ReadPosRankSum=-0.361;SC=TAGAGAAGGTGCGGCACGCCC;SOR=1.032;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=54;WE=21203942;WS=21203924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,72:0.48:150
chr17	21203949	rs62057673	C	T	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=3;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=647;ReadPosRankSum=-0.253;SC=ACGCCCAGAGCGGCACCATCA;SOR=1.001;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=47;WE=21203957;WS=21203939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,58:0.46:125
chr17	21203998	rs62057674	G	A	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.153;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=475;ReadPosRankSum=-0.523;SC=GCAGCTGGGAGGGCTCCCTGG;SOR=2.114;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=27;WE=21204006;WS=21203988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,31:0.44:70
chr17	21204153	rs66883103	C	T	1557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=18;PP=991;ReadPosRankSum=0.622;SC=GCCTCTGCCACGGCAACCTCT;SOR=0.757;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=95;TCR=41;TR=62;WE=21204161;WS=21204143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,74:0.45:164
chr17	21204187	rs56067280	G	T	4970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=1.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.74;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,132:0.44:297
chr17	21204192	rs56216806	C	T	4987.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.73;ReadPosRankSum=1.697;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,136:0.43:317
chr17	21204210	rs55796947	C	T	3403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=37;PP=1371;ReadPosRankSum=1.660;SC=CGTGAACTCACAGGAGCAGAA;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=252;TCF=159;TCR=93;TR=102;WE=21204218;WS=21204200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,178:0.43:413
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chr17	21204266	rs2230435	T	C	10718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=646;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=-1.391;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:348,297:0.46:645
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chr17	21204441	rs78162711	T	C	3185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=16.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.67;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,82:0.51:162
chr17	21205352	rs66761201	CGGA	C	1258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.425;QD=12.46;ReadPosRankSum=2.547;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,34:0.34:101
chr17	21205354	.	GA	AG	2243	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=27;MMLQ=22;MQ=59.96;NF=20;NR=4;PP=2243;QD=95.6861614526;SC=GCACACGTCGGAGAGGGGGCT;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=24;WE=21205371;WS=21205344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:53,24:0.31:77
chr17	21205358	.	GGGGGCT	G	2280	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=4;HapScore=4;MGOF=27;MMLQ=16;MQ=59.72;NF=13;NR=6;PP=2280;QD=120.894736842;SC=ACGTCGGAGAGGGGGCTGGGG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=19;WE=21205371;WS=21205344;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:37,19:0.34:56
chr17	21205360	rs74998514	G	A	1261.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.375;QD=12.37;ReadPosRankSum=2.076;SOR=0.487;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,36:0.35:102
chr17	21205361	rs67557217	GGCT	G	1244.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.424;QD=11.63;ReadPosRankSum=2.448;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,36:0.34:107
chr17	21205396	rs75974715	C	A	2208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.479;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,60:0.43:139
chr17	21205406	rs72831582	A	G	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,64:0.42:152
chr17	21205460	rs62057721	C	T	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=1067;ReadPosRankSum=0.437;SC=CACAGGGAGACGTGTGGATCT;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=92;TCR=75;TR=68;WE=21205468;WS=21205450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,110:0.44:251
chr17	21205592	rs66644302	GGC	G	489.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=14.151;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-3.443;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,23:0.18:126
chr17	21205604	rs62057722	T	C	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=15.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.911;SOR=1.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,16:0.15:106
chr17	21205642	rs62057723	T	G	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.215;HP=2;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=36;PP=2806;ReadPosRankSum=1.735;SC=CCAGCAGGCATGGAGCCTGCC;SOR=0.245;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=95;TCF=28;TCR=67;TR=53;WE=21205663;WS=21205632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,10:0.15:66
chr17	21205654	rs72831585	A	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.539;SOR=0.234;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,10:0.20:49
chr17	21205654	.	AT	GA	2788	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=11;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=12;NR=32;PP=2788;QD=20;SC=GAGCCTGCCTATTGATGGTGT;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=44;WE=21205663;WS=21205632;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,44:0.58:76
chr17	21205655	rs76165275	T	A	270.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.500;SOR=0.248;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr17	21206269	rs73982750	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=240;ReadPosRankSum=-1.583;SC=AGGTGAGCCCGGGAGGATGAG;SOR=0.648;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=15;WE=21206277;WS=21206259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,18:0.40:45
chr17	21206294	rs73311581	C	T	825.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=253;ReadPosRankSum=-0.445;SC=GGCAGGAGGCCGAGTGTGTCT;SOR=0.330;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=21;WE=21206302;WS=21206284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr17	21206360	rs67280439	A	G	2693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=16;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GGAGGCTGGGATGAGAGGGTG;SOR=0.604;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=98;TCR=46;TR=52;WE=21206393;WS=21206350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,71:0.39:181
chr17	21206372	rs72838545	G	C	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.225;SC=GAGAGGGTGCGTAGCCTGTGC;SOR=0.614;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=103;TCR=55;TR=60;WE=21206393;WS=21206350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,81:0.39:206
chr17	21206385	rs72838547	C	T	3355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=24;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.330;SC=GCCTGTGCAGCGGGAGCGGGA;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=177;TCF=115;TCR=62;TR=68;WE=21206393;WS=21206350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,101:0.40:255
chr17	21206440	rs3744222	C	T	5633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=0.566;SC=TCGTTTTTGACGTGACCAGGA;SOR=0.679;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=284;TCF=167;TCR=117;TR=161;WE=21206452;WS=21206430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,273:0.58:468
chr17	21206444	rs62057728	A	G	3694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=49;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.833;SC=TTTTGACGTGACCAGGAATAA;SOR=0.762;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=281;TCF=162;TCR=119;TR=123;WE=21206452;WS=21206430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,193:0.42:465
chr17	21206556	rs736103	C	T	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=62;PP=1316;ReadPosRankSum=-1.273;SC=GGTCAGTGCCCGGCAGCCACC;SOR=0.744;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=215;TCF=76;TCR=139;TR=88;WE=21206564;WS=21206546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,110:0.47:233
chr17	21206616	rs57761454	G	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.263;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=36;PP=729;ReadPosRankSum=-0.124;SC=GCGGGTGGACGTCTCCCTATG;SOR=0.439;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=87;TCF=10;TCR=77;TR=41;WE=21206624;WS=21206606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,47:0.49:95
chr17	21206632	rs35678520	C	T	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.01;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,33:0.46:71
chr17	21206635	rs77285979	T	A	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.56;ReadPosRankSum=0.809;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,31:0.47:66
chr17	21206642	rs59259996	G	A	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.06;ReadPosRankSum=1.063;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,27:0.47:58
chr17	21206654	rs56821097	G	T	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.008;HP=2;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=1453;ReadPosRankSum=1.419;SC=GAGGTGATAGGTTGTGACGTG;SOR=1.230;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=18;WE=21206662;WS=21206622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr17	21207602	rs55677712	C	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=298;ReadPosRankSum=0.309;SC=GACCCTGGTGCAACCTGCCCA;SOR=0.983;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=19;WE=21207610;WS=21207592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr17	21207649	rs56342308	C	T	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=454;ReadPosRankSum=0.734;SC=GGGTCTTGGGCGAGGGAGGGG;SOR=0.853;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=73;TCF=54;TCR=19;TR=34;WE=21207657;WS=21207639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,42:0.44:95
chr17	21207813	rs74575904	T	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=7.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.25;ReadPosRankSum=-3.647;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:400,33:0.08:433
chr17	21207835	rs76111309	G	A	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=8.277;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.405;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:342,34:0.09:376
chr17	21207844	rs2230436	C	T	3635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=66;PP=1425;ReadPosRankSum=-0.650;SC=CGATGGATGCCGGCTGCAAGC;SOR=0.647;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=208;TCF=93;TCR=115;TR=116;WE=21207852;WS=21207834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,183:0.53:346
chr17	21207916	rs7209761	A	G	4192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=81;PP=2430;SC=GGCGGGGAGAAATCTGCCCAG;SOR=2.087;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=107;TCF=25;TCR=82;TR=103;WE=21207924;WS=21207906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	21207938	rs75147012	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=10.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.238;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,12:0.16:76
chr17	21207945	rs9896440	A	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=3;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=775;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CCCCGGCCATACCCTCTGTCC;SOR=0.434;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=61;TCF=9;TCR=52;TR=39;WE=21207953;WS=21207928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr17	21208292	rs7214432	T	C	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=523;ReadPosRankSum=-0.137;SC=AGTTTGGGGATTGGGAGGCAA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=81;TCR=42;TR=46;WE=21208300;WS=21208282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,58:0.36:163
chr17	21208317	rs4456559	G	A	4010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=3.192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.501;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,156:0.67:232
chr17	21208331	rs1898407	G	A	1491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=3.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=-0.571;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,92:0.32:290
chr17	21208347	rs4559960	C	A	2315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:247,119:0.33:366
chr17	21208349	rs7209860	C	G	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=2.308;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,120:0.32:377
chr17	21208413	rs1657695	C	T	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FS=4.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.615;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:272,128:0.32:400
chr17	21208449	rs1657694	G	T	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.903;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,102:0.34:299
chr17	21208456	rs1657693	A	G	3369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.03;ReadPosRankSum=1.533;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,95:0.34:280
chr17	21208640	rs7209152	G	A	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=77;ReadPosRankSum=0.665;SC=GTCACTCATCGTGAAGTCCTG;SOR=1.819;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=21208648;WS=21208630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr17	21215424	rs35026048	G	A	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.78;ReadPosRankSum=2.302;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr17	21215434	rs113634008	A	AC	1200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=2.551;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,50:0.43:115
chr17	21215446	rs62055363	C	T	1481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,72:0.48:149
chr17	21215537	rs55736474	C	A	4847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=5;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=70;PP=1953;ReadPosRankSum=1.323;SC=AGGAGCCGTCCCCCCAGCTCC;SOR=0.613;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=329;TCF=186;TCR=143;TR=154;WE=21215545;WS=21215525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,250:0.44:562
chr17	21215552	rs56369732	C	T	10563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.09;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:341,277:0.45:618
chr17	21215557	rs35206134	G	A	10462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=1.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.596;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:349,286:0.45:635
chr17	21215637	rs66486636	G	A	6907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.18;ReadPosRankSum=-1.145;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,190:0.42:455
chr17	21215643	rs73302034	A	G	6881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=-2.959;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,185:0.43:433
chr17	21215682	rs73302038	G	A	1690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.608;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=-1.270;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,92:0.35:261
chr17	21215700	rs73302043	T	G	1242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.068;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=38;PP=754;ReadPosRankSum=-1.723;SC=AACCCCCAGATGACTTGGCAT;SOR=0.899;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=135;TCF=34;TCR=101;TR=50;WE=21215708;WS=21215690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,64:0.35:184
chr17	21216661	rs4994551	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.198;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.149;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr17	21216664	rs4081986	A	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.198;QD=17.18;ReadPosRankSum=-0.184;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr17	21216686	rs4994549	C	A	1085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.565;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=7;PP=390;ReadPosRankSum=-0.602;SC=CCCTTCTTCCCTGGGTGCACG;SOR=1.254;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=56;TCR=18;TR=31;WE=21216694;WS=21216676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr17	21216710	rs4994548	T	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=16;PP=578;ReadPosRankSum=0.603;SC=CCCCTGCTGCTAGGCCTGGGG;SOR=0.761;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=72;TCR=40;TR=44;WE=21216718;WS=21216700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,47:0.37:126
chr17	21216758	rs5819747	G	GCTTC	2872.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.368;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=1822;ReadPosRankSum=0.999;SC=TGGGGGCTGGGCTTCCTCCCT;SOR=0.879;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=50;TCR=68;TR=39;WE=21216772;WS=21216748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,77:0.32:240
chr17	21216788	rs1673840	C	T	2016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=30;PP=920;ReadPosRankSum=-0.652;SC=GCCACAGCTGCACTATTCTCT;SOR=0.685;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=67;WE=21216796;WS=21216778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,117:0.34:343
chr17	21216846	rs1657688	G	C	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.767;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,108:0.41:264
chr17	21216891	rs934688	G	A	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=4.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=3.700;SOR=1.099;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,66:0.45:147
chr17	21216951	rs1673839	C	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.174;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=33;PP=685;ReadPosRankSum=-0.522;SC=TGGGTAGCTCCTCTGGCTGGC;SOR=0.495;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=86;TCF=17;TCR=69;TR=42;WE=21216972;WS=21216941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,20:0.47:43
chr17	21216964	rs1657686	T	C	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=62;PP=1780;SC=TGGCTGGCCCTGTGTTCTCTC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=18;TCR=62;TR=80;WE=21216972;WS=21216941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	21217290	rs1673837	G	A	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.288;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=316;ReadPosRankSum=0.244;SC=AGGAGCCACAGATGCCATCTG;SOR=1.148;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=24;WE=21217298;WS=21217280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,29:0.35:83
chr17	21217397	rs1657685	A	G	6605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=2.172;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.52;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,186:0.49:377
chr17	21217400	rs1622401	G	A	6615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=2.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.96;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,190:0.49:390
chr17	21217411	rs1657684	T	C	3950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,204:0.49:420
chr17	21217513	rs2363198	G	A	4108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=76;PP=1869;ReadPosRankSum=1.491;SC=TGCTGCCTTCGTGAAGGAGAT;SOR=0.830;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=247;TCF=107;TCR=140;TR=130;WE=21217521;WS=21217503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,208:0.47:444
chr17	21217547	rs2363197	T	C	5007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,141:0.47:297
chr17	21217554	rs2363196	C	T	4706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.942;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.83;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,126:0.48:264
chr17	21217566	rs2363375	C	T	2198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=48;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.069;SC=GACCCCACTCCGGCCCTCCAG;SOR=0.682;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=63;TCR=94;TR=80;WE=21217574;WS=21217537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,111:0.48:232
chr17	21217586	rs2363374	G	T	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=0.930;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,71:0.43:164
chr17	21217596	rs2363373	C	G	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,62:0.44:140
chr17	21318521	rs76804083	C	T	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.275;HP=1;HapScore=2;MGOF=81;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=0;PP=372;ReadPosRankSum=-0.767;SC=CCTCCAGTCACGTCTGGGGGC;SOR=1.367;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=57;TCR=5;TR=22;WE=21318529;WS=21318511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,26:0.37:71
chr17	21318546	rs112960185	A	G	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,45:0.38:118
chr17	21318552	rs112854769	G	A	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.01;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,48:0.38:125
chr17	21318555	rs58462457	C	T	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=2.530;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,30:0.23:130
chr17	21318569	rs74584621	C	T	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.550;HP=2;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=18;PP=2425;ReadPosRankSum=0.001;SC=GCCACCAGCCCAGCCAGACAT;SOR=0.778;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=151;TCF=105;TCR=46;TR=62;WE=21318577;WS=21318536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,79:0.38:206
chr17	21318586	rs59891808	G	C	7185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.66;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,178:0.64:280
chr17	21318586	.	GTC	CTG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=48;NR=24;PP=2944;QD=20;SC=ACATGCTGTCGTCTCTGTTGC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=126;TCR=61;TR=72;WE=21318611;WS=21318576;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:115,72:0.39:187
chr17	21318588	rs77791524	C	G	3715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=0.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=1.586;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,99:0.34:287
chr17	21318595	rs58780973	G	C	2675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=-1.357;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:229,85:0.27:314
chr17	21318603	rs79809401	C	T	3886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=30;PP=2962;ReadPosRankSum=1.849;SC=TTGCAGGAGCCGCCCTGCCTG;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=236;TCF=158;TCR=78;TR=90;WE=21318611;WS=21318576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,121:0.33:364
chr17	21318629	rs58862472	C	A	3484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.390;HP=6;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=40;PP=1767;ReadPosRankSum=-0.698;SC=AGCCTGGGGGCGAGCCAGGGT;SOR=0.664;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=295;TCF=192;TCR=103;TR=113;WE=21318637;WS=21318619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,169:0.47:358
chr17	21318663	rs72846666	G	A	4401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=745;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=56;PP=2095;ReadPosRankSum=0.248;SC=GGATGACCGCGGCCAGCCGGG;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=413;TCF=259;TCR=154;TR=150;WE=21318671;WS=21318653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:493,250:0.34:743
chr17	21318698	rs1657738	C	T	4047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=881;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=1.448;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:611,261:0.30:872
chr17	21318741	rs75113504	C	T	4622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=896;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:598,285:0.32:883
chr17	21318760	rs74880280	G	T	4902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=940;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=91;PP=2238;ReadPosRankSum=-1.135;SC=CAACGGCAAGGTGCACACGCG;SOR=0.735;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=597;TCF=301;TCR=296;TR=189;WE=21318768;WS=21318750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:634,298:0.32:932
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chr17	21318821	rs1714865	A	C	4854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=917;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=99;PP=2016;ReadPosRankSum=-0.131;SC=TGCAACATTGAGTTCGCCAAC;SOR=0.745;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=592;TCF=284;TCR=308;TR=186;WE=21318829;WS=21318811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:616,289:0.32:905
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chr17	21319650	.	CGAG	C	3539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.612;ClippingRankSum=0.000;DP=440;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.61;MQRankSum=-6.874;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.347;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:315,109:0.26:424
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chr17	21319716	rs78135255	G	A	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FS=5.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQRankSum=-11.648;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,84:0.22:386
chr17	21319728	rs76681424	T	C	2234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=3.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-12.526;QD=6.50;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:273,71:0.21:344
chr17	21319743	rs76267885	A	G	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=3.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.21;MQRankSum=-12.251;QD=6.18;ReadPosRankSum=-1.801;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,63:0.20:315
chr17	21319767	rs1612176	C	T	1711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=2.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,94:0.43:217
chr17	21319785	rs1657745	C	T	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.082;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.646;NF=22;NR=30;PP=550;ReadPosRankSum=1.389;SC=CCTTCTGCTACGAGAACGAGC;SOR=0.600;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=153;TCF=60;TCR=93;TR=52;WE=21319794;WS=21319775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,78:0.34:231
chr17	21319786	rs78547883	G	A	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=6.121;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-7.402;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.529;SOR=1.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,46:0.20:230
chr17	21319845	rs72846670	C	T	923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.671;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=13;PP=285;ReadPosRankSum=1.209;SC=GAGACCAGGACGGCCGAAGCC;SOR=0.462;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=26;WE=21319853;WS=21319835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,31:0.23:134
chr17	21319860	rs2917720	C	T	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.802;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.881;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr17	21319860	.	CGGCCTCAG	AGGCCTCAT,TGGCCTCAG	593	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=43;MMLQ=24;MQ=59.45;NF=10,12;NR=11,18;PP=593,374;QD=30.7841845172;SC=GAAGCCGGGACGGCCTCAGCC;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=79;TCF=30;TCR=49;TR=21,30;WE=21319876;WS=21319850;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.27:79
chr17	21319868	rs73979902	G	T	911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.030;SOR=0.568;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,29:0.26:113
chr17	21319908	rs66981137	C	T	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=12;PP=190;ReadPosRankSum=-0.784;SC=TCCAGGCTGGCGGCGGGGTCC;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=19;WE=21319916;WS=21319898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,24:0.29:83
chr17	21319943	rs5021699	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=275;ReadPosRankSum=-1.238;SC=TACAGACGGGAGTCAGAGATC;SOR=0.715;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=18;WE=21319963;WS=21319933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,18:0.38:47
chr17	21319955	rs76506689	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-0.422;SC=TCAGAGATCTGAGCCAACCTT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=10;WE=21319963;WS=21319933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr17	21319993	rs5021701	T	C	715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.86;ReadPosRankSum=0.984;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,18:0.60:30
chr17	21320008	rs78435971	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=2.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.934;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr17	21320012	rs77515828	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.557;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr17	21320025	rs5021702	C	T	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.139;HP=3;HapScore=4;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=385;ReadPosRankSum=1.150;SC=TCAGGGGCCCCGGGTTTGAGC;SOR=2.115;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=7;WE=21320033;WS=21319998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr17	21535972	rs10221228	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.33;MQRankSum=-3.982;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,5:0.10:52
chr17	21536106	rs9325915	T	C	673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=3.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-13.038;NF=39;NR=21;PP=790;ReadPosRankSum=-0.322;SC=TCCCAGCACCTGCCACCAGCA;SOR=1.133;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=182;TCF=97;TCR=85;TR=60;WE=21536114;WS=21536096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:252,62:0.20:314
chr17	21536168	rs9325916	G	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-9.776;NF=29;NR=36;PP=795;ReadPosRankSum=3.987;SC=GTTTTTCTTTGCTTTTCCTAT;SOR=0.494;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=150;TCF=56;TCR=94;TR=65;WE=21536176;WS=21536137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,62:0.34:180
chr17	21544462	rs9285742	G	A	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.28;MQRankSum=-2.089;QD=18.78;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr17	21544470	rs9285743	A	G	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.723;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.34;MQRankSum=-2.996;QD=17.33;ReadPosRankSum=-1.505;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr17	21544587	rs9285744	A	G	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.907;NF=19;NR=17;PP=554;ReadPosRankSum=-1.088;SC=TTAAACTGAAAAAGAAACAAG;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=42;TCR=35;TR=36;WE=21544595;WS=21544577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,78:0.50:157
chr17	21544646	rs9285745	T	C	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.429;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=18;PP=398;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TTTCTCCCTATAGAAGATATT;SOR=0.936;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=29;WE=21544654;WS=21544636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,54:0.49:110
chr17	21544674	rs9747056	T	A	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.913;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=295;ReadPosRankSum=-0.762;SC=TTTCCATATTTTGAAACTGTA;SOR=0.847;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=23;WE=21544682;WS=21544664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,32:0.43:74
chr17	21730653	rs11656087	G	C	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=8;PP=697;SC=GAAATACAATGATCCTGAGAT;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=21730661;WS=21730643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	22066735	.	CA	GG	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.204;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-10.333;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.286;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,18:0.17:109
chr17	22066745	rs78440652	C	G	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=4.571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.84;MQRankSum=-11.104;QD=4.45;ReadPosRankSum=0.079;SOR=1.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,23:0.18:126
chr17	22066776	rs75644031	T	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=-13.599;QD=6.85;ReadPosRankSum=1.773;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,47:0.22:218
chr17	22066780	rs78507742	C	T	1477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.31;MQRankSum=-13.956;QD=6.51;ReadPosRankSum=1.149;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,51:0.22:227
chr17	22066807	rs78727354	G	T	1874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.44;MQRankSum=-14.290;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.405;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,66:0.26:254
chr17	22066822	rs137955476	C	T	1913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.24;MQRankSum=-13.863;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.619;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,66:0.27:241
chr17	22066835	rs147079852	C	T	2025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.90;MQRankSum=-13.270;QD=9.25;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,66:0.30:219
chr17	22066856	rs138169151	CAG	C	1317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-11.673;NF=2;NR=18;PP=1235;ReadPosRankSum=3.612;SC=AAAATGGTGGCAGAGAAAAAA;SOR=0.696;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=8;TCR=66;TR=20;WE=22066878;WS=22066846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,41:0.25:163
chr17	22066870	rs79914182	G	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-11.097;NF=11;NR=19;PP=1233;ReadPosRankSum=2.092;SC=GAAAAAAAATGAAGGGAATAT;SOR=0.648;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=97;TCF=36;TCR=61;TR=30;WE=22066878;WS=22066846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,42:0.29:143
chr17	22066914	rs62051427	T	C	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=7.312;NF=11;NR=25;PP=581;ReadPosRankSum=0.106;SC=TTAGAACTTATTACCCCTGTG;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=36;WE=22066922;WS=22066904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr17	22066929	.	C	T	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=5.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.55;MQRankSum=-5.859;QD=4.24;ReadPosRankSum=-0.422;SOR=2.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,7:0.19:36
chr17	22066932	.	A	C	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.01;MQRankSum=-5.408;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.460;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr17	25753033	rs13341669	T	C	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=47;PP=1221;SC=CTGGCTTCTCTGGGTGCTGAA;SOR=1.009;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=32;TCR=47;TR=78;WE=25753041;WS=25753023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	25887530	rs2945397	G	C	3804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=50;PP=1742;SC=TTCTCTTTCCGCTCTCCTCTA;SOR=0.934;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=88;WE=25887549;WS=25887520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	25887541	rs2948526	C	T	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=45;PP=1562;SC=CTCTCCTCTACCCTTGCGTTC;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=37;TCR=45;TR=82;WE=25887549;WS=25887520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	25887571	rs61054489	T	C	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=37;PP=1337;SC=AGATGAGGCCTTCTCCCAGAG;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=25887579;WS=25887561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	25909850	rs2293181	G	T	10185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr17	25912828	rs2945373	A	G	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=54;PP=1519;SC=GCTGGTGACCACCTCAGGAAA;SOR=1.237;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=30;TCR=54;TR=84;WE=25912836;WS=25912818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	25917810	rs1403321	A	G	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=21;PP=1234;ReadPosRankSum=-0.918;SC=GCTGGTGCAAACATGTGCCTG;SOR=1.134;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=25917818;WS=25917800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr17	25944235	rs4267373	A	G	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=8;PP=744;SC=TGAGAACATCAAAGGGACCCT;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=25944243;WS=25944225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	26088337	rs59685746	GC	G	106	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=74;SC=CCACACCACGGCCCTCCTTGG;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=26088345;WS=26088327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	26094596	rs28944169	C	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=3;PP=312;SC=CCCTAACAGGCTCTTGCATGC;SOR=2.093;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=26094604;WS=26094591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	26108040	rs2297520	T	C	5392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=71;PP=2372;ReadPosRankSum=1.736;SC=CAATGGCCGGTGGCTGAGGCT;SOR=0.239;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=69;TCR=72;TR=140;WE=26108048;WS=26108030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,208:1.00:209
chr17	26109030	rs3729508	T	C	3128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=20;PP=1075;SC=CCCTGGGAAATGTGCACCGAC;SOR=1.010;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=26109038;WS=26109020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	26125918	rs3730013	G	A	3169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=57;PP=1758;SC=GCTGAAGAAGGGAAGCAGAGG;SOR=1.078;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=36;TCR=58;TR=93;WE=26125926;WS=26125908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	26206414	rs3751972	C	A	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=7;PP=294;SC=AGGCCAATGGCTCTTCCAAAC;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=26206422;WS=26206404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	26369801	rs35191042	A	G	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=33;PP=1980;SC=ATAAAGCTCTATGTTTTTTGA;SOR=1.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=65;TCR=33;TR=98;WE=26369809;WS=26369791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr17	26633347	rs35679432	T	TG	465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.29;ReadPosRankSum=-0.783;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr17	26646434	rs5819836	G	GC	4018.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=32;PP=1755;SC=AGGCTCTCCCGGCGCTGCGTC;SOR=0.753;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=41;WE=26646442;WS=26646424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	26669245	rs5819838	A	AG	1134.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=5;PP=638;SC=CCTCACTCCCAGCCGCTTGGC;SOR=2.376;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=23;WE=26669254;WS=26669235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	26684283	rs11314852	GT	G	3070.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=1487;SC=TCCAGGCCCAGTTCCTCGCGC;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=26684291;WS=26684273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	26684390	rs11448856	G	GC	2779.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=27;PP=1380;SC=GCACAGAGCGGCTTTGCCACC;SOR=1.092;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=26684402;WS=26684380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	26684394	rs17856014	T	G	2788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=25;PP=828;SC=AGAGCGGCTTTGCCACCGGGC;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=41;WE=26684402;WS=26684380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	26684449	rs4795429	G	C	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=59;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=505;SC=ACGGCCAGGGGCCGCCGGGCT;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=26684457;WS=26684439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	26684529	rs113967755	G	GGC	398.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=153;SC=GCGGCCGGGCGGTTCCGCCCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=26684537;WS=26684519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	26687484	rs11379368	G	GC	1033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=9;PP=622;SC=AGAGGGCTGAGCCAGACTGTC;SOR=1.382;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=17;WE=26687492;WS=26687474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	26687898	rs11382918	G	GC	1192.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=21;PP=882;SC=AGGGCAGGGTGCCCTGGTGGG;SOR=2.012;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=26687906;WS=26687888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	26692224	rs11387886	A	AG	10353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=67;PP=2833;SC=GGGCCATGCCAGGCTGTGCCC;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=35;TCR=69;TR=101;WE=26692232;WS=26692214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr17	26695704	rs2227725	A	G	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=16;PP=677;SC=CCTGAGGAGCAGGGTGGTGGG;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=36;WE=26695712;WS=26695694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	26699121	rs7212814	G	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=5;NR=5;PP=139;SC=GGCCCACGGCGGGGCGCCGAG;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=26699129;WS=26699111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	26699195	rs11437592	C	CG	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=73;SC=TGCGGGTGGCCCGGGCCCGCG;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=26699213;WS=26699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	26699199	rs112387743	G	GC	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.13;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	26699205	rs11340312	GA	G	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=3;PP=93;SC=CCGGGCCCGCGAAAGTGTCGC;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=26699213;WS=26699185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	26699367	rs11437594	G	GC	922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=582;SC=CCTGGCTGCTGCGGCCGTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=26699375;WS=26699357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	26708298	.	A	AGC	7024.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.91;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	26708302	.	GGT	G	6975.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	26708550	rs11658194	TC	CG	5049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=27;PP=2169;SC=CGAGCTGCTTTCGCTGCACGC;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=65;WE=26708559;WS=26708540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	26727721	rs5819844	GA	G	595.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=429;SC=GTGAGTTGAAGAATGCCGGAG;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=26727729;WS=26727711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	26729428	rs4795436	C	T	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=25;PP=727;SC=CCATACCCCACGTGGGGCTTA;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=26729436;WS=26729418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	26816365	rs11443311	G	GC	4112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=30;PP=1401;SC=TCTGAGGTGAGCCCCATCCAT;SOR=0.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=34;WE=26816373;WS=26816355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	26818676	rs9890678	T	C	7610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=89;PP=2965;SC=GATCTGCACATTCACTGGGAG;SOR=0.787;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=195;TCF=106;TCR=89;TR=195;WE=26818684;WS=26818666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr17	26850810	rs10527420	TTCTCTCTCTCTCTCTC	T	1205.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=40.19;SOR=3.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	26850929	rs483434	A	C	4097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=44;PP=1726;SC=GTTGGTCCCCACTGGATGCTG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=94;WE=26850937;WS=26850919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	26851501	rs614434	G	A	9166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=79;PP=2965;SC=TCACAGGCTCGCTACTCTCTG;SOR=1.060;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=213;TCF=133;TCR=80;TR=212;WE=26851509;WS=26851491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr17	26874314	rs2070139	G	A	6655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=64;PP=2767;SC=CAGCCGTGGGGTCAGGGTGTC;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=151;TCF=87;TCR=64;TR=151;WE=26874322;WS=26874304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	26910922	rs143883268	C	T	1288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.78;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	26911647	rs150084684	TAC	T	63.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=2.629;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,9:0.12:72
chr17	26916364	rs141808020	G	A	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.89;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	26988101	.	TA	T	43.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.534;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr17	27000391	rs9904043	A	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=10;PP=476;SC=TTCCCTAGTTATCTTCAGGCA;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=27000399;WS=27000381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	27002402	rs9892089	A	G	4055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.04;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	27004703	rs7207976	C	A	1924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=15;PP=1285;SC=AGATAAAGTCCGTCTCACCCT;SOR=1.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58;WE=27004711;WS=27004693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	27009749	rs12051648	C	T	2111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=24;PP=1004;SC=CTTTAGATGGCCTGGCCAAAA;SOR=1.048;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=59;WE=27009757;WS=27009739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	27050924	.	AAT	A	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=60.43;NF=0;NR=2;PP=31;QD=19.5;SC=CCTAATTCTGAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=2;WE=27050933;WS=27050914;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,2:0.12:16
chr17	27053568	rs12952249	G	A	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=0;PP=249;SC=CCGGGCCACCGGCTACCCCGC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=13;WE=27053576;WS=27053558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	27061704	.	C	CA	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.814;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-1.536;QD=3.14;ReadPosRankSum=-1.429;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr17	27093475	.	TA	T	107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr17	27093542	rs9900141	G	A	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=50;PP=2071;SC=CTTCAAGGACGGCCCAAATGT;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=61;TCR=50;TR=111;WE=27093550;WS=27093532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	27185827	rs2242345	C	T	4518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=60;PP=2263;SC=GCCAGGAGGACGTGAAAACAC;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=118;WE=27185835;WS=27185817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	27187636	rs9279	G	T	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=83;PP=2170;ReadPosRankSum=-1.256;SC=GACCAGTTCTGTCCTTGGCTG;SOR=0.573;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=38;TCR=85;TR=121;WE=27187644;WS=27187626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,158:0.99:159
chr17	27188296	rs28448745	A	C	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=6;PP=232;SC=CCCTACCCCCAATCCCACGCC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=27188304;WS=27188286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	27208191	rs117741203	G	A	3653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=38;PP=1763;SC=CCTAGGACCCGCTTGGGTGGA;SOR=1.069;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=102;WE=27208199;WS=27208181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	27225937	rs4795473	C	T	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=420;SC=AGAAAGGAGTCGGGCTAGGCA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=27225945;WS=27225927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	27238032	rs75491281	G	A	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.96;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	27246368	rs68042462	CCTCCCCTCCTTGATCCTAACATT	C	976.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	27441077	rs12601535	C	G	6723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=62;PP=2502;SC=AGTCATCCGTCGGGGGTTCCA;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=67;TCR=62;TR=129;WE=27441085;WS=27441067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	27580933	rs186426912	A	G	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=16;PP=435;SC=TTGAATCTCAATTTCTTTATA;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=27580941;WS=27580923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	27613677	rs12452857	G	A	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=46;PP=2183;SC=CAGAAGAGATGGGTGTTAGAG;SOR=0.919;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=108;WE=27613685;WS=27613667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	27614186	rs139731845	A	G	4629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=59;PP=2400;SC=ATGGGCTTCGAACCATCTACT;SOR=0.752;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=123;WE=27614194;WS=27614176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr17	27829588	rs367720840	CT	C	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=0.843;SOR=0.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,21:0.26:80
chr17	27835138	rs508706	C	T	3480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=53;PP=1527;SC=ACCAGGCTGCCATGGAGAAAG;SOR=1.153;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=27835146;WS=27835128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	27835211	rs622096	A	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=27;PP=772;SC=AGAATTAACCAACATGGCAGT;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=27835219;WS=27835201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	27857698	rs536327	C	T	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=31;PP=846;SC=ACCACCTGAACGAAATCACAG;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=27857706;WS=27857688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	27869968	rs507577	G	A	5736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=78;PP=2575;SC=GGGGACGGACGGAGCAGGGCA;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=141;WE=27869976;WS=27869946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr17	27889986	rs542939	T	C	4619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=59;PP=1973;SC=TCCCAGTAGGTATCCCAGCTG;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=45;TCR=59;TR=104;WE=27889994;WS=27889976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	27904322	rs601364	A	G	5117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=95;PP=2887;SC=CTGACGCAGGACGGCAGGGAC;SOR=1.417;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=45;TCR=96;TR=140;WE=27904330;WS=27904312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	27949934	rs77991986	G	GC	334.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.47;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	27993840	.	A	G	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=22;PP=1178;SC=ATGAGTCCATATGGGCTAGCG;SOR=1.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=38;TCR=22;TR=60;WE=27993848;WS=27993830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	28011501	rs11307211	TA	T	495.76	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.338;SOR=1.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr17	28011503	.	A	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.978;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.03;ReadPosRankSum=0.093;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr17	28011504	.	A	T	51.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.967;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr17	28029938	rs3102560	T	C	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=25;NR=11;PP=709;SC=ACAAAAGATATAGTTACCAAG;SOR=1.217;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=36;WE=28029946;WS=28029928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	28120887	rs72823964	C	T	2007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	28268800	rs4567782	A	C	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.507;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=731;ReadPosRankSum=0.810;SC=TTTGGTGATAACTTTTGGAGT;SOR=0.626;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=28268808;WS=28268790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr17	28296327	rs9897794	T	G	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=27;PP=1187;SC=TTACCAGAGGTTGATGAAAGA;SOR=0.729;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=59;WE=28296335;WS=28296317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	28320248	rs4795524	T	A	4945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	28434826	rs5819880	ACTTTT	A	1207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=7;PP=834;SC=CTCCACTCTTACTTTTCTTTT;SOR=2.019;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=19;WE=28434838;WS=28434816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	28444183	rs6505162	A	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=259;SC=TTGCTTCCTAACCCGCGCTTG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=28444191;WS=28444173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	28444254	rs8067576	T	A	114.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=0;NR=3;PP=44;SC=CCTGGCTTCCTTAGAGGGCCT;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=28444262;WS=28444244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	28505024	rs7221154	G	A	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	28511978	rs1979572	G	A	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=45;PP=1477;SC=ATCAGCACCAGCAGAAGCAAT;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=42;TCR=45;TR=87;WE=28511986;WS=28511968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	28538532	rs140701	C	T	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	28576076	rs1050565	T	C	1993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=16;PP=956;SC=GCTGGCAGGATAATGGGTTCC;SOR=1.252;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=53;WE=28576084;WS=28576066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	28612448	rs7342921	G	C	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.61;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	28618972	rs34774348	T	TCGG	1111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.337;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.395;NF=1;NR=14;PP=695;ReadPosRankSum=-1.404;SC=GGAAACCGGCTCGGCGGCGGC;SOR=1.036;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=15;WE=28618980;WS=28618962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,52:0.84:62
chr17	28646057	rs6505173	A	G	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=49;PP=1364;SC=AATCTCAAAAAGTAGGTATGA;SOR=2.439;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=12;TCR=49;TR=61;WE=28646065;WS=28646047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	28659010	rs3110095	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=3;PP=272;SC=CCATTGATCACTTTTCTTAAT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=28659018;WS=28659000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	28846883	rs71372224	C	T	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=10;PP=693;SC=AGTTTTCTTTCACTTTTAAAG;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=28846891;WS=28846873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	28890203	rs216455	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=18;PP=743;SC=CGGTAGCCTGTTCTCCCCCTC;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=21;TCR=18;TR=39;WE=28890211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	28900708	rs3764416	G	T	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=4;PP=77;SC=CCTCAGTGGGGGGAGAGGTGG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=28900716;WS=28900698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	28901151	rs11080128	G	C	214.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=175;SC=ATTAGCACAGGCCCAAGAATG;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=28901159;WS=28901141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	28960991	rs373494507	CTT	C	242.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.19;MQRankSum=0.798;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.468;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr17	29062054	.	A	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.76;QD=29.38;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	29103289	rs200971918	TTAAAG	T	1329.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.86;QD=42.89;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	29161070	rs140507271	T	A	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=5;PP=534;SC=TTCCTTTTTTTAATCCTATTA;SOR=3.180;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=29161078;WS=29161060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	29221227	rs9898911	A	T	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=189;SC=GGGGAAATCAATAGAGTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=29221235;WS=29221217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	29482878	rs2269855	G	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=310;SC=TGAGATGCAAGTATAGGTATC;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=29482886;WS=29482868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	29486152	rs2952976	G	A	3574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=34;PP=1269;SC=TTGTGAATTTGATCTTGAGAA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=69;WE=29486160;WS=29486142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	29496819	rs2905807	C	T	333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=2;PP=143;SC=CTGCCTTGGCCTCCTGAAGTG;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=29496827;WS=29496809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	29508775	rs1801052	G	A	1161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=15;PP=542;SC=TTACAAAACTGTACCAGATCC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=29;WE=29508783;WS=29508765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	29508796	.	T	TA	1213.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.35;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	29508819	rs71142032	A	AT	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr17	29509791	rs2953000	C	T	93.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	29545987	rs67472948	A	AT	812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=8;PP=429;SC=CGATTTATTTATTTTTTTAAT;SOR=1.418;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=15;WE=29545995;WS=29545977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	29546175	rs2905880	T	C	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.267;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=29;PP=906;ReadPosRankSum=1.758;SC=GAAGGAAAGATTGTAACTATG;SOR=0.447;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=52;WE=29546183;WS=29546165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr17	29553336	rs146836118	GAC	G	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=1.352;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.581;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr17	29563075	.	G	GT	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.10;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr17	29646032	rs1129506	G	A	5239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=57;PP=1714;SC=CCGTGGGCATGCTTGGCAATC;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=37;TCR=57;TR=94;WE=29646040;WS=29646022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	29647358	rs3837848	A	AT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.661;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr17	29647362	rs34004645	A	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.99;ReadPosRankSum=0.283;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr17	29653293	rs9894648	T	C	2054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=39;PP=1225;SC=CTGTGTTTTGTAAACGATTCA;SOR=1.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=61;WE=29653301;WS=29653283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	29654876	rs2285894	T	A	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=181;SC=TTTAAAATTCTCTTCAGTTTG;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=29654884;WS=29654866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	29663624	rs7406038	TT	AA	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.29;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	29670190	rs7405740	C	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=10;NR=25;PP=626;SC=TTATGAAGTACTATTAAGAAA;SOR=1.863;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=35;WE=29670198;WS=29670180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	29675971	rs2525569	T	A	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=2;PP=42;SC=TTAATTATTCTCATTCACATA;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=29675979;WS=29675961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	29679246	rs964288	G	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=541;SC=CATATTAATTGATTTTTCTCT;SOR=1.347;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=26;WE=29679254;WS=29679236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	29684553	rs7350943	C	T	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=205;SC=TTTTGACCTACTAGATCTATT;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=29684561;WS=29684543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	29705947	rs2525574	T	C	6631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=81;PP=2202;SC=GAACAGCCTCTGACAAAGCTG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=67;TCR=81;TR=148;WE=29705955;WS=29705937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr17	29848450	rs2301684	G	T	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=29;PP=780;SC=CCTAGGGGGTGGGGGGGTGCG;SOR=1.284;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=44;WE=29848458;WS=29848440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	29855820	rs200742902	C	T	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=11;PP=259;SC=TCTCTGTGTCCAGTGGGGCAG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=29855828;WS=29855810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	30183663	rs71142094	G	GC	784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=5;PP=581;SC=GAAGCTCCAAGCAAGGCTTCC;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=13;WE=30183671;WS=30183653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	30183857	rs8068049	T	C	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=20;PP=561;SC=CTCTCCTGACTGGAGTGGTCA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=30183865;WS=30183847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	30185565	rs9906443	G	A	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=3;PP=249;SC=TGTAATAACGGTCTGTAACGT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=30185573;WS=30185555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	30185892	rs11542477	A	G	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=48;PP=1323;SC=CTGCTGACCCAGAGCGCCCAC;SOR=1.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=30185900;WS=30185882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	30190540	.	T	TA	52.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.650;QD=2.20;ReadPosRankSum=1.940;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr17	30222002	rs3760454	T	C	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	30310040	.	G	T	2391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=31;PP=1203;SC=TTTAGATGGGGAATATGAAGT;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=71;WE=30310048;WS=30310030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	30469423	rs13342625	C	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=8;NR=11;PP=292;SC=CGGCGCAGAGCGCGTTCGCGT;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=30469431;WS=30469413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	30469470	.	CCCGCCGCCGCCGCCG	C	665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=1402;SC=TGCCGTCGTCCCCGCCGCCGC;SOR=1.244;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=30469492;WS=30469460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	30470028	rs149838766	G	GC	21483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=657;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.05;NF=57;NR=181;PP=2974;SC=GTCCCTATTAGCCCTAACCGC;SOR=0.709;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=59;TCR=187;TR=238;WE=30470038;WS=30470018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,647:1.00:647
chr17	30502955	rs8076276	G	A	169.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=3;PP=108;SC=TTTTAGATACGATTAATTTGT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=30502963;WS=30502945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	30509939	rs6505286	C	G	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=17;PP=473;SC=TTACTAAATTCGGGTTTTAAA;SOR=1.609;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=22;WE=30509947;WS=30509929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	30533970	rs16967164	A	G	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=15;PP=624;SC=CTGAAGCTGAAATCATTTGTG;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=34;WE=30533978;WS=30533960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	30625205	rs4795690	G	A	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=29;PP=833;SC=GCTTGTCTACGTGGCCGGTGT;SOR=0.788;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=55;WE=30625213;WS=30625195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	30643361	rs2344973	A	G	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=18;PP=498;SC=CCAGGGCCTGAGGTTCAAAGA;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=30643369;WS=30643351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	30659006	rs1019152	T	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=10;PP=293;SC=GCCTAGAAAATGATTACCCAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=14;WE=30659014;WS=30658996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	30687599	.	AT	A	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.879;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr17	30980972	rs2249638	G	A	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=41;PP=1182;SC=GCTTCTGAAAGAGAAAGGAAA;SOR=1.313;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=30980980;WS=30980962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	31266419	rs2726134	T	C	6044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=44.45;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	31266438	rs377006515	A	AAGG,AAAGG	7270.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=61.04;QD=47.21;SOR=1.095;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,36,118:0.23,0.77:154
chr17	31319024	rs2188953	A	C	3461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.27;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	31319033	rs3922357	G	C	3422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.45;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	31319092	rs2188952	T	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=14;PP=350;SC=TAGGGTGGGGTTATCCTGGCC;SOR=1.061;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=24;WE=31319100;WS=31319082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	31319160	rs2346391	T	C	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=8;PP=257;SC=TCTGGAGCTGTTGTGAAATGC;SOR=1.371;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=12;WE=31319168;WS=31319150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	31323728	rs140981292	A	AG	1450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=3;PP=1630;SC=AGCAGGTGGGAGGCACCTGCC;SOR=4.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=39;WE=31323736;WS=31323718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	31324330	.	AGT	A	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr17	31324360	.	TGTAG	T	248	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=13;NR=6;PP=248;QD=13.2105263158;SC=TGTGTGTGTGTGTAGAGAGAG;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=19;WE=31324371;WS=31324350;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:30,19:0.39:49
chr17	31344549	rs2074215	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=7;PP=348;SC=TTCCCTCTACTATGATTCTGA;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=31344557;WS=31344539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	31355227	rs58042873	A	AG	790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=7;PP=382;SC=GGCAGATCCCAGGGCCCTGTG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=15;WE=31355237;WS=31355217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	31439097	rs140895516	AAG	A	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=2.045;QD=3.29;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,11:0.20:55
chr17	31618732	rs9893935	A	G	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=50;PP=1898;SC=TGTTGCACACAGTGACGGCGG;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=110;WE=31618740;WS=31618722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	31618997	rs112647385	C	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=11;PP=309;SC=CTGCAGCGCCCGCTCGCCGCC;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=31619005;WS=31618987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	32364722	rs4795846	T	C	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.71;QD=26.48;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	32583132	rs2857657	G	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=745;SC=TGAGCTCTTTGTCTTCTCCTG;SOR=2.531;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=32;WE=32583140;WS=32583122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	32583269	rs4586	T	C	5676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=60;PP=2437;SC=TCACCTGCTGTTATAACTTCA;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=66;TCR=60;TR=125;WE=32583277;WS=32583259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	32684991	rs2072069	G	A	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=215;SC=GTCATCTCCTGGGTAAACCCT;SOR=2.147;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=32684999;WS=32684981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	32688712	rs159271	T	C	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=2;PP=359;SC=AACCTTATTCTGGTAAAATAC;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=32688720;WS=32688702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	32904480	rs887231	G	A	2897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=20;PP=1261;SC=TAAGATGAGCGAAGTGCATGA;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=68;WE=32904488;WS=32904470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	32904586	rs887230	C	T	5013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=61;PP=2115;SC=TGGTTTTGTCCTGCTCACTGT;SOR=0.757;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=57;TCR=63;TR=118;WE=32904594;WS=32904576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	32906038	rs117721431	G	C	7571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.656;SC=GCACAGCAGCGAGGCTGATTC;SOR=0.331;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=91;TCR=125;TR=215;WE=32906046;WS=32906028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,284:1.00:285
chr17	32908036	rs79263247	C	T	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=25;PP=983;SC=CAAGCCCAGCCTGGGGCCAAG;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=32908044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	32908064	rs4795938	T	C	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=29;PP=1053;SC=CGACTGTTGCTCTCTCGGACC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=32908072;WS=32908054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	32908210	rs7218304	T	C	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=306;SC=CAGGCGCCACTGGAGGGGGTA;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=32908218;WS=32908200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	32961751	rs2058164	C	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=3;PP=774;SC=GGCAAGGGTGCGGGGTGTGTA;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=32961759;WS=32961741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	32965285	rs28442132	C	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=623;ReadPosRankSum=1.931;SC=ACCCCCCCCCCCAACGGGGTC;SOR=0.586;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=31;WE=32965293;WS=32965275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chr17	33254970	.	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.114;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=90;ReadPosRankSum=-1.775;SC=TGCATTTATTGTGTAGAAATT;SOR=1.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=7;WE=33254978;WS=33254960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr17	33269648	rs2230553	C	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=11;PP=445;SC=ATAAAAGAAACCAGAGTTCAC;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=33269656;WS=33269638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	33288363	rs9635769	C	T	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=26;PP=822;SC=CAAAGCTGCCCGGGCCCGCGC;SOR=0.790;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=33288371;WS=33288353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	33288882	rs931196	T	G	7177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=99;PP=2965;SC=CAGCGCCTCATTCCGTCAAGA;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=191;TCF=91;TCR=100;TR=189;WE=33288890;WS=33288872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr17	33307586	rs12945428	G	A	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=46;PP=1538;SC=GGCTGCCCGCGGCCTGTAATG;SOR=0.909;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=81;WE=33307594;WS=33307576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	33307700	rs57311484	GC	G	789.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=499;SC=AAGGCAGCGGGCCCGGGGCGA;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=33307708;WS=33307690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	33309982	.	CTT	C,CT	1412.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.10;MQRankSum=0.452;QD=14.42;ReadPosRankSum=0.286;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,50,36:0.51,0.37:98
chr17	33330150	rs4796030	A	C	1624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=24;PP=954;SC=AAGGGAAAAGACCAGTCTGGG;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=42;WE=33330158;WS=33330140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	33331575	rs1052536	C	T	3397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	33332177	rs1003918	G	A	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=6;PP=989;SC=TGAAGAAAGGGGAGGTTATTT;SOR=3.516;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=37;TCR=6;TR=43;WE=33332185;WS=33332167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	33332629	rs12948362	G	A	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=46;PP=1969;SC=TGGACCAGTCGAATGCACCAA;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=104;WE=33332637;WS=33332619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	33341834	rs2074519	T	C	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=69;PP=2399;SC=ATGGTACAAATACAGTCTCTT;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=129;WE=33341842;WS=33341824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	33353332	rs3926358	T	C	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=127;SC=GAGGGGTCAGTGGCGCTTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=33353340;WS=33353322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	33680807	rs9897352	G	A	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=31.59;SOR=6.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	33680840	rs28571667	T	C	1467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=12;PP=1107;SC=CCTCTGCATCTTGCTCCCTGA;SOR=2.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=51;WE=33680848;WS=33680830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	33689926	rs4796077	T	C	8732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=94;PP=2965;SC=TTTAACACATTCACAATTTTG;SOR=0.761;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=206;WE=33689934;WS=33689916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr17	33690466	rs12453150	C	A	5315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=73;NR=74;PP=2965;SC=CGGGGCTTGACAGAGCGATCT;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=73;TCR=74;TR=147;WE=33690474;WS=33690456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	33690863	rs4796078	G	T	2191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=34;PP=1048;ReadPosRankSum=-0.731;SC=AAGAAATGAAGTGTTACATGC;SOR=0.389;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=52;WE=33690871;WS=33690853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr17	33748939	rs2671817	G	A	4238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=38;PP=2166;SC=TCTTGCCCCAGATCCCATAGA;SOR=1.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=111;WE=33748947;WS=33748929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	33749546	rs2586514	A	G	7055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=69;PP=2701;SC=ATATCAACACAGGGCCTCTTT;SOR=0.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=88;TCR=69;TR=155;WE=33749554;WS=33749536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	33749919	rs1849733	A	C	9675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.185;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CTCGTGAGACACTTTCATTCT;SOR=0.532;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=217;TCF=103;TCR=114;TR=213;WE=33749939;WS=33749909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,382:0.99:385
chr17	33769034	rs62078110	G	A	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=8.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.08;MQRankSum=-4.809;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.561;SOR=0.350;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,63:0.44:144
chr17	33879670	rs71366453	C	CAT	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	33879678	.	T	TATAC	162	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=162;QD=62.0;SC=CACATATATATACACATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=33879690;WS=33879668;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	33879682	.	C	T	62	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=62;QD=24.1928031368;SC=TATATATACACATATATATAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=33879690;WS=33879668;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	33879682	rs71366454	C	CAT	129	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.00;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	33881631	rs321612	T	C	5934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=53;PP=2036;SC=TCCTTAAATTTGTGGACTTTT;SOR=0.868;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=72;TCR=54;TR=125;WE=33881639;WS=33881621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	33881718	rs321613	G	A	6358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.25;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	33881734	rs321614	A	G	5512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.94;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	33881769	rs10578465	TAAA	T	921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.93;ReadPosRankSum=1.285;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,32:0.97:33
chr17	33921160	rs225305	C	T	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=9;PP=245;SC=AGGCAGAATGCTGCTGACCTC;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=33921168;WS=33921150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	33933006	rs225284	A	C	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=30;PP=873;SC=TCATCCAGGGAAATTCAAACC;SOR=2.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=39;WE=33933014;WS=33932996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	33963611	rs11345348	AT	A	879.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=675;SC=AATCGGAAACATTAAAATGGT;SOR=2.303;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=33963619;WS=33963601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	33968871	rs225270	A	T	1452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=1039;ReadPosRankSum=-0.583;SC=ATTCTTTCACACTATCACAAA;SOR=0.849;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=50;WE=33968879;WS=33968861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,51:0.98:52
chr17	33998802	rs1049379	G	C	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=8;PP=751;SC=CATCATCGGTGCCTGCAACCT;SOR=1.666;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=33998810;WS=33998792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	34072264	rs112426189	G	T	4567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=68;PP=2268;SC=ACATGCCTTGGCTTTGTCAGA;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=58;TCR=68;TR=126;WE=34072272;WS=34072254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	34072555	rs3744374	G	A	6981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=70;PP=2965;SC=TTCTTGGATGGCTTTGTCATA;SOR=1.039;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=107;TCR=70;TR=177;WE=34072563;WS=34072545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	34077232	rs11654604	G	A	10197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=111;NR=99;PP=2965;SC=TGTGGGCGCCGCAACACCAAA;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=210;TCF=111;TCR=99;TR=210;WE=34077240;WS=34077222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr17	34077428	rs11650416	A	C	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=48;PP=1385;SC=GGAGGAAAGCACTGGGGTCAT;SOR=2.517;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=10;TCR=48;TR=58;WE=34077436;WS=34077418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	34087977	.	AGTGGGGCTGGAGGCAGG	A	1775.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=19;PP=2957;SC=AAGCATGGTGAGTGGGGCTGG;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=20;WE=34088001;WS=34087967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	34088118	.	ATTTTTTT	A	527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=1.593;QD=35.18;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr17	34090958	rs4796106	C	A	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.43;QD=23.66;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	34091078	rs4795087	C	G	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	34097039	rs3826404	T	G	2156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=23;PP=1136;SC=CAGGAGGCCTTGGGGGCAGGA;SOR=0.928;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=34;TCR=23;TR=57;WE=34097047;WS=34097029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	34100350	rs58543174	G	GC	8911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=78;PP=2965;SC=GCCGGCTCCGGAGATGCTCAG;SOR=0.976;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=13;TCR=81;TR=91;WE=34100358;WS=34100340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	34160764	rs3785764	C	T	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=4;PP=196;SC=ACATTTAGAACTCTGTGAAAT;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=34160772;WS=34160754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	34165601	rs4251773	G	GT	2603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=47;PP=2084;SC=TTGGATAAATGTTTTCTAGTC;SOR=1.167;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=51;WE=34165609;WS=34165591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	34182341	rs2306630	G	A	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=59;PP=2036;SC=CTCATATACAGAGAGAACCTT;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=102;WE=34182349;WS=34182331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	34183956	rs78655848	G	A	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=24;PP=741;SC=GAAGCAGACAGGTAAATAGGC;SOR=1.514;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=32;WE=34183964;WS=34183946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	34183983	rs77598005	AG	A	788.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=629;SC=AATACTGTGTAGGGGTACACA;SOR=2.124;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=17;WE=34183991;WS=34183973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	34185535	rs35283303	AG	A	2044.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=32;PP=1261;SC=AGTGCCTATGAGGGGGCAGGG;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=35;WE=34185543;WS=34185525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	34191406	rs2291299	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=24;PP=933;SC=TGGAATACCATCCCCACAACC;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=34191414;WS=34191396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	34249799	rs28722787	T	C	156.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=4;PP=61;SC=TAAGGGCAGATGGCACAAGCG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=34249807;WS=34249789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	34251452	rs4796137	G	A	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=356;SC=AAAACCCTATGTTGTAAGACA;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=34251460;WS=34251442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	34252537	rs2251660	A	C	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=5;PP=449;SC=TCCTTTTGGAACACCCATTGA;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=34252545;WS=34252527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	34257050	rs2280787	C	A	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=3;PP=362;SC=TTCATTTCAGCGGAGCTAGGA;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=34257058;WS=34257040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	34257069	rs9913559	T	A	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=4;PP=460;SC=GAATTCCATATTTGGACCCAC;SOR=2.925;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=34257077;WS=34257059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	34257313	rs9907295	C	T	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=36;PP=1052;SC=AAAACAAAACCGCACATGCCC;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=57;WE=34257321;WS=34257303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	34261831	rs9754	A	G	5754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=50;PP=2583;ReadPosRankSum=-1.029;SC=CAGCCAGTAGAAGAGTGGCCG;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=127;WE=34261839;WS=34261821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,221:0.99:223
chr17	34261981	rs10562162	TGCTA	T	8652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=66;PP=2973;SC=TCCCCGTCATTGCTAGCTAGC;SOR=0.963;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=83;TCF=12;TCR=71;TR=78;WE=34261992;WS=34261971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	34264862	rs1052266	T	C	3631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=46;PP=1221;SC=AGCTTCCATCTGCATTTTCAT;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=78;WE=34264870;WS=34264852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	34325532	rs2075746	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=26;PP=748;SC=CCTCCTCGGCTAGCACTTGCT;SOR=1.455;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=34325540;WS=34325522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	34328461	rs854625	A	G	3017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=32;PP=973;SC=CTCACCATTTATGAACTGGGC;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=52;WE=34328469;WS=34328451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	34340161	rs1734953	T	A	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=37;PP=1550;SC=AATGCTTCTTTAAAAAATAAT;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=85;WE=34340169;WS=34340151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	34340284	rs1003645	C	T	4902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=57;PP=1842;SC=AGCATTCTCACGCAAACCTGA;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=104;WE=34340292;WS=34340274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	34341082	rs1719204	C	G	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=2;NR=9;PP=263;SC=GGGTGGGCCACAGCAGGACCA;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=34341090;WS=34341072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	34398495	rs14304	C	T	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=493;SC=CCCTGGAGGCCACCTCTTCTA;SOR=2.546;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=34398503;WS=34398485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	34416246	rs1719130	T	C	121.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=76;SC=TGCCTATCTCTGTCTAGAGAG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=34416254;WS=34416236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	34416537	rs1130371	G	A	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=17;PP=1154;SC=ACATGACACCGGGCTTGGAGC;SOR=1.673;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=34416545;WS=34416527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	34416665	rs1719133	A	G	6367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=58;PP=2163;SC=GGAAGAGAATAAGCCCGAGTC;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=49;TCR=58;TR=107;WE=34416673;WS=34416655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr17	34431287	rs1049750	G	T	4223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=45;PP=2210;SC=AAACCTCTTTGCCACCAATAC;SOR=1.193;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=77;TCR=45;TR=122;WE=34431295;WS=34431277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	34431403	rs1719144	G	A	6820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=97;PP=2888;SC=CTGCTATTTCGAGTCAAGGTG;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=74;TCR=97;TR=171;WE=34431411;WS=34431393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	34431961	rs1719146	T	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=1;PP=221;SC=TTTCTTACACTGCGAGGAAGC;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=34431969;WS=34431951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	34432125	rs1719147	A	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=24;PP=765;SC=GTGATTGAGCATTGGGGAGGC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=34432133;WS=34432115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	34432581	rs1719149	T	C	14516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.21;QD=44.12;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr17	34432586	rs1719150	A	G	14618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.24;QD=44.03;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr17	34432663	rs1049807	AT	GA	13078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=107;PP=2947;SC=ATCCCAGTGAATCCTGGGTCC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=85;TCR=109;TR=191;WE=34432672;WS=34432653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	34641433	rs200548593	T	C	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.09;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	34848796	rs3830269	C	CGAAAG	4198.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=43;PP=1789;SC=TAGAATAAGTCGAAGGAAAAG;SOR=1.313;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=51;TCF=3;TCR=48;TR=46;WE=34848810;WS=34848786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	34848874	rs2306589	T	C	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=11;PP=284;SC=TTCCTTAGCCTTGAGCATCAG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=34848882;WS=34848864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	34849697	rs2277662	C	G	4232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=43;PP=1657;SC=TTATCCTGTTCAAGTAGTGGT;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=90;WE=34849705;WS=34849687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	34855069	rs2005488	C	G	1596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	34857165	rs117302385	T	C	1643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=34;PP=1033;SC=CCTAGCACTCTACAGGTCTCT;SOR=1.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=45;WE=34857173;WS=34857155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	34861303	rs2242308	G	A	616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=11;PP=288;SC=CCATCAACTGGGCTCTGGTTA;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=34861311;WS=34861293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	34862256	rs3050532	GTT	G	8148.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=41;PP=2590;SC=AGACCGTGGAGTTTGAACCAA;SOR=0.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=56;WE=34862265;WS=34862246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	34867415	rs34476742	A	AGT	830.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=589;SC=TCATGGCCCAAGTGCCCATCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=12;WE=34867423;WS=34867405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	34869150	rs6607296	C	A	849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=7;PP=426;SC=TGGAGGTAGCCCAGAGGGGCC;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=34869158;WS=34869140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	34869574	rs200780021	G	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=19;PP=530;SC=CAAATCTGTGGAGAAGGGTAG;SOR=1.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=34869582;WS=34869564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	34883618	rs117392945	T	C	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=47;PP=1445;SC=AACAGCCCTCTTTCTGCAATT;SOR=1.089;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=27;TCR=48;TR=74;WE=34883626;WS=34883608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	34884029	rs61738887	T	C	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=22;PP=642;SC=ATTGTGGCCATTGACCTGGAA;SOR=1.225;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=34884037;WS=34884019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	34888448	rs139920788	G	A	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=318;SC=GGGACCATGGGCTGGGGTATG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=34888456;WS=34888438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	34923770	.	C	CT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.054;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=0.094;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr17	34935982	rs138383073	T	G	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=22;PP=565;SC=CTGGATATTGTTACATGGCTT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=34935990;WS=34935972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	34943347	rs11367622	CT	C	176.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.126;QD=11.78;ReadPosRankSum=1.036;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr17	34958917	rs112581593	T	C	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=41;PP=1694;SC=TTGGGAGCCCTGGGAGGGTAG;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=85;WE=34958925;WS=34958907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	35300494	.	G	GA	189.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.640;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,19:0.28:67
chr17	35306312	rs2306658	G	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=314;ReadPosRankSum=-1.206;SC=GGTCTCTGGCGGAGTCGGGGA;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=18;TCR=11;TR=23;WE=35306320;WS=35306302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,35:0.80:44
chr17	35346641	rs1045056	T	C	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,27:0.31:88
chr17	35378121	rs2301685	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=2.001;SC=TGAGGAACTTGATGTAGGTTG;SOR=0.776;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=12;WE=35378129;WS=35378111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr17	35378217	rs2301686	C	A	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=483;ReadPosRankSum=0.035;SC=CATAACATTGCTTGTGAATTT;SOR=0.662;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=36;WE=35378225;WS=35378207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,86:0.65:133
chr17	35478362	rs1470452	T	C	6008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=78;PP=2352;SC=TGGCCTGATATGTCTTAAACG;SOR=0.702;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=79;TCR=78;TR=156;WE=35478370;WS=35478352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	35486486	rs9789070	C	T	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=20;PP=515;SC=ACAATAGTTACAGACAAAGAC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=35486494;WS=35486476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	35549275	rs2305099	T	C	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=49;PP=1580;SC=GAAAAAACAGTTCACAAGAGG;SOR=1.069;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=79;WE=35549283;WS=35549265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	35550158	rs12603097	C	T	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	35550179	rs12603098	C	T	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.49;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	35550448	rs2305097	C	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=7;PP=154;SC=CATTTAGAAGCCAGTTTTCTA;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=35550456;WS=35550438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	35557289	rs11659129	C	T	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=12;PP=780;ReadPosRankSum=-1.824;SC=TATTAGTAAGCATAAGATTAC;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=46;TCR=16;TR=46;WE=35557297;WS=35557279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
chr17	35562546	rs2278679	C	T	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=10;PP=414;SC=TATCCCTAAACGCAGAACTAG;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=35562554;WS=35562536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	35581887	rs144469510	TTA	T	692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr17	35608781	rs72010031	CCT	C	3002.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=15;PP=1897;SC=GTCAACATCCCCTCTCTTTCT;SOR=1.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=29;TCR=16;TR=41;WE=35608790;WS=35608771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	35608889	rs1519091	G	A	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=65;PP=2538;SC=TGTACTCAGGGCCATTGATTA;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=135;WE=35608897;WS=35608879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	35609746	rs2252757	G	A	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=2;PP=1127;SC=TCATGTAGTGGCAGGGATTGA;SOR=4.133;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=44;TCF=42;TCR=2;TR=44;WE=35609754;WS=35609736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	35632979	rs2542660	C	A	4547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=67;PP=1947;SC=TGACTGTAACCCCTTGGCCTC;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=114;WE=35632987;WS=35632969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr17	35696804	rs58654829	G	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	35696820	rs147333574	AAAAG	A	1400.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	35743010	rs1714987	C	G	1463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.535;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,72:0.64:112
chr17	35771468	rs7211875	C	T	1453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.775;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=30;PP=751;ReadPosRankSum=-0.250;SC=CCGTTTGGGTCCCTTTAGCAG;SOR=0.809;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=46;WE=35771476;WS=35771458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,67:0.65:103
chr17	35818739	rs72377203	TTGTGTGTG	TTG,T	1286.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1,1;NR=20,20;PP=76,811;SC=GATTATTGTTTTGTGTGTGTG;SOR=1.547;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=21,21;WE=35818754;WS=35818729;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:36
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chr17	35899141	rs1034686	T	A	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.516;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=32;PP=2559;ReadPosRankSum=-1.046;SC=AGCCTCACCTTAGATGCATGA;SOR=1.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=93;TCR=33;TR=125;WE=35899149;WS=35899131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,145:0.99:146
chr17	35902225	rs3110623	C	G	2850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=47;PP=1809;SC=AACATTCGTTCGGGGTTTCTT;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=37;TCR=47;TR=84;WE=35902233;WS=35902215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	35937637	rs12602536	T	C	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=33;PP=870;ReadPosRankSum=-0.915;SC=ACTTCAGAAGTATTTAATTTA;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=150;TCF=62;TCR=88;TR=58;WE=35937645;WS=35937627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,85:0.38:222
chr17	35937793	rs76337777	CT	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.317;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr17	35946814	rs59650365	T	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=94;ReadPosRankSum=0.639;SC=AAATAAAAGATGCAAATATAC;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=6;WE=35946822;WS=35946804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr17	35956263	rs4795207	T	C	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	35981285	rs34337635	A	G	1419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=31;PP=811;ReadPosRankSum=-1.146;SC=CAGAACCCAGATTTTTCCTGC;SOR=0.716;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=191;TCF=93;TCR=98;TR=62;WE=35981293;WS=35981275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:184,85:0.32:269
chr17	35984410	rs7216445	T	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=137;ReadPosRankSum=2.697;SC=AGTTCTCTCATGGCCAGAAGT;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=16;WE=35984418;WS=35984400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr17	35988672	rs7224513	C	T	2196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=-0.036;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,106:0.68:157
chr17	35995638	rs4622555	T	A	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.895;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,86:0.66:131
chr17	36003275	rs3813911	T	A	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=4;PP=655;SC=CGGGTGTCCATGTGCGCCGGC;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=36003283;WS=36003265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	36003359	rs3813910	A	G	2391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=1149;ReadPosRankSum=1.480;SC=CTTGGGCACAATACCTGGAAT;SOR=0.724;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=68;TCR=38;TR=71;WE=36003367;WS=36003349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,110:0.67:163
chr17	36047275	rs1800929	C	T	4098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.32;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	36047275	.	CG	TG,TT	795	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=52,18;NR=35,12;PP=795,322;QD=9.53760014422;SC=TCGCAGGTGCCGGTCAGGTCA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=87,30;WE=36047284;WS=36047265;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:89
chr17	36047276	rs2229295	G	T	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.793;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,51:0.41:124
chr17	36047417	rs3110641	A	G	2539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=44;PP=1194;ReadPosRankSum=0.103;SC=GAGGAGAGAGAGTGCTCAGCT;SOR=0.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=129;TCF=62;TCR=67;TR=83;WE=36047425;WS=36047407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,121:0.63:192
chr17	36058980	rs2269843	C	T	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=281;SC=CTCAGAAGGACCTAATTTCTG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=36058988;WS=36058970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	36059246	rs2269842	A	C	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=1.233;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,57:0.28:202
chr17	36059385	rs12938438	C	G	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=765;ReadPosRankSum=-0.346;SC=ATAACCAACTCCCGAAAGCAT;SOR=0.693;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=28;WE=36059393;WS=36059367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,31:0.89:35
chr17	36061297	rs2074429	C	T	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=334;SC=GCCTGTTACACAGGAGATTCC;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=36061305;WS=36061287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	36093863	rs3216929	G	GCAGA	3797.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5778;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.280;NF=6;NR=23;PP=1550;ReadPosRankSum=-0.376;SC=CCTTCACTCAGCAGACAGACA;SOR=0.706;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=29;WE=36093871;WS=36093853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,92:0.95:97
chr17	36104632	rs140562402	C	T	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=910;ReadPosRankSum=0.966;SC=TCGTCGCCGTCCTCGGAGCCC;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=184;TCF=97;TCR=87;TR=63;WE=36104640;WS=36104622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,108:0.35:306
chr17	36204801	rs12451580	T	C	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.98;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr17	36205038	rs12935969	A	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.246;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr17	36233930	rs2677184	G	A	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.809;NF=20;NR=26;PP=503;ReadPosRankSum=2.449;SC=CATGGGCCCAGCCTAAAAATA;SOR=0.566;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=46;WE=36233938;WS=36233920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,66:0.33:199
chr17	36352408	rs11407739	G	GT,GTT	12397.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.898;HP=11;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.377;NF=119;NR=193;PP=2926;ReadPosRankSum=1.320;SC=AATACTTAAAGTTTTTTTTTT;SOR=0.432;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=422;TCF=166;TCR=256;TR=312;WE=36352427;WS=36352397;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.70,0.17:793
chr17	36352537	rs62074773	A	G	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FS=36.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.91;MQRankSum=-14.562;QD=0.13;ReadPosRankSum=-6.276;SOR=4.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:614,69:0.10:683
chr17	36353560	rs111638343	C	T	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.57;QD=29.73;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	36353761	rs62074778	C	T	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=558;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.23;MQRankSum=0.980;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.191;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:445,109:0.20:554
chr17	36357280	rs149632022	TA	T	572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.70;MQRankSum=-15.540;QD=1.13;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:388,120:0.24:508
chr17	36357295	rs79239780	A	G	7880.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.16;MQRankSum=-1.569;QD=15.57;ReadPosRankSum=1.969;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,392:0.77:506
chr17	36357835	rs1848308	G	A	4951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.353;NF=69;NR=104;PP=2575;ReadPosRankSum=3.133;SC=ATAAATAGCTGTGAAACTACT;SOR=0.672;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=301;TCF=121;TCR=180;TR=173;WE=36357843;WS=36357825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,241:0.55:439
chr17	36358847	rs77355093	T	A	40112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=1518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=632;NR=357;PP=2965;SC=TTTACCTCTATTGCAAATTTT;SOR=1.135;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=1001;TCF=633;TCR=368;TR=989;WE=36358855;WS=36358834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1509:1.00:1509
chr17	36361992	rs201942294	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.41;MQRankSum=-2.096;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,43:0.18:233
chr17	36365172	rs199974327	C	T	3396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.188;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-8.188;NF=50;NR=108;PP=2169;ReadPosRankSum=2.218;SC=TTAAGGTTCCCGTACCTGTGA;SOR=0.809;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=396;TCF=137;TCR=259;TR=158;WE=36365180;WS=36365162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,178:0.40:448
chr17	36374963	rs11389346	TA	T	897.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-1.645;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.836;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,87:0.67:129
chr17	36375227	rs2271169	C	T	2093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.309;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.783;NF=23;NR=78;PP=1451;ReadPosRankSum=0.710;SC=ACTGACAAGACGAAATCAAGA;SOR=0.966;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=293;TCF=73;TCR=220;TR=101;WE=36375235;WS=36375217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:227,111:0.33:338
chr17	36384810	rs142086381	A	G	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=2.124;QD=0.46;ReadPosRankSum=-0.445;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,17:0.13:135
chr17	36384823	.	G	GAGACA	1469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.148;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.186;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-7.796;NF=16;NR=12;PP=1357;ReadPosRankSum=2.707;SC=TCTATTAGAAGAGACAAGACA;SOR=1.288;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=81;TCF=40;TCR=41;TR=28;WE=36384831;WS=36384800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,41:0.30:135
chr17	36398125	.	GTC	G	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=5.786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.66;MQRankSum=-3.743;QD=0.17;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.304;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,28:0.14:207
chr17	36398142	.	TCACA	T	1113	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MMLQ=20;MQ=53.55;NF=33;NR=29;PP=1113;QD=18.0322580645;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=156;TCF=86;TCR=70;TR=62;WE=36398153;WS=36398115;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:94,62:0.40:156
chr17	36398162	.	ACACC	A	335.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.937;ClippingRankSum=0.000;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=3.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQRankSum=0.078;QD=1.00;ReadPosRankSum=5.489;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,50:0.15:336
chr17	36398164	rs74431493	A	C	222.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=2.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.14;MQRankSum=4.075;QD=0.67;ReadPosRankSum=2.143;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,50:0.15:332
chr17	36453208	rs149988943	T	C	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-13.787;NF=30;NR=27;PP=703;ReadPosRankSum=1.919;SC=GGCTGGTGGTTTCGGCAGGTG;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=89;TCR=79;TR=57;WE=36453216;WS=36453198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,76:0.27:280
chr17	36474601	rs59939216	A	G	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,116:0.31:370
chr17	36478300	rs73984499	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.909;SOR=0.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr17	36478345	rs73302946	C	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.548;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=195;ReadPosRankSum=1.536;SC=TCTTCTGGGTCAGCCATGGGC;SOR=1.063;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=18;WE=36478353;WS=36478335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,16:0.24:66
chr17	36478388	rs73302948	G	T	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.992;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=0.889;SC=TCCTACTCTTGCAGACGGTGA;SOR=0.941;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=16;WE=36478396;WS=36478378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,22:0.23:97
chr17	36485753	rs35803744	G	C	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=779;ReadPosRankSum=0.665;SC=CAGCGCTGCCGAGGGACTGGA;SOR=0.725;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=185;TCF=94;TCR=91;TR=57;WE=36485761;WS=36485743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,94:0.33:289
chr17	36614524	rs16965349	G	A	5188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=95;PP=2553;ReadPosRankSum=0.517;SC=CCGGCTCGCCGCTGCCCTGGT;SOR=0.696;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=115;TCR=130;TR=182;WE=36614532;WS=36614514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,244:0.71:344
chr17	36614563	rs16965350	C	T	3353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=83;PP=2076;ReadPosRankSum=-1.719;SC=GGGAGGGAGACTCTTTTGTGC;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=177;TCF=61;TCR=116;TR=127;WE=36614571;WS=36614553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,150:0.69:217
chr17	36617210	rs9898977	A	G	6442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=65;PP=2406;ReadPosRankSum=-1.182;SC=GGACCTGCACAGGACTCCTCT;SOR=0.590;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=237;TCF=142;TCR=95;TR=159;WE=36617218;WS=36617200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,301:0.70:433
chr17	36638179	rs144390029	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.851;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-4.330;NF=12;NR=5;PP=217;ReadPosRankSum=1.823;SC=ATCCCCATACGTCCAAATGTG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=17;WE=36638187;WS=36638169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr17	36638255	rs7503829	C	T	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=2.065;QD=2.81;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,18:0.24:75
chr17	36638388	rs11867891	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=178;ReadPosRankSum=-0.384;SC=GAACCAGGTGAGTCTCTGCCA;SOR=1.112;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=12;WE=36638396;WS=36638378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr17	36638695	rs139165577	G	T	2187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.56;MQRankSum=0.526;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.416;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,104:0.68:154
chr17	36642473	.	CTT	C,CT	1028.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=6.375;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.493;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:21,34,42:0.35,0.43:97
chr17	36646291	rs12937928	A	G	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=72;PP=2564;SC=GGCCGGGAGAACAGGGGAAGG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=146;TCF=74;TCR=72;TR=146;WE=36646299;WS=36646281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr17	36646386	rs9891156	A	G	4417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.99;NF=33;NR=58;PP=1823;SC=TTGAGGACGCACGGGAGCGAA;SOR=1.013;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=91;WE=36646394;WS=36646376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	36666551	rs62074752	T	C	3001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	36666611	rs143133682	G	A	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.920;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,38:0.40:96
chr17	36699322	rs2502364	A	G	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=3.080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.867;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,104:0.27:392
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chr17	36704829	rs56321748	G	A	1043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.187;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,60:0.38:160
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chr17	36718610	rs6503709	T	A	2686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=32;PP=928;SC=GTCACCAAGGTCACCCCTGTC;SOR=1.043;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=36718618;WS=36718600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	36731049	rs55707518	CA	C	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.429;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr17	36734700	rs7503695	T	C	4753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=26;PP=1328;SC=CCGCTGGCCGTGGCCGCAGCC;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=51;TCR=26;TR=77;WE=36734719;WS=36734690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	36734706	rs144253512	CAGCCGG	C	4911.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=31;PP=2822;SC=GCCGTGGCCGCAGCCGGAGCC;SOR=1.054;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=54;WE=36734719;WS=36734690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	36861983	rs17855918	T	C	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	36874034	rs117599834	G	A	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=380;ReadPosRankSum=-0.034;SC=CCTGCACCCCGGTACACACAG;SOR=0.694;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=62;TCR=59;TR=34;WE=36874042;WS=36874024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,49:0.32:151
chr17	36889466	rs5820264	G	GCCTGC	8145.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.145;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=61;PP=2981;ReadPosRankSum=0.682;SC=AGCTCCTGCAGCCTGCCCTGC;SOR=1.536;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=155;TCF=76;TCR=79;TR=116;WE=36889484;WS=36889456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,286:0.99:290
chr17	36894839	rs1138349	G	A	8276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=119;PP=2965;SC=CCTTCTTCTCGTCCCGGTCCC;SOR=1.102;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=66;TCR=121;TR=185;WE=36894847;WS=36894829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr17	36895206	rs2075056	A	G	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=561;SC=AGGTGAGCCCAGCCACCTTCT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=36895214;WS=36895196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	36896746	rs12601476	T	C	1968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.62;QD=28.53;SOR=1.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	36909061	rs228274	A	G	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=1.106;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	36912305	rs150241327	G	A	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=47;PP=1163;ReadPosRankSum=-0.967;SC=GTATGGAGTAGGTACTGAGGA;SOR=0.965;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=34;TCR=59;TR=72;WE=36912313;WS=36912295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,103:0.75:138
chr17	36927690	rs25540	C	CTAAG	840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=717;SC=CGCGAGCTCTCTCTAATGGGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=36927698;WS=36927680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	36932200	rs228293	C	G	1325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=3.579;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.26;ReadPosRankSum=-0.854;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,56:0.98:57
chr17	36932233	rs369394659	CT	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=1.897;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
chr17	36932891	rs228294	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr17	36934124	rs2075061	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.874;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=364;ReadPosRankSum=0.010;SC=ACTGTTCTGCCGGGAGCAACT;SOR=0.357;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=21;WE=36934132;WS=36934114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,28:0.54:52
chr17	36993655	rs645686	T	C	923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=27;PP=624;SC=CCAGACCGGGTGCAGTGGCTC;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=36993663;WS=36993645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	36997288	rs595306	T	C	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=3;PP=341;SC=GAGCGAGACTTTGTCTCAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=36997296;WS=36997283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	36997503	rs61752602	T	C	1333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.999;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=24;PP=601;ReadPosRankSum=-0.486;SC=GTGGTAGTCCTGCTGCGCGTT;SOR=0.603;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=172;TCF=101;TCR=71;TR=56;WE=36997511;WS=36997493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,84:0.29:288
chr17	36997696	rs141665212	T	G	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=36;PP=869;ReadPosRankSum=1.044;SC=GGACCCTAGATGGGGACACCC;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=46;WE=36997704;WS=36997686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr17	37010150	rs923370	G	A	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=581;SC=TGGGAGTTGAGGTAGAAGCGC;SOR=4.003;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=37010158;WS=37010140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	37055077	rs17590541	G	A	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=41;PP=1252;SC=GGGTATCGGTGAAGACTGCAT;SOR=1.094;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=67;WE=37055085;WS=37055067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	37070658	rs525989	A	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=12;PP=353;SC=GTCGGGATTCACAGGACGGCA;SOR=0.843;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=37070666;WS=37070648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	37070737	rs525767	A	G	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=177;SC=GGGTGAGTGCAGGTCCTGTTG;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=37070745;WS=37070727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	37071189	rs2241009	C	T	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=37;NR=20;PP=1179;SC=GGGCTTGAGCCAGGTTGGGGG;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=57;WE=37071197;WS=37071179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	37075286	rs144614922	A	AGGGCGAGGCCCGTGG	8751.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.604;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=102;PP=2900;ReadPosRankSum=0.367;SC=TCTCTGGGGGAGGCAGGGCTG;SOR=1.649;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=173;TCF=12;TCR=161;TR=108;WE=37075294;WS=37075276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,310:0.99:312
chr17	37093510	rs113358400	T	C	1712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,117:0.28:416
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chr17	37107774	.	ACT	A	1441.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.19;MQRankSum=0.572;NF=23;NR=5;PP=1175;ReadPosRankSum=1.240;SC=CATTTTTAAAACTCTGTTTAT;SOR=0.468;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=28;WE=37107783;WS=37107764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr17	37228765	rs9907595	A	G	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=-0.724;SC=CAGAAGGAGCAAGATTAGTGG;SOR=0.721;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=15;WE=37228773;WS=37228755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,15:0.15:98
chr17	37234111	rs3744078	G	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-1.760;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr17	37239671	rs9891236	A	G	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.567;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=257;ReadPosRankSum=1.484;SC=TCCCCTCCACAGTCGGCCAGT;SOR=0.478;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=24;WE=37239679;WS=37239661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,44:0.42:105
chr17	37253316	rs4795349	G	A	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=27;PP=775;SC=GAGGCTGTGAGGAGTCCTCCC;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=39;WE=37253324;WS=37253306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	37261981	rs3744351	T	C	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=278;ReadPosRankSum=1.819;SC=CTTTCCTGCCTGGTTTCCCTC;SOR=0.638;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=50;TCR=9;TR=20;WE=37261989;WS=37261971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr17	37262059	rs3744352	C	T	3470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=37;PP=1560;ReadPosRankSum=0.264;SC=TCAGTCTGAGCGGAGTCCTAC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=96;TCR=56;TR=101;WE=37262067;WS=37262049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,159:0.68:233
chr17	37265147	rs199743208	G	A	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=620;ReadPosRankSum=2.524;SC=GCCCCACGACGTGGCCTTACC;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=99;TCF=59;TCR=40;TR=48;WE=37265155;WS=37265137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,71:0.40:178
chr17	37265378	rs16490	C	T	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.926;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=209;ReadPosRankSum=0.644;SC=CCCATGGGAACCCCTGGAAGG;SOR=1.901;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=16;WE=37265386;WS=37265368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr17	37307816	rs188501857	C	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=1.005;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr17	37308644	rs535337	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.813;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=274;ReadPosRankSum=0.904;SC=ATGGCTCACCCCACCTGTCAC;SOR=2.093;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=14;WE=37308652;WS=37308634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,20:0.77:26
chr17	37309023	rs34433195	T	TA	33.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr17	37316988	rs16522	T	C	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.818;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=366;ReadPosRankSum=1.374;SC=TGAAGCATCCTGTAGAGCCTG;SOR=0.317;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=28;WE=37316996;WS=37316978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr17	37317328	rs750410	T	C	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=1;PP=430;ReadPosRankSum=1.074;SC=AACCAGCAACTCTGGCTTCTA;SOR=2.925;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=21;WE=37317336;WS=37317327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr17	37317672	rs511163	C	G	903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=20;PP=515;SC=TGCCCTCTTTCTTTCCCCACT;SOR=2.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=37317680;WS=37317662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	37319029	rs544198	T	G	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-3.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=680;ReadPosRankSum=1.514;SC=ATGTCCCACATGAAGAAGTGG;SOR=0.512;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=52;WE=37319037;WS=37319019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,79:0.73:108
chr17	37319065	rs657672	C	T	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=-0.518;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr17	37319103	rs657723	T	C	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=394;ReadPosRankSum=-1.790;SC=GACCACCTCATTGGTCAAGCT;SOR=3.007;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=19;WE=37319111;WS=37319093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr17	37321538	rs520054	G	A	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=519;ReadPosRankSum=-0.036;SC=TTCCCACCCAGCTCCGACACC;SOR=0.382;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=33;WE=37321546;WS=37321528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
chr17	37321823	.	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.182;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.243;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=87;ReadPosRankSum=-0.134;SC=GGGACGGGGGCAGGGGAGGCC;SOR=1.044;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=51;TCF=37;TCR=14;TR=12;WE=37321831;WS=37321813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,23:0.30:76
chr17	37322080	rs16527	T	C	3775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.131;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=88;PP=2245;ReadPosRankSum=-0.810;SC=GGCCCTGGTATTCGGAGCTCC;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=183;TCF=60;TCR=123;TR=134;WE=37322088;WS=37322070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,166:0.69:240
chr17	37332036	rs529955	A	G	948.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=7.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.25;ReadPosRankSum=1.202;SOR=1.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,40:0.77:52
chr17	37334243	rs3744353	G	A	2162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=892;ReadPosRankSum=-0.949;SC=TCACAGGGGGGCACTGTGCCA;SOR=0.634;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=51;TCR=33;TR=63;WE=37334251;WS=37334233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,100:0.73:137
chr17	37340927	rs2285837	T	C	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=20;PP=1136;ReadPosRankSum=0.281;SC=TGAAAGTCTGTAGCCCTCCTG;SOR=0.845;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=67;WE=37340935;WS=37340917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,100:0.62:162
chr17	37341235	rs2301775	A	G	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.020;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.487;SC=GCCCAGATGTAGGGATCAGGG;SOR=0.633;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=54;WE=37341243;WS=37341225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,53:0.68:78
chr17	37357653	rs111516501	CT	C	634.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.647;QD=3.10;ReadPosRankSum=-1.187;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,77:0.38:205
chr17	37371141	rs8070891	G	C	8941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.980;SC=GAAAGGGTGAGAGGCAGCAGG;SOR=0.715;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=352;TCF=211;TCR=141;TR=221;WE=37371149;WS=37371131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,413:0.67:616
chr17	37396201	rs34473775	G	T	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=40;PP=1889;SC=TCTGGCTCAGGAGTCCTTGTG;SOR=1.041;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=64;TCR=40;TR=104;WE=37396209;WS=37396191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	37396523	rs34183032	CT	C	239.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=0.158;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,15:0.83:18
chr17	37399364	rs2338795	T	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=5;PP=356;SC=GGCTGACAGGTGGCAGGCGGG;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=37399372;WS=37399354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	37399379	rs2879258	G	T	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=400;SC=GGCGGGTAACGGGTTTTGGGT;SOR=1.284;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=37399387;WS=37399369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	37400091	rs10639842	C	CAA	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.302;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.18;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr17	37401051	rs11078895	A	G	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=9;PP=714;SC=GTTCCTCACCACCATTCGCTC;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=37401059;WS=37401041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	37410700	rs752314	C	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=288;SC=TATGTCTGGACACCTCTCTTC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=37410708;WS=37410699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	37410892	rs2879259	C	G	5477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=58;PP=2803;SC=AAAAGGGGTGCAGTTGATCAG;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=80;TCR=58;TR=138;WE=37410900;WS=37410882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	37417575	rs3744348	C	G	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=2;PP=520;SC=ATGTGTGGCTCTGGGGATCTG;SOR=2.468;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=37417583;WS=37417565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	37421767	rs2061338	T	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	37425220	.	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=1.008;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,24:0.65:37
chr17	37425238	rs1966916	T	G	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=14;PP=493;SC=AATTCTTTGGTGTTTCAGAGC;SOR=0.906;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=37425246;WS=37425228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	37425262	rs1966915	A	C	573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	37427114	.	TAA	T,TA	726.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.474;QD=13.71;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,20,25:0.38,0.47:53
chr17	37580203	rs7405667	T	C	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=3;PP=55;SC=TGGCGTGATCTTGGCTCACTG;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=37580211;WS=37580193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	37587534	rs35691977	CT	C	1204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=1.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=-1.152;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,78:0.83:94
chr17	37671910	rs8070799	G	A	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=12;PP=937;SC=TATCAATAATGTAAAAATTTT;SOR=2.004;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=37671918;WS=37671900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	37783787	rs3751903	C	G	7069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=111;PP=2965;SC=GCTTCTTCGCCCTCCCAAGGC;SOR=1.119;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=64;TCR=111;TR=175;WE=37783795;WS=37783777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	37814080	rs1877031	G	A	3588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.514;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=44;PP=1442;ReadPosRankSum=1.374;SC=GCCGTGCTGCGGCTCCGGCAC;SOR=0.796;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=95;WE=37814088;WS=37814070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,168:0.63:267
chr17	37815899	rs11658786	G	A	2934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.741;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=58;PP=1408;ReadPosRankSum=-1.787;SC=AAGATTACATGGGTTGGAGCC;SOR=0.969;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=143;TCF=54;TCR=89;TR=88;WE=37815907;WS=37815889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,139:0.59:236
chr17	37817230	rs192235744	G	A	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=895;ReadPosRankSum=0.506;SC=CCTCCCTCCCGCAGGGACTTC;SOR=0.728;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=291;TCF=119;TCR=172;TR=87;WE=37817238;WS=37817220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,165:0.33:504
chr17	37821435	rs931992	G	T	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-3.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.425;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=116;ReadPosRankSum=1.238;SC=CCTCTGACCGGGGGGCAGCCA;SOR=0.036;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=10;WE=37821443;WS=37821425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr17	37822311	rs1053651	A	C	4960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=-1.461;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,223:0.75:296
chr17	37829129	rs2247862	A	G	1918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.428;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=41;PP=1164;ReadPosRankSum=-0.989;SC=GCTGTGGGCCAAAGGAGTAGC;SOR=0.440;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=105;TCF=42;TCR=63;TR=72;WE=37829137;WS=37829119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,87:0.67:130
chr17	37830447	rs2934956	T	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=522;ReadPosRankSum=-0.504;SC=CTGAGTCTTGTGTTCACATCA;SOR=0.184;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=28;WE=37830455;WS=37830437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,35:0.88:40
chr17	37830900	rs2941504	A	G	3468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.546;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=43;PP=1354;ReadPosRankSum=0.335;SC=TGGTGTGGAAAACTGTGGACC;SOR=0.527;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=88;WE=37830908;WS=37830890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,160:0.71:224
chr17	37831035	rs1565922	A	G	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=519;ReadPosRankSum=-0.830;SC=GGGGCTCTGCAGGACAAGAAA;SOR=0.478;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=35;WE=37831043;WS=37831025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,62:0.60:103
chr17	37855713	.	TA	T	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.492;ClippingRankSum=0.000;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.664;QD=1.82;ReadPosRankSum=3.440;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,36:0.30:121
chr17	37855834	rs4252596	C	A	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=40;PP=1157;ReadPosRankSum=1.386;SC=GTCCTGGAAGCCACAAGGTAA;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=80;WE=37855842;WS=37855824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,118:0.58:204
chr17	37866005	rs1810132	C	T	7719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=570;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=1.818;SC=CTCTCTGTTACTAACCCGTCC;SOR=0.663;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=334;TCF=187;TCR=147;TR=217;WE=37866013;WS=37865995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,363:0.64:565
chr17	37868715	rs4252627	C	T	945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.109;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=538;ReadPosRankSum=-0.165;SC=AGAGTGGGCACGATGACCTGA;SOR=0.223;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=36;WE=37868723;WS=37868705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr17	37879762	rs903506	G	A	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1724;ReadPosRankSum=-0.050;SC=ACCGGCCCCCGGCACTGACCC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=93;TCR=79;TR=103;WE=37879770;WS=37879752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,162:0.63:259
chr17	37884037	rs1058808	C	G	3175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=48;PP=1798;ReadPosRankSum=0.557;SC=TCTGGAAAGGCCCAAGACTCT;SOR=0.664;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=171;TCF=89;TCR=82;TR=98;WE=37884045;WS=37884027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,137:0.60:227
chr17	37898543	rs2952142	T	C	11561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=116;PP=2965;SC=GCCCCTCTCTTGCTCAGACGC;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=118;TCR=116;TR=234;WE=37898551;WS=37898533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,456:1.00:456
chr17	37898722	rs8192704	G	A	3626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=53;PP=1712;ReadPosRankSum=0.925;SC=ACGATGGGGCGTGGGGCTTGG;SOR=0.799;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=170;TCF=90;TCR=80;TR=116;WE=37898730;WS=37898712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,177:0.68:261
chr17	37921899	rs2952141	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=3;PP=555;SC=ACAGTGTTTCCCTGGCTACCC;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=37921907;WS=37921889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	37922259	rs907092	G	A	5877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.175;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=105;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.963;SC=TCACTTTGACGGAGTCTCTTG;SOR=0.793;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=290;TCF=132;TCR=158;TR=186;WE=37922267;WS=37922249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,269:0.67:401
chr17	37985801	rs3816470	A	G	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=575;ReadPosRankSum=-0.559;SC=TTATAAATATATATTAAGTAG;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=34;WE=37985809;WS=37985791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr17	38020419	rs1453559	T	C	1427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.448;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=803;ReadPosRankSum=-1.772;SC=CTGTGGCTACTCGGCCTCTCC;SOR=1.078;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=51;WE=38020427;WS=38020409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,66:0.56:118
chr17	38024626	rs11557466	C	T	2598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=21;PP=862;ReadPosRankSum=-0.211;SC=AACGTGCGTCCTACTCTCCGC;SOR=0.714;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=95;TCF=57;TCR=38;TR=58;WE=38024634;WS=38024616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,122:0.68:179
chr17	38028634	rs11557467	G	T	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=672;ReadPosRankSum=1.883;SC=ATCTTGGATAGTCTAATTTCT;SOR=0.750;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=53;TCF=28;TCR=25;TR=41;WE=38028642;WS=38028624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,69:0.68:101
chr17	38031674	rs10852935	C	T	3661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=71;PP=1685;ReadPosRankSum=-0.307;SC=ACAGTAATTGCGCTAGCTGTT;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=60;TCR=104;TR=112;WE=38031682;WS=38031664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,169:0.65:259
chr17	38031714	rs10852936	C	T	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.682;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=47;PP=1057;ReadPosRankSum=0.408;SC=AATATCTAAACATTTAGGTTA;SOR=1.082;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=99;TCF=29;TCR=70;TR=64;WE=38031722;WS=38031704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,76:0.63:121
chr17	38062196	rs2305480	G	A	3565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=35;PP=1865;ReadPosRankSum=1.898;SC=GGCTTGTCTGGGTCCTCCATG;SOR=0.702;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=171;TCF=119;TCR=52;TR=111;WE=38062204;WS=38062186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,160:0.63:252
chr17	38062217	rs2305479	C	T	4537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=41;PP=2107;ReadPosRankSum=-1.607;SC=TGTAGCTCCCCGGAAATCAGG;SOR=0.846;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=201;TCF=135;TCR=66;TR=130;WE=38062225;WS=38062207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,203:0.65:313
chr17	38063381	rs883770	C	T	643.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=253;ReadPosRankSum=1.190;SC=TCCTCACCAGCGTGTGTCAAT;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=19;WE=38063389;WS=38063371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr17	38064405	rs11078927	C	T	5461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=1.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,260:0.65:402
chr17	38064469	rs11078928	T	C	4539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,219:0.61:358
chr17	38066240	rs2290400	T	C	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=418;ReadPosRankSum=1.252;SC=ACTGACTCTTTTCCCTCTCTG;SOR=0.715;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=25;WE=38066248;WS=38066230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr17	38066267	rs1008723	G	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.957;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.974;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=305;ReadPosRankSum=-0.940;SC=AGCTCCTATTGAAGATTAATC;SOR=0.337;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=19;WE=38066275;WS=38066257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr17	38068514	rs1011082	T	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=2;PP=137;ReadPosRankSum=0.216;SC=CTGCCACCCTTGAATCCCTTG;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=10;WE=38068522;WS=38068504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr17	38100134	rs4795406	G	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=-1.118;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,58:0.28:210
chr17	38100673	rs72832968	C	G	3682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=61;PP=1433;ReadPosRankSum=-0.722;SC=CCAGGAAGTGCTCCGGCAGGT;SOR=0.729;SbPval=0.62;Source=Platypus;TCR=177;TR=109;WE=38100681;WS=38100663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:392,208:0.35:600
chr17	38121993	rs3894194	G	A	3336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=53;PP=1215;ReadPosRankSum=-0.355;SC=CTAAACCCTCGAGGGGACCTG;SOR=0.623;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=363;TCF=170;TCR=193;TR=106;WE=38122001;WS=38121983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:453,213:0.32:666
chr17	38122680	rs7212938	G	T	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.84;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr17	38122686	rs7212944	G	A	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.30;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,33:0.63:52
chr17	38122708	rs9914973	T	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=253;ReadPosRankSum=0.555;SC=TGGGCGGGACTGAGGGTCTCC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=17;WE=38122716;WS=38122698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr17	38126911	rs10531136	AACACACAC	A,AAC	1955.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=2,2;NR=23,23;PP=529,586;SC=GTTTGATTCAAACACACACAC;SOR=1.426;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=25,25;WE=38126926;WS=38126901;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.50,0.50:48
chr17	38127713	rs3916061	A	G	3466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	38128584	rs5820314	A	AG	752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=12;PP=898;SC=CCTCAACTTTAGAAAGACAGA;SOR=0.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=20;WE=38128592;WS=38128574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	38128648	rs3859192	C	T	315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.938;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=193;ReadPosRankSum=-0.095;SC=AGACAGAGACCGGAAGGCACA;SOR=1.345;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=14;WE=38128656;WS=38128638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr17	38128714	rs3859191	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=326;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CATGGGGGTGGATGAGCTAGC;SOR=0.677;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=67;TCR=36;TR=30;WE=38128722;WS=38128704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,38:0.28:137
chr17	38128765	rs8077456	G	C	2944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=43;PP=1516;ReadPosRankSum=0.996;SC=TGATGAAACTGCCTTGAAGAC;SOR=0.622;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=97;WE=38128773;WS=38128755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,133:0.70:189
chr17	38129996	rs60137005	A	T	892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,57:0.32:178
chr17	38130139	rs56326707	C	T	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=251;ReadPosRankSum=1.095;SC=GCATTAGGGGCAGAGAGAGGA;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=24;TCR=38;TR=23;WE=38130147;WS=38130129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,31:0.30:102
chr17	38131187	rs56030650	C	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=169;ReadPosRankSum=1.689;SC=CATGAAGTGACCCTGGAGGCA;SOR=1.090;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=18;WE=38131195;WS=38131177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,24:0.24:99
chr17	38137364	rs3087852	G	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.83;ReadPosRankSum=2.429;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,61:0.77:79
chr17	38140524	rs3816471	T	C	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NR=17;PP=665;SC=AGTGACATCATTTTCTTCTCT;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TCR=17;WE=38140532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	38142677	rs3816472	A	C	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=8;PP=1331;SC=GAAAGACTGTAATCTTTATTT;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=45;TCR=8;TR=53;WE=38142685;WS=38142667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr17	38142978	rs3859188	C	T	1338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=1.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-0.930;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,84:0.29:285
chr17	38144780	rs7222556	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.702;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=38;ReadPosRankSum=0.656;SC=ATGAATAATGCTTCTGTGAAC;SOR=0.148;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=6;WE=38144788;WS=38144770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr17	38145088	rs9915252	C	G	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=616;SC=GGCAGCCAAGCATCTCACTTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=38145096;WS=38145078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	38146154	rs9916279	T	C	1007.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,67:0.31:215
chr17	38146482	rs11405679	C	CT	830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,69:0.70:99
chr17	38146542	rs3744245	C	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=609;ReadPosRankSum=-0.759;SC=TCTTGAACTCCTGGGTTCAAG;SOR=0.784;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=34;WE=38146550;WS=38146532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr17	38152304	rs8071037	A	T	177.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=2;PP=50;SC=CCCGGGAGGTAAAGGTTGCAG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=38152312;WS=38152294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	38153473	rs12453334	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=6;PP=692;ReadPosRankSum=-0.577;SC=AGGGGCCCGCCGCTTCCTGCC;SOR=0.275;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=35;WE=38153481;WS=38153463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr17	38153554	rs2241244	G	C	8557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=70;PP=2965;SC=TCCTTCCCTCGCTCATCTCCT;SOR=1.104;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=126;TCR=70;TR=196;WE=38153562;WS=38153544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr17	38153714	rs10671123	T	TGA	14453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=132;PP=2957;SC=CTGGAAGGGCTGAGCTGCTCT;SOR=0.893;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=32;TCR=141;TR=162;WE=38153722;WS=38153704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr17	38172192	rs2227324	G	A	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=24;PP=938;SC=TGGAAGGGACGTGGGAGAATA;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=38172200;WS=38172182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	38172305	rs2071369	T	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	38172452	rs2071370	T	C	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=11;PP=515;SC=GACCCGGCCATGGCGAGTCTC;SOR=0.922;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=27;WE=38172460;WS=38172442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	38172942	rs2227338	A	G	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=55;PP=1547;SC=CACCACAGCCAGGCCTGTGTA;SOR=2.272;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=18;TCR=56;TR=73;WE=38172950;WS=38172932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	38173143	rs25645	G	A	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=448;ReadPosRankSum=0.007;SC=GAGGGGTCCTGGTTGCCTCCC;SOR=0.713;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=32;WE=38173151;WS=38173133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,73:0.70:104
chr17	38175866	rs11555254	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=343;ReadPosRankSum=-0.454;SC=CCTTGGGGCTGGACATGGCTG;SOR=0.659;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=29;WE=38175874;WS=38175856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,43:0.36:119
chr17	38176256	rs2270401	A	T	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.111;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=31;PP=721;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CTCTGGGAGAAGGTGGGACTG;SOR=0.544;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=41;WE=38176264;WS=38176246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,48:0.72:67
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chr17	38179492	rs2302777	A	G	4585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=57;PP=2182;ReadPosRankSum=-0.066;SC=CCTTGGCAAAAATGTCCGTCA;SOR=0.757;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=187;TCF=102;TCR=85;TR=128;WE=38179500;WS=38179482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,205:0.69:299
chr17	38179667	rs2302778	A	G	2040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=1040;ReadPosRankSum=0.560;SC=GGGCCGAGAGAACCTGAGGCT;SOR=0.643;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=94;TCF=30;TCR=64;TR=64;WE=38179675;WS=38179657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,93:0.66:140
chr17	38182844	rs2302775	T	C	372.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=283;ReadPosRankSum=-1.485;SC=TAACAAGTCATCACTGGCTGG;SOR=1.152;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=43;TCR=11;TR=19;WE=38182852;WS=38182834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr17	38183090	rs2302774	G	T	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.007;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=53;PP=1554;ReadPosRankSum=-0.920;SC=CCCTTGGAGTGGGCGCCCGGG;SOR=0.601;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=98;WE=38183098;WS=38183080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,162:0.64:253
chr17	38186106	rs11555255	C	T	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,37:0.28:130
chr17	38188419	rs3935281	C	T	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.199;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=26;PP=575;ReadPosRankSum=0.130;SC=GGCATCCCCCCGAACCCCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=33;WE=38188427;WS=38188409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,35:0.62:56
chr17	38188844	rs7502514	A	G	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=561;SC=CCAGGGTGCCACTGGTCTTGC;SOR=3.407;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=38188852;WS=38188834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	38189049	rs4072639	G	A	3123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,145:0.72:202
chr17	38189055	rs3935280	A	G	7553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.55;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	38189793	rs11078934	T	C	3071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=37;PP=1965;SC=ATTTTGGCACTCCCTCCGGCA;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=38189801;WS=38189783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	38191924	rs6503534	A	G	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=0.413;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,54:0.24:227
chr17	38192137	rs11078935	T	G	770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=551;ReadPosRankSum=0.235;SC=GGACTCCTGCTCCTCTCTCCT;SOR=0.848;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=31;WE=38192145;WS=38192127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr17	38233950	rs111429398	C	CT	118.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.909;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr17	38252667	rs939346	G	A	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=37;PP=1644;SC=GGCGGAAGAAGGGGGGAGGAT;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=51;TCR=37;TR=87;WE=38252675;WS=38252657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	38253228	rs2102928	T	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=14;PP=628;ReadPosRankSum=0.691;SC=CCAGAATAGGTCCTGGCAAGA;SOR=0.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=27;WE=38253236;WS=38253218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr17	38256185	rs4795424	A	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.883;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
chr17	38323194	rs377329830	CT	C	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=5.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=1.242;QD=3.55;ReadPosRankSum=-0.261;SOR=0.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr17	38324766	rs11327454	AT	A	600.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=11;PP=434;SC=TTGAGAGAACATTTTCAGTGC;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=38324774;WS=38324756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	38334359	rs66989091	A	AG	1480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=1289;SC=CCGCCCCCTGAGAGGAAGGAG;SOR=2.247;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=28;WE=38334367;WS=38334349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	38334514	.	G	A	5228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.357;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=41;PP=1477;ReadPosRankSum=-0.306;SC=CTGTCCCCAGGCGAGCCCTTG;SOR=0.816;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=157;TCF=86;TCR=71;TR=97;WE=38334522;WS=38334504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,248:0.67:371
chr17	38451739	rs57344278	T	TA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,15:0.28:54
chr17	38519291	rs502041	C	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=17;PP=896;SC=GCGGGGCGCACGGCTCGGGGC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=45;WE=38519299;WS=38519281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	38556770	rs471692	T	C	5023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=56;PP=2472;SC=AAGAAATCCATAATTATTTAC;SOR=0.736;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=117;WE=38556778;WS=38556760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	38563710	rs558068	C	G	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=0;PP=246;SC=TCCTATTTAACTAATTTATTT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=38563718;WS=38563700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	38566396	rs2715548	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	38572366	rs2586112	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=10;PP=279;SC=AGTGTTTTAAGAAACATTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=38572374;WS=38572356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	38600092	rs598892	G	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=-0.345;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr17	38609431	rs5820347	G	GAC	1614.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=29;PP=1330;ReadPosRankSum=1.387;SC=CATGTGCATAGACACACACAC;SOR=1.236;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=47;TCF=0;TCR=47;TR=29;WE=38609439;WS=38609421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,49:0.83:59
chr17	38634367	rs9895505	G	C	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=80;ReadPosRankSum=-1.169;SC=GGGCTCCCAGGCTCATGTCAC;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=5;WE=38634375;WS=38634359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr17	38634383	rs8072052	A	T	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=112;ReadPosRankSum=0.424;SC=GTCACCCCCAACAGCCCAGAG;SOR=3.086;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=7;WE=38634391;WS=38634373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr17	38634929	rs749906	C	T	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.841;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,85:0.26:322
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chr17	38635107	rs749908	C	G	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=217;ReadPosRankSum=-1.481;SC=TTGTCTGCCTCTGTCTTACAC;SOR=0.887;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=54;TCF=9;TCR=45;TR=16;WE=38635115;WS=38635097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr17	38635897	rs8076413	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=11;PP=267;ReadPosRankSum=-1.525;SC=CGCCAGCCCCGGAGCCCCAGG;SOR=0.505;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=85;TCF=50;TCR=35;TR=25;WE=38635905;WS=38635887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,42:0.33:127
chr17	38643780	rs3764423	G	A	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=51;ReadPosRankSum=0.073;SC=GTCAGGCTCCGGATCTGGTGA;SOR=1.329;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=5;WE=38643788;WS=38643770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr17	38652220	rs78581969	C	T	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.050;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=632;ReadPosRankSum=0.656;SC=CCTCCTGGTACTGTGCCCCAA;SOR=0.401;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=143;TCF=89;TCR=54;TR=50;WE=38652228;WS=38652210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,77:0.36:212
chr17	38786451	rs4890092	A	T	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=257;ReadPosRankSum=1.019;SC=TATTATTATTATTTTTTACCT;SOR=1.194;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=16;WE=38786459;WS=38786441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr17	38801695	rs376363717	CT	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,13:0.24:54
chr17	38813824	rs8068721	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.08;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr17	38816526	rs917593	A	G	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=5.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.217;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr17	38816595	rs2008469	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.735;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=244;ReadPosRankSum=0.352;SC=TGCAATGCCATGATCTCGGTT;SOR=2.303;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=15;WE=38816603;WS=38816585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	38854406	rs2429549	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-4.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.499;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=397;ReadPosRankSum=-1.084;SC=CCAGAAAGATGCCTAGATTGA;SOR=0.387;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=61;TCF=54;TCR=7;TR=25;WE=38854414;WS=38854396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,25:0.42:60
chr17	38855772	rs2462961	T	C	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=4.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.408;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,94:0.42:224
chr17	38856662	rs887376	T	C	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-0.916;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,21:0.23:91
chr17	38857446	rs874889	C	A	1911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.844;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=551;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TCTCAATCTGCATCTCCAGGT;SOR=0.747;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=179;TCF=92;TCR=87;TR=52;WE=38857454;WS=38857436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,117:0.32:365
chr17	38857975	.	GTATATATATATATATATATATATATATATA	G	1319	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5694;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=3;NR=1;PP=1319;QD=330.5;SC=TGATCCTCTAGTATATATATA;SbPval=0.06;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=4;WE=38858012;WS=38857965;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr17	38857998	.	TA	T	474.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.56;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	38858000	.	TATATATATATATATATATATATATATATA	T	423.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.93;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr17	38858134	rs11309872	CA	C	1500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.683;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=628;ReadPosRankSum=0.430;SC=GCCAATCTGGCATTGTCAATG;SOR=0.563;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=20;WE=38858142;WS=38858124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,54:0.27:203
chr17	38905477	rs10491127	T	G	6743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr17	38910811	rs34344021	G	T	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=32;PP=985;SC=TTCTCTTTAAGAAATCACAAG;SOR=1.938;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=40;WE=38910819;WS=38910801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	38911212	rs12951078	G	A	4354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=64;NR=56;PP=2298;SC=CCAGGTCAGCGTTGGCCTCCT;SOR=0.794;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=120;WE=38911220;WS=38911202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	38911363	rs12951399	G	A	5284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=64;PP=2502;SC=GTTTCCTCCCGATGAGCTGCC;SOR=0.713;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=60;TCR=65;TR=124;WE=38911371;WS=38911353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr17	38922718	rs35253595	TTC	T	711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;QD=33.89;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	38925099	rs5820360	GT	G	134.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.584;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr17	38934118	rs2286648	C	G	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=303;SC=GATTCCACTTCTTCAATATTA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=38934126;WS=38934108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	38935812	rs981684	A	G	4444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1706;ReadPosRankSum=-1.184;SC=TTTCATCTCGATAAGCTCATT;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=102;WE=38935820;WS=38935802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,175:0.99:177
chr17	38936659	rs17558560	C	T	6457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=72;PP=2876;SC=CTTCGCAAACCATTGATGTCC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=77;TCR=72;TR=149;WE=38936667;WS=38936649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	38938216	rs17473777	T	G	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=11;PP=774;SC=CAAAGCCCTGTTATTGTGATA;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=38938224;WS=38938206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	38950272	rs2250671	T	C	5857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=66;PP=1902;SC=TCTCGGTCTCTGTCAAGGAGC;SOR=0.801;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=119;WE=38950280;WS=38950262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	38953540	rs3813038	A	G	9911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=25.81;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr17	38954687	rs9914044	C	T	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=41;PP=1194;SC=TAAGACTACCCCAAGAAACAG;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=38954695;WS=38954677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	38975214	.	T	TGCCGCCGTGGCCGCCGCTGGAGCTTCC	2569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.12;QD=57.11;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	38975328	rs17855579	G	A	2811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=26.53;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr17	38976998	rs1799873	G	A	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=51;PP=1517;SC=TTAAAAAGCAGCTACATAGTT;SOR=1.354;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=76;WE=38977006;WS=38976988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr17	38978536	rs4261597	A	C	24967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=976;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=-0.812;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,959:1.00:961
chr17	38990834	rs2240078	G	C	4579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=32;PP=2248;SC=CCAGCTATGTGCCCTCTGTTG;SOR=1.343;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=108;TCF=76;TCR=32;TR=105;WE=38990842;WS=38990824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	39023381	rs17566772	G	A	8643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=139;PP=2965;SC=GAGGAGAGCCGCCGGGACAGT;SOR=1.136;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=222;TCF=82;TCR=140;TR=220;WE=39023389;WS=39023371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,344:1.00:344
chr17	39032479	rs75091657	C	T	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=12;PP=1098;SC=ATAGGATTCCCGCCACCCCAC;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=50;WE=39032487;WS=39032469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	39033672	.	G	GT	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr17	39038941	rs149855322	T	TTTTATTTA	2034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5600;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=33;PP=1461;SC=ACATTTTCTTTTTTATTTATT;SOR=4.223;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=72;TCF=1;TCR=71;TR=33;WE=39038949;WS=39038931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	39041052	rs7212483	C	T	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=48;PP=2275;SC=TCTCACCTGACTTCGCAGCTC;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=113;WE=39041060;WS=39041042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr17	39041309	rs17567558	G	A	6616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=85;PP=2636;SC=AGATGCGGATGCCCCGGCCTC;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=154;WE=39041317;WS=39041299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	39084679	rs74736965	T	G	11148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=124;NR=120;PP=2965;SC=TTTGGGAAGTTTGTGCATCTT;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=244;TCF=124;TCR=120;TR=244;WE=39084687;WS=39084669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr17	39087597	rs72824086	C	G	6622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=103;NR=61;PP=2877;SC=AACAAAAACCCGAACAACCCT;SOR=1.123;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=103;TCR=61;TR=164;WE=39087605;WS=39087587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr17	39092784	rs61745879	C	T	2066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=28;PP=986;SC=AGCTCCTGGGCCGGCCCCAGC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=39092792;WS=39092774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	39122564	rs918075	A	T	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=6;PP=557;SC=AACAAAAAATATTAAAGTTTA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=39122572;WS=39122554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	39134572	rs142287779	C	G	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=49;PP=1685;SC=GATTTTCAACCAAGATTAACA;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=43;TCR=51;TR=92;WE=39134580;WS=39134562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr17	39134590	rs2271281	G	C	3796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=51;PP=1824;SC=ACAAGGGAATGTTGATAAAAT;SOR=0.910;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=90;WE=39134598;WS=39134580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	39134659	rs3817148	C	T	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=35;PP=1003;SC=GAAAAAAACTCTGCACAATAG;SOR=1.483;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=39134667;WS=39134649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	39135205	rs8064910	A	G	7077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	39135205	.	ACA	GCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=44;NR=38;PP=2947;QD=20;SC=TATCGATCAGACACTGAATTT;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=82;WE=39135215;WS=39135195;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,82:0.96:85
chr17	39135207	rs150812789	A	G	7077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.24;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	39137297	rs721957	C	T	8751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NR=109;PP=2965;SC=CACCGTTTCACACTGACAGCG;SOR=0.742;Source=Platypus;TCR=109;WE=39137305;WS=39137287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr17	39139256	rs9910558	A	T	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=19;PP=1378;SC=GTGAAACTCCATCTCAAAATA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=47;TCR=19;TR=66;WE=39139264;WS=39139246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	39139348	rs16968859	A	G	7220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=72;PP=2709;SC=GCTGTACAGCAAGTCTAGAAT;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=154;TCF=82;TCR=72;TR=154;WE=39139356;WS=39139338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr17	39140272	rs17843015	A	G	10313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=122;PP=2965;SC=ATTGCTAGTGAACACCCCATC;SOR=0.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=241;TCF=119;TCR=122;TR=240;WE=39140280;WS=39140262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr17	39150167	rs12452295	G	A	4555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=82;NR=60;PP=2948;SC=AGGTGGGCACGCAGGGCTGAG;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=142;WE=39150175;WS=39150157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	39150284	rs2010201	A	G	10866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=137;NR=136;PP=2965;SC=AGGATTTGTCAGAGGAGCAGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=276;TCF=138;TCR=138;TR=273;WE=39150292;WS=39150274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr17	39150357	rs1989365	A	G	8614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=133;PP=2965;SC=CATGGCTATTAGAGTCTGTGG;SOR=1.038;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=215;TCF=81;TCR=134;TR=214;WE=39150365;WS=39150347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr17	39150443	rs2010209	G	A	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=56;PP=1522;SC=GGGCTCTTATGTACCCTCTCC;SOR=2.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=70;WE=39150451;WS=39150433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	39156027	rs3829598	G	A	11568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=11.383;NF=123;NR=124;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.002;SC=ACTCCACAGCGGCAGGATTTG;SOR=0.702;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=248;TCF=124;TCR=124;TR=247;WE=39156035;WS=39156017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:22,468:0.96:490
chr17	39156224	rs3813051	C	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=37;PP=1038;SC=CAACTGGAAGCCTTCCTGTTT;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=39156232;WS=39156214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	39182867	rs147786626	A	G	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=29;NR=20;PP=813;SC=GCAATTGAAAATAAGCAAACT;SOR=0.949;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=49;WE=39182875;WS=39182857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	39183011	rs200596096	AG	A	2939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=36;PP=1474;SC=ACCACACAGCAGGGGGGTAGG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=46;WE=39183019;WS=39183001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	39186031	rs8074117	C	T	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.87;QD=24.89;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	39186168	rs8074887	A	C	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=21;PP=985;SC=GTGCTCACAGATCCACCGCTG;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=39186176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	39186220	rs8073323	G	A	2484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=26;PP=1331;SC=TGCCACAGCCGGTTCCGCAGG;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=68;WE=39186228;WS=39186210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	39186382	rs8077277	G	A	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=32;PP=902;SC=CTGAGTTTGGGCTGTACCTTC;SOR=1.090;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=39186390;WS=39186372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	39190758	rs62622847	T	C	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=2.428;NF=18;NR=24;PP=809;ReadPosRankSum=2.168;SC=CACCACCTGATACGGGTGCTC;SOR=0.877;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=42;WE=39190766;WS=39190748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,57:0.97:59
chr17	39190953	.	GG	CA	1528	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=25;NF=19;NR=11;PP=1528;QD=52.7155958287;SC=AAGCTGGTCTGGCAGCAGCTT;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=30;WE=39190962;WS=39190943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:50,30:0.38:80
chr17	39190954	.	G	GCAGCAGCTTGGCTGGCAGCAGCTGGTCTCA	3704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.34;QD=82.33;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	39197176	rs3815561	G	A	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-1.525;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.032;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,63:0.64:99
chr17	39197499	rs3213755	G	A	3509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=5.601;NF=70;NR=44;PP=1693;ReadPosRankSum=0.732;SC=AAGCTGGTCTGGCAGCAGCTT;SOR=0.728;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=195;TCF=116;TCR=79;TR=114;WE=39197507;WS=39197489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,167:0.56:299
chr17	39197538	rs146863522	G	T	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-13.853;QD=3.16;ReadPosRankSum=5.943;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,43:0.14:302
chr17	39197549	.	G	C	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-14.429;QD=2.78;ReadPosRankSum=7.587;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,43:0.13:326
chr17	39197593	rs145621540	G	T	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=2.855;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-15.842;QD=1.30;ReadPosRankSum=-0.103;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:346,43:0.11:389
chr17	39197618	.	A	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.724;ClippingRankSum=0.000;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.22;MQRankSum=-17.021;QD=0.29;ReadPosRankSum=-5.166;SOR=0.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:375,30:0.07:405
chr17	39197760	rs17843047	C	T	2181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=57;PP=1335;ReadPosRankSum=-1.641;SC=CTATTTGTGGCGAGCAACATT;SOR=0.625;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=102;TCF=29;TCR=73;TR=81;WE=39197768;WS=39197750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,94:0.80:118
chr17	39240426	rs11658607	G	A	4562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.106;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-10.700;NF=91;NR=73;PP=2242;ReadPosRankSum=1.972;SC=CACTCTCTTGGAAACCCACCC;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=358;TCF=199;TCR=159;TR=164;WE=39240434;WS=39240416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,237:0.43:554
chr17	39240504	rs11655310	A	G	4238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=1.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.53;MQRankSum=-10.743;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,132:0.29:463
chr17	39240511	rs383835	A	T	1733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.69;MQRankSum=-8.551;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.678;SOR=0.561;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:339,117:0.26:456
chr17	39240661	rs11650484	C	G	1893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.830;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.251;NF=25;NR=39;PP=741;ReadPosRankSum=-1.072;SC=TGTCGCCCCACCTGCTGTGAG;SOR=1.058;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=192;TCF=89;TCR=103;TR=64;WE=39240669;WS=39240651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:234,110:0.32:344
chr17	39254335	rs201764113	A	AT	4237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.807;NF=6;NR=43;PP=1960;ReadPosRankSum=1.849;SC=GGAGTTGACCATGGTGTCAGA;SOR=0.832;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=155;TCF=28;TCR=127;TR=49;WE=39254343;WS=39254325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:296,151:0.34:447
chr17	39254444	rs6416913	T	C	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.031;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=207;ReadPosRankSum=-0.799;SC=AGGCCCGTTGTCACCACGTCA;SOR=0.487;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=83;TCF=20;TCR=63;TR=22;WE=39254452;WS=39254434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,25:0.27:91
chr17	39258027	rs7503699	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-0.192;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.655;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,29:0.21:135
chr17	39258495	rs168397	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=1.461;SC=TGATTTAAAGGTGGAATTCAT;SOR=0.906;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=16;WE=39258503;WS=39258485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr17	39261933	rs7207685	C	T	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-10.795;NF=29;NR=28;PP=683;ReadPosRankSum=0.265;SC=TGCCAGCCTGCGTGCTGCCAA;SOR=0.658;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=81;TCR=77;TR=57;WE=39261941;WS=39261923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,68:0.29:235
chr17	39261949	rs7212474	T	C	2215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-11.096;NF=29;NR=28;PP=739;ReadPosRankSum=0.967;SC=GCCAACCCACTTGCTGTCGCC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=82;TCR=75;TR=57;WE=39261957;WS=39261939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,68:0.28:240
chr17	39274069	rs349771	G	C	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=1.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQRankSum=-2.915;QD=3.38;ReadPosRankSum=1.266;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,43:0.25:172
chr17	39274518	rs9897031	C	T	2544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FS=1.869;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-4.296;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.280;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:286,142:0.33:428
chr17	39305956	rs1497383	G	A	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.575;NF=31;NR=31;PP=774;ReadPosRankSum=0.007;SC=CAGCTGGGGCGGCAGCAGTTC;SOR=0.629;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=96;TCR=91;TR=62;WE=39305964;WS=39305946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,102:0.33:311
chr17	39324229	.	T	TGCAGCAGGTGGTCAG	2052	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MMLQ=25;MQ=46.26;NF=9;NR=5;SC=CAGGTGGTCCTGCAGCAGCTG;SbPval=0.08;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=14;WE=39324237;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr17	39333956	rs377518	T	C	1190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=10;PP=650;SC=CACAGGTGGATCATATCAAGA;SOR=1.559;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=35;WE=39333964;WS=39333946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	39334133	rs389784	T	C	5927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=65;PP=2776;SC=GGGCTGGCAGTACACAGACTG;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=143;TCF=75;TCR=68;TR=140;WE=39334141;WS=39334123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	39334456	rs493514	G	A	7746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=115;PP=2965;SC=TTTCCAGGAAGGTGGGTTTGG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=78;TCR=115;TR=191;WE=39334464;WS=39334446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr17	39340597	rs452216	G	A	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=32;PP=1785;SC=ACATGGACAAGTTGATATAAA;SOR=1.264;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=62;TCR=32;TR=93;WE=39340605;WS=39340587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	39340707	rs398825	C	T	7336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=26.11;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr17	39340795	.	ACGGCAGCAGCTGGACATACCACAGCTGGGGTGGCAGGTGGTCTGACAGCAGAGTGGG	A	4359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.60;QD=40.75;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	39340812	.	T	C	1344	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MMLQ=23;NF=27;NR=28;PP=1344;QD=25.0685675009;SC=CAGCTGGACATACCACAGCTG;Source=Platypus;TCF=27;TR=55;WS=39340802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr17	39340826	.	T	C	1207	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=44;MMLQ=21;MQ=53.27;NF=26;NR=30;PP=1207;QD=22.1744859383;SC=ACAGCTGGGGTGGCAGGTGGT;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=59;TCF=26;TCR=33;TR=56;WE=39340834;WS=39340802;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,56:0.95:59
chr17	39340910	rs2320231	T	C	4176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=60;PP=2080;SC=ACAGACTGGGTGGCAGCAGCT;SOR=0.771;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=55;TCR=64;TR=114;WE=39340918;WS=39340900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	39341158	rs452531	G	A	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=68;PP=2138;SC=TGAGTTTTTCGAATGTGGGAA;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=54;TCR=68;TR=122;WE=39341166;WS=39341148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	39341266	rs449817	A	G	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=30;PP=797;SC=TAGATAGGCAATTATCAAGTT;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=39341274;WS=39341256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	39341294	rs385122	T	A	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=606;SC=TGTGGGAAAATATCTGTATAA;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=39341302;WS=39341284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	39346518	rs238824	T	C	12072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=124;NR=130;PP=2965;SC=TATCAAACTATCTGCTTCAGG;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=124;TCR=132;TR=254;WE=39346526;WS=39346508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr17	39346595	rs11283848	T	TGCTGTGGGTCCAGCTGCTGCCAGCCTA	13166.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=37;PP=2967;SC=CCAGCCCACCTGCTGTGGGTC;SOR=0.763;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=126;TCF=32;TCR=94;TR=57;WE=39346603;WS=39346585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	39406343	rs148655704	A	G	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FS=3.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-7.154;QD=1.84;ReadPosRankSum=0.590;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:399,88:0.18:487
chr17	39406409	rs2191379	C	A	16861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.13;MQRankSum=-0.352;QD=29.74;ReadPosRankSum=-0.776;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,565:1.00:567
chr17	39406409	.	CCAGCTGCTGTCAGCCTTT	ACAGCTGCTGCCAGCCTTC,ACAGCTGCTGTCAGCCTTT	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MMLQ=26;MQ=58.51;NF=27,169;NR=30,183;PP=1927,2962;QD=34.9204890327;SC=ACCTGTGTGTCCAGCTGCTGT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=355;TCF=171;TCR=184;TR=57,352;WE=39406435;WS=39406399;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.16:355
chr17	39406419	rs151209798	T	C	3032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;MQRankSum=-11.955;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.503;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,110:0.20:545
chr17	39406427	rs139224734	T	C	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.12;MQRankSum=-11.308;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.521;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,101:0.19:523
chr17	39406447	rs3967754	A	G	8582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=9.895;NF=102;NR=142;PP=2962;ReadPosRankSum=3.750;SC=ATCAAGTCCCAAGAGAACCAC;SOR=0.607;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=306;TCF=127;TCR=179;TR=244;WE=39406482;WS=39406437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,375:0.82:458
chr17	39406461	rs111927217	C	A	1107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.88;MQRankSum=-9.296;QD=2.70;ReadPosRankSum=-3.587;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,60:0.15:411
chr17	39406474	.	C	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=2.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.65;MQRankSum=-8.824;QD=2.69;ReadPosRankSum=-3.729;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,45:0.13:349
chr17	39406492	rs369118638	T	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=16.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.02;MQRankSum=-7.086;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=2.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:248,24:0.09:272
chr17	39432562	rs9893993	A	T	2250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=51;PP=1344;SC=AAACCAACAAAGTGAACTTAG;SOR=2.245;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=60;WE=39432570;WS=39432552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	39458765	rs1005197	A	G	7423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=91;PP=2965;SC=GACAACAAGTAGATTCCGAGC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=184;TCF=93;TCR=91;TR=183;WE=39458773;WS=39458755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr17	39459167	rs1005196	G	A	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=20;PP=519;SC=AAAGACATCCGATACAGAGGG;SOR=3.611;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=39459175;WS=39459157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	39507115	rs16966714	T	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=-1.133;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,29:0.71:41
chr17	39522910	.	C	CA	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=2.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.31;ReadPosRankSum=0.002;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,28:0.16:179
chr17	39535859	rs2239710	A	G	6470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.165;NF=97;NR=92;PP=2846;ReadPosRankSum=2.018;SC=CCTGCGGTTAATTTCCACCAG;SOR=0.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=137;TCR=127;TR=189;WE=39535867;WS=39535849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,298:0.69:435
chr17	39537852	.	C	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=-0.122;SC=ACTAATTTTACATAACCAGCC;SOR=1.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=12;WE=39537860;WS=39537842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr17	39593768	rs897416	A	G	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=6;PP=175;SC=CAGGAGGGAGACGTGGAGCAC;SOR=0.941;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=39593776;WS=39593758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	39593872	rs897415	A	G	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=3;PP=52;SC=ATGAGGAAGGAGTCCCCACTG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=39593880;WS=39593862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	39594809	rs2071612	C	T	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=0.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=-1.314;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.308;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,86:0.30:289
chr17	39594934	rs71155140	AC	A	25030.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=900;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.144;NF=98;NR=223;PP=2983;ReadPosRankSum=1.583;SC=CTGGTTCTATACCCCCCCCAC;SOR=0.377;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=364;TCF=110;TCR=254;TR=321;WE=39594950;WS=39594909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,833:1.00:836
chr17	39595661	rs2071611	T	A	6787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=117;PP=2965;SC=CAAGAGCCCCTCTCGGCTGCC;SOR=0.925;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=82;TCR=117;TR=199;WE=39595669;WS=39595651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr17	39596393	rs12601328	C	A	9174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.75;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	39596402	rs2071610	G	A	9487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.93;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	39596538	rs2071609	C	T	8499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=114;NR=97;PP=2965;SC=AGCATCATGCCCTAGGCTCCT;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=114;TCR=97;TR=211;WE=39596546;WS=39596528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr17	39596611	rs1350046	T	C	11406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=132;PP=2965;SC=TTCTCTGAGCTTTACATGGAT;SOR=0.750;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=144;TR=274;WE=39596619;WS=39596601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr17	39616288	rs3840884	TG	T	326.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=317;SC=GGGCTGGCCCTGCTCTTCTGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=39616296;WS=39616283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	39616430	rs2604953	G	T	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=47;NR=24;PP=1278;SC=ACGGTGCGGGGCACGCATGGG;SOR=1.092;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=71;WE=39616438;WS=39616420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr17	39619053	rs201027985	CT	C	408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=289;ReadPosRankSum=0.369;SC=CTGCCCACGTCTCTCTAAGCC;SOR=0.735;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=9;WE=39619061;WS=39619043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr17	39619093	rs2604954	GT	AC	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=13;PP=2488;SC=TGCAGTCCTCGTTCTCCAGCA;SOR=1.496;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=59;WE=39619102;WS=39619083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	39619115	rs2071563	G	A	5349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=26;PP=1691;SC=GCTCCGGTACGTGTTGATCTC;SOR=1.222;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=84;WE=39619123;WS=39619105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	39619219	rs2857257	G	A	7255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=91;NR=73;PP=2939;SC=GGGCCTCAACGTTGGTGATCA;SOR=0.852;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=164;WE=39619227;WS=39619209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr17	39619388	rs4796636	C	A	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=45;PP=1188;SC=CCAAATCTCCCTTTGATGCTG;SOR=3.830;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=4;TCR=45;TR=49;WE=39619396;WS=39619378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	39620399	rs12948056	C	T	3523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=25;PP=1521;SC=TGATGTCTGACTGGTAGTTCT;SOR=1.307;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=86;WE=39620407;WS=39620389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	39623431	rs117028403	C	T	2248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=1225;ReadPosRankSum=-1.792;SC=GCAGGCAGACCGAAGGCAGGC;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=77;WE=39623439;WS=39623421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,101:0.68:148
chr17	39633317	rs2239711	A	G	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=275;ReadPosRankSum=-1.036;SC=CTCAGAACCGACCCCCTGGGC;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=15;WE=39633325;WS=39633307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr17	39633349	rs2071601	G	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=296;ReadPosRankSum=-0.863;SC=ATGGGGCGGGGGCTGCAGTTT;SOR=0.379;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=21;WE=39633357;WS=39633339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,31:0.70:44
chr17	39634625	rs7216017	A	G	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=541;ReadPosRankSum=-0.968;SC=TGCTGTGCTGAGCCTGCAGCT;SOR=0.929;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=45;TCF=40;TCR=5;TR=24;WE=39634633;WS=39634615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr17	39635340	rs2301352	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.391;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=121;ReadPosRankSum=-0.266;SC=ATGCTCACCCCTCCTAATGCT;SOR=0.397;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=15;WE=39635348;WS=39635330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr17	39636044	rs2011243	G	A	3183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=40;PP=1419;SC=CTGGAGATATGAAGAAGTTAT;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=39636052;WS=39636034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	39637244	rs743686	A	G	2401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=945;ReadPosRankSum=1.228;SC=AGCTTGCAAGAGCTGCTGGAG;SOR=0.675;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=53;WE=39637252;WS=39637234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,112:0.65:172
chr17	39643340	rs11657323	T	G	3654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=39;PP=1397;ReadPosRankSum=-1.394;SC=GGCCTCCACGTTGCTGATCAG;SOR=0.839;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=164;TCF=86;TCR=78;TR=92;WE=39643348;WS=39643330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,175:0.60:290
chr17	39643646	rs2301354	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=461;ReadPosRankSum=1.193;SC=CGCGTTGACCGTACGTCTCAG;SOR=0.839;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=31;WE=39643654;WS=39643636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr17	39644057	rs2301353	G	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.428;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=39;PP=933;ReadPosRankSum=0.124;SC=TCAATGACCTGAATTCAAACC;SOR=1.743;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=66;TCF=14;TCR=52;TR=46;WE=39644065;WS=39644047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,55:0.66:83
chr17	39645088	rs4796716	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=-1.074;SC=CAGCCCCTTCACCATTTCCAG;SOR=0.793;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=10;WE=39645096;WS=39645078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr17	39645572	rs34752082	C	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=8;PP=260;ReadPosRankSum=-0.029;SC=TAAAAGCTACCGTCCCATCTG;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=23;WE=39645580;WS=39645562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr17	39646021	rs1003842	A	G	3267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=1165;ReadPosRankSum=0.651;SC=AGCCCACAGAACGGATGGAGG;SOR=0.467;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=103;TCF=40;TCR=63;TR=69;WE=39646029;WS=39646011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,149:0.69:217
chr17	39659183	rs4796698	G	A	7004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.599;SC=TGGGAGGGCCGGGTACCTTGG;SOR=0.259;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=93;TCR=99;TR=190;WE=39659202;WS=39659173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr17	39659194	rs4796697	T	C	7320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=98;PP=2965;SC=GGTACCTTGGTGTGGAACCAT;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=96;TCR=98;TR=194;WE=39659202;WS=39659173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
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chr17	39661689	rs8182306	G	A	21429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=864;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=212;NR=289;PP=2965;ReadPosRankSum=1.623;SC=CTGATCCCCCGGACACAAACC;SOR=0.318;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=516;TCF=223;TCR=293;TR=501;WE=39661697;WS=39661679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,825:1.00:826
chr17	39670912	rs897420	G	C	5063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=47;PP=2532;SC=TTCCCTGATGGCAATGCCAGC;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=81;TCR=49;TR=128;WE=39670920;WS=39670902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	39671045	rs897421	T	C	5919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=81;PP=2601;SC=CACCCACACATCTGACTCCTC;SOR=1.032;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=47;TCR=82;TR=128;WE=39671053;WS=39671035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	39671724	rs2305556	T	C	3715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=41;PP=2004;ReadPosRankSum=-0.164;SC=AGGCGCCTACTTGGCATCCTG;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=116;TCR=62;TR=119;WE=39671732;WS=39671714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,162:0.67:241
chr17	39674540	rs3744784	A	G	5890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=50;PP=2514;ReadPosRankSum=0.737;SC=TGTACAGGGTACCAGCCACCT;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=78;TCR=50;TR=128;WE=39674548;WS=39674530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chr17	39680380	rs138382069	T	TG	972.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=500;ReadPosRankSum=0.704;SC=GCGGCGGCGGTGGGGGGACAC;SOR=0.803;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=84;TCF=23;TCR=61;TR=22;WE=39680388;WS=39680370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,48:0.31:153
chr17	39680580	rs1869719	A	C	7434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.024;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=79;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.802;SC=TAGGGAACACAAAGCCCTCCC;SOR=0.111;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=86;TCR=79;TR=164;WE=39680588;WS=39680570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,286:0.99:288
chr17	39680796	rs1869720	T	A	6393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=88;PP=2965;SC=TGATTTCCTGTAAAGATACAG;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=70;TCR=88;TR=158;WE=39680804;WS=39680786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	39742807	rs3826550	C	T	14389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=161;NR=193;PP=2965;SC=CCCAAGCCAGCACCAAGGCCA;SOR=0.808;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=359;TCF=163;TCR=196;TR=354;WE=39742815;WS=39742797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,569:1.00:569
chr17	39742856	rs6503639	G	A	9083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.883;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.200;NF=102;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=0.561;SC=CAAAGCTGCTGCTGCTGCTGC;SOR=1.043;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=269;TCF=103;TCR=166;TR=266;WE=39742864;WS=39742839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,356:0.99:360
chr17	39742899	rs6503640	C	T	6431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=61;NR=123;PP=2965;SC=CCCCAGCCCGCAGGCTCCCCC;SOR=1.290;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=62;TCR=123;TR=184;WE=39742907;WS=39742876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr17	39766504	rs7406899	A	G	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=22;PP=664;SC=GGAGAGAAAAAGCAGGGCAGT;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=39766512;WS=39766494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	39779160	rs9916519	G	C	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.84;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	39871700	rs7220169	G	A	4316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=38;PP=1869;SC=TGCAGCGACTGTGTGTGTATG;SOR=1.017;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=63;TCR=38;TR=100;WE=39871708;WS=39871690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	39874075	rs7213435	C	A	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=19;PP=1161;SC=CTTCTGTATCCCCGGTGGCAA;SOR=1.320;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=59;WE=39874083;WS=39874065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	39874137	rs7212417	G	A	4041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=44;PP=1815;SC=TGAGTGGCTGGTGCAGGCATT;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=93;WE=39874145;WS=39874127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	39874267	rs7218465	T	A	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=41;PP=1170;SC=TCTTAGGTCCTCGGCTGGGGC;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=39874275;WS=39874257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	39874283	rs11079007	T	A	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=38;PP=1130;SC=GGGGCTCTGTTATAAAAGACA;SOR=1.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=39874291;WS=39874273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	39881289	rs8075017	G	C	29219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=1123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=298;NR=369;PP=2965;SC=CCTGGGGCACGAACTCCTCCG;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=668;TCF=299;TCR=369;TR=667;WE=39881297;WS=39881279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1112:1.00:1112
chr17	39881487	rs11869104	T	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=51;PP=1446;SC=TCCACACAGATCCTGATGGTT;SOR=7.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=0;TCR=52;TR=51;WE=39881495;WS=39881477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	39883595	rs7216154	T	C	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=73;PP=1766;SC=CAGTGGACACTGGGGGTTGCT;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=26;TCR=73;TR=99;WE=39883603;WS=39883585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	39883672	rs11867808	G	A	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=29;PP=745;SC=TACTTCTCCCGCAGGTCCTGC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=39883680;WS=39883662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	39883972	rs4796600	C	T	2903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=14;PP=2137;SC=TCTGGGCCAGCGGCTCTCCAG;SOR=3.045;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=81;TCR=14;TR=94;WE=39883980;WS=39883962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	39884065	rs35612698	C	A	15819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.28;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,602:1.00:602
chr17	39884091	rs4796601	G	C	20225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=800;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=238;NR=194;PP=2965;SC=GCCCCATACTGGAAGGACCCA;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=439;TCF=240;TCR=199;TR=432;WE=39884099;WS=39884081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,788:1.00:788
chr17	39884246	rs4796602	G	A	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=102;PP=2823;SC=GGGGAGTCACGCAGCCTGGTT;SOR=2.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=136;TCF=33;TCR=103;TR=135;WE=39884254;WS=39884236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr17	39884419	rs4796692	C	T	9009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr17	39884583	rs4796693	G	A	5837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=100;PP=2818;SC=GCTGGCCTCCGCTGGGGAGGG;SOR=1.256;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=51;TCR=100;TR=150;WE=39884591;WS=39884573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr17	39884684	rs4796694	C	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=28;PP=824;SC=TCGGCTGCTGCGCTGTGCCAG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=39884692;WS=39884674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	39888455	rs3895103	G	C	10538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=92;PP=2965;SC=AGATTGGCCCGCTATCCTCTC;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=206;TCF=114;TCR=92;TR=206;WE=39888463;WS=39888445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr17	39890715	rs4796603	A	T	3903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=52;PP=1819;SC=AGGAACTGGGATCCAGAGGTG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=94;WE=39890723;WS=39890705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	39890876	rs4796604	T	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=27;PP=861;SC=GCCCAACCTCTTCGGGCGCAT;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=39890884;WS=39890866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	39912145	rs1126821	T	A	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=27;PP=837;SC=GTGGCATCCATGTCTGGGGAC;SOR=0.846;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=44;WE=39912153;WS=39912135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	39912259	rs141010071	A	AC	510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=458;SC=GGTGGGCCTGACCCCTCCCCA;SOR=1.371;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=12;WE=39912267;WS=39912249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	39912581	rs9890858	A	G	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=14;PP=389;SC=GCTGGGTGCCATGGCTCACGC;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=39912589;WS=39912571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	39913645	rs7216034	T	C	7166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=106;NR=83;PP=2965;SC=CCAACTACTGTGGTCCAACCT;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=189;TCF=106;TCR=83;TR=189;WE=39913653;WS=39913635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr17	39914070	rs8067890	G	T	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=38;PP=1084;SC=CAGGGGAGAGGTGGAAAGGGG;SOR=1.926;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=50;WE=39914078;WS=39914060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	39923614	rs12942034	A	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	39925925	rs7405731	A	G	3741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=39;PP=1213;SC=GGTACTCCAGATCACCTGGGG;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=39925933;WS=39925915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	39959189	rs1065029	C	G	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=34;PP=1342;SC=CAAGCTTGAGCGGTGTGGGGT;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=71;WE=39959197;WS=39959179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	39959511	rs3809877	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.166;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=536;ReadPosRankSum=-0.513;SC=GGCTGCATCCCCACCCCCCAA;SOR=1.022;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=145;TCF=99;TCR=46;TR=41;WE=39959519;WS=39959501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,52:0.34:155
chr17	39966168	rs2304493	T	G	566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=440;ReadPosRankSum=-0.576;SC=CTAAATCCAATCTCTGCCTAC;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=24;WE=39966176;WS=39966158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr17	39967131	.	GA	TT	3667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DP=381;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=30;PP=1663;ReadPosRankSum=0.072;SC=TGGCCGGGTAGAAGTCCTTGA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=101;TCR=96;TR=61;WE=39967140;WS=39967121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,110:0.29:378
chr17	39967442	rs13412	T	C	6470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.91;ReadPosRankSum=-0.044;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,303:0.70:434
chr17	39977862	rs8072866	C	T	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=3;PP=685;SC=GCCCAGACCCCGGCCTGACTA;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=39977870;WS=39977852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	39983644	rs9896766	A	C	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=3;PP=467;SC=GAGAAGAAAGACATGAAGAGA;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=19;TCR=3;TR=21;WE=39983652;WS=39983634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	39983808	rs1046404	G	C	5440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=53;PP=2134;SC=GAAGTAACCAGAGTTCTCACA;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=112;WE=39983828;WS=39983798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr17	39983820	rs1046403	G	A	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=55;PP=1988;ReadPosRankSum=-1.058;SC=GTTCTCACACGCAGAGCTGTT;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=112;WE=39983828;WS=39983798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,207:0.99:209
chr17	39983849	rs1128966	G	C	5427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=58;PP=2217;SC=ATGTGTGTATGAGCTGGCCCT;SOR=0.752;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=53;TCR=58;TR=111;WE=39983857;WS=39983839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr17	39987130	rs4796712	T	C	11679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr17	39988601	rs7208062	C	T	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	39991790	rs1319763	C	T	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=18;PP=1004;SC=TATCAGGTCCCTCCTAAGAGA;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=39991798;WS=39991780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	39991867	rs3039772	A	ATATC	5397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=38;PP=2718;SC=GGGGAGGATAAGGCCCTAGGT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=53;WE=39991875;WS=39991857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr17	39991988	rs1865841	G	A	3925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=63;NR=40;PP=2377;SC=TCAAGCTCCCGGCCATTTCTT;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=103;WE=39991996;WS=39991978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr17	39998141	rs1529933	C	T	7853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=79;PP=2965;SC=GCATTTCTCCCGACATGATGA;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=83;TCR=79;TR=162;WE=39998149;WS=39998131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	40003421	rs4796721	C	T	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=7;PP=506;SC=ACTGTACAGACTGGAATTAAG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=40003429;WS=40003411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	40010979	rs3744782	G	A	14768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=162;NR=175;PP=2965;SC=CATCAACAAAGTATCCCACAC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=338;TCF=162;TCR=176;TR=337;WE=40010987;WS=40010969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,568:1.00:568
chr17	40024023	rs7217218	A	T	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=18;PP=952;SC=GGGGGAAGAGATCTTGTCTTC;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=40024031;WS=40024013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr17	40024868	rs57604811	AG	A	247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.958;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
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chr17	40025264	rs9912300	G	T	9515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.07;ReadPosRankSum=1.734;SOR=0.328;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,364:1.00:365
chr17	40025285	rs9914829	A	G	12209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.09;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr17	40025453	rs3744779	T	C	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=41;PP=1209;SC=CTGTCACTACTATTACTACGA;SOR=2.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=40025461;WS=40025443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	40025670	rs3744780	G	A	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=8;PP=657;SC=CGTGGCTCCTGTTTCCTCCAA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=40025678;WS=40025660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	40027869	rs1808787	A	T	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=13;PP=914;SC=TGGCCTCCCAAAGTGCTGTGA;SOR=1.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=40027877;WS=40027859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	40028450	rs8071627	A	T	6139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	40028541	rs8071753	A	G	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=34;PP=906;SC=GTAACTACCAATCCAAGTCTA;SOR=2.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=44;WE=40028549;WS=40028531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	40028568	rs8071234	C	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=24;PP=605;SC=CCACACAACTCTAAGGCAAAA;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=30;WE=40028576;WS=40028558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	40040709	.	GAAGA	G	337.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=33.77;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chr17	40048613	rs8065502	A	G	5207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=38;PP=2470;SC=CTACCTCCGGATGCTTCCTCA;SOR=0.988;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=102;WE=40048621;WS=40048603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr17	40049171	rs4796735	G	A	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=17;PP=646;SC=GGCTCAAGCAGTTCTCCCACC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=35;WE=40049179;WS=40049161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	40049473	rs4796736	A	G	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=652;SC=ACATACCCCCAGGAGACCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=40049481;WS=40049463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	40053021	rs11652326	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=22;PP=655;SC=AAAGCCCTCATCATCCCTCTC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=12;TCR=22;TR=34;WE=40053029;WS=40053011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	40058204	rs3816121	C	A	2778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.27;SOR=1.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	40058212	rs3816122	G	A	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.14;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	40068613	rs2304499	G	A	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=2;PP=743;SC=TGCTGACCTGGAGGTGACCAT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=29;WE=40068621;WS=40068603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	40101597	rs35481109	CA	C	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.038;QD=3.18;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,21:0.44:48
chr17	40105401	rs77012779	T	TATG	7251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=35;PP=2879;SC=AAGTCTGACTTATGAACACAA;SOR=1.063;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=58;WE=40105409;WS=40105391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	40107371	rs200654596	G	A	446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.362;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=-1.669;SC=CGGGTGTCAGGAGTGGGGTTG;SOR=1.426;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=19;WE=40107379;WS=40107361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr17	40113631	rs72820838	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=0.524;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr17	40118807	rs4432296	C	T	176.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.10;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	40123829	rs12602950	G	A	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=16;PP=1747;SC=AGTGTTTTGCGCTGGGCCTCG;SOR=2.476;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=63;TCR=17;TR=79;WE=40123837;WS=40123819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	40125864	rs2070106	G	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.973;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,53:0.27:195
chr17	40146970	rs6503679	G	A	5302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=97;PP=2951;SC=GAACTGCACCGGAAAATCAGA;SOR=1.511;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=40;TCR=98;TR=136;WE=40146978;WS=40146960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	40152431	rs374909941	CT	C	741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=6;PP=650;SC=GCCACCAGGACTTGGCAGCTA;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=40152439;WS=40152421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	40169519	rs4796758	G	T	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=64;PP=1762;SC=CCGCGGCGCCGCGCCCAGAAG;SOR=3.070;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=11;TCR=64;TR=75;WE=40169527;WS=40169509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	40173851	rs9894001	A	C	7231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=89;PP=2965;SC=CTGAACAAATACGGAGGGAGA;SOR=0.894;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=62;TCR=89;TR=151;WE=40173859;WS=40173841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	40186128	rs4277396	C	A	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=5;PP=545;SC=TGGAAAATACCGACCACAGCC;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=22;TCR=5;TR=27;WE=40186136;WS=40186118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	40215180	rs4796765	A	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=33;PP=931;SC=TGTATCCTCTATATCCCTCTG;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=40215188;WS=40215170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	40257163	rs2074158	T	C	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=60;PP=1221;ReadPosRankSum=0.478;SC=TTGGAACTTCTGGATCACTTC;SOR=0.754;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=98;WE=40257171;WS=40257153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,157:0.67:233
chr17	40259980	rs2074154	A	T	8146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=122;PP=2962;ReadPosRankSum=0.065;SC=CGCCTCCGCCAGAAGGGCTGC;SOR=0.640;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=397;TCF=205;TCR=192;TR=244;WE=40259988;WS=40259970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,402:0.65:615
chr17	40263400	rs35118457	C	T	4538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=48;PP=1842;ReadPosRankSum=-1.794;SC=GTCATGGCACCGGGCCAGGTG;SOR=0.681;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=104;TCR=74;TR=117;WE=40263408;WS=40263390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,206:0.68:301
chr17	40269280	rs73986522	A	T	1742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.682;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=1080;ReadPosRankSum=0.605;SC=GTGAGAAGTAAGAATGCTCAA;SOR=0.958;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=31;TCR=59;TR=66;WE=40269288;WS=40269270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,77:0.68:114
chr17	40270029	.	ACTGAAGCTGAGGAGAGAGAGAGACGTCAGGGATGGGGGG	A	1065.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.774;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=2.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.31;ReadPosRankSum=0.166;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,28:0.56:50
chr17	40270238	rs2074164	G	C	1275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=11;PP=883;ReadPosRankSum=-0.717;SC=TCCGGCCCAGGTGAGCTCTCT;SOR=0.305;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=71;TCF=58;TCR=13;TR=46;WE=40270246;WS=40270228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
chr17	40271757	rs730086	G	A	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=547;ReadPosRankSum=0.475;SC=GTGGGTGGGGGATAAAACCAG;SOR=0.660;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=31;WE=40271765;WS=40271747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr17	40271970	rs8072215	A	G	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=3;PP=374;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GCTTGAGGAGAATGGAGAACA;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=20;WE=40271978;WS=40271960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr17	40272406	rs35184688	G	C	4202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=60;PP=1660;ReadPosRankSum=-2.067;SC=ACAGATGGCAGAGTTAGGAAA;SOR=0.596;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=173;TCF=76;TCR=97;TR=109;WE=40272414;WS=40272396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,198:0.67:295
chr17	40272594	rs2285657	C	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=590;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TGGTGCACACCCCCCCCCAAC;SOR=0.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=38;WE=40272602;WS=40272584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,37:0.73:51
chr17	40274873	rs1122326	A	C	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=4;PP=770;ReadPosRankSum=-0.071;SC=ACTCGGATGCAGAGAGTCGGT;SOR=0.965;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=59;TCF=51;TCR=8;TR=39;WE=40274881;WS=40274863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr17	40278081	rs2240010	T	A	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=210;ReadPosRankSum=-0.180;SC=TGCGGCAAAGTAAGGTTAAAT;SOR=0.776;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=12;WE=40278089;WS=40278071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr17	40280944	rs739637	G	C	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=290;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GAACCCTCAAGCCAGGAGCCA;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=19;WE=40280952;WS=40280934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
chr17	40314213	rs60075634	A	C	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=17;PP=792;ReadPosRankSum=0.632;SC=AGCCACGTGTAGGGTCTGAAA;SOR=0.950;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=55;WE=40314221;WS=40314203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,106:0.53:201
chr17	40314498	rs61160591	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=-0.512;SC=CCTGGTTCTGAGGCCCCTGTG;SOR=0.668;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=13;WE=40314506;WS=40314488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr17	40318296	rs28459794	A	G	1389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.412;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr17	40322252	rs939881	T	C	3616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.098;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=64;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.905;SC=CGCTGCGCCGTGATGGGCCGC;SOR=0.875;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=173;TCF=75;TCR=98;TR=109;WE=40322260;WS=40322242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,180:0.58:310
chr17	40359505	rs66538430	GCA	G	1606.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.000;QD=27.23;ReadPosRankSum=-0.111;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,56:0.95:59
chr17	40363936	.	G	C	2305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=33;PP=1182;ReadPosRankSum=0.202;SC=CCAGGGCAGGGAGACTCCTGA;SOR=0.735;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=58;TCR=44;TR=76;WE=40363944;WS=40363926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,105:0.70:150
chr17	40447558	rs2293158	T	C	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=34;PP=1936;SC=TTGGGGTCTGTAGTATTGGTG;SOR=1.100;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=63;TCR=35;TR=97;WE=40447566;WS=40447548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr17	40451643	rs8072785	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr17	40452675	rs2293157	C	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-1.617;NF=12;NR=5;PP=196;ReadPosRankSum=1.086;SC=TGTCTTGGGGCCTGGCGTCTG;SOR=0.732;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=17;WE=40452683;WS=40452665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr17	40461440	.	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.712;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr17	40462796	.	TTG	T	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=3.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.44;ReadPosRankSum=-1.510;SOR=0.210;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,8:0.15:52
chr17	40476667	rs17881940	C	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=0;PP=470;ReadPosRankSum=-1.253;SC=AATGAACAGCCCTATGGGCCG;SOR=2.777;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=32;WE=40476675;WS=40476657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr17	40481529	rs2293152	G	C	5393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=50;PP=1999;SC=AGCCCTCTCCGGCAGCCAGAG;SOR=0.913;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=68;TCR=50;TR=118;WE=40481537;WS=40481519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	40491273	rs61308380	C	CA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=1.555;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.709;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.285;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr17	40497828	rs12601611	C	T	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=38.58;ReadPosRankSum=0.842;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr17	40500265	rs2306581	C	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5341;FS=4.771;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=97;ReadPosRankSum=-0.431;SC=AAAGGGTGCCCCTTTATCTCC;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=6;WE=40500273;WS=40500255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr17	40619937	rs4796668	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=0;PP=200;SC=ACTTTTTGTAACCAGGTCTTA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=40619945;WS=40619928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	40639422	rs8069972	G	A	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=337;ReadPosRankSum=0.840;SC=CTCGTGGCCCGGAAGAGAGGT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=18;WE=40639430;WS=40639412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
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chr17	40696233	rs86312	C	G	5440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=72;PP=2435;SC=ATATTACCCCCGCTGGGTGGC;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=59;TCR=73;TR=129;WE=40696241;WS=40696223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
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chr17	40699475	rs67843205	G	GC	1009.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=808;SC=CAGGGACCGGGCCCGGAGCTC;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=21;WE=40699483;WS=40699465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	40700448	rs2854973	C	G	5153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=79;PP=2589;SC=GCGCGCAGCCCGGGCCAGAGC;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=43;TCR=79;TR=122;WE=40700456;WS=40700438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	40705100	rs597255	C	T	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.229;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.599;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.367;NF=26;NR=13;PP=462;ReadPosRankSum=-1.400;SC=CCTTGGAGGCCAGAAGGGAAG;SOR=0.633;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=135;TCF=87;TCR=48;TR=39;WE=40705108;WS=40705090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,57:0.32:180
chr17	40706906	rs605059	G	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=0.592;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,29:0.24:120
chr17	40714804	rs615942	C	A	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.087;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=25;PP=1251;ReadPosRankSum=1.028;SC=CAGCCCCAGTCCAGCCCCGTG;SOR=0.928;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=211;TCF=142;TCR=69;TR=84;WE=40714812;WS=40714794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,108:0.35:306
chr17	40716235	rs668799	C	T	1158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=2.582;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.74;ReadPosRankSum=1.647;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:135,67:0.33:202
chr17	40716520	rs598126	A	G	2220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.390;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=34;PP=1007;ReadPosRankSum=1.358;SC=TCAGACATACAGAGAATGAAG;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=201;TCF=113;TCR=88;TR=79;WE=40716528;WS=40716510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,124:0.41:304
chr17	40720605	rs646174	G	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=542;ReadPosRankSum=0.596;SC=CCCCGACCTCGGGGGGCTCAG;SOR=0.726;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=116;TCF=48;TCR=68;TR=38;WE=40720613;WS=40720581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,62:0.35:179
chr17	40720632	rs646123	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=489;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CATAATTGTAGTACCTTTCCT;SOR=0.642;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=102;TCF=40;TCR=62;TR=36;WE=40720640;WS=40720622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,47:0.35:134
chr17	40721042	rs650558	C	T	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=196;ReadPosRankSum=-1.019;SC=CCCACTCAGACAGTCCCAGGC;SOR=0.749;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=14;WE=40721050;WS=40721032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr17	40721360	rs632758	C	A	1479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.551;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=34;PP=931;ReadPosRankSum=-0.505;SC=TGGAGCCAAGCGGGGCTGTGA;SOR=0.801;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=185;TCF=88;TCR=97;TR=62;WE=40721368;WS=40721350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,85:0.30:287
chr17	40722029	rs665268	A	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=333;ReadPosRankSum=-0.332;SC=AAGGCACACCAGGACAACCCC;SOR=0.828;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=80;TCF=53;TCR=27;TR=26;WE=40722037;WS=40722019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,49:0.34:144
chr17	40723391	rs2010750	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.991;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=473;ReadPosRankSum=-0.487;SC=GTGATCCACCCGCCTTGGCCT;SOR=0.336;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=30;WE=40723399;WS=40723381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr17	40725656	rs2292752	G	C	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=631;ReadPosRankSum=0.627;SC=AACCACATCCGCCTGGGGTCA;SOR=0.615;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=43;WE=40725664;WS=40725646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,46:0.39:117
chr17	40735469	rs1517002	T	G	720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.56;ReadPosRankSum=0.890;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,48:0.30:158
chr17	40735641	rs10454087	C	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=312;ReadPosRankSum=0.183;SC=CTTCTCCCAGCGTAAAATCCC;SOR=0.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=27;WE=40735649;WS=40735631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,35:0.31:114
chr17	40737043	rs9889580	G	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=196;ReadPosRankSum=-0.378;SC=AACTACCCCCGACTTCCACTT;SOR=0.656;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=17;WE=40737051;WS=40737033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,20:0.27:73
chr17	40737117	rs4792992	G	A	3495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.929;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=44;PP=1530;ReadPosRankSum=0.140;SC=TTGCGTAAGTGGAAAGAATGA;SOR=0.530;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=94;WE=40737125;WS=40737107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,164:0.65:251
chr17	40744320	rs4793253	A	G	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=19;PP=400;ReadPosRankSum=1.898;SC=CTAGTTATACACCTAGGGTAA;SOR=0.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=22;WE=40744328;WS=40744310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,22:0.55:40
chr17	40766546	rs1045710	C	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQRankSum=-5.493;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.371;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,32:0.20:162
chr17	40811781	rs2292750	C	T	3156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=724;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=69;PP=1755;ReadPosRankSum=1.835;SC=TCGTGTCAGCCTCTGAGACTA;SOR=0.758;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=460;TCF=229;TCR=231;TR=144;WE=40811789;WS=40811771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:513,202:0.28:715
chr17	40811919	rs525911	A	G	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.858;NF=25;NR=45;PP=843;ReadPosRankSum=0.536;SC=TCGTGGAGGAATTCGCCACCG;SOR=0.628;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=230;TCF=84;TCR=146;TR=70;WE=40811927;WS=40811909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,105:0.34:313
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chr17	40817990	rs7225374	G	A	3492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=65;PP=2279;SC=CAGAGCGGGCGACTTTCTTGC;SOR=1.355;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=33;TCR=65;TR=97;WE=40817998;WS=40817980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	40818451	rs1554227	G	A	3210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-0.742;QD=5.15;ReadPosRankSum=1.748;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:431,193:0.31:624
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chr17	40818699	rs1046097	A	G	2256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FS=2.691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.949;QD=4.94;ReadPosRankSum=0.305;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:316,141:0.31:457
chr17	40822308	rs8071056	C	A	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=3;PP=157;SC=AGAAGTCCCGCTGCAGGCTCT;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=40822316;WS=40822298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	40822678	rs2277618	C	T	2928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=52;PP=1339;ReadPosRankSum=2.031;SC=ATAGTCTCCACCCGGAGTCGG;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=84;WE=40822686;WS=40822668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,134:0.69:194
chr17	40826525	rs35595844	AAGG	A	1333.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=24;PP=1104;SC=GGGATTGAGGAAGGAGGAGTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=24;WE=40826535;WS=40826515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	40835819	rs36108420	A	AT	1823.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.279;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=756;ReadPosRankSum=0.234;SC=GCTGACTAACAGTCGGTTTCC;SOR=0.831;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=22;WE=40835827;WS=40835809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,59:0.35:168
chr17	40835922	rs2271029	A	C	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.293;QD=4.09;ReadPosRankSum=0.167;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,68:0.28:245
chr17	40836975	rs9889373	A	G	449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.12;ReadPosRankSum=0.196;SOR=1.272;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,34:0.24:144
chr17	40844018	.	G	A	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.635;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=300;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CAGTGAGCAGGCAGACTGTGG;SOR=0.479;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=23;WE=40844026;WS=40844008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,22:0.36:61
chr17	40848342	rs36083265	AT	A	181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=16;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=82;SC=GACAATAGGCATTTTTTTTTT;SOR=2.147;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=6;WE=40848351;WS=40848332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	40856573	.	G	GA	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=1.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=2.399;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.878;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,22:0.25:88
chr17	40881033	rs373619081	CA	C	141.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr17	40905931	.	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.154;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=0.228;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr17	40912760	rs1078523	A	G	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=43;PP=1222;SC=CCTGAGCTGCATGGCTCAGCT;SOR=2.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=55;WE=40912768;WS=40912750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	40913366	rs9892728	C	T	88.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	40986454	.	GGA	G	396.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=6.888;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.461;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.169;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,23:0.43:53
chr17	41046440	rs324079	T	G	1804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=11;PP=1108;SC=CCCTACCTGCTCAGTTCAAGG;SOR=2.015;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=45;TCR=11;TR=55;WE=41046448;WS=41046430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	41063466	rs2229611	T	C	4090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=105;PP=2965;SC=CTTCGGTGTTTAAAGTCAACA;SOR=3.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=8;TCR=105;TR=113;WE=41063474;WS=41063456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	41103938	rs534720	T	C	5997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=91;PP=2957;SC=GGAGATAAGCTCTGATACTGA;SOR=0.943;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=64;TCR=92;TR=155;WE=41103946;WS=41103928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr17	41113131	rs35166621	CA	C	1123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=5;PP=880;SC=CTAGAGAACCCAAACTACGTC;SOR=2.833;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=41113139;WS=41113121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	41113543	rs2670865	C	G	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=323;SC=CAGTCCTTTTCATTCTAAACA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=41113551;WS=41113533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	41116234	rs690941	G	A	9126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=128;PP=2965;SC=CGGGACAGCAGGAGACCACGG;SOR=0.925;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=224;TCF=96;TCR=128;TR=216;WE=41116242;WS=41116224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr17	41116291	rs11278824	CAGCCCT	C	5750.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=73;PP=2980;SC=GCCCCGACCCCAGCCCTAGCC;SOR=1.703;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=10;TCR=79;TR=81;WE=41116304;WS=41116281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	41116565	rs690971	G	T	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr17	41116723	rs690979	G	A	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=473;SC=CAAGGCACGTGGTTTAGTGAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=41116731;WS=41116713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	41121210	rs113173233	GC	G	780.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.151;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.66;ReadPosRankSum=1.624;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr17	41121217	rs7217553	G	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.17;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	41121263	rs4793187	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=35;PP=1114;SC=AGGAACATTTGTGTTAACAAA;SOR=1.292;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=52;WE=41121271;WS=41121253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	41122443	rs2670866	T	C	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	41132578	rs692074	T	C	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.70;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	41133071	rs1708875	T	C	3286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=32;PP=1356;SC=GGACCGGCCATGGTTGCGGGG;SOR=0.993;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=81;WE=41133079;WS=41133061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	41133242	rs550285	G	A	2841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=45;PP=1354;SC=TGGAGTGCGGGGCCGGCTGAA;SOR=1.106;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=68;WE=41133250;WS=41133232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	41150949	rs2271539	G	A	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=34;PP=1040;SC=TGGGGCAGTAGCCAGTGAGCA;SOR=0.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=41150957;WS=41150939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	41150983	rs691954	T	C	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=29;PP=805;SC=CGTGGGAGAGTTTTTGAGAGA;SOR=1.244;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=41150991;WS=41150973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	41154817	rs11871636	A	C	3969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=43;PP=1313;SC=AGGCTTTGGTAGTGAATGGTG;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=39;TCR=44;TR=82;WE=41154825;WS=41154807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr17	41164126	rs692651	A	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=2;PP=424;SC=AATAGGCCCCACTTCCCCTGG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=41164134;WS=41164116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	41165493	rs588703	A	G	6364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=72;PP=2603;SC=CTCCCCCTAGATGTCCAGCCA;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=72;TCR=72;TR=144;WE=41165501;WS=41165483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	41165734	rs443759	C	T	2677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=42;PP=1321;SC=TGCAAGATTACGGTGCAGGGA;SOR=0.930;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=75;WE=41165742;WS=41165724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	41165878	rs13229	C	T	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=15;PP=477;SC=CGTATGTGAACGGGGAGATCC;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=26;WE=41165886;WS=41165868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	41167957	rs455055	C	A	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=17;PP=1751;SC=ACCACAGAGACCTTCGGGGGA;SOR=1.971;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=85;WE=41167965;WS=41167947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	41170898	rs429464	T	C	2321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.12;NF=20;NR=36;PP=1111;SC=GGTACAAGGCTACCTTCTTCC;SOR=1.153;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=56;WE=41170906;WS=41170888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	41170943	rs55845054	GTAA	G	1292.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=20;PP=1090;SC=AATAGTCATGGTAATAATAAT;SOR=1.765;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=23;WE=41170953;WS=41170933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	41246481	rs1799950	T	C	6598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.177;SC=TGGCAGTTTCTGCTTATTCCA;SOR=0.716;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=302;TCF=150;TCR=152;TR=223;WE=41246489;WS=41246471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,311:0.68:460
chr17	41251931	rs799923	G	A	5973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	41256074	rs368252296	CA	C	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.410;SOR=1.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr17	41262604	.	C	CA	128.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr17	41327684	rs10684756	C	CTG	6473.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=40;PP=2957;SC=TTGTTCATTGCTGTCTCCCAA;SOR=1.438;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=44;TCR=44;TR=78;WE=41327692;WS=41327674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	41332804	rs9904555	T	C	964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=14;PP=431;SC=TATTTTTTGTTCTTTTAGGAG;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=41332812;WS=41332794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	41361881	rs11322550	AT	A	243.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=2.019;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr17	41465867	rs12600401	A	G	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=19.819;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;QD=24.68;ReadPosRankSum=3.837;SOR=0.365;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,158:0.96:164
chr17	41465968	rs377041387	T	C	5476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=15.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=24.203;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=-5.398;QD=16.80;ReadPosRankSum=-10.936;SOR=1.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,133:0.41:326
chr17	41465970	rs371420425	A	G	5220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=18.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-5.262;QD=16.26;ReadPosRankSum=-11.381;SOR=1.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,135:0.42:321
chr17	41465973	.	A	C	5194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.693;ClippingRankSum=0.000;DP=323;ExcessHet=3.0103;FS=19.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-5.316;QD=16.23;ReadPosRankSum=-10.046;SOR=1.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,133:0.42:320
chr17	41465975	rs142037739	T	C	5074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=14.255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-5.344;QD=16.01;ReadPosRankSum=-9.413;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,131:0.41:317
chr17	41465989	rs147059896	A	G	4924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=2.490;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-4.319;QD=15.73;ReadPosRankSum=-4.470;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:181,132:0.42:313
chr17	41465993	rs145825652	T	C	4934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FS=3.850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-4.311;QD=16.18;ReadPosRankSum=-3.402;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,129:0.42:305
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chr17	41466000	.	C	CGAGGGG	5290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.971;ClippingRankSum=0.000;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-4.364;QD=17.23;ReadPosRankSum=-1.413;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,128:0.42:307
chr17	41466002	.	C	CGAG	5570.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=7.588;ClippingRankSum=0.000;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=3.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-4.370;QD=18.26;ReadPosRankSum=-0.797;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,127:0.42:305
chr17	41466003	.	T	G	5210.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=12.897;ClippingRankSum=0.000;DP=307;ExcessHet=3.0103;FS=3.816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-4.370;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.433;SOR=0.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,127:0.42:305
chr17	41466007	.	C	CG	5132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.572;ClippingRankSum=0.000;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=7.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-4.259;QD=16.94;ReadPosRankSum=-0.667;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,130:0.43:303
chr17	41466009	.	GC	G	6866.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.190;ClippingRankSum=0.000;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=12.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-4.179;QD=23.36;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,129:0.44:294
chr17	41466019	.	T	G	6723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.850;ClippingRankSum=0.000;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.849;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.69;MQRankSum=-3.517;QD=20.82;ReadPosRankSum=-2.408;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:154,169:0.52:323
chr17	41466022	rs79526563	G	C	6746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FS=0.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-3.390;QD=20.63;ReadPosRankSum=-2.477;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,177:0.54:327
chr17	41466035	rs79889672	A	C	3632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=1.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-2.925;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,171:0.57:298
chr17	41466049	rs62080661	A	G	6874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=1.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=-1.292;QD=24.91;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,174:0.63:276
chr17	41466055	rs62080662	G	C	6837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=-0.326;QD=25.61;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,174:0.65:267
chr17	41466073	rs4986155	T	C	3606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=2;MGOF=176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.899;NF=36;NR=43;PP=1272;ReadPosRankSum=1.846;SC=GGGGCTGGAGTTCCTCTGCCA;SOR=0.624;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=141;TCF=58;TCR=83;TR=79;WE=41466081;WS=41466063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,159:0.64:247
chr17	41466096	rs62080664	A	G	4345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.577;HP=1;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.788;NF=41;NR=55;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.584;SC=CAGGAGGCTGACACCAGACAC;SOR=0.760;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=96;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,181:0.77:236
chr17	41466108	rs62080665	G	C	3699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.778;NF=41;NR=56;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.497;SC=ACCAGACACCGGGCAGAGGGA;SOR=0.742;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=137;TCF=55;TCR=82;TR=97;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,166:0.77:215
chr17	41466120	rs66825422	GCGGCGCATGGA	G	5107.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.067;NF=5;NR=46;PP=2971;ReadPosRankSum=1.281;SC=GCAGAGGGAGGCGGCGCATGG;SOR=0.762;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=82;TCF=7;TCR=75;TR=51;WE=41466138;WS=41466086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,127:0.73:174
chr17	41477710	rs3179287	A	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=202;SC=ACGGTGACCCAAGCCCCCCCT;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=41477718;WS=41477700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	41522213	rs7207008	T	A	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=39;PP=1159;ReadPosRankSum=-0.614;SC=AACAGCAGGATTGGCTGTAGC;SOR=0.332;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=27;TCR=40;TR=66;WE=41522221;WS=41522203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,104:0.99:105
chr17	41561601	rs140026870	CGGAAGGA	C	10232.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=123;PP=2984;SC=TTGAGGGAAGCGGAAGGAGGA;SOR=1.443;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=151;TCF=5;TCR=146;TR=126;WE=41561615;WS=41561591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	41566783	rs141196624	CTCT	C	2325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.980;NF=4;NR=21;PP=1057;ReadPosRankSum=-0.729;SC=TTGTTCATGTCTCTTCTTTTC;SOR=0.658;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=25;WE=41566793;WS=41566773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,59:0.69:86
chr17	41569933	rs11870101	C	T	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.107;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=417;ReadPosRankSum=-0.374;SC=AACTCTAATTCAGTTCAAAAC;SOR=0.193;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=37;TCF=31;TCR=6;TR=24;WE=41569941;WS=41569923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr17	41622507	rs79868029	A	G	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.209;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.609;NF=25;NR=14;PP=801;ReadPosRankSum=-1.714;SC=AGAATGACCAAAATCCCTTGG;SOR=0.760;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=39;WE=41622515;WS=41622497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr17	41622562	rs34640745	C	CGT	684.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=1.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.000;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.787;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr17	41622740	rs2271959	G	T	1834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=38;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.218;SC=CGATTTCTGCGAGAAGCGGGG;SOR=0.968;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=64;WE=41622748;WS=41622730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,82:0.65:127
chr17	41721202	rs35674347	T	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=221;ReadPosRankSum=-0.311;SC=CATATTAGAATTGGGAAGATT;SOR=2.147;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=41721210;WS=41721192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr17	41738823	rs9898682	G	A	855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=415;ReadPosRankSum=1.813;SC=ATTGCCTTCCGAGTGGGGGTT;SOR=0.668;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=28;WE=41738831;WS=41738813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr17	41846964	rs1230403	T	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=2;PP=163;SC=CGAGCAGAGGTGGTGGGGGTG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=41846972;WS=41846954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	41888623	rs143495166	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=483;ReadPosRankSum=-0.385;SC=CATCACAGCACGCAGGGACAG;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=39;TCF=12;TCR=27;TR=31;WE=41888631;WS=41888613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,36:0.78:46
chr17	41955158	rs231521	A	G	6204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=64;PP=2759;SC=AGTGAGCCAAAGACCAGGTGA;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=84;TCR=64;TR=148;WE=41955166;WS=41955148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	41959808	rs124721	T	C	24523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=932;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=245;NR=238;PP=2965;SC=GCAGGCCTTGTTGAGCCACCA;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=483;TCF=245;TCR=238;TR=483;WE=41959816;WS=41959798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,928:1.00:928
chr17	41960343	rs124719	T	C	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	41960633	rs412849	CG	GC	11597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=57;PP=2947;SC=TGCTCAGCCACGTGCGCCAGG;SOR=0.905;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=79;TCR=60;TR=130;WE=41960642;WS=41960623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	41961451	rs231518	T	C	3910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=46;PP=1783;SC=AGCCACTTTATCCCAAAGTAT;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=86;WE=41961459;WS=41961441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	41987062	rs3744416	A	G	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=240;ReadPosRankSum=0.571;SC=GTATCTCTCTAATAAAGGCCT;SOR=0.573;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=21;WE=41987070;WS=41987052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
chr17	41994794	rs231458	C	T	1689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.226;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=26;PP=689;ReadPosRankSum=-0.770;SC=TCTGAGCCTACGCCGGAAGAC;SOR=0.902;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=82;TCF=39;TCR=43;TR=47;WE=41994802;WS=41994784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,82:0.61:134
chr17	42015695	rs117007812	C	T	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=1.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,22:0.49:45
chr17	42015818	rs1731897	G	A	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.96;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=0.052;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr17	42015831	.	C	CGG	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=2.037;QD=4.23;ReadPosRankSum=-1.407;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
chr17	42018471	rs231473	T	C	6455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=78;PP=2611;ReadPosRankSum=-1.385;SC=CCATTTCAGCTCCAGGGAGCT;SOR=0.656;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=139;TCR=126;TR=166;WE=42018479;WS=42018461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,305:0.64:479
chr17	42030531	rs1058046	G	C	2337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	42030743	rs229969	G	C	6595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=86;NR=61;PP=2383;SC=GCGTCTTCGCGGGGAGCCTCG;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=88;TCR=61;TR=147;WE=42030751;WS=42030733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr17	42031331	rs2070592	C	T	2004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	42035360	rs62080323	G	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.936;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,25:0.57:44
chr17	42083840	rs228770	T	C	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=11;PP=682;SC=TCCGTGGGGGTAGGGGGGCAG;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=33;WE=42083848;WS=42083830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	42084067	rs55708447	T	C	1816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=761;ReadPosRankSum=0.215;SC=CTGAGCTCTTTAGCAACAAGG;SOR=0.662;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=48;WE=42084075;WS=42084057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,87:0.63:138
chr17	42084097	rs228771	C	G	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.001;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=1.161;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr17	42085150	rs228773	T	C	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=60;PP=1655;SC=TGGTAGGTCCTGCCACTCCCA;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=38;TCR=60;TR=98;WE=42085158;WS=42085140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	42085672	rs147086401	AATGAG	A	1060.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.725;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=1054;ReadPosRankSum=2.441;SC=GTGAGGATAAAATGAGATAAC;SOR=2.049;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=21;WE=42085684;WS=42085662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,28:0.52:54
chr17	42085972	rs186636	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.573;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=216;ReadPosRankSum=0.891;SC=GCAGCTGACCCTCACCATGGA;SOR=0.093;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=46;TCF=5;TCR=41;TR=17;WE=42085980;WS=42085962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr17	42090587	rs228778	G	C	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=74;ReadPosRankSum=-0.029;SC=TGGCTTCCCAGAGTGTAGAAC;SOR=0.167;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=7;WE=42090595;WS=42090577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr17	42113807	rs9675211	T	C	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=681;ReadPosRankSum=1.604;SC=TTGCTGTCTATTGGCCTTCCC;SOR=0.350;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=43;WE=42113815;WS=42113797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,55:0.71:78
chr17	42155838	rs9913925	G	A	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=31;PP=1168;ReadPosRankSum=-0.353;SC=CAGGGGTGAGGGCAGAGAGGT;SOR=0.547;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=115;TCF=69;TCR=46;TR=73;WE=42155846;WS=42155828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,105:0.64:164
chr17	42156471	rs376816	A	C	8360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=115;NR=81;PP=2965;SC=GGCCCCTCAGACCTCTGGCCT;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=115;TCR=82;TR=196;WE=42156479;WS=42156461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr17	42157739	rs850856	C	T	14134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=553;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=170;NR=146;PP=2965;SC=GGGGCTCCCACTGACTACCAT;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=316;TCF=170;TCR=146;TR=316;WE=42157747;WS=42157729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,546:1.00:546
chr17	42158310	rs377963	T	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=26;PP=776;SC=ATGGTCAAATTCCACCTGTCA;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=42158318;WS=42158300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	42162694	rs56379369	CT	C	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.285;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,14:0.48:29
chr17	42164885	rs228757	G	C	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.279;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=729;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-1.863;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:515,207:0.29:722
chr17	42170181	rs67111880	TG	T	339.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.27;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	42170289	rs368328	G	A	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.460;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=0.062;SC=GGAAGAGGACGTGGATCTTGG;SOR=1.438;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=7;WE=42170297;WS=42170279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr17	42171206	rs454192	T	C	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=-0.504;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,94:0.28:337
chr17	42188311	rs228767	C	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=132;ReadPosRankSum=1.961;SC=GCAGCCCGCACAGCACAGGTT;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=20;TCF=10;TCR=10;TR=10;WE=42188319;WS=42188301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr17	42225547	rs227584	A	C	5573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=76;PP=2380;ReadPosRankSum=-1.613;SC=GCTCAGAGAGACAGCAAGACC;SOR=0.801;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=215;TCF=97;TCR=118;TR=136;WE=42225555;WS=42225537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,257:0.63:406
chr17	42232442	rs2246287	C	G	1812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.766;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=851;ReadPosRankSum=1.220;SC=GGCTTGAGCTCAGGGAAGGCC;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=52;WE=42232450;WS=42232432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,81:0.71:114
chr17	42239349	rs730228	T	C	3258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=65;PP=1450;ReadPosRankSum=0.804;SC=GCTCTGGGCATGTGTCTGGTC;SOR=0.569;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=158;TCF=58;TCR=100;TR=107;WE=42239357;WS=42239339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,154:0.67:230
chr17	42248346	rs7218599	A	T	5010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	42249717	rs10628218	A	ATG	481.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=365;ReadPosRankSum=0.134;SC=TTGGGGAGAAATGTGTGTGTG;SOR=0.439;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=8;WE=42249725;WS=42249707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,16:0.70:23
chr17	42254011	rs7220138	C	G	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.765;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=-0.537;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,78:0.70:112
chr17	42254281	rs7212573	A	G	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=282;ReadPosRankSum=-0.181;SC=TGCGCTGAACACGGCGTGCGC;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=17;WE=42254289;WS=42254271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr17	42254417	rs7212854	A	G	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.048;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=321;ReadPosRankSum=1.308;SC=GCTTGTGCCAACGGCTGCGGG;SOR=1.309;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=16;WE=42254425;WS=42254407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,20:0.56:36
chr17	42254527	rs7217858	T	G	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=466;ReadPosRankSum=1.307;SC=CGTCCAGGACTCCCCCAACTG;SOR=0.602;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=33;WE=42254535;WS=42254517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,58:0.75:77
chr17	42255097	rs3826412	T	C	5039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=108;PP=2898;ReadPosRankSum=1.034;SC=GAAGGTATGTTTGCCTCAGGG;SOR=0.978;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=247;TCF=94;TCR=153;TR=169;WE=42255105;WS=42255087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,224:0.67:334
chr17	42264962	rs4793082	A	G	4335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=41;PP=2348;SC=CATGGTTAATAACATTAACCT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=115;TCF=74;TCR=41;TR=115;WE=42264970;WS=42264952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	42266218	rs2240226	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,3:0.38:8
chr17	42266224	rs8073555	G	C	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=145;SC=AGGTCTTTAGGTTTAGGTTGG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=42266232;WS=42266214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	42268274	rs757430	C	T	1177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=31;PP=809;SC=TTCTCCTTTACGGCCTCCCCA;SOR=1.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=42268282;WS=42268264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	42273930	.	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.127;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.699;NF=4;NR=12;PP=271;ReadPosRankSum=-0.505;SC=GGCAGATCACGAGGTCAGAAG;SOR=0.586;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=16;WE=42273938;WS=42273920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,20:0.57:35
chr17	42287519	rs2071167	C	T	2807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=38;PP=1422;ReadPosRankSum=-0.605;SC=CTTCGGCTGCCTTCTTAATCC;SOR=0.715;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=76;TCR=51;TR=91;WE=42287527;WS=42287509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,129:0.63:206
chr17	42294198	rs2269908	G	C	1647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.838;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=38;PP=759;ReadPosRankSum=-1.879;SC=CCCATCTGAAGGCACAGACAA;SOR=0.556;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=78;TCF=23;TCR=55;TR=55;WE=42294206;WS=42294188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,77:0.71:108
chr17	42294215	rs2269907	G	A	1093.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.148;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=27;PP=599;ReadPosRankSum=0.102;SC=ACAAGATATGGCTCAGCCCTA;SOR=0.467;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=40;WE=42294223;WS=42294205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr17	42329004	rs13306780	A	C	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=521;ReadPosRankSum=0.405;SC=GAGGCCTGGCACCAGTGGGGG;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=18;TCR=55;TR=33;WE=42329012;WS=42328994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,33:0.42:79
chr17	42337091	rs2857082	C	T	4038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1666;ReadPosRankSum=0.959;SC=TGCTTGTGGTCGGTTTTTCAG;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=183;TCF=100;TCR=83;TR=108;WE=42337099;WS=42337081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,189:0.62:307
chr17	42339949	rs45469892	G	T	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=10;PP=743;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TGCCCCTCCTGTCCCTGTCTA;SOR=1.465;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=68;TCF=49;TCR=19;TR=44;WE=42339957;WS=42339939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,53:0.64:83
chr17	42392077	rs68030960	T	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	42392622	rs708386	T	C	7395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	42398052	rs2011951	A	G	6306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.328;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=57;PP=2401;ReadPosRankSum=1.894;SC=TTCGGCCTGAACCCATTGAGC;SOR=0.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=71;TCR=58;TR=128;WE=42398060;WS=42398042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,240:1.00:241
chr17	42398757	rs2011895	C	A	6580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=65;NR=92;PP=2965;SC=GGGTTTGGGCCGAGGTGGGGA;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=65;TCR=92;TR=157;WE=42398765;WS=42398747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr17	42400329	rs112560326	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=325;ReadPosRankSum=0.594;SC=CTTGCTCTGTCGCCCACCCTG;SOR=0.643;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=16;WE=42400337;WS=42400319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,21:0.68:31
chr17	42400816	rs60776742	C	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=307;ReadPosRankSum=-0.424;SC=CATCCCCACCCGCCCCCACCC;SOR=0.295;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=15;WE=42400824;WS=42400806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
chr17	42475983	rs936019	G	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,31:0.23:135
chr17	42483233	rs2045088	T	A	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr17	42501692	rs1869495	C	A	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=0.549;SC=GTACCTTCTTCTGTTAGCAAG;SOR=1.179;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=10;WE=42501700;WS=42501682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr17	42734746	.	CTT	C	151.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=-0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.349;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.160;SOR=1.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr17	42751607	rs6416902	C	T	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=19;PP=474;SC=GATAAATATACCAAGACATGC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=42751615;WS=42751597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	42786213	rs61749923	G	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.102;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=301;ReadPosRankSum=0.656;SC=AAAGGGTACGGATGCCGGGAA;SOR=0.967;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=71;TCF=19;TCR=52;TR=19;WE=42786221;WS=42786203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr17	42824648	rs9893320	T	C	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=27;PP=1620;SC=GCGATCTCTATGCTGCTATGG;SOR=1.146;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=40;TCR=27;TR=67;WE=42824656;WS=42824638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	42846994	rs8070918	T	C	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.04;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	42847395	rs56266867	G	A	2901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-4.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=45;PP=1130;ReadPosRankSum=0.295;SC=TCAGCCGGGAGGGGACAACCC;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=230;TCF=109;TCR=121;TR=84;WE=42847403;WS=42847385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,184:0.40:456
chr17	42847438	rs55882072	C	G	3066.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=65;PP=1518;ReadPosRankSum=-0.310;SC=TGCAGGGGACCGGGGCCGGGG;SOR=0.780;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=177;TCF=64;TCR=113;TR=99;WE=42847446;WS=42847428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,144:0.58:248
chr17	42850352	rs68017435	T	C	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,64:0.25:251
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chr17	42853427	rs4792955	A	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.696;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,45:0.40:112
chr17	42854053	rs55752145	G	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=0.745;SC=TTCCTCCCTGGGGCAGCCCTC;SOR=0.631;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=7;WE=42854061;WS=42854043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr17	42854610	rs8075210	T	C	908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=360;ReadPosRankSum=-0.437;SC=GCAAGGGATCTGGCTGGGTCC;SOR=0.575;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=31;WE=42854618;WS=42854600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,49:0.43:113
chr17	42855248	rs2070603	T	C	1613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.468;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=24;PP=715;ReadPosRankSum=0.273;SC=GCCTGGAGCCTGGGATGGCGG;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=212;TCF=134;TCR=78;TR=64;WE=42855256;WS=42855238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,90:0.31:288
chr17	42855472	rs2070604	T	C	8364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.848;SC=CTGTCTGTCCTGCTCTCTATG;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=211;TCF=91;TCR=120;TR=207;WE=42855480;WS=42855462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,328:0.99:330
chr17	42855554	rs2070605	T	C	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.251;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=487;ReadPosRankSum=-1.357;SC=TTGGCTCCATTGCTGGGGCTG;SOR=0.838;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=116;TCF=43;TCR=73;TR=43;WE=42855562;WS=42855544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,61:0.34:180
chr17	42857430	rs35504352	G	A	4194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=88;PP=1860;ReadPosRankSum=-0.195;SC=ACTCGGGGGCGCCTGGAGGGA;SOR=0.684;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=389;TCF=174;TCR=215;TR=161;WE=42857438;WS=42857420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:426,245:0.37:671
chr17	42857517	rs16970986	C	T	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=54;PP=1190;ReadPosRankSum=-0.915;SC=CAGGGTCTTACCTCTCTGGGA;SOR=0.678;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=201;TCF=58;TCR=143;TR=77;WE=42857525;WS=42857507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,96:0.38:256
chr17	42925559	rs12164	C	T	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=17;PP=943;SC=CACCTGACGACGAAGACTGTG;SOR=1.340;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=51;WE=42925567;WS=42925549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr17	42927628	rs2231647	A	G	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=6;PP=459;SC=GTGAACCCCTAGGACGCCTGA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=42927636;WS=42927618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	42927650	rs2231648	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=235;ReadPosRankSum=1.687;SC=AGCCAGAGGACGGGTGAAGGG;SOR=0.824;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=16;WE=42927658;WS=42927640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,23:0.59:39
chr17	42927721	rs1071682	G	A	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=20;PP=927;SC=ACAATGTACAGCGATTACGTC;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=48;WE=42927729;WS=42927711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	42929970	rs2289673	T	C	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=26;PP=774;SC=TAGTCAAACATAGGCCAAAAG;SOR=1.203;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=14;TCR=26;TR=40;WE=42929978;WS=42929960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	42929985	rs73984100	G	T	999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=24;PP=684;SC=CAAAAGCCAAGAAGCAATCCA;SOR=1.432;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=42929993;WS=42929975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	42932193	rs8067689	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.427;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=172;ReadPosRankSum=0.163;SC=GACATAAATGCTCCCCAGAAA;SOR=0.404;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=14;WE=42932201;WS=42932183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr17	42934372	rs6503405	A	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=3;PP=434;SC=TGGTGGGGGTAGAGGTGGAAG;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=42934380;WS=42934362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	42934694	rs2277615	T	C	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=45;PP=1331;SC=GCTGTCCAAATCATCACCAAA;SOR=1.923;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=57;WE=42934702;WS=42934684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	42937749	rs9903106	C	G	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.778;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,33:0.27:122
chr17	42937963	.	A	ATT	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.370;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr17	42945296	rs2120276	A	G	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=1214;ReadPosRankSum=-1.792;SC=TGAGTGACCCAGGGGAAAAGG;SOR=0.928;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=63;WE=42945304;WS=42945285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,121:0.98:123
chr17	42945867	rs3785890	A	G	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=44;PP=1367;SC=GAGGAAAACGAGGACACTGAG;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=69;WE=42945875;WS=42945857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	42949808	rs11654183	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.24;ReadPosRankSum=0.234;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,27:0.26:105
chr17	42953409	rs2289674	A	G	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.84;ReadPosRankSum=-1.637;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,45:0.47:95
chr17	42957127	rs2289675	G	A	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.384;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=17;PP=263;ReadPosRankSum=-1.236;SC=TTTCCTCCTCGCCATAACCCC;SOR=1.402;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=57;TCF=13;TCR=44;TR=19;WE=42957147;WS=42957117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr17	42957139	rs2289676	C	T	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=41;PP=1236;SC=CATAACCCCCCACAGGGTAAA;SOR=2.604;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=8;TCR=41;TR=49;WE=42957147;WS=42957117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr17	42957855	rs1443463	A	G	4868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=77;NR=47;PP=2245;SC=TTCTGCTCCGAAAAGTGAGAG;SOR=1.050;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=127;TCF=78;TCR=49;TR=124;WE=42957863;WS=42957845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	42960624	rs1561970	G	A	718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=467;ReadPosRankSum=2.050;SC=TAGGGATAAGGAGAGAAAAAG;SOR=0.628;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=40;WE=42960632;WS=42960614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,43:0.31:140
chr17	42961009	rs2289677	C	T	7855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=66;PP=2965;SC=CTGAAAGTTCCGTCTTACCTT;SOR=1.062;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=181;TCF=111;TCR=70;TR=177;WE=42961017;WS=42960999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr17	42978554	rs7222312	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=-0.996;SC=TTATGGTGGATTATAGTAGTT;SOR=0.646;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=10;WE=42978562;WS=42978544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr17	42979026	rs74349463	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=190;ReadPosRankSum=2.058;SC=CCCCGGTAGGTGAGGCCCTGC;SOR=0.304;SbPval=0.15;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=22;WE=42979034;WS=42979016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr17	42979533	rs189631619	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.923;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=0;PP=113;ReadPosRankSum=0.010;SC=AAATCATGGCGTGGATTCCTT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=16;TCR=0;TR=7;WE=42979541;WS=42979523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr17	42979592	rs12451394	G	A	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.537;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=598;ReadPosRankSum=-0.679;SC=AAATGAGGCCGCCAAGGACCA;SOR=0.407;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=47;TCR=12;TR=34;WE=42979600;WS=42979582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,35:0.59:59
chr17	42979670	rs8079610	C	A	1058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=19;PP=476;ReadPosRankSum=-0.044;SC=GGCTCCCCTCCCTGTCACTGT;SOR=0.599;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=164;TCF=101;TCR=63;TR=47;WE=42979678;WS=42979660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,65:0.29:222
chr17	42979917	rs145457535	A	C	2830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.188;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=54;PP=1622;ReadPosRankSum=-0.507;SC=CTGGCTGATCACGTGGGGCCG;SOR=0.461;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=144;TCF=55;TCR=89;TR=94;WE=42979925;WS=42979907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,131:0.63:207
chr17	42980189	rs8079308	G	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=0.042;SC=TGACTGATGCGGCAAGCTACC;SOR=0.425;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=42980197;WS=42980179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr17	42981239	rs35098586	G	GAGT	959.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=636;ReadPosRankSum=2.159;SC=GGGCATGGGGGCTCCAGGCCT;SOR=0.677;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=15;WE=42981247;WS=42981229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr17	42981654	rs3826425	A	G	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.817;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=39;PP=971;ReadPosRankSum=0.816;SC=TTTCCAGGACAAGGGCCAGGA;SOR=0.740;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=249;TCF=125;TCR=124;TR=83;WE=42981662;WS=42981644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,123:0.34:366
chr17	42982288	rs3744473	A	G	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=36;PP=910;ReadPosRankSum=-0.362;SC=TCTCATGGGCACTACCCAGCC;SOR=0.577;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=212;TCF=112;TCR=100;TR=72;WE=42982296;WS=42982278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,87:0.31:277
chr17	42984687	rs11558961	G	C	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=0.152;SC=TCATGAGACGGGGCAGAGGCC;SOR=0.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=67;TCF=38;TCR=29;TR=22;WE=42984695;WS=42984677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,30:0.29:105
chr17	42984842	rs11651396	G	A	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=-1.438;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,27:0.23:115
chr17	42987523	rs9908084	GT	AC	3683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.067;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=30;PP=2052;ReadPosRankSum=-0.315;SC=AGCCGGCGGCGTTCCATTTAC;SOR=0.557;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=225;TCF=141;TCR=84;TR=70;WE=42987532;WS=42987513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,102:0.34:304
chr17	42988092	rs2289679	G	C	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=2.156;SOR=0.363;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr17	42988959	rs2289671	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.147;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr17	42989088	rs2289681	C	T	1165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.704;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=503;ReadPosRankSum=1.573;SC=GCAACTGGCGCCGGTAGTCGT;SOR=0.770;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=35;WE=42989096;WS=42989078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,59:0.53:111
chr17	43003484	rs3169733	T	C	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=546;ReadPosRankSum=1.272;SC=CTGCTGAGAGTGCTCTCCCCA;SOR=0.860;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=156;TCF=64;TCR=92;TR=51;WE=43003492;WS=43003474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:243,87:0.26:330
chr17	43004436	rs61739617	G	A	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,59:0.57:103
chr17	43008905	rs7218001	C	A	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=490;ReadPosRankSum=-1.600;SC=CCAATTCCCACACCCAGGGAG;SOR=0.553;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=62;TCR=36;TR=39;WE=43008913;WS=43008895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,52:0.43:120
chr17	43008970	rs17546822	T	C	3024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,146:0.67:219
chr17	43011908	rs755547	G	A	2388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=42;PP=1003;ReadPosRankSum=-1.297;SC=AGGAAGTCGCGTTGGCATCAG;SOR=0.700;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=250;TCF=126;TCR=124;TR=83;WE=43011916;WS=43011898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,137:0.36:384
chr17	43013692	rs200263126	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=11.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.330;SOR=0.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,43:0.36:118
chr17	43101698	.	TGTGTGTGTGG	T	938.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.48;QD=34.77;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	43107449	rs72255860	TAC	T	5397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.04;MQRankSum=0.828;NF=11;NR=29;PP=1708;ReadPosRankSum=-0.258;SC=CAGGGCATGCTACACACTCAC;SOR=0.676;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=79;TCF=19;TCR=60;TR=40;WE=43107458;WS=43107439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,146:0.60:244
chr17	43107589	rs73311379	C	T	965.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.789;NF=10;NR=19;PP=457;ReadPosRankSum=-0.591;SC=ATTCTGCAAGCGCACACTGAG;SOR=0.459;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=29;WE=43107597;WS=43107579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,45:0.63:71
chr17	43111154	rs10451271	A	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=1.144;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,28:0.62:45
chr17	43111162	rs9303432	A	G	1891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.69;SOR=1.524;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	43131480	rs4793172	A	T	6968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=93;PP=2793;ReadPosRankSum=1.063;SC=ACCCAATAAAAAGGATTCCAT;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=287;TCF=148;TCR=139;TR=193;WE=43131488;WS=43131470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,333:0.62:537
chr17	43131621	.	TA	T	692	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MMLQ=28;MQ=60.14;NF=1;NR=20;PP=692;QD=34.0476190476;SC=CAGTTTTATTTATTTTTTTTT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=3;TCR=71;TR=21;WE=43131630;WS=43131610;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:53,21:0.28:74
chr17	43131622	rs7226225	A	T	709.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=5.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=1.731;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.190;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,45:0.48:94
chr17	43163756	rs6416904	A	G	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=15;PP=1091;SC=GCCTCCCAAAATGTTGGGATT;SOR=1.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=52;WE=43163764;WS=43163746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	43163851	rs6503422	T	C	3370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=1.802;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,154:0.69:223
chr17	43170907	rs2239921	C	T	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=19;PP=1527;SC=GCTGGAAAGACGGTTTGCAGT;SOR=1.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=56;TCR=19;TR=75;WE=43170915;WS=43170897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	43171154	rs1132898	C	T	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=67;PP=1575;ReadPosRankSum=0.399;SC=TGCTTTGGACCTGGGCGATCG;SOR=0.577;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=164;TCF=56;TCR=108;TR=105;WE=43171162;WS=43171144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,138:0.62:224
chr17	43175906	rs2239922	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=138;ReadPosRankSum=-0.341;SC=TACCAAAGCCCGTTGGCACCT;SOR=0.671;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=16;WE=43175914;WS=43175896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,15:0.25:59
chr17	43176622	rs877599	G	A	608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.99;ReadPosRankSum=-0.818;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr17	43176632	rs877598	A	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=4.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.79;ReadPosRankSum=-0.739;SOR=0.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr17	43181287	rs4793167	A	G	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=91;PP=2943;SC=TGCAGGGAAGAGGCAGTGGAG;SOR=1.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=56;TCR=91;TR=147;WE=43181295;WS=43181277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	43182810	rs2239924	T	G	406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=260;ReadPosRankSum=-0.514;SC=GGAGGTCTGATGGACGTGTGA;SOR=0.676;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=18;WE=43182818;WS=43182800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr17	43183028	rs1053733	G	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=307;ReadPosRankSum=0.040;SC=GTGCGATTCTGGATAAAGCCA;SOR=0.707;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=80;TCF=30;TCR=50;TR=27;WE=43183036;WS=43183018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,42:0.35:120
chr17	43191006	rs2285427	T	C	821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.591;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=543;ReadPosRankSum=0.646;SC=GCAGGGGCTCTTAGCGGCCCT;SOR=0.900;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=91;TCF=31;TCR=60;TR=37;WE=43191014;WS=43190996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,43:0.37:116
chr17	43192549	rs35911033	T	TC	7028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=51;PP=2973;SC=GGGTGCAGGGTCGCAGGCGGG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=91;WE=43192557;WS=43192539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	43195663	rs3744758	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=513;ReadPosRankSum=0.513;SC=AGTACCTAACATAGGCCTCGG;SOR=0.791;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=130;TCF=79;TCR=51;TR=45;WE=43195671;WS=43195653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,63:0.31:202
chr17	43195699	rs3744759	G	A	1370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=22;PP=557;ReadPosRankSum=1.307;SC=CGATCTGGGAGTCAGTCAGAT;SOR=0.758;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=173;TCF=100;TCR=73;TR=55;WE=43195707;WS=43195689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,94:0.32:297
chr17	43198166	rs11382448	A	AG	2652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=18;PP=1557;SC=CCCTCAGGACAGGGCCCTGCC;SOR=1.281;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=37;WE=43198174;WS=43198156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	43209727	rs1056619	C	T	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=326;ReadPosRankSum=-1.437;SC=GGGCGGCCACCGGGGGCTCCT;SOR=0.807;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=26;WE=43209735;WS=43209717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr17	43213772	rs2306828	A	C	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=64;PP=2836;SC=GGGACCCATCACCACCTCTGC;SOR=0.706;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=71;TCR=65;TR=134;WE=43213780;WS=43213762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	43226478	rs7216041	C	T	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=5.737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.305;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr17	43227766	rs78243847	T	TTTGG	1359.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=19;PP=958;SC=TCCCCCTGGCTTTGGTTTCGT;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=19;WE=43227774;WS=43227756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	43240081	rs16939893	C	T	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=267;ReadPosRankSum=1.413;SC=CCTGACGTTCCTTCAGGATTT;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=21;WE=43240089;WS=43240071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,34:0.35:96
chr17	43308183	rs58744688	A	C	157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=116;ReadPosRankSum=-0.368;SC=TCAGTGGCCAATGTAGCACCT;SOR=0.252;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=10;WE=43308191;WS=43308173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,10:0.26:39
chr17	43314515	rs35156005	TG	T	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=4.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.743;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr17	43316520	rs1023995	T	C	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=48;PP=1448;SC=TGGGGTCAGGTAGACCTGGGT;SOR=1.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=61;WE=43316528;WS=43316510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	43318778	rs7218169	GC	CG	4125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=27;PP=1862;SC=CCGCCATGGGGCCCTCCAGGC;SOR=0.758;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=21;TCR=29;TR=48;WE=43318787;WS=43318768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
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chr17	43333785	rs76453679	AAGAC	A	2765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.687;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.476;NF=3;NR=28;PP=1561;ReadPosRankSum=0.606;SC=AGTCATCTCTAAGACAGAAGA;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=31;WE=43333796;WS=43333775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,71:0.59:121
chr17	43334649	rs60163605	C	A	2563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.16;ReadPosRankSum=-2.062;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,64:0.65:98
chr17	43334653	rs58314091	T	C	2566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.19;ReadPosRankSum=-2.730;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,65:0.66:98
chr17	43342141	rs1047833	G	C	2770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=972;ReadPosRankSum=1.945;SC=CGTCTTTGGTGACCAAGCTGA;SOR=0.591;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=64;WE=43342149;WS=43342131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,128:0.69:186
chr17	43342306	rs2285674	C	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=90;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CTCAGAGAATCCCACCCGGCT;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=6;WE=43342314;WS=43342296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr17	43344073	rs2074293	G	A	1896.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=35;PP=741;ReadPosRankSum=-3.087;SC=TTGGGTACGGGCTCAGGGCCC;SOR=0.577;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=56;WE=43344081;WS=43344063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,91:0.65:139
chr17	43351039	rs11574826	C	G	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.614;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=324;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CCCACCCTGGCTCGGTTTGGC;SOR=0.804;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=24;WE=43351047;WS=43351029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,55:0.34:161
chr17	43351127	rs2072090	G	C	1576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=2.803;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.822;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,76:0.70:108
chr17	43364293	rs56405343	C	CG	12605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=103;PP=2969;SC=GAGGCAGAGCCGCCGTAGGCC;SOR=0.907;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=167;TCF=59;TCR=108;TR=160;WE=43364301;WS=43364283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr17	43368262	rs7207453	T	C	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=94;ReadPosRankSum=0.962;SC=CTGCCACACATACTCATCCTC;SOR=0.425;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=8;WE=43368270;WS=43368252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr17	43910455	rs17689966	G	A	4722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=78;PP=2762;SC=CCATGCCATCGAGGTGGACGC;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=160;WE=43910463;WS=43910445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	43912294	rs28364026	G	A	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.197;NF=1;NR=13;PP=213;ReadPosRankSum=1.266;SC=CCCTGCAGCCGTGCAGGACTC;SOR=0.920;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=14;WE=43912302;WS=43912284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr17	43923180	rs242944	G	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.96;QD=25.19;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	43923898	rs171443	A	G	1174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.05;QD=29.37;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	43924412	rs242943	T	C	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.66;QD=30.37;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	44159936	rs199769644	A	G	1592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.835;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-4.000;NF=19;NR=33;PP=719;ReadPosRankSum=-1.698;SC=GAAAAATAGCATAAGTGAGCA;SOR=0.469;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=27;TCR=49;TR=52;WE=44159944;WS=44159926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,75:0.72:104
chr17	44248848	rs17662853	G	A	2947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.049;NF=57;NR=57;PP=1717;ReadPosRankSum=0.532;SC=GCTATACAAAGTTGTGTGTTC;SOR=0.772;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=97;TCR=100;TR=114;WE=44248856;WS=44248838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,142:0.60:235
chr17	44321273	rs370516109	A	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=8.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.80;MQRankSum=-0.481;QD=20.49;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,18:0.75:24
chr17	44363616	rs71375340	A	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.44;MQRankSum=0.389;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr17	44363740	.	C	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.830;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.12;MQRankSum=0.510;QD=15.49;ReadPosRankSum=-1.770;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr17	44408406	.	A	G	42.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	44408458	rs199683082	C	G	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	44788253	rs78850923	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=303;SC=AGCATGTACGGATTATAACTC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=44788261;WS=44788243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	44827301	rs78354852	T	C	2893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.788;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=52;PP=1051;ReadPosRankSum=2.942;SC=GATTGCACACTGTTTATAAGA;SOR=1.022;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=122;TCF=49;TCR=73;TR=81;WE=44827309;WS=44827291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,141:0.73:194
chr17	44833088	rs71138549	AT	A	230.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,29:0.53:55
chr17	44950122	rs4968281	T	C	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=8;PP=321;SC=GAGGGCAGGATGGGCCTGCTC;SOR=1.179;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=21;WE=44950130;WS=44950112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	44950225	rs79877551	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5027;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=140;ReadPosRankSum=-0.539;SC=CCTTTCCTTTTTCCTGGCTCC;SOR=0.892;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=9;WE=44950233;WS=44950215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr17	45000547	rs183199	G	C	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.95;NF=60;NR=43;PP=1768;SC=CGTGGCCTGCGGGGCCGGCGA;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=103;WE=45000555;WS=45000537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
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chr17	45044147	rs11079745	C	A	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=52;PP=1491;SC=ACCTGCCTTGCAAGAATTATT;SOR=1.635;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=72;WE=45044155;WS=45044137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
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chr17	45214604	rs75661039	AT	TC	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-11.942;QD=5.01;ReadPosRankSum=-4.723;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,29:0.20:146
chr17	45214685	rs11570543	T	C	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.317;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.056;NF=5;NR=14;PP=434;ReadPosRankSum=-1.434;SC=CAATATCATGTTCCCGTTGCA;SOR=0.394;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=19;WE=45214693;WS=45214675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,30:0.67:45
chr17	45234406	rs112848754	CA	C	385.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.24;MQRankSum=-5.978;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,13:0.25:52
chr17	45234417	rs193061947	A	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.41;MQRankSum=-5.441;QD=8.31;ReadPosRankSum=-1.800;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr17	45234420	rs78493795	T	G	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=-5.303;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.804;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr17	45234760	rs11372544	C	CA	595.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.686;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.178;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,41:0.76:54
chr17	45266432	rs11079761	C	G	1686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=798;ReadPosRankSum=1.354;SC=CTAGGCCGCACCAGGCCGCGG;SOR=0.613;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=53;TCR=33;TR=53;WE=45266440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,79:0.62:128
chr17	45291103	rs11327482	TG	T	1858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.120;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.900;NF=21;NR=22;PP=1155;ReadPosRankSum=1.535;SC=TACTTCCCTTTGGGGGGCCTT;SOR=1.107;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=78;TCF=34;TCR=44;TR=43;WE=45291111;WS=45291093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,79:0.56:141
chr17	45300218	rs4968309	C	T	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=2.369;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5952;FS=4.260;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=0.090;SC=CTGCCCTCCACCCACCTTCTC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=45300226;WS=45300208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr17	45331502	rs115526188	C	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=-1.248;SC=CTGAGAGGTGCCTGGTGCCTG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=4;WE=45331510;WS=45331492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr17	45360730	rs5918	T	C	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=1.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.158;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,128:0.28:451
chr17	45367244	rs17218711	G	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.480;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=-0.152;SC=TCAGGAAAGAGTCTCCCCTAA;SOR=0.365;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=14;WE=45367252;WS=45367234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr17	45368337	rs15908	A	C	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.495;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=654;ReadPosRankSum=-0.295;SC=GTTCTAAAGTAGAGCTGGAAG;SOR=0.626;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=57;WE=45368345;WS=45368327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,90:0.39:229
chr17	45369777	rs4642	A	G	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.133;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=1990;ReadPosRankSum=1.664;SC=AGCAGGACGAATGCAGCCCCC;SOR=1.006;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=172;TCF=102;TCR=70;TR=59;WE=45369797;WS=45369767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,69:0.29:237
chr17	45369789	rs4634	G	A	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.891;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=24;PP=1990;ReadPosRankSum=0.364;SC=GCAGCCCCCGGGAGGGTCAGC;SOR=0.954;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=179;TCF=102;TCR=77;TR=62;WE=45369797;WS=45369767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,76:0.30:250
chr17	45380002	rs3760372	T	C	944.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=502;ReadPosRankSum=0.683;SC=CATACTTCCCTGGAAGTCCTG;SOR=0.874;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=32;WE=45380010;WS=45379992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,41:0.73:56
chr17	45385012	rs3809863	C	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=617;ReadPosRankSum=-0.236;SC=CAGTAAGAGACGGGGCTGGGC;SOR=0.796;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=41;WE=45385020;WS=45385002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,65:0.66:99
chr17	45422628	rs7214410	A	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.733;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr17	45425115	rs7206971	G	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5091;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=211;ReadPosRankSum=-1.132;SC=AGAGTGGGGGGAATAAGGATA;SOR=1.042;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=15;WE=45425123;WS=45425105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr17	45425144	rs3851808	C	T	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr17	45438886	rs10538163	CAGTG	C	2341.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=1455;ReadPosRankSum=-0.136;SC=CCTATATTGACAGTGAGTTAT;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=29;WE=45438897;WS=45438876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,58:0.75:77
chr17	45438952	rs6504872	C	T	543.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=386;ReadPosRankSum=0.464;SC=CATTTTTTTCCGGATATCAAT;SOR=1.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=25;WE=45438960;WS=45438942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,24:0.89:27
chr17	45451894	rs4968318	G	A	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=332;ReadPosRankSum=-0.525;SC=GTTATCAAGTGTAGCAGGATG;SOR=0.824;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=20;WE=45451902;WS=45451884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr17	45479446	rs12452315	A	C	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=500;ReadPosRankSum=1.005;SC=GCTTTATTGGATCTGACTTTT;SOR=0.647;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=32;WE=45479454;WS=45479436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,55:0.77:71
chr17	45479706	rs11079774	C	G	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=170;ReadPosRankSum=-0.334;SC=GCAGATGAAACTTGGTTTTGA;SOR=1.148;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=45479714;WS=45479696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr17	45479733	rs12452796	A	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=37;ReadPosRankSum=0.842;SC=ATTGGCTGGCATATAGGAACT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=3;WE=45479741;WS=45479723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr17	45567593	rs142960189	ATC	A	9538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.352;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.351;NF=23;NR=80;PP=2972;ReadPosRankSum=-1.172;SC=TCTCTCTATCATCTCTCCTTT;SOR=0.742;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=33;TCR=119;TR=103;WE=45567602;WS=45567583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,249:0.67:372
chr17	45569815	rs2610367	A	G	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-5.038;NF=45;NR=45;PP=1297;ReadPosRankSum=-0.738;SC=TTGAGGTATGAGGGCTGCCAT;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=90;WE=45569823;WS=45569805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,126:0.64:198
chr17	45600306	rs201678252	AT	A	1161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-6.607;NF=15;NR=17;PP=923;ReadPosRankSum=-0.940;SC=TCCAACTGTCATTTCAACAGC;SOR=0.733;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=115;TCF=58;TCR=57;TR=32;WE=45600314;WS=45600296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,49:0.27:181
chr17	45623409	.	G	GGTGT	610.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.478;ClippingRankSum=0.000;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.65;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr17	45623439	.	T	TGTGTGAGAGA	190.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.624;NF=6;NR=39;PP=846;ReadPosRankSum=1.337;SC=TGTGTGTGTGTGAGAGAGAGA;SOR=0.395;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=7;TCR=53;TR=45;WE=45623449;WS=45623429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr17	45646981	rs367947091	CT	C	120.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=1.158;QD=2.41;ReadPosRankSum=-0.840;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,18:0.36:50
chr17	45663680	rs372546318	GTA	G,GTATA	194.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.379;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.924;NF=10;NR=37;PP=747;ReadPosRankSum=-2.545;SC=TGATGCAAGAGTATATATATA;SOR=1.122;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=83;TCF=19;TCR=64;TR=47;WE=45663691;WS=45663670;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.16:119
chr17	45663700	.	A	ATATC	685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=2.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQRankSum=-9.577;QD=5.01;ReadPosRankSum=2.684;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,26:0.19:137
chr17	45664573	rs368843753	CT	C	406.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQRankSum=-3.631;QD=1.89;ReadPosRankSum=0.164;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,65:0.30:215
chr17	45669428	rs59875832	T	TA	1115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FS=2.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.80;MQRankSum=-11.273;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,106:0.40:263
chr17	45669444	rs111230318	A	G	40.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=47.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.98;MQRankSum=-9.152;QD=0.18;ReadPosRankSum=-7.237;SOR=5.614;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:204,24:0.11:228
chr17	45669524	rs3865314	A	C	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.954;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.989;NF=0;NR=15;PP=185;ReadPosRankSum=0.617;SC=GTTCCCAAATAGTTTCTGGCT;SOR=2.704;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=15;WE=45669532;WS=45669514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,15:0.30:50
chr17	45695832	rs3760370	C	T	2100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.324;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=33;PP=920;ReadPosRankSum=-2.032;SC=CAGTAAGTTACGGTGAAAACT;SOR=0.686;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=210;TCF=106;TCR=104;TR=69;WE=45695840;WS=45695822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,120:0.34:351
chr17	45695914	rs3760371	T	C	1112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.479;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=21;PP=537;ReadPosRankSum=1.179;SC=TTGAGCTGCCTTAACCCTAAC;SOR=0.307;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=120;TCF=47;TCR=73;TR=42;WE=45695922;WS=45695904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,62:0.38:164
chr17	45700384	rs3065062	C	CCTA	625.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.203;NF=1;NR=10;PP=434;ReadPosRankSum=0.267;SC=AACAGTATATCCTAATAAGCC;SOR=0.384;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=11;WE=45700392;WS=45700374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr17	45734209	rs68149542	CTTT	C	1456.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=245;ReadPosRankSum=0.711;SC=TATCTTTTGTCTTTTTTTTTG;SOR=0.768;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=16;WE=45734220;WS=45734199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,42:0.42:100
chr17	45742233	rs56226803	T	A	355.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=252;ReadPosRankSum=-0.345;SC=TGGACCTATATTATATGGCCT;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=45742241;WS=45742223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr17	45750596	rs3809868	G	A	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.363;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=469;ReadPosRankSum=0.410;SC=ACCTAGGTCTGTTTTCCAGAC;SOR=1.219;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=81;TCF=18;TCR=63;TR=32;WE=45750604;WS=45750586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,36:0.34:105
chr17	45754569	rs11301979	AC	A	2749.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=37;PP=1600;SC=TTAAATATCGACCAGGCTGGG;SOR=1.194;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=40;TCF=3;TCR=37;TR=40;WE=45754577;WS=45754559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	45755810	rs4239162	G	A	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=268;ReadPosRankSum=-1.080;SC=CCCTTCGTCCGCTCGCCAATG;SOR=1.230;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=19;WE=45755818;WS=45755800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr17	45757598	rs7210738	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.823;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.518;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,31:0.31:101
chr17	45774072	rs8078309	T	C	6546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=82;PP=2240;ReadPosRankSum=-0.372;SC=CCACCCCACCTGCAGTACCCA;SOR=0.615;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=248;TCF=128;TCR=120;TR=165;WE=45774080;WS=45774062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,307:0.66:463
chr17	45786452	rs4794057	C	T	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr17	45810919	rs2240017	C	G	524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr17	45811210	rs2074190	A	G	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.823;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=682;ReadPosRankSum=-2.203;SC=TACCCGCGGGACTGGAGGTGT;SOR=1.170;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=151;TCF=97;TCR=54;TR=45;WE=45811218;WS=45811200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,79:0.33:240
chr17	45822092	rs11650354	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=324;ReadPosRankSum=1.041;SC=GACCCGTTTTCTTGCCTTCTA;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=24;WE=45822100;WS=45822082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr17	45885687	rs9907142	A	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=11;PP=635;SC=CCATGTTCCCATAGCCTGGCT;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=45885695;WS=45885677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	45885756	rs9911983	C	T	3584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=28;PP=1682;SC=CGCTGCTATCCGTCTGCCGCC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=83;WE=45885764;WS=45885746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr17	45887951	rs2074189	G	T	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=14;PP=1225;SC=GAGAGTCTAAGAATCCCACCT;SOR=1.819;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=46;TCR=14;TR=60;WE=45887959;WS=45887941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	45890707	rs2301690	C	T	5385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=57;PP=2115;SC=GGTTGAAGGGCTTGCAGCCGG;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=113;WE=45890715;WS=45890697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	45890898	rs55928544	A	G	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=21;PP=1296;SC=GGGAGAAAAGATCCCAGGGAG;SOR=1.150;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=57;WE=45890906;WS=45890888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	45892545	rs55998645	T	C	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=10;PP=587;SC=AGGTCCCCCCTACCCCGCCTC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=45892553;WS=45892535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	45892821	rs17700604	G	A	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=463;SC=AGGCATAACCGGGCACTTTTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=45892829;WS=45892811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	45893862	rs17773860	G	A	2256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=20;PP=927;SC=CAGGGAGTGGGGCAGACCATC;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=25;TCR=20;TR=45;WE=45893870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	45894735	rs9914156	A	G	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=46;PP=1489;SC=TCTGCGGGGAAAAAGAACAAG;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=75;WE=45894743;WS=45894725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr17	45896053	rs62076126	G	A	1946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=37;PP=994;SC=AGAAGTCAGGGCTCTGGTCCC;SOR=1.288;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=55;WE=45896061;WS=45896043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	45896478	rs878171	T	C	3202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=31;PP=1058;SC=GGGGGTGAAGTGTTGGTAGAG;SOR=0.725;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=45896486;WS=45896468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	45896637	rs8077844	A	G	416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=14;PP=348;SC=CATGTGCAGAACGCTCCCCTA;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=45896645;WS=45896627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	45897531	rs1985407	C	A	14263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=159;NR=162;PP=2965;SC=TGTCTGGTTCCAGCTTGGCCC;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=324;TCF=161;TCR=163;TR=321;WE=45897539;WS=45897521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,550:1.00:550
chr17	45904420	rs11538868	C	T	5224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=45;PP=2497;SC=TTGGGGAAGACCTTCATCAGG;SOR=1.139;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=126;TCF=80;TCR=46;TR=125;WE=45904428;WS=45904410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	45905779	rs17774166	G	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=4;PP=297;SC=GACAATGGCTGAGTGTCCTAC;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=45905787;WS=45905769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	45905850	rs4793671	C	T	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=11;PP=613;SC=GTGACATGTACCCAAATTCCT;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=45905858;WS=45905840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	45912696	rs17701113	C	T	3283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=41;PP=1370;SC=GCTTGGTTTCCCCACTTCGGT;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=74;WE=45912704;WS=45912686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	45915468	rs878295	T	G	1990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=33;PP=1432;SC=AGAAAGGAGATACCCCCCGAC;SOR=0.781;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=31;TCR=34;TR=64;WE=45915476;WS=45915458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	45915788	rs7350974	T	C	8288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=88;PP=2965;SC=GCCACCCCCATCCCGAAGATG;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=91;TCR=88;TR=178;WE=45915796;WS=45915778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr17	45917147	rs1004770	C	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=29;PP=813;SC=TGGCACTGATCGTATCAAATG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=45917155;WS=45917137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	46048157	rs2525084	A	G	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.71;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	46048165	rs2597168	T	C	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	46048168	rs2255697	C	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=53.83;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	46048592	rs2905846	A	G	4284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=51;PP=1974;SC=CTCCCTCCGGAAGCGGCTCAA;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=100;WE=46048600;WS=46048582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr17	46048858	rs2525085	C	G	4996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=78;PP=2427;SC=GAGCTCTGACCCCTGAAAGCC;SOR=1.131;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=42;TCR=78;TR=120;WE=46048866;WS=46048848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	46048920	rs72823513	A	G	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=45;PP=1367;SC=CTGTGGCCAGACCTGCTTCCC;SOR=2.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=14;TCR=45;TR=59;WE=46048928;WS=46048910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	46051911	rs886444	G	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=28;PP=804;SC=TCTGTGAGTGGGAAGAGACTG;SOR=1.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=38;WE=46051919;WS=46051901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	46052793	rs2597172	A	G	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=33;PP=1281;SC=GCCTGGTTGCACCCCCTTTGG;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=46052801;WS=46052783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	46054264	rs2525087	C	A	2709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=31;PP=928;SC=GTGTCTGTAACGGCATCACTT;SOR=0.967;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=49;WE=46054272;WS=46054254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	46055106	rs2597173	C	T	4893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=47;PP=2291;SC=GAATGTGCAGCCATTGACCTC;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=85;TCR=47;TR=132;WE=46055114;WS=46055096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	46055347	rs2875746	A	G	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	46103760	rs12051	A	G	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	46106634	rs9898218	G	T	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=324;SC=CCTCTCCGAAGGCATCCTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=46106642;WS=46106624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	46109371	rs72823530	G	A	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=15;PP=1626;SC=CGCTAGTAAGGGGAAGGGCTA;SOR=2.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=57;TCR=15;TR=72;WE=46109379;WS=46109361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	46114692	rs41280120	C	G	2010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=37;PP=1086;SC=GGCCCTGGCCCGGGTAGACTC;SOR=1.349;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=55;WE=46114700;WS=46114682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	46115072	rs199699704	C	CG	3231.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.97;SOR=1.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	46115084	rs201261614	T	TGG	2972.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	46115122	.	A	AG	1120.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=1208;SC=GGACGTGGCCAGCCTCGGGCC;SOR=1.839;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=46115130;WS=46115112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	46132212	rs373501023	T	TG	544.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=32.04;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	46132424	rs72823599	C	G	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=21;PP=1156;SC=GGGGGCCATGCCAAAGGCAGC;SOR=1.124;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=37;TCR=21;TR=57;WE=46132432;WS=46132414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	46190106	.	T	TC	742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.565;HP=15;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.246;NF=2;NR=9;PP=430;ReadPosRankSum=-1.461;SC=TTTTTTTTTTTTTTGAGATGG;SOR=0.746;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=11;WE=46190114;WS=46190096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chr17	46190819	rs8080662	G	A	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	46190928	rs12601675	T	C	261.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr17	46190928	.	TG	CA	330	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MMLQ=23;MQ=56.41;NF=2;NR=14;PP=330;QD=23.9667421789;SC=TTTTTTTTGATGTAGGGTCTT;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=16;WE=46190937;WS=46190918;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr17	46190929	rs12602948	G	A	1046.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=36.09;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	46195926	rs8071267	C	T	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=12;PP=1236;SC=GGCGACAGAGCGAGACTCCAT;SOR=1.355;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=58;WE=46195949;WS=46195916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	46195939	.	CA	C	149.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=1.003;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,24:0.34:71
chr17	46198876	rs3744346	G	C	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=19;PP=417;SC=AGTGAGCTCTGGGTTCTGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=46198884;WS=46198866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	46239985	rs208005	A	G	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=36;PP=1188;SC=TTTCCGAGGTACCCATGTTTT;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=46239993;WS=46239975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	46262171	rs2278868	C	T	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=35;PP=1059;SC=ATCCGTACACCGTAGCCCTTA;SOR=1.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=46262179;WS=46262161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	46265433	rs2305433	G	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=649;SC=CACTCCCACAGGTTATCCCAT;SOR=3.026;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=46265441;WS=46265423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	46607021	rs7226137	T	C	6008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=78;PP=2965;SC=GACCCGACCTTCCTCTCGCTC;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=85;TCR=78;TR=163;WE=46607029;WS=46607011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr17	46622335	rs111979968	A	AC	203.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=24;PP=819;SC=ATCGGAAGGGACCCCCCTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=26;TCF=1;TCR=25;TR=25;WE=46622356;WS=46622325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	46622373	rs111401880	C	G	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=408;SC=TGTAATGGAGCGATTTTGGGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=46622381;WS=46622363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	46628553	.	A	AG	2704.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=44;PP=1822;SC=GCTGGATCCGAGGGGGAGGGG;SOR=1.557;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=50;TCF=4;TCR=46;TR=47;WE=46628561;WS=46628543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	46629593	rs2229304	G	T	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=38;PP=1715;SC=GCCGACAGGGGCTCGGGGGCC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=39;TCR=38;TR=77;WE=46629601;WS=46629583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr17	46632725	rs72332254	AGG	A	803.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.64;QD=44.65;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	46632731	.	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.40;QD=42.78;SOR=4.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	46651061	rs2288277	T	C	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=6;PP=341;SC=GCAAACCTGCTGAAGCATCCA;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=46651069;WS=46651051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	46669430	rs9299	C	T	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=4;PP=213;SC=AGACCTAAGACCAAACGAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=46669438;WS=46669425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	46670520	rs7406798	T	C	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.54;SOR=1.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	46673539	rs72829881	C	T	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=71;PP=2250;SC=GAGGCGAGTTCCTCGGGAAGG;SOR=1.128;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=113;WE=46673547;WS=46673529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	46688256	rs7406910	T	C	10043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.02;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,386:1.00:386
chr17	46691587	rs112987208	A	AGGCCCCCTGCCC	2160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=4;PP=1542;SC=CCGGCCTGCCAGGCCTTGGGC;SOR=3.417;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=29;WE=46691595;WS=46691577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	46709835	rs718079	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.657;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.53;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
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chr17	46805590	rs8556	G	A	7906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CAGTGGGGCGGCTGGGGTACT;SOR=0.677;Source=Platypus;TCR=166;TR=206;WE=46805598;WS=46805580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,360:0.71:508
chr17	46862675	rs507973	T	A	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=84;ReadPosRankSum=0.940;SC=AGGAAAGCAGTCGATAGTAAA;SOR=0.049;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=9;WE=46862683;WS=46862665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr17	46877063	rs61739953	G	A	4188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FS=0.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.39;ReadPosRankSum=-1.351;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,194:0.67:291
chr17	46881748	rs489005	T	C	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=3.249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.525;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,68:0.29:237
chr17	46923384	rs533842	G	A	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	46926615	rs550510	G	A	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=15;PP=791;SC=CTTTTGTAGGGAGAGGTGGAA;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=23;TCR=15;TR=38;WE=46926623;WS=46926605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	46926772	rs551605	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=382;SC=ACCTTGGAGCATGGAGATCAG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=46926780;WS=46926762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	46934007	rs2546495	A	C	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=62;PP=1758;SC=CTGTGCATTCATTCATTCATT;SOR=2.435;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=79;WE=46934015;WS=46933997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	46941903	rs117327540	C	T	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.36;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr17	46970836	rs684682	A	G	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=33;PP=1020;SC=GCCGCGCCGCAGTGCTCTGTA;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=46970844;WS=46970826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	46972479	rs3080082	ATCTC	A	22638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=136;PP=2977;SC=ATGCCATACTATCTCTCTGCT;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=208;TCF=71;TCR=137;TR=205;WE=46972490;WS=46972469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr17	46973139	rs35074390	TG	T	2381.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=52;PP=1417;SC=TGAGGCTCCATGGGGGGGTCA;SOR=2.524;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=1;TCR=60;TR=53;WE=46973147;WS=46973128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	46985756	rs71144541	AG	A	900.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=8;PP=524;SC=GTGGAAGCGGAGGGGGTGGGG;SOR=1.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=8;TCR=8;TR=15;WE=46985764;WS=46985746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	46993370	rs4378658	G	A	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=8;PP=567;SC=TGGTGTTGCCGGGCCCCAGGG;SOR=1.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=46993378;WS=46993360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	47000110	rs2088139	C	T	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=9;PP=465;SC=ACATGGGCTACAGAGCAAGAC;SOR=1.214;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=23;WE=47000118;WS=47000100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	47000251	rs1058018	C	T	1592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=12;NR=19;PP=524;SC=ACGACTTCTACGAGGTGGCCT;SOR=1.010;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=47000259;WS=47000241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	47010795	rs72523750	CAG	C	3607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=34;PP=1807;SC=AGGATACTGACAGAAAATTTA;SOR=1.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=37;WE=47010804;WS=47010785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	47011897	rs57901004	C	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=8;PP=269;SC=ACCCAGGAGGCGGAGGTTGCA;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=10;TCR=9;TR=17;WE=47011905;WS=47011887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	47013382	rs140139274	G	GTTTGT	1341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=1273;ReadPosRankSum=1.647;SC=CTTATTTTTTGTTTGTTTTTT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=31;WE=47013401;WS=47013372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr17	47013717	rs3215074	AT	A	705.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=23;PP=466;SC=CTAGTTCCTAATTTTTTTTTA;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=24;WE=47013725;WS=47013707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	47014675	rs2132201	C	T	10146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=157;PP=2965;SC=GGTCAGACGGCTCCAGAGGGC;SOR=1.018;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=259;TCF=101;TCR=158;TR=258;WE=47014683;WS=47014665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr17	47014754	rs2132200	T	C	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=68;PP=1985;SC=CTTTGGGACATCGAGCTAGGT;SOR=3.134;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=13;TCR=68;TR=81;WE=47014762;WS=47014744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	47035869	rs4793605	T	C	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=4;PP=481;SC=TTCCTTTTCATTGGGTGGTGC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=47035877;WS=47035859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	47038391	rs6504587	T	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=33;PP=1000;SC=TAGCCTGAGCTTCGCCCAGAG;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=49;WE=47038399;WS=47038381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	47039132	rs2291725	T	C	6524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=66;PP=2021;SC=TTAGCTTGACTGGCCAGCTCC;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=66;TCR=66;TR=131;WE=47039140;WS=47039122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	47044463	rs62078384	C	T	10820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=126;NR=101;PP=2965;SC=ACCTGTCATCCCCTAACCCCT;SOR=0.777;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=126;TCR=103;TR=227;WE=47044471;WS=47044453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr17	47076449	.	AT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.648;ClippingRankSum=0.000;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=2.983;QD=0.23;ReadPosRankSum=-1.130;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,42:0.17:249
chr17	47076463	rs117838533	A	C	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=11.865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-0.899;QD=3.24;ReadPosRankSum=-0.891;SOR=1.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,71:0.29:245
chr17	47076551	rs2411760	G	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=13;PP=682;SC=AGCTCTTTTCGGGGGGGGTGG;SOR=1.609;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=46;TCF=11;TCR=35;TR=21;WE=47076559;WS=47076541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr17	47120776	rs2289636	T	C	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=8.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.379;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,23:0.21:107
chr17	47122525	rs8068981	T	C	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=29;PP=415;ReadPosRankSum=0.046;SC=TCCCGTTAGCTGTCAAGTCCT;SOR=0.802;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=123;TCF=39;TCR=84;TR=40;WE=47122533;WS=47122515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,66:0.35:189
chr17	47210429	rs7207842	A	G	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=35;PP=1309;SC=TCCACGTGGAAGTGGCCTCTC;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=71;WE=47210437;WS=47210419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	47210506	rs7207403	C	A	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=30;PP=900;SC=GGCTTCGGGGCTCTCTGCTTG;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=47210514;WS=47210496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	47237802	rs1523137	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=572;SC=TCTCATCCCAACCAGGACTCT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=47237810;WS=47237792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	47238028	rs8071836	C	T	3911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=49;PP=1503;SC=CTTGGGGCTCCGTGGTGGCAA;SOR=0.861;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=86;WE=47238036;WS=47238018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	47241604	rs8074457	T	C	6668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=106;PP=2965;SC=TTAAAGACAATCACGTGGAGT;SOR=1.134;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=63;TCR=107;TR=167;WE=47241612;WS=47241594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	47243622	rs16970025	G	T	885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=379;ReadPosRankSum=-1.359;SC=ACGTGGTAAGGGACAGTTGCC;SOR=1.005;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=23;WE=47243630;WS=47243612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr17	47245929	rs59809949	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=66;ReadPosRankSum=0.295;SC=GAAGGATAGACAGAGAAATAA;SOR=0.534;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=6;WE=47245937;WS=47245919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr17	47246163	rs7224888	T	C	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.060;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=107;ReadPosRankSum=0.112;SC=CTTCCCCAGCTGCGTGGTGAC;SOR=1.002;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=12;WE=47246171;WS=47246153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
chr17	47246979	rs16946912	A	G	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=1.628;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,29:0.29:99
chr17	47280301	rs4794029	T	C	6276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=56;PP=2257;SC=TGGATTCATGTGATGTCTTCT;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=123;WE=47280309;WS=47280291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	47284621	rs56042984	A	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.869;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=98;ReadPosRankSum=0.036;SC=CAGTCCCACCACCCTTTCTGG;SOR=2.910;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=8;WE=47284629;WS=47284611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	47293848	rs2233368	C	T	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=3.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.89;ReadPosRankSum=-0.031;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,36:0.75:48
chr17	47295008	rs117745330	C	A	619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.635;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,29:0.46:63
chr17	47295356	rs139428883	T	TCTC	762.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.949;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.518;NF=0;NR=20;PP=850;ReadPosRankSum=0.613;SC=GAACCCCAGTTCTGCAAGTTT;SOR=1.545;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=1;TCR=63;TR=20;WE=47295364;WS=47295346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr17	47297297	rs616338	T	C	4016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=27.51;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr17	47329883	.	C	T	1253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.947;ClippingRankSum=0.000;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=699;ReadPosRankSum=0.187;SC=GGTCTCCTCTCCACCCAGTTC;SOR=0.683;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=174;TCF=67;TCR=107;TR=58;WE=47329891;WS=47329873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,82:0.27:306
chr17	47390014	rs2072153	G	C	130.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5267;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=81;ReadPosRankSum=0.366;SC=GCACACAGAAGAACAAGGGAA;SOR=0.223;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=47390022;WS=47390004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr17	47390136	rs11654557	A	G	1544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=601;ReadPosRankSum=0.333;SC=TCTTTTCTGCATATCCATGGA;SOR=0.583;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=61;TCF=38;TCR=23;TR=44;WE=47390144;WS=47390126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,74:0.74:100
chr17	47484286	rs2233666	T	C	1954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.649;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=551;ReadPosRankSum=0.796;SC=GAGGGCTCCATGGCCGCTGGA;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=50;WE=47484294;WS=47484276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,95:0.66:143
chr17	47486905	.	GTT	G	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=-0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.30;ReadPosRankSum=2.260;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr17	47587712	rs2072445	G	T	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.746;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.880;SOR=0.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,41:0.40:103
chr17	47688881	rs140209761	T	TAGAG	561.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.24;MQRankSum=1.276;NF=0;NR=12;PP=555;ReadPosRankSum=2.184;SC=TGCCAGCAGATAGACGACTTT;SOR=0.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=12;WE=47688889;WS=47688871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,16:0.40:40
chr17	47696820	rs7219984	G	A	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.909;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=151;ReadPosRankSum=0.132;SC=AGACTCAAGAGAGGGAGATGT;SOR=3.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=9;WE=47696828;WS=47696810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr17	47700315	rs3815474	G	A	124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.073;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=-0.653;SC=ACCTGATAGAGGCTGGAAATT;SOR=3.312;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=8;WE=47700323;WS=47700305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr17	47779288	.	CA	C	167.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.872;ClippingRankSum=0.000;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.610;QD=1.37;ReadPosRankSum=1.816;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,33:0.27:122
chr17	47780710	rs10595474	GCA	G	1081.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=674;ReadPosRankSum=0.134;SC=CAAAATGTGCGCACACACACA;SOR=1.536;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=20;WE=47780723;WS=47780700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,37:0.90:41
chr17	47781374	.	T	TG	2747.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.796;NF=9;NR=31;PP=1373;ReadPosRankSum=1.163;SC=GCCCTTGGTCTGGGCAACTAA;SOR=0.660;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=40;WE=47781382;WS=47781364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,98:0.62:158
chr17	47783464	rs71146929	C	CT	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=1.258;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
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chr17	47795035	rs35495960	G	A	778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.672;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=19;PP=467;ReadPosRankSum=1.086;SC=TGCCACTCTGGGGAGGAGCTG;SOR=0.769;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=74;TCF=32;TCR=42;TR=35;WE=47795043;WS=47795025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,46:0.34:134
chr17	47801651	rs11079874	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=2;PP=209;SC=CACCCCCCACACAAACCTGTT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=47801659;WS=47801641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr17	47888852	rs4462645	A	G	6106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=63;PP=2465;SC=CAACGGAGAGACAGCTTCGAT;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=128;WE=47888860;WS=47888842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	47903381	rs61749929	C	T	535.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,29:0.41:70
chr17	47923640	.	ATT	A,AT	763.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.427;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.759;QD=11.23;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=1.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,27,29:0.40,0.43:68
chr17	48068720	rs8081044	T	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=4;PP=243;SC=GTCCATGCAATTGTCATCTGG;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=48068728;WS=48068710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	48148413	rs2301628	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr17	48151908	rs4793639	T	C	9849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=100;NR=120;PP=2965;SC=GGTGAGATTGTTCTGCCCACC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=220;TCF=100;TCR=120;TR=220;WE=48151916;WS=48151898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr17	48155771	rs16948648	C	T	2371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=63;PP=1782;SC=CAGGCCTCCACTTTCCCTGGA;SOR=2.625;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=79;TCF=16;TCR=63;TR=78;WE=48155779;WS=48155761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	48157827	.	GGTGTGTGTGTGT	G,GGT	588.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.45;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;NF=1,1;NR=7,7;PP=157,291;SC=TCATAGCATGGGTGTGTGTGT;SOR=3.126;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=8,8;WE=48157846;WS=48157817;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.40,0.60:15
chr17	48165064	rs12951197	T	C	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=17;PP=628;SC=AGGATGGGCCTAAGCAGGCTG;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=48165072;WS=48165054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	48183471	rs11237	G	A	8753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=149;PP=2965;SC=CGGGCGGTGGGGGGGGCGGTG;SOR=1.322;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=217;TCF=67;TCR=150;TR=216;WE=48183479;WS=48183461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr17	48201392	.	G	A	2821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=36;PP=1741;ReadPosRankSum=0.482;SC=GGAGAGATGAGGAGAAGCTGG;SOR=0.671;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=166;TCF=113;TCR=53;TR=106;WE=48201400;WS=48201382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,129:0.62:209
chr17	48202135	.	G	GCGCACA,GCACACA	302.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.45;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.4987,0.5013;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;NF=5,6;NR=2,2;PP=20,123;SC=ACGCGCGCGCGCACACACACA;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7,8;WE=48202143;WS=48202125;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:9
chr17	48212647	rs11317638	GA	G	1075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.86;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	48216972	rs77141149	G	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.165;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=35;PP=499;ReadPosRankSum=-0.293;SC=GGAGACTGTGGGCCCACCCCA;SOR=0.792;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=52;TCR=97;TR=53;WE=48216980;WS=48216962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,74:0.37:200
chr17	48226445	rs112058541	G	GC	1391.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=4;PP=1388;SC=TGGCTGGCGAGCGGGGGCGGC;SOR=3.967;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=31;WE=48226453;WS=48226435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	48227293	rs111354487	G	A	3055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=2.535;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=1.331;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,143:0.68:211
chr17	48227384	.	G	GGC	6433.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=55;PP=2957;SC=GCCGCGCCGCGCTCCTTGTCG;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=60;WE=48227392;WS=48227374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	48227403	.	G	GGC	5272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=47;PP=2443;SC=CGCCGCCTGCGCGCTGGGGCG;SOR=1.168;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=50;WE=48227411;WS=48227393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	48243504	rs9911548	C	T	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	48245180	rs2696297	C	T	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=60;PP=2658;SC=GGATTGGGTGCTCATTCACAG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=132;WE=48245188;WS=48245170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	48247689	rs1801191	C	T	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=41;PP=812;ReadPosRankSum=0.229;SC=TGGCCTATGTCATGTGCTGCC;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=163;TCF=51;TCR=112;TR=59;WE=48247697;WS=48247679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,75:0.31:243
chr17	48249450	rs2696293	C	G	4867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.602;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=76;PP=2363;ReadPosRankSum=-0.498;SC=GAAGTCTCCACTGGGCTGCCC;SOR=0.586;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=191;TCF=88;TCR=103;TR=146;WE=48249458;WS=48249440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,215:0.74:292
chr17	48252804	rs2696288	T	C	4629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.066;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=63;PP=1969;ReadPosRankSum=1.002;SC=ACTGACAGCCTAGCCAGGTAG;SOR=0.501;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=174;TCF=79;TCR=95;TR=125;WE=48252812;WS=48252794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,218:0.69:314
chr17	48253226	rs73987439	A	G	1412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=614;ReadPosRankSum=0.369;SC=TGTGTGGAGTAAGGACATTCA;SOR=0.779;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=45;WE=48253234;WS=48253216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,77:0.35:217
chr17	48258140	rs2586484	T	C	4673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=46;PP=2009;SC=CTCGCATTCTTTCCCACGCGG;SOR=0.926;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=111;WE=48258148;WS=48258130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	48258284	.	G	GA	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=3.401;QD=1.86;ReadPosRankSum=1.175;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,26:0.27:95
chr17	48258321	rs2586485	C	T	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=55;PP=1771;SC=TACTGTATTCCGGTGATAGAA;SOR=0.921;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=91;WE=48258329;WS=48258311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	48262775	rs1061237	A	G	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=4.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.05;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr17	48263903	rs2277632	A	G	2840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.390;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=49;PP=1467;ReadPosRankSum=-0.313;SC=AGTCAGGGAAAGGGAGCAGCC;SOR=0.750;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=142;TCF=67;TCR=75;TR=89;WE=48263911;WS=48263893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,129:0.65:199
chr17	48264717	rs2696245	C	T	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=2;PP=278;SC=GATTCTTCCTCTCTTTGCCCA;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=48264725;WS=48264707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	48265426	rs2586488	A	G	7962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=100;PP=2965;SC=GTAGAGTTCTAAAGGCATGGG;SOR=0.987;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=63;TCR=102;TR=163;WE=48265434;WS=48265416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	48265495	rs1800215	T	C	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=49;PP=1245;SC=ACAGGACCGGTGGGACCAGCA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=71;WE=48265503;WS=48265485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	48266160	rs138425306	CAG	C	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FS=0.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.32;ReadPosRankSum=1.089;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,33:0.11:301
chr17	48266669	rs2586489	G	C	9694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=137;NR=104;PP=2965;SC=AGGTGCCAGAGAGCAGCACAG;SOR=0.914;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=242;TCF=138;TCR=104;TR=241;WE=48266677;WS=48266659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr17	48267291	rs2075559	G	C	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=485;ReadPosRankSum=-0.840;SC=AGAGCACAGAGGCATCAAGCC;SOR=0.933;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=139;TCF=77;TCR=62;TR=42;WE=48267299;WS=48267281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,70:0.31:227
chr17	48267585	rs2075558	A	C	4173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=60;PP=1921;ReadPosRankSum=-1.288;SC=TCCCGTCTCCACCCTTCTCCC;SOR=0.560;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=208;TCF=110;TCR=98;TR=119;WE=48267593;WS=48267575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,191:0.60:319
chr17	48268223	rs2734272	A	G	7465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=91;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.575;SC=CAATGGGGCCAGTCAGACCAC;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=193;TCF=101;TCR=92;TR=190;WE=48268231;WS=48268213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,299:0.99:301
chr17	48268443	rs2075557	G	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-3.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=405;ReadPosRankSum=0.475;SC=AAGGGTGCCTGCCTGGAGACT;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=22;WE=48268451;WS=48268433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr17	48268626	rs2696246	A	G	4239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=38;PP=1918;SC=AAGGGGAAGAAGGGAGGATTA;SOR=0.964;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=57;TCR=39;TR=95;WE=48268634;WS=48268616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	48269302	rs2857396	G	A	10579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=127;NR=123;PP=2965;SC=GGCCAAGTACGACGCACCTTG;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=251;TCF=128;TCR=123;TR=250;WE=48269310;WS=48269292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr17	48269426	rs2586490	C	T	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.331;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=443;ReadPosRankSum=1.070;SC=GAGCAAAACCCACCTGGGGCC;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=49;TCR=91;TR=43;WE=48269434;WS=48269416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,49:0.26:189
chr17	48269903	rs2696247	A	G	4139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=51;PP=2212;ReadPosRankSum=1.355;SC=TAGGTGGGAAATGGGGGAAGA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=206;TCF=127;TCR=79;TR=136;WE=48269911;WS=48269893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,184:0.65:281
chr17	48271433	rs1007086	A	G	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=2.986;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.576;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,59:0.40:148
chr17	48272055	rs2253369	C	T	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=2.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=-1.426;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,91:0.33:274
chr17	48273439	rs2734281	T	C	4635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=51;PP=2537;SC=CATAACCTGCTCCCATTGTCA;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=71;TCR=51;TR=122;WE=48273447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	48273464	rs2141279	T	C	4854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=66;PP=2561;SC=CAAGAGCAGATACTGAGACCC;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=139;WE=48273472;WS=48273454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	48274291	rs2075555	T	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.41;ReadPosRankSum=2.509;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr17	48274309	rs2075554	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=144;ReadPosRankSum=-1.087;SC=GGGGAAGAGGTTGGGACTGGA;SOR=1.385;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=9;WE=48274317;WS=48274299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr17	48276004	rs5820805	G	GC	1809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=29;PP=1414;SC=AGACATTCCTGCAAAGATGCA;SOR=1.519;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=31;WE=48276012;WS=48275994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	48276971	rs2256835	G	C	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.444;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=347;ReadPosRankSum=1.610;SC=GAAGAGACGCGCGTTAGAGCC;SOR=0.926;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=90;TCF=44;TCR=46;TR=25;WE=48276979;WS=48276961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,42:0.29:144
chr17	48277059	rs150854949	AGCCCCAGGCCCCAGGCCCCAG	A,AGCCCCAGGCCCCAG	4025.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=12,12;NR=38,38;PP=2987,2730;SC=CCCCAGCCCCAGCCCCAGGCC;SOR=1.225;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=50,50;WE=48277087;WS=48277049;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.17,0.83:100
chr17	48355785	.	AC	A	917.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.749;ClippingRankSum=0.000;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.578;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.660;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,45:0.29:155
chr17	48356260	rs6504642	G	C	6386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.984;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=110;PP=2962;ReadPosRankSum=1.310;SC=GAGCCAGACAGCCCAGTGGAT;SOR=0.648;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=280;TCF=141;TCR=139;TR=208;WE=48356282;WS=48356250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,286:0.72:399
chr17	48431032	rs739990	G	A	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=270;ReadPosRankSum=-0.455;SC=ACCCTGGCGAGGGTTCCAAGG;SOR=0.552;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=98;TCF=40;TCR=58;TR=28;WE=48431040;WS=48431022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,47:0.26:184
chr17	48431197	rs739989	C	T	378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=211;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CTGCCCCACCCCCGGAAGCCC;SOR=0.495;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=20;WE=48431205;WS=48431187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr17	48432042	rs11430429	G	GA	2571.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=37;PP=2325;SC=AGGTAGCCTAGGAGGGAAACT;SOR=1.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=53;WE=48432050;WS=48432032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	48432324	rs12451299	G	C	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.931;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=21;PP=340;ReadPosRankSum=0.681;SC=AGCCTCCTGAGGATGTACCTG;SOR=0.863;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=111;TCF=52;TCR=59;TR=36;WE=48432332;WS=48432314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,59:0.30:194
chr17	48432681	rs2526538	G	A	304.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=207;ReadPosRankSum=0.555;SC=GCAAGGGGCAGAGGAAGGATG;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=11;WE=48432689;WS=48432678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr17	48433081	rs886568	G	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=522;ReadPosRankSum=-1.182;SC=TGCCAGGCGGGTGAAAGAGCT;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=37;WE=48433089;WS=48433071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,53:0.34:156
chr17	48433958	rs4794136	T	C	3697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=716;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=66;PP=1385;ReadPosRankSum=0.062;SC=TCCACCTGTATGGCAGCTACC;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=421;TCF=202;TCR=219;TR=129;WE=48433974;WS=48433948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:481,226:0.32:707
chr17	48437456	rs6504649	C	G	4418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=53;PP=2188;ReadPosRankSum=-1.277;SC=CAGCGGCACACACAGCTCACA;SOR=0.849;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=181;TCF=102;TCR=79;TR=123;WE=48437464;WS=48437446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,195:0.69:283
chr17	48440467	.	TA	T	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.738;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=3.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-1.597;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,52:0.23:223
chr17	48440522	rs10656180	T	TCCA	11375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=76;PP=2333;SC=CCTGTCCTTCTCCACCATATT;SOR=0.809;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=98;TCF=16;TCR=82;TR=92;WE=48440534;WS=48440512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr17	48445674	rs111380254	CCTGGTCAG	C	1382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.620;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.388;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.905;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr17	48445699	rs2586438	C	T	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.278;NF=17;NR=36;PP=973;ReadPosRankSum=-0.356;SC=AGCTGGTCAGCGAGGTGGTCC;SOR=0.567;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=26;TCR=53;TR=53;WE=48445707;WS=48445689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,69:0.63:110
chr17	48452481	rs17714829	T	C	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=66;ReadPosRankSum=-1.292;SC=AGCCTGGCTATGGAACACAGC;SOR=0.330;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=48452489;WS=48452471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr17	48452776	rs3760413	A	C	6923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=89;NR=66;PP=2965;SC=CTGTCCCAGAAATAGCTGAAA;SOR=0.922;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=89;TCR=66;TR=155;WE=48452784;WS=48452766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr17	48452978	rs3060668	A	AAGC	3788.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.676;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.543;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,109:0.30:367
chr17	48455985	rs2189712	A	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.497;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr17	48456193	rs12450550	T	C	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=2.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.49;ReadPosRankSum=1.002;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,46:0.21:217
chr17	48457567	rs917029	G	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=12;PP=484;SC=GTAACATGGCGCCCACCTCTT;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=48457575;WS=48457557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	48460745	rs3744525	C	G	224.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	48460750	rs3744524	C	T	224.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.97;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	48465636	rs3760412	A	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=223;ReadPosRankSum=-0.581;SC=GTGGTGGCTCACGCCTGTAAC;SOR=0.190;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=15;WE=48465644;WS=48465626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,21:0.43:49
chr17	48469724	rs757509	T	C	886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=8;PP=642;SC=CCAGGGAGTGTATAAGGAGCC;SOR=2.019;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=48469732;WS=48469714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	48472270	rs3760407	C	T	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=22;PP=1398;SC=GAAGGAGTCACGGCTGCATGC;SOR=0.934;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=64;WE=48472278;WS=48472260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr17	48474501	rs72832501	G	A	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=4.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.337;SOR=1.050;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,45:0.25:183
chr17	48560550	.	A	AAAAG	350.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.86;QD=26.98;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	48598785	rs1380657	G	A	1851.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=32;PP=811;ReadPosRankSum=-0.807;SC=TGAAGACACAGCATACTTGTG;SOR=0.830;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=56;WE=48598793;WS=48598775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,87:0.63:139
chr17	48599195	rs9893172	T	C	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=3;PP=423;SC=GGAAGCTGCGTGGGAGTGGAG;SOR=2.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=48599203;WS=48599185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr17	48599450	rs7216625	A	T	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=711;ReadPosRankSum=0.341;SC=AAGGTAAAACAGCCTCCACCA;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=49;WE=48599458;WS=48599440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,70:0.58:121
chr17	48601195	rs79912286	G	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=0.389;SC=AGGGTATCCTGGTGTTCTTCC;SOR=0.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=4;WE=48601203;WS=48601185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr17	48602072	.	C	CGTGT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=0.000;QD=8.78;ReadPosRankSum=-2.051;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr17	48602098	.	T	TGTGTGAGAGA	720.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.41;MQRankSum=1.736;QD=21.84;ReadPosRankSum=0.789;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,20:0.61:33
chr17	48603503	rs9890721	C	T	2214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.606;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=47;PP=1243;ReadPosRankSum=-0.021;SC=GAGTCCTCAGCGGAAGAGCAT;SOR=1.301;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=71;WE=48603511;WS=48603493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,95:0.74:129
chr17	48603775	.	C	CTATTTATT	123	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=1;NR=2;PP=123;QD=44.3333333333;SC=ATCTATCTATCTATTTATTTA;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=3;WE=48603783;WS=48603765;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:9,3:0.25:12
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chr17	48606313	rs2290864	G	A	1376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.802;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=789;ReadPosRankSum=0.760;SC=GTGAGCTACTGTTGAGGACAT;SOR=0.826;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=52;WE=48606321;WS=48606303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,64:0.66:97
chr17	48606537	rs1133818	C	G	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=610;ReadPosRankSum=-0.463;SC=ACACCCAGAGCCTGCACAGTG;SOR=0.368;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=34;WE=48606545;WS=48606527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,43:0.88:49
chr17	48606606	rs4793659	G	A	361.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=226;ReadPosRankSum=-1.470;SC=TATTCATTCCGTTCAGTCTGC;SOR=0.776;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=13;WE=48606614;WS=48606596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr17	48607280	rs6504671	G	C	2788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.85;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,134:0.76:176
chr17	48607614	rs4794156	G	A	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.779;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=256;ReadPosRankSum=-0.969;SC=CAGCACTTTGGGAGGCCAAGG;SOR=0.213;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=17;WE=48607622;WS=48607604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr17	48608717	rs1064055	T	C	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,65:0.71:92
chr17	48608951	rs2277627	C	T	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-1.981;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=-0.366;SC=GCCCTCAGATCCCCTCCTGCC;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=5;WE=48608959;WS=48608941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	48610272	rs755046	G	C	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=289;ReadPosRankSum=-1.860;SC=GTGCCGTCCCGCTGCTGCACA;SOR=0.586;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=19;WE=48610280;WS=48610262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,39:0.81:48
chr17	48613837	rs3785915	A	G	3464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.920;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=37;PP=1438;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CCCATCCTTCAAGACTGTGAC;SOR=0.387;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=152;TCF=99;TCR=53;TR=95;WE=48613845;WS=48613827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,164:0.69:239
chr17	48617493	rs62059698	A	G	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=364;ReadPosRankSum=-1.134;SC=GATCATGAATAGGTATCTGTG;SOR=0.633;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=27;TCR=13;TR=26;WE=48617501;WS=48617483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr17	48625543	rs12943759	G	A	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=1390;ReadPosRankSum=0.400;SC=CTGGGAGCAGGGGTCCTACTG;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=75;WE=48625551;WS=48625533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,109:0.64:169
chr17	48629458	rs8065903	A	G	3553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.452;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=52;PP=1845;ReadPosRankSum=1.395;SC=ACACAGGACAAGCTCTTTTGG;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=166;TCF=88;TCR=78;TR=113;WE=48629466;WS=48629448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,166:0.61:271
chr17	48646346	.	AGT	A	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.516;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,13:0.30:43
chr17	48647011	rs12946808	T	G	4900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.455;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=49;PP=1666;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TTGACCTCTTTTGACCCCACT;SOR=0.654;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=147;TCF=84;TCR=63;TR=111;WE=48647019;WS=48647001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,226:0.72:315
chr17	48678325	rs198530	A	T	5710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=108;NR=55;PP=2965;SC=CTGGGAGGGCACTGGAGGGGC;SOR=1.354;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=108;TCR=57;TR=163;WE=48678333;WS=48678315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr17	48687320	rs140294744	C	T	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=1.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.09;ReadPosRankSum=-1.580;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,91:0.55:166
chr17	48687430	rs11658835	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.740;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=249;ReadPosRankSum=0.880;SC=GGGGCTGAAGCGCTGGGCTCT;SOR=0.172;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=14;WE=48687438;WS=48687420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr17	48692881	rs8066527	C	T	3334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.821;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=71;PP=1659;ReadPosRankSum=1.668;SC=CAGGTAGGAGCGAGTGGACCA;SOR=0.529;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=195;TCF=71;TCR=124;TR=115;WE=48692889;WS=48692871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,158:0.59:266
chr17	48693760	rs4794171	G	C	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=449;ReadPosRankSum=0.759;SC=CGGAGAAAAGGGGGGTCTTGG;SOR=0.540;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=20;TCR=20;TR=28;WE=48693768;WS=48693750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,54:0.71:76
chr17	48698906	rs4794172	C	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.845;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=522;ReadPosRankSum=-0.283;SC=TTCCCGCCCCCCTGTGCTTCG;SOR=0.257;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=34;WE=48698914;WS=48698896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr17	48703752	rs739925	T	C	4380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=68;PP=2366;ReadPosRankSum=-0.404;SC=AGCGCCGGCCTACGTCCTGGC;SOR=0.571;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=217;TCF=99;TCR=118;TR=129;WE=48703760;WS=48703742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,190:0.62:308
chr17	48712705	rs12604031	G	A	2966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.000;QD=23.36;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,75:0.59:127
chr17	48712711	rs9890046	C	G	3063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=1.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=0.000;QD=22.86;ReadPosRankSum=-1.035;SOR=0.865;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,81:0.60:134
chr17	48746135	rs879459	C	T	4627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr17	48746923	rs4794176	G	C	5245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=102;PP=2673;SC=AAGAGGCTAGGGCATAGAGCT;SOR=1.167;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=64;TCR=103;TR=165;WE=48746931;WS=48746913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr17	48750231	.	GA	G	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.39;ReadPosRankSum=0.257;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
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chr17	48753522	rs8077268	C	T	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=404;ReadPosRankSum=2.657;SC=CCCCCCAAACCGTGCCCTTGC;SOR=0.679;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=68;TCR=54;TR=33;WE=48753530;WS=48753501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,41:0.26:156
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chr17	48777822	rs6504677	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.354;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=-2.152;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
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chr17	48817598	rs3214295	C	CT	759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=416;ReadPosRankSum=-0.928;SC=AAAAATAACTCTTTTTTTTTG;SOR=0.965;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=40;TCF=31;TCR=9;TR=25;WE=48817606;WS=48817588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,40:0.78:51
chr17	48821201	rs9894501	T	C	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.64;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	48821207	rs9894508	T	C	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	48823815	rs2302288	C	T	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=138;SC=TAAGTTTTGCCTAGTCTTGTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=48823823;WS=48823805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr17	48828354	.	CT	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=-2.009;SOR=0.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
chr17	48834053	.	CAAAAAAAAA	C	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.70;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr17	48834080	rs9303561	A	G	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.10;ReadPosRankSum=3.055;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr17	48913478	rs77632597	C	T	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:447,179:0.29:626
chr17	48913571	rs4420571	C	T	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=2.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.451;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,29:0.25:116
chr17	48917333	rs9675120	C	T	9449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=727;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=169;PP=2962;ReadPosRankSum=0.622;SC=AGACAGTGAGCTTCCTCTGTG;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=445;TCF=181;TCR=264;TR=282;WE=48917341;WS=48917323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,439:0.61:720
chr17	48940422	rs4626	T	C	2772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,130:0.66:197
chr17	49041948	.	C	CAA	265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=0.000;QD=9.49;ReadPosRankSum=-1.250;SOR=0.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr17	49048274	.	G	GT	72.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=2.134;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,10:0.30:33
chr17	49054439	rs9332407	T	C	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=17;PP=1000;ReadPosRankSum=-1.684;SC=TCCTATTTGTTCCATGGCAGT;SOR=0.569;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=90;TCF=64;TCR=26;TR=57;WE=49054447;WS=49054429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,86:0.67:129
chr17	49060107	rs12453116	T	G	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=549;ReadPosRankSum=0.017;SC=AACATTTTATTTGTTGTATAA;SOR=0.593;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=30;WE=49060115;WS=49060097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr17	49067763	rs9899816	T	C	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=10;PP=510;ReadPosRankSum=1.306;SC=GGCATCTGAGTGTAGCCTTAG;SOR=0.729;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=34;WE=49067771;WS=49067753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,43:0.68:63
chr17	49076907	rs61490626	TA	T	203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr17	49097501	rs2286649	C	A	2056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,93:0.68:136
chr17	49124845	rs11400140	G	GA	276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.544;HP=9;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=208;ReadPosRankSum=-0.028;SC=TTTAAAGAAAGAAAAAATACA;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=8;WE=49124853;WS=49124835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr17	49156907	rs8081821	A	G	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=30;PP=1006;ReadPosRankSum=0.902;SC=GCCAAGCCCAATCTTTAGTGT;SOR=0.663;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=46;TCR=40;TR=64;WE=49156915;WS=49156897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,102:0.72:141
chr17	49197654	rs5820842	A	AC	999.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.25;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	49281133	rs17574235	G	A	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=54;PP=2965;SC=ATTACGGTAAGGGTAAATAAA;SOR=1.362;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=112;TCR=54;TR=165;WE=49281141;WS=49281123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	49350546	rs35339641	AT	A	122.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.792;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr17	49350802	rs2318789	A	C	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=50;PP=1903;SC=TTCCAAGAGGAATCTTGAAGG;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=47;TCR=50;TR=97;WE=49350810;WS=49350792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	49350959	rs36097713	G	GT	187.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.162;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr17	49371230	rs12940196	G	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=3;PP=189;SC=GCTCCCAGTTGTTACACTTTA;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=49371238;WS=49371220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	49371505	rs917654	C	G	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.45;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	49708985	.	G	GA	257.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.393;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.910;QD=8.89;ReadPosRankSum=0.466;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr17	49710713	rs3815371	G	A	797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=1;PP=639;ReadPosRankSum=0.296;SC=GGAGTGTGATGGCTATTGTCA;SOR=2.760;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=44;TCF=41;TCR=3;TR=31;WE=49710721;WS=49710703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,31:0.66:47
chr17	49713205	rs10514986	G	T	2362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=969;ReadPosRankSum=1.686;SC=AATGACCAGAGAGAAACTCAC;SOR=0.624;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=77;WE=49713213;WS=49713195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,117:0.63:187
chr17	49713300	rs11870209	G	A	3411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=46;PP=1344;ReadPosRankSum=1.020;SC=TCGACCCATCGTAAGTGATGA;SOR=0.714;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=57;TCR=70;TR=84;WE=49713308;WS=49713290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,157:0.66:239
chr17	50149899	rs5820905	C	CT	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=5.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-2.034;SOR=0.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr17	51063941	rs2271474	C	G	2054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.857;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,132:0.31:421
chr17	51900729	rs3803824	C	T	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=4.47;ReadPosRankSum=-1.075;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,153:0.29:526
chr17	51901084	rs3803825	A	G	7161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=98;PP=2965;SC=AGACAACCTTAAAGGACCTGG;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=193;TCF=94;TCR=99;TR=192;WE=51901092;WS=51901074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	51901385	rs3803826	C	T	4970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=72;PP=2510;ReadPosRankSum=-2.093;SC=CATTTATGCTCTGGTGGCACA;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=207;TCF=101;TCR=106;TR=143;WE=51901393;WS=51901375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,221:0.71:312
chr17	51901643	rs4561518	C	T	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=42;PP=1457;SC=CAGGCAAACACCTGTCAACGC;SOR=0.982;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=51901651;WS=51901633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	51901703	rs4561519	C	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=26;PP=1026;SC=GAAGTCAGGACGGATAATGCA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=46;WE=51901711;WS=51901693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	51902252	rs3826355	C	T	4586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=62;PP=2482;SC=TAGCCAATGGCTGGAAAACAT;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=63;TCR=62;TR=125;WE=51902260;WS=51902242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	51902492	rs10693171	A	AAAT	1713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=26;PP=1275;SC=AAAACTGTCCAAATTATCTAA;SOR=2.191;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=26;WE=51902500;WS=51902482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	52993346	rs2934935	G	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=21;PP=547;SC=CCTGATTTCAGTTGATTTCTA;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=52993354;WS=52993336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	53007655	rs12939352	T	G	229.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=146;ReadPosRankSum=0.549;SC=TGCCTACAAGTGACCCCTCTT;SOR=0.741;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=14;WE=53007663;WS=53007645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,14:0.33:43
chr17	53014232	rs5821077	A	ATTAAG	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.771;HP=4;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=-1.383;SC=ACTTAATGTTATTAACGTTAA;SOR=2.209;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=2;WE=53014240;WS=53014222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr17	53014442	rs5821078	C	CT	757.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.89;ReadPosRankSum=2.380;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,59:0.54:110
chr17	53038082	rs2287136	G	A	73.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=42;ReadPosRankSum=-2.205;SC=TTTTCTAAGGGCCATCTGAGT;SOR=1.112;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=53038090;WS=53038072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr17	53038430	rs4793784	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.953;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=80;ReadPosRankSum=1.477;SC=AACTATCAAAACTTATTTATT;SOR=1.312;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=7;WE=53038438;WS=53038420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr17	53038783	rs1057980	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=-2.073;SC=TGACAACAGCGTGAGATTTCA;SOR=0.601;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=11;WE=53038791;WS=53038773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,17:0.41:41
chr17	53042017	rs55801837	C	G	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.82;ReadPosRankSum=-0.304;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr17	53042023	rs56131849	TA	T	345.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=187;ReadPosRankSum=-0.163;SC=TTTACATTAATAAAGTAATCT;SOR=0.904;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=4;WE=53042031;WS=53042007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr17	53063743	rs958556	C	T	166.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=4;PP=71;SC=AGGATAGCAGCAATGAGTAGT;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=53063751;WS=53063733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	53076799	rs1156287	G	A	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	53076986	rs11658717	G	A	5036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=42;PP=2702;SC=TTTCTTTTTAGTACTAGGTTA;SOR=1.427;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=92;TCR=42;TR=134;WE=53076994;WS=53076976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	53084697	rs141409093	CT	C	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.39;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr17	53084790	rs12051573	C	T	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.827;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=22;PP=1051;ReadPosRankSum=-1.040;SC=ACAGCAGGAACTCAGAACATA;SOR=0.422;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=91;TCF=62;TCR=29;TR=63;WE=53084798;WS=53084780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,86:0.73:118
chr17	53120855	rs1894936	A	G	44.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=-0.272;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr17	53121020	rs17818142	A	G	4076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=0.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.01;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,192:0.66:291
chr17	53124546	rs149633875	CGTGTGT	C,CGTGTGTGT	662.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.433;NF=1,1;NR=8,8;PP=848,297;ReadPosRankSum=-1.108;SC=TATATGTGCTCGTGTGTGTGT;SOR=1.051;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9,9;WE=53124559;WS=53124536;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.62,0.31:26
chr17	53156197	.	GGT	G	196.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.180;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=4.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=-0.554;SOR=1.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr17	53156200	.	G	A	205.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.209;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=4.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=1.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr17	53156204	.	C	T	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.262;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.984;SOR=1.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr17	53156205	.	A	T	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.661;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.478;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr17	53156208	.	A	ATGG	163.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.474;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.19;ReadPosRankSum=-1.860;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
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chr17	53158361	rs2628302	G	A	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=4;PP=517;SC=AGTAAAGATAGATGTTGTTTA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=53158369;WS=53158351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	53158492	rs8069999	G	A	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=769;ReadPosRankSum=0.883;SC=CAACGCTGGCGCTTGAATCTA;SOR=0.582;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=44;TCR=48;TR=60;WE=53158500;WS=53158482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,108:0.69:157
chr17	53342796	rs10635027	G	GTTTC	6501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.718;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.818;NF=23;NR=50;PP=2974;ReadPosRankSum=-0.284;SC=GGGGGCGGTTGTTTCTTTCTT;SOR=0.555;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=146;TCF=57;TCR=89;TR=73;WE=53342819;WS=53342783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,165:0.61:272
chr17	53392852	rs2287223	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=226;ReadPosRankSum=-1.424;SC=ATGGAGAGTGGGATCCACAGA;SOR=0.389;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=23;WE=53392860;WS=53392842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
chr17	53478675	rs3744308	A	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=6;PP=239;SC=CCACCATGCCAAGCTAAACAC;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=53478683;WS=53478665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	53828706	rs890488	C	G	2531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=33;PP=1812;SC=GACAGGGGCGCGTCTTCTCCG;SOR=0.818;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=42;TCR=33;TR=74;WE=53828714;WS=53828696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	53844833	rs57156382	CT	C	2245.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.235;HP=14;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=54;PP=1049;ReadPosRankSum=0.259;SC=GCTTGCTTTTCTTTTTTTTTT;SOR=1.654;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=70;TCF=5;TCR=65;TR=57;WE=53844855;WS=53844823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,108:0.96:112
chr17	53844847	rs35430620	C	T	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=56;PP=1587;SC=TTTTTTTAGACGTACTTTCAC;SOR=1.440;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=80;WE=53844855;WS=53844823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr17	53851071	rs2960063	A	G	2885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	53851078	rs2912558	T	C	2966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.63;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr17	53851228	rs2960062	C	T	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=39;PP=1418;SC=GCCTGGCGATCGAGAGTGACG;SOR=0.706;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=53851236;WS=53851218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	53852111	rs2960061	T	C	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=15;PP=699;SC=ATTTTTCTGGTATTTTTCCTT;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=53852119;WS=53852101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	54428067	rs2215756	C	T	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=6;PP=768;SC=ATGATAAAATCATATGTCAAC;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=54428075;WS=54428057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	54428436	rs17759670	A	G	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=438;SC=GATGCTTGCAATTTTATAAAT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=54428444;WS=54428426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	54450038	rs957724	C	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=393;ReadPosRankSum=-0.364;SC=CAATGCACCTCAACACACTGG;SOR=0.465;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=25;WE=54450046;WS=54450028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr17	54450134	rs8069322	G	A	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=32;PP=1148;SC=AGAAAGAGAAGCAGCTGAAAG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=70;WE=54450142;WS=54450124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	54517855	rs7224536	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=12;PP=367;SC=GTAGCAAATGTCTATTCTGAA;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=54517863;WS=54517845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	54526301	rs2024316	C	T	712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.318;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=401;ReadPosRankSum=-0.280;SC=TTGGCATCGCCTGCTTGCTCT;SOR=1.161;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=27;WE=54526309;WS=54526291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,33:0.72:46
chr17	54534634	rs10852985	G	A	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=12;PP=509;SC=CTACATAGCCGTTATATTTTA;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=54534642;WS=54534624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	54554821	rs373804237	CT	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,16:0.46:35
chr17	54558123	.	G	C	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=2.181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.635;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,85:0.29:293
chr17	54558282	rs68128704	GTA	G	401.50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.9997;FS=2.963;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.612;NF=0;NR=9;PP=359;ReadPosRankSum=2.059;SC=GTGTGTGTGTGTAAATTTTCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=54558291;WS=54558272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr17	54588211	rs2241935	T	C	2509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.921;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=55;PP=1227;ReadPosRankSum=1.125;SC=GCACCCCCACTATGGCGGCTT;SOR=0.570;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=332;TCF=140;TCR=192;TR=101;WE=54588219;WS=54588201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,155:0.31:508
chr17	54892126	rs4794668	A	G	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=120;ReadPosRankSum=1.405;SC=AACTCTAACCAAACCCCTAAC;SOR=0.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=11;WE=54892134;WS=54892116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr17	54912737	rs7225724	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=23;PP=547;ReadPosRankSum=2.574;SC=TTTTGAGGAAACAAGCTAATA;SOR=0.784;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=29;WE=54912745;WS=54912727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,34:0.72:47
chr17	54921322	rs3760157	G	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=146;ReadPosRankSum=-1.143;SC=TTGTTTTGTGGGTTATCATTG;SOR=0.784;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=11;WE=54921330;WS=54921312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,17:0.52:33
chr17	54921494	rs3760158	A	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.320;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=262;ReadPosRankSum=0.109;SC=GTTATTTAACATCCATTAATC;SOR=0.398;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=19;WE=54921502;WS=54921484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr17	54925262	rs6503775	G	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.07;ReadPosRankSum=-1.414;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,21:0.88:24
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chr17	54981571	.	CA	C	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=0.000;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=2.415;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,64:0.34:187
chr17	54990652	rs59740850	C	CT	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=274;ReadPosRankSum=-0.668;SC=TCAGGCCCATCTCCCCAGGGC;SOR=0.972;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=8;WE=54990660;WS=54990642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr17	55026912	rs12942251	A	G	5024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr17	55027850	rs8071691	T	C	8563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=100;PP=2965;SC=CATCACAAGATTCAGACTCCG;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=88;TCR=100;TR=188;WE=55027858;WS=55027840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr17	55028170	rs61731978	C	T	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=111;ReadPosRankSum=-0.590;SC=AGATCCAAGACCTTCTCATTA;SOR=0.940;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=13;WE=55028178;WS=55028160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,16:0.19:84
chr17	55038062	rs9899845	T	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=4;PP=312;SC=GTCTAGCGGCTTCAGGCCCGG;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=55038070;WS=55038052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	55055741	rs201025012	CTT	C,CT	794.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.21;QD=22.08;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,23,13:0.64,0.36:36
chr17	55058689	rs3095499	G	C	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=333;SC=AGTGAAGGGCGGATTTGGTCC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=55058697;WS=55058679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	55065530	rs12453004	A	G	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=13;PP=741;SC=GTGTGACTCAAAAAGCAATCA;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=55065538;WS=55065520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	55065558	rs11437466	T	TA	2073.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=17;PP=1104;SC=TAATTCTGTGTAATTCCTTTT;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=26;WE=55065566;WS=55065548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	55074482	.	T	TA	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.123;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,49:0.66:74
chr17	55075670	.	C	CA	295.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=2.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=-0.347;SOR=1.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,44:0.27:162
chr17	55187278	rs11079277	G	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=6;PP=549;SC=CTTGAGGAGCGGGTGTGGGGC;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=55187286;WS=55187268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	55189723	rs3094444	T	G	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=21;PP=1428;SC=AAGTGTTTTGTTACCTCAAAG;SOR=1.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=71;WE=55189731;WS=55189713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	55197802	rs4583	C	A	4906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.05;NF=52;NR=76;PP=2303;SC=TCCTTTCTTTCTCCATACTGT;SOR=0.991;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=128;WE=55197810;WS=55197792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr17	55334577	.	GCCC	G	81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=13;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=81;QD=21.5;SC=CGGTGTAGGAGCCCCCCCCCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=55334587;WS=55334567;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr17	55334793	rs148540229	T	TC	689.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=13.392;HP=10;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=564;ReadPosRankSum=2.384;SC=ACACCTTCTCTCCCCCCCCCA;SOR=3.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=15;TCR=35;TR=28;WE=55334806;WS=55334783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr17	55363421	rs11079286	G	C	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.358;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=240;ReadPosRankSum=-0.457;SC=GCCTCTTTCTGTCTTTCCCTC;SOR=1.540;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=19;WE=55363429;WS=55363411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,26:0.26:101
chr17	55606875	rs55990806	G	GT	921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=3.138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.59;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,68:0.41:165
chr17	55674423	rs6503820	G	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=34;PP=945;SC=GGGGTGGGGAGGGGGCTAGAT;SOR=2.059;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=45;TCF=11;TCR=34;TR=44;WE=55674431;WS=55674413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	55704465	rs1861474	A	G	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=3.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=0.443;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,44:0.35:125
chr17	55729497	rs199901231	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=25;PP=581;ReadPosRankSum=0.074;SC=TGGCAGCAGCGGCGGTGGCGG;SOR=0.847;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=118;TCF=47;TCR=71;TR=40;WE=55729505;WS=55729487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,56:0.28:201
chr17	55917353	rs2099914	C	G	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.20;SOR=1.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr17	55950064	rs35704289	C	T	800.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=374;ReadPosRankSum=-0.075;SC=TCCGTTGCAGCTCCTTCATGA;SOR=0.583;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=104;TCF=68;TCR=36;TR=35;WE=55950072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,55:0.29:192
chr17	55950826	rs11650742	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.953;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=269;ReadPosRankSum=-0.443;SC=ACGAACCCAGGGCAACAGAAA;SOR=0.908;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=20;WE=55950834;WS=55950816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,23:0.27:85
chr17	56056604	.	T	TTGC	3950.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.589;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.544;NF=7;NR=38;PP=1743;ReadPosRankSum=1.195;SC=GTTGTTGTTGTTGCTGCTGCT;SOR=0.636;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=83;TCF=10;TCR=73;TR=45;WE=56056614;WS=56056594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,115:0.62:186
chr17	56083934	rs2233911	G	A	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.757;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=289;ReadPosRankSum=0.492;SC=ACCAGGAGGAGAAGCTCGCTC;SOR=0.808;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=25;WE=56083942;WS=56083924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,35:0.28:127
chr17	56232459	rs145787234	TTTTG	T	357.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.332;QD=3.54;ReadPosRankSum=-1.067;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,16:0.16:101
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chr17	56233499	rs3863502	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=225;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TTTTATTTTCCCACATGAAAA;SOR=0.200;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=15;WE=56233507;WS=56233489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr17	56235104	rs3863503	C	A	4158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.485;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.497;NF=61;NR=48;PP=1563;ReadPosRankSum=-2.236;SC=CCTGTGCTTCCCATCCCGCCC;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=163;TCF=89;TCR=74;TR=109;WE=56235112;WS=56235094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,192:0.71:272
chr17	56235322	rs1987665	G	A	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=32;PP=877;SC=CACAGCTGAAGTTTGTTCTTT;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=56235330;WS=56235312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	56247101	rs60994383	C	A	3764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=49;PP=1739;ReadPosRankSum=1.083;SC=TTTCCTGTTTCTAATGTTCCT;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=103;TCR=72;TR=119;WE=56247109;WS=56247091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,176:0.65:271
chr17	56270121	rs12602891	T	C	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=169;ReadPosRankSum=-0.784;SC=CGGCTGGGGGTCCTCAAAGTG;SOR=0.610;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=11;WE=56270129;WS=56270111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr17	56271060	rs11079340	T	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=378;ReadPosRankSum=-0.059;SC=GGTCTGCCCATTTGCCTTCCC;SOR=0.569;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=18;TCR=14;TR=22;WE=56271068;WS=56271050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr17	56271094	rs11652709	G	C	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=424;ReadPosRankSum=-1.756;SC=CAGAACCACAGCTGCGGCTGC;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=24;WE=56271102;WS=56271084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr17	56271497	rs10853004	A	G	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.049;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=323;ReadPosRankSum=0.586;SC=GATCTCTTAAATGCGGGGAGT;SOR=1.062;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=18;WE=56271505;WS=56271487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,41:0.57:72
chr17	56272390	rs2240815	A	G	11869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=108;NR=122;PP=2965;SC=ACCGTGGCCGAGCCCTCATGT;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=232;TCF=108;TCR=124;TR=230;WE=56272398;WS=56272380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr17	56274781	rs34415223	T	TG	233.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=102;ReadPosRankSum=1.063;SC=ATCAGAACGTTGAGTCCCTTT;SOR=0.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=0;TCR=24;TR=5;WE=56274789;WS=56274771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr17	56289545	rs3213698	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.620;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=423;ReadPosRankSum=-2.030;SC=ACCTTTTTCTTAGCATTAACA;SOR=0.392;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=28;WE=56289553;WS=56289535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,32:0.80:40
chr17	56290334	rs3826300	T	C	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=17;PP=653;ReadPosRankSum=0.491;SC=GGAATGAACTTGCGCTTACAT;SOR=0.779;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=44;WE=56290342;WS=56290324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,85:0.72:118
chr17	56290556	rs3744105	A	G	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=300;ReadPosRankSum=-1.675;SC=ACACCTCACTAAAGTATATGA;SOR=0.602;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=15;WE=56290564;WS=56290546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,29:0.74:39
chr17	56293960	rs7225148	T	C	1905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.683;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.61;ReadPosRankSum=-1.568;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,88:0.63:140
chr17	56321451	rs67390833	GACAC	G	1501.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.967;QD=21.45;ReadPosRankSum=-0.742;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,49:0.70:70
chr17	56326521	rs8178329	G	C	2004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=1.008;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,99:0.69:144
chr17	56326856	rs4319829	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=1.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=1.014;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr17	56327999	rs7208924	A	G	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=543;ReadPosRankSum=0.448;SC=CCCTGCAGCTAGGCATCTCTG;SOR=0.578;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=31;WE=56328007;WS=56327989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr17	56332327	rs2301870	G	A	2450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.128;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=46;PP=1077;ReadPosRankSum=0.059;SC=GGGAGCCTTCGTGCAGGTAGG;SOR=0.968;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=77;WE=56332335;WS=56332317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,117:0.72:162
chr17	56344656	rs8178407	A	G	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=751;ReadPosRankSum=0.839;SC=GCCCCAAAGGAGGCTGTGAAC;SOR=0.585;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=53;WE=56344664;WS=56344646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,76:0.65:117
chr17	56348230	rs2071409	T	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=199;ReadPosRankSum=0.038;SC=AAAACCTGCATGGGGAACACC;SOR=0.582;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=13;WE=56348238;WS=56348220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr17	56351708	.	AGT	AGTGT,A	268.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.807;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0,0;NR=8,8;PP=130,308;ReadPosRankSum=-0.162;SC=AGAATCTAGGAGTGTGTGTGT;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=8,8;WE=56351717;WS=56351698;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.67:15
chr17	56384928	rs36057095	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=1.057;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=1.786;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,19:0.27:71
chr17	56388416	rs3744098	C	T	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=150;ReadPosRankSum=-1.491;SC=GCAGGCTGGCCGGAGCCAGGG;SOR=0.620;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=18;WE=56388424;WS=56388406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,30:0.34:88
chr17	56393251	.	G	GGGAT	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.69;MQRankSum=1.550;QD=16.03;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr17	56404349	rs2526378	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=2.228;SC=CCACATAGACACCCCCAAACC;SOR=1.127;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=10;WE=56404357;WS=56404339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,14:0.70:20
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chr17	56423750	rs11658873	G	C	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.125;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,35:0.27:128
chr17	56424710	rs757485	T	C	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=22;PP=1207;SC=GAAGAGCTATTCCCTCTTTTG;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=56424718;WS=56424700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	56429585	rs75924914	C	G	1493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=4.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.73;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.962;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,100:0.25:400
chr17	56429673	rs2680703	A	G	220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=9.864;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr17	56435080	rs9652855	G	C	853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.716;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=20;PP=340;ReadPosRankSum=0.786;SC=TGCCACACTGGGGGTGTAATG;SOR=0.949;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=100;TCF=52;TCR=48;TR=37;WE=56435088;WS=56435070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,50:0.37:135
chr17	56448297	rs2257205	C	T	2304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=637;ReadPosRankSum=-0.875;SC=CAGGCAGGGGCGGGGGGCCCG;SOR=0.678;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=51;WE=56448305;WS=56448287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,109:0.75:145
chr17	56544280	rs1017089	T	G	7789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=82;PP=2965;SC=GGAAGAGGCATTGGGAGTGAC;SOR=0.783;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=93;TCR=82;TR=175;WE=56544288;WS=56544270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr17	56569842	rs75741842	T	TGA	12293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=63;PP=2975;SC=CCCTGTTTTTTGTCATACTAA;SOR=1.166;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=132;TCF=67;TCR=65;TR=125;WE=56569850;WS=56569832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr17	56580997	rs1860262	T	C	803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.79;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	56581651	rs4277402	C	G	5412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=89;PP=2965;SC=TTGTCACAGGCCTTAGGACTT;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=150;TCF=60;TCR=90;TR=148;WE=56581659;WS=56581641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr17	56584205	rs2302189	A	C	1291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=1.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.94;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,71:0.38:186
chr17	56584508	rs2302190	T	C	3060.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.506;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=30;PP=1241;ReadPosRankSum=0.315;SC=CACGCCTCGCTGGTATCATTA;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=79;TCR=46;TR=81;WE=56584516;WS=56584498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,144:0.63:227
chr17	56585872	rs3744108	G	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=20;PP=524;ReadPosRankSum=-0.835;SC=ACGTTCTGCAGGTCAAAGCCC;SOR=0.916;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=155;TCF=88;TCR=67;TR=51;WE=56585880;WS=56585862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,80:0.32:252
chr17	56598213	rs10719315	GA	G	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.254;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.079;NF=1;NR=12;PP=337;ReadPosRankSum=-1.856;SC=GCTAAAGGGAGAAAAGGGTTG;SOR=0.404;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=3;TCR=42;TR=13;WE=56598221;WS=56598203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr17	56598439	rs1057068	T	C	1115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=1.022;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,78:0.27:286
chr17	56603978	rs2079703	G	A	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=-0.657;QD=4.97;ReadPosRankSum=-1.864;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr17	56609525	rs11869828	G	A	40.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	56618030	rs8073754	C	T	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.376;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=373;ReadPosRankSum=-0.650;SC=TTCTTACCTCCTCATCTGTCA;SOR=1.093;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=24;WE=56618038;WS=56618020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,35:0.76:46
chr17	56619441	rs35879249	C	CA	452.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=430;ReadPosRankSum=-0.032;SC=AAGGTGCCCTCAGCCCTTGGT;SOR=0.123;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=11;WE=56619449;WS=56619431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr17	56621286	rs8071623	G	T	6363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=12.732;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.48;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=0.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,267:0.99:271
chr17	56621359	rs6503867	T	C	7576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=96;PP=2965;SC=AGTCTGATGCTGAATGGGGAG;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=113;TCR=96;TR=208;WE=56621367;WS=56621349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr17	56635346	rs11651960	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=85;SC=TTCTGCCAGATAGACTCTTTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=56635354;WS=56635336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	56636854	rs7225128	T	C	4297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=38;PP=1627;SC=ATTTCCTTCTTTCTGGTGTAA;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=46;TCR=39;TR=83;WE=56636862;WS=56636844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr17	56636908	rs9903050	T	C	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.69;ReadPosRankSum=-1.108;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,76:0.67:113
chr17	56637002	rs35632156	A	AAAC	520.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.80;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr17	56647977	.	CTTTTTTTT	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=20;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=354;ReadPosRankSum=-1.150;SC=GGGAAGCCTCCTTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=6;WE=56647992;WS=56647967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr17	56649614	.	A	AAAAC	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TTACATTATTAAAACAAACAA;SOR=0.184;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=3;WE=56649622;WS=56649604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr17	56654690	rs1267542	T	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=197;ReadPosRankSum=-0.275;SC=CCATTTAACATTGCATCTATG;SOR=0.685;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=19;WE=56654698;WS=56654680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,36:0.41:87
chr17	56659018	rs6503870	C	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.53;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,52:0.74:70
chr17	56690848	rs8077548	T	C	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1315;ReadPosRankSum=0.688;SC=GGGTTTTCTCTAGGTCCTGGG;SOR=0.688;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=135;TCF=68;TCR=67;TR=81;WE=56690856;WS=56690838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,133:0.63:211
chr17	56693799	rs11454189	C	CT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=13;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=86;ReadPosRankSum=-0.232;SC=TGCACTGGGCCTTTTTTTTTT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=9;WE=56693807;WS=56693789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr17	56729356	.	G	A	2821.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.958;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.149;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=46;PP=1303;ReadPosRankSum=0.718;SC=CGAACAGCCCGAGACATCCTG;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=82;WE=56729364;WS=56729346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,130:0.65:199
chr17	56738919	rs4340382	G	A	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=40;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.816;SC=ACAGCTCGGGGAGCCGCGGCG;SOR=0.695;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=42;TCR=61;TR=66;WE=56738927;WS=56738909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,103:0.65:158
chr17	56780459	rs6503874	C	G	95.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.5081;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=0;PP=67;ReadPosRankSum=-0.524;SC=ATTTTGTTATCCAAAGGAGAA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=4;WE=56780467;WS=56780449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr17	56833457	rs201186780	G	GGAACCC	17364.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.669;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=6.345;NF=23;NR=132;PP=2987;ReadPosRankSum=0.247;SC=AGCCGGAGCCGGAACCCGAAC;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=43;TCR=240;TR=155;WE=56833470;WS=56833447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,421:0.69:612
chr17	56833643	.	TGAG	T	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.94;ReadPosRankSum=-0.424;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,12:0.12:102
chr17	57049716	.	C	CT	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=5.782;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=1.955;QD=1.44;ReadPosRankSum=-0.825;SOR=0.158;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,11:0.19:58
chr17	57076893	rs4598970	T	A	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=1.524;SC=CCTTCCCAAGTCTTTAAATAA;SOR=0.593;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=14;WE=57076901;WS=57076883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
chr17	57089588	rs72443487	G	GCAGCAGCAGCAGCAGCAC	1075.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.972;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=5.527;NF=21;NR=34;PP=2991;ReadPosRankSum=2.463;SC=AGCAGCAGCAGCACCACCACC;SOR=0.841;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=156;TCF=64;TCR=92;TR=55;WE=57089598;WS=57089566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,51:0.26:199
chr17	57094617	rs4932691	T	C	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=310;ReadPosRankSum=-1.613;SC=TAATAAATATTTACCCCACTA;SOR=0.623;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=24;WE=57094625;WS=57094607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,31:0.40:78
chr17	57152920	rs6416933	A	G	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.76;MQRankSum=-0.607;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.063;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr17	57158345	rs7214402	T	C	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=74;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CCTATCAAATTTGCAAATCTT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=57158353;WS=57158336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr17	57165878	.	A	AT	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=5.441;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.687;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.351;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr17	57247249	rs9914425	T	A	6880.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FS=1.252;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=0.613;QD=15.75;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,319:0.73:437
chr17	57272079	rs2291193	G	A	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=202;ReadPosRankSum=-0.328;SC=CAGTTGTGCTGGTTCCAATTT;SOR=0.638;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=15;WE=57272087;WS=57272069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr17	57287454	rs6503905	A	G	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.343;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=32;PP=1176;ReadPosRankSum=1.900;SC=TAATGGGAGCATCAGCCTGGA;SOR=0.877;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=86;WE=57287462;WS=57287444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,112:0.69:163
chr17	57290383	rs3744383	G	A	4427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=72;PP=2323;ReadPosRankSum=1.759;SC=CTGAGAAGAGGCCAAACTTCG;SOR=0.670;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=184;TCF=92;TCR=92;TR=142;WE=57290391;WS=57290373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,192:0.70:275
chr17	57311748	rs6503908	C	A	128.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=189;SC=TGTCTACCCCCAAAAAAAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=57311756;WS=57311738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	57334668	rs12450435	C	G	4426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=88;PP=2624;SC=AGGTTAGAGTCAGTGACTGCA;SOR=1.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=35;TCR=88;TR=123;WE=57334676;WS=57334658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr17	57344601	rs62083295	C	A	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.615;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=60;PP=1392;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TAAAAGCTCACTAATATCAAT;SOR=0.975;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=31;TCR=90;TR=79;WE=57344609;WS=57344591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,88:0.65:135
chr17	57474396	rs3214250	GA	G	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.885;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=2.655;QD=3.20;ReadPosRankSum=0.975;SOR=0.563;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr17	57663596	rs58298344	TA	T	704.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=2.329;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-0.977;QD=4.30;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,75:0.46:164
chr17	57685253	rs145658581	GAT	G	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=0.521;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
chr17	57717737	rs9910530	C	G	2122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=28;PP=778;SC=TTAACCTTCTCTTAGCCAATA;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=47;WE=57717745;WS=57717727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	57719366	rs9899439	T	G	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=6.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=2.969;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,67:0.47:144
chr17	57719569	rs117271502	A	G	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=27;PP=460;ReadPosRankSum=0.420;SC=GAAGTTGAGAAGTAGGAAGGA;SOR=1.074;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=122;TCF=33;TCR=89;TR=34;WE=57719577;WS=57719559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,39:0.29:134
chr17	57721907	rs113812535	T	TTTTG	1167.06	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.408;QD=32.42;ReadPosRankSum=0.649;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,32:0.89:36
chr17	57725043	rs8071749	T	G	3367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=65;PP=1843;SC=ATTTTAACTATTTTTTTATGA;SOR=1.241;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=99;WE=57725051;WS=57725033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	57733479	rs4349212	T	A	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=51;PP=1523;SC=TCCCCAAGATTAAAAAATAGA;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=15;TCR=51;TR=66;WE=57733487;WS=57733469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	57743651	rs17580385	T	C	3094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=62;PP=1796;ReadPosRankSum=0.819;SC=GTTTTAGTAATTGTGCAGCGC;SOR=0.627;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=55;TCR=90;TR=100;WE=57743659;WS=57743641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,138:0.68:204
chr17	57743691	rs9893154	G	A	3261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=63;PP=2266;SC=AGCTACTGAGGGGCCTACTCC;SOR=1.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=28;TCR=63;TR=91;WE=57743699;WS=57743681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr17	57889192	rs2063353	T	G	2581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.347;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=47;PP=1315;ReadPosRankSum=0.570;SC=ATGAACCCATTACAAGACAAT;SOR=0.403;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=80;WE=57889200;WS=57889182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,114:0.72:158
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chr17	57992145	rs3066247	TATC	T	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.916;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
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chr17	58012768	rs11459613	C	CA	135.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.512;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=133;ReadPosRankSum=-0.726;SC=AAATATTGAACAAAAAAGTCT;SOR=0.412;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=0;TCR=41;TR=10;WE=58012776;WS=58012758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr17	58024224	rs76853887	C	CAA	2004.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=24;PP=1162;ReadPosRankSum=1.913;SC=CAAGGTGAAACGACTCAAAAT;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=25;WE=58024232;WS=58024214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,55:0.40:137
chr17	58024275	rs180515	A	G	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=249;ReadPosRankSum=-0.202;SC=AGAACACTTCAGACACAGGAA;SOR=1.847;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=13;WE=58024283;WS=58024265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr17	58031412	rs11368	A	G	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=37;ReadPosRankSum=0.385;SC=TTACCTGACAAATGAGAAGAA;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=3;WE=58031420;WS=58031402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr17	58037374	rs12600680	T	C	339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=-1.414;QD=4.25;ReadPosRankSum=-0.208;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,26:0.32:80
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chr17	58042126	rs76419616	T	C	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.260;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=292;ReadPosRankSum=0.905;SC=TCCCCGGACGTTCTCACGCGC;SOR=0.212;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=16;WE=58042140;WS=58042116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr17	58066607	rs200816848	AT	A	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-1.030;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.879;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,61:0.31:195
chr17	58147228	rs201877781	GAC	G	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.52;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,8:0.11:73
chr17	58149745	rs3744375	G	A	2434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=50;PP=1118;ReadPosRankSum=-1.096;SC=AATGAGGCTTGCAAAAGACTA;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=134;TCF=52;TCR=82;TR=82;WE=58149753;WS=58149735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,117:0.60:196
chr17	58150996	rs144786462	T	C	186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=124;ReadPosRankSum=-1.632;SC=CCCAGAGTGGTTGAATAAGAA;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=9;WE=58151004;WS=58150990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr17	58180062	rs8075626	T	C	4473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.080;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=67;PP=1459;ReadPosRankSum=4.399;SC=GCTTGGCCGGTGGCGGCGGAG;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=64;TCR=95;TR=111;WE=58180070;WS=58180052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,126:0.59:214
chr17	58180079	rs8074512	C	G	3348.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=56;PP=1408;ReadPosRankSum=1.466;SC=GGAGCTTGGCCGGCGGCGGCG;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=50;TCR=81;TR=91;WE=58180088;WS=58180068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,90:0.58:155
chr17	58180172	rs8075789	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=0.477;SC=CATTTCTATTTCTCATTCCAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=13;WE=58180180;WS=58180162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr17	58286977	rs185437051	A	C	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.716;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.247;NF=8;NR=26;PP=489;ReadPosRankSum=-0.179;SC=CCTATAATCCAATCAGAGCCA;SOR=0.256;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=94;TCF=19;TCR=75;TR=34;WE=58286985;WS=58286967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr17	58289316	rs114885215	C	T	451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.154;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.558;NF=17;NR=4;PP=273;ReadPosRankSum=-0.687;SC=AGCACTTTAACAGTTGAGAGA;SOR=0.893;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=21;WE=58289336;WS=58289306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,23:0.38:61
chr17	58332659	.	CT	C	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.331;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,26:0.33:78
chr17	58503389	rs7222800	A	G	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=5.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.210;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,20:0.23:87
chr17	58504201	rs11655643	C	T	3467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=60;PP=1572;ReadPosRankSum=-1.246;SC=ACATTCCGCCCGAGCACAGCT;SOR=0.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=140;TCF=54;TCR=86;TR=98;WE=58504209;WS=58504191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,152:0.72:211
chr17	58508618	rs3760332	T	C	359.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,31:0.25:122
chr17	58786625	rs2643103	A	G	8041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.03;NF=102;NR=88;PP=2965;SC=AGTACTGGGAATGAACCGCCT;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=102;TCR=88;TR=190;WE=58786633;WS=58786615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr17	58786758	.	C	CT	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.000;QD=0.68;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,17:0.18:96
chr17	58824567	rs7501675	T	C	5841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=65;PP=2159;SC=AGATCAGTGGTGAAGCACAAG;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=81;TCR=65;TR=146;WE=58824575;WS=58824557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	59112109	rs139961894	A	C	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=0.016;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,85:0.27:310
chr17	59466118	rs112267505	C	T	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.827;NF=11;NR=22;PP=592;ReadPosRankSum=1.905;SC=GCTGGGCGGCCGGGATGACTT;SOR=0.543;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=33;WE=59466126;WS=59466108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,41:0.61:67
chr17	59480289	rs200207014	GAT	G	3412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=43.75;SOR=3.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	59480291	.	T	G	930	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=165;MMLQ=23;MQ=60.81;NF=53;NR=6;PP=930;QD=16.35205445;SC=GAAGAACCGATAGAGAGAGAG;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=66;TCF=55;TCR=11;TR=59;WE=59480299;WS=59480281;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,59:0.89:66
chr17	59480311	rs202026270	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	G	170.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.65;MQRankSum=1.694;QD=2.40;ReadPosRankSum=-1.652;SOR=0.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,13:0.18:71
chr17	59480313	rs140392356	GAGAGAGAGAGAGAGAGAGA	G	1678.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=1.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.65;MQRankSum=-1.656;QD=23.64;ReadPosRankSum=1.755;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,58:0.82:71
chr17	59482165	rs66504335	GC	G	3632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=27;PP=2070;SC=CAGGGAGGTGGCGGCGGGGGG;SOR=0.824;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=48;WE=59482181;WS=59482155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr17	59482169	rs35619711	C	G	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=43.88;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	59482173	rs9891115	G	A	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.25;QD=45.04;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	59485393	rs2240736	C	T	10106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,397:1.00:397
chr17	59485555	rs1057987	C	T	17822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=229;NR=204;PP=2965;SC=TCTCCCGGAGCCCCTTCCTGG;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=433;TCF=229;TCR=204;TR=433;WE=59485563;WS=59485545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,671:1.00:671
chr17	59489893	rs9907379	T	C	8874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=114;PP=2965;SC=CGGCAACTCCTCACAGGTCCA;SOR=0.954;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=75;TCR=114;TR=188;WE=59489901;WS=59489883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr17	59544863	rs758596	G	A	3480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.151;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=42;PP=1734;ReadPosRankSum=-1.181;SC=TATCTGCTCTGTTGGCAGGAT;SOR=0.940;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=160;TCF=96;TCR=64;TR=115;WE=59544871;WS=59544853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,160:0.68:237
chr17	59557755	rs112008276	GCC	G	489.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.82;ReadPosRankSum=0.084;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr17	59560685	rs2270150	C	T	9149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=675;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=131;NR=163;PP=2962;ReadPosRankSum=1.092;SC=AGTCTCAGGTCCGAGAGCGGG;SOR=0.597;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=474;TCF=205;TCR=269;TR=294;WE=59560693;WS=59560675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,419:0.64:658
chr17	59560974	rs149977669	A	AGTGTGTGT,AGTGT	317.74	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=8;PP=128;SC=AAGGTATTCCAGTGTGTGTGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=8;WE=59560982;WS=59560964;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:9
chr17	59760996	rs4986763	A	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=12;PP=422;ReadPosRankSum=1.380;SC=CTTCAGGATCATAAAGTTCAG;SOR=0.723;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=80;TCF=46;TCR=34;TR=32;WE=59761004;WS=59760986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,36:0.40:89
chr17	59763347	rs4986764	A	G	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.523;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=383;ReadPosRankSum=0.586;SC=AAATAAGGTGAGGTACTGTAC;SOR=0.399;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=28;WE=59763355;WS=59763337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,44:0.35:127
chr17	59763465	rs4986765	T	C	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=711;ReadPosRankSum=0.234;SC=CAGCCAAGGATTCCAGTGCAC;SOR=0.668;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=88;TCR=75;TR=57;WE=59763473;WS=59763455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,98:0.32:309
chr17	59857809	rs4988351	C	G	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=198;ReadPosRankSum=0.180;SC=TTAGAAGAGGCTGGGCAAAGT;SOR=0.567;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=13;WE=59857817;WS=59857799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr17	59926645	rs4988343	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.178;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=190;ReadPosRankSum=-2.059;SC=AAAAAAACAGCATAAATAACT;SOR=0.290;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=16;WE=59926653;WS=59926635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,19:0.53:36
chr17	59955426	rs606072	T	G	6032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=97;PP=2965;SC=ACTTGTGTGTTATTTACTGGG;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=44;TCR=98;TR=141;WE=59955434;WS=59955416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	59974794	.	C	CT	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.603;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=6.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.009;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr17	60033646	rs112354429	T	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=6;PP=472;ReadPosRankSum=-0.235;SC=GTCAGAACTGTGTGTGAATTT;SOR=0.705;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=82;TCR=21;TR=32;WE=60033654;WS=60033636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,37:0.34:108
chr17	60043884	rs671347	G	A	10669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,421:1.00:421
chr17	60070111	rs11375626	G	GT	692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=20;PP=960;SC=GATTCTTACAGTAACAAGTAA;SOR=4.615;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=60070119;WS=60070101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr17	60070140	rs11375627	C	CT	95.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=12;PP=146;ReadPosRankSum=-1.534;SC=CTTATTATTACTTTTTTTTGA;SOR=1.402;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=60070148;WS=60070130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr17	60130014	rs78565795	C	G	1757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=28;PP=810;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CTTTGAAAAGCAGAGTACGGC;SOR=0.733;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=175;TCF=88;TCR=87;TR=59;WE=60130022;WS=60130004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,106:0.32:334
chr17	60142710	.	G	GC	172.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.80;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	60215748	rs11079465	T	C	250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=3;PP=93;SC=CAGCTCCCGGTGCAGCTCGGC;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=60215756;WS=60215738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr17	60360238	rs10163525	A	G	4633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-14.800;NF=44;NR=56;PP=1145;ReadPosRankSum=0.273;SC=GGTAGTAAGGATGAACATTCC;SOR=0.639;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=280;TCF=125;TCR=155;TR=100;WE=60360246;WS=60360228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,150:0.36:416
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chr17	60366787	rs200284807	CT	C	612.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.710;HP=13;HapScore=4;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-3.662;NF=1;NR=23;PP=237;ReadPosRankSum=-2.012;SC=CATTCGATTGCTTTTTTTTTT;SOR=1.362;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=3;TCR=59;TR=24;WE=60366808;WS=60366777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr17	60366800	rs11658000	T	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=5.711;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.30;MQRankSum=-5.431;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.240;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,17:0.19:91
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chr17	60464688	rs9909704	C	T	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=25;PP=962;SC=AATATTTTCACATCTTTCCTC;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=33;TCR=25;TR=58;WE=60464696;WS=60464678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr17	60464838	rs111797029	TTCTC	T	1822.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.838;NF=3;NR=24;PP=1304;ReadPosRankSum=0.286;SC=TGATCCTTTCTTCTCTAAGAA;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=5;TCR=36;TR=27;WE=60464849;WS=60464828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
chr17	60472623	rs11079476	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.13;ReadPosRankSum=0.616;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,35:0.28:124
chr17	60491298	rs9913294	G	T	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQRankSum=-2.013;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.700;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr17	60493386	rs78388447	A	G	4551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=2.223;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQRankSum=0.969;QD=15.86;ReadPosRankSum=-0.200;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,206:0.72:287
chr17	60501156	rs73331740	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.614;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=352;ReadPosRankSum=0.304;SC=AGTGCCGCCCTGTCCCGCCAC;SOR=0.109;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=25;WE=60501164;WS=60501146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr17	60501409	rs11543000	A	G	2812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.721;NF=33;NR=45;PP=1292;ReadPosRankSum=0.839;SC=CCTGTCGCTGACCCTCTGTCC;SOR=0.664;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=78;WE=60501417;WS=60501399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,129:0.65:198
chr17	60503892	rs2543409	A	G	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=104;PP=2965;SC=AGTGTTCTTCAAAGAGCCTTG;SOR=1.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=38;TCR=104;TR=142;WE=60503900;WS=60503882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	60503921	rs2319055	T	C	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.62;QD=29.43;SOR=2.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	60651884	rs11314763	GT	G	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.65;MQRankSum=1.144;QD=8.14;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr17	60654327	rs59523807	CT	C	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.95;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr17	60654358	.	G	C	148	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=63;MMLQ=27;MQ=58.02;NF=0;NR=12;PP=148;QD=15.2309343789;SC=GAGTCTCACTGTGTCTCCCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=12;WE=60654366;WS=60654348;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,12:0.36:33
chr17	60683503	rs8078132	A	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=10;PP=620;ReadPosRankSum=0.393;SC=ATTTACCACCAGAGTGTTTTG;SOR=0.523;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=41;WE=60683511;WS=60683493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,52:0.66:79
chr17	60741917	rs2014055	G	A	2764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=0.562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.41;ReadPosRankSum=0.216;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:347,164:0.32:511
chr17	60742348	rs2252814	G	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.376;SOR=0.389;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,37:0.31:118
chr17	60748926	rs729647	C	T	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=1.994;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chr17	60753904	rs4968617	A	C	5046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=2.883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.097;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,227:0.74:307
chr17	60758273	rs2245463	G	C	9351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=105;NR=68;PP=2839;SC=AGCTGACCTCGGTGCACAGCC;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=105;TCR=69;TR=173;WE=60758281;WS=60758263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr17	60759340	rs2429389	A	G	8190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.52;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	60759347	rs2460300	A	G	8185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.49;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	60766224	rs2465430	A	G	1933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=22;PP=949;SC=CCAGCTGTGCAGTGGTCCTGC;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=34;TCR=22;TR=56;WE=60766232;WS=60766214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	60766483	rs2465429	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=14;PP=395;SC=TGGAAAAGCAATAGCACCCAC;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=60766491;WS=60766473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	60767015	rs2429387	G	A	8845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=83;PP=2965;SC=TGTGAGAGCCGCAATGCCAGC;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=179;WE=60767023;WS=60767005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr17	60767135	rs56288724	A	G	4589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=66;PP=2010;ReadPosRankSum=-0.882;SC=GGCTCCCGACACTTTTGCCCT;SOR=0.670;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=99;TCR=107;TR=130;WE=60767143;WS=60767125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,215:0.63:339
chr17	60767151	rs740698	C	T	2311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=41;PP=1025;ReadPosRankSum=1.261;SC=GCCCTGGGCCCCAGCCTTGCC;SOR=0.715;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=210;TCF=103;TCR=107;TR=75;WE=60767159;WS=60767141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,129:0.35:365
chr17	60767461	rs2465426	C	G	3296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=45;PP=1700;SC=CATGGGCAAGCTGTCGGTGGC;SOR=0.826;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=97;WE=60767469;WS=60767451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	60767953	rs11357719	GC	G	5317.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=47;PP=1807;SC=GGGGGACTCTGCCCCCCCCGG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=79;WE=60767961;WS=60767943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	60768243	rs2465425	A	G	5289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=89;NR=51;PP=2782;SC=TCTAGAACACACCTGCTCTCC;SOR=1.092;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=143;TCF=91;TCR=52;TR=140;WE=60768251;WS=60768233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	60769406	rs35688424	T	C	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.344;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=25;PP=1000;ReadPosRankSum=1.274;SC=GTGCTTTGTATGTTTACTTAA;SOR=0.446;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=70;WE=60769414;WS=60769396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,98:0.68:144
chr17	60769803	rs3826537	A	G	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.732;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=514;ReadPosRankSum=-1.326;SC=TGAATGAGCAACAAGAATAGA;SOR=0.578;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=32;WE=60769811;WS=60769793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,58:0.55:105
chr17	60778932	rs2251393	G	A	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=12;PP=806;SC=AGAGTGGCACGAGGTGAAAAT;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=60778940;WS=60778922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	60779025	rs2251391	A	G	3386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=40;PP=1470;SC=AAGGGCTGGCAGGAGAGGTCT;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=91;WE=60779033;WS=60779015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	60813245	rs17683602	T	C	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=591;ReadPosRankSum=-0.107;SC=ATGCTAATTTTGGCCTTGGGA;SOR=0.576;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=31;WE=60813253;WS=60813235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,38:0.66:58
chr17	60813627	rs2041283	G	A	4452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.096;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,209:0.67:312
chr17	60814273	rs9891498	A	G	2634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=37;PP=1336;ReadPosRankSum=0.469;SC=TGTCCCCCCAAATCTACTTCT;SOR=0.534;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=120;TCF=66;TCR=54;TR=80;WE=60814281;WS=60814263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,116:0.70:165
chr17	60865766	.	TCA	T	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=3.504;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=-1.625;SOR=0.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,20:0.13:157
chr17	61315272	rs2460111	G	A	930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=3.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.607;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,64:0.25:251
chr17	61432774	rs4968765	A	G	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=182;ReadPosRankSum=1.596;SC=TCTGTGATAAACAATTCTGAG;SOR=1.204;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=12;WE=61432782;WS=61432764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,12:0.31:39
chr17	61457217	rs8065950	G	C	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=50;PP=1118;ReadPosRankSum=-0.338;SC=CCATTTTTCCGCCATCTCTAG;SOR=0.744;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=214;TCF=86;TCR=128;TR=83;WE=61457225;WS=61457207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,129:0.39:334
chr17	61473325	rs2270133	C	A	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.479;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,24:0.26:91
chr17	61548918	rs4277405	C	T	4454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.188;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=56;PP=1941;ReadPosRankSum=1.211;SC=GGGAGCCCTGCCATGCCATGT;SOR=0.558;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=174;TCF=96;TCR=78;TR=121;WE=61548926;WS=61548908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,203:0.71:287
chr17	61548948	rs4459609	C	A	4766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.359;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=66;PP=2145;ReadPosRankSum=1.321;SC=TATAGTATATCTATGCCCAGC;SOR=0.520;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=194;TCF=102;TCR=92;TR=134;WE=61548956;WS=61548938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,218:0.70:313
chr17	61556298	rs4295	C	G	2715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=25;PP=1410;ReadPosRankSum=-3.067;SC=GCTCCTCCTTCTAGCAGCGAG;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=133;TCF=92;TCR=41;TR=85;WE=61556306;WS=61556288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,120:0.66:183
chr17	61556527	rs4296	A	G	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=74;PP=2127;SC=GCTGCACTCCAGACCATGCAG;SOR=2.058;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=27;TCR=74;TR=101;WE=61556535;WS=61556517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	61600717	rs71376915	A	G	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.254;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=773;ReadPosRankSum=0.164;SC=CCGAGGACAGACGGAGACGCC;SOR=0.372;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=45;WE=61600725;WS=61600707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,50:0.62:80
chr17	61607708	rs7221517	T	C	6661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=73;PP=2965;SC=AGGGCTCTCATGGCAGGCCAG;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=112;TCR=74;TR=185;WE=61607716;WS=61607698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	61611423	rs7225568	T	C	3598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=140;NR=82;PP=2965;SC=TGCTCAGCGATCAGGACGAAT;SOR=3.564;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=224;TCF=141;TCR=83;TR=222;WE=61611431;WS=61611413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr17	61615371	rs4465659	T	G	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=37;PP=2593;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GGTAAGCCCTTGGTGGTGTGG;SOR=1.198;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=90;TCR=39;TR=126;WE=61615379;WS=61615361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr17	61615660	rs148485289	T	TG	3444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=78;PP=1629;SC=GCCCCGGGCGTGGGGGGGAGC;SOR=2.045;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=11;TCR=86;TR=88;WE=61615668;WS=61615650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	61621805	rs8070334	T	G	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=56;PP=1914;SC=TGGGGGCTGGTCATGGGTAGC;SOR=0.828;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=61621813;WS=61621795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chr17	61660889	rs66502552	CG	C	8212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=66;PP=2972;SC=TTAGCCGGGCCGGGGGGTGGC;SOR=1.170;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=122;WE=61660897;WS=61660879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
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chr17	61766880	rs1877316	C	A	3450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=45;PP=1576;ReadPosRankSum=-0.236;SC=GACTTGCTCTCCTCTGGCCCT;SOR=0.510;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=165;TCF=105;TCR=60;TR=118;WE=61766888;WS=61766862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,160:0.72:221
chr17	61769456	rs7211213	T	C	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=282;ReadPosRankSum=0.144;SC=GACTCCCCTTTGCTAAATCCT;SOR=0.560;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=17;WE=61769464;WS=61769446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,16:0.62:26
chr17	61776479	rs1877317	T	C	2530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5007;FS=0.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=34;PP=1341;ReadPosRankSum=-1.105;SC=AGGCCCTGGATCAGGGCTGCA;SOR=0.849;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=76;WE=61776487;WS=61776469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,108:0.87:124
chr17	61776538	rs3817181	G	C	3437.89	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=45;PP=1319;ReadPosRankSum=0.668;SC=AAAGGGGGCCGGCAAACTCTG;SOR=0.614;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=50;TCR=51;TR=90;WE=61776546;WS=61776528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:19,155:0.89:174
chr17	61781980	rs66871703	TG	T	2242.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.640;QD=29.90;ReadPosRankSum=3.793;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,67:0.89:75
chr17	61781984	rs372457035	G	T	1157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.674;QD=21.44;ReadPosRankSum=-0.070;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,45:0.83:54
chr17	61782325	rs9897229	T	C	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=60.11;MQRankSum=-0.949;NF=12;NR=14;PP=312;ReadPosRankSum=-0.903;SC=TCTGCCATGCTCAGGTGGATC;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=26;WE=61782333;WS=61782315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,47:0.48:97
chr17	61783908	rs3817182	A	G	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.68;ReadPosRankSum=-0.328;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr17	61805607	rs2137144	G	A	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=3.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=-2.144;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,131:0.66:199
chr17	61805747	rs4968597	G	A	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.262;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=28;PP=686;ReadPosRankSum=0.687;SC=TACTGTGTAGGCCTACTTCAG;SOR=1.211;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=43;WE=61805755;WS=61805737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,69:0.74:93
chr17	61829157	rs11283431	A	ATAGTGTT	1383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.205;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.046;NF=12;NR=5;PP=1044;ReadPosRankSum=-0.026;SC=ATTCTTCTTTATAGTGTTATC;SOR=1.718;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=17;WE=61829165;WS=61829147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,32:0.49:65
chr17	61829989	rs3785572	C	T	1255.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=721;ReadPosRankSum=-0.828;SC=TAAGCAAGCACAGGCTTATAG;SOR=0.788;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=42;WE=61829997;WS=61829979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr17	61838196	rs374704881	CA	C	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.786;QD=2.04;ReadPosRankSum=1.105;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,14:0.35:40
chr17	61838259	rs11654841	G	A	3339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=28;PP=1076;ReadPosRankSum=0.663;SC=GAAAACCAGCGGGAAGAATAC;SOR=0.726;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=104;TCF=60;TCR=44;TR=68;WE=61838267;WS=61838249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,161:0.71:228
chr17	61877666	rs3833115	AAT	A	640.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=520;ReadPosRankSum=0.276;SC=TGTTCTTCTGAATATTGCTAT;SOR=1.136;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=13;WE=61877675;WS=61877656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr17	61884120	rs2251164	G	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=517;ReadPosRankSum=-1.268;SC=GTAGAACCTTGTTGATAAGGA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=28;WE=61884128;WS=61884110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,31:0.76:41
chr17	61888461	rs56197520	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=0.548;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,50:0.26:192
chr17	61888693	rs2584629	T	A	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=279;SC=GGGATAGACGTAACAAGACTG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=61888701;WS=61888683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	61889213	rs3217509	G	GA	3867.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.468;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=41;PP=2685;ReadPosRankSum=0.358;SC=GATGCAGGTAGAAATATAATG;SOR=0.795;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=114;TCF=49;TCR=65;TR=74;WE=61889221;WS=61889203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,162:0.59:276
chr17	61898063	rs3833114	C	CGCTTGAACCTGGAAGACGG	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.205;NF=2;NR=2;PP=2084;ReadPosRankSum=2.274;SC=CAAGGAGAATCAGGCTGCAGT;SOR=0.760;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=4;WE=61898071;WS=61898053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	61898135	rs2665836	C	A	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.239;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,36:0.43:83
chr17	61901197	rs2727288	T	A	4413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=46;PP=1882;ReadPosRankSum=-0.483;SC=CGGATGGTGCTCAAGGAGAAC;SOR=0.585;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=122;TCR=70;TR=126;WE=61901205;WS=61901187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,205:0.67:305
chr17	61901439	rs2584627	T	C	4593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=70;PP=2112;ReadPosRankSum=-0.103;SC=CCCAGCTCCTTTCACCTCTTC;SOR=0.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=204;TCF=93;TCR=111;TR=130;WE=61901447;WS=61901429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,208:0.65:320
chr17	61901641	rs894407	T	C	7929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1773;ReadPosRankSum=-0.569;SC=TTCCCAGACTTTTCCCCTGGA;SOR=0.813;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=166;TCF=89;TCR=77;TR=102;WE=61901649;WS=61901631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,210:0.68:308
chr17	61901657	rs894406	A	G	8437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.383;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=49;PP=1641;ReadPosRankSum=0.683;SC=CTGGACACCCAGTCCACACCT;SOR=0.789;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=185;TCF=100;TCR=85;TR=113;WE=61901665;WS=61901647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,233:0.68:341
chr17	61901880	rs752621	G	C	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.518;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=38;PP=795;ReadPosRankSum=0.853;SC=TAAATCAAAAGGCTCAGGCCC;SOR=1.227;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=78;TCF=25;TCR=53;TR=52;WE=61901888;WS=61901870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,61:0.68:90
chr17	61902822	rs716880	C	G	6950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=1.134;SC=AATTAGTTGACGCACTCTGCA;SOR=0.662;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=284;TCF=169;TCR=115;TR=219;WE=61902830;WS=61902812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,302:0.73:414
chr17	61903445	rs2584625	G	C	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=4;PP=903;ReadPosRankSum=-1.104;SC=GTGATGTCCTGCTGGAGAGTC;SOR=1.940;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=64;TCF=54;TCR=10;TR=41;WE=61903453;WS=61903435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,46:0.59:78
chr17	61904337	rs141581810	TCCACTTCCAGTTTC	T	1352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=2970;ReadPosRankSum=0.036;SC=AGCACCAGATTCCACTTCCAG;SOR=0.788;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=14;WE=61904358;WS=61904327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,35:0.56:63
chr17	61904465	rs28362566	C	CG	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=172;ReadPosRankSum=0.562;SC=ATGCAGCTAACTACTTCCGCT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=61904473;WS=61904455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr17	61904724	rs2665834	T	C	2164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.36;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,102:0.63:162
chr17	61904728	rs2727287	G	A	4313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.51;ReadPosRankSum=-0.675;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,114:0.65:176
chr17	61906846	rs2665833	T	C	2534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,124:0.65:192
chr17	61908055	rs55833669	CT	C	892.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.313;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.700;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.133;SOR=1.142;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,60:0.77:78
chr17	61908271	rs968719	C	T	3494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.045;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=58;PP=1688;ReadPosRankSum=1.031;SC=TGGCTCTGAACTGGTACAGAA;SOR=1.095;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=127;TCF=52;TCR=75;TR=92;WE=61908279;WS=61908261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,151:0.67:224
chr17	61908316	rs7220892	G	A	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.820;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=51;PP=1498;ReadPosRankSum=-1.009;SC=CTAGCAATGTGAGAAGCAAGA;SOR=0.986;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=122;TCF=55;TCR=67;TR=83;WE=61908324;WS=61908306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,128:0.62:205
chr17	61912261	rs2665832	C	T	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=246;ReadPosRankSum=0.995;SC=CCTGGAGCTCCGGATACTGAA;SOR=0.446;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=17;WE=61912269;WS=61912251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr17	61958669	rs2006123	G	T	10865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=829;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=175;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=2.545;SC=GCGGGGGAAAGTCACCCCTTC;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=477;TCF=259;TCR=218;TR=324;WE=61958677;WS=61958659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,525:0.64:816
chr17	61986027	rs2854152	A	G	1793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=11;PP=1168;SC=CTTACACCAAATTACCCCAAT;SOR=2.419;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=43;TCR=12;TR=53;WE=61986035;WS=61986017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	61987405	rs2006122	A	T	3101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.900;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.919;NF=55;NR=39;PP=1634;ReadPosRankSum=-0.566;SC=ATGAAGAATAAGGTGAGTTCT;SOR=0.889;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=94;WE=61987413;WS=61987395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,139:0.69:201
chr17	61987570	rs2727307	G	T	3040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=1.288;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=1.443;QD=7.42;ReadPosRankSum=-2.000;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:309,101:0.25:410
chr17	61987576	rs2246207	G	A	3074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FS=1.939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=1.390;QD=7.69;ReadPosRankSum=-1.955;SOR=0.825;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:304,96:0.24:400
chr17	61988014	rs2006208	G	A	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.703;NF=44;NR=54;ReadPosRankSum=0.319;SC=CTGCATTTTCGCTTCAGAAAA;SOR=0.881;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=285;TCF=138;TCR=147;TR=98;WE=61988022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,114:0.34:340
chr17	61988594	rs138842521	G	T	2338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.316;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.984;NF=40;NR=26;PP=1080;ReadPosRankSum=0.663;SC=CCTGAGTGGTGCGGGGAGTCG;SOR=0.588;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=61;TCR=37;TR=66;WE=61988602;WS=61988584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,108:0.67:161
chr17	61995030	rs2665802	A	T	917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.272;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQ=59.97;MQRankSum=-2.100;NF=27;NR=13;PP=447;ReadPosRankSum=0.239;SC=TCAGGGCCTGACTGCTAAAAA;SOR=0.835;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=134;TCF=85;TCR=49;TR=40;WE=61995038;WS=61995029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,57:0.31:183
chr17	61996199	rs695	T	A	3312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.06;MQRankSum=-3.409;QD=12.18;ReadPosRankSum=-1.952;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,158:0.58:272
chr17	61996204	rs6171	T	C	9801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.08;QD=36.44;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr17	61996255	rs2005172	A	C	8574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.23;QD=25.91;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr17	61996273	rs11568828	T	C	1593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=2.159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-4.754;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.146;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,93:0.33:278
chr17	62006497	rs1051684	A	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=4;PP=492;SC=TGGGGGGTCCAGGAAAGGGGT;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=62006505;WS=62006487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	62007498	rs2070776	A	G	11355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=160;NR=96;PP=2965;SC=ACTTCTGCTGACAGAAGTAGA;SOR=1.065;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=256;TCF=160;TCR=96;TR=256;WE=62007506;WS=62007488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr17	62018773	rs2070720	T	C	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=-1.990;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:339,170:0.33:509
chr17	62019103	rs56342400	G	T	9142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=616;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.649;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=83;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.293;SC=ACATATCATCGATGCCCGACT;SOR=0.792;SbPval=0.73;Source=Platypus;TCF=165;TR=195;WE=62019111;WS=62019093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,418:0.69:609
chr17	62020348	rs2058194	T	C	10754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=157;NR=133;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.460;SC=TGGCTCTGGTTGTCTGTCTCC;SOR=0.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=291;TCF=158;TCR=133;TR=290;WE=62020356;WS=62020338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,416:1.00:417
chr17	62020563	rs150461653	CAGAGATGACAGAG	C,CAG	1872.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.382;NF=1,1;NR=60,60;PP=763,1089;ReadPosRankSum=2.192;SC=ACAGAGATGACAGAGATGACA;SOR=1.574;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=72;TCF=1;TCR=71;TR=61,61;WE=62020585;WS=62020553;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.46,0.46:71
chr17	62022659	rs58028318	A	AG	2387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=18;PP=2358;SC=GTACAACGAGAGGACCGGGGT;SOR=1.931;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=59;TCF=38;TCR=21;TR=56;WE=62022667;WS=62022649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	62025238	rs13341114	G	T	412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=235;ReadPosRankSum=0.050;SC=GGGCCAGCGTGGGGGGACTCA;SOR=0.657;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=16;WE=62025246;WS=62025228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,20:0.43:47
chr17	62041068	rs6504191	T	C	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=34;PP=1497;SC=TCTCCGCTGCTGCTCTGCCTC;SOR=1.008;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=89;WE=62041076;WS=62041058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr17	62041317	rs2331408	G	T	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=180;SC=CAAACTTAGTGCAGGTGGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=62041325;WS=62041307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	62042078	rs2877373	T	C	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=8;PP=205;SC=TCCCATGACGTCCACCTCCTT;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=62042086;WS=62042068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	62045293	rs11418006	C	CA	244.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=4.140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.098;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr17	62045555	rs7218917	G	A	6366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=97;PP=2778;ReadPosRankSum=-1.513;SC=TGTTGGTGTCGTTGAACGGCG;SOR=0.565;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=288;TCF=134;TCR=154;TR=187;WE=62045572;WS=62045545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,294:0.67:439
chr17	62048467	rs2302236	A	G	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.670;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,35:0.29:121
chr17	62049235	rs9892013	A	G	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=29;PP=938;SC=GCCGGCCGGGACAGGCATGTC;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=62049243;WS=62049225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	62049738	rs41280108	G	A	4158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=48;PP=1933;ReadPosRankSum=-0.947;SC=TGATGGCCCCGCGCCTGACTA;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=99;TCR=66;TR=121;WE=62049746;WS=62049728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,186:0.75:247
chr17	62075994	rs76735942	G	GA	3660.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=32;SC=CACTGGCCGGGGGGGTTGGGG;SOR=1.090;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=62076002;WS=62075984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr17	62079286	rs12939821	G	A	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.715;SC=ATCAGTCCCTGCCCCACGCCA;SOR=0.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=66;TCR=82;TR=90;WE=62079294;WS=62079276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,144:0.60:242
chr17	62080969	rs4141180	A	C	6345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=47;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.745;SC=AAAGTGACTTATCACTCCCAA;SOR=0.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=139;TCF=91;TCR=48;TR=137;WE=62080977;WS=62080959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr17	62083929	rs6504194	A	G	5048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=59;PP=2204;SC=CACAGGGAACAGGGCACCCCC;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=128;WE=62083937;WS=62083919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr17	62121480	rs196912	T	C	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=463;ReadPosRankSum=0.811;SC=GGAAGCGAGATGTGAAGTAGC;SOR=0.644;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=36;WE=62121488;WS=62121470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,65:0.74:88
chr17	62122145	rs196915	A	G	1296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	62122677	rs196917	G	A	3131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=24;PP=1887;SC=AGGCGGCAGCGACTTTTGCAA;SOR=1.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=70;TCR=24;TR=94;WE=62122685;WS=62122667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	62123022	rs196918	C	T	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=345;SC=CTGTTCCTCACGAAGCACAGG;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=62123030;WS=62123012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	62125272	rs196923	A	G	4754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=50;PP=1905;SC=GTTTGAGCACATGCTTCGCTG;SOR=0.878;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=120;TCF=67;TCR=53;TR=116;WE=62125280;WS=62125262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	62125411	rs75933115	T	C	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.693;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=37;PP=1030;ReadPosRankSum=1.005;SC=TACCAAAAACTTTAAAAAGCT;SOR=0.627;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=56;WE=62125419;WS=62125401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,100:0.71:141
chr17	62130389	rs10689374	G	GCCT	1792.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=19;PP=1051;SC=GCAACCCCAGGCCTCCTCCAA;SOR=1.347;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=20;WE=62130397;WS=62130379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr17	62130937	rs196929	T	C	114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=-0.589;SC=CTCAAGTTCATTGCCTCATAT;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=62130945;WS=62130927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr17	62132309	rs196931	C	T	621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=12;PP=289;SC=AGGCACTGCACCCCAGACTGC;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=62132317;WS=62132299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	62132330	.	G	A	21	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=29;MQ=60.0;NF=1;NR=3;PP=21;QD=13.9428031368;SC=TGCTCAGCAAGAGCCTGCCAG;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=4;WE=62132338;WS=62132320;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,4:0.29:14
chr17	62141455	rs187826	A	G	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=59;PP=1904;SC=CCTTGTCCCCAATGGTGACGC;SOR=1.012;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=99;WE=62141463;WS=62141445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	62144344	rs16947425	C	A	1815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.464;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=41;PP=848;ReadPosRankSum=0.507;SC=ATCTTGCAACCACATCCTCTA;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=163;TCF=52;TCR=111;TR=61;WE=62144352;WS=62144334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,101:0.38:269
chr17	62145672	rs196939	A	G	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.562;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=269;ReadPosRankSum=2.587;SC=CAGACCAGCCAGCCCATTACC;SOR=0.745;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=24;WE=62145680;WS=62145662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,53:0.50:105
chr17	62145728	rs196940	A	G	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=1.229;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,24:0.45:53
chr17	62156933	rs196947	T	C	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=7;PP=419;SC=AAGCTCCAGGTGGGAGACACA;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=62156941;WS=62156923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	62158012	rs196950	T	C	2174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=22;PP=1088;ReadPosRankSum=-0.587;SC=AGACTTTATATGTCACTCACT;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=116;TCF=81;TCR=35;TR=74;WE=62158020;WS=62158002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,98:0.64:152
chr17	62158278	rs196951	T	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.179;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=33;PP=626;ReadPosRankSum=1.171;SC=TTCTCCCTCCTGTTAACCTAC;SOR=1.071;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=62;TCF=13;TCR=49;TR=40;WE=62158286;WS=62158268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr17	62158300	rs196952	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-2.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=28;PP=640;ReadPosRankSum=0.111;SC=TGGGCTAGTGCACGTGAAGGT;SOR=1.329;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=3;TCR=38;TR=30;WE=62158308;WS=62158290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,32:0.78:41
chr17	62158319	rs196953	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=450;ReadPosRankSum=1.231;SC=GTTATATGCATTTTTGTATCA;SOR=1.532;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=21;WE=62158327;WS=62158309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr17	62232073	rs4968693	A	T	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=29;PP=1337;SC=GGATATTAATAAAAAAACCAT;SOR=1.165;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=69;WE=62232081;WS=62232063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	62254983	rs1967130	G	A	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=6;PP=98;SC=GTCCCACATTGTATTGGTGAC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=62254991;WS=62254973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr17	62265838	rs36104018	TC	T	5487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=54;PP=2493;SC=GTAAGCGGACTCCCTGAGAAA;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=62;WE=62265846;WS=62265828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	62270785	rs2166290	T	C	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=15;PP=1274;SC=GTCATGAGAATGCACATTAGG;SOR=2.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=50;TCR=15;TR=64;WE=62270793;WS=62270775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr17	62385609	rs113369705	A	AAAAC,AAAACAAAC	2557.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=47.37;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,27,27:0.50,0.50:54
chr17	62386078	rs28670385	T	C	2495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.490;NF=22;NR=59;PP=1802;ReadPosRankSum=1.592;SC=GGAAAGGAAATTGGCCACTAT;SOR=0.841;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=22;TCR=60;TR=81;WE=62386086;WS=62386068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,87:0.99:88
chr17	62401118	rs2812	T	C	3308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=37;PP=1621;SC=ATACAGGGATTATCTGTTCTT;SOR=0.899;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=86;WE=62401126;WS=62401108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr17	62406971	rs2070783	A	G	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=23;PP=1292;SC=GGAAGAATTCATGTGAATGCA;SOR=1.257;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=72;WE=62406979;WS=62406961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	62461735	rs8067243	C	T	791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=3.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.763;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=551;ReadPosRankSum=-0.069;SC=TACAGACATACGGGAGTGGGG;SOR=1.609;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=29;WE=62461743;WS=62461725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr17	62463825	rs199721035	T	TG	2004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=1545;SC=CTGAGGCAGGTGATTACTTGA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=62463833;WS=62463815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr17	62476375	rs9908620	A	C	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.014;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=516;ReadPosRankSum=0.352;SC=TCTTGAATAAATACACTCTTT;SOR=0.246;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=29;WE=62476383;WS=62476365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,45:0.79:57
chr17	62476638	rs7225672	T	C	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=211;ReadPosRankSum=1.203;SC=TATGTGATGTTAATGTTTATA;SOR=0.914;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=11;WE=62476646;WS=62476628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr17	62479028	rs70937066	T	TA	949.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.880;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.055;NF=12;NR=13;PP=891;ReadPosRankSum=1.201;SC=TAAACTCATTTAACTCACCTG;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=25;WE=62479036;WS=62479018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,38:0.50:76
chr17	62481801	rs7223078	A	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.653;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=10;PP=806;ReadPosRankSum=-2.861;SC=AAACAAACCCATATTTTTAGT;SOR=0.185;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=63;TCF=53;TCR=10;TR=52;WE=62481809;WS=62481791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,55:0.79:70
chr17	62492413	rs3744409	A	G	1398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.965;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=5;PP=878;ReadPosRankSum=-0.619;SC=ATGAGAACTAACTAACTTCCT;SOR=1.634;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=61;TCF=48;TCR=13;TR=39;WE=62492421;WS=62492403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,55:0.65:85
chr17	62492582	rs1427463	C	T	5872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=82;PP=2855;ReadPosRankSum=-0.615;SC=TCAAGAAATGCTACTAGCTGT;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=253;TCF=136;TCR=117;TR=176;WE=62492590;WS=62492572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,262:0.72:366
chr17	62499701	rs9896462	G	C	2160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.181;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=48;PP=1292;ReadPosRankSum=1.337;SC=TAAGGAAAGAGAAACAGCTTT;SOR=0.433;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=113;TCF=34;TCR=79;TR=72;WE=62499709;WS=62499691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,94:0.63:149
chr17	62500753	rs2075552	C	T	2997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.395;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=37;PP=1399;ReadPosRankSum=2.077;SC=CTAGAATCCACGATCGAGTTA;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=129;TCF=80;TCR=49;TR=92;WE=62500761;WS=62500743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,139:0.67:207
chr17	62501006	rs6504237	C	T	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=27;PP=597;ReadPosRankSum=-1.037;SC=TGGCTATACCCAGGTTTCTGT;SOR=0.765;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=33;WE=62501014;WS=62500996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,41:0.63:65
chr17	62501856	rs16947825	C	G	7561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=86;PP=2962;ReadPosRankSum=1.438;SC=CCTCCCGAAACGCCGCACCTA;SOR=0.653;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=365;TCF=221;TCR=144;TR=214;WE=62501864;WS=62501846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,351:0.61:571
chr17	62501928	rs2075551	C	G	9704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=744;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.329;SC=CGCTCCCTCTCAACTCCCTCA;SOR=0.689;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=472;TCF=226;TCR=246;TR=266;WE=62501936;WS=62501918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,460:0.62:743
chr17	62501967	rs2075550	A	G	7620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.773;SC=CCGCCCCGACAGCTCCCCAAT;SOR=0.653;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=413;TCF=182;TCR=231;TR=223;WE=62501975;WS=62501957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,369:0.60:617
chr17	62503131	rs3744407	T	C	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=324;ReadPosRankSum=0.969;SC=CGCGCCCCAGTGTCGGGTCTG;SOR=0.385;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=26;WE=62503139;WS=62503121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr17	62528251	rs71831837	G	GT	576.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.108;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.891;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.546;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,44:0.65:68
chr17	62574803	rs112909827	A	G	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.534;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=26;PP=550;ReadPosRankSum=-0.494;SC=CAAATTACCAATCTATTTTAT;SOR=0.260;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=2;TCR=36;TR=28;WE=62574811;WS=62574793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,33:0.77:43
chr17	62587143	rs8068867	T	C	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=1.886;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.74;ReadPosRankSum=2.287;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,58:0.67:87
chr17	62754586	rs9908143	T	C	7172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.132;SC=TAAGTTTTCATCCCTTTCCAA;SOR=0.545;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=71;TCR=101;TR=170;WE=62754594;WS=62754576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,269:0.99:272
chr17	62758984	rs11374577	G	GC	929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=944;SC=TAAGTTAAAAGTAAAGCTAAT;SOR=4.091;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=62758992;WS=62758974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	62782689	rs6504255	T	C	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.83;QD=25.90;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	62782879	.	T	G	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.785;ClippingRankSum=0.000;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.007;NF=25;NR=40;PP=1066;ReadPosRankSum=-1.927;SC=ATACACCCCGTCTGCGATCTG;SOR=0.766;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=95;TCF=38;TCR=57;TR=65;WE=62782887;WS=62782869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,93:0.66:140
chr17	62811109	rs200464705	A	C	1268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.10;MQRankSum=-2.642;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.695;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,58:0.68:85
chr17	62820746	rs9915020	G	T	2289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=20;PP=1615;SC=ATCTCACTTGGGGGTGACAGC;SOR=1.967;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=61;TCR=20;TR=81;WE=62820754;WS=62820736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr17	62855003	.	T	TA	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.109;ClippingRankSum=0.000;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=4.843;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.000;QD=0.91;ReadPosRankSum=1.061;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,34:0.20:173
chr17	62924044	rs6504263	G	A	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=45;PP=1165;SC=ATACACTTACGTTACAAATTC;SOR=4.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=2;TCR=46;TR=47;WE=62924052;WS=62924034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	62952689	rs3960389	C	G	4856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.97;QD=26.40;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	63052344	rs12945514	G	T	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=641;SC=GCGACACAGCGGACCAGGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=63052352;WS=63052334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	63052361	rs7216195	C	G	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=12;PP=801;SC=GGCGGTGCCCCGCCCCGCACC;SOR=0.735;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=36;WE=63052369;WS=63052351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	63133804	rs2585858	A	G	2673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;QD=25.46;SOR=0.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	63532767	rs28684769	C	G	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.212;NF=4;NR=20;PP=397;ReadPosRankSum=-0.259;SC=CTATTCTGCTCAGAGAGAGAG;SOR=1.246;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=60;TCF=15;TCR=45;TR=24;WE=63532787;WS=63532757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,32:0.42:77
chr17	63533768	rs1133683	G	A	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=10;PP=262;ReadPosRankSum=-0.622;SC=AGCGGGAGCGGGGGCTATAGC;SOR=0.593;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=19;WE=63533776;WS=63533758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,33:0.31:106
chr17	63533789	rs9915936	T	C	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,35:0.35:101
chr17	63534250	rs8078753	T	C	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=0.525;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr17	63633073	rs2107654	T	C	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=211;ReadPosRankSum=-1.888;SC=AGCACTGGGATGAGAAGGGGG;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=16;WE=63633081;WS=63633063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,17:0.81:21
chr17	63685174	rs11079582	C	T	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.714;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=16;PP=657;ReadPosRankSum=2.163;SC=GTGTGAGCCACTGCACCTGGC;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=46;TCR=25;TR=45;WE=63685182;WS=63685164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,72:0.61:118
chr17	63739352	rs12948946	A	G	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=471;ReadPosRankSum=-1.889;SC=TGAAAACAGCATGCTATAACT;SOR=0.828;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=32;WE=63739360;WS=63739342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,65:0.71:91
chr17	64023624	rs17704679	T	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=244;ReadPosRankSum=1.513;SC=ATTACCTTTTTTTCATAGATG;SOR=0.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=16;WE=64023632;WS=64023614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr17	64023642	rs11079628	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.196;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr17	64023781	rs11079629	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TGTCAAACTTCAGTTCAGAGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=64023789;WS=64023771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr17	64024255	rs56239919	A	T	136.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=70.00;QD=34.21;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,4:1.00:4
chr17	64024255	.	A	AT	112	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=73;MMLQ=28;MQ=70.0;NF=4;NR=0;PP=112;QD=43.9614401178;SC=CTACATCTCAAAGCATCAATC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=64024263;WS=64024254;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	64024303	rs4277386	G	A	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.835;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.975;NF=8;NR=1;PP=142;ReadPosRankSum=0.086;SC=TATACAATGCGATAAAAGAAT;SOR=1.347;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=9;WE=64024311;WS=64024293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr17	64024340	rs9901053	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.633;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.522;NF=18;NR=5;PP=405;ReadPosRankSum=-1.565;SC=CATTTCTGAGTTTTATTTTTT;SOR=1.494;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=23;WE=64024348;WS=64024330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr17	64024375	rs9899985	G	A	1126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.036;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.782;NF=22;NR=8;PP=458;ReadPosRankSum=0.601;SC=TGATACATCTGAATCAAGAAA;SOR=1.075;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=30;WE=64024383;WS=64024365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,54:0.64:85
chr17	64025331	rs11652766	A	G	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=377;ReadPosRankSum=0.759;SC=GCTCATAATCATTTACAAGAT;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=30;WE=64025339;WS=64025321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr17	64025435	rs60700240	T	TTAATCA	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=2;PP=80;ReadPosRankSum=-0.084;SC=ATGAAATTTTTTAATCAGCTA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=2;WE=64025443;WS=64025425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr17	64025926	rs9908964	G	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=2;PP=520;SC=GCAGATAACTGATACAGTTAA;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=64025934;WS=64025920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	64049733	rs1401049	A	G	1650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=16;PP=934;ReadPosRankSum=0.128;SC=GTAGGAAGGTAAAGTTTTTCT;SOR=0.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=97;TCF=68;TCR=29;TR=57;WE=64049741;WS=64049723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,73:0.58:125
chr17	64050007	rs11079637	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=185;ReadPosRankSum=1.124;SC=GCTACATCAGGAAATCAAGAG;SOR=0.903;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=14;WE=64050015;WS=64049997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr17	64050062	rs1401048	G	A	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=0.595;SC=GTAATTCAGCGGAAAAAATGG;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=3;WE=64050070;WS=64050052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr17	64062830	rs908713	T	A	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=25;PP=1096;SC=ATCAAATTTTTTTCTCCACAT;SOR=1.096;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=64062838;WS=64062820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	64128760	rs229854	A	T	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=4.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=0.861;SOR=1.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr17	64173170	rs2159557	A	G	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=-1.643;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,96:0.72:134
chr17	64550701	rs35476409	AGGTG	A	3670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=45;PP=2060;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TCCGAAGGTAAGGTGGGTGAC;SOR=0.672;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=76;TCF=4;TCR=72;TR=47;WE=64550712;WS=64550691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,91:0.71:129
chr17	64735035	rs5821506	C	CT	3012.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=58;PP=1791;ReadPosRankSum=0.510;SC=TGGAAACTTCCTTTTTTCCCC;SOR=0.719;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=97;TCF=6;TCR=91;TR=61;WE=64735043;WS=64735025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,145:0.68:212
chr17	64737717	rs3803821	T	A	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=29;PP=966;ReadPosRankSum=-2.225;SC=TTTGAGAATGTAAAGTATACA;SOR=0.562;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=64;WE=64737725;WS=64737707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,96:0.65:148
chr17	64783081	rs6504459	G	A	5205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.377;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=73;PP=2316;ReadPosRankSum=2.548;SC=GGCTGTTTCTGTCTGCAAAGG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=121;TCR=104;TR=158;WE=64783089;WS=64783071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,249:0.63:394
chr17	64784939	rs73994621	T	C	2620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,123:0.68:182
chr17	64785022	rs2228945	G	A	2238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=46;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.176;SC=ACGTGAGAGAGCATGCCTTCT;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=58;TCR=65;TR=85;WE=64785030;WS=64785012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,105:0.68:154
chr17	64785191	rs11420909	T	TG	1693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=30;PP=1461;SC=AGGAGGCCGGTGCCCCTGGCT;SOR=1.708;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=1;TCR=31;TR=31;WE=64785211;WS=64785181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	64785203	rs9898776	G	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=428;ReadPosRankSum=1.079;SC=CCCCTGGCTTGTACAGGGTGA;SOR=0.627;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=26;WE=64785211;WS=64785181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr17	64961275	.	C	CA	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=4.079;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=4.729;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,11:0.30:37
chr17	65104743	rs11653020	G	A	5667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=71;PP=2569;SC=TGGGTATGGAGCGCTGCCCTG;SOR=0.729;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=80;TCR=72;TR=149;WE=65104751;WS=65104733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr17	65119931	.	CTG	C	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=15;MMLQ=27;MQ=60.67;NF=1;NR=3;PP=45;QD=12.0;SC=TCCAAAGTGACTGTGTGTGTG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=4;WE=65119940;WS=65119921;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,4:0.22:18
chr17	65528801	rs2304278	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.118;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=1;PP=249;ReadPosRankSum=0.609;SC=ATGTGGCTGCCTTCTCTTCTC;SOR=3.105;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=13;WE=65528809;WS=65528791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr17	65548540	rs2916133	G	T	809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=-0.703;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,48:0.34:141
chr17	65574283	rs2570035	A	G	1759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.714;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=836;ReadPosRankSum=-0.030;SC=GCTAATGAAAATTTGCTTTTC;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=150;TCF=78;TCR=72;TR=60;WE=65574291;WS=65574273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,97:0.37:264
chr17	65574399	rs147251366	C	T	1311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.628;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=533;ReadPosRankSum=0.242;SC=TTCCATGCTGCGCTCGCCTCG;SOR=0.840;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=161;TCF=72;TCR=89;TR=51;WE=65574407;WS=65574389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,82:0.32:257
chr17	65574437	rs8082003	A	G	2336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=52;PP=1353;ReadPosRankSum=0.373;SC=AGCACTTCTCACAGCCCCTCT;SOR=0.650;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=82;WE=65574445;WS=65574427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,105:0.70:149
chr17	65665608	rs36013607	AT	A	406.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.68;ReadPosRankSum=-1.509;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr17	65683387	rs12939664	G	A	767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=2.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.71;ReadPosRankSum=0.236;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,47:0.29:163
chr17	65714359	rs3760226	G	A	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=56;PP=1636;SC=AGTGAGGTCTGGAATCTGGCT;SOR=4.582;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=4;TCR=57;TR=60;WE=65714367;WS=65714349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	65718798	rs5821454	TA	T	87.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=14.63;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	65718839	rs999043	C	T	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=71;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=6;PP=180;SC=GTTGCCCTGTCACCCAGGCTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=65718847;WS=65718829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr17	65722849	rs3744268	G	A	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=32;PP=818;SC=TTTTCATTTCGTTATTACCCA;SOR=2.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=65722857;WS=65722839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	65730404	rs4790943	G	A	2916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=31;PP=1286;SC=ATATTTAACTGTAACTCCCCC;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=65730412;WS=65730394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	65732959	rs7223990	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=6;PP=204;SC=TATCCTTACAACTCTTAGAGC;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=65732967;WS=65732949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	65734514	rs1542610	A	G	4427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=78;PP=2226;SC=TCTTTATAGGATATAGTTATA;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=48;TCR=78;TR=126;WE=65734522;WS=65734504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr17	65735872	rs12948027	A	G	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=5;PP=140;SC=CACTGCAGCTAGAAATGGGGA;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=65735880;WS=65735862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	65736725	.	C	CAA	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr17	65737016	rs34886243	CT	C	396.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=8.695;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.19;MQRankSum=0.920;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.493;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,24:0.86:28
chr17	65739789	rs2286917	A	G	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=30;PP=1241;SC=TCCTTAAATAACTTACTCATG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=63;WE=65739797;WS=65739779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	65821481	rs12945266	C	T	1752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=15;PP=1101;SC=AGCCCAGGCGCCCAGGGCTCC;SOR=1.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=57;WE=65821489;WS=65821471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	65822410	rs35711041	G	A	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.56;MQRankSum=-1.127;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr17	65882457	rs8072824	T	A	1297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.21;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	65907278	rs34038380	A	G	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.119;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=17;PP=513;ReadPosRankSum=0.419;SC=GGTATAGGAAAGACTTCTACA;SOR=0.519;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=124;TCF=74;TCR=50;TR=39;WE=65907286;WS=65907268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,50:0.28:176
chr17	65955651	rs8068790	T	C	2977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=25;PP=1571;SC=CTTTAATTGATAACAGGAAGA;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=56;TCR=25;TR=81;WE=65955659;WS=65955641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr17	65962538	rs5821446	A	AT	1362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=10;PP=1018;SC=TTAGGTAACTATTACTAGAGC;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=25;WE=65962546;WS=65962528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	65972188	rs61489754	TA	T	316.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.63;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	65988049	rs9891146	T	C	5766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=81;NR=63;PP=2674;SC=TGGGTATGAATTGCACCTTGA;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=144;WE=65988057;WS=65988039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	65989048	rs28368756	T	C	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	66036943	rs141699894	T	TG	1692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=4.486;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.74;MQRankSum=0.365;QD=28.69;ReadPosRankSum=-1.557;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr17	66038181	rs62084696	C	G	4622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr17	66039350	rs4638	A	G	5014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=63;PP=2605;SC=ATCCAGAAGTATTAGCAGATA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=127;WE=66039358;WS=66039340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr17	66039618	rs35594666	G	A	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=394;SC=TCAGGAGTTCGAGACCAGCCT;SOR=2.215;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=66039626;WS=66039608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	66039938	rs144471912	AT	A	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=2.052;QD=0.51;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,21:0.19:111
chr17	66122027	rs374673808	TA	T	100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.40;ReadPosRankSum=-1.502;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,22:0.31:72
chr17	66195421	rs71387380	A	G	751.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=392;ReadPosRankSum=-0.525;SC=GGGCCCCGACAGCACCCCCGC;SOR=0.713;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=112;TCF=46;TCR=66;TR=34;WE=66195429;WS=66195411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,46:0.32:146
chr17	66246416	rs3213690	A	G	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.463;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=418;ReadPosRankSum=-0.104;SC=TGAGAAATTAAATGCTGGGGA;SOR=1.309;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=27;WE=66246424;WS=66246406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,31:0.28:111
chr17	66250522	rs35309522	C	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=91;ReadPosRankSum=-0.790;SC=CTCATTCTGTCACTGTTTGTC;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=6;WE=66250530;WS=66250512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr17	66250552	rs77962247	G	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=119;ReadPosRankSum=-0.663;SC=TAGGTGTGGGGATATTCAGCT;SOR=0.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=11;WE=66250560;WS=66250542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr17	66364691	rs1558876	C	G	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=1;PP=648;SC=TGTTTCAGCACCAGCGGGAGG;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=66364699;WS=66364681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	66364749	rs1558877	T	C	2342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=19;PP=1350;SC=TGCCCTTACCTGTGACTCAGC;SOR=1.754;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=50;TCR=19;TR=69;WE=66364757;WS=66364739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	66364804	rs1558878	T	C	6151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=55;PP=2735;SC=TGCAGGGCTCTGGGAGATGGA;SOR=1.174;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=156;TCF=101;TCR=55;TR=156;WE=66364812;WS=66364794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr17	66420766	rs3785605	T	C	438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=297;ReadPosRankSum=0.628;SC=CCTGTAATCCTAGCACTTTGG;SOR=0.551;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=57;TCF=10;TCR=47;TR=20;WE=66420774;WS=66420756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr17	66425995	rs3785610	T	G	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=6.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.932;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr17	66425995	.	TCC	GCT	367	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=9;NR=1;PP=367;QD=42.0467874862;SC=CTCCCAAGGTTCCGGGATTAC;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=10;WE=66426005;WS=66425985;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:32,10:0.24:42
chr17	66425997	rs3785611	C	T	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.967;SOR=1.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,11:0.23:47
chr17	66430923	rs10445211	A	G	303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.597;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=167;ReadPosRankSum=1.431;SC=TATGTGCCATATCAACAATTC;SOR=0.399;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=14;WE=66430931;WS=66430913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr17	66440514	rs1030098	T	C	832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=7;PP=535;ReadPosRankSum=0.008;SC=GAGATAAACCTCACTAAGACT;SOR=0.271;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=52;TCF=42;TCR=10;TR=30;WE=66440522;WS=66440504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,36:0.59:61
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chr17	66447073	rs2302783	T	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=19;PP=421;SC=TTACATGGATTGATCACTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=66447081;WS=66447063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	66449122	rs883541	G	A	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	66453305	rs71378928	C	G	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=2;PP=823;SC=GTGGGGGGTGCGGCAAACCCC;SOR=5.283;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=26;WE=66453313;WS=66453295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	66453320	rs67556103	A	C	526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=556;ReadPosRankSum=0.780;SC=AACCCCACTGAAGGGGTACGG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=22;WE=66453328;WS=66453310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,21:0.58:36
chr17	66453344	rs76441646	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=254;ReadPosRankSum=1.660;SC=TAACAAGATCCCAATGCGTCC;SOR=0.664;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=57;TCF=43;TCR=14;TR=18;WE=66453352;WS=66453334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,22:0.34:65
chr17	66453410	rs71378929	C	T	3011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=40;PP=1116;ReadPosRankSum=-1.536;SC=CCACAAGCTGCTCTCAGGACG;SOR=0.686;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=85;WE=66453418;WS=66453400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,146:0.72:203
chr17	66453572	rs146213184	GGCCCGGGAA	G	2401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.708;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=29;PP=2938;ReadPosRankSum=-0.849;SC=TCGGGGGCTCGGCCCGGGAAG;SOR=1.115;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=5;TCR=56;TR=32;WE=66453588;WS=66453562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,62:0.57:109
chr17	66520112	rs28730841	G	A	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.475;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=289;ReadPosRankSum=-0.422;SC=GAAATTCACGGAAGAGACATG;SOR=0.853;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=47;TCR=35;TR=25;WE=66520120;WS=66520102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,44:0.34:131
chr17	66523772	rs3785905	G	A	161.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=126;SC=TAATATTGGCGGAAAATAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=66523780;WS=66523768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	66524987	rs2302230	G	A	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	66526027	rs2302231	G	T	3491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.59;ReadPosRankSum=1.220;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,141:0.99:142
chr17	66533655	rs2907373	A	G	7181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=67;PP=2965;SC=GTCTGGGGCCAACTGTTCCAC;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=95;TCR=67;TR=162;WE=66533663;WS=66533645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr17	66533979	rs2286556	C	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.430;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr17	66536219	rs2286558	G	C	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=20;PP=592;SC=AGACAGGGGTGTGAACGAAGC;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=66536227;WS=66536209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr17	66536749	rs2015212	C	T	3067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.567;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,150:0.61:246
chr17	66538239	rs2302234	G	T	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=4.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.54;ReadPosRankSum=-1.949;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,78:0.30:263
chr17	66538418	rs2302235	G	A	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.708;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=37;PP=929;ReadPosRankSum=1.196;SC=CTCACAGCTCGGGAAGAGAAA;SOR=1.946;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=7;TCR=48;TR=41;WE=66538426;WS=66538408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr17	66539721	rs74000753	G	A	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=14;PP=756;ReadPosRankSum=1.280;SC=ACCCCTCCCAGAGGATTGGTC;SOR=0.610;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=50;WE=66539729;WS=66539711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
chr17	66872802	rs1481	G	C	3935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.764;NF=52;NR=59;PP=1421;ReadPosRankSum=1.007;SC=AGGTCTTCACGGGAGACTTCA;SOR=0.655;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=111;WE=66872810;WS=66872792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,187:0.68:275
chr17	66880081	rs8080098	A	G	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.059;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=118;ReadPosRankSum=-0.822;SC=TTCAATATCAAAGATATACTA;SOR=1.402;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=7;WE=66880089;WS=66880071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr17	66880371	rs1470293	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=28;ReadPosRankSum=0.385;SC=ATAGATACCTGTATCTCTAAC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=66880379;WS=66880361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr17	66880405	rs3744492	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=-1.812;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr17	66883719	rs6501839	A	G	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=22;PP=538;ReadPosRankSum=0.862;SC=AACTATTCAAACAAAACCTTT;SOR=0.725;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=33;WE=66883727;WS=66883709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,33:0.65:51
chr17	66887675	rs34001235	C	T	3320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.014;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1291;ReadPosRankSum=2.635;SC=GTGGGCAACTCGATGTTAAAA;SOR=0.913;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=116;TCF=64;TCR=52;TR=84;WE=66887683;WS=66887665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,155:0.68:228
chr17	66890118	rs4147999	A	G	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.638;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=56;ReadPosRankSum=1.235;SC=TGTTTTGTTCATTTTATTTTA;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=5;WE=66890126;WS=66890108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
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chr17	66925910	rs4147977	T	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.872;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr17	66925923	rs4147976	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.92;ReadPosRankSum=-1.599;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,13:0.23:56
chr17	66928350	rs4148017	CA	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.53;ReadPosRankSum=-0.350;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,28:0.18:159
chr17	66933003	rs4147967	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=314;ReadPosRankSum=1.398;SC=TAGTGATGCTCTAATTTGGCA;SOR=0.425;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=17;WE=66933011;WS=66932993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr17	66938260	rs4147957	A	G	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.334;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.27;ReadPosRankSum=-0.153;SOR=0.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,6:0.18:33
chr17	66972250	rs2191212	A	T	1010.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.993;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,59:0.34:174
chr17	66985397	.	TCACA	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=112;ReadPosRankSum=0.712;SC=TCTCTCTCTCTCACACACACA;SOR=0.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=66985408;WS=66985387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr17	66985992	rs2302294	T	G	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=0.723;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,61:0.31:197
chr17	66986162	rs9902444	A	C	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=66;PP=1942;SC=TTTCCTTATAAAAAATCATGA;SOR=1.389;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=29;TCR=66;TR=95;WE=66986170;WS=66986152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	67023755	rs6501947	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=0.167;SC=TTTTATGGCTATGTGACATCT;SOR=0.892;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=40;TCF=25;TCR=15;TR=10;WE=67023763;WS=67023745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr17	67024585	rs12940103	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.926;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.555;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr17	67028260	rs2302291	T	C	7644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=66;PP=2965;SC=TGATGGCTTCTTTCCCACAGA;SOR=0.960;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=101;TCR=67;TR=166;WE=67028268;WS=67028250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr17	67031369	rs1860448	T	C	3996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=36;PP=1652;SC=AAAGTGAAAGTGTTACCTTAA;SOR=1.017;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=58;TCR=36;TR=94;WE=67031377;WS=67031359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	67031457	rs1860447	C	T	7040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=74;PP=2408;SC=TGCAGGAAGACGTGTATACAA;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=74;TCR=75;TR=147;WE=67031465;WS=67031447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr17	67047047	rs35873471	AT	A	258.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.83;MQRankSum=0.640;NF=9;NR=1;PP=363;ReadPosRankSum=1.144;SC=TTGAAAAAAAATCTAGCTTGT;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=10;WE=67047055;WS=67047039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr17	67075294	rs2302289	C	T	3879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=49;NR=38;PP=1467;SC=CAGGAAAATGCATGTTGCTTT;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=87;WE=67075302;WS=67075284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr17	67080770	rs11657954	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=4.300;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.07;ReadPosRankSum=-0.937;SOR=0.343;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,33:0.36:91
chr17	67081660	rs35438104	C	CA	45.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=1.465;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	67081732	rs2302133	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,19:0.30:63
chr17	67081830	rs2302134	T	C	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,58:0.30:195
chr17	67082962	rs740516	C	G	920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=26;PP=610;ReadPosRankSum=0.364;SC=ATGTCATAAGCCAAACCATAT;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=16;TCR=34;TR=38;WE=67082970;WS=67082952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,42:0.72:58
chr17	67101718	rs7212506	C	T	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=125;SC=ACATAGCATACATTATATTTT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=67101726;WS=67101708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	67109662	rs11659091	G	A	160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.193;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=193;ReadPosRankSum=-0.872;SC=CTCTCTTGATGCATTACAATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=5;WE=67109681;WS=67109656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr17	67109673	rs7504026	A	G	208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.925;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=193;ReadPosRankSum=0.439;SC=CATTACAATGAAAGCTCTACC;SOR=1.609;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=7;WE=67109681;WS=67109656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr17	67109894	rs9282552	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=4.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.983;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=-0.183;SC=TGAGAAAATACGCAACTTTTA;SOR=1.829;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=13;WE=67109902;WS=67109884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,14:0.21:67
chr17	67125840	rs4968839	C	T	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.076;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=0.949;SC=ATAATTGTAACGAATATGGAA;SOR=0.967;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=16;WE=67125848;WS=67125830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr17	67132022	rs7219200	T	C	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.903;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=6;PP=352;ReadPosRankSum=0.042;SC=TGCATCTGCATGCTCAACACA;SOR=0.999;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=68;TCR=20;TR=28;WE=67132030;WS=67132012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,32:0.30:108
chr17	67150176	rs2886232	T	C	4892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=77;PP=2335;SC=AATGTCAGATTCACCTTTGGT;SOR=1.160;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=40;TCR=78;TR=117;WE=67150184;WS=67150166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr17	67152190	rs147419758	C	A	203.88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.9784;FS=3.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=-0.660;SC=TAATTTATTACCTACAAGATT;SOR=2.093;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=12;WE=67152198;WS=67152180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr17	67152893	rs10605889	CAAAT	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.824;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr17	67160186	rs7208382	T	C	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.880;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=345;ReadPosRankSum=0.490;SC=TTATGCAATATATATATTTAG;SOR=0.968;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=51;TCF=30;TCR=21;TR=24;WE=67160194;WS=67160176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr17	67170736	rs740520	A	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.048;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;ReadPosRankSum=0.178;SC=TGTGGAAAAAATGATCACTTA;SOR=1.410;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=15;WE=67170744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr17	67171748	rs12940557	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=0.736;SC=GAAAAACTCTAGAAGCATTCA;SOR=1.483;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=7;WE=67171756;WS=67171738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr17	67178316	rs4968849	A	G	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.615;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.86;ReadPosRankSum=0.294;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr17	67178954	rs4968851	C	T	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.176;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-0.685;NF=6;NR=10;PP=181;ReadPosRankSum=-0.648;SC=TTGATCCTAACATAGTGGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=16;WE=67178962;WS=67178944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr17	67178976	rs60708995	GA	G	230.87	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=4.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.781;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.071;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr17	67181540	rs11658738	C	A	567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.827;SOR=0.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,17:0.46:37
chr17	67181548	rs11655199	T	G	574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
chr17	67188576	rs8070232	A	G	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=145;SC=AGACATTTTGAGCTGTTTATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=67188584;WS=67188566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr17	67188668	rs8074259	T	C	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=14;PP=587;SC=CATATTAATATGCTCATTTAA;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=40;WE=67188676;WS=67188658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	67193150	.	A	AGGGAGG	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.998;NF=4;NR=0;PP=120;ReadPosRankSum=-0.705;SC=CCGTGGACAGAGGGAGGGGGA;SOR=1.371;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=4;WE=67193158;WS=67193140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr17	67211058	rs9909045	T	A	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=5.441;HP=7;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=80;ReadPosRankSum=0.241;SC=CAATTTTTTTTAAAAAATAGT;SOR=3.611;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=67211066;WS=67211048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr17	67212031	rs11077414	A	G	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=27;PP=636;ReadPosRankSum=0.995;SC=GAAGTTGTCTATATAACACAG;SOR=0.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=100;TCR=87;TR=57;WE=67212039;WS=67212021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,112:0.32:352
chr17	67212423	rs9909216	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.973;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=226;ReadPosRankSum=1.293;SC=AATACAATTGGGATTGATGTT;SOR=0.495;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=18;WE=67212431;WS=67212413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr17	67212574	rs9912127	A	C	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.422;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=77;ReadPosRankSum=0.210;SC=GAAATGGTTAAGAGTAAAAGC;SOR=0.446;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=10;WE=67212582;WS=67212564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr17	67212595	rs11868981	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=0.643;SC=TCTGAAATCAGGACTAAATTT;SOR=0.569;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=8;WE=67212603;WS=67212585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr17	67215712	rs12941264	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.254;SOR=0.454;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr17	67219703	rs11655507	G	A	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=353;ReadPosRankSum=0.029;SC=TATTAACTTTGTATCTCACTC;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=28;WE=67219711;WS=67219693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,28:0.33:85
chr17	67245941	rs1420904	G	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=191;SC=TACAACATAAGTGCTTTTCAA;SOR=1.179;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=12;WE=67245949;WS=67245938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	67251995	rs78837144	A	G	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr17	67257689	rs111243629	ACAT	A	223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CTTACAAAAGACATGTAACAT;SOR=0.582;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=3;WE=67257699;WS=67257679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr17	67267317	rs557491	T	C	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=27;PP=996;ReadPosRankSum=-0.430;SC=TCTGAATGCATCACATTTAAA;SOR=0.791;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=66;WE=67267325;WS=67267307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,136:0.64:212
chr17	67273882	rs536009	C	A	2669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=31;PP=1100;SC=CTCACTAGAGCAGCCTTGGTT;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=67273890;WS=67273872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	67279959	.	C	CAGTA	148	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MMLQ=15;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=148;QD=58.6666666667;SC=CTATCACTATCAGTATCTCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=67279967;WS=67279949;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	67279979	rs531586	A	C	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.5564;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=0;PP=116;SC=TTACTTATTTACTTATTTCTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=7;WE=67279987;WS=67279969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr17	67280225	rs113812582	A	C	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.026;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr17	67280310	rs564426	A	C	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=190;SC=ACAGCCTGTGAAACATATCAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=67280318;WS=67280300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr17	67290644	rs2441358	C	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=183;ReadPosRankSum=-0.443;SC=ACCTGGGTGACAGAGCGAGAC;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=13;WE=67290652;WS=67290634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr17	67293535	rs487382	A	G	1260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=27;PP=846;SC=GAGTTACCATAATTAGTTTTT;SOR=1.414;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=41;WE=67293543;WS=67293525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	67293580	rs568536	C	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=245;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CATATGACAACCTGCATCTAA;SOR=0.368;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=14;WE=67293588;WS=67293570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr17	67502138	rs2074027	G	A	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.185;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=426;ReadPosRankSum=0.024;SC=ACCTGAAATAGTCATCTTATC;SOR=3.180;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=20;WE=67502146;WS=67502128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr17	67512924	rs35105918	G	GTT	6974.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.914;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.642;NF=31;NR=52;PP=2968;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TATCCTCAGTGGTGTGTGATT;SOR=0.512;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=134;TCF=58;TCR=76;TR=83;WE=67512932;WS=67512914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,174:0.65:266
chr17	67513003	rs1133228	C	A	6993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.832;NF=95;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.397;SC=TAGACCACCTCGAGATTTAGA;SOR=0.699;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=305;TCF=149;TCR=156;TR=201;WE=67513011;WS=67512993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,331:0.64:514
chr17	67513055	rs2251855	A	G	4967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.826;HP=5;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.684;NF=64;NR=92;PP=2338;ReadPosRankSum=-0.699;SC=GTAAGAAAAAATCATGTCTGC;SOR=0.628;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=249;TCF=104;TCR=145;TR=156;WE=67513063;WS=67513045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,236:0.64:368
chr17	67519542	rs2251160	G	A	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-2.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=10;PP=886;ReadPosRankSum=-1.739;SC=GTGTTGGGCAGCTTGGGGAAA;SOR=0.477;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=69;TCR=17;TR=50;WE=67519557;WS=67519532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,57:0.61:93
chr17	67521241	rs2716206	C	A	1264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=32;PP=724;ReadPosRankSum=-0.110;SC=TCCTGCTGAGCTGGTAGGAGA;SOR=0.602;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=48;WE=67521249;WS=67521231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,58:0.68:85
chr17	67522919	rs2074030	C	T	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=579;ReadPosRankSum=-1.099;SC=TTTCTTCCATCGGGGTTGAAT;SOR=0.527;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=35;WE=67522927;WS=67522909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr17	67522975	rs2074031	T	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=282;ReadPosRankSum=1.351;SC=GAGTATGCCCTCTCTGCTGGA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=20;WE=67522983;WS=67522965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr17	68172326	rs173135	C	T	4293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.508;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=54;PP=2059;ReadPosRankSum=0.162;SC=AAGTTGCCCTCACAAGCAAAG;SOR=0.946;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=217;TCF=119;TCR=98;TR=131;WE=68172334;WS=68172316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,196:0.62:317
chr17	68172543	rs55970278	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.717;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,16:0.20:80
chr17	69334502	rs199921000	CT	C	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=3.264;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.77;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=1.284;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr17	69334553	rs4401085	G	C	1729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=21;PP=965;ReadPosRankSum=0.399;SC=GTGTCTAGGTGTGGTTACTTT;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=61;WE=69334561;WS=69334543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,85:0.64:133
chr17	69334821	rs35675188	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.654;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,15:0.20:74
chr17	69334969	.	TTTATTTCCTTTCTTTCTTTC	T	1128	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=23;MQ=64.9;NF=1;NR=16;PP=1128;QD=68.3529411765;SC=CTTTGTTTCTTTTATTTCCTT;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=17;WE=69335001;WS=69334959;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr17	69334972	rs4996843	A	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.67;MQRankSum=3.605;QD=24.76;ReadPosRankSum=1.264;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,25:0.71:35
chr17	69334992	rs4996844	C	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=67.11;MQRankSum=4.109;QD=32.31;ReadPosRankSum=-1.046;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,17:0.77:22
chr17	69334996	rs4996845	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=67.00;MQRankSum=3.424;QD=37.16;ReadPosRankSum=-3.883;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr17	70645032	rs61736066	G	A	4471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=62;PP=1653;ReadPosRankSum=-0.359;SC=GATGGGCTCAGCCAGCACCAC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=63;TCR=81;TR=110;WE=70645040;WS=70645022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,206:0.78:265
chr17	70645446	rs3924958	A	G	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.436;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1291;ReadPosRankSum=-0.092;SC=TGCTGTCTGGAATAGGTGCTC;SOR=0.850;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=74;WE=70645454;WS=70645436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,90:0.66:137
chr17	70845688	rs12449747	C	A	607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.812;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=403;ReadPosRankSum=1.981;SC=ACAATTGCCCCTTCCCCTTTT;SOR=2.788;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=70845696;WS=70845678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr17	70845949	.	CA	C	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.038;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=3.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.587;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.402;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,55:0.40:139
chr17	70846027	rs4998297	G	A	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=45;PP=1347;SC=AGCTACAGCAGGAAGAAGCTT;SOR=1.116;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=70846035;WS=70846017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr17	70846116	rs4436821	C	T	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=246;SC=CACTGCAGCCCCAACTTCCCG;SOR=1.508;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=70846124;WS=70846106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	70943990	rs2466517	T	C	4139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=43;PP=1420;SC=AGTGCCAGGGTCGTCTGGGGG;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=36;TCR=43;TR=79;WE=70943998;WS=70943980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
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chr17	71189155	.	A	AGG	70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=7;HapScore=2;MGOF=17;MMLQ=24;MQ=60.29;NF=2;NR=0;PP=70;QD=48.0;SC=AAGATGGCGGAGGGGGCGGGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=2;WE=71189163;WS=71189145;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,2:0.15:13
chr17	71189182	rs3764359	A	G	299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.08;ReadPosRankSum=1.691;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,19:0.32:59
chr17	71192468	rs1052705	C	T	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=1.619;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr17	71192663	rs1052706	G	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.932;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=13;PP=519;ReadPosRankSum=1.971;SC=AGCCATCCCAGGAGAAGTTCT;SOR=1.190;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=142;TCF=85;TCR=57;TR=42;WE=71192671;WS=71192653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,57:0.30:189
chr17	71192873	rs11544800	A	G	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=38;PP=830;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GGCAGGTGGCAGCCGCCAGCC;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=60;TCR=99;TR=60;WE=71192881;WS=71192863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,91:0.40:230
chr17	71192955	rs1010442	C	T	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.611;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=16;PP=303;ReadPosRankSum=1.005;SC=GGGTTTATGGCGTTTGTCTTC;SOR=1.802;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=19;WE=71192963;WS=71192945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr17	71193460	rs140691967	C	A	3613.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=61;PP=1844;ReadPosRankSum=-0.165;SC=GCCAGAAGGACTGCTGCCAGA;SOR=0.858;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=163;TCF=76;TCR=87;TR=113;WE=71193468;WS=71193450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,171:0.64:266
chr17	71193594	rs7221701	G	A	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=272;ReadPosRankSum=1.414;SC=TTTGCTCAGCGTCTACCGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=26;WE=71193602;WS=71193584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,37:0.33:113
chr17	71193633	rs11658510	G	A	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=3.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.250;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=534;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CTCTGGGGATGGAGCAGTGAA;SOR=1.002;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=28;WE=71193641;WS=71193623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,30:0.59:51
chr17	71195949	rs1009110	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.104;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=256;ReadPosRankSum=0.481;SC=CTCCCTGTTTCAATATGCACT;SOR=1.329;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=18;WE=71195957;WS=71195939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr17	71196809	rs1026128	A	G	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.080;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=483;ReadPosRankSum=0.233;SC=TTACTTACCAATGAGTCCACC;SOR=0.914;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=41;WE=71196817;WS=71196799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,58:0.37:156
chr17	71196995	rs1026129	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=56;ReadPosRankSum=-0.357;SC=GATTTCTGTCGCTTCCCAAGT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=71197003;WS=71196985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr17	71197200	rs1026130	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=5;PP=485;SC=TGTTTTGAAATGTCCTTAAAG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=71197208;WS=71197195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	71197748	rs1037256	G	A	1844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=678;ReadPosRankSum=0.246;SC=GCATTGAAGAGGGTGTGCAAG;SOR=0.626;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=66;TCR=102;TR=52;WE=71197756;WS=71197738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,104:0.34:304
chr17	71201675	rs3829571	T	C	5339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=59;PP=1893;SC=GGGTGGGGACTGGGAATTCAT;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=57;TCR=59;TR=116;WE=71201683;WS=71201665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	71203231	rs57965299	CAAAAA	C	401.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.09;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr17	71205854	rs8387	A	G	1795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.469;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=697;ReadPosRankSum=-1.114;SC=TGTCCGGGCTATTGATGCTGC;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=147;TCF=73;TCR=74;TR=51;WE=71205868;WS=71205844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,96:0.37:258
chr17	71206030	rs11655892	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.634;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=361;ReadPosRankSum=0.000;SC=GATGAAGACATATACTGGGCT;SOR=0.166;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=18;WE=71206038;WS=71206020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr17	71208647	rs10717516	GC	G	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=0.511;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,17:0.21:82
chr17	71208960	rs11655656	T	C	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=571;ReadPosRankSum=-1.220;SC=CGTACTATAATAGCACAAGGG;SOR=0.627;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=6;TCR=43;TR=26;WE=71208968;WS=71208950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,32:0.59:54
chr17	71223424	rs71154980	GA	G	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.28;ReadPosRankSum=0.989;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,9:0.38:24
chr17	71223501	rs17184168	T	C	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=47;ReadPosRankSum=-1.006;SC=ATTTGCCCTCTGGCCTGAGAA;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=5;WE=71223509;WS=71223491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr17	71231604	rs3751925	A	C	1317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=879;ReadPosRankSum=1.684;SC=TCTCACATTTACCTTTTTCAG;SOR=0.749;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=149;TCF=108;TCR=41;TR=59;WE=71231612;WS=71231594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,72:0.34:210
chr17	71232687	rs745143	T	C	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=15;PP=619;ReadPosRankSum=2.369;SC=TTTAAGTTTGTTCATTCCGAG;SOR=0.930;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=142;TCF=82;TCR=60;TR=41;WE=71232695;WS=71232677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,62:0.32:193
chr17	71232804	rs904384	C	A	10596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.11;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
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chr17	71232807	rs904383	T	C	1717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.043;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:232,103:0.31:335
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chr17	71238693	rs1566288	T	C	77.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.965;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=-0.431;SC=CTACCATTTATTCAACAGCTT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=71238701;WS=71238683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr17	71239000	rs2270726	T	C	210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=7.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.212;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr17	71239016	rs2270727	C	T	207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr17	71239087	rs1566290	G	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=1.744;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr17	71239190	rs2270728	A	T	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=0.767;SC=CCATTCCGTTATGTGGACCTC;SOR=0.507;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=14;WE=71239198;WS=71239180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,25:0.45:56
chr17	71239214	rs138600770	GAA	G	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.27;ReadPosRankSum=1.690;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr17	71239227	.	T	TG	475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.62;ReadPosRankSum=-0.837;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,13:0.59:22
chr17	71239234	.	T	TTTTG	502.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.94;ReadPosRankSum=-0.676;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,12:0.57:21
chr17	71244630	rs8915	C	T	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=53;PP=1995;SC=TAAGAAGCAACGCTTAGATCT;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=112;TCF=58;TCR=54;TR=110;WE=71244638;WS=71244620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	71334473	rs3195414	G	A	7050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=79;PP=2507;ReadPosRankSum=-2.448;SC=CCCCAGCTCCGTGTAATTCCC;SOR=0.699;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=294;TCF=163;TCR=131;TR=182;WE=71334481;WS=71334463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,339:0.69:490
chr17	71344584	rs4969105	G	A	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=44;PP=2965;SC=GGAGGGGACAGATGGCCCATA;SOR=1.488;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=107;TCR=45;TR=151;WE=71344592;WS=71344574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr17	71344889	rs9905883	C	T	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=31;PP=905;SC=GGAGTGGGGCCGAGAGGTGCA;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=71344897;WS=71344879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	71346329	.	T	TGGGCACTGCTGGGCCTGGCCCCCCACCC	1301	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MMLQ=21;MQ=65.09;NF=11;NR=2;PP=1301;QD=102.0;SC=TCTCCCCACCTGGGCACTGCT;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=13;WE=71346337;WS=71346319;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:10,13:0.57:23
chr17	71346347	.	G	GC	1430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.35;QD=46.15;SOR=5.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	71346353	.	A	C	1149	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=21;MQ=64.97;NF=45;NR=17;PP=1149;QD=19.0930840733;SC=CCTGGCCCCCAACCCACGCAG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=62;WE=71346361;WS=71346343;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	71346353	.	A	ACCCGGGCACTGCTGGGCCTGGCCCCCC	2621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.75;QD=70.86;SOR=3.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	71346750	rs1995163	C	G	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=55;NR=35;PP=1798;SC=ATACATAAAACTCAAGTCCAG;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=55;TCR=35;TR=90;WE=71346758;WS=71346740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	71346943	rs4969107	A	G	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=35;PP=1064;SC=GAGCACAGATAGTCAGGTATA;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=53;WE=71346951;WS=71346933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr17	71347027	rs12449590	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=410;SC=ACAATCTATGGGAAGGCAGGG;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=71347035;WS=71347017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	71353985	rs2279730	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=384;ReadPosRankSum=-0.772;SC=TGGTCCTCAGTTAGCACTAAC;SOR=0.815;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=21;WE=71353993;WS=71353975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr17	71358045	rs11657033	T	C	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=28;PP=456;ReadPosRankSum=0.367;SC=CTGGAGGCCATGGGGAAGGGG;SOR=0.599;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=16;TCR=39;TR=40;WE=71358053;WS=71358035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,48:0.71:68
chr17	71365150	.	CA	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=0.722;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,12:0.26:46
chr17	71365314	rs867998	A	G	1142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=474;ReadPosRankSum=-1.434;SC=GCGCTGGCACATCAGCACTTA;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=36;WE=71365322;WS=71365304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,54:0.74:73
chr17	71375794	rs62072075	C	T	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=293;ReadPosRankSum=0.017;SC=GAGGCACCCCCGCCATTCTAG;SOR=0.680;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=27;WE=71375802;WS=71375784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,39:0.39:99
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chr17	71382747	rs7212508	T	C	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=27;PP=803;SC=CGCCCCATGCTCCCACCAAGG;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=71382755;WS=71382737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
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chr17	71397366	rs11653524	G	A	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=1053;ReadPosRankSum=-0.091;SC=GAGAGCCGCCGTGTTGGCATG;SOR=0.697;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=69;WE=71397374;WS=71397356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,124:0.61:203
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chr17	71415245	rs8071352	G	A	2463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=16;PP=1249;SC=GTCCACTCCCGATCTTCCCCC;SOR=1.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=47;TCR=16;TR=63;WE=71415253;WS=71415235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	71418605	rs9894213	T	C	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=62;PP=1883;SC=CAGAAGTGGGTATCTTGGGTG;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=27;TCR=63;TR=89;WE=71418613;WS=71418595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	71420035	rs6501636	T	C	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=23;PP=1355;SC=TCTGCCGGGGTCTGGGAGGGC;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=68;WE=71420043;WS=71420025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr17	71433756	rs35400033	A	T	1473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=1130;ReadPosRankSum=2.533;SC=ACAGCCAGACAGACTCTCTGC;SOR=0.708;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=24;WE=71433766;WS=71433746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,38:0.52:73
chr17	71433758	rs34305420	A	AG	1464.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=1134;ReadPosRankSum=2.113;SC=AGCCAGACAGACTCTCTGCCT;SOR=0.644;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=17;WE=71433766;WS=71433746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,39:0.53:74
chr17	71443696	rs7224502	C	T	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.629;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=28;PP=918;ReadPosRankSum=-1.962;SC=CCCTGGAGCACCATTGCTAAG;SOR=0.609;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=67;WE=71443704;WS=71443686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,93:0.62:149
chr17	71443924	rs7209875	A	G	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=565;ReadPosRankSum=-0.048;SC=ACAGGGGCCTAAGGGGCTCTG;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=11;TCR=41;TR=30;WE=71443932;WS=71443914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,38:0.57:67
chr17	71452208	rs34494368	C	T	4023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=64;PP=1550;ReadPosRankSum=-0.210;SC=GCCGGGACAACGGCAGTAGGA;SOR=0.847;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=165;TCF=72;TCR=93;TR=112;WE=71452216;WS=71452198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,192:0.68:281
chr17	71503636	rs9895895	T	C	5041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=49;PP=2057;SC=TGAACTCCAGTGGCCAGCTGC;SOR=0.935;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=68;TCR=49;TR=117;WE=71503644;WS=71503626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	71746361	rs17782705	G	A	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=0.998;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=82;ReadPosRankSum=-0.289;SC=GGCCTGGCCTGAGCAGGTATG;SOR=1.802;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=7;WE=71746369;WS=71746351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr17	71746386	rs17191848	A	G	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=55;ReadPosRankSum=1.726;SC=CGACAACTGCAGAGAGTGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=7;WE=71746394;WS=71746376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr17	71746427	rs35481671	G	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.51;ReadPosRankSum=-0.194;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,13:0.48:27
chr17	71746435	rs34026863	C	T	463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
chr17	71746479	rs2683163	C	G	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=4.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=301;ReadPosRankSum=1.254;SC=GCTGCGAGCACAGCCAAAAAG;SOR=0.533;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=18;WE=71746487;WS=71746469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr17	71746508	rs2683162	T	C	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.949;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=323;ReadPosRankSum=0.649;SC=CTCCTGTCCCTGCGGTGGGCT;SOR=0.525;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=24;WE=71746516;WS=71746498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr17	71746796	rs2620035	A	G	790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,56:0.28:201
chr17	71824671	.	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=1.828;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.250;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr17	72209858	rs7206926	A	G	6144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FS=0.551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.97;ReadPosRankSum=1.069;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,292:0.66:440
chr17	72240168	rs35682745	G	A	2867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.05;ReadPosRankSum=-1.671;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,75:0.71:106
chr17	72240177	rs35999669	T	G	2815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.56;ReadPosRankSum=-0.704;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,73:0.69:106
chr17	72245613	rs1870991	A	G	1114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=698;ReadPosRankSum=1.996;SC=CCACTGACCAAGATGGCGGAG;SOR=0.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=41;WE=72245621;WS=72245603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr17	72245629	rs1870993	A	G	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=612;ReadPosRankSum=-0.838;SC=CGGAGGTGGCAGGGCCTTGCT;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=35;WE=72245637;WS=72245619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr17	72245953	rs1112216	G	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-2.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.316;NF=37;NR=0;PP=719;ReadPosRankSum=0.548;SC=GCCAGGTGGGGGGGTGGGAGG;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=55;TCR=9;TR=37;WE=72245961;WS=72245952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr17	72245986	rs36208397	CCACTGTGGGGCTCCTGGGAGACGGAGCCT	C	3103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=1167;SC=GGCCCCTCAGCCACTGTGGGG;SOR=4.174;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=3;WE=72246022;WS=72245976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	72246101	rs3897753	T	C	6330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=70;PP=2401;ReadPosRankSum=-0.693;SC=AGCGCGCACTTACCACCATGC;SOR=0.620;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=234;TCF=124;TCR=110;TR=147;WE=72246109;WS=72246091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,298:0.70:428
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chr17	72248363	rs4789639	C	T	1460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.772;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=600;ReadPosRankSum=-0.012;SC=TGTCCCTCCTCTTCCTCCAGG;SOR=0.379;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=43;WE=72248371;WS=72248353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,70:0.62:113
chr17	72248483	rs4789640	A	G	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.456;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=21;PP=630;ReadPosRankSum=-1.153;SC=TGATCTGTGCAGGGCCAAGGG;SOR=0.526;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=66;TCF=28;TCR=38;TR=39;WE=72248491;WS=72248473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,87:0.65:133
chr17	72248512	rs12600564	C	T	1212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.614;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=497;ReadPosRankSum=-0.567;SC=CACTTCACCACCAGGTGGGCT;SOR=0.188;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=31;WE=72248520;WS=72248502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,56:0.65:86
chr17	72248593	rs4789642	C	T	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=4.187;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=329;ReadPosRankSum=-1.298;SC=CTCTGCTCTACGATTTAGCTG;SOR=0.197;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=22;WE=72248601;WS=72248583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,34:0.85:40
chr17	72250110	rs8069056	G	C	1662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=1106;ReadPosRankSum=-0.207;SC=CCAGACCGTCGTGGGTATCCC;SOR=0.429;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=81;TCF=22;TCR=59;TR=58;WE=72250118;WS=72250100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,66:0.73:91
chr17	72250149	rs8074722	T	C	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.330;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=25;PP=483;ReadPosRankSum=-0.861;SC=ATTGCAAAGATGCAAGAAATC;SOR=1.085;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=31;WE=72250157;WS=72250139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,34:0.64:53
chr17	72281367	rs6501706	A	G	8258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=70;NR=111;PP=2965;SC=CCCCAGCTGCAAGAGCCCCAT;SOR=1.010;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=70;TCR=111;TR=181;WE=72281375;WS=72281357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr17	72283314	rs12452656	G	T	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-3.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=404;ReadPosRankSum=0.651;SC=GCAACTCCTTGCCATCGCTGC;SOR=0.916;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=23;WE=72283322;WS=72283304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,25:0.76:33
chr17	72285705	rs62065706	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=471;ReadPosRankSum=-2.248;SC=CACATCCAGCCTTCTGCTCTC;SOR=1.085;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=27;WE=72285713;WS=72285695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr17	72285906	rs62065707	G	A	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=543;ReadPosRankSum=0.150;SC=GGTGGCCTGGGAGGGCTGAGG;SOR=1.030;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=34;WE=72285914;WS=72285896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,61:0.60:101
chr17	72295966	rs34159194	C	T	5194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.247;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=70;PP=1763;ReadPosRankSum=0.290;SC=AGACGGGCACCGAGTGCTTCT;SOR=0.617;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=222;TCF=102;TCR=120;TR=137;WE=72295974;WS=72295956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,246:0.64:385
chr17	72297104	rs34880269	C	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.408;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.244;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr17	72297119	rs73995218	G	A	325.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5346;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=228;ReadPosRankSum=-0.509;SC=GGGTGAGGGCGGAGAAGGCAA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=14;WE=72297127;WS=72297109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr17	72297180	rs8076337	A	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=3;PP=119;ReadPosRankSum=2.130;SC=CCCTCCTCCCACCAGGTCATG;SOR=1.138;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=13;WE=72297188;WS=72297170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,16:0.30:53
chr17	72301432	rs8073660	A	G	6047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.721;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=999;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=86;PP=2581;ReadPosRankSum=1.251;SC=CGTCAGCTGAAAAGATTGTGT;SOR=0.667;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=570;TCF=314;TCR=256;TR=190;WE=72301440;WS=72301422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:644,343:0.35:987
chr17	72303449	rs11867486	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=0.636;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,29:0.25:116
chr17	72305534	rs2290955	C	T	1202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.039;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:297,93:0.24:390
chr17	72305688	rs2290956	T	C	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=3.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=0.515;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,43:0.35:124
chr17	72305753	rs2290957	C	T	2061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=36;PP=1115;SC=CACAACAGAACCACCTGGGGG;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=16;TCR=36;TR=52;WE=72305761;WS=72305743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	72305793	rs12051676	C	T	431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=213;ReadPosRankSum=-0.345;SC=AGCAGGTACCCGGCATCTCCT;SOR=0.440;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=17;WE=72305801;WS=72305783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr17	72306116	rs66769719	CCT	C	7296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=47;PP=2974;SC=TAACTTTGCTCCTCTCTCCTC;SOR=0.976;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=76;WE=72306125;WS=72306106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	72308319	rs1979370	G	A	2801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=22;PP=1042;SC=CATCATCTTCGCAGAGCTGAA;SOR=0.751;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=50;WE=72308327;WS=72308309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr17	72308403	rs4239008	G	A	469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.15;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	72308410	rs4239009	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.34;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	72308447	rs1979371	G	A	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=452;SC=TCTGCTTGCCGACTTCCTGGG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=72308455;WS=72308437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	72310476	rs2054400	G	A	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=81;PP=2470;SC=GTGGTGGGCTGGGAGCATCGG;SOR=1.441;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=121;TCF=40;TCR=81;TR=119;WE=72310484;WS=72310466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	72321928	rs7207519	T	C	597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=325;SC=GTGCAGACACTCACAGCACAG;SOR=1.931;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=72321936;WS=72321918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr17	72322997	rs141207337	CGGAGTGCCTGGTTCTT	C	1710.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.436;NF=0;NR=21;PP=2929;ReadPosRankSum=0.747;SC=GGATGGGGCCCGGAGTGCCTG;SOR=0.622;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=21;WE=72323020;WS=72322987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,43:0.88:49
chr17	72324649	rs11412158	G	GC	1218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.229;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=710;ReadPosRankSum=-1.739;SC=GAGCAGGTATGCAGGGCTCTG;SOR=0.450;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=22;WE=72324657;WS=72324639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,46:0.31:149
chr17	72330002	rs10625501	C	CTT	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=3.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr17	72332849	rs1111596	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=12;PP=699;SC=GAGACCCACAACTCTGAATCT;SOR=1.199;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=72332857;WS=72332839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	72338164	rs11285065	TC	T	3828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=58;PP=2354;SC=CAGGAGCCCCTCCCCCACCCT;SOR=1.247;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=70;TCF=6;TCR=64;TR=64;WE=72338172;WS=72338154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	72338765	rs12601559	G	A	3119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=36;PP=1536;ReadPosRankSum=-0.238;SC=TTCCTTCCTCGCAGGAGATGG;SOR=0.680;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=93;TCR=55;TR=97;WE=72338773;WS=72338755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,145:0.65:222
chr17	72339369	rs72852205	C	T	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=12;PP=273;ReadPosRankSum=-1.603;SC=TGCAGCTTCCCGGGGCGCTCA;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=18;WE=72339377;WS=72339359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,24:0.86:28
chr17	72339501	rs62063599	C	T	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=6;PP=862;ReadPosRankSum=-1.371;SC=GATTCAAACTCAGGACCCTGC;SOR=0.876;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=43;WE=72339509;WS=72339491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,57:0.70:81
chr17	72339542	rs72852209	C	T	2288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=26;PP=1104;ReadPosRankSum=-0.396;SC=CCCTGTGCCACGCTCACCACC;SOR=0.748;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=113;TCF=72;TCR=41;TR=76;WE=72339550;WS=72339532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,104:0.71:146
chr17	72340553	rs11870297	C	T	556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.470;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=16;PP=356;ReadPosRankSum=-1.138;SC=GCAGGAGGGGCGGGGACAGAA;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=22;WE=72340561;WS=72340543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr17	72344589	rs77434787	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.790;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.461;NF=9;NR=1;PP=131;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TAAGCATGTCGGAACCCTTGC;SOR=0.551;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=10;WE=72344597;WS=72344579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr17	72344723	rs75219617	TGTAA	T	2070.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.616;NF=6;NR=19;PP=991;ReadPosRankSum=-0.076;SC=CCCTGAGGGCTGTAAGTTTTA;SOR=0.649;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=25;WE=72344734;WS=72344713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,62:0.28:222
chr17	72346736	rs12451539	C	T	11518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.466;SC=TCCCAGGACCCTCCAGGCCCC;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=240;TCF=128;TCR=112;TR=237;WE=72346744;WS=72346726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,447:1.00:449
chr17	72346855	rs11077744	T	C	9507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=128;PP=2965;SC=GCTGGAAGCATGAGAAGTCCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=259;TCF=131;TCR=128;TR=259;WE=72346863;WS=72346845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr17	72348741	rs11655890	T	C	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=38;PP=1561;SC=CACAAATGGCTCCAGCTGCCC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=72348749;WS=72348731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr17	72348810	rs1814832	A	C	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=26;PP=1972;SC=CCACAGCTTAACCCCGAGGAC;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=83;WE=72348818;WS=72348800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	72349067	rs2280108	C	T	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=43;PP=930;ReadPosRankSum=-0.054;SC=TGCAGAACAGCGCCCTCCCTC;SOR=0.602;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=201;TCF=84;TCR=117;TR=74;WE=72349075;WS=72349057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,100:0.36:281
chr17	72350277	rs2382642	T	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=394;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TCTCGGGTTGTATGTTCCCCG;SOR=0.850;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=41;TCR=17;TR=22;WE=72350285;WS=72350267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,26:0.36:72
chr17	72350362	rs72852235	G	A	2236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.655;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=1129;ReadPosRankSum=-1.748;SC=GGCGGCGCTCGCGGGCCCTGG;SOR=0.453;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=70;WE=72350370;WS=72350352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,103:0.60:172
chr17	72351406	rs2271536	C	T	3174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1301;ReadPosRankSum=1.495;SC=GCCTGCCCCACGGCACAAGCA;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=59;TCR=61;TR=87;WE=72351414;WS=72351396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,147:0.64:228
chr17	72352638	rs141172104	C	CT	472.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=531;ReadPosRankSum=0.656;SC=AACCAGGCATCTTGTCTACCA;SOR=0.587;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=18;WE=72352646;WS=72352628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,22:0.35:62
chr17	72352686	rs55690660	G	A	2169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.306;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=1242;ReadPosRankSum=0.205;SC=TAGGGTGGCCGGCGCCTGGCC;SOR=0.434;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=119;TCF=81;TCR=38;TR=80;WE=72352694;WS=72352676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,99:0.66:149
chr17	72356484	rs11870955	T	A	830.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=531;ReadPosRankSum=-0.230;SC=TGCATGGGTGTGAGCAGAGGG;SOR=1.981;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=27;WE=72356492;WS=72356474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,33:0.89:37
chr17	72357585	rs6501712	A	G	182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=108;ReadPosRankSum=2.364;SC=GTTTCCCAGCACGGCCTTCCC;SOR=0.914;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=10;WE=72357593;WS=72357575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
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chr17	72366695	rs2382647	C	A	7360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
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chr17	72463003	rs72844338	G	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=64;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CGCAGAATGCGGTGCGCTCTG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=72463011;WS=72462993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr17	72469958	rs1127737	A	G	5830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-7.939;NF=90;NR=74;PP=2296;ReadPosRankSum=0.430;SC=TGGATACACCATGGCTCCGAG;SOR=0.801;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=245;TCF=131;TCR=114;TR=164;WE=72469966;WS=72469948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,278:0.68:409
chr17	72473553	rs7209406	T	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.115;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.63;ReadPosRankSum=1.556;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,47:0.75:63
chr17	72478030	rs55682471	CT	C	1082.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=701;ReadPosRankSum=-0.215;SC=CAGGGCACCCCTGGGAGGGTG;SOR=0.655;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=18;WE=72478038;WS=72478020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr17	72519798	rs1472726	C	T	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=134;ReadPosRankSum=-0.058;SC=CCTCTAGACACAGGCAAAGTC;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=14;WE=72519806;WS=72519788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,26:0.25:104
chr17	72521760	rs372366394	GTC	G	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,12:0.18:65
chr17	72521897	rs17553512	G	A	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=30;PP=1059;ReadPosRankSum=-0.167;SC=CTGGGTCAACGATCACTTTCA;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=184;TCF=113;TCR=71;TR=76;WE=72521905;WS=72521887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,112:0.36:307
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chr17	72537878	rs2293188	G	A	2738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=54;PP=1352;ReadPosRankSum=0.100;SC=ACAGGGAGCTGTGGGGACACG;SOR=0.588;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=128;TCF=46;TCR=82;TR=86;WE=72537886;WS=72537868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,130:0.66:196
chr17	72537894	rs2140253	A	G	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=20;PP=349;ReadPosRankSum=0.995;SC=ACACGGTGACAGGCAGTGAGT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=32;WE=72537902;WS=72537884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,48:0.32:149
chr17	72538917	rs7215669	A	G	104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=2;PP=57;ReadPosRankSum=0.938;SC=AGGGACTGGAAGAAGGGACAT;SOR=0.941;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=6;WE=72538925;WS=72538907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr17	72541052	rs2292107	C	T	3361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=1.397;NF=51;NR=58;PP=1442;ReadPosRankSum=0.900;SC=CCACGGGGCCCGCCACGGTCA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=308;TCF=144;TCR=164;TR=109;WE=72541060;WS=72541042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,195:0.33:598
chr17	72541838	rs809740	A	G	4273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=40;PP=1960;SC=AGAGCTCCCCAAGTCCAGGGT;SOR=1.127;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=113;TCF=73;TCR=40;TR=111;WE=72541846;WS=72541828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	72541980	rs783230	A	G	5611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=68;PP=2079;SC=ACAAAATGTAATCTCCTCCCA;SOR=1.008;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=40;TCR=68;TR=108;WE=72541988;WS=72541970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	72575977	rs7219289	T	C	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=157;ReadPosRankSum=-1.364;SC=TGAGCAGAGATTACACCATTG;SOR=0.639;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=11;WE=72575985;WS=72575967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,16:0.55:29
chr17	72584764	rs783239	C	T	7250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=129;NR=100;PP=2962;ReadPosRankSum=1.019;SC=ACGGTGAACACGTGGTTTTTC;SOR=0.609;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=364;TCF=210;TCR=154;TR=229;WE=72584772;WS=72584754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,351:0.64:547
chr17	72588326	rs493430	A	C	8188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=0.931;SC=AGCAGCAGAGATGGGGACAGC;SOR=0.783;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=105;TCR=95;TR=198;WE=72588334;WS=72588316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,301:0.99:303
chr17	72588806	rs545652	C	A	3854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.533;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=50;PP=1349;ReadPosRankSum=-0.029;SC=AAAGCCCATGCCCCAGGCTTC;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=131;TCF=60;TCR=71;TR=92;WE=72588814;WS=72588796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,181:0.74:245
chr17	72608834	rs579238	G	A	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.545;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=608;ReadPosRankSum=0.651;SC=TCACCCAGAAGACAGCACCCA;SOR=0.810;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=153;TCF=83;TCR=70;TR=47;WE=72608842;WS=72608824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,90:0.33:276
chr17	72608926	rs509574	G	A	1953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.433;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.911;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=32;PP=716;ReadPosRankSum=0.892;SC=TGGTGGACACGGTGAAAATGA;SOR=0.739;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=59;WE=72608934;WS=72608916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,109:0.37:298
chr17	72610089	rs1878061	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=5.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.139;SOR=1.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,40:0.27:146
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chr17	72615293	rs12950039	C	T	5777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=61;PP=1870;ReadPosRankSum=0.302;SC=CCAGCAGCACCTCCTTCTAGG;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=212;TCF=108;TCR=104;TR=124;WE=72615301;WS=72615283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,283:0.64:441
chr17	72691928	rs2034310	T	C	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.41;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,43:0.30:145
chr17	72699384	rs749780	C	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=6;PP=128;SC=GGGGTCTGGACTGCTACTATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=72699392;WS=72699374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr17	72700943	rs35489971	A	G	14369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=145;NR=241;PP=2965;SC=GATTTGAGTGACAATGGAGTA;SOR=1.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=390;TCF=146;TCR=244;TR=386;WE=72700951;WS=72700933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,534:1.00:534
chr17	72736755	rs11651291	A	G	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=11;PP=1516;SC=CAGGGTGAAGATGGCGGCTGG;SOR=3.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=64;WE=72736763;WS=72736745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	72791088	rs3830567	A	AG	1247.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,76:0.81:94
chr17	72791266	rs9910463	G	A	2979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=54;PP=1524;SC=TACCCTCCTGGCCCCCAGGTT;SOR=1.466;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=25;TCR=54;TR=79;WE=72791274;WS=72791256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	72791618	rs7221435	A	G	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=18;PP=969;SC=CAGCCCAGCCAGGCGGCCTCG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=72791626;WS=72791608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	72832032	rs72851753	C	G	829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=662;ReadPosRankSum=2.924;SC=CCGTGCCTGTCCCCACCAGGT;SOR=0.732;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=31;WE=72832040;WS=72832022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr17	72832928	rs11558036	G	A	1799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.187;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=50;PP=1266;ReadPosRankSum=0.039;SC=TCATGGGGCAGGTGGGACTGT;SOR=1.351;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=84;TCF=15;TCR=69;TR=59;WE=72832936;WS=72832918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,68:0.73:93
chr17	72834954	rs3826320	C	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=9;PP=579;ReadPosRankSum=1.170;SC=CACGTGCATCCGGCACGTTTC;SOR=0.954;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=34;WE=72834962;WS=72834942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,53:0.80:66
chr17	72838481	rs939536	C	T	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=2;PP=769;SC=GATTTCATGGCAGAAGCCAGA;SOR=3.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=32;WE=72838489;WS=72838471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	72838649	rs3744215	C	A	10018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.741;SC=CACGGGCTACCCTGCTGATCT;SOR=0.679;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=330;TCF=174;TCR=156;TR=239;WE=72838657;WS=72838639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,468:0.69:682
chr17	72839130	rs139495021	A	AGCTCCGGGG	837.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=2954;ReadPosRankSum=0.712;SC=CAGGTCCTCCAGCTCCGGGAA;SOR=1.230;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=7;WE=72839138;WS=72839120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,21:0.91:23
chr17	72843378	rs3826314	C	T	748.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.945;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=23;PP=1343;ReadPosRankSum=-0.509;SC=CTGTCCAGGGCCTGCCCACTC;SOR=0.169;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=75;WE=72843386;WS=72843368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr17	72843411	rs3833106	GC	G	1288.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=37;PP=732;ReadPosRankSum=0.383;SC=CACCCTCAGTGCCCCCCCCCA;SOR=1.030;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=45;WE=72843429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,53:0.74:72
chr17	72843923	rs3744192	G	A	521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=314;ReadPosRankSum=-1.093;SC=TGAAGGACCCGTTGCCCCTGA;SOR=0.789;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=28;TCR=11;TR=22;WE=72843931;WS=72843913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,25:0.60:42
chr17	72844165	rs3744193	C	T	1859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.294;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=885;ReadPosRankSum=0.245;SC=TTCCCTGCCCCAGGCCCAGAA;SOR=0.976;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=82;TCF=33;TCR=49;TR=54;WE=72844173;WS=72844155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,84:0.63:134
chr17	72847548	rs3744194	G	T	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=323;ReadPosRankSum=0.369;SC=CACCCACCCCGGGGCACCTGG;SOR=1.047;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=16;WE=72847556;WS=72847538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,20:0.80:25
chr17	72848758	rs75018418	C	CG	4497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=92;PP=2779;ReadPosRankSum=-1.854;SC=CTCCTGGGGGCGGGCGGGGCC;SOR=1.430;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=7;TCR=95;TR=99;WE=72848786;WS=72848742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,165:0.99:167
chr17	72848772	rs199662980	G	GC	6248.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=85;PP=2977;SC=CGGGGCCTGAGCGGGGCGGGA;SOR=1.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=5;TCR=85;TR=90;WE=72848786;WS=72848742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	72848778	rs201209302	C	CG	5665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=76;PP=2953;SC=CTGAGCGGGGCGGGAGGGCCG;SOR=1.757;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=4;TCR=76;TR=80;WE=72848786;WS=72848742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	72848800	rs117147802	C	G	1145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.836;HP=2;HapScore=1;MGOF=116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=37;PP=891;ReadPosRankSum=-0.125;SC=GCCCCTCCTCCCGCCCCTTCC;SOR=0.368;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=5;TCR=54;TR=41;WE=72848808;WS=72848790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr17	72848828	rs116833065	A	G	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=2;HapScore=2;MGOF=117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=459;ReadPosRankSum=-0.331;SC=CGGCCCCTCCATCAGCTCCCA;SOR=0.174;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=34;TCF=2;TCR=32;TR=23;WE=72848836;WS=72848818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,27:0.73:37
chr17	72851133	rs689730	A	G	2245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.490;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=28;PP=831;ReadPosRankSum=-0.442;SC=TAAACACCACAGCCACCGTCA;SOR=0.676;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=56;WE=72851141;WS=72851123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,113:0.51:221
chr17	72859078	rs690371	A	G	10823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=174;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=1.773;SC=CCCTGAAGCAAAGGGGAGATT;SOR=0.633;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=425;TCF=248;TCR=177;TR=302;WE=72859086;WS=72859068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,490:0.70:705
chr17	72860253	rs552432	A	G	4289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=60;PP=1819;ReadPosRankSum=1.272;SC=GGTGTCTTTGAGAAACATGAG;SOR=0.777;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=155;TCF=69;TCR=86;TR=107;WE=72860261;WS=72860243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,196:0.67:291
chr17	72875447	rs75333280	T	G	1842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=14;PP=932;SC=GATTATAGTGTGAGCAACGCC;SOR=1.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=46;WE=72875455;WS=72875437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	72888836	rs489152	G	A	4708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=62;PP=2129;SC=GAGGAGGAAGGAGACGGGTCT;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=108;WE=72888844;WS=72888826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	72889676	.	G	GGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATGGGCTCCGTAGGTTCCATC	10563.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=44.39;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr17	72937605	rs7210616	G	A	4957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=63;PP=2663;SC=ACCCGGCCCCGGCAGAAGTCC;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=127;WE=72937613;WS=72937595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr17	72937851	rs9890664	G	A	9196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=0.932;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr17	72938100	rs1542752	T	C	7531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr17	72939446	rs4789110	C	T	14787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=589;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=147;NR=153;PP=2965;SC=CTAGGTAAGACTTCTCTCCCT;SOR=0.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=300;TCF=147;TCR=153;TR=300;WE=72939454;WS=72939436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,583:1.00:583
chr17	72939663	rs8069015	G	A	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=37;PP=1848;SC=CTGGGGAGCCGGCCAGGGTGT;SOR=0.953;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=85;WE=72939671;WS=72939653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	72939854	.	AAC	A	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=2.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.958;QD=2.51;ReadPosRankSum=-1.490;SOR=1.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,14:0.21:66
chr17	72943126	rs8066909	G	A	8290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=92;NR=91;PP=2965;SC=CGTGCCTGGCGGGCACAGCCA;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=185;TCF=92;TCR=93;TR=183;WE=72943134;WS=72943116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr17	72943434	rs35702634	G	A	9306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=139;PP=2965;SC=GAGCCTCCCCGCAGAGGCTCC;SOR=1.051;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=229;TCF=89;TCR=140;TR=228;WE=72943442;WS=72943424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr17	72948369	rs17853024	A	G	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=33;PP=1178;SC=CTCACTTGTCAATGCAGATCT;SOR=1.200;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=59;WE=72948377;WS=72948359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	72951823	rs9899490	C	T	4952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.45;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr17	72951845	rs9903414	G	A	5670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=40;PP=1452;SC=AAGTAGGCCCGCTGGCCACCC;SOR=0.854;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=94;TCF=53;TCR=41;TR=93;WE=72951853;WS=72951835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr17	72952017	rs9906160	A	G	2530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=50;PP=1464;ReadPosRankSum=1.229;SC=ACTTGTTGGCAGTCACCATGG;SOR=0.497;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=77;WE=72952025;WS=72952007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,97:0.99:98
chr17	72956124	rs3744198	G	A	12152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=132;NR=140;PP=2965;SC=TCCTTACATCGGCATCATCCA;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=133;TCR=140;TR=272;WE=72956132;WS=72956114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,463:1.00:463
chr17	72959000	rs7503218	G	C	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=17;PP=1352;SC=CAACTGGCCCGGCCCCAACCC;SOR=1.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=66;TCF=49;TCR=17;TR=64;WE=72959008;WS=72958990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	72983888	rs7222918	A	C	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	73096951	rs4238978	A	G	1917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=42;PP=1282;SC=TAGTGTGGTAAAAGGGGAACA;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=12;TCR=42;TR=54;WE=73096959;WS=73096941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	73124692	rs2291028	C	T	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=577;ReadPosRankSum=-0.152;SC=AGCCTGGGCCCCTACCTGGGG;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=41;TCR=13;TR=33;WE=73124700;WS=73124682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr17	73125173	rs2291027	A	G	322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.03;BaseQRankSum=-1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.877;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=267;ReadPosRankSum=0.314;SC=CTACTGCTGGAGACCACAGTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=14;WE=73125181;WS=73125163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr17	73126746	rs10715821	GT	G	12434.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=87;PP=2974;SC=GCCTAGGACAGTGAAAGACAG;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=38;TCR=87;TR=125;WE=73126754;WS=73126736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr17	73127024	rs9910084	C	G	3496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=57;PP=1912;SC=GGGATAGGGACTTGGCTCTAA;SOR=1.110;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=95;WE=73127032;WS=73127014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr17	73127217	rs3736075	G	C	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=296;ReadPosRankSum=-0.247;SC=AGAAGGACGCGGTTACCGCCG;SOR=0.578;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=54;TCR=33;TR=29;WE=73127225;WS=73127207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,53:0.35:150
chr17	73127683	rs4788867	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.494;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr17	73138711	rs372163854	AGGAGGGGAG	A	143.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.99;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr17	73138751	rs111454348	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.978;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,8:0.50:16
chr17	73138980	rs151283915	TAC	T	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.846;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=655;ReadPosRankSum=0.389;SC=TATATGAAAATACACACACAC;SOR=2.964;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=16;WE=73138989;WS=73138970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr17	73142764	rs62620707	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.975;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=-0.200;SC=TACTTACCATGAATATCACCT;SOR=0.890;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=23;WE=73142772;WS=73142754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,31:0.51:61
chr17	73143574	rs1382508	T	A	609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=369;SC=TTCCAGTGGGTGAACTGAAAC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=73143582;WS=73143564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr17	73208184	rs202030397	T	C	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=11.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=4.463;SOR=1.397;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,65:0.26:248
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chr17	73208205	rs8075486	G	T,GTGTT	6678.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=28;NF=4,4;NR=81,81;PP=1711,1480;SC=GTGTGTGTGTGGGTATTTTGA;SOR=1.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=5;TCR=103;TR=85,85;WE=73208213;WS=73208195;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.43,0.57:161
chr17	73211642	rs9909306	A	G	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=249;ReadPosRankSum=-0.257;SC=TAAAATCACAACCACTAAAAC;SOR=0.394;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=16;WE=73211650;WS=73211632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,22:0.59:37
chr17	73221439	rs2291029	C	T	6886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=89;PP=2965;SC=TCCCTTAGCCCGGGAACACCC;SOR=0.701;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=93;TCR=91;TR=182;WE=73221447;WS=73221429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr17	73222847	rs1551967	C	T	8042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=67;PP=2540;SC=CAGGGATGTTCATTTAAAATA;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=69;TCR=67;TR=136;WE=73222855;WS=73222837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr17	73222865	rs1478785	G	A	3277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=52;PP=1757;ReadPosRankSum=2.660;SC=ATAACATCGCGGGAAACTACT;SOR=0.700;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=102;WE=73222873;WS=73222855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,150:0.62:243
chr17	73228101	rs899318	T	C	2498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=50;PP=1294;SC=CCCAGCCTACTGTCTGTGGGA;SOR=1.099;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=82;WE=73228109;WS=73228091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	73228144	rs2291030	T	C	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.958;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-1.529;SC=GGTCACACTTTATGCCTACCC;SOR=0.145;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=10;WE=73228152;WS=73228134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr17	73230856	rs9988	C	T	4515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=63;PP=1743;ReadPosRankSum=-1.990;SC=TGCTGACAGACGCCTTGCCCC;SOR=0.676;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=205;TCF=102;TCR=103;TR=126;WE=73230864;WS=73230846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,215:0.62:348
chr17	73231817	rs3841603	AT	A	1302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.819;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.811;NF=3;NR=37;PP=940;ReadPosRankSum=1.341;SC=ATGTATATAGATTTTTTTAAA;SOR=0.859;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=40;WE=73231825;WS=73231807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,68:0.66:103
chr17	73236605	rs11077781	C	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=86;ReadPosRankSum=-1.168;SC=GTGAAGGCGCCGGGAGAAGCT;SOR=0.489;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=9;WE=73236613;WS=73236595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,15:0.56:27
chr17	73240559	rs2306216	A	G	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5220;FS=2.440;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=429;ReadPosRankSum=-0.163;SC=CGTTACCTCCAGGGCCTAGCT;SOR=2.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=27;WE=73240567;WS=73240549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,29:0.85:34
chr17	73240836	rs4789156	T	C	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=55;PP=1496;SC=AGTGAGGGCGTGCTCGGGGCT;SOR=1.237;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=85;WE=73240844;WS=73240826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr17	73242895	rs2242230	A	G	3309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=68;PP=1728;ReadPosRankSum=1.387;SC=CACAACAAAGAAGAGGACAAG;SOR=0.659;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=159;TCF=49;TCR=110;TR=97;WE=73242903;WS=73242885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,150:0.60:248
chr17	73242935	rs2242231	A	G	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=43;PP=1046;ReadPosRankSum=1.363;SC=GATGCAATGGAAGGTTTTCTT;SOR=0.578;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=54;WE=73242943;WS=73242925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,73:0.71:103
chr17	73257830	rs2279161	C	T	1997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=26;PP=969;ReadPosRankSum=0.359;SC=TTTTGGCGCTCCCCTTTGGAC;SOR=0.800;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=64;WE=73257838;WS=73257820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,90:0.66:137
chr17	73257986	rs8075276	C	T	3179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.953;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=45;PP=1196;ReadPosRankSum=-0.386;SC=GCCAAGATGGCTGCCCCCGCA;SOR=0.675;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=83;WE=73257994;WS=73257976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,148:0.76:196
chr17	73258085	rs36039201	GGC	G	760.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=21;PP=980;ReadPosRankSum=0.666;SC=GGCGAGCAGCGGCGGGGGGGC;SOR=1.088;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=3;TCR=36;TR=22;WE=73258095;WS=73258075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,33:0.57:58
chr17	73258086	rs201957984	G	C	394.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-0.373;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr17	73258086	.	GC	CG	192	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=10;PP=192;QD=16.3645249908;SC=GCGAGCAGCGGCGGGGGGGCG;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=17;TCR=35;TR=15;WE=73258095;WS=73258075;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:37,15:0.29:52
chr17	73258087	rs62085969	C	G	767.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.474;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr17	73258479	rs6501772	C	T	5909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=82;PP=2692;ReadPosRankSum=0.961;SC=CGCGCCGCTCCCCCTCGTCGG;SOR=0.669;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=268;TCF=142;TCR=126;TR=175;WE=73258487;WS=73258469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,274:0.62:441
chr17	73259083	rs2279162	C	T	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=30;PP=668;ReadPosRankSum=1.458;SC=TGCATGTGTACGGGCTTTAAT;SOR=1.220;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=33;WE=73259091;WS=73259073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr17	73268801	rs3744231	C	T	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=919;ReadPosRankSum=0.721;SC=CCTGCACGGGCGCTGGGATCT;SOR=0.546;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=31;TCR=49;TR=57;WE=73268809;WS=73268791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,96:0.72:134
chr17	73269530	rs1809352	A	G	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=725;ReadPosRankSum=0.091;SC=TCCTTCCTGCACTCAGCGCTG;SOR=0.673;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=55;WE=73269538;WS=73269520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,87:0.72:121
chr17	73269676	rs4789164	C	T	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.487;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=397;ReadPosRankSum=2.835;SC=CTTCCTTTTGCAGCACCTGCT;SOR=1.214;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=26;WE=73269684;WS=73269666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr17	73279624	rs7213318	A	G	5721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=49;PP=2125;SC=CCCGGGCGTCATACACGCTGC;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=73;TCR=49;TR=122;WE=73279632;WS=73279614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr17	73279700	rs4788882	C	T	5795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=67;NR=71;PP=2390;SC=AAGAAGTCACCGACAGCCCAA;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=67;TCR=72;TR=138;WE=73279708;WS=73279690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr17	73282299	rs2306218	C	T	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=298;ReadPosRankSum=0.876;SC=CTGCCCTGCGCGGCATTCCTG;SOR=0.551;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=17;WE=73282307;WS=73282289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr17	73282636	rs2306219	C	T	4661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=51;PP=2423;SC=GGATAGAATTCCAAGTTTTAG;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=62;TCR=51;TR=113;WE=73282644;WS=73282626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr17	73316679	rs8079197	G	C	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=555;ReadPosRankSum=-0.860;SC=TTCCTGGTCTGTGACTGGCCA;SOR=0.722;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=14;TCR=33;TR=32;WE=73316687;WS=73316669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr17	73317644	rs12946365	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.050;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=197;ReadPosRankSum=0.038;SC=GAAGGGCGCCCGCATGTTGAG;SOR=0.257;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=14;WE=73317652;WS=73317634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,19:0.76:25
chr17	73328773	rs1529844	T	C	3943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	73389446	rs4788890	A	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.312;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=211;ReadPosRankSum=0.734;SC=ACCACACATCACACCAACTCA;SOR=1.781;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=14;WE=73389454;WS=73389436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,16:0.59:27
chr17	73402246	rs7220246	C	A	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=15;PP=812;SC=CCGGATTCTCCAATATAGGCC;SOR=1.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=73402254;WS=73402236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr17	73482110	rs11331365	TC	T	1760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=31;PP=1395;SC=CCCCAACCTCTCCAGCTGTGC;SOR=1.562;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=34;WE=73482118;WS=73482100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr17	73482664	rs9899149	T	C	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=693;SC=CCACTCTCTTTTGAGCAGGGC;SOR=2.546;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=73482672;WS=73482654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	73484753	rs11652993	C	G	3196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.86;SOR=1.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr17	73485033	rs11867527	T	C	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=64;PP=1573;SC=TGGTGTCTTCTGTGAAGAGGG;SOR=1.323;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=35;TCR=64;TR=99;WE=73485041;WS=73485023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	73485781	rs8079362	C	T	11148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=797;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.071;SC=TGCTTCCCTCCGACCCGCAGG;SOR=0.751;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=431;TCF=208;TCR=223;TR=265;WE=73485789;WS=73485771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,533:0.67:790
chr17	73487414	.	C	T	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=594;ReadPosRankSum=1.398;SC=ACAGGGGATCCTGTCATGGCC;SOR=0.768;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=149;TCF=76;TCR=73;TR=44;WE=73487422;WS=73487404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,98:0.32:307
chr17	73488794	rs4078259	C	T	15070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=151;NR=209;PP=2965;SC=TGTGCAACATCGCCCTGCAAG;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=361;TCF=152;TCR=209;TR=360;WE=73488802;WS=73488784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,575:1.00:575
chr17	73489220	rs7215753	T	C	7720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=120;PP=2965;SC=CCAGGCGAGATCTTCCAGAGC;SOR=1.123;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=66;TCR=120;TR=186;WE=73489228;WS=73489210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr17	73489567	rs4078474	C	G	12009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=165;NR=126;PP=2965;SC=AACTCTCTCCCCCAGGCACAG;SOR=0.877;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=166;TCR=127;TR=291;WE=73489575;WS=73489557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr17	73490611	rs8078131	A	G	1922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=15;PP=994;SC=CCTGGGGCCCATATGCTCATT;SOR=1.457;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=73490619;WS=73490601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	73491484	rs8082606	C	T	2176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.753;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=51;PP=1058;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CAACCGGGTACGATGGCAGGA;SOR=0.900;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=300;TCF=141;TCR=159;TR=88;WE=73491492;WS=73491474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,142:0.29:495
chr17	73491894	rs11077792	G	A	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=11;PP=988;SC=CAGAAGTGCCGATGTTCACAT;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=73491902;WS=73491884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	73494963	rs9894026	G	A	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=10;PP=912;SC=AAGCAGTGTCGGGTTCACACG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=73494971;WS=73494953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr17	73497415	rs8081353	T	C	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.39;SOR=2.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	73497415	.	TTT	CTC	1583	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=50;NR=17;PP=1583;QD=24.4248936547;SC=ATCTAGGTGATTTCAACACCT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=55;TCR=21;TR=67;WE=73497425;WS=73497405;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,67:0.88:76
chr17	73497417	rs8081354	T	C	4035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=1.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr17	73497439	rs8075850	G	A	4178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=84;NR=36;PP=2505;SC=CTCTTATCCCGTTAGTGCCTG;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=84;TCR=36;TR=120;WE=73497447;WS=73497429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	73497794	rs9892311	T	C	5516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=57;PP=2715;SC=AAAGGTTGGCTTGGGACTTGG;SOR=0.849;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=72;TCR=57;TR=129;WE=73497802;WS=73497784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr17	73498483	rs7503373	T	C	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=18;PP=1085;SC=CCCTGGGCTCTCATCTAGTGG;SOR=1.392;Source=Platypus;TCF=32;TR=49;WE=73498491;WS=73498473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr17	73498623	rs7502835	A	G	2846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=38;PP=1218;ReadPosRankSum=-3.961;SC=TTGGGGTCACACTAGGACTGG;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=83;WE=73498631;WS=73498613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,139:0.68:204
chr17	73499697	rs7207376	T	C	8404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=96;PP=2965;SC=CAGCTGAGGGTGACAGCACGT;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=99;TCR=96;TR=194;WE=73499705;WS=73499687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr17	73500073	rs72851933	G	T	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.981;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-1.314;SOR=0.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,23:0.31:74
chr17	73500288	.	G	T	245	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=23;MQ=59.81;NF=14;NR=6;PP=245;QD=13.9885606274;SC=ACCCCGTGGAGGTCACACCTT;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=48;TCR=19;TR=20;WE=73500296;WS=73500278;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:47,20:0.30:67
chr17	73501752	rs8069700	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=433;ReadPosRankSum=-0.980;SC=CGGGGTGGGGGACAGGTGTCA;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=27;WE=73501760;WS=73501742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr17	73502118	rs28558885	G	A	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=3.671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.402;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,87:0.71:122
chr17	73502219	rs11868796	G	T	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.74;ReadPosRankSum=1.064;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr17	73502645	rs72851936	G	A	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=11;PP=465;ReadPosRankSum=0.604;SC=ATGAGGAAGCGAGGGGACCCC;SOR=0.811;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=119;TCF=76;TCR=43;TR=33;WE=73502653;WS=73502635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,45:0.28:159
chr17	73504416	rs6501815	T	C	7057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=76;NR=111;PP=2965;SC=CTGCCCTCACTCAGCATCCCT;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=76;TCR=111;TR=187;WE=73504424;WS=73504406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr17	73510012	rs4789206	A	T	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=27;PP=583;ReadPosRankSum=-1.427;SC=GGAGCAAGTCAGGTGTCCCAG;SOR=1.007;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=50;TCF=7;TCR=43;TR=31;WE=73510020;WS=73510002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,31:0.62:50
chr17	73512653	rs7216673	G	T	189.56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.80;ReadPosRankSum=-0.440;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr17	73512884	rs8079373	T	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.804;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:324,95:0.23:419
chr17	73513156	rs8074291	G	A	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.916;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,45:0.37:122
chr17	73513182	rs113075319	CGCCCTCCCT	C	266.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=17.742;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=21;PP=2983;ReadPosRankSum=1.984;SC=GACCGGGGACCGCCCTCCCTG;SOR=3.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=2;TCR=63;TR=21;WE=73513198;WS=73513172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr17	73513185	rs7218675	C	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=38;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.759;SC=CGGGGACCGCCCTCCCTGCCC;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=67;TCR=59;TR=80;WE=73513198;WS=73513172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,65:0.66:99
chr17	73513289	rs6501818	C	G	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=358;ReadPosRankSum=-1.714;SC=GCCGGCAGCGCCTTCACCCGG;SOR=0.689;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=13;TCR=56;TR=22;WE=73513297;WS=73513279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,33:0.34:98
chr17	73513382	rs117195747	G	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.898;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=135;ReadPosRankSum=1.395;SC=GGAAGGACACGTTTTATCGGA;SOR=0.247;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=8;WE=73513390;WS=73513372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr17	73513415	rs11316466	CT	C	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.598;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=193;ReadPosRankSum=-0.141;SC=ACAACCCGGTCTTTAGAGAAC;SOR=0.946;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=6;WE=73513423;WS=73513405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr17	73513619	rs56895494	C	A	2506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.620;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=26;PP=941;ReadPosRankSum=-1.030;SC=ATAAGCTGAGCTGTTGGCCCC;SOR=0.527;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=211;TCF=142;TCR=69;TR=70;WE=73513627;WS=73513609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,133:0.38:354
chr17	73513867	rs58787501	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.005;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=308;ReadPosRankSum=-0.401;SC=ATGCTGTCACGAGGCTTACAT;SOR=0.872;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=88;TCF=22;TCR=66;TR=24;WE=73513875;WS=73513857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,24:0.27:88
chr17	73514944	rs62088466	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.600;NF=7;NR=3;PP=117;ReadPosRankSum=0.079;SC=TCCAACCTTAATCACAGGGTT;SOR=0.467;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=10;WE=73514952;WS=73514934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,12:0.30:40
chr17	73515237	rs55786842	A	G	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.161;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=431;ReadPosRankSum=0.455;SC=GCTGGAGTGCAGTTCCTTGGG;SOR=0.335;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=36;WE=73515245;WS=73515227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,46:0.39:118
chr17	73517536	rs79508780	G	A	4926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=50;PP=1804;ReadPosRankSum=0.014;SC=GGATGCCAGCGTGCAGCACTT;SOR=0.727;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=206;TCF=120;TCR=86;TR=123;WE=73517544;WS=73517526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,233:0.64:366
chr17	73518203	rs9911502	G	C	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.675;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=56;PP=1629;ReadPosRankSum=2.034;SC=GCAAGGAGAAGCTCTCCAGGC;SOR=0.943;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=133;TCF=56;TCR=77;TR=92;WE=73518211;WS=73518193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,138:0.69:201
chr17	73518284	rs6501820	G	C	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=50;PP=1745;SC=AGGTGCAGCGGTGCTCCAGCT;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=81;WE=73518292;WS=73518274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr17	73518328	rs77247739	A	C	455.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.717;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=196;ReadPosRankSum=-1.172;SC=CAGCGGCGGCAGGTGCAGAGG;SOR=1.295;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=17;WE=73518336;WS=73518318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,27:0.35:77
chr17	73519413	rs8064529	C	T	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.724;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=46;PP=1110;ReadPosRankSum=0.013;SC=GATGGAGGTGCCCGGTAAGTT;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=71;WE=73519421;WS=73519403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,99:0.72:137
chr17	73519589	rs62088469	T	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.72;ReadPosRankSum=0.052;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr17	73519668	rs72851947	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
chr17	73539631	rs6501822	A	G	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=48;PP=1624;SC=TCGGCCAAGCAGCTCAGGCTG;SOR=0.722;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=73539639;WS=73539621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr17	73552062	rs2305528	G	C	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=8;PP=830;SC=TGCTGCAGCTGCAGCAGCCAT;SOR=1.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=73552070;WS=73552052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	73552185	rs1671036	G	A	6963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=59;PP=2460;SC=CCGTCCCTGCGCATCCTGGCC;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=128;TCF=69;TCR=59;TR=128;WE=73552193;WS=73552175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr17	73554523	rs1671033	C	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	73564968	rs77637305	G	A	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.020;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=755;ReadPosRankSum=0.253;SC=GGATATGTGGGGTGGGAGCAG;SOR=0.619;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=206;TCF=78;TCR=128;TR=59;WE=73564976;WS=73564958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,81:0.28:285
chr17	73565171	rs1671021	T	C	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.768;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=31;PP=824;ReadPosRankSum=0.974;SC=CAACGAGAACTTCAGTGCCCA;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=188;TCF=99;TCR=89;TR=63;WE=73565179;WS=73565161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,127:0.33:381
chr17	73565262	rs2305526	T	A	7250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=103;PP=2965;SC=AGCTGGGTCCTGTCCCCGTGG;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=191;TCF=88;TCR=103;TR=191;WE=73565270;WS=73565252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr17	73565449	rs80037708	C	T	579.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=16;PP=270;ReadPosRankSum=0.141;SC=GAGGAGTGGTCGATGACTGGG;SOR=0.488;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=27;WE=73565457;WS=73565439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,35:0.32:110
chr17	73565510	rs936059	T	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=84;ReadPosRankSum=1.217;SC=TCTGTGTCCTTTGCTTTTCCG;SOR=0.641;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=7;TCR=33;TR=10;WE=73565518;WS=73565500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
chr17	73566393	rs140444060	G	A	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.378;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=37;PP=1216;ReadPosRankSum=-0.753;SC=GGACTCCCAGGACCTAGCAGC;SOR=0.653;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=121;TCR=93;TR=85;WE=73566401;WS=73566383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,146:0.37:391
chr17	73567646	rs59767963	C	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.410;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=250;ReadPosRankSum=1.413;SC=GAGAGCCTTCCAGCCTCTCCC;SOR=1.170;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=14;WE=73567654;WS=73567636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,23:0.32:71
chr17	73569010	rs1661713	T	C	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.368;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,32:0.25:128
chr17	73569776	rs10648915	C	CCT	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=5.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.948;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=486;ReadPosRankSum=1.243;SC=TCTGAGATACCGAGGCTCCCA;SOR=2.863;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=12;WE=73569784;WS=73569766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr17	73569927	rs1671019	G	T	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=4.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=14;PP=890;ReadPosRankSum=1.481;SC=CAGGCTCTCCGGCTCAGGACA;SOR=1.349;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=161;TCF=116;TCR=45;TR=61;WE=73569935;WS=73569917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,65:0.34:190
chr17	73570814	rs75864371	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=1.893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,23:0.18:126
chr17	73570842	rs35199943	T	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.660;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-2.005;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,41:0.23:177
chr17	73570888	rs77828821	G	T	859.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=3.196;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=1.617;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,65:0.23:278
chr17	73570915	rs75909267	C	T	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=2.703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.779;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,88:0.26:340
chr17	73571030	rs1042861	A	G	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=540;ReadPosRankSum=1.356;SC=CCCTGCCCCAACCGGAGAGGC;SOR=0.813;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=43;WE=73571038;WS=73571020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,72:0.32:224
chr17	73587640	rs707709	T	C	5824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=89;NR=53;PP=2372;SC=GGTGGTCCTATGTGCCCCTCC;SOR=1.089;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=143;TCF=90;TCR=53;TR=142;WE=73587648;WS=73587630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	73587784	rs936056	A	G	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.839;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=644;ReadPosRankSum=-0.877;SC=CGGGGAACCGAGAGTGTCAGG;SOR=0.482;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=161;TCF=67;TCR=94;TR=54;WE=73587792;WS=73587774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,82:0.34:241
chr17	73587910	rs12449676	C	T	541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.373;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=367;ReadPosRankSum=-0.317;SC=GAGGGGTGGTCTCCAGGCCTC;SOR=1.180;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=29;WE=73587918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,28:0.41:69
chr17	73588027	rs746840	C	T	2098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=32;PP=1085;ReadPosRankSum=-0.473;SC=TACTGCTGCCCAGGGATGCTT;SOR=0.843;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=76;WE=73588035;WS=73588017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,97:0.68:143
chr17	73588058	rs736522	G	T	4807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.71;ReadPosRankSum=1.625;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,124:0.66:187
chr17	73588067	rs736523	A	G	4831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.131;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.852;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.78;ReadPosRankSum=1.846;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,127:0.65:195
chr17	73588199	rs736525	T	C	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=874;ReadPosRankSum=1.526;SC=TACAATCACTTACCCTTCCTG;SOR=0.635;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=49;WE=73588207;WS=73588189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,67:0.63:107
chr17	73590436	rs820254	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.511;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=-1.710;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr17	73590830	rs820256	T	G	7518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=89;PP=2965;SC=GGAAAGTGCCTTTGATGCCAG;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=190;TCF=101;TCR=89;TR=190;WE=73590838;WS=73590820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr17	73592352	rs7359522	G	A	727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=7;PP=448;ReadPosRankSum=0.778;SC=GCAGCTAGAGGGACCTGTGGC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=25;WE=73592360;WS=73592342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr17	73592568	rs145254299	CTG	C	8321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.447;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.179;NF=14;NR=65;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.633;SC=CCTGGAGCAACTGTGCAACAA;SOR=0.516;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=127;TCF=27;TCR=100;TR=79;WE=73592577;WS=73592558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,208:0.69:303
chr17	73592733	rs75861410	C	G	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=720;ReadPosRankSum=-0.219;SC=GAGAGCTCTGCCTGGAAGGCC;SOR=0.200;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=35;WE=73592741;WS=73592723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,37:0.65:57
chr17	73598374	rs76113775	G	T	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.451;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,63:0.56:112
chr17	73599195	rs3803725	C	T	7980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=601;ExcessHet=3.0103;FS=2.726;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.263;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,413:0.71:580
chr17	73601427	rs2444841	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=2.447;HP=3;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.942;NF=6;NR=3;PP=162;ReadPosRankSum=0.872;SC=CTGAGGCAGGGGAATGGCCTG;SOR=0.799;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=9;WE=73601435;WS=73601417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr17	73601513	rs185708992	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.20;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr17	73601755	rs936054	G	A	1543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=26;PP=907;SC=GAAAGGAGAGGTGCATTCTGG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=73601763;WS=73601745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	73607549	.	CAA	C	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.822;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.263;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr17	73607804	rs3743991	T	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.307;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=70;ReadPosRankSum=0.620;SC=GGGGTGTGTCTGTCCCTTGTG;SOR=0.990;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=10;WE=73607812;WS=73607794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr17	73607934	rs3743992	G	A	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.204;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=867;ReadPosRankSum=0.956;SC=ACACCTGGATGCTCCTGGGCT;SOR=0.271;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=55;WE=73607942;WS=73607924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,62:0.70:88
chr17	73608744	.	CAA	C,CA	684.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.970;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.611;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.994;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,16,28:0.31,0.55:51
chr17	73608905	rs73995913	G	A	8098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=565;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=96;PP=2962;ReadPosRankSum=0.766;SC=GGCCAGGGCAGCCACTGGCGA;SOR=0.808;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=319;TCF=169;TCR=150;TR=217;WE=73608913;WS=73608895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,390:0.69:562
chr17	73609139	rs3803728	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,53:0.24:225
chr17	73610192	rs185845587	T	A	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.587;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.831;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr17	73610203	rs4789221	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.282;HP=4;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=388;ReadPosRankSum=0.305;SC=CAGCCCCCTGCCCCCTTGGCC;SOR=0.191;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=14;WE=73610211;WS=73610182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr17	73611467	rs3803729	A	G	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=40;PP=1267;SC=GAGAGCAGCCACCAGCTCTGG;SOR=2.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=73611475;WS=73611457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	73611823	rs820144	T	C	2865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.186;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1103;ReadPosRankSum=-0.227;SC=GAGCAGCAGATGCAGCAGCGG;SOR=0.699;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=117;TCF=57;TCR=60;TR=82;WE=73611831;WS=73611813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,132:0.67:196
chr17	73611908	rs3803731	C	T	2689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=38;PP=1162;ReadPosRankSum=-0.997;SC=CCAGGAAGCCCCCCACACCCC;SOR=0.672;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=75;WE=73611916;WS=73611898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,123:0.71:174
chr17	73612461	rs371699907	CAGG	C	273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=8.368;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.604;SOR=0.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,15:0.13:115
chr17	73612642	rs11439064	A	AT	18941.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=141;PP=2974;SC=TGAAGAAGCCATGAAGCAAGG;SOR=0.779;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=208;TCF=64;TCR=144;TR=200;WE=73612650;WS=73612632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,509:1.00:509
chr17	73619952	.	GCTTCT	G	9898.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	73619953	.	CT	GG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=83;NR=55;PP=2947;QD=20;SC=GGACCGGTGGCTTCTGGGGGT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=151;TCF=87;TCR=64;TR=138;WE=73619978;WS=73619943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:13,138:0.91:151
chr17	73619955	.	TCTG	T	2948	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=27;MQ=60.11;NF=33;NR=56;PP=2948;QD=20;SC=ACCGGTGGCTTCTGGGGGTGG;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=89;WE=73619978;WS=73619943;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,89:0.97:92
chr17	73619958	.	G	GGT	9896.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	73620804	rs820187	C	A	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=59;PP=2335;SC=GTGGCAGGGCCGGGTGTGTGT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=58;TCR=59;TR=117;WE=73620812;WS=73620794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	73621432	rs820188	A	G	3479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=70;PP=2590;SC=GGGGCCTGTGAACATCTGTCC;SOR=1.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=102;WE=73621440;WS=73621422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	73625430	rs4788902	G	A	4103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=55;NR=58;PP=2068;SC=TCGGGGGCTCGTGCTCGCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=113;WE=73625438;WS=73625420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr17	73625478	rs820191	T	C	4609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=53;PP=1713;SC=TGATCCGAGTTGTCTCCATCA;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=73625486;WS=73625468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	73625629	rs820192	A	C	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=1274;ReadPosRankSum=-0.779;SC=CTGGAGCAGTAACTCACATTG;SOR=0.236;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=52;WE=73625637;WS=73625619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr17	73625883	.	A	G	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.012;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=252;ReadPosRankSum=0.197;SC=CCCATGTCATAGGGCTGCCCA;SOR=0.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=20;WE=73625891;WS=73625873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,24:0.26:93
chr17	73626208	rs820193	G	C	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=5;PP=603;SC=CAGCTTCTGCGTCAGAGTATG;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=73626216;WS=73626198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr17	73626829	rs820195	C	G	3511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=45;PP=1975;SC=AGGGCCCCGGCGGGTGGCTGA;SOR=0.787;Source=Platypus;TCF=47;TR=92;WE=73626837;WS=73626819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	73626922	rs56158987	G	GT	4177.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=4.973;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.05;MQRankSum=0.336;QD=43.52;ReadPosRankSum=1.733;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,95:0.99:96
chr17	73626923	.	GG	TG	708	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000,0.5000;HP=11;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=19;MQ=60.38;NF=23,37;NR=24,15;PP=708,678;QD=15.1914893617;SC=CTCATCTGTGGGGGGGGGGGG;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=47,52;WE=73626932;WS=73626908;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:44,52:0.54:96
chr17	73626923	rs55982817	GG	GTG,GGTG	1491.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=2.355;HP=11;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=23,37;NR=24,15;PP=708,678;ReadPosRankSum=1.426;SC=CTCATCTGTGGGGGGGGGGGG;SOR=1.100;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=47,52;WE=73626932;WS=73626908;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.77:83
chr17	73626924	rs113150921	G	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=2.499;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=0.285;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,16:0.18:87
chr17	73626983	rs9896073	G	C	5491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=69;PP=2760;SC=GTCCCCCACAGCCCGGATGAG;SOR=0.961;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=149;TCF=80;TCR=69;TR=148;WE=73626991;WS=73626973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr17	73627565	rs820197	A	G	5765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=62;PP=2129;SC=GGCCTCCCTCATACAGCTCGG;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=61;TCR=62;TR=123;WE=73627573;WS=73627555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr17	73658489	rs820159	T	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=210;SC=GGTCTTAGACTAATCTCCATC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=73658497;WS=73658485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	73698557	rs820232	C	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=12;PP=484;SC=CTCCTCTTCACAGGACAAGAT;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=27;WE=73698565;WS=73698547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	73700130	rs78580953	AG	A	1398.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=1255;SC=ACAGCAAAGAAGATGGAACGT;SOR=3.026;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=29;WE=73700138;WS=73700120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr17	73702253	rs2305529	G	A	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=73;PP=2299;SC=CAGACAGCACGTGGATCTGGG;SOR=1.938;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=30;TCR=74;TR=103;WE=73702261;WS=73702243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	73702317	rs820230	A	G	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=20;PP=1285;SC=GGGGTGGGCCACTTCGGGGTC;SOR=1.402;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=73702325;WS=73702307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	73702402	rs820229	T	C	5527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=50;PP=2965;SC=GTGATCCTGATTTCTGCTTTA;SOR=1.364;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=153;TCF=103;TCR=50;TR=150;WE=73702410;WS=73702392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr17	73720638	rs820166	C	T	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=15;PP=1271;SC=CAGGGCCCTGCCTCTGGCGGC;SOR=1.638;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=46;TCR=15;TR=61;WE=73720646;WS=73720628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	73720900	rs820167	A	G	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=50;PP=1450;SC=TCCTGGCAGGATCATCCCTTG;SOR=1.352;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=23;TCR=50;TR=73;WE=73720908;WS=73720890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	73723239	rs2584100	G	A	10651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=128;NR=96;PP=2965;SC=TTTGCTGAGCGCCTCCCCATT;SOR=0.878;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=128;TCR=96;TR=224;WE=73723247;WS=73723229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr17	73723453	rs34275940	GC	G	4696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=60;PP=2350;SC=AATGGGTGCTGCCCCCCAGTG;SOR=0.895;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=15;TCR=68;TR=75;WE=73723461;WS=73723443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr17	73725239	rs56375128	C	CA	564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.709;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.810;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,41:0.75:55
chr17	73732025	rs820174	C	T	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=23;PP=1635;SC=GCTAGCGGCACCCTGGCTCCC;SOR=1.588;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=57;TCR=23;TR=79;WE=73732033;WS=73732015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr17	73732045	rs820175	T	C	4184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=34;PP=2162;SC=CACAGCTCTGTTCCCACAGGC;SOR=1.279;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=70;TCR=35;TR=104;WE=73732053;WS=73732035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr17	73732522	rs820176	T	G	3290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.881;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=2.252;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.93;ReadPosRankSum=-0.464;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,129:0.98:132
chr17	73732810	rs820177	A	C	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=55;PP=1309;SC=GGTTGCTGAGAGCCTAGGCAG;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=85;WE=73732818;WS=73732800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	73733315	rs820179	G	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=10;PP=950;SC=GAGGCAGATCGCAGAGTAGGG;SOR=2.409;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=44;WE=73733323;WS=73733305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr17	73746146	rs820387	T	C	6836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=70;PP=2965;SC=CCCCTGGTGGTGAAGGGGGAT;SOR=0.993;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=106;TCR=70;TR=176;WE=73746154;WS=73746136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr17	73746370	rs820388	T	C	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=71;PP=2003;SC=GGGCTGAGGGTCACGACAGGT;SOR=2.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=13;TCR=71;TR=84;WE=73746378;WS=73746360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr17	73750859	rs8669	C	G	33221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=1296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=301;NR=310;PP=2965;SC=CCACACTGCCCAGGGACTACT;SOR=0.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=611;TCF=301;TCR=310;TR=611;WE=73750867;WS=73750849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1279:1.00:1279
chr17	73751042	rs3988219	C	CACAT	8503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=113;PP=2976;SC=CACGTGCACACGCATGCACAC;SOR=1.597;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=19;TCR=116;TR=131;WE=73751050;WS=73751027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	73751990	rs1008177	T	A	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=69;SC=GGCCCCAGTGTGACACATAGG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=73751998;WS=73751980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	73752999	rs2249613	C	G	2273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.857;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=29;PP=1205;ReadPosRankSum=-0.242;SC=GGGCCGCAGACGCTGAAGGCA;SOR=0.950;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=71;WE=73753007;WS=73752989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,101:0.62:163
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chr17	73759304	rs820386	G	T	2995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.044;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1682;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TCCAGGGAGAGTCCCTGCCAC;SOR=0.109;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=87;WE=73759312;WS=73759294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,117:0.98:119
chr17	73759552	rs7209235	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.849;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=234;ReadPosRankSum=-1.887;SC=ATGGTAAGAGGGGCTGCCTGG;SOR=1.342;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=15;WE=73759560;WS=73759542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr17	73774877	rs9895763	G	A	5078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.995;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=81;PP=2804;ReadPosRankSum=-0.706;SC=CCCGGCTCCAGGCCTTTGTCT;SOR=0.617;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=107;TCR=118;TR=154;WE=73774885;WS=73774867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,214:0.72:296
chr17	73780506	rs11655389	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=1.458;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr17	73781075	rs11335367	GC	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr17	73812909	rs9908146	A	G	5437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=53;PP=2368;SC=CCACCCAGCCAGGTCCTGTCC;SOR=0.910;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=130;WE=73812917;WS=73812899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr17	73813181	.	CAGAGCCTGTGCTGATGAGCCTGTAGGACTGG	C	2966	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=0;NR=10;PP=2966;QD=20;SC=GGGCAGTCCCCAGAGCCTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=73813219;WS=73813171;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	73816026	rs11868471	A	G	13942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=153;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.397;SC=AGAGCTCTGCACCCGTGAACA;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=311;TCF=156;TCR=155;TR=308;WE=73816034;WS=73816016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,546:0.99:550
chr17	73888262	rs150111787	G	A	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.051;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=767;ReadPosRankSum=1.323;SC=GAGGAGCTGCGATTCCTGAGC;SOR=0.572;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=196;TCF=103;TCR=93;TR=62;WE=73888270;WS=73888252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,99:0.33:298
chr17	73913729	rs4788912	C	G	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=203;SC=AGTGAGGTCACGGGAGTGCCG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=73913737;WS=73913728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	73913965	rs11288315	TC	T	2692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=25;PP=1702;SC=CAGCAGCTGCTCCCCCTTCCC;SOR=1.075;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=46;WE=73913973;WS=73913955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	73949540	rs1135640	G	C	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=24;PP=1438;SC=ACCCTGGCTTGATTTCAGACT;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=73949548;WS=73949530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	73951864	rs10852766	T	C	9832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=119;NR=113;PP=2965;SC=CAGAAGAAAGTGCTCAGTTTC;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=232;TCF=119;TCR=113;TR=232;WE=73951872;WS=73951854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr17	73953404	rs11077798	T	C	649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=386;SC=TCAAGTGATCTGCCCACCTCA;SOR=2.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=73953412;WS=73953394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	73982127	rs8073730	T	A	107.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=3;PP=104;ReadPosRankSum=1.534;SC=CCCCAAAAAATTTTTTTTTTA;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=73982135;WS=73982117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr17	73997474	rs2069528	G	A	3464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=38;PP=1378;SC=CAAATTGCCCGGTGCCTTCTG;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=36;TCR=38;TR=74;WE=73997482;WS=73997464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr17	73998069	rs17881521	G	A	3923.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.483;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=52;PP=1786;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CTGGGATGGCGAAGGTAGCAT;SOR=0.629;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=165;TCF=95;TCR=70;TR=118;WE=73998077;WS=73998059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,179:0.68:264
chr17	74007574	rs2290252	A	G	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=544;ReadPosRankSum=0.110;SC=TACCAGGGTGACAGCCTGGCA;SOR=0.650;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=31;WE=74007582;WS=74007564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,47:0.80:59
chr17	74007846	rs2290251	A	G	2062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=783;ReadPosRankSum=0.779;SC=GCAAGGTCCCATCTCACCTGG;SOR=0.446;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=54;WE=74007854;WS=74007836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,100:0.68:147
chr17	74011452	rs2071195	G	A	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.033;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=23;PP=609;ReadPosRankSum=-0.025;SC=TGGCTCTGCCGCAGAGGAGGC;SOR=0.819;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=198;TCF=109;TCR=89;TR=56;WE=74011460;WS=74011442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,98:0.32:309
chr17	74011721	rs2665970	C	A	724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,45:0.29:157
chr17	74014468	rs2071194	C	A	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=23;PP=952;SC=GGCTTGGACACCGCAGGGCCG;SOR=0.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=44;WE=74014476;WS=74014458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr17	74014628	rs2071193	G	A	1385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=23;PP=600;ReadPosRankSum=0.440;SC=CGACCCAGGCGTGCGGGTCAG;SOR=0.665;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=82;TCR=69;TR=50;WE=74014636;WS=74014618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,82:0.34:242
chr17	74014668	rs2071192	T	C	5951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=70;NR=80;PP=2231;SC=CCGCTCACCCTGCAGCAGCTG;SOR=0.763;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=150;TCF=70;TCR=80;TR=150;WE=74014676;WS=74014658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr17	74014705	rs145445166	C	T	869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,54:0.34:157
chr17	74015158	rs2290249	C	A	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=118;ReadPosRankSum=1.651;SC=GGGGCCCAGGCAGTGGGGGAC;SOR=0.715;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=13;WE=74015166;WS=74015148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,21:0.27:77
chr17	74015590	rs2244371	C	T	3213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.91;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	74015595	rs2244370	T	C	3298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.84;SOR=1.463;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr17	74015819	rs79643517	A	T	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.957;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=1252;ReadPosRankSum=0.430;SC=TAAGCCAGCTAAACACAAAGC;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=54;TCR=71;TR=83;WE=74015827;WS=74015809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,127:0.72:177
chr17	74017677	rs200115767	G	GCC	908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=0;NR=34;PP=498;SC=CTCGGACCACGCCCCCCCCAC;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=10;TCR=35;TR=34;WE=74017685;WS=74017667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	74017700	rs71161251	T	TC	895.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.80;QD=30.89;SOR=6.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	74018655	rs2598417	C	T	3574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=83;PP=2422;SC=CCCAAAGGACCGCGGTGGGGA;SOR=2.419;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=21;TCR=84;TR=104;WE=74018663;WS=74018645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	74019572	rs2257388	T	C	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=40;PP=1344;SC=CTGCCGCAGCTCCACTCACTC;SOR=1.347;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=60;WE=74019580;WS=74019562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr17	74023107	rs2665961	A	G	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.840;QD=3.78;ReadPosRankSum=-1.158;SOR=1.182;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,16:0.25:65
chr17	74035543	rs7409	T	C	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.903;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=31;PP=766;ReadPosRankSum=0.424;SC=CAGCGGCCCCTTTCCCAGGAG;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=30;TCR=44;TR=52;WE=74035551;WS=74035533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,59:0.70:84
chr17	74036468	rs2305346	C	T	1172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=4.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,66:0.38:173
chr17	74036573	rs2260516	A	T	1876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=788;ReadPosRankSum=0.140;SC=TTTCACAGGGATTCAGTAAGA;SOR=0.769;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=54;WE=74036581;WS=74036563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,90:0.64:141
chr17	74036912	rs2598444	A	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.669;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=322;ReadPosRankSum=0.656;SC=AAACAGTAGTATGGGGTGTGA;SOR=0.364;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=16;WE=74036920;WS=74036902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr17	74037208	rs2598445	G	A	1230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=4.096;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=-0.873;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,58:0.62:93
chr17	74039867	rs1530834	T	C	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=469;ReadPosRankSum=0.366;SC=GCTGACTCCATAACCTGCCAG;SOR=0.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=27;WE=74039875;WS=74039857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,32:0.60:53
chr17	74046672	rs2665972	A	G	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=54;PP=1352;ReadPosRankSum=-0.498;SC=CTAATGGGAGAGGAGCAAAAT;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=87;WE=74046680;WS=74046662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,117:0.70:166
chr17	74056413	rs2665998	C	T	2355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.826;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=632;ReadPosRankSum=-1.055;SC=CCAAGAGACCCTCAGTGCCCC;SOR=0.499;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=44;WE=74056421;WS=74056403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,110:0.65:170
chr17	74063523	rs4789241	G	A	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.875;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=35;PP=868;ReadPosRankSum=3.077;SC=TATACTTATGGTTACTAGAAT;SOR=0.553;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=54;WE=74063531;WS=74063513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,77:0.74:104
chr17	74066303	.	C	CAAAAAA	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=1.765;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,3:0.20:15
chr17	74066447	rs2443168	T	A	5589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=77;PP=2649;ReadPosRankSum=-0.234;SC=ACATCTTGTATGTGATACTAA;SOR=0.721;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=246;TCF=132;TCR=114;TR=165;WE=74066455;WS=74066437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,258:0.68:382
chr17	74073646	rs141120606	T	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=22;PP=422;ReadPosRankSum=-0.253;SC=CGTTTCTCATTGTCTTGAGAT;SOR=0.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=30;WE=74073654;WS=74073636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr17	74076127	rs34700740	TC	T	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.467;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.304;NF=3;NR=9;PP=302;ReadPosRankSum=-2.092;SC=GCCCTCCTTTTCCCCCATCTA;SOR=0.348;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=12;WE=74076135;WS=74076117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,30:0.38:79
chr17	74076415	rs2257020	G	A	3614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=52;PP=1092;ReadPosRankSum=-0.502;SC=CCTGGCCCTCGCCACGGAGAC;SOR=0.681;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=320;TCF=164;TCR=156;TR=99;WE=74076423;WS=74076405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:435,219:0.33:654
chr17	74076642	rs2257028	G	A	3121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=49;PP=1274;ReadPosRankSum=2.430;SC=GAACTCCCAGGTCTGTGTTCA;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=313;TCF=157;TCR=156;TR=101;WE=74076650;WS=74076632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,181:0.33:552
chr17	74077497	rs8836	G	C	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FS=3.597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.24;ReadPosRankSum=-2.134;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,60:0.26:231
chr17	74079838	rs2665986	A	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.759;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=76;ReadPosRankSum=0.212;SC=AAACCTGAGGAGGCACTGTGG;SOR=0.368;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=8;WE=74079846;WS=74079828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr17	74081345	rs2246277	C	T	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.393;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=136;ReadPosRankSum=-1.712;SC=AGGAAGAGTGCGTGGTGGCAC;SOR=1.061;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=12;WE=74081353;WS=74081335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr17	74081618	rs2598450	C	T	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.211;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=182;ReadPosRankSum=-2.503;SC=TCCCACCTTCCGGGTCCTGGG;SOR=1.447;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=17;WE=74081626;WS=74081608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
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chr17	74084029	rs2243486	C	T	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.214;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=1;PP=191;ReadPosRankSum=-0.220;SC=CACAAAGGTGCGAGCGGCTCT;SOR=1.904;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=15;WE=74084037;WS=74084019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr17	74084428	rs2305348	C	G	284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.488;HP=1;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=625;ReadPosRankSum=-0.578;SC=GCCAGTGGCGCAGCTGGCTGC;SOR=0.634;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=9;WE=74084457;WS=74084418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr17	74084441	rs2246621	C	T	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.84;ReadPosRankSum=-1.306;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
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chr17	74084737	rs2246632	T	C	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=1.731;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr17	74085012	rs2084666	G	A	679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,41:0.38:107
chr17	74086633	rs2598451	C	G	264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=12;PP=145;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TGAGCCCCTCCTCTACCTCAA;SOR=0.319;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=5;TCR=50;TR=13;WE=74086641;WS=74086623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr17	74090700	rs2250081	G	A	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr17	74094105	rs7208391	C	G	1024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=34;PP=710;ReadPosRankSum=-1.123;SC=AGTTTCTGCACAGACAACAGA;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=43;TCR=101;TR=48;WE=74094113;WS=74094095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,62:0.26:235
chr17	74152366	rs881502	A	G	3912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=41;PP=1548;SC=GATGACGACAAGGTGAGATTC;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=74152374;WS=74152356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	74161764	rs35164451	C	CT	676.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.325;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.74;ReadPosRankSum=2.174;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,38:0.88:43
chr17	74208424	rs9911122	G	A	7240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=58;PP=2965;SC=CCAAGTAGGAGTAAACTGATT;SOR=1.098;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=103;TCR=59;TR=161;WE=74208432;WS=74208414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr17	74208622	rs35372072	T	TA	948.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.474;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.95;ReadPosRankSum=1.405;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,57:0.84:68
chr17	74261677	rs2585751	T	C	1365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=26.78;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	74261929	rs71382201	A	G	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=54;PP=2373;SC=TGGGGGGCCCAGCCGCTGCGT;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=83;TCR=54;TR=136;WE=74261937;WS=74261919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr17	74270069	rs71815	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	74273165	rs164011	G	A	251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=133;SC=CTGATTTTCTGGTGGCTTTAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=74273173;WS=74273164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	74274998	rs347676	G	A	3530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=72;NR=30;PP=1980;SC=TCTCCACACTGTCCCACAGCA;SOR=1.574;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=72;TCR=31;TR=102;WE=74275006;WS=74274988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	74275030	rs182972	TG	CA	10722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=71;PP=2947;SC=CACGTTCCGCTGGGCCCTCCG;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=182;TCF=107;TCR=75;TR=173;WE=74275039;WS=74275020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr17	74276067	rs164010	C	T	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	74283170	.	T	C	173	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MMLQ=19;MQ=59.36;NF=8;NR=3;PP=173;QD=18.8882920497;SC=CACACACACATGATGGGAGGG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=11;WE=74283178;WS=74283160;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,11:0.42:26
chr17	74283253	rs8072620	A	G	2873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=30;PP=1506;ReadPosRankSum=1.427;SC=CCCTGGAGCTAAAGAGTGGGG;SOR=0.512;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=98;TCR=47;TR=92;WE=74283261;WS=74283243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,133:0.63:212
chr17	74283769	rs346785	T	C	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=6;PP=490;ReadPosRankSum=-0.332;SC=ACAATCCAGGTCAAAGACAGT;SOR=1.828;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=27;WE=74283777;WS=74283759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,29:0.69:42
chr17	74286082	rs4789273	C	T	4360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.606;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=33;PP=1174;ReadPosRankSum=-1.261;SC=CTTTTGCTTTCTCCTGCCAAA;SOR=0.640;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=59;TCR=48;TR=73;WE=74286090;WS=74286072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,111:0.67:165
chr17	74286106	rs4789274	C	T	4389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=32;PP=1053;ReadPosRankSum=0.826;SC=CTTTGGCTAGCGTCTTTACGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=68;WE=74286114;WS=74286096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,114:0.64:178
chr17	74286173	rs17509527	A	G	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.726;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=33;PP=774;ReadPosRankSum=-0.749;SC=GGAAAGCAGAAGCCTTATGAT;SOR=0.443;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=56;WE=74286181;WS=74286163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,68:0.65:105
chr17	74287204	rs2279052	C	G	2104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=27;PP=952;ReadPosRankSum=-0.421;SC=CTACTGAGCTCTCCCATCAGA;SOR=0.701;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=104;TCF=56;TCR=48;TR=61;WE=74287212;WS=74287194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,101:0.53:189
chr17	74287389	rs2279053	T	C	2756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.32;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,133:0.64:207
chr17	74287594	rs2279054	G	A	2422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.645;NF=31;NR=35;PP=992;ReadPosRankSum=-1.097;SC=TGATCTGGGTGTGTAGATCCC;SOR=0.514;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=46;TCR=56;TR=66;WE=74287602;WS=74287584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,118:0.70:169
chr17	74288564	rs35035566	CTGA	C	14907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.361;NF=68;NR=112;PP=2966;ReadPosRankSum=0.190;SC=CCAAACCACGCTGATGATCTG;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=109;TCR=177;TR=180;WE=74288574;WS=74288554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,370:0.69:540
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chr17	74289839	rs6501881	G	A	3529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.182;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=57;PP=1705;ReadPosRankSum=0.637;SC=GTCGTGGCACGCCAGCTTCAT;SOR=0.711;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=170;TCF=82;TCR=88;TR=106;WE=74289847;WS=74289829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,162:0.62:260
chr17	74289875	rs6501882	C	T	3493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=44;PP=1714;ReadPosRankSum=-0.896;SC=GCTGCTGTCTCCCAGTACCAG;SOR=0.675;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=84;TCR=70;TR=95;WE=74289883;WS=74289865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,152:0.65:235
chr17	74289908	rs6501883	A	G	3717.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.583;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=49;PP=1826;ReadPosRankSum=0.786;SC=TTTGTTCCCTACTGGAAACCC;SOR=0.574;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=170;TCF=93;TCR=77;TR=106;WE=74289916;WS=74289898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,166:0.65:256
chr17	74290097	rs7225131	T	A	2558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=58;PP=1548;ReadPosRankSum=0.544;SC=TAAGTGTTTCTGAGCCCTGGT;SOR=0.627;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=48;TCR=92;TR=89;WE=74290105;WS=74290087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,112:0.61:184
chr17	74307737	rs10459	T	C	3756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=55;PP=1645;ReadPosRankSum=1.752;SC=TCTTGGGACATTGCAGCTTCT;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=107;WE=74307745;WS=74307727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,181:0.58:314
chr17	74324729	rs346791	C	A	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=5.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.397;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,36:0.41:88
chr17	74326553	rs449114	G	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=1.423;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr17	74326556	rs399029	A	T	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.978;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr17	74349515	rs114276513	G	A	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.217;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.817;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=-1.599;SC=CCCGCCCCAGGTGCAGGAGGT;SOR=2.066;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=5;WE=74349523;WS=74349505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr17	74349586	rs141639978	C	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.158;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.542;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr17	74381567	rs346803	G	A	968.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=346;ReadPosRankSum=-1.031;SC=CGGTGCTCCTGCAGCCACGGC;SOR=0.586;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=22;WE=74381575;WS=74381557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,44:0.79:56
chr17	74383475	rs3744037	T	C	2642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=42;PP=921;ReadPosRankSum=0.514;SC=ACTTGGTATATGTGCCCGTGG;SOR=0.555;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=113;TCF=45;TCR=68;TR=72;WE=74383483;WS=74383465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,128:0.64:199
chr17	74396421	rs3809691	G	C	3378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.515;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=58;PP=1504;ReadPosRankSum=0.737;SC=TGGACTCCTGGGAGGCCAGCA;SOR=0.648;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=154;TCF=73;TCR=81;TR=114;WE=74396429;WS=74396411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,159:0.69:232
chr17	74397026	rs3809693	G	A	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.579;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=0;PP=301;ReadPosRankSum=-0.061;SC=AAGGAAAGGGGCAGCAGCTCA;SOR=3.113;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=26;TCR=2;TR=16;WE=74397034;WS=74397016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,16:0.57:28
chr17	74398510	rs34234366	C	A	312.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=0.828;SC=CAGAAATAGGCCACGGCAGAT;SOR=0.818;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=13;WE=74398518;WS=74398506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr17	74401405	rs11290311	AG	A	5516.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=72;PP=2974;SC=GTCCTGGGGGAGGGGAGGAGA;SOR=1.165;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=14;TCR=72;TR=85;WE=74401413;WS=74401395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	74401522	rs445683	C	T	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=986;ReadPosRankSum=-1.146;SC=ATGCAGAGTGCGAGGTGGGCA;SOR=0.631;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=55;WE=74401530;WS=74401512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,73:0.75:97
chr17	74468552	rs12942767	A	G	6797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=96;NR=58;PP=2965;SC=AAGATAAATGAGGCGGTGGAG;SOR=1.060;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=97;TCR=58;TR=154;WE=74468560;WS=74468542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	74471298	rs12951122	G	A	1990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.637;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=46;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.239;SC=GGGCCACCCTGGCCTGGTCAC;SOR=0.626;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=115;TCF=41;TCR=74;TR=74;WE=74471306;WS=74471288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,94:0.63:150
chr17	74473593	rs3833088	A	AG	2745.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=19;PP=2102;ReadPosRankSum=0.577;SC=ATGGGGGCCCAGCAGCTCCAC;SOR=0.777;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=51;TCR=27;TR=53;WE=74473601;WS=74473583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,84:0.69:121
chr17	74475024	rs3744045	G	A	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=46;PP=1926;SC=CGGTGGGTGCGGGGCGTGGGG;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=52;TCR=47;TR=98;WE=74475032;WS=74475014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	74475975	rs3809694	C	A	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.32;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,33:0.37:89
chr17	74476045	rs3826287	G	C	531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.21;ReadPosRankSum=2.127;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,34:0.33:102
chr17	74477340	rs3826288	A	G	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=16;PP=694;SC=GGCTGCACAGACAGCAGCTGT;SOR=1.077;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=74477348;WS=74477330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr17	74477691	rs11870168	C	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=10;PP=298;SC=AGGACCCTGACGCCAGGGCAC;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=74477699;WS=74477681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	74524651	rs4238995	TT	GG	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.74;QD=43.39;SOR=2.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	74536333	rs77817682	C	G	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.88;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr17	74539092	rs4318240	C	T	8209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=74;PP=2787;SC=TGCTGATCTGCTCTGGTTTTC;SOR=0.705;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=152;TCF=77;TCR=75;TR=151;WE=74539100;WS=74539082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr17	74541129	rs4232870	A	G	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr17	74557681	rs4510053	A	C	6094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=59;PP=2965;SC=TGTTTGTAAGATTTGTTTACA;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=94;TCR=59;TR=153;WE=74557689;WS=74557671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr17	74557803	rs60161580	GT	G	5020.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.946;HP=10;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.308;NF=8;NR=100;PP=2045;ReadPosRankSum=-0.872;SC=TGGCTCCATGGTTTTTTTTTT;SOR=0.368;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=124;TCF=8;TCR=116;TR=108;WE=74557811;WS=74557793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,238:0.98:242
chr17	74563653	rs2241918	A	G	1685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=600;ReadPosRankSum=-1.594;SC=AAAAAGAGACATTTCAGCTCA;SOR=0.662;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=76;TCR=76;TR=54;WE=74563661;WS=74563643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,102:0.36:287
chr17	74570408	rs7207173	A	G	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=574;ReadPosRankSum=0.436;SC=GCAGGAAGCTAAGGCAGAAGG;SOR=0.638;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=40;WE=74570416;WS=74570398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,69:0.37:189
chr17	74570559	rs17513606	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.09;ReadPosRankSum=-2.505;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,54:0.28:192
chr17	74581914	rs3135934	C	G	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.33;ReadPosRankSum=0.202;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,38:0.30:128
chr17	74581945	rs12449329	AA	GC	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.118;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=413;ReadPosRankSum=0.176;SC=GAAGGGAGAGAACCGGGTGGG;SOR=1.011;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=11;WE=74581954;WS=74581935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr17	74621635	rs2286595	C	T	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=28;PP=682;SC=AGGAGAAACACGGCCTGTAGT;SOR=1.345;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=42;WE=74621643;WS=74621625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	74639530	rs719430	T	C	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=39;PP=1465;SC=CCCTGGGCTATCATTTTTCTG;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=74639538;WS=74639520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	74681435	rs2286593	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=545;SC=CTACAACGAGACAGCCAGAGA;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=24;WE=74681443;WS=74681425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	74684598	rs4788942	C	T	7259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=85;NR=103;PP=2965;SC=CTGCGGCCAGCAGACAAAGGG;SOR=0.832;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=86;TCR=103;TR=188;WE=74684606;WS=74684588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr17	74684858	rs7219390	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=24;PP=513;SC=CTTGCAGGAATGTCAGAGGAT;SOR=2.546;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=29;WE=74684866;WS=74684848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr17	74707050	rs71383084	G	C	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.98;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr17	74707086	rs372946783	CGTCGCCGCGCCCG	C	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=19.87;ReadPosRankSum=1.501;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr17	74712739	rs113379834	A	G	3421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.030;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=41;PP=1663;ReadPosRankSum=1.852;SC=TTACGCTGAAAGCACCTCAGG;SOR=0.773;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=92;TCR=61;TR=101;WE=74712747;WS=74712729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,156:0.64:243
chr17	74716759	rs12943725	A	G	513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=322;SC=GAGAAACCCAATACGGTGCCC;SOR=3.500;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=74716767;WS=74716749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	74728938	rs4789351	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=2;PP=246;SC=TTTATACAAACCCAGAAAGAC;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=74728946;WS=74728928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr17	74732507	rs237058	A	G	13470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=198;PP=2965;SC=ACCTGGAACGACTCCGACTCC;SOR=1.065;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=325;TCF=119;TCR=206;TR=317;WE=74732515;WS=74732497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr17	74733099	rs237057	G	A	6968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=101;PP=2965;SC=TGGTGTAGCGGTCCCGCGGGA;SOR=1.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=66;TCR=101;TR=166;WE=74733107;WS=74733089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr17	74733403	rs3744061	G	A	398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=245;SC=TAGCGCACCTGAGTAACAACT;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=74733411;WS=74733393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr17	74734323	rs237054	G	A	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=4;PP=730;SC=CCTGGCTCCTGCATCTGCCTT;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=74734331;WS=74734313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	74734598	rs237053	C	T	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=89;PP=2627;SC=TGAAAATAAACGTTCATTATA;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=47;TCR=89;TR=136;WE=74734606;WS=74734588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr17	74736999	.	CT	C	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=4.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.514;QD=2.28;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=1.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,43:0.37:115
chr17	74750215	rs11399997	C	CT	8647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=70;PP=2967;SC=TCAGGAACAACTCGGCATTTG;SOR=0.763;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=20;TCR=72;TR=90;WE=74750223;WS=74750205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr17	74750331	rs116719	C	T	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=40;PP=1054;SC=CAACATCTCTCTAACATGGGG;SOR=1.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=74750339;WS=74750321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	74920957	rs3889146	G	T	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=26;PP=1648;SC=CTCTGCACTTGTACAGTTCAT;SOR=1.386;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=82;WE=74920965;WS=74920947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	74921257	rs8067585	G	A	698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.821;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=397;ReadPosRankSum=-0.054;SC=CTGCCCCCACGTCCCCACTCA;SOR=0.577;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=24;TCR=64;TR=35;WE=74921265;WS=74921247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,40:0.40:100
chr17	74922636	rs12450749	G	A	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=10;PP=1055;SC=AGGGACACACGGGGAGGTTGC;SOR=2.129;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=74922644;WS=74922626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	74922652	rs11653088	C	T	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=15;PP=1424;SC=GTTGCTGACCCTGGTTCCTGG;SOR=1.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=64;WE=74922660;WS=74922642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr17	74942478	rs8067984	C	T	5410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=76;PP=2087;ReadPosRankSum=-1.063;SC=ACCTACCCTACGAGTACACCT;SOR=0.810;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=225;TCF=115;TCR=110;TR=145;WE=74942486;WS=74942468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,274:0.64:429
chr17	74944585	rs11870033	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.217;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=125;ReadPosRankSum=-0.515;SC=CGTAACACATTTCCTTACCCA;SOR=0.292;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=11;WE=74944593;WS=74944575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,14:0.25:55
chr17	74944709	rs9894270	T	C	8621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=91;PP=2965;SC=CGGTGCTGTGTGGTCCCTGCC;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=104;TCR=91;TR=194;WE=74944717;WS=74944699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr17	75085230	rs9900566	C	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=7;PP=1220;SC=ACTTTTTCCCCCAAGGTTTCA;SOR=3.040;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=63;TCF=55;TCR=8;TR=61;WE=75085238;WS=75085220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr17	75190846	rs673918	A	C	4475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=40;PP=2050;SC=TTCCATCACGACCTCTTCAGA;SOR=1.044;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=66;TCR=41;TR=104;WE=75190854;WS=75190836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr17	75190962	rs674402	C	T	4849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=68;PP=2185;SC=GCAGCCCCAGCGCACCTGAGC;SOR=0.829;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=120;WE=75190970;WS=75190952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	75303298	rs4789439	T	C	4840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=88;PP=2759;SC=CTCGCTCCGCTCTGGCCCCAC;SOR=1.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=50;TCR=89;TR=137;WE=75303306;WS=75303288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr17	75397802	rs139887327	C	CA	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=1.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.68;ReadPosRankSum=-0.021;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr17	75398498	rs34587622	C	T	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=1085;ReadPosRankSum=-0.816;SC=ACGCCAGAACCGGCCCCTCGG;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=268;TCF=130;TCR=138;TR=85;WE=75398506;WS=75398488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,170:0.34:498
chr17	75401190	rs2164449	G	A	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.750;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,69:0.66:105
chr17	75401310	rs2117924	C	T	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=14;PP=312;ReadPosRankSum=-1.094;SC=GAGACTGTGCCGGGAGCCAGG;SOR=0.511;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=25;WE=75401318;WS=75401300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,37:0.71:52
chr17	75425078	rs312896	G	C	3980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.215;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=40;PP=1770;ReadPosRankSum=-0.667;SC=GTGGTAAGCCGTCAGAGGAGG;SOR=0.562;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=169;TCF=110;TCR=59;TR=111;WE=75425086;WS=75425068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,182:0.67:271
chr17	75425206	rs61733275	A	G	5179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=78;PP=2477;ReadPosRankSum=-0.462;SC=TGTGAGGCCAAGCTCCTGGGG;SOR=0.706;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=254;TCF=125;TCR=129;TR=148;WE=75425214;WS=75425196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,239:0.60:401
chr17	75425456	rs3744069	A	G	739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.438;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=22;PP=517;ReadPosRankSum=1.269;SC=CGCAGGTTGCAAAATGGGGAC;SOR=1.821;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=23;WE=75425464;WS=75425446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,29:0.58:50
chr17	75441607	rs376552273	CGT	C	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.21;ReadPosRankSum=0.642;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,9:0.13:69
chr17	75478481	rs425139	C	T	13099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=161;PP=2965;SC=CCCAGGGCGGCCCACAAGCCT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=311;TCF=150;TCR=161;TR=311;WE=75478489;WS=75478471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,507:1.00:507
chr17	75478694	rs416438	T	C	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=514;ReadPosRankSum=0.112;SC=TCCTGATGAGTGGTCGCTGCC;SOR=0.481;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=38;WE=75478702;WS=75478684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,65:0.63:103
chr17	75478806	rs392287	C	G	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.21;ReadPosRankSum=2.358;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	75478809	rs405253	C	T	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.81;ReadPosRankSum=2.903;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr17	75483719	rs9902607	A	G	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.035;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=46;ReadPosRankSum=-1.271;SC=CATCACACACAGTCAGTGGCC;SOR=0.116;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=5;WE=75483727;WS=75483709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr17	75483729	.	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.97;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr17	75484156	rs441670	C	T	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=1;PP=448;ReadPosRankSum=-0.478;SC=CCAGGGGAACCGTCACCGGCC;SOR=0.481;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=29;TCF=27;TCR=2;TR=22;WE=75484164;WS=75484149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
chr17	75484200	rs35261301	TC	T	1714.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.907;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=1569;ReadPosRankSum=1.613;SC=GCCATTAATTTCCCGGTGTCT;SOR=0.841;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=45;WE=75484208;WS=75484190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,65:0.68:95
chr17	75484700	rs378578	A	G	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.269;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=474;ReadPosRankSum=-1.665;SC=CTCCCAGGGCATGCATTTCAT;SOR=0.275;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=48;TCF=40;TCR=8;TR=31;WE=75484708;WS=75484690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr17	75484781	rs370531	T	C	3743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.858;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=43;PP=1284;ReadPosRankSum=1.005;SC=CTCATGTGCCTGCTGACTCGT;SOR=0.529;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=157;TCF=94;TCR=63;TR=100;WE=75484789;WS=75484771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,177:0.66:268
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chr17	75488973	rs2627198	C	T	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=61;NR=46;PP=2214;SC=TTGGGGGACCCCAGGCTCAGG;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=107;WE=75488981;WS=75488963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr17	75489015	rs188747	T	C	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=55;PP=2547;SC=GGGGAGGGAATTGCCTTCCCG;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=70;TCR=55;TR=125;WE=75489023;WS=75489005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr17	75489216	rs312797	C	T	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=49;PP=1420;SC=CTTCTGCTGACCCAGAGCCTG;SOR=1.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=75489224;WS=75489206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	75489244	rs167498	A	G	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=38;PP=1069;SC=CGCCTGAGCCAGGGACTCGTG;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=11;TCR=39;TR=49;WE=75489252;WS=75489234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr17	75489282	rs61127839	C	CA	1093.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=26;PP=1239;SC=TTGCCCCACCCAGAGGGAGGG;SOR=3.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=26;WE=75489290;WS=75489272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	75494705	rs2627223	A	G	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=25.18;SOR=1.166;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	75494746	rs1059485	A	G	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=24.58;SOR=1.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	75494787	rs5822173	T	TC	540	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=27;PP=658;ReadPosRankSum=1.097;SC=GTCATTTCCGTCCCCCCCCAG;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=27;WE=75494795;WS=75494777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr17	75495065	rs448203	T	C	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=281;ReadPosRankSum=0.686;SC=ATCATCCGTCTGTGTGGGGTT;SOR=0.789;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=81;TCF=43;TCR=38;TR=27;WE=75495073;WS=75495055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,39:0.27:143
chr17	75495397	rs9038	T	C	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=29;PP=551;ReadPosRankSum=2.001;SC=GCAGACTGCTTGGCCAGATGC;SOR=0.665;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=174;TCF=83;TCR=91;TR=55;WE=75495405;WS=75495387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,90:0.35:254
chr17	76047561	.	TAA	T	208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.034;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=7.209;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.528;SOR=2.461;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,14:0.39:36
chr17	76087407	.	CA	C	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr17	76105866	rs34684892	G	A	1589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=46;PP=1177;ReadPosRankSum=0.213;SC=ATTCACATCCGGCCAGGCATG;SOR=0.807;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=80;TCF=17;TCR=63;TR=59;WE=76105874;WS=76105856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,63:0.69:91
chr17	76117124	rs75400929	G	A	4022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.740;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=64;PP=2002;ReadPosRankSum=0.502;SC=CTCCAGTACCGGGGAGTCATG;SOR=0.708;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=175;TCF=86;TCR=89;TR=115;WE=76117132;WS=76117114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,180:0.65:278
chr17	76137198	rs369764	T	G	1958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=31;PP=976;SC=CTGTAACCCCTACCCCTGCCT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=76137206;WS=76137188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr17	76157266	rs4071641	T	C	1487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=39;PP=584;ReadPosRankSum=-0.608;SC=CTACTTCTGCTGGGCGTCCTC;SOR=0.856;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=213;TCF=86;TCR=127;TR=61;WE=76157274;WS=76157256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,103:0.28:372
chr17	76162178	rs3642	G	A	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=97;ReadPosRankSum=0.422;SC=GGCCATCAGCGTGCACTGTTC;SOR=0.446;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=7;WE=76162186;WS=76162168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr17	76168219	rs10358	C	T	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=0.929;QD=3.69;ReadPosRankSum=-2.147;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr17	76178748	rs1143697	T	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=421;ReadPosRankSum=-1.178;SC=AGGCGGGCAGTGCCTCCATGG;SOR=0.745;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=38;WE=76178756;WS=76178738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,55:0.49:113
chr17	76182766	.	AAGGGG	A	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.804;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=4.119;QD=10.58;ReadPosRankSum=-1.130;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr17	76183043	rs1071664	A	G	2416.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=461;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=53;PP=1145;ReadPosRankSum=-0.150;SC=TGGGGGAGCCAGGCAGCACAG;SOR=0.755;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=311;TCF=137;TCR=174;TR=92;WE=76183051;WS=76183033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:311,143:0.31:454
chr17	76187160	rs17640750	C	T	910.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=400;ReadPosRankSum=0.614;SC=GTGACCTCTCCGTGGCCGCAT;SOR=0.839;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=29;WE=76187168;WS=76187150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,48:0.45:107
chr17	76188753	rs12450989	C	A	2819.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=469;ExcessHet=3.0103;FS=0.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.850;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:299,166:0.36:465
chr17	76198458	rs11649894	C	T	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=497;SC=TGCAGTGAGCCGAGATCGCGC;SOR=2.049;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=76198466;WS=76198448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	76198754	rs35822441	T	C	5285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=75;PP=2378;SC=GGGCGGGCCTTGCTCACACGC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=144;TCF=69;TCR=75;TR=144;WE=76198762;WS=76198744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr17	76210367	rs9904341	G	C	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=40;PP=1629;SC=TTTGAATCGCGGGACCCGTTG;SOR=1.012;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=102;WE=76210375;WS=76210357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr17	76219591	rs2071214	G	A	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=35;PP=1258;SC=GGAAACTGCGGAGAAAGTGCG;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=76219599;WS=76219581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr17	76219685	rs17885521	G	C	422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=-0.249;SC=CCACTTCCAGGGTTTATTCCC;SOR=0.690;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=16;WE=76219693;WS=76219675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,24:0.36:67
chr17	76228088	rs8068943	T	A	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=14;PP=439;SC=ACCCGTCCCCTCCCGCCGGCC;SOR=1.136;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=26;TCF=11;TCR=15;TR=21;WE=76228096;WS=76228078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	76235015	rs880190	G	A	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=22;PP=1570;SC=TAGCGGGGCCGGGGATGCTGA;SOR=1.563;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=79;WE=76235023;WS=76235005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	76394195	rs2292645	T	C	4270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.630;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=61;PP=1791;ReadPosRankSum=0.201;SC=TTTGTGGTGTTGGTGTCCGAG;SOR=0.553;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=209;TCF=117;TCR=92;TR=136;WE=76394203;WS=76394185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,197:0.65:302
chr17	76395634	rs2292641	C	T	2375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=59;PP=1139;ReadPosRankSum=2.603;SC=TGCTTCCCACCGTCAGTGCTT;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=329;TCF=138;TCR=191;TR=100;WE=76395642;WS=76395624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:382,152:0.28:534
chr17	76400251	rs3744218	C	G	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.495;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=21;PP=494;ReadPosRankSum=0.020;SC=CTGGCGCCTACCTGTTAGAGT;SOR=1.473;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=26;WE=76400259;WS=76400241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr17	76410871	rs3744216	G	A	2109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.065;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=29;PP=881;ReadPosRankSum=-0.196;SC=AGGGCAGGCCGCCTTTCTCTT;SOR=0.438;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=112;TCF=68;TCR=44;TR=69;WE=76410879;WS=76410861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,102:0.66:154
chr17	76411154	rs3833108	T	TG	554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.001;NF=0;NR=14;PP=427;ReadPosRankSum=0.694;SC=AGGGTGTGGCTGGGGGCCCAG;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=14;WE=76411162;WS=76411144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr17	76419882	rs72903323	G	A	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=1.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=-3.037;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr17	76421360	rs143392722	TTTATC	T	1179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=3.029;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.950;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,38:0.25:152
chr17	76421464	rs35422926	C	T	4107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.123;QD=10.48;ReadPosRankSum=3.178;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,121:0.31:392
chr17	76421467	rs36119275	A	G	4119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=1.294;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.120;QD=10.62;ReadPosRankSum=2.692;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,120:0.31:388
chr17	76422473	rs4969188	T	C	1260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.108;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=8;PP=714;ReadPosRankSum=0.798;SC=GGGTGTGGGGTGTGCCGAGCT;SOR=1.076;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=41;WE=76422481;WS=76422463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,55:0.62:88
chr17	76422903	rs72914887	A	G	100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=65;ReadPosRankSum=-1.689;SC=GAGCAGTACCATGCTGATCCG;SOR=0.941;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=8;WE=76422911;WS=76422893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr17	76422933	rs72914891	G	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.163;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,10:0.24:41
chr17	76423097	rs2271613	G	A	3231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.763;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,158:0.64:246
chr17	76424482	rs651806	A	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=14;PP=1129;SC=ACCCAAGCCCAAGGCTGGGGC;SOR=2.012;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=61;WE=76424490;WS=76424472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	76424502	rs691674	C	G	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.01;ReadPosRankSum=-1.937;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,32:0.29:111
chr17	76424942	rs691113	T	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr17	76425176	rs691094	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=1.332;SOR=0.534;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,29:0.32:90
chr17	76425480	rs666463	A	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.19;ReadPosRankSum=1.159;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr17	76425490	rs1709752	TG	CA	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr17	76433685	rs2289757	A	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=158;ReadPosRankSum=2.408;SC=AGGCCGTGGCATGGGATGGGG;SOR=0.631;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=13;WE=76433693;WS=76433679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr17	76433898	rs12941494	T	C	5535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.18;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr17	76433898	.	TG	CA,CG	1005	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=16,48;NR=16,51;PP=297,1005;QD=10.9521210894;SC=CGTGCTGTAGTGCTCCAGCTT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=49;TCR=51;TR=32,99;WE=76433907;WS=76433888;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.32:100
chr17	76433899	rs61742072	G	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.510;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.332;SOR=0.689;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,61:0.36:169
chr17	76435448	rs12150123	C	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=79;ReadPosRankSum=-0.987;SC=GTTTTAAAACCCATCTTAAAG;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=6;WE=76435456;WS=76435438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr17	76445727	.	CGCCACCACTCCCT	C	3270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.215;NF=7;NR=40;PP=2963;ReadPosRankSum=1.324;SC=CACCACTCCCCGCCACCACTC;SOR=0.787;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=11;TCR=58;TR=47;WE=76445747;WS=76445717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,82:0.68:121
chr17	76446872	rs35957404	A	G	515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=252;ReadPosRankSum=-0.553;SC=CCAGGAGCGAATCTTCCAGCT;SOR=0.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=43;TCR=36;TR=26;WE=76446880;WS=76446862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,41:0.25:166
chr17	76449505	rs2289751	G	C	4637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=75;PP=1662;ReadPosRankSum=-1.193;SC=CAATGAGCAAGGTGTCCCCTT;SOR=0.742;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=176;TCF=72;TCR=104;TR=124;WE=76449513;WS=76449495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,218:0.70:311
chr17	76451652	rs112562857	G	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.978;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=43;ReadPosRankSum=0.998;SC=CAAGTAATCCGCCCGCCTCGG;SOR=1.414;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=6;WE=76451660;WS=76451642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,6:0.19:31
chr17	76451698	rs112076559	C	T	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=124;ReadPosRankSum=-1.646;SC=CGTGAGCCACCGCGCCTGGCC;SOR=0.787;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=14;WE=76451706;WS=76451688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr17	76451921	rs8069561	A	G	5428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=62;PP=2281;SC=CGACCAGCCTAAAGTGGGATG;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=46;TCR=63;TR=108;WE=76451929;WS=76451911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr17	76456108	rs57622590	C	T	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=72;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CGGGATGGGTCCGATGGGAGT;SOR=0.344;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=6;WE=76456116;WS=76456098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr17	76456215	rs150414589	G	A	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.590;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=11;PP=412;ReadPosRankSum=0.767;SC=ACCAGGCCAGGGGTCCCCTTT;SOR=0.931;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=104;TCF=67;TCR=37;TR=36;WE=76456223;WS=76456205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,43:0.35:122
chr17	76456352	rs623336	T	C	6959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=86;PP=2396;SC=GGAAGGAAGATGGACAGGAGA;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=61;TCR=86;TR=145;WE=76456360;WS=76456342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr17	76456403	.	C	CGTGCATGTGTGTGCATGTGT	2276.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=3.267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.537;QD=25.58;ReadPosRankSum=0.056;SOR=1.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,57:0.64:89
chr17	76457559	rs692529	T	G	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=14;PP=616;SC=TGACCACACGTGGAAGCCCAG;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=76457567;WS=76457549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	76457910	rs640292	G	C	293.81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5066;FS=2.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=249;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CGTGTCTTACGACTCCCAGTG;SOR=0.223;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=15;WE=76457918;WS=76457900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr17	76462770	rs691225	G	A	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=49;PP=1980;SC=GGAAGCGGGCGCTGACGGACA;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=106;WE=76462778;WS=76462760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr17	76480848	rs12952246	T	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=90;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=440;SC=ACACCAGTCCTGCCCTACTGC;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=76480856;WS=76480840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr17	76481608	rs11077370	A	G	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=15;PP=870;SC=CCGGGTAGGCAGGGCGTGGCC;SOR=1.532;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=48;WE=76481616;WS=76481598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	76481693	rs11872051	C	G	7973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=96;NR=66;PP=2854;SC=GGTAGTTGTCCGTGTTCAGGC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=97;TCR=67;TR=162;WE=76481701;WS=76481683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr17	76481997	rs12944880	T	C	2350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=31;PP=1333;SC=CACCGATTCCTGCCTCTAAAT;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=76482005;WS=76481987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr17	76482256	rs691142	A	G	6957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=1.657;SC=CCAGCTAAGCAGGATGCTGAG;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=178;TCF=96;TCR=82;TR=178;WE=76482264;WS=76482246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,268:0.99:270
chr17	76482432	rs691151	A	G	10200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=125;PP=2965;SC=GCAGGTACAGAATCGTTTGGA;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=103;TCR=125;TR=228;WE=76482440;WS=76482422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr17	76486622	rs113420656	G	GGTCT	927.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.482;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=787;ReadPosRankSum=2.486;SC=TTTATTCCCAGGTCTCTCACC;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=17;WE=76486630;WS=76486612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr17	76488937	rs10655360	G	GT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=1.475;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.551;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr17	76488973	rs1983306	A	G	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=385;ReadPosRankSum=1.514;SC=CACTCTTGTCACCGAGGCTGG;SOR=0.509;SbPval=0.11;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=25;WE=76488981;WS=76488963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr17	76491127	rs691652	TG	CC	7482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=70;PP=2944;ReadPosRankSum=1.057;SC=CCCTCGGCCATGAGCATGATC;SOR=0.696;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=62;TCR=108;TR=112;WE=76491136;WS=76491117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,188:0.70:269
chr17	76491194	rs11077375	G	A	1365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=34;PP=841;ReadPosRankSum=-0.693;SC=GGAGGTCAGCGGTGCCTGTGG;SOR=0.559;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=24;TCR=52;TR=51;WE=76491202;WS=76491184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,60:0.67:89
chr17	76491211	rs11077376	G	A	943.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=599;ReadPosRankSum=-2.338;SC=GTGGGCTTCTGCCCACTCCCT;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=39;WE=76491219;WS=76491201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,42:0.69:61
chr17	76495050	rs691291	C	T	3521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=43;PP=1182;ReadPosRankSum=1.451;SC=ACGAGCCAGTCACCCGACGTG;SOR=0.596;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=85;WE=76495058;WS=76495040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,170:0.64:264
chr17	76496492	rs2028734	A	G	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.534;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=52;PP=1458;ReadPosRankSum=0.589;SC=CGGGGCCGGCAGGGGCTCCAC;SOR=0.638;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=141;TCF=67;TCR=74;TR=100;WE=76496500;WS=76496482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,161:0.71:227
chr17	76496577	rs2028735	C	T	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=38;PP=856;ReadPosRankSum=-0.011;SC=TGTGTGCCAGCGACCCCATGG;SOR=0.669;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=58;WE=76496585;WS=76496567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,82:0.60:136
chr17	76497920	rs690844	C	A	6850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.388;SOR=0.629;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,324:0.65:501
chr17	76498406	rs930572	A	G	2633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=50;PP=1407;ReadPosRankSum=0.962;SC=TTTTTTTTAAAGACTCTCAGT;SOR=0.680;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=146;TCF=68;TCR=78;TR=94;WE=76498414;WS=76498383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,123:0.66:185
chr17	76498692	rs930571	C	T	4733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=2.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.17;ReadPosRankSum=0.557;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,226:0.68:334
chr17	76498844	rs7218164	A	G	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.110;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=670;ReadPosRankSum=-0.074;SC=TAACGCAGACATTCCTGCTGA;SOR=0.176;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=38;WE=76498852;WS=76498834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr17	76502734	rs11077378	T	C	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=88;ReadPosRankSum=1.591;SC=GCGGTTGAGGTAGAGGTGCCC;SOR=0.385;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=7;WE=76502742;WS=76502724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr17	76503527	rs9894913	G	A	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.222;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1084;ReadPosRankSum=0.503;SC=GGGAACCACCGGGCTGTGCTC;SOR=0.831;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=255;TCF=124;TCR=131;TR=88;WE=76503535;WS=76503517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:245,144:0.37:389
chr17	76503560	rs62073553	C	A	4837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.460;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=73;PP=2517;ReadPosRankSum=-2.715;SC=TGGTTGATGTCGTCAAAGCGC;SOR=0.577;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=220;TCF=109;TCR=111;TR=150;WE=76503568;WS=76503550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,223:0.66:339
chr17	76503593	rs9896398	T	C	1594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=31;PP=559;ReadPosRankSum=-0.657;SC=GGGAGCTGGGTGCGGATGTCT;SOR=0.669;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=89;TCR=101;TR=59;WE=76503601;WS=76503583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,95:0.34:281
chr17	76503966	rs9902653	T	C	411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=276;ReadPosRankSum=-0.264;SC=TTCCAGGACATAGACTGAAGC;SOR=0.868;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=72;TCF=22;TCR=50;TR=20;WE=76503974;WS=76503956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,24:0.27:89
chr17	76506607	rs867654	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=189;ReadPosRankSum=-0.740;SC=AAAAAATCCAGGCAGGATTCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=20;WE=76506615;WS=76506597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,28:0.25:114
chr17	76521057	rs62075876	C	T	2414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=26;PP=1071;ReadPosRankSum=1.561;SC=TGCAGAATCCCGGGCCCCACC;SOR=0.603;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=112;TCF=73;TCR=39;TR=72;WE=76521065;WS=76521047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,113:0.65:173
chr17	76521121	rs17729253	T	C	4347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=0.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.153;SOR=0.684;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,212:0.61:348
chr17	76521291	rs62075877	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.15;MQRankSum=0.932;NF=12;NR=22;PP=420;ReadPosRankSum=2.152;SC=CCCTCAGCGGTGCCCCACCCC;SOR=0.920;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=20;TCR=36;TR=34;WE=76521299;WS=76521281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,38:0.55:69
chr17	76521308	rs62075878	C	T	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.888;NF=8;NR=21;PP=444;ReadPosRankSum=1.393;SC=CCCCACTCCCCGACGTTCTGC;SOR=0.848;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=29;WE=76521316;WS=76521298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr17	76525475	rs884714	T	G	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=433;ReadPosRankSum=0.763;SC=ATGGTTGCGTTTGATGGGCTG;SOR=0.576;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=27;WE=76525483;WS=76525465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr17	76525565	rs4273108	A	G	3653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.116;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=30;PP=1625;ReadPosRankSum=0.127;SC=TGCAGCTTCAAGTGGATCTCC;SOR=0.943;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=152;TCF=96;TCR=56;TR=92;WE=76525573;WS=76525555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,162:0.67:242
chr17	76525759	rs61741523	G	C	4536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.015;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=78;PP=2267;ReadPosRankSum=0.282;SC=TTTCATGAAGGCTTCCAGGTC;SOR=0.613;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=186;TCF=73;TCR=113;TR=130;WE=76525767;WS=76525749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,205:0.71:287
chr17	76525805	rs4969212	C	G	2365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=52;PP=1389;ReadPosRankSum=0.727;SC=ATTTGTGTGGCCCCAGCCCCC;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=30;TCR=68;TR=75;WE=76525813;WS=76525795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,97:0.74:131
chr17	76525864	rs4597380	G	A	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.286;HP=3;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=27;PP=556;ReadPosRankSum=0.075;SC=GGGGACGACCGCGGTGAGGTC;SOR=1.802;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=30;WE=76525872;WS=76525854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr17	76528591	rs11868065	C	T	672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=221;ReadPosRankSum=0.669;SC=CCAGGGTGGGCGGTGTCTTGG;SOR=0.495;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=17;WE=76528599;WS=76528581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr17	76528790	rs11651537	A	G	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=576;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CCTCATCTCTATGAGGTCTGT;SOR=0.864;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=38;WE=76528798;WS=76528780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,57:0.54:105
chr17	76528831	rs11077379	G	A	924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=17;PP=519;ReadPosRankSum=0.864;SC=GAAAGGGGCAGGGGAGAAGCA;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=31;WE=76528839;WS=76528821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,45:0.49:91
chr17	76533269	rs111781371	A	AAAAG	3714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.19;QD=35.72;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr17	76535948	rs7221209	T	C	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=56;PP=1866;SC=CTGCCCTGAATAGTTCTGCGT;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=42;TCR=56;TR=98;WE=76535956;WS=76535938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr17	76547634	rs16971526	T	C	5264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=83;PP=2487;ReadPosRankSum=2.200;SC=GCCTGGGAAATTCCTTCTATA;SOR=0.636;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=262;TCF=131;TCR=131;TR=162;WE=76547642;WS=76547624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,259:0.63:408
chr17	76548866	rs61745194	C	T	1726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=1.423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,87:0.64:136
chr17	76554114	rs62075923	A	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.686;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=558;ReadPosRankSum=1.595;SC=ACATCTCTGAAACACACAAAC;SOR=0.935;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=162;TCF=104;TCR=58;TR=48;WE=76554122;WS=76554104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,59:0.25:234
chr17	76554147	rs4969171	A	G	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.693;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:249,98:0.28:347
chr17	76554443	rs76926101	G	A	318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.104;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=261;ReadPosRankSum=-0.565;SC=GACAGCCGGGGGGGATCTCAA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=76554451;WS=76554433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr17	76556811	rs78321431	C	T	143.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.782;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=100;ReadPosRankSum=1.732;SC=GTCCCCACTCCTGGCACCCAC;SOR=2.910;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=8;WE=76556819;WS=76556801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr17	76557862	rs894966	T	C	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=48;PP=2381;SC=CCAGGCTCCATTTGAGCTGCC;SOR=1.102;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=78;TCR=48;TR=126;WE=76557870;WS=76557852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
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chr17	76558159	rs2376587	T	C	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=26;PP=580;SC=TCTTCAGGAGTGAGAGAATGT;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=28;WE=76558167;WS=76558149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr17	76569056	rs12951733	G	T	766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=21;PP=569;SC=TCCCCGGGGGGTTCCAAAGAC;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=76569064;WS=76569046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	76570771	rs12946156	G	A	1077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=661;SC=TCGACACCCCGGATGGCAGCC;SOR=2.554;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=32;WE=76570779;WS=76570761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	76571269	rs9903478	A	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=227;SC=GAGCAGGAACAAAACAGTTGG;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=76571277;WS=76571259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	76672322	rs12943069	A	T	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.965;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=0.386;SC=CAGGCAGGGGATTCTCAGGGG;SOR=0.322;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=12;WE=76672340;WS=76672312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,22:0.39:56
chr17	76794774	rs3744799	T	C	167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.233;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.75;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
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chr17	76799898	rs9302885	A	G	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.16;ReadPosRankSum=0.822;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr17	76814782	rs35273233	G	A	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.075;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=155;ReadPosRankSum=1.080;SC=AGTTGGCAAAGCGCTTGAGGG;SOR=0.512;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=15;WE=76814790;WS=76814772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr17	76816199	rs7222131	G	A	275.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,25:0.23:111
chr17	76823418	rs150547254	G	T	1404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=30;PP=592;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AAGCGGAAGTGTCGGGCGATC;SOR=0.599;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=158;TCF=64;TCR=94;TR=51;WE=76823426;WS=76823408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,84:0.34:250
chr17	76867185	rs55743137	G	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=23;PP=711;SC=ACAACCTGTAGCTGGGGTACA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=76867193;WS=76867175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr17	76897974	rs4789936	C	T	1709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=33;PP=1002;SC=CTTGAAATCACTGGGCTGACT;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=46;WE=76897982;WS=76897964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr17	76970879	rs3744166	A	G	7322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=94;PP=2965;SC=ACTGGACCTCATCCAGCATGA;SOR=0.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=180;TCF=85;TCR=95;TR=179;WE=76970887;WS=76970869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr17	77073901	rs117502073	G	A	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.190;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,25:0.21:118
chr17	77082251	rs200514259	C	T	5931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FS=0.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.33;ReadPosRankSum=2.121;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,267:0.69:387
chr17	77089515	rs4789891	G	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=140;ReadPosRankSum=1.200;SC=CTGCACGGAGGGCCCAAGAGC;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=8;WE=77089523;WS=77089507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr17	77089630	.	G	GA	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.326;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=3.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=2.319;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.218;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,27:0.34:80
chr17	77089873	rs60453390	CCACACA	CCACACACA,C	223.75	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1,1;NR=13,13;PP=493,721;SC=CAACAGCTGGCCACACACACA;SOR=1.863;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=14,14;WE=77089886;WS=77089863;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:8
chr17	77097649	rs11651975	G	A	2392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=1014;ReadPosRankSum=0.807;SC=GCCTTGTGGGGGGACCCAGCC;SOR=0.648;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=108;TCF=63;TCR=45;TR=72;WE=77097657;WS=77097639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,115:0.66:173
chr17	77102966	rs36122090	T	TC	1181.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=18;PP=721;SC=GGCCAGATTCTCCCCACCCTT;SOR=1.387;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=77102974;WS=77102956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	77111732	rs80198744	G	A	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.28;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,85:0.70:122
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chr17	77707168	rs375922133	GC	G	1204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=7;PP=965;ReadPosRankSum=1.470;SC=GCTCCCCCCAGCCCTGCCCCA;SOR=0.767;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=27;WE=77707176;WS=77707158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr17	77751983	rs71368052	C	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=5;PP=421;SC=GCGCGGCGGTCCGGGCGGGTG;SOR=2.215;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=77751991;WS=77751976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	77758484	rs3751956	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=1.694;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.247;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:189,72:0.28:261
chr17	77758691	rs3751957	G	A	7158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.421;SC=GACAGAACCCGTCAGTGTCCG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=295;TCF=156;TCR=139;TR=208;WE=77758699;WS=77758681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,330:0.69:480
chr17	77768654	rs4889891	C	A	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=670;ReadPosRankSum=0.617;SC=CAGGCCCCCCCCAGAGCTGGG;SOR=0.425;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=42;WE=77768662;WS=77768644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,63:0.59:107
chr17	77772068	rs9905914	G	A	1204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.920;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=561;ReadPosRankSum=1.602;SC=TCCCAACGTGGGCGGCGGACA;SOR=0.915;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=36;WE=77772076;WS=77772058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,57:0.65:88
chr17	77809591	.	GC	G	603.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=4.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,37:0.32:116
chr17	77811733	rs371298714	TA	T	110.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=0.646;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr17	77916134	rs2650236	G	A	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=1.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=355;ReadPosRankSum=-0.077;SC=AGCCCAGCTCGGGGGCCGTGT;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=18;WE=77916142;WS=77916124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr17	77922612	rs8079001	C	T	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=37;PP=2120;SC=CTTCCCAGAGCGGTCAGGTGA;SOR=1.244;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=77;TCR=37;TR=113;WE=77922620;WS=77922602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	77926436	rs191320216	C	T	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=3.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.37;ReadPosRankSum=-0.116;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,97:0.26:368
chr17	78013724	rs2289527	G	C	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=56;PP=2019;SC=AGGGGGAGGTGGAGACAGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=115;WE=78013732;WS=78013714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr17	78020941	rs76104475	GGC	TTT	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.707;HP=3;HapScore=3;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=662;ReadPosRankSum=-2.393;SC=CCACGTGCCCGGCCAGGTTTT;SOR=2.636;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=8;WE=78020951;WS=78020931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr17	78039867	rs8082554	C	T	1749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=809;ReadPosRankSum=-1.979;SC=GGGATGGATGCGTGGCTCAGG;SOR=0.661;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=62;TCR=46;TR=64;WE=78039875;WS=78039857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,86:0.61:140
chr17	78041408	rs151038976	C	A	1387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=27;PP=546;ReadPosRankSum=1.560;SC=AGCTTCCTGCCCGGGGCATCG;SOR=0.701;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=143;TCF=74;TCR=69;TR=51;WE=78041416;WS=78041398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,79:0.38:206
chr17	78055758	rs35578653	T	G	4661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=81;PP=2302;ReadPosRankSum=1.944;SC=AGACGGATGCTGCCATCCGGG;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=107;TCR=114;TR=156;WE=78055766;WS=78055748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,217:0.69:313
chr17	78061317	rs11150839	A	C	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=4;PP=755;SC=GAGAGACAAAACCTGGCTCAC;SOR=3.202;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=78061325;WS=78061307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	78061353	rs11150840	G	A	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=18;PP=1148;SC=GCCTGCGGGCGAGGACCCGTA;SOR=1.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=42;TCR=18;TR=60;WE=78061361;WS=78061343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr17	78061979	rs12942049	A	C	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=71;PP=1961;ReadPosRankSum=-0.587;SC=AAGACCATGTAGGAGGCCAGG;SOR=0.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=123;WE=78061987;WS=78061969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,184:0.99:185
chr17	78064185	.	CAGCACGTGCATGAACAACACAGGACACACACAGCACGTGCATGAACAACACAGGACACACACA	C	790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.78;QD=43.93;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	78064216	.	C	CA	884	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=23;MQ=56.31;NF=13;NR=27;PP=884;QD=22.725;SC=AGGACACACACAGCACGTGCA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=78064238;WS=78064206;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr17	78064228	.	GAAC	G	161	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=23;MQ=54.23;NF=1;NR=9;PP=161;QD=19.2;SC=GCACGTGCATGAACAACACAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=78064238;WS=78064206;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	78064247	.	CA	C	1024	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=54.16;NF=2;NR=23;PP=1024;QD=42.0;SC=AGGACACACACAAGCACGTGC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=25;WE=78064255;WS=78064237;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
chr17	78071052	rs12952612	T	C	6506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=58;PP=2480;SC=AGGCCACCGATGAGTGCACCA;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=151;TCF=93;TCR=58;TR=151;WE=78071060;WS=78071042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr17	78078656	rs1800299	G	A	10449.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=728;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.184;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=108;PP=2962;ReadPosRankSum=1.695;SC=CAGCCGCTTCGATTGCGCCCC;SOR=0.827;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=388;TCF=217;TCR=171;TR=256;WE=78078664;WS=78078646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,487:0.68:720
chr17	78078709	rs1800300	T	C	18367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=248;NR=174;PP=2965;SC=CCCGCGGCTGTTGCTACATCC;SOR=0.936;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=422;TCF=248;TCR=174;TR=422;WE=78078731;WS=78078699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,667:1.00:667
chr17	78079481	rs8069491	C	G	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=20;PP=1221;SC=CTGTCCTTGGCGTGCGGGTTG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=78079489;WS=78079471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	78079509	rs12452721	T	G	2872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=33;PP=1490;SC=GAGAGTAAGGTGGCTGTGGGG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=46;TCR=33;TR=79;WE=78079517;WS=78079499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr17	78079544	rs3816256	C	G	4592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=52;PP=1876;SC=CCCATCTCTTCTAGATCAAAG;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=105;WE=78079552;WS=78079534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr17	78079597	rs1042393	A	G	5030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=58;PP=1872;SC=GAGACCCCGCATGTCCACAGC;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=46;TCR=58;TR=104;WE=78079605;WS=78079587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr17	78079669	rs1042395	G	A	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=34;PP=927;SC=GTGATCGTGCGCCGGCAGCTG;SOR=1.341;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=78079677;WS=78079659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	78081526	rs3071247	A	AGCAGCGG	4016.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.107;NF=8;NR=80;PP=2162;ReadPosRankSum=0.063;SC=CCCACGGTACAGCGGCGGGCG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=95;TCF=9;TCR=86;TR=88;WE=78081534;WS=78081514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,153:0.99:155
chr17	78081551	rs2304845	T	C	5619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=56;PP=1594;SC=GCGGGGGCACTGAGCTGGGGA;SOR=1.170;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=86;WE=78081559;WS=78081541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	78081707	rs2252455	G	A	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=27;NR=35;PP=995;SC=TAAGCTGCCCGCCGCCCAGCG;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=62;TCF=27;TCR=35;TR=62;WE=78081715;WS=78081697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr17	78081982	rs2241888	G	A	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=16;PP=1206;SC=TGAGCTCCTCGTGGGGAGAGA;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=62;WE=78081990;WS=78081972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr17	78082005	rs2241887	C	T	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=62;NR=24;PP=1809;SC=CTCAACTCTCCGCCTGTGATT;SOR=1.324;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=86;WE=78082013;WS=78081995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr17	78082504	rs1800304	G	A	4689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=49;PP=1743;SC=AGGACGTCCAGTGGAACGACC;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=92;WE=78082512;WS=78082494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr17	78083565	rs2278620	G	A	1690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=9;PP=1036;SC=GTCCTGACTCGCCCGGCCCTG;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=46;WE=78083573;WS=78083555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	78083726	rs2278619	A	G	9723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr17	78084507	rs2304844	G	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=9;PP=1002;SC=TCTCCCCACTGCAGCCTCTCG;SOR=2.461;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=78084515;WS=78084497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	78084688	rs2304843	C	A	12598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=129;NR=117;PP=2965;SC=GGGGACTACCCCACCCTCCTC;SOR=0.739;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=246;TCF=129;TCR=117;TR=246;WE=78084696;WS=78084678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,491:1.00:491
chr17	78084769	rs1042396	G	A	8526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=114;PP=2965;SC=ACTTCATCAGGGGCTCTGAGG;SOR=0.979;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=193;TCF=79;TCR=114;TR=189;WE=78084777;WS=78084759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr17	78084940	rs199788201	GC	G	828.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.53;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr17	78084942	rs4889817	G	T	837.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.91;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr17	78086043	rs2304838	C	T	2559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=75;PP=1967;SC=TCTCCCCACCCGCTGCCTGCA;SOR=4.615;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=5;TCR=75;TR=80;WE=78086051;WS=78086033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr17	78086846	rs2304836	A	G	4775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=71;PP=2553;SC=GGGTGGCGGCATGGCAGGTGG;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=140;WE=78086854;WS=78086836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	78090928	rs2304832	G	A	3195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=81;PP=2123;SC=GGGACCCTAAGCCCTGGGGAG;SOR=2.448;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=22;TCR=82;TR=103;WE=78090936;WS=78090918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr17	78091405	rs1126690	G	A	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=48;PP=1839;SC=CCAGGTGCCAGTAGAGGCCCT;SOR=0.754;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=98;WE=78091413;WS=78091395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr17	78092063	rs1042397	G	A	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=41;PP=1529;SC=CCAAGGGTGGGGAGGCCCGAG;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=39;TCR=41;TR=79;WE=78092071;WS=78092053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr17	78111178	rs61751628	G	C	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=649;ReadPosRankSum=3.087;SC=CAGCATAGCAGACCCACCTGG;SOR=0.631;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=57;TCF=44;TCR=13;TR=38;WE=78111186;WS=78111168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,50:0.61:82
chr17	78111449	rs2289535	A	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=536;ReadPosRankSum=-0.547;SC=ACTGGATGTAAAAACTTTTTC;SOR=0.560;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=32;WE=78111457;WS=78111439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,39:0.71:55
chr17	78111877	rs2361710	T	C	3242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=1352;ReadPosRankSum=-0.744;SC=TCTTGATTTATGTCATTCAGA;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=51;TCR=28;TR=79;WE=78111885;WS=78111867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,127:0.98:129
chr17	78113832	rs2241886	G	A	1120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=480;ReadPosRankSum=2.946;SC=GAGTGCCCGCGACAACATGCT;SOR=0.746;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=39;WE=78113840;WS=78113822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,65:0.32:206
chr17	78114991	rs8082247	T	C	865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.243;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=6;PP=1400;ReadPosRankSum=0.523;SC=TGGCAAAATGTTAATCAGGAA;SOR=0.500;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=42;TCR=11;TR=31;WE=78115004;WS=78114981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,37:0.64:58
chr17	78114996	rs12949569	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=766;ReadPosRankSum=-0.052;SC=AAATGTTAATCAGGAAGAAAA;SOR=0.749;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=58;TCF=45;TCR=13;TR=23;WE=78115004;WS=78114981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr17	78115484	rs935117	A	C	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.989;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=4;PP=461;ReadPosRankSum=0.066;SC=CATACTAGAAAATTTTAAATT;SOR=1.387;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=26;WE=78115492;WS=78115474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,31:0.61:51
chr17	78155182	rs9906472	A	C	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=21;PP=1477;ReadPosRankSum=-0.799;SC=GGTCCTGCTTACCTGACAACT;SOR=0.645;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=71;TCF=50;TCR=21;TR=69;WE=78155190;WS=78155172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,88:0.99:89
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chr17	78158063	rs4889991	G	A	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=450;SC=GCACCCCGGCGCGACCCTGCT;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=78158071;WS=78158053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr17	78162170	rs28674001	G	A	4785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,231:0.66:352
chr17	78164411	.	CAA	C	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.490;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=0.984;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr17	78164427	rs12942414	A	G	620.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.93;ReadPosRankSum=1.564;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr17	78175483	rs2304856	T	C	3502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=47;PP=2020;ReadPosRankSum=-1.998;SC=GCGCCTTCTGTCTTCTGGCTG;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=92;TCR=62;TR=115;WE=78175491;WS=78175473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,153:0.65:234
chr17	78175854	rs3813063	C	A	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.390;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.54;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.403;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,51:0.84:61
chr17	78176044	rs117918077	C	T	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=3.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=0.120;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,42:0.23:182
chr17	78176233	rs8069255	T	A	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.084;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=33;PP=700;ReadPosRankSum=0.891;SC=AGCAGCTGCCTCGAGCTCGGT;SOR=1.126;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=48;WE=78176241;WS=78176223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,56:0.65:86
chr17	78178170	rs4889996	A	G	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.41;ReadPosRankSum=-0.945;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr17	78178182	rs4889836	T	C	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.43;ReadPosRankSum=-1.122;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr17	78178189	rs4889997	G	A	775.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.86;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,20:0.67:30
chr17	78178830	rs11653893	A	G	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.941;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=254;ReadPosRankSum=0.211;SC=CCTCTCCTCCACAGGCTCCAG;SOR=2.229;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=19;WE=78178838;WS=78178820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr17	78178893	rs11652075	C	T	1778.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=761;ReadPosRankSum=-3.017;SC=TACCCTGGTGCGGCCCCATCG;SOR=0.778;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=81;TCF=53;TCR=28;TR=56;WE=78178901;WS=78178883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,81:0.76:107
chr17	78180618	rs4889998	A	C	1434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=7;PP=1134;ReadPosRankSum=0.145;SC=GGCAAGCTCTATTCCCTCATC;SOR=0.625;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=96;TCF=87;TCR=9;TR=61;WE=78180626;WS=78180611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,64:0.63:101
chr17	78184393	rs7503034	C	T	1841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.954;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=26;PP=663;ReadPosRankSum=-1.699;SC=CTGAGCAAAGCGCGGGTCGGT;SOR=0.623;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=148;TCF=71;TCR=77;TR=53;WE=78184401;WS=78184383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,104:0.39:268
chr17	78187720	rs35087113	A	G	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=8.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.734;SOR=1.157;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,95:0.30:322
chr17	78187721	rs34029730	CAG	C	3211.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=4.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.612;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=19;PP=2970;ReadPosRankSum=-0.574;SC=TTAGAACAGACAGACCGGGGG;SOR=1.192;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=156;TCF=69;TCR=87;TR=45;WE=78187730;WS=78187710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,95:0.28:337
chr17	78187954	rs6565647	A	G	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=40;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.819;SC=CCTGAAACACAGGAGGGGCCG;SOR=0.887;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=197;TCF=86;TCR=111;TR=68;WE=78187962;WS=78187944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,89:0.35:252
chr17	78210944	rs8070283	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=195;ReadPosRankSum=-0.273;SC=CTGAGGCTGCGGTGGCCCCTG;SOR=0.790;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=16;WE=78210952;WS=78210934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,25:0.34:74
chr17	78219065	rs7406843	C	A	2781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=60;PP=1249;ReadPosRankSum=-1.168;SC=GGTGAGTGACCTGTCCGCCTC;SOR=0.634;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=320;TCF=124;TCR=196;TR=101;WE=78219073;WS=78219055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:360,165:0.31:525
chr17	78219100	rs7406844	C	T	1975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.414;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=45;PP=861;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GTTGGACGCCCTAACGTTGTT;SOR=0.660;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=217;TCF=73;TCR=144;TR=69;WE=78219108;WS=78219090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:246,117:0.32:363
chr17	78222280	rs7209848	A	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.00;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,10:0.21:48
chr17	78222565	rs7214131	A	G	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.690;QD=2.48;ReadPosRankSum=1.325;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,58:0.22:266
chr17	78222638	rs34911974	GC	G	530.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=3.514;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.095;SOR=0.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,20:0.20:100
chr17	78222661	rs9904116	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.880;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.149;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,15:0.23:66
chr17	78252770	rs7219131	T	C	2168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=42;PP=1030;SC=TGGCACAGCCTGGCACGGCCA;SOR=1.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=78252778;WS=78252760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr17	78281088	rs61087724	G	T	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.071;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=85;ReadPosRankSum=0.215;SC=TGACCCACATGTGCTGTTGTA;SOR=0.298;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=11;WE=78281096;WS=78281078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,13:0.26:50
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chr17	78305871	rs10782008	G	A	6083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=68;PP=2568;SC=AAATGACACCGTGACAGTGAG;SOR=0.719;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=134;TCF=65;TCR=69;TR=133;WE=78305879;WS=78305861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr17	78306102	rs9913636	G	C	4994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=65;PP=2539;ReadPosRankSum=1.201;SC=CCTTGAGCTTGAAGAGGTGTA;SOR=0.677;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=218;TCF=128;TCR=90;TR=154;WE=78306110;WS=78306092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,229:0.66:348
chr17	78306280	rs8074015	A	G	6786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=107;PP=2965;SC=GACCACCAGGACCAAAGAGAT;SOR=1.060;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=173;TCF=66;TCR=107;TR=173;WE=78306288;WS=78306270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	78306308	rs9908287	C	G	5136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=84;PP=2591;SC=AGGACCGAGTCGAACAGATCA;SOR=1.234;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=43;TCR=84;TR=127;WE=78306316;WS=78306298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr17	78308124	rs79268626	G	A	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.56;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr17	78308136	rs11658902	G	A	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=16;PP=418;SC=ACTGTGTGGCGTTCCTAAACT;SOR=3.160;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=78308144;WS=78308114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr17	78311508	rs4890009	G	A	7356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=131;NR=70;PP=2965;SC=TGATCCAGGCGCCCAAAGGTG;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=202;TCF=131;TCR=71;TR=201;WE=78311516;WS=78311498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr17	78319136	rs9674961	G	A	8075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=97;NR=94;PP=2965;SC=GATGCCATCAGTCACTTGACT;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=97;TCR=94;TR=191;WE=78319144;WS=78319126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr17	78319380	rs4890012	G	C	6773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=74;PP=2913;SC=GTGGGATCCCGGTTATCATCA;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=81;TCR=74;TR=155;WE=78319388;WS=78319370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr17	78323445	rs35993981	T	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=524;ReadPosRankSum=-0.794;SC=TTGGATTCTGTGCCGTTGTGT;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=32;TCR=14;TR=32;WE=78323453;WS=78323435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,41:0.65:63
chr17	78323757	rs7223115	T	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=27;PP=626;SC=GCCGCAGCCGTGTGGCTTCTG;SOR=1.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=78323765;WS=78323747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	78324048	rs9944443	T	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.63;ReadPosRankSum=0.291;SOR=0.411;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr17	78324352	rs11654408	G	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.638;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr17	78325464	rs148590969	CT	C	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.993;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=1.320;SC=AATAGGTATTCTTTTTTTTTT;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=11;WE=78325472;WS=78325454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr17	78327358	rs7216493	G	A	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=44;PP=1734;SC=AGGCGATGGAGACGGAGGCCA;SOR=0.778;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=84;WE=78327366;WS=78327348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	78332396	rs9915562	A	G	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=27;PP=812;SC=CAACGTTGACATGGGTGCTTT;SOR=1.355;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=78332404;WS=78332386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	78333840	rs8067292	T	C	2564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=31;PP=1070;ReadPosRankSum=0.416;SC=CCTCTTCTTATCATCCCTCAC;SOR=0.588;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=67;TCR=52;TR=67;WE=78333848;WS=78333830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,122:0.59:207
chr17	78335610	rs61741791	G	A	688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.733;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=178;ReadPosRankSum=0.854;SC=ATGGAGAGCCGCAGCAGGAAC;SOR=0.584;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=19;WE=78335618;WS=78335600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,40:0.35:114
chr17	78337058	rs35332090	G	C	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.162;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=522;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTACCCTCAGGTTCTCCACAG;SOR=0.914;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=134;TCF=59;TCR=75;TR=42;WE=78337066;WS=78337048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,72:0.30:238
chr17	78337584	rs61740658	A	G	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=1.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,39:0.39:100
chr17	78345567	rs111992928	T	TAC	1084.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=507;ReadPosRankSum=2.582;SC=TATATGTTTATACACACACAC;SOR=0.718;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=16;WE=78345576;WS=78345557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,42:0.31:134
chr17	78345590	rs74789968	C	T	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.67;ReadPosRankSum=1.300;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,52:0.34:151
chr17	78346548	rs4889847	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.478;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr17	78346830	rs116948489	G	A	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=2.895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=0.847;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:191,83:0.30:274
chr17	78348494	rs6565681	A	G	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=26;PP=741;SC=CCACTGATGCAGCCCATCACG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=78348502;WS=78348484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	78350088	rs113236556	T	C	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=18;PP=650;ReadPosRankSum=-2.546;SC=ATGTTAAGTTTTTTTCCTGTC;SOR=0.756;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=170;TCF=106;TCR=64;TR=54;WE=78350096;WS=78350078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,86:0.32:268
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chr17	78354661	rs4889848	C	T	11041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=88;PP=2965;SC=AGACCGGCCACGTGCTGGGCA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=113;TCR=88;TR=201;WE=78354669;WS=78354651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,424:1.00:424
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chr17	78399208	rs41299838	G	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=1.378;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,58:0.31:186
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chr17	78403801	rs41301876	G	A	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.289;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=947;ReadPosRankSum=1.823;SC=CACCCCTGGGGGTGGTCTAGG;SOR=0.946;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=167;TCF=71;TCR=96;TR=63;WE=78403809;WS=78403791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,90:0.32:282
chr17	78403906	rs41301878	C	G	350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.477;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=338;ReadPosRankSum=-0.817;SC=CAGCACAGCCCAGCACCAGGT;SOR=1.463;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=78;TCF=30;TCR=48;TR=25;WE=78403914;WS=78403896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,23:0.27:86
chr17	78404175	rs113730607	ATTTG	A	3796.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.973;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.888;NF=4;NR=50;PP=2353;ReadPosRankSum=2.007;SC=TATTTCACATATTTGTTTGTT;SOR=0.944;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=6;TCR=75;TR=54;WE=78404186;WS=78404165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,98:0.64:154
chr17	78444658	rs12943620	T	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=240;ReadPosRankSum=0.271;SC=TGGTGGCCCCTCCGTAGATCT;SOR=0.732;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=20;WE=78444666;WS=78444648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr17	78444948	rs11869626	A	C	587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=294;ReadPosRankSum=-0.397;SC=ACTCTCACGGACACTCCTAGG;SOR=0.716;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=17;WE=78444956;WS=78444938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,27:0.71:38
chr17	78445702	rs1131609	A	G	2543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1212;ReadPosRankSum=2.319;SC=ACAAAAGGCAACTTGGCCACC;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=43;TCR=59;TR=70;WE=78445710;WS=78445692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,113:0.71:160
chr17	78446932	rs11657630	C	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.497;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=747;ReadPosRankSum=0.772;SC=GCCCTGTCTCCGCATGCAACA;SOR=0.452;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=42;WE=78446940;WS=78446922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,47:0.82:57
chr17	78599655	rs901065	G	T	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-0.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=99;ReadPosRankSum=1.325;SC=GCCTGGGCGGGGCTCGCCAAG;SOR=0.495;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=7;WE=78599663;WS=78599645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chr17	78617403	rs55693521	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.158;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=-0.056;SC=AACCTTAGGCGTTGTGTTACT;SOR=0.252;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=5;WE=78617411;WS=78617393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr17	78617439	rs6565469	T	C	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=5;PP=339;SC=CTTTGAAGTGTGTTATATAAG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=78617447;WS=78617429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr17	78681520	rs9900445	A	G	181.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=118;ReadPosRankSum=1.325;SC=GGAGAAACTCAGAGCCATGTG;SOR=0.425;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=8;WE=78681528;WS=78681510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
chr17	78681590	rs2306690	A	G	1587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=0.997;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	78704240	rs12946115	A	C	1454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=819;ReadPosRankSum=0.332;SC=ATAAAGGCTAACTCAGCGTCT;SOR=0.617;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=70;TCF=49;TCR=21;TR=51;WE=78704248;WS=78704230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,65:0.69:94
chr17	78727734	rs12944923	T	C	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.359;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=24;PP=1168;ReadPosRankSum=1.049;SC=CCTTCTGTGTTACAGCTGCAG;SOR=0.562;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=119;TCF=82;TCR=37;TR=75;WE=78727742;WS=78727724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,104:0.65:160
chr17	78765219	rs4969429	A	G	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.643;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.23;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,47:0.29:161
chr17	78795868	rs9911574	A	G	3364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=25;PP=2273;SC=GCCGTGCGCCAAGCTTCTGCT;SOR=2.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=85;TCR=25;TR=110;WE=78795876;WS=78795858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr17	78820374	rs2589156	G	A	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.580;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=844;ReadPosRankSum=0.817;SC=TCGTCCTGCAGGTGAGTTTCT;SOR=0.798;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=64;WE=78820382;WS=78820364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,111:0.37:304
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chr17	78897561	rs6565491	C	T	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.465;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=30;PP=459;ReadPosRankSum=0.050;SC=AGGCTGCTCACATCACCATGG;SOR=0.328;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=129;TCF=25;TCR=104;TR=40;WE=78897569;WS=78897551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,43:0.32:133
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chr17	78919327	rs68078977	GCTTGCAGTGAGC	G	326.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-1.401;NF=5;NR=2;PP=2391;ReadPosRankSum=2.019;SC=GGGAGGCGGAGCTTGCAGTGA;SOR=0.495;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=7;WE=78919357;WS=78919314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr17	78919349	rs8080910	A	G	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=9;PP=1080;SC=CCAAGATTGCACCACTGCACT;SOR=1.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=78919357;WS=78919314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	78919387	rs17848707	G	A	1388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.864;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.076;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.827;NF=35;NR=13;PP=944;ReadPosRankSum=0.094;SC=GCGAGACTCCGTCTCAAAAAA;SOR=1.136;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=48;TCR=22;TR=48;WE=78919407;WS=78919377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,62:0.64:97
chr17	78919558	rs1567962	C	T	2418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.739;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=52;PP=1278;ReadPosRankSum=-0.845;SC=CGTGCATCGCCGTAGCCGACA;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=38;TCR=64;TR=83;WE=78919566;WS=78919548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,108:0.76:143
chr17	78923178	rs3751940	C	T	3930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FS=1.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.35;ReadPosRankSum=1.748;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,185:0.68:274
chr17	78935197	rs9899178	C	T	1162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=504;ReadPosRankSum=-0.183;SC=CCTACAGCCGCGTCATGACGT;SOR=0.567;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=35;WE=78935205;WS=78935187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,55:0.71:78
chr17	78937925	rs3751938	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=7;PP=869;SC=CCGGCATTTCCGGGCCTGAGG;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=38;WE=78937933;WS=78937915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr17	78938011	rs3751937	C	A	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-4.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=22;PP=486;ReadPosRankSum=1.388;SC=CCGCCCCCCGCAGTGTCTGCC;SOR=0.994;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=93;TCF=39;TCR=54;TR=28;WE=78938019;WS=78937984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,49:0.38:128
chr17	78938204	rs3751936	G	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.069;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=24;PP=454;ReadPosRankSum=0.850;SC=GGGGCACGGGGCGTCGGCTGC;SOR=1.024;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=111;TCF=37;TCR=74;TR=35;WE=78938212;WS=78938194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,48:0.27:176
chr17	78969386	rs4969333	G	C	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=475;SC=CGCCCAGCAAGGGTGTCATCC;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=78969394;WS=78969376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr17	78969590	rs66738175	T	C	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr17	78970779	rs12951796	G	C	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=31;PP=1090;SC=TCGCGACAGGGGTCAACACCC;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=34;TCR=31;TR=65;WE=78970787;WS=78970769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	78970909	rs4969334	A	G	1701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=19;PP=1020;SC=CCCAACTGTGAGAACCCACAA;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=78970917;WS=78970899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr17	78971148	.	GC	G	1793	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;FR=1.0000;HP=7;HapScore=1;MGOF=21;MMLQ=24;MQ=58.95;NF=7;NR=57;PP=1793;QD=28.34375;SC=TCAGGTAACGGCCCCCCCGGG;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=79;TCF=11;TCR=68;TR=64;WE=78971164;WS=78971138;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,64:0.81:79
chr17	78971150	.	C	CCCCCAGGACTGAGCACAGTCACTCAGGCAGTGGGA	5950.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.898;ClippingRankSum=0.000;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;MQRankSum=-0.107;QD=29.90;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,197:0.99:199
chr17	78971156	rs60323363	G	A	10052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=93;PP=2965;SC=CGGCCCCCCCGGGACTGAGCA;SOR=0.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=68;TCR=94;TR=160;WE=78971164;WS=78971138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,220:1.00:221
chr17	78971182	rs9989472	C	T	8555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=68;NR=86;PP=2958;SC=ACTCAGGCAGCGGGACCCCCA;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=154;WE=78971190;WS=78971172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr17	78972326	rs10871491	A	G	2063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=37;PP=1185;SC=GGCCGTGGGCAAGCCCTGCTG;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=78972334;WS=78972316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	78972864	rs11870458	T	C	11022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=130;NR=108;PP=2965;SC=TGTGGGTCTTTGGCGTGTCAT;SOR=0.800;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=240;TCF=132;TCR=108;TR=238;WE=78972872;WS=78972854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,430:1.00:430
chr17	79006850	rs11870986	T	C	2303.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.201;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=41;PP=1073;ReadPosRankSum=1.262;SC=GCAGGCCAGCTCAGGAAGTAA;SOR=0.780;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=249;TCF=123;TCR=126;TR=85;WE=79006858;WS=79006840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,146:0.31:469
chr17	79007075	rs11150764	C	A	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=49;PP=1632;SC=TTCCTCCAGGCGAGCAGAGCT;SOR=0.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=82;WE=79007083;WS=79007065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr17	79009061	rs8068528	C	T	2980.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.309;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=1013;ReadPosRankSum=-2.588;SC=GACCATGTCTCTGTCTCGCTC;SOR=0.769;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=62;WE=79009069;WS=79009051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,144:0.63:230
chr17	79009153	rs8073224	T	C	2433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.63;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr17	79010533	rs4969350	G	A	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=14;PP=930;SC=GGGGTTGTTAGGTTTGGTTTC;SOR=1.108;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=79010541;WS=79010523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	79010839	rs6565527	A	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=13;PP=318;SC=ACCGGGCAGTAGGCCTTCACC;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=79010847;WS=79010829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr17	79031825	.	G	A	103	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=71;MMLQ=26;MQ=59.32;NF=0;NR=7;PP=103;QD=19.6816017925;SC=GGCAGCTCTGGGGCCCTGTCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=7;WE=79031833;WS=79031815;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:23,7:0.23:30
chr17	79059230	rs8080815	C	T	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.950;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=20;PP=531;ReadPosRankSum=-1.181;SC=TGTTTGGAGGCGAGATTGTCC;SOR=0.821;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=55;WE=79059238;WS=79059220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,102:0.29:352
chr17	79060474	rs41292398	C	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=95;ReadPosRankSum=0.730;SC=GACAGCAGCCCCCCAGGTGCG;SOR=0.663;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=7;WE=79060482;WS=79060464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr17	79072011	rs72634327	A	G	1096.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.729;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=425;ReadPosRankSum=0.902;SC=TCATACAACAAGCCCTGCACC;SOR=0.680;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=122;TCF=58;TCR=64;TR=40;WE=79072019;WS=79072001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,72:0.31:230
chr17	79077957	rs34057293	T	C	4625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=96;PP=2935;SC=ACGTGCCTCCTCAGACCCTAC;SOR=1.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=36;TCR=96;TR=132;WE=79077965;WS=79077947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	79077980	rs57792378	A	C	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=74;PP=2187;SC=TCATGCCACAACCCTCAATAG;SOR=2.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=23;TCR=74;TR=97;WE=79077988;WS=79077970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr17	79082862	rs11664	G	A	2193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=25;PP=801;ReadPosRankSum=-0.630;SC=GGTCTCGTCCGTTTTCCTCCT;SOR=0.788;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=197;TCF=117;TCR=80;TR=65;WE=79082870;WS=79082852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,128:0.35:369
chr17	79089428	rs12450670	A	C	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=7;PP=887;SC=AAAGCAGCGTATATTGTCTGT;SOR=2.078;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=37;WE=79089436;WS=79089418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr17	79090198	rs62073016	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=119;ReadPosRankSum=-0.767;SC=TGGGGCTCTCCTGGGCCCCTC;SOR=0.307;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=11;WE=79090206;WS=79090188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr17	79093142	rs144250320	C	CCGCGTGCCCTACCTCT	2487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.75;QD=65.47;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr17	79093275	rs8082016	G	A	2508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.564;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=-2.816;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.945;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,127:0.66:191
chr17	79093679	.	G	A	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=1.484;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,32:0.64:50
chr17	79093822	rs36000545	A	G	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.019;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=135;ReadPosRankSum=-0.227;SC=CCCCCTAAGGAACGTAGGGGG;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=14;WE=79093830;WS=79093812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,17:0.20:83
chr17	79095144	rs8073904	G	A	4111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=55;PP=2214;SC=AGGTGGCCTCGGCCGTGTCCT;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=108;WE=79095152;WS=79095134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr17	79095629	rs7503604	C	A	784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.504;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=350;ReadPosRankSum=-1.197;SC=TCAGCGTGGCCGCCCGCAGAG;SOR=0.869;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=28;WE=79095637;WS=79095619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,44:0.36:122
chr17	79098838	rs141491493	GGCAGGGTGA	G	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=1.004;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.61;MQRankSum=4.219;QD=7.26;ReadPosRankSum=-1.355;SOR=0.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,20:0.27:75
chr17	79102193	rs66762502	TAGG	T	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=2.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=256;ReadPosRankSum=1.234;SC=GGGTGGCTCCTAGGAGGAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=7;WE=79102203;WS=79102183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr17	79105850	rs4969253	T	C	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=1.557;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.025;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,42:0.38:112
chr17	79108141	rs4969397	A	G	3789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=615;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=52;PP=1651;ReadPosRankSum=-2.446;SC=GGATCCCACGACAGCTCCCGC;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=348;TCF=201;TCR=147;TR=122;WE=79108161;WS=79108131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,215:0.35:611
chr17	79140505	rs12946891	C	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.90;ReadPosRankSum=1.289;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr17	79152783	rs112222853	T	C	2593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=983;ReadPosRankSum=-2.155;SC=ACCAAGTGCCTGCGAGCCCCT;SOR=0.565;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=71;WE=79152791;WS=79152773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,125:0.64:195
chr17	79152798	rs9894262	G	A	1271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.343;SOR=0.868;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,77:0.39:195
chr17	79155116	rs906180	A	G	9576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=135;PP=2965;SC=TGCTGCCCACAGACATGAGAC;SOR=0.988;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=221;TCF=86;TCR=135;TR=221;WE=79155124;WS=79155106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr17	79166103	rs870187	T	C	2578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=32;PP=1403;SC=CCCACCTGGGTGCCCAGGCCC;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=80;WE=79166111;WS=79166093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr17	79166384	rs3744150	C	T	1270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.149;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=20;PP=519;ReadPosRankSum=1.841;SC=CTTCCAGCTCCGCCCGCTGCC;SOR=0.860;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=31;WE=79166392;WS=79166374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,55:0.69:80
chr17	79166473	rs3744149	C	T	346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.13;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr17	79166648	rs147101997	G	A	2044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.97;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,97:0.76:128
chr17	79170576	rs1542961	C	T	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.440;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,49:0.40:123
chr17	79171967	rs2659016	A	G	2324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=17;PP=974;SC=GCGGGGCAGCACGTCCGGCTC;SOR=1.095;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=79171975;WS=79171957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr17	79172119	rs112770207	G	C	580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.918;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=186;ReadPosRankSum=-2.464;SC=CAGGGAGACAGATGCAGCAAG;SOR=0.368;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=19;WE=79172127;WS=79172109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,36:0.35:104
chr17	79173184	rs2659015	T	C	3501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr17	79173224	rs2725419	T	C	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=50;PP=1825;SC=TGCCGCCTGGTGTGGGGGACA;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=64;TCR=50;TR=114;WE=79173232;WS=79173214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr17	79174221	rs2466773	T	C	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=43;PP=1211;SC=ATGGTGACAGTGGCCTGGTTC;SOR=1.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=79174229;WS=79174211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	79180369	rs55844247	C	G	699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=471;ReadPosRankSum=0.506;SC=TGCAAGACGCCACCTGGCAGC;SOR=0.626;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=78;TCR=26;TR=35;WE=79180377;WS=79180359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,40:0.34:116
chr17	79180775	rs2256881	A	G	4292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=80;NR=51;PP=2902;SC=TCCCATACAGACAGGTGGATG;SOR=1.194;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=131;WE=79180783;WS=79180765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr17	79182667	rs9896314	A	G	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=406;SC=GGAGCAGGCCAGGGTGGGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=79182675;WS=79182657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chr17	79202956	rs2048057	T	C	5011.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=69;PP=1692;ReadPosRankSum=0.041;SC=CCGTGCCCCCTGGGATCCGTT;SOR=0.683;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=138;WE=79202964;WS=79202946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,232:0.74:314
chr17	79204661	rs12937612	C	G	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=49;ReadPosRankSum=0.917;SC=CCAGACACCACAGCCCTGTCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=4;WE=79204669;WS=79204651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr17	79205736	rs11655759	G	A	1532.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=465;ReadPosRankSum=-0.224;SC=TGCTCAGGTCGCTGTTCTGGG;SOR=0.724;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=167;TCF=83;TCR=84;TR=49;WE=79205744;WS=79205726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,100:0.32:315
chr17	79210707	rs2271089	G	A	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.058;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=-0.884;SC=ACCCTGGGCCGCTCGTCTGCT;SOR=0.493;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=23;WE=79210715;WS=79210697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr17	79213305	rs2659009	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=200;ReadPosRankSum=1.073;SC=CGGGGAGGTGGCTGGGAGGGA;SOR=0.598;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=16;WE=79213313;WS=79213295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr17	79213562	rs2255166	T	C	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.776;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=30;PP=706;ReadPosRankSum=-1.168;SC=TGCTTTCCCGTTGGTTCAAGG;SOR=0.848;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=48;WE=79213570;WS=79213552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,68:0.56:122
chr17	79219500	rs10569617	AATG	A	4623.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.256;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.888;NF=15;NR=32;PP=2163;ReadPosRankSum=0.385;SC=GGTTAAGGCCAATGATGACCC;SOR=0.789;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=47;WE=79219510;WS=79219490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,115:0.72:159
chr17	79220224	rs2725405	G	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=3.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=1.066;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,68:0.62:110
chr17	79223847	rs9902277	A	G	828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=307;ReadPosRankSum=-1.279;SC=TCTTGACTTCAGCACACTCCT;SOR=0.724;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=71;TCR=50;TR=33;WE=79223855;WS=79223837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,56:0.28:201
chr17	79225851	rs9915417	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=22;ReadPosRankSum=1.171;SC=ACCAGCTGCCGGGGCCCGCTC;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=79225859;WS=79225850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr17	79227092	rs9910167	G	A	546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.841;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=19;PP=329;ReadPosRankSum=1.115;SC=CTCCAGGAGCGGGGCAGCTCT;SOR=1.040;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=90;TCF=29;TCR=61;TR=25;WE=79227100;WS=79227082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,32:0.28:114
chr17	79244802	rs2292184	T	C	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=1.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.87;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,42:0.27:153
chr17	79244903	rs11150779	A	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.701;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=416;ReadPosRankSum=1.025;SC=TGCCCTGCACACGGGTGAGCA;SOR=0.566;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=77;TCF=29;TCR=48;TR=33;WE=79244911;WS=79244893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,47:0.39:122
chr17	79249997	rs9898133	C	T	1423.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=653;ReadPosRankSum=-1.805;SC=GACATCCTAGCCGAGTGGCAC;SOR=0.748;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=144;TCF=56;TCR=88;TR=55;WE=79250005;WS=79249987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,79:0.37:214
chr17	79255912	rs7213540	C	T	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=597;ReadPosRankSum=-0.333;SC=GACCTGGGCACGAGCCTGCTG;SOR=0.717;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=88;TCR=45;TR=48;WE=79255920;WS=79255902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,60:0.36:169
chr17	79255998	rs10871494	G	A	1989.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.904;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:318,136:0.30:454
chr17	79258787	rs8077394	A	G	1198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.536;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,72:0.32:222
chr17	79268562	rs8064597	A	G	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.37;ReadPosRankSum=-1.299;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,48:0.41:116
chr17	79288124	rs9891595	C	T	2542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=7.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.245;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,117:0.69:170
chr17	79288337	rs78567895	C	G	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.775;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=154;ReadPosRankSum=1.792;SC=TGTACCCCCCCCAAGGTGACC;SOR=0.105;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=11;WE=79288345;WS=79288327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr17	79372928	.	A	AGT	266	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=30;MMLQ=23;MQ=58.99;NF=3;NR=11;PP=266;QD=19.2857142857;SC=TGTGCGTGTGAGTGTGTGTGT;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=14;WE=79372937;WS=79372918;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,14:0.78:18
chr17	79372952	rs112097074	T	C,TGC	801.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.04;ReadPosRankSum=1.354;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,11,25:0.28,0.62:40
chr17	79373791	rs150648447	C	T	259.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=-0.094;SC=CCTCCGCTCCCGGGAGCAGAG;SOR=1.445;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=6;WE=79373799;WS=79373781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr17	79385317	.	T	TGCC	684.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.10;QD=38.04;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	79385318	.	T	TGCCTG	542	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.10;QD=21.68;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr17	79385322	rs4969434	T	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.10;QD=38.49;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr17	79386952	rs730209	A	G	1281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=582;ReadPosRankSum=-2.524;SC=ACGCTCCCCAACCCCAGAGTG;SOR=0.685;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=175;TCF=66;TCR=109;TR=53;WE=79386960;WS=79386942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,83:0.29:285
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chr17	79389411	rs11655888	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=145;ReadPosRankSum=0.148;SC=GAGCCAACCTCGTTTTGGGAG;SOR=0.731;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=17;WE=79389419;WS=79389401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,18:0.26:69
chr17	79389486	rs11870740	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=139;ReadPosRankSum=0.000;SC=CCCCTCGGTGGGAGGTGGAGC;SOR=0.446;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=79389494;WS=79389476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr17	79390260	rs151241907	GGTGT	GGTGTGT,G	1664.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=77;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.183;NF=14,14;NR=51,51;PP=2467,114;ReadPosRankSum=0.570;SC=GTCCATTGAGGGTGTGTGTGT;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=65,65;WE=79390285;WS=79390244;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.65:86
chr17	79390277	.	G	A	946	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=77;MMLQ=17;MQ=58.05;NF=38;NR=11;PP=946;QD=20.0157390316;SC=GTGTGTGTGTGTGTCCATGAG;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=129;TCF=73;TCR=56;TR=49;WE=79390285;WS=79390244;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:80,49:0.38:129
chr17	79390298	.	T	TGCGTGTGCGCGTGTGTGTCCATGAAAATGGGTGTGTGCATGTGTATGTCCATGAGGATGGGTGTGTGC,TGCGTGTGCGCGTGTGTGTCCATGAAAATGGGTGTGTGCATGTGTGTGCATGTGTATGTCCATGAGGATGGGTGTGTGC,TGC	7110.73	.	AC=1,1,0;AF=0.500,0.500,0.00;AN=2;BRF=0.57;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=63;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=23;NF=36;NR=60;PP=2971;SC=GATGGGTGTGTGCATGTGTGC;SOR=2.093;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=37;TCR=64;TR=96;WE=79390314;WS=79390288;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.62,0.38:66
chr17	79390339	.	GTT	G	1951	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=57;MMLQ=23;MQ=59.23;NF=41;NR=63;PP=1951;QD=19.0961538462;SC=GTGTGTGCGTGTTTGTGTGTA;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=124;TCF=51;TCR=73;TR=104;WE=79390357;WS=79390313;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,104:0.84:124
chr17	79390370	rs36169187	CGT	C	8858.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.422;NF=36;NR=65;PP=2982;ReadPosRankSum=1.058;SC=GGTGTATGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.756;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=138;TCF=57;TCR=81;TR=101;WE=79390379;WS=79390357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,266:0.72:372
chr17	79390508	rs35463915	C	T	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.440;NF=12;NR=28;PP=474;ReadPosRankSum=-0.504;SC=CTGGCCATCCCGAGCCTGCAC;SOR=0.513;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=125;TCF=35;TCR=90;TR=40;WE=79390516;WS=79390498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,57:0.34:168
chr17	79395814	rs57878731	AT	A,ATT	1080.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.999;HP=11;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6,6;NR=31,31;PP=169,435;ReadPosRankSum=2.420;SC=TCCTCTCGTGATTTTTTTTTT;SOR=0.527;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=51;TCF=7;TCR=44;TR=37,37;WE=79395822;WS=79395804;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.39,0.44:101
chr17	79409189	rs12952981	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.283;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,24:0.24:100
chr17	79409309	rs12938890	A	G	2411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=32;PP=1053;SC=GCGGCCTGGCACGGGGGTGGT;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=79409317;WS=79409299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr17	79409434	rs12939225	A	G	644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=353;ReadPosRankSum=0.943;SC=ACGCCGGGCCACCCCCGCCCC;SOR=0.787;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=76;TCF=46;TCR=30;TR=30;WE=79409442;WS=79409424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,43:0.29:146
chr17	79409710	rs12943867	G	A	2480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=34;PP=1291;ReadPosRankSum=2.263;SC=CCCACCTGAAGGCCGAGGGCA;SOR=0.766;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=249;TCF=155;TCR=94;TR=93;WE=79409718;WS=79409700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,139:0.34:403
chr17	79411662	rs11655860	G	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=-0.250;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,81:0.36:222
chr17	79414307	rs7213444	A	G	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.764;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,133:0.27:499
chr17	79414897	rs11650750	C	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.990;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=275;ReadPosRankSum=0.496;SC=GTTGCCGCCACCCCCCAGAGT;SOR=1.813;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=22;WE=79414905;WS=79414887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,28:0.32:88
chr17	79414914	rs10871497	A	G	420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.203;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=263;ReadPosRankSum=-0.439;SC=GAGTCCCAGCAGTGGGACCCA;SOR=1.945;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=17;WE=79414922;WS=79414904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr17	79418260	rs6565571	A	G	581.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=-1.376;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,37:0.29:126
chr17	79418599	rs28576195	C	T	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.01;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=0.680;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,32:0.32:101
chr17	79419025	rs35572189	G	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.296;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=20;PP=336;ReadPosRankSum=1.230;SC=GCCATCGACCGGCTGGACACG;SOR=0.927;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=110;TCF=44;TCR=66;TR=34;WE=79419033;WS=79419015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,43:0.27:160
chr17	79422252	rs1478610	G	A	319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.218;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=233;ReadPosRankSum=-1.708;SC=TGGGGCGGCCGGGCCTGCATC;SOR=0.468;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=15;WE=79422260;WS=79422242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,17:0.33:52
chr17	79422289	rs1842041	C	T	544.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.840;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=352;ReadPosRankSum=-0.208;SC=CCCCATGCCCCCAGGGCGGTG;SOR=0.883;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=26;WE=79422297;WS=79422279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,30:0.30:100
chr17	79424516	rs12601317	A	G	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=410;ReadPosRankSum=0.614;SC=GCTGCTGCACACCGGGGCCAG;SOR=0.640;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=38;WE=79424524;WS=79424506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,49:0.30:163
chr17	79424537	rs34224936	C	T	1280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=293;ReadPosRankSum=0.183;SC=TGTGGCCGTGCTGGGGCCCTC;SOR=0.481;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=29;WE=79424545;WS=79424527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,37:0.32:117
chr17	79426021	rs34202212	GC	G	1384.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=25;PP=1064;ReadPosRankSum=0.078;SC=AAGGGTGCCAGCCGCCTGGGG;SOR=0.605;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=115;TCF=24;TCR=91;TR=34;WE=79426029;WS=79426011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,53:0.28:190
chr17	79426416	rs4969272	A	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=1.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=1.827;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,30:0.25:120
chr17	79426481	rs4969273	A	G	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.717;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=9;PP=250;ReadPosRankSum=-0.494;SC=GCCCTGGGCCAGGCCCCACCT;SOR=0.986;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=80;TCF=47;TCR=33;TR=27;WE=79426489;WS=79426471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,34:0.32:105
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chr17	79429711	rs3736072	C	T	2071.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.696;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=843;ReadPosRankSum=-1.637;SC=CTGGCCGCCACCTGTCCCCAC;SOR=0.580;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=89;TCF=61;TCR=28;TR=58;WE=79429719;WS=79429701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,96:0.69:140
chr17	79477898	rs375712138	GC	G	5378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.258;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=55;PP=1954;ReadPosRankSum=-0.709;SC=CTCACAGAGCGCCCCCCAGTC;SOR=0.543;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=114;TCF=32;TCR=82;TR=72;WE=79477906;WS=79477888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,197:0.71:276
chr17	79478007	rs1135989	G	A	861.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=21;PP=573;ReadPosRankSum=-1.376;SC=GCATCCTGTCGGCAATGCCCG;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=37;WE=79478027;WS=79477997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,44:0.34:129
chr17	79478019	rs1139405	G	A	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=53;PP=2532;SC=CAATGCCCGGGTACATGGTGG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=101;WE=79478027;WS=79477997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr17	79478870	rs9912403	CC	AT	5003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.783;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=37;PP=2843;ReadPosRankSum=-0.311;SC=AGAAATCAAGCCGGGCAGAAA;SOR=0.841;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=67;TCR=52;TR=82;WE=79478879;WS=79478860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,128:0.63:203
chr17	79478916	rs9910792	G	T	2941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=43;PP=1369;ReadPosRankSum=0.695;SC=CACGGGCGTCGGCCGAGCCTC;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=63;TCR=60;TR=87;WE=79478924;WS=79478906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,135:0.66:205
chr17	79479469	rs8064532	A	C	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=56;PP=1137;ReadPosRankSum=0.444;SC=TCCCGCGGGGAAGCCTCGGCC;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=239;TCF=83;TCR=156;TR=85;WE=79479477;WS=79479459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:233,121:0.34:354
chr17	79495519	rs2075720	C	T	5175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=47;PP=2535;SC=ACTCAGAGGGCGCATCCCAGG;SOR=1.423;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=143;TCF=96;TCR=47;TR=142;WE=79495527;WS=79495509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr17	79502316	rs138055235	A	C	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=28;PP=963;SC=CACCATCCGCATCCCCATCTC;SOR=4.548;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=79502324;WS=79502306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr17	79507974	rs143679767	T	C	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.429;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=2.158;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,82:0.62:132
chr17	79508263	rs62076028	A	G	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=519;SC=CCGAGTGACTAGAGGGGGGCC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=27;WE=79508271;WS=79508253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	79508400	rs14422	T	C	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=36;PP=1025;SC=GAGCCCTGGGTGGCCTGCTCT;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=79508408;WS=79508390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr17	79508484	rs58483803	G	A	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=27;PP=895;SC=ACACCCCTTGGAGCAGGGTGA;SOR=0.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=50;WE=79508492;WS=79508474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr17	79508506	rs2228698	G	T	2089.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=25;PP=832;SC=CCTCTCCCTCGAGCTGCCTGG;SOR=0.850;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=79508514;WS=79508496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr17	79510899	rs7406506	A	G	1471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=10;PP=771;SC=GCGGCAGAGCAGACTTGGATC;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=79510907;WS=79510889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr17	79511135	rs8077430	A	G	5676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=85;PP=2649;SC=GGCACAGGTCAGTCATGGCCA;SOR=0.995;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=144;TCF=59;TCR=85;TR=144;WE=79511143;WS=79511125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr17	79513881	rs369579337	TA	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.633;QD=1.23;ReadPosRankSum=1.871;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,26:0.28:92
chr17	79514129	rs11552304	G	A	7143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=71;PP=2965;SC=TGTGTGTGGCGGGGCCAGGCC;SOR=0.921;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=100;TCR=71;TR=171;WE=79514137;WS=79514119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr17	79514832	rs7224579	G	A	10021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=125;NR=156;PP=2965;SC=GTGGAGCCACGCCAGAGAGTG;SOR=0.837;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=125;TCR=157;TR=281;WE=79514840;WS=79514822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr17	79515075	rs6565593	A	G	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=37;PP=1021;SC=TTGGCTCCCCAGAATGTTCCT;SOR=1.539;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=52;WE=79515083;WS=79515065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr17	79519382	rs4076968	G	A	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=74;PP=2113;SC=GTCAGAGTGAGAAGCCCCGGC;SOR=2.549;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=19;TCR=75;TR=93;WE=79519390;WS=79519372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr17	79526402	.	G	A	1599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.632;ClippingRankSum=0.000;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=26;PP=658;ReadPosRankSum=1.071;SC=CCCCGACGGCGCCGTACTCAT;SOR=0.620;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=39;TCR=46;TR=49;WE=79526410;WS=79526392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,80:0.56:142
chr17	79580173	rs6565601	C	T	400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=1;PP=427;SC=AAACAAAAACCGATAAAAAGC;SOR=5.283;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=79580181;WS=79580172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr17	79589242	rs6565604	G	A	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=34;PP=1344;SC=TTATCTCTCCGGTCTTGTTTC;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=72;WE=79589250;WS=79589232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr17	79589359	rs6565605	C	T	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=29;PP=885;SC=TATCACTACACATACCATACA;SOR=1.651;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=41;WE=79589379;WS=79589349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr17	79589371	rs6565606	A	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=28;PP=844;SC=TACCATACACACCAGACACTA;SOR=1.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=38;WE=79589379;WS=79589349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr17	79596811	rs9894429	C	T	10913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=139;NR=111;PP=2965;SC=TCACTCCATCCGGGGACTGGA;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=253;TCF=139;TCR=114;TR=250;WE=79596819;WS=79596801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr17	79603831	rs9895741	A	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=12;PP=623;SC=GCGAGAGAAGAGAAAGGGGCC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=33;WE=79603839;WS=79603821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr17	79604477	rs57463122	GTTTTT	G	11683.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=107;PP=2992;SC=ACACCTTCATGTTTTTTTTTT;SOR=1.297;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=140;TCF=16;TCR=124;TR=120;WE=79604502;WS=79604467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr17	79604494	rs28660208	T	C	11367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=46.02;SOR=1.216;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr17	79609410	rs7406219	G	T	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr17	79609550	rs7406636	C	T	2200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=40;PP=1283;SC=AGTCCCTGGGCTGGGTTCACA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=26;TCR=40;TR=66;WE=79609558;WS=79609540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr17	79612161	rs6565616	C	T	15129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=152;NR=160;PP=2965;SC=TGAGTGGCACCCCCAAGAAAG;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=154;TCR=162;TR=312;WE=79612169;WS=79612151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,574:1.00:574
chr17	79612333	rs6565617	G	A	5847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.11;ReadPosRankSum=-1.344;SOR=1.045;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,222:0.99:224
chr17	79612382	rs7210026	T	C	6801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=72;PP=2517;ReadPosRankSum=2.143;SC=GTCAGCGCAGTGAGCCTGGCT;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=126;WE=79612390;WS=79612372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,158:0.99:160
chr17	79612397	rs6420484	A	G	7536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=62;PP=2962;SC=CTGGCTGGCTACCTGGGCGCC;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=64;TCR=63;TR=126;WE=79612405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr17	79612413	rs7210043	T	C	7777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=64;PP=2677;SC=GCGCCCTCTGTGAGAACACCT;SOR=0.805;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=78;TCR=64;TR=140;WE=79612421;WS=79612403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr17	79612443	rs7210193	T	C	6580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=116;NR=74;PP=2965;SC=GTGGCTTCTCTGGGGGCATCC;SOR=1.100;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=192;TCF=118;TCR=74;TR=190;WE=79612451;WS=79612433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr17	79614481	rs9906358	A	G	18030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=742;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=211;NR=184;PP=2965;SC=TGTCACTGCCAGGTACTGCCT;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=398;TCF=212;TCR=186;TR=395;WE=79614489;WS=79614471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,722:1.00:722
chr17	79614932	rs34872037	TTAAC	T	10566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=78;PP=2972;SC=TGCAGGTACTTTAACTAACTG;SOR=0.865;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=107;TCF=25;TCR=82;TR=100;WE=79614943;WS=79614922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr17	79615225	rs7406494	G	T	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=438;SC=CTGCCCGCAGGGGGGCGGCGT;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=79615233;WS=79615215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	79615309	rs7406516	G	A	383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=7;PP=193;SC=CCGCTGCCAAGCCCGCCCGGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=79615317;WS=79615299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr17	79618059	rs8477	C	T	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=34;PP=1496;SC=GTTTAGAGCACAGTGGGCAGG;SOR=0.873;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=79;WE=79618067;WS=79618049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr17	79618252	rs7217415	G	A	934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=718;SC=CTGTGGCCCTGTTTCCCACAG;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=79618260;WS=79618242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	79618834	rs12603868	G	C	5756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=95;PP=2965;SC=AGCCCAGTGGGCAGAGACCCG;SOR=1.250;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=50;TCR=95;TR=145;WE=79618842;WS=79618824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr17	79633187	rs186190354	A	G	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.992;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=0.854;SC=AACTTCACTTATTTAACTAGT;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=4;WE=79633195;WS=79633177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr17	79637349	rs10438817	T	C	7237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=66;PP=2146;SC=AGGGGGAGTCTGACGGGGCCT;SOR=0.773;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=144;TCF=77;TCR=67;TR=143;WE=79637357;WS=79637339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr17	79639511	rs144522867	CCT	C	8895.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FS=1.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.586;QD=24.85;ReadPosRankSum=2.166;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,238:0.66:358
chr17	79766825	rs7406228	C	A	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.273;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr17	79767019	rs200551811	TCTGTCTGC	T	5132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.18;MQRankSum=0.806;NF=7;NR=45;PP=2967;ReadPosRankSum=1.243;SC=CTGATGGCTCTCTGTCTGCCT;SOR=0.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=14;TCR=86;TR=52;WE=79767038;WS=79767009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,138:0.64:214
chr17	79767530	rs370243345	CCTGT	C	2124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.232;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.293;NF=48;NR=32;PP=2054;ReadPosRankSum=2.215;SC=TGCCTGTCTGCCTGTCTGTCT;SOR=1.411;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=95;TCF=51;TCR=44;TR=80;WE=79767541;WS=79767516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,94:0.62:151
chr17	79767602	.	T	TCTGTCTGCCTGC	5138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.370;HP=1;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.676;NF=26;NR=58;PP=2974;ReadPosRankSum=-2.292;SC=TGTCTGCCTGTCTGTCTGCCT;SOR=0.865;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=139;TCF=41;TCR=98;TR=84;WE=79767610;WS=79767592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,129:0.59:217
chr17	79767617	rs200915569	GTC	G	3586.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=54;PP=2055;ReadPosRankSum=3.051;SC=CTGCCTGCCTGTCTGTCTGTC;SOR=0.639;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=152;TCF=51;TCR=101;TR=83;WE=79767626;WS=79767607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,102:0.35:289
chr17	79767618	.	T	TCTGCCTGC	2982	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=27;MQ=59.9;NF=28;NR=53;PP=2982;QD=20;SC=TGCCTGCCTGTCTGTCTGTCT;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=150;TCF=50;TCR=100;TR=81;WE=79767626;WS=79767607;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:69,81:0.54:150
chr17	79768848	rs2272030	A	G	1418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.38;ReadPosRankSum=1.556;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,70:0.66:106
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chr17	79805134	rs2070871	G	A	4860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.719;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=82;PP=2510;ReadPosRankSum=-1.838;SC=CGGTGAACTCGATGACAAGGG;SOR=0.687;SbPval=0.46;Source=Platypus;TCF=129;TR=168;WE=79805142;WS=79805124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,231:0.61:377
chr17	79817005	rs1010954	G	A	1386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.761;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=14;PP=681;ReadPosRankSum=-0.345;SC=CTTCCAAGTCGGCAGGCCAGT;SOR=0.828;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=43;WE=79817013;WS=79816995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,65:0.61:106
chr17	79818159	rs35766162	T	C	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=4.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=-0.799;SOR=0.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,116:0.59:195
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chr17	79818360	rs1130664	T	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.602;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=717;ReadPosRankSum=1.948;SC=CGGACACGGATCAGGCGGGGC;SOR=0.455;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=76;TCF=22;TCR=54;TR=46;WE=79818368;WS=79818350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,71:0.62:114
chr17	79827163	rs113301975	C	T	12288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=211;NR=195;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.267;SC=ACCCCAGCCCCAGCCCCGCCT;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=585;TCF=304;TCR=281;TR=406;WE=79827171;WS=79827153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:231,560:0.71:791
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chr17	79872129	rs1879568	A	G	11816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=154;NR=149;PP=2965;SC=ACCCTCGGGCAGGCAGGGGCT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=305;TCF=156;TCR=149;TR=303;WE=79872137;WS=79872119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,452:1.00:452
chr17	79872241	rs1879569	A	G	14739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=557;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=163;NR=169;PP=2965;SC=TCCCAGTTCAAAGGCTGCCCC;SOR=0.704;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=333;TCF=164;TCR=169;TR=332;WE=79872249;WS=79872231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,547:1.00:547
chr17	79891147	rs61747618	T	C	4809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=55;PP=2091;ReadPosRankSum=1.721;SC=GGCCAGAAGGTGACAGAGCGG;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=126;WE=79891155;WS=79891137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,188:0.99:190
chr17	79893962	rs34419046	G	A	10037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=139;NR=89;PP=2965;SC=AGCCCCACAGGGACTCAGTCT;SOR=0.983;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=228;TCF=139;TCR=89;TR=228;WE=79893970;WS=79893952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr17	79894106	.	A	AT	1532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.000;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,107:0.58:185
chr17	79898644	rs2293098	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=380;ReadPosRankSum=-1.938;SC=CCCTCGCAGAGCCTGGAGCTG;SOR=0.744;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=101;TCF=70;TCR=31;TR=31;WE=79898652;WS=79898634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,46:0.34:137
chr17	79899272	rs4796856	A	G	817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=509;ReadPosRankSum=0.528;SC=GGCTCGGGGGAACACTCCCGC;SOR=0.664;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=36;WE=79899280;WS=79899262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,48:0.32:150
chr17	79899495	rs4796854	G	A	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.829;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=2.190;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:167,96:0.37:263
chr17	79899698	rs4796852	G	A	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=32;ReadPosRankSum=-0.159;SC=AGTCCTCTGCGGTAGTGGCAG;SOR=1.214;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=4;WE=79899706;WS=79899688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr17	79912103	rs4796851	C	T	1908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=890;ReadPosRankSum=2.834;SC=ATGTCATGGACGCAAGCTGCC;SOR=0.623;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=179;TCF=79;TCR=100;TR=75;WE=79912111;WS=79912093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,110:0.37:297
chr17	79914661	rs35872546	T	C	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.369;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=35;PP=1034;ReadPosRankSum=0.242;SC=CTGCCGTGGGTCTCGTCCCCC;SOR=0.595;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=221;TCF=103;TCR=118;TR=71;WE=79914669;WS=79914651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,123:0.34:364
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chr17	79915863	rs34107062	A	G	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=402;ReadPosRankSum=0.838;SC=GCTGGCAGAGAAGTTCTTGCC;SOR=0.664;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=82;TCF=32;TCR=50;TR=29;WE=79915871;WS=79915853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,46:0.34:137
chr17	79936986	rs55671960	T	C	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=293;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CTGAATGCCCTTGGCTGACCT;SOR=0.935;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=21;WE=79936994;WS=79936976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,26:0.32:82
chr17	79952916	rs116096769	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=276;ReadPosRankSum=0.135;SC=GCCGGCCCTCGGAGCCCGGGC;SOR=0.775;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=20;WE=79952924;WS=79952906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,24:0.30:79
chr17	79952944	rs59606152	C	T	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=225;ReadPosRankSum=1.880;SC=AAACCTCCCTCGGCGCCCTGT;SOR=0.906;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=15;WE=79952952;WS=79952934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,14:0.25:57
chr17	79954544	rs8074498	T	A	1139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=501;ReadPosRankSum=-0.485;SC=GGACAGAGACTGGGGGGCCCT;SOR=0.638;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=36;WE=79954552;WS=79954534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,66:0.33:202
chr17	79974728	rs138723012	C	T	2426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.62;ReadPosRankSum=0.589;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,107:0.73:146
chr17	79977813	rs4969471	C	G	978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=34;PP=815;ReadPosRankSum=-0.151;SC=GTCAGCGCCACGCCCCGCCCT;SOR=0.404;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=108;TCF=31;TCR=77;TR=45;WE=79977821;WS=79977803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,55:0.47:116
chr17	79980891	rs4444402	C	T	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.455;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=202;ReadPosRankSum=0.345;SC=AGCCAATGAGCCCGGAGCGCG;SOR=2.955;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=12;WE=79980899;WS=79980881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr17	79982477	rs11659000	T	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.304;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=236;ReadPosRankSum=0.387;SC=ACCCCAGGCTTGTCCCCTGGC;SOR=1.050;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=67;TCF=49;TCR=18;TR=18;WE=79982485;WS=79982467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,20:0.23:86
chr17	79986156	rs72861736	C	T	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.670;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=18;PP=767;ReadPosRankSum=-0.874;SC=TTGTCTGCTGCCAATGAAAAG;SOR=1.414;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=146;TCF=90;TCR=56;TR=56;WE=79986164;WS=79986146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,61:0.30:201
chr17	79990728	rs72861739	C	T	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=1.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,96:0.27:356
chr17	79990972	rs10708637	CG	C	1183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=26;PP=1106;SC=AATTGCGATACGGGTTCTGCC;SOR=2.368;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=28;WE=79990980;WS=79990962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr17	79991278	.	G	A	685.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=441;ReadPosRankSum=0.635;SC=TGGGGTAGCCGACTCCGGGCC;SOR=0.669;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=29;WE=79991286;WS=79991269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr17	79994019	rs8067668	A	G	2072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.876;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,63:0.31:201
chr17	79994026	rs6502047	G	A	2361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.22;ReadPosRankSum=-1.612;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,80:0.35:231
chr17	79994600	rs61739740	C	T	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.872;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=48;PP=983;ReadPosRankSum=0.326;SC=AGCTCACCTGCGACACCTGGA;SOR=0.858;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=265;TCF=124;TCR=141;TR=83;WE=79994608;WS=79994590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,136:0.32:421
chr17	79995320	rs113680823	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.091;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=206;ReadPosRankSum=0.587;SC=ACCCGGCGGGACCTACCTCGC;SOR=0.446;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=14;WE=79995328;WS=79995310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,20:0.35:57
chr17	79995490	rs113364103	C	CTT	2168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-2.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.143;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=22;PP=810;ReadPosRankSum=1.128;SC=CTTTGCCCACCTTTCCCCGCC;SOR=1.013;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=73;TCF=12;TCR=61;TR=22;WE=79995500;WS=79995480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,77:0.36:216
chr17	79995616	rs57552134	A	G	1064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.785;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,64:0.35:184
chr17	80000798	rs140905889	GAC	G	796.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=588;ExcessHet=3.0103;FS=2.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=4.369;QD=1.70;ReadPosRankSum=-3.321;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:404,66:0.14:470
chr17	80000899	rs9907483	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=24;PP=523;ReadPosRankSum=1.298;SC=GCATATGTGAACATGCAGGCC;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=14;TCR=69;TR=29;WE=80000907;WS=80000889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,31:0.33:94
chr17	80006504	rs1128009	T	C	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.041;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr17	80006812	rs8069068	C	T	326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=171;ReadPosRankSum=0.113;SC=GGGCCGTGGGCGGAGGGAGCA;SOR=1.061;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=15;WE=80006820;WS=80006802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr17	80006957	rs12948507	A	C	1038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.571;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=8;PP=481;ReadPosRankSum=0.344;SC=TCACCACGTTATGTGGGTTCT;SOR=1.460;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=95;TCF=64;TCR=31;TR=34;WE=80006965;WS=80006947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,54:0.37:147
chr17	80007018	rs12939972	T	C	1452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.966;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=722;ReadPosRankSum=1.985;SC=GTGGGCAGAGTGTGTGGCCTG;SOR=1.148;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=160;TCF=105;TCR=55;TR=55;WE=80007026;WS=80007008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,80:0.34:236
chr17	80007055	rs62078730	T	C	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.906;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=34;PP=1008;ReadPosRankSum=-1.431;SC=CGCCTGCCCCTGGCCAGGAGC;SOR=0.851;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=218;TCF=133;TCR=85;TR=88;WE=80007063;WS=80007045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,134:0.37:366
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chr17	80008676	rs4464142	A	C	4040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=80;PP=2379;SC=CACGTAGAGGATGGCACTGGG;SOR=1.340;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=43;TCR=81;TR=123;WE=80008684;WS=80008666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr17	80009156	rs28552909	T	G	522.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.59;ReadPosRankSum=2.270;SOR=1.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,32:0.28:114
chr17	80009668	rs117999554	C	G	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=1.824;SC=CCCGGCGCTGCGAGCGGAGAA;SOR=0.569;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=5;WE=80009676;WS=80009658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
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chr17	80014861	rs4969484	T	G	1056.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.206;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=29;PP=666;ReadPosRankSum=1.386;SC=GTGGGCTGGCTTGAGGGGGGG;SOR=0.494;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=184;TCF=102;TCR=82;TR=62;WE=80014872;WS=80014851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,69:0.28:250
chr17	80018714	rs58204115	C	T	3481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=54;PP=1334;ReadPosRankSum=0.682;SC=CCTGCAAGGCCGGGCTCCCAC;SOR=0.619;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=302;TCF=142;TCR=160;TR=106;WE=80018722;WS=80018704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:368,198:0.35:566
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chr17	80022656	rs34249409	C	CG	132.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.857;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=179;ReadPosRankSum=1.291;SC=ATTCCAGGACCGGGAACCCAA;SOR=2.595;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=8;WE=80022664;WS=80022646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,8:0.21:38
chr17	80037191	rs4075080	A	G	7662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=653;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=0.675;SC=GTCCCACCCCACTCCTGTCCC;SOR=0.684;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=362;TCF=189;TCR=173;TR=216;WE=80037199;WS=80037181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,373:0.57:652
chr17	80038215	rs45466394	C	T	1941.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=32;PP=962;ReadPosRankSum=-2.112;SC=AGACGTTTGCCGTAGGCCTCT;SOR=0.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=53;WE=80038223;WS=80038205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,87:0.65:133
chr17	80038952	rs4246444	T	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=7;PP=885;SC=CGAAGGGCGGTATGCCTGCCG;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=29;TCR=7;TR=36;WE=80038960;WS=80038946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	80039028	rs4246445	A	G	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=38;PP=1654;SC=CCGCCTGGCCACCCACACGCA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=92;WE=80039036;WS=80039018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr17	80039481	rs1140616	G	A	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=10;PP=231;ReadPosRankSum=-1.126;SC=GCTCACCCAGGATGTGTGCCA;SOR=0.723;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=24;WE=80039489;WS=80039471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,36:0.25:144
chr17	80039810	.	GAGA	G	206	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=18;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=206;QD=60.0;SC=GGGCTGCGGGGAGAAGGTGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=4;WE=80039826;WS=80039793;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,4:0.22:18
chr17	80040607	rs4969465	T	C	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=37;PP=1786;SC=GTCTCTTCCCTACACGCCGGG;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=80040615;WS=80040597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr17	80041466	rs2229425	G	A	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=57;PP=1295;ReadPosRankSum=0.041;SC=AGCACCTCACGCTGGCCTGCA;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=371;TCF=181;TCR=190;TR=112;WE=80041474;WS=80041456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:376,163:0.30:539
chr17	80043044	rs45573640	C	G	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=2.004;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,84:0.68:124
chr17	80043349	rs17848939	C	T	562.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.308;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,39:0.27:143
chr17	80043739	rs2229422	A	G	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.274;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr17	80045086	rs4485435	G	C	2616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=31;PP=917;ReadPosRankSum=1.018;SC=GGACGCCTCCGGCCACTGTGA;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=63;TCR=48;TR=72;WE=80045094;WS=80045076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,122:0.67:183
chr17	80050272	rs17848925	G	A	80.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.138;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
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chr17	80051183	rs2228309	A	G	1110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=340;ReadPosRankSum=0.115;SC=TCAGCAGGACATTGATGCCCC;SOR=0.720;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=30;WE=80051191;WS=80051173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,66:0.35:188
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chr17	80071244	rs7211808	T	C	600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-3.380;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,43:0.26:166
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chr17	80085295	rs74001545	C	T	295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.067;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.336;NF=10;NR=3;PP=243;ReadPosRankSum=-0.276;SC=CCCGGGTGTACGGTGCTGCAT;SOR=0.127;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=42;TCF=38;TCR=4;TR=13;WE=80085303;WS=80085273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr17	80085326	rs62078305	G	A	893.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.943;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=2.731;NF=21;NR=8;PP=399;ReadPosRankSum=-1.171;SC=TGTGCGCCCGGGTGTACGGTG;SOR=0.810;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=62;TCR=21;TR=29;WE=80085334;WS=80085316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,27:0.29:92
chr17	80085341	rs62078306	A	G	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=2.973;NF=21;NR=11;PP=357;ReadPosRankSum=0.352;SC=ACGGTGCTGCACTAGGAAATG;SOR=0.867;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=32;WE=80085349;WS=80085331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,34:0.26:132
chr17	80085633	rs11077969	A	G	714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=16;PP=346;ReadPosRankSum=1.336;SC=CAACCTCCACATGTCCTGGAG;SOR=0.624;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=30;WE=80085641;WS=80085623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,48:0.27:178
chr17	80085703	rs7213172	G	T	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.388;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=15;PP=332;ReadPosRankSum=1.113;SC=TCAGGGTGCTGGGGAGCCTGG;SOR=0.620;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=97;TCF=45;TCR=52;TR=31;WE=80085711;WS=80085693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,47:0.31:154
chr17	80086386	rs7406162	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=2.160;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.74;ReadPosRankSum=1.586;SOR=1.514;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,4:0.11:35
chr17	80086389	rs7406163	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,6:0.16:37
chr17	80086395	rs4625783	T	C	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.81;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr17	80091941	rs4789754	G	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=414;ReadPosRankSum=-0.301;SC=TAGATGAAGGGGTGTTACCTG;SOR=0.871;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=25;WE=80091949;WS=80091931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,43:0.65:66
chr17	80092131	rs4789753	T	C	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=27;PP=893;SC=TCCTCTTGTGTTGAATGCAAA;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=44;WE=80092139;WS=80092121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
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chr17	80092190	rs117977443	T	C	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.696;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.291;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,7:0.19:37
chr17	80103631	rs35131420	T	C	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-4.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=12.176;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=121;ReadPosRankSum=-0.716;SC=TGCAGGCCCCTGAGTGGGGCT;SOR=0.086;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=53;TCF=44;TCR=9;TR=15;WE=80103639;WS=80103621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,25:0.40:63
chr17	80103737	rs6502066	T	C	3991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=49;PP=1550;ReadPosRankSum=1.721;SC=CTGCTGGAGTTGGCTCCACAG;SOR=0.756;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=90;TCR=70;TR=110;WE=80103745;WS=80103727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,188:0.67:279
chr17	80104593	rs12600852	G	A	2599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=38;PP=1168;ReadPosRankSum=-2.297;SC=CTATGGATGTGTGCATGCATG;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=81;WE=80104601;WS=80104583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,126:0.62:204
chr17	80104631	rs12603050	A	G	2400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=40;PP=1038;ReadPosRankSum=-0.643;SC=ATACAAATGCATGTGTGCACA;SOR=0.734;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=73;WE=80104639;WS=80104621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,117:0.61:192
chr17	80104762	rs12602320	C	T	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.65;ReadPosRankSum=-1.987;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,45:0.71:63
chr17	80104762	.	CGT	TGC	966	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=10;NR=18;PP=966;QD=36.4095669594;SC=CGCAAACAAACGTGTGTGCAC;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=28;WE=80104772;WS=80104752;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr17	80104764	rs12603584	T	C	1741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.03;ReadPosRankSum=-2.155;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,42:0.70:60
chr17	80121275	rs34448080	A	G	5611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.788;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=83;PP=2446;ReadPosRankSum=-0.124;SC=ACCTGAGAACAAAGGAAGACC;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=235;TCF=99;TCR=136;TR=140;WE=80121283;WS=80121265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,256:0.64:399
chr17	80121358	rs34867501	T	C	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=44;PP=876;ReadPosRankSum=-1.215;SC=CTGACCCCAATGCGAAGCTGT;SOR=0.607;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=31;TCR=69;TR=65;WE=80121366;WS=80121348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,81:0.66:123
chr17	80136418	rs7209474	C	T	4261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.947;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=58;PP=1500;ReadPosRankSum=-1.533;SC=TCCAGGGTCACGGCCTTCAGC;SOR=0.774;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=165;TCF=75;TCR=90;TR=102;WE=80136426;WS=80136408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,200:0.68:296
chr17	80137173	rs3935816	C	T	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;PP=783;ReadPosRankSum=-0.181;SC=CTCCTGCTCTCGCATGGCCTG;SOR=0.604;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=83;TCF=29;TCR=54;TR=51;WE=80137181;WS=80137163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,68:0.61:111
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chr17	80151805	rs4789670	T	C	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=25;PP=797;ReadPosRankSum=-0.587;SC=ACTCCAGTCCTGGCCTGCGAG;SOR=0.607;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=54;WE=80151813;WS=80151795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,66:0.67:99
chr17	80151881	rs4789722	G	A	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.585;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=978;ReadPosRankSum=0.143;SC=TGGCCTCCAGGTCCTGGAGCT;SOR=0.905;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=88;TCF=52;TCR=36;TR=58;WE=80151889;WS=80151871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,77:0.66:117
chr17	80159566	rs8072670	T	C	6315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=447;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.172;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.173;SC=GCCTGGCCTCTTCCCACTCCC;SOR=0.579;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=287;TCF=148;TCR=139;TR=186;WE=80159574;WS=80159556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,290:0.67:436
chr17	80195582	rs9303026	T	C	7967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=94;PP=2965;SC=ACCTGGCGGGTTCTACGGCGG;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=170;TCF=76;TCR=94;TR=170;WE=80195590;WS=80195572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr17	80198007	rs9901910	G	C	3706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.480;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=63;PP=1785;ReadPosRankSum=0.211;SC=CTGGCCTTGCGCCAGCTGGGC;SOR=0.656;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=164;TCF=67;TCR=97;TR=104;WE=80198015;WS=80197983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,167:0.65:256
chr17	80218800	rs35693344	G	A	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=4;PP=1093;SC=CCAGGCTGGAGGGCAGTGGCA;SOR=2.872;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=47;TCF=42;TCR=5;TR=46;WE=80218808;WS=80218790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr17	80275253	rs3176829	T	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.92;ReadPosRankSum=0.066;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,65:0.97:67
chr17	80280865	rs11077986	G	A	2379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,149:0.31:485
chr17	80320561	rs7502620	G	A	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.607;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=37;PP=747;ReadPosRankSum=0.696;SC=AGGGGAGCCCGTGGTGTTGAA;SOR=0.791;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=36;TCR=99;TR=50;WE=80320569;WS=80320551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,64:0.34:186
chr17	80352138	rs6502106	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.65;ReadPosRankSum=-2.024;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr17	80356019	rs9905077	C	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=11;PP=299;ReadPosRankSum=-2.234;SC=CCACACCCACCGTGCTTGCCT;SOR=0.890;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=65;TCR=34;TR=32;WE=80356027;WS=80356009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,43:0.32:136
chr17	80356315	rs6502107	A	G	675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=13;PP=445;SC=TTGCTCCATCACCCAGGCTGG;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=80356323;WS=80356305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr17	80367353	rs7211306	G	A	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.074;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,28:0.36:77
chr17	80369128	rs9916119	G	A	129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.416;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=50;ReadPosRankSum=-0.031;SC=TCACCATGTTGCCCAGGCTGG;SOR=0.169;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=6;WE=80369136;WS=80369120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr17	80376170	.	GCC	G	156	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=9;HapScore=1;MGOF=26;MMLQ=23;MQ=58.28;NF=0;NR=11;PP=156;QD=15.4545454545;SC=ACGCCCACCTGCCCCCCCCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=0;TCR=27;TR=11;WE=80376179;WS=80376160;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,11:0.41:27
chr17	80377690	rs1141463	T	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.651;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.905;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,44:0.26:168
chr17	80391684	rs4789773	A	G	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=2.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-3.136;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:259,126:0.33:385
chr17	80394530	rs4789777	G	T	1298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=24;PP=603;ReadPosRankSum=2.425;SC=CCTCACGTCCGCTCTGTCTGC;SOR=0.706;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=49;WE=80394538;WS=80394520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,73:0.33:220
chr17	80397484	rs28561791	A	G	6520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=54;PP=2965;SC=CTGCGGAGCTAAGCGCCCCTC;SOR=1.040;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=153;TCF=95;TCR=58;TR=149;WE=80397492;WS=80397474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr17	80402296	rs7221125	G	A	1190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.652;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=21;PP=684;ReadPosRankSum=-0.196;SC=CTGCAGCTCCGGCCAGATCAA;SOR=0.507;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=173;TCF=117;TCR=56;TR=57;WE=80402304;WS=80402286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,68:0.32:214
chr17	80404326	rs11077994	G	T	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.306;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=203;ReadPosRankSum=0.497;SC=AACGGTCCCAGATGAGTGCAG;SOR=0.199;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=49;TCF=45;TCR=4;TR=16;WE=80404343;WS=80404316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr17	80426550	rs3214988	TA	T	549.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=500;ReadPosRankSum=-0.027;SC=GACCATCTATTAACGTTGTTC;SOR=0.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=31;TCR=13;TR=16;WE=80426558;WS=80426540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr17	80430359	.	CA	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.696;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=4.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.01;ReadPosRankSum=0.867;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
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chr17	80439606	rs61126963	CA	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr17	80440296	rs149259276	T	TAAAACATGCGCGGTGGGCTGTTGACAAAATA	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=8.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.585;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.315;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr17	80443296	rs11453409	C	CA	713.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=11;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=516;ReadPosRankSum=0.012;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.232;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=21;WE=80443317;WS=80443286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,27:0.35:78
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chr17	80521092	rs4789795	A	G	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=24;ReadPosRankSum=-1.690;SC=TTGGCGACTTATAATAACACG;SOR=1.112;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=4;WE=80521100;WS=80521086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr17	80521135	rs4789796	T	C	213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=162;ReadPosRankSum=0.382;SC=GCATCCATGTTCTCAGCTGCT;SOR=0.722;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=46;TCF=41;TCR=5;TR=13;WE=80521143;WS=80521125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,13:0.24:55
chr17	80525802	rs375959731	CTTTTTT	C	389.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=3.195;SOR=1.198;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,9:0.28:32
chr17	80526139	rs2291395	A	G	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=39;ReadPosRankSum=-0.272;SC=AGGGCCCTCAATGTCACCTGC;SOR=0.437;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=4;WE=80526147;WS=80526129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr17	80529495	rs3794723	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=52;ReadPosRankSum=1.785;SC=GACAAATGAGGTATCAGAGGA;SOR=0.836;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=6;WE=80529503;WS=80529485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr17	80540585	rs2306759	A	G	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.915;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=295;ReadPosRankSum=0.857;SC=AAATAAATATATGAATTCTAC;SOR=0.923;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=21;WE=80540593;WS=80540575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr17	80544855	rs1387545	T	C	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.451;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=210;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GTGTGATAGCTATCTGGTTAT;SOR=1.262;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=23;TCR=9;TR=15;WE=80544863;WS=80544845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
chr17	80545076	rs35870621	A	G	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,65:0.25:258
chr17	80545156	rs6502124	A	G	2039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=40;PP=1077;SC=ATGGTAAGACATGCTGGTCGG;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=80545164;WS=80545146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr17	80559272	rs35832203	C	T	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=466;ReadPosRankSum=-0.815;SC=CCGGAGCAGCCGGAGCTGAAG;SOR=0.487;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=153;TCF=87;TCR=66;TR=47;WE=80559280;WS=80559262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,79:0.32:249
chr17	80574082	rs753569	T	G	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.08;SOR=2.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	80601769	rs59318270	TA	T	6387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=48;PP=2951;SC=AGGTTAAATTTAAGACTCCGA;SOR=0.859;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=73;WE=80601777;WS=80601759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr17	80602050	rs11649788	C	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.611;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=127;ReadPosRankSum=0.406;SC=TGTCCTTGTACAAATGTTACT;SOR=1.179;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=10;WE=80602058;WS=80602040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,11:0.29:38
chr17	80606079	rs9789075	G	A	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.613;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.588;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr17	80619080	rs4789706	T	C	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=10;PP=207;SC=CCAATGTCCCTGAAGGGATCC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=80619088;WS=80619070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	80622344	rs2279392	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=250;ReadPosRankSum=-1.017;SC=CTGGGGGTGCGGGACGCTCGC;SOR=0.693;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=13;WE=80622352;WS=80622334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr17	80626104	rs12952159	T	C	1189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=-0.001;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:188,77:0.29:265
chr17	80626210	rs7221877	T	C	6082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.14;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr17	80656616	rs2243606	T	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=292;ReadPosRankSum=0.248;SC=ACAGCGCGCATCCCCGCCCGG;SOR=0.412;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=14;WE=80656624;WS=80656606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
chr17	80674643	rs2250000	C	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=10;PP=607;SC=TGGAGGAGCTCCTGAGGCGCG;SOR=1.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=80674651;WS=80674633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr17	80676946	rs111661651	A	ACCACCCC	1467.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=1284;SC=GCATCTTCACACCACCCCCCA;SOR=3.258;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=21;WE=80676954;WS=80676936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr17	80676971	rs7207719	C	G	553.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5019;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=59;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=432;ReadPosRankSum=0.645;SC=GCTTTATTACCTGAGCAGGTG;SOR=1.473;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=21;WE=80676979;WS=80676961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,23:0.88:26
chr17	80680589	rs3748812	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=167;ReadPosRankSum=0.151;SC=GTAGGAGCTCGCTGAGGTCGT;SOR=0.653;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=10;WE=80680597;WS=80680579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr17	80684245	rs7406285	C	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=247;ReadPosRankSum=0.356;SC=TGCCACCCCTCCCACGTGCCG;SOR=0.477;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=22;WE=80684253;WS=80684235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,32:0.34:95
chr17	80684638	rs2246103	T	C	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.007;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=1407;ReadPosRankSum=-0.766;SC=CTGGGGGCGGTGGGGACCTGG;SOR=0.397;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=73;WE=80684646;WS=80684628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr17	80685126	rs2243446	T	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=25;PP=548;SC=CTTCACATGCTGGACTAGCTT;SOR=5.211;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=0;TCR=25;TR=25;WE=80685134;WS=80685116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr17	80693705	rs2256322	A	G	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr17	80696410	rs2253149	A	C	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=7;PP=517;SC=GGAGGCCCTCAGGAGCACGGG;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=80696418;WS=80696400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr17	80696542	rs2253132	G	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr17	80696692	rs7208565	C	T	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-2.637;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=152;ReadPosRankSum=-1.075;SC=CCAAGAGTTCCACCCTGCCAT;SOR=0.275;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=10;WE=80696700;WS=80696682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr17	80699093	rs2252848	A	G	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.354;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=0;PP=172;ReadPosRankSum=0.805;SC=ATATTCTAGCATGCGTAGCCC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=13;WE=80699101;WS=80699090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr17	80699406	rs72854314	C	T	53.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=38;ReadPosRankSum=-0.083;SC=AGCTGTGATACCTGGAATGGG;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=5;WE=80699414;WS=80699396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
chr17	80700592	rs1994554	T	C	7147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.99;QD=25.53;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr17	80700712	rs1994553	T	C	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=54;PP=1543;SC=TCTGTCTCCTTGTCGACGCCC;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=82;WE=80700720;WS=80700702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr17	80706928	rs2243416	G	A	1838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.20;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,85:0.70:121
chr17	80708601	rs1056534	C	G	3442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.373;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=65;PP=1466;ReadPosRankSum=0.641;SC=GGAGCCCTTCCTTGGGCACCA;SOR=0.873;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=149;TCF=45;TCR=104;TR=92;WE=80708609;WS=80708591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,155:0.65:240
chr17	80730527	rs615630	T	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=358;SC=TCTGAGGGAGTGTGCAGCAGT;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=80730535;WS=80730517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr17	80755615	rs36020328	C	CT	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=1.166;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr17	80763983	rs582192	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=168;ReadPosRankSum=-0.583;SC=TTGCTGGTGCCGGCACTGTCT;SOR=0.351;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=17;WE=80763991;WS=80763973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr17	80765322	rs668990	C	A	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=6;PP=291;ReadPosRankSum=0.225;SC=GATTTGAGAACGGAGGGAAGG;SOR=0.380;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=43;TCF=30;TCR=13;TR=18;WE=80765330;WS=80765312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,25:0.49:51
chr17	80785875	rs8067667	A	G	14784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1065;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=238;NR=191;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.117;SC=AATCGAACGCACACACACCTG;SOR=0.811;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=647;TCF=343;TCR=304;TR=429;WE=80785883;WS=80785865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:335,704:0.68:1039
chr17	80786008	rs6502134	G	A	45617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=35.86;ReadPosRankSum=0.628;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,1271:1.00:1272
chr17	80786026	rs78229497	CACAG	C	30212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.986;NF=31;NR=256;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.031;SC=TGCATACACCCACAGACACAC;SOR=0.718;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=432;TCF=59;TCR=373;TR=287;WE=80786037;WS=80785998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:371,762:0.67:1133
chr17	80786261	rs138156874	T	TACAC	20666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.861;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.721;NF=65;NR=134;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.282;SC=CACTCACAGATACATGCACAC;SOR=0.553;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=358;TCF=123;TCR=235;TR=199;WE=80786272;WS=80786249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,502:0.66:765
chr17	80786427	rs11364632	GC	G	22721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=882;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=82;NR=293;PP=2983;SC=AATGGAATGTGCCCCCCCCGA;SOR=1.230;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=440;TCF=89;TCR=351;TR=375;WE=80786444;WS=80786414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,752:1.00:752
chr17	80786627	rs34655768	GCA	G	1666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=4.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.65;ReadPosRankSum=2.170;SOR=0.429;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,62:0.28:218
chr17	80786641	rs7207932	C	T	3864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.505;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-3.039;SC=ACACACACATCTAATCAGATG;SOR=1.000;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=171;TCF=57;TCR=114;TR=125;WE=80786649;WS=80786617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,162:0.72:226
chr17	80788465	rs12938126	T	C	2210.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=35;PP=870;ReadPosRankSum=-2.101;SC=CAGCAGGTTCTGCAGCTCGTG;SOR=0.684;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=220;TCF=107;TCR=113;TR=73;WE=80788473;WS=80788455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,129:0.35:368
chr17	80788492	rs12948179	A	G	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=34;PP=836;ReadPosRankSum=0.707;SC=CGGGGAAGGCAGGCCTCGGAG;SOR=0.675;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=215;TCF=108;TCR=107;TR=71;WE=80788500;WS=80788472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,112:0.34:330
chr17	80790442	rs3744165	T	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=247;SC=TCTTTCCCGATCACTTCTATC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=80790450;WS=80790432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr17	80827955	rs7222931	A	G	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=10;PP=1698;SC=GGAGCCCCGAACCTCTGGGTG;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=69;WE=80827963;WS=80827945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr17	80828057	rs3744161	G	A	6308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=75;PP=2391;ReadPosRankSum=1.761;SC=CGTGTTGCCCGTGTGGTCTGC;SOR=0.661;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=240;TCF=136;TCR=104;TR=168;WE=80828065;WS=80828047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,304:0.70:437
chr17	80828288	rs367600728	G	A	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=35;PP=712;ReadPosRankSum=-1.629;SC=CATCGGATGCGCCGTGCCCCC;SOR=0.580;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=165;TCF=58;TCR=107;TR=58;WE=80828296;WS=80828278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,97:0.37:262
chr17	80828303	rs3744160	G	A	3089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=68;PP=1700;ReadPosRankSum=0.653;SC=GCCCCCTGACGGCGCCGTGTG;SOR=0.774;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=147;TCF=46;TCR=101;TR=96;WE=80828311;WS=80828293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,134:0.65:206
chr17	80858669	rs9891862	G	A	4750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=87;PP=2259;ReadPosRankSum=-0.123;SC=AGATTCAGTTGAGCTTATAAG;SOR=0.685;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=215;TCF=87;TCR=128;TR=147;WE=80858677;WS=80858659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,218:0.69:315
chr17	80863857	rs2292971	T	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=3.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.85;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,41:0.24:174
chr17	80865526	rs2085616	G	A	374.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.170;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=205;ReadPosRankSum=1.145;SC=ATGCTCCTCCGAGTGTACTTG;SOR=0.974;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=14;WE=80865534;WS=80865516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,20:0.34:58
chr17	80865866	rs879715	T	C	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=71;ReadPosRankSum=-1.807;SC=ACAGGCTCTCTGCTGGCGTCA;SOR=0.122;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=80865874;WS=80865856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr17	80866427	rs8073910	G	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.088;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=76;ReadPosRankSum=1.655;SC=TTAAGATTCAGCTCGGATTCT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=4;WE=80866435;WS=80866417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr17	80867281	rs2271916	C	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=0.632;QD=1.51;ReadPosRankSum=0.170;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
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chr17	80878412	rs5822547	C	CT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.32;ReadPosRankSum=0.321;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr17	80878667	rs376776507	ACC	A	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.25;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr17	80878671	rs10560385	ACC	A	211.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=30.25;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr17	80884247	rs1078334	T	C	2892.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.166;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=1160;ReadPosRankSum=-0.342;SC=TAGCTTATGGTTCTTCTGTGA;SOR=0.584;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=113;TCF=61;TCR=52;TR=70;WE=80884255;WS=80884237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,132:0.66:199
chr17	80887194	rs729123	G	A	3598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.434;SC=CAGCCATGGCGAGATCATTGG;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=433;TCF=202;TCR=231;TR=136;WE=80887214;WS=80887184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:491,221:0.31:712
chr17	80887206	rs729124	A	G	10334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=708;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.287;SC=GATCATTGGCAGCCCGGCCTT;SOR=0.691;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=422;TCF=191;TCR=231;TR=282;WE=80887214;WS=80887184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,480:0.69:695
chr17	80887451	rs2034962	A	G	1528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=33;ReadPosRankSum=2.245;SC=TCTTGGGAGCATGTATGGAGC;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=51;WE=80887459;WS=80887441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,71:0.62:115
chr17	80887537	rs146460515	CA	C	648.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.088;HP=1;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=248;ReadPosRankSum=-0.302;SC=GTGTCTTCCTCATGACCCAGG;SOR=0.999;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=8;WE=80887545;WS=80887527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr17	80890638	rs898095	T	C	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.04;ReadPosRankSum=-1.615;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,142:0.76:186
chr17	80895253	rs8079398	G	A	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=72;PP=2043;SC=TTCAAGTGCTGCTGGCCTTAG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=39;TCR=73;TR=111;WE=80895261;WS=80895243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr17	80895745	rs3785520	T	C	8699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=108;NR=90;PP=2965;SC=GCGACACTCGTGTGTGTAGGC;SOR=0.805;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=108;TCR=91;TR=198;WE=80895753;WS=80895735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr17	80895769	rs3785521	A	G	8250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.055;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.356;SC=GTGCAGATGTACGCACACACA;SOR=0.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=100;TCR=99;TR=196;WE=80895777;WS=80895758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,319:0.99:323
chr17	80895933	rs3785522	A	G	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=63;PP=1880;SC=AGGTTCTGCGAGATGGTGCAG;SOR=1.718;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=22;TCR=63;TR=85;WE=80895941;WS=80895923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr17	80897492	rs8073471	A	G	1020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.697;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=356;ReadPosRankSum=-0.314;SC=TCCTCTGCTTAGGTTTTACAA;SOR=0.451;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=125;TCF=41;TCR=84;TR=35;WE=80897500;WS=80897482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,62:0.33:187
chr17	80899281	rs9390	G	A	4075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=47;PP=1644;ReadPosRankSum=0.877;SC=ACAGGGACGCGGAGCTTGCAG;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=109;WE=80899289;WS=80899271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,196:0.63:309
chr17	80923432	rs7217917	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=149;ReadPosRankSum=-0.678;SC=CCCGGAGGCATGGCAAGGCGG;SOR=1.051;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=10;WE=80923440;WS=80923431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr17	80963331	rs9901757	C	T	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=11;PP=287;ReadPosRankSum=-2.548;SC=ACGCGCATCTCGGCGGTGAAC;SOR=0.855;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=66;TCF=34;TCR=32;TR=27;WE=80963339;WS=80963321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,38:0.43:88
chr17	80993058	.	C	CT	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.052;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=1.234;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr17	81009462	rs60886174	C	T	154.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=154;ReadPosRankSum=-0.157;SC=GCCCGCGGGGCCTAAGGGCTG;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=81009470;WS=81009452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr17	81009582	rs60997109	A	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=360;ReadPosRankSum=-2.477;SC=CCCAGCCTGCACGGCGGGGCA;SOR=1.118;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=21;WE=81009590;WS=81009572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,33:0.66:50
chr17	81009622	rs59686903	C	T	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.075;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr17	81009636	rs57923322	T	G	1638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=21;PP=747;SC=ATGGCCTGGCTCTCCTCGGAC;SOR=0.756;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=40;WE=81009644;WS=81009612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr17	81043039	rs9908756	A	G	5035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;SC=TGCTGGTACCAGACGGGGACG;SOR=0.885;Source=Platypus;TCF=56;WE=81043047;WS=81043029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr17	81050747	rs112036212	G	A	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.226;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.765;NF=40;NR=16;PP=918;ReadPosRankSum=-0.048;SC=CCTCCAGCACGTGCCGCCAAC;SOR=0.199;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=78;TCF=58;TCR=20;TR=56;WE=81050755;WS=81050737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,76:0.78:97
chr17	81050833	rs74775917	A	AG	10092.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=79;PP=2957;SC=GCTGAGTGTGAGATCCTTTGA;SOR=0.777;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=122;TCF=41;TCR=81;TR=117;WE=81050841;WS=81050823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
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chr17	81051007	rs7502442	G	T	6838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.26;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
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chr17	81083419	rs28399067	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-0.942;QD=11.56;ReadPosRankSum=-1.627;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,39:0.68:57
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chr18	197741	rs35489764	AT	A	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=192;ReadPosRankSum=0.812;SC=TTATACCTTGATTTTTTTTTT;SOR=0.793;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=13;WE=197749;WS=197731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr18	199462	rs9956319	A	G	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=267;SC=ACACAGTCCCATCTGAGGTCA;SOR=1.508;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=199470;WS=199452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	203081	rs471274	A	C	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=45;PP=1648;ReadPosRankSum=-0.896;SC=GGATTTCTTTACATTTTGTCT;SOR=0.899;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=78;WE=203089;WS=203071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,115:0.98:117
chr18	204815	rs56806027	T	A	916.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=11;PP=309;SC=TATAGTATTATTTGGATCAAT;SOR=1.508;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=15;WE=204824;WS=204805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	204816	rs4039610	T	TAAAAA	907.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=12;PP=743;SC=ATAGTATTATTTGGATCAATC;SOR=1.508;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=204824;WS=204805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	214991	rs7343029	C	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=21;PP=547;SC=GCTATGGGGCCAATAAGTTTT;SOR=2.753;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=214999;WS=214981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	219029	.	G	A	81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=28;MQ=50.27;NF=1;NR=4;PP=81;QD=23.1542425094;SC=AAATACTCATGAAGTGGTGGC;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=219037;WS=219019;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	224184	rs631343	C	G	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr18	225051	rs7227515	C	T	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=35;PP=1173;SC=AGTTCTATTTCGTGCTAAGAA;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=225059;WS=225041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr18	247834	rs16976866	T	G	1611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.291;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=541;ReadPosRankSum=-0.141;SC=TGATAGTCTGTCAATGGCAAC;SOR=0.477;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=17;TCR=13;TR=29;WE=247842;WS=247824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr18	252559	rs657138	G	A	5504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr18	260108	rs11309829	TA	T	66.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=13.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	334742	rs2305027	C	T	356.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=2;PP=111;SC=TTGGACTTACCATTGTCCTCC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=334750;WS=334732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	334758	rs2305026	T	C	356.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=3;PP=94;SC=CCTCCGGTGCTGGGGTTGGCT;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=334766;WS=334748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	334994	rs2305025	A	G	1486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	357315	rs74579661	C	T	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=4;PP=256;SC=TGAAATACTTCGTATTTGCAA;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=357323;WS=357305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	618201	rs16947455	C	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=17;PP=425;SC=TAACCATATTCGCTGTTTTCA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=618209;WS=618191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	624783	rs495688	A	G	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=3;PP=357;SC=TTTAGAATGTATACATTTCAA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=624791;WS=624773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	624824	rs495799	T	C	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=12;PP=589;SC=GCACATAGATTATGAAATGGA;SOR=1.105;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=20;TCR=12;TR=32;WE=624832;WS=624814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	625070	rs498466	G	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=410;SC=CACAGTTCTTGAGGCACCTAT;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=625078;WS=625060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	645176	rs565034	C	A	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=24;PP=652;SC=AACTTGTTTCCAAATACCTGG;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=645184;WS=645166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	649759	rs1058151	T	C	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.30;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	657685	.	G	C	394	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=15;NR=3;PP=394;QD=23.8206229193;SC=CGCGCCACTTGGCCTGCCTCC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=18;WE=657693;WS=657675;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr18	662103	rs1001761	G	A	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	662370	rs2612095	T	C	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=312;SC=CTTCCTAGCATGTGTTTGCTC;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=662378;WS=662360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	669292	rs147919381	GTTGA	G	1988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=36;PP=1780;SC=CAGCCACATGGTTGATTGTGT;SOR=2.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=36;WE=669303;WS=669282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	670541	rs2847609	A	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=5;PP=406;SC=ATCGCTGCAGAGGCTGTTATG;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=670549;WS=670531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	671520	rs2853536	C	T	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=37;PP=1163;SC=GTGGAACAGGCATCTGCTCAA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=671528;WS=671510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	671648	rs2853537	A	T	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=8;PP=191;SC=GGCACTTAACATGTCAGGTGC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=671656;WS=671638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	672792	rs1059394	C	T	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=1.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	673016	rs699517	C	T	4475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=56;PP=1781;SC=CAAAGGAGCTCGAAGGATATT;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=41;TCR=57;TR=97;WE=673024;WS=673006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr18	673086	rs2790	A	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=35;PP=1129;SC=TCTAAAAGAAAAAGGAACTAG;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=53;WE=673094;WS=673076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	674440	rs11081251	A	C	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=6.139;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.25;ReadPosRankSum=1.158;SOR=0.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr18	674535	rs2847172	T	C	1847.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.43;SOR=1.430;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	677214	rs7229142	G	A	1542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=14;PP=817;SC=AACCAACTCCGCCTGAGAGTT;SOR=1.342;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=677222;WS=677204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	677240	rs3819101	G	A	2332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=23;PP=1268;SC=ACATGCCAGCGGACAAGGTCT;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=677248;WS=677230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr18	677302	rs2298583	G	A	4989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=52;PP=2331;SC=CCTGGATTGAGGGACCCTACT;SOR=0.794;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=113;WE=677310;WS=677292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr18	677931	rs2298581	C	G	2217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=34;PP=982;SC=TTCAGGATCTCTAAACCTGGC;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=677939;WS=677921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	678947	rs2741186	A	G	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=175;SC=CTGAGCTGCCACCACCAGCCC;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=678955;WS=678937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	683441	rs11081266	G	A	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=402;SC=GCAGGGCTGCGGCTCCCAGGG;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=683449;WS=683431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	685797	rs2847329	C	T	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=9;PP=1080;SC=ACTGCAAGACCACAGAAGTGT;SOR=2.265;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=48;WE=685805;WS=685787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	685818	rs76254077	A	G	2278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=16;PP=1291;SC=ACTTCCTCTGACAATTAACTT;SOR=1.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=47;TCR=17;TR=63;WE=685826;WS=685808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	688463	rs2612088	G	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=12;PP=594;SC=TGAGCCAGGGGGATCCTAGCC;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=688471;WS=688453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	690702	rs145372402	A	AAGCTGTTTCCCCTGGAGAGTCC	404.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=2900;SC=GCCTGTAGCTAAGCTGTTTCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=5;WE=690710;WS=690692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	691173	rs2612087	G	A	4484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=46;PP=1732;SC=GTGTGTGCACGTCGTGTATCC;SOR=0.813;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=100;WE=691181;WS=691163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr18	693977	rs2305995	G	A	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=34;PP=1225;SC=GACAGTAAACGCGTTGGCAGC;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=693995;WS=693967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr18	693986	rs3217714	GCT	G	4784.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=31;PP=2015;SC=CGCGTTGGCAGCTCTAATGCT;SOR=0.892;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=42;WE=693995;WS=693967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	694206	rs2847602	A	G	4047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=30;PP=2256;SC=TCAGTGTCGTACAGCTCCCAG;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=73;TCR=30;TR=103;WE=694214;WS=694196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr18	706322	rs3831414	C	CACTG	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=0;PP=1214;SC=AACCATGAAACTTTTTACTCA;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=20;WE=706330;WS=706320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	706558	rs58085394	C	T	6079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=87;PP=2620;SC=CATAGGCAGCCGAGTAGTCAG;SOR=1.041;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=58;TCR=87;TR=145;WE=706566;WS=706548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr18	706589	rs2612102	A	G	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=63;PP=1893;SC=CTGCAGGAGAAGAGTTCCCCG;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=93;WE=706597;WS=706579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr18	712319	rs34015520	TCGG	T	995.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=5;PP=447;SC=AGAGCTGCAGTCGGCGGGGCG;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=10;WE=712329;WS=712309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	712356	rs3786350	G	T	885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.66;QD=40.26;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	712568	rs3786349	G	A	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=24;PP=854;SC=CGAGAGCCGGGAGATCCTGCC;SOR=0.744;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=48;WE=712576;WS=712558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	724612	rs537141	A	G	3673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=36;PP=1225;SC=ACTTGTTCTAATACTTCACGG;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=724620;WS=724602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr18	737036	rs28722141	A	G	1065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=16;PP=515;SC=TATGGTTAATATCAAATTGTG;SOR=0.892;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=29;WE=737044;WS=737026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	742858	rs9961743	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=5;PP=251;SC=TATATGCATACAAATCAAGAC;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=742866;WS=742848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	743226	rs3786347	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=55;SC=CCACAGCTAAACAATGACAGA;SOR=1.179;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=743234;WS=743216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	743436	rs3786348	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=10;PP=292;SC=GAATAAACTATACTGTAATAT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=743444;WS=743426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	745884	rs3214047	A	C	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=12;PP=429;SC=TACTTTCACTATATCTTTCTC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=745892;WS=745874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	904354	.	G	GA	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.806;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=1.662;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,12:0.19:63
chr18	905125	rs1893154	A	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=659;ReadPosRankSum=2.342;SC=TTCGCTTGGCATCGCGTCAGG;SOR=1.432;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=38;WE=905133;WS=905115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr18	905537	rs2231183	T	C	1890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=42;PP=1198;SC=AGCTGGGGCTTCCCAGGCACA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=905545;WS=905527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	907675	rs8192597	G	A	3817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=37;PP=1394;SC=AGGAAGAGGCGTACGGCGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=75;WE=907683;WS=907665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr18	2539016	rs8084295	C	G	4762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=69;NR=49;PP=2371;SC=CCAGACTCCACAGCAATAAAA;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=118;WE=2539024;WS=2539006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr18	2544356	rs2176451	T	C	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=167;SC=CACAGCTGCATTGATTTTTGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=2544364;WS=2544346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	2547500	rs2677879	G	T	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=59;PP=1938;SC=GGTATTTGCTGTATTTGCAGG;SOR=0.875;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=47;TCR=59;TR=105;WE=2547508;WS=2547490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr18	2595629	rs117426949	T	A	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=48;PP=1524;SC=CGGTATGTCATACCATTTCCA;SOR=0.971;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=32;TCR=48;TR=80;WE=2595637;WS=2595619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr18	2656248	rs2430853	G	C	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=762;SC=GATTTCGCGCGTGTGTGTGTC;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=2656256;WS=2656238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	2666046	rs9947882	A	C	264.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=199;SC=AGATAAGTGTAGTGGTTACAG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=2666054;WS=2666036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	2688798	rs637651	G	A	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=4;PP=85;SC=GATAGACGGTGGGACAGAACT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=2688806;WS=2688788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	2698125	rs626994	T	C	379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=316;SC=ATCGGTTGGGTTATTCAGGTT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=2698133;WS=2698115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	2705633	rs8090967	T	A	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.01;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	2726365	rs16943716	C	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	2750238	rs2304860	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=24;PP=777;SC=GTTGGGACTGAATAGAAGTTG;SOR=1.259;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=36;WE=2750246;WS=2750228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	2751475	rs300293	A	G	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=28;PP=808;SC=GTAAATATATAATGTTATATA;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=2751483;WS=2751465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	2771516	rs300291	G	T	1313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=13;PP=552;SC=GCAAATTTTTGGTTTTTTATT;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=2771524;WS=2771506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	2784404	rs35853884	TGAAA	T	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=1054;SC=TTGGAGCAGTTGAAATAAGTT;SOR=2.066;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=2784415;WS=2784394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	2892474	rs16943989	G	A	2075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=30;PP=916;SC=TCAAATTTCAGCCATCAGCAA;SOR=0.934;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=52;TCF=20;TCR=32;TR=50;WE=2892482;WS=2892464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	2892562	rs9956161	A	C	620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.87;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	2946291	rs643507	C	T	5157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=63;PP=2604;SC=AGTTCCTTCTCCTCAGTAGTC;SOR=0.704;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=67;TCR=63;TR=130;WE=2946299;WS=2946281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr18	2951447	rs10570659	TA	T	62.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.465;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr18	2954439	rs7226624	C	T	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=15;PP=843;SC=AACGGTCCGTCTGGGCCACGT;SOR=1.355;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=45;WE=2954447;WS=2954429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	2982817	rs1539792	C	A	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=29;PP=850;SC=GTATATAATCCAAACAGAAAG;SOR=2.494;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=2982825;WS=2982807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	3067278	rs2230164	A	G	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=403;SC=CCTTCTTGCCACCTTTCAGGG;SOR=1.473;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=3067286;WS=3067268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	3072052	rs202209077	A	AT	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.078;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,17:0.68:25
chr18	3075503	rs10667835	C	CAAA	7226.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=45;PP=1703;SC=AACAAACAGACGAAGAATTTT;SOR=0.782;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=20;TCR=46;TR=65;WE=3075511;WS=3075493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr18	3075712	rs2298539	C	A	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=41;PP=1165;SC=TTGCTAGGACCAGGGACTTAC;SOR=1.146;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=62;WE=3075720;WS=3075702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr18	3075746	rs1143657	G	A	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=26;PP=763;SC=ATTCAGCATAGGCCTCATCGT;SOR=1.316;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=3075754;WS=3075736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	3075778	rs2298537	A	C	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=15;PP=438;SC=GAAAAAAGAAAAGTTAGAATT;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=3075786;WS=3075768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	3075872	rs2298536	C	G	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=2;PP=47;SC=ATGACTAAACCGACTTTGATT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=3075880;WS=3075862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	3089522	rs948298	G	T	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=9;PP=614;SC=CTTTATCCACGGCCTATTTTT;SOR=1.464;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=33;WE=3089530;WS=3089512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	3094377	rs36091956	GA	G	255.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=3.056;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.85;MQRankSum=0.712;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.189;SOR=0.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,18:0.90:20
chr18	3112568	rs8097874	C	A	210.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=172;SC=TCAAACACTACGCAGGTGACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=3112576;WS=3112558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	3120060	rs6506068	G	A	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=13;PP=359;SC=TACTTGTTGAGCATTTTATTT;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=3120068;WS=3120050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	3126811	rs1071600	A	G	9498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=112;NR=90;PP=2965;SC=TGCCCCTCCAATCTTATCTGG;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=203;TCF=112;TCR=91;TR=202;WE=3126819;WS=3126801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr18	3129131	rs8089599	T	C	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=1;PP=163;SC=AGAATGGACATTGATGAAAGC;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=3129139;WS=3129121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	3134610	rs17177458	A	G	822.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=5;PP=485;SC=TGGCAGCTCCAGAGGCCATTG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=3134618;WS=3134600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	3134953	rs200029902	A	ATTT	128	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=81;SC=TTATTTTACGATTTTTTTTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=4;WE=3134961;WS=3134943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	3164385	rs11659820	C	T	4809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=48;PP=1763;SC=TCAGCGTTGCCCGCTCTCCAC;SOR=0.771;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=45;TCR=49;TR=93;WE=3164393;WS=3164375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr18	3176040	rs8099021	C	G	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=18;PP=708;SC=GTTCTCTTACCCATTAATCTC;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=38;WE=3176048;WS=3176030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	3253543	rs1791105	G	A	1044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=24;PP=630;SC=TAAGGTTTGAGTAAAGTGTGG;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=3253551;WS=3253533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	3253569	rs6417016	C	T	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=438;SC=TGTTTCCCACCGGATCACCAG;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=3253577;WS=3253559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	3272744	rs7242012	A	G	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=202;SC=GTTTAGGTGCATACTTATTCC;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=3272752;WS=3272734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	3272798	rs6506097	AG	TA	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=8;PP=590;SC=TTTTACCTACAGACTTTAGGT;SOR=1.751;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=30;WE=3272807;WS=3272788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	3272855	rs6506099	C	T	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=1.090;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr18	3272874	rs7407072	T	A	2643.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=30;PP=1405;SC=GTTTTTTTTTTAATCCAGAAT;SOR=0.924;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=74;WE=3272882;WS=3272864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	3273153	rs7407045	C	T	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=24;PP=705;SC=TTTTTTTGTGCGATGTACAAA;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=3273161;WS=3273131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	3277466	rs6506100	TG	CA	7493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=54;PP=2947;SC=AAAGTACTTCTGTGAAATAGA;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=41;TCR=56;TR=94;WE=3277475;WS=3277456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr18	3277691	rs6506102	A	T	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=13;PP=801;SC=TACGATTGACAAGCTTTAGGA;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=38;WE=3277699;WS=3277681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	3447871	rs151472	T	C	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr18	3452222	rs11571510	CT	C	2579.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=47;PP=1497;ReadPosRankSum=0.829;SC=TGCGCCCCCCCTCCTCCACCG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=61;WE=3452230;WS=3452211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,98:0.95:103
chr18	3580485	rs2240900	G	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.09;QD=26.38;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	5133199	rs78070621	G	A	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=450;SC=CACCACCACCGACCACGATGG;SOR=2.226;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=5133207;WS=5133189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	5196888	rs7240473	C	G	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	5196981	rs292285	G	A	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=18;PP=696;SC=TCTCCTCTCCGTCCTCTACCC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=43;WE=5197000;WS=5196971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	5196992	rs292286	T	C	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=20;PP=781;SC=TCCTCTACCCTGCTCCCCTCC;SOR=0.887;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=47;TCF=27;TCR=20;TR=46;WE=5197000;WS=5196971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	5197170	rs6506291	G	A	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	5292207	.	C	CA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.582;QD=1.66;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr18	5407839	rs2874686	C	T	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=45;PP=1255;SC=GGCACGTGTACGCTCTTGCAT;SOR=1.240;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=23;TCR=45;TR=68;WE=5407847;WS=5407829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	5407911	rs2322093	A	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=22;PP=674;SC=TAGGAAGCTTAATAAGAATAT;SOR=2.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=26;WE=5407919;WS=5407901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	5410574	rs3817466	A	G	4690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=50;PP=1755;SC=CCTCAGTGGCAGTGGTCTCCC;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=94;WE=5410582;WS=5410564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr18	5420014	rs112341867	G	GA	308.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=290;ReadPosRankSum=1.022;SC=TATCTTTACTGAAAAAAAAAA;SOR=2.200;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=16;WE=5420022;WS=5420004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr18	5433722	rs3931700	C	T	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=17;PP=670;SC=GCACTACAAACGAACACCTGG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=5433730;WS=5433712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	5577258	rs11876037	T	C	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=5;PP=736;SC=GTATCCAATGTAGAGTTATAA;SOR=2.517;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=5577266;WS=5577248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	5840617	rs9965310	G	T	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=1;PP=323;SC=CTCCCATCAGGTATCTCCACT;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=5840625;WS=5840607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	5840674	rs9966028	C	A	1074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=7;PP=762;SC=AAGGGGTGGGCGTGAGGCGGG;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=5840682;WS=5840664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	5840810	rs72855836	G	A	5429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=67;PP=2684;SC=GCATGACATGGGATTTGGCTG;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=75;TCR=67;TR=142;WE=5840818;WS=5840800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr18	5956238	rs3737353	C	T	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=480;SC=GACTTCTTGGCCTGAGGCAAT;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=5956246;WS=5956228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	5956425	rs3737354	C	T	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=33;PP=1208;SC=AAATGTTTTGCCACGGAAGCC;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=55;WE=5956433;WS=5956415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	5956483	rs3737357	G	C	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.21;NF=11;NR=24;PP=797;SC=TGTGGAACCCGTCATAGCCTC;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=5956491;WS=5956473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	5956502	rs34472471	GCT	G	1496.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=17;PP=965;SC=TCCGTGTTGAGCTCACCAGTG;SOR=1.148;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20;WE=5956511;WS=5956492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	5960012	.	T	TATATATATAC	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.81;QD=46.97;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	5960020	.	T	TACATATATATATAC	239	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MMLQ=28;MQ=54.18;NF=4;NR=2;PP=239;QD=42.0;SC=CATATATATATATACATATAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=5960028;WS=5960010;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,6:1.00:6
chr18	5960026	.	T	TAC	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.77;QD=46.56;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	5960038	.	C	CATATATAT	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.59;QD=45.97;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	5960040	rs199658556	C	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.10;QD=46.86;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	5960042	.	C	T	432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.83;QD=43.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	5960048	rs368307522	T	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.10;QD=38.78;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	5960060	rs10658145	C	CGT	557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.84;QD=42.90;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	5960165	rs505559	G	A	5369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=40;PP=1652;SC=CCTACAGTGCGAGATGAAAAG;SOR=0.800;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=92;WE=5960173;WS=5960155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr18	6032282	.	TAA	T	76.52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.50;ReadPosRankSum=0.819;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,5:0.56:9
chr18	6511473	rs4798453	C	T	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=5;PP=673;SC=CTGTAATAATCGTGGACATCA;SOR=3.098;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=28;WE=6511481;WS=6511463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	6511669	rs4798454	T	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=28;PP=945;SC=GAGCTCTTTGTTGGTGACATT;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=19;TCR=28;TR=47;WE=6511677;WS=6511659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	6730016	rs57509765	G	C	143.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=4;PP=113;SC=GCTGCGCCTTGTGCCTGAGCG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=6730024;WS=6730006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	6851267	rs8087719	G	A	339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=295;SC=TACCTTAGGTGATTTTTAAGG;SOR=5.136;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=6851275;WS=6851257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	6870821	rs143540725	C	T	61.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=3;PP=49;SC=TTTTTTGAGACGGAGTCTCGC;SOR=2.833;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=6870829;WS=6870811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	6873354	rs2282522	G	A	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=6;PP=440;SC=TTGAGTGAACGCATAATAATT;SOR=2.066;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=6873362;WS=6873344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	6889973	rs4239328	A	G	6800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=65;PP=2824;SC=TGATGGCACCAAACCTTTTCT;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=90;TCR=65;TR=154;WE=6889981;WS=6889963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr18	6890434	rs1116757	A	G	2947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr18	6890591	rs1116756	C	T	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=10;PP=184;SC=TAGATTTGTACTCCTCAAAGG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=6890599;WS=6890581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	6896450	rs11081282	C	T	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=17;PP=953;SC=ATCATTGAGCCGATATTCATC;SOR=1.349;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=51;WE=6896458;WS=6896440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr18	6898415	rs12185460	C	T	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=11;PP=626;SC=CACATTAACCCGTTTTCCACT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=6898423;WS=6898405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	6912004	rs1346931	G	A	6585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=68;PP=2396;SC=ATATGTGTGCGCACGCACACA;SOR=0.742;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=144;TCF=75;TCR=69;TR=143;WE=6912012;WS=6911994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr18	6912143	rs1056408	A	C	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=44;PP=1215;SC=AAACCCCAACAAAGTTCTTAA;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=11;TCR=44;TR=55;WE=6912151;WS=6912133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	6942295	rs733918	T	C	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=17;PP=451;SC=ATGCGATCCATAGCACAAAAG;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=6942303;WS=6942285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	6947013	rs489023	C	T	434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=4;PP=265;SC=AAAAGGTTTTCTTGTAGCAAT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=6947021;WS=6947003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	6997818	rs12961939	A	C	11759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=119;PP=2965;ReadPosRankSum=1.446;SC=AGGTTCAGAGAAAGAACGGCA;SOR=0.286;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=264;TCF=145;TCR=119;TR=263;WE=6997826;WS=6997808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,452:1.00:453
chr18	6999315	rs525394	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=9;PP=772;SC=CTATGCTTAGAAAATAAGAAA;SOR=2.007;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=39;WE=6999323;WS=6999305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	6999368	rs525231	C	T	4522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr18	6999377	rs525206	A	G	4866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.60;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr18	6999628	rs625106	T	C	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=33;PP=931;SC=CATAATAGCTTGAGGAGCACC;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=6999636;WS=6999618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	6999694	rs693754	T	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=15;PP=402;SC=GCTTCTAACTTGCGACAGTAA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=6999702;WS=6999684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	7008591	rs662471	T	C	4348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=61;PP=1931;SC=CCAACCTCCATTGAAATGTCT;SOR=0.961;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=44;TCR=62;TR=105;WE=7008599;WS=7008581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr18	7011413	rs619106	G	A	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=26;PP=1240;SC=AAACCCCCTCGGTCGTGCCCC;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=7011421;WS=7011403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr18	7012123	rs9946794	A	G	4510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=54;PP=1952;SC=TGCACTGAGGACCAAAGACAT;SOR=0.740;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=101;WE=7012131;WS=7012113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr18	7017322	rs539713	A	G	2051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=26;PP=904;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GTTTGCAGTCACAGAGCCCGG;SOR=0.243;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=54;WE=7017330;WS=7017312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,82:0.99:83
chr18	7017459	rs11420876	G	GA	486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=159;ReadPosRankSum=-0.528;SC=ATCCCCAAAGGAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=13;WE=7017467;WS=7017449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,27:0.90:30
chr18	7023371	rs684634	A	G	3179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
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chr18	7026187	rs510991	C	T	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.37;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	7031986	rs113133818	T	TA	293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=316;SC=AGGAAGCACTTAAAAAAAAAT;SOR=3.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=16;WE=7031994;WS=7031976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	7032221	rs7240655	A	G	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=47;PP=1509;SC=CGTTACAAACAGAAACTGCTC;SOR=0.838;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=86;WE=7032229;WS=7032211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	7033037	rs621993	G	A	2592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=33;PP=1157;SC=CCACATCAGCGGCCACCACCA;SOR=0.919;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=56;WE=7033045;WS=7033027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	7033173	rs113773518	GA	G	2143.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=22;PP=1064;SC=GCTCCTAAAAGATTTAAATCC;SOR=0.884;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=7033181;WS=7033163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	7033235	rs4797278	G	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=14;PP=374;SC=GGAGGCCAAGGTGGGTGGATC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=7033243;WS=7033225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	7033255	rs628540	A	G	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=9;PP=251;SC=CACGAGGTCAAGAGATCGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=11;WE=7033263;WS=7033245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	7034448	rs566825	G	A	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=16;PP=1068;SC=TACCTTCACCGTAAGTTTTTC;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=7034456;WS=7034438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	7034464	rs674733	T	A	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=23;PP=1249;SC=TTTTCCTCCATTTTCAATACA;SOR=1.240;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=65;WE=7034472;WS=7034454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	7035915	rs677136	A	C	2478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=19;PP=1392;SC=CTCACCTAGTAACTTTCAGTC;SOR=1.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=45;TCR=19;TR=63;WE=7035923;WS=7035905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	7037866	rs647595	T	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=157;SC=TCTCTAGGGATGGCATTAACA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=7037874;WS=7037856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	7042099	rs9946620	A	G	2957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=1.410;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	7042104	rs9957859	C	T	3063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=1.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	7042402	rs648161	A	G	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=183;SC=GGAAGATAAGATGATCCCAAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=7042410;WS=7042392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	7049294	rs144543039	G	GTTTA	1767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=877;SC=AATGTCAATTGTTTATTTATT;SOR=1.501;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=20;WE=7049302;WS=7049284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	7117880	rs36201812	CCCCGCCCCGT	C	819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=15;PP=2981;SC=CTGCGCCCCGCCCCGCCCCGT;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=7117897;WS=7117870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	7906595	.	AT	A	6625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr18	7906597	.	TTGTAAATA	T	2942	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=13;NR=38;PP=2942;QD=20;SC=TTGTCTTTATTTGTAAATATT;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=51;WE=7906628;WS=7906587;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	7906599	.	GTAAATAT	G	6626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr18	8069868	rs2230601	C	T	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=69;PP=2163;SC=ATACAGAAAACTCACACCCTC;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=116;WE=8069876;WS=8069858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr18	8088969	rs488952	G	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=352;SC=AAATCCATATGTTTATTAGCT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=8088977;WS=8088959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	8089027	rs658110	G	A	95.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=3;PP=69;SC=TTGATGTAAGGTGATCAAGTA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=8089035;WS=8089017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	8244282	.	CA	C	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.41;ReadPosRankSum=-1.871;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr18	8343333	rs2246146	G	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=6;PP=588;SC=CTGCATGTGGGTATTAATAGA;SOR=1.949;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=8343341;WS=8343323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	8379046	rs3826631	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=27.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr18	8379095	rs3819095	G	C	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.82;SOR=2.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr18	8387195	rs593978	G	A	2115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=35;PP=1011;SC=GGCAAGAGGAGTACAATGGCG;SOR=1.112;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=56;WE=8387203;WS=8387185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	8387219	rs593950	G	C	1362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=29;PP=665;SC=AAGGCCGCACGGTTGTGCACT;SOR=1.199;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=46;WE=8387227;WS=8387209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	8705583	.	A	ACGCCGCCGCCGC	562.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.58;ReadPosRankSum=1.654;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
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chr18	8705871	rs142882599	T	G	1729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=32;PP=900;SC=GAGCCCCGGCTCCCGCCGCCC;SOR=1.341;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=8705879;WS=8705861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	8706143	rs11661625	C	T	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=6;PP=1146;SC=GGCCGCAAAGCCAAGCGCGGC;SOR=2.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=44;TCR=6;TR=50;WE=8706151;WS=8706133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	8706186	rs11661629	C	T	5345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=42;PP=2677;SC=CCGTCGGCCCCCCGACCCCGG;SOR=1.399;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=135;TCF=90;TCR=45;TR=132;WE=8706194;WS=8706176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr18	8720368	rs73939505	C	T	5106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr18	8783835	rs35739383	T	C	4578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=43;PP=2067;ReadPosRankSum=-0.760;SC=ATGGAGGACATGCGGGGCCAG;SOR=0.380;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=69;TCR=43;TR=112;WE=8783843;WS=8783825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chr18	8784370	rs918272	A	G	5469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=63;PP=2965;SC=ACTCGGAGGAAATGTTTGAGA;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=141;TCF=78;TCR=63;TR=139;WE=8784378;WS=8784360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr18	8786117	rs10682130	C	CCA,CCCA	1301.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=5;NR=25;PP=457;SC=ATCCCCCCCCCCCGCCCTCCC;SOR=6.736;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=30;WE=8786125;WS=8786107;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.29,0.71:28
chr18	8793236	rs556991	T	C	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=47;PP=1194;SC=GCTAGACTCCTGGGCACGTAT;SOR=1.154;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=27;TCR=47;TR=74;WE=8793244;WS=8793226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr18	8826083	rs3744977	G	C	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=40;PP=1666;SC=CTGGCTACACGCTCACTGAGA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=80;WE=8826091;WS=8826073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr18	9221840	rs1443596	A	G	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr18	9512985	rs1813100	G	A	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=40;PP=1612;SC=TTCTCTTGGTGCAGGTGTAAT;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=50;TCR=40;TR=90;WE=9512993;WS=9512975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr18	9522606	rs329007	G	A	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=55;PP=1594;SC=TGAACTTGAGGAGATAGGTAA;SOR=1.315;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=75;WE=9522614;WS=9522596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr18	9522666	rs2241943	A	G	1246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=34;PP=968;SC=GGACAGTGTCAATGTATAAGA;SOR=4.073;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=36;WE=9522674;WS=9522656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	9553179	rs403093	A	G	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=132;SC=AGTAAGACACATATTACAGGA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=9553187;WS=9553169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	9562042	rs2306134	C	T	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=37;PP=1064;SC=GTCTGAATCGCTGTGAATATA;SOR=1.468;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=9562050;WS=9562032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	9577352	rs329000	C	T	246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=150;SC=TTAGCTAGGACTGAAAAATTC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=9577360;WS=9577342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	9775372	rs6506697	A	G	1453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=25;PP=733;SC=CCTGTATGTCATTCTCCTTCG;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=9775380;WS=9775362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	9775411	rs6506698	A	G	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=20;PP=590;SC=CATCAGAATGACCACTCTGTC;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=9775419;WS=9775401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	9887497	rs11081510	G	A	19727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.482;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.50;MQRankSum=-0.417;QD=25.20;ReadPosRankSum=-1.374;SOR=0.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,779:0.99:783
chr18	9887586	rs141824629	G	A	18087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.032;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-0.310;NF=225;NR=229;PP=2965;ReadPosRankSum=1.719;SC=TCCAGCCCAAGGAGGGTGACA;SOR=0.135;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=491;TCF=241;TCR=250;TR=454;WE=9887594;WS=9887576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,740:0.99:746
chr18	9887857	rs17732496	G	A	5176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=94;PP=2847;SC=GGACTTTGAGGCATCACTGAA;SOR=1.309;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=43;TCR=94;TR=137;WE=9887865;WS=9887847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr18	9954233	rs151289099	C	CT	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.87;ReadPosRankSum=-1.874;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,12:0.25:48
chr18	10454960	rs28769876	C	G	3162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=24;PP=1020;SC=GTGCGGGAGGCCCCAGAGCAG;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=55;WE=10454968;WS=10454950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr18	10485357	rs489837	T	C	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=48.84;SOR=1.926;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	10485363	rs91958	T	C	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.50;SOR=1.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	10485369	rs91959	G	A	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.40;SOR=1.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr18	10526263	rs12962879	C	G	173.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=5;NR=13;PP=365;SC=GGCTGAGGGGCCTCGGCGCGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=18;WE=10526271;WS=10526253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	10530664	.	CTTTT	C	201.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.21;ReadPosRankSum=-0.703;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr18	10530928	rs509370	T	C	153.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=128;SC=ATGCTTTCTATAAGGCTTTAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=10530936;WS=10530918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	10532897	rs652521	T	C	141.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=96;SC=TAAAATGTTTTTAAATTAGAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=10532905;WS=10532887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	10532939	rs641723	A	G	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=3;PP=49;SC=TTTTTAAACTATGAAGGAGCG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=10532947;WS=10532929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	10533302	rs483995	A	T	151.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=105;SC=ATTATTGCGTAATAGAAATAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=10533310;WS=10533299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	10539739	rs640832	A	G	2566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=20;PP=1223;SC=TGACCTGTCTACTGTATCCTT;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=10539747;WS=10539729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	10540432	rs510110	A	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=46;PP=1672;ReadPosRankSum=-0.759;SC=GTGTTTAACTATACTTTGAAT;SOR=0.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=77;WE=10540440;WS=10540422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr18	10680104	rs1944383	C	T	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=5;PP=398;SC=ATCTAAAGTTCCCATTCTTCC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=10680112;WS=10680101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	10680132	rs688237	C	T	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.60;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	10680142	rs688222	T	A	1012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.51;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	10680163	rs487037	G	A	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=10;PP=676;SC=ACTGGGGAAAGGGATAAATTA;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=10680171;WS=10680153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	10691192	rs3748423	T	G	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=10;PP=795;SC=TCTTCCCCCATAAGTGACTGT;SOR=1.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=37;WE=10691200;WS=10691182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	10691216	rs3748422	G	A	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=16;PP=867;SC=GTTGCAGAGCGTCCTACCCTT;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=10691224;WS=10691206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	10691357	rs3748421	G	A	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.298;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=45;PP=1501;ReadPosRankSum=-0.886;SC=ACCAAAGCTGGGCAACCAGGT;SOR=0.454;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=35;TCR=46;TR=79;WE=10691365;WS=10691347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr18	10696043	rs11661737	T	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=16;PP=888;SC=TGGAGGCAGGTTGGTGCCTCT;SOR=1.092;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=10696051;WS=10696033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	10696227	rs2277860	C	T	2823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=41;PP=1351;SC=TCACCAAAAACGGCCCCGGGA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=77;WE=10696235;WS=10696217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	10696333	rs868525	C	G	4471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	10696337	rs868526	A	G	4390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.35;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr18	10698010	rs6146217	C	CGGATGCATTTGTGAACAATTACTGA	680.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=2155;SC=TGAGTATGCACGGCCTTGGGA;SOR=5.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=10698018;WS=10698000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	10741011	rs5024299	G	A	4197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr18	10743986	rs7233917	C	T	532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=4;PP=318;SC=GCATGAGCAACTGCCCCCGCA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=10743994;WS=10743976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	10744108	rs8093389	G	A	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=26;PP=1058;SC=ATCAGAAGACGGAAGGAGGAT;SOR=0.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=60;WE=10744116;WS=10744098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	10748603	rs8096037	A	T	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=36;PP=1080;SC=CCCCACTGGGAAGTGTACAGG;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=10748611;WS=10748593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	10752666	rs7234309	C	T	4585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=55;PP=1915;SC=ATCACAAAAACGTTGTATGCG;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=105;WE=10752674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr18	10758023	rs7407105	G	A	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=31;PP=1372;SC=CCGCATCAAGGTTCATGCAGA;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=10758031;WS=10758013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	10759935	rs2865119	A	G	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	10759961	rs2865118	G	A	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	10762418	rs8095476	G	A	2482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.957;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=22;PP=1139;ReadPosRankSum=-0.840;SC=CAAATGTGATGTTAAGCGTCT;SOR=0.932;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=65;WE=10762426;WS=10762408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,96:0.99:97
chr18	10762962	rs7241380	G	A	3304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=38;PP=1645;SC=TAATGGTTTGGAGCTGGTACA;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=92;WE=10762970;WS=10762952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr18	10763007	rs7227167	T	C	3987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=52;PP=1877;ReadPosRankSum=0.000;SC=ACGTCCAGACTGTGCAGACAC;SOR=0.299;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=117;WE=10763015;WS=10762997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr18	10763218	rs2865131	T	C	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=444;SC=ATTCCTAGCATGCGCAAGGAA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=10763226;WS=10763208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	10784733	rs3830641	GA	G	443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=370;SC=TAGGGTTGAAGAGCTGCCTTC;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=10784741;WS=10784723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	10785070	rs12604151	A	C	180.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=145;SC=TCGTTTATTGAATCCCTCTCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=10785078;WS=10785060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	10787047	rs6505592	G	A	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=21;PP=801;SC=TCTTTTTTCAGTCCAGTCATA;SOR=0.728;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=22;TCR=21;TR=43;WE=10787055;WS=10787037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	10787199	rs11468237	GAA	G	618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=218;SC=ATCAGACATTGAAAAAAAAAA;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=10787209;WS=10787189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr18	10789014	rs2870106	G	A	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=12;PP=1029;SC=AATCTCTGCAGAGGTAGCTCA;SOR=1.685;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=46;WE=10789022;WS=10789004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	10795041	rs6505594	A	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=28;PP=878;SC=TGGTCAATACAATGCTCAGTC;SOR=1.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=10795049;WS=10795031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	10797303	rs35610200	G	A	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.32;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	10797308	rs36081769	G	A	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.64;QD=37.18;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	10797338	rs145681764	T	TATC	2032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=8;PP=1015;SC=ATATTATACATATCATATTAT;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=21;WE=10797346;WS=10797328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	10797567	rs56112279	A	G	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=54;PP=1515;SC=AACATGTGACATTTGTATAAA;SOR=1.462;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=27;TCR=55;TR=81;WE=10797575;WS=10797557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	10911051	.	C	T	65	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=26;MQ=44.8;NF=6;NR=0;PP=65;QD=16.6285354245;SC=GGCAAAATGACGACTTGATCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=21;TCR=1;TR=6;WE=10911059;WS=10911050;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr18	11066010	rs7236754	T	C	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=133;SC=CCATGCCATATTAGCCCTGCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=11066018;WS=11066009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	11609811	rs8087666	G	C	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.28;QD=31.46;SOR=2.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	11609903	rs8087561	CA	GG	13264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=102;NR=73;PP=2947;SC=TCCGAGGCCGCACCTGCTTCT;SOR=0.899;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=186;TCF=104;TCR=82;TR=175;WE=11609912;WS=11609893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr18	11609978	rs79858187	C	T	12195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.22;QD=44.03;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr18	11609981	rs76641843	T	C	12053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.13;QD=44.64;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr18	11609994	rs75154847	C	T	10398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.24;QD=42.79;SOR=0.939;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr18	11610001	rs79348909	A	G	9954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.66;QD=44.84;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr18	11610024	rs80224205	A	G	3797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=97;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=77;PP=2213;SC=CTGCTCCGCCATCCTCACCCT;SOR=1.414;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=111;WE=11610032;WS=11610014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr18	11610042	rs76699910	G	A	2970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=101;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=69;PP=1994;SC=CCTCTGCCTTGAGAGCCAGGT;SOR=1.677;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=24;TCR=69;TR=93;WE=11610050;WS=11610032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	11610121	rs73943948	G	A	883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=85;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=19;PP=502;SC=GTGGGACCTGGACTCTGGACA;SOR=2.165;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=11610129;WS=11610111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	11610149	rs74706935	G	A	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=228;SC=AGGGGACCACGGGTGTCTACA;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=11610157;WS=11610139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	11619799	rs112261054	ATGT	A	6037.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=54;PP=2749;SC=CAGTTATAGAATGTTGTTGAG;SOR=1.129;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=65;TCF=6;TCR=59;TR=59;WE=11619809;WS=11619789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr18	11824829	rs1647555	A	G	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=0;PP=879;SC=CTTGCAAAAAACAGTTTTTGC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=33;TCR=1;TR=33;WE=11824837;WS=11824820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	11824880	rs1647556	T	A	6857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr18	11824886	rs1647557	T	G	7033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=4.269;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.15;ReadPosRankSum=1.800;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr18	11852182	rs1786581	C	T	865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=1.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	11864707	rs4315401	A	G	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=395;SC=TGTGCATGGCAGCCCTTTCAG;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=11864715;WS=11864697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	12012457	rs635370	A	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=329;SC=CCTCGTGTCAACCGTGGTCTA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=12012465;WS=12012447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	12014411	rs643107	T	G	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=25;PP=762;SC=ACTTCTGAAATAAAAGTGTGA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=40;WE=12014419;WS=12014401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	12057195	rs9959517	A	G	2633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=25;PP=1339;SC=GTCCTCCTCTATGAGCCGCGA;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=64;WE=12057203;WS=12057185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	12057389	rs9959781	C	G	14979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=87;PP=2965;SC=GGTCCTGCAGCGCCTGCAGCT;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=90;TCR=87;TR=177;WE=12057411;WS=12057379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr18	12057403	rs9959774	A	G	15165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=95;PP=2965;SC=TGCAGCTCCCAGTCCTTGCTG;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=85;TCR=96;TR=180;WE=12057411;WS=12057379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr18	12057809	rs9960429	G	C	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=388;SC=TGCAAGGGGCGCTGCGCTTAC;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=12057817;WS=12057799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	12067762	rs7506731	C	T	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=42;PP=1642;SC=TGCCCCTGGGCTCGTGGGGAG;SOR=0.778;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=38;TCR=42;TR=80;WE=12067770;WS=12067752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr18	12067777	rs6505712	T	C	2717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=38;PP=1853;SC=GGGGAGGGCTTCATGGCGCCA;SOR=0.758;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=78;WE=12067785;WS=12067767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	12067919	rs12966234	G	A	3917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.04;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr18	12076504	rs12966109	A	C	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=10;PP=291;SC=CCCCTCGGGGACGCCCATCGT;SOR=1.101;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=12076512;WS=12076494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	12094006	rs9964971	C	T	349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=3;PP=179;SC=GAGAAGATCTCTGGCTTCAGG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=12094014;WS=12093996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	12096249	rs1986751	G	T	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	12097547	rs4796945	A	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=1;PP=806;SC=TTCTACATGGACAGGCATATT;SOR=5.486;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=29;TCR=1;TR=29;WE=12097555;WS=12097541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	12099654	rs6505715	T	C	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=14;PP=572;SC=AAACAAGAGATGTAAAAGTCT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=12099662;WS=12099644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	12115002	rs9959641	A	G	238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	12115310	rs8091585	C	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=13;PP=519;SC=TGTAAAAAGACGGATAATTCC;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=26;WE=12115318;WS=12115300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	12115339	rs8091463	A	G	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=384;SC=TATATTTAGTATATGCTATAA;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=12115347;WS=12115329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	12115509	rs4519391	G	A	184.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=4;PP=79;SC=GTTACTCATTGAACAAAGTGG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=12115517;WS=12115499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	12125657	rs7243248	G	A	3627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=33;PP=1865;SC=GAATGAGGAAGCATTAACAAA;SOR=1.170;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=92;WE=12125665;WS=12125647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr18	12126407	rs9303759	T	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=338;SC=AGATAAGTATTTTTCAAACTT;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=12126415;WS=12126397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	12254562	rs71369912	C	CCCGCGCACACACCCAT	26083.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=879;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=45.52;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,573:1.00:573
chr18	12308243	rs8087840	T	A	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	12308245	rs8086821	C	T	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	12308377	rs8086993	C	A	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=3;PP=55;SC=AGGGCCTCTCCGCGGGTCGGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=12308385;WS=12308367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	12348285	rs11553521	T	C	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=30;PP=2259;SC=CAATCACTCGTTCAATTGCCT;SOR=1.402;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=67;TCR=30;TR=96;WE=12348293;WS=12348275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr18	12351342	rs11080572	C	T	1517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=22;PP=776;SC=CCGGCCTAAGCAGCGCGGGGT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=12351350;WS=12351332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	12358997	rs7407640	A	G	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=58;PP=1684;SC=TCCAGCTTTCACATGTGGTGC;SOR=1.705;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=81;WE=12359005;WS=12358987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	12359920	rs8097342	G	A	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=168;SC=TTATATTTGAGATTACCCATC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=12359928;WS=12359912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	12363950	rs2298542	C	T	177.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=98;SC=GTTTCAGCCACACAAGGAAAG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=12363958;WS=12363940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	12512385	rs5823223	CA	C	1085.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=2.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=0.606;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.317;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,84:0.76:111
chr18	12512559	rs550613	C	A	3520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=67;PP=1987;SC=CAGGCATAAACATTTCATTAA;SOR=1.371;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=36;TCR=67;TR=103;WE=12512567;WS=12512549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr18	12512574	rs567709	T	C	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=57;PP=1643;SC=CATTAAGTTATCTTCTCAAAT;SOR=1.847;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=22;TCR=57;TR=78;WE=12512582;WS=12512564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	12658123	.	C	CCGCCCCGCCT	578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.75;QD=44.52;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	12680595	rs34861312	CAA	C	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=3.769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-0.851;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.137;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr18	12700092	rs2542173	A	G	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=4;PP=74;SC=ATGTAAACTGATCACTCCTAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=12700100;WS=12700082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	12712897	rs45492392	T	TA	37.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=2;PP=124;SC=GAAATAATCTTACAATATTTC;SOR=0.693;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=12712905;WS=12712887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr18	12986802	rs113784266	G	GT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.11;ReadPosRankSum=0.675;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
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chr18	13731407	rs61281036	C	CA	161.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=148;SC=AACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=13731415;WS=13731397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr18	13762011	rs4461147	C	A	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=14;PP=821;SC=CACACCTTGTCGTCTAAATGT;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=29;TCR=14;TR=43;WE=13762019;WS=13762001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	14105923	rs2159940	T	C	1754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=28;PP=941;SC=TAAGGCTTTTTTTGAATATGG;SOR=1.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=14105931;WS=14105913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	14106039	rs62086326	T	C	835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=461;SC=TTTACTAATATTTGAGTCATG;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=14106047;WS=14106029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	14124330	.	G	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;ClippingRankSum=0.000;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=8.591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-9.037;QD=4.31;ReadPosRankSum=1.490;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:226,45:0.17:271
chr18	14124335	.	G	A	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;ClippingRankSum=0.000;DP=284;ExcessHet=3.0103;FS=10.214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-9.164;QD=3.93;ReadPosRankSum=2.162;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,43:0.15:282
chr18	14124343	.	T	C	868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.557;ClippingRankSum=0.000;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=13.797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-10.089;QD=2.79;ReadPosRankSum=3.087;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,40:0.13:311
chr18	14124346	.	C	T	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DP=322;ExcessHet=3.0103;FS=14.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-10.396;QD=2.51;ReadPosRankSum=2.800;SOR=1.109;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:281,39:0.12:320
chr18	14156143	rs149108958	A	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.52;QD=25.73;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	14156241	rs115684852	A	T	2368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.50;MQRankSum=-1.371;QD=23.69;ReadPosRankSum=1.959;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,99:0.99:100
chr18	14157291	rs9959262	A	T	6470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=66;NR=95;PP=2709;SC=TCAGCTGCCTACTTCCTCCGT;SOR=0.969;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=66;TCR=95;TR=161;WE=14157299;WS=14157281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr18	14157373	rs7505684	T	A	1699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=45;PP=1197;SC=ATAAGATAATTTATGAAGTTT;SOR=2.683;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=51;WE=14157381;WS=14157363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	14179603	rs4797872	A	G	104.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=52;SC=ACAGGTAGCGAGGGCTCAGCC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=14179611;WS=14179593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	14378533	rs2137484	G	C	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=15;PP=410;SC=GCGGCCGTCGGGGAAAGCTCG;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=14378541;WS=14378523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	14378621	rs55811695	C	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=261;SC=ACCAGGCCCGCGTCCTCCTCC;SOR=4.892;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=12;WE=14378629;WS=14378611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	14542979	rs200806970	A	G	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=11.925;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQRankSum=-7.524;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.640;SOR=1.144;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,69:0.28:244
chr18	14543139	rs28535987	T	C	4107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=67;PP=2090;SC=CAAACCTCAGTCACCATCTGC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=41;TCR=67;TR=107;WE=14543147;WS=14543129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr18	14779955	.	T	TA	434	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=26;MQ=57.96;NF=1;NR=3;PP=434;QD=116.25;SC=ATTAACATTTTTAGATCAGAT;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=4;WE=14779977;WS=14779930;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr18	14779969	rs9675365	C	G	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=8;PP=1009;ReadPosRankSum=2.397;SC=ATCAGATGTTCCCATCAGAAT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=17;WE=14779977;WS=14779930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,42:0.95:44
chr18	14779986	.	G	A	34	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=61;MMLQ=25;MQ=58.41;NF=3;NR=3;PP=34;QD=11.4618687579;SC=GAATCCAAACGAGAGGAAGAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=6;WE=14779994;WS=14779976;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:18,6:0.25:24
chr18	14780037	.	C	A	283	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=61;MMLQ=24;MQ=56.3;NF=3;NR=5;PP=283;QD=39.7214015684;SC=TGTATTATTGCTGTTATTATT;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=8;WE=14780045;WS=14780009;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,8:0.38:21
chr18	14780064	.	A	G	37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5000;HP=3;HapScore=2;MGOF=86;MMLQ=26;MQ=54.84;NF=2;NR=4;PP=37;QD=11.9618687579;SC=AAATATTAATATTGAGTGATG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=6;WE=14780072;WS=14780054;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr18	14780082	.	GC	AT	81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=60;MMLQ=25;MQ=51.29;NF=2;NR=3;PP=81;QD=26.8935749724;SC=ATGTGAAAATGCAAAATCAGA;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=5;WE=14780091;WS=14780072;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,5:0.45:11
chr18	14780130	.	G	C	122	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=42;MMLQ=27;MQ=44.98;NF=0;NR=2;PP=122;QD=78.3856062736;SC=CATATGCTCAGAAGAAATTCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=2;WE=14780138;WS=14780098;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,2:0.50:4
chr18	14796214	rs9303863	G	T	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=16;PP=592;SC=GTCCCTTTACGTTTAGAGTCT;SOR=0.841;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=14796222;WS=14796204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	14814511	rs201268819	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.34;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	14830262	.	C	T	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.161;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQRankSum=-4.745;QD=1.37;ReadPosRankSum=-2.327;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr18	14837168	rs56391489	GT	G	1465.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.653;HP=10;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=590;ReadPosRankSum=1.750;SC=TTTTTCTGAAGTTTTTTTTTT;SOR=1.164;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=34;WE=14837186;WS=14837158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,77:0.93:83
chr18	14848821	rs28555630	G	A	1613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.33;QD=26.03;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	14848935	rs3878726	C	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=23;PP=547;SC=TGAGGTATGACATCCTAGTTT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=14848943;WS=14848925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	14850375	rs3126404	G	A	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.21;QD=24.78;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	14851756	rs148887033	G	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.28;QD=32.28;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	14852335	rs12386087	C	A	2989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=53;PP=1855;SC=GTCATCTAAACGAGAAAAATG;SOR=1.077;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=88;WE=14852343;WS=14852325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	14852496	.	A	AAT	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=45;QD=11.0;SC=AATCTAGTTGAATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=5;WE=14852505;WS=14852486;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr18	14866355	rs1770756	T	C	6677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=45;PP=1715;SC=GGTAGGAGGGTGGCCTGAGTG;SOR=0.821;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=57;TCR=45;TR=102;WE=14866363;WS=14866345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr18	14866373	rs1713892	G	C	7111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=52;PP=1878;SC=GTGGTAGGAGGGGGGCTGGAG;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=63;TCR=52;TR=115;WE=14866381;WS=14866363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr18	15004661	rs11665121	C	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=56.72;NF=2;NR=7;PP=156;SC=TAGGGATGACCGGCCGGGCTC;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=15004669;WS=15004651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	15004728	rs11080802	A	C	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.41;QD=21.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	15005736	rs4890719	G	A	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=8;PP=333;SC=ACCCCAAGCCGGGCCCACCCG;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=15005744;WS=15005726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	15005785	rs4890720	C	T	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=6;PP=391;SC=GGAAGAAGCGCGGAGCGCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=15005793;WS=15005775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	18564483	rs45562542	G	C	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=12;PP=348;SC=CAGTTGCAGGGTTAGATTCTT;SOR=1.382;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=17;WE=18564491;WS=18564473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	18983766	rs2117317	C	T	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=20;PP=1380;SC=TTATGGATTGCGTCCCCATCA;SOR=1.688;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=73;TCF=53;TCR=20;TR=72;WE=18983774;WS=18983756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr18	19020160	rs9948725	G	A	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=43;NR=17;PP=1248;SC=TTACTCTGGCGTTCTTTCCTT;SOR=1.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=60;WE=19020168;WS=19020150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr18	19024150	rs4368249	T	G	3021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=38;PP=1656;ReadPosRankSum=-1.005;SC=TAAAAAGAAATGTTGAACTGT;SOR=0.319;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=50;TCR=38;TR=87;WE=19024158;WS=19024140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr18	19034556	rs3794938	T	C	4552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=52;PP=1951;SC=GGAGCCCACCTAGATCCAGCT;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=103;WE=19034564;WS=19034546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr18	19048666	rs8083036	A	G	6091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=64;PP=2754;SC=CTTTCTCTTCATGTCGTTTTT;SOR=0.961;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=163;TCF=99;TCR=64;TR=162;WE=19048674;WS=19048656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr18	19065494	rs7234335	C	G	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=8;PP=567;SC=CCTCTTACAGCGGTCATTTCT;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=19065502;WS=19065484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	19075808	rs3764502	C	T	2961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=46;PP=1393;SC=ATGATTAAAACTTGGCTGATG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=32;TCR=46;TR=78;WE=19075816;WS=19075798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr18	19079537	rs8087553	A	G	370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=2;PP=289;SC=ACACGGAGCAATGTGGAGAGC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=19079545;WS=19079527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	19079853	rs4800747	A	G	6871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=1.038;SC=TGAAGCAGGAATGTGACTCCC;SOR=0.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=88;TCR=74;TR=160;WE=19079861;WS=19079843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,256:1.00:257
chr18	19100517	rs1395251	T	C	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=14;PP=1103;SC=TTTAAGTTAATATTGGAAAAA;SOR=2.024;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=53;WE=19100525;WS=19100507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	19100758	rs34960489	A	ATCT	4107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=48;PP=2648;SC=GTAGGTGCTGATCTTAAGAAA;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=3;TCR=50;TR=51;WE=19100766;WS=19100748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	19110620	rs45525934	T	C	90.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=1;NR=3;PP=54;SC=TCATCTATAATATCAATAACC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=19110628;WS=19110610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	19115896	rs4800780	A	T	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=3;PP=182;SC=ATTAAAACTGATCTTTACATG;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=19115904;WS=19115891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	19119801	rs1818274	C	T	1439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.69;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	19119813	.	TA	T	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.05;ReadPosRankSum=0.304;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr18	19119974	rs35031202	GAT	G	1962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.71;MQRankSum=0.775;QD=28.04;ReadPosRankSum=-1.845;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,65:0.93:70
chr18	19153494	rs973730	C	T	4793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=44;PP=1931;SC=TCCCTAAAAACGTACTTTGAG;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=62;TCR=44;TR=105;WE=19153502;WS=19153484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr18	19154143	rs13381941	G	A	7188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=104;PP=2965;SC=AGATCCTTGCGTGCATTGAGA;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=179;TCF=74;TCR=105;TR=178;WE=19154151;WS=19154133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr18	19192255	rs2850556	C	T	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=52;PP=2079;SC=CCGCCATGCGCCTGCAGTGCT;SOR=0.927;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=72;TCR=52;TR=123;WE=19192263;WS=19192245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr18	19202890	.	AT	A	22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9999;HP=18;HapScore=2;MGOF=27;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=22;QD=12.5;SC=GAATTATGTAATTTTTTTTTT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=2;WE=19202898;WS=19202880;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,2:0.33:6
chr18	19208851	rs2847117	A	G	256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.34;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	19282515	rs148633631	A	ATTTTG	907.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=15;PP=948;SC=TCATGTCTTAATTTTAATTCT;SOR=2.636;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=15;WE=19282523;WS=19282505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	19284677	rs150746310	C	CGAGCGGGCGA	1444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=22;PP=2986;SC=AGCCGGCTGGCGAGCGGGCGA;SOR=3.675;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=22;WE=19284685;WS=19284667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	19408950	rs9989532	C	T	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	19423963	rs3216119	GT	G	867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=4;PP=860;SC=TCTTCAGTAGGTCCAGGGTGT;SOR=3.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=19423971;WS=19423953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	19752072	.	TACC	T	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.303;ClippingRankSum=0.000;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=11.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-2.403;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.616;SOR=0.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,22:0.15:151
chr18	19780527	rs11352746	AC	A	4512.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.08;NF=28;NR=34;PP=2408;SC=GGCTGCACAGACCCCGTTCAT;SOR=1.179;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=62;WE=19780535;WS=19780517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr18	19996011	rs7227477	G	A	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=28;PP=1103;SC=TTTGTGGAGGGAGAGCTGAAT;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=19996019;WS=19996001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr18	20555219	rs2336916	T	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.70;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	20564800	rs3052770	TTCA	T	765.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=2;PP=382;SC=GATAATGCTTTTCATCATCAT;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=8;WE=20564810;WS=20564790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	20715656	rs113232639	G	A	177.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	20964769	rs8094375	A	G	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=412;SC=ATATTCCCACATATGTCTGGT;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=20964777;WS=20964759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	21017836	rs7226498	T	C	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=45;PP=1506;SC=CGTCCCCTTCTCGGGGATCCA;SOR=1.061;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=21017844;WS=21017826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr18	21033582	rs8086258	G	C	2354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=44;PP=1204;SC=GGGACCCCGCGGACCTCGGCA;SOR=1.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=21033590;WS=21033572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr18	21046250	rs4800486	T	C	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;QD=39.54;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr18	21046255	rs34308695	AT	A	2550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=22;PP=418;SC=GGATTTATAGATTTTTTTTTT;SOR=1.010;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=25;WE=21046263;WS=21046240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	21055092	rs7235571	A	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=184;SC=CTTTTAAAAGAATTCACACAC;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=21055100;WS=21055082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	21059547	rs200137533	C	CT,CTT	743.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.458;QD=16.53;ReadPosRankSum=0.903;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:6,27,12:0.60,0.27:45
chr18	21088081	rs1652381	T	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=394;SC=AGCGGGGCATTGGGGTCGCAG;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=21088089;WS=21088071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	21089320	rs375025352	AAT	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=103;ReadPosRankSum=0.236;SC=TTCAGTACTGAATATATATAT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=21089329;WS=21089310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
chr18	21100240	rs1367083	C	T	4827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=83;PP=2438;SC=CCGTGCTTCCCGCTCGATCGA;SOR=1.117;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=55;TCR=84;TR=138;WE=21100248;WS=21100230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr18	21103909	rs891387	T	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=468;SC=CCTGGATTGTTAGCTCCTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=21103917;WS=21103899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	21107628	rs111369676	G	GTATTGTATTTCT	1624.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=13;NR=5;PP=2957;SC=GGTCTTTAAAGTAGAGTGTCC;SOR=2.019;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=18;WE=21107636;WS=21107618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	21109250	rs1788825	T	C	2131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=34;PP=930;SC=TGTCAGCCTTTGTGGAAAAGA;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=23;TCR=34;TR=57;WE=21109258;WS=21109240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	21109269	rs1652375	T	C	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=29;PP=790;SC=GAAGGTGGGCTGCAGCTTTCC;SOR=0.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=21109277;WS=21109259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	21109466	rs1652376	G	T	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=7;PP=950;SC=CTGGAGCGATGTGTGCAAAAC;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=34;TCR=7;TR=41;WE=21109474;WS=21109456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	21112206	rs1805084	C	T	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=65;NR=49;PP=2157;SC=TCCTTTGTATCGCTCTTCAGT;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=114;WE=21112214;WS=21112196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr18	21113285	rs2510344	T	C	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=36;PP=1826;SC=AATGTCCTTCTATTGTGCCAC;SOR=1.098;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=95;TCF=58;TCR=37;TR=94;WE=21113293;WS=21113275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr18	21119291	rs6507720	A	G	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	21119777	rs1140458	G	A	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=13;PP=659;SC=GTACTGACTAGTTGTCCAGCT;SOR=1.118;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=21119785;WS=21119767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	21120035	rs7239575	T	C	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=11;PP=220;SC=GCGAGGATCATGGAGAATAAG;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=21120043;WS=21120025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	21120381	.	TA	T	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.504;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr18	21120444	rs1805082	T	C	6618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr18	21123296	rs34563465	G	GA	35.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=1.981;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr18	21123536	rs11299077	TA	T	107.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.256;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr18	21124907	rs3837910	A	ACC	433.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.304;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.51;ReadPosRankSum=0.099;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr18	21124945	.	C	G	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=35;PP=1359;SC=GACAGCTTTTCATGTGCCCCA;SOR=1.487;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=55;WE=21124953;WS=21124935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	21127910	rs2435307	C	T	3512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=30;PP=1334;SC=AAGTGCTTGCCGCAAGTGTCT;SOR=0.771;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=36;TCR=31;TR=66;WE=21127918;WS=21127900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr18	21141152	rs188656250	C	A	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=407;SC=ATGTTTAATTCTTTCATAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=21141160;WS=21141145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	21192261	rs1652366	G	T	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	21209988	rs11660305	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=13;PP=333;SC=TAGGGCGGGTGCAGTGGCTCA;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=21209996;WS=21209978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	21293869	.	C	CT	180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.189;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.253;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
chr18	21294117	rs34200895	TA	T	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.97;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	21338276	rs6507894	C	T	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=14;PP=879;SC=CGTGATGACTCGTGTGTCAGG;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=31;TCR=14;TR=45;WE=21338284;WS=21338266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	21338515	rs11308832	TC	T	1262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQ=60.24;NF=1;NR=25;PP=833;SC=CGTGGCCTTCTCCCCCCTCTC;SOR=1.845;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=26;WE=21338523;WS=21338505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	21393229	rs11420756	A	AT	55	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=93;SC=TGATTTTGTGATTTTTTTTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=21393237;WS=21393219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	21395358	rs2155841	G	C	1165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=21;PP=760;SC=ATACAGTGAGGCAGTTTTCAA;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=21395366;WS=21395348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	21400005	rs7244406	A	C	860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=23;PP=651;SC=AGTAGCTCAGATACTTCCCCA;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=21400013;WS=21399995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	21400028	rs6507956	G	T	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=12;PP=292;SC=CCAGTCTCAGGGAGCCCCCTG;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=21400036;WS=21400018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	21404334	rs1941521	A	G	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=15;PP=964;SC=ATCTAAAATCATAACACTGAC;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=21404342;WS=21404324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	21413869	rs9962023	T	C	1884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=18;PP=725;SC=CGGAGGCAGCTCAGCTGTTTG;SOR=0.898;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=22;TCR=19;TR=40;WE=21413877;WS=21413859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr18	21414100	rs1109949	G	A	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.17;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	21414110	rs1109950	G	A	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.40;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	21437721	rs867448	A	G	2734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=26;PP=1413;ReadPosRankSum=-1.341;SC=GGCTTTGCACACCAATTAGTC;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=59;TCR=27;TR=84;WE=21437729;WS=21437711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,114:0.97:117
chr18	21437931	rs867449	G	C	4776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=71;PP=2220;SC=GTGACCCAGGGACCGGGGCTT;SOR=1.002;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=121;WE=21437939;WS=21437921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr18	21441717	rs12965685	C	T	2959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=41;PP=1283;SC=AGGAGCTGCCCGCAACCATCC;SOR=0.946;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=69;WE=21441725;WS=21441707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr18	21479181	rs34000707	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr18	21495483	rs1541836	T	C	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=8;PP=176;SC=GAGATGCTATTGATGTTGCTA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=21495491;WS=21495473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	21501329	rs45619834	T	C	184.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=135;SC=TGGGGGAAGATAAATAAAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=21501337;WS=21501319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	21511089	rs1154233	A	G	4587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=52;PP=1581;ReadPosRankSum=0.019;SC=CGATAGCGGCAGCCCAATTTT;SOR=0.281;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=38;TCR=53;TR=90;WE=21511097;WS=21511079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,182:0.99:183
chr18	21511172	rs1258107	G	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=33;PP=741;SC=CTGGGTGAGTGGAATAATACT;SOR=1.478;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=21511180;WS=21511162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	21526087	rs2288592	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=1.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	21529722	rs2241643	G	A	963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=6;PP=638;SC=TTTCTGCTTGGTTGCAGAGCC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=24;TCR=6;TR=30;WE=21529730;WS=21529712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	21531906	rs11873358	C	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=17;PP=470;SC=GCTTCCGTCACTCATGGTTGC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=21531914;WS=21531896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	21534701	rs1051149	C	A	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	21534701	.	CTC	ATT	355	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=3;NR=16;PP=355;QD=21.4983092033;SC=TCATTCTTCACTCAGGACACA;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=19;WE=21534711;WS=21534691;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr18	21534703	rs1051150	C	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	21662816	rs2305024	A	C	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=16;PP=795;SC=TGGAGTTTTGAAAAATGGAAA;SOR=1.057;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=42;WE=21662824;WS=21662806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	21693671	rs894931	G	A	4268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=48;PP=1712;SC=AGATTAAACTGATGCTTTGAA;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=91;WE=21693679;WS=21693661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr18	21694618	rs4800176	G	A	3752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=58;PP=1798;SC=ATTGGTAAATGTGAAATGTCT;SOR=0.937;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=21694626;WS=21694608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr18	21703649	rs9956079	A	G	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.07;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	21705624	rs2306811	G	A	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=6;PP=145;SC=ATCGGAGTCAGGGAGAGTACA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=21705632;WS=21705614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	21710321	rs12970083	C	T	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=42;PP=1332;SC=GTCAGAATAACTTATATGTTC;SOR=1.052;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=67;WE=21710329;WS=21710311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr18	21714228	rs4800548	G	T	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.97;QD=25.20;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	21736933	rs1049683	T	G	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=436;SC=AGAAGGGGAATCAACAGCTGA;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=23;WE=21736941;WS=21736923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	21759593	rs12604451	T	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=9;PP=571;SC=ACATCAAAATTGTTAACTTGC;SOR=1.259;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=29;WE=21759601;WS=21759583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr18	22008913	rs582358	C	T	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=30;PP=908;SC=GTTTATATTGCTATAAAAAGA;SOR=1.080;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=22008921;WS=22008903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	22010421	rs9783924	C	T	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=14;PP=365;SC=ACCTGTGAACCCTTTGTTAGA;SOR=1.308;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=22010429;WS=22010411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	22017736	rs45492905	C	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	22017752	rs1941814	C	A	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=3;NR=5;PP=105;SC=CCTGTATTAACTACTCAGACA;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=22017760;WS=22017742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	22020543	rs677688	C	G	1815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=16;PP=574;SC=GGAAAGTTCGCTTAAAGCATT;SOR=0.749;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=35;WE=22020551;WS=22020533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	22056766	rs11665084	C	T	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=24;PP=952;SC=CTGATGGTGGCCGTTTGGGTG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=50;WE=22056774;WS=22056756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	22056970	rs11662595	A	G	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=38;PP=1590;SC=AAGCGTGATCATCTCAGTAGG;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=86;WE=22056978;WS=22056960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr18	23854692	rs17224558	C	T	7167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=88;PP=2965;SC=CTGTAACTACCCTGAAGCCTT;SOR=0.745;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=178;TCF=88;TCR=90;TR=176;WE=23854700;WS=23854682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr18	23866349	rs3744961	G	A	3768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=56;PP=1814;SC=CTTCTGCTGGGACCACATCTG;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=90;WE=23866357;WS=23866339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr18	23866482	rs8089000	C	T	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=449;SC=CATTTTGTTTCTTCCCCAGTT;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=23866490;WS=23866472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	23875336	rs1382260	T	A	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=8;PP=218;SC=GACTGATTTCTTGGAAGGCAA;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=23875344;WS=23875326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	23895429	rs8084520	A	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=13;PP=424;SC=TTATCAAAAGAGACAACCTGG;SOR=1.101;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=23895437;WS=23895419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	23970146	rs3216114	TACAG	T	1112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=20;PP=1054;SC=ATGGGACTCTTACAGACTCAG;SOR=4.255;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=20;WE=23970157;WS=23970136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	24035675	rs3753	T	C	1992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=14;PP=865;SC=TGGTTGTGTGTGTTTTCCTTT;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=46;WE=24035683;WS=24035665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	25543387	rs1041985	G	A	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=17;PP=625;SC=ACTGGGGCTCGGCGTGGATGG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=37;WE=25543395;WS=25543377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	25562831	rs8092870	C	T	496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=303;SC=CATTTTCTTACTGATGTATTA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=25562839;WS=25562821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	25565082	rs1220144	A	G	6715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=61;NR=75;PP=2484;SC=AAACCTTCACACGCAGGATGG;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=136;WE=25565090;WS=25565072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr18	25568716	rs80084416	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=99;SC=TGCAACTGGCTCATTAACTTG;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=25568724;WS=25568706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	25570228	rs1628684	G	C	4899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=66;PP=1960;SC=TTGACTGAGGGGGGTGCTGAA;SOR=0.823;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=125;WE=25570236;WS=25570218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr18	25572837	rs1662733	G	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=42;PP=1303;SC=TCAGAGGAGGGGCATGGACCA;SOR=1.143;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=67;WE=25572845;WS=25572827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	25573308	rs1662734	C	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=4;PP=624;SC=GGATGCCTCACGTAAGGCCCT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=25;TCR=4;TR=29;WE=25573316;WS=25573298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	25573622	rs2957286	G	C	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=32;PP=946;SC=ATAAAGATAAGAACTTAAATG;SOR=1.308;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=48;WE=25573630;WS=25573612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	25727760	.	GA	G	305.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=0.000;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=3.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.681;QD=1.58;ReadPosRankSum=0.171;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,52:0.27:193
chr18	28611139	rs276936	A	C	2984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr18	28622524	rs276924	C	T	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=39;PP=1394;SC=ACCCCCGTCCCCACCCCAGCC;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=34;TCR=40;TR=73;WE=28622532;WS=28622514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr18	28659724	rs1658128	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=1;PP=415;SC=AGTGCATGTATCCAGCTTTAA;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=18;TCR=1;TR=19;WE=28659732;WS=28659714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	28666526	rs35717505	T	TTAA	2296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=9;PP=1103;SC=TCAGGTTTTATTGTTTATGTT;SOR=1.314;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=28666534;WS=28666516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	28666826	rs17799745	T	C	172.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=115;SC=GGCAAAGTCATGGCTTTTATA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=28666834;WS=28666816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	28673565	rs12954874	T	C	3957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr18	28711519	rs1789072	C	T	2277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr18	28712737	rs36112658	CA	C	39.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=4;PP=103;SC=GCATATGTCTCAAAAAATTCA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=28712745;WS=28712727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	28719674	rs1789043	A	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.69;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	28898201	rs1834582	A	G	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=20;PP=1336;SC=TGGGAGAAAGAAAAAGAACAG;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=67;WE=28898209;WS=28898191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr18	28898294	rs1426310	A	G	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=54;PP=1759;SC=AGTAGTTGCAATGCTGTTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=107;WE=28898302;WS=28898284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr18	28906460	rs57200666	TG	CA	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.18;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	28907096	rs765054	C	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=20;PP=510;SC=ACTATAGTCACCTAGATGATG;SOR=4.003;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=21;WE=28907104;WS=28907086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	28908090	rs2303465	G	A	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=13;PP=988;SC=GAAAGCTGTCGTATATCAAAT;SOR=1.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=48;WE=28908098;WS=28908080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	28913599	rs12967407	C	T	4936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=56;PP=2064;SC=ACCGAGATGGCGGGGCAGATG;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=56;TCR=56;TR=112;WE=28913607;WS=28913589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr18	28913929	rs5823800	TTC	T	598.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=3;PP=312;SC=CCTACTGTAGTTCTCTCTCTT;SOR=1.244;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=28913938;WS=28913919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	28916230	rs74277377	G	GAT	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=139;SC=AAGATAATAAGTTTTTTTTGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=28916238;WS=28916220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	28916290	rs6506917	G	A	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=271;SC=TTCTTATAATGAAACTATTTT;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=28916298;WS=28916280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	28923983	rs11660224	AT	CA	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=18;PP=1117;SC=TTTGTTTAACATCTCAAATGC;SOR=1.314;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=27;WE=28923992;WS=28923973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	28935375	rs8099566	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.14;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	28966518	rs1460597	G	C	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=133;SC=GTTGTGAATTGGTGAAAACAT;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=28966526;WS=28966513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	28968371	rs16959856	G	A	5241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr18	28968959	rs9956865	C	T	2255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=42;PP=1279;SC=ACACAGCCAGCATTGAAGAAA;SOR=1.473;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=61;WE=28968967;WS=28968949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr18	28969008	rs16959863	C	T	1127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=28;PP=763;SC=TCCTTCTCTACGTCACAGCAT;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=33;WE=28969016;WS=28968998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	28986333	rs4799570	A	C	2565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=29;PP=980;SC=CCTGCTACTGATTTGTAAGTA;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=28986341;WS=28986323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	28993183	rs12960081	A	G	8433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=107;PP=2965;SC=ATGCTGATCCATGTGTGCAAC;SOR=0.770;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=97;TCR=107;TR=204;WE=28993191;WS=28993173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr18	28993501	rs7234288	C	A	4705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr18	29055957	rs1380866	A	G	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=49;PP=2002;SC=TGCTTTGTCCACCTCTGGGTC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=107;WE=29055965;WS=29055947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr18	29101215	.	CT	C	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.009;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-1.457;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr18	29104714	rs2230234	A	G	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.05;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=0.263;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr18	29237765	rs1449086	T	A	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=3;PP=316;SC=CCCTTCAAAATGCGCTTTGCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=29237773;WS=29237755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	29237860	rs1449087	C	T	2865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=1.054;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr18	29238076	.	CAA	C,CA	371.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.882;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=-0.197;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,10,14:0.36,0.50:28
chr18	29264182	rs1449081	G	A	602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=2;PP=410;SC=GCCCCTGTTTGAACAGCTTCC;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=29264190;WS=29264172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	29426868	rs682279	A	T	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=18;PP=498;SC=AGTGGAAATAATATGGCCAAT;SOR=2.215;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=29426876;WS=29426858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	29435778	.	TA	T	527.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=3.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.139;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.225;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,57:0.48:119
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chr18	29617255	rs9947278	T	G	1845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=39;PP=940;SC=CCCCACCTATTTTCATGGTTA;SOR=1.276;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=56;WE=29617263;WS=29617245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
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chr18	29788357	rs28759083	A	G	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=4;PP=69;SC=TCATTAGGTTACTACTGAGAA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=29788365;WS=29788347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr18	29790376	.	CGC	TGT	361	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=15;NR=4;PP=361;QD=21.814098677;SC=ACTTATGCCTCGCGTAAAGAA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=29790386;WS=29790366;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr18	29790378	rs2241891	C	T	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.03;SOR=2.400;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	29795076	rs173032	T	C	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=13;PP=806;SC=ACAGGCCTTCTAAAGTGGGAA;SOR=1.053;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=43;WE=29795084;WS=29795066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr18	29795101	rs233223	T	C	2491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr18	29797958	rs680321	T	C	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=71;PP=2169;SC=TGATTATTCATAACCTATTGG;SOR=1.350;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=32;TCR=71;TR=103;WE=29797966;WS=29797948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr18	29800119	rs673408	A	G	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=12;PP=416;SC=AGACCAGATCATTTTATTATG;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=29800127;WS=29800109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	29972774	rs3786309	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=12;PP=754;SC=CTTTCTAGTTTACAGACAATT;SOR=1.234;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=29972782;WS=29972764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr18	30093722	rs11081773	A	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=10;PP=289;SC=GTCTATGAGGATTTCATGAAA;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=30093730;WS=30093712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	30257000	rs1523580	C	G	321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=2;PP=227;SC=ATTTTACTATCTAAAGCAACT;SOR=2.670;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=12;WE=30257008;WS=30256990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	30257367	rs11386624	T	TA	386.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=12;PP=437;SC=GGGCTTCTTTTAAAAACAAGT;SOR=2.049;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=30257375;WS=30257357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	30349691	rs17851892	C	T	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=30;PP=1661;SC=TCTGGCAGACCGGGTCGGTTC;SOR=0.840;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=73;TCF=43;TCR=30;TR=73;WE=30349699;WS=30349681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr18	30351955	rs7234849	G	A	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.93;QD=23.74;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr18	30352057	rs200605696	GCGCCGGCC	G	5711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.21;QD=42.62;SOR=1.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr18	30352098	.	AGCC	A	1940	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MMLQ=23;MQ=60.21;NF=13;NR=35;PP=1940;QD=40.7708333333;SC=CCCGGGGGAGAGCCGCCGCCG;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=101;TCF=34;TCR=67;TR=48;WE=30352108;WS=30352088;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:53,48:0.48:101
chr18	30353163	rs41306970	C	T	219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=298;SC=GGGGAAAAAGCGAGCCCCCCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=30353171;WS=30353153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	30563102	.	T	TA	556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.40;ReadPosRankSum=1.627;SOR=0.843;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr18	30672631	rs1995096	G	A	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=8;PP=324;SC=GGATATCATCGTCAGATCAGA;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=30672639;WS=30672621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	30804756	rs466113	C	T	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=10;PP=608;SC=TGTTCTTTGTCGAGACTTCTG;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=30804764;WS=30804746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	30846895	rs9965081	A	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=6;PP=273;SC=ATTGGTTTTTACTGTTATTTT;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=30846903;WS=30846885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	30950168	rs9965655	T	C	3812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=63;PP=2082;SC=AGAGAACAAATAGAAGTTCAT;SOR=1.246;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=31;TCR=63;TR=94;WE=30950176;WS=30950158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr18	30976968	rs4447495	C	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=55;SC=TTTAAAGAAGCGTTACGATTA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=30976976;WS=30976958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	30977255	rs6507018	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=12;PP=297;SC=GTAAGGATACGGGAAGAAAAT;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=30977263;WS=30977245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	31599660	rs77574059	G	T	487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.49;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	32386125	rs4458079	T	C	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=2;PP=243;SC=GTACTCCAAATGACATCATGG;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=32386133;WS=32386115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	32677294	.	ACT	A	463.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.339;NF=8;NR=1;PP=323;ReadPosRankSum=0.220;SC=AGAAGGACACACTCTGCTCTG;SOR=0.260;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=9;WE=32677303;WS=32677284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr18	32822382	rs4799374	G	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=9;PP=544;SC=ACACTCCTTCGCAAGCACAGA;SOR=1.445;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=32822390;WS=32822372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	32823905	rs1054890	T	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	32836089	rs4799376	T	C	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=0;PP=51;SC=ATTATGAGACTAGAGAAAAAT;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=32836097;WS=32836079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	32838807	rs7229055	T	C	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=2;PP=83;SC=GCACTCTAGCTTGGGCGACAG;SOR=1.609;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=8;WE=32838815;WS=32838797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	32886528	rs147217916	T	TAGTC	2665.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=14;PP=1905;SC=ACAAACATTTTAGAGTTCTGA;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=31;WE=32886536;WS=32886518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	32887933	rs9963614	A	G	980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=12;PP=389;SC=CCGGATACGTATGGTGGCTCA;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=32887941;WS=32887923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	32917644	rs2032729	T	C	3691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=39;PP=1314;SC=AACACCCATATTGAGAGTGCC;SOR=0.794;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=72;WE=32917652;WS=32917634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr18	32917780	rs5823970	G	GA	294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=376;SC=TCTATTAAGGGAAAAGAAACC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=10;WE=32917788;WS=32917770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	32948446	.	T	TTTTATTTATTTA	1557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.82;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	32948510	rs2909340	G	A	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=247;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=17;PP=450;SC=CTGTCTGAGCGGTTCAAGCAA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=32948518;WS=32948500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	33272291	rs201969184	AAT	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=99;ReadPosRankSum=0.259;SC=AGAGGTAAGAAATATATATAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=3;WE=33272300;WS=33272281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr18	33647254	rs1789517	A	C	5470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=49;PP=2823;SC=TGACGATGGGACGCGAGTGTT;SOR=1.317;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=139;WE=33647262;WS=33647244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr18	33702162	rs3737466	G	A	6799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=72;PP=2769;SC=ACAGATGACTGAAAAGTGGTC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=73;TCR=73;TR=145;WE=33702170;WS=33702152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr18	33706614	rs1789528	C	G	7946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=95;NR=106;PP=2965;SC=GATGCTCGTGCTCTGAGTGAT;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=96;TCR=109;TR=201;WE=33706622;WS=33706604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr18	33721255	rs17672356	T	A	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=29;PP=1377;SC=TTTTAGGGAATGTTCTAATCT;SOR=1.013;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=41;TCR=29;TR=70;WE=33721263;WS=33721245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	33750274	.	C	CTT	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.363;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.20;ReadPosRankSum=-0.124;SOR=0.169;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr18	33750976	rs1539835	G	A	3727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=42;NR=37;PP=1495;SC=TTCATGCTAAGTTAATCACTG;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=79;WE=33750984;WS=33750966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr18	33778607	rs596644	C	A	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=40;PP=1898;SC=ACAAAAGAAGCGACCCTAAGT;SOR=0.840;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=56;TCR=40;TR=95;WE=33778615;WS=33778597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr18	33779821	rs646424	C	A	4226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=61;PP=2558;SC=AGTGGGTATGCGGAACGTGAC;SOR=1.290;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=118;WE=33779829;WS=33779811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr18	33779855	rs623053	C	T	5116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=73;PP=2965;SC=GTCATATCCACCCCGGTCAGG;SOR=0.903;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=148;TCF=75;TCR=73;TR=144;WE=33779863;WS=33779845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr18	33779896	rs540967	A	G	7054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=84;PP=2965;SC=AGAGGAACGTAGTGCTTCAGC;SOR=0.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=183;TCF=99;TCR=84;TR=183;WE=33779904;WS=33779886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr18	33780020	rs623558	A	G	10091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=139;NR=123;PP=2965;SC=GGGCGGTTGCACCCTGTGAGC;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=262;TCF=139;TCR=123;TR=262;WE=33780028;WS=33780010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr18	33785093	rs678560	G	A	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=27;PP=880;SC=GTATACCTACGTGGCCCTGTC;SOR=0.795;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=51;WE=33785101;WS=33785083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	33785185	rs667667	A	G	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=23;PP=703;SC=TTCAGGGCCCAATCATCAATT;SOR=0.910;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=33785193;WS=33785175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	33785304	rs667195	T	C	190.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=141;SC=GAGAGCAATGTAGTGTGACAA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=33785312;WS=33785294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	33793511	rs687387	T	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	33795425	rs631108	G	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=2;PP=468;SC=ACTGTTTCCAGTGTCTCTATG;SOR=2.925;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=33795433;WS=33795415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	33848663	rs111317566	A	ATACAT	2107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=31;PP=1907;SC=AATTTTTAGCATAAAGTTTCT;SOR=2.030;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=1;TCR=35;TR=32;WE=33848671;WS=33848653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	33877687	rs188660514	T	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=602;SC=AGCCTGCGAGTCCGCGAGCCA;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=33877695;WS=33877677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	34205385	rs2644253	A	G	105.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=79;SC=AAAAATCCCTATTAGGGCAAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=34205393;WS=34205379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	34205551	rs60414347	C	T	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=14;PP=1297;SC=GGAGGGCCAGCGTGTGTTCCA;SOR=2.168;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=65;WE=34205559;WS=34205541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	34229139	rs35449535	G	GT	753.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.87;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	34229142	rs202191349	G	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.14;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	34233231	rs1893434	C	T	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=51;PP=2401;ReadPosRankSum=-0.965;SC=GTCTTTTTGACGCTGAAGAAT;SOR=0.998;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=80;TCR=52;TR=130;WE=34233239;WS=34233221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chr18	34261559	rs542241	T	A	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=20;PP=592;SC=AGATTTTTTTTAAATAGTGAG;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=34261567;WS=34261549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	34261581	rs34100890	AG	A	1091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=13;PP=603;SC=TAAAAATTAAAGGCATGTGAC;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=34261589;WS=34261571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	34273440	rs483351	C	T	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=23;PP=623;SC=AGACAGGCTTCCTCAGGGCAG;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=34273448;WS=34273430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	34297753	rs3809994	C	T	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=6;PP=631;SC=GAAGTGAGGCCCCCTTGCCCC;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=29;WE=34297761;WS=34297743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	34408969	rs9958080	C	G	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=125;SC=CCTTCGCCCCCACCCTCTCGC;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=34408977;WS=34408964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr18	34539578	rs3744904	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=55;SC=CTGTTCCTGGACCCAAAGGTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=34539586;WS=34539568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	34850846	rs1443638	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=23;PP=691;SC=TGCTAGGCACGGCTGGTGCAG;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=34850854;WS=34850836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	35065374	rs5824066	CG	C	166.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=91;SC=CGAGCTCAGGCGGGGCGGCGG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=35065382;WS=35065364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	35065396	rs4799451	T	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=142;SC=CGCCCTGCCGTCCTCTCCCCG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=35065404;WS=35065386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	35145660	rs138975334	T	TCTCG	1076.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=907;ReadPosRankSum=0.734;SC=CGCTCCTCTCTCTCGCTCGCT;SOR=1.528;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=15;WE=35145668;WS=35145650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,27:0.93:29
chr18	39623942	rs534507	A	G	147.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=73;SC=ATGCTTTGACATAATAGTATT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=4;WE=39623950;WS=39623932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	40503764	rs73473632	T	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=23;PP=742;SC=GTTATGGGCTTTCAATATAGC;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=40503772;WS=40503754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	40503815	rs112818693	A	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=410;SC=ATGAAATTTGAATGTTTTAAA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=40503823;WS=40503805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	40613840	rs12954451	A	G	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	42456653	rs663651	G	A	4309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=38;PP=1292;SC=CCCATTCCCCGCAAAACCCGG;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=42456661;WS=42456643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr18	42456670	rs3085861	C	CTCTT	6644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=42;PP=2813;SC=CCGGTTCTCTCACTCTTCCTT;SOR=0.945;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=50;TCF=6;TCR=44;TR=48;WE=42456678;WS=42456660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr18	43206985	rs1484873	A	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=5;PP=356;SC=GGTGATGTTCATCAACAATCC;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=43206993;WS=43206975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	43215000	.	GA	G	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=4.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.322;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr18	43221341	rs7233416	T	C	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=63;PP=2077;SC=AACCAGGTTATTCTGGCTATT;SOR=1.156;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=34;TCR=63;TR=97;WE=43221349;WS=43221331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr18	43243679	rs8092227	A	G	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=5;PP=324;SC=GATTTTTCCCAGCTCTCTGCT;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=43243687;WS=43243669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	43245986	rs7234198	T	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=6;PP=559;SC=GCTTCCTCAGTAGGAACAGGA;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=43245994;WS=43245976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr18	43246779	rs2170973	C	T	249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=3;PP=155;SC=GGAGGTTAAACAGCAATTTAA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=43246787;WS=43246769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	43247001	rs2156609	C	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=19;PP=699;SC=GGAAAAGGGTCAGCAAAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=43247009;WS=43246991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	43248504	rs6507631	T	C	4887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.03;SOR=1.042;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr18	43248509	rs10451385	T	C	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	43248578	rs9304319	C	A	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=31;PP=830;SC=GTCCACTGGACTAATAACTAA;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=43248586;WS=43248568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	43252786	rs1531926	A	G	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=12;PP=602;SC=GGAAGGGTTCAGTGCCAAGTC;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=34;WE=43252794;WS=43252776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	43258919	rs72437878	C	CT	530.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.616;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.334;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,37:0.80:46
chr18	43405792	rs1440822	T	C	5055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=51;PP=1686;SC=ACAGAATAGATGCTGAAAGCA;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=47;TCR=51;TR=98;WE=43405800;WS=43405782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr18	43432625	rs57761448	C	T	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=56;PP=1776;SC=CTAAAAGACACGGAAGATGAG;SOR=0.985;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=39;TCR=56;TR=95;WE=43432633;WS=43432615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
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chr18	43445730	rs11333207	CA	C	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=-3.198;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
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chr18	43505558	rs4476262	C	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=3;PP=729;SC=GAGAATTAAACAGAAAATCCT;SOR=3.841;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=26;TCR=3;TR=29;WE=43505566;WS=43505556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	43547127	rs11301517	TG	T	3525.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=33;PP=1860;SC=CTCGGGAGGGTGGGGGAGATC;SOR=0.749;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=50;WE=43547135;WS=43547117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr18	43833701	rs34068795	T	TCTG	2514.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=1577;ReadPosRankSum=-1.425;SC=TGACAAAACATCTGGCAATGC;SOR=0.775;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=30;WE=43833709;WS=43833691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr18	43914204	.	AGCC	A	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.259;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,8:0.10:84
chr18	43914438	rs8084936	A	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=29;PP=797;SC=CCCCCACCCCATTTTAGGGGG;SOR=3.086;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=43914446;WS=43914428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	44063598	rs1377016	G	A	2918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=31;PP=1132;SC=GACATGCCAGGCAAGTTCTCT;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=64;WE=44063606;WS=44063588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr18	44109115	rs59252058	G	A	2294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.100;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=17;PP=1528;ReadPosRankSum=-1.213;SC=AGGGAAGGAGGGTAAACTCCG;SOR=1.996;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=68;WE=44109123;WS=44109105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,79:0.98:81
chr18	44114473	rs436433	T	C	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=53;PP=1402;SC=AGTATGGCCTTGGCAACATCC;SOR=0.886;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=39;TCR=53;TR=92;WE=44114481;WS=44114463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr18	44122010	rs10775482	T	C	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=34;PP=1041;SC=CTGGCTGATATCATTAACATG;SOR=1.651;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=44122018;WS=44122000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	44124967	rs988213	A	G	526.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=425;ReadPosRankSum=-0.869;SC=ACAACTCTACAATGCCTGGAG;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=17;WE=44124975;WS=44124957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
chr18	44126909	rs1893566	T	C	6080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=52;PP=2059;SC=CCGCCTCCCCTACCCTCCTCG;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=60;TCR=52;TR=111;WE=44126917;WS=44126899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr18	44135027	rs732108	A	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=10;PP=576;SC=TAAAGCTATAATAATGTTTAA;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=44135035;WS=44135017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	44135050	rs732109	G	A	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=14;PP=620;SC=TGTTGGGCTAGCCGAGAAATG;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=44135058;WS=44135040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	44135143	rs11665444	T	C	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=30;PP=1032;SC=CCCAGCCTCATGGTTCTGTGG;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=27;TCR=30;TR=57;WE=44135151;WS=44135133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	44135328	rs62097104	C	T	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=13;PP=361;SC=GGTCAGGACCCTGGTTCCCAG;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=44135336;WS=44135318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	44157489	rs328167	G	T	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=112;SC=GTGGTAGGGGGTGAGAAGGGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=44157497;WS=44157487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	44157506	rs328166	G	T	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=187;SC=GGGAATGTGAGGCTCAGGTCT;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=44157514;WS=44157496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	44173449	rs328145	A	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=3;PP=229;SC=TCCATCGTACATTTTTGTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=44173457;WS=44173443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	44181596	rs674948	G	A	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=422;SC=TGTCCCTCTCGACCTCATTTC;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=44181604;WS=44181586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	44272034	rs533027	A	C	828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=11;PP=519;SC=GGGAAGATGCACGCTGAGAGC;SOR=1.143;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=44272042;WS=44272024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	44424105	rs34052557	G	GA	659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.539;QD=17.36;ReadPosRankSum=0.936;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,36:0.95:38
chr18	44424651	rs377729779	CT	C	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.36;ReadPosRankSum=-0.284;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr18	44426877	rs644731	C	T	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=242;SC=AAGATAGATACAGGATCCTGC;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=44426885;WS=44426867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	44500094	rs189027599	G	A	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=60;PP=1786;SC=CTCCTGGATGGGTTGGGTAGG;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=30;TCR=60;TR=90;WE=44500102;WS=44500084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
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chr18	44595809	rs2289036	A	T	2312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=32;PP=1184;SC=AAGCAGGGGGATGGAGTTGAA;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=21;TCR=32;TR=53;WE=44595817;WS=44595799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
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chr18	44610718	rs16954999	T	C	3260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=32;PP=1528;SC=ACATGCATTTTTGGGCTCCAG;SOR=1.016;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=46;TCR=32;TR=78;WE=44610726;WS=44610708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr18	44610879	rs7504798	A	G	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=39;PP=1127;SC=ACCAAGTTAAAGACAGTTCAA;SOR=1.375;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=17;TCR=40;TR=56;WE=44610887;WS=44610869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	44635048	rs2635058	C	T	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr18	44702502	rs12968552	A	C	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.98;ReadPosRankSum=-0.717;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,77:0.99:78
chr18	44702718	rs2277717	C	A	3235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=54;PP=1746;ReadPosRankSum=-0.569;SC=GGCGCCTCCACGGCCGGCGCC;SOR=0.404;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=89;WE=44702726;WS=44702708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chr18	44746460	rs1355593	A	T	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=14;PP=389;SC=AACATTATTGACAGTCCCATG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=44746468;WS=44746450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	44757226	rs7236105	G	T	782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=12;PP=477;SC=AAATATGGTGGAGAACAAAAA;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=44757234;WS=44757216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	44771481	rs17723754	C	T	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=21;PP=621;SC=CTATTAACTCCAAGGAGAAAC;SOR=1.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=44771489;WS=44771471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	44773382	rs9956387	A	T	3586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=38;PP=1883;SC=CTGGGGTAGCAGCAGCTGGTT;SOR=0.708;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=72;WE=44773390;WS=44773372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr18	45395845	rs34501809	TA	T	207.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.137;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr18	46146089	rs146773532	C	T	1790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=27;PP=825;SC=ATGGCGAGAGCGAGAGGACCC;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=46146097;WS=46146079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr18	46196856	rs3830253	AC	A	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=314;SC=TTACGGGAGGACCCCCCCCCC;SOR=2.985;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=15;WE=46196865;WS=46196846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	46196880	rs2279304	T	G	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=8;PP=579;SC=CACACACAGCTTCTCTAGGGC;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=32;WE=46196888;WS=46196870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	46284587	rs1038308	T	C	5174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=75;PP=2370;SC=ACAGCAGCCTTGAGGCCCCCC;SOR=0.969;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=52;TCR=76;TR=127;WE=46284595;WS=46284577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr18	46284840	rs4556859	T	C	1132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=19;PP=501;SC=GTAGGCACTTTGGTAGGTGGG;SOR=0.829;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=46284848;WS=46284830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	46468946	rs3764482	G	A	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr18	47088655	rs34474737	T	G	538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	47088826	rs35978968	C	T	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	47088830	rs35816125	C	G	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr18	47093790	rs2000812	C	T	2307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=26;PP=1087;SC=GAATAAAAAACAACTTCCACT;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=38;TCR=26;TR=64;WE=47093798;WS=47093780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr18	47093864	rs2000813	C	T	3098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr18	47102002	rs2276269	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=18;PP=557;SC=CTCAGTTTATTCCATCTCCTT;SOR=1.007;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=47102010;WS=47101992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	47110162	rs368406414	C	T	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=16;PP=444;SC=CCTCCTGCTCCTTCTTCTGCC;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=47110170;WS=47110152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	47113008	rs6507931	C	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=9;PP=335;SC=CGGGGCATGGCATGAAAATTT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=47113016;WS=47112998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	47313642	rs71169448	A	AC	70.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.73;ReadPosRankSum=-1.150;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr18	47313850	rs56085706	C	T	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	47328930	rs10680947	C	CAA	442.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.586;QD=17.03;ReadPosRankSum=0.033;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr18	47339798	rs2945506	G	A	2446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=46;PP=1417;SC=GGGAGGGCAGGACCCCGAGGG;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=70;WE=47339806;WS=47339788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	47363009	rs621101	C	T	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr18	47373466	rs3017176	G	A	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=22;NR=13;PP=568;SC=AGATGGGAGCGGGGGCTGAAG;SOR=1.390;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=35;WE=47373474;WS=47373456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr18	47375932	rs488890	C	G	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=141;SC=CTCACACCCCCCTACCTTCTA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=47375940;WS=47375922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	47376103	rs490648	C	G	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=18;PP=617;SC=ATCCTGCTTGCAGTTGGAGGT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=47376111;WS=47376093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	47376128	rs490697	A	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=17;PP=465;SC=AGTGCGGCCCATGGGCAGCCG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=47376136;WS=47376118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	47402280	rs657424	A	C	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=19;PP=564;SC=GCCTCCCTCTATATCAGCCAT;SOR=2.215;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=25;WE=47402288;WS=47402270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	47406913	rs1217632	A	G	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=33;PP=1008;SC=AACTGGATACATGTAAATGCT;SOR=1.061;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=54;WE=47406921;WS=47406903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	47406938	rs1217633	T	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=31;PP=713;SC=TTAAGAAAATTGATTTGGTTA;SOR=1.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=47406946;WS=47406928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	47455923	rs2298628	C	T	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=143;SC=TCGTCTCCAACACCCCGCAGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=47455931;WS=47455913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	47455980	rs56278513	GA	G	182.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.742;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,17:0.85:20
chr18	47479855	rs1942416	A	C	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=678;SC=TTAAAATGCAAACCCAATAAA;SOR=2.649;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=47479863;WS=47479845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	47527817	rs12969222	T	G	7204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=119;PP=2965;SC=TCATTGGCCATGGAAAGGCTC;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=75;TCR=119;TR=194;WE=47527825;WS=47527807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr18	47563299	rs1815930	T	C	3809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=37;PP=1873;SC=CCACTGTAGGTATAGATGACA;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=96;WE=47563307;WS=47563289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr18	47769194	rs1662895	T	C	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=8;PP=911;SC=ATAAGTATTATGGTTGTTAGT;SOR=2.885;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=47769202;WS=47769184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	47777012	rs1790458	C	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=6;PP=506;SC=ATGCTGTTGGCTTGTGGACCA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=47777020;WS=47777002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	47777358	rs920791	T	A	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=20;PP=529;SC=TAAGGTAGAATCATAATAAAG;SOR=3.912;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=47777366;WS=47777348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	47902337	rs1970679	A	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=15;PP=411;SC=ATGCATTTTGATTATTCCACT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=47902345;WS=47902327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	47906416	rs1441293	A	G	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=1;PP=83;SC=ACAGCTATCTATTCTAAGAGT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=47906424;WS=47906406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr18	47906690	rs1441294	T	C	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=10;NR=15;PP=406;SC=TTAAGTAATTTTTAAGGATGC;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=47906698;WS=47906680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	47906719	rs1441295	T	G	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	48190271	rs3752085	T	G	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=8;PP=657;SC=TAGCCGAGACTTGGCCTTTCC;SOR=1.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=35;WE=48190279;WS=48190261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	48326378	rs2586778	G	T	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr18	48327815	rs2276186	G	A	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=25;PP=845;SC=ATTTCCTCCCGGCAAAGGCAG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=48327823;WS=48327805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	48446953	rs674210	C	T	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	48723217	rs35675106	C	T	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=44;PP=1472;SC=GGGACCCGCCCGGGATCTGCT;SOR=0.973;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=83;TCF=35;TCR=48;TR=73;WE=48723225;WS=48723207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	49867224	rs9951523	T	C	2317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=24;PP=1210;SC=AGCTTCCTTGTTCAGCGCGCA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=49867232;WS=49867214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	50450240	rs2276204	T	G	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=47;PP=1366;SC=ATTTCACATTTAAGACTTTTT;SOR=1.227;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=50450248;WS=50450230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr18	50451821	rs2298654	T	G	2320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	50592640	rs28683803	A	G	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=31;PP=813;SC=CAATATGGCAATATGAAATCA;SOR=1.654;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=50592648;WS=50592630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	50731829	rs4497763	A	G	1192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=606;SC=AGACTCGCAAACTCTTGAAAC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=50731837;WS=50731819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	50832102	rs1431196	A	G	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=36;PP=1070;SC=CAGTGTTCACATGGTGTAGTC;SOR=1.046;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=22;TCR=36;TR=58;WE=50832110;WS=50832092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	50912352	rs3764496	T	C	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=12;PP=1124;SC=AATGTTTGCCTTGAGTATTTT;SOR=2.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=50912360;WS=50912342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	50917982	rs12604262	C	T	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr18	50918311	rs1393331	A	G	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=29;PP=800;SC=TTTGTTTAACACATTGTTTTA;SOR=1.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=50918319;WS=50918301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	50923932	rs7231978	G	T	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=11;PP=277;SC=ATATAAAATAGTTCATCCTCT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=50923940;WS=50923922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
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chr18	50936994	rs2229082	T	C	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=62;PP=1889;ReadPosRankSum=-0.597;SC=TCTCTGATCCTATCCTCTTCA;SOR=0.354;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=102;WE=50937002;WS=50936984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,157:0.99:158
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chr18	51686057	rs9946304	G	C	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=13;PP=941;SC=CAAGTGCTGGGATTACAGGCA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=47;WE=51686065;WS=51686047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	51889056	rs6508290	A	G	164.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=114;SC=CCAAATGATCAGAACTCTTGT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=51889064;WS=51889053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr18	51904461	rs35286005	C	CTTTA	726.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=0;PP=275;SC=TAATAGTCAACTTTATTTATT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=7;WE=51904469;WS=51904451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	51904641	rs3753056	A	G	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.47;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	51904644	rs3753055	G	A	4346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.35;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr18	52265308	rs9947055	A	C	7589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.96;NF=76;NR=71;PP=2965;SC=TGAATCTACAACTTCAACAGC;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=76;TCR=72;TR=147;WE=52265316;WS=52265298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr18	52555398	rs4343367	G	A	3525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=65;PP=1935;SC=CTGCTGTTCAGCAAATGGAGC;SOR=1.232;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=35;TCR=65;TR=100;WE=52555406;WS=52555388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr18	52571434	rs4801109	T	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=2;PP=247;SC=TTTGTTTGATTTTCTGAAATG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=52571442;WS=52571424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	52571741	rs4801110	C	T	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=20;PP=520;SC=ATACTATTCACATCAAATCTG;SOR=3.352;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=23;WE=52571749;WS=52571731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	52575002	rs1944382	G	A	4137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr18	52585071	.	GACACACACAC	G,GAC	1463.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.5;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=2,2;NR=11,11;PP=399,199;SC=CACGTGCACAGACACACACAC;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=13,13;WE=52585090;WS=52585061;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.37,0.63:38
chr18	52586691	rs8090983	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=252;SC=GCCCTCCTACACACTCTACTG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=52586699;WS=52586681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	52608329	rs8087479	C	A	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=18;PP=590;SC=AGAAGGAAAACAAAACCATTT;SOR=0.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=33;WE=52608337;WS=52608319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	52928807	rs35918540	C	T	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=42;PP=1206;SC=GGCAGTGAGACGTCTAACAAT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=23;TCR=42;TR=64;WE=52928815;WS=52928797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr18	53131208	rs9945479	T	A,TGAGA	720.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=40.04;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,6,12:0.33,0.67:18
chr18	53146303	rs2924331	T	C	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=21;SC=TCCTCAAACATTGCAAGTTTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=53146311;WS=53146302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr18	53252388	rs599550	G	A	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=1;PP=186;SC=TGCAATAACCGTATGATTACA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=53252396;WS=53252378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	53302845	rs610362	C	T	884.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=11;PP=650;SC=TAGAAACTACCGTTATGTTTG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=53302853;WS=53302835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	53303101	rs611326	C	G	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=15;PP=500;SC=GGCACCTGTGCTATTTTCTCC;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=25;WE=53303109;WS=53303091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	53727502	rs2535724	T	C	3181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=62;PP=1473;SC=AATAAGTGTTTGTAGGTGCCC;SOR=1.392;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=30;TCR=62;TR=92;WE=53727510;WS=53727492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr18	54270111	rs77471888	G	A	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=5;PP=482;SC=GATTACAATGGAAACACTAGT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=23;WE=54270119;WS=54270101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	54285160	rs138954447	C	T	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=24;PP=1065;SC=ACGTAAGCCACAAAATGGGAA;SOR=0.945;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=66;TCF=41;TCR=25;TR=65;WE=54285168;WS=54285150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr18	54293843	rs11664091	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=275;SC=GACAGAGTCTCACTCTGTCGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=54293851;WS=54293833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	54339818	rs568078	C	G	3453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=33;PP=1122;SC=GCATCTCAGCCGTACTTTTAA;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=36;TCR=34;TR=69;WE=54339826;WS=54339808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr18	54339977	rs566956	A	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr18	54346482	rs683248	T	G	935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=8;PP=632;SC=GTCTTCTATTTTACTATGGCT;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=54346490;WS=54346472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	54346510	rs597585	G	A	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=10;PP=868;SC=CACTCAAATAGAAGGTTAATT;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=39;WE=54346518;WS=54346500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr18	54346804	rs525682	T	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.51;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	54348514	rs605067	C	T	1523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=15;PP=658;SC=AAAAGTCACACTCAAAGCTGA;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=54348522;WS=54348504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	54348650	rs474607	T	C	1090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=18;PP=623;SC=TGACTCTAAGTACAAACTATT;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=54348658;WS=54348640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	54353382	rs609195	A	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=368;SC=TTATTTTTTGATAATTTTCTT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=54353390;WS=54353372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	54354074	rs1943016	C	T	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.39;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	54354076	rs5825199	T	TTC	2032.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=16;PP=990;SC=TTACAAATCTTTCTTTTCAGG;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=54354084;WS=54354064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	54354239	rs576095	T	C	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=369;SC=AGCTGTATTTTTATCCTTCAA;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=54354247;WS=54354229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	54359062	rs2110414	G	A	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=5;PP=172;SC=AAATTCTTGAGGTGTCATTTA;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=54359070;WS=54359052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	54363747	rs1468742	A	G	344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=232;SC=AAGTTATATTACTATCAGGAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=54363755;WS=54363737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	54448778	rs2302845	G	A	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=17;PP=574;SC=GAGAAGCCGCGCAGGCCCTGC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=33;WE=54448786;WS=54448768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr18	54694452	rs3745033	C	T	5335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=91;PP=2735;SC=TGCTGCCTGCCGCCGTGACTG;SOR=1.310;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=45;TCR=91;TR=135;WE=54694460;WS=54694442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr18	55019963	.	T	TCA,TCACA	1125.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=35.18;ReadPosRankSum=-0.542;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,9,22:0.28,0.69:32
chr18	55143589	rs618953	A	G	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=12;PP=825;SC=ATCTCTTTGTACAACTTTGTC;SOR=1.697;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=42;WE=55143597;WS=55143579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr18	55218139	rs12957678	C	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=226;SC=GTCTGCCATGCCCCCTCCTCC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=55218147;WS=55218129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	55221368	rs58628398	GAGGACAC	G	1960.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=1;PP=1681;SC=TCAGGAGAATGAGGACACCGT;SOR=5.376;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=30;TCF=28;TCR=2;TR=28;WE=55221382;WS=55221358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	55221648	rs536560	T	C	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=64;PP=1537;SC=ACCAGGGCATTGGACCAACCT;SOR=2.212;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=80;TCF=15;TCR=65;TR=79;WE=55221656;WS=55221638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	55226254	rs1736440	T	C	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=5;PP=588;SC=AGTCTGAGATTTGAGAATTCA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=55226262;WS=55226244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	55226383	rs536765	G	C	6536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=64;PP=2122;SC=TTACAGACATGGGCAGTGAGT;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=139;TCF=74;TCR=65;TR=138;WE=55226391;WS=55226373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr18	55240455	rs577152	T	C	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=12;PP=539;SC=AGGTTATAATTGAGGTGTTTA;SOR=1.067;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=36;WE=55240463;WS=55240445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	55240505	rs1041951	C	T	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	55253710	rs317815	G	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=9;PP=491;SC=GCGAGGGCCCGGGCGCCAGCT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=55253718;WS=55253700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	55272968	rs4940931	C	T	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=13;PP=647;SC=AGAAGCAGGTCCTGCTGTTAC;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=55272976;WS=55272958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr18	55283236	rs9319918	T	C	2810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=53;PP=1677;SC=AAAAGACAGTTCTTGAACATT;SOR=1.563;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=74;WE=55283244;WS=55283226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr18	55287739	rs388644	A	C	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.80;SOR=2.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	55288879	rs368935	A	G	2965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=20;PP=1421;SC=CCGAAACCCGACTGGAGCAGA;SOR=1.302;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=55288887;WS=55288869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr18	55289076	rs2032938	C	T	3284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=61;PP=1954;SC=TCTGAGGGCGCCTGCGAGAAT;SOR=1.188;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=37;TCR=61;TR=98;WE=55289084;WS=55289066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr18	55289180	rs2032937	A	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=21;PP=559;SC=TTCCGGATCCAGAGACGCCCC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=21;WE=55289188;WS=55289170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	55317676	rs222581	C	T	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=48;PP=1745;SC=ACAGCAACAGCCAGGATGATA;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=95;WE=55317684;WS=55317666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr18	55335366	rs28424873	G	T	3587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=41;PP=1480;SC=CAAGAGGGATGGCCCTTTCAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=83;WE=55335374;WS=55335356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr18	55335495	rs317844	A	G	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=23;PP=1131;SC=GATGCAGAAGAATGTGCTGGA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=55335503;WS=55335485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	55335550	rs28473343	A	C	2222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=22;PP=1305;SC=CCGTCCAAAGAAACAGTGTTT;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=59;WE=55335558;WS=55335540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr18	55352436	rs319459	G	A	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=44;PP=1263;SC=AGTGATGGTGGTAAGACCATA;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=55352444;WS=55352426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr18	55352470	rs143958246	TTTA	T	2071.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=27;PP=1410;SC=GGCTAAAATATTTATTATCTG;SOR=1.514;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=29;WE=55352480;WS=55352460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	55362532	rs319443	T	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=40;PP=1204;SC=TTATCTAGTCTGTTATTGGGT;SOR=1.483;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=59;WE=55362540;WS=55362522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	55362816	rs319442	G	A	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=268;SC=TGAGTTCAAAGTGGAAGTTAA;SOR=2.448;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=55362824;WS=55362806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	55364830	rs319439	G	A	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=10;PP=605;SC=TTTAAATCAGGCCCATCGAGA;SOR=1.345;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=55364838;WS=55364820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	55364852	rs319438	A	G	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=15;PP=764;SC=ACACTTACCCATCCAGTTCTG;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=45;WE=55364860;WS=55364842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	55397512	rs319432	T	G	947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=6;PP=805;SC=TAGAAAGCCTTCAAGGGCAGA;SOR=2.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=55397520;WS=55397502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	55397624	rs33964473	GATA	G	5700.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=38;PP=2512;SC=AGAACACTATGATAATGATTT;SOR=0.806;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=54;WE=55397634;WS=55397614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr18	55397674	rs319433	G	C	3561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=44;PP=1366;SC=TAGAATTTTAGGGAACACCAT;SOR=0.812;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=82;WE=55397682;WS=55397664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr18	55397871	rs319434	T	C	5764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=69;PP=2516;SC=TTCTACTGCCTTCAGTGATGT;SOR=0.739;Source=Platypus;TCF=63;TR=132;WE=55397879;WS=55397861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr18	55398756	rs651867	T	C	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=30;PP=1334;SC=GAGAAGATTCTCTCCTAGACC;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=75;WE=55398764;WS=55398746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr18	55997929	rs144384654	CTTCT	C	1621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=9;PP=1070;SC=TGGATCCCTACTTCTTTCTAG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=22;WE=55997940;WS=55997919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	56008827	rs4149611	CGTT	C	2527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=10;PP=1365;SC=TTGCTGTTTGCGTTGTTGTTT;SOR=1.823;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=29;WE=56008837;WS=56008817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	56024396	rs201044327	ATT	A	1534.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.74;ReadPosRankSum=2.156;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,59:0.80:74
chr18	56037849	rs2075405	A	G	1233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=31;PP=825;SC=TGAAAAGTTCATTGATCTAAT;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=56037857;WS=56037839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	56040649	rs1943994	T	C	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=47;PP=1367;SC=GCAGCACCTTTTTGTCATGCC;SOR=1.949;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=64;WE=56040657;WS=56040639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr18	56118493	rs17669	C	T	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=643;SC=TAAAGTCTGGCTCTTTTGCAC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=56118501;WS=56118483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	56149099	rs7240666	T	C	2768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr18	56182174	rs7505023	T	C	674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	56182507	rs4940399	C	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=17;PP=532;SC=TCTGAGACGTCAAGGAACTGT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=56182515;WS=56182497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	56191351	rs7228617	C	T	195.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=191;SC=TGCATTTTTTCCTAATATACT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=56191359;WS=56191341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	56202059	rs10469211	A	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=26;PP=1663;SC=CAGCAACAGAACCTCACCTCT;SOR=1.125;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=75;WE=56202067;WS=56202049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	56202418	rs10469212	T	C	3602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=46;PP=2048;SC=CCTGCAGTAATTTAGGGGCTT;SOR=0.739;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=93;WE=56202426;WS=56202408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr18	56202982	rs3826594	A	T	3620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=56;PP=1993;SC=GAATTTGTTCAGCCTCCTGCT;SOR=0.902;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=103;WE=56202990;WS=56202972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr18	56203411	rs3809980	G	C	3493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=38;PP=1559;SC=CCAGGAGTCTGGGTTGGCTGA;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=91;WE=56203419;WS=56203401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr18	56203447	rs3809979	A	G	3827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=42;PP=1941;SC=GACTTCTCCAATGTACACTGA;SOR=0.842;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=95;WE=56203455;WS=56203437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr18	56203891	rs3809978	G	T	5027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.61;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr18	56203898	rs3809977	T	G	4901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.56;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr18	56204250	rs3809976	A	C	6283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=59;PP=2867;SC=ATATGATCCAACTGCACTTGG;SOR=0.943;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=145;WE=56204258;WS=56204240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr18	56204644	rs12963422	T	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=23;PP=819;SC=GGCCAGCATGTACTGTGGAGG;SOR=1.154;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=37;WE=56204652;WS=56204634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	56204747	rs3826593	G	A	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=20;PP=1026;SC=GAAAGTACTGGTAAAAAGAGG;SOR=1.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=56204755;WS=56204737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	56245965	.	G	GACACACACACACACACACACACAC	230.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=76.94;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	56274514	rs6566986	A	G	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=20;PP=1194;SC=ACAGAATATAAGGATATTAGT;SOR=1.157;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=59;WE=56274522;WS=56274504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	56274720	.	G	GA	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-0.548;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr18	56279025	rs6566987	T	G	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.26;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	56411493	rs12456894	A	T	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.87;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	56587967	rs66553426	CGTGTGTGT	C	95.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=31.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	56646583	rs35743757	A	AAAAT	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=507;SC=GAAAATAAAAAAAAAAGGAGC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=56646591;WS=56646573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	56703194	rs9961940	A	C	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=623;SC=CCACGAGCAGACTTCCTTCTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=56703202;WS=56703184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	56711225	rs11152115	A	C	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=1;PP=230;SC=TTTATTCTGTACAGATTGGGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=56711233;WS=56711215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	56711284	rs11152116	C	T	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=477;SC=GTAATTCCTGCGACAATTCTT;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=56711292;WS=56711274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr18	56887507	rs1062557	C	A	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=165;SC=CATGCGCGGCCGTGAGCTCCC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=56887515;WS=56887497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	57000469	rs2298711	T	A	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr18	57115203	rs1893788	T	C	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=14;PP=979;SC=CTGTGCCCTCTTCCACACTCA;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=57115211;WS=57115193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr18	57133862	rs8083041	T	A	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	57134152	rs4940876	A	G	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=16;PP=468;SC=AGAGAATACTAAGTTTCTGAG;SOR=1.802;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=20;WE=57134160;WS=57134142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	57136869	rs632899	A	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=14;PP=441;SC=GCTCACATCAACTACAGGAGG;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=57136877;WS=57136859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr18	57136902	rs663452	C	A	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=231;SC=CTGGCCCTGGCCTGGAAAGGA;SOR=1.863;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=57136910;WS=57136892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	57136943	rs650033	G	A	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=160;SC=TCAAGGGCACGTGTGAAGTGT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=57136951;WS=57136933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	57147351	rs1663548	G	A	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.48;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	57147390	rs1790508	C	G	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.46;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	57567699	rs78800940	G	A	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr18	57638330	rs10871774	G	A	2351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=37;PP=1342;SC=TTTCTGCGCAGAACTGTCGTA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=57638338;WS=57638320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	58290330	rs1560400	A	T	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=65;PP=1822;SC=CCTCTTTTTTAAAAAAAAATC;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=108;WE=58290338;WS=58290320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr18	58291479	rs9947661	T	C	5845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=61;PP=2965;SC=AACTCAGTGGTATTGAAAGGT;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=157;TCF=96;TCR=61;TR=156;WE=58291487;WS=58291469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr18	58310604	rs11659206	C	T	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=1;PP=230;SC=AGAAAGAAACCTTTATTTAAA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=58310612;WS=58310594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	59157764	rs680530	T	C	4560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr18	59158065	rs681902	T	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.56;ReadPosRankSum=1.864;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr18	59166541	rs12964819	C	T	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=28;PP=1025;SC=AGAGGCTCGACCGAGAGGAAA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=58;WE=59166549;WS=59166531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr18	59166762	rs113925343	T	TAC	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.431;NF=1;NR=5;PP=276;ReadPosRankSum=1.907;SC=CCTATATATATACACACACAC;SOR=1.179;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=6;WE=59166770;WS=59166752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr18	59170304	rs595093	C	G	3875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=49;PP=2119;SC=CCACAACAGTCAACATCACCC;SOR=0.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=105;WE=59170312;WS=59170294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr18	59174817	rs1547956	C	A	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=18;PP=441;SC=TTTTTCTAAACCACTTTCATG;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=59174825;WS=59174807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	59206197	rs5825446	C	CT	2321.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=24;PP=968;SC=AACCATTACTCTTTTTTTTCT;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=37;TCR=30;TR=54;WE=59206205;WS=59206187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr18	59206480	rs11875000	C	T	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=24;PP=654;SC=ACTCCAGAAACGAACAGTTCA;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=59206488;WS=59206470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	59739962	rs201187270	T	TAA	89.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	59751715	rs1560502	T	C	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr18	59777011	rs2163518	T	C	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=21;PP=1232;SC=GCATTTTAAATACAGATTTAA;SOR=1.295;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=64;WE=59777019;WS=59777001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr18	59805532	rs9959632	T	C	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=14;PP=409;SC=TCATTTTCACTTGGGAACCAA;SOR=1.143;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=59805540;WS=59805522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	59806190	rs2298779	C	T	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=5;PP=189;SC=CATTTTTGTGCGTGCCTTTTT;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=15;WE=59806198;WS=59806180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	59807635	rs12608212	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=6;PP=201;SC=GAGTTGATAATAAAATTTTAT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=59807643;WS=59807625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	59814268	rs9320000	G	A	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr18	59814324	rs9320001	G	C	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=25;PP=688;SC=TTAATATTGTGCTTGTAGTCT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=59814332;WS=59814314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	59815284	rs7243994	G	C	49.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=0;PP=35;SC=TGATTTAAACGACTATATTGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=59815292;WS=59815274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr18	59821949	rs11659731	G	A	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=339;SC=TAAAATATGAGCTAGTCATTC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=59821957;WS=59821939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	59824209	rs1021952	A	T	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=0;PP=211;SC=GGAAAAAAAAATACTGTAATT;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=59824217;WS=59824200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	59824490	rs1021953	A	T	2839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=52;PP=1467;SC=AGTAATAGTTATATACACATG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=81;WE=59824498;WS=59824480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	59942586	rs112272563	G	GT	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,20:0.28:71
chr18	59947118	rs2980981	G	A	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=65;PP=2438;SC=TTTTATATTCGGCATCCCTTT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=115;WE=59947126;WS=59947108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr18	59958678	rs2980983	G	A	857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=4;PP=629;SC=CCATAGGTATGATATAAGAAG;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=59958686;WS=59958668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr18	60015291	.	CAAAAAAAAAAA	C	1099.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=20;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=7;PP=2508;SC=AAACTCCATTCAAAAAAAAAA;SOR=1.445;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=10;WE=60015309;WS=60015281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr18	60025458	.	G	GT	212.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=4.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.64;ReadPosRankSum=0.781;SOR=0.333;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,31:0.24:130
chr18	60027005	rs6567270	T	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=1;PP=236;SC=TTGCTTTTGTTTATTTGTTTG;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=60027013;WS=60026995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	60027149	rs6567271	T	A	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=21;PP=1075;SC=AAAAACAAGCTTATAAAACCA;SOR=0.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=32;TCR=21;TR=53;WE=60027157;WS=60027139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr18	60027171	rs6567272	C	T	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=27;PP=1240;SC=AGCACTGAACCACCTTTTCCC;SOR=0.838;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=61;WE=60027180;WS=60027161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr18	60027241	rs1805034	C	T	2432.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=31;PP=1110;SC=AAATCCGATGCGGTTTGCAGT;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=53;WE=60027249;WS=60027231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr18	60027361	rs9653064	G	A	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=21;PP=587;SC=CAGATGGCACGTGGATTTGCG;SOR=1.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=60027369;WS=60027351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	60036083	rs8092336	A	G	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=45;PP=1949;SC=GTCAGGGCACATGTGTAGGAG;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=97;WE=60036091;WS=60036073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr18	60051888	rs11878130	G	A	314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=0;PP=184;SC=GGGAATCCGGGGAGCCGCCCT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=60051896;WS=60051878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	60051942	rs77857469	G	T	1530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=11;PP=636;SC=GCCTCCGGGCGCTGACTCACC;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=35;WE=60051950;WS=60051932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	60190786	.	C	CCCG	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=32.73;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	60191428	rs7229802	G	A	3991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=36;PP=1737;SC=GGGCCCAGGAGGAACTGCTGC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=52;TCR=37;TR=87;WE=60191436;WS=60191418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr18	60212013	rs143702074	ATG	A	1794.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=22;PP=1126;SC=ACCATATAATATGTGTGTTTT;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=60212022;WS=60212003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr18	60225865	rs72941651	G	C	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=5;PP=158;SC=TATTATATTTGTTTTCTTTAT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=60225873;WS=60225855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	60227939	rs146609669	TAATTA	T	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;QD=41.81;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	60231752	rs17668777	C	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=2;PP=160;SC=AGAGTAAAAACGTCAAAATGG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=60231760;WS=60231742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	60232405	rs4940561	C	T	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=283;SC=TTAATAGATACTGAGCTGTTG;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=60232413;WS=60232395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	60237388	rs8096750	A	G	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.87;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr18	60562298	rs624821	A	T	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr18	60572437	rs3217528	GT	G	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;MQRankSum=0.279;QD=17.68;ReadPosRankSum=1.752;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,60:0.94:64
chr18	60985879	rs1801018	T	C	12407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr18	61022634	rs1809319	T	C	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=53;PP=1951;SC=ATTAAACCTATAGAGAAGTTG;SOR=0.984;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=40;TCR=54;TR=93;WE=61022642;WS=61022624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr18	61022791	rs2003149	C	T	2164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=32;PP=883;SC=ATATGCAAAGCACCACCTGTT;SOR=1.075;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=18;TCR=32;TR=50;WE=61022799;WS=61022781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr18	61154043	rs34587228	T	C	1080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=11;PP=543;SC=GTGCTGAGGTTGAGGAGCCTT;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=61154051;WS=61154033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr18	61154388	rs2271254	C	T	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=5;PP=89;SC=GTTAGACCTACAACTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=61154396;WS=61154378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	61156606	rs12454742	G	C	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=34;PP=1699;SC=CGAAGAGACCGTATGCAAAGG;SOR=1.028;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=85;WE=61156614;WS=61156596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr18	61160287	rs2289519	T	C	6037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.25;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr18	61160385	rs2289521	T	C	2772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=51;PP=1548;SC=TGAAAAATGATAGGGACAGAG;SOR=1.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=61160393;WS=61160375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr18	61166269	rs56208842	C	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	61166273	rs12458191	C	T	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	61166280	.	G	GTATATATA,GTATATA	737.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=7,7;NR=7,7;PP=201,173;ReadPosRankSum=-1.463;SC=GCGCGTGTGTGTATATATATA;SOR=0.776;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=14,14;WE=61166288;WS=61166259;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.80:25
chr18	61166298	.	A	ATATATT	451	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=39;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=7;NR=7;PP=451;QD=32.6428571429;SC=ATATATATATATATTTATGCA;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=14;WE=61166306;WS=61166288;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:14,14:0.50:28
chr18	61170467	rs1840557	G	A	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=3;PP=190;SC=CTGCTTTGAAGCTGGGCTTAT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=61170475;WS=61170460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	61170500	rs1455557	T	C	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=3;PP=571;SC=TGTTTTCAATTGAGCCAGGTC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=24;WE=61170508;WS=61170490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr18	61170721	rs1455556	T	C	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=55;PP=1810;SC=ATATCTTCAGTGAAGACACAT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=51;TCR=55;TR=106;WE=61170729;WS=61170711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr18	61170782	rs1455555	A	G	5128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr18	61170925	rs8093128	T	C	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=51;PP=1765;SC=CTCGAAACATTATTTTCTTTG;SOR=0.932;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=38;TCR=51;TR=89;WE=61170933;WS=61170915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr18	61231129	rs72103593	CA	C	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.151;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=1.115;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.828;SOR=1.347;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr18	61256112	rs59160527	A	T	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=41.48;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	61256117	rs77936810	GC	G	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=10;PP=384;SC=AATTCATTTGGCGGGGGGGTT;SOR=1.802;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=61256125;WS=61256102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	61260155	rs143364108	C	T	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=19;PP=754;SC=GTAAATGCAGCCGATGAAAGT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=61260163;WS=61260145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr18	61261515	rs11152394	T	C	5748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=51;PP=1832;SC=CAAGTCCATCTGCATCATATT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=96;WE=61261523;WS=61261505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr18	61261540	rs11152395	T	C	5925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=44;PP=1839;SC=ATACATATTATTTGTCATTTG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=41;TCR=44;TR=85;WE=61261548;WS=61261530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr18	61261565	rs11152396	C	G	5229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=37;NR=43;PP=1508;SC=ATGGGTCAACCTTTTTCTGTT;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=80;WE=61261573;WS=61261555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	61264298	rs1020694	G	A	3015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=39;PP=1500;SC=GGTGGAGGACGGTTACGATCT;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=78;WE=61264306;WS=61264288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr18	61264468	rs1020693	C	T	10685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=138;NR=101;PP=2965;SC=CAGCTGCCACCGGCATAGGCT;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=240;TCF=138;TCR=102;TR=239;WE=61264476;WS=61264458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,410:1.00:410
chr18	61271065	rs7229459	G	A	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=132;SC=CAGATTCAACGGATAGTTACA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=7;WE=61271073;WS=61271055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	61306690	rs2276203	G	A	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=13;PP=452;SC=GGAATTCCATGAGTTAGAAAC;SOR=2.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=17;WE=61306698;WS=61306680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	61308895	rs2518061	A	G	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=36;PP=2084;SC=TCTCCACCTGAGTCGGCCAGG;SOR=1.154;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=75;TCR=36;TR=110;WE=61308903;WS=61308885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr18	61322995	rs1065205	T	C	5143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=45;PP=2648;SC=TTAGTTGAAGTAGGTGATGAT;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=81;TCR=45;TR=126;WE=61323003;WS=61322985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr18	61326505	rs8089032	T	A	3891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=38;PP=1629;SC=AACGGAGCTATTGCACTCTGA;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=56;TCR=38;TR=94;WE=61326513;WS=61326495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr18	61326597	rs8085479	A	C	10896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.47;QD=44.66;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr18	61326602	rs8085482	A	G	10978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.46;QD=45.37;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr18	61326609	rs8089201	T	G	10763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.63;QD=45.42;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr18	61326628	rs11370831	A	AT	6673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=68;PP=2936;SC=GCCAGGTGAAATTACCTGTAA;SOR=0.771;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=20;TCR=70;TR=86;WE=61326636;WS=61326618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr18	61377579	rs1395268	A	C	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=38;PP=1140;SC=GGAGAGACTGAAGAGCAATTG;SOR=1.408;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=61377587;WS=61377569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr18	61377644	rs1395269	T	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=525;SC=TCTTTCATGCTCCCGCTCTGG;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=22;WE=61377652;WS=61377634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	61378743	rs1506424	G	T	2416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=34;PP=1148;SC=AACCAGCTATGTGTCCCCCTT;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=60;WE=61378751;WS=61378733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr18	61379838	rs4940595	T	G	5331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=48;PP=2308;SC=GTTTGGTGTCTAATTCTCTCA;SOR=0.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=123;WE=61379846;WS=61379828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr18	61383160	rs8085655	G	A	103.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=49;SC=ACTTGTTTATGGGAACTGCTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=61383168;WS=61383153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr18	61387312	rs1506418	G	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=9;PP=264;SC=CCTGGTGAATGCCATATATTT;SOR=0.760;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=61387320;WS=61387302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	61387333	rs1506419	T	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=8;PP=259;SC=CAAAGGACAATGGCAAAATAA;SOR=0.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=61387341;WS=61387323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr18	61387389	rs1506420	G	A	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=8;PP=202;SC=AGCTAAGTGAGGTAAGTATTT;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=14;WE=61387397;WS=61387379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	61387984	rs7239198	T	C	215.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=131;SC=CATGCAGATATCCGTGTTATG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=61387992;WS=61387974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	61388052	rs7239229	T	C	533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=349;SC=TATAATCTTTTTCTTCTTAAC;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=61388060;WS=61388042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	61388269	.	AAC	A	57	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=57;QD=22.3333333333;SC=TGTGCATGTTAACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=3;WE=61388278;WS=61388259;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr18	61390316	rs1395265	C	A	3934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=41;PP=1877;SC=ACACCTCCCCCGATTCAAACT;SOR=0.749;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=87;WE=61390324;WS=61390306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr18	61390332	rs1395266	C	T	3831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=47;PP=1887;SC=AAACTTGAAACTAAGTATGAG;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=95;WE=61390340;WS=61390322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr18	61390361	rs1395267	T	C	3694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=44;PP=1851;SC=CCTGTTAAAATCTCTAGGGGT;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=93;WE=61390369;WS=61390351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr18	61390570	rs953695	T	G	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=42;PP=1385;SC=ACCCCTTCCTTTTCTTTATAA;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=77;WE=61390578;WS=61390560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr18	61390649	rs953696	C	T	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=28;PP=835;SC=TGGGGTTGAGCAAGGCTCAGA;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=61390657;WS=61390639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr18	61391228	rs2089318	T	C	3115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	61391323	rs147160513	CTCT	C	2501.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.40;QD=42.40;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr18	61391449	rs201681820	C	CTCT	1452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.26;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	61391505	rs144622175	CTCT	C	2650.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.58;MQRankSum=0.652;QD=37.87;ReadPosRankSum=-1.785;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,66:0.94:70
chr18	61391697	rs12326861	A	G	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=50;PP=1407;SC=TATACTCAGGATAACATGGAG;SOR=1.522;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=61391705;WS=61391687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	61393442	rs9965604	T	C	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=218;SC=CCAACCCAAATCCACAGAAGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=61393450;WS=61393432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	61393644	rs1893563	T	A	1437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr18	61394300	rs8097334	C	T	2756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=23;PP=1029;SC=GTTCCCTCCACTCTCAGTTCT;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=36;TCR=23;TR=59;WE=61394308;WS=61394290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr18	61394403	rs8098025	A	G	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=34;PP=1098;SC=ACCAGAGGCAACCACACCCTC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=25;TCR=34;TR=59;WE=61394411;WS=61394393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr18	61394522	rs6567386	A	G	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=11;PP=306;SC=TAGTCCTTGGACAGGTCATTC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=61394530;WS=61394512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	63430340	rs2276190	G	A	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.32;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	63430344	rs2276191	T	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr18	63477317	rs11332924	GA	G	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.126;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.558;HP=13;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.539;NF=0;NR=24;PP=261;ReadPosRankSum=0.259;SC=ATTAAGTACTGAAAAAAAAAA;SOR=0.317;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=24;WE=63477325;WS=63477307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
chr18	63489378	rs8097752	C	T	5353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=56;PP=2077;SC=ATTTGCTTGTCATTCAGGCAA;SOR=0.742;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=60;TCR=56;TR=116;WE=63489386;WS=63489368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr18	63511410	.	G	GATTTATATATATAT,GATTTATATAT	152	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MMLQ=23;MQ=65.79;NF=0,0;NR=10,10;PP=152,28;QD=16.3;SC=ATAAAAACCAGATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=10,10;WE=63511418;WS=63511400;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.77:13
chr18	63511413	rs201084225	A	T	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=69.28;QD=26.65;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	63530016	rs2291343	A	G	7005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=81;NR=97;PP=2965;SC=AGCAGCACCAACACCCTCACC;SOR=0.815;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=179;TCF=82;TCR=97;TR=178;WE=63530024;WS=63530006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr18	64179076	rs3831434	G	GT	143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=77;SC=ATATTAAAATGTTTTTTCTCA;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=64179084;WS=64179066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	64748928	rs11423865	C	CT	2816.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=611;ReadPosRankSum=0.354;SC=TTCAGCAGGACTTTTTTTTGG;SOR=0.726;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=7;TCR=32;TR=37;WE=64748936;WS=64748918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,124:0.97:128
chr18	65178103	rs112210097	G	GCA	548.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=280;ReadPosRankSum=-0.723;SC=ATACACGCGTGCACACACACA;SOR=0.368;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=6;WE=65178111;WS=65178093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr18	65179829	rs2279269	G	A	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=45;PP=2048;SC=GTGATTGTGGGTTCCATCTGA;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=105;WE=65179837;WS=65179819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr18	66503897	rs66538157	CAAA	C	138.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.36;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
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chr18	66504459	rs572020	A	T	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=45;PP=1500;SC=TAGAAGCTAAAGTTACCCAGG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=80;WE=66504467;WS=66504449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
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chr18	66513615	rs2187094	A	G	2523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.29;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr18	66678131	rs7234663	A	G	612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=395;SC=TTTTATCAGAATAGACTATAA;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=66678139;WS=66678121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr18	66678453	rs930164	A	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=278;SC=ATAAATATTCATATCTTAATG;SOR=3.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=66678461;WS=66678443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	67345034	rs8099030	T	C	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=31;PP=1142;SC=GGCTCAATGATATCAGCCTTG;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=60;WE=67345042;WS=67345024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	67365585	rs4581806	A	G	4575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=49;PP=2224;SC=TCGTATGGCCATAGACACTCA;SOR=1.103;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=127;WE=67365593;WS=67365575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr18	67531797	rs763362	A	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.02;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	67540368	rs1788101	T	G	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=9;PP=317;SC=CAGCATAAGTTGCACTACTCA;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=23;WE=67540376;WS=67540358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr18	67563309	rs1630425	A	C	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=23;NR=32;PP=993;SC=ATGATTAGATACAGGTTGTCA;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=67563317;WS=67563299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	67563348	rs1788115	T	C	1283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.75;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	67613926	rs10782036	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	67614674	rs3214811	T	TA	362.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=0.574;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.733;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,23:0.85:27
chr18	67718688	rs4891392	A	G	5744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=80;PP=2658;SC=CACGGTAACAAACGGGAGTGT;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=63;TCR=80;TR=142;WE=67718696;WS=67718678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr18	67724802	rs12968602	A	G	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=0;PP=259;SC=TCTCTTTTCTAACATCCAGAC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=67724810;WS=67724798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr18	67726975	rs11876398	A	G	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=0;PP=127;SC=GAGCCTAAAAAAGAATAAAGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=67726983;WS=67726965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr18	67727003	rs1435086	A	T	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=271;SC=CCAGGTCACAAGAAATCTTGT;SOR=2.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=67727011;WS=67726993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	67733234	rs11151561	T	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=375;SC=ACACACAAGATATCCTTAAAC;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=67733242;WS=67733224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	67741117	rs1369292	G	A	2137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=12;PP=983;SC=TCAAAATAAAGGACTTATGCA;SOR=1.468;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=47;WE=67741125;WS=67741107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	67741309	rs1369293	G	A	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=24;PP=656;SC=CGCATTACAGGAAACCAATTC;SOR=1.880;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=30;WE=67741317;WS=67741299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr18	67742801	rs285228	G	A	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=9;NR=24;PP=712;SC=GGGAAAGAAGGAGGAGACACT;SOR=1.436;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=67742809;WS=67742791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	67759549	rs4891394	C	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=663;SC=ATGAAAACAACGTGAAAATGT;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=67759557;WS=67759539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr18	67809647	rs11665653	A	C	1102.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	67812773	rs11662011	G	A	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=2;PP=397;SC=ACAAACTGAAGAATGTCACAT;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=67812781;WS=67812763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	67817744	rs12606964	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=5;PP=290;SC=GGTTTCTTTTTAGTTTCTCAC;SOR=1.493;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=67817752;WS=67817734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr18	67818046	rs12604751	C	T	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=7;PP=161;SC=CTTCTGTTTACAATCCCATTT;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=67818054;WS=67818036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	67860719	rs283250	T	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=12;PP=298;SC=ATAAAATTATTCTTTAGTAGA;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=67860727;WS=67860709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	67863850	rs74941514	T	TCTC	3451.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=30;PP=1891;SC=ATGCTTTCCATCTCCAAAGGC;SOR=0.914;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=37;WE=67863858;WS=67863840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
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chr18	70205359	rs141549773	C	A	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=10;PP=493;SC=TTTTAAAGGGCGGAGTCCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=29;WE=70205367;WS=70205349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr18	71930758	rs2032263	G	A	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.34;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	71930834	rs144732931	C	CTG	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=15;PP=325;SC=CAACAGGAGACTAACTTGTCC;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=16;WE=71930852;WS=71930824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	71930844	rs2032264	C	G	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=63;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=11;PP=269;SC=CTAACTTGTCCATAAATGTGG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=71930852;WS=71930824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	71989909	rs10164170	T	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.99;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr18	71990033	rs10163785	G	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=15;PP=579;SC=TTGTTTATAGGGATTATACGT;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=71990041;WS=71990023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	71996377	rs1541292	G	A	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=205;SC=TAATCCCAACGGTTTGGGAGG;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=71996385;WS=71996367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	72020475	rs8093010	T	C	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=36;PP=2016;SC=TCTCTATCCTTTTCAGGAACA;SOR=1.061;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=107;TCF=68;TCR=39;TR=104;WE=72020483;WS=72020465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr18	72021548	rs12608084	C	T	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=29;PP=746;SC=ATGCTAGACCCTTAAAACCCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=72021556;WS=72021538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	72021717	rs12606060	T	C	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=10;PP=646;SC=AAATCAAAACTTAAGAAATCT;SOR=1.278;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=25;TCR=10;TR=34;WE=72021725;WS=72021707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr18	72109174	rs1559805	C	A	2094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=16;PP=1401;SC=CCAGCCCTGGCGGACTCTCAT;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=50;TCR=16;TR=66;WE=72109182;WS=72109164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	72113730	rs3861310	A	G	1732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=20;PP=1090;SC=CTGCAGAAGCAACAGTAGTTT;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=40;TCR=20;TR=60;WE=72113738;WS=72113720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr18	72114455	rs8087020	C	T	5373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=75;PP=2162;SC=AACAGCAGCTCTCCCGCCACA;SOR=0.967;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=50;TCR=76;TR=125;WE=72114463;WS=72114445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr18	72180723	rs2241511	G	A	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=1;PP=748;SC=TCCTGGGGTCGGTGCAGGAAA;SOR=4.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=31;TCR=1;TR=32;WE=72180731;WS=72180713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr18	72186059	rs733062	G	A	1310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=15;PP=806;SC=GACCTTGAACGCGGGCTTGCT;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=72186067;WS=72186049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	72186175	rs5826329	T	TC	5019.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.182;NF=22;NR=41;PP=1961;ReadPosRankSum=1.342;SC=TTATTTCATTTCCCCCCAGTT;SOR=0.243;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=63;WE=72186183;WS=72186165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr18	72186404	rs2241508	G	A	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=332;SC=CCTTCCCCCCGTGTGCAGCTG;SOR=1.473;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=72186412;WS=72186394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr18	72223591	rs10663835	G	GTGC	5817.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.282;NF=16;NR=25;PP=1992;ReadPosRankSum=-1.774;SC=CCTGCTGGCTGTGCTGCTGCT;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=41;WE=72223599;WS=72223581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,140:0.94:149
chr18	72228124	rs4263028	A	G	5408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=68;PP=2295;SC=AATACCTCCCATCATCCTGGC;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=135;WE=72228132;WS=72228114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr18	72229167	rs9319909	C	G	1521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=6;PP=734;SC=TTTGAGCCTGCAATATTATTA;SOR=1.877;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=35;TCF=28;TCR=7;TR=34;WE=72229175;WS=72229157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	72229212	rs9967490	G	A	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr18	72234337	rs4891562	A	C	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=1;PP=217;SC=CCATGATTCAATTACCTCCCC;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=72234345;WS=72234327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr18	72234635	rs12960862	C	T	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=30;PP=874;SC=CAATCACTTACGGAACCCGGG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=72234643;WS=72234625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr18	72238283	rs4892244	A	G	223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=2;PP=150;SC=TGAGAAACACAGAAAGTGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=72238291;WS=72238273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chr18	72264406	rs7505289	A	G	1589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.76;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr18	72264473	rs7505334	C	T	1888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr18	72343008	rs7243081	T	C	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=38;PP=1532;SC=CCGAAAATGATGAGGATGAAA;SOR=0.889;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=49;TCR=38;TR=87;WE=72343016;WS=72342998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr18	72493314	rs7228438	G	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr18	72593118	rs2628126	C	T	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=23;PP=654;SC=GCAGAGAGGACGGCAAGACAC;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=72593126;WS=72593108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr18	72776121	rs3744913	G	A	5676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=65;PP=2366;SC=TCATCGTGACGGAGGAGCTGG;SOR=0.739;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=126;WE=72776129;WS=72776111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr18	72997677	rs3826609	C	T	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=55;PP=2220;SC=GTCCCGACAGCGTCTCGTACC;SOR=0.894;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=72;TCR=55;TR=127;WE=72997685;WS=72997667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr18	72998004	rs3744908	T	C	6360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=82;PP=2737;SC=CGTCCTCGTATGGGCTGCTTC;SOR=0.752;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=169;TCF=87;TCR=82;TR=168;WE=72998012;WS=72997994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr18	72998268	rs3744909	T	C	5234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=63;PP=2318;SC=GGAAGGAGGATGCCCAGAAGG;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=74;TCR=64;TR=137;WE=72998276;WS=72998258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr18	72998886	rs3809997	T	C	3958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=46;PP=1664;SC=AGAAGCCGCCTGTGGCTGGCG;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=97;WE=72998894;WS=72998876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr18	72999359	rs55679337	T	C	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=50;PP=2241;SC=AAGAGCTCCCTGGCCAAGGCT;SOR=1.044;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=75;TCR=51;TR=124;WE=72999367;WS=72999349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr18	74082655	rs690035	G	C	244.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=115;SC=AAAGACACCAGCGCCTAGCCT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=74082663;WS=74082645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	74083354	rs689756	A	C	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=17;PP=1050;SC=GCGGATGGTCAAGCCACTGAC;SOR=1.236;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=52;WE=74083362;WS=74083344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr18	74090931	rs690353	C	T	3262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=54;PP=1644;SC=CCTCGGCCACCGGCTCCTGTT;SOR=0.958;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=40;TCR=57;TR=94;WE=74090939;WS=74090921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr18	74090957	rs56087742	CG	C	3036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=50;PP=1575;SC=GAGTGTAGGACGGGGGGGCGC;SOR=1.090;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=64;TCF=10;TCR=54;TR=57;WE=74090965;WS=74090947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr18	74091235	rs621265	G	C	6361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr18	74091242	rs61733593	G	A	6122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr18	74091961	rs634493	C	T	8813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=111;PP=2965;SC=CAGGGTGACCCGTCTGGCCCT;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=96;TCR=112;TR=206;WE=74091969;WS=74091951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr18	74153712	rs113225589	G	A	6135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr18	74207575	rs3813102	C	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=5;PP=280;SC=AGTGGTCGCCCCTCGTCAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=17;WE=74207583;WS=74207565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr18	74208485	rs3841258	CG	C	1500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=22;PP=646;SC=GGCGATCAGACGGGGGGGGGC;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=27;WE=74208493;WS=74208475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr18	74208573	rs4891164	G	A	129.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=428;SC=TCAGGCAGAAGGACAGGGACA;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=74208581;WS=74208563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr18	74591992	rs5826483	G	GT,GTT	556.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.46;ReadPosRankSum=1.283;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,17,14:0.47,0.39:36
chr18	74611127	rs608433	A	G	5953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=89;PP=2766;SC=CAAGACGAATATTCCAGTCCC;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=150;TCF=61;TCR=89;TR=149;WE=74611135;WS=74611117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr18	74648536	rs630229	G	T	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=26;PP=681;SC=TTTATGAGATGTATTTTGACC;SOR=3.383;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=74648544;WS=74648526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	74680259	rs657066	C	T	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=34;PP=1063;SC=TGCAGGAGGCCGCCGGCGAGT;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=74680267;WS=74680249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr18	74680369	rs470774	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.43;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr18	74692336	rs9199	A	G	905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=6;PP=268;SC=GTTTTAAGGCAGTTATATTAA;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=74692344;WS=74692326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	74702999	rs9676140	C	G	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=21;PP=618;SC=GGGCTGAATACAGGAAAATGC;SOR=1.225;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=74703007;WS=74702989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr18	74778515	rs7241461	G	T	5995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=59;NR=63;PP=2055;SC=CGCAGGATTCGGAATTCTGGC;SOR=0.728;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=60;TCR=63;TR=122;WE=74778523;WS=74778505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr18	74779972	rs112846387	C	CGT	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=0.842;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr18	74962645	rs5374	T	C	5449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.755;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=60;PP=2325;ReadPosRankSum=-0.827;SC=TCGCGCTGGGTGTGCTGGGCA;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=73;TCR=60;TR=132;WE=74962653;WS=74962635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,207:0.99:209
chr18	74968192	.	AAT	A	47	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=19;MQ=59.07;NF=1;NR=2;PP=47;QD=19.3333333333;SC=AATGATCACAAATATATATAT;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=3;WE=74968201;WS=74968182;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr18	74980809	rs5376	G	A	5737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=84;PP=2653;SC=ACTAAAGAAAGTAAAAGTCGA;SOR=0.969;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=54;TCR=84;TR=138;WE=74980817;WS=74980799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr18	76752263	rs35091814	C	A	4094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=45;PP=1323;SC=GCGCCGCCCCCCGAGGACTTC;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=76752271;WS=76752253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr18	76753063	rs2472643	C	T	3641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=24;PP=1410;SC=GGCGCCCGGCCTGCCAAGTCC;SOR=1.187;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=77;WE=76753071;WS=76753053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr18	76754367	rs2927258	C	T	10344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=118;PP=2965;SC=ACGCGGAGACCCTGAGCAGCT;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=209;TCF=90;TCR=119;TR=208;WE=76754375;WS=76754357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr18	76754871	rs2615613	G	T	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=29;PP=1443;SC=AGGAGGAGGCGCCCTTCAGCC;SOR=0.936;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=39;TCR=30;TR=68;WE=76754879;WS=76754861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr18	76873288	rs34331564	A	G	1094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr18	76933856	rs28419454	T	G	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=29;PP=779;SC=TATACACATTTTAGAATAATC;SOR=1.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=76933864;WS=76933846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr18	77097186	rs111329154	CCT	C	3387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=18;PP=2507;SC=GTCACCTCCCCCTCTGTCCCC;SOR=1.996;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=55;WE=77097195;WS=77097176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr18	77107934	rs9965202	C	T	1816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr18	77119676	rs3744829	T	A	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=22;PP=575;SC=GGGAAAAAAATTTCTCAAATG;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=77119684;WS=77119666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr18	77135340	rs8097299	C	T	1385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=18;PP=569;SC=CTTGAAATATCCTGGTATCTC;SOR=0.884;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=32;WE=77135348;WS=77135330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr18	77137202	rs1110784	A	G	3167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=28;PP=1524;SC=AGGGCCCAGGACTTCTTGGTC;SOR=1.104;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=78;WE=77137210;WS=77137192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr18	77156449	rs58346397	G	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.70;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr18	77160256	.	G	GGGGGGC	621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=455;SC=GAAACGCCCCGGGGGGCGGGG;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=77160264;WS=77160246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr18	77160367	.	C	CGCCCCG	4228.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.96;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr18	77170006	rs182507	C	T	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=6;PP=257;SC=GAATGAAGAGCGGAACCCGTG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=77170014;WS=77169996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr18	77210902	rs680802	C	T	2049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=42;NR=20;PP=1134;SC=CAGGCCTTTACGCTCCCGCGT;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=62;WE=77210910;WS=77210892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr18	77246406	rs754093	T	G	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.035;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=60;PP=2250;ReadPosRankSum=1.053;SC=CTTCCCGCCCTGTCCGCAGAG;SOR=0.259;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=114;WE=77246414;WS=77246396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr18	77246978	rs754096	G	A	3588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=65;PP=1708;SC=CCCGCCTGGCGCCATGGCGTG;SOR=1.244;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=32;TCR=66;TR=97;WE=77246986;WS=77246968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr18	77287385	rs451691	T	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=220;SC=TGGACCAGGGTGGGACCGAGG;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=77287393;WS=77287375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr18	77402295	.	ACC	A	500.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.45;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr18	77513721	rs626169	T	C	4605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=91;PP=2324;SC=GCAACGAGGATGAGGGCAGCA;SOR=1.265;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=47;TCR=91;TR=138;WE=77513729;WS=77513711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr18	77663940	rs3744881	G	A	346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=210;SC=ACCAGTGCCCGCGGCTGGCGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=77663948;WS=77663934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr18	77694128	rs3837882	TA	T	1384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.09;MQRankSum=0.390;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.223;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,87:0.91:96
chr18	77728045	rs2298644	C	T	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=1.067;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr18	77728135	rs2298645	G	T	2524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr18	77736735	rs4799116	T	C	8232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=81;PP=2965;SC=GAGGCTCCACTTTTGGAGAAT;SOR=0.712;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=160;TCF=78;TCR=82;TR=159;WE=77736743;WS=77736725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr18	77737810	rs147014161	TTTTTG	T	350.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.98;NF=2;NR=5;PP=307;SC=ATCAGGGCAATTTTTGTTTTG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=7;WE=77737822;WS=77737800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr18	77796574	rs12957601	C	T	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=15;PP=762;SC=GTTTAGCCCCCTATAAACAGT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=77796582;WS=77796564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	77797321	rs748337	C	T	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=14;PP=855;SC=GCTCTTCTTCCTGATGGAGAC;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=77797329;WS=77797311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr18	77798461	rs3744870	C	A	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=6;PP=418;SC=GTCTTGAAAACCCATGTAAGC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=77798469;WS=77798451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr18	77802297	rs66538525	C	T	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=11;PP=355;SC=GCTATATTGTCCAGGCTAGTC;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=77802305;WS=77802287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr18	77805856	rs3744872	A	C	2629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=21;PP=1156;SC=TGAGGCGCTCAACAAGCAGAT;SOR=0.957;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=77805864;WS=77805846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr18	77894844	rs3744877	G	A	8305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=105;PP=2965;SC=AGGTGGTCCCGTCTGGGCTTC;SOR=0.794;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=92;TCR=106;TR=197;WE=77894852;WS=77894834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr18	77896242	rs3826595	C	T	2834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=33;PP=1181;SC=AGCTGCCTGACGGCCACTTAG;SOR=0.748;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=66;WE=77896250;WS=77896232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr18	77896699	rs11411000	C	CA	37.92	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-1.282;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr18	77918221	rs2280349	C	T	5993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=94;NR=75;PP=2965;SC=CGGGCACCTTCTCCAGCCCGT;SOR=0.919;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=170;TCF=94;TCR=76;TR=169;WE=77918229;WS=77918211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr18	77927028	rs1879105	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=32;PP=912;SC=GAGAGCTTGCACCGGGGTGGA;SOR=1.412;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=77927036;WS=77927018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	107456	.	T	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.374;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.72;MQRankSum=1.095;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr19	281360	rs7815	C	T	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.596;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=27;ReadPosRankSum=1.590;SC=GGACTCACAGCAGCTCCCTGC;SOR=0.399;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=5;WE=281368;WS=281350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr19	312020	.	A	G	530	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=59.04;NF=17;NR=25;PP=530;QD=13.4469336321;SC=CGGGGAGAACAGTCAGCGGCG;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=148;TCF=55;TCR=93;TR=42;WE=312028;WS=312010;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:106,42:0.28:148
chr19	312143	rs10416918	T	C	4697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.516;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=6.653;NF=76;NR=59;PP=2584;ReadPosRankSum=-0.638;SC=CGGTCAGCAGTGCCCAGGGCG;SOR=0.608;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=76;TCR=61;TR=135;WE=312151;WS=312133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr19	327260	.	TA	T	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=2.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=-0.484;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chr19	335946	rs3816322	G	A	1947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=14;PP=1070;SC=CCATCTGAACGGGTGGGAGCT;SOR=1.516;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=52;WE=335954;WS=335936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	344873	.	A	G	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=-0.209;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr19	371369	rs644609	G	T	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=1.383;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,15:0.14:107
chr19	371396	rs644644	G	C	2446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.166;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=34.46;ReadPosRankSum=0.327;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,70:0.99:71
chr19	372551	rs652081	A	G	3657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=31;PP=1801;SC=CCTTTCCCACACAGCATCCTG;SOR=1.394;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=73;TCR=31;TR=103;WE=372559;WS=372541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	373897	rs668447	G	C	7119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=64;PP=2965;SC=CCTGACACGTGTCCCCCAGCA;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=94;TCR=66;TR=157;WE=373905;WS=373887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	374492	rs10410345	G	C	408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.894;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=284;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CCAGAGAAGCGTGGGTCTTGC;SOR=1.360;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=72;TCF=15;TCR=57;TR=20;WE=374500;WS=374482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,23:0.26:88
chr19	374547	rs648770	T	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=20;PP=513;SC=CCGCCTCTCCTTTCCCTCGAG;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=374555;WS=374537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	407900	rs10411998	A	G	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.501;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=426;ReadPosRankSum=0.242;SC=GGGGGCTCTCAGCCAGCATGG;SOR=0.716;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=127;TCF=61;TCR=66;TR=39;WE=407908;WS=407879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,63:0.25:249
chr19	418769	rs12981152	G	A	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=0.109;SC=TCTGGAATTCGACAGAGATGG;SOR=1.329;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=9;WE=418777;WS=418759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr19	422534	rs12984753	G	A	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr19	422543	rs2287958	G	A	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=25;PP=544;SC=CGGGTTCCCCGGGGAGTCCCT;SOR=2.694;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=30;WE=422563;WS=422524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	422555	rs2287957	G	A	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=805;SC=GGAGTCCCTCGTGCACCCGTC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=422563;WS=422524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	425290	rs73916977	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=54;ReadPosRankSum=-2.186;SC=GGCTCGCAGGGAGCAAGGCGG;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=5;WE=425298;WS=425280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr19	439055	rs112380345	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=2.302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,44:0.28:157
chr19	463810	rs60512152	GC	G	440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=287;SC=AGGCCCGCCAGCCCCCCGTTC;SOR=2.448;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=10;WE=463818;WS=463800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	464310	rs34551779	A	G	1296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=417;ReadPosRankSum=1.643;SC=CCGATGGCGCACAGGGGGCAC;SOR=0.540;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=34;WE=464318;WS=464300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,66:0.60:110
chr19	498212	rs12461640	A	C	6501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=104;PP=2604;SC=GATTGCAGGCAGGGTCCCAGC;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=168;TCF=63;TCR=105;TR=166;WE=498220;WS=498202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	499978	rs12982646	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=12.904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.874;SOR=0.065;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,50:0.70:71
chr19	501701	.	G	GACACCACCTCCCCGGAGCCTCCCA	4921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.575;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=1.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=65.17;MQRankSum=10.209;QD=27.81;ReadPosRankSum=1.997;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,114:0.64:177
chr19	501743	.	T	TCTCCCGACACCACCTCCCAGGAGCCTCCCGACACCACCTCCCAGGAGC	6040.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=1.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.97;MQRankSum=0.276;QD=41.37;ReadPosRankSum=-0.577;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,56:0.38:146
chr19	504830	rs7246543	C	G	3424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.723;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=34;PP=1290;ReadPosRankSum=-1.241;SC=CCTTGCCCACCTATCACCTCT;SOR=0.824;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=127;TCF=76;TCR=51;TR=89;WE=504838;WS=504820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,163:0.69:235
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chr19	544277	rs12981692	C	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.978;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
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chr19	547491	rs2070795	C	T	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.125;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=0.256;SC=CCGACGGCGCCCATTCTCTGC;SOR=0.163;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=11;WE=547499;WS=547481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr19	548757	.	C	CCGCTGCCGACCCTCCCCCCG	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=-0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.90;MQRankSum=1.383;QD=15.75;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr19	548865	rs12972174	C	T	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.25;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chr19	549678	rs1599882	A	G	9190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=112;NR=89;PP=2965;SC=GGTGTTGGCCAGAGTCCTGTC;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=112;TCR=90;TR=201;WE=549686;WS=549668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr19	578239	rs2283571	C	T	456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.632;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=314;ReadPosRankSum=-0.910;SC=CGCTGTGCCCCGTTGGGCCCA;SOR=0.351;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=23;WE=578247;WS=578229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
chr19	582253	rs4919862	T	C	4086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=39;PP=1939;SC=GTGGGGCCAGTGCTGACAGGC;SOR=1.091;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=104;WE=582261;WS=582243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	582462	rs200045153	GGA	G	1744.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.447;NF=5;NR=37;PP=1727;ReadPosRankSum=1.162;SC=GGGGTGACTTGGAGAGAGTGA;SOR=0.703;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=9;TCR=55;TR=42;WE=582471;WS=582452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,48:0.60:80
chr19	603460	rs11881654	T	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.381;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr19	603625	rs56342526	T	C	3582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=4.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.30;MQRankSum=-8.429;QD=19.58;ReadPosRankSum=-2.816;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,92:0.50:183
chr19	603634	rs56131056	T	C	3731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=2.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.85;MQRankSum=-8.305;QD=18.12;ReadPosRankSum=-2.999;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,103:0.50:206
chr19	603769	rs55659726	T	C	7168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.766;NF=96;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.001;SC=AGAAGAAGTATCTGCGCACGT;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=313;TCF=150;TCR=163;TR=205;WE=603777;WS=603759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,341:0.63:543
chr19	603826	rs56170955	C	T	5628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.305;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.421;SC=ACTACATCTTCCTTATCGTGG;SOR=0.958;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=257;TCF=114;TCR=143;TR=163;WE=603840;WS=603816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,252:0.64:396
chr19	603832	rs56180027	C	T	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.141;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=2785;ReadPosRankSum=-0.518;SC=TCTTCCTTATCGTGGAGAAGG;SOR=0.586;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=241;TCF=110;TCR=131;TR=89;WE=603840;WS=603816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,137:0.38:362
chr19	603874	rs55780677	C	T	3486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.955;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.137;NF=41;NR=64;PP=1494;ReadPosRankSum=-0.020;SC=AGACGGCACGCGCCCTGCGCA;SOR=0.766;Source=Platypus;TCF=71;TR=105;WE=603882;WS=603864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,163:0.61:269
chr19	604022	rs10409268	A	G	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=5.402;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.412;NF=7;NR=13;PP=311;ReadPosRankSum=-1.583;SC=ATAATGGTGCATGGGCGGGGC;SOR=1.206;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=20;WE=604030;WS=604012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr19	605255	rs12977789	C	T	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=74;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=202;SC=GAGGGGGAGACGCAGGCTCCC;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=605263;WS=605245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	641215	rs7246140	T	C	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=44;PP=1312;SC=CCCACCCTCCTGGGGCTCCCA;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=80;WE=641223;WS=641205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	643103	.	GG	AT	510	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=11;NR=2;PP=510;QD=43.3436826817;SC=CGTCGTGGTCGGGAGGGGACT;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=13;WE=643112;WS=643094;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:6,13:0.68:19
chr19	643104	.	G	GGAGGGGACTCGTGGTCTGGGGCAGGGGGGGCTCCTCGTGTCTGTCGTGGTCAT	1036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=207.35;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	646722	rs142396100	A	G	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.962;NF=18;NR=4;PP=329;ReadPosRankSum=-2.850;SC=CCCGCCACGCACGACCCCAGA;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=22;WE=646730;WS=646712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,31:0.67:46
chr19	646891	rs10403235	G	A	4712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=51;PP=1650;SC=CAGACACGTCGCGGGACACAG;SOR=0.857;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=37;TCR=51;TR=88;WE=646899;WS=646881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr19	647039	rs2074460	T	C	1881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=23;PP=698;SC=CTCCGTTAGCTGTCTCCATCG;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=41;WE=647047;WS=647029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	649110	rs2040736	G	C	160.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=6;PP=92;SC=GAGCCCGCCCGGGGTCGGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=649118;WS=649100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	649139	rs2040737	G	A	55.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.43;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	650193	rs147659622	A	G	686.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.241;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=497;ReadPosRankSum=-2.428;SC=CTCACCAGGGACCCAGGCTGG;SOR=0.289;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=52;TCF=40;TCR=12;TR=31;WE=650201;WS=650183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,32:0.58:55
chr19	651543	rs116680040	A	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5004;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=-0.713;SC=CCCGTGCTGGATTCTAAGCGC;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=651551;WS=651533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr19	652206	rs8102953	G	A	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	652238	rs11554788	A	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.648;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=250;ReadPosRankSum=-2.418;SC=CTCACCTCCAACGGTGGCCGG;SOR=0.516;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=20;WE=652246;WS=652228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,38:0.37:104
chr19	652739	rs12973146	C	G	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.338;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=17;PP=807;ReadPosRankSum=0.802;SC=CCACACTCGGCGGGGCGGACG;SOR=0.826;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=151;TCF=104;TCR=47;TR=53;WE=652747;WS=652729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,57:0.33:175
chr19	652948	rs10153505	T	G	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=57;NR=111;PP=2965;SC=CCCCCCCAAGTGTGAGGACAG;SOR=1.281;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=57;TCR=111;TR=168;WE=652956;WS=652938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	686791	rs10439152	C	T	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.968;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr19	687142	rs8102982	G	A	5990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=97;PP=2965;SC=TCTCCCTGGCGGCCTCAGCAG;SOR=1.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=59;TCR=97;TR=156;WE=687150;WS=687132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	725939	rs3787017	C	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=8;PP=1063;SC=GGCAGAGCCTCGTCCCCTCCT;SOR=2.179;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=44;WE=725947;WS=725929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	726910	rs28452452	G	A	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.19;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	727209	.	G	GCCCTGACCCTGACCCCAA	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=0.823;SOR=0.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,2:0.12:17
chr19	727225	.	C	CAACCCT	545.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.586;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=40;PP=2970;ReadPosRankSum=2.135;SC=ACCCTGACCCCGACCCTGACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=10;TCR=56;TR=40;WE=727252;WS=727215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr19	727237	.	C	CGACCCT	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.586;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=40;PP=2567;ReadPosRankSum=2.785;SC=ACCCTGACCCCGACCCCGACC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=40;WE=727252;WS=727215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr19	727243	.	C	CGACCCTGACCCCAACCT	218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=5.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=0.000;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.197;SOR=0.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,8:0.28:29
chr19	727261	.	CAACCT	C	2523	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=107;MMLQ=24;MQ=52.12;NF=0;NR=40;PP=2523;QD=20;SC=ACCCTGACCCCAACCTGACCC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=40;WE=727273;WS=727251;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:13,40:0.75:53
chr19	727544	rs3746168	C	G	29004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=672;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=43.42;ReadPosRankSum=-0.088;SOR=0.295;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,667:1.00:668
chr19	727550	rs3746169	T	C	28545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=632;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=45.46;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,627:1.00:628
chr19	727552	rs3746170	C	T	28116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=46.40;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,605:1.00:606
chr19	731055	rs10405821	G	C	465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=302;ReadPosRankSum=-0.438;SC=GCCCCACCGGGGATGCAGGAG;SOR=0.969;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=20;WE=731063;WS=731045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr19	731077	rs10405836	GG	CT	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=5.415;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.340;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,34:0.33:103
chr19	731144	rs1050457	A	G	1348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.562;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=591;ReadPosRankSum=-1.610;SC=CGCCCCAGCCACTGCCAAGGA;SOR=0.900;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=48;WE=731152;WS=731134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,76:0.40:190
chr19	740560	rs10419493	T	C	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=58;PP=1349;SC=CGTGTGGGTCTGGCGTCTGCC;SOR=2.391;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=14;TCR=58;TR=72;WE=740568;WS=740550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	746206	rs2384776	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.122;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=5;PP=500;ReadPosRankSum=0.050;SC=GCCAAGGTTTCCCTCCTGCCT;SOR=1.591;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=28;WE=746214;WS=746196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,38:0.67:57
chr19	746712	rs10421265	C	T	2583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.718;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=37;PP=920;ReadPosRankSum=-1.106;SC=CCACGGAGGCCGCCTCCAGGG;SOR=0.573;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=166;TCF=78;TCR=88;TR=77;WE=746720;WS=746702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,133:0.48:277
chr19	803686	rs116961534	G	A	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=50;PP=1282;ReadPosRankSum=0.771;SC=TCTTTCCCTGGAACAACGTTA;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=111;TCF=43;TCR=68;TR=82;WE=803694;WS=803676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,111:0.69:161
chr19	805238	rs377123149	C	T	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=4.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.751;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=52;PP=1190;ReadPosRankSum=0.758;SC=CTATTAGGGCCGCTCAGTCCG;SOR=0.412;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=79;TCF=7;TCR=72;TR=58;WE=805246;WS=805228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,60:0.73:82
chr19	815258	rs202012376	C	T	5070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FS=1.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.27;ReadPosRankSum=-1.234;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,236:0.71:332
chr19	843687	rs2301878	C	G	2159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=48;PP=1160;ReadPosRankSum=-1.417;SC=AGCCCTGGCCCGGCCACTGTC;SOR=0.661;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=67;WE=843695;WS=843677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,99:0.65:153
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chr19	862024	rs1683561	C	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=25;PP=683;SC=AGAGGGAGCGCGAAGCGGGGG;SOR=1.251;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=34;WE=862032;WS=862014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	868115	rs13090	C	T	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=8;PP=569;SC=GGACGGTCCTCTGGATGCAGA;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=30;WE=868123;WS=868105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	868551	rs1631848	T	C	2429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=38;PP=1183;SC=GGGCCTCCCTTACGCCTGCCC;SOR=0.982;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=868559;WS=868541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	868620	rs1651891	G	A	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=13;PP=478;SC=TGCTCCCCACGTCCCCACCTG;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=868628;WS=868610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	869037	rs1683591	A	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=145;SC=GGGTGGAGGGAATGGCCGGCC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=869045;WS=869027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	871135	rs1683569	A	G	2725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=21;PP=1102;SC=GCAGGCGGCTAACCAGGCCGT;SOR=1.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=35;TCR=21;TR=55;WE=871143;WS=871125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	871447	rs1683570	A	G	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=1.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	871457	rs2288546	C	T	3166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.60;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	871724	rs73492568	G	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=594;SC=ATGTTCTGGCGGGGGGCTCAG;SOR=2.833;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=871732;WS=871714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	871898	rs191758226	A	C	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=0;PP=90;SC=GAGCGGGGAGAGGGGAGGGGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=6;WE=871906;WS=871888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	871987	rs78047294	G	A	7046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=45;PP=2875;ReadPosRankSum=-1.266;SC=GGGTATCCGAGGTGGCCGTAT;SOR=0.402;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=141;TCF=96;TCR=45;TR=138;WE=871995;WS=871977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,270:1.00:271
chr19	873743	rs1651888	G	A	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=425;SC=GTTGCCGGACGGAGAGGAACT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=873751;WS=873733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	875389	rs11546307	G	A	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=38;PP=1189;SC=CGCACACGCGGGTCACCGTGC;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=20;TCR=38;TR=58;WE=875397;WS=875379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	876911	rs10414386	G	A	1004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.61;MQRankSum=1.577;QD=41.87;ReadPosRankSum=1.899;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chr19	879887	rs28545193	C	G	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.08;MQRankSum=0.844;QD=14.52;ReadPosRankSum=-1.789;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr19	884782	rs2965294	C	G	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=22;PP=2413;SC=CGAGGCGAGACGATCGCTTAG;SOR=2.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=83;TCR=22;TR=105;WE=884790;WS=884772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	885818	rs1060442	A	G	7204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.59;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	886257	rs2930900	A	G	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=24;PP=658;SC=GGGCTGCCCCATGACCCCCAG;SOR=1.292;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=13;TCR=24;TR=37;WE=886265;WS=886247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	890165	rs6678	G	A	2257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=25;PP=1083;SC=GGCAGGTGATGGCCTCGTGGT;SOR=0.887;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=59;WE=890173;WS=890155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	897571	rs3746149	G	C	1711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=25;PP=816;SC=GCAAGAACGGGAGGAATTTGG;SOR=1.107;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=39;WE=897579;WS=897561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	899444	rs2965284	C	T	6614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=60;PP=2479;SC=ACTTACTGGCCGAGATGAGGT;SOR=0.740;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=70;TCR=60;TR=129;WE=899452;WS=899434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	913048	rs1683587	G	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=1.613;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr19	913051	rs1623302	C	G	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.942;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,8:0.19:42
chr19	920170	rs350131	G	T	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=23;PP=691;SC=GGTGGGAGGCGCCGGTGGGGG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=920178;WS=920160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	920642	rs350132	T	A	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=80;PP=2350;SC=GCGGAGCTGCTCCGCCTGGGG;SOR=2.152;Source=Platypus;TCF=26;TR=104;WE=920650;WS=920632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	929678	rs3826948	G	A	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=24;PP=796;SC=GAGAGCCCGAGAGTGCCCGGA;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=929686;WS=929668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	929753	rs1799595	A	G	809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=10;PP=375;SC=TGGGACACCCAGCCAGCCCCG;SOR=1.085;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=25;WE=929761;WS=929743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	960187	rs1637993	G	C	8224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.748;SC=CCCCCACCCCGCTGGAGGGAG;SOR=1.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=225;TCF=88;TCR=137;TR=224;WE=960195;WS=960177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,322:0.99:324
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chr19	960277	rs2302111	G	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=11.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,10:0.19:54
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chr19	966891	rs113560697	C	T	271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=-0.677;QD=5.13;ReadPosRankSum=2.276;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,18:0.34:53
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chr19	968345	rs7251219	CA	TG	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=43.75;SOR=1.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr19	971949	rs1051505	G	A	5573.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=49;PP=2059;SC=CGGCGGCGGCGGCAGCAGCAG;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=105;WE=971957;WS=971939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	984537	rs61732720	A	G	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=16;PP=327;ReadPosRankSum=0.202;SC=CAAGAATTACATCAGCGCCTG;SOR=0.646;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=29;WE=984545;WS=984527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,43:0.40:107
chr19	985997	rs2074574	C	G	2052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.913;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=40;PP=805;ReadPosRankSum=0.035;SC=AAAGCGTGAGCGTTTCCCACA;SOR=0.578;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=212;TCF=79;TCR=133;TR=69;WE=986005;WS=985987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,118:0.35:339
chr19	989730	rs2240147	C	A	2246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.526;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=21;PP=913;ReadPosRankSum=-0.962;SC=GGGCTTTCCTCCCCTGACCTG;SOR=0.844;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=186;TCF=115;TCR=71;TR=65;WE=989738;WS=989720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,118:0.37:317
chr19	990185	rs10409367	G	C	822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=12;PP=631;ReadPosRankSum=3.174;SC=TGTTCCCTCCGCTCCCCGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=112;TCF=80;TCR=32;TR=43;WE=990193;WS=990175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,43:0.34:125
chr19	990238	rs117300378	C	T	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.426;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=33;PP=856;ReadPosRankSum=0.893;SC=TGCAGGCCGACCCCTCCAGGA;SOR=0.652;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=207;TCF=116;TCR=91;TR=72;WE=990246;WS=990228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,108:0.33:331
chr19	990281	rs2158367	G	A	12318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=119;PP=2965;SC=GTCTCACCACGCGCTCCCCAT;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=112;TCR=119;TR=231;WE=990289;WS=990271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr19	990736	rs2365709	C	T	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.164;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=220;ReadPosRankSum=1.266;SC=CACCCAAAGTCGCAAGCCCTA;SOR=2.683;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=39;TCR=5;TR=14;WE=990744;WS=990728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr19	991063	rs2240150	A	C	1216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:182,77:0.30:259
chr19	991129	rs11538683	G	A	906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=1.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=1.121;SOR=0.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,56:0.28:198
chr19	991196	rs60416441	CGTCCCAG	CCCCAG,C	6742.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=66;PP=2815;ReadPosRankSum=-1.109;SC=CTGTCTGGCACGTCCCAGGTG;SOR=0.799;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=29;TCR=72;TR=91;WE=991212;WS=991185;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:259
chr19	991199	rs201372013	CCCAGG	C	11612.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr19	991204	.	G	C	2818	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=77;NR=65;PP=2818;QD=20;SC=CACGTCCCAGGTGACCCCTGT;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=85;TCR=72;TR=142;WE=991212;WS=991185;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:15,142:0.90:157
chr19	991374	rs77430782	C	T	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=269;ReadPosRankSum=-0.371;SC=CTGCTCGGCCCGCGGCCAGCG;SOR=0.967;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=64;TCF=21;TCR=43;TR=18;WE=991382;WS=991364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,24:0.29:84
chr19	991892	rs71335285	T	C	1381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=5;PP=937;SC=GGGGCGGAACTTGGCTTGCTG;SOR=4.575;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=49;WE=991900;WS=991882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	991968	rs1127043	T	C	6102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=55;PP=2090;SC=CAGTCACCAATGCCGCCATCC;SOR=1.019;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=73;TCR=55;TR=128;WE=991976;WS=991958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr19	1000799	rs2301813	G	C	209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=5.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr19	1004710	rs4807399	C	T	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=3.040;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=-1.334;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,119:0.35:337
chr19	1004740	rs2240157	T	C	11059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=122;PP=2965;SC=TGCCCAGGTCTGGCCCAAGCT;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=257;TCF=134;TCR=123;TR=256;WE=1004748;WS=1004730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr19	1008358	rs10403909	A	G	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=71;PP=2163;SC=CCTTGTCTGAAGTGACCAACC;SOR=2.454;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=14;TCR=71;TR=85;WE=1008366;WS=1008348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	1008683	rs2285906	G	A	2862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=35;PP=1131;ReadPosRankSum=0.388;SC=CCTGGGCAGCGCTCTGCTCAG;SOR=0.707;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=78;WE=1008691;WS=1008673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,135:0.67:201
chr19	1008879	rs2285907	G	C	1402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=602;ReadPosRankSum=-2.081;SC=CCCTCAACACGGAGCCACCAG;SOR=0.856;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=9;TCR=43;TR=37;WE=1008887;WS=1008869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,68:0.62:109
chr19	1009365	rs10417824	T	A	198.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.569;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=71;ReadPosRankSum=0.408;SC=GCTGTGCTCCTACGGCCGCCC;SOR=1.085;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=7;TCR=10;TR=7;WE=1009373;WS=1009355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr19	1009485	rs10401245	C	G	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=5;PP=344;SC=GCGGCGCGGCCAGCTCCTGGC;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=1009493;WS=1009475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	1009585	rs10401454	C	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=23;PP=692;SC=TCTGGCCGACCGGGGAGCCAG;SOR=0.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=1009593;WS=1009575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	1010406	rs62131162	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.240;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr19	1010691	rs2240159	A	G	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=17;PP=615;SC=CGCTGGCCCCAGGCGAGACGG;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=1010699;WS=1010681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	1010973	rs8100391	G	A	385.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.823;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=9;PP=318;ReadPosRankSum=-0.401;SC=CAGCCCACCCGGGACCATCCA;SOR=1.609;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=15;WE=1010981;WS=1010963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,19:0.70:27
chr19	1011823	rs2240161	A	G	11854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=153;NR=87;PP=2965;SC=AGGAAGCGCTATGAGGGGCTG;SOR=0.932;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=153;TCR=88;TR=240;WE=1011831;WS=1011813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr19	1011846	rs10420656	T	C	4788.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.852;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.295;NF=93;NR=74;PP=2748;ReadPosRankSum=-0.181;SC=AGGGCCTGCTTGGCTCCCGCC;SOR=0.734;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=261;TCF=149;TCR=112;TR=167;WE=1011854;WS=1011836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,220:0.64:343
chr19	1011999	rs116854930	A	G	21274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=839;ExcessHet=3.0103;FS=1.155;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.57;ReadPosRankSum=1.015;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,538:0.65:832
chr19	1012002	rs117246624	A	G	21151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=824;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.89;ReadPosRankSum=1.349;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:293,524:0.64:817
chr19	1012120	rs7145	G	A	1856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=49;PP=1088;ReadPosRankSum=0.150;SC=GGATGTCATCGTAGCCCAGGA;SOR=0.685;SbPval=0.43;Source=Platypus;TCF=72;TR=77;WE=1012128;WS=1012110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,107:0.32:339
chr19	1012379	rs2240162	C	G	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=2.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	1012379	.	CGT	GGC	1422	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=24;NR=6;PP=1422;QD=49.1822624954;SC=CACAGCCCCCCGTCCCGCACC;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=30;WE=1012389;WS=1012369;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,30:0.88:34
chr19	1012381	rs2240163	T	C	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.74;SOR=2.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	1012440	rs11672715	A	C	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=4;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=14;PP=466;ReadPosRankSum=-0.370;SC=GGAGCTCCCCAAGCCCAGCAG;SOR=0.518;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=89;TCF=58;TCR=31;TR=35;WE=1012448;WS=1012430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,49:0.36:138
chr19	1012611	rs970100	A	C	3907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=55;PP=1849;SC=GCGCCCCCACACACGTCCCCC;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=88;WE=1012619;WS=1012593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	1012639	rs62131163	A	G	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=285;ReadPosRankSum=1.046;SC=GCCAGCAGGCAAGGCAGGCGT;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=23;WE=1012647;WS=1012629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr19	1013148	rs3815170	G	A	1175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=12;PP=641;ReadPosRankSum=0.413;SC=CAGCCAGCAGGCTGGGGATGT;SOR=1.044;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=107;TCF=73;TCR=34;TR=45;WE=1013156;WS=1013138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,60:0.38:158
chr19	1014377	rs1058506	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.727;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=319;ReadPosRankSum=0.623;SC=GGATGCCCTCACGCGGCCACT;SOR=0.827;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=81;TCF=27;TCR=54;TR=24;WE=1014385;WS=1014367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,40:0.31:128
chr19	1014398	rs7146	A	G	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=40;PP=1199;SC=TGTCACGCACATGCTCCAGGC;SOR=1.035;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=1014406;WS=1014388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	1020673	rs1005504	C	G	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=10;PP=1007;SC=GTGGCGCTCGCTGTCCCCAGC;SOR=2.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=47;WE=1020681;WS=1020663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	1031212	rs7247087	A	G	5590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=62;PP=2079;SC=GCAGGGACACAGGCTGTCTCA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=114;TCF=52;TCR=62;TR=114;WE=1031220;WS=1031202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr19	1031329	rs56707950	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=6;PP=163;SC=TTTGGAGGCCGAGGGTGGTGG;SOR=1.270;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=1031345;WS=1031319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	1031339	.	G	GGGGGGA	380.74	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=47.59;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	1031340	rs12978059	C	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=55.68;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	1032369	rs10401325	C	T	2341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=15;PP=1116;SC=CTGTTTCCCCCGCCCCATGTT;SOR=1.295;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=55;WE=1032377;WS=1032359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	1032474	rs62131196	G	T	1612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.074;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=649;ReadPosRankSum=1.032;SC=GGCTGGTGGAGCGGAGCAGGG;SOR=0.734;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=46;WE=1032482;WS=1032464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,87:0.41:213
chr19	1032871	rs4630683	A	G	309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=2;NR=6;PP=185;SC=TCCAACTCCCAGGTTCAAGCG;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=1032879;WS=1032861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	1036018	rs930232	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.51;ReadPosRankSum=-0.707;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,28:0.35:80
chr19	1036552	rs2304262	T	C	31651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=1201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=424;NR=305;PP=2965;SC=CGAACAAGTGTGCCAGCCAGG;SOR=0.961;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=730;TCF=424;TCR=306;TR=729;WE=1036560;WS=1036542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1183:1.00:1183
chr19	1037932	rs3848639	G	C	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	1042809	rs3764645	A	G	1681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=988;ReadPosRankSum=-2.368;SC=GAGGCCGCTGAGGACCTGGCC;SOR=0.727;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=35;TCR=55;TR=58;WE=1042817;WS=1042799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,77:0.60:129
chr19	1043864	rs4622634	G	C	1807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=3.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,85:0.74:115
chr19	1044753	rs3764648	T	C	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=255;ReadPosRankSum=0.760;SC=GGTGAGGGCCTGTCCACCTGC;SOR=1.109;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=16;WE=1044761;WS=1044743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr19	1045249	.	C	CG	512.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.352;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.623;HP=11;HapScore=4;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=381;ReadPosRankSum=-0.901;SC=AGGGAGGGGGCGGGGGGATGA;SOR=1.030;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=11;WE=1045257;WS=1045239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr19	1047002	rs3752234	A	G	2371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1332;ReadPosRankSum=-0.002;SC=TCAGCGCCGCACTGCTGGTTC;SOR=0.755;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=117;TCF=62;TCR=55;TR=79;WE=1047010;WS=1046992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,107:0.64:168
chr19	1047161	rs3752237	A	G	5885.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.818;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=69;PP=2346;ReadPosRankSum=0.048;SC=CACAGCTGGGAGACATCCTCC;SOR=0.579;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=225;TCF=121;TCR=104;TR=144;WE=1047169;WS=1047151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,273:0.65:423
chr19	1048807	.	C	CA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.53;ReadPosRankSum=-0.155;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr19	1049012	rs4147912	A	C	1401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=15;PP=420;SC=AGGGTGAGGCACTACGAGGCT;SOR=0.970;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=1049020;WS=1049002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	1049305	rs4147915	C	A	3621.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=29;PP=1067;ReadPosRankSum=0.434;SC=GTCCTGGCGTCTCCGTTCGCA;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=72;TCR=48;TR=73;WE=1049313;WS=1049295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,173:0.63:274
chr19	1049490	.	C	CT	1765.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.56;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=29;PP=1380;SC=ACCCCGTGAGCCCCCCCACCA;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=29;WE=1049499;WS=1049480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	1049491	.	C	G	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.56;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=26;PP=804;SC=CCCCGTGAGCCCCCCCACCAC;SOR=7.328;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=26;WE=1049499;WS=1049480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	1050781	rs145363837	AAATAATAATAATAAT	A,AAATAATAATAATAATAATAAT	374.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.58;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3,3;NR=3,3;PP=2537,195;SC=TCCGTCTCAAAAATAATAATA;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6,6;WE=1050803;WS=1050771;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.77:13
chr19	1050836	rs55999131	T	A	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.05;ReadPosRankSum=1.461;SOR=0.452;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr19	1050874	rs12151021	A	G	3606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=23;PP=1414;SC=TGTAACTGCCAGTGCACTCTG;SOR=1.374;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=58;TCR=23;TR=80;WE=1050882;WS=1050864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	1051214	rs3752240	A	G	1942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.621;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1108;ReadPosRankSum=-1.149;SC=GTGCCGCTGTAGTGGGCCCCG;SOR=0.497;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=91;TCF=30;TCR=61;TR=66;WE=1051222;WS=1051204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,88:0.70:125
chr19	1051370	.	TACTGAGGTCCACGTGGGTAGGCAACCTTGCCCAAGGCTGGGTGTGACAC	T	2954	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=3;NR=3;PP=2954;QD=20;SC=GGAAGCCGGGTACTGAGGTCC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=1051426;WS=1051360;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	1051751	rs3764651	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.67;ReadPosRankSum=-1.600;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr19	1052005	rs3764652	C	T	1072.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.955;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=14;PP=573;ReadPosRankSum=0.525;SC=ACCGTGTGGCCGTGGTGGCAG;SOR=0.870;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=126;TCF=79;TCR=47;TR=42;WE=1052013;WS=1051995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,60:0.31:194
chr19	1053299	rs3829687	C	T	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.062;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=30;ReadPosRankSum=0.328;SC=TGAGCCGGGGCTCCCTGAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=5;WE=1053307;WS=1053289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr19	1053524	rs3752241	C	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.612;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=15;PP=439;ReadPosRankSum=-1.105;SC=ACACCAGCCTCGAGGAGGTGT;SOR=0.671;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=72;TCF=38;TCR=34;TR=33;WE=1053532;WS=1053514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,53:0.45:119
chr19	1053575	rs9282559	T	G	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=472;ReadPosRankSum=1.673;SC=GAGGAGGGCTTCCTGGAGGAG;SOR=0.735;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=35;WE=1053583;WS=1053565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,47:0.41:115
chr19	1053677	rs3752242	G	A	785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=1.712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.209;SOR=0.491;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,40:0.35:113
chr19	1054060	rs3752243	A	G	2908.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-1.048;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:432,171:0.28:603
chr19	1055191	rs3745842	G	A	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.472;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=26;PP=732;ReadPosRankSum=1.199;SC=CAGTGTAGCCGGCCCGGTGCC;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=160;TCF=84;TCR=76;TR=55;WE=1055199;WS=1055181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,92:0.35:262
chr19	1056018	rs3833881	GC	G	1639.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.180;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.918;NF=12;NR=25;PP=633;ReadPosRankSum=-0.149;SC=AGCTCTCCCGGCCCCCCCGGC;SOR=0.512;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=117;TCF=34;TCR=83;TR=37;WE=1056026;WS=1056008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:140,77:0.35:217
chr19	1056065	rs881768	A	G	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.094;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.348;NF=25;NR=23;PP=660;ReadPosRankSum=-1.884;SC=GGCCCCACAGATACGGAGGCT;SOR=0.608;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=48;WE=1056073;WS=1056055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,77:0.36:215
chr19	1056492	rs3752246	G	C	13712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=191;PP=2965;SC=CTGTCTGAGGGTGCACTGTGA;SOR=1.029;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=304;TCF=112;TCR=192;TR=303;WE=1056500;WS=1056482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,520:1.00:520
chr19	1057776	rs113768208	G	GA	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.064;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr19	1059004	rs2279796	A	G	789.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.157;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=23;PP=447;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CCTTTCTGAAAGACCTGCACT;SOR=0.941;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=108;TCF=46;TCR=62;TR=36;WE=1059012;WS=1058994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,49:0.29:167
chr19	1062370	rs34606911	T	C	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=48;PP=931;ReadPosRankSum=-0.629;SC=ACCCAGGCCGTGCCTCTAAAG;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=9;TCR=64;TR=55;WE=1062378;WS=1062360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,63:0.76:83
chr19	1063930	rs4807499	C	T	1578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=1.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=1.024;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,75:0.69:109
chr19	1064193	rs4147930	G	A	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=20;PP=671;SC=GCTCGCGCCTGGCCATCATGG;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=1064201;WS=1064183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	1064453	rs4147931	G	C	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.046;SOR=0.394;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr19	1065018	rs4147934	G	T	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=15;PP=860;SC=GTTCCCTGGGGCGGAGCTGCG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=1065026;WS=1065008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	1065044	rs4147935	C	T	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.899;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=707;ReadPosRankSum=0.503;SC=CACATGGAGGCCGCCTGCGCT;SOR=0.455;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=64;TCF=39;TCR=25;TR=47;WE=1065052;WS=1065034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,60:0.68:88
chr19	1065197	rs4147936	G	C	6135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=73;PP=2658;SC=GGTCGGGCTGGGGGAGGCAGG;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=166;TCF=93;TCR=73;TR=166;WE=1065205;WS=1065187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr19	1066256	rs4147938	G	A	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	1067422	rs76139012	A	G	3217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=1322;ReadPosRankSum=-0.420;SC=CCAGGAAGAAACGAGAGCTCA;SOR=0.636;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=53;TCR=44;TR=71;WE=1067430;WS=1067412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,148:0.69:214
chr19	1068734	rs3764653	T	C	3259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.219;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,92:0.36:256
chr19	1068738	rs1801284	G	A	3215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=1.610;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.423;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,89:0.37:242
chr19	1071312	rs4807506	C	T	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=17;PP=556;SC=GACGGCGCACCCGGTGCTGGA;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=1071320;WS=1071302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	1073409	rs2074441	C	G	3607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=40;SC=CAAGCTCCCTCCTGTTCCCCC;SOR=0.790;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=88;WE=1073417;WS=1073399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	1074000	rs2074442	A	T	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=196;ReadPosRankSum=1.959;SC=CCAGCCTGGAAGACTGTGACG;SOR=0.597;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=59;TCF=37;TCR=22;TR=19;WE=1074008;WS=1073990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,61:0.42:144
chr19	1074064	rs12610818	C	G	2964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=29;PP=1520;SC=GGCCATTGCGCGGGTCGGGCC;SOR=1.042;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=73;WE=1074072;WS=1074054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	1074252	rs11084881	T	G	6117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	1077936	rs35964792	C	T	3849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-2.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=48;PP=1379;ReadPosRankSum=0.600;SC=CTCGCTTCCTCGTGGCCAAGG;SOR=0.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=90;WE=1077944;WS=1077926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,181:0.76:238
chr19	1077985	rs7251797	A	G	592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=3.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:121,41:0.25:162
chr19	1078101	rs72975505	G	A	847.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.397;NF=9;NR=21;PP=497;ReadPosRankSum=1.576;SC=CCAATGCTTGGTGTGACATTT;SOR=0.551;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=30;WE=1078109;WS=1078091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr19	1080189	rs2074453	G	C	4165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=751;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.64;ReadPosRankSum=1.925;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:485,253:0.34:738
chr19	1080311	rs2074454	G	C	13659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=150;NR=172;PP=2965;SC=TGGCGCGGCCGGAGGCTGCCG;SOR=0.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=323;TCF=150;TCR=173;TR=322;WE=1080319;WS=1080301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr19	1081120	rs8113708	A	G	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=43;PP=1216;SC=TGGGGTGCCCAGCACCGCCGG;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=12;TCR=43;TR=55;WE=1081128;WS=1081110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	1081462	rs34275968	C	CG	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.721;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=284;ReadPosRankSum=0.077;SC=GGGCTGTGAGCGCCCCGGGGA;SOR=1.473;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=8;WE=1081470;WS=1081452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr19	1081617	rs10404947	A	G	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=47;PP=1786;SC=AGAAGCTGCAAGGCCGCCTGC;SOR=0.797;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=103;WE=1081625;WS=1081607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	1085509	.	T	TCCATCTCTCCTGTCTCTCC	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.286;SOR=0.425;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr19	1085528	rs147365366	C	CT	753.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.419;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.162;NF=27;NR=7;PP=884;ReadPosRankSum=3.099;SC=CCTGTCTCTCCCCATCTCTCC;SOR=1.145;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=66;TCF=45;TCR=21;TR=34;WE=1085536;WS=1085518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr19	1085966	rs3761028	A	G	8165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=104;PP=2965;SC=GGCGGATGACACTGGGCTCCT;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=187;TCF=82;TCR=105;TR=185;WE=1085974;WS=1085956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr19	1085993	rs34721728	G	A	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.402;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=68;PP=1815;ReadPosRankSum=-1.536;SC=AAAGGCAGCCGGAATTCGTGT;SOR=0.881;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=158;TCF=61;TCR=97;TR=105;WE=1086001;WS=1085983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,155:0.67:233
chr19	1086043	rs3761026	T	C	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.916;HP=1;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=37;PP=659;ReadPosRankSum=1.132;SC=GCTTCTCTCTTGCCTGCTCCT;SOR=0.916;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=77;TCF=17;TCR=60;TR=46;WE=1086051;WS=1086033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,52:0.58:90
chr19	1090020	rs61585798	TG	T	638.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=27.77;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	1090803	rs3787016	A	G	6594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=103;NR=61;PP=2965;SC=ATGCACTAATAGGAACACCTG;SOR=1.051;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=165;TCF=104;TCR=61;TR=164;WE=1090811;WS=1090793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr19	1094004	rs12459404	G	A	7292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=59;PP=2725;SC=CTTGTCCCCAGATTGGGCTTT;SOR=0.900;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=83;TCR=59;TR=142;WE=1094012;WS=1093994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr19	1095144	.	G	A	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.016;ClippingRankSum=0.000;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=27;PP=1002;ReadPosRankSum=-0.041;SC=TATCGGCCCGGCCCTTCATCG;SOR=0.744;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=64;WE=1095152;WS=1095134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,116:0.70:166
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chr19	1272040	rs12488	T	C	1184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=486;ReadPosRankSum=0.490;SC=GAGACAGTTATGACAGTTACG;SOR=0.888;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=130;TCF=86;TCR=44;TR=40;WE=1272048;WS=1272030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,70:0.31:226
chr19	1274539	rs8108009	T	C	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr19	1277275	rs757292	G	C	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.628;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=364;ReadPosRankSum=-2.609;SC=AGGAGACGGTGTTTGAGTCCC;SOR=0.800;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=28;WE=1277283;WS=1277265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,49:0.29:168
chr19	1299955	rs57847680	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.687;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=29;PP=470;ReadPosRankSum=0.223;SC=TCCCAGCCCCGCAGGACGCCG;SOR=0.848;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=154;TCF=65;TCR=89;TR=47;WE=1299963;WS=1299945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,78:0.32:241
chr19	1354983	rs10555657	AGCG	A	1108.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.64;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr19	1358726	rs2285972	C	T	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.361;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1526;ReadPosRankSum=-1.447;SC=TCTCGTACCCCCGTGGCCTCC;SOR=0.869;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=138;TCF=59;TCR=79;TR=91;WE=1358734;WS=1358716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,150:0.65:230
chr19	1360575	rs3826942	G	A	3688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.986;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=65;PP=2032;ReadPosRankSum=0.447;SC=TAAGAGGGGAGGAAACTCAGC;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=203;TCF=103;TCR=100;TR=128;WE=1360583;WS=1360565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,177:0.60:293
chr19	1364306	rs17673260	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=20;PP=434;ReadPosRankSum=-0.487;SC=TCACTGTCTCATCATTGGTGG;SOR=0.067;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=24;WE=1364314;WS=1364296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr19	1366179	rs72377165	CGCTGGGGTCACCCCCAGA	C	1475.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.714;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.130;SC=CGGGAGACTTCGCTGGGGTCA;SOR=1.890;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=20;WE=1366204;WS=1366169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,39:0.51:77
chr19	1366422	rs2668418	C	G	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=50;PP=1313;ReadPosRankSum=-0.299;SC=GCCTGAGGGGCCAGGCCGGCC;SOR=0.497;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=119;TCF=42;TCR=77;TR=79;WE=1366430;WS=1366412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,99:0.68:145
chr19	1370675	rs12608765	C	G	1570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.343;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=625;ReadPosRankSum=-0.855;SC=AGCAGGACGTCTTGGGGACCA;SOR=0.317;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=34;WE=1370683;WS=1370665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,71:0.76:94
chr19	1383649	rs3848638	G	T	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=11;PP=830;ReadPosRankSum=-0.928;SC=GGTGACTTTTGCCCTCCTGGA;SOR=0.604;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=71;TCF=55;TCR=16;TR=47;WE=1383657;WS=1383639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,54:0.68:80
chr19	1388538	rs1142530	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.772;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr19	1389064	rs7258846	G	T	8858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=1.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.79;ReadPosRankSum=-1.714;SOR=0.815;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,401:0.71:561
chr19	1389324	rs66919466	ACT	A	4480.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=2598;ReadPosRankSum=0.741;SC=ACACATGCACACTCACACACA;SOR=0.945;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=92;TCF=47;TCR=45;TR=58;WE=1389333;WS=1389314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,141:0.64:220
chr19	1389517	rs11666067	C	A	4633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.795;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=80;PP=1910;ReadPosRankSum=-0.252;SC=TGGAGATGACCCCTCCGTTTC;SOR=0.638;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=103;TCR=132;TR=144;WE=1389525;WS=1389507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,233:0.61:380
chr19	1391235	rs2074897	G	A	675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.425;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=324;ReadPosRankSum=-0.489;SC=CCCTGATGGCGCTTATCAAAA;SOR=0.393;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=18;WE=1391243;WS=1391225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr19	1407618	.	A	AGCCGCCGCC	143.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.06;ReadPosRankSum=2.127;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,5:0.38:13
chr19	1453705	rs12985827	T	C	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=28;PP=765;SC=CATATGTCTCTGCCCACACCT;SOR=1.565;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=40;WE=1453713;WS=1453695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	1454985	.	ACC	A	52	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=1.0000;HP=14;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=65.19;NF=1;NR=2;PP=52;QD=20.3333333333;SC=TTCAATACCCACCCCCCCCCC;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=1454994;WS=1454975;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	1455933	rs146334923	C	CAGAGTCAGAGCCCAGGGCGAAGTCATCCCAGGA	1379.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=1585;SC=AGGGAGAAGGCAGAGGTAGGG;SOR=1.508;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=10;TCF=5;TCR=5;TR=4;WE=1455941;WS=1455923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	1456544	rs2656869	A	G	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=274;SC=TCTGGCGTGCAGCTCATGCAG;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=1456552;WS=1456534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	1456730	rs3896893	G	T	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=26;NR=1;PP=744;SC=CCCCTCATCTGTCCCCCAGGT;SOR=4.615;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=27;TCR=1;TR=27;WE=1456738;WS=1456720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	1457894	.	C	CGGGGGGGGGG	53.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	1467684	rs265273	A	C	2140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=25;PP=1206;SC=GGGCAAGAACAGAGCAGGGCT;SOR=1.031;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=62;WE=1467692;WS=1467674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	1487195	rs36123574	G	A	1654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=40;PP=819;ReadPosRankSum=-0.088;SC=GCCGTCCACCGTGCGGCCGTC;SOR=0.829;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=227;TCF=111;TCR=116;TR=75;WE=1487203;WS=1487185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,110:0.30:372
chr19	1487561	rs62128466	C	G	1314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=2.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.617;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:321,103:0.24:424
chr19	1488147	rs4807120	C	T	4040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.834;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=72;PP=2004;ReadPosRankSum=-2.850;SC=AGGGCGCCAGCGGCCCCGTCC;SOR=0.485;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=169;TCF=66;TCR=103;TR=124;WE=1488155;WS=1488137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,180:0.69:259
chr19	1489770	rs791468	T	G	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FS=2.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.605;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:208,90:0.30:298
chr19	1490377	rs791469	T	G	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=47;ReadPosRankSum=-0.936;SC=CCTGCGCAAATCCCCTCCCTC;SOR=0.260;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=1490385;WS=1490367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chr19	1491171	rs791473	T	G	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=66;ReadPosRankSum=-0.704;SC=GGCCGGAGCATCGCGGCTCAG;SOR=0.757;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=8;WE=1491179;WS=1491161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,12:0.27:45
chr19	1495277	rs12459408	C	T	2213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=36;PP=950;ReadPosRankSum=0.242;SC=GGCACACCACCGCCTCTCTCC;SOR=0.556;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=215;TCF=134;TCR=81;TR=86;WE=1495285;WS=1495267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:279,135:0.33:414
chr19	1495634	rs2277748	G	A	1540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=46;PP=763;ReadPosRankSum=-1.678;SC=GGGCACAGCCGTGGAGCGCAT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=63;TCR=150;TR=65;WE=1495642;WS=1495624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,94:0.33:286
chr19	1496263	rs2244686	A	G	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=367;ReadPosRankSum=-0.219;SC=GCCCGCGTGTAACTCCTGCCC;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=55;TCR=22;TR=28;WE=1496271;WS=1496253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,34:0.37:91
chr19	1496716	rs34524945	TGC	T	397.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.517;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=871;ReadPosRankSum=-0.451;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=79;TCF=1;TCR=78;TR=24;WE=1496725;WS=1496702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,21:0.31:67
chr19	1497543	rs1050017	A	G	3699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=821;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.574;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=72;PP=1796;ReadPosRankSum=0.465;SC=TACTTCCTCCAGCCCCTCCCA;SOR=0.790;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=508;TCF=269;TCR=239;TR=157;WE=1497557;WS=1497533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:572,239:0.29:811
chr19	1506710	rs3215149	TC	T	179.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=91;ReadPosRankSum=-0.475;SC=TCCCCACTCATCCCCCACCCT;SOR=0.536;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=5;WE=1506718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr19	1507483	rs791460	T	C	2553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,147:0.37:393
chr19	1507535	rs791461	T	C	1334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.560;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=42;PP=995;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CGGGTGCCTCTCGCCTCACAT;SOR=0.620;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=58;TCR=111;TR=64;WE=1507543;WS=1507525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,70:0.35:198
chr19	1507710	rs791462	T	A	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=1.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=0.828;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,37:0.27:136
chr19	1508738	rs265296	G	A	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.330;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=16;PP=247;ReadPosRankSum=-1.720;SC=GGTGCTCTGCGTCCAGCAACC;SOR=1.156;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=18;WE=1508746;WS=1508728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,28:0.31:89
chr19	1510661	rs265291	A	G	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-4.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.504;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=205;ReadPosRankSum=0.668;SC=GGCTGCGCACAGAGACGCCAC;SOR=0.169;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=42;TCF=34;TCR=8;TR=18;WE=1510669;WS=1510637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,20:0.42:48
chr19	1511435	rs12976420	G	C	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=10;PP=515;ReadPosRankSum=0.536;SC=GCCTCCCAAAGTGCTAGGATT;SOR=0.586;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=31;WE=1511443;WS=1511425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,37:0.70:53
chr19	1526931	rs2656858	A	C	8704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	1527033	.	C	CG	445.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr19	1527051	rs11288093	CG	C	263.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	1527806	rs7254791	G	A	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,21:0.24:89
chr19	1528149	rs139924905	C	CGGCGTGGGGTCCCT	819.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.64;ReadPosRankSum=0.526;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,25:0.29:85
chr19	1528231	rs2668408	T	C	6053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=73;PP=2965;SC=CCCCGCCCTGTCCCAGGTAAC;SOR=0.711;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=76;TCR=73;TR=149;WE=1528239;WS=1528221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr19	1528780	rs2656861	A	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=1.656;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr19	1529527	rs2668409	G	C	3897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=41;PP=1237;SC=GCTGCAGGTGGGGAGGGAGGA;SOR=0.905;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=1529535;WS=1529517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	1529550	rs2656863	A	G	3444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=33;PP=1361;SC=TACAAGTGACAGGGGGACCAA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=1529558;WS=1529540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr19	1533870	rs265286	T	G	584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=17.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.39;ReadPosRankSum=2.040;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr19	1534154	rs35002520	G	GA	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=1.171;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,13:0.52:25
chr19	1535179	rs55953917	G	A	7492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=77;PP=2875;ReadPosRankSum=-1.234;SC=GACGTCCCGCGGAGCCACGGC;SOR=0.710;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=267;TCF=149;TCR=118;TR=173;WE=1535187;WS=1535169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,349:0.69:503
chr19	1535349	rs265281	G	A	1699.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=3.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=43;PP=1139;ReadPosRankSum=1.535;SC=CCTGGGGGAGGGCTGGGGGGC;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=93;TCF=23;TCR=70;TR=57;WE=1535357;WS=1535339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,68:0.61:112
chr19	1555551	rs2277752	T	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=4.201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=1.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr19	1575410	.	T	TA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=1.659;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.618;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr19	1605543	.	C	G	112	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=24;MMLQ=15;MQ=56.71;NF=3;NR=9;PP=112;QD=12.2309343789;SC=CGCCACTGTGCGCGCAGACCC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=14;TCR=36;TR=12;WE=1605551;WS=1605533;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:38,12:0.24:50
chr19	1611856	rs62130064	G	A	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.68;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=17;PP=387;ReadPosRankSum=-0.900;SC=GCTCTGGAGGGAGGGGGGAGA;SOR=0.714;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=28;WE=1611864;WS=1611846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,53:0.38:138
chr19	1615852	rs41275838	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=24;PP=447;ReadPosRankSum=2.419;SC=GGGCCTGCGTCGGCCTCCAGG;SOR=0.654;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=124;TCF=53;TCR=71;TR=44;WE=1615860;WS=1615842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,59:0.34:175
chr19	1619333	rs1140828	G	A	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.84;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,16:0.19:83
chr19	1619339	rs8140	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,14:0.18:76
chr19	1753600	rs201777958	C	CAGCG	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.52;ReadPosRankSum=0.934;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,3:0.23:13
chr19	1775123	rs79565776	T	TCGCC	529.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.468;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=926;ReadPosRankSum=3.027;SC=TGTGTCCCGCTCGCCCGCCCG;SOR=5.058;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=15;WE=1775131;WS=1775113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr19	1783261	rs2385387	C	T	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=2.464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,123:0.60:204
chr19	1784890	rs3764605	A	G	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.601;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=587;ReadPosRankSum=0.482;SC=TTATGGACACACTCAGCAGGA;SOR=0.711;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=41;TCR=41;TR=44;WE=1784898;WS=1784880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,88:0.58:153
chr19	1784944	rs3764606	A	G	1217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=23;PP=482;ReadPosRankSum=-0.461;SC=TGAGGTCGGCATCTGGGGACA;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=31;TCR=44;TR=39;WE=1784952;WS=1784934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,60:0.58:104
chr19	1785772	rs8110462	T	C	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.146;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=618;ReadPosRankSum=0.441;SC=GAGATCAGGATCTCCTCGGGC;SOR=0.038;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=31;WE=1785780;WS=1785762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr19	1789556	rs12978609	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.025;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=665;ReadPosRankSum=1.280;SC=CTCTGGAGTCCTGGGCTGGCG;SOR=0.530;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=101;TCF=43;TCR=58;TR=45;WE=1789564;WS=1789546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,60:0.36:165
chr19	1792190	rs2286004	A	C	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=571;SC=TCCGAGGCTCAGCCCTCCCCA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=1792198;WS=1792180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	1795783	rs72058575	TACACAC	T	1558.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=28.753;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.16;MQRankSum=0.421;QD=29.96;ReadPosRankSum=2.566;SOR=1.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,46:0.88:52
chr19	1806210	rs7252063	A	C	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=35;PP=1034;SC=CTCCCTCTGCAAACCCTCCCC;SOR=1.573;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=47;WE=1806218;WS=1806200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	1808275	rs61739534	G	A	759.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=1.338;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.60;ReadPosRankSum=1.004;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,50:0.30:165
chr19	1809836	rs8107742	T	C	1484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=40;PP=914;SC=ACCCAGGCACTGGGGAGGCCC;SOR=2.564;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=7;TCR=40;TR=47;WE=1809844;WS=1809826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	1810605	rs716993	T	C	9128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=67;PP=2876;SC=CCGCCCCCTCTGCCCAGGATC;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=90;TCR=67;TR=157;WE=1810613;WS=1810595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr19	1811547	rs12609187	A	G	13430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=152;NR=120;PP=2965;SC=GCCTCCTCTCAGGTGCCCCTC;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=277;TCF=152;TCR=125;TR=272;WE=1811555;WS=1811537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,522:1.00:522
chr19	1811603	rs7250872	C	T	8531.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=599;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.188;SC=GTCTCACCTCCGCGGATGCCA;SOR=0.720;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=337;TCF=169;TCR=168;TR=218;WE=1811611;WS=1811593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,399:0.67:597
chr19	1815758	.	T	TGGCAGGAGG	525.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.234;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=2464;ReadPosRankSum=-1.123;SC=AGGGAGGGCCTGGCAGGAGGG;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=6;WE=1815766;WS=1815748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr19	1817113	rs12976128	A	C	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=2.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.912;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr19	1817134	.	C	CCCAGATGGGG	948.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=1868;ReadPosRankSum=-0.212;SC=GTGAGCCAGGCCCAGATGGGG;SOR=0.623;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=8;WE=1817142;WS=1817124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
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chr19	1819125	rs2396359	T	C	4451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.611;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=56;PP=1198;ReadPosRankSum=1.311;SC=CTGCGGCCACTGGTTTCTGGA;SOR=0.509;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=137;TCF=55;TCR=82;TR=98;WE=1819133;WS=1819115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,214:0.73:295
chr19	1821637	rs4807145	A	G	2481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=40;PP=1215;ReadPosRankSum=1.034;SC=CCGTTGGAGGACTGGCTGCCG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=70;WE=1821645;WS=1821627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,113:0.69:164
chr19	1825662	rs12985599	A	G	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=261;ReadPosRankSum=-1.378;SC=TTTAGTACAGATGGGGTTTTG;SOR=0.990;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=14;WE=1825670;WS=1825660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr19	1825786	.	TA	T	206.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-0.927;QD=3.50;ReadPosRankSum=1.637;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr19	1825927	rs149465929	TCTC	T	3054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.011;NF=6;NR=24;PP=1327;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TCCTCACTCTTCTCTTCCTTG;SOR=0.719;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=30;WE=1825937;WS=1825917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,79:0.67:118
chr19	1848243	rs12984809	A	G	345.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.274;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.34;ReadPosRankSum=1.836;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,16:0.94:17
chr19	1854557	rs3746045	A	G	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=8;PP=532;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TGCGGGCACCAGGGCGCCGGA;SOR=0.932;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=35;WE=1854565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,57:0.63:91
chr19	1863587	.	C	CGGA	453.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.417;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.41;ReadPosRankSum=0.457;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr19	1863628	rs112570276	A	C	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.98;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	1908694	rs4806818	C	T	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=442;ReadPosRankSum=0.980;SC=AACAGGGTCTCTCTATCTTGC;SOR=0.350;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=24;WE=1908702;WS=1908684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr19	1914795	rs11666645	C	T	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=7;PP=656;SC=GCACTGGAGCCGAGGGGAGGG;SOR=1.675;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=29;WE=1914803;WS=1914785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	1914940	rs11084918	A	G	4478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=55;PP=1952;SC=TGCCCAGGGCAGCTCAGGGTT;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=108;WE=1914948;WS=1914930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	1915118	rs10853957	A	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=17;PP=498;SC=GCCGTTGGCAAACAGTGTCCT;SOR=1.552;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=1915126;WS=1915108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	1918023	rs10415845	T	C	2403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=20;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.681;SC=ATGGGGTCACTGGGCTGGGGA;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=54;TCR=20;TR=73;WE=1918031;WS=1918013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,86:0.99:87
chr19	1952841	rs2396366	T	C	4515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=53;PP=1651;ReadPosRankSum=0.368;SC=GGCCGAACCCTGCTGTGCCCT;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=103;TCR=81;TR=121;WE=1952849;WS=1952831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,218:0.59:369
chr19	1953637	rs35628322	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=6.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=158;ReadPosRankSum=0.289;SC=CAGCTCTGCCCGTGGCCCTCA;SOR=0.061;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=10;WE=1953645;WS=1953627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,10:0.77:13
chr19	1954126	rs34622118	C	CA	12651.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=20;NR=91;PP=2957;SC=GCACCTGATGCGTTAAACCCA;SOR=0.928;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=117;TCF=20;TCR=97;TR=111;WE=1954136;WS=1954116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr19	1954128	rs34797288	T	C	12661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=90;PP=2965;SC=ACCTGATGCGTTAAACCCATT;SOR=0.928;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=160;TCF=68;TCR=92;TR=158;WE=1954136;WS=1954116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr19	1978271	rs740423	C	T	750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=59.95;MQRankSum=0.748;NF=16;NR=8;PP=256;ReadPosRankSum=-0.690;SC=GTGGGCCCTGCGCTGGCGGTG;SOR=0.534;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=24;WE=1978279;WS=1978261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,45:0.35:129
chr19	1979386	rs11550450	C	T	1328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.994;HP=2;HapScore=1;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=658;ReadPosRankSum=-0.620;SC=TCGAGGTGCTCTGCGAGAACT;SOR=0.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=156;TCF=78;TCR=78;TR=52;WE=1979394;WS=1979376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,85:0.30:282
chr19	1980081	rs71337071	G	A	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.005;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=47;PP=1138;ReadPosRankSum=0.909;SC=GGGGTGGGAGGGCCTGAGGCC;SOR=0.845;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=226;TCF=99;TCR=127;TR=81;WE=1980089;WS=1980071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,109:0.36:300
chr19	1987279	rs11669527	C	T	1822.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=29;PP=517;ReadPosRankSum=-0.951;SC=CAGGCAGCAGCGTGGATACCC;SOR=0.604;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=177;TCF=77;TCR=100;TR=54;WE=1987287;WS=1987269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,110:0.35:315
chr19	1990825	rs8102506	G	A	504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.946;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=9;PP=162;ReadPosRankSum=-1.399;SC=GTCGCGCCTGGCAAGAGACAT;SOR=0.937;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=13;WE=1990833;WS=1990815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,28:0.42:67
chr19	1997363	rs1610045	A	G	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=611;ReadPosRankSum=-0.260;SC=CGAGGAAGGCAGCGGGTTCCA;SOR=0.746;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=159;TCF=88;TCR=71;TR=54;WE=1997371;WS=1997353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,92:0.38:241
chr19	2015540	.	GGGCGGCGGCGGC	G,GGGCGGC	369.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=36.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,7,3:0.70,0.30:10
chr19	2040061	rs56197957	T	C	1432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=639;ReadPosRankSum=-0.985;SC=TCTCCGGGTCTTTCACAAATG;SOR=0.853;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=170;TCF=79;TCR=91;TR=49;WE=2040069;WS=2040051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,95:0.30:320
chr19	2041032	rs2287003	T	C	1245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=13;PP=568;ReadPosRankSum=0.329;SC=GTGCGGCTGGTACTCACCCCC;SOR=1.266;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=156;TCF=96;TCR=60;TR=44;WE=2041040;WS=2041022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,72:0.29:246
chr19	2042886	rs7253052	A	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.641;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=483;ReadPosRankSum=0.896;SC=AGGGCAGGGCAGGGCAGGACA;SOR=0.429;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=82;TCF=30;TCR=52;TR=36;WE=2042894;WS=2042876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,43:0.41:106
chr19	2046325	rs75854250	C	T	1743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:292,117:0.29:409
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chr19	2073466	rs758145	T	C	3234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=543;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.99;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,189:0.35:540
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chr19	2078488	rs2074894	T	C	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=30;PP=619;ReadPosRankSum=1.148;SC=GCTGGGTGCCTGGCTCAAACT;SOR=0.712;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=153;TCF=67;TCR=86;TR=56;WE=2078496;WS=2078478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,84:0.34:250
chr19	2099109	rs2240649	G	T	3853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=4.964;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.11;ReadPosRankSum=0.036;SOR=0.369;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,94:0.73:128
chr19	2099109	.	GCT	TCG	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=32;NR=38;PP=2944;QD=20;SC=TGCACACCCTGCTGACATCCC;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=100;TCF=41;TCR=59;TR=70;WE=2099119;WS=2099099;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:30,70:0.70:100
chr19	2099111	rs12984606	T	G	3853.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=5.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=30.11;ReadPosRankSum=-0.025;SOR=0.357;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,95:0.74:128
chr19	2109019	rs2072306	T	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=22;PP=1611;SC=CCGGCTCCAATAGGAAGGGAC;SOR=1.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=58;TCR=22;TR=80;WE=2109027;WS=2109009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	2109071	rs56150334	C	T	5196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=53;PP=2430;SC=CCATCAGCCCCTCACTCTCCT;SOR=0.949;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=126;TCF=73;TCR=53;TR=126;WE=2109079;WS=2109061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	2109157	rs25673	T	C	5704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=74;PP=2635;SC=TCGACTTTGATTGAGCTCATG;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=130;TCF=56;TCR=74;TR=130;WE=2109165;WS=2109147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	2109812	rs79162849	G	C	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.03;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	2109988	rs77265501	A	T	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=26;PP=1040;SC=TGCAGTTGAGAGGGGAGTCGG;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=2109996;WS=2109978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	2110019	rs2074958	T	C	2070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=24;PP=1183;SC=GGGCTCAGGGTTCCCCAGGCA;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=29;TCR=24;TR=53;WE=2110027;WS=2110009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	2110108	rs113684349	T	C	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	2110746	rs20567	G	A	3852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=39;PP=1838;SC=CATCGTGGACGGAGGAGCCCT;SOR=0.901;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=55;TCR=39;TR=93;WE=2110754;WS=2110736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	2111382	rs17604954	G	A	1263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=663;SC=CTCCGTCTCAGCGAAGACTCC;SOR=1.473;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=2111390;WS=2111372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	2111397	rs75865123	T	C	1013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=550;SC=GACTCCAGTATGGCCCAATAC;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=2111405;WS=2111387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	2111649	rs2074959	T	C	1848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=3;PP=921;SC=AACCCCGGCGTGGGGCGGGGG;SOR=3.664;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=36;WE=2111669;WS=2111639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	2111661	rs55759847	G	A	2226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=8;PP=1044;SC=GGGCGGGGGCGCTGAAGTACC;SOR=2.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=43;TCR=8;TR=51;WE=2111669;WS=2111639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	2113301	rs117630602	C	T	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.69;SOR=6.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	2114175	rs55698722	T	C	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=2.382;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,207:0.99:209
chr19	2115439	rs2066764	C	G	8344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=94;NR=101;PP=2965;SC=CAGCGGGCAGCCACTCAGCAC;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=195;TCF=94;TCR=101;TR=195;WE=2115447;WS=2115429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr19	2115493	rs2066775	A	G	8492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=95;PP=2965;SC=AGCACCCCACAGCCCATGTGA;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=88;TCR=96;TR=182;WE=2115501;WS=2115483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr19	2116400	rs9676693	C	T	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.953;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	2116466	rs734727	G	C	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=29;PP=960;SC=AATCGCTAACGCTCTGGGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=46;WE=2116474;WS=2116456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	2116649	rs2074960	A	G	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=31;PP=1304;SC=GGTGCTTGGGACGCCGCTGCT;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=2116657;WS=2116639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	2116760	rs78648742	A	G	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.59;ReadPosRankSum=2.092;SOR=1.031;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,80:0.98:82
chr19	2116764	rs114460651	C	T	3660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.64;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	2117075	rs75223679	G	A	1382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=6;PP=1026;SC=TGGTGAGTCCGTGTGAGGGAT;SOR=3.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=39;TCR=6;TR=45;WE=2117083;WS=2117065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	2118692	rs34569645	C	T	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=56;PP=2362;SC=TCTGCCTCCCCGGCCTGCTCC;SOR=0.851;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=71;TCR=56;TR=127;WE=2118700;WS=2118682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	2121316	rs11667435	C	T	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=89;PP=2663;SC=GACACCTGGGCAAAAGTGTAC;SOR=1.249;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=47;TCR=89;TR=136;WE=2121324;WS=2121306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	2123328	rs76578931	A	G	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=15;PP=1095;SC=GGACACGAAAATGACAGCACT;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=2123336;WS=2123318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	2123516	rs2072304	A	G	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=50;PP=1563;SC=CGTCAGCCCCACCCACCAATC;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=85;WE=2123524;WS=2123506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	2123712	rs2072305	G	C	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=4;PP=794;SC=CTCCCAAGCCGCAAGATGGCG;SOR=4.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=2123720;WS=2123702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	2123928	rs75483641	C	T	6747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=98;PP=2785;SC=TGGCCAGCGCCGACACCAACT;SOR=0.964;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=174;TCF=73;TCR=101;TR=170;WE=2123936;WS=2123918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr19	2127272	rs4807203	A	G	4315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=69;PP=2147;SC=CAGTGCCGGCAGCTCAGCTGG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=43;TCR=70;TR=112;WE=2127280;WS=2127262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	2128987	.	GCC	ACA	556	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=7;HapScore=3;MGOF=59;MMLQ=21;MQ=59.08;NF=10;NR=5;PP=556;QD=40.6311916575;SC=GCCCGCCCCCGCCGCTCCGAC;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=15;WE=2128997;WS=2128971;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,15:0.62:24
chr19	2129027	.	GCC	ACA	973	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=22;MQ=62.57;NF=13;NR=5;PP=973;QD=57.0259930479;SC=GCCCGCCCCCGCCGCTCCGAC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=18;WE=2129037;WS=2129011;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:40,18:0.31:58
chr19	2244903	rs6510652	T	G	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=33;PP=1035;SC=CCTGGGCGCTTGAGTACGGTT;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=2244911;WS=2244893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	2246652	rs2074861	G	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=10;PP=635;SC=GGCCTCCCCCGGGGTCCCGCT;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=2246660;WS=2246642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	2249477	rs10407022	G	T	5480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=70;PP=2362;SC=CCTCCAGGCAGCCCACAAGAG;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=52;TCR=72;TR=121;WE=2249485;WS=2249467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr19	2250528	rs8112524	G	A	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=10;PP=427;SC=GGGGGGCATGGATTTGTTGCA;SOR=0.826;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=2250536;WS=2250518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	2251512	rs7252789	T	A	753.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=315;SC=TCTGCCCAGGTGGCCCCGGCG;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=14;WE=2251520;WS=2251502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	2251817	rs10417628	T	C	9164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=150;PP=2965;SC=AAGATGCAGGTCCGTGGGGCC;SOR=1.092;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=241;TCF=91;TCR=150;TR=241;WE=2251825;WS=2251807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr19	2253590	rs3746158	C	T	3675.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.728;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,176:0.69:254
chr19	2253780	rs10426549	A	G	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=39;ReadPosRankSum=-0.364;SC=GCGCGCGGGGACGCTCCGAGG;SOR=0.511;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=2253788;WS=2253770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,9:0.31:29
chr19	2253843	rs12985040	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=29;ReadPosRankSum=0.842;SC=TGTGCCGCCCCCTTCCCCGGG;SOR=0.446;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=3;WE=2253851;WS=2253833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr19	2254458	rs35121757	C	T	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=213;ReadPosRankSum=0.886;SC=GGCACGCTGCCGGAGTCGGCC;SOR=0.905;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=18;WE=2254466;WS=2254448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,22:0.26:86
chr19	2255336	rs886363	A	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=26;PP=712;SC=AGCAGGTCCCAGGCCAGGCTG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=2255344;WS=2255326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	2269829	rs4806836	C	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.941;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=360;ReadPosRankSum=-0.315;SC=CCAGATAGGTCCCCGGCGCGC;SOR=0.495;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=69;TCF=16;TCR=53;TR=28;WE=2269837;WS=2269819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,31:0.36:85
chr19	2271282	rs2074457	T	C	1063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=4;PP=810;SC=GCGGGGTCTTTTGGCCGAGGC;SOR=3.321;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=2271290;WS=2271272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	2271323	rs2523175	A	G	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=17;PP=1320;ReadPosRankSum=-1.578;SC=GGCCGCCCGGACGCCCTGGAG;SOR=1.354;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=61;WE=2271331;WS=2271313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr19	2271577	rs28384674	CT	C	3713.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=41;PP=2274;SC=GCCACAGGTACTTTCTTGTGC;SOR=0.987;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=57;WE=2271585;WS=2271567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	2271741	rs2074458	G	A	3047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=29;PP=1244;ReadPosRankSum=-0.586;SC=GTCCTGTGGGGTGAGTCAGGG;SOR=0.886;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=132;TCF=79;TCR=53;TR=80;WE=2271749;WS=2271731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,140:0.65:215
chr19	2271950	.	ACAGGTGAGGGGCAAGGACAGGCAGGGAGTGCTCACCCAGGGGAGCAGGGAC	A	309.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.330;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=2.317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.56;ReadPosRankSum=-1.284;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,17:0.20:87
chr19	2273082	rs201200204	A	T	3262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=629;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=62;PP=1382;ReadPosRankSum=-0.452;SC=TTCGAGAGAGAGTCTTCGGGA;SOR=0.719;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=320;TCF=155;TCR=165;TR=117;WE=2273090;WS=2273072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,202:0.32:627
chr19	2273158	rs370384753	G	A	1791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.179;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=44;PP=905;ReadPosRankSum=0.757;SC=CTTGTCAGCCGGGTGGGTAGG;SOR=1.051;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=212;TCF=80;TCR=132;TR=66;WE=2273166;WS=2273148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,103:0.30:344
chr19	2278508	rs78048915	AT	GC	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=228;ReadPosRankSum=-1.386;SC=GAAAGGCCAAATGAAACAAGC;SOR=0.294;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=9;WE=2278517;WS=2278498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr19	2278562	rs117855924	G	A	413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=159;ReadPosRankSum=-0.568;SC=ACCTCAGAGAGGGTGGGGCTG;SOR=0.412;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=15;WE=2278570;WS=2278552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
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chr19	2339702	rs11883146	C	T	1053.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=7.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.51;ReadPosRankSum=1.256;SOR=2.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr19	2339949	rs3746285	T	C	11489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.40;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	2339958	rs1609752	T	C	10981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=98;PP=2965;SC=ATTTCTACGATCTCCTCGGTG;SOR=0.954;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=75;TCR=98;TR=172;WE=2339966;WS=2339953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	2339975	rs117324377	C	T	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=52;PP=1558;ReadPosRankSum=1.364;SC=GGTGCGCGGCCCCGGGCGGGT;SOR=0.608;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=63;TCR=92;TR=88;WE=2339983;WS=2339965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,121:0.58:207
chr19	2340046	rs3746287	C	T	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=4;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.117;NF=24;NR=26;PP=660;ReadPosRankSum=0.163;SC=GCGGGCCTGGCCCCCGGCCTC;SOR=0.691;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=60;TCR=65;TR=50;WE=2340054;WS=2340036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,71:0.36:197
chr19	2340154	rs5826760	G	GC	4610.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=56;PP=2509;SC=TGCGGCGGCTGCCTTCGGCAA;SOR=1.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=3;TCR=58;TR=59;WE=2340162;WS=2340144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	2340235	rs12460384	C	T	215.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=37;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=114;ReadPosRankSum=-0.507;SC=GCCCCTTTGCCGCCCCATAGC;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=10;WE=2340243;WS=2340225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr19	2341047	rs55818311	C	T	6417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=79;PP=2670;SC=CGGCGGGCAGCGGAGTCCTCG;SOR=0.701;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=79;TCR=79;TR=158;WE=2341068;WS=2341037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	2341059	rs11880345	G	A	1410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.743;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,81:0.36:223
chr19	2341060	rs7245824	T	C	7289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=80;PP=1846;SC=AGTCCTCGGGTGCACCAGGGC;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=77;TCR=82;TR=156;WE=2341068;WS=2341037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	2341093	rs76166147	CCTCCCTGG	C	1867.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=2.778;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.631;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,55:0.28:198
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chr19	2363785	rs143993232	TGA	T	284.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.591;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=1.294;QD=21.90;ReadPosRankSum=1.448;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr19	2363805	rs4807241	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.88;MQRankSum=-0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.960;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,3:0.30:10
chr19	2363821	rs114883707	T	A	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.040;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.345;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr19	2382603	rs145510194	G	GACAC	15094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=107;PP=2974;SC=CACACACACAGACACATGCAC;SOR=1.033;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=153;TCF=27;TCR=126;TR=134;WE=2382615;WS=2382589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr19	2382678	rs148093377	TACAC	T	4375.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=74;PP=2976;SC=CGTGCACACATACACACATGC;SOR=2.232;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=5;TCR=74;TR=79;WE=2382689;WS=2382668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	2396556	rs7252886	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=0.955;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,68:0.31:220
chr19	2396611	rs17685098	C	T	873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,63:0.28:224
chr19	2398849	rs10407225	A	G	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=18;PP=589;ReadPosRankSum=-1.520;SC=GTTGCTCGGTACTGAATTATA;SOR=0.645;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=66;TCR=53;TR=40;WE=2398857;WS=2398839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,70:0.34:205
chr19	2405559	rs7254110	A	G	3356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=70;PP=1615;ReadPosRankSum=0.217;SC=CCCCCATCCCAAAGCACCAAA;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=366;TCF=167;TCR=199;TR=131;WE=2405567;WS=2405549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:467,209:0.31:676
chr19	2405641	rs4807260	C	T	1057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.734;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=40;PP=685;ReadPosRankSum=-0.648;SC=CTTAGAGCCCCTGGAAGTAAT;SOR=1.212;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=179;TCF=53;TCR=126;TR=51;WE=2405649;WS=2405631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,63:0.27:231
chr19	2410156	rs34283458	G	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=2.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=-0.260;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,20:0.31:65
chr19	2410332	rs3848635	T	C	2628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.225;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=35;PP=991;ReadPosRankSum=-0.296;SC=TGTACGGCCATTCACTCACTG;SOR=0.813;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=264;TCF=140;TCR=124;TR=82;WE=2410340;WS=2410322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,146:0.38:381
chr19	2413961	rs10153475	G	C	1949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FS=0.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.221;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,123:0.28:437
chr19	2424938	rs7343178	A	G	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-3.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=208;ReadPosRankSum=-0.281;SC=GGGGGACACCACAGGGGCGGG;SOR=0.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=45;TCR=5;TR=18;WE=2424946;WS=2424928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,17:0.30:56
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chr19	2427152	rs12609742	A	G	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.166;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=269;ReadPosRankSum=-0.788;SC=ACGTGCAGTGACCACTCCGTC;SOR=1.656;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=17;WE=2427160;WS=2427142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr19	2432555	rs736705	A	G	2588.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.231;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=72;PP=1614;ReadPosRankSum=1.563;SC=ACCCTCAGCCACCAGGACTGT;SOR=0.841;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=329;TCF=144;TCR=185;TR=124;WE=2432563;WS=2432545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,165:0.29:566
chr19	2433890	rs11084940	A	G	2992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.232;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=57;PP=1596;ReadPosRankSum=1.030;SC=TGCTGACGCTACCCGAGGCCG;SOR=0.713;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=389;TCF=195;TCR=194;TR=120;WE=2433898;WS=2433880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:463,185:0.29:648
chr19	2434551	rs2304241	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.525;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=25;PP=432;ReadPosRankSum=-0.187;SC=AGGGCAGCCCATGGGTCACAA;SOR=0.525;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=114;TCF=38;TCR=76;TR=41;WE=2434559;WS=2434541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,43:0.33:131
chr19	2434941	rs62122269	C	T	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.37;MQRankSum=-0.675;NF=15;NR=9;PP=257;ReadPosRankSum=0.587;SC=TGAGTGCGGGCGCGGGGCGGG;SOR=0.606;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=80;TCF=50;TCR=30;TR=24;WE=2434949;WS=2434931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,32:0.31:102
chr19	2438119	rs1865111	C	T	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=5.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=0.283;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,44:0.30:149
chr19	2444363	rs11668494	A	G	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.200;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=36;PP=1207;ReadPosRankSum=-0.740;SC=CCGTGGTGCCAGGATCAGGGT;SOR=0.820;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=284;TCF=172;TCR=112;TR=99;WE=2444371;WS=2444353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,141:0.32:440
chr19	2444565	rs4806848	C	T	1413.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.458;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=39;PP=742;ReadPosRankSum=0.865;SC=CAGGGTGAAGCGAGAGGGACC;SOR=0.658;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=199;TCF=67;TCR=132;TR=62;WE=2444573;WS=2444555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,90:0.28:318
chr19	2477277	rs2024144	C	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr19	2477665	rs3214277	A	AC	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=147;ReadPosRankSum=-1.408;SC=AAATATTTGAACCCCCTCCCC;SOR=0.260;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=4;WE=2477673;WS=2477655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr19	2524477	rs4807289	T	C	7203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=74;PP=2596;SC=CATGTATGTGTGTATGTGTAT;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=90;TCR=75;TR=164;WE=2524485;WS=2524467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr19	2524659	rs4807290	T	C	2283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=39;PP=1396;SC=CGTGTGTGCGTCTGCATATGA;SOR=1.039;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=2524667;WS=2524649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	2524685	rs4807291	C	A	2053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=31;PP=1211;SC=TGCATAGGTGCATTTGCATAC;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=27;TCR=31;TR=58;WE=2524693;WS=2524675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	2524819	rs8111910	C	T	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.85;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	2524824	rs8101230	T	G	3200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.73;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	2524834	rs8111050	G	A	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.92;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	2524925	rs8112435	A	C	219.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=115;SC=TGCGCACGGGAGTGCATGTGG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=2524933;WS=2524915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	2538074	rs71337145	C	CAAACA,CAAACAAAACA	662.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.000;QD=50.98;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,9,3:0.69,0.23:13
chr19	2538668	rs16989558	A	G	3529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.442;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,171:0.63:271
chr19	2538760	rs7250546	A	T	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.675;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=36;PP=901;ReadPosRankSum=0.296;SC=AGATATATATATTTTTCTTTT;SOR=0.608;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=36;TCR=56;TR=59;WE=2538768;WS=2538750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,84:0.64:132
chr19	2557312	rs76966814	GAC	G	2261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=750;ReadPosRankSum=0.657;SC=TACACGCACAGACACACATGT;SOR=0.728;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=43;WE=2557321;WS=2557302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,70:0.40:175
chr19	2557343	.	GCACACACACAGA	G	3469.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.249;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=31;PP=2976;ReadPosRankSum=-0.048;SC=ACACACATGTGCACACACACA;SOR=0.972;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=128;TCF=42;TCR=86;TR=39;WE=2557364;WS=2557333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,102:0.36:287
chr19	2576272	rs1029753	T	C	929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-5.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.980;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=39;PP=553;ReadPosRankSum=-1.085;SC=CCCAGGGGACTGCAGCAAAAA;SOR=0.540;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=124;TCF=12;TCR=112;TR=44;WE=2576280;WS=2576262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,50:0.36:138
chr19	2717256	rs3745812	C	G	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=3.732;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.564;QD=3.17;ReadPosRankSum=0.454;SOR=1.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,33:0.23:143
chr19	2717880	rs7343093	A	G	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=15;PP=249;ReadPosRankSum=-1.223;SC=GAGCCTGTGCAGAGAGGAGGG;SOR=0.656;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=62;TCF=18;TCR=44;TR=19;WE=2717888;WS=2717870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
chr19	2755339	rs2238614	G	A	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=394;ReadPosRankSum=-2.836;SC=CTCCTGAGCCGCGGAGGCGTG;SOR=0.703;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=36;WE=2755347;WS=2755329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,64:0.31:206
chr19	2761334	rs3745813	C	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,6:0.22:27
chr19	2761358	rs3745814	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr19	2761603	rs3745815	C	T	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=18;PP=316;ReadPosRankSum=0.449;SC=AAACAACGGCCCCCCACGGGG;SOR=0.648;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=112;TCF=49;TCR=63;TR=31;WE=2761611;WS=2761593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,65:0.33:196
chr19	2762454	rs150126806	CCACA	C	1847.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.778;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.403;NF=11;NR=16;PP=1293;ReadPosRankSum=0.647;SC=TGTCCCCCACCCACACAGTCA;SOR=0.719;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=27;WE=2762465;WS=2762444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr19	2762585	rs2302491	A	C	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.108;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.142;NF=16;NR=19;PP=335;ReadPosRankSum=1.564;SC=CCAGCTCCAGAGCCTTCTTGT;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=95;TCF=45;TCR=50;TR=35;WE=2762593;WS=2762575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,70:0.30:231
chr19	2765328	rs2302494	G	C	81.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.480;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=0.323;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,9:0.22:41
chr19	2767192	rs1128925	G	T	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=159;ReadPosRankSum=-0.747;SC=GGGTTCGCGCGGGGCTCCTCA;SOR=0.790;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=14;WE=2767200;WS=2767182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
chr19	2790394	rs1736176	G	A	278.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=232;ReadPosRankSum=-0.989;SC=AGACCCGCCCGGCACTGGGTT;SOR=0.896;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=16;WE=2790402;WS=2790384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,15:0.29:52
chr19	2796021	rs1736180	G	A	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=-0.951;SC=CTGCCAAACTGCTCTTTGGAG;SOR=0.552;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=106;TCF=64;TCR=42;TR=33;WE=2796029;WS=2796011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,57:0.37:155
chr19	2807375	rs1640274	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.68;ReadPosRankSum=-0.637;SOR=0.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr19	2810248	rs1736184	G	A	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=200;ReadPosRankSum=1.461;SC=CCAGGCCGGCGGGAACGGGCT;SOR=0.344;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=15;WE=2810256;WS=2810238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,26:0.50:52
chr19	2811788	rs2004186	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.798;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.870;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=101;ReadPosRankSum=-0.655;SC=ACGCGGGGACTGGGGACAGGG;SOR=1.237;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=13;WE=2811796;WS=2811778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,10:0.07:147
chr19	2812153	rs941407	A	G	1809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.445;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=22;PP=613;ReadPosRankSum=0.132;SC=CCTTCTCTGGAGAAGGCTTGG;SOR=0.751;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=146;TCF=78;TCR=68;TR=48;WE=2812161;WS=2812143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,106:0.37:287
chr19	2813000	rs1736185	A	G	342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=233;ReadPosRankSum=0.481;SC=CTCCCTGGGAACCTGGAAGGG;SOR=0.656;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=19;WE=2813008;WS=2812990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,19:0.33:57
chr19	2820105	rs2537856	G	A	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.98;ReadPosRankSum=-1.901;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr19	2833587	rs885705	C	G	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=8;PP=918;SC=TCCGCACAGGCCTTGTAGATG;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=2833595;WS=2833577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	2833802	rs867168	A	G	3380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=45;PP=1909;SC=AAGCAGTTAGAGGACAGCCAT;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=45;TCR=45;TR=90;WE=2833810;WS=2833792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	2833864	rs867169	G	A	4112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=41;PP=2170;SC=CGTAGTGGCCGTTCCTCAGGA;SOR=1.051;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=67;TCR=41;TR=108;WE=2833872;WS=2833854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	2853566	rs10412087	A	G	12162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=170;PP=2965;SC=ATATGAGAAGACATACCGCAG;SOR=0.935;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=301;TCF=128;TCR=173;TR=297;WE=2853574;WS=2853556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,458:1.00:458
chr19	2867583	rs8104536	C	A	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=302;SC=CCTCCCCTGCCCCAGTCTTCA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=2867591;WS=2867573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	2873439	rs9304900	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.346;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=253;ReadPosRankSum=0.630;SC=AGTTCAGTTCCGCAGTGCTGT;SOR=1.051;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=17;WE=2873447;WS=2873429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr19	2896818	rs8100809	C	T	6817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=70;PP=2886;SC=CAAATGTCCTCGAAAAGATGA;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=161;WE=2896826;WS=2896808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	2896948	rs8104326	T	C	10924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	2896953	rs8101379	A	G	10906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.45;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr19	2897133	rs8103080	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,22:0.63:35
chr19	2900865	rs10420989	G	A	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=148;SC=GGGGCTTAGAGATTGTCCAAT;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=2900873;WS=2900862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	2900915	rs7255359	GA	AT	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;JOINED;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=167;ReadPosRankSum=-1.198;SC=CCGAGGGCGGGACGTTTCGTC;SOR=0.782;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=5;WE=2900938;WS=2900905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr19	2900930	rs12981209	C	T	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=8;PP=790;SC=TTCGTCCTCCCTGCCGCGCGT;SOR=1.483;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=2900938;WS=2900905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	2901114	rs11279103	CGCCGAAGTCT	C	2538.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=26;PP=2967;SC=AACCAGAGTCCGCCGAAGTCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=26;TCF=0;TCR=26;TR=26;WE=2901131;WS=2901104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	2915738	rs2043336	T	A	5642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=104;PP=2965;SC=GGGAAAGGACTAAGACAGACA;SOR=1.494;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=152;TCF=48;TCR=104;TR=152;WE=2915746;WS=2915728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	2915814	.	CAG	C	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=223;ReadPosRankSum=-0.582;SC=ATGTGTGAAACAGATGTTATT;SOR=0.606;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=7;WE=2915823;WS=2915804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr19	2916048	rs2043335	T	A	3811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=30;PP=1703;SC=CTTATTCCTTTTGAGATTTGT;SOR=1.186;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=59;TCR=30;TR=89;WE=2916056;WS=2916038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	2916358	rs34115054	C	CA	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.19;ReadPosRankSum=3.564;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
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chr19	2917287	rs2288958	C	A	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FS=2.581;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.385;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:219,104:0.32:323
chr19	2917612	rs10410539	T	C	7176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=93;PP=2965;SC=GGATCCACACTGGGGACAAAC;SOR=0.744;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=194;TCF=101;TCR=93;TR=193;WE=2917620;WS=2917602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr19	2933480	rs3786948	C	T	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.78;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	2934282	rs3746073	T	C	4122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=48;PP=1790;ReadPosRankSum=0.959;SC=CTCGAAAGTATGAGGGACAGC;SOR=0.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=101;WE=2934290;WS=2934272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,160:0.99:161
chr19	2936443	rs7251272	A	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=7;PP=354;SC=CCCTGTGCCCAGCCGATACTT;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=19;WE=2936451;WS=2936433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	2936623	rs4807371	C	T	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.47;ReadPosRankSum=1.138;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,135:0.99:136
chr19	2939267	.	CACCACCCTTACCCAAGGAGGCA	C	2835.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;ClippingRankSum=0.000;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=6.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.05;MQRankSum=10.463;QD=10.70;ReadPosRankSum=-1.896;SOR=0.405;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,96:0.36:265
chr19	2939289	.	A	C	1203	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=19;MQ=61.64;NF=47;NR=29;PP=1203;QD=16.286463323;SC=CCAAGGAGGCAAGGTTCCTGC;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=216;TCF=146;TCR=70;TR=76;WE=2939297;WS=2939279;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:140,76:0.35:216
chr19	2939396	rs12609268	T	C	7805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=798;ExcessHet=3.0103;FS=1.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=6.734;QD=9.79;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=0.817;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:567,230:0.29:797
chr19	2939401	rs12610412	C	G	7956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FS=0.576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=5.906;QD=9.64;ReadPosRankSum=-1.522;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:586,239:0.29:825
chr19	2944806	rs140057887	G	T	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.739;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=165;ReadPosRankSum=-1.244;SC=CTCGCCCTGGGCCCGGGCTCG;SOR=1.865;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=11;WE=2944814;WS=2944796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr19	2978135	rs445657	G	C	2020.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.782;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=19;PP=915;ReadPosRankSum=-0.178;SC=CGGGTGCCTTGCTTCCCTGGC;SOR=0.850;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=55;WE=2978143;WS=2978125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,87:0.73:120
chr19	2980269	rs4807380	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=3.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=145;ReadPosRankSum=0.474;SC=GTGGTCTAGAGGCTGCTGGCC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=8;WE=2980277;WS=2980259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr19	2981487	rs10407929	G	C	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.259;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=893;ReadPosRankSum=-1.085;SC=ACTCTGGGGAGGGAGTCCTGA;SOR=0.815;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=70;WE=2981495;WS=2981477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,93:0.58:160
chr19	2982047	rs10445609	G	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.988;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=325;ReadPosRankSum=0.611;SC=AATTTAAGGTGGGGGAGTAGG;SOR=0.922;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=72;TCF=54;TCR=18;TR=22;WE=2982055;WS=2982037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,30:0.36:83
chr19	2982293	rs11673024	T	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=1.270;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,23:0.27:84
chr19	2989380	rs3746075	C	G	429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=247;ReadPosRankSum=1.555;SC=TTGAGTCTGGCAGAGCCCAGA;SOR=0.638;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=13;WE=2989388;WS=2989370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,19:0.49:39
chr19	2989697	rs6510730	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,45:0.24:190
chr19	2989810	rs504199	G	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.076;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=9;PP=164;ReadPosRankSum=-0.850;SC=GGAAGGGGAAGCATCCTGTGC;SOR=0.450;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=62;TCF=22;TCR=40;TR=16;WE=2989818;WS=2989800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,24:0.30:81
chr19	2991814	rs428113	T	C	5702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=61;NR=53;PP=1935;SC=CTTGACCTGATTGCCTCCCGA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=114;WE=2991822;WS=2991804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr19	2993427	rs435806	T	C	1012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.912;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=14;PP=288;ReadPosRankSum=0.500;SC=GCCCATTACCTAGATAATGAG;SOR=0.559;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=28;WE=2993435;WS=2993417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,62:0.34:185
chr19	2993946	rs35271493	G	A	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.49;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	2994107	rs34438430	C	CT	358.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.800;NF=3;NR=6;PP=235;ReadPosRankSum=1.028;SC=CTGCGGTGGGCTGGGGGCAGG;SOR=0.610;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=9;WE=2994115;WS=2994097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr19	2994814	rs439808	T	C	2800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=26;PP=1052;SC=TTTGAAGAGATGATGCTTCAT;SOR=0.787;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=2994822;WS=2994804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	2994837	rs401886	A	G	370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=1.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.859;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,30:0.25:120
chr19	2997790	rs14089	T	C	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=147;ReadPosRankSum=-1.472;SC=ATGTCTGTCCTGGCTGCTGAT;SOR=0.481;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=14;WE=2997798;WS=2997780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr19	3009788	rs216284	T	C	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.325;NF=6;NR=8;PP=169;ReadPosRankSum=0.531;SC=GCCTTTCATTTAGAGTTTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=14;WE=3009796;WS=3009778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
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chr19	3015937	rs67167576	CTGTTT	C	905.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=2.531;NF=2;NR=12;PP=534;ReadPosRankSum=-1.233;SC=GTTCTCTCTTCTGTTTTGTTT;SOR=0.833;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=14;WE=3015949;WS=3015927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
chr19	3028871	rs2288950	G	C	138.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=19;PP=454;ReadPosRankSum=-0.566;SC=CCCGCAGTCCGCACTCACCGG;SOR=0.527;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=20;WE=3028879;WS=3028861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr19	3053802	rs425485	T	C	2489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.94;SOR=1.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	3054089	rs2302301	C	T	235.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=2.285;SC=ACCTGTCCCCCGCCCACCCGC;SOR=2.712;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=11;WE=3054097;WS=3054079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chr19	3056285	rs58280427	G	C	510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,25:0.78:32
chr19	3061344	rs62125457	G	A	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=205;SC=GCGCAGCTGCGGCGCCCCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=3061352;WS=3061334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	3062857	rs11539938	T	C	1077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=609;ReadPosRankSum=1.247;SC=TGCTGAGCCTTAGTTTCCTTT;SOR=0.727;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=44;WE=3062865;WS=3062847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,65:0.30:218
chr19	3094923	rs12459813	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.842;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,5:0.28:18
chr19	3110349	rs11085000	T	G	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=1296;ReadPosRankSum=1.171;SC=CGCGGGCGCCTGGGGAGGGGA;SOR=0.715;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=134;TCF=60;TCR=74;TR=50;WE=3110369;WS=3110339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,87:0.33:261
chr19	3110361	rs41276846	C	T	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=0.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,76:0.34:223
chr19	3113305	rs1682811	G	C	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=5.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.785;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=514;ReadPosRankSum=-0.534;SC=AGCTCTCGACGTCTCCCCTGC;SOR=1.781;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=54;TCF=44;TCR=10;TR=25;WE=3113313;WS=3113295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,23:0.40:58
chr19	3114864	rs3746069	C	T	1534.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.394;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=19;PP=709;ReadPosRankSum=-0.481;SC=TCCGTCCTCCCGCTGGTTTGG;SOR=0.959;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=195;TCF=130;TCR=65;TR=58;WE=3114872;WS=3114854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,87:0.32:273
chr19	3119184	rs308046	T	G	760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.521;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=24;PP=487;ReadPosRankSum=-0.937;SC=TCTGATTCCCTCTGCCTTCGC;SOR=1.038;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=138;TCF=73;TCR=65;TR=38;WE=3119192;WS=3119174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,43:0.29:150
chr19	3119239	rs4900	C	T	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FS=2.700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.474;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:267,86:0.24:353
chr19	3119405	rs370286	TG	GT	1714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=4.999;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.395;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,54:0.30:180
chr19	3150238	rs310680	A	G	6521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.19;ReadPosRankSum=-0.927;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,248:1.00:249
chr19	3186085	rs11551095	G	T	3011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=27;PP=1145;SC=CTTGTCTGCCGCTCGGCTTCA;SOR=0.936;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=66;WE=3186093;WS=3186075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	3193180	rs538197	C	G	1281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=5;PP=919;SC=GGGACAGTCACTGGGCCCCCT;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=3193188;WS=3193170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	3193484	rs499877	A	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=541;SC=AGGCGTCCCCATCCCAAGGGC;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=3193492;WS=3193474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	3196122	rs311615	T	C	4550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=43;PP=2283;SC=GTGCTGGGGATGCCCCCTGGC;SOR=1.375;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=86;TCR=43;TR=129;WE=3196130;WS=3196112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	3198695	rs311620	C	G	994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=4;PP=793;SC=AGTGCTGAGGCCGATGCTGGC;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=3198703;WS=3198690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	3198755	rs2304247	C	T	1974.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.953;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=22;PP=1016;ReadPosRankSum=0.838;SC=TCTCCAAGCCCCACACACGGG;SOR=1.154;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=64;WE=3198763;WS=3198745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,86:0.72:119
chr19	3198777	rs311621	A	G	4160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=43;PP=1939;SC=CACCTGCCCCAGGAACAGCCA;SOR=1.063;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=108;WE=3198785;WS=3198767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	3201323	rs311624	C	T	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.769;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=88;ReadPosRankSum=-2.499;SC=AGGGGAGCGACCACAGCTGCC;SOR=1.536;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=8;WE=3201331;WS=3201313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	3201678	rs12979678	A	G	162.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.93;ReadPosRankSum=2.975;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr19	3201695	rs311625	A	G	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=512;SC=CCCACCAGGCACCTCTGCAGA;SOR=2.124;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=3201703;WS=3201685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	3204172	rs8106438	A	G	4056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=46;PP=1557;SC=ATGGGTCCGGAGCTCTGCGGA;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=3204180;WS=3204162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	3206235	rs482758	A	G	1584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=30;PP=1359;SC=GGGCCAGGCCATGACTACCAC;SOR=3.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=67;WE=3206243;WS=3206225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	3207338	rs312068	T	C	13788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.48;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,310:1.00:310
chr19	3207348	rs312069	G	C	13923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.45;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr19	3273818	rs312928	T	C	716.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=19.388;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.144;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,54:0.25:212
chr19	3278206	.	G	A	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=5;PP=45;QD=15.9542425094;SC=GCTGTCATCCGGTAGCCCCTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=5;WE=3278214;WS=3278196;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,5:0.20:25
chr19	3284819	rs3746064	T	C	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=21;PP=965;SC=TTTGTTGCTGTCCTTGCGGCT;SOR=0.909;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=3284827;WS=3284809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	3285012	rs59656659	T	C	1300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=28;PP=898;SC=CGCCCCCGCCTAGGGCCCCGC;SOR=3.398;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=3285020;WS=3285002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	3285042	rs113646375	C	T	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=25;PP=651;SC=CCGCCCCGGACGTGTCGTTCT;SOR=4.863;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=26;WE=3285050;WS=3285032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	3293593	rs313784	A	G	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=65;PP=1882;SC=GTGATGCTTCAAGAGGCTACA;SOR=7.195;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=65;TCF=0;TCR=65;TR=65;WE=3293601;WS=3293583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	3366532	.	CG	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.138;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=2.151;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,6:0.30:20
chr19	3434224	rs2302219	G	A	907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.078;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=10;PP=632;ReadPosRankSum=-0.737;SC=AAAGCAAACCGCAGCACTGGG;SOR=0.882;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=41;TCR=15;TR=39;WE=3434232;WS=3434214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr19	3434413	rs2302220	C	G	7111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.539;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=1.195;SC=GTACCCAGGTCCCCACCTCTG;SOR=0.611;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=299;TCF=156;TCR=143;TR=204;WE=3434421;WS=3434403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,334:0.63:533
chr19	3435254	rs2072349	T	C	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.319;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=348;ReadPosRankSum=-0.554;SC=TGAGTCACCGTGGCGGGAACT;SOR=0.182;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=28;WE=3435262;WS=3435244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,37:0.74:50
chr19	3448869	rs4807473	A	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=4;PP=895;SC=TAATGGGCTCACAGCCTCTCC;SOR=3.352;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=43;TCF=38;TCR=5;TR=42;WE=3448877;WS=3448859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	3452683	rs8105687	A	G	13002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=231;PP=2965;SC=GGCGGGGCGCATTCGGGCCTC;SOR=1.283;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=123;TCR=231;TR=354;WE=3452691;WS=3452673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr19	3478646	rs10413312	C	G	392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=271;ReadPosRankSum=0.718;SC=CTTGGGGAGACGGGCGGGTGC;SOR=0.765;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=12;WE=3478654;WS=3478636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr19	3480232	rs2240666	A	G	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.100;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,46:0.63:73
chr19	3480358	rs2074961	T	C	2607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=22.040;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=50;PP=1443;ReadPosRankSum=-2.200;SC=CCAACTCCCCTATCCCGCGAC;SOR=1.649;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=158;TCF=68;TCR=90;TR=77;WE=3480366;WS=3480348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,132:0.52:255
chr19	3526452	rs2286543	A	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=367;ReadPosRankSum=-1.083;SC=CCCACCTCCCAGGCACCAGCT;SOR=0.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=20;WE=3526460;WS=3526442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr19	3527110	rs10420193	G	T	6280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.565;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=59.95;MQRankSum=-0.687;NF=69;NR=108;PP=2799;ReadPosRankSum=1.759;SC=TCTCCCGTCAGCAGCAAGAGG;SOR=0.640;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=260;TCF=100;TCR=160;TR=177;WE=3527118;WS=3527100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,290:0.68:429
chr19	3534655	rs740685	G	A	2145.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=36;PP=1521;ReadPosRankSum=-0.211;SC=GTCATGTGTCGGGGCAGTGTG;SOR=0.666;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=74;WE=3534663;WS=3534645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,83:0.70:118
chr19	3534696	rs740686	C	T	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=39;PP=1694;ReadPosRankSum=-1.188;SC=CACCTCCCAGCCCCTCAGGAC;SOR=0.532;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=145;TCF=89;TCR=56;TR=97;WE=3534704;WS=3534686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,110:0.67:165
chr19	3538646	rs114420443	A	G	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.93;ReadPosRankSum=0.720;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr19	3538647	rs113259909	C	CGTGGGTGCGTG	1240.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.373;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.77;ReadPosRankSum=0.712;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,27:0.47:57
chr19	3538654	rs1128872	G	C	1249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.38;ReadPosRankSum=-0.736;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,38:0.56:68
chr19	3539444	rs7258234	T	G	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.307;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=30;PP=951;ReadPosRankSum=0.885;SC=CACTGTGGGGTCTACAGACCT;SOR=2.448;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=37;WE=3539452;WS=3539434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr19	3544120	rs11667842	G	C	1694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.919;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=51;PP=1250;ReadPosRankSum=-0.348;SC=CTCGCTGGCCGCCCACAACCA;SOR=1.564;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=102;TCF=31;TCR=71;TR=69;WE=3544128;WS=3544110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,77:0.66:117
chr19	3544609	rs143698298	GAA	G	256.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=2;PP=204;ReadPosRankSum=-0.628;SC=GGGGTCCAGAGAAGAGTGAGG;SOR=0.446;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=5;WE=3544618;WS=3544599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
chr19	3544628	rs72976620	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.290;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=140;ReadPosRankSum=-0.655;SC=GGGGCAGTGGGGGCTTTTCCC;SOR=1.027;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=8;WE=3544636;WS=3544618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr19	3546340	rs11555328	G	A	4445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.446;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=56;PP=1889;ReadPosRankSum=3.094;SC=CAGCCGCTGCGTACACGGCCA;SOR=0.663;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=164;TCF=81;TCR=83;TR=113;WE=3546348;WS=3546330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,199:0.67:297
chr19	3546463	rs28528221	T	C	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.950;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=30;PP=692;ReadPosRankSum=2.203;SC=CACCACTGGGTGCCCCCAAGC;SOR=0.954;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=23;TCR=44;TR=45;WE=3546471;WS=3546453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,55:0.65:84
chr19	3548057	rs6510759	T	C	6690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.02;MQRankSum=0.736;NF=93;NR=92;PP=2409;ReadPosRankSum=0.525;SC=CAGTCAGTGGTGGCGGGCCCA;SOR=0.650;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=274;TCF=141;TCR=133;TR=185;WE=3548065;WS=3548047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,316:0.65:485
chr19	3548313	rs2240752	T	C	396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=3.452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.80;ReadPosRankSum=1.257;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
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chr19	3575578	rs368575420	T	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=249;ReadPosRankSum=-2.565;SC=CAGCAGTACATGAAGGAGCTG;SOR=0.741;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=17;WE=3575586;WS=3575568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,26:0.35:74
chr19	3576314	rs35766767	CCTT	C	4154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.978;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=3.970;NF=10;NR=36;PP=1709;ReadPosRankSum=-1.479;SC=AGGTAAGCGACCTTCTTCCTC;SOR=0.669;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=155;TCF=43;TCR=112;TR=46;WE=3576324;WS=3576304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,125:0.31:402
chr19	3595794	rs4523	A	G	5374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=64;PP=2358;SC=GGAACAGGATATACACCCAGG;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=125;TCF=61;TCR=64;TR=124;WE=3595802;WS=3595784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr19	3610502	rs740349	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=4;PP=407;SC=AGGGACCACCGGGCCCCAGTT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=3610510;WS=3610492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	3611146	rs2074786	A	G	2494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=27;PP=1095;SC=CCCTGTGCTCAGAGGTGGGGG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=3611154;WS=3611136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	3611186	rs758016	C	T	5966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.53;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	3611190	rs758017	C	A	6060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.98;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	3611765	rs2369188	A	G	6440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	3611972	rs2158935	G	A	12939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=155;NR=139;PP=2965;SC=GGAAGATGCCGTTGGCAAACT;SOR=0.775;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=295;TCF=156;TCR=139;TR=294;WE=3611980;WS=3611962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,504:1.00:504
chr19	3612341	rs45525640	C	T	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.814;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=31;PP=638;ReadPosRankSum=0.489;SC=CGCTGAACTGCGCCTCGTCCT;SOR=0.558;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=119;TCF=38;TCR=81;TR=47;WE=3612349;WS=3612331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,77:0.38:203
chr19	3612914	rs6510763	T	C	4602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=88;PP=2272;ReadPosRankSum=-1.042;SC=GGTGACGGAATGCACGCTCAG;SOR=1.291;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=49;TCR=89;TR=136;WE=3612922;WS=3612904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr19	3613346	rs2074789	G	A	3794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=54;PP=1833;SC=GGTGGGCGCCGCGTCCTCAGG;SOR=1.006;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=32;TCR=54;TR=86;WE=3613354;WS=3613336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	3613400	rs2240504	C	G	5945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=46;PP=1991;SC=GGAGGCTGCCCACGGCCCCTC;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=101;WE=3613408;WS=3613390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	3613422	rs2074790	G	A	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=51;PP=1885;SC=ATCCTGCTCCGCGTCTGCATC;SOR=0.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=58;TCR=51;TR=109;WE=3613430;WS=3613412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	3613596	rs57918402	A	G	4245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=58;PP=1994;SC=TGGGACGCAGAGCCGGGGTCA;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=102;TCF=44;TCR=58;TR=102;WE=3613604;WS=3613586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	3613651	rs71339194	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,26:0.27:95
chr19	3614403	rs7255692	T	C	4710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=112;NR=39;PP=2965;SC=ACCGGGCCCGTGCCATGTGGG;SOR=1.863;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=153;TCF=114;TCR=39;TR=151;WE=3614411;WS=3614393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	3622834	rs34724788	T	C	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.588;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=472;ReadPosRankSum=0.651;SC=CTGTCCTGGGTACATGATGCC;SOR=0.775;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=86;TCF=48;TCR=38;TR=30;WE=3622842;WS=3622824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,62:0.36:170
chr19	3623229	rs7252821	A	T	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	3623505	rs7252742	C	T	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=14;PP=881;SC=CCAGCCTGGGCGACAGAGCGA;SOR=1.516;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=3623513;WS=3623495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	3623534	rs7253265	A	G	3537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=63;NR=32;PP=1868;SC=GTCAAAAAAGAAAGCTGATAG;SOR=1.312;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=63;TCR=32;TR=95;WE=3623542;WS=3623524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	3626476	rs4806945	T	C	1083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=7;PP=461;SC=TCCCCTTCTCTAGGAAGCCCT;SOR=1.292;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=3626484;WS=3626466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	3633273	rs542690	G	C	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	3637395	rs10408855	T	C	17046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=659;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=195;NR=136;PP=2965;SC=CTGACCTCAATTGCAGCCGTG;SOR=0.903;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=334;TCF=196;TCR=138;TR=331;WE=3637403;WS=3637385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,657:1.00:657
chr19	3638041	rs1879038	G	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=16;PP=477;SC=ATGAAGCAGCGAGGAGGTGCC;SOR=1.298;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=3638049;WS=3638031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	3639081	rs56286406	C	T	528.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.114;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=278;ReadPosRankSum=0.888;SC=CGCGCCCCCACTCAGGACCCA;SOR=0.461;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=22;WE=3639089;WS=3639071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,27:0.55:49
chr19	3641672	rs3815338	C	T	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=19;PP=985;SC=AGCAGGTGGGCGCCCCGACCT;SOR=1.437;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=39;TCR=19;TR=57;WE=3641680;WS=3641662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	3645947	rs12460780	G	A	8108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr19	3647440	rs4806948	A	G	2731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=46;PP=1465;SC=ATGCCAGGCCACCTCACTCAG;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=75;WE=3647448;WS=3647430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	3653525	rs2074957	C	T	4847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=74;PP=2146;SC=TCTTGCCCCCCGACTGCACGC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=34;TCR=74;TR=108;WE=3653533;WS=3653515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	3656652	rs10432303	G	A	1088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=26;PP=741;SC=AACTGATGACGGGTCGCTGCA;SOR=2.303;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=32;WE=3656660;WS=3656642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	3660944	rs3826944	G	A	15788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=608;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=152;NR=178;PP=2965;SC=CTGGAAGCCCGTAACAGCAAA;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=330;TCF=152;TCR=178;TR=330;WE=3660952;WS=3660934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,608:1.00:608
chr19	3667461	rs7257360	T	C	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=43;PP=979;SC=TGTGTAACTCTGCGTGGGGCT;SOR=2.082;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=10;TCR=43;TR=53;WE=3667469;WS=3667451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	3728275	rs1985864	C	G	952.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.113;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,55:0.41:133
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chr19	3730041	rs7258176	C	T	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.076;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:283,124:0.30:407
chr19	3731985	rs1879040	G	A	2688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=51;PP=1087;ReadPosRankSum=0.122;SC=TTACAGATTCGGGCCTGGCTG;SOR=0.700;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=99;TCR=143;TR=86;WE=3731993;WS=3731975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:267,151:0.36:418
chr19	3733651	rs2302304	G	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.524;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=82;ReadPosRankSum=0.665;SC=GCAACCTCTGGGGGAATTGTC;SOR=2.457;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=6;WE=3733659;WS=3733641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr19	3734175	rs3746122	G	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=5.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.735;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=0;PP=400;ReadPosRankSum=0.209;SC=GTGAGCCACCGTGCCCAGCTC;SOR=2.596;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=54;TCR=12;TR=21;WE=3734183;WS=3734165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,24:0.32:76
chr19	3738649	rs599587	A	C	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=300;ReadPosRankSum=1.525;SC=GGTGACGCAGAGGAAGCAGGA;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=26;TCR=41;TR=30;WE=3738657;WS=3738639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,43:0.43:99
chr19	3738971	rs600986	A	G	1294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.514;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=26;PP=618;ReadPosRankSum=0.025;SC=AGCCCAGTCCACCGTCTGGCC;SOR=0.649;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=125;TCF=55;TCR=70;TR=48;WE=3738979;WS=3738961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,78:0.35:220
chr19	3740658	rs10416362	T	G	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=9;PP=284;ReadPosRankSum=-1.720;SC=TGCGGGGTCTTCGTCGAGGAG;SOR=0.746;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=50;TCF=26;TCR=24;TR=19;WE=3740666;WS=3740648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr19	3740771	rs112931167	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=208;ReadPosRankSum=0.229;SC=GGTGGGGCCCGGAGCTGGAGG;SOR=0.748;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=18;WE=3740779;WS=3740761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,32:0.52:61
chr19	3749971	rs7257905	A	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=1.295;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,16:0.29:55
chr19	3750205	rs10692689	T	TGG	3051.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=1.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.574;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:240,97:0.29:337
chr19	3750615	rs1046268	T	C	3799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,112:0.34:325
chr19	3750622	rs1046271	A	C	3604.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.82;ReadPosRankSum=1.838;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:203,102:0.33:305
chr19	3750690	rs1046278	A	C	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=471;ReadPosRankSum=-0.157;SC=TGACCTCTCGAAGGCTGCCAG;SOR=0.622;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=31;WE=3750698;WS=3750680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,38:0.41:93
chr19	3752515	rs61735536	G	A	761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=425;ReadPosRankSum=1.306;SC=CGCGGACAGCGGCCTGGCACG;SOR=0.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=26;WE=3752523;WS=3752505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,34:0.69:49
chr19	3752874	rs8102086	A	G	5199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=62;PP=2322;SC=TGGAGGTGGCAGGCGCCTGGG;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=126;TCF=63;TCR=63;TR=123;WE=3752882;WS=3752864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	3753148	rs10414283	A	C	680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.89;ReadPosRankSum=2.013;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr19	3753152	rs10411927	G	A	677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.40;ReadPosRankSum=1.458;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr19	3753656	rs12609548	T	A	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.51;SOR=1.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	3753769	rs3746120	C	T	1794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.495;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=740;ReadPosRankSum=-0.940;SC=TCACGTCCTCCGCGTAGAATA;SOR=0.602;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=170;TCF=97;TCR=73;TR=61;WE=3753777;WS=3753759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,101:0.37:276
chr19	3753874	rs34868972	G	A	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=1.185;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,83:0.30:281
chr19	3760334	rs60648147	C	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=12;PP=243;ReadPosRankSum=2.401;SC=AGGTTTCGCCCGGGTGCAGTG;SOR=0.765;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=16;WE=3760342;WS=3760324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,20:0.44:45
chr19	3762698	rs13960	C	T	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.978;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=8;PP=420;ReadPosRankSum=1.563;SC=CGCAATACGTCATGGCGACCA;SOR=0.905;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=33;TCR=15;TR=28;WE=3762706;WS=3762688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,45:0.64:70
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chr19	3767265	rs7239	C	T	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-4.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.725;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=611;ReadPosRankSum=0.390;SC=TCAGGCTGTTCGAGATGAACT;SOR=0.314;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=73;TCF=57;TCR=16;TR=45;WE=3767273;WS=3767255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,59:0.64:92
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chr19	3781566	rs11671881	C	A	4715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.370;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=56;PP=2086;ReadPosRankSum=-0.445;SC=ACGCACCTCCCATCTTCCTTC;SOR=0.906;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=212;TCF=115;TCR=97;TR=134;WE=3781574;WS=3781556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,223:0.65:344
chr19	3781791	rs72990578	G	A	365.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=263;ReadPosRankSum=-0.131;SC=ATACACATTTGAGTGGCTGCT;SOR=0.634;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=54;TCF=7;TCR=47;TR=17;WE=3781799;WS=3781781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,18:0.31:58
chr19	3783070	rs3746115	G	A	3231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=39;PP=1984;ReadPosRankSum=-0.114;SC=CCTTCCTCCCGGACTGGGCTA;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=181;TCF=122;TCR=59;TR=121;WE=3783078;WS=3783060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,145:0.68:213
chr19	3784757	rs2074976	T	G	4095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
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chr19	3811406	rs111722959	C	T	835.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=4.211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.223;SOR=0.626;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,51:0.36:140
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chr19	3820191	rs2301843	C	T	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=203;ReadPosRankSum=1.178;SC=TGGAGTGGGGCGCTGGCGGGT;SOR=0.654;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=21;WE=3820199;WS=3820181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,27:0.38:72
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chr19	3820305	rs2301845	T	G	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.760;HP=2;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=901;ReadPosRankSum=1.982;SC=GACCGAGACGTGACAGAGCAT;SOR=0.840;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=22;WE=3820313;WS=3820283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,35:0.31:114
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chr19	3820441	rs2301847	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.708;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=141;ReadPosRankSum=0.921;SC=TGCCTGCTGTATGCACAGAAG;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=12;WE=3820449;WS=3820431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr19	3822008	rs28510805	C	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=296;ReadPosRankSum=1.466;SC=GGCCCGACCACAGGCCTCCCA;SOR=0.796;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=42;TCR=6;TR=16;WE=3822016;WS=3821998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chr19	3823192	rs34503630	T	C	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.635;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=15;PP=465;ReadPosRankSum=1.102;SC=GCCTGATCCATGGGAAGGTCC;SOR=0.898;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=155;TCF=99;TCR=56;TR=45;WE=3823200;WS=3823182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,60:0.25:236
chr19	3823237	rs2240231	G	A	1655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=29;PP=740;ReadPosRankSum=-0.906;SC=TGACAGCCTCGACTTACCTCC;SOR=0.677;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=219;TCF=126;TCR=93;TR=67;WE=3823245;WS=3823227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:294,111:0.27:405
chr19	3831198	rs12461577	A	G	296.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.435;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=1.231;SC=ACCTTCTTTCAGCAGGCAGCG;SOR=0.250;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=13;WE=3831206;WS=3831188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,19:0.37:52
chr19	3831449	rs2240232	G	A	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.508;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.099;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=10;PP=235;ReadPosRankSum=-0.636;SC=CGCGGGCGGCGGGGGCAGCTG;SOR=0.399;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=22;WE=3831457;WS=3831439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,24:0.31:78
chr19	3831525	rs2240233	C	A	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=534;ReadPosRankSum=1.499;SC=GCGGAGTACACCGACGCGTCA;SOR=0.818;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=44;WE=3831533;WS=3831515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,52:0.32:164
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chr19	3833572	rs56713158	TA	T	500.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=1.892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.541;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,49:0.47:104
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chr19	3902722	rs2060247	C	G	1496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=23;PP=621;SC=TGATGGCGCTCTCATGAAGCC;SOR=1.238;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=32;WE=3902730;WS=3902712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr19	3910933	rs4807527	G	A	4684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.415;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=96;PP=2396;ReadPosRankSum=0.146;SC=CTCAGTGTGCGTGTGTGCGTG;SOR=0.796;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=226;TCF=85;TCR=141;TR=154;WE=3910941;WS=3910923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,215:0.66:326
chr19	3911012	rs4807528	T	A	1041.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.236;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=41;PP=833;ReadPosRankSum=0.766;SC=TGTGTGTGCATCCATGTGTGT;SOR=2.329;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=67;TCF=5;TCR=62;TR=43;WE=3911020;WS=3911002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr19	3917608	rs11366574	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=1.068;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr19	3918721	rs11667520	A	G	1206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.985;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=615;ReadPosRankSum=-1.046;SC=CAGGAAAACCAGAGAGGCCAG;SOR=0.557;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=43;WE=3918729;WS=3918711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,58:0.73:80
chr19	3920616	rs8108660	T	C	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=5;PP=322;SC=GCTGGGATTATAGGCATGAGC;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=3920624;WS=3920606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	3938782	rs12459191	C	T	674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=2.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,45:0.27:167
chr19	3958324	rs3745980	C	G	961.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.565;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=722;ReadPosRankSum=1.679;SC=CCCGGTTTGTCCCCTCCTTCC;SOR=1.096;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=46;TCR=19;TR=42;WE=3958332;WS=3958314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,42:0.64:66
chr19	3958397	rs7255123	A	G	5138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=56;PP=2154;SC=GCATATCCCCAGTGGCCAAGG;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=66;TCR=56;TR=122;WE=3958405;WS=3958387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	3960020	rs2304193	C	T	1852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=759;ReadPosRankSum=1.274;SC=AAGGCCAAGGCGGGAAGCCCA;SOR=0.837;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=222;TCF=128;TCR=94;TR=68;WE=3960028;WS=3960010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,113:0.32:357
chr19	3963724	rs2278437	G	A	2973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=47;PP=1214;ReadPosRankSum=-0.215;SC=ACCCTCCCAGGACCGTGGCGT;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=54;TCR=80;TR=78;WE=3963732;WS=3963714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,135:0.62:218
chr19	3963744	rs34381972	C	G	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=27;PP=545;ReadPosRankSum=-0.516;SC=TCCAGCGCCCCTGTTCTAGGG;SOR=0.738;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=43;WE=3963752;WS=3963734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,64:0.37:174
chr19	3964106	rs2278438	C	G	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.162;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=180;ReadPosRankSum=0.823;SC=AGACCTCCCGCAAAGCCGGGC;SOR=0.746;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=12;WE=3964114;WS=3964096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,16:0.30:54
chr19	3964437	.	AAACCTCACCCTCACGCTCCCCGC	A	400.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.80;MQRankSum=6.091;QD=9.54;ReadPosRankSum=-2.255;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr19	3969505	rs2304194	G	A	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=163;ReadPosRankSum=-1.629;SC=ATTCACAGCCGGGGCTGTCTG;SOR=0.318;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=12;WE=3969513;WS=3969495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr19	3977486	rs36527	A	G	2541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.614;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=44;PP=1044;ReadPosRankSum=0.279;SC=GCACACTGGCATAGAGGCAGC;SOR=0.918;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=75;WE=3977494;WS=3977476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,122:0.64:192
chr19	3979408	rs36526	A	G	4481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=58;PP=2194;ReadPosRankSum=2.684;SC=CCGCGATGATATGCTCTCCCG;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=184;TCF=102;TCR=82;TR=133;WE=3979416;WS=3979398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,205:0.67:304
chr19	3980824	rs36525	A	G	3106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=48;PP=1333;ReadPosRankSum=1.137;SC=GGGCCCGGCCACCGGGACCAC;SOR=0.687;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=88;WE=3980832;WS=3980814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,142:0.68:209
chr19	4013322	rs2289865	T	C	1108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=27;PP=481;ReadPosRankSum=1.164;SC=ATATGCTGGATGAGCTGCTGA;SOR=0.690;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=39;TCR=63;TR=45;WE=4013330;WS=4013312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,62:0.40:155
chr19	4024020	rs2028827	G	A	11278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=125;NR=108;PP=2965;SC=CCCTGACCCCGTGTTTGTCTT;SOR=0.768;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=126;TCR=108;TR=233;WE=4024028;WS=4024010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr19	4028067	rs4520954	C	T	7646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr19	4028290	rs72976957	G	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
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chr19	4032949	rs895333	A	G	4180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=100;NR=23;PP=2475;SC=CCAATCCCTCACGGCCCCGAG;SOR=2.215;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=100;TCR=23;TR=123;WE=4032957;WS=4032939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
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chr19	4037966	rs72976977	T	C	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=4.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.014;SOR=0.366;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,37:0.39:94
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chr19	4101062	rs10250	G	T	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.411;NF=20;NR=9;PP=437;ReadPosRankSum=-0.016;SC=CCATGGAGTCGATGAGCTGGC;SOR=1.061;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=29;WE=4101070;WS=4101052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,51:0.72:71
chr19	4102449	rs17851657	G	A	1738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.341;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=35;PP=605;ReadPosRankSum=0.417;SC=GGGAGCCGCCGTCCTAGAGGG;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=206;TCF=91;TCR=115;TR=61;WE=4102457;WS=4102439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:250,112:0.31:362
chr19	4117705	rs350890	T	C	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=44;PP=1148;ReadPosRankSum=0.952;SC=CCGTGGTGCATCGGCCCCCAG;SOR=1.166;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=24;TCR=59;TR=61;WE=4117713;WS=4117695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,65:0.72:90
chr19	4153659	rs350879	G	A	2428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=24;PP=1406;SC=GAGCTTGCCCGGCCCCAGGTA;SOR=1.338;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=46;TCR=24;TR=70;WE=4153667;WS=4153649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	4156841	rs350872	G	A	1208.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=5;PP=969;ReadPosRankSum=-1.167;SC=TTGAGCCTCAGCAGCCCCGGG;SOR=0.992;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=72;TCF=64;TCR=8;TR=47;WE=4156849;WS=4156836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,47:0.66:71
chr19	4156866	rs112691598	AC	A	1218.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.847;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=8;PP=2203;ReadPosRankSum=0.341;SC=AGAAGCAGTAACTCATCTTGG;SOR=0.549;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=63;TCR=27;TR=26;WE=4156889;WS=4156856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,36:0.29:123
chr19	4156869	rs63310862	C	T	1227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.754;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=1947;ReadPosRankSum=0.013;SC=AGCAGTAACTCATCTTGGAGA;SOR=0.510;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=119;TCF=88;TCR=31;TR=33;WE=4156889;WS=4156856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,37:0.29:129
chr19	4156881	rs350871	G	A	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.631;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=15;PP=2217;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TCTTGGAGAAGGGAAGGACAC;SOR=0.611;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=150;TCF=106;TCR=44;TR=47;WE=4156889;WS=4156856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,57:0.32:180
chr19	4159509	rs66603362	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.406;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,13:0.43:30
chr19	4169998	rs350852	G	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=3;PP=200;SC=CTGACCTGCCGAGTAACCTTG;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=4170006;WS=4169992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	4170378	rs350851	G	A	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=20;PP=564;SC=AGGCCGAGGCGGGTGGATCAC;SOR=1.542;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=4170386;WS=4170368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	4174950	rs350845	A	G	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	4177051	rs350844	A	G	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=30;PP=1208;SC=CAGAGCCCCCACCCCTGCACC;SOR=0.853;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=48;TCR=32;TR=75;WE=4177059;WS=4177041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	4177331	rs350843	A	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=13;PP=378;SC=GGGCAAGTGGACCAACCTCTC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=4177339;WS=4177321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	4179021	.	A	G	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.40;ReadPosRankSum=0.403;SOR=0.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr19	4180690	rs7260071	T	G	4668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=36;PP=2081;SC=CAGATGGATGTGTTCTCATTC;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=69;TCR=36;TR=105;WE=4180698;WS=4180680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	4180836	rs352493	C	T	7252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=79;PP=2820;SC=GAACACCACACTGGAAGACTG;SOR=0.796;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=146;WE=4180844;WS=4180826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr19	4198154	rs1963331	C	T	939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=342;ReadPosRankSum=-0.296;SC=CGGCGGCCTGCGCTGGTGAGG;SOR=0.430;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=26;WE=4198162;WS=4198144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,46:0.66:70
chr19	4199809	rs112892199	C	CA	1962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=5;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.792;NF=14;NR=14;PP=1096;ReadPosRankSum=-1.267;SC=GAGCCCCTGTCGGGGGCGTGG;SOR=0.867;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=28;WE=4199817;WS=4199799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,59:0.63:94
chr19	4199839	rs6510793	A	C	1373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=689;ReadPosRankSum=0.279;SC=AGCAGCCAACACTGCCCCACG;SOR=0.680;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=84;TCF=46;TCR=38;TR=46;WE=4199847;WS=4199829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,69:0.52:132
chr19	4200156	rs2052191	G	A	1070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.211;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=23;PP=504;ReadPosRankSum=0.690;SC=TGTCATGAGCGCGGACGGGGC;SOR=0.443;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=30;WE=4200164;WS=4200146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
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chr19	4210017	rs67953324	G	A	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=1.340;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,41:0.59:70
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chr19	4210382	rs72980936	C	T	3689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=26;PP=972;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TAGGAGGCCTCGGAGATTTGG;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=63;WE=4210390;WS=4210372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,102:0.68:151
chr19	4210401	rs60239405	C	CA	3604.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.195;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=1647;ReadPosRankSum=-1.180;SC=GGGCGTGGGCCAGCCTGGGTG;SOR=0.706;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=39;WE=4210409;WS=4210391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,95:0.65:146
chr19	4210465	rs12710072	A	G	1326.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.165;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,62:0.70:88
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chr19	4216910	rs10413818	G	A	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.817;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=593;ReadPosRankSum=-1.331;SC=CACGGGAGCCGAGGCCACGGG;SOR=0.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=39;WE=4216918;WS=4216900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,51:0.59:87
chr19	4217207	rs353693	T	G	5932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=75;PP=2581;SC=AGGGATGGAATCCACAGGAGT;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=54;TCR=75;TR=129;WE=4217215;WS=4217197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	4217956	rs6510794	A	G	102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=-0.680;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
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chr19	4292480	rs57181230	C	T	68.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-3.373;NF=4;NR=0;PP=26;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GTGTTCCACCCGCCTCGGCTT;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=4;WE=4292488;WS=4292470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr19	4292597	rs888932	C	T	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=8.03;ReadPosRankSum=2.321;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,26:0.44:59
chr19	4292961	rs11287595	CT	C	485.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=4.774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.225;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.199;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,47:0.36:130
chr19	4294551	rs62129297	T	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.602;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,27:0.29:94
chr19	4297855	rs112590213	TA	T	281.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.48;MQRankSum=1.319;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,27:0.64:42
chr19	4297968	rs6510801	C	T	5860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=1.060;NF=84;NR=53;PP=2106;ReadPosRankSum=-1.117;SC=TCCCTCTCCCCGCTGGCTCCC;SOR=0.849;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=228;TCF=134;TCR=94;TR=137;WE=4297976;WS=4297958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,275:0.64:428
chr19	4306311	rs4807578	T	C	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=31;PP=809;ReadPosRankSum=-0.754;SC=GTGCCAGCCGTACCTACGAGC;SOR=0.840;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=44;WE=4306319;WS=4306301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,59:0.69:85
chr19	4308098	rs11669091	T	C	1431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.583;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,69:0.59:116
chr19	4310217	rs56388602	G	A	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=414;ReadPosRankSum=1.816;SC=GCAAGACTCCGTCTCAAAAAC;SOR=0.995;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=27;WE=4310225;WS=4310207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,48:0.75:64
chr19	4311977	rs45575337	C	T	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.09;ReadPosRankSum=-1.660;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,70:0.37:187
chr19	4322990	rs67511110	G	A	1390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.980;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=857;ReadPosRankSum=-0.310;SC=CAGGGGACACGCTGATCGACG;SOR=1.173;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=49;WE=4322998;WS=4322980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,62:0.61:101
chr19	4325133	rs5826839	CA	C	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-0.858;QD=5.80;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,17:0.63:27
chr19	4325327	rs10411394	G	A	5334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=400;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.715;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=57;PP=1838;ReadPosRankSum=-0.388;SC=AAAGTGTAACGTGTCACATCA;SOR=0.671;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=196;TCF=100;TCR=96;TR=122;WE=4325335;WS=4325317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,253:0.65:388
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chr19	4325527	rs144306660	G	A	542.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=20;PP=361;ReadPosRankSum=-1.420;SC=GGGGCCACCTGTGCAGGGTGC;SOR=0.793;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=63;TCF=14;TCR=49;TR=25;WE=4325535;WS=4325517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,28:0.37:75
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chr19	4400314	rs62129356	C	T	3076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.547;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.44;ReadPosRankSum=0.932;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,149:0.70:213
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chr19	4417845	rs34080966	T	C	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=6;PP=193;ReadPosRankSum=1.392;SC=CCGTAGTCTCTCTTGTTATCT;SOR=0.446;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=14;WE=4417853;WS=4417835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr19	4423419	rs11668886	C	T	2146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=2.718;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=-0.335;SOR=0.955;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,106:0.60:178
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chr19	4442336	rs9352	C	T	2105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.623;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=812;ReadPosRankSum=0.485;SC=CCGGATGCTGCGGGTGAGAAG;SOR=0.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=38;TCR=46;TR=58;WE=4442344;WS=4442326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,99:0.64:154
chr19	4442529	rs243382	T	C	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.859;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=79;ReadPosRankSum=-1.097;SC=ATGCCAGGCATCGTTCTGGCC;SOR=0.029;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=4442537;WS=4442519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr19	4442999	rs243383	T	G	5454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=79;NR=47;PP=2287;SC=CACCCTGACCTCGAGCCCACT;SOR=1.036;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=126;WE=4443007;WS=4442989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	4446995	rs243389	C	T	2031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=56;PP=1348;ReadPosRankSum=0.822;SC=GTCCAGGGGCCCGGCTCTCGC;SOR=0.932;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=24;TCR=81;TR=71;WE=4447003;WS=4446985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,83:0.67:124
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chr19	4453324	rs376965	T	C	6659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.36;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
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chr19	4454000	rs11909	G	A	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.629;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.102;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,48:0.28:172
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chr19	4457496	rs10425328	CG	GC	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=35;NR=4;PP=936;SC=CTGACCCTCGCGTGCCGCTCC;SOR=2.833;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=37;TCR=4;TR=39;WE=4457505;WS=4457486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr19	4472447	.	TG	T	129	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=19;HapScore=4;MGOF=40;MMLQ=24;MQ=57.12;NF=1;NR=0;PP=129;QD=132.0;SC=ATGGGGCCGGTGGGGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=1;WE=4472468;WS=4472437;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,1:0.11:9
chr19	4472460	rs182316418	G	T	394.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	4475606	rs3816048	T	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=30;PP=556;ReadPosRankSum=0.762;SC=GGAGAGCCAGTGTGAAGCGCG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=50;WE=4475614;WS=4475596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,76:0.54:140
chr19	4488926	rs10421685	G	A	3435.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=2.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.76;ReadPosRankSum=-1.091;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,156:0.76:205
chr19	4488949	rs34663282	CT	C	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=2.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.480;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,51:0.74:69
chr19	4491476	rs11878416	G	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.972;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=2;PP=430;ReadPosRankSum=0.139;SC=GAGCTCAGCTGTCGTGGGTGG;SOR=1.734;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=20;WE=4491484;WS=4491466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr19	4493708	rs892161	A	G	1730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=17;PP=966;ReadPosRankSum=1.710;SC=AGAAGGCGCCATCAGCCTCCG;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=81;TCR=30;TR=64;WE=4493716;WS=4493698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,83:0.56:147
chr19	4496198	rs2288930	A	G	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=16;PP=641;ReadPosRankSum=-0.826;SC=GTGGAGGGCGACAGAAAGGGT;SOR=0.501;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=43;WE=4496206;WS=4496188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr19	4498154	rs919798	G	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.21;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,33:0.60:55
chr19	4498157	rs919797	G	A	1276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.55;ReadPosRankSum=-0.649;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,32:0.62:52
chr19	4498245	rs2288926	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.309;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.385;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=330;ReadPosRankSum=0.606;SC=CTGCCCTTGAACAGCTGGCCC;SOR=0.446;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=20;WE=4498253;WS=4498235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr19	4498440	rs2288924	T	C	605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=210;ReadPosRankSum=-1.531;SC=CTCCCTTAGATGTCTCGGGAA;SOR=0.700;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=24;WE=4498448;WS=4498430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,39:0.32:123
chr19	4498700	rs10406139	A	T	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=6;PP=621;SC=TTCTGCAGATACAGCTCCCCT;SOR=2.303;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=27;WE=4498708;WS=4498697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	4499023	rs67274054	C	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=171;ReadPosRankSum=-0.402;SC=CCTGGGTCAGCGAGGAGGCCG;SOR=0.646;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=14;WE=4499031;WS=4499013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr19	4499632	rs72100503	AAGCTGGCCGGGGAGG	A	4327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=38;PP=2933;SC=GGCCGAGGAGAAGCTGGCCGG;SOR=1.469;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=9;TCR=67;TR=43;WE=4499654;WS=4499622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	4502201	rs8887	T	C	1623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=5.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.61;ReadPosRankSum=2.241;SOR=0.320;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,76:0.73:104
chr19	4502282	rs13041	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.64;ReadPosRankSum=0.813;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr19	4502287	rs7254167	G	T	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.60;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	4508945	rs8105775	A	G	8516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=100;NR=99;PP=2965;SC=CCTTTGGCCCAGGCTGGGAGG;SOR=0.699;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=199;TCF=100;TCR=99;TR=199;WE=4508953;WS=4508935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,331:1.00:331
chr19	4510389	rs8105610	C	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.009;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.46;ReadPosRankSum=1.213;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr19	4510560	rs7251858	C	T	1736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FS=0.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:265,110:0.29:375
chr19	4511140	rs7255715	C	G	3652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=719;ExcessHet=3.0103;FS=1.222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:507,208:0.29:715
chr19	4511350	rs7259721	T	A	17743.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-5.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=900;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.649;NF=229;NR=172;PP=2962;ReadPosRankSum=7.844;SC=CTTTGGCCACTTTCGCAGCAC;SOR=0.457;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=475;TCF=245;TCR=230;TR=401;WE=4511358;WS=4511340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:159,736:0.82:895
chr19	4511375	.	CCA	C	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.040;ClippingRankSum=0.000;DP=895;ExcessHet=3.0103;FS=41.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.78;MQRankSum=-11.549;QD=0.26;ReadPosRankSum=-8.307;SOR=6.979;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:793,66:0.08:859
chr19	4511379	.	G	GAC	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.204;ClippingRankSum=0.000;DP=867;ExcessHet=3.0103;FS=39.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.04;MQRankSum=-13.372;QD=0.25;ReadPosRankSum=-8.211;SOR=6.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:801,62:0.07:863
chr19	4511453	rs7255187	G	A	25282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=975;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=258;NR=263;PP=2965;SC=GGCCACGTTCGCAGCACCGGT;SOR=0.701;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=542;TCF=278;TCR=264;TR=521;WE=4511461;WS=4511443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,968:1.00:968
chr19	4511525	rs7256712	A	G	29935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=77;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.334;NF=312;NR=267;PP=2965;ReadPosRankSum=0.603;SC=GTCTACACCCATCTGGACGGC;SOR=0.830;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=584;TCF=316;TCR=268;TR=579;WE=4511533;WS=4511515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,1154:1.00:1156
chr19	4511647	.	C	G	2965	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MMLQ=22;MQ=54.98;NF=129;NR=166;PP=2965;QD=20;SC=CTTTGGCCAACTTCACAGCCC;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=297;TCF=129;TCR=168;TR=295;WE=4511655;WS=4511637;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,295:0.99:297
chr19	4511725	.	TTGGATGGCCCCT	CTGGACGGCCCCC,CTGGACGGCCCCT	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=25;MQ=54.05;NF=46,126;NR=25,112;PP=2934,2944;QD=20;SC=CCAGGCCCCCTTGGATGGCCC;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=335;TCF=183;TCR=152;TR=71,238;WE=4511754;WS=4511715;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.21:335
chr19	4511746	.	A	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=37;MMLQ=21;MQ=55.28;NF=82;NR=43;PP=2962;QD=20;SC=CTTTGGCCACATTCGCAGCAC;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=425;TCF=228;TCR=197;TR=125;WE=4511754;WS=4511715;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:300,125:0.29:425
chr19	4511830	rs7257142	A	G	10971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1240;ExcessHet=3.0103;FS=1.097;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-4.086;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.441;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:648,563:0.46:1211
chr19	4511908	rs10423606	C	T	8904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=842;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-4.412;QD=10.65;ReadPosRankSum=2.456;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:570,266:0.32:836
chr19	4511927	rs10422025	G	A	10442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.79;MQRankSum=-5.259;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:522,288:0.36:810
chr19	4511929	rs10424401	A	G	10441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=816;ExcessHet=3.0103;FS=0.543;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-4.886;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:523,289:0.36:812
chr19	4511955	rs7260518	T	C	23654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=922;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.222;NF=265;NR=295;PP=2962;ReadPosRankSum=2.077;SC=TTCACAGCACTGGTCACCCCA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=563;TCF=266;TCR=297;TR=560;WE=4511963;WS=4511898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,912:1.00:914
chr19	4512669	rs55901236	T	C	2650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FS=1.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=1.540;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:433,165:0.28:598
chr19	4513143	rs4807595	CA	TG	11165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.334;NF=119;NR=69;PP=2947;ReadPosRankSum=-0.688;SC=TTCATGGCACCAGTCACCCCA;SOR=0.444;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=204;TCF=126;TCR=78;TR=188;WE=4513152;WS=4513133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,250:1.00:251
chr19	4513559	rs4807597	A	G	7558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=114;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.977;SC=GCTGGACACCACCTCCTTGGT;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=90;TCR=115;TR=202;WE=4513567;WS=4513549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,289:0.99:291
chr19	4524016	rs1062223	G	A	5830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	4525046	rs1610090	A	G	4916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.90;QD=25.61;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr19	4529622	.	T	TACACACACACAC	446.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.8322;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=3;NR=1;PP=46;SC=CATATATGTATACACACACAC;SOR=2.303;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=4;WE=4529630;WS=4529612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	4531919	rs76461382	G	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=63;ReadPosRankSum=-0.593;SC=TCTGGGCCAGGACGAGGGATG;SOR=0.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=9;WE=4531927;WS=4531909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr19	4550383	rs28667487	G	T	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=1.819;NF=8;NR=12;PP=759;ReadPosRankSum=1.902;SC=CGACCCTCAGGTTTTTTGTTT;SOR=0.638;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=20;WE=4550394;WS=4550373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,27:0.39:70
chr19	4550386	rs138569803	T	TTTTG	812.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.631;NF=1;NR=9;PP=768;ReadPosRankSum=0.885;SC=CCCTCAGGTTTTTTGTTTGTT;SOR=0.776;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=10;WE=4550394;WS=4550373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,23:0.44:52
chr19	4550698	rs2043328	C	T	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=9;PP=585;SC=AACTGTATAACGGGTACAGCT;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=4550706;WS=4550688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	4554583	rs1610094	A	C	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=63;PP=2063;SC=AAGGGGGGACATAGGCTGGTT;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=29;TCR=63;TR=92;WE=4554591;WS=4554573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	4555310	rs10853973	T	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=7;PP=397;SC=AAGCCCCAAATCCCGCTGAGC;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=19;WE=4555318;WS=4555300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	4556816	rs62115778	C	A	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=0;PP=428;SC=CCAGGGCTGGCAGTTGGGCGG;SOR=4.003;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=17;WE=4556824;WS=4556806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	4557056	rs10422881	A	C	4666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=62;PP=2346;SC=TGAGGGGGTAACGGGTCCCAG;SOR=0.716;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=60;TCR=62;TR=122;WE=4557064;WS=4557046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	4557299	rs17434453	C	T	6525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=60;NR=67;PP=2441;SC=TCCATCCTTCCCACTGCCAAT;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=127;WE=4557307;WS=4557289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr19	4557437	rs11673058	C	T	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	4682878	rs148398571	CAG	C	219.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.844;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.670;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.780;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,23:0.12:185
chr19	4684642	rs8105807	A	G	1548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=649;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CCCGAGACCCAAAGGACCCAG;SOR=0.701;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=176;TCF=102;TCR=74;TR=58;WE=4684650;WS=4684632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,93:0.35:267
chr19	4685276	rs10421782	A	C	3103.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=569;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.886;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=65;PP=1488;ReadPosRankSum=1.791;SC=AGATGGTCCAACTGCCAATCT;SOR=0.871;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=285;TCF=127;TCR=158;TR=109;WE=4685284;WS=4685266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,184:0.33:564
chr19	4700187	rs2277735	A	G	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.559;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=16;PP=355;ReadPosRankSum=-0.021;SC=CCTTCCCCGCATCATCTAGTA;SOR=0.770;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=36;WE=4700195;WS=4700177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,65:0.34:194
chr19	4714044	rs2277733	T	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.826;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
chr19	4714468	rs7251000	C	T	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=164;ReadPosRankSum=1.818;SC=CTGCCGCTTTCCCCACTCCCT;SOR=0.949;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=14;WE=4714476;WS=4714458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,14:0.25:56
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chr19	4770870	rs34288325	CT	C	331.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.005;NF=0;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=0.000;SC=AGTGGGGGGGCTGGCTCACTC;SOR=0.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=4770878;WS=4770860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr19	4772202	rs3760955	A	C	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.926;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.010;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=25;PP=953;ReadPosRankSum=-1.152;SC=TCCACCTCCAACCAGAGCTCC;SOR=0.844;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=209;TCF=133;TCR=76;TR=71;WE=4772210;WS=4772192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:242,100:0.29:342
chr19	4772449	rs2885717	C	T	1422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.262;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=33;PP=1547;ReadPosRankSum=-0.811;SC=CTGCTGTGTCCCCAGCGCCTG;SOR=1.519;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=62;TCF=14;TCR=48;TR=41;WE=4772471;WS=4772439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr19	4772463	rs3760951	C	T	1185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=4.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.375;HP=4;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=1552;ReadPosRankSum=2.228;SC=GCGCCTGGTCCGGGGCCCGGC;SOR=1.782;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=30;WE=4772471;WS=4772439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
chr19	4816719	rs2292151	G	A	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.17;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:211,83:0.28:294
chr19	4818378	rs7255265	T	C	755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.645;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,49:0.30:162
chr19	4844633	rs17363814	C	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.539;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=42;ReadPosRankSum=-1.003;SC=AGAGTGGCATCGGGACTCCAA;SOR=0.148;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=7;WE=4844641;WS=4844623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr19	4844665	rs36066928	TC	T	2027.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=13;PP=1136;SC=CACCCCCCAGTCCCCTCATGG;SOR=1.355;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=30;WE=4844673;WS=4844655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	4847713	rs9973235	A	G	2086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=19;PP=1060;SC=CAGGCTTAGGACCTGCGACAG;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=4847721;WS=4847703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	4847874	rs9304915	A	G	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=40;NR=46;PP=1544;SC=ACGCGACGTCAAAGCCATCCA;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=40;TCR=46;TR=86;WE=4847882;WS=4847864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	4852106	rs2271058	A	G	25642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=980;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=251;NR=216;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.585;SC=ACCCCACTCAACACCATCTGG;SOR=0.770;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=467;TCF=251;TCR=216;TR=467;WE=4852114;WS=4852096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,972:1.00:974
chr19	4852137	rs1055919	C	T	11441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=876;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=144;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.143;SC=AGCCCATGACCGATTGGACGC;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=454;TCF=234;TCR=220;TR=281;WE=4852145;WS=4852127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:331,536:0.62:867
chr19	4859937	rs8289	T	C	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=26;PP=954;SC=ACAGTCTTGATGTGCGGGTAG;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=58;WE=4859945;WS=4859927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	4896948	.	CT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.081;ClippingRankSum=0.000;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.983;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,14:0.24:58
chr19	4902950	rs2602717	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.113;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=193;ReadPosRankSum=0.172;SC=CTCAGAGTTCCGGGAAGTGGG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=10;WE=4902958;WS=4902940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,10:0.59:17
chr19	4929124	rs5826865	GC	G	782.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=15;PP=296;ReadPosRankSum=1.184;SC=GATGCAGATTGCCCCCCCCCC;SOR=0.693;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=29;WE=4929133;WS=4929114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr19	4929413	rs2251520	T	C	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.571;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=43;PP=572;ReadPosRankSum=0.314;SC=CCACCCACGGTGAGGCGGCCG;SOR=1.011;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=196;TCF=62;TCR=134;TR=57;WE=4929421;WS=4929403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,86:0.30:282
chr19	4929473	rs2123731	A	G	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.378;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,54:0.30:181
chr19	4941456	rs2251519	C	T	1111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=10;PP=768;ReadPosRankSum=1.321;SC=CCAGGCATCCCGAGAACCCGT;SOR=0.403;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=50;TCF=38;TCR=12;TR=38;WE=4941464;WS=4941446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,41:0.77:53
chr19	4944555	rs2602730	G	A	6793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=109;PP=2965;SC=CCAGGGGTCAGGGTGGTTACC;SOR=1.056;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=183;TCF=67;TCR=116;TR=175;WE=4944563;WS=4944545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	4944596	rs2251117	T	C	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.444;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=63;PP=1203;ReadPosRankSum=0.558;SC=AGGAGGGGTGTGGAAAGCCTG;SOR=0.846;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=34;TCR=89;TR=88;WE=4944604;WS=4944586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,107:0.69:156
chr19	4945914	rs2250982	A	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=1;PP=205;SC=TGGCTGGCATACACGGCCGGA;SOR=2.179;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=9;WE=4945922;WS=4945904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	4945917	rs2250981	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.430;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-1.187;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr19	4945974	rs2250978	T	C	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=2.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	4954454	rs2247238	C	T	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.568;NF=17;NR=16;PP=1168;ReadPosRankSum=0.709;SC=AGGGGGGCTTCGCGTCCCCCA;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=33;WE=4954463;WS=4954444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,56:0.74:76
chr19	4954455	rs17883331	G	A	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.986;HP=2;HapScore=3;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.627;NF=10;NR=6;PP=532;ReadPosRankSum=-0.696;SC=GGGGGGCTTCGCGTCCCCCAG;SOR=0.892;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=49;TCF=27;TCR=22;TR=16;WE=4954463;WS=4954444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,20:0.26:76
chr19	4954679	rs55946225	G	GC	2380.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=25;PP=2110;SC=CCCGAGCAGGGCGGGTCCCCG;SOR=1.196;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=51;TCF=26;TCR=25;TR=47;WE=4954687;WS=4954669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	5041178	rs2240678	T	C	7211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr19	5041316	rs2240679	T	G	1511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,68:0.64:107
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chr19	5070809	rs730291	C	T	1369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=802;ReadPosRankSum=-2.549;SC=TCCTCACTCCCCGCTCCTCCA;SOR=0.590;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=59;TCR=12;TR=42;WE=5070817;WS=5070799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,55:0.69:80
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chr19	5111994	rs2613736	A	G	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=44;PP=1402;SC=GCCAGGCACGATCGCTCACAC;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=21;TCR=44;TR=65;WE=5112002;WS=5111984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	5114116	rs1017820	T	G	4796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.384;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=60;PP=2386;ReadPosRankSum=0.994;SC=GGTGGCGCTGTGCGTTCTGGT;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=228;TCF=132;TCR=96;TR=148;WE=5114124;WS=5114106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,217:0.66:330
chr19	5119544	rs2256523	C	T	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.679;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=4;PP=635;ReadPosRankSum=-1.046;SC=AGGAGGCCCCCTGCTCATGGA;SOR=1.216;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=64;TCF=53;TCR=11;TR=31;WE=5119552;WS=5119534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,36:0.55:65
chr19	5132051	rs2620839	G	A	1455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=31;PP=883;SC=GGCTCTCATCGGCCCTGCTCC;SOR=1.747;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=40;WE=5132059;WS=5132041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	5134096	rs2251561	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=323;ReadPosRankSum=-0.409;SC=CCTCACGGGTCCCAGAGAACC;SOR=1.270;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=16;WE=5134104;WS=5134086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,21:0.66:32
chr19	5135392	rs2620836	A	G	11092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=102;PP=2965;SC=CTCCCTCGGAAAGGGCTGCCC;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=134;TCR=104;TR=234;WE=5135400;WS=5135382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr19	5137192	rs2613790	C	T	3489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.239;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=32;PP=1669;ReadPosRankSum=-1.628;SC=CCAAGTTACCCGGCCCCTCCC;SOR=1.137;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=156;TCF=101;TCR=55;TR=100;WE=5137200;WS=5137182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,153:0.69:221
chr19	5137846	rs2613786	G	A	1167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=772;ReadPosRankSum=-0.590;SC=AGGAGCATACGCCTGCACCGA;SOR=0.642;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=44;WE=5137854;WS=5137836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
chr19	5150546	rs62113182	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=93;ReadPosRankSum=-1.391;SC=GCGTCTTCCAATGGCGTGGAC;SOR=0.368;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=8;WE=5150554;WS=5150536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr19	5174030	rs2620822	A	G	1785.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.999;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.535;NF=36;NR=25;PP=894;ReadPosRankSum=1.111;SC=GCGTGAATCCAGGAGGCGGAG;SOR=0.433;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=61;WE=5174038;WS=5174020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,84:0.76:110
chr19	5174180	rs2620821	C	T	2113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=35;PP=854;ReadPosRankSum=-2.243;SC=AGCAAAGTCTCGTCACCACGG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=40;TCR=59;TR=59;WE=5174188;WS=5174170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,97:0.66:148
chr19	5206775	rs1143700	A	G	3672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=51;PP=1772;ReadPosRankSum=1.773;SC=GCCTGGGGGGAACCATGGCTT;SOR=0.578;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=176;TCF=103;TCR=73;TR=119;WE=5206783;WS=5206765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,175:0.68:256
chr19	5211568	rs55858361	G	A	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-4.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=5;PP=849;ReadPosRankSum=-1.402;SC=GGCTCCTTCTGGGGCCCTGAG;SOR=0.556;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=68;TCF=58;TCR=10;TR=48;WE=5211576;WS=5211558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,54:0.76:71
chr19	5214533	rs9304921	A	G	5040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=67;PP=2640;ReadPosRankSum=1.433;SC=GGACAGGCTGACTGGCAGGGG;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=244;TCF=137;TCR=107;TR=156;WE=5214541;WS=5214523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,224:0.68:328
chr19	5214697	rs4807697	A	G	11380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=106;NR=141;PP=2965;SC=GCGTTCTGACACCGGTAGCCG;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=248;TCF=106;TCR=142;TR=247;WE=5214705;WS=5214687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,440:1.00:440
chr19	5216896	rs5826875	C	CG	98.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.49;ReadPosRankSum=0.967;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr19	5220900	rs10412973	T	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.341;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=408;ReadPosRankSum=2.507;SC=TGATAGGGTCTGTGTTTCATA;SOR=1.460;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=24;WE=5220908;WS=5220890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,24:0.62:39
chr19	5239175	.	G	GGA	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.47;ReadPosRankSum=-0.992;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	5244531	rs45565133	A	G	773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=276;ReadPosRankSum=-2.100;SC=CATTGGGCACATTGGTTGAGG;SOR=0.741;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=24;WE=5244539;WS=5244521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,48:0.32:148
chr19	5255992	rs34548642	A	AT	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.927;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=-0.879;SC=TCATTTTTCTATTTTTTTTCC;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=6;WE=5256000;WS=5255982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr19	5256251	rs59925916	G	GT	374.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=2.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.562;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,26:0.59:44
chr19	5257341	rs112290142	G	A	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.050;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,58:0.30:195
chr19	5260878	rs36016542	T	C	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.414;NF=7;NR=14;PP=806;ReadPosRankSum=1.836;SC=ACAAGGCGGTTGTTGGGGGGC;SOR=0.839;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=73;TCF=26;TCR=47;TR=21;WE=5260887;WS=5260868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,39:0.34:115
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chr19	5455796	rs420325	A	G	7709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=95;NR=96;PP=2965;SC=CCGCGCAGGCAGTGGTACGGG;SOR=0.700;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=95;TCR=96;TR=191;WE=5455804;WS=5455786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
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chr19	5455978	rs8107825	T	C	15682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr19	5456450	rs8111108	T	C	14037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=548;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=211;NR=142;PP=2965;SC=TGGATGAGTATGAGGAGGGCG;SOR=1.017;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=354;TCF=211;TCR=143;TR=353;WE=5456458;WS=5456440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,529:1.00:529
chr19	5595354	rs10413286	T	C	1447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=10;PP=702;SC=GCCCACAGCCTCACCCAGCTC;SOR=1.287;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=5595362;WS=5595344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	5600370	rs2285969	A	G	1247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=534;ReadPosRankSum=0.731;SC=ACGTCCACACAAAACAAATCA;SOR=0.682;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=47;WE=5600378;WS=5600360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,79:0.30:262
chr19	5661896	.	AT	A	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.082;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.248;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,38:0.47:80
chr19	5663920	rs3745628	T	G	827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.401;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.692;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=408;ReadPosRankSum=-0.579;SC=GAGAGAACACTCTTGGTGAAA;SOR=0.431;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=96;TCF=75;TCR=21;TR=33;WE=5663928;WS=5663910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,47:0.38:125
chr19	5667204	rs148831822	AC	A	524.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=1.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=-2.033;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:142,41:0.22:183
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chr19	5687059	rs113901360	G	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.85;ReadPosRankSum=-0.134;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,6:0.17:36
chr19	5691987	rs3835296	T	TCAGTTCTGGCCCAGACAGGGCCTGACATC	1560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=17.896;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.90;ReadPosRankSum=1.209;SOR=4.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,23:0.43:54
chr19	5692311	rs3818815	G	C	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr19	5694630	rs2436514	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=-0.171;SC=GGTGGGGTGACGGGCACAGAA;SOR=0.358;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=17;WE=5694638;WS=5694620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr19	5696146	rs3745624	G	A	1688.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=4.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=0.741;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,99:0.33:296
chr19	5696245	rs4073993	A	G	6183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=79;PP=2852;ReadPosRankSum=0.580;SC=CCCAGGCCCCAGACAGGCCCC;SOR=0.735;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=158;TCF=77;TCR=81;TR=155;WE=5696253;WS=5696235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,243:0.99:245
chr19	5707204	rs945828	T	C	5190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=61;NR=72;PP=1952;SC=GGCATCTGTGTGTGTAGGGCC;SOR=0.805;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=61;TCR=72;TR=133;WE=5707212;WS=5707194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	5707628	rs3737237	G	A	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.138;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=5;PP=147;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GGAGGAACGGGGGCAGCCGGG;SOR=0.392;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=12;WE=5707636;WS=5707618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,24:0.33:73
chr19	5713099	rs200303306	G	A	2179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=22;PP=1744;ReadPosRankSum=1.339;SC=GGTCTCCCGCGTGGTACTCTG;SOR=0.961;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=149;TCF=112;TCR=37;TR=98;WE=5713107;WS=5713089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,93:0.70:132
chr19	5727414	rs5826899	C	CT	2180.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.218;NF=3;NR=23;PP=952;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TAGATTTGCCCCATTCATTCG;SOR=0.709;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=26;WE=5727422;WS=5727404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,64:0.58:110
chr19	5733771	.	A	AT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.391;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=2.212;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,12:0.29:41
chr19	5746121	rs77656808	C	CA	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=413;ReadPosRankSum=-0.226;SC=TGGCCTCCTCCAGAGGGGCCG;SOR=0.430;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=11;WE=5746129;WS=5746111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,15:0.44:34
chr19	5749070	rs58136456	C	T	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FS=2.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.08;ReadPosRankSum=2.321;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,113:0.29:395
chr19	5753572	.	C	CA	81.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.994;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.242;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=1.418;QD=4.30;ReadPosRankSum=1.992;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr19	5759231	rs11879365	T	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=32;PP=1047;SC=GAGAAGCAGGTCTGAGATCAG;SOR=1.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=42;WE=5759239;WS=5759221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr19	5768331	rs10680062	T	TTTTA	1340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=25;PP=1488;SC=AAATTAGGAATTTTATTTATT;SOR=3.545;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=48;TCF=3;TCR=45;TR=27;WE=5768339;WS=5768321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	5772950	rs61180947	G	A	2222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.642;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=47;PP=1213;ReadPosRankSum=1.326;SC=AAAGGAATTCGGGGGGCCCTT;SOR=0.617;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=38;TCR=71;TR=71;WE=5772958;WS=5772940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,101:0.66:153
chr19	5783713	rs141874203	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.87;ReadPosRankSum=-2.203;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
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chr19	5788350	rs12460267	A	T	7698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.094;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=111;PP=2962;ReadPosRankSum=1.118;SC=CCGACCAGCCACCTGACCCAG;SOR=0.792;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=278;TCF=125;TCR=153;TR=197;WE=5788358;WS=5788340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,333:0.69:480
chr19	5827620	rs8106995	C	T	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=47;NR=3;PP=1225;SC=AAATTTGGGACCTGGGAGTGA;SOR=4.370;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=47;TCR=3;TR=50;WE=5827628;WS=5827618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	5832589	rs9807877	A	C	11186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=107;NR=192;PP=2965;SC=GGGTCAGAGTATCTGGGAAGT;SOR=1.181;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=300;TCF=108;TCR=192;TR=299;WE=5832610;WS=5832579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr19	5844537	rs778986	A	G	11637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=454;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=59.84;NF=117;NR=124;PP=2965;SC=CACGATGACCATGTCTGCCTG;SOR=0.698;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=241;TCF=117;TCR=124;TR=241;WE=5844545;WS=5844527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,447:1.00:447
chr19	5844649	rs812936	G	A	5002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=135;NR=14;PP=2696;SC=GGCCATGTCCGTAGCAGGATC;SOR=3.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=232;TCF=136;TCR=96;TR=149;WE=5844657;WS=5844639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	5866585	rs778982	C	T	2933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=39;PP=1292;SC=AGTGAGGTCCCGGCAGCCCAG;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=5866593;WS=5866575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	5866654	rs778983	A	G	2873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=40;PP=1265;SC=TCTGGTACCTAGATTCCTGCT;SOR=1.106;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=59;WE=5866662;WS=5866644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	5866724	rs4807054	G	A	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.02;MQRankSum=-1.770;QD=14.61;ReadPosRankSum=-0.647;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr19	5866736	rs57100281	T	C	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.02;QD=36.49;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	5866816	rs28541500	G	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	5866840	rs702065	T	C	231.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.51;QD=28.97;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	5867748	rs778971	G	T	4477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.082;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.043;NF=43;NR=93;PP=2288;ReadPosRankSum=2.026;SC=GGTCAGAGTAGCTGGGAAGAG;SOR=0.858;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=198;TCF=64;TCR=134;TR=136;WE=5867756;WS=5867738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,200:0.66:302
chr19	5892317	rs1626918	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.317;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=4.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=-0.338;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr19	5892382	rs1678867	C	T	991.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.066;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=15;PP=478;ReadPosRankSum=0.009;SC=CCTGGAGGGCCGGGGAAGGGC;SOR=0.458;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=51;TCF=31;TCR=20;TR=35;WE=5892390;WS=5892372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,45:0.70:64
chr19	5892486	rs1628564	C	T	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.587;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=993;ReadPosRankSum=-0.005;SC=ACTAGTCTTTCCTCCTGTCCA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=49;TCR=41;TR=61;WE=5892494;WS=5892476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,90:0.68:132
chr19	5892568	rs1629368	G	T	1934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.269;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=1063;ReadPosRankSum=0.424;SC=TCCCGGCTGCGGTGGGCAGGA;SOR=0.516;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=66;WE=5892576;WS=5892558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,86:0.64:134
chr19	5892585	rs60236148	G	A	2050.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.202;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=35;PP=1184;ReadPosRankSum=1.320;SC=AGGATGCATGGGAAGGAAGGG;SOR=0.504;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=101;TCF=48;TCR=53;TR=68;WE=5892593;WS=5892575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,88:0.62:141
chr19	5892770	rs1631032	C	T	1758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.678;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=838;ReadPosRankSum=-0.765;SC=CCGGTGCCCTCGAGTGGATGC;SOR=0.729;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=52;WE=5892778;WS=5892760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,83:0.64:130
chr19	5903807	rs8108064	G	T	3097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=56;PP=1420;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GACTTCTCGGGCTGCGCGCGC;SOR=0.907;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=91;WE=5903815;WS=5903797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,143:0.72:199
chr19	5905141	rs10406399	G	A	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5016;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=222;ReadPosRankSum=1.277;SC=GGTAGGCGGAGGCAGAGCCGA;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=16;WE=5905149;WS=5905131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,27:0.69:39
chr19	5908969	rs10404195	G	A	3796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-4.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=78;PP=1937;ReadPosRankSum=0.871;SC=GACATCTGCCGCCGCCGGCCA;SOR=0.689;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=65;TCR=107;TR=126;WE=5908977;WS=5908959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,168:0.76:222
chr19	5914470	rs143117009	G	A	5565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.280;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=87;PP=2731;ReadPosRankSum=-0.203;SC=TGCCTGTCCCGCGGGGCCTCG;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=252;TCF=126;TCR=126;TR=172;WE=5914478;WS=5914460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,252:0.66:380
chr19	5928185	rs274793	T	C	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.121;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=18;PP=355;ReadPosRankSum=-2.009;SC=CACCAGATCATGTACTCCACA;SOR=0.904;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=27;WE=5928193;WS=5928175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,38:0.69:55
chr19	5978196	rs79757436	T	C	4722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.893;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.313;NF=60;NR=110;PP=2342;ReadPosRankSum=-0.389;SC=CGACTCCGTGTGAGGCGGCCA;SOR=0.593;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=253;TCF=84;TCR=169;TR=170;WE=5978204;WS=5978186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,221:0.64:348
chr19	5994823	rs71942694	CGAG	C	1408.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.506;NF=6;NR=12;PP=664;ReadPosRankSum=-0.734;SC=TTTGGAACCTCGAGGAGGCGC;SOR=0.562;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=18;WE=5994833;WS=5994813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,41:0.40:103
chr19	5995450	rs452767	T	C	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.591;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=179;ReadPosRankSum=0.177;SC=CACCTGCTGCTCAGGCATCAC;SOR=0.370;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=18;WE=5995458;WS=5995440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,21:0.37:57
chr19	5995582	rs2302222	T	C	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.513;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=445;ReadPosRankSum=-0.027;SC=CCTGGGAGGGTCGTGGTGGGA;SOR=0.655;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=40;WE=5995590;WS=5995572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,67:0.37:182
chr19	6010283	rs147797824	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=-0.674;SC=AACACGCATACCATCATGAGG;SOR=0.693;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=4;WE=6010291;WS=6010273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,5:0.50:10
chr19	6042059	rs2288846	C	T	973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.304;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=0.540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.476;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,67:0.30:223
chr19	6044255	.	C	A	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.658;ClippingRankSum=0.000;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=19;PP=504;ReadPosRankSum=0.873;SC=GCATCTGGGCCCCTTTGGGAT;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=108;TCF=61;TCR=47;TR=43;WE=6044263;WS=6044245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,68:0.40:168
chr19	6141471	rs10853992	C	A	1250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.812;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=15;PP=768;ReadPosRankSum=1.018;SC=TTGGCCTCATCCCTACAGCCC;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=57;TCR=26;TR=49;WE=6141479;WS=6141461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr19	6141758	rs9304926	G	T	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.434;HP=8;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=550;ReadPosRankSum=-0.021;SC=CCACCCTTTTGTTTTGAGACA;SOR=0.355;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=28;WE=6141766;WS=6141748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,37:0.86:43
chr19	6141809	rs9304927	G	A	415.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.90;ReadPosRankSum=0.161;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,19:0.86:22
chr19	6147743	rs9304929	G	C	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=32;PP=737;ReadPosRankSum=-1.285;SC=ATAGGTAACAGACATACATAC;SOR=0.665;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=53;TCF=6;TCR=47;TR=37;WE=6147751;WS=6147733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,41:0.67:61
chr19	6151549	rs10422296	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=284;ReadPosRankSum=0.448;SC=CTCGAACTTCTGGCCTCAAGC;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=20;WE=6151557;WS=6151539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,24:0.56:43
chr19	6151703	rs7252466	C	T	1827.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=-2.051;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,87:0.76:115
chr19	6156483	rs4807840	T	C	5931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.321;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,279:0.65:426
chr19	6161110	rs372263768	C	CAAA	596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=15.70;ReadPosRankSum=0.129;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,26:0.68:38
chr19	6190798	.	G	A	723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.498;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.064;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=24;PP=547;ReadPosRankSum=-0.070;SC=TGGAACTGCAGAAAACACACA;SOR=0.167;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=32;WE=6190831;WS=6190788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr19	6190809	rs72157010	CAT	C	1520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=42.24;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	6190811	.	T	C	916	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=27;MQ=58.86;NF=0;NR=14;PP=916;QD=67.9122294677;SC=AACACACACATACACACATAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=41;TCF=4;TCR=37;TR=14;WE=6190831;WS=6190788;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:27,14:0.34:41
chr19	6190815	.	C	CAT	932	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=23;MQ=58.78;NF=1;NR=33;PP=932;QD=27.9705882353;SC=CACACATACACACATACATAC;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=1;TCR=37;TR=34;WE=6190831;WS=6190788;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,34:0.89:38
chr19	6190823	.	T	TACAC	359.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=35.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	6230771	rs2233185	T	G	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=308;ReadPosRankSum=-0.637;SC=GTGGCCGTGGTGCAGGGACAC;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=22;TCR=30;TR=23;WE=6230779;WS=6230761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,38:0.42:90
chr19	6262355	rs2227261	C	T	1793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=37;PP=797;ReadPosRankSum=-0.827;SC=ACCCATCAGCCTCCTGCCTGT;SOR=0.757;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=191;TCF=94;TCR=97;TR=70;WE=6262363;WS=6262345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,114:0.32:361
chr19	6306971	rs4807863	G	A	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=14;PP=618;SC=ACTTCTCATGGCTCTTGACCA;SOR=0.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=6306979;WS=6306961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	6333290	rs2335192	T	C	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=24;PP=1823;SC=ACCACAGAGCTTGGCATCAAG;SOR=1.945;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=67;TCR=24;TR=91;WE=6333298;WS=6333280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	6361845	rs57445020	G	GC	5220.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=50;PP=2973;SC=TCGGCTGGCTGCCCCGGCCCC;SOR=1.959;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=82;TCF=29;TCR=53;TR=74;WE=6361853;WS=6361835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	6364742	.	G	GT	141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.121;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,18:0.26:68
chr19	6411830	rs113579663	C	G	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:246,105:0.30:351
chr19	6415443	rs1616305	T	C	13202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=173;PP=2965;SC=GCTGTGGGGGTGCTCCGGGCT;SOR=0.837;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=315;TCF=141;TCR=174;TR=314;WE=6415451;WS=6415433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,519:1.00:519
chr19	6421112	.	G	C	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.782;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=547;ReadPosRankSum=-0.437;SC=TCAGACAAGGGGTACGAGGAA;SOR=1.594;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=28;WE=6421120;WS=6421102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr19	6443472	rs145180922	CA	C	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=175;ReadPosRankSum=1.151;SC=CTCCTGGACTCAAATGATCCT;SOR=0.627;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=6;WE=6443480;WS=6443462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr19	6443675	rs348341	G	A	3740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	6452305	rs173229	A	G	4954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=49;PP=2083;SC=GGGAAAGAGGAACGCGCTGCC;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=66;TCR=49;TR=115;WE=6452313;WS=6452295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
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chr19	6477256	rs348398	G	T	4970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=70;PP=2461;SC=GGGTAGGGGGGGGGATACCCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=136;WE=6477264;WS=6477246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
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chr19	6495064	rs446199	C	G	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.670;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=119;ReadPosRankSum=-1.607;SC=TTAGGGTCAGCGGGGAGTCAG;SOR=1.140;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=9;WE=6495072;WS=6495054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr19	6532630	rs146976620	TTG	T	34.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.93;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
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chr19	6583564	rs72193958	CTTTTTTTTTTTT	C	641.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=21;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.544;NF=1;NR=11;PP=283;ReadPosRankSum=-1.834;SC=TAATTGTAGTCTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=12;WE=6583596;WS=6583554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,18:0.86:21
chr19	6585921	rs453462	G	C	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.91;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	6586268	rs1862511	G	A	2233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=37;PP=1147;SC=TCGTGGAGGAGCAGATGGCCA;SOR=0.829;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=67;WE=6586276;WS=6586258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	6665020	rs344560	T	C	20403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=200;NR=223;PP=2965;SC=ACGACCACCTTCTCCCCAGCC;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=428;TCF=203;TCR=225;TR=423;WE=6665028;WS=6665010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,771:1.00:771
chr19	6666908	.	A	AAAAT	76.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=0;PP=85;ReadPosRankSum=-0.652;SC=GACTGTCTCAAAAATAAATAA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=3;WE=6666916;WS=6666898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr19	6669934	rs2291668	G	A	2828.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.784;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=41;PP=1403;ReadPosRankSum=0.269;SC=CGGCCAGCCCGGCCCCCATCA;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=116;TCR=89;TR=96;WE=6669942;WS=6669924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,152:0.40:384
chr19	6677989	rs17030	G	A	3843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=48;PP=1637;ReadPosRankSum=1.376;SC=CGTCCTCCTCGGGCCAGTGCT;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=88;TCR=80;TR=103;WE=6677997;WS=6677979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,181:0.65:279
chr19	6679360	rs344555	T	C	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1184;ReadPosRankSum=1.332;SC=ATGGGATAGATGACCTGGGTA;SOR=0.508;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=124;TCF=68;TCR=56;TR=79;WE=6679368;WS=6679350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,89:0.62:143
chr19	6679511	rs2277984	C	T	5422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=73;PP=1923;ReadPosRankSum=1.147;SC=CTTTCCTCTGCGGGCAGATGT;SOR=0.696;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=233;TCF=109;TCR=124;TR=138;WE=6679519;WS=6679501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,265:0.61:438
chr19	6679563	rs2277983	T	C	3840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.427;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=60;PP=1346;ReadPosRankSum=-1.202;SC=CCAAAGACCATGCCTGGGAGG;SOR=0.659;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=83;TCR=102;TR=110;WE=6679571;WS=6679553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,187:0.62:304
chr19	6685304	rs2241393	G	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.896;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-2.771;SC=ATAACTGGAGGTCACTGGACT;SOR=0.169;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=4;WE=6685312;WS=6685294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,8:0.53:15
chr19	6689298	.	A	ACCCCACAGTCCCCCAC	2780.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=50.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.000;QD=20.30;ReadPosRankSum=0.619;SOR=3.964;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,72:0.53:137
chr19	6690460	rs11569513	C	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.869;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=0;PP=49;ReadPosRankSum=0.778;SC=TATTAGAGGGCGGGTCTGTAT;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=4;WE=6690468;WS=6690450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chr19	6690571	rs11569511	C	T	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.754;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=620;ReadPosRankSum=-0.816;SC=GGCAACCTCTCACTCTCCAAG;SOR=0.784;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=43;WE=6690579;WS=6690561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,78:0.68:114
chr19	6690742	rs11569510	A	G	2906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=4.516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.63;ReadPosRankSum=1.189;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,73:0.59:123
chr19	6690744	rs11569509	A	G	2909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.103;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=4.636;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.45;ReadPosRankSum=0.021;SOR=1.141;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,73:0.61:119
chr19	6690746	rs11569508	A	G	2898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=4.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.57;ReadPosRankSum=-0.077;SOR=1.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,72:0.61:118
chr19	6690771	rs3745567	C	T	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=27;PP=592;ReadPosRankSum=0.927;SC=AGGATGGGGTCACCGGTGTGT;SOR=1.659;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=38;WE=6690779;WS=6690761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,47:0.58:81
chr19	6690805	rs11569507	T	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.071;HP=6;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=21;PP=481;ReadPosRankSum=-0.750;SC=TCATCCCCCCTTGCAGATTCA;SOR=1.758;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=25;WE=6690813;WS=6690795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,27:0.57:47
chr19	6693317	rs2241389	G	A	219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=4.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.99;ReadPosRankSum=-1.110;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr19	6693387	rs389404	G	A	962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.015;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.81;ReadPosRankSum=-1.815;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,45:0.69:65
chr19	6693636	rs400443	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=3.276;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.976;HP=4;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=223;ReadPosRankSum=-0.200;SC=GGACCTTAAAAAGGGAAGGAC;SOR=1.721;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=12;WE=6693644;WS=6693626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr19	6696342	rs2287848	A	G	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=3;PP=738;SC=ATTTGGCTCCATCCATGCCCT;SOR=4.294;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=35;WE=6696350;WS=6696334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	6696496	rs2287847	T	C	12989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=161;NR=114;PP=2965;SC=GAGTGAGAGATACCGATGGCT;SOR=0.833;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=275;TCF=161;TCR=114;TR=275;WE=6696504;WS=6696486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr19	6696557	rs2287846	C	G	15815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=624;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,623:1.00:623
chr19	6696597	rs2287845	G	A	11757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=142;NR=175;PP=2965;SC=CCCTGCAGCCGACTCACCACG;SOR=0.949;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=321;TCF=146;TCR=175;TR=317;WE=6696605;WS=6696587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr19	6696691	rs2355315	G	T	6378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.69;SOR=1.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	6696699	rs2253756	G	A	6005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.82;SOR=2.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	6696789	rs2355316	G	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=689;SC=GCGGTGGCTCGTGCCTGTGAT;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=8;TCR=27;TR=35;WE=6696797;WS=6696779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	6697214	rs5826946	AT	A	466.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=60.63;NF=11;NR=2;PP=503;SC=TGCTTCTGAAATTCTGGGACT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=6697222;WS=6697204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	6697406	rs423490	A	G	10010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=139;NR=96;PP=2965;SC=GATGGTAGACAGCAGCCTTGA;SOR=0.961;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=236;TCF=140;TCR=96;TR=235;WE=6697414;WS=6697396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr19	6697829	rs366510	G	T	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=34;PP=873;SC=GACAGAACACGGAGTGTCAAG;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=37;WE=6697837;WS=6697819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	6702042	rs433594	A	G	284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=188;SC=TAAAGTGCCAAGAAACATAGG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=6702050;WS=6702032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	6702157	rs428453	C	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=15;PP=632;SC=CCGACATGCTCACAGCCAGAA;SOR=0.831;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=6702165;WS=6702147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	6702246	rs432823	T	C	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=17;PP=634;SC=GAGGTTGGGGTATTAGGAGAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=6702254;WS=6702236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	6702598	rs406514	G	A	7940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=113;PP=2965;SC=TACCTGCAGGGGGTTTAGATC;SOR=1.073;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=69;TCR=114;TR=179;WE=6702606;WS=6702583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr19	6708107	rs10659507	T	TTCTC	3773.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=2.275;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	6709848	rs2230204	C	T	1399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.672;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=34;PP=661;ReadPosRankSum=-1.535;SC=CGCTTTTTACCACCAGCTGTG;SOR=0.494;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=143;TCF=44;TCR=99;TR=50;WE=6709856;WS=6709838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,75:0.39:193
chr19	6710572	rs189367	G	A	714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.59;SOR=5.058;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	6710584	rs112132860	GGA	G	280.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.073;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr19	6731057	rs2279624	T	C	2195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.844;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,106:0.61:174
chr19	6731304	rs2279626	G	A	1763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=729;ReadPosRankSum=-0.237;SC=CTGCAGGGGCGCGAGCAGGCG;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=56;WE=6731312;WS=6731294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,87:0.66:132
chr19	6731766	rs1702375	C	A	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.268;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=269;ReadPosRankSum=1.110;SC=GAAAGAGAGGCCAGACTGGGG;SOR=0.963;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=19;WE=6731774;WS=6731756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,27:0.66:41
chr19	6732018	rs2291666	C	T	6363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.553;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=72;PP=2776;ReadPosRankSum=-0.175;SC=AGCCTCAGCCCGGGGGCAGGG;SOR=0.645;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=273;TCF=161;TCR=112;TR=178;WE=6732026;WS=6732008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,291:0.67:435
chr19	6732241	rs344618	C	T	2221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=52;PP=1279;ReadPosRankSum=-0.962;SC=TGCAGCCCTCCCCGCCCTGCT;SOR=0.725;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=239;TCF=106;TCR=133;TR=91;WE=6732249;WS=6732231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,112:0.37:304
chr19	6732615	rs2047139	T	C	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	6732982	rs2012357	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=12;PP=633;SC=GCTGCTCCCCGGTCCAAGGCT;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=32;WE=6732990;WS=6732972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	6733517	rs339395	A	G	2483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=31;PP=1316;ReadPosRankSum=-0.219;SC=GGGGTGAGGCACTCTGGGCCC;SOR=0.817;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=90;TCR=46;TR=93;WE=6733525;WS=6733507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,119:0.67:177
chr19	6734131	rs339397	C	G	5431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.286;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=84;PP=2768;ReadPosRankSum=-0.721;SC=GGGAAAACGGCATGGGGAGTG;SOR=0.615;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=230;TCF=106;TCR=124;TR=161;WE=6734139;WS=6734121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,245:0.66:373
chr19	6737481	rs340138	T	C	11190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=167;NR=115;PP=2965;SC=CAGCGCCAGCTGGTGGATGCG;SOR=0.990;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=282;TCF=167;TCR=115;TR=282;WE=6737489;WS=6737471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr19	6737509	rs339401	G	A	18803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=37.99;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr19	6737509	.	GCAGCAGC	ACAGCAGC,ACAGCAGT	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=21;MQ=59.95;NF=183,119;NR=138,94;PP=1364,2944;QD=4.35754271822;SC=CAGCCACCCAGCAGCAGCACC;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=323;TCF=183;TCR=140;TR=321,213;WE=6737524;WS=6737499;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:323
chr19	6737516	rs11539591	C	T	6786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FS=0.542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.288;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:185,326:0.64:511
chr19	6737644	rs3745556	G	A	2366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.552;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=52;PP=1084;ReadPosRankSum=-1.514;SC=GCCCACCGATGAGCCAATCGC;SOR=0.544;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=207;TCF=73;TCR=134;TR=83;WE=6737652;WS=6737634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,126:0.40:312
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chr19	6743634	rs339407	G	C	3076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=147.906;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.11;ReadPosRankSum=3.784;SOR=5.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:14,139:0.91:153
chr19	6744762	rs339405	A	C	12151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=164;NR=112;PP=2965;SC=AGAGGGAGGTACCCATAGGCT;SOR=0.964;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=276;TCF=164;TCR=112;TR=276;WE=6744770;WS=6744752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr19	6751029	rs145723501	AT	A	403.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.107;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.097;NF=16;NR=5;PP=652;ReadPosRankSum=0.418;SC=AAAATAATAAATTTTGCCTAA;SOR=0.707;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=21;WE=6751037;WS=6751019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr19	6751279	rs1049229	A	G	5680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=0.489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.67;ReadPosRankSum=-1.212;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,148:0.62:240
chr19	6751279	.	AGC	GGT	2944	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=22;MQ=59.9;NF=29;NR=45;PP=2944;QD=20;SC=GGCCACGGGGAGCCCCAGGAC;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=137;TCF=51;TCR=86;TR=74;WE=6751301;WS=6751269;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:63,74:0.54:137
chr19	6751281	rs1049230	C	T	5680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=1.033;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.49;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,140:0.60:232
chr19	6751293	rs1049232	T	G	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=45;PP=2962;ReadPosRankSum=0.628;SC=CCAGGACCTATGCACTTTATT;SOR=0.658;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=45;TCR=77;TR=72;WE=6751301;WS=6751269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,116:0.58:199
chr19	6753664	.	G	T	599.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.562;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=413;ReadPosRankSum=0.642;SC=TGCGGAGGGGGAGGGTCTGAT;SOR=0.837;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=33;WE=6753672;WS=6753654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,36:0.36:101
chr19	6754188	rs2305807	T	C	7362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=96;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=0.316;SC=GGAGAAGAGATCTGAGCACGC;SOR=0.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=148;TCR=164;TR=205;WE=6754196;WS=6754178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,342:0.66:521
chr19	6754774	rs168129	C	A	8984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=118;PP=2965;SC=TCAGGTGAAGCGTGATTATGT;SOR=0.779;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=225;TCF=107;TCR=118;TR=223;WE=6754782;WS=6754764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr19	6755007	rs2305806	T	C	4969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.495;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=64;PP=1911;ReadPosRankSum=-1.254;SC=CCTGTGGTCTTGTAAAACATC;SOR=0.734;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=218;TCF=111;TCR=107;TR=139;WE=6755015;WS=6754997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,232:0.68:341
chr19	6820951	rs164016	C	T	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=-0.924;SC=ATATACAAGACGCAAATAGCA;SOR=0.395;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=10;WE=6820959;WS=6820941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,18:0.67:27
chr19	6825032	rs12979659	T	C	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.981;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=6;PP=103;ReadPosRankSum=-2.348;SC=GGGAATCTTATCTTCCGTCAT;SOR=0.556;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=13;WE=6825040;WS=6825022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,20:0.28:72
chr19	6828040	rs164022	G	C	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=553;ReadPosRankSum=0.308;SC=GCAACTGGCTGTTTCTGGGAC;SOR=0.719;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=106;TCF=67;TCR=39;TR=38;WE=6828048;WS=6828030;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:158,62:0.28:220
chr19	6832060	rs625828	T	A	320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.794;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=11;PP=309;ReadPosRankSum=0.285;SC=TCCCACCCTCTGCGGGGGCAG;SOR=0.239;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=66;TCF=43;TCR=23;TR=23;WE=6832068;WS=6832050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr19	6833072	rs308200	C	T	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=448;SC=GACCCAAAAGCCAATCAATGA;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=6833080;WS=6833062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	6833162	.	CTT	C,CT	976.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.675;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.949;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:11,24,43:0.31,0.55:78
chr19	6833777	rs186295	A	G	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=30;PP=1189;SC=CCTGTGTACCACAAATAATGG;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=6833785;WS=6833767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	6833989	rs308199	G	T	1938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=27;PP=733;SC=GTTGCTGTGTGGGGGCAGGAG;SOR=0.948;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=6833997;WS=6833979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	6836271	rs308196	A	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=5;PP=227;SC=AAATAGTTTTACAAAGAGTAT;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=6836279;WS=6836261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	6836836	rs308194	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=465;SC=CCATTGAGCAGAGAGATGGAC;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=6836873;WS=6836826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	6836844	rs6146454	GACACACACACACACACACACAC	G	1204.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.63;QD=40.16;SOR=3.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	6908675	rs34044572	C	CT,CTT	1174.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=2.115;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.118;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:25,49,27:0.49,0.27:101
chr19	6913811	rs457857	A	G	645.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=322;ReadPosRankSum=-0.243;SC=CTCAGCAAATATCACTCCGGC;SOR=0.642;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=32;TCR=70;TR=28;WE=6913819;WS=6913801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,42:0.27:155
chr19	6913878	rs462913	G	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=232;ReadPosRankSum=-0.467;SC=TACACCTAGGGGATGATTTTG;SOR=0.733;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=17;WE=6913886;WS=6913868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,16:0.38:42
chr19	6919624	rs373533	A	C	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=133;ReadPosRankSum=0.097;SC=GCGCTTCTTCAAAGACCACCA;SOR=0.705;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=13;WE=6919632;WS=6919614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,26:0.35:75
chr19	6919753	rs461645	A	G	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
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chr19	6921868	rs7256147	G	A	1152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.73;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,52:0.80:65
chr19	6924672	rs2290634	A	G	3862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.395;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=32;PP=2072;ReadPosRankSum=0.071;SC=GCCAACTCTGAAATTCCTTCC;SOR=0.897;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=181;TCF=124;TCR=57;TR=117;WE=6924680;WS=6924662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,169:0.67:252
chr19	6935113	rs252551	C	T	1191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=0.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.78;ReadPosRankSum=-0.460;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:329,99:0.23:428
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chr19	6937559	rs140342957	G	A	4031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=52;PP=1982;ReadPosRankSum=1.989;SC=CTCCAGGTACGAGAAGAATAC;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=170;TCF=92;TCR=78;TR=111;WE=6937567;WS=6937549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,186:0.66:283
chr19	6937683	rs388711	A	G	1478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=694;ReadPosRankSum=-1.368;SC=TGCTCCCTGCAGGTGCTGGTC;SOR=0.719;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=132;TCF=46;TCR=86;TR=46;WE=6937691;WS=6937673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,79:0.38:210
chr19	6939910	rs463891	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=158;ReadPosRankSum=0.183;SC=TAACATTTTAGTGTTTATCCT;SOR=1.127;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=25;TCR=13;TR=14;WE=6939918;WS=6939900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,16:0.36:45
chr19	6940189	rs464849	G	C	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=177;ReadPosRankSum=-0.037;SC=TGTTGGGGGCGGTCTTCCTGT;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=15;WE=6940197;WS=6940179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,20:0.53:38
chr19	6954725	rs11085209	G	A	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.025;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=38;PP=733;ReadPosRankSum=-1.909;SC=AAATTTGAGTGGAGAGGTCCG;SOR=0.798;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=193;TCF=78;TCR=115;TR=61;WE=6954733;WS=6954715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:186,83:0.31:269
chr19	6960200	rs79324166	G	A	1920.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.778;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=874;ReadPosRankSum=1.296;SC=GCTCTTTATCGCGTACCAGAA;SOR=0.605;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=60;WE=6960208;WS=6960190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,87:0.73:120
chr19	6960834	rs459883	A	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=2;PP=1123;SC=GAATCCAAGGAAAGAAAAGTG;SOR=4.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=43;TCF=41;TCR=2;TR=43;WE=6960842;WS=6960824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	6961182	rs460698	G	A	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=33;PP=892;SC=ATTTTAGATGGAGTCAGATGT;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=36;TCF=3;TCR=33;TR=36;WE=6961190;WS=6961172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	6971314	.	A	G	603.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=1.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,43:0.27:161
chr19	6972357	rs252579	C	T	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.769;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=39;PP=996;ReadPosRankSum=0.018;SC=CGTGGACCAGCGGCCTCCCTC;SOR=0.560;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=103;TCF=44;TCR=59;TR=70;WE=6972365;WS=6972347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,141:0.66:214
chr19	6974564	rs466123	C	T	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.042;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=663;ReadPosRankSum=1.221;SC=TTCAAACCGACGGTGCCGCTC;SOR=0.824;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=131;TCF=63;TCR=68;TR=50;WE=6974572;WS=6974554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,85:0.36:233
chr19	6977211	rs4807919	A	G	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.139;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=15;PP=688;ReadPosRankSum=-0.246;SC=AAATAAAACAATGATGTGTAG;SOR=0.781;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=163;TCF=115;TCR=48;TR=54;WE=6977219;WS=6977201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,78:0.36:219
chr19	6977409	rs7255801	C	T	1200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.934;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=39;PP=762;ReadPosRankSum=-0.537;SC=AAGTCTCATACCTAAATAATT;SOR=1.142;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=139;TCF=36;TCR=103;TR=49;WE=6977417;WS=6977399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,63:0.33:192
chr19	6980939	rs2035972	T	C	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=5;PP=617;SC=TTTTTGAAAATGGAGTCCTTC;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=32;WE=6980947;WS=6980929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	6981582	rs2035971	A	T	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-4.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=403;ReadPosRankSum=1.614;SC=GTGTCCCCAGACATTGACAGA;SOR=0.303;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=80;TCF=73;TCR=7;TR=29;WE=6981590;WS=6981572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,31:0.35:89
chr19	6981849	rs1874003	T	C	3295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=80;PP=2321;ReadPosRankSum=-0.868;SC=TCCCTTCTTCTAGTCACCCTC;SOR=1.007;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=27;TCR=81;TR=107;WE=6981857;WS=6981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,118:0.99:119
chr19	6981885	rs1874002	T	C	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=151;ReadPosRankSum=0.104;SC=CTAATAATTCTGCAGCCCATC;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=15;WE=6981893;WS=6981875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,15:0.27:55
chr19	6984708	rs7247453	G	A	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.555;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=312;ReadPosRankSum=0.487;SC=GGTTCTTACCGTAACAATCCG;SOR=0.635;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=51;TCR=56;TR=32;WE=6984716;WS=6984698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,62:0.30:207
chr19	6984927	rs34752448	T	C	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=227;ReadPosRankSum=0.030;SC=CCCATGAAATTTTTATTGCCC;SOR=1.609;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=13;WE=6984935;WS=6984917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,13:0.50:26
chr19	6988662	rs8107779	T	C	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.574;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=25;ReadPosRankSum=2.153;SC=AAACAGCTCTTGGGACCTCCA;SOR=0.361;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=5;WE=6988670;WS=6988652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,11:0.33:33
chr19	6988791	rs8103492	G	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=-0.375;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,46:0.27:173
chr19	6988914	rs1466715	A	G	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.885;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=1.564;SC=GCTGAAGACTAGGTGAGTTAG;SOR=0.190;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=7;WE=6988922;WS=6988904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr19	6988955	rs68152415	A	C	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.655;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.522;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=5;PP=85;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TTGCCCAGTCACACGTGCAAG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=6988963;WS=6988945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
chr19	6990702	rs12972391	A	G	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.114;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=144;ReadPosRankSum=-3.266;SC=GAAAATGCCAAATTTGAGGAA;SOR=1.235;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=9;WE=6990710;WS=6990692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr19	6991010	rs8108538	C	T	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=59.71;NF=4;NR=10;PP=270;SC=ATCGCATCACCGCACTCCAGC;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=6991018;WS=6991000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
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chr19	7119636	.	G	GAC	859.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.384;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.492;NF=2;NR=16;PP=698;ReadPosRankSum=-0.712;SC=AAGCCATTTAGACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=18;WE=7119644;WS=7119626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,22:0.85:26
chr19	7119651	rs184752862	G	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.10;ReadPosRankSum=0.283;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr19	7119651	.	GCG	ACA	743	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=13;PP=743;QD=46.8510514625;SC=ACACACACACGCGCGCGCGCA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=17;WE=7119661;WS=7119641;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:5,17:0.77:22
chr19	7119653	rs187956009	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.063;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.24;ReadPosRankSum=-0.283;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr19	7122495	rs141692149	CA	C	180.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=2.963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.87;ReadPosRankSum=1.434;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr19	7131996	rs148055651	CAA	C	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=13;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=128;ReadPosRankSum=0.697;SC=GCCTCCATCTCAAAAAAAAAA;SOR=1.911;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=12;WE=7132005;WS=7131989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
chr19	7150418	rs2252673	C	G	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=2;PP=658;SC=CAAAAAGCCACAGAAACCCCT;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=7150426;WS=7150408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	7163129	.	G	C	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.279;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.777;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.372;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,38:0.40:95
chr19	7166043	.	TA	T	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.452;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=2.349;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,21:0.30:71
chr19	7293898	rs7508518	G	C	134.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=50;SC=GCCCCCGGTGGCCATGGCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=7293906;WS=7293888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	7427607	rs11260007	T	C	2905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=22;PP=1809;SC=AGAATCCAGGTCCTGGCTTCC;SOR=1.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=60;TCR=23;TR=81;WE=7427615;WS=7427597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	7504767	rs10401415	G	T	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr19	7504982	rs10422503	C	T	2472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1102;ReadPosRankSum=0.443;SC=GAGCCCCGGGCGCGAACATGG;SOR=0.754;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=72;TCR=34;TR=71;WE=7504990;WS=7504972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,112:0.70:160
chr19	7506668	rs2287909	T	G	2226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.758;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=50;PP=1299;ReadPosRankSum=0.481;SC=TCATCTCCGCTCTCTCGCGGC;SOR=1.243;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=98;TCF=33;TCR=65;TR=71;WE=7506676;WS=7506658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,97:0.66:146
chr19	7506755	rs2287910	A	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=13;PP=504;ReadPosRankSum=-0.492;SC=TTGGGGTGGCATGGCTCTGGG;SOR=0.836;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=28;WE=7506763;WS=7506745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,28:0.64:44
chr19	7506982	rs10424311	C	G	486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.661;HP=2;HapScore=2;MGOF=84;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=16;PP=366;ReadPosRankSum=-1.157;SC=GCCCTCCACTCTCTTCTCTGC;SOR=0.301;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=15;TCR=25;TR=25;WE=7506990;WS=7506972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr19	7507010	rs200202576	CCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT	C,CCCTTCCTTCCTT	744.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.97;QD=39.20;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,8:0.58,0.42:19
chr19	7509436	rs12983399	G	A	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.106;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,11:0.16:67
chr19	7518268	rs11463454	T	TC	2084.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=17;PP=1414;SC=ACCTCATAGATCCACATGTCC;SOR=1.316;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=33;WE=7518276;WS=7518258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	7524727	rs34322626	G	A	1237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=3.041;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.592;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,82:0.33:246
chr19	7524743	rs11259996	G	C	4058.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.71;ReadPosRankSum=-1.448;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,189:0.68:276
chr19	7524846	rs2287914	C	T	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=2.440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.150;SOR=0.520;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,74:0.32:234
chr19	7524855	rs2287915	C	T	2463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=2.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.90;ReadPosRankSum=1.255;SOR=0.516;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,70:0.34:207
chr19	7528734	rs2287918	A	G	3953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=33;PP=1967;SC=ATCTGCAGGCAGCTGGGCAGC;SOR=1.324;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=73;TCR=33;TR=105;WE=7528742;WS=7528724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	7529415	rs2287919	C	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=3.305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.775;SOR=1.012;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,42:0.25:168
chr19	7531722	rs112677825	A	AAAGGAAGAAG	939.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.538;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,22:0.29:76
chr19	7532252	rs2303142	G	C	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,19:0.19:98
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chr19	7533850	rs9329368	A	G	5133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=52;PP=2311;SC=CCCACCGAGAACCGGCTGGCC;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=110;WE=7533858;WS=7533840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	7534075	rs2241396	C	T	184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.522;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5022;FS=8.921;HP=3;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=9;PP=167;ReadPosRankSum=0.935;SC=CAGGCTCTAGCGGCTCGCTGG;SOR=3.841;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=9;WE=7534083;WS=7534065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr19	7535249	rs12972299	C	A	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.62;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,8:0.22:37
chr19	7538039	rs11880122	A	G	5506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=61;PP=2508;SC=GGCCATGAGTATGAAATCATC;SOR=0.825;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=135;WE=7538047;WS=7538029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr19	7538117	rs11880140	A	G	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.543;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=50;PP=1497;ReadPosRankSum=1.387;SC=AGGGTTTCCCATCACAAGGGG;SOR=0.646;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=152;TCF=79;TCR=73;TR=104;WE=7538125;WS=7538107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,141:0.68:207
chr19	7568966	.	A	ATCTCTCTCTCTCTC	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.92;ReadPosRankSum=0.855;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,4:0.13:30
chr19	7569282	rs484870	A	G	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=380;ReadPosRankSum=-1.739;SC=AGGCCCCAGGATCTGCCTGAA;SOR=0.651;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=26;WE=7569290;WS=7569272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,52:0.44:118
chr19	7570729	rs683729	G	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.265;SOR=1.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,16:0.27:60
chr19	7570978	rs685034	T	C	3388.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.617;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=33;PP=2090;ReadPosRankSum=-1.239;SC=ACTACTGCCCTTCAGAGTGGA;SOR=0.553;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=174;TCF=72;TCR=102;TR=61;WE=7570998;WS=7570968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:210,103:0.33:313
chr19	7570990	rs685048	A	G	3315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=29;PP=2090;ReadPosRankSum=-1.657;SC=CAGAGTGGAGACAGGTGCAGA;SOR=0.536;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=164;TCF=67;TCR=97;TR=56;WE=7570998;WS=7570968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,95:0.34:276
chr19	7571030	rs3826736	T	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=21;PP=595;ReadPosRankSum=1.300;SC=GCAGCAAAGCTACCTGCCGCG;SOR=0.605;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=117;TCF=50;TCR=67;TR=41;WE=7571038;WS=7571020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,49:0.32:155
chr19	7571067	rs200631755	A	AAGCCCCGCCCCATGG	503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=2.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.498;SOR=1.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr19	7571120	.	CCCCCATGGAGCCCCT	C	437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.58;ReadPosRankSum=1.666;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr19	7571157	rs812664	C	T	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.700;HP=2;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=18;PP=439;ReadPosRankSum=0.794;SC=CCCGCCCCCACGGAGCCCCGT;SOR=1.973;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=12;TCR=44;TR=23;WE=7571165;WS=7571147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,17:0.25:68
chr19	7572169	rs505570	G	C	543.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=0.582;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,37:0.25:149
chr19	7573098	rs475923	T	A	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.57;ReadPosRankSum=-1.612;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,40:0.37:108
chr19	7573287	rs1133378	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.024;SOR=1.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,17:0.27:62
chr19	7573297	rs608144	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.963;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,17:0.32:53
chr19	7573301	rs1133380	C	T	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=3.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.02;ReadPosRankSum=-1.518;SOR=1.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,15:0.33:45
chr19	7593571	rs61736600	A	C	726.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=1.306;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,56:0.24:229
chr19	7606737	rs492092	G	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.118;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=254;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CGAGGAAGCTGTGGCCTCGTC;SOR=1.094;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=21;WE=7606745;WS=7606727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,26:0.29:89
chr19	7607441	rs574930	C	T	1266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.804;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.33;ReadPosRankSum=1.869;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,74:0.37:200
chr19	7607564	rs620744	T	C	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;PP=529;ReadPosRankSum=0.924;SC=CGGGTAAGGCTTGGGACCCTG;SOR=0.643;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=44;WE=7607572;WS=7607554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,55:0.35:159
chr19	7615585	rs577219	T	G	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.579;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=403;ReadPosRankSum=-0.697;SC=CCTCGACAACTCACACACATC;SOR=1.136;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=19;WE=7615593;WS=7615575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr19	7615682	rs66529260	GA	G	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.819;NF=15;NR=4;PP=576;ReadPosRankSum=1.312;SC=CATTTCGTTGGAAAAAGGGGA;SOR=1.123;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=19;WE=7615690;WS=7615674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,21:0.64:33
chr19	7615903	rs8107538	G	A	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.313;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=47;PP=914;ReadPosRankSum=-1.712;SC=CCCGGCAGCCGCGAGCCACGA;SOR=0.609;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=233;TCF=94;TCR=139;TR=82;WE=7615911;WS=7615893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,130:0.37:349
chr19	7616347	rs473899	G	A	2967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.329;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,142:0.63:224
chr19	7616474	rs661825	C	G	311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=237;ReadPosRankSum=0.769;SC=AAGTAGGACCCAGGTGCAGAG;SOR=0.446;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=12;WE=7616482;WS=7616464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,12:0.63:19
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chr19	7619199	rs534464	C	G	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
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chr19	7621981	rs2446176	A	G	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=22;PP=1386;SC=CAGCGAGCCCATCGGGCCGGC;SOR=1.345;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=74;WE=7621989;WS=7621971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
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chr19	7626013	rs11307097	AC	A	2133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=391;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.417;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=2.778;NF=13;NR=47;PP=1374;ReadPosRankSum=0.326;SC=GGCCCAGGGGACCCCCCAAGA;SOR=0.729;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=184;TCF=30;TCR=154;TR=60;WE=7626021;WS=7626003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,105:0.28:373
chr19	7661092	.	T	TG	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=9;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=52.73;NF=1;NR=1;PP=49;QD=31.5;SC=CGGCAGGTGCTGGGGGGGGGC;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=2;WE=7661100;WS=7661082;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,2:0.33:6
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chr19	7671308	rs72992533	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=3.545;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=1.997;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,40:0.31:129
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chr19	7675877	rs1674034	T	C	1407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.705;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=19;PP=817;ReadPosRankSum=-0.017;SC=CATGTCTGCCTTGCTGAGCAC;SOR=0.893;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=52;TCR=28;TR=54;WE=7675885;WS=7675867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,65:0.65:100
chr19	7678127	rs794088	C	T	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=16.42;ReadPosRankSum=1.221;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
chr19	7680003	rs62113426	G	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.363;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.717;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=1.326;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,14:0.26:53
chr19	7685843	rs794078	G	A	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.936;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=1015;ReadPosRankSum=3.158;SC=CCACGGCCCTGGTGGCACGCT;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=98;TCF=50;TCR=48;TR=67;WE=7685851;WS=7685833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,89:0.68:130
chr19	7685981	rs4134863	G	A	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.708;NF=3;NR=13;PP=267;ReadPosRankSum=0.514;SC=CAGAAACCCAGCCCGCCCGCC;SOR=0.869;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=60;TCF=29;TCR=31;TR=16;WE=7686000;WS=7685970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,24:0.35:68
chr19	7686282	rs4134861	A	T	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=12;PP=189;ReadPosRankSum=0.668;SC=CCTGCCAGGAACTCCCTTGGG;SOR=0.723;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=17;WE=7686290;WS=7686272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,22:0.31:70
chr19	7687626	rs4134851	C	G	2513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=533;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=54;PP=1326;ReadPosRankSum=-0.182;SC=GCCCCCACCCCACAGCCTGGG;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=323;TCF=156;TCR=167;TR=102;WE=7687634;WS=7687616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:366,158:0.30:524
chr19	7687908	rs4134849	A	G	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.627;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=271;ReadPosRankSum=1.204;SC=ACAGGCACACACATGCGTGCA;SOR=1.192;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=16;WE=7687916;WS=7687898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr19	7688039	rs4134846	C	T	1766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.908;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=677;ReadPosRankSum=-0.279;SC=CACAGGCACACGCAACAGGGT;SOR=0.614;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=182;TCF=103;TCR=79;TR=59;WE=7688047;WS=7688029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:215,105:0.33:320
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chr19	7688798	rs794080	C	T	155.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;BaseQRankSum=-0.223;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.857;SC=TTGTCAGGGGCGGAGACCCAG;SOR=1.140;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=7688806;WS=7688788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
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chr19	7697885	rs78473084	TGA	T	373.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=330;ReadPosRankSum=-2.777;SC=GAATGAGACATGAGTCTCCTT;SOR=0.582;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=9;WE=7697894;WS=7697875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
chr19	7698226	rs151032321	C	CTAAT	1093.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.052;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=2.589;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.172;SOR=0.453;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,34:0.24:141
chr19	7698320	rs1862514	C	T	623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=3.236;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.628;QD=4.02;ReadPosRankSum=2.615;SOR=0.993;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,43:0.28:155
chr19	7702136	rs794076	G	A	1117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.9848;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=406;ReadPosRankSum=1.024;SC=GGACGCACGGGCTCTGGGATC;SOR=0.734;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=25;WE=7702144;WS=7702126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,48:0.73:66
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chr19	7704815	rs138165596	TATGTGTGTGC	T	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=7.361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.519;SOR=0.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,16:0.31:52
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chr19	7710210	rs889187	A	G	468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.844;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=359;ReadPosRankSum=1.652;SC=AGGAGCGGGCATGGGGGGACC;SOR=1.038;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=29;WE=7710218;WS=7710200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,31:0.24:129
chr19	7710269	rs710951	A	G	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=34;PP=921;SC=GCAGAGGGCCATTGGTGCACA;SOR=3.109;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=7710277;WS=7710259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	7711221	rs10001	T	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.744;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,42:0.39:109
chr19	7712161	rs55954306	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.690;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=224;ReadPosRankSum=1.764;SC=CCCCCGCCCACGCCTGGGTCT;SOR=0.831;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=95;TCF=47;TCR=48;TR=25;WE=7712169;WS=7712151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,39:0.25:154
chr19	7712193	rs809916	G	A	2230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.204;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=34;PP=998;ReadPosRankSum=2.429;SC=GCGGCCTGGCGGCGGTGAGGG;SOR=0.612;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=91;TCF=45;TCR=46;TR=64;WE=7712201;WS=7712183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,105:0.69:153
chr19	7712277	rs6791	A	G	3984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=39;PP=1482;SC=CAAGGCTGGCATAGAAGCCCG;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=83;WE=7712285;WS=7712267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	7712425	rs34976997	G	C	725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.983;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=14;PP=407;ReadPosRankSum=0.089;SC=GGACCCTGGGGTCTGGGGCTT;SOR=1.085;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=23;WE=7712433;WS=7712415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,34:0.41:82
chr19	7712474	rs794074	G	A	1878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=21;PP=1431;SC=CTAGGTGTCTGGACTCCAGAG;SOR=1.197;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=34;TCR=21;TR=55;WE=7712482;WS=7712464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	7712585	rs794073	T	G	7175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=93;NR=68;PP=2737;SC=CCCCAACATCTTCCCCAAACC;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=93;TCR=68;TR=161;WE=7712593;WS=7712575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
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chr19	7734511	rs3745367	G	A	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.199;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=178;ReadPosRankSum=0.195;SC=CCTTATCCACGGCTCCAAACC;SOR=1.206;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=10;WE=7734519;WS=7734510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
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chr19	7755478	rs75584211	TG	CA	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.512;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,32:0.32:99
chr19	7755482	rs77121754	A	G	999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=1.116;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.63;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,29:0.34:86
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chr19	7755518	rs2277994	A	G	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.564;HP=5;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=147;ReadPosRankSum=2.286;SC=AGGTGGCAGCACCCCTCCTAG;SOR=0.148;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=40;TCF=4;TCR=36;TR=13;WE=7755526;WS=7755508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,14:0.30:46
chr19	7761472	rs35446135	G	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=-0.513;SC=TGTATGCTCTGTGTGTCCTGC;SOR=0.497;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=13;WE=7761480;WS=7761462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,15:0.42:36
chr19	7761494	rs35085623	CTT	C	499.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=5;PP=354;ReadPosRankSum=-0.050;SC=CCATCAGAAACTTAGTCCTAT;SOR=0.492;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=11;WE=7761503;WS=7761484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,15:0.33:46
chr19	7761667	rs66479741	A	G	2032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.719;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.566;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=29;PP=807;ReadPosRankSum=1.709;SC=CCCGAGCCCCAGGTGAGGTCA;SOR=0.782;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=233;TCF=138;TCR=95;TR=75;WE=7761675;WS=7761657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,127:0.31:404
chr19	7761812	rs2277989	A	G	2415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=58;PP=1405;ReadPosRankSum=1.211;SC=TTGGGGAGTCAACAAGGGGCG;SOR=0.679;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=272;TCF=127;TCR=145;TR=108;WE=7761820;WS=7761802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:247,136:0.36:383
chr19	7762380	rs113716290	TCCCCTGCAA	T	982.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=1.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.883;QD=6.64;ReadPosRankSum=2.376;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:115,33:0.22:148
chr19	7762653	rs35652200	CTA	C	538.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.335;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=441;ReadPosRankSum=0.088;SC=ATATAATGAACTACTGTGTAC;SOR=0.418;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=12;WE=7762662;WS=7762643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,16:0.33:48
chr19	7763045	rs7249320	C	A	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.670;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=242;ReadPosRankSum=-1.558;SC=CCATTGCAAGCGGAAGAGCAT;SOR=0.197;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=18;WE=7763053;WS=7763035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,18:0.45:40
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chr19	7764363	rs74174902	GT	G	532.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=3.965;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=1.291;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,47:0.60:78
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chr19	7833690	rs3745376	G	T	491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.136;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=4;PP=385;ReadPosRankSum=-1.132;SC=CTACTGGGCAGGGCAGAGGCT;SOR=1.061;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=78;TCF=60;TCR=18;TR=24;WE=7833698;WS=7833680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,27:0.29:94
chr19	7833876	rs62128260	T	A	2623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.597;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,122:0.62:198
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chr19	7833982	rs1045997	C	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.764;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=198;ReadPosRankSum=1.230;SC=TGCCCTGAGACGGTTCTCTGT;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=12;WE=7833990;WS=7833972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr19	7913752	rs3826742	C	T	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=21;PP=1778;SC=TGGGTGGCCACGGGGAGGCTG;SOR=1.994;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=85;WE=7913760;WS=7913742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	7913974	rs555609	T	C	14332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=575;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=172;NR=179;PP=2965;SC=ACCCGGAACATGAGTTCTTCA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=352;TCF=172;TCR=180;TR=351;WE=7913982;WS=7913964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,562:1.00:562
chr19	7916475	rs2452012	T	C	13418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=227;PP=2965;ReadPosRankSum=1.257;SC=TGAGGACCGATGGTGCCTGGG;SOR=1.058;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=372;TCF=143;TCR=229;TR=369;WE=7916483;WS=7916465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,522:1.00:524
chr19	7916620	rs580790	A	G	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=57;PP=1696;SC=TGAACCAGGCAGAGCTGATGC;SOR=1.260;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=29;TCR=57;TR=86;WE=7916628;WS=7916610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	7918103	rs526464	A	G	10792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=153;PP=2965;SC=GGTACTGGTAAGAAGGGGGGA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=103;TCR=153;TR=256;WE=7918111;WS=7918093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,404:1.00:404
chr19	7927779	rs186630069	G	C	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.97;QD=24.70;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	7928462	rs10410459	T	C	8426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=73;PP=2936;SC=ACGCATTGTATCCTCTGTCCC;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=78;TCR=74;TR=150;WE=7928470;WS=7928452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr19	7935863	.	G	T	56	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=22;MQ=58.53;NF=2;NR=4;PP=56;QD=15.1285354245;SC=GTTCTCCAGAGGGGGTGTGGT;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=6;WE=7935871;WS=7935853;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:17,6:0.26:23
chr19	7936208	rs525420	A	G	5817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr19	7937967	rs56119987	A	G	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=45;PP=1901;SC=CTTTCACCCAATTTGTGCCCA;SOR=0.785;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=54;TCR=46;TR=99;WE=7937975;WS=7937957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	7938223	rs62125153	G	A	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=26;PP=930;SC=GCCCCGGAGAGGTGGCAGTGG;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=17;TCR=27;TR=42;WE=7938231;WS=7938213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	7938306	rs58971992	A	AG	2965.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=28;PP=1708;SC=CTGGGGTACCAGGTTTCGGGA;SOR=1.005;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=41;WE=7938314;WS=7938296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	7944348	rs56796931	TC	T	7711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=59;PP=2965;SC=CAGCAACTTCTCCAAGAAATT;SOR=0.812;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=92;TCF=33;TCR=59;TR=90;WE=7944356;WS=7944338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	7944849	rs11260038	A	C	4736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=78;PP=2516;SC=GACAGATGGAATTGACGTGAG;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=43;TCR=78;TR=121;WE=7944857;WS=7944839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr19	7963914	rs524029	A	C	13389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=511;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=184;PP=2965;SC=TATCCGAGGTATCCGGGGAGA;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=317;TCF=132;TCR=185;TR=316;WE=7963922;WS=7963904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr19	7963976	rs2115108	T	C	1701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=46;PP=801;ReadPosRankSum=-0.234;SC=ATAGTGGCCATGGCAGGGACC;SOR=0.647;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=223;TCF=79;TCR=144;TR=73;WE=7963984;WS=7963966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:191,98:0.34:289
chr19	7964616	rs45603833	G	C	8814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=631;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=113;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.945;SC=ACGAGTGGACGCCCGAGAAGC;SOR=0.624;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=404;TCF=174;TCR=230;TR=262;WE=7964624;WS=7964606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:222,399:0.64:621
chr19	7970635	rs4804833	A	G	6069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=93;PP=2965;SC=TGGACGAATCAGTCGTTTCTG;SOR=1.540;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=75;TCR=93;TR=168;WE=7970643;WS=7970625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	7970823	rs138545009	G	GC	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.400;HP=5;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=277;ReadPosRankSum=-1.624;SC=GCGTCCCCCAGCCCCCATGCT;SOR=0.126;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=9;WE=7970831;WS=7970813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr19	7976112	rs7260355	G	A	6088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=90;PP=2965;SC=TTGGAGATACGTCTTCTCCTC;SOR=1.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=183;TCF=91;TCR=92;TR=177;WE=7976129;WS=7976102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr19	7976529	rs2303700	T	C	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=18;PP=421;SC=GGGGAGGCAATGGCAGGAGGG;SOR=3.160;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=7976537;WS=7976519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	7982692	.	C	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.783;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr19	7983104	rs377212761	TTTTG	T	1776.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.028;NF=1;NR=31;PP=1967;ReadPosRankSum=2.874;SC=ACTGTGGTTTTTTTGTTTGTT;SOR=1.302;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=65;TCF=3;TCR=62;TR=32;WE=7983119;WS=7983094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,46:0.75:61
chr19	7986638	rs475002	C	G	1668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.316;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=34;PP=705;ReadPosRankSum=-1.438;SC=GGAAGAAGCCCTGGCAGTGGC;SOR=0.977;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=54;WE=7986646;WS=7986628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,96:0.36:265
chr19	7990134	rs112578370	T	G	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.76;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,20:0.29:69
chr19	7995987	rs58157552	T	TA	267.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,44:0.22:202
chr19	7999121	rs55715900	G	A	3690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=3.094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.83;ReadPosRankSum=-1.940;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,179:0.57:312
chr19	8117869	rs11575008	C	T	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.713;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=10;PP=1202;ReadPosRankSum=-1.504;SC=TTACCACTTCCCTCCACGACC;SOR=1.802;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=81;TCF=65;TCR=16;TR=63;WE=8117877;WS=8117859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,67:0.74:91
chr19	8121096	rs74959615	G	A	2102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=964;ReadPosRankSum=1.453;SC=GTGCTCCGGCGCGCCTGGACT;SOR=0.563;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=93;TCF=49;TCR=44;TR=60;WE=8121104;WS=8121086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,97:0.67:145
chr19	8121189	rs77625270	C	T	1121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=1.340;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.06;ReadPosRankSum=-1.560;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,56:0.60:93
chr19	8121360	rs2032887	A	G	2730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=2422;ReadPosRankSum=1.277;SC=GCAAAGCTCCACCACAACACG;SOR=0.660;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=113;TCF=50;TCR=63;TR=79;WE=8121377;WS=8121347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,124:0.67:184
chr19	8121369	rs1129763	C	T	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.102;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-1.232;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,53:0.31:171
chr19	8122737	rs2303164	G	A	2091.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.045;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,124:0.33:379
chr19	8122767	rs2303165	T	C	9213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=108;NR=105;PP=2965;SC=TCAGCAGCAGTAAGAGGAATG;SOR=0.699;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=108;TCR=105;TR=213;WE=8122775;WS=8122757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr19	8137102	rs7256904	G	T	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=4.728;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=0.252;SOR=0.427;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,58:0.31:187
chr19	8137192	rs17160134	C	T	328.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=180;ReadPosRankSum=1.422;SC=CAAATGCCCACGCACACAAAT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=11;WE=8137200;WS=8137182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr19	8137843	rs111332402	A	C	1118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=2.370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.65;ReadPosRankSum=-0.228;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,40:0.67:60
chr19	8137902	rs7254691	C	T	7343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.07;QD=46.48;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	8137902	.	CGCTTGC	TGCTTCT,TGCTTGT	1334	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MMLQ=22;MQ=60.03;NF=40,29;NR=36,17;PP=1334,614;QD=18.3877351956;SC=CGTGCATGGACGCTTGCGGGG;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=132;TCF=78;TCR=54;TR=76,46;WE=8137916;WS=8137892;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.58:132
chr19	8137907	.	G	C	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.959;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=0.817;QD=13.44;ReadPosRankSum=3.202;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,102:0.61:168
chr19	8137908	rs28657412	C	T	7461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.06;QD=43.89;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	8138054	rs7257948	C	A	8562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.64;ReadPosRankSum=-1.072;SOR=0.262;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,333:1.00:334
chr19	8139977	rs61729621	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=9;PP=482;ReadPosRankSum=-1.311;SC=CCCACTGGGAGTGCTGGGTGA;SOR=0.495;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=32;WE=8139985;WS=8139967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr19	8140111	rs112479210	C	T	4014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.32;ReadPosRankSum=-2.727;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,197:0.60:326
chr19	8145801	rs61501857	T	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.825;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=8;PP=184;ReadPosRankSum=-0.217;SC=CCATTGCGCCTGGCCAACTTG;SOR=0.484;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=67;TCF=45;TCR=22;TR=21;WE=8145809;WS=8145791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,31:0.32:97
chr19	8145921	rs2303168	C	T	6337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.63;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	8145921	.	CGGACAGC	TGGACAGC,TGGACAGT	1101	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=53,41;NR=51,38;PP=103,1101;QD=1.32472319757;SC=TGAAGCCGGGCGGACAGCGGC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=53;TCR=51;TR=104,79;WE=8145936;WS=8145911;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:104
chr19	8145928	rs3848570	C	T	2609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.21;ReadPosRankSum=1.706;SOR=0.647;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,125:0.78:161
chr19	8146114	rs2303169	T	C	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=16;PP=1005;SC=GAGAAAGACCTCGGAGATGGT;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=41;WE=8146122;WS=8146104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	8146510	rs35618038	G	A	856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=25;PP=664;SC=AAAAAGCCAGGTGGGAAATAC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=8146518;WS=8146500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr19	8156221	rs12981294	A	G	2874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=37;PP=1815;ReadPosRankSum=0.398;SC=TGCTAATGCAAACAGACACCT;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=182;TCF=121;TCR=61;TR=110;WE=8156229;WS=8156211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,128:0.60:213
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chr19	8156290	rs8104453	A	G	13737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=549;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=171;NR=137;PP=2965;SC=TTTTCTGGGCAATCTGACCCT;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=310;TCF=171;TCR=139;TR=308;WE=8156298;WS=8156280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,539:1.00:539
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chr19	8161450	rs3829817	C	T	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1013;ReadPosRankSum=0.812;SC=ACACTCATTCCGTCCTGGGGG;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=37;TCR=68;TR=67;WE=8161458;WS=8161440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,80:0.62:129
chr19	8161913	rs78619893	G	T	4609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=1.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.14;ReadPosRankSum=-1.202;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,224:0.69:326
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chr19	8167830	rs12986396	A	G	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=784;SC=CCAAAGAGATAGGAACTCCTT;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=42;WE=8167838;WS=8167820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
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chr19	8171252	rs2126971	A	G	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=41;PP=1189;SC=ATAGACATTTAAAGGGTCTAT;SOR=3.258;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=47;WE=8171260;WS=8171242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	8174511	rs76556785	T	C	5727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=83;PP=2391;ReadPosRankSum=1.879;SC=GAGCATGGACTCACCCACGCA;SOR=0.681;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=237;TCF=112;TCR=125;TR=159;WE=8174519;WS=8174501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,266:0.66:401
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chr19	8174724	rs11672038	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=268;ReadPosRankSum=0.592;SC=CTACAGCCCTCGCTCAAGGTC;SOR=0.352;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=15;WE=8174732;WS=8174714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
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chr19	8196444	rs4804271	C	T	5406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=60;PP=2676;SC=TCACCGGAGTCTTTGGCAGGA;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=138;TCF=78;TCR=60;TR=138;WE=8196452;WS=8196434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
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chr19	8200759	rs6603148	G	T	918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=3;PP=768;SC=AGGTGGGTTTGGGGGCACAGT;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=8200767;WS=8200751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	8201051	rs8112525	T	C	26626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1025;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.01;QD=26.18;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1017:1.00:1017
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chr19	8206568	rs72993510	G	A	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.023;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,7:0.21:34
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chr19	8207070	rs12162237	G	A	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=25;PP=487;ReadPosRankSum=2.517;SC=GCCCCTGTCTGGAGATCTCTG;SOR=0.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=69;TCR=85;TR=45;WE=8207078;WS=8207060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,81:0.30:273
chr19	8209926	rs899208	T	C	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=-2.168;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr19	8210608	rs56025743	C	A	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.783;NF=9;NR=3;PP=150;ReadPosRankSum=0.896;SC=TAAACGTCCCCTGCAATCTCC;SOR=0.280;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=12;WE=8210616;WS=8210598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr19	8212163	rs56243829	C	T	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:325,136:0.30:461
chr19	8212263	rs11878432	G	A	5911.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=106;PP=2688;ReadPosRankSum=-1.568;SC=CCAAGGCCCCGTCCCAGCGGC;SOR=0.709;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=267;TCF=118;TCR=149;TR=192;WE=8212271;WS=8212253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,276:0.73:379
chr19	8315847	rs379983	A	G	1419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=3;PP=1111;SC=CTGGTTGTCAACTGCGCTGAT;SOR=3.865;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=39;TCR=3;TR=42;WE=8315855;WS=8315837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	8320656	rs144397154	TGGGGCGGGGC	T	1984.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=31.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.72;ReadPosRankSum=1.566;SOR=0.079;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,58:0.37:156
chr19	8320890	rs2306199	T	G	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=3.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.500;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=15;PP=270;ReadPosRankSum=0.398;SC=GAGCGAGCTTTGCAAGATGGT;SOR=1.872;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=18;WE=8320898;WS=8320880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,18:0.29:62
chr19	8321937	rs1127912	C	T	1848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.615;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=37;PP=864;ReadPosRankSum=-0.237;SC=TGCTGTTACACGATTCCTCTG;SOR=0.409;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=84;TCF=26;TCR=58;TR=57;WE=8321945;WS=8321927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,87:0.68:128
chr19	8322594	rs36250	G	A	1187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.141;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=740;ReadPosRankSum=-0.226;SC=GATTACAGGCGTGAGCCACCA;SOR=0.986;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=61;TCF=50;TCR=11;TR=42;WE=8322602;WS=8322584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,50:0.68:73
chr19	8326866	rs17160348	C	T	4469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=68;PP=1840;ReadPosRankSum=-0.500;SC=AGTGAGGAGGCGGCGGCGGCC;SOR=0.666;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=216;TCF=103;TCR=113;TR=129;WE=8326874;WS=8326856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,211:0.61:344
chr19	8326904	rs36259	G	A	2051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=43;PP=1011;ReadPosRankSum=1.201;SC=AAAGAACGGGGCAGCTGGAGG;SOR=0.757;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=195;TCF=91;TCR=104;TR=79;WE=8326912;WS=8326894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,114:0.35:322
chr19	8326944	rs17160349	G	A	3434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=53;PP=1371;ReadPosRankSum=0.774;SC=GATGGCCCTCGGAGCCGGGTG;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=65;TCR=91;TR=91;WE=8326952;WS=8326934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,159:0.63:254
chr19	8326999	rs1044547	C	T	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.919;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.756;HP=7;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=32;PP=692;ReadPosRankSum=0.189;SC=CATAGCCGGGCGGGGCTGGCT;SOR=0.831;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=43;WE=8327007;WS=8326989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,71:0.63:113
chr19	8367033	rs250510	T	C	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=2;PP=507;SC=CAACTTTAATTGCCACCCTCA;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=20;WE=8367041;WS=8367023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	8370120	rs2232778	T	C	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=17;PP=476;ReadPosRankSum=1.196;SC=CTGGCTGTGATCCGCAGGAGA;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=20;TCR=26;TR=30;WE=8370128;WS=8370110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr19	8376431	rs561	G	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.219;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=10;PP=291;ReadPosRankSum=-1.008;SC=ACCTCTTTATGGGAGGAGCTG;SOR=0.815;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=97;TCF=52;TCR=45;TR=26;WE=8376439;WS=8376421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,57:0.28:201
chr19	8381595	rs3214554	CCT	C	2078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.077;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.621;NF=1;NR=22;PP=947;ReadPosRankSum=-0.222;SC=GCTGTGGGCCCCTGTCACCTC;SOR=0.920;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=1;TCR=36;TR=23;WE=8381604;WS=8381585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,52:0.74:70
chr19	8386306	rs2241592	G	A	796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=13;PP=295;ReadPosRankSum=2.604;SC=TGCTGGGAAAGACGCGGCGTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=21;TCR=26;TR=24;WE=8386314;WS=8386296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,42:0.50:84
chr19	8386701	rs2241590	G	A	4903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=67;PP=2112;ReadPosRankSum=-0.357;SC=ATTTCATCACGGGGTTCTGAT;SOR=0.674;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=193;TCF=97;TCR=96;TR=131;WE=8386709;WS=8386691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,226:0.69:328
chr19	8386998	rs4147644	T	C	826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.634;QD=4.52;ReadPosRankSum=-2.466;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,51:0.28:183
chr19	8387207	rs1057232	G	A	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.96;NF=12;NR=51;PP=1337;SC=GTCTGTCACAGTCTGCTCCTT;SOR=2.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=12;TCR=51;TR=63;WE=8387215;WS=8387197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	8387619	rs4147653	TAGCCTCTG	T	1208.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.123;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.720;NF=12;NR=7;PP=1227;ReadPosRankSum=0.380;SC=CGGCCAGTGTTAGCCTCTGAG;SOR=1.668;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=19;WE=8387634;WS=8387609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,31:0.69:45
chr19	8388410	rs7253567	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.70;ReadPosRankSum=1.806;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,6:0.29:21
chr19	8389520	rs1019757	C	T	4110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.696;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=60;PP=1910;ReadPosRankSum=0.723;SC=TTACATTGTCCAGGATGGCAG;SOR=0.695;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=185;TCF=95;TCR=90;TR=123;WE=8389528;WS=8389510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,188:0.65:291
chr19	8389723	rs2972571	T	A	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.702;HP=5;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.315;NF=61;NR=43;PP=1901;ReadPosRankSum=0.065;SC=GTCTGGGGAGTGGGGAGGAAG;SOR=0.832;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=104;WE=8389731;WS=8389713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,142:0.64:223
chr19	8389768	rs111756439	GTCACAGGTTGAC	G	2590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=7.271;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.872;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.012;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:215,79:0.27:294
chr19	8397700	rs145917648	AAAAAT	A	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	8398597	rs2913954	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=2;PP=156;ReadPosRankSum=-1.272;SC=CTGCGCTCCCGGGGCACTCAC;SOR=0.275;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=9;WE=8398605;WS=8398587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr19	8398714	rs2009733	A	G	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=21;PP=954;SC=GCCAGGAGAGACTCAGGATGG;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=8398722;WS=8398704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	8398949	rs111751275	CTCGCTGTCGCCA	C	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=2962;ReadPosRankSum=1.193;SC=CGCCACCGTTCTCGCTGTCGC;SOR=1.085;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=7;WE=8398968;WS=8398939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,10:0.14:70
chr19	8398975	rs2913955	C	T	1153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.640;HP=3;HapScore=2;MGOF=101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=319;ReadPosRankSum=0.286;SC=CTGTCGCTGGCGTCCTCGCTG;SOR=0.368;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=21;WE=8398983;WS=8398965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,54:0.81:67
chr19	8399628	rs710949	A	G	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=10;PP=262;SC=GGTGCTCCAGACTGGCGCGCA;SOR=0.859;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=24;WE=8399643;WS=8399618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	8399635	rs890853	C	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.92;ReadPosRankSum=-0.722;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,8:0.21:39
chr19	8399709	rs890852	C	A	1151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.993;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.079;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=15;PP=523;ReadPosRankSum=0.823;SC=CGTCCGCCTCCACGGTCTCGG;SOR=0.315;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=30;WE=8399717;WS=8399699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,53:0.78:68
chr19	8399799	rs890851	G	A	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=21;PP=681;ReadPosRankSum=-1.507;SC=CGGCCTCGGCGGCCACCTCCC;SOR=0.680;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=62;TCF=32;TCR=30;TR=46;WE=8399807;WS=8399789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,83:0.72:116
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chr19	8400749	rs2913956	C	A	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.063;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=52;ReadPosRankSum=0.549;SC=ACAAACCGAGCGTGTCCCCCA;SOR=0.412;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=5;WE=8400757;WS=8400739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
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chr19	8503574	rs11259981	A	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=274;SC=GACACCATGCAGAGCCTAGTC;SOR=1.127;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=16;WE=8503582;WS=8503564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	8528310	rs8102587	A	G	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.01;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	8532557	rs200342230	A	G	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=273;ReadPosRankSum=1.016;SC=ACTATGAAATATTTGTGGATT;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=13;WE=8532565;WS=8532547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr19	8533504	rs7258281	T	C	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.81;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	8533504	.	TGCTCC	CGCTCC,CGCTCT	636	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=43,16;NR=15,7;PP=636,270;QD=11.565020906;SC=ATAGGAAGCATGCTCCGCATG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=43;TCR=15;TR=58,23;WE=8533517;WS=8533494;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:58
chr19	8533509	rs59319088	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=3.212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.40;ReadPosRankSum=-1.685;SOR=0.396;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr19	8536373	rs12973706	A	G	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.52;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	8548175	rs1599871	A	C	2185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=40;PP=988;SC=AGTGGTGAGAAGTGCGGGTTC;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=18;TCR=40;TR=58;WE=8548183;WS=8548165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	8551094	rs2230647	T	C	6200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=107;PP=2965;SC=GCATGGGCCCTGCCATGGGCC;SOR=1.076;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=175;TCF=68;TCR=107;TR=175;WE=8551102;WS=8551084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	8551852	rs11669139	A	G	4210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=47;NR=44;PP=1625;SC=GCTGCAAGGCATGCCTTAGGA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=91;WE=8551860;WS=8551842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	8553630	rs6992	C	T	4314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=53;PP=1690;SC=AGGGGTGTGGCGTGGTTAAGT;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=102;WE=8553638;WS=8553620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	8555886	rs2303110	G	C	14771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=581;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,577:1.00:577
chr19	8563456	rs2910435	C	G	4512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=50;PP=2026;SC=GTGTCCCAGCCGCTCCAAACC;SOR=0.813;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=59;TCR=50;TR=109;WE=8563464;WS=8563446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	8564466	rs4239540	C	A	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=0.934;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.395;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,48:0.30:161
chr19	8564469	rs4990821	C	G	1628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.913;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,50:0.29:173
chr19	8564523	rs4804305	T	G	2212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.228;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=25;PP=700;ReadPosRankSum=-0.055;SC=GGGGCCTTCTTGGGGTGCTCG;SOR=0.560;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=132;TCF=70;TCR=62;TR=48;WE=8564531;WS=8564513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,84:0.32:263
chr19	8576307	rs2910443	A	G	337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.012;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=155;ReadPosRankSum=0.280;SC=GGTATCCACCAGACCCCGCAG;SOR=0.512;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=37;TCF=23;TCR=14;TR=14;WE=8576315;WS=8576297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,22:0.34:64
chr19	8576888	rs2042302	C	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.11;ReadPosRankSum=-1.763;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,6:0.18:34
chr19	8578035	rs8100431	T	C	576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=226;ReadPosRankSum=2.134;SC=GGAGCCCTGCTGCATCCCTCC;SOR=0.794;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=20;WE=8578043;WS=8578025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,28:0.46:61
chr19	8579081	rs2287862	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.20;ReadPosRankSum=1.392;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,23:0.38:60
chr19	8591233	rs35536931	G	GTC	388.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=1;PP=401;ReadPosRankSum=-1.803;SC=AAACTCAAAAGTCTCTCTCTC;SOR=0.395;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=26;TCF=25;TCR=1;TR=11;WE=8591241;WS=8591223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr19	8591572	rs2303687	C	G	862.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.59;ReadPosRankSum=1.537;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr19	8592207	rs2967774	A	G	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=499;ReadPosRankSum=0.955;SC=GCGGCAGGTAAGGACCTGGCT;SOR=1.329;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=28;WE=8592215;WS=8592197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,44:0.58:76
chr19	8601051	rs57614495	G	GTC	1362.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=12;PP=973;ReadPosRankSum=1.466;SC=GTCTCCCTCTGTCTCTCTCTC;SOR=0.785;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=29;WE=8601062;WS=8601041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,52:0.47:111
chr19	8612914	rs17160563	G	A	1319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.858;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=21;PP=729;ReadPosRankSum=0.367;SC=CTGCTTGGCCGCCCACCTGCT;SOR=0.241;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=35;WE=8612922;WS=8612904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,64:0.80:80
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chr19	8613218	rs59718615	G	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.166;HP=3;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=623;ReadPosRankSum=-0.615;SC=TGTGGGTGGGGACAGGAAGTC;SOR=2.359;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=10;WE=8613226;WS=8613207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr19	8615268	rs2303686	T	C	2114.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.315;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=28;PP=869;ReadPosRankSum=-2.322;SC=AGGGCAAAAATGGGACAGTTG;SOR=0.957;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=94;TCF=50;TCR=44;TR=64;WE=8615276;WS=8615258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,100:0.69:144
chr19	8615609	rs73501537	G	A	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.841;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=35;PP=814;ReadPosRankSum=0.254;SC=AAACTGTGCCGTGAATCCTGG;SOR=0.882;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=77;TCF=22;TCR=55;TR=48;WE=8615617;WS=8615599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,59:0.61:97
chr19	8616813	rs56935925	A	T	6529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FS=0.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.881;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:157,345:0.69:502
chr19	8617106	rs7251254	G	A	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.187;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=303;ReadPosRankSum=-1.271;SC=GTGGGGGAAGGGTTGGGGATG;SOR=0.097;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=21;WE=8617114;WS=8617096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,24:0.52:46
chr19	8642160	rs4542783	T	C	2725.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=26;PP=1187;ReadPosRankSum=-1.359;SC=CTCCTCTTTCTTCTTCCAGAT;SOR=0.653;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=67;TCR=35;TR=73;WE=8642168;WS=8642150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,125:0.71:175
chr19	8645786	rs7252299	A	C	2919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	8649943	rs138501563	G	GAGGGGGC	2225.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.853;NF=6;NR=18;PP=1467;ReadPosRankSum=0.880;SC=AGAGCACTGCGAGGGGGCACC;SOR=0.679;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=24;WE=8649951;WS=8649933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr19	8651562	rs4476282	A	G	3753.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=69;PP=2031;ReadPosRankSum=1.482;SC=GGGGGGTCCCAGGCAGCCCCT;SOR=0.659;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=183;TCF=83;TCR=100;TR=128;WE=8651570;WS=8651541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,172:0.69:251
chr19	8654106	rs73501572	G	A	918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=3.684;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.677;SOR=1.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,58:0.29:198
chr19	8657074	rs35484313	C	CAG	990.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.411;HP=1;HapScore=2;MGOF=82;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=16;PP=769;ReadPosRankSum=-0.125;SC=AGGCCCCAGCCAGAGATATCA;SOR=0.462;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=16;WE=8657082;WS=8657064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,29:0.63:46
chr19	8657092	rs71179860	C	CGGGATGGGGCTGGAAG	740.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.329;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=2897;ReadPosRankSum=-0.405;SC=TCAGCCTCTCCGGGATGGGCA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=12;WE=8657100;WS=8657082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,19:0.59:32
chr19	8657871	rs34134669	G	C	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.440;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=41;PP=735;ReadPosRankSum=0.475;SC=CAGAGAGCCCGGTGCTCCCTT;SOR=0.435;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=47;WE=8657879;WS=8657861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,55:0.75:73
chr19	8662347	rs5827006	TTGC	T	1308.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=40.90;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	8668721	rs150055188	C	T	4713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=1728;ReadPosRankSum=-0.392;SC=GCCCACCGTGCAGGGGCTCAA;SOR=0.621;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=108;WE=8668729;WS=8668711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,223:0.71:314
chr19	8668885	rs36044688	CT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.17;ReadPosRankSum=0.296;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr19	8669873	rs7260282	T	C	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.673;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=16;PP=839;ReadPosRankSum=-1.288;SC=CATTTCCCCCTGCGTTCCAGA;SOR=0.812;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=88;TCF=60;TCR=28;TR=55;WE=8669881;WS=8669863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,98:0.68:144
chr19	8669931	rs7255721	G	C	3014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=36;PP=1335;ReadPosRankSum=-1.923;SC=CACATGGGAGGTGCTGGCCTG;SOR=0.636;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=77;TCR=50;TR=90;WE=8669939;WS=8669921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,138:0.70:198
chr19	8808373	rs4804079	G	T	5730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=0.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	8808900	rs10410943	A	G	7883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=99;PP=2965;SC=AATAACCACCACGCCGGTCTT;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=201;TCF=100;TCR=101;TR=197;WE=8808908;WS=8808890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr19	8808942	rs2340550	A	G	7442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=98;PP=2965;SC=CATGCCGGGGAAGTCCCGCTG;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=78;TCR=101;TR=176;WE=8808950;WS=8808932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr19	8923117	rs250315	A	G	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.43;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,22:0.69:32
chr19	8932087	rs111962098	G	A	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.113;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.86;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,36:0.69:52
chr19	8932092	rs2910347	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=1.906;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.35;ReadPosRankSum=-1.427;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr19	8932524	rs12978839	T	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=228;ReadPosRankSum=0.326;SC=CACACTGACATTTTCTGGGCA;SOR=0.563;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=35;TCF=32;TCR=3;TR=14;WE=8932532;WS=8932520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,16:0.39:41
chr19	8953801	rs2969292	T	C	4296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=63;PP=2453;SC=AATTTCTGGTTACTGAGGAAG;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=55;TCR=63;TR=118;WE=8953809;WS=8953791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	8953922	rs2972588	C	T	4012.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=34;NR=52;PP=1478;SC=CCAAGAAGGCCGTCCTGAAAA;SOR=0.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=86;WE=8953930;WS=8953912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	8961772	rs2972591	A	G	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=1;PP=392;SC=ATTATTTGTCAATTAATTAAA;SOR=4.804;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=21;WE=8961780;WS=8961762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	8961981	rs1035442	C	G	11094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=117;NR=121;PP=2965;SC=CATGTGATGACTCCCAGGAGT;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=117;TCR=122;TR=238;WE=8961989;WS=8961971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,431:1.00:431
chr19	8962315	rs2910353	C	A	2849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=26.14;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	8962461	rs1964289	G	C	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=409;SC=TCTGGAGATGGAGTCTTGCTC;SOR=4.047;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=8962469;WS=8962451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	8974237	rs11670820	G	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=562;SC=GGCATTGCAGGAGCTCTTAGA;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=8974245;WS=8974227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	8976471	rs3764554	G	A	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=18;PP=621;SC=GAGAGGTCCCGAGACCTCTGC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=11;TCR=18;TR=29;WE=8976479;WS=8976461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	8976504	rs3764553	G	A	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=13;PP=522;SC=GTGGAGGGAGGAGCAGGGGAA;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=8976512;WS=8976494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	8976713	rs3764552	A	G	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=34;PP=1337;SC=TTATCCCACCAGGAGCTGCTG;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=47;TCR=34;TR=81;WE=8976721;WS=8976703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	8976921	rs11085755	C	T	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=672;SC=GATCAGACTGCGCTCATTATT;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=8976929;WS=8976911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	8977514	rs1469077	A	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=20;PP=1098;SC=TATGCCAGGTATCTCACCCCA;SOR=1.288;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=8977522;WS=8977504;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	8982084	rs3752139	C	G	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=6.027;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	8987133	rs3764555	T	C	3554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=51;PP=1816;SC=AGAAGGGAGCTTGGGTTGGTC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=87;WE=8987141;WS=8987123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	8987348	rs150904213	A	AAG	382.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.14;ReadPosRankSum=-1.749;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,13:0.65:20
chr19	8992971	.	T	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.211;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-3.155;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.425;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,6:0.24:25
chr19	8992972	.	A	G	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-3.235;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr19	8992980	.	C	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.83;MQRankSum=-3.851;QD=6.15;ReadPosRankSum=0.357;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr19	8992981	.	T	G	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.656;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.01;MQRankSum=-3.534;QD=6.36;ReadPosRankSum=1.097;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr19	8992988	rs371102230	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQRankSum=-3.675;QD=4.37;ReadPosRankSum=1.309;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr19	8992993	rs114497462	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-3.875;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.403;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr19	8992996	.	T	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-3.875;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.316;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr19	8992997	.	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.183;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=-3.875;QD=3.91;ReadPosRankSum=1.228;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr19	8993017	rs111468097	G	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-3.712;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.541;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr19	8993020	.	T	C	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.567;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQRankSum=-3.712;QD=1.83;ReadPosRankSum=0.219;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,7:0.15:48
chr19	8993041	.	A	G	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.31;MQRankSum=-5.992;QD=2.24;ReadPosRankSum=-0.953;SOR=1.296;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,7:0.13:54
chr19	8993048	.	C	G	109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.37;MQRankSum=-6.284;QD=1.86;ReadPosRankSum=-1.395;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,7:0.12:59
chr19	8994113	rs2009979	T	C	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=24;PP=1169;SC=ACACTTGGGGTAGCCAGACTG;SOR=1.085;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=40;TCR=24;TR=63;WE=8994121;WS=8994103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	8994285	rs752410	T	A	2507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=39;PP=1195;SC=TGGAAGGGGCTGTAATCAGGG;SOR=1.044;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=8994293;WS=8994275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	8994373	rs873869	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=14;PP=620;SC=TAGGTGGAACAAGACAAGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=29;WE=8994381;WS=8994363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	8995853	rs11672574	T	C	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.13;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	8997415	.	G	A	670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.331;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=13.935;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.44;MQRankSum=-10.073;QD=4.93;ReadPosRankSum=-5.711;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,24:0.18:136
chr19	8997421	.	A	C	650.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=11.067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.53;MQRankSum=-10.780;QD=4.25;ReadPosRankSum=-3.887;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,25:0.16:153
chr19	8997424	.	G	A	647.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=8.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-11.014;QD=4.10;ReadPosRankSum=-3.602;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,26:0.16:158
chr19	8997454	rs76629162	G	A	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=1.611;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-12.390;QD=2.96;ReadPosRankSum=2.811;SOR=0.638;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,29:0.14:212
chr19	8997463	rs73001893	C	T	572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=1.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-12.844;QD=2.52;ReadPosRankSum=2.862;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,29:0.13:227
chr19	8997472	rs113387108	C	T	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=1.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.02;MQRankSum=-13.397;QD=2.09;ReadPosRankSum=1.256;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,29:0.12:246
chr19	8997481	.	C	A	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.803;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-13.623;QD=2.00;ReadPosRankSum=-0.907;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,29:0.11:254
chr19	8997482	.	C	T	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=1.586;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.05;MQRankSum=-13.623;QD=2.01;ReadPosRankSum=-1.191;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,29:0.11:254
chr19	8997499	.	G	A	158.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;ClippingRankSum=0.000;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.27;MQRankSum=-13.496;QD=0.61;ReadPosRankSum=-5.111;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:237,25:0.10:262
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chr19	8998830	.	G	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.034;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=21.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.50;MQRankSum=-6.959;QD=6.87;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=4.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,14:0.23:61
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chr19	9001833	rs12976122	A	G	11591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.46;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	9001833	.	ATG	GTA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=59.72;NF=65;NR=66;PP=2947;QD=20;SC=GTACTCACTCATGGGTCCAGA;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=131;WE=9001843;WS=9001812;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:7,131:0.95:138
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chr19	9002576	rs80214581	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-14.310;QD=0.59;ReadPosRankSum=-2.944;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,35:0.14:248
chr19	9002587	rs201053591	C	T	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.798;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.84;MQRankSum=-15.076;QD=0.56;ReadPosRankSum=-3.409;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,24:0.10:240
chr19	9003217	rs60430468	GA	G	832.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.663;QD=13.65;ReadPosRankSum=0.956;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,51:0.84:61
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chr19	9003645	rs11085777	G	A	4964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=60;NR=55;PP=1955;SC=CTGCAGGTTAGTGATGGTAAA;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=115;WE=9003653;WS=9003635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
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chr19	9003749	rs11085779	G	T	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=46;PP=1321;SC=TTAATCTGTTGCATATAGTTA;SOR=1.942;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=62;WE=9003757;WS=9003739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr19	9005719	rs4804375	A	G	3147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=36;PP=1160;SC=TGGCTACTCCATCCTTCTCAG;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=36;TCR=37;TR=72;WE=9005727;WS=9005709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
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chr19	9006385	rs201630633	A	G	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=2.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.16;MQRankSum=-7.905;QD=1.31;ReadPosRankSum=-4.424;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,32:0.16:197
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chr19	9007748	rs11673136	A	G	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=25;PP=1026;SC=TATGAGGAGGAGTAGCTCCTG;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=9007756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	9009205	.	C	A	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.573;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQRankSum=-7.233;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.738;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,10:0.16:61
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chr19	9009211	.	A	G	237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-8.043;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.756;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,11:0.15:74
chr19	9009215	.	C	T	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.938;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.21;MQRankSum=-8.268;QD=2.89;ReadPosRankSum=1.013;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
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chr19	9012910	.	GT	G	65.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=3.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-13.888;QD=0.19;ReadPosRankSum=0.229;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,25:0.07:338
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chr19	9018458	rs138331829	A	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-10.681;QD=2.68;ReadPosRankSum=-5.264;SOR=0.348;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,16:0.14:116
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chr19	9018530	rs200390781	G	T	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-13.345;QD=0.64;ReadPosRankSum=3.606;SOR=0.665;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,20:0.09:227
chr19	9018539	.	CA	TG	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;ClippingRankSum=0.000;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.35;MQRankSum=-13.603;QD=0.50;ReadPosRankSum=2.801;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,20:0.08:236
chr19	9019348	.	A	G	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.354;ClippingRankSum=0.000;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=11.670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-5.231;QD=3.86;ReadPosRankSum=-2.415;SOR=1.607;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,36:0.16:230
chr19	9019352	.	T	C	884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.425;ClippingRankSum=0.000;DP=243;ExcessHet=3.0103;FS=11.575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.98;MQRankSum=-5.258;QD=3.81;ReadPosRankSum=-2.480;SOR=1.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,36:0.16:232
chr19	9019353	.	G	T	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.748;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=8.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQRankSum=-5.279;QD=3.92;ReadPosRankSum=-2.478;SOR=1.447;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,35:0.15:227
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chr19	9019374	.	A	G	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.079;ClippingRankSum=0.000;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=26.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-5.731;QD=2.10;ReadPosRankSum=-1.604;SOR=3.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,20:0.11:182
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chr19	9025700	.	T	G	204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.366;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=28.095;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-10.047;QD=1.66;ReadPosRankSum=-3.152;SOR=4.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,13:0.11:123
chr19	9025707	.	A	T	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.715;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=22.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-9.483;QD=0.60;ReadPosRankSum=-3.127;SOR=4.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,10:0.09:116
chr19	9025826	rs7256118	T	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=5.927;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=1.894;SC=TGGAGTAAAGTGGCATGATCT;SOR=0.078;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=10;WE=9025834;WS=9025816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,15:0.79:19
chr19	9028373	rs56396897	G	A	6177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.575;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=66;PP=2077;ReadPosRankSum=-0.150;SC=ATCCACTGCCGTGGCTGAGCT;SOR=0.617;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=207;TCF=102;TCR=105;TR=133;WE=9028381;WS=9028363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,300:0.69:432
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chr19	9045518	rs12984694	T	G	221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.245;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=93;ReadPosRankSum=1.197;SC=AGAATGGCAATTTTTATAGTA;SOR=0.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=11;WE=9045526;WS=9045508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,15:0.34:44
chr19	9047267	rs10410169	C	T	1343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.243;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=32;PP=854;ReadPosRankSum=0.502;SC=CTTTGATGCACCAGGGGAGAC;SOR=0.886;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=131;TCF=64;TCR=67;TR=57;WE=9047275;WS=9047257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,72:0.36:198
chr19	9047305	rs10415818	G	A	976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=25;PP=587;ReadPosRankSum=0.176;SC=CTGAACTTGTGTGTGTCTCAG;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=51;TCR=61;TR=47;WE=9047313;WS=9047295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,53:0.34:154
chr19	9048035	rs10417358	G	C	381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.769;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=270;ReadPosRankSum=0.008;SC=AGGGGAGACAGCTAAAGTTGG;SOR=0.589;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=23;WE=9048043;WS=9048025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,30:0.22:139
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chr19	9048342	rs10854118	C	T	2585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=49;PP=1287;ReadPosRankSum=-0.936;SC=GGGGTCACCACTCCTGATACC;SOR=0.749;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=56;TCR=73;TR=86;WE=9048350;WS=9048332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,120:0.71:170
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chr19	9056982	rs11670318	G	A	3760.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.870;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.735;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,186:0.63:293
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chr19	9059232	rs12710265	T	C	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FS=4.314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=-0.718;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,85:0.28:302
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chr19	9060125	rs12972088	G	A	1211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.120;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=20;PP=546;ReadPosRankSum=-1.530;SC=ATGCAGTTGAGTGGGTCCCTG;SOR=0.754;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=144;TCF=70;TCR=74;TR=44;WE=9060133;WS=9060115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,71:0.33:217
chr19	9060605	rs2194168	G	A	3725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=49;PP=1940;SC=CTTGTCTAGCGCTGATGGTGC;SOR=0.767;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=103;WE=9060613;WS=9060595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	9060656	rs2216663	C	T	2168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=1096;ReadPosRankSum=1.174;SC=GCTGAATTGCCTCTGTCTCCA;SOR=0.708;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=94;TCF=49;TCR=45;TR=65;WE=9060664;WS=9060646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,96:0.67:144
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chr19	9062415	rs12978757	T	G	1075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=28;PP=596;ReadPosRankSum=-0.102;SC=AGGCTGCATGTCTTCTGTATC;SOR=0.884;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=45;WE=9062423;WS=9062405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,60:0.30:197
chr19	9062544	rs2547063	T	G	4401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.839;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.590;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=51;PP=2300;ReadPosRankSum=0.779;SC=CAGGCCAGGGTTGAGAAGAGA;SOR=0.370;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=116;TCF=63;TCR=53;TR=114;WE=9062552;WS=9062534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
chr19	9063678	rs2547064	T	G	3815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.734;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,182:0.61:299
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chr19	9065632	rs1867691	T	C	2690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1069;ReadPosRankSum=-1.440;SC=GTAGCACCAATGGACACTTCA;SOR=0.678;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=87;WE=9065640;WS=9065622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,130:0.63:207
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chr19	9070837	rs2547067	G	A	6430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=98;PP=2965;SC=GCTATTGTGGGCCGATCAAGG;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=77;TCR=98;TR=175;WE=9070845;WS=9070827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
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chr19	9072313	rs2121133	A	G	1697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=955;ReadPosRankSum=2.098;SC=GCAGGTGAGGACAGAAAGGAA;SOR=0.661;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=53;WE=9072321;WS=9072303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,74:0.65:114
chr19	9072742	rs2591590	T	C	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.193;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1343;ReadPosRankSum=-0.672;SC=TCCTGGGAGATGCTGGTCTCC;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=141;TCF=61;TCR=80;TR=91;WE=9072750;WS=9072732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,125:0.60:209
chr19	9074265	rs10406209	G	A	1098.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=414;ReadPosRankSum=-0.759;SC=TGCAGCTCCAGTAGGACCTGT;SOR=0.557;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=32;WE=9074273;WS=9074255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,58:0.42:138
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chr19	9075217	rs2547068	T	A	1797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.340;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=1004;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GACAGCCTGGTGATGGCTTCT;SOR=0.631;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=83;TCF=41;TCR=42;TR=58;WE=9075225;WS=9075207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,80:0.63:127
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chr19	9075635	rs2547070	G	A	1213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=700;ReadPosRankSum=-1.200;SC=TGTCTGTGGTGGACTCAGAAG;SOR=0.853;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=38;WE=9075643;WS=9075625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,52:0.68:76
chr19	9075737	rs2547071	T	C	1583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=1.900;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,74:0.70:105
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chr19	9076083	rs2547072	G	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.464;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=19;ReadPosRankSum=1.514;SC=TGCAGCTGGTGTGACTGCACT;SOR=0.680;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=73;TCF=38;TCR=35;TR=44;WE=9076091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,68:0.60:114
chr19	9076163	rs2547073	C	T	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.098;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=26;PP=1155;ReadPosRankSum=2.308;SC=AAGTGAGTTCCTGGGGAGTTG;SOR=1.064;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=102;TCF=61;TCR=41;TR=71;WE=9076171;WS=9076153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,105:0.68:155
chr19	9076278	rs953551	G	A	4463.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.746;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=53;PP=2279;ReadPosRankSum=-0.193;SC=GGACAGGGGCGTATTTGGGTC;SOR=0.806;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=217;TCF=133;TCR=84;TR=141;WE=9076286;WS=9076268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,212:0.58:365
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chr19	9076858	rs2547074	C	T	2074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.147;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=37;PP=931;ReadPosRankSum=0.307;SC=GCTGTGGTTACGTCCAGGATG;SOR=0.897;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=99;TCF=41;TCR=58;TR=60;WE=9076866;WS=9076848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,96:0.64:150
chr19	9076929	rs2547075	T	G	2126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.297;HP=3;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=30;PP=1061;ReadPosRankSum=-0.869;SC=AATGTCACTTTTCACTGCACT;SOR=0.552;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=62;WE=9076937;WS=9076919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,96:0.62:156
chr19	9076950	rs2547076	C	A	2477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=32;PP=1082;ReadPosRankSum=-0.780;SC=TACATTGGCCCTCAGAGTCTC;SOR=0.665;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=106;TCF=58;TCR=48;TR=66;WE=9076958;WS=9076940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,112:0.65:171
chr19	9076991	rs2591595	C	T	2798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.235;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=33;PP=1235;ReadPosRankSum=2.348;SC=TGACAGATGACGCAGAGCTTG;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=121;TCF=69;TCR=52;TR=77;WE=9076999;WS=9076981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,125:0.68:183
chr19	9077060	rs2591596	C	T	2172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.063;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=34;PP=1218;ReadPosRankSum=0.967;SC=AGGGCAGAGACACTAGTGAGG;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=117;TCF=64;TCR=53;TR=77;WE=9077068;WS=9077050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,100:0.63:158
chr19	9077264	rs1862461	T	G	3302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=49;PP=1761;ReadPosRankSum=1.150;SC=CTGTGGTGCTTACCCATGTCT;SOR=0.560;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=167;TCF=83;TCR=84;TR=100;WE=9077272;WS=9077254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,149:0.60:249
chr19	9077436	rs1862462	G	A	3634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.758;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=51;PP=1662;ReadPosRankSum=-0.149;SC=AGTTGTCTTTGAAACCAGTTC;SOR=0.562;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=144;TCF=75;TCR=69;TR=102;WE=9077444;WS=9077426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,162:0.70:231
chr19	9077803	rs2591597	T	C	1219.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.868;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=24;PP=516;ReadPosRankSum=0.390;SC=GGGCTGATGCTGGGTTCCTTG;SOR=0.795;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=41;WE=9077811;WS=9077793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,61:0.58:106
chr19	9077902	rs2547077	A	G	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=17;PP=402;ReadPosRankSum=-0.272;SC=GTATATGCAAATGGTACAGAA;SOR=0.756;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=25;WE=9077910;WS=9077892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,35:0.57:61
chr19	9077984	rs2547078	T	C	137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=4;PP=86;ReadPosRankSum=-0.825;SC=TTCCTCCTTCTCTGGGAAAGA;SOR=0.307;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=5;WE=9077992;WS=9077974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr19	9080343	.	GAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGA	G,GAAAGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGA	636.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.81;QD=35.37;SOR=3.500;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,8,10:0.44,0.56:18
chr19	9080462	rs2547065	C	G	2201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.420;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=33;PP=1287;ReadPosRankSum=0.971;SC=TGCTGGACTGCTCCCCGTCTC;SOR=0.568;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=110;TCF=67;TCR=43;TR=79;WE=9080470;WS=9080452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,98:0.68:145
chr19	9083124	rs12608495	G	A	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.794;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=37;PP=1187;ReadPosRankSum=-0.109;SC=CCAAACTTGGGACCTCAGAAA;SOR=0.746;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=68;WE=9083132;WS=9083114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,111:0.65:172
chr19	9083143	rs7245949	G	A	979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.571;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=324;ReadPosRankSum=-0.083;SC=AAACTCAAATGTCAAGGTAGA;SOR=0.678;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=108;TCF=54;TCR=54;TR=35;WE=9083151;WS=9083133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,63:0.34:184
chr19	9083174	rs7245960	G	A	1088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.236;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=17;PP=523;ReadPosRankSum=2.076;SC=CCCCAAGTTGGGGGAGCTGTA;SOR=0.714;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=109;TCF=56;TCR=53;TR=37;WE=9083182;WS=9083164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,60:0.34:177
chr19	9084183	rs1609460	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=2.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.49;ReadPosRankSum=0.463;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,37:0.25:148
chr19	9084216	rs1609459	T	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.692;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=0.749;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,38:0.26:149
chr19	9084299	rs1609458	T	C	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=1.961;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:132,58:0.31:190
chr19	9086123	rs10402812	A	C	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=12;PP=287;ReadPosRankSum=1.041;SC=TTCTCTGTGTAAGTCATGGAA;SOR=0.610;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=83;TCF=38;TCR=45;TR=22;WE=9086131;WS=9086113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,33:0.26:128
chr19	9086184	rs74999347	G	A	2077.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=31;PP=1011;ReadPosRankSum=0.546;SC=TATCAGAGCCGTTTTCCAATC;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=44;TCR=40;TR=65;WE=9086192;WS=9086174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,94:0.75:125
chr19	9087615	rs1596798	T	A	6513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr19	9088017	rs1596797	T	G	1863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.745;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=571;ReadPosRankSum=0.160;SC=CCATGGTAAGTTTGATGGTGC;SOR=0.676;SbPval=0.19;Source=Platypus;TC=140;TCF=66;TCR=74;TR=41;WE=9088025;WS=9088007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,104:0.37:279
chr19	9090531	rs12976721	T	C	459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=2.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-0.986;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,30:0.27:110
chr19	9204307	rs4804097	A	G	3350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.622;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=42;PP=1423;ReadPosRankSum=0.666;SC=TCTGCCACCCATTGCACTACG;SOR=0.940;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=364;TCF=220;TCR=144;TR=120;WE=9204315;WS=9204297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:385,199:0.34:584
chr19	9225387	rs34333263	G	GAAA	200.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-2.374;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.455;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,11:0.28:39
chr19	9225685	rs2195951	T	C	1888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=35;PP=943;ReadPosRankSum=1.169;SC=AGCTGTCCCATAGAACAAGGA;SOR=0.660;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=243;TCF=129;TCR=114;TR=76;WE=9225693;WS=9225675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,118:0.30:396
chr19	9226017	rs2217657	C	G	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=34;PP=952;ReadPosRankSum=0.829;SC=TCAGCAAGCCCCAGAAATGGA;SOR=0.756;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=88;TCR=90;TR=67;WE=9226025;WS=9226007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,81:0.32:254
chr19	9226192	rs6511874	A	G	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.507;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=44;PP=1160;ReadPosRankSum=0.596;SC=TTGGATGTTCACTAGGATCTT;SOR=0.546;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=215;TCF=97;TCR=118;TR=87;WE=9226200;WS=9226182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,124:0.40:311
chr19	9226540	rs36095111	A	G	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=0.575;SC=GAAAAGGGGTAGATTCTAAGG;SOR=0.507;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=2;TCR=26;TR=12;WE=9226548;WS=9226530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr19	9236698	rs111867493	G	GATGGT	477.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=451;ReadPosRankSum=0.974;SC=TCAATGGAAAGATGGTATCCT;SOR=0.489;SbPval=0.13;Source=Platypus;TC=29;TCF=20;TCR=9;TR=9;WE=9236706;WS=9236688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr19	9236886	rs10424352	A	G	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.638;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,109:0.29:372
chr19	9237435	rs10407484	A	G	1234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.559;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=25;PP=622;ReadPosRankSum=1.243;SC=AGGACAGGATAGAGAGGAGGA;SOR=0.811;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=46;WE=9237443;WS=9237425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,65:0.37:178
chr19	9237542	rs10414255	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=21;PP=513;ReadPosRankSum=-0.300;SC=AGGAACAGCATGAAGAGGATG;SOR=0.818;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=146;TCF=79;TCR=67;TR=50;WE=9237550;WS=9237532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,87:0.37:236
chr19	9237719	rs151331809	TCTTTCTTC	T	317.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.57;ReadPosRankSum=-1.881;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
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chr19	9266874	rs139210933	CTG	C	891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.107;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.678;NF=0;NR=18;PP=662;ReadPosRankSum=-0.530;SC=ACCCCAGTGACTGTGTCTGCT;SOR=0.477;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=18;WE=9266883;WS=9266864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,26:0.43:61
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chr19	9268261	rs3829682	G	A	224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.556;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.716;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=200;ReadPosRankSum=1.007;SC=GTGGTTCTCCGGTGTGTGTCT;SOR=1.721;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=12;WE=9268269;WS=9268251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr19	9346427	rs1968136	T	C	14465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=172;NR=194;PP=2965;SC=TATGTGGCCATGGCACTGCTG;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=367;TCF=173;TCR=194;TR=366;WE=9346435;WS=9346417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,557:1.00:557
chr19	9346599	rs1985937	C	G	8517.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=107;NR=122;PP=2965;SC=GGGTCTATCTCAGTTCTGCTG;SOR=0.865;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=236;TCF=108;TCR=128;TR=229;WE=9346607;WS=9346589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	9415942	.	TAC	T	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.995;ClippingRankSum=0.000;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=2.605;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.441;SOR=1.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,12:0.13:92
chr19	9435294	.	ACC	A,AC	709.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=27.30;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,11,15:0.42,0.58:26
chr19	9435320	rs368039177	GA	G	148.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=6.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.97;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,19:0.38:50
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chr19	9721401	rs28445940	A	T	5844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.113;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.187;NF=98;NR=83;PP=2733;ReadPosRankSum=0.324;SC=TCCCACAGTAAGTACACTTGT;SOR=0.662;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=270;TCF=139;TCR=131;TR=181;WE=9721409;WS=9721391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,268:0.68:394
chr19	9728350	rs10420371	C	T	3657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.572;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,174:0.64:274
chr19	9764668	rs57141679	A	AT	298.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-0.910;QD=6.10;ReadPosRankSum=1.185;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr19	9768925	rs10418705	A	G	4299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.462;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.707;NF=45;NR=97;PP=2181;ReadPosRankSum=0.513;SC=CAAGTCTCCCATGATCTACTC;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=70;TCR=153;TR=142;WE=9768933;WS=9768915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,198:0.66:299
chr19	9771286	rs111723152	G	GA	1010.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=2.088;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.632;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,74:0.53:140
chr19	9804678	rs10407571	G	A	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-3.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.424;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=58;PP=1270;ReadPosRankSum=0.334;SC=CCTACTAGAGGCATATGCCTT;SOR=1.911;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=95;TCF=7;TCR=88;TR=61;WE=9804686;WS=9804668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,63:0.61:103
chr19	9868278	rs10420364	T	C	4085.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.164;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=52;PP=2081;ReadPosRankSum=-0.829;SC=AACGTTAAGGTATGTGGAATA;SOR=0.853;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=194;TCF=112;TCR=82;TR=128;WE=9868286;WS=9868268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,186:0.67:277
chr19	9868404	rs10414485	C	T	4818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.618;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=87;PP=2682;ReadPosRankSum=1.759;SC=CTTACATTCACAGGCCTTTTC;SOR=0.530;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=238;TCF=110;TCR=128;TR=170;WE=9868412;WS=9868394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,221:0.64:346
chr19	9873820	rs60184154	CA	C	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.920;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.270;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr19	9964823	rs8111802	A	G	2031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=18;PP=1421;SC=CCCAGCCCCCAGAGGCCCCCC;SOR=2.043;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=58;TCR=18;TR=75;WE=9964831;WS=9964813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	9967429	rs34631855	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.968;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.595;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr19	9968434	rs2303100	C	T	3047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=44;PP=1430;SC=TGCCCGGAGCCGCGCATCCAG;SOR=0.896;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=80;WE=9968442;WS=9968424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	10071063	rs10406152	T	C	1367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=13;PP=864;SC=GGCTCCCTCATGGTCCCTCCC;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=10071071;WS=10071053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	10071634	rs918542	T	C	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=23;PP=501;SC=AGCCACCCCCTGGAATCTCCA;SOR=2.368;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=1;TCR=23;TR=24;WE=10071642;WS=10071624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	10073744	rs35427045	C	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=2.989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.132;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,14:0.31:45
chr19	10077496	rs66715357	C	T	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=286;ReadPosRankSum=-1.661;SC=GAGAGACAGGCAGAGATGAAG;SOR=0.866;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=23;WE=10077504;WS=10077486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr19	10077931	rs3786698	C	G	924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=5;PP=722;SC=CCCAGTGCTGCGCACGGAAGG;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=10077939;WS=10077921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	10080140	rs2277966	C	G	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=39;PP=1692;SC=TGGACCCCCCCCCGACCATGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=77;WE=10080148;WS=10080130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	10080236	rs10406577	C	T	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=38;PP=1694;ReadPosRankSum=2.389;SC=CCCACCCCTGCCCCGCTCCAC;SOR=0.667;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=152;TCF=99;TCR=53;TR=107;WE=10080244;WS=10080226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,159:0.68:235
chr19	10080619	rs57674179	A	AG	2121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=6;NR=28;PP=1164;SC=AAAGACAGTGAGGGGGGTCTA;SOR=0.781;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=34;WE=10080627;WS=10080609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr19	10081276	rs1895371	C	G	2348.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=26;PP=1634;SC=GCTGAGGACCCAGGAGGTGGC;SOR=1.559;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=61;TCR=26;TR=86;WE=10081284;WS=10081266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	10081322	rs61729461	G	A	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=2.025;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.48;ReadPosRankSum=-2.128;SOR=0.913;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,61:0.36:169
chr19	10082034	rs114936356	G	A	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=496;ReadPosRankSum=-0.743;SC=TGGTTTCTGGGGACACATTAG;SOR=0.634;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=106;TCF=42;TCR=64;TR=36;WE=10082042;WS=10082024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,50:0.34:146
chr19	10083510	rs33996380	CA	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=0.104;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.626;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,10:0.67:15
chr19	10084292	rs2287813	C	G	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=18;PP=546;ReadPosRankSum=-1.163;SC=AGCGTCCCCTCGCTCACCCTG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=121;TCF=76;TCR=45;TR=48;WE=10084300;WS=10084282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,69:0.36:191
chr19	10084551	rs2287811	T	G	9647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=100;NR=112;PP=2965;SC=TAGGAAATGGTTGTCCCCATC;SOR=0.786;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=100;TCR=112;TR=212;WE=10084559;WS=10084541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr19	10087200	rs2287810	C	T	331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.62;ReadPosRankSum=1.467;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,20:0.34:59
chr19	10087886	rs114827216	A	G	1194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.612;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=21;PP=592;ReadPosRankSum=-0.029;SC=ACCCTGCCCCACTGGGGACCT;SOR=0.200;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=153;TCF=98;TCR=55;TR=54;WE=10087894;WS=10087876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,72:0.49:147
chr19	10088204	rs115981461	T	C	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.781;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=552;ReadPosRankSum=0.188;SC=GCAGGAGCCATGTCCTGGGAT;SOR=1.006;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=95;TCF=43;TCR=52;TR=40;WE=10088212;WS=10088194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,62:0.39:160
chr19	10088271	rs2161468	C	G	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.91;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,46:0.31:150
chr19	10089262	rs12610207	G	A	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=26;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.600;SC=TGGCCCCCACGGGCCCTGGGG;SOR=0.264;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=69;WE=10089270;WS=10089252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr19	10090758	rs11882346	C	T	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.402;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=1.358;SC=TCTCATCCCCCCTGCCTCCCT;SOR=0.446;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=12;WE=10090766;WS=10090748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,14:0.45:31
chr19	10091267	rs144086896	A	ATCTC	1806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=7;PP=1346;SC=TCCACTCAGAATCTCTCTCTC;SOR=1.788;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=26;WE=10091275;WS=10091257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	10091294	rs71188870	TCA	T,TCACA	2170.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.191;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.412;QD=22.15;ReadPosRankSum=1.115;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,61,25:0.62,0.26:98
chr19	10096482	rs11670705	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.450;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=320;ReadPosRankSum=-0.026;SC=GAATCCTGCCCATATCCATCT;SOR=0.974;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=67;TCR=29;TR=30;WE=10096503;WS=10096472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,39:0.28:139
chr19	10096681	rs11670525	G	A	1101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,34:0.30:114
chr19	10096686	rs1862473	G	A	4784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.72;SOR=1.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	10096689	rs8102756	G	C	2976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.82;ReadPosRankSum=-0.668;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,75:0.70:107
chr19	10097187	rs60604169	G	GC	2338.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=488;ExcessHet=3.0103;FS=1.339;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=1.730;QD=4.99;ReadPosRankSum=2.299;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,118:0.25:469
chr19	10097443	rs111955359	T	TAA	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=4.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.28;ReadPosRankSum=0.442;SOR=1.277;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,39:0.32:121
chr19	10097536	rs8113693	G	T	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=69;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CCCAAGAGGAGGCTAGGCAGA;SOR=0.813;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=9;WE=10097544;WS=10097526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,10:0.21:47
chr19	10099744	rs11879755	C	T	1099.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=2.465;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.36;ReadPosRankSum=-0.245;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,37:0.21:173
chr19	10099748	rs11883111	T	C	1137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=2.383;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,39:0.22:175
chr19	10099910	rs2287805	C	T	3171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=3.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=53;PP=1321;ReadPosRankSum=-0.662;SC=ATTCTAAGAGCCCTCATCTCT;SOR=0.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=403;TCF=221;TCR=182;TR=120;WE=10099918;WS=10099900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:425,198:0.32:623
chr19	10100061	rs2287804	C	A	2251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.836;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.899;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:373,146:0.28:519
chr19	10102177	rs7248892	C	T	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.723;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=0.055;SC=ATGTTGCAGTCTATCACTATC;SOR=0.631;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=7;WE=10102185;WS=10102167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chr19	10102567	rs7251453	G	A	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=0.214;SC=CATGGTGTTGGGGCGTTAGTG;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=21;WE=10102575;WS=10102557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,22:0.29:77
chr19	10102676	rs7252953	A	G	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=1.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=-0.438;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,52:0.31:166
chr19	10103583	rs2010448	C	T	1160.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.80;ReadPosRankSum=1.370;SOR=0.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,74:0.31:242
chr19	10103892	rs11672571	G	A	523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.227;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=394;ReadPosRankSum=0.987;SC=TTCCATTCAGGCCCCTGACTC;SOR=1.148;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=99;TCF=66;TCR=33;TR=27;WE=10103900;WS=10103882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,29:0.25:115
chr19	10106671	rs3745592	C	G	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=3.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.19;ReadPosRankSum=1.983;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,104:0.32:327
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chr19	10108714	rs7254800	G	A	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=38;PP=1136;ReadPosRankSum=0.217;SC=GAAGGGAGAAGTGAGTGTCGG;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=288;TCF=164;TCR=124;TR=90;WE=10108722;WS=10108704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:367,159:0.30:526
chr19	10108850	rs3745594	A	G	13079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=38.47;ReadPosRankSum=1.269;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,339:1.00:340
chr19	10108861	rs3745595	A	G	2776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.673;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=38;PP=1794;ReadPosRankSum=-1.489;SC=GAGAAAAGAGATGTGAACTTG;SOR=0.563;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=197;TCF=65;TCR=132;TR=57;WE=10108872;WS=10108840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,85:0.34:251
chr19	10108864	rs73007110	T	A	6298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=88;PP=2962;ReadPosRankSum=1.479;SC=AAAAGAGATGTGAACTTGGAC;SOR=0.897;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=193;TCF=64;TCR=129;TR=132;WE=10108872;WS=10108840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,157:0.66:237
chr19	10108908	rs143525824	GCA	G	2043.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=5.534;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=32.96;ReadPosRankSum=-0.026;SOR=2.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,57:0.92:62
chr19	10108929	rs3745596	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=80;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=568;ReadPosRankSum=0.562;SC=CACACACACACACACGGAGTC;SOR=0.754;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=34;WE=10108937;WS=10108919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,42:0.62:68
chr19	10112346	rs2287803	T	C	13410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=518;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=158;NR=137;PP=2965;SC=TCCAAGCTCCTCTGAGAACGT;SOR=0.791;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=297;TCF=159;TCR=138;TR=295;WE=10112354;WS=10112336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,510:1.00:510
chr19	10116076	rs11085529	G	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=5;PP=649;SC=CACAATCACAGGCTGCAACGG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=26;TCR=5;TR=31;WE=10116084;WS=10116066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	10116375	rs2303099	G	T	10650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=125;PP=2965;SC=CTATGCTGACGGCCACACGGT;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=235;TCF=110;TCR=125;TR=235;WE=10116383;WS=10116365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr19	10116508	rs2303098	C	T	4686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=76;PP=2711;SC=GGGGAGGGGGCGGAAGGGGTC;SOR=1.017;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=136;WE=10116516;WS=10116498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	10149223	rs16997792	A	G	524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=13;PP=352;SC=CGAGAGCCTGATGTACCTCCC;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=10149231;WS=10149213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	10157743	rs77259842	C	T	349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.506;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=219;ReadPosRankSum=-1.306;SC=GCATGGTGACCCCAAATCCAG;SOR=1.911;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=15;WE=10157751;WS=10157733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr19	10157806	rs73009214	C	T	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=1.149;SC=AACAGCATCTCCCATTACCCC;SOR=0.701;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=41;TCF=28;TCR=13;TR=10;WE=10157814;WS=10157796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,12:0.24:49
chr19	10165867	rs10425181	C	T	3555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=41;PP=1560;ReadPosRankSum=-2.200;SC=TCCCTGCCCGCCAGGTTATTC;SOR=0.722;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=171;TCF=100;TCR=71;TR=102;WE=10165875;WS=10165857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,166:0.60:275
chr19	10165932	rs8113341	A	G	9322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=124;NR=99;PP=2965;SC=GGCTACACTCAGATGCTGACC;SOR=0.850;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=224;TCF=124;TCR=100;TR=223;WE=10165940;WS=10165922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr19	10166375	rs10403787	G	A	8344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.940;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=0.435;SC=GATCATCATCGACAGGCAGGC;SOR=0.539;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=316;TCF=122;TCR=194;TR=211;WE=10166383;WS=10166365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,384:0.69:555
chr19	10169208	rs17211059	G	A	1469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.937;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=16;PP=648;ReadPosRankSum=-0.476;SC=TCTCCAAGACGCTGAGGGAAT;SOR=0.627;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=75;TCF=48;TCR=27;TR=46;WE=10169216;WS=10169198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,70:0.62:112
chr19	10169477	rs11667515	G	A	8069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.263;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=2.011;SC=CCTCCCTCTGGCCCTCTAGAA;SOR=0.418;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=195;TCF=108;TCR=87;TR=194;WE=10169485;WS=10169467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,300:1.00:301
chr19	10192425	rs112439574	G	GGAA	2033.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.70;QD=39.88;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	10218030	rs1551570	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=23;ReadPosRankSum=-0.719;SC=CTGCGTCCGACTGACTCTAAA;SOR=0.412;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=5;WE=10218038;WS=10218020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr19	10218408	rs2305790	G	A	3554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.091;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=65;PP=2152;ReadPosRankSum=-1.175;SC=AAGAAGAGATGGGGCAAAGGT;SOR=0.361;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=177;TCF=72;TCR=105;TR=114;WE=10218416;WS=10218398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,159:0.67:238
chr19	10218434	rs55752217	C	T	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.837;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=41;PP=857;ReadPosRankSum=1.471;SC=CTCCGGGCACCTCTGCTAGAC;SOR=1.181;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=184;TCF=74;TCR=110;TR=58;WE=10218442;WS=10218424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:176,77:0.30:253
chr19	10218524	rs2305791	C	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FS=5.936;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,50:0.24:206
chr19	10221151	rs2305792	C	G	1025.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.587;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=734;ReadPosRankSum=-1.091;SC=ACCCGCGTCTCTTGGCTCAGT;SOR=1.135;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=125;TCF=53;TCR=72;TR=51;WE=10221159;WS=10221141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,61:0.32:192
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chr19	10222558	rs2010353	G	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-1.871;SC=GAGGTCGAGGGGGGTGGAACA;SOR=1.038;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=6;WE=10222566;WS=10222548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr19	10224526	rs3745600	C	T	2552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=50;PP=1395;ReadPosRankSum=-0.757;SC=TGCTCTGCGCCCTGACGCTGC;SOR=0.587;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=320;TCF=174;TCR=146;TR=105;WE=10224534;WS=10224516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:316,143:0.31:459
chr19	10224580	rs117405797	T	C	9666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.667;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=2.742;SC=ACTGGCGCTATGGGGAGGCCG;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=363;TCF=195;TCR=168;TR=257;WE=10224588;WS=10224570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,437:0.71:614
chr19	10225682	rs3816556	G	C	3791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.589;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.174;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1624;ReadPosRankSum=-0.519;SC=AGAACAAAAAGAACCAAGTAG;SOR=0.854;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=153;TCF=85;TCR=68;TR=102;WE=10225690;WS=10225672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,175:0.66:267
chr19	10225777	rs7401	A	G	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=-1.555;SOR=0.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:168,64:0.28:232
chr19	10226052	rs2305795	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.447;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=206;ReadPosRankSum=0.022;SC=AAAACCAGCCGGGGGACTGTT;SOR=1.165;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=16;WE=10226060;WS=10226042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,18:0.53:34
chr19	10226256	rs7710	A	G	757.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=14.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.89;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=1.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,56:0.29:195
chr19	10226340	rs71188883	GTGCC	G	4928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.557;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.466;NF=8;NR=49;PP=2319;ReadPosRankSum=1.887;SC=CAGCCCCACCGTGCCTGCCTG;SOR=0.630;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=189;TCF=44;TCR=145;TR=57;WE=10226351;WS=10226330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:299,140:0.32:439
chr19	10229240	rs61403454	CA	C	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.535;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-0.972;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.470;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,28:0.53:53
chr19	10229297	rs11667630	C	A	694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.172;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,42:0.30:142
chr19	10229521	rs2290687	C	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=0.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.219;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:184,80:0.30:264
chr19	10229726	rs149991692	TGGCAGTCCTCACTCACCTCCC	T	1124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.648;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.685;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,35:0.27:128
chr19	10230032	rs112407609	C	T	988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=3.407;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=0.762;SOR=0.965;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,63:0.28:223
chr19	10251747	rs2290684	A	G	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=43;PP=2510;SC=GTTACAGAAGAATAACTTGAA;SOR=1.117;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=68;TCR=43;TR=111;WE=10251755;WS=10251737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	10265312	rs721186	T	C	8789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=101;NR=96;PP=2965;SC=GCATGCAGGGTGTCAGGAAGA;SOR=0.699;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=198;TCF=101;TCR=97;TR=197;WE=10265320;WS=10265302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr19	10270746	rs3079962	GA	G	1078.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=4.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=2.428;QD=4.84;ReadPosRankSum=0.218;SOR=1.006;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,86:0.39:223
chr19	10334443	rs2116941	A	C	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=2;PP=204;SC=AGTAGCCCCAAGTCTCTATCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=10334451;WS=10334442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	10334663	rs2116942	T	G	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.195;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=18;PP=607;ReadPosRankSum=-0.364;SC=ACCCCCGGCCTCCAGCACTGC;SOR=0.830;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=102;TCF=62;TCR=40;TR=49;WE=10334671;WS=10334653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,62:0.49:127
chr19	10363455	rs35087032	C	CT	1265.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.878;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQ=60.15;MQRankSum=0.693;NF=3;NR=24;PP=981;ReadPosRankSum=0.509;SC=TGACTTTGGGCTTGTACCCTT;SOR=0.332;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=27;WE=10363463;WS=10363445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,48:0.70:69
chr19	10370542	rs11115	C	T	4940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.447;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=100;PP=2488;ReadPosRankSum=0.015;SC=TTGGGAGCCTCAGGCCCACGC;SOR=0.656;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=239;TCF=86;TCR=153;TR=155;WE=10370550;WS=10370532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,222:0.69:324
chr19	10394792	rs1799969	G	A	7123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=97;PP=2962;ReadPosRankSum=0.990;SC=TTCCCTGGACGGGCTGTTCCC;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=328;TCF=176;TCR=152;TR=215;WE=10394800;WS=10394782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:173,339:0.66:512
chr19	10395683	rs5498	A	G	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=72;PP=2593;SC=GGTCACCCGCAAGGTGACCGT;SOR=1.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=48;TCR=72;TR=119;WE=10395691;WS=10395673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	10402131	rs901886	T	C	6799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=125;PP=2965;SC=CAAGTCCCGGTGTTCAAAGAG;SOR=1.227;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=218;TCF=92;TCR=126;TR=216;WE=10402139;WS=10402121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr19	10402938	rs1056538	G	A	4066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=69;PP=2026;SC=CAGGCAGCTGGTCTGCAACGT;SOR=1.164;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=108;TCF=37;TCR=71;TR=106;WE=10402946;WS=10402928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	10403368	rs2228615	G	A	8359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=76;PP=2965;SC=CGCAGCTGGGGCCCAAGCTCT;SOR=1.240;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=219;TCF=142;TCR=77;TR=218;WE=10403376;WS=10403358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr19	10403947	rs2569702	T	C	4423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=76;PP=2316;SC=GCAGGGTGCATTTCTATCTGG;SOR=1.315;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=37;TCR=80;TR=113;WE=10403955;WS=10403937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	10404227	rs2569703	C	G	3176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=14;PP=2400;SC=AGAGTGCATGCCTCGACTAGC;SOR=3.420;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=83;TCR=14;TR=95;WE=10404235;WS=10404220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	10405906	rs34124276	C	CT	2831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=18;PP=2140;SC=AGGCAGGATCCTCTTCTGCCC;SOR=1.640;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=47;WE=10405914;WS=10405896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	10407169	rs710845	G	C	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
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chr19	10425986	rs368835	A	G	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.60;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
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chr19	10425995	rs2358583	G	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.58;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	10426024	rs1124765	T	G	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=16;PP=645;ReadPosRankSum=-1.077;SC=TGGACAAATGTATAAGGACCT;SOR=0.955;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=37;WE=10426032;WS=10426014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,19:0.58:33
chr19	10426422	rs378395	A	C	2396.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=26;PP=1237;ReadPosRankSum=-0.544;SC=CCTCCTCTCCAGCCGGGCGCG;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=91;TCR=41;TR=84;WE=10426430;WS=10426412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,109:0.59:184
chr19	10426628	rs395782	T	C	4670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=4.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.425;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=103;PP=2925;ReadPosRankSum=1.783;SC=CAGCCTGCAGTAGAACCCTGG;SOR=0.419;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=204;TCF=51;TCR=153;TR=139;WE=10426636;WS=10426618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,215:0.70:305
chr19	10428790	rs12459144	C	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=255;SC=AAGACCAACCCCTGCCACCAC;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=10428798;WS=10428780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	10429120	rs281427	T	C	1158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=13;PP=445;SC=ATCTTCCCTCTGCCTCCCAGG;SOR=0.737;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=10429128;WS=10429110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	10431300	rs34942709	A	AG	1192.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.741;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=19;PP=855;ReadPosRankSum=1.020;SC=ATTTGGCCTTAGGGGACAGAG;SOR=0.838;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=26;WE=10431308;WS=10431290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,47:0.46:103
chr19	10432334	rs12983649	T	G	2763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.967;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=39;PP=1150;ReadPosRankSum=-1.277;SC=GGGGGCAGGGTGGCCCAGGGA;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=75;WE=10432342;WS=10432324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,130:0.63:207
chr19	10439225	rs144646475	C	CA	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=1.628;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,10:0.31:32
chr19	10441117	rs3181049	G	A	479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.310;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=130;ReadPosRankSum=1.729;SC=GCCCTGGCCCGCCCCATGGCC;SOR=0.388;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=15;WE=10441125;WS=10441107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,27:0.38:71
chr19	10444826	rs2278442	G	A	9036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=194;PP=2965;SC=GCAGCCCCGTGTTAGCTCACC;SOR=1.997;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=261;TCF=65;TCR=196;TR=258;WE=10444834;WS=10444816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,375:1.00:375
chr19	10446568	rs2304237	T	C	1089.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.48;ReadPosRankSum=-3.516;SOR=0.667;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,65:0.33:199
chr19	10449252	rs7257871	T	C	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.53;ReadPosRankSum=-1.632;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr19	10449358	rs7258015	T	C	899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.827;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.712;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=315;ReadPosRankSum=-0.531;SC=GTCGACTCACTGTACACGGTG;SOR=0.590;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=31;WE=10449366;WS=10449348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,49:0.42:117
chr19	10449392	rs2304240	A	G	1301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=586;ReadPosRankSum=0.735;SC=CTGTTATCTGAGAGCCATTGC;SOR=0.685;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=95;TCF=61;TCR=34;TR=42;WE=10449400;WS=10449382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,67:0.41:163
chr19	10449665	rs3176768	C	T	769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=4.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.047;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,43:0.34:127
chr19	10561261	.	A	AT	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.86;ReadPosRankSum=1.260;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,13:0.20:66
chr19	10625067	rs6511701	A	C	8538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=104;NR=88;PP=2965;SC=GTGCACAGATAGCGGCCAGGA;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=192;WE=10625075;WS=10625057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr19	10659737	rs12979378	C	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=1.929;SOR=0.625;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,91:0.27:343
chr19	10665691	rs10419405	T	C	1050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=8;PP=733;SC=CAACAAGAGGTTGACGGAGCC;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=31;WE=10665699;WS=10665681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	10665912	rs6146467	C	CCCGCCCTGCCCGCAGCGCACCTGGCT	6029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=2975;SC=CCCGAGGCTGCCCGCCCTGCC;SOR=1.843;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=27;WE=10665920;WS=10665902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	10666112	rs12459941	G	A	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.089;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=408;ReadPosRankSum=1.132;SC=TAGTCAAAACGGTAATGCCGC;SOR=0.549;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=42;TCF=9;TCR=33;TR=24;WE=10666120;WS=10666102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,38:0.63:60
chr19	10668383	rs3745256	T	C	3776.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=654;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.152;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=78;PP=1448;ReadPosRankSum=0.051;SC=GCCAGGCTGCTGGGCTATGCC;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=407;TCF=192;TCR=215;TR=145;WE=10668391;WS=10668373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:416,224:0.35:640
chr19	10668452	rs3745255	A	G	11916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=179;PP=2965;SC=CACCGGGTTCAAACACGGGCT;SOR=0.987;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=294;TCF=115;TCR=179;TR=293;WE=10668460;WS=10668442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,439:1.00:439
chr19	10668673	rs1982074	A	G	5002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=82;PP=2633;ReadPosRankSum=0.262;SC=CTCACAGTGCAGCTCCTGCTG;SOR=0.669;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=97;TCR=113;TR=153;WE=10668681;WS=10668663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,224:0.68:328
chr19	10668953	rs875569	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=-1.695;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:155,48:0.24:203
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chr19	10670184	rs3826709	C	G	4507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.983;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=57;PP=2361;ReadPosRankSum=-2.533;SC=TGCTTGAGCTCTTCCTGCTTC;SOR=0.539;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=226;TCF=140;TCR=86;TR=141;WE=10670192;WS=10670174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,201:0.59:339
chr19	10670992	rs3745249	C	T	1014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=-0.316;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,66:0.31:211
chr19	10671664	rs7259124	T	C	3744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=27;PP=1428;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TCAGCGACCATGCGTGAGAAC;SOR=0.747;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=95;TCR=44;TR=89;WE=10671672;WS=10671654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,169:0.66:256
chr19	10672493	rs12984043	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.275;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=36;PP=709;ReadPosRankSum=0.143;SC=GAAGTCTCCCCGTCTGAGTTC;SOR=0.950;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=144;TCF=52;TCR=92;TR=47;WE=10672501;WS=10672483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,61:0.36:169
chr19	10673302	rs35523350	C	A	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=475;ReadPosRankSum=-0.860;SC=AGCCACCATGCCCGGCCCAGG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=29;TCR=5;TR=25;WE=10673310;WS=10673293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,34:0.68:50
chr19	10673340	rs12977138	C	T	602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=214;ReadPosRankSum=0.510;SC=TCTCCTGCCCCTAAGACCCCC;SOR=0.620;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=18;WE=10673348;WS=10673330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,31:0.38:81
chr19	10676311	rs35247747	TC	T	816.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=468;ReadPosRankSum=-1.685;SC=GGTTGGGGGTTCCCCCCCGTC;SOR=0.395;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=21;WE=10676319;WS=10676301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr19	10676343	rs3745246	A	T	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=15.088;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=4;PP=378;ReadPosRankSum=0.845;SC=CGGGGTGCAGAGGGGGGCTTG;SOR=2.295;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=86;TCF=62;TCR=24;TR=28;WE=10676351;WS=10676333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,29:0.29:101
chr19	10676423	rs3745245	G	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FS=0.534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=1.051;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,63:0.25:253
chr19	10676487	rs34864064	G	GCC	2343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.413;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=50;PP=926;ReadPosRankSum=1.139;SC=CAGACGGGATGCCCCCCCCCA;SOR=1.035;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=235;TCF=83;TCR=152;TR=72;WE=10676495;WS=10676477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:361,103:0.22:464
chr19	10676681	rs3218222	T	C	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=403;ReadPosRankSum=0.104;SC=GGCATGGCGGTTCTGTGGCCC;SOR=0.235;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=75;TCF=5;TCR=70;TR=22;WE=10676689;WS=10676671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,27:0.31:87
chr19	10679067	rs33926515	GAGA	G	1050.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.21;MQRankSum=2.087;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.974;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,32:0.32:100
chr19	10679240	rs1968445	C	G	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=71;PP=2344;SC=GCACCAGCTCCCGGTGCAGAA;SOR=0.898;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=119;WE=10679248;WS=10679230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	10685859	rs1560712	G	C	2904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=56;PP=1649;SC=GAGATACCATGTCTACAAAAA;SOR=1.274;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=83;WE=10685867;WS=10685849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	10687757	rs7252007	T	C	2969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=27;PP=1882;SC=TCATGAGCCATCACACCTGAC;SOR=1.675;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=92;TCF=65;TCR=27;TR=91;WE=10687765;WS=10687747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	10689518	rs73018654	G	A	1164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=17;PP=641;ReadPosRankSum=1.214;SC=GTGAGCCACCGCACCCACCCG;SOR=0.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=68;TCF=43;TCR=25;TR=45;WE=10689526;WS=10689508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,54:0.61:89
chr19	10689691	.	CT	C	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.950;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.07;ReadPosRankSum=0.035;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
chr19	10690321	rs73018660	C	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.702;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.32;ReadPosRankSum=1.319;SOR=1.119;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,8:0.30:27
chr19	10690557	rs10426276	G	C	3093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=39;PP=1304;SC=GTGGAGAGTGGAGAGTGACCC;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=27;TCR=39;TR=66;WE=10690565;WS=10690547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	10692000	rs1045361	T	C	2383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.960;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=32;PP=995;ReadPosRankSum=0.370;SC=CTGGCATTCCTGACAGAAACA;SOR=0.342;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=124;TCF=77;TCR=47;TR=74;WE=10692008;WS=10691990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,113:0.63:179
chr19	10692117	rs2304161	T	C	5002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.878;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=68;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.661;SC=CTCCGTCTCCTGCAGCCAGGC;SOR=0.816;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=233;TCF=131;TCR=102;TR=160;WE=10692150;WS=10692107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,227:0.66:344
chr19	10692129	rs2304160	G	A	5163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=66;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.002;SC=CAGCCAGGCCGTGGAAGGGGT;SOR=0.955;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=240;TCF=137;TCR=103;TR=165;WE=10692150;WS=10692107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,238:0.67:354
chr19	10694239	rs11085739	A	G	1988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.55;ReadPosRankSum=-2.295;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,51:0.63:81
chr19	10694244	rs11085740	C	T	2029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.88;ReadPosRankSum=-1.711;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
chr19	10697773	rs75323740	A	G	1236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=21;PP=688;ReadPosRankSum=0.195;SC=GTGTTCCCAGACCTCTTCCTG;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=162;TCF=98;TCR=64;TR=53;WE=10697781;WS=10697763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,77:0.29:262
chr19	10697801	rs75192074	G	T	2038.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.866;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=25;PP=745;ReadPosRankSum=-0.274;SC=CGGAGGGGTCGCCCCTGAATC;SOR=0.764;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=207;TCF=118;TCR=89;TR=63;WE=10697809;WS=10697791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,123:0.31:392
chr19	10738639	rs3087969	C	T	5914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=62;NR=73;PP=2302;SC=ACCCCACTGACAGCCGGGGCG;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=63;TCR=75;TR=135;WE=10738647;WS=10738629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	10741622	rs12710257	A	G	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=16;PP=998;SC=CGGAGGTTGCAGTGAGCCGAG;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=55;WE=10741630;WS=10741612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
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chr19	10742170	rs2288904	A	G	5433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=74;NR=71;PP=2965;SC=GAGGTGCTTCAAGATGGTGAC;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=145;WE=10742178;WS=10742160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	10742287	rs1560711	C	T	7788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=119;NR=69;PP=2965;SC=TGGTGCCATCCTCTGCTCCAT;SOR=1.131;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=193;TCF=120;TCR=73;TR=188;WE=10742295;WS=10742277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr19	10742443	rs1560710	C	T	12385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=173;PP=2965;SC=TATTGGCGCACCGCGCCAGGG;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=340;TCF=166;TCR=174;TR=338;WE=10742451;WS=10742433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,462:1.00:462
chr19	10742463	rs1560709	G	T	12383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=174;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.939;SC=GTCTCACTTTGCTGGGTGGGA;SOR=0.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=163;TCR=174;TR=336;WE=10742471;WS=10742453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,458:1.00:459
chr19	10745764	rs2163832	T	C	6424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=103;NR=82;PP=2601;ReadPosRankSum=1.130;SC=GGGGCCAGGGTGCCAGGGGCC;SOR=0.707;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=271;TCF=151;TCR=120;TR=185;WE=10745772;WS=10745754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,294:0.69:424
chr19	10748820	rs3859514	T	C	3446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.561;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=60;PP=1808;ReadPosRankSum=1.416;SC=GATTTCTGTCTTCTGTGATGA;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=145;TCF=61;TCR=84;TR=102;WE=10748828;WS=10748810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,151:0.71:212
chr19	10751769	rs111569642	G	GA	282.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.976;NF=3;NR=6;PP=107;ReadPosRankSum=-1.454;SC=TCTCAGGAGGGAAAAAAAAAA;SOR=0.773;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=9;WE=10751777;WS=10751759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,20:0.48:42
chr19	10752968	rs10405617	A	G	2746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FS=1.176;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.33;ReadPosRankSum=-1.340;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,136:0.66:206
chr19	10793749	rs2738039	A	G	765.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.086;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=506;ReadPosRankSum=0.888;SC=CTCCCATGTGACTGGAATGCC;SOR=0.307;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=31;WE=10793757;WS=10793739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,33:0.73:45
chr19	10794630	rs2229383	G	T	6742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.202;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=103;PP=2767;ReadPosRankSum=-0.737;SC=GAGGCAACTCGGCGACAGCAG;SOR=0.816;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=279;TCF=126;TCR=153;TR=182;WE=10794638;WS=10794620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,309:0.69:445
chr19	10794793	rs892087	C	T	618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=3.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=510;ReadPosRankSum=-0.414;SC=AGACGGCCCTCGACCCCCACC;SOR=0.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=7;TCR=41;TR=26;WE=10794801;WS=10794783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,26:0.55:47
chr19	10818092	rs892085	G	A	5186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=93;PP=2584;ReadPosRankSum=-0.331;SC=GGGATATGTGGTGGGAGGGGA;SOR=0.681;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=112;TCR=153;TR=161;WE=10818100;WS=10818082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,228:0.64:359
chr19	10824435	rs35323929	CT	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.081;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr19	10883126	rs3826803	C	G	2325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=-2.761;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,107:0.66:162
chr19	10883366	.	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=281;ReadPosRankSum=-0.180;SC=ACAGTGCTATGGGTGAGCCTG;SOR=0.527;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=14;WE=10883374;WS=10883356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,19:0.66:29
chr19	10907286	rs34516961	A	G	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=10;PP=407;ReadPosRankSum=-1.827;SC=GCATTCTCAGACTTCCCTGGA;SOR=0.663;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=81;TCF=54;TCR=27;TR=28;WE=10907294;WS=10907276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,43:0.32:135
chr19	10961273	rs11085749	G	A	901.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.444;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=26;PP=499;ReadPosRankSum=1.064;SC=TCTCACTGCCGGGGGCTTAAT;SOR=0.943;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=134;TCF=55;TCR=79;TR=43;WE=10961281;WS=10961263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,61:0.28:215
chr19	10970558	rs8100581	A	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=9;PP=902;SC=GGCAACCCTGATCCCTGTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=41;WE=10970566;WS=10970548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	11019994	rs4804546	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.429;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=197;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TTTATCTCAGTTACTGCAGAG;SOR=0.990;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=14;WE=11020002;WS=11019984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,15:0.37:41
chr19	11020081	rs12976693	T	C	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.984;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=55;ReadPosRankSum=1.014;SC=CACTCCAGCCTGGGCGACAGA;SOR=1.609;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=5;WE=11020089;WS=11020071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr19	11027626	rs2304088	C	A	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.493;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.119;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=4;PP=59;ReadPosRankSum=-1.654;SC=GCACACAGCACACATGCAATA;SOR=0.111;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=7;WE=11027634;WS=11027616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chr19	11031464	rs2288842	C	G	4554.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.549;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=79;PP=2164;ReadPosRankSum=-1.513;SC=GGCGCCCCGGCCCTGCAACCC;SOR=0.627;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=466;TCF=252;TCR=214;TR=163;WE=11031472;WS=11031454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:495,252:0.34:747
chr19	11038843	rs892010	G	C	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=15;PP=506;SC=TAGGGTTGACGCTGGGATGGG;SOR=1.214;SbPval=0.07;Source=Platypus;TC=45;TCF=14;TCR=31;TR=29;WE=11038851;WS=11038833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	11105608	rs7935	T	C	2018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FS=0.863;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.624;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,118:0.35:340
chr19	11106600	rs11672232	C	T	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=1.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=1.386;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,38:0.46:82
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chr19	11107133	rs2304087	T	C	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.70;ReadPosRankSum=0.936;SOR=0.554;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,75:0.32:238
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chr19	11168896	rs8104480	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.415;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=0;PP=325;ReadPosRankSum=-0.239;SC=GGGTGGGCGGACTCGGGGGTG;SOR=1.430;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=103;TCF=80;TCR=23;TR=29;WE=11168904;WS=11168886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,37:0.37:100
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chr19	11221454	rs2738442	T	C	16337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=635;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,630:1.00:630
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chr19	11233941	rs5927	A	G	7772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.830;SC=CAACCACCCGACCTGTTCCCG;SOR=0.787;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=346;TCF=166;TCR=180;TR=213;WE=11233949;WS=11233931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:219,368:0.63:587
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chr19	11238807	rs2738460	C	T	1644.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=33;PP=775;ReadPosRankSum=2.817;SC=CACAGCCTCCCGCTATGTGAC;SOR=0.458;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=46;WE=11238815;WS=11238797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,74:0.76:98
chr19	11241877	rs2116897	G	A	1456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.555;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=742;ReadPosRankSum=-0.732;SC=CCAGGCCCAGGAGGTGAGAAG;SOR=1.045;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=83;TCF=55;TCR=28;TR=47;WE=11241885;WS=11241867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,67:0.58:115
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chr19	11242307	rs2738464	G	C	197.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=4;PP=83;SC=GATGAAAGGGGAGGGGATGTC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=11242315;WS=11242297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	11257756	rs71164155	C	CA	186.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.214;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.38;ReadPosRankSum=1.898;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr19	11258584	rs58845884	CAAAAAAA	C	5494.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FS=2.720;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=3.645;QD=15.48;ReadPosRankSum=-1.427;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:152,203:0.57:355
chr19	11258593	rs372171481	AAAAAAAAAAAAAAG	A	517.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FS=2.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=-1.776;QD=1.32;ReadPosRankSum=1.413;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,86:0.22:393
chr19	11266584	rs892114	A	G	83.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.46;ReadPosRankSum=-1.959;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
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chr19	11285390	rs440677	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=32;PP=944;SC=TCAGGTGGGAGAGGATGTGAG;SOR=3.321;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=11285398;WS=11285380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr19	11325417	rs2163830	A	G	1414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=36;PP=1079;SC=CCCAGGGGGCACTGGCTCCCT;SOR=2.400;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=43;WE=11325425;WS=11325407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	11325924	rs11673129	C	G	1693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=6;PP=1200;SC=CGGCCCATGCCCGGCTAATTT;SOR=3.407;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=49;TCR=6;TR=55;WE=11325932;WS=11325918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	11326119	rs2304155	A	G	17490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.40;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr19	11326125	rs2304154	C	T	17029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.93;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr19	11326629	rs10403991	C	A	3119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=51;PP=1479;SC=ACTGGGGTTCCAGGCTGACTC;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=11326637;WS=11326619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	11327571	rs4804150	C	T	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.179;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=8;PP=495;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TCCATCATCTCCTGCCCACGC;SOR=1.165;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=36;WE=11327579;WS=11327561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,56:0.37:152
chr19	11327608	rs4804151	T	C	11398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.01;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr19	11327626	rs4804152	A	G	12176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=99;NR=68;PP=2882;SC=GGTACAGCAAATCCAACAGAC;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=168;TCF=99;TCR=69;TR=167;WE=11327634;WS=11327616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr19	11332505	rs3826815	C	T	4336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.471;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,204:0.63:322
chr19	11332570	rs3810307	T	A	4813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.333;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=71;PP=2287;ReadPosRankSum=0.620;SC=GTGCAATCGATAGCAGTGGCA;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=105;TCR=110;TR=141;WE=11332578;WS=11332560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,223:0.65:343
chr19	11333358	rs12971537	GA	TT	1082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=457;ReadPosRankSum=0.308;SC=GAGATGGACTGAAGGTGAGAG;SOR=0.723;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=16;WE=11333367;WS=11333348;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,26:0.67:39
chr19	11333596	rs3810308	T	C	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.175;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=25;PP=807;ReadPosRankSum=-0.557;SC=AGGAGAGGGGTGGCCATCAGT;SOR=0.823;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=87;TCF=48;TCR=39;TR=59;WE=11333604;WS=11333586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,104:0.68:153
chr19	11342785	rs202054440	A	AG	378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=499;ReadPosRankSum=0.031;SC=TAGGTTAGTCAGATGCAGCCA;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=14;WE=11342793;WS=11342775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,13:0.57:23
chr19	11343795	rs17699089	A	G	121.28	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=-1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.6128;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=96;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GTTGTTTCCCATGCTTCATCA;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=8;WE=11343803;WS=11343785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chr19	11346252	rs6511729	A	C	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.146;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.945;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=993;ReadPosRankSum=-0.141;SC=TTCTCGTCTCACAGGGATTTC;SOR=0.860;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=109;TCF=67;TCR=42;TR=66;WE=11346260;WS=11346242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,97:0.58:168
chr19	11347493	rs737337	T	C	3414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.816;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=44;PP=1165;ReadPosRankSum=-1.096;SC=AGGACACGGCTGTGAGCTCCA;SOR=0.810;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=182;TCF=97;TCR=85;TR=97;WE=11347501;WS=11347483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,174:0.53:328
chr19	11348521	rs3745683	G	A	966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.349;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=627;ReadPosRankSum=-0.188;SC=CATCACCTCTGCCATGCCACG;SOR=0.418;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=39;WE=11348529;WS=11348511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,43:0.67:64
chr19	11358700	rs4804579	T	C	2363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.392;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.136;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=33;PP=960;ReadPosRankSum=-1.950;SC=CCCATGTGGTTGCTTCACGCA;SOR=0.598;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=70;WE=11358708;WS=11358690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,114:0.59:192
chr19	11358799	rs12978266	G	A	637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,40:0.32:124
chr19	11363146	rs8113582	A	T	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=29;PP=1370;SC=GCTGCCCCTAAGTCAGACTCA;SOR=1.009;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=11363154;WS=11363136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	11422998	rs56982210	TA	T	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.794;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
chr19	11436302	rs56363898	A	AG	1918.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=26;PP=1140;SC=AAGACCCCTGAGGGCAGAGTC;SOR=1.316;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=32;TCF=2;TCR=30;TR=27;WE=11436310;WS=11436292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	11446520	rs3816864	T	G	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.560;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=25;PP=532;ReadPosRankSum=0.769;SC=ACCCCTGTCTTAGAGGGGCAC;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=83;TCF=23;TCR=60;TR=35;WE=11446528;WS=11446510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,46:0.38:122
chr19	11459260	rs12976608	T	C	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=3.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=-0.270;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,36:0.23:155
chr19	11464003	rs12975236	C	G	262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.792;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=197;ReadPosRankSum=-1.396;SC=GTCTCAATCTCCTGACCTCGT;SOR=1.473;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=12;WE=11464011;WS=11463993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	11465129	rs7251786	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.112;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.379;SOR=0.959;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,16:0.20:81
chr19	11465316	rs6887	G	C	1392.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=1.512;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.63;ReadPosRankSum=-0.961;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,89:0.30:301
chr19	11473415	rs12983706	C	T	2504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.652;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=55;PP=1343;ReadPosRankSum=0.837;SC=CACCAGCTCTCTGACCCAAGA;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=43;TCR=75;TR=86;WE=11473423;WS=11473405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,112:0.70:160
chr19	11495343	.	TTCTCTC	T	346.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;ClippingRankSum=0.000;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.561;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
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chr19	11526765	rs167479	G	T	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.787;HP=5;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.98;MQRankSum=-0.777;NF=16;NR=24;PP=1191;ReadPosRankSum=-0.320;SC=ATGGGCAGGGGGGTCTCGGAA;SOR=0.603;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=40;WE=11526773;WS=11526749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,58:0.61:95
chr19	11529958	rs1549168	C	T	527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=175;ReadPosRankSum=-0.432;SC=GCTCCATGGCCGGCGCCCGTC;SOR=0.655;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=18;WE=11529966;WS=11529948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,30:0.34:89
chr19	11534503	.	TGG	T,TG	2399.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=2.542;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.12;MQRankSum=0.258;QD=28.91;ReadPosRankSum=-1.257;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,55,25:0.66,0.30:83
chr19	11537603	rs35061520	G	A	3938.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=50;PP=1699;ReadPosRankSum=-0.960;SC=GTTCCGCATGGTCTGGAGAGC;SOR=0.658;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=169;TCF=91;TCR=78;TR=109;WE=11537611;WS=11537593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,176:0.65:271
chr19	11541685	rs34095	G	A	3029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=64;PP=1280;ReadPosRankSum=0.252;SC=ATCCACCGCCGCGGGAACCCT;SOR=0.819;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=292;TCF=132;TCR=160;TR=111;WE=11541693;WS=11541675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:317,178:0.36:495
chr19	11541712	rs34094	T	C	9733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr19	11558240	rs186375	T	C	8436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=70;PP=2844;SC=CCGACCGCACTGCTCACCCGC;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=101;TCR=71;TR=171;WE=11558248;WS=11558230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr19	11558340	.	AGAGGAG	A	2203.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.899;ClippingRankSum=0.000;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.252;HP=1;HapScore=3;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=2.192;NF=7;NR=39;PP=2992;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CGTCGCCCACAGAGGAGGAGG;SOR=0.591;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=109;TCF=9;TCR=100;TR=46;WE=11558356;WS=11558330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,65:0.37:174
chr19	11558388	.	AGAG	A	792	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=23;MQ=60.07;NF=6;NR=37;PP=792;QD=18.7674418605;SC=AGGCTGAAGAAGAGGAGGAGG;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=95;TCF=10;TCR=85;TR=43;WE=11558398;WS=11558378;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:52,43:0.45:95
chr19	11565264	.	T	TTC	113	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MMLQ=25;MQ=59.72;NF=8;NR=0;PP=113;QD=15.0;SC=CTTGGGCCCCTTCTCTCTCTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=8;WE=11565273;WS=11565254;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:21,8:0.28:29
chr19	11565284	rs35334288	TTC	T	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=1.270;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,9:0.22:40
chr19	11617344	rs71166605	CT	C	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=2.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.656;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,26:0.74:35
chr19	11624491	rs4804168	C	G	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=13;PP=1408;SC=AAGAGGGATTCGGAGAGGGAG;SOR=2.129;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=58;WE=11624499;WS=11624481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	11660002	.	C	CA	136	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=0.5077;HP=9;HapScore=4;MGOF=11;MMLQ=24;MQ=59.6;NF=8;NR=2;PP=136;QD=15.0;SC=GACTCCGTCTCAAAAAAAAAT;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=36;TCF=32;TCR=4;TR=10;WE=11660020;WS=11659992;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:26,10:0.28:36
chr19	11660012	rs8100751	T	A	518.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=2.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=0.108;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,26:0.84:31
chr19	11687277	.	A	C	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.073;ClippingRankSum=0.000;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.99;ReadPosRankSum=-1.092;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,36:0.24:150
chr19	11688200	rs2071485	G	A	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=22;PP=546;SC=TGAGACCCCCGCCTGCCCTGA;SOR=1.556;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=11688208;WS=11688190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	11708361	rs11551815	C	T	3899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=30;PP=1783;SC=CAAGGTGTCTCCGCCGCAGCC;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=64;TCR=30;TR=94;WE=11708369;WS=11708351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	11708464	rs72997090	G	C	6996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=76;PP=2657;SC=GAGGGGTCAGGCGTCCCCAGA;SOR=0.785;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=142;WE=11708472;WS=11708454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	11725761	rs5827132	AT	A	260.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.671;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.539;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr19	11725823	rs1969533	A	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	11725826	rs3923752	A	G	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	11727384	rs4411616	G	C	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=76;SC=GTTCACGCCTGGGCAACATAG;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=11727392;WS=11727380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	11727503	rs4545929	T	C	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=9;PP=1160;SC=CTCATTTTTCTGACAAGTCAT;SOR=2.602;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=47;TCR=9;TR=55;WE=11727511;WS=11727493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	11728802	rs4804611	A	G	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=52;PP=1448;SC=AAGGATTCACAGTGGAGAAAG;SOR=4.174;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=6;TCR=52;TR=58;WE=11728810;WS=11728792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	11833390	rs144085286	C	T	8680.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=123;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=0.928;SC=CATGTGTCTTCGAAAGCTTGT;SOR=0.683;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=366;TCF=186;TCR=180;TR=249;WE=11833398;WS=11833380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:220,402:0.65:622
chr19	11878095	rs384148	T	G	4754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=57;NR=69;PP=2598;SC=TGGCACCAGGTCTTCCCCGCC;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=57;TCR=69;TR=126;WE=11878103;WS=11878085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	11889347	rs371134	C	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=12;PP=279;SC=GATCATAGCTCGCTGTAGCCT;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=11889355;WS=11889337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	11890921	rs33949590	C	T	4337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=71;NR=45;PP=2125;SC=GTATTGTGAACGAGAAAATAC;SOR=1.078;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=116;WE=11890929;WS=11890911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	11891003	rs799193	G	A	7282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=104;NR=73;PP=2965;SC=TAATTGCTACGTTAGAGTTGA;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=105;TCR=74;TR=177;WE=11891011;WS=11890993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr19	11918093	rs71166630	AT	A	1841.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=43;PP=1421;SC=GAGAAATGCTATTTTTTAATT;SOR=1.739;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=56;TCF=3;TCR=53;TR=46;WE=11918101;WS=11918083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	11941221	rs424132	T	A	10801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=145;NR=170;PP=2965;SC=CCTGACCTCTTTAGGTAAGGA;SOR=0.867;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=320;TCF=145;TCR=175;TR=315;WE=11941229;WS=11941211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr19	11941256	rs421355	A	G	8530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=156;PP=2965;SC=CCCTCAGTCCATTAGTGAACC;SOR=1.085;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=261;TCF=104;TCR=157;TR=260;WE=11941264;WS=11941246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr19	11941363	rs2545810	G	A	3252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=41;NR=63;PP=2287;SC=AATCATGGGCGTAGAATCTAA;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=104;WE=11941371;WS=11941353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	11941532	rs35392612	C	G	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=66;PP=2072;SC=TCTCTCTAGACAATCTTAGAA;SOR=0.994;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=47;TCR=66;TR=113;WE=11941540;WS=11941522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	11941617	rs410885	G	A	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=31;PP=853;SC=TAGAATATTTGATCAAAAAAC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=11941625;WS=11941607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	11942362	rs427880	A	G	18303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=260;NR=186;PP=2965;SC=TTTAATATGAACATCAGAGGT;SOR=0.960;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=448;TCF=260;TCR=188;TR=446;WE=11942370;WS=11942352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,681:1.00:681
chr19	11942615	rs394416	A	C	10767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=395;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;PP=2965;SC=GTGGGAAAGCATTCCATTGTC;SOR=0.938;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=129;WE=11942623;WS=11942605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,389:1.00:389
chr19	11942771	rs436411	G	A	14535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=190;NR=170;PP=2965;SC=AATATCAGGAGTGTGGGAAAG;SOR=0.789;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=362;TCF=191;TCR=171;TR=360;WE=11942779;WS=11942761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr19	11943697	rs400106	G	A	10610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=133;NR=138;PP=2965;SC=ATGGAGAGAAGCCCTATGCAT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=271;TCF=133;TCR=138;TR=271;WE=11943705;WS=11943687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,403:1.00:403
chr19	11943823	rs375049	G	A	6064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=107;PP=2965;SC=TATGTGGGAGGGGCTTTTATT;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=66;TCR=107;TR=172;WE=11943831;WS=11943813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	11943852	rs3745669	T	C	5540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=97;PP=2965;SC=TCATTTCAAATACATGAAAAA;SOR=0.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=69;TCR=98;TR=165;WE=11943860;WS=11943842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	12024208	rs34363657	C	CT	138.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.758;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr19	12058536	rs4804175	C	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=4.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=69;ReadPosRankSum=-1.147;SC=TATATTTAAACGTGACTGAGG;SOR=1.002;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=6;WE=12058544;WS=12058526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
chr19	12059645	rs12327617	A	G	1408.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.686;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=32;PP=967;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CAAATACATGAAAGAACTCAC;SOR=0.986;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=141;TCF=68;TCR=73;TR=55;WE=12059653;WS=12059635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,65:0.39:168
chr19	12140896	rs71166650	C	CA	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.962;QD=3.62;ReadPosRankSum=0.342;SOR=0.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr19	12154799	rs67102109	G	C	6697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.155;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=114;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.430;SC=TCTCCAGTGTGAGTCCTTTTA;SOR=0.824;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=316;TCF=169;TCR=147;TR=208;WE=12154807;WS=12154789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,298:0.64:468
chr19	12157334	rs4804176	T	G	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=12;PP=1818;SC=CATTGCACCTTTGTCTCATTT;SOR=2.864;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=60;TCR=12;TR=72;WE=12157342;WS=12157324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	12185102	rs7250239	G	A	2124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=57;PP=1393;ReadPosRankSum=-1.527;SC=CTAATGTCCCGTGAACATAGA;SOR=0.742;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=32;TCR=96;TR=76;WE=12185110;WS=12185092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,90:0.59:152
chr19	12186148	rs10424893	T	C	872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.64;ReadPosRankSum=1.105;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,44:0.54:82
chr19	12186611	rs7259684	A	G	4112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=63;PP=2208;ReadPosRankSum=-0.448;SC=GAAACCATATAAATGTAAACA;SOR=0.617;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=101;TCR=107;TR=123;WE=12186619;WS=12186601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,180:0.65:277
chr19	12186761	rs7259845	A	G	3694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.510;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=66;PP=1898;ReadPosRankSum=-0.323;SC=AAGAACTCACACTGGAGAGAA;SOR=0.741;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=191;TCF=92;TCR=99;TR=122;WE=12186769;WS=12186751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,173:0.63:273
chr19	12186857	rs6511763	G	C	3724.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.026;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=66;PP=2159;ReadPosRankSum=1.576;SC=TGAGGAGAAGGCTTATGAATG;SOR=0.616;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=178;TCF=81;TCR=97;TR=122;WE=12186865;WS=12186847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,167:0.67:251
chr19	12187210	rs6511764	A	G	6723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.327;NF=113;NR=89;PP=2962;ReadPosRankSum=0.318;SC=TAAGCAGTGTAGTAAAGCCTT;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=306;TCF=170;TCR=136;TR=202;WE=12187218;WS=12187200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,293:0.69:422
chr19	12187861	rs10426017	T	G	3876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.457;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=59.97;MQRankSum=-1.037;NF=51;NR=59;PP=1799;ReadPosRankSum=0.291;SC=GAAACCATATTAATGTAAGGA;SOR=0.753;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=178;TCF=85;TCR=93;TR=110;WE=12187869;WS=12187851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,181:0.65:279
chr19	12187907	rs55703333	G	A	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.054;NF=46;NR=54;PP=1556;ReadPosRankSum=0.158;SC=GGTTCCTTTCGTAGACATAAA;SOR=0.784;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=160;TCF=77;TCR=83;TR=100;WE=12187915;WS=12187897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,143:0.64:223
chr19	12191161	.	C	CA	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.836;ClippingRankSum=-0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.58;MQRankSum=-0.000;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.563;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
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chr19	12402112	rs2458999	C	T	5672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=102;PP=2947;SC=TATAATTCAACCAAATACCTA;SOR=1.147;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=163;TCF=61;TCR=102;TR=163;WE=12402120;WS=12402102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr19	12405552	rs386901	T	C	19715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=204;NR=173;PP=2965;SC=ACTCCCGTAGTCAGGGTAGGT;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=378;TCF=204;TCR=174;TR=377;WE=12405560;WS=12405542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,750:1.00:750
chr19	12491302	rs145317058	TTTC	T	17483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=141;PP=2969;SC=ATTCATAGAGTTTCTTCTCTC;SOR=0.806;Source=Platypus;TR=206;WE=12491312;WS=12491292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
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chr19	12491639	rs59301182	A	G	30263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=735;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=213;NR=245;PP=2965;SC=ACATTCATACAGTTTCTCCCC;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=461;TCF=215;TCR=246;TR=458;WE=12491647;WS=12491629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,730:1.00:730
chr19	12491654	rs57371898	C	T	28498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=656;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=200;NR=234;PP=2965;SC=CTCCCCAGTACGTGTTCTTTC;SOR=0.799;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=435;TCF=201;TCR=234;TR=434;WE=12491662;WS=12491644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,651:1.00:651
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chr19	12503096	rs62111330	A	G	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=9.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.54;MQRankSum=0.062;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.826;SOR=0.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,18:0.24:76
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chr19	12540818	rs28438452	G	C	557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.690;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.441;NF=23;NR=0;PP=487;ReadPosRankSum=1.398;SC=AGGTATCAAGGGATGACTGTA;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=23;WE=12540826;WS=12540809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,22:0.79:28
chr19	12541214	rs7256321	G	T	5779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-11.662;NF=91;NR=86;PP=2730;ReadPosRankSum=3.393;SC=ACCACATTGTGGACATTCATA;SOR=0.742;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=254;TCF=127;TCR=127;TR=177;WE=12541222;WS=12541204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,262:0.69:382
chr19	12541532	rs10422063	C	A	21856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.65;QD=43.28;SOR=0.737;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,505:1.00:505
chr19	12541532	.	CAGGCTTTCCCAA	AAGGCTTTCCCAA,AAGGCTTTCCTAC	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=25;MQ=57.68;NF=174,97;NR=176,109;PP=2962,2934;QD=20;SC=GAAATCAATACAGGCTTTCCC;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=354;TCF=175;TCR=179;TR=350,206;WE=12541555;WS=12541522;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:354
chr19	12541542	rs34507016	C	T	13264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.483;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=507;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-7.171;QD=26.21;ReadPosRankSum=3.386;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,330:0.65:506
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chr19	12541547	rs10402252	T	G	5949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=522;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.156;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=7.104;NF=67;NR=58;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.229;SC=TTTCCCAAGTTTGCATTTATA;SOR=0.720;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=360;TCF=182;TCR=178;TR=125;WE=12541555;WS=12541522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:342,178:0.34:520
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chr19	12542355	rs4804183	A	G	7519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.869;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=577;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.849;NF=129;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.680;SC=ATATGTAATAAACTGGGCCAA;SOR=0.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=411;TCF=227;TCR=184;TR=238;WE=12542371;WS=12542345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:239,337:0.59:576
chr19	12542653	rs4239550	TT	GA	20183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=801;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.544;HP=4;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.561;NF=138;NR=165;PP=2944;ReadPosRankSum=0.396;SC=GACCCATGACTTTTTCTCCTC;SOR=0.755;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=475;TCF=223;TCR=252;TR=303;WE=12542662;WS=12542643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:284,506:0.64:790
chr19	12542772	rs1134389	C	T	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.125;HP=5;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.872;NF=25;NR=49;PP=1034;ReadPosRankSum=-0.337;SC=TTACTTTCAACAAATCTCTCT;SOR=0.581;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=183;TCF=55;TCR=128;TR=74;WE=12542780;WS=12542762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,87:0.38:228
chr19	12542828	rs4804691	G	A	1192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.216;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.61;MQRankSum=0.528;QD=18.07;ReadPosRankSum=1.124;SOR=2.509;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,41:0.62:66
chr19	12542848	rs4804692	G	C	1875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.68;QD=46.89;SOR=7.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr19	12542852	rs148948402	T	C	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.66;MQRankSum=1.074;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.601;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr19	12542870	rs76308383	A	G	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.36;MQRankSum=-1.112;QD=16.19;ReadPosRankSum=-0.583;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,12:0.60:20
chr19	12542891	rs140908232	G	A	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.00;QD=37.21;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	12542904	rs78266625	C	T	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.823;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.48;MQRankSum=1.645;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr19	12543121	rs74181652	C	G	2211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.330;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-7.062;NF=47;NR=27;PP=972;ReadPosRankSum=1.729;SC=TTCTTTGCTTCTTTTTAAATT;SOR=0.485;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=70;TCR=41;TR=74;WE=12543129;WS=12543111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,106:0.71:150
chr19	12543251	rs138584869	A	C	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=6.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.422;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-10.008;NF=9;NR=37;PP=788;ReadPosRankSum=-1.693;SC=CCATTTCATTACTAAAAGGTA;SOR=2.208;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=131;TCF=47;TCR=84;TR=46;WE=12543259;WS=12543241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,40:0.28:141
chr19	12543333	rs3979432	C	T	348.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.52;MQRankSum=2.047;QD=23.20;ReadPosRankSum=-0.607;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr19	12543866	rs138105074	A	G	742.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.27;MQRankSum=-2.346;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.985;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,46:0.41:111
chr19	12551616	rs35084134	C	G	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.781;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.488;NF=33;NR=12;PP=657;ReadPosRankSum=0.173;SC=GGACCCGGGTCCGTAGATCCC;SOR=0.818;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=117;TCF=92;TCR=25;TR=45;WE=12551624;WS=12551609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,46:0.35:132
chr19	12551671	rs11878378	G	T	8267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=2.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-2.158;QD=27.20;ReadPosRankSum=0.243;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,202:0.66:304
chr19	12551674	rs11878523	C	A	8267.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FS=2.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-2.141;QD=26.41;ReadPosRankSum=0.072;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,209:0.67:313
chr19	12551715	rs11881297	A	C	16303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=620;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=212;NR=153;PP=2965;SC=ACGCCGGCCCAGCACACGCAC;SOR=0.868;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=368;TCF=214;TCR=154;TR=365;WE=12551723;WS=12551705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,618:1.00:618
chr19	12551789	rs3745658	A	C	9815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FS=1.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.549;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:225,464:0.67:689
chr19	12551895	rs3745657	A	T	2648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.155;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=70;PP=1620;ReadPosRankSum=-0.590;SC=TCAACCACACACACTTCTCTG;SOR=0.934;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=149;TCF=39;TCR=110;TR=89;WE=12551903;WS=12551885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,113:0.64:177
chr19	12574740	rs60000717	CAAA	C	1063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.71;ReadPosRankSum=0.371;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,43:0.88:49
chr19	12576049	rs7259240	G	A	1728.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FS=0.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.889;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:227,103:0.31:330
chr19	12576573	rs10404972	G	A	353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.871;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=257;ReadPosRankSum=-0.138;SC=AAAACAAAACGCACAATTAGT;SOR=2.012;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=16;WE=12576581;WS=12576563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,16:0.48:33
chr19	12661335	rs2861411	C	T	190.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=1;PP=101;SC=CCGGTCGTGGCGGCGCATGCC;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=12661343;WS=12661325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	12662318	rs79749579	G	GC	7160.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.141;NF=13;NR=97;PP=2973;ReadPosRankSum=0.027;SC=GTTGAACATTGCCCCTGTCCC;SOR=1.052;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=14;TCR=106;TR=110;WE=12662326;WS=12662308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,225:0.99:227
chr19	12662372	rs73002324	A	T	756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.730;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=502;ReadPosRankSum=-0.975;SC=TTCCCGCCCCAGTGCCCCTGA;SOR=1.069;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=102;TCF=30;TCR=72;TR=35;WE=12662380;WS=12662362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,42:0.35:119
chr19	12694089	rs12461643	T	G	2480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.160;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=18;PP=1640;ReadPosRankSum=0.736;SC=TCCTGACCTCTTAATCCGCCC;SOR=2.334;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=68;TCR=18;TR=86;WE=12694097;WS=12694079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,94:0.99:95
chr19	12707904	rs1864082	T	C	3692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=29;PP=1803;SC=GGTCTTCCCATAGCCGGTTCC;SOR=1.335;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=87;WE=12707912;WS=12707894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	12707978	rs1864081	G	A	8736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=101;NR=86;PP=2965;SC=CTCGGCTTACGGAGGCTCCAG;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=188;TCF=102;TCR=86;TR=187;WE=12707986;WS=12707968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr19	12720631	rs8100964	C	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=126;SC=ATAATAGACACTGGAGATGCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=12720639;WS=12720621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	12760287	rs12984441	A	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=98;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=16;PP=723;SC=CTGGCTCCCCAACTCTTTTTT;SOR=1.382;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=20;WE=12760295;WS=12760277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	12760664	rs3815914	T	C	534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.15;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	12763350	rs71168621	C	CT	741.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.02;ReadPosRankSum=0.925;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chr19	12768391	rs73002392	G	A	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.69;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	12876278	rs1205169	C	A	1183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.092;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=31;PP=668;ReadPosRankSum=0.441;SC=GAAAAGAAAGCAGGCCAGGCG;SOR=0.505;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=129;TCF=35;TCR=94;TR=46;WE=12876286;WS=12876268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,63:0.36:176
chr19	12908142	.	C	CT	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.314;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=1.033;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr19	12911252	rs35372151	CA	C	487.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.776;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=172;ReadPosRankSum=-1.230;SC=TCACCCACCCCACCCTGGGTT;SOR=0.330;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=6;WE=12911260;WS=12911242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr19	12939792	rs1466306	T	C	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=29;PP=920;SC=CCCTGTGAGCTAGGGTCTTGG;SOR=1.034;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=12939800;WS=12939782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	12958360	rs2290689	T	C	3431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.646;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=61;PP=1409;ReadPosRankSum=1.305;SC=GGTTACATCTTGGGGCGGGGG;SOR=0.812;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=162;TCF=70;TCR=92;TR=105;WE=12958368;WS=12958350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,161:0.67:242
chr19	12958697	rs2290688	T	C	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.220;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=33;PP=1696;ReadPosRankSum=-1.161;SC=TGCGCGACTTTACCCGCGCCT;SOR=0.456;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=162;TCF=113;TCR=49;TR=101;WE=12958705;WS=12958687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,145:0.65:223
chr19	12962648	rs7250751	A	G	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.311;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=370;ReadPosRankSum=1.343;SC=CACCTGTAAGATGGGACAGTA;SOR=0.489;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=24;WE=12962656;WS=12962638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr19	12963143	rs1078264	T	C	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=60;PP=1372;ReadPosRankSum=1.919;SC=CCTCCCTAGATGTGGTGCATC;SOR=0.740;Source=Platypus;TCF=38;TR=88;WE=12963151;WS=12963133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,125:0.71:177
chr19	12963285	rs2077544	C	T	244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-2.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.858;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=406;ReadPosRankSum=-0.464;SC=GGCTTCTTTGCCCTCAGGCTT;SOR=1.492;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=24;WE=12963293;WS=12963275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr19	12975599	rs2242512	G	A	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.944;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.791;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=20;PP=1137;ReadPosRankSum=-1.044;SC=CCCTTTTTATGCGGGCCCATT;SOR=0.810;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=75;TCR=29;TR=71;WE=12975607;WS=12975589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,81:0.68:119
chr19	12976481	rs150724539	AAAC	A	5759.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=1.405;QD=26.06;ReadPosRankSum=0.010;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,149:0.67:221
chr19	12981477	rs141671785	C	CA	186.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=9.229;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.000;QD=5.66;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,18:0.55:33
chr19	12985576	rs11085822	A	G	7773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.277;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.404;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=125;NR=109;PP=2962;ReadPosRankSum=2.334;SC=TCTTGGGCTCAGGCACCAAGC;SOR=0.578;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=366;TCF=185;TCR=181;TR=234;WE=12985584;WS=12985566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,365:0.65:560
chr19	12989560	rs2293682	G	A	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.608;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=28;PP=749;ReadPosRankSum=-0.128;SC=TATGAGGCCAGCTGTATGCAG;SOR=0.758;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=50;WE=12989568;WS=12989550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,92:0.61:152
chr19	12996740	rs2072597	A	G	2501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.592;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=1256;ReadPosRankSum=0.215;SC=TGCGCCCCGGAGGCCTCGCTG;SOR=0.793;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=123;TCF=57;TCR=66;TR=81;WE=12996748;WS=12996730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,116:0.62:188
chr19	13002400	rs1799918	G	C	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=109;ReadPosRankSum=1.208;SC=TGCCGCAGGTGGACTCTGTCC;SOR=0.627;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=11;WE=13002408;WS=13002390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr19	13002563	rs2242517	T	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=-0.789;SOR=0.297;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,7:0.23:30
chr19	13006685	rs2238641	T	C	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.11;ReadPosRankSum=0.175;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,45:0.44:103
chr19	13006685	.	TGG	CGA	802	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=16;NR=13;PP=802;QD=29.4988922366;SC=CCACCTGCCTTGGCCTCCTAA;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=71;TCF=43;TCR=28;TR=29;WE=13006695;WS=13006675;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:42,29:0.41:71
chr19	13006687	rs12151303	G	A	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.17;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.632;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,49:0.45:109
chr19	13008264	rs201346843	C	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.669;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,16:0.24:68
chr19	13008607	rs1060218	G	T	1133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=573;ReadPosRankSum=-0.320;SC=TGCTGGGGGGGAATGGGATTT;SOR=0.611;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=154;TCF=65;TCR=89;TR=50;WE=13008615;WS=13008597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,70:0.29:241
chr19	13008746	.	C	T	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.081;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.199;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,21:0.75:28
chr19	13010520	rs8012	A	G	1764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=16;PP=773;SC=GAAGTCGTTCAGATGTGTTCC;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=13010528;WS=13010510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	13010643	rs9384	G	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.35;ReadPosRankSum=2.501;SOR=0.598;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,25:0.22:115
chr19	13015530	rs17706531	A	G	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-0.799;SC=AGAGTACAGGAAGCGGCCAGG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=4;WE=13015538;WS=13015520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
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chr19	13030939	.	AT	ACACACACACACACACT,A	592.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;ALERT;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.891;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=588;ReadPosRankSum=-0.743;SC=ACACACACACATAATTATATT;SOR=0.593;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=20;WE=13030947;WS=13030929;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.48:21
chr19	13030940	rs8104603	T	A	601.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=0.000;QD=20.75;ReadPosRankSum=-1.576;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,18:0.62:29
chr19	13031210	rs2967897	T	C	740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=435;ReadPosRankSum=0.627;SC=TCTAGACAGATAGGCCTTGCT;SOR=0.565;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=27;WE=13031218;WS=13031200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,32:0.68:47
chr19	13039284	rs2293683	A	G	4235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.526;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=49;PP=1676;ReadPosRankSum=-1.311;SC=GGTGGGAGACACAGCCTGACT;SOR=0.813;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=181;TCF=100;TCR=81;TR=114;WE=13039292;WS=13039274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,202:0.69:292
chr19	13044544	rs2974750	C	A	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=31.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.26;ReadPosRankSum=-0.300;SOR=3.183;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,33:0.43:76
chr19	13220703	rs35601737	C	G	3237.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=57;PP=1539;ReadPosRankSum=0.521;SC=CTGGGACTCCCCTTCTTCTCC;SOR=0.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=98;WE=13220711;WS=13220693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,151:0.64:237
chr19	13249244	rs8112067	A	G	2745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=55;PP=1727;SC=CCGCGGGGCCACACACTTCCC;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=22;TCR=56;TR=77;WE=13249252;WS=13249234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	13255536	rs2304095	T	C	9152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=128;PP=2965;SC=CACACCAGGGTGGCCGAGAGC;SOR=0.816;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=241;TCF=112;TCR=129;TR=240;WE=13255553;WS=13255526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr19	13256245	rs79223874	C	G	2274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.162;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=50;PP=1295;ReadPosRankSum=0.021;SC=AGGGAGAGACCCCAACTCACA;SOR=0.531;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=114;TCF=38;TCR=76;TR=78;WE=13256253;WS=13256235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,104:0.66:157
chr19	13259745	rs4926231	G	A	499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.440;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=2;PP=414;ReadPosRankSum=0.920;SC=CAGAGAGGACGGGCACTGTCG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=19;WE=13259753;WS=13259735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr19	13260240	.	A	AAAG,AAAAG	2017.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=64.45;QD=57.65;SOR=2.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,19,16:0.54,0.46:35
chr19	13261085	rs4926138	C	G	1119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.977;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=720;ReadPosRankSum=0.503;SC=CCCCCGCCCCCGTCACGCCAC;SOR=0.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=18;TCR=39;TR=45;WE=13261093;WS=13261075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,53:0.79:67
chr19	13264549	rs77645585	C	T	1886.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.463;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=30;PP=756;ReadPosRankSum=-0.250;SC=GGCGCTTCTCCGGCCTCCTGA;SOR=0.958;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=70;TCF=24;TCR=46;TR=43;WE=13264557;WS=13264539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,84:0.67:125
chr19	13317490	rs143342886	GTTA	G	3296.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=21;PP=1414;SC=ATTGTTTATTGTTATTATTAT;SOR=0.892;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=30;WE=13317500;WS=13317480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	13317583	rs141221917	G	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.050;NF=13;NR=20;PP=452;ReadPosRankSum=-0.377;SC=GAGAACGTGTGTGGGTGTGAG;SOR=0.709;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=65;TCF=27;TCR=38;TR=33;WE=13317591;WS=13317573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,59:0.52:113
chr19	13318217	rs16059	G	A	2601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=919;ReadPosRankSum=-0.102;SC=CGTGCGCCGGGTAGTAGCCGT;SOR=0.585;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=54;TCR=58;TR=69;WE=13318225;WS=13318207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,130:0.66:197
chr19	13318672	rs16054	CCTGCTG	C	764.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	13318982	rs148672975	AGGAGGG	A	422.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.53;QD=32.52;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	13319989	rs10413221	T	C	1204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=17;PP=745;SC=TTCCTGCAGCTGCTGCCTGGC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=13320010;WS=13319979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	13320002	rs2304093	C	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.780;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=106;ReadPosRankSum=0.459;SC=TGCCTGGCCCCCTCTGTCCCC;SOR=1.288;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=9;WE=13320010;WS=13319979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,9:0.26:35
chr19	13322822	rs3217380	AG	A	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=3;PP=1540;SC=TGAGTCCGGCAGGGAGGGGAT;SOR=4.317;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=40;TCR=3;TR=39;WE=13322830;WS=13322812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	13323124	rs16048	T	G	3764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=60;PP=2341;SC=TGTGTGTGTGTGGGGGGCCCA;SOR=1.089;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=100;WE=13323132;WS=13323102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	13323641	rs140435495	T	TAC	226.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQ=60.57;MQRankSum=0.464;NF=2;NR=5;PP=295;ReadPosRankSum=1.080;SC=ATCCCCAGTATACACACACAC;SOR=0.399;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=7;WE=13323649;WS=13323631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr19	13335300	.	CAA	C	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.082;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.091;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr19	13335432	rs3816027	G	A	804.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.572;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.266;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,55:0.25:218
chr19	13338180	rs143245670	AAAG	A	2327.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.61;MQRankSum=0.580;QD=18.77;ReadPosRankSum=-0.693;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,118:0.95:124
chr19	13339405	rs34941295	TAG	T	197.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.245;HP=6;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=407;ReadPosRankSum=2.386;SC=TCTGTTTTTTTAGAGAGAGAG;SOR=2.670;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=15;WE=13339428;WS=13339395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,10:0.50:20
chr19	13339417	rs36088930	GAGAT	G	221.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.752;HP=2;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=229;ReadPosRankSum=-0.527;SC=GAGAGAGAGAGAGATATATAT;SOR=1.179;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=15;WE=13339428;WS=13339395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	13341037	rs16042	G	A	3039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.510;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=54;PP=1506;ReadPosRankSum=0.500;SC=TGGGGACCCCGGGGACCAAGA;SOR=0.654;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=56;TCR=82;TR=91;WE=13341045;WS=13341027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,140:0.63:221
chr19	13345657	rs3765012	C	A	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=4.066;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.22;ReadPosRankSum=-0.358;SOR=0.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,26:0.72:36
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chr19	13356150	rs16035	T	G	4490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=72;PP=2256;SC=GCTGGCCGGGTGCATGTTAGA;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=45;TCR=72;TR=116;WE=13356158;WS=13356140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	13373477	rs16031	A	G	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=153;ReadPosRankSum=0.872;SC=TGAGCAGTGTACAACCTGCTC;SOR=0.722;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=9;WE=13373485;WS=13373467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
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chr19	13396110	rs3764580	C	T	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=26;ReadPosRankSum=-0.255;SC=AGGCAAGAAGCGGCTGACATT;SOR=0.569;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=6;WE=13396118;WS=13396100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr19	13410235	rs12985136	G	T	115.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.383;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=138;ReadPosRankSum=0.434;SC=TGACCCAGGCGAACCAACCCA;SOR=2.194;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=8;WE=13410243;WS=13410225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,7:0.25:28
chr19	13411482	rs16018	G	A	1321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=18;PP=462;ReadPosRankSum=1.065;SC=TAAAAGGCACGTGGAATCTTT;SOR=0.671;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=64;TCF=29;TCR=35;TR=34;WE=13411490;WS=13411472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,64:0.58:110
chr19	13443770	rs16008	T	C	2247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=2.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.883;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.392;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,113:0.57:199
chr19	13445144	rs2306348	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.900;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=200;ReadPosRankSum=0.895;SC=CTTTGTACTCCGTGGCCTGGG;SOR=1.675;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=15;WE=13445152;WS=13445134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr19	13445208	rs2248069	C	T	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=422;ReadPosRankSum=1.354;SC=TTGAGATCCACTCCATGTACC;SOR=0.565;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=30;WE=13445216;WS=13445198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,54:0.57:95
chr19	13445369	rs201437979	GTGTGTT	G	59.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.865;HP=2;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=148;ReadPosRankSum=-0.132;SC=ACGTTTGTGTGTGTGTTTGTG;SOR=2.012;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=8;WE=13445383;WS=13445359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr19	13445371	rs199586393	GTGTT	G	125.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=12.381;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.323;SOR=0.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chr19	13445407	rs138143360	TTGTG	T	570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=40.77;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	13616693	rs16003	C	T	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.12;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	13865070	rs378189	C	T	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.622;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.277;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=25;PP=1059;ReadPosRankSum=0.447;SC=ATATCAGCCTCTCTCTGAGTC;SOR=0.942;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=86;TCF=49;TCR=37;TR=66;WE=13865078;WS=13865060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,102:0.69:148
chr19	13866793	rs392725	A	G	661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=541;ReadPosRankSum=0.404;SC=TAAATAAATAAGAGAGGGACT;SOR=0.610;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=25;WE=13866801;WS=13866790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr19	13866866	rs417186	T	G	2224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.045;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=10;PP=1540;ReadPosRankSum=0.243;SC=TGCCCCCTATTGCTATGAACA;SOR=0.944;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=101;TCF=86;TCR=15;TR=75;WE=13866874;WS=13866856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,85:0.75:113
chr19	13866957	rs2910225	T	C	6981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.062;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.573;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=92;PP=2954;ReadPosRankSum=0.938;SC=GGCAGAAAATTGTGAGCTCCT;SOR=0.622;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=293;TCF=167;TCR=126;TR=212;WE=13866965;WS=13866947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,327:0.70:468
chr19	13868117	rs693151	A	G	749.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.753;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=335;ReadPosRankSum=-2.748;SC=TCCCGTTAACAGGGCAGTCTA;SOR=0.766;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=24;WE=13868125;WS=13868107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,36:0.71:51
chr19	13868669	rs6511886	G	A	2337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=43;PP=1143;ReadPosRankSum=-1.616;SC=AGGTAAGGGCGGCTTGGTGGC;SOR=0.657;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=77;WE=13868677;WS=13868659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,112:0.63:178
chr19	13870153	rs371671	C	A	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=269;ReadPosRankSum=-1.099;SC=TCCAGCCCTCCCCCCACCACA;SOR=0.542;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=17;WE=13870161;WS=13870143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,18:0.58:31
chr19	13875258	.	C	G	103	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.6544;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MMLQ=15;MQ=57.97;NF=7;NR=2;PP=103;QD=15.3079125052;SC=TGGAATCCGCCTCCTGGGAAC;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=9;WE=13875266;WS=13875256;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr19	13875626	rs2922288	T	C	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5010;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.478;NF=6;NR=6;PP=169;ReadPosRankSum=0.510;SC=GGCGGCCGGGTTGGAGGTGGG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=8;TCR=7;TR=12;WE=13875634;WS=13875616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr19	13879622	rs346152	T	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.580;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=20;PP=627;ReadPosRankSum=-0.673;SC=CAACTTCTCATACGCCCCCTC;SOR=0.621;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=145;TCF=87;TCR=58;TR=47;WE=13879630;WS=13879612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,58:0.30:195
chr19	13883099	rs1469071	A	G	2334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=948;ReadPosRankSum=1.318;SC=GATGTAACCAACTCAGCTCTC;SOR=0.551;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=221;TCF=90;TCR=131;TR=71;WE=13883107;WS=13883089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:275,138:0.33:413
chr19	13884312	rs1559153	A	G	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.372;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.910;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,16:0.42:38
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chr19	13884444	.	TTA	T	143.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
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chr19	13892285	rs8104574	G	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=4.129;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-0.033;SOR=1.571;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,7:0.29:24
chr19	13899041	.	CTTTTT	C	639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.797;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.150;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=30.46;ReadPosRankSum=1.470;SOR=1.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,20:0.95:21
chr19	13899980	rs4926171	A	T	1022.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=363;ReadPosRankSum=1.013;SC=GCCAGCCCTGAGGTCCTGTTT;SOR=0.659;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=52;TCF=24;TCR=28;TR=27;WE=13899988;WS=13899970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,50:0.60:84
chr19	13900981	rs57398315	G	A	3336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=45;PP=1760;ReadPosRankSum=-1.202;SC=CACTGCACCCGGCCATCCTTT;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=106;WE=13900989;WS=13900971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,153:0.62:248
chr19	13940959	rs10403445	G	C	1263.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.241;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=11;PP=843;ReadPosRankSum=0.812;SC=ATGTACGTGTGTCTGCCCCCG;SOR=1.151;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=44;WE=13940967;WS=13940949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,52:0.62:84
chr19	13947292	rs895819	T	C	1341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.781;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=665;ReadPosRankSum=0.177;SC=CACGACTTGGTGTGGACCCTG;SOR=0.476;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=47;WE=13947300;WS=13947282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,63:0.62:101
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chr19	14091543	rs146048336	T	TGCATCCTCTCTGGGGTGGGCTC	414.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.20;MQRankSum=6.154;QD=3.21;ReadPosRankSum=3.626;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,21:0.16:129
chr19	14104688	rs143370000	CT	C	116.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.29;ReadPosRankSum=-1.342;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
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chr19	14140981	.	G	GT	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=2.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.83;ReadPosRankSum=-0.041;SOR=0.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,18:0.30:61
chr19	14143446	.	CA	C	46.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=-0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.85;ReadPosRankSum=0.755;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr19	14153293	rs35026308	T	C	1752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.977;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.754;NF=33;NR=17;PP=528;ReadPosRankSum=-1.681;SC=ACCATACCCCTGACCCCTGTT;SOR=0.779;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=169;TCF=102;TCR=67;TR=50;WE=14153301;WS=14153283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,98:0.37:267
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chr19	14208782	rs34415768	C	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.519;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=256;ReadPosRankSum=0.265;SC=AGAGCCTACCCCAGAGGAAGA;SOR=1.467;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=16;WE=14208790;WS=14208772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chr19	14231243	rs3745464	C	T	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=4;PP=189;ReadPosRankSum=0.231;SC=CCCCTCCCGGCGTGCTGGGAC;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=29;TCR=10;TR=15;WE=14231251;WS=14231233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,17:0.37:46
chr19	14231325	rs8102267	C	G	3062.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=2.394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.081;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,85:0.38:222
chr19	14231330	rs8102698	A	G	3035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.582;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=2.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:153,87:0.36:240
chr19	14247338	rs140252988	T	TG	1564.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.706;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.709;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.773;NF=2;NR=35;PP=1327;ReadPosRankSum=0.646;SC=CTGGGTCCGGTGGGGTCAGTG;SOR=1.327;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=37;WE=14247346;WS=14247328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,57:0.64:89
chr19	14267379	.	G	GT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=-0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.820;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	14267380	.	G	GT	106.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=4.771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=-0.000;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.924;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,4:0.33:12
chr19	14268799	rs2242222	G	A	1176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=3.016;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=-1.146;SOR=0.573;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:183,77:0.30:260
chr19	14273641	rs3745462	A	G	4029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=779;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=65;PP=1938;ReadPosRankSum=1.929;SC=CGTACACGGAACGCAGGACGT;SOR=0.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=421;TCF=222;TCR=199;TR=141;WE=14273649;WS=14273631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:533,240:0.31:773
chr19	14277727	rs899171	T	G	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-0.906;SOR=0.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
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chr19	14492265	rs2302997	T	C	8639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.67;QD=45.71;SOR=1.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	14492272	rs2302996	T	C	8835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.80;QD=42.89;SOR=1.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	14499357	rs2302094	T	A	507.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.08;MQRankSum=-0.831;QD=24.19;ReadPosRankSum=0.444;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,19:0.90:21
chr19	14499410	rs2302092	G	C	930.22	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=4.568;NF=30;NR=8;PP=1315;ReadPosRankSum=-2.456;SC=GAAAGAGAGGGCTCGCGCACG;SOR=1.816;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=38;WE=14499429;WS=14499400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,35:0.88:40
chr19	14507102	rs200115962	T	C	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.882;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.102;NF=25;NR=6;PP=422;ReadPosRankSum=-1.702;SC=CCCTCAGCCCTGAAAGCTGCT;SOR=0.624;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=92;TCF=77;TCR=15;TR=31;WE=14507110;WS=14507092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,33:0.31:105
chr19	14507307	rs62122581	C	T	3513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=924;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.09;MQRankSum=-11.742;QD=3.85;ReadPosRankSum=1.614;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:671,241:0.26:912
chr19	14507342	rs62122582	G	T	3358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=638;ExcessHet=3.0103;FS=4.404;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.74;MQRankSum=-15.388;QD=5.29;ReadPosRankSum=-4.806;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:511,124:0.20:635
chr19	14507345	rs62122583	C	G	3274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FS=5.912;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQRankSum=-16.056;QD=5.40;ReadPosRankSum=-4.506;SOR=1.266;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:496,111:0.18:607
chr19	14507373	.	G	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.971;ClippingRankSum=0.000;DP=348;ExcessHet=3.0103;FS=50.493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-18.043;QD=0.58;ReadPosRankSum=-4.824;SOR=4.128;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:310,38:0.11:348
chr19	14508223	rs10412108	A	G	3184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=77;PP=2251;SC=ACTGAGGGGGAAGGCTCAGGG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=23;TCR=77;TR=100;WE=14508231;WS=14508213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	14508385	rs10410071	G	A	526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=4;PP=462;SC=CACTAATGCCGGGAGGAATGA;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=14508393;WS=14508375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	14508964	rs7508244	T	C	6755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=97;PP=2682;SC=AAGGGCAGGATGCTGGGGGAC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=173;TCF=76;TCR=97;TR=172;WE=14508972;WS=14508954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	14522434	rs55968966	GCCTTA	G	13834.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.897;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.265;NF=23;NR=108;PP=2968;ReadPosRankSum=2.344;SC=TAAGAAGAGGGCCTTACCTTA;SOR=0.676;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=208;TCF=47;TCR=161;TR=131;WE=14522446;WS=14522424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:182,344:0.65:526
chr19	14561722	rs8107892	A	G	1562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	14562977	rs12973696	T	C	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.508;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=-0.426;SOR=1.251;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,5:0.19:27
chr19	14574959	rs2230538	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.878;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.27;ReadPosRankSum=-0.213;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,24:0.25:96
chr19	14575010	rs34819734	G	A	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=0.277;SOR=0.111;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr19	14578369	rs10409467	C	T	3810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=37;PP=1484;ReadPosRankSum=1.801;SC=CTCCTCTCTCCGCCACAGAGC;SOR=0.668;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=96;TCR=57;TR=99;WE=14578377;WS=14578359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,178:0.64:280
chr19	14578656	rs79240549	G	A	2582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.923;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.760;NF=38;NR=42;PP=1327;ReadPosRankSum=-0.526;SC=CTGGCTGGCCGCTAAAACCAC;SOR=0.594;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=80;WE=14578664;WS=14578646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,116:0.64:181
chr19	14578674	rs2287700	C	T	1170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.726;QD=5.88;ReadPosRankSum=1.223;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:129,70:0.35:199
chr19	14578792	rs138228310	CGTG	C	5789.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.624;NF=11;NR=45;PP=2369;ReadPosRankSum=-0.262;SC=GGGGACCTGCCGTGGTCCTCT;SOR=0.439;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=91;TCF=16;TCR=75;TR=56;WE=14578802;WS=14578782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,144:0.73:198
chr19	14578813	rs10416904	T	G	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=66;PP=2128;SC=GGGGACCTCTTTCTTCTCTTT;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=52;TCR=67;TR=118;WE=14578821;WS=14578803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	14580113	rs16979708	C	T	4157.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.443;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=53;PP=1679;ReadPosRankSum=0.239;SC=GAGTAAGTGGCGGCCATGGTC;SOR=0.651;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=183;TCF=105;TCR=78;TR=123;WE=14580121;WS=14580103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,199:0.66:301
chr19	14580328	rs2230539	A	G	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=65;PP=1896;SC=GCCCCGTGCCATGTGAGCCTG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=26;TCR=65;TR=91;WE=14580336;WS=14580318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	14580635	rs74889788	G	C	12386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.77;ReadPosRankSum=0.761;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,301:0.67:446
chr19	14580638	rs78858120	T	C	12580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.77;ReadPosRankSum=0.672;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:147,306:0.68:453
chr19	14580662	rs74564226	G	A	11709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=97;PP=2958;ReadPosRankSum=-1.376;SC=CACACTGCCCGTTGTGGGGAC;SOR=0.662;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=287;TCF=147;TCR=140;TR=195;WE=14580670;WS=14580652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,308:0.69:446
chr19	14580865	rs79441155	G	T	1792.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.685;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=2825;ReadPosRankSum=-0.630;SC=ACCCTATTCGGGGTGCCCCCC;SOR=0.576;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=38;TCR=67;TR=65;WE=14580877;WS=14580855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,78:0.60:130
chr19	14580869	rs34241778	GC	G	1099.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=24;PP=1499;ReadPosRankSum=0.694;SC=TATTCGGGGTGCCCCCCACCC;SOR=0.932;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=80;TCF=16;TCR=64;TR=28;WE=14580877;WS=14580855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,48:0.40:119
chr19	14581063	rs1042728	A	G	2918.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=44;PP=1240;ReadPosRankSum=1.685;SC=CGTACACGCGAGCTGTGGACT;SOR=0.704;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=81;WE=14581071;WS=14581053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,136:0.65:210
chr19	14581775	rs200028130	C	T	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=3.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=29;PP=645;ReadPosRankSum=-0.636;SC=GGCCTCGTTGCGCCTCAAGGG;SOR=0.610;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=34;WE=14581783;WS=14581765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,40:0.55:73
chr19	14584317	rs3745459	G	A	1903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.212;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.461;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=43;PP=1067;ReadPosRankSum=0.289;SC=AGAAGGTGGAGGCCGAAGCGA;SOR=0.849;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=28;TCR=59;TR=62;WE=14584325;WS=14584307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,89:0.65:136
chr19	14589378	rs1127307	C	T	10503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=131;NR=100;PP=2965;SC=CCATGGTGGCCGCTATTGGGG;SOR=0.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=232;TCF=131;TCR=101;TR=231;WE=14589386;WS=14589368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,395:1.00:395
chr19	14589417	rs75802787	A	T	2769.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.153;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=44;PP=1438;ReadPosRankSum=-0.020;SC=CACAAATGACACCAGGGACCA;SOR=0.799;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=263;TCF=142;TCR=121;TR=100;WE=14589425;WS=14589407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,152:0.36:421
chr19	14590142	rs138580153	TGACAAGAGTGA	T	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.90;QD=42.13;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	14590164	.	C	CA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=-0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-0.849;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr19	14627050	rs4926222	G	A	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=54;PP=1745;SC=CCCAGAGGCCGTCTGCCATAG;SOR=0.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=14627058;WS=14627040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	14627245	rs35290640	CCT	C	2598.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.877;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.280;NF=7;NR=19;PP=933;ReadPosRankSum=1.454;SC=CAGCCATCGCCCTCTACAGAC;SOR=0.694;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=95;TCF=28;TCR=67;TR=26;WE=14627254;WS=14627235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,78:0.28:279
chr19	14655812	rs73002853	T	C	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=15;PP=880;ReadPosRankSum=-0.641;SC=ACTCCTTCCCTTCTCTGTTCC;SOR=0.695;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=56;TCR=23;TR=52;WE=14655820;WS=14655802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,65:0.68:95
chr19	14655865	rs7252966	T	C	2979.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=40;PP=1475;ReadPosRankSum=-0.988;SC=GAGTTGTTTCTAAGCCTCTCA;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=93;WE=14655873;WS=14655855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,136:0.69:197
chr19	14674235	rs891089	C	T	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=41;PP=1093;SC=CGTGGCACTCCGCAGGAACGC;SOR=4.317;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=4;TCR=41;TR=45;WE=14674243;WS=14674225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	14682804	rs9543	G	C	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=19;PP=618;SC=GGACCAGGTGGGCCCCCATGG;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=15;TCR=19;TR=34;WE=14682812;WS=14682794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	14693777	rs151002834	A	ATG	239.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.965;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.209;NF=5;NR=3;PP=232;ReadPosRankSum=-0.384;SC=CTCTGTGTGTATGTGTGTGTG;SOR=0.804;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=8;WE=14693788;WS=14693768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr19	14694303	rs147145290	G	A	1840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.973;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-3.422;NF=29;NR=36;PP=861;ReadPosRankSum=-2.585;SC=GGTCTCCAGTGGGCATTGGTT;SOR=0.724;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=178;TCF=85;TCR=93;TR=65;WE=14694311;WS=14694293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,108:0.35:311
chr19	14694417	rs6511941	T	C	367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-4.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.444;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.918;NF=2;NR=17;PP=242;ReadPosRankSum=0.771;SC=ATGGCGGAGGTGGGTTTGGGC;SOR=0.207;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=3;TCR=41;TR=19;WE=14694425;WS=14694407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr19	14698649	rs34955132	G	C	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=209;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CTGCCCAGGAGGACCTGTCAG;SOR=0.720;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=22;TCR=47;TR=21;WE=14698657;WS=14698639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,27:0.33:82
chr19	14703150	rs150637944	A	G	1251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.594;NF=30;NR=15;PP=563;ReadPosRankSum=-0.819;SC=CCTCCCTACAAGGACCTTCCT;SOR=0.830;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=142;TCF=88;TCR=54;TR=45;WE=14703158;WS=14703140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,76:0.32:237
chr19	14703299	rs28736680	A	C	487.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.354;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=18;PP=345;ReadPosRankSum=-0.580;SC=ACTGTGCAACACACACCCTGC;SOR=0.941;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=21;WE=14703307;WS=14703289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr19	14705499	rs34335847	G	A	2966.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FS=2.100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.05;ReadPosRankSum=2.002;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:323,98:0.23:421
chr19	14705509	rs35049360	T	C	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=3.238;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.201;SOR=0.888;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:288,93:0.24:381
chr19	14706278	rs74182231	C	T	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.650;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=193;ReadPosRankSum=-0.938;SC=GTCTAGTGAGCGCTGCTCTAA;SOR=0.250;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=15;WE=14706286;WS=14706268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,17:0.43:40
chr19	14717791	rs10409868	A	G	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.646;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=18;PP=407;ReadPosRankSum=0.326;SC=GCTGAATGGAATTTTTATTTG;SOR=0.804;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=88;TCF=40;TCR=48;TR=32;WE=14717799;WS=14717781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,52:0.37:142
chr19	14719854	rs10404194	T	C	2932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.12;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	14719854	.	TACCC	CACCC,CACCT	412	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=59.5;NF=40,19;NR=22,12;PP=412,384;QD=7.20598729915;SC=TCAGGTGATCTACCCGTCTTG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=62,31;WE=14719866;WS=14719844;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.98:63
chr19	14719858	rs145155710	C	T	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.837;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.74;ReadPosRankSum=1.335;SOR=0.537;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,44:0.53:83
chr19	14720047	rs114494100	C	T	253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.927;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=161;ReadPosRankSum=-0.119;SC=TAAGAGAAGCCTGGACCCCTT;SOR=1.832;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=13;WE=14720055;WS=14720037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,17:0.23:75
chr19	14721019	rs6511944	C	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=23;PP=531;ReadPosRankSum=-1.394;SC=AGCCCAGGGCCGAGGCTGGGG;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=33;WE=14721027;WS=14721009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,42:0.66:64
chr19	14740824	rs77548886	A	AG	619.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.507;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.552;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.836;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,22:0.30:73
chr19	14743562	rs10405678	C	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.248;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=6;PP=222;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTTATCACAGCAGCTTAGCTT;SOR=0.161;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=17;WE=14743570;WS=14743552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr19	14744181	rs899217	T	A	361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.357;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.604;SOR=1.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr19	14752325	rs8102646	C	T	1782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.155;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-9.223;NF=61;NR=32;PP=1260;ReadPosRankSum=-0.064;SC=GCTGGTGTTCCGGATGGCTTT;SOR=1.180;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=303;TCF=183;TCR=120;TR=93;WE=14752333;WS=14752315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,100:0.27:371
chr19	14758168	rs34226397	G	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=42;PP=1165;SC=AAAGGCAATGGCACTGGGACC;SOR=1.516;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=59;WE=14758176;WS=14758158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	14758222	rs35043921	CT	C	216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=15.48;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	14769207	rs4488589	G	T	286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	14769339	rs4606855	C	G	2665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	14772878	rs61729084	C	T	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=727;ReadPosRankSum=1.754;SC=CATTGTAACACACAGCGTTAA;SOR=0.582;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=156;TCF=65;TCR=91;TR=56;WE=14772886;WS=14772868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,76:0.34:222
chr19	14772984	rs8111916	G	T	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=31;PP=871;SC=TTATTGAGCAGCTACTATGTG;SOR=2.780;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=37;WE=14772992;WS=14772974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	14779550	rs4239642	C	A	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=360;SC=CCACTGGAGACCATGAGTGGC;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=14779558;WS=14779540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	14804064	rs10404773	G	A	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.667;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=199;ReadPosRankSum=0.228;SC=AAGTTAAAATGTTCCTTTGAT;SOR=0.264;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=11;WE=14804072;WS=14804054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr19	14804183	rs10407394	A	G	493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=210;ReadPosRankSum=0.661;SC=TTTGATTGTGACCACTCTGCT;SOR=0.627;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=32;TCR=22;TR=18;WE=14804191;WS=14804173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,30:0.33:90
chr19	14805719	rs3850141	T	C	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=53;NR=22;PP=1341;SC=GGATTTTCCATGCCTGCTGTG;SOR=1.538;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=53;TCR=22;TR=75;WE=14805727;WS=14805709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	14806017	rs3813144	G	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=19;PP=530;SC=GCCATGTGAAGAAGACAGACG;SOR=3.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=21;WE=14806025;WS=14806007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	14806551	rs28575925	C	T	849.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-2.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.770;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=28;PP=510;ReadPosRankSum=2.048;SC=AGAGCATTTTCAAAGGCCCTT;SOR=0.597;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=41;WE=14806559;WS=14806541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,45:0.41:109
chr19	14815753	rs34156991	C	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-4.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=13.496;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=7;PP=176;ReadPosRankSum=-0.154;SC=CTGCACCCATCCCCATTTGCC;SOR=0.059;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=18;WE=14815761;WS=14815743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,27:0.63:43
chr19	14815804	rs35325242	C	T	984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.852;SOR=0.529;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,50:0.57:87
chr19	14816794	rs10410458	C	T	285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.27;ReadPosRankSum=-2.216;SOR=0.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chr19	14817062	rs4808319	G	A	1926.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=48;PP=1112;ReadPosRankSum=0.434;SC=TTTCCTGAGCGAGCAGCTGCC;SOR=0.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=28;TCR=75;TR=66;WE=14817070;WS=14817052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,86:0.65:133
chr19	14817145	rs4809215	G	T	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=21;PP=651;SC=TGCCTGCTCCGCATTCACGCA;SOR=1.819;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=14817153;WS=14817135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	14817548	rs6511961	T	A	2216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=1116;ReadPosRankSum=-0.603;SC=CAGTGCCTACTCTGGGCCACC;SOR=0.439;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=24;TCR=39;TR=62;WE=14817556;WS=14817538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr19	14819310	rs34925577	C	CAG	3112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=778;SC=TCTCAGGGGACGGGAGAGTTC;SOR=1.117;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=14819318;WS=14819300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	14826849	rs4078586	T	C	4140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=30;PP=2182;SC=TTCCCCAGGCTTGCCAGCCTC;SOR=1.502;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=75;TCR=30;TR=104;WE=14826857;WS=14826839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	14827076	.	C	CT	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;ClippingRankSum=0.000;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=0.000;QD=0.45;ReadPosRankSum=2.246;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,37:0.17:216
chr19	14827830	rs3885179	C	A	998.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.564;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=17;PP=411;ReadPosRankSum=1.175;SC=AAACCCAATGCGTTGTCTTAT;SOR=0.642;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=32;WE=14827838;WS=14827820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,61:0.31:195
chr19	14846861	rs1064103	A	G	2459.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=26;PP=1342;ReadPosRankSum=0.473;SC=ATTGCAGGGCATGGAAGATTT;SOR=0.664;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=109;TCR=45;TR=92;WE=14846869;WS=14846851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,117:0.62:189
chr19	14846897	rs1859257	T	A	8899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=143;NR=91;PP=2965;SC=ATTGAATGCCTAGCACGCCTT;SOR=1.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=235;TCF=143;TCR=92;TR=234;WE=14846905;WS=14846887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr19	14847013	rs1859258	G	C	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=456;ExcessHet=3.0103;FS=0.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=0.860;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,150:0.34:444
chr19	14856949	rs2732788	C	A	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=2;PP=283;SC=CTTCAAAAGACCCTGAGAAGG;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=14856957;WS=14856939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	14857187	.	CT	C	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.565;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.69;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr19	14857202	rs67145758	T	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.24;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	14857791	rs34186967	T	TA	2844.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.183;NF=2;NR=45;PP=819;ReadPosRankSum=1.733;SC=AAAGAGAGATTAAAAAAAATG;SOR=0.395;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=2;TCR=52;TR=47;WE=14857799;WS=14857781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,120:0.99:121
chr19	14862430	rs2524383	C	G	15009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=571;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=160;NR=146;PP=2965;SC=GCATCCAGGTCAAGGTGGCCA;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=306;TCF=160;TCR=146;TR=306;WE=14862438;WS=14862420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,567:1.00:567
chr19	14862555	rs2524384	T	A	6143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=111;PP=2965;SC=TCCTGTACCATGTTGTTGGGG;SOR=1.505;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=155;TCF=44;TCR=111;TR=155;WE=14862563;WS=14862545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr19	14863000	rs36101835	C	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.230;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=10;PP=571;ReadPosRankSum=-0.676;SC=CCACCTCAGTCTCCCAAAGTG;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=35;WE=14863008;WS=14862990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,45:0.65:69
chr19	14866390	rs34617107	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.375;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=400;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CCCCTGAGCCCCAGGGCTGAG;SOR=0.420;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=22;WE=14866398;WS=14866380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,36:0.72:50
chr19	14866974	rs2253472	T	C	6768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=107;NR=63;PP=2965;SC=ATCTTTAAATTTCTTATTTTT;SOR=1.082;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=109;TCR=66;TR=170;WE=14866982;WS=14866964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	14867186	rs2524386	G	A	3430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=71;PP=2193;SC=ACATAAGGGGGGTTAGGTTAG;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=22;TCR=71;TR=92;WE=14867194;WS=14867176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	14875201	rs7253782	G	T	1747.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=16;PP=768;ReadPosRankSum=-1.303;SC=GAAGGAGACAGAAAACATGCA;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=53;TCR=23;TR=51;WE=14875209;WS=14875191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,82:0.67:122
chr19	14877043	rs2074892	C	T	4986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.235;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.712;NF=59;NR=78;PP=1906;ReadPosRankSum=0.884;SC=TCTGAGCTCTCGACCTTCACA;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=222;TCF=98;TCR=124;TR=137;WE=14877051;WS=14877033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,236:0.62:381
chr19	14877630	rs6511971	T	A	1361.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.488;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.928;NF=29;NR=4;PP=1143;ReadPosRankSum=-1.050;SC=GTGTGGCGAGTCCTTCCTGGG;SOR=0.088;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=48;TCF=44;TCR=4;TR=33;WE=14877638;WS=14877625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,52:0.74:70
chr19	14877799	rs12976472	G	C	1506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=18.784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-11.834;QD=6.08;ReadPosRankSum=-4.309;SOR=1.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:194,54:0.22:248
chr19	14877806	rs12976475	G	A	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.724;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=18.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-12.088;QD=6.08;ReadPosRankSum=-6.099;SOR=1.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,47:0.21:227
chr19	14877816	rs12985807	T	A	620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.285;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=43.667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.23;MQRankSum=-13.904;QD=3.18;ReadPosRankSum=-3.880;SOR=4.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,22:0.11:195
chr19	14877820	rs12976493	G	A	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=37.839;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQRankSum=-13.509;QD=1.87;ReadPosRankSum=-4.593;SOR=4.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,20:0.11:184
chr19	14877947	rs11672806	A	G	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.632;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-3.536;QD=2.19;ReadPosRankSum=1.411;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr19	14884946	rs2302090	A	G	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.92;QD=30.78;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	14884965	rs28492070	A	G	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.39;QD=31.60;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	14910210	rs73004304	C	G	4872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.302;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=80;PP=2571;ReadPosRankSum=1.195;SC=AAGGTGACCACTGAGAGGTGG;SOR=0.512;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=220;TCF=102;TCR=118;TR=155;WE=14910218;WS=14910200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,220:0.69:319
chr19	14910321	rs16979912	A	G	7029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=94;PP=2962;ReadPosRankSum=0.368;SC=CCAGTGAAGGAAATCACACCC;SOR=0.591;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=264;TCF=136;TCR=128;TR=186;WE=14910329;WS=14910311;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,317:0.70:455
chr19	14910438	rs10415312	C	T	9954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=107;PP=2965;SC=ATTTCCATTTCGGTGCAGAAG;SOR=0.725;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=223;TCF=114;TCR=109;TR=221;WE=14910446;WS=14910428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,380:1.00:380
chr19	14910573	rs10415562	C	T	3206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.430;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=56;PP=1628;ReadPosRankSum=0.045;SC=GGGTGACAGACGGCCACGAAG;SOR=0.484;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=148;TCF=61;TCR=87;TR=100;WE=14910581;WS=14910563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,145:0.69:209
chr19	14910654	rs17230134	T	C	2432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.582;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=42;PP=1261;ReadPosRankSum=-0.210;SC=AAAATCTGACTGAGACAGCCT;SOR=0.641;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=67;TCR=64;TR=85;WE=14910662;WS=14910644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,112:0.65:173
chr19	14938616	rs2190686	T	C	2406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.816;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=38;PP=1115;ReadPosRankSum=0.797;SC=TCCAGGATGCTAGAACCAGCA;SOR=0.643;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=262;TCF=134;TCR=128;TR=79;WE=14938624;WS=14938606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:244,130:0.35:374
chr19	14952706	rs141373725	CAG	C	592.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.676;QD=5.25;ReadPosRankSum=1.194;SOR=0.545;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,33:0.29:113
chr19	14974930	rs10407452	G	A	2084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FS=3.070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,121:0.36:334
chr19	14975040	rs10407682	G	A	2687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.148;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,154:0.37:411
chr19	14975368	rs10415965	A	G	1829.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.850;NF=25;NR=33;PP=663;ReadPosRankSum=1.228;SC=GTGTGGAGGCAGGAGTCTGAG;SOR=0.642;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCR=107;TR=58;WE=14975376;WS=14975358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,105:0.37:285
chr19	14975471	rs11085912	C	T	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.718;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=306;ReadPosRankSum=-1.037;SC=ATTCTTGTTTCTCTGAAAATC;SOR=0.878;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=71;TCF=24;TCR=47;TR=24;WE=14975479;WS=14975461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,30:0.26:117
chr19	14991643	rs10401818	G	A	2826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FS=2.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=1.017;QD=5.95;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:314,161:0.34:475
chr19	15052983	rs3044711	T	TATC	15370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=135;PP=2957;SC=GTCCTAAGAGTATCTGCCAGA;SOR=1.028;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=179;TCF=30;TCR=149;TR=163;WE=15052991;WS=15052973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr19	15064065	rs10417793	A	G	244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=314;SC=ATCCCCACCCACCCCGCCCCT;SOR=3.442;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=15064073;WS=15064055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	15064858	rs2269913	A	C	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=18;PP=1223;SC=GCTCCAGCTGAGGCCCCCTCC;SOR=1.105;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=62;WE=15064866;WS=15064848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	15065169	rs757465	T	C	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=13;PP=317;SC=GGACTGAGGATGGGGCGTGGC;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=15065177;WS=15065159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	15072787	rs3827000	A	T	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=24;PP=1572;SC=TGGCTCCACCATCCCGTGGGC;SOR=1.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=60;TCR=24;TR=83;WE=15072795;WS=15072777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	15075020	rs10407669	A	G	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=8;PP=675;SC=ACCCCTGCCCATTGCTCTGTC;SOR=2.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=15075028;WS=15075010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	15075266	rs3803927	T	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=392;ReadPosRankSum=-0.672;SC=ACAACAATAGTGCAGCCAACA;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=121;TCF=42;TCR=79;TR=39;WE=15075274;WS=15075256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,66:0.34:192
chr19	15078986	rs2097836	CG	TA	551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.104;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=285;ReadPosRankSum=-0.446;SC=TAGAAGTGCCCGTCTCTGCTC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=8;WE=15078995;WS=15078976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,13:0.81:16
chr19	15079078	rs73011399	T	C	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.411;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=262;ReadPosRankSum=-2.942;SC=GTCTCCTTTTTCAAATGTGTA;SOR=1.680;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=16;WE=15079086;WS=15079068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,22:0.27:82
chr19	15083693	rs3746295	C	A	368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=188;ReadPosRankSum=0.799;SC=CGCTCTCCCGCAGGAACAGGC;SOR=0.665;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=17;WE=15083701;WS=15083683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,21:0.32:66
chr19	15121390	rs78628129	A	C	1718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=616;ReadPosRankSum=0.482;SC=AACGGCGAGAAGGATGCTAGA;SOR=0.650;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=55;WE=15121398;WS=15121380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,85:0.65:131
chr19	15121745	rs150456275	C	G	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.18;ReadPosRankSum=-1.010;SOR=0.663;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,82:0.29:284
chr19	15122045	rs35647251	C	A	3017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.581;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=40;PP=1479;ReadPosRankSum=-0.844;SC=CGCGCCTCACCGCCGCCCGCC;SOR=0.331;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=126;TCF=76;TCR=50;TR=92;WE=15122053;WS=15122035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,135:0.75:179
chr19	15124474	rs11085935	C	T	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=17;PP=725;SC=ATTCTCTCCTCGTTTTCTAGG;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=15124482;WS=15124464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	15131213	rs7248834	G	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=363;SC=GAAATCACTTGCATCCACTTC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=15131221;WS=15131203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	15131261	rs4405675	C	T	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=14;PP=887;SC=TTCTCCTCCCCTCCCCACCCA;SOR=1.487;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=43;WE=15131269;WS=15131251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	15131330	rs35352238	G	A	766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.640;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=10;PP=289;ReadPosRankSum=-0.436;SC=GCTCCAAGCCGTGGACCTCAT;SOR=0.610;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=25;WE=15131338;WS=15131320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,48:0.30:160
chr19	15132545	rs736737	T	C	3239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.619;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=39;PP=1502;ReadPosRankSum=0.976;SC=GGTGAGAGCCTTCGGGGGTGG;SOR=0.808;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=160;TCF=87;TCR=73;TR=91;WE=15132553;WS=15132535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,147:0.62:236
chr19	15132574	rs757463	C	G	6658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=71;PP=2965;SC=GTGCCGGTGGCTGGAGGCTGG;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=87;TCR=71;TR=158;WE=15132582;WS=15132564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr19	15133762	rs8111625	G	C	13881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,540:1.00:540
chr19	15165818	rs3181162	A	C	165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=3.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.541;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=104;ReadPosRankSum=0.583;SC=TGGTGCAATCATGGCTCACTG;SOR=2.904;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=8;WE=15165826;WS=15165817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr19	15166997	rs11574685	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.806;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=253;ReadPosRankSum=-0.115;SC=CTTCTGTTCCCAAGGCCAAAT;SOR=0.952;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=21;WE=15167005;WS=15166987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,28:0.26:107
chr19	15198263	rs8105277	A	G	14731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.794;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=573;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=190;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.675;SC=TTGTCCACCCACAGCGTTACT;SOR=0.722;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=387;TCF=192;TCR=195;TR=380;WE=15198271;WS=15198253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,560:1.00:562
chr19	15198292	rs8104843	C	G	16385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=224;NR=194;PP=2965;ReadPosRankSum=1.041;SC=ATGTGCTCCCCTGTCTGTGGG;SOR=0.366;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=418;TCF=224;TCR=194;TR=418;WE=15198300;WS=15198282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,638:1.00:639
chr19	15198507	rs8108721	T	C	13095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=152;NR=185;PP=2965;SC=CACCAGCCCATTCTCCTGCAT;SOR=0.874;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=337;TCF=152;TCR=185;TR=337;WE=15198515;WS=15198497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,489:1.00:489
chr19	15198631	rs8105737	A	C	6894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=65;NR=98;PP=2965;SC=TCACTGTCCTATGGGACCATC;SOR=1.076;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=164;TCF=66;TCR=98;TR=163;WE=15198639;WS=15198621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr19	15198764	rs12975625	T	C	6146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=73;PP=2793;SC=GGAACAAGGATATGAAGGCAG;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=63;TCR=74;TR=135;WE=15198772;WS=15198754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	15222492	rs33980637	G	A	2668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FS=1.955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=0.626;SOR=0.523;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:379,173:0.31:552
chr19	15223466	rs4808977	A	G	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=26;PP=710;SC=TCAGTGTCTTAGGCTTGAAGC;SOR=2.511;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=15223474;WS=15223456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	15224225	rs8109071	G	C	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=9;PP=1655;SC=GCCTAGTTGCGTAAGCAACCA;SOR=3.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=61;TCR=9;TR=70;WE=15224233;WS=15224215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	15224265	rs8109089	G	C	4104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=91;NR=42;PP=2494;SC=AAACCTGAAAGGGTCGAAGGC;SOR=1.563;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=91;TCR=42;TR=133;WE=15224273;WS=15224255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	15226611	rs2074261	C	A	7318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=97;NR=127;PP=2965;SC=CCCCTGGTGACATCTCCCAGA;SOR=1.549;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=97;TCR=128;TR=224;WE=15226619;WS=15226601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	15226826	rs141415835	G	A	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.169;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1223;ReadPosRankSum=0.202;SC=GCATCTGGCCGGCACAGCTTG;SOR=0.776;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=301;TCF=148;TCR=153;TR=94;WE=15226834;WS=15226816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,161:0.34:473
chr19	15226970	rs2074262	G	A	12028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=181;NR=133;PP=2965;SC=TACCAGGATCGAGCCAGCGCA;SOR=0.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=316;TCF=182;TCR=134;TR=314;WE=15226978;WS=15226960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr19	15227030	rs2074263	G	A	18027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=694;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=225;NR=201;PP=2965;SC=CGAAGTCCCCGCCATCCACCA;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=426;TCF=225;TCR=201;TR=426;WE=15227038;WS=15227020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,694:1.00:694
chr19	15227798	rs12972958	G	C	5244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=68;PP=2296;SC=GTGAGGCTCTGCCGCTGTTCA;SOR=0.974;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=123;WE=15227806;WS=15227788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	15228749	rs142150131	G	C	3527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.499;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,163:0.62:263
chr19	15233581	rs2074265	C	A	3929.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=43;PP=1651;ReadPosRankSum=-0.943;SC=AGTAGGGGTACAGCACGTCAA;SOR=0.705;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=102;TCR=66;TR=111;WE=15233589;WS=15233571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,178:0.68:262
chr19	15233631	rs2074266	G	A	4781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.453;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=55;PP=2172;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GGGACAGGGAGGACGCTGAGT;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=192;TCF=114;TCR=78;TR=136;WE=15233639;WS=15233621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,227:0.71:318
chr19	15235932	rs4141356	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.245;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=8;PP=160;ReadPosRankSum=2.445;SC=GAACCTCTCCGGAAGAAATCG;SOR=0.714;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=13;WE=15235940;WS=15235922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,15:0.60:25
chr19	15271771	rs1044009	G	A	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=32;PP=1089;SC=TGCCCCAGCCGCCGGGTACTC;SOR=0.767;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=61;WE=15271779;WS=15271761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	15273221	rs757472	T	C	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.53;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	15273231	rs4809028	A	G	1479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.10;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	15273248	rs4809029	A	C	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=7;PP=512;SC=CACTGCTGACACCCAGTGGAC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=15273256;WS=15273238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	15273381	rs4809030	A	G	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=21;PP=872;SC=TCCCTGGAGGATGAAGGGGAG;SOR=0.718;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=15273389;WS=15273371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	15273570	.	CTGTGTGTGTGTGTT	C	2984	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=64;MMLQ=22;MQ=58.55;NF=0;NR=12;PP=2984;QD=20;SC=CACTTTGTGTCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=15273591;WS=15273560;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,12:0.75:16
chr19	15276007	rs2886698	C	A	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=497;SC=CCCTGAGGCACCCTAAGGACT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=22;WE=15276015;WS=15275997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	15276055	rs2074617	C	G	2290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=18;PP=1351;SC=CTTCATGAAGCCTGGTTATGT;SOR=1.694;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=48;TCR=18;TR=66;WE=15276063;WS=15276045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	15276143	rs2074618	C	T	6566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=97;NR=60;PP=2965;SC=CAGGTGACACCAACCCAGCTT;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=160;TCF=97;TCR=63;TR=157;WE=15276151;WS=15276133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr19	15276755	rs138265894	C	T	5964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.831;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=76;PP=2303;ReadPosRankSum=-0.393;SC=CTCGCCAGTACGGTCAGTCCG;SOR=0.547;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=234;TCF=123;TCR=111;TR=151;WE=15276763;WS=15276745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,277:0.64:431
chr19	15276919	rs2074619	G	A	9402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.13;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	15276923	rs10416777	C	T	9270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=1.228;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	15277006	rs45591935	T	C	1317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.51;SOR=3.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	15277009	rs62113791	CA	TG	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.88;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	15277938	rs1548554	C	T	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=16;PP=1404;SC=TTGCTGAATACACACACCCTT;SOR=1.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=56;TCR=16;TR=72;WE=15277946;WS=15277928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	15278057	rs1548555	A	G	6412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=74;NR=71;PP=2964;SC=CACTGTCACTAACCTGGGCCA;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=145;WE=15278065;WS=15278047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr19	15281386	rs2074620	C	A	6980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=57;NR=102;PP=2965;SC=AAGCAGAGGGCGGGGCTTCAG;SOR=1.117;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=58;TCR=103;TR=159;WE=15281394;WS=15281376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr19	15285052	rs1044006	T	C	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.91;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	15285272	rs10422818	T	C	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=36;NR=45;PP=1499;SC=ACAATCCCCTTCCATGCATTC;SOR=0.825;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=81;WE=15285280;WS=15285262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	15289613	rs11670823	A	T	876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=9;PP=615;ReadPosRankSum=0.603;SC=TCCTCCTCCAAAGGCCGCCAC;SOR=0.748;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=36;WE=15289621;WS=15289603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr19	15290125	rs56061231	G	A	3585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.920;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=54;PP=1886;ReadPosRankSum=1.413;SC=GGTCAAGAGGGAATGAAGACA;SOR=0.400;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=112;WE=15290133;WS=15290115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,158:0.68:231
chr19	15290412	rs2074621	G	A	1324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=0.000;QD=12.99;ReadPosRankSum=1.075;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,63:0.62:102
chr19	15292088	rs7257550	G	C	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=129;SC=CCCTTATCTCGGCAAGAAGCT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=8;WE=15292096;WS=15292078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	15292366	rs11669982	C	T	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=11;PP=764;SC=TCCCTGCTCTCCAAGCAGAGG;SOR=1.455;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=38;WE=15292374;WS=15292356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	15292437	rs1043997	T	C	3882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=31;PP=1519;SC=CTCCGTAGCCTGGCGGGCAGG;SOR=1.012;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=55;TCR=32;TR=85;WE=15292445;WS=15292427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	15294991	rs2074616	C	T	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=314;ReadPosRankSum=2.869;SC=ATAAATAAAACGGGAAAAGTA;SOR=0.294;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=22;WE=15294999;WS=15294981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,30:0.71:42
chr19	15295134	rs1043996	G	A	2706.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=28;PP=902;ReadPosRankSum=0.210;SC=TGTCCTGATCGCAGGAAGGGC;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=108;TCF=64;TCR=44;TR=66;WE=15295142;WS=15295124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,130:0.66:196
chr19	15300069	rs10423702	T	C	14247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=182;NR=161;PP=2965;ReadPosRankSum=0.506;SC=TCACAGACGATGGAGCTCCCC;SOR=0.340;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=344;TCF=182;TCR=162;TR=343;WE=15300077;WS=15300059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,554:1.00:555
chr19	15302844	rs1043994	T	C	6043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=100;PP=2946;SC=ATGGTGAGGGTGCACAGGGCA;SOR=0.984;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=173;TCF=72;TCR=101;TR=172;WE=15302852;WS=15302834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr19	15342675	rs376172099	A	G	5639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.783;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=83;PP=2670;ReadPosRankSum=0.174;SC=CCCGAGCTCTAGGGGGAGGGC;SOR=0.752;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=240;TCF=109;TCR=131;TR=153;WE=15342683;WS=15342665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,254:0.64:399
chr19	15471856	rs4809184	T	C	7401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=99;PP=2709;SC=ACTCCCCATCTGGGCCCACGT;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=67;TCR=99;TR=165;WE=15471864;WS=15471846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr19	15485350	rs4809185	C	T	12552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=215;NR=117;PP=2965;SC=CGGGCTGACCCGCCTGGCCTT;SOR=1.030;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=336;TCF=216;TCR=120;TR=332;WE=15485358;WS=15485340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,464:1.00:464
chr19	15508130	rs7247749	G	A	1866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	15508362	rs2058322	G	C	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=18;PP=1005;SC=TGTAGATTTGGTGGATGAGGC;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=15508370;WS=15508352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	15511205	.	CT	C	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.014;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQRankSum=1.350;QD=1.93;ReadPosRankSum=-1.648;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,28:0.29:95
chr19	15539439	rs887898	A	G	807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=569;SC=TCCAAGACTCAGGCCGCAGAT;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=25;WE=15539447;WS=15539429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	15541855	rs72994098	T	C	697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=6;PP=293;ReadPosRankSum=0.151;SC=TTTGCTGCCATGAGGAACCTC;SOR=0.529;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=25;WE=15541863;WS=15541845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,39:0.37:105
chr19	15549255	rs1005953	C	T	281.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=186;ReadPosRankSum=1.554;SC=AGGTGGCCTTCACTGTGGCTC;SOR=1.061;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=9;WE=15549263;WS=15549250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr19	15549939	rs929613	C	T	5376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;MQRankSum=-4.764;QD=22.50;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:10,229:0.96:239
chr19	15574858	rs78677793	C	T	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5042;FS=3.551;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=328;ReadPosRankSum=-0.082;SC=CCTCCTGCTCCGGCTCCGGGT;SOR=1.324;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=20;WE=15574866;WS=15574848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,31:0.77:40
chr19	15580290	rs36020076	G	A	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.03;ReadPosRankSum=0.091;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,69:0.28:246
chr19	15580658	rs2304200	G	A	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.109;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=117;ReadPosRankSum=0.262;SC=CCGAAGCCCCGGGAGTTGTGG;SOR=0.753;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=11;WE=15580666;WS=15580648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chr19	15582863	rs34440547	C	T	325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.011;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,25:0.27:92
chr19	15586672	rs892145	A	T	5881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=71;PP=2762;SC=GAGGAAGGCCATGGTTAACAG;SOR=0.729;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=70;TCR=72;TR=141;WE=15586680;WS=15586662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr19	15587185	rs733731	C	T	12318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=146;NR=154;PP=2965;SC=TACGTCATGTCGGGCCACCTC;SOR=0.736;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=301;TCF=147;TCR=154;TR=300;WE=15587193;WS=15587175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,476:1.00:476
chr19	15587345	rs3813135	T	C	2826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=60;PP=1795;SC=GTGTGTCTGGTCTTGGCAGCT;SOR=2.078;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=21;TCR=60;TR=81;WE=15587353;WS=15587335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	15651539	rs201608860	GCC	G	3742.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=66;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=21;PP=1199;SC=GTGAGGCTGGGCCCCCTGGAA;SOR=3.860;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=23;WE=15651548;WS=15651529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	15651548	rs372183725	AAT	A	3740.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=3.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	15651551	rs372614865	T	G	3616.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=3.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	15651553	rs62113202	C	G	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.77;SOR=3.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	15651556	.	G	GAGC	3607.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.25;SOR=3.698;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	15651560	rs62113205	C	G	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.61;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	15651562	rs139932061	CG	C	3247.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=136;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=892;SC=GCTGGCCTCCCGAGGGCTGGC;SOR=3.675;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=15651576;WS=15651552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	15651564	rs60465772	A	T	3121.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.24;SOR=3.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	15651568	rs55832992	C	A	2972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.19;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
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chr19	15726721	rs148338083	A	AACTCACTCATTCCTCTGATC	1550.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.62;QD=44.31;SOR=4.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chr19	15739084	rs4239613	T	C	5437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=48;PP=2965;SC=GTGTATGCTCTCTGGATAATT;SOR=1.586;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=165;TCF=117;TCR=48;TR=165;WE=15739092;WS=15739074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	15739274	rs2056820	C	T	14775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=158;NR=196;PP=2965;SC=GAGGAGGGTCCTGGGCAGGGC;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=355;TCF=158;TCR=197;TR=354;WE=15739282;WS=15739264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,554:1.00:554
chr19	15739315	rs2056821	T	C	13358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=132;NR=182;PP=2965;SC=CGGACCTTGTTCTTACTGTCC;SOR=0.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=132;TCR=182;TR=314;WE=15739323;WS=15739305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr19	15739446	rs11669673	G	T	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.918;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=30;PP=694;ReadPosRankSum=1.351;SC=GGGCCTGGTCGGGGGAGGGGT;SOR=0.581;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=193;TCF=102;TCR=91;TR=60;WE=15739454;WS=15739436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,76:0.32:240
chr19	15739597	rs2056822	A	C	12995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=523;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=139;NR=158;PP=2965;ReadPosRankSum=1.861;SC=GCTTCGACCCAGAAAACGCCC;SOR=0.336;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=297;TCF=139;TCR=158;TR=297;WE=15739605;WS=15739587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,514:1.00:515
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chr19	15740220	rs4239614	C	T	9508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=135;PP=2965;SC=TTTGCACCAACTACCTTTTCA;SOR=1.024;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=215;TCF=80;TCR=135;TR=215;WE=15740228;WS=15740210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,367:1.00:367
chr19	15740268	rs2239367	C	G	6256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.28;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	15740275	rs2283605	G	A	5984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.34;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	15757927	rs1290626	T	C	2207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.748;NF=34;NR=36;PP=960;ReadPosRankSum=-4.468;SC=TGAGTATCTGTAGGTGAACAG;SOR=0.675;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=197;TCF=100;TCR=97;TR=70;WE=15757935;WS=15757917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:225,120:0.35:345
chr19	15760015	rs61734307	A	G	2341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.956;NF=41;NR=39;PP=888;ReadPosRankSum=-0.364;SC=CCGTCTGGACATGTTTGAGCA;SOR=0.690;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=226;TCF=120;TCR=106;TR=80;WE=15760023;WS=15760005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,141:0.34:411
chr19	15760053	rs1053037	G	A	2253.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.325;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.899;NF=33;NR=37;PP=815;ReadPosRankSum=0.541;SC=TGGACAGTCTGCAGAAATGTG;SOR=0.726;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=219;TCF=108;TCR=111;TR=70;WE=15760061;WS=15760043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,124:0.36:348
chr19	15760708	.	G	T	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.613;ClippingRankSum=0.000;DP=384;ExcessHet=3.0103;FS=1.319;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=1.364;QD=5.19;ReadPosRankSum=0.230;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:257,118:0.31:375
chr19	15763577	rs2733750	A	C	1439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.448;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=38;PP=770;ReadPosRankSum=1.620;SC=AGGTTGCTGTACACCCTCGGG;SOR=0.644;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=96;TCR=133;TR=66;WE=15763585;WS=15763567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,93:0.28:333
chr19	15763691	rs1805041	G	A	882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.482;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQ=59.09;MQRankSum=-3.544;NF=14;NR=16;PP=393;ReadPosRankSum=1.566;SC=CAAAGCACCCGGAATACCAGG;SOR=0.380;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=91;TCF=33;TCR=58;TR=30;WE=15763699;WS=15763681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,48:0.37:129
chr19	15763775	rs4646511	G	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.650;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.347;NF=16;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=0.810;SC=GAGTGCAGGTGCTGGTGCCCT;SOR=0.682;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=75;TCF=36;TCR=39;TR=35;WE=15763783;WS=15763765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,55:0.41:133
chr19	15763798	rs2683039	G	C	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.689;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=19;PP=481;ReadPosRankSum=2.342;SC=TCCTGAGCCTGTCTCATTGGC;SOR=0.813;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=67;TCF=30;TCR=37;TR=33;WE=15763806;WS=15763788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,51:0.43:119
chr19	15763929	rs2683040	C	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.854;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.076;NF=1;NR=6;PP=88;ReadPosRankSum=0.514;SC=ACTGTCTGGGCAAAGGTTATA;SOR=0.096;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=7;WE=15763937;WS=15763919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chr19	15769625	rs1915390	A	G	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.557;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=656;ReadPosRankSum=1.319;SC=CCCAGGTAAGAGCGGCCTGTG;SOR=0.969;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=104;TCF=43;TCR=61;TR=49;WE=15769633;WS=15769615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,75:0.44:169
chr19	15769992	rs2460817	A	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=13;NR=8;PP=396;SC=AGGATGGGGCACCTGGGTGCA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=15770000;WS=15769982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	15770018	rs68106141	T	C	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=6.036;QD=35.51;ReadPosRankSum=3.476;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,33:0.89:37
chr19	15770018	.	TCC	CCT	1188	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=27;MQ=55.01;NF=14;NR=8;PP=1188;QD=56.4303579483;SC=AGTTTCCACCTCCCTCCCCAA;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=22;WE=15770035;WS=15770008;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,22:0.76:29
chr19	15770020	rs2460819	C	T	1313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=5.952;QD=36.49;ReadPosRankSum=3.802;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,32:0.89:36
chr19	15770027	.	A	T	428	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=28;MQ=55.21;NF=7;NR=1;PP=428;QD=57.8464015684;SC=CTCCCTCCCCAAGGAACTGCA;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=8;WE=15770035;WS=15770008;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:27,8:0.23:35
chr19	15784061	rs7254013	C	A	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.334;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=51;PP=2094;ReadPosRankSum=-1.284;SC=TTCCTGGTAACTGGACTCCTA;SOR=0.477;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=119;WE=15784069;WS=15784051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr19	15784116	rs7253210	G	A	5032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=64;PP=2499;SC=GACTCTAATCGGCCCATCTCT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=64;TCR=64;TR=128;WE=15784124;WS=15784106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	15784152	rs17641206	T	C	2884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=73;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1462;ReadPosRankSum=-1.555;SC=GTTACCAGGTTACTGGAGGCC;SOR=0.677;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=94;WE=15784160;WS=15784142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,131:0.71:184
chr19	15784167	rs7254627	A	G	4234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=52;NR=65;PP=2094;SC=GAGGCCACTTAGTTGTTGGTT;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=117;WE=15784175;WS=15784157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	15784195	rs10414690	G	C	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	15784200	rs55794585	C	T	5246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.46;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	15784214	rs56398124	C	T	2901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=52;PP=1788;SC=TCTCAGCCCTCGTTTACTCAC;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=87;WE=15784222;WS=15784185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	15784285	rs56205003	C	T	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=29;PP=1288;SC=ACACTGTCCCCGGAGCTCTTC;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=30;TCR=29;TR=58;WE=15784293;WS=15784275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	15784319	rs56124328	G	T	1846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=21;PP=1339;SC=TCCTCACCCTGCATCCCCTCT;SOR=1.402;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=39;TCR=21;TR=59;WE=15784327;WS=15784309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	15784386	rs16995378	C	T	4997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=45;PP=2382;SC=CCGGTGGCAACGTCCCCATGG;SOR=1.313;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=133;TCF=88;TCR=45;TR=133;WE=15784394;WS=15784376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	15784617	.	A	G	2168	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MMLQ=26;MQ=59.78;NF=30;NR=75;PP=2168;QD=20.9787734528;SC=TCAGTGAGCTAGGTATTGATG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=105;TCF=30;TCR=75;TR=105;WE=15784625;WS=15784607;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	15784660	.	A	G	1239	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=58;MMLQ=28;MQ=59.46;NF=6;NR=45;PP=1239;QD=24.9759061284;SC=GAGAAGCAAGAGAGATGGCTC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=6;TCR=45;TR=51;WE=15784668;WS=15784650;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	15788996	rs28523893	G	A	2900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.988;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1401;ReadPosRankSum=1.274;SC=GGCTATCTGGGCATCCCTTAG;SOR=0.546;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=127;TCF=83;TCR=44;TR=90;WE=15789004;WS=15788986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,128:0.68:187
chr19	15789034	rs28416595	C	A	6379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=65;PP=2667;SC=CTAAAATTAACCATCACAGGA;SOR=0.913;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=156;TCF=91;TCR=65;TR=156;WE=15789042;WS=15789024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr19	15789098	rs609636	A	G	6644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=87;PP=2965;SC=GGGCTTGAAGAACTCGACCCA;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=68;TCR=88;TR=154;WE=15789106;WS=15789088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr19	15789140	rs609290	A	G	5075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=77;PP=2720;SC=GGGCTTTACGATATGGCTGGG;SOR=0.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=133;TCF=56;TCR=77;TR=133;WE=15789148;WS=15789130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	15791132	rs2074568	T	A	7224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=1.746;NF=102;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=0.716;SC=GTGAAAGGGGTTGGGGACAAC;SOR=0.720;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=373;TCF=178;TCR=195;TR=220;WE=15791140;WS=15791122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:232,352:0.60:584
chr19	15791180	rs8100667	C	T	8763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=110;NR=159;PP=2965;SC=CTCTTGCCCACTGTCCTTGGC;SOR=0.946;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=110;TCR=161;TR=269;WE=15791188;WS=15791170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr19	15793062	rs7253816	G	A	298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.417;SOR=0.239;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr19	15793068	rs7254785	C	T	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=4;PP=561;SC=GTCTGGTCCTCGCTGGCAATG;SOR=2.885;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=34;WE=15793076;WS=15793052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	15793235	rs2285888	T	C	4334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.801;NF=57;NR=69;PP=1685;ReadPosRankSum=0.494;SC=GGGCAGCAGTTGTCTGGACAT;SOR=0.683;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=189;TCF=87;TCR=102;TR=126;WE=15793243;WS=15793225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,206:0.65:319
chr19	15795842	rs2018030	C	T	2547.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=38;PP=1375;SC=GTCCACCCTCCGGTGCTGAAG;SOR=0.953;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=64;WE=15795850;WS=15795832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	15807884	rs593818	A	G	3973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.441;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=59;PP=1650;ReadPosRankSum=0.960;SC=CCTGAATGTAAGCTTGCAGTG;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=64;TCR=90;TR=101;WE=15807892;WS=15807874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,184:0.63:293
chr19	15808025	rs11669240	A	G	445.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=3.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=14.907;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=17;PP=383;ReadPosRankSum=-0.277;SC=AAGGGGCCTAACCTGGGTGGG;SOR=4.671;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=17;WE=15808033;WS=15808015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
chr19	15838746	rs11672695	A	G	2940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.093;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=16;PP=2962;ReadPosRankSum=1.363;SC=GCTTGGACAGATGAAGGAGGC;SOR=0.483;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=64;WE=15838761;WS=15838736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,71:0.72:98
chr19	15838753	rs34728106	AG	A	3049.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.986;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.614;NF=32;NR=18;PP=2964;ReadPosRankSum=1.106;SC=CAGATGAAGGAGGCGCTCTCA;SOR=0.621;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=46;TCR=26;TR=50;WE=15838761;WS=15838736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,77:0.74:104
chr19	15838967	rs2285955	G	A	6009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.294;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.083;NF=109;NR=94;PP=2870;ReadPosRankSum=2.440;SC=ACCTGTTCACGCTGCTGGGCA;SOR=0.487;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=342;TCF=197;TCR=145;TR=203;WE=15838975;WS=15838957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,284:0.60:471
chr19	15839168	rs2003905	C	T	5067.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=15.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.18;MQRankSum=1.182;QD=19.42;ReadPosRankSum=-0.798;SOR=0.340;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,136:0.52:261
chr19	15839174	rs2285956	C	T	4953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=14.259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.31;MQRankSum=1.644;QD=20.56;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.286;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,128:0.53:241
chr19	15839459	rs11669315	G	A	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.062;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=50;PP=2013;ReadPosRankSum=-0.770;SC=GCGTGGGCTTGGTATGTATCA;SOR=1.085;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=199;TCF=113;TCR=86;TR=124;WE=15839467;WS=15839449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,154:0.61:252
chr19	15839921	rs11669723	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.003;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=154;ReadPosRankSum=0.379;SC=TATATGACAACACTCATCACA;SOR=0.495;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=11;WE=15839929;WS=15839911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chr19	15852223	rs1966357	A	C	3422.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=32;PP=1801;ReadPosRankSum=2.372;SC=AGAACTACAGAACCATATCTG;SOR=0.543;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=141;TCF=100;TCR=41;TR=101;WE=15852231;WS=15852213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,147:0.70:210
chr19	15853080	rs2240229	G	A	1350.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.759;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.822;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=763;ReadPosRankSum=1.344;SC=ATCATTTTCAGTCTAAGGAAC;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=44;WE=15853088;WS=15853070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr19	15881751	rs8112713	A	C	6299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.226;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=130;NR=70;PP=2962;ReadPosRankSum=2.498;SC=CATTTGACATAAAGCTCCATT;SOR=0.836;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=180;TCR=99;TR=200;WE=15881759;WS=15881741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,278:0.69:403
chr19	15881909	rs4807985	A	G	6572.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.368;NF=85;NR=121;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.990;SC=GGATGACGGCATCTGTGAAGT;SOR=0.613;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=281;TCF=114;TCR=167;TR=206;WE=15881917;WS=15881899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,293:0.73:402
chr19	15881953	rs4807986	A	G	5447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.657;NF=70;NR=101;PP=2962;ReadPosRankSum=1.184;SC=CGGAAGCGCCACCCGTCATGG;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=234;TCF=95;TCR=139;TR=171;WE=15881961;WS=15881943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,238:0.72:330
chr19	15882884	rs3752144	C	T	1976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-10.572;NF=61;NR=39;PP=1509;ReadPosRankSum=1.989;SC=TGCATTTCTGCAGACTGTCCA;SOR=0.843;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=159;TCF=95;TCR=64;TR=100;WE=15882892;WS=15882874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,98:0.48:206
chr19	15882980	rs3752143	AT	GG	4468.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=3.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-13.138;NF=36;NR=61;PP=2944;ReadPosRankSum=1.260;SC=GGCCAGAGAAATGAAGACGGC;SOR=0.801;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=168;TCF=65;TCR=103;TR=97;WE=15882989;WS=15882970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,116:0.52:223
chr19	15890625	rs11673423	CG	GA	4568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.399;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=34;PP=2108;ReadPosRankSum=-0.619;SC=GCCAGGAAGCCGGCCAGGAGC;SOR=0.722;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=189;TCF=77;TCR=112;TR=56;WE=15890634;WS=15890615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:228,128:0.36:356
chr19	15890725	rs56378626	G	T	710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=386;ReadPosRankSum=0.402;SC=GCGGCATCCTGCAGGGCAGAC;SOR=0.560;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=15;TCR=50;TR=27;WE=15890733;WS=15890715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,36:0.45:80
chr19	15904853	rs11085991	G	A	5302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.804;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=55;PP=2140;ReadPosRankSum=0.939;SC=ACTAGGGGTGGCCGCCATGCA;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=227;TCF=134;TCR=93;TR=136;WE=15904861;WS=15904843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,243:0.64:382
chr19	15905002	rs4808379	T	C	13295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=167;NR=166;PP=2965;SC=TCATGGCCACTGTCTGGAGCG;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=333;TCF=167;TCR=166;TR=333;WE=15905010;WS=15904992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,513:1.00:513
chr19	15905206	rs4808380	T	C	4045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.234;NF=72;NR=74;ReadPosRankSum=-1.889;SC=TCCTGCTCACTGTCATGGGCT;SOR=0.659;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=254;TCF=122;TCR=132;TR=146;WE=15905214;WS=15905196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,182:0.54:334
chr19	15905289	rs61754873	G	T	2722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.551;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.371;NF=53;NR=47;PP=1346;ReadPosRankSum=0.079;SC=TGCACCTGCCGGGTGGGCTGC;SOR=0.761;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=299;TCF=153;TCR=146;TR=100;WE=15905297;WS=15905279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:298,150:0.33:448
chr19	15905431	rs4808381	T	C	7730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=105;PP=2965;SC=CCTGTGGAGATGATGTGCTGG;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=95;TCR=105;TR=200;WE=15905439;WS=15905421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr19	15905468	rs62106065	T	G	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.712;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-1.115;NF=32;NR=24;PP=787;ReadPosRankSum=0.187;SC=GGGCTTGGTGTGTATCACGGC;SOR=0.508;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=56;WE=15905476;WS=15905458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,60:0.31:194
chr19	15905505	rs62106066	T	C	1061.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.133;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=7.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.25;MQRankSum=-2.100;QD=7.42;ReadPosRankSum=0.650;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,50:0.35:143
chr19	15905529	rs62621417	C	A	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=11.322;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.98;MQRankSum=-1.889;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.983;SOR=1.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,47:0.34:140
chr19	15905639	rs3746151	C	T	4841.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.709;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.060;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.133;NF=88;NR=78;PP=2735;ReadPosRankSum=-1.570;SC=CGTCATTTACCTGAAGCCCAA;SOR=0.877;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=254;TCF=127;TCR=127;TR=166;WE=15905647;WS=15905629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,218:0.64:343
chr19	15905941	rs56117700	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=4.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	15918380	rs28426969	C	T	2163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FS=0.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=1.883;QD=5.74;ReadPosRankSum=0.279;SOR=0.662;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,125:0.33:377
chr19	15918500	rs148327766	G	A	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.777;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.156;NF=31;NR=26;ReadPosRankSum=-0.555;SC=AGCCCATGACGGTGAGCAGGA;SOR=0.515;SbPval=0.21;Source=Platypus;TCF=63;TR=57;WE=15918508;WS=15918490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,68:0.40:168
chr19	15918647	rs4081570	G	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FS=41.056;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.59;MQRankSum=-11.291;QD=1.76;ReadPosRankSum=-3.036;SOR=3.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:198,22:0.10:220
chr19	15918654	rs4808382	G	A	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=74.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.67;MQRankSum=-12.020;QD=1.82;ReadPosRankSum=-2.763;SOR=6.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,26:0.12:226
chr19	15918802	rs4808383	C	G	2443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.544;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.450;NF=28;NR=57;PP=1355;ReadPosRankSum=-0.306;SC=ACAGAGAAGCCGACGAGGATG;SOR=0.907;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=146;TCF=53;TCR=93;TR=85;WE=15918810;WS=15918792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,118:0.60:198
chr19	15932684	rs62106092	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.374;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=3;PP=289;ReadPosRankSum=0.509;SC=CCATGTATTCGAAATGAACTG;SOR=1.387;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=18;WE=15932692;WS=15932674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,19:0.35:54
chr19	15932760	rs3761011	A	G	2499.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=1.874;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,125:0.65:193
chr19	15932941	rs3761012	A	G	1656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.357;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=30;PP=930;ReadPosRankSum=-1.428;SC=GTTTGCGTCCAAGGCGATCTC;SOR=0.575;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=59;WE=15932949;WS=15932931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,79:0.58:137
chr19	15933155	rs367984219	A	AT	363.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr19	15990431	rs2108622	C	T	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.126;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=16;PP=771;ReadPosRankSum=0.943;SC=TCCGGCCACACAGCTGGGTTG;SOR=0.842;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=174;TCF=115;TCR=59;TR=54;WE=15990439;WS=15990421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,96:0.33:291
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chr19	15996907	rs3093160	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=17;PP=309;ReadPosRankSum=1.393;SC=GCTGCTTCAGCACCCGAAGGT;SOR=0.647;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=102;TCF=54;TCR=48;TR=34;WE=15996915;WS=15996897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,41:0.33:125
chr19	15997136	rs3093159	A	AC	2207.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-1.050;QD=14.92;ReadPosRankSum=1.770;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,95:0.64:148
chr19	16006178	rs8109064	A	G	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.368;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=384;ReadPosRankSum=0.328;SC=AAATTGATGAATACATGAAAG;SOR=0.814;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=64;TCR=6;TR=24;WE=16006186;WS=16006168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
chr19	16006413	rs3093114	G	A	1168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=32;PP=640;ReadPosRankSum=-0.156;SC=GGGGGTAGGTGGCCACCAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=153;TCF=50;TCR=103;TR=49;WE=16006421;WS=16006403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,65:0.33:197
chr19	16008099	rs2074902	T	C	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.182;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.074;NF=19;NR=5;PP=289;ReadPosRankSum=-0.026;SC=ATGAGTAAGATGCCTCCTCTG;SOR=0.926;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=49;TCF=40;TCR=9;TR=24;WE=16008107;WS=16008089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,24:0.41:59
chr19	16008257	rs3093106	T	C	3142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=440;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.530;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=988;ReadPosRankSum=1.434;SC=AGTTCCGTCTTGGGGGTTGTG;SOR=0.627;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=228;TCF=120;TCR=108;TR=91;WE=16008265;WS=16008247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,174:0.40:436
chr19	16008388	rs3093105	A	C	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.416;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.288;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,41:0.27:154
chr19	16008434	rs3093103	A	G	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=3.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=195;ReadPosRankSum=-0.712;SC=TGCAGGGCAGACGGGATGGAC;SOR=0.483;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=59;TCF=9;TCR=50;TR=15;WE=16008442;WS=16008424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,16:0.25:63
chr19	16008469	rs3093100	C	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=4.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=29;ReadPosRankSum=-1.064;SC=GCCCAGAGAACGGCCCAGGGA;SOR=0.336;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=5;WE=16008477;WS=16008459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,5:0.21:24
chr19	16024538	rs1060467	A	G	2925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=28.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.509;SOR=2.013;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,159:0.58:272
chr19	16024662	rs1064796	G	C	5460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=93;PP=2431;SC=AGTGCAGCAGGGTGAGCGCCA;SOR=1.281;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=137;TCF=43;TCR=94;TR=136;WE=16024670;WS=16024652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr19	16025176	rs1060463	C	T	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.221;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.862;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=25;PP=765;ReadPosRankSum=-0.432;SC=TTCTCTTGGTCGAAACGGAAG;SOR=0.591;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=69;TCF=35;TCR=34;TR=52;WE=16025184;WS=16025166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,73:0.74:99
chr19	16025312	rs12985248	T	G	2225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=28;PP=997;ReadPosRankSum=-1.222;SC=GTGTCTCCATTGAGGAGAGGT;SOR=0.649;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=61;WE=16025320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,100:0.74:135
chr19	16033379	rs4808409	G	T	1864.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.726;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=43;PP=1014;ReadPosRankSum=0.591;SC=GATGTCTCTTGGTCACCACCA;SOR=0.805;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=96;TCF=28;TCR=68;TR=59;WE=16033387;WS=16033369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,82:0.65:126
chr19	16034714	rs8104361	A	G	12141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=132;NR=173;PP=2965;SC=GGGAGGGTGCAGCGCCGCTCC;SOR=0.908;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=309;TCF=135;TCR=174;TR=305;WE=16034722;WS=16034704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr19	16035517	rs3746156	G	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=4;PP=477;ReadPosRankSum=-1.289;SC=TCCTTTTCCAGCCTACTCCCT;SOR=0.703;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=25;WE=16035525;WS=16035516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr19	16038334	rs2219358	G	A	3249.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.999;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=68;PP=1704;ReadPosRankSum=-2.072;SC=GGAGAGGGGTGAGAGAAGGAC;SOR=0.890;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=142;TCF=50;TCR=92;TR=100;WE=16038342;WS=16038324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,150:0.73:205
chr19	16038390	rs2305803	G	T	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=28;PP=687;ReadPosRankSum=-0.155;SC=GCACTTCCACGCATCCCACCC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=35;WE=16038398;WS=16038380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr19	16040292	rs3765070	A	G	1597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.961;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=26;PP=830;ReadPosRankSum=0.115;SC=TAGGCCGGATAATGTCAGGGT;SOR=0.625;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=50;WE=16040300;WS=16040282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,73:0.69:106
chr19	16040473	rs4808414	T	C	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.979;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=0.514;SC=CCTGAATTAATCATGAATTCC;SOR=0.884;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=14;TCR=23;TR=21;WE=16040481;WS=16040463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,35:0.56:62
chr19	16045141	rs2305801	T	C	10561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=154;PP=2965;SC=GCCAGGAGCCTCCAACCAGCA;SOR=0.903;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=265;TCF=111;TCR=154;TR=265;WE=16045149;WS=16045131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr19	16045294	rs2305800	A	G	920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=631;SC=GGACAGTGGAAAGGGGCAAGG;SOR=2.621;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=16045302;WS=16045284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	16060021	rs16980821	C	T	14528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NR=194;PP=2965;SC=GCACCCTCTCCGTCTCTGAGA;SOR=0.809;Source=Platypus;TCR=198;WE=16060029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,565:1.00:565
chr19	16060117	rs16980994	C	A	9060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.039;NF=120;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=0.436;SC=CTTGTGCCAACCAGATGTTCT;SOR=0.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=121;TCR=138;TR=257;WE=16060125;WS=16060107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,336:1.00:337
chr19	16060248	rs16980822	A	G	10492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=145;PP=2965;ReadPosRankSum=1.398;SC=GACTGTGCCCATCTTGTGGCC;SOR=0.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=272;TCF=126;TCR=146;TR=271;WE=16060256;WS=16060238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,407:1.00:409
chr19	16060658	rs11880184	A	G	1818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=38;PP=1244;SC=CACCACCTATACTGTCTTCAC;SOR=1.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=55;WE=16060666;WS=16060648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	16060827	rs1594685	T	G	2227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=32;PP=978;SC=CTGTTGTAAGTGTTCAGGTAT;SOR=1.030;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=55;WE=16060835;WS=16060817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	16130594	rs11669662	G	C	997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.243;SOR=1.070;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,32:0.28:116
chr19	16130604	rs7250074	T	C	1094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.595;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.878;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,37:0.29:127
chr19	16131679	rs757545	T	C	2088.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=1.772;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:268,126:0.32:394
chr19	16136405	rs4808423	C	T	768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=13;PP=325;ReadPosRankSum=-0.725;SC=GCCCTGAAACCCGGCCCTGCC;SOR=0.666;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=113;TCF=73;TCR=40;TR=35;WE=16136413;WS=16136395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,50:0.26:189
chr19	16136528	rs140634016	G	GCAGCACCTGGC	1965.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.604;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,57:0.29:198
chr19	16136923	rs757546	T	C	1235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.602;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=35;PP=593;ReadPosRankSum=-1.402;SC=AGCACTCATCTGGGGTTGGCA;SOR=1.009;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=155;TCF=64;TCR=91;TR=52;WE=16136931;WS=16136913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,80:0.30:265
chr19	16137025	rs757547	C	A	268.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=174;ReadPosRankSum=-0.264;SC=AAACCCAGCCCAGCAAGCAGC;SOR=0.702;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=13;WE=16137033;WS=16137015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr19	16137052	rs757548	A	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=30;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=96;ReadPosRankSum=0.255;SC=CCGGGCCCCCAAGCCCGCCAG;SOR=0.336;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=8;WE=16137060;WS=16137042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr19	16146400	rs17683335	A	G	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.650;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=1.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.450;SOR=0.777;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,100:0.27:369
chr19	16178587	rs4808031	A	C	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=59;PP=1494;SC=GGCTGCTGGGAGTCCTCTCTG;SOR=1.135;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=36;TCR=59;TR=95;WE=16178595;WS=16178577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	16192898	rs3826722	A	G	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=24;PP=690;ReadPosRankSum=-0.712;SC=GTTTGCTTTTAGAAAATGGGG;SOR=0.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=47;WE=16192906;WS=16192888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,75:0.58:129
chr19	16192958	rs3786577	A	G	1084.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=563;ReadPosRankSum=0.156;SC=CAAGGTCACAAGGACATGCAT;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=39;WE=16192966;WS=16192948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,52:0.59:88
chr19	16197421	rs2303149	A	G	898.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=384;ReadPosRankSum=0.476;SC=TAGGGAGGACACCGGGGCCAA;SOR=0.696;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=23;WE=16197429;WS=16197411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,44:0.57:77
chr19	16236557	rs10416989	G	A	2301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=60;PP=1700;SC=GCCCCACCCCGGAGCCCCTCG;SOR=3.086;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=9;TCR=60;TR=69;WE=16236565;WS=16236547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	16254597	rs35735569	A	G	2782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1213;ReadPosRankSum=1.150;SC=ATGTGACCCAAGAGCCTCAGC;SOR=0.702;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=74;WE=16254605;WS=16254587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,127:0.71:178
chr19	16254694	rs2446366	A	G	1608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.27;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	16268207	rs5827321	TA	T	12929.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=527;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=161;PP=2975;SC=CGGCAGCAGCTAAAAAAGCCA;SOR=0.757;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=240;TCF=67;TCR=173;TR=219;WE=16268215;WS=16268197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr19	16268423	rs371188314	G	T	6410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.925;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=92;PP=2740;ReadPosRankSum=-1.524;SC=CACCAGGAAGGCCGAGAGGTC;SOR=0.538;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=230;TCF=96;TCR=134;TR=164;WE=16268431;WS=16268413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,290:0.70:413
chr19	16272367	rs77495785	C	A	1318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=1.230;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.99;ReadPosRankSum=0.793;SOR=0.576;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,72:0.44:165
chr19	16275515	rs6512086	A	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.635;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.682;SOR=0.702;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:139,58:0.29:197
chr19	16275655	rs6512087	C	T	2817.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=593;ExcessHet=3.0103;FS=0.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=-0.656;QD=4.80;ReadPosRankSum=-0.754;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:409,178:0.30:587
chr19	16275772	rs4808461	A	G	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=22;PP=465;ReadPosRankSum=2.847;SC=CAGGAGGGCTAGGCCGGCTGT;SOR=0.293;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=111;TCF=34;TCR=77;TR=36;WE=16275780;WS=16275762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,51:0.34:148
chr19	16280634	rs2003419	A	G	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=1.182;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,5:0.24:21
chr19	16283852	.	TACACAC	T	420.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=3.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=1.293;QD=13.15;ReadPosRankSum=1.538;SOR=1.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chr19	16301312	rs206231	A	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=1.599;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-1.102;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,35:0.28:127
chr19	16308786	.	T	TCGCTGCCGCCGCCACCGCCCTCGGC	581.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.87;ReadPosRankSum=2.171;SOR=0.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,14:0.29:49
chr19	16435717	rs8106384	T	C	8327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=0.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,330:1.00:330
chr19	16435853	rs7248864	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=-2.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=10;PP=194;ReadPosRankSum=0.859;SC=CCGTGGGCGGCGGGCTCGGGG;SOR=0.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=20;WE=16435861;WS=16435843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,36:0.47:77
chr19	16436262	rs3745318	T	C	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=32;PP=702;SC=GATGCGCCGCTGGGGCCCGCA;SOR=1.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=13;TCR=33;TR=45;WE=16436270;WS=16436252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	16487905	rs11086030	T	C	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-0.267;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,12:0.32:37
chr19	16513357	rs34782743	CT	C	252.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.795;QD=3.51;ReadPosRankSum=0.908;SOR=0.928;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,24:0.33:72
chr19	16514771	rs873636	A	G	405.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.895;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=13;PP=203;ReadPosRankSum=0.237;SC=GATGTTAAAGAGATTCACAGT;SOR=0.906;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=17;WE=16514779;WS=16514761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,26:0.27:96
chr19	16539347	rs71178694	G	GAAGA	1490.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.65;QD=51.40;SOR=5.353;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	16539356	rs4808510	C	A	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.98;MQRankSum=2.765;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.868;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr19	16552914	rs2305781	G	A	915.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=19;PP=586;ReadPosRankSum=-0.228;SC=CCGCTCAGCCGGGCTTCTATT;SOR=0.695;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=119;TCF=58;TCR=61;TR=40;WE=16552922;WS=16552904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,50:0.31:161
chr19	16582785	rs7252649	G	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=1.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.781;SOR=0.591;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr19	16591464	rs9305079	G	A	2612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.36;ReadPosRankSum=-1.171;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,123:0.68:182
chr19	16593189	rs138347151	CAACAA	C	2967.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=19;PP=2012;SC=GACCCTGTCTCAACAAAACAA;SOR=1.131;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=50;TCF=23;TCR=27;TR=32;WE=16593211;WS=16593179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	16593203	rs75847259	A	G	1673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=-0.374;QD=17.44;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=0.587;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,79:0.82:96
chr19	16593415	rs8100755	G	A	1715.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.360;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=34;PP=1063;ReadPosRankSum=-0.522;SC=AACCATATGGGGTGGTCTCAA;SOR=0.796;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=96;TCF=44;TCR=52;TR=61;WE=16593423;WS=16593405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,79:0.57:138
chr19	16593573	rs10403020	G	A	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=171;ReadPosRankSum=-0.902;SC=TGGTGCTGGCGTCCAGAAAAT;SOR=1.022;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=15;WE=16593581;WS=16593563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,22:0.37:60
chr19	16594967	rs10413787	A	G	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=342;ReadPosRankSum=-2.371;SC=TTAAATCCTCAATTTCTTTTT;SOR=1.314;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=10;WE=16594987;WS=16594957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
chr19	16594979	rs7252242	C	T	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.84;ReadPosRankSum=-2.417;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr19	16596142	.	CT	C	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=0.021;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,11:0.31:36
chr19	16601154	rs3810196	T	C	2370.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.375;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=27;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.277;SC=CTAGAAGTGGTTGTGTTGCAC;SOR=0.413;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=126;TCF=89;TCR=37;TR=83;WE=16601176;WS=16601144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,103:0.67:153
chr19	16601168	rs3810197	G	A	1199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=3.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.374;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=15;PP=1513;ReadPosRankSum=0.123;SC=GTTGCACCACGTAAACTCACC;SOR=1.374;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=166;TCF=104;TCR=62;TR=57;WE=16601176;WS=16601144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,68:0.33:209
chr19	16601194	rs3810198	C	T	4277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=8.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.564;SOR=0.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,202:0.69:294
chr19	16606742	rs3810199	G	C	2455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=46;PP=1595;SC=GGGGACCCTCGAGGATTCGAG;SOR=1.525;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=21;TCR=46;TR=67;WE=16606750;WS=16606732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	16606766	rs3810200	G	C	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=39;PP=1218;SC=TCGCTGCCGTGGACCCCGTGG;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=23;TCR=39;TR=62;WE=16606774;WS=16606756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	16611527	rs62118143	T	A	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.805;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=33;ReadPosRankSum=1.238;SC=TGTGAGCTTTTGCCAAGTAGG;SOR=0.330;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=6;WE=16611535;WS=16611517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr19	16611978	rs728116	T	C	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=1.106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,70:0.30:233
chr19	16612011	rs728117	T	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=3.484;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-1.538;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,93:0.32:289
chr19	16612365	rs7251978	G	A	481.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=3.471;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.42;ReadPosRankSum=-0.974;SOR=0.354;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,29:0.39:75
chr19	16612368	rs11397471	A	AT	913.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.213;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
chr19	16613797	rs61130725	CA	C	154.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=8.804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=2.808;QD=1.56;ReadPosRankSum=-2.321;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,26:0.26:99
chr19	16617646	rs28716321	T	A	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.424;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,16:0.50:32
chr19	16628186	rs28447467	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=286;ReadPosRankSum=1.394;SC=GCACACACACGCACACAAACA;SOR=0.546;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=95;TCF=41;TCR=54;TR=28;WE=16628194;WS=16628176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,66:0.40:165
chr19	16631322	rs2303119	T	C	610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.216;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=21;PP=316;ReadPosRankSum=-0.048;SC=GGGTCCGCTGTGGGGAGAGGC;SOR=1.028;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=109;TCF=42;TCR=67;TR=33;WE=16631330;WS=16631312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,44:0.26:167
chr19	16631776	rs8111801	G	C	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=28;PP=536;ReadPosRankSum=-1.794;SC=CCACAAGGAAGTCGTGAAAAA;SOR=0.671;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=174;TCF=81;TCR=93;TR=51;WE=16631784;WS=16631766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,110:0.34:322
chr19	16633950	rs1043481	T	C	2329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=43;PP=1162;SC=TGATGTGGGGTGGGCCCTGTC;SOR=1.046;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=68;WE=16633958;WS=16633940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	16652643	rs117855162	C	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.331;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr19	16664803	rs117614705	C	T	163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.654;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-1.933;NF=0;NR=5;PP=58;ReadPosRankSum=-0.785;SC=TGGCTGGCTGCGGTGGCTCAC;SOR=1.483;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=5;WE=16664811;WS=16664793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr19	16666101	rs2287869	G	C	1868.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.166;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=804;ReadPosRankSum=1.526;SC=AGTAGCTCAGGGGGCTAACGA;SOR=0.929;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=114;TCF=47;TCR=67;TR=63;WE=16666109;WS=16666091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,97:0.48:204
chr19	16676026	.	CT	C	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=1.485;QD=1.68;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr19	16770093	.	CAAAAA	C	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.922;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.82;ReadPosRankSum=1.383;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr19	16797240	rs2249827	A	G	3268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=40;PP=1382;SC=TTCTTGCAGCATTCTTGCCTT;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=81;WE=16797248;WS=16797230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	16798927	rs2547112	T	C	20334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=802;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=249;NR=195;PP=2965;SC=CTGTCTCTCTTGCTGTCTCCC;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=445;TCF=250;TCR=195;TR=444;WE=16798935;WS=16798917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,797:1.00:797
chr19	16855265	rs812847	A	G	6408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.95;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	16855990	rs7247028	A	G	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=17;PP=614;SC=GCGAAAGGGGAAATTCCTTAT;SOR=0.853;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=16855998;WS=16855980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	16856015	rs3848654	T	C	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=15;PP=500;SC=CCATCAGATCTTGTGAGACTT;SOR=0.984;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=16856023;WS=16856005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	16860084	rs11668502	C	T	2515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=0.561;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=-1.995;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:351,160:0.31:511
chr19	16860105	rs706764	G	A	12405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=134;NR=147;PP=2965;SC=CTGCCTGGACGCTGATGCCCA;SOR=0.770;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=283;TCF=134;TCR=149;TR=281;WE=16860113;WS=16860095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr19	16860558	rs61733271	G	A	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.803;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.863;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=49;PP=1448;ReadPosRankSum=1.694;SC=GACAGTGACCGTCCTGCGGCT;SOR=0.724;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=257;TCF=127;TCR=130;TR=93;WE=16860566;WS=16860548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,113:0.32:354
chr19	16860602	rs61731252	T	C	2339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=50;PP=1370;ReadPosRankSum=-1.365;SC=CAGATGCCCGTGGCCTGCTGA;SOR=0.724;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=294;TCF=161;TCR=133;TR=107;WE=16860610;WS=16860592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,127:0.32:396
chr19	16869883	rs116006821	C	G	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-1.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=3;PP=227;ReadPosRankSum=-0.631;SC=CCTAACCGTGCTTGGTACCTT;SOR=0.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=35;TCR=7;TR=17;WE=16869891;WS=16869882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr19	16872940	rs773852	G	A	1927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.492;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=45;PP=986;ReadPosRankSum=2.585;SC=CACTGAACTTGGACCGAAAGG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=52;TCR=102;TR=68;WE=16872948;WS=16872930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,98:0.41:240
chr19	16876099	rs4808526	T	C	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=42;PP=1214;SC=TTTTCATCAATTCTCATACCT;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=55;WE=16876107;WS=16876089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	16899838	rs2608737	A	T	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=8;PP=778;SC=ACCCTCGCCAACTCTGCTTCA;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=16899846;WS=16899828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	16905474	rs2431802	G	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=14;PP=351;SC=GGTTAGCAACGTTTTCTGCCA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=16905482;WS=16905464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	16923494	rs773894	C	G	626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=4.563;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=1.607;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,42:0.25:170
chr19	16957638	rs2241377	A	C	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=0;PP=633;SC=AAGATCCACAAGTGTGCAGAC;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=23;TCR=0;TR=23;WE=16957646;WS=16957629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	16976117	rs10625481	A	AC	74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.50;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	16976286	rs773911	A	G	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=21;PP=1207;SC=AGAAGAAGCTATCTCGGATGG;SOR=1.247;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=62;WE=16976294;WS=16976276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	16988456	rs2303090	A	G	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=37;PP=1108;SC=CAGAGGTAAGAGGCCCTGAGA;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=53;WE=16988464;WS=16988446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	16988476	rs2258663	T	C	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	16988858	.	C	G	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.028;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.102;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=12;PP=739;ReadPosRankSum=-0.327;SC=TTTCTTGTTGCTTCCATTTGC;SOR=0.464;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=42;WE=16988866;WS=16988848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,52:0.71:73
chr19	17006695	.	TGC	T	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=0.323;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr19	17006714	.	GCA	G	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=1.701;NF=2;NR=6;PP=268;ReadPosRankSum=-0.648;SC=GCGCGCGCACGCACACACACA;SOR=0.892;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=8;WE=17006723;WS=17006704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr19	17011950	rs77345177	A	AC	10188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=73;PP=2936;SC=AGCCAGCCTGACCTGGGTGCC;SOR=1.071;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=112;TCF=39;TCR=73;TR=109;WE=17011959;WS=17011940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr19	17017878	rs56408444	G	A	2592.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.621;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=40;PP=915;ReadPosRankSum=-2.149;SC=GGCCAGGGGCGCAGCAGACTC;SOR=0.786;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=89;TCF=32;TCR=57;TR=60;WE=17017886;WS=17017868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,121:0.70:172
chr19	17025292	rs706761	G	A	2241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=417;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=47;PP=976;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CAGCGGGACAGTGCCGTGGAT;SOR=0.808;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=271;TCF=132;TCR=139;TR=87;WE=17025300;WS=17025282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,135:0.33:405
chr19	17032550	rs3745331	A	G	2471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;QD=44.14;SOR=1.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	17032559	rs3745332	T	C	2757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=39.97;SOR=1.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	17056294	rs8100610	G	C	418.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.670;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.011;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=6;PP=321;ReadPosRankSum=0.224;SC=CTCCAGCTGGGCCCAGCTTCA;SOR=1.061;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=76;TCF=51;TCR=25;TR=23;WE=17056302;WS=17056284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,27:0.25:106
chr19	17062644	rs8108234	T	C	308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.309;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,17:0.45:38
chr19	17068524	rs1457091	G	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-3.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=246;ReadPosRankSum=-0.216;SC=TTGAAGTTTTGTGTGTTAGAA;SOR=0.582;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=45;TCF=41;TCR=4;TR=17;WE=17068532;WS=17068514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,18:0.37:49
chr19	17068621	rs1457090	C	G	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.94;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:177,79:0.31:256
chr19	17119560	rs897768	T	C	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=33;PP=786;SC=CAGAAGGGGATGGGCTGGGCC;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=17119568;WS=17119550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	17122630	rs35560062	G	A	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=53;PP=1845;SC=AGATACTGGGGAAGGAGTTTG;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=45;TCR=53;TR=98;WE=17122638;WS=17122620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	17137290	rs11878608	A	C	6109.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=428;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=76;PP=2410;ReadPosRankSum=1.053;SC=TCGCTGCAACACTCTGAGCCA;SOR=0.677;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=212;TCF=112;TCR=100;TR=158;WE=17137298;WS=17137280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,288:0.68:426
chr19	17171035	rs34243090	TA	T	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=1.540;QD=2.45;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr19	17264961	rs2305769	G	C	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.453;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.17;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,41:0.69:59
chr19	17264961	.	GCC	CCT	1518	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;FR=0.5000;HP=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=14;NR=21;SC=GTCAGAGGCAGCCTGCCCTGG;Source=Platypus;TCF=20;TR=35;WE=17264971;WS=17264951;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:19,35:0.65:54
chr19	17264963	rs2305768	C	T	1602.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.505;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=28.62;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr19	17273753	rs12980061	C	T	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-3.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.354;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=8;PP=448;ReadPosRankSum=-1.644;SC=CTGGCTCCCTCGGGGTGCACC;SOR=0.096;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=27;WE=17273761;WS=17273743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,30:0.86:35
chr19	17273893	rs7256689	G	T	1869.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=1041;ReadPosRankSum=0.840;SC=ATGAGCAGCTGCAGTATTACT;SOR=0.694;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=92;TCF=45;TCR=47;TR=62;WE=17273901;WS=17273883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,84:0.62:135
chr19	17283303	rs2279008	T	C	1632.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=2.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=36;PP=1082;ReadPosRankSum=1.723;SC=TGTCTGCCCATCACCACTGGT;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=58;WE=17283311;WS=17283293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,71:0.61:117
chr19	17283383	rs11463235	A	AG	1262.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=15;PP=1465;SC=GCGAGGTTCCAGGTGCTCAGA;SOR=0.859;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=20;TCR=16;TR=34;WE=17283391;WS=17283373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	17301935	rs55959020	G	A	3871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=72;PP=1763;ReadPosRankSum=-1.649;SC=AGGTGCTCCTGCCCAAGGATG;SOR=0.816;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=188;TCF=79;TCR=109;TR=123;WE=17301943;WS=17301925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,185:0.63:293
chr19	17316697	rs12327728	C	G	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=11;PP=1393;SC=GACCAGGAGGCAGAGGCCCCC;SOR=2.084;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=50;TCR=12;TR=60;WE=17316705;WS=17316692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	17326567	rs388484	A	T	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=10;PP=602;SC=CATGATCAGGACATGGGAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=17326575;WS=17326557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	17329935	rs71180373	C	CA	234.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=1.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.01;MQRankSum=-0.876;QD=1.76;ReadPosRankSum=1.216;SOR=0.504;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,32:0.24:133
chr19	17330060	rs414528	T	C	9362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=117;PP=2965;SC=GAGAAGCAGTTGGCAGCTGAG;SOR=0.766;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=230;TCF=111;TCR=119;TR=228;WE=17330068;WS=17330050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr19	17346441	rs146497684	A	T	951.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.41;ReadPosRankSum=-0.827;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,43:0.74:58
chr19	17346854	rs202200760	G	C	152.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.707;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=1.229;SC=AGCGAGTGCGGGATGCGGCCG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=10;WE=17346862;WS=17346844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr19	17360878	rs3745168	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-3.268;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.424;HP=5;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=2;PP=61;ReadPosRankSum=-0.349;SC=GCCTGGCCACACCCCATCAGG;SOR=0.055;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=7;WE=17360886;WS=17360868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,6:0.50:12
chr19	17361116	rs1043963	G	A	1148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.782;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=461;ReadPosRankSum=2.484;SC=TTCGAGCACCGCCACCTCCTC;SOR=0.688;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=97;TCF=51;TCR=46;TR=42;WE=17361124;WS=17361106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,64:0.41:158
chr19	17362526	rs10469471	A	G	1030.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.361;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=565;ReadPosRankSum=0.372;SC=GTTGCGAAGGAGAAGAGAGGG;SOR=0.864;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=42;WE=17362534;WS=17362516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,57:0.38:150
chr19	17362941	rs7247493	A	C	514.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.225;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=257;ReadPosRankSum=0.740;SC=TCAGAGACCCACATCTGGTTC;SOR=0.268;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=55;TCF=14;TCR=41;TR=22;WE=17362949;WS=17362931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,26:0.45:58
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chr19	17374726	rs8112782	G	C	2744.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.365;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=22;PP=1380;ReadPosRankSum=0.696;SC=GTAGGTGTGTGAGCAGAGCAG;SOR=0.834;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=102;TCF=69;TCR=33;TR=71;WE=17374734;WS=17374716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,119:0.71:168
chr19	17382505	rs10420922	A	T	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=574;ReadPosRankSum=1.870;SC=CAGCCATGGCAGGGAGGGTCC;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=23;TCR=41;TR=42;WE=17382513;WS=17382495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,57:0.67:85
chr19	17392483	rs7246262	C	G	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.024;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=9;PP=294;ReadPosRankSum=1.515;SC=TCCTCCCACCCGGGCTCTTAT;SOR=0.886;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=22;WE=17392491;WS=17392473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,30:0.55:55
chr19	17393015	rs1864116	C	T	334.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.409;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=0.047;SC=GACCCCAACGCTCGGTAAGAT;SOR=1.739;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=13;WE=17393023;WS=17393005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr19	17393504	rs1864113	G	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.533;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=244;ReadPosRankSum=-0.102;SC=TGGCCGCCGCGTGGGGCTGCC;SOR=0.399;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=14;WE=17393512;WS=17393494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr19	17393925	rs56069439	C	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=386;ReadPosRankSum=0.812;SC=CTATTTGTGGCCAGCTCTTTC;SOR=0.925;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=24;WE=17393933;WS=17393915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr19	17394504	rs891017	A	C	14545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1081;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.541;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=186;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.276;SC=ACGGACACCAACCCCTGGAGC;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=554;TCF=262;TCR=292;TR=348;WE=17394512;WS=17394494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:395,673:0.63:1068
chr19	17395003	rs11086065	A	G	3078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=69;PP=1720;ReadPosRankSum=0.498;SC=CAGTTTGAGCAGCCAGATCCT;SOR=0.775;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=43;TCR=104;TR=96;WE=17395011;WS=17394993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,135:0.66:205
chr19	17395055	rs11882562	C	G	1773.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.902;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=40;PP=951;ReadPosRankSum=-2.233;SC=CTAGCTTCACCTATCTGCTGC;SOR=1.030;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=77;TCF=19;TCR=58;TR=51;WE=17395063;WS=17395045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,75:0.71:106
chr19	17395182	rs4808614	G	T	311.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=9;PP=380;ReadPosRankSum=-1.116;SC=ATCATCAGCTGCTTCTTCTTC;SOR=0.527;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=14;WE=17395200;WS=17395172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,14:0.56:25
chr19	17395192	rs60208686	CT	C	93.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.793;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.077;HP=11;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=398;ReadPosRankSum=0.047;SC=GCTTCTTCTTCTTTTTTTTTA;SOR=0.275;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=7;WE=17395200;WS=17395172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr19	17396549	rs751599	T	C	2577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1074;ReadPosRankSum=1.134;SC=GTGGTTGCGGTGTTGTGTCCC;SOR=0.645;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=99;TCF=44;TCR=55;TR=76;WE=17396557;WS=17396539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,120:0.73:165
chr19	17396761	rs891018	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=183;ReadPosRankSum=1.067;SC=AACCTGCACATGCATGTATTT;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=15;WE=17396769;WS=17396751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr19	17397481	rs1465581	G	T	362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.41;MQRankSum=1.550;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.116;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,20:0.27:74
chr19	17397483	rs367668712	G	T	795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=1.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.71;MQRankSum=0.306;QD=11.21;ReadPosRankSum=1.931;SOR=0.478;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,32:0.45:71
chr19	17397491	.	G	T	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.96;MQRankSum=1.738;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.815;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr19	17397493	rs371454519	G	T	871.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.96;MQRankSum=1.329;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.759;SOR=0.384;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,33:0.50:66
chr19	17397495	.	GTGTGTT	G	215.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.99;MQRankSum=0.493;QD=3.42;ReadPosRankSum=-0.109;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr19	17397497	.	GTGTT	G	502.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.317;ClippingRankSum=0.000;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=2.146;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.99;MQRankSum=-1.282;QD=7.18;ReadPosRankSum=2.490;SOR=0.552;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr19	17397700	rs10401700	A	C	545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.627;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=432;ReadPosRankSum=1.530;SC=GGGCAACTCCACCTGGAATAG;SOR=2.004;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=21;WE=17397708;WS=17397690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,22:0.73:30
chr19	17403414	rs113634768	C	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=3.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.092;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=2;PP=537;ReadPosRankSum=1.618;SC=GGCGCAGGCTCGGGCCTCCTC;SOR=2.272;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=24;WE=17403422;WS=17403407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,24:0.60:40
chr19	17416590	rs3217329	CT	C	2100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.426;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=60.07;MQRankSum=0.711;NF=24;NR=28;PP=1410;ReadPosRankSum=1.539;SC=CCAACGGCCTCTTTTTTGCAC;SOR=0.889;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=52;WE=17416598;WS=17416580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,101:0.67:150
chr19	17417080	rs11548548	C	T	1919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.56;ReadPosRankSum=2.784;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,98:0.59:166
chr19	17424932	rs2288463	A	G	3034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=35;PP=1571;SC=TGTTCCTGGGACTGGGAGGAA;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=75;WE=17424940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	17424947	rs12327712	T	G	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=24;PP=876;ReadPosRankSum=-1.730;SC=GAGGAATTGGTCACTTCCAGG;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=52;WE=17424955;WS=17424937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,63:0.60:105
chr19	17430319	rs145884597	AAG	A	1229.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.900;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=3.115;NF=18;NR=10;PP=993;ReadPosRankSum=-0.366;SC=TCCGAAAAAAAAGACTCACAG;SOR=0.435;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=74;TCF=55;TCR=19;TR=28;WE=17430328;WS=17430309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,43:0.39:109
chr19	17434587	rs12977101	T	G	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=3;NR=6;PP=154;SC=GCCAGCAGCCTGCGGGCGGTG;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=17434595;WS=17434577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	17435487	.	C	T	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.393;ClippingRankSum=0.000;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=1.134;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,67:0.34:197
chr19	17435851	rs755124	G	T	2591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=42;PP=1298;ReadPosRankSum=0.134;SC=TGGTGGCTCCGGCCCCTGCAG;SOR=0.709;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=73;TCR=72;TR=86;WE=17435859;WS=17435841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,118:0.61:194
chr19	17435884	rs755123	T	C	7451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=32.83;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr19	17435884	.	TGAC	CGAC,CGAT	1338	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=74,21;NR=74,26;PP=1338,670;QD=9.27548116586;SC=ATGTGGCCCCTGACGAGAGGA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=74;TCR=75;TR=148,47;WE=17435895;WS=17435874;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.99:149
chr19	17435887	rs56286266	C	T	1502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FS=0.492;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.646;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,84:0.35:242
chr19	17438642	rs8102944	A	G	11712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=176;PP=2965;SC=AGAAGAGCACAACGTAGCCGA;SOR=1.150;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=275;TCF=97;TCR=178;TR=272;WE=17438650;WS=17438632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,435:1.00:435
chr19	17438918	rs11667523	T	C	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.561;HP=2;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=2449;ReadPosRankSum=0.409;SC=TCGGACGGTGTGTCCCGTCCC;SOR=0.521;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=103;TCF=71;TCR=32;TR=39;WE=17438938;WS=17438908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,23:0.51:45
chr19	17438923	rs113207944	C	T	480.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.010;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=2.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.294;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr19	17438930	.	G	GGCGAGGCCCCGCCCCCT	904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.04;ReadPosRankSum=0.474;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,22:0.51:43
chr19	17439320	rs76655932	C	T	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.373;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=4.553;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.264;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr19	17441093	rs75616124	G	T	3367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.927;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=55;PP=1596;ReadPosRankSum=-0.680;SC=GCTCATCCCAGCTGCAGGGCT;SOR=0.645;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=67;TCR=78;TR=103;WE=17441101;WS=17441083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,148:0.71:208
chr19	17441488	rs1529482	C	T	245.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=177;ReadPosRankSum=-0.039;SC=ACCTCTCCCCCTGGGGAGCAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=9;WE=17441496;WS=17441485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr19	17441909	rs61734355	T	G	5754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=436;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.537;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.220;SC=GATCAGCCTCTGTGAATGTGT;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=289;TCF=124;TCR=165;TR=184;WE=17441917;WS=17441899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,267:0.62:428
chr19	17443891	rs79771034	G	A	4021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.980;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=59;PP=1782;ReadPosRankSum=-0.281;SC=TGCATGCGGGGGCCCAGAGCC;SOR=0.643;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=187;TCF=95;TCR=92;TR=116;WE=17443899;WS=17443881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:111,189:0.63:300
chr19	17448961	rs1864112	A	C	27158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=4.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1064;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=280;NR=273;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.137;SC=GAATTCTCACAGCACCCCGAG;SOR=0.429;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=557;TCF=281;TCR=276;TR=553;WE=17448969;WS=17448951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,1057:1.00:1060
chr19	17449157	rs75326392	C	G	8812.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=641;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.138;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.201;SC=CCTCCTGTCACCTGTCTGTCA;SOR=0.779;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=385;TCF=171;TCR=214;TR=247;WE=17449165;WS=17449147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,399:0.63:636
chr19	17449602	rs75211789	C	T	10917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=174;PP=2962;ReadPosRankSum=0.573;SC=TCTGTGCAACCCCTGCATGAG;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=449;TCF=200;TCR=249;TR=312;WE=17449610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,490:0.67:728
chr19	17449699	rs45541332	A	G	5024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=92;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.021;SC=GGGCTGGACAAATTGGGTGTG;SOR=0.796;Source=Platypus;TCR=136;TR=155;WE=17449707;WS=17449689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,211:0.65:323
chr19	17450016	rs3810206	T	C	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=101;PP=2965;SC=CGCTCAGGGGTGCACGTAGTG;SOR=0.759;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=195;TCF=83;TCR=112;TR=184;WE=17450024;WS=17450006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr19	17450445	rs11669718	GG	CA	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.332;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=460;ReadPosRankSum=1.254;SC=GGGAACGCGGGGCCCTTTCTC;SOR=1.387;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=12;WE=17450454;WS=17450435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,14:0.30:47
chr19	17451736	rs75893526	C	T	815.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.134;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=521;ReadPosRankSum=0.185;SC=TCCTCCCTCCCGACCTCACGC;SOR=1.051;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=28;WE=17451744;WS=17451726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,38:0.68:56
chr19	17452527	rs919333	G	T	738.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=2.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.637;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=25;PP=560;ReadPosRankSum=0.777;SC=ATCCAGGGAAGTCGCACCCAA;SOR=1.165;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=28;WE=17452535;WS=17452517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,29:0.64:45
chr19	17502698	rs2278235	G	A	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=11;NR=46;PP=1337;SC=AGGCAGAGGAGAGGAGGAGTG;SOR=2.269;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=12;TCR=46;TR=57;WE=17502706;WS=17502688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	17514440	rs919265	G	C	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=24;NR=8;PP=829;SC=TCCCCGCCCCGCTTCCCCAGC;SOR=1.255;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=17514459;WS=17514430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	17514646	rs113321277	T	TGGG	15838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=94;PP=2924;SC=GCGGTACAGATGGCAAATCAG;SOR=0.838;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=129;TCF=27;TCR=102;TR=120;WE=17514654;WS=17514636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
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chr19	17516400	rs111617488	A	AGCTGAAAG	7791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=61;PP=2965;SC=TCTCCCCTTTAGAGTCTGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=98;TCF=8;TCR=90;TR=69;WE=17516408;WS=17516390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
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chr19	17535546	rs4808636	C	T	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=23;PP=1862;SC=CCTGAGGGGCCGGCACCCGCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=77;WE=17535554;WS=17535536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	17535658	rs4808637	A	C	13157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.50;ReadPosRankSum=1.438;SOR=0.122;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,514:1.00:516
chr19	17544039	rs62125232	C	T	488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=366;SC=ACTGTCCACACCCTAGAACAT;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=17544047;WS=17544029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	17544165	rs10415889	C	T	4330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=36;PP=1575;SC=AGATCACCTCCGTTTGTAAAG;SOR=0.818;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=82;WE=17544173;WS=17544155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	17544375	rs55761990	G	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=16;PP=467;SC=TCCCCTTCCAGGCAGTGCAGA;SOR=3.500;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=17544383;WS=17544365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	17547292	rs4808641	A	G	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.71;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	17556054	rs3810209	A	G	6499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=116;PP=2965;SC=CAAGGGCCACATGTCTGAGGA;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=68;TCR=117;TR=184;WE=17556062;WS=17556044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	17559076	rs4808643	T	C	4153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=38;PP=1575;SC=GGCAGCAGCGTCCCGGCCGCG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=76;WE=17559084;WS=17559066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	17566409	rs56384297	G	T	202.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.029;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=110;ReadPosRankSum=1.552;SC=TGGGGTGGGGGTGGAGGTTCA;SOR=1.445;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=9;WE=17566417;WS=17566399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr19	17571200	rs12984622	A	G	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=3;PP=600;SC=CATGGAAGCCAGCATGTGGAA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=31;TCF=28;TCR=3;TR=31;WE=17571208;WS=17571190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	17571744	rs7248402	T	C	347.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.450;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=200;ReadPosRankSum=0.422;SC=CTGGCTCCTCTCCCAGAAATA;SOR=0.428;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=14;WE=17571752;WS=17571734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr19	17571766	rs890839	A	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=19;PP=548;SC=AAATCTTTAGAAAACCAGCTT;SOR=2.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=17571774;WS=17571756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	17597830	rs12979251	G	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.726;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.329;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=15;PP=395;ReadPosRankSum=-0.619;SC=CGGGCGGGGAGATGCTGCGCC;SOR=1.288;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=22;WE=17597838;WS=17597820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,25:0.69:36
chr19	17611261	rs3746318	G	A	5830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.134;SC=GGGTCCCCACGCCCTGCCTGC;SOR=0.629;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=274;TCF=146;TCR=128;TR=191;WE=17611269;WS=17611251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,259:0.66:390
chr19	17611490	rs11879407	T	G	6619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.183;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=0.514;SC=ATGGGGATCCTCCACCCATCT;SOR=0.830;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=283;TCF=128;TCR=155;TR=188;WE=17611498;WS=17611480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,310:0.67:460
chr19	17612251	rs11668681	T	C	3953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.455;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=59;PP=1568;ReadPosRankSum=-1.211;SC=CCCACTCCAATCTCTCTCTTC;SOR=0.805;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=78;TCR=92;TR=108;WE=17612259;WS=17612241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:105,190:0.64:295
chr19	17622614	rs11086075	C	T	2400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=34;PP=1234;SC=CGCGCTCGGCCTGTCGGGCGG;SOR=0.758;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=67;TCF=32;TCR=35;TR=65;WE=17622622;WS=17622604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	17628587	rs6743	A	G	13914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.484;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=552;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=158;NR=137;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TGACCCTCACACTACCTGTCC;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=298;TCF=158;TCR=140;TR=295;WE=17628595;WS=17628577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,550:1.00:552
chr19	17628737	rs8104468	T	C	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=69;PP=1946;SC=CCAGACATTATTGTGCTGAAG;SOR=2.054;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=88;TCF=16;TCR=72;TR=85;WE=17628745;WS=17628727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	17643065	rs12984143	T	C	4120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=62;NR=35;PP=2047;SC=GCTCCCTCTTTCTGCAGAAGC;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=63;TCR=36;TR=97;WE=17643073;WS=17643055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	17644224	.	CAAA	C	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=6.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
chr19	17648350	rs8107859	T	C	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=14;PP=541;SC=CTTCAGGGCATAGGTGGGTCT;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=17648358;WS=17648340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	17651370	rs11878663	A	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=304;ReadPosRankSum=-1.274;SC=AGAGCCCCTCAGGCACGCGGC;SOR=0.613;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=110;TCF=59;TCR=51;TR=32;WE=17651378;WS=17651360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:145,63:0.30:208
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chr19	17666636	rs7259723	C	T	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=19;PP=516;SC=ACGCCTACTTCCCCGAGGAGC;SOR=1.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=17666644;WS=17666626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
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chr19	17728502	rs2287851	T	C	4169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=76;NR=41;PP=2410;SC=GCGGTCTGGGTACCCTTACCC;SOR=1.231;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=76;TCR=41;TR=117;WE=17728510;WS=17728492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
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chr19	17731716	rs10421645	G	C	934.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.521;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=29;PP=710;ReadPosRankSum=-2.292;SC=CAGGGGTTTAGAGGTCAGACT;SOR=0.417;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=9;TCR=40;TR=36;WE=17731724;WS=17731706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,38:0.76:50
chr19	17734488	rs10419420	A	G	894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=563;SC=CCAGCCCAGAAGAGGTGGAAG;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=17734496;WS=17734478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	17738850	rs56388321	C	T	1483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=40;PP=1167;SC=GGGTCTGGGTCTGGAGGAAGC;SOR=3.657;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=44;WE=17738858;WS=17738840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	17739976	rs11667290	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=370;SC=GTCAGGGCCCTGGGGAGAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=17739984;WS=17739966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	17741047	rs10413821	A	G	3234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=40;PP=1465;SC=GTTGGGAGAAAACATCCACCA;SOR=0.868;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=72;WE=17741055;WS=17741037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	17744075	rs71162163	G	GC	2566.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=31;PP=1565;SC=GTCCTTCCCTGCCCCACAGAG;SOR=1.124;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=39;WE=17744083;WS=17744065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	17746947	rs4239634	A	G	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=51;PP=1594;SC=TTCCTCTGGGAGAACTTCCCC;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=36;TCR=51;TR=87;WE=17746955;WS=17746937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	17758368	rs4808675	A	G	649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=21;PP=423;ReadPosRankSum=0.756;SC=CCAAGGCGAGAGCCCCGCCCC;SOR=0.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=32;WE=17758376;WS=17758358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,33:0.41:81
chr19	17759289	rs73922174	G	C	946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=13;PP=497;ReadPosRankSum=-1.604;SC=CGTGGCACTTGACACCGCACT;SOR=0.676;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=70;TCR=38;TR=37;WE=17759297;WS=17759279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,53:0.36:147
chr19	17760561	rs11665951	C	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=12;PP=311;SC=GGTGACCTTACTTGGAAACGG;SOR=2.419;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=17760569;WS=17760551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	17763392	rs1159365	A	G	6622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=65;PP=2462;SC=CCAGCCTTGGACTTGGGGTTC;SOR=0.716;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=139;TCF=73;TCR=66;TR=135;WE=17763400;WS=17763382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	17766900	rs34752754	C	T	3727.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.815;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.897;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=38;PP=1517;ReadPosRankSum=-0.615;SC=TCACGCTGGGCATAGCTGCCC;SOR=0.885;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=92;WE=17766908;WS=17766890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,171:0.66:259
chr19	17769166	rs7258943	C	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=492;SC=CTTACGGTGCCGCTACCGAAG;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=17769174;WS=17769156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	17777431	rs10424761	A	G	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.73;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	17777508	rs9305092	C	G	2210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=32;PP=1021;SC=CATCTTGGAACGAATACTGAA;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=17;TCR=32;TR=49;WE=17777516;WS=17777498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	17778832	rs7248783	A	G	7238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=147;NR=67;PP=2965;SC=AGGGAAAGACAAGCTTAGAGA;SOR=1.453;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=147;TCR=67;TR=214;WE=17778840;WS=17778822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr19	17778872	rs185915530	G	A	3311.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=529;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.852;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=44;PP=1353;ReadPosRankSum=1.534;SC=AAAATCATGGGGAGACAGAGA;SOR=0.549;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=324;TCF=196;TCR=128;TR=107;WE=17778880;WS=17778862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:337,186:0.36:523
chr19	17783019	rs4808677	G	A	606.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.106;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=5;PP=427;ReadPosRankSum=-0.439;SC=AGAGCAAGATGGAAGGTGTAT;SOR=1.371;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=64;TCF=49;TCR=15;TR=27;WE=17783027;WS=17783009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,28:0.42:66
chr19	17786792	rs7251241	G	A	360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=183;ReadPosRankSum=-2.690;SC=CAGACAACACGGGACAGGACA;SOR=0.836;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=12;WE=17786800;WS=17786782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chr19	17837090	rs12975100	C	T	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=59;PP=1643;ReadPosRankSum=0.891;SC=ACAGCCTCCCCGGCCTCAACA;SOR=0.563;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=106;WE=17837098;WS=17837080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,130:0.68:191
chr19	17837512	rs12983721	G	A	4055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.659;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=45;PP=1447;ReadPosRankSum=0.134;SC=CCGCCCGCCTGCCTCCTGGAC;SOR=0.584;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=94;WE=17837520;WS=17837502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,188:0.72:262
chr19	17844325	rs2287860	T	C	1837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=846;ReadPosRankSum=1.899;SC=TAAGCTGTGTTCCCCAGGCCA;SOR=0.570;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=48;WE=17844333;WS=17844315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,82:0.66:124
chr19	17881171	rs12327667	G	A	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.528;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.792;NF=31;NR=16;PP=687;ReadPosRankSum=-0.614;SC=CTGACATCACGTGGAGTGTTT;SOR=0.891;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=47;WE=17881179;WS=17881161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,75:0.62:120
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chr19	17885325	rs2287857	A	C	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.161;HP=2;HapScore=3;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=305;ReadPosRankSum=-1.458;SC=CCCAGGCTAGACCGAGATCCC;SOR=1.508;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=15;WE=17885344;WS=17885315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,17:0.71:24
chr19	17885336	rs2287856	C	T	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=353;SC=CCGAGATCCCCTCCCCTGCCC;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=17885344;WS=17885315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	17886940	rs2287854	G	A	2739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=48;PP=1518;ReadPosRankSum=1.035;SC=GGGCCACCGCGGGCAGCCTCA;SOR=0.672;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=78;TCR=80;TR=95;WE=17886948;WS=17886930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,126:0.63:200
chr19	17887024	rs2287853	T	C	5900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=61;NR=79;PP=2764;SC=GCTGGATGCATTCGTGTGTGA;SOR=0.858;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=140;WE=17887032;WS=17887014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	17887563	rs13345379	G	A	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.892;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=138;ReadPosRankSum=0.161;SC=CCATGTCTCCGCCTGGTGTTC;SOR=1.358;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=14;WE=17887571;WS=17887553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,14:0.24:59
chr19	17888787	rs4808690	G	A	110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.968;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=5.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.91;ReadPosRankSum=-2.968;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
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chr19	17889044	rs34062212	G	A	424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.17;ReadPosRankSum=0.771;SOR=0.885;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,24:0.46:52
chr19	17892193	rs2287852	G	C	6101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=68;PP=2965;SC=TGGGGGTCGCGTCTGGGGTCC;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=154;TCF=86;TCR=68;TR=154;WE=17892201;WS=17892183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	17892478	rs2042299	A	G	2376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=32;PP=1541;SC=CTATATTCACACTGTCTATCC;SOR=0.867;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=71;WE=17892486;WS=17892468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	17892591	rs2042298	A	G	6775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr19	17892796	rs67498129	CTTTTTTTTTTTTTTTT	C	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=6.532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=34.84;ReadPosRankSum=1.593;SOR=2.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr19	17894878	rs265558	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.448;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=15;PP=254;ReadPosRankSum=0.653;SC=GGGCATGTCCCGAGGATTGGG;SOR=0.957;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=23;WE=17894886;WS=17894868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,37:0.25:146
chr19	17922795	rs36686	G	A	7720.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=128;PP=2962;ReadPosRankSum=2.083;SC=CCATCGCAACGCCTGTCCTCC;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=317;TCF=142;TCR=175;TR=229;WE=17922803;WS=17922785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,357:0.72:499
chr19	17932138	rs6523	T	C	1258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=17;PP=653;ReadPosRankSum=-0.145;SC=TCGCCTCCGGTCGCAGGCCTC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=39;TCR=27;TR=41;WE=17932146;WS=17932128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,58:0.60:96
chr19	17932190	rs1047233	T	C	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=4.479;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=30;PP=1078;ReadPosRankSum=-0.482;SC=ACACGCGCACTAGCGCGCGTA;SOR=0.811;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=69;WE=17932198;WS=17932180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,108:0.65:165
chr19	17937429	rs3008	A	G	629.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.819;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=8;PP=398;ReadPosRankSum=-1.257;SC=ATGCAATGTCATGGGGGTGTT;SOR=0.342;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=29;WE=17937437;WS=17937419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,31:0.60:52
chr19	17941294	rs2302603	T	C	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.037;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=13;PP=460;ReadPosRankSum=-0.659;SC=GGCTGGGGGCTCTGGGAAGCC;SOR=0.509;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=32;WE=17941302;WS=17941284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,58:0.76:76
chr19	17941937	rs3212777	A	G	609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=1;PP=1071;ReadPosRankSum=0.408;SC=GGGCGGGGCTAAGGCTGGGGA;SOR=0.342;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=20;WE=17941957;WS=17941927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,24:0.69:35
chr19	17941949	.	C	A	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.454;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.706;HP=3;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=0;PP=546;ReadPosRankSum=-0.117;SC=GGCTGGGGAGCAAAGCAGCGG;SOR=1.409;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=49;TCF=42;TCR=7;TR=17;WE=17941957;WS=17941927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,16:0.35:46
chr19	17942005	rs3212774	A	G	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=2.174;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.475;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,91:0.57:161
chr19	17952641	.	C	T	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=1.908;ClippingRankSum=0.000;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.449;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=19;PP=473;ReadPosRankSum=0.222;SC=ATGAACCCACCCCCAAGCCAC;SOR=1.075;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=27;WE=17952649;WS=17952631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,27:0.53:51
chr19	18047521	rs12151269	C	T	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=93;ReadPosRankSum=0.161;SC=CAGGCGCTGTCGCTCACGCCT;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=11;WE=18047529;WS=18047511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,14:0.32:44
chr19	18054643	rs1052564	C	T	306.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.275;HP=4;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=179;ReadPosRankSum=0.000;SC=CGCCGGGCCCCGGGGCCATGC;SOR=0.973;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=15;WE=18054651;WS=18054633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
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chr19	18123617	rs7255640	A	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.220;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=8;PP=197;ReadPosRankSum=-0.080;SC=TGATGGCCTCATCCCTGGTCA;SOR=0.426;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=47;TCF=30;TCR=17;TR=19;WE=18123625;WS=18123607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,24:0.39:61
chr19	18123738	rs7259041	T	C	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.550;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=317;ReadPosRankSum=-1.216;SC=CCAAACCCACTCTTGGGGGAC;SOR=0.871;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=22;WE=18123746;WS=18123728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,40:0.34:119
chr19	18143862	rs11883085	G	A	121.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.510;NF=5;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-0.432;SC=CAGGTACTGGGGCTGAGGGCA;SOR=1.034;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=6;WE=18143870;WS=18143852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr19	18143954	rs35627700	C	G	536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.516;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.625;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.759;NF=13;NR=7;PP=189;ReadPosRankSum=-0.663;SC=CCTCCCTTTCCCTGAGAGCTC;SOR=0.907;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=20;WE=18143962;WS=18143944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,36:0.31:115
chr19	18170265	rs3833286	T	TC	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=3;PP=352;ReadPosRankSum=1.701;SC=CATCTAGGGTTCCCCCGCAGG;SOR=0.813;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=11;WE=18170273;WS=18170255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,17:0.59:29
chr19	18170384	rs3746190	G	A	2458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=26;PP=956;ReadPosRankSum=-2.070;SC=ACGTAGCCTCGGGCGAGTCAC;SOR=0.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=57;WE=18170392;WS=18170374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,111:0.69:160
chr19	18170657	rs12461312	C	A	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.744;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=10;PP=925;ReadPosRankSum=1.647;SC=CCCCACCCCCCGGGCAGGGTT;SOR=2.282;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=84;TCF=64;TCR=20;TR=55;WE=18170665;WS=18170647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,63:0.75:84
chr19	18170680	rs17882555	G	A	2931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=18.701;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=20;PP=1240;ReadPosRankSum=0.550;SC=ACCCCTGACCGTCTGGCCCAC;SOR=1.684;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=77;TCR=32;TR=76;WE=18170688;WS=18170670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,87:0.72:121
chr19	18170962	rs1870063	C	T	904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=592;ReadPosRankSum=1.193;SC=CAGGATGGAACGGACCAGGTC;SOR=0.576;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=13;TCR=42;TR=36;WE=18170970;WS=18170952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,40:0.66:61
chr19	18171886	rs383483	A	G	4069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.991;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=42;PP=1403;ReadPosRankSum=1.897;SC=CTTGTCCAGCATGTGCACCCA;SOR=0.611;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=93;WE=18171894;WS=18171876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,195:0.69:281
chr19	18172043	rs67773732	G	GT	429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=10.23;ReadPosRankSum=1.388;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,31:0.74:42
chr19	18172841	rs17878533	A	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-3.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.488;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=5;PP=287;ReadPosRankSum=0.043;SC=CTGCTGCTTCAATAAAGCTGT;SOR=0.193;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=33;TCF=26;TCR=7;TR=20;WE=18172849;WS=18172831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr19	18174948	rs11304355	C	T	151.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.875;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=12.65;ReadPosRankSum=-2.071;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr19	18180413	rs401502	C	G	1739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.536;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=22;PP=797;ReadPosRankSum=-0.447;SC=GCAAGGCCCCCGTCCTGGCCC;SOR=0.904;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=57;WE=18180421;WS=18180403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,81:0.65:124
chr19	18180451	rs375947	A	G	2673.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=36;PP=1059;ReadPosRankSum=1.173;SC=GCAATACGTCATGCTCTGAGC;SOR=0.809;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=118;TCF=63;TCR=55;TR=79;WE=18180459;WS=18180441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,129:0.64:200
chr19	18180646	rs391410	G	A	586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=353;ReadPosRankSum=0.686;SC=AGGGCCAGGGGTGTCTGTGTT;SOR=0.509;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=26;WE=18180654;WS=18180636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,27:0.77:35
chr19	18182266	rs2045386	G	A	140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=5;PP=72;ReadPosRankSum=0.568;SC=CCAGGGTGGAGCGCAGTGGCT;SOR=0.555;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=9;WE=18182274;WS=18182256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr19	18186575	rs17852635	G	A	3127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.598;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=30;PP=1302;ReadPosRankSum=-0.823;SC=GAACGCACACGGGGCTGCTCC;SOR=0.905;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=111;TCF=65;TCR=46;TR=77;WE=18186583;WS=18186565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,142:0.69:207
chr19	18186618	rs11575934	T	C	3164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=3.385;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.79;ReadPosRankSum=1.428;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,148:0.69:214
chr19	18186752	rs429774	T	C	3552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=2.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,169:0.78:217
chr19	18188408	rs11575926	C	T	3404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=39;PP=1343;ReadPosRankSum=0.399;SC=CCACTCCATACGCAGCTGCCC;SOR=0.677;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=125;TCF=64;TCR=61;TR=85;WE=18188416;WS=18188398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:72,158:0.69:230
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chr19	18197635	rs436857	G	A	8622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,405:0.66:612
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chr19	18218444	rs62123561	A	G	3068.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.038;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=45;PP=1412;ReadPosRankSum=-0.555;SC=TTCACCTGGGACTGGCGGGCT;SOR=0.643;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=87;WE=18218452;WS=18218434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,145:0.62:232
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chr19	18232778	rs273483	A	G	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=66;PP=1917;SC=ACCACGGGCAAGGGTTGGGCA;SOR=1.411;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=34;TCR=66;TR=100;WE=18232786;WS=18232768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	18233279	rs273486	C	G	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=385;SC=GGCAGCTGGACTCACGGGGGG;SOR=2.948;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=14;WE=18233291;WS=18233269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	18233283	rs55849352	C	CG	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=0;PP=30;ReadPosRankSum=0.053;SC=GCTGGACTCACGGGGGGGCTT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=3;WE=18233291;WS=18233269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,5:0.29:17
chr19	18234441	rs740691	C	T	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=2.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.729;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:136,50:0.27:186
chr19	18235352	rs123202	T	G	2891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=37;PP=2261;ReadPosRankSum=-0.472;SC=GGAGACCCAGTGGGTGAGCTG;SOR=0.976;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=93;TCF=54;TCR=39;TR=90;WE=18235360;WS=18235342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,94:0.98:96
chr19	18235424	rs123203	T	C	6624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=98;NR=68;PP=2698;SC=AACCAAGCCCTGGGTGACCAG;SOR=0.939;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=98;TCR=69;TR=166;WE=18235432;WS=18235414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	18242675	rs273497	C	T	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.26;SOR=6.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	18245512	rs2270623	C	T	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=1.903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:278,113:0.29:391
chr19	18245807	rs12983325	C	T	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.851;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,41:0.26:157
chr19	18245813	rs273499	T	C	4367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.33;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	18248146	rs541225	T	C	15721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=633;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=153;PP=2965;SC=AGCTCGAAGCTGAGGATGATA;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=311;TCF=157;TCR=154;TR=310;WE=18248154;WS=18248136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,617:1.00:617
chr19	18252829	rs613339	A	G	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=42;NR=49;PP=1625;SC=ACATCCGGTAAGTGGCCTGGG;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=91;WE=18252837;WS=18252819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	18255359	rs8108738	G	A	1336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=810;ReadPosRankSum=0.777;SC=TCTGGATGCCGGCCGGGGCCG;SOR=0.758;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=182;TCF=111;TCR=71;TR=61;WE=18255367;WS=18255349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:198,80:0.29:278
chr19	18256418	rs11305984	TC	T	1690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=7;PP=1475;SC=GAGTAGGAGTTCCCCCAGGAT;SOR=3.056;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=40;WE=18256426;WS=18256416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	18257750	rs2072490	C	T	995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.133;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=423;ReadPosRankSum=0.153;SC=TCAAGGTGGGCCCCGCCCGGA;SOR=0.790;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=109;TCF=45;TCR=64;TR=35;WE=18257758;WS=18257740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,65:0.28:232
chr19	18257875	rs273279	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=423;SC=GGCGGGGCCACGGGGACTGGG;SOR=2.419;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=20;WE=18257883;WS=18257865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	18258459	rs1566030	A	G	2369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=65;PP=1992;SC=ACCCCCCACCACCCCGGCTAC;SOR=4.073;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=78;TCF=11;TCR=67;TR=73;WE=18258467;WS=18258449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	18272190	rs2241088	A	C	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=106;SC=CCGCGTGGCCAGCCGCGCCCC;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=18272198;WS=18272180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	18273013	rs28730848	G	A	345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.135;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=149;ReadPosRankSum=-0.132;SC=GTCCCCCAGCGCTGCCGCCTA;SOR=1.085;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=16;WE=18273021;WS=18273003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,22:0.30:74
chr19	18273047	rs1011320	T	C	2097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=26;PP=1335;SC=AAAGCCGGCCTCCACAGTCCT;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=18273055;WS=18273037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	18273410	rs2006885	A	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=622;SC=TCAAGAATGGAGGGCCAGGCA;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=18273418;WS=18273400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	18276856	rs4808755	T	C	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=0;PP=76;SC=AATGACACTCTGATAGAGGGA;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=18276864;WS=18276854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	18277206	rs3730179	G	A	441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.023;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=12;PP=266;ReadPosRankSum=-1.006;SC=CAGCCACTTGGAGGCAAAGAG;SOR=2.093;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=14;WE=18277214;WS=18277196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr19	18279638	rs273269	T	C	8723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=85;PP=2965;SC=AGATGCTGAGTGGCAAGCGGG;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=172;TCF=87;TCR=85;TR=172;WE=18279646;WS=18279628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr19	18279816	rs3746187	A	G	1409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.154;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=34;PP=1008;ReadPosRankSum=-1.094;SC=CATCCGGGACAGGGGAGCACG;SOR=1.008;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=55;WE=18279824;WS=18279806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,60:0.75:80
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chr19	18358783	rs4808122	A	G	1229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=4;PP=804;SC=ACACCTGTCCAGGTTCAGCAG;SOR=3.306;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=36;TCR=4;TR=40;WE=18358791;WS=18358773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	18359037	rs57884093	G	A	780.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=1.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.79;ReadPosRankSum=-1.044;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,43:0.37:115
chr19	18420704	rs2227270	C	A	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.684;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,90:0.70:128
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chr19	18426950	rs2232965	T	C	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=37;PP=831;SC=GTCCCACCCATGACTCATAGA;SOR=1.379;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=18426958;WS=18426940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	18451381	rs7251555	A	T	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=261;ReadPosRankSum=0.470;SC=ACCGGGGGCGAGGCCGGGGGC;SOR=0.998;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=17;WE=18451389;WS=18451371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,27:0.79:34
chr19	18453629	rs66732430	G	A	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.374;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=719;ReadPosRankSum=-2.458;SC=ACTGGGAAGGGCCACTCTTGG;SOR=0.732;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=64;TCF=46;TCR=18;TR=43;WE=18453637;WS=18453619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,84:0.76:110
chr19	18453813	rs113926271	C	CT	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.444;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,17:0.53:32
chr19	18466840	rs34068189	C	T	5172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=87;PP=2604;SC=TGCCAAGGGGCGGCACTTCCT;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=51;TCR=87;TR=138;WE=18466848;WS=18466830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	18499780	rs1227733	A	G	687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=21;PP=412;ReadPosRankSum=0.399;SC=ACCTGCGCGGAGGACGCGACC;SOR=0.633;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=77;TCF=23;TCR=54;TR=31;WE=18499788;WS=18499770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,37:0.40:93
chr19	18499815	rs1054564	G	C	384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=246;ReadPosRankSum=1.200;SC=CTGTGGAATGGGCTCAAGGTT;SOR=0.849;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=47;TCF=12;TCR=35;TR=20;WE=18499823;WS=18499805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,22:0.43:51
chr19	18499858	rs1054221	T	C	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=209;ReadPosRankSum=0.632;SC=CAAACAGCTGTATTTATATAA;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=12;WE=18499866;WS=18499848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr19	18541579	rs11395316	G	GA	4945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=32;PP=2047;SC=CTGCAGAGAGGGGGGGCACAC;SOR=1.161;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=62;WE=18541587;WS=18541569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	18544498	rs2544723	A	C	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.48;QD=45.02;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	18544501	rs62122438	C	T	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.49;QD=44.64;SOR=2.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	18544505	rs2544724	G	C	1681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.52;QD=43.12;SOR=2.891;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	18544677	rs78783575	G	GC	4117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=29;PP=1511;SC=GGCCGGAGGGGCTGGCGGGCA;SOR=1.042;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=34;WE=18544685;WS=18544667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	18581890	.	G	GA	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.829;SOR=0.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,12:0.18:65
chr19	18650278	rs7247733	T	C	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=72;NR=44;PP=2265;SC=GCCTGGGGTGTGTGGGGATAG;SOR=1.002;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=117;TCF=73;TCR=44;TR=116;WE=18650286;WS=18650268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	18650692	rs11086113	C	T	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.02;ReadPosRankSum=0.578;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,11:0.22:50
chr19	18652844	rs10854166	A	G	1761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.912;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.151;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=43;PP=1057;ReadPosRankSum=1.679;SC=AGAATCCTACACAGCCCCTCA;SOR=0.917;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=36;TCR=64;TR=66;WE=18652852;WS=18652834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,83:0.57:145
chr19	18675612	rs62137086	T	G	6927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=147;NR=61;PP=2965;SC=ATGAACAGTCTTCTGGGCCAG;SOR=1.592;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=147;TCR=61;TR=208;WE=18675620;WS=18675602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr19	18675854	rs10692700	G	GGGC	8014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=83;PP=2972;SC=TGCCACCCCAGCCCAGCTGAC;SOR=1.481;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=7;TCR=86;TR=90;WE=18675862;WS=18675844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	18679155	rs1468475	C	T	5787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=114;NR=53;PP=2965;SC=ACAATAAGTCCTACATCACAG;SOR=1.447;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=119;TCR=57;TR=167;WE=18679163;WS=18679145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	18679379	rs7648	C	G	12529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=107;NR=164;PP=2965;SC=CCATGTCCAGCCTGGCTCCCC;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=272;TCF=108;TCR=164;TR=271;WE=18679387;WS=18679369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,478:1.00:478
chr19	18684563	rs2302055	C	T	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=67;NR=57;PP=2161;SC=AGAAAGGTACCGGGGTTGGGG;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=67;TCR=57;TR=124;WE=18684571;WS=18684553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	18685964	rs6554	G	T	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=65;PP=2007;SC=CAAATAAGGTGGTTCTTTCCT;SOR=1.282;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=34;TCR=65;TR=99;WE=18685972;WS=18685954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	18699489	rs10415257	T	C	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	18699990	rs2074174	T	C	4924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.866;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=49;PP=2334;ReadPosRankSum=0.670;SC=GGTCCTTGTGTGGCTGCAGAG;SOR=1.197;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=87;TCR=51;TR=134;WE=18699998;WS=18699980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,187:0.98:191
chr19	18700047	rs2074175	A	G	9667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=95;PP=2965;SC=ACCTTCACGAAAAAGGCCCCA;SOR=0.875;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=121;TCR=96;TR=216;WE=18700055;WS=18700037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,369:1.00:369
chr19	18701499	rs7258589	C	T	741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=2.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=4;PP=564;ReadPosRankSum=0.850;SC=CTGAGAGAGCCTCTAAACTGA;SOR=1.930;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=47;TCF=39;TCR=8;TR=29;WE=18701507;WS=18701489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr19	18703077	rs3170474	T	C	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=22;PP=515;SC=TGGCTGGGGTTGCGCCCCACT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=18703085;WS=18703067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	18704528	rs7256319	C	T	1905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=41;PP=1132;SC=TGCCCCTCTCCGGGCCTTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=17;TCR=41;TR=58;WE=18704536;WS=18704518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	18707878	rs7247346	A	C	1705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=43;PP=1337;SC=CAGAGGAGGGACCCTCTCAGC;SOR=2.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=58;WE=18707886;WS=18707868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	18709175	rs35521276	C	T	1265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.47;ReadPosRankSum=1.776;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,58:0.62:94
chr19	18709768	rs8108207	G	A	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.798;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=0.000;SC=GCTGAGCCTCGGCTGAGGGGT;SOR=0.204;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=11;WE=18709776;WS=18709758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr19	18710535	rs2238647	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.737;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=220;ReadPosRankSum=1.321;SC=GGCGGCGCCCGTTGAGGGTCC;SOR=0.776;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=72;TCF=37;TCR=35;TR=20;WE=18710543;WS=18710525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,38:0.32:117
chr19	18717264	rs113093604	C	T	167.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.513;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,10:0.83:12
chr19	18717389	rs34503316	GAGC	G	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.900;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr19	18726856	rs709679	T	C	5254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=0.856;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	18775077	rs1076235	C	T	1870.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.392;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=22;PP=1078;ReadPosRankSum=1.543;SC=GCAGCACGGCCGACAAGAACG;SOR=0.900;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=156;TCF=101;TCR=55;TR=70;WE=18775085;WS=18775067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,91:0.41:223
chr19	18778445	rs10421503	C	G	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.282;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=13;PP=404;ReadPosRankSum=-1.489;SC=CAGCCACTGCCAGCCACACGT;SOR=0.840;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=39;WE=18778453;WS=18778435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,56:0.30:185
chr19	18794473	.	TGGA	T	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=0.000;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=5.627;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.94;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,14:0.10:144
chr19	18857939	rs373778758	AC	A	237.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=5.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.894;SOR=0.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,16:0.26:61
chr19	18876208	rs79054960	C	G	7016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=546;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.505;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=100;PP=2625;ReadPosRankSum=0.756;SC=CCTACTTCCTCTCTAGGAATG;SOR=0.724;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=316;TCF=153;TCR=163;TR=188;WE=18876216;WS=18876198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,336:0.62:538
chr19	18886415	rs56033554	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=4;PP=110;ReadPosRankSum=0.920;SC=GCAGGCCCGCGGTGGCCCTCA;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=13;WE=18886423;WS=18886405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,14:0.28:50
chr19	18897526	rs5827423	A	AG	3149.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=39;PP=1926;SC=CATTAGGATGAGCCAGCCTGA;SOR=1.127;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=41;TCF=2;TCR=39;TR=41;WE=18897534;WS=18897516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	18942888	rs4808161	C	G	2050.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=8;PP=1563;SC=CGCCGGGGCGCGCGGTTTGGT;SOR=2.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=53;TCR=8;TR=61;WE=18942896;WS=18942878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	18974200	rs2238658	A	G	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=18;PP=1279;SC=GTCCTGTGAGACGGGCAGCTC;SOR=1.497;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=18974208;WS=18974190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	18979324	rs11673194	A	C	1342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=11;PP=923;SC=CCTCCCCACCACCCAGGCAAG;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=42;WE=18979332;WS=18979314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	18980213	rs4808864	A	G	581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.24;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	19006648	rs113536478	A	G	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=5;PP=182;SC=AGAGGCGCGCAGTGGCCGCGG;SOR=0.793;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=19006656;WS=19006638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	19006666	rs3746263	G	C	960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=5;PP=205;SC=CGGAGCGCAGGGCGGTCCAGC;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=19006674;WS=19006656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	19014248	rs55988241	C	T	4022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=43;PP=1404;SC=GGGAGGGTCCCGCATCATTGC;SOR=0.873;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=34;TCR=43;TR=77;WE=19014256;WS=19014238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	19016785	rs73003085	G	A	7953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=95;PP=2965;SC=CTAGAGGAGGGCCACGCACCC;SOR=0.895;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=67;TCR=95;TR=162;WE=19016793;WS=19016775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr19	19017862	rs10330	G	A	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.20;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,72:0.74:97
chr19	19019800	rs73003090	G	A	5872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=53;PP=2079;SC=GAGCAAGACCGTATCTCAAGA;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=119;TCF=66;TCR=53;TR=119;WE=19019808;WS=19019790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	19020328	.	CTT	C	156.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.511;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.229;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr19	19021970	rs1468461	T	C	5786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.822;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=1.368;SC=AGACAGGAAGTCCCTGCCCCA;SOR=0.515;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=52;TCR=109;TR=159;WE=19021978;WS=19021960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,212:1.00:213
chr19	19030689	rs2231993	C	G	1307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FS=1.006;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-1.229;SOR=0.620;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:201,81:0.29:282
chr19	19032637	rs2231997	T	C	10778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=130;NR=133;PP=2965;SC=CTGCCTCTCATGCTCTGTCCC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=263;TCF=130;TCR=133;TR=263;WE=19032645;WS=19032627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr19	19033089	rs2158004	G	A	658.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=10;PP=282;ReadPosRankSum=0.898;SC=GCCAAGACCCGGGGCCATGGA;SOR=0.681;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=27;WE=19033097;WS=19033079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,41:0.35:116
chr19	19033387	rs2106660	G	A	2684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.540;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=41;PP=1103;ReadPosRankSum=0.385;SC=ACACTGAGGCGTGGCGGTCTA;SOR=0.767;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=248;TCF=128;TCR=120;TR=88;WE=19033395;WS=19033377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,150:0.37:409
chr19	19035159	rs5827425	CT	C	3627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=52;PP=2331;SC=CCTGGGATACCTTCCCCGCCT;SOR=1.225;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=59;TCF=7;TCR=52;TR=58;WE=19035167;WS=19035149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	19035354	rs2301659	GC	TT	5973.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.043;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=33;PP=2944;ReadPosRankSum=2.229;SC=GACTGTCCCGGCCTCCACCCT;SOR=0.985;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=181;TCF=123;TCR=58;TR=112;WE=19035363;WS=19035344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,151:0.65:234
chr19	19035370	rs1476505	G	C	1619.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=23;PP=727;ReadPosRankSum=0.082;SC=ACCCTGTCCCGAGGCCTCACA;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=132;TCR=73;TR=66;WE=19035378;WS=19035360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:201,98:0.33:299
chr19	19037053	rs2301661	T	C	16155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=155;NR=175;PP=2965;SC=AGGATCTACCTTTATTCGCCC;SOR=0.753;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=331;TCF=156;TCR=175;TR=330;WE=19037061;WS=19037043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,618:1.00:618
chr19	19037294	rs2301662	G	A	899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=25;PP=695;SC=GCCTGCTCCCGTGAGCAGATT;SOR=3.477;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=19037302;WS=19037284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	19039908	rs62138076	G	A	2552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=56;NR=22;PP=1582;SC=ATCTGCAAGCGGCTTATAACT;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=79;TCF=57;TCR=22;TR=78;WE=19039916;WS=19039898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	19040312	rs1059240	G	C	3618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=48;PP=1810;SC=GCTCAAACAGGCTGACGTCCA;SOR=0.973;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=34;TCR=49;TR=81;WE=19040320;WS=19040302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	19049198	rs1064351	G	A	6925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=89;NR=70;PP=2725;SC=AGCCCAGGCCGTAGACTGTGT;SOR=0.858;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=89;TCR=70;TR=159;WE=19049206;WS=19049188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr19	19137051	.	C	CA	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=2.408;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,17:0.23:75
chr19	19212823	.	G	GT	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.031;ClippingRankSum=0.000;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=4.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=0.350;SOR=0.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,18:0.29:63
chr19	19245511	rs3826994	T	G	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=21;NR=5;PP=533;SC=AATCAAGGCTTTGCAATTTGT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=19245519;WS=19245501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	19267802	rs7256766	A	G	91.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=1.122;SC=CTACAAAAAAAGTAAAAATTA;SOR=0.527;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=6;WE=19267810;WS=19267794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr19	19267990	rs7257072	C	T	577.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.839;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=14;PP=334;ReadPosRankSum=1.210;SC=CTTGGATAATCCTCTGGCATC;SOR=0.562;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=24;WE=19267998;WS=19267980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,32:0.36:89
chr19	19348947	rs12981871	T	C	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=4;PP=547;SC=GAGGGGTGATTTCGCCCCGCA;SOR=2.765;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=27;WE=19348955;WS=19348937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	19359854	.	TTG	T	108	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=21;MQ=59.8;NF=1;NR=2;PP=108;QD=37.0;SC=TTTCCTTCATTTGTGTGTGTG;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=3;WE=19359863;WS=19359844;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,3:0.17:18
chr19	19379017	.	CT	C	123.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.713;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,13:0.54:24
chr19	19416720	.	C	T	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.612;ClippingRankSum=0.000;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.140;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=43;PP=1310;ReadPosRankSum=-2.628;SC=CTGGAAGACACTCGGGCGGTG;SOR=0.599;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=60;TCR=67;TR=84;WE=19416728;WS=19416710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,158:0.71:223
chr19	19431423	rs3934667	T	G	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.11;ReadPosRankSum=-0.337;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:11,95:0.90:106
chr19	19431963	rs12460764	G	T	5873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=88;PP=2919;SC=GGGCCGGGCCGCGAGGGAGGA;SOR=0.898;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=156;WE=19431971;WS=19431953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	19446936	rs769267	G	A	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=34;PP=1595;SC=ACTAGATCCCGCAGTTCGAAG;SOR=0.901;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=51;TCR=34;TR=85;WE=19446944;WS=19446926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	19447933	rs34414052	G	GT,GTT	3973.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.877;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.14;MQRankSum=0.461;QD=18.14;ReadPosRankSum=-0.207;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:20,130,69:0.59,0.32:219
chr19	19449603	rs2074089	G	A	5533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=63;NR=51;PP=2114;SC=GGCAGGTACCGTAAAACTGAT;SOR=0.780;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=114;WE=19449611;WS=19449593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr19	19449686	rs2074090	G	T	5888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=69;PP=2441;ReadPosRankSum=0.710;SC=ACCTGGTGTCGGCCTGTGACC;SOR=0.265;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=60;TCR=69;TR=129;WE=19449694;WS=19449676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,225:1.00:226
chr19	19451564	.	A	G	439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.236;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.810;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=172;ReadPosRankSum=0.043;SC=CTGAGGTGGCATATTAGGTCC;SOR=0.500;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=20;WE=19451572;WS=19451554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,30:0.32:93
chr19	19451591	rs2965190	A	G	2746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=24;PP=1094;SC=CCTTGGGGTAATCACAGTCAT;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=32;TCR=24;TR=56;WE=19451599;WS=19451581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	19453521	rs2965191	T	G	5804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=92;NR=73;PP=2887;SC=GGGCCAGGGCTGGGGGCGGGG;SOR=1.079;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=189;TCF=92;TCR=97;TR=165;WE=19453529;WS=19453511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	19453560	rs2301669	C	A	5570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=80;NR=93;PP=2965;SC=CCCTGGTAACCCCTGCTGTCT;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=80;TCR=96;TR=173;WE=19453568;WS=19453550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	19453742	rs2965192	A	G	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=38;PP=1074;SC=GCCAGACGCTAGCTGTACCAG;SOR=1.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=53;WE=19453750;WS=19453732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	19454828	rs2965193	G	A	2453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=44;PP=1220;SC=GACTGAATTCGCCAAGTGCAT;SOR=1.414;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=19454836;WS=19454818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	19547086	rs2916077	T	C	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=63;PP=1372;SC=CAGCAGGCTTTGGTCAGCTTC;SOR=2.486;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=11;TCR=63;TR=74;WE=19547094;WS=19547076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	19637930	rs7251447	A	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.705;SOR=0.437;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,7:0.17:42
chr19	19735257	rs1266503	G	T	10873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.680;SC=CATTGACCAGGGAGTTGGCCT;SOR=0.237;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=133;TCR=117;TR=248;WE=19735265;WS=19735247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,425:1.00:426
chr19	19737686	rs33982830	C	T	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.24;ReadPosRankSum=-1.287;SOR=0.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,50:0.31:160
chr19	19740729	rs880090	C	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=6;PP=745;SC=ATGGGTCCGTCTTCACAATCT;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=33;WE=19740737;WS=19740719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	19750822	rs45458192	C	T	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.684;HP=3;HapScore=3;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.695;SC=TGCTGGGAAACGAGGGGATCA;SOR=1.248;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=42;TCF=30;TCR=12;TR=28;WE=19750832;WS=19750812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,35:0.66:53
chr19	19750824	rs11298700	AG	A	1405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=2.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.03;ReadPosRankSum=-0.900;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,36:0.67:54
chr19	19751456	rs2043293	C	A	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=23;PP=600;SC=CCCAGACCAGCCCAGTGGCAC;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=19751464;WS=19751446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	19753292	rs7248885	G	A	2021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=886;ReadPosRankSum=0.460;SC=TAAATGGTTAGGGGCTTGGGG;SOR=0.685;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=61;WE=19753300;WS=19753282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,93:0.66:141
chr19	19758190	rs892035	T	C	2095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.372;SOR=0.656;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,95:0.74:128
chr19	19790876	rs34704748	CAT	C	1429.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.599;QD=9.47;ReadPosRankSum=1.829;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,43:0.28:151
chr19	19868879	rs247782	A	C	1484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=12;PP=939;ReadPosRankSum=-1.364;SC=AGACTTTTCCATGAATCTTCC;SOR=0.662;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=52;WE=19868887;WS=19868869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,63:0.71:89
chr19	19976701	rs2304169	A	T	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.488;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=8;PP=455;ReadPosRankSum=0.926;SC=GTTTATCCTCAGTGTTCTGTG;SOR=0.865;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=106;TCF=71;TCR=35;TR=32;WE=19976709;WS=19976691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,46:0.34:136
chr19	20003109	rs8106559	A	G	3094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.148;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=54;PP=1361;ReadPosRankSum=-1.210;SC=CCTTTCACCTATCCTCACACC;SOR=0.656;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=300;TCF=155;TCR=145;TR=108;WE=20003117;WS=20003099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,173:0.36:481
chr19	20003576	rs12460570	C	G	954.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=0.501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=-1.200;QD=3.30;ReadPosRankSum=-1.147;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,71:0.25:289
chr19	20012070	rs28590063	T	C	1019.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=36;PP=671;ReadPosRankSum=0.590;SC=CGGCTGCGCTTATAGCGCAGC;SOR=1.208;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=132;TCF=38;TCR=94;TR=44;WE=20012078;WS=20012060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,53:0.35:150
chr19	20044041	rs12151060	G	T	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.172;QD=4.24;ReadPosRankSum=0.032;SOR=0.764;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:251,97:0.28:348
chr19	20150075	rs2286920	A	G	1985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.864;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=22;PP=1021;ReadPosRankSum=0.466;SC=GGGAGGCCCCAGTCCCGTCAC;SOR=1.135;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=125;TCF=81;TCR=44;TR=72;WE=20150083;WS=20150065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,97:0.59:165
chr19	20150125	rs2286921	T	C	4082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=45;PP=1579;ReadPosRankSum=-1.771;SC=TGCCCCCACCTCGGGATGCGC;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=97;TCR=76;TR=102;WE=20150133;WS=20150115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,188:0.66:283
chr19	20150175	rs2286922	G	C	4498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=321;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=58;PP=1642;ReadPosRankSum=-0.646;SC=CCGGGATGTCGTGGAGTCTTA;SOR=0.796;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=183;TCF=86;TCR=97;TR=104;WE=20150183;WS=20150165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,212:0.66:319
chr19	20150247	rs2286923	A	C	2666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.485;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=50;PP=1275;ReadPosRankSum=0.111;SC=GTCACCGGGAACTACTAGAGC;SOR=0.746;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=118;TCF=44;TCR=74;TR=77;WE=20150255;WS=20150237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,122:0.69:178
chr19	20150380	rs2335896	T	C	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=9;PP=185;ReadPosRankSum=-0.113;SC=GTTCCCACTCTAGCGCCCATG;SOR=1.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=20150388;WS=20150370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,11:0.65:17
chr19	20727463	rs10411329	T	C	1683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=1.396;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.693;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:396,127:0.24:523
chr19	20727903	rs112899579	T	C	8571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=576;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.695;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.337;NF=117;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.934;SC=TTCACATTTGTAGGGTTTCTC;SOR=0.792;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=380;TCF=184;TCR=196;TR=260;WE=20727911;WS=20727896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,384:0.69:554
chr19	20727932	rs33926	G	A	18845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=567;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.296;NF=176;NR=195;PP=2965;ReadPosRankSum=2.151;SC=GAATTATCTTGTGTGTAGTAA;SOR=0.757;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=377;TCF=179;TCR=198;TR=371;WE=20727940;WS=20727922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,547:1.00:549
chr19	20728777	rs7254995	A	C	5260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.075;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.846;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=111;PP=2902;ReadPosRankSum=1.232;SC=AAATGAGAACACGTAACTGAA;SOR=0.483;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=215;TCF=59;TCR=156;TR=157;WE=20728785;WS=20728767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,227:0.74:308
chr19	20735138	rs58829785	GA	G	369.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.137;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=4.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.825;SOR=2.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,34:0.74:46
chr19	20735196	rs7250860	A	T	1488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=35;PP=884;ReadPosRankSum=0.014;SC=AGCTTCCCAAATCACACTTTA;SOR=0.493;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=213;TCF=130;TCR=83;TR=82;WE=20735204;WS=20735186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,91:0.35:259
chr19	20735272	rs7251976	T	C	2491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.190;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.056;NF=49;NR=53;PP=1070;ReadPosRankSum=0.593;SC=CATTTTCACTTGCACCTACCT;SOR=0.772;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=303;TCF=153;TCR=150;TR=102;WE=20735280;WS=20735262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,157:0.32:489
chr19	20736677	rs2562632	A	G	14249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=212;PP=2965;SC=TTTACCAAGTAGCCAAGGGTG;SOR=1.057;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=344;TCF=132;TCR=212;TR=344;WE=20736685;WS=20736667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
chr19	20806770	rs34554673	T	TCA	920.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=10;PP=721;ReadPosRankSum=0.165;SC=ATATCAATTCTTAGTTAGAAA;SOR=0.591;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=27;TCR=32;TR=18;WE=20806778;WS=20806762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,25:0.32:78
chr19	20806824	rs10409289	T	C	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.743;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=11;PP=240;ReadPosRankSum=-1.124;SC=CACATTCACATGGTTTCTCTC;SOR=0.517;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=26;WE=20806832;WS=20806814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,34:0.36:95
chr19	20807053	rs112700497	T	G	3771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.487;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=67;PP=2238;ReadPosRankSum=-1.509;SC=CTTAAAAGCTTTGTCACATTC;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=82;TCR=94;TR=126;WE=20807061;WS=20807043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,164:0.66:249
chr19	20808149	rs1991528	A	G	1044.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.79;ReadPosRankSum=0.194;SOR=0.594;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:202,74:0.27:276
chr19	20808515	rs1968385	T	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.231;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=393;ReadPosRankSum=-2.388;SC=AATATAAATATATATATGCAG;SOR=0.916;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=92;TCF=28;TCR=64;TR=29;WE=20808523;WS=20808505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,36:0.34:106
chr19	20844340	rs3217340	G	GAAGT	14319.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=103;PP=2969;SC=GCCTTTAGGAGAAGAACCAGA;SOR=0.956;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=131;TCF=18;TCR=113;TR=121;WE=20844348;WS=20844330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr19	20973560	rs377604472	GAAA	G	3204.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.635;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=26;PP=711;ReadPosRankSum=0.828;SC=ATCAGAAAGAGAAAAAAAAAG;SOR=0.494;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=58;TCF=13;TCR=45;TR=35;WE=20973570;WS=20973550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,82:0.70:117
chr19	20976742	rs1808542	A	G	4486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.689;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=84;PP=2258;ReadPosRankSum=-0.104;SC=CAAGGTCAAAAAGAAAGCCAG;SOR=0.543;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=196;TCF=70;TCR=126;TR=135;WE=20976750;WS=20976732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:101,206:0.67:307
chr19	20988637	rs6511163	G	A	3479.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.056;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=34;PP=1701;ReadPosRankSum=0.254;SC=TTTCAGTTTTGTGTTCTCATT;SOR=0.921;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=155;TCF=102;TCR=53;TR=104;WE=20988645;WS=20988627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,157:0.64:244
chr19	21203552	rs2081054	C	T	13440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=190;NR=143;PP=2965;ReadPosRankSum=0.934;SC=CCCTGTGACCCGCAGGTATTG;SOR=0.322;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=193;TCR=144;TR=333;WE=21203560;WS=21203542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,498:1.00:499
chr19	21205531	rs7252588	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.160;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,29:0.29:100
chr19	21216536	rs3760839	G	A	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=32;PP=884;SC=TTCCATATAGGAAAGAATTTT;SOR=6.994;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=32;WE=21216544;WS=21216526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	21217211	rs1470020	A	G	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=494;SC=CAAGTTTGCTATCAGAACCAA;SOR=3.098;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=21217219;WS=21217201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	21281765	rs34494287	T	TA	1213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=2.217;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=0.921;QD=6.32;ReadPosRankSum=2.707;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,97:0.51:192
chr19	21299774	rs36125838	T	TATA	13627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=328;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=105;PP=2924;SC=CAAAAAAGGTTATGAACTAAA;SOR=0.879;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=142;TCF=26;TCR=116;TR=129;WE=21299782;WS=21299764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr19	21300462	rs2884554	A	G	13643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=151;NR=141;PP=2965;SC=ACAAAACATAAAAGAATTCAT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=299;TCF=154;TCR=145;TR=292;WE=21300470;WS=21300452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,524:1.00:524
chr19	21349311	rs7256576	C	T	7521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=144;PP=2965;SC=CTAAATGTTTCATGTCTCTTT;SOR=1.510;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=60;TCR=144;TR=203;WE=21349319;WS=21349301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr19	21350520	rs113788883	TA	T	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=611;ExcessHet=3.0103;FS=1.554;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQRankSum=2.289;QD=0.31;ReadPosRankSum=-1.339;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:449,94:0.17:543
chr19	21477379	rs504280	C	T	1894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.411;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=28;PP=690;ReadPosRankSum=-0.144;SC=TGTCACACACCGGTTAAGTCC;SOR=0.662;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=186;TCF=97;TCR=89;TR=57;WE=21477387;WS=21477369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:240,114:0.32:354
chr19	21477431	rs1781873	T	C	4207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.994;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.431;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=61;PP=1840;ReadPosRankSum=2.063;SC=TCCACACTTTTACAGCCTTTC;SOR=0.662;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=165;TCF=71;TCR=94;TR=111;WE=21477439;WS=21477421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,195:0.64:305
chr19	21491951	rs685844	T	A	1708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.729;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=24;PP=914;ReadPosRankSum=-0.046;SC=CTAGAAACTTTGGAACACAGA;SOR=0.496;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=241;TCF=173;TCR=68;TR=77;WE=21491959;WS=21491941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,95:0.32:295
chr19	21492062	rs547516	G	A	25503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=1005;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.86;QD=25.48;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1001:1.00:1001
chr19	21493258	rs669560	T	A	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.73;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	21493278	.	T	TA	73.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.367;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=1.460;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.757;SOR=0.401;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:60,17:0.22:77
chr19	21541806	rs2012013	T	C	2696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.247;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.247;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=18;PP=1262;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TTCTTTGTCTTTGGCTGCCGC;SOR=0.471;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=116;TCF=84;TCR=32;TR=71;WE=21541814;WS=21541796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,116:0.71:164
chr19	21544503	rs12981775	C	T	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=14;PP=1545;ReadPosRankSum=-1.753;SC=ACCGAGATATCTGCCATGGTT;SOR=0.631;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=40;WE=21544522;WS=21544493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,60:0.56:107
chr19	21544514	rs12981564	A	G	1616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.568;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.208;HP=3;HapScore=4;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=16;PP=1545;ReadPosRankSum=-1.627;SC=TGCCATGGTTATGTCAGCTAG;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=96;TCF=59;TCR=37;TR=47;WE=21544522;WS=21544493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,75:0.56:135
chr19	21544571	rs1142653	G	A	2670.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=36;PP=1009;ReadPosRankSum=-0.802;SC=CCCATAGGACGACCTGAGGTA;SOR=0.706;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=60;TCR=66;TR=70;WE=21544579;WS=21544561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,128:0.62:208
chr19	21544714	rs12982282	C	G	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.174;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.976;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=448;ReadPosRankSum=-0.725;SC=AAAACATGCTCTACTAAAAAT;SOR=0.543;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=26;WE=21544722;WS=21544704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,42:0.63:67
chr19	21558031	.	G	GTGTT	2286	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MMLQ=24;MQ=60.42;NF=62;NR=131;PP=2286;QD=11.8911917098;SC=GTGTGTGTGTGTTTTTCAGGG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=283;TCF=90;TCR=193;TR=193;WE=21558039;WS=21558021;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:90,193:0.68:283
chr19	21558311	rs2914645	C	T	1170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=33;PP=876;SC=ATTATCCATGCAGAAAAAAAT;SOR=5.031;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=21558319;WS=21558301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	21558818	rs376940300	CA	C	177.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=4.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.059;SOR=0.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:156,43:0.22:199
chr19	21560314	rs112058265	G	GCACA	1087.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=30;PP=681;ReadPosRankSum=-0.190;SC=ACACAGACGTGCACACACACA;SOR=0.951;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=84;TCF=10;TCR=74;TR=31;WE=21560325;WS=21560304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,39:0.22:180
chr19	21561508	rs145776873	TCTC	T	739.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=316;ReadPosRankSum=1.006;SC=TTCAAGCAGTTCTCCTACCTC;SOR=0.923;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=11;WE=21561518;WS=21561498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,21:0.38:56
chr19	21580012	rs62110379	T	G	3001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=545;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.556;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=47;PP=1248;ReadPosRankSum=-3.072;SC=CTTCGTGACCTGAAGATACTG;SOR=0.798;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=324;TCF=173;TCR=151;TR=108;WE=21580020;WS=21580002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:362,179:0.33:541
chr19	21587918	rs7254059	G	T	9557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=626;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.336;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,447:0.72:619
chr19	21588165	rs2650847	G	A	1907.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.685;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=58;PP=1298;ReadPosRankSum=0.703;SC=TGAGTTTCTGGTGCCTGTTTT;SOR=1.042;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=118;TCF=24;TCR=94;TR=70;WE=21588173;WS=21588155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,80:0.59:136
chr19	21588692	rs1055753	T	C	990.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=1.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.89;ReadPosRankSum=-1.022;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,50:0.55:91
chr19	21606429	rs4621113	G	T	3687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.363;NF=84;NR=57;PP=2285;ReadPosRankSum=-0.534;SC=CCCTATAAATGTGAAGAATGT;SOR=0.525;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=201;TCF=126;TCR=75;TR=141;WE=21606437;WS=21606419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,167:0.65:258
chr19	21607878	rs34723025	ATAAT	A	2687.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.578;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.924;NF=9;NR=25;PP=1333;ReadPosRankSum=1.443;SC=TACACATAAGATAATTAATGC;SOR=0.811;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=118;TCF=35;TCR=83;TR=34;WE=21607889;WS=21607868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,81:0.28:289
chr19	21688495	rs73017722	C	T	3816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-3.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.379;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=44;PP=2222;ReadPosRankSum=0.637;SC=TTCTTAGAGGCCCAGCCTGTG;SOR=0.538;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=208;TCF=149;TCR=59;TR=139;WE=21688503;WS=21688485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,169:0.66:258
chr19	21688602	rs10420016	C	G	19681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.99;NF=215;NR=207;PP=2965;SC=CTGACATCCCCAGAGAGGGGG;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=426;TCF=216;TCR=210;TR=422;WE=21688610;WS=21688592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,759:1.00:759
chr19	21712415	rs35176838	T	TTC	3661.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.407;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=3.880;NF=36;NR=28;PP=2366;ReadPosRankSum=-0.114;SC=GTCAATATATTTCTCTCTCTT;SOR=0.666;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=188;TCF=114;TCR=74;TR=64;WE=21712423;WS=21712405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,128:0.35:364
chr19	21719401	rs35782355	T	C	1846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.670;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=38;PP=1091;ReadPosRankSum=-0.760;SC=GCAAATCATTTTGCATGCTTT;SOR=0.822;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=101;TCF=41;TCR=60;TR=62;WE=21719409;WS=21719391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,80:0.61:132
chr19	21720803	rs2562473	C	T	854.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=26;PP=457;ReadPosRankSum=1.074;SC=TGTGGTGGCTCATGCCTGTAA;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=142;TCF=48;TCR=94;TR=39;WE=21720811;WS=21720793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,53:0.28:188
chr19	21736788	rs2562502	T	C	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=40;PP=1173;SC=TTGGTTTTTTTACATACTCCC;SOR=1.232;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=60;WE=21736796;WS=21736778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	21838002	rs7351091	G	T	2809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.69;QD=26.51;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	21838113	rs34320073	A	AGAT	4036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=37;PP=2658;SC=TACACAAAGAAGATAACAAAC;SOR=0.959;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=47;WE=21838121;WS=21838103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	21838146	rs7351088	C	T	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.97;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	21838146	.	CA	TG	2272	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=20;NR=25;PP=2272;QD=51.6770638858;SC=TGATAACTACCAAGAGCAATA;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=45;WE=21838155;WS=21838136;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,45:0.94:48
chr19	21838147	rs7351087	A	G	3057.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	21838240	rs6511279	C	A	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=22;PP=1366;SC=TAGAAAGAAACCTTTCAAATG;SOR=1.379;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=66;WE=21838248;WS=21838230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	21838351	rs7508059	A	G	6717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=76;PP=2965;SC=TTGTGGCAAAACCTTCAACTG;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=83;TCR=76;TR=159;WE=21838359;WS=21838341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	21838492	rs6511280	C	G	7776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=75;PP=2965;SC=TGGAGAGAAACCGTACAGATG;SOR=1.003;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=188;TCF=113;TCR=75;TR=188;WE=21838500;WS=21838482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	21838565	rs6511281	T	C	14885.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=186;NR=141;PP=2965;SC=AGAATTCATATTGGAGAGAAA;SOR=0.869;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=328;TCF=186;TCR=142;TR=327;WE=21838573;WS=21838555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,566:1.00:566
chr19	21838657	rs7508494	G	A	17497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=176;NR=196;PP=2965;SC=TGCTGGAGAGGAGCCCTACAA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=372;TCF=176;TCR=196;TR=372;WE=21838665;WS=21838647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,671:1.00:671
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chr19	22171880	rs4574045	C	T	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.908;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.79;ReadPosRankSum=-1.070;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,8:0.20:40
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chr19	22235307	rs415291	C	G	1003.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=553;ReadPosRankSum=0.355;SC=CGCTCTAGCCCGAGCTGCAGG;SOR=0.767;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=105;TCF=77;TCR=28;TR=40;WE=22235315;WS=22235297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,54:0.38:141
chr19	22235478	rs3752168	G	C	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=62;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.725;SC=AGGGGAAGGGGGTGGTTGGAA;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=273;TCF=125;TCR=148;TR=113;WE=22235499;WS=22235468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,190:0.37:510
chr19	22235491	rs387343	T	G	2981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=60;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.831;SC=GGTTGGAACCTGTGGGAAGTC;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=264;TCF=112;TCR=152;TR=105;WE=22235499;WS=22235468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:300,173:0.37:473
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chr19	22235577	rs408312	C	T	942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=28;PP=513;ReadPosRankSum=-0.050;SC=AGCTCGGCCTCGGTCCCCCTC;SOR=0.728;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=113;TCF=34;TCR=79;TR=38;WE=22235585;WS=22235567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,51:0.35:144
chr19	22235620	rs423926	G	C	495.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=0.624;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=318;ReadPosRankSum=1.224;SC=TGACAGCCGGGACCCCGGGCG;SOR=0.836;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=20;WE=22235628;WS=22235610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,24:0.35:69
chr19	22255796	rs200588824	A	AT	1379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=5.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=0.527;SOR=0.441;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,107:0.40:267
chr19	22256396	rs3752163	G	A	20831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=815;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=217;NR=278;PP=2965;SC=AGTACAACAGGTGAAACAGAT;SOR=0.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=500;TCF=220;TCR=280;TR=495;WE=22256404;WS=22256386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,807:1.00:807
chr19	22375868	rs8104929	C	T	3904.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=760;ExcessHet=3.0103;FS=1.204;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=-2.182;QD=5.17;ReadPosRankSum=2.174;SOR=0.585;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:523,233:0.31:756
chr19	22379587	rs2360001	G	T	2330.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=71;PP=1432;ReadPosRankSum=1.112;SC=AACTTTTAATGTGACTCAAGG;SOR=0.755;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=280;TCF=86;TCR=194;TR=102;WE=22379595;WS=22379577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,124:0.35:353
chr19	22486535	rs9304996	A	G	15156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=585;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=235;NR=155;PP=2965;SC=GGAAATGTATATGTGTCTTTC;SOR=0.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=390;TCF=235;TCR=155;TR=390;WE=22486543;WS=22486525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,573:1.00:573
chr19	22585521	rs35112061	CT	C	332.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.29;MQRankSum=-10.631;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.633;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:164,58:0.26:222
chr19	22782955	rs3214614	CT	C	166.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.442;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=0.252;SC=TTATTGTCTGCTTTTTTTTCC;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=5;WE=22782963;WS=22782951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,12:0.46:26
chr19	22784349	rs62121319	C	T	357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=6;PP=80;ReadPosRankSum=-0.323;SC=CGGGTTTCTGCGTTAAGTTCG;SOR=0.629;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=10;WE=22784357;WS=22784339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr19	22784843	rs11670104	T	G	2116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FS=0.556;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=0.337;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:270,133:0.33:403
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chr19	22786041	rs62121323	A	G	722.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.387;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.398;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=8;PP=395;ReadPosRankSum=0.271;SC=GGTGACCCTCACCAGCAGCGT;SOR=0.857;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=105;TCF=79;TCR=26;TR=33;WE=22786049;WS=22786031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,49:0.28:172
chr19	22786126	rs2304143	T	A	2466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.809;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=33;PP=1113;ReadPosRankSum=0.981;SC=ATGCAGCTGTTTGGTGAGATG;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=274;TCF=168;TCR=106;TR=90;WE=22786134;WS=22786116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:263,137:0.34:400
chr19	22836873	rs61144086	G	GA	409.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.17;MQRankSum=-9.519;QD=1.65;ReadPosRankSum=0.222;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,56:0.22:249
chr19	22937148	rs4933033	G	A	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.57;QD=24.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	22939224	rs17172927	G	A	10625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=126;NR=115;PP=2965;SC=AAGGTTTGAGGACTAAATGCT;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=241;TCF=126;TCR=115;TR=241;WE=22939232;WS=22939214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,400:1.00:400
chr19	22941191	rs11667397	T	A	7206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=111;NR=89;PP=2965;SC=TTTGCAAGGTTTCTCTTCCAT;SOR=0.876;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=202;TCF=113;TCR=89;TR=200;WE=22941199;WS=22941181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	22942325	rs7255780	G	C	3309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=44;PP=1661;SC=TTTATTATAAGCTTCTTCGTG;SOR=0.826;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=35;TCR=45;TR=79;WE=22942333;WS=22942315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	22952249	rs11669602	C	T	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=54;PP=1470;SC=GATGACTGAACGTATTCAGTA;SOR=2.599;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=13;TCR=54;TR=67;WE=22952257;WS=22952239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	22952946	rs12980509	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=13;PP=411;SC=TTTTGTTAAATATTCAGCAAG;SOR=0.836;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=24;WE=22952954;WS=22952936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	23159486	rs289318	T	C	2787.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=517;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.887;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=46;PP=1451;ReadPosRankSum=2.142;SC=AATTCTCTTATAAGTAAGGGC;SOR=0.861;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=342;TCF=179;TCR=163;TR=105;WE=23159494;WS=23159476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:341,161:0.32:502
chr19	23169954	rs289302	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=1.625;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,38:0.24:157
chr19	23328940	rs7247102	G	A	5766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.698;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=94;PP=2953;ReadPosRankSum=1.777;SC=CATACTGGAGGGAAACCCTAC;SOR=0.484;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=238;TCF=101;TCR=137;TR=171;WE=23328948;WS=23328930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,254:0.72:351
chr19	23406165	rs2885604	T	C	5343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=70;PP=1905;SC=TAAGGGTTGATGATTGGTTAA;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=57;TCR=71;TR=127;WE=23406173;WS=23406155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	23406801	rs8110795	G	C	1558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=652;ReadPosRankSum=0.703;SC=GAAGGTCTTGGGCAAAATAAC;SOR=0.631;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=47;WE=23406809;WS=23406791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,74:0.68:109
chr19	23413937	rs7256859	A	G	4788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=29;PP=2965;SC=TGCCCGCCTTAGCCTCTCCAA;SOR=2.303;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=135;TCF=106;TCR=29;TR=133;WE=23413945;WS=23413927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	23414167	rs4932841	T	G	7913.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=534;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.818;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.915;NF=82;NR=156;PP=2962;ReadPosRankSum=0.240;SC=GCAATACCTGTTTTATTAAAA;SOR=0.506;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=344;TCF=113;TCR=231;TR=238;WE=23414175;WS=23414157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,369:0.71:523
chr19	23433107	rs10405424	G	C	5657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.690;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=92;PP=2802;ReadPosRankSum=0.152;SC=TTGCAGGTCAGAGGGCCACAG;SOR=0.451;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=242;TCF=101;TCR=141;TR=168;WE=23433115;WS=23433097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,256:0.70:365
chr19	23542697	rs1821845	G	C	12917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=146;NR=149;PP=2965;SC=TAAAAGCTTTGCCACATTCTT;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=298;TCF=147;TCR=151;TR=295;WE=23542705;WS=23542687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr19	23545250	rs1044095	A	G	3609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=51;PP=2087;SC=ATTTCTTTCCAGTATGTCTTA;SOR=0.708;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=101;WE=23545258;WS=23545240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	23545530	.	G	GA	62.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.455;ClippingRankSum=0.000;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.42;ReadPosRankSum=1.624;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,25:0.17:148
chr19	23837145	rs11671053	A	G	2394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=37;PP=1379;SC=GCAGAAATTCACCTTGGTATA;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=23837153;WS=23837135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	23837365	rs4380159	A	C	8401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=332;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr19	23845038	rs10418600	T	G	7648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=43.21;SOR=1.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	23845042	rs10418602	T	C	7508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=45.23;SOR=1.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	23869684	rs4020520	G	A	5253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=44;PP=2965;SC=TCTTATGGCTGCAGGGGACTG;SOR=1.525;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=153;TCF=106;TCR=47;TR=149;WE=23869692;WS=23869674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr19	23869823	rs2364624	T	G	15205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=162;NR=179;PP=2965;ReadPosRankSum=1.823;SC=GTCGCACCCGTAACTCTCACC;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=343;TCF=163;TCR=180;TR=341;WE=23869831;WS=23869813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,581:1.00:583
chr19	23869941	rs2364625	A	G	7426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=116;PP=2965;SC=ACACAGAGCAATGAAAGCGAG;SOR=1.068;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=187;TCF=69;TCR=118;TR=185;WE=23869949;WS=23869931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr19	23926332	rs10405811	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.90;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr19	23927468	rs1818989	A	G	6140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=103;PP=2965;SC=AGTAAGGGTTAAGGACTGATT;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=60;TCR=103;TR=162;WE=23927476;WS=23927458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr19	23928102	rs7248674	C	G	5224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=90;PP=2677;SC=GGTGAAAAGTCTTGGGCAAAA;SOR=1.087;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=143;TCF=51;TCR=92;TR=141;WE=23928110;WS=23928092;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	23937818	.	G	A	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.555;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.692;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=212;ReadPosRankSum=0.323;SC=GAATATTCTTGTAAATCAATC;SOR=1.486;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=16;WE=23937826;WS=23937808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr19	23941459	rs6417220	G	A	9364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=160;NR=102;PP=2965;SC=GGAGAACTCAGGGCGCAAATT;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=263;TCF=160;TCR=103;TR=262;WE=23941467;WS=23941449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr19	24115138	rs11667315	T	G	552.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.828;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=291;ReadPosRankSum=1.961;SC=TTTTAATTTTTTTTTAGGTAT;SOR=0.456;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=23;WE=24115146;WS=24115128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,32:0.34:94
chr19	24310032	rs61737180	A	T	1327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.443;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=34;PP=930;ReadPosRankSum=2.213;SC=AATGTGAAGAATGCGGCAAAG;SOR=0.539;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=183;TCF=86;TCR=97;TR=66;WE=24310040;WS=24310022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:153,72:0.32:225
chr19	29567134	rs1549944	T	C	830.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=2.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=-0.709;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,53:0.31:171
chr19	29704002	rs11666764	T	C	5591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.26;QD=44.03;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	29704010	rs8100724	A	C	5675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.57;QD=43.66;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	30193721	rs10424582	G	A	6717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=56;PP=2954;SC=TGACCAGCGCGGTCAGCTGCA;SOR=1.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=151;TCF=94;TCR=57;TR=150;WE=30193729;WS=30193711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr19	30303714	rs3218029	T	TC	3468.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.183;NF=16;NR=45;PP=1756;ReadPosRankSum=-0.790;SC=TTGGGGAGCATCCCCCCCATC;SOR=0.801;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=61;WE=30303728;WS=30303704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,139:0.99:141
chr19	30313523	rs67602822	CCTT	C	270.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=1.884;NF=1;NR=7;PP=252;ReadPosRankSum=1.252;SC=CAGTGCTGCTCCTTCTTTCAG;SOR=0.495;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=8;WE=30313533;WS=30313513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr19	30313576	rs3218069	C	T	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=13;PP=494;SC=ATAGGCCAGCCGCGGTGGTTC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=30313584;WS=30313566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	30314666	rs7257694	C	T	3067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=28;NR=60;PP=1737;SC=AGCAGAGCAGCGGGCCGGAAA;SOR=1.469;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=28;TCR=60;TR=88;WE=30314674;WS=30314656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	30433668	rs1990903	C	T	1334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=28;PP=751;SC=CCCAGCTGCCCGGGCCCCCGG;SOR=1.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=35;WE=30433676;WS=30433658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	30500118	rs3840928	GTGA	G	10094.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=642;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.52;MQRankSum=-1.358;QD=19.30;ReadPosRankSum=0.178;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:38,485:0.93:523
chr19	31038995	rs1469705	T	C	914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=1.688;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.44;ReadPosRankSum=0.660;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:196,70:0.26:266
chr19	31840190	rs71173962	AG	A	877.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=14;PP=606;SC=ACAGGGAGGGAGGGGGCGGCG;SOR=1.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=17;WE=31840198;WS=31840180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	32083696	rs7245697	T	C	7309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=97;PP=2965;SC=ATGGCTCTACTGCCGTCCACC;SOR=0.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=200;TCF=102;TCR=98;TR=196;WE=32083704;WS=32083686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr19	32873698	rs2270399	A	G	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=55;PP=1987;SC=CTGGAAGTTCAGAAAATGCAG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=100;WE=32873706;WS=32873688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	32930069	rs6510249	G	A	4201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.090;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=50;PP=1587;ReadPosRankSum=-0.531;SC=AGAACTGGGCGCTGCCATTCT;SOR=0.658;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=106;TCF=52;TCR=54;TR=97;WE=32930077;WS=32930059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,181:0.93:194
chr19	32948885	rs11385163	A	AT	1061.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.9975;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=13;PP=835;ReadPosRankSum=-1.389;SC=ACATTTACTGATTTTGTACAC;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=23;WE=32948893;WS=32948875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,42:0.93:45
chr19	32954725	rs1544511	G	A	1774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=21;NR=15;PP=612;SC=CAGAATCCAGGTTTATATACA;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=21;TCR=15;TR=36;WE=32954733;WS=32954715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	32955406	rs7252536	A	T	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=4;PP=160;SC=ATTTCTGGTAATTTTTTAAGG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=32955414;WS=32955400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	33072069	rs10402931	G	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.05;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	33072085	rs10405535	A	G	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=6;PP=344;SC=GGGCCCCGCGAGCGCCTGCGC;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=19;WE=33072093;WS=33072075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	33072118	rs11084660	C	G	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=7;PP=424;SC=CGCGCTCGCGCCGAGGGGCTG;SOR=1.302;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=21;WE=33072126;WS=33072108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	33072266	rs10411464	T	C	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=407;SC=GGCTTGGCCCTCGCGGGGCGC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=33072274;WS=33072256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	33076973	rs10500262	T	A	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=47;PP=1316;SC=GAGAATAAATTGCCTTTCCTA;SOR=2.730;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=54;WE=33076981;WS=33076963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	33089431	rs17692896	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=15;PP=383;SC=CATCCCTGTCGTGGTAACATG;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=33089439;WS=33089421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	33098632	rs2302970	G	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=17;PP=940;SC=CAGCAGGAGGGGGATGAGGTC;SOR=1.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=33098640;WS=33098622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	33098870	rs2903755	C	T	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	33098875	rs2868150	T	C	2764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.59;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	33106390	rs614370	T	G	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.64;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	33106621	rs405858	C	T	3880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=43;PP=1797;SC=ATTCGGGGTCCGCTGCACTGA;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=53;TCR=43;TR=96;WE=33106629;WS=33106611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	33110149	rs28615461	T	C	178.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	33110204	rs2287669	T	C	1632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=9;PP=968;SC=TGCCTTGAGCTGGCTGACATG;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=33110212;WS=33110194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	33117666	rs6510271	T	C	3552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=40;PP=1761;SC=GCGGAGTGGCTCCATGGTAGT;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=55;TCR=40;TR=95;WE=33117674;WS=33117656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	33117842	rs6510272	C	A	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=44;PP=1152;SC=GGCATGAAACCCACGGTAGAT;SOR=1.329;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=19;TCR=45;TR=63;WE=33117850;WS=33117832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	33117884	rs6510273	T	C	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=23;PP=613;SC=CTACAGCTAATATAAAGTAAG;SOR=1.949;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=30;WE=33117892;WS=33117874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	33119883	rs6510274	A	G	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=30;PP=807;SC=CTGGAGTGCAATGGTGTGATC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=3;TCR=30;TR=33;WE=33119891;WS=33119873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	33122322	rs185770739	C	T	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=32;PP=988;SC=AACAGGCAGTCGGTGGGAGAC;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=58;WE=33122330;WS=33122312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	33130496	rs11084666	T	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=20;PP=431;SC=TCTAGTCAGTTGGTTCGCTCA;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=24;WE=33130504;WS=33130486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	33131112	rs3760943	G	A	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=2;PP=1020;SC=CTCGTGATCCGCCCGCCTTGG;SOR=5.084;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=40;TCF=38;TCR=2;TR=40;WE=33131120;WS=33131102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	33131336	rs10416829	T	C	8334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=127;PP=2965;SC=GAGATTCAAATGGACTGACAA;SOR=0.978;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=223;TCF=94;TCR=129;TR=221;WE=33131344;WS=33131326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,332:1.00:332
chr19	33133936	rs3841621	CG	C	1541.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=10;PP=1210;SC=ATCAAACCAGCGTGTCACCTC;SOR=2.133;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=28;WE=33133944;WS=33133926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	33134425	rs259229	G	A	3326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=53;PP=1784;SC=AAAGGGCTTGGATTTGCATGG;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=36;TCR=53;TR=89;WE=33134433;WS=33134415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	33134635	rs259228	A	G	266.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=227;SC=AAGTGCTAACACAAGCTTTAT;SOR=4.615;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=33134643;WS=33134625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	33135458	rs259225	C	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=21;PP=556;SC=TCCTACAGGGCCTAGGCCCTC;SOR=1.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=33135466;WS=33135448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	33137629	rs259220	T	A	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=37;PP=878;SC=CTTCACCCCATTGTGGGTTTG;SOR=2.179;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=43;WE=33137637;WS=33137619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	33149768	rs259251	G	A	799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=453;SC=AGTCTACCACGTCTCTGGAAC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=33149776;WS=33149758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	33150044	rs375738394	TC	T	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.19;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	33167455	rs259290	G	T	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=13;PP=601;SC=CATGCGACGCGCGCTGGAGCT;SOR=0.749;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=14;TCR=13;TR=27;WE=33167463;WS=33167445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	33167879	rs259291	G	A	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=474;SC=CTGAGCTGACGGACACCCGAC;SOR=2.226;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=33167887;WS=33167869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	33308875	.	C	CA	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.47;ReadPosRankSum=-0.456;SOR=0.559;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,37:0.37:99
chr19	33321717	rs3214460	A	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=25;PP=651;SC=CCCTGTGCTCAGGATGGCCAG;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=33321725;WS=33321707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	33353574	rs113741559	AT	A	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=-0.040;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr19	33370070	rs745961	A	G	1333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=3;PP=567;SC=CGCAGATTCTAGCAGGTGGGG;SOR=2.621;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=25;WE=33370092;WS=33370060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	33370084	rs745960	T	A	1614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=9;PP=757;SC=GGTGGGGGCATGAGACTTCAG;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=33370092;WS=33370060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	33370161	rs745959	A	C	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=44;PP=2053;SC=GGCTGGGGGCAACCAGAGCTC;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=68;TCR=45;TR=112;WE=33370169;WS=33370151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	33390693	rs10420862	T	A	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=12;PP=772;SC=GATCATTTTTTAAAATACTCT;SOR=1.514;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=33390701;WS=33390683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	33390796	rs10418340	G	A	8009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=61;PP=2676;SC=CCTGGGTTATGTTTTCTGCCA;SOR=0.850;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=86;TCR=62;TR=146;WE=33390804;WS=33390786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr19	33392087	rs7253415	C	T	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=17;PP=1174;SC=CCACTGTACCCAGACCATTTG;SOR=1.704;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=58;WE=33392095;WS=33392077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	33406442	rs7246178	A	G	2655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=45;PP=1471;SC=CAAAAGAGGAAGATAAAAACT;SOR=1.145;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=33406450;WS=33406432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	33406484	rs7260149	G	T	1620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=26;PP=801;SC=ACACAATTATGGGCTATTAGG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=33406492;WS=33406474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	33406549	rs7246326	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=345;SC=CTTTTGAGCCAGACGTGGTGG;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=33406557;WS=33406539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	33430746	rs73051180	A	T	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=3;PP=159;SC=ATCAGTTTTTAAAAAAAATGA;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=33430754;WS=33430736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	33439158	rs12710001	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=8;PP=320;SC=AAAATTGTGGTTTTTTTTTTC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=16;WE=33439166;WS=33439148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	33444453	rs75223967	T	G	6569.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=2.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.71;ReadPosRankSum=0.140;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,165:0.67:246
chr19	33444456	rs2944021	A	G	6677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FS=2.297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.50;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,168:0.67:252
chr19	33444479	rs79480383	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=7.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.25;ReadPosRankSum=1.324;SOR=1.178;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,62:0.21:292
chr19	33444511	rs80283382	T	C	3221.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=79;PP=2123;ReadPosRankSum=1.655;SC=ACTGGGAACATAGAAAACACC;SOR=0.844;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=225;TCF=109;TCR=116;TR=141;WE=33444519;WS=33444501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,165:0.52:320
chr19	33444556	.	T	C	1557	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=68;MMLQ=23;MQ=59.94;NF=35;NR=68;PP=1557;QD=15.4540894422;SC=AGGTCATCACTGTGGCCTCCT;SbPval=0.87;Source=Platypus;TC=192;TCF=83;TCR=109;TR=103;WE=33444564;WS=33444532;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:89,103:0.54:192
chr19	33444576	.	C	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=61;MMLQ=27;MQ=59.97;NF=21;NR=60;PP=2962;QD=20;SC=TCTGTCCTCCCGGGCACTGAC;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=173;TCF=66;TCR=107;TR=81;WE=33444598;WS=33444566;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:92,81:0.47:173
chr19	33444773	rs11339044	CT	C	45.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.69;ReadPosRankSum=0.674;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,7:0.88:8
chr19	33462564	.	T	TA	491.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;ClippingRankSum=0.000;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.436;QD=2.91;ReadPosRankSum=1.967;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:116,53:0.31:169
chr19	33464225	rs73037453	C	T	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=19;PP=1143;SC=GGCCTGCCCTCTGCCAGCCCT;SOR=1.127;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=58;WE=33464233;WS=33464215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	33467620	rs7247715	T	C	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=441;SC=CATCTTCTCCTGAGACCACAA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=33467628;WS=33467610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	33470806	rs8112607	G	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=10;PP=586;SC=CAGGATTTGAGAACAGATAGA;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=33470814;WS=33470796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	33470874	rs8099835	A	G	3504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=33;PP=1533;SC=GGAAATGTTCAGGGCCTGAAC;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=56;TCR=33;TR=89;WE=33470882;WS=33470864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	33481388	rs7250684	C	T	2749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=21;PP=1378;SC=TCCACGCCACCACTGACTGCC;SOR=1.431;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=71;WE=33481396;WS=33481378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	33486810	rs4805026	A	G	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=35;NR=9;PP=978;SC=CTCAGTCCCTACCCTGTGCAG;SOR=3.383;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=33486830;WS=33486808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	33486822	rs8110267	T	C	1872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=15;PP=1006;SC=CCTGTGCAGCTCTCCTTGTGC;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=39;TCR=15;TR=54;WE=33486830;WS=33486808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	33487182	rs11084689	A	G	2708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=49;PP=1445;SC=CAGAGCATAAAGGCCCAAGGG;SOR=1.634;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=16;TCR=49;TR=65;WE=33487190;WS=33487172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	33487251	rs8110730	T	C	670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=23;PP=514;SC=AGCTAGAGCCTGTGATACCCT;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=25;WE=33487259;WS=33487241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	33490667	rs200498530	G	A	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.119;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.04;MQRankSum=-7.527;QD=1.20;ReadPosRankSum=-4.955;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,14:0.17:82
chr19	33490685	rs8109247	T	C	1160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=502;SC=TTCTCTACCATGTCTCCAGCT;SOR=1.251;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=33490693;WS=33490675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	33493334	rs12610963	G	A	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=23;PP=718;SC=ACACTGGGAAGGGGCAGCCCG;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=36;WE=33493342;WS=33493324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	33503799	rs12460205	T	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=13;PP=324;SC=TAGTTTTTTTTAATACGGAGT;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=33503807;WS=33503789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	33512632	rs34594918	CA	C	22826.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.572;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=645;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.091;NF=39;NR=208;PP=2951;ReadPosRankSum=-0.886;SC=CTCAGCAGCCCAAGCTCAGGT;SOR=0.854;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=251;TCF=39;TCR=212;TR=247;WE=33512640;WS=33512622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,614:1.00:616
chr19	33579018	rs35343047	CT	C	75.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.99;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr19	33685836	rs60145560	T	C	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=6;PP=229;SC=CTGACCGACCTCCTCTCCGGC;SOR=0.770;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=33685844;WS=33685826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	33695830	rs11666900	G	A	1330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=37;PP=1029;SC=CCGGCCCACAGGGGCGGCACC;SOR=3.467;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=41;WE=33695838;WS=33695820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	33696708	rs2112800	T	C	3594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=51;PP=1518;SC=GCCGCCTCACTGTGGCCTACC;SOR=0.965;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=35;TCR=51;TR=86;WE=33696716;WS=33696698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	33698291	rs3745974	T	C	3403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=42;PP=1886;SC=GAGCCACTGGTAGACGGCCCA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=90;WE=33698299;WS=33698281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	33699664	rs57394649	T	TA	833.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=7;PP=780;SC=AGGGCTTCCTTAAACAGGCTT;SOR=1.688;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=19;WE=33699672;WS=33699654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	33700445	rs2303093	C	T	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=41;PP=1219;ReadPosRankSum=-1.722;SC=GCTGTCTGTACCCCCGACCCC;SOR=1.503;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=56;WE=33700453;WS=33700434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,64:0.97:66
chr19	33702245	rs2241378	A	G	5796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=71;NR=78;PP=2814;ReadPosRankSum=-0.807;SC=CTGGGTGGGCACAGTAGAGAG;SOR=0.776;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=71;TCR=79;TR=149;WE=33702253;WS=33702235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr19	33703103	rs11669156	C	T	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=11;PP=855;SC=AGGACCAGCCCGAGCCTTGGG;SOR=1.926;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=33703111;WS=33703093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	33703706	rs11673535	A	G	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	33878198	rs1061338	A	G	1261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=8;PP=693;SC=GCCCATCACGAAAAGAGGTTG;SOR=1.659;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=33878206;WS=33878188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	33878837	rs17570	G	A	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=11;PP=609;SC=TCGCGGTTAAGGAAGGAGGCG;SOR=1.078;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=22;TCR=12;TR=33;WE=33878845;WS=33878827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	34003374	rs77298244	G	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=170;SC=CTTCCCAGGCGAGGAAACAGA;SOR=1.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=34003382;WS=34003367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	34012861	rs40500	C	T	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=4;PP=85;SC=GCGGGGCTCCCGGAGATTGGG;SOR=1.402;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=34012869;WS=34012851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	34288174	.	TGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC	T	1267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.33;QD=43.71;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	34288202	rs1139231	C	T	1387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=8;PP=755;SC=CGCGCGCGCGCGCGCGCTTGT;SOR=2.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=37;WE=34288210;WS=34288164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	34291283	rs28609628	C	G	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=36;NR=25;PP=1115;SC=CCCCATGGTACATGACTAGGA;SOR=0.871;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=61;WE=34291291;WS=34291273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	34304260	rs60235724	A	AT	1628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=22;PP=1114;SC=GAGATGGCTTATTTTCTACAG;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=28;WE=34304268;WS=34304250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	34584137	rs574004	A	G	2093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=24;PP=952;SC=CGAGCAGCAAACACACCAGTC;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=34584145;WS=34584127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	34824582	rs35956890	G	GT	150.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.379;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,14:0.61:23
chr19	34832984	rs140626652	G	A	13041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=512;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=153;NR=134;PP=2965;SC=CACCCCAGCCGGGACTGGCAC;SOR=0.788;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=290;TCF=153;TCR=137;TR=287;WE=34832992;WS=34832974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr19	34872355	.	G	GT	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;ClippingRankSum=0.000;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=3.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.33;ReadPosRankSum=0.404;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,36:0.17:214
chr19	34885006	rs8108038	A	G	2088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=33;PP=951;SC=GGAGTCAGCAAGATTTGTGGG;SOR=1.165;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=52;WE=34885014;WS=34884996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	34890322	rs2301263	G	A	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=14;PP=714;SC=GGCTTGGGGCGTGCCTGGCTT;SOR=0.770;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=34890330;WS=34890312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	34904539	rs9653103	C	G	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=3;PP=141;SC=ACTGCGCCTGCCCTGATAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=34904547;WS=34904529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	34922865	rs3217243	T	TGTATAAA	1908.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=17;PP=1306;SC=ATTGCAAAGTTGTATAAGGGT;SOR=1.508;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=19;WE=34922873;WS=34922855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	34942872	rs2161472	A	T	738.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	34954873	rs10412944	C	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=200;SC=TTTAAAAAATCAACCTGACTG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=34954881;WS=34954863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	34959812	rs7258977	A	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=3;PP=231;SC=CGTAATGTGTAAAGTGAAAAT;SOR=1.292;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=11;WE=34959820;WS=34959802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	34959979	rs7259160	A	G	1557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=19;PP=804;SC=TAGTTGATTCAGATGAAGAAG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=26;TCR=19;TR=44;WE=34959987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	34971763	rs7257588	T	C	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=31;PP=1504;SC=CCCTGACAGATAACGGTTTGG;SOR=1.089;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=79;WE=34971771;WS=34971753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	34971846	rs4344866	C	T	5034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=59;PP=2264;ReadPosRankSum=-0.505;SC=CCCTAGTCACCTCTCGATTCC;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=62;TCR=60;TR=121;WE=34971854;WS=34971836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,195:0.99:197
chr19	34971998	rs7248705	G	A	3100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=50;PP=1669;SC=GGGGAGGCTCGCCGCCCACCG;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=43;TCR=50;TR=93;WE=34972006;WS=34971988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	34972146	rs7248847	G	C	4229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=47;PP=1593;SC=TTCAGAGGCCGGTGCGCGGCC;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=51;TCR=47;TR=98;WE=34972154;WS=34972136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	34972892	rs12609305	A	C	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	34973413	rs1465433	T	C	439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=8;PP=263;SC=CGGGGCCGGCTCCCTTCCCGC;SOR=0.804;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=34973421;WS=34973403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	34973476	rs8107479	G	A	88.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=2;PP=48;SC=GCGCGGCCGAGCGGCGGCTGG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=34973484;WS=34973466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	34981505	rs4321301	G	A	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=31;PP=744;SC=CCCAGGCTGGGCTGTGGAGGA;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=34981513;WS=34981495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	34985296	.	T	TA	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.771;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=4.832;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-1.038;SOR=0.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr19	34985466	rs11671685	C	T	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=19;PP=840;SC=CAGCTGATCACTTCTGGTTTC;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=34985474;WS=34985456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	34986767	rs35126035	A	C	2266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.48;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	34986776	rs35570240	G	A	2078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.19;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	35036089	rs7259820	G	A	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=4;PP=601;SC=GAATTCAGCCGTTTACTTAGG;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=35036097;WS=35036083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	35233027	rs10426376	C	T	1117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=19;PP=536;SC=TGGTAAATTTCCTAGATTCTC;SOR=1.259;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=10;TCR=19;TR=29;WE=35233035;WS=35233017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	35420841	rs2546001	A	G	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=35;PP=1190;SC=AGTTCTTACAATTCTCAAAGC;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=35;TCR=36;TR=70;WE=35420849;WS=35420831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	35420966	rs2651123	A	G	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=501;SC=CTAATTGCCTACTTGATTCCT;SOR=3.611;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=20;WE=35420974;WS=35420956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	35422808	rs10422961	C	T	6791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=81;PP=2653;SC=ATAGCCTTCTCCCAGCAGGAG;SOR=0.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=156;WE=35422816;WS=35422798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr19	35424504	rs2859486	C	A	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=15;PP=814;SC=TATTTTATTTCTTTTCTACAT;SOR=1.033;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=35424512;WS=35424494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	35424739	rs2546002	C	T	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=12;PP=333;SC=AGCCCTAGGGCCTGGGTGGAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=35424747;WS=35424729;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	35424759	rs2651101	G	C	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=256;SC=AAAAGGCTGAGACTTGGGTAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=35424767;WS=35424749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	35434238	rs1811	A	G	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=42;PP=1614;SC=CGTGAATGTCAGGAATATGGA;SOR=0.809;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=50;TCR=42;TR=92;WE=35434246;WS=35434228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	35434512	rs2651109	T	C	4014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=50;PP=1836;SC=AGACTATTAGTGGTAGCTATC;SOR=0.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=100;WE=35434520;WS=35434502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	35435006	rs1345658	G	A	5853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=62;PP=2505;SC=GAATGCGGGAGAACCTTCAGT;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=58;TCR=63;TR=119;WE=35435014;WS=35434996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr19	35448803	rs1063235	C	A	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=4;PP=326;SC=CGCTGATAAACTCTACAGTAA;SOR=1.445;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=35448811;WS=35448793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	35449409	rs2651081	G	A	4802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.033;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=54;PP=1877;ReadPosRankSum=-0.627;SC=CACCACACCCGTGAGGCCGCT;SOR=0.256;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=60;TCR=55;TR=113;WE=35449417;WS=35449399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr19	35449760	rs2651080	G	C	3031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=47;PP=1405;SC=GGCTTTCACCGGTGTGAACCC;SOR=1.028;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=77;WE=35449768;WS=35449750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	35450229	rs2651079	C	T	7250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=73;NR=80;PP=2912;SC=CACCTGTTTCCGGGGAAGGTT;SOR=0.791;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=74;TCR=81;TR=153;WE=35450237;WS=35450219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr19	35451330	rs2546024	A	G	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=166;SC=ATAGACTACAAGACAGGAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=35451338;WS=35451320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	35451742	rs2651078	G	A	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=20;PP=1690;SC=AGAGGAGCTCGGGACACCGGG;SOR=1.732;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=60;TCR=20;TR=80;WE=35451750;WS=35451732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	35452045	rs2546026	A	C	1757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=49;PP=1206;SC=CCACTGTGTCAGCCCGCAGCA;SOR=2.165;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=35452053;WS=35452035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	35454604	rs2546028	AA	CG	4469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=50;PP=2791;SC=ACGGTGCGGGAAACCACGGGG;SOR=1.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=20;TCR=53;TR=69;WE=35454613;WS=35454594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	35491326	rs3072398	A	AGCCCT	214.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.126;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=61.64;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=337;ReadPosRankSum=0.674;SC=CGCGCAGCCCAGCCCTGCCCT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=35491334;WS=35491316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr19	35502352	rs140658050	CCT	C	334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=0.871;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=4.078;QD=0.72;ReadPosRankSum=-1.363;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,54:0.12:468
chr19	35521779	rs72556351	G	T	126.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.14;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	35524824	rs55742440	T	C	6558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	35533550	rs11399986	A	AC	1647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=35;PP=1505;SC=ATGCATCCCCACCCCTGTTAG;SOR=3.300;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=38;WE=35533558;WS=35533540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	35541330	rs57035236	TA	T	766.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=6;PP=483;SC=CTGTCCCTGGTAATTAGCTCC;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=35541338;WS=35541320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	35556123	rs2305744	G	A	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=12;PP=790;SC=GCAGGCCAGCGGGGGCTGGAC;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=36;WE=35556131;WS=35556113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	35556281	rs2305745	G	A	3854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	35556300	rs2305746	A	G	3654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	35556357	rs2305747	C	T	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=33;PP=1474;SC=GGAGTAGGGACGCTGAGGGGA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=43;TCR=34;TR=76;WE=35556365;WS=35556347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	35556640	rs1688031	T	C	2125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=44;PP=1211;SC=GGGATGGAGATGCAGGGGAGT;SOR=1.525;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=66;WE=35556648;WS=35556630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	35556659	rs1672991	A	G	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=33;PP=1011;SC=GTGGGTGGTCAGGCTCCCCAT;SOR=1.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=35556667;WS=35556649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	35556744	rs1688030	T	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=18;PP=941;SC=ACTTTGGCCTTCAGCCAGACC;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=35556752;WS=35556735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	35557260	rs1042328	T	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=36;PP=1058;SC=ACGCTGGGCCTAGGATGGGAC;SOR=2.049;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=49;WE=35557268;WS=35557250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	35577870	rs7250814	G	A	7125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=94;NR=66;PP=2833;SC=CTGTGTGTCCGTCTTTGCCGA;SOR=0.909;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=95;TCR=67;TR=160;WE=35577878;WS=35577860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr19	35590180	rs1687994	T	A	3435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=45;PP=1570;SC=CCTGTGGGTGTGACATGCATA;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=33;TCR=45;TR=78;WE=35590188;WS=35590170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	35590295	.	GA	G	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.59;ReadPosRankSum=0.118;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr19	35597352	rs2445826	T	C	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=9;PP=1077;SC=ACCACCCGGCTGGGGAGGCCT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=36;TCR=9;TR=45;WE=35597360;WS=35597342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	35602445	rs199877070	TGGG	T,TGG	290.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=36.34;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,3,5:0.38,0.62:8
chr19	35608092	rs1006162	C	T	361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=1;PP=257;SC=GAATGGGGAACGTGAGGGCAG;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=35608100;WS=35608082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	35608148	rs1688021	C	T	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=7;PP=355;SC=TGGGACTGGACGTTGTTTTGC;SOR=1.382;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=35608156;WS=35608138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	35609972	rs10543115	GGAC	G	3161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.486;NF=31;NR=22;PP=2472;ReadPosRankSum=1.250;SC=TGTCCAGTGAGGACAACAGCG;SOR=1.641;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=53;WE=35609989;WS=35609962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,74:0.97:76
chr19	35609981	rs10426785	C	T	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.437;NF=56;NR=27;PP=1628;ReadPosRankSum=0.388;SC=AGGACAACAGCGGGCAGTGGC;SOR=1.434;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=57;TCR=28;TR=83;WE=35609989;WS=35609962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,90:0.98:92
chr19	35610245	rs2278994	A	G	3463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.810;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=54;PP=1758;ReadPosRankSum=0.161;SC=TGCTAAGGCCAGACCTCCCGC;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=100;TCF=45;TCR=55;TR=97;WE=35610253;WS=35610235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,138:0.97:143
chr19	35622695	rs1673007	A	G	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=18;PP=589;SC=AGCCTCACACATGAGTAAGGG;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=35622703;WS=35622685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	35624890	rs11666576	C	T	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.032;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	35719106	rs565791	A	G	10756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=111;NR=146;PP=2965;ReadPosRankSum=1.468;SC=AGGCGTTTACACTCGCCCGGC;SOR=0.298;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=259;TCF=112;TCR=147;TR=257;WE=35719114;WS=35719096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,414:1.00:415
chr19	35719257	rs11673347	G	A	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=53;PP=1684;ReadPosRankSum=0.020;SC=CATCCTGAAAGTCAATTTCAT;SOR=0.677;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=81;WE=35719265;WS=35719247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,96:0.91:105
chr19	35719577	rs34873156	G	A	527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=299;SC=CACAGCATGGGTGGCATGGTG;SOR=2.419;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=35719585;WS=35719567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	35740069	rs10412357	C	G	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=145;SC=CTGCGGAACGCCGGAGGGAAC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=35740077;WS=35740059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	35741456	rs2073900	T	C	5845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.226;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=83;PP=2358;ReadPosRankSum=-1.225;SC=ACCCCTACGTTGAGTGCCAGG;SOR=0.548;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=56;TCR=86;TR=138;WE=35741464;WS=35741446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,233:0.97:241
chr19	35757250	rs916147	G	A	8980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=87;PP=2965;ReadPosRankSum=1.691;SC=CCTGTTGATTGTGTCCTCACA;SOR=0.744;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=225;TCF=137;TCR=88;TR=222;WE=35757258;WS=35757240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,352:0.98:359
chr19	35758275	rs142507475	G	GGGA	6919.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=37;PP=2967;SC=GAGTAATGGTGGGAGAAGCCG;SOR=1.225;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=66;WE=35758283;WS=35758265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	35785378	rs55976703	C	T	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=464;SC=ACTGTGTGGCCTTGGGCGAGT;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=35785386;WS=35785368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	35793589	rs1126770	C	T	5183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.928;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=84;PP=2547;ReadPosRankSum=-1.282;SC=AGAGGGCCACCGCCTTCAACC;SOR=0.384;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=143;TCF=56;TCR=87;TR=139;WE=35793597;WS=35793579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,197:0.98:201
chr19	35800720	rs10411883	G	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=3;PP=522;SC=AGGAGTCTCCGGGGCCGGGCC;SOR=3.442;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=35800728;WS=35800717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	35801221	rs73031732	G	C	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=312;SC=AAGCCGCCCTGAGTTTGCCCC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=35801229;WS=35801211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	35832910	.	G	GTCCTTCCTTCCT	605.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=46.59;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	35835940	rs45453699	C	T	6799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=0.731;SC=CACACATGTGCCTTTATTTCT;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=70;TCR=107;TR=169;WE=35835948;WS=35835930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,270:0.94:286
chr19	35837694	rs73031792	C	T	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=143;SC=TCCTCCTGCGCGCATGTGCGC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=35837702;WS=35837684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	35843086	rs2301151	G	A	6149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=85;PP=2558;SC=GCACTGGCCCGCTCCGGCCTG;SOR=0.976;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=145;TCF=59;TCR=86;TR=144;WE=35843094;WS=35843076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr19	35850022	rs149009291	A	G	1659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.84;QD=27.21;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	35850152	rs145076130	A	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.70;QD=29.18;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	35850560	rs77988018	G	A	5907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.419;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.552;NF=93;NR=71;PP=2759;ReadPosRankSum=-0.477;SC=AAAGCCCGGCGTGGAGGATCT;SOR=0.388;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=178;TCF=99;TCR=79;TR=164;WE=35850568;WS=35850550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:13,244:0.95:257
chr19	35863180	rs201159994	A	G	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.33;QD=26.87;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	35991442	rs909072	T	G	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=30;PP=887;SC=CACCTGATCGTCTCTGCCTGC;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=48;WE=35991450;WS=35991432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	35993606	rs56149700	CA	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=5.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.67;ReadPosRankSum=1.020;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr19	36050969	rs2733743	A	G	4725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=69;PP=2175;SC=CAGGCCCTGCACGGTGCCTGC;SOR=0.871;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=53;TCR=70;TR=122;WE=36050977;WS=36050959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	36054605	rs73597298	T	G	283.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.802;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.65;ReadPosRankSum=-0.773;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr19	36106337	rs3814983	C	T	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.500;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=638;ReadPosRankSum=-0.043;SC=CAGACATTCTCTTAGAGACCT;SOR=2.910;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=36106345;WS=36106327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr19	36113459	rs2285413	G	A	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=10;PP=699;SC=AGGTACCAGCGAGCCAGAGGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=33;WE=36113467;WS=36113449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	36113658	rs2285414	A	G	3483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=41;PP=1726;SC=CGTGCCGCGGATGGGAAACAG;SOR=0.838;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=90;TCF=48;TCR=42;TR=89;WE=36113666;WS=36113648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	36122441	rs2285415	G	A	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=18;PP=482;SC=CCTAAAGCACGAACCTGATCA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=36122449;WS=36122431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	36124176	rs8106576	A	G	2675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=51;PP=1620;SC=CAGGGAACTAACGGTCAGATG;SOR=1.489;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=71;WE=36124184;WS=36124166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	36128295	rs2285416	G	A	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.447;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=84;PP=2291;ReadPosRankSum=-0.607;SC=CGCGGCAGGCGCTGGCCTAAG;SOR=0.284;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=153;TCF=61;TCR=92;TR=142;WE=36128303;WS=36128285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:11,195:0.95:206
chr19	36135279	rs3835005	C	CT	4688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=37;PP=2004;SC=CAGCCAAATCCGCCCCGTCTC;SOR=0.856;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=44;WE=36135287;WS=36135269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	36135793	rs6510501	A	T	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.891;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=50;PP=1444;ReadPosRankSum=-0.283;SC=GCTCCTCTGCAGCATTCTTCC;SOR=1.219;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=75;WE=36135801;WS=36135783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,115:0.97:119
chr19	36168845	rs59994522	G	A	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.641;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.846;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=31;PP=1231;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GGTGGGGGGCGGAGTGCCCTC;SOR=0.223;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=68;WE=36168853;WS=36168835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,78:0.98:80
chr19	36168914	rs2285421	T	C	3791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=44;PP=1574;ReadPosRankSum=-1.315;SC=TTCTACACCATGCTCTGAGGG;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=100;WE=36168922;WS=36168904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,148:0.97:152
chr19	36211742	rs80216638	C	A	8463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.246;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=127;NR=80;PP=2965;ReadPosRankSum=0.003;SC=CCCACTCCAACCCCCAGCACC;SOR=0.917;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=218;TCF=132;TCR=86;TR=207;WE=36211750;WS=36211732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:15,342:0.96:357
chr19	36214632	rs11373774	A	AG	1269.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=7;PP=615;SC=CTGTTCCCGCAGCCGGACGAT;SOR=1.148;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=14;WE=36214640;WS=36214622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	36217333	rs16970648	C	T	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=40;PP=1180;SC=TAGCACAGACCCTCTTTTCTC;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=36217341;WS=36217323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	36217884	.	CAAAA	C	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=-0.000;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.97;MQRankSum=0.366;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr19	36224705	rs231591	A	G	3416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=37;PP=1148;SC=CTTCCGGAAGATGGTCCTCCC;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=69;WE=36224713;WS=36224695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	36234587	.	CAA	C	73.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.52;MQRankSum=0.887;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.414;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,5:0.62:8
chr19	36235655	rs34632325	G	C	498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=185;SC=TGAACAGAGAGTGAGGCATGA;SOR=1.127;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=36235663;WS=36235645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	36236120	rs231597	A	G	9820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.983;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=133;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=1.967;SC=AACCCTGGAAAAGGTGCAAAG;SOR=0.935;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=232;TCF=136;TCR=96;TR=228;WE=36236128;WS=36236110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,366:0.99:368
chr19	36237245	rs2293688	C	G	3253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=51;NR=30;PP=1634;SC=AAATAGATCTCGGTGGGAGTT;SOR=1.046;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=51;TCR=31;TR=81;WE=36237253;WS=36237235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	36242998	rs11878987	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=7;PP=639;SC=AGGACACGCACGCCCTTCCCT;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=27;TCR=7;TR=34;WE=36243006;WS=36242988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	36243089	rs170758	T	C	3810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=51;NR=39;PP=1688;SC=CTGGAGATGGTCAAAGCCCGG;SOR=0.901;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=51;TCR=39;TR=90;WE=36243097;WS=36243079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	36243190	rs231244	T	C	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=40;PP=1309;SC=GGCACCCTGGTGGGTTGGGCC;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=74;TCF=33;TCR=41;TR=73;WE=36243198;WS=36243180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	36243813	rs231243	G	A	6431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=61;PP=2959;SC=CTCCCTACGCGGGCCATCTGC;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=76;TCR=62;TR=136;WE=36243821;WS=36243803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	36245413	rs231241	G	A	5663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=76;PP=2183;SC=ACATCCCCCAGCTCCACACTG;SOR=1.032;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=53;TCR=77;TR=129;WE=36245421;WS=36245403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	36250646	rs7254581	T	C	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=88;NR=51;PP=2354;SC=GGATGACCCATGAGACCTCAC;SOR=1.141;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=90;TCR=52;TR=139;WE=36250654;WS=36250636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	36253317	rs807479	C	T	1765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=40;PP=1024;SC=AGCCCTAGGACAGAATTAGAA;SOR=1.681;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=36253325;WS=36253307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	36255965	rs7252936	C	G	19709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=747;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=218;NR=228;PP=2965;SC=CCTCCTCCCTCAGCCCCAGCG;SOR=0.743;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=448;TCF=219;TCR=229;TR=446;WE=36255973;WS=36255955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,742:1.00:742
chr19	36257932	rs35876904	CCT	C	1195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=636;SC=GACCCTCCACCCTCTCTCTCT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=14;WE=36257941;WS=36257922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	36258937	rs5827939	AG	A	5251.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=67;PP=2951;SC=CTGCTTGCCCAGGGCCGCCCT;SOR=1.248;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=91;TCF=23;TCR=68;TR=88;WE=36258945;WS=36258927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	36259292	rs11881839	C	T	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=10;PP=673;SC=TCTGCTCTCCCGGCCTTTCTC;SOR=1.061;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=29;WE=36259300;WS=36259282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	36259415	rs35178229	G	A	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	36259494	rs231216	C	A	2005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=26;PP=712;SC=TTTTTTTTTTCATACAGTTAC;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=36259502;WS=36259470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	36268471	rs12982672	G	A	1919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=21;PP=1184;SC=CTCTGGACCCGCGCTGCCAGA;SOR=1.362;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=43;TCR=21;TR=63;WE=36268479;WS=36268461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	36268771	rs231228	C	T	5925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.22;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	36268923	rs807491	C	T	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=38;PP=1058;SC=CTGCTGCACGCGTCTGAGCAG;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=14;TCR=38;TR=52;WE=36268931;WS=36268913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	36269915	rs231230	T	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=6;PP=227;SC=AGAGGCCCACTCTGACAACCT;SOR=1.127;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=36269923;WS=36269905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	36270052	rs231231	A	G	1116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=10;PP=421;SC=GGGCTTGGAGATTCCGAGTGG;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=25;WE=36270060;WS=36270042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	36271139	rs231233	C	T	5092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=67;NR=34;PP=2291;SC=GGCGACTGCTCCTCAGTGAGG;SOR=1.172;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=67;TCR=34;TR=101;WE=36271147;WS=36271129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	36273230	rs231223	C	G	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=3;PP=728;SC=CGTGAGCGAGCCCCTCTGACC;SOR=2.613;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=36273238;WS=36273220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	36276403	rs120959	T	G	3400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	36278470	rs231235	C	G	6799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=100;NR=69;PP=2965;SC=AGGTCAGTGCCCAGCTCAGGG;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=171;TCF=101;TCR=70;TR=169;WE=36278478;WS=36278460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr19	36279862	rs59882609	AG	A	581.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=398;SC=ATCTGCAGAGAGGGGAACCAT;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=36279870;WS=36279852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	36302921	rs12462360	T	C	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.559;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=35;PP=1130;ReadPosRankSum=1.359;SC=AGGAGGCTCCTGGCCTTCTGA;SOR=0.376;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=75;WE=36302929;WS=36302911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,129:0.96:135
chr19	36321910	rs731934	G	A	3954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=50;PP=1884;ReadPosRankSum=1.500;SC=TCCAGGCGTCGGGGGTACCTC;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=95;WE=36321918;WS=36321900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,152:0.99:154
chr19	36322270	rs2071327	C	T	9327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=132;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=0.062;SC=GGTCCTCTTCCGACCTTCCAG;SOR=0.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=248;TCF=135;TCR=113;TR=241;WE=36322278;WS=36322260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,364:0.98:370
chr19	36339810	rs80321803	T	C	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.110;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=16;PP=662;ReadPosRankSum=0.289;SC=TAGGCATAATTTGGGGGCACA;SOR=0.118;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=31;WE=36339818;WS=36339800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,31:0.94:33
chr19	36342212	rs3814995	C	T	4894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.676;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=42;PP=1571;ReadPosRankSum=-1.366;SC=GGCCCCATCTCAGAGCGGCCG;SOR=0.498;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=48;TCR=44;TR=89;WE=36342220;WS=36342202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,198:0.98:203
chr19	36355595	rs382789	A	G	2187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
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chr19	36486445	rs7249826	G	C	2875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=39;PP=1477;SC=GGCGTGGGTTGCCAGCCTGAC;SOR=0.711;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=77;WE=36486453;WS=36486435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	36536938	rs7258807	A	G	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=17;PP=552;SC=AAACTATGGTAATGTGGTTTG;SOR=1.519;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=36536946;WS=36536928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	36549865	rs117918219	T	C	4836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=63;PP=2030;ReadPosRankSum=1.553;SC=GAGCCTCATATTTTTCACCTG;SOR=0.728;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=46;TCR=65;TR=108;WE=36549873;WS=36549855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,193:0.96:202
chr19	36558113	rs12608517	T	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=5;PP=410;SC=AGACTTGGAGTGGGGACGAGC;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=36558121;WS=36558103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	36577550	rs2301735	G	A	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=18;PP=1137;SC=GGGCACCCACGCAGCCTTCAG;SOR=1.270;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=40;TCR=18;TR=58;WE=36577558;WS=36577540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	36590329	rs2285745	T	C	2285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=15;PP=1489;SC=GCAGATGGCTTGGCCTTCCAC;SOR=2.332;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=67;WE=36590337;WS=36590319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	36602450	rs2075473	G	A	11116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=135;NR=119;PP=2965;SC=CTCCAGCCTCGGGACCTGTCC;SOR=0.762;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=254;TCF=135;TCR=119;TR=254;WE=36602458;WS=36602440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,420:1.00:420
chr19	36605552	rs2231566	G	A	2900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=29;PP=1276;SC=GGAAGACCCCGGCGCTCACCG;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=74;WE=36605560;WS=36605542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	36640769	rs14100	T	C	1538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.23;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	36642310	rs2008683	T	C	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=38;NR=15;PP=1069;SC=CAGCCACCTCTTACTCTGGGT;SOR=1.430;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=53;WE=36642332;WS=36642300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	36642561	.	G	GC	1562.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.079;ClippingRankSum=0.000;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=24.81;ReadPosRankSum=0.049;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,60:0.95:63
chr19	36642562	rs2285599	A	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=62;PP=2307;ReadPosRankSum=0.095;SC=ACCCCCCCCGACCCCCCACCT;SOR=4.080;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=69;TCF=5;TCR=64;TR=63;WE=36642570;WS=36642550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,61:0.95:64
chr19	36642884	rs17879437	T	C	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	36674305	rs4805162	A	G	5132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=58;PP=2536;SC=ACCAGTGTGAATTTTCTGATG;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=66;TCR=58;TR=124;WE=36674313;WS=36674295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr19	36685310	rs2287897	C	T	2458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.39;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	36685316	rs2287898	T	C	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.86;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	36686205	rs56206115	G	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=14;PP=349;SC=TTAACAAGGTGTACCCTGTTT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=36686213;WS=36686195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	36728290	rs4806293	A	G	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=18;PP=462;SC=TGCCCCAGAAATAATCCTTCT;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=36728298;WS=36728280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	36896668	rs142442911	GTAAT	G	518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=61.26;NF=0;NR=12;PP=533;SC=TGTCAAAACAGTAATTAATAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=12;WE=36896679;WS=36896658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	36900778	rs2271842	A	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=20;PP=487;SC=ATCTAGGGAGAGGAAAACAAG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=36900786;WS=36900768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	36940760	rs2967532	G	T	8667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.036;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=0.671;SC=TTAAACTGCCGATTACATTCC;SOR=0.252;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=98;TCR=99;TR=195;WE=36940768;WS=36940750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,335:1.00:336
chr19	36981218	rs2967473	G	A	2270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=36;PP=994;SC=AATGAGTGGGGCAGGAAGTAA;SOR=1.286;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=36981226;WS=36981208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	37038092	rs2278168	T	C	2447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=33;PP=1372;SC=TAAAGAACTTTCCACACTCCT;SOR=0.715;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=64;WE=37038100;WS=37038082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	37038584	rs183728423	T	C	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=54;PP=2311;SC=GTGCATGCACTCTAAAGGATT;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=117;WE=37038592;WS=37038574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	37039069	rs2912444	A	C	6380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=78;PP=2347;SC=GGTCCTTGTAAGTCAATCTTG;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=154;TCF=76;TCR=78;TR=152;WE=37039077;WS=37039059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr19	37063218	rs11448179	C	CA,CAA	2338.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.453;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.878;SOR=0.678;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:22,87,48:0.55,0.31:157
chr19	37064240	rs2967442	A	G	2363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.046;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	37065732	rs2912406	A	C	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=23;PP=855;SC=GGTTTTATACATTACGAATAA;SOR=0.776;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=37065740;WS=37065722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	37068081	rs2912410	G	C	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=8;PP=307;SC=GGGCTGGTCTGGAACTCCTGA;SOR=0.997;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=21;WE=37068089;WS=37068071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	37117302	rs3108171	A	G	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=29;PP=1489;SC=ACTGGATGGGAGAAATCACTC;SOR=0.912;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=71;WE=37117310;WS=37117292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	37118439	rs61732180	C	T	3409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=57;PP=1605;SC=GTAGAAACCACGGGAATTCAG;SOR=1.277;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=26;TCR=57;TR=83;WE=37118447;WS=37118429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	37134864	rs62112477	C	T	185.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=5;PP=134;SC=GACAGAGTTTCGCTCTTGTTG;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=37134872;WS=37134854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	37147330	rs12981751	T	G	1784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=19;PP=696;ReadPosRankSum=-0.538;SC=TGCAAGAGCTTCCTGTGCTTG;SOR=0.267;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=39;WE=37147338;WS=37147320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chr19	37185813	rs36094586	CT	C	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.693;QD=6.75;ReadPosRankSum=-0.227;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,13:0.76:17
chr19	37203249	rs1830031	T	C	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=10;PP=910;SC=TGTACCTGGCTAAGTCCACCT;SOR=1.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=42;WE=37203257;WS=37203239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	37210529	rs3108200	A	G	4116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=57;NR=31;PP=1885;SC=ATCATCAGAGAACTCACACAG;SOR=1.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=57;TCR=31;TR=88;WE=37210537;WS=37210519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	37210805	rs3108201	C	T	7452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=98;NR=99;PP=2965;SC=AGAAACCCTACATTTGTAAAG;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=98;TCR=99;TR=197;WE=37210813;WS=37210795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr19	37241141	rs1673082	A	G	6642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=84;PP=2920;SC=GTTGAATAAGATGTGCAGACG;SOR=0.782;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=156;WE=37241149;WS=37241131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	37241781	rs2462576	G	A	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=12;PP=325;SC=GGTAGAAAGGGGAGACAAACT;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=37241789;WS=37241771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	37398705	.	G	GA	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.579;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr19	37399412	rs10418144	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=4.227;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.43;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:218,58:0.21:276
chr19	37406662	rs8101922	C	T	1100.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=2.609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.53;MQRankSum=-2.122;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.960;SOR=0.330;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,31:0.40:77
chr19	37406671	rs2010342	G	C	1059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=2.308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.62;MQRankSum=-2.463;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.845;SOR=0.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,31:0.33:93
chr19	37413945	rs34898479	T	TG	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=126;ReadPosRankSum=0.754;SC=TTTTATTTCTTAAGAGTATGT;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=5;WE=37413953;WS=37413935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr19	37416022	rs1667382	C	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=1.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.46;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,21:0.25:85
chr19	37605917	rs7258360	G	A	1177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=761;ReadPosRankSum=1.416;SC=GAATTTTAATGGAGCTAAGAG;SOR=0.667;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=150;TCF=100;TCR=50;TR=56;WE=37605925;WS=37605907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:128,66:0.34:194
chr19	37606028	rs4806412	T	C	2080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.038;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=433;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=48;PP=855;ReadPosRankSum=0.341;SC=AATCTCTCGTTGACTTGTCCT;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=242;TCF=107;TCR=135;TR=85;WE=37606036;WS=37606018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,133:0.31:430
chr19	37642917	rs77675231	G	A	4442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FS=1.188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQRankSum=-0.772;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:282,130:0.32:412
chr19	37642922	rs79071992	C	T	4362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=394;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.17;MQRankSum=-0.612;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.599;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,125:0.32:394
chr19	37681098	rs28701616	G	A	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FS=3.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=-0.865;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.577;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:276,104:0.27:380
chr19	37690332	rs34213131	TG	T	184.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=158;ReadPosRankSum=1.469;SC=CAGGCTAAGGTGGGGGGATCG;SOR=0.728;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=38;TCF=22;TCR=16;TR=9;WE=37690340;WS=37690322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chr19	37690375	rs73023557	C	T	1622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.601;NF=35;NR=24;PP=934;ReadPosRankSum=0.668;SC=TACAGTGAGCCGTGATTGCAC;SOR=0.671;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=59;WE=37690383;WS=37690365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,72:0.72:100
chr19	37690420	rs1234250	C	T	4759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=48;PP=2096;SC=AGTGAGACCCCGTTTCAAAAA;SOR=0.859;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=60;TCR=48;TR=108;WE=37690428;WS=37690410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	37690532	rs11299786	CA	C	638.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=9;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=21;PP=664;ReadPosRankSum=1.392;SC=AAGGATAAAACAAAAATAGAG;SOR=0.472;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=64;TCF=6;TCR=58;TR=23;WE=37690540;WS=37690522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,39:0.31:124
chr19	37721404	rs56895666	T	TA	907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.35;ReadPosRankSum=1.648;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,61:0.76:80
chr19	37726433	rs320880	G	A	3778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr19	37835729	rs181114217	C	T	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=570;SC=GTAGCTCCTTCGTGGGAGATT;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=37835737;WS=37835719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	37864925	rs61161652	A	AC	1225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=533;SC=CCACCCCGCCACCCTGGCCAG;SOR=1.432;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=13;WE=37864933;WS=37864915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	37879852	rs376931538	C	CTGTG	6164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=33;PP=2089;SC=TGGAGAAAAACCATATGCATG;SOR=0.769;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=45;WE=37879862;WS=37879842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	37879854	rs200420244	AT	A	6164.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=33;PP=2045;SC=GAGAAAAACCATATGCATGCA;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=37879862;WS=37879842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	37918609	rs7254009	C	T	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=119;SC=AATCATGATGCTTGCAATAAA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=37918617;WS=37918599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	37958973	.	GTT	G,GT	483.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.456;QD=14.23;ReadPosRankSum=-1.105;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,10,20:0.29,0.59:34
chr19	37966661	rs1236810	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=4;PP=314;SC=CCCTGAGTACAAATATGATAA;SOR=2.948;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=37966669;WS=37966651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr19	38202516	rs2909097	A	C	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
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chr19	38229824	rs3095726	T	C	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.820;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=890;ReadPosRankSum=-0.675;SC=TAGGGTTTCATACCAGTATGA;SOR=0.655;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=50;WE=38229832;WS=38229814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,62:0.65:96
chr19	38230720	rs3752365	C	G	2439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.056;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=47;PP=1318;ReadPosRankSum=0.434;SC=AAAGGCCTTCCCACACTGCCT;SOR=0.877;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=72;WE=38230728;WS=38230710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,107:0.64:166
chr19	38314767	rs2305105	A	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.611;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=17;PP=404;ReadPosRankSum=1.516;SC=GAAGTGACAAAAGAACAAATG;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=74;TCR=61;TR=38;WE=38314775;WS=38314757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,48:0.24:200
chr19	38376485	rs10408510	T	A	1329.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.951;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=696;ReadPosRankSum=1.176;SC=AATGGCTTCATGTTTGGCCAG;SOR=0.964;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=138;TCF=74;TCR=64;TR=48;WE=38376493;WS=38376475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,74:0.33:223
chr19	38377409	rs7252765	A	T	3160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.86;QD=26.79;SOR=0.798;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	38377564	rs7253969	T	C	2567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=699;ExcessHet=3.0103;FS=0.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.72;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:508,182:0.26:690
chr19	38377773	rs34785154	G	A	1682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FS=1.266;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=1.456;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:300,106:0.26:406
chr19	38378107	rs60704260	G	A	2318.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=468;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.901;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=37;PP=985;ReadPosRankSum=-0.775;SC=TGGCAATTTCGCTTTCCTCCA;SOR=0.889;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=288;TCF=151;TCR=137;TR=87;WE=38378115;WS=38378097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,144:0.32:456
chr19	38378539	rs10422056	G	C	1731.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=3.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.77;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:263,100:0.28:363
chr19	38379446	rs6508750	C	T	1732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.73;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,106:0.29:366
chr19	38573149	rs10405667	G	C	4829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=71;NR=62;PP=2305;SC=GGGGAGGCTGGGCGTTCCCCG;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=71;TCR=62;TR=133;WE=38573157;WS=38573139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr19	38573802	rs1568975	T	C	6512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=88;PP=2933;SC=AGACCCCCACTACTCATTCAT;SOR=0.957;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=60;TCR=88;TR=148;WE=38573810;WS=38573792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr19	38579285	rs855638	T	C	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=5;PP=385;SC=GGTCGCCCTGTCTGCAGGCCT;SOR=1.445;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=38579293;WS=38579275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	38610504	rs59185302	G	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=14;PP=422;SC=ACATAAGGGAGATAGTGCAGA;SOR=1.121;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=38610512;WS=38610494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	38610542	rs59924887	G	A	784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=351;SC=AGAGCCCGGCGATAGGGCGGC;SOR=1.536;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=38610550;WS=38610532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	38621473	rs861304	G	A	2623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=59;PP=1560;SC=CTGGCATGAGGCCTCCCTGGC;SOR=1.784;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=22;TCR=59;TR=81;WE=38621481;WS=38621463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	38673126	rs3833273	GT	G	1407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=14;PP=880;SC=AATGGATTTGGTTTTTTTTAT;SOR=1.685;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=39;WE=38673134;WS=38673116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	38696714	rs10419131	T	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=3;PP=271;SC=ACCCGCCTGATGCCAGCTTCC;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=38696722;WS=38696704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	38704192	rs28493214	A	G	830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=22;NR=4;PP=663;SC=TCACCAGGGAAGGCTCAGGCA;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=38704200;WS=38704182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	38706989	rs2278431	G	A	4587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=47;PP=1576;SC=GGAGGCATCCGTACCTGTGTG;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=84;WE=38706997;WS=38706979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	38708398	rs2304175	A	C	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=27;NR=23;PP=962;SC=GTCTCTGGGCACCCCTCTCTC;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=50;WE=38708406;WS=38708388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	38709568	rs2255456	C	T	11330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=438;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=130;NR=97;PP=2965;SC=GAGGTGGGCCCACCTGACAGT;SOR=0.862;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=230;TCF=130;TCR=100;TR=227;WE=38709585;WS=38709558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,434:1.00:434
chr19	38720104	.	C	T	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.44;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	38743371	rs55997240	C	T	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=207;SC=CTCACACTAGCGCCTGCTTCG;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=38743379;WS=38743367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	38817110	rs7250755	A	G	1405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=5;PP=1006;SC=AGGATCACTTAGGTCCAGGAG;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=35;TCR=5;TR=40;WE=38817118;WS=38817100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	38882863	rs151129136	CCCT	C	145.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.31;ReadPosRankSum=-0.353;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,7:0.16:44
chr19	38935280	rs2229139	A	G	5543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.15;NF=73;NR=50;PP=2359;SC=TGCAGACACTATGGAACATGA;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=73;TCR=50;TR=123;WE=38935288;WS=38935270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	38935350	rs35018208	T	TC	9855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=88;PP=2176;SC=TAAATGGAGATCCCCCCAAAA;SOR=0.841;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=105;TCF=16;TCR=89;TR=96;WE=38935360;WS=38935340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr19	38939408	rs10406027	T	C	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=31;PP=792;SC=TCACCTATGCTGCTCCAGACC;SOR=0.934;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=38939416;WS=38939398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	38939505	rs4476278	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=313;SC=ATCGCTTGAGTCCAGGAGGTC;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=38939513;WS=38939495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	38942714	rs4802469	G	A	702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=19;PP=573;SC=GGATCGCTTGGGCCCAGGAGC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=38942722;WS=38942704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	38943728	rs12460768	G	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=25;PP=602;SC=GGGCCACGGCGCTGGGCGGGG;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=38943736;WS=38943718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	38945851	rs7254832	T	C	1824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=16;PP=766;SC=CCTATTGTGATGCCTCTTATT;SOR=1.054;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=38945859;WS=38945841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	38946182	rs2288888	G	A	6838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=102;PP=2965;SC=TGGAGGCCTCGTCTGGTAGGA;SOR=1.118;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=61;TCR=105;TR=163;WE=38946190;WS=38946172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr19	38946215	rs2288889	G	C	4387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=82;PP=2139;SC=GTGGGACAGAGGCTTGTGGGA;SOR=1.447;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=118;TCF=36;TCR=82;TR=118;WE=38946223;WS=38946205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	38948356	rs2071085	T	C	5233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=72;PP=2152;SC=ATGGATGTCCTTTCCTTAATC;SOR=0.907;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=125;TCF=52;TCR=73;TR=122;WE=38948364;WS=38948346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	38948420	rs73044990	C	G	2300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=52;PP=1428;SC=TGGCCCCACTCTCCCTTGGCA;SOR=1.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=17;TCR=53;TR=69;WE=38948428;WS=38948410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	38949904	rs3745847	C	T	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=31;PP=1400;SC=ACGGCTGCCCCGTGCAGGGTG;SOR=0.813;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=67;WE=38949924;WS=38949894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	38950947	rs2304147	C	T	2607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=25;PP=1737;SC=GCTTCCATGTCCCCCACTGAC;SOR=1.765;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=61;TCR=25;TR=85;WE=38950955;WS=38950937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	38953996	rs2304148	A	G	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=29;PP=1131;SC=GTGTTCTTGGAAAGAGGGGTC;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=38954004;WS=38953986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	38956803	rs2228069	G	A	4217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=43;PP=1758;SC=CGGCGCAGACGACACTGGTGG;SOR=0.783;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=92;WE=38956811;WS=38956793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	38983000	.	CA	C	228.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.971;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.142;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,23:0.64:36
chr19	39055610	.	C	G	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.680;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.113;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=58;ReadPosRankSum=-1.076;SC=TGAAGGAGTCCAAGCGCCAGT;SOR=0.690;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=8;WE=39055618;WS=39055600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,15:0.20:76
chr19	39077253	rs73032657	G	T	2306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=33;PP=1119;SC=TGGGCAGGACGTGGAGCCCTT;SOR=0.972;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=56;WE=39077261;WS=39077243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	39098784	.	G	A	937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.124;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=16;PP=361;ReadPosRankSum=-1.249;SC=TCCATTCCTCGGAGCTTCCTG;SOR=1.001;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=23;WE=39098792;WS=39098774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
chr19	39108241	.	G	A	667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=3.019;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=1.110;SOR=0.789;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,46:0.24:192
chr19	39108284	.	G	A	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.793;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.303;SOR=0.567;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,27:0.17:157
chr19	39108332	.	G	A	1437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=21;PP=761;ReadPosRankSum=-1.608;SC=GCATCCCTGAGTCAAGGTCAA;SOR=0.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=47;WE=39108340;WS=39108322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,76:0.38:201
chr19	39108509	.	G	A	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=-0.129;SOR=0.502;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,40:0.24:168
chr19	39108550	.	G	A	293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.16;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,23:0.25:93
chr19	39109800	rs144299925	A	T	4205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.263;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.58;ReadPosRankSum=0.958;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,191:0.71:270
chr19	39191383	rs2112649	G	C	2868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=59;PP=1847;SC=CAGTGCGGCCGAGCCCTGGCA;SOR=1.499;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=29;TCR=60;TR=88;WE=39191391;WS=39191373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	39191544	rs73038909	G	A	834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=12;PP=574;SC=ACCTGCTTTTGGAGAACAGAG;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=15;TCR=12;TR=27;WE=39191552;WS=39191534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	39196736	rs11553600	G	A	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.805;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	39212392	rs77822825	C	T	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=65;PP=1980;SC=AGACTGGTGGCGGCAGCACGC;SOR=0.967;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=110;WE=39212400;WS=39212382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	39219780	rs1136956	T	C	3928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=33;PP=1410;SC=CTTCAAGGTCTTAGCAGGGGA;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=35;TCR=33;TR=68;WE=39219788;WS=39219770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	39221715	rs141208726	CCCATGCCCCA	C	3116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=25;PP=2976;SC=ACCCCTTCCCCCCATGCCCCA;SOR=0.874;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=29;WE=39221732;WS=39221705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	39224413	rs4801861	A	G	5328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=65;PP=2223;SC=CGAACTTGTTAAATATGGCCT;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=116;TCF=50;TCR=66;TR=115;WE=39224421;WS=39224403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	39226623	.	A	G	36	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=144;MMLQ=23;MQ=53.93;NF=4;NR=0;PP=36;QD=17.6928031368;SC=GGGGCGGGGCAGGGGTTCTGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=39226631;WS=39226613;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr19	39228244	rs73038948	T	C	6281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=74;PP=2368;SC=ATCTGCACGGTGTCGAAATGG;SOR=0.939;Source=Platypus;TCF=55;TR=129;WE=39228252;WS=39228234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	39228868	rs34488364	G	GCA	186.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.37;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	39232968	.	CA	C	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.537;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=-0.114;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,21:0.36:59
chr19	39233146	rs936524	A	G	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=54;PP=1677;SC=GGGAGGCGGCAGCTGCAAGGA;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=38;TCR=54;TR=92;WE=39233154;WS=39233136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	39234511	rs4802775	C	T	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	39279713	rs4802853	A	G	91.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=25;SC=CGCCACTCCCACTTCGCCAGG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=39279721;WS=39279703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	39281540	rs147201724	T	A	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=21.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	39322087	rs9419	T	G	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=89;PP=2806;SC=TCCGGAAGCCTCCTCTTGTGC;SOR=1.079;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=144;TCF=53;TCR=91;TR=141;WE=39322095;WS=39322077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	39328145	rs2278010	A	C	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=45;PP=1738;SC=GGGGAAAAGTAAAGGTTTTAG;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=88;WE=39328153;WS=39328135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	39334811	rs2278011	T	A	1724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=33;PP=1007;SC=TACCCCAGAGTGTGATAAGGA;SOR=1.812;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=11;TCR=33;TR=43;WE=39334819;WS=39334801;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	39334830	rs2278012	C	T	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=23;PP=604;SC=GACAAGGTAGCACCCCAAGAC;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=39334838;WS=39334820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	39338125	rs862454	G	A	4493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=51;PP=1640;SC=ACAAGATGACGCCCCACTGGC;SOR=0.827;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=92;WE=39338133;WS=39338115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	39338142	rs862455	A	G	4005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=46;PP=1607;SC=TGGCCTCTGTACTGTTGTAGA;SOR=0.959;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=29;TCR=46;TR=75;WE=39338150;WS=39338132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	39398416	rs3136642	A	G	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=3.401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.95;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,11:0.18:61
chr19	39421388	rs730078	A	G	628.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=369;ReadPosRankSum=0.881;SC=TTGGACCGGGAACAAGGCGGC;SOR=0.669;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=25;WE=39421396;WS=39421378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,32:0.33:96
chr19	39433299	rs8113389	A	G	1378.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FS=3.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.641;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,97:0.28:341
chr19	39433497	rs11313800	GT	G	298.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.083;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=335;ReadPosRankSum=0.017;SC=TCCTGCGCTAGTTTGCTGGGG;SOR=0.090;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=7;WE=39433507;WS=39433487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,10:0.26:38
chr19	39433499	rs57290038	T	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.044;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=349;ReadPosRankSum=0.344;SC=CTGCGCTAGTTTGCTGGGGAC;SOR=0.097;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=5;TCR=31;TR=8;WE=39433507;WS=39433487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr19	39435485	rs10416055	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=1.933;SC=AGAAGGGCTCGATACTTCTTA;SOR=0.593;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=6;WE=39435493;WS=39435475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr19	39435933	rs11672849	C	G	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=15;PP=536;SC=CAGAGCCTGGCGGAGGAGCCT;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=30;WE=39435941;WS=39435923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	39437258	rs10568003	TCA	T	2670.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.489;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=2041;ReadPosRankSum=3.455;SC=GGCATTCAAGTCACAGTCAGA;SOR=0.649;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=114;TCF=24;TCR=90;TR=31;WE=39437278;WS=39437248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,78:0.29:271
chr19	39437270	rs2278412	G	A	2713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.292;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=23;PP=2033;ReadPosRankSum=1.949;SC=ACAGTCAGAAGCCACCTCCTC;SOR=0.536;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=150;TCF=65;TCR=85;TR=47;WE=39437278;WS=39437248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,80:0.31:260
chr19	39522891	rs3848623	T	C	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=376;SC=GGCCCGGCTGTGGCTGCGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=39522899;WS=39522881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	39589334	rs560364	G	A	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=58;PP=1780;SC=TTGAGGAGGAGTGGGAAGAGG;SOR=0.945;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=101;TCF=42;TCR=59;TR=100;WE=39589342;WS=39589324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	39589869	rs11326424	CG	C	810.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=28;PP=1039;SC=GCGCGCGGGTCGGGGGCGGTG;SOR=1.445;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=32;TCF=0;TCR=32;TR=28;WE=39589877;WS=39589859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	39590955	rs8110736	G	A	12171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=121;NR=141;PP=2965;SC=CCAGCCTGCCGTACATGACAT;SOR=0.745;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=265;TCF=122;TCR=143;TR=262;WE=39590963;WS=39590945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,472:1.00:472
chr19	39665934	rs73046486	C	T	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=9.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.26;ReadPosRankSum=1.440;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,62:0.56:111
chr19	39669105	rs34569811	G	T	2006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=37;PP=869;ReadPosRankSum=1.579;SC=GCCTGCTGGTGCGAGACCCTG;SOR=0.581;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=47;TCR=62;TR=66;WE=39669113;WS=39669095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,101:0.59:170
chr19	39687592	rs12462614	T	C	192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.048;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.778;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=64;ReadPosRankSum=0.477;SC=CCCAGCCCTGTGAAACCGGGA;SOR=0.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=6;WE=39687600;WS=39687582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr19	39688815	rs12610064	C	T	2078.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.012;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=26;PP=942;ReadPosRankSum=0.900;SC=GTTGGGGTGTCCTAACCCTTT;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=60;WE=39688823;WS=39688805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,98:0.61:161
chr19	39688901	rs12610093	G	T	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.612;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=36;PP=1019;ReadPosRankSum=1.357;SC=AAGGTGAGTCGCCAGGGCCAG;SOR=0.782;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=99;TCF=42;TCR=57;TR=64;WE=39688909;WS=39688891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,99:0.63:157
chr19	39689943	rs12610530	G	A	813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=24;PP=463;ReadPosRankSum=-1.491;SC=CCCCGTGATCGCGCAGGGCTG;SOR=0.846;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=30;WE=39689951;WS=39689933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,38:0.64:59
chr19	39691136	rs11672471	C	A	3431.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.715;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.200;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=44;PP=1733;ReadPosRankSum=0.951;SC=TGAGACTCTCCGCGCCGGGGC;SOR=0.389;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=157;TCF=93;TCR=64;TR=103;WE=39691144;WS=39691126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,154:0.69:222
chr19	39691216	rs11672475	A	T	5995.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.80;ReadPosRankSum=-1.219;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,274:0.68:405
chr19	39691239	rs11672479	A	G	6882.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.859;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=108;NR=78;PP=2913;ReadPosRankSum=0.988;SC=CCCTAACCCCAGGTGCTGTCA;SOR=0.865;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=278;TCF=154;TCR=124;TR=186;WE=39691247;WS=39691229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,328:0.66:497
chr19	39734220	rs4803217	C	A	2660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=24;PP=1472;SC=ATAAATTAAGCCAAGTGGCTA;SOR=1.540;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=77;WE=39734228;WS=39734210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	39734923	rs11881222	A	G	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=42;NR=24;PP=1407;SC=GTGGTCAGGTAGGAGCAGAGG;SOR=1.489;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=81;TCF=42;TCR=39;TR=66;WE=39734931;WS=39734913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	39735106	rs8103142	T	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.45;QD=27.24;SOR=2.235;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	39735644	rs28416813	C	G	2834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=33;NR=40;PP=1388;SC=TGAGGGAATGCAGAGGCTGCC;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=73;WE=39735652;WS=39735634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	39745695	rs35963157	G	GC	6667.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.674;NF=33;NR=62;PP=2954;ReadPosRankSum=-0.398;SC=TGCCACACTTGCACGAGACAC;SOR=0.711;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=147;TCF=49;TCR=98;TR=95;WE=39745703;WS=39745685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,205:0.69:296
chr19	39745812	rs78605718	C	T	4584.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-3.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=74;PP=2232;ReadPosRankSum=-1.243;SC=CTTTGAGCGGCTGGGAAACAG;SOR=0.719;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=194;TCF=91;TCR=103;TR=138;WE=39745820;WS=39745802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,206:0.73:282
chr19	39760069	rs30481	G	C	4780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=72;PP=2965;SC=TCTCTATCCTGCTCCCCAACC;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=76;TCR=72;TR=148;WE=39760077;WS=39760059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	39884051	rs189240682	T	C	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=621;SC=TTCTTTTTTTTTGAACCCCTC;SOR=2.376;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=28;WE=39884059;WS=39884041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	39888390	rs1057745	G	C	3568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=55;PP=1577;SC=GGTGTGCAAAGGGAATGAAGA;SOR=1.059;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=34;TCR=55;TR=89;WE=39888398;WS=39888380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	39948871	rs376659194	CCCA	C	2360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.708;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;MQRankSum=0.296;QD=36.89;ReadPosRankSum=1.543;SOR=5.518;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,63:0.98:64
chr19	39963197	.	C	G	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.275;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.016;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=274;ReadPosRankSum=-0.793;SC=CTTGGTTGTTCAGCCTACACT;SOR=0.542;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=20;WE=39963205;WS=39963187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,25:0.31:80
chr19	39963814	.	C	T	1282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.263;ClippingRankSum=0.000;DP=474;ExcessHet=3.0103;FS=0.638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=0.405;SOR=0.791;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:352,103:0.23:455
chr19	39976969	rs1865094	T	C	2942.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.323;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.014;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=53;PP=1188;ReadPosRankSum=-0.420;SC=ATTGGTGTGGTGGGAGGCGTA;SOR=0.651;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=226;TCF=116;TCR=110;TR=102;WE=39976977;WS=39976959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,150:0.48:315
chr19	39996347	rs113883332	T	C	199.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.307;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=-1.163;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr19	40093111	rs3764843	C	A	2759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=20;PP=1299;SC=GAATGAAGCCCGAGGGCAAGG;SOR=1.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=45;TCR=20;TR=65;WE=40093119;WS=40093101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	40096127	rs2233709	C	T	559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=344;SC=CAGGGTCCATCTCCCATAACT;SOR=2.400;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=40096135;WS=40096117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	40149297	rs1860134	T	A	4297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=74;PP=2021;SC=TACGTGTGTCTCAATGAGTAT;SOR=1.315;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=36;TCR=74;TR=110;WE=40149305;WS=40149287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	40149330	rs997104	G	C	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=3.455;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.373;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,22:0.23:94
chr19	40174119	rs1126159	C	T	5019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=39;PP=2660;SC=TTTTCTTATGCCTTTCAGCCG;SOR=1.500;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=139;TCF=100;TCR=39;TR=139;WE=40174127;WS=40174109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	40174236	rs7258833	G	A	12303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=127;NR=144;PP=2965;SC=GCAACTCCAAGGAGAAACTGG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=275;TCF=130;TCR=145;TR=271;WE=40174244;WS=40174226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,479:1.00:479
chr19	40197924	rs4830	T	C	4302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=50;PP=1338;SC=CATGAACAGTTGTGTGTTTGG;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=39;TCR=50;TR=89;WE=40197932;WS=40197914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	40199914	rs10755	C	G	5045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.216;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=56;PP=2168;ReadPosRankSum=-1.089;SC=TGCAAGTCTTCAGAGATATCT;SOR=0.390;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=51;TCR=57;TR=107;WE=40199922;WS=40199904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,194:0.99:195
chr19	40224833	rs375867	A	T	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=535;SC=CCGGGGACAGAGGGAGTTATC;SOR=2.670;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=24;WE=40224841;WS=40224823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	40224869	rs391646	T	A	2812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=43;NR=13;PP=1173;SC=AAGAGCTGCCTCCTGCTCTGA;SOR=2.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=56;WE=40224877;WS=40224859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	40224887	rs391660	T	C	3771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.15;SOR=2.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	40224887	.	TGGAAGCCGGGTGCG	CGGAAGCCGGGTGCG,CGGAAGCTGGGTGCA	823	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=51,34;NR=15,11;PP=264,823;QD=4.52683655375;SC=TGAGATCCCATGGAAGCCGGG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=66,45;WE=40224909;WS=40224877;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:1.00:66
chr19	40224894	rs2074927	C	T	1610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.32;ReadPosRankSum=-0.412;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,68:0.73:93
chr19	40224901	rs453827	G	A	4334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.50;SOR=1.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	40224986	rs384138	A	G	7240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=99;NR=76;PP=2965;SC=GAAAGGGCATATTCTTGGATT;SOR=0.867;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=175;TCF=99;TCR=76;TR=175;WE=40224994;WS=40224976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	40225168	rs399641	T	A	1616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=40;PP=1070;SC=AGCAGGTCCCTTTCTTGTGGG;SOR=2.342;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=40225176;WS=40225158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	40225646	rs17608	G	A	5610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr19	40225790	rs76370710	C	T	437.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.609;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=1.831;SC=TCCCATGGTGCAGCCAGTTAG;SOR=2.200;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=15;WE=40225798;WS=40225780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr19	40228802	rs403831	C	T	170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=132;ReadPosRankSum=-0.394;SC=GAGGCCTGTGCCTGTGATGCA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=8;WE=40228810;WS=40228792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr19	40318086	rs12977762	A	G	8019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=83;NR=82;PP=2965;SC=GCAGGGGTCAAGGTCATCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=83;TCR=82;TR=165;WE=40318094;WS=40318076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr19	40327312	rs3760924	A	G	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=34;PP=1032;SC=ACCATTGCTAAGGAGAAAGGA;SOR=1.151;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=20;TCR=34;TR=54;WE=40327320;WS=40327302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	40328615	rs616650	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=304;SC=ATGACTATTGCTATCATGTCC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=40328623;WS=40328605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	40360845	rs3760929	C	T	7728.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=84;NR=75;PP=2740;SC=CCACCCCAAGCCCCTACTCAC;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=160;TCF=85;TCR=75;TR=159;WE=40360853;WS=40360835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr19	40360928	rs1053686	G	A	4015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=62;PP=2015;SC=AAAGCAGGAAGCGGTCGTCGC;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=42;TCR=62;TR=104;WE=40360936;WS=40360918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	40362573	rs10422312	A	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.73;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	40366362	rs3855679	G	C	1940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=27;PP=930;SC=CCACAGCCTTGAGGTCGTCTG;SOR=0.963;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=40366382;WS=40366352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	40366374	rs2053089	G	C	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=26;PP=726;SC=GGTCGTCTGCGGGGTCCTGGT;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=15;TCR=26;TR=41;WE=40366382;WS=40366352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	40368180	rs117274902	G	A	111.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.93;QD=22.38;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	40368274	.	C	A	3718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.74;QD=35.08;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	40368280	rs62106924	A	G	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.61;MQRankSum=-2.391;QD=18.30;ReadPosRankSum=0.408;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr19	40368395	rs28472548	C	T	4117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.204;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.018;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.007;NF=46;NR=103;PP=2312;ReadPosRankSum=-0.429;SC=AAGAATGTCACGGTCCCCACC;SOR=0.791;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=219;TCF=71;TCR=148;TR=149;WE=40368403;WS=40368385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,197:0.69:285
chr19	40368478	rs77170940	G	A	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.91;QD=29.51;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	40373874	.	T	G	75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=39;MMLQ=23;MQ=40.7;NF=7;NR=0;PP=75;QD=15.6816017925;SC=TACACTACCCTCAGCCCCAGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=7;WE=40373882;WS=40373864;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:13,7:0.35:20
chr19	40373889	.	CCA	TTG	838.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.576;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.78;MQRankSum=1.311;QD=33.55;ReadPosRankSum=2.367;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,21:0.84:25
chr19	40374034	rs138587194	A	G	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.19;QD=24.03;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	40376261	rs137870031	A	G	53.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.32;QD=17.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	40376880	rs75009537	TG	CC	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.34;QD=40.31;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	40384518	rs149161739	T	C	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=26.63;SOR=5.421;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	40384605	rs143306165	A	G	182.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=26.11;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	40384623	rs151293840	A	G	68.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=22.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	40384654	rs140677440	C	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	40392359	rs56242719	T	C	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.16;QD=25.53;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	40392482	rs62108883	A	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=8;PP=461;SC=GCTTGTGGCAAGAGGACAGTG;SOR=1.426;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=40392490;WS=40392472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	40392585	rs79253448	T	G	161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.248;HP=4;HapScore=4;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.495;NF=7;NR=5;PP=404;ReadPosRankSum=2.660;SC=GATACAGCCCTCGCTCCCCGG;SOR=1.051;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=12;WE=40392596;WS=40392575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,13:0.25:53
chr19	40392588	rs62108885	C	T	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.39;MQRankSum=5.217;QD=13.07;ReadPosRankSum=-2.133;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,38:0.75:51
chr19	40405847	rs2011817	C	T	174.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=148;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=2;NR=2;PP=134;SC=CCAGTTACACCACCCTCAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=40405855;WS=40405837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr19	40405905	.	C	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.18;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	40405912	rs45494494	T	C	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.01;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr19	40407901	rs3901397	G	A	1056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=9;PP=636;SC=GAGGGGTGAGGCCCCATATTC;SOR=1.493;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=40407909;WS=40407891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	40408532	rs36106401	G	A	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=14;PP=579;SC=CTCGCTCCCCGGCGGGCAAGG;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=40408540;WS=40408522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	40408857	rs4802064	T	C	5762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=58;NR=53;PP=1742;SC=ACCTGGGAGGTGAGAGAGGCA;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=111;TCF=58;TCR=53;TR=111;WE=40408865;WS=40408847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr19	40419558	rs12459958	A	G	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=11;PP=622;SC=ATGAATATATATAAGGCTGAG;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=40419566;WS=40419548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	40420087	rs12460562	G	A	8404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=118;PP=2965;SC=TGCGCACGACGGCATCCCTGC;SOR=0.993;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=196;TCF=77;TCR=119;TR=194;WE=40420095;WS=40420077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr19	40420105	rs146301736	G	A	7155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=102;PP=2965;SC=TGCCCTGTCGGAACACCTGCA;SOR=0.965;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=68;TCR=102;TR=170;WE=40420113;WS=40420095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	40421612	rs34939346	T	C	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=28;PP=786;SC=CCCGGAGCAGTTGGACGGCGC;SOR=1.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=40421620;WS=40421602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	40744697	rs3730051	T	C	6411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=58;PP=2965;SC=AGAGGGGCACTAGATGACACT;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=92;TCR=59;TR=150;WE=40744705;WS=40744687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	40839664	rs8103796	A	C	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=322;SC=TCTACCTTTGAAAATTACAGG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=40839672;WS=40839654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	40854331	rs10414431	A	T	5497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=83;NR=52;PP=2603;SC=CCGCCCCGGAAGCATCCTCTC;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=138;TCF=85;TCR=53;TR=135;WE=40854339;WS=40854321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr19	40873489	.	TA	T	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.980;ClippingRankSum=0.000;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.731;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,18:0.21:87
chr19	40884160	rs4635	G	A	8567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=102;PP=2965;SC=CTGTCCCCGCGCCCCCGCTTC;SOR=0.906;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=180;TCF=77;TCR=103;TR=178;WE=40884168;WS=40884150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr19	40900865	rs268674	C	T	3366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=48;NR=47;PP=2077;SC=ACCACCTGCCCGGCTGTGGAC;SOR=0.727;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=48;TCR=47;TR=95;WE=40900873;WS=40900855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	40901496	rs268673	T	C	4242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=75;PP=2525;SC=CTTTTGTCTCTATCATCTCCA;SOR=1.150;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=122;TCF=47;TCR=75;TR=121;WE=40901504;WS=40901486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	40901604	rs268672	A	G	4363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.99;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	40901614	rs268671	A	G	4597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.80;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	40903043	rs117336941	C	T	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=52;PP=2055;SC=TCAGGAGCAGCGGGCCGGGGC;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=104;TCF=52;TCR=52;TR=103;WE=40903051;WS=40903033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	40909821	rs2613842	C	T	2935.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=43;PP=1197;SC=GGACCTCGCCCAGAGCCCGCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=18;TCR=43;TR=61;WE=40909829;WS=40909811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	40928944	rs4150992	A	G	5161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=49;PP=2095;SC=ACAGGCCCTCAAGCCCATCGT;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=105;TCF=56;TCR=49;TR=105;WE=40928952;WS=40928934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	40929205	rs111302483	G	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=34;PP=1105;SC=GGGCAGCCGCGGGTGCCATGG;SOR=1.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=40929213;WS=40929195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	40929363	rs268687	T	C	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=35;PP=1098;SC=GCCACCGCTGTGTGGCCAGGA;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=33;TCR=35;TR=68;WE=40929371;WS=40929353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	40929553	rs268686	G	C	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=13;PP=453;SC=GGATCTTGGGGAAGTCACTTA;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=40929561;WS=40929543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	40947305	rs7259644	A	T	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=361;SC=CACTGCTTCGAGCCCCCACAA;SOR=2.712;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=40947313;WS=40947295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	40947373	rs10560834	GGATC	G	2043.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=16;PP=1371;SC=ACATGAGGAAGGATCGATCCC;SOR=1.514;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=26;WE=40947384;WS=40947363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	40957441	rs373095840	CTT	C	414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,20:0.69:29
chr19	40964312	rs1061197	G	A	4221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=50;PP=1811;SC=GTGCCCAGCAGCACGATGACA;SOR=0.793;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=106;WE=40964320;WS=40964302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	41010045	rs10420988	G	T	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.09;SOR=1.775;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	41010047	rs843779	C	G	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.99;SOR=2.362;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr19	41081295	rs62107872	T	A	2147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
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chr19	41082868	rs16974365	T	C	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	41082993	rs35684786	GC	G	254.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.567;QD=15.89;ReadPosRankSum=0.398;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chr19	41083444	rs2290682	C	T	13571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=175;NR=172;PP=2965;SC=CATCCATCCTCTGCCCCCCTT;SOR=1.016;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=352;TCF=180;TCR=172;TR=347;WE=41083452;WS=41083434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,552:1.00:552
chr19	41083854	rs67613859	TAC	T	282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;QD=21.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	41084471	rs3217684	A	AG	906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.349;NF=0;NR=15;PP=589;ReadPosRankSum=-2.200;SC=AATGGAATGGAGGGGCGCGGA;SOR=1.432;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=15;WE=41084479;WS=41084461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,37:0.95:39
chr19	41095086	.	TGAGGACAGTCCTGTCCAACAGGGAGG	T	1783.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.378;NF=1;NR=19;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.058;SC=TGGGCAGCGGTGAGGACAGTC;SOR=0.749;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=20;WE=41095119;WS=41095076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,72:0.95:76
chr19	41096189	rs396118	A	G	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=38;PP=1241;SC=CACCCACGACAGCCTTCACAG;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=41096197;WS=41096179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	41104977	rs55815263	C	T	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr19	41114065	rs2303728	G	T	3279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=26;PP=1707;SC=CAGAGTCTGGGCTGGCCATCG;SOR=1.323;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=84;TCF=58;TCR=26;TR=83;WE=41114073;WS=41114055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	41116397	rs1318544	G	A	2879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	41117624	rs2278246	T	C	1119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=4;PP=736;SC=ACGAGGAAGGTGTCTGTCTTC;SOR=2.891;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=41117632;WS=41117615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	41117869	rs1131620	A	G	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=53;NR=60;PP=2232;SC=CCAACCCAACACTGCTGGCTC;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=54;TCR=61;TR=113;WE=41117877;WS=41117859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	41118056	rs1051303	A	G	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=42;PP=1344;SC=CCAGTGCAGGACCTGTCCTTC;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=72;WE=41118064;WS=41118046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	41119273	rs12611045	G	C	6563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=63;PP=2625;SC=TGGGAGGCCGGGTCCCGTGAC;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=154;TCF=91;TCR=63;TR=153;WE=41119281;WS=41119263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr19	41120083	rs2369006	A	T	1862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=23;PP=1156;ReadPosRankSum=1.747;SC=AGCCTCCCCAACTCTCCTCTA;SOR=0.350;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=67;TCF=43;TCR=24;TR=61;WE=41120091;WS=41120073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,76:0.99:77
chr19	41122671	rs10403963	C	T	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=6;PP=497;SC=TGTTGATCTTCAGAAGCTCAG;SOR=1.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=41122679;WS=41122661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	41123093	rs59030801	A	AG	3631.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=47;PP=2232;SC=CTCTGTGACCAGGTTACGAGG;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=5;TCR=48;TR=52;WE=41123101;WS=41123083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	41125159	rs7259237	A	G	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.07;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	41125177	rs7259554	G	C	3085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=28;PP=1294;SC=TTTGAAAGCTGAGACTTTCGG;SOR=0.991;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=72;WE=41125185;WS=41125167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	41128309	rs10880	C	T	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=12;PP=718;SC=TCCCCAGGCACGTTCCCAGGC;SOR=1.112;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=27;TCR=12;TR=39;WE=41128317;WS=41128299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	41129079	.	C	CTT	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.725;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr19	41129842	rs7367	C	T	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=45;PP=1603;SC=TCTCCCTAGACAATGACGAGT;SOR=0.820;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=39;TCR=45;TR=84;WE=41129850;WS=41129832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	41131675	rs2278242	C	G	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=13;PP=554;SC=GCAGAGGGTGCCTGGGCTGCT;SOR=0.954;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=41131683;WS=41131665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	41132022	rs2278243	C	G	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=440;SC=CAAACTCTGTCCCCTAGACCA;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=41132030;WS=41132012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	41133659	.	C	G	1269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.355;ClippingRankSum=0.000;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.502;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=15;PP=419;ReadPosRankSum=-0.837;SC=AGTGCGGGATCCTGGACGGCT;SOR=0.560;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=28;WE=41133667;WS=41133649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,62:0.56:110
chr19	41133844	rs41512448	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=15;PP=309;SC=TAGGGGGTGCTGGTCAGGGAC;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=41133852;WS=41133834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	41135475	rs1051481	G	A	2529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=54;PP=1450;SC=CCCGCTGGCCGCCCACCCGCG;SOR=1.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=19;TCR=54;TR=73;WE=41135483;WS=41135465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	41173372	rs12975396	G	A	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=7;PP=297;SC=GGCGGCTCGGGCTACAGTTCA;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=41173380;WS=41173362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	41173880	rs2604901	C	T	7215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=40;SC=GCTGTTGCTGCTGCTGCTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=80;WS=41173870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	41173892	rs141662737	CTGCTGT	C	4503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.922;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.268;NF=17;NR=43;ReadPosRankSum=0.147;SC=GCTGCTGCTGCTGCTGTTGCT;SOR=0.548;Source=Platypus;TCF=17;TR=60;WS=41173870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,111:0.85:131
chr19	41174137	rs35172225	C	T	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=240;SC=GATCAGAGCACGGACTCTGGA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=41174145;WS=41174127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	41188890	rs34359675	T	TG,TGG	1332.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.120;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=4.425;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.462;QD=20.19;ReadPosRankSum=-3.175;SOR=1.991;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,23,34:0.35,0.52:66
chr19	41190561	rs12984927	C	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=23;PP=736;SC=GGTCAGATAACAAGATAACTG;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=41190569;WS=41190551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	41192610	rs112258640	T	TTGAG	322.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=2;PP=452;SC=ATGTGAGTGTTTGTGACTCTG;SOR=1.863;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=41192625;WS=41192600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	41192617	rs59449188	T	C	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=205;SC=TGTTTGTGACTCTGCACTTGA;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=41192625;WS=41192600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	41206208	rs2246095	A	G	3773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=60;PP=2054;SC=GCCACCAGACAGCATACCTGG;SOR=1.242;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=109;TCF=49;TCR=60;TR=106;WE=41206216;WS=41206198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	41220529	rs11673492	C	T	11574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=479;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=89;NR=185;PP=2965;SC=CCCCCACCTTCAGCCACATTG;SOR=1.515;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=277;TCF=91;TCR=186;TR=274;WE=41220537;WS=41220519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,468:1.00:468
chr19	41231166	rs7253502	G	A	453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=3;PP=331;SC=GTCCCCTTTCGTTCCCTCTCA;SOR=2.049;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=41231174;WS=41231156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	41251180	rs2369302	T	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=21;PP=612;SC=CTGGGAGTGGTCGTATCCAGG;SOR=1.949;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=41251188;WS=41251170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	41255500	rs2254343	C	G	1948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	41257176	rs1457141	G	C	1810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=14;PP=899;SC=CTCCGTCCTTGCCCCTACTCC;SOR=1.196;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=41257184;WS=41257166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	41265201	rs736625	C	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=246;SC=GTGATCTGCTCGCTTTAGCCT;SOR=1.863;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=14;WE=41265209;WS=41265191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	41283365	rs2233159	C	G	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.00;SOR=0.909;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	41312612	rs76443752	G	C	3630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=20.614;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.13;ReadPosRankSum=-0.442;SOR=1.018;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,152:0.97:157
chr19	41324832	rs2545773	T	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.48;QD=25.49;SOR=1.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	41349786	rs145014075	G	T	369.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.63;MQRankSum=-1.437;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:403,70:0.15:473
chr19	41349874	rs143731390	T	A	564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.63;MQRankSum=-1.563;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.019;SOR=0.530;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,32:0.37:86
chr19	41350664	rs1809810	A	T	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.23;QD=25.30;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	41352807	rs55805386	A	G	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FS=4.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-18.046;QD=2.24;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=1.084;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:435,116:0.21:551
chr19	41354661	rs79584535	T	C	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=-7.930;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,17:0.15:116
chr19	41354688	rs148803816	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-6.230;QD=2.97;ReadPosRankSum=-2.427;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr19	41354689	rs201873185	A	G	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=3.122;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.51;MQRankSum=-6.230;QD=2.97;ReadPosRankSum=-2.528;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,11:0.14:78
chr19	41354712	rs8192725	A	G	1522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=26;PP=831;SC=AGGGGGCGGCAGGGGCAGGAG;SOR=1.567;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=36;WE=41354720;WS=41354702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	41356281	rs1137115	T	C	13378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=171;PP=2965;SC=TCAAGACCATTACAGTCAGGC;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=308;TCF=136;TCR=172;TR=306;WE=41356289;WS=41356271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,512:1.00:512
chr19	41381647	rs12460590	A	C	5717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=130;PP=2965;SC=CGTGGCAAAGACCACGTGTTT;SOR=1.633;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=198;TCF=67;TCR=131;TR=197;WE=41381655;WS=41381637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	41381683	rs71358943	G	T	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=3.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.31;MQRankSum=1.119;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.405;SOR=0.219;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,22:0.18:120
chr19	41381771	rs12462918	T	A	652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=20.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.42;MQRankSum=1.357;QD=15.54;ReadPosRankSum=0.545;SOR=0.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,26:0.62:42
chr19	41382607	rs2316206	AG	CA	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.63;QD=44.16;SOR=2.332;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr19	41382653	rs2388869	A	G	1581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.73;QD=45.19;SOR=3.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	41382655	rs2316210	T	G	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.28;QD=46.87;SOR=3.193;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	41382665	rs3852869	G	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.25;QD=45.64;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	41383217	rs2302987	T	C	2209.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.224;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=-5.123;NF=38;NR=48;PP=1462;ReadPosRankSum=-0.688;SC=GGCATCTTGGTCCGGTCCTCA;SOR=0.811;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=60;TCR=76;TR=86;WE=41383225;WS=41383207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,97:0.58:167
chr19	41383344	rs2302988	T	C	2539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=35;PP=930;SC=AATGATAGTCTGAATAGGTAA;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=41383352;WS=41383334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	41383378	rs16958956	C	A	1770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=27;PP=738;SC=ATACGGCTCCCCCTATGAGAC;SOR=1.318;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=41383386;WS=41383368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	41383799	rs3869579	G	A	1256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.007;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.007;NF=35;NR=22;PP=596;ReadPosRankSum=-0.106;SC=AAGCCATAGCGCAGGGTGGTG;SOR=0.842;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=193;TCF=112;TCR=81;TR=57;WE=41383807;WS=41383789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:285,92:0.24:377
chr19	41384637	rs4079367	C	T	1161.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=2.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.12;MQRankSum=-0.258;QD=3.92;ReadPosRankSum=-0.807;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:217,79:0.27:296
chr19	41384675	rs4079366	T	C	7850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-1.106;NF=96;NR=103;PP=2865;ReadPosRankSum=-0.262;SC=CTCCTGCATGTGGATGAGAAA;SOR=0.758;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=201;TCF=97;TCR=104;TR=199;WE=41384683;WS=41384665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,316:0.99:318
chr19	41384702	rs117539170	T	C	3238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.409;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.465;NF=43;NR=75;PP=1497;ReadPosRankSum=-0.484;SC=GATGAAGTCCTGTGGGGAATT;SOR=1.169;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=183;TCF=78;TCR=105;TR=118;WE=41384710;WS=41384692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,163:0.57:284
chr19	41384781	rs112946838	T	G	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=7.022;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=39.760;HP=3;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-7.132;NF=1;NR=28;PP=611;ReadPosRankSum=-1.741;SC=TGCAGCAACTTAAAGGCCTGT;SOR=5.595;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=72;TCF=20;TCR=52;TR=29;WE=41384789;WS=41384771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,21:0.22:94
chr19	41386033	rs73032311	T	C	2793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.542;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.775;NF=39;NR=45;PP=1054;ReadPosRankSum=0.410;SC=CCTAGCATCATGCTCAGCAGT;SOR=0.755;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=126;TCF=60;TCR=66;TR=84;WE=41386041;WS=41386023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,134:0.66:203
chr19	41386136	rs4142867	A	C	336.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.938;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.294;NF=8;NR=15;PP=1393;ReadPosRankSum=-3.211;SC=AGAAGGTGGGATCGATATTGG;SOR=0.831;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=23;WE=41386160;WS=41386126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
chr19	41386144	.	TGGCGCCTGC	T	571.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.637;ClippingRankSum=0.000;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.013;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-5.634;NF=3;NR=12;PP=2938;ReadPosRankSum=-3.726;SC=GGATCGATATTGGCGCCTGCG;SOR=0.921;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=15;WE=41386160;WS=41386126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,19:0.23:82
chr19	41386282	rs3815705	G	C	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.601;NF=24;NR=13;PP=441;ReadPosRankSum=-0.185;SC=AAGTGCGGGCGCCTTTCCCCA;SOR=0.596;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=85;TCR=42;TR=37;WE=41386290;WS=41386272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,40:0.27:150
chr19	41386366	rs3815706	T	G	6516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-3.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.206;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-1.229;NF=92;NR=77;PP=2409;ReadPosRankSum=1.874;SC=GCCCCCGCACTCGGGGAACCT;SOR=0.597;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=246;TCF=133;TCR=113;TR=169;WE=41386374;WS=41386356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,310:0.70:441
chr19	41386420	rs56081734	A	C	1872.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.967;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.075;NF=33;NR=37;PP=1021;ReadPosRankSum=3.852;SC=AGGAAGCCCGACTCCTCCTGG;SOR=0.687;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=240;TCF=115;TCR=125;TR=70;WE=41386428;WS=41386410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:319,122:0.28:441
chr19	41386486	rs3815708	CA	AG	1500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.833;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-6.339;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.924;SOR=0.748;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,46:0.26:179
chr19	41386494	rs3815710	A	C	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.77;MQRankSum=-6.629;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.956;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,38:0.24:157
chr19	41386527	rs58798281	G	A	159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=15.459;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.75;MQRankSum=-7.444;QD=1.97;ReadPosRankSum=-0.781;SOR=3.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,11:0.14:81
chr19	41386544	rs71337574	C	G	135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQRankSum=-5.876;QD=2.26;ReadPosRankSum=-0.229;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,8:0.13:60
chr19	41386547	rs74219554	G	C	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.93;MQRankSum=-5.568;QD=2.45;ReadPosRankSum=0.350;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,7:0.12:59
chr19	41387669	rs10425185	A	G	4076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=53;PP=2127;SC=GATGGAGGCGAGTGGGAGTGG;SOR=0.797;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=42;TCR=53;TR=95;WE=41387677;WS=41387637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	41387907	rs116439249	G	C	1917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.21;ReadPosRankSum=1.521;SOR=0.640;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:331,125:0.27:456
chr19	41397370	rs3852870	A	C	646.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.906;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=371;ReadPosRankSum=0.741;SC=TCACATAGAAACTTATGACTT;SOR=0.988;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=26;WE=41397378;WS=41397360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,33:0.40:83
chr19	41397806	rs8106551	C	A	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=735;SC=TGTTTATATCCCTCTAAAATC;SOR=3.056;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=41397814;WS=41397796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	41397868	rs35809263	C	A	236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=0.503;QD=1.73;ReadPosRankSum=0.796;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,26:0.19:137
chr19	41397988	rs12609161	A	G	2023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.015;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.101;NF=25;NR=46;PP=939;ReadPosRankSum=-0.546;SC=GGAAGCCTTGATAGACCAAGC;SOR=1.135;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=172;TCF=74;TCR=98;TR=71;WE=41397996;WS=41397978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,113:0.36:316
chr19	41399799	rs11880938	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.441;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=58;ReadPosRankSum=-1.997;SC=ACGCTTCTCCCTGACCATCCT;SOR=0.223;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=9;WE=41399807;WS=41399789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
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chr19	41401924	rs11878463	C	T	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.875;NF=13;NR=2;PP=231;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CTGACACCAACGGACCATCTG;SOR=1.314;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=15;WE=41401932;WS=41401914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,17:0.33:51
chr19	41401950	rs4803398	G	C	470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-3.847;NF=15;NR=8;PP=209;ReadPosRankSum=-0.874;SC=CTGCCTTTTCGGGGTGTTAAA;SOR=0.773;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=40;TCR=23;TR=23;WE=41401958;WS=41401940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,28:0.36:78
chr19	41402162	rs3956342	T	C	864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=15;PP=699;SC=TGGGTTCAAGTGATTCTCCTG;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=41402170;WS=41402152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	41402365	rs35870895	C	CT	1685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=36;PP=680;ReadPosRankSum=1.883;SC=AGCCTCACATCTTTTTTTTCA;SOR=0.700;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=167;TCF=57;TCR=110;TR=49;WE=41402373;WS=41402355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:272,120:0.31:392
chr19	41402579	rs6508953	A	G	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=429;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-1.374;QD=2.69;ReadPosRankSum=-3.925;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:332,93:0.22:425
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chr19	41403325	rs7252852	T	C	1225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:238,89:0.27:327
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chr19	41405962	rs4803400	T	G	3043.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=582;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.666;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.047;NF=49;NR=51;PP=1083;ReadPosRankSum=0.449;SC=CTTCTCTCTATGCTCGCTGGT;SOR=0.555;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=321;TCF=178;TCR=143;TR=100;WE=41405970;WS=41405952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:388,185:0.32:573
chr19	41415087	rs34724660	G	A	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5226;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=575;ReadPosRankSum=0.701;SC=GGTAAGGGAGGCCCCTGCTGG;SOR=0.818;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=38;TCF=31;TCR=7;TR=34;WE=41415095;WS=41415077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,34:0.79:43
chr19	41415112	rs3844442	T	A	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=5.386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-0.251;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr19	41416750	rs10419589	T	C	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.312;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=44;ReadPosRankSum=-0.239;SC=ATCTTCCTTTTCCAGCCCCCT;SOR=1.220;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=5;WE=41416758;WS=41416740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,11:0.37:30
chr19	41430151	rs34418474	G	T	3764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.808;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=34;PP=1583;ReadPosRankSum=1.514;SC=AGGCTGCAGTGGGGTGCAGGG;SOR=0.837;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=148;TCF=97;TCR=51;TR=103;WE=41430159;WS=41430141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,163:0.71:230
chr19	41447136	rs148719590	C	G	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.07;QD=30.08;SOR=3.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	41447479	rs34151237	T	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=9.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.46;MQRankSum=-0.591;QD=7.03;ReadPosRankSum=2.213;SOR=0.069;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,12:0.43:28
chr19	41447928	rs3865460	G	A	9217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=108;NR=82;PP=2965;SC=CAAGGCTACAGCCTCTCCTGA;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=108;TCR=83;TR=190;WE=41447936;WS=41447918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr19	41522715	rs3211371	C	T	3282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=-1.267;NF=27;NR=64;PP=1788;ReadPosRankSum=2.332;SC=ATACCAGATCCGCTTCCTGCC;SOR=0.982;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=28;TCR=66;TR=91;WE=41522723;WS=41522705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,126:0.96:131
chr19	41558800	rs11083604	T	C	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.18;MQRankSum=-0.910;QD=23.78;ReadPosRankSum=2.044;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,101:0.97:104
chr19	41558878	rs56156262	G	A	2828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-0.302;NF=28;NR=36;PP=1232;ReadPosRankSum=-0.913;SC=TCGGGAGACAGGCAGCTTGGA;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=66;TCF=29;TCR=37;TR=64;WE=41558886;WS=41558868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,111:0.97:115
chr19	41564417	rs12978001	C	A	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.089;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=22;PP=628;ReadPosRankSum=-0.267;SC=CCAGGCAAGGCGCCTTGGATG;SOR=1.414;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=31;WE=41564425;WS=41564407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,45:0.92:49
chr19	41622107	rs3833221	G	GC	4843.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.821;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.490;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=30;PP=2869;ReadPosRankSum=0.960;SC=GACAGCATAAGCACAGCCATC;SOR=0.491;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=65;WE=41622115;WS=41622097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,138:0.95:145
chr19	41622189	rs305968	G	A	7112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=83;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.351;SC=AGCTGCCTCCGGGACCCAGAC;SOR=0.799;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=188;TCF=99;TCR=89;TR=177;WE=41622197;WS=41622179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:20,295:0.94:315
chr19	41622615	rs12975986	C	T	775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=17;PP=431;SC=CTTGTTGACACTCAGGGCTGC;SOR=1.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=41622623;WS=41622605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	41626438	rs34650210	CT	C	500.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.624;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.133;SOR=0.349;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,32:0.82:39
chr19	41627868	rs80319612	G	A	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.850;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.89;MQRankSum=-1.569;QD=19.53;ReadPosRankSum=0.708;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,64:0.90:71
chr19	41628677	rs305975	T	G	6714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.862;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.312;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=90;NR=76;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.801;SC=TGGTCTAGAGTGAAGGGGCCT;SOR=0.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=166;WE=41628685;WS=41628667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,262:0.97:271
chr19	41631415	rs137939255	C	A	523.89	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.00;MQRankSum=0.000;QD=24.95;ReadPosRankSum=0.453;SOR=3.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,19:0.90:21
chr19	41700493	rs338599	G	C	7177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=94;PP=2965;SC=ACCTGGGACCGTGGCGGCCTG;SOR=0.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=175;TCF=79;TCR=96;TR=173;WE=41700501;WS=41700483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr19	41704832	rs338592	A	G	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=45;PP=1284;SC=CTGAATGGGCATGGTGACCTG;SOR=1.469;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=41704840;WS=41704822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	41707094	rs1628289	A	G	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.256;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,6:0.19:32
chr19	41712159	rs71835001	CCT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=77;ReadPosRankSum=1.972;SC=CTGACTCAGCCCTCTCTCTCT;SOR=0.430;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=5;WE=41712170;WS=41712149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,5:0.15:34
chr19	41725526	rs183612201	G	A	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.62;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	41725530	rs188658400	G	A	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.62;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	41737329	rs77142490	G	T	1335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.860;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=38;PP=1003;ReadPosRankSum=0.567;SC=AGCCTGGGGGGTTAAGCCAGA;SOR=1.928;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=47;WE=41737337;WS=41737319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,49:0.94:52
chr19	41743861	rs7249222	A	G	13189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=141;PP=2965;SC=TGTGCTGTCAAACGATGGGAT;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=150;TCR=142;TR=291;WE=41743869;WS=41743851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr19	41745475	.	TTCACTCCCTTACTCGTGCCACACCC	T	2743.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=2.539;NF=24;NR=16;PP=2921;SC=GTGCCAAACCTTCACTCCCTT;SOR=1.124;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=55;TCF=31;TCR=24;TR=40;WE=41745507;WS=41745465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,64:0.98:65
chr19	41748403	rs146143862	A	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	41748753	rs2304234	T	C	9383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=90;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.130;SC=GATCCAAGGCTTCATCCATGA;SOR=0.894;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=217;TCF=126;TCR=91;TR=214;WE=41748761;WS=41748743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:10,368:0.97:378
chr19	41758161	.	GTGA	G	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,17:0.08:209
chr19	41759631	.	AC	A	279.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=1.614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.17;ReadPosRankSum=1.116;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr19	41774064	rs2304230	T	C	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=24;PP=997;ReadPosRankSum=1.298;SC=GCCTTCTGGATGCTTTGGTCC;SOR=0.392;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=65;WE=41774072;WS=41774054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,91:0.99:92
chr19	41798111	rs3752705	A	G	3452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=24;PP=1487;SC=TGCCTATGGCAAGAGTTGGCA;SOR=1.273;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=56;TCR=24;TR=80;WE=41798119;WS=41798101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	41798468	rs112745840	GACAC	G	368.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=6;PP=321;SC=AGACAGAGGAGACACACACAC;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=6;WE=41798479;WS=41798458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	41807700	rs7248164	G	A	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=398;SC=TGGCTCCCCAGTGATTTCTTT;SOR=4.514;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=41807708;WS=41807690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	41808432	rs11881940	A	T	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	41809995	rs1056854	A	G	8533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=142;NR=85;PP=2965;SC=AACAGCCGCCACCACAGCAGC;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=227;TCF=142;TCR=85;TR=227;WE=41810003;WS=41809985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr19	41811730	rs12745	T	C	2503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=62;PP=1482;SC=CACCCCCCACTGCACAGACCT;SOR=5.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=8;TCR=62;TR=70;WE=41811738;WS=41811720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	41825776	rs3826714	A	G	1135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=23;PP=708;SC=CAGTAGCAGGAAGACCCCAGA;SOR=1.501;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=32;WE=41825784;WS=41825766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	41858921	rs1800470	G	A	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=30;PP=1061;SC=TAGCAGCAGCGGCAGCAGCCG;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=55;WE=41858929;WS=41858908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	41863777	rs11668109	A	C	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=12;PP=666;SC=CTCAGCCTGGACCCGGGTCCA;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=41863785;WS=41863767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	41869392	rs2241714	T	C	4054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=37;PP=1507;SC=CGCTGGCCCCTATGATCTGCC;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=83;WE=41869400;WS=41869382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	41869468	rs2241713	G	C	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=36;PP=1070;SC=TGTGAGGTAAGTGTATTATCT;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=19;TCR=36;TR=55;WE=41869476;WS=41869458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	41869487	rs3217387	C	CA	2369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=34;PP=1652;SC=CTCCATTTGACGGGGGGGAAA;SOR=1.437;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=36;TCF=2;TCR=34;TR=36;WE=41869495;WS=41869477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	41889423	rs11880674	A	T	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.40;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	41889429	rs7259900	A	T	1673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.92;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	41889748	rs12602	T	C	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=43;PP=1198;SC=TGACCCTGGCTGCCTACCTTG;SOR=0.816;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=37;TCR=43;TR=80;WE=41889756;WS=41889738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	41897674	rs878082	G	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=3;PP=595;SC=CTAGCAGTGAGGGTATATGTA;SOR=3.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=41897696;WS=41897664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	41897688	rs878083	G	A	946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=4;PP=738;SC=ATATGTATCCGCCAGGAGGGA;SOR=3.126;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=30;WE=41897696;WS=41897664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	41903220	rs10853751	G	A	6987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.431;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=94;PP=2965;ReadPosRankSum=0.991;SC=GTCAGTATGCGTCTCCTCCTC;SOR=0.541;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=68;TCR=94;TR=162;WE=41903228;WS=41903210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,270:1.00:271
chr19	41903671	rs892044	A	G	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.81;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	41903675	rs892043	A	G	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.86;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	41919944	rs3213861	A	C	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=16;PP=1090;SC=GGTCCCCTCTACACCCCCAGG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=41919952;WS=41919934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	41920211	rs3213860	T	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	41928336	rs284651	T	C	1482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=30;PP=880;SC=TCCCCAATCCTGCCACCTTCC;SOR=1.528;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=41928344;WS=41928326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	41928652	rs284652	C	T	5206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=43;SC=ACCAGCCCTTCCTCATCGAGG;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=122;TCF=79;TCR=43;TR=122;WE=41928660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	41928724	rs284654	G	A	7391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=97;NR=83;PP=2965;SC=GACAGCCACCGTAGCATCTTC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=180;TCF=97;TCR=83;TR=180;WE=41928732;WS=41928714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr19	41928765	rs284655	C	T	11038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=114;NR=113;PP=2965;SC=CAAAACATGGCCTTATCACCT;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=114;TCR=114;TR=227;WE=41928773;WS=41928755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr19	41928867	rs3217385	G	GC	15117.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=482;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=145;PP=2936;SC=ACTCCAGGGAGCCCACACTGA;SOR=0.844;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=177;TCF=24;TCR=153;TR=169;WE=41928877;WS=41928857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr19	41930396	rs4674	A	G	17811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=683;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=192;NR=170;PP=2965;SC=ACCCCAACCTACTCTTCTCAG;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=365;TCF=193;TCR=172;TR=362;WE=41930404;WS=41930386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,680:1.00:680
chr19	41931454	rs113478859	A	AGGCCAGGGCCGG	1863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=2900;SC=CCAGAGGCCCAGGCCAGGTCA;SOR=1.244;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=16;WE=41931462;WS=41931444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	41931660	rs117658014	G	T	5502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=56;PP=2469;SC=CCCAGGGCTCGGATGCAAAGG;SOR=1.000;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=70;TCR=56;TR=126;WE=41931668;WS=41931650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr19	41932084	rs284660	G	T	6694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=79;PP=2965;SC=GGCTCTCCCAGGCCACTAGTG;SOR=0.733;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=166;TCF=87;TCR=79;TR=164;WE=41932092;WS=41932074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr19	41932120	rs284661	C	T	6309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=79;PP=2787;ReadPosRankSum=-0.733;SC=CCGCCTCACCCACCGGAGACC;SOR=0.240;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=157;TCF=77;TCR=80;TR=155;WE=41932128;WS=41932110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,239:1.00:240
chr19	41932275	rs284662	T	C	3997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=64;PP=1966;SC=GAGACTTGGCTGCCACCACCT;SOR=0.773;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=120;TCF=56;TCR=64;TR=120;WE=41932283;WS=41932265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	41932612	rs284663	C	T	4046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=48;PP=1705;SC=CGGATGTCCACTCGATGTACA;SOR=0.744;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=91;TCF=43;TCR=48;TR=89;WE=41932620;WS=41932602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	42027500	rs4803475	A	G	6144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=53;PP=1842;SC=CCAAATCTCCATTAAGTGTAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=105;WE=42027522;WS=42027490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	42027514	rs4803476	T	A	5999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=50;PP=1759;SC=AGTGTATTTTTTGAACAGTGA;SOR=0.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=100;WE=42027522;WS=42027490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	42083849	rs714106	C	A	3624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=46;PP=1293;SC=GGATACTACACCCTACAAGTC;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=30;TCR=46;TR=76;WE=42083857;WS=42083839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	42085873	rs2302188	A	G	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=38;PP=1385;SC=GTTTAACCATATGCTCACCAT;SOR=0.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=42085881;WS=42085863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	42092815	rs3745936	T	A	5180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=49;NR=74;PP=2432;SC=CTGTTTTTACTGGAATTGCTA;SOR=0.977;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=49;TCR=75;TR=123;WE=42092823;WS=42092805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	42125660	rs1041994	T	C	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=7;PP=557;SC=CTGGGAGCTTTGGGGACGCTC;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=19;TCR=7;TR=26;WE=42125668;WS=42125650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	42126448	rs9967607	T	C	2019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=20;PP=1094;SC=GGATCCTGGCTGGAGGCACTC;SOR=1.319;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=42;TCR=20;TR=61;WE=42126456;WS=42126438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	42127907	rs4803488	G	A	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=6;PP=626;SC=GGAATGAGAGGGAAGGATTCC;SOR=2.226;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=42127915;WS=42127897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	42128202	rs8111279	G	A	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.80;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	42188032	rs34670266	GC	G	4445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQ=60.36;NF=3;NR=55;PP=2139;SC=GCCCTGTGTGGCCCCCTTGGT;SOR=1.001;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=62;TCF=4;TCR=58;TR=58;WE=42188040;WS=42188022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	42190859	rs8102488	A	T	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=70;NR=50;PP=2280;SC=AGGGTATAGAATCCTGCGTCA;SOR=0.863;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=120;TCF=70;TCR=50;TR=120;WE=42190867;WS=42190849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	42219428	rs55702269	G	A	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=11;PP=838;SC=CTCAGACTCAGGCTCAGTAGA;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=30;WE=42219436;WS=42219422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	42221607	rs7249230	A	G	9633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=116;PP=2965;SC=AATCCAGAACAAATTAAGTGT;SOR=0.849;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=209;TCF=90;TCR=119;TR=206;WE=42221615;WS=42221597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr19	42265866	rs28547939	C	G	7225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=33;PP=1772;SC=GCTTTATTCTCTTTCCTCCAG;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=56;TCR=34;TR=87;WE=42265874;WS=42265856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	42265889	rs11548735	G	T	8322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=44;PP=2165;SC=GGCCCAGATGGCCCCACCATT;SOR=0.915;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=110;TCF=66;TCR=44;TR=110;WE=42265897;WS=42265879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr19	42311060	rs5828129	A	AAAG	3282.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=13;PP=2044;SC=GGAGTTGGCCAAATAGGAGAT;SOR=1.965;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=48;TCF=35;TCR=13;TR=44;WE=42311068;WS=42311054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	42313803	rs3795022	T	C	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=5;PP=794;SC=GGGTCCTTCCTCTCTGCTCAG;SOR=3.193;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=42313811;WS=42313793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	42313921	rs734107	G	T	7771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr19	42315281	rs899662	G	T	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.35;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	42315300	rs2008808	G	T	1019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=20;PP=542;SC=TGCTCCTGTGGGTTGATGGAG;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=42315308;WS=42315290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	42342319	rs2290695	A	G	1440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=776;SC=TAAAGCCCACAACTCCCCTTG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=42342327;WS=42342309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	42342822	rs7252877	T	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.28;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	42342923	rs10414356	T	A	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=16;PP=892;SC=AGAGCAAGCATAACGAAATTG;SOR=1.117;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=48;WE=42342931;WS=42342913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	42343155	rs4130852	G	T	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=32;PP=1523;SC=CTGAGCCCGTGAACTGCCAAC;SOR=0.934;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=72;WE=42343163;WS=42343145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	42343526	rs3922888	G	T	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=30;PP=915;SC=ATAGGCTCCCGCAGACCTTCT;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=42343534;WS=42343516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	42354629	rs2305809	T	C	6272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.137;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=74;PP=2965;ReadPosRankSum=1.785;SC=GGACATCTGGTCCCTCAGAGT;SOR=0.474;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=159;TCF=84;TCR=75;TR=157;WE=42354637;WS=42354619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,239:0.99:242
chr19	42373298	rs1366610	G	A	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=289;SC=AGCAGGGTAGGGGGGGCTGCA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=42373306;WS=42373288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	42373679	rs2075750	C	T	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=3;PP=422;SC=CAGGTGGCTTCTTGAGAAGCC;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=19;WE=42373687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	42373893	rs2075751	C	T	3802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=60;PP=1692;SC=GCCCATACTTCGTCAGGTAGA;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=99;WE=42373901;WS=42373883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	42375244	rs2075754	C	T	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.17;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	42462788	rs1075728	G	A	1163.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=7;PP=680;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CCTGGGCGGTGAGAGGAGGGA;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=45;TCR=10;TR=38;WE=42462796;WS=42462778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr19	42463447	rs735571	C	T	12886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=506;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=125;NR=140;PP=2965;SC=GCTGCCATGTCTGCGTCGTGA;SOR=0.793;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=269;TCF=125;TCR=144;TR=265;WE=42463455;WS=42463437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr19	42471050	rs919390	G	C	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=24;NR=16;PP=688;SC=CCTGGGCCTGGGGGACGGGGA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=42471058;WS=42471040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	42489516	rs2217342	A	C	3355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=41;PP=1053;SC=GGTTGTCGTGAGTGCAGTCGG;SOR=0.937;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=42489524;WS=42489506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	42736267	rs851609	A	G	1913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=21;PP=792;SC=GAGGAGGGATAAGAATGGCGT;SOR=0.720;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=41;WE=42736275;WS=42736257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	42793590	rs3826706	G	A	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=22;PP=670;ReadPosRankSum=-0.408;SC=ATCTTGCCCAGGACCCAGCAG;SOR=0.267;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=40;WE=42793598;WS=42793580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr19	42799049	rs1052023	C	T	7011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=98;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.763;SC=AGTTGAAGATCCGTGAGGTGC;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=180;WE=42799057;WS=42799039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,268:0.97:276
chr19	42858270	.	G	GT	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.222;ClippingRankSum=0.000;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=4.141;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.388;QD=2.62;ReadPosRankSum=0.298;SOR=1.651;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr19	43439793	rs7245978	G	A	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=89;PP=2965;SC=TACCAGATGTGGCCAGTAAGA;SOR=0.804;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=170;TCF=79;TCR=91;TR=168;WE=43439801;WS=43439783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	43448385	rs118023692	G	A	442.98	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.378;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=338;ReadPosRankSum=0.871;SC=GATAATTTCAGTAGAATATGT;SOR=1.721;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=19;WE=43448393;WS=43448375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,20:0.83:24
chr19	43530640	rs60941975	GT	G	2010.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=24;PP=1118;SC=ACTCTTCCCGGTGGAAGGAGC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=3;TCR=24;TR=27;WE=43530648;WS=43530630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	43857873	rs45441892	G	C	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=15;PP=1042;SC=GGTCATGAGCGCGGTATTACT;SOR=1.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=34;TCR=15;TR=49;WE=43857881;WS=43857863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	43858066	rs45571738	G	A	4202.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=47;PP=1561;SC=TGTCCGACCTGCCCCGGCAAT;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=40;TCR=47;TR=87;WE=43858074;WS=43858056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
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chr19	43864548	rs10425835	C	A	2886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=58;PP=1579;SC=GCTGCTGCTCCTAGATGTAGG;SOR=1.365;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=27;TCR=58;TR=85;WE=43864556;WS=43864538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	43865499	rs71339512	T	C	1925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.54;QD=25.68;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	43865840	rs28464741	G	T	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.66;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	43866449	rs78718189	G	A	9946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=110;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=1.708;SC=GCTGTGGTGGGGAGTGGTTTG;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=112;TR=248;WE=43866457;WS=43866439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,364:0.99:366
chr19	43866617	rs36081957	C	T	3214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=73;PP=1880;SC=TTCATATCTACTCACCTAACA;SOR=1.536;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=32;TCR=74;TR=105;WE=43866625;WS=43866607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	43876891	rs7246785	G	A	5959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=48;PP=2383;SC=GGGGGAAATGGAGTTAGCAGG;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=65;TCR=48;TR=113;WE=43876899;WS=43876881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	43877394	rs3745996	C	T	1734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.39;QD=26.28;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	43883273	rs113172076	G	C	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=62;NR=61;PP=1974;SC=AAGGATCCTGGGTCTAGGGAA;SOR=0.747;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=125;TCF=62;TCR=63;TR=123;WE=43883281;WS=43883263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	43920443	rs3810375	C	G	3155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=38;PP=1585;SC=GGTTGATTATCTCCATGCCAA;SOR=0.746;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=37;TCR=38;TR=75;WE=43920451;WS=43920433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	43920612	rs35033974	G	T	5221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=56;PP=2106;SC=TCACCTCCCGGCCTGATCGTG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=115;WE=43920620;WS=43920602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	43922061	rs3816438	A	G	2346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=22;PP=906;SC=TCCATTGTCCAACCTGTGTGG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=31;TCR=22;TR=53;WE=43922069;WS=43922051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	43922300	rs2278834	G	A	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=25;PP=984;SC=TGTCTCTCCCGATCCTTCCTT;SOR=0.749;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=22;TCR=25;TR=47;WE=43922308;WS=43922290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	43969757	rs2259013	A	G	1918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=57;PP=1517;SC=TCCCCCCTGGATGTGCCGCCT;SOR=3.360;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=65;WE=43969765;WS=43969747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	43979589	rs1055099	G	T	2929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=34;PP=1352;SC=CGTCAGCGGCGGTCACGATGA;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=73;TCF=39;TCR=34;TR=73;WE=43979597;WS=43979579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	43982467	rs2682543	A	G	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=127;SC=GAGACTGGGCACAGAAACTGG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=43982475;WS=43982457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	43983740	rs1133929	T	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.21;SOR=3.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	43999292	.	G	GGTCTGAGGGAGGAGGAGACTCGGGGCAGGACCCCTGA	1517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.16;QD=65.99;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	43999634	rs1125030	A	C	6164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=75;PP=2965;SC=AGGGCAGGTGACAGGTAGCTC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=89;TCR=75;TR=163;WE=43999642;WS=43999624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr19	44001891	rs2682549	T	C	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=15;PP=1002;SC=AAGAACCAGATGCCATTACCT;SOR=1.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=44001899;WS=44001881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	44005876	rs112058634	CCAAA	C	8190.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=52;PP=2875;SC=ACCCGGTGAGCCAAACAGACC;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=7;TCR=53;TR=59;WE=44005887;WS=44005866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	44012005	rs2599452	G	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=6;PP=326;SC=CAGGAGTCCAGGCCCCCAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=15;WE=44012013;WS=44011995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	44012880	rs2682578	A	G	1139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.25;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	44031324	rs3810381	C	T	2864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=50;PP=1363;SC=GTACAGCCTCCGCCATCGCGC;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=68;WE=44031332;WS=44031314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	44047493	.	CGTGTGTGT	C,CGTGT	700.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=41.22;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,4,13:0.24,0.76:17
chr19	44047826	rs2682557	T	A	2943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=31;PP=1004;SC=TCACTCATATTGTCCTCGAGC;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=21;TCR=31;TR=52;WE=44047834;WS=44047816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	44050195	rs25479	C	T	4838.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=62;PP=1983;SC=CCCCCAGCCCCAGCCCTACCT;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=55;TCR=62;TR=116;WE=44050203;WS=44050185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	44055582	rs2139720	C	T	928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=8;PP=602;SC=CCAGCCCCTGCCCCGCTCCTC;SOR=1.542;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=44055590;WS=44055572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	44055726	rs25487	T	C	4659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=44;PP=1424;SC=GCCTTACCTCTGGGAGGGCAG;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=83;WE=44055734;WS=44055716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	44055898	rs25486	C	T	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=24;PP=669;SC=CAAAGGGGAACGAGACAGGGG;SOR=1.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=44055906;WS=44055888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	44057227	rs915927	T	C	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=16;PP=325;SC=TAGGTCCTGCTGGGTCGCTGG;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=44057235;WS=44057217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	44111524	rs146070175	TAC	T	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=9;PP=336;ReadPosRankSum=-0.695;SC=CCAGGGGGAATACACACACAC;SOR=0.488;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=25;WE=44111535;WS=44111514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr19	44111568	rs35296355	TAC	T	826.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.666;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=2.671;NF=12;NR=17;PP=749;ReadPosRankSum=1.790;SC=CGGGCGGGAATACACACACAC;SOR=0.613;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=29;WE=44111579;WS=44111558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,42:0.22:190
chr19	44116956	rs13343696	A	G	2282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=26;PP=1094;SC=ATTCCCTCCAAGGAGAAGAGT;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=33;TCR=26;TR=59;WE=44116964;WS=44116946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	44118191	rs34163641	G	A	10443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=128;PP=2965;SC=CAAGGAGAGCGACCCCAGTCA;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=251;TCF=123;TCR=128;TR=251;WE=44118199;WS=44118181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr19	44118680	rs1860149	A	G	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=240;SC=CACTGCTGGCATGGGGCACAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=44118688;WS=44118670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	44128437	rs2240633	A	G	3270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=83;PP=2267;SC=TCAGAGGACGATCCCAGTCTG;SOR=2.624;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=107;TCF=24;TCR=83;TR=107;WE=44128445;WS=44128427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	44131297	rs407049	T	C	4172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=53;NR=39;PP=1532;SC=AGGATGCGTCTGACAAGGGGG;SOR=0.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=53;TCR=40;TR=92;WE=44131305;WS=44131287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	44254972	rs164070	C	T	1180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=20;PP=587;SC=CTAGACTATACGAAGTCCCTT;SOR=1.230;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=44254980;WS=44254962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	44276370	rs3760979	A	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=675;SC=ATACCCTCCCATCCCCTTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=44276378;WS=44276360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	44280837	rs514328	G	A	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	44280980	rs35773079	T	G	274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=169;SC=CCCAGTGCGGTGGCTCACACC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=44280988;WS=44280970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	44302624	rs349053	T	C	7258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=65;NR=78;PP=2849;SC=CATTCTGCCATTGCCCTGGAA;SOR=0.783;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=65;TCR=78;TR=143;WE=44302632;WS=44302614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr19	44303066	rs11547806	C	G	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=24;PP=772;SC=AGCGCGTCCGCGTTCGATTGC;SOR=0.904;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=44303074;WS=44303056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	44306389	rs72214885	GCCCCCA	G	4688.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=31;PP=2573;SC=AGGAGTCCAGGCCCCCAGTCT;SOR=0.751;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=44306412;WS=44306379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	44351107	rs10421861	G	A	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=10;PP=655;SC=AGTCAAAAACGTATGAGACCA;SOR=1.445;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=31;WE=44351115;WS=44351097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	44351166	rs79626467	GGGAGAT	G	3728.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=26;PP=2008;SC=TTTTCCCAGTGGGAGATGAAG;SOR=1.013;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=35;WE=44351179;WS=44351156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	44351694	rs2195980	C	T	6553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=93;PP=2965;SC=AAAATTCATACTGGTGTGAAA;SOR=0.902;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=166;TCF=73;TCR=93;TR=163;WE=44351702;WS=44351684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr19	44351836	rs957569	G	A	4049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=47;PP=1998;SC=GTGGCTATCAGCTTACTCAGC;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=105;WE=44351844;WS=44351826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	44352665	rs2356437	TG	CA	6488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=55;PP=2947;SC=GACCTTTACTTGTGGCTCAAA;SOR=1.088;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=36;TCR=57;TR=90;WE=44352674;WS=44352655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	44352688	rs2883946	G	A	3333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=54;PP=1760;SC=TTGTTCATGAGAGAACTCATA;SOR=1.107;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=85;WE=44352696;WS=44352678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	44377357	rs239942	C	T	4849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=47;PP=2087;SC=GAGCCCTTACCAAAAGCCTTT;SOR=0.935;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=64;TCR=47;TR=111;WE=44377365;WS=44377347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr19	44419030	rs420242	A	G	5865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=63;PP=2587;SC=TCTCTCCTGCATGAGCCCTTT;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=81;TCR=63;TR=143;WE=44419038;WS=44419020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	44426463	.	GT	G	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.760;HP=12;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.132;NF=1;NR=8;PP=96;ReadPosRankSum=-0.154;SC=GTTTTGTTTTGTTTTTTTTAA;SOR=0.343;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=9;WE=44426471;WS=44426453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr19	44469577	rs451601	T	G	1103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=767;SC=TTGCCAAACTTCTTTCATAAC;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=44469585;WS=44469567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	44470189	rs454301	T	A	9360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.129;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.629;SC=TAAACAGTCCTTCAGTGATGT;SOR=0.257;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=99;TCR=115;TR=214;WE=44470197;WS=44470179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,354:1.00:355
chr19	44470420	rs439676	T	C	7180.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=79;PP=2965;SC=ACCATTCAAATGTGGGCAATG;SOR=0.898;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=111;TCR=79;TR=190;WE=44470428;WS=44470410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr19	44470548	rs453640	A	G	9155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=136;NR=113;PP=2965;SC=CACAGCTTCAAGAACATCAGA;SOR=0.836;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=249;TCF=136;TCR=113;TR=249;WE=44470556;WS=44470538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr19	44470663	rs435590	G	C	13205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=500;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=149;NR=151;PP=2965;SC=AGGAGAAAAAGCATTCAGATG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=302;TCF=150;TCR=152;TR=300;WE=44470671;WS=44470653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,494:1.00:494
chr19	44471209	rs365745	T	A	4161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=51;PP=1960;SC=TACTCAGAGTTCACAACTTCA;SOR=0.732;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=103;WE=44471217;WS=44471199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	44471323	rs366111	G	A	6176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.178;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=62;NR=70;PP=2590;ReadPosRankSum=-0.632;SC=GAGGGTCCACGGGGGAGAGCG;SOR=0.360;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=132;WE=44471331;WS=44471313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,236:1.00:237
chr19	44471632	rs56887248	CT	C	194.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=-0.710;QD=6.09;ReadPosRankSum=0.487;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,20:0.62:32
chr19	44500478	rs398235	A	T	4355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=69;PP=2096;SC=TAAACAGTCCATCAGTGATGT;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=47;TCR=69;TR=116;WE=44500486;WS=44500468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	44500761	rs448921	G	A	10955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=124;NR=123;PP=2965;SC=AATGTTCATCGTAAATTACAC;SOR=0.737;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=250;TCF=126;TCR=124;TR=247;WE=44500769;WS=44500751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr19	44501116	rs388812	A	G	7890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=115;PP=2965;SC=ACACAGGAGAAAAACCATATA;SOR=0.933;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=201;TCF=86;TCR=115;TR=198;WE=44501124;WS=44501106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr19	44501227	rs388471	A	G	6346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=80;PP=2965;SC=AAGAATGTGGAAAGGGATTTT;SOR=0.772;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=144;WE=44501235;WS=44501217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr19	44501627	rs35292176	T	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=19;PP=551;SC=TGACACATAATTGTTCATATT;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=20;TCF=1;TCR=19;TR=20;WE=44501635;WS=44501617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	44503379	rs452554	C	T	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=14;PP=490;SC=TACATTTCATCCAGTCCTGTA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=44503387;WS=44503369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	44503541	rs11314755	TA	T	1301.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=623;SC=AGACAGACCTTAAGAGTTCAT;SOR=1.040;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=44503549;WS=44503531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	44503569	rs7252394	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=359;SC=TTTACAAAACGAATCATGAAC;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=44503577;WS=44503559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	44503607	rs7253205	T	C	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=223;SC=CACTAGAATGTCAGTGACATG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=44503615;WS=44503597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	44511202	rs2356549	A	T	4501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=42;PP=1955;SC=TACTCAAGACACTGAAGACTC;SOR=0.925;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=103;TCF=60;TCR=43;TR=102;WE=44511231;WS=44511192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	44511223	rs424147	T	G	4757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.201;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=48;PP=2000;ReadPosRankSum=-0.292;SC=CAAAAAGTAGTAGGAAAAATG;SOR=0.380;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=103;WE=44511231;WS=44511192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,185:0.99:186
chr19	44511389	rs2191566	G	T	2605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=40;PP=1171;SC=TGTCTCTTTTGTGTTGACTTT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=44511397;WS=44511379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	44530390	rs8101750	T	C	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.47;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	44530444	rs3830527	GAC	G	842.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=18;PP=879;SC=ATGGGCGTGAGACACAGGTGG;SOR=3.056;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=19;WE=44530453;WS=44530434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	44535999	rs7258517	G	T	4877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=35;PP=2217;SC=GATGGAGACTGTTCCAGAAGC;SOR=1.283;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=113;TCF=76;TCR=37;TR=111;WE=44536007;WS=44535989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	44564401	rs12610472	T	C	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=25;PP=694;SC=AAGACTTCTTTGTCGTTGGAC;SOR=0.814;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=44564409;WS=44564391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	44564981	rs3826941	G	A	7949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=92;NR=110;PP=2965;SC=CAACCCAAAGGGAAGGGAATT;SOR=0.834;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=204;TCF=94;TCR=110;TR=202;WE=44564989;WS=44564971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr19	44565125	rs4502339	A	G	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=44;PP=1209;SC=CCTTCCAGCTAGTGGCCCTGC;SOR=1.395;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=19;TCR=44;TR=63;WE=44565133;WS=44565115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	44570393	rs6509138	C	A	3847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.360;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.100;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=44;PP=1692;ReadPosRankSum=-1.669;SC=TGAGGAAGGACTATCTATAAT;SOR=0.129;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=93;TCF=48;TCR=45;TR=88;WE=44570401;WS=44570383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,163:0.98:166
chr19	44570551	rs4375771	G	A	3033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=53;NR=44;PP=1672;SC=ACATCTCAGCGCTTCATATTC;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=97;WE=44570559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	44571154	rs4433920	T	C	5649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=79;PP=2768;SC=ACTTGCACCATAGAGCCCACA;SOR=0.853;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=61;TCR=79;TR=139;WE=44571162;WS=44571144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	44580440	rs201907991	CT	C	160.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=1.574;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.990;SOR=0.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
chr19	44580758	rs57895932	T	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=447;SC=ATTTATGTTATGAGTAGAAAT;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=44580766;WS=44580748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	44585159	rs4803674	T	A	5710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=60;PP=2673;ReadPosRankSum=-0.542;SC=CATACGTTTGTTGTTGTAGGA;SOR=0.344;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=146;TCF=86;TCR=60;TR=146;WE=44585167;WS=44585149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,217:1.00:218
chr19	44586076	rs4553729	T	C	2420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=14;PP=640;SC=ACCATATCAGTGTTCAAGTTC;SOR=0.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=44586084;WS=44586066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	44589999	rs139900131	TCTC	T	10179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=77;PP=2965;SC=AGCTCTCAGTTCTCCACACAA;SOR=0.793;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=108;TCF=30;TCR=78;TR=107;WE=44590009;WS=44589989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	44590558	rs7255701	C	T	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=46;PP=1988;SC=CCATGGTCCACATGCAAGAGA;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=46;TCR=46;TR=92;WE=44590566;WS=44590548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	44591360	rs8113249	G	A	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=36;PP=882;SC=GAAGCGCTACGAGAGGCGCTT;SOR=2.737;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=43;TCF=6;TCR=37;TR=42;WE=44591368;WS=44591350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	44604914	rs62115526	T	C	4886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.935;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	44610665	rs2068061	A	G	6228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=55;PP=2859;SC=TCAAGACTTGATGATAAATAG;SOR=0.987;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=135;TCF=78;TCR=57;TR=133;WE=44610673;WS=44610655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr19	44610798	rs4239529	A	T	6706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=79;NR=91;PP=2965;SC=GATGTCTCCCACTTTGATTTT;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=170;TCF=79;TCR=91;TR=170;WE=44610806;WS=44610788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	44611066	rs7508149	T	C	13038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=157;NR=144;PP=2965;SC=ATGTTCATCATAAATTACACA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=304;TCF=158;TCR=146;TR=301;WE=44611074;WS=44611056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,490:1.00:490
chr19	44611420	rs4508518	A	G	11346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=431;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=172;PP=2965;SC=ACACGGGAGAAAAGCCATATA;SOR=0.871;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=305;TCF=132;TCR=173;TR=304;WE=44611428;WS=44611410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr19	44612005	rs3746321	A	G	4711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.23;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	44612014	rs3200505	A	T	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.10;SOR=0.995;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	44612231	rs3746319	A	G	4372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=65;PP=2526;SC=TTCATTCTCTAAAGTGCAAGA;SOR=0.839;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=58;TCR=67;TR=122;WE=44612239;WS=44612221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	44634903	rs10413195	A	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=5;PP=500;SC=AACATTCCCTATATTTATTAA;SOR=1.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=24;WE=44634911;WS=44634893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	44652748	rs3817595	C	T	2467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=16;PP=1342;SC=TTTACTGACACTAAGGAAAAT;SOR=1.828;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=64;TCF=48;TCR=16;TR=63;WE=44652756;WS=44652738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	44652954	rs2293587	G	A	6219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=74;PP=2953;SC=TGTGGCTGTGGTCTTCACTGA;SOR=0.702;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=75;TCR=74;TR=149;WE=44652962;WS=44652944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	44660967	rs12609635	A	G	9476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=358;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=117;NR=110;PP=2965;SC=AGGAATGTGGAAGGGCCTTCA;SOR=0.733;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=118;TCR=112;TR=227;WE=44660975;WS=44660957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr19	44661139	rs182005583	T	C	7261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=92;PP=2965;SC=CTGTGGTAAGTGTTTCACTTG;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=92;TCR=93;TR=184;WE=44661147;WS=44661129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr19	44662274	rs35483237	T	TA	735.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.99;ReadPosRankSum=1.455;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,41:0.89:46
chr19	44663805	rs62117771	G	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.04;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	44764064	rs1233444	A	G	3411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=29;PP=1301;SC=AGGAGGGCGAAGCAGCCGTCA;SOR=0.856;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=44764072;WS=44764054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr19	44778405	rs1233428	A	C	5985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=61;PP=2931;SC=AGAGTTCACAAAGGAGAGAAG;SOR=0.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=69;TCR=61;TR=130;WE=44778413;WS=44778395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	44778795	rs59660444	CG	C	4461.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=43;PP=1988;SC=AGTAAGAGTTCGTTGTCTTCA;SOR=1.329;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=47;TCF=2;TCR=45;TR=45;WE=44778807;WS=44778785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	44778797	rs2884015	T	A	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.83;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	44778797	.	TTG	ATA	2405	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=21;NR=43;PP=2405;QD=38.4135605447;SC=TAAGAGTTCGTTGTCTTCAGA;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=64;WE=44778807;WS=44778785;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,64:0.96:67
chr19	44778799	rs2884016	G	A	4470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.62;SOR=1.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	44792969	rs2609908	G	A	2076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=22;PP=1059;SC=AATATACATAGTTTGTTTTTC;SOR=0.881;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=51;WE=44792977;WS=44792959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	44831989	rs2609881	T	G	5692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=74;PP=2835;SC=TGTACACACCTCACATTTGTA;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=164;TCF=87;TCR=77;TR=159;WE=44831997;WS=44831979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr19	44832684	rs2609880	T	G	7978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=95;NR=118;PP=2965;SC=GTTTCTCTCCTGTGTGGACTC;SOR=0.849;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=213;TCF=95;TCR=118;TR=213;WE=44832692;WS=44832674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr19	44832875	rs2722722	A	G	6649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=85;PP=2856;SC=CCTTGAAGATATAAATTATGG;SOR=0.834;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=155;TCF=70;TCR=85;TR=155;WE=44832883;WS=44832865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	44832992	rs2722723	C	G	4460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=55;PP=1905;SC=CCACACTCCTCAGAATTATAT;SOR=0.944;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=39;TCR=58;TR=93;WE=44833000;WS=44832982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	44833506	rs4325673	C	T	6139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=62;PP=2635;SC=GCTGATGAACCTCAGAGCTGG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=73;TCR=63;TR=135;WE=44833514;WS=44833496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	44833851	rs4280359	G	C	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=30;PP=1465;SC=CTATATGAGTGAATATATAGT;SOR=0.961;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=42;TCR=30;TR=72;WE=44833859;WS=44833841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	44840789	rs2571104	T	C	2215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=26;PP=950;SC=AACATCCATCTCTTGGGGTTT;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=57;WE=44840797;WS=44840779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	44847615	rs984116	C	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.774;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.368;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=14;PP=354;ReadPosRankSum=0.571;SC=CCACTTGGCTCTCCTGGCAGG;SOR=2.526;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=44847623;WS=44847605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr19	44871287	rs8113807	T	C	3763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.77;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	44871293	rs2571074	T	G	3634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=44.33;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	44891784	rs2571089	T	C	6341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=75;PP=2935;SC=TTTCCCACAGTTGGGATGTCT;SOR=0.710;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=146;TCF=71;TCR=75;TR=146;WE=44891792;WS=44891774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	44892333	rs2571090	A	T	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=47;PP=1272;SC=TGAGAAAATGAAATATGATGG;SOR=1.863;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=62;WE=44892341;WS=44892323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	44896487	rs2571123	G	C	3092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=23;PP=1628;SC=CCAGTGGTCTGATGCTCAGTT;SOR=1.315;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=75;WE=44896495;WS=44896477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	44896857	rs2571122	G	A	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=20;PP=539;SC=GTGTCCTTACGTGGCAGAGGG;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=44896865;WS=44896847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	44898662	rs2571124	C	T	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	44901526	rs2722650	A	G	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=354;SC=TCCTCTCACTAGATATCATCT;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=44901534;WS=44901516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	44901557	rs2722651	A	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=252;SC=TGAACAGACTAAACTCCCACC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=44901565;WS=44901547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	44976538	rs17727484	A	G	4106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=47;PP=1889;SC=GAGACTCCCTATGAATTCCAC;SOR=0.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=43;TCR=47;TR=90;WE=44976546;WS=44976528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	44977039	rs57946353	A	G	6251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=4.300;NF=74;NR=76;PP=2759;ReadPosRankSum=-0.836;SC=GGGAGAAACCATACAAATGCA;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=74;TCR=77;TR=150;WE=44977047;WS=44977029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,245:0.99:247
chr19	44977240	rs1897823	A	G	6584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=80;NR=71;PP=2895;SC=GACTTCAGTCAGAATTCAGAT;SOR=0.792;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=81;TCR=71;TR=151;WE=44977248;WS=44977230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	44981318	rs954313	G	A	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=27;PP=1139;SC=GCTTCTCTCCGGTATGTGTTC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=44981326;WS=44981308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	44981525	rs2020083	G	A	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=38;PP=1664;SC=GCGAGCTCCGGCTGAAGGATT;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=88;WE=44981533;WS=44981515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	44981883	rs1897820	C	G	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=20;PP=896;SC=AAATCCATAGCATTTATCTTT;SOR=0.724;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=23;TCR=20;TR=43;WE=44981891;WS=44981873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	44983567	rs2253563	C	G	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=28;PP=1072;SC=GAGCAGGGTTCCAAGTACCCT;SOR=0.717;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=44983575;WS=44983557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	44983728	rs35167767	TG	T	613.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=395;SC=ATTGGTGACCTGGGGAGTTGT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=11;WE=44983736;WS=44983718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	45001232	rs2571109	C	T	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	45001346	rs2571108	G	A	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	45010116	rs1434577	G	T	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=270;SC=AGATGACAGAGAATGACTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=45010124;WS=45010106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	45016990	rs5828200	CT	C	4925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=33;PP=2372;SC=GACTGGGGTCCTTCTGTTGTT;SOR=1.016;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=25;TCR=33;TR=58;WE=45016998;WS=45016980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	45017477	rs10706694	TA	T	3267.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.00;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	45017496	rs1235376	G	T	2837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.04;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	45033379	rs71940010	GCA	G	432.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=1.624;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.297;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,28:0.33:84
chr19	45138648	.	TTCTC	T	724	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=3;NR=3;PP=724;QD=121.166666667;SC=ATGATTCTTATTCTCTCTCTC;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=45138659;WS=45138638;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	45138669	rs60475615	TC	T	881.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=31.49;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	45138671	rs370451038	TCTC	T	307.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.52;ReadPosRankSum=-1.666;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,12:0.80:15
chr19	45147340	rs11540084	G	T	1195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=8;PP=702;SC=CAGAGCGAGCGGGCGCCGGGA;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=33;WE=45147348;WS=45147330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	45147518	rs5828211	C	CA	6425.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=12;NR=40;PP=2473;SC=GTCTGGCTCCCGCTCCGCATC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=12;TCR=40;TR=52;WE=45147526;WS=45147508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr19	45147542	rs439446	T	C	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=39;PP=1041;SC=GCCGGGTACTTGCCCCCTTGG;SOR=1.085;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=45147550;WS=45147532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	45147576	rs5828212	CG	C	2253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=30;PP=1436;SC=ACGGCCCCGCCGCGGCGCCAC;SOR=1.692;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=45147584;WS=45147566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	45157113	rs71171278	A	AG	13659.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=119;PP=2974;SC=AATCCCGCGTACCCCAGGCCC;SOR=0.770;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=185;TCF=61;TCR=124;TR=179;WE=45157121;WS=45157103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,351:1.00:351
chr19	45162038	rs203710	A	G	3138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=32;PP=1182;SC=ACTCAGGCATATCCCGTAACG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=45162046;WS=45162028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	45162189	rs35385129	C	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=24;PP=698;SC=CCAGAGCTGCCGTAATTGAGC;SOR=1.378;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=12;TCR=24;TR=36;WE=45162197;WS=45162179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	45202701	.	CT	C	425.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=3.647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.390;SOR=1.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,28:0.76:37
chr19	45203837	rs2919848	G	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=10;PP=374;SC=GCATGAGCCAGTGCACCCGGC;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=45203845;WS=45203827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr19	45251156	rs2965169	A	C	329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.48;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr19	45349963	rs2306149	C	A	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=52;PP=1250;SC=CCGCCCACCCCCGGCTCCCCG;SOR=3.398;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=9;TCR=53;TR=53;WE=45349971;WS=45349940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	45430280	rs5112	C	G	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=15;NR=15;PP=527;SC=TTCTGTCGATCGTCTTGGAAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=15;TCR=15;TR=30;WE=45430288;WS=45430270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	45448036	rs1132899	T	C	1475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=15;PP=579;SC=GAAGGAACCCTGAGCCCCCCA;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=37;WE=45448044;WS=45448026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	45448465	rs5167	T	G	11021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=444;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=110;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CTGGGTCCGCTCACCAAGGCC;SOR=0.231;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=223;TCF=112;TCR=111;TR=222;WE=45448473;WS=45448455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,438:1.00:439
chr19	45451620	rs5120	T	A	1722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=11;PP=1044;SC=GACACCGAGCTCACACAGAGC;SOR=2.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=39;TCR=11;TR=49;WE=45451628;WS=45451610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	45452335	rs4803776	T	C	1038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=18;PP=789;SC=GGAGTCCAGGTCCCCAGACCC;SOR=0.859;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=38;TCF=18;TCR=20;TR=36;WE=45452343;WS=45452325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	45458146	rs3760629	A	C	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=232;SC=AGGGGTCAGAAGACAAGGGTG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=45458154;WS=45458138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	45458925	rs7252480	C	T	221.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=5;PP=110;SC=GGGTCGGTTCCCCTGCACGCT;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=45458933;WS=45458915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	45465363	rs35566032	GA	G	2855.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=50;PP=1328;SC=TTTGTTCACCGAAAACATTCA;SOR=1.145;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=54;TCF=3;TCR=51;TR=52;WE=45465375;WS=45465353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	45476422	rs204481	T	C	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=72;PP=2337;SC=CCGGAGGAGCTCCACGCGTCG;SOR=1.068;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=40;TCR=72;TR=112;WE=45476430;WS=45476412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	45477910	rs11318909	CT	C	1962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.57;NF=0;NR=51;PP=1921;SC=ACTGAAGGACCTTTTCCTCCA;SOR=3.007;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=55;TCF=0;TCR=55;TR=51;WE=45477918;WS=45477900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	45488434	rs204472	A	G	1626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=22;PP=969;SC=TGCAGGTGCCAGCAGGTCTCA;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=45488442;WS=45488424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	45488567	rs204471	T	C	3130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=36;PP=1067;SC=TCAAGGTAAATGGGCAGGGTT;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=45488575;WS=45488557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	45489548	rs58800134	A	AG	1693.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=10;PP=1327;SC=GCTTGAGCCCAGAATTCGAGA;SOR=1.659;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=45489556;WS=45489538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	45490570	rs3786505	A	G	10203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=152;PP=2965;SC=CCTTCTGCCCACTCTCGCTTT;SOR=0.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=265;TCF=113;TCR=152;TR=265;WE=45490578;WS=45490560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,391:1.00:391
chr19	45494247	rs11405080	A	AC	5809.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.194;NF=6;NR=83;PP=2548;ReadPosRankSum=-0.990;SC=GTCTCCAGGTACCACGTATCC;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=6;TCR=84;TR=89;WE=45494256;WS=45494237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,223:0.99:225
chr19	45494349	rs11333249	TC	T	1455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=29;PP=1454;SC=CATAACTGCTTCCCTGGGCGA;SOR=1.556;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=38;WE=45494357;WS=45494339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	45495668	rs2075618	G	C	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=41;PP=1332;SC=GGTGAGGCCCGGTGGGCAGGT;SOR=0.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=35;TCR=41;TR=76;WE=45495690;WS=45495658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	45495682	rs2075619	A	G	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=39;PP=1507;SC=GGCAGGTGGGAGCTCCCACCG;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=33;TCR=40;TR=71;WE=45495690;WS=45495658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	45496303	rs9193	T	C	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=35;PP=1046;SC=CAGCGTGTGATGTAGGGGCCG;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=58;WE=45496311;WS=45496293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	45506732	rs145291152	CAAA	C	100	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	45506772	rs7251460	T	A	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	45528799	rs2288918	T	C	3744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=47;NR=53;PP=2233;SC=CCCTTCCCCGTTCCCCTGTAC;SOR=0.886;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=100;TCF=47;TCR=53;TR=100;WE=45528807;WS=45528789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	45532009	rs12609547	G	T	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=597;SC=GTTCCATGAGGATCAGATGCC;SOR=3.690;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=24;WE=45532017;WS=45531999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	45535672	rs147163954	CA	C	644.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.766;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.43;ReadPosRankSum=0.070;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr19	45536061	rs34293391	T	C	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=6;PP=166;SC=GTCTTTGGCCTTGGGGAGACC;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=45536069;WS=45536051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	45540541	.	GA	G	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.57;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr19	45561063	rs4803794	A	G	4809.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=42;PP=1460;SC=CACGGTGGCCAAGGTAGAGAA;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=43;TCR=43;TR=85;WE=45561071;WS=45561053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	45567648	rs140157080	C	G	2353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=30;PP=1188;SC=TCGAGGACCTCCAGCTCCCGC;SOR=0.812;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=22;TCR=31;TR=52;WE=45567656;WS=45567638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	45644720	rs66519628	AGGAAGAGGCAGCTCAGGCTCCC	A	9533.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=93;PP=2925;SC=CTCGGCTTCCAGGAAGAGGCA;SOR=1.643;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=100;TCF=6;TCR=94;TR=98;WE=45644749;WS=45644710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	45649386	rs968445	A	G	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=42;PP=1660;SC=CCTGTTGTGGACCTCAGTTTC;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=46;TCR=43;TR=88;WE=45649394;WS=45649376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	45649503	rs112250728	T	TGTAA	2883.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=32;PP=2360;SC=TGGGGGGGCATGTAAGGTGTG;SOR=0.854;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=41;WE=45649511;WS=45649493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	45662459	rs8109620	G	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=328;SC=GGGGGCCAGAGTATTCTTGGG;SOR=2.179;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=45662467;WS=45662449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	45668621	.	C	T	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=4;NR=14;PP=330;SC=GGGCAGGCCTCTAGGGTGCTG;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=45668629;WS=45668611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	45681560	rs7254936	T	C	6793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=122;PP=2965;SC=TCTTGCGTCATGGCGCGAGCC;SOR=1.111;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=198;TCF=76;TCR=122;TR=198;WE=45681568;WS=45681550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr19	45716678	rs346740	G	C	2597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	45766729	rs7255933	G	A	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=33;PP=866;SC=ACCAGGCGCAGTGGCTCACTC;SOR=2.170;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=41;WE=45766737;WS=45766719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	45781081	rs3046865	TTG	T	276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=0.126;QD=21.29;ReadPosRankSum=-0.674;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr19	45801018	rs173179	T	C	5298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=64;PP=2193;SC=GCCTGGCACGTGGTTCCACCA;SOR=0.713;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=143;TCF=61;TCR=82;TR=125;WE=45801026;WS=45801008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	45801579	rs139000043	GGGTCTGTGCGT	G	1902.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=26;PP=2938;SC=GTGGATGTGAGGGTCTGTGCG;SOR=3.816;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=28;WE=45801597;WS=45801569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	45810035	rs4884	A	G	8497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=78;PP=2965;SC=TCATGTCGTCAATGGACTGGC;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=164;TCF=85;TCR=79;TR=162;WE=45810043;WS=45810025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr19	45815248	rs10402747	T	C	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=23;PP=641;SC=GCCCAGGGTTTCCCCTGCTGC;SOR=1.828;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=28;WE=45815256;WS=45815238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	45818628	rs377993	A	G	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=8;PP=453;SC=CCCTACTTTGAAAAGCGGGGG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=45818636;WS=45818618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	45818835	rs1133190	A	G	4274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=49;PP=2013;SC=GCACGTAGTTAGGGTCCAGGT;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=104;WE=45818843;WS=45818825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	45820927	rs12976956	G	A	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=14;PP=1152;SC=TGATACGCTCGCCTCAGCCTC;SOR=1.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=44;TCR=14;TR=58;WE=45820935;WS=45820917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	45849690	rs12979984	G	C	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=9;PP=329;SC=AGAATCTGGGGGTGTCGTGCA;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=45849698;WS=45849680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	45849751	rs9749477	C	T	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=15;PP=668;SC=GGTCAGGGGCCGTCTGGCAGG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=19;TCR=15;TR=34;WE=45849759;WS=45849741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	45849909	rs9749618	A	G	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=21;PP=1062;SC=TGCGGGAGGAACTGGAGGAGA;SOR=0.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=45849917;WS=45849899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	45852954	rs144670186	T	TGGGGTG	32.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=12;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=62.28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=3;PP=378;ReadPosRankSum=0.319;SC=AACGTGAGGGTGGGGGGGGGC;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=45852962;WS=45852944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chr19	45853517	rs61513187	CA	C	294.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.695;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.611;SOR=1.150;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,23:0.72:32
chr19	45854503	rs143201119	CCCTCA	C	7493.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=35;PP=2975;SC=TAACACTTGCCCCTCACCTCC;SOR=1.206;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=33;TCR=39;TR=66;WE=45854515;WS=45854493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	45854919	rs13181	T	G	5769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=57;PP=2289;SC=TCTATCCTCTTCAGCGTCTCC;SOR=0.739;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=125;TCF=66;TCR=59;TR=122;WE=45854927;WS=45854909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	45855060	rs1799790	C	G	1144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=32;PP=925;SC=CAACCACCCCCCCGAATGGCC;SOR=2.891;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=38;WE=45855068;WS=45855050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	45855524	rs1052555	G	A	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.951;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	45856144	rs1799787	G	A	970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=16;PP=468;SC=AGCCTCACGCGACCCAGGATG;SOR=0.859;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=26;WE=45856152;WS=45856134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	45856468	rs238417	G	C	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=41;NR=40;PP=1703;SC=CCACCTCCCCGACCCCTCTCC;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=81;WE=45856476;WS=45856458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	45865002	rs171140	C	A	9045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.506;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=120;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=1.012;SC=GTCTCCCCAGCCAATGAGCAC;SOR=0.592;SbPval=0.56;Source=Platypus;TCF=120;TR=202;WE=45865010;WS=45864992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,342:1.00:343
chr19	45865217	rs238403	T	C	1402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=38;PP=878;SC=TTTGTTCAGATGGAGTCTTGC;SOR=2.387;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=47;WE=45865225;WS=45865207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chr19	45868006	rs238405	A	T	1055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=6;PP=627;SC=GACTCACAGCAAGCAACAGAC;SOR=2.179;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=31;WE=45868014;WS=45867996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	45868038	rs1799786	G	A	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
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chr19	45868478	rs238407	T	A	2881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=48;PP=1581;SC=CTTCAAACCCTGGTCTCCACA;SOR=1.279;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=72;WE=45868486;WS=45868468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	45872036	rs1799783	C	T	1049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=13;PP=820;SC=GGAGCTTGTGCTCATTGGAGG;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=45872044;WS=45872026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	45883554	rs34004521	C	T	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=26;PP=767;SC=AAATCCGCTGCCTGTCTCTAT;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=45883562;WS=45883544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	45971961	rs2282695	C	G	1817.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.56;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	45972039	rs2282696	A	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=8.682;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=432;ReadPosRankSum=1.829;SC=AAAAGAATAAACCCCAACCCC;SOR=1.314;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=20;WE=45972047;WS=45972029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr19	45974593	rs2276469	T	C	1141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=19;PP=496;SC=AGAGGGGATGTTGAGGGGAGC;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=45974601;WS=45974583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	45998346	rs2298887	C	A	1902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=35;PP=1026;SC=TGCTCCCCACCACTTACCTTC;SOR=1.418;Source=Platypus;TCF=16;TR=51;WE=45998354;WS=45998336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	46002583	rs143040880	C	A	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=38;PP=1301;SC=TGGTGCTGCCCTGGCGGGACT;SOR=0.820;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=46002591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	46002766	rs45440199	G	T	3141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	46003399	rs147723657	C	CT	253.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=4.803;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.42;MQRankSum=0.548;QD=14.93;ReadPosRankSum=1.890;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,15:0.88:17
chr19	46003601	rs2156916	C	T	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=3;PP=305;SC=CGATGTTGTCCAGGCTGGTCT;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=46003609;WS=46003596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	46005593	rs5027739	C	A	33.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.99;QD=16.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr19	46027681	.	C	CA	91.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.204;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQRankSum=1.373;QD=2.70;ReadPosRankSum=-1.053;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr19	46027752	rs4802260	C	T	4260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=42;PP=2377;SC=CTCAATGTGACCCCTGGAATA;SOR=1.186;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=123;TCF=80;TCR=43;TR=121;WE=46027760;WS=46027742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	46057081	rs3826860	A	G	7263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=91;NR=65;PP=2850;SC=CGCCCAGCTCAGCTGCCGCCT;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=91;TCR=66;TR=156;WE=46057089;WS=46057071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr19	46125008	.	CTT	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.551;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.16;ReadPosRankSum=0.718;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr19	46204938	rs4803847	C	T	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=29;PP=1536;SC=CTGGCATTCACTCTTGTTGGG;SOR=1.390;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=57;TCR=29;TR=86;WE=46204946;WS=46204928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	46205050	rs4803848	T	C	9058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=86;NR=93;PP=2965;SC=TCGCCCCCACTTCCAGAGAAG;SOR=0.753;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=179;TCF=86;TCR=93;TR=179;WE=46205058;WS=46205040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr19	46206098	rs62111730	G	A	4831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=106;NR=39;PP=2958;SC=CTAGAGGTTGGGCTTGGGCTC;SOR=1.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=107;TCR=40;TR=145;WE=46206106;WS=46206088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr19	46206262	rs17850756	G	A	14914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=591;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=155;NR=184;PP=2965;SC=TACACAACTTGTGCCGCATTC;SOR=0.764;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=341;TCF=155;TCR=186;TR=339;WE=46206270;WS=46206252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,584:1.00:584
chr19	46262286	rs725660	C	A	8975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=96;NR=119;PP=2965;SC=GAGTACCTGACCCAAGGTGAG;SOR=0.857;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=215;TCF=96;TCR=119;TR=215;WE=46262294;WS=46262276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr19	46268902	rs2341097	C	T	5130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=65;PP=2175;SC=AGCCTCAGCACGGTGTGGGGG;SOR=0.765;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=124;WE=46268910;WS=46268892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	46269313	rs2014377	G	C	1838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=33;PP=812;SC=CCCTGCTGCAGGGCCACACCC;SOR=0.934;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=24;TCR=33;TR=57;WE=46269321;WS=46269303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	46282890	rs2070737	A	T	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=18;PP=563;SC=CCCACCTGCCACACCACGCCC;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=22;WE=46282898;WS=46282880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	46285362	.	G	GC	429	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=7;HapScore=2;MGOF=19;MMLQ=22;MQ=58.34;NF=2;NR=9;PP=429;QD=40.9090909091;SC=CTGCCATCCTGCCCCCCCAAC;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=11;WE=46285370;WS=46285352;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,11:0.69:16
chr19	46288706	rs3760843	A	T	188.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=138;SC=GAGGTCTTGTACTGAGACACT;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=46288714;WS=46288696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	46289392	rs8110017	G	C	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.00;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	46289503	rs8109951	C	T	5208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=46;PP=1840;SC=GTGGAGAGAGCGGGGCGCCCC;SOR=0.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=60;TCR=47;TR=106;WE=46289511;WS=46289493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	46294136	rs72626215	G	A	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=314;SC=AGGCAGAGAAGTTGGGGGCTC;SOR=1.931;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=46294144;WS=46294126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	46313825	rs10407137	A	T	3966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=39;PP=1784;SC=GCCCCCACTGACCCTGATGCC;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=101;TCF=62;TCR=39;TR=101;WE=46313833;WS=46313815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	46318963	rs3810331	C	A	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=11;PP=794;SC=CTCCTGGTGACCGGGGAAGGA;SOR=1.098;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=26;TCR=11;TR=37;WE=46318971;WS=46318953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	46319415	rs1132645	G	C	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=21;PP=451;SC=CTGGGGCCGGGGCCAAGGTCA;SOR=1.666;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=27;WE=46319423;WS=46319405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	46320041	rs74821481	G	T	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=948;ReadPosRankSum=1.502;SC=GGTACCTGGTGGGGGGAAGGG;SOR=0.283;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=44;WE=46320049;WS=46320031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr19	46326200	rs12976060	A	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.005;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	46327166	rs11671524	G	A	2105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=23;PP=700;SC=CCAGACCCAGGGTGAGAGCTT;SOR=1.314;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=34;WE=46327174;WS=46327156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	46327185	rs7252416	G	C	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=18;PP=510;SC=TTAGGGGAGGGTCAGGTGTTG;SOR=1.075;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=27;WE=46327193;WS=46327175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	46327209	rs11284049	CT	C	621.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=550;SC=GGCAGGGTGGCTTGCGGGGCA;SOR=1.863;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=46327217;WS=46327199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	46329438	rs7246155	G	A	730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=4;PP=493;SC=GGCCCAGAGCGCGGACACAGC;SOR=2.387;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=46329446;WS=46329428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	46329781	rs28362500	GT	G	1173.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=20;PP=902;SC=CTGGTCCCCAGTGCAGGAGGC;SOR=2.019;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=21;WE=46329789;WS=46329771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	46331302	rs4239535	C	G	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=21;PP=550;SC=CAAGCCCCTGCTTATAAAGCT;SOR=2.226;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=46331310;WS=46331292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	46332194	rs3745929	C	T	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=11;PP=676;SC=GGAAGCCTCTCGGGGACAGGA;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=46332202;WS=46332184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	46333632	rs4516331	G	A	988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=28;PP=798;SC=GTGGGTAAGAGGAAGGAAGAG;SOR=3.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=4;TCR=28;TR=32;WE=46333640;WS=46333622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	46334955	rs4803866	C	T	1266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=639;SC=CACAAAACCTCGTTTAAATCC;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=46334963;WS=46334945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	46338492	rs7256192	G	A	1331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	46367901	rs1363538	T	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=11;PP=223;SC=CTTGGGCAGCTGAGGAACTGG;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=46367909;WS=46367891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	46443739	rs28742045	T	G	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=25;PP=986;SC=AGCCGTAACTTGCCAGCGTGT;SOR=0.781;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=56;WE=46443747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	46443886	rs1047061	C	A	1284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=16;PP=907;SC=CCGCGGCTGGCAGCACATCCG;SOR=0.990;Source=Platypus;TCF=21;TR=37;WE=46443894;WS=46443876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	46476650	.	TGCG	T	51	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=51;QD=21.0;SC=CTGCGGCGGCTGCGGCGGCGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=3;WE=46476660;WS=46476640;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,3:0.25:12
chr19	46498353	rs892217	C	G	2378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	46498827	rs746401	G	A	596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.78;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	46498835	rs55951953	C	T	536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	46511548	rs2287305	T	C	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.01;SOR=0.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	46511617	rs9676886	C	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.52;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	46520026	rs2287306	A	G	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=53;PP=1704;SC=CGCCAGACCCAGCCCCCTGCT;SOR=0.944;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=36;TCR=54;TR=89;WE=46520034;WS=46520016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	46520728	rs11669048	G	C	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=7;PP=187;SC=GGCAATTGTAGCTCACGGCAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=46520736;WS=46520718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	46627592	rs2287307	G	A	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=61;PP=1956;SC=AGGGAGAAAGGAAAAAGGTTG;SOR=1.262;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=94;WE=46627600;WS=46627582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	46640551	rs1990765	C	A	8647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=115;NR=97;PP=2965;SC=ACACCACATGCAATATTATCT;SOR=0.775;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=213;TCF=116;TCR=97;TR=212;WE=46640559;WS=46640541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr19	46652396	rs138711585	TCTCTCTCTCTCC	T	848.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=853;SC=TGGGCAACCATCTCTCTCTCT;SOR=1.508;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=13;WE=46652416;WS=46652386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	46664400	rs10408162	A	G	3686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=44;NR=35;PP=1440;SC=ACATAGGCTAAGGTAATATGT;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=46664408;WS=46664390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	46733912	rs2286802	A	G	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.27;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	46733916	rs2286803	G	A	1991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.30;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	46734255	rs2286804	A	C	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=7;PP=113;SC=CCCACCCTGCAGCTGCCCTGA;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=46734263;WS=46734245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	46801756	rs191346441	G	A	6770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=70;PP=2862;SC=TTCAGCCAACGGGGGCCTGGG;SOR=0.823;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=149;TCF=78;TCR=71;TR=148;WE=46801764;WS=46801746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	46811857	rs73059757	C	T	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=4;PP=167;SC=GCCAGGGTGCCGGAGGGCACT;SOR=1.085;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=46811865;WS=46811847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	46811984	rs2311054	A	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=10;NR=11;PP=341;SC=TGAAGAGTACACTCACCAGCC;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=46811992;WS=46811974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	46812126	rs757638	A	G	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=14;PP=423;SC=GGCATCTCCTAGGCTGGGGAC;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=46812134;WS=46812116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	46815297	rs8101216	T	C	7287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=59;PP=2965;SC=TTCTCTCGGTTACAATCCTTC;SOR=1.124;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=106;TCR=59;TR=164;WE=46815307;WS=46815287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr19	46815499	rs8101480	T	C	13636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=542;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=150;NR=176;PP=2965;SC=TGGACTCCGATGCGGTCAGCA;SOR=0.788;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=327;TCF=151;TCR=176;TR=326;WE=46815507;WS=46815489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,528:1.00:528
chr19	46815705	rs3752207	A	C	13624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=554;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=176;PP=2965;SC=GTCCCCAGATATTTCTCTCCC;SOR=1.141;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=293;TCF=113;TCR=180;TR=281;WE=46815713;WS=46815695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,544:1.00:544
chr19	46815969	rs146459631	G	GGTGTGTGT,GGTGTGT,GGTGTGTGTGT	575.73	.	AC=2,0,0;AF=1.00,0.00,0.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=1,1;NR=10,10;PP=146,148;SC=TGTGTGGACAGGTGTGTGTGT;SOR=1.402;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=11,11;WE=46815977;WS=46815959;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:16
chr19	46857257	rs41275764	G	A	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=36;PP=1037;SC=GTGAGCTGGGGAGTGGGCCAG;SOR=1.578;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=46857265;WS=46857247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	46878989	rs4239538	G	A	3043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=56;PP=1454;SC=TGGTGGACTCGCTGGACATCG;SOR=1.278;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=29;TCR=56;TR=85;WE=46878997;WS=46878979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	46887007	rs1024781	G	C	5929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=82;NR=54;PP=2628;SC=CTCTCGGCCCGTCCCTCTCCG;SOR=0.872;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=137;TCF=82;TCR=55;TR=136;WE=46887015;WS=46886997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	46887199	rs4803937	A	G	1801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=48;PP=1343;ReadPosRankSum=-0.756;SC=TCAGGTCTGCACAGAGTGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=9;TCR=49;TR=57;WE=46887207;WS=46887189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr19	46892111	rs759290	C	T	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.06;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	46892118	rs3815505	C	G	1064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.59;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	46892168	rs8106745	T	C	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=197;SC=AGCCTGTGAGTGCTGACCAGC;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=46892176;WS=46892158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	46893238	rs759291	A	C	9127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,352:1.00:352
chr19	46893465	rs2311213	A	G	3669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=63;PP=2140;SC=GGTAAGGGGCAGGGGTAGGTT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=43;TCR=63;TR=106;WE=46893473;WS=46893455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr19	46915841	.	G	A	682.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=6.997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=1.968;SOR=1.467;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,38:0.35:110
chr19	46972967	rs2288916	G	C	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=1;PP=607;SC=CACGAGCCCAGTCACTTCTGC;SOR=3.193;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=46972975;WS=46972957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	46974307	rs3826852	C	T	4510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=72;PP=2183;SC=CGGCTCTGAACCTACTATGTG;SOR=1.088;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=41;TCR=72;TR=113;WE=46974315;WS=46974297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	47030432	rs3745795	T	C	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=49;PP=1312;SC=GAAGTCAGGCTGCCCGGGCAC;SOR=1.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=17;TCR=49;TR=66;WE=47030440;WS=47030422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	47105585	rs35630463	A	AT	1620.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=1005;SC=GAAAGACAGAATTTTTTTAAC;SOR=0.990;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=31;WE=47105612;WS=47105575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	47105716	rs73056645	G	T	226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=15;PP=319;SC=TGGCAGTCAGGGGGGCCTAGG;SOR=1.085;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=19;WE=47105724;WS=47105706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	47109011	rs3729510	T	C	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=11;PP=905;SC=GGGCCGAGGGTCTGGGCTGAG;SOR=1.747;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=31;TCR=12;TR=42;WE=47109019;WS=47109001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	47111663	rs3729760	T	C	5662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=75;NR=62;PP=2751;SC=AGGGAGCCTCTCTCAGGGTGA;SOR=0.817;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=75;TCR=62;TR=137;WE=47111671;WS=47111653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	47112648	rs10113	T	C	10827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.30;SOR=0.989;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr19	47112740	rs710889	C	T	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=68;PP=1908;SC=TGGCTCTCCTCCATTTTGGTT;SOR=2.694;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=16;TCR=68;TR=84;WE=47112748;WS=47112730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	47124714	rs2229129	T	G	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=49;PP=1805;ReadPosRankSum=1.784;SC=CCCTCCTCCCTGAGGCGAGCT;SOR=0.262;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=43;TCR=49;TR=92;WE=47124722;WS=47124704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,132:0.99:133
chr19	47126614	rs12459883	C	G	1706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=14;PP=584;SC=CACGATGTCTCACCTCTTTTG;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=47126622;WS=47126604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	47127324	rs2229128	C	G	2520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=36;PP=1262;SC=CCAGTCCGGTCACCAGCACCG;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=47127332;WS=47127314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	47153145	rs375074031	CA	C	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.766;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr19	47177913	rs314665	A	G	10857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=435;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=126;NR=109;PP=2965;SC=CTCCCAGCGCACGTCGTCACT;SOR=0.760;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=235;TCF=126;TCR=109;TR=235;WE=47177921;WS=47177903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,432:1.00:432
chr19	47193850	rs314671	T	C	1856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=15;PP=946;SC=GGCGGCCTGGTGGTTACCTGC;SOR=1.284;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=47193858;WS=47193840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chr19	47217113	rs12461666	C	T	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=9;PP=567;SC=CGGCCACCACCTCTCACCCGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=20;WE=47217121;WS=47217103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	47228985	rs313844	G	C	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=8;PP=183;SC=GGGCTTGAGGGCCCCTGTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=47228993;WS=47228975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	47241599	rs56374620	C	T	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.376;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=31;PP=827;ReadPosRankSum=1.331;SC=AGGGCCTCCCCCAGCTCGTCT;SOR=1.232;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=43;WE=47241607;WS=47241589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,62:0.98:63
chr19	47249296	rs12984041	G	C	177.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	47249707	rs1693994	T	C	160.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.97;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	47258674	rs3201779	C	T	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=5;PP=740;SC=CCCAGGATGCCCCGGAGGCCC;SOR=2.712;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=47258682;WS=47258664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	47278859	rs3027961	C	G	5854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=71;PP=2596;SC=TCAGTGGGGACTGGCAGCGGA;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=65;TCR=71;TR=136;WE=47278867;WS=47278849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr19	47280789	rs313835	C	T	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=15;PP=390;SC=CCACCCCACCCAGTGGATCCC;SOR=3.611;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=17;WE=47280797;WS=47280779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	47282240	rs3745609	A	G	4643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=98;PP=2965;SC=TCAGCACCCTACCCACATCTT;SOR=1.908;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=36;TCR=98;TR=133;WE=47282248;WS=47282230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	47287939	rs313853	T	C	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=15;PP=415;SC=TGCACGCAAATACAGCCCCTA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=47287947;WS=47287929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	47543774	rs3745615	G	A	4647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=63;PP=2095;SC=TCCACGGACAGGACGCCACGA;SOR=1.101;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=35;TCR=63;TR=98;WE=47543782;WS=47543764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	47548327	rs10423289	A	T	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.71;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	47548678	rs889169	G	A	2472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=48;PP=1433;SC=GGGGCCTGGCGCCTCCCGGGG;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=47548686;WS=47548668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	47549155	rs889170	AT	GC	6562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=35;PP=2947;SC=ACACGAACCAATACTCTGCAT;SOR=0.934;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=47;TCR=36;TR=82;WE=47549164;WS=47549145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	47549791	rs1862499	A	G	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=1.498;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	47584699	rs3745619	C	T	587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=2;PP=370;SC=AGGCAGGCCACAGCACTGAGG;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=47584707;WS=47584689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	47585517	rs7250850	G	C	4796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=55;PP=1893;SC=GCTTCTTTGGGAGTTCGATGT;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=52;TCR=55;TR=105;WE=47585525;WS=47585507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	47585698	rs7251104	G	C	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=426;SC=GAAGACAGGTGTAGGAAGGGC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=47585706;WS=47585688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	47587772	rs2303107	G	A	2723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=48;PP=1458;SC=AGATGGGATCGGGGTTAATAA;SOR=1.306;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=24;TCR=49;TR=72;WE=47587780;WS=47587762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	47588202	rs7248181	G	T	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=10;PP=1066;SC=CAGCCCTTTGGGGGGTGGCTG;SOR=2.437;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=39;TCR=10;TR=49;WE=47588210;WS=47588192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	47588325	rs2287842	G	A	9563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=121;NR=96;PP=2965;SC=CCATGTCCTCGTCATAGAAGT;SOR=0.831;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=121;TCR=96;TR=217;WE=47588333;WS=47588315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr19	47597102	rs10408163	T	C	752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=3;PP=586;SC=GGGGATTAAATTAATACCTGA;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=47597110;WS=47597099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	47634313	rs177918	T	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=18;PP=498;SC=TTGAGGCCGCTAGGGTCTGGA;SOR=2.376;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=47634321;WS=47634303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	47761646	rs12985905	G	C	3373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=36;PP=1381;SC=TTGGCTCCACGCAGCCAGCGA;SOR=0.836;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=43;TCR=37;TR=79;WE=47761654;WS=47761636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	47763525	.	C	T	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=31;PP=1669;SC=TCTGGGAGTCCGTCTGGCAGA;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=89;WE=47763533;WS=47763515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	47774713	rs140335499	C	T	3254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=38;PP=1447;SC=CTGCCCCCACCGGGATCCCCT;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=76;WE=47774721;WS=47774703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	47778054	rs34227852	G	GC	149.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.97;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	47778101	rs35912982	T	TC	409.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=662;SC=AGCGGGGCGGTCTGCGGGGTG;SOR=5.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=14;WE=47778109;WS=47778091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	47823038	rs4467185	G	A	5729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=44;PP=2357;SC=TTCCCCTTAGGACTCCTTCAA;SOR=1.011;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=119;WE=47823046;WS=47823028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	47823484	rs4804049	T	C	7410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=101;PP=2965;SC=TCCGAGGGGCTGGCTTGGCCT;SOR=0.896;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=77;TCR=102;TR=177;WE=47823492;WS=47823474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr19	47823871	rs11880097	G	T	7398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=77;PP=2965;SC=TGCTGCTGAAGAAGCTGGACT;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=90;TCR=77;TR=167;WE=47823879;WS=47823861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr19	47885180	rs889167	A	G	4077.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=36;PP=1968;SC=ATTTGGGTGCAGGTAGACCTG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=109;WE=47885188;WS=47885170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	47916598	rs11673488	C	T	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=2;PP=81;SC=TGCAGTGAGCCGAGATCGTGC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=47916606;WS=47916588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	47922426	rs62130535	G	A	109.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=4;PP=72;SC=CTGACGGCCCGCGGTGTTGAC;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=47922434;WS=47922416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	47933190	rs142312177	A	AG	692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=5;PP=618;SC=GACACAGAACAGGGCAATCAA;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=47933198;WS=47933180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	47933728	rs8104926	A	G	1683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=31;PP=857;SC=CGTGTCTGCGAGGCAGAGACA;SOR=1.306;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=47933736;WS=47933718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	47935352	rs4801722	T	C	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=38;PP=1762;SC=CACCTCATTTTGGCAGGATCC;SOR=1.037;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=59;TCR=38;TR=97;WE=47935360;WS=47935342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	47944710	rs2254560	T	C	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=14;PP=492;SC=GTGCAGGGGGTAAGGGGGAGG;SOR=0.850;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=47944718;WS=47944700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	47969394	rs12459087	G	A	10770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=419;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=119;NR=105;PP=2965;SC=AACGGTCGGCGATGATGGACA;SOR=0.768;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=119;TCR=105;TR=224;WE=47969402;WS=47969384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr19	47995856	.	A	T	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=206;SC=GTGGATGAGGACCATCGGGCC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=47995864;WS=47995846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	48043699	.	C	CT	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.21;ReadPosRankSum=1.453;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chr19	48182508	rs2914439	G	A	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=22;PP=1177;SC=CATTCTTTGCGGCAGCTGTGG;SOR=1.329;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=42;TCR=22;TR=64;WE=48182516;WS=48182498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	48182568	rs2911005	C	T	4686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	48182946	rs2911006	T	C	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=22;PP=954;SC=AGGGCCCGCCTACCGTGCTGA;SOR=0.722;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=48182954;WS=48182936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	48183114	rs2914438	A	G	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=33;PP=1186;SC=CGGCGGCCACACTGGGCCTGG;SOR=0.772;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=63;WE=48183122;WS=48183104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	48184547	rs889337	G	A	6296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=68;PP=2623;SC=AGCAGGGCGGGGCAAGGGAGC;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=135;WE=48184555;WS=48184537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr19	48184642	rs58014830	TG	T	1668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=38;PP=926;SC=CTGTGGCAGCTGGGGGGGGAA;SOR=2.066;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=3;TCR=40;TR=41;WE=48184650;WS=48184632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	48185147	rs2303755	G	A	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.61;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	48197218	rs2914428	A	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=1;PP=396;SC=GAGGGAGGGAAGGGCAGCCGT;SOR=4.615;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=20;WE=48197226;WS=48197214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	48198557	rs2241614	G	A	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=14;PP=751;SC=TGGGGCTCCCGTTTGAGGAGG;SOR=1.382;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=42;WE=48198565;WS=48198547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	48198796	rs2241613	C	G	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=27;PP=833;SC=GGAACTGGGGCTGGCAGGGGC;SOR=1.201;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=48198804;WS=48198786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	48198817	rs2241612	T	A	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=51;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=21;PP=724;SC=AGGGAGACACTGGAAGACGCG;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=48198825;WS=48198807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	48198833	rs2241611	G	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=544;SC=ACGCGGACAGGATGAAGCTGG;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=48198841;WS=48198823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	48202125	rs7248050	C	G	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=45;PP=2255;SC=AGCCGCAGGTCCACGGTGCGC;SOR=0.916;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=59;TCR=45;TR=103;WE=48202133;WS=48202115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	48239557	rs11669035	T	G	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=14;PP=706;SC=GAGTGGGGCCTGCAGCCTGTG;SOR=1.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=26;TCR=14;TR=39;WE=48239565;WS=48239547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	48244045	rs34197064	C	CT	1477.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=8;PP=842;SC=CAGCTACCCCCGAGCTTCTCC;SOR=1.432;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=48244053;WS=48244035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	48244194	rs7255434	A	G	4092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=34;PP=1561;SC=CGAAGCTGCTAGAGGCACTGG;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=44;TCR=34;TR=78;WE=48244202;WS=48244184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	48244569	rs3745758	G	A	6405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=55;NR=83;PP=2814;SC=TGGATGATGAGGAGTTCGCGC;SOR=0.948;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=55;TCR=83;TR=138;WE=48244577;WS=48244559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	48244692	rs3833256	C	CG	1161.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=26;PP=1168;SC=CCGAGTGAGCCGGCCCCCCTC;SOR=3.258;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=28;TCF=1;TCR=27;TR=27;WE=48244700;WS=48244682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	48250320	rs2334293	G	C	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=25;PP=554;SC=GTGGAATGGCGGTTATTCATT;SOR=1.371;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=48250328;WS=48250310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	48250414	rs3745756	A	G	140.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=111;SC=GGTCAACCTTAATATAAACAA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=48250422;WS=48250404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	48253579	rs3745754	A	G	7725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=25.58;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,302:1.00:302
chr19	48253667	rs3786780	C	G	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=40;PP=1129;SC=GTTTGGGCTTCGGAGTGCAGA;SOR=2.194;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=10;TCR=40;TR=50;WE=48253675;WS=48253657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	48254392	rs10402957	T	C	2172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.972;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	48255804	rs1042558	A	G	5120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=37;PP=1813;SC=CGTCCCAGGCACCCGCCGTGG;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=69;TCR=37;TR=106;WE=48255812;WS=48255794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	48258551	rs10406879	T	C	1898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=11;PP=616;SC=AGAGAGAAGGTCTCCCTGTGT;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=48258559;WS=48258541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	48258578	rs10405135	A	G	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=14;PP=591;SC=CACCGGCCTGAGCCCTGACCC;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=36;WE=48258586;WS=48258568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	48258717	rs1804994	A	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=12;PP=341;SC=GCGCGGCGGCAGAGGCGGCGG;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=48258725;WS=48258707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	48258772	rs11083895	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=224;SC=GAAGGCTGGGGCGGCTCAAGT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=48258780;WS=48258762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	48258826	rs10411523	G	A	237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=4;PP=84;SC=GGAGGGGGCCGGGTCCCAGGT;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=48258834;WS=48258816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	48260079	rs889142	T	C	2311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=29;PP=1488;SC=CAGGGCCCCTTCCAGAGTGTG;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=48260087;WS=48260069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	48282077	rs111841672	C	CGCAGCGG	2939.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=26;PP=819;SC=TATTGGTAAGCCCAGCGGCCA;SOR=1.257;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=34;WE=48282085;WS=48282067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	48282172	rs1862485	T	C	1679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=16;NR=30;PP=831;SC=ATGGGAGCCCTTGTATGGGAA;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=46;WE=48282180;WS=48282162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	48284025	rs34362700	C	CG	2387.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=1191;SC=AGTGGATGCCCGGGGGGCATT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=38;WE=48284033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	48321645	.	C	CTCCA	1054.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=2;PP=579;SC=CCATCCATCCCTCCATCCATC;SOR=2.400;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=10;WE=48321653;WS=48321639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	48363390	rs200234544	C	A	55.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.53;MQRankSum=-1.282;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr19	48389425	rs11083907	A	G	6448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=71;NR=91;PP=2958;SC=CCCTTATCACAAACTCATCAC;SOR=0.889;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=71;TCR=92;TR=162;WE=48389433;WS=48389415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr19	48479854	rs10404937	C	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	48482733	rs35111956	A	AT	138.92	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.7339;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=89;ReadPosRankSum=-0.589;SC=AGAAAAAATGATTTTTTTTAC;SOR=0.859;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=5;WE=48482741;WS=48482723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr19	48482751	rs12608844	A	G	319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=5;PP=202;SC=TACTGGAAAAACATTACTGAT;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=48482759;WS=48482741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	48483015	rs77807801	T	A	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=102;SC=TCTGCTCTTTTTCAAAATGTA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=48483023;WS=48483005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	48525379	rs11671666	T	C	2534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=26;PP=948;SC=TCTACGACAGTGTGAAGCCTG;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=36;TCR=26;TR=62;WE=48525387;WS=48525369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	48543774	rs8102084	C	G	199.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=125;SC=TCTCCACCCCCAACTCTACTC;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=48543782;WS=48543770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	48543862	rs8105198	G	A	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.196;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	48544753	rs3745745	G	A	1860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=21;PP=909;SC=GAATTTATACGGAAATGCACA;SOR=0.898;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=28;TCR=21;TR=49;WE=48544761;WS=48544743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	48551546	rs9226	A	T	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.41;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	48558003	rs744399	A	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=432;SC=GAGGCCTCTCAATCCATGCTG;SOR=2.093;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=20;WE=48558011;WS=48557993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	48558342	rs3217328	TCTCCAGAAGACCC	T	190.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=1370;SC=TTGCAAGACCTCTCCAGAAGA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=4;WE=48558362;WS=48558332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	48581142	rs1019786	C	T	506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=309;SC=ATAGAAAATACAGATTACCTG;SOR=2.419;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=14;WE=48581150;WS=48581132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	48598916	rs156632	A	G	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=19;PP=610;SC=GGAATGTAGCAGGTATGCAGG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=48598924;WS=48598906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	48601350	rs251685	T	C	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=8;PP=539;SC=CACTCCGTGCTGTTCCATCCC;SOR=1.236;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=48601358;WS=48601340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	48601454	rs251684	T	C	3475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=25.56;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	48601528	rs251683	G	T	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=39;PP=1338;SC=TTTGGGAGAAGGTGCCAAGAC;SOR=0.853;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=67;WE=48601548;WS=48601518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	48601593	rs11432234	A	AT	662.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=19;PP=357;SC=CGTAGGCCACATTTTTTTTTA;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=19;WE=48601601;WS=48601583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	48613544	rs251696	C	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=0;PP=21;SC=CGGAGCTTGCCGTGAGCCGAG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=48613552;WS=48613534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	48613602	rs138934663	CA	C	107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=2;PP=66;SC=GATGCTGTCTCAAAAAAAAAT;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=48613610;WS=48613592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	48613788	rs138501838	T	TGCTCCGGAATCCGGTGCGGAGGCTTGG	633.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=1;PP=981;SC=GTGGAGCTTGTGCTCCGGAAT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=2;WE=48613796;WS=48613778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	48621036	rs13436	C	G	2993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=1.859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.82;ReadPosRankSum=1.254;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,138:0.68:202
chr19	48622427	rs20581	A	G	1580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=22;PP=822;ReadPosRankSum=-1.730;SC=CCAGCTCCTCATCACTGAAGC;SOR=0.728;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=58;WE=48622435;WS=48622417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,76:0.65:117
chr19	48622483	rs156647	A	G	2421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.769;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=40;PP=1099;ReadPosRankSum=1.436;SC=AGGCTCAGCCAGCCACAGGCC;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=79;WE=48622491;WS=48622473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,120:0.62:194
chr19	48624625	rs153023	C	T	1994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.688;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=46;PP=1097;ReadPosRankSum=-2.093;SC=GCGCCCAAGGCGGGGCCCTCA;SOR=0.913;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=131;TCF=49;TCR=82;TR=70;WE=48624633;WS=48624615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,94:0.54:173
chr19	48630700	rs61230848	GCC	G	1596.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.437;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=27;PP=1033;ReadPosRankSum=0.025;SC=TCTCCCTCTCGCCCCACCTAA;SOR=0.573;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=28;WE=48630709;WS=48630690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,41:0.60:68
chr19	48631408	rs156641	C	T	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.330;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=123;ReadPosRankSum=-0.911;SC=CAGGTGCACACAGATGCTTTT;SOR=0.191;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=9;WE=48631416;WS=48631398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr19	48634319	rs392891	T	A	2014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=18;PP=1022;ReadPosRankSum=-0.471;SC=TGCAAGTGTGTGGCAGACGCC;SOR=0.762;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=83;TCF=56;TCR=27;TR=58;WE=48634327;WS=48634309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,88:0.69:128
chr19	48636534	rs2288883	T	G	288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.328;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=224;ReadPosRankSum=-0.252;SC=CCCCCGGCCTTCCTTCCAGGT;SOR=2.303;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=12;WE=48636542;WS=48636524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,12:0.55:22
chr19	48639235	rs2288882	G	A	223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=6;PP=163;ReadPosRankSum=1.122;SC=GAAGAGGAGGGGGGAAGCCTG;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=8;WE=48639243;WS=48639225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr19	48639472	rs3730976	T	C	3674.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.711;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=57;PP=1278;ReadPosRankSum=1.540;SC=CCTTGATGTATGTAGACCCTC;SOR=0.488;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=151;TCF=67;TCR=84;TR=108;WE=48639480;WS=48639462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,181:0.69:264
chr19	48646732	rs3730938	A	G	237.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.290;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=155;ReadPosRankSum=-0.957;SC=AAGGCAGCACAGACCGCCATG;SOR=0.914;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=11;WE=48646740;WS=48646722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chr19	48646883	rs2288878	T	C	3618.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.692;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.513;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=44;PP=1610;ReadPosRankSum=1.035;SC=GACGCAAGAGTGACAGTGGTG;SOR=0.650;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=156;TCF=96;TCR=60;TR=107;WE=48646891;WS=48646873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,167:0.69:241
chr19	48646993	rs415465	C	T	7900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=95;PP=2965;SC=CCCAGGGCTGCCTCTCTGTCC;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=78;TCR=95;TR=173;WE=48647001;WS=48646983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr19	48654553	rs20580	G	T	1950.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.632;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=20;PP=582;ReadPosRankSum=1.025;SC=CCTTCTCTGTGGCCACTTCAG;SOR=0.629;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=76;TCF=38;TCR=38;TR=41;WE=48654561;WS=48654543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,92:0.63:145
chr19	48660243	rs3730867	GAAGGGGCA	G	544.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.861;NF=4;NR=11;PP=739;ReadPosRankSum=-0.162;SC=GCAGGCGACTGAAGGGGCAGG;SOR=0.673;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=15;WE=48660258;WS=48660233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,15:0.62:24
chr19	48660445	rs274862	T	C	217.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=4.359;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.10;ReadPosRankSum=2.409;SOR=0.477;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,11:0.61:18
chr19	48664798	rs3730862	G	A	2671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=59;PP=1674;SC=GTAAAGGGGCGACTACAGCAG;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=89;WE=48664806;WS=48664788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	48668709	rs3730850	A	G	1146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=10;PP=629;SC=CTAACGTAAGAGTTTTTGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=33;WE=48668717;WS=48668699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	48668795	rs3730849	G	A	2721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=24;PP=1424;SC=AGGGGCAAGGGAGGGTGCTCA;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=44;TCR=24;TR=68;WE=48668803;WS=48668785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	48668966	rs143468290	G	GA,GAA	1213.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=5.858;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.458;QD=19.27;ReadPosRankSum=1.493;SOR=0.097;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,41,19:0.65,0.30:63
chr19	48673458	rs3730840	G	A	20128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=0.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=805;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=191;NR=225;PP=2965;ReadPosRankSum=2.028;SC=CGCACCCGCCGCCCTCCGCCT;SOR=0.777;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=420;TCF=192;TCR=228;TR=416;WE=48673466;WS=48673448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,794:1.00:796
chr19	48695381	rs409135	A	G	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=22;PP=605;SC=TTTTATATTTATTTATCCTTG;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=48695389;WS=48695371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	48707401	rs3745717	G	T	954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=11;PP=492;SC=GCAGTCTCTGGGTGAGGAGGC;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=32;WE=48707409;WS=48707391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	48707665	rs2015209	G	A	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=13;PP=408;SC=GAGTGTTTTGGTGAATTCCTA;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=48707673;WS=48707655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	48707714	rs2015211	A	T	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=180;SC=GAAATCGACAAGTTACTAGAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=10;WE=48707722;WS=48707704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	48715269	rs2008521	T	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=799;SC=TTGAGAATCGTTCACTTACAG;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=48715277;WS=48715259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	48734018	rs2304134	G	A	5597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=70;NR=70;PP=2806;SC=CACAGCCTCCGCTCACCCCAC;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=70;TCR=70;TR=140;WE=48734026;WS=48734008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr19	48735287	rs4802448	A	G	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=18;PP=482;SC=ATTCCATAAGACTTTCTGGGA;SOR=2.226;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=22;WE=48735295;WS=48735277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	48737706	rs2043211	A	T	5647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=61;PP=2381;SC=ACAGCACGGAACAATAATGGC;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=66;TCR=61;TR=127;WE=48737714;WS=48737696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr19	48744345	rs16981853	T	C	983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=23;PP=656;SC=GGAGGTTGTATTTAGGTACTT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=26;WE=48744353;WS=48744335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	48846136	.	G	A	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=1.026;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.673;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr19	48848702	rs146325765	C	CATTTATTT	585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=6;PP=441;SC=CAGATACTTTCATTTATTTAT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=1;TCR=26;TR=6;WE=48848710;WS=48848692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	48863386	rs438767	C	T	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=33;NR=27;PP=1006;SC=CCACGTGGGCCGAGAACGCCT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=48863394;WS=48863376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	48876661	rs2569713	A	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=10;PP=780;SC=AAAGAGGGAGAGGTCCAGACG;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=48876669;WS=48876651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	48893834	.	G	GAGAGAGAGAGAGAC,GAGAGAGAGAGAC	699.73	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.577;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=1.952;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.384;NF=6,6;NR=13,13;PP=305,430;ReadPosRankSum=-1.033;SC=GAGAGAGAGAGAGACAGACAG;SOR=0.307;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=19,19;WE=48893850;WS=48893824;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.74:35
chr19	48922772	rs11302654	CT	C	668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=4.187;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=1.516;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,44:0.88:50
chr19	48923101	rs276709	C	A	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=22;PP=740;SC=TGGGCTGGAGCTGGGGCTGGG;SOR=0.933;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=41;TCF=14;TCR=27;TR=36;WE=48923109;WS=48923091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	48924963	rs1654671	G	A	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=16;PP=1239;SC=GCCAGATAGCGGGTGTGTCTC;SOR=1.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=42;TCR=16;TR=58;WE=48924971;WS=48924953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	48945339	rs56189527	T	TC	3653.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=24;PP=2011;SC=GGGCCTACATTCCCACATCAC;SOR=1.274;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=49;WE=48945347;WS=48945329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	48945880	rs62130268	T	C	571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=7;PP=122;SC=GCTGCAGCGCTGAGGCCGCCC;SOR=2.124;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=48945888;WS=48945870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	48946325	rs111420822	T	C	78.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.51;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	48946405	rs112893228	A	G	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	48949286	rs1643487	G	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=7;PP=268;SC=AGGGTCGGCGGCGCACGTGTG;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=48949294;WS=48949276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	48949766	rs929743	C	G	3846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=58;PP=2049;SC=ACAGGTAAGACCCGAGGCTTT;SOR=0.910;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=103;WE=48949774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr19	48954421	rs2302951	G	A	4642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=56;PP=1871;SC=TGGAGCCGCCGGGAGCCCTTC;SOR=0.824;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=48954429;WS=48954411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	48954571	rs1799274	A	T	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=14;PP=358;SC=TCCTCCTTGAATAGTTTTACA;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=48954579;WS=48954561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	48977019	rs1799258	C	T	2129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=14;PP=1430;SC=ATTGGTGAGACTGGATCATGT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=65;WE=48977027;WS=48977009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	49090368	rs34482710	T	TA	1006.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.22;MQRankSum=0.313;NF=14;NR=12;PP=539;ReadPosRankSum=-1.497;SC=GACTCTGTCTTAAAAAAAAAT;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=26;WE=49090376;WS=49090358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,46:0.96:48
chr19	49096161	rs16982163	C	A	1338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=38;PP=957;SC=GTCTCAGGACCCCTCCGCTTC;SOR=3.398;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=6;TCR=38;TR=44;WE=49096169;WS=49096151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	49113919	rs10853802	C	A	1433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=11;PP=892;SC=TCACAGGACCCCCTGGCCCGG;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=31;TCR=11;TR=42;WE=49113927;WS=49113909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	49114236	rs454715	T	G	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=18;PP=496;SC=AAAGTTCAGGTGGGCTAAAGG;SOR=2.494;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=24;WE=49114244;WS=49114226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	49116076	rs2617801	C	G	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=5;PP=329;SC=TAGGGGTGTGCGCTTGCAAGT;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=49116084;WS=49116066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	49116134	rs2617800	T	G	1561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=14;PP=999;SC=CCCAGTCTGGTGAATGGACAC;SOR=1.692;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=35;TCR=14;TR=49;WE=49116142;WS=49116124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	49116555	rs368654	A	G	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=51;PP=1715;SC=CGGAATATAGAAAGCCGGGGC;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=80;WE=49116563;WS=49116545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	49141406	rs137896889	AAGAC	A	1207.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=10;PP=567;SC=CATCCACTGTAAGACAGAGAA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=49141417;WS=49141396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	49141532	rs3848543	T	C	80.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=4;PP=111;SC=CAGAATGTACTAGGTCGAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=49141540;WS=49141522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	49143025	rs2303147	T	C	1130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=18;PP=674;SC=TCCCTCCCTCTGAATCTCGCC;SOR=0.784;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=49143033;WS=49143015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	49148781	rs10426317	C	T	8254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=85;NR=111;PP=2965;SC=TCCCCACCTCCACCCTCCCTC;SOR=0.854;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=199;TCF=87;TCR=112;TR=196;WE=49148789;WS=49148771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	49168005	rs17851884	G	A	3701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=54;PP=1728;SC=AGCGTCGGGCGTGCTGGTTGC;SOR=0.778;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=102;WE=49168013;WS=49167995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	49206603	rs281377	C	T	4554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=50;PP=1950;SC=ACCACCTGAACGACTGGATGG;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=105;WE=49206611;WS=49206593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	49216926	rs281384	A	G	3297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=30;PP=1777;SC=GCAGGAGTCCAGAACCTCAGC;SOR=1.317;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=65;TCR=31;TR=93;WE=49216934;WS=49216916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	49217261	rs281385	A	G	1001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=19;PP=542;SC=TATCCGCGGCACGTGGAAGAG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=49217269;WS=49217251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	49217305	rs281386	A	G	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=221;SC=GGCTTGACCTAGAGCAGCCAA;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=49217313;WS=49217295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	49217520	rs281387	T	C	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=6;PP=408;SC=TTCCTACCGCTGGTCCTCGCC;SOR=1.101;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=23;WE=49217528;WS=49217510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	49217605	rs281388	T	G	2011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=17;SC=GTCCGCAAGCTCATAGCCCCG;SOR=0.770;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=41;WE=49217613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	49228140	rs34043113	C	G	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=66;PP=2135;SC=CCCCCAGCTCCGCGCCAGGCC;SOR=1.031;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=109;WE=49228148;WS=49228130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	49232966	.	CTT	C	72.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.345;ClippingRankSum=-0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.465;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr19	49244219	rs2307018	CG	AA	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=22;PP=1422;SC=TTTGCTCGGCCGCTCCACTGC;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=18;TCR=23;TR=40;WE=49244228;WS=49244209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr19	49246866	rs838147	A	G	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=31;PP=964;SC=CTGGGGCCAGATCATCTATGA;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=20;TCR=31;TR=51;WE=49246874;WS=49246856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	49247601	rs11672046	C	T	912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.85;SOR=0.811;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	49247693	rs8108136	C	T	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=19;PP=743;SC=GGGACACCGACTCCCATCTTC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=49247701;WS=49247683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	49247786	rs8108468	G	A	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	49247900	rs8111288	G	A	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=16;PP=424;SC=AGGAAAGGGCGCTACAACTGA;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=49247908;WS=49247890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	49248640	rs12982115	A	G	2100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=25;PP=943;SC=CACTGGGCAAAGATAGGCCTG;SOR=0.743;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=49248648;WS=49248630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	49248730	rs838145	G	A	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=14;SC=TAGGGAAAACGGTATTTACTA;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=49248738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	49253389	rs4015	C	T	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=2;PP=378;SC=TCTGAAGCCACGTACTGCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=49253397;WS=49253379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	49259529	rs838133	A	G	1914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=14;PP=761;SC=AGCACTCAGGACTGTGGGTTT;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=25;TCR=14;TR=39;WE=49259537;WS=49259519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	49261368	rs739320	T	C	4972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	49299533	rs557106	A	G	4181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=56;NR=50;PP=1805;SC=AGAGCAGCACAGAAAGCCCAC;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=106;WE=49299541;WS=49299523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	49300605	rs526744	T	C	1513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=26;PP=843;SC=TGGAGGGCAGTCTGGTTGGGT;SOR=1.342;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=49300613;WS=49300595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	49317098	rs78535883	C	T	1221.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=37;PP=1034;SC=TCATGCCCTCCTTGAAGGCTG;SOR=3.664;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=5;TCR=37;TR=42;WE=49317106;WS=49317088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	49336014	.	G	GT	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.50;ReadPosRankSum=-1.308;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,16:0.26:62
chr19	49378180	.	AT	A	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=4.811;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.250;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.186;SOR=0.312;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,24:0.26:94
chr19	49384449	.	ACTTTTTTTTTTTTTTTTT	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.014;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=-1.164;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr19	49384450	.	CTTTTTTTTTTTTTTTTTCT	C	50.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.111;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=5.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.21;ReadPosRankSum=0.374;SOR=0.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr19	49401205	.	C	CTTATTTAT	1597.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=1;NR=24;PP=1138;SC=AATCTTTAGCCTTATTTATTT;SOR=1.371;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=42;TCF=1;TCR=41;TR=25;WE=49401213;WS=49401195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	49407784	.	CT	C	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=-1.423;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr19	49416456	rs2387579	G	A	9350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=110;PP=2965;SC=ACGTGCCTGTGAGGACCCCAT;SOR=0.779;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=96;TCR=112;TR=206;WE=49416464;WS=49416446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr19	49416554	rs5828369	CA	C	2904.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=67;PP=2079;SC=GCCCTTGAGGCAAAAAAACTC;SOR=1.336;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=80;TCF=8;TCR=72;TR=74;WE=49416562;WS=49416544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	49416936	rs746075	C	T	653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=17;PP=483;SC=GGCCCAAGAGCCAAGCCTATG;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=49416944;WS=49416926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr19	49421966	rs2287836	T	C	8870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=93;NR=95;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.647;SC=GATACCTTGCTATCCTCTTCC;SOR=0.230;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=189;TCF=93;TCR=96;TR=188;WE=49421974;WS=49421956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,349:1.00:350
chr19	49424354	rs12979307	C	T	1277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	49424381	rs12979328	C	A	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=19;PP=934;SC=TGGACCTGTGCCCCTGATGGC;SOR=1.136;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=34;TCR=19;TR=53;WE=49424389;WS=49424371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	49424925	rs11671777	C	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=7;PP=702;SC=TTATTAAGCCCGACTGTCAAT;SOR=2.242;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=35;WE=49424933;WS=49424915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	49425772	rs1532704	T	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=616;SC=CCCTGGGGGCTGGTGTCATGT;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=49425780;WS=49425762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	49458262	rs4645881	C	T	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	49459104	rs1805419	A	G	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=764;SC=TGGGCCCCTGAGGACCCAGAA;SOR=2.012;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=49459112;WS=49459094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	49469087	rs2230267	T	C	3498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=39;PP=2207;SC=CTTCCGCGAATTGGCCGAGGA;SOR=1.125;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=65;TCR=39;TR=103;WE=49469095;WS=49469077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	49513273	rs1062708	C	T	10764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=116;PP=2965;SC=GATCTCCAAGCTGGGCCGCTC;SOR=0.767;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=217;TCF=101;TCR=116;TR=216;WE=49513281;WS=49513263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr19	49518484	rs753307	C	T	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=39;PP=1156;SC=TCCAGGGTTCCGATTTCATCC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=49518492;WS=49518474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	49518575	rs753308	A	G	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=12;PP=323;SC=TATAGTAGGTATCAGTAAATC;SOR=2.448;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=49518583;WS=49518565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	49519058	rs749776	T	C	6308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=71;NR=83;PP=2965;SC=CCATGTGGCCTTCCTTCTCCC;SOR=0.789;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCF=71;TR=154;WE=49519066;WS=49519048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	49519230	rs2013039	T	G	2123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=47;PP=1489;SC=GAAAGACACCTCCAGAGTGCG;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=72;WE=49519238;WS=49519220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	49519466	rs1056917	A	G	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.03;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	49519855	rs1056914	T	G	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=5;PP=220;SC=TGATGCACACTGGGCAGCCCT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=14;WE=49519863;WS=49519845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	49519873	rs6521	G	C	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=6;PP=378;SC=CCTCCTTCTCGACAGCCAGGA;SOR=0.984;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=49519881;WS=49519863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	49519997	rs4002462	A	G	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=8;PP=236;SC=TGCTTCACCCAGGTCTGAGAC;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=49520005;WS=49519987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	49520315	rs2387589	T	C	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=25;PP=887;SC=AGGGGCCCTGTAGTCTTACCT;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=54;WE=49520323;WS=49520305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	49520372	rs3752210	A	T	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.57;QD=25.39;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	49520502	rs1960072	C	T	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=17;PP=436;SC=CTCAGCAGAGCGCCCCAGCCC;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=49520510;WS=49520492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	49522106	rs8108340	G	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=159;SC=GCAGGAGGCGGTGCCGAGCGA;SOR=1.061;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=49522114;WS=49522096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	49528937	rs4802537	T	C	4415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=66;NR=50;PP=1972;SC=GGCCTCGAAGTGGGCAACAAA;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=67;TCR=50;TR=116;WE=49528945;WS=49528927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr19	49529379	rs7255292	T	C	567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=6;PP=133;SC=TCAGAGCACATGGAGACAGGG;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=9;WE=49529387;WS=49529369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	49529404	rs2387592	A	G	261.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=58.44;NF=2;NR=3;PP=107;SC=GGAGGCTGGGATTAGAGAAGA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=49529412;WS=49529394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	49535491	rs10413257	T	C	1649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=42;PP=1035;SC=GTGTGAGCTGTGGAAGGAGGC;SOR=2.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=15;TCR=42;TR=57;WE=49535499;WS=49535481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	49540093	rs10853805	A	C	3105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=74;PP=1817;SC=GAACCTGGCCAGAGTCAGCGG;SOR=1.931;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=23;TCR=74;TR=97;WE=49540101;WS=49540083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr19	49558573	rs56007532	G	T	183.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.30;QD=26.26;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	49558667	rs111775228	T	C	748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.94;QD=27.73;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	49558678	rs35000456	T	G	901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=9;PP=446;SC=ATACCTCGGGTTTGTGGGGGC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=49558698;WS=49558657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	49558690	rs55995744	T	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=12;PP=466;SC=TGTGGGGGCGTCAAGGCCACC;SOR=0.798;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=28;WE=49558698;WS=49558657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	49558729	rs12461085	G	C	1016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=15;PP=333;SC=GGAGTGAGCTGGACACTAACC;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=15;TCR=16;TR=30;WE=49558737;WS=49558719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	49559329	rs3810179	G	A	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=10;PP=539;SC=GGAGGACATTGTCTGGACTTA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=49559337;WS=49559319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	49559518	rs3810180	C	G	2827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=35;PP=1204;SC=GGGGCTGGCCCGGCAGGCTCC;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=69;WE=49559526;WS=49559508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	49559693	rs79891871	T	C	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=19;PP=507;SC=GAGCTGTAGGTTTCCTGAGCC;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=49559701;WS=49559683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	49560461	rs3810182	G	A	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=57.98;NF=5;NR=11;PP=320;SC=ATACTGTGAAGGGTGGGCCAG;SOR=1.220;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=49560469;WS=49560451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	49560521	rs3810183	G	A	301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=4;PP=114;SC=CAAGATTGGGGGAGGAGGCAT;SOR=0.836;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=49560529;WS=49560511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	49573206	rs11083959	C	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=6;PP=470;SC=CCACTCGTTACGACTTAACCT;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=49573214;WS=49573196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	49573438	rs1017219	A	G	6507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=70;PP=2829;SC=ACAAGGCTGCATGTCCACATG;SOR=0.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=159;TCF=88;TCR=71;TR=158;WE=49573446;WS=49573428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	49574125	rs1611775	G	C	1214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=35;PP=783;SC=GCCATTCAGCGGAGCGGGGAA;SOR=2.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=9;TCR=35;TR=44;WE=49574133;WS=49574115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	49588746	rs11539822	C	T	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=45;PP=1991;SC=TGAGCAGCGGCCTGGTGCGCT;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=64;TCR=45;TR=109;WE=49588754;WS=49588736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	49604855	rs78616533	CCT	C	1933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.46;QD=42.97;SOR=7.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	49605530	rs10419811	A	G	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=34;PP=985;SC=CCCTCCTCCCACCCCAGTCGC;SOR=4.174;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=37;TCF=3;TCR=34;TR=36;WE=49605538;WS=49605520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	49621964	rs2232003	T	C	7382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr19	49632079	rs4802565	C	A	12308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.410;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.38;ReadPosRankSum=-0.933;SOR=0.276;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,484:1.00:485
chr19	49632309	rs4802566	T	C	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=31;PP=1167;SC=AATGGAAACCTATAGTTGACT;SOR=0.971;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=22;TCR=32;TR=53;WE=49632317;WS=49632299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	49632500	rs4802567	C	T	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=7;PP=260;SC=TAGCTGGTTGCGGCTGCATAC;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=6;TCR=7;TR=13;WE=49632508;WS=49632490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	49632772	rs1559155	C	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.11;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	49638956	rs745124	C	G	6189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=82;NR=61;PP=2362;SC=ACCCCTGGCCCTAGGTCTGTC;SOR=0.868;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=143;WE=49638964;WS=49638946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr19	49639948	rs2303052	A	G	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=10;PP=408;SC=GCCCCCAGCCACCTAATGTCC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=13;TCR=10;TR=23;WE=49639956;WS=49639938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	49640002	rs2303053	G	T	1415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=15;PP=612;SC=GTCTGCCCCTGCGGGCTCCAT;SOR=0.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=49640010;WS=49639992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	49643404	rs3764624	T	C	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.04;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	49644593	rs7250958	C	T	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=9;PP=801;SC=TCTGCCTTTCCGGCATTTTCC;SOR=2.147;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=40;WE=49644601;WS=49644583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	49644840	rs112961847	C	CGTGT	3543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=40;PP=2492;SC=TGTGTGTGTGCGTGTATGTGT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=41;WE=49644848;WS=49644830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	49644858	rs147872140	A	AGT	718.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.625;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=29;PP=629;ReadPosRankSum=0.039;SC=TGTGTGTATGAGTGTGTGTGT;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=29;WE=49644868;WS=49644848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,30:0.94:32
chr19	49645176	rs10417260	C	G	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=12;PP=812;SC=TTCATAAAAGCTGCGTGTGCG;SOR=1.262;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=43;WE=49645184;WS=49645166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	49645194	rs113859565	A	ATG	2671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.762;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.326;NF=17;NR=17;PP=1398;ReadPosRankSum=-0.282;SC=GCGTATGTGCATGTGTGTGTG;SOR=1.379;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=18;TCR=21;TR=34;WE=49645202;WS=49645184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,81:0.93:87
chr19	49646006	rs4545921	A	G	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=530;ReadPosRankSum=-0.748;SC=CATCTCTCCGATTTTCTCCTC;SOR=0.648;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=26;WE=49646014;WS=49646004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr19	49649051	rs3764625	T	G	4310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=33;PP=2725;SC=TGCCCTATAATAAGAATCATT;SOR=1.806;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=91;TCR=33;TR=123;WE=49649059;WS=49649041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	49649498	rs10421292	C	T	2693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=53;PP=1535;SC=CTGTGCACGACGCATGGATGC;SOR=1.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=49649506;WS=49649488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
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chr19	49652130	rs116573491	G	A	1394.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=11;PP=686;SC=CCATAACCGTGGGGGTGGAGC;SOR=1.352;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=27;WE=49652138;WS=49652118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr19	49655174	rs1423520	A	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=15;PP=605;SC=CCACCAGCCTACCGGGCCAGG;SOR=1.022;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=36;WE=49655182;WS=49655164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	49657710	rs66501117	ACATCAT	ACAT,A	4241.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=3.053;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.251;NF=15,15;NR=46,46;PP=2995,101;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTCAATGGAGACATCATCATC;SOR=0.285;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=82;TCF=18;TCR=64;TR=61,61;WE=49657723;WS=49657698;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:0.99:113
chr19	49657889	rs147238387	T	TTCC	4100.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=29;PP=2134;ReadPosRankSum=-1.788;SC=AGGCCTCCTCTTCCTCCTCCT;SOR=0.712;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=69;TCF=15;TCR=54;TR=39;WE=49657897;WS=49657879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,105:0.91:115
chr19	49658209	rs3745297	A	C	6627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=93;PP=2824;ReadPosRankSum=1.362;SC=TATTCCTTGGAGACATCTTCA;SOR=0.256;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=176;TCF=82;TCR=94;TR=175;WE=49658217;WS=49658199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,260:1.00:261
chr19	49658367	rs3745298	C	T	5102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=68;PP=2208;SC=GACTCCAGTGCTGTTGTTCCG;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=120;WE=49658375;WS=49658357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	49658390	rs3745299	T	C	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=61;PP=1985;SC=TTCTGAAGCCTAGCCCATCCC;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=41;TCR=61;TR=102;WE=49658398;WS=49658380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr19	49661112	rs3760663	G	A	746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=256;SC=AGGTTGCGGCGGCCGCGGCAG;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=49661120;WS=49661102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	49661582	rs3760664	T	C	3592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=71;PP=2153;SC=CCGCGGATGGTCACGCCCCAG;SOR=1.384;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=33;TCR=71;TR=104;WE=49661590;WS=49661572;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	49669561	rs73048855	C	G	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=550;SC=CGCCCTGAACCCTGGCCCCTC;SOR=2.093;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=49669569;WS=49669551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	49669577	rs73590084	A	G	1159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=14;PP=356;SC=CCCTCCGCCCATCCCTGTCTT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=16;WE=49669585;WS=49669567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	49671052	.	TC	CG	342	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=86;MMLQ=24;MQ=45.71;NF=5;NR=4;PP=342;QD=43.9408749847;SC=TCTCTGTCCCTCTCTCTCTGG;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=9;WE=49671061;WS=49671042;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:15,9:0.38:24
chr19	49671151	.	G	A	1684	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=67;MMLQ=18;MQ=58.5;NF=41;NR=43;PP=1684;QD=20.4615620541;SC=CTCCCTGTGTGCCCCGCTCCC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=42;TCR=43;TR=84;WE=49671159;WS=49671141;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr19	49671771	rs113159745	C	T	3812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=43;PP=1952;SC=CTTCTGGCCCCGATGAGGAGA;SOR=1.032;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=107;TCF=63;TCR=44;TR=106;WE=49671779;WS=49671761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	49671980	rs111930830	G	A	3244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=60;PP=1685;SC=CACAGCAGAAGACGGGCGTGG;SOR=1.392;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=88;TCF=27;TCR=61;TR=87;WE=49671988;WS=49671970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	49675456	rs74599428	C	T	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=16;NR=30;PP=752;SC=CTCTCTAATCCAAGGCCCATG;SOR=1.262;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=46;WE=49675464;WS=49675446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	49684787	.	CTTTTTTTTTT	C	1165.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.18;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	49685708	rs201110201	CCCAT	C	2632.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.75;QD=42.46;SOR=1.536;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	49794028	rs45549132	G	T	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=15;PP=392;SC=AAGGAACCTGGAGAAGGGCCA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=49794036;WS=49794018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	49812403	rs2278405	G	T	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=489;SC=GCATAAGGGGGTTGTAAAAGA;SOR=1.364;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=7;TCR=17;TR=24;WE=49812411;WS=49812393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	49838891	rs354020	C	A	12278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=483;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=154;NR=138;PP=2965;ReadPosRankSum=0.870;SC=GGCTACCCAGCCGGGGCCCAG;SOR=0.290;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=292;TCF=154;TCR=138;TR=292;WE=49838899;WS=49838881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,478:1.00:479
chr19	49839015	rs354021	T	C	6557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr19	49840534	rs145757691	G	A	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=45;PP=1263;SC=AGGGAAGGGAGTGGTGGGAGA;SOR=2.448;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=55;WE=49840542;WS=49840524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	49841054	rs354026	G	T	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=52;NR=18;PP=1756;SC=AGTACACAGAGCTAGCCATTC;SOR=2.062;Source=Platypus;TCF=54;TR=70;WE=49841062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	49845895	rs8108669	C	T	152.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=2;PP=49;SC=GAGAGACCCACGGGTCACCCC;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=49845903;WS=49845885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	49869051	rs2303759	T	G	4282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=68;PP=2258;SC=TCCTCACAGATGACCGACAAC;SOR=0.927;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=117;WE=49869059;WS=49869041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	49878115	rs1054770	G	A	4573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=59;NR=47;PP=2077;SC=CCTGGAGGGCGGCCACTGGCT;SOR=0.855;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=59;TCR=47;TR=106;WE=49878123;WS=49878105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr19	49878196	rs2288481	G	A	7272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=74;NR=64;PP=2639;SC=GGACGTCCTAGAAGAGGGGAC;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=74;TCR=64;TR=138;WE=49878204;WS=49878186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr19	49894027	rs61018355	T	TC	2571.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=12;PP=841;SC=AGGACACCATTTCCTGCTTCT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=49894036;WS=49894017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	49894028	rs57104627	T	C	2580.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.50;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	49894152	rs7256629	C	T	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=17;PP=923;SC=TGGACCTGCCCGAGGGCCCGG;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=49894160;WS=49894142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	49894217	rs7256984	G	T	1546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=3.076;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.92;MQRankSum=0.000;QD=23.09;ReadPosRankSum=-0.541;SOR=0.318;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,66:0.99:67
chr19	49899076	rs10405154	G	A	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=7;PP=391;SC=CTGACCTCCCGGCAACTGCCA;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=49899084;WS=49899066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	49900877	rs9304688	A	G	2938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=43;PP=1411;SC=GTTCCAGGGAAGCCAACATTC;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=82;TCF=38;TCR=44;TR=81;WE=49900885;WS=49900867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	49901125	rs12977735	C	T	1075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=11;PP=638;SC=GAGTCTCTCTCCTGTTTATCT;SOR=1.347;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=35;WE=49901133;WS=49901115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	49901318	rs10421748	T	C	3732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=52;PP=1600;SC=GAATGCCAAATTGCAGCGGAG;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=49901326;WS=49901308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	49901484	rs12980364	T	C	240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=4;PP=117;SC=CCCATGCTCGTGTCTGCATCC;SOR=1.609;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=49901492;WS=49901474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	49902990	rs9807898	A	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=262;SC=GAGGCCACCTACATAAGAGTG;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=49902998;WS=49902980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	49903008	rs8110789	G	C	311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=234;SC=GTGGACCAGTGCCTCCCTTCT;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=49903016;WS=49902998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	49925667	rs12974629	T	G	3090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=25;PP=1368;SC=GCGCAGGAACTAGGCGCAGTC;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=47;TCR=25;TR=72;WE=49925675;WS=49925657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	49930721	rs4802605	T	C	7783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=114;PP=2965;SC=GAGTCCAACGTCCCTCCTCCC;SOR=0.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=194;TCF=80;TCR=114;TR=194;WE=49930729;WS=49930711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr19	49935927	rs5828394	A	AG	1357.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=17;PP=817;SC=ACAGGTGTACAGGGACACTAG;SOR=1.005;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=20;WE=49935935;WS=49935917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	49939719	rs2946848	T	C	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=8;PP=938;SC=GGCCTGGACGTCTGGTGGGTG;SOR=2.059;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=31;TCR=8;TR=39;WE=49939727;WS=49939709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	49940131	rs3826718	G	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=23;PP=486;SC=CCAGGATCCAGGGCAAAACCT;SOR=2.985;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=49940139;WS=49940121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	49944730	rs58045148	CA	C	1486.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=29;PP=1238;SC=TCCCGGGGTCCAGCCCCGGCC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=0;TCR=30;TR=29;WE=49944738;WS=49944720;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	49949589	rs1043263	A	T	1911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=18;PP=792;SC=ACTTTTAGGGAAGCCAGCAGC;SOR=0.920;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=46;WE=49949597;WS=49949579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	49950298	rs13394	C	T	6646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.18;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.319;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,263:1.00:264
chr19	49950356	rs12443	C	G	3289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=70;PP=2214;SC=GCTTTTCAGGCCTGAGGAGGA;SOR=1.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=100;WE=49950364;WS=49950346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	49954282	rs68029391	CTT	C	199.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.688;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.626;SOR=1.100;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,11:0.79:14
chr19	49954356	rs6509432	G	A	264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=350;SC=CCGAGGTCTCGGCTCATTGCA;SOR=1.802;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=49954364;WS=49954346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	49954803	rs2293013	C	T	9926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.32;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr19	49954807	rs2293012	T	G	10006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.89;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr19	49955016	rs2293011	G	T	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=36;PP=940;SC=TCAAATCCGTGGGGAATATGT;SOR=1.574;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=15;TCR=36;TR=51;WE=49955024;WS=49955006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	49956460	rs11267495	GTAGCCCCACCCCATTCCCAT	G	2390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=9;PP=2957;SC=TCTGTATCTTGTAGCCCCACC;SOR=2.522;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=26;WE=49956487;WS=49956450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	49956690	rs3760670	C	T	3354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=54;PP=1648;SC=TGAGAGTCTGCCCGGCCGGCG;SOR=1.188;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=29;TCR=55;TR=83;WE=49956698;WS=49956680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	49963971	rs35639941	A	AT,ATT	581.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.565;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.395;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,20,13:0.49,0.32:41
chr19	49964977	rs1320303	C	G	3813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	49965131	rs76844851	GG	AC	2982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;JOINED;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=33;PP=1845;SC=GAACTGGGGGGGGTCCCTAGG;SOR=1.318;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=50;WE=49965140;WS=49965121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	49965173	rs7259560	A	T	1529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=24;PP=834;SC=GCCTGGCGGGAGAGTGTGCGG;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=43;WE=49965181;WS=49965163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	49967680	rs2293009	G	A	7470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=64;NR=65;PP=2607;SC=ACAGGCTCCAGGTGGGCACTG;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=129;TCF=64;TCR=65;TR=129;WE=49967688;WS=49967670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr19	49969310	rs2914668	A	G	272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=5;PP=234;SC=CCAGGATGCCAACCCCCACTG;SOR=0.693;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=11;WE=49969318;WS=49969300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	49971596	rs11879863	C	T	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=7;PP=545;SC=TTACTGCGGGCGGGGCTCCCC;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=49971604;WS=49971586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	49973784	rs1055637	A	G	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=3;PP=76;SC=TGCACCCCACAGACACCTGGG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=49973792;WS=49973774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	49978936	rs7251338	G	C	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr19	49979107	rs61254172	CT	C	1360.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=4.023;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.60;MQRankSum=0.639;QD=18.14;ReadPosRankSum=0.407;SOR=2.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,70:0.93:75
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chr19	49982451	.	A	AT	129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.18;QD=18.53;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	49983673	rs1042120	C	T	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=11;PP=648;SC=TGCTGCTGGCCGCTGCCTGGT;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=49983681;WS=49983663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	49990843	rs2271951	A	G	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=4;PP=283;SC=AGGGATAAGAAACCCTGCGAC;SOR=2.448;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=16;WE=49990851;WS=49990836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	49994470	rs59192944	T	A	7284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.62;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	49994476	rs56974957	T	C	7265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.41;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	49994677	rs115089990	C	G	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.7134;FS=0.000;HP=17;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=90;SC=CCCCCCCCCCCGCAGTTTGCC;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=4;WE=49994685;WS=49994669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	49999647	rs17555056	C	G	3784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=1443;ReadPosRankSum=-0.928;SC=TCCTCTCCAGCCCCTGCGTAA;SOR=0.257;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=77;WE=49999655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,148:0.99:149
chr19	49999880	rs4802613	C	T	428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=189;SC=AGGGCGCTTGCTTTTGTTTCT;SOR=1.493;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=49999888;WS=49999870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	50002607	rs739349	C	T	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	50002686	rs756628	T	C	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.12;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	50028163	rs1132990	A	G	14662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=141;NR=157;PP=2965;SC=CTTGAACCTCACGCCTGTCAG;SOR=0.747;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=299;TCF=142;TCR=157;TR=298;WE=50028171;WS=50028153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,571:1.00:571
chr19	50028306	rs71724821	CCTGCTG	C	2666.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.591;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.339;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.429;NF=2;NR=60;PP=2993;ReadPosRankSum=0.879;SC=CATCTTCCATCCTGCTGCTGC;SOR=1.855;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=81;TCF=4;TCR=77;TR=62;WE=50028319;WS=50028296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,101:0.96:105
chr19	50059718	rs6509437	G	A	7941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=91;NR=86;PP=2965;SC=CTCTGATCAGGGGCCTTCCTG;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=179;TCF=93;TCR=86;TR=177;WE=50059726;WS=50059708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr19	50063770	rs138827072	C	CG	1867.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.66;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	50086626	rs3745473	T	C	1605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=19;PP=1017;SC=TCAGGAATGTTTCTAGTCCTT;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=42;WE=50086634;WS=50086616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	50086806	rs3745474	C	T	7373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=94;NR=79;PP=2965;SC=CAGAAGTCTTCCTGGGTCCCC;SOR=0.797;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=175;TCF=94;TCR=81;TR=173;WE=50086814;WS=50086796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr19	50091798	rs2288920	G	T	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	50092002	rs2288921	T	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=143;SC=ATGAAAGACCTAAGGACACAG;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=50092010;WS=50091992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	50093454	rs4429389	A	T	1137.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=9;PP=836;SC=CCCCATGCAAAGGTCTAGGGG;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=34;TCR=9;TR=43;WE=50093462;WS=50093444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	50093572	rs7249925	A	G	7149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=61;PP=2965;SC=TCCTGGTTGAAGGGGGGAGAA;SOR=1.041;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=101;TCR=62;TR=161;WE=50093580;WS=50093562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	50095047	rs146415405	AGCCGG	A	1318.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQ=60.25;NF=2;NR=15;PP=944;SC=GTGGGAGCCCAGCCGGGCCGG;SOR=1.214;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=17;WE=50095059;WS=50095037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	50096421	rs10404887	C	G	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=1;PP=428;SC=TTGAGCACCCCGATTCCCTTG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=50096429;WS=50096415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	50097547	rs7251877	A	G	1893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=16;PP=1235;SC=CCCCTCATTCATGTCTCATTA;SOR=1.885;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=51;TCR=16;TR=67;WE=50097555;WS=50097537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	50097607	rs57940349	C	T	7161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.53;SOR=1.153;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	50097784	rs10414643	T	C	9121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=126;PP=2965;SC=TCATGAACCTTATCTCGGCCC;SOR=0.922;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=235;TCF=104;TCR=131;TR=230;WE=50097792;WS=50097774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr19	50097932	rs16981329	G	C	7666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=101;NR=103;PP=2965;SC=TCTCTCTGACGCGCGGTCTTC;SOR=0.743;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=101;TCR=104;TR=204;WE=50097940;WS=50097922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr19	50098423	rs12462756	G	A	8209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=121;PP=2965;SC=GCCCACCGCCGCCTGAGCGGG;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=216;TCF=95;TCR=121;TR=216;WE=50098431;WS=50098413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr19	50099422	rs73058052	C	T	3932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=49;PP=1680;SC=GCTATGCAGCCGGAGCAGGTG;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=46;TCR=49;TR=95;WE=50099430;WS=50099412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	50100295	rs3745475	A	G	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=47;PP=2006;SC=GCGTAGGCCCACCAAACTCGG;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=102;WE=50100303;WS=50100285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	50103252	rs2116922	G	A	4252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=77;PP=2167;SC=TGATCACTAGGTAACAGTTGT;SOR=1.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=101;TCF=22;TCR=79;TR=97;WE=50103260;WS=50103242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	50105239	rs6509439	C	T	269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=6;PP=161;SC=GTTGAGTGCCCGCTGGATGAC;SOR=0.859;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=50105247;WS=50105229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	50123756	rs372317811	AG	A	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=4.593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=1.848;QD=2.04;ReadPosRankSum=0.262;SOR=0.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr19	50124663	rs73058085	G	A	3171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=22;PP=1475;SC=GGGGGCTGGGGCCTGTACTTT;SOR=1.247;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=50124671;WS=50124653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	50128543	rs7256146	A	G	3848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=77;PP=2282;SC=GCCCAGCCCCATCCTGCCTCA;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=43;TCR=77;TR=120;WE=50128551;WS=50128533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr19	50139119	rs731861	G	C	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.72;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr19	50140092	rs1865077	G	A	10211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=113;NR=123;PP=2965;SC=TCTGCCGGTCGTTAATGGCGA;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=238;TCF=114;TCR=124;TR=236;WE=50140100;WS=50140082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,394:1.00:394
chr19	50140209	rs1368463	C	T	9397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=138;NR=115;PP=2965;SC=GAGGGGCCATCGTGGGGACCA;SOR=0.745;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=255;TCF=139;TCR=116;TR=253;WE=50140217;WS=50140199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr19	50140246	rs1865076	C	A	12016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=494;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=142;NR=132;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.200;SC=CCCCAAGAGCCCTCAGCCCCC;SOR=0.135;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=279;TCF=145;TCR=134;TR=274;WE=50140254;WS=50140236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,482:1.00:484
chr19	50148261	rs73060070	C	A	7346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FS=9.614;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.65;ReadPosRankSum=0.201;SOR=0.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,295:0.99:298
chr19	50154904	rs7251334	A	C	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=18;PP=664;SC=CGCCCGGCCTACACCGGCCGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=50154912;WS=50154894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	50155361	rs3833232	GCCGCTC	G	257.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.82;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	50156896	rs10401743	T	C	4329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=46;PP=1650;SC=GCTGCCCACGTTGCCCCCGCC;SOR=0.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=34;TCR=46;TR=80;WE=50156904;WS=50156886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	50161807	rs7047	T	C	691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.89;QD=21.62;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	50162909	rs7251	C	G	2357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=27;PP=990;SC=GAGGGCTCAGCTCTCCCCAGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=50162917;WS=50162899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	50167726	rs2304207	C	G	14026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=551;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=156;PP=2965;SC=ATTCCCGTAACCCTGCAGCTC;SOR=0.762;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=292;TCF=136;TCR=156;TR=292;WE=50167734;WS=50167716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,540:1.00:540
chr19	50168927	.	A	C	53	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=1.0000;HP=7;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=2;NR=1;PP=53;QD=29.2570708491;SC=GCTGGAACCCACCCCTGTCTT;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=3;WE=50168935;WS=50168917;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,3:0.75:4
chr19	50169020	rs2304204	T	C	550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=3;PP=392;SC=GCTTTCTTTTTGATCGACTTC;SOR=1.981;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=50169028;WS=50169010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	50182697	rs8109314	T	C	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=51;SC=TGTGGGCATATCCTGCCAGCC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=50182705;WS=50182687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	50183980	rs1433102	TT	CC	1051.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=18;PP=1067;SC=TGCTGCGCACTTCCTAGGGTC;SOR=4.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=18;WE=50183989;WS=50183970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	50187079	rs7260179	A	G	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.814;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	50195770	rs10423579	TT	CG	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.79;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	50216118	rs56405217	T	TG	5390.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=59;PP=2974;SC=TGAGTGGAGCTGGGCGCGCTG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=19;TCR=64;TR=76;WE=50216126;WS=50216108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	50250872	rs8109529	G	A	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=24;PP=729;SC=CCTTGGCTAAGGGGATGGCTT;SOR=4.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=26;WE=50250880;WS=50250862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	50265230	rs1273634	C	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=5;PP=432;SC=GACCTCGGTCCTCCCCAGCGG;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=50265238;WS=50265220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	50296145	rs2302518	T	C	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=6;PP=891;SC=AAACCCCATCTTCCCGACTGC;SOR=3.202;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=32;TCR=6;TR=38;WE=50296153;WS=50296135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	50296391	rs181413803	C	T	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=49;PP=1325;SC=GTGGCCCTGGCATCCCTATGC;SOR=1.636;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=67;WE=50296399;WS=50296381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	50304336	rs1003424	A	G	3742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=58;PP=1701;SC=CTCAGCCTGCAGGGGAGAACA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=96;WE=50304344;WS=50304326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	50304392	rs10421561	T	C	1506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=37;PP=1128;SC=CCCAGGGGTCTCAGGGCAGGC;SOR=1.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=13;TCR=37;TR=50;WE=50304400;WS=50304382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	50304439	rs10421754	T	C	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.03;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=21;PP=751;SC=TCCACCCCAATCCACCTAGCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=50304447;WS=50304429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	50305688	rs2159984	G	C	6714.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=-1.980;SOR=0.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,306:0.67:457
chr19	50308873	rs147959530	G	A	1214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=1.273;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.390;SOR=0.564;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,65:0.39:167
chr19	50308893	rs8101959	T	C	3375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.109;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.364;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=43;PP=1716;ReadPosRankSum=-1.810;SC=CGGGGCCTAATGGAGCCTCCC;SOR=0.870;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=163;TCF=95;TCR=68;TR=109;WE=50308901;WS=50308883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,154:0.66:234
chr19	50310775	rs62129186	C	T	442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-2.058;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=0.460;SC=GGCCTCGGGGCTCTAGCTGGC;SOR=0.551;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=18;WE=50310783;WS=50310765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,18:0.72:25
chr19	50312048	rs11557714	G	A	1924.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.563;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.244;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=54;PP=1021;ReadPosRankSum=2.686;SC=CCCGCAACGGGTCCAGCAGTG;SOR=0.847;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=268;TCF=100;TCR=168;TR=85;WE=50312056;WS=50312038;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,116:0.29:406
chr19	50314458	rs55810357	GA	G	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.699;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.715;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQRankSum=0.901;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.289;SOR=0.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr19	50315423	rs8104825	G	A	500.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=323;ReadPosRankSum=1.434;SC=AAGTGTTGGTGGTCTGCACTC;SOR=0.659;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=21;WE=50315431;WS=50315413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr19	50315698	rs2305919	A	C	1571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=1045;ReadPosRankSum=-0.412;SC=CCTCTCTCAGACCAACCTGCC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=55;WE=50315706;WS=50315688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,64:0.73:88
chr19	50315773	rs2305918	T	A	2498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.234;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=34;PP=1549;ReadPosRankSum=-0.648;SC=CATAGCCAAATTAACAGCTGC;SOR=0.921;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=137;TCF=86;TCR=51;TR=93;WE=50315781;WS=50315763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,111:0.69:160
chr19	50316083	rs35816883	C	T	3439.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.531;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=62;PP=2468;ReadPosRankSum=0.738;SC=GCCCCATCCTCTTTCCATATG;SOR=0.435;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=203;TCF=105;TCR=98;TR=139;WE=50316091;WS=50316073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,141:0.72:196
chr19	50322611	.	T	TGATGGCTTGGGTGGTTGGGGTCCCTGTAAGGGGCCGTGCATGAGG	6257.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=44.07;SOR=1.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	50322619	.	TG	T	2963	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MMLQ=26;MQ=60.22;NF=4;NR=74;PP=2963;QD=20;SC=AGTGATGGCTTGGGGTGGTTG;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=5;TCR=95;TR=78;WE=50322665;WS=50322584;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:22,78:0.78:100
chr19	50331678	rs5828413	CT	C	3668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=29;PP=2365;SC=GATGGCAACCCTGGGGGCTGA;SOR=1.469;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=32;TCR=29;TR=59;WE=50331686;WS=50331668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	50342111	rs10403127	G	A	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=60;PP=1658;SC=ATTAACAGAAGTGGCGCGGCA;SOR=1.483;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=26;TCR=60;TR=86;WE=50342119;WS=50342101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr19	50358170	rs1290657	T	C	2653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=65;PP=2614;SC=TCCCACCCCATCCACTCTGAG;SOR=2.141;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=78;TCF=13;TCR=65;TR=77;WE=50358178;WS=50358160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	50363175	rs1290646	A	G	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=19;PP=1031;SC=CCACGGCATGATGCCGTGGTT;SOR=1.196;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=50363183;WS=50363165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	50379983	rs192507165	G	A	1808.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.278;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=35;PP=776;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CCTTATCGGGGCCGCCCGAGA;SOR=0.523;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=215;TCF=91;TCR=124;TR=67;WE=50379991;WS=50379973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:212,103:0.33:315
chr19	50383591	rs8109661	A	G	10447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=126;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.857;SC=TTTGACCCCGACTATGAACCT;SOR=0.813;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=105;TCR=127;TR=230;WE=50383599;WS=50383581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,403:1.00:405
chr19	50394193	rs56091826	GC	G	249.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.053;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chr19	50411742	rs892028	A	G	10460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=412;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=119;NR=108;PP=2965;SC=TGAGCTGTGCATCGATGTTCT;SOR=0.743;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=227;TCF=119;TCR=108;TR=227;WE=50411750;WS=50411732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr19	50412217	rs1062798	C	G	4407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.90;ReadPosRankSum=0.472;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,174:0.98:177
chr19	50412417	rs999583	G	A	1565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=19;PP=737;SC=TGGGCCCAGTGCTGGTGATGG;SOR=0.760;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=38;WE=50412425;WS=50412407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	50435747	rs283525	T	C	4472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=78;PP=2434;SC=GGAGCCTCCCTTACCCCCCGG;SOR=2.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=13;TCR=78;TR=91;WE=50435755;WS=50435737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr19	50436371	rs8667	G	A	2298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=42;PP=1283;SC=TGTGGCTTCTGGGGGCTGGTC;SOR=1.375;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=66;TCF=22;TCR=44;TR=62;WE=50436379;WS=50436361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	50462244	rs1811375	G	A	4542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.151;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.11;MQRankSum=-0.451;QD=25.52;ReadPosRankSum=-0.585;SOR=0.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,177:0.99:178
chr19	50463670	rs79085301	T	G	3371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=45;PP=2053;SC=TCAGGCTTCTTAGTCAGGGCT;SOR=0.986;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=56;TCR=46;TR=101;WE=50463678;WS=50463660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	50463727	rs80184294	G	A	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=85;NR=57;PP=2816;SC=GGGTCCCTGAGAGCCCTCTCT;SOR=1.116;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=85;TCR=57;TR=142;WE=50463735;WS=50463717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	50463982	rs9676436	T	G	3168.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.824;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=21.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.83;MQRankSum=-7.276;QD=15.02;ReadPosRankSum=-1.006;SOR=1.104;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,127:0.60:211
chr19	50473221	rs377111720	T	C	729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.73;QD=30.41;SOR=6.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	50474673	rs112792790	T	C	215.18	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.920;NF=3;NR=5;PP=111;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTGGAGTCCATTGGGAGGGCA;SOR=0.859;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=50474681;WS=50474663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr19	50475017	rs12462972	G	A	4149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.426;HP=4;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=11.484;NF=50;NR=49;PP=1909;ReadPosRankSum=5.237;SC=TGCCAAATTGGGGGCCCAGGT;SOR=0.368;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=50;TCR=50;TR=99;WE=50475025;WS=50475007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,164:0.95:172
chr19	50475075	rs200713500	GTC	AAT	7291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=52;PP=2937;SC=TGAGCTGCACGTCGATTCTGC;SOR=0.823;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=94;WE=50475085;WS=50475065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	50475114	rs8111526	G	C	4454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=69;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=47;PP=1956;SC=TGGAAAACCTGAGGAACGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=95;WE=50475122;WS=50475104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr19	50475174	rs12462945	A	C	3045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.946;NF=45;NR=37;PP=1584;ReadPosRankSum=-1.014;SC=TCTGTGTCACACACAGCAGCC;SOR=0.294;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=46;TCR=37;TR=82;WE=50475182;WS=50475164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,113:0.99:114
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chr19	50476426	rs35238216	C	T	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.91;SOR=1.316;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	50476467	rs66855472	A	G	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=317;SC=CAACTTGGCCATAACTGACTC;SOR=1.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=50476486;WS=50476457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	50476478	rs58165915	A	G	441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=268;SC=TAACTGACTCATCACCTCCCT;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=50476486;WS=50476457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	50482232	rs8104102	C	T	750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=2;PP=476;SC=GGAAGCTGGGCCCTGGTATGA;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=50482240;WS=50482222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	50492860	rs10424282	C	G	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=3;PP=335;SC=TAAGAAGCATCTCTCTGCGGT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=15;WE=50492868;WS=50492850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	50493120	rs283517	T	C	1825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=13;NR=29;PP=854;SC=ACAAACATTCTACCAAAGATG;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=50493139;WS=50493110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	50493131	rs2304112	G	A	1393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=589;SC=ACCAAAGATGGCATTTTTCAC;SOR=1.371;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=34;WE=50493139;WS=50493110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	50496281	rs113770287	G	GAC	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=13;PP=744;SC=TGCAGACCAGGAGGGAGCCCC;SOR=0.957;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=15;WE=50496289;WS=50496271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	50498604	rs201819422	GAGA	G	2332.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=30;PP=1069;SC=CTAGTTCTCAGAGAAGAAGCA;SOR=1.329;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=37;WE=50498620;WS=50498594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	50500922	rs12459330	C	A	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=8;PP=219;SC=CCTCAATGACCAGGCTCCTCA;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=50500930;WS=50500912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	50504250	rs2115507	T	C	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=115;SC=CTCTCACGACTTGCTGCTTCC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=50504258;WS=50504240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	50511108	rs3816033	T	C	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=14;NR=31;PP=935;SC=AAGAATAAAGTAAAAGCACCA;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=45;WE=50511116;WS=50511098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	50519231	rs1469694	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=361;SC=CACACACGTGTATGCACCTTA;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=50519239;WS=50519221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	50519249	rs1469693	C	T	845.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=545;SC=TTATTCCCACCGCAGAAACAG;SOR=2.546;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=20;TCR=4;TR=23;WE=50519257;WS=50519239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	50534520	rs17661933	G	A	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=282;SC=GCTCCCAGGCGATCTTTTTTA;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=50534528;WS=50534510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	50657786	rs66651303	AG	A	10831.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=104;PP=2966;SC=TGACCCATCCAGGGGAGTCGC;SOR=1.175;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=183;TCF=73;TCR=110;TR=170;WE=50657794;WS=50657776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr19	50662726	rs3745499	G	C	297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.20;ReadPosRankSum=-0.784;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,24:0.26:93
chr19	50762418	rs1651553	A	G	3876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=46;PP=1700;SC=AGCTGGAGCCACGGCTGGTGC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=94;WE=50762426;WS=50762408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	50763886	rs28482851	C	T	11640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=496;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr19	50764005	rs149039486	C	CGT	6036.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.261;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=94;PP=2984;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TGCGTGTGTGCGTGTGTGTGT;SOR=0.541;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=130;TCF=7;TCR=123;TR=99;WE=50764014;WS=50763995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:16,183:0.92:199
chr19	50764079	rs140241247	A	AGT	2124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=50;PP=2170;ReadPosRankSum=1.605;SC=TGTGTGTGCAAGTGTGTGTGC;SOR=2.107;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=54;TCF=1;TCR=53;TR=51;WE=50764087;WS=50764069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,49:0.98:50
chr19	50766403	rs1968381	C	T	168.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=3;PP=78;SC=TTGCAGTGAGCCCAGATCATG;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=50766411;WS=50766393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	50766459	.	AAAAC	A	84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=4;NR=0;PP=84;QD=24.75;SC=CTGTCTCAGAAAAACAAACAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=4;WE=50766470;WS=50766449;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr19	50766707	rs1529492	T	C	1290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=26;PP=733;SC=GTGGCCCCAGTAGGGAGAGGA;SOR=1.426;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=38;WE=50766715;WS=50766697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	50770044	rs3745502	G	A	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=17;PP=801;SC=TGGAGGAGAAGGGATTTGAAC;SOR=0.990;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=41;WE=50770052;WS=50770034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	50771409	rs3745503	A	C	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=6;PP=328;SC=CCTCCCACACACTCCCCAGCT;SOR=1.358;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=50771417;WS=50771399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr19	50775742	rs1651543	A	G	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=7;PP=428;SC=GTGACTGGGGACCTGTGGTCT;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=50775750;WS=50775732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	50779500	rs708133	A	G	190.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9977;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=1.036;SC=GCCTGTGCACATACAGGGCTG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=50779508;WS=50779490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
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chr19	50796352	rs651044	C	A	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=45;NR=25;PP=1379;SC=CTGTAGGTTGCAGCTCATTCC;SOR=1.077;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=45;TCR=25;TR=70;WE=50796360;WS=50796342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	50796905	rs3745509	G	A	1239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=16;PP=509;SC=AGAGCAACTCGGAGCTGCTCA;SOR=0.732;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=50796913;WS=50796895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	50796960	rs3745510	C	T	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=371;SC=CGTGATTGACCGCCCCCACCA;SOR=0.941;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=24;WE=50796968;WS=50796950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	50797131	rs4801826	A	G	51.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr19	50812221	rs889002	A	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=313;SC=GAGTGATGACAGTACCTGGAG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=50812229;WS=50812211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	50813169	rs12978083	A	C	7596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=67;NR=85;PP=2965;SC=ATGGTGCAGCACTCTGGCATT;SOR=0.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=67;TCR=85;TR=152;WE=50813177;WS=50813159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr19	50813263	rs627491	T	G	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=36;PP=1153;SC=AGGGAGGCAATGACTGGAGCT;SOR=2.066;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=13;TCR=38;TR=49;WE=50813271;WS=50813253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	50832152	rs375912738	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	50832224	.	T	G	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.97;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,2:0.25:8
chr19	50832231	.	G	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=-0.000;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=0.493;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
chr19	50837859	rs56849250	C	CA	369.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.61;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	50863023	rs638294	A	G	3387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=41;PP=2093;SC=GCCAGTAGGCAGGGACCGTGA;SOR=1.143;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=107;TCF=64;TCR=43;TR=105;WE=50863031;WS=50863013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	50865535	rs676314	A	G	3719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=51;PP=1648;SC=TAGGTTCAGGATCCTGCGTCC;SOR=0.996;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=29;TCR=51;TR=80;WE=50865543;WS=50865525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	50868754	rs1274517	A	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=12;PP=440;SC=AAGAGGCAGAAAATCCCTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=50868762;WS=50868744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	50880741	rs2695121	T	C	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=23;PP=1912;SC=AGTAGGGTCTTTGGAGAGATG;SOR=2.102;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=85;TCF=60;TCR=25;TR=83;WE=50880760;WS=50880731;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	50881326	rs28514894	T	C	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=2;PP=372;SC=GCTCTTTGCCTGGGGATCTCC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=50881334;WS=50881320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	50881822	rs34296657	A	ACAG	5293.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=24;PP=2308;SC=AGATTCGGAAACAGCAGCAGG;SOR=0.932;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=53;WE=50881830;WS=50881812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr19	50882169	rs2248949	A	G	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.59;SOR=2.457;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	50882172	rs41432149	C	T	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.81;SOR=2.507;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	50882918	rs2303045	G	C	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.26;SOR=6.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	50909389	rs1673041	T	G	1551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=10;PP=936;SC=TCTTCAGGCTTATGTGACGGG;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=33;TCR=10;TR=43;WE=50909397;WS=50909379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	50919797	rs3218776	C	T	1879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	50922370	rs2244095	A	G	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=18;PP=577;SC=GGAGGGGTCCACCCTGTCTCT;SOR=1.044;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=30;WE=50922378;WS=50922360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	50926264	rs1673030	T	C	4828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.132;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	50936378	rs3765069	C	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=5;PP=104;SC=TGGGGGTTCCCGCATCAGTTT;SOR=1.112;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=50936386;WS=50936368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	50938385	rs11669020	C	A	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=38;PP=2205;SC=GTGCAGACCGCATGCTCAACT;SOR=1.353;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=71;TCR=38;TR=109;WE=50938393;WS=50938375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	50939867	rs2004423	G	A	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=14;PP=875;SC=CCCGGCCCTGGACCCAGGTGT;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=50939875;WS=50939857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	50940594	rs2293455	G	C	1647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=9;PP=1183;SC=GCCCAGGCCTGAGCAAGGTTG;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=41;TCR=9;TR=50;WE=50940602;WS=50940584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	50940938	rs35209148	G	T	1612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=22;PP=682;SC=GTCGGATACTGCAGGTGAGCT;SOR=1.057;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=36;TCF=13;TCR=23;TR=35;WE=50940946;WS=50940928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	50945512	rs35951152	G	A	5274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=51;PP=2061;SC=AGAGATCAGCGACCCAGACCT;SOR=0.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=108;TCF=56;TCR=52;TR=107;WE=50945520;WS=50945502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	50951689	rs2445835	A	G	1768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.93;NF=6;NR=38;PP=1034;SC=TAGGGTGTGCATAGCAGTTAG;SOR=2.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=44;WE=50951697;WS=50951679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	50957412	rs35215508	G	A	6842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.027;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=83;PP=2850;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CGAGGACGTGGCTTCCATCTT;SOR=0.247;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=160;WE=50957420;WS=50957402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,266:1.00:267
chr19	50957677	rs36109908	GT	G	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=6.117;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.364;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr19	50958995	rs12980584	T	C	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=416;SC=GGGACAGAGATGGGTGCAGTG;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=50959003;WS=50958985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	50962062	rs3745518	G	A	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=32;PP=1588;SC=GCGTCGTCCCGCCTGCCCTTT;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=68;WE=50962070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	50965272	rs25668	T	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=34;PP=923;SC=CCCTCAACTGTGCTGTCAGAG;SOR=0.916;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=60;WE=50965280;WS=50965262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	50969325	rs1274604	A	G	463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=2;PP=347;SC=ACAGTGGCCTAGGATGGGGCG;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=50969333;WS=50969315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	50981442	rs75088928	G	A	227.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=183;SC=CCCCTTGCCTGTGAGACAAAC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=50981450;WS=50981432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	50982086	rs921938	C	A	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=216;SC=AATGGGGGCCCAGATGGGGAG;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=11;WE=50982094;WS=50982076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	50983930	rs10409679	C	T	2676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=18;PP=1065;SC=TGACGCACCCCGGGGGCTGCC;SOR=1.037;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=50;WE=50983938;WS=50983920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	50986074	rs14031	G	A	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.099;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=37;PP=1150;ReadPosRankSum=0.333;SC=CTGGATGGCCGGGGGCTTCTG;SOR=2.004;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=15;TCR=38;TR=51;WE=50986082;WS=50986063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,51:0.96:53
chr19	51015404	rs12977172	T	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=10;PP=798;SC=CAGGAGGCTCTGCCAGAAGGC;SOR=1.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=40;WE=51015412;WS=51015394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	51015574	rs12976250	G	C	10594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=118;NR=109;PP=2965;SC=AGTCAGTCTGGAGAGCCTGGA;SOR=0.774;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=228;TCF=118;TCR=110;TR=227;WE=51015582;WS=51015564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,408:1.00:408
chr19	51015869	rs2305761	G	A	2803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=39;PP=1560;SC=AGGGGGAGTGGGGTCTTTGCA;SOR=0.732;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=39;TCR=40;TR=77;WE=51015877;WS=51015859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	51017835	rs889131	G	A	8827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=135;PP=2965;SC=CCCAGCTCGCGTCAGCCCAGG;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=85;TCR=135;TR=220;WE=51017843;WS=51017825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	51020903	rs61751956	A	G	2890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=33;PP=983;SC=AGTTGAGGCCAGGCGGGCCTT;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=51020911;WS=51020893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	51021057	rs61751957	A	G	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=8;PP=442;SC=CCCACTGGCCACGGCGGCCGC;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=17;TCR=8;TR=25;WE=51021065;WS=51021047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	51052189	rs11880112	T	C	210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=4;PP=45;SC=CCATGTGGCCTGGGTGCTTGC;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=51052197;WS=51052179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	51159502	rs117025012	G	C	8315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=102;PP=2965;SC=CCTGCGGCAGGTCATTGCAGA;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=76;TCR=102;TR=178;WE=51159510;WS=51159492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr19	51159571	rs4801844	T	G	6548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=78;PP=2920;SC=ACCACCAGCTTCCCAGCCCCT;SOR=0.861;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=53;TCR=79;TR=131;WE=51159579;WS=51159561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	51161088	rs10404821	C	A	415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=3;PP=192;SC=CTCCTTTGACCATAGCGACAG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=51161096;WS=51161078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	51170706	rs3745521	A	G	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=25;PP=743;SC=TCCGCTCGTCACAGGGGCCCG;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=51170714;WS=51170696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	51171188	rs750578	G	A	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=9;PP=578;SC=GGGCCTTGCCGGTCAGCGGGT;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=51171196;WS=51171178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	51206695	rs11671478	G	A	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	51217550	rs3745530	G	A	5165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=50;NR=54;PP=1740;SC=AACCCCGTCTGAGCCATGGGC;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=50;TCR=54;TR=104;WE=51217558;WS=51217540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr19	51228746	rs13866	C	T	12722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=514;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=149;PP=2965;SC=CCCCGCCTCCCTGCCCATCCC;SOR=1.065;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=274;TCF=125;TCR=149;TR=272;WE=51228754;WS=51228736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr19	51228802	rs1053020	T	G	6349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=111;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.630;SC=CTCCGGAATCTCCCTTCCCTT;SOR=0.658;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=182;TCF=69;TCR=113;TR=176;WE=51228810;WS=51228792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,247:1.00:248
chr19	51262620	rs10424138	A	C	2978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=51;PP=1752;SC=CCAGTCTTTGACTTCTGCCCT;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=40;TCR=51;TR=91;WE=51262628;WS=51262610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	51262668	rs12983009	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=39;PP=1171;SC=TCTGTCATCCCGTCCCCGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=53;WE=51262676;WS=51262658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	51293713	.	CCTG	C	51.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.57;ReadPosRankSum=0.595;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:82,8:0.09:90
chr19	51294854	rs117288213	C	T	10083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=116;NR=101;PP=2965;SC=TTTGCCACGACAGCTGACCTC;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=219;TCF=116;TCR=103;TR=217;WE=51294862;WS=51294844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,406:1.00:406
chr19	51321813	rs2411334	A	G	8944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=110;PP=2965;SC=TCCTCACAGTACCTCCACCCC;SOR=0.748;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=99;TCR=111;TR=209;WE=51321821;WS=51321803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr19	51321919	rs3212841	C	CCAGCCTTCGCAGGCCACACCCTGAAGCCACTCTCCACCCGCT	3362.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=44.84;SOR=4.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	51323473	rs5516	C	G	10749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=125;PP=2965;SC=TCGGGTTCCTCGGTGGGCAAC;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=234;TCF=107;TCR=127;TR=232;WE=51323481;WS=51323463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,405:1.00:405
chr19	51323501	rs1054713	A	G	8252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=114;PP=2965;SC=CCTTCACAGCATCTGTGATGG;SOR=0.883;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=87;TCR=114;TR=200;WE=51323509;WS=51323491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr19	51323881	rs2659103	T	G	154.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=2;PP=80;SC=AGATGAAAGATTTTGAGAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=51323889;WS=51323871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	51327163	rs35641597	GC	G	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=6;PP=159;SC=CTGGACAATTGCCCCCCCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=7;WE=51327180;WS=51327153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	51327172	rs56125748	C	G	556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=6;PP=175;SC=TGCCCCCCCCCCCTCCGATCC;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=51327180;WS=51327153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	51330423	rs61752560	C	G	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=31;PP=1018;SC=TGAAGCTGTGCGGGCGAGTGG;SOR=0.920;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=51330431;WS=51330413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	51331199	rs142271509	G	GT	1440.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.31;QD=45.02;SOR=1.681;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	51331204	.	T	TTG	705	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=16;PP=705;QD=43.0;SC=GCCCTGTTTTTGTTTGTTGTT;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=17;WE=51331213;WS=51331194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,17:0.89:19
chr19	51331205	.	G	T	433	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=8;HapScore=2;MGOF=5;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=4;NR=15;PP=433;QD=24.6195375025;SC=CCCTGTTTTTGTTTGTTGTTG;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=51331213;WS=51331194;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr19	51331205	rs372866981	G	GT	1441.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	51358220	rs201712212	C	T	7104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=72;PP=2738;SC=CCATGTGGGTCCCGGTTGTCT;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=68;TCR=72;TR=140;WE=51358228;WS=51358210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	51359497	rs11573	T	C	1423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.14;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	51359503	rs1135766	A	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.09;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	51361315	rs12946	C	T	7630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=113;NR=63;PP=2965;SC=GTCGGCACAGCCTGTTTCATC;SOR=1.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=176;TCF=113;TCR=63;TR=176;WE=51361323;WS=51361305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr19	51361472	rs2003783	C	A	6385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=90;PP=2965;SC=GCCTGCCGAGCTCACGGATGC;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=72;TCR=90;TR=161;WE=51361480;WS=51361462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr19	51361644	rs1810020	A	G	4878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=77;NR=52;PP=2607;SC=CAGGACTCCTAGGTCTGAGGG;SOR=0.972;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=77;TCR=53;TR=129;WE=51361652;WS=51361634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr19	51362716	rs66592214	T	C	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=9;PP=726;SC=CCTGGGCCCTTACCCAGCCTC;SOR=1.519;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=51362724;WS=51362706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	51362803	rs35192866	C	T	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=32;PP=1325;SC=TTCTGATCACCGAACTGACCA;SOR=0.797;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=40;TCR=32;TR=71;WE=51362811;WS=51362793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	51362955	rs45588133	G	A	1253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.879;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=713;ReadPosRankSum=-0.995;SC=TTGTCCCACCGACCTGTCTAC;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=9;TCR=25;TR=33;WE=51362963;WS=51362945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr19	51363398	rs1058205	C	T	7500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=71;NR=101;PP=2965;SC=CCCTATCAACCCCCTATTGTA;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=72;TCR=101;TR=172;WE=51363406;WS=51363388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr19	51378085	rs139063242	G	A	2214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=16;PP=901;SC=CACTGTGGGGGTGTCCTGGTG;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=51378093;WS=51378075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	51380110	rs6070	T	A	4237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=51;NR=46;PP=1916;SC=CACAGCCCAGTTTTTCTCTGA;SOR=0.744;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=97;WE=51380118;WS=51380100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	51380445	rs8105275	G	T	2179.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=56;PP=1486;SC=CAACACAAGAGGTGATTCTCA;SOR=2.570;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=75;TCF=19;TCR=56;TR=73;WE=51380453;WS=51380435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr19	51381777	rs198977	C	T	11851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=135;NR=122;PP=2965;SC=GGTGCATTACCGGAAGTGGAT;SOR=0.752;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=258;TCF=135;TCR=123;TR=257;WE=51381785;WS=51381767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr19	51412668	rs1654551	A	C	2842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=46;PP=1377;SC=GAGACGAGCGATCCTGAGGGC;SOR=1.158;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=28;TCR=46;TR=72;WE=51412676;WS=51412658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	51413790	rs2242669	G	A	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=13;PP=907;SC=AGTTGCAGGGGCACAGCCATG;SOR=1.573;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=45;WE=51413798;WS=51413780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	51413906	rs2978642	A	T	8112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=68;PP=2628;ReadPosRankSum=1.149;SC=CCAAGCACGGACAGACACACA;SOR=0.255;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=80;TCR=68;TR=147;WE=51413914;WS=51413896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,316:1.00:317
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chr19	51447065	rs1701949	T	C	1148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=25;PP=630;SC=AAGGGGGGCATGAGAGAGGCA;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=51447073;WS=51447055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr19	51456015	rs11553092	G	A	1863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.59;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
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chr19	51465200	rs112376245	A	AC	263.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.043;HP=7;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=179;ReadPosRankSum=1.171;SC=CTCCCCAGTCACCCCCCAACC;SOR=1.634;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=8;WE=51465208;WS=51465190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr19	51466516	rs1654537	A	G	1910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=11;PP=942;SC=CACTTCCCCAAGTAGCCAGTA;SOR=1.418;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=51466524;WS=51466506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	51480671	rs59354651	AGGTT	A	3113.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=21;PP=2141;SC=ACAGGGCATGAGGTTGGTTTA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=22;TCR=23;TR=41;WE=51480682;WS=51480661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	51482969	rs1701924	C	T	1057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=7;PP=780;SC=CCCAGTCACTCGGGTCAAGCT;SOR=2.712;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=34;WE=51482977;WS=51482959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	51484984	rs1991820	C	T	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.36;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr19	51485013	rs1991818	C	T	2760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=20;PP=921;SC=GAGACTTGGGCGGCACCTACT;SOR=1.134;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=53;WE=51485021;WS=51485003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	51485194	rs1654523	C	T	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=48;PP=1497;SC=TGGAGGAGCACGTGGGTAGCT;SOR=0.922;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=37;TCR=48;TR=85;WE=51485202;WS=51485184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	51485622	rs2659067	A	G	4420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=55;PP=1950;SC=GATAGCAGTAAGATCTGCAGG;SOR=0.815;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=47;TCR=55;TR=102;WE=51485630;WS=51485612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	51487067	rs1275221	T	C	7709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr19	51487175	rs1624358	T	G	3860.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=43;NR=66;PP=2090;SC=AAAATCTTCATCCCTCTGCTG;SOR=1.148;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=43;TCR=66;TR=109;WE=51487183;WS=51487165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	51499195	rs1612902	T	C	340.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.209;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=279;ReadPosRankSum=0.265;SC=CCCCACCTAGTCTGCCAGCAG;SOR=0.914;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=20;WE=51499203;WS=51499185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,18:0.38:48
chr19	51503524	rs1701946	T	C	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.761;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=0.363;SOR=0.801;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,32:0.24:131
chr19	51504075	rs1701947	A	T	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=44;ReadPosRankSum=-0.086;SC=ACAGGCCCCGAGTACTCCCAG;SOR=0.693;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=6;WE=51504083;WS=51504065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
chr19	51507020	rs2075802	T	G	1527.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.807;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=18;PP=661;ReadPosRankSum=-2.846;SC=CCGAGATGTGTCCAGGGTATG;SOR=0.872;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=147;TCF=84;TCR=63;TR=47;WE=51507028;WS=51507010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,91:0.33:278
chr19	51518222	rs2075696	G	A	212.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.643;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.60;ReadPosRankSum=-0.107;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,11:0.39:28
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chr19	51519236	rs2075690	A	G	705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=1.364;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.58;ReadPosRankSum=2.936;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,49:0.32:154
chr19	51519259	rs2075689	C	T	1031.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.199;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=410;ReadPosRankSum=-0.589;SC=TGGCCAGCTTCAGCAACATGA;SOR=0.584;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=120;TCF=73;TCR=47;TR=38;WE=51519267;WS=51519249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:132,63:0.32:195
chr19	51519346	rs1061368	G	C	752.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.75;ReadPosRankSum=0.828;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,53:0.26:201
chr19	51519364	rs2075688	T	G	806.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=0.147;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,53:0.28:186
chr19	51519451	rs2075687	T	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.398;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=298;ReadPosRankSum=0.947;SC=AAACCCTTCATAGGGACTGGG;SOR=0.766;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=20;WE=51519459;WS=51519441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,29:0.37:79
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chr19	51520487	rs3745535	A	C	313.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.064;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=95;ReadPosRankSum=-0.980;SC=GCGCACGGGGAGCCATAGGCT;SOR=0.676;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=9;WE=51520495;WS=51520477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,19:0.32:60
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chr19	51566873	rs10426620	G	A	831.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=438;ReadPosRankSum=1.887;SC=TCCACAAGGCGTAGCGTGTGG;SOR=0.576;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=30;WE=51566881;WS=51566863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr19	51566943	rs2736433	G	A	818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=361;ReadPosRankSum=0.863;SC=AGGGAGTGTCGCCAGAGGAGA;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=55;TCR=37;TR=31;WE=51566951;WS=51566933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:118,53:0.31:171
chr19	51567176	rs2736431	G	A	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.071;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.734;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=12;PP=237;ReadPosRankSum=1.277;SC=TAACATCTGCGTCTGTCCCCG;SOR=0.564;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=24;WE=51567184;WS=51567166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,35:0.26:137
chr19	51567990	rs10500306	T	C	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=28;PP=470;ReadPosRankSum=-1.029;SC=CGCGAACCCATGTCTTTCAGC;SOR=0.732;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=33;TCR=60;TR=42;WE=51567998;WS=51567980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,55:0.41:134
chr19	51568029	rs2736434	G	T	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=248;ReadPosRankSum=-1.674;SC=AGCCTTGAACGCGGGAGGGGC;SOR=0.722;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=54;TCF=15;TCR=39;TR=20;WE=51568037;WS=51568019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,25:0.38:66
chr19	51568066	rs12979090	A	G	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=121;ReadPosRankSum=0.385;SC=TGGGAGGTGAAGGGTCTGGGG;SOR=0.200;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=9;WE=51568074;WS=51568056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr19	51656218	rs273661	G	C	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=4;PP=537;SC=CTATACAGAGGAATATATCCG;SOR=2.215;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=51656226;WS=51656208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	51656454	rs273662	A	T	2577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=33;PP=1153;SC=ACCTATCAGGACAAGAAGCCA;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=51656462;WS=51656444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	51675378	.	G	A	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.576;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.904;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=304;ReadPosRankSum=-0.270;SC=TAGTGGCTGTGAAGATCCTGC;SOR=1.018;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=71;TCF=27;TCR=44;TR=21;WE=51675386;WS=51675368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,27:0.24:112
chr19	51728477	rs12459419	C	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=1.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;QD=4.98;ReadPosRankSum=-1.532;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,58:0.31:185
chr19	51728641	rs2455069	A	G	2708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.315;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=52;PP=1649;ReadPosRankSum=2.037;SC=CATTATATCCAGGGACTCTCC;SOR=0.634;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=106;WE=51728649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,123:0.71:173
chr19	51738917	rs35112940	G	A	1297.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.002;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=28;PP=730;ReadPosRankSum=0.536;SC=CCCTACCACAGGGTCAGCCTC;SOR=0.783;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=143;TCF=70;TCR=73;TR=53;WE=51738925;WS=51738907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,72:0.34:214
chr19	51767205	rs6509523	C	T	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.93;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:178,54:0.23:232
chr19	51815243	rs4802779	G	C	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,16:0.80:20
chr19	51825238	rs34297802	C	T	497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=3.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.19;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.413;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:119,37:0.24:156
chr19	51835892	rs11402251	T	TG	6452.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.378;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.404;NF=10;NR=102;PP=2965;ReadPosRankSum=2.168;SC=CTGGGGTCTGTGCCTGGAAGA;SOR=0.810;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=10;TCR=105;TR=112;WE=51835900;WS=51835882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,244:0.99:247
chr19	51837332	rs10418551	A	G	1353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.547;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=753;ReadPosRankSum=0.561;SC=GTAGGAGGGCAGGATGGATGA;SOR=0.668;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=49;WE=51837340;WS=51837322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,62:0.69:90
chr19	51841417	rs34380065	C	T	4180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=86;PP=2408;ReadPosRankSum=1.030;SC=CTCCCCCAACCGTGTCTCTGC;SOR=0.664;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=177;TCF=60;TCR=117;TR=134;WE=51841425;WS=51841407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,184:0.65:283
chr19	51843589	rs6509528	G	T	4243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.938;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,202:0.65:309
chr19	51843808	rs7259266	C	T	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=69;PP=1744;ReadPosRankSum=-1.185;SC=CCTCTGAGCGCATCCGGGGCG;SOR=0.652;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=57;TCR=86;TR=114;WE=51843816;WS=51843798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,140:0.80:175
chr19	51844978	rs8105710	G	T	2832.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=51;PP=1509;ReadPosRankSum=1.441;SC=CAGAGAAGGGGGAAACCGGGC;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=124;TCF=56;TCR=68;TR=92;WE=51844986;WS=51844968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,127:0.71:178
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chr19	51850290	rs1130426	G	A	1447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.945;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.685;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,93:0.30:305
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chr19	51883727	rs2547318	G	A	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=70;NR=43;PP=2074;SC=TCTGCCCCAGGCACTGACCTT;SOR=0.964;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=113;TCF=70;TCR=43;TR=113;WE=51883735;WS=51883717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr19	51917735	rs1974821	G	A	3414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=31;PP=1354;SC=GAAACGCTCCGTTGGAGAATG;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=69;WE=51917743;WS=51917725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	51918112	rs3810099	A	G	6678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=84;PP=2569;SC=TCTGGGCCCCATGGACGTTCC;SOR=0.858;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=63;TCR=84;TR=147;WE=51918120;WS=51918102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	51918135	rs1833785	G	T	5080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=45;NR=70;PP=2077;SC=GCCTCACAGCGGAGCCTGAGG;SOR=0.992;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=45;TCR=71;TR=115;WE=51918143;WS=51918125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,196:1.00:196
chr19	51918360	rs61741672	A	G	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=26;NR=18;PP=767;SC=AGCTTCGGGGAGTCTGAGGGG;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=26;TCR=18;TR=44;WE=51918368;WS=51918350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	51918394	rs35546227	T	G	2060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=22;PP=1076;SC=CTCAGCAGGGTCCCCTTCCTG;SOR=1.108;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=35;TCR=22;TR=57;WE=51918402;WS=51918384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	51918901	rs112905231	G	A	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=34;PP=970;SC=GGCTCTAGACGGACCAGGGGC;SOR=2.476;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=43;WE=51918909;WS=51918891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	51919140	rs3810101	G	A	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.91;QD=26.80;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	51919240	rs79484306	C	T	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.14;MQRankSum=-4.227;QD=2.46;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=0.655;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,14:0.22:63
chr19	51919263	rs7258951	G	T	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=-5.419;QD=3.85;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,9:0.18:49
chr19	51919267	rs7258638	A	G	185.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-5.356;QD=3.87;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr19	51919279	rs200737875	A	G	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-5.413;NF=3;NR=3;PP=151;ReadPosRankSum=-1.971;SC=GGCCCCAGGGATGGGACGAGG;SOR=0.544;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=6;WE=51919287;WS=51919253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,8:0.19:43
chr19	51919434	rs375392809	GA	G	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.091;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr19	51919507	rs62114257	T	C	7170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=74;NR=54;PP=2236;SC=CCTCATCCCCTGAAGCCTTTT;SOR=0.878;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=128;WE=51919515;WS=51919497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr19	51919998	rs61741677	T	C	2672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.77;QD=25.45;SOR=1.115;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	51920240	rs112587079	G	T	3368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=42;PP=1861;SC=TTCTTGTGCTGCAGGGGTCCC;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=49;TCR=42;TR=91;WE=51920248;WS=51920230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	51984725	rs8106673	T	A	4278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=41;PP=2057;SC=GCTGACTGCCTCACAAATGTC;SOR=1.082;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=109;TCF=68;TCR=41;TR=109;WE=51984733;WS=51984715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr19	51994813	rs16982733	G	T	212.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=81;SC=ATGGAGGGCTGTTAATTCTAA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=51994821;WS=51994803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	51994851	rs16982735	C	G	636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=2;PP=172;SC=TTCTTTGCTGCAGGGGTCGTG;SOR=1.136;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=51994859;WS=51994841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	52000624	rs3752135	T	G	1762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=18;PP=1014;SC=GATGCAGAAGTACAGGAAGAC;SOR=1.318;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=34;TCR=18;TR=52;WE=52000632;WS=52000614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	52000659	rs28744388	G	A	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=30;PP=1465;SC=CAGCTCCCCCGAATGCCCCTA;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=78;WE=52000667;WS=52000649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
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chr19	52000904	rs2864097	T	G	1071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.97;SOR=3.086;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr19	52001396	rs61743963	G	A	3799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=45;PP=1854;SC=GCACCCCAAGGTTCGAGGACT;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=91;WE=52001404;WS=52001386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr19	52002291	rs73051351	A	C	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	52002317	rs4801871	G	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	52002488	rs968491	C	A	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	52002493	rs59372820	T	A	2683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.73;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	52003331	rs6509544	G	C	4024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=43;PP=1993;SC=GGAATCGACCGTGGGTATCCT;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=57;TCR=43;TR=100;WE=52003339;WS=52003321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	52004551	rs3810109	C	T	4904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=43;PP=2256;SC=TCTTGGAGCCCGTGCCTTACC;SOR=0.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=105;TCF=61;TCR=44;TR=104;WE=52004559;WS=52004541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	52004903	rs16982743	G	A	10667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=424;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=93;NR=137;PP=2965;SC=ACGGACTTCTGCATTGTCAGC;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=232;TCF=93;TCR=139;TR=230;WE=52004924;WS=52004893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,414:1.00:414
chr19	52034339	rs73053415	G	A	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=29;PP=1268;SC=CTCCCAAGACGGGGCTCCCGT;SOR=0.723;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=58;WE=52034347;WS=52034329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	52085095	rs35431178	G	A	1105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=11;PP=624;SC=AAAAGGAGCCGCGTGTGGAGG;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=52085103;WS=52085085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	52085291	rs1543923	T	C	772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=389;SC=GCTATAAATGTTAAATGTCCT;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=52085299;WS=52085281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	52090014	rs35625154	C	T	4487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=69;NR=60;PP=2424;SC=GGATGCTGACCGCACAAAGAA;SOR=0.915;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=69;TCR=60;TR=129;WE=52090022;WS=52090004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	52090100	rs45541134	T	C	6094.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=78;NR=67;PP=2965;SC=CAGAAAGCAATTGTGAATATA;SOR=0.793;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=146;TCF=79;TCR=67;TR=145;WE=52090108;WS=52090090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr19	52097177	rs7253296	T	C	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=9;PP=1445;SC=TCCTTGGTTTTGGGATCTTGC;SOR=2.391;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=61;TCF=52;TCR=9;TR=60;WE=52097185;WS=52097167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	52101918	rs1868947	T	C	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=41;PP=1155;SC=GTGCAGCACATGGTGCTTGTG;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=29;TCR=41;TR=70;WE=52101926;WS=52101908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	52102232	rs58593232	TGA	T	2716.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=22;PP=1073;SC=ATCATCTTAGTGAGAGATGAA;SOR=1.044;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=52102241;WS=52102222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	52104489	rs8113451	C	G	930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=6;PP=495;SC=ACATGGTGGACACCGTGCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=52104497;WS=52104479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	52104560	rs3752127	T	C	2022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	52104713	rs3752126	G	C	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=22;PP=494;SC=TGCTGGACCTGGTGCACTCGG;SOR=1.371;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=27;WE=52104721;WS=52104703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	52132524	.	TAC	T	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.039;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=62;ReadPosRankSum=-0.941;SC=CTGTCTTCCTTACACACACAC;SOR=0.495;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=24;TCF=11;TCR=13;TR=5;WE=52132539;WS=52132514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,12:0.33:36
chr19	52148980	rs11424909	C	CA	496.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.93;MQRankSum=-2.235;QD=16.56;ReadPosRankSum=0.430;SOR=1.532;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,21:0.70:30
chr19	52148981	rs28477771	C	A,CA	1724.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=39;NR=21;PP=867;SC=ACACACACACCCCCCTCACTC;SOR=1.536;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=44;TCR=23;TR=60;WE=52148989;WS=52148967;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.30,0.70:30
chr19	52196453	rs12976445	T	C	2926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=33;PP=1354;SC=TCTCTGTGCCTATCTCCATCT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=40;TCR=34;TR=72;WE=52196461;WS=52196443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	52196812	rs11881781	G	C	3009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=31;PP=1517;SC=GTGCCGTCCCGTCTGCCCTGC;SOR=0.844;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=41;TCR=31;TR=72;WE=52196820;WS=52196802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr19	52208277	rs11382950	G	GC	3407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=30;PP=2021;SC=TGGTGTCCAGGCTCCGGGACC;SOR=0.883;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=48;TCF=18;TCR=30;TR=45;WE=52208285;WS=52208267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	52208492	rs34764077	G	C	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=29;PP=899;SC=GTAGGAGGAGGTGCAGCAAGC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=52208500;WS=52208482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	52223121	rs7248778	A	G	987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=17;PP=553;SC=GAGCAGCGGCAGGCTGCAGGA;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=52223129;WS=52223111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	52223180	rs56166910	A	G	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=20;PP=527;SC=AGGAAGGGGCATGAGTCCCGG;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=52223188;WS=52223170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	52223266	rs57088533	T	C	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	52227137	.	TAC	T	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.08;ReadPosRankSum=1.342;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr19	52249211	rs867228	T	G	4193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=78;NR=47;PP=2167;SC=TGCCTGTAACTCCACCTCTGC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=125;TCF=78;TCR=47;TR=125;WE=52249219;WS=52249201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	52249947	rs2070745	C	G	5052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=61;NR=69;PP=2382;SC=ATGGTAAAGACGAATTTGCAC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=61;TCR=69;TR=130;WE=52249955;WS=52249937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr19	52328133	rs7254019	G	A	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=58;PP=1479;SC=TTCTGACAGTGTTTTTCTTCC;SOR=3.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=8;TCR=59;TR=66;WE=52328141;WS=52328123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	52376507	rs2288868	T	C	5595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=92;NR=72;PP=2879;SC=TTTCCGCATTTGCTGCATCTG;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=164;WE=52376515;WS=52376497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr19	52376952	rs8107969	T	A	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=41;PP=1161;SC=TACTCTGGATTACAAAACCTA;SOR=1.090;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=24;TCR=41;TR=65;WE=52376960;WS=52376942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	52520714	rs12976476	G	T	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=380;SC=CCCAGCACTTGGGGAGGCTGA;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=52520722;WS=52520704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	52537202	rs73053910	C	T	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=36;PP=1288;SC=CTTGGCAAAGCCTCTTCCACA;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=31;TCR=36;TR=67;WE=52537210;WS=52537192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	52693277	rs13344984	T	C	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.694;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=2.365;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.236;SOR=0.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr19	52693289	rs67495004	G	GC	777.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=3.431;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.430;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.240;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr19	52693298	rs17554825	A	G	771.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.470;QD=10.02;ReadPosRankSum=-1.160;SOR=0.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr19	52704961	rs10420138	T	C	1530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.575;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=25;PP=696;ReadPosRankSum=0.822;SC=GGTGTCACCTTCATAAGACCC;SOR=0.624;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=145;TCF=76;TCR=69;TR=49;WE=52704969;WS=52704951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:181,87:0.32:268
chr19	52786700	.	CT	C	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;ClippingRankSum=0.000;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.96;ReadPosRankSum=-0.128;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,29:0.29:99
chr19	52793261	rs10418171	G	A	1186.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=11;PP=730;ReadPosRankSum=0.332;SC=CTCAAAAAAAGTGCAAAAAAC;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=60;TCF=44;TCR=16;TR=43;WE=52793269;WS=52793251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,51:0.73:70
chr19	52800516	rs67621412	C	A	3095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.19;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	52803669	rs3217319	CTG	C	6249.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=59;PP=2969;SC=AAGAGTCATGCTGTGTGATGA;SOR=0.790;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=87;TCF=24;TCR=63;TR=80;WE=52803678;WS=52803659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	52825032	rs13343641	C	T	1988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=28;PP=1216;SC=TGTCAAAACCCCCATTTTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=58;TCF=29;TCR=29;TR=57;WE=52825040;WS=52825022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	52825235	rs8102373	A	G	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=35;PP=1238;SC=GTCGCAATTCACACCTTGCAG;SOR=0.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=30;TCR=35;TR=65;WE=52825243;WS=52825225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr19	52852523	rs321953	T	C	2790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=44;PP=1613;SC=GTTCTCTCTGTTTCTTTCTGA;SOR=0.900;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=52852531;WS=52852513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr19	52856955	rs1961205	C	T	2600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=61;NR=24;PP=1597;SC=CATTCATGGACGTGGCCATCG;SOR=1.683;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=61;TCR=24;TR=85;WE=52856963;WS=52856945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	52868883	rs11881435	G	A	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=51;SC=GGCTGATTCTGGTCCCTCCAC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=52868891;WS=52868873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	52869022	rs2241586	G	T	1254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=12;PP=526;SC=AACCCTTGAGGCACATCTGTC;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=31;WE=52869030;WS=52869012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	52869278	rs321937	G	C	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=24;PP=1337;SC=TTTAGAGTCCGTGCAAGCCTT;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=37;TCR=24;TR=60;WE=52869286;WS=52869268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	52869312	rs162120	T	C	2511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=32;PP=1347;SC=TAATCCATACTGCAGAGAAAC;SOR=0.892;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=43;TCR=32;TR=74;WE=52869320;WS=52869302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	52869534	rs162119	G	A	5331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=69;NR=74;PP=2804;SC=GAGAGTGTTCGGGACTTACTA;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=69;TCR=74;TR=143;WE=52869542;WS=52869524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	52873023	rs707312	A	G	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=0;PP=615;SC=CTCTGCCGGGACACAATCTAT;SOR=6.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=22;TCF=22;TCR=0;TR=22;WE=52873031;WS=52873021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	52877464	.	AT	A	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=0.395;SOR=0.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr19	52882655	rs71304201	C	CT	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.77;MQRankSum=0.736;QD=4.44;ReadPosRankSum=1.562;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr19	52905067	rs324091	A	C	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=26;PP=942;SC=CTCAGTTAGGATAAATCAGAC;SOR=0.941;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=52905075;WS=52905057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	52909303	rs2290745	C	T	9581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=110;NR=104;PP=2965;SC=ATAATGTCCCCTCAGAAGCCG;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=214;TCF=110;TCR=104;TR=214;WE=52909311;WS=52909293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr19	52909458	rs2245620	T	G	1225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=36;PP=950;SC=CTTTCTTCAGTTATTCTCCTC;SOR=2.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=9;TCR=36;TR=45;WE=52909466;WS=52909448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	52909989	rs11668956	A	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=16;PP=426;SC=TGCGGTGGCAATCATAGCTCA;SOR=2.200;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=52909997;WS=52909979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	52917590	rs162124	G	A	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=51;PP=1476;SC=GGGACTGAACGAAGGGGGCGA;SOR=1.413;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=22;TCR=51;TR=73;WE=52917598;WS=52917580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr19	52917626	rs162123	A	G	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=35;PP=949;SC=ACAAAGGTGTATATTTGGAAG;SOR=2.448;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=43;WE=52917634;WS=52917616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	52920006	rs10664588	C	CTG	6215.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=65;PP=2957;SC=TCCCTACAAACTGTATGGCAA;SOR=1.058;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=73;TCF=7;TCR=66;TR=71;WE=52920014;WS=52919996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	52937100	rs2560996	G	T	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=27;PP=1488;SC=TGTGGATTTGGCGCAGTGCTC;SOR=1.232;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=49;TCR=27;TR=76;WE=52937108;WS=52937090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	52937339	rs17780173	G	A	7162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=93;PP=2965;SC=CCCTAGGTGAGGATAATGTCC;SOR=0.965;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=64;TCR=93;TR=155;WE=52937347;WS=52937329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr19	52937487	rs2608546	G	A	1650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=30;PP=826;SC=AGTGGCTCACGCCTGTAATCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=52937495;WS=52937477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	52937530	rs2560997	C	T	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=21;PP=607;SC=AAATGGTTCACGAGGTCAGGA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=52937538;WS=52937520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	52938361	rs11084161	C	A	6010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=60;PP=2313;SC=CTGAGTGTTACCTCCATGTTG;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=75;TCR=61;TR=135;WE=52938369;WS=52938351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr19	52938417	rs11084162	A	G	6394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=77;PP=2336;SC=AGTGAAAATAATAAACAATCC;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=135;WE=52938425;WS=52938407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr19	52938459	rs11084163	A	G	4611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=71;PP=2130;SC=AGGTGTGAACACAGGTGAGAG;SOR=1.005;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=42;TCR=71;TR=113;WE=52938467;WS=52938449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr19	52940931	rs1428179	A	T	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=1;PP=175;SC=TTTCTGTCAGACTTTAAACAT;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=52940939;WS=52940921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	52941171	rs1428180	T	C	2231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=28;PP=1250;SC=ATAAGTTTTTTCAGTGTCAAA;SOR=0.793;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=33;TCR=29;TR=61;WE=52941179;WS=52941161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr19	52941540	rs1366257	G	A	4777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.035;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=60;PP=2416;ReadPosRankSum=-0.596;SC=AAAGAATGTGGGAAAGTCTTT;SOR=0.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=123;TCF=62;TCR=61;TR=121;WE=52941548;WS=52941530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,176:0.99:177
chr19	52941618	rs1366258	A	C	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=56;PP=2552;SC=AAATGTAGTGAATGTGGCAAA;SOR=0.853;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=125;TCF=68;TCR=57;TR=124;WE=52941626;WS=52941608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	52941847	rs1366259	A	T	4588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=60;PP=2482;ReadPosRankSum=-0.584;SC=TTCATACTGGAGAGAAACCTT;SOR=0.263;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=67;TCR=60;TR=126;WE=52941855;WS=52941837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,170:0.99:171
chr19	52942159	rs2608497	A	G	8360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=112;NR=104;PP=2965;SC=CAAACCTTCAACGACATAGGA;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=216;TCF=112;TCR=104;TR=216;WE=52942167;WS=52942149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr19	52942445	rs2608498	C	T	10324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=143;NR=112;PP=2965;SC=AGAGAAGCCTCACAGTTGTAA;SOR=0.839;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=255;TCF=143;TCR=112;TR=255;WE=52942453;WS=52942435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,393:1.00:393
chr19	52942495	rs2561001	G	A	14799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=124;PP=2965;SC=CACACCTTGCGCGACATAGGA;SOR=0.730;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=127;TCR=124;TR=251;WE=52942503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,381:1.00:381
chr19	52942734	rs2446079	C	T	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=34;PP=965;SC=CAGTGGCTCACGTCTGTAATC;SOR=1.888;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=10;TCR=34;TR=44;WE=52942742;WS=52942724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	52954507	rs324104	T	C	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.97;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	53014346	rs161931	G	A	10365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=138;NR=145;PP=2965;SC=TGAGACTGGCGAAGCCTTTAA;SOR=0.720;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=284;TCF=138;TCR=146;TR=283;WE=53014354;WS=53014336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr19	53015384	rs4802965	A	G	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.471;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=31;PP=813;ReadPosRankSum=1.735;SC=TGATTCATCAATCAAGCCTTG;SOR=0.747;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=220;TCF=112;TCR=108;TR=66;WE=53015392;WS=53015374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,83:0.28:297
chr19	53075726	rs162834	G	A	660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.228;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=309;ReadPosRankSum=-0.257;SC=AACTTGCAAAGGAAGTTTCTT;SOR=0.414;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=20;WE=53075734;WS=53075716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,30:0.60:50
chr19	53077280	rs162833	C	G	4508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.346;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=48;PP=1887;ReadPosRankSum=-0.389;SC=GTGTTACAGGCAGGAGGTGTG;SOR=0.605;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=194;TCF=115;TCR=79;TR=117;WE=53077288;WS=53077270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,208:0.62:334
chr19	53077411	rs162832	T	C	4204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.360;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=70;PP=2255;ReadPosRankSum=1.033;SC=ATGGCTCTTCTTCAGGTGAGA;SOR=0.524;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=209;TCF=94;TCR=115;TR=133;WE=53077419;WS=53077401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,188:0.65:290
chr19	53085659	rs366793	C	T	6595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=486;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.500;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=84;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.063;SC=ATGACAAAAACCAAAAAGTTG;SOR=0.899;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=299;TCF=131;TCR=168;TR=200;WE=53085667;WS=53085649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,295:0.61:485
chr19	53086032	rs427127	C	T	2761.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=36;PP=1436;ReadPosRankSum=-1.087;SC=ATTTAGGAGACAAACAGTATA;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=79;TCR=55;TR=88;WE=53086040;WS=53086022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,124:0.68:182
chr19	53086124	rs373554	C	A	5387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.975;NF=85;NR=70;PP=2528;ReadPosRankSum=-0.079;SC=AATCCTTACACGTGTAATGAG;SOR=0.696;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=228;TCF=125;TCR=103;TR=155;WE=53086132;WS=53086114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,251:0.68:371
chr19	53116933	.	GCCACACTCATTACATTTGTAAGGTTTCTCTCCAGTGTGGATTCTCTGATGTTGTGCAAGGTGTGAAATATGATGGAAGACCTTT	G	4054.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.631;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-3.777;QD=15.84;ReadPosRankSum=-1.307;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,125:0.49:256
chr19	53117017	.	T	G	892	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=24;MQ=57.12;NF=16;NR=31;PP=892;QD=19.7185364372;SC=GGAAGACCTTTCCACATACAT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=89;TCF=33;TCR=56;TR=47;WE=53117025;WS=53117007;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:42,47:0.53:89
chr19	53117531	rs1056185	C	T	2642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=31;PP=1514;SC=GCCACGCTCACTACATTTGTA;SOR=0.848;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=68;WE=53117539;WS=53117521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	53117809	rs10406458	C	A	4618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=43;NR=69;PP=2041;SC=CATCCTTTCTCCCATGCATGT;SOR=1.068;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=116;TCF=44;TCR=72;TR=112;WE=53117817;WS=53117799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	53270384	rs1820128	A	G	10004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.826;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=378;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.954;NF=127;NR=164;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TGACATCTACAATGGCATGTA;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=294;TCF=128;TCR=166;TR=291;WE=53270392;WS=53270374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,371:0.99:373
chr19	53303527	rs8107444	A	G	7267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=102;NR=88;PP=2965;SC=TTCATTACACATGTATGGTTT;SOR=0.821;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=103;TCR=88;TR=190;WE=53303535;WS=53303517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr19	53303890	rs57548937	C	G	6870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=92;PP=2965;SC=AGTATGAATCCTCTTATGTCT;SOR=0.701;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=184;TCF=92;TCR=92;TR=183;WE=53303898;WS=53303880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr19	53304563	rs13382164	T	C	7029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=114;NR=93;PP=2965;SC=CAACAAATTCTTTGGGATGTT;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=208;TCF=114;TCR=94;TR=207;WE=53304571;WS=53304553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
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chr19	53343939	rs9749464	T	G	7032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=137;NR=64;PP=2965;SC=CTTACAGGGTTGAATTGTGAT;SOR=1.345;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=201;TCF=137;TCR=64;TR=201;WE=53343947;WS=53343929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr19	53344118	rs10419826	C	G	5950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.11;QD=28.34;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
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chr19	53344919	rs58239286	T	G	5790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=72;PP=2965;SC=TTTTCTCTCATGTGTACTTCC;SOR=0.723;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=81;TCR=72;TR=153;WE=53344927;WS=53344909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	53345447	rs60596790	C	T	4186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=85;PP=2363;SC=TAAGTACAGACGGTATATAAT;SOR=1.564;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=35;TCR=85;TR=120;WE=53345455;WS=53345437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	53345480	rs142157651	GA	G	1414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.16;NF=1;NR=49;PP=1133;SC=AAATATCACAGAAAAAAAACA;SOR=3.647;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=56;TCF=1;TCR=55;TR=50;WE=53345488;WS=53345470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	53345515	rs62117470	G	A	805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=569;SC=CTTCCCAAACGTGAGCTTCAA;SOR=2.910;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=53345523;WS=53345505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	53351266	rs7256165	C	T	2402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=17;PP=959;SC=ACGAGAAATACCCACAGGTAT;SOR=1.105;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=49;WE=53351274;WS=53351256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr19	53369486	.	CAT	C	134	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=134;QD=48.0;SC=TATGATTATACATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=53369495;WS=53369478;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	53369845	rs11669868	C	T	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=9;PP=494;SC=TTTATCATGTCGAGCTCTTTG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=19;WE=53369853;WS=53369835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	53370122	rs71700464	CAAAAAA	C	436.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.88;QD=33.59;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	53384185	rs6509701	C	T	8308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=94;PP=2965;SC=ATGCGAGGTACGCTTTTGTAC;SOR=0.780;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=109;TCR=94;TR=203;WE=53384193;WS=53384175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr19	53453777	rs8110062	C	T	8624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=129;NR=105;PP=2965;SC=CAGTATGAATCTTCCTATGTC;SOR=0.841;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=237;TCF=132;TCR=105;TR=234;WE=53453785;WS=53453767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr19	53454475	rs33949217	C	CACT	8618.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=59;PP=2924;SC=GAGGAAGCACCGATAGACTTG;SOR=0.908;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=100;WE=53454483;WS=53454465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	53454789	rs12459008	A	T	8263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=111;PP=2965;SC=TTCTCCTGTAATACTGTGCCT;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=186;TCF=75;TCR=111;TR=186;WE=53454797;WS=53454779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr19	53456490	rs66502718	C	CA	206.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=0;NR=5;PP=100;SC=ACTAAAAATACAAAAAAAAAA;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=5;WE=53456498;WS=53456480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	53456645	rs66883833	C	CAA	33.37	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=11.12;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	53552435	rs1661937	C	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.30;QD=23.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	53553125	rs150642692	C	T	7890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=123;NR=130;PP=2965;SC=ACACTGTCCCCACATGGCCAA;SOR=0.760;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=253;TCF=123;TCR=130;TR=253;WE=53553133;WS=53553115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr19	53553497	rs2195311	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=28.14;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	53553686	rs12975552	G	A	1421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=30;PP=1199;SC=TCTTAGCAGAGCAGGGTGGAG;SOR=0.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=53;WE=53553694;WS=53553676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	53571306	rs2288421	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=306;SC=AAGGAGTGAATTGTACCTAAT;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=53571314;WS=53571298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	53576465	rs329734	C	G	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=2;PP=806;SC=ATGTAAGTGACAACATGCAGT;SOR=4.615;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=31;TCF=29;TCR=2;TR=31;WE=53576473;WS=53576455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	53576589	rs329733	C	G	8669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.844;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,340:1.00:340
chr19	53577419	rs8105668	G	C	1249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.51;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	53577668	rs167918	C	G	694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=14;PP=399;SC=TGCCTGTAATCCCAGCATTTT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=53577676;WS=53577658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	53589677	rs329718	C	T	3774.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.07;NF=33;NR=57;PP=1728;SC=CACAGTCACACGCACAGATCT;SOR=1.063;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=33;TCR=57;TR=90;WE=53589685;WS=53589667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr19	53612055	rs10410030	T	C	5953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=87;PP=2965;SC=CCACATTCATTGCATTTGTAA;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=172;TCF=84;TCR=88;TR=170;WE=53612071;WS=53612045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr19	53619864	rs71899853	CTCT	C	112.14	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.69;ReadPosRankSum=-0.210;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
chr19	53643497	rs1650972	C	T	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=11;PP=947;SC=AATTCTCTGACGTTGTCAAAG;SOR=2.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=53643505;WS=53643487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	53651845	rs10694633	T	TTC	3480.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=16;PP=2362;SC=GAATTCAAACTTGTTTTCCCA;SOR=1.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=36;TCR=16;TR=52;WE=53651853;WS=53651835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	53667637	rs4803054	C	T	804.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=6;PP=559;SC=GTGATCCCCCCGCCTCGGCCT;SOR=1.942;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=25;WE=53667645;WS=53667627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	53667804	rs4801958	C	T	5150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=65;PP=2684;SC=CCAGTATGGACTGCCATATGG;SOR=0.920;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=88;TCR=66;TR=152;WE=53667812;WS=53667794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr19	53667913	rs12459469	A	G	5017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=72;PP=2537;SC=CAAGATGTGAATTTTGAGTGA;SOR=0.890;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=55;TCR=72;TR=127;WE=53667921;WS=53667903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr19	53667940	rs12459471	A	G	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=67;SC=TGCCACATTCATTACATTTGT;SOR=0.885;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=53;TCR=67;TR=120;WE=53667948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr19	53669273	rs4801959	T	C	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=51;PP=2058;SC=TTTCCCTTCATGTTGAAATTG;SOR=0.902;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=116;WE=53669281;WS=53669263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr19	53669492	rs12460170	A	G	4638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=42;NR=54;PP=1848;SC=GGACAAGCCTACAGTGTCACA;SOR=0.847;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=96;WE=53669500;WS=53669482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	53669653	rs12460233	C	T	255.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=7;PP=166;SC=AGGTAAATAACTATTTCCCAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=53669661;WS=53669643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr19	53678924	rs4289099	C	A	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=39;PP=1120;SC=GTTCAATTCACGTAAGCAGAC;SOR=2.522;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=48;WE=53678932;WS=53678914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	53706984	rs12610332	G	A	5184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=40;PP=2136;SC=TCTTCCTAACGTCCCTAAATG;SOR=1.139;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=75;TCR=40;TR=115;WE=53706992;WS=53706974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr19	53707097	rs11084225	T	C	5305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=67;NR=80;PP=2290;SC=CTCTCCCCCATGTGCTTGGTA;SOR=0.814;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=148;TCF=68;TCR=80;TR=147;WE=53707105;WS=53707087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr19	53707289	rs7249771	C	T	7155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=110;NR=67;PP=2965;SC=CATTCAGGGACGTGGCCATCG;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=177;TCF=110;TCR=67;TR=177;WE=53707297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	53716190	rs10775558	A	G	4573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.72;ReadPosRankSum=1.449;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,183:0.99:185
chr19	53716278	rs10853858	A	G	5461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=71;PP=2647;SC=GAGTGTGGAAAAACCTTTACC;SOR=0.827;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=60;TCR=71;TR=131;WE=53716286;WS=53716268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	53716460	rs10853859	A	G	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=27;PP=1226;SC=GTCAAAATTCACACCTTGTAA;SOR=0.869;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=64;TCF=36;TCR=28;TR=63;WE=53716468;WS=53716450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	53727097	rs36114232	G	A	1858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.26;QD=45.34;SOR=0.741;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	53727100	rs35443981	T	TTA	1849.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=15;PP=804;SC=GGTATTGGTTTTGTTTTTGCC;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=53727108;WS=53727087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	53727282	rs11084227	A	G	1670.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=18;PP=781;SC=CAAAGGGGTAAGACCTCCAGC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=25;TCR=18;TR=43;WE=53727290;WS=53727272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	53727392	rs10401578	T	C	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=24;PP=1441;SC=CTGTCAAATCTTCATAGTAAT;SOR=1.329;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=42;TCR=24;TR=66;WE=53727400;WS=53727382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	53727573	rs12985503	A	G	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=69;PP=2353;SC=AGTAGTGCAGACCTGAATGTG;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=48;TCR=71;TR=116;WE=53727581;WS=53727563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	53727591	rs10401984	T	C	6772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.98;QD=44.85;SOR=1.149;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	53727591	.	TCA	CCG	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MMLQ=23;MQ=53.23;NF=45;NR=68;PP=2947;QD=20;SC=GTGATACTTTTCAACTGGCTT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=47;TCR=70;TR=113;WE=53727601;WS=53727581;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,113:0.97:117
chr19	53727593	rs11673594	A	G	6772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.01;QD=44.56;SOR=1.164;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	53727644	rs12972588	T	C	2449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=51;PP=1655;SC=CATATACTCTTATTGGAGGTA;SOR=1.477;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=26;TCR=51;TR=77;WE=53727652;WS=53727634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	53727909	rs34436799	CAT	C	4673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=44;PP=2101;SC=CAATTCCTCACATGTCTTCCG;SOR=1.287;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=46;WE=53727918;WS=53727899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	53728096	rs7248561	A	G	1985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.08;QD=45.13;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr19	53728105	rs7248883	G	C	2082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.27;QD=42.51;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	53728160	rs7248781	C	T	2276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	53728218	rs11666631	G	C	2096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=29;PP=796;SC=TTTGCTTTAGGGGGGTTATAC;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=53728226;WS=53728208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	53728280	rs7248812	A	G	1011.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=657;SC=ACTTCATGTAAAGCATCAGAT;SOR=1.432;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=31;TCF=9;TCR=22;TR=30;WE=53728288;WS=53728270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	53740822	rs8113436	T	C	3505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=56;PP=2172;SC=GGCTTGAACGTTCAGCAAAGG;SOR=0.902;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=45;TCR=56;TR=101;WE=53740830;WS=53740812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	53741068	rs12984188	C	T	4839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=60;PP=2137;SC=TAGTGAGGTTCGAACACTGGT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=55;TCR=60;TR=115;WE=53741076;WS=53741058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr19	53741188	rs12984473	C	T	2765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=42;PP=1405;SC=AGTCATTACACTTGTATGATT;SOR=1.103;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=53741196;WS=53741178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	53754736	rs2965240	T	C	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=16;PP=684;SC=GTCCAAAATATGGCATTTCAG;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=53754744;WS=53754726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr19	53760825	rs2914370	C	T	3207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=37;PP=1214;SC=CCTCTGTGGACCTGAAAATTG;SOR=0.775;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=68;WE=53760833;WS=53760815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	53761740	rs2965249	T	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=7;PP=290;SC=TAAATATCAGTGCAGCCTGGC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=53761748;WS=53761739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	53770261	rs12977715	T	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.34;QD=24.10;SOR=1.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	53793042	rs8109165	G	A	6663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.83;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr19	53793574	rs2865248	A	G	4099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=39;PP=1754;SC=GCTCTTTGTTAACGGAGTACA;SOR=0.719;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=79;WE=53793582;WS=53793564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	53818564	rs73055190	C	T	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=45;PP=1899;SC=CTTAGCTCTCCGCTGTAAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=50;TCR=46;TR=95;WE=53818572;WS=53818554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	53818603	rs10439122	G	A	3645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=49;PP=2102;SC=AGCTTTTGGGGTTAGATATTT;SOR=0.708;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=101;WE=53818611;WS=53818593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	53849446	rs4803089	G	A	529.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=325;SC=TCTGTTTCATGTTATCTGTAT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=17;WE=53849454;WS=53849436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	53849632	rs11406858	G	GC	2719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=24;PP=1283;SC=AGCCGGCTTCGCTCTCGTGCT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=28;WE=53849640;WS=53849622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	53849700	rs4803090	G	A	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=20;PP=529;SC=TTGGGAGGCCGAGGCAGGCAA;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=53849708;WS=53849690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	53879561	rs72163028	GACA	G	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=17;PP=833;SC=GTCTTCTGTGGACAACAAGTA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=18;WE=53879571;WS=53879551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr19	53884412	rs4438413	G	A	9273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=112;NR=108;PP=2965;SC=TAACTATGGGGATAATTTTCT;SOR=0.717;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=221;TCF=113;TCR=108;TR=220;WE=53884420;WS=53884402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,338:1.00:338
chr19	53885026	rs61741918	T	C	9088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.063;NF=109;NR=108;PP=2965;ReadPosRankSum=1.464;SC=TGTCAACCCTTACATGCCATC;SOR=0.235;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=111;TCR=109;TR=217;WE=53885034;WS=53885016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,335:1.00:336
chr19	53905129	.	TAA	T,TA	947.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.27;MQRankSum=0.553;QD=13.94;ReadPosRankSum=-1.210;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:8,20,40:0.29,0.59:68
chr19	53910912	rs2061773	G	A	2742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=22;PP=1614;SC=TTTACCATCTGTACTTAATTT;SOR=1.855;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=85;WE=53910920;WS=53910902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	53911510	rs8182488	G	A	11931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=125;PP=2965;SC=GGAAACATCAGTTAATCCATT;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=286;TCF=161;TCR=125;TR=286;WE=53911518;WS=53911500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,445:1.00:445
chr19	53911973	rs10425136	A	G	16140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.969;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=628;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.129;NF=191;NR=189;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.637;SC=TAATGAGTGTAGCAAGACCTT;SOR=0.239;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=384;TCF=193;TCR=191;TR=380;WE=53911981;WS=53911963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,613:1.00:614
chr19	53912242	rs10426347	G	A	10246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=130;NR=129;PP=2965;SC=TCAGCCGGACGTCATCCCTTA;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=260;TCF=131;TCR=129;TR=259;WE=53912250;WS=53912232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr19	53912521	rs73059151	G	A	4760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=73;PP=2890;SC=CAGAAAATTCGTACTGAAGAG;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=136;TCF=63;TCR=73;TR=136;WE=53912529;WS=53912511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr19	53983591	.	C	CATA	324.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.741;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-4.042;NF=0;NR=12;PP=278;ReadPosRankSum=-0.323;SC=GAGCCCAATGCATGTCTTTAA;SOR=3.014;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=1;TCR=28;TR=12;WE=53983599;WS=53983581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr19	54007145	rs72487103	G	A	4002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=44;PP=1496;SC=ATACTGTTCTGCTGCTGATCA;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=54007153;WS=54007135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	54072757	rs3746304	C	T	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=33;PP=903;SC=TGTTTCCCAGCTCTTTCTATT;SOR=2.560;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=54072765;WS=54072747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	54072782	rs3746303	T	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=402;SC=TGAATGATAATGCCACGTAGC;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=54072790;WS=54072772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	54080144	rs8109631	A	G	3193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr19	54105521	.	G	GGTGT	149.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.96;ReadPosRankSum=1.383;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chr19	54177273	rs7258128	T	C	259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=1;PP=148;SC=TCCTATGCTATGTGTGCATTT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=54177281;WS=54177263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	54185311	rs28653280	C	T	2314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=25;PP=1137;SC=CAGGCATGAGCCACTGCGCCC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=35;TCR=25;TR=60;WE=54185319;WS=54185301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	54188219	rs2060230	G	A	6138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=79;NR=55;PP=2368;SC=TTAACCAGGTGAGGAAAATTC;SOR=0.923;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=79;TCR=56;TR=134;WE=54188227;WS=54188209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr19	54191869	rs1988088	A	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=26;PP=764;SC=TTTGCAGAGCATGCTTATCAT;SOR=1.358;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=39;WE=54191877;WS=54191859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr19	54194034	rs12975184	T	C	3424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=37;PP=2103;SC=CCAGAAAACATGCAAACAGGG;SOR=1.384;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=75;TCR=37;TR=112;WE=54194042;WS=54194024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	54194049	rs57963210	GAA	G	6069.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=33;NR=47;PP=2969;SC=ACAGGGCCAGGAAAAATGCAT;SOR=1.223;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=80;WE=54194058;WS=54194039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	54194080	rs12973198	A	C	6580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=99;NR=78;PP=2965;SC=GTGTCCATTTAAACCTGGTCA;SOR=0.863;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=177;TCF=99;TCR=78;TR=177;WE=54194101;WS=54194070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	54197633	rs10413288	A	G	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=17;PP=1134;SC=CCACGGCATCAGAGCAAGAAG;SOR=1.481;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=62;WE=54197641;WS=54197623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	54201756	rs73057685	C	G	2412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=34;PP=1096;SC=GCTGATCTTGCTAATACATTT;SOR=0.852;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=57;TCF=21;TCR=36;TR=55;WE=54201764;WS=54201746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	54204686	rs34886598	G	C	967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=30;PP=693;SC=CTATTGCCCAGGCTGGAGTGC;SOR=3.026;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=34;WE=54204694;WS=54204676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	54209600	rs4803164	A	G	3132.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=1.188;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	54209679	rs7251827	T	A	1642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=29;PP=914;SC=GTTTTTTTGGTTTTTTTTCCT;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=13;TCR=29;TR=42;WE=54209687;WS=54209669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	54215465	rs4803166	C	G	543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=11;NR=6;PP=265;SC=AGCCGAGATCCCACCACCGCA;SOR=1.402;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=17;WE=54215473;WS=54215455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	54224191	rs12973211	A	G	919.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=3;PP=634;SC=GCTTGAACCCAGGAGGCGGAG;SOR=2.964;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=29;TCR=3;TR=32;WE=54224199;WS=54224181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	54224285	rs58416318	CA	C	5334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=22.80;SOR=0.918;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr19	54225616	rs10426037	T	A	667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=13;PP=367;SC=TAAGACAGGGTCTCTGTGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=54225624;WS=54225606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	54240015	rs73053529	C	T	10104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;QD=25.20;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr19	54242693	rs140276616	G	GCTGACCGTGGTAATA	3587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=24;PP=2957;SC=TGAAGTTGATGCATTTGCAGA;SOR=1.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=1;TCR=29;TR=25;WE=54242701;WS=54242683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	54242761	rs60519699	A	G	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=349;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=15;PP=372;SC=TTGCTTTTTCATTCTAAGACA;SOR=1.781;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=19;WE=54242769;WS=54242751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	54244423	rs4802001	A	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=1;PP=467;SC=CAGCAGGAGAATCTCTTGAAC;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=16;WE=54244431;WS=54244416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	54245706	rs61217982	G	C	2696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=27;PP=1262;SC=TATTTTGTGTGTATTTTAACC;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=38;TCR=27;TR=65;WE=54245714;WS=54245696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	54245744	rs112491813	C	T	3264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=25.71;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	54255878	rs56196717	GTTT	G	1080.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.392;QD=30.88;ReadPosRankSum=0.989;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,34:0.97:35
chr19	54257185	rs611356	C	G	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.97;QD=45.34;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	54257190	rs62144158	AC	GA	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.86;QD=45.31;SOR=1.302;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	54261644	rs3901466	C	T	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.86;QD=25.32;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	54291832	rs12983273	C	T	897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=12;NR=8;PP=362;SC=TGATATGTAACTTTCCTCTTC;SOR=1.002;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=12;TCR=8;TR=20;WE=54291840;WS=54291822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	54304702	.	CTTT	C	176.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.73;ReadPosRankSum=-3.087;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr19	54308554	rs4806773	C	T	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=36;PP=1731;SC=GCAGCCTGCACTGGGGATGCC;SOR=1.077;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=62;TCR=37;TR=98;WE=54308562;WS=54308544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	54308775	rs56049734	C	CTT	336.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.71;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,16:0.89:18
chr19	54310961	rs2866112	G	C	3490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=53;PP=1697;SC=TGTTACTGGTGCTTGACAACT;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=31;TR=84;WE=54310969;WS=54310951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr19	54314585	rs6509827	G	A	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=30;PP=885;SC=CTCATCAGCAGCCTCTAATGA;SOR=1.162;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=17;TCR=30;TR=47;WE=54314593;WS=54314575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	54327440	rs4539722	G	A	2408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=40;PP=1199;SC=GGGGTGCCGTGAGCCCCAAAG;SOR=0.896;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=30;TCR=40;TR=70;WE=54327448;WS=54327430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	54385437	rs307942	A	C	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=18;PP=1212;SC=CGCCTCCCCCAACCCGGGGCT;SOR=1.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=55;WE=54385445;WS=54385427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	54385820	rs2547362	C	T	4241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=91;PP=2628;SC=GAAAGGGGGCCCTGAGGCAGA;SOR=1.895;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=29;TCR=92;TR=120;WE=54385828;WS=54385810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr19	54387313	rs307956	A	T	2092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=18;PP=1018;SC=TGGTTTTCTCAGTGTCCGAGT;SOR=0.955;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=49;WE=54387321;WS=54387303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	54396006	rs373719853	GCA	G	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.144;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=5;PP=291;ReadPosRankSum=1.115;SC=CCCAGCATGCGCACACACACA;SOR=1.368;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=8;WE=54396015;WS=54395996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,12:0.29:42
chr19	54409783	rs73603631	G	C	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.892;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.86;ReadPosRankSum=0.873;SOR=0.088;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,5:0.17:30
chr19	54445594	rs11324363	AG	A	2813.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=526;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.725;NF=5;NR=76;PP=1535;ReadPosRankSum=1.058;SC=TCCTCGTCTTAGGGGGGTCTC;SOR=0.676;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=264;TCF=13;TCR=251;TR=81;WE=54445602;WS=54445584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:332,135:0.29:467
chr19	54481334	rs113021440	A	C	2677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.319;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.204;NF=63;NR=32;PP=1276;ReadPosRankSum=0.582;SC=GTCGGTTGTCAGTGGGGTTGC;SOR=0.585;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=93;TCR=47;TR=95;WE=54481342;WS=54481324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,123:0.71:174
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chr19	54483311	.	CGTGTGTGT	C	2891.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.575;ClippingRankSum=0.000;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.414;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=51;PP=2997;ReadPosRankSum=-1.025;SC=TGGGCGCGCACGTGTGTGTGT;SOR=1.122;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=84;TCF=0;TCR=84;TR=51;WE=54483347;WS=54483296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,94:0.64:147
chr19	54483335	.	T	TGC	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.002;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=51;PP=1527;ReadPosRankSum=2.838;SC=TGTGTGTGTGTGTGTGCGCGC;SOR=0.641;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=61;TCF=0;TCR=61;TR=51;WE=54483347;WS=54483296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,13:0.14:93
chr19	54483337	rs202060954	T	C	666.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.931;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=3.966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.585;SOR=0.311;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
chr19	54483337	.	TGT	CGC	1474	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;FR=0.5000;HP=2;HapScore=3;MGOF=11;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=7;NR=18;PP=1474;QD=61.0987149945;SC=TGTGTGTGTGTGTGCGCGCGC;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=25;WE=54483347;WS=54483296;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:51,25:0.33:76
chr19	54483339	rs12979538	T	C	2617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.215;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.600;HP=2;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=55;PP=2397;ReadPosRankSum=0.099;SC=TGTGTGTGTGTGCGCGCGCGC;SOR=2.274;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=67;WE=54483347;WS=54483296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,81:0.94:86
chr19	54496497	rs115964462	T	C	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.8508;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=400;ReadPosRankSum=-0.121;SC=AGGGCTTGCGTCCCACGGACA;SOR=1.179;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=20;WE=54496505;WS=54496487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,26:0.81:32
chr19	54502791	rs158199	G	A	1362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.096;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=16;PP=601;ReadPosRankSum=1.514;SC=CTCTCGTCCCGAATCTTACAT;SOR=0.422;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=51;TCF=32;TCR=19;TR=38;WE=54502799;WS=54502781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,62:0.74:84
chr19	54544092	rs34886038	C	T	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=9;PP=319;SC=CTTTTTAAGACGAGAAACTTA;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=54544100;WS=54544082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	54544177	rs1035829	C	T	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	54545390	rs34610948	A	AC	2392.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=20;PP=1454;SC=TGACATGGGAATAAGTGGAGC;SOR=0.831;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=32;WE=54545398;WS=54545380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	54554548	rs375418697	AAAAC	A	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-0.183;SOR=0.346;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,3:0.27:11
chr19	54554942	rs4442924	C	A	193.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	54561493	rs202006993	T	TA	1503.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=2.068;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=0.616;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.657;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,99:0.74:133
chr19	54566901	rs662850	C	T	11446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=147;NR=89;PP=2965;SC=ACCTGGAAGTCATTACTTCCA;SOR=1.023;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=239;TCF=149;TCR=90;TR=236;WE=54566909;WS=54566891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,444:1.00:444
chr19	54600232	rs1657535	A	C	2573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=22;PP=1220;SC=GCAGCGGTAAATTCCCCCTTG;SOR=1.156;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=40;TCR=22;TR=62;WE=54600240;WS=54600222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	54603104	rs368883898	CT	C	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.99;ReadPosRankSum=-0.860;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,10:0.37:27
chr19	54604194	rs3760698	G	C	3909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=55;PP=1696;SC=TTACGGAAGAGAGTATCGAGG;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=33;TCR=55;TR=88;WE=54604202;WS=54604184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr19	54606209	rs254260	T	G	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=16;PP=1038;SC=AAGTGCAGGTTCCGGTGGCGC;SOR=1.226;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=54606217;WS=54606199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	54606405	rs254259	T	C	4613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=44;PP=2640;SC=GGGTGACGCTTCTTGCCACCC;SOR=1.138;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=76;TCR=44;TR=120;WE=54606413;WS=54606395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	54609027	rs254257	A	G	6673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=103;PP=2965;SC=GTTAGGCTCCAACCCCTACCT;SOR=1.103;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=160;TCF=57;TCR=103;TR=160;WE=54609035;WS=54609017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr19	54609170	rs254256	A	G	13802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.55;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr19	54609178	rs254255	C	G	14918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.67;SOR=1.026;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr19	54609692	rs254266	T	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=1;PP=78;SC=TAGCCAGGATTGTCTCGATCT;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=54609700;WS=54609682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	54609746	rs8100254	G	C	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=4;PP=144;SC=AAAGTGCTGGGATTACAGGTG;SOR=0.874;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=54609754;WS=54609736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	54611287	rs621147	G	A	1091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=8;PP=670;SC=CACTGGCGCCGGCTCTGGAGC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=34;WE=54611295;WS=54611277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	54611560	rs254263	C	G	2085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=32;PP=1251;SC=TCCTGGCAGGCAGGAGGGGGA;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=30;TCR=32;TR=62;WE=54611568;WS=54611550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	54625765	rs73062633	C	T	2236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=20;PP=1259;SC=TGTGCCAGGCCACAAGCCAGG;SOR=1.416;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=64;WE=54625773;WS=54625755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	54627097	rs2303557	T	C	1106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=9;PP=819;SC=AGGCGGGAGATCCAGGAGGCT;SOR=2.133;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=36;WE=54627105;WS=54627087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	54629697	rs254272	T	C	1777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.78;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	54631378	rs171703	T	C	139.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=0;PP=25;SC=ACTCGGGGGGTCCGCTCAGAG;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=54631386;WS=54631368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	54631630	rs34990810	C	T	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=14;PP=512;SC=GAGAAGCCGGCGTCCTCCTCC;SOR=0.859;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=16;TCR=14;TR=30;WE=54631638;WS=54631620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	54631880	.	T	C	202	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=1.0000;HP=9;HapScore=2;MGOF=41;MMLQ=20;MQ=58.12;NF=2;NR=6;PP=202;QD=29.5964015684;SC=CCCAGCCTCCTCCCCCCCGGC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=8;WE=54631888;WS=54631870;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr19	54632352	rs608608	C	G	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=4;PP=344;SC=GCTGGGCTTCCGGCTGGTGGA;SOR=1.542;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=54632360;WS=54632342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	54632423	rs655240	T	C	1880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=15;PP=833;SC=CGCCTCCTCTTCCCCCTAGAT;SOR=1.002;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=42;WE=54632431;WS=54632413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	54649671	rs36665	T	C	9661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=126;PP=2965;SC=CCACCTCCCCTCCCAGCCACA;SOR=1.372;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=108;TCR=127;TR=233;WE=54649679;WS=54649661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr19	54657815	rs2668839	A	G	6985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=88;PP=2830;SC=CCCTTCCTCAAAGAAACCTTC;SOR=0.858;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=65;TCR=89;TR=153;WE=54657823;WS=54657805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr19	54677759	rs4806721	T	C	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=527;SC=GGAGCTTCTCTGGGGCAAGGC;SOR=3.014;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=54677767;WS=54677749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	54687334	rs254283	C	G	4589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=3.526;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.51;ReadPosRankSum=1.029;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:90,206:0.70:296
chr19	54691225	rs1865961	T	C	2687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=21;NR=42;PP=1299;SC=GCCTTGGCCATTCACTCCACG;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=21;TCR=42;TR=63;WE=54691233;WS=54691215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr19	54694334	rs16985457	G	C	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.125;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=150;ReadPosRankSum=2.070;SC=TGGACGGCGGGTGTCCAGGGG;SOR=0.856;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=15;WE=54694354;WS=54694324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,25:0.32:77
chr19	54695163	rs593073	T	C	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=2;PP=63;SC=TGCAGCGGTCTGCGGCGCGCA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=54695171;WS=54695153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	54696292	rs11420984	C	CT	131.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-0.370;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chr19	54697079	rs7595	C	T	2584.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=24;PP=1135;SC=GCTGGGCCCCCGAGGACACCA;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=65;WE=54697087;WS=54697069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	54697602	rs36622	G	A	2909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=43;PP=1444;SC=GGCCTGGAGGGGGGGGACTGA;SOR=1.077;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=26;TCR=43;TR=69;WE=54697610;WS=54697592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr19	54705207	rs36615	G	A	3790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=43;PP=1270;ReadPosRankSum=-0.989;SC=TTAGCACGTGGATGAAGGTGC;SOR=0.681;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=82;WE=54705215;WS=54705197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,174:0.76:229
chr19	54705619	rs36614	A	G	3428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=56;PP=1731;SC=GGCACTTGTGAAGTAGGAAAA;SOR=1.416;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=27;TCR=57;TR=83;WE=54705627;WS=54705609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	54711258	rs2304523	T	G	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=1.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.50;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.873;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:107,37:0.26:144
chr19	54722275	rs1132609	G	A	837.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=-0.942;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,57:0.28:200
chr19	54722410	.	C	T	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;ClippingRankSum=0.000;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.18;ReadPosRankSum=0.461;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,37:0.20:181
chr19	54723738	rs255772	G	C	733.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=2.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.000;QD=4.76;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,46:0.30:154
chr19	54723891	.	C	CCG	1685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.932;ClippingRankSum=0.000;DP=633;ExcessHet=3.0103;FS=4.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.939;QD=2.74;ReadPosRankSum=3.374;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:537,78:0.13:615
chr19	54723893	.	CACT	C	1685.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.240;ClippingRankSum=0.000;DP=618;ExcessHet=3.0103;FS=4.052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-0.573;QD=2.73;ReadPosRankSum=3.114;SOR=1.089;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:540,78:0.13:618
chr19	54723898	rs149120972	T	C	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=587;ExcessHet=3.0103;FS=2.770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-0.513;QD=2.79;ReadPosRankSum=2.913;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:509,77:0.13:586
chr19	54725798	rs75069054	G	T	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.923;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=1.380;NF=31;NR=22;PP=936;ReadPosRankSum=1.018;SC=GTGGCTGGGGGTCACGGGGCC;SOR=0.654;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=53;WE=54725806;WS=54725788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,70:0.92:76
chr19	54726665	rs373978777	G	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.97;MQRankSum=-0.535;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.047;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr19	54726701	rs200031404	G	GTCC	327.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=1.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.45;MQRankSum=-4.382;QD=6.07;ReadPosRankSum=2.483;SOR=0.933;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,11:0.20:54
chr19	54726711	rs140063405	G	T	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=2.256;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.96;MQRankSum=-3.987;QD=6.10;ReadPosRankSum=0.615;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,19:0.25:77
chr19	54726816	rs80332440	A	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.09;MQRankSum=-2.427;QD=2.68;ReadPosRankSum=1.326;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:190,55:0.22:245
chr19	54726833	rs149695852	T	C	1595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.370;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.21;MQRankSum=-1.770;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.792;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:187,54:0.22:241
chr19	54726839	rs141453251	C	T	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.540;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.35;MQRankSum=-2.304;QD=7.25;ReadPosRankSum=1.062;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:176,54:0.23:230
chr19	54726843	rs138124247	C	G	1709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.27;MQRankSum=-2.406;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.870;SOR=0.695;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:179,55:0.24:234
chr19	54726861	rs114813697	C	T	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=2.037;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.30;MQRankSum=-2.145;QD=2.46;ReadPosRankSum=0.666;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:175,48:0.22:223
chr19	54726872	rs140228691	C	G	533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=1.350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.83;MQRankSum=-1.317;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.098;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,44:0.22:202
chr19	54735619	rs7250243	G	A	3086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.518;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=49;PP=1323;ReadPosRankSum=0.559;SC=TTAAACAGGCGGGAGCCTCTG;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=90;WE=54735627;WS=54735609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,147:0.66:223
chr19	54742999	rs8100079	C	A	6723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=3.428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-1.697;QD=28.61;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=0.952;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,174:0.74:235
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chr19	54745907	rs62133127	A	G	1875.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.513;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.190;NF=49;NR=30;PP=1184;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CTCACCTGTCATCACCAGCTC;SOR=0.408;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=125;TCF=80;TCR=45;TR=79;WE=54745915;WS=54745897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,86:0.66:131
chr19	54746051	rs620207	A	C	3147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=541;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-5.693;NF=54;NR=54;PP=1426;ReadPosRankSum=-1.468;SC=ATTTCTGTCCAAGGGCTCTGG;SOR=0.707;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=302;TCF=146;TCR=156;TR=108;WE=54746059;WS=54746041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:353,187:0.35:540
chr19	54746081	rs28445220	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.214;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.27;MQRankSum=-21.833;QD=0.59;ReadPosRankSum=1.276;SOR=0.605;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:425,73:0.15:498
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chr19	54754820	rs429425	T	G	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=7;PP=210;SC=GAGTGAGAGGTAAGGAACGTG;SOR=0.693;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=11;WE=54754828;WS=54754810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	54754865	rs62133136	A	G	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=12;PP=362;SC=CTGGAGAGGAAAGGACTCTCT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=54754873;WS=54754855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	54754942	rs142193233	G	A	382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=195;SC=CCAGACAGTGGGGAGGGAGGA;SOR=1.112;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=54754950;WS=54754932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	54754973	rs200951199	T	A	154.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.76;QD=30.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr19	54754990	rs686334	C	G	132.03	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.72;QD=44.01;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr19	54755994	rs417523	G	A	4402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=47;PP=1824;SC=CAAGGGGTTCGTCTCCTGGGA;SOR=0.789;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=102;WE=54756002;WS=54755984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	54756118	rs405152	A	G	2299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=39;PP=1231;SC=GGTTCAGACCACCTCCCCCTT;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=21;TCR=39;TR=60;WE=54756126;WS=54756108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	54756155	rs45446093	T	C	1227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=835;SC=CAGCCTGTGCTCCTGCCCCCA;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=5;TCR=25;TR=30;WE=54756163;WS=54756145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	54756302	rs415860	A	G	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=22;PP=851;SC=GGGCAGTGAGAGGGCTGTGCG;SOR=0.779;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=54756310;WS=54756292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	54756657	rs434755	C	T	6152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=117;NR=64;PP=2965;SC=TGACTTTCCTCTGTGTTTGGT;SOR=1.104;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=186;TCF=122;TCR=64;TR=181;WE=54756665;WS=54756647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr19	54759361	rs12975366	T	C	13091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=520;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.99;NF=110;NR=139;PP=2965;SC=ATAGCCGACATCAGAGCGACA;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=251;TCF=111;TCR=140;TR=249;WE=54759369;WS=54759351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr19	54761007	rs3848615	C	G	9328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=91;NR=121;PP=2965;SC=CTTCCTTCCCCCTCTTCAAAC;SOR=0.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=91;TCR=121;TR=212;WE=54761015;WS=54760997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,357:1.00:357
chr19	54780769	rs139961541	G	C	395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.425;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=6.838;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.76;MQRankSum=-4.971;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.303;SOR=0.336;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,40:0.22:180
chr19	54780798	.	TG	CA	709.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=1.850;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.16;MQRankSum=-5.186;QD=5.77;ReadPosRankSum=0.780;SOR=0.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:98,25:0.20:123
chr19	54780805	rs189835390	G	A	669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.233;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.04;MQRankSum=-5.529;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.869;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,21:0.20:106
chr19	54780831	rs201245680	C	T	373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=1.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.40;MQRankSum=-5.221;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.864;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,15:0.21:71
chr19	54780839	.	G	A	304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.827;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=2.813;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.11;MQRankSum=-4.846;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.509;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chr19	54781466	rs3859538	C	G	1577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=23;PP=899;SC=TGGGTCAGGACGGGGAGGTGA;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=54781474;WS=54781456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	54781509	rs1808548	C	T	2588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=24;PP=1253;SC=CACATCAGCCCGGCTGCTCCT;SOR=0.924;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=58;WE=54781517;WS=54781499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr19	54782407	rs1128646	C	T	7993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=79;PP=2282;SC=GGGTGTGCCACGGATCTGTCC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=39;TCR=79;TR=118;WE=54782428;WS=54782397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
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chr19	54801916	rs3815937	A	G	6351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.35;QD=42.92;SOR=1.298;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
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chr19	54824177	rs1645785	C	T	967.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.376;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.241;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=421;ReadPosRankSum=1.584;SC=GGTGCCTTCCCGAGTCAGCCC;SOR=0.446;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=49;TCF=33;TCR=16;TR=33;WE=54824185;WS=54824167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,43:0.66:65
chr19	54848507	rs55873636	T	C	2415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=2.794;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
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chr19	54848986	rs36068997	C	T	1134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=23;PP=665;SC=AAAGATGAGTCGGGACTCGGA;SOR=1.312;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=54848994;WS=54848976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr19	54849463	rs12976217	C	T	2310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.104;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=21;PP=489;ReadPosRankSum=-0.452;SC=CTCCTGAGGTCACCACAGGGC;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=134;TCF=71;TCR=63;TR=45;WE=54849471;WS=54849453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,72:0.32:226
chr19	54849481	rs7256494	T	G	2250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=22;PP=603;ReadPosRankSum=0.306;SC=GGCTTGGCAGTGCGGACAGGG;SOR=0.657;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=134;TCF=67;TCR=67;TR=43;WE=54849489;WS=54849471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,68:0.30:229
chr19	54849566	rs2241385	T	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=6.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.10;ReadPosRankSum=0.702;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:97,37:0.28:134
chr19	54849942	rs2241384	G	A	3063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=53;PP=1550;ReadPosRankSum=-0.172;SC=GATGGGTTTGGGTAGGTTTTC;SOR=0.721;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=126;TCF=48;TCR=78;TR=87;WE=54849950;WS=54849932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,135:0.69:197
chr19	54870191	rs111949142	T	A	444.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.71;MQRankSum=-1.301;QD=14.83;ReadPosRankSum=-1.565;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,24:0.80:30
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chr19	54876324	rs3745441	T	C	3294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.767;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.085;NF=58;NR=40;PP=1566;ReadPosRankSum=0.854;SC=GAGCAGGGAATTTTCCAGACC;SOR=0.501;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=142;TCF=86;TCR=56;TR=98;WE=54876332;WS=54876314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,145:0.72:202
chr19	54881780	rs3852907	G	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=5.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.30;MQRankSum=-3.730;QD=0.27;ReadPosRankSum=1.203;SOR=0.265;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:105,18:0.15:123
chr19	54926249	rs17516390	T	C	290.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=2.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=2.096;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,18:0.30:60
chr19	54930822	rs35134302	A	G	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.813;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=13;PP=268;ReadPosRankSum=1.281;SC=CAATTTCCACATCTGTAAACT;SOR=0.594;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=27;TCR=42;TR=22;WE=54930830;WS=54930812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,33:0.35:93
chr19	54940303	rs3745428	T	A	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.820;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=81;ReadPosRankSum=-1.722;SC=CCAGATGTCCTGCTGGACATC;SOR=1.105;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=8;WE=54940311;WS=54940298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr19	54962374	rs1035450	A	G	689.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.954;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.396;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.90;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.877;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:130,47:0.27:177
chr19	54962467	rs1035451	G	A	1360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.801;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=0.928;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.93;ReadPosRankSum=0.198;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:254,92:0.27:346
chr19	54962579	rs1035452	C	T	846.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.608;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=27;PP=448;ReadPosRankSum=-0.755;SC=GCGAGAGGGACGGAGGCCAGT;SOR=0.743;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=109;TCF=33;TCR=76;TR=37;WE=54962587;WS=54962569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,51:0.32:157
chr19	54963813	rs3841263	CCT	C	1768.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.239;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.631;NF=10;NR=18;PP=994;ReadPosRankSum=2.181;SC=GGCACATGTGCCTCTCTGCTT;SOR=0.675;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=105;TCF=43;TCR=62;TR=28;WE=54963822;WS=54963803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,56:0.28:203
chr19	54964019	rs963352	C	T	559.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=18;PP=323;ReadPosRankSum=-0.963;SC=GGGATGGGGCCGGGTGGTGGA;SOR=0.789;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=24;WE=54964027;WS=54964009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,32:0.33:97
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chr19	54965860	rs3813148	G	A	2039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.743;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=580;ExcessHet=3.0103;FS=0.596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.58;ReadPosRankSum=-0.428;SOR=0.636;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:422,147:0.26:569
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chr19	54974774	rs1981829	A	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=22;ReadPosRankSum=0.805;SC=GCGGCTCCCCATGGATGCACC;SOR=0.784;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=5;WE=54974782;WS=54974764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,5:0.22:23
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chr19	55086169	rs45479893	A	G	1518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.040;NF=38;NR=25;PP=716;ReadPosRankSum=-3.339;SC=TGGGAGCCCCATTTAACACAG;SOR=0.694;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=207;TCF=122;TCR=85;TR=63;WE=55086177;WS=55086159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,93:0.32:290
chr19	55086338	rs149722559	C	T	7843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=525;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-2.251;NF=111;NR=124;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.875;SC=ACACCCACAACGCCTGAACTC;SOR=0.647;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=335;TCF=156;TCR=179;TR=235;WE=55086346;WS=55086328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,360:0.70:517
chr19	55087313	rs7249811	T	G	2177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=1.281;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:423,146:0.26:569
chr19	55087702	rs113056067	C	T	183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.07;ReadPosRankSum=-0.511;SOR=0.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,7:0.27:26
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chr19	55110880	rs7260424	C	A	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=8;PP=159;SC=TTCTTCAACACCTTTAATGAT;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=10;WE=55110888;WS=55110870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	55112396	rs45461791	C	T	5369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=95;PP=2833;SC=AGGGCTGATGCTATCTGGACT;SOR=1.107;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=58;TCR=95;TR=153;WE=55112404;WS=55112386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	55145454	rs1138736	G	A	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.70;QD=22.49;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	55145481	rs2081658	C	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=34;PP=1055;SC=TGGTGAGTGACGGGCTCTGAG;SOR=0.980;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=50;WE=55145489;WS=55145471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	55145546	rs2098952	T	G	1280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=923;SC=CTAGGTTCAGTCTCCTCTGGA;SOR=0.976;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=55145554;WS=55145536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	55145566	rs117460180	A	G	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=21;PP=606;SC=AGGTGGTGATATAGACAGGCT;SOR=1.044;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=32;WE=55145574;WS=55145556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	55145736	rs113668345	C	T	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=72;SC=TCCCGTCCCACCTGCAGCAGA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=55145744;WS=55145726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	55146036	rs10414552	C	T	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.66;QD=43.33;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
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chr19	55146824	rs10421766	G	A	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=59.52;NF=20;NR=21;PP=853;SC=GGAAAGGGGCGCTGGCTGGAA;SOR=0.737;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=55146832;WS=55146814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	55146853	rs10422981	T	C	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=22;PP=857;SC=GGGCTCAGGGTGAGATCATCT;SOR=0.735;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=55146861;WS=55146843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	55147071	rs10421688	A	G	4617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.89;QD=44.40;SOR=1.146;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
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chr19	55147634	rs75923984	CA	TG	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.08;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	55147639	rs62133430	T	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.20;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	55147643	rs55960610	G	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.84;QD=49.23;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr19	55148214	rs201166306	C	T	2797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=10.536;NF=45;NR=27;PP=1337;ReadPosRankSum=-1.092;SC=CAGGATGTGACCTACGCCCAG;SOR=1.253;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=72;WE=55148222;WS=55148204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,109:0.98:111
chr19	55148331	rs8101240	C	T	8818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=78;NR=71;PP=2881;SC=ATCCACTAGCCCAGGGGGGGA;SOR=0.723;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=78;TCR=73;TR=149;WE=55148339;WS=55148321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,339:1.00:339
chr19	55148378	rs8101469	G	A	5324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=54;NR=69;PP=2317;SC=GGAATGCATGGGAGCTGCCCC;SOR=0.871;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=123;WE=55148411;WS=55148368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr19	55148390	rs8101262	C	A	4471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=69;PP=1890;ReadPosRankSum=-1.190;SC=AGCTGCCCCCCCAGTGGACAC;SOR=0.330;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=50;TCR=69;TR=119;WE=55148411;WS=55148368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,178:0.99:179
chr19	55148403	rs111542900	T	C	4067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=71;PP=2137;SC=GTGGACACCATTGGACCCCAC;SOR=1.157;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=43;TCR=71;TR=114;WE=55148411;WS=55148368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	55174498	rs28366008	T	C	4536.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=54;PP=1795;SC=GATCCCCACCTTCACGGCTCT;SOR=0.827;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=97;TCF=43;TCR=54;TR=97;WE=55174506;WS=55174488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	55175082	rs200867776	C	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.481;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.77;MQRankSum=-3.823;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.215;SOR=1.015;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,3:0.12:25
chr19	55178035	rs1749317	A	G	4362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=50;PP=2288;SC=CGGGGACATCACAGCCCCTCC;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=72;TCR=50;TR=122;WE=55178043;WS=55178025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr19	55179364	rs1048801	A	G	3513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=38;PP=2006;SC=ACCTACGCCCAGCTGCACAGC;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=61;TCR=38;TR=99;WE=55179372;WS=55179354;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	55239168	rs151236204	G	T	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=77;NR=39;PP=2018;SC=CAGATGTCAGGTTTGAGCGCT;SOR=1.142;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=77;TCR=39;TR=116;WE=55239176;WS=55239158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	55239342	rs368077219	G	A	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.65;QD=29.83;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	55246731	rs77241525	C	A	4591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=56;PP=1975;SC=TAACTCCAGACACCTGCACGT;SOR=0.783;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=57;TCR=57;TR=113;WE=55246739;WS=55246721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr19	55246897	rs62132699	T	A	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=21;PP=619;SC=CTCAGGTGTGTGTTCCTCACA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=26;WE=55246919;WS=55246887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	55246909	rs62132700	G	A	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.12;QD=43.44;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	55246909	.	GCA	ACT	690	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=27;MQ=56.17;NF=3;NR=12;PP=690;QD=49.5645249908;SC=TTCCTCACAGGCAGGATGGTC;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=15;WE=55246919;WS=55246887;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr19	55246911	rs62132701	A	T	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.41;QD=45.11;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr19	55258778	rs34843749	G	A	1854.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.72;QD=26.12;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	55258808	rs35861855	C	T	3459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=39;PP=1739;SC=AATAGTTGGCCTTCACCCACT;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=97;WE=55258816;WS=55258798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
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chr19	55266496	rs28715756	A	G	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.51;QD=25.31;SOR=1.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr19	55346409	rs4806584	T	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=11;PP=603;SC=GCAGGTAGGCTCTGATGGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=22;TCR=11;TR=33;WE=55346417;WS=55346399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
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chr19	55396613	rs10402324	G	A	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=7;PP=594;SC=TCCCCATGGCGAGCCACCTCA;SOR=2.147;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=55396621;WS=55396603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	55396900	rs1865096	A	G	3238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=56;PP=1735;SC=GGCACTACAGATTCCGGTACA;SOR=1.089;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=90;WE=55396908;WS=55396890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
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chr19	55401170	rs16986050	A	G	2436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=32;PP=933;SC=ACCGAGCTGGAGCCAACAGAT;SOR=0.896;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=54;WE=55401178;WS=55401160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr19	55423530	rs73619969	C	T	5350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.890;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
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chr19	55439197	rs269934	A	C	575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=350;SC=TAGTGGCTCAAGCGTGTAATC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=55439205;WS=55439187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	55441769	rs269949	G	A	179.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=1;PP=69;SC=GACCGAAGCCGCAGTGAGCCG;SOR=1.179;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=55441777;WS=55441759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	55441902	rs269950	T	C	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=20;PP=909;SC=GATTCTCTAATGCCTGACAGA;SOR=1.080;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=54;WE=55441910;WS=55441892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	55441995	rs269951	A	G	2390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=36;PP=1017;SC=CCTCTGAGAGATATCTACAGC;SOR=0.848;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=55442003;WS=55441985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	55447572	rs775876	A	G	242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=138;SC=TAGATCCCCCAGCAACACGGT;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=55447580;WS=55447562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	55450746	rs61747414	C	T	4290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=65;PP=2169;SC=TTCTCCAGGGCGTAGAACAGG;SOR=0.938;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=113;WE=55450754;WS=55450736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr19	55451797	rs775883	C	T	5593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=65;NR=72;PP=2618;SC=AGACCAAAGACTGTTTCTCCA;SOR=0.731;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=67;TCR=73;TR=137;WE=55451805;WS=55451787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	55451890	rs775884	T	C	3522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=52;PP=1649;SC=TTCTGAATTATTTTGTCAAGT;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=33;TCR=52;TR=85;WE=55451898;WS=55451880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr19	55452194	rs11290760	CA	C	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=2.366;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.28;MQRankSum=0.754;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.842;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,23:0.68:34
chr19	55453134	rs775886	G	A	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr19	55458694	.	C	CA	38.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.64;ReadPosRankSum=-0.524;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,4:0.80:5
chr19	55458801	rs7248636	G	A	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=9;PP=663;SC=CCTTAAACGAGAAGACAAAGA;SOR=1.730;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=34;WE=55458809;WS=55458791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	55481398	rs269912	G	A	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=517;SC=TGTCTTCGGCGCAGATGGGCT;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=55481406;WS=55481388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	55481669	rs269913	T	C	4019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=62;PP=1726;SC=CAGAGGTGAGTGGAAATCGGT;SOR=1.100;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=98;TCF=36;TCR=62;TR=97;WE=55481677;WS=55481659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr19	55488178	.	C	CTTTTTTT	869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.06;SOR=1.839;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	55488180	.	C	T	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.37;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	55493441	rs55799796	C	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.04;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	55494188	rs3826883	C	T	1623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=35;PP=967;SC=ACTTTGGAGACGAGGACCAAG;SOR=1.688;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=13;TCR=36;TR=48;WE=55494196;WS=55494178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr19	55494651	rs34804158	A	G	5200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=72;NR=55;PP=2265;SC=GGACGGCCACACCTGGGACAT;SOR=0.861;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=72;TCR=56;TR=127;WE=55494670;WS=55494641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr19	55494740	rs10412915	T	C	4792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=70;PP=2109;ReadPosRankSum=-0.926;SC=ACTACTCCTTTGGCCTCGCTA;SOR=0.967;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=122;TCF=51;TCR=71;TR=119;WE=55494748;WS=55494730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,187:0.99:189
chr19	55494881	rs11672113	C	G	3926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=39;PP=1634;SC=TGCAGGAGCTCCTCGGCTGTC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=79;WE=55494889;WS=55494871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr19	55497506	rs71367132	C	T	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=8;PP=706;SC=CACTTTCGTTCTCTTTTCCCT;SOR=1.675;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=32;WE=55497514;WS=55497496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	55497826	rs11667481	G	A	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=20;PP=614;SC=ATGCAGCATGGGCTGAACTTG;SOR=3.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=23;WE=55497834;WS=55497816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	55497843	rs1036231	T	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=16;PP=498;SC=CTTGAGTTTCTACTTGCCTTG;SOR=2.419;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=19;WE=55497851;WS=55497833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	55501348	rs71269532	C	CA	382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.40;ReadPosRankSum=1.783;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr19	55501579	rs1654495	A	C	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=35;PP=1675;SC=CTCCTCTCTTACAGAGCAGCT;SOR=0.812;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=77;WE=55501587;WS=55501569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	55501834	rs1654496	C	A	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=21;PP=1177;SC=GAAGTTGGACCTGTCAACCGT;SOR=1.255;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=61;WE=55501842;WS=55501824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	55501866	rs12973968	G	C	3396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=30;PP=1671;SC=TGATTCTTTTGTAGGTTGGAA;SOR=1.161;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=52;TCR=31;TR=82;WE=55501874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	55511960	rs34129339	TA	T	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=9.316;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=2.366;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,11:0.28:40
chr19	55512232	rs1043673	C	A	5632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=84;PP=2649;SC=CATCCCTGGGCAGAAAGGCCT;SOR=1.115;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=137;WE=55512240;WS=55512222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr19	55512316	rs1043678	T	G	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=45;PP=1279;SC=TTCCAGGTGTTGGTGAACTGC;SOR=2.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=62;WE=55512324;WS=55512306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	55512347	rs1043680	G	C	1022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=28;PP=639;SC=TCTCCTCCCCGGCCCCTACCC;SOR=2.613;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=34;WE=55512355;WS=55512337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	55525388	rs10417981	G	T	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=17;PP=644;SC=AATGTATACAGAATTGTACAT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=55525396;WS=55525378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	55525497	rs1671150	A	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=19;PP=611;SC=TTTGAGACAAAGTCAGGCTTC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=31;WE=55525505;WS=55525487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr19	55525596	rs1654412	T	C	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=10;PP=516;SC=CTCAGCCCCCTGAGTTGCTGG;SOR=1.136;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=55525604;WS=55525586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	55525894	rs1671151	G	A	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=52;PP=2118;SC=AGGGAAGCACGGGAGGATTTT;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=54;TCR=53;TR=105;WE=55525902;WS=55525884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	55526345	rs1671152	T	G	10887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=97;PP=2965;SC=TGACCCCCGTTTGATTTCCGG;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=64;TCR=97;TR=161;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,260:1.00:260
chr19	55526359	rs1654413	A	T	10314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=95;PP=2915;SC=TTTCCGGGTCAGCGGGAGGGG;SOR=1.095;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=150;TCF=55;TCR=95;TR=150;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr19	55526373	rs2304166	G	C	8663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=87;PP=2811;SC=GGAGGGGCGGGAGGGGCGGAA;SOR=1.145;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=49;TCR=87;TR=136;WE=55526381;WS=55526335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr19	55526932	rs140499950	TTACTC	T	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=3;PP=455;SC=TATTCTGCCTTTACTCTACAC;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=9;WE=55526944;WS=55526924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	55527081	rs2304167	C	T	3230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=41;PP=1386;SC=TTTGGACTGGCGGTGATACTC;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=48;TCR=41;TR=89;WE=55527089;WS=55527071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr19	55527189	rs1671153	G	T	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=45;PP=1306;SC=ACACACATGGGGAGGCACAAT;SOR=0.902;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=55527197;WS=55527179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	55527276	rs1654484	T	C	648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=13;PP=369;SC=GAGGCTGAGGTAGGAGGCTGG;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=55527284;WS=55527266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	55529836	rs1654415	C	T	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=0;PP=261;SC=TCACCCAAAACGCTCCTCCTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=55529844;WS=55529826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	55529933	rs1671192	A	G	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.89;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr19	55529936	rs2304168	A	G	2141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.71;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	55530035	rs1654416	C	T	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=50;PP=1671;SC=GTGAAGACTTCGTTTGTGAAT;SOR=0.755;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=96;TCF=46;TCR=50;TR=94;WE=55530043;WS=55530025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr19	55536595	rs1613662	G	A	1469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=7;PP=863;SC=CCTGCTACCGGGGAAGGTGGT;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=40;WE=55536603;WS=55536585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	55538980	rs1654425	T	C	1663.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=12;PP=772;SC=CGCTGGGGGCTGACCACAGGT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=55538988;WS=55538970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	55539049	rs5030705	C	T	2829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=26;PP=1160;SC=CGGCGGTCACCGTGATGATGG;SOR=0.853;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=60;WE=55539080;WS=55539039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	55539061	rs892089	A	G	2960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=29;PP=1314;SC=TGATGATGGGAAAACTAGCCC;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=35;TCR=29;TR=64;WE=55539080;WS=55539039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr19	55539072	rs892090	T	G	3153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=31;PP=1344;SC=AAACTAGCCCTGTACCATCTC;SOR=0.831;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=39;TCR=31;TR=70;WE=55539080;WS=55539039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	55559740	rs1059211	G	A	3114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=40;PP=1576;SC=GGACGATGGCGAGCTTGCTCT;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=40;TCR=40;TR=80;WE=55559748;WS=55559730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr19	55568108	.	C	T	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=43;PP=1386;SC=TTGAGGGTCTCCCCGCGGATG;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=33;TCR=43;TR=76;WE=55568116;WS=55568098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr19	55570574	rs1654447	A	G	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=49;PP=1650;SC=CTGTGTTGGCACCCGTCACGA;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=92;TCF=42;TCR=50;TR=91;WE=55570582;WS=55570564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	55574412	rs1654456	G	T	1899.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=16;PP=495;SC=CCGGGCCGGGGACAGGCGTCA;SOR=0.909;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=55574420;WS=55574402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	55574429	rs113253419	A	AGGCGTCC	1677.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=923;SC=GTCAGGCGTCAGGGGTCGGCG;SOR=0.968;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=14;WE=55574437;WS=55574419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	55574512	rs3816043	G	A	223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=62.65;NF=2;NR=4;PP=70;SC=GGCGAGCGGAGGCGCAGGCGC;SOR=0.859;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=6;WE=55574520;WS=55574502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	55587648	rs372742476	TG	T	3052.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=10;PP=1440;SC=GAGGAGGGGCTGGGGGCCTGG;SOR=1.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=40;WE=55587676;WS=55587638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	55587658	rs62124197	G	A	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=45.42;SOR=1.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	55587668	rs61448344	C	T	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=42.38;SOR=1.580;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	55587884	rs76018960	G	A	2906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.115;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=58;PP=1564;ReadPosRankSum=0.618;SC=GCCTCCCCTCGCCTCCTCACC;SOR=2.001;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=86;TCF=27;TCR=59;TR=84;WE=55587892;WS=55587874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,118:0.98:120
chr19	55589384	rs79473534	T	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=17;PP=824;SC=AAGCCCTTGCTGCCCTGCTTG;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=55589392;WS=55589374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	55592070	rs4806641	G	A	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=473;SC=TGAAAAATCGGCCAGGGGCGA;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=55592078;WS=55592060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr19	55598003	rs3217645	G	GC	529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=656;SC=ACGCTGGAGCGCCCCCCCGCC;SOR=6.091;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=18;WE=55598011;WS=55597993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	55644325	rs890868	A	C	2461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	55658088	rs11669534	G	A	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=9;PP=563;SC=GGAGATGGGGGCACAGAAGAG;SOR=0.922;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=15;TCR=10;TR=24;WE=55658096;WS=55658078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	55660499	rs28362592	A	G	9542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=93;NR=108;PP=2965;SC=ATGGTTTTTGAAGACCACAGG;SOR=0.795;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=94;TCR=109;TR=201;WE=55660507;WS=55660489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr19	55660537	rs9636153	T	C	7316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-2.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=88;PP=2359;ReadPosRankSum=0.802;SC=ACCTAGGCTGTGTCTGAGATG;SOR=0.301;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=66;TCR=89;TR=153;WE=55660545;WS=55660527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,293:1.00:294
chr19	55665584	rs7252610	A	C	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=15;PP=522;SC=TCTGGGGGCAAACGAGGGGGT;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=55665592;WS=55665574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	55671337	rs890872	C	T	2610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	55699454	rs890870	T	C	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.808;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	55708557	rs2288521	A	G	7231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=69;PP=2965;SC=AAATTGTACAACGTCCCGGGT;SOR=0.868;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=160;TCF=90;TCR=70;TR=159;WE=55708565;WS=55708547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	55713535	rs2288515	G	A	5178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=3.809;NF=72;NR=79;PP=2874;ReadPosRankSum=1.802;SC=ATGTTGGTGTGTGCTGTGCTT;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=72;TCR=79;TR=151;WE=55713543;WS=55713525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,202:0.97:208
chr19	55713614	rs10416122	A	G	4526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.242;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.539;NF=57;NR=68;PP=2278;ReadPosRankSum=-1.255;SC=GGTCTGGGCCATCGGGGACCT;SOR=0.411;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=127;TCF=58;TCR=69;TR=125;WE=55713622;WS=55713604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,172:0.99:173
chr19	55715309	rs45535035	C	T	18166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=430;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.55;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,427:1.00:427
chr19	55715319	rs9304763	C	G	17408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.41;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,401:1.00:401
chr19	55716800	rs2288516	A	G	5414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.915;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=-1.071;NF=74;NR=84;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.243;SC=CGGTGATGTTAGTGTGTGCTG;SOR=0.778;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=159;TCF=74;TCR=85;TR=158;WE=55716808;WS=55716790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,194:0.99:196
chr19	55741961	rs28678477	G	C	2178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	55742071	rs116604313	G	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=16;PP=577;SC=GGAGAGAGGGGATGTGCAGAG;SOR=1.071;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=55742079;WS=55742061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	55751123	rs8104509	G	A	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=25;PP=792;SC=TATCGGTGGCGGTGGGAGGCT;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=55751131;WS=55751113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	55756980	rs3745920	A	G	1422.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=20;PP=561;SC=GGGACTCATCAGCACCCAGGG;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=55756988;WS=55756970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr19	55758628	rs7258327	C	T	2549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=47;PP=1330;SC=GGCCCCGCCCCGGGACTGCCC;SOR=1.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=15;TCR=48;TR=62;WE=55758636;WS=55758618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	55776823	rs67351527	G	A	7308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr19	55777143	rs62126349	T	C	3007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	55795758	rs201695409	A	AC	137.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.57;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	55814881	rs1551562	A	G	1964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=13;PP=1513;SC=GCAGGCTCTGAGCTTCCAGCT;SOR=2.658;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=46;TCR=13;TR=59;WE=55814889;WS=55814871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr19	55815386	.	AT	A	48.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.226;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=4.676;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=1.894;QD=0.81;ReadPosRankSum=-0.032;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,14:0.23:60
chr19	55815894	rs1172820	T	C	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=17;PP=691;SC=TCCACTCGCTTATCTCAGTCT;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=55815902;WS=55815884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	55816678	rs1172821	C	T	1769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=31;NR=8;PP=881;SC=TCTCTGCCTTCCCCCTACCAG;SOR=1.539;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=32;TCR=8;TR=39;WE=55816686;WS=55816668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	55824332	rs7246479	T	G	2333.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=16;PP=632;SC=AGTCAACGGCTAAGAGACCGA;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=55824340;WS=55824322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr19	55831576	rs897794	AA	CC	5356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=59;PP=2947;SC=GAGACCCACCAAGAACTCCTG;SOR=1.160;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=37;TCR=60;TR=96;WE=55831597;WS=55831566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	55831589	rs897796	A	G	2752.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=53;PP=1859;SC=AACTCCTGGGACCCAGGGAGG;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=55831597;WS=55831566;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr19	55831723	rs897797	T	G	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=18;PP=961;SC=TGGCTGGGCTTGGGAGCACTG;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=42;WE=55831731;WS=55831713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	55832427	rs10412726	T	G	7191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=95;PP=2965;SC=AGGTGAAGGATCGGGGCTGAG;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=161;TCF=66;TCR=95;TR=161;WE=55832435;WS=55832417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr19	55854313	rs2384685	G	A	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=37;PP=1134;SC=GCCAACCGGGGAAAAGCGAGG;SOR=2.001;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=11;TCR=37;TR=48;WE=55854321;WS=55854303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	55857777	rs45480394	G	T	2170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=47;PP=1666;SC=GCCCAGAAACGCACCCTCGGG;SOR=1.749;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=80;TCF=33;TCR=47;TR=75;WE=55857785;WS=55857767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	55869419	rs11418715	C	CA	278.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.811;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=2.336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=0.693;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.624;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,19:0.83:23
chr19	55869879	rs67168196	GGCTCCTTCATCTCGCCCCATGGCT	G	8298.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=59;PP=2922;SC=GTCCCAGGGTGGCTCCTTCAT;SOR=0.976;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=86;TCF=19;TCR=67;TR=76;WE=55869910;WS=55869869;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,190:0.99:192
chr19	55870104	rs12974819	G	C	4951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=55;PP=2246;SC=GGATTTCGAGGGCTGCTCTTT;SOR=0.853;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=70;TCR=58;TR=123;WE=55870112;WS=55870094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	55870289	rs12974907	C	T	7971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=92;NR=84;PP=2965;SC=CTTCAAGCTTCGCCCAGTGGG;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=177;TCF=92;TCR=85;TR=176;WE=55870297;WS=55870279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr19	55870351	rs12976922	T	C	6833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=88;PP=2965;SC=GTCACCTCCTTGGTTTGGCTA;SOR=0.732;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=85;TCR=88;TR=172;WE=55870359;WS=55870341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr19	55870600	rs12460416	C	G	5385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=80;PP=2753;SC=ATCTGGTATTCGGTAGGTGAG;SOR=0.971;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=50;TCR=80;TR=130;WE=55870608;WS=55870590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	55871019	rs12609732	A	G	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=34;PP=1298;SC=AGATGTGACAAGGCCAGATGG;SOR=0.786;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=66;WE=55871027;WS=55871009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr19	55872191	rs897799	G	A	3126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.82;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	55872397	rs2124918	A	G	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=55;PP=2225;SC=TCCTGACGTCAGCATGCTCCA;SOR=1.012;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=58;TCR=55;TR=113;WE=55872405;WS=55872387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	55872566	rs2124919	A	G	2719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=46;PP=1473;SC=GTCTCTGAGCAGCCACCGTCT;SOR=1.247;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=23;TCR=46;TR=69;WE=55872574;WS=55872556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr19	55872864	rs11673515	G	C	1684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=21;PP=626;SC=CCTACCCAGCGAGAGGCCTAG;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=14;TCR=21;TR=35;WE=55872872;WS=55872854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr19	55872955	rs11673554	G	C	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=10;PP=336;SC=CCGCTCCTCCGTCAGACCCAG;SOR=1.112;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=16;WE=55872963;WS=55872945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	55873642	rs4252574	C	T	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=14;PP=603;SC=GCAGGCGCTTCGGCCAGCGGC;SOR=0.929;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=19;TCR=14;TR=33;WE=55873650;WS=55873632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	55877231	rs1042505	C	T	181.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=2;PP=104;SC=GGCACAGATGCCCCCCAGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=55877239;WS=55877221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	55880385	rs62128183	G	T	869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	55888537	rs370170404	G	C	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=6;NR=11;PP=239;SC=TGAGGGAGGAGGGGCTGGGGG;SOR=1.255;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=17;WE=55888545;WS=55888527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	55889451	rs77912983	G	A	4965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=49;NR=46;PP=1580;SC=CCAAGAAGACGCCGTCCACGG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=95;TCF=49;TCR=46;TR=95;WE=55889459;WS=55889441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	55895588	rs1870074	G	A	1039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=21;PP=624;SC=GCACCCGGCGGGCTCCCCTGC;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=55895596;WS=55895578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr19	55903158	rs10653185	C	CAG	946.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=678;SC=CAGATGGACTCATGATCACAG;SOR=1.931;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=55903166;WS=55903148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	55913038	rs7608	C	T	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=28;PP=1396;SC=GGGCCCGAGCCGCATACTCCT;SOR=1.036;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=49;TCR=29;TR=76;WE=55913046;WS=55913028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	55913286	rs11393810	T	TC	453.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=8;PP=376;SC=TCATCTTTGCTCCTGTCTCCC;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=55913294;WS=55913276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	55914374	rs11672075	C	T	4379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=50;PP=1902;SC=TAGACCAGGACGCCTCCACCT;SOR=0.845;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=113;TCF=63;TCR=50;TR=112;WE=55914382;WS=55914364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	55964546	rs3214450	G	GC	341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=2;PP=158;SC=GCAGCACCCTGCCCCCCCCAC;SOR=2.147;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=7;WE=55964554;WS=55964542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	55966346	rs2277959	C	T	3062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.93;SOR=1.224;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr19	55966895	rs35627652	TG	T	547.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=8;PP=440;SC=CAGGTCAGGATGGGGGTCCTG;SOR=0.914;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=13;WE=55966903;WS=55966885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	55966971	rs12462602	C	T	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.89;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr19	56004901	rs889090	G	A	201.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=2;PP=132;SC=CCTGAGCATAGCTTAGTCCCC;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=56004909;WS=56004892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	56009191	rs34794462	GT	G	690.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=4;PP=415;SC=TGGATGAAGAGTCAGGAGGCT;SOR=1.493;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=6;TCR=5;TR=10;WE=56009199;WS=56009181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	56011915	rs61107130	G	A	3989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=55;NR=52;PP=1983;SC=GGCTGGAAGTGTGGCATGCCG;SOR=0.706;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=110;TCF=58;TCR=52;TR=107;WE=56011923;WS=56011905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr19	56012381	rs11084400	T	C	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=37;PP=1671;SC=GGGTCAACCATTACCCCAATT;SOR=0.928;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=54;TCR=38;TR=91;WE=56012389;WS=56012371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr19	56012590	rs11669496	G	A	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.90;SOR=2.899;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	56012597	rs11669422	A	G	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.62;SOR=2.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	56015613	rs10421885	A	C	1070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=535;SC=CTGCGGAGACAGCGGGTCCGG;SOR=1.402;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=56015621;WS=56015603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	56024519	rs671542	T	C	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=29;PP=646;SC=CCTCCAACTCTGAGAGTCCAT;SOR=0.955;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=56024527;WS=56024509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	56024563	rs514574	G	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=22;PP=621;SC=CTGGGGTGAGGAGACTGGGAC;SOR=1.559;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=56024571;WS=56024553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	56024599	rs671152	A	G	668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=366;SC=GTAAAGAGACAGATTCCAGAC;SOR=2.124;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=56024607;WS=56024589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	56029465	rs4801331	G	A	12121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=497;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.44;QD=24.89;SOR=0.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,487:1.00:487
chr19	56030009	rs925878	C	T	9874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.825;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=453;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=229;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TCCCCTTGACCCCCTCACCCT;SOR=1.526;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=308;TCF=77;TCR=231;TR=293;WE=56030017;WS=56029999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,439:1.00:440
chr19	56030428	rs10217	C	A	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.338;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	56041255	rs620251	C	G	2462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=35;PP=1135;SC=TCGGCCGCGGCGGCCAGGCCG;SOR=1.006;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=56041263;WS=56041245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	56042608	.	C	T	7017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=278;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr19	56047448	rs310453	A	G	5057.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=51;PP=2076;SC=CGGCCATAGCAACCCTGGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=103;TCF=52;TCR=51;TR=103;WE=56047456;WS=56047438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr19	56052008	rs34837414	C	T	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=14;PP=829;SC=CTGGATCCTGCGTCTGAGAGA;SOR=1.316;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=33;TCR=14;TR=47;WE=56052016;WS=56051998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	56052337	rs55643341	A	AC	21075.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=188;PP=2966;SC=GCTCCCCAAAACCCAGGTCCC;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=233;TCF=32;TCR=201;TR=217;WE=56052348;WS=56052327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,641:1.00:641
chr19	56052770	rs654439	C	T	4071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=46;PP=1773;SC=GGCTGCAGACCGGGTCGAAGA;SOR=0.745;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=94;WE=56052778;WS=56052760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr19	56055436	rs694398	A	G	2475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=29;PP=1114;SC=TGGGATAAGCACTCCCAACCT;SOR=0.757;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=57;WE=56055444;WS=56055426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	56056184	rs491639	A	G	818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=6;PP=239;SC=GAGGCTGGGCAAGGAGCACGC;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=56056192;WS=56056174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr19	56089353	rs2292812	C	T	2029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.908;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	56089908	rs113850871	C	CCCG	5449.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=37;PP=2367;SC=CTCCGTTCTGCCCTTCTCCCC;SOR=1.096;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=47;WE=56089916;WS=56089898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr19	56089947	rs10403008	C	G	3874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=1.975;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.902;HP=4;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.180;NF=37;NR=49;PP=1490;ReadPosRankSum=1.246;SC=ACTCCGCCCCCTCGCCCCCCT;SOR=0.881;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=90;TCF=41;TCR=49;TR=86;WE=56089955;WS=56089937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,166:0.99:167
chr19	56090076	rs34164618	G	T	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=23;PP=1032;SC=GGAGGTAGGAGGCGAGGCGGA;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=52;WE=56090084;WS=56090066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr19	56104136	rs7247236	T	C	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.11;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr19	56114045	rs1077806	C	T	4207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=59;PP=2363;SC=CGCACCACCACCGCGTGCACT;SOR=0.746;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=54;TCR=60;TR=113;WE=56114053;WS=56114035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr19	56114237	rs310459	G	A	2379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=43;PP=1243;SC=GGGCCGAGGAGGAGGAGGAGA;SOR=1.609;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=15;TCR=43;TR=56;WE=56114245;WS=56114227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	56153868	rs310475	G	A	5803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=52;PP=2180;SC=CCCAGCTGCCGCTCCAGATGC;SOR=0.830;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=131;TCF=78;TCR=53;TR=130;WE=56153876;WS=56153858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr19	56154103	.	C	T	3256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=48;NR=48;PP=1828;SC=CCGGGGCCCGCCCCAGCGCGA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=48;TCR=48;TR=96;WE=56154111;WS=56154093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr19	56154421	.	C	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=574;SC=TGCTGCCCTGCCCGTCTCAGG;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=56154429;WS=56154411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	56160399	rs7246799	T	C	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=2;PP=532;SC=CTGGGGTCCGTAGGAAGCCGC;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=56160407;WS=56160389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	56162776	rs2287791	C	T	1007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=14;PP=550;SC=AAGAAGGCAGCGCCAGTGAGA;SOR=0.914;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=26;WE=56162784;WS=56162766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	56162881	rs519856	C	T	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=11;PP=348;SC=GTGCATGGGGCGGGCGCTGAG;SOR=1.136;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=7;TCR=11;TR=18;WE=56162889;WS=56162871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr19	56170771	rs537728	G	A	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=457;SC=GTGTTGGCCGGCCTGTGGGTG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=56170779;WS=56170761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr19	56171778	rs507498	A	C	1226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=18;PP=1593;ReadPosRankSum=1.464;SC=TGGAGCTTACATGGTTGCGGG;SOR=0.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=65;WE=56171786;WS=56171769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,42:0.98:43
chr19	56175149	rs310444	G	A	1671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=28;PP=809;SC=TTCTCCCCCAGTCCTGTTCCC;SOR=1.078;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=56175157;WS=56175139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	56180732	rs681804	T	C	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=24;PP=1045;SC=TGGGGGGGCATGTGAGGGGCC;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=57;WE=56180740;WS=56180712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	56180968	rs617073	C	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=20;PP=562;SC=TCGTGGAGGACGTGCGGGACG;SOR=1.298;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=10;TCR=20;TR=30;WE=56180976;WS=56180958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr19	56185250	rs664684	G	A	5707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=57;PP=2216;SC=ACGCTGACTGGCTGTTGGGCG;SOR=0.867;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=132;WE=56185258;WS=56185240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr19	56228067	rs117307800	G	A	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=15;PP=856;SC=AGAAATCTCCGAACGTGCTTC;SOR=1.209;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=56228075;WS=56228057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr19	56241265	rs193384	A	G	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=30;PP=1066;SC=AGGGATCATCAAGGCTGGTAT;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=56241273;WS=56241255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr19	56273136	rs59333538	T	C	5243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.47;QD=25.96;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	56274086	rs138079370	G	A	1295.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.93;MQRankSum=-3.289;QD=13.50;ReadPosRankSum=-1.562;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,59:0.61:96
chr19	56274193	rs149361735	G	C	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.56;QD=27.78;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr19	56283049	rs58970191	A	T	376.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.34;QD=53.83;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr19	56283054	rs201873504	A	G	421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.43;QD=42.18;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	56283056	rs200206915	G	C	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.43;QD=45.58;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr19	56283061	rs28568514	C	T	518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.68;QD=39.91;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr19	56284090	rs202217602	G	A	1674.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=11.008;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=51.64;MQRankSum=0.272;QD=22.94;ReadPosRankSum=0.399;SOR=2.730;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:8,65:0.89:73
chr19	56284396	rs141642534	A	T	490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.89;QD=30.67;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr19	56307679	rs35540760	T	TA	137	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.396;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.075;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,12:0.75:16
chr19	56307723	rs10422937	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=9;PP=251;SC=CGATGATGTCTACTTGGAAAT;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=56307731;WS=56307713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	56321414	rs299163	C	A	7115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=99;NR=74;PP=2965;SC=ATTTCGTGAGCAGTGAGGTGA;SOR=0.921;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=99;TCR=74;TR=173;WE=56321422;WS=56321404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,270:1.00:270
chr19	56368948	rs435148	C	T	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=13;PP=738;SC=TGTGTAGACCCCTGGAAAGAT;SOR=1.345;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=40;WE=56368956;WS=56368938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	56369189	rs441827	G	A	4386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=61;NR=52;PP=2310;SC=TCCCAAGGAAGCTGGGAAACA;SOR=1.013;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=115;TCF=61;TCR=54;TR=113;WE=56369197;WS=56369179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr19	56369215	rs395503	C	T	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=1.007;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	56369593	rs421810	T	C	5852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=87;PP=2965;SC=TGCTCATCGCTATCAAACCCG;SOR=1.008;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=150;TCF=62;TCR=88;TR=149;WE=56369601;WS=56369583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chr19	56370166	rs379327	C	T	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=59;NR=65;PP=2333;SC=TCAAGAGCCACCTTGATCATC;SOR=0.758;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=124;WE=56370174;WS=56370156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr19	56390237	rs302453	A	T	5297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=55;PP=1976;SC=ACCCTGCAGCAGCTCAACCTG;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=62;TCR=57;TR=117;WE=56390245;WS=56390227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr19	56392875	rs302456	T	G	4364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=49;PP=1923;ReadPosRankSum=-0.552;SC=CCCAGGCACTTCTGACGGCTG;SOR=0.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=57;TCR=50;TR=104;WE=56392883;WS=56392865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,169:0.99:170
chr19	56393051	rs302457	T	C	1409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=25;PP=793;SC=AAATCATTGATACTCTGAGTT;SOR=1.314;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=56393059;WS=56393041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	56410340	rs302828	T	G	2084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=44;PP=1266;SC=GGGAAAGTAATTGCGTCCCGA;SOR=1.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=16;TCR=44;TR=60;WE=56410348;WS=56410330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	56413532	rs7258847	G	A	5638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=87;PP=2508;SC=CATCTGACAAGTGCTTGCAAG;SOR=1.216;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=129;TCF=42;TCR=87;TR=129;WE=56413540;WS=56413522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr19	56413583	rs302835	A	G	1865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=44;PP=1324;SC=TGCAGGGTGAAAGCCACAGAG;SOR=2.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=8;TCR=44;TR=52;WE=56413591;WS=56413573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	56467375	rs41481648	C	T	4803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=44;PP=1608;SC=TTGCCTGAAGCGGTGTCAATA;SOR=0.759;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=56467383;WS=56467365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr19	56477687	rs306497	A	G	2694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=40;PP=1419;SC=TGGAGTCCAAAGCTGTGAAGC;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=31;TCR=40;TR=71;WE=56477695;WS=56477677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	56477710	rs306496	T	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=35;PP=1019;SC=CTATGCAGGGTGCTGAGATCC;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=56477718;WS=56477700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	56487430	rs306483	G	A	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.49;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	56487450	rs306482	T	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.63;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	56487603	rs306481	A	G	3798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=41;PP=1511;SC=AATAGCCTGAAGGATGATGGG;SOR=0.707;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=43;TCR=41;TR=84;WE=56487611;WS=56487593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	56490778	rs306475	C	T	941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=10;PP=376;SC=ACTGCCTGTTCACCTCCATCT;SOR=0.798;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=56490786;WS=56490768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr19	56499279	rs306457	G	C	4681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=72;PP=2009;SC=TTAATCCTTAGGCCGTCCAGT;SOR=1.034;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=118;TCF=45;TCR=73;TR=117;WE=56499287;WS=56499269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr19	56511082	rs35427984	C	G	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=39;PP=1511;SC=CTTTCCATGGCGATGTTATCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=41;TCR=39;TR=80;WE=56511090;WS=56511072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr19	56511217	rs12462690	G	A	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=17;PP=550;SC=CATGACACACGGATCGAATCC;SOR=1.483;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=25;WE=56511225;WS=56511207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	56530664	rs306428	A	G	5214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=47;PP=2301;SC=TCTCTGACTCAAATAATAAAC;SOR=1.131;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=88;TCR=48;TR=133;WE=56530672;WS=56530654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr19	56538203	rs3103612	C	A	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=309;SC=TGACCTCCCACAGTGCTGGGA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=56538211;WS=56538193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	56561749	rs2574762	A	G	516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=364;SC=GGGAATGAGCATCACGATCTT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=56561757;WS=56561739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr19	56564916	rs35553570	G	C	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=7;PP=682;SC=AGGAATAAAGGAAACTCCAGT;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=28;WE=56564924;WS=56564906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	56565164	rs3103057	G	A	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=28;PP=723;SC=CAGTGTTCTGGCGAGACTCGG;SOR=1.163;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=15;TCR=28;TR=43;WE=56565172;WS=56565154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr19	56569917	rs386875	G	A	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=11;PP=294;SC=TGCCCACTACGTTCTGAGTAC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=56569925;WS=56569907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	56599437	rs5828672	CTCG	C	1004.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.40;QD=41.86;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	56600527	rs490015	G	A	582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=346;SC=TGCCTTGGCTGCTACGCTGGC;SOR=1.426;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=56600535;WS=56600517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr19	56614652	rs473045	G	A	1501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=26;PP=805;SC=AGGCTGCACCGAGGGCCCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=16;TCR=26;TR=42;WE=56614660;WS=56614642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	56688669	rs4801681	A	G	2513.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=45;PP=1289;SC=GTCCTGGGGAAGAAGCTCAAA;SOR=1.420;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=56688677;WS=56688659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr19	56691912	rs274171	G	C	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=32;PP=1800;SC=CGCCTGCCCCGCTTTCTGTCT;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=88;WE=56691920;WS=56691902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr19	56693620	rs3745833	C	G	3419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=28;NR=39;PP=1180;SC=GGAAGGCCATCGGTGAGTGAG;SOR=0.937;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=28;TCR=39;TR=67;WE=56693628;WS=56693610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	56693643	rs274174	T	C	2490.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=34;PP=851;SC=GGGAGTTAGATGTCTTCTCCT;SOR=1.122;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=54;WE=56693651;WS=56693633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	56703248	rs527025	G	A	3746.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=34;PP=1507;SC=GCGACCCTGGGCAGGATCTGC;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=91;WE=56703256;WS=56703238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	56718585	rs4801690	A	G	6237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=86;PP=2761;SC=CAGGCCAGCCAAGAGCTGCAG;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=63;TCR=86;TR=149;WE=56718593;WS=56718575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr19	56719405	rs12979551	A	C	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=41;NR=18;PP=983;SC=ATTCTCAGGAAGAGGACTTCC;SOR=1.463;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=56719413;WS=56719395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	56719822	rs1865101	G	T	3418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=42;PP=1754;SC=TTCCAGCAGGGGTGGTGGGAG;SOR=0.818;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=94;WE=56719830;WS=56719812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr19	56719853	rs1865102	C	A	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.46;QD=26.55;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr19	56758938	rs35779585	G	A	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=50;PP=1308;SC=CAGAGGGAGTGCCCTAGATAG;SOR=1.770;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=18;TCR=50;TR=68;WE=56758946;WS=56758928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	56888450	rs2304124	A	G	994.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.34;ReadPosRankSum=-1.559;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,67:0.29:229
chr19	56901293	rs6509995	C	T	1839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=27;NR=14;PP=845;SC=CAGGGAAGATCTTCTAAGACA;SOR=1.211;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=27;TCR=14;TR=41;WE=56901301;WS=56901283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr19	56904509	rs11439847	T	TA	1437.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=0.686;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=0.000;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.123;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,97:0.65:150
chr19	56918560	rs4801159	T	A	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=9;PP=275;SC=GAACATTTTGTTTTTCTTCCA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=56918582;WS=56918550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	56918574	rs2288862	T	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=7;PP=219;SC=TCTTCCAAAATTCTGCAACCT;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=56918582;WS=56918550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	56918598	rs2288863	T	C	204.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=5;PP=157;SC=AAGGTTCCATTCATCCAGTGA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=56918606;WS=56918588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr19	56935527	rs3810340	A	G	6794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=116;NR=90;PP=2965;SC=GTGGGAAAGCATTTAGCTATA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=117;TCR=91;TR=206;WE=56935535;WS=56935517;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr19	56953585	rs3760849	T	C	7840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=102;NR=81;PP=2965;SC=ATTGAAGGCTTTTCCGCACTT;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=102;TCR=81;TR=183;WE=56953593;WS=56953575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,291:1.00:291
chr19	56953863	rs8107758	T	C	690.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.026;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=390;ReadPosRankSum=-0.073;SC=GCTTCTCTCCTGTATGAATGT;SOR=1.221;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=102;TCF=66;TCR=36;TR=30;WE=56953871;WS=56953853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,38:0.32:118
chr19	56978525	rs11881919	T	G	3835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.09;ReadPosRankSum=-0.791;SOR=0.326;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,146:0.99:147
chr19	56981382	rs3760848	T	C	5139.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=67;PP=2303;SC=TCTGGCTTTATCTCTTGTCCT;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=57;TCR=67;TR=124;WE=56981390;WS=56981372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr19	57023025	rs67525856	CTT	C	9414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=87;PP=2969;SC=CTGTTTAGGACTTTTTGTAAT;SOR=0.939;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=103;TCF=13;TCR=90;TR=99;WE=57023034;WS=57023015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr19	57027606	rs10419939	C	T	2747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=63;NR=21;PP=1730;SC=TCTTTGGACACGAGCATTGGT;SOR=1.887;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=64;TCR=21;TR=84;WE=57027614;WS=57027596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	57035672	rs142277230	C	CT	904.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.345;HP=8;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=13;PP=593;ReadPosRankSum=2.115;SC=GGAACATTCACTTTTTTTTAA;SOR=0.410;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=30;WE=57035680;WS=57035662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,49:0.71:69
chr19	57036012	rs11667052	G	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,29:0.32:91
chr19	57036362	rs45487092	A	G	3082.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.219;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=48;PP=1389;ReadPosRankSum=-1.480;SC=GCTCAGCATCAGAGAATTCAT;SOR=0.590;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=162;TCF=79;TCR=83;TR=97;WE=57036370;WS=57036352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:96,151:0.61:247
chr19	57036653	rs3752176	G	A	3003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=29;PP=1499;SC=TACAAATGTGGTGTGTGTGGA;SOR=1.101;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=73;WE=57036661;WS=57036643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	57036678	rs3752177	G	A	1218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.064;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=20;PP=831;ReadPosRankSum=-0.503;SC=CCTTCAGCTCGGGTTCATCCC;SOR=0.410;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=45;WE=57036686;WS=57036668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,51:0.61:83
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chr19	57050721	rs78346163	G	T	398.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.348;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=13;PP=277;ReadPosRankSum=0.423;SC=TTTGAAGCTGGTGGAGTGGGA;SOR=2.303;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=14;WE=57050729;WS=57050711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,16:0.73:22
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chr19	57060573	rs2074941	C	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=8;PP=179;SC=ATGACTACAACAACTATAAGA;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=57060581;WS=57060563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr19	57089050	rs4801177	C	T	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=61;PP=2183;SC=CATAAGAGAACTCATACTGGA;SOR=0.911;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=47;TCR=61;TR=108;WE=57089058;WS=57089040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr19	57175484	rs7250003	A	G	11081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=119;PP=2965;SC=GGCAGGGGTAAGGCCGCTCTC;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=244;TCF=125;TCR=119;TR=244;WE=57175492;WS=57175474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,419:1.00:419
chr19	57176198	rs8108756	T	G	9525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=102;NR=123;PP=2965;SC=AGATGAACGCTGAACAGTAGC;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=226;TCF=103;TCR=123;TR=225;WE=57176206;WS=57176188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr19	57176304	rs12460400	T	G	6133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=90;PP=2965;SC=CTTCGGGCTCTCCCCAGGCGC;SOR=0.766;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=171;TCF=81;TCR=90;TR=171;WE=57176312;WS=57176294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr19	57176482	rs12462469	C	T	7784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=113;PP=2965;ReadPosRankSum=1.026;SC=TCCTGGTTTTCCTGCAGGTCC;SOR=0.725;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=101;TCR=113;TR=214;WE=57176490;WS=57176472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,313:0.99:315
chr19	57293394	rs2286751	A	G	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=29;PP=949;SC=CACTAAGGGAACTAAGTTCCT;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=27;TCR=29;TR=56;WE=57293402;WS=57293384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	57335022	rs1860565	G	A	3902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=35;PP=1503;SC=TGTCGTCGTCGCTGGTCACGT;SOR=0.832;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=83;TCF=48;TCR=35;TR=83;WE=57335030;WS=57335012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr19	57335179	rs1860566	T	C	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=47;PP=1382;SC=CATTTCTGAGTTCAAAACCCT;SOR=1.429;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=23;TCR=48;TR=70;WE=57335187;WS=57335169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr19	57641146	rs1027392	A	G	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=52;NR=39;PP=2054;SC=TTTTCTGGCAACATGCAGAAT;SOR=0.905;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=92;TCF=52;TCR=40;TR=91;WE=57641154;WS=57641136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr19	57641799	rs3795003	G	A	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=45;PP=1409;SC=GCTGACCTCAGAATCCAGTGA;SOR=1.136;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=27;TCR=45;TR=72;WE=57641807;WS=57641789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	57642782	rs9973206	C	A	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=26;PP=744;SC=AGGGGGAATACGAAGGTGACT;SOR=2.133;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=32;WE=57642790;WS=57642772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	57646218	rs17305549	C	T	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=9;PP=678;SC=GCCATTTCAACATGGAATTCT;SOR=1.414;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=57646226;WS=57646208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr19	57646249	rs59231549	C	T	1994.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=15;PP=1040;SC=TTCCAGGCAACCATATCTTCC;SOR=1.349;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=50;WE=57646271;WS=57646239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	57647015	rs7251328	A	G	5473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=65;PP=2375;SC=GCTTGTAGGCATTTCCACAGT;SOR=0.749;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=139;WE=57647023;WS=57647005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr19	57647236	rs7252632	T	C	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=59;PP=1983;SC=GATGGATTATTGCCAACTAAT;SOR=0.845;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=51;TCR=59;TR=109;WE=57647244;WS=57647226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr19	57648433	rs2370135	T	C	2325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr19	57649901	rs17305556	G	A	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=30;PP=1441;SC=TTCTCTGTTCGGGATTCAGCC;SOR=0.906;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=38;TCR=30;TR=68;WE=57649909;WS=57649891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr19	57649940	rs17305563	A	T	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=41;PP=1483;SC=TGAAGTTCACAGTGACATCCT;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=42;TCR=42;TR=83;WE=57649948;WS=57649930;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr19	57654216	rs77434521	T	G	744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.60;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	57665888	rs10420848	A	G	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=1.037;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr19	57665927	rs74258096	C	T	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.72;QD=33.92;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	57665950	rs147982862	T	G	884.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.38;QD=46.56;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr19	57665963	rs142792522	A	G	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.02;QD=46.20;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	57665966	rs145678714	T	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.02;QD=42.98;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr19	57670805	rs12609860	A	G	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=42;PP=1196;SC=TTTTTGAGATAGAGTCTCACT;SOR=1.745;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=19;TCR=42;TR=60;WE=57670813;WS=57670795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr19	57703209	rs2302059	T	C	452.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.404;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.942;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=246;ReadPosRankSum=1.316;SC=CCGGCCAGGGTCGGGCACAGG;SOR=0.138;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=17;WE=57703217;WS=57703199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,22:0.61:36
chr19	57703369	rs7250511	T	C	2428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=28;PP=931;ReadPosRankSum=0.604;SC=TGAGGCGGTTTCCGAAGTGGG;SOR=0.679;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=80;TCR=62;TR=63;WE=57703377;WS=57703359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,125:0.47:268
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chr19	57742489	rs58264281	C	T	11904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=115;NR=79;PP=2962;SC=ATCAGTGAGGCTGCAGGACGA;SOR=0.977;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=122;TCR=83;TR=194;WE=57742522;WS=57742479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
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chr19	57743766	rs2074859	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=6;PP=213;ReadPosRankSum=0.915;SC=TCCTGTTCTCCGTTCTCCCCT;SOR=0.760;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=15;WE=57743774;WS=57743756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,19:0.73:26
chr19	57752326	rs8111661	C	G	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.54;ReadPosRankSum=-1.296;SOR=0.633;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,29:0.25:118
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chr19	57760018	rs2014572	G	A	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=8;PP=176;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CTAGAGCATGGGCAGGAGCCA;SOR=0.368;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=76;TCF=54;TCR=22;TR=20;WE=57760026;WS=57760008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,26:0.27:96
chr19	57760057	rs3746231	G	A	641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.59;ReadPosRankSum=-0.618;SOR=0.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,46:0.26:179
chr19	57760216	rs1019071	G	A	2692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=49;PP=1361;SC=TGGTTTCTCCGTCCTCCCAGC;SOR=1.519;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=19;TCR=49;TR=68;WE=57760224;WS=57760206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr19	57764770	rs10421632	G	A	746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.85;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,46:0.30:154
chr19	57765432	rs8100154	A	G	1417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.744;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.522;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=2.624;NF=31;NR=30;PP=911;ReadPosRankSum=0.021;SC=CCTACCTCAAAAGGCACCAGC;SOR=0.772;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=197;TCF=97;TCR=100;TR=61;WE=57765440;WS=57765422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,86:0.28:310
chr19	57796192	rs117683431	T	C	1322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.46;SOR=2.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	57802024	rs45619736	G	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=5;PP=456;SC=CATTTCTTCTGTACTATCTTA;SOR=1.387;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=23;WE=57802032;WS=57802014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	57802806	rs2041109	C	T	9960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=69;NR=91;PP=2965;SC=TCTTGCATAACAAGAGCCACA;SOR=0.867;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=70;TCR=91;TR=160;WE=57802814;WS=57802796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr19	57802824	rs2041110	G	A	9605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=83;PP=2965;SC=ACAATGAGAAGAAACCCTTCG;SOR=0.877;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=66;TCR=83;TR=149;WE=57802832;WS=57802814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr19	57832089	rs4801461	G	T	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr19	57832214	rs56960413	G	T	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.52;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr19	57832257	rs4801462	T	C	1896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr19	57835252	rs4801216	C	T	1413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=36;PP=1038;SC=CTCCACAGCCCACTTGTTCTG;SOR=2.655;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=57835260;WS=57835242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr19	57835279	rs4801467	G	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=29;PP=797;SC=CTGGCACCACGCAGGGGTGTT;SOR=3.321;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=5;TCR=29;TR=34;WE=57835287;WS=57835269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr19	57839150	rs8100491	A	G	2055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=22;PP=1064;SC=CTCCAGGAACAACTGACACAA;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=36;TCR=22;TR=58;WE=57839158;WS=57839140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr19	57839567	rs1968090	T	A	7136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;PP=2965;ReadPosRankSum=1.920;SC=CTTCAGCACCTCATCATCCAC;SOR=0.238;Source=Platypus;TCR=104;TR=201;WE=57839575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,267:1.00:268
chr19	57863149	rs34172522	T	G	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=28;PP=828;SC=TTCAGGGTGCTCACTCCGTCG;SOR=1.382;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=57863157;WS=57863139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	57868336	rs862709	A	G	6560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=80;PP=2965;SC=TAAGTGCAACAAATGTGGGAA;SOR=0.812;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=94;TCR=81;TR=174;WE=57868344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr19	57890000	rs2361119	C	T	3220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=46;PP=1528;SC=GCCAAAATGACGAACAACACC;SOR=0.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=83;WE=57890008;WS=57889990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr19	57901548	rs12460423	G	T	2996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=44;PP=1306;SC=CCCTGAAGGGGCCCTGCAGGT;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=70;WE=57901556;WS=57901538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr19	57909872	rs4801478	G	A	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=32;PP=1691;SC=AGAGGTTACAGCTTCAAAGCC;SOR=1.230;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=60;TCR=32;TR=92;WE=57909880;WS=57909862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr19	57922664	rs4801480	T	C	1150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=7;PP=826;SC=TGAGGCTCGGTTGAATCGGTT;SOR=2.133;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=35;TCF=27;TCR=8;TR=34;WE=57922672;WS=57922654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	57931553	rs10417533	C	T	3102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=39;PP=1678;SC=GGTACAACTCCGACCTTATTA;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=49;TCR=40;TR=87;WE=57931561;WS=57931543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr19	57946924	rs56241253	G	C	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.18;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
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chr19	57956828	rs7246856	T	G	2882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=44;PP=1348;SC=AAACATCAGATAATTCATACT;SOR=1.358;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=17;TCR=44;TR=61;WE=57956836;WS=57956818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	57983457	rs10153521	A	G	2618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=16;PP=1460;SC=ACAGGTATGGAAATATTTCTG;SOR=1.847;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=51;TCR=17;TR=66;WE=57983465;WS=57983447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
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chr19	57985851	rs35902786	C	T	1622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=32;PP=1120;SC=GGAAGCCTCACTACAAATATG;SOR=1.085;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=23;TCR=32;TR=55;WE=57985859;WS=57985841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	57985889	rs7257644	T	C	1634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=28;PP=1162;SC=ACCAAGGTCATAGGACTGTTG;SOR=0.762;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=56;WE=57985897;WS=57985879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr19	57986184	rs2285607	G	A	3582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=45;PP=1659;SC=GAAACACTAAGTACAGGCCAA;SOR=0.708;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=91;TCF=46;TCR=45;TR=91;WE=57986192;WS=57986174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr19	57987895	rs2074065	C	T	1003.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chr19	58003141	rs71333245	A	G	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.94;QD=30.05;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr19	58003359	rs117470965	T	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=24.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr19	58003728	rs2074073	G	A	5248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=56;PP=2402;SC=CTATTCTGATGTTTGACCTAG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=63;TCR=56;TR=119;WE=58003736;WS=58003718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr19	58003873	rs2074074	C	T	2134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=49;PP=1355;SC=TATTTGGTTGCAGTTGGTTTT;SOR=1.552;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=20;TCR=49;TR=69;WE=58003881;WS=58003863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr19	58004158	rs2074075	C	T	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=18;PP=713;SC=TTAGACACATCTGTGAGAGTG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=45;WE=58004166;WS=58004148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr19	58004346	rs2074076	G	C	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=12;PP=508;SC=AAAAAGACAAGAGGGCAGGGT;SOR=0.843;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=58004354;WS=58004336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr19	58004931	rs2074077	A	G	6661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=112;NR=109;PP=2965;SC=ACATCAGAGAATTCACACTGG;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TCF=112;TR=221;WE=58004939;WS=58004921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr19	58016474	rs150811873	T	C	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=12.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.64;MQRankSum=-2.647;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.441;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,70:0.36:194
chr19	58038964	rs12461014	T	A	3982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=40;PP=1243;SC=GCGCTAGTGATTACGCCGCAG;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=78;WE=58038972;WS=58038954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr19	58058536	rs1548476	A	G	5580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=69;PP=2419;SC=CTGGTGCTGTATGAGTTCTGA;SOR=0.731;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=133;TCF=64;TCR=69;TR=133;WE=58058544;WS=58058526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr19	58067703	rs139899284	A	G	8079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=79;NR=95;PP=2965;SC=GGTCACAGCCACATCCTTGAA;SOR=0.792;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCF=79;TR=174;WE=58067711;WS=58067693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,315:1.00:315
chr19	58089521	rs886265	G	C	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=21;PP=602;SC=AGCTCCATGGGCTGATGCCTC;SOR=1.556;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=6;TCR=21;TR=27;WE=58089529;WS=58089511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr19	58117223	rs2360543	T	A	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr19	58118715	rs10715037	CT	C	1002.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=0.835;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.060;SOR=0.622;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,80:0.75:106
chr19	58151338	rs34418076	TG	T	3255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.626;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=27;PP=1585;ReadPosRankSum=0.470;SC=AAGTGCCCTCTGTTCTTCACA;SOR=0.802;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=36;WE=58151346;WS=58151328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr19	58231807	rs2239986	A	G	4369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=37;PP=1754;SC=ATAGTAAGTCAGGGGCATTGG;SOR=0.963;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=63;TCR=37;TR=100;WE=58231815;WS=58231797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr19	58262454	rs11419013	C	CT	1402.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=1;NR=29;PP=1386;SC=ACTGCCCTCTCTCTCCTTGAG;SOR=3.556;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=30;WE=58262462;WS=58262444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr19	58291228	rs2158013	A	G	4177.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=87;PP=2546;ReadPosRankSum=-0.684;SC=AGTTCACACCAGATCAAGGTG;SOR=0.595;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=42;TCR=89;TR=128;WE=58291236;WS=58291218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,155:0.99:156
chr19	58301946	rs9789253	G	A	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=33;PP=865;SC=CTTTCCTTGAGCAGCCCCAGT;SOR=4.021;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=37;WE=58301954;WS=58301936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr19	58326001	rs2303817	A	G	14616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=148;NR=171;PP=2965;SC=AGAGCCGTAAACAGGTGCCGC;SOR=0.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=320;TCF=148;TCR=172;TR=319;WE=58326009;WS=58325991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
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chr19	58342011	rs6510107	A	G	3998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=63;PP=1929;SC=AAGAGTCTTTAAGGTGGCAGA;SOR=1.298;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=27;TCR=64;TR=90;WE=58342019;WS=58342001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
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chr19	58352806	rs35313547	T	C	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=60;PP=2202;SC=AGCAAATATGTTAGCTTCAGT;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=44;TCR=60;TR=104;WE=58352814;WS=58352796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	58353003	rs34871842	G	A	4771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=51;PP=1946;SC=AAAAGTTCACGCTGGAAAAGG;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=106;WE=58353011;WS=58352993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr19	58419180	rs73068597	G	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=20;PP=588;SC=GTCTGCACAGGGACTGGAGAT;SOR=2.833;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=24;WE=58419188;WS=58419170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	58419841	rs10414704	G	T	4062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=42;PP=2640;SC=CACTCATAAGGCCTTTCTCCA;SOR=1.355;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=90;TCR=42;TR=131;WE=58419849;WS=58419831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr19	58419874	rs10415951	T	C	5118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=111;NR=65;PP=2965;SC=CTGTGTTTAATGAGACGGGAT;SOR=1.239;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=176;TCF=111;TCR=65;TR=176;WE=58419882;WS=58419864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr19	58420152	rs17845779	C	A	14370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.50;QD=45.48;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr19	58420162	rs10416584	T	C	15140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.54;QD=45.47;SOR=0.882;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr19	58420167	rs17852300	T	C	15289.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.08;QD=44.06;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,347:1.00:347
chr19	58420699	rs3745133	C	A	10383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=409;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=158;NR=172;PP=2965;SC=AGTGTGAACACGCTGATGGCT;SOR=0.867;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=335;TCF=161;TCR=174;TR=330;WE=58420707;WS=58420689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr19	58421128	rs201944488	C	T	6166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.42;QD=25.17;SOR=0.937;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr19	58446618	rs62126278	G	A	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=45;PP=1380;SC=CGGGGCCTAAGATCTGCCTCT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=22;TCR=45;TR=67;WE=58446626;WS=58446608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	58453342	rs959231	T	C	6505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=96;NR=68;PP=2965;SC=GGCTAGAGCTTTGCCTATAGG;SOR=0.990;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=166;TCF=98;TCR=68;TR=164;WE=58453350;WS=58453332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr19	58455381	rs257652	C	T	7362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.46;SOR=0.727;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,301:1.00:301
chr19	58485439	rs257676	C	T	2589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=20;PP=1257;SC=GATTCTCACTCCACTGAATGA;SOR=1.337;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=67;WE=58485447;WS=58485429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr19	58549366	rs159870	C	G	5078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=83;PP=2689;SC=GGCCGCACCTCGCGCTGGGCC;SOR=1.185;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=50;TCR=85;TR=132;WE=58549374;WS=58549356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr19	58549593	rs2241406	C	G	3401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=54;NR=34;PP=1529;SC=CGCAGGCTTCCTGCCCCGGGC;SOR=0.973;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=54;TCR=34;TR=88;WE=58549601;WS=58549583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr19	58570794	rs8110363	C	T	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr19	58571615	rs151015554	GGTGCCCGGCCTCTACTC	G	2104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=40;PP=2931;SC=GGCCTCTACTGGTGCCCGGCC;SOR=4.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=0;TCR=46;TR=40;WE=58571639;WS=58571605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr19	58572979	rs1469087	G	A	3770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=41;PP=1669;SC=GTGGTAGTGGGCTTCAGCCAG;SOR=0.823;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=92;TCF=51;TCR=41;TR=92;WE=58572987;WS=58572969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr19	58597405	rs1064267	C	T	3099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=17;PP=1906;SC=CTCACTCAGACACGGTGGTGG;SOR=2.153;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=85;TCF=68;TCR=17;TR=84;WE=58597413;WS=58597395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr19	58598784	rs2260914	A	G	1700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=27;PP=836;SC=GGGGAGAAGGAGAGGCAGAGC;SOR=1.000;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=58598792;WS=58598774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr19	58601221	rs2547354	T	C	6428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=70;NR=52;PP=2112;SC=TTCTCCTCTGTGACAGCCCAC;SOR=0.858;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=122;TCF=70;TCR=52;TR=122;WE=58601229;WS=58601211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr19	58629830	rs8108978	A	T	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=1.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr19	58629878	rs8109275	G	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=15;PP=386;SC=GGCCGCAGCTGCCTGGCAGCC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=19;WE=58629886;WS=58629868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr19	58718360	rs59557917	A	AG	2649.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=34;PP=1773;SC=GGTCCCCGGGAGCCCTGGACC;SOR=1.426;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=4;TCR=35;TR=38;WE=58718368;WS=58718350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr19	58774071	rs260462	A	G	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=31;PP=1072;SC=TTCCGGCAGCAATCTCAACTT;SOR=0.822;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=58774079;WS=58774061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr19	58774223	rs34204906	GC	G	985.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=497;SC=CGTGTATTAAGCCAGCGGTTG;SOR=1.382;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=58774231;WS=58774213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr19	58790675	rs437229	T	C	2657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=58;PP=1405;SC=CCGTCCTGGCTGGTCAGAGAG;SOR=1.544;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=23;TCR=58;TR=81;WE=58790683;WS=58790665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr19	58790713	rs374431	G	C	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=40;PP=1235;SC=CAGGCGCCTGGCCCCCGAATG;SOR=1.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=16;TCR=40;TR=56;WE=58790721;WS=58790703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	58790784	rs260502	G	A	495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=14;PP=377;SC=CGAGAGAATCGAGCAGGCCCA;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=58790792;WS=58790774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr19	58791213	rs260500	C	A	811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=15;PP=415;SC=CAATAATTATCCTTCCTCAAG;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=22;WE=58791221;WS=58791203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr19	58791253	rs141708687	TA	T	89.14	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.097;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=3.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.980;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr19	58797344	rs400733	A	C	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=14;PP=552;SC=GCCCTTTTCCATCACCATGCA;SOR=1.071;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=58797352;WS=58797334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr19	58797583	rs59553565	C	CT	5124.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=37;PP=2055;SC=TGAGAACCCACTATGTGGGAG;SOR=0.796;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=44;WE=58797591;WS=58797573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr19	58806083	rs260471	T	C	4515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=55;PP=2111;SC=TCGTCCAGCATGAGCGCATCC;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=59;TCR=55;TR=114;WE=58806091;WS=58806073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr19	58858231	rs3214663	GC	G	2275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.17;NF=24;NR=14;PP=1587;SC=TTTAAACAGAGCCTCTCTTCA;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=38;WE=58858239;WS=58858221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	58858614	rs11345647	AG	A	1721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=19;PP=1124;SC=AGCGCTAACCAGGGGTGCCCA;SOR=1.094;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=12;TCR=19;TR=30;WE=58858622;WS=58858604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr19	58858676	rs1265957	A	G	2518.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=34;PP=1122;SC=CCAGGCAAACATCAGCAGACG;SOR=0.734;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=29;TCR=34;TR=63;WE=58858684;WS=58858666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr19	58859052	.	A	G	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.62;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	58859054	rs113490434	GC	G	488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.73;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr19	58859066	rs1265959	A	G	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.52;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr19	58863161	.	CT	C	46.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=2.234;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr19	58864479	rs893184	T	C	6345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=70;PP=2399;SC=AGTCTCCAGGTGGGCCTGGCA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=66;TCR=70;TR=136;WE=58864487;WS=58864469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr19	58864867	rs2375470	A	G	2232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=23;NR=39;PP=1127;SC=ATGAGGCCCCAAGGGAGGGCG;SOR=1.075;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=68;TCF=24;TCR=44;TR=62;WE=58864887;WS=58864857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr19	58864879	rs3833872	T	TG	1963.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=34;PP=1529;SC=GGGAGGGCGGTGGGGTGGCTC;SOR=1.143;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=2;TCR=37;TR=36;WE=58864887;WS=58864857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr19	58870003	rs10692126	T	TGAG	2482.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=13;PP=2332;SC=CTAGCAGATCTGAGAAAACAA;SOR=2.833;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=39;TCR=13;TR=52;WE=58870011;WS=58869993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	58870087	rs11332731	TG	T	12747.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=70;NR=92;PP=2967;SC=CACACAGGTGTGGACTGGAGA;SOR=1.039;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=164;TCF=71;TCR=93;TR=162;WE=58870095;WS=58870077;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr19	58871130	rs6510138	C	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=16;PP=443;SC=ACGAGGTCAGCAATTCCAAGA;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=58871138;WS=58871120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr19	58879660	rs61746138	T	C	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=25;PP=1036;SC=CCGCTCGCTGTAGTCCCCGCA;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=58879668;WS=58879650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr19	58879701	rs61746129	C	G	1675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=26;PP=1030;SC=AGGCGCGCCGCGCCAGGACGG;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=58879709;WS=58879691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr19	58879965	rs7255489	A	G	2157.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.523;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.217;HP=5;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=45;PP=1371;ReadPosRankSum=0.323;SC=ACACTGGGGGACTCTTGCCCG;SOR=0.411;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=25;TCR=45;TR=70;WE=58879984;WS=58879955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr19	58879976	rs7255596	C	T	2069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=42;PP=1218;SC=CTCTTGCCCGCCTGCTGCTGC;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=58879984;WS=58879955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr19	58880016	rs7255916	G	C	1395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=29;PP=797;SC=TCCCGCACCGGGCACACGGAC;SOR=1.402;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=45;WE=58880024;WS=58880006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr19	58880184	rs7256809	T	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=17;PP=758;SC=CGCCAGTCCCTGGTTGGCACG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=27;TCR=17;TR=44;WE=58880192;WS=58880174;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr19	58880242	rs7256940	T	C	2196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=27;PP=950;SC=GGGGTGGTTCTGGATCCGCTC;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=28;TCR=27;TR=55;WE=58880250;WS=58880232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr19	58880761	rs62116383	G	A	1627.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.43;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr19	58880848	rs72629171	G	C	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=290;SC=GCTCTCTGCAGATGCGAAAGG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=58880856;WS=58880838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr19	58904396	rs10853905	G	A	7775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.119;NF=100;NR=100;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.247;SC=ACAGTGCAGGGCGGTATGCCG;SOR=0.377;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=204;TCF=102;TCR=102;TR=200;WE=58904404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,295:0.99:298
chr19	58907443	rs12611212	C	G	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=341;SC=TCCTCTCCTCCCAGGTCCATC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=58907451;WS=58907433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr19	58908150	rs13343526	C	G	4674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=36;PP=1552;SC=CTCCGGCCCCCCGCGGCCCCA;SOR=0.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=84;WE=58908158;WS=58908140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr19	58945962	rs9941466	C	T	3313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=50;PP=1597;SC=CAGTGTGAAACTTTTTATTAC;SOR=0.958;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=83;WE=58945970;WS=58945952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr19	58982044	rs28444973	C	T	7292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=111;PP=2965;SC=TCAGCCTGCCCTGGTCCTCTC;SOR=1.069;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=179;TCF=68;TCR=111;TR=179;WE=58982052;WS=58982034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr19	58982384	rs10418774	A	G	6652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=75;NR=77;PP=2817;SC=TCCGGCTTAGAGAAAAGACAC;SOR=0.701;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=152;WE=58982392;WS=58982374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr19	59010593	rs4801274	A	G	8116.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=77;NR=124;PP=2965;SC=TCCATCTGCAAGGAGGGAGCC;SOR=1.069;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=202;TCF=77;TCR=125;TR=201;WE=59010601;WS=59010583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr19	59025685	rs4801602	A	C	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=16;NR=28;PP=638;SC=CCCCTGCGGAAGACAGGGCGG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=59025693;WS=59025675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr19	59028162	rs35430780	G	C	5151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=48;PP=1955;SC=CGCCATCCTCGTCGTGCCAAG;SOR=0.808;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=57;TCR=48;TR=105;WE=59028170;WS=59028152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr19	59082605	rs3752109	C	T	6351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr20	76962	rs6111385	T	C	13360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=532;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=144;NR=142;PP=2965;SC=TGCCACCATCTGAGGCCACTA;SOR=0.724;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=288;TCF=145;TCR=143;TR=286;WE=76970;WS=76952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr20	138004	rs6055356	G	C	191.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=85;SC=TGGGTGGCCTGAAATTTCCTG;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=138012;WS=137995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	138178	rs3216039	GC	G	1717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=13;PP=964;SC=CTTCTGGAAAGCCTGGCCATG;SOR=0.919;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=24;WE=138186;WS=138168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	139362	rs6055460	G	A	725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=1;PP=565;SC=CAAAACCAACGTGCCTTCAGT;SOR=4.977;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=24;TCF=23;TCR=1;TR=24;WE=139370;WS=139352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	139745	rs4142304	T	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=15;PP=420;SC=CTTCTTCCTTTTGGTTTCTTG;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=139753;WS=139735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	168466	rs4813042	T	A	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.843;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=7;PP=660;ReadPosRankSum=-0.765;SC=GGCTGCTGGATTAGGCAGCAC;SOR=1.539;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=27;TCR=9;TR=34;WE=168474;WS=168456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr20	168728	rs4813043	T	A	3528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=40;PP=1315;SC=AGCCTGTTACTTTATTGAAGC;SOR=0.864;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=69;WE=168736;WS=168718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr20	238435	rs66489228	CTGGTCT	C	7177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=57;PP=2973;SC=GTTCCTGCTCCTGGTCTTGGC;SOR=0.921;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=70;TCF=9;TCR=61;TR=66;WE=238448;WS=238425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr20	238507	rs373225	A	C	2424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=48;PP=1561;SC=GGAAAGGAAAACTGGGAACGA;SOR=1.295;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=22;TCR=48;TR=70;WE=238515;WS=238497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	238530	rs412143	T	G	2936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.30;QD=41.36;SOR=1.643;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	238540	rs416360	C	T	2645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.38;QD=46.42;SOR=1.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	239664	rs420525	T	C	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=4;PP=263;SC=GACGCTTTAGTAGCCCTGTGC;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=239672;WS=239654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	239688	rs399083	G	A	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.53;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	239697	rs399094	G	C	1389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=36.57;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	259969	rs7271033	G	C	5191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=54;NR=63;PP=1785;SC=TCCTGAGCGAGGTCTGCGGGC;SOR=0.794;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=54;TCR=63;TR=117;WE=259977;WS=259959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr20	264472	rs41279018	G	A	133.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=76;SC=AAGGATAAGCGTGCTCACACA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=264480;WS=264462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	270428	rs6035784	C	T	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.407;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=871;ReadPosRankSum=1.789;SC=GAGCCTCAATCTTCTCATCTG;SOR=2.208;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=10;TCR=32;TR=41;WE=270436;WS=270418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,48:0.96:50
chr20	271135	rs3215551	G	GC	1151.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=20;PP=1605;SC=AAGACCGAGGGCGACCTCGAG;SOR=1.284;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=37;WE=271143;WS=271125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	271168	rs7263309	G	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.26;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	271204	.	A	ATTTT	1163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.09;ReadPosRankSum=0.067;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,36:0.90:40
chr20	278515	rs2223665	T	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=199;SC=GCCGCGGGGATCCGAAGGGCC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=278523;WS=278505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	278687	rs5839847	CCGG	C	2123.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=9;PP=1279;SC=CCAGGATGAGCCGGCGGCGGC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=27;WE=278697;WS=278677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	371972	rs6051637	T	C	3690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=32;PP=1695;SC=TGGAGCCCTATGCGCGGCTGC;SOR=1.263;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=64;TCR=32;TR=96;WE=371980;WS=371962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr20	377226	rs6115830	C	T	5655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.052;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=62;PP=2654;ReadPosRankSum=-0.981;SC=TGCCCTTAGCCCCAACCCGAT;SOR=0.269;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=124;TCF=62;TCR=62;TR=123;WE=377234;WS=377216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,207:1.00:208
chr20	389456	rs3746792	C	T	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=38;PP=1272;SC=TGGGGAACTTCCGGTGGGAAG;SOR=0.884;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=389464;WS=389446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr20	398039	.	TTG	T	117	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=117;QD=30.0;SC=AGACTGGGGTTTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=398048;WS=398029;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:7,4:0.36:11
chr20	480602	rs199709718	CA	C	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.318;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.30;MQRankSum=1.006;QD=4.76;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,10:0.56:18
chr20	590456	rs282164	A	G	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=30;PP=1004;SC=TGCCCGCGGCACGGAAGCACG;SOR=1.134;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=54;WE=590464;WS=590446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	590542	rs2754502	CG	GC	4765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.54;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr20	590900	rs183989	T	C	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=8;PP=262;SC=GCCGCGTCCCTCCGTGCGCCG;SOR=0.756;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=15;TCF=7;TCR=8;TR=15;WE=590908;WS=590890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	656407	rs146589074	T	TGGC	880.80	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.810;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=411;ReadPosRankSum=-0.368;SC=GGCTCGGGCTTGGCGGCGGCG;SOR=1.085;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=656415;WS=656397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,22:0.92:24
chr20	741847	rs910857	A	G	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=289;SC=CCTTGACGTAACTGAGGCAGC;SOR=1.148;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=741855;WS=741837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	744662	rs3833341	A	ACAGGTCAAT	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=4;PP=2021;SC=AAAGGACAAGACAGATCCCTG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=4;WE=744670;WS=744652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	746423	rs11467076	GTATCTGCCC	G	4689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=40;PP=2941;SC=GGCCATGGCGGTATCTGCCCT;SOR=0.967;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=44;WE=746439;WS=746413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr20	825678	rs538094	T	C	8630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=122;NR=78;PP=2965;SC=AGCCGCTCTTTAGCCCTGAGA;SOR=1.024;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=202;TCF=123;TCR=79;TR=200;WE=825686;WS=825668;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr20	826492	rs2282050	G	C	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=20;PP=570;SC=GACCAGCATTGTTGGGCAAGG;SOR=3.352;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=22;WE=826500;WS=826482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	1115529	rs4813939	A	G	4967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=74;NR=52;PP=2197;SC=GGTGGTAAACAAGGAGGGGCA;SOR=0.919;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=74;TCR=52;TR=126;WE=1115537;WS=1115519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr20	1115919	rs2235587	A	G	2374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=36;PP=1212;SC=ATTCCTCCACACCACCCACAC;SOR=1.080;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=24;TCR=36;TR=60;WE=1115927;WS=1115909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr20	1161709	.	G	A	7849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=101;PP=2965;SC=GCCGCCCACCGTGAGCAGCCC;SOR=0.774;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=190;TCF=88;TCR=102;TR=188;WE=1161717;WS=1161699;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,306:1.00:306
chr20	1210647	rs450739	T	C	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.607;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.350;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=34;PP=808;ReadPosRankSum=1.342;SC=GATGACATTTTGCCCAGGTAT;SOR=0.505;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=60;WE=1210655;WS=1210637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr20	1210699	.	A	G	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.981;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=656;ReadPosRankSum=-1.338;SC=TCCCTTTTGCATTTTAATTGG;SOR=1.390;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=34;WE=1210707;WS=1210689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,50:0.96:52
chr20	1212286	rs62186522	C	A	1033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=20;PP=604;SC=ATTTATTTTCCTTCGATTTAA;SOR=1.096;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=1212294;WS=1212276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	1214814	rs203534	A	C	1196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.93;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	1286711	rs4813082	T	C	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=1.503;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	1291076	rs1048628	G	C	1883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=15;PP=937;SC=GCCCTGCCCTGCAGTGGCTTC;SOR=1.146;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=28;TCR=15;TR=43;WE=1291084;WS=1291066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	1291393	rs2273956	A	G	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=23;PP=904;SC=CGGGAGGTGAAGGGGATGGCA;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=1291420;WS=1291383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	1291403	.	AGAGGAGGGGT	A	1691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.27;QD=43.38;SOR=0.968;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	1292964	rs4814110	T	C	5863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=98;NR=64;PP=2724;SC=CCCTCCCTGGTGCGGCCACCA;SOR=1.045;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=165;TCF=101;TCR=64;TR=162;WE=1292972;WS=1292954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr20	1293008	rs2273958	C	T	9894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=126;NR=95;PP=2965;SC=TCTGCCCGTCCACCTCACACA;SOR=0.895;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=226;TCF=128;TCR=98;TR=221;WE=1293016;WS=1292998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,377:1.00:377
chr20	1298794	rs6078610	G	A	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=18;PP=845;SC=AGTGGTTTTCGTGAAGCCTCA;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=1298802;WS=1298784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	1356261	rs6074549	G	C	8522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=87;NR=80;PP=2965;SC=TGAAAAAGACGACTGTAACAT;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=87;TCR=80;TR=167;WE=1356269;WS=1356251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr20	1435905	rs6042377	T	C	401.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=11;PP=323;SC=TACTGGCTAGTTGGGAACACA;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=1435913;WS=1435895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	1459060	rs6042507	T	G	2437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=32;PP=1368;SC=CACCGCTGTCTCCTTGGGGTG;SOR=0.901;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=71;WE=1459068;WS=1459050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr20	1520883	rs2256520	T	C	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=30;PP=1352;SC=AGGGAATATGTTCTCTCCTAG;SOR=1.036;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=75;TCF=44;TCR=31;TR=74;WE=1520891;WS=1520873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr20	1532595	rs2249317	T	C	6471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=81;PP=2601;SC=GGTAAGGTATTGGGTACGCTG;SOR=0.701;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=76;TCR=81;TR=156;WE=1532603;WS=1532585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr20	1546742	rs2243602	T	A	4844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.313;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=48;PP=1965;ReadPosRankSum=-0.478;SC=TGGGCCCTCCTGCTGGCCTTG;SOR=0.461;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=60;TCR=49;TR=107;WE=1546750;WS=1546732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,192:0.99:193
chr20	1546911	rs2243603	C	G	3055.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr20	1551485	rs2254458	C	T	5880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=46;PP=2291;SC=CCTTCTGGTGCGCTGAGATCT;SOR=1.025;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=129;TCF=83;TCR=46;TR=129;WE=1551493;WS=1551475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr20	1552430	rs2253427	T	C	10757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=414;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=108;NR=116;PP=2965;SC=TGATGTGGGCTATCTCGCAGA;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=224;TCF=108;TCR=116;TR=224;WE=1552438;WS=1552420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
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chr20	1592052	.	G	A	62.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=36.67;QD=31.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chr20	1592150	.	TGA	T	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.65;QD=50.75;SOR=4.294;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
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chr20	1592154	.	G	GAC	956.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.57;QD=47.84;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	1592175	rs201724217	T	G	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=75;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=9;PP=910;SC=TTGTTACCCGTGGGAAGTGGC;SOR=2.049;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=35;TCR=9;TR=44;WE=1592183;WS=1592165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	1592193	rs371465078	C	T	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=81;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=21;PP=1406;SC=GGCCTTCTTTCTGATTGTAGA;SOR=1.528;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=46;TCR=21;TR=67;WE=1592201;WS=1592183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	1592215	rs41289057	C	G	3758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=29;PP=2076;SC=TAATTCCCGGCCTGGTCCAGC;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=66;TCR=30;TR=94;WE=1592223;WS=1592205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr20	1592265	rs45471597	A	G	6316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.99;QD=25.27;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr20	1592284	rs1135196	G	A	6229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.18;MQRankSum=1.147;QD=23.78;ReadPosRankSum=-0.694;SOR=0.709;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr20	1592312	rs72484087	T	C	5502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=126;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=62;NR=82;PP=2031;SC=GCAACTGATATGGACTTGTCA;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=62;TCR=82;TR=144;WE=1592320;WS=1592302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr20	1592343	rs200963975	T	C	5681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.83;QD=41.78;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
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chr20	1592358	rs145917713	C	T	4606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.06;QD=47.49;SOR=1.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr20	1592383	rs139926854	A	ATT	1289.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=4;MGOF=151;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=23;PP=398;SC=CAAAGCAGTCATTTTTTCATC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=23;WE=1592407;WS=1592373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	1592390	rs144483378	C	T	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.19;QD=44.09;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	1592399	rs200926806	G	A	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.87;QD=47.69;SOR=4.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	1610939	rs3746722	G	A	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=20;PP=663;SC=GCGCAGTAAGGGATGATGCCG;SOR=1.206;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=32;WE=1610947;WS=1610929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	1615959	rs9305125	T	C	3347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=37;PP=1910;SC=CTGTGACCTCTAGGGCAAGGC;SOR=1.115;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=57;TCR=37;TR=94;WE=1615967;WS=1615949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	1616206	rs6043409	A	G	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=62;PP=1937;SC=CTGGTTCCCCACCCTCATGGG;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=24;TCR=62;TR=86;WE=1616214;WS=1616196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr20	1616816	rs71964196	GGT	G	9923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=62;PP=2967;SC=GCTTGGGCTGGGTGTGAGGGT;SOR=0.890;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=32;TCR=64;TR=93;WE=1616825;WS=1616806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr20	1617069	rs2277761	A	G	3247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=48;PP=1920;SC=GAGAGAAGCCATGGGACTCAC;SOR=0.709;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=97;TCF=49;TCR=48;TR=97;WE=1617077;WS=1617059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr20	1629547	rs6110775	T	C	681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=5;PP=424;SC=GTCCCTGGGCTTCAACTCACC;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=1629555;WS=1629537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	1629604	rs6074948	A	C	1904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.379;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=14;PP=925;ReadPosRankSum=1.427;SC=TGAGCACTGAAAATCACACCT;SOR=1.227;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=51;WE=1629612;WS=1629594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr20	1629906	rs6079967	C	T	4477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=33;PP=1853;SC=AGATTAATTCCCGGCCTGGTC;SOR=1.035;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=93;TCF=59;TCR=34;TR=92;WE=1629914;WS=1629896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr20	1895621	rs112203261	C	A	990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.12;QD=47.18;SOR=4.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	1895630	rs111980944	T	C	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.94;QD=38.09;SOR=2.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	1895644	rs111751479	T	C	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=72;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=35;NR=5;PP=898;SC=ACAGCCTGCTTCTGGTGTGCA;SOR=3.026;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=41;TCF=35;TCR=6;TR=40;WE=1895681;WS=1895615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	1895655	rs113347998	T	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.88;QD=44.37;SOR=2.252;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
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chr20	2290333	rs214803	C	A	1178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=10;PP=541;SC=AACTGGCAGACGGCCTTCAAC;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=2290341;WS=2290323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr20	2321363	rs214831	A	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=18;PP=775;SC=ATGGACCTCCAGGCTCCAGCA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=2321371;WS=2321353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	2321665	rs214832	T	C	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=36;PP=1088;SC=GGATGGTTAGTCACCTGCCCC;SOR=0.985;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=58;WE=2321673;WS=2321655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr20	2361684	rs2422753	C	T	1725.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=18;PP=699;SC=TCAAGAAACACGGGTCTGTGG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=2361692;WS=2361674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	2375262	rs2076405	A	G	2072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.59;SOR=0.934;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	2380396	rs2076404	G	A	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=22;PP=683;SC=TACCCTGGGAGAGAAGGGCCC;SOR=1.259;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=33;WE=2380404;WS=2380386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	2413126	rs6036467	C	T	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=12;PP=742;SC=CTCCCCTCCCCTTCCTCCAGC;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=35;WE=2413134;WS=2413116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr20	2451503	rs4815262	G	A	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.96;NF=34;NR=59;PP=1620;SC=TGGAGTTCCGGCCCCGGAGCG;SOR=1.278;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=94;TCF=34;TCR=60;TR=93;WE=2451511;WS=2451493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr20	2473587	rs41308639	A	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=41;PP=1314;SC=ATTCGTCAGAATATATGGTTC;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=20;TCR=41;TR=61;WE=2473595;WS=2473577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	2474081	rs4815270	T	C	1533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=16;PP=1031;SC=CGCCTTTTCCTTTCCCAAGAA;SOR=1.342;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=55;TCF=38;TCR=17;TR=54;WE=2474089;WS=2474071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	2542669	rs7270277	C	T	1730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=25;PP=718;SC=GAGCAGGCTGCGGGTCAGCCA;SOR=0.949;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=2542677;WS=2542659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	2552805	rs1883981	T	A	1113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.923;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.11;ReadPosRankSum=-1.191;SOR=0.540;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,70:0.76:92
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chr20	2559778	rs6083735	G	C	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=30;PP=1473;SC=AGAGTTTTACGTCTTTTATTT;SOR=0.831;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=40;TCR=30;TR=70;WE=2559786;WS=2559768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	2572816	rs6050433	T	G	375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	2593006	rs1015159	A	G	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	2596969	rs4621228	T	A	2459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=22;NR=38;PP=1112;SC=CTCTCTGAACTCCCCTCTTTC;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=22;TCR=38;TR=60;WE=2596977;WS=2596959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	2596998	rs4481063	G	A	2496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=37;PP=1171;SC=AATCAAGAGCGGGACTAGATG;SOR=1.119;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=55;WE=2597006;WS=2596988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr20	2597073	rs4544508	T	G	1607.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=25;PP=795;SC=GGGAGAGGGGTTGGTGGAGGA;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=41;WE=2597081;WS=2597063;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	2597978	rs4815428	G	A	6174.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=68;NR=81;PP=2965;SC=TCAGTTGCCCGGGAGCACCTC;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=149;TCF=68;TCR=81;TR=149;WE=2597986;WS=2597968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr20	2598019	rs6083866	C	T	5488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=61;NR=70;PP=2607;SC=CAGAGGGCCTCGGCCCAGAAT;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=132;TCF=62;TCR=70;TR=131;WE=2598027;WS=2598009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr20	2616556	rs910271	T	C	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=19;PP=929;SC=ATAGGAGGCATGCTTTTCTCT;SOR=1.165;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=54;WE=2616564;WS=2616546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr20	2616679	rs2422808	C	G	3408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=46;PP=1549;SC=TCATCCTGGACGGTAAAAAGA;SOR=0.873;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=83;TCF=37;TCR=46;TR=83;WE=2616687;WS=2616669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr20	2617993	rs6083914	C	T	698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=6;PP=481;SC=GAGTTCACGCCGCTGCACTCC;SOR=1.893;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=2618001;WS=2617983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	2618033	.	C	CAAAA,CAAAAAA	1111.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.000;QD=37.06;ReadPosRankSum=0.578;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:1,11,18:0.37,0.60:30
chr20	2618094	rs6037181	G	A	3337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=39;PP=1834;SC=CCTGGGCCAGGACCAACAGTT;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=57;TCR=40;TR=95;WE=2618102;WS=2618084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr20	2618140	rs6083915	T	C	4305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr20	2618308	rs6050771	C	T	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=33;PP=914;SC=TATGAAACAGCGTGAAATCAG;SOR=1.498;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=47;WE=2618316;WS=2618298;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	2621998	rs6050798	T	C	2574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=55;PP=1379;SC=TCCCCACTGATGGCTAGGACT;SOR=1.408;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=26;TCR=55;TR=81;WE=2622006;WS=2621988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr20	2673644	.	GGGCGCT	G	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=3;PP=150;SC=GGGGCACGCGGGGCGCTGGCG;SOR=0.941;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=2673657;WS=2673634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	2686431	.	CCACACACACACACA	C,CCA	1116.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.19;QD=38.51;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,12,17:0.41,0.59:29
chr20	2732902	rs2235813	C	G	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=12;PP=378;SC=CCCCGGGGCCCGAGCCGGGTG;SOR=0.869;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=2732910;WS=2732892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	2732951	rs149223102	C	T	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=9;PP=338;SC=GGCGCCGCCACCGCCCCTCCC;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=2732959;WS=2732941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	2739583	rs2073125	T	C	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=47;PP=1671;SC=CTGACAAGTTTCACTCTCCAG;SOR=0.895;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=34;TCR=47;TR=81;WE=2739591;WS=2739573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	2777459	rs1985525	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.51;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	2777828	rs742707	G	T	3024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=44;NR=35;PP=1680;SC=ACCCTGGCCTGACTGCCCACC;SOR=0.841;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=44;TCR=35;TR=79;WE=2777836;WS=2777818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr20	2778075	rs127076	T	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=24;PP=739;SC=CCTCCAAGCTTACTGTCTCCC;SOR=1.552;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=35;WE=2778083;WS=2778065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	2779257	rs215541	G	C	1539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=28;PP=980;SC=TGAGCCTAAGGTTGCTCCTGC;SOR=1.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=2779265;WS=2779247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	2797015	rs215561	G	A	3760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=40;PP=1523;SC=CTGCCAGGCCGTCCTGGGCGC;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=45;TCR=40;TR=84;WE=2797023;WS=2797005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr20	2797137	rs11475648	GC	G	630.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=10.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=0.442;QD=21.02;ReadPosRankSum=1.504;SOR=6.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,28:0.93:30
chr20	2904143	rs633284	A	T	71.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.516;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.057;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,7:0.64:11
chr20	3147024	rs7260750	G	A	3096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=52;PP=1519;SC=AAACGCAGGAGGGGGCTGGGG;SOR=1.198;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=28;TCR=52;TR=80;WE=3147032;WS=3147014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr20	3147762	rs6051612	A	G	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=33;PP=908;SC=CCAGGAGAGGATCCCGCCCTG;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=21;TCR=33;TR=54;WE=3147770;WS=3147752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	3199373	rs2422861	G	A	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=17;PP=472;SC=GGTGGTGGGAGGGGCGCCTTG;SOR=2.303;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=21;WE=3199381;WS=3199363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	3209357	rs10048856	C	T	5292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=55;PP=2476;SC=CACAATCCTGCGGTGGCCCGA;SOR=0.920;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=75;TCR=55;TR=129;WE=3209379;WS=3209347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr20	3209371	rs2281575	G	A	5426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=62;PP=2596;SC=GGCCCGAGCCGCGAGTGTCAC;SOR=0.783;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=132;TCF=69;TCR=63;TR=131;WE=3209379;WS=3209347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr20	3211064	rs3810561	A	C	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=12;PP=575;SC=TTGGGGCAGCAATATGGTGGG;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=3211072;WS=3211062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	3211719	rs3803953	T	G	6654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=76;NR=92;PP=2965;SC=GAATGGGGGATGGGAGAGAGG;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=76;TCR=92;TR=168;WE=3211727;WS=3211709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr20	3214819	rs3827075	T	G	7142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=83;PP=2817;SC=TCAGGGTCCCTGGCGAAGCGG;SOR=0.814;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=156;TCF=73;TCR=83;TR=156;WE=3214827;WS=3214809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr20	3215049	rs3842433	T	TCCAGCCC	710.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.54;QD=41.81;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	3215548	rs3803957	C	A	5661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=68;PP=2176;SC=AGCCTAGAGACCCCCAAGAGC;SOR=0.838;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=126;TCF=57;TCR=69;TR=125;WE=3215556;WS=3215538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr20	3218355	rs3827076	C	G	1961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=34;PP=1328;SC=ATGCAACCCACGCCACCCTAG;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=3218363;WS=3218345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr20	3218634	rs3810562	G	C	3698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=36;PP=1108;SC=CTCTCTCCTCGGATGCCAAGG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=70;WE=3218642;WS=3218624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr20	3219692	rs6084314	C	T	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=23;PP=1144;SC=GAGACGGTGGCGGAGACCCGG;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=3219700;WS=3219682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	3219894	rs6107260	A	G	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=636;SC=ACACACCCCCACGCCGCGCCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=3219902;WS=3219884;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	3236015	rs1569942	A	G	2427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=30;NR=39;PP=1261;SC=TCTATTACACAACTAAGATCT;SOR=0.852;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=31;TCR=39;TR=69;WE=3236023;WS=3236005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr20	3245276	rs6051694	T	C	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=5;PP=112;SC=AGTGCAGTGGTGCAATCTTGG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=3245284;WS=3245266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	3275377	rs2281506	G	C	1398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=20;PP=638;SC=CAATGACAGAGTCAACTCTTC;SOR=0.846;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=35;WE=3275385;WS=3275367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	3285126	rs2254916	A	T	4358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=51;NR=65;PP=2043;SC=GATCCTTGGAAATGATGATAC;SOR=0.900;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=116;TCF=51;TCR=65;TR=116;WE=3285148;WS=3285116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
chr20	3285140	rs2422864	T	C	4027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=63;PP=2148;SC=ATGATACTTCTATGACGACAG;SOR=0.978;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=107;WE=3285148;WS=3285116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr20	3311438	.	C	CT	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.828;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.40;ReadPosRankSum=0.247;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,11:0.38:29
chr20	3541633	rs235577	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=30;PP=846;SC=TGTTTAGAAAAGTTCAACCTA;SOR=1.609;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=45;WE=3541641;WS=3541623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	3553299	rs11475024	TA	T	114.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.802;SOR=1.426;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr20	3557342	.	G	GTCTGTCTGTCTATCTA	564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=0;PP=1673;SC=CTGTCTGTCTGTCTATCTATC;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=11;WE=3557350;WS=3557337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	3564672	rs235540	C	T	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=41;PP=1200;SC=CCAATGCCTACGTGGCCTCCT;SOR=1.076;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=67;WE=3564680;WS=3564662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	3564772	rs170976	T	A	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=12;PP=348;SC=GCATGCCCTCTGTATAGGCAA;SOR=1.426;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=17;WE=3564780;WS=3564762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	3565546	rs235538	C	G	4653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.955;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=74;PP=2337;ReadPosRankSum=-0.750;SC=CCTTGCATATCCAAATTCAAG;SOR=0.916;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=117;TCF=42;TCR=75;TR=115;WE=3565554;WS=3565536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,173:0.99:174
chr20	3575248	rs235532	G	C	1996.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=44;PP=1062;SC=GGACCACCAGGGAGGACCAAG;SOR=1.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=58;WE=3575256;WS=3575238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	3640467	rs635674	C	T	1595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=31;NR=18;PP=830;SC=GGTAAGCCAGCCCCTTCTCAA;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=49;WE=3640475;WS=3640457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	3640823	rs2853208	C	T	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=6;PP=337;SC=GGCTGTGCTCCGGGTCTCCCT;SOR=0.776;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=3640831;WS=3640813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	3649713	rs628965	A	G	1376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.49;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	3649721	rs628977	T	C	1316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.48;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	3650066	rs630712	C	A	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=17;PP=476;SC=TCAGCAGGAGCCCCTGGGGCT;SOR=1.094;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=3650074;WS=3650056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	3652186	rs12481140	G	A	4033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=38;PP=1985;SC=ACTGGCCTGCGGGATTCAAAC;SOR=0.866;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=90;WE=3652194;WS=3652176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr20	3653206	.	C	T	12588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DP=476;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=125;PP=2965;SC=GCAGCAGTCCCCGTGGGCGCA;SOR=0.781;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=103;TCR=128;TR=228;WE=3653214;WS=3653196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,474:1.00:474
chr20	3657803	rs568251	AT	GA	5905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=60;PP=2947;SC=GGGCAAGAAAATGTGTGGAGC;SOR=1.441;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=84;TCF=22;TCR=62;TR=82;WE=3657812;WS=3657793;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr20	3670061	rs3746634	G	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=6;PP=280;SC=GAGGAAAGAAGGAAACTACAG;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=3670069;WS=3670051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	3671891	rs3859664	G	A	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=416;SC=CAATATCCGTGAAGCCTTCAC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=3671899;WS=3671881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	3672836	rs910653	G	A	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=234;SC=ACAGGACAGCGTCCTGAGGGG;SOR=1.721;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=3672844;WS=3672826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	3673815	rs2474436	A	G	1570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=20;PP=616;SC=AGTCACAGGCAGCAGCCTGCA;SOR=0.941;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=3673823;WS=3673805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	3674821	rs59383643	G	GAC,GACAC	1322.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.16;MQRankSum=0.000;QD=25.94;ReadPosRankSum=-0.175;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,13,29:0.25,0.57:51
chr20	3675333	rs3746638	G	A	2365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.477;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=27;PP=1240;ReadPosRankSum=-0.852;SC=GCTGATGGGTGCAGCTAGGCT;SOR=0.999;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=70;WE=3675341;WS=3675323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr20	3675498	rs709012	T	G	4805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=46;NR=59;PP=1963;SC=GACTCCTGTGTGTACCTGGCA;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=46;TCR=59;TR=105;WE=3675506;WS=3675488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr20	3677095	rs11471725	T	TGCTG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=0;PP=260;SC=GGAGGCCTTCTGCTGGCTGGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=3677103;WS=3677094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	3677357	rs501538	T	C	5109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=66;PP=2175;SC=TGGCCTCAGCTTTAGCCTGGA;SOR=0.901;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=115;WE=3677365;WS=3677347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr20	3677736	rs673114	T	G	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=11;PP=1179;SC=ACCCACAGAGTACACTCAGGA;SOR=1.410;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=3677744;WS=3677726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	3682011	rs1018493	G	A	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.46;SOR=1.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	3682149	rs13037869	G	A	5347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=62;PP=2231;SC=CACTGTCCCCGGAGGTGGAGG;SOR=0.911;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=110;TCF=48;TCR=62;TR=105;WE=3682157;WS=3682139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr20	3682275	rs1018492	A	G	1386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=658;SC=TCAGGACTGGAGTGAGAGGCG;SOR=1.747;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=3682283;WS=3682265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	3684022	rs611847	A	G	4458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.763;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=76;PP=2338;ReadPosRankSum=-1.114;SC=TGGGTGCCTCATTGGGTGTGT;SOR=1.146;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=123;TCF=47;TCR=76;TR=123;WE=3684030;WS=3684012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,173:0.99:175
chr20	3684729	rs625372	T	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=53;PP=1575;SC=CTTCACACCCTTGGGGGCATC;SOR=1.790;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=75;TCF=21;TCR=54;TR=74;WE=3684737;WS=3684719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	3686436	rs6037651	C	T	4412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=57;NR=55;PP=1822;SC=TGATTGGCCACGGAGAGCTGG;SOR=0.749;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=112;TCF=57;TCR=55;TR=112;WE=3686444;WS=3686426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr20	3723091	rs611073	A	G	2988.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=37;PP=1288;SC=GAGGTGGGGAAGGTGGGGAGT;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=3723099;WS=3723081;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr20	3726687	rs41279388	G	A	3240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=51;PP=1395;SC=TGGTGAGGACGTGCAGGCGGG;SOR=1.152;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=30;TCR=51;TR=80;WE=3726695;WS=3726677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr20	3731622	rs2474437	C	T	4988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=91;PP=2497;SC=AATTCCCCCCCATCAGTGCCT;SOR=1.630;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=155;TCF=63;TCR=92;TR=128;WE=3731630;WS=3731612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr20	3732633	rs541760	C	T	9369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=83;PP=2965;SC=TGCGCAAATGCGGCGCGCTCA;SOR=0.899;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=203;TCF=119;TCR=84;TR=201;WE=3732641;WS=3732623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr20	3740620	rs11470482	GCA	G	4157.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=1.662;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;MQRankSum=0.350;QD=22.72;ReadPosRankSum=0.326;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,177:0.97:183
chr20	3759200	rs2281477	G	A	2805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=51;PP=1648;SC=AGCTGGGGTGGGAAGCAGCTT;SOR=1.368;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=24;TCR=51;TR=74;WE=3759208;WS=3759190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr20	3759528	rs2281478	C	T	6867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=83;NR=81;PP=2965;SC=CTTCCACTCTCACAAGTGACA;SOR=0.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=84;TCR=84;TR=164;WE=3759536;WS=3759518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr20	3760548	rs6116037	G	A	412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=289;SC=GTGGAGATGCGGAAAGGGGAA;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=3760556;WS=3760538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	3778433	rs3746644	T	C	1740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=37;PP=1125;SC=TCTGCCTGTGTCAGGAGAGTT;SOR=1.503;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=56;TCF=19;TCR=37;TR=55;WE=3778441;WS=3778423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	3780857	rs140901750	T	TGGACTGGAGACCTGGTGCTAG	1471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=5;NR=2;PP=108;SC=TACTCCCCCCTGGACTGGGGG;SOR=3.160;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=7;WE=3780865;WS=3780845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
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chr20	3846843	rs3746660	C	T	3440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.58;SOR=1.016;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr20	3870124	rs3737084	G	C	1478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=30;PP=792;SC=CGGATGGGAGGGGGCCGGCTC;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=51;WE=3870132;WS=3870114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	3954789	rs2143236	T	A	210.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=1;PP=152;SC=TTAACTGATTTAAAAAAAACA;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=3954797;WS=3954780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	4053254	rs6139288	A	G	2182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=25;PP=857;SC=GAAGAAGGGAAACCAGGCAGG;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=46;WE=4053262;WS=4053244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr20	4053478	.	T	TACACACAC	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.75;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	4123914	.	TTG	T	50	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=50;QD=30.0;SC=ACACCGTATATTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=2;WE=4123923;WS=4123904;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,2:0.17:12
chr20	4155935	rs2295484	G	T	6847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=76;PP=2507;SC=GTCCAGCCCAGCCACCTCCCC;SOR=0.747;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=142;TCF=66;TCR=76;TR=142;WE=4155943;WS=4155925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr20	4164283	rs1741327	A	G	1921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=40;PP=1111;ReadPosRankSum=-0.427;SC=TGCCGTACACAGAGAGCTCAA;SOR=0.616;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=18;TCR=42;TR=58;WE=4164291;WS=4164273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,72:0.99:73
chr20	4202802	rs835873	A	G	2736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=1.077;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr20	4713176	rs2735677	A	G	4341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=48;PP=1689;SC=GCCATGCAGTATGGGGAAGTG;SOR=0.742;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=91;TCF=42;TCR=49;TR=90;WE=4713184;WS=4713166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr20	4768136	rs55900827	T	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=15;PP=744;SC=CTGCAAAAGCTGGCTTCGAGA;SOR=1.196;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=30;TCR=15;TR=44;WE=4768144;WS=4768126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	4768475	rs111533115	A	AAGGGACT	846.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=13;PP=1036;SC=CAGGGGTCCAAAGGCACCTTA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=15;WE=4768483;WS=4768465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	4770440	rs2422992	G	A	212.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=8;PP=180;SC=ACGATACTCAGAATGTACTCC;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=4770448;WS=4770430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	4776659	rs4549182	G	A	3544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=0.838;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr20	4848271	.	TAAAA	T	157.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.622;ClippingRankSum=-0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=9.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.54;MQRankSum=0.736;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.554;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr20	5081748	rs41282108	C	G	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=77;SC=TGAAGACAAACTACAAAATAT;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=5081756;WS=5081738;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	5086939	rs6116651	A	T	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.68;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	5098391	rs3730428	C	T	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=188;SC=AAAGGCAACACCTAAACAACT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=5098399;WS=5098381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	5099516	rs17349	G	A	4404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=64;PP=2300;SC=GGACATACTAGAAGACAGGAG;SOR=0.876;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=49;TCR=64;TR=113;WE=5099524;WS=5099506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr20	5100185	rs17348	G	T	1494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=4.051;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.50;ReadPosRankSum=-0.377;SOR=1.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,60:0.98:61
chr20	5100209	rs17347	G	C	2127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=21;PP=844;SC=GGCTTCCCGGGGCCGCGAGGC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=5100217;WS=5100199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr20	5107632	rs11466986	C	CGGGCG	1497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.05;SOR=1.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
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chr20	5149065	rs6116672	A	C	207.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=34.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	5149085	rs11287231	GA	G	129.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.22;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	5159344	rs2295508	C	T	313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=1;PP=173;SC=TGAGCTGTCCCGGGGGACTCA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=5159352;WS=5159336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	5169877	rs6038087	A	G	1250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=26;PP=705;SC=TCCCTCACCCATCTTCTGCCT;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=34;WE=5169885;WS=5169867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	5283256	rs3746682	C	G	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=72;PP=2585;SC=TAAAGAGGACCGTTTCTGTTG;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=126;WE=5283264;WS=5283246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr20	5296488	rs910971	G	C	6268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=50;PP=2448;SC=GACCAAGAATGGGGAGTCCTA;SOR=0.948;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=130;TCF=80;TCR=50;TR=130;WE=5296496;WS=5296478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr20	5296549	rs910972	C	T	6738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=97;NR=73;PP=2965;SC=GGCGCGCGCCCGGGCTGGGAC;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=172;TCF=97;TCR=75;TR=170;WE=5296557;WS=5296539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr20	5296651	rs910973	T	G	6222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=88;PP=2965;SC=GCGGCCGCACTGTCGGCGTCT;SOR=0.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=157;WE=5296659;WS=5296641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr20	5297172	rs4544519	T	G	3363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=54;PP=1674;SC=TGCGCTCTGCTGCTCCGGAAG;SOR=1.161;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=31;TCR=54;TR=85;WE=5297180;WS=5297162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	5454400	rs606389	A	T	5904.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.95;QD=25.67;SOR=0.841;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr20	5454686	rs1060236	A	G	206.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=227;SC=ATGCCATTTTAATACCAGGAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=5454694;WS=5454676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
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chr20	5551034	rs1056244	G	C	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.46;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr20	5564774	rs6053517	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=3;PP=164;SC=CATATGAGACTGCTGCTGCAC;SOR=1.445;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=5564782;WS=5564764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
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chr20	5843812	rs1699233	T	C	2792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr20	5903192	rs78101688	G	A	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=47;PP=1743;SC=GAGAGCGAGCGGATGAGCCCC;SOR=0.880;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=36;TCR=47;TR=83;WE=5903200;WS=5903182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr20	5903323	rs910122	G	A	2397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=39;PP=1368;SC=AAAGGGGAGCGAGGGGAAGAT;SOR=0.782;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=32;TCR=39;TR=71;WE=5903331;WS=5903313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	5903517	rs236151	A	G	4867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=65;NR=52;PP=2259;SC=TGGAGAGGAGACAGGGAGCCA;SOR=0.865;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=117;TCF=65;TCR=52;TR=117;WE=5903525;WS=5903507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr20	5903848	rs236152	C	G	5083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=61;NR=64;PP=2376;SC=GGCGTCCAGGCCCCTGAGGAC;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=127;TCF=62;TCR=65;TR=125;WE=5903856;WS=5903838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr20	5903894	rs236153	A	G	4248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.72;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr20	5905550	rs236155	G	A	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=10;PP=1032;SC=TTGCACTCATGCTCCATCAAA;SOR=2.119;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=38;TCR=10;TR=48;WE=5905558;WS=5905540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	5948706	rs236100	A	G	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.75;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	5948712	rs236101	C	T	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.74;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	5975124	rs33960795	GAC	G	78.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=11.25;ReadPosRankSum=-1.068;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr20	5987267	rs2294971	A	T	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=21;SC=TCAGGTAACAAGCTCTGGGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=5987275;WS=5987257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr20	5988095	rs4813786	A	G	4940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=43;NR=74;PP=2048;SC=CTCTCCTAACATTAACTTTGA;SOR=1.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=43;TCR=74;TR=117;WE=5988103;WS=5988085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr20	5990726	rs59996436	T	TG	626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.51;MQRankSum=0.870;QD=24.11;ReadPosRankSum=0.536;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,25:0.96:26
chr20	6011882	rs2423132	G	T	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.36;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	6064554	rs753929	A	G	497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=4;PP=306;SC=AAGTGTCAGGACTATTTATAA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=6064562;WS=6064544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	6064635	rs753928	G	A	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=16;PP=735;SC=CTCCCCAAAAGCCACTTAAAA;SOR=1.031;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=45;WE=6064643;WS=6064625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr20	6064710	rs753927	A	G	2104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=26;PP=863;ReadPosRankSum=-0.512;SC=AGGTGAGGCCAAACTCAGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=6064718;WS=6064700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,86:0.98:88
chr20	6064839	rs2232077	T	C	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=306;SC=TCAACCTCTCTTCACATGCAC;SOR=1.493;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=6064847;WS=6064829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	6065729	rs2232074	C	T	7188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.65;SOR=0.985;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr20	6065729	.	CTT	TTC	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=51;NR=35;PP=2947;QD=20;SC=GGATTTGTGTCTTTTTGCACA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=55;TCR=36;TR=86;WE=6065739;WS=6065719;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,86:0.95:91
chr20	6065731	rs2232073	T	C	7188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.31;SOR=0.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr20	6075510	rs2144938	T	C	917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=439;SC=CAGGGATATATAATTTAAACT;SOR=1.308;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=6075518;WS=6075500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	6077501	rs16991840	T	G	1576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	6093090	rs2326719	G	A	2716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.92;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr20	6096872	rs75911461	A	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=243;SC=GTCTCCAGGGAAAAAATAGGG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=6096880;WS=6096862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	6100002	rs6038363	C	A	1095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=10;PP=623;SC=TGGTGATGCACCAGACAGGGT;SOR=1.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=24;TCR=10;TR=34;WE=6100010;WS=6099992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	6100230	rs2273423	A	C	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=23;PP=670;SC=CTGCTGAACAAAAAGGCAGAC;SOR=1.819;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=9;TCR=23;TR=32;WE=6100249;WS=6100220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	6100241	rs2273422	A	G	837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=20;PP=547;SC=AAAGGCAGACATAGATTGGAA;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=28;WE=6100249;WS=6100220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	6100299	rs3215629	CT	C	261.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=322;SC=AGCAAAATTTCTTTTTTGTTT;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=6100307;WS=6100289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	6751034	rs1049007	A	G	9287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=131;PP=2965;SC=GCAGGCACTCAGGTCAGCCGG;SOR=0.890;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=233;TCF=101;TCR=132;TR=232;WE=6751042;WS=6751024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr20	6759115	rs235768	A	T	4495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=50;NR=53;PP=1934;SC=CCGTGACCAGACTTTTGGACA;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=50;TCR=53;TR=103;WE=6759123;WS=6759105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr20	8628696	rs2235947	G	A	2991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=38;PP=1368;SC=CAGCCTAAGTGGGAGTGTGGA;SOR=0.765;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=34;TCR=38;TR=72;WE=8628704;WS=8628686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr20	8639443	rs2076640	T	C	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=56;PP=1716;SC=GATCGTTAGGTTAGTTTCCTC;SOR=1.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=24;TCR=56;TR=80;WE=8639451;WS=8639433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr20	8639474	rs2076639	C	A	1560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=40;PP=1171;SC=GCATTCCTTTCGGTCTGAAAT;SOR=2.790;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=8;TCR=40;TR=48;WE=8639482;WS=8639464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	8678446	rs2295179	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=21;PP=593;SC=GTATATGAATGTTACTAAGAG;SOR=0.952;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=8678454;WS=8678436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	8698565	rs6039243	T	C	783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=20;PP=464;SC=GGGCTGTGCGTGGTGGCTCAT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=8698573;WS=8698555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	8703145	rs6086563	C	G	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=54;PP=1586;SC=TGGTCACTTTCTGCCATCTAG;SOR=1.449;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=24;TCR=54;TR=77;WE=8703153;WS=8703135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr20	8705496	rs6056043	A	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=19;PP=401;SC=CTTAATAGAGAGATTTATGCT;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=8705504;WS=8705486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	8708166	rs17446441	A	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=18;PP=490;SC=TGGGGCGGATAAATAGTTTCA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=8708174;WS=8708156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	8713842	rs993670	G	A	615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	8719777	rs6039246	G	A	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=235;SC=CAGCCTGGGTGACACAGCAAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=8719785;WS=8719775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	8731580	.	CTTT	C	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.388;ClippingRankSum=0.000;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=1.744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.64;ReadPosRankSum=0.404;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,10:0.27:37
chr20	8737734	rs2076413	G	A	5415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=1.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr20	8741247	rs3886935	C	T	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=31;PP=801;SC=TAGAGACATACACTTTTAGTT;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=8741255;WS=8741237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	8755243	rs2235613	T	C	3610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=48;PP=1933;SC=ACCTCGCTGCTCTGGATGCTG;SOR=0.849;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=55;TCR=49;TR=103;WE=8755251;WS=8755233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr20	8769180	rs2327089	C	T	3360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.785;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr20	8769423	rs2076411	T	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=144;SC=TTATTTTATTTTGTACGTCAG;SOR=0.963;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=8769431;WS=8769413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	8770108	rs4633993	A	C	821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.68;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	8770130	rs2327090	A	G	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=9;PP=616;SC=TTCTGGATGAATTGGTATAAT;SOR=1.508;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=33;TCF=23;TCR=10;TR=32;WE=8770138;WS=8770120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	8770318	rs4816086	A	G	2194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=31;PP=869;SC=ATGCCTTGCCATAACTTTTTA;SOR=1.065;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=8770326;WS=8770308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr20	8770822	rs2294597	C	T	2825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr20	8770932	rs2294598	A	C	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.606;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=46;PP=1444;ReadPosRankSum=0.621;SC=AATTAAAATGAACAATTATTT;SOR=0.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=80;WE=8770940;WS=8770922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,116:0.99:117
chr20	8773295	rs6056119	T	C	5913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=67;PP=1959;SC=CATCTTTTTGTGTCTGGATTT;SOR=0.726;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=132;TCF=65;TCR=67;TR=129;WE=8773303;WS=8773285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr20	8782901	rs6056128	G	C	521.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=15;PP=406;SC=GGACTTGCTCGTTTGTCCTTC;SOR=3.383;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=17;WE=8782909;WS=8782891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	9288522	rs6077510	G	A	632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.31;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	9453567	rs2206389	T	C	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=169;SC=AGCCACCAGATCTCTAGCTAA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=9453575;WS=9453557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	9625003	rs4816157	G	A	2558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=41;PP=1348;SC=AAATATAAATGGAAAAGAGGC;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=70;WE=9625011;WS=9624993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
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chr20	10030931	rs656111	C	A	1657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=29;PP=871;SC=AAAAGATGACCGAATTTTAGT;SOR=1.493;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=10030939;WS=10030921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr20	10032413	rs683145	T	G	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=67;PP=2041;SC=AATCTGGAGCTTTAATAGATG;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=125;TCF=57;TCR=68;TR=124;WE=10032421;WS=10032403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr20	10273694	.	CT	C	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.747;ClippingRankSum=0.000;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=2.635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.154;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr20	10438780	rs6104617	A	G	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.77;QD=22.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	10439002	rs6039947	T	A	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	10439037	rs6039948	A	G	235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=6;PP=115;SC=GTTCTGGGGCATGTGTGCAGG;SOR=1.270;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=10439045;WS=10439027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	10624924	.	T	TCA	266.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=5.295;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=0.015;SOR=0.204;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr20	11790885	rs3036550	C	CTT	574.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=518;SC=TTTCCTCATACTTCACCTGCC;SOR=3.126;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=11790893;WS=11790875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	11791008	rs803665	C	T	1936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=23;PP=785;SC=CCACTAGCTTCGCCTCTGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=23;TCR=23;TR=46;WE=11791016;WS=11790998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr20	11830180	rs33956420	CT	C	979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.22;MQRankSum=0.289;QD=19.99;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,48:0.98:49
chr20	11871253	rs11908312	G	C	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=4;PP=448;SC=CAGTTCGTGGGACAAGGACGA;SOR=2.636;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=21;WE=11871261;WS=11871248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	12990044	rs3761895	T	C	3808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=49;PP=1659;SC=TAAGAGGCACTCTCCCCTACT;SOR=0.869;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=88;TCF=39;TCR=49;TR=87;WE=12990052;WS=12990034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr20	13029764	rs1431433	A	C	6907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=85;PP=2748;SC=AGCTGTGGAAAGAAAAGAACA;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=153;WE=13029772;WS=13029754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr20	13029862	rs919604	C	T	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=55;PP=2204;SC=AGGTGCAGATCCTAGAAAGCA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=105;TCF=50;TCR=55;TR=105;WE=13029870;WS=13029852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	13029920	rs934335	C	G	4928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=54;NR=58;PP=2328;SC=ATCTCCACCTCCTAAACCCCA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=55;TCR=58;TR=112;WE=13029928;WS=13029910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr20	13053018	rs243887	T	G	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=34;PP=1223;SC=TCTGTTTGATTTGATGGAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=67;WE=13053026;WS=13053008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr20	13071871	rs243874	C	A	925.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=25;PP=654;SC=AATTGTTAACCTAATTGTCTT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=13071879;WS=13071861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	13074235	rs708937	G	A	3581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=44;NR=56;PP=1740;SC=GTGAGTATCAGTGTATTTTCT;SOR=0.862;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=100;WE=13074243;WS=13074225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr20	13134931	rs2073303	C	G	895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=27;PP=685;SC=CCACCTGTCACTCTATCAGCT;SOR=3.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=13134939;WS=13134921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	13260252	rs911642	C	T	1556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=20;PP=924;SC=TGACTCCACACTGACCCCAGC;SOR=1.255;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=54;WE=13260260;WS=13260242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	13269438	rs34117863	C	CT	692.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.72;ReadPosRankSum=-0.581;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,35:0.95:37
chr20	13464030	rs2273480	C	A	3212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=45;PP=1409;SC=CAGCACCGAACACCCTGCTTA;SOR=0.950;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=74;TCF=29;TCR=45;TR=74;WE=13464038;WS=13464020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr20	13509263	rs3761890	G	A	546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=15;PP=358;SC=TAATAATGATGTAAAACAACT;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=13509271;WS=13509253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	13561632	rs34179122	T	TAA	714.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.85;ReadPosRankSum=0.804;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,32:0.89:36
chr20	13695680	rs6110019	C	T	1967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	13698006	rs4239710	T	C	1652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=12;PP=834;SC=GCCTGGTGTCTATGGTTACCT;SOR=1.234;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=39;WE=13698014;WS=13697996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	13743298	rs754796	A	G	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=1;PP=55;SC=TAATAATTCTAACAGTAAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=13743306;WS=13743288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	13747441	rs3180370	A	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.44;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	13750448	rs35589194	C	CA	113.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	13755728	rs67609153	CA	C	81	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.534;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.75;ReadPosRankSum=1.019;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr20	13763896	.	C	CATTA	85	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=85;QD=59.0;SC=TTTTAAAACACATTCACAATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=13763904;WS=13763886;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chr20	13769127	rs6042362	A	G	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	13782409	rs1015517	A	G	641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=14;PP=350;SC=AGAAAACTGTATGTGTTCATG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=13782417;WS=13782399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	13845987	rs761811	C	T	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=62;NR=48;PP=2117;SC=AATTTTAACTCATCTTACTAG;SOR=0.883;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=110;TCF=62;TCR=48;TR=110;WE=13845995;WS=13845977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr20	13846191	rs761812	A	G	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=54;PP=1751;SC=CAAGGAGACTAGTTAGCCAGT;SOR=0.915;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=91;WE=13846199;WS=13846181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr20	13847420	rs660710	A	G	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.96;SOR=0.887;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr20	13868745	rs243910	T	C	896.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.56;NF=7;NR=22;PP=661;SC=CCTAGCTCCATAATGACCCAT;SOR=1.911;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=29;WE=13868753;WS=13868735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	13895660	rs17191270	G	C	574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=358;SC=TGAAGGTAAAGACCAGAAAGC;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=13895668;WS=13895650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	14306953	rs6079391	G	T	4039.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=53;PP=2134;SC=CTGTGGTTTGGTGATCCTTAG;SOR=0.803;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=104;TCF=51;TCR=53;TR=104;WE=14306961;WS=14306943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
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chr20	14830596	rs6079581	C	G	4486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=51;PP=1824;SC=TTCTCCTACACCTGAAGAGAT;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=45;TCR=51;TR=96;WE=14830604;WS=14830586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr20	15843205	rs145513176	GCA	G	99.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.944;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=65;ReadPosRankSum=-0.000;SC=GTACACACACGCACACACACA;SOR=0.250;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=3;WE=15843214;WS=15843195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr20	15866365	rs13045800	A	G	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=3;PP=159;SC=TGTGTTTCCCACTTTCATATA;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=15866373;WS=15866355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	15874227	rs8118541	A	T	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=4;PP=373;SC=CATACAATTCATTCAAATTTT;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=15874235;WS=15874217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	15874325	rs932501	A	G	3726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=29;PP=1434;SC=TAGCCCAAAGACCCAGAAGCG;SOR=0.937;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=47;TCR=30;TR=75;WE=15874333;WS=15874315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr20	15874488	rs6135591	G	A	3779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=48;PP=1712;ReadPosRankSum=-1.659;SC=GGAAGCAGAAGTGCAGGATAA;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=94;TCF=44;TCR=50;TR=91;WE=15874496;WS=15874478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,147:0.99:149
chr20	15874715	rs6034319	T	C	234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=6;PP=109;SC=AGCAGGAACATGATGCCACAG;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=15874723;WS=15874705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	16025192	rs11482445	C	CT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.52;ReadPosRankSum=-0.525;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,22:0.26:84
chr20	16553701	rs6135800	G	C	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=218;SC=CAATGTGAACGGGACAGCAGT;SOR=3.442;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=10;WE=16553709;WS=16553691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	16553754	rs78834911	G	A	646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=1;PP=314;SC=GCCTGGGCCCGGTGGGCCAGG;SOR=2.925;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=16;WE=16553762;WS=16553744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	16554067	rs4814510	A	G	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=27;PP=758;SC=GTTCCGCGGCAGCCCCACCTG;SOR=1.828;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=16554075;WS=16554057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	16729262	rs6080387	C	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=283;SC=TGAATCTTCTCCAATGTGTAT;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=16729270;WS=16729252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	16729654	rs10627353	A	AAGATG	3195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=29;PP=1848;SC=CTGGCAGTGTAAGATAATTTA;SOR=1.061;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=36;TCF=4;TCR=32;TR=32;WE=16729662;WS=16729644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	16730464	rs6075100	T	C	604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=3;PP=442;SC=TGATTCTCACTATCAGCAAAG;SOR=2.636;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=17;TCR=3;TR=20;WE=16730472;WS=16730454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	16730522	rs6135878	T	C	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=15;PP=739;SC=AGCTTTTTCCTGATTGCTATT;SOR=1.042;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=42;WE=16730530;WS=16730512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	17350043	rs111813860	GCA	G	283.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=173;ReadPosRankSum=0.512;SC=ACAGGAGCATGCACACACACA;SOR=0.741;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=46;TCF=2;TCR=44;TR=12;WE=17350054;WS=17350033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,16:0.20:82
chr20	17389830	rs2217182	T	C	1267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=13;PP=806;SC=GGACTAGAAATGTTTAAAGTC;SOR=1.814;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=46;WE=17389838;WS=17389820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	17389877	rs2859875	C	T	2738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.094;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	17390095	rs2195108	A	T	1876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=39;PP=1073;SC=TGCTTCATTAAATTATATTGT;SOR=2.200;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=48;WE=17390103;WS=17390085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	17409907	rs16999181	C	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=4;PP=586;SC=TTGCTCAGCACTTTAAGTCTT;SOR=3.014;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=17409915;WS=17409897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	17436895	rs2021789	G	A	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.54;SOR=1.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	17445942	rs41276388	C	T	6217.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=64;PP=2581;SC=TTTGCCCTTGCCCTCTTGCTC;SOR=0.718;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=75;TCR=64;TR=139;WE=17445950;WS=17445932;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr20	17474690	rs6105762	T	G	5112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=47;PP=2421;SC=TGGCCCCAAATACATTTTATC;SOR=1.022;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=127;TCF=80;TCR=47;TR=124;WE=17474698;WS=17474680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr20	17474968	rs6080718	T	C	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=78;PP=2358;SC=CAGGTATAGATGGTTCCTCTG;SOR=0.876;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=64;TCR=78;TR=142;WE=17474976;WS=17474958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr20	17475217	rs6136118	C	T	6708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=76;PP=2965;SC=CAGAGTCTTCCGCAACAGAAA;SOR=0.709;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=77;TCR=76;TR=153;WE=17475225;WS=17475207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr20	17477592	rs6080719	C	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	17477751	rs6044850	A	G	969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=13;PP=410;SC=AAAAATGAAAAAAAAGCTTTC;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=17477759;WS=17477741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	17489473	rs2072957	C	T	706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=1;PP=338;SC=TGTGCCTGCGCGTAACACCTC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=17489481;WS=17489463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	17489733	rs2281207	G	A	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=47;PP=1318;SC=CGGAATATCCGTGTCCCCCTG;SOR=1.321;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=24;TCR=48;TR=71;WE=17489741;WS=17489723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr20	17489791	rs111863709	A	AGGTGG	1491.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=17;PP=1248;SC=AGGTTTTAGGAGACCTTTGGA;SOR=1.819;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=26;TCF=3;TCR=23;TR=20;WE=17489799;WS=17489781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	17539168	rs6044883	A	G	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=7;PP=652;SC=TCAGACTACTACTGAGCCAAT;SOR=1.788;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=32;TCF=24;TCR=8;TR=31;WE=17539176;WS=17539158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	17594714	rs35586556	GC	G	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=1;PP=362;SC=TTCTCTCGGAGCTACCGGAAG;SOR=3.258;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=17594722;WS=17594704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	17595329	rs7261001	G	A	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=6;PP=638;SC=CTGCCTCCCCGGGGCTCCCGG;SOR=2.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=17595337;WS=17595319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	17596731	rs2236250	C	T	6189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=73;PP=2339;SC=GCACAGGCACCGCTCTCTAGC;SOR=0.816;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=128;WE=17596739;WS=17596721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr20	17597331	rs911347	C	T	986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=3;PP=685;SC=GGCCTGCACTCTTCTGGGATT;SOR=2.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=17597339;WS=17597321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	17597361	rs911348	A	G	1524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=12;PP=904;SC=TCTGGGGACCAGCTCACCGCC;SOR=2.187;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=50;WE=17597369;WS=17597351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	17599214	rs2328181	T	C	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=17;PP=877;SC=GTCACACTCCTGGCATGGGGA;SOR=1.096;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=48;WE=17599222;WS=17599204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr20	17600357	rs11960	G	A	5724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=71;NR=55;PP=2287;SC=CTCCAAATGCGACGTGTGCTC;SOR=0.806;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=71;TCR=55;TR=126;WE=17600365;WS=17600347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr20	17602028	rs2236253	T	C	3314.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=27;PP=1597;SC=GGCCACCTCCTGCCCCATAGG;SOR=1.274;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=61;TCR=27;TR=88;WE=17602036;WS=17602018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr20	17605016	rs2236254	T	C	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=9;PP=603;SC=TCCTAGTGCCTCTGTGTGTCC;SOR=1.460;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=17605024;WS=17605006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	17605240	rs6034867	A	T	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=45;PP=1452;SC=GGTCAGGGAGAGCAGCTTCTC;SOR=1.049;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=31;TCR=45;TR=76;WE=17605248;WS=17605230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr20	17606372	rs2295672	T	C	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=56;PP=1787;SC=GGACGGTCCCTTCTGGCTGCC;SOR=1.278;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=91;WE=17606380;WS=17606362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr20	17610729	rs6044917	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=279;SC=CTGGTCCATGTGGGAAGGAAA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=17610737;WS=17610719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	17617531	rs6044923	T	C	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	17622429	rs2236255	A	G	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=4;PP=101;SC=CTCCGAGCCCACTCAGGCTGT;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=17622437;WS=17622419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	17640009	rs13040917	A	C	5921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=3.023;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.55;MQRankSum=-0.164;QD=25.42;ReadPosRankSum=1.723;SOR=0.118;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,231:0.99:233
chr20	17674451	rs6080781	G	C	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=163;SC=TGTGTCCAGTGGGAGGAGGTG;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=17674459;WS=17674441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	17705677	rs4814640	A	G	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=6;PP=457;SC=GGAGATGGACAACATGTCTCC;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=17705685;WS=17705667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	17933498	rs113770744	G	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=17;PP=440;SC=ATAAACTGGTGTCTAGTTAGA;SOR=1.911;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=17933506;WS=17933488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	18022171	rs1571431	C	T	5689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=66;PP=2360;SC=ACGCACTCCCCGCTCACCTGT;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=140;WE=18022179;WS=18022161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr20	18118740	rs1205190	T	G	4247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=48;NR=43;PP=1742;SC=GCGCGCGGCGTCGACCTGGGG;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=48;TCR=43;TR=91;WE=18118748;WS=18118730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr20	18123084	rs78016265	CT	C	383.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=15;PP=286;SC=GTATCTTCATCTTTTTTTTTG;SOR=2.419;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=15;WE=18123092;WS=18123074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	18143117	rs1205193	T	G	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=56;PP=2023;SC=GTGGTTGGGGTCAGAAAGAAG;SOR=0.971;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=95;WE=18143125;WS=18143107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr20	18167977	rs2747404	T	C	4442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=55;NR=44;PP=1619;SC=CAAGCAACCCTGCTATGCTAC;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=55;TCR=45;TR=99;WE=18167985;WS=18167967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr20	18286888	rs2328286	G	A	1995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.26;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
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chr20	18296072	rs1033545	T	A	4429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=57;NR=71;PP=2570;SC=CCCAGCTCAGTCAGGGAACCC;SOR=0.861;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=128;WE=18296080;WS=18296062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr20	18361603	rs1883938	T	C	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=47;PP=2173;SC=AGGACAAGTCTGCAAAGCAGA;SOR=1.034;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=74;TCR=47;TR=120;WE=18361611;WS=18361593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr20	18393275	rs59695827	C	T	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=198;SC=GAAGAAAGGGCATCCTCCCCC;SOR=1.493;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=18393283;WS=18393265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	18393312	rs6075337	C	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.75;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chr20	18414185	rs112253557	C	CA	46.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=1.150;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
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chr20	18435784	rs78680137	C	T	1468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=15;PP=909;SC=GTTATAAGGACCTGACTGTGA;SOR=1.567;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=47;WE=18435792;WS=18435774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	18446022	.	C	CTA	440	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=172;MMLQ=26;MQ=60.16;NF=0;NR=26;PP=440;QD=17.1538461538;SC=CTCTCTCTCTCTCTATATATA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=0;TCR=37;TR=26;WE=18446032;WS=18446012;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr20	18446024	rs6111974	C	A	1481.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.14;MQRankSum=0.270;QD=24.70;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.490;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr20	18446050	rs111987137	A	ATGTGCACTTATAGC	1933.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;QD=43.95;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	18448079	rs1474974	C	A	2508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=21;PP=1385;SC=TCCACTGGTTCCCCGGGTTCC;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=52;TCR=21;TR=73;WE=18448087;WS=18448069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	18460614	rs6035056	A	T	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.341;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	18461237	rs57962043	GT	G	300.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.531;HP=14;HapScore=3;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=24;PP=249;ReadPosRankSum=-0.534;SC=GACCCACATTGTTTTTTTTTT;SOR=2.030;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=24;WE=18461246;WS=18461227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,23:0.74:31
chr20	18462421	rs1055171	A	G	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=62;PP=1860;SC=TCCCTCCCACAGGTTTGGTCC;SOR=1.342;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=31;TCR=62;TR=93;WE=18462429;WS=18462411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr20	18462492	rs4813332	A	G	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=550;SC=TTGACTGCCCACGGGTGCAAG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=18462500;WS=18462482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	18462518	rs6111983	C	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=9;PP=248;SC=CATTAAGAAACAGAGCAAGCA;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=18462526;WS=18462508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	18464110	rs3827965	T	C	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.63;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	18470664	rs3748450	A	G	991.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=21;PP=587;SC=ATCTTTCAGTACCCATGGATA;SOR=1.432;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=8;TCR=21;TR=29;WE=18470672;WS=18470654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	18470980	rs2424217	A	G	6390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=56;PP=2679;SC=TTTACAACCTAAACAGACAGC;SOR=0.974;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=148;TCF=90;TCR=58;TR=146;WE=18470988;WS=18470970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr20	18477614	rs2247746	A	G	3399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=56;NR=32;PP=1825;SC=GGGCTTTGCTAGAGGGGATTA;SOR=1.143;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=56;TCR=32;TR=88;WE=18477622;WS=18477604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr20	18477870	rs2247757	T	A	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=59;PP=1637;SC=CCCAGCCTGCTCCCGCAGGGA;SOR=1.683;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=23;TCR=59;TR=82;WE=18477878;WS=18477860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr20	18505403	rs3762200	G	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=434;SC=GCCCAGGCTGGAGTTCAGTGG;SOR=1.493;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=18;WE=18505411;WS=18505393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	18505563	.	C	CT	117.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.18;ReadPosRankSum=0.954;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,20:0.20:100
chr20	18506616	rs911115	TG	CA	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=16;PP=970;SC=ATCATACAAATGTGCTCTCAG;SOR=0.990;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=29;WE=18506625;WS=18506606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	18511456	rs6081189	A	G	1142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.87;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	18511458	.	CT	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=1.775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.14;ReadPosRankSum=-0.185;SOR=0.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr20	18511504	rs3762201	T	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=15;PP=403;SC=CAGGCTGGTCTCAAACTCCTG;SOR=2.200;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=18511512;WS=18511494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	18523864	rs2295557	C	T	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=14;PP=366;SC=TTCTGCTTTACTTTCGAGAAG;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=18523872;WS=18523854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	18535982	rs1555363	A	G	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=11;PP=324;SC=GAATAACATTACTGGGCCGGA;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=18535990;WS=18535972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	18548293	rs11475009	TC	T	8414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=88;PP=2966;SC=CGATGAGAGTTCCCCGGGGGT;SOR=0.987;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=104;TCF=12;TCR=92;TR=100;WE=18548301;WS=18548283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr20	18576912	rs1884875	C	G	933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.483;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	18608945	rs3818220	G	C	568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=16;PP=395;SC=GTCCCTGGAAGAGTCCTCGGT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=18608953;WS=18608935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	19565671	rs17293432	G	A	3929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=44;PP=1553;SC=CGGGAAGTTCGGCCCCAGAGC;SOR=0.706;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=19565679;WS=19565661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr20	19634732	rs3790278	G	A	3191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=40;PP=1548;SC=CCTGGTGCCTGCTGAGGGATT;SOR=0.793;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=48;TCR=40;TR=88;WE=19634740;WS=19634722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr20	19634747	rs3790279	T	C	3303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=40;PP=1573;SC=GGGATTCTATTTACTACACGC;SOR=0.759;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=46;TCR=42;TR=86;WE=19634755;WS=19634737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr20	19646436	rs11470358	CGT	C	567.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=9.046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.574;QD=19.58;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,25:0.86:29
chr20	19654454	rs1406971	A	G	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=30;PP=946;SC=GAGTCACTGTAATTTTGATTA;SOR=1.127;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=50;WE=19654462;WS=19654444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	20018882	.	T	TA	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.06;ReadPosRankSum=1.497;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,13:0.42:31
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chr20	20033137	rs2255258	T	A	6623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=62;NR=78;PP=2585;SC=GACCTCTCGCTTGAGCCGTGA;SOR=0.808;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=62;TCR=78;TR=140;WE=20033145;WS=20033127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr20	20033242	rs2273057	A	T	2450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=43;PP=1331;SC=TGAGGTGGGTAACGCCGTGCT;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=66;TCF=23;TCR=43;TR=65;WE=20033250;WS=20033232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr20	20033319	rs2273058	A	G	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=19;PP=710;SC=AGCCTCCGGAACTGGGATGAC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=14;TCR=19;TR=33;WE=20033327;WS=20033309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	20033367	rs7508949	C	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=15;PP=480;SC=CCGTGGCGCCCTGCAAGGGAG;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=28;WE=20033388;WS=20033357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	20033380	rs3817995	A	G	1109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=15;PP=498;SC=CAAGGGAGTAAGAACGGAGCT;SOR=0.954;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=27;WE=20033388;WS=20033357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	20033423	rs6046572	G	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.32;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	20037222	rs1509573	T	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=294;SC=CAGTTTTGTGTGTATTATAAC;SOR=1.402;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=20037230;WS=20037212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	20050397	rs200183	G	A	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=39;PP=1955;SC=AGATTTTCTCGTTCTTGTCTG;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=67;TCR=40;TR=106;WE=20050405;WS=20050387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr20	20056038	rs11482118	T	TA	1110.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=17;PP=1345;SC=TTAGAACAATTAAGCACAATT;SOR=0.927;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=17;TCR=18;TR=33;WE=20056046;WS=20056028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr20	20071332	rs138798717	CAAAAA	C	506.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=31.67;ReadPosRankSum=1.182;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,14:0.88:16
chr20	20071634	rs6046614	T	C	3617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=62;PP=1834;SC=AGTGACTGATTCATGTGGGAA;SOR=1.273;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=29;TCR=62;TR=91;WE=20071642;WS=20071624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr20	20079500	rs1883797	A	G	829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	20139951	rs11475376	GC	G	3575.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=29;PP=2080;SC=TTGCTCCAGAGCTTGGACTCT;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=20139959;WS=20139941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	20140196	rs2179823	T	C	279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=7;PP=201;SC=TCCCTGCCTGTCTCCACCAGT;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=20140204;WS=20140186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	20144772	rs6081901	G	A	1444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=13;PP=479;SC=GGCATCGCTCGTACTGCCTGA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=20144780;WS=20144762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	20146875	rs6046679	C	T	68.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=47;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=23;SC=TACTGACATACGAAGCTTGCG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=20146883;WS=20146865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr20	20150182	rs6112802	A	T	1840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=30;PP=807;SC=CCCTGCTATTATAATTTAATA;SOR=1.276;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=12;TCR=30;TR=42;WE=20150190;WS=20150172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	20152462	rs996197	A	C	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=25;PP=850;SC=GCATCACCAGAGTGTCAAAGG;SOR=0.791;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=30;TCR=25;TR=55;WE=20152470;WS=20152452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr20	20152581	rs2328500	G	A	1034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=12;PP=387;SC=ACAGGGAAGGGTGGAATGAGA;SOR=1.096;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=20152589;WS=20152571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	20168497	rs2179825	A	G	814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=1;PP=600;SC=AGTGTGATATATTACAATTCT;SOR=4.255;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=22;TCR=1;TR=23;WE=20168505;WS=20168487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	20350516	rs6137007	T	G	1509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=37;PP=1142;SC=CGCCCTGCACTCCCCGAACCC;SOR=1.893;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=51;WE=20350524;WS=20350506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	20377421	rs11426947	A	AC	6893.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.34;ReadPosRankSum=-1.322;SOR=0.886;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,270:0.99:272
chr20	20445793	.	T	TCACACACACACACA	1255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=73.87;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	20493550	rs45484900	T	C	8421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=118;PP=2965;ReadPosRankSum=0.968;SC=ATTTCTTCCATTGGGTGCTAA;SOR=0.807;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=221;TCF=102;TCR=119;TR=218;WE=20493558;WS=20493540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,313:0.99:315
chr20	20609964	.	A	AACACACAC	1198.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.651;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.764;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=41.34;ReadPosRankSum=0.386;SOR=0.250;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,27:0.93:29
chr20	21106714	rs5840900	C	CG	4183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=29;PP=2108;SC=CCCGGCCGAACGGCCACCCAG;SOR=0.950;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=49;WE=21106722;WS=21106704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr20	21117240	rs11476720	GT	G	487.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.36;QD=18.76;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	21126194	rs6047271	C	G	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=3;PP=377;SC=ATCAAACTTTCTTTATATTTA;SOR=1.697;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=16;WE=21126202;WS=21126184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	21142454	rs11482592	A	AC	1225.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.168;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=63.59;MQRankSum=0.000;QD=27.86;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,43:0.98:44
chr20	21142523	rs4815025	C	G	4587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=77;NR=41;PP=2403;SC=TTGCAGTGCACGAGGGGATTA;SOR=1.152;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=77;TCR=41;TR=118;WE=21142531;WS=21142513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr20	21142813	rs2236178	T	C	8327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=107;PP=2965;SC=GGTGAGAAAATGCCAGTCACA;SOR=0.838;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=194;TCF=87;TCR=107;TR=193;WE=21142821;WS=21142803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr20	21186161	rs11087346	A	AG	4183.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=28;PP=1986;SC=AGACGTACCGAGGCACAGGTG;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=21186169;WS=21186151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr20	21186296	rs11321878	TA	T	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=2.795;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-0.515;QD=2.35;ReadPosRankSum=-0.896;SOR=1.241;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,17:0.35:48
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chr20	21307107	rs2296728	A	G	2748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=36;PP=1184;SC=ATTATATTACATTGTTTGGTT;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=33;TCR=36;TR=69;WE=21307115;WS=21307097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr20	21313109	rs11481754	T	TA	736.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5034;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.587;NF=0;NR=27;PP=271;ReadPosRankSum=-1.163;SC=GTTGCCTCATTAAAAAAAAAA;SOR=0.735;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=1;TCR=39;TR=27;WE=21313117;WS=21313099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,44:0.80:55
chr20	21319828	rs202844	A	G	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=16;PP=476;SC=AGTAGGACTTAGTCAGGGACG;SOR=1.055;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=27;WE=21319836;WS=21319818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	21321294	rs202845	C	T	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=2;PP=337;SC=GCCCTTCTTTCCTTTCTGTCA;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=21321302;WS=21321284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	21328715	rs11087351	GT	G	691.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=4;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=10;PP=478;SC=TCTAATTTTTGTTTTTTTTAA;SOR=1.473;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=21;WE=21328723;WS=21328704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	21336825	rs3787500	G	A	2460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=36;PP=1019;SC=GGTATGTTACGCAATTTGGTT;SOR=0.969;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=62;WE=21336833;WS=21336815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	21362703	rs11476840	TA	T	4063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=46;PP=2150;SC=CAGGTAATATTAAAAGTAGAC;SOR=0.751;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=9;TCR=48;TR=55;WE=21362711;WS=21362693;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr20	21362758	rs6047417	T	G	2149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=43;PP=1179;SC=GGGTTTATGGTTTTTATGGAA;SOR=1.112;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=21362766;WS=21362748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	21377798	.	C	T	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.09;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	23065342	rs3746732	A	G	5215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=50;PP=2012;SC=CTGTTGCAGCACGGGGCACGG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=106;WE=23065350;WS=23065332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr20	23401904	.	ACC	A,AC	3284.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.290;ClippingRankSum=0.000;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.88;ReadPosRankSum=-0.546;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,50,77:0.38,0.58:132
chr20	23472391	rs2983288	A	G	2042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=15;PP=794;SC=AGAATGAGACAGGGGTGCTGA;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=23472399;WS=23472381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	23476412	.	CTT	C	825.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.442;QD=19.20;ReadPosRankSum=0.352;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:9,34:0.79:43
chr20	23529377	rs3004129	G	A	740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=320;SC=ACCTGTGTCCGCACCACACCC;SOR=1.382;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=23529396;WS=23529367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	23529388	rs2983611	C	T	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=371;SC=CACCACACCCCATGCGGCATC;SOR=1.382;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=23529396;WS=23529367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	23548774	rs2983617	T	C	1343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=6;PP=749;SC=AGACCCCCTGTCCCCACCCCA;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=27;TCR=6;TR=33;WE=23548782;WS=23548764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	23586547	rs62207039	C	T	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=17;PP=439;SC=AGATCCCTGGCGTCCACTGGA;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=23586555;WS=23586537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	23615819	.	T	TCA	939.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.202;ClippingRankSum=0.000;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=702;ReadPosRankSum=-1.075;SC=AACATGTGCATCACACACACA;SOR=1.038;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=24;WE=23615830;WS=23615809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,35:0.78:45
chr20	23618395	rs6138024	T	C	1775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=22;PP=767;SC=GGCCTCCCACTAGGCGCGGCG;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=23618403;WS=23618385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr20	23729722	rs3188314	G	T	17226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=663;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=188;NR=165;PP=2965;SC=TACATATGGTGCGGCCCACCT;SOR=0.791;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=356;TCF=188;TCR=168;TR=353;WE=23729730;WS=23729712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,661:1.00:661
chr20	23731494	rs6076122	A	G	3392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=61;PP=1848;SC=GTACTCAGATACTGGGCCATG;SOR=1.244;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=93;WE=23731502;WS=23731484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr20	23731560	rs6076123	C	T	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=24;PP=716;SC=GGTGAGAGCCCGAGGCAGGGA;SOR=2.073;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=23731568;WS=23731550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	24524218	rs4815274	C	G	2802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=51;PP=1564;SC=CTGGAGGTCACAGGATGTGTT;SOR=1.306;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=26;TCR=52;TR=77;WE=24524226;WS=24524208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr20	24524245	rs4813519	A	G	1641.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=38;PP=1091;SC=AGGCCCTCTAAGAATGTGTGA;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=12;TCR=38;TR=50;WE=24524253;WS=24524235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	24645939	rs2892217	G	A	4825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=1.063;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr20	24939590	rs1056033	G	C	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=24;PP=902;SC=AATATATGCTGGAGGTGGAAA;SOR=0.736;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=57;TCF=32;TCR=25;TR=56;WE=24939598;WS=24939580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr20	24944933	rs761368	T	C	1223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=13;PP=613;SC=CTGGATGGCCTGGCTGAACTG;SOR=1.251;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=22;TCR=13;TR=35;WE=24944941;WS=24944923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	24945079	rs10534910	AGGC	A	4819.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=32;PP=2060;SC=CATTTCAAATAGGCAAGGTGC;SOR=0.711;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=24945089;WS=24945069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr20	24950373	rs2064404	A	C	548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=7;PP=166;SC=TATGGGCCTGAAGAAGGTGAC;SOR=1.085;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=24950381;WS=24950363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr20	25027630	rs6106989	G	A	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=599;SC=CCTGGGGGCCGAGGGGAGGAA;SOR=1.556;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=31;WE=25027638;WS=25027620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	25027692	rs6115015	G	A	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=281;SC=AGCATCACTCGTCTGCCTCCA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=25027700;WS=25027682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	25038484	rs66817095	G	T	5563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=68;PP=2257;SC=TGTGGTAGGGGGTGTCCCACA;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=52;TCR=68;TR=120;WE=25038492;WS=25038474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr20	25059442	rs6138482	C	T	2843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.62;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr20	25176296	rs6083773	A	C	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=4;PP=172;SC=CCGCCTGCGCATGCGCGGCTG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=25176304;WS=25176286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	25187213	rs2076559	G	A	4553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=36;PP=1648;SC=AGAAAAACGAGCTACATTTTT;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=92;WE=25187221;WS=25187203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr20	25187575	rs11699392	A	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=5;PP=764;SC=TGAGGCTCAAATGAAGCTTCT;SOR=2.584;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=33;WE=25187583;WS=25187565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	25190598	rs1007707	A	G	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=49;PP=1450;SC=GTTCAACTGCAGAATGTGTTC;SOR=1.662;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=66;WE=25190606;WS=25190588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	25193863	rs2076560	T	C	3049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=29;PP=1223;SC=TATGCTGCACTTGACAGACCC;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=37;TCR=29;TR=66;WE=25193871;WS=25193853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr20	25193949	rs2076561	G	A	4154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr20	25195394	rs6050445	C	T	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=0;PP=220;SC=CAGATTTTTTCGTTCTTCTCC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=25195402;WS=25195384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	25195509	rs6050446	A	G	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=16;PP=624;SC=TTAGGTGAAAAAAGTATTTAA;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=25195517;WS=25195499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr20	25197982	rs4815394	T	C	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=17;PP=1319;SC=ATTGGCTCCTTATTGCCTGCT;SOR=1.675;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=63;TCF=45;TCR=18;TR=62;WE=25197990;WS=25197972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr20	25229231	rs2273473	C	G	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=143;SC=GTCGGCGGGGCCCGGGCGTCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=25229239;WS=25229221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	25255205	rs55654244	C	T	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=13;PP=909;SC=CTGAGGGTGCCCTCACAGCTG;SOR=1.382;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=45;WE=25255213;WS=25255195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr20	25257462	rs2424699	G	A	7791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr20	25258916	rs11466827	G	GCCCTGGGACTGGGTCATGGGGCATGTGCC	522.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=104.55;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	25259200	rs2261109	T	C	1349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=25;PP=705;SC=AGTGGAATGGTACATGCCCCT;SOR=1.863;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=31;WE=25259208;WS=25259190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	25259807	rs2261115	G	A	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=46;PP=1512;SC=GGAAAAGGGCGGCACCTCCCC;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=77;WE=25259815;WS=25259797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
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chr20	25261784	rs2261747	G	A	3361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=53;PP=1563;SC=GGCCAGCTCTGTCTGACACCC;SOR=1.102;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=34;TCR=53;TR=87;WE=25261792;WS=25261774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr20	25262536	rs10582106	TCTC	T	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=1;PP=157;SC=GTCACTCTGTTCTCCTTAGAA;SOR=1.981;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=25262546;WS=25262526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	25262789	rs2261790	T	C	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=10;PP=293;SC=TGGAGGTGAGTCCCGGGCCCC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=25262797;WS=25262779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	25263648	rs2145126	G	A	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.80;SOR=3.442;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	25264664	rs2257705	T	C	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=13;PP=772;SC=ACAGGGCACTTGAAGCAGGAA;SOR=1.480;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=47;TCF=32;TCR=15;TR=45;WE=25264672;WS=25264654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr20	25264814	rs2227892	T	C	3438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=37;PP=1079;SC=CCATGTTCGATGTGCATGTGA;SOR=0.801;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=69;TCF=31;TCR=38;TR=66;WE=25264822;WS=25264804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr20	25264910	rs2257712	T	C	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=25;PP=616;SC=ATCACCTGCATGACCGCGCTG;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=12;TCR=25;TR=37;WE=25264918;WS=25264900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr20	25268920	rs3002702	T	C	2718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=28;PP=1439;SC=TGTGCCACTGTCACCCGTGTC;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=70;TCF=42;TCR=28;TR=70;WE=25268928;WS=25268910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr20	25270339	rs2257991	T	C	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=2;PP=676;SC=GCAGGAAGAATTGTAGCAAAA;SOR=4.174;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=27;WE=25270347;WS=25270329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	25271086	rs2257432	T	C	1163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.45;SOR=1.364;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	25271286	rs6115130	A	G	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=26;NR=42;PP=1206;SC=TGTTGGACAGAAAACTCACTC;SOR=1.067;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=26;TCR=42;TR=68;WE=25271294;WS=25271276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr20	25271326	rs2258066	C	T	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=31;PP=801;SC=GTACTGGCCCCGGGCCTTTCA;SOR=2.200;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=25271334;WS=25271316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	25273362	rs2281562	G	A	1147.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=22;PP=622;SC=GTGTGCTAGGGTCAGTGCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=30;WE=25273370;WS=25273352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	25275553	rs16436	GTTAGTT	G	1212.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=5;PP=728;SC=CTGCCTTTGGGTTAGTTTTAG;SOR=1.942;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=15;WE=25275566;WS=25275543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	25275843	rs2258719	C	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=8;PP=211;SC=AGACTTAAGACGGCAAATGGA;SOR=1.802;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=25275851;WS=25275833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	25276297	rs1130694	G	A	3307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=44;NR=39;PP=1493;SC=AGGTGGACCAGCTGTACCGGG;SOR=0.774;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=83;WE=25276305;WS=25276287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	25276343	rs2258728	G	A	3883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=36;NR=45;PP=1527;SC=GGGAGCAGCTGGGTGGGTCCA;SOR=0.850;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=81;WE=25276351;WS=25276333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr20	25281398	rs2424708	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=10;PP=1164;SC=GCCGGCCCCCCGGGGCTTCAG;SOR=2.457;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=43;TCR=10;TR=52;WE=25281406;WS=25281388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	25282944	rs10966	A	G	1032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=14;PP=431;SC=GAACTTTGAAATCTCGGAAGC;SOR=0.788;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=28;WE=25282952;WS=25282934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	25284343	rs2260197	T	C	2703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=34;PP=1006;SC=GGCAGGGATCTGGGTTCAGGG;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=25284351;WS=25284333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr20	25301022	rs2274890	G	A	355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=263;SC=GCGACTGCACGTGGTGTTACT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=25301030;WS=25301012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	25426693	rs5841057	CA	C	5103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=46;PP=2664;SC=CTCTCTCCACCACTCCCTTCA;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=13;TCR=46;TR=59;WE=25426701;WS=25426683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr20	25434351	rs2072975	A	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=357;SC=GCTCTCTTTTATCCTCCCAGG;SOR=1.255;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=25434359;WS=25434341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	25436283	rs2235607	C	G	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=6;PP=460;SC=GACGTGAACACGAAAGCAGCA;SOR=1.893;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=24;WE=25436291;WS=25436273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	25442097	rs6107047	G	A	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=3;PP=182;SC=CGTTGGCACTGCGGTGATGCT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=25442105;WS=25442087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	25442989	rs3036810	G	GGGGAGCC	592.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=1;PP=568;SC=CCAGCCTCCAGCTCAGCTCCC;SOR=3.912;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=25443005;WS=25442979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	25442991	.	T	TGGTG	727.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.51;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=1;PP=329;SC=AGCCTCCAGCTCAGCTCCCTG;SOR=3.912;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=7;WE=25443005;WS=25442979;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	25442992	rs2387889	C	G	736.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.34;SOR=2.712;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	25442997	rs559771	C	G	760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.26;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	25443278	rs113237945	A	ATTTGTTTTGT	226.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=1136;SC=TTAAGTAGTCATTTGTTTTGT;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=2;WE=25443286;WS=25443268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	25447896	rs404394	A	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=341;SC=CCTGGGGGCCAGTCAGCAACT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=25447904;WS=25447886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	25447931	rs404148	A	G	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=5;PP=786;SC=TTAGAAGAATATTCTCTACTT;SOR=2.191;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=33;WE=25447939;WS=25447921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	25456888	rs437635	A	G	3349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=50;PP=1654;SC=CAACCTCCACACTGTGCTTGT;SOR=1.033;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=81;WE=25456896;WS=25456878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	25457049	rs68078266	GCTCCCA	G	6129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=42;PP=2945;SC=CTCAGGGGTGGCTCCCACATC;SOR=0.965;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=63;WE=25457062;WS=25457039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr20	25459919	rs84816	G	A	1617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=34;PP=992;SC=ACAGAAACACGAAGCTGCCTG;SOR=1.649;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=13;TCR=34;TR=47;WE=25459927;WS=25459909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chr20	25470056	rs431579	T	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=28;PP=605;SC=GCCCAGCTTCTGCCAACACCA;SOR=4.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=28;TCF=0;TCR=28;TR=28;WE=25470064;WS=25470046;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr20	26094383	.	C	T	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=2.568;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.07;MQRankSum=-5.398;QD=8.70;ReadPosRankSum=-2.387;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,9:0.24:37
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chr20	26094420	.	T	C	1508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=5.692;ClippingRankSum=0.000;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=19.512;HP=3;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-6.812;NF=58;NR=10;PP=2886;ReadPosRankSum=-3.038;SC=AAAAAAAAGGTAAATTTGGTG;SOR=2.349;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=132;TCF=103;TCR=29;TR=68;WE=26094428;WS=26094396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,60:0.48:125
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chr20	26094483	rs146324498	CAT	C	12308.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.656;HP=7;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-6.746;NF=71;NR=84;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.014;SC=ACACAAAAAACATGTGCAATT;SOR=0.908;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=261;TCF=126;TCR=135;TR=155;WE=26094492;WS=26094462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,316:0.65:486
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chr20	26094609	rs80248029	C	A	12649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.119;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.42;MQRankSum=0.004;QD=25.15;ReadPosRankSum=-1.500;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:193,310:0.62:503
chr20	26094638	rs76011113	C	T	3779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.115;HP=1;HapScore=1;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.750;NF=42;NR=113;PP=2962;ReadPosRankSum=0.070;SC=GTAAAGAAGTCCTCACCAGAC;SOR=0.808;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=251;TCF=66;TCR=185;TR=155;WE=26094668;WS=26094628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,159:0.63:251
chr20	26094651	rs77014314	T	C	4434.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=3.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.32;MQRankSum=-4.992;QD=22.51;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:72,125:0.63:197
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chr20	26094689	rs79312112	A	C	1524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=5.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.786;HP=3;HapScore=1;MGOF=97;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.086;NF=0;NR=63;PP=1512;ReadPosRankSum=0.178;SC=TTCTAGGAAAACATCTAAACA;SOR=3.506;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=84;TCF=1;TCR=83;TR=63;WE=26094697;WS=26094679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,53:0.74:72
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chr20	29625867	rs148671283	G	A	1147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=933;ExcessHet=3.0103;FS=2.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.75;MQRankSum=-6.243;QD=1.23;ReadPosRankSum=2.586;SOR=1.039;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:844,88:0.09:932
chr20	29625876	rs73611718	C	T	7146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-1.480;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=952;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.564;HP=1;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-7.408;NF=140;NR=139;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.811;SC=TGTACAGAATCGCCCTGAAAT;SOR=1.052;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=693;TCF=364;TCR=329;TR=279;WE=29625884;WS=29625844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:669,280:0.30:949
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chr20	29625925	.	C	CTTG	2964	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MMLQ=27;MQ=45.35;NF=51;NR=125;PP=2964;QD=20;SC=TTCAGATGAACTTGTTGGGCA;SbPval=0.02;Source=Platypus;TC=372;TCF=68;TCR=304;TR=176;WE=29625964;WS=29625914;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:196,176:0.47:372
chr20	29625928	.	G	A	1625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.999;ClippingRankSum=0.000;DP=531;ExcessHet=3.0103;FS=0.776;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.32;MQRankSum=-12.651;QD=3.11;ReadPosRankSum=2.773;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:448,74:0.14:522
chr20	29625935	rs62198354	A	G	2795.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=4.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.481;HP=2;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-17.846;NF=62;NR=127;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.560;SC=CTTGTTGGGCATTCAGATGCA;SOR=1.159;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=375;TCF=136;TCR=239;TR=189;WE=29625964;WS=29625914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:312,89:0.22:401
chr20	29625946	rs80340867	A	G	1596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.728;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.79;MQRankSum=-14.841;QD=4.68;ReadPosRankSum=0.482;SOR=0.716;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:284,57:0.17:341
chr20	29625950	rs78096528	G	A	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.939;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.75;MQRankSum=-14.530;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.007;SOR=0.669;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:262,55:0.17:317
chr20	29625965	rs79873624	G	A	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FS=0.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.76;MQRankSum=-12.318;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.783;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:223,48:0.18:271
chr20	29625985	rs79368216	G	A	1486.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.130;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.630;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.98;MQRankSum=-10.487;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.548;SOR=0.601;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,51:0.23:225
chr20	29625997	rs62198355	A	T	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=15.661;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQRankSum=-2.602;QD=0.89;ReadPosRankSum=1.321;SOR=2.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,26:0.15:177
chr20	29626027	rs2137756	C	T	501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-3.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.365;HP=3;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.356;NF=5;NR=47;PP=822;ReadPosRankSum=2.998;SC=GTCAGTTTAACAGAAAGTCTG;SOR=2.007;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=160;TCF=14;TCR=146;TR=52;WE=29626035;WS=29626017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,29:0.24:121
chr20	29628099	rs73621498	G	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.320;HP=5;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-7.225;NF=17;NR=0;PP=1071;ReadPosRankSum=-0.130;SC=TTATATTTTTGAGGTTTTTCT;SOR=1.650;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=64;TCF=59;TCR=5;TR=17;WE=29628120;WS=29628089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,9:0.17:54
chr20	29628112	rs73621499	C	A	323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.658;HP=1;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-9.301;NF=31;NR=2;PP=1071;ReadPosRankSum=-1.725;SC=GTTTTTCTCTCAGTTCTTTTC;SOR=1.604;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=97;TCF=83;TCR=14;TR=33;WE=29628120;WS=29628089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,18:0.20:89
chr20	29628125	.	TG	CA	1054.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.369;ClippingRankSum=0.000;DP=159;ExcessHet=3.0103;FS=2.838;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.23;MQRankSum=-7.205;QD=6.63;ReadPosRankSum=-2.638;SOR=0.428;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,34:0.21:159
chr20	29628128	rs73621500	C	T	3014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=3.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQRankSum=-11.956;QD=16.94;ReadPosRankSum=-5.273;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,74:0.42:178
chr20	29628136	rs73621501	T	G	2887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.438;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FS=1.054;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.81;MQRankSum=-11.412;QD=11.69;ReadPosRankSum=-4.798;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:138,109:0.44:247
chr20	29628158	rs73605203	G	A	7568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.079;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=528;ExcessHet=3.0103;FS=1.818;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.51;MQRankSum=-11.611;QD=14.64;ReadPosRankSum=-4.282;SOR=0.541;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,276:0.53:517
chr20	29628164	rs62199575	G	A	15976.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.648;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FS=2.008;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.88;MQRankSum=-17.655;QD=26.94;ReadPosRankSum=-6.492;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:173,420:0.71:593
chr20	29628167	rs181840913	C	T	1285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=664;ExcessHet=3.0103;FS=1.801;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.30;MQRankSum=-3.701;QD=1.97;ReadPosRankSum=-3.073;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:568,84:0.13:652
chr20	29628261	rs111331725	T	C	1914.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1516;ExcessHet=3.0103;FS=0.719;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.84;MQRankSum=14.975;QD=1.27;ReadPosRankSum=-2.892;SOR=0.602;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1258,248:0.16:1506
chr20	29628271	rs62199576	C	T	20623.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1421;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.773;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=-11.288;NF=306;NR=240;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.313;SC=TTATTAGATGCAATGAAGCAG;SOR=0.806;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=942;TCF=512;TCR=430;TR=546;WE=29628279;WS=29628251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:547,837:0.60:1384
chr20	29628328	.	C	G	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.471;ClippingRankSum=0.000;DP=845;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.81;MQRankSum=-9.229;QD=0.21;ReadPosRankSum=-4.314;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:724,89:0.11:813
chr20	29628335	rs11152455	A	T	5594.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FS=1.933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.74;MQRankSum=-17.402;QD=8.02;ReadPosRankSum=-2.413;SOR=0.878;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:484,214:0.31:698
chr20	29628341	rs11152456	C	A	8356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FS=5.226;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.66;MQRankSum=-22.801;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.714;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:397,236:0.37:633
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chr20	29633938	rs61041024	A	G	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=1.402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.86;MQRankSum=-6.057;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.176;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:287,36:0.11:323
chr20	29633952	rs62196374	C	T	3781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.792;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.624;HP=1;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-6.350;NF=40;NR=50;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.916;SC=TTTGTTTCTGCCTTATCTTTT;SOR=0.872;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=292;TCF=137;TCR=155;TR=90;WE=29633960;WS=29633905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,103:0.33:314
chr20	29633966	rs61684852	GTTT	G,GT	4097.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=6.408;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.18;MQRankSum=-9.938;QD=15.35;ReadPosRankSum=-2.706;SOR=1.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:82,79,106:0.30,0.40:267
chr20	29633986	rs2379676	A	C	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=4.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=15.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQRankSum=-8.504;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=1.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:186,52:0.22:238
chr20	29633987	rs4006817	T	A	101.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=3.637;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.83;MQRankSum=-7.124;QD=0.43;ReadPosRankSum=-0.336;SOR=1.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,31:0.13:238
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chr20	29634049	rs2379675	G	C	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.650;HP=1;HapScore=3;MGOF=41;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.453;NF=11;NR=36;PP=1881;ReadPosRankSum=0.280;SC=TTAGCTAGTAGCTAGTTTAAC;SOR=0.195;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=105;TCF=21;TCR=84;TR=47;WE=29634057;WS=29634027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,55:0.53:104
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chr20	29634104	rs56780525	C	T	254.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.52;MQRankSum=-4.403;QD=11.58;ReadPosRankSum=-2.362;SOR=1.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr20	29652036	rs62206781	C	T	2331.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.152;HP=3;HapScore=2;MGOF=51;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.325;NF=68;NR=22;PP=1458;ReadPosRankSum=0.729;SC=CAATTCCTTACAATAAACCTA;SOR=1.045;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=163;TCF=126;TCR=37;TR=90;WE=29652044;WS=29652026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,100:0.61:165
chr20	29652065	rs73611950	A	G	4489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FS=4.132;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-2.392;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.134;SOR=0.496;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:169,119:0.41:288
chr20	29652083	rs66615221	C	T	5881.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=452;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.842;HP=2;HapScore=1;MGOF=67;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.856;NF=80;NR=48;PP=1726;ReadPosRankSum=2.319;SC=TTTGTTGTTACAGATTTGGCT;SOR=0.569;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=350;TCF=230;TCR=120;TR=128;WE=29652091;WS=29652073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:281,163:0.37:444
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chr20	29652107	rs62206782	T	G	2697.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.956;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=643;ExcessHet=3.0103;FS=1.487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=0.968;QD=4.28;ReadPosRankSum=-0.123;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:526,105:0.17:631
chr20	29652165	rs62206783	C	T	1678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=870;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-1.174;QD=1.94;ReadPosRankSum=1.394;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:768,99:0.11:867
chr20	29652166	rs79732696	G	A	216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=870;ExcessHet=3.0103;FS=1.731;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=-1.209;QD=0.26;ReadPosRankSum=-1.222;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:732,111:0.13:843
chr20	29652172	rs78862124	T	C	29679.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=863;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=-2.784;QD=34.51;ReadPosRankSum=1.670;SOR=0.691;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,734:0.85:860
chr20	29652172	.	TGGAGTGCCTCGGCAGCCTC	CAGAGTGCCTCAGCAGCCTT,CGGAGTGCCTCGGCAGCCTC	2962	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=71;MMLQ=26;MQ=59.08;NF=45,266;NR=55,273;PP=2924,2962;QD=20;SC=AGGCGACCCATGGAGTGCCTC;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=601;TCF=297;TCR=304;TR=100,539;WE=29652204;WS=29652155;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.17:601
chr20	29652173	rs79057885	G	A	12204.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.817;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=860;ExcessHet=3.0103;FS=0.530;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.67;MQRankSum=2.025;QD=14.29;ReadPosRankSum=1.977;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:518,336:0.39:854
chr20	29652182	rs36076351	C	T	1073.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=825;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=1.201;QD=1.31;ReadPosRankSum=-1.021;SOR=0.635;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:738,84:0.10:822
chr20	29652183	rs71276709	G	A	7399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=812;ExcessHet=3.0103;FS=1.244;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.64;MQRankSum=1.662;QD=9.20;ReadPosRankSum=1.579;SOR=0.803;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:583,221:0.27:804
chr20	29652190	rs76344754	T	G	1065.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.016;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=767;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=1.271;QD=1.39;ReadPosRankSum=-1.878;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:688,76:0.10:764
chr20	29652191	rs62206784	C	T	23135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=762;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=74;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-3.475;NF=201;NR=244;PP=2962;ReadPosRankSum=4.060;SC=TCGGCAGCCTCGTCATTGCAT;SOR=0.711;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=577;TCF=261;TCR=316;TR=445;WE=29652204;WS=29652155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,563:0.74:756
chr20	29652194	rs34913243	C	T	1641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.941;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=748;ExcessHet=3.0103;FS=1.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=-0.429;QD=2.22;ReadPosRankSum=2.633;SOR=0.597;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:650,89:0.12:739
chr20	29652196	rs62206785	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=741;ExcessHet=3.0103;FS=0.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=-7.262;QD=0.29;ReadPosRankSum=1.128;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:621,90:0.13:711
chr20	29652236	rs62206786	G	C	14687.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.471;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=88;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-3.187;NF=116;NR=202;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.310;SC=CTGCAACCACGTTTCTACAGG;SOR=0.678;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=399;TCF=145;TCR=254;TR=318;WE=29652244;WS=29652225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,342:0.85:402
chr20	29652254	rs77357187	G	A	2048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FS=2.439;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.31;MQRankSum=-2.359;QD=8.57;ReadPosRankSum=3.352;SOR=0.521;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,105:0.44:239
chr20	29652294	rs148337041	C	A	777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.100;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=0.897;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.44;MQRankSum=0.567;QD=7.01;ReadPosRankSum=0.068;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,40:0.36:111
chr20	29652303	rs62206787	T	C	2871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=3.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=104;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.935;NF=16;NR=79;PP=1635;ReadPosRankSum=-0.090;SC=TCATTTTACATACTAAGGACA;SOR=0.843;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=22;TCR=107;TR=95;WE=29652311;WS=29652284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,70:0.77:91
chr20	29847211	rs6088879	T	C	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=2.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.349;SOR=0.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr20	29891242	rs117663474	A	T	836.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.503;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=22;PP=370;ReadPosRankSum=-1.006;SC=CCATTGTGGGATCTGAACAGG;SOR=0.529;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=108;TCF=31;TCR=77;TR=32;WE=29891250;WS=29891232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,48:0.34:143
chr20	29965014	rs709045	T	C	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=4;PP=471;SC=CAGGTCTCTGTGCCCAGAGAG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=29965022;WS=29965004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	29966275	rs2223527	G	A	4313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr20	29966362	rs2206383	A	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=29;PP=860;SC=AACTGAGAGCAACCCAAGTTG;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=29966370;WS=29966352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	29977156	rs2295500	G	A	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=39;PP=982;SC=AGTGAGTAATGCCAGACCCAG;SOR=3.033;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=5;TCR=40;TR=44;WE=29977164;WS=29977146;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	29978216	rs2206381	T	C	3715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=32;PP=1319;SC=CCGAGAGAGGTTCACGTTACC;SOR=0.780;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=38;TCR=33;TR=70;WE=29978224;WS=29978206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr20	30037783	rs2273468	C	T	4808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=56;NR=45;PP=1824;SC=AAATCCGGAGCCTACTTGTTA;SOR=0.807;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=56;TCR=45;TR=101;WE=30037791;WS=30037773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr20	30115140	rs34469982	CA	C	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.64;ReadPosRankSum=0.952;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,14:0.38:37
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chr20	30359517	rs182121524	A	G	1048.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.744;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=642;ReadPosRankSum=0.062;SC=AAACTTTAGAATGAATGGTAT;SOR=1.244;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=53;TCF=14;TCR=39;TR=36;WE=30359525;WS=30359507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,45:0.66:68
chr20	30407213	rs1887731	T	C	1412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=37;NR=13;PP=1129;SC=GGCAACCAGGTTGCCCCTCTT;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=50;WE=30407221;WS=30407203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	30409584	rs35574032	G	C	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=38;PP=855;SC=CTGGGGCCAGGGGGAGGGAAG;SOR=1.573;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=52;WE=30409592;WS=30409574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	30414621	rs6089088	C	T	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=33;PP=693;ReadPosRankSum=1.317;SC=GAGAGCTCTTCGAGAGGATTG;SOR=0.675;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=169;TCF=65;TCR=104;TR=53;WE=30414629;WS=30414611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,76:0.31:246
chr20	30433139	rs6089096	G	A	7126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=89;NR=93;PP=2965;SC=TGAGTGACAGGTTGTGGCGGA;SOR=0.769;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=90;TCR=95;TR=182;WE=30433147;WS=30433129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr20	30449181	rs12569	G	A	1529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=605;ReadPosRankSum=-0.469;SC=AGTCGGAAGTGGGGAGCCACG;SOR=0.776;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=25;TCR=32;TR=38;WE=30449189;WS=30449171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,73:0.67:109
chr20	30449325	rs947310	C	G	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.569;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.192;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=11;PP=308;ReadPosRankSum=-0.455;SC=AGGCGCTGCACGGTTCCCTCG;SOR=0.518;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=21;WE=30449333;WS=30449315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr20	30449516	.	G	GC	108	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=15;MQ=58.79;NF=1;NR=2;PP=108;QD=47.0;SC=GTCAAGGCCGGCGCGGGGCGG;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=3;WE=30449524;WS=30449506;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	30452562	rs8124961	G	A	2852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.558;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.912;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=15;PP=1935;ReadPosRankSum=0.973;SC=TGAGGCTCGGGGAGGTGGAGA;SOR=0.949;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=131;TCF=108;TCR=23;TR=95;WE=30452570;WS=30452552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,111:0.76:146
chr20	30452782	rs4911536	C	T	1767.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.812;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=64;PP=1220;ReadPosRankSum=0.919;SC=TATCAGCGACCGGGATGCGAA;SOR=0.870;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=274;TCF=95;TCR=179;TR=95;WE=30452790;WS=30452772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,107:0.35:303
chr20	30458226	rs145887255	G	A	1124.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.78;ReadPosRankSum=1.126;SOR=0.616;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,57:0.65:88
chr20	30460700	rs73903669	G	C	935.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=406;ReadPosRankSum=0.464;SC=CCATGATTGGGAGTTAAAGTT;SOR=0.836;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=25;WE=30460708;WS=30460690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,43:0.62:69
chr20	30460869	rs6058475	T	C	721.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.415;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.62;ReadPosRankSum=-1.028;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,33:0.62:53
chr20	30472021	rs138716259	ATTAT	A	217.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.972;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.752;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.722;NF=0;NR=3;PP=105;ReadPosRankSum=-0.141;SC=CCTTATAGTTATTATTTATTT;SOR=0.132;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=3;WE=30472032;WS=30472011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr20	30512680	rs55687083	C	T	1504.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=4.848;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.72;ReadPosRankSum=-2.655;SOR=0.999;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,68:0.76:90
chr20	30521932	rs6089122	A	G	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=9;PP=1144;SC=GATATCTTCTATTGGTCAACG;SOR=2.494;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=49;TCF=38;TCR=11;TR=47;WE=30521940;WS=30521922;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	30526041	rs73102639	C	T	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.67;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr20	30527065	rs6061043	T	C	8387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=90;PP=2965;SC=CCAACACACATCTCGGTATGT;SOR=0.736;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=175;TCF=84;TCR=91;TR=174;WE=30527073;WS=30527055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr20	30661297	rs2297304	G	A	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=30;PP=811;SC=CCTCTGAAGTGCTTTGCGCAG;SOR=1.164;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=30661305;WS=30661287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr20	30729488	rs6089193	T	C	10569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=129;NR=127;PP=2965;SC=CCTGTGCTCCTTGCTGCCTCA;SOR=0.703;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=256;TCF=129;TCR=127;TR=256;WE=30729496;WS=30729478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr20	30734785	.	CTT	C	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.370;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.04;ReadPosRankSum=0.503;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr20	30746248	rs6061195	T	C	3614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=42;PP=1384;SC=TCTCGTTCTGTGGCAGCATCC;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=39;TCR=42;TR=81;WE=30746256;WS=30746238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr20	30747679	rs4911553	C	T	562.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=3;PP=470;SC=GCCAGGCCCACGGGCCCTGAT;SOR=2.531;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=21;TCF=17;TCR=4;TR=20;WE=30747687;WS=30747669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	30753270	rs14316	T	C	4414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=59;PP=2069;SC=ACGGCCAAGCTTGCTCCGTCC;SOR=0.915;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=106;TCF=46;TCR=60;TR=105;WE=30753278;WS=30753260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr20	30777800	rs11907716	T	C	6450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=92;PP=2455;SC=CGCTGGCTCCTGCCCGAGTCC;SOR=1.076;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=53;TCR=92;TR=145;WE=30777808;WS=30777790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr20	30777860	rs11907235	A	G	3294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=53;PP=1713;SC=GGACCCGGCCATTTTCCAGGC;SOR=1.323;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=80;TCF=27;TCR=53;TR=80;WE=30777868;WS=30777850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chr20	30795819	rs1923095	T	C	9851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=85;PP=2965;SC=CGGGGATGCCTGCGGGCTCCT;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=120;TCR=85;TR=204;WE=30795827;WS=30795809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr20	30914706	rs3746606	C	T	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.02;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	30954295	rs2295454	A	G	6278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=92;PP=2756;SC=GTTGCTTAACATGAGGGTTTC;SOR=0.989;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=66;TCR=93;TR=158;WE=30954303;WS=30954285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr20	31016314	rs3818190	A	G	459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=325;SC=AGCTGTGAACATGTTCAGAGA;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=31016322;WS=31016304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	31019024	rs2295765	C	T	6703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=75;PP=2965;SC=GCAGATAACTCCTGGGTAGCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=154;TCF=78;TCR=76;TR=153;WE=31019032;WS=31019014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,252:1.00:252
chr20	31022959	rs6058694	T	C	4905.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=63;PP=2276;SC=GGTCCCATTCTGTCTCTAGTG;SOR=0.769;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=131;WE=31022967;WS=31022949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr20	31024274	rs4911231	T	C	5974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=90;PP=2965;SC=CACAGGACAGTAATTCAAATG;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=64;TCR=90;TR=154;WE=31024282;WS=31024264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr20	31025163	rs2295764	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr20	31025231	rs2295763	T	C	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=15;PP=428;SC=ATCATTGATATAATACTCTTT;SOR=1.536;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=31025239;WS=31025221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	31074372	rs6141734	G	A	1238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=-0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=18;PP=699;ReadPosRankSum=0.166;SC=TGGGACTCTGGTTTGCCATTA;SOR=0.690;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=90;TCF=58;TCR=32;TR=52;WE=31074380;WS=31074362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,57:0.58:98
chr20	31097877	rs293566	T	C	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=1.171;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=112;ReadPosRankSum=-0.000;SC=CTCCTGCAGCTCAAACTACTT;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=31097885;WS=31097867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr20	31099311	rs159428	T	C	1033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=375;ReadPosRankSum=-0.471;SC=GCGGGCCTGTTGCCCACATGG;SOR=0.615;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=35;WE=31099319;WS=31099301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,52:0.63:82
chr20	31108805	rs6141745	T	A	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.95;ReadPosRankSum=2.462;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,71:0.65:110
chr20	31369136	rs3835238	AC	A	4438.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=27;PP=2501;SC=CACAAAACAGACTCCTGGCTG;SOR=1.209;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=30;TCR=27;TR=57;WE=31369144;WS=31369126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr20	31374259	rs2424913	C	T	7447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=121;NR=66;PP=2965;SC=CGCCAGACCCCAGGCCTCCAG;SOR=1.199;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=189;TCF=121;TCR=68;TR=187;WE=31374267;WS=31374249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr20	31374520	rs2424914	A	G	8209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=313;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=132;PP=2965;SC=TGTGGCTGGTAGATAATCTGT;SOR=1.286;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=189;TCF=56;TCR=133;TR=188;WE=31374528;WS=31374510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr20	31374991	rs4911107	G	A	3816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=31;PP=2087;SC=TCTGGTCACCGACATCCTTTG;SOR=1.543;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=107;TCF=76;TCR=31;TR=106;WE=31374999;WS=31374981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr20	31376490	rs4911260	T	C	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=6;PP=252;SC=GCGATCCCCCTGCCTCGGTCT;SOR=0.804;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=7;TCR=6;TR=13;WE=31376498;WS=31376487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	31380309	rs1474738	G	A	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=458;SC=CAGGACAGCTGTCTGGCTATG;SOR=2.124;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=31380317;WS=31380301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	31381229	rs993419	G	A	826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=6;PP=487;SC=CGCCGAGATCGCACCACTGCA;SOR=2.019;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=19;TCR=6;TR=24;WE=31381237;WS=31381224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	31383353	rs910085	T	G	6083.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=85;PP=2965;SC=GATTGTTGGGTACCTGGGATC;SOR=0.773;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=76;TCR=85;TR=161;WE=31383361;WS=31383343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr20	31383530	rs875041	C	T	1748.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=28;PP=825;SC=AGTCATCCCCCTCACACCCTG;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=44;WE=31383538;WS=31383520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	31386347	rs6058891	T	C	6134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=59.98;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=60;PP=2556;ReadPosRankSum=0.008;SC=CCTGGAGCTGTTACATGTGTC;SOR=0.287;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=141;WE=31386355;WS=31386337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,237:1.00:238
chr20	31386449	rs2424922	T	C	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.463;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=61;PP=1622;ReadPosRankSum=1.720;SC=GGCTTGAATATGTAAGCCACA;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=45;TCR=62;TR=105;WE=31386457;WS=31386439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,181:0.99:182
chr20	31387954	rs1997797	C	G	1934.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.855;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	31388636	rs2424928	T	C	6235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.306;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=77;NR=61;PP=2886;ReadPosRankSum=0.946;SC=GTCTCTCTCTTTCAGATTGAA;SOR=0.568;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=150;TCF=81;TCR=69;TR=138;WE=31388644;WS=31388624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:7,245:0.97:252
chr20	31389009	rs2065576	C	T	2052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=42;NR=19;PP=1219;SC=TGGGAACCTGCTGGTCTCAGG;SOR=1.463;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=42;TCR=19;TR=61;WE=31389017;WS=31388999;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	31414020	rs3092521	CT	C	218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.18;MQRankSum=0.671;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.765;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,17:0.85:20
chr20	31446645	rs853853	A	G	2245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=13;PP=1027;SC=TCATTTCCCTAGTTCTAAATA;SOR=1.248;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=36;TCR=14;TR=48;WE=31446653;WS=31446635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	31451788	.	A	AT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.80;ReadPosRankSum=-0.181;SOR=0.404;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,8:0.26:31
chr20	31473180	rs4911271	A	G	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.45;SOR=3.126;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	31473180	.	ATG	GTT	584	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=11;NR=1;PP=584;QD=53.1223229052;SC=TGGCGTGCGCATGTGCGTGCG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=12;WE=31473190;WS=31473170;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr20	31473182	rs4911272	G	T	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.87;SOR=3.383;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	31577394	rs6058991	G	A	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=45;NR=27;PP=1336;SC=GACACTTGAGGCAGTCAGATG;SOR=0.970;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=72;WE=31577402;WS=31577384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr20	31577572	rs6088057	C	T	2553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=38;PP=1117;SC=CACGTGTCCACGGGAGGTAAC;SOR=1.274;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=56;WE=31577591;WS=31577562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr20	31577582	rs141745544	CAG	C	3340.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=31;PP=1450;SC=CGGGAGGTAACAGGGGGCTGC;SOR=1.358;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=32;WE=31577591;WS=31577562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	31583384	rs2070310	A	G	4207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=40;PP=1760;SC=CATCAAACAAAGAGAAATTAG;SOR=0.837;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=92;WE=31583392;WS=31583374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr20	31583966	rs2070311	T	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=422;SC=CCAGAGAGAATAGGTGACTTG;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=17;WE=31583974;WS=31583956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	31584178	rs6141862	G	A	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=43;PP=1286;ReadPosRankSum=-0.846;SC=GTGGAGTATTGAGAAAGTAAG;SOR=0.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=33;TCR=44;TR=76;WE=31584186;WS=31584168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,122:0.98:124
chr20	31585351	rs452299	C	G	1069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=8;PP=709;SC=TGAGGGGCCCCATTTGGTGAG;SOR=2.093;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=29;TCR=8;TR=37;WE=31585359;WS=31585341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	31585415	rs190097	T	C	3576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=39;PP=1665;SC=ACCTGTCAGCTGTGGGGCCTG;SOR=0.953;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=59;TCR=39;TR=97;WE=31585423;WS=31585405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr20	31585545	rs440139	C	T	4565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=60;PP=1798;SC=AGATGAAGAGCCTAGGTGCTG;SOR=0.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=36;TCR=60;TR=96;WE=31585553;WS=31585535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr20	31587752	rs414191	G	C	3288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=38;PP=1680;SC=AATTCTCACAGCAACACCCAT;SOR=0.882;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=51;TCR=38;TR=89;WE=31587760;WS=31587742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr20	31587793	rs15850	A	G	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=56;PP=1910;SC=GTCACGTGGCAGTGCAGTGTC;SOR=0.705;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=57;TCR=56;TR=113;WE=31587801;WS=31587783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr20	31619357	rs4911286	C	T	47.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.805;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=53;ReadPosRankSum=-0.067;SC=CCCAGAAACACCCAGGGGGCT;SOR=1.819;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=5;WE=31619365;WS=31619347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr20	31619578	rs6059027	A	G	1700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=29;PP=657;ReadPosRankSum=0.767;SC=CCGGGCGTGCAGCTGGGAGGC;SOR=0.731;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=50;WE=31619586;WS=31619568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,91:0.43:212
chr20	31619724	rs2070312	A	T	171.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=62;ReadPosRankSum=-0.056;SC=CAAGGACCAGAGAAAATGGGA;SOR=0.465;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=6;WE=31619732;WS=31619714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr20	31621564	rs2070315	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.25;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,16:0.23:71
chr20	31621583	rs2070316	G	A	179.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=104;ReadPosRankSum=0.976;SC=GGCTGAGGTCGGAGATGCTAT;SOR=0.504;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=9;WE=31621591;WS=31621573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chr20	31622083	rs2070317	G	A	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.054;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=1.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.29;ReadPosRankSum=0.634;SOR=0.851;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,34:0.25:138
chr20	31622768	rs6059032	C	A	15596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=602;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=201;NR=160;PP=2965;SC=TTGCTATACCCCCCAGCATAT;SOR=0.862;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=361;TCF=201;TCR=160;TR=361;WE=31622776;WS=31622758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,599:1.00:599
chr20	31622839	rs6059033	T	C	19661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=784;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.714;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,776:1.00:776
chr20	31624368	rs6059035	C	T	10757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=97;NR=157;PP=2965;SC=CACCTGGGAGCTGGGGTCTCA;SOR=1.047;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=256;TCF=98;TCR=158;TR=254;WE=31624376;WS=31624358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr20	31626558	rs6088078	G	C	1145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=8;PP=799;SC=TCATCACCTGGGCTGCCCAGA;SOR=2.362;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=28;TCR=8;TR=36;WE=31626566;WS=31626548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	31626621	rs6057708	C	T	3481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=32;PP=2265;SC=TGAAGGGAGCCTCAAAGGGTA;SOR=1.688;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=108;TCF=75;TCR=33;TR=107;WE=31626629;WS=31626611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	31627291	rs4911287	A	G	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=37;PP=1165;SC=TCGGTGGCGGAGCAAGGCTCC;SOR=1.362;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=31627299;WS=31627281;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	31629911	rs2070319	G	A	4901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=110;PP=2965;SC=GCCCTGAAATGGAGGCAGATG;SOR=2.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=145;TCF=35;TCR=110;TR=141;WE=31629919;WS=31629901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr20	31643511	rs384430	A	G	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=16;PP=504;SC=CAGGAGTGAAAGTTTCCCTTG;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=31643519;WS=31643501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	31644520	rs408538	T	C	1654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=24;PP=672;SC=TCCCACCTGCTGCATGCCCTA;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=41;WE=31644528;WS=31644510;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	31647126	rs6088082	C	T	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=291;SC=CCACTCTGGGCGCCGCCTGGG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=31647134;WS=31647116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	31647864	rs6088084	C	A	7041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=83;PP=2545;SC=CAGCCTGCAACCCTGACCCGC;SOR=0.867;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=146;TCF=62;TCR=84;TR=145;WE=31647872;WS=31647854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,272:1.00:272
chr20	31647935	rs2424936	G	T	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=50;PP=1411;SC=GCCAGCTGCGGGGGCCTGAAC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=13;TCR=50;TR=63;WE=31647943;WS=31647925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	31651247	rs1535232	A	G	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=16;PP=1130;SC=TGACACCTCAAGCCCCCAGCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=38;TCR=16;TR=54;WE=31651255;WS=31651237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	31651583	rs403461	A	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=12;PP=308;SC=GCAGGATCTCAGGGTCCTTTA;SOR=5.136;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=31651591;WS=31651573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	31652292	rs4911290	G	A	7408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr20	31656632	rs6057717	C	G	12009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=455;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=143;NR=129;PP=2965;SC=TGCCCCTGCACCAGCAACTCC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=273;TCF=143;TCR=130;TR=272;WE=31656640;WS=31656622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,449:1.00:449
chr20	31656837	rs2424938	G	A	2773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=63;PP=1726;SC=GGGGGTGACTGTCTCCAGGAC;SOR=2.208;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=14;TCR=63;TR=77;WE=31656845;WS=31656827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr20	31673846	rs2070325	A	G	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=37;PP=1389;SC=CTTCCTGGACATCGCAGTAGA;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=50;TCR=37;TR=87;WE=31673854;WS=31673836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr20	31676622	rs2424949	G	T	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=63;NR=7;PP=1721;SC=CCAAGGTGAAGGTACTCTGTC;SOR=3.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=63;TCR=7;TR=70;WE=31676630;WS=31676612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr20	31676804	rs2889732	A	C	12556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=3.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=0.675;SC=AATTTAGTGAACCGAGTCCTG;SOR=0.894;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=259;TCF=111;TCR=148;TR=256;WE=31676812;WS=31676794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,478:1.00:480
chr20	31677474	rs7271727	A	G	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	31677474	.	AGT	GGC	1732	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=6;NR=32;PP=1732;QD=46.9859967069;SC=AGGCCCTTGAAGTGAGGAGTG;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=6;TCR=34;TR=38;WE=31677484;WS=31677464;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:2,38:0.95:40
chr20	31677476	rs6057722	T	C	1861.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.33;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	31812923	rs3818222	G	A	1203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=-0.007;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:127,73:0.37:200
chr20	31814638	rs3746391	G	A	485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.405;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.55;ReadPosRankSum=-1.539;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:102,35:0.26:137
chr20	31897554	rs1999663	G	C	919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FS=1.183;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.214;SOR=0.661;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,61:0.30:204
chr20	31954819	rs368904466	TA	T	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FS=1.747;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.23;ReadPosRankSum=1.017;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,40:0.30:133
chr20	31954890	rs291674	C	G	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=40;PP=1071;SC=GCACAGAGGGCGACCATGTTC;SOR=3.912;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=44;WE=31954898;WS=31954880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	31960719	rs11291803	CT	C	188.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=15.73;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	31981849	rs291700	T	C	9290.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=105;PP=2929;ReadPosRankSum=1.935;SC=TGATAGAGCATGTGACAAGGA;SOR=0.800;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=190;TCF=85;TCR=105;TR=190;WE=31981857;WS=31981839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,373:0.99:375
chr20	31984481	rs75837607	C	T	84.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.153;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.363;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=52;ReadPosRankSum=-0.141;SC=ACCTTCCAAGCCAGTTCTGTA;SOR=1.609;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=6;WE=31984489;WS=31984471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,6:0.43:14
chr20	32000351	rs291694	A	G	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=41;NR=15;PP=1333;SC=CGGAAGAGAGAGAGGGATAGG;SOR=1.888;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=56;WE=32000359;WS=32000341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	32245546	rs13037669	T	C	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=3;PP=235;SC=AGGAGACAAGTCCTGGTCTTT;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=32245554;WS=32245538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	32328968	rs6087514	G	T	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=0.034;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=13;PP=292;ReadPosRankSum=-0.440;SC=CCTCCCAGCCGGGATCTTTGG;SOR=0.859;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=15;WE=32328976;WS=32328958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr20	32336985	rs190646749	T	G	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=11;PP=205;ReadPosRankSum=0.000;SC=CAGCTCTCCCTGATGCTGAGG;SOR=0.560;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=13;WE=32336993;WS=32336975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr20	32368929	rs2889785	T	C	1305.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=6;PP=763;ReadPosRankSum=0.709;SC=GAACAAGAGATGATGGCGCTC;SOR=0.594;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=58;TCF=48;TCR=10;TR=40;WE=32368937;WS=32368919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,53:0.78:68
chr20	32378876	rs141469797	G	A	5493.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=404;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.233;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=97;NR=79;PP=2860;ReadPosRankSum=-1.201;SC=GCGCCCACACGGGCAACTACA;SOR=0.626;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=282;TCF=156;TCR=126;TR=176;WE=32378884;WS=32378866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,254:0.64:395
chr20	32379263	rs2626551	T	C	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=28;NR=31;PP=835;SC=AGCTGCAGGCTGGGGCCGAGG;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=28;TCR=31;TR=59;WE=32379271;WS=32379253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr20	32637001	rs2284385	A	G	1002.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=1.078;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.071;SOR=0.940;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,46:0.72:64
chr20	32664864	rs10649600	C	CCAG	7668.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.455;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=38;PP=2983;ReadPosRankSum=-0.643;SC=GGAGGTGGCGCCGGCGGCGGC;SOR=1.192;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=74;TCF=35;TCR=39;TR=69;WE=32664872;WS=32664854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:8,169:0.95:177
chr20	32664917	rs200948404	G	A	9125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.704;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.92;ReadPosRankSum=-0.142;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,233:0.69:339
chr20	32664926	rs2281209	G	A	9641.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.871;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=381;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.57;ReadPosRankSum=0.203;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,260:0.69:377
chr20	32691516	rs78758853	CT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.708;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.451;QD=2.30;ReadPosRankSum=-0.092;SOR=0.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
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chr20	32891200	rs819146	G	T	1076.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.096;SOR=0.570;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,70:0.30:233
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chr20	33045092	rs77385328	G	A	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.930;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.751;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=17;PP=900;ReadPosRankSum=-0.048;SC=AATAAACAATGAAATGAGAAA;SOR=0.837;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=97;TCF=66;TCR=31;TR=59;WE=33045100;WS=33045082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,73:0.63:116
chr20	33050107	rs73103130	G	A	232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.181;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=128;ReadPosRankSum=-0.899;SC=TTAGCAAGGAGTGGAAGTCTT;SOR=0.362;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=32;TCF=6;TCR=26;TR=12;WE=33050115;WS=33050097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,14:0.37:38
chr20	33053985	rs11480899	A	AT	221.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=3;PP=174;SC=TGATCATGTGATTTTTTCCCC;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=6;WE=33053993;WS=33053975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr20	33057954	rs6059856	G	C	9026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=142;PP=2965;SC=TCTCTGTACTGCCTTAACTTT;SOR=1.145;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=225;TCF=83;TCR=142;TR=225;WE=33057962;WS=33057944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr20	33057974	rs10716089	CT	C	8460.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=113;PP=2951;SC=TGTTGTGTTGCTTTATATTAC;SOR=1.358;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=124;TCF=9;TCR=115;TR=121;WE=33057982;WS=33057964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr20	33059478	.	GGTGTGTGTGT	G,GGT	1013.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.45;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=19;NF=0,0;NR=21,21;PP=688,192;SC=GGGCTTAAGGGGTGTGTGTGT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=21,21;WE=33059501;WS=33059468;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.31,0.69:26
chr20	33068563	rs6059861	A	T	693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=15;PP=421;SC=CATGTAATTTATTAAAATATA;SOR=1.697;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=33068571;WS=33068553;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	33104592	rs2424993	G	C	7274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=103;NR=72;PP=2965;SC=GGCAACCCTGGCAACGTTTCC;SOR=1.000;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=177;TCF=105;TCR=72;TR=175;WE=33104600;WS=33104582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,273:1.00:273
chr20	33117533	rs111373342	CA	C	325.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.349;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.253;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.782;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,32:0.63:51
chr20	33147737	rs6059915	C	G	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=1324;ReadPosRankSum=1.605;SC=GGGAGTCGGGCGGCCCCGGTC;SOR=1.352;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=67;TCF=24;TCR=43;TR=67;WE=33147745;WS=33147727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,68:0.97:70
chr20	33148861	rs6059916	T	G	2414.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=2.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=27;PP=867;ReadPosRankSum=-0.600;SC=CTGGCAGGTGTTGTTGGAAGA;SOR=0.269;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=48;WE=33148869;WS=33148851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr20	33150503	rs6059918	C	T	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=36;PP=988;SC=TGCCTGGGGCCCAGATCACTG;SOR=2.170;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=44;WE=33150511;WS=33150493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	33264731	rs76185438	T	G	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.157;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=117;ReadPosRankSum=-0.454;SC=AGGTGGGGCCTGACAGTCTGC;SOR=0.446;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=33264739;WS=33264721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,14:0.64:22
chr20	33297810	rs369052205	G	GC	568.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=47.39;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	33297811	rs2378257	A	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=38.52;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	33326876	rs6060025	A	G	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=41;PP=1169;SC=GGAACATGTCAGGGAAGGGAA;SOR=1.574;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=59;WE=33326884;WS=33326866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	33334540	rs910872	T	C	1473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.86;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	33337751	rs3787220	T	C	8365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=105;PP=2965;SC=CTTGCATGTTTGGAGTTGGTC;SOR=0.706;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=210;TCF=105;TCR=105;TR=209;WE=33337759;WS=33337741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,322:1.00:322
chr20	33342439	rs1884432	T	C	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.49;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	33342477	rs6087625	G	A	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=91;ReadPosRankSum=0.409;SC=TCAAGTCTACGACACAATGCT;SOR=0.569;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=10;WE=33342485;WS=33342467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,11:0.25:44
chr20	33346556	rs11468960	ATC	A	297.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=2;PP=77;ReadPosRankSum=-1.032;SC=TTTTATAATGATCTGTGCAGA;SOR=0.801;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=4;WE=33346565;WS=33346546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr20	33356511	rs2295353	C	T	149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=-3.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.849;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=73;ReadPosRankSum=0.238;SC=AGTTTACCACCAGAAAAATGG;SOR=0.061;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=9;WE=33356519;WS=33356501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr20	33364584	rs6060043	C	T	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.21;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr20	33364655	rs6120723	C	T	259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.129;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=7;PP=148;ReadPosRankSum=-0.568;SC=ATAGAATAGGCTCATGCCTAT;SOR=0.678;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=14;WE=33364663;WS=33364645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chr20	33370266	rs6060048	T	C	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=196;ReadPosRankSum=-2.161;SC=CAACAATGTATAATTCATAGT;SOR=1.022;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=11;WE=33370274;WS=33370256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr20	33449198	rs112789855	GC	G	1361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.012;NF=2;NR=12;PP=477;ReadPosRankSum=0.305;SC=TAGCAGAAGGGCAATGAAGAG;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=28;TCF=4;TCR=24;TR=14;WE=33449206;WS=33449188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,42:0.51:83
chr20	33451060	rs75627267	C	T	7917.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FS=3.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.53;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:180,365:0.67:545
chr20	33460366	rs11697978	G	C	1169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=624;ReadPosRankSum=1.248;SC=TAAGGAGATGGAGCTGGAGGT;SOR=0.621;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=38;WE=33460374;WS=33460356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,53:0.55:96
chr20	33464710	rs2295096	A	G	148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.361;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=60;ReadPosRankSum=2.034;SC=TCCCTTGGGAAGCTGAGGGGT;SOR=0.818;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=33464718;WS=33464700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr20	33470694	rs4911163	C	T	7222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=102;PP=2965;SC=GGAAAATCTTCATTGAGTGGA;SOR=0.832;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=85;TCR=102;TR=187;WE=33470702;WS=33470684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr20	33496667	.	GA	G	181.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.713;ClippingRankSum=0.000;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=1.185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.248;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.099;SOR=0.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,25:0.41:61
chr20	33500245	rs3787214	C	A	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=2;PP=139;SC=CACACCACCACACCCAGCTAA;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=33500253;WS=33500235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	33500378	rs2378294	G	A	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=11;PP=318;SC=GAGCCACCGCGCCTGGCCAAT;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=33500386;WS=33500368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	33507379	.	AGTGTGTGTGT	A,AGTGTGT	436.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.06;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=0,0;NR=9,9;PP=147,413;SC=ACCCAAGGCAAGTGTGTGTGT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=9,9;WE=33507396;WS=33507369;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.62,0.38:13
chr20	33509275	rs3818273	G	A	5485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=57;PP=2307;SC=AGTGAGTGAAGGGTACAGAAG;SOR=0.802;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=128;TCF=71;TCR=57;TR=125;WE=33509283;WS=33509265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr20	33509523	rs2273683	C	T	1689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=23;PP=1105;SC=GTTCTGGGGCCCCTTGGGAGT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=26;TCR=23;TR=49;WE=33509531;WS=33509513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr20	33533736	rs734111	A	C	2758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=45;NR=30;PP=1281;SC=CTGGCCCCCCAATGCTTCACT;SOR=1.085;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=45;TCR=30;TR=75;WE=33533744;WS=33533726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr20	33565528	rs117616040	G	C	505.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=5.083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.31;ReadPosRankSum=1.344;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chr20	33565755	rs11906160	G	A	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.659;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=27;PP=998;ReadPosRankSum=-0.270;SC=GCCTTGGGCCGCCTTGAACCT;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=58;TCR=39;TR=67;WE=33565763;WS=33565745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,83:0.61:135
chr20	33572941	rs2425007	A	G	4523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=52;PP=1769;SC=CTGTGAGTCAACCCCCTGCGG;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=35;TCR=52;TR=87;WE=33572949;WS=33572931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr20	33572979	rs3746448	C	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=291;ReadPosRankSum=0.826;SC=GGCCTGAGCCCGGTCACCCCA;SOR=0.682;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=25;TCR=43;TR=26;WE=33572987;WS=33572969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,35:0.33:105
chr20	33574022	rs2425008	G	C	578.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.389;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=18;PP=281;ReadPosRankSum=2.037;SC=GTACGATGAAGGGGGTGGGAG;SOR=0.716;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=30;WE=33574030;WS=33574012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,35:0.33:106
chr20	33574765	rs3746446	T	C	3524.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=691;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.12;ReadPosRankSum=-1.678;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:465,224:0.33:689
chr20	33575347	rs3053708	C	CAT	3077.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=15;PP=1727;SC=TTACCCCACTCGTGCCCTGCC;SOR=1.478;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=20;TCR=15;TR=35;WE=33575355;WS=33575337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr20	33578251	rs3746444	A	G	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.710;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,50:0.35:141
chr20	33578899	rs2425009	T	C	3890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=65;PP=2071;SC=CCCCAACAGGTTGCTCTACAC;SOR=1.270;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=97;TCF=32;TCR=65;TR=97;WE=33578907;WS=33578889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr20	33581889	rs7268266	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.253;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=17;PP=489;ReadPosRankSum=-1.266;SC=CTGTGCTGAGTGTCACCATTT;SOR=0.587;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=148;TCF=100;TCR=48;TR=49;WE=33581897;WS=33581879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,65:0.35:184
chr20	33582279	rs73905030	C	A	57.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.61;ReadPosRankSum=0.130;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,5:0.31:16
chr20	33583033	rs10536288	CAAA	C	219.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=0;PP=184;SC=AGAGCACAGCCAAACTTTGCT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=33583045;WS=33583032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	33583037	rs61501849	C	G	228.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=4;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=118;SC=CACAGCCAAACTTTGCTACAG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=6;WE=33583045;WS=33583032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	33583114	rs2425014	T	C	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=3;PP=727;SC=TCCCCCAACCTGGCCCCGTTC;SOR=3.545;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=27;TCR=3;TR=30;WE=33583122;WS=33583104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	33583331	rs2425015	A	G	8171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr20	33584822	rs11167250	T	TG	444.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.65;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	33584864	rs11167251	C	CT	769.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=410;SC=CCTGTGCTGGCCACCCACTCT;SOR=0.892;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=33584872;WS=33584854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	33585437	rs55734215	C	T	3909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.725;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.096;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1441;ReadPosRankSum=2.629;SC=CTCTGACCCGCGCCAAGGTGT;SOR=0.547;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=164;TCF=85;TCR=79;TR=105;WE=33585445;WS=33585427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,188:0.60:312
chr20	33586193	rs3746436	C	T	2293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.960;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.968;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=49;PP=1066;ReadPosRankSum=-1.014;SC=CGGACGCAAGCACGCAGCGTG;SOR=0.552;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=242;TCF=108;TCR=134;TR=93;WE=33586201;WS=33586183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:217,129:0.37:346
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chr20	33587301	rs139695218	CAG	C	2936.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.892;NF=16;NR=26;PP=1663;ReadPosRankSum=1.144;SC=ACCCTGGAATCAGGGGTGAGT;SOR=0.663;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=42;WE=33587310;WS=33587291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,77:0.68:114
chr20	33587596	rs80109502	G	A	879.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.043;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=848;ReadPosRankSum=0.435;SC=ATCCACAGGGGGCCCTGGAGC;SOR=0.516;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=28;WE=33587604;WS=33587586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,39:0.65:60
chr20	33588698	rs67885143	TGAGGCTGGGCAAGGGCTGTGGG	T	692.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=3.649;NF=0;NR=9;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.500;SC=ATCACTGATGTGAGGCTGGGC;SOR=0.648;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=5;TCR=30;TR=9;WE=33588727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,23:0.33:70
chr20	33589107	rs36003887	G	A	1166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.383;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=20;PP=634;ReadPosRankSum=-0.980;SC=AGGCCCTTAAGGGCGTGCGCA;SOR=0.896;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=164;TCF=93;TCR=71;TR=50;WE=33589115;WS=33589097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:180,73:0.29:253
chr20	33590096	rs4911167	A	G	348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=3.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.36;ReadPosRankSum=-0.429;SOR=0.391;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:57,23:0.29:80
chr20	33591107	rs59909520	T	TG	1223.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=20.708;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=31;PP=1107;ReadPosRankSum=-0.386;SC=AGGGAGGGGCTGGGGGGCGCC;SOR=2.455;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=77;TCF=31;TCR=46;TR=58;WE=33591115;WS=33591096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,51:0.51:100
chr20	33591197	rs11481073	A	AG	6429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=64;PP=2936;SC=CACCCCCTTGAGGGTGGGGCA;SOR=0.834;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=104;TCF=37;TCR=67;TR=97;WE=33591205;WS=33591187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr20	33592148	rs73905041	G	A	440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.875;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=169;ReadPosRankSum=-0.225;SC=CAGAAGAGCTGGGTCTCCAGA;SOR=0.616;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=13;WE=33592156;WS=33592138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr20	33592248	rs752448	C	T	921.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.872;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=441;ReadPosRankSum=-1.002;SC=GTGTGTCTGCCGGGGCCTCTC;SOR=1.015;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=38;WE=33592256;WS=33592238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,55:0.34:163
chr20	33592474	rs752449	A	G	877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=23;PP=664;SC=CTCTGAAGCTAGGAGCTCATC;SOR=2.621;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=33592482;WS=33592464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	33593457	rs3746431	T	C	1021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=3.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.495;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=15;PP=545;ReadPosRankSum=0.705;SC=CCAGCATTCTTACCCTGCATG;SOR=0.951;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=129;TCF=74;TCR=55;TR=39;WE=33593465;WS=33593447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,60:0.29:207
chr20	33593674	rs3746430	T	C	1299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=31;PP=948;SC=CCCGGGGGGATAGTCACTACA;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=8;TCR=31;TR=39;WE=33593682;WS=33593664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	33594226	rs6060151	G	T	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=4.034;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=-0.792;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,46:0.25:186
chr20	33595300	rs2273636	C	T	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=129;ReadPosRankSum=-2.179;SC=GACACAGCAACGCGTGGGCTG;SOR=0.275;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=57;TCF=42;TCR=15;TR=14;WE=33595308;WS=33595290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,21:0.29:72
chr20	33600740	rs1885117	C	T	302.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=5;PP=205;ReadPosRankSum=0.201;SC=AGGTCAGGGACCAGACAAGGA;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=18;WE=33600748;WS=33600730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,19:0.39:49
chr20	33604042	rs3736802	T	C	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.717;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=37;PP=951;ReadPosRankSum=-0.065;SC=TCAGGACAAGTATCAGTACTG;SOR=0.516;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=30;TCR=56;TR=59;WE=33604050;WS=33604032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,71:0.67:106
chr20	33632600	rs3803938	C	T	111.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5003;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=73;ReadPosRankSum=0.538;SC=CCCTTACATACGGGGCTTAGT;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=6;WE=33632608;WS=33632590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,6:0.55:11
chr20	33637606	rs2281626	T	G	7609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.700;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=61;PP=2965;ReadPosRankSum=1.962;SC=TATTATTCAGTTTTGAGAATC;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=169;TCF=107;TCR=62;TR=168;WE=33637614;WS=33637596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,285:1.00:286
chr20	33642732	rs4911462	G	T	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=1.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.41;ReadPosRankSum=1.209;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,32:0.30:107
chr20	33642737	rs4911463	G	A	1052.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.764;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.162;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:79,35:0.31:114
chr20	33657126	rs1998233	G	A	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	33665831	rs78704804	A	C	1561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=18;PP=688;ReadPosRankSum=1.480;SC=ACGCCCCTCCAAGGTCCTTAA;SOR=0.749;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=43;WE=33665839;WS=33665821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,72:0.67:107
chr20	33703134	rs17092297	G	A	214.41	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-1.593;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.6715;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=167;ReadPosRankSum=0.431;SC=AATCTCATGAGACAGCCCAAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=8;WE=33703142;WS=33703124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr20	33703607	rs3746429	C	T	2818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=480;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=50;PP=1068;ReadPosRankSum=0.913;SC=GTGATCACCGCGTCGAAGGTG;SOR=0.680;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=295;TCF=137;TCR=158;TR=94;WE=33703615;WS=33703597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:308,168:0.35:476
chr20	33706187	rs6088722	T	C	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=2;PP=410;SC=AGGAACTAATTCTAGCTCTAC;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=33706195;WS=33706177;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
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chr20	33713963	rs2295885	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.99;SOR=2.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chr20	33734905	rs945959	G	C	1470.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.722;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=31;PP=669;ReadPosRankSum=0.006;SC=GGAAAGGACCGGGTTCACGCT;SOR=0.824;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=144;TCF=68;TCR=76;TR=56;WE=33734913;WS=33734895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,81:0.39:210
chr20	33762489	rs2069948	C	T	8986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=132;NR=78;PP=2965;SC=CAGGCTGAAGCTGACTCTGCC;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=212;TCF=133;TCR=79;TR=210;WE=33762497;WS=33762479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,348:1.00:348
chr20	33763951	rs2069952	C	T	6428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=55;PP=2720;SC=AGTCCCCTGACCCTGACTGTC;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=142;TCF=87;TCR=55;TR=142;WE=33763959;WS=33763941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr20	33764554	rs867186	A	G	1545.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.112;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=29;PP=703;ReadPosRankSum=-0.030;SC=CCTGGTGGGCAGTTTCATCAT;SOR=0.643;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=53;WE=33764562;WS=33764544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,76:0.60:126
chr20	33764632	rs9574	C	G	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=29;PP=866;SC=CTCCAGCCCCCTCAGAAGGGG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=44;WE=33764640;WS=33764622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	33834708	rs3764733	G	A	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.088;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=17;PP=533;ReadPosRankSum=0.037;SC=TGCACTCAGCGAAGGCCTTGC;SOR=0.870;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=117;TCF=66;TCR=51;TR=42;WE=33834716;WS=33834698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:116,51:0.31:167
chr20	33857544	rs2275274	C	T	1104.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.730;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.54;ReadPosRankSum=-1.694;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,48:0.63:76
chr20	33857711	rs2254207	A	C	2997.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.519;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.755;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=46;PP=1213;ReadPosRankSum=0.994;SC=GGTAATGTAGACTGTGCTGTG;SOR=0.862;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=119;TCF=53;TCR=66;TR=80;WE=33857719;WS=33857701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,141:0.65:216
chr20	33859264	rs6058220	T	G	949.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.57;ReadPosRankSum=-2.641;SOR=0.440;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr20	33859675	rs11696548	C	T	427.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.205;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=20;PP=364;ReadPosRankSum=-0.123;SC=CATGGGGAGCCGGTTTTATGT;SOR=1.675;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=55;TCF=8;TCR=47;TR=22;WE=33859683;WS=33859665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr20	33867248	rs2297789	A	T	1397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.929;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=1030;ReadPosRankSum=1.610;SC=ATGCTCTCACACTCGAGAAGC;SOR=0.687;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=40;TCR=36;TR=50;WE=33867256;WS=33867238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,55:0.62:89
chr20	33867697	rs619865	A	G	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=23;PP=1105;SC=AACACTAGGCAAAAGGATCTG;SOR=0.927;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=31;TCR=23;TR=54;WE=33867705;WS=33867687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	33867924	rs2250205	G	A	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=36;PP=824;ReadPosRankSum=0.327;SC=TCTGTCTCCTGTCAATCAAAG;SOR=0.703;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=74;TCF=24;TCR=50;TR=54;WE=33867932;WS=33867914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,81:0.74:109
chr20	33868702	rs2425043	T	C	707.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=410;ReadPosRankSum=0.311;SC=AGGATACCACTCAGCCCAGCC;SOR=0.676;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=22;WE=33868710;WS=33868692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,30:0.65:46
chr20	33872311	rs2275275	G	C	4840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=98;PP=2621;ReadPosRankSum=1.238;SC=GGCGGCGGAGGCGGGAGTTCA;SOR=0.776;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=205;TCF=74;TCR=131;TR=152;WE=33872319;WS=33872301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,213:0.73:293
chr20	33874720	rs2425049	C	T	3153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=48;PP=1316;ReadPosRankSum=1.857;SC=ATCTGGTGCCCGTCTGGCAGG;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=117;TCF=49;TCR=68;TR=81;WE=33874728;WS=33874710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,147:0.67:221
chr20	33879478	rs2425050	A	G	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=10;PP=752;ReadPosRankSum=0.037;SC=ATAGTGCCAGAGGTGCTGGTC;SOR=0.596;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=45;TCR=15;TR=40;WE=33879486;WS=33879468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,47:0.69:68
chr20	33880146	rs111916968	T	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=3.335;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.367;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=315;ReadPosRankSum=1.487;SC=GCAGGGCCCATGGCCCGCACG;SOR=2.448;SbPval=0.93;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=15;WE=33880154;WS=33880136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr20	33894463	rs878639	A	G	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=23;PP=1300;SC=GGAAAGGGTCACTCACCTGTT;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=72;TCF=49;TCR=23;TR=72;WE=33894471;WS=33894453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr20	33896757	rs8117705	G	C	1047.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=7;PP=715;SC=GACCTCAAGTGATCTGCCTGC;SOR=1.885;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=33896765;WS=33896750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	33972451	.	TA	T	245.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.15;MQRankSum=1.143;QD=4.03;ReadPosRankSum=-0.987;SOR=0.641;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,27:0.44:61
chr20	33997275	rs113465935	GA	G	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.485;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.36;MQRankSum=1.281;QD=2.51;ReadPosRankSum=1.065;SOR=0.439;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr20	34022387	rs224331	A	C	4391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=48;PP=2186;SC=TCCAGCAAGGAGGCCGGCTGC;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=62;TCR=49;TR=110;WE=34022395;WS=34022377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
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chr20	34055453	rs5841213	AG	A	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=0.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=70;ReadPosRankSum=-2.240;SC=AGGGACAGGCAGGGGGAGGTG;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=4;WE=34055461;WS=34055443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr20	34061578	rs224361	T	C	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=66;ReadPosRankSum=-0.337;SC=AAAAAAGTTTTGCACTAGAAA;SOR=0.569;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=30;TCF=22;TCR=8;TR=8;WE=34061586;WS=34061568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr20	34062642	rs224362	C	T	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=3.417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-1.328;SOR=0.639;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,40:0.30:133
chr20	34062710	rs224363	C	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=1.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.60;ReadPosRankSum=1.100;SOR=0.555;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,49:0.38:130
chr20	34079200	rs224373	A	G	1555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=17;PP=579;SC=GGGAGTAGGGAAGAAAGGGGC;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=34079208;WS=34079190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	34090519	rs3748433	G	A	969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.561;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=24;PP=577;ReadPosRankSum=0.982;SC=GAGACTCTGCGGGGACAAATC;SOR=0.453;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=137;TCF=58;TCR=79;TR=50;WE=34090527;WS=34090509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,56:0.33:168
chr20	34096725	rs2236165	A	G	498.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=313;ReadPosRankSum=1.036;SC=CTCTGCTCCAACCACAGAGCC;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=40;TCR=10;TR=20;WE=34096733;WS=34096715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,24:0.39:62
chr20	34099165	rs72173955	CT	C	613.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=5.130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.428;QD=2.78;ReadPosRankSum=1.912;SOR=0.533;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,78:0.35:221
chr20	34116282	rs7261862	T	C	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FS=0.525;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.38;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:172,69:0.29:241
chr20	34131396	rs12481365	C	T	1663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=290;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.454;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=28;PP=639;ReadPosRankSum=-1.464;SC=TTTTATCATTCGTTGTTTCAG;SOR=0.661;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=159;TCF=80;TCR=79;TR=55;WE=34131404;WS=34131386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,98:0.35:277
chr20	34136791	rs45563939	C	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.679;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=7;PP=242;ReadPosRankSum=-1.287;SC=GCCGAGGAGCCAGACTGCCTG;SOR=0.809;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=22;WE=34136799;WS=34136781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,48:0.37:131
chr20	34142257	rs60267524	C	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.105;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=4;PP=41;ReadPosRankSum=0.828;SC=ATTGGGTCTCCTCTGACCTGG;SOR=1.536;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=5;WE=34142265;WS=34142247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr20	34142287	rs17092784	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.658;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=-0.196;SC=GACTGTAAAAGGTCTGGGATG;SOR=0.446;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=5;WE=34142295;WS=34142277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
chr20	34142670	rs73283830	T	G	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-3.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.016;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=1;PP=68;ReadPosRankSum=-1.949;SC=CTGGCTGTCCTTAAGCAGGAC;SOR=0.084;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=25;TCR=2;TR=9;WE=34142678;WS=34142660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,9:0.33:27
chr20	34144107	rs224420	T	C	3729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=35;NR=72;PP=1872;SC=TCCTGCATTTTGTTCCGTCAG;SOR=1.406;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=107;TCF=35;TCR=72;TR=107;WE=34144115;WS=34144097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr20	34147998	rs224424	A	G	2259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=503;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.569;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=48;PP=1015;ReadPosRankSum=0.263;SC=GACCTGCGCCAGACGCTCACC;SOR=0.692;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=296;TCF=148;TCR=148;TR=94;WE=34148006;WS=34147988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:347,150:0.30:497
chr20	34148488	rs8115363	G	A	417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.384;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.955;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=261;ReadPosRankSum=-0.585;SC=GACCTGGGCCGGGGCCACTGA;SOR=0.316;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=20;WE=34148496;WS=34148478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr20	34152782	rs2277862	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.678;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=175;ReadPosRankSum=1.087;SC=TGATCAAATACGGCGACCGTC;SOR=1.626;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=15;WE=34152790;WS=34152772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,15:0.31:48
chr20	34153341	rs224430	C	T	90.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.515;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=3;PP=60;ReadPosRankSum=1.898;SC=GTCATACAAACAGGTATAACA;SOR=0.180;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=5;WE=34153349;WS=34153331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,5:0.33:15
chr20	34164422	rs1557202	T	C	6526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=90;PP=2965;SC=AATTCTTCCTTCAGGGACCTG;SOR=0.752;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=175;TCF=81;TCR=94;TR=171;WE=34164430;WS=34164412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,243:1.00:243
chr20	34167382	rs8116470	G	A	874.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.686;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.330;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.46;ReadPosRankSum=-2.197;SOR=0.842;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:143,53:0.27:196
chr20	34170035	rs6060486	C	G	9493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=111;NR=118;PP=2965;SC=GACTCCACACCTTGCCCAGCC;SOR=0.743;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=111;TCR=120;TR=229;WE=34170043;WS=34170025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr20	34170174	rs6119628	C	A	3183.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.105;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=48;PP=1177;ReadPosRankSum=0.564;SC=AAATGGGCACCCGGATGTTGG;SOR=0.817;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=124;TCF=55;TCR=69;TR=84;WE=34170182;WS=34170164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,151:0.67:224
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chr20	34171324	rs6088887	G	A	133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.08;BaseQRankSum=-2.555;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=117;ReadPosRankSum=-1.595;SC=TGAGGAAGACGAAAGCATCTT;SOR=0.399;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=8;WE=34171332;WS=34171314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
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chr20	34214368	rs6060516	T	C	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=350;ReadPosRankSum=1.687;SC=TATTTCATGCTCAAGAACCCA;SOR=0.735;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=91;TCF=56;TCR=35;TR=30;WE=34214376;WS=34214358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,30:0.28:106
chr20	34214723	rs2425068	T	C	6176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=446;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.558;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=116;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.869;SC=GCATGAAGTATTGCTGGGGAC;SOR=0.622;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=277;TCF=96;TCR=181;TR=181;WE=34214731;WS=34214713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,288:0.65:440
chr20	34215234	rs147019139	C	CA	794.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.641;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=752;ReadPosRankSum=1.536;SC=GCCTGGGCTGCAAACCTGGCC;SOR=0.624;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=78;TCF=17;TCR=61;TR=25;WE=34215242;WS=34215224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,45:0.27:166
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chr20	34219496	rs6579255	T	C	2122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.730;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=46;PP=944;ReadPosRankSum=0.853;SC=ATCGGAGCATTGCACCTGAGG;SOR=0.815;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=198;TCF=95;TCR=103;TR=81;WE=34219504;WS=34219486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:213,119:0.36:332
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chr20	34243017	rs6121015	C	T	3175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=530;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.854;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=58;PP=1601;ReadPosRankSum=-2.697;SC=GCATTTCCGTCTTACTACTCA;SOR=0.567;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=352;TCF=187;TCR=165;TR=117;WE=34243025;WS=34243007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:343,178:0.34:521
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chr20	34312713	rs11699044	C	T	616.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.070;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=378;ReadPosRankSum=1.303;SC=TCAAGAGACACTGTTGAAGGA;SOR=0.405;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=86;TCF=25;TCR=61;TR=29;WE=34312721;WS=34312703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,35:0.36:98
chr20	34320202	rs11479445	TA	T	151.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=1.477;QD=7.23;ReadPosRankSum=0.404;SOR=2.476;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
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chr20	34324456	rs2425120	A	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.655;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.830;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=147;ReadPosRankSum=1.711;SC=GTAGTGAGAAAGACTGACATA;SOR=0.684;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=68;TCF=36;TCR=32;TR=17;WE=34324464;WS=34324446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,27:0.24:113
chr20	34324484	rs6058312	A	C	351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.849;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=2.994;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=1.003;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,26:0.26:101
chr20	34327159	rs1056196	T	A	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-2.652;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=2;PP=59;ReadPosRankSum=-0.758;SC=TAAAAAAATTTTCCATATTAA;SOR=0.084;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=34327167;WS=34327149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
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chr20	34328848	rs2425122	C	T	502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.334;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.779;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=269;ReadPosRankSum=0.228;SC=GTAAACATTTCTCTTACAATG;SOR=1.551;Source=Platypus;TCF=17;TR=18;WE=34328856;WS=34328838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,26:0.38:68
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chr20	34563779	rs73095587	T	C	518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=329;ReadPosRankSum=-0.174;SC=CTGCCCACCATGGTGGTCCAG;SOR=0.612;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=22;WE=34563787;WS=34563769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr20	34776563	.	CAG	C	54	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=46;MMLQ=27;MQ=55.43;NF=1;NR=3;PP=54;QD=14.25;SC=CACACACACACAGAGAGAGAG;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=34776572;WS=34776553;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr20	34793995	rs143061330	A	C	1638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FS=0.433;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.95;ReadPosRankSum=-0.770;SOR=0.649;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,101:0.31:331
chr20	35064912	rs1275393	G	A	547.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.398;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=366;ReadPosRankSum=-1.613;SC=TGCTTCTTGAGAGAACCCCTT;SOR=1.532;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=22;WE=35064920;WS=35064902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,25:0.66:38
chr20	35068018	rs1275396	A	G	565.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=1.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=3;PP=394;ReadPosRankSum=0.470;SC=ACAGTCAAATACAAGCTGGTG;SOR=1.085;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=21;WE=35068026;WS=35068008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,24:0.63:38
chr20	35075339	rs145541855	G	A	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=27;PP=682;ReadPosRankSum=-1.172;SC=GCACGCTTCCGAGTGAGTACT;SOR=0.667;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=135;TCF=58;TCR=77;TR=50;WE=35075347;WS=35075329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,83:0.40:206
chr20	35090820	rs1275391	C	G	3634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.734;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=35;PP=1870;ReadPosRankSum=-1.091;SC=CTGAAGGCCCCCCTTTGAGCC;SOR=1.013;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=182;TCF=125;TCR=57;TR=118;WE=35090828;WS=35090810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,166:0.66:250
chr20	35152855	rs77496141	G	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=4.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=133;ReadPosRankSum=1.834;SC=CACACAGCGCGGCTTCCTCAT;SOR=0.275;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=8;WE=35152863;WS=35152845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
chr20	35288975	rs6016163	T	A	123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.803;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.010;HP=9;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=-0.000;SC=TTATTTATTTTTTTTTTGAGA;SOR=2.303;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=6;WE=35288983;WS=35288965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,6:0.60:10
chr20	35436758	.	GAA	G	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.813;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=2.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.62;MQRankSum=0.000;QD=1.29;ReadPosRankSum=0.602;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,6:0.20:30
chr20	35445890	rs368000406	TA	T	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.053;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,22:0.26:86
chr20	35467713	rs1146250	G	A	3740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.484;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=44;PP=1680;ReadPosRankSum=1.375;SC=TGCGCAGCCGGTACTGCAGGA;SOR=0.637;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=165;TCF=102;TCR=63;TR=113;WE=35467721;WS=35467703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,172:0.66:260
chr20	35491551	rs6029806	A	G	1837.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=23;PP=702;SC=CCGTGAGGAGAACGCGGCGCT;SOR=1.263;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=7;TCR=23;TR=30;WE=35491559;WS=35491541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	35508959	rs1291125	T	C	895.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.876;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=555;ReadPosRankSum=1.092;SC=TTCCCAGGTGTCCTCTAGGAT;SOR=0.430;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=69;TCF=44;TCR=25;TR=36;WE=35508967;WS=35508949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,43:0.49:87
chr20	35569619	rs6030312	G	T	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=17;PP=365;ReadPosRankSum=-0.137;SC=ACTAACAGAAGTTAGATTGGA;SOR=0.779;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=22;WE=35569627;WS=35569609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,24:0.67:36
chr20	35661007	rs77052854	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=3.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=118;ReadPosRankSum=0.684;SC=TCTGTCTCTGTTACTCAATCT;SOR=1.574;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=8;WE=35661015;WS=35660997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,10:0.25:40
chr20	35661046	rs6017076	A	T	1379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=10;PP=668;ReadPosRankSum=-1.176;SC=AAATTCTTCTAAAGTGCTATA;SOR=0.123;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=60;TCF=48;TCR=12;TR=42;WE=35661054;WS=35661036;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,62:0.77:80
chr20	35672436	.	G	GT	169.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=2.569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.47;MQRankSum=1.959;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.994;SOR=0.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr20	35684754	.	CT	C	102.94	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.784;ClippingRankSum=0.000;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=5.643;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=2.225;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,10:0.91:11
chr20	35695535	rs371434822	GA	G	274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.018;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=1.923;QD=3.82;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,33:0.46:72
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chr20	35724147	rs369663099	G	C	993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.820;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=16;PP=533;ReadPosRankSum=1.431;SC=CGAGGGTAGGGTCCGGCCGCC;SOR=0.495;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=35;WE=35724155;WS=35724137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,48:0.58:83
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chr20	35796541	rs62621241	T	C	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=1.087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-1.794;SOR=0.799;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,74:0.31:235
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chr20	35827682	rs2076398	G	T	118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-1.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=79;ReadPosRankSum=1.155;SC=GGTCCTATCCGAAGAGGGCTC;SOR=0.954;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=7;WE=35827690;WS=35827672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,7:0.26:27
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chr20	35828757	.	ATT	A	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.323;ClippingRankSum=0.000;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=6.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.55;MQRankSum=2.102;QD=8.03;ReadPosRankSum=-2.144;SOR=0.187;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr20	35835657	rs11698281	C	T	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.623;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=8;PP=240;ReadPosRankSum=0.079;SC=GAAACAGCTGCATTTCGCATT;SOR=0.317;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=63;TCF=46;TCR=17;TR=22;WE=35835665;WS=35835647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,35:0.36:96
chr20	35835889	rs1079657	A	G	1640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=808;ReadPosRankSum=-0.410;SC=CCCTCTGATTATCATTCCTAG;SOR=0.600;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=143;TCF=52;TCR=91;TR=57;WE=35835897;WS=35835879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:152,89:0.37:241
chr20	35838372	rs2272950	T	A	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.647;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.301;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=188;ReadPosRankSum=0.317;SC=TTGCAACCTATAGATAAAGCA;SOR=0.278;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=17;WE=35838380;WS=35838362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,23:0.49:47
chr20	35838591	rs2050091	T	C	4654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=69;PP=2117;SC=CATATTTTGGTGGGGCGCTGA;SOR=0.899;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=124;TCF=54;TCR=70;TR=121;WE=35838599;WS=35838581;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr20	35852395	rs2076397	A	C	591.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.541;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=268;ReadPosRankSum=-1.164;SC=CCACCTGATCACTCAGGGAGC;SOR=0.624;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=74;TCF=17;TCR=57;TR=20;WE=35852403;WS=35852385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,32:0.33:98
chr20	35852450	rs2076396	G	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=1.749;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,8:0.22:36
chr20	35865054	rs4608	C	T	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=607;ReadPosRankSum=0.251;SC=CCTGGCCATCCTGGGCAGTGT;SOR=0.752;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=149;TCF=59;TCR=90;TR=51;WE=35865062;WS=35865044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,78:0.37:212
chr20	35869538	rs77501105	A	G	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.860;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=93;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TCTTTTGTAAAATGAGATGGG;SOR=0.273;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=9;WE=35869546;WS=35869528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chr20	35869619	rs2050093	C	T	466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=2.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.81;ReadPosRankSum=1.698;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,30:0.31:97
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chr20	36030939	rs1885257	G	C	4048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=49;PP=1808;SC=GCAAAGTGGCGGACTTTGGGC;SOR=0.759;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=103;WE=36030947;WS=36030929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr20	36031097	rs2145792	A	G	5231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=57;PP=2762;SC=TGCTTATCTAACAGAGCGGTC;SOR=0.872;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=77;TCR=59;TR=133;WE=36031105;WS=36031087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr20	36150582	rs149299117	C	CA	101.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.27;ReadPosRankSum=1.590;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr20	36150594	rs2344098	T	A	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.592;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.60;ReadPosRankSum=-1.278;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chr20	36150600	rs5841264	T	TA	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=27.44;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	36375071	rs2297154	T	C	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.895;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=340;ReadPosRankSum=0.318;SC=CTGTTACTCTTTCTCCTGTCT;SOR=0.714;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=27;WE=36375079;WS=36375061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,35:0.33:106
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chr20	36488508	rs3833308	TCTCA	T	3241.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=41;PP=2776;SC=TTAGGTGGACTCTCACTCAGG;SOR=1.257;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=51;WE=36488519;WS=36488498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr20	36488911	rs1474623	G	T	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=133;SC=GTCAGAATACGGAAGACTAGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=36488919;WS=36488901;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	36500313	rs717599	C	A	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=372;ExcessHet=3.0103;FS=0.858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=0.669;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:260,110:0.30:370
chr20	36531628	.	C	A	180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=-2.686;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=0;PP=131;ReadPosRankSum=-0.543;SC=CCGGGGACAGCGGGCGAGGGG;SOR=0.602;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=30;TCR=1;TR=9;WE=36531636;WS=36531618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr20	36561882	rs1998049	C	T	1097.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=15.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.15;ReadPosRankSum=1.360;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,51:0.80:64
chr20	36572310	rs11365082	AC	A	539.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.265;SOR=0.595;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,32:0.53:60
chr20	36615416	rs6022212	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.834;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=11;PP=615;ReadPosRankSum=-0.938;SC=AGCAAATGCCATGCCATGCAA;SOR=1.828;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=38;WE=36615424;WS=36615406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,44:0.96:46
chr20	36615585	rs58202748	G	A	1813.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.404;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=25;PP=921;ReadPosRankSum=-0.274;SC=TTAGCGCCAGGCTTTGTTCCA;SOR=0.461;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=57;WE=36615593;WS=36615575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,81:0.64:126
chr20	36624756	rs2273349	C	A	1887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.598;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=21;PP=970;ReadPosRankSum=0.423;SC=TAAAGGGATGCGGGTGATCAG;SOR=0.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=110;TCF=70;TCR=40;TR=60;WE=36624764;WS=36624746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:70,88:0.56:158
chr20	36662255	rs881556	C	T	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=4;PP=637;SC=AAAAGTCCCGCAGCCTGTCAG;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=28;WE=36662263;WS=36662254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	36668874	rs2273353	G	A	1045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=12;PP=516;SC=TGTATTTAGCGAATGATGTCA;SOR=0.902;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=16;TCR=12;TR=28;WE=36668882;WS=36668864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	36677002	rs2273354	C	G	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=9;PP=232;SC=TTCAGAGAGACAGATGATCAT;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=36677010;WS=36676992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	36678416	rs6097507	A	G	1962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=46;PP=1291;SC=TCACTGTGTGATGAACTCATT;SOR=1.810;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=18;TCR=46;TR=64;WE=36678424;WS=36678406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr20	36685915	rs2256288	T	C	2124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=31;PP=1048;SC=TCAAATTTATTACTTTCTCTT;SOR=0.876;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=57;TCF=26;TCR=31;TR=57;WE=36685923;WS=36685905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	36688068	rs6022706	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=10;PP=259;SC=TGCAAACATAACTCACATGGT;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=36688076;WS=36688058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	36718059	rs3746466	G	A	815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=11;PP=603;SC=GTAGCTGCCCGGCTCCAGCAG;SOR=1.255;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=29;WE=36718067;WS=36718049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	36793501	rs2067027	A	G	5650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=64;PP=2238;SC=TGCTCTCCAAATCAGGACTTA;SOR=0.721;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=135;TCF=71;TCR=64;TR=134;WE=36793509;WS=36793491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr20	36841756	rs1534967	T	C	5614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=53;PP=2018;SC=CCATGCCCAGTGAGTCTAGTG;SOR=0.759;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=113;WE=36841764;WS=36841746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr20	36841914	rs3746471	G	A	5046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=63;NR=68;PP=2668;SC=AGGAGCATCCGGATCTCCTCA;SOR=0.759;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=133;TCF=65;TCR=68;TR=131;WE=36841922;WS=36841904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr20	36845738	rs760998	C	T	2328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=17;NR=22;PP=739;SC=TGGGTCAGCTCAGCCTGGAAG;SOR=0.807;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=40;TCF=18;TCR=22;TR=39;WE=36845746;WS=36845728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr20	36859711	rs1205418	G	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=14;PP=412;SC=GGGGCCGCCCGGCCCTGTCCC;SOR=1.270;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=36859719;WS=36859701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	36868191	rs1205433	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=14;PP=387;SC=AAGGGGAAAACGTCTCCTCTT;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=36868199;WS=36868181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	36869516	rs1205434	C	A	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=28;PP=1698;SC=AGCTTTCTGGCTTTGTGCAAG;SOR=1.109;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=75;WE=36869524;WS=36869506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	36870122	rs1205435	T	G	4164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=61;PP=2143;SC=AGGCTGGCTCTGGAACAGGCT;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=57;TCR=62;TR=118;WE=36870130;WS=36870112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr20	36946848	rs4358188	G	A	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.37;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr20	36953097	rs5741806	C	T	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=17;PP=845;SC=GTCAGCCTCTCACCCCGATAC;SOR=0.990;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=27;TCR=18;TR=44;WE=36953105;WS=36953087;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	36959566	rs2425357	A	G	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=36;PP=1155;SC=TCATAGGCTCAAGGCATTATT;SOR=1.058;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=23;TCR=36;TR=59;WE=36959574;WS=36959556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	36989269	rs1780623	C	T	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.51;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	36989302	rs1780624	C	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=11;PP=590;SC=TGATCAGCACCGGGCCAGACC;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=36989310;WS=36989292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr20	36989381	rs2232596	G	A	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=28;PP=1119;SC=TCCAGAAATCGGTGTCCTCCG;SOR=0.806;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=35;TCR=28;TR=63;WE=36989389;WS=36989371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr20	36995340	rs1739639	C	T	2685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=52;NR=24;PP=1441;SC=CATCCCCCTGCCTCCCCAATC;SOR=1.413;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=53;TCR=24;TR=76;WE=36995348;WS=36995330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr20	36997632	rs1780627	T	C	3988.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=33;PP=1887;SC=CCTAATTCTGTTCCCAGTTAG;SOR=1.047;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=60;TCR=33;TR=93;WE=36997640;WS=36997622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr20	36997655	rs2232613	C	T	4839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=44;PP=1911;SC=AGGCTCTACCCCAACATGAAC;SOR=0.892;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=111;TCF=66;TCR=45;TR=110;WE=36997663;WS=36997645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr20	37005536	rs745144	T	C	2815.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=34;PP=871;SC=CCACCCTCCCTGACTGGCCTG;SOR=0.862;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=58;WE=37005544;WS=37005526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr20	37146131	.	C	CT	119.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=5.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.552;SOR=0.481;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,19:0.22:87
chr20	37230486	rs6070740	C	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=3;PP=185;SC=ACTGGGTGCGCCACGGGGGCC;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=37230494;WS=37230476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	37394795	rs3215704	AT	A	561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=2;PP=539;SC=AACTATTGGGATTAAGAAACG;SOR=3.258;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=37394803;WS=37394785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	37396120	rs2245231	A	G	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=53;NR=47;PP=1674;SC=CCCAAAGGACATTCAGGAAAT;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=100;WE=37396128;WS=37396110;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr20	37400490	rs6128952	G	A	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=16;PP=384;SC=TGCCCTGCACGCCATGCCTTG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=37400498;WS=37400480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	37524424	rs140138596	T	TCCTCCCTTCCTCCCTTCCTTCTTTCTTC	1799.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.86;QD=41.85;SOR=3.417;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr20	37534582	rs12626105	A	G	2744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr20	37534665	rs4812332	C	T	3059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=35;PP=1212;SC=TCCTCCTGGACCATGGAGTGC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=26;TCR=35;TR=61;WE=37534673;WS=37534655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr20	37547374	rs4812336	G	A	572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=319;SC=CAGCCCAACAGCCCTGGCTGG;SOR=1.708;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=37547382;WS=37547364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	37555116	rs3752290	G	C	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=59;PP=2140;SC=CCTGGACGAGGTGCCCGCCGC;SOR=0.984;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=97;WE=37555124;WS=37555106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr20	37570725	rs3752293	C	T	3689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=44;PP=1782;SC=CTCTCAATTTCTGGATATGTG;SOR=0.707;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=40;TCR=44;TR=84;WE=37570733;WS=37570715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr20	37580130	rs4300896	A	C	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=1;PP=523;SC=AGTGAGTAAAACAAAATTGCT;SOR=4.174;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=21;WE=37580138;WS=37580122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	37591198	rs974560	C	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=11;PP=281;SC=GGAGCTCTGGCTCAGGCTCCC;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=11;WE=37591206;WS=37591188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	37620888	rs4812348	G	C	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=5;PP=695;SC=GTTTACTTTTGATGCAAAGTG;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=25;TCR=5;TR=30;WE=37620896;WS=37620878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	37630606	rs3764701	A	T	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=26;PP=742;SC=TTGTGTCCCTAGTCATTGGTC;SOR=1.000;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=18;TCR=27;TR=44;WE=37630614;WS=37630596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	37634664	rs4812351	T	A	425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=354;SC=GTCTTTCTAGTATATTAAACT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=37634672;WS=37634654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	37635027	rs3752298	T	C	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=17;PP=366;SC=TAAGGGTTTTTGACTTTCTTA;SOR=4.407;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=18;WE=37635035;WS=37635017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	37643659	rs3764703	T	C	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=43;PP=1245;SC=CTTTAGGGATTTTAGTATCTT;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=13;TCR=43;TR=56;WE=37643667;WS=37643649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	37662835	rs3834993	CT	C	2922.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=17;PP=1516;SC=GCTCATGTTTCTTTCTCATTT;SOR=1.347;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=38;WE=37662843;WS=37662825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr20	37663062	rs80042855	C	T	1727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=15;NR=33;PP=1002;SC=GTGTGTTCCCCCTAGGGGTGC;SOR=1.467;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=37663070;WS=37663052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr20	37667182	rs3752302	C	T	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=37;PP=1137;SC=GTCCAGGACCCGTGAGAGGAG;SOR=1.153;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=26;TCR=37;TR=63;WE=37667190;WS=37667172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr20	39609426	rs4812473	C	T	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=34;NR=33;PP=1195;SC=TGCGCTCTCCCTCTTCCAAGC;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=39609434;WS=39609416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr20	39634616	rs1000411	C	T	4394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.15;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr20	39690342	rs1997833	T	C	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=348;SC=GCAAGTATGTTTAATTTTCTT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=39690350;WS=39690332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	39704896	rs61756255	C	T	1246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=1.677;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.772;SOR=0.771;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:171,76:0.31:247
chr20	39713352	rs2076576	A	C	661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=22;PP=488;SC=TTCTGAAGTAAGTTTTCCAAC;SOR=3.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=2;TCR=23;TR=24;WE=39713360;WS=39713342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr20	39788855	rs2076148	A	G	1532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=30;PP=839;SC=AACCTTAGCCAGGCCTCTAAG;SOR=2.024;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=7;TCR=30;TR=37;WE=39788863;WS=39788845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
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chr20	39985847	rs6072350	T	C	713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.793;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=14;PP=259;ReadPosRankSum=1.127;SC=CACCCAGCTGTGGGAAGGGGA;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=22;WE=39985855;WS=39985837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,39:0.41:96
chr20	39986085	rs12625565	A	C	376.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.26;ReadPosRankSum=0.651;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,36:0.22:167
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chr20	39990614	rs2235592	C	T	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=27;PP=668;ReadPosRankSum=-1.165;SC=TGCCACGAGGCTGTCCAGGAT;SOR=0.670;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=180;TCF=96;TCR=84;TR=54;WE=39990622;WS=39990604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:200,70:0.26:270
chr20	39990700	rs41278104	T	C	2796.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.313;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=33;PP=1557;ReadPosRankSum=0.738;SC=GCTCTGTCTGTACAAGGGGCC;SOR=0.835;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=268;TCF=166;TCR=102;TR=93;WE=39990708;WS=39990690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:238,138:0.37:376
chr20	39991144	rs41307177	A	G	839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=372;ReadPosRankSum=-0.300;SC=CCCGGCCATCAAGGCTCTGGT;SOR=0.725;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=32;WE=39991152;WS=39991134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,53:0.29:180
chr20	39991171	rs61739307	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=15;PP=427;ReadPosRankSum=0.590;SC=TCCGGCTGGCGGCCTGACCCT;SOR=0.686;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=75;TCR=55;TR=36;WE=39991179;WS=39991161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,64:0.29:221
chr20	39991259	.	T	C	1611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.17;ReadPosRankSum=-1.254;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,99:0.32:312
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chr20	40049586	rs41278114	T	C	1128.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.740;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=17;PP=611;ReadPosRankSum=0.544;SC=ATGTTAGTAGTGGGCTCCGTG;SOR=0.997;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=119;TCF=65;TCR=54;TR=43;WE=40049594;WS=40049576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,58:0.34:172
chr20	40049873	rs56144026	T	C	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.803;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=53;PP=1323;ReadPosRankSum=2.379;SC=CTGGCCAATGTTTTCAGGTCT;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=236;TCF=119;TCR=117;TR=105;WE=40049881;WS=40049863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,145:0.43:338
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chr20	40066117	rs2179452	T	A	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=59;PP=1668;ReadPosRankSum=1.714;SC=ACATTCACATTACTTTTATTA;SOR=1.039;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=74;WE=40066125;WS=40066107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,98:0.99:99
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chr20	40179781	rs4812524	A	G	1335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=16;PP=650;ReadPosRankSum=-0.974;SC=AGAAAAATCCATATTATTAAG;SOR=0.548;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=48;WE=40179789;WS=40179771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,63:0.69:91
chr20	40179909	rs6129863	G	A	8365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.25;SOR=0.988;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
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chr20	40714307	rs3092662	G	A	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=1.653;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=-0.783;SC=ATCCTCTCTCGGCAGCCTCCA;SOR=0.283;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=8;WE=40714315;WS=40714297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,8:0.57:14
chr20	40714524	rs722898	C	G	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.91;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr20	40714540	rs1569548	G	C	3246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=31;PP=743;SC=GGCAGGGGGCGGGTATCAAAG;SOR=1.134;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=40714548;WS=40714530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr20	40733082	rs2076247	C	T	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.701;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=9;PP=606;ReadPosRankSum=0.883;SC=AAGCTTGATGCTGGGCTTCTC;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=33;WE=40733090;WS=40733072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr20	40738926	rs148680893	G	A	848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.401;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=7;PP=323;ReadPosRankSum=0.197;SC=TCCTGACCTCGTGATCTGCCC;SOR=0.394;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=23;WE=40738934;WS=40738916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,39:0.78:50
chr20	40828140	rs117820207	C	G	549.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=245;ReadPosRankSum=1.007;SC=AAATCTGGTTCATTCTCCAGA;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=24;TCF=6;TCR=18;TR=15;WE=40828148;WS=40828130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,25:0.68:37
chr20	40979160	rs2071854	T	C	833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.297;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.205;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=7;PP=512;ReadPosRankSum=0.672;SC=GGAAGCTTTGTTCCTGGCCAG;SOR=1.022;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=29;WE=40979168;WS=40979150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,37:0.55:67
chr20	40980987	rs6065464	G	A	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-1.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=302;ReadPosRankSum=0.473;SC=GCTGGATGGAGCTCCTTTAGA;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=3;TCR=18;TR=16;WE=40980995;WS=40980977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,17:0.74:23
chr20	41076963	.	C	A	992.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.961;ClippingRankSum=0.000;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.714;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=14;PP=348;ReadPosRankSum=-0.843;SC=AGGAACAGCTCCTGGAACTAC;SOR=0.679;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=106;TCF=50;TCR=56;TR=32;WE=41076971;WS=41076953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:131,61:0.32:192
chr20	41306488	rs111229158	G	GA	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.34;ReadPosRankSum=-1.136;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,11:0.79:14
chr20	41306600	rs2425516	A	G	1937.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.098;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=17;PP=633;ReadPosRankSum=0.697;SC=CATACTCAACATCGGGGTCCA;SOR=0.974;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=47;WE=41306608;WS=41306590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,96:0.65:147
chr20	41400229	rs6030462	G	A	1346.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=540;ReadPosRankSum=0.005;SC=AATGAGATTCGACAGCCTGCA;SOR=0.527;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=37;WE=41400237;WS=41400219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,63:0.71:89
chr20	41408964	rs7273962	A	G	975.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=23;PP=520;ReadPosRankSum=1.131;SC=GCGGGAGTCAATTTCACAGAA;SOR=0.662;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=38;WE=41408972;WS=41408954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,46:0.70:66
chr20	41419718	rs208244	A	G	144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-1.152;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=110;ReadPosRankSum=0.729;SC=GAGGAGAAGCACAGTAAACAC;SOR=0.627;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=9;WE=41419726;WS=41419708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,8:0.62:13
chr20	41420166	rs11086852	G	A	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.324;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=9;PP=183;ReadPosRankSum=-1.641;SC=AAATCCTTCTGAAAATCAGTC;SOR=1.329;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=15;TCF=2;TCR=13;TR=10;WE=41420174;WS=41420156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,10:0.62:16
chr20	41514690	.	C	CAT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.024;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.383;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,7:0.14:51
chr20	41818289	rs2867655	C	G	232.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=1.739;SC=CACTCACCTGCGGCGCTCTGA;SOR=1.270;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=41818297;WS=41818279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,11:0.85:13
chr20	42089511	rs2235611	T	C	4590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=56;PP=2278;SC=CCCGATCCCCTAAAGAAAATG;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=121;TCF=65;TCR=56;TR=120;WE=42089519;WS=42089501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr20	42157237	rs2071972	C	T	2041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=16;PP=944;SC=CAGGGGAAGCCGAAGAAAGTC;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=26;TCR=16;TR=42;WE=42157245;WS=42157227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr20	42164722	rs3746528	T	C	4341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=43;PP=2021;ReadPosRankSum=-2.332;SC=CCAACTGAAGTCTCTTCTTCC;SOR=0.722;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=179;TCF=110;TCR=69;TR=115;WE=42164730;WS=42164712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,196:0.64:304
chr20	42199704	rs11467250	GGTGT	G,GGT	1419.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.48;ReadPosRankSum=-1.317;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,25,30:0.43,0.52:58
chr20	42199925	rs3127060	G	A	873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=551;SC=CATGTACATAGGGGGCAGGGG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=42199933;WS=42199915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	42205061	rs763227	G	A	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=52;PP=1412;SC=CATGGGGCTCGCAGCTTCCTG;SOR=2.242;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=67;WE=42205069;WS=42205051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr20	42208522	rs2301483	T	G	1923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=6;PP=1238;SC=GCCAGTTGCTTGTGGAGCTCT;SOR=2.531;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=50;TCF=43;TCR=7;TR=49;WE=42208530;WS=42208512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	42225114	rs2664519	G	A	3514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=30;PP=1540;SC=TAAATGGAGTGAAACTGTGGA;SOR=1.136;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=81;TCF=51;TCR=30;TR=81;WE=42225122;WS=42225104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr20	42242700	rs4473450	C	T	2254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=55;PP=1617;SC=CAGAAGGCTTCTATATGTTTT;SOR=2.660;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=11;TCR=55;TR=66;WE=42242708;WS=42242690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr20	42249398	rs1555348	C	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=1;PP=774;SC=TTTAATCTTTCTTCCTTTATC;SOR=4.479;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=28;TCR=1;TR=29;WE=42249406;WS=42249388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	42249479	rs11483104	C	CT	2429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.064;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.396;QD=16.76;ReadPosRankSum=-1.104;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:15,130:0.90:145
chr20	42264502	rs6031007	G	A	6303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr20	42264726	rs2273523	T	C	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=35;PP=781;SC=AGGCATTCGCTGTGGTCCCTT;SOR=3.365;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=42264734;WS=42264716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	42265700	rs6065638	T	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=2;PP=344;SC=TTAGTTATGATTTTGGACAAG;SOR=2.712;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=42265708;WS=42265690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr20	42265966	rs6031008	G	A	635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=16;PP=477;SC=GCAATGGTGCGATCTCGGCTC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=4;TCR=16;TR=20;WE=42265974;WS=42265956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	42275499	rs393115	G	T	2413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.883;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=17;PP=1409;ReadPosRankSum=-0.635;SC=AATCTCTAAAGTCCAAAGCAC;SOR=2.170;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=79;TCF=61;TCR=18;TR=78;WE=42275507;WS=42275489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,92:0.99:93
chr20	42302201	rs826949	C	T	759.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=18;NR=2;PP=442;SC=CATTTGAGTCCAGGAGTTCAA;SOR=2.468;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=42302209;WS=42302191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	42302371	rs826950	C	T	7689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=78;PP=2965;SC=GTGGGCTGGCCGCTGCCTACA;SOR=0.838;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=175;TCF=96;TCR=79;TR=173;WE=42302379;WS=42302361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr20	42310509	rs442143	T	C	1807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=36;PP=867;SC=AGTACAGTCCTGCTGTGGCCC;SOR=1.451;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=18;TCR=36;TR=54;WE=42310517;WS=42310499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	42328639	rs285162	T	C	2576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=38;PP=984;SC=TCCTCATCCCTGCTGTGGGTT;SOR=1.125;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=21;TCR=38;TR=59;WE=42328647;WS=42328629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr20	42328749	rs285163	A	G	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=423;SC=CTTCTCTCTCAGGCCCACATC;SOR=2.737;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=42328757;WS=42328739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	42574442	rs4812769	T	C	1200.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	42697187	rs41283266	T	C	458.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.38;ReadPosRankSum=-1.676;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr20	42697611	rs41283268	C	T	2735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.432;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=63;PP=1640;ReadPosRankSum=-2.148;SC=GCACGGTACCCTATGTCTGGA;SOR=0.547;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=137;TCF=44;TCR=93;TR=96;WE=42697619;WS=42697601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,119:0.71:167
chr20	42697651	rs6017258	G	C	1045.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.888;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.308;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=36;PP=625;ReadPosRankSum=0.762;SC=CCCCAGCCCAGGTGGGCCGCC;SOR=0.459;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=67;TCF=9;TCR=58;TR=42;WE=42697659;WS=42697641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,50:0.68:74
chr20	42745115	rs6073336	T	G	627.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=346;ReadPosRankSum=0.130;SC=CGAGCCTCATTCATGGGCTCA;SOR=0.591;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=24;WE=42745123;WS=42745105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,30:0.62:48
chr20	42806429	rs2064381	A	T	1738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=8;PP=893;SC=TTGTCCTCAAATATCCTCCCG;SOR=1.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=42806437;WS=42806419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	42814931	rs6031442	T	C	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=8.345;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.75;ReadPosRankSum=-1.016;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,39:0.28:138
chr20	42815190	rs1883790	G	A	14640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=592;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=159;NR=187;PP=2965;SC=TGGGCCAGGTGTAGACACCTG;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=347;TCF=159;TCR=188;TR=346;WE=42815198;WS=42815180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,574:1.00:574
chr20	42826157	rs139064502	G	C	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=35;PP=1167;ReadPosRankSum=-0.724;SC=GATTAGCATCGAGAGAAGTAG;SOR=0.721;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=69;WE=42826165;WS=42826147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,100:0.73:137
chr20	42826350	rs9346	A	C	1293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=25;PP=661;ReadPosRankSum=-0.617;SC=CTGAGTTCTCACTGCTCCTCG;SOR=0.682;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=19;TCR=40;TR=37;WE=42826358;WS=42826340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,57:0.66:86
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chr20	42891809	rs2293	C	G	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.046;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=14;PP=607;ReadPosRankSum=-0.193;SC=TTGTGTAAGGCAGGTGATGGG;SOR=0.481;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=36;WE=42891817;WS=42891799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr20	42892151	rs4810415	C	G	195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.757;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=6;PP=118;ReadPosRankSum=-0.736;SC=CTGCTGCCCTCGGGCCTCAGT;SOR=2.093;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=7;WE=42892159;WS=42892141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,9:0.69:13
chr20	42907542	rs1884607	A	G	358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-3.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=1;PP=266;ReadPosRankSum=-0.738;SC=GGAGAGAAGCAAGTGTGTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=21;TCF=20;TCR=1;TR=16;WE=42907550;WS=42907537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,16:0.76:21
chr20	42908142	rs12479863	A	G	1272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.871;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=18;PP=663;ReadPosRankSum=-0.062;SC=CCACGGCTCTACTAAAAGAGA;SOR=0.480;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=74;TCF=44;TCR=30;TR=42;WE=42908150;WS=42908132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,58:0.66:88
chr20	42939750	rs6073401	T	C	18288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=702;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=199;NR=169;PP=2965;SC=GCACCAGCGTTCCCCGCAACA;SOR=0.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=368;TCF=199;TCR=169;TR=368;WE=42939758;WS=42939740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,695:1.00:695
chr20	43043051	rs3212194	C	G	142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.855;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,14:0.21:68
chr20	43043095	rs3212195	G	A	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.579;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=7;PP=320;ReadPosRankSum=0.817;SC=GGGACAGAGAGTGCGGGAGGG;SOR=1.041;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=101;TCF=68;TCR=33;TR=28;WE=43043103;WS=43043085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,37:0.26:144
chr20	43052570	rs2273618	T	C	560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=411;SC=CCTTGTGTGATACAAGTCAGG;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=43052578;WS=43052560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	43058018	rs3746574	T	C	247.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=0;PP=197;ReadPosRankSum=1.394;SC=GATTATCTGGTTTAATTAATT;SOR=1.234;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=31;TCR=2;TR=10;WE=43058026;WS=43058008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chr20	43058096	rs3746575	C	G	4075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=35;PP=2375;SC=CTTTCCCGGGCCTCTTCATTT;SOR=2.303;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=77;TCR=35;TR=112;WE=43058104;WS=43058086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	43090825	rs138536641	A	C	1457.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.801;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=25;PP=736;ReadPosRankSum=0.676;SC=GACTAATTCTATGTCTCCAGA;SOR=0.887;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=42;WE=43090833;WS=43090815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,63:0.67:94
chr20	43090929	rs11482024	T	TA	399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=256;ReadPosRankSum=-0.087;SC=CACTCTAGTTTAAAAAAAAAT;SOR=0.507;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=12;WE=43090937;WS=43090919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
chr20	43118017	rs36121075	G	A	6008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=460;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=71;PP=2443;ReadPosRankSum=0.155;SC=CCTGGAACGCGGTACTGCTGG;SOR=0.666;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=251;TCF=129;TCR=122;TR=145;WE=43118025;WS=43118007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,281:0.62:450
chr20	43135657	rs41308699	T	C	2009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=1.409;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.816;SOR=0.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,95:0.66:145
chr20	43254490	rs244074	A	G	243.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=8;PP=204;SC=CCAGGCCCTAACATGTCCCTC;SOR=2.093;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=43254498;WS=43254480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	43264927	rs394105	C	T	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=25;PP=767;SC=CATGCAGTTCCACCTGCAAGG;SOR=0.723;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=49;WE=43264935;WS=43264917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	43343895	rs376618937	TGTGTGTGAGC	T	127.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=1.124;QD=6.39;ReadPosRankSum=-0.861;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr20	43343899	.	TGTGAGC	T	530.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.73;MQRankSum=-0.783;QD=27.93;ReadPosRankSum=1.784;SOR=1.314;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chr20	43343908	rs1980803	G	A	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.68;QD=45.91;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	43343930	rs1980804	T	G	1265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=9;PP=532;SC=GCGTGTGTACTCGTGCGTGTG;SOR=1.148;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=43343938;WS=43343920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	43438782	rs150963275	C	T	905.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FS=1.149;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.19;ReadPosRankSum=0.274;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,70:0.32:216
chr20	43534760	.	TT	GG	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.222;ClippingRankSum=0.000;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=116.971;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.92;ReadPosRankSum=0.022;SOR=7.222;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,36:0.14:256
chr20	43534763	.	T	G	225.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.750;ClippingRankSum=0.000;DP=257;ExcessHet=3.0103;FS=104.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.914;SOR=7.053;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,33:0.13:255
chr20	43534934	rs2425675	G	A	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.987;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=353;ReadPosRankSum=0.392;SC=ATTTTAAACTGTCGAGTGAGA;SOR=0.301;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=19;WE=43534942;WS=43534924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr20	43538733	rs2072727	T	C	1188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.002;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=6;PP=754;ReadPosRankSum=1.102;SC=AGCGCGGGGCTGCTGGGTGAC;SOR=0.861;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=71;TCF=60;TCR=11;TR=41;WE=43538741;WS=43538723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,49:0.58:84
chr20	43547677	rs2075960	T	G	3475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=49;PP=1679;ReadPosRankSum=0.038;SC=GGACCTCTTCTCCCAGTTTGG;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=162;TCF=87;TCR=75;TR=109;WE=43547685;WS=43547667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,168:0.63:266
chr20	43547980	rs116994724	G	A	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.449;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=33;PP=779;ReadPosRankSum=-2.187;SC=TAAGAAGAGGGTCCCAGCTGC;SOR=1.668;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=38;WE=43547988;WS=43547970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,42:0.67:63
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chr20	43566787	rs11780	A	G	3381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.179;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=53;PP=1456;ReadPosRankSum=1.177;SC=TTGACAACTCAGAGCTGTTGC;SOR=0.481;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=157;TCF=69;TCR=88;TR=103;WE=43566795;WS=43566777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,166:0.61:272
chr20	43567442	rs6073572	T	C	2467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.624;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=844;ReadPosRankSum=-0.276;SC=TGTAAGGAAATAGGCAGGGAC;SOR=0.602;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=33;TCR=51;TR=55;WE=43567450;WS=43567432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,116:0.69:167
chr20	43577620	rs2234206	C	G	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=347;ReadPosRankSum=0.881;SC=CTACAATCCTCTCTCCCAGAG;SOR=1.022;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=22;WE=43577628;WS=43577610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,23:0.62:37
chr20	43577644	rs1884440	C	T	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-0.097;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=305;ReadPosRankSum=1.132;SC=TCCTCCCCTGCTGTAAATCAT;SOR=0.941;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=22;TCF=2;TCR=20;TR=16;WE=43577652;WS=43577634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,16:0.67:24
chr20	43588802	rs2234200	A	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=9;PP=484;ReadPosRankSum=2.182;SC=TGGTTGCGGGAGTTGGAGGAG;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=36;TCR=17;TR=28;WE=43588810;WS=43588792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,37:0.54:68
chr20	43588980	rs371576618	G	A	1779.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.459;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=32;PP=791;ReadPosRankSum=-0.700;SC=GCCATCCCGTGGCCAGGCCGG;SOR=0.646;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=167;TCF=78;TCR=89;TR=62;WE=43588988;WS=43588970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:167,101:0.38:268
chr20	43589041	rs2234197	G	A	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=23;PP=448;ReadPosRankSum=-1.336;SC=CACACCTTCCGGGCGCAAGCG;SOR=0.925;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=90;TCF=25;TCR=65;TR=31;WE=43589049;WS=43589031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,41:0.32:128
chr20	43600673	rs6130717	C	G	156.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=1.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.756;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=120;ReadPosRankSum=-0.985;SC=TGTTCTAGTTCCTAGCAAATA;SOR=1.165;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=8;WE=43600681;WS=43600663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr20	43623658	rs6017460	C	T	382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.399;HP=8;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=2;PP=227;ReadPosRankSum=0.068;SC=TTCTTTTTTTCTCTGTAGACT;SOR=1.048;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=33;TCF=28;TCR=5;TR=14;WE=43623666;WS=43623648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
chr20	43625731	rs149741663	G	T	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.038;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr20	43629135	rs17420378	G	A	794.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=1.292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,52:0.30:174
chr20	43681951	rs2284275	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=12;PP=238;ReadPosRankSum=-1.329;SC=TAAATGCCTGCGGTTTTTGAC;SOR=0.823;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=15;WE=43681959;WS=43681941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,25:0.42:59
chr20	43723627	rs734784	T	C	2075.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.850;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=29;PP=696;ReadPosRankSum=-1.002;SC=ACCCCATCAATGCTGCTCAGC;SOR=0.634;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=216;TCF=123;TCR=93;TR=65;WE=43723635;WS=43723617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:226,122:0.35:348
chr20	43723696	rs144534326	G	A	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-3.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=41;PP=863;ReadPosRankSum=0.974;SC=GCCTTCTGGCGCCGGTAGAAG;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=245;TCF=127;TCR=118;TR=83;WE=43723704;WS=43723686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:266,151:0.36:417
chr20	43739119	rs17422688	G	A	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.288;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=368;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.885;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=23;PP=631;ReadPosRankSum=1.580;SC=GAGTCCTTGTGACACAGGTGG;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=198;TCF=116;TCR=82;TR=58;WE=43739127;WS=43739109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:265,102:0.28:367
chr20	43743534	rs11700135	G	A	1962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.587;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=28;PP=911;ReadPosRankSum=0.882;SC=ACACACACGCGCACACACACC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=174;TCR=95;TR=80;WE=43743542;WS=43743524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,121:0.29:424
chr20	43803613	rs17333103	C	T	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=3.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.376;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=603;ReadPosRankSum=0.519;SC=ATCGCTGGGACGCTGGTTCTA;SOR=1.040;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=146;TCF=56;TCR=90;TR=45;WE=43803621;WS=43803603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,64:0.29:218
chr20	43803708	rs17333180	C	A	261.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=12;PP=177;ReadPosRankSum=-0.517;SC=ACACCCTGGGCCAGGACAGGG;SOR=1.284;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=35;TCF=0;TCR=35;TR=12;WE=43803716;WS=43803698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,13:0.32:40
chr20	43804522	rs2664581	A	C	589.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.80;ReadPosRankSum=1.975;SOR=0.628;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:114,41:0.26:155
chr20	43804789	rs34885285	C	A	764.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.343;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,23:0.37:63
chr20	43804797	rs17424474	C	A	735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=2.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.231;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr20	43835683	rs2233882	T	A	1196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.969;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=21;PP=604;ReadPosRankSum=-1.310;SC=CAGACAAGGTTTTCCAAGCAA;SOR=0.898;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=141;TCF=72;TCR=69;TR=49;WE=43835691;WS=43835673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,74:0.31:235
chr20	43835822	rs2233883	T	C	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=3.987;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.478;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=339;ReadPosRankSum=1.193;SC=GCTAATAATCTAAGATTATTT;SOR=1.069;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=11;TCR=32;TR=19;WE=43835830;WS=43835812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,18:0.31:59
chr20	43836173	rs2301366	T	A	2200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.803;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=47;PP=1063;ReadPosRankSum=1.539;SC=TCATGACCAGTCCCGAAAAAG;SOR=0.756;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=241;TCF=110;TCR=131;TR=86;WE=43836181;WS=43836163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:268,131:0.33:399
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chr20	43850400	rs2233896	C	A	1375.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.556;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=25;PP=769;ReadPosRankSum=0.932;SC=TCCACATGGACAAAAGGGCCA;SOR=0.807;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=189;TCF=104;TCR=85;TR=61;WE=43850408;WS=43850390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,86:0.29:293
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chr20	43881630	rs6032073	A	G	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.952;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.740;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=6;PP=203;ReadPosRankSum=0.413;SC=GTGTGCCCTCATCCCCTGCTT;SOR=0.770;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=79;TCF=54;TCR=25;TR=22;WE=43881638;WS=43881620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,37:0.30:122
chr20	43933021	rs2072788	G	T	1174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=24;PP=635;ReadPosRankSum=-0.952;SC=TCAATGCCGCGGGCGCGCGCC;SOR=0.608;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=55;TCF=20;TCR=35;TR=39;WE=43933029;WS=43933011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,51:0.70:73
chr20	43933163	rs2233094	T	C	1984.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.598;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=21;PP=1035;ReadPosRankSum=2.119;SC=CGTACTGGATTGCCAGTCCCG;SOR=0.950;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=94;TCF=67;TCR=27;TR=69;WE=43933171;WS=43933153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,85:0.67:127
chr20	43933196	rs2233093	C	T	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=4.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.78;ReadPosRankSum=-0.090;SOR=0.456;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,74:0.31:237
chr20	43936931	rs2743317	C	T	540.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=5.951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.253;SOR=0.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,33:0.32:104
chr20	43940112	rs2743327	C	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=446;ReadPosRankSum=0.174;SC=AAAAGCGTTGCGGGGAGCGGG;SOR=0.683;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=81;TCF=50;TCR=31;TR=33;WE=43940120;WS=43940102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,30:0.38:80
chr20	43944958	rs2741500	G	T	1677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=35;PP=774;ReadPosRankSum=-0.187;SC=CGGTCACTCCGGTGCCTCTCA;SOR=0.777;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=172;TCF=68;TCR=104;TR=57;WE=43944966;WS=43944948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,96:0.33:288
chr20	43976807	rs2078423	C	T	656.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=2.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.373;NF=38;NR=4;PP=979;ReadPosRankSum=0.750;SC=CCCGTGACCCCGGAGCAAAGT;SOR=0.569;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=56;TCF=52;TCR=4;TR=42;WE=43976815;WS=43976797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,23:0.82:28
chr20	43976869	rs5841587	C	CT	2996.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.942;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=79;NR=38;PP=2971;ReadPosRankSum=1.231;SC=AGCGTACCCCCGATCTGCCCC;SOR=0.563;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=126;TCF=86;TCR=40;TR=117;WE=43976892;WS=43976859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,68:0.72:95
chr20	43976875	rs5841588	GC	G,GCC	3462.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.710;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.60;ReadPosRankSum=0.825;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,85,28:0.73,0.24:117
chr20	43976991	rs2228384	A	G	10877.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=2.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=759;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.547;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=1.227;SC=CCTACGAAGAACAGCAGCAGC;SOR=0.742;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=350;TCF=155;TCR=195;TR=237;WE=43976999;WS=43976981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:259,499:0.66:758
chr20	43995410	rs6032142	C	T	561.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.772;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.227;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=350;ReadPosRankSum=1.998;SC=ACACTTATCTCGTCACTTCTG;SOR=1.565;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=19;WE=43995418;WS=43995400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,24:0.59:41
chr20	44002665	rs2231626	C	G	1364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=1.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.145;SOR=0.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,65:0.64:101
chr20	44004155	rs10546815	CATT	C	1800.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.175;NF=2;NR=27;PP=1094;ReadPosRankSum=0.396;SC=TGGAACTCTTCATTATTTTGT;SOR=0.703;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=52;TCF=4;TCR=48;TR=29;WE=44004165;WS=44004145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,49:0.58:85
chr20	44006078	rs2231614	C	G	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=451;ReadPosRankSum=0.082;SC=AGCCAAGGGCCGGCCTGCTGG;SOR=0.822;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=55;TCF=25;TCR=30;TR=28;WE=44006086;WS=44006068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr20	44038574	rs1127497	A	G	4560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.421;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.740;NF=81;NR=60;PP=2133;ReadPosRankSum=-0.968;SC=CTGGGCAGGGATGGACAACCA;SOR=0.727;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=221;TCF=126;TCR=95;TR=141;WE=44038582;WS=44038564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,212:0.65:326
chr20	44048065	rs3092108	C	CG	6921.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.861;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=426;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.358;HP=11;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.353;NF=40;NR=96;PP=2969;ReadPosRankSum=-0.548;SC=CAGCCGGGGGCGGGGGGTGTA;SOR=0.672;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=221;TCF=60;TCR=161;TR=136;WE=44048074;WS=44048055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,263:0.68:384
chr20	44049916	rs3092450	T	TC	719.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.068;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=515;ReadPosRankSum=1.742;SC=GCAGGGCTGTTCCCCATCTAC;SOR=0.631;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=16;WE=44049924;WS=44049906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,27:0.61:44
chr20	44052992	rs13217	G	A	8380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=135;NR=98;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.958;SC=CCGAGTACACGCCAGATCCTA;SOR=0.706;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=359;TCF=210;TCR=149;TR=233;WE=44053000;WS=44052982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:248,400:0.62:648
chr20	44053069	rs2741566	T	C	11189.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=796;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=138;NR=143;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.383;SC=GACCTACCCTTTCTGCTGCTT;SOR=0.637;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=437;TCF=211;TCR=226;TR=281;WE=44053077;WS=44053059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:270,516:0.66:786
chr20	44054349	rs707577	T	C	7279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=94;NR=113;PP=2612;ReadPosRankSum=-0.049;SC=CCGTGTGCTATGGCTCCTTCT;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=312;TCF=141;TCR=171;TR=207;WE=44054357;WS=44054339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:193,353:0.65:546
chr20	44098542	rs75766050	G	A	1719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.337;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=38;PP=778;ReadPosRankSum=-1.295;SC=GAGGGGCCGAGCCACGAGCGC;SOR=0.955;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=93;TCF=32;TCR=61;TR=56;WE=44098550;WS=44098532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,81:0.62:131
chr20	44141201	rs11470736	TCACACA	T	1312.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=883;SC=AACCTCTTGTTCACACACACA;SOR=3.407;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=14;WE=44141214;WS=44141191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	44141331	rs6032259	A	G	5122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.99;SOR=0.703;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr20	44144118	rs8125061	C	T	3046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=63;PP=1942;SC=CCCACCACCCCGCCCCCCAGC;SOR=2.005;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=134;TCF=68;TCR=66;TR=110;WE=44144126;WS=44144108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr20	44163988	rs6032274	T	C	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=26;PP=792;SC=GATCGCAGAATAGAGCTGTTT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=8;TCR=26;TR=34;WE=44163996;WS=44163978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	44170712	rs11594	C	A	1813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=9;PP=1098;SC=CTGGAGCATCCGTCAGGTACA;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=39;TCR=9;TR=48;WE=44170720;WS=44170702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	44174423	rs765156	G	A	6448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=109;PP=2965;SC=GGGAAAGAGCGGTTTTACACC;SOR=1.093;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=72;TCR=111;TR=181;WE=44174431;WS=44174413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr20	44180813	rs17348421	G	A	5926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=57;NR=97;PP=2965;SC=GACTTTATGGGGTAAAAGAAA;SOR=1.142;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=154;TCF=57;TCR=97;TR=154;WE=44180821;WS=44180803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr20	44180868	rs17433181	A	G	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=60;PP=1694;SC=GACAAATTTGAGGAATCTTGG;SOR=1.790;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=84;WE=44180876;WS=44180858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr20	44181723	rs2294559	A	G	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=5;PP=305;SC=AGACAGCATGACATCCTTGGC;SOR=1.863;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=44181731;WS=44181713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	44181980	rs3817886	C	A	3965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.768;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FS=21.232;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.92;ReadPosRankSum=-1.447;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,167:0.97:173
chr20	44182081	rs6032299	A	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=4;NR=19;PP=491;SC=TCATCATATCATGGGATATGG;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=44182089;WS=44182071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	44184285	rs6032305	G	A	47.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=28;SC=TAACCTCATTGGTATACTATT;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=44184293;WS=44184275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	44184375	rs2250860	T	C	944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.53;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	44190705	rs3817887	T	G	4878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=47;PP=2078;SC=TCATCCCCAATAATGCTTTCT;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=103;TCF=56;TCR=47;TR=103;WE=44190713;WS=44190695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
chr20	44190996	rs2272956	A	G	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=6;PP=125;SC=ATGGGGAAGGAGTCTGTCTGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=44191004;WS=44190986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	44208011	rs7273669	C	T	4021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=107;PP=2965;SC=GCCAGTCTGCCCCTCTAGCCC;SOR=3.031;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=19;TCR=107;TR=126;WE=44208019;WS=44208001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr20	44378577	rs380421	T	C	5211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=61;PP=1986;SC=AACTATCCTCTGAAGAAGGGC;SOR=0.703;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=127;TCF=65;TCR=62;TR=124;WE=44378585;WS=44378567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr20	44402970	rs73122720	C	T	858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.989;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=465;ReadPosRankSum=1.152;SC=GCCATGAGTGCCCCTGGAAAT;SOR=0.732;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=31;WE=44402978;WS=44402960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,38:0.79:48
chr20	44417643	rs6032537	A	G	5342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=82;PP=2625;SC=ACAATTCATCACCCTGGCACA;SOR=0.971;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=139;TCF=57;TCR=82;TR=138;WE=44417651;WS=44417633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr20	44417675	rs6032538	G	C	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=73;PP=1810;SC=GGGTTCTTATGGGGAGGGCAT;SOR=1.406;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=35;TCR=74;TR=108;WE=44417683;WS=44417665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr20	44418471	rs411945	G	C	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=20;PP=863;SC=CAGGGGATGAGTTCTCCTCTC;SOR=0.881;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=49;WE=44418479;WS=44418461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	44418564	rs3746493	A	G	3599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=38;PP=1372;SC=AGGATTCCAGAGACCCAAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=39;TCR=39;TR=77;WE=44418572;WS=44418554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr20	44420637	rs2664539	G	A	1378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=600;ReadPosRankSum=-0.859;SC=TGGGGGCCGGGGGCGCCATGG;SOR=0.767;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=33;WE=44420645;WS=44420627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr20	44420682	rs2664591	T	C	1400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=17;PP=636;SC=CGCGGGGACCTAGCGGGGCCG;SOR=0.730;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=33;WE=44420690;WS=44420672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	44422373	rs6032544	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=4;PP=416;SC=ATGCACTTCATAGAGTTATTA;SOR=1.697;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=44422381;WS=44422363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr20	44422705	rs6032545	G	T	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=12;NR=12;PP=473;SC=CTCATGAGGAGCCCAGTCCTT;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=12;TCR=12;TR=24;WE=44422713;WS=44422695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	44423843	rs6104350	C	A	726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=19;NR=4;PP=522;SC=GAATCTAAATCTGGCTGATCC;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=44423851;WS=44423840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	44425026	.	CAA	C,CA	751.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.744;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=5.651;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.41;MQRankSum=0.452;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.382;SOR=0.114;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:3,15,29:0.32,0.62:47
chr20	44429633	rs11458259	C	CA	261.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.732;QD=2.08;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.560;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,34:0.27:126
chr20	44451901	rs8860	T	C	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=24;PP=1491;SC=CCACAAGGGGTCGCGCCTCCC;SOR=1.382;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=73;WE=44451909;WS=44451891;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr20	44452697	rs4629	C	A	8863.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.165;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=88;NR=115;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.819;SC=TCTCCTCGTCCGTCACGTGCT;SOR=0.545;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=205;TCF=90;TCR=115;TR=203;WE=44452705;WS=44452687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,339:1.00:340
chr20	44453335	rs144529565	A	AC	2392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.775;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=82;PP=1464;ReadPosRankSum=0.584;SC=CCTCACACCTACCCCCCCCCA;SOR=0.871;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=150;TCF=31;TCR=119;TR=86;WE=44453353;WS=44453325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,103:0.79:131
chr20	44456059	rs373018	T	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=49;PP=1411;SC=GGTCAGCGAGTCCCACCCCTC;SOR=4.370;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=54;WE=44456067;WS=44456049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	44468931	rs197669	T	C	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=15;PP=826;SC=AGAGATTGGCTGGGGTTTCAG;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=44;WE=44468939;WS=44468921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	44468982	rs11418101	A	AC	3840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=30;NR=27;PP=2573;SC=AGAAGAACTAATGCTCTATGG;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=57;WE=44468990;WS=44468972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr20	44469290	rs4638862	G	A	15524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=618;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=206;NR=149;PP=2965;SC=CTACACCCTCGCCGTGATCGG;SOR=0.854;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=359;TCF=207;TCR=152;TR=355;WE=44469298;WS=44469280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,612:1.00:612
chr20	44470648	.	C	CT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;ClippingRankSum=0.000;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.867;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=1.990;SOR=0.550;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:141,31:0.18:172
chr20	44470676	rs3848713	T	C	3156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=61;PP=1807;SC=AAACAGAGTCTCACTAAGTTG;SOR=1.115;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=34;TCR=61;TR=94;WE=44470684;WS=44470666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr20	44472163	rs55931834	C	T	7840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=302;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=90;NR=82;PP=2965;SC=GCCCCACACTCACCGGCCCAG;SOR=0.741;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=174;TCF=91;TCR=83;TR=172;WE=44472171;WS=44472153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,299:1.00:299
chr20	44501458	rs6130959	A	G	2954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=52;PP=1538;SC=CACTGTGCACACAATAGGTAC;SOR=1.423;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=21;TCR=52;TR=73;WE=44501466;WS=44501448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr20	44505973	rs2903808	T	C	5213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;NR=63;PP=2859;SC=GCGGAGACAGTCACCTCTGTG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=128;WE=44505981;WS=44505963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr20	44506418	rs1045493	G	A	4732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=51;PP=2564;SC=GCCTCTTTCGGGAACAGCAGT;SOR=0.857;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=115;WE=44506426;WS=44506408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr20	44515059	rs6094224	T	C	1510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=10;PP=846;SC=AACCACCAGCTCTATCCCCAT;SOR=1.739;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=41;WE=44515067;WS=44515049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	44516444	rs7268221	A	G	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=35;PP=978;SC=TCTTGCCCTAACCTTGAACGA;SOR=3.160;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=5;TCR=35;TR=40;WE=44516452;WS=44516434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	44517360	rs1516580	T	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=8;PP=560;SC=GGTCTGGGGCTCCAGGATGCA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=44517368;WS=44517350;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	44518843	rs3817731	A	T	4150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=78;NR=33;PP=2210;SC=AGTAGATTCCAGTCCCCACAC;SOR=1.486;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=79;TCR=33;TR=111;WE=44518851;WS=44518833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr20	44519643	rs2868362	G	A	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=30;PP=983;SC=CTCGGCCATAGGGCAGGCCAG;SOR=1.091;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=51;TCF=19;TCR=32;TR=49;WE=44519651;WS=44519633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr20	44520237	rs3080212	CCTG	C	9179.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=42;PP=2992;SC=CGCCGCTGTTCCTGCTGCTGC;SOR=1.344;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=101;TCF=55;TCR=46;TR=88;WE=44520250;WS=44520227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,210:1.00:211
chr20	44522005	rs742034	A	G	5181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=86;PP=2595;SC=ACATGATCTCAGGTCTGTCCT;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=139;TCF=51;TCR=88;TR=136;WE=44522013;WS=44521995;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr20	44522125	rs10633828	C	CT	165.19	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.18;ReadPosRankSum=1.036;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr20	44522594	rs4810476	A	G	3004.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=62;NR=30;PP=1609;SC=TCCCACCAGCAGCTGATGCGC;SOR=1.266;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=62;TCR=30;TR=92;WE=44522602;WS=44522584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr20	44523248	rs2075962	T	C	5338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=48;PP=2245;SC=GTGGAGAGGCTGGGGATCTGT;SOR=1.059;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=127;TCF=79;TCR=48;TR=127;WE=44523256;WS=44523238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr20	44523442	rs3215446	TC	T	12455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=127;PP=2969;SC=CCACACCCATTCCCCCACCTC;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=32;TCR=133;TR=157;WE=44523450;WS=44523432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,387:1.00:387
chr20	44523547	rs2075961	G	A	7397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=108;NR=79;PP=2965;SC=TCAGGTGTGCGAGGGCGTGGG;SOR=1.032;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=193;TCF=108;TCR=85;TR=187;WE=44523555;WS=44523537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,277:1.00:277
chr20	44523782	rs4608591	C	T	8392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=151;PP=2965;SC=AGTGAGGTTCCGTGGCCACCT;SOR=1.179;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=243;TCF=90;TCR=153;TR=241;WE=44523790;WS=44523772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr20	44525464	rs11468785	GC	G	1617.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.031;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.029;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=0.562;NF=18;NR=16;PP=603;ReadPosRankSum=1.540;SC=TAGAGAGGTGGCCCCCCCCCA;SOR=1.355;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=39;TCF=20;TCR=19;TR=34;WE=44525481;WS=44525454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,60:0.94:64
chr20	44526676	rs41282776	G	A	805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=16;PP=342;ReadPosRankSum=0.380;SC=GGTTAGTGAAGTACGGGGACA;SOR=0.666;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=64;TCR=58;TR=33;WE=44526684;WS=44526666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:157,55:0.26:212
chr20	44526783	rs7270170	G	A	3900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=49;NR=56;PP=2113;SC=TAACTGGGCCGGAGGCAAAGG;SOR=0.764;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=107;TCF=50;TCR=57;TR=105;WE=44526791;WS=44526773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr20	44530838	rs553359	G	T	610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=379;SC=TACTTTAAGCGCAACATCCCT;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=44530846;WS=44530828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	44538427	rs378114	T	C	1767.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=26;PP=881;SC=CTACCAAACCTTCCTATCAAC;SOR=0.917;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=44538435;WS=44538417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr20	44538484	rs435306	G	T	1391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=16;PP=1051;SC=ATGAAGAAACGGAAACTCAGG;SOR=1.203;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=44538492;WS=44538474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr20	44574533	rs11696196	C	T	2320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=38;PP=1247;ReadPosRankSum=1.474;SC=GTAAGAGCTGCGGGGAGGAAG;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=124;TCF=64;TCR=60;TR=78;WE=44574541;WS=44574523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,108:0.63:171
chr20	44574658	rs62213347	C	T	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.770;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.831;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=43;PP=1726;ReadPosRankSum=1.336;SC=CTCTCTGTCCCGCTCCACAGT;SOR=1.041;SbPval=0.66;Source=Platypus;TCF=86;TR=107;WE=44574666;WS=44574648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,145:0.65:224
chr20	44576502	rs7679	T	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=6.220;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.216;SOR=0.280;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:61,31:0.34:92
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chr20	44582435	rs41280276	G	T	4676.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.180;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=72;PP=2409;ReadPosRankSum=-0.494;SC=TCTGCGGTAGGTCAGGAGGGC;SOR=0.617;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=230;TCF=115;TCR=115;TR=153;WE=44582443;WS=44582425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,214:0.64:333
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chr20	44587801	rs56295229	G	A	1608.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.013;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.743;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=21;PP=679;ReadPosRankSum=-0.045;SC=TGGGAGAAGCGGCCTCACTCT;SOR=0.656;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=59;TCF=29;TCR=30;TR=44;WE=44587809;WS=44587791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,76:0.67:114
chr20	44588109	rs3746507	G	A	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=51;PP=1400;SC=AAGTCTGCCCGTCCCTAGCCT;SOR=1.280;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=27;TCR=51;TR=78;WE=44588117;WS=44588099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	44594228	rs3746513	G	A	173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-0.673;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=90;ReadPosRankSum=-1.653;SC=GGCCACTCCTGACCCACCCAC;SOR=0.569;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=19;TCF=12;TCR=7;TR=8;WE=44594236;WS=44594218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,10:0.48:21
chr20	44596207	rs6032606	C	G	6265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=67;PP=2893;SC=TTCCTCTTGGCTCTTGGTGGA;SOR=0.865;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=155;TCF=87;TCR=68;TR=154;WE=44596215;WS=44596197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr20	44596545	rs3848719	G	A	3110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.649;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=59;PP=1440;ReadPosRankSum=-0.066;SC=GCACCGGGGAGCTGGGCCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=155;TCF=63;TCR=92;TR=98;WE=44596553;WS=44596535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,162:0.67:242
chr20	44599839	rs6017715	G	C	2184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=14;PP=923;SC=CCGTCCAGCCGGGTCCATACC;SOR=1.193;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=44599847;WS=44599829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	44639511	rs3918253	C	T	7341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=63;PP=2965;SC=AGCGCACAATCTGCGCAGCAG;SOR=1.208;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=182;TCF=118;TCR=64;TR=181;WE=44639519;WS=44639501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr20	44640959	rs3918256	G	A	6503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.64;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chr20	44642406	rs2250889	G	C	1930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=25;PP=692;SC=TTTGAGGAGCGGCTCTCCAAG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=44642414;WS=44642396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	44642833	rs13969	A	C	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=7;PP=440;SC=TGGGCCTGGGAGCCGACGTGG;SOR=1.536;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=23;WE=44642841;WS=44642823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	44645010	rs20544	C	T	5266.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.84;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr20	44663475	rs11699481	T	C	94.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.450;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.220;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,7:0.17:40
chr20	44673546	rs2297197	C	G	583.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=2.424;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.296;SOR=0.479;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,42:0.28:148
chr20	44674743	rs2297199	A	C	734.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=0.654;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.35;ReadPosRankSum=0.211;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:123,46:0.27:169
chr20	44675136	rs3848727	T	C	1456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=37;PP=1114;SC=CCAATCCTCATCTTACTCCAG;SOR=2.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=11;TCR=38;TR=48;WE=44675144;WS=44675126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr20	44678348	rs6032635	G	A	4696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=42;PP=1968;SC=AGCTGAAGGCGGGGAAGGGCC;SOR=0.938;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=109;TCF=67;TCR=42;TR=109;WE=44678356;WS=44678338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr20	44680412	rs3746522	C	T	932.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=1.809;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=1.159;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:163,64:0.28:227
chr20	44680581	rs4812988	C	T	1004.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=24;PP=536;ReadPosRankSum=-0.952;SC=ACTGGATTTCCGCTCCTTTGG;SOR=0.827;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=55;TCF=17;TCR=38;TR=34;WE=44680589;WS=44680571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,45:0.68:66
chr20	44683723	rs12479764	T	A	1092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.911;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=38;PP=862;ReadPosRankSum=-0.854;SC=GGGTGGCAGGTTTAGGATGCC;SOR=1.855;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=60;TCF=9;TCR=51;TR=43;WE=44683731;WS=44683713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,43:0.72:60
chr20	44746982	rs1883832	T	C	1357.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=16;PP=495;ReadPosRankSum=-0.894;SC=CTCACCTCGCTATGGTTCGTC;SOR=0.349;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=70;TCF=43;TCR=27;TR=34;WE=44746990;WS=44746972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,70:0.56:126
chr20	44751047	rs201089032	C	G	307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.902;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=184;ReadPosRankSum=-0.377;SC=CTGATATTCCCGACAATGCAG;SOR=0.381;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=15;WE=44751055;WS=44751037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,19:0.31:61
chr20	44755111	rs3746821	G	T	425.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=5.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.563;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=399;ReadPosRankSum=0.090;SC=AGTCTGTGTCGTTCCTATAAT;SOR=3.138;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=40;TCR=4;TR=19;WE=44755119;WS=44755101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
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chr20	44756943	.	C	CT	200.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=0.000;QD=7.72;ReadPosRankSum=1.899;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,17:0.65:26
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chr20	44839322	rs2425785	G	C	317.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-3.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.998;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=129;ReadPosRankSum=0.184;SC=AGGGGCGGCAGGGATGTTTGG;SOR=0.153;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=14;WE=44839330;WS=44839312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr20	44856463	rs733379	G	A	107.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.560;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.48;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.116;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
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chr20	44983517	rs12480667	G	A	2390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.399;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=23;PP=841;ReadPosRankSum=-0.142;SC=AAGGCCCAACGTACCTTCAAA;SOR=0.856;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=55;WE=44983525;WS=44983507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,114:0.61:188
chr20	44985307	rs911435	T	G	4113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=63;PP=1895;SC=ACAGGACAGCTTGGGAGGTCC;SOR=0.908;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=107;WE=44985315;WS=44985297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr20	44987318	rs1044369	C	G	5029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.886;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.868;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=79;PP=2543;ReadPosRankSum=-0.105;SC=GAGCCCCAGGCAGAGTCCTCA;SOR=0.641;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=212;TCF=98;TCR=114;TR=148;WE=44987326;WS=44987308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,230:0.67:342
chr20	44996182	rs2257495	A	G	3446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=42;PP=1318;SC=CACTGAGGCCATCAATCCAGA;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=73;TCF=30;TCR=43;TR=72;WE=44996190;WS=44996172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr20	44998791	rs2261964	C	T	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=26;PP=1206;SC=CAATGTTATACACTATACGAT;SOR=1.339;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=44998799;WS=44998781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	45003326	rs2261213	A	G	1599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=29;PP=824;SC=GTCTCCGTGTATGCAGGGACC;SOR=1.460;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=14;TCR=29;TR=43;WE=45003334;WS=45003316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr20	45003788	rs2257545	T	C	429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=4;PP=318;SC=CACCATGGGGTTGGTTGTCAG;SOR=1.911;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=45003796;WS=45003778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	45131759	rs6017883	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=527;SC=ACACAATTAACGGTAATTGGT;SOR=2.387;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=45131767;WS=45131749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	45173856	rs6017908	G	C	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.154;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=398;ReadPosRankSum=-0.228;SC=ATGATTCAAGGGCTGTTTCTT;SOR=0.675;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=36;WE=45173864;WS=45173846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,40:0.35:115
chr20	45174992	.	C	T	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.13;ReadPosRankSum=-1.609;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,12:0.41:29
chr20	45188971	rs910062	C	A	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.497;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.05;ReadPosRankSum=-1.007;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,14:0.27:51
chr20	45192253	rs59207395	G	GA	560.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=-2.616;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:70,24:0.26:94
chr20	45192254	.	G	A	331	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MMLQ=25;MQ=60.0;NF=4;NR=8;PP=331;QD=30.4809343789;SC=ACAGCAAGAGGGAGAGAGAGA;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=12;WE=45192263;WS=45192239;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:39,12:0.24:51
chr20	45194904	rs202391	C	G	2993.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.758;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=4.799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.37;ReadPosRankSum=3.002;SOR=0.455;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,140:0.62:224
chr20	45195274	rs56923216	C	A	354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=-2.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=15;PP=222;ReadPosRankSum=-0.708;SC=GGGACCCAAACCCCTGGGTCT;SOR=0.604;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=47;TCF=6;TCR=41;TR=17;WE=45195282;WS=45195264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,19:0.37:51
chr20	45204266	rs1880898	G	A	1240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=1.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.42;ReadPosRankSum=1.274;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:151,78:0.34:229
chr20	45212464	.	TCAG	T	232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=5;PP=194;ReadPosRankSum=-0.023;SC=TTCAGTGCGCTCAGCATGGTG;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=0;TCR=23;TR=5;WE=45212474;WS=45212454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,8:0.27:30
chr20	45237823	rs142621314	A	G	379.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.711;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=16;PP=294;ReadPosRankSum=-1.966;SC=TTAAAGTGACATGATGTGGCA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=21;WE=45237831;WS=45237813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,18:0.64:28
chr20	45242269	rs2273024	G	C	5505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=75;PP=2418;SC=TGAAGGGGAAGAGGACGATGG;SOR=0.866;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=130;TCF=54;TCR=76;TR=129;WE=45242277;WS=45242259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr20	45318042	rs2664523	G	A	1063.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=419;ReadPosRankSum=-1.330;SC=TAGTAGCTCTGGCCGCCGCCA;SOR=0.830;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=120;TCF=64;TCR=56;TR=33;WE=45318050;WS=45318032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,61:0.32:191
chr20	45318069	rs2664574	C	G	1040.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.160;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=406;ReadPosRankSum=1.360;SC=CTCGGCGCAACAGCTCCAACC;SOR=0.713;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=36;WE=45318077;WS=45318059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,63:0.32:198
chr20	45629941	rs3746492	G	A	890.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=9;PP=535;ReadPosRankSum=-0.479;SC=AGCATCTGTGGTGGAGAAAGC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=33;TCR=13;TR=31;WE=45629949;WS=45629931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,38:0.70:54
chr20	45630157	rs6094549	T	G	1651.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.649;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=34;PP=847;ReadPosRankSum=1.749;SC=CCACCTTTTCTTCTTTCTTGG;SOR=0.906;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=25;TCR=47;TR=53;WE=45630165;WS=45630147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,72:0.65:110
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chr20	45725959	rs947018	A	G	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.286;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.543;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=205;ReadPosRankSum=1.125;SC=AATTCCTATGACATTTTCCTT;SOR=0.238;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=15;WE=45725967;WS=45725949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,21:0.41:51
chr20	45801319	rs3827049	T	A	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=346;SC=TGCACCCCCCTGCACTAACAC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=45801327;WS=45801309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	45809652	rs2235907	A	G	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=597;SC=CATCCTGGGAATGGGGTGTTT;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=45809660;WS=45809642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	45811860	rs8124918	A	G	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=10;PP=861;SC=TGCAGGCACCAAGCTCTTAAT;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=35;TCR=10;TR=45;WE=45811868;WS=45811850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr20	45816594	rs3818012	G	A	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=60;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=33;NR=6;PP=868;SC=AAGTCCCCACGTGCTAGACTT;SOR=2.636;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=45816602;WS=45816584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	45816639	rs3818013	A	G	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.00;SOR=1.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr20	45816649	rs3818014	C	T	5098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.12;SOR=1.342;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr20	45853037	rs2664544	A	G	6710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=77;NR=63;PP=2849;SC=CACAGTAGCTAGTGTTCCAAC;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=141;TCF=77;TCR=64;TR=140;WE=45853045;WS=45853027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr20	45856045	rs1124178	A	G	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=26;PP=774;SC=GAGAGTGAGCATCTTCAAAAG;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=45856053;WS=45856035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr20	45891189	rs2294560	T	C	786.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.172;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=15;PP=385;ReadPosRankSum=1.003;SC=AAGTATGGCATTGTTAAAAGA;SOR=0.576;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=25;WE=45891197;WS=45891179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,35:0.65:54
chr20	45905651	rs3746485	T	C	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.55;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr20	45923383	rs2076402	G	T	8708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=114;NR=82;PP=2965;SC=TCATTTACGCGTATACCAAGA;SOR=0.865;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=114;TCR=83;TR=196;WE=45923391;WS=45923373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr20	45923539	rs6066270	C	T	2503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.332;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FS=1.154;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.042;SOR=0.793;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,118:0.61:194
chr20	46262701	rs6018604	T	G	1636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=1.652;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.869;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=16;PP=1094;ReadPosRankSum=-0.853;SC=TTTTTAGAAATGTACTTGAAG;SOR=0.527;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=97;TCF=74;TCR=23;TR=62;WE=46262709;WS=46262691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,68:0.64:106
chr20	46262994	rs6018606	G	A	730.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.362;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.336;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=23;PP=477;ReadPosRankSum=-2.112;SC=TTCTCAAAATGCTTTATTATT;SOR=1.433;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=48;TCF=10;TCR=38;TR=27;WE=46263002;WS=46262984;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,33:0.58:57
chr20	46266543	.	G	GT	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=3.913;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.53;ReadPosRankSum=0.354;SOR=0.310;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,19:0.26:73
chr20	46267950	rs4810648	C	T	3705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=72;PP=1983;SC=AGTATGGGTACGTTATTTCTA;SOR=1.662;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=23;TCR=72;TR=95;WE=46267958;WS=46267940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr20	46268008	rs2076548	A	G	820.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.189;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=567;ReadPosRankSum=1.884;SC=AAATACTTAAAGCCATCTAAA;SOR=0.818;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=26;WE=46268016;WS=46267998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr20	46268493	rs2076546	A	G	2741.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.116;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.028;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=36;PP=1275;ReadPosRankSum=1.163;SC=CTATTCCCACATTGCCTCTTC;SOR=0.805;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=150;TCF=88;TCR=62;TR=90;WE=46268501;WS=46268483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,134:0.58:232
chr20	46268909	rs72645276	C	T	58.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=3;PP=31;ReadPosRankSum=0.210;SC=AATTGAGGTACTGGGTTGCCA;SOR=0.892;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=4;WE=46268917;WS=46268899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr20	46279613	rs2745724	G	A	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.54;ReadPosRankSum=-0.627;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr20	46279814	.	TGCAGCAGCA	T	1113.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.377;ClippingRankSum=0.000;DP=398;ExcessHet=3.0103;FS=1.124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=-0.637;QD=3.59;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.788;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,58:0.19:310
chr20	46279827	rs6018623	G	A	5471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.041;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.483;NF=103;NR=73;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.225;SC=AGCAGCAGCAGCAGCAGCAAC;SOR=0.772;Source=Platypus;TCF=132;TR=176;WE=46279843;WS=46279804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,248:0.78:317
chr20	46279866	rs28529067	A	G	3797.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.348;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=459;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.845;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.433;NF=85;NR=82;PP=2962;ReadPosRankSum=7.332;SC=AGCAGCAGCAACAGCAACAGC;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TCF=136;TR=167;WE=46279874;WS=46279853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,175:0.54:322
chr20	46282112	.	A	ATT	391.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.159;ClippingRankSum=0.000;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.13;MQRankSum=0.000;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.179;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,32:0.48:67
chr20	46287012	rs444271	C	G	3344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=81;NR=22;PP=2252;SC=CTGGCCAATACCACAGGTCTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=104;TCF=81;TCR=23;TR=103;WE=46287020;WS=46287002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr20	46292853	rs41302561	A	G	1159.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=23;PP=458;ReadPosRankSum=0.518;SC=TCTCTTCCCCAGGACCTCAAG;SOR=0.682;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=137;TCF=66;TCR=71;TR=44;WE=46292861;WS=46292843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:155,74:0.32:229
chr20	46365571	rs3810526	A	G	5952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=68;PP=2448;SC=CGTACTTGCCAGTGAGGATGG;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=73;TCR=70;TR=141;WE=46365579;WS=46365561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
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chr20	46386187	rs78249878	C	T	1223.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.89;ReadPosRankSum=0.934;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,54:0.70:77
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chr20	47307618	rs3746820	G	A	1575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.051;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=24;PP=542;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CGGTATAGCCGTTGCTATGGT;SOR=0.771;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=109;TCF=54;TCR=55;TR=45;WE=47307626;WS=47307608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,90:0.40:223
chr20	47317276	rs35913794	C	G	228.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.120;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
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chr20	47569112	rs2295030	C	A	72.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=0;PP=45;ReadPosRankSum=0.513;SC=GCAGAGCCATCTTACAATTTA;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=18;TCR=0;TR=5;WE=47569120;WS=47569104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr20	47585642	rs3764683	T	C	763.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=1.646;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.21;ReadPosRankSum=-0.878;SOR=0.876;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:65,41:0.39:106
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chr20	47614665	rs3764681	G	A	568.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=315;ReadPosRankSum=0.625;SC=CCAAAGTGCTGAGATTACAGG;SOR=0.741;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=63;TCF=41;TCR=22;TR=26;WE=47614673;WS=47614655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,34:0.35:97
chr20	47615074	rs60107724	TA	T	205.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.501;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,19:0.54:35
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chr20	47628368	rs371203595	ATG	A	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.069;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=228;ExcessHet=3.0103;FS=4.438;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.851;QD=0.59;ReadPosRankSum=0.338;SOR=1.279;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:192,23:0.11:215
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chr20	47634006	rs11086275	A	AT	1557.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.978;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.351;NF=1;NR=50;PP=770;ReadPosRankSum=-0.430;SC=CACATTGATTATTTTTTTTCT;SOR=0.977;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=151;TCF=10;TCR=141;TR=51;WE=47634014;WS=47633996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,102:0.35:290
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chr20	47649510	.	C	CA	303.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.591;ClippingRankSum=0.000;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.706;QD=1.81;ReadPosRankSum=0.088;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,44:0.26:168
chr20	47675176	rs2064853	T	A	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.217;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.60;ReadPosRankSum=2.129;SOR=0.577;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
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chr20	47845220	rs238165	T	A	2073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
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chr20	47859217	rs1130146	G	A	5287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.400;HP=2;HapScore=1;MGOF=114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=60.03;MQRankSum=0.723;NF=71;NR=107;PP=2739;ReadPosRankSum=0.029;SC=GTATCGAGCTGGGTAGGATTT;SOR=0.647;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=260;TCF=103;TCR=157;TR=178;WE=47859225;WS=47859207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,245:0.66:371
chr20	47859254	rs71186444	CTTTTTTTTTTTTTT	C	7063.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=22;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=73;PP=1354;SC=CCTTGGTATTCTTTTTTTTTT;SOR=2.012;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=96;TCF=7;TCR=89;TR=80;WE=47859276;WS=47859244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr20	47863409	rs144647523	ATT	A	2553.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=48;PP=666;SC=AAAAAGAATGATTTTTTTTTT;SOR=1.395;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=64;TCF=3;TCR=61;TR=51;WE=47863419;WS=47863399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:5,87:0.95:92
chr20	47865372	rs238208	G	A	13232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=508;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=174;NR=157;PP=2965;SC=TCTGAACACAGCTGCACACAG;SOR=0.738;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=174;TCR=158;TR=331;WE=47865380;WS=47865362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,503:1.00:503
chr20	47865509	rs238209	G	A	13112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=502;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=133;NR=164;PP=2965;SC=CCGAGGAATGGTTTTGGGCAC;SOR=0.808;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=300;TCF=135;TCR=165;TR=297;WE=47865517;WS=47865499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,493:1.00:493
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chr20	47869191	rs6122777	G	A	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.487;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.00;ReadPosRankSum=2.121;SOR=0.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,15:0.28:53
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chr20	47872377	rs238221	C	G	4277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=56;PP=1670;SC=TGAGGTCCAGCTGCCAAACAT;SOR=0.859;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=104;TCF=47;TCR=57;TR=102;WE=47872385;WS=47872367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
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chr20	47882893	rs238178	T	A	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.88;SOR=4.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
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chr20	47892270	rs238191	T	C	1830.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=14;PP=1080;SC=ATTTCCTTCTTTTATTACTAG;SOR=1.437;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=48;WE=47892278;WS=47892260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	47942184	.	G	GATTAAATGAAGTCATGTATGGGACTTGCTTGGTTTAGCATCCAAAGCACAATGAACGGGGTTATTAGATGGATGTTGTGAGA,GATTAAATGAAGTCATGTATGGGACTTGCTTGGTTTAGCATCCAAAGCACAATGAACGGGGTTATTAGATGGATGTTGTGAGAATTAAATGAAGTCATGTATGGGACTTGCTTGGTTTAGCATCCAAAGCACAATGAACAGGGTTATTAGATGGATGTTGTGAGA	15885.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=358;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;QD=1134.70;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,10,4:0.71,0.29:14
chr20	47951040	.	CT	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.578;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=1.760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.98;MQRankSum=1.044;QD=3.81;ReadPosRankSum=-3.365;SOR=0.301;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr20	47951126	.	G	T	79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;FR=0.5000;HP=16;HapScore=2;MGOF=52;MMLQ=23;MQ=58.18;NF=2;NR=4;PP=79;QD=18.9618687579;SC=TTTTTTTTTTGTGGCAAATCT;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=6;WE=47951134;WS=47951116;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr20	47956674	rs10532261	TATA	T	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.97;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	47989527	rs34280195	C	T	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.812;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.471;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,19:0.68:28
chr20	47990250	rs2229006	G	C	1259.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=1.241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.59;ReadPosRankSum=0.168;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,67:0.40:166
chr20	48099637	rs11476620	CT	C	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=1.515;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.76;ReadPosRankSum=0.432;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chr20	48099789	rs490196	C	T	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-2.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.486;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=318;ReadPosRankSum=-0.116;SC=TGTCCGAGGTCACAACAGACG;SOR=1.101;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=57;TCF=41;TCR=16;TR=20;WE=48099797;WS=48099779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr20	48100081	rs199576479	CCTCCTA	C	405.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=1.585;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=0.000;QD=10.40;ReadPosRankSum=-1.103;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr20	48184463	rs575322	G	A	194.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5164;FS=3.979;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=61;ReadPosRankSum=1.645;SC=CGCCTTGCCCGGGATACTGGA;SOR=1.198;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=5;WE=48184471;WS=48184453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr20	48184654	.	C	CGCGGGGCTGGCGGGGCTG	102.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.812;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.036;QD=8.56;ReadPosRankSum=0.755;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr20	48184682	.	G	GCGGGGCTGGCGGGGCTGA	1936	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5001;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MMLQ=20;MQ=55.41;NF=2;NR=3;PP=1936;QD=389.4;SC=GGCGGGGCTGGCGGGGCTGGC;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=5;WE=48184690;WS=48184672;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr20	48184734	rs7262428	G	C	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.37;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
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chr20	48184839	.	TT	GG	304	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=111;MMLQ=28;MQ=59.71;NF=1;NR=3;PP=304;QD=89.3669687156;SC=GGGCGCTCTGTTAGAAACCCT;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=48184848;WS=48184829;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,4:0.80:5
chr20	48184840	rs566542	T	G	408.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.71;QD=45.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	48184845	rs5580	A	C	141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-0.282;QD=15.75;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
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chr20	48184872	rs566466	T	G	286.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	48257149	rs421801	C	T	9329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr20	48259034	rs2235855	A	G	3853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=63;NR=38;PP=1978;SC=GCAAACTGCAAGCGCTGGCGC;SOR=1.171;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=102;TCF=64;TCR=38;TR=101;WE=48259042;WS=48259024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr20	48273299	rs4810968	T	C	2288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=50;PP=1522;SC=TAAAAAAACATACCACATAGC;SOR=1.795;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=18;TCR=51;TR=68;WE=48273307;WS=48273289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr20	48300990	rs6019972	C	T	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=5;PP=703;SC=GTCCCAGCTGCTGGGGAGGCT;SOR=2.899;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=32;WE=48300998;WS=48300980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr20	48301146	rs6512586	G	A	8311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.65;SOR=0.731;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr20	48330030	rs12329570	G	C	3036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=58;NR=29;PP=1606;SC=CTCCCGGCCGGGGCCCCTTAG;SOR=1.336;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=58;TCR=29;TR=87;WE=48330038;WS=48330020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr20	48330045	rs117026282	G	A	2131.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.328;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=26;PP=1011;ReadPosRankSum=0.043;SC=CCTTAGGGAGGGGCGGGGATT;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=64;TCR=41;TR=67;WE=48330053;WS=48330035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,101:0.65:155
chr20	48429508	rs58677849	GG	CC	2637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.898;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=1277;ReadPosRankSum=0.895;SC=TTTCCCGGGCGGCGGAGGCGG;SOR=0.824;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=23;TCR=30;TR=36;WE=48429517;WS=48429498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,67:0.74:90
chr20	48431765	rs73910322	C	T	1116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=10.022;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=726;ReadPosRankSum=-0.524;SC=TCTGCCATCCCGTGTCTGTGT;SOR=0.061;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=50;TCF=9;TCR=41;TR=41;WE=48431773;WS=48431755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,46:0.81:57
chr20	48456238	rs2025958	G	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=15;PP=318;ReadPosRankSum=-1.135;SC=ATATTATTATGTTATATATCC;SOR=0.608;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=21;WE=48456246;WS=48456228;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,21:0.81:26
chr20	48466166	rs6012755	G	A	2448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.689;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=27;PP=1060;ReadPosRankSum=-0.999;SC=CTGTTTTTGGGACGGCAATCT;SOR=0.946;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=98;TCF=57;TCR=41;TR=68;WE=48466174;WS=48466156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,113:0.62:181
chr20	48467560	rs532237	G	C	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=25;PP=702;SC=TGAATCAAAAGTATCCTAAAG;SOR=3.334;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=48467568;WS=48467550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr20	48471866	rs6020086	T	C	3289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.089;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=30;PP=1812;ReadPosRankSum=-1.363;SC=AATTCAGCTCTAGCGTGTAGT;SOR=0.984;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=147;TCF=101;TCR=46;TR=102;WE=48471874;WS=48471856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,145:0.64:225
chr20	48479356	rs3092598	TATGA	T	892.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=1;PP=865;SC=TGAATGATGGTATGAATGAAT;SOR=4.712;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=18;WE=48479367;WS=48479352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	48491258	rs542234	T	G	18142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=706;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.14;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,694:1.00:694
chr20	48494650	rs6020100	A	G	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=261;SC=TTTGTAGATCAATAAACACAT;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=48494658;WS=48494640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr20	48522330	rs495337	G	A	2522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=30;PP=1046;SC=CTGGGCGGTTGCAGAAGCCAC;SOR=0.799;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=58;WE=48522338;WS=48522320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr20	48522585	rs492702	G	A	2690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=24;PP=1321;SC=TGGAGAGGGCGGACTCTTTGG;SOR=0.979;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=63;WE=48522593;WS=48522575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr20	48524827	rs2769982	A	G	3937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=32;PP=1451;SC=CCACCACCTCATAGAACTGGA;SOR=0.970;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=82;TCF=49;TCR=33;TR=81;WE=48524835;WS=48524817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr20	48561893	rs4810993	A	G	1712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=16;PP=720;SC=TCACTAACTTATGGGCTCTGA;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=48561901;WS=48561883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr20	48562083	rs11473738	G	GTTGGACACC	3186.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=25;PP=2900;SC=ATACAAAGAGGTTGCATGCCC;SOR=1.042;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=5;TCR=28;TR=30;WE=48562091;WS=48562073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	48562797	rs34310744	C	CT	1045.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.974;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.33;MQRankSum=0.649;QD=11.75;ReadPosRankSum=1.147;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,67:0.75:89
chr20	48568503	rs2281216	C	T	1956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=20;PP=1307;SC=GGGATCCGGTCCCTGGCAACC;SOR=1.712;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=48568511;WS=48568493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr20	48599473	rs113842434	AC	A	136.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=5.434;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=0.736;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.369;SOR=1.472;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,7:0.54:13
chr20	48599549	rs4647954	T	C	1008.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.562;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.568;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=15;PP=678;ReadPosRankSum=1.227;SC=CGAGTGGTTCTTCTGCGCTAC;SOR=0.746;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=119;TCF=68;TCR=51;TR=37;WE=48599557;WS=48599539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,61:0.31:195
chr20	48600268	rs4141977	C	T	200.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.150;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.969;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=-1.232;SC=TATTGAGAATCGGCCCCACCC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=44;TCF=37;TCR=7;TR=11;WE=48600276;WS=48600258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,12:0.23:52
chr20	48700947	rs67366514	T	C	2322.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.19;ReadPosRankSum=2.010;SOR=0.704;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:243,132:0.35:375
chr20	48713049	rs6012831	G	A	3019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=0.896;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	48729677	rs126907	C	G	6425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=2.145;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chr20	48729711	rs761214	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.22;ReadPosRankSum=-0.885;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:165,62:0.27:227
chr20	48746189	rs6122878	C	T	3740.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=248;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.676;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=50;PP=1568;ReadPosRankSum=0.477;SC=TGATAGCTGTCGGGTCAATGT;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=141;TCF=65;TCR=76;TR=96;WE=48746197;WS=48746179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,171:0.70:246
chr20	48747697	rs55894522	T	C	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=33;ReadPosRankSum=-1.163;SC=CCAAGACTCATGTGCTTGGAG;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=1;TCR=17;TR=6;WE=48747705;WS=48747687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chr20	48760238	rs10574784	CTT	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=4.084;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.19;MQRankSum=0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.494;SOR=1.692;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr20	48770159	rs232733	T	C	2159.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=38;PP=1136;SC=CCCGGCCAGTTCTCGGCGCCC;SOR=1.339;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=48770167;WS=48770149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr20	48808011	rs4253439	C	T	11292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=122;NR=159;PP=2965;SC=GCCTGGGGGCCGCCAAGGGCG;SOR=0.876;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=281;TCF=122;TCR=159;TR=281;WE=48808019;WS=48808001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,426:1.00:426
chr20	48892144	rs11086306	GT	G	2121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.992;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;MQRankSum=0.400;QD=15.60;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.485;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:17,119:0.88:136
chr20	48894674	rs13044283	A	C	2570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=27.35;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,93:0.99:94
chr20	49181345	rs16995294	T	A	1220.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.202;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=11;PP=748;ReadPosRankSum=2.692;SC=AAAATCCCAGTCGCCCCATAC;SOR=0.709;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=45;WE=49181353;WS=49181335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,53:0.62:85
chr20	49191228	rs1885177	A	C	4723.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.741;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.925;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=62;PP=1789;ReadPosRankSum=1.229;SC=TCAGGCGGCTACTGGTTCACA;SOR=0.623;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=158;TCF=65;TCR=93;TR=108;WE=49191236;WS=49191218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,218:0.69:317
chr20	49194866	rs3215684	A	AT	1402.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=4;PP=1323;ReadPosRankSum=-1.311;SC=TTAGAGGTAGAGAGTGGAAGG;SOR=0.577;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=53;TCF=46;TCR=7;TR=33;WE=49194874;WS=49194856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
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chr20	49227294	rs4811083	T	C	1915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=12;PP=1288;SC=CTGATCCCTGTTTCGAGGGCA;SOR=1.963;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=42;TCR=12;TR=54;WE=49227302;WS=49227284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr20	49227544	rs144167038	G	GGGCTTAGTGCCGGGCC	5945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=40;PP=2966;SC=TCAGAGAATGGGGCCCCTCAC;SOR=1.944;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=83;TCF=16;TCR=67;TR=53;WE=49227552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr20	49236478	rs6122953	G	A	4942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=80;NR=48;PP=2511;SC=AGGAGGCGAGGTAGAGGAATG;SOR=1.100;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=80;TCR=48;TR=128;WE=49236486;WS=49236468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr20	49411698	rs2272962	G	T	88.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=3.023;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,15:0.25:61
chr20	49434669	.	T	TA	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;ClippingRankSum=0.000;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=0.988;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-1.134;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:85,23:0.21:108
chr20	49447761	rs73127472	T	C	1129.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.654;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.771;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=25;PP=634;ReadPosRankSum=-0.491;SC=AGGCCAAGAGTTCGAAACCAC;SOR=0.334;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=29;WE=49447769;WS=49447751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,44:0.83:53
chr20	49448452	rs11905485	T	C	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=4;PP=139;ReadPosRankSum=1.438;SC=CAGCAGAGAATGAAGCAGGAA;SOR=0.916;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=44;TCF=29;TCR=15;TR=14;WE=49448460;WS=49448442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr20	49448800	.	CT	C	32.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=4.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.974;SOR=0.621;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chr20	49507892	rs761240	T	G	1625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=42;NR=3;PP=1262;SC=TCACACTGGATATCAGAGTTC;SOR=3.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=46;TCF=43;TCR=3;TR=45;WE=49507900;WS=49507887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr20	49562332	.	TA	T	1173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.298;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.374;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.715;NF=4;NR=17;PP=681;ReadPosRankSum=-0.199;SC=AGTAAGTCAGTAAAACAGGCT;SOR=0.393;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=21;WE=49562340;WS=49562322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,49:0.68:72
chr20	49620783	rs1054268	G	T	7544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=96;NR=104;PP=2965;SC=TGCCGCTCAGGATGCTGCTCA;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=200;TCF=96;TCR=104;TR=200;WE=49620791;WS=49620773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr20	49621149	rs6122993	T	C	7997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=87;PP=2965;SC=TGCGACGGCCTGCGGCGGCGC;SOR=0.782;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=191;TCF=104;TCR=87;TR=191;WE=49621157;WS=49621139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr20	49621399	rs4811110	G	C	2488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=51;PP=1219;SC=AGGAAAGGAGGGCAGAAGCTC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=49621407;WS=49621389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr20	49626971	rs6122994	C	T	132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=2.659;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=73;ReadPosRankSum=-1.382;SC=ATGCAGATTCCGCAGATATTC;SOR=1.022;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=6;WE=49626979;WS=49626961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr20	50015107	rs11086333	TAA	T	396.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.67;MQRankSum=0.555;QD=24.80;ReadPosRankSum=-1.492;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,15:0.94:16
chr20	50015299	rs2426295	A	C	230.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=0.000;QD=3.66;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,17:0.27:63
chr20	50015300	rs11478012	GA	G	1455.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.306;NF=4;NR=20;PP=421;ReadPosRankSum=-0.204;SC=TTTTTGAGAAGAAAAAAAAAA;SOR=0.435;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=24;WE=50015308;WS=50015289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,57:0.95:60
chr20	50071258	rs228840	A	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=27;PP=781;SC=TCACTGTGATAAGGGGAGATG;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=50071266;WS=50071248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	50243941	rs1467413	A	G	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=4;PP=319;SC=AGAAGCGAGGAAATGGGCCAT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=50243949;WS=50243934;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	50243966	rs80257071	G	A	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-1.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=75;ReadPosRankSum=-0.533;SC=CTCTGTGGGTGAAGAGAGTTC;SOR=0.801;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=8;WE=50243974;WS=50243956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,12:0.39:31
chr20	50244098	rs2426317	T	C	4249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=53;PP=1668;SC=GGGAGGCAGGTGGGGCTGCAA;SOR=0.805;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=60;TCR=53;TR=113;WE=50244106;WS=50244088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr20	50245732	rs2426318	G	C	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=39;PP=1139;SC=TGTTTTTTCAGTTGGCTGAAG;SOR=2.560;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=9;TCR=39;TR=48;WE=50245740;WS=50245722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	50255762	rs2426333	T	C	736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=0;PP=521;SC=TATATTCCCTTGTTAGTCTGG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=21;WE=50255770;WS=50255752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	50256107	rs2426334	T	C	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=18;PP=532;SC=CAGGCTGTGCTATGAACACAA;SOR=3.816;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=19;WE=50256115;WS=50256097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr20	50286484	rs5841856	T	TA	1869.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=27;PP=440;ReadPosRankSum=2.998;SC=ATATAGCTGTTAAAAAAAAAA;SOR=0.541;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=42;WE=50286492;WS=50286474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,97:0.94:103
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chr20	50287925	rs2255358	A	G	2808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=58;PP=1689;SC=GCACACTGCCAGAGCTGAACG;SOR=1.855;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=18;TCR=58;TR=76;WE=50287933;WS=50287915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr20	50290654	rs6091346	T	C	5297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=37;PP=2167;SC=GAGAAGAAGATGTCACGGCAG;SOR=1.213;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=81;TCR=37;TR=118;WE=50290662;WS=50290644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr20	50307502	rs4811222	G	C	1573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.805;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.843;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=49;PP=877;ReadPosRankSum=1.823;SC=GGAAAGAAGAGGAAAGTCCTC;SOR=0.872;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=92;TCF=18;TCR=74;TR=59;WE=50307510;WS=50307492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,75:0.66:114
chr20	50310483	rs143733288	A	ATC	7395.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=309;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.615;NF=20;NR=57;PP=2954;ReadPosRankSum=0.954;SC=CCCCCCAGGTATGAGTTTGAG;SOR=0.685;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=119;TCF=34;TCR=85;TR=77;WE=50310491;WS=50310473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,185:0.61:304
chr20	50314052	rs58432772	C	T	4116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FS=0.415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.86;ReadPosRankSum=1.152;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:124,196:0.61:320
chr20	50314200	rs1205690	A	G	595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.689;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.639;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=353;ReadPosRankSum=0.695;SC=TTCAACCGCTACAGAGGCCGT;SOR=0.318;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=20;WE=50314208;WS=50314190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr20	50329416	rs1205698	T	C	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=20;PP=1460;SC=TTCCCACACCTGCGGCCCGGG;SOR=1.449;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=55;TCR=20;TR=75;WE=50329424;WS=50329406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr20	50329704	rs1205699	G	A	390.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.990;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=14;PP=260;ReadPosRankSum=0.047;SC=CAGGAAAGGCGAGAGGTCACT;SOR=0.941;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=75;TCF=26;TCR=49;TR=20;WE=50329712;WS=50329694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,25:0.28:88
chr20	50342285	rs1205708	A	G	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=83;NR=36;PP=2423;SC=CCAGATGCCTAAGTGAGAGAA;SOR=1.517;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=119;TCF=83;TCR=36;TR=119;WE=50342293;WS=50342275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr20	50342555	rs1205709	C	T	1697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=42;PP=1238;SC=TGAATAACATCTAAAAACATT;SOR=3.422;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=5;TCR=43;TR=47;WE=50342563;WS=50342545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	50384821	rs3746416	A	G	1574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.67;BaseQRankSum=-0.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.657;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=19;PP=517;ReadPosRankSum=1.303;SC=AAAGGAAAACACGGGCCCAGG;SOR=0.590;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=58;TCF=28;TCR=30;TR=38;WE=50384829;WS=50384811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,80:0.60:133
chr20	50401355	rs58347405	G	A	478.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=349;SC=GACTTACAGCGGGGTTATGCC;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=50401363;WS=50401345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	50405627	rs150805097	C	A	2433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.597;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=43;PP=992;ReadPosRankSum=-0.402;SC=GGAACTTCAACCTTGACATAG;SOR=0.800;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=100;TCF=37;TCR=63;TR=67;WE=50405635;WS=50405617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,118:0.67:176
chr20	50407162	rs6021437	T	C	9115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=122;PP=2965;SC=TCTTAATGGATGTGTTGGTTC;SOR=0.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=231;TCF=108;TCR=123;TR=229;WE=50407170;WS=50407152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr20	50407502	rs6126344	A	C	3749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.747;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=53;PP=1748;ReadPosRankSum=2.282;SC=CCCAGGCTGCAGGTCACCGGG;SOR=0.886;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=104;TCF=49;TCR=55;TR=101;WE=50407510;WS=50407492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,145:0.99:147
chr20	50408482	rs6013281	A	G	8197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=326;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=123;NR=117;PP=2965;SC=GCAAGGTCACATTAGTGTTGG;SOR=0.889;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=242;TCF=123;TCR=119;TR=240;WE=50408490;WS=50408472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr20	50705211	rs2273382	A	G	383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.757;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.84;ReadPosRankSum=-0.299;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,31:0.23:135
chr20	50705584	rs973341	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=1.918;SC=GGCATCTCCCCCTAGGCTGTT;SOR=0.495;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=49;TCF=21;TCR=28;TR=15;WE=50705592;WS=50705574;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr20	50782303	rs6021771	A	G	1678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=11;PP=993;SC=GTAGTTTGGAACACATCCATG;SOR=1.536;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=50782311;WS=50782293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	51802132	rs2010156	T	C	2816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.314;NF=67;NR=30;PP=1438;ReadPosRankSum=-1.253;SC=GCACTCCAGCTGGGGATACAG;SOR=0.574;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=147;TCF=104;TCR=43;TR=97;WE=51802140;WS=51802122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,125:0.66:189
chr20	51870849	rs739870	T	C	7917.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=82;PP=2965;SC=GCGACTCCTTTGATTCCCTCC;SOR=0.740;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=94;TCR=82;TR=176;WE=51870857;WS=51870839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr20	52185814	rs4602270	C	A	1416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=22;PP=642;SC=CTAAGGAAAACAACATTTTTT;SOR=1.262;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=13;TCR=22;TR=35;WE=52185822;WS=52185804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr20	52188399	rs139374346	G	GA	795.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=30;PP=347;ReadPosRankSum=-0.739;SC=TTTCCTGATTGAAAAAAAAAA;SOR=0.399;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=0;TCR=39;TR=30;WE=52188407;WS=52188389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,42:0.93:45
chr20	52557934	rs74179252	G	GGT,GGTGT	2159.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=9,9;NR=18,18;PP=611,344;ReadPosRankSum=0.111;SC=CTGGAAGGGAGGTGTGTGTGT;SOR=0.627;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=27,27;WE=52557942;WS=52557924;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.62,0.34:73
chr20	52561372	rs2072241	A	G	240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.392;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=154;ReadPosRankSum=-0.824;SC=TCAGAAGAATATATACATGGA;SOR=0.050;SbPval=0.09;Source=Platypus;TC=34;TCF=31;TCR=3;TR=12;WE=52561380;WS=52561362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,12:0.35:34
chr20	52601802	.	C	CT	42	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MMLQ=19;MQ=60.0;NF=3;NR=0;PP=42;QD=24.3333333333;SC=GGACGACTCTCTAACGCTTGA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=3;WE=52601810;WS=52601792;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,3:0.50:6
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chr20	52675188	rs394732	G	T	89.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.095;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.334;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=8;PP=118;ReadPosRankSum=0.868;SC=TACACTACCTGGTAAGTCTCT;SOR=0.963;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=12;WE=52675196;WS=52675178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,10:0.20:50
chr20	52675259	rs2020975	G	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.006;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=9;PP=239;ReadPosRankSum=0.649;SC=GTTACCCATTGCTCCTATAAT;SOR=1.032;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=18;WE=52675267;WS=52675249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,15:0.21:73
chr20	52684837	rs3787551	G	T	902.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.590;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,51:0.37:139
chr20	52684924	rs6068765	C	A	2672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=34;PP=856;ReadPosRankSum=-1.993;SC=ATGTGCCAGGCAGCACCAGGG;SOR=0.676;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=68;WE=52684932;WS=52684914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,130:0.63:205
chr20	52685084	rs290446	T	C	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.36;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	52775447	.	G	C	2523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.423;ClippingRankSum=0.000;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.596;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=28;PP=1147;ReadPosRankSum=0.626;SC=TTGTGTTTACGAGAACAGTGT;SOR=0.604;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=122;TCF=80;TCR=42;TR=79;WE=52775455;WS=52775437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,117:0.66:178
chr20	52781251	rs2762939	G	C	898.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=19;PP=575;SC=CTCTGCACCGGTCCTGGGAGC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=7;TCR=19;TR=26;WE=52781259;WS=52781241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	52786219	rs2296241	G	A	2809.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.345;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=420;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.151;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=53;PP=1278;ReadPosRankSum=-0.329;SC=CCATAAAATCGGCCAAGACCT;SOR=0.803;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=272;TCF=122;TCR=150;TR=92;WE=52786227;WS=52786209;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,150:0.37:410
chr20	52788314	rs2259735	T	C	393.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.110;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=14;PP=203;ReadPosRankSum=-0.850;SC=AAACAAACACTGAGAATCATG;SOR=0.493;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=45;TCF=7;TCR=38;TR=18;WE=52788322;WS=52788304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,24:0.38:64
chr20	52789743	rs2248137	C	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.964;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=9;PP=350;ReadPosRankSum=0.664;SC=GGGGACCCTCCCTGCCCAGAC;SOR=1.125;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=26;WE=52789751;WS=52789733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,31:0.34:91
chr20	54823684	rs368604087	GTC	G	82.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.578;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,7:0.14:49
chr20	54823779	rs13044293	G	T	4368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=71;NR=37;PP=2256;SC=AAACTCTAAGGCCAGATTGAA;SOR=1.186;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=108;TCF=71;TCR=37;TR=108;WE=54823787;WS=54823769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr20	54934067	rs190100022	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.017;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=3;PP=112;ReadPosRankSum=-0.264;SC=GCACCATGGCCGGGTTGCTGG;SOR=0.243;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=7;WE=54934075;WS=54934057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,10:0.53:19
chr20	54935283	rs138363771	A	G	4216.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.489;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=74;PP=1963;ReadPosRankSum=0.905;SC=CCAGAGTGGCACCTTCTGCAC;SOR=0.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=202;TCF=84;TCR=118;TR=122;WE=54935291;WS=54935273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,196:0.61:320
chr20	54940427	rs111968423	A	G	197.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.740;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=107;ReadPosRankSum=1.472;SC=GTCTCACTCCACTGCCCAGGC;SOR=1.270;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=9;WE=54940435;WS=54940417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr20	54940952	rs113828299	G	A	640.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=2.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5062;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=3;PP=456;ReadPosRankSum=0.303;SC=CTCCCACCTCGGCCTCCCAAA;SOR=1.244;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=22;WE=54940960;WS=54940942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,26:0.76:34
chr20	54945309	rs33923703	T	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.889;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=480;ReadPosRankSum=-0.089;SC=TCTCTGAGCATTGGCCTCTGG;SOR=0.922;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=62;TCF=44;TCR=18;TR=31;WE=54945317;WS=54945299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,40:0.50:80
chr20	54945828	rs150892867	T	C	863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=517;ReadPosRankSum=1.807;SC=GGCCAGATCCTGTGCCCTAGG;SOR=0.784;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=7;TCR=34;TR=32;WE=54945836;WS=54945818;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,39:0.76:51
chr20	54961463	rs1047972	T	C	516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.313;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=13;PP=336;ReadPosRankSum=-0.663;SC=TGCAAAGGAATGCGCTGGGAA;SOR=0.595;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=62;TCR=42;TR=31;WE=54961471;WS=54961453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,32:0.27:119
chr20	54963149	rs67542863	C	CGACAAGACCAACCTCCATGTGGGTTTATAAATGTGAATGAGATTACAGATTATTCAATTTA	617.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=1.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.576;SOR=0.797;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,7:0.16:43
chr20	54974424	rs2426617	C	A	2018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=35;PP=1073;SC=GTATGTGAGACGTTGATGTTA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=54974432;WS=54974414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr20	55028167	rs2870738	G	A	7664.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=75;NR=102;PP=2965;SC=AGAAAAATAGGGCAAATATCT;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=75;TCR=102;TR=177;WE=55028175;WS=55028157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr20	55033476	rs3746623	C	G	8225.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=324;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.36;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,312:1.00:312
chr20	55033635	rs3746624	C	T	5634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=84;PP=2945;SC=ACGTGCGCAACGAGATCCTCC;SOR=0.844;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=151;TCF=66;TCR=85;TR=149;WE=55033655;WS=55033625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chr20	55033647	rs3746625	T	C	5265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=66;NR=85;PP=2732;SC=AGATCCTCCGTGGCAGCAGTC;SOR=0.898;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=152;TCF=66;TCR=86;TR=151;WE=55033655;WS=55033625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr20	55033713	rs3746626	G	A	5042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=64;PP=2374;SC=CCGTGCTCACGTACCCCAGCC;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=119;WE=55033721;WS=55033703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr20	55033856	rs4811697	A	C	2155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=41;PP=1218;SC=CACACCCACAACTTGTGCAAC;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=57;WE=55033864;WS=55033846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr20	55045632	rs6024898	G	A	5960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.533;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=64;PP=2615;ReadPosRankSum=-0.814;SC=CCTGGGTGACGGGATCATCTT;SOR=0.790;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=77;TCR=65;TR=140;WE=55045640;WS=55045622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,235:0.99:237
chr20	55045843	rs6014740	T	C	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=31;PP=893;SC=AGTTGAGGGTTTGGAGATTTT;SOR=1.498;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=13;TCR=31;TR=44;WE=55045851;WS=55045833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr20	55047632	rs11482055	T	TA	128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=0;NR=7;PP=156;SC=TTCTGAACTTTAAAAAAAAAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=7;WE=55047640;WS=55047622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	55048283	rs6024901	A	G	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=6;PP=295;SC=TACTGAATATACTTTTATATG;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=15;WE=55048291;WS=55048273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr20	55048496	rs11471796	T	TGAG	2103.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=14;PP=1054;SC=TAAGTGATTTTGAGAATTTTG;SOR=0.733;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=7;TCR=16;TR=20;WE=55048504;WS=55048486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	55049908	rs1474890	A	G	2380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=45;PP=1498;SC=CGCCTTAAAGACTGAACTCAG;SOR=1.233;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=26;TCR=46;TR=71;WE=55049916;WS=55049898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	55071620	rs6014752	T	G	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=5;PP=679;SC=AGTCAGTCAATCAATCAATCA;SOR=2.376;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=29;WE=55071628;WS=55071612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	55072472	rs6024911	A	G	7233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=75;PP=2965;SC=TTTGCAATTTAGGGGGCCGCC;SOR=0.753;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=162;TCF=86;TCR=76;TR=161;WE=55072480;WS=55072462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chr20	55088404	rs1059768	A	G	3274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=27;PP=1315;SC=TGATGTCATCATGCTCAATGG;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=77;WE=55088412;WS=55088394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr20	55101085	rs111909024	G	A	474.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.298;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.886;SOR=0.548;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,27:0.34:79
chr20	55108418	rs41311045	C	T	1292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.433;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.895;NF=35;NR=15;PP=767;ReadPosRankSum=-1.123;SC=TGAAATCGTCCCTGGTCCTGC;SOR=0.535;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=117;TCF=84;TCR=33;TR=50;WE=55108426;WS=55108408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,62:0.43:145
chr20	55108617	rs3209183	C	A	871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.732;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=59.77;MQRankSum=-1.220;NF=10;NR=32;PP=612;ReadPosRankSum=1.150;SC=TGTGATACTGCAGTGTCAAAG;SOR=0.864;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=112;TCF=29;TCR=83;TR=42;WE=55108625;WS=55108607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,47:0.34:139
chr20	55206241	.	G	GT	127.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.730;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=2.065;QD=0.67;ReadPosRankSum=2.515;SOR=0.599;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,34:0.18:192
chr20	55748206	rs2148328	G	A	4888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=49;PP=2185;SC=TGGTGGCCCCGCAGCCTGCCC;SOR=0.994;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=124;WE=55748214;WS=55748196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr20	55800937	rs6070031	C	T	3626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.473;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=50;PP=1335;ReadPosRankSum=-1.721;SC=TCTGCTGGAACGTGAGCTTCC;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=137;TCF=61;TCR=76;TR=89;WE=55800945;WS=55800927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,175:0.67:263
chr20	55913502	rs113456122	C	CT	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=5.332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=1.697;SOR=0.544;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chr20	55966904	rs117963839	C	T	231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-1.307;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,17:0.23:73
chr20	55974893	rs41274740	C	T	1135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.23;ReadPosRankSum=-0.881;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,52:0.74:70
chr20	55975099	rs6014986	T	A	335.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-1.099;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=169;ReadPosRankSum=-0.099;SC=TACTTCTCTCTCCCGCCCACC;SOR=0.610;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=46;TCF=16;TCR=30;TR=16;WE=55975107;WS=55975089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,20:0.40:50
chr20	55982579	rs3764719	T	C	3477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-2.383;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=718;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=47;PP=1364;ReadPosRankSum=1.006;SC=GGCCCTAACCTGCTCTGCTTG;SOR=0.678;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=388;TCF=249;TCR=139;TR=125;WE=55982587;WS=55982569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:489,218:0.31:707
chr20	56064267	rs6099656	T	C	7437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=113;PP=2790;SC=CTGTGCAAGATGTCTACGATA;SOR=1.081;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=176;TCF=62;TCR=114;TR=175;WE=56064275;WS=56064257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr20	56071296	rs11086611	G	A	2143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=23;PP=675;SC=CCCCTCTCTCGCTCCTGCTTT;SOR=0.987;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=16;TCR=23;TR=39;WE=56071304;WS=56071286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	56082984	rs73176793	A	G	394.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.13;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.962;HP=3;HapScore=4;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=19;PP=309;ReadPosRankSum=-0.327;SC=CAACAGCACTATTCTTTTTTT;SOR=1.808;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=61;TCF=7;TCR=54;TR=20;WE=56082995;WS=56082974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,20:0.36:56
chr20	56089869	rs11086612	GT	G	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=478;ExcessHet=3.0103;FS=5.327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.74;ReadPosRankSum=2.435;SOR=1.020;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:356,92:0.21:448
chr20	56090807	rs6025601	A	G	1538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.896;SOR=0.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,90:0.38:239
chr20	56098733	rs6025606	T	C	2055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.205;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=30;PP=1033;ReadPosRankSum=-2.761;SC=ATCAGTCCAGTAGTTTCAGCC;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=238;TCF=147;TCR=91;TR=78;WE=56098741;WS=56098723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:269,125:0.32:394
chr20	56131387	rs117072392	ACG	CTT	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.207;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=1555;ReadPosRankSum=-0.616;SC=TTGGGAAAACACGGACCTTGA;SOR=0.927;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=20;WE=56131397;WS=56131377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,30:0.58:52
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chr20	56136536	rs1042521	A	G	1805.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=325;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.73;ReadPosRankSum=-2.869;SOR=0.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:213,102:0.32:315
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chr20	56139365	rs1804160	G	A	1945.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=397;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.824;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=35;PP=742;ReadPosRankSum=-0.154;SC=CGACGGGGGCGTTTACTGGGA;SOR=0.625;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=217;TCF=95;TCR=122;TR=64;WE=56139373;WS=56139355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,122:0.31:395
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chr20	56139967	rs1023049	C	T	194.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=1.311;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=1;PP=123;ReadPosRankSum=-0.849;SC=GCTTGGTGAACGCAAAACTAG;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=7;WE=56139975;WS=56139957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr20	56140076	rs59716278	C	CT	439.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.864;HP=10;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=7;PP=127;ReadPosRankSum=0.423;SC=GAACATTTCTCTTTTTTTTTC;SOR=0.547;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=12;WE=56140084;WS=56140066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,31:0.36:86
chr20	56179422	rs6064572	C	A	2257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1059;ReadPosRankSum=-0.718;SC=CCCAAGGCAACTCCCTGTCAT;SOR=0.655;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=72;WE=56179430;WS=56179412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,107:0.63:170
chr20	56179586	rs6123710	G	A	3213.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.467;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=47;PP=1513;ReadPosRankSum=0.835;SC=CCTAGCATGCGCCCACCCCCA;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=172;TCF=93;TCR=79;TR=103;WE=56179594;WS=56179576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,152:0.60:252
chr20	56179875	rs8118279	A	G	265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.460;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=91;ReadPosRankSum=-2.209;SC=TGGCCTGGGCATTTCCACAGG;SOR=0.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=7;TCR=28;TR=9;WE=56179883;WS=56179865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,15:0.36:42
chr20	56182183	rs4811888	G	C	736.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.787;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=16;PP=303;ReadPosRankSum=0.638;SC=AGATGGATCTGGGCAAAGTAA;SOR=0.657;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=32;WE=56182191;WS=56182173;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:106,48:0.31:154
chr20	56182296	rs6123711	A	C	1351.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.034;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=24;PP=591;ReadPosRankSum=-2.195;SC=AGTCTGGAAGAAGTTGATTCC;SOR=0.972;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=68;TCF=31;TCR=37;TR=40;WE=56182304;WS=56182286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,64:0.65:98
chr20	56186884	rs2865394	T	C	7230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=78;NR=62;PP=2506;SC=CAGTATGGACTGCTCCATGTG;SOR=0.797;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=140;TCF=78;TCR=62;TR=140;WE=56186892;WS=56186874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr20	56190634	rs2073145	C	T	2741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=30;NR=53;PP=1495;SC=TGGGGCCTCTCGGCTGCAGAA;SOR=1.222;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=83;WE=56190642;WS=56190624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr20	56191172	rs11468882	CAG	C	13399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=345;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=45;NR=85;PP=2973;SC=AACCAAGGCACAGAGAGAGGA;SOR=0.921;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=146;TCF=49;TCR=97;TR=130;WE=56191181;WS=56191162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,328:1.00:328
chr20	56227532	rs6025699	T	C	4772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=74;PP=1923;SC=AGATGGTGGGTGGCAGGTCGA;SOR=0.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=45;TCR=74;TR=119;WE=56227540;WS=56227522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,185:1.00:185
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chr20	56726107	rs6070358	C	T	8028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=75;NR=77;PP=2704;SC=TGGGATCGGGCAACGCGGTGG;SOR=0.700;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=75;TCR=77;TR=152;WE=56726115;WS=56726097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,313:1.00:313
chr20	56735759	rs17440813	A	G	3323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.067;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=40;PP=1344;ReadPosRankSum=0.751;SC=CCAGGGCTTCATCGGCTGGAG;SOR=0.837;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=161;TCF=93;TCR=68;TR=99;WE=56735767;WS=56735749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,164:0.60:274
chr20	56793546	rs583987	A	G	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=31;PP=1487;SC=CGTTCCCACCAGGAGCTAATG;SOR=1.336;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=89;WE=56793554;WS=56793536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr20	56793706	rs584855	G	A	7384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=86;PP=2965;SC=TGGTTCAGGCGGTGTGCAATG;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=161;TCF=75;TCR=86;TR=160;WE=56793714;WS=56793696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,286:1.00:286
chr20	56793764	rs1192511	G	A	4614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=51;NR=69;PP=1990;SC=TGGAGGCCCCGTGCTGGAGCA;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=51;TCR=69;TR=120;WE=56793772;WS=56793754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
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chr20	56798017	rs573485	T	C	410.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=242;ReadPosRankSum=0.174;SC=GAAACTGTTATTCACATATCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=28;TCR=6;TR=16;WE=56798025;WS=56798007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,19:0.50:38
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chr20	56811400	rs474212	C	A	1167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=3;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=26;PP=404;SC=GGCAAAAAAACAAAATTATTG;SOR=2.362;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=34;WE=56811408;WS=56811382;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr20	56813472	rs678936	G	C	48.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.077;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=3;PP=25;ReadPosRankSum=1.279;SC=TCACTGGCAAGAACTTTTGCA;SOR=0.368;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=4;WE=56813480;WS=56813462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr20	56814195	rs3831236	A	AC	608.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.067;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.038;NF=9;NR=3;PP=399;ReadPosRankSum=-1.164;SC=AGAAAGCTAAAAACTGCATTG;SOR=0.867;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=12;WE=56814203;WS=56814185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,22:0.33:66
chr20	56814892	rs614507	G	T	754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.408;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=21;PP=368;ReadPosRankSum=0.232;SC=AGCGGCTGAGGTATTACATCC;SOR=0.879;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=116;TCF=49;TCR=67;TR=34;WE=56814900;WS=56814882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,46:0.30:153
chr20	56815878	rs514706	A	T	136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.15;BaseQRankSum=-2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=127;ReadPosRankSum=-0.635;SC=TTTTAAGTGCAAAGGAAAATT;SOR=0.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=8;WE=56815886;WS=56815868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chr20	56820702	rs595292	G	T	3865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=35;PP=2403;SC=CCTCTCAATGGGTATACAGTG;SOR=1.858;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=85;TCR=35;TR=120;WE=56820710;WS=56820692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr20	56820880	rs3746406	C	T	5349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.449;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.858;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=85;PP=2443;ReadPosRankSum=-1.947;SC=CTGCAAGCTACCAAGGACTTT;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=234;TCF=108;TCR=126;TR=155;WE=56820888;WS=56820870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,243:0.68:358
chr20	56821127	rs3746405	A	G	1756.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.339;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;ReadPosRankSum=-0.867;SC=AGCTTTGAGCAGGCGCTGGTC;SOR=0.848;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=95;TCF=53;TCR=42;TR=62;WE=56821135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,92:0.62:148
chr20	56822236	rs1541117	C	A	402.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=5;PP=184;ReadPosRankSum=0.000;SC=TTACTTTTTGCTTCTTTACAT;SOR=0.743;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=15;WE=56822244;WS=56822226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr20	56822536	rs4811972	G	A	539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.653;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=14;PP=353;ReadPosRankSum=2.046;SC=TGAAGGGGCCGAGGGACTGGA;SOR=0.582;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=21;WE=56822544;WS=56822526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,23:0.70:33
chr20	56823390	rs11471230	GTTTT	G	1488.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.6341;FS=3.014;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=1.807;NF=2;NR=22;PP=603;ReadPosRankSum=0.316;SC=AGCAGAACCTGTTTTTTTTAT;SOR=0.152;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=30;TCF=2;TCR=28;TR=24;WE=56823401;WS=56823380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,49:0.96:51
chr20	56825826	rs2282205	A	C	98.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.712;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=3;NR=1;PP=28;ReadPosRankSum=1.068;SC=GAAGTTATGAAATTTGAAATT;SOR=0.527;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=4;WE=56825834;WS=56825816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr20	56826934	rs6064631	T	A	1590.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.457;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=49;PP=1212;ReadPosRankSum=2.879;SC=TAAATTTTTTTAAAAAATCGA;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=41;TCR=71;TR=78;WE=56826942;WS=56826924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,82:0.60:137
chr20	56838389	rs6128295	A	G	601.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.260;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=5;PP=297;ReadPosRankSum=0.777;SC=CTTATGGGACAGTGCCCACAG;SOR=0.521;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=21;WE=56838397;WS=56838379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,29:0.67:43
chr20	56846580	rs6015238	T	A	802.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.60;ReadPosRankSum=-1.094;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,37:0.67:55
chr20	56861637	rs6026181	A	G	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=-2.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.823;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=-1.349;SC=GAATCGCAACATTGAGAATTC;SOR=0.191;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=16;WE=56861645;WS=56861627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,15:0.83:18
chr20	56934551	rs77740075	CT	C	168.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=1.139;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.60;ReadPosRankSum=-0.981;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,24:0.37:65
chr20	57009796	rs2234487	C	T	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=10;PP=191;ReadPosRankSum=-1.597;SC=TTTTCAGTAACAATAATTTAA;SOR=0.473;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=14;WE=57009804;WS=57009786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,20:0.65:31
chr20	57011273	rs6026273	G	T	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=1.423;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=105;ReadPosRankSum=-0.221;SC=AATGTACATTGTGGGAAATTT;SOR=0.673;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=7;WE=57011281;WS=57011263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,10:0.40:25
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chr20	57042665	rs7265854	A	G	1023.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.431;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.087;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=16;PP=413;ReadPosRankSum=-1.239;SC=CGGCTGGGGTAGAAGGTGTAG;SOR=0.176;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=44;TCF=16;TCR=28;TR=28;WE=57042673;WS=57042655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,47:0.73:64
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chr20	57234513	rs200413373	AAAG	A	321.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.829;HP=11;HapScore=4;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.682;NF=27;NR=11;PP=1010;ReadPosRankSum=2.680;SC=TAAAAAAAAAAAAGGAGATTT;SOR=1.592;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=72;TCF=48;TCR=24;TR=38;WE=57234523;WS=57234493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,29:0.27:109
chr20	57246478	rs11481330	C	CT	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.104;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.496;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
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chr20	57275949	rs6070554	A	C	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=49;NR=12;PP=1387;SC=GGCAGGGAGCACCAGGCTCAG;SOR=2.457;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=49;TCR=12;TR=61;WE=57275957;WS=57275939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
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chr20	57289017	rs35104993	C	T	537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.768;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=9;PP=253;ReadPosRankSum=0.635;SC=TCACCAACAGCGCTGAGTGGG;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=24;WE=57289025;WS=57289007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,35:0.32:110
chr20	57290347	rs6026468	C	G	611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.098;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=9;PP=218;ReadPosRankSum=-1.157;SC=GGAGGGGGACCTGGGGAGGGA;SOR=0.632;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=46;TCF=27;TCR=19;TR=20;WE=57290355;WS=57290337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,34:0.44:78
chr20	57292717	rs78774012	C	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.177;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.709;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=261;ReadPosRankSum=0.062;SC=TGAGGGCACACAGGGCTGCAC;SOR=0.521;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=36;TCR=25;TR=18;WE=57292725;WS=57292707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,31:0.28:109
chr20	57293089	rs6026470	A	G	1451.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FS=0.934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.664;QD=4.26;ReadPosRankSum=-1.641;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:250,91:0.27:341
chr20	57293118	rs2426777	T	C	4279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.575;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.537;NF=41;NR=37;PP=2795;ReadPosRankSum=-0.788;SC=CCAGAACTGATGGAAAATCTC;SOR=0.740;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=270;TCF=131;TCR=139;TR=78;WE=57293132;WS=57293108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,124:0.30:415
chr20	57293124	rs10470038	A	AG	4108.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FS=0.577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.03;MQRankSum=1.564;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.598;SOR=0.705;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:294,121:0.29:415
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chr20	57360653	rs61349087	C	G	66.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.589;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chr20	57415995	rs1800905	A	G	2265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.962;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.267;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=46;PP=1101;ReadPosRankSum=0.416;SC=GGAGCAGCGCAGGTGGAAAGG;SOR=0.848;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=107;TCF=34;TCR=73;TR=65;WE=57416003;WS=57415985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,104:0.61:170
chr20	57465252	rs369104721	TGAA	T	95.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.08;ReadPosRankSum=-2.307;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,6:0.13:46
chr20	57466761	.	CCCG	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.672;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=2.166;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,6:0.10:59
chr20	57474720	rs35714680	GCA	G	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=2;PP=97;ReadPosRankSum=2.308;SC=ACACACACACGCACACACATG;SOR=0.527;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=3;WE=57474729;WS=57474710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,4:0.31:13
chr20	57475191	rs13831	A	G	187.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.017;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.932;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=5;PP=87;ReadPosRankSum=-1.408;SC=ACGAAAAATGAACTGAAATCC;SOR=0.175;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=7;WE=57475199;WS=57475181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,9:0.75:12
chr20	57478807	rs7121	C	T	7573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=97;PP=2965;SC=TGGACTACATCCTGAGTGTGA;SOR=0.905;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=165;TCF=68;TCR=97;TR=165;WE=57478815;WS=57478797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,288:1.00:288
chr20	57484934	rs3730173	C	T	630.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.992;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.997;HP=3;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=16;PP=397;ReadPosRankSum=-0.075;SC=AGAAGAACCCCGTGCAAGCAT;SOR=0.849;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=62;TCF=21;TCR=41;TR=24;WE=57484942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,27:0.44:62
chr20	57556295	rs151333	C	T	1101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=5;PP=459;SC=CCCGCCCGCCCGTCCCCGCCT;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=57556303;WS=57556285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr20	57565943	rs163782	G	C	6176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=47;PP=2764;SC=TAGTAACGGGGTCTATGGTTT;SOR=1.154;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=138;TCF=91;TCR=47;TR=137;WE=57565951;WS=57565933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr20	57566637	rs149265	C	T	789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=25;PP=641;SC=TGTGTTTCTGCGTAGAGAAAG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=57566645;WS=57566627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	57569816	rs7341	G	T	4568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=34;NR=76;PP=2174;SC=TAAGAGGCTCGGGCAGCGTCT;SOR=1.302;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=34;TCR=76;TR=110;WE=57569836;WS=57569806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr20	57570568	rs13720	G	A	1086.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=31;NR=2;PP=789;SC=CGCAGCCAGTGCCACGCTGTC;SOR=3.855;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=34;TCF=32;TCR=2;TR=33;WE=57570576;WS=57570558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr20	57570854	rs3787492	G	A	2609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=53;PP=1465;SC=ATCTGCAGCCGTCTCCCGCTC;SOR=1.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=22;TCR=53;TR=75;WE=57570862;WS=57570844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr20	57571763	rs9760	A	G	11326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=467;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.79;SOR=0.761;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr20	57572614	rs417847	T	C	387.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=226;SC=GCGGGACCTTTCCTCACCCGC;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=57572622;WS=57572604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	57572675	rs163785	A	G	1293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.41;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr20	57582285	rs71181993	C	CCGGCCT	1177.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=268;SC=GGCCTCGGCCCAGCACCCGGC;SOR=2.387;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=57582293;WS=57582275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	57599016	rs163777	T	G	5230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=53;PP=2965;SC=TGTCGGACACTGTGGTGGAGC;SOR=1.317;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=101;TCR=54;TR=154;WE=57599024;WS=57599006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr20	57607449	rs16984980	C	A	256.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.71;ReadPosRankSum=2.712;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,17:0.38:45
chr20	57612390	rs151359	C	G	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=4;PP=62;ReadPosRankSum=1.492;SC=CTTACCAAGTCTATCAATATT;SOR=0.892;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=9;WE=57612398;WS=57612380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,9:0.23:39
chr20	57613704	rs61329417	CA	C	92.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.638;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=4.060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.58;ReadPosRankSum=1.670;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr20	57767043	rs259984	G	C	2705.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.176;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.556;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=43;PP=1323;ReadPosRankSum=-1.184;SC=CGACGGCAGCGGAGAAGCCCT;SOR=0.513;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=148;TCF=69;TCR=79;TR=86;WE=57767051;WS=57767033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,122:0.62:196
chr20	57767727	rs61743785	T	A	3539.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=0.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.895;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=62;PP=2142;ReadPosRankSum=0.131;SC=TAAGCTCGACTGACGTTCCCA;SOR=0.486;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=174;TCF=79;TCR=95;TR=119;WE=57767735;WS=57767717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,153:0.66:232
chr20	57768399	rs442091	T	C	2285.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=1341;ReadPosRankSum=-0.401;SC=ATGTAGAGGCTCCCAGGCCAG;SOR=0.797;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=107;TCF=55;TCR=52;TR=74;WE=57768407;WS=57768389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,99:0.68:145
chr20	57768743	rs56057707	C	T	3624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.979;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.466;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=55;PP=1863;ReadPosRankSum=1.220;SC=TTGGCTGCTGCTTCTGTTGCC;SOR=0.518;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=189;TCF=108;TCR=81;TR=120;WE=57768751;WS=57768733;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,169:0.63:269
chr20	57769140	rs55786258	G	C	2692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.676;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.143;HP=7;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=36;PP=1307;ReadPosRankSum=-0.069;SC=GGGCACAGTTGGGGGGGGACA;SOR=0.398;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=119;TCF=69;TCR=50;TR=80;WE=57769148;WS=57769130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,120:0.71:168
chr20	57769854	rs454356	A	G	692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=22;PP=438;ReadPosRankSum=1.049;SC=TTGAGAGAGCATGTTGTTATC;SOR=0.848;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=26;WE=57769862;WS=57769844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,30:0.64:47
chr20	57781799	rs141578872	TGGG	T	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.419;HP=7;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=2;PP=273;ReadPosRankSum=-0.254;SC=CCTGGGGAGGTGGGGGATGAG;SOR=1.897;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=7;WE=57781809;WS=57781792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,11:0.52:21
chr20	57828923	rs259957	A	C	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.080;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=1.624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-3.510;SOR=1.135;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chr20	58179932	.	C	CT	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.078;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=2.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;MQRankSum=1.851;QD=3.95;ReadPosRankSum=1.979;SOR=0.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,18:0.43:42
chr20	58330128	rs1182477	G	C	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=-0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.915;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=3;PP=747;ReadPosRankSum=1.029;SC=AGAGGGGTGGGGGACCACCCA;SOR=1.314;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=46;TCR=4;TR=35;WE=58330136;WS=58330118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,35:0.69:51
chr20	58342130	rs2426831	T	A	471.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-2.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=1;PP=372;ReadPosRankSum=0.470;SC=AGGTCACTGCTCTGTATGCTC;SOR=1.382;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=27;TCF=26;TCR=1;TR=19;WE=58342138;WS=58342120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,19:0.63:30
chr20	58342145	rs117798193	C	T	273.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.565;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=0;PP=88;ReadPosRankSum=1.407;SC=ATGCTCTTCACGATCCCATCC;SOR=0.395;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=8;WE=58342153;WS=58342135;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,15:0.32:47
chr20	58411441	rs2426849	T	C	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=142;SC=TTTCTCTCCTTCCAATTTTGG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=58411449;WS=58411431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	58420336	rs1416388	G	A	1490.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.619;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=22;PP=475;ReadPosRankSum=1.489;SC=ATTTGTTTCTGTGAATTTCAT;SOR=0.703;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=167;TCF=92;TCR=75;TR=49;WE=58420344;WS=58420326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,94:0.33:283
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chr20	58444089	rs41304425	T	C	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=2.872;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=6;PP=105;ReadPosRankSum=0.731;SC=CTGTCAATTCTTTCTCAGATT;SOR=0.569;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=6;WE=58444097;WS=58444079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
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chr20	58645262	rs35835192	A	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=2.028;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.056;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=21;PP=396;ReadPosRankSum=-0.407;SC=TGGAATGCAAACATATTTAGA;SOR=0.448;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=75;TCF=15;TCR=60;TR=27;WE=58645270;WS=58645252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,31:0.39:79
chr20	59091946	rs6064934	A	C	142.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=5;PP=112;SC=AAAACACATAAAATTATATTT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=59091954;WS=59091936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr20	59431384	rs10485471	G	C	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-2.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.738;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=13;PP=609;ReadPosRankSum=0.065;SC=AATAGAGTCAGAATTGGATAC;SOR=0.562;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=97;TCF=69;TCR=28;TR=43;WE=59431392;WS=59431374;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,50:0.41:121
chr20	59431577	rs36227877	TACACAC	T	1601.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.22;SOR=1.528;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,46:0.87:53
chr20	59829847	rs3752252	C	T	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.69;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr20	59908320	rs72064063	TACAC	T	1725.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.662;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.579;NF=3;NR=39;PP=976;ReadPosRankSum=-2.267;SC=CACACACATGTACACACACAC;SOR=0.504;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=94;TCF=9;TCR=85;TR=42;WE=59908333;WS=59908310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,60:0.42:143
chr20	59908349	rs11086735	A	G	1939.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.248;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=23;PP=448;ReadPosRankSum=-0.485;SC=ACACATGCACACACACCTGCA;SOR=0.314;SbPval=0.24;Source=Platypus;TC=106;TCF=28;TCR=78;TR=35;WE=59908357;WS=59908339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,54:0.42:130
chr20	59908377	rs11908491	T	C	867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.731;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.874;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=20;PP=418;ReadPosRankSum=-0.362;SC=GCTGGCAAGTTTCTCTTTTTC;SOR=0.281;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=80;TCF=18;TCR=62;TR=28;WE=59908385;WS=59908367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,42:0.43:97
chr20	60145672	rs2252560	T	G	482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.142;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.834;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=309;ReadPosRankSum=0.163;SC=CCTGGTGTGTTTGGGAATGGG;SOR=0.941;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=25;WE=60145680;WS=60145662;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,29:0.31:95
chr20	60293919	rs2892179	C	A	13150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=132;NR=182;PP=2965;SC=TTCACTGTTCCTGCTGTCAGG;SOR=0.922;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=132;TCR=182;TR=314;WE=60293927;WS=60293909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,502:1.00:502
chr20	60294246	rs11440327	A	AT	1857.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.315;HP=11;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.781;NF=3;NR=59;PP=800;ReadPosRankSum=-0.125;SC=CTAATCAGAGATTTTTTTTTT;SOR=0.844;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=99;TCF=6;TCR=93;TR=62;WE=60294254;WS=60294236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,112:0.63:177
chr20	60485327	rs1776237	C	T	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=0;PP=258;SC=TGGGCTGACACGGTGTGTTCT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=60485335;WS=60485317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	60485627	rs2427240	C	T	5540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=85;PP=2407;SC=TCCGCACAGACCCCGTAACCA;SOR=1.152;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=126;TCF=41;TCR=85;TR=126;WE=60485635;WS=60485617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,213:1.00:213
chr20	60572663	rs2296081	C	A	856.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=14;PP=389;ReadPosRankSum=-0.864;SC=TGGGCCCGATCGCTGCTAGTG;SOR=0.706;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=103;TCF=59;TCR=44;TR=34;WE=60572671;WS=60572653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:107,54:0.34:161
chr20	60573983	rs2296082	A	G	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=46;ReadPosRankSum=1.654;SC=TGAGCTCATCAGGTTGTGGCT;SOR=0.327;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=8;WE=60573991;WS=60573973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr20	60574216	rs2296083	C	T	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.266;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=242;ReadPosRankSum=0.374;SC=GCCCAGCAAGCAAAGGGGTTG;SOR=1.101;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=19;WE=60574224;WS=60574206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,23:0.35:66
chr20	60582540	rs2281735	T	A	242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.26;ReadPosRankSum=1.160;SOR=0.646;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chr20	60584328	rs2296087	T	A	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=8;PP=131;ReadPosRankSum=0.218;SC=AAAAGATACATATATTTCTTC;SOR=0.392;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=0;TCR=20;TR=8;WE=60584336;WS=60584318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr20	60589786	rs13041817	G	A	8478.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.604;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=1.509;SC=GAGACCTGGCGTCAGGAACGC;SOR=0.704;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=320;TCF=145;TCR=175;TR=224;WE=60589794;WS=60589776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,400:0.71:560
chr20	60639883	rs1886009	T	C	124.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.83;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr20	60640305	rs200074661	TGCCAGG	T	527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=6;PP=232;SC=CCGGCGGGCTTGCCAGGGCCA;SOR=0.818;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=6;WE=60640318;WS=60640295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	60699938	rs11480126	C	CT	122.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.687;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=6.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,11:0.69:16
chr20	60704117	rs4925345	A	G	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=37;PP=993;SC=TTTCCTCCTGATTCAGAGGGC;SOR=1.823;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=15;TCR=37;TR=52;WE=60704125;WS=60704107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr20	60708216	rs6089657	G	A	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=5;PP=838;SC=CAGAGCTGACGGGGCCGCCCC;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=34;TCR=5;TR=39;WE=60708224;WS=60708206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	60709530	.	CTT	C,CT	445.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.743;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.93;ReadPosRankSum=0.703;SOR=0.613;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:4,14,14:0.44,0.44:32
chr20	60712174	rs3078903	CAGCAGT	C	456.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=63.51;NF=5;NR=7;PP=567;SC=AAGTATTAAGCAGCAGTAGCA;SOR=1.022;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=12;WE=60712187;WS=60712164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr20	60712284	rs2057169	G	A	1826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=49;NR=10;PP=1356;SC=GACGTATGGGGAGCCTCAGAA;SOR=2.985;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=49;TCR=10;TR=59;WE=60712292;WS=60712274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	60712347	rs2057168	G	A	6367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=131;NR=46;PP=2965;SC=GTTTCCTTCGGAACTGGTACT;SOR=1.784;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=177;TCF=131;TCR=46;TR=177;WE=60712355;WS=60712337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr20	60712511	rs2281740	A	G	14243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=131;NR=188;PP=2965;SC=AGGAGCATTAACCACCTTTCC;SOR=0.921;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=321;TCF=133;TCR=188;TR=319;WE=60712519;WS=60712501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,542:1.00:542
chr20	60713311	rs7076	G	A	6251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=83;PP=2507;SC=CCAGGAACTCGCGCACTGACT;SOR=0.910;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=142;TCF=58;TCR=84;TR=141;WE=60713319;WS=60713301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr20	60713332	rs1135961	A	G	5358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=50;NR=77;PP=2620;SC=TGGCACCCCGACCTATGGCAT;SOR=0.974;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=130;TCF=51;TCR=79;TR=127;WE=60713340;WS=60713322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr20	60718420	rs3746651	C	T	962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=17;PP=490;SC=ACTCACGGCCCGCGCGCACCC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=14;TCR=17;TR=31;WE=60718428;WS=60718410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	60718499	.	G	GGCGTCAGGCGGCGACGGGCA	114.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.495;ClippingRankSum=-0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.72;MQRankSum=0.765;QD=12.75;ReadPosRankSum=1.309;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chr20	60768615	rs6062133	G	A	1320.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=32;PP=810;ReadPosRankSum=-1.049;SC=GCTCTCGGTCGGCCGTGCGGA;SOR=0.719;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=44;WE=60768623;WS=60768605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,56:0.72:78
chr20	60773684	rs4925355	C	T	483.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=6;PP=267;ReadPosRankSum=1.976;SC=GCCTGCTGTTCCCCAGGTCCC;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=89;TCF=68;TCR=21;TR=24;WE=60773692;WS=60773674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:79,29:0.27:108
chr20	60791404	rs3787429	C	T	2993.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=52;PP=1579;SC=GCTTCTCCAGCGAGGCCGAGG;SOR=1.028;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=34;TCR=52;TR=85;WE=60791412;WS=60791394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr20	60791866	rs41284986	G	A	1130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=2.285;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.14;ReadPosRankSum=-1.507;SOR=0.553;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:197,76:0.28:273
chr20	60808026	rs6089695	C	T	5141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.193;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.791;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=79;PP=2492;ReadPosRankSum=-0.873;SC=AAACCCATGGCGCCACCCTCA;SOR=0.667;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=269;TCF=135;TCR=134;TR=166;WE=60808034;WS=60808016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,239:0.63:382
chr20	60831300	rs6089706	G	A	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=25;PP=729;SC=AGAACCAACTGGGGACGTACT;SOR=1.659;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=33;WE=60831308;WS=60831290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	60848248	rs6061476	G	T	450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=1;PP=377;SC=AACTGAAAACGCACACGGAAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=60848256;WS=60848247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	60848348	rs2236526	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=18;PP=511;ReadPosRankSum=-1.323;SC=CCTGTCCCCCCCGTGGATTAT;SOR=0.458;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=39;WE=60848356;WS=60848338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,57:0.65:88
chr20	60857034	rs2274938	G	A	982.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.760;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.505;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=28;PP=632;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CTACGTGCATGAGACGCGGGT;SOR=0.469;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=4;TCR=42;TR=31;WE=60857042;WS=60857024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,39:0.70:56
chr20	60859381	rs4925225	A	G	2661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=33;PP=1013;SC=GATGAACCATATATTGTGGGT;SOR=0.994;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=60859389;WS=60859371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr20	60859430	rs11306058	AT	A	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.018;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,28:0.74:38
chr20	60859486	rs4925226	A	G	802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=10;PP=320;SC=AGGCTGGAGTACAGTGGTGCA;SOR=0.957;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=8;TCR=10;TR=18;WE=60859494;WS=60859476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	60861782	rs2297592	A	G	571.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.463;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.608;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=11;PP=236;ReadPosRankSum=-0.551;SC=GTGTCCCTCCATGGCCTGACG;SOR=0.239;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=18;WE=60861790;WS=60861772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,29:0.48:60
chr20	60864390	rs3746657	C	T	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.039;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=34;PP=842;ReadPosRankSum=1.269;SC=AACATGGGTGCGTCCACGCAG;SOR=0.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=57;WE=60864398;WS=60864380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,76:0.83:92
chr20	60881330	rs2427273	G	A	7661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=78;PP=2748;SC=TGCCTGGGGCGCTGGGGGCCA;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=163;TCF=85;TCR=78;TR=162;WE=60881338;WS=60881320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,305:1.00:305
chr20	60881643	rs2427274	T	C	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=15;PP=799;SC=GCGCAGGCAGTGCGGTGGGGC;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=60881651;WS=60881633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr20	60881780	rs2427275	T	C	4464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=46;PP=1718;SC=CAGCCGGCCTTGGAGGACTGG;SOR=0.857;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=58;TCR=46;TR=103;WE=60881788;WS=60881770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr20	60882888	rs2427278	A	G	5812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=95;PP=2965;SC=CAGCAAGGTAACGTGTGCTGT;SOR=1.288;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=142;TCF=46;TCR=96;TR=141;WE=60882896;WS=60882878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr20	60883273	rs2236523	A	C	309.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.159;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=10;PP=234;ReadPosRankSum=0.266;SC=CTGTGTGCTCAGGGAGTGGGC;SOR=0.519;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=39;TCF=14;TCR=25;TR=17;WE=60883281;WS=60883263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,17:0.36:47
chr20	60884695	.	T	TGGGGGGGTGGGAGGGGGTGGG	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.19;QD=47.67;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr20	60885142	rs2379129	C	A	2662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.343;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=48;PP=1522;ReadPosRankSum=-0.417;SC=CAGGACCTGGCGGGGTAGGAA;SOR=0.720;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=145;TCF=72;TCR=73;TR=92;WE=60885150;WS=60885132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,123:0.60:204
chr20	60885428	rs41310032	C	A	1768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.793;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.054;HP=4;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=26;PP=957;ReadPosRankSum=0.338;SC=CCTCCTGGAGCCCCCTGCCCT;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=62;WE=60885436;WS=60885418;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,87:0.39:223
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chr20	60886611	rs2297590	C	T	3174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.788;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=46;PP=1257;ReadPosRankSum=-0.454;SC=GGCGGGCAGGCGGTCAGCAGC;SOR=0.681;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=132;TCF=63;TCR=69;TR=87;WE=60886619;WS=60886601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,153:0.67:229
chr20	60887581	rs944895	G	A	4407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.439;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=80;PP=2294;ReadPosRankSum=-0.215;SC=GGGAAGAGCCGTCGCAGGCTG;SOR=0.734;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=210;TCF=94;TCR=116;TR=145;WE=60887589;WS=60887571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,206:0.67:309
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chr20	60889313	rs72487383	A	C	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.366;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=2;PP=179;ReadPosRankSum=-0.696;SC=CGAACGGGCAAGGGCCCTGCA;SOR=1.769;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=55;TCF=40;TCR=15;TR=16;WE=60889321;WS=60889303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,17:0.25:69
chr20	60890375	rs6062210	C	T	488.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.630;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=331;ReadPosRankSum=0.021;SC=CCCTATGGATCGTGTGAGACC;SOR=0.426;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=26;TCF=5;TCR=21;TR=19;WE=60890383;WS=60890365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,22:0.67:33
chr20	60891288	rs2065578	A	G	1166.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=25;PP=681;SC=GTCTCAGCGTAGCCTCTGTTC;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=8;TCR=25;TR=33;WE=60891296;WS=60891278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	60892116	rs2236521	G	A	655.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.250;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=272;ReadPosRankSum=1.841;SC=GTGGGTAAGCGCAGACGCCCT;SOR=1.044;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=10;TCR=16;TR=21;WE=60892124;WS=60892106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,31:0.79:39
chr20	60892526	rs2427281	A	G	7448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=73;PP=2778;SC=TCCGAGCCCCATCCAGGCTGG;SOR=0.764;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=89;TCR=73;TR=161;WE=60892534;WS=60892516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr20	60892692	rs6062216	C	T	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=49;PP=1443;SC=GATGGGGTGGCGACAGGGGCC;SOR=1.434;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=70;TCF=21;TCR=49;TR=70;WE=60892700;WS=60892682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr20	60893387	rs183361685	A	G	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chr20	60893506	rs113604626	T	G	683.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.713;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-0.483;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:86,43:0.33:129
chr20	60894870	rs73149117	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.22;ReadPosRankSum=-0.334;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,54:0.34:160
chr20	60895697	rs2297587	C	T	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.552;HP=7;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=4;PP=165;ReadPosRankSum=0.809;SC=CGTCTCATGGCGGGGGCCCAG;SOR=0.881;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=16;WE=60895705;WS=60895687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,40:0.33:123
chr20	60895738	rs6089346	A	G	4029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=35;PP=1503;SC=GTGGGAGGCGAAAGGTGAAGG;SOR=0.772;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=45;TCR=35;TR=80;WE=60895746;WS=60895728;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr20	60897071	rs2274936	A	G	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=37;PP=1461;SC=TGTTGAGGACACACCTTCACA;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=38;TCR=37;TR=75;WE=60897079;WS=60897061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr20	60897487	rs2274934	C	T	2137.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.316;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.644;HP=1;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=25;PP=1976;ReadPosRankSum=-2.300;SC=CCGCAGCCATCGAAACCAAAA;SOR=0.634;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=53;WE=60897496;WS=60897463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,99:0.67:147
chr20	60897488	rs2274933	G	A	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.518;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=18;PP=1333;ReadPosRankSum=2.229;SC=CGCAGCCATCGAAACCAAAAT;SOR=0.737;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=92;TCF=49;TCR=43;TR=37;WE=60897496;WS=60897463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,48:0.32:148
chr20	60897561	rs76706776	CC	GA	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.09;ReadPosRankSum=-1.055;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:83,54:0.39:137
chr20	60897570	rs71323580	C	G	1855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.188;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:88,52:0.37:140
chr20	60897721	rs3737137	C	T	1310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.289;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.900;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=38;PP=1029;ReadPosRankSum=-1.056;SC=TACCTGGCAGCGGTCACAGCG;SOR=0.250;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=72;TCF=13;TCR=59;TR=49;WE=60897729;WS=60897711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,68:0.68:100
chr20	60897772	rs6143021	T	C	563.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.985;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=17;PP=319;ReadPosRankSum=0.158;SC=GTGCCCGCTGTGGGGGTCGCA;SOR=0.776;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=11;TCR=45;TR=21;WE=60897780;WS=60897762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,35:0.34:103
chr20	60898505	rs2379128	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.949;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=140;ReadPosRankSum=1.940;SC=CCCAGCCCGACGCCTACGGGT;SOR=1.410;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=12;WE=60898513;WS=60898495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,14:0.67:21
chr20	60899182	rs11698080	C	T	834.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.948;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.549;HP=6;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=312;ReadPosRankSum=-0.303;SC=ACACAGGGGGCGCTGGGGTCG;SOR=0.507;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=86;TCF=51;TCR=35;TR=34;WE=60899190;WS=60899172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,48:0.43:112
chr20	60899206	rs2427283	C	T	1930.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.329;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=26;PP=949;ReadPosRankSum=-1.882;SC=CTGCTGCTCACGAAGCCAGCC;SOR=0.846;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=103;TCF=61;TCR=42;TR=66;WE=60899214;WS=60899196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,90:0.60:149
chr20	60899422	rs34599961	C	T	266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-0.682;SOR=0.671;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,19:0.20:95
chr20	60900481	rs2427284	A	G	6640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.816;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=101;NR=59;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CCTGCGCAGGAAGACAGCCGA;SOR=1.067;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=102;TCR=60;TR=160;WE=60900489;WS=60900471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,248:0.99:250
chr20	60900579	rs2427285	C	A	10890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.37;SOR=0.768;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,413:1.00:413
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chr20	60902883	rs4925375	C	T	3271.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.991;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.057;SOR=0.606;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,161:0.63:256
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chr20	60904421	rs3065756	GCAGCC	G	490.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQ=60.26;MQRankSum=1.136;NF=0;NR=12;PP=568;ReadPosRankSum=-1.901;SC=CCTGGCAGCAGCAGCCCAGCC;SOR=1.085;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=0;TCR=29;TR=12;WE=60904433;WS=60904411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr20	60904853	rs2427286	T	C	5869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=59;NR=67;PP=2076;SC=CACCGGCCCTTGGGCACACGC;SOR=0.765;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=126;WE=60904861;WS=60904843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr20	60905717	rs2095235	T	C	8800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=86;NR=100;PP=2965;SC=GAGCCCCTGCTGCCCCCTGGA;SOR=0.778;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=187;TCF=86;TCR=101;TR=186;WE=60905725;WS=60905707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,342:1.00:342
chr20	60905878	rs3810548	A	G	2246.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=36;PP=1269;SC=AGCTGGGGACATGGCTGGAGT;SOR=0.815;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=68;TCF=32;TCR=36;TR=68;WE=60905886;WS=60905868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	60906055	rs73613564	C	T	4712.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.705;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=36;PP=1466;ReadPosRankSum=1.222;SC=GGCCCTCGGCCGCGCCCCTCC;SOR=0.867;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=132;TCF=77;TCR=55;TR=92;WE=60906063;WS=60906045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,218:0.70:311
chr20	60906269	rs35653162	C	T	35.85	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5104;FS=0.000;HP=4;HapScore=4;MGOF=57;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=6;PP=274;ReadPosRankSum=1.522;SC=GGGGTGCAGGCGGTACGATGG;SOR=0.922;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=6;WE=60906285;WS=60906259;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,3:0.17:18
chr20	60907446	rs2151513	T	C	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=28;PP=1083;SC=AGCGTGCCTGTTCGGCTGTGA;SOR=0.744;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=33;TCR=28;TR=61;WE=60907454;WS=60907436;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr20	60907675	rs6142734	G	A	7214.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=98;NR=74;PP=2965;SC=GGGTGTGCACGGCCACGCCCA;SOR=0.881;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=98;TCR=74;TR=172;WE=60907683;WS=60907665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,276:1.00:276
chr20	60908882	rs12481057	G	A	1364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=5;PP=1823;SC=GGAAGGTGGCGGGGCTTGGGA;SOR=3.958;Source=Platypus;TR=64;WE=60908900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr20	60908892	rs141833594	A	AGTGGG	394.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.609;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.843;NR=0;PP=971;ReadPosRankSum=0.563;SC=GGGGCTTGGGAGTGGGGTGGG;SOR=0.495;SbPval=1.0;Source=Platypus;WE=60908900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,19:0.44:43
chr20	60908908	.	G	GTGGGC	666.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.376;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.406;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.310;NF=17;NR=2;PP=947;ReadPosRankSum=1.491;SC=GTGGGGTGGGGTGGGCTGGGC;SOR=3.014;SbPval=0.95;Source=Platypus;TC=41;TCF=31;TCR=10;TR=19;WE=60908916;WS=60908898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,31:0.46:67
chr20	60908964	rs13044266	G	A	10715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.49;QD=45.60;SOR=1.103;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,235:1.00:235
chr20	60908969	rs13042941	T	C	10912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=43.13;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr20	60909060	rs13038331	A	G	9800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=95;NR=96;PP=2965;SC=AGAAAAGGTCAGGGGAGGTCA;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=191;TCF=95;TCR=96;TR=191;WE=60909068;WS=60909050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr20	60909466	rs2379127	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=18;PP=522;SC=GCGGCCCCGGGTCTCCAGGGA;SOR=2.400;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=5;TCR=18;TR=23;WE=60909474;WS=60909456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr20	60909518	rs1105019	G	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=11;PP=398;SC=GACACGGAGAGGCCCGGAGGA;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=60909526;WS=60909508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr20	60909809	.	C	CAGGGCTCAGGGCGAGGGCG	1039.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=2987;SC=GCTCAGGGCTCAGGGCGAGGG;SOR=1.765;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=11;WE=60909817;WS=60909799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	60909974	rs12625368	T	C	2373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=17;PP=1587;SC=TCACCCGGGCTTCATGCTGCC;SOR=2.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=54;TCR=17;TR=71;WE=60909982;WS=60909964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr20	60911958	rs2890083	G	A	9681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-3.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.567;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=149;NR=135;PP=2962;ReadPosRankSum=0.719;SC=CAGCACAGGTGCCTCTCATCC;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=407;TCF=211;TCR=196;TR=284;WE=60911966;WS=60911948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:211,464:0.69:675
chr20	60912117	rs3810550	C	T	1649.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.525;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=2.294;NF=25;NR=39;PP=729;ReadPosRankSum=-1.097;SC=GTGTGACACACGTCTGAACAA;SOR=0.558;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=196;TCF=70;TCR=126;TR=64;WE=60912125;WS=60912107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,94:0.37:257
chr20	60912683	rs2427289	T	C	6311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=85;NR=65;PP=2504;SC=CGGGCACACATGTGTCACACC;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=151;TCF=85;TCR=66;TR=150;WE=60912691;WS=60912673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr20	60913127	rs8124907	A	G	985.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.442;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.035;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=21;PP=593;ReadPosRankSum=-0.083;SC=AATGAGGTCCAGCAAACTCAG;SOR=0.799;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=179;TCF=100;TCR=79;TR=51;WE=60913135;WS=60913117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,73:0.24:303
chr20	60913495	rs2151512	T	C	3006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.237;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=38;PP=1406;ReadPosRankSum=-0.792;SC=CGAGCGCAGGTAGAGGTTGAG;SOR=0.890;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=88;WE=60913503;WS=60913485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,140:0.65:215
chr20	60917294	rs4925380	G	A	246.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.957;SOR=0.608;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr20	60920545	rs6143034	T	C	205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.14;BaseQRankSum=0.921;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=4;PP=176;ReadPosRankSum=0.924;SC=TCACTGCAGCTTCGGCCTTCC;SOR=0.627;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=13;TCR=8;TR=10;WE=60920553;WS=60920537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,10:0.43:23
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chr20	60921044	rs4925386	T	C	1750.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.105;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.401;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=31;PP=1037;ReadPosRankSum=0.139;SC=CAGGATAACATGGTCCATCCC;SOR=0.454;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=105;TCF=58;TCR=47;TR=64;WE=60921052;WS=60921034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,79:0.62:127
chr20	60921324	rs2427291	G	A	703.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.464;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=19;PP=448;ReadPosRankSum=-0.438;SC=CTCAAGGGGTGGGCTCCAAGA;SOR=0.838;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=105;TCF=44;TCR=61;TR=32;WE=60921332;WS=60921314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:102,41:0.29:143
chr20	60921643	rs4925229	T	C	5122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=81;NR=59;PP=2689;SC=TTGACGCCGGTGGTGTGGTGC;SOR=0.915;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=81;TCR=59;TR=140;WE=60921651;WS=60921633;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr20	60921701	rs4925387	A	G	12049.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=135;NR=90;PP=2965;SC=GCCCCACCTCAGGGCCAGCCC;SOR=0.958;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=227;TCF=136;TCR=91;TR=225;WE=60921709;WS=60921691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr20	60921721	rs6143036	C	A	2698.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=464;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=38;PP=994;ReadPosRankSum=-0.173;SC=CATTCCCAGCCCTCTAGCCCA;SOR=0.674;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=248;TCF=144;TCR=104;TR=86;WE=60921729;WS=60921711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:297,158:0.35:455
chr20	60921896	rs4925388	A	G	8870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=139;PP=2965;SC=CGCCCTCCACAGGCCCGGGCA;SOR=1.084;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=227;TCF=88;TCR=139;TR=227;WE=60921904;WS=60921886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,329:1.00:329
chr20	60927257	rs2427294	G	A	301.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.043;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.11;ReadPosRankSum=1.104;SOR=0.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,26:0.27:97
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chr20	60927412	rs624313	G	A	4906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.602;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=349;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.866;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=66;PP=1904;ReadPosRankSum=-1.727;SC=AGTCCCTCTTGGAGGCTGCGG;SOR=0.625;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=185;TCF=85;TCR=100;TR=122;WE=60927420;WS=60927402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,234:0.67:348
chr20	60927431	rs2427295	G	A	1620.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=28;PP=651;ReadPosRankSum=0.225;SC=GGGGAATGGCGGGAGGGGAGG;SOR=0.700;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=166;TCF=79;TCR=87;TR=52;WE=60927439;WS=60927421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,98:0.34:287
chr20	60927475	rs2427296	G	A	729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.491;HP=1;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=942;ReadPosRankSum=-4.118;SC=GGGTCCCCGCGGTGCCCGGGC;SOR=1.052;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=104;TCF=41;TCR=63;TR=29;WE=60927490;WS=60927465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,42:0.33:129
chr20	60927482	rs482220	G	A	1884.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=4.268;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.29;ReadPosRankSum=2.123;SOR=0.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,81:0.74:109
chr20	60927538	rs623834	C	T	1239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.509;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=25;PP=949;ReadPosRankSum=-1.016;SC=CAAGAGGCCGCGTGACAGAGA;SOR=0.275;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=33;WE=60927559;WS=60927528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,33:0.87:38
chr20	60927551	rs482010	A	G	1069.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.560;HP=3;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=20;PP=793;ReadPosRankSum=-0.828;SC=GACAGAGACCACAGCTCACTG;SOR=0.242;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=7;TCR=25;TR=27;WE=60927559;WS=60927528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,27:0.84:32
chr20	60937597	rs477859	A	G	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.755;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=22;PP=553;ReadPosRankSum=-1.248;SC=TGCAGATGTCACAGTACTGGC;SOR=0.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=55;TCF=22;TCR=33;TR=35;WE=60937605;WS=60937587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,67:0.64:105
chr20	60962624	rs755726	T	C	2521.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.424;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=70;PP=1578;ReadPosRankSum=0.979;SC=CTTTCATTCTTACCGCCCAAG;SOR=0.644;SbPval=0.51;Source=Platypus;TCR=179;TR=105;WE=60962632;WS=60962614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:209,137:0.40:346
chr20	60963055	rs911077	T	C	2919.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.554;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=47;PP=1195;ReadPosRankSum=-1.345;SC=GGTGCCTGAGTAGATCTGCTG;SOR=0.757;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=119;TCF=44;TCR=75;TR=73;WE=60963063;WS=60963045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,131:0.66:199
chr20	60963346	rs11315364	CT	C	1656.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=4.343;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.867;QD=7.81;ReadPosRankSum=3.675;SOR=1.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:96,116:0.55:212
chr20	60966318	rs6089219	G	T	3572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.844;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=48;PP=2222;ReadPosRankSum=0.670;SC=GATGAGCTGCGTCACGCCGCT;SOR=0.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=102;TCF=53;TCR=49;TR=100;WE=60966326;WS=60966308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,126:0.99:127
chr20	60968596	rs1570027	A	G	1123.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.341;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=15;PP=447;ReadPosRankSum=-1.332;SC=GCAGCAGGCCATGGCTGTCAC;SOR=0.877;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=148;TCF=87;TCR=61;TR=42;WE=60968604;WS=60968586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:185,75:0.29:260
chr20	60969886	rs2427309	G	T	936.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=9;PP=610;SC=GGGGGCAGCCGCACCTGGGGG;SOR=1.751;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=30;WE=60969894;WS=60969876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr20	60969929	rs2427310	C	G	453.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.198;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=215;ReadPosRankSum=0.312;SC=TGGGCCTGGCCGAGACCAGGC;SOR=1.079;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=49;TCF=30;TCR=19;TR=17;WE=60969937;WS=60969919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,27:0.36:75
chr20	60970123	rs2427311	A	G	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=4.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.471;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=17;PP=570;ReadPosRankSum=-0.324;SC=GGCTCAAGGTACTGCTGCTTC;SOR=0.554;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=79;TCF=42;TCR=37;TR=33;WE=60970131;WS=60970113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:78,46:0.37:124
chr20	60971306	rs748036	G	C	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.683;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=4;PP=727;ReadPosRankSum=1.010;SC=TTGGCTGACAGGGGCAGGACC;SOR=1.071;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=38;WE=60971314;WS=60971296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,40:0.74:54
chr20	60971327	rs748037	A	C	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.918;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=15;PP=1725;ReadPosRankSum=0.752;SC=CCGTGGGCTTATGGAGACCAC;SOR=1.489;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=76;TCF=61;TCR=15;TR=75;WE=60971335;WS=60971317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,78:0.99:79
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chr20	60989185	rs10888228	C	T	2574.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.284;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.626;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=36;PP=1149;ReadPosRankSum=0.421;SC=AGGCCTGCTGCGGCCAGAGCT;SOR=0.899;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=123;TCF=70;TCR=53;TR=84;WE=60989193;WS=60989175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,121:0.64:189
chr20	60990162	rs62196317	G	A	840.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-1.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=8;PP=244;ReadPosRankSum=-0.661;SC=GGGTGAGGGTGGGGCAGGCGG;SOR=0.593;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=27;TCF=12;TCR=15;TR=16;WE=60990170;WS=60990152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,42:0.71:59
chr20	60992224	rs2427325	T	C	1144.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.536;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=15;PP=335;ReadPosRankSum=-1.423;SC=TGTCACCTCCTCCTCTCCTGA;SOR=0.625;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=121;TCF=66;TCR=55;TR=34;WE=60992232;WS=60992214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,70:0.33:211
chr20	60992402	rs6061521	G	A	258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.532;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=6;PP=58;ReadPosRankSum=-0.748;SC=CTAAAGTGGGGTCCTGTTCCA;SOR=0.360;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=9;WE=60992410;WS=60992392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,18:0.32:56
chr20	61040125	rs113912772	G	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=1.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.583;NF=4;NR=8;PP=241;ReadPosRankSum=1.054;SC=AGCCTCTTAGGTCAGGAGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=12;WE=61040133;WS=61040115;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr20	61040453	rs6061243	C	G	900.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.906;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=428;ReadPosRankSum=1.786;SC=GCTTGGCTTTCGAAGTGGCTG;SOR=0.836;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=21;WE=61040461;WS=61040443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,43:0.61:71
chr20	61040951	rs6587239	C	T	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.456;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.363;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=30;PP=748;ReadPosRankSum=-0.489;SC=GGATGCTTTCCTTCTTCATAG;SOR=1.251;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=59;TCF=18;TCR=41;TR=41;WE=61040959;WS=61040941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,61:0.66:93
chr20	61041653	rs6061244	G	C	940.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.970;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.346;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,47:0.67:70
chr20	61048549	rs41305803	G	A	5353.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.814;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=402;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.383;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=106;NR=62;PP=2553;ReadPosRankSum=0.551;SC=GGCCGGTGCCGTCTCGGCGCC;SOR=0.657;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=269;TCF=172;TCR=97;TR=168;WE=61048557;WS=61048539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,245:0.62:393
chr20	61162100	rs13040413	G	A	117.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=81;ReadPosRankSum=0.000;SC=CTTCACCGACGTCGCTGTTCC;SOR=1.688;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=7;WE=61162108;WS=61162090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,7:0.33:21
chr20	61162267	rs6062251	T	C	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.258;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=25;PP=515;ReadPosRankSum=-2.767;SC=ACCCAGCAGGTGGCGCGGGGA;SOR=0.540;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=105;TCF=59;TCR=46;TR=51;WE=61162275;WS=61162257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,77:0.41:190
chr20	61162423	rs6062250	T	C	701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.878;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=19;PP=402;ReadPosRankSum=0.672;SC=AGCTGGGTGCTCCTGCTTGTT;SOR=0.657;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=34;WE=61162431;WS=61162413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,43:0.37:116
chr20	61167632	rs11483745	G	GTTT	865.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.585;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,43:0.30:143
chr20	61273578	rs6089951	C	T	3310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.716;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1198;ReadPosRankSum=0.021;SC=GGGGCGGCGTCGCCACCGCGC;SOR=0.829;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=79;WE=61273586;WS=61273568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,154:0.67:229
chr20	61273717	rs6122141	G	C	241.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.421;HP=6;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=7;PP=90;ReadPosRankSum=0.752;SC=TGTGCCCTGGGGGGGAGGAGG;SOR=0.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=10;WE=61273725;WS=61273707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,14:0.40:35
chr20	61288038	rs1047099	G	A	1916.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.903;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.430;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=47;PP=1004;ReadPosRankSum=0.524;SC=GGTGCGGTACGTCTCGGCCGG;SOR=0.748;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=225;TCF=95;TCR=130;TR=77;WE=61288046;WS=61288028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,108:0.33:324
chr20	61288355	rs3195701	G	T	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.813;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.164;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=31;PP=680;ReadPosRankSum=0.533;SC=TGGGCACGGGGTCGCTGGTGT;SOR=0.594;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=162;TCF=70;TCR=92;TR=57;WE=61288363;WS=61288345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:135,67:0.33:202
chr20	61289958	rs2427369	G	A	403.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.289;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=4;PP=190;ReadPosRankSum=0.622;SC=TCCCAGGCACGGGGCCCCACA;SOR=1.097;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=68;TCF=46;TCR=22;TR=17;WE=61289966;WS=61289948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,24:0.26:92
chr20	61292373	rs144381587	G	GAGCCCCC	1014.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=16;PP=1526;SC=CCACCTCCGGGAGCCCCCAGC;SOR=5.994;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=18;WE=61292381;WS=61292363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr20	61292536	rs59460798	C	T	4231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=335;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=49;NR=61;PP=1588;ReadPosRankSum=0.613;SC=CTGTAAGGACCGGAGTCGGGA;SOR=0.684;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=184;TCF=82;TCR=102;TR=110;WE=61292544;WS=61292526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:119,205:0.63:324
chr20	61299525	rs34985812	G	A	3196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=60;PP=1727;ReadPosRankSum=0.272;SC=CTGCACTAACGGCAACTCTAC;SOR=0.703;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=157;TCF=67;TCR=90;TR=104;WE=61299533;WS=61299515;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:75,146:0.66:221
chr20	61326380	rs2427394	C	T	8238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=70;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=99;NR=82;PP=2965;SC=TAGGATCCAGCCCTGAGCTTC;SOR=0.785;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=181;TCF=99;TCR=82;TR=181;WE=61326388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr20	61326439	rs145607453	T	TCTGCACCTGCACCTGCAC	6413.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.049;NF=10;NR=51;PP=2786;ReadPosRankSum=-1.581;SC=CCGTCTGCCGTCTGCACCTGC;SOR=0.703;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=131;TCF=25;TCR=106;TR=61;WE=61326459;WS=61326429;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,213:0.99:215
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chr20	61441797	rs2277771	A	G	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.576;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.024;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=24;PP=592;ReadPosRankSum=-0.204;SC=GCACCTGCCCAAGGTCTGGAA;SOR=0.564;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=187;TCF=106;TCR=81;TR=53;WE=61441805;WS=61441787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,103:0.34:307
chr20	61443547	rs2075776	A	G	860.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.91;ReadPosRankSum=-0.606;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,60:0.27:220
chr20	61452837	rs117347229	G	A	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-0.336;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.387;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=27;PP=660;ReadPosRankSum=1.241;SC=GGCAGGCTCTGACCCCATGTT;SOR=0.633;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=178;TCF=85;TCR=93;TR=59;WE=61452845;WS=61452827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:236,107:0.31:343
chr20	61459315	rs45628843	C	T	931.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.173;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.40;ReadPosRankSum=-1.656;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,62:0.29:212
chr20	61462005	.	CCCCCATGACAGTCCCCCAA	C	292.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;ClippingRankSum=-0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=0.301;QD=26.61;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,8:0.73:11
chr20	61467800	rs760087	A	G	1801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.223;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.781;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=43;PP=864;ReadPosRankSum=-0.611;SC=TGCCGCCCCCATGCTGACGAA;SOR=0.479;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=275;TCF=111;TCR=164;TR=80;WE=61467808;WS=61467790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,116:0.29:406
chr20	61467898	rs910152	G	C	3391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=69;PP=2144;SC=AGTCAGCCACGTGCACCGGCT;SOR=1.981;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=92;TCF=21;TCR=71;TR=90;WE=61467906;WS=61467888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr20	61468571	rs2294995	T	C	6339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=104;PP=2965;SC=GAGGACCCCCTGGATACCGCG;SOR=0.950;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=181;TCF=77;TCR=104;TR=181;WE=61468579;WS=61468561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr20	61468641	rs374288852	G	A	3169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.293;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.963;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=53;PP=1632;ReadPosRankSum=0.084;SC=CCCATGACACGGTCACCCTGC;SOR=0.769;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=149;TCF=72;TCR=77;TR=97;WE=61468649;WS=61468631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,145:0.61:236
chr20	61469969	rs117657687	A	G	816.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.455;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.92;ReadPosRankSum=0.999;SOR=0.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,55:0.33:166
chr20	61473270	rs58968380	G	GT	162.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.701;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.884;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=170;ReadPosRankSum=-0.553;SC=TGCAGAAGGCGTGCACAGGTC;SOR=2.368;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=6;WE=61473278;WS=61473260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr20	61484142	rs73157353	A	G	6362.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=118;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-2.346;SC=AAGCACGGTCACCCGGTCCGC;SOR=0.763;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=327;TCF=179;TCR=148;TR=213;WE=61484150;WS=61484132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:151,300:0.67:451
chr20	61485649	rs3765465	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.053;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=13;PP=245;ReadPosRankSum=0.398;SC=CCTGTCACCACAGGAAGCCCC;SOR=1.329;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=16;WE=61485657;WS=61485639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,19:0.51:37
chr20	61488785	rs2294996	T	C	5180.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.138;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.299;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=53;PP=2518;ReadPosRankSum=-2.145;SC=TCTCCCTACGTTGAGACCTTC;SOR=0.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=220;TCF=138;TCR=82;TR=145;WE=61488793;WS=61488775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,233:0.64:363
chr20	61489101	rs4809262	G	C	668.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=19;PP=429;ReadPosRankSum=-0.268;SC=TGGGTAAGCAGCACAGAGAAC;SOR=0.546;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=21;WE=61489109;WS=61489091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,27:0.75:36
chr20	61492362	rs187984232	C	A	118.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.81;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr20	61512606	rs910148	T	C	8218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=113;NR=93;PP=2965;SC=CCGGTCTCAGTGGCCAGGCGC;SOR=0.809;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=210;TCF=115;TCR=95;TR=206;WE=61512614;WS=61512596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr20	61577275	rs2427452	T	C	9067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=114;NR=97;PP=2965;SC=CATCGTCAGCTGGCTCTGCCG;SOR=0.805;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=212;TCF=114;TCR=98;TR=211;WE=61577283;WS=61577265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr20	61588159	rs2245341	A	G	657.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=11;PP=317;ReadPosRankSum=2.105;SC=TGCTGGGCACATGCCTTCTGT;SOR=0.946;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=87;TCF=51;TCR=36;TR=31;WE=61588167;WS=61588149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,46:0.30:154
chr20	61588745	rs2427457	C	T	1384.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.965;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=22;PP=474;ReadPosRankSum=0.898;SC=GGTGGTGCCCCTTGGTCCTGC;SOR=0.610;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=159;TCF=91;TCR=68;TR=46;WE=61588753;WS=61588735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,92:0.32:291
chr20	61594493	rs3729555	G	A	4039.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=85;NR=37;PP=2044;ReadPosRankSum=-0.490;SC=GGAGGCTGGCGCCCATGTGCA;SOR=0.683;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=199;TCF=139;TCR=60;TR=122;WE=61594501;WS=61594483;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,183:0.62:297
chr20	61594679	rs2427463	A	G	14196.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=540;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=148;NR=204;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.837;SC=TCCAGGCACAACAGAGTCCCC;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=355;TCF=149;TCR=206;TR=352;WE=61594693;WS=61594669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,533:1.00:535
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chr20	61595636	rs2248900	C	T	4696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.389;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=59;PP=1601;ReadPosRankSum=-1.152;SC=GTCTATTCAGCGGGTTTCTCT;SOR=0.729;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=170;TCF=84;TCR=86;TR=114;WE=61595644;WS=61595626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,228:0.62:366
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chr20	61711484	rs62206577	T	C	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.603;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=17;PP=737;ReadPosRankSum=0.641;SC=AGAGAGCCTGTGGAGGGAACC;SOR=1.101;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=118;TCF=66;TCR=52;TR=51;WE=61711492;WS=61711474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:144,85:0.37:229
chr20	61711616	rs62206578	A	C	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.133;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.44;MQRankSum=1.701;NF=19;NR=28;PP=505;ReadPosRankSum=0.168;SC=AGTCCCCAGCAGCCCCTGCAG;SOR=0.363;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=77;TCF=28;TCR=49;TR=47;WE=61711624;WS=61711606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:38,55:0.59:93
chr20	61711642	rs112169283	CT	C	1330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.031;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=1.792;NF=1;NR=28;PP=1953;ReadPosRankSum=0.266;SC=CTCAGTGTCTCTCCCCCCATC;SOR=1.355;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=43;TCF=1;TCR=42;TR=29;WE=61711656;WS=61711632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,36:0.57:63
chr20	61711648	rs76011895	C	T	1300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.801;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQ=60.18;MQRankSum=0.922;NF=5;NR=28;PP=1610;ReadPosRankSum=1.404;SC=GTCTCTCCCCCCATCTGTTTG;SOR=1.831;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=33;WE=61711656;WS=61711632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,33:0.56:59
chr20	61834695	rs6122103	G	A	6871.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=98;PP=2854;ReadPosRankSum=1.835;SC=CCGTCTTGACGGCGGAGGAGC;SOR=0.719;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=281;TCF=129;TCR=152;TR=176;WE=61834703;WS=61834685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:170,319:0.65:489
chr20	61847068	rs6090310	C	G	1205.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=653;ReadPosRankSum=0.397;SC=CCGGCCCCGACGCGCGGTCAC;SOR=0.658;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=57;TCF=28;TCR=29;TR=36;WE=61847076;WS=61847058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,51:0.69:74
chr20	61869223	rs6062855	T	C	2258.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.402;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=33;PP=1068;ReadPosRankSum=0.236;SC=TGGGTGGGACTTGGCTGGGGC;SOR=0.686;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=99;TCF=49;TCR=50;TR=64;WE=61869231;WS=61869213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,105:0.66:160
chr20	61869607	rs6010878	C	A	1136.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.824;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=8;PP=490;ReadPosRankSum=0.059;SC=GGCGTCTCCACAGCAGCCCTC;SOR=1.211;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=30;WE=61869615;WS=61869597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:31,52:0.63:83
chr20	61869826	rs2273487	C	T	3242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.919;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=49;PP=1786;ReadPosRankSum=-0.020;SC=TGCTGGGCTCCTGGGTGAGCG;SOR=0.435;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=164;TCF=95;TCR=69;TR=109;WE=61869834;WS=61869816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,148:0.66:225
chr20	61870075	rs744590	C	T	2307.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.382;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=41;PP=1563;ReadPosRankSum=3.865;SC=GTGACGGGCACGTGACAGGGT;SOR=0.865;Source=Platypus;TCF=76;TR=95;WE=61870083;WS=61870065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,98:0.65:151
chr20	61870167	rs744591	C	A	8274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=586;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.548;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=87;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.040;SC=CCCCCAGTGCCAGGCCCCATT;SOR=0.731;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=321;TCF=189;TCR=132;TR=213;WE=61870175;WS=61870157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,382:0.65:584
chr20	61870220	rs744592	T	C	13339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=944;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=155;NR=138;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.378;SC=GCCCATTGCCTGTCGCCATAC;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=436;TCF=232;TCR=204;TR=293;WE=61870228;WS=61870210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:303,638:0.68:941
chr20	61870465	rs1075557	A	G	2298.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.478;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.200;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.664;NF=32;NR=30;PP=875;ReadPosRankSum=-1.013;SC=GGGCCGGCCCAGCTTTCTCCT;SOR=0.561;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=86;TCF=42;TCR=44;TR=62;WE=61870473;WS=61870455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,109:0.70:155
chr20	61870605	rs3215649	T	TG	2907.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.217;NF=14;NR=31;PP=1703;ReadPosRankSum=0.895;SC=CGGGACCCCCTGGGTGAGGGC;SOR=0.859;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=71;TCF=20;TCR=51;TR=45;WE=61870613;WS=61870595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,102:0.68:151
chr20	61870634	rs1075556	A	G	2284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.283;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.159;NF=32;NR=28;PP=1060;ReadPosRankSum=0.262;SC=GGGAGGGCTGAGGGACCCCGA;SOR=0.735;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=60;WE=61870642;WS=61870624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,99:0.70:142
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chr20	61873039	rs1047822	T	C	2791.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.035;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.208;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=44;PP=1289;ReadPosRankSum=2.646;SC=ACTGCCTCTCTCTGTGCCGGC;SOR=0.459;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=121;TCF=50;TCR=71;TR=81;WE=61873047;WS=61873029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:73,131:0.64:204
chr20	61873080	rs1047819	T	A	1567.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.780;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=33;PP=798;ReadPosRankSum=-0.542;SC=TTTGCTGACATCTCAGTGGGG;SOR=0.598;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=54;WE=61873088;WS=61873070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,72:0.67:108
chr20	61875497	rs2236186	A	C	1839.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.467;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=45;PP=860;ReadPosRankSum=-2.031;SC=GGTGTCATTGAGGCGATGTGG;SOR=0.906;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=97;TCF=31;TCR=66;TR=62;WE=61875505;WS=61875487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,89:0.65:137
chr20	61878632	rs2236193	G	A	700.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.110;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=4;PP=501;ReadPosRankSum=0.049;SC=GAGGCGGGGTGTCTCGGCCTG;SOR=0.776;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=27;WE=61878640;WS=61878622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,30:0.70:43
chr20	61878649	rs4809512	T	G	1015.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=6;PP=684;ReadPosRankSum=0.362;SC=CCTGATCCGATTCCTTCCCAC;SOR=0.531;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=52;TCF=44;TCR=8;TR=34;WE=61878657;WS=61878639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,39:0.67:58
chr20	61878830	rs13038098	C	T	2446.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.011;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=45;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.088;SC=ACGCCTGAGGCCAGGTCAGCT;SOR=0.714;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=204;TCF=100;TCR=104;TR=86;WE=61878838;WS=61878820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:235,134:0.36:369
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chr20	61880274	rs2273497	A	G	2576.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.440;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.636;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=58;PP=1298;ReadPosRankSum=0.789;SC=ATGGGGCGGCAGCTGAACACA;SOR=0.405;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=143;TCF=44;TCR=99;TR=87;WE=61880282;WS=61880264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,119:0.63:188
chr20	61881296	rs927081	A	G	2946.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=1.505;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=35;PP=924;ReadPosRankSum=-1.432;SC=CCACCATGACATAGCGCAGCC;SOR=0.695;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=65;WE=61881304;WS=61881286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,145:0.62:234
chr20	61881559	rs2295535	G	A	113.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.619;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=4;PP=81;ReadPosRankSum=1.345;SC=TTTGTTTGACGAAGGACACCA;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=61881567;WS=61881549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,6:0.75:8
chr20	61885452	rs34203226	G	T	2987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr20	61907075	rs6011712	T	C	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=1.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.604;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=22;PP=530;ReadPosRankSum=1.535;SC=AGCCTGTAGTTCTGGGACCCT;SOR=1.659;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=25;WE=61907083;WS=61907065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,24:0.55:44
chr20	61908577	rs372071021	C	T	4510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.394;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=56;PP=1792;ReadPosRankSum=-2.213;SC=TGGCCGAAGGCAGAGAGTGGT;SOR=0.738;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=193;TCF=104;TCR=89;TR=123;WE=61908585;WS=61908567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,218:0.61:356
chr20	61912715	rs2236195	T	C	953.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.909;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=21;PP=411;ReadPosRankSum=-0.655;SC=TCACTGCCCCTGCCATGCCAC;SOR=0.536;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=38;WE=61912723;WS=61912705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,47:0.62:76
chr20	61916379	rs13042357	C	T	1233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.642;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.693;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=27;PP=619;ReadPosRankSum=-1.287;SC=TGGGACTCAGCGAGGCCAAGC;SOR=0.816;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=144;TCF=64;TCR=80;TR=47;WE=61916387;WS=61916369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:166,74:0.31:240
chr20	61917241	rs6090342	A	G	2435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=27;PP=1692;SC=TATGGAAACAACTTGGCCCAC;SOR=1.220;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=45;TCR=27;TR=72;WE=61917249;WS=61917231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr20	61918164	rs6062431	C	G	4455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=64;NR=55;PP=2099;SC=GCTGGCGCTGCTCTGCTGTTC;SOR=1.596;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=119;TCF=64;TCR=55;TR=119;WE=61918172;WS=61918154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr20	61940535	rs6062884	C	T	407.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-3.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=2;PP=194;ReadPosRankSum=1.098;SC=CCCTCGGGAGCGCCTGGCCCA;SOR=0.643;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=48;TCR=6;TR=17;WE=61940543;WS=61940534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,21:0.34:61
chr20	61941747	rs4809287	A	G	5466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=48;PP=1886;ReadPosRankSum=-0.836;SC=TGGTGGAGGGACCCGCCGCCT;SOR=0.741;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=107;TCF=58;TCR=49;TR=104;WE=61941755;WS=61941737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,211:0.99:213
chr20	61946692	rs6090357	C	T	4509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=64;NR=37;PP=1865;SC=CCCTCCCCAGCGGTCTGTCAG;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=103;TCF=66;TCR=37;TR=101;WE=61946700;WS=61946682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr20	61951326	rs11478836	CT	C	1770.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=16;PP=1079;SC=CTGGCCTGGCCTTGGGGGCTC;SOR=1.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=28;WE=61951334;WS=61951316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr20	61951489	rs6089881	G	C	2026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=34;NR=30;PP=1046;SC=CACCCGCTGCGGGCTTCGTCA;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=64;TCF=34;TCR=30;TR=64;WE=61951497;WS=61951479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr20	61951789	rs6062891	C	T	2244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=35;PP=998;SC=GGTCACAGTGCCTGGGGTCAG;SOR=1.233;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=14;TCR=35;TR=49;WE=61951797;WS=61951779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr20	61952490	rs4809533	A	G	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=50;PP=1501;SC=ACCAGGGAACACTGGCCAATG;SOR=1.300;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=75;TCF=25;TCR=50;TR=75;WE=61952498;WS=61952480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr20	61953365	rs1884821	T	C	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	61956782	rs2314251	T	C	8358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.56;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr20	61960762	rs5842416	CTG	C	2669.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.434;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.482;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.541;NF=24;NR=15;PP=1584;ReadPosRankSum=-0.836;SC=CAGGAGGCGCCTGTGTGGAGC;SOR=0.905;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=69;TCF=38;TCR=31;TR=39;WE=61960771;WS=61960752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,74:0.56:131
chr20	61980991	rs3827020	T	C	866.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.170;HP=3;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=10;PP=732;ReadPosRankSum=-1.686;SC=AACACAGCCATGGGCGGGACT;SOR=0.516;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=74;TCF=45;TCR=29;TR=23;WE=61981002;WS=61980981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:93,53:0.36:146
chr20	61980994	rs45442394	G	A	2148.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.622;HP=2;HapScore=3;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=20;PP=1694;ReadPosRankSum=1.142;SC=ACAGCCATGGGCGGGACTTAC;SOR=0.808;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=78;TCF=48;TCR=30;TR=53;WE=61981002;WS=61980981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,101:0.65:156
chr20	61981104	rs1044397	C	T	2153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.727;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.177;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=42;PP=1136;ReadPosRankSum=-1.246;SC=GCGGGGGCGGCGCTTTGGTGC;SOR=0.876;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=104;TCF=48;TCR=56;TR=74;WE=61981112;WS=61981094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,99:0.67:147
chr20	61981134	rs1044396	G	A	1978.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=2.331;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.362;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,88:0.66:133
chr20	61981536	rs2229960	A	G	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=26;PP=1356;SC=CCAGGGGGACACAGAAGGACG;SOR=1.061;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=45;TCR=26;TR=71;WE=61981544;WS=61981526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr20	61981554	rs2229959	C	A	3840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=35;PP=1545;SC=ACGGTGAGGGCGGGTGCAGGC;SOR=0.827;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=80;WE=61981562;WS=61981544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
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chr20	61982124	rs1044393	A	G	12690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.344;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=504;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=160;NR=147;PP=2965;ReadPosRankSum=0.945;SC=TGCCCACGGCATCCACGATGA;SOR=0.470;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=312;TCF=162;TCR=150;TR=307;WE=61982132;WS=61982114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,494:0.99:497
chr20	61982496	.	T	C	288	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=45;MMLQ=24;MQ=52.44;NF=1;NR=11;PP=288;QD=26.8976010456;SC=CACGCCCACATCCACGTCCAC;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=12;WE=61982504;WS=61982486;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
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chr20	61992547	rs6090387	G	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=12;PP=298;SC=CTCTAGATGCGGGCGGCTCCC;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=61992555;WS=61992537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr20	62005458	rs35318934	G	C	1784.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.629;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=1008;ReadPosRankSum=-0.356;SC=CACAGATGCCGCCATCCGTCC;SOR=0.881;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=83;TCF=32;TCR=51;TR=57;WE=62005466;WS=62005448;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,77:0.68:113
chr20	62038277	rs1801475	T	G	4400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=89;PP=2693;SC=GTCCCGCAGGTTCCCCTCGGG;SOR=1.193;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=139;TCF=50;TCR=89;TR=139;WE=62038285;WS=62038267;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr20	62038810	rs3746363	G	C	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=21;PP=451;SC=GGAAATGGGGGGGCCCAGGCT;SOR=3.014;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=3;TCR=21;TR=24;WE=62038818;WS=62038800;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr20	62040022	rs2236197	T	C	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=74;PP=1754;SC=CAGGGGGCAGTGGGTGCCAGG;SOR=2.906;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=15;TCR=74;TR=89;WE=62040030;WS=62040012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr20	62046278	rs1801545	G	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.210;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=5;PP=221;ReadPosRankSum=1.100;SC=GCCGTGACGCGGCACCCTTGA;SOR=0.711;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=16;WE=62046286;WS=62046268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,25:0.62:40
chr20	62046496	rs112006486	C	CGACAGACA	5977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.139;NF=8;NR=68;PP=2980;ReadPosRankSum=1.339;SC=CCACGGGAACCGACAGACAGA;SOR=0.839;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=90;TCF=9;TCR=81;TR=76;WE=62046504;WS=62046486;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,232:0.99:234
chr20	62046549	rs75305929	C	T	2456.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.358;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.889;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=44;PP=1197;ReadPosRankSum=-0.685;SC=GAACACAGGCCGTGTCTGCTC;SOR=0.455;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=113;TCF=46;TCR=67;TR=79;WE=62046557;WS=62046539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,111:0.67:165
chr20	62051050	.	G	A	1777.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.690;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=694;ReadPosRankSum=-0.580;SC=AGCACAGTTAGTCCTGGGCGC;SOR=0.503;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=42;WE=62051058;WS=62051040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,81:0.72:113
chr20	62062883	rs73146513	G	A	113.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-1.894;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=5;PP=46;ReadPosRankSum=1.000;SC=CCTGGGCTGAGAGAGGTCACT;SOR=0.859;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=22;TCF=4;TCR=18;TR=6;WE=62062891;WS=62062873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,7:0.28:25
chr20	62070966	rs2297385	G	A	355.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.916;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.501;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:108,32:0.23:140
chr20	62074003	rs372494294	TCAC	T	1141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.968;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.33;MQRankSum=-2.664;QD=17.84;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,31:0.48:64
chr20	62074009	.	CCACCAT	C	1437	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;FR=0.5000;HP=1;HapScore=3;MGOF=57;MMLQ=23;MQ=44.2;NF=5;NR=17;PP=1437;QD=66.4090909091;SC=ACCATCACCACCACCATCACC;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=22;WE=62074026;WS=62073988;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr20	62074015	rs370394245	TCAC	T	1137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.94;MQRankSum=-1.904;QD=18.35;ReadPosRankSum=-0.050;SOR=0.830;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,31:0.50:62
chr20	62119588	rs71799118	GC	G	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.76;QD=45.97;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr20	62119594	rs71792296	GC	G	687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.85;QD=45.85;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr20	62119615	rs2750402	A	G	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=3;PP=431;SC=GGAGCGCGGCACCGCCGGGGA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=62119623;WS=62119605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr20	62119875	rs7265428	T	C	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=31;PP=729;SC=GCGTCGGGAATGTCCTCGGAA;SOR=3.365;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=62119883;WS=62119865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr20	62121702	rs310607	A	G	5463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=38;PP=2432;SC=ACAGGCGTGAACCACTGCGCC;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=79;TCR=38;TR=117;WE=62121710;WS=62121692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr20	62121726	rs310608	T	C	7364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=99;NR=53;PP=2875;SC=CCTGAGGGTCTGGTTTTCTCC;SOR=1.084;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=153;TCF=100;TCR=53;TR=152;WE=62121734;WS=62121716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr20	62126185	rs310617	A	G	5858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=115;NR=47;PP=2965;SC=GCATGTTGTCACCGTGCCAGC;SOR=1.468;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=162;TCF=115;TCR=47;TR=162;WE=62126193;WS=62126175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,227:1.00:227
chr20	62126299	rs2274860	C	T	3899.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FS=1.200;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.05;ReadPosRankSum=0.643;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:534,238:0.31:772
chr20	62162007	.	C	G	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.703;ClippingRankSum=0.000;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=7;PP=675;ReadPosRankSum=0.150;SC=CATCCTGCTCCCAGCCGAGTC;SOR=0.662;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=63;TCF=52;TCR=11;TR=42;WE=62162015;WS=62161997;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,53:0.69:77
chr20	62173029	rs310656	A	G	243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=7;PP=132;ReadPosRankSum=0.084;SC=CGGTGAGGCCAGCGTCCACCC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=7;WE=62173037;WS=62173019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,11:0.73:15
chr20	62190751	.	CAGTCAGGGTCAGGTGGGAGG	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=1.036;QD=7.35;ReadPosRankSum=1.383;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,2:0.40:5
chr20	62190790	.	G	GT	256	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MMLQ=25;MQ=59.51;NF=0;NR=5;PP=256;QD=57.4;SC=TCAGGTGGGAGGAGTCAGGGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=5;WE=62190799;WS=62190780;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,5:0.62:8
chr20	62190791	.	G	C	252	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=1;HapScore=4;MGOF=13;MMLQ=26;MQ=58.12;NF=0;NR=4;PP=252;QD=71.6928031368;SC=CAGGTGGGAGGAGTCAGGGTC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=4;WE=62190799;WS=62190780;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
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chr20	62191475	rs3810478	T	G	612.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.267;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.440;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=16;PP=539;ReadPosRankSum=-1.745;SC=GAGGCCCTGCTGCCGCTGCGC;SOR=0.353;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=104;TCF=57;TCR=47;TR=40;WE=62191491;WS=62191465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:76,38:0.33:114
chr20	62191739	.	G	A	366	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MMLQ=27;NF=20;NR=4;PP=366;QD=16.6988005228;SC=CCTCCTCCAGGAAGCCCTCCC;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=79;TCF=59;TCR=20;TR=24;WE=62191747;WS=62191729;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:55,24:0.30:79
chr20	62191759	.	A	G	841	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MMLQ=23;NF=37;NR=12;PP=841;QD=17.8728818887;SC=CTGACTCACAAGCACCAGACA;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=120;TCF=83;TCR=37;TR=49;WE=62191767;WS=62191749;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:71,49:0.41:120
chr20	62191937	rs11551685	G	A	6855.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=505;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.142;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=115;PP=2962;ReadPosRankSum=0.568;SC=AGATGACAGGGCAGCTCTCCT;SOR=0.602;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=331;TCF=156;TCR=175;TR=222;WE=62191945;WS=62191927;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:177,316:0.64:493
chr20	62193414	rs310629	A	G	3138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=25.036;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=69;PP=1962;ReadPosRankSum=-1.433;SC=CTCCCCCGGCATGGGCCCTAC;SOR=1.737;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=187;TCF=81;TCR=106;TR=115;WE=62193422;WS=62193395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,147:0.56:261
chr20	62193587	rs3810482	T	C	1411.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.149;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.204;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=24;PP=768;ReadPosRankSum=-1.205;SC=TGAGCACTCATGCAGGGTGGG;SOR=0.295;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=103;TCF=48;TCR=55;TR=54;WE=62193595;WS=62193577;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,60:0.71:84
chr20	62194030	rs3810483	G	C	3768.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.167;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=59;PP=1730;ReadPosRankSum=0.225;SC=TCCCAGTCCTGCGTCTGCCCG;SOR=0.713;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=141;TCF=60;TCR=81;TR=103;WE=62194038;WS=62194020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,168:0.67:249
chr20	62194103	rs3810484	A	G	2135.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.353;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=35;PP=1220;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TGCTGGGCCCAGGGCGTGGGC;SOR=0.550;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=112;TCF=61;TCR=51;TR=74;WE=62194111;WS=62194093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,97:0.65:150
chr20	62194128	rs3810485	G	A	2170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.594;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=34;PP=1172;ReadPosRankSum=-0.245;SC=CGTGGGAGCCGGCAGCCCCTC;SOR=0.761;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=61;TCR=57;TR=70;WE=62194136;WS=62194118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,101:0.62:162
chr20	62196807	rs310632	T	C	10155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=124;PP=2965;SC=GGGCTCCGCGTGCAGCAGCTT;SOR=0.756;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=111;TCR=125;TR=235;WE=62196815;WS=62196797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,392:1.00:392
chr20	62196884	rs310633	A	G	9559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=136;NR=115;PP=2965;SC=GCCTGGCGACAGTGTCCAGCA;SOR=0.821;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=251;TCF=136;TCR=115;TR=251;WE=62196892;WS=62196874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr20	62198236	rs415304	G	A	15452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=609;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=198;NR=143;PP=2965;SC=ACCTCTGCTCGCGGCCGCCCC;SOR=0.884;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=343;TCF=198;TCR=145;TR=341;WE=62198244;WS=62198226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,592:1.00:592
chr20	62198348	rs438363	C	T	13549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=556;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=161;NR=189;PP=2965;SC=CCGGTCTGGGCTGCCCGCCAC;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=351;TCF=161;TCR=190;TR=350;WE=62198356;WS=62198338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,536:1.00:536
chr20	62198662	rs367440	A	G	5321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=65;PP=2225;SC=CGTGCGAGGCATAGGCCAGCG;SOR=0.827;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=118;TCF=53;TCR=65;TR=118;WE=62198670;WS=62198652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr20	62199100	rs422888	G	A	3190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=41;PP=1478;SC=GGCTGTCAGAGGTGAGCAGCA;SOR=0.955;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=69;WE=62199108;WS=62199090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr20	62200575	rs1741594	T	C	3405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=37;PP=1289;SC=AGTTGGTTGGTGAGATGGGGC;SOR=0.709;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=37;TCR=39;TR=74;WE=62200583;WS=62200565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr20	62200860	rs1757752	A	G	12540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=491;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=123;NR=141;PP=2965;SC=CGAACGAGGCAGCCTGCACAC;SOR=0.761;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=264;TCF=123;TCR=141;TR=264;WE=62200868;WS=62200850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,488:1.00:488
chr20	62202240	rs402211	A	G	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=23;PP=754;SC=CAGGGAGGTCAGCAGGGCTAC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=62202248;WS=62202230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr20	62221610	rs311496	T	C	6751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=71;PP=2965;SC=TGAGCAGCTGTAGCGGGCTGA;SOR=0.766;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=149;TCF=78;TCR=71;TR=149;WE=62221618;WS=62221600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr20	62222211	rs1291170	T	G	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=354;SC=TCTGCTCACCTGATGCCACAA;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=62222219;WS=62222201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr20	62223371	rs311494	A	G	5509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=118;NR=58;PP=2965;SC=TGGTCTCAGCATACCTGCCAG;SOR=1.418;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=176;TCF=118;TCR=58;TR=176;WE=62223379;WS=62223361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr20	62224083	rs2236502	C	T	840.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=13;PP=384;SC=GGGCAGCCACCACAGCCACAA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=62224091;WS=62224073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr20	62227081	rs311489	A	G	7413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=84;NR=68;PP=2620;SC=AGACCTTGTCATGCTGGTAGA;SOR=0.777;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=152;TCF=84;TCR=68;TR=152;WE=62227089;WS=62227071;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr20	62229337	rs414897	G	A	2999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=58;PP=1799;SC=GGCTCTGACCGGTGCAGGCCT;SOR=1.544;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=24;TCR=58;TR=82;WE=62229345;WS=62229327;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr20	62234241	rs2145262	A	G	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=5;PP=522;SC=GGATGCACTCAGCACAGCTGC;SOR=2.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=62234249;WS=62234231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr20	62234273	rs766915	A	G	1834.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=12;PP=1064;SC=AGTCACAGACACCATGAGGCC;SOR=1.852;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=41;TCR=12;TR=53;WE=62234281;WS=62234263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	62236148	rs6090471	T	C	4228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=51;PP=1508;SC=CGGCAGCTGCTGCCGCTGCAT;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=99;TCF=48;TCR=51;TR=99;WE=62236156;WS=62236138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr20	62272658	rs2150910	T	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=7;PP=256;SC=GAACGTGTTCTGTCGCAGGAT;SOR=1.101;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=62272666;WS=62272648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	62273435	rs186744824	G	A	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=16;PP=1026;SC=CCCGCTCCGAGCTCCGCCCCG;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=32;TCR=18;TR=45;WE=62273443;WS=62273425;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr20	62275844	rs6010986	TC	CT	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=56;PP=2947;SC=CTTCCAGACGTCGGCACTGTC;SOR=2.040;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=70;WE=62275853;WS=62275834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr20	62291008	rs6089953	A	G	2710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=63;PP=1784;SC=AGGTGGGGTCAGAGAGAGGAT;SOR=2.093;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=17;TCR=65;TR=80;WE=62291016;WS=62290998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr20	62293118	rs41308088	C	T	960.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.028;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=16;PP=536;ReadPosRankSum=0.259;SC=TCTGCAGGGCCGAGTTAGCCG;SOR=0.955;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=99;TCF=60;TCR=39;TR=42;WE=62293126;WS=62293108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,54:0.36:152
chr20	62294015	rs2297434	C	T	5468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=69;NR=68;PP=2609;SC=GCTCAGTGTCCGACAGGCGAG;SOR=0.805;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=139;TCF=69;TCR=70;TR=137;WE=62294023;WS=62294005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr20	62303794	rs6062300	G	A	394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=271;SC=CGACATCGCCGGCGCTGTTGC;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=62303802;WS=62303784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr20	62309554	rs41309367	C	T	7354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr20	62312299	rs2297440	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=5;NR=13;PP=271;SC=CCCAGGGTGATGCTGGTGAGG;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=62312307;WS=62312289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr20	62319464	rs2738785	T	C	3888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=72;NR=30;PP=2383;SC=AGGCCTGAGGTCCTGAGCAGT;SOR=1.490;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=104;TCF=74;TCR=30;TR=102;WE=62319472;WS=62319454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr20	62319604	rs2777941	A	C	14206.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=550;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=156;PP=2965;SC=CTGGTAGGGAACCCTGCAGAC;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=301;TCF=144;TCR=157;TR=300;WE=62319612;WS=62319594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,549:1.00:549
chr20	62320968	rs6062302	T	C	6630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=0.860;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,269:1.00:269
chr20	62321189	rs61753459	C	T	659.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.660;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=12;PP=285;ReadPosRankSum=0.760;SC=ACCGCCAGGACTACGGAGCTG;SOR=0.593;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=78;TCF=38;TCR=40;TR=25;WE=62321197;WS=62321179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,44:0.28:156
chr20	62321655	rs2236506	G	A	9437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=101;NR=143;PP=2965;SC=AGATGCCAGCGCCGGCCCCCC;SOR=0.932;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=244;TCF=101;TCR=143;TR=244;WE=62321663;WS=62321645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,361:1.00:361
chr20	62322288	rs3208007	T	C	1327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=17;PP=438;SC=CGGGGAGCCCTGGCGAGGAGC;SOR=0.767;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=62322296;WS=62322278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr20	62323006	rs2236507	G	C	4459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.992;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr20	62326110	rs3208008	A	C	5354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.933;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=36;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.739;SC=CTGGCAGCCAACCACAGTGGG;SOR=0.766;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=108;TCR=37;TR=143;WE=62326118;WS=62326100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,193:0.99:194
chr20	62328375	rs2738787	A	G	10357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=401;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=127;PP=2965;SC=GGAACTACCTAGAGCGCTGCC;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=204;TCF=76;TCR=128;TR=203;WE=62328383;WS=62328365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr20	62328480	rs55765053	C	T	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.653;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=40;PP=1120;ReadPosRankSum=0.533;SC=CCGGCTTCTTCGCGCACGCTG;SOR=0.587;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=96;TCF=40;TCR=56;TR=71;WE=62328488;WS=62328470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,103:0.68:151
chr20	62332436	rs2738788	A	G	1363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=8;PP=963;SC=TCAGTGATGGAGGCAGTCTGC;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=33;TCR=8;TR=41;WE=62332444;WS=62332426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr20	62332638	rs374497353	A	AC	8813.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=79;PP=2936;SC=GTGAAGATTCACCTGGCCCTC;SOR=0.890;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=99;TCF=14;TCR=85;TR=90;WE=62332646;WS=62332628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr20	62337622	rs1291211	A	G	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=29.87;SOR=2.958;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	62340115	rs1291212	C	G	3359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=33;PP=1442;SC=GGAAGAGCAGCTTGTTGGCCG;SOR=0.741;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=37;TCR=34;TR=70;WE=62340123;WS=62340105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr20	62364885	rs6011068	T	A	12338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=477;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=188;NR=108;PP=2965;SC=GGTGGTTCCCTTCAGTGGCAC;SOR=1.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=296;TCF=188;TCR=108;TR=296;WE=62364893;WS=62364875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,470:1.00:470
chr20	62367377	rs2427535	A	G	4110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=84;PP=2424;SC=TGGGGCGTGCAGACACTGCTG;SOR=1.578;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=121;TCF=36;TCR=85;TR=120;WE=62367385;WS=62367367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr20	62369300	rs914559	C	G	7117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=281;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=61;PP=2668;SC=GTCCGCAGGGCACCGACCAGC;SOR=0.871;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=147;TCF=84;TCR=63;TR=145;WE=62369308;WS=62369290;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr20	62369426	rs150938918	C	CGGGGCG	2645.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.38;QD=45.62;SOR=1.278;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr20	62369895	rs1151624	A	G	4448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=54;PP=2290;SC=GGGCCGGCAGATCCTCAGCAG;SOR=0.718;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=111;TCF=57;TCR=54;TR=110;WE=62369903;WS=62369885;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr20	62370349	rs1056441	T	C	2175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=58;PP=1399;SC=GTCCCCGGGCTGCCAGCCCGT;SOR=2.531;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=25;TCR=58;TR=83;WE=62370357;WS=62370330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr20	62372706	rs4809221	G	A	2398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=22;PP=1085;SC=CCCGCACCCCGCCCCCATCTC;SOR=1.154;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=65;TCF=42;TCR=23;TR=64;WE=62372714;WS=62372696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr20	62372813	rs2427536	G	A	5999.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.42;SOR=0.710;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,236:1.00:236
chr20	62373707	rs8957	G	T	4349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=50;NR=51;PP=1911;SC=CAGAGCCTGAGCAGAGTGATG;SOR=0.717;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=102;TCF=51;TCR=51;TR=101;WE=62373715;WS=62373697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr20	62374219	rs1151626	A	C	9611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=96;NR=77;PP=2965;SC=ATGTCCTGTGACCCCCCGCAC;SOR=0.797;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=97;TCR=77;TR=173;WE=62374227;WS=62374208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,362:1.00:362
chr20	62374441	rs6742	T	C	633.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.083;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=171;ReadPosRankSum=-1.024;SC=AGGGGCTGGCTTTCACCAGCT;SOR=0.439;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=53;TCF=9;TCR=44;TR=14;WE=62374449;WS=62374431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chr20	62378418	rs74552928	C	T	2094.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.593;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=384;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=32;PP=784;ReadPosRankSum=0.725;SC=CCAGCTCCTCCGCCTCCCCTC;SOR=0.714;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=159;TCF=87;TCR=72;TR=69;WE=62378426;WS=62378408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,129:0.34:380
chr20	62421622	rs755017	A	G	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.050;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=278;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=35;PP=810;ReadPosRankSum=-1.576;SC=TGCTCCTCCCAGCCATCACGG;SOR=0.710;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=182;TCF=86;TCR=96;TR=63;WE=62421630;WS=62421612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:174,92:0.35:266
chr20	62422080	rs2281929	T	C	2005.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.237;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.903;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=47;PP=864;ReadPosRankSum=0.670;SC=TAGTGGGACGTGATTTCCATA;SOR=0.438;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=226;TCF=86;TCR=140;TR=82;WE=62422088;WS=62422070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:216,119:0.36:335
chr20	62475297	rs73325392	A	C	1134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.546;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.123;NF=18;NR=33;PP=683;ReadPosRankSum=0.975;SC=TGCTCTGAGCACCAGGCTGCA;SOR=0.740;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=155;TCF=57;TCR=98;TR=51;WE=62475305;WS=62475287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,66:0.31:213
chr20	62488889	rs368004706	CT	C	296.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=1.462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.43;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=1.207;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,30:0.45:67
chr20	62518729	rs3795156	A	G	108.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-4.225;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.764;HP=6;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=1;PP=54;ReadPosRankSum=0.360;SC=GGTGCCCCCCATGAGGCCAAG;SOR=0.180;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=24;TCF=22;TCR=2;TR=7;WE=62518737;WS=62518719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr20	62518766	rs3795157	C	T	391.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-3.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.262;HP=5;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=197;ReadPosRankSum=0.497;SC=GAGTTTCCTTCGGGGGCATTG;SOR=0.485;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=47;TCF=37;TCR=10;TR=15;WE=62518774;WS=62518756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,20:0.38:53
chr20	62520671	rs6062569	T	C	928.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.687;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,27:0.33:81
chr20	62520674	rs6010690	G	T	903.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.753;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr20	62559964	rs817362	G	A	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=39;PP=1046;SC=TGTGTAATGTGCTCCTTATAG;SOR=2.066;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=13;TCR=39;TR=52;WE=62559972;WS=62559954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr20	62562194	rs78457562	C	T	648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-3.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.792;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=5;PP=235;ReadPosRankSum=-0.118;SC=CCACCTTCTTCTCCCCCCAGG;SOR=0.543;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=81;TCF=60;TCR=21;TR=24;WE=62562202;WS=62562184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,39:0.35:110
chr20	62571417	.	AGGG	A	2213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.433;ClippingRankSum=0.000;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=13.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.55;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.074;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:31,63:0.67:94
chr20	62573064	rs817370	T	C	294.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=1.773;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.377;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=219;ReadPosRankSum=1.916;SC=CTCTTGGCTGTCCCGTCCCGC;SOR=0.432;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=14;WE=62573072;WS=62573054;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,14:0.41:34
chr20	62574006	rs73147065	A	G	352.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=7;PP=176;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GCCCTGCCTGACCCTCCCTCC;SOR=0.750;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=69;TCF=41;TCR=28;TR=17;WE=62574014;WS=62573996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:99,29:0.23:128
chr20	62578077	rs111264888	A	AT	1112.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=18;PP=747;SC=CCCACAGGGCACCCCCCCCAC;SOR=1.911;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=18;WE=62578085;WS=62578067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr20	62594836	rs817323	G	A	214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.752;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.356;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=3;PP=75;ReadPosRankSum=1.268;SC=CCATCGCCACGGAGCCCTGCC;SOR=0.363;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=23;TCF=15;TCR=8;TR=6;WE=62594844;WS=62594826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,13:0.32:41
chr20	62594899	rs817324	G	A	239.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.553;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=4;PP=129;ReadPosRankSum=-1.000;SC=GTTAGAAACCGGGGGCACTGC;SOR=0.307;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=11;WE=62594907;WS=62594889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,13:0.41:32
chr20	62595169	rs817325	A	G	9316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=356;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.32;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,354:1.00:354
chr20	62595454	.	C	T	1344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.878;ClippingRankSum=0.000;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.828;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=15;PP=671;ReadPosRankSum=-0.321;SC=GGGGCCGGTGCCTCCTTGCTG;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=45;TCR=24;TR=46;WE=62595462;WS=62595444;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,63:0.66:96
chr20	62595547	rs6062599	C	T	1102.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.015;SOR=0.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,68:0.30:230
chr20	62595990	rs817326	T	C	509.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=137;ReadPosRankSum=-2.339;SC=CTCTGGCCCATGGAGGAGGGG;SOR=0.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=14;WE=62595998;WS=62595980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,30:0.37:82
chr20	62597455	.	T	C	1000	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=28;MQ=59.19;NF=26;NR=4;PP=1000;QD=34.4923737516;SC=TACCTTTTCTTACCACTGTTC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=62597479;WS=62597445;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr20	62597463	.	TTCC	T	1110	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MMLQ=24;MQ=59.29;NF=23;NR=4;PP=1110;QD=42.3333333333;SC=CTTACCACTGTTCCTCCCCGA;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=62597479;WS=62597445;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr20	62597471	rs201208894	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.328;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.792;NF=22;NR=2;PP=545;ReadPosRankSum=-0.652;SC=TGTTCCTCCCCGACCTGGGAC;SOR=1.022;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=24;WE=62597479;WS=62597445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chr20	62597694	rs817329	T	G	14334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=539;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=188;NR=144;PP=2965;ReadPosRankSum=1.190;SC=CAAGCTTTGTTACCGTAATGG;SOR=0.302;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=332;TCF=188;TCR=144;TR=332;WE=62597702;WS=62597684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,534:1.00:535
chr20	62598815	rs817330	C	T	1781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.853;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=32;PP=960;ReadPosRankSum=-1.044;SC=CTGGACTTCCCGGGTCAAAGC;SOR=0.727;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=222;TCF=116;TCR=106;TR=71;WE=62598823;WS=62598805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:271,111:0.29:382
chr20	62599141	rs817331	C	T	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.385;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQ=59.95;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=36;PP=939;ReadPosRankSum=0.851;SC=CACTTGCTGCCCAGAACCATC;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=225;TCF=118;TCR=107;TR=77;WE=62599149;WS=62599131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:257,134:0.34:391
chr20	62599357	rs56015416	C	T	2141.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.630;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=36;PP=853;ReadPosRankSum=0.909;SC=ACTTGGAACACGTGGTGAGGC;SOR=0.795;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=86;TCF=31;TCR=55;TR=55;WE=62599365;WS=62599347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,101:0.67:150
chr20	62606765	rs817341	C	T	639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.015;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=6;PP=514;ReadPosRankSum=-0.485;SC=CCCGGCATCCCGCAGGGTCCA;SOR=0.793;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=37;TCF=30;TCR=7;TR=26;WE=62606773;WS=62606755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,28:0.70:40
chr20	62606973	rs817342	G	A	5432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=382;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.397;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=98;NR=66;PP=2526;ReadPosRankSum=-1.518;SC=CCGACCTCCTGAGGTCATCCC;SOR=0.832;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=240;TCF=138;TCR=102;TR=164;WE=62606981;WS=62606963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,251:0.68:368
chr20	62607160	rs817343	C	T	1867.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=2.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.168;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,93:0.72:129
chr20	62608717	.	G	C	282.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;ClippingRankSum=0.000;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=3.051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.50;ReadPosRankSum=0.907;SOR=1.035;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,24:0.21:113
chr20	62609670	rs817348	A	G	708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.408;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.059;SOR=0.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,33:0.70:47
chr20	62609766	rs817349	C	T	654.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=7;PP=183;ReadPosRankSum=-1.855;SC=TTACAGCACCCTAGCACCCAG;SOR=0.593;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=15;WE=62609774;WS=62609756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,32:0.65:49
chr20	62625036	rs138342962	A	AG	341.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=8;PP=390;SC=CTACTGTAAAAGGTAGGACAA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=62625044;WS=62625026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr20	62648016	rs145760660	G	A	494.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.441;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=6;PP=187;ReadPosRankSum=-0.177;SC=CGTACTCCCCGTTGGGAATCT;SOR=1.051;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=16;WE=62648024;WS=62648006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,24:0.71:34
chr20	62664365	rs7550	C	T	4434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.23;SOR=0.894;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr20	62670369	rs118165004	C	T	1582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=26;PP=655;SC=CTTCGCCTGCCTCTCTGTGGG;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=11;TCR=26;TR=37;WE=62670377;WS=62670359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr20	62697751	rs4809251	T	C	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.07;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr20	62698188	rs34848242	G	A	1947.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.716;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.855;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=14;PP=1178;ReadPosRankSum=-0.258;SC=GTCCTGTGGGGGCCACCAAGG;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=64;WE=62698196;WS=62698178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,82:0.71:116
chr20	62698484	rs10460612	G	A	844.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=-1.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=24;PP=553;ReadPosRankSum=0.749;SC=GAGCCAGGTCGCTTGGGAGTG;SOR=0.593;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=31;WE=62698492;WS=62698474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr20	62701092	rs4809393	A	C	1325.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-2.645;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.499;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=455;ReadPosRankSum=0.577;SC=CCAGTGGGGGAAGCTAGTCAG;SOR=0.437;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=76;TCF=41;TCR=35;TR=40;WE=62701100;WS=62701082;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,68:0.60:113
chr20	62703490	rs13039439	C	T	5732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=390;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.397;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=58;PP=2665;ReadPosRankSum=0.578;SC=TCTCATGTGGCCACAAGGCTG;SOR=0.663;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=152;TCR=90;TR=157;WE=62703498;WS=62703480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,259:0.67:385
chr20	62705140	rs6011280	A	C	120.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.010;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=0;PP=94;ReadPosRankSum=1.451;SC=CCTGCCGACAACAACACCTGA;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=13;TCR=0;TR=6;WE=62705148;WS=62705130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,6:0.38:16
chr20	62714783	rs6010717	C	G	912.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.078;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.264;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=19;PP=446;ReadPosRankSum=-0.312;SC=CACTCTCAGTCGCCGTCACCG;SOR=0.569;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=111;TCF=49;TCR=62;TR=36;WE=62714791;WS=62714773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:129,55:0.30:184
chr20	62715089	rs4337532	G	A	274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.66;BaseQRankSum=-0.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=7;PP=234;ReadPosRankSum=0.965;SC=AGCGCGCGCCGAGCCCCGCCC;SOR=0.495;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=53;TCF=30;TCR=23;TR=20;WE=62715097;WS=62715079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,18:0.33:54
chr20	62715548	rs4431000	C	A	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.379;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.915;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr20	62737075	.	G	C	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.78;QD=48.37;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr20	62737078	.	G	GATGATGGGGGT	388.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.31;QD=43.19;SOR=4.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr20	62737318	rs13036542	G	A	1013.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.573;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=1.136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.49;ReadPosRankSum=0.023;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:161,65:0.29:226
chr20	62838933	rs6090069	T	C	1354.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.228;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=15;PP=674;ReadPosRankSum=-0.891;SC=CACGTTGATTTTGATTTTGTG;SOR=0.955;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=150;TCF=94;TCR=56;TR=51;WE=62838941;WS=62838923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,77:0.34:224
chr20	62839888	rs59834539	T	C	138.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.302;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr20	62843515	rs34535059	A	G	1551.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.511;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=2.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.58;MQRankSum=14.629;QD=6.04;ReadPosRankSum=-6.338;SOR=0.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,87:0.34:257
chr20	62845108	rs1569995	G	C	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.443;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,4:0.22:18
chr20	62959363	rs111569474	G	C	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=27;PP=762;SC=TGCGCCTGGGGTGGCGGCGGG;SOR=2.517;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=35;WE=62959371;WS=62959353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	9825735	rs371225382	T	C	107.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.69;QD=26.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr21	9825838	.	T	TGCG	3428.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.649;ClippingRankSum=0.000;DP=261;ExcessHet=3.0103;FS=20.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.46;MQRankSum=-7.019;QD=13.39;ReadPosRankSum=3.261;SOR=0.176;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:162,94:0.37:256
chr21	9825939	.	T	C	2264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.016;ClippingRankSum=0.000;DP=1377;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.66;MQRankSum=-5.745;QD=1.65;ReadPosRankSum=-0.497;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1117,254:0.19:1371
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chr21	9907222	.	T	C	5827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.834;ClippingRankSum=0.000;DP=192;ExcessHet=3.0103;FS=6.143;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.29;MQRankSum=1.492;QD=30.35;ReadPosRankSum=-0.064;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,188:0.98:192
chr21	9907271	.	A	G	11477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DP=422;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=241;NR=150;PP=2965;SC=CCAGCTGCAGAATGGTGGGGT;SOR=1.187;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=392;TCF=242;TCR=150;TR=391;WE=9907279;WS=9907261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,422:1.00:422
chr21	9907345	.	C	T	17376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=664;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=222;NR=236;PP=2965;SC=ATGGCAGTGACGTCCTTCTCC;SOR=0.714;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=458;TCF=222;TCR=236;TR=458;WE=9907353;WS=9907335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,663:1.00:663
chr21	9907375	rs146622385	T	C	21415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.81;QD=43.26;SOR=0.910;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,495:1.00:495
chr21	9907384	rs140139768	G	A	20882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=457;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.81;QD=45.70;SOR=0.974;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,457:1.00:457
chr21	9907397	rs150294462	C	T	18611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=411;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=129;NR=207;PP=2965;SC=GGGACTGCTCCGCTTGTAGAA;SOR=1.100;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=341;TCF=130;TCR=211;TR=336;WE=9907405;WS=9907365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,411:1.00:411
chr21	9907416	.	C	T	14539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=53.58;QD=45.87;SOR=1.322;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,317:1.00:317
chr21	9907503	.	C	A	1820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.74;QD=33.10;SOR=8.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	9907592	.	T	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.00;QD=31.62;SOR=4.977;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	10793776	rs368569117	GGAGTT	G	482.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.600;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=4.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQRankSum=-1.877;QD=16.09;ReadPosRankSum=-1.173;SOR=2.110;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chr21	10793781	.	T	G	457	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=67;MMLQ=15;MQ=54.45;NF=20;NR=1;PP=457;QD=23.417676788;SC=AGAATGGAGTTGAATGGAGCA;SbPval=0.9;Source=Platypus;TC=37;TCF=33;TCR=4;TR=21;WE=10793806;WS=10793771;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,21:0.57:37
chr21	10793860	.	T	TGG	2505.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=0.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-2.132;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.546;SOR=0.763;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:101,67:0.40:168
chr21	10793861	.	A	AATGGAATGGAATGGAGTG	3893.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-1.936;QD=18.72;ReadPosRankSum=-0.752;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,115:0.55:208
chr21	10793885	rs200167075	A	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=0.490;QD=0.27;ReadPosRankSum=-0.875;SOR=0.619;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:285,22:0.07:307
chr21	10793891	rs28490105	T	G	7517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FS=1.833;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.131;QD=22.44;ReadPosRankSum=-1.744;SOR=0.800;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:131,204:0.61:335
chr21	10793906	rs146787155	G	C	426.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.435;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.92;MQRankSum=0.324;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.572;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:333,33:0.09:366
chr21	10793912	rs200243265	A	G	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FS=0.633;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=0.000;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.937;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:336,37:0.10:373
chr21	10793925	rs28641787	T	A	1692.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FS=0.845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.93;MQRankSum=-1.486;QD=4.53;ReadPosRankSum=-0.192;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:258,116:0.31:374
chr21	10793946	.	C	CGAATAGAATGGACTT	259.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-0.306;ClippingRankSum=0.000;DP=340;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.632;HP=1;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.326;NF=3;NR=27;PP=2954;ReadPosRankSum=0.302;SC=GGAATGGAGTCGAATAGAATG;SOR=0.634;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=105;TCF=8;TCR=97;TR=30;WE=10793954;WS=10793936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:273,27:0.09:300
chr21	10793961	.	T	TGAATGGAATGGACTC	3645.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-1.038;ClippingRankSum=0.000;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.909;NF=3;NR=28;PP=2971;ReadPosRankSum=2.949;SC=AGAATGCACTTGAATGGAATG;SOR=0.684;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=101;TCF=8;TCR=93;TR=31;WE=10793969;WS=10793951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:88,104:0.54:192
chr21	10794022	rs28971978	A	G	845.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.504;HP=2;HapScore=2;MGOF=130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=461;ReadPosRankSum=-2.115;SC=GAGTGTAATCAAACAGAATGG;SOR=0.390;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=60;TCF=11;TCR=49;TR=32;WE=10794030;WS=10794012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,27:0.49:55
chr21	10794047	rs28970391	G	A	560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.394;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=1.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.60;MQRankSum=0.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=-1.484;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr21	10794051	rs200584440	T	C	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.499;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=0.000;QD=17.65;ReadPosRankSum=-2.295;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr21	10794052	rs74672900	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.574;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.418;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=0.000;QD=16.20;ReadPosRankSum=-2.160;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,13:0.45:29
chr21	10794061	.	GGAATGGAATGGAATGGAATA	G	2608	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=104;MMLQ=23;MQ=56.56;NF=0;NR=11;PP=2608;QD=20;SC=TGGATGGAATGGAATGGAATG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=31;TCF=0;TCR=31;TR=11;WE=10794088;WS=10794037;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:20,11:0.35:31
chr21	10862599	rs3883945	C	T	11118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=2.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.527;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.090;NF=104;NR=69;PP=2845;ReadPosRankSum=-0.766;SC=CTAGAGAAGCCCCTGAGAGCA;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=283;TCF=169;TCR=114;TR=173;WE=10862607;WS=10862589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:202,280:0.58:482
chr21	10862618	rs3916251	T	C	11848.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=566;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.274;NF=109;NR=80;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.280;SC=CACAGCTCCTTACCATGGACT;SOR=0.677;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=312;TCF=182;TCR=130;TR=189;WE=10862626;WS=10862608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:237,324:0.58:561
chr21	10862846	rs3916645	A	T	21226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=555;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.98;QD=38.52;SOR=0.930;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,551:1.00:551
chr21	10862846	.	ATCACCAG	TTCACCAA,TTCACCAG	2944	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000,0.5000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MMLQ=23;MQ=56.46;NF=144,228;NR=117,173;PP=2944,2054;QD=20;SC=TGGATACACCATCACCAGCTA;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=405;TCF=228;TCR=177;TR=261,401;WE=10862861;WS=10862836;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.64:405
chr21	10862853	rs1961808	G	A	8348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=603;ExcessHet=3.0103;FS=1.152;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-9.419;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.820;SOR=0.588;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:220,378:0.63:598
chr21	10862874	rs1807747	A	G	9033.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=686;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-9.881;NF=174;NR=130;PP=2962;ReadPosRankSum=0.567;SC=CACTGGGTGCACCAGGTCCAT;SOR=0.681;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=477;TCF=277;TCR=200;TR=304;WE=10862882;WS=10862864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:260,422:0.62:682
chr21	10862947	rs3883944	G	A	12165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=971;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-8.237;NF=203;NR=179;PP=2962;ReadPosRankSum=0.969;SC=GCTATGCACAGAAGTTCCAGG;SOR=0.690;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=624;TCF=334;TCR=290;TR=382;WE=10862955;WS=10862937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:401,566:0.59:967
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chr21	10863155	rs28501310	G	T	1746.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=2.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.336;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.159;NF=15;NR=59;PP=1198;ReadPosRankSum=-1.653;SC=GAGGTTTAAAGTTGTTTAGAA;SOR=1.073;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=195;TCF=50;TCR=145;TR=74;WE=10863163;WS=10863145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:142,85:0.37:227
chr21	10908767	rs4913632	C	T	691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.592;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=10;PP=428;ReadPosRankSum=0.244;SC=TGCCATTACACCTTATACATA;SOR=1.307;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=74;TCF=48;TCR=26;TR=32;WE=10908775;WS=10908757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,35:0.38:92
chr21	10910253	rs1828001	G	T	1648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FS=1.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQRankSum=-9.513;QD=4.49;ReadPosRankSum=1.071;SOR=0.589;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,106:0.29:367
chr21	10910291	rs150480	C	T	9092.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.717;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=560;ExcessHet=3.0103;FS=2.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-6.880;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.862;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,416:0.74:560
chr21	10910311	rs9996	T	G	11555.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.001;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=693;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-6.587;NF=171;NR=149;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.483;SC=ACTCACCGAATAGAAAAACTG;SOR=0.718;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=417;TCF=222;TCR=195;TR=320;WE=10910319;WS=10910301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,523:0.76:691
chr21	10910340	rs62211191	C	G	3265.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=756;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.47;MQRankSum=-5.934;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.913;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:540,214:0.28:754
chr21	10910347	rs150482	A	G	23175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=758;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=191;NR=240;PP=2962;SC=ATACAGAGGTAGACCGTCGAA;SOR=0.825;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=437;TCF=193;TCR=244;TR=431;WE=10910355;WS=10910330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,755:1.00:755
chr21	10914285	rs62211195	G	A	799.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-2.157;NF=25;NR=8;PP=466;ReadPosRankSum=0.199;SC=TGATAGTTTAGGGAGGTGAAC;SOR=0.727;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=87;TCF=63;TCR=24;TR=33;WE=10914293;WS=10914275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,40:0.41:98
chr21	10914350	rs375075164	T	C	1878.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-2.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.462;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.741;NF=39;NR=27;PP=626;ReadPosRankSum=-0.526;SC=TCAATTCACATGTTTTCTCTT;SOR=0.583;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=180;TCF=109;TCR=71;TR=66;WE=10914358;WS=10914340;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:183,109:0.37:292
chr21	10916226	rs61365894	A	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=2.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-2.341;NF=11;NR=2;PP=145;ReadPosRankSum=0.655;SC=AGCGGCATAAATAAGGAGGAG;SOR=0.613;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=13;WE=10916234;WS=10916216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,11:0.24:46
chr21	10916290	rs61249862	T	C	550.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.357;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.716;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.37;MQRankSum=-0.790;QD=3.99;ReadPosRankSum=-1.412;SOR=0.786;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:100,38:0.28:138
chr21	10916293	rs150483	A	G	2962.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.57;MQRankSum=-4.001;QD=19.88;ReadPosRankSum=-0.196;SOR=0.650;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,105:0.70:149
chr21	10916322	rs210506	G	A	891.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=0.575;QD=4.07;ReadPosRankSum=1.041;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,59:0.27:219
chr21	10919969	rs4913680	C	G	590.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.785;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=6.090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-3.418;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.826;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:91,40:0.31:131
chr21	10920041	rs4913553	C	T	1755.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FS=1.367;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.55;MQRankSum=-3.544;QD=5.03;ReadPosRankSum=1.426;SOR=0.612;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:239,110:0.32:349
chr21	10920067	rs4913681	T	C	1587.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.636;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-3.315;QD=4.58;ReadPosRankSum=1.304;SOR=0.696;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:244,103:0.30:347
chr21	10920098	rs212146	T	C	7341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=284;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=92;PP=2965;SC=GAAGGAGTTTTTACTCCCTGA;SOR=0.820;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=162;TCF=69;TCR=93;TR=161;WE=10920106;WS=10920088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr21	10920176	rs62211225	G	T	341.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-2.944;QD=3.84;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:67,22:0.25:89
chr21	10935004	rs6582917	A	T	1420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=1.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.26;MQRankSum=0.290;QD=6.40;ReadPosRankSum=0.846;SOR=0.596;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:140,82:0.37:222
chr21	10935116	rs625018	T	G	175.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.0;BaseQRankSum=4.113;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-4.304;NF=0;NR=8;PP=134;ReadPosRankSum=1.609;SC=CATCTTCTAGTGGAGATTCAG;SOR=1.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=8;WE=10935124;WS=10935106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chr21	10941784	rs60630159	AT	A	214.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=1.242;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.198;HP=8;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.261;NF=15;NR=1;PP=216;ReadPosRankSum=-1.375;SC=ATCCATTATGATTTTTTTTCC;SOR=2.243;SbPval=0.98;Source=Platypus;TC=62;TCF=47;TCR=15;TR=16;WE=10941792;WS=10941774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,19:0.30:64
chr21	10942036	rs2019999	T	A	636.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-0.867;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.321;HP=7;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=401;ReadPosRankSum=0.088;SC=TACAAAAAAATTAATTTATAC;SOR=1.092;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=89;TCF=16;TCR=73;TR=27;WE=10942044;WS=10942026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,33:0.32:104
chr21	10942601	rs1810855	C	T	1637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-4.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.054;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.220;NF=52;NR=14;PP=908;ReadPosRankSum=-1.663;SC=CATATATCCTCATGAATAAAG;SOR=0.428;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=176;TCF=140;TCR=36;TR=66;WE=10942609;WS=10942592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:121,80:0.40:201
chr21	10942756	rs1810540	G	A	5191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=946;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.832;NF=72;NR=99;PP=1873;ReadPosRankSum=0.815;SC=CTTGTGTATCGCCTTTTGTTT;SOR=0.804;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=533;TCF=236;TCR=297;TR=171;WE=10942766;WS=10942746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:631,313:0.33:944
chr21	10942924	rs113444703	CCTT	C	936.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.256;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.49;ReadPosRankSum=1.073;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:95,30:0.24:125
chr21	10943003	rs1810856	C	T	1377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.382;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-2.384;NF=27;NR=20;PP=551;ReadPosRankSum=-0.109;SC=TCGTAGAAGTCGAAGTAAATG;SOR=0.870;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=147;TCF=76;TCR=71;TR=47;WE=10943011;WS=10942993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:149,79:0.35:228
chr21	10943038	rs2020014	C	A	1283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.245;NF=23;NR=23;PP=562;ReadPosRankSum=0.529;SC=TAAATTTAAACGATCCATTTT;SOR=0.577;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=143;TCF=67;TCR=76;TR=46;WE=10943046;WS=10943028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,74:0.34:217
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chr21	10971453	rs1739180	T	C	978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=29;PP=783;SC=CTTTTATTATTCACATGTATG;SOR=4.112;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=3;TCR=29;TR=32;WE=10971461;WS=10971443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
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chr21	11027129	rs4577378	C	T	211.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.16;BaseQRankSum=3.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.793;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=168;ReadPosRankSum=0.629;SC=TTCTCGGTGACGACAACAACT;SOR=2.262;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=11;WE=11027137;WS=11027119;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,11:0.34:32
chr21	11038649	rs28565510	C	A	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.91;MQRankSum=1.761;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.085;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,8:0.40:20
chr21	11038722	rs62209718	C	A	3073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=67;NR=25;PP=1760;SC=ATTAAAATCACCCTACCTGTT;SOR=1.739;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=68;TCR=26;TR=92;WE=11038730;WS=11038712;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	11038802	rs56253511	G	A	2516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.581;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.090;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.510;NF=50;NR=47;PP=1293;ReadPosRankSum=0.538;SC=GTTTTTTGGAGTGACTGAGAT;SOR=0.611;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=164;TCF=89;TCR=75;TR=97;WE=11038810;WS=11038792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,124:0.60:207
chr21	11038843	rs10433076	G	C	4199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.260;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=2.456;NF=81;NR=73;PP=2221;ReadPosRankSum=1.815;SC=TTCCAGCAGAGGAACTAAGAG;SOR=0.236;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=171;TCF=98;TCR=73;TR=154;WE=11038851;WS=11038833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,164:0.99:166
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chr21	11049404	rs2259244	C	G	5133.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.520;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=3.738;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.77;MQRankSum=0.784;QD=26.60;ReadPosRankSum=0.614;SOR=1.019;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:64,129:0.67:193
chr21	11049503	rs7280925	T	A	2266.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.536;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=4.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.74;MQRankSum=-0.041;QD=14.91;ReadPosRankSum=-1.035;SOR=0.422;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,86:0.57:152
chr21	11049516	rs468629	G	A	5134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.85;QD=30.56;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,168:1.00:168
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chr21	11058404	rs58094605	A	ACT	981.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.130;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-5.503;NF=2;NR=34;PP=1508;ReadPosRankSum=1.232;SC=GGTATAAAAAACTCTGTACAT;SOR=0.079;SbPval=0.26;Source=Platypus;TC=72;TCF=2;TCR=70;TR=36;WE=11058412;WS=11058394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,29:0.50:58
chr21	11059734	rs75838613	C	T	568.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.442;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.06;MQRankSum=0.936;QD=21.88;ReadPosRankSum=-1.778;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,15:0.58:26
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chr21	11059736	rs7279429	G	A	112.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQRankSum=-3.770;QD=4.03;ReadPosRankSum=1.296;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,5:0.18:28
chr21	11059744	rs57566895	A	G	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.543;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=1.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.78;MQRankSum=-2.429;QD=28.70;ReadPosRankSum=-1.552;SOR=0.438;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chr21	11059799	rs74827812	C	T	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=1.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=49;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-2.996;NF=4;NR=2;PP=44;ReadPosRankSum=-0.831;SC=TCCTGGCTGACACAGTGAAAC;SOR=0.776;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=6;WE=11059807;WS=11059789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,13:0.31:42
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chr21	11098673	.	GTACTCCTAC	G	797.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=6.421;ClippingRankSum=0.000;DP=571;ExcessHet=3.0103;FS=10.488;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.85;MQRankSum=-7.422;QD=1.41;ReadPosRankSum=-1.720;SOR=1.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:510,56:0.10:566
chr21	11098674	rs1752238	T	C	10834.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-6.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=531;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.668;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=7.062;NF=169;NR=131;PP=2962;ReadPosRankSum=1.034;SC=ACTCAGGCTGTACTCCTACCA;SOR=0.176;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=305;TCF=173;TCR=132;TR=300;WE=11098712;WS=11098654;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,469:0.89:526
chr21	11098685	.	CTCCAGCCGCCA	C	1519.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.148;ClippingRankSum=0.000;DP=617;ExcessHet=3.0103;FS=10.517;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.86;MQRankSum=-7.666;QD=2.49;ReadPosRankSum=-0.211;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:554,57:0.09:611
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chr21	11098723	rs73151874	T	C	3051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=625;ExcessHet=3.0103;FS=1.495;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.81;MQRankSum=-5.717;QD=4.93;ReadPosRankSum=1.133;SOR=0.769;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:509,110:0.18:619
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chr21	11098827	rs79274499	C	T	1400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.424;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.197;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-4.506;NF=21;NR=42;PP=911;ReadPosRankSum=1.691;SC=CCATCCAGAGCGAGACGAGCC;SOR=0.590;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=156;TCF=47;TCR=109;TR=63;WE=11098835;WS=11098817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,75:0.38:197
chr21	11098863	rs75318310	A	G	814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.684;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.945;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-4.994;NF=9;NR=28;PP=712;ReadPosRankSum=1.162;SC=CCAGCCTCCAACTCCCCCTTC;SOR=0.492;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=89;TCF=20;TCR=69;TR=37;WE=11098871;WS=11098853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:54,38:0.41:92
chr21	14756449	.	A	ATGTG	354.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;QD=39.42;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chr21	14757043	rs2257596	T	C	5826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=82;NR=74;PP=2965;SC=ACATCAACATTCATTATTCCT;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=84;TR=156;WE=14757051;WS=14757033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr21	14760151	rs2775777	T	C	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=50.27;QD=25.50;SOR=0.724;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	14760203	rs2775779	C	T	1980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=33;PP=1049;SC=TTTAAGTTCCCTTCCTCTTTC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=56;WE=14760211;WS=14760193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	14766093	rs2775805	G	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.09;QD=24.72;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	14771323	.	TTC	T	2256.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.30;QD=44.25;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	14771325	.	CTT	TGC	2553	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=22;MQ=43.04;NF=20;NR=23;PP=2553;QD=20;SC=ATCTTCTTTTCTTCCTAATTC;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=14771335;WS=14771315;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	14771327	.	T	TGC	2256.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.22;QD=44.25;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	14778811	rs112146711	C	T	54.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.68;QD=18.09;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	14917181	rs62215474	C	T	6141.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.570;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.607;NF=88;NR=78;PP=2901;ReadPosRankSum=-0.961;SC=CATTTCACTGCCAGTGAAGAG;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=88;TCR=79;TR=166;WE=14917189;WS=14917171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,241:0.99:243
chr21	15373420	rs1297087	C	A	4783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=77;PP=2498;SC=GTTGATCTTACGGTAACATGC;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=126;TCF=49;TCR=77;TR=126;WE=15373428;WS=15373410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr21	15399864	rs2298673	T	C	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.09;QD=25.20;SOR=0.832;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr21	15516976	rs7283442	T	A	1324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=17;PP=489;SC=TTAACATGAGTCTCTGGATCT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=15516984;WS=15516966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	15524843	rs57726121	A	G	192.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=2;PP=112;SC=GGGATACTGAAGAAAGCAAAC;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=15524851;WS=15524833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	15596772	rs409782	T	G	692.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	15596882	rs410052	T	C	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=5;PP=100;SC=GCATTTTATTTAGTATATAAT;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=15596890;WS=15596872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	15599142	rs4817028	A	G	1954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	15646397	rs8129984	A	G	265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=6;PP=288;SC=GCCAGCGGCCAGGCGCCCCGC;SOR=2.494;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=15646405;WS=15646387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	15660716	rs1153305	G	A	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=8;PP=469;SC=ATTTTCTTTAGTTATGTAGGT;SOR=1.040;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=15660724;WS=15660706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	15663704	rs372000716	TA	T	80.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.236;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.527;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.267;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chr21	15663777	rs34559607	A	AGT,AGTGT	1696.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=20;NF=20,20;NR=14,14;PP=290,931;SC=AACAGGTAAGAGTGTGTGTGT;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=34,34;WE=15663785;WS=15663767;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.33,0.67:45
chr21	15748186	rs2822642	C	A	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=20;PP=587;SC=AGGATGCGATCAAGTAATCTC;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=9;TCR=20;TR=29;WE=15748194;WS=15748176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	15755349	rs7281846	T	C	13156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.45;SOR=0.736;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,517:1.00:517
chr21	15884949	rs3761320	A	T	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	15884955	rs3761321	A	T	1686.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.25;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	15884974	rs10679308	C	CAAG	1447.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=708;SC=ATTTAATAGACACATATTTTA;SOR=1.352;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=15884982;WS=15884964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	15893567	rs760344	A	T	948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=411;SC=AGAAAAAGCAAAGGAAACTTA;SOR=1.547;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=15893575;WS=15893557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	15893594	rs760345	T	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=8;PP=205;SC=ATTTTCACTGTCCAAACTGAT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=15893602;WS=15893584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	15954593	rs2822786	G	A	4682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=54;PP=2122;SC=TTCAGGAAAAGGCTTCCAGTG;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=53;TCR=54;TR=107;WE=15954601;WS=15954583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr21	15954660	rs2822787	T	C	4665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=49;PP=2016;SC=AAGTTGCAGTTATTTAAAGTG;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=99;WE=15954668;WS=15954650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr21	15964920	rs466913	C	G	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=30;PP=980;SC=CATTTGACTACATAAGTATCT;SOR=1.033;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=51;TCF=21;TCR=30;TR=50;WE=15964928;WS=15964910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	15966421	rs460852	T	A	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.89;ReadPosRankSum=-0.993;SOR=0.289;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,39:0.98:40
chr21	15974409	rs456067	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=10;PP=261;SC=AGAAAATCATTTTCATTTAGA;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=15974417;WS=15974399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	15974502	.	T	C	125.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=55;SC=AACACTCATGTTTTTATTTAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=15974510;WS=15974492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	15984982	rs2822809	C	A	2568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;SC=TAAATATAAACGGAAAATATT;SOR=0.992;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TR=61;WE=15984990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr21	15991786	rs1292586	C	G	65.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	16015250	rs458292	A	G	977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.94;SOR=2.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	17102680	.	ACCG	A	103.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.709;ClippingRankSum=0.000;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=1.618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.79;ReadPosRankSum=1.913;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:51,7:0.12:58
chr21	17236477	.	CA	C	56.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.506;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.230;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.255;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr21	17238521	rs147076784	AAT	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-1.526;SOR=0.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr21	17533075	rs147455337	T	TTTCTTC	1114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=64.01;QD=37.16;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	17560174	rs10629120	T	TTCCTTCCC	2119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.10;SOR=1.378;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	18885546	rs211964	C	G	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.984;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	18937758	rs437470	A	G	2203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=33;PP=1060;SC=AAGATGTGCCACCTCCAAAGA;SOR=1.058;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=18937766;WS=18937748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr21	19506579	rs2824645	A	G	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=27;NR=11;PP=700;SC=TGATCTTGCCATTTTTATACT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=19506587;WS=19506569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	19628809	rs200762308	CT	C	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.473;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=2.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.053;SOR=0.356;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,12:0.23:53
chr21	19666526	rs6517807	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.08;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	19666530	rs4395327	T	C	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.75;SOR=3.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	19666910	rs2824718	A	G	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=20;PP=639;SC=ATGACAACATATTTACTTACA;SOR=0.952;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=19666918;WS=19666900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	19670118	rs2824721	G	A	3365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=47;PP=1613;SC=CCATCGGTAGGGAAGATTGGC;SOR=0.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=75;WE=19670126;WS=19670108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr21	19687376	rs2144203	G	A	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=11;PP=1023;SC=GGTCCTAATAGACACAGTTAT;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=19687384;WS=19687366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	19701421	rs68023548	GCT	G	2082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=11;PP=1172;SC=ATTAAGAAACGCTCTTTCCAT;SOR=1.270;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=24;WE=19701430;WS=19701411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	19704296	rs1155847	C	T	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=6;PP=563;SC=ACATGATAGGCGTACCCATGT;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=21;TCR=6;TR=27;WE=19704304;WS=19704286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	19744415	rs71318139	A	ATGTG,ATG	430.25	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.18;BaseQRankSum=1.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=4.260;HP=1;HapScore=4;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14,14;NR=0,0;PP=50,249;ReadPosRankSum=1.737;SC=TGAGATTAGAATGTGTGTGTG;SOR=2.670;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=14,14;WE=19744423;WS=19744405;set=Intersection	GT:AF:DP	0/1:0.67:21
chr21	19770562	rs2824804	T	C	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=23;PP=718;SC=CACTGAGAGTTTGTCTTGCAA;SOR=0.909;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=41;WE=19770570;WS=19770552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	20058298	rs6517825	C	T	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.15;SOR=1.038;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	22643720	rs8127865	A	G	471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=9;PP=228;SC=TGCTCCTAGCAAATAGTACAG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=22643728;WS=22643710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	22652720	rs9306013	C	T	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=105;SC=AAATGCATAACAAAGTAATAT;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=22652728;WS=22652710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	22656409	rs34246223	AT	A	430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=1;PP=374;SC=CTGTTACATAATTTTTTTTCT;SOR=4.615;SbPval=0.94;Source=Platypus;TC=19;TCF=16;TCR=3;TR=17;WE=22656417;WS=22656399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	22658544	rs111713483	TTTTGTGA	T	1791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=7;PP=1086;SC=GCAATGATACTTTTGTGATTT;SOR=2.476;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=17;WE=22658558;WS=22658534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	22664619	rs60892739	T	A	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=409;SC=TGTTTTTTATTAAATGGCAAC;SOR=4.047;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=22664627;WS=22664609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	22696881	rs11334381	TG	T	2287.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=26;PP=1136;SC=GGAACAGTATTGGGGATCTTA;SOR=0.814;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=34;TCF=4;TCR=30;TR=30;WE=22696889;WS=22696871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	22804674	rs2826833	C	T	662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=19;PP=516;SC=TTGGCTTTTTCGGTTTCCTCC;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=22804682;WS=22804664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	22840930	rs2250501	A	C	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.87;ReadPosRankSum=1.463;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,84:0.99:85
chr21	22841123	rs2250508	G	A	1564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=31;PP=861;SC=CTTGTTTATTGTCATATCATG;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=10;TCR=31;TR=41;WE=22841131;WS=22841113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	26960189	rs2829806	T	G	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.07;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.447;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=5;PP=81;ReadPosRankSum=0.366;SC=GCTTAACCAGTGTTTGTGGCA;SOR=0.116;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=10;WE=26960197;WS=26960179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,10:0.29:35
chr21	26961086	rs2829807	T	C	1006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.021;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.643;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=12;PP=398;ReadPosRankSum=-0.732;SC=TTGGTTGTTATTGGTTAATTT;SOR=0.929;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=30;WE=26961094;WS=26961076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,53:0.54:98
chr21	26965100	rs2829809	C	A	959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.722;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.661;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=13;PP=405;ReadPosRankSum=-1.033;SC=AATTGGAAGACCTAGAACTTT;SOR=0.580;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=97;TCF=62;TCR=35;TR=33;WE=26965108;WS=26965090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,53:0.39:137
chr21	26965148	rs1135638	G	A	1634.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.066;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.498;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=25;NR=26;PP=619;ReadPosRankSum=0.274;SC=GTAAAGACACGCCCTGGAATC;SOR=0.630;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=140;TCF=74;TCR=66;TR=51;WE=26965156;WS=26965138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,89:0.40:225
chr21	26965205	rs1057885	T	C	1497.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.137;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=33;PP=723;ReadPosRankSum=0.706;SC=GAACTGCTGATACTTCATACT;SOR=0.575;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=136;TCF=54;TCR=82;TR=55;WE=26965213;WS=26965195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,80:0.41:197
chr21	26966317	rs13048408	A	G	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=4.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.853;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=10;PP=230;ReadPosRankSum=-1.067;SC=CAAAATATGTAAAAAGGTGTT;SOR=2.147;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=11;WE=26966325;WS=26966307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr21	26969703	rs1135618	T	C	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=2.500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.490;SOR=0.409;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,29:0.62:47
chr21	26973663	rs140202502	A	ATATACT	3523.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=20;PP=2270;ReadPosRankSum=-0.045;SC=ACAAAAAGACATATATGTATA;SOR=0.761;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=41;TCR=51;TR=36;WE=26973671;WS=26973653;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:114,91:0.44:205
chr21	26976250	rs7278164	A	G	4009.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.132;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=448;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=70;PP=1727;ReadPosRankSum=-1.397;SC=GCTTAAATCTAGAAATTTAAA;SOR=0.712;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=279;TCF=122;TCR=157;TR=126;WE=26976258;WS=26976240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:241,200:0.45:441
chr21	26978950	rs3989369	A	G	2110.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.222;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=52;PP=1226;ReadPosRankSum=2.407;SC=TGAGAAGCTGACGATGTTGCT;SOR=0.942;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=151;TCF=53;TCR=98;TR=75;WE=26978958;WS=26978940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,103:0.50:207
chr21	26979628	rs9653688	G	A	6718.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-1.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=678;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=89;NR=62;PP=2287;ReadPosRankSum=-1.420;SC=TGCCCCGCGGGACCTCCCCGG;SOR=0.729;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=333;TCF=192;TCR=141;TR=151;WE=26979640;WS=26979618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:334,336:0.50:670
chr21	27141273	rs56048433	C	CATTT	1085.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=718;SC=TAAGAAGTCTCATTTTTTCTG;SOR=0.941;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=16;WE=27141281;WS=27141263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	27326859	rs2829997	G	A	1164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.47;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	27327100	rs417676	G	A	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=12;PP=278;SC=ACGGAGTCTCGCTCTGTCGCC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=12;WE=27327108;WS=27327090;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	27327862	rs2251337	G	C	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=2;PP=394;SC=CGGAGAATGCGTGGGATCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=17;WE=27327870;WS=27327852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	27328175	rs440666	T	C	2192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=34;PP=1095;SC=CATGTGAACGTACTGTGAGTC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=18;TCR=34;TR=52;WE=27328183;WS=27328165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	27369481	rs2051504	C	T	294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=1;PP=156;SC=GTCAATGATGCTCTTAGCCCA;SOR=1.802;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=27369489;WS=27369471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	27382362	rs11455808	A	AG	2935.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.14;NF=5;NR=34;PP=1820;SC=GGGAAGACTGACATGTACACC;SOR=1.061;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=39;WE=27382370;WS=27382352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr21	27382417	rs2409166	C	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=28;PP=790;SC=AGCAGGCAAACAACCTACAGA;SOR=1.418;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=12;TCR=28;TR=40;WE=27382425;WS=27382407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	27852724	rs966410	A	G	4968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=0.848;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr21	27945141	rs62216535	G	A	1868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=19;PP=844;SC=GTGACCCAAGGGCAGCCCCGA;SOR=1.002;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=46;WE=27945149;WS=27945131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	28210657	rs229042	T	C	2287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=31;PP=1283;SC=ATTATTTAGCTTAAAAACACA;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=25;TCR=31;TR=56;WE=28210665;WS=28210647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	28212760	rs436525	G	A	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=48;PP=1710;SC=TGGCTGCATCGGGGCAGTGTT;SOR=0.864;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=41;TCR=48;TR=88;WE=28212768;WS=28212750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr21	28215619	rs422381	T	C	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=137;SC=CCAGGCATGATTGATTATTTG;SOR=1.270;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=28215627;WS=28215609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	28215826	rs373460567	C	CACA	4275.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=33;PP=2143;SC=AAGCACTGCACAGAGAGAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=6;TCR=33;TR=39;WE=28215844;WS=28215816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	28215836	rs3838077	GC	G	3255.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=35;PP=1633;SC=CAGAGAGAAGGCCGTAGCAGG;SOR=0.786;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=42;TCF=7;TCR=35;TR=41;WE=28215844;WS=28215816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr21	28215987	rs417301	T	C	1959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=16;PP=680;SC=TCAGCCCGCCTGGGTCAGCCT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=28215995;WS=28215977;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr21	28216038	rs422803	C	A	2587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=19;PP=871;SC=GAACAGAGATCCTAGCGTAGC;SOR=0.936;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=28216046;WS=28216028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr21	28216066	rs370850	C	T	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=26;NR=27;PP=942;SC=GGTACCTTCCCAGGTCACCAT;SOR=0.716;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=53;WE=28216074;WS=28216056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	28216240	rs451792	G	C	1209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=19;PP=622;SC=GCTCCAACTCGCTAAAGGTGG;SOR=1.230;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=8;TCR=19;TR=27;WE=28216248;WS=28216230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	28216299	rs428616	T	C	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=11;PP=465;SC=TGCTTTGCTTTAGTTTGCAGA;SOR=0.776;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=28216307;WS=28216289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	28216445	rs408358	A	C	683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=4;PP=552;ReadPosRankSum=-0.685;SC=CGGACTTATGATCCTGCCTGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=21;WE=28216453;WS=28216435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr21	28216595	rs428785	C	G	3894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=49;PP=1885;SC=GACCACTGAGCCCCTTCGTCC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=97;TCF=48;TCR=49;TR=96;WE=28216603;WS=28216585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr21	28216692	rs445784	G	T	4941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=57;PP=2183;SC=ACGTGCCGCCGACGTCGCCCT;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=60;TCR=57;TR=117;WE=28216700;WS=28216682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr21	28217178	rs434857	T	G	4890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=49;PP=1723;SC=GCGTGGGTACTGGCCCAAAGC;SOR=0.704;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=99;WE=28217186;WS=28217168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr21	28217320	rs402007	C	G	2923.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=42;PP=1248;SC=GAGCGAGGGACCTTTAGTTCG;SOR=1.009;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=29;TCR=42;TR=71;WE=28217328;WS=28217310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	28296324	rs151065	A	G	2043.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=20;PP=951;SC=CGACTGCATCAGTGCTGAATC;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=53;TCF=33;TCR=20;TR=53;WE=28296332;WS=28296314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr21	28302355	rs226794	A	G	3879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=44;PP=1459;SC=ATTACTGTACAGCCTACATTC;SOR=0.832;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=36;TCR=45;TR=80;WE=28302363;WS=28302345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr21	28307173	rs162495	C	T	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=12;PP=293;SC=GAGCACGAGGCACCCATGAAT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=28307181;WS=28307163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	28326276	rs233894	G	A	911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=20;PP=581;SC=GCAAAAATTGGGCTCATTTAG;SOR=1.244;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=11;TCR=20;TR=31;WE=28326284;WS=28326266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	28338423	rs55933916	C	G	8796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=88;NR=97;PP=2965;SC=AGAGGAACCTCCGGCCGCCCG;SOR=0.784;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=185;TCF=88;TCR=97;TR=185;WE=28338431;WS=28338413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr21	30250555	rs2205446	T	C	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.917;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	30250615	rs2205447	T	C	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=34;PP=1359;SC=CCGACCATTTTTGCCACCAGC;SOR=0.709;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=71;TCF=36;TCR=35;TR=70;WE=30250623;WS=30250605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr21	30250812	rs2205448	T	C	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=8;PP=204;SC=TCATCATTTTTTAGTGTGTAA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=30250820;WS=30250802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	30252088	rs2205449	T	A	149.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=3;NR=1;PP=75;SC=ATCAGAGTAGTCTGTGATAGC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=30252096;WS=30252078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	30254695	rs2254507	C	T	1245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=28;PP=724;SC=AAAATTAGAACGTATTCAATA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=8;TCR=28;TR=36;WE=30254703;WS=30254685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	30257418	rs1997605	G	A	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=49;NR=20;PP=1439;SC=TCATCTGCAAGTGGACCCCGC;SOR=1.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=49;TCR=20;TR=69;WE=30257426;WS=30257408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	30257560	rs1997606	C	G	13616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.07;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr21	30257568	rs1997607	T	C	13582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,309:1.00:309
chr21	30257729	rs2859734	A	G	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=25;PP=760;SC=GCATGCCCTCACCCTCATGCG;SOR=2.765;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=28;WE=30257737;WS=30257719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
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chr21	30338293	rs5843357	G	GC	878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=500;SC=ATGGGGTTTTGTATGTTGCCC;SOR=0.963;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=30338301;WS=30338283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	30339205	.	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;ClippingRankSum=0.000;DP=152;ExcessHet=3.0103;FS=0.825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.35;ReadPosRankSum=0.833;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,25:0.17:145
chr21	30357307	rs2245434	C	T	801.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=19;PP=488;SC=CAGACATTTCCGGATATGCTA;SOR=2.226;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=30357315;WS=30357297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	30365322	rs2249028	G	A	1356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=29;PP=853;SC=CGCCACCGGAGACGTCACAGC;SOR=1.755;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=30365330;WS=30365312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	30391671	rs138840391	GAAA	G	405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.67;QD=28.98;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	30400110	rs8133768	G	A	167.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=0;PP=132;SC=CATAATATACGTGGCTTAGTT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=30400118;WS=30400100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	30414724	rs2254872	C	T	1636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=17;PP=550;SC=TCCCACAGGGCAGGGAGGATC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=30414732;WS=30414714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	30433908	.	C	CA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=6.787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.02;ReadPosRankSum=-2.293;SOR=0.565;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,7:0.23:31
chr21	30442475	rs2183569	T	C	446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.68;SOR=4.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	30442481	rs2183570	C	T	470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.23;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	30464141	rs8132105	G	A	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=24;PP=650;SC=ACTCCCATCTGCTGAGTGCTT;SOR=1.033;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=16;TCR=25;TR=40;WE=30464149;WS=30464131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	30464623	rs147901306	A	AACTCCAGTTTATAGG	1174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=2900;SC=TCCAGATTTAAACCATTAACA;SOR=4.514;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=11;WE=30464631;WS=30464613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	30464916	rs2832170	C	T	1499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=36;PP=1006;SC=AGTATTCCGTCCACTTTCTGG;SOR=2.093;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=11;TCR=36;TR=47;WE=30464924;WS=30464906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	30481371	rs2832181	G	T	2990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.94;SOR=1.138;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr21	30481612	rs2832182	G	A	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=27;PP=706;SC=TGCTTATTTTGTGCCCATTTA;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=7;TCR=27;TR=34;WE=30481620;WS=30481602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	30532146	rs66780570	TA	T	727.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.664;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=1.085;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.355;SOR=1.317;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,49:0.75:65
chr21	30532437	rs2832224	G	A	2033.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=40;PP=1162;SC=AGGACCAGGGGCAATGGGCAG;SOR=1.252;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=23;TCR=40;TR=63;WE=30532445;WS=30532427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr21	30714776	rs388707	T	C	3945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=58;NR=38;PP=1724;SC=CAACTCTGGGTGAGACAAAGC;SOR=0.978;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=96;WE=30714784;WS=30714766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr21	30715275	rs425989	T	C	347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=10;PP=259;SC=TAGTTTACCATAAGGGAATTT;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=30715283;WS=30715265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	30830393	rs9981313	T	G	1912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=17;PP=509;SC=GGGATTTCAGTTAACTTATCA;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=30830401;WS=30830383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	30963448	rs73197503	A	G	7719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=92;NR=75;PP=2965;SC=GGTGGTGACAATGAGTGTTCT;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=92;TCR=75;TR=167;WE=30963456;WS=30963438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr21	31587793	rs686364	A	G	3724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=47;NR=43;PP=1725;SC=TTCACTATTGAGTTATAGAAA;SOR=0.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=91;TCF=47;TCR=44;TR=90;WE=31587801;WS=31587783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr21	31655212	rs1557291	A	C	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=20;PP=627;SC=TACTGCAGACACCAGGATAGC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=31655220;WS=31655202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	31692417	.	C	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=9;PP=206;SC=TTTGTTCTGCCCTTCCTTAGC;SOR=2.833;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=31692425;WS=31692407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	31802768	rs2226548	G	A	5600.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=547;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=81;PP=2187;ReadPosRankSum=0.582;SC=CTGGGAGCCCGCCAGCTGCCA;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=278;TCF=133;TCR=145;TR=157;WE=31802776;WS=31802758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:264,279:0.51:543
chr21	31803159	rs1539783	T	C	798.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.905;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.356;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=26;PP=548;ReadPosRankSum=-0.372;SC=TCCCAATATCTTTTTATTCTT;SOR=1.721;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=61;TCF=13;TCR=48;TR=30;WE=31803167;WS=31803149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,35:0.47:75
chr21	31803210	rs1539784	C	T	310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=4.087;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=11;PP=219;ReadPosRankSum=1.279;SC=TGGCAGACTGCGAAATTAATG;SOR=1.493;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=11;WE=31803218;WS=31803200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chr21	31812772	rs2832873	C	A	4134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.857;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=392;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=69;PP=2312;ReadPosRankSum=0.862;SC=TACCTGCCAACTGGGCTCCTC;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=295;TCF=158;TCR=137;TR=155;WE=31812780;WS=31812762;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,197:0.51:385
chr21	31869286	rs2298437	T	C	7894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.880;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=710;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=122;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.647;SC=TGGGCGGCAGTAGCCATATCC;SOR=0.699;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=418;TCF=234;TCR=184;TR=215;WE=31869294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:323,374:0.54:697
chr21	31913981	rs5843453	AG	A	10383.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=637;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=2.805;NF=60;NR=79;PP=2973;ReadPosRankSum=0.825;SC=GTTTTTTAGTAGAATCCAGAG;SOR=0.712;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=292;TCF=128;TCR=164;TR=139;WE=31913989;WS=31913971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:356,274:0.43:630
chr21	31914000	rs1023364	T	A	11106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.712;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=717;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.169;NF=130;NR=95;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.694;SC=AGAATCCATATCCTTCACGGC;SOR=0.684;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=448;TCF=262;TCR=186;TR=225;WE=31914008;WS=31913990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,325:0.46:705
chr21	31933726	rs1702401	G	A	1472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.887;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=49;PP=968;ReadPosRankSum=1.307;SC=CCCTTAGAACGTGTTACCTGA;SOR=0.684;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=118;TCF=28;TCR=90;TR=64;WE=31933734;WS=31933716;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,70:0.56:126
chr21	31964916	rs9305426	A	C	7739.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=3.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=764;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=119;NR=103;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.209;SC=GGCTTTGGCTATGGAGGCCTG;SOR=0.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=433;TCF=228;TCR=205;TR=222;WE=31964924;WS=31964906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,376:0.50:745
chr21	31973342	rs198913	C	G	251.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-2.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=2;PP=107;ReadPosRankSum=-1.039;SC=CATTTAAGGCCCTTATTATAA;SOR=0.578;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=11;WE=31973350;WS=31973332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,15:0.38:39
chr21	31973405	rs198914	C	T	1448.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=11;PP=477;ReadPosRankSum=0.569;SC=AGAATCTGATCCTGCTATACA;SOR=0.605;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=74;TCF=49;TCR=25;TR=34;WE=31973413;WS=31973395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,72:0.56:128
chr21	31973516	rs198915	T	A	4117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=48;NR=57;PP=1813;SC=GGCTGTGGTCTTAGCGGCTAT;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=48;TCR=57;TR=105;WE=31973524;WS=31973506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr21	31973645	rs6147476	G	GTGTTATTTATAATAATGA	696.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.600;NF=0;NR=9;PP=2962;ReadPosRankSum=2.075;SC=TTTTCTTCCCGTGTTTTTTTC;SOR=0.877;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=9;WE=31973653;WS=31973635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,20:0.45:44
chr21	31973685	rs1961491	C	T	176.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=2.319;SOR=0.919;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chr21	31992864	rs1702405	A	G	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.98;SOR=1.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	32015170	rs198873	T	C	1475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.326;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=19;PP=573;ReadPosRankSum=1.018;SC=CTAAAACTTATGCTGGCCTCT;SOR=0.846;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=92;TCF=56;TCR=36;TR=50;WE=32015178;WS=32015160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,75:0.52:144
chr21	32201969	rs35359062	GA	G	7926.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=99;PP=2951;SC=TGGTCCCATAGAATAGGGTAT;SOR=1.200;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=115;TCF=16;TCR=99;TR=113;WE=32201977;WS=32201959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr21	32253629	rs71321355	C	T	3639.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.325;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=348;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.284;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=55;PP=1516;ReadPosRankSum=-0.545;SC=TGAAGTTCGCCGGTAACAGGT;SOR=0.607;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=217;TCF=113;TCR=104;TR=110;WE=32253637;WS=32253619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:160,179:0.53:339
chr21	32253966	rs71321356	T	C	678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.123;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=17;PP=279;ReadPosRankSum=0.363;SC=CTGGTCTCCGTGGCTTCTTTG;SOR=0.401;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=53;TCF=16;TCR=37;TR=26;WE=32253974;WS=32253956;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,36:0.52:69
chr21	32434766	rs2070405	C	T	1661.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FS=5.456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.90;MQRankSum=-1.393;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.392;SOR=0.416;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:84,86:0.51:170
chr21	32493031	rs762194	A	G	3701.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.503;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=374;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.789;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=65;PP=1702;ReadPosRankSum=-0.602;SC=CAGTGTCCCCACCACCGGGGG;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=212;TCF=85;TCR=127;TR=107;WE=32493039;WS=32493021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:189,179:0.49:368
chr21	32493204	rs2073371	G	A	1381.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.382;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=503;ReadPosRankSum=1.276;SC=CATGCTTTACGTGAGATGAAA;SOR=0.380;SbPval=0.2;Source=Platypus;TC=74;TCF=26;TCR=48;TR=42;WE=32493212;WS=32493194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,70:0.53:131
chr21	32499473	rs2070410	A	G	3170.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.245;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=53;PP=1191;ReadPosRankSum=1.826;SC=CTCTGCATCTAAAGAAATTAA;SOR=0.584;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=212;TCF=80;TCR=132;TR=90;WE=32499481;WS=32499463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:195,167:0.46:362
chr21	32524852	rs9305453	A	G	1667.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=24;PP=923;ReadPosRankSum=0.502;SC=CCTTAGGAACAGACCCCACTG;SOR=0.691;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=119;TCF=78;TCR=41;TR=66;WE=32524860;WS=32524842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,84:0.53:158
chr21	32525302	rs723470	A	C	2586.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.594;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.931;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=30;PP=1000;ReadPosRankSum=-0.187;SC=TTTCAGTGTTACGCATGTCCC;SOR=0.776;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=164;TCF=91;TCR=73;TR=72;WE=32525310;WS=32525292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,131:0.49:269
chr21	32525345	rs723469	G	A	3637.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.206;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=361;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.730;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=44;PP=1285;ReadPosRankSum=-1.884;SC=GTCAAACCACGGTATGATGGT;SOR=0.662;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=197;TCF=96;TCR=101;TR=91;WE=32525353;WS=32525335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:172,183:0.52:355
chr21	32526525	rs12482307	C	T	1672.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FS=2.634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.444;SOR=0.513;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,88:0.50:177
chr21	33039774	rs3216079	TA	T	290.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.190;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=10;PP=352;ReadPosRankSum=-0.114;SC=TCGCGGTTTCTAAAGATCCAG;SOR=0.914;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=21;TCF=0;TCR=21;TR=10;WE=33039782;WS=33039764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr21	33057312	rs367618143	TG	T	165.27	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.221;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=18.36;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chr21	33063354	rs2070423	C	T	1140.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.963;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.968;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=29;PP=581;ReadPosRankSum=0.857;SC=CTATCCATTCCGACTCGGGCA;SOR=0.509;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=66;TCF=7;TCR=59;TR=33;WE=33063362;WS=33063344;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr21	33069126	rs11701923	T	C	101.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.24;BaseQRankSum=1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=5;PP=68;ReadPosRankSum=-0.628;SC=CAAAAAACTTTATGAAAACAA;SOR=0.963;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=7;WE=33069134;WS=33069116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chr21	33073985	rs204734	T	C	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=17;PP=741;SC=GAAAAGCAGATGTATTTTCTC;SOR=1.358;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=31;TCR=17;TR=48;WE=33073993;WS=33073975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr21	33312539	.	CT	C	173.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.701;ClippingRankSum=0.000;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.641;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.62;ReadPosRankSum=-1.389;SOR=1.154;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,19:0.40:48
chr21	33355760	rs737103	G	A	525.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.101;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=229;ReadPosRankSum=-0.137;SC=CCAAGCGCTGGTTTAAAAATT;SOR=0.982;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=15;WE=33355768;WS=33355750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,27:0.40:67
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chr21	33370900	rs9305483	T	C	5139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=572;ExcessHet=3.0103;FS=1.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.262;SOR=0.574;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:313,255:0.45:568
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chr21	33371540	rs2070372	T	G	1585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=40;PP=826;ReadPosRankSum=-1.351;SC=AAACAGCAACTGAACAGAGCT;SOR=0.747;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=125;TCF=37;TCR=88;TR=55;WE=33371548;WS=33371530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,77:0.47:163
chr21	33641152	rs8129993	A	G	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.711;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,5:0.42:12
chr21	33641240	rs57672040	A	AT	198.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.427;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.280;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.62;ReadPosRankSum=0.895;SOR=1.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,17:0.40:43
chr21	33690293	rs2070380	C	A	992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=26;PP=734;SC=GTCAGCACTGCGGCACCCTGA;SOR=3.545;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=29;TCF=3;TCR=26;TR=29;WE=33690301;WS=33690283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	33691502	rs11402028	G	GC	1104.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=8;PP=905;SC=GGCCAGAAGGGCCCCCTGGCG;SOR=1.949;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=24;WE=33691510;WS=33691492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	33691754	rs958828	G	A	6418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=91;PP=2829;SC=CCTTCAATCCGCCACATCCTG;SOR=0.966;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=57;TCR=91;TR=148;WE=33691762;WS=33691744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,246:1.00:246
chr21	33694224	rs3761342	C	G	11865.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=458;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=142;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.060;SC=TGCCGCAGAACGCCAAACACC;SOR=0.365;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=271;TCF=126;TCR=145;TR=266;WE=33694232;WS=33694214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,456:1.00:457
chr21	33710001	rs13046776	C	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=17;PP=502;SC=TTATTATTTTCTTTTCTTTTT;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=22;WE=33710009;WS=33709991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	33719695	rs2070378	C	T	9370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.03;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,360:1.00:360
chr21	33721843	rs743306	T	C	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=42;PP=1232;SC=GGTTCACAGCTACCAGGCAGT;SOR=2.872;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=8;TCR=42;TR=50;WE=33721851;WS=33721833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	33726201	rs2298363	C	T	3106.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=66;NR=23;PP=1923;SC=ACAGACTAGCCGGCCAGGTGC;SOR=1.743;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=91;TCF=68;TCR=23;TR=89;WE=33726209;WS=33726191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr21	33730013	rs7283283	T	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.68;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	33740637	rs7276783	G	A	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=8;PP=1038;SC=TCGGCCTCCCGAAGTGCTGGG;SOR=2.348;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=45;WE=33740645;WS=33740627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr21	33749533	rs4816431	A	C	5481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.842;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=37;PP=2883;ReadPosRankSum=-0.204;SC=AGCCTACGGGAACAGAGGCCA;SOR=1.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=140;TCF=102;TCR=38;TR=137;WE=33749541;WS=33749523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,198:0.99:200
chr21	33749690	rs147261681	T	C	3553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.369;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=66;PP=1299;ReadPosRankSum=0.578;SC=AACATTAAACTGTAGTATGTT;SOR=0.723;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=213;TCF=86;TCR=127;TR=109;WE=33749698;WS=33749680;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:197,189:0.49:386
chr21	33785343	rs76961987	G	A	4293.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.234;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=439;ExcessHet=3.0103;FS=3.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.94;ReadPosRankSum=2.098;SOR=0.617;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:207,225:0.52:432
chr21	33840208	rs4816434	A	G	270.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=1.351;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.286;HP=2;HapScore=4;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=17;PP=640;ReadPosRankSum=-2.557;SC=GGACAGAATTAATAGAATATA;SOR=1.700;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=45;TCF=6;TCR=39;TR=18;WE=33840221;WS=33840198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chr21	33840317	rs34740520	C	CATAT	372.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.320;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=200;ReadPosRankSum=0.991;SC=AATAAACTCCCGTGTGTGTGT;SOR=1.060;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=33840325;WS=33840307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr21	33867280	rs2096458	A	G	1095.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.545;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=10;PP=598;ReadPosRankSum=-2.830;SC=GCTGTAGGCTATGTGGTGGCC;SOR=0.671;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=44;TCR=19;TR=33;WE=33867288;WS=33867270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,51:0.55:92
chr21	33887131	rs1129157	G	A	473.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.191;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=5;PP=217;ReadPosRankSum=0.835;SC=CAGCCCACCCGGAGAGAGCTG;SOR=0.869;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=35;TCF=23;TCR=12;TR=17;WE=33887139;WS=33887121;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,25:0.56:45
chr21	33949059	rs7520	G	A	8334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=127;NR=86;PP=2965;SC=GAGTGACACAGGTGTCCGAGG;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=214;TCF=128;TCR=86;TR=213;WE=33949067;WS=33949049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,318:1.00:318
chr21	33951068	rs9622	T	C	4018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.158;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.301;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=-0.285;NF=51;NR=75;PP=1450;ReadPosRankSum=0.510;SC=CTGATTCTTGTGGCCAGCGTA;SOR=0.603;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=213;TCF=84;TCR=129;TR=126;WE=33951076;WS=33951058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:143,203:0.59:346
chr21	33956362	rs2833916	T	C	966.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=6;PP=681;SC=CCCGGGGTGGTGCATTCCTAC;SOR=2.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=33956370;WS=33956352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr21	33956579	rs2017816	T	C	5940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=74;PP=2609;SC=GGGTGCCCTCTTTGGGGTCCC;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=141;TCF=66;TCR=75;TR=139;WE=33956587;WS=33956569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr21	33964537	rs7284048	G	A	593.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.530;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.788;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.06;ReadPosRankSum=1.761;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,36:0.37:98
chr21	33964605	rs1783091	T	C	1441.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.092;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=2.785;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.20;ReadPosRankSum=-0.279;SOR=0.634;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,40:0.45:89
chr21	33964612	rs7278762	G	A	1492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.794;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.77;ReadPosRankSum=-0.698;SOR=0.668;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,41:0.46:89
chr21	33964755	rs73194245	C	T	356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-3.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=7;PP=118;ReadPosRankSum=-0.557;SC=TCTGAGTGGGCCCAAGGGGCA;SOR=0.509;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=11;WE=33964763;WS=33964745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,18:0.69:26
chr21	33974322	rs16989559	G	A	3508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=363;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.240;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=60;PP=1693;ReadPosRankSum=-1.061;SC=GGCATTTCAGGAAAGTGTTTT;SOR=0.773;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=228;TCF=101;TCR=127;TR=104;WE=33974330;WS=33974312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:188,172:0.48:360
chr21	33997466	rs701730	A	G	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=29;PP=931;SC=TCTATTGACTACTTTTTTTTT;SOR=2.160;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=35;WE=33997475;WS=33997456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	34003928	rs71640263	A	AAGTATT	15518.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=102;PP=2966;SC=ACAGAACTCAAAACATTACTT;SOR=0.779;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=161;TCF=41;TCR=120;TR=142;WE=34003936;WS=34003918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,336:1.00:336
chr21	34014192	rs11702774	G	A	1963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.529;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=28;PP=720;ReadPosRankSum=1.446;SC=GGCCCCAGGCGAGGTTTTACC;SOR=0.648;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=56;TCR=50;TR=58;WE=34014200;WS=34014182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,101:0.53:190
chr21	34014283	rs2833929	C	A	1037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.353;HP=5;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=20;PP=507;ReadPosRankSum=0.978;SC=CGTCCTGGAACAAAGACATCA;SOR=0.919;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=77;TCF=36;TCR=41;TR=33;WE=34014291;WS=34014273;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,52:0.43:121
chr21	34017857	rs2406	T	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=1;PP=51;SC=TAGAAAAAACTGTAAAATCCA;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=34017865;WS=34017847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	34018437	rs844978	C	T	3502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=85;PP=2254;ReadPosRankSum=1.249;SC=AAATAGTTAACGGGTTCATAC;SOR=0.961;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=112;TCF=26;TCR=86;TR=111;WE=34018445;WS=34018427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr21	34038983	rs844998	A	G	454.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=0.831;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=14;PP=306;ReadPosRankSum=-1.115;SC=CAAATATCCTAAGACTCTGAA;SOR=0.566;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=27;TCF=4;TCR=23;TR=16;WE=34038991;WS=34038973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,19:0.61:31
chr21	34050937	.	AAT	A	2971	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=3;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=22;MQ=60.19;NF=22;NR=19;PP=2971;QD=20;SC=TAACAAATAAAATATAAAGTG;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=98;TCF=48;TCR=50;TR=41;WE=34050950;WS=34050927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:57,41:0.42:98
chr21	34050939	rs201012663	TA	T	3047.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.418;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=8.768;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.174;QD=15.79;ReadPosRankSum=0.061;SOR=1.259;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:111,82:0.42:193
chr21	34050941	rs150500694	TA	T	3048.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.241;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=8.745;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=1.177;QD=15.55;ReadPosRankSum=-0.187;SOR=1.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:113,83:0.42:196
chr21	34050942	.	A	T	2962	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=4;MMLQ=19;MQ=60.07;NF=45;NR=19;PP=2962;QD=20;SC=AATAAAATATAAAGTGCACAT;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=150;TCF=102;TCR=48;TR=64;WE=34050950;WS=34050927;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:86,64:0.43:150
chr21	34053961	rs844988	T	A	3713.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-2.252;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=393;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.898;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=73;PP=1699;ReadPosRankSum=-0.181;SC=GCTAGCATCTTAAAAAGCAAA;SOR=0.479;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=269;TCF=99;TCR=170;TR=126;WE=34053969;WS=34053951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:203,187:0.48:390
chr21	34059207	rs844975	C	T	1207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.26;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	34059352	rs2254562	T	C	977.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.486;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=17;PP=491;ReadPosRankSum=1.995;SC=TATTATTTGTTTACCATATAA;SOR=0.550;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=62;TCF=29;TCR=33;TR=35;WE=34059360;WS=34059342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,49:0.52:94
chr21	34115455	rs2298365	T	C	711.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.147;HP=4;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=18;PP=525;ReadPosRankSum=-1.142;SC=TAGATATAAATAGATCTAAGC;SOR=0.950;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=26;WE=34115463;WS=34115445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,29:0.59:49
chr21	34127438	rs5843565	TA	T	423.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.000;QD=11.45;ReadPosRankSum=-1.095;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,30:0.81:37
chr21	34128717	rs7279405	G	A	4191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=33;NR=70;PP=1958;SC=GTGGAATACAGAGATGTCTGT;SOR=1.200;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=33;TCR=70;TR=103;WE=34128725;WS=34128707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr21	34141995	rs2051384	C	T	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.685;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=201;ReadPosRankSum=-0.900;SC=CAGAACTGTACTGCTACTCAA;SOR=0.420;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=14;WE=34142003;WS=34141985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,20:0.74:27
chr21	34157085	.	G	GT	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.473;ClippingRankSum=0.000;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.15;ReadPosRankSum=-0.898;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,19:0.24:78
chr21	34157235	rs35174687	GT	G	418.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=3.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.87;ReadPosRankSum=-2.070;SOR=1.081;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,36:0.42:86
chr21	34165864	rs2231391	C	A	250.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.907;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=1;PP=172;ReadPosRankSum=-0.742;SC=GTTTCTTTTTCTTTTGTTTTT;SOR=1.061;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=10;WE=34165872;WS=34165858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,11:0.58:19
chr21	34166190	rs74617086	A	T	6819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=93;NR=79;PP=2965;SC=TATATGATTTAAAGGCTGAGT;SOR=0.791;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=94;TCR=79;TR=172;WE=34166198;WS=34166180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr21	34166343	rs2231390	C	T	4782.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.549;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=465;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=63;PP=2243;ReadPosRankSum=-1.309;SC=GATGCTTGGCCTCCATGTTGA;SOR=0.691;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=268;TCF=139;TCR=129;TR=133;WE=34166351;WS=34166333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:218,228:0.51:446
chr21	34169181	rs762228	A	G	1794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=26.39;SOR=1.098;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	34169317	rs72564613	C	CT	4536.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=32;PP=1858;SC=TATTGGTTTGCGGAACATGTG;SOR=0.820;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=10;TCR=33;TR=42;WE=34169325;WS=34169307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr21	34223997	rs12626270	C	T	464.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.850;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=305;ReadPosRankSum=0.014;SC=TCACTCTATACGCTGGATTCC;SOR=0.235;SbPval=0.32;Source=Platypus;TC=38;TCF=34;TCR=4;TR=19;WE=34224005;WS=34223987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,21:0.49:43
chr21	34399045	rs10653077	A	ACTCT	392.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.781;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.575;NF=7;NR=5;PP=334;ReadPosRankSum=1.593;SC=TCACTGACTCACTCTCTCTCT;SOR=0.763;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=12;WE=34399054;WS=34399035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,15:0.41:37
chr21	34399401	rs762178	A	G	5057.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=79;PP=2186;ReadPosRankSum=-0.497;SC=GCTTCAAGTCATCCTCGTCCA;SOR=0.730;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=349;TCF=180;TCR=169;TR=162;WE=34399409;WS=34399391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:321,265:0.45:586
chr21	34538065	rs11444667	C	CT	4397.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=50;PP=2576;SC=TGGCCTCCTTCTTGTATCCCC;SOR=0.960;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=65;TCF=8;TCR=57;TR=58;WE=34538073;WS=34538055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr21	34540594	rs11379155	C	CT	1943.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=11;PP=1660;SC=TGCTATAGAGCTGGAATTTAT;SOR=2.628;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=37;WE=34540602;WS=34540584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	34616157	rs2834156	T	C	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=15;PP=316;ReadPosRankSum=-0.364;SC=TCTTTCTCTGTAAAAGGAGCT;SOR=0.749;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=41;TCF=11;TCR=30;TR=20;WE=34616165;WS=34616147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr21	34617213	rs2834158	T	C	6400.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=57;PP=2440;SC=AGAATACAACTGTGGGTTCCA;SOR=0.983;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=143;WE=34617221;WS=34617203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr21	34617729	rs2252639	A	G	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=27;PP=1074;SC=AAGTCCTGTTATCTGAGGACA;SOR=0.809;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=34617737;WS=34617719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr21	34617950	rs2252650	A	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=8;PP=221;SC=GACATAATGGATGGAGTCCTG;SOR=2.670;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=34617958;WS=34617940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	34624386	.	C	CATCTATCT	901.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.177;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.104;NF=8;NR=1;PP=412;ReadPosRankSum=-0.512;SC=AGACCCCATCCATCTATCTAT;SOR=0.914;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=29;TCF=24;TCR=5;TR=9;WE=34624394;WS=34624376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,23:0.47:49
chr21	34624917	rs2236757	A	G	827.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=3;PP=642;SC=ATTAAGGCCTACCTCTAAATG;SOR=3.767;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=24;TCR=3;TR=27;WE=34624925;WS=34624916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	34635079	.	C	CT	361.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.199;ClippingRankSum=0.000;DP=260;ExcessHet=3.0103;FS=0.642;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=3.435;QD=1.70;ReadPosRankSum=-0.488;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:160,53:0.25:213
chr21	34638859	rs2239573	G	A	1424.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.765;SOR=0.676;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,71:0.53:134
chr21	34649123	rs2285020	G	A	2118.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.278;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=60;PP=1310;ReadPosRankSum=0.208;SC=TTCCACATTGGTTGGTCCATC;SOR=1.101;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=139;TCF=37;TCR=102;TR=80;WE=34649131;WS=34649113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,90:0.57:157
chr21	34660676	rs66527331	ACG	A	213.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.739;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.312;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr21	34660709	rs66834406	CAG	C	285.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=1.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.305;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr21	34660711	.	G	C	97	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;FR=0.5000;HP=2;HapScore=4;MGOF=88;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=1;NR=4;PP=97;QD=26.3542425094;SC=CACACACACAGACACGCCTCT;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=19;TCF=4;TCR=15;TR=5;WE=34660719;WS=34660695;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr21	34666111	rs139112783	CAA	C	596.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=0.535;QD=21.31;ReadPosRankSum=-0.753;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,23:0.82:28
chr21	34666160	rs999261	A	G	971.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-1.331;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.905;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.062;NF=19;NR=13;PP=462;ReadPosRankSum=-0.375;SC=GCATGAACTAAGAATCCTCTA;SOR=0.438;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=65;TCF=41;TCR=24;TR=32;WE=34666168;WS=34666150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,46:0.54:85
chr21	34666376	rs1467845	A	G	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=69;PP=2455;SC=CTGCTGGCATAAGCTCTCACC;SOR=1.018;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=42;TCR=69;TR=111;WE=34666398;WS=34666366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr21	34666390	rs999260	G	A	1323.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.926;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=35;PP=806;ReadPosRankSum=1.205;SC=TCTCACCTCCGAGGCTAGAAG;SOR=0.956;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=103;TCF=35;TCR=68;TR=51;WE=34666398;WS=34666366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:90,66:0.42:156
chr21	34668747	rs3171425	A	G	13388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=150;NR=169;PP=2965;SC=GGCAGCAAACAAGGGCCAAGA;SOR=0.759;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=319;TCF=150;TCR=169;TR=319;WE=34668755;WS=34668737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr21	34668976	rs8178562	G	A	272.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-2.733;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=170;ReadPosRankSum=-1.373;SC=AAACAGGGCCGAGCACAGTGG;SOR=0.713;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=12;WE=34668984;WS=34668966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr21	34697197	rs145550964	G	GGTGTGTGT	447.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.793;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=1;PP=497;ReadPosRankSum=0.093;SC=GCGGAGGGGCGGTGTGTGTGT;SOR=1.828;SbPval=0.97;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=8;WE=34697205;WS=34697187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,13:0.39:33
chr21	34697264	rs2850015	T	C	2469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=24;PP=803;SC=GCAGCGCGTGTGCAGAGGGGC;SOR=0.842;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=56;WE=34697272;WS=34697254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr21	34707808	rs2243592	T	G	963.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.763;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=10;PP=362;ReadPosRankSum=-0.064;SC=TATAATGTTCTTATTTCTTGT;SOR=0.547;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=29;WE=34707816;WS=34707798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:52,52:0.50:104
chr21	34708061	rs2243594	A	G	75.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.850;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=4;PP=53;ReadPosRankSum=1.399;SC=TCTATTTTTTAGAAATGTTAC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=4;WE=34708069;WS=34708051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,4:0.40:10
chr21	34721348	rs2834196	A	G	234.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=0.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=4;PP=143;ReadPosRankSum=-0.108;SC=TGGCAATTGTAAATACTTAAT;SOR=0.418;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=21;TCF=15;TCR=6;TR=12;WE=34721356;WS=34721338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr21	34726127	rs2856973	T	A	888.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-0.060;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.940;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=21;PP=450;ReadPosRankSum=2.545;SC=AACAGCTAGGTAATGAACAGA;SOR=0.549;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=29;WE=34726135;WS=34726117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,41:0.55:74
chr21	34775721	rs17882748	T	C	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=6;PP=81;SC=GCCCCGCTGCTGCTCGGGAAG;SOR=0.914;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=34775729;WS=34775718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	34793638	rs11458804	C	CA	55.25	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.241;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr21	34793706	rs2834214	C	T	3762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.50;SOR=1.418;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr21	34799084	rs371608644	CTA	C	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.685;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.701;HP=1;HapScore=3;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=124;ReadPosRankSum=-1.416;SC=TCTACACCCACTATATATATA;SOR=0.090;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=6;WE=34799093;WS=34799074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,4:0.20:20
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chr21	34805197	rs143248516	C	CT	426.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.243;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.16;ReadPosRankSum=0.509;SOR=1.697;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,28:0.67:42
chr21	34839533	rs743334	A	G	4211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=89;PP=2793;SC=TGGGCTGGGTACAGAGGCTCA;SOR=1.908;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=119;TCF=30;TCR=89;TR=119;WE=34839541;WS=34839523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr21	34860749	rs139852262	CAATTA	C	3946.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.739;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.362;NF=15;NR=19;PP=1520;ReadPosRankSum=-1.101;SC=AGGATGGGAACAATTAAATTA;SOR=0.832;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=82;TCF=34;TCR=48;TR=34;WE=34860761;WS=34860739;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:94,103:0.52:197
chr21	34870990	rs62226457	G	A	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.443;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.194;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=41;PP=1050;ReadPosRankSum=-0.175;SC=TACAAAGCCTGGAAGTTGGAA;SOR=0.550;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=158;TCF=54;TCR=104;TR=65;WE=34870998;WS=34870980;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,114:0.46:250
chr21	34878450	rs2070390	A	T	2034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.823;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FS=0.541;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-0.960;QD=10.17;ReadPosRankSum=-1.117;SOR=0.774;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,97:0.49:200
chr21	34883618	rs8971	T	C	3406.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.501;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=373;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.692;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=48;PP=1375;ReadPosRankSum=-2.104;SC=CTGCTGGATATCCCTCAGAAT;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=197;TCF=96;TCR=101;TR=93;WE=34883626;WS=34883608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:196,172:0.47:368
chr21	34892896	rs2834232	C	T	520.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-3.299;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.321;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=371;ReadPosRankSum=-0.189;SC=TAAACATCCACATTAGGGAAT;SOR=0.392;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=23;WE=34892904;WS=34892886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,26:0.46:56
chr21	34893423	rs79787272	T	A	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.580;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.795;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=18;PP=361;ReadPosRankSum=0.331;SC=TTTAGCGGCCTGTGAGATGTA;SOR=0.253;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=42;TCF=6;TCR=36;TR=22;WE=34893431;WS=34893413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,20:0.50:40
chr21	34894623	rs2834234	T	C	1368.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.29;ReadPosRankSum=1.186;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,67:0.50:133
chr21	34896962	rs1804385	C	G	227.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.282;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=1;PP=62;ReadPosRankSum=0.832;SC=GACTGTATCACTCCCACAGAG;SOR=0.223;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=6;WE=34896970;WS=34896952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,11:0.55:20
chr21	34897113	rs8788	C	T	2232.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.244;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=29;PP=1140;ReadPosRankSum=0.760;SC=CGAAAGCCGACGTCTTTCCTA;SOR=0.847;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=174;TCF=110;TCR=64;TR=84;WE=34897121;WS=34897103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,111:0.47:234
chr21	34897391	rs35083461	C	CT	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.77;ReadPosRankSum=1.087;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,19:0.43:44
chr21	34900924	rs5843611	G	GA	302.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=5.341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.15;ReadPosRankSum=-0.448;SOR=0.960;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,27:0.37:73
chr21	34901062	rs57178645	TA	T	211	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.210;SOR=0.627;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr21	34903875	.	AT	A	427.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.207;ClippingRankSum=0.000;DP=280;ExcessHet=3.0103;FS=2.524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.27;MQRankSum=3.866;QD=2.43;ReadPosRankSum=-1.453;SOR=0.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:112,64:0.36:176
chr21	34915324	rs1041745	CG	GC	3149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=11;PP=2113;SC=CGAATTGGCCCGTGCGCCTCC;SOR=1.917;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=50;WE=34915333;WS=34915314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	34924243	rs16990760	T	C	2492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.301;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=34;PP=1098;ReadPosRankSum=-0.896;SC=GTACCCAAGATTCTGCTATGT;SOR=0.669;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=165;TCF=92;TCR=73;TR=75;WE=34924251;WS=34924233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,120:0.51:235
chr21	34925142	rs13433428	C	T	6964.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=80;PP=2965;SC=GTGCCATCATCACCATCTGAA;SOR=0.741;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=167;TCF=87;TCR=80;TR=167;WE=34925150;WS=34925132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr21	34925689	rs61739710	G	A	7264.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-0.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=783;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=96;PP=2822;ReadPosRankSum=-1.016;SC=TAACTGTCCTGGAGCCTTCGG;SOR=0.673;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=423;TCF=198;TCR=225;TR=182;WE=34925697;WS=34925679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:411,367:0.47:778
chr21	34926260	rs13047599	C	T	5284.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=610;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=92;NR=70;PP=2223;ReadPosRankSum=-2.344;SC=GACTAAACAGCGCACAGTATT;SOR=0.775;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=376;TCF=209;TCR=167;TR=162;WE=34926268;WS=34926250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:327,273:0.46:600
chr21	34927751	rs34040109	A	AT	775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=7;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=545;ReadPosRankSum=-0.630;SC=TTAAACCTTAATTTTTTTCTG;SOR=0.453;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=73;TCF=2;TCR=71;TR=26;WE=34927759;WS=34927741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,43:0.47:92
chr21	34945721	rs3174808	T	C	1000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.411;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FS=2.326;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.63;MQRankSum=1.666;QD=7.88;ReadPosRankSum=1.293;SOR=0.510;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,51:0.40:127
chr21	34948684	rs34377180	G	GA	6647.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=35;PP=2653;SC=TTGAGAAATGGAGCCCTTACC;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=24;TCR=35;TR=59;WE=34948704;WS=34948674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr21	34948696	rs34373121	GA	G	6969.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=40;PP=2687;SC=GCCCTTACCAGACCCAATTGT;SOR=0.843;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=21;TCR=40;TR=61;WE=34948704;WS=34948674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr21	34957210	.	G	T	177.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-1.218;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=7;PP=102;ReadPosRankSum=-1.800;SC=AATTGTTATAGGAACGAAAAC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=7;WE=34957218;WS=34957200;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,9:0.60:15
chr21	34959776	rs7283856	G	A	277.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.949;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.57;ReadPosRankSum=-2.159;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,14:0.58:24
chr21	34968605	rs150787088	GTA	G	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=1.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=8;PP=411;ReadPosRankSum=1.574;SC=ATTTTGCTAAGTATATGTCAA;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=11;WE=34968614;WS=34968595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,12:0.52:23
chr21	34975815	rs148269698	C	T	4694.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=74;PP=1825;ReadPosRankSum=-1.652;SC=CTGCTGCTTCCGTCCATGTGA;SOR=0.635;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=236;TCF=98;TCR=138;TR=129;WE=34975823;WS=34975805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,224:0.56:403
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chr21	35134084	rs11444980	G	GC	6695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=49;PP=2637;SC=TTTTTACAAAGCCCTGCGGTA;SOR=1.208;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=92;WE=35134092;WS=35134074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr21	35174897	rs11390596	T	TA	1947.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.312;NF=1;NR=53;PP=818;ReadPosRankSum=-1.458;SC=TTGTGCTTTTTAAAAAAAAAG;SOR=1.071;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=69;TCF=1;TCR=68;TR=54;WE=35174905;WS=35174887;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,92:0.94:98
chr21	35186127	rs72451475	C	CT	137.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.48;ReadPosRankSum=-1.167;SOR=0.558;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,22:0.24:93
chr21	35228953	rs9305535	A	G	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=2.873;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=20;PP=1367;ReadPosRankSum=-0.632;SC=AGCCCTCAGGACCCAGCAGCC;SOR=0.687;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=130;TCF=94;TCR=36;TR=75;WE=35228961;WS=35228943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,95:0.58:163
chr21	35237349	rs9984732	A	G	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.365;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.993;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=8;PP=437;ReadPosRankSum=2.464;SC=AGTGGCCCTTAAGGCTGTGCC;SOR=0.453;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=82;TCF=64;TCR=18;TR=31;WE=35237357;WS=35237339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:64,33:0.34:97
chr21	35237608	rs9976801	T	C	1541.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.187;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=44;PP=842;ReadPosRankSum=1.239;SC=AGAAGACGGATGAGGCCCCAG;SOR=0.979;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=20;TCR=61;TR=58;WE=35237616;WS=35237598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,72:0.69:104
chr21	35260481	rs2073370	T	C	1626.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=25;PP=652;ReadPosRankSum=0.598;SC=CGGAGATCCGTGTGGCGGACA;SOR=0.736;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=115;TCF=62;TCR=53;TR=58;WE=35260489;WS=35260471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,84:0.51:164
chr21	35275955	rs9980730	G	A	13595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=535;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=128;NR=174;PP=2965;SC=TACAAAAGAAGTAAGACTGGA;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=303;TCF=128;TCR=175;TR=302;WE=35275963;WS=35275945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,531:1.00:531
chr21	35278919	rs3831798	A	ACT	1765.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=0.757;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.577;HP=4;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=11;PP=998;ReadPosRankSum=1.194;SC=ATTATAGCCCACTATCAAGTC;SOR=0.862;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=24;WE=35278927;WS=35278909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,48:0.44:109
chr21	35279500	rs62226669	G	A	981.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-2.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=7;PP=529;ReadPosRankSum=-0.939;SC=GGTCACAGAAGCTGATATAAA;SOR=0.631;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=71;TCF=56;TCR=15;TR=37;WE=35279508;WS=35279490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,45:0.56:80
chr21	35279604	rs62226670	T	C	3319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FS=0.411;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.21;ReadPosRankSum=-1.554;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:159,166:0.51:325
chr21	35281393	rs4591	A	G	1074.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.615;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.43;ReadPosRankSum=-2.051;SOR=0.690;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,52:0.55:94
chr21	35284683	rs78234759	A	G	1358.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.342;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=197;ExcessHet=3.0103;FS=0.536;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.00;ReadPosRankSum=-1.597;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:117,77:0.40:194
chr21	35284734	rs2211873	A	G	1696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.783;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=2.967;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.127;SOR=0.971;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,81:0.55:147
chr21	35446136	rs79607614	C	G	2279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=35;PP=1014;SC=GCCGCGGGACCCCGGGCCTTC;SOR=0.997;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=19;TCR=35;TR=54;WE=35446144;WS=35446126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr21	35467372	rs11295804	AC	A	1277.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=1;PP=1454;SC=AAAGACTTTGACCCTGCTGTG;SOR=5.838;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=37;TCF=36;TCR=1;TR=37;WE=35467380;WS=35467362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	35467472	rs11295803	AG	A	9057.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=57;PP=2965;SC=CTGTCATTGGAGCGCTATTAT;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=99;WE=35467480;WS=35467462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr21	35467645	rs8129891	A	G	5559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=84;PP=2965;SC=GACCTGGGTAACAATTGGTGC;SOR=0.952;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=149;TCF=65;TCR=84;TR=147;WE=35467653;WS=35467635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr21	35469193	rs4817617	C	A	8415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=119;NR=89;PP=2965;SC=GGAACCATACCAAATGCAAGA;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=208;TCF=119;TCR=89;TR=208;WE=35469201;WS=35469183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,320:1.00:320
chr21	35469708	rs35685523	G	GA	471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=16;PP=553;SC=GGTCTTTGGGGAAAAAAGTTA;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=16;WE=35469716;WS=35469698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	35774491	rs72279748	AT	A	506.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.848;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=225;ExcessHet=3.0103;FS=3.954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.568;QD=2.60;ReadPosRankSum=1.833;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,58:0.30:195
chr21	35821419	rs2070357	T	C	506.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.359;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=4;PP=328;ReadPosRankSum=-0.486;SC=AATCCACCCCTCACCCCTTAC;SOR=0.218;SbPval=0.23;Source=Platypus;TC=41;TCF=36;TCR=5;TR=20;WE=35821427;WS=35821412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,24:0.50:48
chr21	35821821	rs1805127	T	C	5512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=92;PP=2113;ReadPosRankSum=-1.124;SC=TTGCCGTCACTGCTGCGGGGG;SOR=0.667;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=342;TCF=157;TCR=185;TR=173;WE=35821829;WS=35821811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:288,284:0.50:572
chr21	35893642	rs11700452	A	G	1339.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.144;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=14;PP=594;ReadPosRankSum=-0.105;SC=TGCTCCCAGCACAAGGGACGG;SOR=0.689;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=95;TCF=62;TCR=33;TR=41;WE=35893650;WS=35893632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,70:0.45:157
chr21	35896032	rs6517239	A	G	927.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.863;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,47:0.52:90
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chr21	36042203	rs9680380	G	C	591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.32;QD=23.67;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	36079735	.	G	GCACACACACA,GCACACACACACA	701.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.49;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;NF=0,0;NR=13,13;PP=146,263;SC=CTAGTTCTCTGCACACACACA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=37;TCF=2;TCR=35;TR=13,13;WE=36079743;WS=36079725;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:16
chr21	36080204	rs6517253	A	G	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=11;PP=937;SC=CCAGATTCTCACGGTGGCCCA;SOR=1.919;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=37;TCR=11;TR=48;WE=36080212;WS=36080194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr21	36080398	rs2070368	T	C	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=56;PP=1610;SC=GTTCATAACTTGATTGTCACT;SOR=0.924;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=103;TCF=43;TCR=60;TR=99;WE=36080406;WS=36080388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr21	36080908	rs2834597	G	A	1702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=4;PP=1215;SC=TCATTTTTATGCCCAGAGAAA;SOR=3.500;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=49;TCR=4;TR=52;WE=36080916;WS=36080898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr21	36081626	rs3819041	C	G	7491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=91;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.600;SC=GCAAACCTCTCTTTGTGATTT;SOR=0.296;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=92;TCR=66;TR=156;WE=36081634;WS=36081616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,285:1.00:286
chr21	36164405	rs13051066	G	T	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,16:0.64:25
chr21	36165041	rs11700756	T	C	279.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.824;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=9;PP=115;ReadPosRankSum=-0.238;SC=ATGCTACTGCTGGGGAGGACG;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=12;WE=36165049;WS=36165031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,15:0.65:23
chr21	36193871	rs2018329	T	C	172.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.122;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.881;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=5;NR=1;PP=76;ReadPosRankSum=-1.139;SC=CTGAGGGCTGTCATCTTTCTT;SOR=0.197;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=6;WE=36193879;WS=36193861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chr21	36206932	rs11702841	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.51;SOR=2.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	36410910	rs8126848	C	G	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.81;ReadPosRankSum=-1.645;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,4:0.17:23
chr21	36410948	rs145814354	TAG	T	195.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=7.758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.69;ReadPosRankSum=2.191;SOR=1.060;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,11:0.21:53
chr21	36411119	rs3746865	G	T	2986.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.444;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=49;PP=1267;ReadPosRankSum=1.882;SC=AAGCCTGGCAGCCTTGGCCGA;SOR=0.733;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=160;TCF=65;TCR=95;TR=81;WE=36411127;WS=36411109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:125,146:0.54:271
chr21	36419848	.	A	T	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.635;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.33;MQRankSum=0.516;QD=1.56;ReadPosRankSum=2.657;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,3:0.13:23
chr21	36419850	.	A	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.032;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=0.504;QD=1.28;ReadPosRankSum=2.797;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,3:0.12:24
chr21	36419856	rs199554224	A	T	61.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.837;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=2.392;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=0.617;QD=3.63;ReadPosRankSum=2.463;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,3:0.18:17
chr21	36419858	rs3989161	A	T	791.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.52;MQRankSum=-0.000;QD=21.40;ReadPosRankSum=2.515;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,26:0.70:37
chr21	36420012	rs55800826	T	C	3397.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-3.369;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=45;PP=959;ReadPosRankSum=-0.832;SC=CTTAGCTGTATGAATAAATAA;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=207;TCF=103;TCR=104;TR=89;WE=36420020;WS=36420002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:207,185:0.47:392
chr21	36421036	rs8133634	T	C	1536.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=1.041;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.613;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=19;PP=856;ReadPosRankSum=-1.189;SC=GACAGGGAACTGGCAGGCACC;SOR=0.767;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=120;TCF=78;TCR=42;TR=59;WE=36421044;WS=36421026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:80,73:0.48:153
chr21	36422282	.	AACAC	A	628.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.928;ClippingRankSum=0.000;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=1.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.72;ReadPosRankSum=-1.238;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,23:0.57:40
chr21	36422478	rs2071029	C	T	401.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.385;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=10;PP=185;ReadPosRankSum=-0.795;SC=TAATTTACACCTGTAGGTAAA;SOR=0.859;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=11;TCR=19;TR=15;WE=36422486;WS=36422468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,21:0.52:40
chr21	37408608	rs68024241	AACGT	A	1936.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=29;PP=1567;SC=TATTTCACAGAACGTACGTAC;SOR=2.059;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=1;TCR=34;TR=30;WE=37408619;WS=37408598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	37412752	rs2255858	T	C	3274.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.845;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.437;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=30;PP=1304;ReadPosRankSum=0.957;SC=CTCCAATGTATGACATCCCTT;SOR=0.736;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=177;TCF=118;TCR=59;TR=96;WE=37412760;WS=37412742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,160:0.55:293
chr21	37413946	rs2835243	C	T	314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.633;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=5;PP=137;ReadPosRankSum=-0.330;SC=TCCTCCACAACATCAAGCGCA;SOR=0.573;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=36;TCF=24;TCR=12;TR=14;WE=37413954;WS=37413936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,20:0.36:55
chr21	37414194	rs35392556	C	CAA	126.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.593;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,8:0.89:9
chr21	37420445	rs76783989	A	G	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.751;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=6;PP=225;ReadPosRankSum=1.045;SC=GAGGGAGGGCAAACTTTCTAG;SOR=0.595;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=52;TCF=38;TCR=14;TR=20;WE=37420453;WS=37420435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,23:0.34:68
chr21	37420785	rs880221	C	T	631.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=-3.287;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.640;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=19;PP=371;ReadPosRankSum=-0.293;SC=CCCACAATCACCTACCAGTAA;SOR=0.397;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=9;TCR=38;TR=24;WE=37420793;WS=37420775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,29:0.54:54
chr21	37425955	rs762360	C	T	6724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=1.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr21	37425971	rs762361	C	T	5187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=97;PP=2727;SC=TTCAAGGTCCCAGAGATAACT;SOR=1.357;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=137;TCF=39;TCR=98;TR=136;WE=37425979;WS=37425961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr21	37429679	rs7282629	G	C	3331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=41;PP=1430;SC=CGCAATGACTGACTTCTGTAT;SOR=0.906;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=66;WE=37429687;WS=37429669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr21	37431265	rs2051395	G	T	909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-1.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=640;ReadPosRankSum=0.571;SC=CTGTGGAAATGCTCAATCTAA;SOR=0.456;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=91;TCF=25;TCR=66;TR=44;WE=37431273;WS=37431255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:50,44:0.47:94
chr21	37443156	rs113589610	T	TG	634.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.326;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=6.990;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;MQRankSum=0.588;QD=42.32;ReadPosRankSum=1.437;SOR=2.946;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
chr21	37443163	rs113287155	T	G	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=3.859;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;MQRankSum=0.573;QD=34.35;ReadPosRankSum=1.034;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,20:0.91:22
chr21	37443480	rs1005696	T	G	6939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=55;NR=95;PP=2965;SC=TCTGTGCTTTTTCTCCTGCCA;SOR=1.130;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=151;TCF=55;TCR=96;TR=150;WE=37443488;WS=37443470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr21	37443565	rs1005695	G	C	3048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=31;NR=53;PP=1545;SC=CCTCCCTGTCGCACTGGTCTT;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=31;TCR=53;TR=84;WE=37443573;WS=37443555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr21	37507745	rs881711	C	T	8831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=117;PP=2965;SC=GGGGGCTCAACGTACTGGTCA;SOR=0.905;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=197;TCF=80;TCR=117;TR=197;WE=37507753;WS=37507735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr21	37518362	rs2835286	A	G	1505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=14;PP=937;SC=TATATTTATCATTCTGTTTCA;SOR=1.532;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=51;WE=37518370;WS=37518352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	37518706	rs1056892	G	A	8975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=100;NR=102;PP=2965;SC=CATCAGGACTGTGGAGGAGGG;SOR=0.699;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=101;TCR=102;TR=202;WE=37518714;WS=37518696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr21	37518893	rs113213749	C	CT	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=1.243;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-1.748;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,13:0.19:68
chr21	37571593	rs2243723	A	G	1556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.177;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=32;PP=752;ReadPosRankSum=-0.707;SC=TACCCAAGTAACCGGTATTTC;SOR=0.816;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=112;TCF=45;TCR=67;TR=51;WE=37571601;WS=37571583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,79:0.44:179
chr21	37571667	rs7281674	T	A	681.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=16;PP=297;ReadPosRankSum=0.823;SC=TGCAACAGTTTATCATAAAGC;SOR=0.674;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=8;TCR=36;TR=20;WE=37571675;WS=37571657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,21:0.39:54
chr21	37571692	rs2835316	G	A	598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=14;PP=243;ReadPosRankSum=0.093;SC=ACCAGGAGACGTCACTGGGCG;SOR=0.458;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=34;TCF=3;TCR=31;TR=15;WE=37571700;WS=37571682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr21	37580927	rs2156412	T	A	1906.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-2.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.163;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=22;PP=762;ReadPosRankSum=-0.517;SC=CCGCTGTGGTTCTTCATGCAG;SOR=0.512;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=97;TCF=64;TCR=33;TR=59;WE=37580935;WS=37580917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,93:0.62:150
chr21	37583804	rs2239568	C	T	4006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.192;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=83;NR=57;PP=2078;ReadPosRankSum=-1.987;SC=GTTTTTATGACCATAAAGAGT;SOR=0.860;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=266;TCF=152;TCR=114;TR=140;WE=37583812;WS=37583794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:199,196:0.50:395
chr21	37586877	rs2850079	T	C	2678.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.091;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.64;ReadPosRankSum=-1.541;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:170,140:0.45:310
chr21	37599824	rs7280662	T	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=4;PP=172;SC=CAGCCTGGGCTACAGAGCAAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=37599832;WS=37599816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	37599842	rs11431401	C	CA	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=-0.145;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=4;PP=149;ReadPosRankSum=1.491;SC=AAGACTCTGTCAAAAAAAAAG;SOR=0.593;SbPval=0.22;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=8;WE=37599850;WS=37599832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr21	37609571	rs2835322	T	C	7319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.596;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=754;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=104;PP=2704;ReadPosRankSum=-0.352;SC=GGGTGGCTCGTGTGCTTTGGA;SOR=0.608;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=446;TCF=238;TCR=208;TR=213;WE=37609579;WS=37609554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:377,370:0.50:747
chr21	37617630	rs4817788	T	G	16085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=622;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.99;NF=166;NR=154;PP=2965;SC=TACAAGCTCCTGCCACACGGA;SOR=0.743;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=320;TCF=166;TCR=154;TR=320;WE=37617638;WS=37617620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,615:1.00:615
chr21	37617724	rs3746866	C	A	4024.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=501;ExcessHet=3.0103;FS=0.521;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=3.004;SOR=0.683;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:264,214:0.45:478
chr21	37619724	rs1023367	C	T	2482.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.835;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.486;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=31;PP=1341;ReadPosRankSum=1.375;SC=GTGATCTCTCCCTAGTTCCTG;SOR=0.754;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=193;TCF=127;TCR=66;TR=94;WE=37619732;WS=37619714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,117:0.48:243
chr21	37619931	rs5843755	A	AT	960.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.595;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=2.126;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.04;MQRankSum=1.265;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.671;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,78:0.43:181
chr21	37642196	rs11700664	G	A	575.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.396;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=355;ReadPosRankSum=-0.068;SC=TTAATGGTACGTATATGCTCA;SOR=0.575;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=29;WE=37642204;WS=37642186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,30:0.45:66
chr21	37649170	rs7279450	A	T	443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.578;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.977;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=6;PP=278;ReadPosRankSum=0.987;SC=AAAAGCTGAAAGTTAACAGAG;SOR=0.223;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=19;WE=37649178;WS=37649160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,22:0.56:39
chr21	37650182	rs2070516	C	T	477.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=2.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=335;ReadPosRankSum=1.706;SC=TCAAGTGATCCGCCCTCCTCA;SOR=1.270;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=16;WE=37650190;WS=37650172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,20:0.59:34
chr21	37650235	rs2070517	T	C	803.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.977;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.951;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=9;PP=468;ReadPosRankSum=0.468;SC=CCGTCGCACCTGGCCAGTTTC;SOR=0.573;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=60;TCF=43;TCR=17;TR=30;WE=37650243;WS=37650225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,37:0.52:71
chr21	37652840	rs7281457	C	T	1243.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.746;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=40;PP=860;ReadPosRankSum=0.384;SC=TTGACAAGAACGCCACGACAA;SOR=0.631;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=97;TCF=20;TCR=77;TR=51;WE=37652848;WS=37652830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:56,57:0.50:113
chr21	37653705	rs7277281	A	G	585.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.20;ReadPosRankSum=1.884;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,29:0.60:48
chr21	37660161	rs2268299	G	A	332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.924;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=1;PP=233;ReadPosRankSum=-2.119;SC=GGGATTACAAGTGCGAGCCAC;SOR=1.179;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=38;TCF=33;TCR=5;TR=14;WE=37660169;WS=37660151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
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chr21	37728892	rs141327973	C	CTTGAA	1429.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=865;SC=AGAATTTTTTCTTGATTTTAT;SOR=1.765;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=14;WE=37728900;WS=37728882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	37729088	rs2835339	G	C	1719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=23;PP=737;SC=AGAGTAAAGGGATTGTACAAT;SOR=0.886;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=37729096;WS=37729078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr21	37759957	rs62229404	C	T	1833.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.847;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=206;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=32;PP=846;ReadPosRankSum=1.727;SC=TCCAATCTTGCTCGTCATACC;SOR=0.716;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=68;TCR=64;TR=67;WE=37759965;WS=37759947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:104,97:0.48:201
chr21	37769852	rs73902504	A	G	460.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=10;PP=243;ReadPosRankSum=0.535;SC=CTTTGTATTTACTTGGAATTT;SOR=0.784;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=42;TCF=18;TCR=24;TR=16;WE=37769860;WS=37769842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,24:0.41:58
chr21	37784070	rs218630	G	A	467.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.201;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=249;ReadPosRankSum=-1.762;SC=TCTGTCACCCGGGCTGGAGTG;SOR=0.546;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=15;WE=37784078;WS=37784060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,21:0.60:35
chr21	37833307	rs219780	C	T	852.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.774;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=238;ReadPosRankSum=-0.486;SC=ACCCGCTGTGCGTGGCCGAGG;SOR=0.823;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=53;TCF=35;TCR=18;TR=24;WE=37833315;WS=37833297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,45:0.47:96
chr21	37833751	rs219779	G	A	3064.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=48;PP=1437;ReadPosRankSum=1.895;SC=CCATGAGGGCGCGGGCAGCCT;SOR=0.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=210;TCF=114;TCR=96;TR=106;WE=37833759;WS=37833741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,152:0.51:299
chr21	38081480	rs116988298	C	T	3383.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.288;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=57;PP=1636;ReadPosRankSum=1.328;SC=TTAGGAGACGCGTGGGGACAG;SOR=0.613;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=192;TCF=99;TCR=93;TR=114;WE=38081488;WS=38081470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,170:0.51:335
chr21	38081562	rs2070647	T	G	6867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=76;NR=85;PP=2965;SC=TAGAGCGGCCTCGCCGGGGGA;SOR=0.757;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=161;TCF=76;TCR=85;TR=161;WE=38081570;WS=38081552;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,256:1.00:256
chr21	38081577	rs2070648	C	G	6788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=80;NR=76;PP=2965;SC=GGGGGAGGAGCGCAGCCGCCG;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=157;TCF=81;TCR=76;TR=156;WE=38081585;WS=38081567;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr21	38084773	rs2835443	G	A	783.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.890;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.231;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=7;PP=356;ReadPosRankSum=-0.104;SC=CTGTACCATTGTTAGATTTAA;SOR=0.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=59;TCF=43;TCR=16;TR=26;WE=38084781;WS=38084763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,37:0.54:69
chr21	38092039	rs2070650	A	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=2;PP=439;SC=TGGCAGGGTGAGCACCTGTGA;SOR=3.383;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=16;TCR=2;TR=18;WE=38092047;WS=38092033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	38092247	rs145363163	GA	G	1486.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.831;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.918;SOR=0.685;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:89,103:0.54:192
chr21	38098479	rs201184834	C	T	2556.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.432;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=33;PP=1062;ReadPosRankSum=-0.790;SC=TGTCCCTGTACGACTCCTGCT;SOR=0.662;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=103;TCR=73;TR=81;WE=38098487;WS=38098469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:150,134:0.47:284
chr21	38113998	rs2070519	C	A	1903.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=12;PP=918;SC=CTGAGGACTCCTGTCACCTTG;SOR=1.547;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=49;WE=38114006;WS=38113988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr21	38126537	rs201681436	ACGC	A	2359.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=9;PP=979;ReadPosRankSum=1.038;SC=CGTCTCGGGGACGCCCGGCAT;SOR=0.977;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=23;WE=38126547;WS=38126527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:60,62:0.51:122
chr21	38128707	rs9977769	G	A	389.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.675;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.607;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=1.021;NF=9;NR=4;PP=206;ReadPosRankSum=0.672;SC=AGCCAAGATCGTGCCACTGCA;SOR=0.328;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=13;WE=38128715;WS=38128697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,17:0.57:30
chr21	38132172	rs2073420	C	T	8967.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=362;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=90;NR=118;PP=2965;SC=TTAATTAAGCCGTCACAGGAC;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=90;TCR=118;TR=208;WE=38132180;WS=38132162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr21	38302769	rs2073425	C	T	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=62;PP=1739;SC=AAACTGAGGGCACTCACAGGC;SOR=1.114;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=33;TCR=62;TR=95;WE=38302777;WS=38302759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr21	38334256	rs58618927	G	GAAAAAAA	193.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.143;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.38;ReadPosRankSum=-0.102;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,9:0.25:36
chr21	38338651	rs1055699	C	T	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=2;PP=218;SC=CCGGGGCTCCCGAACTCCCGG;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=38338673;WS=38338641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	38338665	rs1055700	C	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=2;PP=241;SC=CTCCCGGGCTCCCGGCGGGGA;SOR=1.911;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=38338673;WS=38338641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	38338969	rs9980304	T	C	2579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=51;PP=1280;SC=GAGCCCGCCTTGCCCGCCCGC;SOR=2.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=17;TCR=51;TR=68;WE=38338977;WS=38338959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr21	38339023	rs184468430	G	A	333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.830;HP=3;HapScore=4;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=533;ReadPosRankSum=1.101;SC=GAAGGGCCGCGCCGCCCCCCC;SOR=1.532;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=27;TCF=5;TCR=22;TR=14;WE=38339035;WS=38339013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,17:0.50:34
chr21	38339027	rs113500531	C	T	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.796;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=6.789;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.333;SOR=0.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,15:0.47:32
chr21	38444863	rs2507733	C	T	5566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=52;NR=77;PP=2557;SC=ACAATCAGCGCCAGCGATGTG;SOR=0.970;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=129;TCF=52;TCR=77;TR=129;WE=38444871;WS=38444853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr21	38444890	rs2298682	A	G	3908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=62;PP=1995;SC=GGCACCATTGATCCATTCTCG;SOR=1.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=38;TCR=62;TR=100;WE=38444898;WS=38444880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr21	38444995	rs7280542	A	G	956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=23;PP=680;SC=GCGCATACAGACACCCAGGCT;SOR=2.235;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=6;TCR=23;TR=29;WE=38445003;WS=38444985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	38460338	rs2835584	T	A	405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=293;SC=ATAGAGTTTTTGCCAGCACTT;SOR=2.985;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=38460346;WS=38460328;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	38461326	rs2835586	G	A	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=24;PP=631;SC=TAAATCTGCTGTCCATCAGTG;SOR=2.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=31;WE=38461334;WS=38461316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	38462614	rs3787780	A	G	4951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=65;PP=2215;SC=AAACTGGCACAGCCACTGTGG;SOR=0.768;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=56;TCR=65;TR=121;WE=38462622;WS=38462604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr21	38462716	rs2835588	A	G	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=31;PP=779;SC=ATTGACTTCTATATTTTCCTT;SOR=1.765;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=9;TCR=32;TR=40;WE=38462724;WS=38462706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr21	38463868	rs138290419	A	ATTATTTAT	185.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	38466203	rs2835595	G	T	561.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=2;PP=233;SC=ATATAGGACCGTTGTGGACTC;SOR=1.508;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=38466211;WS=38466193;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	38466261	rs3753070	T	A	787.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=6;PP=307;SC=TGTTTTTTTTTAAACAAATGT;SOR=1.143;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=38466269;WS=38466251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	38467857	rs2251161	C	G	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=29;PP=978;SC=CCAACTTGTGCAGAATAGATT;SOR=1.034;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=49;TCF=20;TCR=29;TR=48;WE=38467865;WS=38467847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr21	38468958	rs2835600	A	G	2945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=39;PP=1305;SC=GTTGGTTAAAATATCTCAACC;SOR=0.951;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=69;TCF=29;TCR=40;TR=68;WE=38468966;WS=38468948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr21	38469017	rs2835601	T	G	1610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=31;PP=920;SC=TTTCTGTTTTTCAGGTATACA;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=38469025;WS=38469007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	38469069	rs2835602	G	C	697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=19;PP=543;SC=TACTTAAGTGGTTAAAAGAGT;SOR=2.494;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=38469077;WS=38469059;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	38495185	rs11440324	G	GT	2290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=18;PP=1584;SC=TAAATTTGAGGTCCTTACTAT;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=19;TCR=18;TR=37;WE=38495193;WS=38495175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	38495213	rs11440325	G	GA	2424.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=23;PP=1709;SC=AAGTAAATTTGAAATCTTTTA;SOR=0.979;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=20;TCR=23;TR=43;WE=38495221;WS=38495203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr21	38495270	rs11440326	A	AT	3886.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=39;PP=2308;SC=TGTGTGTGTGATGACTTTTAT;SOR=0.751;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=53;TCF=13;TCR=40;TR=52;WE=38495278;WS=38495258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr21	38498178	rs67628252	GT	G	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=124;SC=TCAAGAATTTGTTCGTTGCCA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=38498193;WS=38498168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	38498185	rs66532388	GC	G	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=0;PP=124;SC=TTTGTTCGTTGCCATATCATG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=38498193;WS=38498168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	38520031	rs372841981	AT	A	61.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.053;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.47;ReadPosRankSum=0.459;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,14:0.33:42
chr21	38525198	rs2051162	G	A	964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-2.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=12;PP=511;ReadPosRankSum=-0.852;SC=CTAAGTTTATGTAATTGTGAA;SOR=0.643;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=71;TCF=49;TCR=22;TR=36;WE=38525206;WS=38525188;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,49:0.51:97
chr21	38528872	rs10706050	TG	T	1497.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=10;PP=1001;SC=TATAATCAGCTGGCTTTCAGA;SOR=1.666;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=25;WE=38528880;WS=38528862;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	38531863	rs4817852	T	C	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=17;NR=7;PP=429;SC=GTTTCTAAACTACACTTGTGT;SOR=1.839;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=24;WE=38531871;WS=38531853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	38531921	rs1787365	C	A	2002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=17;PP=1240;SC=TAGTATGAGGCGTTATTTTAA;SOR=1.483;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=59;TCF=40;TCR=19;TR=57;WE=38531929;WS=38531911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	38532058	rs34771928	TG	T	8806.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=243;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=74;PP=2974;SC=GTAAGTTACTTGGATCACTTG;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=20;TCR=76;TR=94;WE=38532076;WS=38532048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr21	38532068	rs113972351	G	GA	7152.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=74;PP=2974;SC=TGGATCACTTGAATCTTACGT;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=91;TCF=17;TCR=74;TR=91;WE=38532076;WS=38532048;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr21	38532086	rs34586966	TG	T	8295.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=75;PP=2957;SC=CGTTCTAATCTGATGTTAAAC;SOR=0.772;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=85;TCF=10;TCR=75;TR=85;WE=38532094;WS=38532076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr21	38532192	rs34367119	A	AT	1378.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=32;PP=1271;SC=ACGTACTATTATTCATTAGAA;SOR=3.209;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=32;WE=38532200;WS=38532182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	38532901	rs5843796	G	GT	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=0;PP=399;SC=CTTAATTTTAGTATACATTAG;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=9;WE=38532918;WS=38532892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	38532904	rs5843798	T	TA	622.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=51.89;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	38532910	rs5843800	A	AG	696.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=0;PP=546;SC=AGTATACATTAGTATTATTAA;SOR=5.784;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=12;TCR=0;TR=12;WE=38532918;WS=38532892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	38534228	rs11424055	A	AT	1129.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=8;PP=364;SC=AATTTTAATGATTTTTCTCTT;SOR=1.136;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=12;WE=38534242;WS=38534218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	38534234	rs57522570	C	T	1138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=10;PP=455;SC=AATGATTTTTCTCTTTAATGG;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=24;WE=38534242;WS=38534218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	38539673	rs1793885	C	T	601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.29;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	38539677	rs4988831	A	T	633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.27;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	38539681	rs1793886	G	A	682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.67;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	38539745	rs5843802	G	GA	923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=9;PP=566;SC=ATCTAAATGGGAAAAAAAACT;SOR=1.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=38539753;WS=38539735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	38539836	rs5843803	T	TA	4091.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=36;PP=2143;SC=AAGTGAATTTTATTTTTTGTT;SOR=0.763;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=12;TCR=36;TR=48;WE=38539844;WS=38539826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr21	38570055	.	TA	T	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.420;ClippingRankSum=0.000;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=5.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.082;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,9:0.32:28
chr21	38593461	rs1888464	G	T	5826.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.517;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=0.998;NF=125;NR=72;PP=2962;ReadPosRankSum=0.149;SC=CGCCCGAGCGGCGATTCCCTC;SOR=0.748;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=372;TCF=233;TCR=139;TR=197;WE=38593469;WS=38593451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:289,286:0.50:575
chr21	38593609	rs2835677	C	T	7580.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=771;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=121;NR=137;PP=2962;ReadPosRankSum=2.202;SC=GTGAGGGCGCCGTCCTCCAGC;SOR=0.694;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=501;TCF=237;TCR=264;TR=258;WE=38593628;WS=38593599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:380,374:0.50:754
chr21	38593620	rs13864	G	T	7006.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.262;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=730;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=4;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=99;NR=125;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.543;SC=GTCCTCCAGCGTATGCTAGGC;SOR=0.702;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=484;TCF=211;TCR=273;TR=224;WE=38593628;WS=38593599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:369,347:0.48:716
chr21	38599934	rs11300896	TG	T	5175.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=38;PP=2547;SC=CCATGAGGGCTGGGAGGCGAG;SOR=1.073;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=64;WE=38599942;WS=38599924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr21	38600154	rs10716173	CG	C	1443.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=29;PP=1175;SC=GCAGAGGCTGCGGGGTCCACA;SOR=2.356;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=31;TCF=1;TCR=30;TR=30;WE=38600162;WS=38600144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	38604570	rs2835680	C	T	218.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=2.511;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=-0.000;NF=9;NR=0;PP=169;ReadPosRankSum=1.534;SC=AAATCTCTGCCGGCTGATGAC;SOR=1.781;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=17;TCR=1;TR=9;WE=38604578;WS=38604569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr21	38850640	rs928763	G	A	3445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=80;PP=2130;SC=CTATCTTGCAGTATGTCATTG;SOR=1.839;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=29;TCR=81;TR=108;WE=38850648;WS=38850630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr21	38862862	rs67837743	C	T	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=16;PP=392;SC=TTGCGGTTTTCGCCATTGCAG;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=38862870;WS=38862852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	38997701	rs702859	G	A	9582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=380;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=133;PP=2965;SC=CGTAGAACCCGTCCTCCAGGG;SOR=0.978;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=220;TCF=87;TCR=133;TR=220;WE=38997709;WS=38997691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,371:1.00:371
chr21	39086965	rs2070995	T	C	8390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=109;NR=100;PP=2965;SC=TAATTCCCTCTGGGCATTTAT;SOR=0.738;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=209;TCF=109;TCR=100;TR=209;WE=39086973;WS=39086955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,319:1.00:319
chr21	39087499	rs79368295	C	T	1970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.648;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=997;ReadPosRankSum=-0.019;SC=GACAATGGAACGGCACACTTT;SOR=0.586;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=105;TCF=31;TCR=74;TR=64;WE=39087507;WS=39087489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,91:0.61:149
chr21	39089582	rs857961	A	G	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.38;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr21	39325234	rs2836061	C	T	1850.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-4.399;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.538;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=33;PP=718;ReadPosRankSum=1.238;SC=AAACTGTGCGCTCCAGGCTCT;SOR=0.645;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=127;TCF=59;TCR=68;TR=62;WE=39325242;WS=39325224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:85,99:0.54:184
chr21	39671476	rs2230033	G	A	3611.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.307;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=351;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.388;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=68;PP=2088;ReadPosRankSum=-2.111;SC=TTAGAACCCGGTGAGCCCATT;SOR=0.729;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=242;TCF=114;TCR=128;TR=128;WE=39671484;WS=39671466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:175,172:0.50:347
chr21	39739478	rs62217874	A	G	857.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.855;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=7;PP=336;ReadPosRankSum=-0.351;SC=TGCAAAGAGAAGGCCACGCTG;SOR=0.576;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=24;WE=39739486;WS=39739468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,42:0.51:82
chr21	39739665	rs2836346	T	A	6546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=263;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=0.824;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr21	39764211	rs2836359	T	A	2367.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.682;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.62;ReadPosRankSum=-1.988;SOR=0.672;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:104,119:0.53:223
chr21	39764437	rs2836360	T	C	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=1.461;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.103;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=143;ReadPosRankSum=-0.730;SC=GGTTTTTTATTTGATTTTGTA;SOR=1.302;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=8;WE=39764445;WS=39764427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,9:0.41:22
chr21	39774634	.	CA	C	52.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.53;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr21	39775373	rs2836373	A	G	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=2;PP=336;SC=TCTGAAGCTCAGGTCATAAGA;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=39775381;WS=39775363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	39822650	rs2211871	G	T	269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=-2.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=0;PP=214;ReadPosRankSum=-1.548;SC=TACACCACTTGTCACATTTTA;SOR=1.751;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=20;TCF=20;TCR=0;TR=11;WE=39822658;WS=39822640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,11:0.50:22
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chr21	40191638	rs461155	A	G	5633.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=96;PP=2825;SC=GGAGTGACCCAGTGGAGCAAG;SOR=1.195;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=148;TCF=52;TCR=96;TR=148;WE=40191646;WS=40191628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr21	40250361	rs11464500	T	TAAA	1821.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=33.12;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,53:0.96:55
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chr21	40250766	rs1569306	G	A	7706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.06;NF=38;NR=83;PP=2626;SC=GCAATTGAGAGGAAATTGCCC;SOR=1.709;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=123;TCF=38;TCR=85;TR=121;WE=40250774;WS=40250752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr21	40547387	rs9305670	A	G	433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.354;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.535;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=3;PP=211;ReadPosRankSum=-0.917;SC=ACTACAATTAATTTTTTACAA;SOR=0.355;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=15;WE=40547395;WS=40547377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,21:0.57:37
chr21	40552307	rs3171465	A	G	2762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.952;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=38;PP=1078;ReadPosRankSum=0.545;SC=TCCAGAGTTTAGCACAACCAA;SOR=0.812;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=152;TCF=73;TCR=79;TR=71;WE=40552315;WS=40552297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,140:0.49:286
chr21	40553845	rs6517522	T	C	421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=6;PP=129;ReadPosRankSum=0.298;SC=AACTTCAATATAAACAGTATC;SOR=0.874;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=11;WE=40553853;WS=40553835;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,22:0.58:38
chr21	40571246	rs1041439	A	G	10689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=418;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=149;NR=132;PP=2965;SC=CACTGGTAATAGTTGATTTTC;SOR=0.776;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=285;TCF=151;TCR=134;TR=281;WE=40571254;WS=40571236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,402:1.00:402
chr21	40574305	rs2183573	A	G	4079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=66;NR=32;PP=1950;SC=CTTTCTGATGATTCTGCTGAA;SOR=1.246;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=67;TCR=32;TR=98;WE=40574313;WS=40574295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr21	40574552	rs2150411	G	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=124;ReadPosRankSum=0.480;SC=CTAAATAGAAGTATATCATAT;SOR=0.593;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=9;WE=40574560;WS=40574542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,9:0.36:25
chr21	40582823	rs75046572	C	T	1173.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.422;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.359;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=358;ReadPosRankSum=0.429;SC=CAACATAGTTCGTAGCTCTGA;SOR=0.477;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=27;WE=40582831;WS=40582813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,58:0.48:120
chr21	40584412	rs8132424	A	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.253;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
chr21	40584598	rs6517529	C	T	3084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr21	40585330	rs142696785	AAAGCCAACATTTTCTTCACTTT	A	657.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.086;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.272;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.484;NF=4;NR=5;PP=2922;ReadPosRankSum=0.129;SC=TTGGTACTACAAAGCCAACAT;SOR=1.018;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=9;WE=40585359;WS=40585320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr21	40587003	rs11434832	G	GC	568.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=312;SC=CACCATGTTGGTACGCTGGTC;SOR=1.473;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=40587011;WS=40586993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr21	40587049	rs4818004	A	G	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=10;PP=500;SC=GACGGCCTTCACTTCCCAAAG;SOR=1.151;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=29;WE=40587057;WS=40587039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	40597215	rs139986112	A	AAAG	4430.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.115;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.232;NF=1;NR=65;PP=2974;ReadPosRankSum=1.546;SC=TACAGATAAAAAAGCCAAAAG;SOR=1.311;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=1;TCR=79;TR=66;WE=40597223;WS=40597205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr21	40597236	rs9977787	A	T	663.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-3.026;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.848;NF=4;NR=24;PP=469;ReadPosRankSum=-0.206;SC=CACAATACAAAAACAGGCAAG;SOR=0.586;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=64;TCF=8;TCR=56;TR=28;WE=40597244;WS=40597226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,30:0.43:69
chr21	40600313	rs11702268	T	C	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=8;PP=513;SC=ATATCTCTTCTGGAATTTACA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=26;WE=40600321;WS=40600303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	40604429	rs2836950	C	G	1315.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.009;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=30;PP=702;ReadPosRankSum=-0.100;SC=CAAATTCTACCAAGGGGAAGA;SOR=0.700;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=107;TCF=40;TCR=67;TR=47;WE=40604437;WS=40604419;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,68:0.45:152
chr21	40636350	rs199628970	AC	A	87.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.88;MQRankSum=5.988;QD=1.33;ReadPosRankSum=0.484;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,19:0.29:66
chr21	40636351	rs200408431	C	T	30.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.88;MQRankSum=-2.098;QD=0.48;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,15:0.23:64
chr21	40636354	rs33939736	TA	T	150.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.472;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=2.588;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=62.13;MQRankSum=-4.334;QD=2.36;ReadPosRankSum=0.143;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,28:0.44:64
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chr21	40642189	rs6517532	C	T	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=31;PP=1691;SC=ATTTGTTACACTGTACCAGAA;SOR=1.250;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=90;WE=40642197;WS=40642179;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chr21	40650567	rs9985148	G	C	238.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.940;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=2;PP=198;ReadPosRankSum=-0.029;SC=AACACCAGAAGTCATTTACCA;SOR=0.693;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=13;WE=40650575;WS=40650557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr21	40650621	rs973521	G	A	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.00;SOR=1.162;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
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chr21	40670460	rs2056844	G	C	2184.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=1.506;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.463;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=31;PP=803;ReadPosRankSum=1.334;SC=CCGATGCGCTGGCAGATTTGC;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=145;TCF=80;TCR=65;TR=70;WE=40670468;WS=40670450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:136,113:0.45:249
chr21	40684641	rs2272578	C	G	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.05;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
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chr21	40684901	rs71316130	G	C	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	40684904	rs71316131	C	G	79.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.98;QD=26.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	40684975	rs35687055	C	T	178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=3;PP=47;ReadPosRankSum=-1.957;SC=CCCGAGGGAGCGCGGGGACGG;SOR=0.582;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=8;WE=40684983;WS=40684965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chr21	40685239	rs34240248	A	G	4104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.35;QD=43.21;SOR=1.167;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr21	40685280	.	G	GGCCCGGGGA	554	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;FR=0.5000;HP=3;HapScore=3;MGOF=36;MMLQ=23;MQ=62.44;NF=4;NR=6;PP=554;QD=58.8;SC=AGGGGGACGGGGCCAGGGGAG;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=31;TCF=6;TCR=25;TR=10;WE=40685292;WS=40685270;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr21	40685283	.	C	CCGGGG	729.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.681;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.358;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=63.56;MQRankSum=3.670;QD=16.97;ReadPosRankSum=-1.490;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,18:0.42:43
chr21	40685284	rs35182074	A	C,AGCCG	1727.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=63.56;QD=37.56;SOR=1.931;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,25,21:0.54,0.46:46
chr21	40685515	.	G	GCGC	572.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-0.450;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=1;PP=77;ReadPosRankSum=1.392;SC=TCTCAGGCGCGCGCCGCCGCC;SOR=0.941;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=2;WE=40685523;WS=40685505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,16:0.53:30
chr21	40686020	rs35994303	C	T	3122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.538;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=323;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.404;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=38;PP=1170;ReadPosRankSum=-0.081;SC=TTTCACGGACCGGTCGTCTGG;SOR=0.734;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=93;TCR=80;TR=82;WE=40686028;WS=40686010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:164,157:0.49:321
chr21	40686078	rs9981301	G	C	7273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.903;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr21	40686327	rs4624474	T	C	5304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=62;NR=75;PP=2059;SC=ACGGCTCGGCTGGATCCATCC;SOR=0.812;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=62;TCR=75;TR=137;WE=40686335;WS=40686317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr21	40686382	rs9981349	A	G	1244.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=30;PP=718;ReadPosRankSum=-0.570;SC=GGTGGTGCAGACGGGCCGCAG;SOR=0.680;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=44;WE=40686390;WS=40686372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,58:0.52:111
chr21	40715132	rs2070867	G	A	2928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=58;PP=1600;SC=ACACGTTGTCGTTTTATTTAT;SOR=1.315;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=29;TCR=58;TR=87;WE=40715140;WS=40715122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	40715167	rs2070866	A	C	492.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-3.493;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.395;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=19;PP=322;ReadPosRankSum=-1.489;SC=TCTTTAAAAAAGTCAATAACC;SOR=0.380;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=45;TCF=8;TCR=37;TR=23;WE=40715175;WS=40715157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,25:0.51:49
chr21	40719241	rs2249666	C	T	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=-0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=101;ReadPosRankSum=-0.812;SC=ACATAGTTAACATTTTTACAC;SOR=1.402;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=6;WE=40719249;WS=40719231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,6:0.67:9
chr21	40719477	rs144316302	T	TA	417.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.238;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=240;ReadPosRankSum=0.254;SC=AACTCTCACCTAAGTTTTGGA;SOR=0.481;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=9;WE=40719485;WS=40719467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,18:0.46:39
chr21	40720494	rs34613278	C	T	1790.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=50;PP=1035;ReadPosRankSum=-1.447;SC=GCGCCTTCGGCGGAGCTGACC;SOR=0.686;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=126;TCF=33;TCR=93;TR=70;WE=40720502;WS=40720484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,90:0.57:158
chr21	40721611	rs2735313	A	C	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.863;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.460;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.23;MQRankSum=0.981;NF=8;NR=15;PP=255;ReadPosRankSum=-0.303;SC=GGGCGTGGGAAGGAGAGCCGA;SOR=0.278;SbPval=0.28;Source=Platypus;TC=38;TCF=10;TCR=28;TR=23;WE=40721619;WS=40721601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,25:0.53:47
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chr21	40800371	rs2837029	C	T	3964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.544;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=415;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=71;PP=1554;ReadPosRankSum=0.793;SC=AATGCCACGCCGAAGAAATGC;SOR=0.685;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=228;TCF=87;TCR=141;TR=116;WE=40800379;WS=40800361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,203:0.50:407
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chr21	40847011	rs874221	T	C	327.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-1.292;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.623;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=2;PP=208;ReadPosRankSum=-0.620;SC=GTAAATAAACTGGCTCACAAG;SOR=1.262;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=40;TCF=33;TCR=7;TR=15;WE=40847019;WS=40847001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:27,16:0.37:43
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chr21	40969620	rs2091883	G	A	596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=3;PP=429;ReadPosRankSum=1.321;SC=AATGGAAGAGGCGGGAGAGAG;SOR=0.739;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=45;TCR=6;TR=25;WE=40969628;WS=40969610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,26:0.51:51
chr21	40969826	rs662571	G	C	13821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=538;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=144;NR=175;PP=2965;SC=CGTGGATCCTGCACCAGAGCT;SOR=0.822;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=323;TCF=144;TCR=179;TR=319;WE=40969834;WS=40969816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,526:1.00:526
chr21	40977826	rs506382	A	G	1660.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.939;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=22;PP=1026;ReadPosRankSum=-0.119;SC=TTGCAGGCACAAGACATCATT;SOR=0.872;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=144;TCF=99;TCR=45;TR=74;WE=40977834;WS=40977816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:92,85:0.48:177
chr21	41032740	rs3746887	T	C	9572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.03;NF=116;NR=115;PP=2965;SC=AAAGAGAGGATGGTGAAGGGA;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=234;TCF=118;TCR=116;TR=231;WE=41032752;WS=41032730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,370:1.00:370
chr21	41032804	rs734413	G	A	9330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=359;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=107;NR=121;PP=2965;SC=CAGCGGAAACGAAAGAGGTGG;SOR=0.699;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=231;TCF=107;TCR=124;TR=228;WE=41032812;WS=41032794;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,355:1.00:355
chr21	41033062	rs734412	G	A	3417.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.925;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=55;NR=61;PP=1741;ReadPosRankSum=-0.328;SC=TTCCCATCAGGCAGCCATTCA;SOR=0.705;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=244;TCF=114;TCR=130;TR=116;WE=41033070;WS=41033052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,168:0.47:360
chr21	41117368	rs403527	G	A	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=9;PP=797;SC=ATCAGAGGAAGTAGATTCAGA;SOR=2.356;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=39;WE=41117376;WS=41117358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr21	41117533	rs425320	T	C	3042.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=42;PP=1149;SC=GCTGGGAGGTTGGGACGACAG;SOR=1.028;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=28;TCR=42;TR=68;WE=41117541;WS=41117523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr21	41137362	rs9784201	A	C	2080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=16;PP=1471;SC=TGGATGGACAACCTGGGGGTT;SOR=2.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=52;TCR=16;TR=68;WE=41137370;WS=41137352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr21	41137499	rs12626544	A	G	6344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.828;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=563;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.961;SOR=0.809;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:261,299:0.53:560
chr21	41137507	rs2205204	G	C	20158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=568;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.68;SOR=0.840;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,565:1.00:565
chr21	41142803	rs2837199	T	C	147.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.588;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=2.077;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.569;SOR=0.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,9:0.50:18
chr21	41142940	rs2837200	G	A	553.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.52;ReadPosRankSum=2.827;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,30:0.46:65
chr21	41143246	rs62237180	G	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=0.599;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=2.099;SC=ATCATATGGCGACCTTGATTT;SOR=0.668;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=14;WE=41143254;WS=41143236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,16:0.44:36
chr21	41160242	rs456818	A	G	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.94;SOR=0.920;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	41165301	rs464574	A	G	1359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=7;PP=1013;SC=CATTCTAAAGAGATGGGATCT;SOR=3.033;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=45;TCF=37;TCR=8;TR=44;WE=41165309;WS=41165291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	41165462	rs2837225	C	A	4691.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.170;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=578;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=81;NR=66;PP=2151;ReadPosRankSum=0.878;SC=CTGTTGCAGACACCGCTTCTC;SOR=0.717;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=331;TCF=184;TCR=147;TR=147;WE=41165470;WS=41165452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:328,246:0.43:574
chr21	41165566	rs460504	T	C	5021.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=445;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.766;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=44;NR=90;PP=2166;ReadPosRankSum=-1.054;SC=TTCCCCCTTTTTGGACTTTTT;SOR=0.837;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=260;TCF=93;TCR=167;TR=134;WE=41165574;WS=41165556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:194,240:0.55:434
chr21	41165677	rs463903	G	A	1308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=40;PP=1032;SC=CTCCATATCAGCTGGTCAGCA;SOR=3.611;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=44;TCF=4;TCR=40;TR=44;WE=41165685;WS=41165667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	41297873	rs2037920	G	A	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-1.784;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.488;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=47;NR=23;PP=947;ReadPosRankSum=-0.717;SC=CTGAATCTGGGGTATTTAGAA;SOR=0.656;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=182;TCF=120;TCR=62;TR=70;WE=41297881;WS=41297863;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:133,104:0.44:237
chr21	41297992	rs2037921	C	T	5669.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.441;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=677;ExcessHet=3.0103;FS=0.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.49;ReadPosRankSum=1.836;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:370,298:0.45:668
chr21	41384834	rs35506939	C	CTT	569.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.554;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.78;MQRankSum=0.754;QD=24.77;ReadPosRankSum=-0.958;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
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chr21	41434841	rs2837409	T	C	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=17;PP=412;ReadPosRankSum=3.868;SC=GGAAAGAAAGTTAACATTAGT;SOR=0.619;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=29;WE=41434849;WS=41434831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,52:0.54:97
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chr21	41514688	rs35155500	TA	T	1188.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.347;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.516;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.096;NF=0;NR=28;PP=1015;ReadPosRankSum=2.148;SC=AGCAAAGCAATAACCGAAAAA;SOR=1.828;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=1;TCR=51;TR=28;WE=41514696;WS=41514678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,40:0.47:86
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chr21	41551175	rs3804022	G	C	149.94	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=-0.180;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=8;PP=166;ReadPosRankSum=-0.180;SC=AGTGATTTCTGAATGCAATGT;SOR=1.179;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=9;WE=41551183;WS=41551165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,6:0.86:7
chr21	42080840	rs2205135	G	C	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=142;ReadPosRankSum=0.210;SC=CAAATTTTCTGAAAATGCTGT;SOR=0.560;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=46;TCF=10;TCR=36;TR=14;WE=42080848;WS=42080830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,16:0.32:50
chr21	42694667	rs2838011	T	C	5299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=521;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=72;PP=2028;ReadPosRankSum=0.795;SC=TCTCTGATACTGTCTACTTCA;SOR=0.628;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=309;TCF=163;TCR=146;TR=154;WE=42694675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:251,259:0.51:510
chr21	42694870	rs2838012	G	A	2360.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=308;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=43;PP=1079;ReadPosRankSum=0.006;SC=GGTGGTGTTCGTGGTCTTCGC;SOR=0.717;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=191;TCF=84;TCR=107;TR=75;WE=42694878;WS=42694860;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:178,125:0.41:303
chr21	42710175	rs2158354	T	C	517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=3.583;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=2;PP=415;ReadPosRankSum=-0.934;SC=TGGAAACCCTTCCCCCTCAGG;SOR=0.972;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=51;TCF=46;TCR=5;TR=22;WE=42710183;WS=42710165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,21:0.42:50
chr21	42717662	rs417708	T	C	3545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.33;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr21	42735622	rs74519879	C	T	3735.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.938;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.666;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=75;NR=28;PP=1935;ReadPosRankSum=2.144;SC=GCCCAGGACCCGGCAGAGCTC;SOR=0.905;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=221;TCF=148;TCR=73;TR=103;WE=42735630;WS=42735612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:163,170:0.51:333
chr21	42735719	rs2838029	G	A	8516.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.858;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=822;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=124;NR=118;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.205;SC=CACCATGTCCGGCACAGCCAT;SOR=0.663;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=477;TCF=245;TCR=232;TR=242;WE=42735727;WS=42735709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,413:0.51:816
chr21	42767733	rs440364	T	C	823.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=17;PP=431;ReadPosRankSum=-1.750;SC=TCAGGAAAGCTCTGGAATTAG;SOR=0.771;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=27;WE=42767741;WS=42767723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,37:0.66:56
chr21	42775179	rs112479250	G	GT	3483.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.601;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.099;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=21;PP=1675;ReadPosRankSum=0.842;SC=TCTCCTTTTTGCTTTTTTTGG;SOR=0.611;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=110;TCF=55;TCR=55;TR=40;WE=42775188;WS=42775169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,95:0.45:212
chr21	42775180	rs459763	C	T	3492.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.353;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=1.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.32;ReadPosRankSum=1.117;SOR=0.575;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:118,96:0.45:214
chr21	42775555	rs462161	A	G	10910.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=135;NR=113;PP=2965;SC=CTCCACCGAGAACTGGCTGGT;SOR=0.798;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=250;TCF=135;TCR=115;TR=248;WE=42775563;WS=42775545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,417:1.00:417
chr21	42803840	rs456657	C	T	1303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=8;PP=959;SC=CACTCTTCTACGCTCTGGGGA;SOR=2.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=35;TCR=8;TR=43;WE=42803848;WS=42803830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	42803858	rs463856	A	G	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=14;PP=963;SC=GGACATCACCATGAACAACTA;SOR=1.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=41;TCR=14;TR=55;WE=42803866;WS=42803848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	42813933	.	AGT	A	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.865;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=5.105;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=2.550;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.301;SOR=2.147;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,6:0.14:43
chr21	42821113	rs2070229	T	C	3608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.78;SOR=0.980;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr21	42822983	rs1050080	G	A	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	42840580	rs462321	T	C	558.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=16;PP=455;SC=CAGCCCTATTTTCCAGCCCTG;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=18;WE=42840588;WS=42840570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	42842713	rs112132031	C	CCTAAGGCCTCGGG	3003.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=60.12;NF=4;NR=18;PP=2900;SC=GCGGGTATCACCTATGTCTCC;SOR=1.863;SbPval=0.33;Source=Platypus;TC=38;TCF=5;TCR=33;TR=22;WE=42842721;WS=42842703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	42842771	rs28524972	C	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=400;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=17;PP=322;SC=CCCTGGCCACCCTGCCCAGAG;SOR=4.294;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=42842779;WS=42842761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	42843960	rs464431	A	G	1232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=31;PP=856;SC=CAGAGCTCTCAGTGGATGAAC;SOR=2.780;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=38;TCF=6;TCR=32;TR=37;WE=42843968;WS=42843950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr21	42845383	rs17854725	A	G	3300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=41;NR=40;PP=1367;SC=CGCCGCCCACAATCCTGCTCT;SOR=0.724;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=81;WE=42845391;WS=42845373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr21	42848560	rs140530035	CAG	C	12871.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=104;PP=2957;SC=GCAAAAAGAACAGGGGAAATT;SOR=0.853;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=119;TCF=12;TCR=107;TR=116;WE=42848569;WS=42848550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr21	42852320	rs734056	C	A	2377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=15;PP=1511;SC=TGTGCCGGTGCTTTCACAGGG;SOR=1.939;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=53;TCR=15;TR=68;WE=42852328;WS=42852310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr21	42860307	rs422471	C	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=12;PP=640;SC=TTCCCAAGGTCAAGGCTGACT;SOR=1.206;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=21;TCR=12;TR=33;WE=42860315;WS=42860297;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	42860485	rs386416	G	C	3783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.06;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr21	42866232	rs373196115	G	A	1546.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.654;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=14;PP=717;ReadPosRankSum=0.015;SC=TGGGGAGGTAGACCCGGGACC;SOR=0.769;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=87;TCF=59;TCR=28;TR=45;WE=42866240;WS=42866222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,73:0.54:135
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chr21	43133243	rs10610453	AT	A	666.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.504;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=1.695;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.61;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,22:0.65:34
chr21	43133248	rs113237601	T	A	484.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=3.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.044;SOR=1.465;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,14:0.36:39
chr21	43161022	rs7276592	C	T	1154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.572;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=13;PP=650;ReadPosRankSum=0.940;SC=GCCGCAGGAGCGTGGCGGCGG;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=102;TCF=73;TCR=29;TR=50;WE=43161030;WS=43161012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,59:0.48:122
chr21	43161357	rs3746891	T	C	8941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=352;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=111;NR=118;PP=2965;SC=TCTGAGGTCATGGCCTCCTTG;SOR=0.735;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=230;TCF=112;TCR=118;TR=229;WE=43161365;WS=43161347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,341:1.00:341
chr21	43161805	rs2838113	G	A	5818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=75;PP=2414;ReadPosRankSum=0.251;SC=TGCTAGACTCGTCCCCGTTCT;SOR=0.714;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=362;TCF=204;TCR=158;TR=175;WE=43161813;WS=43161795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:291,290:0.50:581
chr21	43161877	rs3746893	C	T	6933.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-0.106;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=682;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=95;PP=2763;ReadPosRankSum=1.758;SC=TGATCTTCCGCGCCAGCAGGA;SOR=0.730;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=400;TCF=204;TCR=196;TR=204;WE=43161885;WS=43161867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:330,346:0.51:676
chr21	43162150	rs3746894	G	A	2440.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=-2.476;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.023;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=31;PP=614;ReadPosRankSum=0.224;SC=CGTCTGTGGTGCCCAGATCTG;SOR=0.606;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=108;TCF=35;TCR=73;TR=45;WE=43162158;WS=43162140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:110,123:0.53:233
chr21	43162200	rs3746895	T	C	1252.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.64;BaseQRankSum=-2.651;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.331;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=13;PP=268;ReadPosRankSum=-0.259;SC=TGGCTGCACATCCAGGGACGT;SOR=0.495;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=60;TCF=20;TCR=40;TR=21;WE=43162208;WS=43162190;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:58,64:0.52:122
chr21	43164232	rs2277789	C	A	1614.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=26;PP=577;ReadPosRankSum=-1.279;SC=GCTGTGAGAGCAGCTCGGAGA;SOR=0.693;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=41;WE=43164240;WS=43164222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,81:0.50:162
chr21	43164345	rs2277790	A	C	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=6;NR=16;PP=426;SC=CCTGCCATAGACCGCATGGCC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=6;TCR=16;TR=22;WE=43164353;WS=43164335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	43166216	rs150301539	T	C	2395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=322;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.890;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=48;NR=35;PP=1249;ReadPosRankSum=1.982;SC=TCGGTAATCATTTGAAGGCCT;SOR=0.823;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=187;TCF=103;TCR=84;TR=83;WE=43166224;WS=43166206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:190,128:0.40:318
chr21	43169357	rs2838114	C	T	3112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=52;PP=1245;ReadPosRankSum=-0.297;SC=AGATGACGATCGCAAAGCTGG;SOR=0.638;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=193;TCF=82;TCR=111;TR=94;WE=43169365;WS=43169347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,164:0.47:351
chr21	43177124	rs59885183	C	T	503.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.22;BaseQRankSum=-0.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.447;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=17;PP=324;ReadPosRankSum=-0.321;SC=TGTCACATCACGAATGCAGGG;SOR=0.108;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=24;WE=43177132;WS=43177114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,24:0.53:45
chr21	43187043	rs6586238	C	T	5537.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=1.976;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=574;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=70;NR=77;PP=2042;ReadPosRankSum=-0.599;SC=GCAGGCTGGGCGAGCACTTGA;SOR=0.651;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=307;TCF=148;TCR=159;TR=147;WE=43187051;WS=43187033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:278,278:0.50:556
chr21	43187167	rs6586239	G	C	2664.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.184;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=287;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.924;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=54;PP=1374;ReadPosRankSum=-2.085;SC=GCGCAGCAGCGCCAGGGCCCA;SOR=0.760;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=167;TCF=69;TCR=98;TR=92;WE=43187175;WS=43187157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:138,134:0.49:272
chr21	43221483	rs3850706	A	G	4853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=73;NR=45;PP=2451;SC=TGCGGCTGCGAGGGTGGCAAG;SOR=1.055;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=118;TCF=73;TCR=45;TR=118;WE=43221491;WS=43221473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr21	43221826	rs2236696	T	C	5772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=82;PP=2877;SC=TGATGTTGGTTAAGCCGACTG;SOR=0.894;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=145;TCF=63;TCR=82;TR=145;WE=43221834;WS=43221816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr21	43222779	rs2838128	A	G	2950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=14;PP=1891;SC=TACACTGTGTATAGTAAAAAG;SOR=2.471;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=84;TCF=70;TCR=14;TR=84;WE=43222787;WS=43222769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr21	43223126	rs62216222	C	T	386.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=3.528;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.684;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=15;PP=293;ReadPosRankSum=-0.194;SC=TAGTCGGTCACGTCAGGCAGC;SOR=1.101;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=38;TCF=4;TCR=34;TR=16;WE=43223134;WS=43223116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,18:0.44:41
chr21	43224567	rs62216227	C	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.403;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=345;ReadPosRankSum=-1.154;SC=GCCAAGAAAACAGGGTAACCT;SOR=0.922;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=66;TCF=51;TCR=15;TR=25;WE=43224575;WS=43224557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:53,26:0.33:79
chr21	43224683	rs2298687	A	G	6074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=63;NR=79;PP=2480;SC=CTGGGGCCCCATGCTGCTCAC;SOR=0.855;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=143;TCF=64;TCR=79;TR=142;WE=43224691;WS=43224673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr21	43231271	rs28610063	A	G	3695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=1.841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.136;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:146,183:0.56:329
chr21	43236176	rs4075967	G	A	6443.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.023;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=627;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=87;NR=114;PP=2793;ReadPosRankSum=-0.638;SC=GGCGCAGCGCGTGCTTGGTCT;SOR=0.694;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=394;TCF=172;TCR=222;TR=201;WE=43236184;WS=43236166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:301,323:0.52:624
chr21	43236252	rs28657504	A	G	5954.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.275;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=0.049;SC=CTGGGGGCCCATGCCCGAGAC;SOR=0.846;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=187;TCF=50;TCR=137;TR=186;WE=43236273;WS=43236233;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,213:1.00:214
chr21	43236284	rs4075968	G	A	1366.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.059;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=45;PP=1041;ReadPosRankSum=-0.476;SC=CACAGGCAGCGGCCCGTGCGG;SOR=0.919;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=98;TCF=12;TCR=86;TR=51;WE=43236292;WS=43236274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,54:0.51:105
chr21	43239972	rs28477638	A	G	17650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=701;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=178;NR=171;PP=2965;SC=ACTCGCGGACATTGTCGTGCA;SOR=0.705;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=351;TCF=179;TCR=172;TR=349;WE=43239980;WS=43239962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,690:1.00:690
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chr21	43243585	rs28545527	A	G	6572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=76;PP=2965;SC=TGCCCTGCCCACAGAACTCTG;SOR=0.701;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=77;TCR=76;TR=153;WE=43243593;WS=43243575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr21	43246223	rs28559700	C	T	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=21;PP=1838;SC=CAAATCTTCCCTGCAATATTC;SOR=1.885;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=88;TCF=67;TCR=21;TR=87;WE=43246231;WS=43246213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr21	43254463	rs2839388	A	G	4194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=89;NR=37;PP=2675;SC=CCCATGTGCGACAGCCCTGGT;SOR=1.690;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=128;TCF=89;TCR=39;TR=126;WE=43254471;WS=43254453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr21	43255359	rs2839391	G	C	801.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.623;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.162;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=4;PP=579;ReadPosRankSum=-0.610;SC=TTACTGGAAAGTTTCCATCTG;SOR=1.067;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=65;TCF=53;TCR=12;TR=30;WE=43255367;WS=43255349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,34:0.50:68
chr21	43255509	rs2839392	C	T	3518.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.211;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.520;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.597;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:228,187:0.45:415
chr21	43255727	rs2839393	T	G	2596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.166;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.682;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=59;PP=1689;ReadPosRankSum=0.319;SC=TCCACGCCTGTGTCTGTTATG;SOR=1.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=84;TCF=24;TCR=60;TR=82;WE=43255735;WS=43255717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chr21	43256073	rs8129229	C	G	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.36;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	43256076	rs8129333	C	T	286.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.52;QD=40.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	43256082	rs8132216	A	G	344.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.52;QD=49.25;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:0,7:1.00:7
chr21	43256103	rs113924224	C	G	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=-1.158;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.506;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,9:0.39:23
chr21	43256106	rs112373687	C	T	260.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-1.531;QD=11.85;ReadPosRankSum=0.259;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,6:0.27:22
chr21	43256252	rs4920098	C	T	5001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,200:1.00:200
chr21	43256438	rs4920101	T	A	1286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=31;PP=959;SC=GCTGCAGAGATGATCGCCCAC;SOR=2.007;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=42;WE=43256446;WS=43256428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	43258000	rs8127003	T	C	2819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=67;NR=18;PP=1843;SC=GCTGCCAGCATTGTCTGTCCA;SOR=2.279;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=67;TCR=18;TR=85;WE=43258008;WS=43257990;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr21	43258353	rs6586335	G	A	965.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=31;PP=781;SC=ACATTTACTAGTACAAACAGA;SOR=3.675;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=4;TCR=33;TR=35;WE=43258361;WS=43258343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	43267260	rs2277793	C	T	4489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.22;SOR=0.762;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr21	43274653	rs2277794	C	T	2476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=17;PP=1290;SC=AGGTGGGCTCCGGATCGGGGG;SOR=1.637;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=65;TCF=47;TCR=18;TR=64;WE=43274661;WS=43274643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr21	43280406	rs9982608	G	A	1526.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.972;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=30;NR=19;PP=744;ReadPosRankSum=1.549;SC=GGCTGGTCTCGGACCTGGGAC;SOR=0.691;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=49;WE=43280414;WS=43280396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,73:0.54:134
chr21	43281651	rs7280316	C	G	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=2;PP=401;SC=CTGCCCCCCCCCAATCCCCAA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=19;WE=43281659;WS=43281641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	43298954	rs202107842	C	CG	583.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=30.72;SOR=2.419;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	43299354	rs141709929	G	C	807.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.996;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=5.199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.82;ReadPosRankSum=2.072;SOR=1.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,39:0.62:63
chr21	43309191	rs2839403	A	G	164.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=-1.539;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=7;NR=2;PP=100;ReadPosRankSum=2.445;SC=GGTAGTTAACATGGGTGCACG;SOR=0.399;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=9;WE=43309199;WS=43309181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,9:0.64:14
chr21	43315057	rs2839411	C	T	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.081;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.956;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=40;PP=819;ReadPosRankSum=0.794;SC=CCCACCTCCACGAGCAACACC;SOR=1.114;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=126;TCF=38;TCR=88;TR=54;WE=43315065;WS=43315047;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:98,68:0.41:166
chr21	43319534	rs511247	A	C	955.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=16;PP=344;ReadPosRankSum=0.599;SC=TTTGAAAAGAACTGAAAAGCA;SOR=0.648;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=26;WE=43319542;WS=43319524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,48:0.51:95
chr21	43319605	rs2839416	T	G	203.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.33;BaseQRankSum=1.736;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=29;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=8;PP=144;ReadPosRankSum=1.422;SC=GTGGGCCTCATAGAAGGCGCT;SOR=0.593;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=20;TCF=3;TCR=17;TR=9;WE=43319613;WS=43319595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,9:0.47:19
chr21	43325742	rs35279709	CA	C	3107.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=16;PP=1606;SC=CAACTTTTTCCAAATTCTGAA;SOR=1.230;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=40;WE=43325750;WS=43325732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr21	43327856	rs3746906	A	G	5956.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=78;NR=63;PP=2685;SC=GCTGCTTCTTAAATAAGTCCA;SOR=0.841;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=79;TCR=63;TR=141;WE=43327864;WS=43327846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr21	43332605	rs201192263	T	TA	1182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.13;QD=42.24;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	43332608	rs11387062	T	TA	1182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=47.31;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	43332611	rs11387061	T	TA	1121.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;QD=44.87;SOR=1.893;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	43332623	rs2026283	A	G	995.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=43.29;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	43334669	rs3746907	G	C	859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=3;PP=547;SC=GGGGCTGGAAGAGCCCCTCCA;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=20;TCR=3;TR=23;WE=43334677;WS=43334659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	43334896	rs3746908	A	G	2682.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=29;NR=44;PP=1311;SC=GGAAGTAGCCACTGGACTCCT;SOR=1.072;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=29;TCR=44;TR=73;WE=43334904;WS=43334886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
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chr21	43496017	rs220285	C	G	2248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=38;NR=15;PP=1090;SC=GGGAGGTGTGCTCTCACTTGC;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=39;TCR=16;TR=53;WE=43496025;WS=43496007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	43496381	rs220286	G	T	5199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=75;PP=2357;SC=GCTGGGCTGGGGCGGGGCCAC;SOR=1.014;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=50;TCR=75;TR=125;WE=43496389;WS=43496371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr21	43504228	rs7278485	T	C	3438.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=388;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.658;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=55;PP=1324;ReadPosRankSum=1.356;SC=CGTCAAGACCTGGGGCCTGCC;SOR=0.652;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=202;TCF=104;TCR=98;TR=105;WE=43504236;WS=43504218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:205,178:0.46:383
chr21	43506485	rs749020	A	G	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.82;ReadPosRankSum=-0.000;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,3:0.43:7
chr21	43508597	rs112719730	C	T	4510.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=515;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.91;ReadPosRankSum=1.931;SOR=0.666;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:271,235:0.46:506
chr21	43510437	rs17114359	A	G	635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=1.754;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.858;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=15;PP=369;ReadPosRankSum=0.244;SC=TGAGGAGCTCAATGCCTGCTC;SOR=0.685;SbPval=0.25;Source=Platypus;TC=71;TCF=39;TCR=32;TR=27;WE=43510445;WS=43510427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:66,37:0.36:103
chr21	43510514	rs2839464	C	G	1034.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.27;ReadPosRankSum=1.923;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,48:0.62:78
chr21	43518963	rs113802209	C	G	1047.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.964;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=6;PP=331;ReadPosRankSum=0.893;SC=AGATGAGGCTCTGTTACCTGC;SOR=0.634;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=53;TCF=38;TCR=15;TR=21;WE=43518971;WS=43518953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,29:0.41:71
chr21	43518981	rs113060004	G	A	1132.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=325;ReadPosRankSum=0.906;SC=TGCTTCAGAAGAGAAAGCCGC;SOR=0.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=47;TCR=23;TR=24;WE=43518989;WS=43518971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:59,36:0.38:95
chr21	43523941	rs220111	C	A	3635.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.846;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=398;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=49;PP=1774;ReadPosRankSum=-1.101;SC=GTCGTGAAGACGTTGATGGAT;SOR=0.689;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=233;TCF=122;TCR=111;TR=103;WE=43523949;WS=43523931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:214,179:0.46:393
chr21	43528708	rs112916866	T	C	695.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-3.400;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=24;PP=423;ReadPosRankSum=-0.014;SC=ATGCCGGGTGTGGGTTCGTTC;SOR=1.132;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=39;TCF=5;TCR=34;TR=26;WE=43528716;WS=43528698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,32:0.71:45
chr21	43529515	rs220120	G	C	409.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.134;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=180;ReadPosRankSum=0.068;SC=AGGCCGTAAGGTTGTCATGAG;SOR=0.576;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=32;TCF=27;TCR=5;TR=12;WE=43529523;WS=43529505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,19:0.47:40
chr21	43529548	rs35742122	A	AG	1075.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.995;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=4;PP=605;ReadPosRankSum=-0.374;SC=ATGCCCCAAAATGCCCCTGCT;SOR=1.027;SbPval=0.91;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=18;WE=43529556;WS=43529538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,35:0.44:80
chr21	43529642	rs8127300	A	C	2269.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=294;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.428;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=29;PP=2962;ReadPosRankSum=1.233;SC=CTGTTTTCTCATGGGTTTTGA;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=158;TCF=88;TCR=70;TR=66;WE=43529660;WS=43529632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:168,124:0.42:292
chr21	43529652	rs11371744	A	AC	4378.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.464;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=32;PP=2933;ReadPosRankSum=0.366;SC=ATGGGTTTTGATTGTGTCTCC;SOR=0.710;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=107;TCF=31;TCR=76;TR=47;WE=43529660;WS=43529632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:171,133:0.44:304
chr21	43531008	rs220126	T	C	3304.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.373;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=48;PP=1198;ReadPosRankSum=-0.451;SC=GTGAGCCCCATGGGCGGTGGA;SOR=0.664;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=215;TCF=118;TCR=97;TR=104;WE=43531016;WS=43530998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,173:0.46:377
chr21	43531264	rs111772429	C	G	2348.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.987;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=47;PP=1180;ReadPosRankSum=-0.705;SC=TGGGGATGGACCAGGGGAGCC;SOR=0.788;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=172;TCF=73;TCR=99;TR=79;WE=43531272;WS=43531254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,114:0.47:244
chr21	43531403	rs220127	C	G	1501.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.893;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.055;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=32;NR=18;PP=781;ReadPosRankSum=-1.023;SC=CCCCAGCCAGCGGAGCACCAG;SOR=0.506;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=71;TCR=42;TR=50;WE=43531411;WS=43531393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,73:0.47:156
chr21	43531632	rs220129	T	C	12491.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.341;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.092;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=216;NR=167;PP=2962;ReadPosRankSum=1.926;SC=GGAAACTCCATCATGGAGCCA;SOR=0.793;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=766;TCF=417;TCR=349;TR=383;WE=43531640;WS=43531622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:674,627:0.48:1301
chr21	43531808	rs220130	A	C	6754.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=3.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=660;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.532;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=68;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.326;SC=AGCTCTGAAGACCCCCGCCTG;SOR=0.761;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=383;TCF=126;TCR=257;TR=204;WE=43531816;WS=43531798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:339,317:0.48:656
chr21	43539523	rs220147	C	T	280.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=10;PP=174;ReadPosRankSum=-0.527;SC=TGAAAGATGTCGTGTTGTGCC;SOR=0.631;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=29;TCF=5;TCR=24;TR=13;WE=43539531;WS=43539513;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:19,14:0.42:33
chr21	43541342	rs220150	C	T	1149.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.481;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.749;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=22;PP=505;ReadPosRankSum=-1.580;SC=AAGGTAATGTCGTCAGAGTTT;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=38;WE=43541350;WS=43541332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,57:0.57:100
chr21	43541478	.	CGT	C	99	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=23;MQ=59.43;NF=0;NR=3;PP=99;QD=35.3333333333;SC=TGTGGGTGCACGTGTGTGTGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=0;TCR=19;TR=3;WE=43541487;WS=43541468;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:16,3:0.16:19
chr21	43546509	rs111996953	G	A	8248.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=874;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.101;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=126;NR=90;PP=2962;ReadPosRankSum=2.070;SC=GTCCCAGGAGGGCATCATCCA;SOR=0.781;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=476;TCF=266;TCR=210;TR=216;WE=43546517;WS=43546499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:461,410:0.47:871
chr21	43546705	rs220157	T	C	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=58;PP=1300;SC=TTCCTTGAGATGGAATATACA;SOR=5.518;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=59;TCF=1;TCR=58;TR=59;WE=43546713;WS=43546695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr21	43547254	rs187079310	C	T	3363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.509;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=416;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.524;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=43;NR=54;PP=1129;ReadPosRankSum=0.526;SC=TGGGGCTCTACAGGCAGAAAA;SOR=0.769;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=230;TCF=104;TCR=126;TR=97;WE=43547262;WS=43547244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:229,184:0.45:413
chr21	43547788	rs220158	T	C	4025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=80;NR=39;PP=2035;SC=TCAGCTGCCCTGTGCCCAACA;SOR=1.445;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=80;TCR=41;TR=119;WE=43547796;WS=43547778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr21	43547873	rs220159	G	A	3214.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.249;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=6.763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.44;ReadPosRankSum=2.580;SOR=0.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:149,159:0.52:308
chr21	43548239	rs2839470	T	C	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=-0.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.526;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=34;PP=852;ReadPosRankSum=-2.081;SC=CTTGCCATGATACCTAGTGCT;SOR=0.639;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=50;TCR=70;TR=58;WE=43548247;WS=43548229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:95,101:0.52:196
chr21	43549808	.	G	GA	159.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DP=269;ExcessHet=3.0103;FS=2.221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.61;ReadPosRankSum=-0.291;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:216,45:0.17:261
chr21	43557494	rs3819140	A	G	419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=4.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.090;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=0;PP=310;ReadPosRankSum=1.735;SC=GGCTTGCTCTATCGCATTCCT;SOR=1.358;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=36;TCF=33;TCR=3;TR=15;WE=43557502;WS=43557485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,17:0.44:39
chr21	43557559	rs3819141	T	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.496;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=17;PP=714;ReadPosRankSum=-0.215;SC=GTGAGCCTCCTCATGCAGAAG;SOR=0.747;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=112;TCF=74;TCR=38;TR=52;WE=43557567;WS=43557549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:84,68:0.45:152
chr21	43557736	rs220178	G	A	1345.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.651;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=29;PP=691;ReadPosRankSum=-2.385;SC=AATAGGAGGCGCAGGCTGACA;SOR=0.641;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=49;WE=43557744;WS=43557726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:65,65:0.50:130
chr21	43557778	.	C	T	359	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=25;MQ=59.63;NF=4;NR=19;PP=359;QD=17.1204875021;SC=GTGGGAGGTGCAGGCTGACAG;SbPval=0.89;Source=Platypus;TC=57;TCF=16;TCR=41;TR=23;WE=43557786;WS=43557768;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:34,23:0.40:57
chr21	43704650	rs2234719	C	T	2610.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.865;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.933;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=38;PP=1177;ReadPosRankSum=-0.938;SC=AGGCGTCTCACGGTGCCTCTT;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=193;TCF=118;TCR=75;TR=98;WE=43704658;WS=43704640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:139,132:0.49:271
chr21	43720525	rs1023156	A	G	1533.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=1.436;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.005;SOR=0.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,73:0.54:135
chr21	43720875	rs35803624	T	C	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.155;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=3.278;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.63;ReadPosRankSum=-0.651;SOR=0.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,4:0.18:22
chr21	43732425	rs533093	C	T	745.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=1.179;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=20;PP=435;ReadPosRankSum=2.149;SC=TCTCCACCCACGCTGCCCAGC;SOR=0.660;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=56;TCF=18;TCR=38;TR=30;WE=43732433;WS=43732415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,35:0.54:65
chr21	43766560	rs225334	G	A	3433.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.246;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=342;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=58;NR=52;PP=1543;ReadPosRankSum=0.127;SC=ATTTCATGAAGTATGAAGCTG;SOR=0.715;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=199;TCF=105;TCR=94;TR=110;WE=43766568;WS=43766550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,173:0.51:342
chr21	43767500	rs225337	T	A	2012.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.417;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=21;PP=1238;ReadPosRankSum=0.024;SC=GCACTGAGGCTGCGAGGCAGC;SOR=0.666;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=135;TCF=99;TCR=36;TR=74;WE=43767508;WS=43767490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,92:0.53:173
chr21	43769909	rs34333540	G	A	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=3;PP=258;ReadPosRankSum=-1.812;SC=GGCCTCCTCCGGCCCCTGCTC;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=32;TCF=26;TCR=6;TR=16;WE=43769917;WS=43769899;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr21	43770926	rs5844113	CT	C	286.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=1.662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.25;MQRankSum=0.957;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.306;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,23:0.52:44
chr21	43786512	rs225358	C	T	2286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.029;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=784;ReadPosRankSum=-0.107;SC=GGAAGAAGCACGCCTTACCTG;SOR=0.793;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=131;TCF=83;TCR=48;TR=55;WE=43786520;WS=43786502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:112,116:0.51:228
chr21	43786606	rs2156310	G	A	4420.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=434;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.35;ReadPosRankSum=-1.033;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:200,227:0.53:427
chr21	43792869	rs13047838	C	T	1414.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.27;ReadPosRankSum=1.255;SOR=0.725;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:92,79:0.46:171
chr21	43796913	rs1078272	T	A	292.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=-2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.840;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=202;ReadPosRankSum=1.666;SC=CTCTGGTGTGTCGCAACAGCG;SOR=0.307;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=15;WE=43796921;WS=43796903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,15:0.54:28
chr21	43803412	rs8129105	T	C	321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.09;BaseQRankSum=-1.159;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.467;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=18;PP=206;ReadPosRankSum=0.792;SC=TCACTGCCCCTGCTCCCAGAG;SOR=2.376;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=62;TCF=10;TCR=52;TR=18;WE=43803420;WS=43803402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,20:0.33:60
chr21	43804265	rs10623444	C	CAA	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.547;SOR=0.495;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,5:0.45:11
chr21	43805637	rs2839501	C	T	3059.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.111;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FS=0.529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.290;SOR=0.653;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:241,166:0.41:407
chr21	43805656	rs8130564	T	C	3236.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=405;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.364;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=58;PP=1239;ReadPosRankSum=0.097;SC=GCAAGCACATTGGAAAGACAG;SOR=0.721;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=239;TCF=115;TCR=124;TR=109;WE=43805664;WS=43805646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,174:0.44:398
chr21	43809970	rs146277759	C	T	1055.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=13;PP=405;ReadPosRankSum=-0.357;SC=TGAGAGGGGGCGCTCATGAAA;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=80;TCF=51;TCR=29;TR=36;WE=43809978;WS=43809960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
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chr21	43826391	rs3746924	T	C	8333.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.94;ReadPosRankSum=-0.163;SOR=0.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:269,223:0.45:492
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chr21	43836781	rs113577025	C	A	1332.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=4.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.874;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=43;PP=953;ReadPosRankSum=1.363;SC=CGGTGGCTCACGCCTGTAATC;SOR=0.972;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=109;TCF=20;TCR=89;TR=52;WE=43836789;WS=43836771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,56:0.47:119
chr21	43838469	rs112141973	A	G	2622.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=1.153;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.450;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=24;PP=1176;ReadPosRankSum=1.123;SC=TCCAATGTAAATCTTTGCTCG;SOR=0.749;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=168;TCF=112;TCR=56;TR=76;WE=43838477;WS=43838459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:146,128:0.47:274
chr21	43852232	rs13052676	C	T	1810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-1.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.636;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=22;PP=819;ReadPosRankSum=1.651;SC=CAAGGAAGAGCGTGCTGGTGG;SOR=0.512;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=110;TCF=71;TCR=39;TR=56;WE=43852240;WS=43852222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:86,92:0.52:178
chr21	43863521	rs868092	A	G	2876.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.051;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.920;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=63;PP=1574;ReadPosRankSum=-0.970;SC=ACACCTGTCCACAGGACAGTA;SOR=0.770;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=191;TCF=71;TCR=120;TR=102;WE=43863529;WS=43863511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:141,140:0.50:281
chr21	43864605	rs35223581	G	T	2070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.991;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.863;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=40;NR=22;PP=879;ReadPosRankSum=0.422;SC=GGTGCTCTCTGGGGCTGCTTT;SOR=0.547;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=117;TCF=78;TCR=39;TR=62;WE=43864613;WS=43864595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:82,103:0.56:185
chr21	43864875	rs71320525	C	T	428.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=3.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.984;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=14;PP=297;ReadPosRankSum=0.658;SC=CCAGGATCCACGTGCCCCCGG;SOR=1.270;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=19;WE=43864883;WS=43864865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,21:0.40:53
chr21	43897355	rs11702140	C	T	685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=27;NR=3;PP=608;SC=GGGGGTGCCCCACACCCTCTG;SOR=2.215;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=34;TCF=30;TCR=4;TR=30;WE=43897363;WS=43897345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr21	43955427	rs228056	A	G	791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=4;PP=591;SC=GAAACTGAACAGAAAATGCAC;SOR=3.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=27;TCR=4;TR=31;WE=43955435;WS=43955417;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	43959770	rs228063	A	G	6978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=70;NR=79;PP=2886;SC=AAGGGTTTGGATCCGTGGCTC;SOR=0.795;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=70;TCR=79;TR=149;WE=43959778;WS=43959760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr21	43959908	rs58348531	TC	T	1211.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=61.49;NF=2;NR=31;PP=1216;SC=ACAAAGTCCTTCCCTTTCTCT;SOR=3.383;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=2;TCR=31;TR=33;WE=43959916;WS=43959898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	43963401	rs228074	T	C	334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=237;SC=TCGCGAGTCCTGCATGGCACA;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=43963409;WS=43963392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	43963759	rs228075	A	G	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=31;PP=895;SC=GAGGCCTCGGATTTCCCTGCC;SOR=1.445;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=13;TCR=32;TR=44;WE=43963767;WS=43963749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	43967084	rs118178746	T	C	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=3;PP=591;SC=ACTCATTTAATGTGAATCCTG;SOR=3.611;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=26;TCF=23;TCR=3;TR=26;WE=43967092;WS=43967083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	43974226	rs2839550	T	C	4608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=49;PP=1984;SC=GAAGCAAATCTTGAAGAGCGA;SOR=0.773;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=109;TCF=60;TCR=49;TR=107;WE=43974234;WS=43974216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr21	43974317	rs75870471	G	A	2550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=26;NR=37;PP=1085;SC=TTTGAGCCACGTCGGCTCTCT;SOR=1.037;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=64;TCF=26;TCR=38;TR=63;WE=43974325;WS=43974307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr21	43979127	rs118032072	C	T	1770.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.195;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.137;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=19;PP=619;ReadPosRankSum=1.194;SC=ACCCGAACCACGTCGTCATTC;SOR=0.932;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=119;TCF=66;TCR=53;TR=48;WE=43979135;WS=43979117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:115,93:0.45:208
chr21	43979265	rs79334525	G	A	2581.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=46;PP=1351;SC=AAGTCTGGTCGGTTGATGATT;SOR=1.489;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=17;TCR=46;TR=63;WE=43979273;WS=43979255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr21	43979289	rs2839551	C	A	1498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=32;PP=903;SC=CTTAAAAAGACATCTGTGGTT;SOR=1.981;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=8;TCR=33;TR=40;WE=43979297;WS=43979279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	43979389	rs2839553	C	T	229.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=54;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=9;PP=216;SC=GATATTTGTTCGCCTCATACC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=43979397;WS=43979379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr21	43984190	rs112603915	A	G	305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=8;PP=207;SC=GCACTTGAACAGCTTCCCTCA;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=43984198;WS=43984180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	43985016	rs915874	G	A	302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=8;PP=194;SC=TGACAAGCCCGCTTCATTCCC;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=43985024;WS=43985006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	43985955	rs228104	G	A	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=34;PP=1455;SC=CTTCTCCACCGTCAGCAAGAT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=82;WE=43985963;WS=43985945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr21	43986117	rs36113965	T	TC	3962.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=43;PP=2252;SC=GCTAAAATTGTCCGTGTCCTC;SOR=0.965;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=55;TCF=9;TCR=46;TR=52;WE=43986125;WS=43986107;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	43986175	rs4919992	C	T	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=28;PP=757;SC=CTCCCCAGTGCGAGGCTTGCC;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=9;TCR=28;TR=37;WE=43986183;WS=43986165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
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chr21	43988437	rs7280392	G	A	5181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=55;NR=49;PP=1940;SC=ATGCTGTGGCGATAACTGCAC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=55;TCR=50;TR=104;WE=43988445;WS=43988427;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr21	43999983	rs453592	T	C	1710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=26;PP=717;SC=ATCTGCCTTCTGCACCTGGCT;SOR=1.022;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=44;WE=43999991;WS=43999973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	44000052	rs380152	A	G	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=18;PP=486;SC=CTTCACTCTCACTTTTTCTTT;SOR=1.536;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=44000071;WS=44000042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	44000063	rs380161	T	G	634.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.39;SOR=1.358;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr21	44163839	rs6586344	A	G	1708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=18;PP=622;SC=GAGATCCTCCACATTCGTCCG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=18;TCR=18;TR=36;WE=44163847;WS=44163829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	44173971	.	CAA	C,CA	536.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.649;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=9.188;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.42;ReadPosRankSum=2.031;SOR=2.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:9,17,21:0.36,0.45:47
chr21	44174275	rs4919999	T	C	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=31.58;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	44178992	rs11702144	A	G	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=6;PP=554;SC=GAGGGGGAGAACCCACCTCCT;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=20;TCR=6;TR=26;WE=44179000;WS=44178982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	44180443	rs13047953	C	T	8243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=97;NR=83;PP=2965;SC=CGCAGTTCTGCGTCCACGACA;SOR=0.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=181;TCF=98;TCR=83;TR=180;WE=44180451;WS=44180433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr21	44180866	rs55905735	ACC	A	1513.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=39.84;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	44190680	rs2269172	C	T	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=6;PP=384;SC=GCAGCAGAGCCGGCACGAGGG;SOR=1.292;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=22;WE=44190688;WS=44190670;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	44272552	.	G	A	489.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.075;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=1.061;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.00;ReadPosRankSum=1.908;SOR=0.460;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,25:0.36:70
chr21	44275979	rs465663	T	C	1041.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=25;PP=678;SC=GTGGTCGGGGTTCCACTCCGT;SOR=1.670;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=44275987;WS=44275969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	44283718	rs7279435	G	A	7811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=297;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=94;PP=2965;SC=TAGAAGGCCAGAAAGACACCC;SOR=0.844;SbPval=0.53;Source=Platypus;TCR=94;TR=171;WE=44283726;WS=44283708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr21	44293744	rs2248490	C	G	3829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=51;NR=39;PP=1633;ReadPosRankSum=-0.671;SC=AGCTGCCAGACTTGGAGAAGG;SOR=0.304;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=92;TCF=53;TCR=39;TR=90;WE=44293752;WS=44293734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,147:0.99:148
chr21	44296934	rs7279447	T	A	511.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=5.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.240;SOR=1.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,34:0.67:51
chr21	44316954	.	AAT	A	83.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.19;BaseQRankSum=-0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.128;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=52;ReadPosRankSum=0.875;SC=TGACTCAAAAAATATATATAT;SOR=0.269;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=5;TCR=7;TR=2;WE=44316963;WS=44316944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr21	44323590	rs4148973	T	G	1833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=27;PP=982;SC=CTTCATCCTCTTCCAGCTCCT;SOR=0.880;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=44323598;WS=44323580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	44323720	rs4148974	C	T	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=22;PP=912;SC=CAGAGCCCCCCGAGTTACAGT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=24;TCR=22;TR=46;WE=44323728;WS=44323710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	44324365	rs10595	G	A	1851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=42;PP=1182;SC=CGCGCCAGGGGACGACCGAGG;SOR=1.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=17;TCR=42;TR=59;WE=44324373;WS=44324355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr21	44327013	rs73905782	A	G	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.38;SOR=1.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	44327013	.	ATG	GTA	2442	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=20;NR=42;PP=2442;QD=40.2494818526;SC=AGCTCTTTAAATGAGACATCG;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=65;TCF=22;TCR=43;TR=62;WE=44327023;WS=44327003;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,62:0.95:65
chr21	44327015	rs2839604	G	A	4152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.19;SOR=1.382;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr21	44328830	rs4148976	A	G	608.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=16;NR=1;PP=427;SC=AAGCGCCTGTATGTGAGCCAA;SOR=3.716;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=44328838;WS=44328820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	44371114	rs451887	T	C	1808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=32;PP=924;SC=TGTGATATTATTCATAATATC;SOR=1.263;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=15;TCR=32;TR=47;WE=44371122;WS=44371104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	44424689	rs3216136	G	GA	945.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=-1.067;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=24;PP=766;ReadPosRankSum=1.313;SC=TTCGTGTTCAGAAAAAAAGCC;SOR=0.593;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=31;TCF=3;TCR=28;TR=27;WE=44424697;WS=44424679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,40:0.98:41
chr21	44430325	rs234781	T	C	1360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=23;PP=599;SC=ATCCAGAAACTGATAATTTAG;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=44430333;WS=44430315;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	44445185	rs234719	C	T	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=13;PP=309;SC=CCAACTGAGACGGGGTCTTGC;SOR=2.531;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=44445193;WS=44445175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr21	44448763	rs170916	G	C	2780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=19;PP=1219;SC=TCCTGTATAGGGTCTTTACGA;SOR=1.343;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=66;WE=44448783;WS=44448753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr21	44448775	rs234728	G	A	3593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=26;PP=1499;SC=TCTTTACGAAGGCTGTTTTCA;SOR=1.162;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=52;TCR=27;TR=78;WE=44448783;WS=44448753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr21	44449095	rs234729	G	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=157;SC=TGGTGAACGAGAGTGCGTGGT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=44449103;WS=44449085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	44449917	rs234733	G	A	732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=6;PP=463;SC=TAGGTCAAACGAGCAAACAGC;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=44449925;WS=44449907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	44452424	rs141407897	T	TTCCCTCACCACCCTCCGTCTCTTCG	403.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=2974;SC=CCCTTCCTCCTTCCCTCACCA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=4;WE=44452432;WS=44452414;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	44452455	rs378528	T	C	261.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=276;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=143;SC=CTTCGGCTGCTTGCTCTTTAG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=44452463;WS=44452445;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	44475764	.	T	G	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.771;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=328;ReadPosRankSum=-0.687;SC=CTGGGAGCCCTGAGTGCCGCA;SOR=0.906;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=19;WE=44475772;WS=44475754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,22:0.96:23
chr21	44476759	rs234701	A	G	50.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	44480396	.	G	A	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=214;SC=GTGAGGGCACGTGGGCAGGAG;SOR=2.494;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=44480404;WS=44480386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr21	44486533	rs75873792	C	G	5768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr21	44488755	.	GA	G	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.434;ClippingRankSum=0.000;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.42;ReadPosRankSum=1.710;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,12:0.34:35
chr21	44515685	rs2839634	T	C	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=21;PP=1348;SC=TCGTTATACATTACAAAGTGT;SOR=1.375;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=44;TCR=21;TR=65;WE=44515693;WS=44515675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr21	44527669	rs17115876	T	G	4640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=39;NR=58;PP=1743;SC=GCCGACGCCCTCGGGAGACGT;SOR=0.920;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=97;WE=44527677;WS=44527659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr21	44579990	rs68189421	G	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	44580019	rs143864709	AACACACACC	A	234.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.13;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr21	44837551	rs430552	G	A	10034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.20;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr21	44837555	rs430554	G	A	10164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.19;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr21	44839654	rs229346	A	G	252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=0;PP=159;SC=CCTGGGACCCACTGCCCACGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=44839662;WS=44839648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	44985202	rs9637217	G	A	188.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.361;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FS=5.584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.94;MQRankSum=-9.035;QD=0.65;ReadPosRankSum=-2.230;SOR=0.816;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:255,34:0.12:289
chr21	44985272	rs9637218	C	T	2356.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=5.295;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=472;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=8.005;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.782;NF=75;NR=46;PP=1794;ReadPosRankSum=-1.814;SC=AGGTCCACCCCGACACCGGCA;SOR=1.175;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=357;TCF=191;TCR=166;TR=121;WE=44985280;WS=44985262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:336,134:0.29:470
chr21	45053011	rs7277539	A	G	154.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.140;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.527;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=2;PP=94;ReadPosRankSum=0.794;SC=ATATACGATAAGTATTCAATA;SOR=0.197;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=8;WE=45053019;WS=45053001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,8:0.44:18
chr21	45064296	rs2246602	C	A	1652.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=26;PP=579;ReadPosRankSum=-1.444;SC=CATAAAATTACTCAAGATATT;SOR=0.703;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=81;TCF=32;TCR=49;TR=42;WE=45064304;WS=45064286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,81:0.57:142
chr21	45076373	rs2838340	A	G	1083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.26;BaseQRankSum=1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.466;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=5;PP=816;ReadPosRankSum=-0.398;SC=GGACTGTAAGAGTACCTTAAA;SOR=1.193;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=69;TCF=59;TCR=10;TR=43;WE=45076381;WS=45076363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,44:0.64:69
chr21	45076443	rs2838341	A	G	3964.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=318;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.433;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=48;PP=2026;ReadPosRankSum=-0.493;SC=GTTACCACCAATGACTGCTGA;SOR=0.739;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=228;TCF=145;TCR=83;TR=130;WE=45076451;WS=45076433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:122,184:0.60:306
chr21	45077865	rs2838342	G	A	363.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=2.658;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=11;NR=3;PP=281;ReadPosRankSum=-3.599;SC=GTCTCCGAGCGCACGGGGCGA;SOR=0.784;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=14;WE=45077873;WS=45077855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,16:0.52:31
chr21	45078035	rs2838343	C	T	4142.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.958;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=375;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.242;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=56;PP=1578;ReadPosRankSum=0.649;SC=TGACCCCTCACGCCAGAAAGC;SOR=0.767;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=207;TCF=112;TCR=95;TR=122;WE=45078043;WS=45078025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,211:0.58:365
chr21	45089877	rs2838344	G	A	1035.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.321;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,50:0.54:93
chr21	45092095	rs11909064	G	C	289.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.27;BaseQRankSum=4.618;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=11.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=0;PP=245;ReadPosRankSum=0.890;SC=ACCTTCCCACGAGCGGAAGTG;SOR=3.219;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=14;WE=45092103;WS=45092085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,13:0.34:38
chr21	45092257	rs2251253	T	A	3696.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.356;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=408;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.168;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=52;PP=1479;ReadPosRankSum=-0.975;SC=GTAAGTCCTGTTGTTTCTTCT;SOR=0.630;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=247;TCF=135;TCR=112;TR=112;WE=45092265;WS=45092247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:204,195:0.49:399
chr21	45096206	rs2155722	G	A	2321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FS=1.523;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.215;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:128,121:0.49:249
chr21	45107285	rs2838348	C	G	134.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=0.157;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-0.000;NF=6;NR=0;PP=76;ReadPosRankSum=0.372;SC=GAACTTTCCTCGTGGTAGAAT;SOR=1.426;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=15;TCR=1;TR=6;WE=45107293;WS=45107275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
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chr21	45107562	rs9306160	T	C	2729.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.564;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FS=2.279;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.572;SOR=0.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:99,126:0.56:225
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chr21	45388079	rs11324107	CG	C	377.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=0.548;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=38;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=13;PP=405;ReadPosRankSum=1.247;SC=CAGGGAGGGCCGGGGTGAGCA;SOR=0.787;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=50;TCF=3;TCR=47;TR=13;WE=45388087;WS=45388069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr21	45405278	rs112367723	TA	T	163.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=3.960;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.68;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=0.175;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,18:0.51:35
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chr21	45499685	rs17178515	G	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-4.945;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.063;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=18;PP=451;ReadPosRankSum=-0.619;SC=ATTAAGGAGAGAAAAGTCCTA;SOR=0.908;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=49;TCF=15;TCR=34;TR=25;WE=45499693;WS=45499675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,29:0.51:57
chr21	45514141	rs11287102	TG	T	1218.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=17;PP=678;SC=TTTGGGAGGGTGGGGGTGAAA;SOR=2.147;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=1;TCR=20;TR=18;WE=45514157;WS=45514131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	45514149	rs9941801	A	G	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=18;PP=552;SC=GGTGGGGGTGAAAAAATGAAA;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=23;WE=45514157;WS=45514131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	45514168	rs4819371	C	T	623.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=15;PP=351;SC=AAGATGGCATCATGTTCTTTA;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=45514176;WS=45514158;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	45514188	rs4818879	A	G	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=57;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=10;PP=265;SC=ATAATCTGAAAAACTGAATAG;SOR=1.765;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=45514196;WS=45514178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	45527112	rs72257518	GCTC	G	759.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=3;PP=721;SC=GGGCGACGCAGCTCCTCCTGC;SOR=2.833;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=16;WE=45527122;WS=45527102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	45527460	rs2850153	G	A	628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=14;PP=396;SC=CTGCGCGCCCGTGGCCTCGGG;SOR=2.494;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=45527468;WS=45527450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	45528919	rs2020945	G	A	9205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=360;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=100;PP=2965;SC=TTTTACCTGCGATGGAAATTC;SOR=0.792;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=187;TCF=87;TCR=100;TR=187;WE=45528927;WS=45528909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,359:1.00:359
chr21	45534032	rs2243999	C	T	8580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=344;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=104;NR=88;PP=2965;SC=GGGGTAGCTGCGCGGTGGTGA;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=192;TCF=104;TCR=88;TR=192;WE=45534040;WS=45534022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr21	45538512	rs5844173	TG	T	2657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=38;NR=15;PP=2116;SC=AGTGAATTGTTGGAGTCTGGT;SOR=2.093;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=53;WE=45538520;WS=45538502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr21	45538647	rs756553	T	C	12612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=487;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=136;NR=131;PP=2965;SC=TCTGCAGCATTTCAGATCAGA;SOR=0.735;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=269;TCF=137;TCR=132;TR=267;WE=45538655;WS=45538637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr21	45538725	rs756554	C	A	9945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=379;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=98;NR=132;PP=2965;SC=GTTTGTCCCCCGCCTGGGTGG;SOR=0.914;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=232;TCF=99;TCR=133;TR=230;WE=45538733;WS=45538715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,378:1.00:378
chr21	45538782	rs756555	A	T	4538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=85;PP=2459;SC=GGCTACAGGCATACTTGACAG;SOR=1.275;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=133;TCF=48;TCR=85;TR=133;WE=45538790;WS=45538772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr21	45539240	rs2855652	G	C	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=7;PP=557;SC=GCCTGAGCCGGGTACCCCAGC;SOR=1.508;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=45539248;WS=45539230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr21	45539426	rs2071142	G	A	3506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=36;PP=1443;SC=TCCCCGTCCCGTTGGCCTCTG;SOR=0.784;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=45539434;WS=45539416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr21	45540143	rs2855653	G	A	1743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=46;NR=8;PP=1383;SC=AGCATCTTAGGTGGGGCGGCA;SOR=2.998;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=55;TCF=47;TCR=8;TR=54;WE=45540151;WS=45540133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr21	45540207	rs2850157	C	T	3930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=83;NR=31;PP=2353;SC=GGTCTGCCCCCGCCCCTCCTG;SOR=1.697;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=83;TCR=31;TR=114;WE=45540215;WS=45540197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr21	45540919	rs2071143	A	G	15281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=597;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=165;NR=180;PP=2965;SC=GGGACAAGACAGTGCGCCTAT;SOR=0.756;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=346;TCF=165;TCR=181;TR=345;WE=45540927;WS=45540909;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,592:1.00:592
chr21	45544594	rs2187313	T	C	6849.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=105;PP=2965;SC=CAACCTGTCTTTGGACGCCAT;SOR=1.121;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=162;TCF=56;TCR=106;TR=161;WE=45544602;WS=45544584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,254:1.00:254
chr21	45547736	rs368215943	T	TA,TAA	931.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=2.640;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.58;ReadPosRankSum=1.798;SOR=1.290;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,16,32:0.30,0.60:53
chr21	45550460	rs11311220	TC	T	777.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=32.41;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	45553430	rs2187314	A	C	6635.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=133;NR=70;PP=2965;SC=CCCACCGGCGAACTCACTGGA;SOR=1.419;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=204;TCF=134;TCR=70;TR=203;WE=45553438;WS=45553420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr21	45553476	rs968713	A	C	11594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=449;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=177;NR=122;PP=2965;SC=GGCTCCGCCCAGAAGGCTGCG;SOR=1.033;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=302;TCF=180;TCR=122;TR=299;WE=45553484;WS=45553466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,446:1.00:446
chr21	45553596	rs968714	T	C	15780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=161;NR=205;PP=2965;SC=GCTGTGAGGGTCCTGGTGGCC;SOR=0.871;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=367;TCF=161;TCR=206;TR=366;WE=45553604;WS=45553586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,597:1.00:597
chr21	45560331	rs2838492	C	G	1318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=35;PP=923;SC=CTCACAGCTGCTTTTCTTGTT;SOR=2.786;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=6;TCR=35;TR=41;WE=45560339;WS=45560321;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	45561039	rs1059813	T	C	18658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=707;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=182;NR=190;PP=2965;SC=TGTCTCCCCATCCACAGTCAC;SOR=0.719;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=374;TCF=183;TCR=191;TR=372;WE=45561047;WS=45561029;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,705:1.00:705
chr21	45564575	rs2838496	G	C	1451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=46;NR=1;PP=913;SC=CCAGGAGCGAGTTCTCCTCTT;SOR=7.743;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=56;TCF=46;TCR=10;TR=47;WE=45564583;WS=45564565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr21	45565473	rs7676	C	T	3708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=41;NR=44;PP=1658;SC=AAATTGCAGCCCCTCAGCCCC;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=85;WE=45565481;WS=45565463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr21	45648992	rs7278940	T	C	7416.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=292;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=76;PP=2783;SC=CAGGCAGACGTCGGTTTTCTC;SOR=0.751;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=144;TCF=68;TCR=76;TR=144;WE=45649000;WS=45648982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,282:1.00:282
chr21	45649494	rs7278772	A	G	2963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.95;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	45649499	rs9974245	G	A	2913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.83;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr21	45649510	.	A	G	379	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=58.42;NF=11;NR=0;PP=379;QD=37.615564777;SC=GACACCCCACAGGGGCTGGGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=48;TCF=28;TCR=20;TR=11;WE=45649518;WS=45649484;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:37,11:0.23:48
chr21	45649778	rs4568033	A	G	9693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=383;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=124;NR=111;PP=2965;SC=AGGAAATGCCATGCGCACCAT;SOR=0.798;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=126;TCR=111;TR=235;WE=45649786;WS=45649768;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,379:1.00:379
chr21	45649848	rs13052840	T	C	9797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=111;NR=124;PP=2965;SC=CTTTTGCCTTTTGAAAGTTTT;SOR=0.738;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=237;TCF=112;TCR=125;TR=235;WE=45649856;WS=45649838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr21	45650008	rs145424134	A	AC	2036.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=43;PP=2383;ReadPosRankSum=0.157;SC=GGCAGCAGCGATGGGGGGTGT;SOR=1.211;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=58;TCF=5;TCR=53;TR=46;WE=45650017;WS=45649998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,69:0.97:71
chr21	45650009	rs2236668	T	G	3562.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=43;PP=1522;SC=GCAGCAGCGATGGGGGGTGTC;SOR=1.211;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=85;TCF=30;TCR=55;TR=62;WE=45650017;WS=45649998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,88:0.98:90
chr21	45651413	rs3746962	A	G	2563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=55;PP=1527;SC=AAGTGTTGCAAGGAAGTATTT;SOR=1.968;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=17;TCR=55;TR=72;WE=45651421;WS=45651403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	45660835	rs2847224	C	A	201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.430;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.144;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr21	45714202	rs41307215	C	A	548.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.049;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.874;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.76;ReadPosRankSum=-1.262;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,29:0.57:51
chr21	45716135	rs28408186	G	A	1195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.448;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.393;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=31;NR=8;PP=660;ReadPosRankSum=0.042;SC=CCCACCCCCAGTGGAGCTGGG;SOR=0.938;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=39;WE=45716143;WS=45716125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,58:0.46:127
chr21	45732116	rs1057034	C	T	4535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=41;NR=60;PP=1817;SC=ATGGCAGCCTCACAGGTGCCA;SOR=1.017;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=42;TCR=60;TR=101;WE=45732124;WS=45732106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr21	45741854	rs4818904	T	C	2920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=56;PP=1810;SC=AGGTGGAGGCTGAGACCTGGG;SOR=1.322;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=88;TCF=32;TCR=56;TR=88;WE=45741862;WS=45741844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr21	45742115	rs2277808	G	A	624.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-2.291;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.157;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=13;PP=254;ReadPosRankSum=-1.141;SC=GTACCTGGGGGCAGGAGGGCC;SOR=0.255;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=20;WE=45742123;WS=45742105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,30:0.56:54
chr21	45742822	rs11088947	T	C	1466.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.018;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.524;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.828;NF=22;NR=15;PP=591;ReadPosRankSum=-2.237;SC=TGCGTGTTCATGCGGATGTGT;SOR=0.538;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=69;TCF=42;TCR=27;TR=37;WE=45742830;WS=45742812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,70:0.60:116
chr21	45742946	rs144922406	ACGGACGAAAAAGCC	A	2534.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.413;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.620;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.065;NF=3;NR=22;PP=2954;ReadPosRankSum=-1.093;SC=AGAGCTGCCCACGGACGAAAA;SOR=0.629;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=56;TCF=10;TCR=46;TR=25;WE=45742967;WS=45742936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,67:0.48:141
chr21	45743594	rs12482028	C	T	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=11;PP=1813;SC=AGCCTGTCCCCGGCCCACCCT;SOR=2.584;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=76;TCF=64;TCR=12;TR=75;WE=45743602;WS=45743584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr21	45744982	rs928303	C	G	2502.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FS=3.202;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.39;ReadPosRankSum=-1.179;SOR=0.506;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:87,115:0.57:202
chr21	45746214	rs4818905	A	C	432.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=13;PP=208;ReadPosRankSum=-0.719;SC=TCCCTGAGGCAGGTGTGCCAG;SOR=0.796;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=19;WE=45746233;WS=45746204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:25,21:0.46:46
chr21	45746225	rs4818906	G	A	1067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=27;PP=784;SC=GGTGTGCCAGGCCCAGCCCCA;SOR=2.073;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=9;TCR=27;TR=36;WE=45746233;WS=45746204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr21	45750248	rs11552067	G	A	2766.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.492;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=357;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.851;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=38;NR=37;PP=1024;ReadPosRankSum=-0.867;SC=CACCCGGCACGGCGAGGCTGC;SOR=0.552;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=202;TCF=108;TCR=94;TR=75;WE=45750256;WS=45750238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,148:0.42:356
chr21	45750346	rs2070573	C	A	4419.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.414;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.298;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=59;PP=2172;ReadPosRankSum=4.043;SC=AGTGACTGACCGGCACACTCG;SOR=0.769;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=207;TCF=108;TCR=99;TR=125;WE=45750354;WS=45750336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:137,204:0.60:341
chr21	45750849	rs368147617	C	CG	387.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.305;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=2.254;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.390;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,21:0.30:70
chr21	45753891	rs35498868	C	T	4195.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-3.216;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.818;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=76;NR=48;PP=1825;ReadPosRankSum=-0.078;SC=TCCCTTCACTCGGGGTTTCCC;SOR=0.641;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=240;TCF=145;TCR=95;TR=124;WE=45753899;WS=45753881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:148,204:0.58:352
chr21	45789011	rs34543751	A	AG	1639.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=6;PP=904;SC=CCTGGGTGTCAGGTGCCCCTC;SOR=1.863;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=22;WE=45789019;WS=45789001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr21	45815552	.	G	GAGGGGTGTGGAGGGGTGTGGAAGCTGTGA	2174.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=25;PP=2115;SC=GGAGGCTGTGGAGGGGTGTGG;SOR=4.091;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=66;TCF=3;TCR=63;TR=27;WE=45815560;WS=45815542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr21	45817620	rs1785436	T	C	4918.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=61;PP=2171;SC=GTGGCTCCTCTGGTCCCCAGA;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=133;WE=45817628;WS=45817610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr21	45821794	rs1785437	C	T	7341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=275;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.762;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=50;NR=151;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.251;SC=CAGCCCCACCCGCTTTTCCAC;SOR=1.758;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=203;TCF=51;TCR=152;TR=201;WE=45821802;WS=45821784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,266:0.99:268
chr21	45825975	rs1614122	G	A	4582.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=101;PP=2963;SC=GGTGGGCCTCGGGGAGGGCAG;SOR=2.133;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=129;TCF=28;TCR=101;TR=128;WE=45825983;WS=45825965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr21	45826434	rs1785454	C	T	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=18;PP=858;SC=CAGTGAGCATCGGGGGCCAGG;SOR=1.022;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=45;WE=45826442;WS=45826424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	45826462	rs1618355	C	A	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=26;PP=1134;SC=AGCCCACACACTCTCTGTCCT;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=37;TCR=26;TR=63;WE=45826470;WS=45826452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr21	45826744	rs1785439	A	G	213.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=4;PP=100;SC=GGCCGGCTCCATCAGGGGGTC;SOR=0.892;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=45826752;WS=45826734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	45834025	rs915779	T	C	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=59.93;NF=30;NR=100;PP=2437;SC=GCAGTGGCCATGCTGTCTCCA;SOR=2.028;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=131;TCF=30;TCR=101;TR=130;WE=45834033;WS=45834015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr21	45837790	rs1785452	T	C	10808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=425;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=148;NR=105;PP=2965;SC=CTCGAGGTGTTGCTTTCTCCT;SOR=0.937;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=255;TCF=150;TCR=105;TR=253;WE=45837798;WS=45837780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,409:1.00:409
chr21	45843707	rs35058894	TGAG	T	805.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=12;PP=591;SC=AGGAGGGCTCTGAGGAGTGAT;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=45843717;WS=45843697;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	45844601	rs13050999	C	T	1836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.24;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr21	45844751	rs9978351	A	G	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=29;PP=967;SC=CAGACAGCCCAAGCCCTGCAC;SOR=0.846;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=53;WE=45844759;WS=45844741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr21	45845807	rs762428	C	T	651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=17;PP=445;SC=ATCCTGGCTCCCAGCCACTGC;SOR=2.400;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=45845815;WS=45845797;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	45854925	rs41277556	G	A	3044.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=29;PP=1632;SC=GGCTCCTGACGCCCGCTGTCC;SOR=1.356;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=87;TCF=57;TCR=30;TR=85;WE=45854933;WS=45854915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	45938760	rs117630952	G	A	732.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=1.340;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.067;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=26;PP=522;ReadPosRankSum=-1.926;SC=TTCATGTCAGGGCACCAGTAT;SOR=0.986;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=76;TCF=17;TCR=59;TR=32;WE=45938768;WS=45938750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:49,35:0.42:84
chr21	45942111	rs233230	A	G	949.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=22;PP=606;SC=ACCCACGAGGACAAGGCCAAC;SOR=2.517;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=45942119;WS=45942101;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	45948629	rs149976186	C	T	519.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=3.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=23;PP=368;ReadPosRankSum=1.717;SC=ACATCACAGACGGGGAATTGA;SOR=0.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=60;TCF=4;TCR=56;TR=25;WE=45948637;WS=45948619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,26:0.40:65
chr21	45951460	rs75933048	G	GGT	1352.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.114;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=9;PP=409;ReadPosRankSum=-0.806;SC=ACATGAATTCGGGGGGGGCAC;SOR=0.602;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=17;WE=45951468;WS=45951450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,35:0.64:55
chr21	45959195	rs233316	G	A	2653.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=1.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.941;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.206;NF=38;NR=37;PP=1188;ReadPosRankSum=0.064;SC=TCAGCAGGCCGGGCGGGAGCA;SOR=0.605;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=166;TCF=89;TCR=77;TR=75;WE=45959203;WS=45959185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,133:0.45:294
chr21	45959312	rs233317	C	T	3430.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.327;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.370;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-2.809;NF=64;NR=48;PP=1704;ReadPosRankSum=-0.374;SC=GCAGGCGGGCCGGCATACAGG;SOR=0.733;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=238;TCF=136;TCR=102;TR=112;WE=45959320;WS=45959302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:221,170:0.43:391
chr21	45959386	rs233318	G	A	5310.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-3.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=604;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.488;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.402;NF=114;NR=72;PP=2628;ReadPosRankSum=-2.671;SC=AAGCCGGCTGGCAGCTAGACT;SOR=0.541;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=396;TCF=254;TCR=142;TR=186;WE=45959394;WS=45959376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:324,265:0.45:589
chr21	45959556	.	A	ATG	14104.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;ClippingRankSum=0.000;DP=793;ExcessHet=3.0103;FS=2.454;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.206;QD=18.13;ReadPosRankSum=-2.272;SOR=0.539;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,364:0.47:778
chr21	45959557	.	ATC	TGA	2934	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MMLQ=20;MQ=59.62;NF=91;NR=121;PP=2934;QD=20;SC=ATGAAGAGGAATCCTCAGAGC;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=519;TCF=208;TCR=311;TR=212;WE=45959567;WS=45959547;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:307,212:0.41:519
chr21	45959557	.	ATC	A	14104.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.243;ClippingRankSum=0.000;DP=779;ExcessHet=3.0103;FS=2.451;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.199;QD=18.18;ReadPosRankSum=-2.270;SOR=0.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:414,362:0.47:776
chr21	45959918	rs233320	G	A	1178.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.852;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.225;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.891;NF=23;NR=23;PP=616;ReadPosRankSum=1.471;SC=GCAGGGGGCCGGGGCGCAGCA;SOR=0.644;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=122;TCF=63;TCR=59;TR=46;WE=45959926;WS=45959908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:113,63:0.36:176
chr21	45970483	rs233237	C	T	671.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.23;BaseQRankSum=-0.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.729;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.078;NF=24;NR=4;PP=500;ReadPosRankSum=0.200;SC=TCCTTCTGTGCTGAGCTGTGC;SOR=1.201;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=46;TCF=37;TCR=9;TR=28;WE=45970491;WS=45970473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,29:0.55:53
chr21	45970718	rs233238	C	T	5001.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.680;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=537;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.520;HP=2;HapScore=2;MGOF=75;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=2.004;NF=104;NR=75;PP=2424;ReadPosRankSum=0.699;SC=GCTGGCAGCACGGAGAGGAAG;SOR=0.757;SbPval=0.67;Source=Platypus;TCF=211;TR=179;WE=45970726;WS=45970708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:282,248:0.47:530
chr21	45970759	rs67692969	ACTTGCAGCAGACAGG	A	8962.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.698;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=2.554;NF=28;NR=80;PP=2954;ReadPosRankSum=2.070;SC=CAGCAGATGGACTTGCAGCAG;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=282;TCF=77;TCR=205;TR=108;WE=45970781;WS=45970749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:309,239:0.44:548
chr21	45970812	rs2329834	G	A	6380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=607;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=83;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-1.111;NF=112;NR=106;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.263;SC=CTGCTGACACGGGGAGGAGGT;SOR=0.656;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=423;TCF=218;TCR=205;TR=218;WE=45970820;WS=45970802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:277,321:0.54:598
chr21	45970993	rs233239	C	G	14429.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=-0.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=893;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=16;MQRankSum=2.367;NF=119;NR=120;PP=2962;ReadPosRankSum=1.156;SC=CATGAAGAAGCCCCACAGCAG;SOR=0.692;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=516;TCF=260;TCR=256;TR=239;WE=45971001;WS=45970983;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:488,402:0.45:890
chr21	45971018	rs478947	C	G	15000.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.085;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=916;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.67;MQRankSum=-0.748;QD=16.39;ReadPosRankSum=3.012;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:522,393:0.43:915
chr21	45971023	rs478967	G	T	14710.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.269;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=899;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=-0.635;QD=16.38;ReadPosRankSum=2.258;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:508,390:0.43:898
chr21	45971299	rs233240	T	C	1996.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.223;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.678;NF=29;NR=28;PP=641;ReadPosRankSum=2.162;SC=TGCCAGGAGTTGGTGCAGGCG;SOR=0.549;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=139;TCF=65;TCR=74;TR=57;WE=45971307;WS=45971289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:130,105:0.45:235
chr21	45971380	rs6147532	A	AGTGAGTGAGTGT	1274.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=7.089;NF=2;NR=15;PP=1424;ReadPosRankSum=-0.217;SC=GAGGTGTGTGAGTGAGTGAGT;SOR=0.608;SbPval=0.12;Source=Platypus;TC=56;TCF=2;TCR=54;TR=17;WE=45971388;WS=45971370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,41:0.39:104
chr21	45971426	rs233241	C	T	436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.703;HP=1;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.225;NF=2;NR=16;PP=318;ReadPosRankSum=2.427;SC=TGTGTGTGAGCCTGTTGGCTG;SOR=2.075;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=43;TCF=7;TCR=36;TR=18;WE=45971434;WS=45971416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,20:0.38:52
chr21	45978488	rs12483390	G	A	8609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=79;PP=2940;SC=GGGCCGGGGCGCAGCAGCTGG;SOR=0.714;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=161;TCF=80;TCR=81;TR=158;WE=45978511;WS=45978472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr21	45978499	rs377549	T	G	9063.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.08;QD=44.87;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr21	45978503	rs435424	G	A	9420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.15;QD=45.29;SOR=0.752;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr21	45978518	rs59607155	A	G	2066.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.224;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-3.329;NF=42;NR=39;PP=1136;ReadPosRankSum=-1.939;SC=AGGGGGGCTCACAGCAGCTCT;SOR=0.714;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=171;TCF=85;TCR=86;TR=81;WE=45978526;WS=45978508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:117,104:0.47:221
chr21	45994843	rs12626886	G	C	4566.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.072;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=432;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=80;PP=2177;ReadPosRankSum=-0.743;SC=CTCCTCTGACGCCCCGTGTGC;SOR=0.659;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=259;TCF=106;TCR=153;TR=139;WE=45994851;WS=45994833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:206,218:0.51:424
chr21	46000398	rs2020221	C	T	3240.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.818;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=44;PP=1354;ReadPosRankSum=-0.407;SC=GGGCAGTCGTCCACTCGCCAG;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=79;TCR=78;TR=89;WE=46000406;WS=46000388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,151:0.58:259
chr21	46011149	rs62220886	T	C	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.25;BaseQRankSum=-2.795;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.386;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-1.738;NF=12;NR=3;PP=190;ReadPosRankSum=1.082;SC=TCCTGGTCCCTAAGACAAAGA;SOR=0.148;SbPval=0.21;Source=Platypus;TC=48;TCF=43;TCR=5;TR=15;WE=46011157;WS=46011139;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:32,10:0.24:42
chr21	46011170	rs233302	T	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.837;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-1.159;NF=28;NR=9;PP=594;ReadPosRankSum=1.809;SC=GCCTGCCCCATCTTCTGAGGG;SOR=0.140;SbPval=0.17;Source=Platypus;TC=67;TCF=56;TCR=11;TR=37;WE=46011178;WS=46011160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,24:0.44:54
chr21	46011468	rs465279	G	A	5412.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=437;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.525;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.236;NF=107;NR=93;PP=2962;ReadPosRankSum=0.984;SC=GAGGAGGAGGGTCTGCAGCAG;SOR=0.744;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=316;TCF=166;TCR=150;TR=200;WE=46011476;WS=46011458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:179,247:0.58:426
chr21	46012240	rs543542	A	G	1454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=26;PP=1192;SC=AGGGGGGCTCACAGCAGCTCT;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=35;TCR=26;TR=61;WE=46012248;WS=46012230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr21	46020473	rs113686885	C	CTCAT	13695.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=78;PP=2988;SC=GACTCACTCACTCACTCACTC;SOR=0.900;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=119;TCF=37;TCR=82;TR=110;WE=46020481;WS=46020463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,327:1.00:327
chr21	46020527	rs1211103	C	T	12406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.491;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=484;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.26;MQRankSum=0.453;QD=25.69;ReadPosRankSum=1.265;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,481:1.00:483
chr21	46020655	rs36208679	CCTGCTGCGCCCCCAG	C	306.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.382;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=10.792;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.27;MQRankSum=-2.825;QD=6.39;ReadPosRankSum=-1.963;SOR=2.486;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chr21	46021088	rs388827	C	T	3596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=68.725;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.95;MQRankSum=2.451;QD=21.93;ReadPosRankSum=0.808;SOR=0.579;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,138:0.84:164
chr21	46021179	rs363877	C	A	12129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.777;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=471;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=4.390;NF=184;NR=136;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.262;SC=GTCTAGCTGCCAGCCGGCTTG;SOR=0.500;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=327;TCF=186;TCR=141;TR=320;WE=46021187;WS=46021169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,464:0.99:467
chr21	46021205	rs389167	C	T	14528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.330;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=596;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=6.098;NF=217;NR=160;PP=2965;ReadPosRankSum=1.589;SC=CCTCCTCCCCCTGCCAGCAGG;SOR=0.495;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=393;TCF=223;TCR=170;TR=377;WE=46021213;WS=46021195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,579:0.99:582
chr21	46021370	rs437149	T	C	31630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=774;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=239;NR=289;PP=2965;SC=GCTGTGTGCCTGTCTGCTCTG;SOR=0.817;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=531;TCF=242;TCR=289;TR=528;WE=46021378;WS=46021360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,767:1.00:767
chr21	46021390	rs446817	G	C	30208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=690;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=221;NR=269;PP=2965;SC=GGGGCTTCCAGTTCATGCTGC;SOR=0.836;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=490;TCF=221;TCR=269;TR=490;WE=46021398;WS=46021380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,686:1.00:686
chr21	46021481	rs437334	T	C	25220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=583;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=187;NR=196;PP=2965;SC=TCTGCCGCCCTGTGTGCAGGC;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=385;TCF=188;TCR=197;TR=383;WE=46021502;WS=46021471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,579:1.00:579
chr21	46021494	rs369720	A	G	25872.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=613;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=192;NR=196;PP=2965;SC=GTGCAGGCCCACCTGCTGCGT;SOR=0.727;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=389;TCF=192;TCR=197;TR=388;WE=46021502;WS=46021471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,606:1.00:606
chr21	46021607	rs370092	A	G	22799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=897;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=247;NR=224;PP=2965;SC=GCTCCCGCCCAGCCTGCTGTG;SOR=0.734;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=472;TCF=248;TCR=224;TR=471;WE=46021615;WS=46021597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,890:1.00:890
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chr21	46047322	rs62220925	G	A	1226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=3.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.112;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-7.648;NF=47;NR=22;PP=877;ReadPosRankSum=1.357;SC=GCACGCCCTCGTGCTGCCAGC;SOR=0.775;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=214;TCF=149;TCR=65;TR=69;WE=46047330;WS=46047312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:192,72:0.27:264
chr21	46047348	rs62220926	C	T	3230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FS=6.449;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQRankSum=-11.873;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.399;SOR=1.036;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:289,97:0.25:386
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chr21	46047418	rs8126553	C	T	16649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=650;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=242;NR=198;PP=2965;SC=CTGTGTGCTGCGTGCCCGTCT;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=445;TCF=244;TCR=201;TR=440;WE=46047426;WS=46047408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,639:1.00:639
chr21	46047633	rs8127342	A	G	13036.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.386;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1277;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.001;NF=212;NR=184;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.464;SC=CAGCAGTCCTACTGTGTGCCT;SOR=0.735;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=796;TCF=419;TCR=377;TR=396;WE=46047641;WS=46047623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:637,636:0.50:1273
chr21	46047710	rs8131142	T	C	11165.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.750;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1015;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.523;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.708;NR=182;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GGCTTCCTCTTTGTGCTGCCA;SOR=0.635;Source=Platypus;TCR=362;WE=46047718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:479,526:0.52:1005
chr21	46047857	rs9980129	C	T	10708.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=1.588;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=1049;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-1.724;NF=149;NR=158;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.472;SC=CACCTCCTCCCGCCAGCCCAG;SOR=0.644;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=590;TCF=275;TCR=315;TR=307;WE=46047865;WS=46047847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:518,523:0.50:1041
chr21	46047925	rs9979457	G	T	9314.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=1.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=830;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.750;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=128;NR=145;PP=2962;ReadPosRankSum=2.093;SC=GCTCCCGCCCGGCCTGCTACA;SOR=0.556;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=484;TCF=216;TCR=268;TR=273;WE=46047933;WS=46047915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:377,450:0.54:827
chr21	46047971	rs463217	T	C	13649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=135;NR=207;PP=2965;SC=CTGCTGACGGTCATGTCCCCC;SOR=1.081;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=344;TCF=136;TCR=208;TR=342;WE=46047979;WS=46047961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,482:1.00:482
chr21	46048053	rs59484649	G	C	5998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FS=7.416;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.03;MQRankSum=2.445;QD=38.95;ReadPosRankSum=-1.294;SOR=2.271;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,148:0.96:154
chr21	46048060	rs57944973	A	G	5652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.700;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=8.314;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.24;MQRankSum=1.884;QD=42.18;ReadPosRankSum=-1.800;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:6,128:0.96:134
chr21	46057391	rs9306108	A	G	10194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=236;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=44.52;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr21	46057391	.	AGT	GGA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MMLQ=22;MQ=59.78;NF=69;NR=60;PP=2947;QD=20;SC=CTTGGCGGGTAGTCGACTGCC;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=70;TCR=63;TR=129;WE=46057401;WS=46057381;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:4,129:0.97:133
chr21	46057393	rs2838602	T	A	10239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.69;QD=45.31;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr21	46057417	rs114653592	AG	CC	4648.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.500;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FS=4.769;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-1.548;QD=21.93;ReadPosRankSum=-0.135;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,118:0.56:212
chr21	46057422	rs112205018	T	A	4596.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FS=5.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=-1.553;QD=21.99;ReadPosRankSum=-0.453;SOR=0.499;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:93,116:0.56:209
chr21	46057548	rs4818947	A	C	9366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=346;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=137;NR=91;PP=2965;SC=CTCCTGCACAACCCCATGCTA;SOR=0.944;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=229;TCF=137;TCR=92;TR=228;WE=46057556;WS=46057538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,345:1.00:345
chr21	46057590	rs9306109	A	T	5291.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=3.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=513;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.737;HP=3;HapScore=1;MGOF=99;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-3.088;NF=97;NR=54;PP=2861;ReadPosRankSum=1.866;SC=GGATTGCTGCACCTCCTCCCC;SOR=0.828;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=313;TCF=192;TCR=121;TR=151;WE=46057598;WS=46057580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:262,251:0.49:513
chr21	46057625	.	TGTCTGCTGTGTGCCC	T	9273.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.148;ClippingRankSum=0.000;DP=614;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.749;HP=2;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=8.376;NF=35;NR=76;PP=2971;ReadPosRankSum=1.259;SC=GCTGTGTGCCTGTCTGCTGTG;SOR=0.577;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=286;TCF=114;TCR=172;TR=111;WE=46057647;WS=46057615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:326,263:0.45:589
chr21	46057711	rs4818948	G	C	12081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=704;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.50;MQRankSum=5.115;QD=17.19;ReadPosRankSum=-2.129;SOR=0.664;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:376,327:0.47:703
chr21	46057720	rs4818949	A	C	12083.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.222;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=734;ExcessHet=3.0103;FS=0.518;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=5.133;QD=16.49;ReadPosRankSum=-0.970;SOR=0.657;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:402,331:0.45:733
chr21	46057806	rs4818950	G	A	7609.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.786;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=709;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.061;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NR=151;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.078;SC=CGTCTGCTATGTGCCTGTGTG;SOR=0.952;Source=Platypus;WE=46057814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:320,375:0.54:695
chr21	46057958	rs4818951	C	T	12493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=495;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=148;NR=143;PP=2965;SC=CCGTCCCCTCCTGCGGTGCCT;SOR=0.706;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=302;TCF=149;TCR=153;TR=291;WE=46057966;WS=46057948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,477:1.00:477
chr21	46058060	rs13051517	C	T	4224.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.294;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=474;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.221;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-1.263;NF=48;NR=82;PP=1831;ReadPosRankSum=-0.272;SC=CCTGCTACAGCCTCTGCTCTG;SOR=0.908;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=281;TCF=116;TCR=165;TR=130;WE=46058068;WS=46058050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:254,216:0.46:470
chr21	46058229	rs1785474	A	T	335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=13;PP=314;SC=ATGCTCCCCCAGTCCTTCCCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=46058237;WS=46058219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	46066764	rs4818952	C	T	20058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=2.108;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=765;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=245;NR=262;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.382;SC=TGCCGGCAGTCTAGCTGCCAG;SOR=0.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=513;TCF=248;TCR=265;TR=507;WE=46066772;WS=46066754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,752:1.00:753
chr21	46067180	rs462007	C	T	6781.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.312;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=674;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.450;NF=108;NR=102;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.164;SC=CAGCTGCTGCCGCCCGGCCTC;SOR=0.688;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=455;TCF=233;TCR=222;TR=210;WE=46067188;WS=46067170;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:340,323:0.49:663
chr21	46074104	rs2073437	T	C	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=418;SC=CAGTTTGCTGTGGGAGGATGT;SOR=2.303;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=46074112;WS=46074094;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr21	46074202	rs9984726	A	G	3054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=55;NR=23;PP=1506;SC=CTCAGCAGCCAGTGGGGGTGC;SOR=1.309;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=55;TCR=23;TR=78;WE=46074210;WS=46074192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr21	46077812	rs2838617	A	G	8308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=174;NR=72;PP=2965;SC=CCCAGATGACAGGACCCAGGT;SOR=1.551;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=247;TCF=175;TCR=72;TR=246;WE=46077820;WS=46077802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,323:1.00:323
chr21	46077946	rs9306111	A	G	24187.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.911;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=963;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=344;NR=290;PP=2965;ReadPosRankSum=2.387;SC=TGCTGCATACACAGCCCCTGC;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=636;TCF=344;TCR=292;TR=634;WE=46077954;WS=46077936;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,941:1.00:945
chr21	46078220	rs9306112	T	C	2647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=76;PP=1778;SC=GGTACACACCTGTATCCCTCC;SOR=3.824;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=8;TCR=76;TR=84;WE=46078228;WS=46078210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	46086377	rs2838622	A	G	4621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=117;NR=17;PP=2965;SC=CAGCAGGAAGAGATACTGTAG;SOR=3.243;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=136;TCF=119;TCR=17;TR=134;WE=46086385;WS=46086367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr21	46086718	rs7275281	GA	CG	23522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.183;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=897;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=215;NR=366;PP=2947;ReadPosRankSum=-1.435;SC=TGCCTGGCAGGAGCTGGGCAC;SOR=1.171;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=599;TCF=222;TCR=377;TR=581;WE=46086727;WS=46086708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,860:1.00:864
chr21	46086757	rs7275298	GC	AT	22103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=498;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=109;NR=260;PP=2947;SC=GGGGCTGGGCGCGCAGCAGGC;SOR=1.648;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=379;TCF=110;TCR=269;TR=369;WE=46086766;WS=46086747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,498:1.00:498
chr21	46117792	rs34302939	G	A	6182.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=584;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.745;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=107;PP=2962;ReadPosRankSum=1.552;SC=GCCAAGCTGCGGCCGCCTGGC;SOR=0.864;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=340;TCF=153;TCR=187;TR=189;WE=46117800;WS=46117782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:276,296:0.52:572
chr21	46117823	rs61745911	G	A	4595.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.579;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=481;ExcessHet=3.0103;FS=1.103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.712;SOR=0.810;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,244:0.51:474
chr21	46191256	rs4818975	C	A	774.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.767;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.961;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=9;PP=479;ReadPosRankSum=-0.967;SC=TGCTGAGCTGCTTGGCGGTGT;SOR=0.910;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=69;TCF=48;TCR=21;TR=35;WE=46191278;WS=46191246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,37:0.51:72
chr21	46191270	rs11569	C	T	3151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=25;PP=1457;SC=GCGGTGTGTGCGCGCCTGTGC;SOR=1.354;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=52;TCR=25;TR=77;WE=46191278;WS=46191246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr21	46197450	rs2294157	C	T	607.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=0.238;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.382;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=17;PP=322;ReadPosRankSum=-1.470;SC=AGGCCGGGTGCGGTGGCTCAC;SOR=0.425;SbPval=0.36;Source=Platypus;TC=43;TCF=9;TCR=34;TR=23;WE=46197458;WS=46197440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,31:0.53:59
chr21	46198896	rs11702743	G	A	99.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.11;BaseQRankSum=-1.668;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=1;PP=57;ReadPosRankSum=-1.465;SC=TAAATCTTCAGTTAAAAAATA;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=5;WE=46198904;WS=46198886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chr21	46199286	rs375243003	TG	T	49.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.42;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr21	46228930	rs235293	C	T	10014.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=970;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.521;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=181;NR=136;PP=2962;ReadPosRankSum=1.843;SC=AATCGGAAGTCGCCCTGGAAC;SOR=0.757;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=555;TCF=309;TCR=246;TR=317;WE=46228938;WS=46228920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:459,496:0.52:955
chr21	46233863	rs13050872	G	C	1873.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.807;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.706;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=28;PP=684;ReadPosRankSum=0.596;SC=CACACGGGGAGGCTCTGCGGG;SOR=0.564;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=149;TCF=87;TCR=62;TR=62;WE=46233871;WS=46233853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:108,98:0.48:206
chr21	46271452	rs235314	C	T	5540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=55;NR=66;PP=2278;SC=GGCTGCGGAGCGTGCACCTCA;SOR=0.771;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=121;TCF=55;TCR=66;TR=121;WE=46271460;WS=46271442;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr21	46271660	rs235315	A	G	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=17;PP=441;SC=AACAACGGGCATTGTAAGCAG;SOR=1.708;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=24;WE=46271668;WS=46271650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	46275047	rs235317	A	C	1046.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.524;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=11;PP=629;ReadPosRankSum=-0.150;SC=ATCTCAGGCCACACTGGCACT;SOR=0.678;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=45;TCR=17;TR=40;WE=46275055;WS=46275037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:17,45:0.73:62
chr21	46281012	rs118037524	C	T	2349.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.047;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.424;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=26;PP=1196;ReadPosRankSum=0.254;SC=CCACCGCGCCCGGCCCATACT;SOR=0.875;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=140;TCF=91;TCR=49;TR=78;WE=46281020;WS=46281002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:97,110:0.53:207
chr21	46281314	rs235276	T	C	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.81;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr21	46293692	rs235373	T	C	1316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.281;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.975;HP=1;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQ=60.13;MQRankSum=1.000;NF=7;NR=24;PP=1205;ReadPosRankSum=-1.065;SC=CCTCGCCATCTGCCCCGCCCC;SOR=1.020;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=62;TCF=17;TCR=45;TR=31;WE=46293706;WS=46293682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,41:0.51:80
chr21	46293698	rs11388069	G	GC	1141.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.278;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.395;HP=8;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.078;NF=0;NR=20;PP=1211;ReadPosRankSum=-0.506;SC=CATCTGCCCCGCCCCTCGCCA;SOR=1.416;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=40;TCF=0;TCR=40;TR=20;WE=46293706;WS=46293682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,31:0.48:65
chr21	46306472	rs235375	C	G	1080.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-0.328;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.733;HP=6;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=20;PP=553;ReadPosRankSum=-1.470;SC=GGCAGCCCCCCCAGGGTCCCA;SOR=0.862;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=69;TCF=34;TCR=35;TR=38;WE=46306480;WS=46306462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:39,51:0.57:90
chr21	46310306	rs74397353	G	A	166.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-1.203;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.473;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=7;PP=115;ReadPosRankSum=-0.125;SC=TGCTCAAAACGTGCAGGGGCC;SOR=0.211;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=9;WE=46310314;WS=46310296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,9:0.45:20
chr21	46311813	rs235326	A	G	11325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=463;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.95;SOR=0.970;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,454:1.00:454
chr21	46313442	rs2230529	G	T	1598.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=26;PP=527;ReadPosRankSum=0.416;SC=GATCCAGGAAGACCCTGGAGG;SOR=0.669;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=44;WE=46313450;WS=46313432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,84:0.53:158
chr21	46314907	rs235330	T	A	7341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=85;PP=2965;SC=TCTTAATGAGTTGGACCACAT;SOR=0.700;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=172;TCF=86;TCR=86;TR=171;WE=46314915;WS=46314897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr21	46315022	rs2838725	C	T	1018.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.711;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=28;PP=669;ReadPosRankSum=-0.626;SC=ACCTGTGCCACGGCATCTCCA;SOR=0.809;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=28;TCR=50;TR=44;WE=46315030;WS=46315012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,52:0.45:115
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chr21	46321659	rs55865320	C	A	3677.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-2.429;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.405;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=81;PP=1849;ReadPosRankSum=0.245;SC=CTGCAGGGCACATGGAGGGGC;SOR=0.728;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=219;TCF=74;TCR=145;TR=122;WE=46321667;WS=46321649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:154,183:0.54:337
chr21	46321677	rs5030669	G	A	2485.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=53;PP=1253;ReadPosRankSum=0.778;SC=GGCTGGGGAGGTGGCAGGCTG;SOR=0.723;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=180;TCF=55;TCR=125;TR=75;WE=46321685;WS=46321667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:147,120:0.45:267
chr21	46326815	rs5030668	C	T	2959.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.432;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=17;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=45;PP=1147;ReadPosRankSum=0.197;SC=GCACCACCACCGAGGCCAAGC;SOR=0.589;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=184;TCF=87;TCR=97;TR=91;WE=46326823;WS=46326805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:156,155:0.50:311
chr21	46327835	rs3746972	A	G	1382.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.571;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.701;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=14;PP=799;ReadPosRankSum=-1.095;SC=AAATAAAAGTACATCAGCAAG;SOR=0.456;SbPval=0.34;Source=Platypus;TC=86;TCF=64;TCR=22;TR=47;WE=46327843;WS=46327825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:48,63:0.57:111
chr21	46328026	rs3746973	G	A	2299.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.859;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.346;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=43;PP=1033;ReadPosRankSum=-0.556;SC=GAGGACAGACGGGAGCCACCC;SOR=0.908;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=160;TCF=60;TCR=100;TR=64;WE=46328034;WS=46328016;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:162,117:0.42:279
chr21	46328099	rs760462	T	C	2336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=56;PP=1310;SC=AGCCGCTCCCTGTGGGACGCA;SOR=1.981;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=71;TCF=14;TCR=57;TR=70;WE=46328107;WS=46328089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr21	46330674	rs11088969	C	A	3321.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.929;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=63;PP=1599;ReadPosRankSum=0.918;SC=CCAGGGCGAGCAGTGGGGGGC;SOR=0.633;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=63;TCR=114;TR=97;WE=46330682;WS=46330664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:123,157:0.56:280
chr21	46354055	rs9974172	A	G	1346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=13;PP=885;SC=TTGGGCTGGCACCCAGGGCCT;SOR=1.938;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=37;TCR=13;TR=48;WE=46354063;WS=46354045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr21	46355531	rs11088970	A	G	5913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=235;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=60;PP=2640;SC=AGAGTGCAACATGTCACCTAC;SOR=0.841;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=137;TCF=77;TCR=60;TR=137;WE=46355539;WS=46355521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr21	46355710	rs11088971	A	G	4677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=73;PP=2607;SC=CAGGATCCTCACGCGTGCCGC;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=128;TCF=55;TCR=73;TR=128;WE=46355718;WS=46355700;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr21	46355833	rs11701737	A	G	2008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=42;PP=1330;SC=GGAGAAGCAGACCTGAGTTTT;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=16;TCR=42;TR=58;WE=46355841;WS=46355823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr21	46355856	rs35607013	A	AT	520.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=2.733;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.27;ReadPosRankSum=-0.262;SOR=0.124;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,29:0.91:32
chr21	46357359	rs4818990	G	T	1470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	46357365	rs4818991	A	G	1495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.74;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr21	46396659	rs3737075	G	C	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=11;PP=337;SC=CAGCCCCCTGGTGGCCATCGG;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=46396667;WS=46396649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	46554604	rs11369444	A	AT	1334.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.740;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.229;QD=5.08;ReadPosRankSum=-1.401;SOR=0.738;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:144,119:0.45:263
chr21	46572572	rs420085	A	G	4494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=44;PP=1735;SC=CTTTTTCAGCATCATGGGGCG;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=105;TCF=60;TCR=45;TR=103;WE=46572580;WS=46572562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr21	46602483	rs373179300	CT	C	146.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.495;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:80,32:0.29:112
chr21	46604363	rs35076710	AT	A	153.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.378;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.000;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.306;SOR=0.538;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,15:0.75:20
chr21	46641968	rs1051367	G	A	6969.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.421;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=798;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=112;NR=105;PP=2920;ReadPosRankSum=0.813;SC=AGATTACCAAGCCCAACGTGT;SOR=0.698;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=437;TCF=220;TCR=217;TR=217;WE=46641976;WS=46641958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:429,365:0.46:794
chr21	46685592	rs1006887	C	G	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=2.929;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.12;ReadPosRankSum=-1.480;SOR=0.434;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,47:0.57:83
chr21	46703223	.	CG	C	89.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;ClippingRankSum=-0.000;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.519;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr21	46825006	.	CCCCCTGCCCGGCCCCTGCCCGG	C	330.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.347;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.268;QD=13.78;ReadPosRankSum=1.417;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chr21	46825202	.	G	GCTGCGGGGCTGCGGGGGTCCCGGGGGTCCCGGGGGTCGGCTGGGTCCTGCGGGGGTC	329.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.601;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=4.706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=-1.058;QD=12.68;ReadPosRankSum=-2.457;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr21	46825214	rs113272297	G	C	508.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=1.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.34;MQRankSum=0.000;QD=21.20;ReadPosRankSum=2.321;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,12:0.50:24
chr21	46825223	rs60499034	G	C	529.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=1.398;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.09;ReadPosRankSum=1.274;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,17:0.55:31
chr21	46875564	rs914230	T	C	25650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=-1.390;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=993;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=370;NR=212;PP=2965;ReadPosRankSum=1.190;SC=ACACCAGCCATGCAGCTACCA;SOR=0.401;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=589;TCF=373;TCR=216;TR=582;WE=46875572;WS=46875554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,977:1.00:978
chr21	46876004	rs142892701	C	T	4515.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.566;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.095;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=63;NR=58;PP=1921;ReadPosRankSum=0.214;SC=GAGGCTGGCACCTTGCCTGCA;SOR=0.602;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=240;TCF=129;TCR=111;TR=121;WE=46876012;WS=46875994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:208,214:0.51:422
chr21	46908355	rs11702425	T	C	3570.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.447;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=413;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.528;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=46;NR=74;PP=1686;ReadPosRankSum=-0.866;SC=TGCCGGGACTTAAGGTCAGTG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=258;TCF=100;TCR=158;TR=120;WE=46908363;WS=46908345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:224,183:0.45:407
chr21	46909426	rs61731167	G	A	625.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.679;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.316;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=8;PP=316;ReadPosRankSum=-1.561;SC=CTGGGCTGCCGGGGGCGAAGG;SOR=1.184;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=56;TCF=33;TCR=23;TR=24;WE=46909434;WS=46909416;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:45,34:0.43:79
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chr21	46910426	rs151172738	G	A	193.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.913;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=1.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=-3.270;SOR=1.300;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,8:0.35:23
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chr21	46910574	rs71240730	G	GGGTCTCT	546.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=3;PP=538;ReadPosRankSum=0.238;SC=GCCCACTCCCGGAGCGCCAGG;SOR=0.551;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=9;WE=46910582;WS=46910564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:36,15:0.29:51
chr21	46911188	rs79980197	C	G	2206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.876;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.555;HP=6;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=19;MQRankSum=1.055;NF=32;NR=26;PP=763;ReadPosRankSum=-0.578;SC=CCTGGCCCCCCCGGACCCCCG;SOR=0.820;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=123;TCF=66;TCR=57;TR=58;WE=46911196;WS=46911178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:126,115:0.48:241
chr21	46911276	rs62216329	G	T	824.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.889;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.700;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.408;SOR=0.675;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,44:0.42:106
chr21	46911299	rs148502711	G	GC	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=1.610;NF=2;NR=17;PP=306;ReadPosRankSum=0.696;SC=CCCTCCCCGAGCCCCCCCCAC;SOR=0.985;SbPval=0.3;Source=Platypus;TC=35;TCF=2;TCR=33;TR=19;WE=46911307;WS=46911289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:23,19:0.45:42
chr21	46912658	rs11270246	G	GCCCGCCACTGCCCT	170.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=2.754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.99;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,5:0.26:19
chr21	46912970	rs2297289	T	A	316.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=2.458;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.882;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=12;NR=0;PP=188;ReadPosRankSum=0.897;SC=GGTCGGGCTGTCGAGGCAGGC;SOR=1.248;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=12;WE=46912978;WS=46912964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,14:0.52:27
chr21	46913310	rs749626	C	G	1421.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.838;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=23;PP=719;ReadPosRankSum=-0.312;SC=GTGAAAGGACCCAGCCTGCGA;SOR=0.689;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=98;TCF=54;TCR=44;TR=49;WE=46913318;WS=46913300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,71:0.51:140
chr21	46913517	rs749627	A	G	719.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.809;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=20;PP=399;ReadPosRankSum=0.302;SC=TCCTTCCGGCAGGCGTGGGGG;SOR=0.958;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=29;WE=46913525;WS=46913507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,37:0.42:88
chr21	46914262	rs71324428	C	T	364.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.885;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=1.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=1.045;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.393;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,22:0.50:44
chr21	46914642	rs9977637	A	G	615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.014;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=14;PP=434;ReadPosRankSum=-0.971;SC=GTGAGGCTGCAGTGGGCTCCT;SOR=0.769;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=58;TCF=30;TCR=28;TR=30;WE=46914650;WS=46914632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:43,32:0.43:75
chr21	46916516	rs5844240	AC	A	2087.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.393;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.030;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.512;NF=4;NR=39;PP=1444;ReadPosRankSum=1.782;SC=TCCTACAGCCACCCTTGGCTG;SOR=0.883;SbPval=0.31;Source=Platypus;TC=77;TCF=5;TCR=72;TR=43;WE=46916524;WS=46916506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,74:0.47:157
chr21	46917035	rs73370840	C	T	1086.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.764;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.020;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=18;PP=371;ReadPosRankSum=0.503;SC=CAGCTGGGGACACAGGCTCTG;SOR=0.468;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=89;TCF=35;TCR=54;TR=33;WE=46917043;WS=46917025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:87,60:0.41:147
chr21	46917782	rs2236478	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-2.610;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.031;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=6;PP=57;ReadPosRankSum=0.146;SC=GCAGGGCACAAGCCCAGCAAG;SOR=0.055;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=27;TCF=2;TCR=25;TR=7;WE=46917790;WS=46917772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,12:0.36:33
chr21	46918065	rs76675535	G	T	772.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=-1.974;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=11;PP=342;ReadPosRankSum=2.884;SC=TCCATTGAGGGTGGCAGGGCT;SOR=0.629;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=55;TCF=35;TCR=20;TR=30;WE=46918073;WS=46918055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,40:0.54:74
chr21	46918082	rs74551682	A	C	925.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-1.303;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=500;ReadPosRankSum=1.047;SC=GGCTGCTTGGATGTCCTGCCA;SOR=0.631;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=41;TCR=26;TR=38;WE=46918090;WS=46918072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:44,47:0.52:91
chr21	46918277	rs114832456	G	A	139.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.899;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.11;ReadPosRankSum=0.719;SOR=0.327;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,11:0.32:34
chr21	46918322	.	GGGTCCCCTCTCGCCGCCAC	G	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.104;ClippingRankSum=0.000;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=2.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.795;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,5:0.25:20
chr21	46918341	.	C	G	88	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=55.9;NF=6;NR=2;PP=88;QD=15.3464015684;SC=CTCGCCGCCACGGTCCCCTCT;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=24;TCF=15;TCR=9;TR=8;WE=46918349;WS=46918331;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:16,8:0.33:24
chr21	46918574	rs2282120	T	C	2516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.640;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=28;NR=32;PP=982;ReadPosRankSum=-0.997;SC=ATGGAAGATGTGCCCATGCCA;SOR=0.795;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=28;TCR=32;TR=60;WE=46918582;WS=46918564;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,101:0.98:103
chr21	46924425	rs149296338	CGGCCCCCCA	C	1334.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.95;MQRankSum=1.050;QD=23.83;ReadPosRankSum=-1.392;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,54:0.96:56
chr21	46924977	rs13048249	C	T	1605.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-2.494;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=193;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.300;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=23;PP=592;ReadPosRankSum=0.271;SC=GCAGCTGCAGCCCCACAAGCT;SOR=0.502;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=116;TCF=69;TCR=47;TR=52;WE=46924985;WS=46924967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:103,87:0.46:190
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chr21	46930865	.	AACACCCCACATACACCCCCAAACACCCCCCACACCC	A	187.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.57;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
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chr21	46930929	.	ACATCC	A	343.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.719;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=9.944;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.10;ReadPosRankSum=3.291;SOR=3.872;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
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chr21	46930959	rs147164507	CA	C	1081.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.961;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=9.506;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.87;ReadPosRankSum=-1.480;SOR=1.257;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,33:0.42:78
chr21	46930992	rs56335679	A	C	3432.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FS=8.905;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.47;ReadPosRankSum=2.915;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:214,114:0.35:328
chr21	46930993	rs55690336	C	A	3429.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.808;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FS=8.663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.15;ReadPosRankSum=3.130;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:222,116:0.34:338
chr21	46931004	rs148407279	T	TAC	5232.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.451;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FS=5.990;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.29;MQRankSum=4.400;QD=13.11;ReadPosRankSum=1.796;SOR=0.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:252,147:0.37:399
chr21	46932328	rs7499	G	A	2242.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=24;NR=39;PP=909;ReadPosRankSum=-2.055;SC=GCCTGGATGCGGATGGCCGGA;SOR=0.728;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=133;TCF=52;TCR=81;TR=63;WE=46932336;WS=46932318;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:91,109:0.55:200
chr21	46932383	rs8199	G	A	1016.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=26;PP=588;ReadPosRankSum=-1.154;SC=GGCAGGGAGCGGCCGGCCAGC;SOR=0.675;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=30;TCR=57;TR=40;WE=46932391;WS=46932373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:47,49:0.51:96
chr21	46934826	rs1051298	G	A	758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.235;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.482;HP=3;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=4;PP=317;ReadPosRankSum=1.191;SC=CAGCACGTCCGCGGTGACCGG;SOR=1.153;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=22;WE=46934834;WS=46934816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:22,36:0.62:58
chr21	46934861	rs1051296	A	C	1395.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=1.428;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=22;NR=12;PP=563;ReadPosRankSum=-1.244;SC=GGGCTGGCACAAGTGTGGGAG;SOR=0.754;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=34;WE=46934869;WS=46934851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,65:0.65:100
chr21	46935077	rs11284347	TA	T	320.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=1.239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.17;MQRankSum=1.001;QD=6.82;ReadPosRankSum=0.122;SOR=0.923;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,28:0.60:47
chr21	46951556	rs12659	A	G	6436.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.350;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=594;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=123;PP=2962;ReadPosRankSum=-1.274;SC=CGCCTGGGCCAGGATTCATGC;SOR=0.687;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=364;TCF=123;TCR=241;TR=184;WE=46951564;WS=46951546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:283,302:0.52:585
chr21	46952094	rs914231	T	C	2557.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.200;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=59;PP=1120;ReadPosRankSum=0.831;SC=CCCCACCAGGTGTTAGCAATG;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=66;TCR=113;TR=93;WE=46952102;WS=46952084;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:161,136:0.46:297
chr21	46954343	rs2330184	T	C	1865.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.823;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=45;NR=27;PP=1093;ReadPosRankSum=-0.238;SC=GGGCACAGGTTCTGCCCACAG;SOR=0.447;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=132;TCF=88;TCR=44;TR=72;WE=46954351;WS=46954333;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,86:0.54:160
chr21	46957794	rs1051266	T	C	3530.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=319;ExcessHet=3.0103;FS=0.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.73;ReadPosRankSum=-1.359;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:125,176:0.58:301
chr21	46957916	rs1131596	G	A	810.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.062;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=28;PP=576;ReadPosRankSum=0.694;SC=CGAAGGTGACGCTGTGCCTGG;SOR=0.931;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=14;TCR=50;TR=36;WE=46957924;WS=46957906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:34,36:0.51:70
chr21	46957982	rs13052294	G	A	235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.2;BaseQRankSum=0.488;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.129;HP=5;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=9;PP=179;ReadPosRankSum=1.464;SC=TCCCTACCCCGCAAAACGAGG;SOR=1.781;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=11;WE=46957990;WS=46957972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,11:0.46:24
chr21	47320377	rs2075891	C	T	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=251;SC=CTGGTTTGCTCCTCCAGCACA;SOR=1.071;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=16;WE=47320385;WS=47320367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	47320425	rs7281638	T	C	1388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=12;PP=414;SC=TGGGCCAGGCTGCTCCCCACC;SOR=0.804;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=14;TCR=12;TR=26;WE=47320433;WS=47320415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	47320605	rs2075890	G	A	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=12;NR=17;PP=468;SC=CCCAGGCTCTGCCCCTGCCGA;SOR=0.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=47320613;WS=47320595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	47320633	rs2075889	T	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=14;PP=327;SC=CCTGTGCTCTTGGCCAGCCGG;SOR=1.828;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=47320641;WS=47320623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	47329352	rs2277812	T	C	9027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.046;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=370;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.930;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=80;NR=150;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.163;SC=CCAGCCAGTGTGGGTCCCTGA;SOR=0.891;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=231;TCF=81;TCR=150;TR=230;WE=47329360;WS=47329342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,350:1.00:351
chr21	47401760	rs7671	C	G	1213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=10;PP=611;SC=CCGCAGGCCCCAGACATGAGG;SOR=1.085;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=47401768;WS=47401750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr21	47404397	rs3746993	A	G	9404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=92;NR=116;PP=2965;SC=AGTGGCCCCCAGCCTCCTGCC;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=208;TCF=92;TCR=116;TR=208;WE=47404405;WS=47404387;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,356:1.00:356
chr21	47406612	rs754507	C	A	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=47;PP=1228;SC=AGGCACCGGCCCCCCCCGGCA;SOR=1.949;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=13;TCR=47;TR=60;WE=47406620;WS=47406602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr21	47407362	rs62215498	C	T	8758.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=841;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=147;NR=114;PP=2962;ReadPosRankSum=0.470;SC=GTGTCCCAGCCGTATGTCCGT;SOR=0.686;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=495;TCF=279;TCR=216;TR=261;WE=47407370;WS=47407352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:396,425:0.52:821
chr21	47409113	rs8129814	C	T	1843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=42;PP=1111;SC=GACTAGGCCTCGGAAACTTCC;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=10;TCR=42;TR=52;WE=47409121;WS=47409103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr21	47409503	rs2277814	A	G	2704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=53;NR=22;PP=1382;SC=GTGTCTCACCATCTCCTCCTG;SOR=1.477;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=75;WE=47409511;WS=47409493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr21	47410378	.	GAATGGGGCGA	GGA,G	2531.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=1.587;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=6.435;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.91;MQRankSum=-0.434;QD=115.08;ReadPosRankSum=1.352;SOR=3.967;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:5,7,10:0.32,0.45:22
chr21	47410388	.	AGATGGGGAGGGACGGAGTGGACGGCGTGAAGGTGACC	A	137.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-0.743;ClippingRankSum=0.000;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=5.050;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=0.535;QD=3.53;ReadPosRankSum=2.508;SOR=1.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,7:0.18:39
chr21	47410391	.	T	C	333.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=3.128;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.87;MQRankSum=-1.048;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.000;SOR=2.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,11:0.44:25
chr21	47410401	rs201910945	C	T	447.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.321;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=1.773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-1.035;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.634;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,15:0.45:33
chr21	47410404	rs371490467	A	G	475.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.452;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=1.672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.88;MQRankSum=-1.097;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=1.059;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,15:0.43:35
chr21	47410411	rs111649307	G	A	469.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.584;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=1.710;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.091;QD=12.70;ReadPosRankSum=-1.735;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,16:0.43:37
chr21	47410423	rs145398932	AC	A	379.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.090;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.89;MQRankSum=-1.242;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.999;SOR=0.746;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,13:0.37:35
chr21	47410481	rs78836670	C	T	112.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.57;MQRankSum=0.597;QD=2.56;ReadPosRankSum=0.213;SOR=0.963;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,10:0.23:44
chr21	47410626	rs1980981	T	G	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=19;PP=763;SC=AGTCTGACAGTTGATTGGCCT;SOR=0.836;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=47410634;WS=47410616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr21	47410931	rs1980982	T	C	4051.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=451;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.06;ReadPosRankSum=2.665;SOR=0.652;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:230,217:0.49:447
chr21	47412751	rs2850173	A	C	3165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=35;PP=1189;SC=GGAGCTGGGAACCACCCCAGG;SOR=0.795;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=28;TCR=35;TR=63;WE=47412759;WS=47412741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr21	47412840	rs2075893	C	T	380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.083;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=222;ReadPosRankSum=1.561;SC=GGCCCCTCAACGTGGCCAGCC;SOR=0.534;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=14;WE=47412848;WS=47412830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,17:0.61:28
chr21	47417147	rs148786363	CCAGGCCCTTCGTG	C	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.22;ReadPosRankSum=-1.382;SOR=0.245;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,5:0.19:26
chr21	47417206	rs11701583	A	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.598;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.143;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=3;PP=213;ReadPosRankSum=-0.124;SC=CTCCCCCTGCACTGATGGGAC;SOR=1.016;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=56;TCF=43;TCR=13;TR=19;WE=47417214;WS=47417196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,23:0.35:65
chr21	47417303	rs2839077	T	C	2373.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.144;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.052;NF=36;NR=25;PP=727;ReadPosRankSum=-0.622;SC=GTGAGGCCTGTGGTCCAACGT;SOR=0.841;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=138;TCF=77;TCR=61;TR=61;WE=47417311;WS=47417293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:127,119:0.48:246
chr21	47417415	rs2276254	C	A	4334.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.656;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.332;NF=57;NR=55;PP=2038;ReadPosRankSum=0.228;SC=CCACTCCCCACCCACACCCGC;SOR=0.728;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=115;TCF=59;TCR=56;TR=112;WE=47417423;WS=47417405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr21	47417432	rs3216137	A	AG	3603.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.735;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.439;NF=25;NR=47;PP=2161;ReadPosRankSum=-0.063;SC=CCGCCCACCCAGGGGGGCCTG;SOR=0.403;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=81;TCF=28;TCR=53;TR=72;WE=47417442;WS=47417422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,142:0.98:145
chr21	47417578	rs2276255	A	G	2130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.395;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.479;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=26;NR=32;PP=892;ReadPosRankSum=0.421;SC=TCACCATGCTAAGCCTGCTCC;SOR=0.758;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=129;TCF=58;TCR=71;TR=58;WE=47417586;WS=47417568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:124,109:0.47:233
chr21	47417975	rs3737437	A	G	3210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=60;NR=32;PP=1650;SC=GGCCTGTGCCAGCCAGTGGGT;SOR=1.281;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=93;TCF=61;TCR=32;TR=92;WE=47417983;WS=47417965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr21	47418234	rs11700844	G	C	1207.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.471;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=27;PP=833;ReadPosRankSum=-0.931;SC=GTCAGCTCAGGCCCTTCCGCT;SOR=1.153;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=80;TCF=36;TCR=44;TR=44;WE=47418242;WS=47418224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:46,51:0.53:97
chr21	47418728	rs141212516	C	CT	2669.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=25;PP=1922;SC=CCTCTCTTATCTTTATTTTTT;SOR=1.559;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=47;WE=47418736;WS=47418718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	47419012	rs4819179	C	T	1704.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-0.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.798;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=32;PP=767;ReadPosRankSum=0.403;SC=ACGGGGCCAGCGCGCAGATGC;SOR=0.946;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=86;TCF=38;TCR=48;TR=52;WE=47419020;WS=47419002;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:68,83:0.55:151
chr21	47419697	rs8131101	C	T	2924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=27.59;SOR=1.189;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr21	47419706	rs11464071	C	CG	415.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.868;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.12;MQRankSum=1.523;QD=5.86;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,22:0.31:71
chr21	47419747	rs8131632	A	G	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=105;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=52;PP=1471;SC=GCCAGGCCCTAGGGACCCGTG;SOR=1.508;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=82;TCF=28;TCR=54;TR=80;WE=47419755;WS=47419737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
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chr21	47420723	rs13053065	G	C	2380.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=2.085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.44;MQRankSum=0.090;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.513;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:133,126:0.49:259
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chr21	47421315	rs11701124	C	T	3037.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.063;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.410;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=62;PP=1306;ReadPosRankSum=0.141;SC=GGCCTCGCCCCGCCCGGCTTT;SOR=0.665;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=208;TCF=75;TCR=133;TR=98;WE=47421323;WS=47421305;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:165,155:0.48:320
chr21	47421793	rs8132377	C	T	1762.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.480;SOR=0.679;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,47:0.38:125
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chr21	47422412	rs35796750	C	T	9262.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.251;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=858;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.093;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=152;NR=126;PP=2962;ReadPosRankSum=-0.321;SC=GAGCAGGCTGCGCCACACCGA;SOR=0.780;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=537;TCF=285;TCR=252;TR=278;WE=47422420;WS=47422402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:403,453:0.53:856
chr21	47422639	rs2236485	A	G	5313.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.16;SOR=1.677;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr21	47422639	.	ACCCGG	GCCCGA,GCCCGG	881	.	AC=1,0;AF=0.500,0.00;AN=2;BRF=0.45;FR=0.5000,0.5000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=15,29;NR=36,79;PP=881,847;QD=18.3228995071;SC=GCATGGGGCCACCCGGGCAGT;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=109;TCF=29;TCR=80;TR=51,108;WE=47422652;WS=47422629;set=Platypus	GT:AF:DP	0/1:0.47:109
chr21	47422644	rs2236486	G	A	2235.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.917;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=4.435;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.293;SOR=0.408;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:62,74:0.54:136
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chr21	47422712	rs2236488	C	T	190.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.17;BaseQRankSum=2.665;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=11;PP=162;ReadPosRankSum=-1.068;SC=TAGGTGCACGCGGGGCCGCCC;SOR=0.269;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=12;WE=47422720;WS=47422702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,10:0.36:28
chr21	47423133	rs2236489	C	G	5883.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=61;NR=87;PP=2965;SC=TCTGAGAGGACGGGGCTCTGG;SOR=0.974;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=149;TCF=62;TCR=87;TR=148;WE=47423141;WS=47423123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr21	47423233	rs59769541	C	T	1560.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.416;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=29;NR=22;PP=865;ReadPosRankSum=-1.015;SC=GGAGCTTAGACGCTCTCTGGC;SOR=0.575;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=51;WE=47423241;WS=47423223;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:55,71:0.56:126
chr21	47423389	rs1053312	G	A	4465.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=0.439;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=450;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=57;PP=1902;ReadPosRankSum=1.472;SC=ACCACCAAGCGCTTCGCCAAG;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=245;TCF=135;TCR=110;TR=126;WE=47423397;WS=47423379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:223,224:0.50:447
chr21	47423507	rs1053315	G	A	3523.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=376;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.223;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=66;NR=64;PP=1791;ReadPosRankSum=0.752;SC=CAGAGCGGGCGTCGCTGCAGT;SOR=0.622;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=265;TCF=137;TCR=128;TR=130;WE=47423515;WS=47423497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:187,180:0.49:367
chr21	47423636	rs1053320	C	T	5814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=595;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=73;PP=1948;ReadPosRankSum=0.961;SC=AGGCCTCGTCCGGCGCTGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=337;TCF=166;TCR=171;TR=145;WE=47423644;WS=47423626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:290,296:0.51:586
chr21	47532544	rs1010688	C	T	2779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;SC=CACGGTGGGCCGTCCACCCAC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TR=83;WE=47532552;WS=47532534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr21	47536546	rs762438	C	T	2017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=13;PP=743;SC=CTCACTGCGCCGGCTTTCCTC;SOR=1.096;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=42;TCF=27;TCR=15;TR=40;WE=47536554;WS=47536536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr21	47536840	rs71185194	T	TACAC	204.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.96;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr21	47537666	rs5844252	T	TG	260.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=2;PP=267;SC=TCACTGAGCCTGGGCCTCACA;SOR=2.093;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=47537674;WS=47537656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr21	47537882	rs7279347	G	A	2243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=26;PP=913;SC=CGGGGCAGGCGGGGTCACCAG;SOR=0.716;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=27;TCR=26;TR=52;WE=47537890;WS=47537872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	47538050	rs7279535	G	A	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=10;PP=233;SC=GGGCGGCCCCGCCGCTGCTCA;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=47538058;WS=47538040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	47538960	rs2839110	G	A	3150.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.42;SOR=0.806;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr21	47539790	rs3737362	A	G	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=28;PP=954;SC=GAGGCAGCCCAGGGTCTCACT;SOR=0.740;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=47539798;WS=47539780;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr21	47542220	rs2070578	C	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=24;PP=820;SC=GAGAAGGCTTCGGGTGACTCA;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=47542228;WS=47542210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
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chr21	47544541	rs3746995	C	G	2335.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=21;PP=1143;SC=CCACTGAAGCCCACCTGTTCT;SOR=1.191;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=61;TCF=40;TCR=21;TR=61;WE=47544549;WS=47544531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr21	47545155	rs2839113	A	G	1328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=19;NR=9;PP=591;SC=CGGGGGGACTACCCTGCCTGC;SOR=1.112;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=47545163;WS=47545145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr21	47545768	rs1042917	G	A	7283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=60;PP=2624;SC=GACGACGAACGTATCGACTCC;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=72;TCR=61;TR=132;WE=47545776;WS=47545758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr21	47545823	rs13052956	G	A	13596.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.87;SOR=0.700;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr21	47545826	rs13046639	C	T	13646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.31;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,308:1.00:308
chr21	47546244	rs13050660	T	C	953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=17;PP=689;SC=ACCTGAGGGATGAATGTGCAG;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=33;TCF=15;TCR=18;TR=32;WE=47546252;WS=47546241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	47551833	rs7279622	C	T	1052.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=9;PP=702;SC=TGCCCACCTCCCCTCCGCCCA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=24;TCR=9;TR=33;WE=47551841;WS=47551823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr21	47556793	rs12774	C	T	3515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.708;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr21	47557074	rs9284510	A	G	2855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=37;PP=1609;SC=CACTGCCCACAGCCAGTCGGC;SOR=0.884;Source=Platypus;TCF=50;TR=86;WE=47557082;WS=47557064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr21	47558473	rs1047179	G	C	2133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=18;PP=806;SC=GTTCCTGCAGGGCCGGCCACA;SOR=0.976;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=28;TCR=18;TR=46;WE=47558481;WS=47558463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr21	47566090	rs80225292	G	A	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=3;PP=306;SC=GGACTCAGCCGGGTCTCCACG;SOR=1.863;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=17;TCF=12;TCR=5;TR=15;WE=47566098;WS=47566080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr21	47571383	rs34248722	C	CA	1116.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=3;PP=802;SC=GTGCCCCATCCCCACCGACCT;SOR=2.546;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=20;WE=47571391;WS=47571373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	47575237	rs62214040	T	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=42;NR=17;PP=1201;SC=AGCCACGGGATGTCCTTGGGG;SOR=1.926;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=61;TCF=44;TCR=17;TR=59;WE=47575245;WS=47575227;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr21	47581212	rs118185461	G	A	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=11;PP=513;SC=TTTCCCCTCCGGGGGGACGCG;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=16;TCR=11;TR=27;WE=47581220;WS=47581202;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	47588646	rs11909543	G	A	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=13;PP=377;SC=TAAAGAACATGTTAACAACCC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=6;TCR=13;TR=19;WE=47588654;WS=47588636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	47588735	rs58861127	A	G	266.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.11;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	47602719	rs55819909	G	A	1574.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=22;PP=865;SC=TCAGCTCGCCGCCTTCAGCCA;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=47;TCF=25;TCR=22;TR=47;WE=47602727;WS=47602709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	47608580	rs2968	G	A	4129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.03;SOR=0.755;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr21	47609510	rs9717	T	C	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=14;NR=7;PP=317;SC=AGCCCTGGACTGCACACCAAG;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=47609518;WS=47609500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr21	47609677	rs914247	A	G	2135.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=19;PP=847;SC=AAGAGCAGATAAGGAGGTATA;SOR=0.796;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=24;TCR=19;TR=43;WE=47609685;WS=47609667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr21	47611285	rs73144744	T	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=12;PP=325;SC=AGCAAGAGCATAGGAAAGCAA;SOR=2.584;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=47611293;WS=47611275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr21	47612466	rs2187120	A	G	3739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.46;QD=44.00;SOR=0.867;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr21	47612471	rs2187121	T	C	3916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.11;QD=45.02;SOR=0.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	47612512	rs146297977	C	CTG	4558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=33;PP=2297;SC=GTACGTATGTCTGTGTGGCAC;SOR=0.773;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=48;WE=47612520;WS=47612502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr21	47614469	rs2254524	A	C	2952.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=33;PP=1477;SC=GCACTCTGCAAATAACGCCGC;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=74;TCF=41;TCR=33;TR=74;WE=47614477;WS=47614459;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr21	47616071	rs7282841	G	C	3173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.08;SOR=1.778;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
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chr21	47625658	rs2839143	T	C	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=22;NR=7;PP=512;SC=GCTTCTGAGATGGGCCACCAG;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=47625666;WS=47625648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr21	47626728	rs16978976	C	T	8586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=98;PP=2965;SC=GTGCTGAGCACACACAGGCGC;SOR=0.812;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=177;TCF=79;TCR=98;TR=177;WE=47626736;WS=47626718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,337:1.00:337
chr21	47632995	rs2839151	T	C	613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=4;NR=10;PP=187;SC=CCAAGTCAGGTGCAAGGAGAA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=47633003;WS=47632985;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr21	47633789	rs9974665	C	G	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=69;PP=2266;SC=CGCTCCAGACCCACAGCAGCC;SOR=1.102;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=112;TCF=42;TCR=70;TR=111;WE=47633797;WS=47633779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr21	47635176	rs34115287	T	C	806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.970;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=12;PP=307;ReadPosRankSum=1.964;SC=CTGCCGCAGGTGGGCACTGTG;SOR=0.247;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=47635184;WS=47635166;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr21	47635302	rs5844259	T	TC	294.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=393;SC=GACTTGCCCTTCCCAGGGTTT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=47635310;WS=47635292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr21	47635627	rs9980968	C	G	2895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=21;PP=889;SC=GCCAGCTGTGCGGCGTGTACA;SOR=0.784;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=27;TCR=21;TR=48;WE=47635635;WS=47635617;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	47635713	rs11701729	G	A	2921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=29;NR=26;PP=1046;SC=AGCTCCTGGTGGGGGCAGTGT;SOR=0.727;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=55;WE=47635721;WS=47635703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr21	47635856	rs2839153	C	G	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=345;SC=GACCCCGAGGCCACATGAAGG;SOR=3.383;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=47635864;WS=47635846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr21	47639492	rs2277826	C	G	7037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=58;NR=108;PP=2965;SC=ACCACCTGAGCGGGGAGAGAA;SOR=1.201;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=58;TCR=108;TR=166;WE=47639500;WS=47639482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr21	47641700	rs2839157	G	T	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=1;PP=264;SC=TTTCTGTATCGCGTTTGTGAG;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=47641708;WS=47641690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr21	47641794	rs2839158	C	T	2065.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.15;SOR=0.881;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr21	47642609	rs11558754	G	A	4624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=48;NR=58;PP=1990;SC=CTCTGTATCCGGCTGGCAGAG;SOR=0.851;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=48;TCR=58;TR=106;WE=47642617;WS=47642599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr21	47647618	rs369702446	GA	G	187.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=3.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.613;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.204;SOR=0.374;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:75,27:0.26:102
chr21	47648729	.	CCCCGCCCCT	C	811.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.19;QD=42.72;SOR=5.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	47656712	rs2839166	T	C	2079.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=18;PP=881;SC=TTAATTCTTATGTAAATGCCA;SOR=1.124;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=33;TCR=18;TR=51;WE=47656720;WS=47656702;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr21	47662913	.	A	C	828.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.906;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.37;ReadPosRankSum=1.201;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr21	47676948	rs17176611	A	C	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=27;PP=773;SC=AGGGTCTTCAAACTGAGAAAC;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=37;TCF=10;TCR=27;TR=37;WE=47676956;WS=47676938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	47686152	rs2839182	C	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=26;PP=688;SC=AGTGCCCTGCCGAGTACTGCA;SOR=2.419;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=4;TCR=26;TR=30;WE=47686160;WS=47686142;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr21	47686174	rs4818831	T	C	1231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=17;PP=369;SC=GCCCCTTGGGTGTCACCACAG;SOR=2.468;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=19;TCF=2;TCR=17;TR=19;WE=47686182;WS=47686164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr21	47687144	rs2839183	G	A	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=16;PP=409;SC=CATGGCCAGCGTGGGGCACAT;SOR=2.200;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=47687152;WS=47687134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr21	47697650	rs17182664	A	G	1125.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=11;PP=434;SC=TAAACACCACACTGAGGGCCC;SOR=0.737;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=47697658;WS=47697640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr21	47699856	rs2839195	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=1;PP=216;SC=GCTATAGGGCGCTATTTCCTG;SOR=2.303;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=47699864;WS=47699846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	47700498	rs4438580	C	T	3867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=51;NR=40;PP=1712;SC=GCCTGGAAAACAGTCCACAAC;SOR=0.883;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=91;TCF=51;TCR=40;TR=91;WE=47700506;WS=47700488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr21	47703649	rs11702450	G	A	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=30;PP=853;SC=AGTCAGGGATGTTCTTGCACT;SOR=1.460;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=43;TCF=13;TCR=30;TR=43;WE=47703657;WS=47703639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr21	47704896	rs9975588	G	A	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=34;NR=47;PP=1588;SC=CAGCACAGATGAACTTGAAGG;SOR=1.002;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=82;TCF=35;TCR=47;TR=81;WE=47704904;WS=47704886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr21	47717616	rs8651	G	A	1446.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=20;PP=711;SC=GGTCGCACACGAATAAATAAC;SOR=0.884;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=47717624;WS=47717606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr21	47722530	rs4365550	G	A	1805.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=28;PP=883;SC=TAAAGTTTCCGTTTTTCCTAT;SOR=0.910;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=47722538;WS=47722520;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr21	47722610	rs1556338	C	G	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=14;PP=383;SC=GTCCCCGGGGCAGGCTCTGAG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=47722618;WS=47722600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	47734842	rs117095783	A	G	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr21	47734842	.	ACG	GCA	2675	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;FR=1.0000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=26;MQ=60.0;NF=35;NR=33;PP=2675;QD=20;SC=GGGAGCCCCAACGCCACAGAG;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=73;TCF=37;TCR=36;TR=68;WE=47734852;WS=47734832;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:5,68:0.93:73
chr21	47734844	rs114869542	G	A	5059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.78;SOR=0.747;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr21	47742416	rs117394729	T	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=10;PP=1090;SC=GAAAGTGTGATCCTGTGGGTG;SOR=2.303;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=41;TCR=10;TR=51;WE=47742424;WS=47742406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr21	47744037	rs3842460	CG	C	529.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=5;PP=336;SC=ACAGTTGTCGCGGGGGGAGGG;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=47744045;WS=47744027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chr21	47766714	.	G	A	2440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=24;PP=966;SC=CATGCACACGGCGCAGCTGGA;SOR=0.737;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=28;TCR=24;TR=52;WE=47766722;WS=47766704;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr21	47773103	rs2249057	C	A	2659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr21	47777063	rs2839223	G	A	1945.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=15;PP=543;SC=AATTTGTATGGGAAGTTGCAG;SOR=0.719;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=47777071;WS=47777053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr21	47777222	rs2839224	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=258;SC=AGTGCTGTACATGGCACATTT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=47777230;WS=47777212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	47783796	rs8131546	T	C	2404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=33;PP=884;SC=GGGAGCTTGCTGCGCTCCACG;SOR=1.053;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=47783804;WS=47783786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr21	47786449	rs9637173	T	A	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.55;SOR=1.121;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr21	47786494	rs2839226	C	T	4013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=60;NR=33;PP=1733;SC=ACTTTGTTGCCGCAGGTTTTT;SOR=1.091;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=94;TCF=60;TCR=34;TR=93;WE=47786502;WS=47786484;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr21	47786817	rs2839228	C	G	2014.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=32;NR=23;PP=1089;SC=CCTGTTACCTCTCTGAATTTC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=55;WE=47786825;WS=47786807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chr21	47787002	rs6518289	T	C	2213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=37;PP=1008;SC=CGAACCGAAGTGAGCACAGAG;SOR=1.065;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=47787010;WS=47786992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr21	47810502	rs117669919	G	A	485.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=4;PP=193;SC=GGGTCTGGGGGTAGAAGTGGC;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=47810510;WS=47810492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr21	47811272	rs3737438	C	T	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=5;PP=126;SC=CAGCCACGGACGCCGAGGCCA;SOR=1.022;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=47811280;WS=47811262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr21	47836653	rs2070425	C	T	1983.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=22;PP=728;SC=ACCCAGGGGCCGGGGCTGCTT;SOR=0.887;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=41;TCF=17;TCR=24;TR=39;WE=47836661;WS=47836643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr21	47845992	rs11702810	T	C	173.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=66.18;QD=24.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr21	47850405	rs2839257	C	T	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=11;PP=337;SC=GATTGTTCTGCGATGTCTCCA;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=47850413;WS=47850395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr21	47850484	rs2070426	G	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	47851753	rs2073376	A	G	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=38;PP=1773;SC=GCTCTGCTGCAGAAGCTGAAG;SOR=0.889;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=53;TCR=38;TR=90;WE=47851761;WS=47851743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr21	47852151	rs5844270	A	AG	517.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=427;SC=CTGCCGGCGGACGTCCACACC;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=47852159;WS=47852141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr21	47856106	rs2236616	C	A	866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=11;NR=22;PP=558;SC=CTTGCAGCCACCCCTCTGTCC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=47856114;WS=47856096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr21	47860764	rs2839260	T	C	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=9;PP=790;SC=TTTTTTTCTTTTAGATGGAAA;SOR=2.038;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=37;TCF=27;TCR=10;TR=35;WE=47860772;WS=47860754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	47862624	rs2839262	A	G	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=17;PP=441;SC=ATTCCGTCAGAGCAGTCGTCC;SOR=1.206;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=26;WE=47862632;WS=47862614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr21	47864560	rs143709505	CTTT	C	715.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;QD=24.68;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr21	47910659	rs9976530	A	G	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=18;PP=554;SC=GGCAGTGGGGAAGGTGGACGG;SOR=1.751;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=47910667;WS=47910649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr21	47917047	rs11315869	CT	C	3790.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=64;PP=1524;SC=TCAAGTGTGGCTTTTTTTTGA;SOR=1.132;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=74;TCF=4;TCR=70;TR=67;WE=47917055;WS=47917037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr21	47918662	rs7283507	C	G	5381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=53;NR=64;PP=2181;SC=GGGAGGGAGACCCACCACTGC;SOR=0.804;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=117;TCF=53;TCR=64;TR=117;WE=47918670;WS=47918652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr21	47957332	rs2070432	G	A	3395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=50;PP=2262;SC=GGGCCCACTCGCCCTAAGCAT;SOR=0.906;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=110;TCF=60;TCR=50;TR=110;WE=47957340;WS=47957322;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr21	47959692	rs1008548	G	A	1309.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr21	47959698	rs1008549	C	T	1341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.28;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr21	47961711	rs2070435	G	A	3476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=41;NR=36;PP=1438;SC=AAGCAGTCCTGTCGATGAACG;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=77;WE=47961719;WS=47961701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr21	47966016	rs4818845	C	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=16;PP=467;SC=GACCTCCCTGCCCATCACCCT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=5;TCR=16;TR=21;WE=47966024;WS=47966006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
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chr21	47971539	rs2255526	G	A	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=18;PP=1001;SC=GAGTTCCCCCGTTTCTAGAGG;SOR=0.947;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=47971547;WS=47971529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
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chr21	47980760	rs2839324	T	G	3650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=47;PP=1349;SC=AAACCAGGTCTGCACTGACTA;SOR=0.976;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=31;TCR=47;TR=78;WE=47980768;WS=47980750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr21	47983657	rs762253	G	A	1660.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=16;PP=1021;SC=GACCTGACATGAGCACATCAG;SOR=1.392;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=35;TCR=16;TR=51;WE=47983665;WS=47983647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr21	47986633	rs3819044	C	A	3469.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=59;PP=1777;SC=CACGTGGTCCCTCCAGCCCTT;SOR=1.277;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=29;TCR=59;TR=88;WE=47986641;WS=47986623;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr21	48063476	rs10854485	C	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;QD=24.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr21	48069682	rs76937225	C	T	2349.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=25;PP=1053;SC=AGCTGGGGGCCGGAGCTGGGG;SOR=0.763;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=55;TCF=29;TCR=26;TR=54;WE=48069690;WS=48069672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr21	48080896	rs113970410	C	G	4500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=40;NR=58;PP=1993;SC=ATGAATTGCTCCTTACATTCG;SOR=0.887;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=98;WE=48080904;WS=48080886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr22	16157496	.	A	G	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.64;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	16157603	rs370790235	G	C	182.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.58;QD=20.31;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	16157622	rs374192809	G	C	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.58;QD=22.09;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	16157648	rs373638938	CCTT	C	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.52;QD=38.80;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr22	16157883	rs368849066	T	C	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.68;MQRankSum=-4.639;QD=2.96;ReadPosRankSum=-0.491;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,13:0.25:51
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chr22	17054103	rs4008588	G	A	1615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=35;PP=1089;SC=AGCTAGTACAGGTAAAATAAT;SOR=1.493;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=18;TCR=35;TR=53;WE=17054111;WS=17054093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	17054291	rs73159808	T	C	3224.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.38;QD=24.07;SOR=0.921;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
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chr22	17063359	rs2006108	A	G	2176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.96;QD=26.55;SOR=1.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	17072483	rs2236639	A	G	11232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=443;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=176;NR=138;PP=2965;SC=ATCTCCATCCAAGACCTAGCT;SOR=0.902;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=314;TCF=176;TCR=138;TR=314;WE=17072491;WS=17072473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,429:1.00:429
chr22	17073066	rs5747988	A	G	6352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=70;PP=2725;SC=GAGGCAGGCCAGCCTTCAGCA;SOR=0.759;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=147;TCF=77;TCR=70;TR=147;WE=17073074;WS=17073056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr22	17280822	rs5748648	G	A	7406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=95;PP=2965;SC=TTCCAGCATCGTGTTTCTCTT;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=173;TCF=77;TCR=96;TR=172;WE=17280830;WS=17280812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr22	17326914	rs165927	G	A	3388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=36;PP=1652;SC=TGGAAGACTCGGTGGAGAAGG;SOR=0.966;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=54;TCR=36;TR=90;WE=17326922;WS=17326904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	17327068	rs165588	A	G	1295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=28;PP=885;SC=CCGGGCACTGACCAAGCTCCC;SOR=1.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=11;TCR=28;TR=39;WE=17327076;WS=17327058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	17446991	rs4819925	C	T	1306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.67;SOR=1.345;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	17449076	rs5748768	C	G	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=10;PP=868;SC=ACCTAGGCAGCCTCCTAGGAG;SOR=1.649;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=17449084;WS=17449066;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	17488727	rs5748800	A	C	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=7;NR=3;PP=182;SC=AGTCGCCTCCACCCGCAGCTC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=17488735;WS=17488723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	17488823	rs11378060	C	CG	1840.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=16;PP=970;SC=CCCCACTGCCCCACTCACAAA;SOR=0.693;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=23;WE=17488831;WS=17488813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	17586471	rs2241046	C	T	2407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	17586583	rs2241047	C	G	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=4;NR=21;PP=638;SC=GCCAGGCAGACAAGGCTGAAC;SOR=2.448;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=4;TCR=21;TR=25;WE=17586591;WS=17586573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	17586609	rs144979983	GT	G	1028.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=817;SC=CCAGCCCGGGGTGGGGGGTGA;SOR=1.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=17;WE=17586622;WS=17586599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	17586614	rs35078252	G	C	1037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=14;SC=CCGGGGTGGGGGGTGAGACCA;SOR=1.708;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=6;TCR=14;TR=20;WE=17586622;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	17586631	rs4819959	G	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=11;PP=466;SC=ACCATGGTTTGTCGTGGTGGG;SOR=0.760;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=17586639;WS=17586621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	17586715	rs56736183	ATCAC	A	1807.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=5;PP=942;SC=GCCCCGCCGCATCACTCACGC;SOR=1.845;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=17;WE=17586726;WS=17586705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	17589297	rs2229151	G	A	3613.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.63;SOR=0.996;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr22	17589794	rs12484684	C	A	4891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.439;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.93;MQRankSum=0.000;NF=61;NR=75;PP=2704;ReadPosRankSum=-0.682;SC=CTGCGGAGCCCGGGCGGCAGG;SOR=0.552;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=136;WE=17589802;WS=17589784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,180:0.99:181
chr22	17600148	rs9605220	A	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=1;PP=85;SC=GGTGCAGAAGAACACCCTGGC;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=17600156;WS=17600138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	17600293	rs13056456	G	A	1894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.69;SOR=1.117;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	17600497	rs3827295	G	A	4262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=41;PP=1574;SC=CCCGGCAGCCGAGGAAGAAGA;SOR=0.755;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=87;TCF=46;TCR=41;TR=87;WE=17600505;WS=17600487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr22	17600977	rs5994165	G	A	5164.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=54;NR=50;PP=1874;SC=CCGTGGTGCCGAAGGGCGCGC;SOR=0.733;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=54;TCR=50;TR=104;WE=17600985;WS=17600967;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr22	17602839	rs5992629	G	A	2941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=25;PP=1149;SC=CCCTGGGGTCGCGAGCCATCT;SOR=0.844;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=58;WE=17602847;WS=17602829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	17603503	rs28360663	G	A	1425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=18;PP=719;SC=TGAGGGAGCTGTATGCAGTGG;SOR=0.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=23;TCR=19;TR=41;WE=17603511;WS=17603493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	17611515	rs5748883	T	C	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQ=61.07;NF=3;NR=12;PP=350;SC=CATAAAAATGTTTGATATCTG;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=17611523;WS=17611505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	17619368	rs2286954	G	A	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=15;PP=753;SC=TAGGGAAATGGGGGTGAGAGT;SOR=0.752;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=31;WE=17619376;WS=17619358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	17619393	rs41282459	A	G	1255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.86;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	17622267	rs2286955	C	T	2509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=43;NR=28;PP=1237;SC=CCAACAAGCCCAGTAGAGCCC;SOR=1.053;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=71;WE=17622275;WS=17622257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	17623837	rs5747009	A	G	711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=8;PP=485;SC=CAGAGGTGGTAAGTGGCAGAT;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=17623845;WS=17623827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	17623880	rs34058953	G	GC	1450.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=17;PP=1172;SC=TGACTCCAAGGCCCCTTGCTG;SOR=1.038;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=29;WE=17623888;WS=17623870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	17624072	rs2302521	G	A	1792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=23;NR=31;PP=878;SC=TTCCACTCCAGGAGAACCACA;SOR=0.904;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=54;WE=17624080;WS=17624062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	17630393	rs71326301	C	T	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=0;PP=204;SC=CATTAGGAACCAGGTCCTTGG;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=17630401;WS=17630383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	17639918	rs71312076	T	G	1082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=12;PP=392;SC=CCCAGGAGGCTGGGATACCAG;SOR=0.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=25;WE=17639926;WS=17639908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	17640176	.	GC	G	435.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.987;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.706;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.16;ReadPosRankSum=-0.366;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,22:0.92:24
chr22	17640399	rs148919630	G	GGGC	1082.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=545;SC=GGCACGGCCTGGGCGGCGGCG;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=11;WE=17640407;WS=17640389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	17669151	rs2231496	C	T	1241.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=15;PP=765;SC=TAGGCTCTAACCCTGAGGCAT;SOR=1.203;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=40;WE=17669159;WS=17669141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	17669406	rs9619005	G	C	798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=17;PP=529;SC=GCGCGCCCTGGAGCCTGTGCA;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=6;TCR=17;TR=23;WE=17669414;WS=17669396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	17671052	rs2286347	C	T	8412.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=88;NR=121;PP=2965;SC=CCTGAGGCACCCCTGCCCTCC;SOR=0.917;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=209;TCF=88;TCR=121;TR=209;WE=17671060;WS=17671042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr22	17680306	rs144627322	T	TCCTCCCTCCCCTCCTCTATCCTCTTCC	304.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=101.58;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	17680519	rs17807317	A	C	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=58;PP=1908;SC=TGGGATCGCCATTTGAGGTGG;SOR=0.924;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=42;TCR=58;TR=100;WE=17680527;WS=17680509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr22	17690409	rs362129	G	A	2631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=38;PP=1081;SC=CCTCCTTGGTGTTCAGCACCA;SOR=1.157;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=17690417;WS=17690399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr22	17956264	rs9605304	A	G	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=16;PP=547;SC=CTCTTTTGCGATTAAAATAGC;SOR=0.954;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=29;TCF=13;TCR=16;TR=28;WE=17956272;WS=17956254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	17979626	rs17808463	C	T	916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=3;PP=535;SC=AATGCCAATCCTGTGCCAGAA;SOR=2.448;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=24;WE=17979634;WS=17979616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	17990852	rs5747211	G	A	3178.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.06;SOR=1.028;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr22	18027817	rs35190782	CT	C	443.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.669;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.09;ReadPosRankSum=2.133;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,36:0.82:44
chr22	18030096	rs66840782	TA	T	492.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=2.814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.07;MQRankSum=1.318;QD=3.70;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:71,62:0.47:133
chr22	18032459	rs201209827	GTTTTTTTTTTTTTTT	G,GT	1708.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.23;QD=40.68;SOR=1.900;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,28,14:0.67,0.33:42
chr22	18075566	.	CTTTT	C	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.072;ClippingRankSum=0.000;DP=68;ExcessHet=3.0103;FS=1.531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.16;MQRankSum=-0.495;QD=3.76;ReadPosRankSum=1.461;SOR=0.674;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,9:0.24:38
chr22	18084001	rs5747254	T	G	1731.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=24;PP=857;SC=AGTCGGCTCATAACCCACTGT;SOR=0.854;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=20;TCR=24;TR=44;WE=18084009;WS=18083991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	18171650	rs5013026	C	T	482.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=362;SC=TCTCCTGCCTCAGCCTCCTGA;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=18171658;WS=18171640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	18178859	rs2257083	C	T	2343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.48;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	18209613	rs4488761	A	G	3604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=46;NR=61;PP=2058;SC=TGTCACTGTCAGCTAGCCAGA;SOR=0.933;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=107;WE=18209621;WS=18209603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr22	18218464	rs181382	T	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=16;PP=341;SC=TGCAAAAACATGTTCTCCAGA;SOR=1.460;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=18218483;WS=18218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	18218475	rs181383	C	G	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=13;PP=354;SC=GTTCTCCAGACCCCTGAAGTC;SOR=1.708;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=18218483;WS=18218454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	18222263	rs181390	A	G	3978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=42;PP=1323;SC=ATCTGTGTTCAGGCAGGGGCG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=81;WE=18222271;WS=18222253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	18233000	rs181405	G	A	1901.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.864;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	18257138	rs443912	T	G	2564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr22	18291791	rs423710	C	G	3933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=39;NR=60;PP=2042;SC=AGGGGAAACACAGGAGTTGCC;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=39;TCR=60;TR=99;WE=18291799;WS=18291781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	18293502	rs61739631	C	T	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.220;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FS=3.160;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.16;ReadPosRankSum=2.002;SOR=0.360;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,117:0.99:118
chr22	18293650	rs436590	A	G	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=21;PP=677;SC=CAGCAGGCCAACAGGGGCCTG;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=18293658;WS=18293640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	18310700	.	TAC	T	54.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=2;PP=54;ReadPosRankSum=-1.164;SC=TGCACATGTATACACACACAC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=2;WE=18310709;WS=18310690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,5:0.17:29
chr22	18325378	rs2895998	G	C	6402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=86;NR=67;PP=2965;SC=CCGCAGCACCGCTGCTCAGAG;SOR=0.824;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=154;TCF=87;TCR=67;TR=153;WE=18325386;WS=18325368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,241:1.00:241
chr22	18325541	rs61626259	T	C	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=47;PP=1382;SC=TCGTCGGCGATCTTGGCCGGA;SOR=1.420;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=21;TCR=47;TR=68;WE=18325549;WS=18325531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	18347851	.	T	TTTTA	455.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=4;PP=277;SC=TGGTTTTAAATTTTATTTATT;SOR=0.859;SbPval=0.41;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=5;WE=18347859;WS=18347841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	18370066	rs4819472	C	A	3436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=34;NR=55;PP=1886;SC=CTTTGCAGCCCATCAAGAGAC;SOR=1.075;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=34;TCR=56;TR=89;WE=18370074;WS=18370056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr22	18561657	rs138340258	T	C	1350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=27;PP=686;SC=TGCTAAGTTCTGTCAGTAAGC;SOR=1.220;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=43;WE=18561665;WS=18561647;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	18562888	rs464541	C	T	465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=365;SC=CCCTCCAGATCGGATTCTTTC;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=18562896;WS=18562878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	18571008	rs464385	G	A	3120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=52;PP=1531;SC=ACCCTACTTCGGCTGGTCGCG;SOR=1.397;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=74;TCF=21;TCR=53;TR=73;WE=18571016;WS=18570998;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	18609065	rs2234329	G	T	2267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=18;PP=976;SC=TTTTTACTGTGGGGTGTTCTC;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=18609073;WS=18609055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	18642865	rs147007821	G	A	2948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=54;NR=22;PP=1646;SC=ACAGGCATGAGCCACCATGCC;SOR=1.380;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=77;TCF=54;TCR=23;TR=76;WE=18642873;WS=18642855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	18643166	rs2543716	G	A	666.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=19;PP=527;SC=TCTGCCTCCCGGGTTCAAGCG;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=18643174;WS=18643156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	18649922	rs9605536	A	G	2892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=11;PP=1833;SC=AGGGCTAGGAAGAGACAAAGT;SOR=5.806;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=106;TCF=78;TCR=28;TR=89;WE=18649930;WS=18649912;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	18650682	rs3180408	C	T	6594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=86;NR=58;PP=2598;SC=GCCCTGTATACGATCCGGGTG;SOR=0.911;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=144;WE=18650690;WS=18650672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr22	18896169	rs426065	C	T	3305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.853;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.213;NF=61;NR=39;PP=1908;ReadPosRankSum=0.994;SC=AGATGCCGCCCCATCATTCTG;SOR=1.107;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=63;TCR=40;TR=100;WE=18896177;WS=18896159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr22	18896189	rs425576	T	C	4101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.77;QD=26.29;SOR=0.857;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr22	18897416	rs436638	C	T	325.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=8;NR=2;PP=202;SC=CCCGCCTGCCCCCTCCAGCTG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=18897424;WS=18897406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	18898289	rs441862	G	C	1694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=11;PP=1059;SC=GGAGAGGCCTGGGTGTGGTGA;SOR=1.773;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=18898297;WS=18898279;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	18898874	.	G	A	200	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.5958;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MMLQ=28;MQ=57.98;NF=1;NR=4;PP=200;QD=46.9542425094;SC=TGGGGGCAGAGGCTCAGATTC;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=5;WE=18898882;WS=18898865;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:3,5:0.62:8
chr22	18898908	.	A	G	57	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MMLQ=29;MQ=56.95;NF=1;NR=1;PP=57;QD=45.8856062736;SC=TGGGGGCAGAAGCTCAGATTC;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=2;WE=18898916;WS=18898898;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chr22	18899016	rs428224	G	A	749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=8;PP=357;SC=GGGCCTGGGGGTCACTCTGGC;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=18899024;WS=18899006;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	18900651	.	C	G	79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.69;FR=0.5000;HP=11;HapScore=2;MGOF=83;MMLQ=23;MQ=56.12;NF=0;NR=7;PP=79;QD=16.2530303639;SC=TGGGCGGGGGCGGGGGGTGCT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=7;WE=18900659;WS=18900641;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:8,7:0.47:15
chr22	18900669	rs383964	A	G	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=10;PP=578;SC=GCTGGAGGCTAAGGGTGTGCT;SOR=1.819;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=18900677;WS=18900659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	18900750	rs372055	G	A	2160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=14;PP=866;SC=AGCCACAGCAGCTGCCGCTCC;SOR=1.395;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=30;TCR=14;TR=44;WE=18900758;WS=18900740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	18901004	rs450046	C	T	5305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=49;NR=60;PP=1864;SC=AAAGTACACCCGGTGGTCAGC;SOR=0.814;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=49;TCR=61;TR=109;WE=18901012;WS=18900994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr22	18901090	rs385440	A	G	1571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=32;PP=908;SC=CACTGTCCCCAGTGCAGGGAT;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=14;TCR=32;TR=46;WE=18901098;WS=18901080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	18904414	rs455072	A	G	2347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=29;PP=1307;SC=TGCGCAGTGCAAAGCGCACTG;SOR=1.154;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=47;TCR=29;TR=76;WE=18904422;WS=18904404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	18904606	rs375115	T	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=22;PP=572;SC=GATCCATCCATTGAGCTGGCT;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=6;TCR=22;TR=28;WE=18904614;WS=18904596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	19026613	rs2072123	A	G	1680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=19;PP=558;SC=GCTGACCTCCACAGGCTCAAA;SOR=0.892;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=32;WE=19026621;WS=19026603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	19028476	rs2073775	T	C	7421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr22	19028480	rs2073774	T	C	7520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.47;SOR=1.246;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr22	19034079	rs715539	A	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=6;PP=253;SC=GGGTGGCAAGAGTAGACACTC;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=19034087;WS=19034069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	19034240	rs2012929	A	G	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=14;PP=412;SC=GCCACAGGGCAGGCAGAGCAG;SOR=0.730;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=19034248;WS=19034230;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	19048413	rs2238739	A	G	5554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.465;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=51;PP=2091;ReadPosRankSum=-0.738;SC=TGTGCAGGGTACCGACACATG;SOR=0.789;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=57;TCR=53;TR=107;WE=19048421;WS=19048403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,216:0.99:218
chr22	19048436	rs62221717	G	A	5916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.426;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=59;PP=2153;ReadPosRankSum=-0.895;SC=CATAGTAAGCGTCTATGTACC;SOR=0.745;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=61;TCR=61;TR=119;WE=19048444;WS=19048426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,234:0.99:236
chr22	19050599	rs111427599	T	TCCATGTC	4711.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.671;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.306;HP=4;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=0.251;NF=46;NR=17;PP=2900;ReadPosRankSum=0.882;SC=GCTCACCCACTCCCTGCACAG;SOR=2.765;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=73;TCF=50;TCR=23;TR=63;WE=19050607;WS=19050589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,100:0.98:102
chr22	19050635	rs5993488	G	A	6708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.222;NF=107;NR=65;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.565;SC=GGCAGCACTGGGTAAGAGGGA;SOR=1.129;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=176;TCF=110;TCR=66;TR=172;WE=19050643;WS=19050625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,250:0.99:252
chr22	19050878	rs9617765	A	G	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=59;PP=1649;SC=TTTTTGAGACAGAGTCTCGCT;SOR=3.551;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=67;TCF=8;TCR=59;TR=67;WE=19050886;WS=19050868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	19055542	rs17743576	T	C	368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=1;PP=293;SC=AGCACAGTAGTGCTGGAAAGG;SOR=3.767;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=19055550;WS=19055532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	19077049	rs2800960	C	T	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=37;PP=1132;SC=TGGCAGTAGGCCAGCAAACCA;SOR=2.124;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=10;TCR=37;TR=47;WE=19077057;WS=19077039;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	19109609	rs62223868	A	C	1205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=18;NR=17;PP=495;SC=CTCGCCGCCCAGCCCCCACAC;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=18;TCR=17;TR=35;WE=19109617;WS=19109599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	19109753	rs11550628	A	G	2569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.45;SOR=0.758;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	19109764	rs11550626	A	G	2315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=15;PP=514;SC=AGGCCGGACCAGGCCGGACTG;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=31;WE=19109772;WS=19109743;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	19109812	rs11550627	A	G	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=364;SC=GGTCAGGCGGAGCTGAACCTG;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=19109820;WS=19109802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	19189003	rs11386977	A	AC	3973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=27;PP=1675;SC=GCGGTCTCCAACTACGGATAA;SOR=0.808;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=36;WE=19189011;WS=19188993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	19217613	rs2800963	C	T	348.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.75;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	19217617	rs113338080	C	T	318.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.54;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	19217621	rs9306213	G	T	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	19318622	rs1210690	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=4;PP=238;SC=AGCAGCATGGTGCCTGCAGCA;SOR=1.473;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=19318630;WS=19318612;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	19349590	rs916594	G	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=11;PP=289;SC=TGCCTCAAAAGTAAAGGAGAA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=19349598;WS=19349580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	19419093	rs8140291	A	G	1262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=27;PP=771;SC=CTCCCGCGCCACCCGCCCTCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=19419101;WS=19419083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	19455376	rs5746742	C	T	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=5;PP=385;SC=AGAAGAACTCCGCTTATTTGA;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=19455384;WS=19455366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	19455836	rs756658	A	G	1791.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=21;PP=789;SC=ATAGTCACTCACTGTACTTCC;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=19455844;WS=19455826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	19455871	rs756657	A	C	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=18;PP=695;SC=GCAAATTATAAGGCCCTGCGT;SOR=0.724;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=19455879;WS=19455861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	19458224	rs5993648	C	T	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=7;PP=247;SC=TTTGGCCTTCCGAAGTGCTGG;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=19458232;WS=19458214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	19462466	rs5746744	C	G	124.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.98;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	19467652	rs5748232	T	C	5046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.621;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=69;NR=66;PP=2158;ReadPosRankSum=-1.333;SC=CGGGTCGCCGTGTTCAGCCGG;SOR=0.768;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=135;TCF=69;TCR=66;TR=135;WE=19467660;WS=19467642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,193:0.99:195
chr22	19468655	rs5993650	C	T	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=33;PP=900;SC=ATAGATTAAGCGTGTATTTAA;SOR=1.835;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=19468663;WS=19468645;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	19471609	rs737858	A	G	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=19;PP=558;SC=CTGCCAGGCCAAGGTGTACTG;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=19471617;WS=19471599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	19492692	rs8136840	C	G	189.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=95;SC=CACACCCCCCCGCTCCATCCA;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=19492700;WS=19492690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	19495967	rs2073736	G	A	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=14;PP=727;SC=GGGCCTGTGAGGGACATTAGC;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=19495975;WS=19495957;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	19504318	rs2073733	G	A	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.914;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=25.47;ReadPosRankSum=1.665;SOR=1.010;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,100:0.99:101
chr22	19504470	rs2073732	T	C	9341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.773;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,364:1.00:364
chr22	19506456	rs2073760	G	T	1380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=21;PP=610;SC=GTTCTGCAGGGGTGGCTGCAG;SOR=1.077;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=12;TCR=21;TR=33;WE=19506464;WS=19506446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	19511925	rs885985	G	A	4744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=67;PP=2407;SC=CGCACCTCCTGGGTCTGCCAG;SOR=0.919;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=119;TCF=51;TCR=68;TR=117;WE=19511933;WS=19511915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,174:1.00:174
chr22	19702168	.	C	CTGCCCGCG	2554.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;ClippingRankSum=0.000;DP=237;ExcessHet=3.0103;FS=2.674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.679;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:137,68:0.33:205
chr22	19747082	rs737868	G	C	512.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=8;PP=223;ReadPosRankSum=-3.585;SC=TGGTTGCAGCGGAGGCGGCGG;SOR=0.589;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=82;TCF=56;TCR=26;TR=25;WE=19747090;WS=19747072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:63,31:0.33:94
chr22	19794366	rs737860	C	A	2583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=51;PP=1613;SC=GCGATTAGCCCGGGCTGCTGT;SOR=1.371;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=76;TCF=25;TCR=51;TR=76;WE=19794374;WS=19794356;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	19839516	rs79220086	C	T	7338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=79;NR=79;PP=2965;SC=CCTGTGGGGTCGGGAGCTGGG;SOR=0.715;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=158;TCF=79;TCR=79;TR=158;WE=19839524;WS=19839506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr22	19898837	rs885987	A	G	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=25;PP=1209;SC=CACAGGCTCTAAGGGTCCAGT;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=64;WE=19898845;WS=19898827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	19898886	rs9606176	C	T	2754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=29;PP=1370;SC=CCACCAAGCACGCGCAGGCCT;SOR=1.064;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=77;WE=19898894;WS=19898876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	19902526	rs4597638	T	C	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=2;PP=147;SC=AGAGCTGTCCTGAGGATCTGG;SOR=1.863;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=19902534;WS=19902516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	19902896	rs2073771	C	T	1040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=27;PP=683;SC=GCAGTTCCCACGGCCCCTGCC;SOR=2.362;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=6;TCR=27;TR=33;WE=19902904;WS=19902886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	19905802	rs756661	G	A	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=47;PP=1370;SC=AGGGCCTCACGATGGACTATT;SOR=0.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=76;TCF=29;TCR=47;TR=76;WE=19905810;WS=19905792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr22	19906306	rs3747067	C	G	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=2;PP=173;SC=GAGGGCTCATCGAGGATAAGC;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=10;WE=19906314;WS=19906296;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	19907099	rs5748469	C	A	5465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=50;PP=1545;SC=TCCACCACGGCCACCTTCCTT;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=81;TCF=31;TCR=50;TR=81;WE=19907107;WS=19907089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	19907118	rs5748470	G	A	4819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=40;PP=1347;SC=TTCCCAGCTGGGCGGCTGGAA;SOR=1.002;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=64;WE=19907126;WS=19907108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	19907192	rs5748471	A	G	1256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=23;PP=674;SC=GGCACTCCTCAGGGCTTGTGA;SOR=1.378;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=10;TCR=23;TR=33;WE=19907200;WS=19907182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	19920949	rs10483103	G	A	4195.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=36;PP=1513;SC=TGCTCAGAACGTCCCTACCTT;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=42;TCR=36;TR=78;WE=19920957;WS=19920939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr22	19921003	rs5746847	T	C	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.822;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	19954916	rs61143203	AT	A	2133.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.59;BaseQRankSum=0.432;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=13;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=18;MQRankSum=0.551;NF=9;NR=49;PP=582;ReadPosRankSum=1.620;SC=TTGCTAGGACATTTTTTTTTT;SOR=0.649;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=12;TCR=66;TR=58;WE=19954926;WS=19954906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:35,150:0.81:185
chr22	19960606	rs2240715	G	C	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=62;PP=2119;SC=CCCCACCTCCGCGGCTCCCCA;SOR=3.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=6;TCR=62;TR=68;WE=19960614;WS=19960596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	20074575	rs2073778	C	T	576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=403;SC=ACATCTAGGCCCCCTGAGAGC;SOR=2.531;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=20074583;WS=20074565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	20079603	rs11089328	A	G	1030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.13;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	20094263	rs4819529	C	T	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=13;PP=297;SC=GCTGGGCGGGCGGCCCCTGGT;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=20094271;WS=20094253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	20096314	rs146291827	G	GCGCCTACCTTGCCAGACCCTGGGCA	548.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=4;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=202;SC=GACCCTGGGCGCGCCTGCCTT;SOR=4.804;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=7;WE=20096322;WS=20096304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	20102090	rs885980	T	C	4816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=60;NR=41;PP=1709;SC=CAGGGACTCATGGCTACCTGG;SOR=0.887;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=60;TCR=41;TR=101;WE=20102098;WS=20102080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr22	20102750	rs2073777	C	T	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=17;PP=1073;SC=GCTCCCACACCGCATAGGACT;SOR=1.545;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=20102758;WS=20102740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	20104301	rs395446	T	C	4136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=48;PP=2209;SC=TTTCCTCCCCTATCGCACCTG;SOR=1.060;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=96;TCF=48;TCR=48;TR=95;WE=20104309;WS=20104291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr22	20110246	.	CTG	C	113	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=113;QD=38.6666666667;SC=CGAGGGGGTGCTGTGTGTGTG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=20110255;WS=20110236;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chr22	20127554	rs175174	A	G	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.614;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=41;NR=30;PP=1311;ReadPosRankSum=-1.045;SC=GGTTGGGAGGAGGTTTGTCCA;SOR=0.918;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=73;TCF=42;TCR=31;TR=71;WE=20127562;WS=20127544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,116:0.98:118
chr22	20132972	rs175179	A	G	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.89;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	20132979	rs146417481	AC	A	240.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=7;PP=203;SC=CCCACAGCGCACCCCCCCTCC;SOR=2.093;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=8;WE=20132987;WS=20132962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	20136379	rs4819867	C	A	1526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=20;PP=763;SC=GGGCTGGGCTCTGCCGTGCAG;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=19;TCR=20;TR=39;WE=20136387;WS=20136369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	20137723	rs139050179	C	T	2421.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.95;QD=24.71;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	20137822	rs3887519	C	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.27;MQRankSum=0.000;QD=25.89;ReadPosRankSum=-0.938;SOR=0.323;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,36:0.97:37
chr22	20137948	.	G	GTGGGGC	721.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.17;QD=48.12;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	20138105	rs73391926	T	C	3346.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=57;NR=36;PP=1868;SC=CTCCCTCCCGTGACAGGGGTG;SOR=1.150;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=93;TCF=57;TCR=36;TR=93;WE=20138113;WS=20138095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	20255020	rs854929	T	C	2148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=22;PP=1244;SC=CTGCAGATGGTGGGCGTTGCT;SOR=1.236;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=68;WE=20255028;WS=20255010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	20295420	rs4425183	G	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.997;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.79;ReadPosRankSum=-2.373;SOR=0.648;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,8:0.16:49
chr22	20303854	rs5993964	G	A	60.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.406;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=1.856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=1.042;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,6:0.23:26
chr22	20307256	rs7235	G	A	461.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.808;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=-0.093;NF=14;NR=7;PP=193;ReadPosRankSum=-0.822;SC=TTTCGAACACGGTGCCGTCGA;SOR=0.569;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=74;TCF=50;TCR=24;TR=21;WE=20307264;WS=20307246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,33:0.31:107
chr22	20379008	rs62218641	G	A	79.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.95;QD=15.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	20379066	rs56006201	C	T	79.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.95;QD=15.98;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	20385706	rs79640249	G	T	1301.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.06;QD=24.11;SOR=0.767;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	20385739	rs146242498	TTGTC	T	2977.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.58;QD=44.44;SOR=0.723;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	20385845	rs200418297	A	T	33.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.77;QD=16.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	20394502	rs201085493	C	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.70;QD=22.99;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	20394526	rs201289136	C	T	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.70;QD=22.86;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	20743771	rs361766	C	T	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=48;NR=14;PP=1176;SC=GCGCCTGGGGCATGACTGCCC;SOR=2.062;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=48;TCR=14;TR=62;WE=20743779;WS=20743761;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	20745201	rs362125	A	G	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=48;PP=1403;SC=ACAGTGAGGCACACACACACA;SOR=1.809;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=17;TCR=48;TR=65;WE=20745209;WS=20745191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	20749051	.	CT	C	264.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;ClippingRankSum=0.000;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=1.017;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=1.297;QD=2.94;ReadPosRankSum=-0.020;SOR=0.922;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:58,32:0.36:90
chr22	20779604	rs7286419	T	G	101.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=55;SC=GCGTGGGAGGTGTGGGGTGGC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=4;WE=20779612;WS=20779594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	20779768	rs874101	G	C	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=16;PP=593;SC=GGTCTCAGGCGCGGGCAAGTC;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=20779776;WS=20779758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	20779822	rs874100	G	C	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.534;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.44;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,57:0.98:58
chr22	20779946	rs759612	C	G	645.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=43.05;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	20779947	rs759611	G	C	645.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=43.05;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	20779973	rs5844418	C	CG	350.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=4;PP=112;SC=GAGGCAGCCTCGGCGCGCTTC;SOR=1.270;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=20779981;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	20780024	rs5844420	G	GC	367.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.97;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	20780029	rs370015834	G	GC	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.70;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	20780031	rs2329378	G	C	511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	20780091	rs759610	C	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.99;SOR=1.236;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	20780097	rs759609	G	C	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.69;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	20784217	rs882745	C	T	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=36;PP=1058;SC=GGTCCAGGGTCCCAGAACCGG;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=53;TCF=17;TCR=36;TR=53;WE=20784225;WS=20784207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	20795757	rs1153427	C	T	1648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=12;PP=732;SC=TTCCTGGGGACGCAGCTTGGG;SOR=1.270;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=20795765;WS=20795747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	20800983	rs1058990	G	A	2219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=35;PP=1055;SC=GCCACCAGGAGAAATGGCGTG;SOR=1.127;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=20800991;WS=20800973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	20843885	rs165613	T	G	178.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=0;PP=203;SC=CTCCCCAATTTTAAAAAGAGA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=20843893;WS=20843875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	20907303	rs165829	T	C	1407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=11;PP=566;SC=CCCCCAGTAGTGGGGAGTACT;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=20907311;WS=20907293;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	20920813	rs361923	A	ACAG	3775.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.874;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.823;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.045;NF=21;NR=36;PP=2707;ReadPosRankSum=-0.752;SC=AACAACAGCAACAGCAGCAGC;SOR=0.832;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=57;WE=20920823;WS=20920803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:24,161:0.87:185
chr22	20929286	rs165842	C	G	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=34;NR=12;PP=941;SC=GCTGCCCAAGCTTTCCTTGCC;SOR=1.791;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=48;TCF=36;TCR=12;TR=46;WE=20929294;WS=20929276;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	20937601	rs165643	C	T	1418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=22;PP=657;SC=TTAGTGTGTACCCTCTTCTGT;SOR=0.970;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=14;TCR=22;TR=36;WE=20937609;WS=20937591;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	20938775	rs165747	T	C	2154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=33;PP=895;SC=CTGGGAGTGCTGCTGAGAGGG;SOR=0.897;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=59;WE=20938783;WS=20938765;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	20940794	rs93173	G	A	10693.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=423;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=116;NR=90;PP=2965;SC=GCACTGCCGGGTGTGCCAGGA;SOR=0.842;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=206;TCF=116;TCR=90;TR=206;WE=20940802;WS=20940784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,415:1.00:415
chr22	21034809	rs28668558	G	A	922.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.188;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=2.806;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=-0.502;QD=16.19;ReadPosRankSum=-1.174;SOR=0.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,44:0.77:57
chr22	21081964	rs4820583	C	T	371.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.02;ReadPosRankSum=1.924;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,24:0.32:74
chr22	21213380	rs1061063	C	T	4037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=55;NR=38;PP=1718;SC=TTTCCCAGACCGAGAGCCGCG;SOR=0.966;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=95;TCF=56;TCR=39;TR=93;WE=21213388;WS=21213370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr22	21213416	rs1061064	A	G	6990.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.978;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr22	21311531	rs81027	C	T	2037.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.85;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	21311721	rs178251	T	G	7426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.742;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr22	21322325	rs11334069	TC	T	4356.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.923;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.43;MQRankSum=0.266;QD=28.85;ReadPosRankSum=-0.264;SOR=5.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,150:0.99:151
chr22	21322351	rs178254	T	C	3112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=132;PP=2965;SC=CTGCACTCGGTAGGCCTCCGA;SOR=6.736;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=137;TCF=4;TCR=133;TR=136;WE=21322359;WS=21322341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr22	21322376	rs74610147	T	G	4018.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=6.759;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	21322377	rs75810376	C	G	4063.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.71;SOR=6.713;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	21322380	rs71317868	A	G	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.40;SOR=6.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	21322383	rs432390	A	G	3661.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=47.56;SOR=6.466;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	21327834	rs178265	C	G	2126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.62;SOR=0.772;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	21329123	rs733455	A	G	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=22;PP=601;SC=GGGTGGGGCAAGTAGGGACCC;SOR=2.235;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=21329131;WS=21329113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	21330608	rs34766252	C	T	1442.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.124;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FS=0.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.83;ReadPosRankSum=2.139;SOR=0.740;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:212,87:0.29:299
chr22	21331043	rs178269	A	T	5895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=237;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=72;PP=2965;SC=GCGTGGGTCGAGCCCTCATGA;SOR=0.977;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=98;TCR=72;TR=170;WE=21331051;WS=21331033;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr22	21331918	rs178275	C	G	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=4;PP=595;SC=CAAGCGCATGCTGTAGGGTGT;SOR=2.925;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=18;TCR=4;TR=22;WE=21331926;WS=21331908;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	21331950	rs178276	C	G	959.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=9;PP=721;SC=ACGCAGAAGGCAGGGACAGGG;SOR=2.165;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=22;TCR=9;TR=31;WE=21331958;WS=21331940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	21332122	rs178277	G	A	6982.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=107;NR=82;PP=2965;SC=AGTGGCAGGAGGTTCAGGTCA;SOR=0.911;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=191;TCF=109;TCR=82;TR=189;WE=21332130;WS=21332112;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr22	21334924	rs105034	G	C	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=20;PP=882;SC=GGGAGGCTATGAGACAGGGGC;SOR=1.140;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=49;TCF=29;TCR=20;TR=49;WE=21334932;WS=21334914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	21335259	rs178278	C	A	7764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=310;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=70;PP=2763;SC=TGTCTTGACCCCTCCTCCCCT;SOR=0.747;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=79;TCR=70;TR=149;WE=21335267;WS=21335249;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,304:1.00:304
chr22	21337266	rs178280	G	A	1436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=14;PP=610;SC=TTCCTTGGGTGCCCCCCAGGA;SOR=1.199;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=40;WE=21337274;WS=21337256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	21337415	rs178281	C	G	2831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=25;NR=28;PP=977;SC=GGACCAGGTACGGAGAAGTAC;SOR=0.766;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=53;WE=21337423;WS=21337405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	21340088	rs178287	T	C	4823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=60;NR=36;PP=2094;SC=CACTGCAGAGTAGACCTGGCT;SOR=0.990;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=96;TCF=60;TCR=36;TR=96;WE=21340096;WS=21340078;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr22	21341677	rs58365624	C	CA	828.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.101;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=2.947;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.01;ReadPosRankSum=3.175;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,56:0.81:69
chr22	21342169	rs178289	G	C	130.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.519;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=121;ReadPosRankSum=0.903;SC=GCAGCAGGTCGTTCCGGGGCT;SOR=1.173;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=46;TCF=34;TCR=12;TR=12;WE=21342177;WS=21342159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,11:0.22:51
chr22	21343982	.	TGGGGAGCCAGGGCGCAGGTAGAGGAGGTGAGGGGCAC	T	2966	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;FR=1.0000;HP=5;HapScore=1;MGOF=9;MMLQ=20;MQ=66.32;NF=4;NR=49;PP=2966;QD=20;SC=GTGAGGGGCGTGGGGAGCCAG;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=5;TCR=57;TR=53;WE=21344040;WS=21343972;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:9,53:0.85:62
chr22	21343992	.	GGGCGCA	G	2527.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.915;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.97;MQRankSum=-0.560;QD=25.79;ReadPosRankSum=-0.465;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr22	21344001	.	TAGAGGAGGTGAGGGGCACGGGGAGCCAGGGC	T	4135.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=68.66;QD=42.20;SOR=1.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	21344884	rs2073989	C	T	1375.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.766;HP=2;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=32;PP=687;ReadPosRankSum=0.575;SC=ATATGAAGAACGCCTCTTGCA;SOR=1.364;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=55;TCF=15;TCR=40;TR=41;WE=21344892;WS=21344874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,62:0.76:82
chr22	21344905	rs178290	A	G	1371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=31;PP=826;SC=CCTGGTGGCCATGGTAACCAT;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=11;TCR=31;TR=42;WE=21344913;WS=21344895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	21344920	rs17820542	G	C	1182.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=27;PP=765;SC=AACCATCCTTGTGAGCTCTGC;SOR=2.093;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=34;TCF=6;TCR=28;TR=33;WE=21344928;WS=21344910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	21346485	rs112544	T	C	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=4;PP=835;SC=CTCATGCCCATGTGTCTCCCC;SOR=2.780;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=31;TCR=4;TR=35;WE=21346493;WS=21346475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	21346719	rs756876	A	C	10299.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=4.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=399;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.100;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=100;NR=116;PP=2965;ReadPosRankSum=0.016;SC=TGTGATCAACACCTCTCACAC;SOR=0.431;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=218;TCF=101;TCR=117;TR=216;WE=21346727;WS=21346709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,395:0.99:398
chr22	21348084	rs178291	T	C	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=55;PP=1554;SC=CTGCTGTGCCTGGGCAGTGGG;SOR=1.664;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=25;TCR=55;TR=80;WE=21348092;WS=21348074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	21348914	rs4822790	C	T	662.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.253;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.455;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=12;PP=375;ReadPosRankSum=-0.750;SC=AGTTGTGCCGCCTGGAGCAGC;SOR=0.484;SbPval=0.38;Source=Platypus;TC=87;TCF=52;TCR=35;TR=26;WE=21348922;WS=21348904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:89,40:0.31:129
chr22	21349037	rs178292	A	G	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=71;NR=53;PP=2503;SC=GGGTCAGCGCAATCAGGGTTG;SOR=0.953;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=124;TCF=71;TCR=53;TR=124;WE=21349045;WS=21349027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr22	21350461	rs178294	A	G	727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=22;PP=567;SC=CACCCACCTCAGGTGGCTTTG;SOR=4.174;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=21350469;WS=21350451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	21350936	rs11704198	G	A	3858.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.036;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=46;PP=1775;ReadPosRankSum=0.440;SC=TCCCTGGGAGGGTGCGGGCGG;SOR=0.602;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=159;TCF=97;TCR=62;TR=110;WE=21350944;WS=21350926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:83,175:0.68:258
chr22	21354970	rs426938	C	G	9543.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=366;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=117;NR=93;PP=2965;SC=CTGACTTCAGCGGGGCCAGGT;SOR=0.840;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=210;TCF=117;TCR=93;TR=210;WE=21354978;WS=21354960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr22	21356029	rs2075269	T	C	887.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-0.135;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=15;PP=423;ReadPosRankSum=0.208;SC=CCTCAGTATCTGAGAAAGGCG;SOR=0.677;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=38;WE=21356037;WS=21356019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:120,56:0.32:176
chr22	21356316	rs79461566	C	G	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.657;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=1.831;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.615;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:77,27:0.26:104
chr22	21356538	rs368989	A	T	1942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=14;NR=43;PP=1216;SC=CGAGTTTCTGACGCGCCCGCG;SOR=1.897;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=14;TCR=44;TR=57;WE=21356546;WS=21356528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	21356566	rs369250	A	G	254.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=1.884;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=10;PP=139;ReadPosRankSum=1.243;SC=AGCTCCCTGGACTACCAGTAT;SOR=0.793;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=39;TCF=9;TCR=30;TR=12;WE=21356574;WS=21356556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,13:0.33:39
chr22	21356824	rs28372939	G	A	693.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.734;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.06;MQRankSum=1.617;QD=3.73;ReadPosRankSum=1.841;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:134,52:0.28:186
chr22	21356892	rs66918515	AAGAC	A	928.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.122;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.799;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=1.594;NF=2;NR=16;PP=757;ReadPosRankSum=0.546;SC=ACACAGGAGAAAGACAGTATC;SOR=0.461;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=52;TCF=5;TCR=47;TR=18;WE=21356903;WS=21356882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:77,29:0.27:106
chr22	21356925	rs9625292	T	A	287.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=1.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.735;QD=4.96;ReadPosRankSum=-1.119;SOR=0.986;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,19:0.33:58
chr22	21357006	rs4822808	C	T	496.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.765;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.091;HP=3;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-0.964;NF=8;NR=10;PP=309;ReadPosRankSum=-1.584;SC=CGGCTCACTGCAAACTCCGCC;SOR=0.499;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=25;TCF=13;TCR=12;TR=18;WE=21357014;WS=21356996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,22:0.76:29
chr22	21365668	rs1210564	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=18.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	21365743	rs389623	GG	AT	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.691;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.63;MQRankSum=0.660;QD=31.25;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,9:0.82:11
chr22	21365759	rs146547300	G	A	313.03	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.51;MQRankSum=1.386;QD=20.87;ReadPosRankSum=-1.056;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr22	21369676	rs3893495	G	C	257.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.923;HP=5;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.066;NF=2;NR=7;PP=113;ReadPosRankSum=-1.626;SC=GGGAAGAGGTGGGGGGTGGGG;SOR=1.492;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=9;WE=21369684;WS=21369666;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:8,13:0.62:21
chr22	21372374	rs55763104	G	A	2167.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.209;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=692;ExcessHet=3.0103;FS=0.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.99;MQRankSum=0.563;QD=3.13;ReadPosRankSum=0.872;SOR=0.642;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:527,165:0.24:692
chr22	21372405	rs2073598	G	T	14977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=2.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=579;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=151;NR=188;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.308;SC=CAGCCCCAGGGGGCCACCCGT;SOR=0.278;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=340;TCF=151;TCR=189;TR=339;WE=21372413;WS=21372395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,578:1.00:579
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chr22	21377071	rs9613540	C	T	2192.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-0.779;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.443;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=39;PP=1123;ReadPosRankSum=0.646;SC=CCAGTGCCCCCAGCAGGGTGG;SOR=0.302;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=103;TCF=45;TCR=58;TR=74;WE=21377079;WS=21377061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:37,99:0.73:136
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chr22	21403226	rs73164871	G	C	400.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.819;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.992;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=8;NR=5;PP=204;ReadPosRankSum=-0.547;SC=CCGAGGAGTGGTTCTGTCCCC;SOR=0.907;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=13;WE=21403234;WS=21403216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:41,23:0.36:64
chr22	21403360	rs201821840	C	T	230.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.070;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=2.369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.52;MQRankSum=-2.946;QD=3.78;ReadPosRankSum=0.695;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,17:0.28:61
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chr22	21411598	rs46148	T	C	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=18;PP=500;SC=CCCTGCCCAGTTACACAGCGT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=25;WE=21411606;WS=21411588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
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chr22	21797094	rs486362	C	G	1640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=34.15;QD=45.58;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	21797102	rs1210228	G	C	1665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=34.58;QD=42.71;SOR=0.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	21800042	rs467181	T	C	8409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=331;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=80;NR=83;PP=2965;SC=CGGCCTCTGCTCCTCCCGTTG;SOR=0.743;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=163;WE=21800050;WS=21800032;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,324:1.00:324
chr22	21800444	rs128477	T	C	4532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=53;PP=2082;SC=GCAGCGGCCATGCCAGCGCCC;SOR=0.816;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=122;WE=21800452;WS=21800434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr22	21822725	rs430214	T	C	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=21;PP=587;SC=CTGCAGGTGCTTGAGCGGGAC;SOR=3.611;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=23;WE=21822733;WS=21822715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	21822744	rs395295	G	C	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=16;PP=415;SC=ACCCTGAGGTGTTTAGTAGGG;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=16;WE=21822752;WS=21822734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	21822774	rs452545	T	G	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=24.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chr22	21829507	rs140118179	G	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.69;QD=44.81;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	21829513	rs113567369	TTGTC	T	752.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.94;QD=41.82;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	21830934	.	G	A	87.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.61;QD=17.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	21832031	.	A	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.34;QD=35.76;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	21832041	.	G	A	205.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.18;QD=29.40;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	21842655	rs143994138	C	T	678.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.95;QD=32.32;SOR=6.184;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	21846328	.	GC	G	49.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.58;QD=16.42;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	21983853	rs861856	G	A	6138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=73;NR=88;PP=2731;SC=AGCTCTGGGGGTCCTCGCGAG;SOR=0.872;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=161;TCF=73;TCR=88;TR=161;WE=21983861;WS=21983843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr22	21984205	rs710177	A	G	191.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=6;PP=145;SC=CGCTGGTCACAGCCCCGGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=21984213;WS=21984195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	21988524	rs861854	C	T	4281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=65;SC=GGCGACTGAGCGCATGGCTGC;SOR=1.045;SbPval=0.52;Source=Platypus;TCF=65;WE=21988532;WS=21988514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr22	21988602	rs861853	C	T	7882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=305;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=142;NR=74;PP=2965;SC=AAGTGGTGGACGGCGGGCACA;SOR=1.300;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=216;TCF=142;TCR=74;TR=216;WE=21988610;WS=21988592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,293:1.00:293
chr22	21991072	rs861852	T	C	5668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=68;NR=69;PP=2299;SC=CACCTCCCACTGCAGCACAGA;SOR=0.730;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=138;TCF=68;TCR=70;TR=137;WE=21991080;WS=21991062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,218:1.00:218
chr22	22007143	rs395006	G	A	324.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=226;SC=GAAGACCCCAGGGACGCACCC;SOR=3.442;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=9;TCR=0;TR=9;WE=22007151;WS=22007133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	22007528	rs861843	C	G	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=20;PP=753;SC=GCAGAGGCCCCGCCCCAGCCA;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=22007536;WS=22007518;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	22024150	rs2247115	C	T	2099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=18;PP=1114;SC=CCAAAGACTTCGTCCTCTTTA;SOR=1.409;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=57;WE=22024158;WS=22024140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	22024507	rs402225	G	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=7;PP=323;SC=ATAAGTAAATGAAATACAAAA;SOR=0.804;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=16;WE=22024515;WS=22024497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	22025462	rs1647705	A	G	2787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=39;PP=1385;SC=AGTAACAGCTAGGGCCTTGGG;SOR=1.094;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=22025470;WS=22025452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	22036832	rs1669112	T	C	3757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=65;PP=1612;SC=GTCCCCTGCCTGCCTGCCCCA;SOR=1.073;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=107;TCF=39;TCR=68;TR=104;WE=22036840;WS=22036822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr22	22036883	.	G	GCTGCCTCCTCAGTCTAGCTCTTACATCTCCTCCCCGATC	2227.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.18;QD=45.46;SOR=5.549;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	22039199	rs861833	C	T	892.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=14;PP=433;SC=ACAAGCTGAACGCTGTGAGTG;SOR=0.941;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=22039207;WS=22039189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	22040713	rs861831	G	A	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=34;PP=1595;SC=CAAGCGACACGTCCCCACCCA;SOR=0.979;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=89;WE=22040721;WS=22040703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr22	22042318	rs861829	C	T	3975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=40;NR=36;PP=1436;SC=CGGTGGGCCTCGGGTCTCAGA;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=77;TCF=41;TCR=36;TR=76;WE=22042326;WS=22042308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr22	22042440	rs861828	C	T	2056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=32;PP=972;SC=TTGGCTGCTCCGTGGGGCATG;SOR=0.941;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=60;TCF=26;TCR=34;TR=57;WE=22042448;WS=22042430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	22049369	rs861820	G	T	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=40;PP=1116;SC=CGTGAGTGCCGCGGGGCTGGC;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=22049377;WS=22049359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	22055280	rs710172	A	G	1321.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=12;PP=829;SC=GAGATGGCCGAGAGTGTCAAG;SOR=1.473;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=22055288;WS=22055270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	22055394	rs1860	A	G	6491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=257;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=64;NR=61;PP=2257;SC=AACAGCATTCAAAGGAGAAGG;SOR=0.717;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=129;TCF=66;TCR=63;TR=125;WE=22055402;WS=22055384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr22	22055581	rs861816	C	A	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=15;PP=391;SC=TTGGCAAAAACCCCCCCCAAG;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=22055589;WS=22055571;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	22057997	rs147967901	C	CG	934.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=287;SC=CAGAAACTCCCGGCGGGGGGA;SOR=4.407;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=18;WE=22058008;WS=22057987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	22058000	rs861814	C	G	1026.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=3;PP=678;SC=AAACTCCCGGCGGGGGGATGG;SOR=5.136;SbPval=0.99;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=34;WE=22058008;WS=22057987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	22058586	rs861813	T	C	887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=20;PP=500;SC=AGTTCAGATGTGCTCACGCTG;SOR=1.308;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=30;WE=22058594;WS=22058576;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	22287862	rs2027789	G	A	3921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=46;PP=1680;SC=GGCGGGCAGCGTTGGTGTGCA;SOR=0.732;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=98;TCF=52;TCR=46;TR=96;WE=22287870;WS=22287852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr22	22287964	rs2027790	T	C	4987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=59;PP=1644;SC=GGTGGGGATGTGGTGGGAGTC;SOR=0.890;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=98;TCF=39;TCR=59;TR=98;WE=22287972;WS=22287954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr22	22288011	rs9607409	G	A	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=45;PP=1297;SC=CCAGTGGGGCGTGGCGCCAGG;SOR=1.200;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=69;TCF=24;TCR=45;TR=67;WE=22288019;WS=22288001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	22288309	rs94194	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=214;SC=TCAGCCTTGGTGGGCAGCTCT;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=22288317;WS=22288299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	22288560	rs9610645	G	A	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=33;PP=1094;SC=TCCCAAAGGCGGTTAAAGAAA;SOR=0.745;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=28;TCR=33;TR=61;WE=22288568;WS=22288550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	22312383	rs200219922	A	G	252.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.02;QD=28.09;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	22312476	rs867116	T	C	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=83;SC=TGCCTGGACATGCGCTCCCTC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=22312484;WS=22312466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	22312790	rs4638895	C	G	288.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.19;QD=24.06;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	22313669	rs2266972	G	A	1100.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=30;PP=793;SC=TCCGCAACACGTGGTCAAGGG;SOR=2.191;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=8;TCR=30;TR=38;WE=22313677;WS=22313659;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	22313829	rs239918	A	C	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=4;PP=473;SC=GGTGTCACTGACCTGGCCTAC;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=22313837;WS=22313819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	22318538	rs9610728	C	T	4138.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=48;PP=1829;SC=CTCACCGTGTCGGCCCAGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=96;TCF=48;TCR=48;TR=96;WE=22318546;WS=22318528;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr22	22318671	rs9610729	G	A	2095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=42;PP=1101;SC=TCTGCATGGCGTGCTGCGGCC;SOR=1.387;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=20;TCR=42;TR=62;WE=22318679;WS=22318661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	22322138	rs9610750	G	A	2207.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=38;PP=1228;SC=GTCTCCAGGTGAGCCCAACGC;SOR=0.812;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=71;TCF=33;TCR=38;TR=70;WE=22322146;WS=22322128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	22322192	rs9607460	C	A	1183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=29;PP=818;SC=GTCTGGGAGCCAAATAGCCCT;SOR=1.900;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=40;WE=22322200;WS=22322182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	22323075	rs145530716	C	T	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=29;PP=1217;SC=GGGTTGGAGTCTGACACGGCC;SOR=0.804;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=67;WE=22323083;WS=22323065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr22	22324542	rs139881270	A	AGTGAGG	997.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=851;SC=GCTGAGGGAGAGTGAGGGTGT;SOR=1.426;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=19;TCF=13;TCR=6;TR=14;WE=22324550;WS=22324532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	22329851	rs9610773	G	C	76.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=0;PP=55;SC=GCCAGGAGTGGAAGCAAATGC;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=22329859;WS=22329841;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	22330082	rs239927	T	C	1357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=18;PP=594;SC=CAGTCTTCATTTTGTCTCGGT;SOR=1.157;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=22330090;WS=22330072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	22330107	rs762474	T	G	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=369;SC=CACACTCCAGTTTCGGGGCAC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=22330115;WS=22330097;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	22550339	rs9623052	G	C	7064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=87;NR=72;PP=2965;SC=CATCTCTCCCGACTGATCTCT;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=159;TCF=87;TCR=72;TR=159;WE=22550347;WS=22550329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr22	22550450	rs2073447	C	G	6090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=78;PP=2965;SC=CTCCTGCACCCGCAGCAGTGG;SOR=0.811;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=168;TCF=90;TCR=78;TR=168;WE=22550458;WS=22550440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,231:1.00:231
chr22	22550510	rs2073448	T	G	7576.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=103;NR=93;PP=2965;SC=CCCGGGCAGTTCCCCCACCAC;SOR=0.773;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=103;TCR=93;TR=196;WE=22550518;WS=22550500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr22	22550760	rs5757323	A	G	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.966;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=44;PP=1228;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TGTCTCCACCAGAGAGGGTAG;SOR=1.550;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=63;WE=22550768;WS=22550750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,77:0.97:79
chr22	22556270	rs5995639	T	C	9204.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=100;NR=88;PP=2965;SC=AGCCGCCCTCTCTGTCTGCAT;SOR=0.781;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=188;TCF=100;TCR=88;TR=188;WE=22556278;WS=22556260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr22	22556368	rs9306341	C	T	4755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=65;PP=2537;SC=CAGCAGAAGCCAGGGAGCTCT;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=59;TCR=65;TR=124;WE=22556376;WS=22556358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr22	22556662	rs2330029	A	T	1590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=35;PP=1003;SC=CATTAAATACAGGATTGTTGT;SOR=1.961;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=13;TCR=35;TR=48;WE=22556670;WS=22556652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	22569448	rs5750741	T	A	8617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=347;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=95;NR=109;PP=2965;SC=AACAGCAACATTGTTGGCAAC;SOR=0.774;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=95;TCR=110;TR=204;WE=22569456;WS=22569438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,333:1.00:333
chr22	22569640	rs6001415	T	G	3601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=69;PP=2230;SC=TGCTCAGCATTGGACAGCAGC;SOR=1.095;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=113;TCF=44;TCR=69;TR=112;WE=22569648;WS=22569630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr22	22577741	rs199930025	C	T	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.60;QD=23.24;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	22578408	rs9623095	C	T	3226.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.663;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.6016;FS=1.576;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=1.524;NF=34;NR=50;PP=1256;ReadPosRankSum=1.753;SC=GCTACTCTGGCGGCAGCAGGA;SOR=1.078;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=99;TCF=43;TCR=56;TR=84;WE=22578416;WS=22578398;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:6,132:0.96:138
chr22	22578443	rs76789895	GG	CC	3070.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=1.310;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.796;HP=3;HapScore=1;JOINED;MGOF=18;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=0.028;NF=20;NR=36;PP=1736;ReadPosRankSum=-1.372;SC=TCTCACTCCCGGGGCAGCCTG;SOR=1.488;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=71;TCF=28;TCR=43;TR=56;WE=22578452;WS=22578433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,75:0.93:81
chr22	22599674	rs5995719	C	T	3377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=36;PP=1451;SC=GGGCCCGCAGCTCGGAGAAGG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=75;WE=22599682;WS=22599664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr22	22599705	rs5995720	G	A	3390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=36;PP=1397;SC=GAGGGAGTGGGAGGAAGAAAT;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=22599713;WS=22599695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	22599764	rs6001563	A	G	2732.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=34;PP=1231;SC=AAGACAGCAGAGGCACGCATC;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=66;TCF=32;TCR=34;TR=66;WE=22599772;WS=22599754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	22673639	rs737765	T	C	5987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.24;QD=26.49;SOR=1.159;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr22	22673683	rs148243432	CAG	C	5290.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=68;PP=2957;SC=AAATCTAGCTCAGGGGGTGAC;SOR=1.552;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=70;TCF=1;TCR=69;TR=69;WE=22673692;WS=22673673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	22677176	rs11704294	T	C	11247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=270;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.84;QD=42.77;SOR=1.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr22	22677182	rs11703618	C	A	11404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=42.71;SOR=1.192;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr22	22682301	rs113244510	G	GTCCAGGGGCA	1671.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=25;PP=2976;SC=TTCCCCCATGGTCCAGGGGCA;SOR=3.202;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=33;TCF=0;TCR=33;TR=25;WE=22682309;WS=22682291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	22697490	rs6519245	C	A	650.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=2;PP=387;SC=ATGTCCCTGCCCACTTCTTCA;SOR=2.124;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=22697498;WS=22697480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	22698027	rs1894246	A	G	4280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=50;PP=1690;SC=TCCAGGAAGAAGATGAGAGTG;SOR=0.863;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=85;TCF=35;TCR=50;TR=85;WE=22698035;WS=22698017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	22712021	.	C	CCGGGGA	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=1;PP=884;SC=GGTCAAAAACCGGGGGGATCT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=22712035;WS=22712011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr22	22712742	rs3753078	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=29;PP=841;SC=CATGGGTCCAAGGGCATCCAG;SOR=3.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=4;TCR=29;TR=33;WE=22712750;WS=22712732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	22723864	rs9611592	G	A	997.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=4;PP=705;SC=TGCTCTCAGGGCTGTGGACCC;SOR=3.477;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=26;TCR=4;TR=30;WE=22723872;WS=22723854;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	22724135	rs11324703	GT	G	2559.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;SC=ATATATGTCTGTTTTTTTTGT;SOR=0.748;Source=Platypus;WE=22724144;WS=22724125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr22	22724341	rs9607803	A	C	5076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.577;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.178;NF=57;NR=59;PP=2197;ReadPosRankSum=-0.959;SC=ACTCCTGGACACCTGCCCGGT;SOR=0.714;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=118;TCF=58;TCR=60;TR=116;WE=22724349;WS=22724331;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,196:0.99:198
chr22	22724394	rs7292000	T	C	4008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=57;PP=1602;SC=CTGACCCTTTTGGGTGCGCAG;SOR=0.826;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=44;TCR=57;TR=101;WE=22724402;WS=22724384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	22730634	rs2009587	G	A	8740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=353;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=139;PP=2965;SC=CCTGCACCTTGCGCAGTGGCA;SOR=1.050;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=226;TCF=86;TCR=140;TR=225;WE=22730642;WS=22730624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr22	22782394	rs165704	A	G	9113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=354;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=101;PP=2965;SC=CACAGATGGGAAAGTGGGACA;SOR=0.764;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=190;TCF=88;TCR=102;TR=189;WE=22782402;WS=22782384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,350:1.00:350
chr22	22786410	rs165657	C	T	2571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=39;NR=29;PP=1326;SC=AGAGAGAGGCCCTGGGAAGCC;SOR=0.947;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=39;TCR=29;TR=68;WE=22786418;WS=22786400;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	22842206	rs11109	T	C	4320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=36;PP=1693;SC=GAGGTTCCAGTGACACTTGAA;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=89;TCF=53;TCR=36;TR=89;WE=22842214;WS=22842196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr22	22842957	rs2236729	T	G	4887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=0.007;SC=CAATTCATTTTCCCTATCAAG;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=149;TCF=59;TCR=90;TR=148;WE=22842965;WS=22842947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,184:0.99:186
chr22	22843118	rs2236730	C	T	3203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=44;PP=1490;SC=CTGAAGGGAACGAAGCTGAAG;SOR=0.778;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=37;TCR=44;TR=81;WE=22843126;WS=22843108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	22868211	rs361558	G	A	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=6;PP=406;SC=ATGTCACTGTGAAAAACAACC;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=22868219;WS=22868201;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	22868493	rs361666	G	T	6310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.44;SOR=0.721;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	22868497	rs361762	G	C	6242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.66;SOR=0.707;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
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chr22	22868776	rs362173	G	A	5486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.39;QD=44.97;SOR=0.831;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr22	22869123	rs362003	T	C	9811.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=131;NR=105;PP=2965;SC=TAGTAAAAGTTGCTAAGTAAC;SOR=0.832;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=236;TCF=131;TCR=105;TR=236;WE=22869131;WS=22869113;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,383:1.00:383
chr22	22869209	rs362124	C	G	13776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.60;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr22	22869218	rs362132	T	C	13683.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=317;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.57;SOR=0.915;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr22	22869538	rs361611	A	G	4808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
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chr22	22869548	rs362011	T	C	4691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.55;SOR=0.880;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	22869649	rs361721	G	C	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=28;PP=1229;SC=ACAGAGAAACGGGCATGATGG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=22869657;WS=22869639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	22869742	rs361959	C	A	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.91;SOR=1.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	22930770	rs6002909	A	G	7548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=296;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=87;NR=83;PP=2965;SC=CCTCTGAGCTAATGCTTGGTC;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=170;TCF=87;TCR=83;TR=170;WE=22930778;WS=22930760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,290:1.00:290
chr22	23029263	rs443102	T	C	9303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=355;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=131;NR=86;PP=2965;SC=TCTCCCCCTCTTCACTCTCTG;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=217;TCF=131;TCR=86;TR=217;WE=23029271;WS=23029253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,349:1.00:349
chr22	23029374	rs451369	G	A	12496.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=489;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=137;NR=153;PP=2965;SC=AAGCCCAGACGCAGCCTCTGG;SOR=0.757;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=291;TCF=138;TCR=153;TR=290;WE=23029382;WS=23029364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr22	23029698	rs443756	T	C	8420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=-2.030;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=338;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=-0.247;NF=106;NR=107;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.306;SC=AGGCAGAAGATGAGGCTGACT;SOR=0.238;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=216;TCF=109;TCR=107;TR=213;WE=23029706;WS=23029688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,332:1.00:333
chr22	23029718	rs199561156	A	T	638.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.161;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=9.894;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-5.509;QD=1.74;ReadPosRankSum=-6.634;SOR=1.165;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:302,66:0.18:368
chr22	23029846	rs200665672	T	C	894.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-0.407;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.570;HP=1;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-4.599;NF=12;NR=25;PP=517;ReadPosRankSum=-0.643;SC=AAGCCATGAGTAGGCTTGGCC;SOR=0.465;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=100;TCF=30;TCR=70;TR=37;WE=23029854;WS=23029836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:74,46:0.38:120
chr22	23029871	.	C	T	843.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.382;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=1.072;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.58;MQRankSum=-4.256;QD=11.56;ReadPosRankSum=-1.508;SOR=0.505;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,26:0.36:73
chr22	23029876	.	C	T	793.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.457;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=1.219;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.36;MQRankSum=-4.360;QD=12.60;ReadPosRankSum=-1.831;SOR=0.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,22:0.35:63
chr22	23040362	rs5996349	A	G	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=28;NR=4;PP=764;SC=CTCTGAGGCAAAGGGGATAAG;SOR=2.670;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=28;TCR=4;TR=32;WE=23040370;WS=23040352;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	23040389	rs6003229	G	C	1766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=12;PP=952;SC=CTGGGGCAGGGCCAGTGCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=33;TCR=12;TR=45;WE=23040397;WS=23040379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	23040462	rs1312	T	C	4168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=37;PP=1753;SC=TGCTCCTCACTCTCCTCACTC;SOR=0.924;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=56;TCR=37;TR=93;WE=23040470;WS=23040452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr22	23040586	rs150422907	T	C	4453.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=171;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.10;QD=26.20;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr22	23040767	rs5751516	G	T	2971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=37;PP=1811;SC=ATTTATGAGGGCAGTAAGCGG;SOR=1.008;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=85;TCF=48;TCR=37;TR=85;WE=23040775;WS=23040757;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	23054916	rs5759408	G	T	5783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=231;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=45;PP=1591;SC=GGCCTGGACCGTTCTCCTCCT;SOR=0.711;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=44;TCR=45;TR=89;WE=23054924;WS=23054906;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr22	23055329	rs10560602	CTTATTTAT	C	1732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.32;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	23055339	rs199662081	T	C	1741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.54;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	23055440	rs1008910	C	A	4373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=62;NR=39;PP=1998;SC=GGCCCCAGGACAGACGGCCAG;SOR=1.004;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=102;TCF=63;TCR=39;TR=101;WE=23055448;WS=23055430;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr22	23055752	rs2304533	C	T	1305.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=31;PP=874;SC=CCCTCTTGCTCCAGCCCCGGG;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=9;TCR=31;TR=40;WE=23055760;WS=23055742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	23063645	rs11090173	T	G	4907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=2.371;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=39;NR=67;PP=1949;ReadPosRankSum=1.221;SC=CCATCTCACATTGACACAGAC;SOR=0.371;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=106;TCF=39;TCR=67;TR=106;WE=23063653;WS=23063635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,190:0.99:191
chr22	23077555	rs4822296	T	C	6176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=57;NR=90;PP=2965;SC=TACTGCAGCTTATATACAAGC;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=57;TCR=90;TR=147;WE=23077563;WS=23077545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr22	23089759	rs2040563	A	T	2684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=53;NR=30;PP=1379;SC=CTGGTTTGAGAGACATCTCTC;SOR=1.244;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=53;TCR=30;TR=83;WE=23089767;WS=23089749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr22	23089826	rs1978004	G	A	6252.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=241;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=58;PP=2641;SC=GACTGCCCCCGAAAGCCTGAG;SOR=0.912;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=139;TCF=81;TCR=58;TR=138;WE=23089834;WS=23089816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr22	23089857	rs2040564	G	A	9760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.01;QD=43.38;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,225:1.00:225
chr22	23089865	rs2040565	A	G	9668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=222;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.02;QD=43.75;SOR=0.858;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr22	23089941	rs3087123	ACT	A	8763.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=40;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=32;NR=76;PP=2969;SC=CCCCCTCCTCACTCTCTGCAC;SOR=0.773;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=113;TCF=35;TCR=78;TR=108;WE=23089950;WS=23089931;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr22	23090423	rs34605189	G	C	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=24;NR=68;PP=2228;SC=GTGACACAAGGAGACAGGGAA;SOR=1.674;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=92;TCF=24;TCR=68;TR=92;WE=23090431;WS=23090413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	23090438	rs56223989	A	G	2323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=20;NR=55;PP=1741;SC=AGGGAAGTGAAACATAAACCC;SOR=1.824;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=76;TCF=20;TCR=56;TR=75;WE=23090446;WS=23090428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	23090468	rs58198190	C	T	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=42.63;QD=40.43;SOR=2.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	23090475	rs58580735	T	C	851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=41.53;QD=42.59;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	23101247	rs4822303	GC	AT	2784.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.41;QD=42.84;SOR=1.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	23101280	rs1894244	C	T	4533.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=68;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=45;NR=23;PP=1318;SC=GCACAGGTGACGCCTCCAGGG;SOR=1.225;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=45;TCR=23;TR=68;WE=23101288;WS=23101270;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	23101301	rs4822305	A	G	4874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=62;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=32;PP=1427;SC=AAGGGGCTTCAGGGACCTCTG;SOR=1.015;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=47;TCR=32;TR=79;WE=23101309;WS=23101291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	23101347	rs1894245	G	A	3330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=50;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=40;PP=1818;SC=CAGGCTCACCGGGGCCCAGCA;SOR=0.882;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=94;TCF=54;TCR=40;TR=93;WE=23101355;WS=23101337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	23101559	rs4134484	G	T	3233.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=46;NR=52;PP=2059;SC=TGATTTATGAGGTCAGTAATC;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=99;TCF=47;TCR=52;TR=98;WE=23101567;WS=23101549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	23114239	rs8138758	T	C	2612.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=18;PP=1340;SC=CATCATGGGCTGTTCTCTCCA;SOR=1.561;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=68;WE=23114247;WS=23114229;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	23114285	rs8138785	T	C	5389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=69;NR=41;PP=2283;SC=GGAACCTGCCTAGCCTGGGCC;SOR=0.993;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=111;TCF=69;TCR=42;TR=110;WE=23114293;WS=23114275;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr22	23114327	rs6003299	T	C	12569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=73;NR=66;PP=2191;SC=GCCTCAGCCATGGCCTGGACC;SOR=0.721;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=140;TCF=73;TCR=67;TR=139;WE=23114335;WS=23114317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr22	23114350	rs5996382	A	G	12705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.35;SOR=0.734;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,300:1.00:300
chr22	23114748	.	C	CTT	830.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.129;ClippingRankSum=0.000;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=1.639;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.61;ReadPosRankSum=-0.748;SOR=0.361;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,42:0.84:50
chr22	23165839	rs5844528	G	GC	4407.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=54;PP=2550;SC=GGGCTCTCAGGCCCCTTCTTG;SOR=0.933;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=65;TCF=10;TCR=55;TR=64;WE=23165847;WS=23165829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr22	23223070	rs378183	G	A	3527.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=65;PP=1966;SC=CAGGGCCCCCGCCTGTGGTGG;SOR=1.222;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=104;TCF=38;TCR=66;TR=102;WE=23223078;WS=23223060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr22	23241620	rs462915	A	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=490;SC=TCCTGCTGTGAGTCACAGGAC;SOR=2.948;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=23241628;WS=23241610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
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chr22	23247207	rs376222075	T	G	1814.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=1.208;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=341;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.434;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.022;NF=33;NR=52;PP=1075;ReadPosRankSum=0.586;SC=CCGTCCTAGGTGAGTCTCTTC;SOR=0.647;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=254;TCF=94;TCR=160;TR=85;WE=23247215;WS=23247197;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:230,107:0.32:337
chr22	23248758	rs1059142	G	A	1231.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=2.473;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.06;MQRankSum=-2.316;QD=11.20;ReadPosRankSum=-1.085;SOR=0.847;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,60:0.55:110
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chr22	23248851	rs71797740	CA	C	367.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=12.503;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.06;MQRankSum=-2.029;QD=11.86;ReadPosRankSum=-1.420;SOR=1.173;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,9:0.29:31
chr22	23256464	rs463185	G	C	7098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=83;NR=83;PP=2677;SC=GTGAGGGGACGGAGCTGACCG;SOR=0.708;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=166;TCF=83;TCR=83;TR=166;WE=23256472;WS=23256454;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,278:1.00:278
chr22	23260278	rs59884698	CGG	C	3271.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=59.84;NF=13;NR=20;PP=1405;SC=GGTTGGGGGGCGGGGTGGCCT;SOR=1.061;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=13;TCR=20;TR=33;WE=23260287;WS=23260268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	23260507	rs410521	T	A	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.38;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	23262137	rs115248992	A	C	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=175;SC=TACACTCAATAAACCCTCAAT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=23262145;WS=23262127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	23262162	rs375081	C	A	173.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=7;PP=167;SC=ATCCTCAGTCCACCAGAAACC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=23262170;WS=23262152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	23263602	rs373405	C	T	2426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=23;PP=753;SC=CAGCTGACCGCCCTCGGTAAG;SOR=0.802;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=23263610;WS=23263592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	23438191	rs1805058	C	T	10251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=410;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=105;NR=141;PP=2965;SC=GCGCCTACGACGCTGTGCAGC;SOR=0.855;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=247;TCF=105;TCR=142;TR=246;WE=23438199;WS=23438181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,398:1.00:398
chr22	23480962	rs5759598	T	G	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=259;SC=GCAGCTCAAGTGCATCCACCC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=23480970;WS=23480952;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	23481133	rs58874302	GAA	G,GA	3117.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.338;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.38;ReadPosRankSum=-1.520;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:7,117,29:0.76,0.19:153
chr22	23482460	rs4822360	A	G	891.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=17;NR=9;PP=484;SC=AGGTCACACAAGGCCATGAGG;SOR=1.352;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=23482468;WS=23482450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	23482718	rs4822361	C	T	580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=15;PP=371;SC=TACTTCTCATCTGATCCTCCA;SOR=2.636;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=23482726;WS=23482708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	23482744	rs4822362	C	A	353.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=10;PP=244;SC=TGAGGGCAGGCAAATGGGTAT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=23482752;WS=23482734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	23492491	.	CT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.001;SOR=0.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr22	23497998	rs5759607	G	A	408.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=1;PP=312;SC=GGAGCTGGGGGTAGGGACATC;SOR=2.985;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=23498006;WS=23497988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	23498327	.	T	TCTGAGAAAA	1131.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=62.92;QD=43.53;SOR=5.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	23498330	rs56055341	A	ACTG	906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.19;QD=45.34;SOR=6.091;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	23498332	rs56254210	G	GAAA	862.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.90;QD=50.75;SOR=5.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	23498334	rs56396215	C	CA,CAACCACTGAGAAAACA	754.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=9;PP=2061;SC=TCCTCCAAGACCCACTGAGAA;SOR=5.283;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=9;WE=23498342;WS=23498319;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:13
chr22	23503121	rs5759611	G	A	3451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=28;PP=1329;SC=TCGAGCAGTCGGTGCTGCAGG;SOR=0.990;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=75;TCF=46;TCR=29;TR=74;WE=23503129;WS=23503111;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr22	23503382	rs5759616	C	T	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=15;PP=436;SC=CAGACACCCTCCCTAGCCCTC;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=23503390;WS=23503372;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	23523082	.	G	GC	209	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=209;QD=47.0;SC=GGCTGGCGAGGCGCCGCGCCG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=23523090;WS=23523072;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	23523630	rs5751602	C	A	4257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.148;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=57;NR=34;PP=1680;ReadPosRankSum=-0.705;SC=TCGAGCGGATCCGCAAGGGCC;SOR=0.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=91;TCF=57;TCR=34;TR=91;WE=23523638;WS=23523620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,163:0.99:164
chr22	23540414	rs2071431	T	G	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=4;PP=259;SC=AGGGAGGAGGTGGGTGGGGAT;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=8;TCR=4;TR=12;WE=23540422;WS=23540404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	23540609	rs4822371	A	G	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=17;NR=21;PP=651;SC=AAGGTTGGTGACCCCCAAAGA;SOR=0.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=17;TCR=21;TR=38;WE=23540617;WS=23540599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	23541488	rs2071436	C	T	4431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=173;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=54;PP=1810;SC=GAGGAAGCATCGGAGACTGGG;SOR=0.870;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=100;TCF=46;TCR=54;TR=98;WE=23541496;WS=23541478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr22	23585132	rs1004040	A	G	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=29;PP=938;SC=CCTGGTGACAACATCTCTCCA;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=22;TCR=29;TR=51;WE=23585140;WS=23585122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	23613539	rs9608093	A	G	499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=1;PP=299;SC=CATCCAGGGCATCCTGCGTGC;SOR=2.948;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=23613547;WS=23613529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	23615346	rs5759671	G	A	4069.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=46;NR=55;PP=1934;SC=CCTCTGGACCGGGACCAAAAC;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=101;TCF=46;TCR=55;TR=101;WE=23615354;WS=23615336;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	23615801	rs12233352	A	G	5902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=229;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=48;PP=2317;SC=GTCTAACTCAAGTCTTTCTTC;SOR=0.992;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=124;TCF=76;TCR=48;TR=124;WE=23615809;WS=23615791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,226:1.00:226
chr22	23627369	rs140504	A	G	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=433;SC=CAGATCAAGAATGACATCCAG;SOR=2.147;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=23627377;WS=23627359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	23627441	rs131675	T	C	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=115;SC=GTGGCAGCAGTCCCCGCACAC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=23627449;WS=23627431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	23629476	rs5759680	G	C	1185.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.35;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	23629552	rs5759681	T	C	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=253;SC=TTCACTTGGATGCGCCCCACT;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=5;TCR=11;TR=16;WE=23629560;WS=23629542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	23631639	rs11090228	T	C	2617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=25;PP=1457;SC=GGAGGTCCAGTGGGAGGGGCC;SOR=1.313;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=80;TCF=54;TCR=26;TR=78;WE=23631647;WS=23631629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr22	23631801	rs2227939	T	C	7102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=274;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=72;NR=85;PP=2965;SC=TGACCATCAATAAGGAAGGTG;SOR=0.793;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=72;TCR=86;TR=157;WE=23631831;WS=23631791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,271:1.00:271
chr22	23631813	rs113087899	G	GC	8719.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=74;PP=1669;SC=AGGAAGGTGGGCCCCCCCGTT;SOR=0.984;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=105;TCF=16;TCR=89;TR=88;WE=23631831;WS=23631791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr22	23631823	rs62219796	T	C	8776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=56;NR=73;PP=2603;SC=GCCCCCCCGTTTCCGTGTACA;SOR=0.984;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=131;TCF=56;TCR=75;TR=129;WE=23631831;WS=23631791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr22	23632513	rs16802	A	G	2370.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=31;NR=29;PP=1167;SC=GACCTCTTTGATCTCTTGCGC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=31;TCR=29;TR=60;WE=23632521;WS=23632503;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	23632636	rs5759683	C	A	1957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=27;PP=858;SC=TTGCAGCGGCCGAGCCAGGGT;SOR=0.927;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=20;TCR=27;TR=47;WE=23632644;WS=23632626;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	23632665	rs131677	C	A	1445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=2.033;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=24;PP=702;ReadPosRankSum=1.673;SC=AGGAAGGACTCATCGGGCAGG;SOR=0.490;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=37;WE=23632673;WS=23632655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,55:0.98:56
chr22	23657477	rs180810	A	G	1076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=9;PP=326;SC=CCCCACCCCCATCTCACTGTA;SOR=1.220;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=21;WE=23657485;WS=23657467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	23657495	rs180811	C	G	1403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=13;PP=584;SC=GTAAGGGGTTCATGACACCAG;SOR=1.075;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=31;WE=23657503;WS=23657485;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	23657735	rs180812	G	A	175.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=162;SC=TCCTGGAGGCGGACAGATGGC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=23657743;WS=23657725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	23735649	rs8135826	C	A	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.984;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=3.559;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.74;ReadPosRankSum=-0.662;SOR=0.673;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,58:0.98:59
chr22	23779822	rs5759802	C	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=19;PP=513;SC=TCCCAGCCATCGGCAGCCACT;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=23779830;WS=23779812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	23915371	rs182997692	G	A	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=11;PP=755;SC=AGAAGGGCTGGATGGCTTGGG;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=27;TCR=11;TR=38;WE=23915379;WS=23915361;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	23961742	rs5844566	G	GGCACCCATAA	2584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=36;PP=2677;SC=CCAGCATGGAGGTATCACAGA;SOR=2.872;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=45;TCF=1;TCR=44;TR=36;WE=23961750;WS=23961732;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	23962744	rs72559613	T	TTTC	9156.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=47;PP=2970;SC=GCCAGCAAGTTTGTTTCTCAG;SOR=1.112;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=30;TCR=47;TR=77;WE=23962752;WS=23962734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr22	23982724	rs56397271	T	C	13856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=44.56;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,311:1.00:311
chr22	23982727	rs28645846	A	G	13881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=314;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=44.21;SOR=0.719;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr22	24034288	rs738786	A	G	2212.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=23;PP=906;SC=GCTGTGCTCCAGGGCCTTTGG;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=47;TCF=24;TCR=23;TR=47;WE=24034296;WS=24034278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	24035970	rs2070446	C	T	4826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=191;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=61;NR=45;PP=1902;SC=GGTGGTGCTCCACGAATGCTT;SOR=0.883;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=106;TCF=61;TCR=45;TR=106;WE=24035978;WS=24035960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,182:1.00:182
chr22	24038847	rs1007298	T	C	1580.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=17;NR=19;PP=771;SC=CCCCAGAGAGTCCAGATGAGG;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=17;TCR=19;TR=36;WE=24038855;WS=24038837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	24094836	rs2070452	C	T	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=17;PP=1100;SC=CCCATTCCCCCGCACACTGCT;SOR=1.194;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=37;TCR=17;TR=54;WE=24094844;WS=24094826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	24094912	rs4820566	T	C	5271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=201;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=77;NR=42;PP=2531;SC=GCCAGGATCTTATGACCCTCA;SOR=1.014;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=121;TCF=78;TCR=43;TR=119;WE=24094920;WS=24094902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,198:1.00:198
chr22	24106674	rs140181	G	A	6739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=261;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=72;NR=71;PP=2793;SC=GGCCCTGTCCGGCCTCCCACC;SOR=0.733;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=74;TCR=71;TR=143;WE=24106682;WS=24106664;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,257:1.00:257
chr22	24108288	rs140182	C	G	2733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=27;PP=935;SC=TCCCCCTCCCCGCCTGAGTCG;SOR=0.789;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=21;TCR=27;TR=48;WE=24108296;WS=24108278;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	24108412	rs80027270	G	A	645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.53;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	24109550	rs131444	T	C	270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=142;SC=TCTCTTGGACTCGCTGCTCAC;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=24109558;WS=24109540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	24109774	rs179468	T	G	592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=7;PP=435;SC=AGGGCGCGGCTGGGCGGCTGC;SOR=1.609;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=24;TCF=14;TCR=10;TR=21;WE=24109782;WS=24109764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	24109975	rs62241575	A	C	3302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=0.945;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chr22	24121378	rs738792	C	T	3871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=28;PP=1625;SC=GCCTAGGACGCCCACCACCTC;SOR=1.037;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=78;TCF=50;TCR=28;TR=78;WE=24121386;WS=24121368;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr22	24125565	rs2877173	G	A	2492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=19;PP=1113;SC=CCCAGTGTCCGCTCGCCCAGG;SOR=1.265;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=61;TCF=41;TCR=20;TR=60;WE=24125573;WS=24125555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	24135968	rs11413092	C	CT	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.198;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=1.853;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.52;ReadPosRankSum=2.806;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,18:0.56:32
chr22	24143502	rs738797	C	G	7062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=269;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=105;PP=2965;SC=CTCTCTGGCCCCTCAAGTGGA;SOR=1.000;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=170;TCF=65;TCR=105;TR=170;WE=24143510;WS=24143492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr22	24145395	rs5760030	A	G	2284.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=21;PP=1253;SC=GGTTTGCAGAAGCCTGCTGTG;SOR=1.375;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=41;TCR=21;TR=62;WE=24145403;WS=24145385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr22	24145675	rs5751738	G	C	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=15;PP=410;SC=GAACAGTCCCGTTTCCTGCCA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=18;WE=24145683;WS=24145665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	24158899	rs2070457	C	A	4534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=95;NR=36;PP=2899;SC=TGAGGGAGGCCGGTCCATGCC;SOR=1.654;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=131;TCF=95;TCR=36;TR=131;WE=24158907;WS=24158889;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	24176959	rs35305666	CA	C	4760.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=29;PP=1817;SC=AGGCTCAGGGCAAGAGGCTCT;SOR=0.895;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=45;WE=24176967;WS=24176949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr22	24209759	rs2330626	G	C	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=6;PP=260;SC=TGCGCTTATGGTAATGAGATG;SOR=1.071;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=24209767;WS=24209749;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	24226242	rs2070460	A	G	3950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=37;NR=52;PP=1565;SC=CTGGGCATCCATCATCACATA;SOR=0.903;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=37;TCR=52;TR=89;WE=24226250;WS=24226232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chr22	24236819	rs2096525	T	C	843.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=14;PP=519;SC=GACGAGGGGTTCCGCGCTGGG;SOR=1.460;SbPval=0.42;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=22;WE=24236827;WS=24236809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	24237221	rs2070766	C	G	2481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=22;PP=1027;SC=CCTCCTCCCCCCGCAGGGTCT;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=52;TCF=29;TCR=23;TR=51;WE=24237229;WS=24237211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	24237463	rs2070767	T	C	2128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=25;NR=28;PP=1128;SC=AGAGCCGGGATATTGGGGAGC;SOR=0.798;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=54;TCF=25;TCR=29;TR=53;WE=24237471;WS=24237453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	24237862	rs2000466	T	G	454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=330;SC=GACAGAAAGATCCCACCCAGA;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=24237870;WS=24237852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	24238079	rs34383331	T	A	3648.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=44;NR=43;PP=1616;SC=GGACCGTTCGTGTTCTGTGGT;SOR=0.707;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=87;TCF=44;TCR=43;TR=87;WE=24238087;WS=24238069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr22	24325006	rs200925305	G	A	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.38;QD=43.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	24325024	rs201723657	C	T	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.38;QD=43.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	24325047	rs149686121	C	G	780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.38;QD=43.38;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	24340650	rs11343686	GT	G	433.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.244;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=3.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.05;MQRankSum=1.173;QD=11.12;ReadPosRankSum=0.000;SOR=1.711;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,30:0.77:39
chr22	24340938	rs140290	A	G	1644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=31;PP=871;SC=CATGGGCTGTAGATAGACGAA;SOR=1.292;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=43;TCF=12;TCR=31;TR=43;WE=24340946;WS=24340928;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	24345691	rs140302	A	C	1020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=13;PP=439;SC=TGAGGCTGGGAAGCTTCCTGA;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=24345699;WS=24345681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	24376322	rs4630	G	A	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=10;PP=658;SC=GCAAGTCTTAGGCAAGCCATT;SOR=1.364;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=24376330;WS=24376312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	24377034	rs140308	A	G	779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.02;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=26;PP=731;SC=GAGTTACTGGAGTAGGGAGTT;SOR=3.098;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=24377042;WS=24377024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	24379402	rs11550605	T	G	3291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=34;PP=1639;SC=CGCAGAGTCGTGTGCTGCCAT;SOR=0.928;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=50;TCR=34;TR=84;WE=24379410;WS=24379392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	24379577	.	C	CT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.825;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.07;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.247;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,9:0.35:26
chr22	24383954	rs140313	C	T	6541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.605;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=73;NR=89;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.811;SC=TGGGGAGCCCCGACTCTTGGA;SOR=0.872;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=165;TCF=75;TCR=90;TR=162;WE=24383962;WS=24383944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,253:0.99:255
chr22	24452885	rs2070467	A	G	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=24;PP=661;SC=TACACCATCAATAACATTTCT;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=24452893;WS=24452875;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	24459438	rs762273	T	C	5552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=217;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=78;NR=58;PP=2523;SC=CTCGGAACTGTCCTGCTGGTA;SOR=0.862;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=136;TCF=78;TCR=58;TR=136;WE=24459446;WS=24459428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr22	24472270	rs2283807	A	G	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=56;PP=1590;SC=CTGCCAGTGCAGGGCAGGGCT;SOR=1.365;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=83;TCF=27;TCR=56;TR=82;WE=24472278;WS=24472260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	24480503	rs4820581	G	A	4338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.30;SOR=1.315;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr22	24492061	rs2236622	T	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=25;PP=815;SC=TAGCACCCTTTAGGCGACCCC;SOR=1.278;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=11;TCR=25;TR=36;WE=24492069;WS=24492051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	24579049	rs62231981	G	A	970.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.688;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.90;MQRankSum=-2.460;QD=6.93;ReadPosRankSum=-1.356;SOR=0.658;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,59:0.42:140
chr22	24579157	rs200945728	GA	TC	1818.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.264;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.142;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-2.106;NF=11;NR=19;PP=837;ReadPosRankSum=-0.185;SC=CCCTACTCAGGATCCATGATG;SOR=0.894;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=100;TCF=44;TCR=56;TR=30;WE=24579166;WS=24579147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:100,52:0.34:152
chr22	24640438	rs144289030	TCA	T	134.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-1.025;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.970;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=1;PP=103;ReadPosRankSum=0.552;SC=ATACATTCACTCACACACACA;SOR=0.223;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=3;WE=24640447;WS=24640428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr22	24717850	rs204710	A	G	4632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=65;PP=2396;SC=ATCACCCCTGATAACCAGAGC;SOR=0.825;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=120;TCF=55;TCR=65;TR=120;WE=24717858;WS=24717840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr22	24761467	rs204718	G	A	4059.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=56;NR=42;PP=1807;SC=TAGTGAAGAAGTGAAACGGGA;SOR=0.920;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=98;TCF=56;TCR=42;TR=98;WE=24761475;WS=24761457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr22	24891355	rs2070475	A	T	1586.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=28;NR=19;PP=851;SC=GGACACAAGCACTGGCGGACC;SOR=0.986;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=28;TCR=19;TR=47;WE=24891363;WS=24891345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	24936970	rs9704	A	G	9844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=387;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=100;NR=110;PP=2965;SC=CTATTCTAACAATTTTACCAG;SOR=0.763;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=211;TCF=100;TCR=111;TR=210;WE=24936978;WS=24936960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,385:1.00:385
chr22	24938908	rs8139822	A	G	1601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=17;PP=818;SC=GGGCCAGGGCATCCTGAGCGG;SOR=1.329;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=33;TCR=17;TR=50;WE=24938916;WS=24938898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	24944053	rs4822506	C	T	2272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=23;NR=34;PP=1050;SC=TGCAGGTAGACGAGCTGGGGA;SOR=0.972;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=57;WE=24944061;WS=24944043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	24944782	rs1003580	A	G	2698.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=19;PP=1008;SC=AGCCCCAACCAAAGATAGCTA;SOR=1.106;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=37;TCR=19;TR=56;WE=24944790;WS=24944772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	24953479	rs11427005	C	CT	220.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.141;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.530;SOR=0.385;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,15:0.68:22
chr22	24953571	rs5760472	A	G	3161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=30;PP=1451;SC=GATGTGTGCCACATGCCTTTT;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=81;WE=24953579;WS=24953561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr22	24964128	rs4597	T	C	1788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.92;SOR=0.781;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	24985736	rs56017319	GCC	G	389.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=255;SC=GGCTCTGTTGGCCCCCCTGTC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=24985745;WS=24985726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	24988920	rs737128	C	T	318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=4;PP=108;SC=GCACCCGGCGCTCGTAGGGCG;SOR=0.836;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=24988928;WS=24988910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	25003934	rs2076999	G	A	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=6;PP=197;SC=GTGCAGCCCAGAACTGTCTTC;SOR=0.826;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=25003942;WS=25003924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	25124095	rs738827	C	T	3133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=53;NR=35;PP=1642;SC=AAGAGAATCTCAAGTTTTATT;SOR=1.034;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=53;TCR=35;TR=88;WE=25124103;WS=25124085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr22	25129964	rs5760612	A	G	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=6;PP=279;SC=CAGGAAACCAACAACAACATT;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=9;TCR=6;TR=14;WE=25129972;WS=25129954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	25145453	rs1892723	C	T	2247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=48;PP=1336;SC=AATTCTTTCACAATGCTATAA;SOR=1.501;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=73;TCF=25;TCR=48;TR=73;WE=25145461;WS=25145443;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	25145471	rs1892722	A	G	1747.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=39;PP=1122;SC=TAATCTTTACATATTTCATCT;SOR=1.445;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=22;TCR=39;TR=61;WE=25145479;WS=25145461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	25151638	rs6004259	T	C	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=51;NR=14;PP=1379;SC=ACTCTCTTAATACATGAGGAC;SOR=2.038;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=51;TCR=14;TR=65;WE=25151646;WS=25151628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	25151890	rs5760623	CA	AC	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.924;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.20;MQRankSum=0.000;QD=19.15;ReadPosRankSum=-1.545;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,43:0.96:45
chr22	25153810	rs149304338	GAA	G	591.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.13;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:5,23:0.82:28
chr22	25158326	rs5751975	A	G	3716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=29;PP=1721;SC=GTACAGGCACATATCTCTTGC;SOR=1.219;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=90;TCF=61;TCR=29;TR=90;WE=25158334;WS=25158316;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr22	25158597	rs738822	G	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=27;PP=641;SC=TAAAGGAAGAGGTGTGTTTGG;SOR=2.774;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=31;WE=25158605;WS=25158587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	25282765	rs139719	T	C	1002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.88;SOR=1.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	25297965	rs139739	T	C	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.08;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	25466323	rs6519550	G	C	3583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=38;PP=1390;SC=ATAACCTCTGGGTGCTGGAAA;SOR=0.842;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=88;WE=25466331;WS=25466313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	25466395	rs6004422	G	T	3578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=43;NR=57;PP=1819;SC=TGAGTGGCGGGGGGCAGTGCA;SOR=0.914;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=43;TCR=57;TR=100;WE=25466403;WS=25466385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr22	25466553	rs6004423	G	A	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=17;PP=549;SC=AAAAGGAAACGGGCTTGGTTT;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=28;WE=25466561;WS=25466543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	25577554	rs9612886	G	A	1113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=9;PP=729;SC=AGCGTCTTCTGTGCAGGTCTG;SOR=2.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=29;TCR=9;TR=38;WE=25577562;WS=25577544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	25577688	rs763279	G	A	5575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=65;PP=2337;SC=CCAGGAAGGAGGAGTCGGATG;SOR=0.748;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=126;TCF=61;TCR=65;TR=125;WE=25577696;WS=25577678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,224:1.00:224
chr22	25577733	rs9612887	T	C	4118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=44;NR=63;PP=1668;SC=AGAGGACCCCTGTCAGCCATC;SOR=0.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=107;TCF=44;TCR=63;TR=107;WE=25577741;WS=25577723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr22	25577846	rs6004466	T	C	656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=18;PP=414;SC=ACCTTAGCAGTGTAAAGAATA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=25577854;WS=25577836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	25586564	rs713707	A	G	1143.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=6;PP=793;SC=GCTTGCCCCAACCCCGCCTGG;SOR=2.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=25586572;WS=25586554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	25597331	rs2269672	T	C	1507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	25599614	rs9612889	G	T	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.83;SOR=1.812;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	25601196	rs9608378	C	G	7592.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=81;NR=78;PP=2965;SC=GGATAGTCCACATCACAAGCT;SOR=0.707;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=161;TCF=83;TCR=78;TR=159;WE=25601204;WS=25601186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,294:1.00:294
chr22	25617602	rs739315	A	G	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=886;SC=ACACAGTTGGAGCTGATACTG;SOR=1.382;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=15;TCR=30;TR=45;WE=25617610;WS=25617592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	25713933	.	A	G	437	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=35;MMLQ=27;MQ=47.36;NF=16;NR=1;PP=437;QD=27.7512477969;SC=AGTGAGGTGGACAGGTCCGAG;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=25713941;WS=25713923;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	25714110	rs2064141	T	C	16394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=369;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.72;QD=44.79;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chr22	25714113	rs2330574	A	G	16271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=371;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.66;QD=44.22;SOR=0.819;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,368:1.00:368
chr22	25714218	rs2072869	A	T	6889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=79;NR=89;PP=2965;SC=TGCCCCTCACACCCAGCAGGT;SOR=0.759;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=168;WE=25714226;WS=25714208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,250:1.00:250
chr22	25716068	rs133162	C	G	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=0.898;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	25750814	rs141812512	C	CAGGGCA	2570.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=27;PP=1976;SC=CTGGATGGGCCAGGGCCATGC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=4;TCR=38;TR=30;WE=25750822;WS=25750804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	25753231	rs133194	G	A	1857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=37;NR=11;PP=937;SC=CCTCGATCTTGTCTGTCTTGG;SOR=1.644;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=48;WE=25753239;WS=25753221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	26166900	rs3859866	G	C	4230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=80;PP=2365;SC=TGAGACTTTGGATTGATGCTG;SOR=1.258;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=120;TCF=40;TCR=80;TR=120;WE=26166908;WS=26166890;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chr22	26173484	rs12170856	G	A	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=1;PP=123;SC=GGGGCGGGGCGCTGTCTTAGA;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=26173492;WS=26173482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	26173661	rs5761170	T	C	1618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=21;PP=676;SC=GGCCCTGGGCTGGAGTGGCGC;SOR=0.724;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=20;TCR=21;TR=41;WE=26173669;WS=26173651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	26173888	rs9624897	G	C	115.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=85;SC=CTTGCTACTGGGCAGGGCTAT;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=26173896;WS=26173878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	26193824	rs2877299	C	T	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=13;PP=828;SC=AAATGACCCCCGCATTCCTTC;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=29;TCR=13;TR=42;WE=26193832;WS=26193814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	26193982	rs738642	C	G	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=39;PP=1286;SC=TGGAGATGCTCGGCATCTCAG;SOR=0.842;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=72;TCF=31;TCR=41;TR=70;WE=26193990;WS=26193972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chr22	26194045	rs738643	T	C	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=35;PP=838;SC=ACCACCTGGGTGCGGCGGGGG;SOR=1.068;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=57;TCF=22;TCR=35;TR=57;WE=26194053;WS=26194035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	26194093	rs738644	G	A	1087.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=25;PP=671;SC=GCTCACCTGGGAGGGCAGCTG;SOR=1.666;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=35;WE=26194101;WS=26194083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	26219412	rs5752226	T	C	1000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=6;PP=623;SC=TCCTCTCGGGTGTTCATTCAC;SOR=2.115;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=29;WE=26219420;WS=26219402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	26219605	rs4820658	G	A	7267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=80;NR=89;PP=2869;SC=TGACGTTTGGGCCAAGCCGAT;SOR=0.821;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=170;TCF=81;TCR=89;TR=169;WE=26219613;WS=26219595;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr22	26222505	rs2331162	G	A	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=13;PP=312;SC=TTGGCCTCTTGCAGGTGCACA;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=26222513;WS=26222495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	26228757	rs35045598	TA	T	1079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=16;PP=818;SC=TGCCAAAATTTAAAAAAACGA;SOR=1.251;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=32;TCF=14;TCR=18;TR=30;WE=26228765;WS=26228747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	26228797	rs3859879	A	G	4396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.11;QD=46.28;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	26228805	rs11090413	C	T	4519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.10;QD=41.85;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	26239850	rs5761268	C	A	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.910;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.979;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=18;NR=31;PP=938;ReadPosRankSum=1.144;SC=AGGTCCTGCACCAGTCAAAAA;SOR=0.959;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=49;WE=26239858;WS=26239840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
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chr22	26239950	rs5761271	A	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=307;SC=ACTACAACACAGTGTGGGAGG;SOR=2.712;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=26239958;WS=26239940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	26247456	rs5996988	G	A	2616.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=25;PP=1143;SC=ACCACATGGGGCTCACTCGCT;SOR=1.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=37;TCR=25;TR=62;WE=26247464;WS=26247446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	26247607	rs6004798	C	T	1798.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=31;PP=771;SC=GGTTATTGGACATGTTCCAAG;SOR=1.211;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=26247615;WS=26247597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	26273834	rs4822666	A	C	3218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.71;SOR=1.148;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	26273836	rs4822667	G	T	3168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.41;SOR=1.195;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	26273850	rs695428	G	C	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=16;PP=842;SC=ACTTTGTGCCGTTTGCTCACT;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=26273858;WS=26273824;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	26273893	rs4822668	G	C	2763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.36;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chr22	26298754	rs2072016	G	A	1588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=21;PP=589;SC=GCTAAATCTCGGGAAACTGCA;SOR=1.123;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=26298762;WS=26298744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	26298874	rs2072017	T	C	186.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=5;PP=113;SC=TGGTGGCTGGTAAATTGATAA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=26298882;WS=26298864;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	26298891	rs5761306	T	G	152.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9983;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=3;PP=37;SC=ATAATCAGACTTTGAGCAAGA;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=26298899;WS=26298881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	26317155	rs739284	A	G	2604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=1.123;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	26317160	rs739285	G	A	2667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.73;SOR=1.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	26342056	rs4820662	C	T	530.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	26342232	rs9613047	T	C	1797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=24;PP=728;SC=TGTCCCTTCCTGCAGCTGCAG;SOR=0.840;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=21;TCR=25;TR=45;WE=26342240;WS=26342222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	26343593	rs2072006	A	G	230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=2;PP=116;SC=ACCTATAGGCAAGCCCCTCTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=26343601;WS=26343589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	26343805	rs2072007	A	G	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=19;PP=667;SC=GTAGTGAATGAGACCTTGGTG;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=19;TCR=19;TR=38;WE=26343813;WS=26343795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	26346311	rs59715907	A	AT	253	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.775;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,16:0.89:18
chr22	26346484	.	A	ATGTGTGTGTGTG	260.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=615;SC=AACTAATAGGATGTGTGTGTG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=2;WE=26346492;WS=26346474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	26388548	rs9613067	A	G	1005.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=26;PP=710;SC=CTGGGGCCACATTCACTGGGA;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=9;TCR=26;TR=35;WE=26388556;WS=26388538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	26422292	rs41531549	G	C	600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=5;PP=414;SC=GAGTGCGGTAGGGATGGTATT;SOR=2.400;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=24;TCF=19;TCR=5;TR=23;WE=26422300;WS=26422282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	26422980	rs2236005	A	G	4354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;SC=TCGAAAACCCAATTCAGTTCC;SOR=0.884;Source=Platypus;TCF=64;WE=26422988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr22	26688388	rs35377445	A	C	4564.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-1.462;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=333;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=60;PP=1987;ReadPosRankSum=-2.297;SC=TTCCCGAGGGAGATGCTAGCC;SOR=0.710;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=216;TCF=120;TCR=96;TR=138;WE=26688396;WS=26688378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:109,211:0.66:320
chr22	26689201	rs653361	A	T	507.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-2.981;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.429;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=19;PP=288;ReadPosRankSum=-0.738;SC=AATCTCAAGAAGCCCCGGCCC;SOR=0.340;SbPval=0.29;Source=Platypus;TC=83;TCF=21;TCR=62;TR=28;WE=26689209;WS=26689191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:62,30:0.33:92
chr22	26690407	rs137204	T	C	324.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.3;BaseQRankSum=0.266;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=3.806;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=11;PP=190;ReadPosRankSum=0.020;SC=CCCAGGAGAGTACCTCACAGA;SOR=0.322;SbPval=0.27;Source=Platypus;TC=67;TCF=17;TCR=50;TR=17;WE=26690415;WS=26690397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:61,22:0.27:83
chr22	26695077	rs663048	G	T	642.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=-1.127;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.861;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=17;PP=292;ReadPosRankSum=-0.666;SC=GCGCTAAGATGCTGACATGCA;SOR=0.544;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=75;TCF=17;TCR=58;TR=20;WE=26695085;WS=26695067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:67,35:0.34:102
chr22	26701917	rs202227707	A	G	64.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.36;BaseQRankSum=-0.489;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.229;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=6;PP=98;ReadPosRankSum=0.610;SC=GCTCTCTCCCATTGCCCACCC;SOR=3.383;SbPval=0.14;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=8;WE=26701925;WS=26701907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,7:0.70:10
chr22	26702015	rs1210894	A	C	956.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.238;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=9;PP=413;ReadPosRankSum=-1.852;SC=CTGAAAACACAAATGGGAGCC;SOR=0.898;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=82;TCF=50;TCR=32;TR=29;WE=26702023;WS=26702005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:81,53:0.40:134
chr22	26706500	rs35444510	C	CA	251.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=0.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=7.817;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=0;PP=221;ReadPosRankSum=-0.474;SC=GAAACTCTGTCAAAAAAAAAG;SOR=2.484;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=66;TCF=63;TCR=3;TR=19;WE=26706508;WS=26706494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,20:0.32:62
chr22	26706826	rs666999	T	C	450.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.998;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FS=11.269;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.917;SOR=1.850;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:110,30:0.21:140
chr22	26710037	.	TAC	T	188	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;FR=0.5000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=27;MQ=60.0;NF=0;NR=6;PP=188;QD=32.0;SC=GCATCACAAATACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=6;WE=26710046;WS=26710027;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:9,6:0.40:15
chr22	26769234	rs1076660	T	G	597.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.674;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=16;NR=2;PP=365;ReadPosRankSum=0.972;SC=CTTCTCTTGGTAACTTAGGAA;SOR=0.988;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=28;TCF=24;TCR=4;TR=18;WE=26769242;WS=26769224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,25:0.64:39
chr22	26769464	rs5844691	G	GA	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.527;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.87;ReadPosRankSum=0.264;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,10:0.38:26
chr22	26777795	rs482902	A	T	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=4;PP=513;SC=ACAGACGGGCACAGTGGCATT;SOR=2.753;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=26;WE=26777803;WS=26777785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	26830478	rs3788398	A	G	2766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=30;NR=45;PP=1362;SC=GTATGTTGCAAGGACAGGGGT;SOR=1.008;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=75;TCF=30;TCR=45;TR=75;WE=26830486;WS=26830468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	26839213	rs35429415	G	A	3941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=61;PP=1921;SC=GGGCCGAGGCGGGGCCTGGGC;SOR=1.119;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=97;TCF=35;TCR=62;TR=96;WE=26839221;WS=26839203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr22	26853905	rs1894704	C	A	2152.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=31;PP=944;SC=AGCGGCGATCCTGCGGGGTGG;SOR=1.031;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=19;TCR=31;TR=50;WE=26853913;WS=26853895;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	26853980	rs1894705	T	C	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=14;PP=354;SC=AGTTACCTTCTGCCCTCCCAC;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=26853988;WS=26853970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	26854441	rs1894706	G	A	4418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=58;NR=50;PP=1879;SC=CGGTCGTAATGTGTGAAGTTG;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=108;TCF=58;TCR=50;TR=108;WE=26854449;WS=26854431;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,179:1.00:179
chr22	26854682	rs4822722	T	C	718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=283;SC=CAGTGCTTTGTGAGACCGAGG;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=26854690;WS=26854672;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	26854716	rs34610028	G	A	378.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=6;PP=191;SC=TAAGCCAGGAGTTTAAGGCTG;SOR=0.941;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=11;WE=26854724;WS=26854706;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	26864658	rs739290	A	G	5559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=56;NR=78;PP=2358;SC=AATTTTAAAGATGCCTAACAG;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=134;TCF=56;TCR=78;TR=134;WE=26864666;WS=26864648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,217:1.00:217
chr22	26866723	rs13054747	C	T	1639.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=13;PP=843;SC=GAATGTGAGGCGAGCGCTGGC;SOR=1.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=32;TCR=13;TR=44;WE=26866731;WS=26866713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	26879821	rs34019374	G	A	97.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	26887099	rs4820683	T	A	4433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=43;NR=64;PP=1915;SC=AATTCTATCTTTCTTTACAGG;SOR=0.979;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=108;TCF=43;TCR=65;TR=107;WE=26887107;WS=26887089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr22	26888060	rs17850763	G	A	7192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=93;NR=74;PP=2965;SC=CTCCCCGGTCGATGTAGATCA;SOR=0.843;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=167;TCF=93;TCR=74;TR=167;WE=26888068;WS=26888050;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr22	26894974	rs58798956	G	A	2937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=45;NR=35;PP=1588;SC=GAGGGGCAGCGGGCTCTCCAG;SOR=0.888;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=81;TCF=46;TCR=35;TR=80;WE=26894982;WS=26894964;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	26895061	rs2157586	G	A	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=56;NR=46;PP=1896;SC=GATTTTCCCAGCAACTCACTT;SOR=0.879;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=103;TCF=57;TCR=46;TR=102;WE=26895069;WS=26895051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr22	26899474	rs134136	T	C	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=4;PP=337;SC=CTGTCCACCCTAGCCCTCTCA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=16;WE=26899482;WS=26899464;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	26932150	rs3752523	G	A	4209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=53;NR=57;PP=2142;ReadPosRankSum=1.188;SC=CAGATGACCAGGAATTGAGAG;SOR=0.706;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=110;WE=26932158;WS=26932140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,159:0.99:161
chr22	26937327	rs4822735	C	G	3328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=28;PP=2175;SC=CCTCGGGGTGCGCGTCCAGCA;SOR=1.630;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=95;TCF=67;TCR=28;TR=95;WE=26937335;WS=26937317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	26951317	rs28402932	A	G	239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=6;PP=152;SC=GAATGCAATCATCGTGGAGTG;SOR=0.859;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=10;WE=26951325;WS=26951307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	27004089	rs5761626	A	C	1713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=46;PP=1318;SC=AGCCCTGAGGACAGTAGGAAA;SOR=2.080;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=60;TCF=14;TCR=46;TR=60;WE=27004097;WS=27004079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	27019128	rs2071860	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=4;PP=314;SC=GATCCTGGGGCGAGCCCCCAA;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=12;TCR=4;TR=16;WE=27019136;WS=27019118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	27021457	rs5761637	T	C	4058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=36;PP=1400;SC=GGGTGGGCTTTGAGCATGCTG;SOR=0.813;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=84;TCF=48;TCR=36;TR=83;WE=27021465;WS=27021447;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,157:1.00:157
chr22	28146768	rs11379447	A	AG	169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=203;SC=ACCAACCTAGAGAAAAAAAAA;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=5;WE=28146776;WS=28146758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	28293980	rs738451	G	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=16;PP=405;SC=AAGGTGACCAGGTTCTAAGTC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=9;TCR=16;TR=25;WE=28293988;WS=28293970;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	28314902	rs16986969	C	G	214.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=105;SC=CGCGCCTTCCCGAGCCATGCG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=28314910;WS=28314900;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	28315257	rs2235574	G	A	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=28;PP=853;SC=CGCCTGCGCGGCCCCGCCTCC;SOR=1.140;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=18;TCR=28;TR=46;WE=28315265;WS=28315247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	28316591	rs75321888	T	TG	1890.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.76;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	28378472	rs5762430	A	G	3914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=50;NR=49;PP=1916;SC=GACAAATTCAACAGACTGAGG;SOR=0.707;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=99;TCF=50;TCR=49;TR=99;WE=28378480;WS=28378462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,147:1.00:147
chr22	28386620	rs470100	A	G	267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=1;PP=158;SC=ACGGGCCGCCAGTCCAGCAGC;SOR=2.494;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=28386628;WS=28386618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	28389258	rs5752679	C	T	1282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=7;PP=753;SC=TGCCCCAGCCCTACACCCACA;SOR=1.714;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=28389266;WS=28389248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	28492151	rs2294969	C	G	825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=15;NR=6;PP=401;SC=CTTCTAATTGCCCTGTTCCCA;SOR=1.214;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=21;WE=28492159;WS=28492141;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	29091037	rs5762749	G	C	1048.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=8;PP=699;SC=AAACACCATGGAATTTGGGAA;SOR=2.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=26;TCR=8;TR=34;WE=29091045;WS=29091027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	29104940	rs374623367	CAA	C,CA	4495.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.20;QD=42.82;SOR=1.458;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:0,69,36:0.66,0.34:105
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chr22	29104959	rs5762757	A	C	5938.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;QD=42.72;SOR=1.324;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	29130347	rs3841692	G	GT	1343.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=17;PP=1059;SC=TTCTGTAAGTGTTTTTCTGAA;SOR=1.036;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=32;TCF=13;TCR=19;TR=28;WE=29130355;WS=29130337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	29130813	.	GAA	G	42.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.904;ClippingRankSum=0.000;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.386;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,6:0.17:35
chr22	29193116	.	T	C	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;ClippingRankSum=0.000;DP=109;ExcessHet=3.0103;FS=2.496;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.65;ReadPosRankSum=-1.777;SOR=0.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,53:0.50:107
chr22	29449477	rs2294239	A	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=4;PP=318;SC=GGCCTGCCACATGCTGGGGAC;SOR=1.981;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=18;WE=29449485;WS=29449467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	29456671	rs35968360	G	A	1553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=17;PP=722;SC=GGTAGCTGGTGCTGGGGCATT;SOR=0.986;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=42;TCF=24;TCR=18;TR=41;WE=29456679;WS=29456661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	29456733	rs6005977	T	C	2445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=25;PP=801;SC=TGAGAGCCGGTGAGTCCACAT;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=25;TCR=26;TR=50;WE=29456741;WS=29456723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	29469130	rs7292708	A	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=4;PP=89;SC=TGGCGCCGCCAGCCGCCCGCC;SOR=0.818;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=29469138;WS=29469120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	29490497	rs134657	G	A	238.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=5;PP=139;SC=ACAACTAGGGGAAGTCTTTTG;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=29490505;WS=29490487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	29495079	rs134665	G	A	369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=9;PP=253;SC=CATCCTGGGCGAGGATTTTCA;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=29495087;WS=29495069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	29562853	rs132316	T	C	1060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=8;PP=596;SC=TCCAAGAGTTTGAGGCTGCAG;SOR=1.802;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=23;TCR=8;TR=30;WE=29562861;WS=29562843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	29562893	rs132317	G	C	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=47;NR=20;PP=1352;SC=CGCACTCCAGGCTGGGTGACA;SOR=1.582;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=47;TCR=20;TR=67;WE=29562901;WS=29562883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	29656389	rs2231398	G	T	2726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=30;PP=994;SC=CAAGAAGCGAGGCCTGGATGC;SOR=0.830;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=24;TCR=30;TR=54;WE=29656397;WS=29656379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	29674256	rs41281613	A	G	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=12;NR=29;PP=829;SC=AGGGAAAGAAAGCAACTGTGT;SOR=1.284;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=12;TCR=29;TR=41;WE=29674264;WS=29674246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	29695929	rs2518683	T	G	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=12;PP=474;SC=TCCTCATGTCTCTAGGAAGCT;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=29695937;WS=29695919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	29707639	rs34777709	G	GC	3824.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=40;PP=1952;SC=ACGGCCTCCTGCCTGCGCAGC;SOR=1.022;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=45;WE=29707647;WS=29707629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	29711251	rs2519485	T	C	768.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=504;SC=GCCGGCGCTGTCGCTCCCCGC;SOR=1.302;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=29711259;WS=29711241;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	29725893	rs2071578	T	C	1320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=32;PP=949;SC=AGAAGCAGAGTTTGGGGCTGT;SOR=1.931;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=12;TCR=32;TR=44;WE=29725901;WS=29725883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	29727866	rs174765	C	T	2848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.44;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	29727886	rs2857465	T	C	1977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.72;SOR=1.096;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	29734797	rs6006098	G	A	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=240;SC=CCTCTGGAAAGCCTTCCTAGG;SOR=1.739;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=29734805;WS=29734787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	29738546	rs7285200	C	T	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=52;SC=AGTGTTGGTGCCGCTGAGCAG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=29738554;WS=29738536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	29745509	.	G	GT	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=9.093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.43;ReadPosRankSum=-1.981;SOR=0.087;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,13:0.35:37
chr22	29755888	rs2072051	T	C	3887.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=53;PP=1728;SC=AGAGGTATACTAGCTTCTTCA;SOR=0.895;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=96;TCF=42;TCR=54;TR=94;WE=29755896;WS=29755878;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr22	29763086	rs3044021	CAT	C	322.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.957;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.10;MQRankSum=-6.000;QD=2.34;ReadPosRankSum=-4.903;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,18:0.13:138
chr22	29802801	rs141826381	C	A	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.71;QD=25.62;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chr22	29819004	rs3044108	CAT	C	1022.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.83;QD=42.61;SOR=1.519;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	29819081	rs459310	G	A	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.81;QD=30.69;SOR=2.432;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	29833639	rs174718	C	G	1344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=21;NR=13;PP=579;SC=ACCAATAAAACGCCCTCATGT;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=34;WE=29833647;WS=29833629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	29879265	rs144426244	C	CA	887.70	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.339;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.39;MQRankSum=1.221;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.251;SOR=0.852;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,72:0.71:102
chr22	29881884	rs4823040	G	A	1528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=19;PP=657;SC=TTGTGTTCCTGCGAGACGCTA;SOR=0.796;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=35;TCF=15;TCR=20;TR=34;WE=29881892;WS=29881874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	29885473	rs5763269	C	T	12504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=-0.617;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=516;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-0.784;NF=158;NR=165;PP=2965;ReadPosRankSum=7.103;SC=GCAAAGTCACCGGCTGAGGCC;SOR=0.621;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=327;TCF=160;TCR=167;TR=323;WE=29885483;WS=29885463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:21,487:0.96:508
chr22	29904519	rs2283859	T	C	4878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=44;PP=1855;SC=CCTAGAGAAATAGGAGAACGG;SOR=0.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=96;TCF=51;TCR=45;TR=95;WE=29904527;WS=29904509;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr22	29908072	rs1049534	C	T	2273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=17;PP=613;SC=AGCTGGAAAACAGGTGGGATG;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=29908080;WS=29908062;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr22	29908154	rs2007668	G	T	1691.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=18;PP=636;SC=GGGGAAATGCGCAGTTCTAAG;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=29908162;WS=29908144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	29913272	rs737976	C	T	3842.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=153;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=42;PP=1554;SC=TCATGGGCAACTGTCACCCAT;SOR=0.746;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=88;TCF=45;TCR=43;TR=87;WE=29913280;WS=29913262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr22	29924212	rs5763297	T	C	7835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=93;NR=97;PP=2965;SC=GTCATAGCAATCTCCCCTTCC;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=190;TCF=93;TCR=97;TR=190;WE=29924220;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr22	29925284	rs2302141	T	C	1332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=21;PP=584;SC=TGCTAAGCAGTGTGAGTAGGC;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=29925292;WS=29925274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	29938677	rs2240637	C	T	618.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=4;PP=409;SC=TGCTTGAACCCGGGAGGTGGA;SOR=2.737;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=23;TCF=18;TCR=5;TR=22;WE=29938685;WS=29938667;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	29938752	.	C	CA	70.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.505;ClippingRankSum=0.000;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.421;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.100;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:81,21:0.21:102
chr22	30038152	rs2530664	A	C	3437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.28;SOR=0.753;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr22	30051522	.	G	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=141;SC=TTATAAAAGTGGCAAACAATA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=30051530;WS=30051512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	30077361	rs140086	G	A	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=1;PP=271;SC=CTTGTGGGCCGCAGAGCACCT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=30077369;WS=30077351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	30124614	rs140096	A	T	2602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=28;PP=1475;SC=CTGTGCCTCCACCAGGTGATG;SOR=1.289;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=82;TCF=52;TCR=30;TR=80;WE=30124622;WS=30124604;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	30124833	rs140097	T	C	2310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=46;PP=1446;SC=GGATGACCACTTCAGGCTTGT;SOR=1.639;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=16;TCR=46;TR=62;WE=30124841;WS=30124823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	30138548	rs140120	T	C	2537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=34;PP=1199;SC=CACAGGGGCATATGGACCCTT;SOR=0.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=24;TCR=34;TR=58;WE=30138556;WS=30138538;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	30138689	rs140121	C	T	251.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=8;PP=190;SC=TCCCACCCCACGCAGGACGGG;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=1;TCR=8;TR=9;WE=30138697;WS=30138679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	30184950	rs7954	A	G	1140.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=11;PP=599;SC=CGATGGGAGCACGGCCTGGTG;SOR=1.280;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=33;WE=30184958;WS=30184940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	30200936	rs36572	T	C	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=22;PP=635;SC=CTGGGCTATATCTAAGTGGTA;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=4;TCR=22;TR=26;WE=30200944;WS=30200926;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	30202774	rs737945	G	C	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=15;PP=771;SC=GAGGCAATTCGTGAGGGCTTA;SOR=1.143;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=41;TCF=25;TCR=16;TR=40;WE=30202782;WS=30202764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	30212194	rs713656	C	G	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=10;PP=255;SC=GCAGCTAGGACCTAGGACGAG;SOR=3.442;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=1;TCR=10;TR=11;WE=30212202;WS=30212184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	30217827	rs2057882	A	T	454.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.65;SOR=1.493;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	30217992	rs5763521	C	T	417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.57;SOR=1.371;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	30221826	rs9306465	T	A	985.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=12;NR=20;PP=521;SC=GAGGGCCCATTTGCCAACCCA;SOR=1.151;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=30221834;WS=30221816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	30223746	rs147155722	G	GACACAC	585.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.05;SOR=1.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	30223796	rs148580571	T	TCTC	556.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=76;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=1;NR=16;PP=1969;SC=GGCTACTCATTCTGACACACA;SOR=1.765;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=17;WE=30223804;WS=30223786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	30229399	rs3958025	C	G	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=4;PP=532;SC=AAGAATAGAACGACATGAGAA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=19;TCR=4;TR=23;WE=30229407;WS=30229389;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	30234192	.	T	TGCCGCC	1540.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.553;ClippingRankSum=0.000;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=12;PP=740;ReadPosRankSum=1.422;SC=ACCGGCTCTGTGCCGCCGCCG;SOR=1.179;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=21;WE=30234207;WS=30234182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,58:0.97:60
chr22	30366924	rs34749290	C	CT	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.36;QD=20.99;SOR=2.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	30374281	rs9306468	T	C	160.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=1;PP=115;SC=AGAAAAACTTTTTAAGATCAA;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=30374289;WS=30374280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	30374621	rs997913	T	A	475.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=13;PP=371;SC=TATATATATATAACATACATG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=30374629;WS=30374611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	30374872	rs372775454	CT	C	129.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.65;ReadPosRankSum=-0.457;SOR=0.610;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,15:0.31:49
chr22	30384572	rs5763671	G	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=23;PP=744;SC=TGGTATGTTTGTGTTGCTGTT;SOR=1.101;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=38;WE=30384580;WS=30384562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	30394623	rs5763689	T	C	249.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=0;PP=160;SC=CAGAGTGGAATCCTGTCTCAA;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=30394631;WS=30394620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	30660478	rs146609222	G	T	3855.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=47;PP=1499;SC=AGGATCACAGGGTGAATGCTG;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=85;TCF=38;TCR=47;TR=85;WE=30660486;WS=30660468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr22	30681797	rs6147585	T	TCTGCCCCAGCCCTTGGTGCTCCCC	6944.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;BaseQRankSum=0.542;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.176;NF=10;NR=13;PP=2965;ReadPosRankSum=1.066;SC=CACTCTCCCCTCTGCCCCAGC;SOR=0.256;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=23;WE=30681805;WS=30681787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,129:0.99:130
chr22	30685560	rs1860217	G	C	360.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=6;PP=172;SC=CGGGGGTGGTGCCCGAGCCTT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=30685568;WS=30685550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	30691631	rs2097919	G	A	6273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=94;NR=56;PP=2749;SC=TGGGGGCACCGAGCTTCTAAA;SOR=1.031;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=152;TCF=95;TCR=57;TR=150;WE=30691639;WS=30691621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr22	30714684	rs740219	A	C	5694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=226;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=64;NR=51;PP=2130;SC=TGAACCAAGCACTAATGATTT;SOR=0.807;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=64;TCR=51;TR=115;WE=30714692;WS=30714674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr22	30736147	rs2074732	G	A	390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=10;NR=3;PP=218;SC=GCTGTAATTCGGAGACTACCA;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=30736155;WS=30736137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	30738161	rs9608885	C	T	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=52;NR=31;PP=1375;SC=CCTGGCTCCCCATCTGGAGTC;SOR=1.011;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=84;TCF=52;TCR=32;TR=83;WE=30738169;WS=30738151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	30738737	rs5753080	G	A	3263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.70;SOR=0.916;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr22	30742623	rs740221	T	G	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=25;PP=702;SC=AACCAGCCCATCCCTCAGCAG;SOR=2.985;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=4;TCR=25;TR=29;WE=30742631;WS=30742613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	30752696	rs5994293	G	T	1606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.98;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	30770603	rs5749082	T	A	7779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=105;PP=2965;SC=GGGCAAATCCTTTTGCAGAGC;SOR=0.813;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=200;TCF=92;TCR=108;TR=197;WE=30770611;WS=30770593;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr22	30771554	rs2015035	T	G	12852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=493;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=125;NR=134;PP=2965;SC=GCAAGTGCAGTCCAACGACAT;SOR=0.726;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=260;TCF=125;TCR=135;TR=259;WE=30771562;WS=30771544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,486:1.00:486
chr22	30772228	.	CT	C	77.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.084;ClippingRankSum=0.000;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=4.497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.36;ReadPosRankSum=1.214;SOR=0.686;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:41,16:0.28:57
chr22	30772686	rs2286442	C	T	4165.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=49;PP=1661;SC=TGTCACCTGGCCGGGGACAGG;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=44;TCR=49;TR=93;WE=30772694;WS=30772676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,159:1.00:159
chr22	30774340	rs9619104	A	G	870.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=538;SC=TTGAGAAGCCAGGCGCAGTGG;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=30774348;WS=30774330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	30776419	rs757870	T	C	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=29;PP=642;SC=ATCAGGGACATGGGGCCACCC;SOR=1.609;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=39;TCF=10;TCR=29;TR=39;WE=30776427;WS=30776409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	30781774	rs76749047	CA	C	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.232;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.14;ReadPosRankSum=-0.099;SOR=0.313;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,11:0.41:27
chr22	30782089	rs5997629	A	G	1122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=22;PP=682;SC=TCAGGATGAGAAGAAGCAGGG;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=30782097;WS=30782079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	30793137	rs757660	G	A	3906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=41;PP=1465;SC=CTGAGCCCCAGGCAGAAGGAG;SOR=1.179;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=77;TCF=32;TCR=45;TR=73;WE=30793145;WS=30793127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr22	30793270	rs887098	G	A	902.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=590;SC=GGCGGGCGGCGGAGGGAACAG;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=30793278;WS=30793260;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	30795484	rs5753124	G	C	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=2;PP=329;SC=GCCTGGGCGAGAGTGCGAGAC;SOR=2.712;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=16;WE=30795492;WS=30795474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	30802444	rs2072157	C	T	2211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=34;PP=974;SC=CTTCTTTTGCCGCACCTCCCA;SOR=1.206;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=17;TCR=34;TR=51;WE=30802452;WS=30802434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	30812549	rs5997642	C	G	1504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=30;PP=862;SC=AGAAATCTAGCCTTGGAGACT;SOR=1.938;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=6;TCR=31;TR=36;WE=30812557;WS=30812539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	30822920	rs5844906	T	TG	3401.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=5;NR=43;PP=2034;SC=AAAGTCCCTGTGGACACTCCA;SOR=1.214;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=54;TCF=5;TCR=49;TR=48;WE=30822928;WS=30822910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	30823065	rs2072159	G	A	1023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=19;NR=11;PP=741;SC=CAAGTCCACTGGCCACTTGCC;SOR=1.244;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=30;WE=30823073;WS=30823055;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	30823196	rs5753130	T	C	4589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=58;NR=42;PP=1781;SC=CCAGGGTGACTGTGGCTGTGG;SOR=0.922;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=100;TCF=58;TCR=42;TR=100;WE=30823204;WS=30823186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,172:1.00:172
chr22	30857373	rs2240345	A	C	5810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=60;NR=52;PP=2331;SC=TGGGTAGAACATCTGTCATCT;SOR=0.786;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=61;TCR=53;TR=112;WE=30857381;WS=30857363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,222:1.00:222
chr22	30857448	rs5749104	A	G	5501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=216;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=64;NR=68;PP=2327;SC=TGTCCGCACCATCAGATGAGA;SOR=0.712;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=132;WE=30857456;WS=30857438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chr22	30862146	rs1047917	C	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=2;PP=520;SC=TAAGGCCAACCCTAGAAGTTA;SOR=3.442;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=23;WE=30862154;WS=30862136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	30862400	rs1057995	T	A	2540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=18;NR=46;PP=1177;SC=CCAAGAGAGATCCCTTCAGAG;SOR=1.368;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=66;TCF=19;TCR=47;TR=64;WE=30862408;WS=30862390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chr22	30863163	rs5997653	C	T	689.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=14;PP=339;SC=TTCTAGACCCCGACTCTGTCC;SOR=2.124;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=2;TCR=14;TR=16;WE=30863171;WS=30863153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	30863234	rs58327765	A	ACATCCATC	448.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.08;QD=44.87;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	30864610	rs4820853	A	G	6372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=90;NR=67;PP=2965;SC=AAGTGGCCCAATGATGTCATA;SOR=0.905;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=157;TCF=90;TCR=67;TR=157;WE=30864618;WS=30864600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr22	30864692	rs4820854	G	A	8630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=336;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.84;SOR=0.754;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,334:1.00:334
chr22	30864792	rs2269962	C	T	3573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr22	30864817	rs2269963	A	G	2144.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=53;PP=1425;SC=AGACAGTGCTATTGTCTCAGG;SOR=2.155;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=68;TCF=15;TCR=53;TR=68;WE=30864825;WS=30864807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	30867139	rs5997658	GC	TT	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;JOINED;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=2;PP=285;SC=AGGTGTGGTGGCACATGCCTG;SOR=1.179;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=30867148;WS=30867129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	30888412	rs5997665	C	T	1417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=33;NR=11;PP=924;SC=TTAGCATTGACCTCTGCTTCC;SOR=1.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=33;TCR=11;TR=44;WE=30888420;WS=30888402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	30920965	rs41282475	T	C	1512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=28;NR=12;PP=737;SC=GAGGAGGGTGTGGGGACCATG;SOR=1.302;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=28;TCR=12;TR=40;WE=30920973;WS=30920955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	30921294	rs41282477	C	T	5388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=203;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=81;NR=49;PP=2559;SC=CACCCTCCCCCTAGCCCCCAG;SOR=1.078;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=83;TCR=49;TR=130;WE=30921302;WS=30921284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr22	30927975	rs5749118	C	T	6615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.35;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr22	30930080	rs5753187	T	A	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=28;PP=707;SC=CACTCCAGGCTTCTGGAGAGA;SOR=1.092;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=45;TCF=16;TCR=29;TR=44;WE=30930088;WS=30930070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	30930158	rs2899151	T	C	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=273;SC=GTTCTTGACCTGGGGAGCCAC;SOR=2.200;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=30930166;WS=30930148;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	30934816	rs5753190	T	C	7163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=76;NR=81;PP=2566;SC=ATCCTTACCTTGGAGCCAGCG;SOR=0.774;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=157;WE=30934824;WS=30934806;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,281:1.00:281
chr22	30934887	rs5753191	G	A	4269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=60;PP=1879;SC=TGTTCTCCCGGAACTGAGGAC;SOR=0.968;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=100;TCF=40;TCR=60;TR=100;WE=30934895;WS=30934877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chr22	30987861	rs737953	G	C	10110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=386;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=110;NR=131;PP=2965;SC=CGCGTACAGGGAGCTCCACTT;SOR=0.861;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=241;TCF=110;TCR=131;TR=241;WE=30987869;WS=30987851;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,384:1.00:384
chr22	30988382	rs13053923	G	A	979.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.22;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	31003561	rs16988828	A	G	724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=569;SC=TCCTCACCAGACAAGATCTCC;SOR=2.584;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=31003569;WS=31003551;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	31009118	rs11703570	T	A	1186.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=29;PP=739;SC=CTTTGGGTTTTCTCCCCAGGC;SOR=2.007;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=9;TCR=29;TR=38;WE=31009126;WS=31009108;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	31010242	rs5749134	G	C	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=7;PP=627;SC=CCAAAAGAGCGTGTTGGAAAG;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=24;TCR=7;TR=31;WE=31010250;WS=31010232;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	31010556	rs5997703	C	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=496;SC=CACTGATGACCTCCATACCCT;SOR=2.584;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=31010564;WS=31010546;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	31011504	rs139588634	CAG	C	6732.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=0.832;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-7.099;NF=27;NR=105;PP=2957;ReadPosRankSum=1.078;SC=GGGGAACAGTCAGGGGTGGAG;SOR=0.931;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=133;TCF=28;TCR=105;TR=132;WE=31011513;WS=31011494;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,260:0.99:262
chr22	31011557	rs2267163	T	C	7136.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=267;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=85;NR=84;PP=2965;SC=GCCGGCTGACTTCCTCTCTCT;SOR=0.731;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=169;TCF=85;TCR=84;TR=169;WE=31011565;WS=31011547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,267:1.00:267
chr22	31011610	rs1801198	G	C	7549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=90;NR=86;PP=2965;SC=TCCCCCATGCGTGGGGCAGAA;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=176;TCF=90;TCR=86;TR=176;WE=31011618;WS=31011600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr22	31011882	rs4820021	A	T	836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=24;PP=668;SC=TCAGCACAAGATTGTGGGTGT;SOR=3.334;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=2;TCR=24;TR=26;WE=31011890;WS=31011872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	31011906	rs5749135	C	T	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=13;PP=325;SC=TGGGACACAGCAGCCAAAATG;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=31011914;WS=31011896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	31013549	rs740235	G	A	1010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=33;PP=869;SC=GGTCACAGAAGAGACGGGGAA;SOR=4.804;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=34;WE=31013557;WS=31013539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	31018777	rs2301956	G	A	330.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=244;SC=TCGGGGGTCTGGAGGGGAAGG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=31018785;WS=31018767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	31018817	rs2301957	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=5;PP=420;SC=AGACCTGTGGCCAGGTGGCCT;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=21;WE=31018825;WS=31018807;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	31018884	rs2301958	G	C	2621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=26;PP=1143;SC=TGCTGCTGTGGGTGAGCACTG;SOR=1.000;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=69;WE=31018892;WS=31018874;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr22	31022272	rs2072194	G	A	216.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=1;PP=162;SC=GGAACCCTGTGGGAAGCTGAG;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=8;WE=31022280;WS=31022262;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	31032920	rs5997714	A	G	17205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=661;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=141;NR=230;PP=2965;SC=GCCACCACCCACTTCAGTTGG;SOR=1.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=371;TCF=141;TCR=230;TR=371;WE=31032928;WS=31032910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,649:1.00:649
chr22	31060029	rs1005887	G	C	1096.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=24;PP=675;SC=AGCGAAGCACGAAGGCTGCGT;SOR=1.923;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=8;TCR=24;TR=32;WE=31060037;WS=31060019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	31089958	rs11383654	G	GA	351.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.909;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=2.602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.13;ReadPosRankSum=2.037;SOR=2.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,23:0.79:29
chr22	31266546	rs2301816	T	C	4546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=-1.093;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.024;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=52;NR=63;PP=1775;ReadPosRankSum=2.456;SC=AGCACGGCGCTGCACTCCAGC;SOR=0.122;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=117;TCF=52;TCR=65;TR=115;WE=31266554;WS=31266536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr22	31266777	rs4820909	T	C	310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=9;PP=207;SC=CCATTTCCTGTGGTTCCACGG;SOR=2.670;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=31266785;WS=31266767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	31301734	rs10625967	A	AGG	3986.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=20;PP=2252;SC=GCGACCCGGGAGGAGACACCG;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=47;WE=31301742;WS=31301724;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	31322733	rs113471863	C	A	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=23;NR=4;PP=611;SC=GTCCCCTCCCCCTGCAGCTAC;SOR=2.765;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=23;TCR=4;TR=27;WE=31322741;WS=31322723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	31342594	rs5753403	C	T	793.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.37;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	31479071	rs17822214	C	T	1572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=23;NR=16;PP=695;SC=GTAATGGACGCTCCTAGGTTA;SOR=0.899;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=39;WE=31479079;WS=31479061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	31483934	rs11704901	T	C	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=30;NR=16;PP=939;SC=ATGACCTGCCTCTCGCACCCA;SOR=1.234;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=30;TCR=16;TR=46;WE=31483942;WS=31483924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	31484188	rs76819348	G	T	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.73;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	31485021	rs116740288	A	C	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=20;PP=433;SC=AGAGTGCCTGAGTGTCTTTGC;SOR=2.019;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=31485029;WS=31485011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	31487551	rs117094650	A	G	2405.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=42;NR=29;PP=1497;SC=TGCGGCCAGGACTCAGGGTGT;SOR=0.972;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=43;TCR=29;TR=71;WE=31487559;WS=31487541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	31487701	rs35541583	C	T	6573.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=277;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=79;NR=82;PP=2541;SC=CCCTACTCAGCACCAGTAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=163;TCF=80;TCR=83;TR=161;WE=31487709;WS=31487691;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,266:1.00:266
chr22	31489869	rs116304283	G	C	3546.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=41;PP=1540;SC=TCTCGTAAGTGCTTCTGGGTT;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=42;TCR=41;TR=83;WE=31489877;WS=31489859;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr22	31491295	rs3205187	G	C	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=29;NR=9;PP=816;SC=GCAGATGGAAGCAGAGCCAGC;SOR=2.191;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=39;TCF=30;TCR=9;TR=38;WE=31491303;WS=31491285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	31491332	rs5997872	C	T	2015.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.52;SOR=1.522;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	31492951	rs11704852	C	A	7298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=2.178;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.227;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=86;PP=2965;ReadPosRankSum=-1.089;SC=CCCCCTGTGCCTTTCACATCC;SOR=0.393;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=165;TCF=78;TCR=87;TR=164;WE=31492959;WS=31492941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,287:1.00:288
chr22	31493460	rs5753458	T	C	684.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=23;PP=498;SC=GAGGCCGAGGTGGGCGGATCA;SOR=2.753;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=5;TCR=23;TR=28;WE=31493468;WS=31493450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	31494568	rs59174577	A	ACC	1578.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=10;PP=494;SC=GTGCTACAAGACCCCCCCTCC;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=25;WE=31494576;WS=31494558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	31600328	rs3068175	C	CA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.280;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.37;ReadPosRankSum=0.240;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,8:0.25:32
chr22	31687142	rs5753544	G	C	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=54;PP=2006;SC=CCAGCCCCGGGGCCGTCCCCC;SOR=0.801;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=117;TCF=63;TCR=54;TR=117;WE=31687150;WS=31687132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,173:1.00:173
chr22	31741067	rs714909	G	A	4948.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=68;NR=52;PP=2424;SC=GGGGGCGAAAGAGCATTATAT;SOR=0.878;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=121;TCF=68;TCR=53;TR=120;WE=31741075;WS=31741057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chr22	31743032	rs9609261	A	C	6551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=2.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=95;NR=68;PP=2965;ReadPosRankSum=1.718;SC=CTGCTTCTGCACCCGGTACAT;SOR=0.344;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=166;TCF=96;TCR=70;TR=163;WE=31743040;WS=31743022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr22	31795866	rs4820047	T	C	1718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=40;PP=1174;SC=TCTGCCACGATTAGGAGTCCC;SOR=2.226;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=31795874;WS=31795856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	31843567	rs2273251	G	C	1211.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.73;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	31844293	rs738658	A	C	4244.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=53;PP=1769;SC=TTAATGCATGACATTTCTTGC;SOR=0.934;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=35;TCR=53;TR=88;WE=31844301;WS=31844283;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,164:1.00:164
chr22	31854434	rs11293411	AT	A	3133.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=43;PP=2018;SC=TTAACCACACATTTTTTAAGT;SOR=0.862;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=70;TCF=26;TCR=44;TR=64;WE=31854442;WS=31854424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr22	31904170	rs2413054	A	G	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=8;NR=3;PP=177;SC=GAGCTGGCATATAGTTCAGAA;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=8;TCR=3;TR=11;WE=31904178;WS=31904160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	31926475	.	C	CAAAAAA	123	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.57;FR=0.9970;HP=20;HapScore=3;MGOF=22;MMLQ=23;MQ=52.76;NF=5;NR=0;PP=123;QD=25.2;SC=AACTCTGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=5;WE=31926483;WS=31926465;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:4,5:0.56:9
chr22	31926725	rs3818134	C	T	723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=3;NR=16;PP=359;SC=AGGCATTTGCCGGCCATTTTA;SOR=1.781;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=31926733;WS=31926715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	31942770	rs1968023	G	A	461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=3;PP=299;SC=TTCATGAGACGGCAAGAATAT;SOR=1.371;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=31942778;WS=31942760;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	31971172	rs10657905	A	ATCT	2921.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=16;PP=1667;SC=TTTCCAGCTCATCTAACCTTA;SOR=0.925;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=32;TCF=16;TCR=16;TR=29;WE=31971180;WS=31971162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	31971258	rs5753700	T	C	3638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=37;NR=37;PP=1271;SC=GCTCCAGATATACTTCTGTGA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=31971266;WS=31971248;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr22	31983287	rs112798271	A	ATTTGTTTTGT	5627.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=24;PP=2982;SC=ATGCCAATTTATTTGTTTTGT;SOR=1.085;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=48;TCF=6;TCR=42;TR=30;WE=31983295;WS=31983277;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr22	32081436	.	C	CA	323.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.520;ClippingRankSum=0.000;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=7.538;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.45;MQRankSum=1.114;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.285;SOR=0.129;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,30:0.47:64
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chr22	32211412	rs5749334	A	C	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=25;PP=829;SC=AGCACCTAGGATAAAGTGCAG;SOR=1.244;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=37;WE=32211420;WS=32211402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	32239893	.	T	C	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;ClippingRankSum=-0.000;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=4.228;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.18;ReadPosRankSum=1.348;SOR=0.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:8,2:0.20:10
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chr22	32334295	rs3788444	C	G	413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=14;PP=348;SC=CAAGCCAAAACGTCTAGAAAA;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=32334303;WS=32334285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	32435409	rs130262	G	C	501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=5;PP=291;SC=CTGCTTCTCTGGGCTTTCCAC;SOR=1.292;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=11;TCR=5;TR=16;WE=32435417;WS=32435399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	32463875	rs135110	G	A	808.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=8;PP=480;SC=TTTTTCTGCAGCAGCTGAGGG;SOR=1.329;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=25;WE=32463883;WS=32463865;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	32478972	rs131880	A	AG	4276.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=29;PP=2147;SC=GAAGGCCAGCAGAAGTAGAGG;SOR=0.896;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=17;TCR=29;TR=46;WE=32478980;WS=32478962;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	32482127	.	C	CA	161.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.914;ClippingRankSum=0.000;DP=87;ExcessHet=3.0103;FS=1.028;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.82;MQRankSum=1.462;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.547;SOR=0.488;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,22:0.26:85
chr22	32545637	rs9606913	A	T	230.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.282;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=23.08;ReadPosRankSum=-0.385;SOR=0.525;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,9:0.90:10
chr22	32545654	rs192373601	A	C	410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.385;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=-0.000;NF=4;NR=7;PP=224;ReadPosRankSum=-0.126;SC=ATATATATATATCTACATATA;SOR=0.525;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=32545662;WS=32545644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,12:0.92:13
chr22	32545849	rs58570639	C	CA	2336.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=17;PP=944;SC=CACTTGGTGACGTAGAAAACA;SOR=0.796;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=4;TCR=17;TR=21;WE=32545857;WS=32545839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	32651262	rs12169024	A	G	4524.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=69;PP=1997;SC=TGGTCAGACAATGGAGGTGGC;SOR=1.078;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=109;TCF=40;TCR=69;TR=109;WE=32651270;WS=32651252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr22	32756744	rs2076035	A	G	5275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=63;NR=68;PP=2436;SC=ATGGTGATCAAGGTGTCTTGA;SOR=0.765;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=64;TCR=68;TR=131;WE=32756752;WS=32756734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr22	32759025	rs5998440	G	C	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=20;NR=28;PP=621;SC=TTGGTGTAGAGGCTATATCTT;SOR=0.971;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=20;TCR=28;TR=48;WE=32759033;WS=32759015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	32763595	rs5998455	T	C	1383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=9;PP=502;SC=ATGGTCTAGATGAAAGTCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=29;TCF=19;TCR=10;TR=28;WE=32763603;WS=32763585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	32763635	rs5844991	C	CT	842.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.62;BaseQRankSum=-3.359;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.845;HP=11;HapScore=3;MGOF=15;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=11;PP=164;ReadPosRankSum=-0.571;SC=TATACATACACTTTTTTTTTT;SOR=0.339;SbPval=0.8;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=16;WE=32763643;WS=32763625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:12,51:0.81:63
chr22	32763787	rs738267	T	C	1336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=25;PP=670;SC=TAGGGGCTCTTGGTAACCAAG;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=42;WE=32763795;WS=32763777;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	32763829	rs713647	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=12;NR=20;PP=678;SC=TAAAGCCCCAACATCTAGAGT;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=32763837;WS=32763819;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	32764388	rs5998456	T	C	1749.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=12;PP=920;SC=CTAACACCTATAACGCACCTG;SOR=1.646;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=35;TCR=12;TR=47;WE=32764396;WS=32764378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	32764720	rs5998458	G	C	1545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=40;PP=1148;SC=ATGAGAAATAGAGCCTTTGTC;SOR=2.137;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=11;TCR=40;TR=51;WE=32764728;WS=32764710;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	32766764	rs7284302	C	A	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=2;PP=573;SC=AAAACATAACCGGGAAACACA;SOR=3.611;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=23;TCR=2;TR=25;WE=32766772;WS=32766756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	32766985	rs73166382	C	G	5992.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=53;NR=83;PP=2729;SC=AAACTCAGCACAGACAGTGGC;SOR=0.977;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=137;TCF=53;TCR=84;TR=136;WE=32766993;WS=32766975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr22	32791003	rs2072818	A	C	915.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=7;PP=649;SC=ACAAACGTAGAGCTACGTACT;SOR=2.235;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=25;TCR=7;TR=32;WE=32791011;WS=32790993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	32791929	rs3215463	GC	G	802.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=6;PP=343;SC=CTTGTGATCCGCCCCCCCTCG;SOR=1.101;SbPval=0.37;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=13;WE=32791937;WS=32791919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	32804313	rs5754073	G	A	874.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=22;PP=582;SC=ACTGTATAACGTGAAGAGGTA;SOR=2.694;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=25;TCF=3;TCR=22;TR=25;WE=32804321;WS=32804303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	32804656	rs2076043	G	A	6272.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.45;SOR=1.542;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr22	32804665	rs2076044	T	C	6825.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.37;SOR=1.470;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr22	32811952	rs5998478	A	G	1716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-1.855;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=23;PP=714;ReadPosRankSum=-0.596;SC=TGTGGATTGGACAGAGGAAAT;SOR=0.273;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=19;TCR=24;TR=42;WE=32811960;WS=32811942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,68:0.99:69
chr22	32843436	rs4821063	C	T	226.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=162;SC=CCATTGTGAACTCCTACAGAG;SOR=2.833;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=32843444;WS=32843426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	32849192	rs7290725	C	T	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chr22	32871227	rs8136485	C	T	701.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=10;PP=422;SC=GGCGATAGGCCAAGTGCGGGG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=32871235;WS=32871217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chr22	32871383	rs8137714	T	G	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.18;SOR=0.744;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	32871442	rs8140067	C	A	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=24;PP=891;SC=AGGGAACGCACAATTTCCACA;SOR=0.821;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=21;TCR=24;TR=45;WE=32871450;WS=32871432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	32875190	rs11107	G	A	6197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=65;NR=87;PP=2681;SC=AGACTAGCATGCAGGATGAAC;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=153;TCF=66;TCR=87;TR=152;WE=32875198;WS=32875180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr22	32886998	rs738982	T	C	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=2;PP=299;SC=ACCATGTTGATTGGGTTTGGC;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=32887006;WS=32886988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	32887150	rs9726	C	T	3027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=26;PP=1095;SC=GTATCCTCTTCTGGCTTTTAC;SOR=0.710;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=55;WE=32887158;WS=32887140;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chr22	32891368	rs10648473	T	TTC	266.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=14;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=2;NR=4;PP=215;SC=TTTTTTTTTTTTTATGCTTAA;SOR=1.085;SbPval=0.35;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=6;WE=32891376;WS=32891358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	32934225	rs2239765	C	A	2228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=37;PP=1146;SC=TGTATTCTTACGTACACACCT;SOR=1.248;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=32934233;WS=32934215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	32934274	rs2239766	T	G	973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=20;PP=523;SC=TTTCCCTTCATGCTGTTTGCC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=27;WE=32934282;WS=32934264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	32937740	rs135479	T	C	4900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.987;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr22	33229685	rs242077	T	C	788.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=4;PP=586;SC=TGGCATGCTATGTCCACCACT;SOR=3.180;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=22;TCR=4;TR=26;WE=33229693;WS=33229675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	33229830	rs242076	A	G	3878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=35;NR=43;PP=1445;SC=AGCATTTAGCACTGATCATGC;SOR=0.760;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=78;WE=33229838;WS=33229820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	33562887	rs9609729	G	T	1189.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=20;PP=541;SC=TCTATGCAATGATACTGGCTA;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=33562895;WS=33562877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	34000460	rs36002910	G	A	5968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=53;NR=62;PP=2380;SC=CACGCACAGCGGGCACCATCC;SOR=0.803;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=116;TCF=54;TCR=62;TR=115;WE=34000468;WS=34000450;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chr22	34022284	rs86487	G	A	3382.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=59;PP=1880;SC=CATTGTATCCGGCGCAGACAA;SOR=1.355;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=89;TCF=30;TCR=59;TR=88;WE=34022292;WS=34022274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,122:1.00:122
chr22	35463162	rs361863	A	G	2340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=16;PP=791;SC=GAAGAAGCTGAGCCTGTCCTT;SOR=1.038;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=31;TCR=16;TR=47;WE=35463170;WS=35463152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	35463179	rs361668	T	C	2755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=21;PP=831;SC=CCTTCTCCATTGAGGCGATCC;SOR=0.888;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=33;TCR=21;TR=54;WE=35463187;WS=35463169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	35463249	rs362090	C	T	2930.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=28;PP=940;SC=TGAAGAGGGCCCCGGAGAAGC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=51;WE=35463257;WS=35463239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr22	35478486	rs2899241	A	C	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=66;NR=38;PP=2004;SC=GGCCACTGACACAACTTGGAC;SOR=1.259;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=104;TCF=66;TCR=38;TR=104;WE=35478494;WS=35478476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	35478688	rs725267	C	T	4105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=81;PP=2312;SC=CCTCAGCCCCCAGCCTCCATG;SOR=1.300;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=121;TCF=40;TCR=81;TR=121;WE=35478696;WS=35478678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr22	35481776	rs3810619	T	C	1744.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=40;PP=1147;SC=GGAAATCGATTTCACAATCCA;SOR=1.888;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=14;TCR=40;TR=54;WE=35481784;WS=35481766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	35684533	rs5750093	G	C	278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=204;SC=TCTCAGGATGGCGTAACATAG;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=35684541;WS=35684523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	35727265	.	C	CT	53.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.021;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.07;ReadPosRankSum=-0.063;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,8:0.31:26
chr22	35741863	rs133399	A	G	3640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=55;PP=1557;SC=GGGTAGACTTATATAGCATAT;SOR=1.147;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=87;TCF=32;TCR=55;TR=87;WE=35741871;WS=35741853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr22	35742925	rs743810	T	G	1459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=61;NR=17;PP=1795;SC=CTTCCCAGGGTAATGATGCGG;SOR=1.528;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=78;TCF=61;TCR=17;TR=78;WE=35742933;WS=35742915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	35743124	rs2071745	G	C	7419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=0.840;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=300;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;MQRankSum=0.000;NF=109;NR=109;PP=2965;ReadPosRankSum=1.486;SC=CAGCTGAGGGGCCCCCGGGTC;SOR=0.700;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=218;TCF=109;TCR=109;TR=218;WE=35743132;WS=35743114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,285:0.99:287
chr22	35796652	rs743813	C	G	362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=11;PP=296;SC=GCTCACACGCCTCTACCAGCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=35796660;WS=35796642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	35797333	rs743815	T	C	3550.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=39;NR=28;PP=1327;SC=TAGGATTCACTTCACTTCGCT;SOR=0.833;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=39;TCR=28;TR=67;WE=35797341;WS=35797323;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	35799542	rs713618	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=21;PP=548;SC=GAAGGTGGGTCGGAGGGCAGT;SOR=1.562;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=7;TCR=21;TR=28;WE=35799550;WS=35799532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	35810052	rs80433	T	C	1110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.453;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=4.126;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=7;NR=32;PP=880;ReadPosRankSum=-1.000;SC=CTCTGGGTCCTCAGGACACCT;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=42;TCF=8;TCR=34;TR=39;WE=35810060;WS=35810042;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chr22	35812504	rs35067280	CTGTG	C	1164.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.512;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=3.411;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.96;MQRankSum=-0.131;QD=37.57;ReadPosRankSum=1.735;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,29:0.94:31
chr22	36006923	rs35171458	G	GC	2353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=14;PP=1958;SC=CCCAGGCTCTGCTCCTACCTC;SOR=2.093;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=48;TCF=34;TCR=14;TR=44;WE=36006931;WS=36006913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	36007045	rs7292	G	A	6593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=60.04;NF=71;NR=76;PP=2852;SC=CGGTGAGCACGGTGGCACCAT;SOR=0.717;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=147;TCF=71;TCR=76;TR=147;WE=36007053;WS=36007035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,253:1.00:253
chr22	36007075	rs7293	C	T	6425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=245;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=62;NR=76;PP=2502;SC=AGTCCTCAGACGCCTTCATCT;SOR=0.796;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=138;TCF=62;TCR=76;TR=138;WE=36007083;WS=36007065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr22	36113785	.	C	CAAAA	49	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;FR=0.7747;HP=15;HapScore=2;MGOF=135;MMLQ=23;MQ=58.16;NF=5;NR=0;PP=49;QD=10.4;SC=AGCTCCATCGCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=36113793;WS=36113775;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:0,5:1.00:5
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chr22	36114054	rs2899256	C	T	2218.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.38;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	36116493	rs34534260	T	TCTAA	1419.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=22.90;ReadPosRankSum=0.937;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,60:0.97:62
chr22	36116535	rs33921037	A	G	3239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=48;NR=31;PP=1465;SC=TTAGACAGCCAACTTTCCCGG;SOR=0.933;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=80;TCF=49;TCR=31;TR=79;WE=36116543;WS=36116525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr22	36122930	rs2076671	C	T	3674.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=44;PP=1718;SC=CCTTTCTGGACGGCTAGAGGG;SOR=0.768;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=85;WE=36122938;WS=36122920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr22	36124860	rs2076673	C	G	3924.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=46;NR=48;PP=1694;SC=AGGACAGTCTCTGCCCCAAGG;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=94;TCF=46;TCR=48;TR=94;WE=36124868;WS=36124850;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr22	36424450	rs9607299	A	C	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=11;PP=293;SC=GAGGCGGCTGATGCGGCTGGG;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=36424458;WS=36424440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	36623731	rs132760	T	C	9579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=365;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.76;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,358:1.00:358
chr22	36623920	rs7285167	G	A	6704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=259;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=82;PP=2965;SC=TCCAAGTTGCGGGCTTGGGCT;SOR=0.742;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=176;TCF=92;TCR=84;TR=174;WE=36623928;WS=36623910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,248:1.00:248
chr22	36627521	rs141951757	AAAG	A	9303.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=218;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=57;PP=2973;SC=CTCTAGTTGGAAAGAAGAAAG;SOR=0.693;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=76;TCF=15;TCR=61;TR=72;WE=36627531;WS=36627511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr22	36633564	rs916263	T	C	1108.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=21;NR=12;PP=742;SC=AAGTGATCCTTCTGCCTCAGC;SOR=1.040;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=21;TCR=13;TR=33;WE=36633572;WS=36633554;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	36633654	rs5845261	C	CA	5237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=16;NR=38;PP=2440;SC=GAGACAGCATCTCCTGTGTTG;SOR=0.756;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=36633662;WS=36633644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	36633836	rs916264	A	C	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=18;PP=586;SC=GATGCTCTGGACCCCACCTTC;SOR=1.863;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=36633844;WS=36633826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	36634670	rs1894493	G	C	4857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=25.98;SOR=1.078;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chr22	36635444	rs136144	A	G	733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=5;PP=546;SC=GAGCTATTGCAAGAATAAGGA;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=36635452;WS=36635434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	36635756	rs5756111	G	A	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=19;PP=470;SC=CCAGACATCCGGGTCCCTCTC;SOR=2.546;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=3;TCR=19;TR=22;WE=36635764;WS=36635746;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	36657596	rs713929	A	G	5071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=84;NR=40;PP=2224;SC=GCTGTTATGCACTCCCACACT;SOR=1.242;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=125;TCF=84;TCR=41;TR=124;WE=36657604;WS=36657586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chr22	36657628	rs136163	T	G	6463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=2.164;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=265;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.619;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=86;NR=58;PP=2483;ReadPosRankSum=2.031;SC=TTATCCTTTCTTCTTTCCAAC;SOR=0.676;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=145;TCF=86;TCR=59;TR=144;WE=36657636;WS=36657618;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,259:1.00:260
chr22	36657789	rs136164	T	C	3494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=72;PP=2156;SC=TGGGGTTACCTCCATTGGGCA;SOR=1.554;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=104;TCF=32;TCR=72;TR=104;WE=36657797;WS=36657779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr22	36661149	rs136169	A	G	1852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.19;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	36661152	rs28480494	G	A	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.68;SOR=1.230;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	36661330	rs2239785	G	A	3467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=47;PP=1997;SC=GTTGAAAAGTGAGCTTGAGGA;SOR=0.787;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=101;TCF=54;TCR=47;TR=101;WE=36661338;WS=36661320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr22	36661536	rs136174	C	A	8920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=350;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=95;NR=106;PP=2965;SC=GAATCACAGCCGCTTTGACCG;SOR=0.759;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=203;TCF=97;TCR=106;TR=201;WE=36661544;WS=36661526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,343:1.00:343
chr22	36661566	rs136175	G	A	7851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=298;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=90;NR=104;PP=2965;SC=GCAGTACCATGGACTACGGAA;SOR=0.806;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=194;TCF=90;TCR=104;TR=194;WE=36661574;WS=36661556;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,296:1.00:296
chr22	36661646	rs136176	G	A	5437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.66;SOR=0.795;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,204:1.00:204
chr22	36661842	rs136177	G	A	4131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=46;NR=57;PP=2365;SC=AGGTGGAGAGGGTTAATGAAC;SOR=0.820;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=103;TCF=46;TCR=57;TR=103;WE=36661850;WS=36661832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chr22	36661940	rs143845266	T	A	4254.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.79;SOR=0.834;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr22	36690113	rs4821478	G	A	2816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;BaseQRankSum=0.037;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=67;NR=25;PP=1859;ReadPosRankSum=-0.780;SC=CACTGCCCGCGCCAGGGTCCT;SOR=0.908;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=93;TCF=68;TCR=25;TR=92;WE=36690121;WS=36690103;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,101:0.99:102
chr22	36691607	rs710181	A	C	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=1.946;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=14;NR=7;PP=389;ReadPosRankSum=-0.749;SC=CTGTTTTCAGAGCCTCTAGCT;SOR=0.527;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=21;WE=36691615;WS=36691597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,30:0.97:31
chr22	36695173	rs2187776	C	T	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=26;PP=734;SC=GCCCGGAAATCTGGGGCTGAA;SOR=1.730;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=12;TCR=26;TR=37;WE=36695181;WS=36695163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	36695247	rs4821480	G	T	145.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=6;PP=116;SC=GGATAATTTTGAAAGGTCACG;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=36695255;WS=36695237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr22	36708084	rs2413396	C	T	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=7;PP=608;SC=TCCCCGTGAGCGCTCCTCACC;SOR=1.402;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=23;TCR=7;TR=30;WE=36708092;WS=36708074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chr22	36708400	rs34645860	C	CA	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=17;PP=696;SC=CCAGGAGAAGCAAAGCACTGT;SOR=2.531;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=0;TCR=18;TR=17;WE=36708408;WS=36708390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	36710047	rs5756141	T	C	1006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.77;SOR=2.030;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr22	36710183	rs3752462	T	C	6234.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.76;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chr22	36712387	rs5756150	A	G	389.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=292;SC=CCGAGACCCTATCTTTTAAAA;SOR=1.329;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=36712395;WS=36712377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	36712400	rs67607973	GA	G	542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=67.48;QD=36.18;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	36712414	rs5756151	C	G	717.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=65.69;QD=35.89;SOR=2.531;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	36712472	rs5756152	A	G	1540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=12;PP=848;SC=AGATCGATGCAGGACCATGAG;SOR=1.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=49;TCF=37;TCR=12;TR=48;WE=36712480;WS=36712462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	36722490	rs8136069	C	A	1115.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=9;PP=736;SC=ATGGGCCCAGCCTCTGCTTCA;SOR=1.981;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=28;TCR=9;TR=37;WE=36722498;WS=36722480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	36722534	rs8136336	G	A	2375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=48;NR=20;PP=1333;SC=AGCTGAAGCCGGGACCACTAA;SOR=1.485;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=68;TCF=48;TCR=20;TR=68;WE=36722542;WS=36722524;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	36744886	.	GCC	G,GC	611.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=5.689;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.49;MQRankSum=0.500;QD=21.85;ReadPosRankSum=1.116;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:2,9,17:0.32,0.61:28
chr22	36872750	rs2281082	T	G	2028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=42;NR=14;PP=1273;SC=TATACTGGCTTCCCTGTGGCA;SOR=1.981;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=42;TCR=14;TR=56;WE=36872758;WS=36872740;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	36891786	rs5756218	G	C	5662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=74;NR=57;PP=2437;SC=GCCTGGCGGAGAGCACGACAC;SOR=0.880;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=131;WE=36891794;WS=36891776;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,219:1.00:219
chr22	36891858	rs5756219	C	A	7742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=295;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=76;NR=82;PP=2881;SC=GTTCATCATTCTCGGACCTTC;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=158;WE=36891866;WS=36891848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,295:1.00:295
chr22	36900271	rs2277841	T	C	6229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=81;NR=69;PP=2695;SC=CTGGTTGGTGTTGGCTTCTTC;SOR=0.779;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=151;TCF=81;TCR=70;TR=150;WE=36900279;WS=36900261;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chr22	36900806	rs760718	A	G	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=35;PP=1037;SC=GTGGCTACAAAGAGGACGCTG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=36900814;WS=36900796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	36901817	rs373218799	TA	T	68.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.35;MQRankSum=1.306;QD=2.37;ReadPosRankSum=0.056;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:19,10:0.34:29
chr22	36907098	rs728785	T	C	6459.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=262;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=74;NR=74;PP=2393;SC=TGTGATATGATGTTCACTTTC;SOR=0.701;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=148;TCF=74;TCR=74;TR=148;WE=36907106;WS=36907088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,255:1.00:255
chr22	37196871	rs3484	G	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=7;PP=295;SC=GGAGGGTGGCGAGAGGGGCCG;SOR=0.859;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=17;WE=37196879;WS=37196861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	37196971	rs2001063	C	A	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=12;PP=346;SC=TTCTGCAGAACAAAATGACAA;SOR=0.741;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=9;TCR=12;TR=21;WE=37196979;WS=37196961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	37207319	rs72164769	CTAAA	C	489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=2;PP=372;SC=GAGACTGTCTCTAAATAAATA;SOR=1.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=6;WE=37207330;WS=37207309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	37207667	rs34262500	T	A	813.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=17;PP=449;SC=TTTCTCTTCATCAGGTAGGTT;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=8;TCR=17;TR=25;WE=37207675;WS=37207657;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	37257177	rs34567417	G	A	3556.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=32;PP=1664;SC=CTGGCTGGGCGAGACTCTCCA;SOR=0.957;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=80;WE=37257185;WS=37257167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr22	37260868	.	TTCC	T	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=2.232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.807;SOR=0.202;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,5:0.10:49
chr22	37263618	rs35583148	G	A	1118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=31;PP=876;SC=CTCTGGCTCTGATGGCCCCAT;SOR=2.833;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=4;TCR=31;TR=35;WE=37263626;WS=37263608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	37268555	rs2072711	A	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=16;PP=482;SC=GTGGAAGTGCAATTGGAGGTG;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=11;TCR=16;TR=27;WE=37268563;WS=37268545;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	37271882	rs2075939	T	C	12866.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=510;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=153;NR=162;PP=2965;SC=CTACGACCACTGCCCCTCACA;SOR=0.717;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=319;TCF=155;TCR=164;TR=315;WE=37271890;WS=37271872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,500:1.00:500
chr22	37318426	rs2280976	C	T	3122.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.53;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	37318446	rs2075940	G	A	2770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.69;SOR=1.143;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	37318515	rs2075941	T	C	577.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=36;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=15;PP=457;SC=TCATCCTGTCTTGGAAAGTCC;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=5;TCR=15;TR=20;WE=37318523;WS=37318505;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	37319425	rs2072713	G	T	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=26;NR=62;PP=1816;SC=TGATGCTGGGGGCAGGGGCCA;SOR=1.273;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=88;TCF=26;TCR=62;TR=88;WE=37319433;WS=37319415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
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chr22	37328968	rs4339047	G	C	2880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=1.009;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr22	37329999	rs1801117	C	T	5471.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=220;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=60;NR=57;PP=2097;SC=GGATCTGGAGCGAGTGGAGTG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=62;TCR=58;TR=117;WE=37330007;WS=37329989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,215:1.00:215
chr22	37333794	rs131840	A	G	1726.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=26;PP=967;SC=CGATGGGACCAGGACAGGCCG;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=24;TCR=27;TR=49;WE=37333802;WS=37333784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	37447855	rs113687833	G	A	1155.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.59;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	37469386	rs111916270	AGATG	A	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.799;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=1.915;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.83;MQRankSum=0.000;QD=2.82;ReadPosRankSum=2.407;SOR=1.355;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:34,6:0.15:40
chr22	37480155	rs2543521	C	T	841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=374;SC=AGGGCGGAGGCTGGGACGAGG;SOR=1.681;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=18;WE=37480163;WS=37480145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	37480181	rs2543520	A	G	922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=41;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=6;PP=410;SC=GTCAAGGGCAACAGGCCTGAC;SOR=1.609;SbPval=0.86;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=22;WE=37480189;WS=37480171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	37480269	rs2543519	A	G	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.65;SOR=2.024;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	37481041	rs2179229	G	C	4088.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=37;NR=76;PP=2215;SC=TCTGTAAAATGAGGACAGTAA;SOR=1.270;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=114;TCF=37;TCR=77;TR=113;WE=37481049;WS=37481031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr22	37485595	rs2235326	T	C	1315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	37491669	.	CAA	C	87.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.824;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.83;ReadPosRankSum=1.070;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,9:0.19:48
chr22	37494318	rs732755	T	C	4425.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=166;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=92;NR=30;PP=2641;SC=CTCATCTGCTTCCATGGTGCC;SOR=1.813;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=122;TCF=92;TCR=30;TR=122;WE=37494326;WS=37494308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	37494420	rs732756	T	C	12410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=490;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.64;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,484:1.00:484
chr22	37524619	rs228942	G	T	3886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr22	37531257	rs3830742	A	AGT	1139.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.745;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;MQRankSum=0.415;QD=33.52;ReadPosRankSum=0.408;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,33:0.97:34
chr22	37531436	rs228953	G	A	6379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=246;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=63;NR=78;PP=2435;SC=CCCCGCTGAGGCCCACGAGGA;SOR=0.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=142;TCF=63;TCR=79;TR=141;WE=37531444;WS=37531426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,244:1.00:244
chr22	37532506	rs34577916	A	ACC	180.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;QD=30.13;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	37533786	rs228957	C	G	3857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.93;SOR=0.982;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chr22	37533795	rs228958	G	C	3551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.96;SOR=1.068;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	37539960	.	C	T	83	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;FR=1.0000;HP=2;HapScore=2;MGOF=31;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=83;QD=23.5542425094;SC=TGTGTGTGTGCGCGCATTCAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=5;WE=37539968;WS=37539958;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:8,5:0.38:13
chr22	37580442	rs11089827	A	T	3127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=41;PP=1323;SC=GCCGTCAGCCACCACAGCCTG;SOR=0.997;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=28;TCR=41;TR=69;WE=37580450;WS=37580432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr22	37581422	rs229526	G	C	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=28;PP=969;SC=CTCCACCATAGGGATCTCACA;SOR=0.826;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=60;WE=37581430;WS=37581412;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	37581485	rs229527	C	A	1806.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=19;NR=30;PP=882;ReadPosRankSum=2.557;SC=GGCGGCTGTCCCCATGGTGAC;SOR=1.032;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=37581493;WS=37581475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr22	37602583	rs11406761	G	GC	5964.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=182;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=53;PP=2936;SC=CTTTCCCCAGGCCCTACAGGT;SOR=0.762;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=77;TCF=24;TCR=53;TR=76;WE=37602591;WS=37602573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr22	37622999	rs62235085	C	T	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=9;PP=213;SC=CCATACACCCCTCCCACGCCA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=37623007;WS=37622989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	37637841	rs2239775	C	A	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=11;PP=260;SC=GAGATGCCCCCTGTCTGTGTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=37637849;WS=37637831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	37678551	rs3213556	A	G	2238.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=20;PP=1129;SC=GCCAGCCCGAACAGCAGCTGG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=58;TCF=38;TCR=20;TR=58;WE=37678573;WS=37678541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	37678565	rs3213557	G	A	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=23;PP=1163;SC=CAGCTGGGTCGGCAAGCGACA;SOR=1.141;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=41;TCR=23;TR=64;WE=37678573;WS=37678541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	37678814	rs5995410	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=8;PP=214;SC=GGACACACAGCAGTAGCAAAG;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=11;WE=37678822;WS=37678804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	37678837	rs5995411	C	T	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.62;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	37691907	rs2269590	A	G	452.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=0;PP=325;SC=GGTGGTTCCCATGCAGGACCC;SOR=4.294;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=37691915;WS=37691897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	37695256	rs2301435	T	C	2846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=56;PP=2053;SC=CCCTTCCGCCTCCTCCCCCAG;SOR=3.035;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=72;TCF=16;TCR=56;TR=72;WE=37695264;WS=37695246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chr22	37699377	rs2239822	T	C	11779.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=466;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=130;PP=2965;SC=GGCCGCCTTTTGAGCGCTTTG;SOR=0.803;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=235;TCF=105;TCR=130;TR=235;WE=37699385;WS=37699367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,460:1.00:460
chr22	37700177	rs2284050	T	C	1464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=19;NR=11;PP=563;SC=CTGGAAGTCTTCACAGAGGAG;SOR=1.022;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=31;TCF=19;TCR=12;TR=30;WE=37700185;WS=37700167;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	37707962	rs2269591	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=3;PP=407;SC=AGGGCTGTCACGCTGATCAGG;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=37707970;WS=37707955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	37708004	rs2269593	T	C	1197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=23;NR=11;PP=636;SC=CTGAGCCTCCTGGAGGGCCCA;SOR=1.364;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=37708012;WS=37707994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	37770630	rs2071856	G	A	6394.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=250;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.10;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,245:1.00:245
chr22	37887644	rs113602635	G	A	86.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.834;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chr22	37888868	rs5756696	G	C	2242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=30;PP=949;SC=ATACCAGCTCGTCGATACCCC;SOR=1.275;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=37888876;WS=37888858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chr22	37902157	.	C	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=1;PP=418;SC=TGCCAGGACCCCAGCCTTCCT;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=17;TCF=16;TCR=1;TR=17;WE=37902165;WS=37902149;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	38015671	rs8138728	T	C	4450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=175;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=83;NR=42;PP=2367;SC=GCGTGAGCCATGGCCTCCGGC;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=125;TCF=83;TCR=42;TR=125;WE=38015679;WS=38015661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr22	38025375	rs2071766	T	C	1377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=32;NR=10;PP=918;SC=CAGAAAGGGGTAGGGAGCCCC;SOR=2.030;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=32;TCR=10;TR=42;WE=38025383;WS=38025365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	38037105	.	TCC	T	522.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.979;ClippingRankSum=0.000;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.86;ReadPosRankSum=1.163;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,22:0.71:31
chr22	38043444	rs3213528	C	A	5829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=2.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=234;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=54;NR=58;PP=2012;ReadPosRankSum=-0.702;SC=CCACTCCCCCCCAGCCTGAAG;SOR=0.234;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=54;TCR=59;TR=112;WE=38043452;WS=38043434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,231:1.00:232
chr22	38046695	rs12170939	C	A	4740.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=79;PP=2213;SC=AGCTCCAGCTCCGGCCCCAGC;SOR=1.179;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=41;TCR=79;TR=120;WE=38046703;WS=38046685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chr22	38051355	rs762989	G	A	336.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=9;PP=216;SC=CTCCAGCCCCGCCCTTGCCCC;SOR=2.712;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=38051363;WS=38051345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	38119213	rs12628603	G	A	5130.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=74;NR=49;PP=2436;SC=GGGGGCCGGAGCGCAGGACAG;SOR=0.969;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=124;TCF=75;TCR=49;TR=123;WE=38119221;WS=38119203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr22	38130385	rs13054052	A	C	5933.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=68;NR=61;PP=2375;SC=AGCCTCACCTACCCCCTCACC;SOR=0.756;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=131;TCF=68;TCR=63;TR=129;WE=38130393;WS=38130375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,229:1.00:229
chr22	38130472	rs8140958	T	C	6256.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=59;NR=60;PP=1921;SC=CCCTCATCCTTGGAGTCCTGA;SOR=0.718;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=119;TCF=59;TCR=60;TR=119;WE=38130480;WS=38130462;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr22	38142468	rs5756803	A	G	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.99;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	38146847	rs6519081	T	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=8;PP=253;SC=CACCGCCCACTCCACTGAGCC;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=38146855;WS=38146837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	38155317	rs5756810	C	G	4564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=177;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=69;NR=52;PP=2359;SC=CAGATTTCTGCTTGCCGTGTT;SOR=0.967;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=69;TCR=53;TR=121;WE=38155325;WS=38155307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chr22	38161835	rs3833924	T	TG,TGG	573.73	.	AC=2,0;AF=1.00,0.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=0.5002,0.4998;FS=0.000;HP=8;HapScore=3;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;NF=1,1;NR=10,10;PP=100,12;SC=GTATGGACCCTGGGGGGGGCA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=11,11;WE=38161843;WS=38161825;set=Intersection	GT:AF:DP	1/1:1.00:22
chr22	38168508	rs762984	T	C	1457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=11;PP=816;SC=TGAAGCGAGGTATCTGCGGGG;SOR=1.524;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=29;TCR=11;TR=40;WE=38168516;WS=38168498;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	38204089	rs710187	C	T	1871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=16;PP=658;SC=GGAAGGCATCCGCGGAGCTGG;SOR=0.750;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=32;WE=38204097;WS=38204079;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	38209774	.	CT	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;ClippingRankSum=0.000;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.51;MQRankSum=1.477;QD=2.10;ReadPosRankSum=0.101;SOR=0.593;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,6:0.35:17
chr22	38211954	rs2285179	G	A	906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=21;PP=601;SC=GCTTCTGCCTGTTCCCCTCCC;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=30;WE=38211962;WS=38211944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	38212068	rs739269	C	T	455.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=7;PP=307;SC=CCTGGCTCCCCTCTGCCTCTT;SOR=1.061;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=18;TCF=10;TCR=8;TR=17;WE=38212076;WS=38212058;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	38212762	rs13911	A	G	1604.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=33;PP=962;SC=AGGTCCGCCTACTGCCACAGG;SOR=1.692;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=12;TCR=33;TR=45;WE=38212770;WS=38212752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	38220964	rs8138029	T	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=12;PP=371;SC=TGCCCGTGGCTGTGGTGAGCC;SOR=0.804;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=38220972;WS=38220954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	38227821	rs3091367	C	G	1390.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=11;PP=780;SC=CCCACGGCATCTGCGGGTGAG;SOR=1.345;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=24;TCR=11;TR=35;WE=38227829;WS=38227811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	38243675	rs5750504	A	T	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=2.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=15;PP=538;ReadPosRankSum=1.597;SC=AATTTTACAAAAGCAAAGGAC;SOR=0.259;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=17;TCR=15;TR=32;WE=38243683;WS=38243665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,46:0.98:47
chr22	38251686	rs2157472	T	C	1053.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.09;SOR=1.127;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	38259110	rs61195610	CT	C	293.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.073;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FS=2.276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.10;MQRankSum=1.216;QD=4.20;ReadPosRankSum=1.281;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,35:0.50:70
chr22	38308048	.	ATG	A	344.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;ClippingRankSum=0.000;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.67;ReadPosRankSum=-0.555;SOR=0.706;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:69,25:0.27:94
chr22	38318465	rs144876030	C	T	816.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=18;PP=424;SC=CAGGGGGCACCGGGTGGCAGT;SOR=1.284;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=24;WE=38318473;WS=38318455;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	38341134	rs139859	T	C	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	38369976	rs139884	A	G	3056.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=37;PP=1514;SC=AGCTGCTCACATGGCCTGGGT;SOR=0.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=82;TCF=45;TCR=37;TR=82;WE=38369984;WS=38369966;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr22	38453679	rs5845366	A	AG	1034.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=3;PP=948;SC=GTCCCGTATGAGGTGGTGGAG;SOR=3.841;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=24;TCF=21;TCR=3;TR=22;WE=38453687;WS=38453669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	38463652	rs2076369	T	G	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=20;PP=1094;SC=CAGTCTTGGCTGGGAAGGGGC;SOR=1.168;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=39;TCR=20;TR=59;WE=38463660;WS=38463642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	38463968	rs2076370	A	G	10839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=441;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=151;NR=115;PP=2965;SC=CTCTCCCTGCATCTGTTCTTG;SOR=0.875;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=267;TCF=152;TCR=115;TR=266;WE=38463976;WS=38463958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,428:1.00:428
chr22	38467784	rs760975	G	C	4502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=176;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=37;NR=65;PP=2091;SC=TGGTGTGACCGTGGGCAATCC;SOR=1.075;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=37;TCR=66;TR=102;WE=38467792;WS=38467774;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,170:1.00:170
chr22	38470509	rs201678905	CTG	C	3812.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=32;PP=1605;SC=GGTGGGAAAACTGAGGCCCAG;SOR=1.192;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=34;TCF=1;TCR=33;TR=33;WE=38470518;WS=38470499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	38474696	rs2076371	A	G	4409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=64;PP=2153;SC=GTTCTTCAACACATCCACCAG;SOR=0.944;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=108;TCF=44;TCR=64;TR=107;WE=38474704;WS=38474686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr22	38474852	rs1004764	G	A	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=323;SC=CTTTATTCCTGTTTTACAGAT;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=38474860;WS=38474842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	38477342	rs4289289	T	A	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=30;PP=979;SC=GGCCGGACCCTGGGGGATGCC;SOR=1.057;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=50;TCF=20;TCR=30;TR=49;WE=38477350;WS=38477332;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	38477930	rs2235573	G	A	10223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=406;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=108;NR=127;PP=2965;SC=AGAGCTCCAGGAGGCGCGTGG;SOR=0.799;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=236;TCF=108;TCR=128;TR=235;WE=38477938;WS=38477920;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr22	38483155	rs142739979	T	TTCATGGGTG	2058.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.460;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.419;NF=12;NR=12;PP=753;ReadPosRankSum=0.642;SC=GTTCCCGGGGTTCATGGGTGT;SOR=1.340;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=31;TCF=16;TCR=15;TR=24;WE=38483167;WS=38483145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,73:0.97:75
chr22	38503847	rs6001006	C	T	11090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=427;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=123;NR=97;PP=2965;SC=GGCCCTGGGGCCTGATACTCA;SOR=0.828;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=220;TCF=123;TCR=97;TR=220;WE=38503855;WS=38503837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,425:1.00:425
chr22	38503968	rs13054158	C	T	4261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.49;SOR=2.208;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	38503972	rs56076229	C	T	4162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.76;SOR=2.380;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	38504372	rs5750540	T	C	2239.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=25;PP=641;SC=GGGACAGGTCTGGTCCAGCCC;SOR=0.836;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=44;TCF=18;TCR=26;TR=43;WE=38504380;WS=38504362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	38505347	rs6001008	G	A	1009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=17;PP=503;SC=GACTTTGGGGGGCCCATCTAC;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=10;TCR=17;TR=27;WE=38505355;WS=38505337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	38506509	rs4820313	A	G	3022.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=28;PP=1131;SC=TGGACCTGTAAAACTGGTCCA;SOR=0.728;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=54;TCF=26;TCR=28;TR=54;WE=38506517;WS=38506499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr22	38530956	rs2272831	G	A	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=13;PP=642;SC=TGCGGGGCCCGGCCCCCTGCC;SOR=1.893;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=36;WE=38530976;WS=38530946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	38539041	rs4375	T	C	3002.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=50;NR=23;PP=1387;SC=CACCTGAGCCTAGGGGCCCAA;SOR=1.219;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=51;TCR=24;TR=73;WE=38539049;WS=38539031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr22	38540837	rs132935	CATAAA	C	542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.88;QD=38.77;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	38563972	rs132988	T	C	10415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=407;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=122;NR=116;PP=2965;SC=ACCTCCACACTTCTGCACGGC;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=241;TCF=123;TCR=118;TR=238;WE=38563980;WS=38563959;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,399:1.00:399
chr22	38626556	rs5756982	G	T	785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=5;PP=355;SC=GGGTGCTGGGGGCCTGGGGTG;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=38626564;WS=38626549;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	38689984	rs5757022	T	A	135.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=105;SC=GTCCTGGCTCTACAGAAGGGG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=38689992;WS=38689974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	38699050	rs3830720	GAGGC	G	4489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.711;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.436;NF=28;NR=77;PP=2973;ReadPosRankSum=-0.433;SC=TCAGGGGTCAGAGGCAGGCAG;SOR=1.026;SbPval=0.77;Source=Platypus;TC=123;TCF=39;TCR=84;TR=105;WE=38699061;WS=38699040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,171:0.99:173
chr22	38875549	rs401933	C	T	1785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=16;PP=869;SC=GTAAATAGGCCGGGAAATGAC;SOR=1.318;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=32;TCR=16;TR=48;WE=38875557;WS=38875539;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	38891984	rs138444	T	TA	45.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.748;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=2.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.892;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,6:0.46:13
chr22	38917543	.	TAC	T	269.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.908;ClippingRankSum=-0.000;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=12.632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.38;MQRankSum=-0.230;QD=17.98;ReadPosRankSum=-1.335;SOR=3.014;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,13:0.87:15
chr22	39016403	rs5995598	A	G	1029.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=17;PP=480;SC=GACACCCACCAGATCTAGGGT;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=13;TCR=17;TR=30;WE=39016411;WS=39016393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	39024961	rs5995602	G	T	1054.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=25;PP=716;SC=AAAATTCACAGTATTATTATT;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=39024969;WS=39024951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	39222652	rs5757299	G	A	4028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=55;PP=1780;SC=CGGTGAATGCGTAGAGCTCGG;SOR=0.917;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=94;TCF=39;TCR=55;TR=93;WE=39222660;WS=39222642;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr22	39224248	rs5757300	T	C	5310.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=65;NR=45;PP=1966;SC=GGCTCTGTCATCCTGAGGACC;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=112;TCF=66;TCR=46;TR=110;WE=39224256;WS=39224238;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr22	39239172	rs3747176	C	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=2;PP=186;SC=CGGGGACCGCCGGACGACCGC;SOR=2.147;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=39239180;WS=39239162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	39267312	rs1122771	C	T	259.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=7;NR=0;PP=170;SC=TGGCTGAGGCCTGCCATCAGG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=39267320;WS=39267302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	39355717	rs5750717	G	A	1097.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=23;PP=647;SC=ATCCGAATCCGGGCAGGGCCC;SOR=1.923;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=39355725;WS=39355707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	39413668	rs1969643	C	T	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=64;NR=36;PP=1845;SC=AATAAGGAAACGGCCCGGGGC;SOR=1.285;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=64;TCR=36;TR=100;WE=39413676;WS=39413658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	39414166	rs4820361	A	G	879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=16;PP=713;SC=GGACCGGGCCAGCGCCCACTG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=39414174;WS=39414156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	39414224	rs4821854	A	G	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.994;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	39419112	.	C	CTATTTATTTATTTATTTATT	229.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.71;QD=38.30;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	39496134	rs139290	G	C	376.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=1;PP=164;SC=GCCAAGATCGGGCCACTGCAC;SOR=1.765;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=39496142;WS=39496124;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	39496199	rs139291	T	C	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=23;NR=5;PP=671;SC=AAGAGTTGGGTTTGAAAAGTG;SOR=1.880;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=23;TCR=5;TR=28;WE=39496207;WS=39496189;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	39496322	rs140936762	TAAC	T	5040.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=35;PP=2276;SC=GCTTACAGTTTAACAACAAGC;SOR=0.747;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=51;TCF=14;TCR=37;TR=48;WE=39496344;WS=39496312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr22	39496336	rs139293	G	T	3006.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=37;PP=1406;SC=AACAAGCGCCGCCTCAGAAGG;SOR=0.711;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=74;TCF=37;TCR=37;TR=74;WE=39496344;WS=39496312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,113:1.00:113
chr22	39496412	rs139294	G	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=31;PP=917;SC=CCACGCCCACGAGAGGCTACT;SOR=1.255;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=39496420;WS=39496402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	39497181	rs9611092	T	A	631.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=13;PP=523;SC=CCGCCCCCAGTCACATGACTC;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=39497189;WS=39497171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	39497404	rs139297	G	C	2038.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.846;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	39497452	rs139298	A	G	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.69;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	39497452	.	AAG	GAC	442	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MMLQ=17;MQ=60.0;NF=12;NR=19;PP=442;QD=15.982834673;SC=GCCCCAGCAGAAGGGGCTGCG;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=31;WE=39497462;WS=39497442;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chr22	39497454	rs139299	G	C	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.67;SOR=1.055;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	39497509	rs139300	A	G	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.88;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	39497811	rs139301	A	G	306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=1;PP=232;SC=AGAATTCCCCAGACAGAGCAA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=39497819;WS=39497803;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	39498038	rs139302	G	C	3018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=41;PP=1240;SC=GACGGCTTGAGAGGATAAAGG;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=39498046;WS=39498028;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chr22	39498373	rs139304	TA	T	717.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=4;PP=517;SC=AGGCTGGTCTTAGAACTCTTG;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=39498381;WS=39498363;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	39498677	rs139305	A	C	137.79	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	39499575	rs139313	G	T	654.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=15;NR=2;PP=388;SC=CAGGCCTTCTGGGCCCTTCTG;SOR=2.400;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=15;TCR=2;TR=17;WE=39499583;WS=39499565;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	39499604	rs139314	T	C	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=5;PP=599;SC=TCTTTTCTCTTCCTAATGATC;SOR=1.802;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=39499612;WS=39499594;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chr22	39499653	rs139315	C	T	2769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=39;NR=22;PP=1163;SC=CTGTGGTGTCCCACCAGTTGG;SOR=1.094;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=39;TCR=24;TR=61;WE=39499661;WS=39499643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	39499763	rs139316	T	C	4480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=35;NR=42;PP=1656;SC=ATCCCACTCATTATCAAGAAG;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=78;TCF=36;TCR=42;TR=77;WE=39499771;WS=39499753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,169:1.00:169
chr22	39499902	rs139317	C	T	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=20;PP=539;SC=AGAAGACCTTCCTTTCCTCCT;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=39499910;WS=39499892;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	39629329	rs11704525	C	A	1733.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=17;PP=1013;SC=GTGGGGGGAACGGGAGTTGTA;SOR=1.284;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=34;TCR=17;TR=51;WE=39629337;WS=39629319;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	39636899	.	GTC	G	163	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=50;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=1;NR=12;PP=163;QD=13.0;SC=TGCTCAGTCAGTCTCTCTCTC;SbPval=0.43;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=13;WE=39636910;WS=39636889;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,13:0.57:23
chr22	39636928	rs5757575	A	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.87;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	39636928	.	ACA	GCG	993	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=10;NR=15;PP=993;QD=41.8587149945;SC=TCAGATGCGCACACACACACA;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=25;WE=39636955;WS=39636918;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,25:0.89:28
chr22	39636930	rs5757576	A	G	642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.78;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	39636944	rs138673005	ACACT	A	337.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=1.409;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=0.6748;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=11;PP=595;ReadPosRankSum=0.226;SC=ACACACACACACACTCTCTCT;SOR=1.112;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=14;WE=39636955;WS=39636918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,15:0.88:17
chr22	39639853	rs1800817	G	T	4332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.005;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=185;ExcessHet=3.0103;FS=6.593;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.94;ReadPosRankSum=-0.732;SOR=0.368;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,179:0.99:181
chr22	39709776	rs137620	T	C	6227.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=91;NR=70;PP=2965;SC=CAGGAGGGGATTGTCGTGCAG;SOR=0.883;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=162;TCF=92;TCR=70;TR=161;WE=39709784;WS=39709766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,239:1.00:239
chr22	39710244	rs137621	G	A	1424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=16;PP=630;SC=TAAGGCTGGGGCATTAGGGAC;SOR=0.729;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=35;TCF=19;TCR=16;TR=35;WE=39710252;WS=39710234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	39712981	rs137623	A	G	2264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=27;PP=834;SC=CTTTTCCACCAGCAAGCGGAG;SOR=0.911;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=46;TCF=19;TCR=27;TR=46;WE=39712989;WS=39712971;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chr22	39713105	rs470081	C	T	848.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.96;SOR=1.085;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	39714490	rs6509	C	T	7231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=271;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=75;NR=125;PP=2965;SC=CCGGCTTGGACGGGTCATCCT;SOR=1.174;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=200;TCF=75;TCR=125;TR=200;WE=39714498;WS=39714480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,265:1.00:265
chr22	39714908	rs137625	A	G	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=25;NR=6;PP=772;SC=GCAGCTTTATATGCCAATTAG;SOR=1.931;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=25;TCR=6;TR=31;WE=39714916;WS=39714898;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	39715140	rs470082	C	T	3091.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=50;PP=1690;SC=CTCCAGAGGCCTTCGGAGTGC;SOR=1.109;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=83;TCF=33;TCR=50;TR=83;WE=39715148;WS=39715130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	39746186	rs142884306	ACCGACC	A	1253.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=13;PP=793;SC=GCGCGCCCGGACCGACCCCGA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=15;WE=39746199;WS=39746176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	39770597	rs4821888	A	G	6766.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=59;NR=105;PP=2965;SC=CACAGAGTCTACAGAGGGCTG;SOR=1.169;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=164;TCF=59;TCR=105;TR=164;WE=39770605;WS=39770587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr22	39770780	rs4820377	G	A	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=13;PP=322;SC=GCAGGGGAGCGTGGATGGGAT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=39770788;WS=39770770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	39777822	rs149306472	C	CCAA	21505.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=142;PP=2924;SC=TACGTGGAGCCCACTGGGCCG;SOR=0.913;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=167;TCF=17;TCR=150;TR=159;WE=39777832;WS=39777812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,480:1.00:480
chr22	39795683	rs4821892	G	C	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=3;PP=203;SC=CCCTCTTCGGGCGTGGGGTGG;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=6;TCR=3;TR=9;WE=39795691;WS=39795673;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	39812986	rs6001585	C	A	1111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=20;PP=615;SC=GAGCAACAGGCGTTAGGGAGC;SOR=1.005;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=39812994;WS=39812976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	39832306	.	G	GA	97.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=4.463;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.32;MQRankSum=1.518;QD=3.15;ReadPosRankSum=1.325;SOR=0.163;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,10:0.32:31
chr22	39994105	rs760546	A	G	5255.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=79;NR=49;PP=2271;SC=GGTGCACCCCAGCCCCCACGG;SOR=1.036;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=128;TCF=79;TCR=49;TR=128;WE=39994113;WS=39994095;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr22	40068051	rs4820386	C	T	281.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=7;NR=0;PP=158;SC=ATAGTACACACTAAGATGGAA;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=40068059;WS=40068041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	40068853	rs2235342	T	C	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=21;NR=5;PP=599;SC=TGGGCCACAATAGAAGGGTCA;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=26;WE=40068861;WS=40068843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	40069245	rs738315	T	C	357.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=27;PP=607;SC=GAGAAGGAGCTGGGAGGCACA;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=5;TCR=27;TR=32;WE=40069253;WS=40069235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	40070234	rs714031	T	C	404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=13;PP=274;SC=AGTTTCACCATGTGGTTGCCA;SOR=2.584;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=40070242;WS=40070224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	40075473	rs7288746	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=7;PP=325;SC=TGGAGAGGTGTGAGGGTCGCC;SOR=0.784;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=40075481;WS=40075463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	40161181	.	TTG	T	277.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=0.000;QD=6.31;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:28,16:0.36:44
chr22	40271614	rs137945	C	G	622.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.31;QD=28.31;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	40364394	rs138009	C	G	1191.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=31;PP=886;SC=CTGGACCCCCCCAAATGGCAG;SOR=2.670;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=7;TCR=31;TR=38;WE=40364402;WS=40364384;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	40545797	rs34190441	T	TA	119.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=2;NR=2;PP=125;SC=GTGTCAAAACTAAAAATTGTA;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=4;WE=40545805;WS=40545787;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	40545998	rs35899845	C	CA	1345.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=15;PP=710;SC=TGAAAGCCAACAAAAAATTGA;SOR=0.846;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=24;WE=40546006;WS=40545988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	40546041	rs35629137	C	CA	1657.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=20;PP=827;SC=AAAGTAGAGTCAAAAAGGTTT;SOR=0.724;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=24;TCF=4;TCR=20;TR=23;WE=40546049;WS=40546031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	40546153	rs5995826	G	A	715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=14;PP=371;SC=AGGCCAAGGCGGGCAGATCAC;SOR=1.528;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=5;TCR=14;TR=19;WE=40546161;WS=40546143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	40574170	rs6001827	T	A	3250.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=46;NR=31;PP=1482;SC=CAATTTTTTTTAACCAATTGA;SOR=0.899;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=78;TCF=47;TCR=31;TR=77;WE=40574178;WS=40574160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr22	40649823	rs138047404	CCTT	C	484.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=409;SC=CTGTAAATCTCCTTCTTCTTC;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=9;WE=40649833;WS=40649813;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	40669648	rs733381	A	G	937.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=18;PP=539;SC=TCGCTCTGAGAAGGCAGAACT;SOR=1.418;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=9;TCR=18;TR=27;WE=40669656;WS=40669638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	40673999	rs2413621	C	T	3449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=42;PP=1468;SC=TCTTTATTTTCCAGAGTCAGA;SOR=0.754;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=82;TCF=40;TCR=42;TR=82;WE=40674007;WS=40673989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr22	40676996	rs73165091	A	G	1399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.15;SOR=2.376;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	40677001	rs929070	T	C	1465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.72;SOR=2.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	40681788	rs6001862	C	T	3489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=47;PP=1412;SC=AGCAATTTTACGTTCCTGTGA;SOR=1.011;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=28;TCR=47;TR=75;WE=40681796;WS=40681778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	40697377	rs5995843	A	G	3826.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=39;NR=70;PP=2128;SC=TTAGAAATCTACCTCTCTAGG;SOR=1.235;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=111;TCF=40;TCR=71;TR=109;WE=40697385;WS=40697367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr22	40708679	rs2072858	T	C	5620.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=58;NR=73;PP=2516;SC=GCATCTCTTATATGTTCAACA;SOR=0.854;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=132;TCF=58;TCR=74;TR=131;WE=40708687;WS=40708669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,212:1.00:212
chr22	40711227	rs3830738	A	AT	1673.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=9;PP=1239;SC=ACTCATGTGTATTTGTCAACA;SOR=1.733;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=31;WE=40711235;WS=40711217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	40754826	rs3830737	GTCTC	G	4685.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=28;PP=2295;SC=ATGATTTAAGGTCTCGGTCTG;SOR=0.876;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=13;TCR=28;TR=41;WE=40754837;WS=40754816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	40798227	rs55740286	T	G	4974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=53;NR=52;PP=1895;SC=TGAGCCCCTTTTGTGTGTCAT;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=53;TCR=52;TR=105;WE=40798235;WS=40798217;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,194:1.00:194
chr22	40800518	rs760701	G	A	8019.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=312;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=108;PP=2965;SC=ATGATCAGGTGTCACGAGAAA;SOR=0.946;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=184;TCF=76;TCR=108;TR=183;WE=40800526;WS=40800508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,307:1.00:307
chr22	40800544	rs2235318	C	T	7392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=289;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=102;PP=2960;SC=AGTGCCCTTGCGGCTCCCTTC;SOR=1.004;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=168;TCF=65;TCR=103;TR=167;WE=40800552;WS=40800534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,285:1.00:285
chr22	40801312	rs12483888	A	G	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=26;PP=751;SC=CAGAAAGGGCAGTGGCAGCCC;SOR=2.964;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=31;WE=40801320;WS=40801302;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	40803041	rs150363308	G	A	1107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=9;PP=534;SC=GCAGGACCCAGCGGAGGAAGT;SOR=1.105;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=27;WE=40803049;WS=40803031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	40803112	rs55844816	C	T	2392.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=15;PP=1039;SC=TGTGGGCATGCGGGAGTCTGT;SOR=1.166;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=37;TCR=15;TR=52;WE=40803120;WS=40803102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	40803186	rs2018393	G	T	4009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=156;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr22	40816841	rs2072857	G	A	1435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=9;PP=918;SC=AGTGAGGAGCGGGTGCCTACT;SOR=1.893;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=33;TCR=9;TR=42;WE=40816849;WS=40816831;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chr22	40825814	rs1106673	G	A	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=14;PP=353;SC=TATATGAGTGGACGTGGTTCT;SOR=2.833;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=40825822;WS=40825804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	40827319	rs2294352	G	A	2702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=41;NR=26;PP=1308;SC=AATGGGAGAAGAAAGAGGCAG;SOR=1.064;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=68;TCF=42;TCR=26;TR=67;WE=40827327;WS=40827309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	40832375	rs9306345	A	G	4572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=54;NR=57;PP=1940;SC=TCCACTCGGCACTATTTCCTT;SOR=0.761;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=54;TCR=57;TR=111;WE=40832383;WS=40832365;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,180:1.00:180
chr22	40832501	rs12158872	G	C	716.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=20;PP=573;SC=CGACAGCTGAGACGAAGGGCT;SOR=2.925;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=40832509;WS=40832491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	40915718	rs5757976	C	T	198.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=5;PP=102;SC=TTCTGAAAAGCACAATAATGG;SOR=1.863;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=40915726;WS=40915708;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	41075543	rs133072	A	G	2013.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=18;PP=1023;SC=CCCCCTTCCCAACTGCGGGGC;SOR=1.121;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=41075551;WS=41075533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	41075695	rs133073	C	T	5775.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=45;NR=54;PP=1814;SC=CTGGTCCCAACGCCAGCAACA;SOR=0.796;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=45;TCR=54;TR=99;WE=41075703;WS=41075685;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr22	41170063	rs2076674	T	C	2209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=41;PP=1273;SC=ACTGTTGCTGTTTTTTAAAAT;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=22;TCR=41;TR=63;WE=41170071;WS=41170053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	41172351	rs6002128	A	G	1194.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=13;NR=25;PP=739;SC=GAGTGCTTCAAAAAAGCTAAA;SOR=1.364;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=39;TCF=13;TCR=26;TR=38;WE=41172359;WS=41172341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	41175263	rs5758077	C	T	435.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=14;PP=365;SC=GGTAAGGTGTCTCTTTGTGCC;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=41175271;WS=41175253;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	41194947	.	C	CA	126.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;ClippingRankSum=0.000;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.95;ReadPosRankSum=1.263;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:106,27:0.20:133
chr22	41195142	.	C	CT	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.863;ClippingRankSum=0.000;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.41;ReadPosRankSum=0.111;SOR=0.237;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:47,13:0.22:60
chr22	41223190	rs710193	C	T	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.65;QD=25.08;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	41227086	rs138335	C	G	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=13;PP=370;SC=TTGTCTTGTACAAAAAGACCT;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=5;TCR=13;TR=18;WE=41227094;WS=41227076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	41253221	.	C	T	3517.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.628;ClippingRankSum=0.000;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.882;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=44;PP=1549;ReadPosRankSum=1.075;SC=AGCTGGTTCCCGCTGTAGCAA;SOR=0.757;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=172;TCF=98;TCR=74;TR=103;WE=41253229;WS=41253211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:134,165:0.55:299
chr22	41256660	rs202011264	CT	C	36.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.891;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.807;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,9:0.26:34
chr22	41256802	rs103197	A	G	1017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=13;PP=372;SC=CTACAGGTGCACACCACCACA;SOR=0.843;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=9;TCR=13;TR=22;WE=41256810;WS=41256792;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	41310148	.	G	GAAA	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.837;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=1.101;SOR=0.321;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,4:0.21:19
chr22	41537234	rs6002267	G	T	3010.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=121;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=52;PP=1452;SC=CTAGTAAGTGGTTTTTGTTAT;SOR=1.131;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=84;TCF=32;TCR=52;TR=84;WE=41537242;WS=41537224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr22	41545024	rs71761046	G	GT	209.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.66;ReadPosRankSum=2.152;SOR=0.751;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:94,32:0.25:126
chr22	41550984	.	C	CT	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.322;ClippingRankSum=0.000;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=0.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.24;ReadPosRankSum=-0.568;SOR=0.853;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,24:0.16:146
chr22	41551231	.	AT	A	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.227;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.54;ReadPosRankSum=-1.373;SOR=0.339;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,9:0.27:33
chr22	41564708	rs2294976	C	A	7755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=3.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=311;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=6.388;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=107;NR=93;PP=2965;ReadPosRankSum=2.163;SC=GGTTCCCCCACCATCTCAATT;SOR=0.274;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=202;TCF=107;TCR=95;TR=200;WE=41564716;WS=41564698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,300:0.99:302
chr22	41604353	rs139431	C	T	503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=5;PP=279;SC=AGGCTGGTCTCAAACTCCTGG;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=41604361;WS=41604343;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	41604557	rs139432	G	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=9;PP=231;SC=TAAATGACTTGCCCAAGGCCC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=41604565;WS=41604547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	41604618	rs75278755	A	T	248.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=56;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=7;PP=160;SC=ACACACCAAGATGCCACAGTT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=41604626;WS=41604608;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	41605635	rs139437	T	C	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.07;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	41605639	rs139438	C	T	3560.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.42;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	41606030	rs139439	A	C	391.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=10;PP=256;SC=AGAGCCATCCAGATGTAAAAG;SOR=2.448;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=41606038;WS=41606020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	41609859	rs139450	T	C	1593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;BaseQRankSum=-0.723;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=27;NR=18;PP=905;ReadPosRankSum=2.009;SC=TTTGAGGTGGTCATATCGGGT;SOR=0.330;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=47;TCF=29;TCR=18;TR=45;WE=41609867;WS=41609849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,61:0.98:62
chr22	41610024	rs139451	G	A	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=24;PP=629;SC=TCTTGGCTAGGTTACAGGTGA;SOR=1.140;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=38;TCF=14;TCR=24;TR=37;WE=41610032;WS=41610014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	41612965	rs85220	T	G	590.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=3;PP=369;SC=CACTGGTGGATCAGGTATGGG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=41612973;WS=41612963;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	41616663	.	G	GA	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.299;ClippingRankSum=0.000;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.42;MQRankSum=1.543;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.517;SOR=1.048;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chr22	41617160	rs139471	T	TG	1584.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=10;PP=1209;SC=TCAGTGGAGGTTTGTCAGTCT;SOR=1.981;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=41617168;WS=41617150;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	41617318	rs139472	G	C	6112.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;BaseQRankSum=3.227;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.027;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;MQRankSum=0.000;NF=72;NR=70;PP=2666;ReadPosRankSum=-1.238;SC=TAACTGATGTGCCTCCTTCCG;SOR=0.109;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=144;TCF=74;TCR=70;TR=142;WE=41617326;WS=41617308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,236:0.99:238
chr22	41623351	rs56361238	A	G	3961.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=44;NR=57;PP=2228;SC=TGGCCCTAAGAGGCTCTGACT;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=102;TCF=45;TCR=57;TR=101;WE=41623359;WS=41623341;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	41645500	rs139500	TG	T	4229.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.590;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQRankSum=-6.363;NF=8;NR=51;PP=1687;ReadPosRankSum=-1.034;SC=CAAAGTCACCTGGGGGGGCCC;SOR=0.792;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=62;TCF=8;TCR=54;TR=59;WE=41645508;WS=41645490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,168:0.99:170
chr22	41645757	rs71948	C	G	2697.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=23;PP=996;SC=TGTGCACGAGCAGCCTGGTGA;SOR=0.752;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=41645765;WS=41645747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chr22	41652345	rs470112	C	G	2027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=33;PP=1048;SC=GGCCAGGACACCAGGTTCTAC;SOR=1.194;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=52;TCF=19;TCR=33;TR=52;WE=41652353;WS=41652335;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chr22	41660645	rs2235851	G	A	2081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=43;NR=22;PP=1295;SC=GGGACTCTGCGGGGAGGGGGC;SOR=1.300;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=66;TCF=44;TCR=22;TR=65;WE=41660653;WS=41660635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chr22	41660964	rs139520	A	G	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.06;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=23;PP=628;SC=TGCAGAACCAACACAGACACA;SOR=1.981;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=8;TCR=23;TR=31;WE=41660972;WS=41660954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	41673592	rs8139515	A	T	1128.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=17;PP=487;SC=TCTGGTCAAGAAGGGTCTTGA;SOR=0.929;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=29;WE=41673600;WS=41673582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	41676559	rs35821769	C	CAGCT	1167.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.25;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	41739370	rs1883828	T	C	2538.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=24;PP=1114;SC=CAGCCATCACTCTTCAATTCT;SOR=0.992;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=41739378;WS=41739360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chr22	41745355	rs2281331	A	G	1476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=33;PP=997;SC=GGTGAGGGGTAGGCGGCGCAG;SOR=1.524;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=41745363;WS=41745345;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	41753525	.	T	G	67	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.37;FR=0.5000;HP=12;HapScore=2;MGOF=28;MMLQ=16;MQ=58.93;NF=0;NR=8;PP=67;QD=12.7214015684;SC=GCCAGGGGGGTGGGGGGCCGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=8;WE=41753533;WS=41753515;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:10,8:0.44:18
chr22	41829794	rs6609	C	G	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.00;QD=27.60;SOR=1.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	41833116	rs202641	C	T	15263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=590;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=166;NR=172;PP=2965;SC=CATCTTCCACCGCCAGGCCAC;SOR=0.721;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=340;TCF=167;TCR=173;TR=338;WE=41833124;WS=41833106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,586:1.00:586
chr22	41863681	rs150112406	GGGGAAATATACTAGTCTCCT	G	4068.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=39;PP=2966;SC=CTCCTGCCATGGGGAAATATA;SOR=0.900;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=4;TCR=47;TR=42;WE=41863708;WS=41863671;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	41864216	rs505533	A	C	1677.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	41865334	rs117369326	G	A	85.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.26;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	41925767	.	G	GT	172.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;ClippingRankSum=0.000;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=1.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.30;ReadPosRankSum=0.062;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:54,21:0.28:75
chr22	41939783	rs187799420	T	C	6705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.89;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,259:1.00:259
chr22	41985901	.	C	G	31	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=34;MMLQ=22;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=31;QD=16.4428031368;SC=CATTAGGGGGCGGGGGCCAGT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=4;WE=41985909;WS=41985891;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:7,4:0.36:11
chr22	42059768	rs132788	G	T	1237.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=23;PP=711;SC=TGAAGAGTGGGCTGAAGAAGC;SOR=1.280;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=11;TCR=23;TR=34;WE=42059776;WS=42059758;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	42076381	rs5758405	C	A	3439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=32;NR=38;PP=1252;SC=ATGGGGGGGACATAAAAATAT;SOR=0.801;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=70;TCF=32;TCR=38;TR=70;WE=42076389;WS=42076371;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	42089623	rs739134	T	C	12076.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=473;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=176;NR=110;PP=2965;SC=CCAGGAATCATGGGCCCAGAA;SOR=1.098;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=288;TCF=176;TCR=112;TR=286;WE=42089631;WS=42089613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,459:1.00:459
chr22	42101712	.	C	CT	64.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.500;ClippingRankSum=-0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=0.722;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.241;SOR=0.551;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,8:0.47:17
chr22	42109917	rs5758431	A	G	241.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=142;SC=GCAAATCACTATCCTGCACTG;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=42109925;WS=42109907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	42111896	rs9306355	A	T	926.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=26;NR=9;PP=692;SC=CCAGTGGGGGAGCTGGACACT;SOR=2.049;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=26;TCR=9;TR=35;WE=42111904;WS=42111886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	42139054	rs5751147	G	A	1035.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=18;NR=15;PP=498;SC=TTGCCTTACCGTGAACCTGCT;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=18;TCR=15;TR=33;WE=42139062;WS=42139044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	42139078	rs5751148	A	G	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=22;NR=17;PP=672;SC=GTCTCTCTGGATGCAGGAAGG;SOR=0.914;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=39;TCF=22;TCR=17;TR=39;WE=42139086;WS=42139068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	42140792	rs56663311	G	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chr22	42140798	rs56138604	G	A	241.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.31;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	42140800	rs58323591	C	CTTTG	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=58;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=0;PP=219;SC=CCGCGCCCGGCCTATGATTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=42140808;WS=42140786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	42148467	rs715498	G	A	2120.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=20;PP=921;SC=CTAGACAGTGGTGGAGTACAT;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=54;TCF=34;TCR=20;TR=54;WE=42148475;WS=42148457;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	42150146	rs1534932	C	T	1129.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=21;PP=603;SC=AGTACAGCCACGAGATTTCTT;SOR=1.329;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=30;WE=42150154;WS=42150136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	42159229	rs2050033	G	T	5658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=78;NR=56;PP=2503;SC=TCCTCCTGTCGCTGCAGGACC;SOR=0.918;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=136;TCF=78;TCR=58;TR=134;WE=42159237;WS=42159219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,214:1.00:214
chr22	42190309	rs738247	A	G	763.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=4;PP=377;SC=CAATAGGAGAAGGTCCTCTTG;SOR=1.460;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=42190317;WS=42190299;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	42354487	rs376900632	GGA	G	105.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.800;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=10.328;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.225;SOR=2.562;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,7:0.24:29
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chr22	42474138	rs1807494	C	G	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.20;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	42475703	rs2269524	T	G	565.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=1;PP=305;SC=CGGGCGGCTTTCTTCCCGAGG;SOR=2.200;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=12;TCR=1;TR=13;WE=42475711;WS=42475696;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	42486723	rs1801311	G	A	12308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=485;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=139;NR=130;PP=2965;SC=GGTAGAAGTAGCTTGGCGGAC;SOR=0.740;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=269;TCF=139;TCR=130;TR=269;WE=42486731;WS=42486713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,483:1.00:483
chr22	42526763	rs769258	C	T	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=26;PP=778;SC=GCCACTATCACGGCCAGGGGC;SOR=1.199;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=43;TCF=16;TCR=27;TR=42;WE=42526771;WS=42526753;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	42536700	rs185754367	G	A	3563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=56.37;QD=25.82;SOR=0.949;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chr22	42537023	rs2860372	T	C	164.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=5;NR=1;PP=130;SC=GGACCCCCCATCCAAGCGGGG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=42537031;WS=42537013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	42538876	rs3020732	A	T	7610.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=288;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=81;NR=61;PP=2965;SC=CGCGACAGGAACACCCCTGGG;SOR=0.849;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=143;TCF=82;TCR=61;TR=142;WE=42538884;WS=42538866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,287:1.00:287
chr22	42606257	rs2070116	C	T	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=75;NR=55;PP=2503;SC=GCATAAAGGACGAGGCCGGGA;SOR=0.947;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=132;TCF=75;TCR=57;TR=130;WE=42606265;WS=42606247;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chr22	42896553	rs71311440	TGGGGC	T	648.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.47;QD=40.55;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
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chr22	42899151	rs147364890	G	A	2598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.539;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.12;MQRankSum=2.812;QD=24.52;ReadPosRankSum=-0.081;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,104:0.98:106
chr22	42899387	.	G	A	98.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=24.51;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	42905055	rs56365446	G	A	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=30;PP=1688;SC=CATTGACTTCGTCAGCAGGGA;SOR=1.584;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=60;TCR=30;TR=90;WE=42905063;WS=42905045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chr22	42905165	rs55732408	G	A	4306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=75;PP=2106;SC=AGACATGGGCGCCAGGAATCT;SOR=1.118;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=116;TCF=41;TCR=75;TR=116;WE=42905173;WS=42905155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr22	42906679	rs56211179	C	G	2572.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=28;NR=32;PP=1151;SC=ATTACTCTGACAAGGAGTCCC;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=61;TCF=29;TCR=32;TR=60;WE=42906687;WS=42906669;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	42908095	rs111729042	T	C	111.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=38.37;QD=27.76;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	42908125	rs11553436	G	A	155.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=39.64;QD=25.97;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	42908186	rs144737997	G	C	1628.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.66;QD=25.45;SOR=0.966;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	42908297	rs201277626	C	CT	1564.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.68;QD=36.39;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	42908870	rs9745	T	G	2034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.18;QD=25.12;SOR=0.821;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
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chr22	42911257	rs1137212	A	G	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.645;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=3.979;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.82;MQRankSum=-1.645;QD=8.55;ReadPosRankSum=1.645;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,3:0.60:5
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chr22	42912342	rs11377171	C	CT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.94;MQRankSum=0.000;QD=1.85;ReadPosRankSum=0.156;SOR=0.586;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
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chr22	42952150	rs200302738	AC	A	90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=22.50;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chr22	42952702	.	G	A	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-3.515;ClippingRankSum=0.000;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.372;NF=0;NR=4;PP=28;ReadPosRankSum=1.044;SC=CGAGGAGGCGGCAGAGGGTGG;SOR=0.188;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=4;WE=42952710;WS=42952692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:10,4:0.29:14
chr22	42967235	rs137046	C	T	3920.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=46;NR=53;PP=1758;SC=TCCCCTTCAGCCACCCGCCAA;SOR=0.832;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=99;WE=42967243;WS=42967225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chr22	42969854	rs137053	T	G	2308.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=2.089;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.786;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=5.775;NF=34;NR=20;PP=948;ReadPosRankSum=-0.302;SC=GGAGCTGGAATGCTGTGGGAG;SOR=0.370;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=84;TCF=55;TCR=29;TR=54;WE=42969862;WS=42969844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:11,56:0.84:67
chr22	42969877	rs137054	G	A	2988.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=9.666;HP=4;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=7.852;NF=50;NR=26;PP=1266;ReadPosRankSum=-0.642;SC=CCCTGACCCCGGGGCCCATGG;SOR=0.163;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=115;TCF=73;TCR=42;TR=76;WE=42969885;WS=42969867;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,88:0.85:104
chr22	42969919	rs201448268	C	T	191.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.064;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FS=2.767;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.03;MQRankSum=-11.476;QD=1.25;ReadPosRankSum=1.185;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:122,31:0.20:153
chr22	42972063	rs142752113	C	T	1342.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.436;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.059;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.74;MQRankSum=0.728;QD=18.15;ReadPosRankSum=-0.115;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,59:0.80:74
chr22	42972228	rs137065	T	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=465;SC=AAGTCAGAACTGCCCTGAGCC;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=42972236;WS=42972218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	42972485	rs137068	C	T	350.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=44.99;QD=26.98;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	42972590	rs137071	A	G	1508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.42;QD=25.57;SOR=0.726;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	42981138	rs137085	T	C	1651.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=21;PP=701;SC=TTCCTCTGGGTGGAGACGACA;SOR=0.787;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=23;TCR=21;TR=44;WE=42981146;WS=42981128;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	42981167	rs137086	G	A	2109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=25;PP=913;SC=CAAGCCAAGAGCTTAGATAGA;SOR=0.718;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=48;WE=42981175;WS=42981157;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	42993781	rs74279208	G	A	5431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=163;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.05;QD=33.95;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,160:1.00:160
chr22	42993786	rs72451410	CT	C	894.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.896;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=1.048;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.05;MQRankSum=0.789;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.235;SOR=0.526;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,76:0.78:97
chr22	43088971	rs9623659	C	T	3488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=45;PP=1594;SC=GTGCCCTGGACGTGGCCTCGA;SOR=0.723;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=88;TCF=43;TCR=45;TR=88;WE=43088979;WS=43088961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chr22	43089055	rs6002904	G	C	3170.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=37;PP=1319;SC=GCAGCTCCTCGGGGTTGATGT;SOR=0.726;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=40;TCR=37;TR=77;WE=43089063;WS=43089045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,120:1.00:120
chr22	43089849	rs11541159	T	C	5287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=214;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=64;NR=57;PP=1986;SC=CAGTAGATCATGATGGAGACG;SOR=0.772;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=122;TCF=65;TCR=57;TR=121;WE=43089857;WS=43089839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,210:1.00:210
chr22	43195147	rs1128013	A	G	6275.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=70;NR=97;PP=2910;SC=TGGGCAGCACACTGGACAGGC;SOR=0.915;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=167;TCF=70;TCR=97;TR=167;WE=43195155;WS=43195137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr22	43203137	rs738535	C	T	2857.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=42;PP=1373;SC=AGGAACTTGCCGACAGCCTCT;SOR=0.769;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=76;TCF=34;TCR=42;TR=76;WE=43203145;WS=43203127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	43206950	rs1018448	A	C	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=33;NR=37;PP=1280;SC=CGTCAAAGTAACTGTAGGAGC;SOR=0.758;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=33;TCR=37;TR=70;WE=43206958;WS=43206940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chr22	43213631	rs147339109	C	CA	1542.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=-1.029;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=5.180;HP=11;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=18;PP=608;ReadPosRankSum=1.112;SC=TAATGAATAACAAAAAAAAAT;SOR=0.148;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=41;WE=43213639;WS=43213621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,70:0.95:74
chr22	43218463	rs5758957	C	T	4061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=158;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=41;NR=45;PP=1603;SC=TTGAAAGCTTCTGTGACTACA;SOR=0.733;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=41;TCR=45;TR=86;WE=43218471;WS=43218453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	43219836	.	C	G	21	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=21;QD=27.8856062736;SC=ACTTTAGTTTCTCATCCAGAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=43219844;WS=43219826;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	43223095	rs10654612	C	CAT	1445.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=1;NR=14;PP=731;SC=CTCAGTGCTACATCTTATCCA;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=15;WE=43223103;WS=43223085;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	43230140	rs2273142	C	G	690.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=18;NR=3;PP=505;SC=TATGTTTCAGCACTTCTTGTT;SOR=2.833;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=18;TCR=3;TR=21;WE=43230148;WS=43230130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
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chr22	43272085	rs5751396	G	C	778.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=8;PP=566;SC=AAAAAAGACCGCCCACAGCCT;SOR=1.781;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=43272093;WS=43272076;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	43272792	rs5751397	C	T	1944.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=18;PP=1221;SC=CTGCAGAGCTCCGTGCATTGC;SOR=1.678;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=41;TCR=18;TR=59;WE=43272800;WS=43272782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	43272830	rs35041824	C	CAG	4626.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=2.024;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.575;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=36;PP=2659;ReadPosRankSum=1.649;SC=GACCCCTGGACAGAGAGAGAG;SOR=0.658;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=64;TCF=24;TCR=40;TR=57;WE=43272838;WS=43272820;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,122:0.99:123
chr22	43275250	rs2073199	G	A	1928.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=29;PP=922;SC=CTCAGTTCCTGCCCAGCGAGC;SOR=1.032;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=18;TCR=29;TR=47;WE=43275258;WS=43275240;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	43278162	rs4822217	T	C	3008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=30;PP=1491;SC=TCCAGGCTGATGAGCTCATGG;SOR=1.302;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=88;TCF=58;TCR=30;TR=88;WE=43278170;WS=43278152;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chr22	43278220	rs2899365	C	T	5344.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=207;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=75;NR=60;PP=2479;SC=TGGCCATGCCCGGCCCGTGAT;SOR=0.850;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=136;TCF=76;TCR=60;TR=135;WE=43278228;WS=43278210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,203:1.00:203
chr22	43280650	rs2273143	T	C	1193.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=22;PP=731;SC=TCTCAGGCCTTCCCAGATTCC;SOR=1.501;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=8;TCR=22;TR=30;WE=43280658;WS=43280640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	43286876	rs5759012	A	G	2280.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=22;PP=1143;SC=AGGAAGTCCTAGGTGCAGGAG;SOR=1.165;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=62;TCF=39;TCR=23;TR=61;WE=43286884;WS=43286866;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chr22	43289473	rs5759013	G	A	1704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=18;PP=1069;SC=CTTTCTCCACGAGCTGCCTCC;SOR=1.536;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=57;TCF=39;TCR=18;TR=56;WE=43289481;WS=43289463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	43435668	rs2072883	G	A	297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=2;PP=236;SC=AAGTGCCTTCGTTTATTTACA;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=9;TCR=2;TR=11;WE=43435676;WS=43435663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	43435812	rs1052163	C	T	2876.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=27;PP=1087;SC=CCGCTCTCCCCGAGTCTCTCG;SOR=0.884;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=36;TCR=27;TR=63;WE=43435820;WS=43435802;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,112:1.00:112
chr22	43442599	rs5759111	T	C	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=16;NR=32;PP=763;SC=GAAAGACCCATGTTCCTCACC;SOR=1.296;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=16;TCR=32;TR=48;WE=43442607;WS=43442589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	43455432	rs5759125	G	A	2071.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=20;PP=979;SC=AGTGGATCTCGTCGAACAGCT;SOR=0.961;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=57;TCF=36;TCR=21;TR=55;WE=43455440;WS=43455422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	43455665	rs5759126	A	G	737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=19;PP=521;SC=GCAAACATCCAGACCCCTGCC;SOR=1.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=43455673;WS=43455655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	43465529	rs2076154	C	T	1247.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=10;PP=679;SC=CACCACAACTCGCATGGACAT;SOR=1.765;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=28;TCR=10;TR=38;WE=43465537;WS=43465519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chr22	43466217	rs2076156	A	G	1723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=0.904;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	43466247	rs2076161	G	C	1488.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	43471386	rs2294413	G	C	742.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.61;SOR=1.255;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	43520258	rs4988417	A	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.41;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	43520263	rs2076079	A	G	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.41;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	43523921	rs4988434	A	ACT	887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=9;PP=459;SC=GTGCCTTGACACTGGGGCTAT;SOR=2.200;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=9;WE=43523929;WS=43523911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	43524487	rs4988438	CCT	C	1594.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=11;PP=781;SC=GTCCCCCCATCCTCTTTGTCT;SOR=1.040;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=43524496;WS=43524477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	43529029	rs7402	C	T	1835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=13;PP=915;SC=AGGGGGTCATCGCATTTGAGC;SOR=1.352;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=47;TCF=34;TCR=13;TR=46;WE=43529037;WS=43529019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	43529314	rs13815	G	C	7393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=291;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=88;NR=90;PP=2965;SC=GTATCTATGCGCGTGGACGTT;SOR=0.729;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=179;TCF=88;TCR=91;TR=178;WE=43529322;WS=43529304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr22	43529517	rs2066910	C	T	1021.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=19;PP=571;SC=AGGTTTCAGCCGAGCAATGTC;SOR=1.179;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=9;TCR=19;TR=28;WE=43529525;WS=43529507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chr22	43538780	rs151166687	C	CAA	219.86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.809;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.32;ReadPosRankSum=1.855;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chr22	43539431	rs13056026	A	T	146.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.97;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	43558926	rs6971	A	G	2688.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=21;PP=957;SC=GCTGGCCTTCACGACCACACT;SOR=1.028;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=61;TCF=39;TCR=22;TR=60;WE=43558934;WS=43558916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,108:1.00:108
chr22	43564963	rs138931	C	G	462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=213;SC=TCAGAACAGCCTCTCAAGAGG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=43564971;WS=43564953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	43565443	rs138932	C	T	2782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=59;NR=22;PP=1519;SC=GGAGCAGCTCCTGCAGGCCCC;SOR=1.755;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=84;TCF=59;TCR=25;TR=81;WE=43565451;WS=43565433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	43565855	rs138933	C	T	3072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=28;NR=34;PP=1234;SC=GACTTTGCCACGCAGCTGTGA;SOR=0.798;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=62;TCF=28;TCR=34;TR=62;WE=43565863;WS=43565845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
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chr22	43569608	rs138938	C	A	1897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=16;PP=873;SC=TGTAAGCCACCCTGCCCAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=49;TCF=32;TCR=17;TR=48;WE=43569616;WS=43569598;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
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chr22	43576074	rs111515672	CA	C	11925.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;BaseQRankSum=0.586;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=475;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.221;NF=24;NR=165;PP=2951;ReadPosRankSum=-1.489;SC=TTCCGGAACCCAGACATCGAC;SOR=0.945;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=190;TCF=24;TCR=166;TR=189;WE=43576082;WS=43576061;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,460:1.00:462
chr22	43576904	rs2071723	G	A	1900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=78;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=43;PP=1142;SC=GCTGGCGCGCGTGCTCCACAC;SOR=1.852;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=59;TCF=15;TCR=44;TR=58;WE=43576912;WS=43576894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	43606143	rs5759217	C	T	4947.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=53;NR=51;PP=1949;SC=TTGGGGGAGGCGCGATGTGCC;SOR=0.736;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=106;TCF=55;TCR=51;TR=104;WE=43606151;WS=43606133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,190:1.00:190
chr22	43614223	rs9623782	C	G	436.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=1;PP=293;SC=CAAGGAAGGACAGAGTCAGCA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=43614231;WS=43614218;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	43614316	rs9620123	C	G	3785.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=26;PP=1389;SC=GCCCCTCCAGCGCCTTGGCTG;SOR=0.991;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=70;TCF=44;TCR=26;TR=70;WE=43614324;WS=43614306;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr22	43614588	rs5759218	A	G	507.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=13;PP=411;SC=ACATTCTCACAACAGTCCTGG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=43614609;WS=43614578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	43614601	rs5759219	C	T	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.16;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=3;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=10;PP=247;SC=AGTCCTGGGGCAAGGGGCCAC;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=43614609;WS=43614578;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	43618619	rs12170456	A	G	1503.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=15;PP=907;SC=AGTGGCATGCAGCATGGACAG;SOR=1.649;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=51;TCF=36;TCR=15;TR=51;WE=43618640;WS=43618609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chr22	43618632	rs139005	CG	C	2114.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=21;PP=1090;SC=ATGGACAGGCCGGGGGGGTTA;SOR=1.329;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=40;WE=43618640;WS=43618609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chr22	43619062	rs2071726	C	G	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=421;SC=GAGGAAGACCCCCCTGCCACA;SOR=2.531;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=43619070;WS=43619052;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	43619404	rs6003115	C	G	193.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=114;SC=ATGCTGGGCCCAGACAGCTGG;SOR=2.584;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=43619412;WS=43619394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	43623395	rs129415	C	G	2852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=32;PP=1316;SC=CAATCCTTCCCGTTCCAGTGG;SOR=0.907;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=76;TCF=44;TCR=32;TR=74;WE=43623403;WS=43623385;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chr22	43625255	rs9623785	G	A	1736.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.31;SOR=1.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	43627728	rs735703	G	A	1073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=32;NR=6;PP=801;SC=CGCTGGGCCCGAGAGCCACCC;SOR=2.613;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=39;TCF=32;TCR=7;TR=38;WE=43627736;WS=43627718;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	43627949	rs735704	C	T	3711.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=73;PP=1880;SC=AGCGGGGGGACGGCAGGCTAG;SOR=1.260;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=112;TCF=38;TCR=74;TR=111;WE=43627957;WS=43627939;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr22	43651421	rs139029	G	A	1126.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=12;PP=598;SC=ATGCCAGTGCGCACCCGAGAC;SOR=1.127;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=18;TCR=12;TR=30;WE=43651429;WS=43651411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	43654477	rs9623792	C	T	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=20;PP=496;SC=TCATGAGGCTCGCCGGGCAAC;SOR=2.387;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=5;TCR=20;TR=25;WE=43654485;WS=43654467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	43814244	rs5759334	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=15;PP=363;SC=GGCACAGGGACAGCAGATGTG;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=43814252;WS=43814234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	43976396	rs9614382	G	A	1955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=40;NR=16;PP=1008;SC=CTTCCTCACAGCCTCCTGTGG;SOR=1.426;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=40;TCR=16;TR=56;WE=43976404;WS=43976386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chr22	43976675	rs4823114	G	A	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=18;PP=436;SC=TTCGCTGTACGTGCAGACATG;SOR=2.531;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=2;TCR=18;TR=20;WE=43976683;WS=43976665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	44063179	rs181964463	C	T	2190.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=16;NR=35;PP=1163;SC=GCATTTAGACCCAGTGTCAAC;SOR=1.339;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=16;TCR=35;TR=51;WE=44063187;WS=44063169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	44112845	rs5764234	C	T	1036.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=1.075;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	44223635	rs71313366	C	CCA	196.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.1;BaseQRankSum=-0.842;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=15;MQRankSum=-0.253;NF=0;NR=5;PP=221;ReadPosRankSum=0.803;SC=CGCTGCTTCACCACACACACA;SOR=0.473;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=5;WE=44223643;WS=44223625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:2,8:0.80:10
chr22	44229492	rs138069	G	C	2318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=22;PP=976;SC=CAGGGCACCCGGAGGACAGCT;SOR=0.887;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=52;TCF=30;TCR=22;TR=51;WE=44229500;WS=44229482;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	44258036	rs2269601	G	C	777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=15;NR=7;PP=510;SC=CGGCGTCTACGCGGCCGCGCT;SOR=1.302;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=15;TCR=7;TR=22;WE=44258044;WS=44258026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	44258339	.	G	GCCCGCA	224.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=2;PP=204;SC=CCGCGCCCGCGCCCCGCACAC;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=44258347;WS=44258329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	44322970	rs2076212	G	T	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=38;NR=52;PP=1683;SC=CGGCAAAATAGGCATCTCTCT;SOR=0.941;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=90;TCF=38;TCR=52;TR=90;WE=44322978;WS=44322960;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr22	44324558	rs55768287	C	T	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.23;SOR=1.436;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	44324676	rs139051	A	G	4713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=181;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.04;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
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chr22	44342691	rs41278873	T	C	552.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=5;NR=16;PP=324;SC=TTCCCCATGCTGTGGGAAGGG;SOR=1.708;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=22;TCF=5;TCR=17;TR=21;WE=44342699;WS=44342681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	44364594	rs5764434	C	T	4878.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.54;SOR=0.861;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chr22	44364794	rs2273031	T	C	564.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=377;SC=AGCAGAGCACTGCTCCCTGCT;SOR=3.160;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=44364802;WS=44364784;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	44368728	.	AT	A	37.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.580;ClippingRankSum=0.000;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.11;MQRankSum=2.058;QD=0.41;ReadPosRankSum=-1.435;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:76,17:0.18:93
chr22	44373947	rs9626078	G	A	2630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=38;PP=1183;SC=AAGCCTGGGCGGTAATGCTTA;SOR=0.963;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=63;TCF=25;TCR=38;TR=63;WE=44373955;WS=44373937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chr22	44377221	rs75439392	G	T	3709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=58;NR=39;PP=1622;SC=GATGTTCCTGGAGTGAAAGGA;SOR=0.991;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=98;TCF=58;TCR=40;TR=97;WE=44377229;WS=44377211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,143:1.00:143
chr22	44377442	rs4823182	A	G	712.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=19;PP=475;SC=TTAGGAGAGCATAGTATTTCA;SOR=2.066;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=44377450;WS=44377432;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	44379822	rs10452	T	C	8016.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=327;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=92;PP=2807;SC=GGTTTTACCTTGGGGGACCCA;SOR=0.725;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=183;TCF=89;TCR=94;TR=179;WE=44379830;WS=44379812;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chr22	44379838	rs8418	A	G	7869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=320;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=77;NR=93;PP=2965;SC=ACCCACAAGCATCCGCGGATT;SOR=0.785;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=173;TCF=79;TCR=94;TR=170;WE=44379846;WS=44379828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,316:1.00:316
chr22	44395389	rs2281292	A	C	3668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=68;NR=41;PP=2109;SC=TCCGACAAACAAAAAATGTTC;SOR=1.162;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=110;TCF=69;TCR=41;TR=109;WE=44395397;WS=44395379;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr22	44395451	rs1007863	T	C	4958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=67;NR=62;PP=2012;SC=TTCCTGCAGCTGGGGCCTGTG;SOR=0.779;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=130;TCF=68;TCR=62;TR=129;WE=44395459;WS=44395441;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,192:1.00:192
chr22	44420118	rs111806469	C	G	144.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.69;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	44420156	rs112388263	T	A	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	44514809	rs5764541	C	T	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=2;PP=200;SC=GCTGTGGTCCCGGTGGTGGCT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=44514817;WS=44514799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	44515806	rs761166	G	C	148.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=2;NR=3;PP=37;SC=GGCAAAGAACGGAAGAGCAGA;SOR=0.941;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=5;WE=44515814;WS=44515796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	44535904	rs11270419	G	GCTTTCTGGCTGGCTCTGTCCCTCATCCTCCA	589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=117.95;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	44559645	rs139079	C	T	2385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=47;NR=24;PP=1349;SC=TGCAGAGGCTCGGTCCTGTCC;SOR=1.382;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=71;TCF=47;TCR=24;TR=71;WE=44559653;WS=44559635;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	44559842	rs139081	A	G	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=48;NR=65;PP=2087;SC=CCCCCGGGAGAGGTGCGCACG;SOR=0.917;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=48;TCR=65;TR=113;WE=44559850;WS=44559832;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr22	44564297	rs139095	A	C	134.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=5;NR=0;PP=104;SC=AGCTCTCACAAAACCTGTGTG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=44564305;WS=44564288;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	44564347	rs147142455	T	C	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=2;PP=270;SC=GACATGGTGGTGGCCAGTCTT;SOR=2.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=11;TCR=2;TR=13;WE=44564355;WS=44564337;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	44564407	rs139096	C	T	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=24;NR=14;PP=605;SC=ATGCTGGAGACGTGGCTTCTG;SOR=1.057;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=44564415;WS=44564397;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	44569142	rs139103	A	G	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=14;PP=376;SC=AGCGGCCAGGAGCACAGGCTG;SOR=3.258;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=44569150;WS=44569132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	44582499	rs79478	T	C	9498.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=389;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=98;NR=130;PP=2965;SC=GGACACCATCTGTGGTCTTGC;SOR=0.891;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=229;TCF=99;TCR=130;TR=228;WE=44582507;WS=44582489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,374:1.00:374
chr22	44586522	rs2272942	C	T	6783.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=266;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=65;NR=100;PP=2965;SC=CAACCAACGTCCAGGTGGAGG;SOR=1.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=165;TCF=65;TCR=100;TR=165;WE=44586530;WS=44586512;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,258:1.00:258
chr22	44594476	rs139151	T	C	5127.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=75;NR=45;PP=2197;SC=TTCCATGTGATTGTCTCCAGT;SOR=1.052;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=75;TCR=45;TR=120;WE=44594484;WS=44594466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr22	44601499	rs139184	C	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.756;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=36;NR=20;PP=1010;ReadPosRankSum=1.306;SC=TGGTCGTGGTCAGGGATGCCC;SOR=0.439;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=37;TCR=20;TR=56;WE=44601507;WS=44601489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,85:0.99:86
chr22	44602229	rs139186	A	C	4587.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=56;NR=59;PP=1929;SC=GAGCACACTGAGGGTGCTCTA;SOR=0.727;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=115;TCF=56;TCR=59;TR=115;WE=44602237;WS=44602219;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,177:1.00:177
chr22	44602406	rs62226663	C	A	921.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=20;PP=572;SC=CCTGTGCATTCGTGACCCGCT;SOR=1.911;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=27;TCF=7;TCR=20;TR=26;WE=44602414;WS=44602396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	44681612	rs135388	A	G	3109.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=28;NR=43;PP=1396;SC=ACTCCCAACAAGGCGGTGTAA;SOR=1.022;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=28;TCR=44;TR=71;WE=44681620;WS=44681602;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	44965320	rs138593	G	A	3322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.17;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
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chr22	45218223	rs136662	C	T	3413.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.419;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.54;ReadPosRankSum=-1.213;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,143:0.99:145
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chr22	45258324	rs2071762	C	T	5262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=202;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=67;NR=46;PP=2235;SC=TTCAGCACCCCGGAGGCACCT;SOR=0.952;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=113;TCF=67;TCR=46;TR=113;WE=45258332;WS=45258314;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr22	45258491	rs66912386	GTATA	G	6872.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=164;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=62;PP=2967;SC=CGAACACTCTGTATATTTCGA;SOR=0.980;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=76;TCF=11;TCR=65;TR=73;WE=45258502;WS=45258481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
chr22	45258539	rs2071763	G	A	2331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=50;PP=1508;SC=TGTATGTTTTGTAAACTTGGC;SOR=1.356;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=77;TCF=27;TCR=50;TR=77;WE=45258547;WS=45258529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	45291833	rs3752467	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=340;SC=CAGACCACCCATCATCACACC;SOR=2.030;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=15;TCR=4;TR=19;WE=45291841;WS=45291823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	45309653	rs3213527	C	T	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=3;PP=251;SC=CCTCAGATGGCACCTGCAGAC;SOR=1.863;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=45309661;WS=45309643;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	45404335	rs74671205	G	C	838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=5;PP=377;SC=CTGAGCGTGCGTCGCCCAGGC;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=45404343;WS=45404325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	45566702	rs132873	C	T	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=2;PP=304;SC=GAACATATGCCAATGAAATGT;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=45566710;WS=45566692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	45566843	rs132874	A	G	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=22;PP=925;SC=TTTTTGCATGAGAAATATTTT;SOR=0.793;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=45566851;WS=45566833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chr22	45566912	rs132875	C	A	2681.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=28;PP=977;SC=TATTCAGCAGCTTTCTGACGT;SOR=0.751;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=53;TCF=25;TCR=28;TR=52;WE=45566920;WS=45566902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	45567035	rs132876	C	T	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=12;PP=301;SC=GCAAGTTGGGCAGGACTCATC;SOR=2.712;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=13;TCF=1;TCR=12;TR=13;WE=45567043;WS=45567025;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	45567054	rs132877	CAT	C	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=55;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=462;SC=TCTTAAAAATCATGTGTATGT;SOR=3.126;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=10;WE=45567063;WS=45567044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chr22	45567580	rs132881	C	A	6017.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=66;NR=64;PP=2320;SC=TGCCCCCTTACAGCTCTTGCT;SOR=0.702;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=132;TCF=66;TCR=66;TR=130;WE=45567588;WS=45567570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,237:1.00:237
chr22	45577231	rs226524	T	C	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=13;PP=500;SC=AAGAAGAAGATGCTTTTTACT;SOR=0.800;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=32;WE=45577239;WS=45577221;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	45593661	rs55790105	C	T	6007.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=238;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=84;NR=63;PP=2735;SC=CCCACATCCGCCAGCATTACC;SOR=0.888;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=149;TCF=86;TCR=63;TR=147;WE=45593669;WS=45593651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,233:1.00:233
chr22	45595721	rs5765217	A	G	3702.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=38;NR=37;PP=1314;SC=ACTGAAGGGCACGGGGACCCT;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=76;TCF=39;TCR=37;TR=75;WE=45595729;WS=45595711;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr22	45603485	rs11705584	G	A	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=46;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=4;PP=301;SC=GATTACAGGCGTGAGCCACCG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=45603493;WS=45603475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	45603501	rs11703294	A	G	1235.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=4;PP=358;SC=CACCGCGCCCAGCCTGGCTTT;SOR=1.839;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=20;WE=45603509;WS=45603491;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	45603545	rs11705041	C	T	1619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=33;NR=6;PP=943;SC=CTGGGGGCCTCTGGTCCCGGT;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=39;TCF=33;TCR=6;TR=39;WE=45603553;WS=45603535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	45603638	rs11703323	A	G	4080.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=58;NR=41;PP=1983;SC=GCACCCCCCAAAGGCAGAGCT;SOR=0.952;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=100;TCF=59;TCR=41;TR=99;WE=45603646;WS=45603628;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr22	45622014	rs6007506	C	T	1175.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=29;NR=10;PP=744;SC=AGAGAGCACGCGGCAGCCTCT;SOR=2.147;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=40;TCF=30;TCR=10;TR=39;WE=45622022;WS=45622004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	45680824	rs2255432	A	G	206.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=2;PP=92;SC=GTGCCCTGGCAGGGACAGGTC;SOR=1.402;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=45680832;WS=45680814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	45682975	rs2673087	A	G	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=197;SC=AAGGATGATCAGGCATTTGAT;SOR=2.303;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=45682983;WS=45682965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	45683246	rs2673088	C	T	4820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=60;NR=60;PP=2225;SC=CCTACCTGGTCAGGGTGGGTG;SOR=0.693;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=120;TCF=60;TCR=60;TR=120;WE=45683254;WS=45683236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr22	45683304	rs1057353	G	C	5148.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=198;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=61;PP=2266;SC=CCTCTGTAACGCACCCCTGTC;SOR=0.811;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=52;TCR=61;TR=113;WE=45683312;WS=45683294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,195:1.00:195
chr22	45685002	rs1135360	A	G	5209.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=52;NR=63;PP=2105;SC=CCCTGTGGTCAGACCCCATCC;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=115;TCF=52;TCR=63;TR=115;WE=45685010;WS=45684992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr22	45691594	rs1057356	A	G	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=18;PP=695;SC=GCAAGCTCCAAGACTGAGCCC;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=45691602;WS=45691584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	45718922	.	CTG	C	240.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.756;ClippingRankSum=0.000;DP=42;ExcessHet=3.0103;FS=4.384;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.69;ReadPosRankSum=-0.683;SOR=1.938;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,13:0.36:36
chr22	45728632	.	CT	C	30.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.569;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=2.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.160;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chr22	45740401	rs41279795	C	G	1307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=10;PP=637;SC=AGAGTGGGAACTGAACAGTGA;SOR=1.132;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=30;TCF=20;TCR=10;TR=30;WE=45740409;WS=45740391;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	45748284	rs11375006	C	CT	2920.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=14;PP=1705;SC=GGAAGGTCCCCTGGCTTCTGC;SOR=1.236;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=37;TCF=22;TCR=15;TR=36;WE=45748292;WS=45748274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	45767369	rs470062	A	G	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=7;PP=284;SC=TCTTTTCTTGAAATTCTTTAA;SOR=1.179;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=18;WE=45767377;WS=45767359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	45767455	rs136569	A	G	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.44;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	45767599	rs136570	G	A	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=1;PP=22;SC=TGGATAAAAGGTTAAATACCA;SOR=0.693;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=45767607;WS=45767589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	45767946	rs136572	G	A	120.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=2;PP=61;SC=AAAAGTATCTGAAAATTACAT;SOR=1.329;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=4;TCR=2;TR=6;WE=45767954;WS=45767940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	45779335	rs136585	A	G	3278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=57;NR=29;PP=1836;SC=AACTTTTATGACATGGATTTA;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=90;TCF=59;TCR=31;TR=86;WE=45779343;WS=45779325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	45782646	rs136591	C	T	810.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=2;PP=580;SC=AAAAAGAACACATAAAACGCA;SOR=3.767;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=26;TCF=24;TCR=2;TR=26;WE=45782654;WS=45782636;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	45785847	rs5764719	A	C	1131.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=32;PP=877;SC=ATTATTTTCTAATGTAACAAA;SOR=3.556;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=36;WE=45785855;WS=45785837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	45789642	rs136603	A	C	2024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=31;PP=950;SC=TCTTCATTAAATTCAGACATT;SOR=0.976;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=54;TCF=23;TCR=31;TR=54;WE=45789650;WS=45789632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	45794925	rs79154	C	A	1462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=36;NR=8;PP=997;SC=TAATTCAAAGCAGCTGAAATA;SOR=2.540;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=36;TCR=8;TR=44;WE=45794933;WS=45794915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chr22	45809624	rs2272804	C	A	1960.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=21;PP=1606;SC=TGCGGCGTCACTGGGAGCCCG;SOR=1.751;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=47;TCR=21;TR=68;WE=45809632;WS=45809614;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	45810278	rs59404993	A	AC	3216.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=0.515;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.290;NF=10;NR=46;PP=1537;ReadPosRankSum=-0.502;SC=TAGACATGAAACTTTGGTGAG;SOR=0.848;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=56;WE=45810287;WS=45810268;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,123:0.98:125
chr22	45813433	rs11320557	AT	A	973.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=7;PP=1052;SC=ATTCAAATTTATTTTTTCCTC;SOR=2.948;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=30;TCR=8;TR=33;WE=45813453;WS=45813423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	45813445	rs5764723	G	A	1487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=42;NR=9;PP=1077;SC=TTTTTCCTCTGAATCCTAAGC;SOR=2.833;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=42;TCR=9;TR=51;WE=45813453;WS=45813423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	45821715	rs1022476	C	T	989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=4;PP=726;SC=CCGACTCCTGCTGCCCTTAGC;SOR=2.899;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=45821723;WS=45821705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chr22	45821887	rs1022477	G	A	7916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=307;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=68;NR=83;PP=2965;SC=AGGACAACTTGGCCGAGATCA;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=154;TCF=70;TCR=84;TR=151;WE=45821895;WS=45821877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr22	45821956	rs1022478	C	G	3977.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=37;NR=53;PP=1871;SC=CCAGCTCCTTCGGGCCCCACC;SOR=0.971;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=90;TCF=37;TCR=53;TR=90;WE=45821964;WS=45821946;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chr22	45822161	rs5765345	C	G	218.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=9;PP=212;SC=TCTGCCCTAGCACCTGCCCTC;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=9;WE=45822169;WS=45822151;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	45826880	rs2072770	G	A	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=45;NR=41;PP=1622;SC=CAGTGGCGGCGGCAGCGCGAC;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=86;TCF=45;TCR=41;TR=86;WE=45826888;WS=45826870;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	45827020	rs5765352	G	A	1084.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=20;PP=534;SC=GGTCAAGGACGAGGAGGGGGC;SOR=1.923;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=23;TCF=3;TCR=20;TR=23;WE=45827028;WS=45827010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	45897997	rs3810631	T	C	1427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=11;PP=968;SC=CCCAGTGGCGTTCCTATGCGT;SOR=2.078;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=34;TCR=11;TR=45;WE=45898005;WS=45897987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	45898074	rs3810632	T	C	5439.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=208;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=87;NR=51;PP=2567;SC=ATAAATCTACTTGTGGTTCCA;SOR=1.036;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=142;TCF=89;TCR=53;TR=138;WE=45898082;WS=45898064;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,207:1.00:207
chr22	45898117	rs3810633	T	C	8160.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=316;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.99;SOR=0.745;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr22	45898130	rs3810634	A	T	8073.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=315;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,314:1.00:314
chr22	45898252	rs3810635	T	G	1941.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=50;PP=1373;SC=ATTTTGGTTGTTTGTTGGCCT;SOR=2.372;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=11;TCR=50;TR=61;WE=45898260;WS=45898242;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	45914461	rs7292978	G	A	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=1;PP=353;SC=TGATGCTGTCGTCAAGACAGA;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=45914469;WS=45914451;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	45923827	rs136730	A	G	2110.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=85;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=19;PP=761;SC=CAGGTCTTCCAGGCATGCTGT;SOR=0.718;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=21;TCR=19;TR=40;WE=45923835;WS=45923817;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,81:1.00:81
chr22	45924001	rs136731	T	TG	417.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=11;PP=417;SC=CATGTGATCGTGGGGCTGGCA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=12;TCF=0;TCR=12;TR=11;WE=45924009;WS=45923991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	45929577	rs105199	T	C	3375.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,129:1.00:129
chr22	45931262	rs2071938	C	T	823.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=22;PP=650;SC=CCAGGAGGGGCCAGCGACCTA;SOR=2.468;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=7;TCR=22;TR=29;WE=45931270;WS=45931252;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	45937061	rs136756	G	A	2706.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=44;NR=20;PP=1312;SC=TGGGTTCTGGGACACCCTCCA;SOR=1.261;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=64;TCF=44;TCR=20;TR=64;WE=45937069;WS=45937051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
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chr22	45937378	rs136758	C	T	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.07;SOR=1.802;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	45937384	rs470068	G	A	418.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.88;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chr22	46368130	rs62226057	T	C	626.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=8;NR=9;PP=235;SC=TGGGCCGGCGTGCCTGGCGGG;SOR=0.770;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=8;TCR=9;TR=17;WE=46368138;WS=46368120;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	46447795	.	TA	T	44.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.258;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=1.690;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.60;ReadPosRankSum=-1.503;SOR=1.080;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chr22	46494529	rs141384799	GAC	G	90.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FS=1.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=2.739;QD=0.78;ReadPosRankSum=0.827;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:103,14:0.12:117
chr22	46505986	rs2474020	T	C	1645.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=39;PP=1138;SC=GTGAGCACTGTAGGCTCTAGG;SOR=2.221;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=12;TCR=39;TR=51;WE=46505994;WS=46505976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chr22	46614274	rs1800206	C	G	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=34;NR=29;PP=1004;SC=TCACAAGTGCCTTTCTGTCGG;SOR=0.775;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=63;TCF=34;TCR=29;TR=63;WE=46614282;WS=46614264;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chr22	46642725	rs73177046	C	A	569.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=5;PP=115;SC=GGTGAGAGGGCGCACAAGGAC;SOR=0.776;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=4;TCR=5;TR=9;WE=46642733;WS=46642715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	46643023	rs55641018	A	C	5105.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=59;NR=53;PP=1912;SC=CACACACACCAGCCTGCTGCA;SOR=0.745;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=112;TCF=59;TCR=53;TR=112;WE=46643031;WS=46643013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,197:1.00:197
chr22	46643131	rs368537877	GA	G	6082.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=1.049;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	46643133	.	A	G	6128.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=137;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.06;SOR=1.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr22	46643135	rs200519607	G	GC	6119.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.67;SOR=1.043;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,137:1.00:137
chr22	46643964	rs9627280	T	C	659.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=3;PP=402;SC=CAGGGTGGGGTCTAAAGCTCC;SOR=2.400;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=19;WE=46643972;WS=46643954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	46643984	rs73177049	A	C	1208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=7;PP=684;SC=CACACCTGAGACAGTTGTCAG;SOR=1.954;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=33;TCF=25;TCR=8;TR=32;WE=46643992;WS=46643974;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chr22	46644168	rs9627281	A	G	9835.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.11;SOR=0.757;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,223:1.00:223
chr22	46644177	rs61748935	G	A	10095.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.52;SOR=0.728;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,232:1.00:232
chr22	46652372	rs6008361	G	A	373.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=1;PP=226;SC=AGCATGACTAGGCCACTGACA;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=46652380;WS=46652362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	46652737	rs6008362	G	A	6398.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=252;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=82;NR=86;PP=2965;SC=TGATCAAGACGCAGATCATCA;SOR=0.734;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=168;TCF=82;TCR=86;TR=168;WE=46652745;WS=46652727;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,247:1.00:247
chr22	46652929	rs6008365	G	A	3972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=54;NR=55;PP=2302;SC=AGAAATACACGGACACAACAA;SOR=0.735;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=110;TCF=54;TCR=56;TR=109;WE=46652937;WS=46652919;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,145:1.00:145
chr22	46652959	rs4508712	A	G	3571.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=55;NR=51;PP=2038;SC=GGCAGATGCCAGGGAGGGCAG;SOR=0.801;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=107;TCF=56;TCR=51;TR=106;WE=46652967;WS=46652949;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	46654323	rs6007740	G	A	6662.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=1.943;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=251;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.080;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=82;PP=2965;ReadPosRankSum=1.456;SC=AAGCCTGACAGGAGTATAATT;SOR=0.287;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=162;TCF=80;TCR=82;TR=160;WE=46654331;WS=46654313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,249:1.00:250
chr22	46655948	rs6008384	T	C	5364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=215;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=65;NR=70;PP=2489;SC=TAGCTTGTCATTGAGCTTCAT;SOR=0.732;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=135;TCF=65;TCR=70;TR=135;WE=46655956;WS=46655938;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr22	46656246	rs7291444	T	G	6495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=3.194;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=254;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=74;NR=71;PP=2854;ReadPosRankSum=0.152;SC=CTAAGCACTGTGCTGTCCACT;SOR=0.709;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=147;TCF=75;TCR=72;TR=145;WE=46656254;WS=46656236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,250:0.99:252
chr22	46656479	rs6519993	A	G	7867.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=301;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=94;NR=91;PP=2965;SC=CCAAGGAAAGAGGTCATTTGT;SOR=0.727;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=185;TCF=94;TCR=91;TR=185;WE=46656487;WS=46656469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,297:1.00:297
chr22	46656511	rs9627324	A	G	7743.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=293;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=88;PP=2965;SC=ACATTGTAGAAATGGGACCAT;SOR=0.787;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=168;TCF=79;TCR=89;TR=165;WE=46656519;WS=46656501;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,289:1.00:289
chr22	46656607	rs8143066	G	A	5082.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=57;NR=65;PP=2515;SC=AGAGCTGGTTGATACCCCACT;SOR=0.781;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=122;TCF=57;TCR=65;TR=122;WE=46656615;WS=46656597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr22	46656805	rs6519994	G	A	3838.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=147;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=47;PP=1879;SC=CAGTACTCACGATTTCTATTT;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=94;TCF=47;TCR=47;TR=94;WE=46656813;WS=46656795;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	46657261	rs6007747	A	G	3248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.780;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=130;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=42;NR=39;PP=1505;ReadPosRankSum=-0.918;SC=CTCCTAGAGAATCATAGACCT;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=81;WE=46657269;WS=46657251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,124:0.98:126
chr22	46657798	rs6007748	A	G	3922.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=149;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=68;PP=2383;SC=AAGAAAATCTATCAGAGACAA;SOR=0.976;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=123;TCF=52;TCR=71;TR=120;WE=46657806;WS=46657788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	46657895	rs145064470	G	A	3790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=52;NR=49;PP=2091;SC=ATCAGAAAACGCTGTCCTAGA;SOR=0.707;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=101;TCF=52;TCR=49;TR=101;WE=46657903;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chr22	46658719	rs145480472	G	A	889.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.37;SOR=2.200;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	46658725	rs137926168	G	C	875.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.70;SOR=1.828;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	46658882	rs72069642	ACGAGCG	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=1;PP=95;SC=CTGCAGGTCGACGAGCGCGAG;SOR=1.609;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=2;TCF=1;TCR=1;TR=2;WE=46658895;WS=46658872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	46658978	rs112735000	T	C	194.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=4;PP=61;SC=GGTCCCGCCATGGGGGAAGCA;SOR=0.892;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=46658986;WS=46658968;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	46664431	rs9627359	C	G	7864.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=88;NR=78;PP=2965;SC=ATGCGAGGCTCCCGCTCTCCA;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=166;TCF=88;TCR=78;TR=166;WE=46664439;WS=46664421;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,303:1.00:303
chr22	46664564	rs138035782	TTTTTG	T	1195.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.70;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	46664985	rs151191400	GCC	G	1878.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=17;PP=604;SC=ACATATCTCTGCCCCCCCCCC;SOR=0.963;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=28;WE=46664994;WS=46664975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	46665006	rs9615330	A	G	1554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=21;PP=875;SC=ACAGCGTCCTAAAAGGGCCTC;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=45;TCF=24;TCR=21;TR=45;WE=46665014;WS=46664996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chr22	46668079	rs73177058	G	T	483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=3;PP=223;SC=GTAGAGATGGGGTTTTACCGT;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=46668087;WS=46668069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	46668352	rs73177060	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=462;SC=GCCCCGCTTCACACATCCAGC;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=46668360;WS=46668342;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chr22	46674639	rs6008473	G	A	1222.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=29;PP=733;SC=GGCACCATTCGTGTGTGACCC;SOR=2.352;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=36;TCF=7;TCR=29;TR=35;WE=46674647;WS=46674629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chr22	46677607	rs130642	T	C	5025.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=196;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=60;NR=54;PP=2121;SC=CTCAGAGACCTTCTGGAAGGT;SOR=0.724;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=114;TCF=60;TCR=54;TR=114;WE=46677615;WS=46677597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,193:1.00:193
chr22	46677904	rs6008495	A	G	4213.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=45;NR=64;PP=2023;SC=TCTTCAAAGCACATGAGCTGC;SOR=0.951;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=110;TCF=45;TCR=65;TR=109;WE=46677912;WS=46677894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	46677997	rs11090858	G	A	1585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=31;PP=898;SC=AGTGGCTAGGGAAGGCATCCT;SOR=1.292;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=46678005;WS=46677987;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	46679850	rs6008504	CT	TG	2151.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.60;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	46680021	rs6008506	T	G	2776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=37;PP=1150;SC=TTCACATCCGTTGGAGCCCTG;SOR=1.064;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=46680029;WS=46680011;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,105:1.00:105
chr22	46680067	rs6008507	T	C	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=30;PP=843;SC=AAGAGCACTCTAGGCTTCAAC;SOR=1.392;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=14;TCR=30;TR=44;WE=46680075;WS=46680057;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	46684558	rs739164	T	C	1750.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=46;PP=1108;SC=AGGGCCATGCTGAGACCTGTT;SOR=2.602;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=57;TCF=11;TCR=46;TR=57;WE=46684566;WS=46684548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chr22	46685249	rs6008534	G	A	1516.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.33;SOR=1.000;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	46707907	rs6008612	G	A	445.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=0;PP=336;SC=CCTTCAATCTGGCTGATGAAT;SOR=3.383;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=15;TCR=0;TR=15;WE=46707915;WS=46707897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	46709649	rs139555322	C	T	1236.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=30;NR=3;PP=866;SC=TGTGATCCTCCGGCCTCAGCC;SOR=3.258;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=30;TCR=3;TR=33;WE=46709657;WS=46709639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	46711920	rs11446441	A	AC	5147.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=151;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=28;NR=42;PP=2936;SC=TTGTGTGTATACCTTCTAGCT;SOR=1.067;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=70;WE=46711928;WS=46711910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr22	46719054	rs8135305	T	C	6188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=239;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=73;NR=61;PP=2578;SC=CTGATCACTTTACCTGACCGC;SOR=0.817;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=134;TCF=73;TCR=61;TR=134;WE=46719062;WS=46719044;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,238:1.00:238
chr22	46722400	rs140054	T	C	8534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=337;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=125;NR=78;PP=2965;SC=GCTGAGCGCATGGCGTGTGTC;SOR=1.015;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=205;TCF=127;TCR=78;TR=203;WE=46722408;WS=46722390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,326:1.00:326
chr22	46722560	rs6008700	C	T	5487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=213;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=47;NR=95;PP=2950;SC=AGGTAAGACACGAAGGTGGTA;SOR=1.259;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=143;TCF=48;TCR=95;TR=142;WE=46722568;WS=46722550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,205:1.00:205
chr22	46724558	rs140053	T	C	4428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=169;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=52;NR=53;PP=2100;SC=AGAGACATTTTCTCATAAGTT;SOR=0.754;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=105;WE=46724566;WS=46724548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,167:1.00:167
chr22	46725350	rs113301628	T	C	5318.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=209;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.57;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chr22	46731764	rs142322338	G	GC	1825.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.367;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=0.5912;FS=8.881;HP=9;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=2;NR=66;PP=911;ReadPosRankSum=-1.357;SC=CGAGGCTCCCGCCCCCCGCCG;SOR=3.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=102;TCF=29;TCR=73;TR=68;WE=46731779;WS=46731754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,91:0.88:104
chr22	46731771	rs11090866	G	C	5113.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=75;PP=2963;SC=CCCGCCCCCCGCCGAGCGAAT;SOR=3.056;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=94;TCF=19;TCR=75;TR=94;WE=46731779;WS=46731754;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	46731791	rs2272937	G	A	4879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=210;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=48;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=86;PP=2965;SC=TGTGTCCCCGGAAACCTGTCC;SOR=1.840;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=115;TCF=29;TCR=86;TR=114;WE=46731799;WS=46731781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,206:1.00:206
chr22	46739070	rs112770345	T	TTC	502.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=2;PP=352;SC=CAAGGGGAAATTACATTAAAC;SOR=3.611;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=46739078;WS=46739060;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	46742486	rs6008769	T	G	3447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=36;NR=55;PP=1607;SC=TGTGAACAGATTGAAATCTTT;SOR=1.055;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=92;TCF=37;TCR=55;TR=91;WE=46742494;WS=46742476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,133:1.00:133
chr22	46746447	rs114042113	C	T	449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=11;PP=276;SC=GGGTCCCGCACCACTTCCCCT;SOR=2.584;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=1;TCR=11;TR=12;WE=46746455;WS=46746437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	46748310	rs6008770	T	C	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=15;PP=340;SC=CCAGAGTTCCTGTCGTCCCTT;SOR=2.030;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=46748318;WS=46748300;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chr22	46752080	rs8135519	G	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=13;PP=380;SC=GTGTGCTCGGGTCACACAGCT;SOR=4.294;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=14;WE=46752088;WS=46752070;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chr22	46760481	rs9615351	C	G	2146.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=35;NR=17;PP=1089;SC=GGGGGGTACTCTCCACGGTGA;SOR=1.252;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=52;TCF=35;TCR=17;TR=52;WE=46760489;WS=46760471;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	46761497	rs12165943	C	G	1906.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=16;PP=870;SC=GGGATCCTTGCAGCTCCTGGG;SOR=1.042;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=27;TCR=16;TR=43;WE=46761505;WS=46761487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	46762214	rs73889254	T	G	2502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.98;QD=26.07;SOR=0.823;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr22	46763490	rs7285194	A	G	187.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=0;PP=103;SC=CTGAGTCCTCACAGCCACAGG;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=46763498;WS=46763480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	46763578	rs7289948	T	C	1396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=11;PP=619;SC=AGCGATGGTGTCACGGCGGCC;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=34;WE=46763586;WS=46763568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chr22	46763671	rs7285515	A	G	3205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=26;PP=1008;SC=AGCTCAGTGCATCGCGGTTCA;SOR=0.741;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=30;TCR=26;TR=56;WE=46763679;WS=46763661;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr22	46763821	rs9627425	A	G	595.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=414;SC=CCCTCTCTGCACGTCCACCTG;SOR=3.056;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=2;TCR=16;TR=17;WE=46763829;WS=46763811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	46765025	rs112949305	G	A	1441.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=11;PP=851;SC=GGACGTCGGGGTCTCAGGGCC;SOR=1.692;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=46765033;WS=46765015;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chr22	46765181	rs11273699	G	GTCAGGTCGCCGAC	6689.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=172;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=40;PP=2967;SC=GCCGATCAATGTCTTCTCTCT;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=62;TCF=11;TCR=51;TR=48;WE=46765189;WS=46765171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,148:1.00:148
chr22	46765878	rs76033379	G	A	2259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=24;NR=31;PP=1115;SC=TCTCCGTGTAGGGTCTCAGGC;SOR=0.892;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=55;TCF=24;TCR=31;TR=55;WE=46765886;WS=46765868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	46768633	rs79311134	G	A	152.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=104;SC=GCATGCACTCGCAGTGTGCAG;SOR=2.303;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=46768641;WS=46768627;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	46769005	rs6008779	T	C	958.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.63;SOR=0.927;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chr22	46807510	rs34129506	G	A	5031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=88;NR=41;PP=2564;SC=TCTTGGAGCCGGTCTGAGTGC;SOR=1.305;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=130;TCF=88;TCR=42;TR=129;WE=46807518;WS=46807500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,188:1.00:188
chr22	46858687	rs5768788	G	A	1646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=12;PP=791;SC=TTTCTGTACCGCTCTCGGGGT;SOR=1.498;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=46858695;WS=46858677;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	46859003	rs3788696	G	C	1171.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=23;PP=679;SC=TTTCTTTTAAGTGGATCTCAC;SOR=2.038;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=6;TCR=24;TR=29;WE=46859011;WS=46858993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chr22	46929359	rs5767248	C	G	769.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=25;NR=3;PP=561;SC=GGGCCTAGGCCGGGCGCCCAC;SOR=3.334;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=25;TCR=3;TR=28;WE=46929367;WS=46929353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	46929692	rs4823561	A	G	7134.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=279;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=80;NR=94;PP=2965;SC=GCCGGGATGCAGCCGATCACG;SOR=0.760;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=174;TCF=80;TCR=94;TR=174;WE=46929700;WS=46929682;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,275:1.00:275
chr22	46930013	rs61737811	C	A	6869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=272;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=87;NR=86;PP=2965;SC=CGAATCTTTGCCACCACCGAC;SOR=0.732;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=173;TCF=87;TCR=86;TR=173;WE=46930021;WS=46930003;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,261:1.00:261
chr22	46931077	rs4823850	G	C	2477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=29;PP=1163;SC=CATGGGGGGCGAGCCGTGGTC;SOR=0.832;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=53;TCF=24;TCR=29;TR=52;WE=46931085;WS=46931067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	46931793	rs1009154	G	C	5070.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=190;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=68;NR=87;PP=2965;SC=CCTCCACCAGGAGCTGGTACT;SOR=1.321;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=155;TCF=68;TCR=87;TR=155;WE=46931801;WS=46931783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr22	46931838	rs1009155	G	A	6673.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=255;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=76;NR=82;PP=2965;SC=CCGCCCGTGTGCTCACCACGC;SOR=0.855;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=158;TCF=76;TCR=82;TR=158;WE=46931846;WS=46931828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr22	47057191	rs2076707	C	T	6776.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=157;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.00;SOR=0.889;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chr22	47057197	rs2076708	C	T	7104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.80;SOR=0.961;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,166:1.00:166
chr22	47058992	rs2542040	T	C	2554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=22;PP=588;SC=ACGAGCGGTTTGGGGAGTACG;SOR=0.732;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=26;TCR=22;TR=48;WE=47059000;WS=47058982;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chr22	47059597	rs2542035	A	G	893.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=6;PP=506;SC=GTGCATGGCCATTCTGTGCAC;SOR=2.115;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=22;TCR=6;TR=28;WE=47059605;WS=47059587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chr22	47064164	rs2748338	C	A	179.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=4;PP=70;SC=CGCCGGCCTCCGCTGCTGCCT;SOR=2.584;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=47064172;WS=47064154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	47064665	rs9616088	C	T	1511.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=118;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=13;NR=52;PP=2216;ReadPosRankSum=-1.478;SC=CTGCGGCGCCCGCCCGGCCTG;SOR=0.823;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=67;TCF=14;TCR=53;TR=65;WE=47064673;WS=47064655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,73:0.99:74
chr22	47064837	rs2076711	A	C	795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=19;PP=565;SC=CTGTAGCTTCAGGAGGAGGGA;SOR=2.093;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=5;TCR=19;TR=24;WE=47064845;WS=47064827;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chr22	47070432	rs2073275	G	C	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=7;PP=622;SC=CTCACTGTGGGTGTGACGTGA;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=47070440;WS=47070422;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	47071531	rs2073276	T	C	3417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=129;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=26;NR=66;PP=1961;SC=CCCTATAGACTTCTGCCAGCC;SOR=1.554;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=95;TCF=28;TCR=67;TR=92;WE=47071539;WS=47071521;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chr22	47072477	rs2236028	G	A	1760.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=17;PP=626;SC=CTGTGGTGACGGCCACGCTTT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=17;TCR=17;TR=34;WE=47072485;WS=47072467;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,69:1.00:69
chr22	47073199	rs375658129	CT	C	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.502;SOR=0.743;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,18:0.22:81
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chr22	47083010	.	TGT	CGA	2947	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MMLQ=23;MQ=60.0;NF=53;NR=33;PP=2947;QD=20;SC=TTTCCCAGTTTGTGAGCAGGA;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=89;TCF=55;TCR=34;TR=86;WE=47083020;WS=47083000;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,86:0.97:89
chr22	47083012	rs2748349	T	A	6463.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.27;SOR=1.002;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,146:1.00:146
chr22	47083172	.	CTGGACAGGGGCTGCAGTAAACCCCACGTGTCCCTCACTCAAAGCTGGCCCTGAGCACCGCTCT	C	1374.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.50;QD=22.54;SOR=1.392;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chr22	47087347	rs7285435	A	G	260.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.98;SOR=3.056;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chr22	47087670	rs36211083	G	A	680.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=13;PP=312;SC=ACTCCTCCACGTCCTCTGAAG;SOR=1.528;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=3;TCR=13;TR=16;WE=47087678;WS=47087660;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	47097505	rs16995595	C	T	819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=9;PP=531;SC=CGGCTGCCACCGTGCGCATGC;SOR=1.681;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=30;TCF=21;TCR=9;TR=30;WE=47097513;WS=47097495;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chr22	47106800	rs135701	T	C	444.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=2;PP=250;SC=CAGAGAGGAGTGTGTGACTGC;SOR=2.049;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=47106808;WS=47106790;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	47134147	.	G	GGCGGGCT	1198.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.01;QD=44.40;SOR=1.101;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chr22	47185265	rs801606	G	T	4962.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=199;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=43;PP=2111;SC=CTCGTGATCCGCCCGCCTCGG;SOR=1.018;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=114;TCF=70;TCR=44;TR=112;WE=47185273;WS=47185255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,189:1.00:189
chr22	47274638	rs131869	C	T	377.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.020;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.982;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.271;SOR=0.512;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:46,24:0.34:70
chr22	47307926	rs368455421	C	T	1909.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;BaseQRankSum=-1.118;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.671;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=35;NR=18;PP=838;ReadPosRankSum=1.757;SC=AAAGTTTCTGCCATGTTTACT;SOR=0.586;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=85;TCF=58;TCR=27;TR=53;WE=47307934;WS=47307916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:51,87:0.63:138
chr22	47311404	rs738935	A	T	476.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;BaseQRankSum=2.333;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=8;PP=237;ReadPosRankSum=2.644;SC=TGCAGCTGCCAGTGGCACTAG;SOR=0.666;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=64;TCF=33;TCR=31;TR=18;WE=47311412;WS=47311394;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:71,28:0.28:99
chr22	47857645	rs71315190	GT	G	292.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.771;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.96;MQRankSum=0.904;QD=4.37;ReadPosRankSum=0.478;SOR=0.687;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,29:0.43:67
chr22	47857657	rs34778937	T	A	33.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.364;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=1.293;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.95;MQRankSum=0.497;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.160;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,12:0.18:67
chr22	47859199	rs2294230	C	T	1093.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.31;SOR=0.829;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	48023241	rs8137874	G	T	2023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=16;PP=801;SC=TGCAGAAGTGGGTCTGGCCCA;SOR=1.003;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=28;TCR=16;TR=44;WE=48023249;WS=48023231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chr22	48896580	rs10460766	G	A	300.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=10;NR=2;PP=147;ReadPosRankSum=0.551;SC=CCAGCCTGCCGTCGCCGCCTC;SOR=1.042;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=29;TCF=23;TCR=6;TR=12;WE=48896588;WS=48896570;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chr22	48896933	rs8137750	C	T	399.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=0.720;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.345;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=4;NR=11;PP=216;ReadPosRankSum=1.073;SC=CTGCCTTTCTCGGGCTGTGAG;SOR=0.452;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=10;TCR=25;TR=15;WE=48896941;WS=48896923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:21,20:0.49:41
chr22	48972536	rs147114256	C	G	538.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.12;BaseQRankSum=5.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=20;PP=389;ReadPosRankSum=-0.311;SC=GCCGGCGGCGCGACCCTACCA;SOR=0.831;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=52;TCF=2;TCR=50;TR=20;WE=48972544;WS=48972526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,22:0.42:52
chr22	49042294	rs9617472	C	T	343.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-2.830;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=9;NR=3;PP=98;ReadPosRankSum=0.506;SC=GAAGCGGTCTCCCTGCCCTGT;SOR=0.527;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=36;TCF=25;TCR=11;TR=12;WE=49042302;WS=49042284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:29,20:0.41:49
chr22	49103380	rs130147	A	G	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=1;PP=449;SC=CCCTGGGCCCAGTGTCCCTGT;SOR=4.712;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=23;TCF=21;TCR=2;TR=22;WE=49103388;WS=49103370;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	49103396	rs5771990	G	A	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.585;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=3.510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.45;ReadPosRankSum=-1.181;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,6:0.25:24
chr22	49103660	rs132234	T	C	3158.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=77;PP=1759;SC=CACCACGGTATGTGGCCCTCG;SOR=1.788;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=109;TCF=32;TCR=77;TR=109;WE=49103668;WS=49103650;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,124:1.00:124
chr22	49667985	rs7289562	G	A	1970.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=30;NR=20;PP=866;SC=GAAAGTCCCCGGGCAAACAGG;SOR=1.040;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=50;TCF=30;TCR=20;TR=50;WE=49667993;WS=49667975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chr22	49668188	rs2688112	T	C	554.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=15;PP=339;SC=CCAGGCTAGATGCAATTTAGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=49668196;WS=49668178;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	49834624	rs11705513	A	G	106.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.175;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=3.617;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.78;ReadPosRankSum=0.314;SOR=1.352;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:48,12:0.20:60
chr22	49834747	rs1016809	C	T	15509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=623;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=196;NR=134;PP=2965;SC=CTAGTACCGTCTCCTTCTCCC;SOR=0.916;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=334;TCF=197;TCR=137;TR=330;WE=49834755;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,612:1.00:612
chr22	49834931	rs9306540	G	C	2319.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.44;BaseQRankSum=-0.186;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=17;NR=62;PP=1533;ReadPosRankSum=1.943;SC=TGAAGTGGAGGAAAACAGAAT;SOR=0.665;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=112;TCF=23;TCR=89;TR=79;WE=49834939;WS=49834921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,95:0.69:137
chr22	49937236	rs28546641	C	T	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=18;PP=496;SC=CAAAGCAAGTCGCCAGCTGAG;SOR=1.236;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=49937244;WS=49937226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chr22	50277835	rs910796	T	C	7534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=282;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=118;NR=86;PP=2965;SC=AAAATGGCAGTGTGTCTGCCG;SOR=0.904;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=205;TCF=119;TCR=86;TR=204;WE=50277843;WS=50277814;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chr22	50277883	rs910797	A	G	10124.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=396;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=127;NR=118;PP=2965;SC=TGCTTCCACCACAGCCTGCGG;SOR=0.713;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=245;TCF=127;TCR=118;TR=245;WE=50277891;WS=50277873;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,396:1.00:396
chr22	50278438	rs910798	A	G	9292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=377;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=105;NR=111;PP=2965;SC=CCTCGTCTCCAGTAAAGCCGG;SOR=0.721;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=216;TCF=105;TCR=111;TR=216;WE=50278446;WS=50278428;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,363:1.00:363
chr22	50278568	rs910799	A	G	6075.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=73;NR=75;PP=2798;SC=TTCCGATGACATAGGGGAGGC;SOR=0.763;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=149;TCF=73;TCR=76;TR=148;WE=50278576;WS=50278558;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,234:1.00:234
chr22	50278642	rs910800	C	T	6972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=90;NR=87;PP=2965;SC=TTGAATCTGGCGCCATCTTCC;SOR=0.740;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=178;TCF=91;TCR=87;TR=177;WE=50278650;WS=50278632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,262:1.00:262
chr22	50280136	rs5770755	T	C	13142.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=519;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=134;NR=193;PP=2965;SC=CCTTCGAGGCTGCGAGCCGGG;SOR=0.958;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=327;TCF=134;TCR=193;TR=327;WE=50280144;WS=50280126;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,506:1.00:506
chr22	50354819	rs11541025	C	A	1368.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=17;PP=806;SC=AGGTGGGCGCCGTGCTGGGTA;SOR=0.859;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=38;TCF=21;TCR=17;TR=38;WE=50354827;WS=50354809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chr22	50435480	rs5771069	A	G	2118.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=34;NR=24;PP=1072;SC=GGAAGGCAAAAGCAGGGGCGG;SOR=1.096;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=58;TCF=34;TCR=24;TR=58;WE=50435488;WS=50435470;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chr22	50436846	rs79102851	G	GTCC	2751.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=39;PP=1998;SC=GTCCAGCGCAGTCCTATGGGT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=43;TCF=0;TCR=43;TR=39;WE=50436854;WS=50436836;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	50439430	rs137845	A	G	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=9;PP=460;SC=AGGCCGCCCAAGGTTTGATGG;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=22;TCF=13;TCR=9;TR=22;WE=50439438;WS=50439420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chr22	50439755	rs137846	G	GCA	546.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=529;SC=CCCTGGGGCTGCAGTCTTTGC;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=50439763;WS=50439745;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	50468907	rs738333	C	G	643.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=5;PP=353;SC=GTCTTCAGGCCCCGCAGCACA;SOR=1.358;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=50468915;WS=50468897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	50471620	rs5845912	AC	A	4410.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=34;PP=2202;SC=CAGGTCGCCCACCGCACTGAC;SOR=0.968;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=56;TCF=22;TCR=34;TR=54;WE=50471628;WS=50471610;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chr22	50479856	rs9617137	A	C	705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=13;PP=500;SC=GACAGACACCACAATACTCAA;SOR=1.270;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=20;WE=50479864;WS=50479846;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	50480108	rs9628315	C	T	4642.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=180;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=60;NR=50;PP=2049;SC=GTGAGGTCCTCCACGGCATCT;SOR=0.837;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=111;TCF=61;TCR=50;TR=110;WE=50480116;WS=50480098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,176:1.00:176
chr22	50483850	rs8138121	T	C	3862.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=23;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=45;NR=52;PP=1706;SC=GCCCTATCTGTCCGAGCCAGG;SOR=0.970;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=46;TCR=53;TR=97;WE=50483858;WS=50483840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chr22	50483889	rs8137790	A	G	2430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=52;PP=1566;SC=GGCCAGGGCCACGGAGGCTCC;SOR=1.770;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=79;TCF=27;TCR=52;TR=78;WE=50483897;WS=50483879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chr22	50483926	rs8138277	T	C	1481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=39;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=37;PP=1166;SC=CCCGCCCTCATAGCCGATGGG;SOR=3.126;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=7;TCR=37;TR=44;WE=50483934;WS=50483916;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	50485793	rs137906	T	C	1771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=30;PP=722;SC=TGGGATGGAGTGAGGCAACCA;SOR=1.451;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=40;TCF=10;TCR=30;TR=39;WE=50485801;WS=50485783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	50487567	rs137911	T	C	397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=245;SC=GGCTTTGCCCTCGCCGGGCTG;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=50487575;WS=50487557;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chr22	50488804	rs137913	CT	C	186.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=13.34;ReadPosRankSum=1.036;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chr22	50499964	rs137919	T	C	1302.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=10;PP=777;SC=TGCGTTTCCATGCTTGGGGCC;SOR=2.030;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=44;TCF=34;TCR=10;TR=42;WE=50499972;WS=50499954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	50518723	rs79301	A	G	3219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=48;NR=28;PP=1340;SC=ACTGTCTGTCAGCCCCTCCGG;SOR=1.051;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=77;TCF=48;TCR=29;TR=76;WE=50518731;WS=50518713;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,128:1.00:128
chr22	50530651	rs738490	G	A	1832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=37;PP=1100;SC=GTTTTTCTTCGCCACGGGACT;SOR=1.508;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=17;TCR=37;TR=54;WE=50530659;WS=50530641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chr22	50547247	rs138217	A	G	2296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=33;PP=1039;SC=TCTGGAGGGCACTTTGTATGA;SOR=1.030;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=55;TCF=21;TCR=34;TR=54;WE=50547255;WS=50547237;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chr22	50555486	rs126241	G	C	337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=1;PP=236;SC=CTAAAGATGAGTCTTAACTCT;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=50555494;WS=50555476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	50555619	rs138222	C	T	2739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=105;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=31;PP=1222;SC=TCCTTTTGCTCTGTTTTTCCG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=63;TCF=32;TCR=31;TR=63;WE=50555627;WS=50555609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chr22	50555686	rs760749	A	C	2497.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=36;PP=1228;SC=GGAGTCACTAATTGCTGCGCG;SOR=0.924;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=62;TCF=26;TCR=36;TR=61;WE=50555694;WS=50555676;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chr22	50563708	rs2272833	C	T	1294.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=32;NR=12;PP=818;SC=ATCGCCCCACCTGGGGGGCCA;SOR=2.030;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=32;TCR=12;TR=44;WE=50563716;WS=50563698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	50564413	rs138242	A	G	192.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=6;NR=1;PP=142;SC=AGTAGAGATGAGGTTTCGCCG;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=50564421;WS=50564403;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	50564535	rs5771077	T	C	2000.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=32;NR=9;PP=967;SC=CCCAGTAACGTTTTATTGAAC;SOR=1.483;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=32;TCR=9;TR=41;WE=50564543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	50572406	rs3736686	A	G	5675.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=221;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=84;NR=69;PP=2700;SC=ATGTAAGGTTAGTTATTTTAT;SOR=0.817;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=153;TCF=84;TCR=69;TR=153;WE=50572414;WS=50572396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,221:1.00:221
chr22	50580699	rs9617102	C	T	388.18	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.05;BaseQRankSum=-1.934;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=14;PP=319;ReadPosRankSum=-0.446;SC=AGTGGGCTCTCATGCAGAAGG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=15;TCF=0;TCR=15;TR=14;WE=50580707;WS=50580689;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,14:0.93:15
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chr22	50582626	rs2272837	A	G	4833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.94;SOR=1.220;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
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chr22	50584201	rs2272838	A	C	1821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=23;PP=674;SC=TCATCACCACATGCAGCAGCT;SOR=0.869;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=17;TCR=23;TR=40;WE=50584209;WS=50584191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chr22	50585442	rs4838811	C	G	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.08;SOR=0.776;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	50585595	rs4838851	G	A	372.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=8;PP=166;SC=GGAGGAGGTGGCCGGCCAGGG;SOR=2.494;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=50585603;WS=50585585;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chr22	50585626	rs4838852	A	G	227.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=114;SC=TCTCAGAGGCACTCTGTGCAG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=50585634;WS=50585616;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	50588153	rs2272840	G	A	1637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=33;PP=950;SC=GGTAAGTCCCGACTACTGTGT;SOR=1.355;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=15;TCR=33;TR=48;WE=50588161;WS=50588143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	50596318	rs34785258	C	CATT	277.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=5;NR=2;PP=315;SC=GCCATTTCATCATTTAACATA;SOR=2.584;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=7;WE=50596326;WS=50596317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	50599466	rs2272843	C	A	2526.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=27;NR=41;PP=1337;SC=TTACCTCCTGCACTGCAGTCT;SOR=1.053;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=68;TCF=27;TCR=41;TR=68;WE=50599474;WS=50599456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	50616656	rs7286904	T	C	1199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=32;PP=1080;SC=CGCCCGCCCCTGACAAGAAGC;SOR=2.833;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=5;TCR=32;TR=37;WE=50616664;WS=50616646;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chr22	50632869	rs4838813	C	T	5107.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=204;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.29;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,202:1.00:202
chr22	50637597	rs8238	G	C	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=30;NR=33;PP=1150;SC=TCCAAAGGGAGAGAATTCGTG;SOR=0.788;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=64;TCF=31;TCR=33;TR=63;WE=50637605;WS=50637587;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chr22	50646859	.	C	CA	155.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.579;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=1.397;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.46;MQRankSum=1.675;QD=3.54;ReadPosRankSum=-0.838;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:27,17:0.39:44
chr22	50656096	rs2038050	A	G	6718.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=273;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=69;NR=89;PP=2965;SC=CTCAGCCCCCACCCAGGAGAG;SOR=0.956;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=161;TCF=71;TCR=90;TR=158;WE=50656104;WS=50656086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,263:1.00:263
chr22	50657010	rs4838864	C	G	6486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=253;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=66;NR=77;PP=2658;SC=TACTTGCTCACGCAGCCCTCG;SOR=0.819;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=145;TCF=67;TCR=78;TR=143;WE=50657018;WS=50657000;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,251:1.00:251
chr22	50658053	rs6537642	A	G	3060.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=117;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=34;PP=1609;SC=CTCCCTGCCAACAGCAACTGC;SOR=0.984;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=82;TCF=48;TCR=34;TR=82;WE=50658061;WS=50658043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chr22	50660137	rs34455105	G	A	4081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=165;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=43;NR=41;PP=1584;SC=GGCCCCCTCCGCCTGCTGCAG;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=85;TCF=44;TCR=41;TR=84;WE=50660145;WS=50660127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,163:1.00:163
chr22	50682046	.	C	CA	767.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.65;SOR=2.448;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chr22	50682064	rs57495517	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.841;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.23;MQRankSum=0.436;QD=24.63;ReadPosRankSum=0.158;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,21:0.95:22
chr22	50684296	rs13058062	T	C	4020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=44;NR=39;PP=1752;SC=ACTGGTCCTTTCCCTCGTCCC;SOR=0.747;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=44;TCR=39;TR=83;WE=50684304;WS=50684286;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr22	50684708	rs2294404	G	A	2856.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.255;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQRankSum=0.000;NF=56;NR=35;PP=1743;ReadPosRankSum=-0.691;SC=CTGCCTTGCCGCGTGGCATGG;SOR=0.469;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=92;TCF=57;TCR=35;TR=91;WE=50684716;WS=50684698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,105:0.99:106
chr22	50685508	rs4838866	A	G	484.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.08;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	50687655	rs3830749	A	AG	145.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.80;QD=24.30;SOR=3.912;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chr22	50688235	rs738334	T	C	1133.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=14;PP=482;SC=CCTCCTGCGCTGCCCCTTGCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=50688243;WS=50688225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	50688348	rs1555048	A	G	2487.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=19;PP=1020;SC=TGTTGAACACACAGAACCCGT;SOR=0.947;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=31;TCR=19;TR=50;WE=50688356;WS=50688338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	50689030	rs909688	A	G	1169.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=26;PP=662;SC=CCTGGGATTCATGGTGGGAGT;SOR=1.230;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=7;TCR=26;TR=33;WE=50689038;WS=50689020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	50693479	rs5771281	A	G	2824.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=64;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=39;NR=11;PP=995;SC=CAGGGCCCACAGGGTCCACAC;SOR=2.093;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=51;TCF=39;TCR=12;TR=50;WE=50693487;WS=50693469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	50693521	rs5771282	C	T	5911.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=128;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=22;PP=1493;SC=ACTCACGGGTCCACACAGGCC;SOR=1.311;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=50;TCR=22;TR=72;WE=50693546;WS=50693511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	50693534	rs6010218	A	G	7534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.82;QD=47.69;SOR=1.215;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,158:1.00:158
chr22	50693538	rs6010219	G	A	7897.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.83;QD=45.13;SOR=1.238;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,175:1.00:175
chr22	50693554	rs6010220	A	G	8756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=227;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=49;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=75;NR=42;PP=2134;SC=CCCAACTCACAGGTCCACACA;SOR=1.122;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=120;TCF=77;TCR=43;TR=117;WE=50693562;WS=50693544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chr22	50694297	rs1129880	A	G	4694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=189;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=33;NR=57;PP=1869;SC=TGCAGCCCACAGACCAGATGT;SOR=1.130;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=91;TCF=34;TCR=57;TR=90;WE=50694305;WS=50694287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,184:1.00:184
chr22	50695270	rs5771284	A	C	1258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.36;SOR=1.203;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
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chr22	50699487	rs2272856	G	C	671.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=4;PP=405;SC=ACCCCCGCCCGGCCCCACAGC;SOR=1.609;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=20;TCF=16;TCR=4;TR=19;WE=50699495;WS=50699479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chr22	50699668	rs2272857	A	G	3879.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=42;PP=1412;SC=CGGACTGGAAAGGCCGATACA;SOR=0.720;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=78;TCF=35;TCR=43;TR=77;WE=50699676;WS=50699658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr22	50703572	rs10626765	C	CAG	3793.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=43;PP=2957;SC=AGCCTCAGCACAGTCTGGGAG;SOR=1.312;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=16;TCR=45;TR=58;WE=50703580;WS=50703562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chr22	50704661	rs2076139	T	C	3317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=134;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.13;SOR=0.854;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chr22	50705059	rs742185	A	G	13161.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=0.662;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=509;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=150;NR=139;PP=2965;ReadPosRankSum=-0.266;SC=GGGCGAGGGGACCTCCATCAG;SOR=0.726;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=293;TCF=152;TCR=141;TR=289;WE=50705067;WS=50705049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,496:1.00:498
chr22	50705304	rs760747	C	T	8609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.546;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=339;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=104;NR=104;PP=2965;ReadPosRankSum=2.053;SC=GCATGCAGAGCCAGTCGAGGG;SOR=0.223;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=208;TCF=104;TCR=104;TR=208;WE=50705312;WS=50705294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,326:1.00:327
chr22	50705466	rs760748	A	G	6978.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=72;NR=85;PP=2965;SC=GCGCCAGCCCAAAATCCAGGA;SOR=0.802;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=72;TCR=85;TR=157;WE=50705474;WS=50705456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,268:1.00:268
chr22	50713866	rs1042979	G	C	2268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=22;NR=24;PP=714;SC=TCAAATCACTGGAGACTCGAC;SOR=0.738;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=50713874;WS=50713856;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chr22	50714289	rs5771118	T	C	5028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=200;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.27;SOR=0.901;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,199:1.00:199
chr22	50714491	rs6010224	A	C	467.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=11;PP=345;SC=CTCCCCGGGGAAGCAGCTGGG;SOR=1.609;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=16;WE=50714499;WS=50714481;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chr22	50715029	rs5771119	T	C	3818.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=50;NR=29;PP=1255;SC=CGGGGAGGGCTGTGGGTGCGT;SOR=1.007;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=50;TCR=29;TR=79;WE=50715037;WS=50715019;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,151:1.00:151
chr22	50752769	rs117100828	C	T	7780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.381;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=304;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.171;HP=4;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=60;NR=75;PP=2639;ReadPosRankSum=1.833;SC=GGCTCTGAGGCGGCCCCACAC;SOR=0.351;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=136;TCF=61;TCR=75;TR=135;WE=50752777;WS=50752759;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,302:1.00:303
chr22	50757348	rs62241232	G	A	3723.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=143;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=50;NR=39;PP=1778;SC=GGTGAGGGCCGACCCACTCCT;SOR=0.842;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=50;TCR=39;TR=89;WE=50757356;WS=50757338;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chr22	50873497	rs1134848	C	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=11;PP=272;SC=CGCACATCAGCGAGGTCATCC;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=50873505;WS=50873487;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chr22	50874893	rs13054572	C	T	3101.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=39;PP=1240;SC=TGAGGAGGCTCGGGGCTGCCC;SOR=0.874;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=68;TCF=29;TCR=39;TR=68;WE=50874901;WS=50874883;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chr22	50876077	rs9306550	T	C	3652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=39;PP=1693;SC=CGGCTCTCCCTGCTGCTGAGC;SOR=0.781;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=86;TCF=47;TCR=39;TR=86;WE=50876085;WS=50876067;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chr22	50876235	rs5770779	T	C	9156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=364;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=113;NR=83;PP=2965;SC=GCAGTGGGCCTGGAGGAACGC;SOR=0.870;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=196;TCF=113;TCR=83;TR=196;WE=50876243;WS=50876225;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,353:1.00:353
chr22	50876357	rs5770890	C	G	7525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=303;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=86;NR=112;PP=2965;SC=TGTGGGGTGCCGCCACCCTTT;SOR=0.935;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=200;TCF=88;TCR=112;TR=198;WE=50876365;WS=50876347;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,292:1.00:292
chr22	50876526	rs11091018	C	G	1853.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=31;NR=23;PP=1132;SC=CTAAGCCCCTCTGGGAGCTCT;SOR=0.814;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=32;TCR=23;TR=54;WE=50876534;WS=50876516;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	50877166	rs4824131	G	C	3103.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=37;PP=1256;SC=AGAAGGAAGCGCCCCCTGTGG;SOR=0.856;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=62;TCF=25;TCR=37;TR=62;WE=50877174;WS=50877156;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chr22	50878196	rs13057311	G	A	4286.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.302;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=167;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=64;NR=48;PP=2053;ReadPosRankSum=2.094;SC=GGAGTGGTGAGGGACGTGGGT;SOR=0.277;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=114;TCF=65;TCR=49;TR=112;WE=50878204;WS=50878186;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,162:0.99:163
chr22	50882590	rs6010031	G	A	7354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=283;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=100;NR=74;PP=2965;SC=GACAGGGCCCGCAGCCCGCAC;SOR=0.895;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=174;TCF=100;TCR=74;TR=174;WE=50882598;WS=50882580;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,280:1.00:280
chr22	50882752	rs59017944	CT	C	1265.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=-1.261;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.607;HP=13;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.289;NF=0;NR=46;PP=582;ReadPosRankSum=-0.288;SC=GTGATGCAATCTTTTTTTTTT;SOR=0.252;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=74;TCF=1;TCR=73;TR=46;WE=50882761;WS=50882742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,68:0.96:71
chr22	50921694	rs2236031	C	T	3555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=38;NR=58;PP=2017;SC=AGAGGCTGAACTGGCCAGAAG;SOR=1.085;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=96;TCF=38;TCR=58;TR=96;WE=50921702;WS=50921684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chr22	50925672	rs2232878	T	C	1602.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.85;SOR=1.057;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chr22	50927447	.	C	CGTCCCTCTT	5408.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=23;PP=1143;SC=CATGGCCTCCCGTCCCTCCTG;SOR=1.480;SbPval=0.4;Source=Platypus;TC=57;TCF=33;TCR=24;TR=50;WE=50927455;WS=50927437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chr22	50941985	rs6009975	T	C	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=26;PP=979;SC=CTAGCAGGGCTTGCACAAATC;SOR=0.760;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=48;TCF=22;TCR=26;TR=48;WE=50941993;WS=50941975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chr22	50942703	.	A	ACCCC	95	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;FR=1.0000;HP=7;HapScore=3;MGOF=27;MMLQ=24;MQ=51.37;NF=5;NR=3;PP=95;QD=15.0;SC=CGGGCTCCACACCCCCCGGTG;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=50942711;WS=50942693;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	50957520	rs3091397	G	A	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.48;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chr22	50957598	rs45499897	A	G	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=7;PP=405;SC=GGAGCTGATCACTCTCTTGCT;SOR=1.077;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=50957606;WS=50957588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chr22	50960101	rs131814	G	A	6877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=299;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=106;NR=81;PP=2965;SC=GGCATGAGGTGGGGGGGTGGG;SOR=0.970;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=192;TCF=107;TCR=85;TR=187;WE=50960109;WS=50960091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,283:1.00:283
chr22	50961169	rs131813	A	G	2501.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.33;SOR=1.489;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chr22	50961854	rs2782	T	C	1078.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=29;PP=714;SC=AGGAGCCGTGTGTCTGCTCCT;SOR=2.670;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=36;TCF=6;TCR=30;TR=35;WE=50961862;WS=50961844;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chr22	50962208	rs12148	T	G	4291.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=170;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=56;NR=43;PP=1774;SC=CCTTGGGGCCTGCATTGTAGT;SOR=0.861;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=99;TCF=56;TCR=43;TR=99;WE=50962216;WS=50962198;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,165:1.00:165
chr22	50962782	rs140523	C	G	3632.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=146;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=77;NR=34;PP=2117;SC=AGGGAGGACCCGAGGCTTGAG;SOR=1.448;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=113;TCF=78;TCR=35;TR=111;WE=50962790;WS=50962772;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chr22	50964153	rs131805	T	C	1172.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=13;PP=628;SC=CCCTGGATCCTTCCGCTCCCG;SOR=1.280;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=36;WE=50964161;WS=50964143;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chr22	50964255	rs112723255	C	T	1630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=12;NR=18;PP=518;SC=GCGAATGGCGCGCGGTCGGAG;SOR=0.854;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=30;TCF=12;TCR=18;TR=30;WE=50964263;WS=50964245;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chr22	50964862	rs131804	G	A	757.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=6;PP=344;SC=CAGCGCCCTGGGCCTGAGTCC;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=17;WE=50964870;WS=50964852;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chr22	50966197	.	CTTTTTT	C	1393.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.250;ClippingRankSum=0.000;DP=106;ExcessHet=3.0103;FS=14.474;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=29.65;ReadPosRankSum=2.778;SOR=0.790;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:4,43:0.91:47
chr22	50966914	rs470119	T	C	2705.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.017;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=108;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=33;NR=33;PP=1377;ReadPosRankSum=-0.664;SC=CAACCTGGATTAATGACTGAT;SOR=0.223;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=33;TCR=34;TR=66;WE=50966922;WS=50966904;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,102:0.99:103
chr22	50968826	.	CAG	C	291.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;ClippingRankSum=0.000;DP=182;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.70;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:148,24:0.14:172
chr22	50987843	rs61746062	C	T	8696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=330;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=85;NR=108;PP=2965;SC=AATGCCTGTACAGCATGGAGT;SOR=0.803;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=193;TCF=85;TCR=108;TR=193;WE=50987851;WS=50987833;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,325:1.00:325
chr22	50988193	rs131779	A	G	5326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=249;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=103;PP=2965;SC=GCCCCACTGCACTGCACCACC;SOR=2.753;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=135;TCF=31;TCR=104;TR=132;WE=50988201;WS=50988183;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chr22	50989537	rs41281531	G	A	579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=0;PP=350;SC=AGAGGTCCTCGGGCTGTGCTT;SOR=3.716;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=14;TCR=0;TR=14;WE=50989545;WS=50989527;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	51010788	rs131761	T	A	1772.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=27;PP=873;SC=TGTCCAGAGGTGCCTGACCTG;SOR=1.092;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=40;TCF=13;TCR=27;TR=40;WE=51010796;WS=51010778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chr22	51040134	rs9616878	C	G	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=5;NR=1;PP=144;SC=TAGGAGCTGACGCCTCCCTCT;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=5;TCR=1;TR=6;WE=51040142;WS=51040127;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	51040387	rs12169357	G	C	1104.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.11;SOR=0.990;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chr22	51040413	rs74937467	T	A	831.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.21;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chr22	51040430	rs12168113	C	T	647.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.04;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=45;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=16;PP=443;SC=AGCCTTGAACCGGGGACTCCT;SOR=1.519;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=51040438;WS=51040420;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	51041570	rs10439940	C	G	3232.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=127;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=34;PP=1640;SC=TGATGCTCCCCGATTTCCCTT;SOR=0.998;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=86;TCF=52;TCR=34;TR=86;WE=51041578;WS=51041560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
chr22	51042513	rs140511	C	CG	3797.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.21;QD=39.56;SOR=0.870;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chr22	51043617	rs41282363	C	T	708.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=14;PP=525;SC=GGGCTGGGTGCCCTCTCCCAC;SOR=1.270;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=51043625;WS=51043607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chr22	51043635	rs79047750	A	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.09;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=9;PP=471;SC=CACCCAGGACATGGCATGAGG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=11;TCR=9;TR=20;WE=51043643;WS=51043625;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chr22	51044907	rs73445585	T	C	606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=2;PP=476;SC=TTGCTCCTCCTGAGCCTGAGG;SOR=3.716;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=21;TCF=19;TCR=2;TR=21;WE=51044915;WS=51044897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chr22	51045190	rs1140555	C	T	3567.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=46;NR=56;PP=2008;SC=GAGGAGGGCCCGAGGTGGGAG;SOR=0.833;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=107;TCF=46;TCR=61;TR=102;WE=51045198;WS=51045180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chr22	51045230	rs75465264	G	T	2555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=6.431;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.08;ReadPosRankSum=-1.115;SOR=0.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,96:0.98:98
chr22	51045433	rs131736	C	T	3895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=42;NR=55;PP=1696;SC=AGAGTCTGACCGTCCCCGAGT;SOR=1.097;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=98;TCF=43;TCR=55;TR=97;WE=51045441;WS=51045423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,150:1.00:150
chr22	51048781	rs5770941	T	G	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=44;PP=1177;SC=GGGTGCAGGGTTACGGAGGTG;SOR=1.542;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=65;TCF=20;TCR=45;TR=64;WE=51048789;WS=51048771;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chr22	51063610	rs6151428	C	T	1434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=28;NR=14;PP=778;SC=GCAAGCTGGGCGGGGGGTGCA;SOR=1.371;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=28;TCR=14;TR=42;WE=51063618;WS=51063600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chr22	51063987	rs762674	G	C	4615.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=184;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.50;SOR=0.950;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,181:1.00:181
chr22	51064039	rs743616	G	C	7371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=285;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.04;QD=25.96;SOR=0.827;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,284:1.00:284
chr22	51064141	rs762673	G	A	2821.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=113;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=31;NR=56;PP=1546;SC=ACGGGGCGGGGCAGGCCCCAA;SOR=1.220;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=87;TCF=31;TCR=56;TR=87;WE=51064149;WS=51064131;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,110:1.00:110
chr22	51064169	rs873697	G	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=47;PP=1422;SC=ACATACCTGGGGCTGCCAGCC;SOR=1.965;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=64;TCF=17;TCR=47;TR=64;WE=51064177;WS=51064159;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chr22	51064416	rs2071421	T	C	1274.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=14;PP=650;SC=CAAGGTGACATTGGGCAGTGG;SOR=0.818;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=51064424;WS=51064406;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chr22	51064818	rs762672	T	C	794.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=19;PP=518;SC=GTGCCCAGCATGAGCCCGGCA;SOR=2.303;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=23;WE=51064826;WS=51064808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chr22	51064915	rs6151419	G	A	614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=5;PP=340;SC=GCATCTCCTGGCACCCCCTCA;SOR=1.329;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=51064923;WS=51064910;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chr22	51065600	rs6151412	G	A	3510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=144;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=47;NR=39;PP=1545;SC=CTACCTGGTCGTGGGAGTACG;SOR=0.883;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=88;TCF=47;TCR=41;TR=86;WE=51065608;WS=51065590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,136:1.00:136
chr22	51113801	rs34190400	C	CTGTG	258.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=72;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=21;NF=1;NR=3;PP=211;SC=GGGGTGGAGGCTGTGTGTGTG;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=4;WE=51113809;WS=51113791;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chr22	51133518	rs13055562	G	A	1707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=33;PP=962;SC=TGGGAGGGTGGGGTGCCGGGA;SOR=1.214;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=17;TCR=33;TR=50;WE=51133526;WS=51133508;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chr22	51135545	rs9616818	T	C	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.69;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=4;PP=158;SC=AGTGGAGGAGTGAGAGCTCAG;SOR=0.793;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=9;WE=51135553;WS=51135535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chr22	51135983	.	A	C	286.80	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=1;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=286.80;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,1:1.00:1
chr22	51135984	.	G	GGCCCCGGCCCCGCGCCCGGC	277.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=138.88;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chr22	51135986	.	T	C	324.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=46.40;SOR=4.174;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chr22	51135989	.	GTT	G	310.76	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.84;SOR=4.407;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chr22	51137249	rs1557620	T	C	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=34;NR=26;PP=1193;SC=ACCCCACGGCTCCCCGGGCAG;SOR=0.766;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=34;TCR=26;TR=60;WE=51137257;WS=51137239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chr22	51182485	rs6009961	A	G	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=25;PP=1416;SC=TGGTCTGACTATAGCCCCCAG;SOR=1.029;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=51182493;WS=51182475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	2700157	rs5939319	G	A	1548.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=25;PP=774;SC=CGAGAATCCCGACAGCGGTGG;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=17;TCR=25;TR=42;WE=2700165;WS=2700147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	2700202	rs5939320	A	G	707.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=8;NR=15;PP=411;SC=CTCTTTCTCAATCTGGTTTGA;SOR=1.528;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=8;TCR=15;TR=23;WE=2700210;WS=2700192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	2715425	rs4484858	A	G	950.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.41;SOR=1.547;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	2724760	rs3749988	T	C	1298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=26;NR=15;PP=785;SC=GGCTATAGACTCAACTCTCGT;SOR=1.132;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=2724768;WS=2724750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	2726396	rs6567645	A	G	509.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=12;PP=345;SC=GTATGTATATAAAGTAGCTCC;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=2726404;WS=2726386;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	2729540	rs11439714	T	TA	545	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=0.139;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=1.873;HP=11;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=18;PP=314;ReadPosRankSum=0.180;SC=AAGCCTGATTTAAAAAAAAAA;SOR=1.473;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=23;TCF=2;TCR=21;TR=19;WE=2729548;WS=2729530;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:6,32:0.84:38
chrX	2732166	rs5939337	A	T	39.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=23;SC=TCTTTTTTTTAAAATAGATTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=2732174;WS=2732161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	2732356	rs34201156	C	CT	124.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.4;BaseQRankSum=-1.364;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=2.115;HP=10;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=30;ReadPosRankSum=-0.411;SC=TTTAATAAGACTTTTTTTTTT;SOR=1.309;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=3;WE=2732364;WS=2732346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:7,9:0.56:16
chrX	2748051	rs57068689	T	C	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=12;PP=742;SC=GGGGTGACACTGGCGGGGCCT;SOR=1.314;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=25;TCR=12;TR=37;WE=2748059;WS=2748041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	2748253	rs6642032	G	C	2796.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=109;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQ=59.84;NF=25;NR=43;PP=1267;SC=AGCTCAAGCTGCTTCAGTTCA;SOR=1.098;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=25;TCR=44;TR=68;WE=2748261;WS=2748243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chrX	2748292	rs6641656	C	G	1366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=35;PP=1029;SC=GCTTGGGTGACAGATTGGTCT;SOR=2.511;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=43;TCF=8;TCR=35;TR=42;WE=2748300;WS=2748282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	2774478	rs5939132	A	G	1974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=25;NR=15;PP=644;SC=CACATCTCGCATTCTTGGAGT;SOR=1.003;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=40;WE=2774486;WS=2774468;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	2774700	rs5939133	T	G	388.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=9;PP=247;SC=CTGCCAGATCTGCCACTACCG;SOR=1.244;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=4;TCR=9;TR=13;WE=2774708;WS=2774690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	2777985	rs2306734	C	T	2181.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=27;NR=28;PP=988;SC=CAAGGCTCAGCGTCCAGCAGC;SOR=0.815;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=56;TCF=28;TCR=28;TR=55;WE=2777993;WS=2777975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	2779570	rs2306735	A	G	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=310;SC=CAGCTTTGCCACAGTGATGTG;SOR=1.802;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=2779578;WS=2779560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	2847133	rs3747394	A	G	847.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=12;NR=13;PP=426;SC=TACATTTTGGAGACTACAAGG;SOR=0.752;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=25;TCF=12;TCR=13;TR=25;WE=2847141;WS=2847123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	2847157	rs3747395	C	G	1085.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=12;NR=14;PP=477;SC=CGGACACAACCACGCCCTTTA;SOR=0.788;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=12;TCR=14;TR=26;WE=2847165;WS=2847147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	2852915	rs11055	C	T	117.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=2;PP=75;SC=AGAGGGGGAACGGGCCACAGC;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=2852923;WS=2852905;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	2852951	rs11222	G	A	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=192;SC=GTCTCCAGATGTTGCCCAGCC;SOR=1.179;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=2852959;WS=2852941;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	2856155	rs35143646	C	T	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=9;PP=452;SC=GGCACCTCGCCGCCCGCCAGC;SOR=1.347;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=19;TCR=9;TR=28;WE=2856163;WS=2856145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	2871011	rs211640	G	C	457.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=3;PP=272;SC=TATTTCTTGAGTATCTACTTT;SOR=2.303;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=11;TCR=3;TR=14;WE=2871019;WS=2871001;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
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chrX	2999171	rs45550436	G	A	165.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=73;SC=ATGTAAAGGCGCAGTGGCCCA;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=2999179;WS=2999161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	3190004	rs1726214	G	A	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=171;SC=CCGGGGCACCGGTAAATATTT;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=3190012;WS=3189994;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	3190161	.	A	AACACAC	201.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.78;QD=50.45;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
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chrX	3190297	rs1726211	C	T	3111.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=37;NR=28;PP=1086;SC=TTCATAGAGACTCCATTTCTC;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=65;TCF=37;TCR=28;TR=65;WE=3190305;WS=3190287;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chrX	3195109	rs1635207	C	T	1329.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=24;PP=656;SC=CTTGGACTTCCAGCCTCCAGA;SOR=1.390;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=33;WE=3195117;WS=3195099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	3228144	rs112101834	C	G	1987.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=27;NR=28;PP=914;SC=ACACCGAGGCCTCACGAACCG;SOR=0.798;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=55;TCF=27;TCR=28;TR=55;WE=3228152;WS=3228134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	3228411	rs1635233	G	A	1566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=28;PP=832;SC=GGTAGGCCCCGGCGTCCACCG;SOR=1.278;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=42;TCF=14;TCR=28;TR=42;WE=3228419;WS=3228401;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	3228891	rs1635235	A	G	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=36;NR=20;PP=992;SC=TCTCCCGCACAGTGGTGATGG;SOR=0.959;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=56;TCF=36;TCR=20;TR=56;WE=3228899;WS=3228881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	3235724	rs1635242	C	T	630.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=2;PP=319;SC=GTGATGCGGCCCTCCACGGGG;SOR=1.931;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=12;TCR=2;TR=14;WE=3235732;WS=3235714;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	3236028	rs5982697	C	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=11;PP=389;SC=TCCTGGTATTCGGAGTCATAA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=3236036;WS=3236018;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	3239545	rs1726199	C	T	494.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=7;PP=246;SC=AACAGGTATGCCTGTCTGTAG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=3239553;WS=3239535;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	3239979	rs3813167	G	A	929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=10;PP=544;SC=ACGCTCTTGAGCTCACTGTAG;SOR=1.244;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=27;TCF=17;TCR=10;TR=27;WE=3239987;WS=3239969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	3241256	rs5983119	T	C	1668.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=23;PP=914;SC=GGGGGAGAAATAGCAGGAAAA;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=3241264;WS=3241246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	3241317	rs1635249	T	C	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=24;PP=627;SC=TTTTAATCAATGGGGGTACTT;SOR=1.298;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=3241325;WS=3241307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	3539088	rs142326741	C	T	97.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=0;PP=71;SC=CCCAGTTTGACGTTGTGGGCC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=3539096;WS=3539086;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	3592725	rs10871864	G	A	3486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=137;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=38;NR=43;PP=1482;SC=GGATGACGTCGGGAATGCTCA;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=38;TCR=43;TR=81;WE=3592733;WS=3592715;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chrX	3592847	rs7880937	C	T	762.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=18;PP=499;SC=TTAAGTCTTCCGACAAAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=8;TCR=18;TR=26;WE=3592855;WS=3592837;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	3631167	rs3752362	A	G	1537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	7243304	rs4403552	G	A	984.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=17;NR=9;PP=415;SC=CATTGAGCACGAAAGAGTCCA;SOR=1.236;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=17;TCR=9;TR=26;WE=7243312;WS=7243294;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	7890215	rs1183732	C	T	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=8;PP=194;SC=ACTTGGGATTCTATAGACCCA;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=7890223;WS=7890205;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	8095173	rs1037521	T	A	734.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.49;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
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chrX	8138160	rs1058238	T	C	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;QD=45.99;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	8138165	rs1058237	C	G	781.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=58.45;QD=43.43;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	8138170	rs75657421	C	G	601.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.18;QD=60.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	8138171	rs78723459	T	C	601.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.18;QD=60.18;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	8138182	rs41305169	A	G	311.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=54.20;QD=38.97;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	8503641	rs809446	G	A	787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=5;PP=388;SC=CGGAAGGCAGGATCTGGGACT;SOR=1.255;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=8503649;WS=8503631;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
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chrX	8504833	rs808119	C	T	868.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.50;QD=24.82;SOR=1.308;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	9659490	rs67241809	A	G	365.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.13;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	9659766	rs2301675	G	A	3478.77	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=26;SC=GGATGTCAGGGTGGGGGGCGC;SOR=0.843;Source=Platypus;TCF=22;TR=48;WS=9659756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	9659767	rs3214138	T	TG	3469.73	.	AC=2;AF=1.00;ALERT;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=25;PP=962;SC=GATGTCAGGGTGGGGGGCGCT;SOR=0.843;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=31;TCF=4;TCR=27;TR=29;WE=9659775;WS=9659756;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	9659863	rs2301674	G	A	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=12;PP=296;SC=TTCTTACCCCGGTGTGTGGGC;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=9659871;WS=9659853;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	9661075	rs17255209	C	T	381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=33;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=3;PP=266;SC=TTAAAGAACACGCAGTGGCAA;SOR=2.303;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=15;TCF=12;TCR=3;TR=14;WE=9661083;WS=9661065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	9661110	rs3747431	C	G	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=32;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=7;PP=354;SC=CCTGGATCCTCGGAGAGGCTC;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=13;TCR=7;TR=20;WE=9661118;WS=9661100;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	9661165	rs3747430	G	T	1062.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=30;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=11;PP=493;SC=TTTTTGTGGGGTTTTGTCTCT;SOR=1.075;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=28;TCF=17;TCR=11;TR=28;WE=9661173;WS=9661155;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	9665368	rs2239411	C	A	406.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=6;PP=163;SC=AAAACTTTGCCAGAATAGTTA;SOR=1.061;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=9665376;WS=9665358;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	9665481	rs72612809	G	T	140.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.47;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	9677599	rs1006912	G	A	504.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=9;PP=368;SC=GTGCACCCCCGGGAGGAATGA;SOR=0.914;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=9677607;WS=9677589;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	9859098	rs6640543	A	G	2638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=42;NR=26;PP=1153;SC=CGGCCTCCCCATTCACCTCCA;SOR=1.056;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=68;WE=9859106;WS=9859088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	9859197	rs6640544	A	G	2888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=41;PP=1215;SC=AGCCTTCTGCAGGGAGCGCAC;SOR=1.042;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=67;TCF=25;TCR=42;TR=66;WE=9859205;WS=9859187;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chrX	9866085	rs2073943	T	C	287.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=7;NR=5;PP=154;SC=GAAGTGGACGTGGGGTCTTAT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=9866093;WS=9866075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	9866420	rs2073944	T	C	156.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=37;SC=CATGGCTAGATGTCTGGCTTT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=9866428;WS=9866410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	10047921	rs141531107	A	G	1461.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=15;NR=21;PP=660;SC=TGATTTTCCAATGCTAACTTC;SOR=0.877;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=15;TCR=21;TR=36;WE=10047929;WS=10047911;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	10153374	rs2073938	A	G	86.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=1;NR=3;PP=48;SC=TTGGCAGATCATTGTACTAGC;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=10153382;WS=10153364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	10450799	rs113847616	A	G	200.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=5;PP=104;SC=ATAGAGATATATCAAAATATG;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=10450807;WS=10450789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	11786839	rs2525868	T	C	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=8;PP=201;SC=ATGGTTCCTTTATTTGTGATT;SOR=0.990;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=11786847;WS=11786829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	12722616	rs4469660	C	G	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=21;NR=35;PP=1006;SC=TATCACATTTCCATCTTAAAA;SOR=1.022;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=21;TCR=35;TR=56;WE=12722624;WS=12722606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chrX	12725701	rs6641078	C	G	1061.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.54;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	12827261	rs17281523	T	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=130;SC=GTTGATTGCATCTATGATTTA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=12827269;WS=12827251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	12837558	rs5935399	C	T	136.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=1;PP=50;SC=GCTACATTCCCAAAATACAAC;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=12837566;WS=12837548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	12838934	rs917580	A	G	2162.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=36;PP=1226;SC=TACTGTCTATACACCAAAGGC;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=61;WE=12838942;WS=12838924;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chrX	12885578	rs2302267	T	G	710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=13;NR=4;PP=317;SC=ATGTAAACTTTGATGTCTTCT;SOR=1.528;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=12885586;WS=12885568;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	12937804	rs5744080	C	T	6034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=247;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.14;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,240:1.00:240
chrX	12939112	rs2407992	G	C	3216.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=40;NR=38;PP=1555;SC=TTAATAGGCTGAAGCACATCC;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=79;TCF=40;TCR=39;TR=78;WE=12939120;WS=12939102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chrX	12939412	rs3747414	C	A	5605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=212;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=67;NR=67;PP=2584;SC=TAAAAACAATCAACAAATCCG;SOR=0.703;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=135;TCF=67;TCR=68;TR=134;WE=12939420;WS=12939392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chrX	12939928	rs2109135	T	C	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=26;PP=932;SC=GGGATTGGGATCCGGGATTGG;SOR=0.804;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=49;TCF=23;TCR=26;TR=49;WE=12939936;WS=12939918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	13056654	rs4830483	T	C	380.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=4;NR=4;PP=135;SC=GTGATTAAAATTGGGTAAATT;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=13056662;WS=13056644;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	13337059	rs4830842	C	T	3040.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=43;NR=26;PP=1206;SC=CTGTACTGTGCCTTCACTGAT;SOR=0.973;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=43;TCR=26;TR=69;WE=13337067;WS=13337049;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chrX	13337115	rs17322143	C	T	3710.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=145;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=41;NR=40;PP=1480;SC=TTGTTGTTGGCCTTTCGTGTA;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=81;TCF=41;TCR=40;TR=81;WE=13337123;WS=13337105;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chrX	13607881	rs2885181	C	G	165.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=131;SC=GCCAGTGGATCTCTCAGGCAA;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=13607889;WS=13607871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	13734539	rs2285633	T	C	786.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=4;PP=525;SC=GAAACTTACATTTTCACCTGA;SOR=2.468;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=21;TCR=4;TR=25;WE=13734547;WS=13734529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
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chrX	14599572	rs2074211	A	G	770.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=17;PP=472;SC=CCATTTCTCCACTAATGTAGA;SOR=1.688;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=7;TCR=18;TR=24;WE=14599580;WS=14599562;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	14625399	rs377596384	C	CT	208.82	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.045;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=2.858;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.39;MQRankSum=0.641;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.675;SOR=1.492;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:3,13:0.81:16
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chrX	15333842	rs4830529	T	A	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	15353689	rs4830938	T	C	1653.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=31;PP=980;SC=TCCCTGCTGTTCCGCAGCACC;SOR=1.421;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=15;TCR=31;TR=46;WE=15353697;WS=15353679;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	15373247	.	T	TA	122.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.169;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.638;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,11:0.48:23
chrX	15408419	rs2317326	T	C	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=14;PP=295;SC=GGCTTATTTTTGAAGATCAAA;SOR=1.426;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=7;TCR=14;TR=21;WE=15408427;WS=15408409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	15408516	rs3833896	C	CA	38.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=24;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=2;PP=59;SC=TTCTGTGCAACACTCAATATA;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=15408524;WS=15408506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	15415583	rs8094	C	T	3591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=30;PP=1216;SC=TGTTCTCCACCTGGACACTGT;SOR=0.781;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=68;TCF=37;TCR=31;TR=66;WE=15415591;WS=15415573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chrX	15415780	rs3829989	C	T	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=11;PP=270;SC=CTTAGTAATTCCCTTGAATCT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=15415788;WS=15415770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	15498034	rs5935986	T	C	253.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=4;PP=140;SC=GCAAGCCTCATTGAAAACTAC;SOR=0.693;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=4;TCR=4;TR=8;WE=15498042;WS=15498024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	15552564	rs1877752	T	C	231.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.07;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	15552573	rs34879154	G	GA	222.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=43;SC=ATGAAAGTAGGAAAAAATCCT;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=2;WE=15552581;WS=15552563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	15554602	rs28505625	T	G	523.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.843;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.82;ReadPosRankSum=-0.788;SOR=0.582;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,23:0.96:24
chrX	15596143	rs113691336	C	CATAAG	727.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=2;PP=673;SC=ATATTTCCTACATAATAAATA;SOR=3.258;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=15596151;WS=15596133;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	15607650	rs971249	T	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=14;PP=362;SC=ACAAAATACATAGATTAGCCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=1;TCR=14;TR=15;WE=15607658;WS=15607640;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	15706830	rs4060	C	A	981.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=52.08;QD=26.53;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	15711209	rs1996225	C	T	972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=1.705;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=5.022;NF=12;NR=20;PP=574;ReadPosRankSum=-1.381;SC=CTTTAAATGACGTGTTGTATT;SOR=1.127;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=32;TCF=12;TCR=20;TR=32;WE=15711217;WS=15711199;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,42:0.91:46
chrX	15792527	rs4364812	T	A	466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=48.69;QD=25.93;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	15794815	rs5936050	G	A	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=14;NR=9;PP=428;SC=ATAATGACTCGGTTATCTCTT;SOR=1.044;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=15794823;WS=15794805;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	15800600	rs4830548	A	G	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=11;PP=544;SC=TTCTGTTTCTATTTCTAGCTT;SOR=1.055;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=21;TCR=11;TR=32;WE=15800608;WS=15800590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	15800751	rs1808	G	A	2383.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=34;NR=33;PP=1228;SC=ATGTACAAGCGAAACCCAAGC;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=15800759;WS=15800741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	15808795	rs4830994	T	C	327.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=7;PP=174;SC=TGGTGCGCGCTCTGGTGCCCT;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=15808803;WS=15808785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	15817963	rs5980192	A	G	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=6;PP=211;SC=GATTTGCAGCACTCAGTTTAA;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=15817971;WS=15817953;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	15822390	.	G	GT	74.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;ClippingRankSum=0.000;DP=57;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.74;ReadPosRankSum=0.384;SOR=0.929;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:32,11:0.26:43
chrX	15827524	rs5980193	T	G	371.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=9;PP=226;SC=GAGAGGCGCATGTTTCCATTT;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=15827532;WS=15827514;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	16608793	rs1527805	G	A	2064.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=0.412;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;MQRankSum=0.000;NF=34;NR=24;PP=938;ReadPosRankSum=-0.876;SC=CCTGTGAGGCGAGTCCTATAA;SOR=0.954;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=58;WE=16608801;WS=16608783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chrX	16871712	.	T	TA	176.74	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.696;ClippingRankSum=0.000;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,12:0.86:14
chrX	16873108	.	G	GT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.529;ClippingRankSum=0.000;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.39;ReadPosRankSum=-2.003;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:17,8:0.32:25
chrX	17705850	rs5901624	C	CT	4210.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=138;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=44;PP=2743;SC=CGCCCTGTTTCTTGTCTTGCA;SOR=0.833;SbPval=0.67;Source=Platypus;TC=66;TCF=21;TCR=45;TR=62;WE=17705858;WS=17705840;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chrX	17819377	rs6527818	T	C	1929.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=25;NR=22;PP=933;SC=CTCTGAGGCATCGGGATGGGG;SOR=0.776;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=49;TCF=25;TCR=24;TR=47;WE=17819385;WS=17819367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	18230715	rs17274127	A	C	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=14;NR=9;PP=433;SC=CTCTTTTTGGAAAATCCACTT;SOR=1.121;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=18230723;WS=18230705;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	18231907	rs45563640	C	T	143.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQ=61.78;NF=3;NR=3;PP=97;SC=GGCATGGTGGCGTGCGCCTGT;SOR=0.693;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=3;TCR=3;TR=6;WE=18231915;WS=18231897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	18232126	rs57391070	GT	G	91.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=2;PP=64;SC=TTTTTAAGCTGTTTTTTTTTT;SOR=0.693;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=2;TCR=2;TR=4;WE=18232134;WS=18232116;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	18265832	rs16992372	T	C	1219.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=12;PP=577;SC=AGAGTATACATAAGTGGTAGC;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=32;TCF=19;TCR=13;TR=31;WE=18265840;WS=18265822;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	18278199	rs5909435	T	C	285.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.58;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	18342034	rs3213544	G	A	2163.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=18;PP=796;SC=CAGGTTGTATGTCTGGGGAAT;SOR=1.013;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=48;TCF=30;TCR=18;TR=48;WE=18342042;WS=18342024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	18582646	.	G	GAT	76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.46;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MMLQ=20;MQ=60.0;NF=0;NR=3;PP=76;QD=26.6666666667;SC=AGTGAAGGTAGATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=3;WE=18582654;WS=18582636;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:8,3:0.27:11
chrX	18671795	rs56396491	AT	GA	957.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=10;PP=553;SC=TGTTGTTAAGATCAAAAACCA;SOR=1.329;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=13;WE=18671804;WS=18671785;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	18824490	rs140334279	C	T	323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=201;SC=ACTAATGTTACGTGAACCTGA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=18824498;WS=18824480;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	18925201	rs61729452	C	T	477.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=9;PP=242;SC=GGTGCGAAAGCAGGTCTGTGC;SOR=1.022;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=18925209;WS=18925191;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	18929128	rs11291764	CT	C	387.50	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;BaseQRankSum=0.213;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=2.354;HP=13;HapScore=4;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.521;NF=0;NR=13;PP=130;ReadPosRankSum=-1.199;SC=AAGAACAACACTTTTTTTTTT;SOR=1.708;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=13;WE=18929138;WS=18929118;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:4,27:0.87:31
chrX	19041592	rs5909263	C	T	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=3;NR=9;PP=209;SC=ACAAAAAACACGTATACACAT;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=19041600;WS=19041582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	19058405	rs6633185	C	T	473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=11;PP=285;SC=TAAAATTGTACTATATTAAGG;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=19058413;WS=19058395;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	19363863	rs71737866	TC	T	88.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.467;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=5.815;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.67;ReadPosRankSum=-1.822;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,8:0.42:19
chrX	19478294	rs5909118	T	A	738.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=12;PP=271;SC=AAACACAAAATCCTCCAGTCA;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=17;TCF=5;TCR=12;TR=17;WE=19478302;WS=19478284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	19478336	rs61014139	C	CA	128.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=3;PP=89;SC=GTCTTGCGCCCAAAATGGTTC;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=19478344;WS=19478326;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	19482476	rs5909299	C	T	2119.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=32;PP=919;SC=AAATAATCAGCGCACGGTGTC;SOR=0.954;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=56;TCF=23;TCR=33;TR=55;WE=19482484;WS=19482466;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	19688957	.	CA	C	319.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.220;ClippingRankSum=0.000;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.14;MQRankSum=1.598;QD=4.63;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.654;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:38,31:0.45:69
chrX	19955434	rs147768157	T	C	261.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=67;SC=ATATACTTAATGAACAATTAC;SOR=1.270;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=19955442;WS=19955424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	20204548	.	TA	T	41.76	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.97;ReadPosRankSum=0.566;SOR=0.180;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,5:0.71:7
chrX	20252889	rs56218010	A	C	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=34;NR=24;PP=1038;SC=TTGTGGGTTAATCTCCTCCTC;SOR=1.003;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=58;WE=20252897;WS=20252879;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	20253004	.	CA	C	112.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.878;ClippingRankSum=0.000;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=5.387;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.52;ReadPosRankSum=1.505;SOR=1.765;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:18,14:0.44:32
chrX	20284862	rs11276983	GGCGGCA	G	478.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.53;QD=36.83;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	21861434	rs3213451	A	G	1751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=19;NR=26;PP=794;SC=TGCTTTACCAATGGTATTCTT;SOR=0.957;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=45;TCF=19;TCR=26;TR=45;WE=21861442;WS=21861424;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	21875821	rs11339991	TA	T	166.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=61.07;NF=0;NR=8;PP=146;SC=CTAAGAGTTTTAAAAAAAAAT;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=21875829;WS=21875811;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	23398214	rs5926304	T	C	2470.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=32;PP=1041;SC=CCATCCTGTGTTGCTCTATGC;SOR=0.901;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=56;TCF=24;TCR=32;TR=56;WE=23398222;WS=23398204;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chrX	23682877	rs477914	T	C	298.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.90;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	23682976	rs476316	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	23685964	rs496067	T	C	1802.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=25;PP=845;SC=GGAGGGGAGATTCCGGAGACA;SOR=0.990;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=13;TCR=25;TR=38;WE=23685972;WS=23685954;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	23689636	rs513572	AT	TC	3557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;JOINED;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.39;SOR=0.902;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chrX	23693084	.	AT	A	125.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.561;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.70;ReadPosRankSum=0.798;SOR=0.895;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:21,13:0.38:34
chrX	23697485	rs795493	G	A	489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=14;PP=365;SC=TTATGAAATAGAAGAACAAAT;SOR=2.712;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=3;TCR=14;TR=17;WE=23697493;WS=23697475;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	23700473	rs552105	G	A	500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=4;PP=393;SC=ACATAAATGAGAAGAAATGAC;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=13;TCR=4;TR=17;WE=23700481;WS=23700463;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	23700693	rs795489	A	G	512.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.28;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=15;PP=421;SC=AGATAGCATAATTAGTTAGGT;SOR=1.508;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=23;WE=23700701;WS=23700683;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	23701662	rs2665364	G	A	263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=134;SC=TCATGTGCTCGGTGGTCTGGA;SOR=2.303;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=23701670;WS=23701652;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	23722835	rs11175	A	G	2646.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=106;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=37;NR=27;PP=1111;SC=GGGAAAACCAATGGCACTTCT;SOR=0.925;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=23722843;WS=23722825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	23723261	rs2270142	T	C	1745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=18;NR=31;PP=932;SC=AATTGTTTCCTCTAACAACTA;SOR=1.179;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=18;TCR=31;TR=49;WE=23723269;WS=23723251;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	23739857	rs5970601	A	G	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=0;PP=82;SC=CCCACCATCCATATGACATGA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=23739865;WS=23739849;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	23740681	.	C	CA	55	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;FR=0.9995;HP=14;HapScore=2;MGOF=13;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=5;NR=0;PP=55;QD=11.8;SC=AACTCCGTCTCAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=5;WE=23740689;WS=23740678;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,5:0.62:8
chrX	23761386	rs5925605	C	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.46;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	23761448	rs5925902	C	A	209.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=27;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=5;PP=112;SC=CTGTGCCGGGCGGACCCTACC;SOR=1.863;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=6;WE=23761456;WS=23761438;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	23801593	rs3764885	A	G	316.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=6;PP=180;SC=CGTTTCCCAGAGTGGGGTGAT;SOR=1.445;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=23801601;WS=23801583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	23801702	rs3764884	G	C	228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	23928489	rs2707164	C	T	703.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=7;PP=218;SC=ACAAAAAGTTCGCAGAGTACA;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=9;TCR=7;TR=16;WE=23928497;WS=23928479;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	23934202	rs2520230	A	G	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	23945611	rs2707144	G	T	146.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.47;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	24073761	rs36018672	C	T	2454.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=27;NR=27;PP=955;SC=CACTTTCACACGAAGTTATCA;SOR=0.757;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=27;TCR=27;TR=54;WE=24073769;WS=24073751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chrX	24084241	rs150782745	G	GT	295.82	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.697;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.764;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,21:0.78:27
chrX	24330071	rs147318848	G	C	719.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=47.38;QD=24.82;SOR=2.226;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	24330386	rs73205129	G	A	4832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=75;NR=50;PP=2424;SC=TTGGCTTGGTGTCCCAGGCCT;SOR=1.038;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=125;TCF=75;TCR=50;TR=125;WE=24330394;WS=24330376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,186:1.00:186
chrX	24382373	rs371342199	TTGC	T	147.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.453;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.009;SOR=0.600;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:59,10:0.14:69
chrX	24517039	rs149973131	T	G	95.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.18;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	24751958	rs4058344	T	C	542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=7;PP=226;SC=ATATGAAGCATCTGTTTGTTT;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=7;TCR=7;TR=14;WE=24751966;WS=24751948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	24760276	rs113389943	AC	A	369.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.15;MQRankSum=0.884;QD=16.08;ReadPosRankSum=1.846;SOR=2.948;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,20:0.87:23
chrX	24833074	.	GT	G	86.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;ClippingRankSum=0.000;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=3.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.10;ReadPosRankSum=1.342;SOR=0.212;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,13:0.46:28
chrX	26157220	rs5944317	C	T	2338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=30;NR=22;PP=1125;SC=GTCACCCTCCCCTGCCTATCT;SOR=0.954;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=52;WE=26157228;WS=26157210;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	26157792	rs5944318	C	T	1819.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=22;NR=18;PP=771;SC=GTGTATATGCCGATAGGAAGC;SOR=0.880;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=40;TCF=22;TCR=18;TR=40;WE=26157800;WS=26157782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	26179532	rs5943854	A	G	3340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=38;NR=39;PP=1373;SC=GGTCTCTCCAATGAAGGAAGT;SOR=0.709;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=77;WE=26179540;WS=26179522;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chrX	27479339	rs12842916	A	G	2319.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=35;PP=1186;SC=TGGCATAACTACTTCTCCTGC;SOR=0.911;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=28;TCR=37;TR=62;WE=27479347;WS=27479329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chrX	27765399	.	AGAGGAG	A	503.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.98;SOR=3.611;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	29417510	rs4829347	C	A	283.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.17;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=6;PP=161;SC=GATATTTTTACTCTCTAAAGA;SOR=1.270;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=29417518;WS=29417500;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	30236878	rs2529541	G	A	1795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;SC=CATTCCCCAGGAGCCTCAGAG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TR=43;WE=30236886;WS=30236868;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	30254361	rs2071308	G	A	1429.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=17;PP=613;SC=GTGCAGTCTCGCACAGACCCT;SOR=0.729;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=33;TCF=16;TCR=17;TR=33;WE=30254369;WS=30254351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	30254376	rs2071309	T	C	1450.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=15;NR=16;PP=619;SC=GACCCTCTAATCATGAAGACA;SOR=0.765;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=31;WE=30254384;WS=30254366;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
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chrX	30261002	rs2071311	A	G	1028.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=15;NR=17;PP=666;SC=AAGATCTGGTACAGGAAAAAT;SOR=0.746;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=30261010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
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chrX	30671896	rs12854653	G	C	385.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=10;PP=254;SC=GGATGCCCCAGCCAGGCCTGG;SOR=2.303;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=30671904;WS=30671886;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	30695941	rs11400828	C	CA	77.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.319;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=8.65;ReadPosRankSum=0.967;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,7:0.78:9
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chrX	30712796	rs5927587	G	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=7;PP=171;SC=AACAGGAGAAGTTTTCAGCTT;SOR=2.494;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=0;TCR=7;TR=7;WE=30712804;WS=30712786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	30715827	rs2035432	C	T	3306.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=133;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.787;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chrX	30742592	rs75486718	GA	G	399.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.391;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=11;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=6;NR=8;PP=209;ReadPosRankSum=-1.806;SC=TCTTCTTAATGAAAAAAAAAA;SOR=0.963;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=14;WE=30742600;WS=30742582;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,23:0.92:25
chrX	30745790	rs5927596	A	T	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.71;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	30872602	rs5927629	A	G	1715.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=20;PP=710;SC=TGTTGATTCCATGGAGATGGT;SOR=0.752;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=21;TCR=20;TR=41;WE=30872610;WS=30872592;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	30877477	rs137921689	C	CCA	200.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.31;BaseQRankSum=0.524;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=0.5001;FS=3.979;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-0.000;NF=2;NR=1;PP=132;ReadPosRankSum=-0.524;SC=AAATCCTGCTCCACACACACA;SOR=1.198;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=3;WE=30877485;WS=30877472;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,9:0.90:10
chrX	30877801	rs34513438	TA	T	142.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=2.251;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.190;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,13:0.72:18
chrX	31132797	.	CG	C	26	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;FR=0.9997;HP=15;HapScore=2;MGOF=12;MMLQ=24;MQ=56.57;NF=2;NR=0;PP=26;QD=14.5;SC=TCTGACAGTTCGGGGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=31132805;WS=31132787;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	31165667	rs200534475	AAAAG	A	451.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.677;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.37;MQRankSum=0.424;QD=16.73;ReadPosRankSum=1.437;SOR=1.136;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,25:0.93:27
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chrX	31224684	rs2293668	A	G	2167.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.81;SOR=1.206;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	31224881	rs2293667	G	A	773.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.68;SOR=1.688;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	32380996	rs1801187	C	T	1411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	32459169	rs41303185	G	A	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	32472763	rs5902031	C	CT	168.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=16.87;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	32503194	rs228406	T	C	2265.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=31;PP=894;SC=AGGTTGAAGATCTGATAGCCG;SOR=1.116;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=47;TCF=16;TCR=31;TR=47;WE=32503202;WS=32503184;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	32563488	rs115571	A	C	438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=3;NR=9;PP=176;SC=AGACATTGCTAGAAAGACTTC;SOR=1.493;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=3;TCR=9;TR=12;WE=32563496;WS=32563478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	36298840	rs10522038	A	G	67.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.43;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	37641484	rs7059081	C	G	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=367;SC=TCACATTTCTCATCAGACATT;SOR=2.419;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=37641492;WS=37641474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	38037479	rs5918489	A	T	315.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=6;NR=4;PP=186;SC=TCACAAGGCAAAAAGGAAAGT;SOR=1.022;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=6;TCR=4;TR=10;WE=38037487;WS=38037469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	38079975	rs72249350	CGCA	C	2557.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=25;PP=1336;SC=GGGCGGGACGCGCAGCAGCAG;SOR=1.217;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=2;TCR=29;TR=27;WE=38079985;WS=38079965;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	38157522	rs10719444	CA	C	64.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=12.97;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	38158290	rs1801686	C	T	1658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=17;PP=660;SC=GCAGAAAAGTCGCCACAGATA;SOR=0.925;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=25;TCR=17;TR=42;WE=38158298;WS=38158280;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	38169777	rs35587043	T	TA	1056.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=15;PP=662;SC=CTTACCACAATAAAAAAATGA;SOR=1.206;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=29;TCF=12;TCR=17;TR=22;WE=38169785;WS=38169767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	38178019	rs3810692	G	A	880.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=20;NR=5;PP=566;SC=GGTTTACTGAGTTGGCATATA;SOR=2.093;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=38178027;WS=38178009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	38262808	rs2235125	G	A	900.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=4;PP=280;SC=TTTAACCTTAGTAATTGCTAC;SOR=1.148;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=38262816;WS=38262798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	38271377	rs3215429	A	AT	437.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=0;NR=12;PP=339;SC=TGTAACATCTATTTTTTTCCA;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=0;TCR=16;TR=12;WE=38271385;WS=38271367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	39933339	rs5917933	A	G	3803.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=40;PP=1431;SC=GTGAGCTGCCATCTTTTCTGT;SOR=0.706;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=43;TCR=40;TR=83;WE=39933347;WS=39933329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,149:1.00:149
chrX	40450585	rs9014	C	G	223.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	40456961	rs3112299	G	C	1121.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=9;NR=17;PP=497;SC=ATTAATTTCCGTCTTTTTAAA;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=40456969;WS=40456951;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	40460183	.	T	TAAA	272.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=30.30;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	40506697	rs6610447	A	G	1908.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=26;NR=20;PP=822;SC=CGCAGCAGTAACAGGCAGTGG;SOR=0.920;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=26;TCR=20;TR=46;WE=40506705;WS=40506687;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	40514322	rs11266293	G	A	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=289;SC=ACTATTTTGAGGGGGAAAAAT;SOR=1.292;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=40514330;WS=40514312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	41002844	.	T	C	22	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;FR=0.9998;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MMLQ=28;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=22;QD=28.3856062736;SC=CAGGAATCTTTTTGAAATAAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=41002852;WS=41002834;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	41012486	rs55649554	TAA	T	184.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=85;SC=GCCAGCAGTTTAAGAGTCTTC;SOR=1.022;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=41012495;WS=41012476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	41055311	rs6520734	G	C	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=189;SC=CCTGGACATAGAGCTTAAGTT;SOR=4.174;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=0;TCR=8;TR=8;WE=41055319;WS=41055301;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	41089971	rs186554429	T	C	409.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=15;PP=330;SC=AGACTAGCTTTGGGAGCATGA;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=17;TCF=2;TCR=15;TR=17;WE=41089979;WS=41089961;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	41196485	.	A	C	239.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.64;SOR=2.093;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	41198456	rs2275943	T	C	637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=15;PP=357;SC=TCTATGCTTCTGTCAGCCTTG;SOR=1.893;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=3;TCR=15;TR=18;WE=41198464;WS=41198446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	41203119	rs2275944	G	A	1154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=24;PP=641;SC=AACTTTGTAGGTGGCCATTGA;SOR=1.455;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=34;TCF=10;TCR=24;TR=34;WE=41203127;WS=41203109;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	41524788	rs200400188	AATCCAAATAAAAAGTT	A	1273.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=0;NR=16;PP=2932;SC=GAACAATAACAATCCAAATAA;SOR=2.985;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=0;TCR=17;TR=16;WE=41524811;WS=41524778;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	41554814	rs913602	T	C	1269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=11;PP=890;SC=GTAGGAAAAATCTGAAGACAT;SOR=1.931;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=42;WE=41554822;WS=41554804;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	41587218	rs1023065	T	C	943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=16;PP=526;SC=TTTTATTAGATAAAACATTCA;SOR=0.804;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=41587226;WS=41587208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	43591036	rs6323	G	T	2858.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=110;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=26;NR=39;PP=1226;SC=TAATTCAGCGGCTTCCAATGG;SOR=0.956;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=26;TCR=39;TR=65;WE=43591044;WS=43591026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chrX	43595428	rs2235186	A	G	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.27;SOR=0.871;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	43601142	rs979606	C	T	700.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=22;NR=2;PP=526;SC=ATTATTGACTCGCAGCATTTC;SOR=2.925;SbPval=0.78;Source=Platypus;TC=25;TCF=22;TCR=3;TR=24;WE=43601150;WS=43601132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	43601363	rs979605	A	G	1943.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=31;PP=841;SC=GCAGAGTTCAATGCAAATTCT;SOR=1.121;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=17;TCR=31;TR=48;WE=43601371;WS=43601353;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	43603391	rs1137070	T	C	720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=12;PP=369;SC=CCGAGAAAGATATCTGGGTAC;SOR=0.836;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=22;WE=43603399;WS=43603381;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	43741616	rs1181251	G	C	1514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=27;PP=838;SC=CCAGTCCTGCGTGCCAGCCAG;SOR=1.101;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=15;TCR=27;TR=42;WE=43741624;WS=43741606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	44202890	rs5902346	G	GC	3382.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=22;PP=1402;SC=GCAGGCAGCGGCGCCTCCCGG;SOR=0.693;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=33;TCF=9;TCR=24;TR=30;WE=44202898;WS=44202880;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chrX	44833841	rs6611055	C	A	38.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
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chrX	45011340	rs4824527	T	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=9;PP=181;SC=CGGTGGCTCATGCCTGTAATC;SOR=1.739;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=45011348;WS=45011330;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	45017166	rs5952693	A	C	192.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.28;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
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chrX	46321944	rs11342771	CA	C	565.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.056;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.20;MQRankSum=0.572;QD=11.09;ReadPosRankSum=-1.107;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,42:0.82:51
chrX	46466760	rs2072840	C	T	82.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.51;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	46472666	rs6611276	C	T	163.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=0;PP=128;SC=CTTCTTCCTACGTAAGACACT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=46472674;WS=46472656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	46472826	rs3208940	G	A	598.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=6;NR=9;PP=267;SC=TGGGCTTCAGGTAACTTTAAA;SOR=0.963;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=46472834;WS=46472816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	46513260	rs370041978	CT	C	69.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.17;ReadPosRankSum=-2.004;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,10:0.45:22
chrX	46618321	rs1056846	C	G	1304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.62;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	46884050	rs5952987	G	A	570.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=5;PP=209;SC=CTCCCAGAGGGCATTTAGCCA;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=46884058;WS=46884040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	46893249	rs5906311	G	A	328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=2;NR=7;PP=154;SC=GTTCCCCACAGCATTCAGACT;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=46893257;WS=46893239;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	47003955	rs376676929	C	T	1102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=11;NR=7;PP=371;SC=CCCGCCACAGCGGACGGGGCG;SOR=0.784;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=18;WE=47003963;WS=47003945;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	47007061	rs200972382	C	CCTGTGCT	398.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;MQ=60.98;NF=0;NR=6;PP=297;SC=TGAGCCAGGACCTGTGCTAGG;SOR=4.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=6;WE=47007069;WS=47007051;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	47057647	rs4468050	A	G	1168.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=21;NR=14;PP=651;SC=TCCCGCCGCCATCCCTGGGAT;SOR=0.929;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=35;TCF=21;TCR=14;TR=35;WE=47057655;WS=47057637;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	47060844	rs4239963	C	G	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=114;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=40;NR=37;PP=1482;SC=GTACCCTGGGCCTGTTTCTGA;SOR=0.748;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=79;TCF=41;TCR=38;TR=77;WE=47060852;WS=47060834;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,111:1.00:111
chrX	47061018	rs4239964	C	G	1153.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=19;PP=506;SC=GGGTGAGCTGCGACCATGGGG;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=6;TCR=19;TR=25;WE=47061026;WS=47061008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	47065186	rs4339766	G	A	393.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=5;PP=237;SC=CTGGGAAGTTGAGGCTGCAGT;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=47065194;WS=47065180;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	47086681	rs5902386	A	AC	728.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.860;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.69;ReadPosRankSum=2.141;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,33:0.85:39
chrX	47343254	rs2071778	C	T	2606.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=30;NR=31;PP=1141;SC=GGTCTTAACACCATTTTGCAT;SOR=0.733;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=61;TCF=30;TCR=31;TR=61;WE=47343262;WS=47343244;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,100:1.00:100
chrX	47430611	rs377351122	GGT	G	354.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=-2.107;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=6.200;HP=2;HapScore=3;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.352;NF=2;NR=4;PP=121;ReadPosRankSum=-0.199;SC=GGGACTGTTGGGTGTGTGTGT;SOR=0.145;SbPval=0.84;Source=Platypus;TC=22;TCF=10;TCR=12;TR=6;WE=47430620;WS=47430601;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:18,17:0.49:35
chrX	47466361	rs1142636	A	G	652.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=3;PP=360;SC=CCTTCACCCCATTCCGAAGAA;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=14;TCR=3;TR=17;WE=47466369;WS=47466351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	47487912	rs11436787	T	TG	2187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=20;PP=1304;SC=ATTGGAAGGCTGCATGGCCAA;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=30;TCF=9;TCR=21;TR=29;WE=47487920;WS=47487902;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	47695547	rs1207491	T	C	1337.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=15;PP=808;SC=TTAGTATTGGTACTACGTAGT;SOR=1.298;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=41;TCF=26;TCR=15;TR=41;WE=47695555;WS=47695537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	47695742	rs35084954	CT	C	3652.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.474;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=2.941;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;MQRankSum=0.245;NF=26;NR=36;PP=2596;ReadPosRankSum=-0.391;SC=TCCTCCTCCCCTTGTGGTATG;SOR=0.178;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=62;WE=47695750;WS=47695725;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,105:0.98:107
chrX	47755164	rs3949810	C	A	510.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=5;PP=261;SC=CTCAGTTCCCCATGAAATGTG;SOR=1.402;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=17;TCF=11;TCR=6;TR=16;WE=47755172;WS=47755154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	47757758	rs5906510	T	G	1594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=21;PP=711;SC=TCACTGGGAGTGGGCAGTCTC;SOR=0.950;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=47757766;WS=47757748;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	47918205	rs501128	G	A	1257.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=13;PP=560;SC=TACACTCATAGGGTTTCTCCC;SOR=0.952;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=18;TCR=13;TR=31;WE=47918213;WS=47918195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	47920356	rs727079	A	G	3559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=30;NR=41;PP=1215;SC=CAATCTGCTCATTCTGGTCAT;SOR=0.892;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=47920364;WS=47920346;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,141:1.00:141
chrX	47927449	rs2152823	G	A	696.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	48049666	rs5906557	C	T	1276.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=29;PP=811;SC=GCACTCCCTTCGAATCATTTC;SOR=2.110;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=8;TCR=29;TR=37;WE=48049674;WS=48049656;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	48053521	rs4239967	T	C	2894.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-1.096;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-0.320;NF=45;NR=23;PP=1407;ReadPosRankSum=0.352;SC=TGAAAAGCAGTTGCGCTTGAG;SOR=0.405;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=69;TCF=46;TCR=23;TR=68;WE=48053529;WS=48053511;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,109:0.99:110
chrX	48054294	.	G	GA	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;ClippingRankSum=0.000;DP=164;ExcessHet=3.0103;FS=0.826;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.44;ReadPosRankSum=-2.630;SOR=0.572;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:126,25:0.17:151
chrX	48054740	rs4824675	C	G	5669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=224;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.77;SOR=0.749;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,220:1.00:220
chrX	48073924	rs4593689	T	C	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=5;PP=522;SC=TTATCTGTCATCTTCACATTA;SOR=1.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=20;TCR=5;TR=25;WE=48073932;WS=48073914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	48164138	rs5906631	A	G	1215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=25;NR=8;PP=806;SC=CAGTATCTCTATCCTCCCCTC;SOR=1.721;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=25;TCR=9;TR=33;WE=48164146;WS=48164129;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	48382099	.	CT	C	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.695;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=2.881;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=5.98;ReadPosRankSum=0.605;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:4,8:0.67:12
chrX	48432791	rs2661105	T	C	426.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=1;PP=215;SC=ACCACTCCGCTCCTGCTGGCC;SOR=2.049;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=48432799;WS=48432781;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	48433499	rs2249583	C	G	2145.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;BaseQRankSum=0.666;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=86;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=37;NR=18;PP=1053;ReadPosRankSum=2.680;SC=TCGCTATTTTCTCACATCTCC;SOR=1.139;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=57;TCF=38;TCR=19;TR=55;WE=48433507;WS=48433489;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,84:0.98:86
chrX	48433529	rs2249585	C	T	2998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=119;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=47;NR=31;PP=1401;SC=CTCCTTCCTGCCACCATTCTT;SOR=0.960;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=48;TCR=31;TR=78;WE=48433537;WS=48433519;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,116:1.00:116
chrX	48435308	rs235830	G	A	476.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=2;PP=382;SC=TTTTTGATACGTAAGGTTTAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=14;TCR=2;TR=16;WE=48435316;WS=48435303;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	48435928	rs235829	C	T	890.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=15;PP=384;SC=GGAGCTGCACCGAAGCATCTT;SOR=1.148;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=48435936;WS=48435918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	48460314	rs235842	A	G	2980.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.05;SOR=0.779;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,119:1.00:119
chrX	48460625	rs235841	G	C	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=27;PP=627;SC=TCCTGGAGACGGAGGACCTGC;SOR=1.524;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=38;WE=48460633;WS=48460615;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chrX	48935284	rs55727094	C	A	2438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=26;NR=30;PP=1171;SC=GGCCAAAGGGCAGGATGAGGG;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=56;TCF=26;TCR=30;TR=56;WE=48935292;WS=48935274;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,93:1.00:93
chrX	49021256	rs5906744	A	G	4030.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=160;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=49;NR=66;PP=1955;SC=GGTAAGGCACATAGTGCTCCG;SOR=0.980;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=115;TCF=49;TCR=66;TR=115;WE=49021264;WS=49021246;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,156:1.00:156
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chrX	49022295	rs138365388	A	G	1240.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.79;SOR=2.546;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	49022309	rs73634213	C	A	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.15;SOR=1.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	49022311	rs7880193	A	G	1986.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.19;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	49022700	rs4824462	T	C	624.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=234;SC=GGCAGCGCAGTTCGCTCAGGA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=49022708;WS=49022690;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	49075777	rs41312124	C	T	594.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=5;PP=198;SC=GCCAAAGGCTCACATGGTTGC;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=49075785;WS=49075767;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	49092286	.	TAC	T	195	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;FR=0.5000;HP=1;HapScore=2;MGOF=40;MMLQ=19;MQ=55.43;NF=0;NR=5;PP=195;QD=39.6;SC=CTCACCCCCTTACACACACAC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=5;WE=49092295;WS=49092276;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:4,5:0.56:9
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chrX	49105610	rs2294021	T	C	3427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=43;NR=44;PP=1270;SC=GGCTCATGGCTGCCATGGTGT;SOR=0.707;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=89;TCF=43;TCR=46;TR=87;WE=49105618;WS=49105600;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,139:1.00:139
chrX	49126314	.	TGCC	T	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;ClippingRankSum=-0.000;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.53;ReadPosRankSum=1.068;SOR=0.446;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,2:0.29:7
chrX	49369711	rs3747318	A	G	1198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=20;PP=586;SC=ATCAAATGGCAAGAGACCGTT;SOR=1.154;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=14;TCR=20;TR=34;WE=49369719;WS=49369701;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	49370511	rs35846904	A	AAAT	148.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.383;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=24.79;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chrX	49458624	rs34808373	G	GACAC	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.368;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=17.39;ReadPosRankSum=-0.180;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:3,4:0.57:7
chrX	49767832	rs456615	A	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	49767835	rs456617	A	G	1230.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=42.44;SOR=0.760;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	49767904	rs149259	A	G	440.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=8;PP=203;SC=AAGGGAGGTAAACCCTCTCTT;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=12;WE=49767912;WS=49767894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	49845141	.	G	GT	294.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.397;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=3.245;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.07;MQRankSum=0.514;QD=15.51;ReadPosRankSum=1.370;SOR=0.556;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,18:0.95:19
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chrX	50056814	rs5915179	A	G	745.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.06;SOR=1.044;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	50118957	rs4074321	C	T	833.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=17;NR=6;PP=425;SC=GGCTCCACTTCTTTCCCTTTC;SOR=1.609;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=17;TCR=6;TR=23;WE=50118965;WS=50118947;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	50119085	rs4074320	C	T	2649.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=39;NR=36;PP=1261;SC=TAAAATATATCATTCAGGATG;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=75;TCF=39;TCR=36;TR=75;WE=50119093;WS=50119075;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,102:1.00:102
chrX	50120032	rs4590578	G	A	63.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=3;PP=42;SC=ACAGTGGGTAGAGGGGAAGGA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=50120040;WS=50120022;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	50121146	rs11415594	A	AG	851.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=11;PP=641;SC=AATTTTGATAAGCCTGGTCTC;SOR=1.051;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=50121154;WS=50121136;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	50121849	rs5915424	A	T	338.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=10;PP=264;SC=TCAGAAAGCCAATCTGGGAAA;SOR=2.670;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=50121857;WS=50121839;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	50122509	rs4275357	A	C	537.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=3;PP=170;SC=AGGTTCTCGGACCACCTCCTC;SOR=1.230;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=50122517;WS=50122499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	50122932	rs4489439	A	T	1492.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=1.071;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	50129369	rs5961179	A	G	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=17;NR=20;PP=768;SC=GTTCAACTTGAAATATGATGA;SOR=0.841;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=17;TCR=20;TR=37;WE=50129377;WS=50129359;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	50130544	rs7883609	G	A	2263.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=40;NR=25;PP=1116;SC=AAAGGAATGGGAACTTACTTT;SOR=1.055;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=40;TCR=25;TR=65;WE=50130552;WS=50130534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	50130717	rs67155896	T	C	1535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=28;PP=722;SC=TTCTCTCTTATGTCATCAGTC;SOR=1.255;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=45;TCF=17;TCR=28;TR=45;WE=50130725;WS=50130707;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	50134383	rs1934192	G	A	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=8;PP=469;SC=GAGATGATGTGAGTGATGTGG;SOR=1.382;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=16;TCR=8;TR=24;WE=50134391;WS=50134373;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	50135327	rs17328222	C	A	2045.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=19;PP=859;SC=ACTGAGTCATCCAGGGACTTA;SOR=1.040;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=48;TCF=29;TCR=19;TR=48;WE=50135335;WS=50135317;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	50143965	rs1934190	G	C	356.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=1;PP=293;SC=TAATTGCAGTGCTTCTTCCCA;SOR=3.611;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=12;TCF=11;TCR=1;TR=12;WE=50143973;WS=50143955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	50146570	rs4143304	C	T	1951.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=20;PP=719;SC=TCAAAGCACACAATCTGTGAG;SOR=0.864;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=36;TCF=16;TCR=20;TR=36;WE=50146578;WS=50146560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	50165595	rs59226442	A	AACAC	151.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=0.210;QD=25.29;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,5:0.83:6
chrX	50341598	rs2295544	G	A	1669.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=22;NR=24;PP=684;SC=ACTGATTTGTGCCTGTAACCT;SOR=0.754;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=46;TCF=22;TCR=24;TR=46;WE=50341606;WS=50341588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	50341675	rs2295543	G	C	605.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=4;NR=18;PP=496;SC=GGAAACTTGGGCAAGTCATGA;SOR=3.056;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=23;TCF=4;TCR=19;TR=22;WE=50341683;WS=50341665;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	51075841	rs2625875	A	G	206.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.46;MQRankSum=-4.764;QD=1.40;ReadPosRankSum=3.567;SOR=0.630;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:120,28:0.19:148
chrX	51075901	rs2801627	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.64;MQRankSum=-1.339;QD=0.45;ReadPosRankSum=-1.505;SOR=0.644;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,14:0.15:92
chrX	51239295	.	ATCCTCGAGGCAGCC	A	2457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.489;ClippingRankSum=0.000;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;MQRankSum=-1.141;NF=5;NR=36;PP=2957;ReadPosRankSum=-0.038;SC=TTTGCACTTCATCCTCGAGGC;SOR=0.714;SbPval=0.44;Source=Platypus;TC=47;TCF=5;TCR=42;TR=41;WE=51239316;WS=51239285;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,95:0.98:97
chrX	51486659	rs974285	C	T	427.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.1;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=4;PP=399;SC=ACCCCGCCGGCGGAGCCCGCT;SOR=2.584;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=51486667;WS=51486649;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	51637705	.	AT	A	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=3.206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.04;ReadPosRankSum=1.062;SOR=0.293;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,11:0.23:48
chrX	52825471	rs2806837	A	G	1354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=29;NR=17;PP=792;SC=CTAGGTCTTCATCCTCCTGTG;SOR=0.981;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=29;TCR=17;TR=46;WE=52825479;WS=52825461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	52825546	rs2806838	C	G	2807.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=35;NR=24;PP=1137;SC=GGTCATTCTCCAGTTGATTTG;SOR=0.912;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=59;TCF=35;TCR=24;TR=59;WE=52825554;WS=52825536;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chrX	52847082	rs56238660	G	A	551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=3;PP=330;SC=AATATTAGCCGTAGGGAGACT;SOR=2.400;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=15;TCR=3;TR=18;WE=52847090;WS=52847072;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	52891512	rs78471253	A	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.254;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.532;QD=12.76;ReadPosRankSum=-1.369;SOR=2.780;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,6:0.33:18
chrX	52891513	rs114568211	C	T	229.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.055;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=6.107;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.57;MQRankSum=1.418;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.404;SOR=3.033;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,7:0.37:19
chrX	52891523	rs75536354	G	T	226.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.057;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=9.234;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=1.368;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.997;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,7:0.39:18
chrX	52891542	rs78672295	A	G	174.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=2.445;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.959;HP=5;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=1.417;NF=8;NR=0;PP=133;ReadPosRankSum=-0.376;SC=ATGAACAAAAAATGTGCAAGA;SOR=2.876;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=17;TCR=2;TR=8;WE=52891550;WS=52891532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:14,8:0.36:22
chrX	52891565	rs79831867	A	G	387.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.28;BaseQRankSum=2.388;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.494;HP=2;HapScore=2;MGOF=55;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=1.136;NF=10;NR=4;PP=226;ReadPosRankSum=-0.312;SC=TCTTTGGAGAAAGCTGCAAAA;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=14;WE=52891573;WS=52891555;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:16,14:0.47:30
chrX	52891584	rs5943751	C	A,T	1080.77	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=43;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=21;NF=12,10;NR=5,5;PP=243,199;SC=AAGTTTATTTCGATATTTTTA;SOR=1.371;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=17,15;WE=52891592;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.44,0.56:36
chrX	52891619	.	GT	G	575.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.38;BaseQRankSum=-0.459;ClippingRankSum=0.000;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=1.327;NF=3;NR=10;PP=366;ReadPosRankSum=1.550;SC=GATAAAAACAGTTTTGTGTTG;SOR=0.735;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=13;WE=52891627;WS=52891609;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:42,25:0.37:67
chrX	52891645	rs75808475	A	G	1087.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.391;SOR=0.717;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:45,31:0.41:76
chrX	52891653	rs73206488	C	T	1081.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.52;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=0.715;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:49,31:0.39:80
chrX	52891732	rs201414570	G	A	1027.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.019;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=5.570;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.22;MQRankSum=2.156;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.956;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:68,30:0.31:98
chrX	52891736	rs75971120	G	T	1029.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.834;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.125;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.755;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chrX	52891738	rs79449844	CA	TG	1032.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FS=4.213;JOINED;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.23;MQRankSum=2.125;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.945;SOR=1.107;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:66,30:0.31:96
chrX	52891818	rs73488230	G	A	126.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.63;MQRankSum=2.271;QD=3.73;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.720;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:24,10:0.29:34
chrX	52891832	rs66491662	CT	C	121.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-0.922;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=3;MGOF=27;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=2.192;NF=0;NR=5;PP=260;ReadPosRankSum=-1.026;SC=TCTGTAGAGACTTTGAAGATA;SOR=0.527;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=17;TCF=1;TCR=16;TR=5;WE=52891840;WS=52891808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:15,7:0.32:22
chrX	52895579	.	GGT	G	510.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=42;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;NF=0;NR=8;PP=390;SC=TGGAACCAGGGGTGTGTGTGT;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=0;TCR=11;TR=8;WE=52895588;WS=52895569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	53222043	rs146836963	A	AC	86	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=0;NR=11;PP=551;SC=AGGGATGGCCACCCCCCTACC;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=11;WE=53222051;WS=53222023;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	53225751	rs1536247	A	G	359.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=1;PP=277;SC=GGGGAGAGTCAATACAGTAAC;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=53225759;WS=53225741;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	53228148	rs1977364	C	A	4001.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=159;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=54;PP=1775;SC=TCCAGAAAGGCCCATGCTCAC;SOR=0.773;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=102;TCF=48;TCR=54;TR=101;WE=53228156;WS=53228138;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,154:1.00:154
chrX	53265835	rs2296541	T	C	343.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=7;PP=131;SC=GACCAGCCCTTGTCTCCCCCA;SOR=1.329;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=53265843;WS=53265825;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	53271147	rs2274307	T	G	508.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=10;PP=295;SC=GCTTCAGGCCTCCTGGCACCT;SOR=1.292;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=53271155;WS=53271137;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	53280421	rs7886988	G	A	229.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.89;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	53436232	rs1264008	G	T	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=16;PP=745;SC=GAGTTACTCCGGCTGGTGAGA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=21;TCR=16;TR=37;WE=53436240;WS=53436222;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	53449336	rs11462431	A	AG	275.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=8;NR=1;PP=331;SC=GGAACCCGTAAGGTCCGCGAC;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=9;WE=53449344;WS=53449329;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	53563589	rs426298	A	G	583.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=9;PP=313;SC=GCAGGAGCCCACCAGCATCCT;SOR=1.085;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=15;TCF=6;TCR=9;TR=15;WE=53563597;WS=53563579;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	53607754	rs266786	A	C	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=2;PP=325;SC=CCAGGCCACAAACTTAATATC;SOR=3.126;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=13;TCR=2;TR=15;WE=53607762;WS=53607744;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	53622078	rs1244413	T	A	82.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=3;NR=1;PP=45;SC=CCATTTTAAGTAGTATAGGAA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=53622086;WS=53622068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	53652814	rs185693518	A	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=26.65;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	53652852	.	T	TGCCGGG	82.84	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=0.674;NF=5;NR=3;PP=377;ReadPosRankSum=1.150;SC=CCGGGGCCGGTGCCGGGACTG;SOR=1.609;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=9;TCF=5;TCR=4;TR=8;WE=53652860;WS=53652842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chrX	53654500	rs370583659	GTA	G	66.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=-0.156;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=0;NR=4;PP=37;ReadPosRankSum=1.604;SC=AGAAAATCAAGTATATATATA;SOR=0.616;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=19;TCF=1;TCR=18;TR=4;WE=53654509;WS=53654490;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:20,5:0.20:25
chrX	53655415	.	TA	T	84.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.469;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.121;QD=3.39;ReadPosRankSum=-0.925;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,12:0.48:25
chrX	53656390	rs181183946	C	A	1243.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;BaseQRankSum=0.185;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=21;NR=12;PP=664;ReadPosRankSum=1.677;SC=CCTCCCCCCCCAAAAAAGTCT;SOR=0.388;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=33;WE=53656398;WS=53656380;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:3,62:0.95:65
chrX	53964402	rs200973089	TG	T	731.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=12;PP=603;SC=ATCGGATGGATGGTCTGCTCC;SOR=0.784;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=53964410;WS=53964392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	54107692	rs2516098	T	C	4381.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=168;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.05;SOR=1.273;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,162:1.00:162
chrX	54117740	rs2495797	C	A	761.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=6;PP=355;SC=GGTACATGAACTCACCTTGAG;SOR=1.071;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=54117748;WS=54117730;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	54161859	rs4826523	C	T	331.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=2.670;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	54209387	rs2495783	A	G	474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=254;SC=ATGGTGCCGAATCGGCCCCGC;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=54209395;WS=54209377;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	54953647	rs2273138	G	A	268.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	55116466	rs1845444	C	G	955.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=8;PP=454;SC=GAGTGAGCTTCTAAGAGCAAG;SOR=1.270;SbPval=0.72;Source=Platypus;TC=26;TCF=16;TCR=10;TR=24;WE=55116474;WS=55116456;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	55173732	rs11327722	TA	T	5079.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=141;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=39;PP=1925;SC=GGTCACACAGTAACACTGTCC;SOR=0.722;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=8;TCR=39;TR=47;WE=55173740;WS=55173722;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,140:1.00:140
chrX	55246965	rs5914272	C	T	871.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=11;PP=415;SC=GGACAGGTCCCGTGGCACAGT;SOR=0.811;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=14;TCR=11;TR=25;WE=55246973;WS=55246955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	55247030	rs5914273	C	G	1188.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=9;NR=14;PP=439;SC=CCCCCAGGTCCTGATGCAGGC;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=23;WE=55247038;WS=55247020;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	55248320	rs5914274	G	A	5090.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=205;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=49;NR=77;PP=2344;SC=TGAAGGGAGAGTGGAGAATAA;SOR=1.048;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=128;TCF=51;TCR=77;TR=126;WE=55248328;WS=55248310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,201:1.00:201
chrX	55286887	rs3761559	G	T	540.81	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=1.611;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.349;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQRankSum=0.000;NF=15;NR=4;PP=411;ReadPosRankSum=0.193;SC=ATTAGCAGTAGTGGTACCTCT;SOR=2.200;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=21;TCF=16;TCR=5;TR=19;WE=55286895;WS=55286877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,21:0.91:23
chrX	55287031	rs3761560	T	G	3851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=44;NR=37;PP=1401;SC=TAGGACCATCTCCACGTTCAC;SOR=0.759;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=81;TCF=44;TCR=37;TR=81;WE=55287039;WS=55287021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,155:1.00:155
chrX	55289593	rs2148981	C	T	1184.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.18;SOR=0.733;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	55289774	rs4826381	T	C	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=19;NR=23;PP=774;SC=AGCTGGTCATTACTGGGCAGC;SOR=0.793;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=19;TCR=23;TR=42;WE=55289782;WS=55289764;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	55479299	rs11545211	G	A	1916.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=22;NR=22;PP=785;SC=TCTTCTGGGGGCCCCGAGCAC;SOR=0.720;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=44;TCF=22;TCR=22;TR=44;WE=55479307;WS=55479289;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	55651001	rs2375465	T	C	1203.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=9;NR=17;PP=551;SC=GAGACTCGTGTCTTAGCCTTT;SOR=1.280;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=55651009;WS=55650991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	55748820	rs1473761	A	G	159.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=84;SC=GAGGTTGGGGAATTTGTTATG;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=55748828;WS=55748810;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	55757744	rs5960480	T	G	342.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=4;PP=204;SC=AGGCTATAAGTAGGAGTGATT;SOR=1.179;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=7;TCR=4;TR=11;WE=55757752;WS=55757734;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	55782191	rs41307631	C	T	792.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=5;PP=191;SC=GACCAAGGGACTGACAAATGT;SOR=0.818;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=55782199;WS=55782181;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	56101002	rs145240005	G	C	208.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=3;PP=172;SC=AATACCCTTGGAACCCATGTC;SOR=1.402;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=56101010;WS=56100992;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	56296780	.	A	AAC	159.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.21;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=0.5131;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=3;PP=73;SC=TCTCACCCCCAACACACACAC;SOR=1.329;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=3;WE=56296788;WS=56296770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	57010920	.	C	CA	67.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=1.740;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=3.23;ReadPosRankSum=2.243;SOR=0.694;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,9:0.43:21
chrX	57313357	rs2516023	T	C	456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.38;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	57318907	rs4030473	T	A	846.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=16;NR=7;PP=475;SC=AAATGGCTGCTGACTAAAGTA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=23;TCF=16;TCR=7;TR=23;WE=57318915;WS=57318897;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	57405163	rs4826543	T	C	2067.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=20;NR=24;PP=800;SC=CTATGTGCCGTTATGCTGAAG;SOR=0.850;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=44;WE=57405171;WS=57405153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	57458220	rs372238943	G	GTTTTTTTTT	304.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=64.48;QD=50.79;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	57474943	rs1821118	A	T	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=18;NR=2;PP=436;SC=TTGATATATGATATCATTCTG;SOR=3.442;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=20;TCF=18;TCR=2;TR=20;WE=57474951;WS=57474933;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	57475253	rs7059676	A	C	553.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=14;PP=364;SC=AGTTTTAAACATGCAGGTATA;SOR=1.721;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=57475261;WS=57475243;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	57515140	rs5915052	T	G	617.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=6;PP=218;SC=AAAAAATACGTTTTCAGGAAC;SOR=0.770;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=57515148;WS=57515130;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	57618845	rs199513692	G	A	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.46;ReadPosRankSum=-2.051;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:30,4:0.12:34
chrX	57618849	rs200267267	A	C	49.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.51;ReadPosRankSum=-1.659;SOR=0.420;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:29,4:0.12:33
chrX	57618870	rs189164178	G	A	150.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.314;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=1.579;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=-1.676;SOR=0.387;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:25,8:0.24:33
chrX	57619648	rs1057328	G	T	3117.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=116;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=47;NR=42;PP=1714;SC=ACTTCGAACCGGAGAGGCCTT;SOR=0.746;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=47;TCR=42;TR=89;WE=57619656;WS=57619638;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,115:1.00:115
chrX	65382685	rs5919015	T	C	644.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=10;NR=11;PP=328;SC=TGGAGAAAAGTGTCTGCTCCT;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=21;WE=65382693;WS=65382675;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	65390966	rs5965106	C	A	195.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.75;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	65392181	rs5964495	T	C	307.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.67;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	65393658	rs5918591	A	G	2304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=25;NR=40;PP=1245;SC=AGGTCCCAAGAATAAGCTATG;SOR=1.090;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=65;TCF=25;TCR=40;TR=65;WE=65393666;WS=65393648;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chrX	65408445	rs6624875	C	T	535.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=1;NR=15;PP=393;SC=ATCCACTGGGCCTAGTATTTG;SOR=3.500;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=16;WE=65408453;WS=65408435;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	65415174	rs2206203	T	G	741.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=4;NR=14;PP=354;SC=GGCAGAATTATTTGCCATATG;SOR=1.609;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=4;TCR=14;TR=18;WE=65415182;WS=65415164;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	65420609	rs1264215	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=168;SC=GTGCCTTAGCAGCTGGCCCTA;SOR=1.473;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=11;TCF=3;TCR=8;TR=9;WE=65420617;WS=65420599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	65427040	rs806607	T	C	699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.13;SOR=0.906;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	65427124	rs809363	A	G	1018.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=14;PP=347;SC=CTGATGGTACATTCAGGATCC;SOR=1.075;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=8;TCR=14;TR=22;WE=65427132;WS=65427114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	65476218	rs375841029	G	C	1575.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=29;PP=917;SC=GTCCCTACTGGTTACATGGGG;SOR=1.071;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=48;TCF=19;TCR=29;TR=47;WE=65476226;WS=65476208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	65822607	rs1385698	T	C	756.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=20;PP=543;SC=ACTGTGGGTGTATCTGCCTCC;SOR=2.147;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=65822615;WS=65822597;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	66765158	.	T	TGCAGCAGCAGCAGCA	708.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=59.06;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	66766356	.	TGGCGGCGGCGGC	T	543.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.45;QD=41.83;SOR=5.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	66941597	rs1337076	T	G	263.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.18;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=1;PP=203;SC=TGGCGAGGGATGGCAATCAGA;SOR=3.056;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=9;TCF=8;TCR=1;TR=9;WE=66941605;WS=66941596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	67331903	.	GCACACA	G,GCA	369.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BRF=0.41;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000,0.5000;FS=0.000;HP=1;HapScore=3;MGOF=19;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MMLQ=22;NF=2,2;NR=8,8;PP=360,63;SC=ATGCACACATGCACACACACA;SOR=1.609;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=10,10;WE=67331916;WS=67331893;set=Intersection	GT:AF:DP	1/2:0.40,0.60:10
chrX	67412906	rs1191948	G	A	1895.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=17;NR=26;PP=794;SC=GGTACACTAGGGTCAATTCAG;SOR=0.963;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=43;TCF=17;TCR=26;TR=43;WE=67412914;WS=67412896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	67429834	rs57516402	CT	C	323.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.950;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.19;ReadPosRankSum=0.747;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,19:0.95:20
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chrX	68749379	rs35383499	G	A	1259.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=45;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=29;NR=6;PP=736;SC=TCAGCTCCCCGAGCACCCCAC;SOR=2.461;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=35;TCF=29;TCR=6;TR=35;WE=68749387;WS=68749369;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	69080840	rs1203003	G	A	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=24;PP=741;SC=CTGTTAAATGGACATTTATAT;SOR=0.986;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=16;TCR=24;TR=40;WE=69080848;WS=69080830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	69261818	rs2281933	A	G	1347.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=22;PP=566;SC=CCCGACTGCCAGGGGAGACAG;SOR=1.179;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=32;WE=69261826;WS=69261808;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	69262423	rs2296767	T	C	525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=11;PP=336;SC=GGGAGCAAAGTAGCAGTAAGC;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=6;TCR=11;TR=17;WE=69262431;WS=69262413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	69459945	rs1152194	C	T	220.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=1;PP=81;SC=AAGAGGAGGTCCTAACACTTT;SOR=1.402;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=69459953;WS=69459935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	69478421	rs72628860	G	T	2262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=18;PP=1007;SC=CTGTCCTGGGGGGTGGCCGCC;SOR=1.065;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=49;TCF=31;TCR=18;TR=49;WE=69478429;WS=69478411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,86:1.00:86
chrX	69478736	rs56217451	T	C	3197.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.065;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.21;ReadPosRankSum=-0.569;SOR=0.249;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,121:0.99:122
chrX	69478942	rs1152187	T	G	3714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=40;NR=43;PP=1749;SC=GGTCCCTTTGTTGCTGGTTGT;SOR=0.722;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=83;TCF=40;TCR=43;TR=83;WE=69478950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,138:1.00:138
chrX	69500852	.	T	TG	52	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.63;FR=0.5100;HP=11;HapScore=2;MGOF=361;MMLQ=24;MQ=59.0;NF=4;NR=0;PP=52;QD=15.25;SC=ATTGGGAAGTTGGGGGGGGGG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=4;WE=69500860;WS=69500842;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	0/1:2,4:0.67:6
chrX	69502054	rs5936549	A	G	403.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.24;SOR=1.244;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	69502479	rs1626469	A	G	1428.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=24;NR=21;PP=805;SC=CATTTTTGCCACTCTTCTTGG;SOR=0.800;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=45;WE=69502487;WS=69502469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	69504073	rs2275412	T	C	182.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.170;SOR=1.139;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chrX	69504078	rs12556489	T	G	790.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=37.66;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	69510335	rs1199470	C	T	322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=8;NR=2;PP=191;SC=AGGGAATTCCCGTAAGAGTGG;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=69510343;WS=69510325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	69553443	rs41306123	G	A	882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=8;PP=327;SC=CATTTGGTTGGTGACTAGCTG;SOR=0.869;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=11;TCR=8;TR=19;WE=69553451;WS=69553433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	69572242	rs1199428	G	A	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=0;PP=23;SC=TTTTATAAGAGCTACACAATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=2;TCR=0;TR=2;WE=69572250;WS=69572235;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	69639698	rs1886892	G	T	1355.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=15;PP=497;SC=TTATCTATGAGAGACCAGTAG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=14;TCR=15;TR=29;WE=69639706;WS=69639688;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	69652762	rs2296542	A	G	1973.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=17;PP=836;SC=CTCCCCACAGAAGATTTGTTA;SOR=1.079;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=45;TCF=28;TCR=17;TR=44;WE=69652770;WS=69652752;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	69668463	rs2281868	A	G	1927.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=22;PP=818;SC=GAACCCTGAGACACTGAAGCA;SOR=0.776;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=43;TCF=21;TCR=22;TR=43;WE=69668471;WS=69668453;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	69672462	rs12850410	G	C	87.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=1;PP=51;SC=AGGGGAGAGAGAGAGGAGCTA;SOR=1.609;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=3;TCF=2;TCR=1;TR=3;WE=69672470;WS=69672452;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	69672655	rs12010766	T	C	304.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.40;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	69713176	.	G	GT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.013;ClippingRankSum=0.000;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.56;ReadPosRankSum=-0.078;SOR=0.557;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,12:0.24:51
chrX	69718314	rs1886890	C	T	1361.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=15;NR=11;PP=440;SC=ACGGGGAGTACTGTACAGAAG;SOR=0.846;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=15;TCR=11;TR=26;WE=69718322;WS=69718304;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	69718533	rs3215810	CTCAT	C	637.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=10;PP=497;SC=GAAGGCTTGACTCATGGCACA;SOR=2.448;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=0;TCR=10;TR=10;WE=69718544;WS=69718523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	69749852	rs1536250	AT	GA	1829.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;JOINED;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=12;PP=325;SC=TAGTCTTTCTATAATCCAAGA;SOR=1.005;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=69749861;WS=69749842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	69774517	rs4844240	A	T	2345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=32;NR=28;PP=1097;SC=TTGTTTCAAAAGTTTTAGTTT;SOR=0.807;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=60;TCF=32;TCR=28;TR=60;WE=69774525;WS=69774507;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	69825109	rs17301881	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=3;PP=213;SC=GGAATTAGCCATTACAAACTT;SOR=2.147;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=69825117;WS=69825099;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	69898742	.	GA	G	27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;FR=0.9998;HP=13;HapScore=2;MGOF=3;MMLQ=24;MQ=56.57;NF=0;NR=2;PP=27;QD=16.0;SC=TTGGTGAGCTGAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=69898750;WS=69898732;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,2:0.67:3
chrX	69964084	rs5902674	G	GA	60.06	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=1;NR=1;PP=33;ReadPosRankSum=0.431;SC=CATTAAAAAGGAAAAAAAATA;SOR=0.707;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=3;TCF=1;TCR=2;TR=2;WE=69964092;WS=69964074;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,5:0.83:6
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chrX	70146034	rs41310635	A	G	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=14;PP=501;SC=GGCACCTGAAAACAAAGTAAA;SOR=0.914;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=10;TCR=14;TR=24;WE=70146042;WS=70146024;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	70146398	rs4360450	A	G	721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=6;PP=348;SC=GGGGAGTGGAACTCTGTGGCT;SOR=0.922;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=10;TCR=6;TR=16;WE=70146406;WS=70146388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	70146475	rs6525447	G	C	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=13;PP=367;SC=GCAGTCCACAGCAGGTCTCCA;SOR=0.997;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=10;TCR=13;TR=23;WE=70146483;WS=70146465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	70148927	rs5936605	T	A	1420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=23;PP=646;SC=AGTCCCTGCCTTTTTCACCTA;SOR=1.101;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=38;TCF=15;TCR=23;TR=37;WE=70148935;WS=70148917;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	70149360	rs5936606	G	A	395.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=9;NR=7;PP=259;SC=CAGCAAACCCGCACATTTAGG;SOR=1.292;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=16;WE=70149368;WS=70149357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	70282696	rs34211894	A	G	974.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=14;NR=7;PP=416;SC=CAGAGAACAAAGCCATACCTT;SOR=1.040;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=14;TCR=7;TR=21;WE=70282704;WS=70282686;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	70321631	rs5980742	T	G	2483.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=34;PP=1166;SC=CATAGCCTATTACCACTCCTA;SOR=0.848;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=61;TCF=27;TCR=34;TR=61;WE=70321639;WS=70321621;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,95:1.00:95
chrX	70330596	rs11574625	T	C	256.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=3;NR=6;PP=197;SC=GTACTGCAGATATCCAGAGCC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=70330604;WS=70330586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	70345593	rs2075790	C	T	3267.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=154;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=18;NR=49;PP=1744;SC=ATACTGCCCTCCCTCCCTCTC;SOR=1.488;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=18;TCR=49;TR=67;WE=70345601;WS=70345583;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chrX	70348317	rs5030617	G	C	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=10;PP=401;SC=GGTTTTGCTAGTGGGGCAGTG;SOR=0.693;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=70348325;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	70351838	rs6525471	C	T	1502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=24;NR=13;PP=665;SC=TGTCCTTCTCCGTCATCTCCG;SOR=1.159;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=39;TCF=24;TCR=15;TR=37;WE=70351846;WS=70351828;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	70356704	rs41298482	C	T	1176.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=24;NR=14;PP=655;SC=AACCCACTCACCCTCTTCCTC;SOR=1.085;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=24;TCR=14;TR=38;WE=70356712;WS=70356694;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	70361273	rs7051453	C	T	1687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=11;NR=45;PP=1246;SC=AGGTTGGGCACGCAGCCAGTG;SOR=2.546;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=57;TCF=12;TCR=45;TR=56;WE=70361281;WS=70361263;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,60:1.00:60
chrX	70361608	rs7056408	T	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	70373216	rs2233440	C	T	812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=17;NR=7;PP=451;SC=GTCCTGGGCCCAGGCCCGGAG;SOR=1.536;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=25;TCF=18;TCR=7;TR=24;WE=70373224;WS=70373206;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	70384267	rs7051693	C	T	676.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=15;PP=412;SC=CCAAGGGAATCGGCCAGCTCT;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=21;WE=70384275;WS=70384257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	70390007	rs112095862	G	GCA	299.27	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.920;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.94;ReadPosRankSum=1.451;SOR=1.329;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,11:0.92:12
chrX	70469182	rs2341539	G	A	1782.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=28;NR=20;PP=896;SC=AAAACATAACGGATACAATTG;SOR=0.990;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=50;TCF=29;TCR=21;TR=48;WE=70469190;WS=70469172;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,67:1.00:67
chrX	70617443	rs5980760	A	G	364.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=9;PP=216;SC=AGTGATTCTCATGCCTCAACT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=70617451;WS=70617433;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	71350133	rs6624595	T	G	2417.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=18;NR=39;PP=1136;SC=TCATCCTTACTCTCTCCTTCC;SOR=1.414;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=58;TCF=19;TCR=39;TR=57;WE=71350141;WS=71350123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,92:1.00:92
chrX	71354684	rs6625946	G	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=11;PP=266;SC=CGCTGTCACGGTCATGGCTCT;SOR=2.833;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=2;TCR=11;TR=13;WE=71354692;WS=71354674;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	71357093	rs6625949	G	A	932.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=22;PP=609;SC=CACCACAGCTGATTCCCCAGT;SOR=1.675;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=11;TCR=22;TR=33;WE=71357101;WS=71357083;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	71357160	rs6625950	G	T	248.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	71363415	rs6624597	C	T	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=20;NR=25;PP=751;SC=CCGATAACCCCAGTACCTAAG;SOR=0.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=45;TCF=20;TCR=25;TR=45;WE=71363423;WS=71363405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	71364479	rs11094247	A	C	1369.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=23;PP=704;SC=CTGTTCCAAAAACCAAGAACA;SOR=1.436;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=71364487;WS=71364469;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	71379881	rs6624600	G	A	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=11;NR=21;PP=666;SC=CAAAGGTACCGAAAGCACAGT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=11;TCR=21;TR=32;WE=71379889;WS=71379871;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	71401607	rs6525589	G	A	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	71401614	rs7058353	C	A	331.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.47;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	71406301	rs6525591	T	C	939.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=13;NR=13;PP=454;SC=CTGTCATCTCTTCTCTAAAGG;SOR=0.746;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=26;TCF=13;TCR=13;TR=26;WE=71406309;WS=71406291;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	71493691	rs7580	C	T	2730.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=36;NR=25;PP=1216;SC=TGCCAGTCTCCAAATCAATCT;SOR=0.985;SbPval=0.7;Source=Platypus;TC=65;TCF=36;TCR=29;TR=61;WE=71493699;WS=71493681;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	71495344	rs3827426	C	T	2637.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=33;NR=22;PP=1016;SC=TATTTGGATACCATAGGGCTG;SOR=0.930;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=33;TCR=22;TR=55;WE=71495352;WS=71495334;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chrX	71495388	rs34563981	T	TCTA	5587.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=30;PP=2371;SC=ATTTAAAACTTCTTACCCATG;SOR=0.810;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=49;TCF=16;TCR=33;TR=45;WE=71495396;WS=71495378;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,125:1.00:125
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chrX	71521867	rs3012627	G	C	1559.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=11;NR=26;PP=848;SC=GTTTCTGCAGGTGCATACTAG;SOR=1.199;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=11;TCR=27;TR=37;WE=71521875;WS=71521857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	71549512	rs660392	G	C	1714.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=18;PP=756;SC=AACCCTGCCTGTCAGCTGCCT;SOR=0.723;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=38;TCF=20;TCR=18;TR=38;WE=71549520;WS=71549502;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	71791975	rs3830710	TA	T	60.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.121;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FS=1.165;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.93;ReadPosRankSum=-0.049;SOR=0.914;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,15:0.23:65
chrX	71813191	rs200569284	C	CT	226.75	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.270;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.80;ReadPosRankSum=2.351;SOR=1.292;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,15:0.71:21
chrX	71819570	rs376497544	AT	A	658.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;BaseQRankSum=1.088;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=37;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.537;HP=10;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.634;NF=14;NR=5;PP=349;ReadPosRankSum=0.864;SC=TTCTTGATTAATTTTTTTTTT;SOR=2.303;SbPval=0.88;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=19;WE=71819578;WS=71819560;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,34:0.94:36
chrX	71933512	.	TCACA	T,TCA	2130.73	.	AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;ClippingRankSum=0.000;DP=123;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.09;MQRankSum=0.409;QD=21.31;ReadPosRankSum=0.785;SOR=0.735;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/2:12,23,65:0.23,0.65:100
chrX	72223371	.	A	G	352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=4;PP=265;SC=TGCGGATGCGAATGCGAAGGT;SOR=1.609;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=13;WE=72223379;WS=72223364;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	72434377	rs147927434	G	A	909.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=27;PP=721;SC=GAGATCGGGAGACCAAACCTC;SOR=4.548;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=29;TCF=2;TCR=27;TR=29;WE=72434385;WS=72434367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	73043817	rs1620574	T	C	1228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.60;SOR=0.866;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,48:1.00:48
chrX	73066439	rs1894271	T	C	1621.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.34;SOR=0.756;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	73067239	.	CT	C	152.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;ClippingRankSum=0.000;DP=40;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=-0.821;SOR=0.883;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,14:0.50:28
chrX	73749319	rs5937843	T	G	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=7;PP=160;SC=AGGGAGTCCTTTTTTCCCTGG;SOR=1.371;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=2;TCR=7;TR=9;WE=73749327;WS=73749309;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	73811695	rs374955178	A	G	222.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.444;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=195;ExcessHet=3.0103;FS=9.348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.79;MQRankSum=-10.137;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.616;SOR=0.242;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,34:0.18:192
chrX	73811737	rs113198776	T	A	472.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.061;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=334;ExcessHet=3.0103;FS=4.377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-13.627;QD=1.42;ReadPosRankSum=6.072;SOR=0.412;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:298,34:0.10:332
chrX	73811739	rs201164156	A	G	462.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.416;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=343;ExcessHet=3.0103;FS=4.362;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-13.820;QD=1.36;ReadPosRankSum=5.891;SOR=0.414;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:307,34:0.10:341
chrX	73811755	rs7883332	C	G	276.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.076;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=403;ExcessHet=3.0103;FS=2.301;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-15.027;QD=0.69;ReadPosRankSum=3.755;SOR=0.473;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:366,34:0.09:400
chrX	73811761	.	G	T	233.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.516;ClippingRankSum=0.000;DP=421;ExcessHet=3.0103;FS=0.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.44;MQRankSum=-15.376;QD=0.56;ReadPosRankSum=3.061;SOR=0.515;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:384,34:0.08:418
chrX	74332585	rs4148838	G	GT	96.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=16.12;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	74375871	rs1039123	G	C	839.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=7;PP=584;SC=CCCGAGGTCAGGAGGGCAACC;SOR=2.303;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=22;TCR=7;TR=29;WE=74375879;WS=74375861;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	74376420	rs5981325	C	T	1489.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=31;NR=15;PP=846;SC=AACGAATCATCTCTTCGTGCG;SOR=1.487;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=46;TCF=31;TCR=15;TR=46;WE=74376428;WS=74376410;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	74494470	rs4892396	T	G	2727.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=42;PP=1326;SC=CCATCATCCGTGACAAGTAAG;SOR=1.190;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=66;TCF=24;TCR=42;TR=66;WE=74494491;WS=74494460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chrX	74494483	rs5981831	A	G	2208.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=18;NR=37;PP=1121;SC=CAAGTAAGCCAAGAGCGGAAG;SOR=1.367;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=55;TCF=18;TCR=37;TR=55;WE=74494491;WS=74494460;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chrX	74511202	rs5981834	G	C	174.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=3;PP=97;SC=TTATCAGATAGAAGATAATTA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=74511210;WS=74511192;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	74523367	rs972561	A	G	317.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=8;PP=217;SC=TAAAATAATTATCTTATGTAA;SOR=1.981;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=10;WE=74523375;WS=74523357;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	74598903	rs5937369	G	A	657.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.19;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=7;PP=459;SC=CTCCCAAGCCGCCTTCTTAGC;SOR=1.802;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=17;TCR=7;TR=24;WE=74598911;WS=74598893;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	74725731	rs375928093	TGA	T	41.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.789;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.368;SOR=0.623;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:74,9:0.11:83
chrX	74961968	rs5938183	G	A	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=9;NR=10;PP=407;SC=GTTCCTTATCGTTTCCATCAT;SOR=0.906;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=9;TCR=10;TR=19;WE=74961976;WS=74961958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	75393056	.	C	CT	399.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.04;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	76139959	rs232961	C	T	79.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.76;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	76939281	rs199929884	G	A	2506.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=97;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=30;NR=41;PP=1267;SC=GTTCACCACCGGTACTTTTAT;SOR=1.076;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=71;TCF=30;TCR=41;TR=71;WE=76939289;WS=76939271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chrX	77296047	rs5913631	G	C	1430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=22;NR=12;PP=583;SC=TCTCCTTTCAGTATATTCCAA;SOR=1.047;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=36;TCF=23;TCR=13;TR=34;WE=77296055;WS=77296037;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	77298857	rs4826245	G	A	402.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=7;NR=5;PP=189;SC=CTTATCAAGAGAGACAGTCAA;SOR=0.941;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=77298865;WS=77298847;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	77528317	rs320995	G	A	2729.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=103;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=39;NR=26;PP=1313;SC=AATGCTTTCTGAATGTAGACA;SOR=1.022;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=65;TCF=39;TCR=26;TR=65;WE=77528325;WS=77528307;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,103:1.00:103
chrX	78426471	rs3810712	C	T	1024.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=41;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=21;NR=8;PP=521;SC=TTTTGAACCACCATTAGGCAA;SOR=1.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=29;TCF=21;TCR=8;TR=29;WE=78426479;WS=78426461;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	78426488	rs3810711	T	C	1312.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=602;SC=GCAAAGATAGTTTCTCTAGAG;SOR=1.473;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=78426496;WS=78426478;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	78426988	rs3827440	T	C	3058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=33;NR=53;PP=1698;SC=TGATGATACCTCTGGCAATAG;SOR=1.149;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=86;TCF=33;TCR=53;TR=86;WE=78426996;WS=78426978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chrX	78617053	rs1736662	A	G	442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=14;PP=369;SC=TAAAAGTGCAAGTTTGTTACT;SOR=5.421;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=0;TCR=14;TR=14;WE=78617061;WS=78617043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	78617999	rs1751133	T	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=16;NR=6;PP=404;SC=TTTGGACAAATTCATTATTTT;SOR=1.931;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=22;TCF=16;TCR=6;TR=22;WE=78618007;WS=78617989;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	78618050	rs1751134	A	G	1201.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=25;NR=12;PP=715;SC=AAATGCTTATATAAAAATTTG;SOR=1.559;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=38;TCF=26;TCR=12;TR=37;WE=78618058;WS=78618040;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	79277627	rs3048712	GGTTTT	G	457.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=41.61;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	79283388	rs7877748	T	C	758.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.16;SOR=1.942;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	79943569	rs3122407	T	C	2499.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=26;NR=26;PP=948;SC=TTTACTCACCTTTCTTCCAGA;SOR=0.714;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=26;TCR=26;TR=52;WE=79943577;WS=79943559;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	79947186	rs12689192	C	A	332.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=11;NR=0;PP=249;SC=AATATTAAAACTAGAATCACT;SOR=4.977;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=11;WE=79947194;WS=79947176;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	79989018	rs4240018	C	G	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.67;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=3;PP=51;SC=ACAGATTTTTCGTTAAAATGG;SOR=0.804;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=5;WE=79989026;WS=79989008;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	79991590	.	T	TA	39.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.308;ClippingRankSum=0.000;DP=23;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.09;ReadPosRankSum=-1.011;SOR=1.140;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,6:0.32:19
chrX	79999796	rs58601634	T	TCAC	861.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=0;NR=11;PP=592;SC=AAGCAGAAATTCACAATACCC;SOR=1.721;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=11;WE=79999804;WS=79999786;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	80048998	rs7054751	C	T	296.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=1;PP=202;SC=AAAACAAAAACAACATTGGCA;SOR=4.977;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=80049006;WS=80048988;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	82764040	rs5921978	A	G	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=98;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=45.53;SOR=0.826;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	82764040	.	AGG	GGC	2940	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;FR=1.0000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MMLQ=24;MQ=59.93;NF=36;NR=30;PP=2940;QD=20;SC=GCAGGTTCGAAGGCTTGCAGC;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=69;TCF=37;TCR=32;TR=66;WE=82764050;WS=82764030;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:3,66:0.96:69
chrX	82764042	rs5921979	G	C	4279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.12;SOR=0.845;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	83116204	rs142474490	G	C	1989.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=80;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.19;SOR=0.770;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	83119939	rs5922000	T	C	262.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.07;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=1;NR=9;PP=243;SC=TTGAATAGCCTAAAAACTTAG;SOR=3.258;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=10;WE=83119947;WS=83119929;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	83319457	.	T	TA	111.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;ClippingRankSum=0.000;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.356;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.94;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,12:0.32:38
chrX	83442983	.	CCCGCCGCCGCCG	C	1593.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=1;NR=16;PP=2992;SC=ATTGAACTGGCCCGCCGCCGC;SOR=1.270;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=25;TCF=1;TCR=24;TR=17;WE=83443002;WS=83442973;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	83588660	rs5922965	A	G	30.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=15.37;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	84534383	rs2227090	A	C	914.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.644;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FS=3.107;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.78;ReadPosRankSum=0.532;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,40:0.95:42
chrX	84563135	rs363774	T	A	1685.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=12;PP=813;SC=CTTACTGTCATATCATTTTGA;SOR=1.366;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=41;TCF=29;TCR=12;TR=41;WE=84563143;WS=84563125;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	85236824	.	T	TA	50.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;ClippingRankSum=0.000;DP=24;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.871;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:10,7:0.41:17
chrX	85282415	rs1015148	G	A	520.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=10;NR=5;PP=255;SC=CATACGTACAGACATATATGT;SOR=1.402;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=10;TCR=5;TR=15;WE=85282423;WS=85282405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	85906213	rs6623751	C	T	764.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=12;PP=306;SC=TCTTACTGTTCTATTGTGGGG;SOR=0.892;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=85906221;WS=85906203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	85969783	rs147817660	T	C	751.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=11;NR=12;PP=378;SC=TTTGATAAAATATTTACAATC;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=23;TCF=11;TCR=12;TR=23;WE=85969791;WS=85969773;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	86070935	rs3761542	T	C	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=4;NR=1;PP=73;SC=CAAGGTCTTATGTTATCTATA;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=86070943;WS=86070925;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	88008423	rs5940915	A	C	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=4;PP=285;SC=AGGATGAGTTATCCTACTAAA;SOR=1.721;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=10;TCR=4;TR=14;WE=88008431;WS=88008413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	88009322	rs5984613	A	G	629.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=12;PP=301;SC=TGGGAATTAAATTAAATTGGG;SOR=1.136;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=88009330;WS=88009312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	89177024	rs5983979	A	G	433.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=14;NR=1;PP=380;SC=TCCCAAACCTACCTTTGTCCT;SOR=3.912;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=89177032;WS=89177014;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	89177673	rs2290380	G	A	4724.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=183;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=50;NR=61;PP=2203;SC=CAAGGTTTCTGTCACATCCCC;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=112;TCF=51;TCR=61;TR=111;WE=89177681;WS=89177663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,178:1.00:178
chrX	91147703	rs35310035	A	AT	165.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.09;MQRankSum=-1.090;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.832;SOR=0.813;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:15,15:0.50:30
chrX	91758965	rs5942264	C	T	185.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=45.40;QD=23.22;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	92927634	rs1045686	G	C	3468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=136;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=41;NR=55;PP=1887;SC=ATTTCTTTAGGAACTTCCTTT;SOR=0.945;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=97;TCF=42;TCR=55;TR=96;WE=92927642;WS=92927624;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,131:1.00:131
chrX	96171416	.	GT	G	55.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.114;ClippingRankSum=-0.000;DP=13;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.64;ReadPosRankSum=-0.469;SOR=0.631;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,7:0.58:12
chrX	96197175	rs5920973	G	A	423.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=8;PP=184;SC=ATTGTGTTTTGTGCCTTCTGT;SOR=1.371;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=12;TCF=4;TCR=8;TR=11;WE=96197183;WS=96197165;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	96213213	rs5966792	T	C	544.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=14;PP=409;SC=TGTGTACACATTGTATAATGT;SOR=1.508;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=21;WE=96213221;WS=96213203;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	99663559	.	CCAG	C	45	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.51;FR=0.5000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MMLQ=21;MQ=60.0;NF=0;NR=2;PP=45;QD=31.5;SC=CACAGTATGGCCAGCAGCAGC;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=14;TCF=1;TCR=13;TR=2;WE=99663569;WS=99663549;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,2:0.14:14
chrX	99849017	rs2073162	G	A	1969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=19;NR=30;PP=795;SC=CATTGGAAGTGCACGACTTTA;SOR=0.976;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=49;TCF=19;TCR=30;TR=49;WE=99849025;WS=99849007;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	99849051	rs2073163	T	C	942.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=20;PP=666;SC=GATGTTTTCCTCCTAAGGCTT;SOR=1.681;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=8;TCR=20;TR=28;WE=99849059;WS=99849041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	99919733	rs2022475	G	A	940.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=19;NR=8;PP=510;SC=CCAGATAGTCGCACAAGCCAC;SOR=1.483;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=27;WE=99919741;WS=99919723;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	99930886	.	T	TACACACAC	85.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;ClippingRankSum=-0.000;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.319;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:1,3:0.75:4
chrX	99930892	rs4828041	T	C	183.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.29;BaseQRankSum=-0.000;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=23;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=28;MQRankSum=-0.000;NF=8;NR=0;PP=143;ReadPosRankSum=-0.319;SC=TTTGTACACATACACACACAC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=8;TCF=8;TCR=0;TR=8;WE=99930900;WS=99930882;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,7:0.88:8
chrX	99941705	rs2022039	T	C	2297.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=25;PP=1032;SC=AGTGGATTAATAGTGTCCCGC;SOR=0.716;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=52;TCF=27;TCR=25;TR=52;WE=99941713;WS=99941695;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chrX	99943244	rs5921627	G	C	665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=5;PP=423;SC=CCTGAAAAGAGTGACTAGGAT;SOR=1.519;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=15;TCR=5;TR=20;WE=99943252;WS=99943234;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	99956157	rs5967170	T	C	396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=5;PP=318;SC=GTTAAGATGCTACCAGTCAGA;SOR=1.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=99956165;WS=99956147;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	100242305	rs5921702	G	A	345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=3;PP=197;SC=CTCTTTGAATGAGAGTGACTG;SOR=1.765;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=12;WE=100242313;WS=100242295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	100242536	rs41307262	C	T	1123.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=14;PP=473;SC=GAAAGATGCTCATCACACAGG;SOR=0.836;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=11;TCR=14;TR=25;WE=100242544;WS=100242526;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	100243291	rs45558334	G	A	6434.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=258;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.95;QD=25.84;SOR=0.875;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chrX	100243459	rs3934462	G	T	2249.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=19;NR=51;PP=1344;SC=CTAGGAGAATGAGAGCTCAGA;SOR=1.582;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=70;TCF=19;TCR=51;TR=70;WE=100243467;WS=100243449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,84:1.00:84
chrX	100245606	rs6523438	A	G	3074.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=37;PP=1275;SC=GATGGCATCCATTGAGAATGA;SOR=0.710;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=72;TCF=35;TCR=37;TR=72;WE=100245614;WS=100245596;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,121:1.00:121
chrX	100265552	rs5921705	T	A	358.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=5;PP=158;SC=AATAGCCTGCTGTCTTCTAGG;SOR=1.112;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=100265560;WS=100265542;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	100265713	rs7885599	T	C	528.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=6;PP=169;SC=AAACAGAACATAGCATCAGTT;SOR=0.693;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=12;TCF=6;TCR=6;TR=12;WE=100265721;WS=100265703;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	100275630	rs200657512	AGTTT	A	2286.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=23;PP=1351;SC=TAGGTGTGGTAGTTTGTTTGT;SOR=1.287;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=31;TCF=5;TCR=26;TR=28;WE=100275641;WS=100275620;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	100357194	rs12156858	C	G	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	100357201	rs12156663	T	C	196.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=39.38;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	100357417	rs59141949	CT	C	145.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=43;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=46;SC=TGAGGAAATGCTTTTTTTTTC;SOR=0.693;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=100357425;WS=100357407;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	100357505	.	C	CACACACACAT	208	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;FR=0.9998;HP=2;HapScore=2;MGOF=69;MMLQ=27;MQ=57.01;NF=0;NR=2;PP=208;QD=107.0;SC=CACACACACACATATATATAT;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=100357513;WS=100357495;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	100375370	rs56066672	TA	T	1029.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=10;PP=550;SC=TTTCTCTTAATATTTTTTTAT;SOR=0.756;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=100375378;WS=100375360;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	100375865	.	CTT	C	106.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.043;ClippingRankSum=0.000;DP=38;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.34;ReadPosRankSum=-0.715;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chrX	100383616	rs112057339	G	A	468.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=8;NR=5;PP=187;SC=ACCATGCCCAGCCTATTTTTG;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=8;TCR=5;TR=13;WE=100383624;WS=100383606;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	100383840	rs7884828	A	C	913.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=15;PP=366;SC=GAATTGAGTGAGGATGGACCA;SOR=1.061;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=25;TCF=10;TCR=15;TR=25;WE=100383848;WS=100383830;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	100395547	rs2273379	T	G	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=0;PP=158;SC=GTTCAAAATTTGATGTGGTCA;SOR=4.407;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=7;TCF=7;TCR=0;TR=7;WE=100395555;WS=100395540;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	100400023	rs2295376	A	G	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=19;NR=7;PP=488;SC=TTGCTACTCTATATCTGAATG;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=27;TCF=19;TCR=8;TR=26;WE=100400031;WS=100400013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	100416757	rs112993398	A	G	194.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=6;PP=155;SC=TATCTAGGATATAACTTTTGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=1;TCR=6;TR=7;WE=100416765;WS=100416747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	100490933	rs7066252	G	C	273.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=3;PP=145;SC=GAACGGGTCTGTTGGTGCCTC;SOR=1.270;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=100490941;WS=100490923;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	100505617	rs3747280	G	C	555.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=12;PP=254;SC=GTTGCAGGAAGGGTGGGAAGA;SOR=1.931;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=14;TCF=2;TCR=12;TR=14;WE=100505625;WS=100505607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	100511098	rs3213505	C	T	430.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=3;PP=163;SC=TTTCCCCACACCCATGCAGAG;SOR=1.371;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=7;TCR=3;TR=10;WE=100511106;WS=100511088;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	100514986	rs5967281	G	A	1431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=20;NR=7;PP=515;SC=GAGTCTGTCAGAGTAAGGTCA;SOR=1.302;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=27;TCF=20;TCR=7;TR=27;WE=100514994;WS=100514976;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,56:1.00:56
chrX	100531204	rs3761514	T	C	800.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=17;NR=5;PP=494;SC=GATAACTTCTTGAGCTTAGCT;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=17;TCR=5;TR=22;WE=100531212;WS=100531194;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	100532491	.	G	GT	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.676;SOR=0.527;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:16,7:0.30:23
chrX	100532621	rs35899692	T	C	1480.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=23;PP=720;SC=TGCTTGTGGCTGCTCATTCCC;SOR=0.762;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=48;TCF=24;TCR=24;TR=47;WE=100532629;WS=100532611;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	100532924	rs3788765	A	G	704.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=8;PP=488;SC=CATTTCAAAGAATCTTAAGTT;SOR=1.445;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=26;TCF=18;TCR=8;TR=26;WE=100532932;WS=100532914;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	100532985	rs3788764	T	C	1886.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=77;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=19;PP=832;SC=TTCGTCAGCATGTACAAATGG;SOR=1.209;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=54;TCF=35;TCR=19;TR=53;WE=100532993;WS=100532975;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	100537154	rs5991927	G	A	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=5;PP=243;SC=GATTACAAGCGTGAGCCACCG;SOR=1.329;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=100537162;WS=100537144;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	100547933	rs5951328	A	G	1814.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.93;SOR=1.011;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	100604757	rs700	T	G	293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=7;NR=2;PP=168;SC=AGGGGCCTTTTTGTATTGAGT;SOR=1.802;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=9;WE=100604765;WS=100604747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	100609547	rs2071223	G	A	1114.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=23;NR=10;PP=591;SC=GATTAAAACTGTAACACCTAC;SOR=1.556;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=34;TCF=23;TCR=11;TR=33;WE=100609555;WS=100609537;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	100615023	rs2746110	T	G	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.66;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=0;PP=111;SC=TATATATATATAGAGAGAGAG;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=6;TCR=0;TR=6;WE=100615031;WS=100615013;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	100617372	rs2071222	T	C	130.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=2;PP=100;SC=TCACATAGCTTGGAGAGCAGA;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=5;TCF=3;TCR=2;TR=5;WE=100617380;WS=100617362;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	100742551	rs2361298	G	A	850.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=9;PP=380;SC=TGTTCTACCAGGGACTCGGTT;SOR=0.880;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=12;TCR=9;TR=21;WE=100742559;WS=100742541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	100743037	rs963618	C	T	1066.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.61;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=9;PP=306;SC=TTAGGGTGTACTGCCAAGAGA;SOR=0.739;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=9;TCR=9;TR=18;WE=100743045;WS=100743027;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	100743826	rs5951332	A	G	2173.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=22;PP=821;SC=AAGTGGGCCTAGGGCTGAAGT;SOR=0.717;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=45;TCF=23;TCR=22;TR=45;WE=100743834;WS=100743816;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,83:1.00:83
chrX	100745825	rs5951333	T	C	2777.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=40;NR=34;PP=1466;SC=TCTGCCCGGCTCCAGGCTGTG;SOR=0.772;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=75;TCF=40;TCR=35;TR=74;WE=100745833;WS=100745815;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,104:1.00:104
chrX	100748078	rs5991911	A	G	888.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=14;NR=16;PP=569;SC=TCCTGGGCTGACACTGGGGAC;SOR=0.811;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=30;TCF=14;TCR=16;TR=30;WE=100748086;WS=100748068;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	100749038	rs34379067	C	T	415.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQRankSum=1.036;QD=8.49;ReadPosRankSum=-1.209;SOR=0.569;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,16:0.33:49
chrX	100749041	.	A	G	404.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.052;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.52;MQRankSum=0.945;QD=7.94;ReadPosRankSum=-2.561;SOR=0.511;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,16:0.31:51
chrX	100749050	rs190396007	C	T	283.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.526;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=2.513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.05;MQRankSum=1.659;QD=6.31;ReadPosRankSum=-2.090;SOR=1.375;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:35,10:0.22:45
chrX	100749065	rs183076981	A	G	146.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.91;MQRankSum=1.041;QD=3.19;ReadPosRankSum=-1.017;SOR=0.484;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:42,4:0.09:46
chrX	100749071	.	G	A	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.95;MQRankSum=-0.745;QD=0.71;ReadPosRankSum=-2.078;SOR=0.267;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:43,6:0.12:49
chrX	100749127	rs5951336	A	G	976.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.78;QD=24.42;SOR=1.445;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	100749585	rs3174476	C	T	1031.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=40;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=9;PP=571;SC=AGTTTGCACACCAAAGTGAGG;SOR=1.179;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=25;TCF=16;TCR=9;TR=25;WE=100749593;WS=100749575;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	100911066	rs3850315	C	T	1458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=24;NR=20;PP=917;SC=CAAGCAGGTGCTGGTAGTCAT;SOR=0.808;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=24;TCR=20;TR=44;WE=100911074;WS=100911056;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	101138792	rs5944882	T	C	2456.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=96;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=36;PP=1361;SC=CTGATGTTTCTGTTTATGACC;SOR=0.874;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=70;TCF=34;TCR=36;TR=69;WE=101138800;WS=101138782;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	101141776	rs67953349	AC	A	140.87	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=4;PP=161;SC=TTAGAACTGGACCAAAAATTT;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=6;TCF=1;TCR=5;TR=5;WE=101141784;WS=101141766;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	101141793	rs5944778	G	A	129.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=38;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=4;PP=109;SC=ATTTATTAGAGACCATCTACT;SOR=1.022;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=6;TCF=2;TCR=4;TR=6;WE=101141801;WS=101141783;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	101395780	rs11408120	T	TG	2625.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;BaseQRankSum=-1.311;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=94;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=-1.017;NF=8;NR=47;PP=2188;ReadPosRankSum=0.803;SC=GTTGTCCCCTTGGGCGAATGG;SOR=0.385;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=57;TCF=8;TCR=49;TR=55;WE=101395788;WS=101395770;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,81:0.99:82
chrX	101587717	.	T	C	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.55;QD=34.34;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	101587723	.	TC	T	285.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.23;QD=40.82;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	101623586	.	ATGG	A	2589.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.352;ClippingRankSum=0.000;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.61;MQRankSum=0.426;QD=37.00;ReadPosRankSum=1.213;SOR=7.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,69:0.99:70
chrX	102174289	rs34889669	T	C	31.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=55.41;QD=15.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	102564583	rs7557	A	G	1656.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=21;NR=23;PP=793;SC=ACTGCCCGCAAACTATGACTC;SOR=0.790;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=44;TCF=21;TCR=23;TR=44;WE=102564591;WS=102564573;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,63:1.00:63
chrX	102831217	rs221946	C	T	138.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=4;NR=1;PP=79;SC=GTAAATATTTCAGGCTTTGTG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=102831225;WS=102831207;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	102832163	rs188647020	G	C	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=2;NR=6;PP=145;SC=GATGCAATATGCATATAGATA;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=2;TCR=6;TR=8;WE=102832171;WS=102832153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	102840421	rs221931	G	T	367.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.26;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=13;NR=3;PP=307;SC=GGAACTCCTGGGCTGCGGCAT;SOR=2.985;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=16;WE=102840429;WS=102840411;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	102842041	rs11010	T	C	2465.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=27;NR=37;PP=953;SC=AGGCCATACATGATATGAATT;SOR=0.866;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=27;TCR=37;TR=64;WE=102842049;WS=102842031;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,98:1.00:98
chrX	102978806	rs5945807	G	C	1438.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=23;NR=16;PP=636;SC=GCATCGTGCAGGTCTGGATGT;SOR=1.047;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=39;TCF=23;TCR=16;TR=39;WE=102978814;WS=102978796;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	102979486	rs4907817	T	C	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=15;PP=359;SC=GTCTTGGTGATGGAGCTGAAA;SOR=1.214;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=22;TCF=7;TCR=15;TR=22;WE=102979494;WS=102979476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	103031700	rs11371342	A	AG	385.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.72;QD=29.67;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	103036412	rs521895	A	G	295.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=1;NR=8;PP=201;SC=TTGCCCACACAACTTCGTTAT;SOR=3.258;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=1;TCR=9;TR=9;WE=103036420;WS=103036402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	103267865	rs553509	C	T	844.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=13;PP=399;SC=GCGGGCCAGGCGACCAGCCTC;SOR=1.112;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=21;TCF=8;TCR=13;TR=21;WE=103267873;WS=103267855;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	103268241	rs7885967	G	A	2396.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=93;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=29;PP=1040;SC=ATGGCTCCACGTCTCGGGCCA;SOR=0.715;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=55;TCF=26;TCR=29;TR=55;WE=103268249;WS=103268231;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	103274226	rs494006	A	G	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=7;PP=175;SC=GCAAAAAGTAAACAAATGTGA;SOR=1.445;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=3;TCR=7;TR=10;WE=103274234;WS=103274216;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	103294760	rs2301384	C	T	1472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=23;NR=17;PP=864;SC=GCAGGTTCACCAGGGCCTCAG;SOR=0.853;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=23;TCR=17;TR=40;WE=103294768;WS=103294750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	103495292	rs144173947	AG	GC	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;JOINED;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=6;PP=994;SC=GCCATGCGTGAGCCGGGTGGC;SOR=1.609;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=24;TCF=18;TCR=6;TR=24;WE=103495301;WS=103495282;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	104464276	rs375033944	CA	C	9370.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=15;NR=52;PP=2725;SC=CCACAACCTCCAACATCCCCT;SOR=0.722;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=67;TCF=15;TCR=52;TR=67;WE=104464289;WS=104464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,209:1.00:209
chrX	104464281	rs367644904	TC	T	9405.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=12;NR=52;PP=2453;SC=ACCTCCAACATCCCCTCTGCT;SOR=0.703;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=70;TCF=14;TCR=56;TR=64;WE=104464289;WS=104464266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,211:1.00:211
chrX	105153001	rs209372	A	G	3362.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=124;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=47;NR=33;PP=1669;SC=TGAAGGCTAAAGCCTCTAAAC;SOR=0.924;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=81;TCF=48;TCR=33;TR=80;WE=105153009;WS=105152991;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chrX	105179132	rs209095	C	T	1397.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=32;NR=10;PP=849;SC=TAGTAATTTCCCTTATTATCT;SOR=1.958;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=43;TCF=32;TCR=11;TR=42;WE=105179140;WS=105179122;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,50:1.00:50
chrX	105278361	rs1804495	C	A	2474.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=95;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=24;NR=37;PP=1176;SC=TTGGAACAAACAAGTCAACCC;SOR=0.924;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=61;TCF=24;TCR=37;TR=61;WE=105278369;WS=105278351;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	106028279	.	G	GT	59.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.61;BaseQRankSum=2.154;ClippingRankSum=0.000;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=0.5005;FS=4.561;HP=12;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=3;NR=1;PP=44;ReadPosRankSum=0.754;SC=AATACCTGCTGTTTTTTTTTT;SOR=1.492;SbPval=0.16;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=4;WE=106028287;WS=106028269;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:13,7:0.35:20
chrX	106184601	.	TGAGAGA	T	43.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;ClippingRankSum=0.000;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=3.468;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.071;SOR=0.105;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:12,4:0.25:16
chrX	106841056	.	TGAG	T	526.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.852;ClippingRankSum=0.000;DP=77;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.687;SOR=0.722;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:50,17:0.25:67
chrX	107328436	rs807178	G	A	1279.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=24;PP=666;SC=TAGGTAGTCTGAAGTGCATAT;SOR=1.473;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=35;TCF=11;TCR=24;TR=34;WE=107328444;WS=107328426;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	107332133	rs201894843	GA	G	1372.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=63;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=10;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=23;PP=558;SC=AAAAAAGCAAGAAAAAAAATA;SOR=0.941;SbPval=0.75;Source=Platypus;TC=28;TCF=3;TCR=25;TR=25;WE=107332141;WS=107332123;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	107371904	rs61191454	TA	T	112	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.00;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	107393330	rs3215492	T	TG	1785.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=56;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=11;PP=882;SC=ACAACAGCAGTGGGCCAGGAC;SOR=1.159;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=24;TCF=13;TCR=11;TR=22;WE=107393338;WS=107393320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,55:1.00:55
chrX	107396365	rs1883411	G	A	135.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=3;PP=76;SC=ACATATAGCAGTTGTTTTATG;SOR=1.329;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=1;TCR=3;TR=4;WE=107396373;WS=107396355;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	107415825	rs2881142	T	C	447.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.88;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	107418281	rs2295914	C	T	1220.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=48;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=18;NR=10;PP=512;SC=TATGAAGCCTCTCTTGAGCAT;SOR=1.022;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=18;TCR=10;TR=28;WE=107418289;WS=107418271;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	107418906	rs4623610	A	G	2032.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=26;PP=932;SC=GAGTACCAGCACGTCCAGATG;SOR=0.798;SbPval=0.48;Source=Platypus;TC=51;TCF=23;TCR=28;TR=49;WE=107418914;WS=107418896;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	107423674	.	TACAC	T	1187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.100;ClippingRankSum=0.000;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=0.433;QD=37.12;ReadPosRankSum=-0.400;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,31:0.97:32
chrX	107430579	rs1266715	G	A	1242.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=23;PP=705;SC=TCTGACTACAGGAAAGAGGTA;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=35;TCF=12;TCR=23;TR=35;WE=107430587;WS=107430569;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	107433688	rs1042065	A	G	2009.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=26;PP=1104;SC=GGGAACCCTGACTCTTTGTTG;SOR=0.864;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=58;TCF=32;TCR=26;TR=57;WE=107433696;WS=107433678;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	107437848	rs1266719	G	C	1812.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=70;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	107438119	rs1266720	G	T	37.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.87;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	107448639	rs1266730	G	T	1882.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=19;NR=22;PP=688;SC=GCATATGGAAGGCAGACTGTA;SOR=0.804;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=41;TCF=19;TCR=22;TR=41;WE=107448647;WS=107448629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	107450101	rs1266732	T	G	515.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=8;NR=12;PP=330;SC=AAGGCTAGAGTTTATATCATT;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=20;TCF=8;TCR=12;TR=20;WE=107450109;WS=107450091;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	107455014	rs1266736	C	T	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=6;PP=122;SC=CACACACTTACAGTCTTTTTA;SOR=1.112;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=107455022;WS=107455004;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	107463090	rs201304389	CCCATATTGTATT	C	412.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=7;PP=2231;SC=TACCCCCCTCCCCATATTGTA;SOR=1.609;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=1;TCR=7;TR=8;WE=107463109;WS=107463080;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	107918007	rs200814705	CT	C	115.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.300;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=1.987;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.272;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,12:0.67:18
chrX	108708516	rs502209	C	T	1859.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=72;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.57;SOR=0.750;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,70:1.00:70
chrX	108904729	rs839408	C	T	384.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.63;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	108917757	rs5942830	T	C	540.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=15;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=10;PP=265;SC=AAACATGTTGTAATTCAAGTA;SOR=1.230;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=108917765;WS=108917747;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	108917773	rs5943413	A	G	407.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=9;PP=235;SC=AAGTATTAATAACAAATACAG;SOR=1.244;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=108917781;WS=108917763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	109298414	rs12841904	G	A	171.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=0;PP=52;SC=GTGTGCTATGGCCATGCTATT;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=109298422;WS=109298404;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	109325486	rs5942887	T	C	1251.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=15;NR=14;PP=616;SC=AGCCTGGCAGTCTTCTGCCTC;SOR=0.735;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=15;TCR=14;TR=29;WE=109325494;WS=109325476;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,47:1.00:47
chrX	109387928	rs946820	G	A	1092.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=22;NR=10;PP=650;SC=TGGGATTGCTGAAATATGGGT;SOR=1.501;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=32;TCF=22;TCR=10;TR=32;WE=109387936;WS=109387918;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,41:1.00:41
chrX	110435484	.	T	TA	30	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.55;FR=0.5000;HP=10;HapScore=2;MGOF=1;MMLQ=24;MQ=60.0;NF=0;NR=4;PP=30;QD=10.5;SC=CAACTTCGCCTAAAAAAAAAA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=16;TCF=1;TCR=15;TR=4;WE=110435492;WS=110435474;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/0:12,4:0.25:16
chrX	110644170	rs201805884	T	C	486.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=5;PP=311;SC=AACATGATCATCTAAGAATTT;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=9;TCR=5;TR=14;WE=110644178;WS=110644160;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	110971409	rs370438099	A	G	931.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=12;NR=10;PP=408;SC=TCTCTCTGATACAGAATCATG;SOR=0.752;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=12;TCR=10;TR=22;WE=110971417;WS=110971399;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	111155487	rs145392920	C	T	519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=11;NR=6;PP=260;SC=AGGCTTTAAGCTTCCCTGAAA;SOR=1.127;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=18;TCF=11;TCR=7;TR=17;WE=111155495;WS=111155477;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	111156163	rs41311741	C	T	89.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=2;PP=23;SC=ATTCTTTTGACCTCCTAAACC;SOR=1.609;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=111156171;WS=111156153;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	111698036	rs6568050	T	C	1525.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=19;PP=837;SC=ATTCTGCGGCTTCAAATGCAG;SOR=0.960;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=44;TCF=25;TCR=19;TR=44;WE=111698044;WS=111698026;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	111698613	rs7053563	T	C	2464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=33;NR=27;PP=1102;SC=ACAAGAAACATAGTGACAGGC;SOR=0.870;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=63;TCF=33;TCR=30;TR=60;WE=111698621;WS=111698603;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,96:1.00:96
chrX	114082535	rs5946005	G	A	1828.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=36;NR=18;PP=994;SC=TTTGGATGACGTGTTCTTGTC;SOR=1.276;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=55;TCF=37;TCR=18;TR=54;WE=114082543;WS=114082525;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	114357027	rs150792620	C	T	245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=2;PP=130;SC=CTAAGAAGAACCCCAGTTTGC;SOR=1.609;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=114357035;WS=114357017;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	114400318	rs4361922	T	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=8;PP=352;SC=TGTAAGAGTTTGCTAAAGACA;SOR=0.693;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=9;TCR=8;TR=17;WE=114400326;WS=114400308;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	114425181	.	A	AGAGGCCGCTCGCCCAACGCCCACAGCG	4887.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.64;DP=100;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=16;PP=2965;SC=CGAGGAGTACAGAGGCCGCTC;SOR=0.906;SbPval=0.83;Source=Platypus;TC=31;TCF=10;TCR=21;TR=21;WE=114425189;WS=114425171;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	114425400	rs12857270	G	A	3789.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=142;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=48;NR=44;PP=1850;SC=CGACTGCTGCGGAGGAGGAGG;SOR=0.811;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=94;TCF=48;TCR=46;TR=92;WE=114425408;WS=114425390;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,142:1.00:142
chrX	114426171	rs5946294	C	T	6215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;BaseQRankSum=2.152;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=242;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.085;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=82;NR=73;PP=2965;ReadPosRankSum=1.478;SC=CAGCGGAGGCCGCTCGCCTGA;SOR=0.291;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=157;TCF=83;TCR=74;TR=155;WE=114426179;WS=114426161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,235:1.00:236
chrX	114426917	rs4911809	C	T	3946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=155;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=52;NR=53;PP=1925;SC=TCAAGAGTTACGGCCTGAGCG;SOR=0.719;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=105;TCF=52;TCR=53;TR=105;WE=114426925;WS=114426907;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,152:1.00:152
chrX	117117398	.	G	GA	109.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.951;ClippingRankSum=0.000;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.57;ReadPosRankSum=0.114;SOR=0.399;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:14,10:0.42:24
chrX	117520188	rs143930602	C	G	102.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.58;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	117527945	rs10127330	C	G	1379.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=44;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=18;NR=9;PP=534;SC=AATCAAGCCACTTTCCTCACA;SOR=1.402;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=27;TCF=18;TCR=9;TR=27;WE=117527953;WS=117527935;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	117527965	rs10127331	C	T	1579.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=19;NR=10;PP=497;SC=AGGGTTGTTACAAGAATCAAA;SOR=1.483;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=30;TCF=19;TCR=11;TR=29;WE=117527978;WS=117527955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	117527970	rs34108225	AT	A	1537.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=10;PP=857;SC=TGTTACAAGAATCAAACAAAA;SOR=1.542;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=21;TCF=10;TCR=11;TR=20;WE=117527978;WS=117527955;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	117528142	rs6603401	C	T	3665.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=148;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=38;NR=38;PP=1295;SC=AAATAGTTACCGCCCAGGTTG;SOR=0.721;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=76;WE=117528150;WS=117528132;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,144:1.00:144
chrX	117531099	rs5956969	C	A	481.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=9;PP=216;SC=TTTGTCATTTCTAGTATTTCA;SOR=1.609;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=11;WE=117531107;WS=117531089;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	117532516	rs6646189	C	T	695.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=16;PP=448;SC=TTAAATCATGCTCCATGTAGT;SOR=1.445;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=117532524;WS=117532506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	117544746	rs5956977	C	T	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.65;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=0;PP=76;SC=TTCTAGAATACTGTATTCTCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=4;TCR=0;TR=4;WE=117544754;WS=117544736;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	117570954	rs10590176	TCTG	T	143	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=126;SC=AAGGAAATATTCTGCTGATCT;SOR=3.258;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=3;WE=117570964;WS=117570944;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	117577774	rs5957001	C	G	231.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=38.64;SOR=2.303;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chrX	117677349	rs1294781	G	T	167.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=1;PP=68;SC=CATAAAGGAAGATCCCAGTAC;SOR=1.609;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=4;TCR=1;TR=5;WE=117677357;WS=117677339;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	117677642	rs1294780	A	G	1210.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=13;NR=21;PP=572;SC=GGCCGGGTGCAGTGGCTCACG;SOR=1.203;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=34;TCF=13;TCR=21;TR=34;WE=117677650;WS=117677632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,46:1.00:46
chrX	117679234	rs55694052	CT	C	427.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.83;MQRankSum=0.463;QD=17.11;ReadPosRankSum=-1.434;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,24:0.96:25
chrX	117783216	rs67111188	T	C	100.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.01;SOR=3.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	117810831	rs5957040	C	T	589.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=9;NR=15;PP=399;SC=AAAGAAAGAACAGGGGCTTTG;SOR=1.426;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=9;TCR=15;TR=24;WE=117810839;WS=117810821;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	117817266	rs4372173	C	T	458.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=4;NR=6;PP=111;SC=TCAAAATGCACAACCTTAAAG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=10;TCF=4;TCR=6;TR=10;WE=117817274;WS=117817256;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	117874898	rs2246663	T	C	257.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.15;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=9;NR=1;PP=228;SC=TACTGTCTTGTCCTCTAGGAC;SOR=3.056;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=10;TCF=9;TCR=1;TR=10;WE=117874906;WS=117874888;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	117925584	.	C	CA	31.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.055;ClippingRankSum=0.000;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=3.969;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.13;ReadPosRankSum=-1.425;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:20,8:0.29:28
chrX	118108785	rs3813933	T	C	3269.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=131;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=27;PP=992;SC=GCTTGCCCGCTGAGGTCAGCA;SOR=0.788;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=64;TCF=37;TCR=27;TR=64;WE=118108793;WS=118108775;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,130:1.00:130
chrX	118121103	.	C	T	1963.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=21;NR=37;PP=1002;SC=TGTGGGCAAACGTGGGGAGTG;SOR=1.349;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=58;TCF=21;TCR=37;TR=58;WE=118121111;WS=118121093;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,76:1.00:76
chrX	118124694	rs3827453	G	C	237.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=0;NR=5;PP=109;SC=CCCCTTCCCAGAGACTGCATT;SOR=2.093;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=118124702;WS=118124684;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	118146810	rs5910481	C	T	464.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	118250710	rs5957111	A	C	196.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=21.86;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	118281538	rs5910522	C	A	514.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.74;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	118533366	rs217976	G	A	399.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.52;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	118544448	rs16274	T	C	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	118560403	rs217997	G	C	420.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=11;PP=266;SC=AATAAGTACTGTCAATAATGC;SOR=1.739;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=4;TCR=11;TR=15;WE=118560411;WS=118560393;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	118587003	rs3810755	C	T	1998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=16;NR=34;PP=1009;SC=ACGAGAAAACCGAAGCCTAAA;SOR=1.300;SbPval=0.71;Source=Platypus;TC=53;TCF=19;TCR=34;TR=50;WE=118587011;WS=118586993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,77:1.00:77
chrX	118602222	rs62599439	G	C	1841.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=66;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=20;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=25;PP=1202;SC=TGCCGAGGGCGAGCACGGGCG;SOR=0.822;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=29;TCR=25;TR=54;WE=118602230;WS=118602212;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,64:1.00:64
chrX	118602246	rs62599440	T	C	1953.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=69;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=22;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=29;NR=24;PP=1256;SC=CGGAGAGCAGTCCCGGCCCGC;SOR=0.814;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=54;TCF=30;TCR=24;TR=53;WE=118602254;WS=118602236;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	118603706	rs113356560	A	AG	381.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FS=4.318;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.69;MQRankSum=-5.940;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.919;SOR=0.766;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:56,14:0.20:70
chrX	118603713	rs201182381	T	C	513.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.240;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.628;HP=1;HapScore=1;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=25;MQRankSum=-6.500;NF=9;NR=4;PP=461;ReadPosRankSum=1.775;SC=AGCAGGGAGTTCTGTCCTTCT;SOR=0.888;SbPval=0.1;Source=Platypus;TC=49;TCF=22;TCR=27;TR=13;WE=118603721;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:57,17:0.23:74
chrX	118603729	rs143413528	G	A	558.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.006;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.145;HP=1;HapScore=2;MGOF=29;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-5.559;NF=8;NR=4;PP=604;ReadPosRankSum=3.638;SC=CTTCTGGCGCGGTAACCTGGC;SOR=0.897;SbPval=0.18;Source=Platypus;TC=42;TCF=20;TCR=22;TR=12;WE=118603755;WS=118603719;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:40,17:0.30:57
chrX	118603742	rs148294496	A	C	573.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FS=4.178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.72;MQRankSum=-5.374;QD=10.63;ReadPosRankSum=4.277;SOR=0.911;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:37,17:0.31:54
chrX	118603747	rs141428607	A	T	582.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.296;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=4.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.54;MQRankSum=-5.115;QD=11.66;ReadPosRankSum=4.038;SOR=0.897;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:33,17:0.34:50
chrX	118603773	rs148920941	T	C	338.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.42;BaseQRankSum=0.468;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=46;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=61;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=27;MQRankSum=-4.884;NF=6;NR=5;PP=149;ReadPosRankSum=1.240;SC=CCCAGGCTCTTAACTTCGCCT;SOR=0.763;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=34;TCF=18;TCR=16;TR=11;WE=118603781;WS=118603763;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,18:0.39:46
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chrX	118603830	rs73637847	A	G	196.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.529;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=3.604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.32;MQRankSum=-6.494;QD=4.47;ReadPosRankSum=-0.944;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:36,8:0.18:44
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chrX	118604436	rs12390	T	C	755.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=59.27;QD=25.19;SOR=0.976;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	118604553	rs3216181	T	TA	628.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=1;NR=9;PP=376;SC=TACATACCTTTAAAATGGCTG;SOR=0.859;SbPval=0.92;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=10;WE=118604561;WS=118604543;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	118676320	rs77586550	C	CACCCA	1737.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=8;PP=1032;SC=TGAGCCACCACACCCAGCCCA;SOR=1.432;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=18;WE=118676328;WS=118676310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,37:1.00:37
chrX	118699320	rs5910616	A	G	6328.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=244;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=75;NR=65;PP=2454;SC=TTTCGGCATGATTCCCAAGAG;SOR=0.779;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=141;TCF=75;TCR=66;TR=140;WE=118699328;WS=118699310;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,242:1.00:242
chrX	118758117	rs112780297	T	G	451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=37.65;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	118758120	rs66945031	GT	G	442.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=40.25;SOR=0.859;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	118763406	rs3088376	C	T	1081.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.16;SOR=0.739;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	118783881	rs6603539	G	A	3532.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.17;SOR=0.973;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,135:1.00:135
chrX	118787022	rs5957203	A	T	713.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=6;NR=8;PP=224;SC=GAGAGCAGGGACAGAGGCGGA;SOR=0.906;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=6;TCR=8;TR=14;WE=118787030;WS=118787012;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,29:1.00:29
chrX	118969075	rs2239963	A	C	557.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=10;PP=276;SC=TTATGTATGAATATATGCTCA;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=15;TCF=5;TCR=10;TR=15;WE=118969083;WS=118969065;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	118974507	rs2285552	A	C	4735.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=0.531;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=194;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=59;NR=43;PP=1846;ReadPosRankSum=-0.802;SC=AGGGGTTTTCAACAAGTAACA;SOR=0.944;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=107;TCF=61;TCR=46;TR=102;WE=118974515;WS=118974497;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,185:0.99:187
chrX	118985598	rs2428212	C	T	1156.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=16;PP=539;SC=TAAATGTACTCGCAGGTGTCT;SOR=0.929;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=28;TCF=12;TCR=16;TR=28;WE=118985606;WS=118985588;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	119387833	rs201958171	C	CTGA	5791.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;BaseQRankSum=1.355;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=140;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;MQRankSum=0.000;NF=23;NR=30;PP=2972;ReadPosRankSum=-2.303;SC=GTTACCGATTCTGATGATGAT;SOR=1.022;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=61;TCF=25;TCR=36;TR=53;WE=119387841;WS=119387823;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,131:0.98:133
chrX	119394904	rs3752341	G	T	122.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.29;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=1;NR=4;PP=81;SC=AAAAGAAAACGTTAGTTTAGG;SOR=1.981;SbPval=0.66;Source=Platypus;TC=5;TCF=1;TCR=4;TR=5;WE=119394912;WS=119394894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	119402264	rs41300936	A	C	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=5;NR=8;PP=229;SC=CACAAATTAGAAACAACATAA;SOR=1.022;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=119402272;WS=119402254;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	119421163	.	T	TACACACACAC	187.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=62.58;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	119427747	rs72607685	A	G	502.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=14;NR=1;PP=376;SC=TCCTTTTATGACCAAATCACA;SOR=4.174;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=15;TCF=14;TCR=1;TR=15;WE=119427755;WS=119427737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	119438372	rs41310458	T	G	1780.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.475;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=24.73;ReadPosRankSum=-0.496;SOR=0.258;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chrX	119445015	rs3810749	C	T	1046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=29;NR=4;PP=820;SC=TCCCGCTCTCCGGCTTTTGGG;SOR=3.258;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=29;TCR=4;TR=33;WE=119445023;WS=119445005;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	119510144	rs3213723	C	G	443.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.14;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=1;PP=346;SC=CCTGAGGAAGCATGACTGGGA;SOR=3.126;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=14;TCF=13;TCR=1;TR=14;WE=119510152;WS=119510134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	119510456	rs3213724	G	C	588.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=12;PP=353;SC=TTTCCAGAAAGCATTCAATTC;SOR=1.828;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=16;WE=119510464;WS=119510446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	119590533	rs12097	T	A	308.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=23.75;SOR=0.836;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	119695296	.	TG	T	58.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;ClippingRankSum=0.000;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=1.909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.10;ReadPosRankSum=2.564;SOR=0.283;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:22,6:0.21:28
chrX	119760629	rs17261572	A	T	1975.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=76;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=23;NR=24;PP=851;SC=CTCTATACTTATCAAAGGCGT;SOR=0.719;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=48;TCF=23;TCR=25;TR=47;WE=119760637;WS=119760619;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,75:1.00:75
chrX	120008979	rs871733	T	C	386.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=4;NR=7;PP=158;SC=CCTCGCCTTCTGGGGCTGCAG;SOR=1.329;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=11;TCF=4;TCR=7;TR=11;WE=120008987;WS=120008969;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	120504923	rs5956321	A	G	739.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=8;NR=6;PP=184;SC=ATTAAAGCTGATAACTTTGAA;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=14;TCF=8;TCR=6;TR=14;WE=120504931;WS=120504913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrX	122318386	rs58044961	A	AG	1364.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=8;PP=568;SC=TTTTAGGCGTACATGGCCAGG;SOR=0.749;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=13;TCF=5;TCR=8;TR=13;WE=122318394;WS=122318376;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
chrX	122336600	rs11452643	T	TG	818.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=27;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=7;PP=323;SC=GTTCACCAGGTGGGCCCGCCA;SOR=0.693;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=11;TCF=2;TCR=9;TR=9;WE=122336608;WS=122336590;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	122338205	rs41312596	T	A	1345.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=54;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=18;PP=575;SC=ATGATGTGGCTCATCCATTCA;SOR=0.730;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=34;TCF=16;TCR=18;TR=34;WE=122338213;WS=122338195;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
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chrX	122765449	rs141625144	C	T	625.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=12;NR=6;PP=313;SC=GACCTTCCCCCAAAATCTGTA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=12;TCR=6;TR=18;WE=122765457;WS=122765439;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
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chrX	125955428	rs2269777	G	A	3415.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=139;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.49;SOR=0.957;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,134:1.00:134
chrX	128674639	.	G	GC	228.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DP=8;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=7;NR=1;PP=324;SC=GGTGGGGGGGGGGTGGAAGAC;SOR=4.174;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=8;TCF=7;TCR=1;TR=8;WE=128674647;WS=128674629;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	128948893	rs5932686	T	C	354.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.90;QD=32.25;SOR=2.494;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
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chrX	128957640	rs2275605	T	C	2020.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=17;PP=582;SC=GCAATGTCCCTGTAGTTTTAC;SOR=0.693;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=20;TCR=17;TR=37;WE=128957648;WS=128957630;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,80:1.00:80
chrX	129147079	rs4830173	T	C	3473.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=51;NR=49;PP=1908;SC=GGCTGAGGGCTTCTTGGTGCC;SOR=0.755;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=100;TCF=51;TCR=49;TR=100;WE=129147087;WS=129147069;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chrX	129498836	rs2235800	T	A	971.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=6;NR=20;PP=521;SC=TGGCCTAAATTCCCTTGTCTC;SOR=2.049;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=6;TCR=20;TR=26;WE=129498844;WS=129498826;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,34:1.00:34
chrX	129505761	rs5930404	C	T	119.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=49;SC=TCAAATTAAGCAAAGAAACAG;SOR=1.981;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=129505769;WS=129505751;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	129506685	rs7057748	C	T	56.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=18.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	129506779	rs5932752	G	A	611.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=11;NR=4;PP=279;SC=GATGCAGCTTGGAATAGCATA;SOR=1.270;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=11;TCR=4;TR=15;WE=129506787;WS=129506769;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	130217020	rs5932835	G	C	351.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=2;PP=133;SC=TTCGCCCGCTGGGCAGAGCTC;SOR=0.976;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=5;TCR=2;TR=7;WE=130217028;WS=130217010;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	130408745	rs6529473	G	A	1442.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=19;NR=17;PP=738;SC=CATGTTCTAGGACAAATTCAA;SOR=0.730;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=36;TCF=19;TCR=17;TR=36;WE=130408753;WS=130408735;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,53:1.00:53
chrX	130412178	rs4524963	C	G	300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=6;PP=132;SC=CTCAGGGTCACTTTGTCAGCA;SOR=1.179;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=9;TCF=3;TCR=6;TR=9;WE=130412186;WS=130412168;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	130415818	rs1128617	T	C	2636.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.11;SOR=0.884;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,101:1.00:101
chrX	130416958	rs5932877	C	T	3199.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=126;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=35;NR=31;PP=1160;SC=TCTTACCAGTCACCCAGATTT;SOR=0.826;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=35;TCR=31;TR=66;WE=130416966;WS=130416948;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,126:1.00:126
chrX	130420006	rs5930458	T	C	410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=2;NR=5;PP=108;SC=TCCACAACTCTGGTTGAGGGT;SOR=1.371;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=130420014;WS=130419996;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	130420415	rs4495600	T	C	2223.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=25;PP=867;SC=ACTTACCTATTGATGTCATAC;SOR=0.917;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=34;TCR=25;TR=59;WE=130420423;WS=130420405;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,87:1.00:87
chrX	130423359	rs6637829	C	G	1609.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=60;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=31;NR=28;PP=1254;SC=CCCCTCCCTGCGCCGGGCTCG;SOR=0.950;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=59;TCF=31;TCR=28;TR=59;WE=130423367;WS=130423349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	130423543	rs6637830	G	C	2205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=88;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=23;NR=29;PP=941;SC=TCACTGTATTGTGGGGGGGAG;SOR=0.867;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=52;TCF=23;TCR=29;TR=52;WE=130423551;WS=130423533;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	131518646	rs145902461	T	C	103.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=20.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	132161673	rs41304540	C	T	1721.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=23;PP=880;SC=TCAAGAATTCCTCATTCATCT;SOR=0.818;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=132161681;WS=132161663;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
chrX	133379551	rs2428577	C	T	2699.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=107;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=27;NR=33;PP=1122;SC=GAACAGAAATCTAAAAGAAGC;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=27;TCR=33;TR=60;WE=133379559;WS=133379541;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,106:1.00:106
chrX	133511988	rs5978001	G	A	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.11;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=3;NR=4;PP=109;SC=GTTTTACTGTGATTAATTTAT;SOR=0.941;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=3;TCR=4;TR=7;WE=133511996;WS=133511978;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	133528116	rs6529627	A	C	599.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=4;NR=13;PP=391;SC=AGAATTGAGAAAAGTGTTAGG;SOR=1.828;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=4;TCR=13;TR=17;WE=133528124;WS=133528106;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	133594186	rs193054558	C	G	531.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.17;SOR=0.874;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	133699960	rs1982	T	G	145.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=0;PP=115;SC=GCTATAGGTTTCTCTTTCTCA;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=5;TCR=0;TR=5;WE=133699968;WS=133699950;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	133923260	.	G	C	2912.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=31;NR=31;PP=1143;SC=AACCTTTCATGTGCAGTTTCT;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=63;TCF=31;TCR=32;TR=62;WE=133923268;WS=133923250;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
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chrX	135080623	rs370833071	C	CT	203.37	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.39;BaseQRankSum=0.259;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=0.9784;FS=2.447;HP=12;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=1;NR=7;PP=109;ReadPosRankSum=-0.955;SC=AACAGTGTAACTTTTTTTTTT;SOR=0.799;SbPval=0.82;Source=Platypus;TC=10;TCF=2;TCR=8;TR=8;WE=135080631;WS=135080613;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:3,14:0.82:17
chrX	135252234	rs3215593	AC	A	979.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=34;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=1;NR=21;PP=857;SC=CTTTATTTGTACCAGGAGGTT;SOR=2.468;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=22;WE=135252242;WS=135252224;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	135313185	.	CTT	C	40.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;ClippingRankSum=0.000;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.568;SOR=0.307;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,4:0.27:15
chrX	135328309	rs369808467	TA	T	71.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.246;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=4.48;ReadPosRankSum=-0.566;SOR=0.199;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,7:0.44:16
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chrX	135426968	rs5930931	C	A	2322.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=90;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=34;NR=33;PP=1282;SC=TTTCAACCACCTACACCTTCT;SOR=0.715;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=67;TCF=34;TCR=33;TR=67;WE=135426976;WS=135426958;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chrX	135429503	rs4829830	C	A	2352.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=31;NR=35;PP=1255;SC=GTTGATGAGACCACACCCTCA;SOR=0.859;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=66;TCF=31;TCR=35;TR=66;WE=135429511;WS=135429493;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chrX	135430044	rs877761	T	C	5300.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=211;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=51;NR=50;PP=1655;SC=CTCCCAGGACTGTGGAAATGA;SOR=0.693;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=102;TCF=52;TCR=50;TR=101;WE=135430052;WS=135430034;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,208:1.00:208
chrX	135430483	rs912002	T	C	4551.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=2.192;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=178;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=3.212;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=65;NR=53;PP=2214;ReadPosRankSum=1.756;SC=AACTAAATCTTCTAAAACAAT;SOR=0.389;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=120;TCF=65;TCR=55;TR=118;WE=135430491;WS=135430473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,175:0.99:176
chrX	135431236	rs5930932	T	C	4023.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=51;NR=47;PP=1947;SC=CACCAATTGCTTTTCTTCTAA;SOR=0.788;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=99;TCF=51;TCR=48;TR=98;WE=135431244;WS=135431226;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,153:1.00:153
chrX	135431358	rs5930933	C	T	6836.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.90;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,264:1.00:264
chrX	135435475	rs5903915	AT	A	367.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.23;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=9;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=9;NR=3;PP=226;SC=ACTAAAACTGATTTTTTTTTG;SOR=2.303;SbPval=0.74;Source=Platypus;TC=13;TCF=9;TCR=4;TR=12;WE=135435483;WS=135435465;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	135438388	rs6635268	A	G	179.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.47;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	135474420	rs1329546	C	A	1737.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.248;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=74;ExcessHet=3.0103;FS=3.522;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.15;MQRankSum=0.237;QD=24.14;ReadPosRankSum=-1.308;SOR=0.637;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
chrX	135474444	rs34255702	AGAT	A	3923.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=13;NR=29;PP=2109;SC=CCAGCATTTCAGATGATATGT;SOR=0.997;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=44;TCF=15;TCR=29;TR=42;WE=135474454;WS=135474434;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	135480126	rs5974595	T	C	1787.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.83;SOR=0.869;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,72:1.00:72
chrX	135496398	rs5930942	G	A	2183.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=87;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=31;NR=31;PP=1035;SC=AACTGTTGACGCCATCTCTCA;SOR=0.716;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=62;TCF=31;TCR=31;TR=62;WE=135496406;WS=135496388;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,85:1.00:85
chrX	135572223	rs3030366	A	ACT	1646.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=11;NR=10;PP=956;SC=CACTAAGGTCACTTCTCACCC;SOR=1.329;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=21;TCF=11;TCR=10;TR=21;WE=135572231;WS=135572213;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	135767763	.	CAAAA	C	57.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.832;ClippingRankSum=0.000;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=4.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.12;ReadPosRankSum=1.280;SOR=0.072;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:11,3:0.21:14
chrX	135956506	rs77794331	C	G	1615.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.54;BaseQRankSum=-2.004;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=152;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=1.277;HP=1;HapScore=2;MGOF=39;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=20;MQRankSum=-8.442;NF=16;NR=30;PP=611;ReadPosRankSum=0.307;SC=GTAACTGTCTCGACTTCCACC;SOR=0.810;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=91;TCF=35;TCR=56;TR=46;WE=135956514;WS=135956496;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:69,83:0.55:152
chrX	135956571	.	T	TGG	700.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=-1.704;ClippingRankSum=0.000;DP=55;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.937;HP=2;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-5.749;NF=0;NR=10;PP=552;ReadPosRankSum=-1.807;SC=CACCATAAGATGGCGGGGGCC;SOR=1.279;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=38;TCF=3;TCR=35;TR=10;WE=135956583;WS=135956561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:26,20:0.43:46
chrX	135956575	rs78646793	G	A	684.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.32;BaseQRankSum=1.597;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=5.082;HP=4;HapScore=3;MGOF=21;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-6.518;NF=1;NR=10;PP=587;ReadPosRankSum=-2.017;SC=ATAAGATGGCGGGGGCCCTCG;SOR=1.708;SbPval=0.96;Source=Platypus;TC=40;TCF=11;TCR=29;TR=11;WE=135956583;WS=135956561;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:28,19:0.40:47
chrX	135961585	.	A	AT	79.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;ClippingRankSum=0.000;DP=73;ExcessHet=3.0103;FS=2.446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-1.826;QD=1.19;ReadPosRankSum=0.542;SOR=0.645;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:52,15:0.22:67
chrX	135961586	rs201673579	TG	T	146.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=-2.782;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=0.754;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.324;SOR=0.603;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:44,23:0.34:67
chrX	135961587	rs2011584	G	T	857.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=2.454;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.76;MQRankSum=-0.692;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.139;SOR=0.792;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:23,44:0.66:67
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chrX	140271268	rs2038375	G	C	709.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=7;NR=11;PP=530;SC=GCGCACGGAGGCCTCGCAGGA;SOR=1.022;SbPval=0.45;Source=Platypus;TC=20;TCF=7;TCR=13;TR=18;WE=140271276;WS=140271258;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	140336615	rs55683664	T	A	119.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=3;PP=83;SC=CTTCAATGTCTGCGGCAGGCT;SOR=0.693;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=7;TCF=4;TCR=3;TR=7;WE=140336623;WS=140336605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
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chrX	140785739	rs149295712	A	C	1702.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.703;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=111;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.78;MQRankSum=-5.551;QD=15.62;ReadPosRankSum=-1.980;SOR=0.729;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:63,46:0.42:109
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chrX	140785855	rs146412887	A	G	1017.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=0.008;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=83;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=24;MQRankSum=-0.558;NF=12;NR=20;PP=451;ReadPosRankSum=-0.992;SC=TGTTAAGAAAACAGGGAGAGG;SOR=0.718;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=58;TCF=23;TCR=35;TR=32;WE=140785863;WS=140785845;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:30,49:0.62:79
chrX	140983031	rs176023	A	G	852.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=35;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=31;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=8;PP=400;SC=AGGAGGCCCCACCCCACGCTG;SOR=1.002;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=22;TCF=14;TCR=8;TR=22;WE=140983039;WS=140983021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,35:1.00:35
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chrX	140983127	rs176026	G	A	2366.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=89;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=25;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=25;NR=20;PP=986;SC=AGGACCTGAAGCATTTTGCGA;SOR=0.859;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=46;TCF=25;TCR=21;TR=45;WE=140983135;WS=140983117;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,89:1.00:89
chrX	140993642	rs176037	C	T	4462.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=162;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=54;NR=49;PP=2290;SC=CCTGAGAGTACTCAAAGTCCT;SOR=0.705;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=103;TCF=54;TCR=49;TR=103;WE=140993650;WS=140993632;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,161:1.00:161
chrX	140993852	rs176038	C	G	4201.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=268;ExcessHet=3.0103;FS=8.539;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=0.762;QD=15.80;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.944;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:145,121:0.45:266
chrX	140993859	rs6634333	T	A	3999.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.628;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=8.899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.81;MQRankSum=-0.737;QD=15.69;ReadPosRankSum=1.324;SOR=0.943;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:150,105:0.41:255
chrX	140993864	rs34836042	T	C	3863.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.629;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=264;ExcessHet=3.0103;FS=8.780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.89;MQRankSum=-1.154;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.956;SOR=0.947;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:158,105:0.40:263
chrX	140993877	rs176039	C	A	3288.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=260;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=4.417;HP=2;HapScore=2;MGOF=52;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=-1.620;NF=23;NR=46;PP=2962;ReadPosRankSum=0.667;SC=AGGGTTTTGCCCAGTCTCCTC;SOR=0.908;SbPval=0.81;Source=Platypus;TC=123;TCF=50;TCR=73;TR=69;WE=140993885;WS=140993842;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:169,90:0.35:259
chrX	140993884	.	CCTCTCCAGATTCCTGTGAGCCCCTCCTCCTCCTCCACTTTACTGAGTCTTTTCCAGAGTTTCTCTGAGAGAACTCAGAGTACTTTTGAGGGTTTTGCCCAGTCTT	C	5150.73	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=3.614;ClippingRankSum=0.000;DP=254;ExcessHet=3.0103;FS=3.193;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=1.937;QD=24.41;ReadPosRankSum=0.397;SOR=0.718;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:78,133:0.63:211
chrX	140993905	rs176040	C	T	1496.77	.	AC=1;AF=0.500;ALERT;AN=2;BaseQRankSum=0.606;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=223;ExcessHet=3.0103;FS=7.163;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.48;MQRankSum=-3.663;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.565;SOR=1.152;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,48:0.22:222
chrX	140993913	rs176041	C	G	1337.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=219;ExcessHet=3.0103;FS=6.168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.43;MQRankSum=-4.053;QD=6.14;ReadPosRankSum=-1.114;SOR=1.076;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,44:0.20:218
chrX	140993945	rs145765891	T	C	35.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.537;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=188;ExcessHet=3.0103;FS=6.027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.82;MQRankSum=-4.290;QD=0.19;ReadPosRankSum=-2.856;SOR=1.592;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:174,13:0.07:187
chrX	140993989	.	T	C	2147	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;FR=0.5000;HP=1;HapScore=1;MGOF=39;MMLQ=27;MQ=49.07;NF=43;NR=28;PP=2147;QD=30.7291720077;SC=TGCCCAGTCTTCTCTCCAGAT;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=72;TCF=44;TCR=28;TR=71;WE=140993999;WS=140993970;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:1,71:0.99:72
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chrX	140994171	rs176047	C	G	8542.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=329;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=103;NR=112;PP=2965;SC=AGAGAACTCACAGTACTTTTG;SOR=0.725;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=218;TCF=104;TCR=114;TR=215;WE=140994179;WS=140994161;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,321:1.00:321
chrX	140996364	rs12845617	G	A	1466.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.86;SOR=0.796;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
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chrX	142795225	rs3859898	G	A	3293.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;BaseQRankSum=1.959;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=123;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQRankSum=-0.488;NF=50;NR=46;PP=1700;ReadPosRankSum=-0.423;SC=CCAGGTCTTCGTCCTCCTGTG;SOR=0.230;SbPval=0.46;Source=Platypus;TC=99;TCF=53;TCR=46;TR=96;WE=142795233;WS=142795215;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,119:0.99:120
chrX	142803571	rs851092	A	G	233.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=208;SC=GGCATTAAGCAGGTCCCCCAC;SOR=4.615;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=142803579;WS=142803563;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	142967468	rs237520	T	G	2451.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=27;PP=1352;SC=AGAATAAGTTTAGATATTTTG;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=60;TCF=33;TCR=27;TR=60;WE=142967476;WS=142967458;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,91:1.00:91
chrX	144904882	rs2748588	T	C	3154.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=37;NR=38;PP=1589;SC=GTCCAACTCCTCGAGTGACTG;SOR=0.693;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=77;TCF=38;TCR=39;TR=75;WE=144904890;WS=144904872;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,118:1.00:118
chrX	145076302	rs5965660	T	G	1058.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=14;PP=468;SC=GTGTACTTGGTGAGCCTTCCT;SOR=0.914;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=23;TCF=9;TCR=14;TR=22;WE=145076310;WS=145076292;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,38:1.00:38
chrX	147003564	rs1270092	T	C	154.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.11;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	147011466	.	G	T	34.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;ClippingRankSum=-0.000;DP=9;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=3.86;ReadPosRankSum=0.812;SOR=0.223;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:7,2:0.22:9
chrX	147014960	rs4824232	C	T	71.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=17.76;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	147015021	rs4824233	C	T	154.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=19.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	147026330	rs11293471	AC	A	34.71	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FR=0.6253;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=2;NR=0;PP=60;SC=GCTTCTGTTAACCCTCTTTTT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=2;WE=147026338;WS=147026320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	147090276	rs6626977	G	A	832.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=8;NR=16;PP=437;SC=AAGTATACATGAGTATTTGTG;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=24;TCF=8;TCR=16;TR=24;WE=147090284;WS=147090266;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	147733265	rs5904246	G	GA	353.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=4;PP=155;SC=CAAGGGAAGAGATTTTGCTTT;SOR=0.859;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=147733273;WS=147733255;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	147891558	rs11117555	T	C	170.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=2;NR=5;PP=111;SC=GGAATCCTGATATTCTACTTC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=7;TCF=2;TCR=5;TR=7;WE=147891566;WS=147891548;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	147919063	rs375432534	CAGTTA	C	489.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.35;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=7;NR=2;PP=492;SC=AGTATTAGGTCAGTTAAGTTA;SOR=2.670;SbPval=0.69;Source=Platypus;TC=12;TCF=9;TCR=3;TR=9;WE=147919075;WS=147919053;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	147967282	.	TG	T	215.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=5;NR=1;PP=203;SC=GAAACAATCTTGGTTCCCTCT;SOR=2.584;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=6;WE=147967290;WS=147967272;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	147967544	rs34463921	G	A	472.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=11;PP=284;SC=TTTGTTTTGGGATGAAGGGGG;SOR=2.179;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=3;TCR=11;TR=14;WE=147967552;WS=147967534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	148035344	rs10608807	GAC	G	94.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=-0.000;QD=6.77;ReadPosRankSum=-0.991;SOR=0.269;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:9,5:0.36:14
chrX	148037055	rs16994868	G	C	578.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=13;NR=2;PP=303;SC=GCTTTTAGTAGTAGTCTCTGT;SOR=1.931;SbPval=0.79;Source=Platypus;TC=16;TCF=13;TCR=3;TR=15;WE=148037063;WS=148037045;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	148048207	rs111499310	CTT	C	530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=21.23;SOR=0.818;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:7,18:0.72:25
chrX	148055144	rs5980615	A	G	1099.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=43;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=13;NR=14;PP=484;SC=TCAGGTGAATAGCCTTTCTGC;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=27;TCF=13;TCR=14;TR=27;WE=148055152;WS=148055134;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,42:1.00:42
chrX	148062377	rs12688573	G	A	658.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.68;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=5;PP=206;SC=ATAGACCCCAGATATTTTGCA;SOR=0.693;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=11;TCF=5;TCR=6;TR=10;WE=148062385;WS=148062367;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	148062498	rs5936462	C	G	70.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=3;PP=49;SC=AAAAGATGTGCTTCAGAGTTA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=0;TCR=3;TR=3;WE=148062506;WS=148062488;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	148615550	rs141760687	C	T	81.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=27.09;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	148615567	.	T	TAGG	98.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=40.00;QD=32.75;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	148622904	rs36029735	G	T	431.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=6;NR=10;PP=300;SC=TGAGGGCTGGGGTTTCCCTGG;SOR=1.371;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=148622912;WS=148622894;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	148627384	rs145921071	A	G	820.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=43.12;QD=30.40;SOR=2.066;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,27:1.00:27
chrX	148628490	.	A	T	460.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=49.03;QD=25.60;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	148693164	rs9887071	C	T	424.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=18;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=5;NR=9;PP=195;SC=AAAAGTAAAACGATTAAGAAG;SOR=1.061;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=148693172;WS=148693154;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	148713418	.	T	TCGCCGC	1483.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;BaseQRankSum=-1.692;ClippingRankSum=0.000;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=0.5169;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.761;NF=2;NR=12;PP=853;ReadPosRankSum=-1.024;SC=GCCGTCGCCGTCGCCGCCGCC;SOR=0.317;SbPval=0.39;Source=Platypus;TC=21;TCF=2;TCR=19;TR=14;WE=148713426;WS=148713408;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,38:0.97:39
chrX	149013727	rs5983916	A	G	4851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=192;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=52;NR=57;PP=1986;SC=TCTGGGAAGCATTGAGTGTGA;SOR=0.725;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=110;TCF=53;TCR=57;TR=109;WE=149013735;WS=149013717;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,191:1.00:191
chrX	149098349	.	A	AAGT	3237.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=46.47;QD=43.75;SOR=1.288;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,74:1.00:74
chrX	149613617	rs6526057	T	C	292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=2;PP=204;SC=AGGAATGTGGTTGACTCCACA;SOR=1.802;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=10;TCF=8;TCR=2;TR=10;WE=149613625;WS=149613607;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,11:1.00:11
chrX	149630848	rs507156	T	C	73.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=14;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=0;PP=52;SC=GCTAGTCTCCTGCACTCCACA;SOR=2.833;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=3;TCF=3;TCR=0;TR=3;WE=149630856;WS=149630838;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
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chrX	149637925	rs372916590	CTG	C	35.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.21;BaseQRankSum=-0.921;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FR=0.5000;FS=2.808;HP=2;HapScore=2;MGOF=16;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=26;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=3;PP=50;ReadPosRankSum=1.902;SC=CTCTCTCTCTCTGTGTGTGTG;SOR=0.148;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=2;TCR=3;TR=3;WE=149637934;WS=149637915;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:5,4:0.44:9
chrX	149642019	rs2073043	A	G	1519.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=58;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=20;NR=13;PP=635;SC=CAACACGGGAACTCTTTCACT;SOR=0.997;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=33;TCF=20;TCR=13;TR=33;WE=149642027;WS=149642009;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,58:1.00:58
chrX	149680221	rs659188	G	C	522.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=7;NR=5;PP=212;SC=GGCCACAGCCGAAGTCGAGGA;SOR=0.892;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=12;TCF=7;TCR=5;TR=12;WE=149680229;WS=149680211;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	149680539	rs113311895	C	T	5969.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=232;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=16;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=76;NR=56;PP=2457;SC=ACTCTGTCTGCCAGCATATGC;SOR=0.842;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=133;TCF=76;TCR=57;TR=132;WE=149680547;WS=149680529;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,228:1.00:228
chrX	149680554	rs2070779	C	T	5851.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;BaseQRankSum=3.552;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=233;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=18;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.000;NF=78;NR=67;PP=2462;ReadPosRankSum=-1.430;SC=ATATGCAGAGCCCCAAGGCCA;SOR=0.775;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=147;TCF=79;TCR=68;TR=145;WE=149680562;WS=149680544;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,227:0.99:229
chrX	149887056	rs526164	C	T	679.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.28;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	149931106	rs16995747	C	T	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.63;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=9;NR=17;PP=445;SC=GTGTGGAGGGCCTACAGCGGG;SOR=1.036;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=26;TCF=9;TCR=17;TR=26;WE=149931114;WS=149931096;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,52:1.00:52
chrX	149946031	rs41311686	T	C	448.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=4;NR=12;PP=253;SC=GCGAGACGGATGGCAGTGCTG;SOR=1.863;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=4;TCR=12;TR=16;WE=149946039;WS=149946021;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	150348228	rs1202874	C	T	593.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.74;SOR=1.051;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	150349557	rs68058591	CCACCACTGGCCA	C	12136.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=286;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;MQRankSum=0.260;NF=32;NR=95;PP=2974;SC=CACCCTAAACCCACCACTGGC;SOR=0.873;SbPval=0.47;Source=Platypus;TC=131;TCF=32;TCR=99;TR=127;WE=150349576;WS=150349547;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:2,275:0.99:277
chrX	150349649	rs561077	A	G	9614.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=367;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=134;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=104;NR=103;PP=2965;SC=CCCTAAGCCCACTGCTGCTGA;SOR=0.715;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=207;TCF=104;TCR=103;TR=207;WE=150349657;WS=150349639;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,366:1.00:366
chrX	150565330	rs176451	G	C	4797.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=187;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=50;NR=43;PP=1509;SC=GTCTCCTTGCGGCCCCCAGCT;SOR=0.747;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=93;TCF=50;TCR=43;TR=93;WE=150565339;WS=150565320;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,187:1.00:187
chrX	150565560	rs176452	G	T	156.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=6;PP=122;SC=CCCCCGCGCCGGCAACAGCCC;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=150565568;WS=150565550;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	150789334	rs5904324	T	TA	906.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=7;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=5;NR=9;PP=444;SC=TTAACACAGATAAAAAAGTTT;SOR=1.209;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=14;TCF=5;TCR=9;TR=14;WE=150789342;WS=150789324;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	150789950	rs945815	C	T	102.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=3;NR=1;PP=76;SC=TCTCTTTTTACTAGAAACACA;SOR=1.609;SbPval=0.68;Source=Platypus;TC=4;TCF=3;TCR=1;TR=4;WE=150789958;WS=150789940;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	150816952	rs12845316	A	G	186.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=134;SC=TGATACCTCAAAGATTAATGA;SOR=2.584;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=150816960;WS=150816942;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,7:1.00:7
chrX	150840185	rs6627174	T	C	1271.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=15;NR=13;PP=512;SC=GTTTCTGTGGTTTATCTTTAT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=15;TCR=13;TR=28;WE=150840193;WS=150840175;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	150844702	rs4553055	G	A	168.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=7;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=65;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=133;SC=TTCAAGGTGCGTAAAGTCCCT;SOR=3.912;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=150844710;WS=150844692;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	150868799	rs4469605	C	G	585.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=12;PP=474;SC=TTGCCTGACTCTTTTGGGGTC;SOR=1.127;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=19;TCF=7;TCR=12;TR=19;WE=150868807;WS=150868789;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	150869267	rs4323608	A	G	2601.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=102;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=29;NR=36;PP=1234;SC=GAGGCAGCGAACAGCCCCCAG;SOR=0.888;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=65;TCF=29;TCR=36;TR=65;WE=150869275;WS=150869257;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	150873651	rs3761541	G	T	374.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=2;PP=181;SC=ACTCTACTCCGTTATTTATCC;SOR=1.765;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=12;WE=150873659;WS=150873641;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	151142982	rs7341952	G	T	1597.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.52;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=36;NR=11;PP=986;SC=GAGCCGTCCCGGCTCCCGGGG;SOR=1.532;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=47;TCF=36;TCR=11;TR=47;WE=151142990;WS=151142972;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	151303393	rs210586	C	T	2907.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=115;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=31;NR=25;PP=1291;SC=TCTATGAAGACTATGCTTAGG;SOR=0.789;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=57;TCF=31;TCR=26;TR=56;WE=151303401;WS=151303383;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,107:1.00:107
chrX	151303596	rs210585	C	T	4694.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=186;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=55;NR=58;PP=2040;SC=TTCATAATTTCTTATGACACT;SOR=0.726;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=114;TCF=55;TCR=59;TR=113;WE=151303604;WS=151303586;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,183:1.00:183
chrX	151336994	.	G	A	907.53	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;ClippingRankSum=0.000;DP=47;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.31;ReadPosRankSum=-0.529;SOR=0.954;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:6,41:0.87:47
chrX	151560868	rs5970292	G	A	2410.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=17;NR=39;PP=1071;SC=AAATCATGGTGCACAAAATTA;SOR=1.265;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=56;TCF=17;TCR=39;TR=56;WE=151560876;WS=151560858;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,94:1.00:94
chrX	151899760	rs2515830	A	G	1323.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=26;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=36;NR=6;PP=972;SC=TGGGCCTCATATCACACGAGG;SOR=3.467;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=42;TCF=36;TCR=6;TR=42;WE=151899768;WS=151899750;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	151899789	rs3005	G	A	1972.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=35;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=50;NR=18;PP=1392;SC=ACTAATGGATGGGGCCTTGGA;SOR=2.082;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=69;TCF=51;TCR=18;TR=68;WE=151899797;WS=151899779;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,71:1.00:71
chrX	151899818	rs2233056	C	T	3245.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=125;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.39;SOR=1.004;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,123:1.00:123
chrX	151899913	rs2233055	T	C	7495.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=280;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=64;NR=62;SC=AAATGTGAGGTCCTCCACTGA;SOR=0.700;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=128;TCF=65;TCR=63;TR=126;WE=151899921;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,279:1.00:279
chrX	151904488	rs2515838	C	A	619.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.82;SOR=1.270;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	151904609	rs2471781	T	C	1449.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=16;NR=21;PP=713;SC=CTCCTCTATGTATGTCAAGCT;SOR=0.877;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=37;TCF=16;TCR=21;TR=37;WE=151904617;WS=151904599;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,57:1.00:57
chrX	151996539	rs11428901	C	CT	205.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.532;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=19;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.57;MQRankSum=0.555;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.745;SOR=1.061;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:1,13:0.93:14
chrX	152018832	rs5969919	T	G	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.88;SOR=1.609;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	152087569	.	CGAG	C	49.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.063;ClippingRankSum=0.000;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.414;SOR=0.659;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:55,6:0.10:61
chrX	152225379	rs73244173	C	A	224.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=5;NR=3;PP=121;SC=CCTGATCACTCCCCCCAAATT;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=5;TCR=3;TR=8;WE=152225387;WS=152225375;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrX	152226542	rs6526155	T	C	2198.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.56;DB;DP=84;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=27;NR=23;PP=999;SC=AGTTTTGATGTGAGGCCTTCC;SOR=0.846;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=27;TCR=23;TR=50;WE=152226550;WS=152226532;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,82:1.00:82
chrX	152609450	rs3213462	T	C	437.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.5;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=3;PP=233;SC=TGCCCTGGCTTGTCATTCAGC;SOR=2.049;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=152609458;WS=152609440;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	152609668	rs3213463	T	C	1603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=16;NR=22;PP=728;SC=GCCAGAGGCCTAGGTGAGCTG;SOR=0.865;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=38;TCF=16;TCR=22;TR=38;WE=152609676;WS=152609658;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	152610051	rs1467880	A	T	566.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=14;NR=4;PP=342;SC=TCACCTCTTGACCCTGGCATT;SOR=1.931;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=18;TCF=14;TCR=4;TR=18;WE=152610059;WS=152610041;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,22:1.00:22
chrX	152610108	rs1467881	G	C	1278.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.42;DB;DP=51;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=37;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;MQ=60.21;NF=16;NR=13;PP=593;SC=AAAGACTGATGAGCCCTGGGA;SOR=0.818;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=29;TCF=16;TCR=13;TR=29;WE=152610116;WS=152610098;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	152610224	rs35024993	CGTGACCTCT	C	1182.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=21;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=4;NR=10;PP=2957;SC=ATTATGGGAACGTGACCTCTG;SOR=0.836;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=14;TCF=4;TCR=10;TR=14;WE=152610240;WS=152610214;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	152610294	rs1467882	A	G	539.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.08;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=161;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=12;PP=325;SC=GGGGCAGGGGACACATGGCTA;SOR=1.402;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=18;TCF=6;TCR=12;TR=18;WE=152610302;WS=152610284;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	152610947	rs3213465	T	C	881.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=32;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=14;NR=6;PP=374;SC=CTCTGGCTGTTGCCATAACCA;SOR=1.284;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=14;TCR=6;TR=20;WE=152610955;WS=152610937;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,32:1.00:32
chrX	152611190	.	GGGGGTCCCAGCTGAGCTCTTGGAGTTGAGGTTAGGGTTT	G	1168	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;FR=1.0000;HP=4;HapScore=1;MGOF=3;MMLQ=22;MQ=66.18;NF=0;NR=5;PP=1168;QD=239.8;SC=GGTTAGGGTTGGGGGTCCCAG;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=152611236;WS=152611180;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	152613112	rs7066295	C	T	4505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=174;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=64;NR=43;PP=2111;SC=CCTACGCCTGCGGCCAGTGCG;SOR=1.088;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=109;TCF=65;TCR=44;TR=107;WE=152613120;WS=152613102;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,171:1.00:171
chrX	152728003	rs3020967	T	C	340.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.27;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=10;NR=3;PP=281;SC=GCCAGCACCATGAGGTTCCCT;SOR=2.670;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=10;TCR=3;TR=13;WE=152728011;WS=152727993;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	152770402	rs2980053	A	G	640.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=10;PP=246;SC=TCTGAAGGGGACACATGCTGG;SOR=1.609;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=13;TCF=3;TCR=10;TR=13;WE=152770410;WS=152770392;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	152771214	rs11363938	GA	G	412.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=9;NR=0;PP=329;SC=AGCATGGACTGAACCTCCTCG;SOR=3.611;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=11;TCF=11;TCR=0;TR=9;WE=152771222;WS=152771208;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	152771509	rs1126499	C	T	3500.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=135;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=33;NR=42;PP=1321;SC=GAGTGTTCAGCGGGCTCCGGA;SOR=0.854;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=75;TCF=33;TCR=42;TR=75;WE=152771517;WS=152771499;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,132:1.00:132
chrX	152773615	rs5945215	G	T	411.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.3;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=14;NR=5;PP=343;SC=TTGAAGTAGGGTGCAGAGGCA;SOR=2.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=14;TCR=5;TR=19;WE=152773623;WS=152773605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	152807425	rs762733	G	A	493.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=3;NR=12;PP=297;SC=AAGGAAGCTCGGCTCCTGCTT;SOR=1.981;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=15;TCF=3;TCR=12;TR=15;WE=152807433;WS=152807415;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,19:1.00:19
chrX	152807665	rs2980012	A	G	722.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.2;DB;DP=23;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=20;NR=2;PP=557;SC=GTTCCCCAGAAGGAGGAGGGC;SOR=4.003;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=22;TCF=20;TCR=2;TR=22;WE=152807673;WS=152807655;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	152807923	rs2980013	G	C	2795.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=112;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=35;NR=44;PP=1206;SC=GCCACCCTCCGGGCCAGCCTG;SOR=0.869;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=79;TCF=35;TCR=44;TR=79;WE=152807931;WS=152807913;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,109:1.00:109
chrX	152815089	rs3020949	A	G	6326.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=256;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.41;SOR=0.701;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,249:1.00:249
chrX	152815886	rs2285035	C	T	258.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.25;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=3;NR=5;PP=153;SC=TTCACAATATCATGCAACCGT;SOR=1.085;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=3;TCR=5;TR=8;WE=152815894;WS=152815876;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	152818435	rs2239682	G	A	7034.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=276;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.67;SOR=0.784;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,274:1.00:274
chrX	152821887	rs3020957	C	T	638.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=24;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=3;NR=16;PP=405;SC=GTAGCCGAGCCCCCACACCCC;SOR=2.400;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=19;TCF=3;TCR=16;TR=19;WE=152821895;WS=152821877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,23:1.00:23
chrX	152823728	rs2269415	G	C	2545.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=101;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.71;SOR=0.936;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,99:1.00:99
chrX	152825414	rs3020959	G	T	1549.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.074;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FS=2.906;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.52;ReadPosRankSum=-0.639;SOR=0.197;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:2,70:0.97:72
chrX	152825433	rs2980018	A	G	1600.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=64;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=10;NR=21;PP=620;SC=GGAGGACTTCAGGACACTGTT;SOR=1.143;SbPval=0.51;Source=Platypus;TC=32;TCF=10;TCR=22;TR=31;WE=152825441;WS=152825423;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	152830322	rs4243536	A	G	1072.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.44;DB;DP=44;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=18;NF=21;NR=10;PP=548;SC=GGGACCTTACACCAGGCAGAT;SOR=1.312;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=31;TCF=21;TCR=10;TR=31;WE=152830330;WS=152830312;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,43:1.00:43
chrX	152834736	rs6643626	T	C	1655.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.59;DB;DP=67;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=13;NR=15;PP=467;SC=GGTTGAGAACTATGAAGTACT;SOR=0.818;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=28;TCF=13;TCR=15;TR=28;WE=152834744;WS=152834726;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,66:1.00:66
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chrX	152864609	.	G	GC	205	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;FR=1.0000;HP=1;HapScore=2;MGOF=98;MMLQ=24;MQ=59.4;NF=0;NR=4;PP=205;QD=58.75;SC=CGCGGCGGGCGTGCCGCCCCA;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=4;TCF=0;TCR=4;TR=4;WE=152864617;WS=152864599;set=Platypus	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrX	152908887	rs1894299	G	A	998.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.62;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=8;NR=11;PP=344;SC=GCAGCCTTGGGCCCCCCAGGT;SOR=0.902;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=152908895;WS=152908877;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,40:1.00:40
chrX	152938409	rs10542443	TAC	T	476.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.955;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FS=3.213;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=4.86;ReadPosRankSum=0.975;SOR=1.151;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:73,25:0.26:98
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chrX	153009197	rs2229539	G	C	203.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.64;SOR=0.892;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
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chrX	153035798	rs2266879	G	A	2292.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=91;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=27;NR=24;PP=961;SC=CCCAGACCACGTCACTGTGCC;SOR=0.786;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=51;TCF=27;TCR=24;TR=51;WE=153035806;WS=153035788;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,88:1.00:88
chrX	153037275	rs6643644	C	T	303.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=12;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=6;NR=1;PP=140;SC=CAGAGTGGAGCGTGGGTGCGG;SOR=1.981;SbPval=0.65;Source=Platypus;TC=7;TCF=6;TCR=1;TR=7;WE=153037283;WS=153037265;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,12:1.00:12
chrX	153037594	rs11156607	C	G	1672.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=16;PP=857;SC=GCTGTCCCCTCCGTCCCTGAG;SOR=0.941;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=40;TCF=24;TCR=16;TR=40;WE=153037602;WS=153037584;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	153037808	rs2266882	G	A	2339.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;DB;DP=92;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=20;NR=37;PP=999;SC=AAGGACAGGCGCCTAGTAAGG;SOR=1.166;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=57;TCF=20;TCR=37;TR=57;WE=153037816;WS=153037798;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,90:1.00:90
chrX	153037999	rs2266883	G	C	113.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.78;SOR=1.022;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5
chrX	153038516	rs5945161	C	G	603.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=6;NR=10;PP=267;SC=CACTCCCATACGCCTCAGTGG;SOR=1.051;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=16;TCF=6;TCR=10;TR=16;WE=153038524;WS=153038506;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,24:1.00:24
chrX	153038661	rs2266885	G	C	1568.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.47;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=6;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=24;NR=13;PP=671;SC=GCCGAGATGAGAGACCCCACT;SOR=1.022;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=37;TCF=24;TCR=13;TR=37;WE=153038669;WS=153038651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	153039502	rs6643791	G	C	2479.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=99;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=32;NR=39;PP=1195;SC=TCAGCCGCGAGGGGCCTGCCC;SOR=0.941;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=72;TCF=32;TCR=40;TR=71;WE=153039510;WS=153039492;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,97:1.00:97
chrX	153039615	rs1543781	A	G	1869.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.36;DB;DP=75;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=26;NR=30;PP=966;SC=GGGGGCCAGCAGCTTAGGCTC;SOR=0.898;SbPval=0.49;Source=Platypus;TC=58;TCF=26;TCR=32;TR=56;WE=153039623;WS=153039605;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,73:1.00:73
chrX	153041544	rs5987155	T	C	1027.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=10;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=15;NR=17;PP=615;SC=AGCAGCGAGATGCAGCGCGTG;SOR=0.743;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=32;TCF=15;TCR=17;TR=32;WE=153041552;WS=153041534;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	153042419	rs34966902	G	A	1404.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=57;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=20;NR=11;PP=554;SC=TGGCCCAGAGGTGCCCCTTGG;SOR=1.118;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=31;TCF=20;TCR=11;TR=31;WE=153042427;WS=153042409;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,54:1.00:54
chrX	153047809	rs1981439	A	G	363.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.12;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=13;PP=318;SC=CCCCGCCCCCAGGTAACTGTG;SOR=3.767;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=13;TCF=0;TCR=13;TR=13;WE=153047817;WS=153047799;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	153048647	rs201302475	GT	G	837.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=33.51;SOR=2.584;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,25:1.00:25
chrX	153048657	rs2314343	A	C	206.10	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.88;ReadPosRankSum=-1.276;SOR=1.863;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:2,14:0.88:16
chrX	153052661	rs2269482	A	G	491.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.24;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;NF=7;NR=9;PP=246;SC=ACAGTCAGCCAGAGGGACGGG;SOR=0.892;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=153052669;WS=153052651;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	153062853	rs41301321	G	A	771.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=30;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=10;NR=7;PP=296;SC=AGCGCACAGGGCTCCTCTGCC;SOR=0.826;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=17;TCF=10;TCR=7;TR=17;WE=153062861;WS=153062843;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,30:1.00:30
chrX	153073752	rs3761532	T	C	1877.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=68;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=40;NR=11;PP=1177;SC=AGGTGGCCTGTCCTCTCTGGA;SOR=1.999;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=51;TCF=40;TCR=11;TR=51;WE=153073760;WS=153073742;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	153149118	rs5945167	A	G	419.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=15;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=10;NR=0;PP=260;SC=CTGAACCACGAGGGAGGGAGG;SOR=4.047;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=10;TCF=10;TCR=0;TR=10;WE=153149126;WS=153149114;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,15:1.00:15
chrX	153149708	rs77883713	G	GC	2155.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=2;NR=21;PP=1040;SC=ACTGCCCATCGTGGGATCCTG;SOR=0.994;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=24;TCF=2;TCR=22;TR=23;WE=153149723;WS=153149698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	153149715	rs6643650	C	G	1873.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.45;DB;DP=39;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=10;NR=18;PP=591;SC=ATCGTGGGATCCTGAGCGCCT;SOR=1.096;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=10;TCR=18;TR=28;WE=153149723;WS=153149698;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,39:1.00:39
chrX	153151277	rs56026845	C	G	1591.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=44.22;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	153151280	rs143464562	G	GCC	1582.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.96;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	153151284	rs199975679	GT	G	1561.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=43.38;SOR=0.804;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	153151423	rs58566947	G	GCGGC	232.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=6;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=53;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=5;PP=267;SC=ACCGGGCCGGGACTCCCTGGT;SOR=2.303;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=5;TCF=0;TCR=5;TR=5;WE=153151431;WS=153151413;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,6:1.00:6
chrX	153151456	rs12837217	T	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	153151461	rs12837218	T	G	107.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=35.76;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	153151467	rs199929222	CG	C	57.25	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.0;DB;DP=3;ExcessHet=3.0103;FR=0.9999;FS=0.000;HP=5;HapScore=4;MGOF=95;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=0;NR=2;PP=37;SC=GTGGTGTCGCCGGGGGATCGC;SOR=1.179;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=2;TCF=0;TCR=2;TR=2;WE=153151475;WS=153151446;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,3:1.00:3
chrX	153151491	rs36095229	GT	G	44.70	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=2;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=22.35;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,2:1.00:2
chrX	153170447	rs55712963	G	GC	366.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=10;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=6;NR=2;PP=350;SC=TACTGCCACCGACACGTGCAC;SOR=2.303;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=9;TCF=7;TCR=2;TR=8;WE=153170455;WS=153170437;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,10:1.00:10
chrX	153170980	rs56689668	T	G	377.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=26.98;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,14:1.00:14
chrX	153174819	rs11394527	T	TG	8051.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.55;DB;DP=240;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=19;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=23;NR=64;PP=2936;SC=CCACTCCCACTGGCCAAAGCC;SOR=0.728;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=89;TCF=24;TCR=65;TR=87;WE=153174827;WS=153174809;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,230:1.00:230
chrX	153174867	rs11405331	T	TG	7471.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=230;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=28;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;MQ=60.05;NF=15;NR=67;PP=2967;SC=AGCACACGTGTGGCCCCCTGA;SOR=0.750;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=84;TCF=15;TCR=69;TR=82;WE=153174875;WS=153174857;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,216:1.00:216
chrX	153175053	rs56015121	G	GC	558.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=16;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=11;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=2;NR=10;PP=570;SC=AGGGCCAGCAGCTCCGCGCCA;SOR=1.244;SbPval=0.61;Source=Platypus;TC=12;TCF=2;TCR=10;TR=12;WE=153175061;WS=153175043;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,16:1.00:16
chrX	153178459	rs5904376	G	GC	530.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.54;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=0;NR=6;PP=194;SC=CAGGGCCCCAGCCCTCAGGGA;SOR=0.804;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=6;TCF=0;TCR=6;TR=6;WE=153178467;WS=153178449;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,17:1.00:17
chrX	153186412	rs34153599	A	AG	1128.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=13;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=29;NF=6;NR=14;PP=793;SC=CTAGGGAGAGAGGCCTTTGCC;SOR=0.880;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=21;TCF=6;TCR=15;TR=20;WE=153186420;WS=153186402;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,33:1.00:33
chrX	153186484	rs11428457	T	TC	1863.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.57;DB;DP=59;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=6;HapScore=1;MGOF=17;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=9;NR=17;PP=1022;SC=GCGGTGTTCCTCCCCACTGTG;SOR=0.726;SbPval=0.73;Source=Platypus;TC=28;TCF=11;TCR=17;TR=26;WE=153186492;WS=153186474;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,59:1.00:59
chrX	153208197	rs11372702	T	TG	414.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.32;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=5;HapScore=2;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=10;NR=1;PP=393;SC=CTTCCCCAGGTGGGACATCCC;SOR=2.833;SbPval=0.85;Source=Platypus;TC=12;TCF=10;TCR=2;TR=11;WE=153208205;WS=153208196;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	153210179	rs146096296	T	TG	1384.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=52;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=20;MQ=60.42;NF=1;NR=29;PP=1188;SC=CCGCTGGGCCTGGGGCGGGGC;SOR=1.508;SbPval=0.59;Source=Platypus;TC=33;TCF=1;TCR=32;TR=30;WE=153210187;WS=153210169;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	153210195	.	G	GGC	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DP=29;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=17;NF=1;NR=22;PP=1080;SC=GGGGCTTTGAGCCCGACCCCC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=23;TCF=1;TCR=22;TR=23;WE=153210207;WS=153210185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	153210199	rs377619070	GA	G	1222.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.37;DB;DP=28;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=42;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=19;NF=1;NR=21;PP=904;SC=CTTTGAGCCCGACCCCCGCAC;SOR=1.609;SbPval=0.63;Source=Platypus;TC=22;TCF=1;TCR=21;TR=22;WE=153210207;WS=153210185;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,28:1.00:28
chrX	153215839	rs3027875	G	A	2046.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.4;DB;DP=79;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=28;NR=23;PP=931;SC=GGCTGGGCCCGCAGTACACCC;SOR=0.855;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=51;TCF=28;TCR=23;TR=51;WE=153215847;WS=153215829;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,78:1.00:78
chrX	153278829	rs1059703	G	A	1667.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.66;SOR=0.925;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,65:1.00:65
chrX	153279822	.	TAAAA	T	687.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;QD=38.21;SOR=1.112;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,18:1.00:18
chrX	153279858	rs5945174	G	A	541.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.22;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=34;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=7;NR=23;PP=581;SC=ATGGGGTCTCGCTTTGTTGGC;SOR=1.508;SbPval=0.52;Source=Platypus;TC=31;TCF=7;TCR=24;TR=30;WE=153279866;WS=153279848;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	153284192	rs1059702	A	G	3243.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.41;DB;DP=120;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=27;NR=62;PP=1902;SC=GCAAAACGGAAAGGGGCGGGC;SOR=1.412;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=89;TCF=27;TCR=62;TR=89;WE=153284200;WS=153284182;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,114:1.00:114
chrX	153284483	rs1059701	G	A	1264.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.80;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	153418541	rs949431	T	G	282.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;DB;DP=14;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=21;NF=9;NR=11;PP=278;SC=CTGGATCTGGTCTGCTGTGTG;SOR=1.179;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=20;TCF=9;TCR=11;TR=20;WE=153418549;WS=153418531;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	153482563	rs138416189	G	C	286.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.171;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=21;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.50;MQRankSum=1.479;QD=15.09;ReadPosRankSum=0.531;SOR=0.941;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,14:0.74:19
chrX	153577719	rs7063300	G	A	1270.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=49;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=16;NF=20;NR=8;PP=511;SC=CCGGGGGCCCGGGTTGCCCAC;SOR=1.225;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=20;TCR=8;TR=28;WE=153577727;WS=153577709;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,49:1.00:49
chrX	153629155	rs12012747	A	G	1720.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.51;DB;DP=62;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=36;NR=24;PP=1185;SC=TACATCCCCAATCGTGGCCCT;SOR=1.143;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=60;TCF=36;TCR=24;TR=60;WE=153629163;WS=153629145;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,62:1.00:62
chrX	153633359	rs1130929	G	C	2946.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.46;DB;DP=122;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=4;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;NF=29;NR=43;PP=1138;SC=GAAGCAGGAGGGGGATGGCGC;SOR=1.066;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=72;TCF=29;TCR=43;TR=72;WE=153633367;WS=153633349;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,117:1.00:117
chrX	153633953	rs1050094	T	C	505.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.13;DB;DP=20;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=1;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=26;NF=8;NR=11;PP=349;SC=TCCAGGCTGCTCCAGGGTGCG;SOR=0.892;SbPval=0.58;Source=Platypus;TC=19;TCF=8;TCR=11;TR=19;WE=153633961;WS=153633943;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,20:1.00:20
chrX	153637305	rs2070807	T	C	563.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=22;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=2;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=13;NR=5;PP=334;SC=CCAGAGAGAGTGACGGTTCCT;SOR=1.508;SbPval=0.57;Source=Platypus;TC=18;TCF=13;TCR=5;TR=18;WE=153637313;WS=153637295;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,21:1.00:21
chrX	153640406	rs62617809	C	T	3320.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.58;DB;DP=132;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=4;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=44;NR=32;PP=1478;SC=AGCGCCTGACCTCTCCTTCCC;SOR=0.954;SbPval=0.5;Source=Platypus;TC=77;TCF=45;TCR=32;TR=76;WE=153640414;WS=153640396;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,127:1.00:127
chrX	153657083	rs28497482	A	G	1098.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.6;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=2;MGOF=9;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=14;NR=9;PP=388;SC=TGGGGCCGCGATGCGCCCAGG;SOR=0.883;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=23;TCF=14;TCR=9;TR=23;WE=153657091;WS=153657073;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,44:1.00:44
chrX	153666533	rs73638281	C	G	1534.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.49;DB;DP=65;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=22;NF=21;NR=21;PP=706;SC=GTGTTTTATCCGCCTTTTTGT;SOR=0.725;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=42;TCF=21;TCR=21;TR=42;WE=153666541;WS=153666523;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,61:1.00:61
chrX	153668022	rs370252579	CA	C	158.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=17;ExcessHet=3.0103;FS=2.218;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.162;SOR=1.508;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:5,12:0.71:17
chrX	153668172	rs68141802	A	G	1149.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.38;DB;DP=47;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=1;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=15;NF=20;NR=14;PP=683;SC=AAAAAGGGTGAAGAGGTTAAC;SOR=1.038;SbPval=0.56;Source=Platypus;TC=34;TCF=20;TCR=14;TR=34;WE=153668180;WS=153668162;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,45:1.00:45
chrX	153672550	.	CCCG	C	96.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.201;ClippingRankSum=0.000;DP=50;ExcessHet=3.0103;FS=1.817;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=2.15;ReadPosRankSum=0.891;SOR=0.287;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:39,6:0.13:45
chrX	153691996	rs146936092	G	A	687.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=26;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=8;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=7;NR=9;PP=318;SC=CCTGGGCTCCGGGGACCCGCA;SOR=0.846;SbPval=0.6;Source=Platypus;TC=16;TCF=7;TCR=9;TR=16;WE=153692004;WS=153691986;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,26:1.00:26
chrX	153994469	.	A	AT	38.73	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.201;ClippingRankSum=0.000;DP=35;ExcessHet=3.0103;FS=3.675;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.387;SOR=1.034;set=HC	GT:AD:AF:DP	0/1:26,8:0.24:34
chrX	153994596	rs2728532	G	T	1311.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=25.72;SOR=0.732;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,51:1.00:51
chrX	154009617	rs11318110	AG	A	189.75	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=61.34;QD=23.72;SOR=1.179;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	154013483	rs3215184	A	AC	168.86	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BRF=0.56;BaseQRankSum=-0.765;ClippingRankSum=-0.000;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=0.9998;FS=0.000;HP=8;HapScore=2;MGOF=11;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=22;MQRankSum=-0.000;NF=0;NR=8;PP=163;ReadPosRankSum=-0.967;SC=CTCCCCTCATACCCCCCCCAG;SOR=3.056;SbPval=1.0;Source=Platypus;TC=9;TCF=0;TCR=9;TR=8;WE=154013491;WS=154013473;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	0/1:1,8:0.89:9
chrX	154020114	rs1126762	C	A	2102.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.48;DB;DP=81;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=3;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=23;NF=22;NR=28;PP=1005;SC=TCAGCTTCAGCGTGATTCCCT;SOR=0.770;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=50;TCF=22;TCR=28;TR=50;WE=154020122;WS=154020104;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,79:1.00:79
chrX	154051891	rs6643620	G	A	968.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.53;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=1;MGOF=2;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=28;NF=21;NR=7;PP=575;SC=AGAAAATGAAGGCAAAGGATG;SOR=1.547;SbPval=0.55;Source=Platypus;TC=28;TCF=21;TCR=7;TR=28;WE=154051899;WS=154051881;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,36:1.00:36
chrX	154437045	rs73641118	A	G	228.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=28.60;SOR=2.833;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,8:1.00:8
chrX	154437056	rs73641119	T	C	341.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.31;DB;DP=13;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=2;HapScore=3;MGOF=0;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=27;NF=10;NR=1;PP=260;SC=TAATATTTACTCTAGGGGGCT;SOR=2.833;SbPval=0.64;Source=Platypus;TC=11;TCF=10;TCR=1;TR=11;WE=154437064;WS=154437035;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,13:1.00:13
chrX	154456644	rs57301248	AT	A	1072.73	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.34;BaseQRankSum=-1.283;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=82;ExcessHet=3.0103;FR=0.5017;FS=1.353;HP=12;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MMLQ=23;MQRankSum=0.000;NF=5;NR=27;PP=316;ReadPosRankSum=-0.875;SC=TGGTACTGTCATTTTTTTTTT;SOR=0.614;SbPval=0.76;Source=Platypus;TC=40;TCF=8;TCR=32;TR=32;WE=154456654;WS=154456634;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:9,68:0.88:77
chrX	154456747	rs572013	A	G	1799.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.33;DB;DP=71;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=7;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=16;NR=38;PP=1093;SC=TACCGATAAAATGTGTCTGTG;SOR=1.644;SbPval=0.54;Source=Platypus;TC=54;TCF=16;TCR=38;TR=54;WE=154456755;WS=154456737;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,68:1.00:68
chrX	154507173	rs559165	T	G	1008.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.43;BaseQRankSum=1.947;ClippingRankSum=0.000;DB;DP=38;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=1;MGOF=5;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=24;MQRankSum=0.000;NF=20;NR=5;PP=533;ReadPosRankSum=-0.686;SC=ATATAGCCTTTTCTCCTGTAA;SOR=0.818;SbPval=0.53;Source=Platypus;TC=26;TCF=21;TCR=5;TR=25;WE=154507181;WS=154507163;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:1,37:0.97:38
chrY	13309804	rs62599708	C	T	56.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=4;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=37.48;QD=14.01;SOR=0.693;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,4:1.00:4
chrY	21154323	rs10465459	G	A	217.78	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BRF=0.39;DB;DP=9;ExcessHet=3.0103;FR=1.0000;FS=0.000;HP=3;HapScore=2;MGOF=12;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MMLQ=25;NF=6;NR=2;PP=133;SC=AGATGGGGAAGTTTAGAAGAC;SOR=1.402;SbPval=0.62;Source=Platypus;TC=8;TCF=6;TCR=2;TR=8;WE=21154331;WS=21154313;set=Intersection	GT:AD:AF:DP	1/1:0,9:1.00:9
chrY	21154426	rs52812045	G	A	754.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.35;SOR=1.214;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrY	21154466	rs10465460	T	A	765.77	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=60.00;QD=24.70;SOR=1.402;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,31:1.00:31
chrY	21154569	rs17855271	A	G	105.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.000;MQ=57.67;QD=21.18;SOR=1.981;set=HC	GT:AD:AF:DP	1/1:0,5:1.00:5